Faits:
A. La société X._ SA (ou l'intimée), à Sion, fondée le 9 septembre 1999, a été inscrite au Registre du commerce du Valais central le 17 septembre suivant. Elle a pour but l'achat et la vente de tous biens mobiliers et immobiliers en Suisse. Son capital social, entièrement libéré, s'élève à 1'800'000 fr., divisé en actions nominatives de 1'000 fr. chacune. Son actionnaire principal et président du Conseil d'administration, A._, financier qui a la double nationalité britannique et suisse, détient 99,9% du capital-actions, tandis que MM. H._, administrateur et directeur administratif, et C._, membre du Conseil d'administration, sont titulaires d'une action chacun.
Par acte notarié du 13 septembre 1999, X._ SA a acquis un immeuble en construction dénommé "Y._", sis sur la commune de Montana, qui comprenait une trentaine d'appartements résidentiels. Elle a ensuite transformé et vendu les appartements.
Dans ses déclarations pour les sociétés à base de capitaux en matière d'impôts cantonaux et communaux, ainsi que pour l'impôt fédéral direct portant sur les exercices 2001 à 2003, X._ SA a indiqué un bénéfice de 418'812 fr. pour l'année 2001, de 1'609'091 fr. pour l'année 2002 et de 1'146'874 fr. pour l'année 2003.
Le Service cantonal valaisan des contributions a décidé de procéder à une expertise des comptes de la société. Il est ressorti du rapport d'expertise du 22 avril 2005 que le total des ventes pour les années 2001 à 2004 a atteint la somme de 28'125'000 fr., que les commissions versées à des tiers durant cette période ont été de 5,75 % du chiffre d'affaires et que les honoraires pour les prestations effectuées par ZA._ Ltd, société basée en Angleterre, qui est intervenue dans la réalisation du projet, se sont élevés à 7,05% du chiffre d'affaires. Le paiement des honoraires a été effectué en faveur de la société ZB._ Ltd, inscrite au registre des sociétés de l'île de Guernesey le 22 juin 1999. L'expert estimait qu'il s'agissait de frais non justifiés par l'usage commercial et proposait que le montant de 1'913'030 fr., soit les honoraires des années 2001 à 2003 comptabilisés par X._ SA sur l'exercice 2003, soit ajouté au bénéfice imposable de cet exercice. Cela portait le bénéfice déclaré en 2003 de 1'146'874 fr. à 2'646'579 fr., après déduction d'une provision supplémentaire sur impôts de 413'325 fr.
B. Le 10 juin 2005, la Commission d'impôt des personnes morales a procédé à la taxation de X._ SA. Suivant l'expertise, elle a arrêté le bénéfice net imposable pour l'année 2003 à 2'646'579 fr. Les bénéfices des années 2001 et 2002 déclarés par la société, soit 418'812 fr. et 1'609'091 fr., demeuraient inchangés.
X._ SA a déposé une réclamation contre ce prononcé, en contestant la reprise de 1'913'030 fr. Elle a expliqué que la société ZA._ Ltd avait organisé le projet Y._ et l'avait ensuite géré. Il avait été convenu que celle-ci serait rémunérée à la performance, soit 7% du montant des ventes, ainsi que cela ressortait du contrat d'engagement du 28 octobre 1999 entre ZB._ Ltd et X._ SA. Elle a également produit une déclaration de ZA._ Ltd attestant l'absence de lien économique avec son actionnaire principal, A._.
Par décision du 7 septembre 2005, la Commission d'impôts des personnes morales a rejeté la réclamation, en relevant l'insuffisance d'éléments probants quant à la justification économique des honoraires de ZA._ Ltd.
C. X._ SA a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais qui, après avoir procédé à plusieurs auditions, a admis le recours, par décision du 17 décembre 2008. Elle a ainsi ramené le bénéfice net imposable en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2003 à 1'146'874 fr., soit au montant déclaré par X._ SA. La Commission a retenu en bref que les auditions avaient renforcé la force probante des pièces déposées par X._ SA à l'appui de ses allégués, en y apportant quelques précisions. Elle en a déduit que ZB._ Ltd, société offshore, avait été constituée par ZA._ Ltd pour l'opération Y._; les tâches prévues par le contrat d'engagement avaient été effectuées par ZA._ Ltd, D._ y consacrant 80% de son temps de travail; sans lui, la promotion de l'immeuble Y._ n'aurait pas pu être effectuée telle qu'elle a été réalisée, dès lors que A._, financier, n'avait aucune expérience dans le domaine de la promotion immobilière; le montant des honoraires de ZA._ Ltd était tout à fait conforme à l'importance du projet Y._ et au travail de cette société; le fait que le paiement de ces honoraires ait été versé à ZB._ Ltd constituait une simple modalité de paiement convenue entre les deux sociétés. Partant, la juridiction cantonale a admis que les honoraires en cause constituaient des charges justifiées par l'usage commercial, qui pouvaient être déduites du bénéfice net.
D. L'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct et le Service cantonal des contributions forment un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et concluent à l'annulation de la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008, en tant qu'elle concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal, sous suite de frais à la charge de X._ SA. Partant, ils demandent au Tribunal fédéral de confirmer la décision de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005, subsidiairement de renvoyer l'affaire à la Commission cantonale de recours en matière fiscale pour nouvelle décision.
Au terme de ses déterminations, X._ SA conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais et dépens à la charge de l'Etat du Valais.
La Commission cantonale de recours en matière fiscale conclut au rejet du recours, avec suite de frais.
L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations et propose d'admettre le recours sous suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué concerne le calcul du bénéfice imposable, tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2003. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. Il en va de même pour les impôts cantonal et communal litigieux: l'imposition sur le bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est donc aussi ouverte en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> ss).
1.2 Déposé en temps utile (<ref-law>), le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale cantonale du 10 mars 1976, en vigueur depuis le 1er juillet 2007, ainsi que les arrêts 2C_29/2008 du 28 mai 2008, consid. 2 et 2A.128/2007 du 14 mars 2008, consid. 2.1). Dans la mesure où le droit de recours de l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct a été confié au Service cantonal des contributions par la loi valaisanne d'application de la LIFD du 24 décembre 1997 (art. 2), ce dernier a qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. d LTF), tant en matière d'impôt fédéral direct (<ref-law>) qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (<ref-law>). Les conditions pour déposer un seul acte de recours étant au demeurant remplies en l'espèce (voir <ref-ruling> ss), le présent recours est recevable comme recours en matière de droit public pour les deux catégories d'impôts.
2. 2.1 Aux termes de l'<ref-law>, le recourant ne peut critiquer les constatations des faits que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law> qui autorise également le Tribunal fédéral à compléter ou rectifier d'office l'état de fait à ces conditions) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief tiré de la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'<ref-law> revient à démontrer que celui-ci a été établi de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252). Le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits doit être articulé conformément aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2.2 L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque le juge a interprété les pièces du dossier de manière insoutenable, a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (<ref-ruling> consid. 4b p. 40; <ref-ruling> consid. 1b p. 30).
I Impôt fédéral direct.
3. Le recourant reproche avant tout à la Commission cantonale de recours en matière fiscale d'avoir apprécié des faits essentiels de manière inexacte, en ignorant le fait que X._ SA n'avait pas produit les pièces qui permettraient de démontrer le caractère commercialement justifié des montants versés à la société ZB._ Ltd, s'élevant au total à 1'913'030 fr., montants qui ont été comptabilisés par la société intimée comme coûts sur l'exercice de l'année 2003.
3.1 D'après l'<ref-law>, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. Dans la procédure de recours, la commission cantonale de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (<ref-law>).
La maxime d'office est ainsi applicable à la détermination de la dette fiscale, de sorte que les autorités compétentes peuvent entreprendre toutes les investigations nécessaires à la détermination de l'impôt. Dans ce domaine, les règles générales relatives au fardeau de la preuve impliquent que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (<ref-ruling> consid. 2 p. 256/257; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème édition Bâle 2007, p. 442; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 416 et les références citées). Il incombe ainsi à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (<ref-ruling> consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C_47/2009 du 26 mai 2009, consid. 5.4 et 2A.105/2007 du 3 septembre 2007, consid. 4.4, in RDAF 2007 II p. 299; voir également DANIEL SCHÄR, Normentheorie und mitwirkungsorientierte Beweislast-verteilung in gemischten Steuerverfahren; Archives 67 p. 433 ss, en particulier p. 448). Il en va de même lorsque la présentation des faits par l'autorité est vraisemblable selon l'expérience de la vie (Archives 64 p. 499 consid. 3c). Dans ces situations, le fardeau de la preuve des allégations contraires à celles de l'administration repose alors sur le contribuable (XAVIER OBERSON, op. cit., p. 443). Tel est notamment le cas lorsqu'une prestation en argent présente un caractère insolite; le contribuable est alors tenu de prouver que la prestation en cause est justifiée par l'usage commercial (<ref-ruling> consid. 2c p. 435). Les autorités doivent en effet pouvoir s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les rapports personnels et économiques étroits entre la société et le bénéficiaire de la prestation, étaient déterminantes pour le choix de la prestation présentant un caractère insolite (Archives 68 p. 246 consid. 3 et 746 consid. 2b, 65 consid. 2b).
3.2 L'<ref-law> prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b i.f. LIFD).
Dans la mesure où la société, accorde à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près des avantages qu'elle n'aurait pas consentis à des tiers dans les mêmes circonstances, il s'agit d'une prestation en argent qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société; encore faut-il que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (<ref-ruling> consid. 2b p. 435; <ref-ruling> consid. 9b p. 279; Archives 61 p. 541 consid. 2). La preuve directe que le bénéficiaire de la prestation est un actionnaire ou une personne proche de la société contribuable n'est pas nécessaire; il suffit qu'aucune autre explication du déroulement de l'opération insolite ne puisse être trouvée (<ref-ruling> consid. 3b p. 436). Des exigences particulièrement sévères doivent être posées lorsque des relations juridiques internationales sont en cause, car, dans ce cas, les rapports avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités locales (Archives 68 p. 246 consid. 3c et 65 p. 401, consid. 2b i.f.; voir aussi arrêts 2C_377/2009 du 9 septembre 2009, consid. 2.3 et 2C_162/2008 du 7 juillet 2008, consid. 4.3).
3.3 En l'espèce, la Commission cantonale de recours s'est fondée sur les pièces déposées par l'intimée devant elle, ainsi que sur les auditions de D._, consultant en direction de projets et employé de ZA._ Ltd, de H._, directeur administratif de X._ SA, de E._ architecte à Sion, et de A._, actionnaire principal et président du conseil d'administration de X._ SA, pour parvenir à la déduction que les honoraires versés à ZB._ Ltd étaient des charges justifiées par l'usage commercial.
Les constatations des premiers juges laissent toutefois planer plusieurs incertitudes qui ont été soulignées à juste titre, tant par le recourant, que par l'Administration fédérale des contributions. Il faut tout d'abord relever que si les témoins ont bien confirmé que A._ n'était pas l'ayant-droit économique ou le bénéficiaire de la société ZA._ Ltd, l'instruction n'a pas permis d'établir qui était derrière cette société, ni pourquoi une société offshore, dénommée ZB._ Ltd, enregistrée à l'île de Guernesey en juin 1999, avait été créée peu avant X._ SA, elle-même constituée dans le but d'acquérir l'immeuble Y._. Les liens entre ZA._ Ltd et ZB._ Ltd ne sont pas connus, de même que les ayant-droits économiques de ces deux sociétés. Selon le contrat du 28 octobre 2008 ("letter of engagement") signé entre X._ SA et ZB._ Ltd, cette dernière était chargée globalement de l'ensemble du projet Y._, pour une rémunération forfaitaire de 7%. Ses tâches étaient les suivantes:
- conseil et révision portant sur la viabilité des projets financiers;
- procédure de sélection du bureau d'architecte suisse ;
- élaboration des budgets et suivi des coûts;
- conception du management pour le développement et la phase de
construction;
- sélection du réseau des agents de vente;
- établissement et coordination d'une campagne publicitaire;
- conception, développement et contrôle du site internet bilingue
www.luxurychalet.com;
- supervision et contrôle de la qualité des appartements livrés aux
clients.
Il ressort toutefois du dossier que la société ZB._ Ltd n'a accompli aucune de ces tâches, qui ont été seulement supervisées par D._, employé de ZA._ Ltd, lequel a déclaré y avoir consacré 80% de son temps et s'être rendu à Montana une fois par mois, voire deux suivant les périodes, ainsi que l'attestent les procès-verbaux de réunions produits. Selon le dossier, tous les travaux d'architecture ont été confiés au bureau de E._, soit à la société F._ SA, à Sion. Toujours présente sur le terrain, cette société a dirigé et surveillé l'exécution des travaux, tandis que X._ SA s'est occupée de l'administration du projet. Par ailleurs, des commissions de ventes de 5,75% ont été versées à des tiers. L'Administration fédérale des contributions souligne ainsi à juste titre que D._ a été la seule personne à se rendre en Valais, où la société ZA._ Ltd ne disposait d'aucune infrastructure, alors qu'il s'agissait d'une promotion immobilière nécessitant une présence constante sur le terrain. Elle en déduit que le bureau d'architecture E._ ne s'est pas limité au mandat de restructuration et de rénovation de l'immeuble Y._, mais s'est aussi occupé de plusieurs prestations que ne pouvait pas assurer directement ZA._ Ltd. et, a fortiori, ZB._ Ltd. D._ a également admis avoir confié à des compagnies spécialisées les brochures publicitaires et le site internet bilingue www.G._.com, qui a été réalisé par une société de Verbier, dont les factures de décembre 2000 ont été adressées à X._ SA. A cela s'ajoute que, lors son audition devant la Commission cantonale de recours, M. D._ s'est contredit, puisqu'il n'a pas pu affirmer qu'il existait deux sociétés Z._, alors qu'il est expressément mentionné comme consultant dans le contrat du 28 octobre 1999 signé par ZB._ Ltd, de même que deux des quatre autres employés de ZA._ Ltd qu'il a lui-même nommés pour lui avoir prêté assistance. Il a en revanche admis qu'il savait que les paiements opérés par X._ SA avaient été effectués sur les comptes de ZB._ Ltd à la demande de ZA._ Ltd. Sur ce point, la Commission cantonale de recours s'est bornée à constater qu'il s'agissait d'une simple modalité de paiement conclue entre les deux sociétés. Pourtant, il s'agit, là aussi, d'un indice du caractère insolite des montants versés à ZB._ Ltd, sur la base d'un pourcentage fixe du produit des ventes et pour des prestations effectuées par les employés de ZA._ Ltd, ainsi que par des tiers, et facturés parallèlement à X._ SA.
3.4 A vu de tous ces éléments, il faut admettre que le contrat du 28 octobre 1999, les factures produites, de même que les témoignages, ne permettent pas de déterminer l'ampleur des prestations fournies par ZA._ Ltd. Tout semble plutôt indiquer que la majorité de ces prestations aient été accomplies par des tiers. Au surplus, aucune explication n'a pu être donnée sur la création de la société ZB._ Ltd, constituée, comme X._ SA, peu avant l'achat de l'immeuble Y._, mais dont l'existence n'est pas justifiée du point de vue commercial et économique; on ne peut donc exclure que ZB._ Ltd soit une construction établie spécialement afin de transférer des bénéfices pour des raisons fiscales (Archives 61 p. 537 consid. 4). Bien que A._ ait déclaré qu'il ne connaissait que les employés de ZA._ Ltd et n'avait aucun lien avec les deux sociétés étrangères, dont il ignorait qui étaient les ayant-droits économiques, il existe suffisamment d'indices pour reconnaître le caractère insolite de la prestation en argent qui fait soupçonner des liens particuliers entre X._ SA, ZA._ Ltd. et ZB._ Ltd. La preuve directe que le bénéficiaire de cette prestation soit un actionnaire ou une personne proche de X._ SA n'est en effet pas nécessaire (<ref-ruling> consid. 3b p. 436), notamment lorsque, comme en l'espèce, des relations internationales sont en cause et que les liens avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités suisses (cf. supra consid. 3.2). A cet égard, la situation est donc différente de celle jugée récemment par le Tribunal fédéral en la cause AFC c. H. (arrêt 2C_377/2009 du 9 septembre 2009) où, dans le cadre particulier d'un contrat de franchise portant sur des droits immatériels dont la valeur économique a été reconnue, l'Administration fédérale des contributions n'avait pu apporter aucun indice du caractère insolite des prestations en argent fournies par la société suisse, de sorte que celles-ci avaient été considérées comme étant justifiées par l'usage commercial.
3.5 Il s'ensuit que la Commission cantonale de recours a constaté arbitrairement que les documents produits par la société intimée et les témoins entendus devant elle constituaient des preuves suffisantes pour admettre que les honoraires versés à ZB._ Ltd représentaient des charges justifiées par l'usage commercial qui échappaient au bénéfice net imposable, tel que défini aux art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD.
II Impôts communal et cantonal.
La maxime d'office régissant la détermination de la dette fiscale est également applicable aux impôts cantonal et communal (<ref-law>). Quant à la loi fiscale cantonale, elle attribue à la Commission cantonale de recours un pouvoir d'examen illimité en fait et en droit et lui permet d'ordonner d'office toutes les mesures nécessaires dans le cadre de l'instruction (art. 151 bis al. 1 et 2 LF). Le recourant fonde d'ailleurs son recours en matière de droit public concernant les impôts cantonal et communal sur les mêmes motifs que ceux invoqués pour l'impôt fédéral direct. Les principes développés ci-devant pour l'appréciation des preuves destinées à déterminer les charges justifiées par l'usage commercial en matière d'impôt fédéral direct sont dès lors applicables aux impôts cantonal et communal. Il en résulte que la décision de la Commission cantonale de recours doit également être qualifiée d'arbitraire en ce qui concerne les déductions qu'elle a tirées des documents produits par X._ SA et des auditions auxquelles elle a procédé, pour arriver à la conclusion que les honoraires versés à ZB._ Ltd, par 1'913'030 fr., étaient des charges justifiées par l'usage commercial. Cette somme peut dès lors être ajoutée au bénéfice imposable, ainsi que le prévoit l'<ref-law>. Bien qu'elle ne soit pas libellée de la même manière que l'<ref-law>, cette disposition prévoit en effet l'imposition des charges non justifiées par l'usage commercial dans le cadre de l'impôt sur le bénéfice, au même titre que l'<ref-law> (arrêt 2C_162/2008, précité, consid. 6).
4. Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être admis et la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008 annulée, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Dans la mesure où elle refuse d'admettre les honoraires versés à ZB._ Ltd comme charges justifiées par l'usage commercial pour l'année fiscale 2003, la décision sur réclamation de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005 peut ainsi être confirmée pour les deux catégories d'impôts (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263).
Les frais judiciaires seront mis à la charge de la société intimée (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).
Il y a lieu également de renvoyer l'affaire à la Commission de recours en matière fiscale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal. Partant la décision rendue le 17 décembre 2008 par la Commission cantonale de recours en matière fiscale est annulée.
2. La décision sur réclamation de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005 est confirmée.
3. L'affaire est renvoyée à la Commission de recours en matière fiscale pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la société intimée.
5. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au mandataire de l'intimée et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 14 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat