Fatti:
A. Il 26 aprile 2007 la Corte delle assise criminali di Lugano ha condannato A._, cittadino italiano, alla pena di due anni e sei mesi di detenzione per truffa aggravata, in quanto commessa per mestiere, e per falsità in documenti ripetuta, a valere quale pena aggiuntiva a quella di due anni di reclusione inflittagli il 4 dicembre 2006 dal Tribunale di Milano.
In ragione dei reati commessi, dopo che le autorità competenti avevano negato a A._ il rilascio di un permesso CE/AELS per confinanti, il 5 ottobre 2009 l'Ufficio federale della migrazione ha pronunciato nei suoi confronti un divieto d'entrata valido fino al 4 ottobre 2019.
Con sentenza del 16 dicembre 2011, il Tribunale amministrativo federale ha parzialmente accolto un ricorso interposto da A._, riducendo la durata del divieto d'entrata al 4 ottobre 2014.
B. Il 31 gennaio 2012, A._ ha inoltrato dinanzi al Tribunale federale un "ricorso di diritto pubblico" con cui postula: in via principale, l'annullamento del divieto d'entrata in Svizzera deciso dal Tribunale amministrativo federale; in subordine, la riduzione della durata di tale divieto fino alla data della sentenza del Tribunale federale.
Il Tribunale federale ha richiesto alle autorità inferiori la trasmissione dei relativi incarti; non ha ordinato nessuno scambio di scritti.

Diritto:
1. L'impugnativa è stata presentata contro una decisione del Tribunale amministrativo federale in una causa di diritto pubblico; va quindi esaminato se la stessa sia ricevibile quale ricorso in materia di diritto pubblico. La facoltà di interporre ricorso sussidiario in materia costituzionale è invece a priori esclusa (<ref-law>).
1.1 Giusta l'art. 83 lett. c cifra 1 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti l'entrata in Svizzera. Il motivo d'esclusione citato non si applica però nel caso un gravame sia stato inoltrato da uno straniero che può prevalersi dell'Accordo del 21 giugno 1999 sulla libera circolazione delle persone (ALC; RS 0.142.112.681), quindi del diritto alla doppia istanza di ricorso garantito dall'art. 11 cpv. 1 e 3 ALC (<ref-ruling> consid. 1. 2 pag. 354 seg.; sentenza 2C_664/2009 del 25 febbraio 2010 consid. 1). In ragione della cittadinanza italiana del ricorrente, l'art. 83 lett. c cifra 1 LTF non trova applicazione nemmeno alla fattispecie.
Tempestiva (art. 46 cpv. 1 lett. c e 100 cpv. 1 LTF) e presentata da una persona legittimata a ricorrere (<ref-law>), l'impugnativa è quindi di massima ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico.
1.2 Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>); nondimeno, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dalla legge (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF), si confronta di regola solo con le censure sollevate. Esamina inoltre la violazione di diritti fondamentali soltanto se il ricorrente ha motivato tale censura in modo preciso (<ref-law>). Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento sull'accertamento svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene se è stato eseguito violando il diritto ai sensi dell'<ref-law>, oppure in modo manifestamente inesatto e quindi arbitrario (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 560).
Dato che gli stessi non vengono validamente messi in discussione nel ricorso, gli accertamenti di fatto che emergono dal giudizio impugnato vincolano il Tribunale federale anche nel caso concreto (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252).
2. 2.1 Giusta l'art. 67 cpv. 1 lett. a della legge federale del 16 dicembre 2005 sugli stranieri (LStr; RS 142.20) - nella versione in vigore al momento della decisione dell'Ufficio federale della migrazione, corrispondente a quella dell'attuale art. 67 cpv. 2 lett. a LStr - l'Ufficio federale della migrazione può vietare l'entrata in Svizzera allo straniero che ha violato o espone a pericolo l'ordine e la sicurezza pubblici in Svizzera o all'estero. Come rilevato nel giudizio querelato - che rinvia anche al vecchio art. 67 cpv. 3 LStr, in cui tale limite non era previsto - il divieto d'entrata viene oggi pronunciato per una durata massima di cinque anni; può essere pronunciato per una durata più lunga se l'interessato costituisce un grave pericolo per l'ordine e la sicurezza pubblici (art. 67 cpv. 3 LStr). Sempre nell'ottica del diritto interno, l'art. 96 cpv. 1 LStr prescrive d'altra parte che, nell'esercizio del loro potere discrezionale, le autorità competenti tengano conto degli interessi pubblici e della situazione personale nonché del grado d'integrazione dello straniero.
2.2 Per i cittadini dell'Unione europea determinante è inoltre il già citato Accordo sulla libera circolazione delle persone (art. 2. cpv. 2 LStr). In base all'ALC, le parti contraenti ammettono nel rispettivo territorio i cittadini dell'altra parte contraente (art. 1 cpv. 1 Allegato I ALC); tale diritto può essere limitato soltanto da misure giustificate da motivi di ordine pubblico, pubblica sicurezza e pubblica sanità (art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC).
Secondo la giurisprudenza, che si orienta alla direttiva CEE 64/221 del 25 febbraio 1964 ed alla prassi della Corte di giustizia dell'Unione europea ad essa relativa (art. 5 cpv. 2 Allegato I ALC), l'adozione di misure d'allontanamento presuppone la sussistenza di una minaccia effettiva e sufficientemente grave dell'ordine pubblico da parte della persona che ne è toccata. Una condanna può venir presa in considerazione a giustificazione di un simile provvedimento soltanto se dalle circostanze che l'hanno determinata emerga un comportamento personale che comporta una minaccia attuale per l'ordine pubblico; escluso è quindi che lo stesso possa essere preso unicamente a titolo preventivo (sentenza 2C_903/2010 del 6 giugno 2011 consid. 4.3 non pubblicato in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 20; <ref-ruling> consid. 3.4 pag. 182 segg.; <ref-ruling> consid. 7 pag. 221 segg.; cfr. infine anche la sentenza 2C_1045/2011 del 18 aprile 2012 consid. 2.1).
3. Nella misura in cui soddisfi all'onere di allegazione e motivazione posto dalla legge (art. 42 e 106 cpv. 2 LTF; precedente consid. 1.2) e non si esaurisca in una critica di carattere meramente appellatorio del giudizio impugnato, basata tra l'altro su una descrizione dei fatti che si scosta da quella accertata, il ricorso risulta manifestamente infondato e può essere trattato secondo la procedura prevista dall'<ref-law>.
3.1 Come già ricordato, il 26 aprile 2007 il ricorrente è stato condannato a una pena detentiva di due anni e 6 mesi per truffa aggravata in quanto commessa per mestiere e per ripetuta falsità in documenti, a valere quale pena aggiuntiva a quella di due anni di reclusione inflittagli in Italia il 4 dicembre 2006. Nel 2004, il ricorrente era inoltre stato oggetto di un'ulteriore condanna.
Relativamente alla condanna del 26 aprile 2007, risulta dalla sentenza impugnata: (1) come il ricorrente sia stato chiamato a rispondere di ben 91 episodi di truffa, per un ammontare complessivo di fr. 3'966'000.--, con un pregiudizio per le vittime pari a fr. 2'600'000.--, dopo aver perpetrato - tra il 2002 e il 2003 - analoghi reati in Italia, per un ammontare di circa 3'285'000 euro; (2) come egli abbia agito sull'arco di 3 anni (tra il 2004 e il 2006), dando prova di intraprendenza e di notevole intensità dell'intento criminale, avendo per 3 volte ripetuto i medesimi, complessi preparativi volti all'allestimento della struttura societaria necessaria al compimento dei reati, sino al reperimento dei correi e al finanziamento dei costi operativi; (3) infine, come la Corte chiamata a giudicarlo abbia rilevato che, tenendo conto di ulteriori condanne inflittegli, l'agire del ricorrente iniziasse ad avere carattere di vera e propria irriducibilità.
3.2 Proprio in base a tali vincolanti accertamenti (<ref-law>) e contrariamente a quanto sostenuto nel ricorso, la conclusione tratta dal Tribunale amministrativo federale secondo cui le condizioni per derogare al principio della libera circolazione delle persone siano adempiute non presta il fianco a critiche.
Le circostanze della fattispecie, in particolare il fatto che il ricorrente sia stato pesantemente condannato per reati oggettivamente gravi - compiuti in maniera reiterata e per mestiere, su un arco di tempo lungo e con implicazioni economiche milionarie - permettevano in effetti ancora di considerare lo stesso come una minaccia attuale, effettiva e sufficientemente grave per l'ordine pubblico, quindi di negare una prognosi più positiva nei suoi confronti (art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC).
3.3 Ad altra conclusione non permettono di giungere nemmeno le ulteriori critiche sollevate dal ricorrente all'indirizzo del giudizio impugnato.
3.3.1 Come già rilevato da questa Corte pronunciandosi sulla mancata concessione al ricorrente di un permesso CE/AELS per confinanti (sentenza del Tribunale federale 2C_447/2008 del 17 marzo 2009), motivi di ordine e sicurezza pubblici atti a giustificare una limitazione della libera circolazione delle persone possono sussistere anche in caso di compimento di reati di natura economica.
3.3.2 Non è inoltre dato di vedere per quali ragioni un'eventuale violazione del principio di celerità da parte del Tribunale amministrativo federale, di cui non viene per altro richiesta nessuna formale constatazione, dovrebbe portare ad una riduzione della durata del divieto d'entrata (al riguardo, cfr. sentenza 4P.304/2006 del 27 febbraio 2007 consid. 4.1 con rinvii). Il ricorrente, che sostiene pure a torto che la misura decisa abbia connotazione penale (ZÜND/ARQUINT, Beendigung der Anwesenheit, Entfernung und Fernhaltung, in: Uebersax e altri [curatori] Ausländerrecht, 2a ed. 2009, n. 8.80 con rinvio ai materiali legislativi), non fornisce del resto nessuna spiegazione in merito.
3.3.3 Puramente appellatoria e - almeno nei termini posti - invero alquanto azzardata, è infine anche l'argomentazione secondo cui un divieto d'entrata non potrebbe essere nella fattispecie emesso a causa del fatto che il ricorrente vive a pochi chilometri dal confine, entro il territorio della cosiddetta "Regio insubrica".
4. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è pertanto integralmente respinto. Per la rimanenza, viene fatto rinvio alle pertinenti motivazioni contenute nel giudizio impugnato (<ref-law>). Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>); non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, all'Ufficio federale della migrazione e al Tribunale amministrativo federale, Corte III.