hat sich ergeben:
A.- Am 29. Oktober 1993 schloss die Underberg AG (Beklagte) mit der Toys "R" Us AG (Nebenintervenientin) einen Generalunternehmervertrag. Die Nebenintervenientin verpflichtete sich, auf der Liegenschaft Kat. Nr. 5176 (Industriestrasse 29) Dietlikon/ZH ein Gebäude mit einem Erdgeschoss und zwei Obergeschossen zu erstellen. Nach Fertigstellung sollte die Nebenintervenientin das Untergeschoss und Teile des Obergeschosses als Mieterin nutzen können. Bestellungsänderungen waren nur zulässig, sofern dies zu keiner Verzögerung der Fertigstellung des Bauvorhabens führte und die Beklagte allfällige Mehrkosten übernahm. Die Nebenintervenientin schloss im Mai 1996 mit der Firma Zschokke Generalunternehmung AG einen Subgeneralunternehmervertrag, in dem sie dieser die Vertragserfüllung übertrug. Als Termin für die Vollendung des Bauwerkes wurde im Subgeneralunternehmervertrag der 27. September 1997 bestimmt. Ebenfalls im Mai 1996 hatten die Beklagte und die Nebenintervenientin eine Vereinbarung geschlossen, in der sich die Nebenintervenientin verpflichtete, das Gebäude bis spätestens 1. Oktober 1997 fertigzustellen.
B.- Am 4. Dezember 1996 verkaufte die Beklagte der Wells Fargo Finance Holding AG, Zug (Klägerin) das zu bebauende Grundstück zum Preis von Fr. 13'588'000.--. Im Kaufvertrag regelten die Parteien das Schicksal des mit der Nebenintervenientin abgeschlossenen Vertrages, wobei die Klägerin sich gegen Abtretung sämtlicher Rechte aus diesem Vertrag zur vollen Schadloshaltung der Beklagten verpflichtete. Über die Einzelheiten trafen die Parteien am gleichen Tag eine Zusatzvereinbarung. In dieser Vereinbarung hielten sie fest, die Klägerin sei berechtigt, das in Bau befindliche Geschäftshaus nach ihren Bedürfnissen auszubauen und auszugestalten, soweit es nicht an die Nebenintervenientin vermietet sei. Die Klägerin verlangte darauf von der Nebenintervenientin den Bau eines dritten Obergeschosses. Da die Nebenintervenientin einem Schuldnerwechsel nicht zugestimmt hatte, gab die Beklagte der Nebenintervenientin die Bestellungsänderung selbst in Auftrag. Die Nebenintervenientin hielt diese Bestellungsänderung für unzulässig und stellte das Gebäude fristgerecht nach den ursprünglichen Plänen fertig.
C.- Am 14. Mai 1997 reichte die Klägerin beim Handelsgericht Zürich Klage ein und verlangte von der Beklagten unter anderem die Übertragung der Liegenschaft. Die Beklagte erhob zunächst Widerklage. Dann einigten sich die Parteien darauf, die Übertragung des Grundstückes vorzunehmen, wobei die Beklagte auf die Einrede verzichtete, die Klägerin habe dadurch die Mängelfreiheit der Liegenschaft anerkannt. Gemäss der Vereinbarung stellte die Klägerin ein neues Rechtsbegehren und verlangte Fr. 7,5 Mio. nebst Zins für den Minderwert wegen Nichtrealisierung des 3. Obergeschosses. Die Beklagte liess die Widerklage fallen. Am 21. September 1999 schrieb das Handelsgericht das Verfahren in Bezug auf die durch den Vergleich geregelten Punkte als erledigt ab. Das verbleibende Klagebegehren wies es ab.
D.- Gegen diesen Entscheid hat die Klägerin Berufung eingelegt. Sie beantragt, das Urteil aufzuheben und die Angelegenheit an das Handelsgericht mit der Auflage zurückzuweisen, über den der Klägerin wegen Vertragsverletzung der Beklagten zustehenden Forderungsanspruch in quantitativer Hinsicht zu entscheiden. Die Beklagte und die Nebenintervenientin beantragen, auf die Berufung nicht einzutreten. Eventuell schliessen sie auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Klägerin beantragt ausschliesslich die Rückweisung der Angelegenheit zu neuem Entscheid. Dieser Antrag genügt den Anforderungen von Art. 55 OG, da sich die Vorinstanz zum Umfang eines allfälligen Minderwertes nicht geäussert hat und daher die tatsächlichen Feststellungen fehlen, auf deren Grundlage das Bundesgericht im Falle der Gutheissung der Berufung selbst urteilen könnte.
2.- a) Nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist in der Berufungsschrift kurz darzulegen, welche Bundesrechtssätze der angefochtene Entscheid verletzt und inwiefern er gegen sie verstösst. Nicht zu hören sind dagegen Rügen, die sich gegen die tatsächlichen Feststellungen und gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz richten (<ref-ruling> E. 3 S. 372, 120 II 97 E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2 S. 93, 480 E. 3d S. 489, 745 E. 3 S. 749 mit Hinweisen), es sei denn, es werde zugleich ein offensichtliches Versehen, eine Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften (Art. 63 Abs. 2 OG) oder eine unvollständige Ermittlung des Sachverhaltes vorgeworfen (Art. 64 OG). Wer sich auf solche Ausnahmen von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der letzten kantonalen Instanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2a S. 485 f.).
