Faits:
A. Le 1er août 2005, Y._ SA (ci-après: l'employeuse) a engagé X._ (ci-après: l'employée) en qualité de vendeuse, chargée de la vente et de la promotion de produits cosmétiques. Le contrat de travail prévoyait notamment un salaire mensuel composé d'un fixe de 4'000 fr. ainsi que de commissions de 3 % en cas de chiffre d'affaires jusqu'à 40'000 fr. et de 5 % au-delà. Selon les conditions convenues avec son assureur-accident, l'employeuse offrait à ses employés une couverture à 100 % - salaire fixe et commissions - en cas d'incapacité de travail due à un accident.
Du 28 mars au 31 mai 2007, l'employée a été en incapacité de travail totale suite à un accident; dès le 1er juin 2007, elle a été apte à travailler à 60 %. Le 18 février 2008, elle a été licenciée pour le 31 mai 2008 et libérée immédiatement de son obligation de travailler.
B. Le 18 juillet 2008, l'employée a ouvert action contre l'employeuse, concluant en dernier lieu à ce que celle-ci soit condamnée à lui verser les montants d'une part de 11'006 fr. 55 bruts (complément de salaire), d'autre part de 1'390 fr. 50 bruts (vacances), 16'414 fr. 20 bruts (heures supplémentaires), 5'500 fr. nets (frais de voiture) et 1'000 fr. nets (tort moral); l'employeuse a conclu au rejet de l'action et, reconventionnellement, à ce que l'employée soit condamnée à lui rembourser les sommes de 3'266 fr. nets et 4'800 fr. versées en trop.
Par jugement du 5 mai 2009, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a partiellement admis la demande de l'employée, condamnant l'employeuse à lui verser 11'006 fr. 40 bruts (complément de salaire), 5'775 fr. 50 bruts (heures supplémentaires) ainsi que 2'100 fr. nets (frais de voiture), et rejeté la demande reconventionnelle de l'employeuse.
L'employeuse a interjeté un appel cantonal, concluant au rejet de la demande et à l'allocation des prétentions reconventionnelles prises en première instance. L'employée a proposé le rejet de l'appel et, par appel incident, conclu à ce que son adverse partie soit condamnée au paiement de 11'006 fr. 55 bruts (salaire), 6'673 fr. 50 bruts (heures supplémentaires) et 2'100 fr. nets (frais de voiture).
Le montant de 11'006 fr. 55 bruts demandé par l'employée se décompose comme suit: 1'513 fr. 90 (prétendu solde des commissions pour le mois de février 2008), 3 x 1'269 fr. 85 (prétendu solde des commissions pour les mois de mars à mai 2008) et 5'683 fr. 10 (montant retenu par l'employeuse en compensation de commissions prétendument versées en trop pour les mois de juin 2007 à janvier 2008).
Par arrêt du 17 mai 2010, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a annulé le jugement du 5 mai 1999, condamné l'employeuse à payer à l'employée 242 fr. 35 bruts (complément de salaire pour la période de février à mai 2008) avec intérêts à 5 % l'an dès le 17 avril 2008 ainsi que 500 fr. nets (frais de voiture) plus intérêts à 5 % l'an dès le 31 mai 2008 et débouté les parties de toute autre conclusion.
C. L'employée (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à la réforme de l'arrêt du 17 mai 2010 dans le sens de la condamnation de son adverse partie à lui payer 11'006 fr. 55 (au lieu de 242 fr. 35) à titre de complément de salaire, avec intérêts à 5 % dès le 17 avril 2008. L'employeuse (l'intimée) propose le rejet du recours.

Considérant en droit:
1. La valeur litigieuse en cas de recours contre une décision finale est déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>), soit en l'occurrence 19'780 fr. 05 correspondant à l'addition des conclusions prises par la recourante dans son appel cantonal incident (cf. art. 52 et 53 LTF) et contestées entièrement par l'intimée; la valeur litigieuse ouvrant la voie du recours en matière civile dans les causes de droit du travail est ainsi atteinte (cf. <ref-law>). Le mémoire satisfait pour le surplus aux exigences légales; le recours est donc recevable.
2. Le recours présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral porte uniquement sur le paiement d'un complément de salaire; les autres prétentions portées devant les autorités cantonales ne sont plus litigieuses et sont ainsi liquidées (cf. <ref-law>).
2.1 Pour ce qui concerne la prétention en paiement d'un complément de salaire pour la période de février à mai 2008, la Cour d'appel a constaté en fait que durant cette période de quatre mois où la recourante était capable de travailler à 60 %, l'intimée lui avait versé chaque mois 60 % du salaire de base arrêté contractuellement ainsi que 60 % de la moyenne des commissions réalisées, à savoir un montant moyen de 3'174 fr. 55 que la recourante ne remettait pas en cause. Les juges cantonaux ont en outre retenu en fait que l'assureur-accident avait pour sa part versé des indemnités couvrant les 40 % restant tant du salaire de base que des commissions, soit 12'696 fr., dont la recourante avait perçu 12'453 fr. 65. La Cour d'appel a dès lors jugé que la recourante avait encore droit à la différence de 242 fr. 35 entre ces deux montants.
Pour ce qui concerne la prétention en paiement du montant de 5'683 fr. 10 retenu par l'intimée sur le salaire de la recourante de mai 2008, l'arrêt attaqué est muet.
2.2 La recourante se plaint d'une violation des art. 349a et 349c CO; elle soutient que s'il est indiscutable que l'intimée ne lui devait que 60 % de la part fixe du salaire à cause de son incapacité de travail de 40 %, il n'en allait pas de même pour la part variable de celui-ci; en effet, dès lors que la provision dépend uniquement du résultat obtenu, elle ne saurait être réduite du fait de son incapacité partielle de travail; elle estime avoir droit à l'entier des commissions.
L'intimée objecte que la recourante a reçu 60 % des commissions à titre de salaire et les 40 % restants à titre d'indemnité d'assurance, si bien que cette dernière n'a plus de créance à ce titre; elle ne saurait en effet cumuler l'entier du salaire et des prestations d'assurance pour perte de salaire.
2.3 La recourante a droit à l'entier de la commission découlant du chiffre d'affaires atteint par elle, car le montant de la commission dépend du seul chiffre d'affaires et aucunement du taux d'occupation de celui qui le réalise; il serait d'ailleurs pour le moins contradictoire que le montant de la commission soit inversement proportionnel à l'efficacité de celui qui génère un certain chiffre d'affaires. Si, à la suite de la réduction de sa capacité de travail due à l'accident, le chiffre d'affaires de la recourante a diminué, elle a droit à l'entier de la commission pour le chiffre réalisé et, en plus, à une indemnité pour la perte de commissions découlant de la diminution du chiffre d'affaires, car il est en l'espèce incontesté que la recourante est couverte à raison de 100 % de son salaire, commissions comprises.
Le sort du grief dépend ainsi du chiffre d'affaires sur la base duquel les commissions pour la période litigieuse ont été calculées. S'il s'agit du chiffre d'affaires de l'époque où la recourante travaillait à plein temps, il faudrait constater qu'elle a reçu 60 % des commissions antérieures de la part de l'intimée et 40 % de la part de l'assureur-accident, soit l'entier de ce qu'elle recevait avant l'accident; elle n'aurait pas droit à plus sous ce titre, n'ayant pas allégué avoir augmenté son chiffre d'affaires après l'accident. Si le chiffre d'affaires pris en compte est par contre celui réalisé durant la période où la recourante a travaillé à 60 % seulement et s'il est plus bas que celui d'avant l'accident, les montants versés par l'intimée et l'assureur-accident ne couvriraient pas l'entier de ce à quoi la recourante aurait droit au titre de commissions et d'indemnités pour perte de commissions.
La Cour d'appel s'est fondée sur un montant mensuel moyen des commissions de 3'174 fr. 55, chiffre retenu par l'intimée dans ses décomptes; elle ne précise pas sur quelle base ce montant a été arrêté. Le jugement de première instance constate par contre que les commissions payées par l'intimée pour les mois de mars, avril et mai 2008 correspondent à 60 % de 3'174 fr. 55 et que ce dernier montant est basé sur la moyenne des commissions réalisées les douze derniers mois, c'est-à-dire sur la période de mars 2007 à février 2008; cette même décision constate également que pour calculer la commission du mois de février 2008, il a été tenu compte du chiffre d'affaires réalisé entre le 1er et le 18 février 2008, jour du licenciement et de la libération de l'obligation de travailler, ainsi que de la moyenne des commissions réalisées sur les douze derniers mois; enfin, dans les considérants en droit dudit jugement, il est expressément relevé que l'intimée s'est fondée sur les chiffres d'affaires réalisés par la recourante à une période où celle-ci était en incapacité de travail de 40 %. Il en ressort clairement que le montant des commissions pour la période de février à mai 2008 n'a pas été calculé sur la base du chiffre d'affaires réalisé à l'époque où la recourante travaillait à plein temps. Quant au calcul des commissions également contestées dues pour la période de juin 2007 à janvier 2008, l'arrêt attaqué n'en dit simplement mot.
L'intimée soutient dans sa réponse que le chiffre d'affaires de la recourante n'a pas diminué ensuite de la réduction de son taux d'activité; cela ne ressort toutefois pas de l'arrêt attaqué. Les chiffres d'affaires mensuels générés par la recourante durant son activité au service de l'intimée n'ont pas été établis. En l'état, il n'est dès lors pas possible de calculer les commissions dues à la recourante pour la période de juin 2007 à mai 2008. Il s'ensuit l'admission partielle du recours et le renvoi de la cause à la Cour d'appel.
3. Aucune des parties n'obtenant entièrement gain de cause, il se justifie de mettre les frais judiciaires par moitié à la charge de chaque partie et de compenser les dépens (cf. art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis.
2. L'arrêt du 17 mai 2010 est annulé dans la mesure où il est attaqué.
3. La cause est renvoyée à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis par moitié à la charge de chaque partie.
5. Il n'est pas alloué de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 3 septembre 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz