Fatti:
A. Il 5 settembre 2007, il Presidente della Pretura penale ha dichiarato A._ autrice colpevole di ripetuta complicità in truffa e di ripetuta falsità in documenti e l'ha condannata a una pena pecuniaria di dieci aliquote giornaliere di fr. 170.--, per un totale di fr. 1'700.--, la cui esecuzione è stata sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni e a una multa di fr. 1'000.--, fissando a dieci giorni la pena detentiva sostitutiva in caso di mancato pagamento. A._ è stata inoltre condannata al pagamento delle tasse e spese di giustizia.
In relazione alla ripetuta complicità in truffa, a A._ è stato rimproverato di avere, nel periodo compreso tra settembre 1997 e marzo 1998, nella sua qualità di medico assistente presso la clinica Y._, facente capo al dr. med. B._, allo scopo di procacciare a quest'ultimo un indebito profitto, ripetutamente assecondato il dr. med. B._ e le strutture a lui facenti capo nell'ingannare con astuzia gli assicuratori sociali e in particolare i funzionari delle casse malati preposti al pagamento delle fatture, così da indurli a compiere atti pregiudizievoli del patrimonio di terzi, consistenti in particolare nel pagamento di fatture per prestazioni medico-sanitarie fittizie. L'astuzia dell'inganno è consistita nell'avere personalmente partecipato all'allestimento di documentazione medica, rispettivamente accettato l'allestimento di cardex infermieristici da parte di personale subalterno (per la paziente G.A. degenza D1516 e il paziente G.A. degenza D1546), documentazione questa attestante dati inveritieri relativi a prestazioni in realtà mai fornite, poi utilizzata per ottenere la copertura assicurativa, la quale sarebbe servita da base per la fatturazione e in ogni caso sarebbe stata idonea a comprovare - anche a fronte di controlli - degenze e prestazioni in realtà fittizie, più specificatamente per avere allestito anche personalmente documentazione medica inveritiera su carta intestata e/o con timbro "Clinica Y._" (paziente fittizia G.A. degenza D1516 , paziente fittizio G.A. degenza D14546).
Quanto al reato di ripetuta falsità in documenti, A._ è stata condannata per avere, in occasione delle malversazioni di cui al reato di complicità in truffa, formato in due occasioni documenti medici falsi - quali la richiesta di prolungo e il rapporto intermedio/finale malattia - attestanti contrariamente alla verità, fatti di importanza giuridica, tali da comprovare, contrariamente al vero, la degenza dei citati pazienti nella struttura medica Y._ e ottenere così la copertura assicurativa, nonché giustificare le relative fatture agli assicuratori sociali.
B. Con sentenza del 3 novembre 2008, la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP) ha parzialmente accolto il ricorso inoltrato da A._ avverso la decisione pretorile. Pur confermando la condanna della ricorrente per titolo di ripetuta complicità in truffa e di ripetuta falsità in documenti, la Corte cantonale ha ritenuto violato il principio della celerità e ha pertanto annullato la multa inflitta a A._.
C. Contro la sentenza dell'ultima autorità cantonale, A._ inoltra al Tribunale federale un ricorso in materia penale. Lamenta la violazione degli <ref-law>, 6 CEDU, 146 e 251 CP e postula il suo proscioglimento dall'accusa di truffa e di falsità in documenti.
Invitati a esprimersi sul ricorso, la CCRP e il Procuratore Pubblico si rimettono al giudizio del Tribunale federale.

Diritto:
1. Il ricorso dev'essere motivato (<ref-law>) e spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-law>). Le esigenze di motivazione sono accresciute quando, come in concreto, è invocata la violazione dei diritti costituzionali, del diritto cantonale e del diritto intercantonale. A norma dell'<ref-law>, infatti, il Tribunale federale procede alla disamina di tali censure soltanto se sollevate e motivate in modo chiaro e preciso da parte ricorrente, non verifica d'ufficio il rispetto dei diritti fondamentali (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2). Ne consegue che l'allegato ricorsuale deve chiaramente indicare i diritti costituzionali che si pretendono violati, precisando altresì in che consista tale violazione (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 6).
2. La ricorrente rimprovera la CCRP per non aver sanzionato né l'utilizzo nel processo dei verbali dei suoi interrogatori dinanzi alla polizia nonché della sentenza di condanna del dr. med. B._ né il rifiuto di sentire quest'ultimo come teste. La sentenza impugnata violerebbe così i diritti della difesa, il principio dell'oralità del dibattimento nonché gli <ref-law> e 6 CEDU.
L'insorgente non adduce alcuna violazione del diritto cantonale di procedura, o meglio, si limita ad accennare a principi fondamentali del processo penale ticinese che sarebbero stati disattesi. Sennonché, mancando qualsiasi riferimento alle disposizioni topiche del codice di procedura penale cantonale e qualsiasi approfondimento su questo punto, non v'è ragione di vagliare il ricorso sotto il profilo di un'eventuale applicazione arbitraria delle norme di procedura cantonale (v. <ref-law>). È pertanto sufficiente esaminare le sue critiche alla luce delle norme federali e convenzionali invocate.
2.1 Il principio dell'immediatezza non è un principio costituzionale indipendente, né la Costituzione federale né la CEDU garantiscono in modo illimitato questo principio (sentenza 1P.215/2004 del 26 maggio 2004 consid. 2). È il diritto di procedura (cantonale) che determina in che misura le prove debbano essere assunte direttamente dal tribunale e se e quali risultanze della procedura d'istruzione debbano essere scartate (sentenza 1P.277/1997 del 2 dicembre 1998 consid. 4, non pubblicato in <ref-ruling>). All'accusato dev'essere in ogni caso concessa la possibilità di far amministrare le prove essenziali nel corso del procedimento, di modo che sia rispettato il suo diritto a un equo processo. Nella misura in cui l'accusato ha avuto la possibilità di far interrogare i testimoni a carico, il tribunale può fondare la sua decisione sulle dichiarazioni rese durante la procedura d'inchiesta preliminare o d'istruzione senza contravvenire all'art. 6 CEDU (PIQUEREZ, Traité de procédure pénale suisse, 2a ed. 2006, n. 1107).
2.2 Come visto, l'uso delle risultanze scritte della fase di inchiesta preliminare o dell'istruzione formale è retta dal diritto cantonale di procedura, di cui però la ricorrente non lamenta la violazione con una motivazione conforme alle esigenze legali (v. art. 42 cpv. 2 unitamente all'<ref-law>). Né l'<ref-law> né l'art. 6 CEDU si oppongono all'utilizzo da parte del giudice dei verbali dell'interrogatorio della ricorrente davanti alla polizia. A._ sostiene che non sia possibile utilizzare le dichiarazioni fornite in condizioni non regolari. Quali siano le condizioni non regolari a cui accenna, ella non spiega minimamente, contravvenendo così al suo obbligo di motivazione (v. supra consid. 1). Ne consegue che, nella misura in cui è ammissibile, la censura risulta infondata.
2.3 Anche per quanto concerne l'utilizzo della sentenza di condanna di B._ nel procedimento a carico della ricorrente, il gravame è destinato all'insuccesso. L'insorgente sostiene che non sia possibile condannarla sulla base di risultanze che non ha potuto contestare né discutere. Orbene, con ordinanza sulle prove e citazione del 22 marzo 2007, il Presidente della Pretura penale ha ritenuto che non fosse possibile prescindere dal tenere conto delle risultanze del procedimento a carico di B._, dal momento che a A._ si imputava di essere stata sua complice. Prima dell'inizio del dibattimento, l'insorgente sapeva dunque che la sentenza in questione faceva parte dell'incarto. Orbene, ella non sostiene di non aver potuto consultare l'incarto, di non aver potuto offrire mezzi di prova atti a contrastare quanto contenuto nella sentenza in parola o di essere stata impedita a esprimersi sulla stessa. Certo, la ricorrente lamenta la violazione flagrante dei diritti della difesa e del principio dell'oralità del dibattimento, ma in modo del tutto generico, in urto con le esigenze di motivazione sopraesposte (v. consid. 1). Non si giustifica pertanto di dilungarsi oltre su questo aspetto.
2.4 In relazione alla mancata audizione del teste B._, il ricorso risulta impropriamente motivato. Come giustamente rilevato dalla CCRP, il rifiuto del giudice di amministrare questa prova procede da un apprezzamento anticipato della stessa. Per contestare tale rifiuto, però, la ricorrente non può limitarsi, come in concreto fa, a invocare genericamente una violazione degli <ref-law> e 6 CEDU, ma deve piuttosto spiegare perché sarebbe arbitrario. Infatti, nell'ambito della valutazione delle prove, all'autorità compete un vasto margine di apprezzamento e il Tribunale federale interviene soltanto in caso d'arbitrio (<ref-ruling> consid. 3, 124 I 208 consid. 4a). Su questo punto, il gravame risulta pertanto inammissibile, perché non debitamente motivato. Si rileva di transenna che, come già osservato dalla CCRP, non risulta che la ricorrente abbia riproposto la sua richiesta di escussione di B._ al dibattimento (v. art. 228 CPP/TI), di modo che è legittimo concludere che, per finire, ella vi abbia rinunciato.
3. Senza rimettere in discussione l'aspetto oggettivo della complicità in truffa, la ricorrente contesta di aver agito con dolo eventuale.
3.1 Giusta l'<ref-law>, commette con intenzione un crimine o un delitto chi lo compie consapevolmente e volontariamente. Basta a tal fine che l'autore ritenga possibile il realizzarsi dell'atto e se ne accolli il rischio. Agisce con dolo eventuale l'agente che ritiene possibile che l'evento o il reato si produca e, ciò nondimeno, agisce, poiché prende in considerazione l'evento nel caso in cui si realizzi, lo accetta pur non desiderandolo (<ref-ruling> consid. 3.2.2).
Ciò che l'agente sapeva, voleva e ha preso in considerazione sono questioni di fatto (<ref-ruling> consid. 5a pag. 3; <ref-ruling> consid. 4 pag. 174) che vincolano la Corte di diritto penale tranne quando i fatti sono stati accertati in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto (v. <ref-law>).
In mancanza di confessioni, il giudice può, di regola, dedurre la volontà dell'interessato fondandosi su indizi esteriori e regole d'esperienza. Può inferire la volontà dell'autore da ciò che questi sapeva, laddove l'eventualità che l'evento si produca era tale da imporsi all'autore, di modo che si possa ragionevolmente ammettere che lo abbia accettato (<ref-ruling> consid. 8.4). Tra gli elementi esteriori da cui è possibile dedurre che l'agente ha accettato l'evento illecito nel caso che si produca figurano, in particolare, la gravità della violazione del dovere di diligenza e la probabilità, nota all'autore, della realizzazione del rischio. Quanto più grave è tale violazione e quanto più grande tale rischio, tanto più fondata risulterà la conclusione che l'agente, malgrado i suoi dinieghi, aveva accettato l'ipotesi che l'evento considerato si realizzasse (<ref-ruling> consid. 2.3.2 con rinvii). Altri elementi esteriori rivelatori possono essere il movente dell'autore e il modo nel quale egli ha agito (<ref-ruling> consid. 3c in fine e rinvii). La conclusione per cui l'autore ha accettato il risultato non può tuttavia essere dedotta dal semplice fatto che egli ha agito sebbene fosse consapevole del rischio della sopravvenienza del risultato, in quanto si tratta di un elemento comune al dolo eventuale e alla negligenza cosciente (<ref-ruling> consid. 8.4).
3.2 La CCRP ha ritenuto che la ricorrente sapeva sin dal periodo in cui lavorava in clinica X._ di irregolarità e di dati falsi nei cardex e ne ha avuto definitiva certezza dall'inizio del suo impiego in Y._. Non poteva quindi non prendere in considerazione che i documenti da lei sottoscritti relativi a pazienti non suoi contenessero dati contraffatti. A._ ha quindi agito con dolo eventuale, perché ha accettato di sottoscrivere documenti falsi, conscia del fatto che B._ era solito prolungare le degenze di pazienti che erano stati (o potevano essere stati) congedati, e soprattutto senza verificare che quello che si apprestava a sottoscrivere corrispondesse alla realtà.
3.3 La ricorrente dissente con questa conclusione e sostiene d'aver tutt'al più agito negligentemente. Afferma di non essere stata a conoscenza e di non aver mai immaginato che B._ compisse irregolarità tali da poter beneficiare di prestazioni da parte delle casse malati di cui lei non sapeva neppure come funzionassero i meccanismi di erogazione. Inoltre non le si può imputare alcuna violazione dei doveri di prudenza, anzi ella ha usato tutte le precauzioni, conformemente alle regole in uso all'interno della clinica Y._. Non era tenuta a verificare di persona la presenza fisica della paziente in camera. L'insorgente sottolinea poi come a B._ siano state rimproverate oltre 300 degenze fittizie, mentre a lei unicamente due, pari allo 0,66 % del totale. Questo dato, a mente della ricorrente, confermerebbe la sua tesi, ossia che non abbia agito con dolo.
3.3 La ricorrente dissente con questa conclusione e sostiene d'aver tutt'al più agito negligentemente. Afferma di non essere stata a conoscenza e di non aver mai immaginato che B._ compisse irregolarità tali da poter beneficiare di prestazioni da parte delle casse malati di cui lei non sapeva neppure come funzionassero i meccanismi di erogazione. Inoltre non le si può imputare alcuna violazione dei doveri di prudenza, anzi ella ha usato tutte le precauzioni, conformemente alle regole in uso all'interno della clinica Y._. Non era tenuta a verificare di persona la presenza fisica della paziente in camera. L'insorgente sottolinea poi come a B._ siano state rimproverate oltre 300 degenze fittizie, mentre a lei unicamente due, pari allo 0,66 % del totale. Questo dato, a mente della ricorrente, confermerebbe la sua tesi, ossia che non abbia agito con dolo.
3.4 3.4.1 Nel motivare la sua censura, l'insorgente - che non si prevale di arbitrio nell'accertamento dei fatti - si scosta in modo inammissibile dai fatti accertati in sede cantonale (v. <ref-law>). Così è laddove afferma di non essere stata a conoscenza della rete di irregolarità di B._, di aver ignorato - perché ha seguito la sua formazione in Italia - i meccanismi di erogazioni delle prestazioni delle casse malati. Così è anche laddove la ricorrente fa riferimento a non meglio precisate regole in uso all'interno della clinica Y._.
3.4.2 È stato accertato che la ricorrente quando lavorava presso la clinica X._ era a conoscenza delle stranezze nel gestire il nosocomio da parte di B._. Per sottrarsi alla situazione venutasi a creare, ha chiesto di essere trasferita in Y._. B._ ha preso in mano la gestione di quest'ultima clinica, iniziando anche qui con le pratiche dei "pazienti irregolari". Dall'arrivo di B._ in Y._, l'insorgente ha capito cosa stava succedendo, tant'è che pochi mesi dopo ha rassegnato le dimissioni. Era venuta a conoscenza dell'esistenza di irregolarità anche in clinica Y._ e ha ammesso che le stesse venivano effettuate a scopo di lucro. Nella sua veste di medico, A._ si occupava solo di pazienti gravi (a rischio suicidale). Degli altri pazienti della clinica non si occupava e neppure aveva proposto di occuparsene in quanto aveva intuito che nel nosocomio vi erano delle irregolarità e voleva "starne alla larga".
3.4.3 Alla ricorrente era quindi ben noto il rischio concreto di attestare delle falsità nel sottoscrivere documenti relativi a pazienti non suoi e che non vedeva perché, secondo quanto accertato in sede cantonale, in quei mesi non effettuava le visite ai piani dei degenti che non le erano stati assegnati. In simili circostanze, la probabilità di attestare delle falsità era molto grande e la mancata verifica delle informazioni contenute nei documenti non può non costituire una grave violazione del dovere di diligenza. Questi elementi permettono senz'altro di escludere la negligenza. Pur non desiderandolo, la ricorrente ha accettato di contribuire alla truffa messa in atto da B._ e ha pertanto agito con dolo eventuale. Che all'insorgente siano state rimproverate solo due degenze, a fronte delle oltre 300 all'autore principale, nulla muta, essendo un elemento rilevante per la commisurazione della pena, elemento tenuto in debita considerazione in sede cantonale dove le è stato riconosciuto un ruolo assai marginale.
Ne segue che la condanna della ricorrente per ripetuta complicità in truffa non viola il diritto federale.
4. Nell'impugnativa viene inoltre contestata la condanna per titolo di falsità in documenti. Il contenuto medico degli atti sottoscritti dalla ricorrente è tale da doverli ritenere certificati medici ai sensi dell'<ref-law> e non documenti falsi giusta l'<ref-law>.
4.1 La CCRP ha ritenuto che la richiesta di prolungo del 22 dicembre 1997 e il rapporto intermedio/finale del 21 gennaio 1998 avevano quale scopo principale quello di sollecitare una prestazione dalla cassa malati. I documenti sottoscritti dalla ricorrente hanno permesso a B._ di conseguire un indebito profitto a danno delle casse malati. Dal momento che l'<ref-law> sembra sanzionare il medico che potrebbe, lui solo, trarre vantaggio dalla falsa attestazione, la CCRP ha concluso che alla fattispecie fosse applicabile l'<ref-law>.
4.2 Adempiono il reato di falso certificato medico ai sensi dell'<ref-law> i medici, i dentisti, i veterinari e le levatrici che intenzionalmente rilasciano un certificato contrario alla verità, il quale sia destinato ad essere prodotto all'autorità od a conseguire un indebito profitto o sia atto a ledere importanti e legittimi interessi di terzi. Le ipotesi contemplate dalla norma sono alternative, ma possono sovrapporsi e cumularsi (sentenza 6B_152/2007 del 13 maggio 2008 consid. 3.2).
Il certificato medico è uno scritto che attesta lo stato di salute di una persona (o di un animale), la sua capacità lavorativa (sentenza 4C.156/2005 del 28 settembre 2005 consid. 3.5.2, in SJ 2006 I pag. 221), oppure la forma di trattamento medico alla quale è sottoposta (Boog, in commentario basilese, Strafrecht II, 2a ed. 2007, n. 3 ad <ref-law>).
Il certificato è contrario alla verità quando fornisce un quadro inesatto dello stato di salute della persona (o dell'animale), delle sue conseguenze o delle misure ordinate sulla base di questo stato (Boog, op. cit., n. 3 ad <ref-law>).
Il certificato è contrario alla verità quando fornisce un quadro inesatto dello stato di salute della persona (o dell'animale), delle sue conseguenze o delle misure ordinate sulla base di questo stato (Boog, op. cit., n. 3 ad <ref-law>).
4.3 4.3.1 Il Tribunale federale non si è ancora mai pronunciato sulla relazione esistente tra il reato di falso certificato medico e quello di falsità in documenti. Ha confermato la condanna per falsità in documenti ai sensi dell'<ref-law> di medici che avevano rilasciato false ricette mediche (sentenza 6P.6/2007 del 4 maggio 2007 consid. 9) o falsi fogli di malattia (<ref-ruling>), senza tuttavia vagliare i casi alla luce dell'<ref-law>. Il rapporto tra gli art. 251 e 318 CP non è stato esaminato neppure nell'ambito della sentenza 6B_152/2007 relativa alla condanna di un medico per falso certificato medico.
4.3.2 L'<ref-law> costituisce una disposizione speciale e privilegiata rispetto all'<ref-law>. Il falso certificato medico è una forma particolare di falsità in documenti, ma la pena comminata per questo reato speciale è più lieve: l'<ref-law> punisce con una pena detentiva sino a cinque anni o con una pena pecuniaria chi, segnatamente, forma un documento falso al fine di procacciare a sé o ad altri un indebito profitto, mentre l'<ref-law> sanziona con una pena detentiva sino a tre anni o con una pena pecuniaria il medico che intenzionalmente rilascia un certificato contrario alla realtà il quale sia destinato a conseguire un indebito profitto. Il legislatore ha così sottratto il falso certificato medico alla severità dell'<ref-law> (DTF 76 IV 81 consid. 2a pag. 90). Per gran parte della dottrina questo trattamento privilegiato del medico non è giustificato (STRATENWERTH/BOMMER, Straftaten gegen Gemeininteressen, 6a ed. 2008, pag. 443; DONATSCH/WOHLERS, Delikte gegen die Allgemeinheit, 3a ed. 2004, pag. 460; TRECHSEL ET AL., Schweizerisches Strafgesetzbuch: Praxiskommentar, 2008, n. 1 ad <ref-law>; CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, n. 15 ad <ref-law>). La revisione dei reati contro il patrimonio e falsità in documenti del 17 giugno 1994 non ha apportato modifiche alla discrepanza di pene tra l'art. 251 e 318 CP (BOOG, op. cit., n. 1 ad <ref-law>).
4.3.3 L'<ref-law> prevale sull'<ref-law> (Robert, Das falsche ärztliche Zeugnis (Art. 318 StGB), SJK n. 141, stato: 1995, pag. 8; Boog, op. cit., n. 16 ad <ref-law>; Stratenwerth/Bommer, op. cit., pag. 445; Corboz, op. cit., n. 15 ad <ref-law>). Quando il documento contrario alla verità è un certificato medico rilasciato da un medico, un dentista, un veterinario o una levatrice, solo l'<ref-law> entra in considerazione. Nel caso in cui gli elementi costitutivi del reato di falso certificato medico non siano riuniti, perché ad esempio il certificato non è destinato a conseguire un indebito profitto o non è atto a ledere importanti e legittimi interessi di terzi, non è possibile perseguire l'autore per il reato più generale della falsità in documenti. L'<ref-law> non può dunque trovare un'applicazione sussidiaria, in quanto, in caso contrario, il medico, il dentista, il veterinario o la levatrice rischierebbero di incorrere in una pena più severa (Boog, op. cit., n. 16 ad <ref-law>; German, Interpretation gemäss den angedrohten Strafen, RPS 54/1940 pag. 358; Logoz, Commentaire du code pénal suisse, partie spéciale II, 1956, pag. 767; Noll, Zur Frage der sogenannten Deckrezepte, RPS 72/1957 pag. 72).
Una parte della dottrina, pur riconoscendo il carattere speciale dell'<ref-law>, non esclude l'applicazione dell'<ref-law> in caso di certificato medico contrario alla verità. Thormann/von Overbeck propugnano l'applicazione dell'<ref-law> nel caso in cui gli elementi costitutivi, segnatamente il disegno speciale, di questa norma siano riuniti, dal momento che il reato di falso certificato medico non mira a favorire le persone menzionate all'<ref-law> (Thormann/von Overbeck, Das schweizerisches Strafgesetzbuch, vol. II, 1941, n. 6 ad <ref-law>). Per Corboz, laddove il medico forma un certificato medico inveritiero non mosso da compassione per il suo paziente ma dalla sola prospettiva di arricchirsi, solo l'<ref-law> entra in considerazione all'esclusione dell'<ref-law> (Corboz, op. cit., n. 15 ad <ref-law>). Sennonché, il movente dell'autore non pare essere un criterio efficace per determinare l'applicazione di una o l'altra delle disposizioni in questione, atteso che il giudice è chiamato a considerare quest'elemento al momento di commisurare la pena alla colpa dell'autore (v. <ref-law>). Inoltre, secondo Scherer, il disegno speciale dell'<ref-law> consistente nel procacciare un indebito profitto o nel nuocere al patrimonio o ad altri diritti di una persona corrisponde al conseguire un indebito profitto rispettivamente a ledere importanti e legittimi interessi di terzi dell'<ref-law> (Scherer, Strafbare Formen falscher schriftlicher Erklärungen, 1977, pag. 140).
Per effettuare il discrimine tra l'art. 251 e l'<ref-law> occorre quindi fondarsi unicamente sulla natura del documento inveritiero e sulla veste in cui l'autore dell'infrazione agisce. Qualora il documento sia un certificato medico e l'autore agisca in qualità di medico, dentista, veterinario o levatrice, solo l'<ref-law> può trovare applicazione e il reato di falsità in documenti dell'<ref-law> non può essere preso in considerazione neppure a titolo sussidiario.
4.4 Nella fattispecie, la ricorrente ha agito nella sua veste di medico. I documenti da lei sottoscritti avevano quale scopo quello di sollecitare una prestazione dalle casse malati ed erano quindi atti a ledere importanti e legittimi interessi di terzi (v. sentenza 4C.156/2005 del 28 settembre 2005 consid. 3.5.5, in SJ 2006 I 221). Gli scritti in questione contengono la diagnosi, la terapia attuata, l'indicazione di ulteriori trattamenti previsti (richiesta di prolungo alla cassa malati C._ del 22 dicembre 1997) o la durata della degenza e l'incapacità lavorativa del paziente (rapporto intermedio/finale del 21 gennaio 1998 destinato alla D._). Trattasi pertanto di certificati medici ai sensi dell'<ref-law> (v. supra consid. 4.2). In simili circostanze, solo il reato di falso certificato medico poteva essere rimproverato all'insorgente. La sua condanna per falsità in documenti giusta l'<ref-law> viola così il diritto federale. La sentenza impugnata è quindi annullata e la causa rinviata all'autorità cantonale per nuova decisione sulla pena atteso che, come già evidenziato dalla stessa CCRP, il reato di cui all'<ref-law> è prescritto (art. 97 cpv. 1 lett. c CP e <ref-law>).
5. La CCRP ha accertato la violazione del principio della celerità. Dal momento in cui la ricorrente ha avuto cognizione del procedimento a suo carico (19 gennaio 1999) a quello in cui è stata giudicata in prima istanza (5 settembre 2007), sono trascorsi oltre otto anni. Dal 7 aprile 1999 (data del secondo interrogatorio di A._ davanti alla polizia) all'8 aprile 2004 (data dell'apertura formale del procedimento a suo carico), ossia per ben cinque anni, nei confronti della ricorrente non si è proceduto ad alcun atto istruttorio. Ciò che giustamente la CCRP ha ritenuto inammissibile. L'insorgente ha dovuto ancora aspettare altri tre anni e mezzo prima di essere giudicata, tenuto conto di quanto effettuato durante questo periodo, per l'autorità cantonale si è trattato di tempi accettabili. Quale sanzione per questa violazione l'autorità cantonale ha annullato la multa inflittale dal primo giudice.
5.1 A mente dell'insorgente, la Corte cantonale avrebbe sanzionato in modo insufficiente la violazione del principio della celerità. A causa del procedimento penale pendente nei suoi confronti, la carriera professionale della ricorrente è stata bloccata: non ha potuto ottenere una nomina, non le è mai stata attribuita la qualifica di medico aggiunto con il corrispondente stipendio, non ha potuto concorrere per un posto di maggior responsabilità. A ciò va poi aggiunto che ella non ha potuto presentare una domanda di naturalizzazione che sarebbe in ogni caso stata sospesa sino al termine della procedura. La ricorrente rileva inoltre come alcuni infermieri che hanno eseguito delle iscrizioni false, senza alcuna giustificazione, sono stati condannati a una multa di fr. 200.--. Ciò posto, A._ chiede l'abbandono totale del procedimento o quanto meno l'esenzione da qualsiasi pena.
5.2 Dal momento che i ritardi accumulati nel corso della procedura penale non possono essere sanati, il Tribunale federale ha dedotto dalla violazione del principio della celerità delle conseguenze a livello di pena. La violazione di tale principio comporta di regola una riduzione della pena e, talvolta, addirittura l'esenzione da pena oppure ancora, quale ultima ratio in casi estremi, l'abbandono del procedimento (<ref-ruling> consid. 8 con rinvii). Per stabilire quale conseguenza debba sanzionare la violazione del principio della celerità, occorre tener conto sia dell'impatto sull'accusato dei ritardi della procedura sia della gravità dei reati rimproveratigli nonché della pena che sarebbe stata irrogata se non ci fosse stata alcuna violazione del principio in questione. Anche gli interessi dei danneggiati devono essere presi in considerazione. Il giudice è tenuto ad accertare se vi sia stata una violazione del principio della celerità e, se del caso, a illustrare in che misura ne ha tenuto conto (sentenza 6P.128/2001 del 18 dicembre 2001 consid. 11 c/bb).
La violazione del principio della celerità è divenuta nei fatti una circostanza attenuante a pieno titolo (<ref-ruling> consid. 3.3.2 pag. 56). Considerata la stretta relazione fra tale violazione e l'<ref-law> (v. <ref-ruling> consid. 3.3.2 pag. 56), nel valutare le conseguenze sulla pena di una violazione del principio della celerità, il Tribunale federale si impone la stessa riserva di cui fa prova nell'ambito della commisurazione della pena, intervenendo solo quando il giudice cade nell'eccesso o nell'abuso del suo potere di apprezzamento.
5.3 Nel caso concreto, la CCRP ha riconosciuto alla ricorrente una riduzione della pena di quasi la metà rispetto a quanto inflittole dal giudice di primo grado. La Corte cantonale ha precisato che se da un lato la complessità del procedimento a carico di B._ ha eccessivamente e ingiustificatamente ritardato l'istruzione dell'inchiesta a carico della ricorrente, dall'altro non si può sottovalutare l'importante mole di lavoro per l'intera inchiesta "z." che ha coinvolto più di cento persone. Inoltre, ha aggiunto la CCRP, la ricorrente si è subito adoperata per trovare un nuovo posto di lavoro, dandosi così un serio aiuto per contrastare l'angoscia del procedimento pendente a suo carico, di cui addirittura pare che per un certo tempo si sia dimenticata. L'ultima autorità cantonale ha quindi annullato la multa di fr. 1'000.--, ritenendo non immaginabili ulteriori sconti di pena. La pena restante (dieci aliquote giornaliere di fr. 170.-- ciascuna), infatti, risultava mite al limite dell'indulgenza.
In simili circostanze, l'entità della riduzione pronunciata non appare risultare da un eccesso o un abuso del potere di apprezzamento di cui l'autorità cantonale disponeva. Del resto, la ricorrente non adduce alcun pregiudizio particolarmente grave causato dai ritardi della procedura che giustificherebbe di pronunciare addirittura l'abbandono del procedimento. Le ripercussioni sulla sua vita professionale e su un'eventuale procedura di naturalizzazione avanzate nel gravame non sono connesse con la violazione del principio della celerità, ma sono inerenti all'esistenza stessa di un procedimento a suo carico. Non si ravvisa nella fattispecie quel caso estremo che giustifica quale ultima ratio addirittura l'abbandono del procedimento. La censura si palesa così infondata e va respinta.
6. Da tutto quanto esposto discende che il ricorso dev'essere accolto limitatamente alla censura afferente la condanna dell'insorgente per titolo di falsità in documenti. Per il resto, il gravame va respinto nella misura della sua ammissibilità. La sentenza impugnata è quindi annullata e la causa rinviata all'autorità cantonale per nuovo giudizio. A._ dovrà essere prosciolta dall'accusa di falsità in documenti e, di conseguenza, la sua pena ricommisurata.
Per la parte in cui risulta vincente, alla ricorrente va riconosciuta un'indennità per spese ripetibili, sopportata dal Cantone Ticino (<ref-law>).
Poiché il ricorso è stato dichiarato in parte inammissibile o infondato, una parte delle spese giudiziarie sono poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto e per il resto è respinto. La decisione emanata dalla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello il 3 novembre 2008 è annullata e la causa viene rinviata all'autorità cantonale per nuovo giudizio.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Il Cantone Ticino verserà a A._ un'indennità di fr. 1'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.