Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig ist, ob die Vorinstanz die Rentenaufhebungsverfügung vom 31. August 1999 zu Recht aufgehoben und die Sache an die Verwaltung zurückgewiesen hat, damit diese das Vorbescheidverfahren nach <ref-law> durchführe und über den Leistungsanspruch neu verfüge.
a) Gemäss <ref-law> hat die IV-Stelle dem Versicherten oder seinem Vertreter Gelegenheit zu geben, sich mündlich oder schriftlich zur geplanten Erledigung zu äussern und die Akten seines Falles einzusehen, bevor sie über die Ablehnung eines Leistungsbegehrens oder über den Entzug oder die Herabsetzung einer bisherigen Leistung beschliesst.
Dieses Vorbescheidverfahren bezweckt, - nebst der Entlastung der Verwaltungsrechtspflegeorgane - dem Versicherten den Anspruch auf rechtliches Gehör in dem von der Rechtsprechung umschriebenen Sinne zu gewährleisten (<ref-ruling> Erw. 1c mit Hinweisen).
Das Recht, angehört zu werden, ist formeller Natur.
Die Verletzung des rechtlichen Gehörs führt ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst zur Aufhebung der angefochtenen Verfügung. Nach der Rechtsprechung kann eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs als geheilt gelten, wenn der Betroffene die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Die Heilung eines allfälligen Mangels soll aber die Ausnahme bleiben (<ref-ruling> Erw. 4a mit Hinweisen). Von einer Rückweisung der Sache zur Gewährung des rechtlichen Gehörs kann nach dem Grundsatz der Verfahrensökonomie dann abgesehen werden, wenn dieses Vorgehen zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (gleichlaufenden und der Anhörung gleichgestellten) Interesse des Versicherten an einer möglichst beförderlichen Beurteilung seines Anspruches nicht zu vereinbaren sind (<ref-ruling> Erw. 3d).
b) Mit der streitigen Verfügung vom 31. August 1999 hat die Verwaltung die laufenden Renten wiedererwägungsweise aufgehoben, indem sie die Invalidität auf Grund eines Einkommensvergleichs anstelle des zuvor durchgeführten Betätigungsvergleichs bemass und den Invaliditätsgrad neu auf 24,5 % (statt 97 %) festsetzte. Dass die Verwaltung die laufende Rente - teilweise gestützt auf neue Aktenstücke, von welchen der Versicherte keine Kenntnis hatte - aufgehoben hat, ohne das in <ref-law> zwingend vorgeschriebene Anhörungsverfahren durchzuführen, stellt eine schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs dar, welche einer Heilung grundsätzlich nicht zugänglich ist. Nach der Rechtsprechung kann die Verletzung der Anhörungspflicht schon dann schwerwiegend sein, wenn ein nach Erlass des Vorbescheids ergangenes Begehren um Aktenedition oder eine Stellungnahme zum Vorbescheid unberücksichtigt geblieben ist, indem auf die vorgebrachten Einwendungen nicht eingegangen wurde (<ref-ruling> Erw. 2). Umso schwerwiegender ist es, wenn - wie im vorliegenden Fall - überhaupt kein Vorbescheidverfahren durchgeführt und ohne Gewährung des rechtlichen Gehörs eine rentenaufhebende Verfügung erlassen wird. Weil der Beschwerdegegner auf die Durchführung eines formell korrekten Verfahrens nicht verzichten will, hat die Vorinstanz die angefochtene Verfügung zu Recht aufgehoben und die Sache zur Gewährung des rechtlichen Gehörs und zu neuem Entscheid an die Verwaltung zurückgewiesen.
2.- An diesem Ergebnis vermögen die Vorbringen der beschwerdeführenden IV-Stelle nichts zu ändern.
a) Fehl geht zunächst der Einwand, die Vorinstanz sei auf Grund der pendente lite erlassenen Verfügung vom 31. August 1999 und in Nachachtung des Untersuchungsgrundsatzes, der ihr zustehenden umfassenden Kognition und des Grundsatzes der Rechtsanwendung von Amtes wegen verpflichtet gewesen, auch über den Invaliditätsgrad zu entscheiden.
Anfechtungsgegenstand im ersten kantonalen Beschwerdeverfahren bildeten die Verfügungen vom 3. und 4. Dezember 1998, mit welchen die IV-Stelle dem Beschwerdegegner - abweichend vom Vorbescheid vom 15. Mai 1998 - eine ganze einfache IV-Rente mit zwei Kinderrenten zugesprochen und die bereits ausgerichteten Zusatzrenten für die Ehefrau zurückgefordert hat. Streitgegenstand bildete allein der Anspruch auf Zusatzrente für die Ehefrau. Mit der neuen Verfügung vom 31. August 1999 ist die Verwaltung pendente lite auf die Rentenverfügung vom 4. Dezember 1998 zurückgekommen, indem sie den Rentenanspruch mangels einer anspruchsbegründenden Invalidität wiedererwägungsweise verneint hat. Die neue Verfügung hält sich zwar im Rahmen des Anfechtungsgegenstandes, nicht aber in demjenigen des Streitgegenstandes des Beschwerdeverfahrens (vgl. hiezu <ref-ruling> ff.).
Eine pendente lite erlassene Verfügung kann aber nicht dazu dienen, den Prozessgegenstand über den Streit- und allenfalls auch den Anfechtungsgegenstand hinaus auszudehnen.
Auf Grund des Devolutiveffektes der Beschwerde obliegt es allein dem Richter zu entscheiden, ob die Voraussetzungen für eine Ausdehnung des Prozesses gegeben sind (<ref-ruling> Erw. 2a mit Hinweisen). Nicht zum Streitgegenstand gehörende Fragen prüft der Richter nur, wenn die nicht beanstandeten Punkte in engem Sachzusammenhang mit dem Streitgegenstand stehen (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen).
Ein solcher Zusammenhang besteht beispielsweise in Bezug auf die einzelnen Faktoren der Rentenfestsetzung (Invaliditätsgrad, Rentenberechnung, Rentenbeginn), weil es sich dabei nur um Teilaspekte des verfügungsweise festgelegten Rechtsverhältnisses handelt (<ref-ruling> Erw. 2b mit Hinweisen).
Ob ein die Ausdehnung des Verfahrens rechtfertigender enger Sachzusammenhang auch zwischen dem Anspruch auf Zusatzrente für die Ehefrau und der Invaliditätsbemessung (Festsetzung des Invaliditätsgrades) besteht, ist fraglich, kann jedoch offen bleiben. Es genügt festzustellen, dass die Vorinstanz es unter Berücksichtigung der materiellen und formellen Rechtslage stillschweigend abgelehnt hat, den Prozessgegenstand im Sinne der von der Verwaltung erlassenen Verfügung auszudehnen. Zu etwas anderem war sie auch im Lichte der von der Beschwerdeführerin angerufenen Verfahrensgrundsätze nicht verpflichtet. Bei der Ausdehnung des Verfahrens handelt es sich um eine Befugnis und nicht um eine Pflicht des Sozialversicherungsrichters.
Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat daher auch nicht zu prüfen, ob eine solche Ausdehnung zu Recht oder zu Unrecht unterlassen wurde (nicht veröffentlichte Urteile K.
vom 18. Februar 2000, H 101/99, und H. vom 25. Juli 1996, C 84/96).
b) Weil es sich bei der Verfügung vom 31. August 1999 nach dem Gesagten um eine der Anhörungspflicht nach <ref-law> unterliegende selbstständige Wiedererwägungsverfügung und nicht um eine pendente lite-Verfügung im Sinne von <ref-law> handelt, geht die von der IV-Stelle an der Rechtsprechung zu dieser Bestimmung erhobene Kritik an der Sache vorbei, weshalb hierauf nicht näher einzugehen ist. Immerhin rechtfertigen sich folgende Feststellungen:
Dem Einwand der IV-Stelle, wonach die Verwaltung nach <ref-law> befugt sei, eine Verfügung vor Einreichung der Vernehmlassung vollumfänglich durch eine neue Verfügung zu ersetzen, und wonach Abs. 3 nur anwendbar sei, wenn die neue Verfügung die ursprüngliche nicht voll aufhebe, ist entgegenzuhalten, dass nach dem Wortlaut von <ref-law> das Beschwerdeverfahren fortzusetzen ist, soweit die Beschwerde durch die neue Verfügung der Verwaltung nicht gegenstandslos geworden ist. Gegenstandslos wird die Beschwerde aber nur, wenn die neue Verfügung den Anträgen des Beschwerdeführers voll entspricht. Ist dies nicht oder nur teilweise der Fall, gelangt <ref-law> zur Anwendung und ist die pendente lite ergangene Verfügung praxisgemäss als nichtig zu betrachten.
Massgebend hiefür ist zum einen, dass die Verwaltung zufolge des Devolutiveffekts der Beschwerde gar keine Verfügungsgewalt mehr hat, d.h. funktionell nicht mehr zuständig ist, was mit <ref-law> nur insoweit eingeschränkt wird, als die Wirkung des Devolutiveffektes bis zur Einreichung der vorinstanzlichen Vernehmlassung hinausgeschoben wird. Zum andern geht es um die Wahrung des Gehörsanspruches, welcher voraussetzt, dass der Betroffene vorgängig einer seinen Begehren nicht voll entsprechenden oder ihn schlechter stellenden Verfügung angehört wird (<ref-law>).
Entgegen den Ausführungen der IV-Stelle lässt sich aus der bisherigen Rechtsprechung nichts Gegenteiliges ableiten.
Wenn das Eidgenössische Versicherungsgericht in <ref-ruling> f. festgestellt hat, die Verwaltung könne während der Rechtsmittelfrist auf eine Verfügung zurückkommen, ohne an die für die Wiedererwägung geltenden Voraussetzungen gebunden zu sein, so bezog sich dies auf unangefochten gebliebene Verfügungen. Es folgt hieraus nicht, dass bei pendente lite-Verfügungen eine Gehörsverletzung in Kauf zu nehmen ist, zumal das Vorbescheidverfahren von <ref-law> erst am 1. Juli 1987 in Kraft getreten ist (Verordnungsänderung vom 21. Januar 1987, AS 1987 456). Nicht gefolgt werden kann der IV-Stelle auch, soweit sie geltend macht, im Gegensatz zum unveröffentlichten Urteil B. vom 17. November 1998 (I 337/98) habe das Eidgenössische Versicherungsgericht im ebenfalls unveröffentlichten Urteil St.
vom 1. Dezember 1999 (I 633/98) festgestellt, dass die Verwaltung auch bei Verletzung des rechtlichen Gehörs im Vorbescheidverfahren befugt sei, die angefochtene Verfügung pendente lite zu widerrufen. Festgestellt wurde lediglich, dass die Verwaltung in sinngemässer Anwendung von <ref-law> befugt gewesen wäre, die Verfügung im Rahmen des Vorbescheidverfahrens in Wiedererwägung zu ziehen. Weil es um eine neue Verfügung im Rahmen des Vorbescheidverfahrens und nicht um eine Verfügung pendente lite ging, waren die aus dem Devolutiveffekt resultierenden Einschränkungen des Widerrufsrechts nicht anwendbar. Gegenstand des Verfahrens bildete zudem nur die Frage nach der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde, nachdem das kantonale Gericht eine Rentenrevisionsverfügung wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs zur Durchführung eines formell richtigen Verfahrens an die Verwaltung zurückgewiesen hatte. Der Entscheid steht folglich nicht im Widerspruch zum Urteil B. vom 17. November 1998, mit welchem das Eidgenössische Versicherungsgericht erneut bestätigt hat, dass einer pendente lite erlassenen Verfügung, die eine Schlechterstellung (reformatio in peius) des Versicherten bedeutet, lediglich der Charakter eines Antrages an den Richter zukommt und eine entsprechende Verfügung als nichtig zu betrachten ist.
Schliesslich vermögen die von der IV-Stelle geltend gemachten Interessen der Verwaltung an einer raschen Korrektur offensichtlich unrichtiger Verfügungen nichts zu ändern. Die Unzulässigkeit belastender Verfügungen pendente lite kann zwar dazu führen, dass zu Unrecht zugesprochene Leistungen während der Dauer des Beschwerdeverfahrens weiter auszurichten sind und im Hinblick auf <ref-law> nachträglich möglicherweise nicht mehr zurückgefordert werden können. Dieses Risiko trägt die Verwaltung jedoch bei jeder Rentenherabsetzungs- oder -aufhebungsverfügung, soweit nicht die Voraussetzungen für einen Entzug der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) gegeben sind. Im Rahmen einer Interessenabwägung kann sodann nicht unbeachtet bleiben, dass die geltend gemachte Unrichtigkeit der Verfügung in der Regel auf einem groben Fehler der Verwaltung beruht (vgl. <ref-ruling>).
3.- Mit Zwischenentscheid vom 15. November 1999 hat die Vorinstanz das Begehren um Wiederherstellung der von der Verwaltung entzogenen aufschiebenden Wirkung der Beschwerde gegen die Verfügung vom 31. August 1999 abgewiesen.
Der Betroffene hat hiegegen keine Beschwerde erhoben.
Erst mit der Vernehmlassung zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde der IV-Stelle sucht er erneut um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde nach. Weil er weder gegen den vorinstanzlichen Zwischenentscheid Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben hat noch im Hauptverfahren selber Beschwerde führt und das Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren das Institut der Anschlussbeschwerde nicht kennt (<ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweis), kann auf das Begehren nicht eingetreten werden. Es bleibt damit bei dem von der Verwaltung verfügten Entzug der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde, welcher bis zum Erlass der neuen Verfügung Geltung hat.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
III. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen hat dem Beschwerdegegner
für das Verfahren vor dem Eidgenössischen
Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 2000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 7. August 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: