Sachverhalt:
A. Das Geschworenengericht des Kantons Zürich verurteilte X._ am 19. Mai 1998 u.a. wegen mehrfachen versuchten Mordes, mehrfacher schwerer Körperverletzung, mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern und mehrfacher Schändung zu 17 Jahren Zuchthaus, schob den Vollzug dieser Strafe indessen auf und ordnete die Verwahrung im Sinne von <ref-law> (in der Fassung vom 18. März 1971) an.
X._ befindet sich seit dem 15. November 2000 zum Vollzug der Verwahrung in der Strafanstalt Pöschwies. Seit dem 2. Oktober 2001 lehnt er die Betreuung durch den Psychiatrisch-Psychologischen Dienst (PPD) ebenso wie Besuche von dessen Mitarbeitern und eine deliktsorientierte Therapie ab.
Mit Verfügung vom 26. Juli 2006 lehnte das Amt für Justizvollzug die probeweise Entlassung X._s aus der Verwahrung unter Hinweis auf das mangels therapeutischer Behandlung nach wie vor bestehende Rückfallrisiko ab.
X._ rekurrierte gegen diese Verfügung und beantragte, es sei zur Frage der Gemeingefährlichkeit ein neues Gutachten zu erstellen, er sei probehalber aus der Verwahrungsmassnahme zu entlassen und es sei ihm für die Begutachtung und das Überprüfungsverfahren ein unentgeltlicher Rechtsbeistand zu gewähren. Die Direktion der Justiz und des Innern wies den Rekurs am 26. September 2006 ab und verweigerte X._ die Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde X._s am 7. Februar 2007 teilweise gut und hob die Verfügung der Direktion der Justiz und des Innern vom 26. September 2006 und die Verfügung des Amts für Justizvollzug vom 16. Juli 2006 insofern auf, als darin die Begutachtung des Beschwerdeführers durch eine unabhängige sachverständige Person abgelehnt bzw. nicht angeordnet worden war. Es wies die Sache ans Amt für Justizvollzug zurück, "um die Frage der bedingten Entlassung nach den Vorschriften des seit 1. Januar 2007 geltenden Strafrechts, insbesondere <ref-law>, zu prüfen". Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, ebenso wie das Gesuch um Beiordnung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 14. März 2007 beantragt das Amt für Justizvollzug, seine Verfügung vom 26. Juli 2006 zu bestätigen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über den Vollzug einer Massnahme, gegen den die Beschwerde in Strafsachen gegeben ist (Art. 78, Art. 80 Abs. 1 BGG). Fraglich ist zunächst, ob das Amt für Justizvollzug berechtigt ist, sie zu erheben.
1.1 Nach <ref-law> ist zur Erhebung einer Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b). Die beiden Voraussetzungen von lit. a und b müssen nach klarem Wortlaut und Sinn kumulativ erfüllt sein. Das bedeutet einerseits, dass auch die in <ref-law> beispielhaft aufgeführten Personen, die in der Regel beschwerdebefugt sind, im Einzelfall ein Rechtsschutzinteresse nachzuweisen haben. Anderseits sind auch dort nicht aufgeführte Personen beschwerdebefugt, sofern sie ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids haben (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Febr. 2001, BBl 2001 4318). <ref-law> regelt die Beschwerdebefugnis der Bundesanwaltschaft, während Abs. 3 die Regelung von Art. 103 lit. b OG übernimmt, wonach das Beschwerderecht auch der Bundeskanzlei, den Departementen des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, den ihnen unterstellten Dienststellen zusteht, wenn der angefochtene Entscheid die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann. Da sich die Bestimmung nur auf Beschwerden gegen Entscheide über den Vollzug von Strafen und Massnahmen bezieht, ist nach Abs. 3 einzig das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement beschwerdebefugt.
1.2 Das Amt für Justizvollzug leitet seine Beschwerdeberechtigung aus <ref-law> ab.
-:-
Das Verwaltungsgericht bezeichnet das Amt für Justizvollzug im Rubrum zwar als Beschwerdegegner und führt dieses damit als Partei auf. Dementsprechend holte es von ihm auch eine "Beschwerdeantwort" ein, nicht eine "Vernehmlassung" wie von der Direktion der Justiz und des Innern. Ob das Amt für Justizvollzug am Verwaltungsgerichtsverfahren im Sinne von <ref-law> teilgenommen hat oder nicht, ist indessen eine Frage des Bundesrechts. Es ist daher unerheblich, ob das Zürcher Verfahrensrecht einen Rollenwechsel des Amts für Justizvollzug von der erstinstanzlich verfügenden Behörde zur Partei im gegen seinen Entscheid angehobenen Rechtsmittelverfahren vorsieht bzw. zulässt. Von der Sache her besteht dafür jedenfalls keine Notwendigkeit, handelt es sich doch grundsätzlich um ein Einparteienverfahren, mit welchem der verwahrte Beschwerdeführer die Gewährung von Vollzugslockerungen beantragte. Es erscheint daher fraglich, ob das Amt für Justizvollzug als Teilnehmer am verwaltungsgerichtlichen Verfahren im Sinn von <ref-law> zu betrachten wäre. Es kann jedenfalls nicht Sinn dieser Bestimmung sein, alle Vorinstanzen auf Grund ihrer Verfahrensteilnahme zur Beschwerde zuzulassen.
Das Amt für Justizvollzug vertritt sodann ausschliesslich öffentliche Interessen, es fehlen ihm eigene, rechtlich geschützte Interessen, die es nach <ref-law> zur Beschwerde berechtigen könnten. Es ist zwar durch den angefochtenen Entscheid beschwert, indem es den Beschwerdegegner gegen seine Überzeugung begutachten lassen muss, und hat dementsprechend ein faktisches Interesse an der Aufhebung des Verwaltungsgerichtsentscheids. Dies genügt indessen nicht zur Ergreifung einer Beschwerde in Strafsachen. Der Wahrung rein öffentlicher Interessen dient die Behördenbeschwerde, welche nach <ref-law> dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement zusteht. Dieses ist beschwerdebefugt, weil ihm diese Befugnis vom Verfahrensrecht ausdrücklich zuerkannt wird. Das bedeutet umgekehrt, dass allen anderen Behörden, die an der Erhebung einer Beschwerde interessiert sein könnten, aber nicht über eine entsprechende gesetzliche Ermächtigung verfügen, die Beschwerdelegitimation abgeht. Das Amt für Justizvollzug ist damit von der Beschwerdeführung ausgeschlossen (<ref-law> e contrario).
1.3 Auf die Beschwerde ist somit bereits mangels Legitimation des beschwerdeführenden Amtes für Justizvollzug nicht einzutreten. Dazu kommt, dass der angefochtene Rückweisungsentscheid das Verfahren nicht abschliesst. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, der nur anfechtbar wäre, wenn dem beschwerdeführenden Amt ein nicht wieder gutzumachender Nachteil drohte (<ref-law>). Diesem droht indessen einzig, eine möglicherweise überflüssige Begutachtung des Beschwerdegegners durchführen zu müssen. Darin liegt ein allenfalls unnötiger Aufwand, kein nicht wieder gutzumachender Nachteil. Auf die Beschwerde wäre somit auch mangels eines tauglichen Anfechtungsobjekts nicht einzutreten.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Mai 2007
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: