A.- Der 1956 geborene, aus dem Kosovo stammende I._ war vom 1. Oktober 1990 bis 31. Mai 1996 als Käserei-Angestellter in der Käserei R._ tätig. Am 15. Februar 1996 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an, da er seit September 1995 an Rückenbeschwerden litt. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau klärte die erwerblichen und gesundheitlichen Verhältnisse ab, indem sie Auskünfte der Arbeitgeberin vom 12. März 1996 sowie Berichte des behandelnden Arztes, Dr. med. D._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH, vom 24. Januar, 2. Februar, 11. März und 19. Juli 1996 sowie vom 22. August 1997 einholte. Dieser diagnostizierte eine Diskushernie L2/L3 sowie eine segmentale Instabilität L2/L3. Ferner zog die IV-Stelle Berichte des Spitals Y._, Medizinische Klinik, vom 26. Oktober 1995, und des Zentralen Instituts für Röntgendiagnostik, Strahlentherapie und Nuklearmedizin des selben Spitals vom 30. November 1995 sowie Berichte der Klinik für Neurochirurgie des Spitals Y._, vom 6. Februar und 15. April 1996 sowie vom 2. September 1997 bei. Vom 23. September bis 3. Oktober 1997 war der Versicherte in dieser Klinik hospitalisiert, wo am 24. September 1997 eine operative Sanierung der Diskushernie stattfand (Berichte des Spitals vom 26. September und 7. Oktober 1997). Da I._ nach der Operation die aus medizinischer Sicht attestierte volle Arbeitsfähigkeit für leichte Tätigkeiten nicht verwerten konnte, wurde ab dem 2. Juni 1998 ein sechsmonatiges Arbeitstraining in der Zuschneiderei Z._ in Aussicht genommen (Mitteilung der IV-Stelle vom 11. Mai 1998). Dieses Training musste am 28. August 1998 erfolglos abgebrochen werden (Berichte des Berufsberaters vom 15. April und vom 20. Oktober 1998). Nachdem auch die psychiatrische Abklärung keine krankheitsbedingte Arbeitsunfähigkeit ergeben hatte (Bericht des Dr. med. S._, Spezialarzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 29. Dezember 1998), lehnte die IV-Stelle nach Gewährung des rechtlichen Gehörs das Leistungsbegehren von I._ mit Verfügung vom 12. März 1999 ab.
B.- Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 16. September 1999 ab.
C.- I._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, es sei die mit Verfügung vom 11. Mai 1998 für sechs Monate zugesprochene berufliche Massnahme zu vollziehen und ferner die Sache zu weiteren Abklärungen und zur Festlegung der gesetzlichen Leistungen an die Verwaltung zurückzuweisen.
Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Bundesamt für Sozialversicherung lässt sich nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Als Invalidität im Sinne des IVG gilt die durch einen körperlichen oder geistigen Gesundheitsschaden als Folge von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall verursachte, voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>). Die Invalidität gilt als eingetreten, sobald sie die für die Begründung des Anspruchs auf die jeweilige Leistung erforderliche Art und Schwere erreicht hat (<ref-law>). Invalide oder von einer Invalidität unmittelbar bedrohte Versicherte haben Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen, soweit diese notwendig und geeignet sind, die Erwerbsfähigkeit wieder herzustellen, zu verbessern, zu erhalten oder ihre Verwertung zu fördern. Dabei ist die gesamte noch zu erwartende Arbeitsdauer zu berücksichtigen (<ref-law>). Zu den Eingliederungsmassnahmen gehören insbesondere Massnahmen beruflicher Art, welche namentlich die Umschulung beinhalten (<ref-law>). Nach <ref-law> hat die versicherte Person Anspruch auf Umschulung auf eine neue Erwerbstätigkeit, wenn die Umschulung infolge Invalidität notwendig ist und dadurch die Erwerbsfähigkeit voraussichtlich erhalten oder wesentlich verbessert werden kann.
b) Nach <ref-law> hat die versicherte Person Anspruch auf eine ganze Rente, wenn sie mindestens zu 66 2/3 %, auf eine halbe Rente, wenn sie mindestens zu 50 % oder auf eine Viertelsrente, wenn sie mindestens zu 40 % invalid ist; in Härtefällen hat die versicherte Person nach <ref-law> bereits bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 40 % Anspruch auf eine halbe Rente. Für die Bemessung der Invalidität wird gemäss <ref-law> das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihr zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre.
c) Um den Invaliditätsgrad bemessen zu können, ist die Verwaltung (und im Beschwerdefall das Gericht) auf Unterlagen angewiesen, die ärztliche und gegebenenfalls auch andere Fachleute zur Verfügung zu stellen haben. Aufgabe der Ärzte und Ärztinnen ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten die versicherte Person arbeitsunfähig ist. Im Weiteren sind die ärztlichen Auskünfte eine wichtige Grundlage für die Beurteilung der Frage, welche Arbeitsleistungen der versicherten Person noch zugemutet werden können (<ref-ruling> Erw. 2, 114 V 314 Erw. 3c, 105 V 158 Erw. 1).
d) Für das gesamte Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsverfahren gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung (<ref-law> in Verbindung mit Art. 135 OG; <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; Meyer- Blaser, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, S. 229). Danach haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsgerichte die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen (Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl. , S. 278).
Dieses Prinzip inhaltlich einwandfreier Beweiswürdigung besagt, dass das Sozialversicherungsgericht alle Beweismittel objektiv zu prüfen hat, unabhängig davon, von wem sie stammen, und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des strittigen Anspruchs gestatten. Insbesondere darf es bei einander widersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, warum es auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellt. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist also entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten abgegeben worden ist, in der Darlegung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und zu Schlussfolgerungen führt, die begründet sind. Das Gericht darf unter diesen Voraussetzungen in seiner Beweiswürdigung auch Arztberichten folgen, welche die Sozialversicherungsträger im Administrativverfahren selber einholen, denn in diesem Verfahrensstadium handeln sie nicht als Partei, sondern treten als dem Gesetzesvollzug dienende Verwaltungsorgane auf. Wenn die vom Sozialversicherungsträger beauftragten Ärzte oder Ärztinnen zu schlüssigen Ergebnissen gelangen, darf das Gericht in seiner Beweiswürdigung auch solchen Berichten oder Gutachten folgen, solange nicht konkrete Indizien gegen deren Zuverlässigkeit sprechen (<ref-ruling> Erw. 1c; RKUV 1991 Nr. U 133 S. 312; vgl. auch Meyer- Blaser, Die Rechtspflege in der Sozialversicherung, in: BJM 1989 S. 30 f.).
2.- Streitig ist zunächst, ob die für eine Dauer von sechs Monaten in Aussicht genommene, jedoch nur vom 2. Juni bis 28. August 1998 durchgeführte berufliche Massnahme nachträglich noch zu vollziehen ist, ob sie also zu Recht abgebrochen wurde.
a) Die formelle Rechtskraft einer Verfügung über ein Dauerrechtsverhältnis gilt nicht voraussetzungslos. Sie beschränkt sich vielmehr auf den Sachverhalt und die Rechtslage zur Zeit des Erlasses der Verfügung über das Dauerrechtsverhältnis und steht mithin unter dem Vorbehalt, dass nicht nach Verfügungserlass erhebliche tatsächliche Änderungen eintreten. Diese u.a. auf Invaliden- und Integritätsschadensrenten als Dauerrechtsverhältnisse zugeschnittene Revisionsart will die Anpassung an seit der verfügten Leistungszusprechung eingetretene geänderte und in diesem Sinne neue tatsächliche Verhältnisse ermöglichen (<ref-ruling> Erw. 3a, 173 Erw. 4a, 271 Erw. 2, 368 Erw. 3, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen).
b) Abgesehen davon, dass bereits in der Mitteilung vom 11. Mai 1998 die Dauer der Eingliederungsmassnahmen mit voraussichtlich sechs Monaten angegebenen wurde, trat danach insofern eine Änderung der tatsächlichen Situation ein, als gerade die Durchführung der beruflichen Massnahme zeigte, dass keine Aussicht auf eine Verbesserung der Situation und auf Eingliederungserfolg bestand, zumal der Beschwerdeführer hinsichtlich Arbeitstempo und -quantität nicht einmal die Anforderungen eines Arbeitsplatzes im geschützten Rahmen zu erfüllen vermochte (Bericht des Berufsberaters vom 20. Oktober 1998). Unter diesen Umständen waren die tatsächlichen Voraussetzungen für die Durchführung einer Umschulung nicht mehr gegeben. Damit steht fest, dass die IV-Stelle ohne weiteres auf ihre ursprüngliche Anordnung von beruflichen Massnahmen und die Ausgleichskasse auf die entsprechende Taggeldverfügung zurückkommen durften.
3.- Damit bleibt der Invaliditätsgrad zu prüfen.
a) Laut den einhelligen ärztlichen Auskünften litt der Beschwerdeführer seit 1995 an einer Diskushernie L2/L3 sowie an einer segmentalen Instabilität L2/L3 (Berichte des Dr. med. D._ vom 11. März 1993 sowie der Klinik für Neurochirurgie am Spital Y._ vom 15. April 1996).
Diese wurde am 24. September 1997 mit gutem Erfolg operativ saniert (Berichte der erwähnten Klinik vom 26. September und vom 7. Oktober 1997). Während der Versicherte beim Spitalaustritt am 3. Oktober 1997 beschwerdefrei und voll mobilisiert war, fanden sich bei der Nachuntersuchung am 2. Dezember 1997 eine depressive Stimmung sowie nicht objektivierbare tief lumbale Rückenschmerzen ohne deutliche radikuläre Zeichen. Im angestammten Beruf als Käserei- Angestellter war der Beschwerdeführer daher noch während vier Wochen voll arbeitsunfähig (erwähnte Berichte vom 26. September und 7. Oktober 1997). Ab 14. Januar 1998 erklärte Dr. D._ den Beschwerdeführer für leichte Arbeiten als zu 50 % arbeitsfähig, worauf dieser den Arzt wechselte (Bericht des Dr. med. D._ vom 20. Januar 1998).
b) Bei der psychiatrischen Untersuchung fand Dr. med. S._ eine Schmerzverarbeitungsstörung vermutlich auf der Basis der soziokulturellen Hintergründe. Er schloss eine schwere psychische Krankheit, die zur Arbeitsunfähigkeit führen würde, aus (Bericht vom 29. Dezember 1998). Entgegen der Einwendung des Beschwerdeführers ist an der Schlüssigkeit dieses Gutachtens nicht zu zweifeln, obwohl die Gespräche - auf den eigenen Wunsch des Beschwerdeführers hin - auf Deutsch und nicht auf Serbisch geführt wurden, denn die mangelnde Mitteilungsfähigkeit des Beschwerdeführers war weniger auf sprachliche Schwierigkeiten als vielmehr auf die geringe Introspektionsfähigkeit zurückzuführen. Auch war nicht die Untersuchung des aus Kosovo stammenden Beschwerdeführers durch einen serbischen Arzt Ursache für das stockende Gespräch, sondern die Fokussierung auf die Rückenproblematik, verbunden mit existenziellen Sorgen. Ferner deutet nichts auf eine allfällige Voreingenommenheit des aus Serbien stammenden Arztes, der heute Schweizer Bürger ist, gegen den Beschwerdeführer hin, weshalb die Rüge der Befangenheit nicht durchdringt (nicht veröffentlichtes Urteil X. vom 7. Mai 1999, I 462/98).
c) aa) Nach dem Abbruch der Beziehung zu Dr. D._ hat der Beschwerdeführer offenbar zwei weitere Ärzte konsultiert (Dr. R._ und Dr. E._), welche eine volle Arbeitsfähigkeit ab dem 4. Februar 1998 für leichte Arbeiten attestiert haben sollen. Gemäss Bericht des Berufsberaters vom 15. April 1998 gab es telefonischen Kontakt zwischen der Berufsberatung und Dr. E._. Entsprechende Arztzeugnisse liegen aber, wie der Beschwerdeführer zu Recht einwendet, nicht in den Akten, und über die Telefongespräche des Berufsberaters mit Dr. E._ sind nicht einmal Handnotizen vorhanden. Damit hat die IV-Stelle ihre Untersuchungspflicht verletzt; denn eine formlos eingeholte und selbst in einer Aktennotiz festgehaltene mündliche oder telefonische Auskunft stellt nur insoweit ein zulässiges und taugliches Beweismittel dar, als damit blosse Nebenpunkte, namentlich Indizien oder Hilfstatsachen festgestellt werden. Sind aber Auskünfte zu wesentlichen Punkten des rechtserheblichen Sachverhaltes einzuholen, kommt grundsätzlich nur die Form einer schriftlichen Anfrage und Auskunft in Betracht (<ref-ruling> f. Erw. 4c).
bb) Überdies ergibt sich aus dem Bericht des Berufsberaters vom 15. April 1998, dass Dr. E._ sich bei der Einschätzung der vollen Arbeitsunfähigkeit an die (nicht aktenkundige) Attestation von Dr. R._ gehalten hat. Im Bericht des Berufsberaters vom 20. Oktober 1998 steht sodann, dass Dr. E._ nicht bereit gewesen sei, eine medizinische Beurteilung abzugeben, da er voreingenommen sei. Es liege vielmehr am Vertrauensarzt der Invalidenversicherung, eine solche Beurteilung vorzunehmen. Damit befinden sich in den Akten keine verlässlichen Berichte oder - über den Berufsberater vermittelte - gleichwertige Unterlagen der beiden genannten Ärzte. Dieses Fehlen der Berichte über die Arbeits(un)fähigkeit der Dres. R._ und E._ ist schwerwiegend, da für die Annahme der vollen Arbeitsfähigkeit gerade auch darauf abgestellt wird. Es liegt daher eine Verletzung der Untersuchungsmaxime und der Beweisvorschriften durch die IV-Stelle vor (<ref-ruling> ff.), welche im vorliegenden Prozess nicht geheilt werden kann. Die Sache wird daher an die IV-Stelle zurückgewiesen, damit sie dem Beschwerdeführer nach Einholen der Berichte der Dres. R._ und E._ das rechtliche Gehör gewähre, gegebenenfalls weitere medizinische Abklärungen treffe und anschliessend über den Anspruch auf eine Invalidenrente neu verfüge.
4.- Sollten die Angaben des Berufsberaters zutreffen und beide genannten Ärzte eine volle Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit bescheinigen, wird für den anschliessend vorzunehmenden Einkommensvergleich Folgendes zu beachten sein:
a) Zur Berechnung der ohne Gesundheitsschaden mutmasslich erzielbaren Einkünfte (Valideneinkommen) ist von den Angaben der früheren Arbeitgeberfirma vom 12. März 1996 auszugehen. Danach hatte der Beschwerdeführer im Jahr 1995 einen monatlichen Lohn Fr. 3990. - erzielt und hätte, entsprechend den früheren Jahren, Anspruch auf eine Gratifikation von Fr. 2460. - gehabt. Für das Jahr 1995 ergibt sich ein Einkommen von Fr. 50'340. -. Da praxisgemäss auf die Verhältnisse im Zeitpunkt des Verfügungserlasses abzustellen ist (<ref-ruling> Erw. 1b; <ref-ruling> Erw. 1a), muss dieses Einkommen den jährlichen Nominallohnerhöhungen, die bis 1998 eingetreten sind, angepasst werden. Daraus resultiert ein hypothetisches Valideneinkommen von Fr. 51'506. - (Nominallohnerhöhung von 1,3 % für das Jahr 1996 sowie von je 0,5 % für die Jahre 1997 und 1998; Die Volkswirtschaft, 1999 Heft 4, Anhang S. 28 Tabelle B 10.2).
b) Bezüglich des trotz der gesundheitsbedingten Behinderung in einer leidensangepassten Tätigkeit zumutbarerweise noch erzielbaren Verdienstes (Invalideneinkommen) ist auf die so genannten Tabellenlöhne abzustellen, da der Versicherte nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine neue Erwerbstätigkeit mehr aufgenommen hat (<ref-ruling> f. Erw. 3b/bb, 124 V 322 Erw. 3b/aa). Ausgehend von Tabelle TA 1 der vom Bundesamt für Statistik für das Jahr 1996 durchgeführten Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) betrug der standardisierte monatliche Bruttolohn (Zentralwert, Median) für die im privaten Sektor mit einfachen und repetitiven Aufgaben (Anforderungsniveau 4) beschäftigten Männer im Jahr 1996 Fr. 4294. - (LSE 1996, S. 17). In Berücksichtigung einer betriebsüblichen wöchentlichen Arbeitszeit von 41,9 Stunden (LSE 1994, S. 42) resultiert ein monatlicher Verdienst von Fr. 4498. - oder Fr. 53'976. - im Jahr.
Zu beachten ist, dass gesundheitlich beeinträchtigte Personen, die bisher körperliche Schwerarbeit verrichtet und nach Eintritt des Gesundheitsschadens auch bei leichteren Arbeiten nicht uneingeschränkt einsatzfähig sind, im Vergleich zu voll leistungsfähigen und entsprechend einsetzbaren Arbeitnehmern lohnmässig häufig benachteiligt sind und deshalb in der Regel mit unterdurchschnittlichen Löhnen rechnen müssen (<ref-ruling> Erw. 3b/bb mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> ff. Erw. 4 und 5). Ferner ist zu berücksichtigen, dass ausländische Arbeitnehmer nicht immer ein dem Durchschnittsgehalt aller Arbeitnehmer (Ausländer und Schweizer) entsprechendes Einkommen erreichen (vgl. Tabelle 4.4.1 der LSE 1994, S. 99, ferner Tabelle TA 12 der LSE 1996, S. 31). Vorliegend erschiene daher, falls die oben (Erw. 3c/bb in fine) angeordneten medizinischen Abklärungen eine volle Arbeitsfähigkeit ergeben sollten, unter Berücksichtigung aller Umstände, namentlich der doch erheblichen rückenbedingten Einschränkungen selbst bei leichten Tätigkeiten, ein Abzug vom Tabellenlohn in der Höhe von 25 % als angemessen. Daraus würde ein hypothetisches Invalideneinkommen von Fr. 40'482. - für 1996 bzw. von Fr. 40'888. - für 1998 resultieren (Nominallohnerhöhung von je 0,5 % für die Jahre 1997 und 1998; Die Volkswirtschaft, 1999 Heft 4, Anhang S. 28 Tabelle B 10.2).
c) Eine Gegenüberstellung des Invalideneinkommens von Fr. 40'888. - und des Valideneinkommens von Fr. 51'506. - ergäbe einen Invaliditätsgrad von gut 20 %. Der Beschwerdeführer hätte demnach unter dem Vorbehalt, dass Dr. R._ und/oder Dr. E._ eine volle Arbeitsfähigkeit bestätigen sollten, keinen Anspruch auf eine Invalidenrente.
5.- Da es um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht, sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 134 OG). Hingegen hat die unterliegende IV- Stelle dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1000. - zu bezahlen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass das Urteil der AHV/IV- Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 16. September 1999 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 12. März 1999 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle zurückgewiesen wird, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 1000. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau, der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 27. August 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: