Sachverhalt:
A. P._ (geb. 1972) war im Rahmen ihrer Tätigkeit als Serviceangestellte im Restaurant X._ vom 15. März 1993 bis 30. Juni 1994 bei der Stiftung Betriebliche Altersvorsorgeeinrichtung (BAV) Wirte (heute: GastroSocial Pensionskasse) berufsvorsorgeversichert.
Am 8. Oktober 1993 und am 19. Januar 1994 erlitt P._ zwei Unfälle. Für die Folgen dieser Ereignisse bezieht sie seit 1. Oktober 1994 eine halbe Rente der Invalidenversicherung. Die Winterthur Versicherung als zuständiger Unfallversicherer richtete ihr bis 31. Dezember 2004 Taggelder aus und sprach ihr mit Wirkung ab 1. Januar 2005 eine Invalidenrente zu.
Mit Schreiben vom 31. Januar 2005 beantragte P._ bei der GastroSocial Pensionskasse die Ausrichtung einer Invalidenrente der beruflichen Vorsorge ab 1. Dezember 2004, weil ab diesem Zeitpunkt die vorher bestehende Überversicherung - zufolge Ablösung des bisher ausbezahlten UVG-Taggeldes durch eine (tiefere) UVG-Rente - weggefallen sei. Mit Schreiben vom 7. Februar 2005 lehnte die GastroSocial Pensionskasse den Anspruch wegen Verjährung ab, woran sie in der folgenden Korrespondenz festhielt.
B. Am 22. Dezember 2005 erhob P._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage mit dem Antrag, ihr ab Dezember 1999, eventuell Juni 2000, eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge auszurichten. Mit Entscheid vom 22. März 2006 wurde die Klage wegen Verjährung des Rentenstammrechts abgewiesen.
C. P._ erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und die Vorsorgeeinrichtung zu verpflichten, ihr ab Dezember 1999, eventuell Juni 2000, eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge auszurichten.
Die GastroSocial Pensionskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorsorgeeinrichtung und die Vorinstanz den Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge zu Recht für verjährt halten.
2. Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, das Rentenstammrecht könne aufgrund von Art. 41 Abs. 1 BVG (in der Fassung gemäss 1. BVG-Revision, in Kraft seit 1. Januar 2005) gar nicht mehr verjähren.
Nach dem Grundsatz der Nichtrückwirkung von Rechtsnormen bleibt jedenfalls mangels einer ausdrücklichen gegenteiligen Übergangsregelung eine Forderung, die gemäss früherem Recht verjährt oder verwirkt war, nach Inkrafttreten des neuen Rechts verjährt oder verwirkt, auch wenn dies nach neuem Recht nicht der Fall wäre (<ref-ruling> Erw. 5.2 mit Hinweisen; SVR 2005 AHV Nr. 15 S. 49 Erw. 5.2.1 [Urteil F. vom 30. November 2004, H 96/03]; vgl. auch RDAT 1995 I Nr. 46 S. 115 Erw. 3; Urteil D. vom 10. Dezember 2001, 2P.92/2001, Erw. 2e; Attilio Gadola, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, in: AJP 1995 S. 47 ff., 58). Das gilt insbesondere auch für die Regelung des Art. 41 BVG (<ref-ruling> Erw. 2; vgl. auch Urteil B. vom 5. Juni 2001, B 6/01, Erw. 2 [mit Zusammenfassung in SZS 2003 S. 49]; André Pierre Holzer, Verjährung und Verwirkung der Leistungsansprüche im Sozialversicherungsrecht, Diss. Freiburg 2005, S. 154). Wenn demnach - wovon Vorinstanz und Beschwerdegegnerin ausgehen - der Anspruch der Beschwerdeführerin am 31. Dezember 2004 bereits verjährt oder verwirkt war, findet Art. 41 Abs. 1 BVG in der heute geltenden Fassung keine Anwendung.
3. 3.1 Nach Art. 41 Abs. 1 BVG (in der bis Ende 2004 geltenden, intertemporalrechtlich anwendbaren Fassung) verjähren Forderungen auf periodische Beiträge und Leistungen nach fünf, andere nach zehn Jahren (Satz 1). Die Artikel 129-142 des Obligationenrechts sind anwendbar (Satz 2).
Für das Rentenstammrecht gilt demnach eine zehnjährige Frist. Ist das Rentenstammrecht verjährt, sind es auch die einzelnen Leistungen (<ref-law> in Verbindung mit aArt. 41 Abs. 1 Satz 2 BVG).
Kraft des in aArt. 41 Abs. 1 Satz 2 BVG enthaltenen Verweises auf Art. 129-141 OR gilt die den "dies a quo" regelnde Bestimmung des <ref-law> auch für das Rentenstammrecht der beruflichen Vorsorge (<ref-ruling> Erw. 3 mit Hinweisen). Sie lautet: "Bei Leibrenten und ähnlichen periodischen Leistungen beginnt die Verjährung für das Forderungsrecht im ganzen mit dem Zeitpunkte, in dem die erste rückständige Leistung fällig war."
3.1.1 Was die Rechtsnatur der zehnjährigen Frist gemäss aArt. 41 Abs. 1 Satz 1 BVG anbelangt, geht die Vorinstanz davon aus, es handle sich nicht um eine Verjährungs-, sondern eine Verwirkungsfrist, was zur Folge hätte, dass diese weder unterbrochen noch gehemmt werden könnte. Sie beruft sich hiefür auf eine Äusserung in der bundesrätlichen Botschaft zur Revision des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG), 1. BVG-Revision, vom 1. März 2000 (BBl 2000 2637 ff., 2680).
Diese Auffassung widerspricht indessen dem klaren Wortlaut des Gesetzes, das die Art. 129-142 OR für anwendbar erklärt, welche nur für Verjährungs- und nicht für Verwirkungsfristen gelten. Auch Lehre (Holzer, a.a.O., S. 155; Stauffer, Berufliche Vorsorge Zürich 2005, S. 347 ff.; Walser, Berufliche Vorsorge, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, S. 70) und Rechtsprechung (<ref-ruling> f., 129 V 241 Erw. 4, 117 V 332 f.; Urteile F. vom 4. August 2000, B 9/99, Erw. 2 [mit Zusammenfassung in SZS 2003 S. 48], und J. vom 2. Dezember 2002, B 27/02, Erw. 2 und 3 [mit Zusammenfassung in SZS 2003 S. 437]) haben die Frist immer als Verjährungsfrist behandelt. Die zitierte Stelle in der Botschaft (BBl 2000 2680) gibt zu keiner anderen Betrachtungsweise Anlass.
3.1.2 Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die erste Rentenleistung könne nicht im Sinne von <ref-law> fällig werden, solange sie infolge Überversicherung nicht gefordert werden könne. Die Verjährungsfrist für das Rentenstammrecht habe deshalb aufgrund von <ref-law> frühestens am 1. Dezember 1999 zu laufen begonnen, so dass die am 31. Januar 2005 geltend gemachte Forderung nicht verjährt sei.
Demgegenüber vertreten Vorinstanz und Beschwerdegegnerin die Auffassung, die zehnjährige Frist habe mit der Entstehung des invalidenversicherungsrechtlichen Rentenanspruchs am 1. Oktober 1994 zu laufen begonnen, so dass die Verwirkung oder Verjährung des Rentenstammrechts (und damit auch der einzelnen Forderungen) am 1. Oktober 2004 eingetreten sei. Bei der Überversicherungsregelung handle es sich um eine blosse koordinationsrechtliche Vorschrift, welche an der Fälligkeit der Forderung nichts ändere.
3.2 Eine Forderung ist fällig, wenn der Gläubiger sie verlangen und nötigenfalls einklagen kann (<ref-ruling> Erw. 3.2.1; in StR 55/2000 S. 573 und Pra 2000 Nr. 169 S. 1030 veröffentlichtes Urteil M. vom 26. Mai 2000, 2P.43/2000, Erw. 2c; Schraner, Zürcher Kommentar, 1991, N 22 zu <ref-law>). Dies ist in der Regel im Zeitpunkt ihrer Entstehung der Fall, sofern nicht Gesetz, Vertrag oder die Natur der Forderung eine andere Lösung nahe legen (<ref-law>; Berti, Zürcher Kommentar, 2002, N 12 zu <ref-law>; Pichonnaz, Commentaire romand, 2003, N 1 zu <ref-law>).
Nach der Rechtsprechung ist eine Leistung aus beruflicher Vorsorge dann fällig, wenn gemäss den anwendbaren gesetzlichen und reglementarischen Bestimmungen das Recht entsteht (<ref-ruling> Erw. 3, 126 V 263 Erw. 3a; Urteil B. vom 5. Juni 2001, B 6/01, Erw. 2 [mit Zusammenfassung in SZS 2003 S. 49]), was in Bezug auf die Invalidenrente grundsätzlich mit dem Ablauf der Wartefrist gemäss <ref-law> (in Verbindung mit Art. 26 Abs. 1 BVG) der Fall ist (<ref-ruling> f.; vgl. auch Urteile V. vom 24. April 2003, B 91/02, Erw. 3.1 [mit Zusammenfassung in SZS 2004 S. 454], und F. vom 4. August 2000, B 9/99, Erw. 3c [mit Zusammenfassung in SZS 2003 S. 48]). Die Verjährungsfrist für ein einmal begründetes Rentenstammrecht gilt auch für eine spätere Rentenerhöhung (Urteil V. vom 24. April 2003, B 91/02, Erw. 3.2 [mit Zusammenfassung in SZS 2004 S. 454]).
4. Es steht fest und ist unbestritten, dass der Anspruch der Beschwerdeführerin auf die Invalidenrente der beruflichen Vorsorge am 1. Oktober 1994 entstand. Ebenso besteht Einigkeit unter den Parteien, dass diese Rente (mindestens) bis November 1999 zu einer Überentschädigung geführt hätte, so dass die Rente gekürzt bzw. verweigert worden wäre (Art. 34 Abs. 2 BVG in Verbindung mit Art. 24 BVV2 [je in der bis 31. Dezember 2002 in Kraft gestandenen, intertemporalrechtlich anwendbaren Fassung]; Art. 12 Abs. 2 des Reglements Personalvorsorge BAV Wirte, gültig ab 1. Januar 1985). Streitig und zu prüfen ist, ob dieser Umstand die gemäss <ref-law> massgebende Fälligkeit der Rentenleistung hinausgeschoben hat.
4.1 Soweit Vorinstanz und BSV dies verneinen mit der Begründung, die Überentschädigungsbestimmung regle nur die Auszahlung, nicht aber den Anspruch auf die Rente, kann ihnen nicht gefolgt werden. Denn sie übersehen dabei, dass der Zeitpunkt der Fälligkeit nur in der Regel - aber nicht ausnahmslos - mit jenem der Anspruchsentstehung übereinstimmt (vgl. Erw. 3.2 hievor).
4.2 Nicht einschlägig ist in diesem Zusammenhang aber auch die von der Beschwerdegegnerin zitierte Rechtsprechung gemäss <ref-ruling>, nach welcher sich der Verweis in Art. 26 Abs. 1 BVG nicht auf <ref-law> bezieht. Denn im damals zu beurteilenden Fall entstand die Rente der beruflichen Vorsorge bereits nach Ablauf des Wartejahres im Sinne von <ref-law> und hätte ab diesem Zeitpunkt gefordert werden können (<ref-ruling> Erw. 4.4.3), so dass gar nicht zu entscheiden war, ob die Fälligkeit durch eine Überentschädigungsregelung hinausgeschoben wird.
4.3 Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht im Zusammenhang mit Art. 26 Abs. 2 BVG wiederholt festgehalten hat, wird im Fall einer Überentschädigung das Recht auf eine Rente nicht aufgehoben, sondern vorübergehend aufgeschoben (<ref-ruling>, 123 V 199, 120 V 61 Erw. 2b; SVR 2000 BVG Nr. 6 S. 33 Erw. 5; in SZS 1994 S. 232 auszugsweise wiedergegebenes Urteil D. vom 16. Dezember 1992, B 10/92, Erw. 5b). Für das Zusammenfallen von Leistungen der beruflichen Vorsorge und solchen der Unfallversicherung hat das Eidgenössische Versicherungsgericht erklärt, zwar käme ein theoretischer Anspruch auf eine Rente der beruflichen Vorsorge in Betracht, doch bestehe für die Ausrichtung einer solchen Rente kein Raum, solange eine Überentschädigung vorliege (<ref-ruling> Erw. 5c/bb, 122 V 317 Erw. 2b); die Leistung der Vorsorgeeinrichtung setze erst ein, wenn die Überentschädigung entfallen sei.
Diese Überlegungen gelten gleichermassen für andere Fälle der Überentschädigung, dienen doch all diese koordinationsrechtlichen Vorschriften dem gleichen Zweck, nämlich zu verhindern, dass die versicherte Person durch die Gesamtheit der erbrachten Sozialversicherungsleistungen besser gestellt wird als wenn sich das versicherte Ereignis nicht verwirklicht hätte. Wenn aber die Leistung aufgeschoben wird bzw. noch nicht ausgerichtet werden kann, bedeutet das nichts anderes, als dass sie eben noch nicht hätte eingeklagt werden können und somit noch nicht fällig gewesen ist. Hätte die Beschwerdeführerin einen Rentenanspruch erhoben, hätte die Vorsorgeeinrichtung mit Recht die Auszahlung der Leistung unter Hinweis auf die Überentschädigungsregelung verweigert. Bis November 1999 war damit noch keine rückständige Leistung fällig, so dass gemäss <ref-law> auch die Verjährungsfrist für das Rentenstammrecht nicht zu laufen beginnen konnte und die Beschwerdeführerin ihren Anspruch auf eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge mit Schreiben vom 31. Januar 2005 rechtzeitig geltend gemacht hat.
4.4 Die Vorinstanz hat somit die Klage zu Unrecht infolge Verjährung des Rentenstammrechts abgewiesen. Die Sache geht an das kantonale Gericht zurück, damit es die übrigen Voraussetzungen für den Anspruch auf eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge prüfe.
5. Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG).
Die Beschwerdegegnerin hat der obsiegenden Beschwerdeführerin die Parteikosten für das letztinstanzliche Verfahren zu ersetzen. Die Kosten für das kantonale Verfahren werden entsprechend dem endgültigen Ausgang in der Sache zu verlegen sein.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. März 2006 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über die Klage neu entscheide.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 16. Oktober 2006
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Die Präsidentin der I. Kammer: Die Gerichtsschreiberin: