Faits :
A.
A.a. Le 23 mai 1945, une servitude de " restriction de bâtir " a été inscrite au registre foncier de la commune de U._ sous le no original 207703 I. Dite servitude était à la charge de la parcelle no 3956 et au bénéfice des parcelles nos 3940, 3951, 3952, 3953 et 3955.
L'exercice de cette servitude ne résultait pas de son inscription au registre foncier mais de son acte constitutif, qui ne figure pas au dossier.
Selon un état de réinscription non daté, par lequel un nouveau no 332006 a été attribué à la servitude, celle-ci devait s'exercer comme suit:
" [I] l ne peut être édifié sur la parcelle grevée qu'un bâtiment d'habitation couvert de tuiles et dont la hauteur au faîte ne pourra pas dépasser la cote 625.16 (PN 373.60). Cette limite de hauteur ne s'applique toutefois pas aux cheminées et tourelles.
Il est précisé qu'en cas de fractionnement ultérieur de la parcelle 3955, la servitude ne pourra être reportée qu'en faveur de la zone teintée en jaune sur la photocopie ci-annexée. "
La parcelle no 3956 est en pente et son altitude varie entre 608 et 621 mètres environ.
A.b. Le 6 avril 1984, les époux C._ ont acquis les parcelles nos 1663, 3954, 3955 et 3956 pour moitié chacun.
A.c. Par acte notarié signé par les époux C._ le 30 mars 1984 et inscrit le 6 avril suivant, ceux-ci ont décidé de réunir les quatre parcelles leur appartenant en une seule, soit la nouvelle parcelle no 3954, d'une superficie totale de 6'339 m2.
Dans le cadre de cette réunion parcellaire, ils ont procédé à l'épuration ou au report des servitudes existantes. Certaines servitudes ont été reportées sur la nouvelle parcelle no 3954, d'autres ont été reportées uniquement sur une partie de la nouvelle parcelle no 3954 et d'autres encore n'ont simplement pas été reportées. La servitude no 332006 a quant à elle été reportée comme charge sur le nouveau bien-fonds no 3954, les époux C._ renonçant au bénéfice de cette servitude comme propriétaires de l'ancienne parcelle no 3955.
Dès lors que le report de la servitude no 332006 a été fait sans aucune limitation, le fonds servant de cette servitude est désormais la nouvelle parcelle no 3954, tandis que les fonds dominants en sont les parcelles nos 3951, 3952 et 3953. L'ancienne parcelle no 3955 est ainsi passée de fonds dominant à fonds servant et l'ancienne parcelle no 3954, qui n'était initialement pas concernée par la servitude no 332006, est devenue fonds servant.
A.d. En 1985, les époux C._ ont fait construire une maison d'habitation sur le haut de la nouvelle parcelle no 3954. La base de cette maison, soit le carrelage au rez-de-chaussée de l'habitation, se situe à une altitude de 623,73 mètres. Son faîte varie entre 628,90 mètres et 631 mètres, dépassant ainsi la limite de hauteur fixée par la servitude no 332006.
A.e. B._ a acquis la parcelle no 3954 le 11 février 2000.
A._ est propriétaire du bien-fonds no 3953 depuis le 12 octobre 2001.
A.f. Souhaitant procéder à des transformations sur son bien-fonds, B._ s'est adressé en 2005 aux propriétaires des parcelles nos 3951, 3952 et 3953 pour leur proposer de rétablir la situation originelle, à savoir restreindre l'assiette de la servitude no 332006 à l'ancienne parcelle no 3956.
Les propriétaires des parcelles nos 3951 et 3952 ont accepté cette proposition, tandis que A._ l'a refusée.
Ce refus a donné lieu à divers échanges de courriers entre l'intéressé et Me D._, notaire mandatée par B._, d'une part, et le conseil de celui-ci, d'autre part. Aucune solution d'arrangement n'a néanmoins été trouvée entre les parties.
A.g. Par acte notarié instrumenté par Me D._ le 27 avril 2007, B._ et les propriétaires des parcelles nos 3951 et 3952, ont requis le Conservateur du registre foncier de préciser l'assiette de la servitude no 332006 comme suit:
" Il ne peut être édifié sur la surface teintée en orange sur le plan précité qu'un bâtiment d'habitation couvert de tuiles et dont la hauteur au faîte ne pourra pas dépasser la quote [sic!] 625.16 (PN 373.60). Cette limite de hauteur ne s'applique toutefois pas aux cheminées et tourelles. "
L'acte précise que, par cette modification de l'exercice de la servitude, celle-ci est reportée sur son assiette d'origine correspondant à l'ancienne parcelle no 3956 de U._. Il est également souligné que la réquisition a été passée gratuitement au titre des relations de bon voisinage.
A._ n'a pas signé cet acte.
Ensuite de l'acte, l'état de retranscription de la servitude no 332006 (no original 207701 I) a été complété comme suit:
" No 07/101979.- Modification de l'exercice et de l'assiette en date du 27.04.2007: en ce qui concerne les rapports entre le fonds servant et les parcelles 3951 et 3952, l'assiette de la servitude est limitée à la zone teintée en orange sur le plan annexé. "
A.h. Selon l'extrait délivré le 21 janvier 2010, le feuillet du grand livre relatif à la parcelle no 3953 comprend l'inscription de la servitude suivante:
" 23.05.1945 332006 (D) Zone/quartier: restriction de bâtir, ID 2003/008319 à la charge de U._/3954 ".
B.
B.a. Par demande du 2 juillet 2010 adressée au Président du Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne (ci-après: le Président), B._ a conclu, sous suite de frais à dépens, à la réduction de la servitude no 332006 de la commune de U._ également à l'égard du fonds dominant no 3953, l'exercice de la servitude se définissant comme suit: " Il ne peut être édifié sur la surface teintée en orange sur le plan annexé qu'un bâtiment d'habitation couvert de tuiles et dont la hauteur au faîte ne pourra pas dépasser la cote 625.16 (PN 373.60). Cette limite de hauteur ne s'applique toutefois pas aux cheminées et tourelles. " (chiffre II). Le demandeur concluait qu'il soit ainsi fait ordre au Préposé du registre foncier de modifier l'exercice de la servitude no 332006 en ce sens (chiffre III) et qu'il soit alloué au propriétaire de la parcelle no 3953 une indemnité à fixer à dire de justice pour la réduction de la servitude dans le sens prévu ci-avant (chiffre IV).
Une expertise a été confiée à un ingénieur géomètre officiel.
Une inspection locale a été menée lors de l'audience de jugement tenue le 21 novembre 2012. Les parties ainsi qu'un témoin ont été entendus.
Lors d'une audience tenue le 15 janvier 2014, B._ a complété ses conclusions par une conclusion subsidiaire à la conclusion prise sous chiffre IV, tendant à ce que l'indemnité à fixer selon ce dernier chiffre soit arrêtée à 5'000 fr.
Par jugement du 5 février 2014, le Président a rejeté la demande formée par B._.
B.b. Statuant le 3 février 2015 sur l'appel formé par celui-ci, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a admis et, statuant à nouveau, a donné ordre au Préposé du registre foncier de restreindre, respectivement préciser, l'exercice de la servitude de restriction de bâtir no 332006 à l'égard du fonds dominant no 3953 en ce sens que l'assiette de la servitude est limitée à la surface correspondant à l'ancienne parcelle no 3956, à savoir à la zone teintée en orange sur le plan annexé à l'état de réinscription relatif à la servitude de restriction de bâtir no 332006.
L'arrêt motivé a été notifié aux parties le 23 février 2015.
C.
Agissant le 25 mars 2015 par la voie du recours en matière civile, A._ (ci-après le recourant) conclut principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que l'appel formé par B._ (ci-après l'intimé) est rejeté (II.a), le jugement rendu le 5 février 2014 par le Tribunal d'arrondissement de Lausanne est confirmé (II.b), l'ordre donné au Préposé du registre foncier est annulé, respectivement, ordre lui est donné de radier l'inscription effectuée suite à l'arrêt cantonal du 24 (recte: 3) février 2015 et de rétablir la situation qui prévalait avant cette décision; subsidiairement, le recourant sollicite le retour de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Le recourant invoque l'établissement arbitraire des faits ainsi que la violation de l'art. 91 de l'ordonnance sur le registre foncier dans sa teneur en 1984 (ci-après aORF), celle des art. 738, 973 et 975 CC, celle de l'<ref-law> et celle enfin de l'<ref-law>.
Invités à se déterminer, la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt tandis que l'intimé a conclu au rejet du recours.
Les parties ont répliqué, respectivement dupliqué.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en matière civile (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant sur recours (<ref-law>), dans une contestation de nature pécuniaire, dont la cour cantonale retient que la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>); il a par ailleurs été déposé à temps (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente (<ref-law>). Le recours en matière civile est donc ouvert.
1.2. Le recourant produit en annexe à son recours un avis de droit établi le 9 mars 2015 par le Professeur Sylvain Marchand.
N'étant pas propre à prouver un fait et ne constituant ainsi pas un moyen de preuve, un nouvel avis de droit ne tombe pas sous le coup de l'interdiction des moyens de preuve nouveaux prévue par l'<ref-law>. Il doit être assimilé à un complément de l'écriture du recourant, qui renforce l'opinion juridique qu'il soutient (notamment: <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 3.6.1). Pour être recevable, il doit en conséquence être déposé dans le délai pour recourir (<ref-ruling> consid. 2.5), condition réalisée en l'espèce.
2.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués et le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 et la référence).
3.
3.1.
3.1.1. La demande formée par l'intimé a été rejetée en première instance.
Le premier juge a considéré que, lors de la création de la parcelle no 3954 par réunion parcellaire, les anciens propriétaires des parcelles réunies (nos 1663, 3954, 3955 et 3956) avaient décidé de reporter la servitude litigieuse sur la nouvelle parcelle comme charge, renonçant à son bénéfice comme propriétaires de l'ancienne parcelle no 3955. Ils n'avaient pas limité cette servitude à une partie de la nouvelle parcelle, alors qu'ils n'avaient reporté d'autres servitudes que sur une partie du nouveau bien-fonds. Rien ne démontrait au demeurant qu'il y aurait eu une erreur du notaire au moment de la rédaction de l'acte du 6 avril 1984, acte qui n'avait d'ailleurs pas été remis en question jusqu'à ce que l'intimé envisage des transformations sur sa parcelle. Le premier magistrat en a par conséquent déduit que la servitude litigieuse avait été exercée pendant plus de vingt ans sur l'ensemble de la parcelle no 3954, conformément à ce qui avait été prévu dans l'acte du 6 avril 1984. Le recourant était par ailleurs de bonne foi lorsqu'il avait acquis sa parcelle, pensant que la restriction grevait l'entier du bien-fonds appartenant à l'intimé. Dès lors que celui- ci n'avait pas prouvé que la servitude aurait perdu toute utilité pour le fonds du recourant, l'application de l'<ref-law> n'entrait pas en considération et la radiation était exclue sous cet angle. En tant que l'intimé ne démontrait ni une diminution de l'intérêt du propriétaire du fonds dominant, ni une aggravation de la charge pour le propriétaire du fonds servant, une libération totale ou partielle fondée sur l'<ref-law> n'entrait pas non plus en ligne de compte.
3.1.2. La cour cantonale a en revanche jugé qu'il convenait de faire droit aux prétentions de l'intimé et réduit l'assiette de la servitude litigieuse dans le sens souhaité par l'intéressé.
Le Tribunal cantonal a avant tout considéré que les anciens propriétaires des parcelles dont la réunion avait donné lieu à la parcelle no 3954 avaient certes formellement reporté la servitude litigieuse sur la nouvelle parcelle, mais qu'il était toutefois manifeste que ni les intéressés, ni les propriétaires des fonds dominants, n'avaient jamais eu l'intention d'étendre matériellement la servitude sur toute la nouvelle parcelle no 3954. Les magistrats cantonaux ne percevaient pas à cet égard ce qui aurait motivé les propriétaires grevés à vouloir s'imposer une limitation unilatérale de leurs possibilités de bâtir sans obtenir de leurs voisins de contreparties financières ou d'avantages en nature, ce d'autant moins qu'ils avaient construit, quelques mois plus tard, un bâtiment non conforme au prescrit de la servitude, sans que cela ne provoque de réactions des propriétaires des fonds dominants. Les pièces justificatives de la réquisition du 30 mars 1984 tendant à la réunion des parcelles ne permettaient pas non plus de conclure, conformément à l'art. 92 al. 1 aORF alors en vigueur, que les propriétaires des parcelles réunies entendaient étendre matériellement l'assiette de la servitude contrairement à son but et à son étendue originaires tels qu'ils ressortaient de l'inscription d'origine. Les magistrats cantonaux en ont conclu que, en l'absence de nouvelle convention ou de modification du contrat constitutif, l'étendue matérielle de la servitude litigieuse continuait de porter, conformément au but dans lequel elle avait été constituée à l'origine, sur la seule partie de la nouvelle parcelle no 3954 correspondant à l'ancienne parcelle no 3956. Le Tribunal cantonal a ensuite considéré que le recourant ne pouvait être protégé par sa prétendue bonne foi pour deux raisons: d'une part, il ne pouvait, de bonne foi, se fonder sur la seule inscription au registre foncier, celle-ci n'étant pas suffisante pour déterminer l'assiette matérielle de la servitude no 332006; d'autre part, sa prétendue bonne foi n'était pas compatible avec la publicité dite " naturelle " du registre foncier, l'intéressé ne pouvant que se rendre compte, sur le terrain, que les bâtiments construits n'étaient pas compatibles avec l'étendue de la servitude dont il se prévalait.
3.2. Le recourant invoque la violation des art. 91 aORF ainsi que 738, 973 et 975 CC.
3.2.1. Se référant à l'<ref-law>, il soutient tout d'abord que l'inscription figurant au registre foncier était claire, le fonds servant étant clairement désigné sans qu'aucune restriction quant à l'étendue de la servitude n'y fût indiqué. Dans ces circonstances, il n'y avait pas lieu de se référer aux moyens d'interprétation complémentaires prévus par l'<ref-law>.
A supposer qu'il fût nécessaire d'y recourir, le recourant affirme ensuite que la cour cantonale ne les aurait pas appliqués correctement. La juridiction cantonale aurait en effet violé le droit fédéral en se référant à l'acte constitutif de 1945 - auquel les parties n'avaient pas participé et qui ne figurait même pas au dossier - alors que, conformément à la jurisprudence publiée aux <ref-ruling>, elle aurait dû en réalité s'en tenir à l'examen de l'acte authentique du 30 mars 1984, dont l'interprétation était limitée par la protection de la bonne foi selon l'<ref-law> dès lors que ni l'intéressé, ni l'intimé n'y étaient parties. Or il ressortait de l'acte passé en 1984 par les époux C._ que ceux-ci avaient délibérément décidé de reporter la servitude litigieuse sur la parcelle no 3954, tout en décidant de reporter d'autres servitudes uniquement sur une partie de la nouvelle parcelle, voire de renoncer à les reporter; par ailleurs, cette modification de l'assiette de la servitude ne lésait pas les droits des propriétaires des fonds dominants, de sorte que, contrairement à ce que retenait la cour cantonale, les conditions posées par l'art. 91 aORF étaient ainsi réunies. En considérant qu'il était manifeste qu'il n'avait jamais été question, pour les époux C._ et les propriétaires des fonds dominants d'étendre matériellement la servitude no 332006, la cour cantonale violait également le principe de la confiance et rectifiait l'inscription du registre foncier alors que les conditions de l'<ref-law> n'étaient nullement réalisées et qu'aucune action en rectification du registre foncier n'avait été introduite.
3.2.2. Le recourant conteste également que, sur le vu des faits établis par l'autorité cantonale, celle-ci ait pu retenir que, lors de l'acquisition de son bien-fonds, il pouvait se rendre compte sur le terrain que les bâtiments construits sur la parcelle grevée n'étaient pas compatibles avec l'étendue de la servitude dont il cherchait à se prévaloir. Le recourant affirme à cet égard qu'il ressortait d'un courrier du 1er décembre 2005 de Me D._, notaire mandatée par l'intimé pour procéder à la modification de l'assiette de la servitude litigieuse, que la représentation de la cote d'altitude nécessitait l'élaboration d'un plan par un géomètre. Ce courrier, qui n'avait pas été repris par le Tribunal cantonal dans son établissement des faits, démontrait pourtant qu'il n'était pas si évident que le bâtiment érigé sur la parcelle grevée ne respectait pas la servitude ainsi que l'affirmait péremptoirement cette dernière autorité.
3.3. L'intimé s'appuie pour l'essentiel sur la motivation développée par la cour cantonale, développant en sus certaines précisions quant à la bonne foi du recourant. Il soutient ainsi que celui-ci ne pouvait d'abord acheter la parcelle no 3953 en sachant que la villa érigée sur la parcelle no 3954 était illicite et qu'il pourrait se réserver d'élever des prétentions à son égard; le recourant devait ensuite consulter l'ensemble des pièces justificatives, y compris les procès-verbaux d'épuration; il défendrait enfin une position abusive, car contraire à ses propres intérêts: si la servitude devait en effet être strictement appliquée, elle aurait pour conséquence d'interdire toute construction sur le haut de la parcelle, soit à un endroit éloigné du recourant, tout en permettant la construction de bâtiments à côté de l'habitation de celui-ci, là où il serait ainsi le plus dérangé par un voisinage direct.
4.
4.1.
4.1.1. Aux termes de l'<ref-law>, tout droit dont la constitution est légalement subordonnée à une inscription au registre foncier, n'existe comme droit réel que si cette inscription a eu lieu. Le second alinéa précise que l'étendue d'un droit peut être précisée, dans les limites de l'inscription, par les pièces justificatives ou de toute autre manière. Lex specialisen matière de servitudes, l'<ref-law> reprend cette dernière disposition en prévoyant que l'inscription fait règle en tant qu'elle désigne clairement les droits et les obligations dérivant de la servitude (al. 1). L'étendue de celle-ci peut être précisée, dans les limites de l'inscription, soit par son origine, soit par la manière dont la servitude a été exercée pendant longtemps, paisiblement et de bonne foi (al. 2). Pour déterminer le contenu d'une servitude, il convient ainsi de procéder selon l'ordre des étapes prévu par l'<ref-law>: le juge doit dès lors se reporter en priorité à l'inscription au registre foncier, c'est-à-dire à l'inscription au feuillet du grand livre; ce n'est que si celle-ci est peu claire, incomplète ou sommaire, que la servitude doit être interprétée selon son origine, à savoir l'acte constitutif déposé comme pièce justificative au registre foncier (<ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 5C.126/2004 du 21 octobre 2004 consid. 2.3 in: Revue du notariat et du registre foncier [RNRF] 2005 307). Le contrat de servitude et le plan sur lequel est reportée l'assiette de la servitude constituent à cet égard des pièces justificatives (<ref-law>). Si le titre d'acquisition ne permet pas de déterminer le contenu de la servitude, l'étendue de celle-ci peut alors être précisée par la manière dont elle a été exercée paisiblement et de bonne foi (<ref-law>).
4.1.2. L'acte constitutif doit être interprété de la même manière que toute déclaration de volonté, à savoir, s'agissant d'un contrat, selon la réelle et commune intention des parties (<ref-law>), respectivement, pour le cas où celle-ci ne peut être établie, selon le principe de la confiance; toutefois, vis-à-vis des tiers qui n'étaient pas parties au contrat constitutif de la servitude, ces principes d'interprétation sont limités par celui de la foi publique attachée au registre foncier (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2.2; <ref-ruling> consid. 3.1) lequel comprend non seulement le grand livre, mais aussi les pièces justificatives, dans la mesure où elles précisent la portée de l'inscription (<ref-law> repris par l'<ref-law>; cf. STEINAUER, Les droits réels, Tome I, 5e éd. 2012, n. 934a; HOHL, Le contrôle de l'interprétation des servitudes par le Tribunal fédéral in: RNRF 2009 73, 78). Ce dernier principe interdit de prendre en considération, dans la détermination de la volonté subjective, les circonstances et motifs personnels qui ont été déterminants dans la formation de la volonté des constituants; dans la mesure où ils ne résultent pas de l'acte constitutif, ils ne sont pas opposables au tiers qui s'est fondé de bonne foi sur le registre foncier et la pièce justificative qu'est le contrat constitutif de servitude (<ref-ruling> consid. 3.1 et les réf. citées; HOHL, op. cit., p. 80).
4.1.3. Celui qui acquiert la propriété ou d'autres droits réels en se fondant de bonne foi sur une inscription du registre foncier est maintenu dans son acquisition (<ref-law>). La bonne foi, qui doit exister au moment de l'acquisition, est présumée (<ref-law>), mais sa protection n'est toutefois pas absolue: alors même qu'il est en réalité de bonne foi, l'acquéreur ne peut pas invoquer la protection légale qui y est attachée s'il n'a pas fait preuve de l'attention que les circonstances permettaient d'exiger de lui (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 3.3.2, 153 consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 2c; arrêt 5C.71/2006 du 19 juillet 2006 consid. 2.3.1). Lorsque l'acquéreur a ainsi connaissance de faits propres à faire douter de l'exactitude du registre foncier, il doit s'enquérir plus avant (<ref-ruling> consid. 3.3.2, 153 consid. 4.1.2 et la jurisprudence citée; arrêt 5A_431/2011 du 2 novembre 2011 consid. 4.2.2). La mesure de cette vigilance particulière constitue une question de droit, soumise au pouvoir d'appréciation du juge (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3.2, 153 consid. 4.1.2).
4.2. Avant l'entrée en vigueur le 1er janvier 2012 de la révision partielle du code civil concernant la cédule hypothécaire de registre et autres modifications des droits réels (RO 2011 4637), la réunion d'immeubles était traitée dans l'Ordonnance du 22 février 1910 sur le registre foncier (ci-après aORF; RS 2 514). L'art. 91 al. 2 aORF prévoyait ainsi que, si les immeubles étaient grevés de servitudes, il ne pouvaient être réunis que si les ayants droit y consentaient ou si leurs droits n'étaient pas lésés à raison de la nature de la charge. Le nouveau droit reprend ce principe sans le modifier (<ref-law>). Selon l'art. 92 al. 1 aORF, si la réunion pouvait se faire, le report des inscriptions s'opérait suivant l'accord intervenu entre les intéressés, en grevant la totalité du nouvel immeuble des charges afférentes à chaque immeuble en particulier.
La jurisprudence ainsi que la majorité de la doctrine s'accordent à dire que, si le report de la charge liée à la servitude s'étend formellement sur la totalité du nouvel immeuble (principes de l'unité foncière et de l'indivisibilité des droits réels), elle ne peut s'étendre matériellement à l'entier de la parcelle réunie sans procéder aux opérations nécessaires (cf. arrêt 5C.310/1997 du 12 mars 1998 consid. 2b; DESCHENAUX, Le Registre foncier, in Traité de droit privé suisse, volume 5, tome II/2, 1983, p. 82; WALTISBERG, Die Vereinigung von Liegenschaften im Privatrecht, 1996, p. 101 ss; FASEL, Grundbuchverordnung Kommentar, 2008, n. 23 ss ad <ref-law>; Grundbuchinspektorat des Kantons Bern in: RNRF 1950 p. 90 s.; pour le nouveau droit: Message concernant la révision du code civil suisse [Cédule hypothécaire de registre et autres modifications des droits réels] du 27 juin 2007, in: FF 2007 5015 ss, 5067; MOOSER, Les servitudes et les modifications de limites, in Les servitudes et les cédules hypothécaires à la lumière des nouvelles dispositions du Code civil, 2012, p. 169 ss, 175 s. et 184 ss; SCHMID, in Basler Kommentar, ZGB II, 5e éd. 2015, n. 4 s. ad <ref-law>; apparemment contra, sous l'ancien droit: GONVERS-SALLAZ, Le registre foncier suisse: commentaire de l'ordonnance fédérale du 22 février 1910 sur le registre foncier, 1938, n. 9 ad art. 91 aORF). Celles-ci consistent en l'établissement d'un contrat de servitude en la forme écrite selon l'ancien droit (art. 732 aCC), respectivement en la forme authentique selon le nouveau droit en vigueur depuis le 1er janvier 2012 (art. 732 nCC), suivi d'une inscription au registre foncier, étant en effet précisé qu'en étendant matériellement la servitude dont son immeuble était initialement grevé à la totalité de l'immeuble issu de la réunion parcellaire, le propriétaire crée une nouvelle servitude (WALTISBERG, op. cit., p. 106 s.).
4.2.1. Tant que la servitude est clairement localisée (p. ex.: servitude de passage ou d'empiètement), la réunion n'a généralement pas de conséquences défavorables pour le bénéficiaire: l'assiette reste en effet identique, de sorte que son consentement n'est pas nécessaire (DESCHENAUX, op. cit., p. 82; GONVERS-SALLAZ, op. cit., n. 10 ad art. 91 aORF; STEINAUER, op. cit., n. 669 note infrapaginale 13; FASEL, op. cit., n. 23 ad art. 91 aORF; SCHMID, op. cit., n. 4 ad <ref-law>; WALTISBERG, op. cit., p. 101 ss).
4.2.2. La situation est plus problématique lorsque l'assiette de la servitude n'est pas clairement délimitée (p. ex., comme en l'espèce: servitude de non-bâtir grevant la totalité d'une parcelle) : la réunion peut alors créer une confusion ou de l'incertitude quant à l'exercice du droit (notamment: GONVERS-SALLAZ, op. cit., n. 9 ad art. 91 aORF; DESCHENAUX, op. cit., p. 82; WALTISBERG, op. cit., p. 103 ss).
En se fondant sur le principe que, suite à la réunion, la servitude n'est étendue que formellement au nouveau bien-fonds, il faut admettre que, si l'extension matérielle est souhaitée par le propriétaire des parcelles réunies, celui-ci doit nécessairement modifier le contrat constitutif originaire et procéder alors aux opérations nécessaires, en établissant un contrat de servitude et en procédant à son inscription au registre foncier (WALTISBERG, op. cit., p. 105; FASEL, op. cit., n. 25 ad <ref-law>; ARNET, Neuerungen bei den Dienstbarkeiten, in: Revision des Sachenrechts - ein erster Überblick für Eilige, p. 7 ss, 17 s.; cf. également DESCHENAUX, op. cit., ibid.; reprenant à cet égard le Message du Conseil fédéral: MOOSER, op. cit. p. 186; également: Grundbuchinspektorat des Kantons Bern, op. cit., p. 90 s.; cf. consid. 4.2 supra).
4.3.
4.3.1. En l'espèce, le libellé de la servitude est inscrit ainsi au registre foncier: " 23.05.1945 332006 (D) Zone/Quartier: restriction de bâtir, ID.2003/008319 à la charge de U._/3954 ", sans autre précision. Contrairement à la servitude d'interdiction de bâtir, celle de restriction de bâtir implique nécessairement des limites, dont l'étendue doit être précisée. Or l'inscription telle qu'elle résulte ici du registre foncier est sommaire: elle ne permet pas de dégager les droits et obligations découlant de la servitude. Les modalités d'exercice de celle-ci résultent en réalité de l'état de réinscription, qui, sous la rubrique "exercice ", précise ce qui suit :
" [I]l ne peut être édifié sur la parcelle grevée qu'un bâtiment d'habitation couvert de tuiles et dont la hauteur au faîte ne pourra pas dépasser la cote 625.16 (PN 373.60). Cette limite de hauteur ne s'applique toutefois pas aux cheminées et tourelles.
Il est précisé qu'en cas de fractionnement ultérieur de la parcelle 3955, la servitude ne pourra être reportée qu'en faveur de la zone teinte en jaune sur la photocopie ci-annexée. "
Sous la rubrique " fonds dominants ", l'on peut y lire les parcelles nos 3951, 3952 et 3953, les biens-fonds nos 3940 et 3955 étant tracés; sous la rubrique " fonds servants " figure le bien-fonds no 3954, la parcelle no 3956 étant biffée avec renvoi à une pièce justificative no 429'255. Celle-ci fait référence à l'acte notarié du 6 avril 1984 par lequel les époux C._ ont procédé à la réunion en un seul bien-fonds des parcelles nos 1663, 3954, 3955 et 3956 dont ils étaient propriétaires.
4.3.2. Ni le recourant, ni l'intimé n'étaient parties au contrat constitutif de servitude, qui ne se trouve d'ailleurs pas dans le dossier cantonal; ni l'un ni l'autre n'ont participé à l'acte de réunion du 6 avril 1984. Il convient ainsi de se référer à l'état de réinscription ainsi qu'à ce dernier acte, qui figure comme pièce justificative au registre foncier, tels que les parties pouvaient les comprendre, de bonne foi, lors de l'acquisition de leurs biens-fonds respectifs. L'examen de cette pièce doit en définitive permettre de déterminer si les époux C._ et les propriétaires des fonds dominants avaient, ou non, l'intention d'étendre matériellement la servitude de " restriction de bâtir " à toute la nouvelle parcelle no 3954 issue de la réunion des anciennes parcelles nos 1663, 3954, 3955 et 3956.
Par l'acte de réunion parcellaire du 6 avril 1984, les époux C._ ont procédé à l'épuration et au report des servitudes existantes. En comparant la charge initiale de la servitude - limitée à la parcelle no 3956, tel que cela ressort de l'état de réinscription et des plans figurant au registre foncier - avec dit acte, le recourant aurait dû constater que la volonté des époux C._ d'étendre matériellement la servitude de restriction de bâtir à la nouvelle parcelle no 3954 dans toute son étendue, et ce sans aucune contre-prestation de la part des propriétaires des fonds bénéficiaires, apparaissait de prime abord irrationnelle. Cette circonstance devait ainsi éveiller l'attention de l'intéressé en l'incitant à procéder à des investigations complémentaires, soit en obtenant, par exemple, des explications de la part du préposé du registre foncier. Or en l'absence de tout contrat de servitude modifiant l'assiette de la charge initiale (consid. 4.2 supra), de même qu'en l'absence de déclaration suffisamment explicite à cet égard dans l'acte de réunion permettant d'assimiler cet acte à un tel contrat (" la servitude est reportée comme charge ", à savoir une opération à connotation formelle, au lieu de l'indication expresse " la servitude grève matériellement le nouveau bien-fonds "), le recourant devait en déduire que le report de la servitude sur l'entier de la nouvelle parcelle n'était que formel, conformément à l'art. 92 al. 1 aORF, et ne pouvait, de bonne foi, partir du principe que la servitude était " matériellement étendue " à la parcelle issue de la réunion parcellaire dans toute sa surface. L'éventuel consentement des ayants droit ou leur absence de lésion à raison de la nature de la charge (art. 91 al. 2 aORF), conditions préalables à la réunion des immeubles et sur laquelle le recourant fonde son argumentation, ne sont en l'espèce pas pertinents.
Dès lors que l'une des conditions matérielles de l'inscription constitutive - à savoir le titre juridique valable - faisait défaut, la cour était fondée à retenir que l'inscription de la servitude dans le sens d'une extension à toute la parcelle grevée était indue (<ref-law>); elle pouvait ainsi ordonner la rectification du registre foncier dans le sens requis par l'intimé (<ref-law>).
4.4. Le sort du recours étant scellé par le considérant qui précède, il n'y a pas lieu d'examiner si la bonne foi du recourant était incompatible avec la publicité dite " naturelle " ou si la demande formée par l'intimé devait être accueillie sous l'angle de l'<ref-law>.
4.5. Le recourant invoque enfin la violation de l'<ref-law>, relevant qu'en réduisant l'assiette de la servitude sans toutefois lui allouer d'indemnité, la cour cantonale aurait en réalité procédé à une rectification du registre foncier, accordant de ce fait autre chose que ce qui était demandé par l'intimé.
Dans sa demande et son appel, l'intimé, propriétaire du fonds grevé de la servitude litigieuse, réclamait une réduction de l'assiette de celle-ci moyennant une indemnité à octroyer au recourant. La teneur de ses conclusions s'expliquait du fait que la réduction sollicitée se fondait sur l'<ref-law>, disposition permettant la libération partielle de la servitude à la condition, notamment, qu'une indemnité soit versée au propriétaire du fonds dominant (cf. les versions italienne et allemande de l'<ref-law>; STEINAUER, Les droits réels, tome II, 4e éd. 2012, n. 2276). Sans le développer expressément, la cour cantonale a cependant fait droit à la demande de l'intimé sur une base juridique différente. Considérant que l'inscription était indue - initialement - et que le recourant ne pouvait invoquer sa bonne foi pour être maintenu dans son acquisition, elle a en réalité procédé à un redressement du registre foncier au sens de l'<ref-law>, qui ne donne pas droit au versement d'une indemnité au propriétaire concerné. Or l'on ne saurait considérer que la juridiction cantonale aurait statué ultra ou extra petita en parvenant au résultat requis par le propriétaire grevé en se fondant sur une cause juridique différente (cf. <ref-ruling> consid. 3a; arrêts 4A_307/2011 du 16 décembre 2011 consid. 2.4; 4A_464/2009 du 15 février 2010 consid. 4.1).
5.
En définitive, le recours est rejeté. Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant (<ref-law>), de même qu'une indemnité de dépens, à verser à sa partie adverse (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Une indemnité de 6'000 fr., à verser à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 décembre 2015
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : de Poret Bortolaso