A.- Am 24. Juli 1997 wurde der Arbeitgeber S._ gestützt auf Art. 60 Abs. 2 BVG rückwirkend für die Zeit vom 1. Januar 1990 bis 30. April 1992 der Stiftung Auffangeinrichtung BVG, Zweigstelle Zürich, angeschlossen. Diese Verfügung ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen.
Mit Rechnung vom 2. September 1997 forderte die Auffangeinrichtung von S._ für Beiträge, Zinsen und Verfügungskosten den Betrag von Fr. 3497. 15. Da der Arbeitgeber auch auf Mahnung hin keine Zahlung leistete, leitete die Auffangeinrichtung am 3. Dezember 1997 für den Forderungsbetrag von Fr. 3497. 15 nebst Zins zu 5 % seit 1. November 1997, für Mahnspesen von Fr. 100. - sowie Kosten für ausserordentliche Umtriebe von Fr. 150. - die Betreibung ein. Gegen den Zahlungsbefehl vom 8. Dezember 1997 erhob S._ Rechtsvorschlag.
B.- Mit Eingabe vom 21. August 1998 reichte die Stiftung Auffangeinrichtung BVG beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, es sei ihr in der Betreibung Nr. ....... die definitive Rechtsöffnung zu gewähren und S._ sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 3497. 15 nebst Zins zu 5 % seit 1. November 1997 sowie Mahnspesen von Fr. 100. -, Kosten für ausserordentliche Umtriebe von Fr. 150. -, Zahlungsbefehlkosten von Fr. 70.- zuzüglich Fr. 16.90 für Zustellversuche zu bezahlen.
Das Sozialversicherungsgericht wies die Klage mit Entscheid vom 28. September 1999 ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde erneuert die Stiftung Auffangeinrichtung BVG ihr im vorinstanzlichen
Verfahren gestelltes Begehren.
S._ hat sich nicht vernehmen lassen. Das Bundesamt für Sozialversicherung schliesst auf Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdegegner verpflichtet ist, der Stiftung Auffangeinrichtung BVG Beiträge in Höhe von Fr. 3497. 15 nebst Zins zu 5 % seit 1. November 1997 sowie Mahnspesen von Fr. 100. - und Kosten für ausserordentliche Umtriebe von Fr. 150. - zu bezahlen. Die eingeklagte Forderung stützt sich auf den unbestritten gebliebenen rückwirkenden Zwangsanschluss des Beschwerdegegners an die Stiftung Auffangeinrichtung BVG und die Beitragsabrechnung für die Zeit vom 1. Januar 1990 bis 30. April 1992. Der Beschwerdegegner bringt gegen die Beitragsfestsetzung als solche und gegen die im Rahmen der Klageforderung berücksichtigten Nebenkosten nichts vor. Er begründete indessen den Rechtsvorschlag damit, die Forderung sei verjährt.
2.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
3.- Nach Art. 41 Abs. 1 BVG verjähren Forderungen auf periodische Beiträge und Leistungen nach fünf, andere nach zehn Jahren. Die Artikel 129 - 142 des Obligationenrechts sind anwendbar. Die Verjährung beginnt mit der Fälligkeit der Forderung (<ref-law>).
4.- Die Vorinstanz hat sich im angefochtenen Entscheid auf den Standpunkt gestellt, die Beiträge würden gemäss Art. 7 Ziff. 2 der Anschlussbedingungen der Beschwerdeführerin jeweils zu Beginn eines Kalenderjahres oder mit Wirkungsdatum der Änderung fällig, weshalb die eingeklagten Beiträge für 1990 - 1992 spätestens am 1. Januar 1997 und somit noch vor Erlass der Anschlussverfügung vom 24. Juli 1997 verjährt gewesen seien. Dieser Auffassung widersprechen die Beschwerdeführerin und das Bundesamt für Sozialversicherung zu Recht. Vor dem Anschluss hat zwischen der Beschwerdeführerin und dem Beschwerdegegner keine Rechtsbeziehung bestanden. Mit dem zwangsweisen Anschluss an die Auffangeinrichtung wurde indessen ein Rechtsverhältnis begründet, welches rückwirkend für die Zeit vom 1. Januar 1990 bis 30. April 1992 Wirkungen entfaltete und aufgrund dessen der Beschwerdegegner der Vorsorgeeinrichtung die Beiträge für den betroffenen Zeitraum schuldet (Art. 66 Abs. 2 BVG). Daraus folgt, dass die Verjährungsfrist von Art. 41 Abs. 1 BVG für die gesamte Beitragsforderung frühestens mit der Anschlussverfügung am 24. Juli 1997 zu laufen begonnen hat (vgl. SZS 1994 S. 388) und die in Betreibung gesetzte Forderung somit in allen Teilen rechtzeitig erhoben worden ist.
5.- Die Substanziierung der Beitragsforderung erfolgte in der zusammen mit der Rechnung vom 2. September 1997 zugestellten Detailabrechnung. Deren Höhe wurde vom Beschwerdegegner nie bestritten und ist gestützt auf die Aktenlage nicht zu beanstanden. Für nicht rechtzeitig bezahlte Beiträge kann die Vorsorgeeinrichtung gestützt auf Art. 66 Abs. 2 BVG Verzugszinsen verlangen. Auch der Beginn des Zinsenlaufs am 1. November 1997 ist in Anbetracht der Rechnungstellung am 2. September 1997 mit darin eingeräumter 30tägiger Zahlungsfrist und der Mahnung vom 8. Oktober 1997 mit 15tägiger Zahlungsfrist nicht zu beanstanden. Was die Mahnspesen von Fr. 100. - und die Kosten für ausserordentliche Umtriebe von Fr. 150. - anbelangt, ist darauf hinzuweisen, dass sich deren Grundlage in den zum integrierenden Bestandteil der Anschlussverfügung erklärten Anschlussbedingungen findet (Art. 7 Ziff. 3). Die diesbezüglichen Kosten werden weder in ihrem Bestand noch in ihrer Höhe bestritten und erscheinen in Anbetracht des Aufwandes der Beschwerdeführerin gerechtfertigt. Die Betreibungskosten schliesslich sind gemäss <ref-law> vom Gläubiger vorzuschiessen und vom Schuldner zu tragen, wobei der Gläubiger berechtigt ist, sie von den Zahlungen des Schuldners vorab zu erheben (<ref-law>).
6.- Weil nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen zu beurteilen war, ist das Verfahren kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. September 1999 aufgehoben.
II.Der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. ....... des Betreibungsamtes Z._ 7 wird im Betrag von Fr. 3747. 15 nebst Zins zu 5 % auf dem Betrag von Fr. 3497. 15 seit 1. November 1997 aufgehoben.
III. Die Gerichtskosten von Fr. 700. - werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
IV.Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 700. - wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 5. Oktober 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin:
i.V.