Faits:
A. Statuant le 11 juillet 2008 sur requête de mesures protectrices de l'union conjugale de l'épouse, la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura a organisé la vie séparée de la famille X._; elle a par ailleurs mis les parties au bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.
B. Le 10 juillet précédent, X._ avait déposé une requête de mesures préliminaires et provisoires tendant en particulier à faire interdiction à sa femme de quitter la Suisse avec les enfants et à dire et constater qu'il pourra exercer son droit de visite durant deux semaines pendant les vacances scolaires d'été conformément à la convention partielle de séparation du 9 mai 2008. Il a en outre sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Par ordonnance de mesures préliminaires du 11 juillet 2008, la juge civile a notamment statué sur le droit de visite litigieux.
Dans leurs déterminations respectives des 5 et 18 août 2008 sur la requête de mesures provisoires, les parties ont constaté qu'au vu de l'ordonnance précitée à laquelle elles s'étaient conformées, la procédure de mesures provisoires était devenue sans objet. L'épouse a en outre requis l'assistance judiciaire.
Par jugement du 21 août 2008, la juge civile a constaté que la procédure concernant le droit de visite était devenue sans objet, l'a rayée du rôle et a rejeté les demandes d'assistance judiciaire déposées les 11 (recte 10) juillet et 5 août 2008.
Le 30 septembre 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté le recours formé par X._ contre ce jugement et l'a condamné à supporter ses propres frais judiciaires par 200 fr. Elle a admis, sans frais, celui de dame X._ qu'elle a par ailleurs mise au bénéfice de l'assistance judiciaire, lui désignant un mandataire d'office, dont elle a arrêté à 430 fr. 70 les honoraires récupérables auprès de l'Etat.
C. Contre cet arrêt, X._ interjette un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant à l'octroi de l'assistance judiciaire pour la procédure cantonale de mesures préliminaires et provisoires. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
Des réponses n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 Le refus de l'assistance judiciaire est une décision incidente susceptible de causer un dommage irréparable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 131). La voie du recours contre une telle décision est déterminée par le litige principal. Dès lors que la cause pour laquelle l'assistance judiciaire est requise se rapporte à une procédure de mesures provisoires concernant des relations personnelles, c'est-à-dire à une affaire civile non pécuniaire (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable indépendamment de la question de la valeur litigieuse.
Il en résulte que le recours constitutionnel est fermé (<ref-law>); l'écriture du recourant sera toutefois traitée comme recours en matière civile, dans la mesure où elle en remplit les conditions de recevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 382; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 399).
Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) contre une décision prise par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>).
1.2 Contrairement au recours de droit public (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 131 in fine ss; <ref-ruling> consid. 2c p. 5), les recours unifiés des <ref-law> ne sont pas purement cassatoires (<ref-law>). Les conclusions du recourant tendant à ce qu'il soit mis au bénéfice de l'assistance judiciaire dans la procédure cantonale de mesures préliminaires et provisoires sont donc en principe recevables.
2. L'autorité cantonale a confirmé la décision de la juge civile de refuser au recourant l'assistance judiciaire pour la procédure de mesures préliminaires et provisoires en se fondant notamment sur l'art. 29 al. 3 Cst. et la jurisprudence y relative ainsi que sur l'art. 76 al. 1 du Code de procédure civile de la république et canton du Jura du 9 novembre 1978 (CPC/JU; RS/JU 271.1), pour le motif que le requérant n'était pas indigent.
2.1 Comme le relève le recourant, l'<ref-law>/JU n'offre pas de garanties plus étendues que l'art. 29 al. 3 Cst. (cf. arrêt 4P.180/1996 du 28 août 1996, consid. 2b). C'est dès lors à la lumière des principes déduits de cette dernière norme qu'il convient d'examiner le mérite du présent recours.
En vertu de l'art. 29 al. 3 Cst., toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite; elle a droit aussi à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. Le Tribunal fédéral vérifie librement le respect de cette disposition, mais il ne revoit que sous l'angle restreint de l'arbitraire les constatations de fait de l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 14; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 133).
2.2 Selon le recourant, l'autorité cantonale serait tombée dans l'arbitraire en refusant de retenir que le voyage effectué en été 2008 en République dominicaine lui avait été offert par un ami.
2.2.1 En instance cantonale, le recourant avait exposé que, contrairement à ce que soutenait la juge civile, il avait transmis les informations relatives à la prise en charge de son voyage en République dominicaine. Comme le prouvait l'attestation produite, il n'avait pas eu à assumer personnellement les frais liés à cette semaine de vacances, lesquels avaient été payés par un ami.
Les juges cantonaux ont considéré qu'une telle opération n'était pas usuelle, car il n'était pas dans le cours normal des choses qu'un tiers paie les vacances de son ami. Le recourant n'avait en outre fourni aucun renseignement concernant la réalité du versement ni du paiement à l'agence par un tiers; il n'avait par ailleurs pas apporté la preuve des services qui auraient été rendus par son ami.
2.2.2 Cette appréciation des preuves résiste au grief d'arbitraire. Le recourant ne conteste pas qu'il n'est pas usuel de se faire offrir un voyage par un ami. Il se contente de prétendre qu'il est dans le cours ordinaire des choses de prendre des vacances en été, qui plus est lorsqu'elles sont offertes. Dans un contexte jugé inhabituel, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir recherché s'il n'y avait pas d'autres éléments clairs et indiscutables - telles la preuve de la réalité du paiement à l'agence par le tiers ou la nature des services que celui-ci rendait régulièrement au recourant - de nature à corroborer les pièces produites en appel, lesquelles ne consistaient qu'en une déclaration de l'ami et une confirmation de voyage. Or, l'autorité cantonale a constaté qu'aucune preuve n'avait été fournie à cet égard, ce que le recourant ne remet pas en question (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254). Dans de telles circonstances, il n'était pas insoutenable de retenir que le voyage du recourant n'apparaissait pas comme un cadeau.
2.3 Dans un second grief, le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir nié son indigence.
2.3.1 Selon la jurisprudence, une personne est indigente lorsqu'elle ne dispose pas des moyens lui permettant d'assumer les frais de procédure sans porter atteinte au minimum nécessaire à son entretien et à celui de sa famille (<ref-ruling> consid. 3b p. 205 et les arrêts cités).
2.3.2 En l'espèce, il est constant que le recourant a passé, du 30 juin au 7 juillet 2008, des vacances en République dominicaine, lesquelles se sont élevées, de son propre aveu, à environ 1'334 fr. 55. Il n'est en revanche pas établi que ce séjour lui ait été offert, en cadeau, par un ami (cf. supra, consid. 2.2). On doit donc considérer que le recourant a disposé des moyens nécessaires pour couvrir les frais de ce voyage. Dans de telles circonstances, l'autorité cantonale pouvait, sans violer l'art. 29 al. 3 Cst., considérer que le recourant n'était pas indigent, soit qu'il disposait des ressources lui permettant de subvenir, sans se priver du nécessaire, aux frais de la procédure - au demeurant brève - de mesures préliminaires et provisoires introduite le 10 juillet 2008.
3. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires seront supportés par le recourant qui succombe (<ref-law>). Comme le recours était d'emblée voué à l'échec, l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral doit être refusée (art. 64 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 31 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Jordan