Sachverhalt:
A. Am 21. November 2011 wurde über die A._ AG, welche sich mit dem Bau und Vertrieb von Schwimmbädern beschäftigte, der Konkurs eröffnet.
Mit Schreiben vom 15. Juni 2012 gelangte X._ an das Konkursamt Y._ mit dem Ersuchen, eine Offerte für das Inventar einreichen zu können. Er sei Verwaltungsrat der ebenfalls im Schwimmbadbau tätigen B._ GmbH (nunmehr offenbar B._ AG) und ehemaliger Arbeitnehmer der Konkursitin, als welcher er im Konkursverfahren auch eine Lohnforderung von Fr. 98'756.35 angemeldet habe.
Das Konkursamt liess ihm am 21. Juni 2012 mitteilen, es gehe davon aus, dass ihm bei der Konkursitin jedenfalls faktisch Organstellung zugekommen sei, weil er vor der Konkurseröffnung der einzige Zeichnungsberechtigte mit operativer Tätigkeit gewesen sei. Weiter habe es feststellen müssen, dass ein wesentlicher Teil der Aktiven der Konkursitin heimlich beiseite geschafft worden sei und sämtliche Kundendaten unerlaubterweise bereits verwendet würden. Unter diesen Umständen könne es mit ihm keine Rechtsgeschäfte über Aktiven der Konkusmasse tätigen.
B. Am 28. Juni 2012 erhob X._ bei der Aufsichtsbehörde Schuldbetreibung und Konkurs Basel Landschaft eine betreibungsrechtliche Beschwerde mit den Anträgen, die Verfügung vom 21. Juni 2012 betreffend Ausschluss von der Offertstellung sei aufzuheben und das Konkursamt Y._ sei anzuweisen, ihn sowie die B._ AG zur Offertstellung bezüglich des Verkaufs der Fahrnis der Konkursitin zuzulassen und ein neues Bietverfahren durchzuführen, unter Aufhebung allfällig bereits erfolgter Verwertungshandlungen. Er habe seit langem gegenüber dem Konkursamt sein Interesse am Erwerb der Fahrnis geäussert. Er habe auch das Projekt einer Auffanggesellschaft unterbreitet. Ende Dezember 2011 habe er die B._ AG übernommen und begonnen, mit ehemaligen Angestellten der Konkursitin einen neuen Geschäftsbetrieb aufzuziehen. Am 25. Januar 2012 habe das Konkursamt Strafanzeige wegen angeblicher Konkursdelikte erstattet, wobei er den vorgeworfenen Sachverhalt vollumfänglich bestreite. Als Gläubiger habe er ein Interesse, dass ein möglichst hoher Erlös erzielt werde. Wenn er von der Offertstellung ausgeschlossen werde, erziele die Konkursmasse einen geringeren Erlös. Das Konkursamt Y._ liess in seiner Vernehmlassung festhalten, der Beschwerdeführer habe vor Konkurseröffnung diverse Aktiven, insbesondere den gesamten Kundenstamm und mehrere baustellenspezifische Inventarpositionen beiseite schaffen lassen. Es müsse sich an minimale ethische Grundsätze halten und es könne nicht angehen, dass mit einem Exponenten, gegen den wegen konkreter Schädigung der Konkursgläubiger habe Strafanzeige erstattet werden müssen und welcher nach Ansicht des Konkursamtes der Hauptverantwortliche für die angezeigte strafbare Handlung sei, in irgendeiner Weise geschäftet werde.
Mit Entscheid vom 21. August 2012 wies die Aufsichtsbehörde die Beschwerde ab. Sie bejahte mit ausführlicher Begründung die Beschwerdelegitimation von X._ und liess ausdrücklich offen, ob die Auffassung des Konkursamtes, es dürfe aus strafrechtlichen Gründen nicht mit dem Beschwerdeführer kontrahieren, haltbar sei. Es erwog, dass das summarische Konkursverfahren weitgehend formlos sei und die "interne Gant", die schliesslich am 20. Juli 2012 stattgefunden habe, den Bestimmungen von Art. 231 Abs. 3 Ziff. 2 i.V.m. <ref-law> unterliege. Von Vermögensgegenständen mit "bedeutendem Wert" im Sinn dieser Bestimmungen könne erst bei mindestens fünf-, eher sechs- oder siebenstelligen Beträgen bzw. einem Inventarwert von über Fr. 50'000.-- gesprochen werden. Gemäss Liste vom 9. Juli 2012 würden die inventarisierten Gegenstände aber lediglich Schätzwerte zwischen Fr. 500.-- und Fr. 8'500.-- aufweisen und der mit Eingabe vom 8. August 2012 nachgereichten Aufstellung über die bislang erzielten Erlöse lasse sich entnehmen, dass lediglich eine einzige Position für einen fünfstelligen Betrag (nämlich für Fr. 22'140.--) habe verkauft werden können. Der Beschwerdeführer bzw. sein Unternehmen wiederum hätten dem Konkursamt Angebote zwischen Fr. 500.-- und Fr. 1'800.-- für einzelne Positionen des Inventars geboten. Demnach sei das Konkursamt nicht verpflichtet gewesen, den Beschwerdeführer zur Stellung einer förmlichen Offerte einzuladen, und dieser habe auch keinen durchsetzbaren Anspruch auf Teilnahme an der (weiteren) Verwertung von Aktiven der Konkursitin, soweit keine Vermögensgegenstände von bedeutendem Wert betroffen seien.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 17. September 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht. Mit Präsidialverfügung vom 9. Oktober 2012 wurde mit Bezug auf weitere Verwertungshandlungen die aufschiebende Wirkung gewährt. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Gegen den Entscheid der (oberen) Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen steht streitwertunabhängig die Beschwerde in Zivilsachen offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG und <ref-law>). Die Beschwerdelegitimation ist gegeben (<ref-law>) und es besteht auch ein praktisches Interesse, weil die ebenfalls von der Verfügung vom 21. Juni 2012 betroffenen Markenrechte noch nicht verwertet sind. Die zehntägige Beschwerdefrist ist gewahrt (<ref-law>).
2. Gemäss dem Beschwerdeführer geht es nicht an, dass er bzw. die Firma B._ generell ausgeschlossen würden. Er habe am 15. Juni 2012 verlangt, zur Offertstellung eingeladen zu werden, und er habe am 31. August 2012 für verbleibende Positionen erneut ein Angebot unterbreitet. Gemäss <ref-law> (gemeint: <ref-law>) habe die Konkursverwaltung die Interessen der Gläubiger bestmöglich zu wahren, und als staatliches Organ geniesse die Konkursverwaltung keine Privatautonomie, sondern unterstehe sie dem Willkürverbot, weshalb sie nicht wie ein normaler Verkäufer frei sei, mit wem sie kontrahiere. Der Verweis der Aufsichtsbehörde auf <ref-law> gehe fehl, weil diese Bestimmung vorliegend gar nicht anwendbar sei; die Konkursverwaltung habe ihn nämlich nicht einfach nicht zur Offertstellung eingeladen, sondern sie habe es explizit ausgeschlossen, mit ihm Rechtsgeschäfte über Aktiven der Konkursmasse zu tätigen, selbst wenn er (unaufgefordert) eine Offerte einreiche. Soweit sich die Konkursverwaltung zu einem bestimmten Vorgehen entschlossen habe, sei sie verpflichtet, die Interessenten rechtsgleich und nach pflichtgemässem Ermessen zu behandeln, ansonsten sie in Willkür verfalle. Indem er von sich aus eine Offerte eingereicht habe, dürfe er in einer zweiten Runde an der internen Versteigerung teilnehmen. Die Verfügung des Konkursamtes vom 21. Juni 2012 leide an gravierenden Mängeln, indem sie gegen das Prinzip der Gläubigergleichbehandlung verstosse und kein vernünftiger Grund ersichtlich sei, weshalb die Konkursmasse daran gehindert sein solle, mit einem Beschuldigten eines Strafverfahrens Rechtsgeschäfte abzuschliessen, zumal die Unschuldsvermutung gelte und er den vorgeworfenen Sachverhalt in allen Teilen bestreite.
3. Soweit der Beschwerdeführer sich direkt gegen die Verfügung des Konkursamtes wendet, kann auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden, weil einzig der Entscheid der Aufsichtsbehörde Anfechtungsobjekt sein kann (<ref-law>). Diese hat aber ausdrücklich offen gelassen, ob die Auffassung der Konkursverwaltung, sie dürfe nicht mit dem mutmasslich Hauptschuldigen an der heimlichen Entwendung massgeblicher Aktiva der Konkursitin über einen Verkauf der in der Masse verbliebenen Vermögenswerte kontrahieren, rechtmässig sei. Sie hat sich vielmehr darauf beschränkt zu prüfen, ob dem Beschwerdeführer ein Recht zur Offertstellung bzw. zum Höherangebot zukomme und ob bejahendenfalls dieses Recht verletzt worden sei. Dies und nichts anderes ist im Folgenden zu erörtern.
4. Das summarische Konkursverfahren zeichnet sich dadurch aus, dass es einfach, rasch und weitgehend formlos ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 284). Es liegt zur Hauptsache in den Händen der Konkursverwaltung; Gläubigerversammlungen finden nur ausnahmsweise statt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1b S. 143). Gemäss <ref-law> ist die Verwertung nach den in Art. 256 Abs. 2-4 SchKG festgelegten Regeln und unter bestmöglicher Wahrung der Interessen der Gläubiger durchzuführen. <ref-law>, wonach ein freihändiger Verkauf der zur Masse gehörenden Vermögenswerte einen entsprechenden Beschluss der Gläubiger voraussetzt, ist hier nicht anzuwenden. Indessen hat die Konkursverwaltung, die im summarischen Verfahren einen Freihandverkauf anstrebt, <ref-law> zu beachten und demnach bei Vermögensgegenständen von bedeutendem Wert und bei Grundstücken den Gläubigern die Gelegenheit einzuräumen, höhere Angebote zu machen.
Während einzelne Stimmen davon ausgehen, dass sich der "bedeutende Wert" im Sinn dieser Bestimmung primär in Relation zur Gesamtmasse bestimme (GRAHAM-SIEGENTHALER, Vorzeitige Verwertung und Freihandverkauf im Konkurs, BlSchK 2000, S. 84 f.; ferner AMACKER/ KÜNG, in: Kurzkommentar SchKG, N. 17 zu <ref-law>), geht die herrschende Lehre von einem objektiven Massstab aus. Im Tenor wird dafür plädiert, dass ein Inventar- bzw. Liquidationswert von 50'000.-- (entsprechend einem Verkehrswert von Fr. 100'000.--) als Richtwert zu gelten habe (LUSTENBERGER, in: Basler Kommentar, N. 36 zu <ref-law>; BÜRGI, in: Basler Kommentar, N. 26b zu <ref-law>; Entscheid der Aufsichtsbehörde St. Gallen vom 26. Juni 1998, in: BlSchK 1999, S. 112 ff.; Entscheid der oberen Aufsichtsbehörde Zürich vom 7. Juni 2006, zitiert im Urteil 7B_97/2006 vom 17. August 2006 E. 3.2). Die weiteren Autoren gehen ebenfalls von einem objektiven Massstab aus und nennen ähnliche Werte mit gewissen Abweichungen nach unten und oben (MEIER, Konkursrecht: Revisionspunkte und aktuelle Fragen, in: Aktuelle Fragen des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts nach revidiertem Recht, in: ZSR 1996, S. 286 [mindestens fünfstelliger Betrag]; LORANDI, Der Freihandverkauf im schweizerischen Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, Diss. St. Gallen 1994, S. 321 [sechs- bis siebenstelliger Betrag], bzw. Durchführung der Verwertung in der Zwangsvollstreckung durch Privatpersonen, in: AJP 2000, S. 854 [fünfstelliger Betrag im oberen Bereich oder sechsstelliger Betrag]; FOËX, in: Commentaire Romand, N. 16 zu <ref-law> [mindestens Fr. 20'000.--]; VISCHER, Unternehmenserwerb aus dem Konkurs, in: SZW 2002, S. 154 [rund Fr. 100'000.--]).
Nach den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid weist die massgebliche Liste der zur Verwertung anstehenden Inventargegenstände vom 9. Juli 2012 Beträge zwischen Fr. 500.-- und Fr. 8'500.-- aus. Mithin liegen die Schätzwerte der Gegenstände tiefer als die untersten Limiten, die in Literatur und Rechtsprechung als Mindestbeträge für die Annahme eines "bedeutenden Wertes" im Sinn von <ref-law> genannt werden, und vielmehr in einem Bereich, welcher im Urteil 5A_97/2006 vom 17. August 2006 E. 3.4 als zu tief angesehen wurde. Anzumerken bleibt, dass der Beschwerdeführer bzw. sein Unternehmen dem Konkursamt unaufgefordert eine Offerte eingereicht hat mit Angeboten zwischen Fr. 500.-- und Fr. 1'800.--.
Das Konkursamt durfte die fraglichen Gegenstände nach dem Gesagten freihändig veräussern, ohne dass den Gläubigern ein Recht zum Höherangebot zustand, und dabei hätte das Konkursamt naturgemäss mit einem bestimmten einzelnen Käufer kontrahieren müssen. Entsprechend konnte es, zumal im Rahmen des weitgehend formlosen summarischen Verfahrens, auch ein "interne Gant" (vgl. dazu AMACKER/ KÜNG, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>) durchführen, wenn es sich davon eine bessere Wahrung der Gläubigerrechte versprach. Allein durch diese Modifizierung der Verwertungsmodalitäten erwuchs dem Beschwerdeführer kein Recht zum Höherangebot, soweit ihm auch im Rahmen des freihändigen Verkaufes kein solches Recht zustand. Verfügte er aber über keinerlei geschützte Rechtsposition, so kann sich sein Ausschluss aus dem Kreis der Käufer nicht als willkürlich erweisen.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Aufsichtsbehörde Schuldbetreibung und Konkurs Basel-Landschaft, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. November 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Möckli