Sachverhalt:
A. Am 16. Juni 2004 bewilligte die Bausektion der Stadt Zürich der TDC Switzerland AG (heute: Sunrise Communications AG; im Folgenden: Sunrise) die Erstellung einer Mobilfunk-Basisstation für GSM und UMTS auf dem Gebäude Eidmattstrasse 16 in Zürich-Hirslanden.
B. Dagegen rekurrierte die Erbengemeinschaft X._, bestehend aus A._ und B._, an die Baurekurskommission I des Kantons Zürich. Diese wies den Rekurs am 28. Oktober 2005 ab.
C. Gegen den Rekursentscheid gelangten die Mitglieder der Erbengemeinschaft X._ mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie machten geltend, zwischenzeitlich sei eine Mobilfunk-Basisstation der Orange Communications SA (im Folgenden: Orange) in unmittelbarer Nachbarschaft bewilligt worden; die von dieser Basisstation ausgehende Strahlung müsse ebenfalls berücksichtigt werden, um die Einhaltung des Anlagegrenzwerts an Orten mit empfindlicher Nutzung zu beurteilen.
Am 31. Januar 2007 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. Das Gericht nahm an, dass die Basisstation der Orange zusammen mit derjenigen der Sunrise eine gemeinsame Anlage bilde. Es sprach aber der zuerst bewilligten Basisstation der Sunrise den Vorrang zu, mit der Folge, dass diese keine Rücksicht auf nachträglich bewilligte Einrichtungen in ihrer Umgebung nehmen müsse.
D. Am 6. November 2007 hiess das Bundesgericht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten von A._ und B._ gut (1C_40/2007). Es hob den verwaltungsgerichtlichen Entscheid auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurück.
E. Das Verwaltungsgericht lud die Orange zum Beschwerdeverfahren bei. Am 18. Juni 2008 hiess es die Beschwerde teilweise gut und hob die Baubewilligung auf. Es wies die Sache zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Bausektion zurück. Die Gerichts- und Verfahrenskosten wurden zur Hälfte den Beschwerdeführerinnen und zur Hälfte der Sunrise auferlegt; die Parteikosten wurden wettgeschlagen.
F. Am 20. August 2008 haben A._ und B._ Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei insoweit aufzuheben, als dessen Disp.-Ziff. 1 von einer nur teilweisen Gutheissung der Beschwerde ausgehe. Ziff. 3, 4 und 5 des Dispositivs seien aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Eventuell sei die Vorinstanz zu verpflichten, Gerichts- und Verfahrenskosten des Verwaltungsgerichts und der Baurekurskommission der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (entgegen Disp.-Ziff. 3), die Vorschüsse den Beschwerdeführerinnen vollumfänglich zurückzuerstatten (entgegen Disp.-Ziff. 4) und den Beschwerdeführerinnen für das Rekursverfahren vor Baurekurskommission und das Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht eine angemessene Parteientschädigung von pro Verfahren je mindestens Fr. 1'500.-- zulasten der Beschwerdegegnerin 1 zuzusprechen.
G. Die Sunrise beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Verwaltungsgericht hat sich zur Beschwerde vernehmen lassen, ohne einen Antrag zu stellen. Orange und die Bausektion der Stadt Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In ihrer Replik hielten die Beschwerdeführerinnen an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerinnen haben Verfassungsbeschwerde erhoben. Diese ist jedoch subsidiär und kommt nur zur Anwendung, wenn keine Beschwerde nach den Art. 72-89 BGG zulässig ist (<ref-law>). In Angelegenheiten des öffentlichen Rechts ist dies nur der Fall, wenn eine Ausnahme nach <ref-law> greift oder ein nach <ref-law> erforderlicher Streitwert nicht erreicht wird, sofern sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
Der Entscheid des Verwaltungsgerichts betrifft in der Hauptsache eine Baubewilligung und unterliegt daher - vorbehältlich der übrigen Sachurteilsvoraussetzungen - der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Dies gilt auch, wenn - wie im vorliegenden Fall - nur der Kostenentscheid angefochten wird (vgl. Urteil 6B_300/2007 vom 13. November 2007 E. 1.1 zur analogen Situation bei Strafverfahrenskosten). Es ist kein Ausschlussgrund nach <ref-law> ersichtlich; im Bereich des Bau- und Umweltrechts ist auch kein Streitwert vorgesehen. Insofern ist die Verfassungsbeschwerde als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen. Dies entspricht auch der Rechtsmittelbelehrung des Verwaltungsgerichts.
2. Das Verwaltungsgericht hat nicht abschliessend über die streitige Baubewilligung entschieden, sondern die Sache zu neuer Beurteilung im Sinn der Erwägungen an die Bausektion zurückgewiesen. Diese Rückweisung ist keine bloss formale; vielmehr wird die Bausektion, auf der Grundlage eines neu einzureichenden, definitiven gemeinsamen Standortdatenblatts über die Bewilligungsfähigkeit der Anlage entscheiden müssen. Das angefochtene Urteil ist somit ein Zwischenentscheid i.S.v. <ref-law>.
Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde gemäss <ref-law> zulässig. Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde nach <ref-law> nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Diese Regelung ist auch anwendbar, wenn, wie im vorliegenden Fall, nur die Kosten- und Entschädigungsfolgen eines Rückweisungsentscheids angefochten werden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 647).
Im vorliegenden Fall kann vor Bundesgericht kein Endentscheid in der Sache herbeigeführt werden, weshalb <ref-law> von vornherein ausscheidet. Es ist auch nicht ersichtlich, und wird von den Beschwerdeführerinnen nicht dargelegt, welcher nicht wieder gutzumachende Nachteil ihnen durch den Kostenentscheid des Rückweisungsentscheids entstehen könnte. Nach ständiger Praxis des Bundesgerichts kann die Kostenregelung des Rückweisungsentscheids noch zusammen mit dem neuen Entscheid in der Sache angefochten werden (<ref-law>) oder für sich allein, falls das rechtlich geschützte Interesse der Betroffenen in der Sache selber im Laufe des kantonalen Verfahrens dahinfallen sollte (<ref-ruling> E. 2.2 S. 648; so schon die ständige Praxis zur staatsrechtlichen Beschwerde unter dem OG: vgl. <ref-ruling> E. 1a/bb S. 42 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 255), weshalb kein nicht wieder gutzumachender Nachteil vorliegt. Die Kostenregelung des Rückweisungsentscheids stellt auch keinen definitiven Rechtsöffnungstitel nach <ref-law> dar, solange sie noch zusammen mit dem Endentscheid im dargelegten Sinne angefochten werden kann (Urteil 9C_567/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 4.2; so schon unter dem OG: <ref-ruling> E. 3.3 S. 407).
3. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführerinnen kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerinnen haben die Sunrise Communications AG für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Stadt Zürich sowie den weiteren Beteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber