Konzession zur Ausnützung der Wasserkräfte des Lungerersees (Umwelt- und Gewässerschutz), hat sich ergeben:
A.- Die Centralschweizerischen Kraftwerke AG (CKW) betrieben aufgrund einer 1919 erteilten Konzession seit 1921 das Lungerersee-Kraftwerk bei Giswil. 1980 entschied sich der Kantonsrat Obwalden für den Rückkauf des Kraftwerkes und die Bewirtschaftung im Eigenbetrieb. Am 12. Juli 1983 verlieh der Regierungsrat dem Elektrizitätswerk Obwalden (EWO), an dessen Dotationskapital der Kanton mit 8/15 und die sieben Einwohnergemeinden mit je 1/15 beteiligt sind, das Recht zur Nutzung der Höhenstufe zwischen dem Lungerersee und dem Sarnersee, unter zusätzlicher Nutzung der Oberflächenwasservorkommen des Kleinen und Grossen Melchtals von deren Fassung bis zum Sarnersee.
Noch im selben Jahr stellte das EWO ein Gesuch für den Ausbau des Lungerersee-Kraftwerks. Das EWO sah im Wesentlichen vor, im Grossen und im Kleinen Melchtal die Wasserfassungen höher zu legen sowie zusätzlich den Tumlibach, die Giswiler Laui, den Mülibach, Wissibach und Altibach zu fassen. Im Verlauf des anschliessenden Auflage- und Einspracheverfahrens wurde ein zunächst im Kleinen Melchtal vorgesehenes Ausgleichsbecken an den Standort Tobelplätz auf der linken Talseite verlegt, was ein neues Auflageverfahren nach sich zog. Noch später wurden die geplanten Fassungen des Tumlibachs, des Wissibächlis und der Nebenbäche des Mülibachs aufgegeben. Mit dem redimensionierten Projekt soll die Energieproduktion von 98 Mio. kWh auf 135, 5 Mio. kWh erhöht werden.
Für die Beurteilung des Gesuchs gab der Regierungsrat bei Prof. Dr. F. Klötzli und lic. phil. nat. H. Marrer ein ökologisches und beim Büro Dr. von Moos AG ein hydrogeologisches Gutachten in Auftrag. Das hydrogeologische Gutachten wurde im Oktober 1985, das Ökologiegutachten im November 1987 abgegeben.
In der Folge wurde das EWO eingeladen, einen Bericht über die Umweltverträglichkeit (UVB) einzureichen. Mit Beschluss vom 13. Dezember 1988 stellte der Regierungsrat zudem fest, dass das Ausbauvorhaben des EWO formell und materiell einer neuen Konzession bedürfe. Im März 1989 wies der Regierungsrat eine erste Fassung des UVB zur Überarbeitung und Ergänzung zurück. Im April 1990 reichte das EWO einen überarbeiteten UVB ein. Dieser wurde öffentlich aufgelegt und einem umfangreichen Mitberichtsverfahren unterzogen.
Gestützt auf dessen Ergebnisse und eigene Abklärungen erstattete das kantonale Amt für Umweltschutz (AfU) am 16. August 1994 einen Beurteilungsbericht über die Umweltverträglichkeit.
Darin wird die Umweltverträglichkeit des Vorhabens unter Auflagen und Bedingungen bejaht.
B.- Bereits 1989 hatte sich das EWO entschlossen, den Ausbau in Etappen zu realisieren. In der ersten Etappe wurden das bestehende Maschinenhaus durch eine Kavernenzentrale ersetzt und die Druckleitungen verlegt bzw. erneuert. Die erste Etappe konnte auf der Grundlage der Konzession von 1983 verwirklicht werden. Die entsprechende Bewilligung wurde 1991 erteilt. Der WWF Schweiz zog eine dagegen eingereichte Beschwerde nach Verhandlungen zurück. Die sanierte Anlage konnte im Mai 1994 in Betrieb genommen werden.
Die zweite Etappe enthält die neuen Fassungen in den beiden Melchtälern, das Ausgleichsbecken Tobelplätz und den teilweisen Bau neuer Druckstollen, die dritte Etappe die Fassung der Giswiler Laui sowie weiterer Giswiler Bäche samt dem dafür erforderlichen Zuleitungsstollen zum Ausgleichsbecken.
C.- Der Regierungsrat des Kantons Obwalden erteilte dem EWO am 24. Januar 1995 die für die zweite und dritte Etappe erforderliche Konzession zur Ausnützung der Wasserkräfte des Lungerersees, der Kleinen und Grossen Melchaa, der Giswiler Laui, des Mülibachs, des Altibachs und des Tobelgrabens, unter zahlreichen Bedingungen und Auflagen. Diese betreffen u.a. die Staukoten im Lungerersee sowie die in den gefassten Bächen erforderlichen Restwassermengen. Für die Giswiler Laui wird keine Restwassermenge festgelegt. Die für die Verwirklichung des Ausbauprojektes nach eidgenössischem und kantonalem Recht erforderlichen Bewilligungen werden ausdrücklich vorbehalten, insbesondere die gewässerschutzrechtliche, die fischereirechtliche und die forstpolizeiliche Bewilligung.
Den Erwägungen zum Konzessionsentscheid ist indessen zu entnehmen, dass der Regierungsrat die Voraussetzungen für die Erteilung dieser Bewilligungen geprüft hat und für grundsätzlich erfüllt ansieht. Ferner steht die Konzessionserteilung unter dem Vorbehalt, dass der Bundesrat die Schutz- und Nutzungsplanung betreffend die untere Wasserfassung an der Grossen Melchaa genehmigt. Für das Ausgleichsbecken Tobelplätz, die Druckleitung vom Becken zum Unteraaboden sowie für die Zuleitung Laui samt den zugehörigen Fassungen schreibt der Konzessionsbeschluss eine UVP 2. Stufe vor.
Bereits mit Verfügungen vom 7. März 1989 hatte der Regierungsrat über einen Teil der Einsprachen entschieden. Namentlich war er auf zwei Einsprachen des Unterwaldner Bundes für Naturschutz nicht eingetreten, weil diese nicht von der gesamtschweizerischen Organisation, sondern nur von deren regionaler Sektion eingereicht worden waren. Der Regierungsrat fügte jedoch bei, dass die in den Einsprachen geltend gemachten Anliegen von Amtes wegen geprüft und die Einsprachen daher als Stellungnahmen entgegengenommen würden (RRB Nr. 1233/1989). Die 1995 noch pendenten Einsprachen wurden im Konzessionsbeschluss vom 24. Januar 1995 im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen und im Übrigen abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde.
D.- Gegen die Konzessionserteilung erhoben der WWF Schweiz und der Schweiz. Bund für Naturschutz (SBN; heute Pro Natura) am 8. März 1995 mit gemeinsamer Eingabe Verwaltungsgerichtsbeschwerde (Verfahren 1A.73/1995). Sie beantragen die Aufhebung des Konzessionsbeschlusses vom 24. Januar 1995 und die Rückweisung zur Neubeurteilung durch den Regierungsrat, eventuell die Genehmigung der Konzession unter zusätzlichen restriktiven Bedingungen. Mit im Wesentlichen gleichlautender Beschwerde vom 8. März 1995 beantragt auch die Schweizerische Stiftung für Landschaftsschutz und Landschaftspflege (SL), der angefochtene Konzessionsbeschluss sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an den Regierungsrat zurückzuweisen; eventuell sei die Beschwerde gutzuheissen und die Konzession nur unter zusätzlichen Bedingungen zu genehmigen (Verfahren 1A.75/1995). Der einzige Unterschied der beiden Beschwerden besteht darin, dass sich die SL, im Gegensatz zu WWF und SBN, im Eventualantrag dem Bau des Ausgleichsbeckens Tobelplätz nicht widersetzt.
Der Regierungsrat und das EWO beantragen, auf die Beschwerden des SBN und der SL nicht einzutreten und jene des WWF abzuweisen.
E.- Am 10. April 1995 entsprach der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung dem Gesuch, den Beschwerden die aufschiebende Wirkung beizulegen, im Sinne der Erwägungen.
Auf Antrag des Eidgenössischen Departementes des Innern und der Vorinstanz sowie im Einverständnis mit dem EWO wurden die Beschwerdeverfahren mit Präsidialverfügung vom 1. September 1995 bis zum Entscheid des Bundesrates über die in der Konzession vorbehaltene Schutz- und Nutzungsplanung "Grosses Melchtal" ausgesetzt.
Nachdem der Bundesrat die erwähnte Schutz- und Nutzungsplanung am 21. Oktober 1998 genehmigt hatte, nahm das Bundesgericht die Verfahren am 8. Dezember 1998 wieder auf.
F.- Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) hat sich am 1. März 1999 zur Sache vernehmen lassen. Es enthält sich eines ausdrücklichen Antrages, weist jedoch auf verschiedene Mängel des angefochtenen Entscheides hin. Namentlich hält es den Verzicht auf Restwasserbestimmungen für die Giswiler Laui für rechtswidrig und bemängelt, dass die Abklärungen über die Umweltverträglichkeit des Vorhabens teilweise ungenügend seien.
Die Beteiligten halten in ihren Stellungnahmen zur Vernehmlassung des UVEK an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Auch ein zweiter Schriftenwechsel ergab keine Annäherung der Standpunkte der Parteien.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Beschwerden richten sich gegen denselben Beschluss und werfen weitestgehend die gleichen Rechtsfragen auf. Sie sind deshalb in einem Entscheid zu behandeln.
a) Der angefochtene Beschluss stützt sich u.a. auf das Bundesgesetz über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte vom 22. Dezember 1916 (WRG; SR 721. 80), das Bundesgesetz über den Schutz der Gewässer vom 24. Januar 1991 (GSchG; SR 814. 20), das Bundesgesetz über den Natur- und Heimatschutz vom 1. Juli 1966 (NHG; SR 451), das Bundesgesetz über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814. 01), das Bundesgesetz über die Fischerei vom 21. Juni 1991 (BGF; SR 923. 0) sowie das Bundesgesetz über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700). Im Weiteren beruht er auf dem kantonalen Gesetz über Wasserbaupolizei, Wasserrechte und Gewässerkorrektionen vom 9. April 1877 (WBPG) sowie auf weiteren kantonalen Erlassen. Auch wenn der Konzessionsbeschluss die Erteilung der erforderlichen bundesrechtlichen Bewilligungen formal vorbehält, ist doch unbestritten, dass der Regierungsrat der Sache nach neben der Verleihung der Wassernutzungsrechte eine Bewilligung nach <ref-law> erteilt hat (vgl. hinten E. 2a). Damit stützt sich der angefochtene Beschluss auf öffentliches Recht des Bundes und kann grundsätzlich mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (Art. 97 OG). Es liegt auch keiner der in Art. 99 ff. OG oder in der Spezialgesetzgebung vorgesehenen Ausschlussgründe vor. Im Gegenteil wurde mit Gesetzesrevision vom 21. Juni 1991, in Kraft seit 1. Januar 1994 (AS 1991 2267 f.), die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen die Erteilung oder Verweigerung von Konzessionen für die Nutzung von Wasserkräften ausdrücklich für zulässig erklärt (Art. 99 lit. d OG; heute Art. 99 Abs. 2 lit. a OG).
b) Der angefochtene Entscheid ist kantonal letztinstanzlich (Art. 98 lit. g OG), da das kantonale Recht im Zeitpunkt des Entscheides (Anfang 1995) noch keine Weiterzugsmöglichkeit an das kantonale Verwaltungsgericht vorsah und die Frist für die unmittelbare Anwendung von Art. 98a OG noch nicht abgelaufen war (vgl. Ziff. 1 der Schlussbestimmungen der Änderung des OG vom 4. Oktober 1991). c) Das streitige Kraftwerkprojekt untersteht der Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) 1. Stufe (<ref-law>; Art. 1 und 5 der Verordnung über die Umweltverträglichkeitsprüfung vom 19. Oktober 1988 [UVPV; SR 814. 011] i.V. mit Ziffer 21.3 Anhang UVPV). Der WWF (Schweiz), die Schweizerische Stiftung für Landschaftsschutz und Landschaftspflege sowie die Pro Natura sind gemäss <ref-law> beschwerdelegitimiert, wie sich aus der Verordnung vom 27. Juni 1990 über die Bezeichnung der beschwerdeberechtigten Umweltschutzorganisationen ergibt (VBO; SR 814. 076). Da die Erteilung der gewässerschutzrechtlichen Bewilligung gemäss <ref-law> überdies eine Bundesaufgabe im Sinne von <ref-law> darstellt (<ref-ruling>, nicht publizierte E. 1c; vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 263), besteht die Legitimation dieser Organisationen auch kraft <ref-law>.
Während sich der WWF (Schweiz) bereits am kantonalen Einspracheverfahren beteiligt hat, trifft dies für die SL nicht zu. Seitens der Pro Natura hat sich nur deren kantonale Sektion am Einspracheverfahren beteiligt; der Regierungsrat ist aber auf diese Einsprache nicht eingetreten und sein Entscheid wurde rechtskräftig. Regierungsrat und Beschwerdegegner leiten daraus ab, dass auf die Beschwerde von SL und Pro Natura nicht einzutreten sei.
Die Frage, welche Tragweite dem Verhalten der Organisationen vorliegend zukommt, ist im Lichte der 1984 bzw. 1988/9 massgeblichen Rechtsprechung zu den verfahrensrechtlichen Obliegenheiten der Organisationen zu beurteilen. In <ref-ruling> vom 6. Dezember 1983 hatte das Bundesgericht entschieden, <ref-law> schreibe nicht vor, dass die dort genannten Beschwerdeberechtigten den Instanzenzug im kantonalen Verfahren einzuhalten hätten. Diese Vorschrift verlange in Verbindung mit Art. 98 lit. g OG nur die Letztinstanzlichkeit des angefochtenen kantonalen Entscheides. Wer in einem solchen Fall den Instanzenzug durchlaufen habe, sei bei der Regelung von <ref-law> nicht entscheidend (E. 2b). Nach dieser Rechtsprechung bestand für die SL kein zwingender Grund, sich am Einspracheverfahren gegen das Konzessionsprojekt zu beteiligen. Ebenso wenig musste der Unterwaldner Bund für Naturschutz sich gegen den Nichteintretensentscheid des Regierungsrates wehren, zumal dieser erklärt hatte, er nehme die Einsprache als Stellungnahme entgegen.
Erst mit dem Urteil Medeglia vom 25. April 1990 (<ref-ruling> E. 3 = ZBl 92/1991 S. 372 ff.) änderte das Bundesgericht diese Praxis und stellte fest, dass die Ausübung des Beschwerderechts gemäss <ref-law> oder gemäss <ref-law> vor Bundesgericht in der Regel voraussetze, dass die beschwerdeführende Organisation am Verfahren vor der letzten kantonalen Instanz teilgenommen habe. Als dieser Entscheid bekannt wurde, war eine Beteiligung am Einspracheverfahren gegen den hier zu beurteilenden Konzessionsentscheid indessen nicht mehr möglich. Den Beschwerdeführerinnen, die sich am Einspracheverfahren nicht beteiligt haben, kann daraus unter den gegebenen Umständen kein Vorwurf gemacht werden.
d) Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt. Auf die Beschwerden aller drei Organisationen ist daher einzutreten.
e) Der Stand der Akten ermöglicht ein Urteil des Bundesgerichtes zu den aufgeworfenen Rechtsfragen. Anderseits erweist sich eine ergänzende Beurteilung durch den Regierungsrat und damit eine Rückweisung als unumgänglich. Auf den beantragten Augenschein kann daher verzichtet werden.
2.- a) Sind, wie dies vorliegend der Fall ist, für ein Vorhaben sowohl eine kantonale Konzession als auch Bewilligungen gemäss dem eidgenössischen Umweltschutzrecht erforderlich, so sind normalerweise die spezialrechtlichen Bewilligungen aus koordinationsrechtlichen Gründen vor oder gleichzeitig mit dem erstinstanzlichen Konzessionsentscheid einzuholen. Zwischen den Spezialbewilligungen, besonders der gewässerschutzrechtlichen Bewilligung, und der Konzessionserteilung besteht ein derart enger Sachzusammenhang, dass sie nicht getrennt und unabhängig voneinander erteilt werden können, sondern inhaltlich abgestimmt werden müssen. Dies vor allem deshalb, weil die Bestimmung der nutzbaren Wassermenge, welche in <ref-law> geregelt wird, zu den wesentlichen Bestandteilen der Wasserrechtsverleihung gehört (<ref-ruling> E. 4b/aa).
Dieser Zusammenhang besteht auch dort, wo allenfalls Fischgewässer betroffen sind, die kein Fliessgewässer mit ständiger Wasserführung im Sinne von <ref-law> darstellen. In solchen Fällen gelangt <ref-law> zur Anwendung, der wie <ref-law> die Bewilligung der Wasserentnahme von einer Gesamtabwägung der dafür und dagegen sprechenden Interessen abhängig macht.
Der angefochtene Entscheid behält die spezialrechtlichen Bewilligungen zwar vor. Er trägt indessen den erwähnten Zusammenhängen Rechnung und befasst sich mit den Anforderungen, welchen die konzedierte Nutzung hinsichtlich Gewässer- sowie Natur- und Heimatschutz zu genügen hat. Der Entscheid ist daher koordinationsrechtlich nicht zu beanstanden.
b) Gemäss <ref-law> beraten die Umweltschutzfachstellen (<ref-law>) Behörden und Private. Wasserkraftwerke gemäss Ziff. 21.3 des Anhangs der UVPV gehören zu jenen Anlagen, für die im Rahmen der UVP nicht nur eine Beurteilung durch die kantonale Umweltschutzfachstelle, sondern auch eine Anhörung durch das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) erforderlich ist (<ref-law>; <ref-law> in der bis zur Änderung vom 5. September 1995 gültigen Fassung, heute <ref-law>).
Nach Vorliegen der ersten Fassung des UVB (vom 1. Juli 1988) ersuchte das kantonale Amt für Umweltschutz (AfU) das BUWAL um Stellungnahme. Das BUWAL (damals noch Bundesamt für Umweltschutz) äusserte sich mit Schreiben vom 2. Dezember 1988 und vom 1. Februar 1989 (Anhang I/11 des Beurteilungsberichts des AfU vom 16. August 1994). Das BUWAL erklärte, der UVB gestatte es nicht, zum Projekt abschliessend Stellung zu nehmen, und beantragte ergänzende Untersuchungen hinsichtlich Gewässerschutz, Natur- und Landschaftsschutz sowie Forstwesen. Nach Vorliegen des überarbeiteten UVB (vom April 1990) wurde das BUWAL nicht mehr formell um Stellungnahme zum UVB ersucht. Hingegen wurde es entsprechend <ref-law> eingeladen, sich zur Rodung von insgesamt 76'635 m2 Waldareal zu äussern. Diese Stellungnahme erfolgte durch das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) am 9. März 1992 (Anhang II/21 des Beurteilungsberichts des AfU vom 16. August 1994). Darin nahm das Departement auf die früheren Stellungnahmen des BUWAL Bezug und erklärte, aufgrund des nun vorliegenden modifizierten Projektes und der darauf basierenden Grundlagen könne auf eine zweite eigentliche Anhörung zum UVB verzichtet werden. Das Departement äussere sich im Rahmen der Stellungnahme betreffend das Rodungsgesuch zum gesamten Projekt und damit zu den damals beanstandeten Sachbereichen. Aus der Stellungnahme gehen Vorbehalte des Departements zu verschiedenen Fragen hervor, die in der UVP 2. Stufe näher zu behandeln seien, die indessen weder das Genügen der vorhandenen Unterlagen noch die grundsätzliche Zulässigkeit des Vorhabens betreffen. Das Departement stellte konsequenterweise die Erteilung der Rodungsbewilligung grundsätzlich in Aussicht. Einen gewichtigen Vorbehalt brachte das Departement immerhin ausdrücklich an: Es erachtete es nicht als nachgewiesen, dass der Bodenwasserhaushalt im Auengebiet von nationaler Bedeutung "Laui" durch das Vorhaben nicht gefährdet werde. Es sei zu untersuchen, ob die Auenvegetation durch die neuen Infiltrationsverhältnisse nicht beeinträchtigt würden; allenfalls seien die Restwassermengen zu erhöhen. Weiter sei abzuklären, ob das Grundwasser langfristig für die Versorgung benötigt werde; gegebenenfalls seien die erforderlichen Massnahmen zu treffen.
