A.- Der 1925 geborene M._ lebt seit 1994 von seiner Ehefrau B._ getrennt. Im Juni 1998 meldete er sich zum Bezug einer Ergänzungsleistung zur Rente der Alters- und Hinterlassenenversicherung an. Die EL-Stelle des Kantons Thurgau ermittelte die anerkannten Ausgaben und anrechenbaren Einnahmen. Gestützt darauf errechnete sie einen Einnahmenüberschuss und wies das Leistungsgesuch mit Verfügung vom 11. September 1998 ab. Auf Grund einer Neuberechnung bestätigte sie mit Verfügung vom 30. November 1998 die Gesuchsabweisung. Der Einnahmenüberschuss ergab sich unter anderem daraus, dass M._ ein hypothetischer, familienrechtlicher Unterhaltsbeitrag in der Höhe des den Existenzbedarf der Ehefrau übersteigenden Einkommens im Betrag von Fr. 3'135.- angerechnet wurde.
B.- Die von M._ dagegen erhobene Beschwerde hiess die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. April 1999 in dem Sinne teilweise gut, als es die Verfügung vom 30. November 1998 aufhob und die Sache an die EL-Stelle zurückwies, damit diese zusätzliche Abklärungen in Bezug auf die anrechenbaren Vermögenswerte vornehme und hernach, unter Nichtanrechnung familienrechtlicher Unterhaltsbeiträge und des reduzierten Zinses, im Sinne der Erwägungen über einen allfälligen Anspruch auf Ergänzungsleistungen neu verfüge.
C.- Das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der vorinstanzliche Rückweisungsentscheid sei insoweit aufzuheben, als damit die Nichtanrechnung familienrechtlicher Unterhaltsbeiträge angeordnet worden sei.
M._ beantragt Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Rekurskommission schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Die EL-Stelle des Kantons Thurgau lässt sich in gutheissendem Sinne vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach der Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts stellt der Rückweisungsentscheid einer kantonalen Rekursinstanz eine im Sinne von Art. 128 in Verbindung mit Art. 97 Abs. 1 OG und <ref-law> mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht anfechtbare Endverfügung dar (<ref-ruling> Erw. 1a, 117 V 241 Erw. 1 mit Hinweisen; RKUV 1999 Nr. U 331 S. 126 Erw. 1). Anfechtbar ist grundsätzlich nur das Dispositiv, nicht aber die Begründung eines Entscheides. Verweist indessen das Dispositiv eines Rückweisungsentscheides ausdrücklich auf die Erwägungen, werden diese zu dessen Bestandteil und haben, soweit sie zum Streitgegenstand gehören, an der formellen Rechtskraft teil. Dementsprechend sind die Motive, auf die das Dispositiv verweist, für die Behörde, an welche die Sache zurückgewiesen wird, bei Nichtanfechtung verbindlich (<ref-ruling> Erw. 1a, 117 V 241 Erw. 2a).
Vorliegend gehört die Frage der Anrechnung von hypothetischen Unterhaltsbeiträgen der getrennt lebenden Ehefrau zum Streitgegenstand. Weil die Rekurskommission in ihrem Entscheid davon ausging, die Anrechnung eines hypothetischen Einkommens unter dem Titel des familienrechtlichen Unterhaltsbeitrages komme nur in Betracht, wenn ein Verzichtstatbestand ausgewiesen sei, wovon erst ausgegangen werden könne, nachdem die EL-Stelle den Versicherten unter Beachtung der Prozessaussichten und der Zumutbarkeit der Prozessführung unter Fristansetzung erfolglos zur Anhebung eines entsprechenden Zivilprozesses aufgefordert habe, ist nach dem Gesagten - entgegen der vom Beschwerdegegner vertretenen Auffassung - auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
2.- In der Schweiz wohnhafte Schweizer Bürger, die eine Altersrente der Alters- und Hinterlassenenversicherung beziehen, haben gemäss Art. 2 Abs. 1 ELG Anspruch auf Ergänzungsleistungen, wenn die von diesem Gesetz anerkannten Ausgaben die anrechenbaren Einnahmen übersteigen. Die jährliche Ergänzungsleistung ent- spricht dem Betrag, um den die anerkannten Ausgaben die anrechenbaren Einnahmen übersteigen (Art. 3a Abs. 1 ELG). Die im Sinne von Art. 2 Abs. 1 ELG anrechenbaren Einnahmen sind nach Massgabe des Art. 3c ELG zu bestimmen. Als Einnahmen anzurechnen sind danach unter anderem Einkünfte und Vermögenswerte, auf die verzichtet worden ist (Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG) sowie familienrechtliche Unterhaltsbeiträge (Art. 3c Abs. 1 lit. h ELG). Über die Berechnung der Ergänzungsleistungen im Falle der Ehetrennung enthält das ELG keine Bestimmung.
Art. 1 Abs. 3 ELV sieht in diesem Zusammenhang vor, dass, solange die Unterhaltspflicht gerichtlich nicht geregelt ist, Einkommen, das den Existenzbedarf des nicht in die Ergänzungsleistungsberechnung einbezogenen Ehegatten übersteigt, voll als familienrechtlicher Unterhaltsbeitrag angerechnet wird. Als getrennt lebend gelten Ehegatten - abgesehen von der gerichtlichen Ehetrennung oder der Hängigkeit einer Scheidungs- oder Trennungsklage - wenn eine tatsächliche Trennung mindestens ein Jahr ohne Unterbruch gedauert hat oder glaubhaft gemacht wird, dass eine tatsächliche Trennung längere Zeit dauern wird (Art. 1 Abs. 4 ELV).
3.- Im Streit liegt einzig die Frage, ob dem Be- schwerdegegner bei der Ergänzungsleistungsberechnung ein den Existenzbedarf der Ehefrau übersteigendes Einkommen von Fr. 3'135.- als familienrechtlicher Unterhaltsbeitrag anzurechnen ist.
a) Die Rekurskommission verneint dies unter anderem mit der Begründung, Art. 1 Abs. 3 ELV sei mit den Grundsätzen nicht vereinbar, wonach der Entscheid über die Unterhaltspflicht und die Höhe der Unterhaltsbeiträge ausschliesslich dem Zivilrichter vorbehalten sei und nicht durch einen Ermessensentscheid der Sozialversicherungsbehörden ersetzt werden könne. Von einem Ergänzungsleistungs- rechtlichen Verzicht auf familienrechtliche Unterhaltsbeiträge und mithin von der Anrechenbarkeit eines hypothetischen Einkommens könne nur dann ausgegangen werden, wenn der entsprechende Prozess gute Erfolgsaussichten habe und eine Prozessführung zumutbar sei. Irgendwelche Gründe, welche eine davon abweichende Behandlung bei getrennt lebenden Ehegatten mit je einem separaten Ergänzungsleistungsanspruch rechtfertigen könnten, seien nicht auszumachen. Abgesehen davon sei das in der Verordnungsbestimmung statuierte Vorgehen auch gar nicht praktikabel, indem sich der hypothetische Unterhaltsbeitrag nach dem Existenzbedarf des nicht in die Ergänzungsleistungsberechnung einbezogenen Ehegatten richte und nicht definiert sei, wie dieser Begriff zu interpretieren und die Berechnung vorzunehmen sei. Art. 1 Abs. 3 ELV sei gesetzwidrig und gehe weit über den Rahmen der dem Bundesrat in Art. 3a Abs. 7 ELG eingeräumten Kompetenz hinaus.
b) Das BSV hält die fragliche Verordnungsbestimmung für gesetzmässig. Es beruft sich dabei auf Art. 3a Abs. 7 lit. a ELG, welcher dem Bundesrat ein weites Ermessen in der Ausgestaltung einräume. Eine entsprechende Regelung sei bereits in der Wegleitung von 1979 enthalten gewesen und habe 1990 Eingang in die ELV gefunden. Bisher habe sich diese Lösung bewährt. Bei faktischer Trennung sei es für die Ehegatten oft einfacher, finanzielle Fragen nicht regeln zu müssen. Solange sie keine Ergänzungsleistungen beanspruchen würden, stehe ihnen dies auch frei. Wenn indessen ein Ehegatte solche Leistungen anbegehren wolle, müssten sich die Ehepartner über die Unterhaltsbeiträge verständigen. Die Verordnungsbestimmung erweise sich als geeignete Massnahme zur Verhinderung von Missbräuchen. Solange es an einer gerichtlichen Festlegung der Unterhaltsbeiträge fehle, sei der Einnahmenüberschuss voll beim anderen Ehegatten anzurechnen. Falls die betroffene Person mit diesem Vorgehen nicht einverstanden sei, könne sie gestützt auf <ref-law> an den Zivilrichter gelangen, dessen Entscheid für die EL-Stelle verbindlich sei.
4.- a) Nach der Rechtsprechung kann das Eidgenössische Versicherungsgericht Verordnungen des Bundesrates grundsätzlich, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, auf ihre Rechtmässigkeit hin überprüfen. Bei (unselbstständigen) Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation stützen, prüft es, ob sie sich in den Grenzen der dem Bundesrat im Gesetz eingeräumten Befugnisse halten. Wird dem Bundesrat durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Spielraum des Ermessens für die Regelung auf Verordnungsebene eingeräumt, muss sich das Gericht auf die Prüfung beschränken, ob die umstrittenen Verordnungsvorschriften offensichtlich aus dem Rahmen der dem Bundesrat im Gesetz delegierten Kompetenzen herausfallen oder aus andern Gründen verfassungs- oder gesetzwidrig sind. Es kann jedoch sein eigenes Ermessen nicht an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen und es hat auch nicht die Zweckmässigkeit zu untersuchen. Die vom Bundesrat verordnete Regelung verstösst allerdings dann gegen <ref-law>, wenn sie sich nicht auf ernsthafte Gründe stützen lässt, wenn sie sinn- oder zwecklos ist oder wenn sie rechtliche Unterscheidungen trifft, für die sich ein vernünftiger Grund nicht finden lässt. Gleiches gilt, wenn die Verordnung es unterlässt, Unterscheidungen zu treffen, die richtigerweise hätten berücksichtigt werden sollen (zu Art. 4 Abs. 1 aBV ergangene Rechtsprechung, welche gemäss <ref-ruling> Erw. 3b unter der Herrschaft der neuen Bundesverfassung weiterhin Geltung beansprucht: <ref-ruling> Erw. 6a, 124 II 245 Erw. 3, 583 Erw. 2a, 124 V 15 Erw. 2a, 194 Erw. 5a, je mit Hinweisen).
b) Das Ergänzungsleistungsgesetz ermächtigt den Bundesrat nicht zum Erlass ergänzender (gesetzesvertretender) Vorschriften über die Anrechnung von Unterhaltsbeiträgen. Damit steht ihm nur das Recht zu, Ausführungsvorschriften zu erlassen. Ausführungs- bzw. Vollzugsverordnungen kommt die Funktion zu, die gesetzlichen Bestimmungen zu konkretisieren und gegebenenfalls untergeordnete Lücken zu füllen, soweit dies für den Vollzug des Gesetzes erforderlich ist. Die Ausführungsbestimmungen müssen sich jedoch an den gesetzlichen Rahmen halten und dürfen insbesondere keine neuen Vorschriften aufstellen, welche die Rechte der Bürger beschränken oder ihnen neue Pflichten auferlegen, selbst wenn diese Regeln mit dem Zweck des Gesetzes vereinbar wären. Vollzugsbestimmungen sind zudem nur in dem Umfang zulässig, als das Gesetz dafür Raum lässt und nicht bewusst auf eine präzisere Regelung der betreffenden Frage verzichtet (<ref-ruling> Erw. 3b, 125 V 273 Erw. 6b).
c) Die Vorinstanz geht - ohne dies näher zu begründen - davon aus, Art. 1 Abs. 3 ELV stütze sich auf Art. 3a Abs. 7 und Art. 3c Abs. 1 lit. h ELG.
Unter der Überschrift "Berechnung und Höhe der jährlichen Ergänzungsleistung" gibt Art. 3a Abs. 7 lit. a ELG dem Bundesrat unter anderem die Kompetenz, die Zusammenrechnung der anerkannten Ausgaben und anrechenbaren Einnahmen von Familiengliedern zu regeln; er kann Ausnahmen von der Zusammenrechnung insbesondere bei Kindern, die einen Anspruch auf eine Kinderrente der AHV oder IV begründen, vorsehen. Die Zusammenrechnung von anrechenbaren Einnahmen und anerkannten Ausgaben beinhaltet zwei verschiedene Schritte. Zuerst ist festzustellen, welche Einnahmen und welche Ausgaben beim Ehegatten, der Ergänzungsleistungen anbegehrt, zu berücksichtigen sind. Was zu den anerkannten Ausgaben und den anrechenbaren Einnahmen zu zählen ist, bestimmen die Art. 3b und 3c ELG. Stehen die Einnahmen und die Ausgaben im konkreten Fall fest, ist in einem zweiten Schritt eine Zusammenrechnung vorzunehmen. So bestimmt Art. 3a Abs. 4 ELG, dass die anerkannten Ausgaben und anrechenbaren Einnahmen von Ehegatten, Personen mit rentenberechtigten oder an der Rente beteiligten Kindern sowie von Waisen, die im gleichen Haushalt leben, zusammenzurechnen sind. Auf Grund von Art. 3a Abs. 7 lit. a ELG ist der Bundesrat ermächtigt, dazu Vorschriften zu erlassen. Von dieser Kompetenz hat er namentlich in den Art. 1b und 1c ELV sowie in Art. 8 bis 10 ELV Gebrauch gemacht.
Art. 1 Abs. 3 ELV regelt dagegen nicht die Zusammenrechnung von Ausgaben und Einnahmen, sondern die Anrechenbarkeit von familienrechtlichen Unterhaltsbeiträgen im Sinne von Art. 3c Abs. 1 lit. h ELG. In dieser Verordnungsbestimmung legt der Bundesrat nämlich fest, in welchem Umfang Einnahmen demjenigen Ehegatten anzurechnen sind, der Ergänzungsleistungen verlangt, indem er Einkommen, das den Existenzbedarf des nicht in die Ergänzungsleistungsberechnung einbezogenen Ehegatten übersteigt, beim Gesuchsteller voll als familienrechtlichen Unterhaltsbeitrag anrechenbar erklärt.
Hinzu kommt, dass getrennt lebende Ehegatten, die - wie hier - je eine eigene Rente der Alters- und Hinterlassenenversicherung haben, einen selbstständigen Anspruch auf Ergänzungsleistungen begründen (Art. 1 Abs. 1 ELV). Ihre Einnahmen und Ausgaben werden gesondert berechnet und es wird für beide je der Betrag für den allgemeinen Lebensbedarf für Alleinstehende angewandt (Erwin Carigiet, Ergänzungsleistungen zur AHV/IV, Supplement 2000, S. 80). Eine Zusammenrechnung von anerkannten Ausgaben und anrechenbaren Einnahmen ist in einem solchen Fall somit naturgemäss ausgeschlossen, weshalb die Anrechnung von Einkünften des nicht in die Ergänzungsleistungsberechnung einbezogenen Ehepartners einzig unter dem Titel der familienrechtlichen Unterhaltsbeiträge gemäss Art. 3c Abs. 1 lit. h ELG erfolgen könnte.
d) Zu prüfen ist daher weiter, ob die gesetzliche Grundlage von Art. 1 Abs. 3 ELV in Art. 3c Abs. 1 lit. h ELG erblickt werden kann. Nach dieser Gesetzesbestimmung sind familienrechtliche Unterhaltsbeiträge als Einnahmen anzurechnen. Dabei sind unter dem Begriff "Unterhaltsbeiträge" die effektiven, auf den Franken genau bestimmten Einnahmen zu verstehen. Dies ergibt sich nicht nur aus dem Wortlaut der Bestimmung, sondern auch aus dem im Ergänzungsleistungsbereich geltenden Grundsatz, wonach bei der Anspruchsberechtigung die tatsächlich vereinnahmten Einkünfte und vorhandenen Vermögenswerte zu berücksichtigen sind (<ref-ruling> Erw. 4a). Soll dagegen beispielsweise ein Pauschalbetrag berücksichtigt werden, muss dies der Gesetzgeber ausdrücklich vorsehen. Von der Regel genau bestimmter Beträge darf der Verordnungsgeber daher nur abweichen, wenn er ausdrücklich dazu ermächtigt wird. Dies ist namentlich bei Art. 16a und 16b ELV der Fall, indem der Gesetzgeber in Art. 3a Abs. 7 lit. g und h ELG bezüglich der Heiz- und Nebenkosten ausnahmsweise von einem Pauschalbetrag ausgeht und die Festsetzung der Höhe der Pauschale der Verordnung überlässt. Art. 1 Abs. 3 ELV, welcher vom Grundsatz der Berücksichtigung der effektiv erzielten Einnahmen bei der Anrechenbarkeit von familienrechtlichen Unterhaltsbeiträgen eines getrennt lebenden Ehegatten abweicht, hält vor dem Gesetz daher nur dann stand, wenn dieses dem Bundesrat ausdrücklich die Ermächtigung erteilt, auf Verordnungsstufe eine entsprechende Regelung zu treffen. Da sich eine solche Delegationsnorm im Ergänzungsleistungsgesetz nicht findet, überschreitet Art. 1 Abs. 3 ELV den vom Gesetz vorgegebenen Rahmen.
Die Anrechnung eines hypothetischen familienrechtlichen Unterhaltsbeitrages erweist sich somit als bundesrechtswidrig, wie die Rekurskommission im Ergebnis zutreffend festgestellt hat.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat dem Beschwer-
degegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen
Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezah-
len.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurs-
kommission des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 15. Januar 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: