Faits :
A.
A._ SA est propriétaire de l'immeuble sis sur la parcelle n° 7'011 de la commune de Genève-Cité. Le 11 mars 2009, B._ et C._, locataires d'un appartement de 3,5 pièces dans cet immeuble selon contrat de bail du 10 février 2009, ont informé le Département cantonal des constructions et des technologies de l'information (devenu ensuite le Département de l'urbanisme, puis le Département de l'aménagement du logement et de l'énergie - DALE) que la société immobilière avait fixé le loyer annuel à 27'600 fr. à la suite d'importants travaux. Ils souhaitaient pouvoir prendre connaissance de l'autorisation de construire délivrée pour ces travaux et de l'état locatif autorisé. Le département a effectué un contrôle sur place le 31 mars 2009. Selon l'enquêteur, les travaux suivants avaient été réalisés dans l'appartement:
- la rénovation de l'espace cuisine avec pose de nouveaux revêtements sur parois, nouvel agencement de cuisine avec plaques vitrocéramiques, four électrique, frigo, congélateur, hotte, lave-vaisselle, évier en inox avec robinetterie et table en bois fixe;
- la réfection de la salle de bains;
- la réfection complète de la peinture des murs et des plafonds de l'appartement;
- la réfection complète des parquets dans toutes les pièces.
Le département a informé la propriétaire du fait que ces travaux étaient susceptibles d'être assujettis à la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI; RSG L 5 05) ainsi qu'à la loi genevoise du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR; RSG L 5 20). La propriétaire était invitée, dans un délai de quinze jours, à présenter ses observations, accompagnées de tout document utile, relatives à la nature et au coût de l'ensemble des travaux réalisés dans le logement, en précisant la date des derniers travaux d'entretien. Le département demandait également des renseignements sur le dernier loyer avant travaux, étant précisé que l'avis de fixation de loyer établi le 10 février 2009 faisait état de 27'600 fr. au titre de dernier loyer annuel à compter du 1er novembre 2008, soit vraisemblablement pendant la période de réalisation des travaux. La propriétaire a informé le département que l'ensemble des travaux constituait des travaux d'entretien avec changement partiel ou total des éléments de toilettes et de cuisine inutilisables, cassés ou devant être changés. Les frais engagés s'élevaient à 27'878 fr. (soit 16'173 fr. pour la main d'oeuvre et la peinture et 11'705 fr. pour la cuisine et les fournitures). Elle n'a toutefois pas communiqué la date des travaux. Elle précisait encore qu'avant les locataires actuels, le logement avait été loué à une autre personne pour un loyer mensuel identique.
Le département a une nouvelle fois invité la propriétaire à lui faire parvenir les factures pour l'ensemble des travaux effectués, la copie du contrat de bail du locataire précédent, ainsi que l'avis de fixation de loyer établi à cette occasion. La propriétaire n'ayant pas donné suite à cette correspondance à l'échéance du délai qui lui avait été imparti, un ultime délai lui a été accordé.
B.
Sans nouvelles de la propriétaire, le département lui a ordonné, par décision du 12 août 2009, de déposer une requête en autorisation de construire ayant pour objet les travaux réalisés dans l'appartement litigieux.
La société immobilière a recouru contre cette décision auprès de la commission cantonale de recours en matière administrative (CCRA), concluant à son annulation et à ce qu'il soit dit que les travaux effectués étaient des travaux d'entretien nullement soumis à la LCI et à la LDTR. Elle alléguait avoir dû effectuer, à une date qu'elle ne précisait toujours pas, des travaux d'entretien réguliers. La CCRA a rejeté le recours le 25 mai 2010. La commission de recours a considéré qu'en l'absence de pièces et vu le défaut de collaboration de la propriétaire, il ne se justifiait pas à ce stade de statuer sur la qualification des travaux, qui n'avait en réalité pas encore fait l'objet d'une décision administrative.
La société immobilière s'est pourvue auprès du Tribunal administratif cantonal, devenu depuis la Chambre administrative de la Cour de justice, concluant principalement à l'annulation de la décision de la CCRA et à ce qu'il soit dit que les travaux litigieux n'étaient pas assujettis à la LCI et à la LDTR, subsidiairement à l'annulation de la décision assortie du renvoi de la cause à la CCRA pour complément d'instruction. A l'appui de son recours, la propriétaire a produit une facture du 2 février 2009 faisant état de travaux de peinture pour 16'173 fr. et un "Devis de cuisine" de 11'705 fr., hors TVA. Sur demande du juge délégué de la Cour de justice de produire un relevé détaillé des travaux effectués accompagné des justificatifs ainsi que la copie des baux à loyer du locataire précédent et du locataire en place lorsque les derniers travaux avaient été exécutés, la société immobilière a transmis les pièces complémentaires suivantes: un devis de 16'000 fr. concernant la cuisine et un devis de 18'500 fr. relatif au parquet et à différents travaux de peinture dans tout l'appartement; un contrat de bail du 25 septembre 1996 faisant état d'un loyer annuel de 15'660 fr.; un courrier non daté du précédent locataire à teneur duquel il confirmait louer l'appartement pour le mois de novembre 2008 pour un loyer mensuel de 2'300 fr., ainsi que, en fonction de ses besoins pour le mois de décembre 2008, étant précisé qu'il avait pris note que l'appartement n'était pas en bon état et qu'il autorisait des travaux pendant la location; un avenant au contrat de bail du 10 février 2009 indiquant que les locataires actuels s'acquittent d'un loyer annuel de 24'000 fr. (plus 3'000 fr. de charges); une "notice explicative" des travaux entrepris dans un immeuble sis rue Lissignol sans autorisation de construire ainsi qu'une statistique des logements de la ville de Genève.
Par arrêt du 13 mai 2014, la Cour de justice a rejeté le recours de la société immobilière propriétaire.
C.
A._ SA forme un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt de la Cour de justice. Elle demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, de dire que les travaux litigieux sont des travaux d'entretien qui ne sont pas soumis à autorisation de construire ni assujettis à la LCI et à la LDTR, de "combler la lacune en matière de construction en ce qui concerne la délimitation entre la notion de travaux d'entretien et de rénovation" et de "fixer une valeur en francs suisses par pièce, par exemple 10'000 fr., en deçà de laquelle il doit être considéré que les travaux sont des travaux d'entretien". Subsidiairement, la recourante conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Chambre administrative de la Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DALE se détermine; il conclut à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire et au rejet du recours en matière de droit public. La recourante réplique et persiste dans ses conclusions.
Par ordonnance du 15 juillet 2014, le Président de la Ire Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit :
1.
La recourante a formé, en un seul acte (art. 119 LTF), un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
La voie du recours en matière de droit public étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (art. 113 LTF).
2.
Outre l'annulation de l'arrêt, la recourante demande au Tribunal fédéral de fixer une valeur seuil pour distinguer les travaux de rénovation des travaux d'entretien. La cour cantonale avait considéré que, compte tenu de la séparation des pouvoirs, il ne lui appartenait pas d'ordonner au département, à titre général, de s'abstenir d'exiger des demandes d'autorisation de construire pour les travaux de moins de 10'000 fr. par pièce. La recourante présente la même conclusion devant le Tribunal fédéral sans exposer en quoi celle-ci devait selon elle être recevable devant la cour cantonale. Or, le Tribunal fédéral ne peut statuer avec un pouvoir d'examen plus étendu que l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 543; BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 12 ad art. 107 LTF). Dès lors que la recourante n'établit pas que la conclusion prise était réellement du ressort de la juridiction cantonale, cette conclusion est irrecevable dans la présente procédure.
3.
La recourante a produit à l'appui de ses écritures plusieurs pièces nouvelles qui ne se trouvent pas au dossier. Elles sont irrecevables (art. 99 al. 1 LTF).
4.
Comme en instance cantonale, la recourante requiert la production, par le département cantonal, de son dossier concernant un immeuble sis rue Lissignol. Elle compte déduire de la comparaison entre ce dossier et le sien une violation du principe de l'égalité de traitement. Ainsi qu'on le verra, ce grief peut être écarté sans qu'il soit nécessaire d'examiner le détail de ce dossier (cf. consid. 6). Cette requête de mesure d'instruction doit dès lors être rejetée.
5.
La recourante demande que l'état de fait de l'arrêt attaqué soit complété. Celui-ci omettrait de préciser que le département avait proposé, en cours de procédure, d'élaborer une directive définissant la notion de travaux d'entretien et instaurant un plafond pour le coût de tels travaux à 10'000 fr. par pièce.
5.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 LTF, il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de façon manifestement inexacte (art. 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Si le recourant entend se prévaloir de constatations de faits différentes de celles de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 3 p. 104 et les arrêts cités).
5.2. Contrairement à ce que la recourante allègue, il ne ressort pas des procès-verbaux des audiences cantonales que le département ait indiqué vouloir rédiger une directive, moins encore que cela ait été le motif de suspension de la cause. A supposer toutefois que tel ait été le cas, la recourante ne démontre pas en quoi le renoncement à l'élaboration d'une directive signifierait que le droit cantonal serait lacunaire sur la distinction entre travaux d'entretien et travaux de transformation (cf. consid. 9 ci-dessous).
Pour le reste, conformément à ce qui a été exposé ci-dessus, la recourante ne peut se contenter de contester "tout fait qui ne serait pas strictement conforme à ses allégués". Le Tribunal fédéral s'en tient par conséquent à l'état de fait tel qu'il ressort de l'arrêt attaqué.
6.
La recourante fait valoir une violation du principe de l'égalité de traitement et, dans ce cadre, une violation de son droit d'être entendue pour défaut de motivation.
Le justiciable ne peut en règle générale pas se prétendre victime d'une inégalité de traitement lorsque la loi est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle l'aurait été faussement, voire pas appliquée du tout dans d'autres cas semblables. Exceptionnellement, il est dérogé à cette règle lorsqu'une décision conforme à la loi s'oppose à une pratique illégale que l'autorité a l'intention de continuer de manière générale; le citoyen ne peut donc prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 78). Cette règle n'oblige pas pour autant les organes de la justice administrative à entreprendre des investigations systématiques, approfondies et contradictoires dans le but de découvrir d'hypothétiques manquements à la loi (arrêt 1C_265/2012 du 25 mars 2013 consid. 6).
En l'espèce, la recourante reproche à la cour cantonale de n'être pas intervenue dans le dossier de l'immeuble rue Lissignol et de ne pas avoir instruit d'éventuels "manquements administratifs". Elle entend ainsi simplement se prévaloir d'une inégalité de traitement dans l'illégalité, ce qui n'est pas protégé par la Constitution. Quant à la motivation, dans l'arrêt attaqué, du rejet de ce grief, elle est suffisante: la cour cantonale a exposé que, dans le contexte de la LDTR, ce n'est que dans le cadre d'éventuelles dénonciations que le département peut intervenir. Par ailleurs, les juges cantonaux ont relevé que les travaux dénoncés par la recourante dans cet autre immeuble avaient été effectués au début des années nonante, soit il y a plus de vingt ans, et que plusieurs demandes d'autorisations de construire ont été déposées depuis 1995. Ces constatations expliquent d'une part que l'autorité ne peut investiguer chaque cas en matière de travaux réalisés à l'intérieur des bâtiments et justifient d'autre part que le cas d'espèce ne soit pas comparé à celui que la recourante dénonce. Aussi la cour cantonale n'a-t-elle pas violé le principe d'égalité de traitement ni le droit d'être entendu de la recourante.
7.
La recourante se plaint d'arbitraire dans l'application du droit cantonal. Elle affirme que les travaux qu'elle a entrepris dans l'appartement litigieux sont des travaux d'entretien non soumis à autorisation en vertu de la LDTR et de la LCI.
7.1.
7.1.1. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 319; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379).
7.1.2. La LDTR a pour but de préserver l'habitat et les conditions de vie existants, ainsi que le caractère actuel de l'habitat dans les zones visées expressément par la loi (art. 1 al. 1 LDTR). Celle-ci prévoit notamment à cet effet, et tout en assurant la protection des locataires et des propriétaires d'appartements, des restrictions à la démolition, à la transformation et au changement d'affectation des maisons d'habitation (art. 1 al. 2 let. a LDTR). Une autorisation est nécessaire pour toute transformation ou rénovation de tout ou partie d'une maison d'habitation (art. 9 al. 1 LDTR).
Selon l'art. 3 al. 1 let. d LDTR, sont qualifiés de transformation les travaux qui ont pour objet la rénovation, c'est-à-dire la remise en état, même partielle, de tout ou partie d'une maison d'habitation, en améliorant le confort existant sans modifier la distribution des logements, sous réserve qu'il ne s'agisse pas de travaux d'entretien. A teneur de l'art. 3 al. 2 LDTR, sont considérés comme tels et non assujettis à la LDTR, les travaux courants qui font partie des frais d'exploitation ordinaires d'une maison d'habitation; les travaux raisonnables d'entretien régulier ne sont pas considérés comme travaux de transformation, pour autant qu'ils n'engendrent pas une amélioration du confort existant.
La distinction entre travaux d'entretien et travaux de transformation peut être délicate à opérer. Le critère de l'accroissement du confort existant est déterminant pour distinguer des travaux de transformation des travaux d'entretien, la LDTR ne devant pas instituer un contrôle général des loyers ( EMMANUELLE GAIDE/VALÉRIE DÉFAGO GAUDIN, La LDTR, 2014, n. 2.5.2 p. 192). Il est toutefois possible de s'en écarter lorsque l'importance des travaux justifie d'assimiler les travaux de rénovation à des travaux de transformation (Gaide/Défago Gaudin, op. cit., n. 2.5.3 p. 193).
Selon la jurisprudence, l'exécution de travaux de remise en état auxquels le bailleur est tenu en vertu du CO ne procure en général pas un confort supplémentaire au locataire par rapport à ce qui est convenu dans le contrat de bail. Seules les remises en état qui vont au-delà de ce qui est nécessaire pour assurer le maintien de la chose louée en l'état tombent sous le coup de l'art. 3 al. 1 let. d LDTR (arrêt 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.5; arrêt 1P.664/1999 du 1er septembre 2000 consid. 3, in RDAF 2002 I p. 25). Il n'est pas arbitraire de tenir compte à cet égard des circonstances dans lesquelles les travaux sont accomplis et notamment de leur accumulation en raison d'un défaut d'entretien courant des bâtiments concernés. Il est en particulier admissible pour les autorités cantonales, toujours sous l'angle de la prohibition de l'arbitraire, de considérer que les travaux d'entretien différés dans le temps dont le coût a eu des conséquences importantes sur les loyers, lesquels ne répondent plus aux besoins prépondérants de la population, doivent être soumis à autorisation de rénover fondée sur la LDTR (arrêt 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.5). Dans un tel cas, l'accumulation des travaux confère une ampleur propre à engendrer un changement de niveau des loyers tel que la destination de l'immeuble en est modifiée ( GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n. 2.5.3 p. 192 s.). La pratique genevoise consiste à se référer à l'ampleur du coût des travaux et à leur répercussion sur le loyer pour déterminer si les travaux d'entretien par nature doivent être assimilés à des travaux de transformation et, partant, soumis à la LDTR ( GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n. 2.5.4 p. 193).
Le Tribunal fédéral a ainsi tenu pour dénué d'arbitraire un arrêt cantonal selon lequel des travaux comprenant la réfection complète des sols, des murs et des plafonds, le ponçage et la vitrification des parquets, la réfection des agencements de cuisine et de salle de bains, de la douche et du WC devaient faire l'objet d'une autorisation au sens de la LDTR (arrêt 1C_624/2013 du 13 février 2014).
7.2. En l'espèce, selon l'arrêt attaqué, les travaux ont consisté en une rénovation complète de la cuisine, la réfection de la peinture des murs et de plafonds de l'appartement et le ponçage des parquets dans toutes les pièces. La cour cantonale n'a en revanche pas retenu la réfection de la salle de bains (arrêt attaqué, consid. 13, p. 16). Les premiers juges ont par ailleurs constaté que le coût des travaux, par pièce et par année, de 8'570 fr. ne permettait pas de maintenir les loyers dans la catégorie des besoins prépondérants de la population. A cet égard, le nombre de pièces retenues, à savoir 3,5 et non 4 comme l'alléguait la propriétaire, ne prête pas flanc à la critique. En effet, la cour cantonale s'est référée aux dispositions du règlement d'exécution du 4 décembre 1977 de la loi générale sur la protection des locataires (RGL; RSG I 4 05 01). Cette réglementation, qui poursuit un but de protection des locataires, n'est pas en contradiction avec l'art. 52 LCI, qui fixe la surface minimum d'une pièce d'habitation pour des motifs de police et ne connaît pas la notion de demi-pièce. Quant à l'augmentation du loyer à la suite de ces travaux, elle est de 76 % par rapport à celui du bail conclu en 1996, la location pour un, voire deux mois en novembre 2008 à une personne qui n'y a jamais pris domicile et y autorisait les travaux déjà devisés ne pouvant être prise en considération.
Certes, le coût des travaux par pièce de 8'750 fr. est dans la fourchette inférieure de ce que la Cour de justice tient généralement pour des travaux de grande ampleur (cf. les exemples de jurisprudence exposés par GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n. 2.5.10 p. 200-206). Les travaux ne portent en outre pas sur la totalité de l'appartement, contrairement au cas jugé dans l'affaire 1C_624/2013. Par ailleurs, avant les travaux, le logement en question n'était pas soumis au contrôle des loyers. En ce sens, un changement d'affectation, même qualitatif, n'apparaît pas manifeste.
Cela étant, la recourante prétend que des travaux d'entretien ont ponctuellement été effectués. Or, elle ne l'a jamais prouvé ni même offert de le prouver, alors qu'elle seule est en mesure de le faire. Elle n'a produit aucune facture ni aucune autre pièce qui attesterait de travaux réguliers d'entretien. Partant, et bien que la solution inverse aurait aussi pu être soutenable, on ne saurait considérer que la cour cantonale a versé dans l'arbitraire en retenant que les travaux litigieux sont des travaux différés dans le temps allant au-delà de l'entretien courant au sens de la jurisprudence cantonale. Les juges cantonaux se sont au demeurant fondés sur l'augmentation de loyer qui a suivi les travaux pour en qualifier l'ampleur. Or, celle-ci, considérable (76 %), permet de présumer que les travaux d'entretien on été différés au sens de la jurisprudence cantonale. Le grief doit dès lors être rejeté.
8.
La recourante fait valoir l'arbitraire dans l'application du droit cantonal de procédure. Elle se plaint de ce qu'aucun moyen de preuve n'aurait été requis, en violation de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA; RSG E 5 10), qui prévoit que l'autorité établit les faits d'office sans être liée par les allégués et offres de preuves des parties (art. 19 LPA), réunit les renseignements et procède aux enquêtes nécessaires pour fonder sa décision, en recourant "s'il y a lieu" aux moyens de preuve que sont les documents, les interrogatoires et renseignements des parties, les témoignages et renseignements de tiers, l'examen par l'autorité et l'expertise (art. 20 LPA).
Si la procédure administrative est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, les parties ont le devoir de collaborer à l'établissement des faits (<ref-ruling> consid. 2b p. 142 s.). La jurisprudence considère que ce devoir de collaboration est spécialement élevé s'agissant de faits que la partie connaît mieux que quiconque (cf. arrêts 2C_276/2011 du 10 octobre 2011 consid. 4.2, non publié in <ref-ruling>, mais publié in Pra 2012 n° 26 p. 176; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 511; arrêt 2A.404/2004 du 18 février 2005 consid. 2.3, non publié in <ref-ruling> et les références).
On comprend de la critique de la recourante, qui s'en prend à la "Cour de céans", qu'elle est dirigée contre la Cour de justice. Le juge délégué de cette instance a requis de la recourante la production de plusieurs pièces utiles à la cause, à savoir un relevé détaillé des travaux effectués accompagné des pièces justificatives, la copie des baux à loyer du locataire précédent et du locataire en place lorsque les derniers travaux avaient été exécutés. Lorsqu'elle a produit ces pièces, la recourante en a profité pour produire spontanément d'autres pièces qu'elle jugeait utiles. Elle n'expose pour le reste pas en quoi un transport sur place était nécessaire en sus des photographies couleur figurant au dossier ni ce qu'aurait apporté l'audition de la société qui a effectué les travaux litigieux. Au contraire, ainsi que cela a déjà été relevé (consid. 7.2), si la recourante entendait réellement prouver que les travaux litigieux n'étaient pas des travaux d'entretien différés, il lui appartenait de déposer toute pièce justificative en ce sens, ce qu'elle n'a pas fait. En définitive, alors qu'elle seule était en mesure de renverser les présomptions que la cour cantonale pouvait tirer du dossier et de sa propre instruction, la recourante n'a fourni aucun moyen de preuve permettant de corroborer ses allégations selon lesquelles des travaux d'entretien avaient régulièrement été effectués et les locataires précédents auraient dégradé le logement. Or, ces faits auraient aisément pu être démontrés, par exemple par les factures idoines, respectivement, par un état des lieux de sortie ou une déclaration à l'assurance de responsabilité civile. La manière dont la cour cantonale a établi les faits n'est dès lors pas critiquable.
9.
La recourante fait valoir une violation de l'art. 1 al. 2 CC, au motif qu'aucune des instances précédentes n'aurait comblé une lacune de la loi qu'elle avait pourtant dénoncée. Elle voit une telle lacune dans l'absence de critères de délimitation entre les notions de travaux d'entretien et de travaux de rénovation.
La recourante méconnaît le concept de lacune proprement dite, qui suppose que le législateur s'est abstenu de régler un point qu'il aurait dû régler et qu'aucune solution ne se dégage du texte ou de l'interprétation de la loi (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 59 s.), qu'elle confond en réalité avec le simple recours par le législateur à des notions juridiques indéterminées, qui donnent une certaine latitude de jugement au juge du fait, justifié par le besoin de pouvoir évaluer chaque cas d'espèce au regard des circonstances. En l'occurrence, la recourante ne démontre pas qu'aucune interprétation ne ressort du texte de la loi. Au contraire, une abondante jurisprudence cantonale a été construite autour de ces notions dont se dégagent les règles exposées dans le détail par la cour cantonale (arrêt attaqué, consid. 10 et 11, p. 15 et 16). Le grief est ainsi mal fondé.
10.
Dans une argumentation peu claire, la recourante se plaint d'une violation des art. 29, 29a et 30 Cst. ainsi que 14 du Pacte international du 16 décembre 1966 relatif aux droits civils et politiques (Pacte ONU II; RS 0.103.2). Elle expose que chacune des instances judiciaires n'a fait qu'avaliser la prise de position du département, sans recourir à d'autres moyens de preuve, violant ainsi le principe d'une justice effective.
Contrairement à ce qu'affirme la recourante, chacune des décisions a été motivée et individualisée. Les juges cantonaux développent leur subsomption sur près de trois pages. Le fait que, par une application similaire des dispositions légales et de la jurisprudence, chacune des instances ait procédé au même raisonnement et soit parvenue au même résultat ne signifie pas que les instances de recours ne se seraient pas penchées spécifiquement sur le cas concret. La recourante n'expose au demeurant pas que certains de ses arguments auraient été méconnus. Quant à l'instruction elle-même, il apparaît que chacune des instances a mené une instruction complète et a, autant que possible, étayé le dossier par les pièces que la recourante lui a transmises.
11.
La recourante se prévaut enfin de l'interdiction du formalisme excessif déduit de l'art. 29 Cst. La cour cantonale aurait dû exiger du département une nouvelle décision après la production, par la recourante, des pièces permettant de statuer sur la qualification des travaux.
Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 2a p. 142; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34). Les formes procédurales sont nécessaires à la mise en oeuvre des voies de droit pour assurer le déroulement de la procédure conformément au principe de l'égalité de traitement, ainsi que pour garantir l'application du droit matériel; toutes les exigences formelles ne se trouvent donc pas en contradiction avec la prohibition du formalisme excessif découlant de l'art. 29 al. 1 Cst. (arrêt 4P.228/2003 du 19 janvier 2003, consid. 3.3.1; <ref-ruling> consid. 3 et les références). Le Tribunal fédéral examine librement si l'on se trouve en présence d'un formalisme excessif (<ref-ruling> consid. 2a p. 142; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34; <ref-ruling> consid. 3a p. 170, et les arrêts cités).
Indépendamment du fait qu'il est de la responsabilité de la recourante que les pièces en question n'aient été versées au dossier qu'en deuxième instance de recours - en dépit des demandes répétées des autorités en ce sens -, il n'apparaît pas que la cour cantonale ait fait preuve de formalisme excessif. C'est au contraire pour des motifs d'économie de procédure que la cour cantonale, qui avait désormais toutes les pièces nécessaires pour statuer, s'est directement prononcée plutôt que de renvoyer le dossier au département pour nouvelle décision. Celui-ci avait du reste activement participé à la procédure et avait maintenu ses conclusions en rejet du recours, ce en parfaite connaissance du dossier. En effet, après la production des dites pièces, la Cour de justice a tenu une audience lors de laquelle tant la recourante que le département ont pu s'exprimer. A l'issue de cette audience, la procédure a été suspendue à la demande des parties pendant plus de deux ans. Lorsque la cause a été reprise, à la demande du département, la Cour de justice a tenu une nouvelle audience. S'en est suivi un échange d'écritures. Comme ultime intervention, la recourante a transmis à la cour cantonale copie du courrier qu'elle adressait directement au département. Dans ces circonstances, il aurait été vain et dénué de sens de renvoyer la cause au département qui aurait de toute évidence maintenu sa décision. La cour cantonale n'a ainsi pas fait preuve de formalisme excessif en statuant directement en la cause.
12.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté et l'arrêt cantonal confirmé. La recourante, qui succombe, supportera les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 10 octobre 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Sidi-Ali