Das UVEK kritisiert in seiner Stellungnahme vom 1. März 1999 an das Bundesgericht das Vorhaben bzw. die Untersuchungen zur Umweltverträglichkeit in weit grundsätzlicherer Art und Weise. Teilweise beruht diese Kritik auf Erkenntnissen, die erst im späteren Verlauf des Verfahrens gewonnen oder zumindest erhärtet wurden. Das UVEK macht aber auch geltend, der im Projekt von Anfang an vorgesehene Verzicht auf eine Restwasserdotation in der Gross Laui sei unzulässig, weil es sich dabei um ein Fliessgewässer mit ständiger Wasserführung im Sinne von <ref-law> handle. Im Weiteren bemängelt das Departement sinngemäss, dass der Verzicht auf eine Restwasserdotation in der Grossen Laui eine übermässige Beeinträchtigung der Aue von nationaler Bedeutung "Laui" (Objekt Nr. 101) zur Folge habe.
Dieses Vorgehen der Bundesbehörden erscheint als wenig zweckmässig und entspricht nicht dem mit <ref-law> angestrebten Ziel, bei besonders komplexen Vorhaben das Fachwissen der spezialisierten Bundesinstanz bereits in die UVP einzubeziehen (Heribert Rausch, Kommentar USG, Zürich 1989, N. 126 zu Art. 9). Die UVP ist eine in den Entscheid der ersten Instanz integrierte Prüfung. Es ist unbefriedigend, wenn die Fachbehörde des Bundes, obwohl sie in diesem Verfahren beteiligt war, ohne Not wesentliche Einwände und Bedenken erst im letztinstanzlichen Kontrollverfahren, d.h. vor Bundesgericht, vorbringt. Das revidierte Gewässerschutzgesetz ist am 24. Januar 1991 verabschiedet worden. Dass es im März 1992 noch nicht in Kraft stand, hätte das EDI nicht daran hindern brauchen, seine Auffassung hinsichtlich des Begriffs des Fliessgewässers mit ständiger Wasserführung schon damals bekannt zu geben. Ebenso war es schon längere Zeit zuvor bekannt, dass die Aue der "Laui" unter Schutz gestellt werden sollte, auch wenn der Bundesrat die Verordnung über den Schutz der Auengebiete von nationaler Bedeutung (Auenverordnung, SR 451. 31) erst am 28. Oktober 1992 erlassen hat. Insofern wäre es wünschbar und möglich gewesen, dass sich das EDI im März 1992 nicht auf die Aspekte des Grundwasserschutzes bzw. Bodenwasserhaushaltes und die damit verknüpften Folgen für die Auenvegetation und die Grundwassernutzung beschränkt, sondern sich umfassend geäussert hätte.
c) Die Giswiler Laui ist in ihrem unteren Teil, wo sie (im Gegensatz zum "Gross Laui" genannten Oberlauf) einfach "Laui" heisst, wie erwähnt im Bundesinventar der Auengebiete von nationaler Bedeutung als Objekt Nr. 101 aufgeführt.
Das Objektblatt gibt die Wasserfläche mit 10% an und umschreibt die Bedeutung des Objekts wie folgt: "Durch seine Ausdehnung und geomorphologische Dynamik bemerkenswerte Wildbach-Aue der Voralpen. Das breite Bachbett mit seinen mächtigen, nackten Geröll-, Kies- und Sandalluvionen wird bei Niedrigwasser durch einen stark verästelten Wasserlauf beherrscht. Auf den Kiesbänken siedeln sich dünn gesät verschiedene krautige Pioniergesellschaften an, und fortgeschrittene Stadien sind von Lavendelweiden/Salix elaeagnos und Grauerlenbüschen/Alnus incana bestockt. Vereinzelte Kriechstraussgras-Flutrasen. Der wilden Zerstörung weniger ausgesetzte Partien weisen eine Gebirgsweidenaue und montane Grauerlen-Auenwaldbestände auf. "
Durch die projektbedingten Wasserentnahmen in den Giswiler Bächen wird sich gemäss den Angaben des Hydrogeologen der Abfluss der das Grundwassergebiet der Laui querenden Fliessgewässer im Mittel von ca. 1.5 auf 0.7 m3/s reduzieren, d.h. es ist eine Abnahme um etwa 55% zu erwarten. Während heute in der Laui eine Vollversickerung im Mittel an rund 200 Tagen pro Jahr auftritt (hauptsächlich bei Kote 505 bis 500 m; genauere Angaben über die Strecke, auf welcher bei verschiedenen Abflussmengen Vollversickerung auftritt, sind nicht vorhanden), dürfte sich projektbedingt die Vollversickerung auf im Mittel 330 Tage pro Jahr steigern (vgl. Bericht von Moos AG vom 11. April 1995). Welche Auswirkungen dies auf den Nieder- oder Mittelwasserabfluss und damit auf das landschaftliche Erscheinungsbild und den Erlebniswert der Aue hat, ist ungeklärt. Dem Nachtragsgutachten von Prof. Klötzli und Dr. L. Lienert vom 21. April 1995 lässt sich hierzu keine positive Aussage entnehmen. Vermerkt wird dort nur, dass es schade wäre, die noch nicht festgelegte Restwasser-Dotation so zu bestimmen, dass die überall zutage tretenden, oft noch rauschenden Fliessgewässer nur noch bei Hochwasser sichtbar würden. Eine Schmälerung des offenen, lebendig rauschenden Baches würde im unteren Teil des Schutzobjektes 101 den Erlebniswert objektiv und subjektiv mindern.
Da eine objektivierte Darstellung der Folgen der vorgesehenen Wasserentnahme für die Wasserführung der Laui fehlt, ist es praktisch nicht möglich, eine Bewertung des Eingriffs anhand der Schutzziele des Auenobjekts Nr. 101 vorzunehmen. Insofern sind die Folgerungen im ökologischen Gutachten und in dessen Nachträgen, welche die Umweltverträglichkeit in der Gesamtabwägung bejahen, nicht nachvollziehbar. Daher kann dem Regierungsrat nicht beigepflichtet werden, wenn er eine Beeinflussung des Objektes Nr. 101 ausschliesst. Vielmehr ist festzustellen, dass die vorgesehenen Wasserentnahmen das Abflussregime in der Laui in allerdings noch zu klärender Weise beeinträchtigen können. Die Angelegenheit ist daher zur ergänzenden Prüfung bzw. Neubeurteilung an den Regierungsrat zurückzuweisen.
d) Die Beschwerdeführer beanstanden, dass für das Auenobjekt Nr. 101 "Laui" eine Begutachtung durch die Eidgenössische Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) unterblieben sei. Ob eine Begutachtungspflicht aufgrund der bis Ende 1999 gültigen Fassung von <ref-law> bestand, kann offen bleiben. Das Bundesgesetz über die Koordination und Vereinfachung von Entscheidverfahren vom 18. Juni 1999 führte zu einer Änderung von <ref-law> (AS 1999 3071). In der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen Fassung von <ref-law> beschränkt sich die Begutachtung durch die ENHK auf Inventare nach <ref-law> (AS 1999 3073). Da sich das Bundesinventar der Auengebiete von nationaler Bedeutung (vgl. Auenverordnung) auf <ref-law> stützt, entfällt vorliegend eine Begutachtung durch die ENHK.
3.- a) Wer einem Fliessgewässer mit ständiger Wasserführung über den Gemeingebrauch hinaus Wasser entnehmen will, benötigt dazu gemäss <ref-law> eine Bewilligung. Die Voraussetzungen für die Bewilligung werden in den <ref-law> geregelt. Als ständige Wasserführung bezeichnet <ref-law> eine Abflussmenge Q347, die grösser als Null ist. Die Abflussmenge Q347 ist die Abflussmenge, die, gemittelt über zehn Jahre, durchschnittlich während 347 Tagen des Jahres erreicht oder überschritten wird und die durch Stauung, Entnahme oder Zuleitung von Wasser nicht wesentlich beeinflusst ist (<ref-law>). Die Giswiler Laui weist zwar im Bereich der vorgesehenen Wasserfassung eine Abflussmenge Q347 auf, die grösser als Null ist. Hingegen versickert sie bachabwärts, im Bereich der durch ihren Schotterkegel gebildeten Aue, während rund 200 Tagen pro Jahr zumindest auf einer kurzen Strecke vollständig. Vollversickerung in diesem Sinn tritt ein, wenn die Laui weniger als ca. 1 m3/s führt. Damit stellt sich die Frage, ob ein Fliessgewässer mit ständiger Wasserführung im Sinne von <ref-law> nur vorliegt, wenn das Gewässer auf seiner ganzen Restwasserstrecke eine Abflussmenge Q347 aufweist, die grösser als Null ist, oder ob es genügt, dass das Gewässer an der für die Wasserentnahme vorgesehenen Stelle ständig Wasser führt.
Gemäss Art. 33 Abs. 1 der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814. 201) trifft die zweitgenannte Alternative zu. Danach ist für Wasserentnahmen aus Fliessgewässern, die Abschnitte mit ständiger und solche ohne ständige Wasserführung aufweisen, eine Bewilligung erforderlich, wenn das Fliessgewässer am Ort der Wasserentnahme eine ständige Wasserführung aufweist. Die Voraussetzungen für die Erteilung der Bewilligung nach <ref-law> müssen allerdings nur in den Gewässerabschnitten mit ständiger Wasserführung erfüllt sein.
Die Beschwerdeführer und das UVEK vertreten entsprechend der Regelung in der Gewässerschutzverordnung die Auffassung, die Gross Laui sei ein Fliessgewässer mit ständiger Wasserführung. Regierungsrat und Beschwerdegegner sind der gegenteiligen Ansicht; insbesondere wenden sie ein, Art. 33 Abs. 1 GSchV sei gesetzwidrig bzw. entbehre einer gesetzlichen Grundlage.
b) Das Bundesgericht kann auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde hin Verordnungen des Bundesrats vorfrageweise auf ihre Gesetz- und Verfassungsmässigkeit prüfen. Bei einer unselbständigen Verordnung - um eine solche handelt es sich bei der auf das Gewässerschutzgesetz gestützten Gewässerschutzverordnung - kann geprüft werden, ob sich der Bundesrat an die Grenzen der ihm im Gesetz eingeräumten Befugnisse gehalten hat. Soweit das Gesetz den Bundesrat nicht ermächtigt, von der Verfassung abzuweichen, befindet das Gericht auch über die Verfassungsmässigkeit der unselbständigen Verordnung. Räumt die gesetzliche Delegation dem Bundesrat einen weiten Ermessensspielraum für die Regelung auf Verordnungsstufe ein, ist dieser jedoch für das Bundesgericht nach <ref-law> (Art. 113 Abs. 3 und Art. 114bis Abs. 3 aBV) verbindlich. In diesem Fall darf das Gericht nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle jenes des Bundesrats setzen, sondern kann lediglich prüfen, ob die Verordnung den Rahmen der dem Bundesrat delegierten Kompetenzen offensichtlich sprengt oder sich aus anderen Gründen als gesetz- oder verfassungswidrig erweist (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3a).
Das Gewässerschutzgesetz ermächtigt den Bundesrat im Kapitel über die Sicherung angemessener Restwassermengen (Art. 29 ff.) nicht zum Erlass ergänzender (gesetzesvertretender) Vorschriften. Damit steht dem Bundesrat nur das Recht zu, Ausführungsvorschriften zu erlassen (<ref-law>). Ausführungs- bzw. Vollzugsverordnungen kommt die Funktion zu, die gesetzlichen Bestimmungen zu konkretisieren und gegebenenfalls untergeordnete Lücken zu füllen, soweit dies für den Vollzug des Gesetzes erforderlich ist. Die Ausführungsbestimmungen müssen sich jedoch an den gesetzlichen Rahmen halten und dürfen insbesondere keine neuen Vorschriften aufstellen, welche die Rechte der Bürger beschränken oder ihnen neue Pflichten auferlegen, selbst wenn diese Regeln mit dem Zweck des Gesetzes vereinbar wären. Vollzugsbestimmungen sind zudem nur in dem Umfang zulässig, als das Gesetz dafür Raum lässt und nicht bewusst auf eine präzisere Regelung der betreffenden Frage verzichtet (<ref-ruling> E. 3b/c mit Hinweisen).
c) aa) Art. 33 Abs. 1 GSchV begründet hinsichtlich der Wasserentnahme aus Fliessgewässern keine neuen Rechte und Pflichten. Er bezeichnet lediglich den Ort, der für die Beurteilung massgeblich ist, ob ein Gewässer ständig Wasser führt, und beantwortet damit eine für den Vollzug von <ref-law> bedeutsame, im Gesetz offen gelassene Detailfrage. Damit handelt es sich bei Art. 33 Abs. 1 GSchV um eine typische Vollzugsbestimmung.
Hinweise darauf, dass das Gesetz bewusst auf eine präzisere Umschreibung des Begriffs der ständigen Wasserführung verzichtet, bestehen nicht. Namentlich liegt nicht der Fall vor, dass der Gesetzgeber durch eine unbestimmte Normierung den rechtsanwendenden Organen im Einzelfall eine den konkreten Umständen gerecht werdende Entscheidung ermöglichen wollte (vgl. Georg Müller, Möglichkeiten und Grenzen der Verteilung der Rechtssetzungsbefugnisse im demokratischen Rechtsstaat, ZBl 99/1998 S. 1 ff., 15).
bb) Der Wortlaut der Art. 29, 31 und 4 lit. i GSchG gibt keine zuverlässigen Hinweise darauf, wie das betrachtete Gewässer räumlich abzugrenzen und wo die Abflussmenge Q347 zu bestimmen ist. Die Behauptung des Beschwerdegegners, der Wortlaut des Gesetzes mache unmissverständlich klar, dass Gewässer den Restwasserbestimmungen nicht unterstellt seien, wenn sie irgendwo in ihrem Verlauf an mehr als 18 Tagen im Jahr kein Wasser führen, trifft daher nicht zu. Im Gegenteil liegt bei unbefangener Gesetzeslektüre die Annahme näher, dass die ständige Wasserführung am Ort der Wasserentnahme, an welche <ref-law> ausdrücklich anknüpft, gegeben sein muss.
cc) In der Botschaft vom 29. April 1987 zur Volksinitiative "zur Rettung unserer Gewässer" und zur Revision des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer (BBl 1987 II 1061) führte der Bundesrat aus, die Abflussmenge Q347 gewährleiste, dass auch Gewässer, die in niederschlagsarmen Jahren kaum Wasser führten, noch unter die Restwasserbestimmungen des Gesetzes fielen (S. 1107). Aus folgenden Gründen rechtfertige es sich, Gewässer mit einer geringeren Wasserführung von Restwasserbestimmungen auszunehmen: Vor allem im Gebirge gebe es viele Bäche, die lediglich in der Zeit der Schneeschmelze Wasser führten und in der übrigen Zeit gefroren seien. Dies deute darauf hin, dass es sich hier in der Regel nicht um Fischgewässer handle. Im Einzugsgebiet von höher gelegenen und insbesondere von grossen Stauseen werde zudem das Wasser dieser Bäche hauptsächlich dazu verwendet, die Stauseen aufzufüllen, und zu diesem Zweck oft über weite Distanzen abgeleitet. Da andere vernünftige Möglichkeiten zur Auffüllung der Stauseen kaum zu finden seien, sei es praktisch unumgänglich, Fliessgewässer ohne ständige Wasserführung aus dem Geltungsbereich der Restwasserbestimmungen auszunehmen, obwohl auch diese als Lebensraum für Tiere und Pflanzen nicht ohne Bedeutung seien. Wenn in tiefer liegenden Regionen Fliessgewässer nicht ständig Wasser führten, sei dies darauf zurückzuführen, dass die in ihren Einzugsgebieten anfallenden Niederschläge kaum zurückgehalten würden und deshalb ziemlich rasch abflössen. Aufgrund der üblichen Niederschlagsmengen sei anzunehmen, dass die nicht ständig Wasser führenden Gewässer solcher Gebiete meistens weit länger als 18 Tage im Jahr kein Wasser führten. Solche Gewässer lägen überdies kaum im Einzugsgebiet von Stauseen und seien deshalb für eine entsprechende Nutzung wenig interessant.
Daher dürften auch die Schutzaspekte von geringerer Bedeutung sein. Zudem sei die im Gesetz vorgesehene Restwasserregelung auf Gewässer mit ständiger Wasserführung zugeschnitten und basiere auf der Abflussmenge Q347. Sie sei deshalb auf Gewässer ohne ständige Wasserführung gar nicht anwendbar (Botschaft S. 1126 f.).
Die Botschaft enthält zur hier interessierenden Fragestellung keine direkten Aussagen. Immerhin führt sie ausschliesslich Beispiele an, in denen das Gewässer wegen der Gegebenheiten im Einzugsgebiet nur unregelmässig Wasser abführt. Im ersten Beispiel liegt das daran, dass die Bäche im Winter vereisen, im zweiten daran, dass das Einzugsgebiet ein geringes Speichervermögen aufweist und Niederschläge relativ schnell abfliessen, weshalb das Gewässer öfters austrocknet. Aus der Botschaft kann damit entgegen der Ansicht des Beschwerdegegners und des Regierungsrates nicht gefolgert werden, Gewässer mit Versickerungsabschnitten seien nach der Absicht des Gesetzesentwurfes von vornherein von den Restwasserbestimmungen auszunehmen. Daran ändert auch der Hinweis in der Botschaft nichts, die Restwasserregelung sei auf Gewässer ohne ständige Wasserführung gar nicht anwendbar.
Diese Aussage betrifft jene Abschnitte, in denen das Gewässer nicht ständig Wasser führt. Hier liesse sich vor allem die Restwasserregelung von <ref-law> in der Tat nicht sinnvoll anwenden, was in Art. 33 Abs. 1 GSchV berücksichtigt wird.
Die Beratungen im Parlament unterstützen die Auffassung des Beschwerdegegners und des Regierungsrates ebenso wenig. Anders als der Ständerat, der in diesem Punkt dem Bundesrat gefolgt war, beschloss der Nationalrat zunächst, die Restwasserbestimmungen seien auf alle Fliessgewässer, nicht nur auf diejenigen mit ständiger Wasserführung, anzuwenden (Amtl. Bull. N 1989 1020). Die dadurch entstehende Differenz zum Ständerat wurde erst im zweiten Durchgang durch Nachgeben des Nationalrates beseitigt (Amtl. Bull. N 1990 591 und 1672). In diesem Zusammenhang wurde mehrfach ausgeführt, dass Gewässer, die an mehr als 347 Tagen im Jahr Wasser führten, als Gewässer mit ständiger Wasserführung gälten (so z.B. Votum Bührer, Amtl. Bull. S 1990 328). Eine vertiefte Erörterung des Begriffs der ständigen Wasserführung fand jedoch nicht statt. Die wiedergegebene Umschreibung entspricht der Legaldefinition in <ref-law> und kann sowohl dahingehend verstanden werden, dass die ständige Wasserführung an jeder Stelle des Gewässers vorliegen muss, als auch, dass sie nur am Ort der Wasserentnahme gegeben sein muss. Erhellend sind hingegen die Voten des Kommissionsberichterstatters im Nationalrat, der wiederholt darlegte, welche Gewässer unter Fliessgewässern ohne ständige Wasserführung zu verstehen seien. So erläuterte er bereits anlässlich der ersten Beratung, dass sich die nicht ständig wasserführenden Gewässer in der Höhe befänden, oberhalb der Vegetation (Votum Rüttimann, Amtl. Bull. N 1989 1019). Im Differenzbereinigungsverfahren führte er wörtlich aus: "Die nichtständigen Wasserläufe, die der Ständerat mit dem Bundesrat ausnehmen will, befinden sich naturgemäss in höheren Regionen ohne Vegetation und ohne Fischbestände. Die Begründung der ökologischen und landschaftlichen Bedeutung dieser Bäche für dauernde Restwasserhaltung ist mindestens stark zu relativieren. Es handelt sich um Abflüsse während der Schneeschmelze, und wir haben daher wirtschaftlich und energiepolitisch alles Interesse daran, unsere Stauseen im Hochgebirge während des Sommers füllen zu können, ohne dass auf diesen vegetationslosen Höhenlagen eine bestimmte Restwassermenge um den Stausee herum ungenutzt abläuft" (Amtl. Bull. N 1990 590, sinngemäss gleich auch noch einmal in Amtl. Bull. N 1990 1671, wo Nationalrat Rüttimann ausserdem ausdrücklich auf die Höhengrenze von 1700 m ü.M. hinwies).
Aus diesen Voten lässt sich folgern, dass der Gesetzgeber bei Gewässern ohne ständige Wasserführung in erster Linie an Gewässer dachte, die im Einzugsgebiet bis hin zur Wasserfassung oder bis zu ihrem Zufluss zu einem Speichersee an mehr als 18 Tagen im Jahr kein Wasser führen. Von Gewicht erscheint auch der Hinweis, dass es sich um Gewässer handle, deren ökologische und landschaftliche Bedeutung aufgrund ihrer Lage im höheren Berggebiet von vornherein eher gering zu veranschlagen sei. Diese Voraussetzungen sind, wie gerade der vorliegende Fall zeigt, bei Gewässern, die in tieferen Lagen vorübergehend in ihrem Schotterbett versickern, nicht ohne weiteres erfüllt. Auch die Beratungen im Parlament führen daher nicht zum Ergebnis, dass Gewässer mit Versickerungsstrecken von den Restwasserbestimmungen ausgenommen werden sollten.
dd) Schliesslich ist zu beachten, dass Art. 33 Abs. 1 GSchV dem Zweck der Restwasserregelung dient, der darin besteht, bei Fliessgewässern angemessene Restwassermengen zu sichern (<ref-law>), in Berücksichtigung der verschiedenen, in Art. 1 lit. c bis e und 31 ff. GSchG erwähnten Gesichtspunkte (vgl. <ref-ruling> E. 5a). Die Vollzugsvorschrift führt dazu, dass bei Fliessgewässern wie dem vorliegenden nicht ungeprüft jede Pflicht zur Belassung eines angemessenen Restwassers entfällt, sondern dass die Anforderungen der Art. 31-35 GSchG zu erfüllen sind. Hingegen hat sie entgegen der Auffassung des Regierungsrates nicht zur Folge, dass einem Gewässer, welches Abschnitte ohne ständige Wasserführung aufweist, niemals Wasser entnommen werden darf.
Insgesamt erweist sich Art. 33 Abs. 1 GSchV als eine sachgerechte Regelung, die auf einer überzeugenden Auslegung des Gesetzes beruht. Das Bundesgericht hat daher keinen Anlass, sie für gesetzwidrig anzusehen (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 182).
d) Der Umstand, dass die Gewässerschutzverordnung erst nach dem Erlass der angefochtenen Konzession erlassen und in Kraft gesetzt wurde, steht ihrer sofortigen Anwendung im noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Verfahren nicht entgegen (<ref-ruling> E. 5e/aa S. 598 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3a).
4.- a) Nach dem soeben Ausgeführten ist die Giswiler Laui als Fliessgewässer mit ständiger Wasserführung im Sinne von <ref-law> anzusehen, weil sie an der vorgesehenen Entnahmestelle an mehr als 347 Tagen im Jahr Wasser führt.
Die Bewilligung für eine Wasserentnahme darf daher nur erteilt werden, wenn die Voraussetzungen nach den Artikeln 31 - 35 GSchG erfüllt sind (<ref-law>). Ob dies der Fall ist, hat nicht das Bundesgericht in erster Instanz zu entscheiden. Die Angelegenheit ist daher zur Ergänzung bzw. Neubeurteilung an den Regierungsrat zurückzuweisen. Dabei wird er den Einfluss der Wasserentnahmen auf die gesamte Restwasserstrecke, namentlich auch in der Aue, einzubeziehen haben.
b) Gemäss Art. 33 Abs. 1 Satz 2 GSchV müssen zwar die Voraussetzungen für die Erteilung der Bewilligung nach <ref-law> nur in den Abschnitten mit ständiger Wasserführung erfüllt sein. Dazu ist jedoch einerseits festzustellen, dass die Abflussmenge Q347 jedenfalls auf einem Teil der Versickerungsstrecke grösser als Null ist; hier sind die Restwasservorschriften ohnehin grundsätzlich anzuwenden. Die Ausdehnung des betreffenden Abschnitts wurde bisher nicht abschliessend bestimmt. Die ergänzende Stellungnahme des Hydrogeologen vom 12. Mai 1999 bestätigt mittelbar diesen Befund, führt sie doch aus, die natürlicherweise trockenfallende Strecke der Gross Laui variiere zwischen wenigen Metern und mehr als zwei Kilometern. Ungeklärt ist insbesondere, wie sich die unterschiedlichen natürlichen Abflussmengen auf die Ausdehnung des Abschnittes mit Vollversickerung, auf die Verteilung des Wassers im Bachbett, benetzte Breiten etc. auswirken.
Überdies stellt sich die Frage, ob bei Versickerungsabschnitten mit einem Q347 von Null tatsächlich regelmässig nicht nur auf die Anwendung von Art. 31, sondern auch von <ref-law> verzichtet werden kann, wie dies Art. 33 Abs. 1 Satz 2 GSchV vorsieht. Dieser Schluss scheint nicht ohne weiteres zulässig. Die Tatsache, dass in einem Gewässerabschnitt Q347 wegen Versickerung gleich Null ist, hat zwingend bloss zur Folge, dass in diesem Abschnitt die quantitativen Vorgaben von <ref-law> nicht erfüllt sein müssen.
Es wäre nämlich unhaltbar, wenn die Restwassermenge nach Entnahme höher als die natürlicherweise im Restwasserabschnitt vorhandene Wassermenge festgelegt werden müsste (vgl. auch <ref-law>, der die Dotierwassermenge nach Massgabe des zufliessenden Wassers begrenzt). Hingegen ist nicht einzusehen, weshalb für zeitweise trockenfallende Restwasserabschnitte eine Interessenabwägung anhand der Kriterien von <ref-law> entbehrlich sein sollte. In diesem Zusammenhang ist zu berücksichtigen, dass auch <ref-law> die Schonung von Naturschönheiten und, wo das allgemeine Interesse an ihnen überwiegt, ihre ungeschmälerte Erhaltung vorschreibt. Die gründliche Erfassung der natürlichen Gegebenheiten und die Abwägung der betroffenen Interessen nach Massgabe von <ref-law> dient damit auch der Anwendung von <ref-law>.
Das UVEK weist zu Recht darauf hin, dass kein Bericht über die Auswirkungen unterschiedlich grosser Wasserentnahmen auf die Interessen an der Wasserentnahme, insbesondere auf die Herstellung von elektrischer Energie und deren Kosten vorliegt. Der Beschwerdegegner hat dem Bundesgericht im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels einen Bericht zur Wirtschaftlichkeit verschiedener Restwasserszenarien in der Gross-Laui (vom Mai 1999) eingereicht. Es erübrigt sich unter den gegebenen Umständen, hierzu Stellung zu nehmen. Es erscheint aber fraglich, dass der Bericht die relevante Fragestellung abdeckt, müsste doch zunächst bestimmt werden, welche Restwassermengen unter ökologischen und landschaftsschützerischen Gesichtspunkten erforderlich wären, und welchen Einfluss auf die Schutzinteressen tiefer angesetzte Restwassermengen hätten. Ausgehend von diesen Restwassermengen kann erst der Bericht über die Folgen für die Nutzungsinteressen erstellt und eine Abwägung vorgenommen werden.
Schliesslich liegt die zeitweise austrocknende Restwasserstrecke in einer Aue von nationaler Bedeutung. Gemäss Art. 4 Abs. 1 Auenverordnung sollen die in der Verordnung verzeichneten Objekte ungeschmälert erhalten werden. Zum Schutzziel gehören insbesondere die Erhaltung und Förderung der auentypischen einheimischen Pflanzen- und Tierwelt und ihrer ökologischen Voraussetzungen sowie die Erhaltung und, soweit es sinnvoll und machbar ist, die Wiederherstellung der natürlichen Dynamik des Gewässer- und Geschiebehaushaltes. Abweichungen vom Schutzziel sind nur unter den in Abs. 2 erwähnten Voraussetzungen möglich. Das konkrete Schutzziel der Aue "Laui" ergibt sich aus dem Inventarblatt, welches unter dem Titel "Bedeutung" u.a. darauf hinweist, das breite Bachbett werde "bei Niedrigwasser durch einen stark verästelten Wasserlauf beherrscht. " Damit stellt sich die Frage, ob die geplante Wasserentnahme einen Eingriff in das Schutzziel der Aue "Laui" darstellt, und wenn ja, wie sie im Lichte von Art. 4 Auenverordnung zu rechtfertigen und zu minimieren ist, wenn sie sich überhaupt als zulässig erweist. Auch insofern erscheint eine Ergänzung der Untersuchungen zur Umweltverträglichkeit als unerlässlich.
Gegenstand der Untersuchungen muss der Einfluss der Wasserentnahme, d.h. verschiedener Restwasser- bzw. Dotationsmengen bei der Wasserfassung, auf die Gewässerdynamik und die damit verbundenen Folgen für die Vegetation, die Fauna und die Landschaft samt deren Erlebniswert sein. In der Interessenabwägung kann diesen Einflüssen, soweit sie nicht von vornherein als unzulässig erscheinen, das hinreichend substanziierte Interesse an der Wasserentnahme gegenübergestellt werden.
c) Nicht gefolgt werden kann dem UVEK insofern, als es zusätzliche Untersuchungen über den Einfluss der Wasserentnahmen auf das Grundwasser und die Grundwassernutzung verlangt. Wie die bisherigen Untersuchungen hinreichend darlegen, würde die vorgesehene Ableitung der Giswiler Bäche die Grundwasserbildung um 20-30% reduzieren. Der Flurabstand des Grundwassers würde sich aufgrund der berechneten Wassermengen und der geologischen Gegebenheiten im oberen Teil des Schuttkegels der Laui um etwa 6 m, im mittleren Teil um rund 3 m und im untersten Teil praktisch gar nicht verringern. Im oberen und mittleren Teil des Schuttkegels bzw. der Aue ist aber der Flurabstand des Grundwassers schon heute mit bis zu 60 m so gross, dass ein Einfluss auf die Vegetation von vornherein ausgeschlossen werden kann. Im untersten Abschnitt exfiltriert das Grundwasser in die Laui bzw. deren Seitengewässer. In diesem Bereich (ungefähr unterhalb der Höhenkote 500 m und auf einer Länge von 100-200 m) ist ein Einfluss des Grundwassers auf die Vegetation grundsätzlich möglich. Da hier der Grundwasserspiegel kaum verändert wird, können gemäss den überzeugenden Feststellungen der Experten nachteilige Einwirkungen auf die Vegetation aber ausgeschlossen werden. Was die Grundwassernutzung angeht, so steht nach den Angaben des Kantons für Giswil die Nutzung im Gebiet Grossmatt (Diechtersmatt) im Vordergrund, wo ein entsprechendes Grundwasserschutzareal ausgeschieden werden soll. Dieses Grundwasser wird aus dem Kleinen Melchtal gespiesen und erfüllt quantitativ und qualitativ alle Anforderungen.
Das Grundwasser der Laui weist demgegenüber einen relativ hohen Sulfatgehalt auf, weshalb es sich technisch für die Gewinnung von Grundwasser weniger eignet. Im Übrigen würden die nach der Realisierung des Konzessionsprojektes verbleibenden Grundwassermengen im Gebiet der Laui gemäss den Ausführungen des Hydrogeologen nach wie vor grosse Grundwasserfassungen zulassen.
5.- a) Beim Mülibach wurde die Restwassermenge auf 50 l/s im Winter und 75 l/s im Sommer festgesetzt. Beim Altibach lauten die entsprechenden Mengen 50 und 120 l/s. Diese Restwassermengen entsprechen dem Antrag des AfU und werden von den Beschwerdeführern nicht substanziert in Frage gestellt. Die Beschwerdeführer weisen allerdings darauf hin, dass die Auswirkungen der Wasserentnahme auch in diesen Bächen auf die Aue Nr. 101 ungenügend geklärt ist. Das UVEK schliesst sich dieser Kritik an.
Was in Erwägung 4b und 4c zu den noch vorzunehmenden Abklärungen über den Einfluss der Wasserentnahme in der Laui auf die Aue Nr. 101 ausgeführt wurde, gilt sinngemäss auch für den Müli- und den Altibach. Bei den erforderlichen Zusatzabklärungen im Sinne von Erw. 4b ist daher auch zu prüfen, welchen Einfluss die Wasserentnahmen in diesen Seitengewässern hat. Insofern sind die Einwände der Beschwerdeführer und des UVEK berechtigt.
b) Das UVEK bemängelt die beim Mülibach vorgesehene Restwasserregelung noch aus einem anderen Grund. Im Konzessionsentscheid wird ausgeführt, der Mülibach sei mit seinen Nebenbächen als Einheit zu beurteilen. Vorgesehen sei nur die Fassung des Hauptbaches; die Nebenbäche würden in ihrem natürlichen Zustand belassen. Konsequenterweise sei die Restwasserauflage unterhalb der Mündung der Nebenbäche sicherzustellen.
Das UVEK macht darauf aufmerksam, dass mit dieser Lösung der Mülibach selbst auf einer Strecke von rund 300 m (zwischen Entnahmestelle und Zusammenfluss mit den Nebenbächen) während schätzungsweise 200 Tagen im Jahr trocken gelegt würde, was mit den gesetzlichen Vorschriften nicht vereinbar sei. Vorinstanz und Beschwerdegegner widersprechen dieser Kritik in tatsächlicher Hinsicht nicht. Sie machen geltend, die getroffene Lösung sei ökologisch und vor allem aus fischereilicher Sicht sinnvoller als die Fassung auch der Seitenbäche des Mülibachs, unter Belassung von Restwasser in allen gefassten Gewässern.
Restwasser ist die an beliebigen Stellen eines Fliessgewässers unterhalb der Wasserfassung gemessene Abflussmenge (Botschaft, BBl 1987 II 1108). Die Restwassermenge ist diejenige Abflussmenge, die nach einer oder mehreren Entnahmen verbleibt (<ref-law>). Dabei variiert die Restwassermenge auf der Restwasserstrecke nach Massgabe der Wassermenge, die bei der Entnahmestelle im Gewässer belassen wird (Dotierwassermenge, <ref-law>), sowie der Zuflüsse und der Versickerungen bzw. unterirdischen Abflüsse (Botschaft S. 1107). Das Gebiet zwischen der Wasserentnahme und einem beliebigen Punkt an der Restwasserstrecke stellt für alle Zuflüsse in diesem Abschnitt das Zwischeneinzugsgebiet dar. In <ref-ruling> E. 7a wird ausgeführt, Bezugspunkt für die Bestimmung der Abflussmenge Q347 bzw. der Mindestrestwassermenge sei im Regelfall derjenige Punkt eines Fliessgewässers, wo das Zwischeneinzugsgebiet ende.
Der Begriff des Zwischeneinzugsgebietes kommt im Gewässerschutzgesetz nicht vor. <ref-ruling> E. 7a ist daher nicht so zu verstehen, dass es in der Regel unterhalb der Wasserentnahme einen Gewässerabschnitt gibt, in welchem die gemäss <ref-law> berechnete Restwassermenge nicht eingehalten werden muss. Hingegen kann bei der Beurteilung gemäss <ref-law>, ob und um wieviel die Mindestrestwassermenge zu erhöhen ist, zufliessendes Wasser des Zwischeneinzugsgebietes berücksichtigt werden.
Im konkreten Fall würde der Mülibach wegen der vorgesehenen Fassung an etwa 200 Tagen pro Jahr auf ca. 300 m kein Wasser führen. Dafür verzichtet der Beschwerdegegner darauf, die Nebengewässer des Mülibachs zu fassen. Eine solche Lösung erscheint nicht von vornherein ausgeschlossen, stellt indes, nachdem auf 300 m eine Restwasserstrecke ohne Restwasser verbleibt, eine Ausnahmeregelung im Sinne von <ref-law> dar. Diese ist nur im Rahmen einer Schutz- und Nutzungsplanung zulässig, welche der Genehmigung des Bundesrates bedarf. Die angefochtene Konzession erweist sich, da sie keine solche Planung vorsieht, hinsichtlich des Mülibachs als rechtswidrig.
6.- Pro Natura und WWF machen geltend, beim geplanten oberirdischen Ausgleichsbecken Tobelplätz würde ein beachtliches Naturpotential zerstört. Ausserdem verursache das Becken eine markante Verschlechterung des Landschaftsbildes.
Es hätten daher Alternativen geprüft werden müssen, namentlich die Anlage des Beckens im Berg.
a) In seinem Beurteilungsbericht zur Umweltverträglichkeit enthält sich das kantonale Amt für Umweltschutz einer expliziten Beurteilung des Landschaftseingriffes durch das Ausgleichsbecken. Seine Darlegungen betreffen den Vergleich von zwei Ausführungsvarianten, nämlich die Ausführung des talseitigen Beckenabschlusses als Damm oder als Betonmauer.
Das AfU gelangt zum Schluss, dass die Variante Damm vorzuziehen sei, da sie in Abwägung verschiedener Gesichtspunkte den kleineren Landschaftseingriff mit sich bringe.
Gemäss dem angefochtenen Entscheid wird das Ausgleichsbecken eine verhältnismässig markante Änderung des Landschaftsbildes zur Folge haben.
Auch der Beschwerdegegner bestreitet nicht, dass das Ausgleichsbecken einen Landschaftseingriff mit sich bringt. Er weist aber darauf hin, dass die Wahl des Standortes zahlreichen Anforderungen zu genügen hat, wie einigermassen zentrale Lage, Höhe, Fläche, Zugänglichkeit, erträgliche Kosten, Schonung der Landschaft. Der Standort Tobelplätz stelle bereits eine Alternative zum zunächst vorgesehenen Standort im Kleinen Melchtal dar. Eine unterirdische Anlage sei unrealistisch.
Die Einwände der Beschwerdeführer hinsichtlich des Eingriffes in die Landschaft sind sehr allgemein gehalten und rechtfertigen es nicht, von der Beurteilung durch die kantonalen Instanzen, der sich auch das EDI in seiner Stellungnahme vom März 1992 angeschlossen hat, abzuweichen. Danach ist der Standort Tobelplätz landschaftlich möglich.
Insbesondere kann nicht verlangt werden, dass das Becken im Bergesinnern gebaut wird, da eine solche Lösung wesentlich teurer würde und unter den konkreten Umständen unverhältnismässig wäre. Jedenfalls ist nicht ersichtlich, dass die betroffene Landschaft in einem Ausmass schutzwürdig ist, das auch sehr teure Massnahmen zur Vermeidung des Eingriffs rechtfertigen würde. Andererseits ist, sofern das Projekt weiterverfolgt wird, im UVB 2. Stufe im Detail aufzuzeigen, wie der Eingriff in die Landschaft minimiert wird.
b) Hinsichtlich Flora und Fauna zeigen die vorhandenen Unterlagen, namentlich das ökologische Gutachten von 1987 samt seinen Ergänzungen, dass das Ausgleichsbecken besonders schützenswerte Lebensräume im Sinne von <ref-law> und <ref-law> beeinträchtigt. Gemäss <ref-law> hat der Verursacher für besondere Massnahmen zum bestmöglichen Schutz, für Wiederherstellung oder ansonst für angemessenen Ersatz zu sorgen, wenn sich eine Beeinträchtigung schutzwürdiger Lebensräume durch technische Eingriffe unter Abwägung aller Interessen nicht vermeiden lässt. Weder der Beurteilungsbericht des AfU noch der Konzessionsentscheid enthalten diesbezüglich klare Aussagen bzw. Auflagen. Es kann dem Entscheid allein entnommen werden, dass der Regierungsrat das Interesse an der Erhaltung des Standortes unter naturschützerischen Gesichtspunkten für kleiner hält als jenes am Bau des Ausgleichsbeckens. Das EDI hat in seiner Stellungnahme vom 9. März 1992 verlangt, dass ein Konzept zum Ersatz der Naturwerte in die UVP 2. Stufe zu integrieren sei. Das UVEK verlangt in seiner Vernehmlassung an das Bundesgericht, dass zumindest Umfang, Art und Ort der Ersatzmassnahmen bereits im UVB zum Konzessionsprojekt beschrieben würden.
Bei der Konzessionierung von Wasserkraftwerken müssen im Rahmen der UVP 1. Stufe jene Fragen behandelt werden, die von grundsätzlicher Bedeutung sind. Das sind jene Aspekte, die bei der zweiten Stufe nicht mehr in Frage gestellt werden dürfen (<ref-ruling> E. 9c S. 277). Die Belange des Naturschutzes, insbesondere des Biotopschutzes, gehören zu den Aspekten, die bei der Neuerteilung einer Konzession von Anfang an ernst zu nehmen und in die Beurteilung einzubeziehen sind (<ref-ruling> E. 10he S. 298). Die im Tobelplätz betroffenen Biotope sind gemäss den Unterlagen von lokaler oder allenfalls regionaler Bedeutung. Ihr Schutz obliegt daher dem Kanton, der die zu schützenden Lebensräume indessen in Abwägung aller auf dem Spiele stehenden Interessen zunächst zu bezeichnen hat und dabei über einen erheblichen Ermessensspielraum verfügt (<ref-ruling> E. 3a). Daher durfte der Regierungsrat in Abwägung der Interessen einen Eingriff für zulässig erklären. Weder der Konzessionsentscheid noch die diesem zu Grunde liegenden Berichte enthalten hingegen eine Erklärung dafür, weshalb auch auf Schutz- und Ersatzmassnahmen im Sinne von <ref-law> verzichtet werden kann. Wird in Abwägung der massgeblichen Interessen auf den Schutz eines an sich wertvollen Biotops verzichtet, so führt dies grundsätzlich dazu, dass Schutz- und Ersatzmassnahmen im Sinn von <ref-law> anzuordnen sind (<ref-ruling> E. 3b und 6). Soll auch auf solche Massnahmen verzichtet werden, bedarf dies einer hinreichenden Begründung. Vor Bundesgericht macht der Regierungsrat erstmals geltend, ein Verzicht rechtfertige sich in Anbetracht der Anzahl und Grösse von bezeichneten Biotopen im Raum Giswil/Lungern. Es ist nicht auszuschliessen, dass diese Auffassung zutrifft, zumal die Experten Klötzli und Lienert im Zusatzgutachten vom April 1995 bestätigt haben, dass eine Verpflanzung der wertvollsten Teile des betroffenen Feuchtrasens rein technisch möglich erscheine, indessen unverhältnismässig wäre und keine Garantie für Erfolg bestehe.
Aufgrund der vorhandenen Akten ist der Einwand des Regierungsrates indessen nicht überprüfbar. Der Regierungsrat wird daher die entsprechenden Ergänzungen vorzunehmen haben.
7.- Bei der Fassung der Kleinen Melchaa sieht die Konzession eine Restwassermenge von 140 l/s während des ganzen Jahres vor. Die Beschwerdeführer machen geltend, dies sei ungenügend und trage den Kriterien von <ref-law> für eine Erhöhung des Restwassers nicht Rechnung.
a) Offensichtlich unbegründet ist die Auffassung der Beschwerdeführer, die Mindestrestwassermenge müsse ausgehend von der Nutzwassermenge festgelegt werden. Massgeblich ist vielmehr die Abflussmenge Q347 (<ref-law>). Q347 beträgt bei der Fassungsstelle der kleinen Melchaa 155 l/s (ökologisches Gutachten vom November 1987, S. 42).
Die für den Winter festgesetzte Restwassermenge von 140 l/s ist nicht zu beanstanden, da von keiner Seite geltend gemacht wird, im Winter lägen Gründe im Sinne von <ref-law> vor, die eine Erhöhung der Restwassermenge gebieten würden.
b) Aus Gründen des Landschaftsschutzes, des Erlebniswertes des Gewässers und auch in der Sorge um die Erhaltung der Grundwasservorkommen im Haupttal schlägt das ökologische Gutachten für die Monate Mai bis August eine Erhöhung der Restwassermenge auf 200-220 l/s vor. Das AfU beantragte in seinem Beurteilungsbericht eine Restwassermenge von 140 l/s im Winter und von 180 l/s im Sommer. Der Regierungsrat erwog demgegenüber, für eine Erhöhung der Mindestrestwassermenge im Kleinen Melchtal spreche einzig die Aussage im ökologischen Gutachten, dass im Sommer die minimale Wasserführung ästhetisch nicht befriedige. An einem Augenschein habe sich indessen gezeigt, dass die höhere Restwassermenge gemäss ökologischem Gutachten praktisch nicht wahrnehmbar sei, was der Regierungsrat anhand eigener Wahrnehmungen feststellen und beurteilen könne. Gegen eine Erhöhung spreche die damit verbundene Minderproduktion von 470'000 kWh.
In <ref-ruling> E. 8 hat sich das Bundesgericht grundsätzlich zum Stellenwert des UVB und der Begutachtung des UVB durch die kantonale Fachstelle für Umweltschutz und allenfalls das BUWAL geäussert. Auch wenn der entscheidenden Behörde die freie Beweiswürdigung zustehe, so entspreche es dem Sinn des Beizugs der Fachstelle als sachkundiger Spezialbehörde, dass nur aus triftigen Gründen vom Ergebnis der Begutachtung abzuweichen sei (<ref-ruling> E. 8a S. 274). Vorliegend hat sich der Regierungsrat an Ort und Stelle einen Eindruck über die landschaftlichen Auswirkungen der erhöhten Restwassermengen verschafft. Er ist aufgrund nachvollziehbarer Erwägungen zum Ergebnis gelangt, dass der Gewinn für das Landschaftsbild in keinem Verhältnis zur Minderproduktion an Energie stehe, und ist insofern der Beurteilung durch das AfU nicht gefolgt. Die Beschwerdeführer setzen sich mit dieser Interessenabwägung nicht auseinander, ebenso wenig das UVEK. Für das Bundesgericht, welches den Beurteilungsspielraum der entscheidenden Behörde zu respektieren hat, besteht kein ausreichender Anlass, die Interessenabwägung in diesem Punkt umzustossen.
8.- a) An der Grossen Melchaa sind zwei Fassungen vorgesehen. Die tiefergelegene Fassung Rissmatt bzw. das dort erforderliche Restwasser ist Gegenstand der inzwischen vom Bundesrat genehmigten Schutz- und Nutzungsplanung. Damit sind die Restwasserbestimmungen des Gewässerschutzgesetzes erfüllt, was auch die Beschwerdeführer nicht mehr bestreiten.
b) Die höhergelegene Fassung Turrenbach erfolgt an einer Stelle der Grossen Melchaa, wo diese noch kein ständig wasserführendes Fliessgewässer darstellt. Die Art. 31-35 GSchG gelangen deshalb nicht zur Anwendung. Unterhalb der Fassung Turrenbach stellt die Grosse Melchaa ein Fischgewässer dar. Gemäss Konzession erfordern aber weder die Interessen der Fischerei noch jene des Landschaftsschutzes hier Restwasser. Das UVEK wendet hierzu ein, durch die Fassung des Turrenbaches ohne Restwasserauflagen würden die Interessen der Fischerei mit Sicherheit beeinträchtigt. Es müsse abgeklärt werden, welche Massnahmen (inkl. Restwasser) geeignet wären, um günstige Lebensbedingungen für die Wassertiere zu schaffen.
Gemäss <ref-law> brauchen Eingriffe in die Gewässer, ihren Wasserhaushalt oder ihren Verlauf sowie Eingriffe in die Ufer und den Grund von Gewässern eine Bewilligung der für die Fischerei zuständigen Behörden, soweit sie die Interessen der Fischerei berühren können. Bei der Bewilligung von Neuanlagen haben die zuständigen Behörden gemäss <ref-law> unter Berücksichtigung der natürlichen Gegebenheiten und allfälliger anderer Interessen alle Massnahmen vorzuschreiben, die geeignet sind, günstige Lebensbedingungen für die Wassertiere zu schaffen (lit. a), die freie Fischwanderung sicherzustellen (lit. b), die natürliche
Fortpflanzung zu ermöglichen (lit. c), zu verhindern, dass Fische und Krebse durch bauliche Anlagen oder Maschinen getötet oder verletzt werden (lit. d). Wenn schwerwiegende Beeinträchtigungen nicht vermieden werden können, so muss nach der Abwägung der Gesamtinteressenlage entschieden werden (<ref-law>).
Die Verhältnisse im Grossen Melchtal werden im hydrogeologischen Gutachten von 1985 und im ökologischen Gutachten von 1987 einlässlich behandelt. In letztem (S. 30 f.) wird dargelegt, dass unmittelbar unterhalb der geplanten Sperrstelle Turrenbach die sogenannte Quellreihe von Melchtal liegt, welche die Melchaa massgeblich speist. Bei Niedrigwasser, wenn die Melchaa bei der Fassung Turrenbach häufig ohnehin kein Wasser führt, werde sich unterhalb der Fassung wenig ändern, namentlich wenn auf die Fassung des Tumlibaches verzichtet werde. Bei Mittel- und Hochwasser entziehe zwar die neue Fassung der Melchaa bis zu 7 m3/s Wasser. Indessen werde das Melchaa-Gerinne bereits wenige Meter unterhalb der Fassung durch die unter diesen Bedingungen meist besonders kräftig fliessenden Quellen neu alimentiert.
Es sei daher anzunehmen, dass sich ein Abfluss ergebe, der wesentlich über allenfalls möglichen Restwasseranforderungen liege. Auf die Fassung des Tumlibaches hat der Beschwerdegegner inzwischen verzichtet. Anlässlich der Erarbeitung der Schutz- und Nutzungsplanung für die untere Fassung hat die Landeshydrologie und -geologie zusätzliche Abschätzungen der Abflussmenge Q347 in der Grossen Melchaa vorgenommen. Danach beträgt der Q347 bei der Mündung des Tumlibaches 400-500 l/s, wovon 60-100 l/s aus diesem Seitenbach stammen.
Der Fischereiexperte Marrer weist in einer ergänzenden Stellungnahme vom Mai 1999 einerseits auf diese Zahlen hin, die belegen, dass eine Restwasserdotation bei der Fassung Turrenmatt aus fischereilichen Gründen nicht notwendig sei. Überdies macht er darauf aufmerksam, dass angesichts der Dynamik bzw. Selbstgestaltungskraft der Grossen Melchaa im fraglichen Bereich kaum Möglichkeiten bestehen, das Refugien- oder das Nahrungsangebot für Fische (Forellen) merklich zu verbessern. Dieser Auffassung, die sinngemäss auch das AfU in seiner Beurteilung vom August 1994 vertreten hat, ist beizupflichten. Sie wird gestützt durch die Stellungnahme des kantonalen Polizeidepartementes (Fischereiverwaltung) vom 9. Juli 1993, das die Fassung Turrenbach für zulässig erklärte, sofern der Tumlibach nicht gefasst und gewisse, hier nicht interessierende Bedingungen für die Spülung der Fassung eingehalten würden.
Entgegen der nicht näher begründeten Ansicht des UVEK werden gemäss den ausreichend detaillierten Unterlagen die fischereilichen Interessen unterhalb der Fassung Turrenbach kaum beeinträchtigt, weil die Quellreihe von Melchtal und der Tumlibach die Melchaa ausreichend alimentieren. Besondere Massnahmen nach <ref-law> erweisen sich daher als unnötig oder unzweckmässig.
9.- a) Im Konzessionsentscheid wird ausgeführt, Art. 22 der Technischen Verordnung über Abfälle vom 10. Dezember 1990 (TVA, SR 814. 600) beschränke die Bewilligungspflicht für Deponien auf Inertstoff-, Reststoff- und Reaktordeponien.
Das Projekt setze keine solchen Deponiearten voraus. Eine Koordination mit der für die Deponiebewilligung zuständigen Behörde erübrige sich daher. Die Beschwerdeführer wenden ein, das Vorhaben bedinge die Deponie von Aushubmaterial, welches auf einer Inertstoffdeponie gelagert werden müsse. Der Regierungsrat hält dem in der Beschwerdeantwort gestützt auf den Beurteilungsbericht des AfU vom August 1994 entgegen, das Aushubmaterial könne für Bau und Wiederherstellung von Alp- und Waldstrassen verwendet werden; die in den Plänen als Deponien bezeichneten Orte stellten Zwischenlager bis zum Moment der Verwertung dar.
Gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichtes darf auch unverschmutztes Aushub- bzw. Ausbruchmaterial endgültig nur auf einer Inertstoffdeponie abgelagert werden. Weil die TVA einen numerus clausus der zulässigen Deponietypen enthält, kommt die Schaffung eines vierten Deponietyps für unverschmutzten Aushub ohne Verordnungsrevision nicht in Frage (<ref-ruling> E. 3d; in <ref-ruling> nicht veröffentlichte E. 3, vgl. URP 1995 S. 294). Allerdings soll unverschmutzter Aushub und Ausbruch in erster Linie verwertet werden (<ref-law>; Anhang 1 Ziff. 12 Abs. 2 TVA).
Die Zwischenlagerung von solchem Material im Hinblick auf die Verwertung ist ohne Deponiebewilligung gemäss <ref-law> möglich. Vorbehalten bleiben alle anderen allenfalls erforderlichen Bewilligungen wie z.B. Bewilligung nach Art. 24 RPG und Rodungsbewilligung. Vorauszusetzen ist ferner, dass ein realistischer Zeitplan für die Verwendung des fraglichen Materials besteht.
Die Kritik der Beschwerdeführer erscheint insofern berechtigt, als der UVB vom April 1990 kein Materialverwertungskonzept enthält. Offenbar wurde mit einer Endablagerung des nicht direkt verwertbaren Materials an den verschiedenen in den Plänen verzeichneten Standorten gerechnet (vgl. z.B. UVB 1990 S. 17, wo ohne Vorbehalt auf die vorgesehenen Deponiestandorte hingewiesen wird, sowie S. 72, wo es heisst, für den vorgesehenen Damm werde Stollenausbruchmaterial verwendet.
Für das überschüssige Material, ca. 150'000 m3, habe auf der Alp Emmetti eine geeignete Mulde als Deponie gefunden werden können). Im Beurteilungsbericht des AfU wird dies, allerdings ohne nähere Angaben zur Materialbewirtschaftung, korrigiert. Es ist durchaus möglich, die Details im UVB 2. Stufe zu behandeln; für den überarbeiteten Konzessionsentscheid wird der Beschwerdegegner aber ein Materialverwertungskonzept vorzulegen haben.
b) Die Beschwerdeführer werfen dem Regierungsrat vor, ausdrücklich einen Pumpspeicherbetrieb bewilligt zu haben, obwohl der Beschwerdegegner nie ein entsprechendes formelles Gesuch gestellt habe. Die Beschwerdeführer widersprechen sich selbst, räumen sie doch ein, dass das ergänzte Gesuch von 1988 auf den Umwälzbetrieb ausdrücklich hinweist.
Insofern ist die Rüge unbegründet. Über die Auswirkungen auf den Lungerersee sind zusätzliche Abklärungen erforderlich (vgl. Erw. 10).
10.- Im heutigen Entscheid betreffend das Parallelverfahren 1A.59/1995 hat das Bundesgericht erkannt, dass die bisherigen Sachverhaltsermittlungen nicht genügen, um zu beurteilen, ob die Auswirkungen auf die Landschaft des Lungerersees tragbar sind oder nicht. Auf jene Ausführungen wird verwiesen. Der Regierungsrat wird auch in diesem Punkt das Verfahren zu ergänzen haben.
11.- Die Beschwerde ist nach dem Ausgeführten gutzuheissen.
Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Angelegenheit zur Vornahme der erforderlichen Ergänzungen im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdegegner die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Es besteht kein Anlass, den Beschwerdegegner, der keines der in Art. 156 Abs. 2 OG genannten Gemeinwesen darstellt und, obwohl er ausschliesslich vom Kanton und den Gemeinden getragen ist, nicht in deren amtlichen Wirkungskreis handelt, von der Übernahme der Gerichtskosten zu befreien (vgl. Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bern 1992, N. 3 zu Art. 156 OG). Ausserdem hat er die Beschwerdeführer für deren Aufwand angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2
OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden gutgeheissen.
Der angefochtene Konzessionsbeschluss vom 24. Januar 1995 wird aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur Vornahme der erforderlichen Ergänzungen im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat zurückgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 12'000. -- wird dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.- Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 8'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Regierungsrat des Kantons Obwalden sowie dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 28. April 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: