Erwägungen:
1. Mit Verfügung vom 22. Oktober 2010 hob das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich die ambulante Massnahme für X._ auf, da er während des Massnahmevollzugs erneut einschlägige Delikte begangen haben soll. Es beantragte beim Bezirksgericht Zürich die Anordnung einer stationären Massnahme und bis zum Vorliegen eines vollstreckbaren Entscheids die Anordnung von Sicherheitshaft. Am 29. Oktober 2010 ordnete die Haftrichterin des Bezirksgerichts Zürich Sicherheitshaft an.
2. Mit Eingabe vom 22. November 2010 erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der Haftrichterin. Er beantragt die Aufhebung der Haft, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. 3.1 Gemäss Art. 112 Abs. 1 BGG müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, unter anderem die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten, insbesondere die Angabe der angewendeten Gesetzesbestimmungen (lit. b). Das Bundesgericht kann nach Art. 112 Abs. 3 BGG einen Entscheid, der den Anforderungen von Absatz 1 nicht genügt, an die kantonale Behörde zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben. Aus Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG folgt, dass Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, klar den massgeblichen Sachverhalt und die rechtlichen Schlüsse, die daraus gezogen werden, angeben müssen. Dies ist von Bedeutung im Hinblick auf die unterschiedliche Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Sachverhalts- und Rechtsfragen (Art. 95 und Art. 97 BGG). Genügt der angefochtene Entscheid diesen Anforderungen nicht und ist deshalb das Bundesgericht nicht in der Lage, über die Sache zu befinden, ist er nach Art. 112 Abs. 3 BGG aufzuheben und die Angelegenheit an die kantonale Behörde zurückzuweisen, damit diese einen Entscheid treffe, der Art. 112 Abs. 1 BGG entspricht (Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 E. 2.2 mit Hinweisen).
3.2 Die angefochtene Verfügung enthält keine eigene Begründung. Die Haftrichterin beschränkt sich darauf, auf die Anträge des Amts für Justizvollzug zu verweisen.
Zwar kann es grundsätzlich zulässig sein, zur Begründung des Haftentscheids auf den Haftantrag zu verweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 33 ff.). Dem angefochtenen Entscheid lassen sich jedoch keine Anhaltspunkte zur Frage entnehmen, inwiefern sich die Haftrichterin mit den Vorbringen des Amts für Justizvollzug auseinandersetzte und allfällige Einwände prüfte. Die Angabe der massgeblichen Gründe, wie die Art der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen "einschlägigen Delikte", fehlt. Nach dem unter Ziff. 3.1 Ausgeführten ist der angefochtene Entscheid bereits aus diesen Gründen in Anwendung von Art. 112 Abs. 3 BGG aufzuheben und die Sache an die Haftrichterin zurückzuweisen, damit sie einen Entscheid treffe, der den Anforderungen von Art. 112 Abs. 1 BGG genügt.
4. Die Haftrichterin wird unter Beachtung des besonderen Beschleunigungsgebots in Haftsachen (Art. 31 Abs. 4 BV) neu zu verfügen haben. Da Haftgründe nicht offensichtlich fehlen, kommt die Aufhebung der Sicherheitshaft durch das Bundesgericht nicht in Betracht. Der entsprechende Antrag wird abgewiesen.
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt oder unterliegt keine Partei (vgl. Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 E. 4). Dem Kanton werden keine Gerichtskosten auferlegt (Art. 66 Abs. 4 BGG). Dagegen rechtfertigt es sich, gemäss Art. 68 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 66 Abs. 3 BGG den Kanton Zürich zur Zahlung einer Entschädigung an die Vertreterin des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren in der Höhe der von ihr eingereichten Honorarnote zu verpflichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfügung der Haftrichterin des Bezirksgerichts Zürich vom 29. Oktober 2010 wird aufgehoben und die Sache zum neuen Entscheid an die Haftrichterin zurückgewiesen.
2. Der Antrag auf Aufhebung der Sicherheitshaft wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Kanton Zürich hat der Vertreterin des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.70 zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Christen