Sachverhalt:
A. X._ und Y._ reichten am 3. April 2006 ein Baugesuch für eine Dachaufstockung und den Anbau eines Windfangs an ihrem Haus an der Thiersteinerstrasse 24 in Muttenz (Parzelle Nr. 3943) ein. Dabei handelt es sich um das letzte Haus einer aus fünf Häusern bestehenden Reihenhauszeile. An der Thiersteinerstrasse befinden sich sieben weitere Reihenhauszeilen, die anfangs der Sechzigerjahre gebaut wurden. Sie weisen alle die gleiche Höhe und die gleiche Dachneigung auf. Durch die geplante Aufstockung des Dachs mit beidseitigen Dachaufbauten würde der First drei Meter höher und das Dach viel steiler als diejenigen der übrigen Reihenhäuser sein.
B. Die Gemeinde Muttenz erhob Einsprache gegen das Baugesuch, weil die Dachaufstockung Ziff. 25.1 des geltenden Zonenreglements Siedlung der Gemeinde Muttenz (ZRS) vom 1. März 1997 widerspreche. Danach sind alle Bauten derart in ihre bauliche und landschaftliche Umgebung einzugliedern, dass eine befriedigende Gesamtwirkung erreicht wird.
C. Am 7. September 2006 wies das Bauinspektorat des Kantons Basel-Landschaft das Baugesuch ab und hiess die Einsprache der Gemeinde gut, weil das Bauvorhaben das Eingliederungsgebot gemäss Ziff. 25.1 ZRS verletze.
Dagegen erhoben X._ und Y._ Beschwerde an die Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft. Diese wies die Beschwerde am 24. April 2007 ab.
D. Gegen diesen Entscheid erhoben X._ und Y._ am 1. Juni 2007 Beschwerde beim Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht. Dieses führte einen Augenschein durch und hiess die Beschwerde am 13. Februar 2008 teilweise gut. Es hob die Entscheide der Baurekurskommission und des Bauinspektorats auf und wies die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Bauinspektorat zurück.
E. Gegen diesen Entscheid hat die Einwohnergemeinde Muttenz am 6. Mai 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
F. Die privaten Beschwerdegegner beantragen Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des kantonsgerichtlichen Entscheids. Die kantonalen Instanzen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
G. Mit Verfügung vom 28. Mai 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Das Kantonsgericht hiess die Beschwerde teilweise gut, weil kein öffentliches Interesse an der Beibehaltung des Daches der Liegenschaft der Beschwerdeführer in der heutigen Form bzw. an der Verweigerung der geplanten Dachaufstockung bestehe. Es wies die Sache an das Bauinspektorat zurück, weil unklar sei, ob allenfalls Vereinbarungen über Näher- bzw. Grenzbaurechte und grundbuchliche Eintragungen derselben gemäss § 94 RBG des Raumplanungs- und Baugesetzes des Kantons Basel-Landschaft vom 8. Januar 1998 (RBG) notwendig seien und vorlägen (E. 9.3 S. 16 des angefochtenen Entscheids).
Damit schliesst der angefochtene Entscheid das Verfahren nicht ab und es steht noch nicht fest, ob die Baubewilligung erteilt werden kann. Der Rückweisungsentscheid ist deshalb als Zwischenentscheid zu qualifizieren.
1.1 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die nicht die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nach <ref-law> nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass eine dieser Voraussetzungen erfüllt sei; dies ist auch nicht ersichtlich.
Nach der Praxis des Bundesgerichts kann ein nicht wiedergutzumachender Nachteil für eine Gemeinde dann vorliegen, wenn sie verpflichtet wird, im Sinne des Entscheids der kantonalen Behörde direkt eine neue, ihrer Auffassung wiedersprechende Anordnung zu treffen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 412 mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall ist jedoch nicht die Gemeinde, sondern das Bauinspektorat Baubewilligungsbehörde. Gegen die Erteilung der Baubewilligung durch das Bauinspektorat kann die Gemeinde unmittelbar Beschwerde an das Bundesgericht erheben, sofern nur noch die - vom Kantonsgericht im Rückweisungsurteil bejahte - Eingliederung des Bauvorhabens streitig ist. Andernfalls muss nochmals der kantonale Instanzenzug durchlaufen werden. So oder so liegt jedoch kein nicht wiedergutzumachender Nachteil i.S.v. <ref-law> vor.
Die Frage, ob für das umstrittene Bauvorhaben ein Näher- oder Grenzbaurecht erforderlich ist und, wenn ja, ob ein solches beigebracht worden ist, muss zwar vom Bauinspektorat noch entschieden werden. Hierzu bedarf es jedoch keines weitläufigen Beweisverfahrens, weshalb auch <ref-law> nicht einschlägig ist. Im Übrigen ist die Gemeinde ihrer diesbezüglichen Begründungspflicht nicht nachgekommen (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 633).
2. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Die Gemeinde ist jedoch verpflichtet, die privaten Beschwerdegegner für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Einwohnergemeinde Muttenz hat die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Bau und Umweltschutzdirektion, Bauinspektorat, und der Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft sowie dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juli 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Aemisegger Gerber