Sachverhalt:
A. Mit Einspracheentscheid vom 1. Oktober 2008 bestätigte die CSS Kranken-Versicherung AG ihre Verfügung vom 29. Mai 2008, mit welcher sie das Gesuch des M._ um Kostengutsprache für das Medikament Bondronat in Höhe von Fr. 6021.95 abgelehnt hatte.
B. Auf die hiegegen eingereichte Beschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 16. März 2009 nicht ein, weil sie am 7. November 2008 verspätet eingereicht worden sei.
C. M._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt sinngemäss, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei dem Fristwiederherstellungsgesuch stattzugeben und das kantonale Gericht zu verpflichten, auf die Beschwerde einzutreten.

Erwägungen:
1. Anfechtungsobjekt ist der Entscheid des kantonalen Gerichts vom 16. März 2009, mit welchem auf die Beschwerde nicht eingetreten worden ist. Es handelt sich dabei um einen das vorinstanzliche Verfahren abschliessenden Endentscheid im Sinne von <ref-law>, gegen welchen die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen steht (<ref-ruling> E. 1.1 S. 76).
2. 2.1 Krankheit kann ein unverschuldetes, zur Wiederherstellung einer Frist führendes Hindernis sein, doch muss die Erkrankung derart sein, dass die rechtsuchende Person oder ihre Vertretung durch sie davon abgehalten wird, selber innert Frist zu handeln oder doch eine Drittperson mit der Vornahme der Handlung zu beauftragen (Urteil 2C_401/2007 vom 21. Januar 2008 E. 3.3). Voraussetzung ist, dass die körperliche, geistige oder psychische Beeinträchtigung jegliches auf die Fristwahrung gerichtetes Handeln wie etwa den Beizug eines (Ersatz-)Vertreters verunmöglichte (Urteil P 47/06 vom 4. Dezember 2006 E. 5.2 mit Hinweisen).
2.2 Die Erkrankung hört auf, ein unverschuldetes Hindernis im Sinne von <ref-law> zu sein, sobald es für den Betroffenen objektiv und subjektiv zumutbar wird, die Rechtshandlung selber vorzunehmen oder die als notwendig erkennbare Interessenwahrung an einen Dritten zu übertragen (<ref-ruling> E. 2a S. 87 mit Hinweisen; <ref-ruling>).
2.3 Eine Wiederherstellung zugelassen wurde etwa bei einem an einer schweren Lungenentzündung erkrankten und hospitalisierten Versicherten oder bei einer Person, die wegen schwerer nachoperativer Blutungen massive zerebrale Veränderungen aufwies, intellektuell stark beeinträchtigt und daher während der gesamten Rechtsmittelfrist weder fähig war, selber Beschwerde zu erheben, noch sich bewusst werden konnte, dass sie jemanden mit der Interessenwahrung hätte betrauen sollen (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 255 f. mit Hinweisen; in HAVE 2007 S. 317 zusammengefasstes Urteil C 272/03 vom 9. Juli 2004 E. 2.2).
2.4 Nicht gewährt wurde die Wiederherstellung dagegen in Fällen eines immobilisierten rechten Armes und einer schweren Grippe, wo keine objektiven belegten Anhaltspunkte dafür bestanden, dass der Rechtsuchende nicht im Stande gewesen wäre, trotz der Behinderung fristgerecht zu handeln oder nötigenfalls einen Vertreter mit der Interessenwahrung zu betrauen (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 256 mit Hinweisen; Urteil 2C_401/2007 vom 21. Januar 2008 E. 3.3).
2.5 Bedeutsam für die Frage, ob Krankheit im Sinne eines unverschuldeten Hindernisses die Partei von eigenem fristgerechten Handeln oder der Beauftragung eines Dritten abgehalten hat, ist vor allem die letzte Zeit der Rechtsmittelfrist, weil die gesetzliche Regelung jedermann dazu berechtigt, die notwendige Rechtsschrift erst gegen das Ende der Frist auszuarbeiten und einzureichen. Erkrankt die Partei eine gewisse Zeit vor Fristablauf, so ist es ihr in aller Regel möglich und zumutbar, ihre Interessen selber zu verteidigen oder die Dienste eines Dritten in Anspruch zu nehmen; erkrankt die Partei dagegen ernsthaft gegen das Ende der Frist, so wird sie im Allgemeinen nicht in der Lage sein, selber zu handeln oder einen Dritten zu beauftragen, weshalb in solchen Fällen die Wiederherstellung zu gewähren ist (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 256 in fine mit Hinweis).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat den Entscheid damit begründet, angesichts des Umstandes, dass der Beschwerdeführer am 5. November 2008 in der Lage gewesen sei, selber eine rechtsgenügliche Beschwerde zu verfassen, sei davon auszugehen, er sei aufgrund seiner Erkrankung nicht derart stark beeinträchtigt gewesen, dass er sich nicht bewusst werden konnte, jemanden mit der Interessenwahrung betrauen zu müssen (E 3.2 Abs. 2). Es sei ihm somit trotz des reduzierten Gesundheitszustandes möglich und zumutbar gewesen, am 5. oder 6. November 2008 (= letzter Tag der Frist) eine Hilfsperson (Kurier- oder Taxidienst oder bekannte Person) mit der rechtzeitigen Postaufgabe zu betrauen.
3.2 Was der Beschwerdeführer vorbringt, rechtfertigt wie bereits vorinstanzlich erwogen nach der Rechtsprechung nicht die Annahme eines unverschuldetes Hindernisses im Sinne des <ref-law>: Trotz der Entfernung von einem Kilometer bis zum nächsten Nachbarn oder 25 Kilometern zum Postamt wäre es ihm bereits am 6. November 2008 und nicht erst am Folgetag objektiv und subjektiv möglich und zumutbar gewesen, den Weg anzutreten oder einen Dritten damit zu beauftragen.
3.3 Es war auch nicht so, dass er erst gegen Ende der Frist ernsthaft erkrankte und so allenfalls aufgrund der konkreten Umstände die Wiederherstellung der Frist zu gewähren wäre. Mangels Vorliegens der formellen Voraussetzungen ist das kantonale Gericht darum auf die Beschwerde zu Recht nicht eingetreten.
4. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Juni 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz