Sachverhalt:
A. A.a Die P._ in Liquidation (Beschwerdegegnerin) führte als Aktiengesellschaft eine Bank in M._. Sie schloss am 19. Dezember 1994 mit der Bank Q._ einen "Rahmenvertrag für eine Kooperation" ab, gemäss welchem die Bank Q._ der Beschwerdegegnerin gewisse Dienstleistungen (insbesondere in den Bereichen Interbank und Informatik, Devisen- und Börsenhandel) sowie eine Kreditlimite zur Sicherstellung der Liquidität zur Verfügung stellte.
Die O._ AG (Beschwerdeführerin) war sowohl obligationenrechtliche als auch bankengesetzliche Revisionsstelle der Beschwerdegegnerin und führte das interne Inspektorat. Mit Wirkung ab 1. Januar 1995 übernahm die Bank Q._ von der Beschwerdeführerin die Funktionen des internen Inspektorats und der bankengesetzlichen Revisionsstelle. Als obligationenrechtliche Revisionsstelle war die Beschwerdeführerin bis 22. Mai 1996 im Handelsregister eingetragen. Die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) stimmte der Übertragung des bankengesetzlichen Revisionsmandats von der Beschwerdeführerin auf das Zentralinspektorat der Bank Q._, rückwirkend per 1. Januar 1995, am 10. Januar 1996 zu.
Seit 8. Januar 1991 ist A._ Delegierter des Verwaltungsrats bzw. Verwaltungsratspräsident mit Einzelzeichnungsberechtigung der Beschwerdeführerin, an der er mit 98 % die Aktienmehrheit hält. B._ war ab dem gleichen Zeitpunkt bis 1997 als Direktor mit Kollektivunterschrift zu zweien eingetragen.
A.b Die Beschwerdegegnerin war hauptsächlich im Hypothekargeschäft tätig, gewährte aber auch andere Darlehen an ihre Kunden. Zu einem ihrer wichtigsten Kunden in den letzten Jahren ihres Bankbetriebs zählte der inzwischen verstorbene C._ mit den von ihm wirtschaftlich beherrschten Gesellschaften ("C._-Gruppe"). C._ war der Adoptivsohn von D._, der seit dem Jahr 1980 Verwaltungsrat und seit 1. März 1986 bis zu seinem Ausscheiden aus dem Verwaltungsrat am 4. März 1995 Präsident des Verwaltungsrats der Beschwerdegegnerin war.
In einem Bericht der Zeitschrift "Bilanz" im Oktober 1995 wurde unter anderem auf die persönlichen und wirtschaftlichen Beziehungen zwischen dem Präsidenten des Verwaltungsrats der Beschwerdegegnerin, dem Treuhänder A._, der die bankengesetzliche Revisionsstelle der Beschwerdegegnerin kontrolliert, und der Beschwerdegegnerin hingewiesen. Dies veranlasste die Z._ Kommission, von den Organen der Beschwerdegegnerin Auskunft über sämtliche Geschäftsbeziehungen mit den im Bericht genannten Personen zu verlangen. In der Folge hielt die Z._ Kommission mit Schreiben vom 23. Oktober 1995 fest, dass aufgrund der problematischen Verflechtungen die Unabhängigkeit der Beschwerdeführerin als bankengesetzliche Revisionsstelle in Frage gestellt sei. Die fehlende Unabhängigkeit ergebe sich auch deshalb, weil laut dem Medienbericht A._ als Treuhänder von C._ amte.
A.c Ein Bericht des internen Inspektorats der Bank Q._ vom 14. Dezember 1995 hat darauf hingewiesen, dass das "C._-Engagement" in jedem Fall über der zulässigen Limite von 20 % der Eigenmittel der Beschwerdegegnerin liege. Da entsprechend den Berichten des Inspektorats die Bank Q._ die Kreditrisiken nicht hätten reduziert werden können, das Engagement der C._-Gruppe 115 % der eigenen Mittel der Beschwerdegegnerin betragen habe und sowohl die Bank Q._ als auch eine weitere Bank nach einer im Juni 1996 durchgeführten Due Diligence-Prüfung eine Übernahme der Beschwerdegegnerin abgelehnt habe, entzog die Z._ Kommission der Beschwerdegegnerin mit Verfügung vom 10. Juli 1996 die Bewilligung zur Geschäftstätigkeit. Der Beschwerdegegnerin wurde mitgeteilt, dass die Verfügung nicht veröffentlicht werde, falls die Bank Q._ am 13. Juli 1996 der Übernahme des Bankgeschäfts der Beschwerdegegnerin zustimme.
Letzteres war der Fall. Im Übernahmevertrag wurde festgehalten, dass die Beschwerdegegnerin möglicherweise nach Bewertung der Aktiven und Passiven per 30. Juni 1996 überschuldet sei. Die Bank Q._ verpflichtete sich, das Bankgeschäft spätestens bis 31. Dezember 1996 zum Nulltarif zu übernehmen; die Übernahme des Bankgeschäfts mit Aktiven und Passiven erfolgte schliesslich per 27. September 1996. Die Bank Q._ erklärte sich in Ziffer 4.2 des Geschäftsübernahmevertrags zu einer angemessenen Ausgleichsleistung an die Beschwerdegegnerin bereit, sofern sich bis zum 30. Juni 1997 aufgrund aktueller Bewertung durch einen unabhängigen Experten herausstellen sollte, dass das "Aktienkapital ... werthaltig" sei. Die Parteien verlängerten in der Folge die Frist zur abschliessenden Bewertung für die Positionen der C._-Gruppe bis 30. Dezember 1997. In der Jahresrechnung 1996 der Beschwerdegegnerin wurde unter Berücksichtigung des Rückstellungsbedarfs, der Wertberichtigungen und Verluste ein Jahresverlust von Fr. 19'861'896.45 und in der Bilanz per 31. Dezember 1996 ein Bilanzverlust von Fr. 19'850'000.-- ausgewiesen.
B. B.a Die Beschwerdegegnerin klagte beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen gegen die Beschwerdeführerin, den früheren Geschäftsführer der Beschwerdegegnerin sowie gegen eine Reihe früherer Verwaltungsräte auf Zahlung von Fr. 10 Mio. (unter solidarischer Haftbarkeit) nebst Zins zu 5 % seit dem 2. November 2000.
Während des Verfahrens vor Handelsgericht kam es zu Vergleichsabschlüssen zwischen der Beschwerdegegnerin und den eingeklagten Verwaltungsräten (mit Ausnahme des früheren Verwaltungsratspräsidenten Stricker). Der vor Handelsgericht gegenüber den verbliebenen Beklagten geltend gemachte Betrag reduzierte sich damit auf Fr. 7'475'000.-- nebst Zins.
Nach Durchführung eines Beweisverfahrens verpflichtete das Handelsgericht die Beschwerdeführerin mit Urteil vom 15. November 2007, der Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftbarkeit mit den beiden übrigen Beklagten (dem ehemaligen Direktor E._ sowie dem Verwaltungsratspräsidenten D._) den Betrag von Fr. 6'969'900.-- nebst Zins zu 5 % seit 2. November 2000 zu bezahlen. Im Innenverhältnis zwischen den verbliebenen Beklagten wurde der Haftungsbetrag für die Beschwerdeführerin auf Fr. 2'242'500.-- festgesetzt.
B.b Das Handelsgericht bejahte das Vorliegen von Pflichtverletzungen seitens der Beschwerdeführerin. Sie habe bestehende Risiken, insbesondere Klumpenrisiken, nicht beanstandet und entsprechende Wertberichtigungen nicht beantragt. Es sei davon auszugehen, dass der Verwaltungsrat, wären diese Beanstandungen seit 1990 mit dem notwendigen Nachdruck erfolgt, die erforderlichen Massnahmen eingeleitet hätte.
Zum Schaden hielt das Handelsgericht fest, dass als Stichtag jener Zeitpunkt massgebend sei, zu welchem die Bank Q._ den Bankbetrieb der Beschwerdegegnerin zum Nulltarif übernommen hatte (2. Hälfte 1996). Im Übernahmevertrag vorbehaltene Veränderungen der auf die Bank Q._ übertragenen Aktiven und Passiven seit dem 30. Juni 1997 bzw. in Bezug auf die C._-Gruppe seit dem 31. Dezember 1997 seien für das Vermögen der Beschwerdegegnerin ohne Belang gewesen. Die nach dem Stichtag erfolgte Rückführung des Engagements der C._-Gruppe habe ausschliesslich Auswirkungen auf den Vermögensstand der Bank Q._ gehabt. Die von den Beklagten erhobenen Einwände, der natürliche und adäquate Kausalzusammenhang zwischen ihrem vom Handelsgericht als pflichtwidrig beurteilten Verhalten und dem Schaden sei durch ein grobes Selbstverschulden der neuen Organe der Beschwerdegegnerin oder durch ein grobes Drittverschulden seitens der Z._ Kommission unterbrochen worden, erachtete das Handelsgericht als nicht nachgewiesen bzw. nicht stichhaltig.
Zur Schadensberechnung holte das Handelsgericht ein Gutachten ein. Das Gericht hielt fest, dass insgesamt auf die einlässlich begründeten und nachvollziehbaren Ausführungen des Gutachters F._ abzustellen sei, wonach der Unternehmenswert bei ordentlicher Geschäftsführung per 30. Juni 1996 Fr. 23'233'000.-- betragen hätte. Der Unternehmenswert der übernommenen Substanz der Beschwerdegegnerin per 30. Juni bzw. in Bezug auf die C._-Gruppe per 31. Dezember 1997 habe null betragen, wobei ein Negativsaldo von rund Fr. 15 Mio. bestanden habe, mithin die Passiven die Aktiven beträchtlich überstiegen hätten. Der Umstand, dass die Organe der Beschwerdegegnerin auf die Erstellung einer aktuellen Bewertung durch einen unabhängigen Gutachter per 30. Juni bzw. 31. Dezember 1997 gemäss Ziffer 4.2 des Geschäftsübernahmevertrags verzichtet hätten, sei daher für die Höhe des Schadens nicht von Bedeutung. Dieser bestehe in der Differenz des Unternehmenswerts bei ordentlicher Geschäftsführung per 30. Juni 1996 von Fr. 23'233'000.-- und dem Wert der Übernahme des Bankbetriebs zum Preis Null.
Zum Verschulden hielt das Handelsgericht fest, dass neben B._ auch A._ für die Tätigkeit der Beschwerdeführerin als bankengesetzliche Revisionsstelle und für die Richtigkeit der Revisionsberichte verantwortlich gewesen sei. Massgebend sei somit das Verschulden beider genannten Personen. Da die Beschwerdeführerin aufgrund eines Mandatsverhältnisses tätig gewesen sei, hafte sie gemäss <ref-law>, ohne dass ihr ein Verschulden nachgewiesen werden müsse. Den Exkulpationsbeweis habe sie nicht erbracht, vielmehr sei von einem Verschulden der Beschwerdeführerin auszugehen. Ihr komme eine erhebliche Verantwortung zu, indem sie Funktionen der obligationenrechtlichen und bankengesetzlichen Revisionsstelle sowie des internen Inspektorats gleichzeitig ausgeübt und zusätzlich in der Person von A._ an Verwaltungsratssitzungen der Beschwerdegegnerin teilgenommen und bei einzelnen Krediten Verhandlungen geführt habe. Indem sie es über Jahre unterlassen habe, notwendige Massnahmen einzuleiten und die Plafondüberschreitungen wirksam zu rügen, sei von einem schweren Verschulden auszugehen. Nicht von Bedeutung sei der Umstand, dass die Beschwerdeführerin Ende 1995 als Revisionsstelle zurückgetreten sei. Zu jenem Zeitpunkt sei der Schaden bereits entstanden bzw. definitiv vorhanden gewesen. Zu Gunsten der Beschwerdeführerin berücksichtigte das Handelsgericht, dass ihr die Geschäfte mit der R._ AG verschuldensmässig nicht anzurechnen seien, da weder ein Schaden noch eine Verantwortung der Beschwerdeführerin für diese Gesellschaft nachzuweisen sei.
C. Den Entscheid des Handelsgerichts vom 15. November 2007 focht die Beschwerdeführerin gleichzeitig mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht des Kantons St. Gallen und mit Beschwerde in Zivilsachen beim Bundesgericht an.
Das bundesgerichtliche Verfahren wurde mit Verfügung vom 7. Februar 2008 bis zum Entscheid des Kassationsgerichts sistiert.
Mit Urteil vom 18. November 2008 wies das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen die Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit darauf eingetreten werden konnte, mit Ausnahme der Berichtigung des Kostenentscheids (Dispositiv-Ziffer 5 des handelsgerichtlichen Entscheids) aufgrund eines offensichtlichen Versehens.
D. Mit Eingabe vom 10. März 2009 reichte die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht eine ergänzte Beschwerdeschrift ein. Sie beantragt, die Entscheide des Handelsgerichts vom 15. November 2007 sowie des Kassationsgerichts des Kantons St. Gallen vom 18. November 2008 seien aufzuheben und es sei die Klage vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanzen zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Antwort auf Abweisung der Beschwerde. Sie beantragt zudem, es sei davon Kenntnis zu nehmen, dass sie mit E._ am 8. Juni 2009 einen Vergleich über Fr. 350'000.-- abgeschlossen habe. Im Übrigen seien die beiden angefochtenen Entscheide zu bestätigen.
Zur Antwort der Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin in einer weiteren Eingabe Stellung bezogen. Die Beschwerdegegnerin hat sich ihrerseits zur dieser Stellungnahme vernehmen lassen.
Die Vorinstanzen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
E. Mit Verfügung vom 9. April 2009 hat das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem Entscheid in der Sache wird das Wiedererwägungsgesuch der Beschwerdeführerin hinsichtlich der vom Bundesgericht verweigerten aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
1.2 Neu und damit für das Beschwerdeverfahren unbeachtlich ist das Vorbringen der Beschwerdegegnerin, es sei davon Kenntnis zu nehmen, dass sie mit E._ am 8. Juni 2009 einen Vergleich über Fr. 350'000.-- abgeschlossen habe (<ref-law>).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin hat sowohl den Entscheid des Handelsgerichts vom 15. November 2007 als auch das Urteil des Kassationsgerichts vom 18. November 2008 beim Bundesgericht angefochten. Dies ist grundsätzlich zulässig und die Beschwerdefrist ist auch bezüglich des handelsgerichtlichen Entscheids gewahrt (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin war innert der Frist nach dieser Bestimmung berechtigt, die gegen den Entscheid des Handelsgerichts bereits sicherheitshalber eingelegte Beschwerde in Zivilsachen zu ergänzen. Die Ergänzung der Beschwerde erfolgte in Form einer insgesamt neuen Eingabe, in welche die Ergänzungen eingearbeitet sind. Entsprechend ist auf die ergänzte Beschwerdeschrift vom 10. März 2009 abzustellen.
2.2 Damit ein kantonaler Entscheid mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden kann, muss der Instanzenzug im Kanton erschöpft sein (<ref-law>). Für Rügen, die mit der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden können, darf kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stehen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527). Auf Rügen, die mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde einer weiteren kantonalen Instanz hätten vorgetragen werden können, ist mangels Letztinstanzlichkeit nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin kann das Urteil des Handelsgerichts somit nur insoweit anfechten, als im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen zulässige Rügen dem Kassationsgericht nicht unterbreitet werden konnten (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 93). Die Beschwerdeführerin wirft dem Handelsgericht jedoch verschiedentlich eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) bzw. allgemeiner Verfahrensgarantien vor, ohne dass die Ausschöpfung des Instanzenzugs ersichtlich wäre, so etwa unter dem Titel "Das angefochtene Urteil des Handelsgerichts St. Gallen", im Zusammenhang mit den Krediten an die S._ AG, hinsichtlich des Zeitpunkts des Schadenseintritts oder der Berechnungsbasis der gerichtlichen Expertise. Für diese von der Beschwerdeführerin mit Beschwerde in Zivilsachen erhobenen Rügen stand nach Art. 239 Abs. 1 des Zivilprozessgesetzes des Kantons St. Gallen vom 20. Dezember 1990 (ZPO/SG; sGS 961.2) die Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht offen. Darauf ist nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin wirft dem Handelsgericht überdies verschiedentlich eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte vor, obwohl das Kassationsgericht auf die entsprechenden Rügen mangels Substantiierung nicht eingetreten ist. So ist das Kassationsgericht unter anderem auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach durch die Nichtzulassung verschiedener Ergänzungsfragen an den Gutachter der Gehörsanspruch gemäss Art. 55 Abs. 1 und 2 ZPO/SG sowie ihr Recht auf Mitwirkung an den Beweiserhebungen gemäss <ref-law>/SG mehrfach verletzt worden sei, mangels hinreichend substantiierter Rügen grösstenteils nicht eingetreten. Es geht im Hinblick auf das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit (<ref-law>) nicht an, wenn die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht dieselben Rügen gegen den handelsgerichtlichen Entscheid nochmals unterbreitet; vielmehr hätte sie sich zunächst gegen den Nichteintretensentscheid des Kassationsgericht wenden müssen. Darauf kann nicht eingetreten werden. Entsprechendes gilt für die zahlreich erhobenen Rügen der Aktenwidrigkeit bzw. der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung, auf die das Kassationsgericht nicht eingetreten ist.
3. 3.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Macht der Beschwerdeführer beispielsweise eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352; <ref-ruling> E. 5.5 S. 5; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749). Ferner hat die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf kantonale Akten ist unzulässig (<ref-ruling> E. 1d S. 201; <ref-ruling> E. 2 S. 93 f.; <ref-ruling> E. I.1 S. 78).
Zu beachten ist bei der gleichzeitigen Anfechtung von Entscheiden eines oberen kantonalen Gerichts sowie einer weiteren Gerichtsinstanz mit beschränkter Kognition, dass aus der Beschwerdeschrift klar hervorgehen muss, gegen welchen Entscheid sich die jeweilige Rüge richtet. <ref-law> beschlägt lediglich den Fristbeginn für den Weiterzug an das Bundesgericht, erlaubt jedoch keine Vermengung von Rügen gegen zwei verschiedene Entscheide.
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
3.3 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht.
3.3.1 Zunächst vermengt die Beschwerdeführerin wiederholt ihre Rügen gegen die beiden angefochtenen Entscheide. Entsprechend geht aus der Beschwerde zum Teil nicht klar hervor, gegen welchen der beiden Entscheide sich ihre Rüge richtet.
3.3.2 Soweit sich die Beschwerde erkennbar gegen den Entscheid des Kassationsgerichts richtet, verfehlt sie über weite Strecken die gesetzlichen Begründungsanforderungen (Art. 106 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>), da sie sich des öftern nicht hinreichend mit dessen konkreten Erwägungen auseinandersetzt:
Im Zusammenhang mit der von der Beschwerdeführerin beantragten Edition der vollständigen klägerischen Akten wiederholt die Beschwerdeführerin in erster Linie ihre bereits vor Kassationsgericht vorgetragenen Rügen, geht jedoch nicht auf die vorinstanzlichen Erwägungen ein, wonach ihre Parteirechte durch die Verweigerung ihrer umfassenden Beweisanträge, die auf einen unzulässigen Ausforschungsbeweis abzielten, nicht verletzt worden sind. Auch mit den pauschal erhobenen Rügen der Willkür sowie der "Verletzung der Parteirechte" verfehlt sie die gesetzlichen Begründungsanforderungen. Entsprechendes gilt für ihre Ausführungen unter dem Titel "Edition der vollständigen Akten des Experten und ohne Durchstreichungen".
Hinsichtlich der von der Beschwerdeführerin beantragten Edition des Faxschreibens des von der Z._ Kommission als Beobachter eingesetzten G._ vom 8. Juli 1996 geht die Beschwerde nicht auf die Erwägung des Kassationsgerichts ein, wonach dieses Dokument nicht entscheidwesentlich sei, weil die darin enthaltene Einschätzung das Engagement C._ nicht berücksichtige und daher offensichtlich unvollständig gewesen sei, weshalb keine Willkür vorliege, wenn das Handelsgericht unter diesen Umständen auf den Beizug dieses Schreibens verzichtet habe. Die Beschwerdeführerin zeigt keine Verletzung von Art. 9 bzw. <ref-law> auf, indem sie den angefochtenen Entscheid bloss als "dermassen nicht nachvollziehbar" bezeichnet. Im Übrigen geht die Beschwerdeführerin in unzulässiger Weise über den vorinstanzlich verbindlich festgestellten Sachverhalt hinaus (<ref-law>), wenn sie ihre Rüge damit begründet, es stehe doch heute zweifelsfrei fest, dass die Verfügung der Z._ Kommission nicht nur unter Verletzung des rechtlichen Gehörs der Beschwerdegegnerin zustande gekommen sei, sondern auch auf falschen Grundlagen beruhe bzw. "völlig überrissen gewesen" sei.
Unter dem Titel "Zur Expertenfrage 2, angefochtener Entscheid des Handelsgerichtes S. 140 ff. Ziff. 7" wiederholt die Beschwerdeführerin wortwörtlich ihre bereits mit Nichtigkeitsbeschwerde dem Kassationsgericht unterbreiteten Rügen. Das Kassationsgericht erachtete die Vorbringen der Beschwerdeführerin jedoch sowohl hinsichtlich der Willkürrüge als auch der Rüge der rechtsungleichen Handhabung der Substantiierungspflicht für unzureichend. Die Beschwerdeführerin verkennt die gesetzlichen Begründungsanforderungen, wenn sie dem angefochtenen Entscheid lediglich mit Verweis auf ihre Nichtigkeitsbeschwerde ihre gegenteilige Ansicht entgegenhält, ohne konkret darzutun, inwiefern das Kassationsgericht ihre diesbezüglichen Ausführungen verfassungswidrig für ungenügend erachtet haben soll. Entsprechendes gilt für die Ausführungen zur "Haftungsbefreiung für die Beklagten 2 und 10", in denen die Beschwerdeführerin ihren bereits mit Nichtigkeitsbeschwerde vorgetragenen Rügen gegen den handelsgerichtlichen Entscheid lediglich hinzufügt, das Kassationsgericht sei selbst in Aktenwidrigkeit und Willkür verfallen, wenn es "dies alles" verneine. Die damit verbundene Rüge der Verletzung von <ref-law>, die sich auf den von der Beschwerdeführerin behaupteten Sachverhalt stützt, stösst demnach ins Leere.
Auch in Bezug auf den natürlichen Kausalzusammenhang sowie unter dem Titel "Formelle Mängel im Zusammenhang mit der Expertise F._" wiederholt die Beschwerdeführerin mehrheitlich wortwörtlich ihre bereits dem Kassationsgericht vorgetragenen Rügen und unterbreitet dem Bundesgericht auch in ihren übrigen Ausführungen vorwiegend lediglich ihre eigene Sicht, ohne sich mit den konkreten Erwägungen des Kassationsgerichts auseinanderzusetzen und ohne rechtsgenügend begründete Rügen zu erheben.
Hinzu kommt, dass sich die Beschwerdeführerin unter Verkennung der im Beschwerdeverfahren zulässigen Rügegründe (<ref-law>) auf verschiedene Bestimmungen der kantonalen Zivilprozessordnung beruft, ohne hinreichend darzulegen, inwiefern die Vorinstanz diese Bestimmungen verfassungswidrig angewendet haben soll (vgl. <ref-law>). Unzureichend ist in dieser Hinsicht insbesondere, bloss den Verweis "i.V. mit <ref-law> und 29 BV" hinzuzufügen.
Die Ausführungen zur Verletzung der Verhandlungsmaxime, die dem kantonalem Recht unterliegt, lassen keine genügend begründeten Rügen erkennen. Vielmehr rügt die Beschwerdeführerin darin eine einfache Verletzung kantonaler Verfahrensbestimmungen, was vor Bundesgericht nicht zulässig ist (vgl. <ref-law>). Inwiefern mit dem angeblich ungenügenden Verfahrensantrag der Beschwerdegegnerin auf eine Schadensexpertise der "bundesrechtliche Schadensbegriff im allgemeinen" sowie "<ref-law> im speziellen" verletzt sein soll, ist weder dargetan noch ersichtlich.
3.3.3 Die Beschwerdeführerin wirft dem Handelsgericht sowie dem Kassationsgericht an zahlreichen Stellen Willkür (<ref-law>) bzw. eine Gehörsverletzung (<ref-law>) vor, verfehlt dabei jedoch verschiedentlich die gesetzlichen Begründungsanforderungen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>), wenn sie lediglich vorbringt, "willkürlich, weil mit vernünftigen sachlichen Argumenten schlichtweg nicht zu vertreten (Art. 9 und <ref-law>), ist ...", ohne im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist.
Die Beschwerdeführerin verkennt mitunter den Begriff der Willkür, wenn sie etwa der Erwägung des Kassationsgerichts, die mangelhafte Führung des Kreditwesens der Beschwerdegegnerin seit 1989 lasse angesichts der nur generellen Bestreitung den Schluss zu, dass auch in früheren Jahren die Limiten überschritten worden waren, lediglich entgegenhält, dieser Zusammenhang sei "überhaupt nicht zwingend". Damit wird keine Willkür dargetan.
3.3.4 Die Beschwerdeführerin weicht in ihrer Beschwerdebegründung wiederholt von den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ab oder erweitert diese, als ob dem Bundesgericht eine freie Prüfung sämtlicher Tat- und Rechtsfragen zukäme. Dabei behauptet sie zwar teilweise eine willkürliche Beweiswürdigung oder eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, verfehlt dabei jedoch die gesetzlichen Begründungsanforderungen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
So trägt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht etwa im Zusammenhang mit der Haftungsbefreiung der Beklagten 2 und 10 ihre eigene Ansicht zu den Verzichtserklärungen der Beschwerdegegnerin sowie der Bank Q._ in zeitlicher Hinsicht sowie bezüglich deren tatsächlichen Parteiwillen vor, ohne dass sich dem angefochtenen Entscheid entsprechende Sachverhaltsfeststellungen entnehmen liessen. Auch hinsichtlich der Stellung von A._ sowie dessen Einwirkungsmöglichkeiten auf die für die Beschwerdegegnerin erstellten Revisionsberichte trägt die Beschwerdeführerin lediglich ihre eigene Sicht der Verhältnisse dar, ohne eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an den vorinstanzlich verbindlich festgestellten Sachverhalt (<ref-law>) geltend zu machen. Rein appellatorisch sind auch die Darlegungen in der Beschwerde zum natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang, zum "Klumpenrisiko" ("Der tatsächliche Geschehensablauf hat sich aktenmässig nachgewiesen wie folgt präsentiert" bzw. "der tatsächliche Geschehensablauf präsentierte sich vielmehr wie folgt") sowie zur angeblichen Unterbrechung des Kausalzusammenhangs infolge groben Dritt- bzw. Selbstverschuldens. Ihre Ausführungen haben insoweit unbeachtet zu bleiben.
3.3.5 Unbeachtlich sind auch die blossen Verweise der Beschwerdeführerin auf ihre im kantonalen Verfahren eingereichten Rechtsschriften. So reicht es etwa nicht aus, wenn die Beschwerdeführerin der Eventualbegründung des Kassationsgerichts, wonach der in den Einvernahmen dargestellte Sachverhalt nicht bestritten worden sei, lediglich den Verweis auf ihre Klageantwort und Duplik entgegenhält. Folglich erübrigt es sich, auf die Rügen gegen die weiteren selbständigen Begründungen zur Frage der förmlichen Einvernahmen einzugehen (vgl. <ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 560).
4. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz verschiedentlich eine Verletzung von <ref-law> vor.
4.1 <ref-law> regelt nach der Rechtsprechung einerseits für den Bereich des Bundeszivilrechts die Beweislastverteilung und gibt andererseits der beweispflichtigen Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601; <ref-ruling> E. 2.6 S. 24 f.; je mit Hinweisen). Mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären und wie das Ergebnis davon zu würdigen ist, schreibt diese Bestimmung dem Gericht dagegen nicht vor; sie schliesst selbst eine vorweggenommene Beweiswürdigung und Indizienbeweise nicht aus. Eine beschränkte Beweisabnahme verletzt <ref-law> daher nicht, wenn der Richter schon nach deren Ergebnis von der Sachdarstellung einer Partei überzeugt ist, gegenteilige Behauptungen also für unbewiesen hält (BGE <ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f.; <ref-ruling> E. 2d S. 25; <ref-ruling> E. 3c S. 223; je mit Hinweisen).
4.2 Die Beschwerdeführerin trägt in einleitenden Bemerkungen zu <ref-law> vor, es werde die Verletzung des Rechts auf vollständige Abklärung des Sachverhalts gerügt. In der Folge rügt sie jedoch verschiedene andere Bestimmungen, zeigt aber nicht auf, inwiefern das Handelsgericht <ref-law> verletzt haben soll. Damit genügt die Beschwerdeführerin, die auch im weiteren Verlauf wiederholt ohne hinreichende Ausführungen eine Verletzung dieser Bestimmung behauptet, den gesetzlichen Begründungsanforderungen (<ref-law>) nicht.
4.3 Soweit die Rügen im Übrigen überhaupt hinreichend begründet sind, ist entgegen der Beschwerdeführerin keine Umkehr der Beweislast zu erkennen. So kann hinsichtlich der Feststellung des Handelsgerichts, die Beschwerdeführerin habe keine Revisionsberichte eingereicht, keine Rede von einer Umkehr der Beweislast bezüglich des Klumpenrisikos sein. Das Handelsgericht hat es vielmehr als erwiesen erachtet, dass Klumpenrisiken eingegangen worden waren, womit die Frage der Beweislastverteilung gegenstandslos geworden ist (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241; <ref-ruling> E. 5.4 S. 602; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 277; je mit Hinweisen). Damit erübrigt es sich auch, auf die von der Beschwerdeführerin verschiedentlich erhobenen Sachverhaltsrügen hinsichtlich ihrer Bestreitungen einzugehen.
Entsprechendes trifft für den Vorwurf der Beschwerdeführerin zu, ihr sei in unzulässiger Umkehr der Beweislast der Beweis dafür auferlegt worden, dass keine Pflichtverletzung vorgelegen habe. Sie verkennt, dass das Handelsgericht die Pflichtwidrigkeit der Beschwerdeführerin nach Würdigung verschiedener Beweise für erwiesen erachtet hat. Dies gilt auch für die handelsgerichtlichen Feststellungen hinsichtlich der exekutiven Tätigkeit der Beschwerdeführerin, bei denen sie im Übrigen selbst vom Ergebnis einer Beweiswürdigung ausgeht. Eine Verletzung von <ref-law> liegt nicht vor.
4.4 In Bezug auf die gemäss dem handelsgerichtlichen Entscheid von der Beschwerdeführerin nicht substantiiert bestrittenen Angaben der Beschwerdegegnerin zu verschiedenen Kreditvergaben sowie die fehlenden Vorbehalte im Revisionsbericht zum Geschäftsjahr 1991 ist ebenfalls keine Verletzung von <ref-law> erkennbar. Das Fehlen von Vorbehalten anerkennt die Beschwerdeführerin auch vor Bundesgericht ausdrücklich als unbestritten. Hinsichtlich der Kreditvergaben zeigt sie nicht auf, welche ihrer gegenteiligen Vorbringen ausreichend gewesen wären, und inwiefern die Anforderungen des kantonalen Prozessrechts an die Substantiierung der Bestreitung überspannt worden wären (vgl. <ref-ruling> E. 2). Entsprechendes gilt für die Bestreitungen im Zusammenhang mit dem Gutachten G._ sowie den vom Experten H._ aufgeführten Details zu den "Engagements und Deckungen". Auch bezüglich der Frage der rechtzeitigen Beanstandung von Mängeln sowie der Überschreitung der Limiten ist eine Verletzung von <ref-law> weder dargetan noch ersichtlich.
Entgegen der Beschwerdeführerin ergibt sich ein Anspruch der Parteien darauf, dass das Gericht nur berücksichtigt und zum Beweis zulässt, was auch behauptet wurde, nicht aus <ref-law>, sondern der Verhandlungsmaxime nach Massgabe des kantonalen Prozessrechts.
5. Die Beschwerdeführerin rügt unter dem Titel "Verletzung des Rechts auf vollständige Abklärung des Sachverhalts" sodann verschiedene Verfassungsverletzungen.
5.1 Auf den von der Beschwerdeführerin lediglich in pauschaler Weise erhobenen Vorwurf, das Handelsgericht habe bei der Beurteilung der Beweisanträge ihr gegenüber "mit ganz anderen Ellen gemessen", ist das Kassationsgericht zu Recht nicht eingetreten. Von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) kann keine Rede sein. Auch im Zusammenhang mit dem Antrag der Beschwerdeführerin auf Edition der Strafakten ist keine Gehörsverletzung zu erkennen; vielmehr ist das Kassationsgericht ausführlich auf die entsprechenden Vorbringen eingegangen. Mit der Behauptung, <ref-law>/SG sei "sehr wohl verletzt", erhebt die Beschwerdeführerin keine zulässige Rüge (vgl. <ref-law>).
5.2 Soweit die Rüge der Verletzung von Art. 9 sowie <ref-law> im Zusammenhang mit der von der Beschwerdeführerin beantragten Edition der vollständigen Beilagen zu act. 179 (gemäss Anhang I) überhaupt hinreichend begründet ist, stösst sie ins Leere. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin sind die Vorinstanzen zu Recht von einem unzulässigen Ausforschungsbeweis ausgegangen, zumal es sich bei den in Anhang I von act. 170 aufgelisteten Dokumenten um überaus umfangreiche Gesellschaftsakten der Beschwerdegegnerin (Statuten, Geschäfts- und Organisationsreglement, Weisungen, GV-, VR- und GL-Protokolle, Revisionsberichte, Geschäftsberichte, Mietverträge usw.) über verschiedene Jahre hinweg handelte, die zu einem wesentlichen Teil selbst gemäss Anhang I nur auf Nachfrage erhältlich waren ("Lieferung jahrgangweise auf Abruf"). Die Beschwerdeführerin hätte daher zumindest ausführen müssen, mit welchen konkreten Akten sie welche Tatsache zu beweisen beabsichtigte. Es ging jedoch nicht an, sämtliche Gesellschaftsakten herauszuverlangen, um damit zu belegen dass "die Organe der Klägerin (insbesondere der Verwaltungsrat) längstens Kenntnis hatten von allen schlussendlich der klägerischen Schadenersatzforderung zugrundeliegenden Umständen". Das Kassationsgericht hat weder Art. 9 noch <ref-law> verletzt.
5.3 Dem Kassationsgericht ist auch kein Verstoss gegen die genannten Bestimmungen vorzuwerfen, wenn es Art. 103 Abs. 1 zweiter Satz ZPO/SG unter Berücksichtigung des Grundsatzes von Treu und Glauben dahingehend ausgelegt hat, dass die Parteien nicht voraussetzungslos und ohne Anhaltspunkte die Vorlage der Originale anstatt von Kopien verlangen können, sondern zumindest glaubhaft machen müssten, weshalb Kopien im Einzelfall nicht genügen sollten. Mit dem blossen Hinweis der Beschwerdeführerin auf den angeblich unmissverständlichen Wortlaut von <ref-law>/SG ist keine Willkür (<ref-law>) dargetan. Die Auslegung des Kassationsgerichts ist vielmehr nachvollziehbar. Zudem geht die Beschwerdeführerin nicht auf die vorinstanzliche Erwägung ein, wonach plausibel sei, dass die Beschwerdegegnerin selbst nur über Kopien verfügte. Das Kassationsgericht hat Art. 9 und <ref-law> nicht verletzt, wenn es einen voraussetzungslosen Anspruch auf Vorlage von Originaldokumenten gestützt auf <ref-law>/SG verneinte.
Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung ihrer verfassungsmässigen Rechte damit begründet, dass ihr konkret begründeter Antrag auf Vorlage des Originaldokuments von act. 72 abgelehnt worden sei, kann ihr ebenfalls nicht gefolgt werden. Das Kassationsgericht hat in Anwendung der kantonalen Verfahrensbestimmungen dafür gehalten, dass das Handelsgericht zu Recht nicht auf der Vorlage des Originals bestanden habe. Es hat hierzu das fragliche Aktenstück geprüft und festgestellt, dass mangels genügendem Platz für die Abschlussfloskel und die Grussformel der Schlussabsatz auf die nächste Seite gesetzt wurde, weshalb entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin nicht davon auszugehen sei, dass etwas wegkopiert worden wäre. Dabei handelt es sich um Beweiswürdigung, an die das Bundesgericht grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>). Entgegen der in der Beschwerde geäusserten Ansicht springt keineswegs ins Auge, dass act. 72 vom Erscheinungsbild oder vom freigebliebenen Platz her den Anschein erweckte, dass etwas wegkopiert worden wäre. Der Willkürvorwurf ist unbegründet.
Mit dem blossen Hinweis auf den Umstand, dass einem Beweisantrag der Beschwerdeführerin nicht stattgegeben wurde bzw. eine Beweiswürdigung zu ihren Ungunsten ausfiel, wird im Übrigen auch keine Verletzung des Anspruchs auf Gleichbehandlung (<ref-law>) dargetan. Dies gilt für die verschiedenen in der Beschwerdeschrift pauschal erhobenen Rügen, die Vorinstanz habe in verfahrensrechtlicher Hinsicht die Beschwerdegegnerin begünstigt und die Beschwerdeführerin rechtsungleich behandelt.
5.4 Was die Beschwerdeführerin gegen die Erwägung des Kassationsgerichts vorbringt, das Handelsgericht habe anhand der Akten willkürfrei annehmen dürfen, dass die Einvernahme der verantwortlichen Organe der Beschwerdegegnerin und der T._ AG zu keinen neuen Erkenntnissen hinsichtlich der behaupteten Nebenabreden führen würden, weshalb von einer zulässigen antizipierten Beweiswürdigung auszugehen sei, stösst ins Leere. Sie behauptet lediglich das Gegenteil, zeigt jedoch - auch mit ihrem Hinweis auf die Strafandrohung von Art. 306 bzw. <ref-law> - keine Willkür auf (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
5.5 Der Willkürvorwurf ist auch im Zusammenhang mit der vor Kassationsgericht gerügten Aktenwidrigkeit hinsichtlich des Dokuments kläg. act. 155 nicht gerechtfertigt. Die Beschwerdeführerin beanstandete vor Kassationsgericht, dass das Handelsgericht act. 155 als "Auszug aus einem Detailbericht der bankengesetzlichen Revisionsstelle per 31. Dezember 1993" eingestuft habe. Dabei könne nun aber act. 155 unmöglich das sein, als was es die Beschwerdegegnerin und ihr folgend das Handelsgericht ausgeben wolle, nämlich sicher nicht die Liste der grössten Debitoren aus dem Detailbericht der bankengesetzlichen Revisionsstelle per 31. Dezember 1993, wie kläg. act. 161 Seite 62 zwingend zeige, weshalb von einer Aktenwidrigkeit auszugehen sei.
Das Kassationsgericht hielt mit Hinweis auf die Feststellungen des Handelsgerichts dafür, dass nicht erkennbar sei, worin nun der offenkundige Widerspruch des Aktenstücks kläg. act. 155 zum angefochtenen Zitat liegen soll. Dem Kassationsgericht ist keine Willkür vorzuwerfen, wenn es in den Darlegungen der Beschwerdeführerin keinen offenbaren Widerspruch der tatsächlichen Feststellungen des Handelsgerichts mit den Akten erkennen konnte und daher die Rüge der Aktenwidrigkeit für unbegründet erachtete. Soweit die Beschwerdeführerin die Aussagekraft des Aktenstücks kläg. act. 155 an sich in Frage stellt, hätte substantiiert aufgezeigt werden müssen, inwiefern die handelsgerichtliche Beweiswürdigung unhaltbar sein soll. Abgesehen davon, dass die Beschwerdeführerin lediglich auf kläg. act. 161 verweist und ohne weitere Ausführungen behauptet, die Aktenwidrigkeit ergebe sich "auf den ersten Blick", womit sie die gesetzlichen Begründungsanforderungen verfehlt, ist nicht zu einzusehen, inwiefern der Vergleich der entsprechenden Seite zweier offenbar verschiedener Dokumente, nämlich jeweils der Seite 62 des Auszugs aus dem Detailbericht der bankengesetzlichen Revisionsstelle per 31. Dezember 1993 (kläg. act. 155) sowie des Berichts über die Revision der Jahresrechnung 1993 (kläg. act. 161) eine aktenwidrige Feststellung aufzeigen soll. Die Rüge, das Kassationsgericht habe Art. 9 und <ref-law> verletzt, ist unbegründet.
5.6 Auf die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht (<ref-law>) ist nicht einzutreten, zumal die Beschwerdeführerin nicht konkret darlegt, in Bezug auf welche Erwägungen und inwiefern ihr die Anfechtung der Entscheide des Handelsgerichts bzw. des Kassationsgerichts verunmöglicht worden sein soll.
Ebenfalls nicht einzutreten ist auf die Rüge, das Kassationsgericht habe im Zusammenhang mit der Frage der rechtsgenügenden Bestreitung der verschiedenen Kreditvergaben eine offenkundig aktenwidrige Feststellung getroffen. Die Beschwerdeführerin übersieht, dass sich ihre Vorbringen vor dem Kassationsgericht auf die Frage der Substantiierung ihrer Bestreitungen bezogen, deren Anforderungen Gegenstand des kantonalen Prozessrechts sind (<ref-ruling> E. 2). Die Beschwerdeführerin zeigt nicht genügend auf, inwiefern die angebliche Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (vgl. <ref-law>), zumal sie hinsichtlich der fraglichen Kreditvergaben nicht darlegt, dass die Vorinstanz das kantonale Verfahrensrecht verletzt, geschweige denn willkürlich angewendet hätte. Abgesehen davon hat das Handelsgericht die exekutiven Funktionen der Beschwerdeführerin als erwiesen erachtet, weshalb sich die Frage der Anforderungen an die Substantiierung einer Bestreitung diesbezüglich nicht stellt.
5.7 Offensichtlich unbegründet ist die Rüge, das Kassationsgericht habe in Verletzung von Art. 9 und <ref-law> festgestellt, die Kritik der Beschwerdeführerin am Gutachten H._ beziehe sich "nicht gegen die aufgeführten Engagements und Deckungen, sondern gegen die Annahme des Gutachters betreffend Werthaltigkeit des I._-Kredites", da ein Kredit nach allgemeingültigem betriebswirtschaftlichem Verständnis zu den "Engagements und Deckungen" gehöre. Das Kassationsgericht hat ausgeführt, dass der von der Beschwerdeführerin einzig ins Feld geführte I._-Kredit bereits 1992 zurückbezahlt worden sei und sich ihre Ausführungen damit nicht auf die im Gutachten H._ aufgeführten "Engagements und Deckungen" beziehen könne. Angesichts dieser Begründung ist nicht ersichtlich, inwiefern das Kassationsgericht seine Feststellung verfassungswidrig getroffen hätte.
6. Die Beschwerdeführerin rügt auch in ihren weiteren Ausführungen wiederholt eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte.
6.1 Sie rügt zunächst zu Unrecht eine Verletzung des Gehörsanspruchs (<ref-law>) sowie eine willkürliche antizipierte Beweiswürdigung (<ref-law>) im Zusammenhang mit dem vom Handelsgericht festgestellten Wissen J._, das für die Frage des Ausschlusses der Pflichtwidrigkeit wegen des Einwands "volenti non fit iniuria" übergangen worden sei.
Abgesehen davon, dass sich die Beschwerde kaum mit der entsprechenden Erwägung des Entscheids des Kassationsgerichts auseinandersetzt, hat das Handelsgericht auf J._ abgestellt und dabei festgehalten, er habe an der Verwaltungsratssitzung vom 26. Mai 1992 als einziger gegen die Kreditvorlage 152/92 gestimmt mit der Begründung, C._ komme ihm vor wie ein kleiner Rey. Auch die Beschwerdeführerin stellt dies nicht in Frage, sondern beruft sich vielmehr gar auf diesen Umstand. Wenn die Beschwerdeführerin vorträgt, der erwähnte Sachverhalt sei bei der Beurteilung der Pflichtwidrigkeit nicht beachtet worden, so betrifft dies weder den Gehörsanspruch noch eine Frage der Beweiswürdigung; wie das Kassationsgericht zutreffend erkannt hat, zieht sie damit vielmehr vom angefochtenen Urteil abweichende rechtliche Schlüsse.
6.2 Die Beschwerdeführerin rügt im Zusammenhang mit ihrer Verjährungseinrede, das Kassationsgericht habe willkürlich und unter Verletzung ihres Gehörsanspruchs festgehalten, sie habe nicht gesagt, welche Pflichtverletzung gemeint sei. Die Rüge ist unbegründet. Das Kassationsgericht hat nicht etwa aus formellen Gründen - weil die Beschwerdeführerin nicht sage, welche Pflichtverletzung angesprochen sei - auf eine Prüfung der gerügten Verletzung der Begründungspflicht verzichtet, sondern hat mit zutreffenden Erwägungen ausgeführt, weshalb das Handelsgericht in genügender Weise begründet hat, dass die Pflichtverletzungen der Beschwerdeführerin Teilursache für den Schaden gebildet haben. Darauf geht die Beschwerde jedoch nicht ein. Eine Verletzung des Gehörsanspruchs oder des Willkürverbots ist nicht dargetan.
Auf die Rüge der Beschwerdeführerin, die Feststellung sei willkürlich, wonach ihr pflichtwidriges Verhalten eine Teilursache für den geltend gemachten Schaden darstelle, ist das Kassationsgericht zu Recht nicht eingetreten, zumal sie nicht darlegte, weshalb die fehlende Organunabhängigkeit für den eingetretenen Schaden "völlig unmöglich" kausal gewesen sei. Insofern ist auch der Vorwurf unberechtigt, das Kassationsgericht habe die Rüge in Verletzung des Gehörsanspruchs übergangen.
Ebenfalls zu Recht nicht eingetreten ist das Kassationsgericht auf eine Rüge der Beschwerdeführerin, nachdem diese im Anschluss an eine umfangreiche Auflistung verschiedener Feststellungen des angefochtenen Entscheids vorbrachte, es sei dem Handelsgericht "in diesem Zusammenhang" auch noch Aktenwidrigkeit und willkürliche Beweiswürdigung vorzuwerfen, halte das Handelsgericht im angefochtenen Entscheid S. 180 oben doch klar und unmissverständlich fest, dass zwischen A._ und der Beschwerdeführerin zu unterscheiden sei. Das Kassationsgericht hat Art. 9 und <ref-law> nicht verletzt, wenn es erwog, weder die Aktenwidrigkeits- noch die Willkürrüge seien genügend substantiiert und demnach nicht auf die Rügen eintrat.
6.3 Die Beschwerdeführerin vermag mit ihren Ausführungen zur Feststellung des Handelsgerichts, die Beklagten 3, 4, 5, 7 und 9 hätten die Klage im Betrag von Fr. 2'525'000.-- anerkannt, keine Verfassungsverletzung darzutun. Die Beschwerdeführerin trägt unter Bezugnahme auf den Abschreibungsbeschluss des Handelsgerichts vom 6. April 2006 lediglich ihre eigene Sicht der Dinge dar, indem sie selbst Berechnungen auf Grundlage von Annahmen im Hinblick auf den Wert der Aktien der Beschwerdegegnerin anstellt und behauptet, es seien tatsächlich höhere Leistungen erbracht worden. Damit ist jedoch weder Willkür noch Aktenwidrigkeit dargetan, vielmehr übt die Beschwerdeführerin appellatorische Kritik an den von der Vorinstanz getroffenen Feststellungen, was nicht zulässig ist. Die Beschwerdeführerin hätte die von ihr behaupteten Umstände, wonach die der Beschwerdegegnerin erbrachten Leistungen den Betrag von Fr. 2'525'000.-- überstiegen und aus der sie Rechte ableitet, vor Handelsgericht vortragen und belegen müssen (<ref-law>). Dieses Versäumnis lässt sich weder unter dem Deckmantel der Aktenwidrigkeits- bzw. der Willkürrüge noch der Verletzung des Schadensbegriffs beheben. Das Kassationsgericht hat demnach zutreffend dafür gehalten, dass das Handelsgericht mit der Feststellung, die Beklagten 3, 4, 5, 7 und 9 hätten die Klage im Betrag von Fr. 2'525'000.-- anerkannt, keine aktenwidrige oder willkürliche Feststellung getroffen habe.
Damit erübrigt es sich, auf die Rüge der Verletzung von <ref-law> einzugehen, welche die Beschwerdeführerin mit dem angeblich höheren Vergleichsbetrag bzw. höheren erbrachten Leistungen begründet.
6.4 Die Beschwerdeführerin rügte vor Kassationsgericht die Feststellung auf Seite 87 Absatz 2 Mitte des angefochtenen Entscheids, der an dieser Stelle erwähnte Bundesgerichtsentscheid enthalte keine Ausführungen über die stimmenmässige Beherrschung der U._ AG, da dies in jenem Verfahren nicht interessiert habe, als aktenwidrig, verweise doch das Bundesgericht in Erwägung 4a ausdrücklich auf Art. 6 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1983 über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (BewG; SR 211. 412. 41), wonach eine beherrschende Stellung (erst) durch das Stimmrecht entstehe. Das Kassationsgericht erwog, dass bereits die Gegenüberstellung der Ausführungen im angefochtenen Entscheid mit denjenigen der Beschwerdeführerin keinen offensichtlichen Widerspruch hinsichtlich einer tatsächlichen Feststellung erkennen lasse, wie er für die Gutheissung einer Aktenwidrigkeitsrüge erforderlich sei und hielt weiter fest, dass sich im fraglichen Bundesgerichtsentscheid, in dem es um die Bewilligung von Grundstückerwerb durch Personen im Ausland ging, in der Tat keine Ausführungen über die stimmenmässige Beherrschung der ILB fänden, und schon gar nicht in Erwägung 4a.
Die Beschwerdeführerin wirft dem Kassationsgericht zu Unrecht Aktenwidrigkeit, Willkür und überspitzten Formalismus vor, wenn sie vor Bundesgericht ihre Rügen wiederholt und nunmehr vorbringt, es sei zwar zutreffend, dass die Feststellung des Bundesgerichts zur stimmenmässigen Beherrschung der U._ AG sich erst in der Erwägung 4b befinde. Die Beschwerdeführerin hat in ihrer Nichtigkeitsbeschwerde lediglich auf Erwägung 4a verwiesen. Das Kassationsgericht ist im Rahmen der Prüfung von Aktenwidrigkeitsrügen grundsätzlich nicht gehalten, über den vorgebrachten Aktenhinweis hinaus von sich aus Dokumente nach angeblichen Widersprüchen zu durchforschen. Die nunmehr vorgebrachte Behauptung, Erwägung 4b enthalte einen indirekten Hinweis auf eine stimmenmässige Beherrschung ist neu und daher unzulässig (<ref-law>). Abgesehen davon ist in der ins Feld geführten Erwägung 4b des erwähnten Bundesgerichtsentscheids (2A.27/2000 vom 22. Mai 2000) von der kapitalmässigen Beteiligung die Rede, was auch der Verweis auf <ref-law> belegt, der schon in der damals geltenden Fassung (AS 1984 1150) ausschliesslich auf den kapitalmässigen Einfluss abstellte. Eine aktenwidrige bzw. willkürliche Sachverhaltsfeststellung ist nicht auszumachen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin lässt sich auch aus der Erwägung 4a, die lediglich allgemeine rechtliche Ausführungen, jedoch keine tatsächlichen Feststellungen enthält, nichts zu ihren Gunsten ableiten. Im Übrigen kann von einer rechtskräftigen Feststellung über die konkreten Beteiligungsverhältnisse, an die das Handelsgericht gebunden wäre, beim Entscheid des Bundesgerichts vom 22. Mai 2000 betreffend Bewilligung von Grundstückerwerb durch Personen im Ausland keine Rede sein, zumal damit kein die Parteien des vorliegenden Verfahrens betreffendes Feststellungsurteil getroffen wurde und sich die Bindungswirkung ohnehin nur auf das Dispositiv beziehen würde, nicht aber auf die in den Urteilserwägungen festgestellten Tatsachen (MAX GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 1979, S. 365 f.).
6.5 Soweit die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der handelsgerichtlichen Feststellung, die Beschwerdeführerin habe in ihrem Bonitätsbericht anerkannt, dass Mängel in den Kreditunterlagen bereits in den Vorjahren bestanden hätten, eine offensichtlich unrichtige Feststellung rügt, kann ihren Ausführungen, inwiefern die Behebung des angeblichen Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könne (vgl. <ref-law>), nicht gefolgt werden. Entgegen der Beschwerde ist kein Zusammenhang mit dem Vorwurf des Handelsgerichts auf Seite 123 ersichtlich, wonach die Beschwerdeführerin während Jahren keine Vorbehalte in Bezug auf die Kreditdossiers gemacht habe, zumal sich diese Verletzung der Interventions- und Anzeigepflichten in zeitlicher Hinsicht auf "1989 bis mindestens anfangs August 1995" bezieht, während die gerügte Feststellung den Zeitraum vor 1989 betrifft. Aktenwidrigkeit bzw. Willkür sind nicht dargetan.
6.6 Nicht einzutreten ist auf die Ausführungen der Beschwerdeführerin unter dem Titel "Die unhaltbare Nichtbeachtung der unteren Bandbreite für die Bestimmung des hypothetischen Ertragswerts". Das Kassationsgericht ist auf die Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung nicht eingetreten, da es sich bei den beanstandeten Erwägungen nicht um tatsächliche Feststellungen handle, sondern um eine rechtliche Würdigung; die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht wies es ab. Dennoch trägt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht nochmals - praktisch wortwörtlich - dieselben Rügen vor und behauptet unter Hinweis auf Art. 9 sowie <ref-law> eine Verletzung der Begründungspflicht bzw. eine willkürliche Beweiswürdigung. Sie geht dabei mit keinem Wort auf die Erwägungen des Entscheids des Handelsgerichts ein, das eingehend begründet hat, weshalb hinsichtlich der Gewinnentwicklung auf die im Gutachten aufgeführten Zahlen abzustellen sei und dass aus der Bezugnahme auf Mittelwerte auch klar zu schliessen sei, dass bei der Schadensberechnung nicht konjunkturelle Risiken zu Lasten der Beschwerdeführerin sowie der übrigen Beklagten berücksichtigt worden seien. Der Beschwerde lassen sich daher keine hinreichend begründeten Rügen entnehmen. Der Vorwurf, das Handelsgericht habe die Beweislast der Beschwerdegegnerin nach <ref-law> missachtet, wäre im Übrigen offensichtlich unbegründet, da das Handelsgericht den Eintritt des Schadens gestützt auf die Ausführungen des beigezogenen Experten für erwiesen erachtet hat, weshalb sich die Frage der Beweislast gar nicht stellt.
Entsprechendes gilt für die mit "Massive Fehler im Gutachten (Keine Wertvernichtung von Pfändern durch eine blosse Verfügungssperre)" überschriebenen Ausführungen sowie die Vorbringen zur angeblich willkürlichen Beweiswürdigung hinsichtlich des natürlichen Kausalzusammenhangs, denen sich keine zulässigen Rüge entnehmen lassen.
6.7 Auf die Rügen der Verletzung der Begründungspflicht (<ref-law>) im Zusammenhang mit der Schadensberechnung ist nicht einzutreten, da die Beschwerdeführerin einmal mehr nicht konkret darlegt, in Bezug auf welche Erwägungen und inwiefern ihr die Anfechtung der Entscheide des Handelsgerichts bzw. des Kassationsgerichts verunmöglicht worden sein soll.
Mit ihren abstrakten Äusserungen zu <ref-law> unter dem Titel "Zu Unrecht unterbliebene Berechnung des Schadens gemäss individueller Verursachung", ohne erkennbaren Bezug zu den konkreten Erwägungen der angefochtenen Entscheide, genügt die Beschwerdeführerin den gesetzlichen Begründungsanforderungen (<ref-law>) nicht. Es geht aus den Ausführungen teilweise nicht einmal hervor, gegen welchen Entscheid sie sich richten ("Es wurde durch die Klägerin und durch die beiden Vorinstanzen nicht bedacht, dass ..."). Abgesehen davon stellt die Beschwerdeführerin, ohne eine hinreichende Sachverhaltsrüge zu erheben, das Zusammenwirken der verschiedenen Beklagten in Frage, was im Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht nicht zulässig ist (<ref-law>). Im Übrigen verfängt der nicht weiter begründete Einwand der Beschwerdeführerin, es seien mit der Schadensberechnung konjunkturelle Risiken auf sie überwälzt worden, nicht, zumal nach den Feststellungen des Handelsgerichts die Berechnungsgrundlagen des Experten eine Berücksichtigung der konjunkturellen Risiken zu Lasten der Beschwerdeführerin gerade ausschloss.
6.8 Der Vorwurf der Gehörsverletzung, der Aktenwidrigkeit sowie der Willkür im Zusammenhang mit der Feststellung des Handelsgerichts, die Pflichtverletzungen hätten "im wesentlichen die Jahre 1989 bis 1994" betroffen und damit in einem Zeitraum stattgefunden, als die Beklagten 2 und 10 noch nicht Organe der KAG waren bzw. der Schaden sei "spätestens Ende 1994 eingetreten", ist unbegründet. Das Handelsgericht hat in der beanstandeten Erwägung ausdrücklich auf die zeitlichen Zusammenhänge hingewiesen und festgehalten, dass der Beklagte 2 ab 12. September 1994 Verwaltungsrat und ab 21. August 1995 Verwaltungsratspräsident der Beschwerdegegnerin gewesen sei, "mithin in einem Zeitraum, als die Pflichtverletzungen ... bereits stattgefunden hatten". Mit dieser Feststellung hat das Handelsgericht offensichtlich den Zeitraum der Pflichtverletzungen näher konkretisiert, so dass von einem unhaltbaren Widerspruch zum vorangehenden Satz, die Pflichtverletzungen hätten "im wesentlichen die Jahre 1989 bis 1994" betroffen, nicht gesprochen werden kann. Ebenso wenig ist Willkür ersichtlich, wenn der handelsgerichtliche Entscheid in einem anderen Zusammenhang festhält, der Schaden sei "spätestens Ende 1994" eingetreten. Inwiefern den Vorinstanzen eine willkürliche Verletzung der Verhandlungsmaxime nach Art. 56 Abs. 1 ZPG/SG vorzuwerfen wäre, zeigt die Beschwerdeführerin nicht genügend auf. Insbesondere ist nicht ersichtlich, weshalb in einem Verantwortlichkeitsprozess, der sich gegen verschiedene Beklagte richtet, für die Beurteilung der Solidarität unbesehen auf die Vorbringen der Beschwerdegegnerin in ihrer Klageschrift abzustellen wäre, mit der sie die Haftbarkeit einzelner weiterer Beklagter begründet.
Offensichtlich unbegründet, da aus dem Zusammenhang gerissen, ist im Übrigen der Vorwurf, der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts sei widersprüchlich, da auf Seite 239 nur ein grobes Verschulden ("nicht: kein Verschulden") der Beklagten 2 und 10 als nicht hinreichend dargelegt erachtet worden sei. Das Handelsgericht ist an besagter Stelle auf das Argument einzelner Beklagter eingegangen, sie würden durch das Verhalten der Beklagten 2 und 10 entlastet, womit der Einwand des groben Selbstverschuldens angesprochen wurde, der gegebenenfalls den adäquaten Kausalzusammenhang unterbricht. Die Bezugnahme auf das grobe Verschulden ist damit keineswegs widersprüchlich und von einer Verletzung von Bundesrecht kann keine Rede sein.
6.9 Ins Leere stösst die Willkürrüge im Zusammenhang mit den vorinstanzlichen Feststellungen zur exekutiven Tätigkeit der Beschwerdeführerin.
Sie bringt vor, die Vorinstanz habe aus der Gesprächsnotiz kläg. act. 142 zu Unrecht gefolgert, dass sich A._ aktiv in den Abschluss des Darlehensvertrags eingeschaltet habe, geht jedoch nicht auf die Erwägungen des Kassationsgerichts ein, sondern wiederholt lediglich wortwörtlich ihre Ausführungen in der Nichtigkeitsbeschwerde und verfehlt damit die gesetzlichen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Abgesehen davon zeigt sie mit dem Argument, der Schluss, den das Handelsgericht aus der Gesprächsnotiz ziehe, sei weder zwingend noch naheliegend, keine Willkür auf.
Soweit die Beschwerdeführerin weiter geltend macht, die Vorinstanzen hätten den von ihr beantragten Zeugenbeweis dafür, dass sie mit der Vertragsverhandlung und dem Abschluss des Kreditsvertrags mit der U._ AG über die einmalige Raterteilung hinaus nichts zu tun hatte, in Verletzung des Willkürverbots bzw. ihres Gehörsanspruchs einfach stillschweigend übergangen, kann ihr nicht gefolgt werden. Das Kassationsgericht hat sich eingehend mit der fraglichen Gesprächsnotiz auseinandergesetzt. Es hat dabei berücksichtigt, dass gemäss der Aktennotiz die wesentlichen Unterlagen A._ vorgängig zur Begutachtung übergeben worden waren und dieser mit der V._ Verhandlungen betreffend einer Unterbeteiligung von Fr. 3 Mio. geführt hatte, bevor er den Kredit anlässlich des Gesprächs vom 19. Januar 1989 befürwortete. Daraus durften die Vorinstanzen ohne in Willkür zu verfallen den Schluss ziehen, A._ habe sich aktiv in den Vertragsabschluss eingeschaltet. Angesichts dieser antizipierten Beweiswürdigung wurde auch der Gehörsanspruch der Beschwerdeführerin nicht verletzt, wenn das Handelsgericht auf die beantragte Einvernahme von K._ verzichtete, der bei der V._ die Verhandlungen führte.
Die Beschwerdeführerin rügt sodann, das Kassationsgericht habe ihre Vorbringen zum zweiten Fall angeblicher faktischer Exekutivfunktion in Verletzung ihres Gehörsanspruchs (<ref-law>) gar nicht erst geprüft. Sie stellt allerdings nicht in Abrede, dass das Kassationsgericht ausdrücklich auch den zweiten von ihr beanstandeten Fall erwähnt und dargelegt hat, dass in beiden Fällen eine aktenwidrige bzw. willkürliche Beweiswürdigung gerügt werde. Damit ist nicht davon auszugehen, die Vorinstanz hätte die entsprechenden Vorbringen übersehen und ihren Entscheid gefällt, ohne diese zu berücksichtigen. Inwiefern der Entscheid des Kassationsgerichts in Verletzung ihres verfassungsmässigen Anspruchs auf Begründung in einer Weise abgefasst wäre, die ihr eine sachgerechte Anfechtung verunmöglichen würde, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Im Übrigen hat sie weder vor dem Kassationsgericht noch vor Bundesgericht weiter ausgeführt, inwiefern die Feststellung, eine Person habe als faktisches Exekutivorgan an der Kreditgewährung an eine Aktiengesellschaft mitgewirkt, in einem unlösbaren Widerspruch zur Feststellung stehen soll, dieselbe Person habe die kreditnehmende Gesellschaft beherrscht. Eine willkürliche bzw. aktenwidrige Beweiswürdigung ist nicht erkennbar, zumal einerseits die Beherrschung keine Rückschlüsse auf die organschaftliche Mitwirkung am Abschluss eines Darlehensvertrags zulässt und andererseits auch eine solche Mitwirkung die Beteiligung auf Seiten der Gegenpartei am Vertragsabschluss in tatsächlicher Hinsicht nicht ausschliessen würde. Abgesehen davon legt die Beschwerdeführerin nicht dar und ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die beanstandete Feststellung entscheidwesentlich gewesen wäre, zumal das Handelsgericht dafür hielt, dass die Geschäfte der Beschwerdegegnerin mit der R._ AG der Beschwerdeführerin verschuldensmässig nicht anzurechnen seien.
Aufgrund des Gesagten ist die Feststellung des Handelsgerichts nicht zu beanstanden, A._ habe für die Beschwerdegegnerin bei einzelnen Krediten Verhandlungen geführt.
6.10 Soweit die Beschwerdeführerin zur Frage der Teilnahme von A._ an Verwaltungsratssitzungen der Beschwerdegegnerin überhaupt auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids des Kassationsgerichts eingeht und nicht lediglich ihre bereits in der Nichtigkeitsbeschwerde vorgetragenen Rügen wiederholt, lassen sich der Beschwerde keine hinreichend begründeten Rügen entnehmen. Die Beschwerdeführerin übersieht darüber hinaus, dass das Kassationsgericht auf ihre Rüge hinsichtlich der Verwaltungsratssitzungen vom 17. September und vom 29. Oktober 1991 wegen unzulänglicher Begründung nicht eingetreten ist. Abgesehen davon ist die Haftung der Beschwerdeführerin nach dem von ihr erwähnten <ref-law> im Aussenverhältnis unter Würdigung ihres Verschuldens und der Umstände zu bestimmen. Dabei ist unter anderem die Teilnahme von A._ an Verwaltungsratssitzungen der Beschwerdegegnerin zu berücksichtigen sowie die Tatsache, dass dieser bei einzelnen Krediten Verhandlungen führte. Nicht entscheidend ist hierbei, ob das Handelsgericht die besagten Sitzungen an einer Stelle mit dem Attribut "zahlreich" versah, sondern ob die dem Entscheid zugrunde liegenden Tatsachen insgesamt den Schluss zuliessen, es sei von einem schweren Verschulden auszugehen. Bezeichnenderweise ist in der entscheidenden Erwägung des Handelsgerichts zum Verschulden der Beschwerdeführerin nurmehr von der "Teilnahme an Verwaltungsratssitzungen" die Rede. Dass das Handelsgericht seinen weiten Ermessensspielraum bei der Schadenersatzbemessung überschritten hätte, in den das Bundesgericht gemäss ständiger Praxis nur mit Zurückhaltung eingreift (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 S. 211; <ref-ruling> E. 3.3 S. 762; <ref-ruling> E. 4.1 S. 508; je mit Hinweisen), legt die Beschwerdeführerin nicht hinreichend dar. Auch bezüglich des Innenverhältnisses reicht es nicht aus, wenn die Beschwerdeführerin lediglich vorbringt, die Haftungsquote hätte "ganz massiv tiefer" angesetzt werden müssen.
7. Die Beschwerdeführerin rügt im Zusammenhang mit dem vom Handelsgericht in Auftrag gegebenen Gutachten zur Berechnung des Schadens verschiedene Verfassungsverletzungen.
7.1 Die Beschwerdeführerin wiederholt mehrheitlich wortwörtlich ihre bereits dem Kassationsgericht vorgetragenen Rügen und kritisiert auch in ihren weiteren Ausführungen meist lediglich isoliert einzelne Feststellungen, ohne sich hinreichend mit den konkreten Erwägungen des Kassationsgerichts auseinanderzusetzen.
Im Folgenden ist daher nur noch insoweit auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin einzugehen, als sich der Beschwerde gehörig begründete Rügen entnehmen lassen. Insbesondere unter dem Titel "Formelle Mängel im Zusammenhang mit der Expertise F._" ist eine Auseinandersetzung mit dem Entscheid des Kassationsgerichts kaum mehr erkennbar, vielmehr wird weitgehend lediglich aus der Nichtigkeitsbeschwerde zitiert und abschliessend ohne hinreichende Begründung hinzugefügt, der angefochtene Entscheid sei willkürlich oder verletze <ref-law>. Darauf ist nicht einzutreten.
7.2 Hinsichtlich der von ihr behaupteten Vorbefassung des Experten F._ wehrt sich die Beschwerdeführerin zunächst lediglich gegen die Feststellung des Kassationsgerichts, die Beklagte 8 habe den Gutachter vorgeschlagen, geht jedoch nicht auf die Erwägung ein, wonach das Handelsgericht darauf hingewiesen habe, dass die Beklagten F._ vor seiner Ernennung zum Gutachter als geeignet erachtet hatten, und zwar in Kenntnis des Umstands, dass dieser CEO bzw. Verwaltungsratspräsident der W._ gewesen sei, und dass die Äusserung des Experten, er sei damals nicht Mitglied des Prüfungsausschusses gewesen und mit der Beschwerdegegnerin auch nicht in direktem Kontakt gestanden, unbestritten geblieben war. Im Zusammenhang mit dem Telefongespräch des Gutachters mit Staatsanwalt L._ verkennt die Beschwerdeführerin zudem, dass nach den verbindlichen Feststellungen des Handelsgerichts bezüglich des Datums ein Verschrieb vorlag und der Experte vor Erteilung des Expertenauftrags keinen Kontakt zur Bezirksanwaltschaft oder zu weiteren Beteiligten hatte. Nachdem die Beschwerdeführerin diese Feststellungen vor Kassationsgericht erfolglos angefochten hat, sind diese für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>), zumal sie keine rechtsgenügende Sachverhaltsrüge erhebt. Der Einwand der Vorbefassung ist unbegründet.
7.3 Unbegründet ist auch die Rüge hinsichtlich des Stichworts "Chamäleon", das im Gutachten im Zusammenhang mit der Rolle von A._ erwähnt wird. Das Kassationsgericht verwies auf den handelsgerichtlichen Entscheid, wonach die mit dem Ausdruck "Chamäleon" im Zusammenhang stehende Feststellung des Gutachters insofern inhaltlich zutreffend sei, als A._ verschiedene mit seiner Unabhängigkeit nicht zu vereinbarende Funktionen bei der Beschwerdegegnerin ausgeübt habe; dies sei von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt worden. Die Beschwerdeführerin trägt gegen diese Erwägung lediglich vor, sie habe die angeblich fehlende Unabhängigkeit immer wieder substantiiert bestritten und verweist dabei auf ihre Klageantwort sowie Duplik, zeigt jedoch nicht anhand ihrer Nichtigkeitsbeschwerde auf, dass sie vor Kassationsgericht eine hinreichende Sachverhaltsrüge gegen die handelsgerichtlichen Feststellungen erhoben hätte. Entsprechend ist dem Kassationsgericht keine Verfassungsverletzung vorzuwerfen, wenn es erwog, dass von unverhältnismässigen und unbegründeten Äusserungen des Gutachters im Gesamtkontext nicht gesprochen werden könne. Der Gutachter verwendete den fraglichen Ausdruck in unmittelbarem Zusammenhang mit den von ihm im Rahmen der Begutachtung berücksichtigten Verhältnisse, und brachte damit nicht eine Voreingenommenheit gegenüber der Beschwerdeführerin zum Ausdruck, sondern wies bildhaft auf die Unvereinbarkeit der verschiedenen Funktionen von A._ hin. Auch wenn der Ausdruck der Form nach unangebracht war, worauf auch das Handelsgericht hinwies, ist die darin geäusserte Kritik in den im Rahmen des Gutachtens aufbereiteten Tatsachen begründet und trifft inhaltlich zu. Die Vorinstanzen haben daher die verfassungsmässigen Verfahrensgarantien nach <ref-law> nicht verletzt, wenn sie in der fraglichen Wortwahl des Gutachters keinen Anschein von Befangenheit erblickten.
7.4 Im Zusammenhang mit der Bezeichnung der Beschwerdeführerin als "eine Revisionsgesellschaft, die wiederholt falsches Zeugnis ablegte und sich nicht an die standesgemässe Unabhängigkeit hielt", wirft die Beschwerdeführerin dem Kassationsgericht zu Unrecht eine Verletzung des Gehörsanspruchs (<ref-law>) vor. Das Kassationsgericht hat die Rüge der Beschwerdeführerin nicht übergangen, sondern hat sie geprüft. Entgegen dem, was die Beschwerdeführerin anzunehmen scheint, erfordert der Anspruch auf rechtliches Gehör nicht, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (BGE <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236; <ref-ruling> E. 2b S. 102 f.).
Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren eine Verletzung des Willkürverbots, zeigt jedoch nicht genügend auf, inwiefern die Erwägung des Kassationsgerichts, die Ergänzungsfrage an den Experten seitens der Vorinstanz sei zur Klärung des Sachverhalts erfolgt und keineswegs suggestiv gewesen, willkürlich sein soll. Abgesehen davon legt sie mit dem pauschalen Hinweis darauf, die Verletzung der verschiedenen von ihr gerügten Verfahrensrechte sei entscheidwesentlich gewesen, auch nicht genügend dar, inwiefern der angefochtene Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; je mit Hinweisen).
7.5 Soweit die Beschwerdeführerin mit ihren Vorbringen zum sogenannten I._kredit überhaupt auf den Entscheid des Kassationsgerichts eingeht und nicht lediglich das Urteil des Handelsgerichts kritisiert, ist keine Verletzung von Verfassungsrecht erkennbar. Dem Kassationsgericht ist keine Rechtsverletzung vorzuwerfen, wenn es weder in der Feststellung des Experten, die Finanzierungen im Zusammenhang mit dem Hotel I._ hätten bei der Bank Y._ einen Suizid zur Folge gehabt, noch in der Ausdrucksweise des Experten, es handle sich bei dem der R._ AG im Jahr 1990 gewährten Darlehen "um einen grossen, unsauber gehandhabten Organkredit, buchstäblich für die Sonntagspredigt", eine Herabsetzung der Parteien erkannt hat. Auch eine Aktenwidrigkeit hinsichtlich der Feststellung des Kassationsgerichts, das Handelsgericht habe den I._kredit nicht zum Prozessgegenstand erklärt, sondern ihn vielmehr davon ausgenommen, ist nicht erkennbar, hat doch das Handelsgericht an der in der Beschwerde bezeichneten Stelle festgehalten, der Kredit an das Hotel I._ wäre ohnehin nicht Prozessgegenstand. Die Beschwerdeführerin legt im Übrigen auch nicht dar, inwiefern diese Frage für den Ausgang des Verfahrens entscheidend gewesen wäre.
Ebenfalls nicht aktenwidrig ist die Feststellung des Kassationsgerichts, die "buchstäblich für die Sonntagspredigt" gemachten Ausführungen des Experten seien in tatsächlicher Hinsicht zutreffend. Ein unlösbarer Widerspruch zu den Erwägungen des handelsgerichtlichen Entscheids liegt nicht vor, hielt doch das Handelsgericht ebenfalls fest, es habe sich beim Darlehen an die R._ AG um einen nicht korrekt gehandhabten Organkredit gehandelt; es verneinte jedoch einen zurechenbaren Schaden, da der Beschwerdegegnerin der Nachweis nicht gelungen sei, dass pflichtwidrig Sonderkonditionen gewährt worden wären. Die Rüge ist unbegründet.
7.6 Die Beschwerdeführerin rügt hinsichtlich der Titulierung des Inhabers der Beschwerdeführerin als "Schänder" eine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 und <ref-law>. Sie trägt hierzu vorwiegend sprachliche Überlegungen ins Feld und kritisiert damit die Erwägung der Vorinstanzen, der verwendete Begriff könne im allgemeinen Sprachgebrauch auch im Sinne von "Schädiger" verstanden werden. Damit übersieht sie, dass das Kassationsgericht sich zu Recht nicht in erster Linie von dieser Überlegung hat leiten lassen, sondern vielmehr weitere Gesichtspunkte als entscheidender erachtet hat. Das Kassationsgericht hat erwogen, dass die Bezeichnung von A._ als "Schänder des internen Kontrollsystems" nicht unvermittelt erfolgte, sondern aufgrund eingehender Darstellungen von Pflichtverletzungen durch A._. Der Gutachter habe sich durchaus kritisch zu dessen Rolle geäussert und dies mit dem von ihm verwendeten Ausdruck klarstellen wollen, wenn auch mit einem sprachlichen Missgriff. Das Kassationsgericht hat dabei die Verwendung des fraglichen Ausdrucks im Kontext der Ausführungen des Gutachters gewürdigt und dafür gehalten, dass die Bezeichnung von A._ als "Schänder des internen Kontrollsystems" der Beschwerdegegnerin, wenn auch sprachlich unangemessen, so doch nachvollzieh- und vertretbar und die nachträgliche Annahme eines objektiv begründeten Anscheins der Befangenheit nicht gerechtfertigt sei.
Diesen nachvollziehbaren Erwägungen der Vorinstanz hält die Beschwerdeführerin lediglich die Behauptung entgegen, der Gesamtzusammenhang lasse nur den Schluss zu, dass der Experte ganz bewusst und gezielt diesen Ausdruck verwendet habe. Damit verfehlt sie die gesetzlichen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Im Übrigen wirft die Beschwerdeführerin dem Kassationsgericht zu Unrecht vor, die Feststellung, wonach der Experte den Begriff nicht gegenüber einer natürlichen Person verwendet habe, sei aktenwidrig bzw. willkürlich. Das Kassationsgericht hat darauf abgestellt, dass der Begriff vom Gutachter offensichtlich nicht in einem strafrechtlichen Sinn und "auch nicht in Bezug auf Handlungen gegenüber einer natürlichen Person verwendet" wurde, sondern es an der fraglichen Stelle vielmehr darum gegangen sei, dass A._ damit die Beschwerdegegnerin geschädigt habe. Die Vorinstanz hat damit keineswegs in Abrede gestellt, dass der Begriff gegenüber A._, also einer natürlichen Person, geäussert wurde, berücksichtigte jedoch, dass sich die mit dem Ausdruck kritisierten Handlungen gegen eine juristische Person, nämlich die Beschwerdegegnerin richteten. Die Rüge ist insgesamt unbegründet.
7.7 Auch in ihren weiteren Ausführungen vermag die Beschwerdeführerin keine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 bzw. <ref-law> aufzuzeigen. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Äusserungen des Gutachters zum Verkehr mit dem Obergericht des Kantons Zürich sowie zu den Urteilen dieses Gerichts, auf die im zu beurteilenden Fall nicht abgestellt wurde, den Gutachter als gegenüber der Beschwerdeführerin befangen erscheinen liesse.
Das Kassationsgericht hat weiter erwogen, der vom Gutachter angesichts der vielfältig von den Beklagten bzw. deren Rechtsvertretern vorgebrachten Kritik dezidiert vertretene Standpunk als Bankfachmann begründe keinen Anschein von Befangenheit; zudem habe der Gutachter in Berücksichtigung der von den Rechtsvertretern an ihn gerichteten Bemerkungen pointierte Formulierungen verwenden dürfen, ohne dass deswegen nachträgliche Befangenheit zu bejahen wäre. Wenn die Beschwerdeführerin dem entgegenhält, es sei nochmals klarzustellen, dass am Gutachter geübte Kritik nicht am Anfang gestanden habe, sondern "lediglich die Antwort auf all die Polemiken und Angriffe des Experten in seinem Gutachten" gewesen sei, übt sie lediglich appellatorische Kritik an den tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Entscheids, ohne eine hinreichende Sachverhaltsrüge zu erheben. Im Übrigen zeigt die Beschwerdeführerin auch im Zusammenhang mit den Äusserungen des Gutachters gegenüber dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin nicht auf, inwiefern diese Äusserungen den Anschein der Befangenheit der Beschwerdeführerin gegenüber erweckt haben soll. Die Begründung des Kassationsgerichts hält vor der Bundesverfassung stand.
7.8 Die Rügen hinsichtlich der weiteren Umstände, die von der Beschwerdeführerin gegen den Gutachter ins Feld geführt werden, erweisen sich ebenfalls als unbegründet. Den verschiedenen in der Beschwerdeschrift wiederholt aufgeführten Äusserungen des Gutachters, die von der Beschwerdeführerin als Beleg der "Selbstherrlichkeit und Selbstüberschätzung des Experten" gewertet werden, hat das Kassationsgericht im Hinblick auf die Frage der Befangenheit zu Recht keine Bedeutung beigemessen. Inwiefern damit ein Anschein der Voreingenommenheit gegenüber der Beschwerdeführerin erweckt werden soll, wird in der Beschwerde nicht aufgezeigt und ist auch nicht ersichtlich. Der im gleichen Zusammenhang erhobene Vorwurf der Gehörsverletzung ist ebenfalls nicht stichhaltig.
7.9 Soweit sich den Ausführungen der Beschwerde zur Behauptung, die Voreingenommenheit des Experten zeige sich darin, dass dieser zu Lasten der Beschwerdeführerin immer die für sie ungünstigste Variante gewählt habe, überhaupt hinreichend begründete Rügen gegen den angefochtenen Entscheid entnehmen lassen, sind diese unbegründet. Das Kassationsgericht hat die verfassungsmässigen Verfahrensrechte der Beschwerdeführerin nicht verletzt, wenn es auf ihre Aktenwidrigkeitsrüge mangels hinreichender Begründung nicht eintrat. Das Kassationsgericht begründete sein Nichteintreten damit, dass die Beschwerdeführerin nicht dargelegt habe, wo im Gutachten der Experte von der ungünstigsten Variante ausgegangen sein soll und es nicht Sache des Gerichts sei, im umfangreichen Gutachten danach zu forschen. Die Beschwerdeführerin bringt hierzu vor, sie habe in ihrer Nichtigkeitsbeschwerde auf eine ihrer Eingaben im handelsgerichtlichen Verfahren verwiesen, wobei dieses Aktenstück wiederum auf die fragliche Stelle in der Ergänzung zur Expertise hingewiesen habe. Eine Verletzung von Art. 9 bzw. <ref-law> liegt nicht vor, wenn das Kassationsgericht den indirekten Aktenverweis als ungenügend erachtete und auf die Rüge nicht eintrat.
7.10 Mit ihren Vorbringen bezüglich der Bemerkungen des Experten zum Bericht der Treuhandgesellschaft X._ wiederholt die Beschwerdeführerin lediglich ihre bereits dem Kassationsgericht vorgetragenen Ausführungen, während eine Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids fehlt. Abgesehen davon zeigt sie einmal mehr nicht auf, inwiefern in den entsprechenden Äusserungen eine Befangenheit zum Ausdruck kommen soll.
7.11 Die Beschwerdeschrift wiederholt unter dem Titel "im angefochtenen Entscheid vor Handelsgericht nicht gewürdigt" zunächst wortwörtlich die bereits in der Nichtigkeitsbeschwerde vorgetragenen Ausführungen und unterbreitet dem Bundesgericht im Weiteren mehrheitlich ihre eigene Ansicht, ohne sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinanderzusetzen. So hat das Kassationsgericht die Begründung in der Nichtigkeitsbeschwerde als unzureichend erachtet, da nicht klar wurde, welche tatsächliche Feststellung willkürlich sein soll. Auch aus ihrer Beschwerdeschrift geht nicht hervor, welcher konkrete Beweis willkürlich gewürdigt worden wäre. Die weiteren Rügen der Verletzung der Begründungspflicht wies das Kassationsgericht ab. Dennoch beanstandet die Beschwerdeführerin lediglich einzelne Überlegungen des Kassationsgerichts, zeigt jedoch nicht konkret auf, inwiefern ihr die Anfechtung des handelsgerichtlichen Entscheids verunmöglicht worden wäre und das Kassationsgericht folglich eine Verletzung der Begründungspflicht zu Unrecht verneint hätte. Die Vorbringen stossen ins Leere.
7.12 Auch zur Problematik des Gutachtens von G._ zitiert die Beschwerdeführerin über weite Strecken lediglich aus ihrer Nichtigkeitsbeschwerde. Teilweise streut sie einzelne Ausführungen ein, in denen sie zwar das Kassationsgericht kritisiert, aus denen sich jedoch keine gehörige Rügen entnehmen lässt. Zudem begründet sie ihre Vorbringen damit, der Experte habe "massiv auf G._ abgestellt", obwohl sich dem angefochtenen Entscheid entsprechende Feststellungen nicht entnehmen lassen (vgl. <ref-law>), und ohne dass die Beschwerdeführerin eine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge erheben würde. Im Übrigen behauptet sie zwar, selbst wenn für den Experten lediglich ausschliesslich seine eigene Beurteilung massgebend gewesen wäre, hätten Art. 9 und <ref-law> erfordert, dass sie an der Erhebung und Auswertung der Quellen des Experten hätte mitwirken können, begründet jedoch nicht, inwiefern sich aus den genannten Bestimmungen ein solches Mitwirkungsrecht ergeben soll. Abgesehen davon verkennt die Beschwerdeführerin, dass sie den Nachweis der fehlenden Mitwirkung am Gutachten G._ zu erbringen gehabt hätte, zumal sie daraus die Unverwertbarkeit bzw. einen Ablehnungsgrund ableitet (<ref-law>). Davon, dass ihr der Nachweis der Verweigerung einer beantragten Mitwirkung in einem Gerichtsverfahren unmöglich gewesen wäre, da es sich um eine negative Tatsache handle, kann keine Rede sei. Im Übrigen hat das Kassationsgericht nicht auf die Beweislosigkeit hinsichtlich der fehlenden Mitwirkung abgestellt, sondern eine Verletzung des Gehörsanspruchs auch unter Annahme einer solchen für unbegründet erachtet. Entsprechend hatte das Kassationsgericht keine Veranlassung, auf die Rüge hinsichtlich der Beweislosigkeit einzugehen. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin stossen ins Leere, soweit sie überhaupt hinreichend begründet sind.
8. Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren verfahrensrechtlichen Vorbringen sowie ihren Sachverhaltsrügen nicht durch. Da sie in ihrer Rechtsschrift in unzulässiger Weise Sachverhaltsrügen und rechtliche Vorbringen vermengt, ist im Folgenden nur noch insoweit auf die Beschwerde einzugehen, als zumindest sinngemäss erkennbar ist, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt sein sollen, wenn die Feststellungen im Entscheid des Handelsgerichts zugrunde gelegt werden.
8.1 Fehl geht vorab die in der Beschwerde geäusserte Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe den Schaden nicht genügend substantiiert und nicht einmal eine grundsätzliche Umschreibung dessen abgegeben, was ihrer Ansicht nach den Schaden ausmachen solle. Gemäss dem angefochtenen Entscheid des Handelsgerichts hat die Beschwerdegegnerin vorgebracht, dass sie im Zeitpunkt, als die Pflichtverletzungen begannen, also zu Beginn des Jahres 1989, über eigene Mittel von rund 12 Mio. verfügte, und nach ihrer Auffassung ohne Pflichtverletzungen ein durchschnittlicher Jahresgewinn von rund Fr. 550'000.-- erzielt worden wäre, womit sich das Eigenkapital erhöht hätte. Als Folge der Pflichtverletzungen seien ihre eigenen Mittel vernichtet worden, nachdem der Bankbetrieb zum Nullwert habe an die Bank Q._ übertragen werden müssen. Wie das Handelsgericht zutreffend erwog, hat die Beschwerdegegnerin damit hinreichend substantiiert, dass sich ihr Eigenkapital, das zu Beginn der Pflichtverletzungen eine bestimmte Höhe aufwies, in den Folgejahren bei ordentlicher Geschäftsführung erhöht hätte, sofern sie nicht als Folge der Pflichtverletzungen ihr Bankgeschäft Mitte 1996 an die Bank Q._ hätte übertragen müssen. Eine Verletzung von Bundesrecht ist nicht ersichtlich. Die darüber hinaus erhobene Rüge, der Beweisantrag der Beschwerdegegnerin auf Einholung einer Expertise zur Schadensberechnung sei ungenügend gewesen, stösst ins Leere. Welchen formellen Anforderungen ein Beweisantrag genügen muss, beurteilt sich nach kantonalem Recht, dessen Überprüfung dem Bundesgericht grundsätzlich entzogen ist (vgl. <ref-law>). Die Beschwerdeführerin stellt selbst nicht grundsätzlich in Abrede, dass eine Expertise beantragt wurde, sondern hält den Antrag für unzureichend, weshalb sich ihre Ausführungen zur angeblich verfassungswidrigen Auslegung von Art. 93 ZPG/SG hinsichtlich der Anordnung eines Gutachtens von Amtes wegen als unerheblich erweisen.
8.2 Das Handelsgericht hat eine Bindung an das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 14. Juli 2006 verneint, gemäss dem A._ freigesprochen wurde, soweit das Obergericht auf die Anklage eintrat. Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang zu Unrecht eine Verletzung von <ref-law>. Unbehelflich sind zunächst ihre Vorbringen, soweit sie aus der genannten Bestimmung sowie gestützt auf Art. 9 und 29 BV eine Bindung des Handelsgerichts an den strafgerichtlichen Entscheid hinsichtlich der Schuldfrage sowie des Schadens ableiten will. Nach dem klaren Wortlaut von <ref-law> hat der Zivilrichter mindestens über die Schuldfrage und die Schadensbestimmung gerade frei zu entscheiden, ohne sich dabei durch ein vorausgegangenes Strafurteil gebunden zu fühlen (<ref-ruling> E. 3 S. 410 f.; <ref-ruling> E. 5b S. 158 f.). Im Übrigen steht es jedoch den Kantonen von Bundesrechts wegen frei, die Verbindlichkeit eines Strafurteils für den Zivilrichter vorzusehen. Wie weit dieser auf Ermittlungen und tatsächliche Feststellungen des Strafrichters abstellen darf und will, ist ebenfalls eine Frage des kantonalen Prozessrechts (BGE <ref-ruling> E. 5c S. 161). Dass das anwendbare Verfahrensrecht des Kantons St. Gallen eine derartige Bindung vorsieht, behauptet jedoch auch die Beschwerdeführerin nicht.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts hindert den Zivilrichter seine Unabhängigkeit in der Feststellung und Beurteilung des Sachverhalts zwar nicht daran, die Beweisergebnisse der Strafuntersuchung abzuwarten und mitzuberücksichtigen; dass er dannzumal nicht grundlos von der Auffassung des Strafrichters abgehen wird, ist jedoch eine Frage der Zweckmässigkeit und nicht ein Satz des Bundesrechts (<ref-ruling> E. 3 S. 411). Von diesen Grundsätzen abzuweichen, besteht entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin kein Anlass. Das Handelsgericht hat <ref-law> nicht verletzt, wenn es sich nicht an das strafgerichtliche Urteil des Obergerichts gebunden erachtete. Ebenso wenig vermag die Beschwerdeführerin einen unhaltbaren Widerspruch (<ref-law>) aufzuzeigen mit dem Hinweis darauf, das Handelsgericht habe sich auf weitere Unterlagen aus dem Strafverfahren gestützt, zumal es diese im Rahmen der freien Beweiswürdigung berücksichtigte und nicht aufgrund einer irgendwie gearteten Bindung an die darin enthaltenen Erkenntnisse. Hinsichtlich der Gehörsrüge (<ref-law>) verkennt die Beschwerdeführerin, dass das Kassationsgericht darauf mangels hinreichender Begründung nicht eingetreten ist.
8.3 Die Beschwerdeführerin vermag im Zusammenhang mit dem von ihr erhobenen Einwand "volenti non fit iniuria" keine Bundesrechtsverletzung darzutun. Auch wenn sich die Haftung der bankengesetzlichen Revisionsstelle nach den damals geltenden Bestimmungen des Bundesgesetzes über die Banken und Sparkassen vom 8. November 1934 (BankG; SR 952.0) nicht nach <ref-law>, sondern nach <ref-law> richtete (siehe nunmehr <ref-law>), vermag sich die Beschwerdeführerin nicht mit dem Einwand zu befreien, die Verwaltungsräte hätten in die Schädigung eingewilligt. Die Beschwerdeführerin hatte einerseits die Jahresrechnung nach Form und Inhalt gemäss den gesetzlichen, statutarischen und reglementarischen Vorschriften zu prüfen und andererseits festzustellen, ob die bankengesetzlichen Bestimmungen beachtet und die Voraussetzungen der Bewilligungen eingehalten worden sind (HANS GEIGER, in: Bodmer/Kleiner/Lutz, Kommentar zum schweizerischen Bankengesetz, Ausgabe Mai 2006, N. 106 zu Art. 18-22 BankG). Sie war im Rahmen ihrer Aufgaben gerade dazu berufen, im Falle von Unzulänglichkeiten Vorbehalte anzubringen und entsprechend den bankengesetzlichen Vorschriften einzuschreiten. Wie das Handelsgericht zutreffend erwog, war die Beschwerdeführerin, die neben dem ehemaligen Direktor E._ über das grösste Fachwissen und den weitgehendsten Einblick in die einzelnen Geschäfte der Beschwerdegegnerin verfügte, verpflichtet, bei den einzelnen Kreditvergaben die notwendigen Fragen zu stellen, entsprechende Vorbehalte anzubringen und allenfalls entsprechend den bankengesetzlichen Bestimmungen tätig zu werden. Die Beschwerdeführerin kann sich nicht mit dem Einwand von der Haftung befreien, der Verwaltungsrat habe die Verfehlungen bei der Kreditvergabe, gegen die sie als bankengesetzliche Revisionsstelle im Rahmen ihrer Aufgaben hätte einschreiten müssen, gekannt. Abgesehen davon ist auch den von der Beschwerdeführerin erwähnten Feststellungen des Handelsgerichts nicht zu entnehmen, dass die Verwaltungsräte den pflichtwidrigen Handlungen und Unterlassungen der Beschwerdeführerin, die den Pflichtverletzungen der beklagten Organe überwiegend nachgelagert sind, zugestimmt hätten. Das Handelsgericht hat demnach <ref-law> nicht verletzt, wenn es den Einwand "volenti non fit iniuria" als unbegründet erachtete.
8.4 Nachdem sich die Rügen der Aktenwidrigkeit bzw. der Willkür unter dem Titel "Haftungsbefreiung für die Beklagten 2 und 10" als ungenügend begründet erwiesen haben und die übrigen Vorbringen zur angeblichen Gesamtwirkung des Verzichts der Beschwerdeführerin rein appellatorisch sind, ist auf die damit verbundene Rüge der Verletzung von <ref-law> nicht einzutreten.
Die eventualiter gerügte Verletzung von <ref-law> ist unbegründet. Unter der Annahme einer Haftungsbefreiung der Beklagten 2 und 10 ohne schuldbefreiende Gesamtwirkung auch gegenüber den übrigen Beklagten, könnte die Beschwerdeführerin, soweit sie mehr als ihren Teil bezahlt, nach <ref-law> auf die weiteren Haftpflichtigen Rückgriff nehmen. Dies gilt auch den Beklagten 2 und 10 gegenüber, sofern diese für den verursachten Schaden tatsächlich mithaften (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 119). Der Rückgriff des Solidarschuldners erstreckt sich auf alle Mitschuldner, die zu ihm im Solidaritätsverhältnis standen, auch auf solche, die der Gläubiger individuell von ihrer Verpflichtung befreit hat. <ref-law> bezieht sich nicht auf den Fall, dass der Gläubiger einen Solidarschuldner aus der Haftung entlässt, denn darin liegt keine Begünstigung des Entlassenen zum Schaden der Übrigen (von Tuhr/Escher, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, Bd. II, 3. Aufl. 1974, S. 313). Dass die Beschwerdegegnerin Sicherheiten freigegeben hätte, womit ihr Regress gegen die übrigen Solidarschuldner gefährdet würde, macht die Beschwerdeführerin zu Recht nicht geltend. Eine Besserstellung dieser beiden Solidarschuldner zu Lasten der Beschwerdeführerin im Sinne von <ref-law> besteht nicht.
8.5 Die Ausführungen der Beschwerdeführerin unter dem Titel "Differenzierte Solidarität, Verletzung von <ref-law> und <ref-law>" sind unklar und lassen keine begründete Rüge am angefochtenen Entscheid des Handelsgerichts erkennen. Sie äussert sich dabei zur hypothetischen Haftungsquote der Beklagten 3, 4, 5, 7 und 9 sowie zum Umfang eines möglichen Regresses ihrerseits gegenüber diesen Beklagten, die jedoch infolge Vergleichs mit der Beschwerdegegnerin aus dem Verfahren ausgeschieden sind. Es ist daher weder dargetan noch ersichtlich, inwiefern diese Darlegungen für das Beschwerdeverfahren entscheidwesentlich sein sollen.
Im Übrigen ist die Beschwerde widersprüchlich, wenn die Beschwerdeführerin zunächst erklärt, sie bestreite selbst nicht, dass dem Vergleich der Beschwerdegegnerin mit den Beklagten 3, 4, 5, 7 und 9 angesichts des klaren Wortlauts von Ziff. 3 keine umfassende Gesamtwirkung für die übrigen Beklagten zukommen könne, dann jedoch im gleichen Zusammenhang vorbringt, durch den Vergleich sei die Belangbarkeit der Beschwerdeführerin auf den im Innenverhältnis zu tragenden Anteil beschränkt worden. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die Wirkungen eines Vergleichsabschlusses mit einem Solidarschuldner für die übrigen Schuldner nicht anhand einer festen Regel, sondern durch Auslegung der Vergleichsvereinbarung zu ermitteln ist (<ref-ruling> E. 4.2 und 4.3 S. 119 ff.). Inwiefern das Handelsgericht bei der Auslegung des konkreten Vergleichs die geltenden Grundsätze zur Vertragsauslegung verletzt hätte, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Die Rüge, Art. 147 Abs. 2 und <ref-law> seien verletzt worden, ist unbegründet.
9. Die Beschwerdeführerin wirft dem Handelsgericht vor, ihre Verjährungseinrede zu Unrecht verworfen zu haben.
9.1 Das Handelsgericht hat zunächst ausgeführt, dass gemäss <ref-law> bzw. aArt. 45 Abs. 1 BankG der Anspruch auf Schadenersatz gegen die nach <ref-law> bzw. aArt. 39-42 BankG verantwortlichen Personen in fünf Jahren von dem Tage an verjährten, an dem der Geschädigte Kenntnis vom Schaden und von der Person des Ersatzpflichtigen erlangt habe, jedenfalls aber mit dem Ablaufe von zehn Jahren, vom Tage der schädigenden Handlung an gerechnet. Dabei erwog es weiter, dass Kenntnis des Schadens vorliege, wenn der Geschädigte die Beschaffenheit und die wesentlichen Merkmale desselben kenne, d.h. alle tatsächlichen Umstände, die für eine Klageeinleitung und -begründung geeignet sind.
9.2 Gestützt auf diese Erwägungen wies das Handelsgericht die Einrede zurück, unter Berücksichtigung der Postaufgabe des Vermittlungsbegehrens vom 17. Oktober 2000, mit dem die Verjährung unterbrochen wurde, seien Handlungen, die vor dem 18. Oktober 1990 begangen wurden, absolut verjährt. Das Handelsgericht wies zutreffend darauf hin, dass die absolute Verjährungsfrist von zehn Jahren mit der schädigenden Handlung beginne, wobei bei fortgesetzten Handlungen bzw. Unterlassungen die Verjährung erst mit deren Abschluss zu laufen beginne (vgl. Widmer und andere, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3. Aufl. 2008, N. 4; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 18 N. 472; Bernard Corboz, in: Commentaire romand, Droit des obligations II, 2008, N. 27 zu <ref-law>).
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin hat das Handelsgericht Bundesrecht nicht verletzt, wenn es die ihr als pflichtwidrig vorgeworfenen Handlungen bzw. Unterlassungen als Einheit betrachtete, da jeweils das von den erteilten Krediten ausgehende Risiko nicht hinreichend reduziert wurde. Abgesehen davon stellt die Beschwerdeführerin unter Verweis auf verschiedenste Feststellungen des angefochtenen Entscheids die vorinstanzliche Annahme einer fortgesetzten Pflichtwidrigkeit in Frage, es geht aus ihren Ausführungen jedoch nicht hervor, welche konkreten Handlungen bzw. Unterlassungen als vor dem 17. Oktober 1990 abgeschlossen zu betrachten wären. Es wäre an der Beschwerdeführerin gewesen, die sich zufolge angeblichen Verjährungseintritts auf ein Leistungsverweigerungsrecht beruft, die entsprechenden Tatsachen vorzubringen und zu beweisen (<ref-law>). Die Vorbringen stossen ins Leere.
9.3 Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren, das Handelsgericht habe ihre Einrede des Eintritts der relativen fünfjährigen Verjährung zu Unrecht verworfen. Sie verweist dazu zunächst auf ihre Ausführungen zum Einwand "volenti non fit iniuria", die sich als nicht stichhaltig erwiesen haben (siehe vorn E. 8.3). Abgesehen davon, dass sich die Beschwerdeführerin nicht mit den konkreten Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt, verfängt ihr Einwand, das Handelsgericht habe übersehen, dass sie nur aus Vertrag ins Recht gefasst sei, im Zusammenhang mit der Frage des Ablaufs der fünfjährigen relativen Verjährungsfrist nicht. Vielmehr wäre diesfalls von der Anwendbarkeit der zehnjährigen Verjährungsfrist nach <ref-law> auszugehen.
Die Ausführungen zur Rolle von J._ sind sodann unbehelflich, da aus den entsprechenden Feststellungen des Handelsgerichts nicht hervorgeht, inwieweit dieser zu den erwähnten Zeitpunkten Kenntnis vom Schaden und den haftpflichtigen Personen gehabt hätte. Auch in dieser Hinsicht hätte die Beschwerdeführerin im Hinblick auf ihr angebliches Leistungsverweigerungsrecht Beweis erbringen müssen. Die Rüge, das Handelsgericht habe ihre Verjährungseinrede zu Unrecht verworfen, geht fehl.
10. Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, das Handelsgericht habe ihr zu Unrecht verschiedene Pflichtverletzungen vorgeworfen.
10.1 Soweit sie sich zur Begründung ihrer Rüge einmal mehr auf verschiedene Erwägungen des Urteils des Obergerichts des Kantons Zürich vom 14. Juli 2006 beruft, sind die Ausführungen der Beschwerdeführerin unbeachtlich. Wie aufgezeigt, ist dem Handelsgericht keine Bundesrechtsverletzung vorzuwerfen, wenn es sich nicht an das strafgerichtliche Urteil des Obergerichts gebunden erachtete (siehe vorn E. 8.2).
10.2 Die weiteren Ausführungen der Beschwerde, soweit sie sich überhaupt gegen den handelsgerichtlichen Entscheid richten, sind weitgehend appellatorisch und setzen sich kaum mit den konkreten Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinander. So ist auf das pauschale Vorbringen nicht einzutreten, ein Klumpenrisiko wäre für sie nicht erkennbar gewesen, weshalb sie kein Verschulden treffe. Die Beschwerdeführerin genügt ihrer Begründungspflicht (<ref-law>) sodann nicht, wenn sie dem Handelsgericht ohne weitere Darlegungen vorwirft, es habe dem Umstand zu wenig Beachtung geschenkt, dass der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin unter "Rückdelegation" der Aufgaben des Bankausschusses über die Gewährung der einzelnen Kredite entschied. Daraus wird nicht klar, inwiefern das Handelsgericht bei der Beurteilung der Pflichtwidrigkeit der Beschwerdeführerin Bundesrecht verletzt haben soll. Auch ist nicht erkennbar, inwiefern das Handelsgericht verkannt hätte, dass die Beschwerdeführerin verpflichtet war, Klumpenrisiken zu melden und nicht, diese zu vermeiden. Auf die übrigen Ausführungen zur Frage der Pflichtverletzung, die rein appellatorisch sind und keine zulässige Rüge einer Verletzung von Bundesrecht erkennen lassen, soweit sie sich überhaupt gegen den handelsgerichtlichen Entscheid richten, ist nicht einzugehen, mit Ausnahme der nachfolgenden Erwägungen.
10.3 Die Beschwerdeführerin beruft sich zu Unrecht darauf, dass die damaligen gesetzlichen Grundlagen hinsichtlich des Klumpenrisikos nur eine kapitalmässige Betrachtungsweise erforderten und spätere Gesetzesänderungen nicht nachträglich rechtliche Wirkungen entfalten könnten. Soweit sie damit eine unzulässige Rückwirkung geltend macht, stösst das Vorbringen ins Leere. Das Handelsgericht hat zur Beurteilung des Klumpenrisikos auf die damals geltende Fassung von Art. 21 Abs. 5 der Verordnung über die Banken und Sparkassen (Bankenverordnung, BankV; SR 952.02) in Verbindung mit <ref-law> abgestellt und nicht etwa auf eine erst später in Kraft gesetzte Bestimmung. Es hat mit Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 384 f.) zutreffend erwogen, dass auch bei einer bloss stimmenmässigen Beherrschung verbundene Gesellschaften und Personen als Einheit gemäss aArt. 21 Abs. 5 BankV (AS 1972 828) zu behandeln seien und weiter dargelegt, dass es bei der Berücksichtigung des erwähnten Bundesgerichtsentscheids nicht um eine rückwirkende Anwendung einer Norm gehe, sondern um eine Auslegung einer bereits zum damaligen Zeitpunkt geltenden Bestimmung. Darauf geht die Beschwerde jedoch nicht ein. Eine Verletzung von Bundesrecht ist nicht ersichtlich.
10.4 Unbegründet ist die Rüge der Beschwerdeführerin, es fehle hinsichtlich der Verhinderung des Bewilligungsentzugs an einer Schutznorm zur Begründung der Widerrechtlichkeit. Die bankengesetzliche Revisionsstelle steht zum geprüften Institut in einem privatrechtlichen Auftragsverhältnis (<ref-ruling> E. 5a S. 318), wobei das Bankengesetz gewisse Mindestanforderung hinsichtlich des Vertragsinhalts stellt (ROLF WATTER, in: Basler Kommentar zum Bankengesetz, 2005, N. 19 zu <ref-law>). Die Haftung der bankengesetzlichen Revisionsstelle gegenüber dem zu prüfenden Institut richtete sich nach dem damals anwendbaren Recht nach <ref-law> (GEIGER, a.a.O., N. 96 zu Art. 18-22 BankG; DIETER ZOBL/STEFAN KRAMER, Schweizerisches Kapitalmarktrecht, 2004, Rz. 717; BÖCKLI, a.a.O., § 18 N. 167; siehe nunmehr <ref-law>, wonach sich die Verantwortlichkeit der von der Bank ernannten Prüfgesellschaften nach Art. 752-760 OR richtet), was auch die Beschwerdeführerin nicht in Frage stellt. Eine Verletzung ihrer gesetzlich definierten Vertragspflichten gegenüber der Beschwerdegegnerin führt demnach - die weiteren Tatbestandselemente vorausgesetzt - zur Haftung der Beschwerdeführerin nach <ref-law>, ohne dass es einer besonderen Schutznorm bedürfte. Dass sie aufgrund ihres Prüfungsauftrags verpflichtet gewesen wäre, im Falle von Klumpenrisiken Massnahmen einzuleiten und die Plafondüberschreitungen zu rügen, stellt auch die Beschwerdeführerin nicht in Abrede. Der Einwand, es fehle mangels Schutznorm an der Widerrechtlichkeit, verfängt nicht.
11. Die Beschwerdeführerin wirft dem Handelsgericht verschiedentlich vor, den bundesrechtlichen Schadensbegriff bzw. die massgebenden Grundsätze der Schadensberechnung verkannt zu haben.
11.1 Sie bringt vor, der massgebende Schaden bestehe entgegen den handelsgerichtlichen Erwägungen nicht in der Differenz zwischen dem Unternehmenswert der Beschwerdegegnerin, den sie bei ordentlicher Geschäftsführung gehabt hätte, und dem Preis Null, zu dem die Beschwerdegegnerin von der Bank Q._ übernommen worden sei. Das Handelsgericht habe den Schaden zu Unrecht aus der Sicht der Aktionäre und nicht der Gesellschaft selbst definiert. Ein allfälliger Schaden der Bank sei nicht gleichzusetzen mit der Verminderung des Unternehmenswerts, vielmehr würde sich der durch die Gesellschaft selbst eingeklagte Schaden richtigerweise bemessen als Differenz zwischen dem Vermögensstand der Gesellschaft mit und ohne die geltend gemachten Pflichtverletzungen. Das Handelsgericht habe unter Verletzung des bundesrechtlichen Schadensbegriffs für den falschen Schaden Ersatz zugesprochen, nämlich für den (mittelbaren) Eigenkapitalschaden der Aktionäre anstelle des (unmittelbaren) Schadens der Gesellschaft selber.
Die Beschwerdeführerin weist zu Recht darauf hin, dass im zu beurteilenden Fall nicht der Schaden der Aktionäre, sondern die von der Gesellschaft selbst erlittene Vermögenseinbusse zu beurteilen ist. Es trifft demnach zu, dass der Schaden als Differenz zu berechnen ist zwischen dem gegenwärtigen Vermögensstand der Beschwerdegegnerin (d.h. nach Übertragung des Unternehmens zu Null) und dem (hypothetischen) Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (dazu <ref-ruling> E. 4 S. 366, 564 E. 6.2 S. 575 f.; <ref-ruling> E. 2e/aa S. 26). Die Formulierung der Vorinstanz, der Schaden bestehe in der "Differenz zwischen dem Unternehmenswert der Klägerin, welchen sie bei ordentlicher Geschäftsführung gehabt hätte, und dem Preis von Null, zu welchem grundsätzlich die Klägerin von der Bank Q._ übernommen wurde, ... d.h. bei Veräusserung der Klägerin Mitte 1996" ist, für sich betrachtet, in zweierlei Hinsicht unzulänglich: Wie die Beschwerdeführerin zutreffend aufzeigt, wurde zum einen nicht die Beschwerdegegnerin selbst von der Bank Q._ übernommen, sondern sie übertrug ihr Bankgeschäft mit Aktiven und Passiven auf die Bank Q._, zum anderen geht es nicht um den Wert der Beschwerdegegnerin (etwa für ihre Aktionäre), sondern um denjenigen ihres Vermögens. Wie allerdings aus den Erwägungen des Handelsgerichts hervorgeht, hat es keineswegs verkannt, dass die fragliche Übernahme durch die Bank Q._ als Geschäftsübernahme im Sinne von <ref-law> strukturiert war und der direkte Schaden der Gesellschaft, und nicht etwa derjenige der Aktionäre, zur Diskussion stand. Obwohl die in der Beschwerde erwähnte Formulierung insoweit unpräzis ist, als vom Unternehmenswert der Beschwerdegegnerin die Rede ist, so wird aus den handelsgerichtlichen Erwägungen klar, dass die Berechnung und das in Auftrag gegebene Gutachten zutreffend auf den Wert des von der Beschwerdegegnerin geführten Bankgeschäfts im Sinne von Aktiven und Passiven abstellte. Tatsächlich hat das Handelsgericht bei seiner Schadensberechnung auf den Substanzwert des übertragenen Bankgeschäfts abgestellt, und nicht etwa auf eine Bewertung der Beschwerdegegnerin selbst aus Sicht ihrer Aktionäre. Die Beschwerdeführerin vermag mit den von ihr beanstandeten Erwägungen keine Bundesrechtsverletzung aufzuzeigen. Entgegen ihrer Auffassung ist nicht erkennbar, dass das Handelsgericht seinem Entscheid einen unzutreffenden Schadensbegriff zugrunde gelegt hätte.
11.2 Die Beschwerdeführerin beruft sich sodann zu Unrecht darauf, die durch die Z._ Kommission beanstandeten Kredite an die C._-Gruppe seien ohne Verlust zurückbezahlt worden. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die nach der Übernahme des Bankgeschäfts erfolgten Rückzahlungen der Bank Q._ und nicht der Beschwerdegegnerin zukamen. Damit konnten die Rückzahlungen - abgesehen von der Ausgleichsverpflichtung nach Ziffer 4.2 des Geschäftsübernahmevertrags - keinen Einfluss mehr auf den Schaden der Beschwerdegegnerin haben, der sich als Differenz berechnet zwischen dem Vermögensstand nach Übertragung des Unternehmens zu Null und dem (hypothetischen) Stand ihres Vermögens ohne Pflichtverletzungen. Entgegen dem, was die Beschwerdeführerin anzunehmen scheint, besteht der Schaden der Beschwerdegegnerin nicht in einer Rückstellung für bestimmte Kredite, sondern in der Übertragung des Bankgeschäfts zu Null. Der Einwand der Beschwerdeführerin, es müssten nach den bundesrechtlichen Vorgaben alle bis zum Urteilszeitpunkt bekannt gewordene Tatsachen berücksichtigt werden, ist unbehelflich, da die nachträgliche Rückzahlung der Darlehen nicht aus prozessualen Gründen ausser Acht zu bleiben hat, sondern aufgrund der Bewirkung des Schadens durch die aufgrund des drohenden Bewilligungsentzugs unumgängliche Übertragung des Bankgeschäfts vielmehr aus schadensrechtlichen Gesichtspunkten unbeachtlich ist. Das Handelsgericht hat daher Bundesrecht nicht verletzt, wenn es die nach der Geschäftsübertragung erfolgte Rückzahlung von Darlehen - vorbehaltlich des vertraglich vereinbarten Ausgleichsmechanismus - für die Schadensberechnung als unbeachtlich erachtete.
11.3 Der Einwand der Beschwerdeführerin, es hätte der mutmassliche Unternehmenswerts bei ordnungsgemässem Geschäftsgang aufgrund ihrer Verjährungseinrede nicht ausgehend vom Vermögensstand per 31. Dezember 1988 bestimmt werden dürfen, verfängt nicht. Nachdem sie mit ihrer Verjährungseinrede nicht durchgedrungen ist, besteht keine Veranlassung, auf die Berücksichtigung von Tatsachen zu verzichten, die vor dem 17. Oktober 1990 bzw. 17. Oktober 1995 eingetreten sind. Das Handelsgericht durfte für die Beurteilung des Schadenersatzanspruchs ohne Verletzung von Bundesrecht den Schaden ausgehend vom tatsächlich erstellten Unternehmenswert per 31. Dezember 1988, also vor Beginn der Pflichtverletzungen, ermitteln.
Auch hinsichtlich des massgebenden Zeitpunkts für die Schadensberechnung ist keine Verletzung bundesrechtlicher Grundsätze erkennbar. Nachdem das Handelsgericht die Übertragung des Bankgeschäfts ohne Gegenleistung von Mitte 1996 als durch die Pflichtverletzungen u.a. der Beschwerdeführerin adäquat kausal verursacht erachtet hatte, stellte es hinsichtlich der Schadensberechnung zutreffend auf den hypothetischen Vermögensstand per 30. Juni 1996 ab. Der Umstand, dass die Beschwerdeführerin bereits vorher als bankengesetzliche Revisionsstelle ausschied und damit auch ihre Pflichtverletzungen aufhörten, vermag am endgültigen Schadenseintritt mit der Geschäftsübertragung, und damit am relevanten Zeitpunkt für die Ermittlung des hypothetischen Vermögensstands ohne schädigendes Ereignis, nichts zu ändern.
Soweit sich die übrigen Ausführungen der Beschwerdeführerin überhaupt gegen das Urteil des Handelsgerichts richten, sind keine zulässigen Rügen erkennbar. Insbesondere ihre Vorbringen zur Schadenminderungspflicht sowie zum Selbstverschulden sind rein appellatorisch und erfolgen ohne Auseinandersetzung mit den konkreten Erwägungen des angefochtenen Entscheids. Soweit sich die Beschwerdeführerin gestützt auf die Rückzession der Verantwortlichkeitsansprüche von der Bank Q._ an die Beschwerdegegnerin auf die Verrechnungseinrede gegenüber der Bank Q._ nach <ref-law> beruft, legt die Beschwerdeführerin zudem nicht dar, inwiefern ihr überhaupt eine Forderung gegenüber der Bank Q._ zustehen sollte, die sie zur Verrechnung bringen könnte. Darauf ist nicht einzutreten.
12. Die Beschwerdeführerin wehrt sich gegen die Kostenverlegung durch die Vorinstanzen.
12.1 Nicht einzutreten ist zunächst auf die Rüge hinsichtlich der Höhe der vom Handelsgericht sowie vom Kassationsgericht festgesetzten Gerichtskosten. Diese richten sich nach kantonalem Verfahrensrecht, dessen Verletzung vor Bundesgericht nicht gerügt werden kann (vgl. <ref-law>). Inwiefern die von der Beschwerdeführerin genannten kantonalen Bestimmungen verfassungswidrig angewendet worden wären, legt sie nicht dar (vgl. <ref-law>). Abgesehen davon hat sich die Feststellung des Handelsgerichts, die Beschwerdegegnerin habe aus dem Vergleich mit den Beklagten 3, 4, 5, 7 und 9 Fr. 2'525'000.-- erhalten (und nicht mehr, wie die Beschwerdeführerin behauptet), als nicht verfassungswidrig erwiesen (siehe vorn E. 6.3). Der in der Beschwerde geäusserte Vorwurf, die Vorinstanzen seien von einem zu hohen Streitwert ausgegangen, stösst damit ins Leere.
12.2 Soweit sich die Beschwerde gegen die Kostenverteilung durch das Handelsgericht richtet, vermag sie keine willkürliche Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts aufzuzeigen. Abgesehen davon, dass sie nicht darlegt, inwiefern <ref-law>/SG willkürlich angewendet worden sein soll, geht die Beschwerdeführerin nicht auf die Erwägung des Kassationsgerichts ein, wonach zu berücksichtigen sei, dass im Teilabschreibungsbeschluss vom 3. April 2006 die Prozesskosten bereits auf die am Vergleich beteiligten Beklagten verlegt worden waren. Entsprechend sei es im Hinblick auf <ref-law>/SG gerechtfertigt gewesen, die verbleibenden Prozesskosten auf die verbliebenen Beklagten und entsprechend dem Ausgang des Verfahrens zu verlegen. Der Einwand der Beschwerdeführerin, es könne doch nicht sein, dass sie schlechter gestellt werde, nur weil die Beschwerdegegnerin eine Vergleichszahlung erhalten habe, verfängt nicht, übersieht sie doch, dass im Falle eines Streitwerts von Fr. 10 Mio., also ohne Vergleich, auch die zu verteilenden Gerichts- und Parteikosten höher ausgefallen wären. Offensichtlich entspricht die der Beschwerdeführerin vom Handelsgericht auferlegte Quote von 93 % der gesamten Prozesskosten dem Verhältnis ihrer Schadenersatzpflicht (Fr. 6'969'000.--) zu dem nach dem Vergleichsabschluss offenen Klageumfang (Fr. 7'475'000.--). Von einer willkürlichen Kostenverteilung kann keine Rede sein.
12.3 Hinsichtlich der auferlegten Expertisekosten stösst die Beschwerde ins Leere. Die Beschwerdeführerin trägt unter Hinweis auf verschiedene kantonale Akten vor, der Gutachter habe unnötigen Aufwand betrieben, und die Expertisekosten könnten ihr daher nicht im vorgesehenen Umfang auferlegt werden. Ihre Vorbringen lassen sich in tatsächlicher Hinsicht nicht auf die Feststellungen des angefochtenen Entscheids stützen und sind daher unbeachtlich (<ref-law>).
12.4 Bezüglich der von der Beschwerdeführerin beantragten Kostenauflage an die Beschwerdegegnerin für die Expertenfrage 2 wiederholt die Beschwerdeführerin weitgehend wortwörtlich ihre bereits in der Nichtigkeitsbeschwerde vorgetragenen Ausführungen. Soweit sie überhaupt auf die Erwägungen des Kassationsgerichts eingeht, zeigt sie mit der blossen Bemerkung, sie habe nicht ein prozessual unterlassenes Parteigutachten gerügt, sondern den Verzicht der Beschwerdegegnerin auf eine gutachterliche Bewertung, auf welche diese gemäss dem Übernahmevertrag Anspruch gehabt hätte, keine Willkür auf.
Das Kassationsgericht hat unter Hinweis auf <ref-law>/SG ausgeführt, dass eine Partei dafür aufzukommen habe, wenn sie im Prozess oder ausserhalb des Prozesses unter Missachtung der zumutbaren Sorgfalt unnötige Prozesskosten verursache. Unnötig seien insbesondere Kosten, die infolge versäumter, verspäteter oder fehlerhafter Prozesshandlungen entstanden seien, was vorliegend ausgeschlossen werden könne. Es sei aber auch nicht als Missachtung der zumutbaren Sorgfalt zu werten, wenn die Beschwerdegegnerin eine gutachterliche Bewertung vorprozessual nicht durchgeführt habe, da es sich bei einer solchen Begutachtung ja nicht um ein gerichtliches Gutachten gehandelt hätte, sondern ihm grundsätzlich lediglich der Charakter von Parteibehauptungen (als Privatgutachten) zugekommen wäre. Das Kassationsgericht hat gestützt auf diese Überlegungen nachvollziehbar erwogen, die Beschwerdeführerin könne nichts zu ihren Gunsten ableiten, wenn die Begutachtung nun im Gerichtsverfahren erfolgte und deren Kosten nach Ausgang des Verfahrens verlegt wurden. Der Willkürvorwurf ist unbegründet.
13. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 30'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 35'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen und dem Kassationsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Leemann