b) Ein offensichtliches Versehen liegt vor, wenn das Gericht eine bestimmte, für den Entscheid wesentliche Aktenstelle übersieht oder falsch versteht, oder wenn es den offensichtlichen Zusammenhang dieser Aktenstelle mit anderen Dokumenten oder Äusserungen übersieht (<ref-ruling> E. 2b S. 106, 115 II 399 E. 2 mit Hinweis). Das Handelsgericht hat erkannt, dass sich die Nebenintervenientin die Bestellungsänderung wegen der drohenden Verzögerung der Fertigstellung nicht gefallen lassen musste. Die Klägerin macht sinngemäss geltend, das Handelsgericht habe übersehen, dass in der letzten Bauphase ein Gerüst nur an den oberen Stockwerken notwendig gewesen wäre, und die Nebenintervenientin sich überdies das Recht zu einer Teilinbetriebnahme im Vertrag ausdrücklich vorbehalten habe. Daher wäre eine Teilinbetriebnahme zumutbar gewesen. Für das Handelsgericht war die Verwendung des Baugerüsts nicht allein ausschlaggebend. Es berücksichtigte vielmehr allgemein die drohenden Immissionen und die möglichen Verzögerungen im Baubewilligungsverfahren. In welchen Stockwerken das Baugerüst verwendet wird, ist damit für den Entscheid nicht wesentlich. Aus der Tatsache, dass sich die Nebenintervenientin ein Recht auf eine Teilinbetriebnahme vorbehalten hat, kann nicht auf eine Pflicht zur Duldung der Teilinbetriebnahme wegen Änderungswünschen der Klägerin geschlossen werden. Auch diesbezüglich liegt eindeutig kein Versehen im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vor.
c) Die Klägerin übt über weite Strecken unzulässige Kritik an den tatsächlichen Feststellungen und der Beweiswürdigung der Vorinstanz. Auch ist die Begründung der Berufung teilweise ungenügend. Die Klägerin stützt ihren Anspruch auf die Zusatzvereinbarung vom 4. Dezember 1996 und das ihr dort eingeräumte Recht, am Bauobjekt Veränderungen vorzunehmen. Jedoch bleibt teilweise unklar, welche Pflichten oder Zusicherungen der Beklagten die Klägerin aus dieser Vereinbarung ableiten zu können glaubt. Da das Handelsgericht diesbezüglich indes keinen tatsächlichen übereinstimmenden Willen der Parteien festgestellt, sondern den Vertrag nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt hat, kann das Bundesgericht in der Berufung die Auslegung dieser Vereinbarung überprüfen (<ref-ruling> E. 3a S. 168).
3.- a) In der Zusatzvereinbarung tritt die Beklagte ihre Rechte gegenüber der Nebenintervenientin an die Klägerin ab. Soweit eine Abtretung nicht möglich ist, bevollmächtigt sie die Klägerin, die Rechte an ihrer Stelle auszuüben. Hinsichtlich der Pflicht der Beklagten zur Sicherstellung der Nebenintervenientin verpflichtet sie sich, selbst die Abwicklung zu übernehmen, sofern die Nebenintervenientin einen Schuldeintritt der Klägerin nicht akzeptiert.
b) Diesen letzten Abschnitt löst die Klägerin aus dem Zusammenhang heraus und leitet daraus ab, die Beklagte sei nach Ablehnung des Schuldeintritts durch die Nebenintervenientin für die Durchsetzung der klägerischen Ansprüche und Änderungswünsche verantwortlich. Nach dem Wortlaut der Vereinbarung bezieht sich das Versprechen, für die Abwicklung besorgt zu sein, lediglich auf die Sicherstellung der Nebenintervenientin und nicht auf die Durchsetzung allfälliger Änderungswünsche. Aus dem gesamten Zusammenhang ist ersichtlich, dass es den Parteien darum ging, die Klägerin nach Möglichkeit in die Position der Beklagten eintreten zu lassen. Das Handelsgericht hat daraus zu Recht geschlossen, dass die Beklagte damit keine Garantien abgegeben hat, die über ihre eigenen Rechte gegenüber der Nebenintervenientin hinausgehen. Die Klägerin anerkennt dies auch. Sie führt selbst aus, dass sie nur Abänderungen verlangen konnte, sofern sie sich am vereinbarten Endtermin orientierte. Da die Beklagte die Zulässigkeit der angestrebten Änderung nicht garantiert hat, stehen der Klägerin insoweit auch keine Mängelrechte zu.
c) Dagegen verpflichtete sich die Beklagte, der Klägerin wenn nötig bei der Rechtsdurchsetzung behilflich zu sein. Nach den verbindlichen Feststellungen des Handelsgerichts war das Risiko einer Verzögerung der Fertigstellung des Bauprojekts derart gross, dass die Nebenintervenientin den Änderungswünschen der Klägerin keine Folge leisten musste. Unter dieser Voraussetzung anerkennt die Klägerin selbst, dass sie keine Abänderungen der Pläne verlangen durfte. Damit ist nicht ersichtlich, wie die Beklagte ihre vertraglichen Pflichten verletzt haben könnte. Die Klägerin übt unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung des Handelsgerichts und ist damit in der Berufung nicht zu hören.
4.- Die Berufung ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Klägerin hat der Beklagten eine Parteientschädigung zu bezahlen. Die Stellung der Nebenintervenientin wird durch das kantonale Recht bestimmt (Art. 53 OG); die Vorinstanz hat der Nebenintervenientin keine Entschädigung zugesprochen, weshalb ihr auch für das vorliegende Verfahren keine Parteientschädigung zusteht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 21. September 1999 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 25'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat der Beklagten eine Parteientschädigung von Fr. 30'000.-- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 8. Februar 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: