persönliche Freiheit (Haftentlassung), hat sich ergeben:
A.- Das Besondere Untersuchungsrichteramt des Kantons Basel-Landschaft führt gegen K._ eine Strafuntersuchung wegen Betruges (<ref-law>), Urkundenfälschung (<ref-law>) und weiterer Delikte. Gestützt auf den Haftbefehl des Bezirksstatthalters von Liestal vom 16. Oktober 1998 wurde K._ in der Dominikanischen Republik verhaftet und am 2. April 1999 in Untersuchungshaft versetzt.
Am 18. Februar 2000 stellte K._ ein Gesuch um Verlegung in eine Straf- oder Massnahmenvollzugsanstalt, wobei er ausdrücklich auf eine Haftüberprüfung von Amtes wegen verzichtete.
Am 22. Februar 2000 nahm das Besondere Untersuchungsrichteramt vom Verzicht auf eine Haftüberprüfung von Amtes wegen im Sinne von § 86 der Strafprozessordnung vom 3. Juni 1999 (StPO) Kenntnis und gab dem Gesuch um Verlegung in eine Vollzugsanstalt statt. Die Bewilligung des vorzeitigen Strafantritts im Sinne von <ref-law> schloss es hingegen aus, da nach wie vor Haftgründe bestünden.
Am 13. März 2000 verlängerte das Verfahrensgericht in Strafsachen auf Antrag des Besonderen Untersuchungsrichteramtes die Untersuchungshaft gegen K._ in Anwendung von <ref-law> um acht Wochen bis zum 8. Mai 2000.
B.- Am 4. Mai 2000 stellte K._ ein Haftentlassungsgesuch.
Er machte geltend, die Untersuchungshaft habe nunmehr die Hälfte der zu erwartenden Freiheitsstrafe erreicht, weshalb er nach <ref-law> aus der Haft zu entlassen sei. Das Besondere Untersuchungsrichteramt überwies das Haftentlassungsgesuch am 5. Mai 2000 ans Verfahrensgericht mit dem Antrag, es abzulehnen. Mit Replik vom 11. Mai 2000 machte K._ geltend, der Haftbefehl gegen ihn sei am 8. Mai 2000 abgelaufen, weshalb er schon aus diesem Grund aus der Haft entlassen werden müsse.
Mit Präsidialbeschluss vom 12. Mai 2000 wies das Verfahrensgericht das Haftentlassungsgesuch ab. Es erwog, es bestehe nach wie vor Tatverdacht und Fluchtgefahr, und die Weiterführung der Untersuchungshaft erweise sich noch nicht als unverhältnismässig.
Mit Präsidialbeschluss vom 31. Mai 2000 wies das Obergericht die Haftbeschwerde K._s ab, da sowohl die formellen als auch die materiellen Haftvoraussetzungen erfüllt seien.
C.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 23. Juni 2000 wegen Verletzung von Art. 10 und 31 BV beantragt K._, den Beschluss des Obergerichts vom 31. Mai 2000 aufzuheben und ihn unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen.
Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Das Besondere Untersuchungsrichteramt, das Verfahrensgericht und das Obergericht beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verfahrensgericht erläutert, nach § 89 Abs. 1 und 2 StPO könnten Untersuchungshäftlinge, die sich in einer Vollzugsanstalt befänden, auf eine periodische Haftprüfung von Amtes wegen verzichten. Am 13. März 2000, als es die Rechtmässigkeit der Haft gegen K._ habe überprüfen müssen, habe dieser zwar bereits auf die periodische Haftprüfung von Amtes wegen verzichtet gehabt, er habe sich aber noch nicht in einer Vollzugsanstalt befunden.
Mit dessen Verlegung in die Strafanstalt Lenzburg am 16. März 2000 sei dann die Haftprüfung von Amtes wegen entfallen, sodass sich der Haftbefehl automatisch auf unbestimmte Zeit verlängert habe. Das Besondere Untersuchungsrichteramt und das Obergericht teilen diese Auffassung.
Letzteres macht geltend, es könne nicht angehen, dass grundsätzlich nach jedem Haftprüfungsverzicht formell ein neuer, unbefristeter Haftbefehl ausgestellt werden müsse. Im Übrigen könne bei Vorliegen der materiellen Haftvoraussetzungen jederzeit ein neuer Haftbefehl ausgestellt werden. Sollte das Bundesgericht zur Auffassung gelangen, dass in casu kein gültiger Haftbefehl vorliege, so hätte dies nicht die Haftentlassung K._s zur Folge, da der Mangel jederzeit durch die Ausstellung eines neuen Haftbefehls geheilt werden könne. Alle drei Instanzen sind einhellig der Auffassung, dass die Verhältnismässigkeit der Haft von bisher 15 Monaten nach wie vor gewahrt sei und die Untersuchungshaft die Hälfte der zu erwartenden Strafe noch nicht erreicht habe.
In seiner Replik hält K._ an der Beschwerde vollumfänglich fest.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Auf die Beschwerde ist aus den gleichen Gründen und im gleichen Umfang einzutreten wie beim am 2. Februar 2000 in dieser Sache ergangenen Entscheid.
Nicht in einer den gesetzlichen Anforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügenden Weise (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 1c) rügt der Beschwerdeführer allerdings die Verletzung von <ref-law>. Er legt nicht substantiiert dar, inwiefern der angefochtene Entscheid welche Teilgehalte dieser Verfassungsbestimmung verletzen soll. Auf die Rüge ist daher nicht einzutreten.
2.- Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass gegen ihn die nach <ref-law> für die Anordnung bzw. Aufrechterhaltung von Untersuchungshaft erforderlichen Haftgründe - Tatverdacht und Fluchtgefahr - bestehen. Hingegen macht er geltend, es bestehe kein formell gültiger Haftbefehl gegen ihn und die bereits ausgestandene Untersuchungshaft übersteige die Hälfte der zu erwartenden Strafe, weshalb die Fortsetzung der Untersuchungshaft nach <ref-law> unverhältnismässig sei.
3.- a) <ref-law> sieht vor, dass Untersuchungshaft, soweit sie 4 Wochen übersteigt, nur für eine bestimmte, höchstens 8 Wochen lange Frist verlängert werden kann. Vor Ablauf dieser Frist sind die Haftgründe von Amtes wegen zu prüfen, und die Untersuchungshaft kann gegebenenfalls wiederum für eine bestimmte, höchstens 8 Wochen lange Frist verlängert werden. Von diesem Regime kann unter den Voraussetzungen von <ref-law> ausnahmsweise abgewichen werden.
Die Abs. 1 und 2 von <ref-law> mit dem Titel "Verlegung in eine Vollzugsanstalt, Vorzeitiger Straf- oder Massnahmeantritt" lauten wie folgt:
"1Auf Antrag der verhafteten Person kann die Untersuchungshaft
in einer geeigneten Straf- oder Massnahmeanstalt
vollzogen werden. Die Verfahrensleitung
gibt dem Antrag statt, wenn nicht wichtige
Interessen der Untersuchung entgegenstehen.
2Personen, die sich gemäss Absatz 1 in einer Straf- oder Massnahmeanstalt befinden, unterstehen weiterhin
den Bestimmungen über die Untersuchungshaft
und, soweit sich aus ihrer Stellung als Untersuchungsgefangene
nichts anderes ergibt, auch dem jeweiligen
Anstaltsreglement. Mit ihrem ausdrücklichen
Einverständnis kann auf die Haftüberprüfung
von Amtes wegen, nicht aber auf die Möglichkeit von
Haftentlassungsgesuchen verzichtet werden.. "
Alle drei mit dem Fall befassten kantonalen Instanzen leiten aus dem Wortlaut von Abs. 2 ab, dass ein Untersuchungshäftling auf die periodische Haftprüfung von Amtes wegen nur verzichten kann, wenn er sich bereits im Strafvollzug befindet. Aus diesem Grund habe die Untersuchungshaft gegen den Beschwerdeführer am 13. März 2000, d.h. vor seiner Verlegung in den Strafvollzug vom 16. März 2000, nicht unbefristet verlängert werden können. Mit seiner Verlegung sei dann aber sein bereits zuvor erklärter Verzicht wirksam geworden und die Befristung der Haft automatisch weggefallen.
b) Das Pronomen "ihrem" in <ref-law> kann sich grammatikalisch nur auf die "Personen" von Satz 1 beziehen. Eine eng am Wortlaut orientierte Auslegung ergibt damit den durchaus vernünftigen Sinn, dass ein Untersuchungshäftling auf eine periodische Haftprüfung von Amtes wegen nur gültig verzichten kann, wenn er sich in einer Straf- oder Massnahmeanstalt befindet. Das Vorgehen der kantonalen Behörden, eine Erklärung über den Verzicht auf periodische Haftprüfung bereits mit dem Gesuchsformular für die Verlegung in eine Straf- oder Massnahmeanstalt einzufordern, erscheint daher schon im Hinblick auf den Wortlaut der Bestimmung problematisch. Es könnte zudem beim Untersuchungshäftling den falschen Eindruck erwecken, die Bewilligung der Verlegung in eine Vollzugsanstalt hänge von seinem Verzicht auf eine periodische Haftprüfung von Amtes wegen ab. Die kantonalen Behörden sind auch nicht konsequent, halten sie sich doch anderseits streng an den Text von <ref-law> und verlängern die Haft erst dann unbefristet, wenn sich der Häftling in der Vollzugsanstalt befindet, selbst wenn die Verlegung - wie im vorliegenden Fall - schon vorher bewilligt worden war.
Die Art und Weise, wie die kantonalen Instanzen § 89 Abs. 1 und 2 StPO im vorliegenden Fall angewendet haben, erweist sich somit als wenig kohärent. Sie ist im Ergebnis fragwürdig, weil sie entgegen dem Wortlaut von <ref-law> zulässt (bzw. fordert), dass der Untersuchungshäftling bereits vor einer allfälligen Verlegung in eine Vollzugsanstalt im Voraus auf eine periodische Haftprüfung von Amtes wegen verzichtet, eine unbefristete Verlängerung der Haft nach der Auffassung von Obergericht und Verfahrensgericht aber erst nach seiner Verlegung möglich ist. Es entsteht damit unnötigerweise ein zeitlicher Zwischenraum, in dem unklar ist, ob eine allfällige Haftverlängerung befristet oder unbefristet zu erfolgen hat.
c) Das Verfahrensgericht verlängerte am 13. März 2000, d.h. in einem Zeitpunkt, in dem das Besondere Untersuchungsrichteramt die Verlegung in den Strafvollzug bewilligt hatte, die Überstellung aber noch nicht vollzogen war, die Untersuchungshaft gegen den Beschwerdeführer um 8 Wochen bis zum 8. Mai 2000. Diese Frist verstrich, ohne dass der Beschwerdeführer aus der Haft entlassen oder die Haft verlängert worden wäre.
Entgegen der Auffassung der am Verfahren beteiligten kantonalen Instanzen ist die Befristung der Haftverlängerung mit der Überstellung des Beschwerdeführers in eine Vollzugsanstalt am 16. März 2000 keineswegs "automatisch" dahingefallen. Das Verfahrensgericht hat am 13. März 2000 einzig entschieden, dass gegen den Beschwerdeführer nach wie vor Haftgründe bestehen und dass die Verlängerung der Untersuchungshaft um 8 Wochen verhältnismässig ist. Zur Möglichkeit einer weiteren Verlängerung der Haft über diesen Zeitpunkt hinaus hat sich das Gericht nicht geäussert, dies war nicht Gegenstand des Verfahrens. Aus seinem Entscheid lässt sich somit für die Verlängerung der Haft gegen den Beschwerdeführer über den 8. Mai 2000 hinaus nichts ableiten.
d) Die nachträgliche Verlängerung einer abgelaufenen Haftfrist ist ausgeschlossen (vgl. ZBJV 136/2000 S. 427 f.). Fraglich kann daher nur sein, ob nicht der Antrag des Besonderen Untersuchungsrichteramtes vom 5. Mai 2000 als Antrag auf Anordnung von Untersuchungshaft und der Präsidialbeschluss des Verfahrensgerichtes vom 12. Mai 2000 nicht als Haftanordnung aufgefasst werden können. Zwar sind die Verfahrensgarantien von Art. 5 Ziff. 3 EMRK insofern nicht eingehalten worden, als der Beschwerdeführer vom Verfahrensgericht nicht persönlich angehört wurde. Er hat eine solche Anhörung allerdings nie verlangt, auch nicht, nachdem die Präsidentin des Verfahrensgerichtes mit Verfügung vom 8. Mai 2000 die Durchführung eines schriftlichen und kontradiktorischen Verfahrens angeordnet hatte. Er hat vielmehr in dessen Rahmen auf die Eingabe des Besonderen Untersuchungsrichteramtes vom 5. Mai 2000 schriftlich repliziert und sich in der Folge nie - auch nicht vor Bundesgericht - über die Verletzung seiner Gehörsansprüche beklagt. Unter diesen Umständen kann der Präsidialbeschluss des Verfahrensgerichts vom 12. Mai 2000 als Haftanordnung aufgefasst werden.
e) Bleibt somit zu prüfen, ob das Obergericht mit dem angefochtenen Entscheid die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers verletzte, indem es die Verlängerung der Untersuchungshaft gegen den Beschwerdeführer als verhältnismässig schützte.
Nicht zu beanstanden ist, dass das Obergericht die Verhältnismässigkeit der Untersuchungshaft allein mit Blick auf das vorliegende Strafverfahren beurteilte, steht doch keineswegs fest, dass eine allfällige Strafe als Zusatzstrafe zu einer Verurteilung im (offenbar vor Obergericht hängigen) "C._"-Prozess auszufällen sein wird.
Mit Anklageschrift vom 15. Juni 2000 wirft das Besondere Untersuchungsrichteramt dem Beschwerdeführer in 10 verschiedenen Anklagepunkten die Beteiligung an umfangreichen Betrügereien mit einer Deliktssumme von gegen 5 Mio.
Franken sowie Fälschungen von Urkunden und Ausweisen vor.
Die Einschätzung des Obergerichts, wonach der Beschwerdeführer mit einer drei Jahre übersteigenden Freiheitsstrafe zu rechnen hat, ist angesichts dieser Delikte und seiner erheblichen kriminellen Energie, wie sie im (erstinstanzlichen) Strafgerichtsurteil vom 21. Mai 1999 im "C._"-Verfahren S. 397 ff. dokumentiert wird, keineswegs zu beanstanden.
Der Beschwerdeführer befand sich im vorliegenden Verfahren bis jetzt mit rund 15 Monaten weniger als die Hälfte der zu erwartenden Freiheitsstrafe in Untersuchungshaft; unter den gegebenen Umständen ist die Verlängerung der Untersuchungshaft unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> noch verhältnismässig. Die im angefochtenen Entscheid geschützte Haftverlängerung ist daher nicht zu beanstanden, die Rüge ist unbegründet.
4.- Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da die Mittellosigkeit des Beschwerdeführers offensichtlich ist und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 152 OG). Dementsprechend sind keine Kosten zu erheben, und Advokat Borter ist als unentgeltlicher Verteidiger einzusetzen und aus der Gerichtskasse angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen:
a) Es werden keine Kosten erhoben.
b) Advokat Daniel Borter, Liestal, wird als unentgeltlicher Rechtsvertreter eingesetzt und aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Besonderen Untersuchungsrichteramt, dem Verfahrensgericht in Strafsachen und dem Obergerichtspräsidium des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 17. Juli 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Das präsidierende Mitglied:
Der Gerichtsschreiber: