Sachverhalt:
A. Der als Metallbauer erwerbstätig und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert gewesene E._ (Jahrgang 1981) sprang am 5. Juni 2002 am Meeresstrand von einer Klippe und prallte gegen einen Felsen. Seither leidet er an einer sensomotorisch kompletten Tetraplegie unterhalb des Halswirbelkörpers C7. Eine von der Invalidenversicherung gewährte Umschulung schloss er im Februar 2005 mit dem Handelsdiplom VSH erfolgreich ab. Verfügungsweise sprach ihm die SUVA am 14. August 2007 u.a. ab 1. März 2005 eine Invalidenrente aufgrund einer Erwerbsunfähigkeit von 33 % zu, welche sie in teilweiser Gutheissung der Einsprache auf 53 % erhöhte (Einspracheentscheid vom 5. November 2007).
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gut und verpflichtete die SUVA, dem Versicherten ab 1. März 2005 eine Invalidenrente gestützt auf eine Erwerbsunfähigkeit von 61 % zu gewähren.
C. Mit Beschwerde stellt die SUVA das Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben.
E._ lässt Abweisung der Beschwerde beantragen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), wobei es grundsätzlich nur geltend gemachte Rügen zu prüfen hat, soweit die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_955/2008 vom 29. April 2009 E. 1). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der obligatorischen Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzlichen Feststellungen des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Auf die Ausführungen des Beschwerdegegners in der Vernehmlassung ist, soweit er die vorinstanzliche Festlegung des Validenverdiensts sowie der Arbeitsunfähigkeit als einer wesentlichen Voraussetzung für die Bestimmung des Invalidenlohnes in Frage stellt, mangels fristgerecht (vgl. <ref-law>) eingereichter Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht einzugehen, zumal das Bundesgerichtsgesetz die Anschlussbeschwerde nicht kennt (vgl. u.a. <ref-ruling> E. 2.5 S. 235 mit Hinweisen).
3. Streitig und zu prüfen ist einzig die Frage, ob das kantonale Gericht zur Bestimmung des hypothetischen Invalideneinkommens zu Recht die Salärempfehlungen des Schweizerischen Kaufmännischen Verbandes (SKV; heute: Kaufmännischer Verband [KV]) anstelle der Tabellenlöhne der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik (BfS) herangezogen hat.
4. 4.1 Praxisgemäss ist für die Ermittlung des hypothetischen Invalideneinkommens bei Fehlen eines tatsächlich erzielten Erwerbseinkommens grundsätzlich nicht auf die unverbindlichen Empfehlungen des SKV/KV abzustellen, sondern auf die auf tatsächlich erzielten Gehältern beruhenden Tabellenlöhne der LSE (Urteil I 708/06 vom 23. November 2006 E. 4.5 f. mit Hinweisen). Lediglich in Ausnahmefällen können die Salärempfehlungen des SKV/KV beigezogen werden, namentlich wenn diese bereits Grundlage für die Bestimmung des Validenlohnes bildeten (erwähntes Urteil I 708/06 E. 4.6 mit Hinweisen). Diese Voraussetzung liegt hier, wie die SUVA zutreffend vorbringt, nicht vor. Der Einwand in der Vernehmlassung zur Beschwerde, die Salärempfehlungen des SKV/KV beruhten auf alle zwei bis drei Jahre durchgeführten Umfragen bei verschiedenen Unternehmen, mag zutreffen, ändert indessen nichts am genannten Grundsatz. Schliesslich enthalten auch die Erwägungen des angefochtenen Entscheids keine Anhaltspunkte für eine abweichende Beurteilung. Das Vorgehen der Vorinstanz ist daher bundesrechtswidrig.
4.2 Nachdem der Beschwerdegegner die von der SUVA gestützt auf die LSE vorgenommene Berechnung des Invalideneinkommens im kantonalen Verfahren explizit anerkannt hat und auch in der Vernehmlassung zur bundesgerichtlichen Beschwerde keine Einwände erhebt, erübrigen sich weitere Ausführungen zu diesem Punkt.
5. Auf die Erhebung von Gerichtskosten wird ausnahmsweise verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. April 2009 aufgehoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Oktober 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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