Sachverhalt:
A. Die Y._ Beteiligungen AG (Beklagte) mit Sitz in A._ hält als wichtigste Beteiligung das Aktienkapital der Y._ AG, die im Präzisions-Werkzeugmaschinenbau tätig ist. In der beklagten Gesellschaft steht sich je eine Gruppe von Mehrheits- und von Minderheitsaktionären gegenüber, wobei die Minderheitsgruppe im Verwaltungsrat nicht vertreten ist. Zur Minderheitsgruppe gehört die X._ AG (Klägerin) mit Sitz in B._, die etwa 47 % der Aktien hält (vgl. <ref-ruling> S. 39).
Die Klägerin focht mit verschiedenen Eingaben an das Handelsgericht des Kantons Zürich die fünf in den Jahren 2000 bis 2004 gefassten Beschlüsse der Generalversammlung der Beklagten an, mit denen die C._ AG jeweils zur Revisionsstelle bzw. zur Konzernprüferin (im Folgenden wird zuweilen nur noch von Revisionsstelle gesprochen) der Beklagten gewählt worden war. Die entsprechenden Verfahren wurden auf Antrag der Klägerin sistiert, da eine analoge Klage betreffend den Generalversammlungsbeschluss des Jahres 1999 hängig war und präjudizielle Wirkungen dieses ersten Verfahrens als möglich angenommen wurden.
Das Handelsgericht wies die Klage betreffend den Generalversammlungsbeschluss des Jahres 1999 am 29. Oktober 2002 ab. Eine dagegen erhobene Berufung wies das Bundesgericht mit Urteil vom 12. Oktober 2004 ab, soweit es darauf eintrat (<ref-ruling>, Verfahren 4C.386/2002).
B. Am 17. Februar 2005 verfügte der Präsident des Handelsgerichts die Vereinigung der fünf hängigen Anfechtungsprozesse. Gleichzeitig setzte er der Klägerin Frist an, um hinsichtlich der vereinigten Verfahren eine einheitliche und allein massgebliche Klageschrift einzureichen. Die Klägerin kam dieser Aufforderung nach und beantragte mit Eingabe vom 17. Mai 2005, die Beschlüsse der Generalversammlung der Beklagten der Jahre 2000 bis 2004 über die Wahl der C._ AG zur Revisionsstelle bzw. Konzernprüferin seien aufzuheben.
Anlässlich der Generalversammlung der Beklagten vom 7. Juli 2005 stellte sich die C._ AG nicht mehr zur Wiederwahl. An ihrer Stelle wählte die Generalversammlung die D._ zur Revisionsstelle und Konzernprüferin. Darauf Bezug nehmend stellte die Beklagte mit vorläufiger Klageantwort vom 15. September 2005 die Anträge, es sei das Prozessthema einstweilen auf das Thema des Rechtsschutzinteresses der Klägerin zu beschränken und auf die Klage nicht einzutreten. Die Klägerin nahm dazu mit Eingabe vom 31. Oktober 2005 Stellung.
Das Handelsgericht trat mit Beschluss vom 7. Dezember 2005 mangels Rechtsschutzinteresses auf die Klage nicht ein.
C. Gegen diesen Beschluss gelangte die Klägerin mit Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich, welches das Rechtsmittel am 15. November 2006 abwies, soweit es darauf eintrat. Eine dagegen gerichtete staatsrechtliche Beschwerde der Klägerin hat das Bundesgericht mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist (Verfahren 4P.341/2006).
D. Die Klägerin führt gegen den Beschluss des Handelsgerichts vom 7. Dezember 2005 zudem eidgenössische Berufung. Sie beantragt, der angefochtene Beschluss des Handelsgerichts und die Beschlüsse der Generalversammlung der Beklagten der Jahre 2000 bis 2004 über die Wahl der C._ AG zur Revisionsstelle bzw. Konzernprüferin seien aufzuheben. Eventuell sei festzustellen, dass die genannten Wahlbeschlüsse gesetzeswidrig sind. Subeventuell sei der angefochtene Beschluss des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache dem Handelsgericht zu weiterem Eintreten auf die Klage und zu materieller Entscheidung zurückzuweisen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>).
2.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um ein letztinstanzliches und instanzabschliessendes Prozessurteil, mit dem das Handelsgericht auf die von der Klägerin gestellten Rechtsbegehren mangels Rechtsschutzinteresse nicht eingetreten ist. Er stellt, soweit darin Bundesrecht angewendet wurde, einen berufungsfähigen Endentscheid im Sinne von Art. 48 OG dar, da die Vorinstanz die Beurteilung der Begehren aus einem Grund abgelehnt hat, der endgültig verbietet, dass derselbe Anspruch nochmals geltend gemacht wird (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 3b S. 446 f., je mit Hinweisen; Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Zürich 1992, Rz. 66 bei Fn. 22).
2.2 Da die Vorinstanz mangels Rechtsschutzinteresse auf die Gestaltungs- bzw. die Feststellungsbegehren der Klägerin nicht eingetreten ist, hat sie keine tatsächlichen Feststellungen getroffen, die dem Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Klägerin über das Rechtsschutzinteresse als begründet erachten, die Fällung eines Urteils in der Sache erlauben würde. In einem solchen Fall ist einzig ein Rückweisungsantrag angebracht (<ref-ruling> E. 1b S. 414 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.2). Gegenstand des vorliegenden Berufungsverfahrens kann einzig der vorinstanzliche Nichteintretensentscheid sein.
Soweit die Klägerin ausser der Aufhebung des angefochtenen Urteils und der Rückweisung der Streitsache an die Vorinstanz beantragt, es seien die Beschlüsse der Generalversammlung der Beklagten der Jahre 2000 bis 2004 über die Wahl der C._ AG zur Revisionsstelle bzw. Konzernprüferin aufzuheben oder eventuell festzustellen, dass die genannten Wahlbeschlüsse gesetzeswidrig seien, kann auf die Berufung nicht eingetreten werden.
3. Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, diese beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das kantonale Gericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm die entscheidwesentlichen Behauptungen und Beweisanträge frist- und formgerecht unterbreitet wurden (vgl. Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2c). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt haben will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2a).
Die Klägerin erhebt zwei den Sachverhalt betreffende Rügen, auf die vorweg eingegangen wird.
3.1 Zunächst macht sie sinngemäss geltend, die Vorinstanz habe festgestellt, dass sie, die Klägerin, selber ausgeführt habe, die Klage ziele darauf ab, die Beklagte mit einer negativen Einstufung der C._ AG bezüglich Unabhängigkeit und Qualifikation durch autoritative Feststellungen zu zwingen, eine andere, möglichst international tätige Gesellschaft als Revisionsstelle und Konzernprüferin zu beauftragen. Diese Feststellung beruhe indessen auf einem offensichtlichen Versehen, weil die Klägerin nirgends etwas entsprechendes ausgeführt habe und kein entsprechendes Zugeständnis vorliege. Das Bundesgericht sei deshalb nicht an die Feststellung gebunden.
Zunächst ist fraglich, ob das Handelsgericht überhaupt angenommen hat, die Klägerin habe hinsichtlich der bestrittenen Feststellung ein Zugeständnis gemacht. So ergibt sich aus der Erwägung, auf welche die Klägerin Bezug nimmt, nicht zweifelsfrei, ob sich der den fraglichen Absatz einleitende Teilsatz "Wie die Klägerin selber ausführte," auch auf den zweiten Satz bezieht, in dem das Gericht das bestrittene Klageziel feststellt. Es kann allerdings offen bleiben, wie es sich damit verhält.
Denn die Klägerin verkennt, dass ein Versehen nach der Rechtsprechung nur vorliegt, wenn die Vorinstanz eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig, d.h. nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht mit ihrem wirklichen Wortlaut wahrgenommen hat (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 3b). Erforderlich ist, dass ein Aktenstück unbeachtet blieb, dessen Berücksichtigung oder Mitberücksichtigung die Feststellung als blanken Irrtum ausweist.
Die Klägerin macht nicht geltend, die behauptete Annahme der Vorinstanz, es liege hinsichtlich des bestrittenen Ziels der Klage eine Zugabe vor, stehe mit einer bestimmten Aktenstelle im Widerspruch. Mit ihrer blossen Behauptung, sie habe nirgends etwas entsprechendes ausgeführt, vermag sie die angefochtene Feststellung - die sich im Urteil über die parallel erhobene staatsrechtliche Beschwerde als verfassungsrechtlich haltbar erwies - im Berufungsverfahren nicht in Frage zu stellen. Die der Feststellung zugrundeliegende Beweiswürdigung ist für das Bundesgericht im vorliegenden Verfahren nicht überprüfbar.
3.2 Die Klägerin macht sodann geltend, die Vorinstanz habe im Zusammenhang mit der Feststellung, die Klägerin habe mit ihrer Anfechtungsklage nur das Ziel verfolgt, die C._ AG aus ihrem Amt bei der Beklagten zu entfernen und ihre Wiederwahl zu verhindern bzw. die Beklagte zu zwingen, eine andere, möglichst international tätige Gesellschaft zu beauftragen, in verschiedener Hinsicht gegen <ref-law> verstossen.
Diese Rüge stösst ins Leere. Denn dem Beschluss des Handelsgerichts lässt sich - wie bereits im Entscheid zu der in gleicher Sache erhobenen staatsrechtlichen Beschwerde dargelegt (E. 3.3 und E. 4.2 in fine) - keine dahingehende Feststellung entnehmen, das vorstehend genannte Ziel sei das einzige Ziel der Anfechtungsklage gewesen.
4. Die Klägerin rügt sodann, die Vorinstanz habe <ref-law> unrichtig angewendet. Sie habe die Grundlage des Anfechtungsrechts und dessen Wirkungen falsch ausgelegt, mit der Folge, dass sie der Klägerin zu Unrecht das Rechtsschutzinteresse abgesprochen habe. Sie habe verkannt, dass das Thema des Prozesses die Wahl der C._ AG für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 sei. Die Neuwahl für das Geschäftsjahr 2005 berühre das Prozessthema in keiner Weise und das Ziel der Anfechtungsklage könne durch die Nichtwiederwahl der C._ AG für dieses Geschäftsjahr nicht erreicht sein. Die Klage auf Anfechtung von Generalversammlungsbeschlüssen betreffe immer nur die Gültigkeit der angefochtenen Beschlüsse für bestimmte Jahre und könne nur zu deren Beseitigung durch richterliches Gestaltungsurteil mit Wirkung ex tunc führen. Ziel der von der Klägerin erhobenen Anfechtungsklage sei die Beseitigung der Wahlbeschlüsse für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 ex tunc, nicht die Verhinderung der Wiederwahl. Dass es bei einer Gutheissung der Gestaltungsklage nicht zur Wiederwahl derselben Revisionsstelle komme, sei blosser Nebeneffekt der Gestaltungsklage, auf die hin einzig der angefochtene Beschluss aufgehoben werde und darüber hinausgehende positive Anordnungen ausgeschlossen seien.
Die Vorinstanz hat insoweit festgestellt, die Anfechtungsklagen hätten darauf gezielt, die Beklagte mit einer negativen Einstufung durch autoritative Feststellungen des Gerichts betreffend Qualifikation und Unabhängigkeit der C._ AG zu zwingen, eine andere, möglichst international tätige Gesellschaft zu beauftragen. Dieses Ziel habe die Klägerin erreicht. Diese Feststellungen haben sich im parallel geführten Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde als verfassungsrechtlich haltbar erwiesen und sind daher für das Bundesgericht im vorliegenden Verfahren verbindlich.
Im Weiteren ist der Vorinstanz nicht entgangen, dass Gegenstand der vereinigten Anfechtungsklagen die Wahlbeschlüsse der Generalversammlung für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 waren und dass die Klagen auf Aufhebung dieser Beschlüsse und die Einsetzung einer neuen Revisionsstelle für diese Geschäftsjahre zielten. Anders als die Klägerin unterstellt hat die Vorinstanz nicht angenommen, die Wahlbeschlüsse für das Geschäftsjahr 2005 hätten die gesetzwidrigen Beschlüsse für die Jahre 2000 bis 2004 geheilt. Sie hat jedoch ein Rechtsschutzinteresse der Klägerin an einer Aufhebung der entsprechenden Wahlbeschlüsse und der Einsetzung einer neuen Revisionsstelle für diese Geschäftsjahre verneint, nachdem die Beschlüsse über die Genehmigung der Jahresrechnungen ergangen und von der Klägerin nicht angefochten worden seien; eine Nichtigkeit dieser Genehmigungsbeschlüsse sei zu verneinen, wobei die Anrufung der Nichtigkeit durch die Klägerin vorliegend ohnehin missbräuchlich erscheinen würde. Abgenommene Jahresrechnungen mit nachfolgender Gewinnverwendung würden irreversible Fakten schaffen, was die nachträgliche Erarbeitung neuer Revisionsberichte als blossen Selbstzweck erscheinen lasse. Theoretisch wäre es, so die Vorinstanz, sicher denkbar, dass solche neuen Berichte Erkenntnisse zu Tage fördern könnten, die der Klägerin Stoff für Verantwortlichkeitsklagen liefern würden. Diese Möglichkeit könne aber keinen zureichenden Anlass bieten, die Genehmigung als nichtig zu betrachten, und auch der Wortlaut von <ref-law> führe nicht zur Nichtigkeit.
5. Im Prozess vorgetragene Begehren sind materiell nur zu beurteilen, wenn sie auf einem hinreichenden und in der Regel aktuellen Interesse gründen. Geht es um Ansprüche des Bundesrechts, beurteilt sich abschliessend danach, ob ein hinreichendes Interesse an deren gerichtlichen Beurteilung besteht. Ein solches fehlt im allgemeinen, wenn der streitige Anspruch bereits befriedet ist oder überhaupt nicht befriedet werden kann. Erforderlich ist im Regelfall ein persönliches Interesse des Petenten, welches in dem Sinn rechtlicher Natur ist, als die anbegehrte Feststellung oder Gestaltung einer Rechtslage ihm einen Nutzen eintragen muss (vgl. <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2a, 351 E. 3a/b). Dies gilt im Grundsatz ebenfalls für die aktienrechtliche Anfechtungsklage, wenngleich nach der Rechtsprechung in diesem Bereich ein weit gefasster Interessenbegriff greift und - vorbehältlich des Rechtsmissbrauchsverbots - die Absicht genügt, die Gesellschaftsinteressen wahrzunehmen. Erforderlich ist aber auch hier, dass durch ein die Begehren gutheissendes Urteil die Rechtsstellung des anfechtenden Aktionärs berührt wird. Das Prozessrecht steht nicht zur Verfügung, abstrakte Rechtsfragen ohne Wirkung auf konkrete Rechtsverhältnisse zu beurteilen (<ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen; vgl. dazu Dubs/Truffer, Basler Kommentar, N. 4a zu <ref-law>; Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2004, § 16 Rz. 107 ff. S. 1954; Peter Lehmann, Missbrauch der aktienrechtlichen Anfechtungsklage, Diss. Zürich 2000, S. 92 ff.).
6. Die Beklagte hält unter anderem dafür, es fehle an einem Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der streitbetroffenen Klagen, weil diese unzulässig begründet seien. Fehlerhafte Prüfungshandlungen, mit denen die Klägerin ihre Klagen auf Aufhebung der Wahlbeschlüsse der Revisionsstelle wegen fehlender Unabhängigkeit begründeten, könnten nur im Rahmen der Anfechtung der Jahresrechnung oder einer Verantwortlichkeitsklage thematisiert werden. Die Beurteilung der Unabhängigkeit dagegen könne im Zeitpunkt der Wahl nur aufgrund formeller Kriterien erfolgen, nicht jedoch aufgrund erst noch vorzunehmender Prüfungshandlungen. Denn keine wie auch immer als fehlerhaft gerügte Prüfungshandlung könne zum Nachweis des Fehlens der Unabhängigkeit führen.
Mit dieser Argumentation macht die Beklagte geltend, es fehle ein Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der Klage, weil diese materiell aussichtslos sei. Die Argumentation, die fehlende Unabhängigkeit lasse sich nicht mit Unterlassungen der Revisionsstelle begründen, scheint im Lichte der Rechtsprechung und Lehre zur Anforderung der Unabhängigkeit der Revisionsstelle bzw. der Konzernprüfer zwar etwas für sich zu haben (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.2.1 mit Hinweisen). Die Beklagte beruft sich indessen mit ihrer Behauptung, die Klägerin begründe ihre Klage mit fehlerhaften Prüfungshandlungen der C._ AG, auf ein Sachverhaltselement, das in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze findet, ohne dazu eine Ausnahme von der Sachverhaltsbindung im Sinne von Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG zu substanziieren. Sie kann daher mit ihren darauf aufbauenden Ausführungen nicht gehört werden (Erwägung 3 vorne), wenn die Behauptung nach den eigenen Ausführungen der Klägerin in der Berufungsschrift auch zutreffend zu sein scheint.
Überdies ist zu beachten, dass sich die prozessuale Frage nach dem Bestehen des Rechtsschutzinteresses unabhängig von den Erfolgsaussichten der Klage beurteilt. Ein Richter, der das Interesse des Klägers als schutzwürdig anerkennt, bejaht damit nicht bereits die materielle Begründetheit der Klage, sondern stellt lediglich fest, dass sich die Gutheissung des Begehrens positiv auf die rechtliche Situation des Klägers auswirken würde (Lehmann, a.a.O., S. 13 Rz. 37). Stellt ein Gericht die Aussichtslosigkeit einer einzelnen Klage fest und wirft es dem Kläger aus diesem Grund mutwillige Prozessführung vor, ist die Klage grundsätzlich nicht durch einen Nichteintretensentscheid zu erledigen, sondern in der Sache abzuweisen (Lehmann, a.a.O., S. 22 Rz. 63; dieser Autor verkennt allerdings in seinen weiteren Ausführungen [S. 20 Rz. 55 ff.], dass auch für die bundesgerichtliche Praxis grundsätzlich nichts anderes gilt. Das Bundesgericht erledigt gestützt auf Art. 36a OG aussichtslose Rechtsmittel nur dann durch Nichteintreten, wenn in querulatorischer Weise eine Vielzahl von der Grundlage entbehrenden Rechtsmitteln erhoben oder in schikanöser Weise prozessiert wird, und nicht schon dann, wenn bloss ein einzelnes aussichtsloses Rechtsbegehren gestellt wird [vgl. dazu <ref-ruling> E. 4 S. 89; <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4]). Das Handelsgericht hat die Klage nicht materiell als der Grundlage entbehrend bzw. als aussichtslos beurteilt, was grundsätzlich ein abweisendes Urteil zur Folge hätte haben müssen, sondern ist darauf mangels Rechtsschutzinteresse nicht eingetreten. Allein dies und nicht die materielle Beurteilung der Klage ist Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
7. Die Klägerin begründete ihr im vorinstanzlichen Verfahren gestelltes Begehren um Aufhebung der Beschlüsse über die Wahl der C._ AG als Revisionsstelle und Konzernprüferin der beklagten Gesellschaft für die Jahre 2000 bis 2004 mit der fehlenden Unabhängigkeit im Sinne von <ref-law>. Ob die Klägerin ein Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der Anfechtungsklage hat, bestimmt sich danach, ob sich die Gutheissung ihres Klagebegehrens positiv auf ihre rechtliche Situation auswirken würde (<ref-ruling> E. 3a). Bei der Beurteilung des Rechtsschutzinteresses ist daher von der Annahme auszugehen, die Sachverhaltsdarstellung und die Rechtsauffassung der Klägerin seien richtig, mithin die C._ AG sei keine unabhängige Revisionsgesellschaft.
7.1 Die Vorinstanz verneinte im angefochtenen Entscheid ein Rechtsschutzinteresse der Klägerin an einer Aufhebung der Wahlbeschlüsse und der Einsetzung einer neuen Revisionsstelle für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004, weil die Beschlüsse der Generalversammlung über die Genehmigung der entsprechenden Jahresrechnungen ergangen und von der Klägerin nicht angefochten worden seien. Eine Nichtigkeit dieser Beschlüsse sei zu verneinen, da bei der Beschlussfassung unstrittig Revisions- bzw. Prüfungsberichte der gewählten Revisoren und Konzernprüfer vorgelegen hätten. Die nachträgliche Erarbeitung neuer Revisionsberichte erscheine als blosser Selbstzweck. Diese Argumentation greift zu kurz.
7.2 Ausgangspunkt für die Geltendmachung von Aktionärsrechten, und damit auch grundlegendes Schutzrecht des Aktionärs überhaupt, ist sein Recht auf Information (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 40 Rz. 141). Damit der Aktionär seine Kapitalanlage beurteilen und richtige Entscheide über seine Investition bzw. Desinvestition, d.h. die Veräusserung seiner Aktien, treffen kann, muss er über die Gesellschaft informiert sein und einen Einblick in deren wirtschaftliche Lage haben. Eine angemessene Information bildet sodann unabdingbare Voraussetzung für die Geltendmachung seiner Mitverwaltungsrechte und besonders des Stimmrechts sowie die Grundlage für eine Kontrolle und eine eventuelle Haftbarmachung der Gesellschaftsorgane. Die Informationsrechte dienen den Individualinteressen der Aktionäre. Sie sind zugleich aber auch Voraussetzung für die Funktionsfähigkeit der Generalversammlung als obersten Organs der Gesellschaft (Weber, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 40 Rz. 146 f.; Felix Horber, Die Informationsrechte des Aktionärs, Eine systematische Darstellung, Zürich 1995, S. 25 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 2 S. 48 und E. 3b S. 50, je mit Hinweisen).
Um unterschiedlichen Situationen und Aktionärsbedürfnissen Rechnung zu tragen, sieht das Gesetz ein dreistufiges Informationskonzept vor. Auf der ersten Stufe verlangt <ref-law> im Wesentlichen, dass der Geschäftsbericht, der u.a. die Jahresrechnung umfasst, sowie der Revisionsbericht vor der ordentlichen Generalversammlung spontan bekannt gegeben werden. Weiter sieht diese Bestimmung vor, dass der von der Generalversammlung genehmigte Geschäftsbericht und der Revisionsbericht während eines Jahres nach Abhaltung der Versammlung auf Verlangen eines Aktionärs herauszugeben sind. <ref-law> gibt dem Aktionär auf zweiter Stufe ein weiter gehendes Auskunfts- und Einsichtsrecht auf dessen Begehren (vgl. dazu <ref-ruling> sowie das Urteil 4C.234/2002 vom 4. Juni 2003, publ. in: Pra 2004 Nr. 68 S. 390). Auf dritter Stufe wird in den Art. 697a - 697g OR mit dem subsidiär geltend zu machenden Institut der Sonderprüfung versucht, den Konflikt zwischen Offenlegungs- und Geheimhaltungsinteressen durch Zwischenschaltung eines Dritten zu überbrücken (vgl. dazu <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4 S. 396; zum Ganzen: Weber, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>; Forstmoser/Meier-Hayoz/ Nobel, a.a.O., § 40 Rz. 149 ff.).
Einer ordnungsgemässen Rechnungslegung kommt im Rahmen aller aktienrechtlichen Vorschriften eine zentrale Bedeutung zu (vgl. Böckli, a.a.O., § 8 Rz. 12 ff., der die Rechnungslegung als entscheidenden Kreuzweg aller aktienrechtlichen Vorschriften bezeichnet). Die Buchführung dient in erster Linie der Selbstinformation des Unternehmens und damit der Förderung der Interessen der Betriebsangehörigen. Ebenso beruhen die aktienrechtlichen Bestimmungen über die Rechnungslegung auf dem Gedanken der Kapitalerhaltung und stellen einen zentralen Ansatzpunkt für die Verantwortlichkeit des Verwaltungsrates und der Geschäftsleitung dar. Die Buchführung dient damit einerseits den Kapitaleignern, in deren Auftrag Verwaltung und Geschäftsleitung tätig sind, andererseits den Gläubigern und schliesslich, bei hinreichender wirtschaftlicher Bedeutung, auch einer weiteren Öffentlichkeit zur Information über die Ertragslage der Gesellschaft. Schliesslich erfüllt sie als Informationsgrundlage des Verwaltungsrates auch die Funktion eines Führungsinstruments. Sie bildet eine wichtige Voraussetzung für die Ausübung verschiedener Schutzrechte durch die Gesellschafter (<ref-ruling> E. 9.3.3 S. 19; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
7.3 Dem Revisionsbericht kommt in diesem Zusammenhang besondere Bedeutung zu, weil den Aktionären Einsichts- und Kontrollrechte nach <ref-law> in finanziellen Belangen nur so weit gewährt werden, als dies nach der ordnungsgemässen Prüfung von Buchhaltung und Jahres- bzw. Konzernrechnung durch die Revisionsstelle erforderlich ist und sich mit der Wahrung der Geschäftsgeheimnisse verträgt (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 77 und 1.3.5; <ref-ruling> E. 9.3.3 S. 20).
Die Revisionsstelle, deren Wahl vorliegend angefochten wurde, soll garantieren, dass die Einsichtsrechte der Aktionäre und Gläubiger in die Jahresrechnung nicht dadurch entleert werden, dass unvollständige oder falsche Zahlen präsentiert werden (Watter, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Sie hat nach <ref-law> u.a. zu prüfen, ob die Buchführung und die Jahresrechnung sowie der Antrag über die Verwendung des Bilanzgewinns Gesetz und Statuten entsprechen. Damit eine solche Überprüfung sachlich einwandfreie Folgerungen erlaubt, hat sich die Revisionsstelle zu vergewissern, dass die in der Bilanz aufgeführten Aktiven vorhanden und die Passiven der Gesellschaft vollständig erfasst sind. Sie muss andererseits nicht die richtige Bewertung der Aktiven schlechthin, sondern die Einhaltung der gesetzlichen und statutarischen Bewertungsgrundsätze überprüfen (<ref-ruling> E. 3c S. 462; Urteil des Bundesgerichts vom 11. November 1975 i.S. IBZ, E. 3c, ZR 75/1976 Nr. 21 S. 75). Ebenso wenig ist die Kontrollstelle allgemein verpflichtet, die Geschäftsführung der Gesellschaft zu kontrollieren und systematisch nach eventuellen Unregelmässigkeiten zu forschen. Stellt sie allerdings bei der Ausführung ihres Auftrags Verstösse gegen gesetzliche oder statutarische Vorschriften fest, muss sie den Verwaltungsrat darüber schriftlich in Kenntnis setzen und in wichtigen Fällen auch der Generalversammlung Mitteilung machen (<ref-law>). Diese Pflicht ist nicht auf den Prüfungsgegenstand der Revisionstätigkeit beschränkt, sondern bezieht sich auf alle festgestellten Unregelmässigkeiten (<ref-ruling> E. 7.1 S. 130 mit Hinweisen). Eine Meldung an die Generalversammlung ist insbesondere angebracht, wenn nach den Abklärungen der Revisionsstelle und nach Anhörung des Verwaltungsrates eine Verletzung des Gesetzes in einem wichtigen Fall vorliegt und dadurch die Gesellschaft offensichtlich geschädigt ist oder geschädigt zu werden droht (Böckli, a.a.O., § 15 Rz. 175; vgl. dazu auch Watter, a.a.O., N. 2 f. zu <ref-law> sowie Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 33 Rz. 59 ff.). Zu denken ist dabei beispielsweise an Fälle von verdeckten Gewinnausschüttungen oder von schwerwiegenden deliktischen Handlungen (Böckli, a.a.O., § 15 Rz. 110 ff., 130, 170). Diese Umschreibung der Aufgaben der Revisionsstelle gilt im Wesentlichen für den Konzernprüfer sinngemäss (<ref-law>; vgl. dazu Böckli, a.a.O., § 15 Rz. 115 ff., 136; Watter, a.a.O., Rz. 7 ff. [vgl. zum Ganzen das Urteil 4P.208/2003 vom 12. Oktober 2004 E. 2.4.1]).
Wird die Jahresrechnung durch eine nicht unabhängige Revisionsstelle geprüft, wie es die Klägerin für den vorliegenden Fall behauptet, besteht die Gefahr, dass sie der Generalversammlung allfällige schädigende Unregelmässigkeiten bei der Geschäftsführung oder Verstösse gegen die Vorschriften ordnungsgemässer Rechnungslegung nicht anzeigt. Damit wird die Zuverlässigkeit der Jahresrechnung und damit des Geschäftsberichtes als das von den Aktionären primär auszuschöpfende Informationsmittel, das ihnen eine sinnvolle Ausübung ihrer Aktionärsrechte ermöglichen soll (vorstehende Erwägung 7.2), in Frage gestellt.
Folge eines die Anfechtungsklage gutheissenden Urteils wäre, dass die C._ AG für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 (ex tunc; <ref-ruling> E. 2 S. 281) nicht als gesetzmässige Revisionsstelle gelten könnte und dass somit die Beklagte für diese Geschäftsjahre über keine gesetzmässige Revisionsstelle verfügt hätte. Damit wäre für die Klägerin der Weg frei, für diese Jahre die Wahl einer neuen, den gesetzlichen Anforderungen an die Unabhängigkeit und Befähigung genügende Revisionsstelle zu verlangen (vgl. <ref-law>), welche die entsprechenden Jahresrechnungen prüft, der Generalversammlung darüber und über allfällige anzuzeigende Unregelmässigkeiten Bericht erstattet. Auf diesem Weg können die Unsicherheiten beseitigt werden, die der Information anhaften, welche einer durch eine nicht unabhängige Revisionsstelle geprüften Jahresrechnung zu entnehmen ist. Auch werden möglicherweise allfällige Unregelmässigkeiten aufgedeckt, welche die Klägerin nicht selber feststellen kann.
Daran besteht für die Klägerin grundsätzlich auch für vergangene Geschäftsjahre ein Interesse, und zwar unabhängig davon, ob die Jahresrechnungen für diese Jahre von der Generalversammlung genehmigt worden sind und allenfalls nach einer Beschlussfassung über die Verwendung des Bilanzgewinns (<ref-law>) gewisse irreversible Fakten geschaffen worden sind. Die Aufdeckung von allfälligen Unregelmässigkeiten in den früheren Geschäftsjahren und die Beseitigung diesbezüglicher Unsicherheiten werden durch die Genehmigung der entsprechenden Jahresrechnungen nicht bedeutungslos. Vielmehr können sie Grundlage für die Wahrnehmung von Aktionärsrechten bilden, wie beispielsweise die Haftbarmachung von Gesellschaftsorganen, die künftige Ausübung des Stimmrechts, bei der Unregelmässigkeiten Rechnung getragen werden kann, oder die Veräusserung von Aktien (vorstehende Erwägung 7.2; vgl. dazu auch BGE <ref-ruling> E. 2 S. 48; vgl. dazu auch Peter Schlosser, Gestaltungsklagen und Gestaltungsurteile, Bielefeld 1966, S. 334). Demnach ist auch nicht entscheiderheblich und kann offenbleiben, ob die Beschlüsse über die Genehmigung der Jahresrechnungen bei einer Aufhebung der Wahlbeschlüsse wegen fehlender Unabhängigkeit der Revisionsstelle als nichtig dahinfallen oder nicht.
7.4 Die Beklagte beruft sich auf eine bundesgerichtliche Rechtsprechung, nach der eine Anfechtungsklage gegenüber den Beschlüssen der Generalversammlung unzulässig ist, wenn sie sich auf einen Sachverhalt stützt, der Gegenstand einer Verantwortlichkeitsklage gegen die Gesellschaftsorgane bilden kann (<ref-ruling> E. 2a S. 389; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. III/1b S. 464 f.; diese Praxis wird von der herrschenden Lehre kritisiert: Tanner, Zürcher Kommentar, N. 30 ff. zu <ref-law>; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 25 Rz. 7; Jean Nicolas Druey, Mängel des GV-Beschlusses, in: Druey/ Forstmoser [Hrsg.], Rechtsfragen um die Generalversammlung, Zürich 1997, S. 135 [vgl. im Übrigen die Relativierung der Rechtsprechung in <ref-ruling> E. 1d/cc S. 233; <ref-ruling> E. 4e/bb S. 304 f.]). Damit vermag sie indessen das dargelegte Interesse der Klägerin an der Anfechtung der Beschlüsse über die Wahl der C._ AG als Revisionsstelle für die Jahre 2000 bis 2004 nicht in Frage zu stellen. So ist nicht ersichtlich und wird von der Beklagten auch nicht dargetan, inwiefern der behauptete Tatbestand der fehlenden Unabhängigkeit der Revisionsstelle Gegenstand einer Verantwortlichkeitsklage bilden könnte. Wie die Beklagte selber einräumt, wird die fehlende Unabhängigkeit per se kaum je zu einem Schaden führen, sondern erst dann, wenn sie sich in schadensverursachenden Pflichtverletzungen manifestiert (Watter, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>). Zwar macht sie - wenn auch in anderem Zusammenhang - geltend, die Klägerin begründe die angeblich fehlende Unabhängigkeit der C._ AG einzig mit Pflichtverletzungen derselben. Diese Behauptung findet indessen im angefochtenen Beschluss keine Stütze, weshalb die Beklagte damit mangels Sachverhaltsrüge nach Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG nicht zu hören ist.
7.5 Weiter bringt die Beklagte vor, der Klägerin stehe zur Vorbereitung einer Schadenersatzklage gegen die Organe der Gesellschaft das Institut der Sonderprüfung zur Verfügung, wobei sie sich auf die Behauptungen stützt, die Klägerin begründe die angeblich fehlende Unabhängigkeit der C._ AG einzig mit angeblichen Rechnungslegungsverstössen der Beklagten im Zusammenhang mit dem sogenannten "E._-Darlehen" und sie mache nicht geltend, ihr schützenswertes Interesse bestehe in allfälligen neuen Erkenntnissen aufgrund neu zu erstellender Revisionsberichte. Da die Vorinstanz dazu indes keine Feststellungen getroffen hat und die Beklagte keine Sachverhaltsrügen nach Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG erhebt, kann sie auch insoweit nicht gehört werden. Überdies hat die Sonderprüfung grundsätzlich nicht zum Ziel, eine umfassende Bilanzprüfung durch eine gesetzmässige Revisionsstelle zu ersetzen, und kommt nur subsidiär als letztes Mittel zur Verbesserung der Informationslage des Aktionärs zum Zuge, wenn das Auskunfts- und Einsichtsrecht keine Hilfe bringt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 135; <ref-ruling> E. 3; Weber, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 35 Rz. 8 f; Horber, a.a.O., S. 344 Rz. 1072 und S. 346 ff.). Solange der primäre - ohne besonderes Verlangen des Aktionärs zu befriedigende - Informationsanspruch der Klägerin nicht erfüllt ist, weil ihr durch eine nicht unabhängige Revisionsstelle geprüfte Jahresrechnungen unterbreitet wurden, muss sie sich nicht auf das Institut der Sonderprüfung verweisen lassen.
7.6 Zusammenfassend hat die Vorinstanz ein Interesse der Klägerin an der Beurteilung der vereinigten Anfechtungsklagen gegen die Wahl der C._ AG als Revisionsstelle und Konzernprüferin der Beklagten für die Jahre 2000 bis 2004 zu Unrecht verneint.
8. Die Berufung ist somit teilweise gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist, der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Sache zur Entscheidung in der Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte unterliegt mit ihrem Standpunkt im Verfahren, das auf ihren Antrag hin auf das Thema des Rechtsschutzinteresses beschränkt wurde, vollumfänglich. Bei diesem Ausgang wird sie für das Verfahren vor Bundesgericht kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 7. Dezember 2005 wird aufgehoben und die Streitsache zur Beurteilung in der Sache an das Handelsgericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 15'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3. Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. April 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: