Sachverhalt:
A. A._, geboren 1954, war seit dem 1. Januar 1997 als Betriebsmitarbeiter/Bäcker bei der Firma J._ AG angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert. Am 6. August 1999, 13. November 1999 und 6. Februar 2003 erlitt er jeweils Auffahrkollisionen. Mit Verfügung vom 5. August 2003 und Einspracheentscheid vom 30. Dezember 2003 stellte die SUVA ihre Versicherungsleistungen per 15. August 2003 ein. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die Sache mit Entscheid vom 13. April 2005 zu weiteren Abklärungen an die SUVA zurück. Dieser wurde vom Bundesgericht mit Urteil U 206/05 vom 16. März 2006 insofern bestätigt, als weiterer Abklärungsbedarf bestehe; es sei nach Lage der Akten unklar, ob und inwieweit der Versicherte bei Diagnose eines Schleudertraumas der Halswirbelsäule nach wie vor unter somatisch begründeten unfallkausalen Beschwerden leide und welche Bedeutung dieser Komponente im Vergleich zur psychischen Symptomatik beizumessen sei. Indessen wurde die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der SUVA insoweit gutgeheissen, als festgestellt wurde, dass die SUVA mangels Unfallversicherungsdeckung für die Folgen des Ereignisses vom 6. Februar 2003 nicht leistungspflichtig sei. Ein diesbezügliches Revisionsgesuch hat das Bundesgericht mit Urteil U 201/06 vom 24. August 2006 abgewiesen.
Die SUVA hat den Versicherten in der Folge im Institut X._ rheumatologisch und neurologisch untersuchen lassen (Gutachten vom 30. Juli 2007). Gestützt darauf hat sie eine über den 15. August 2003 hinaus gehende Leistungspflicht mit Verfügung vom 16. April 2008 und Einspracheentscheid vom 19. Dezember 2008 erneut abgelehnt mit der Begründung, dass die nach diesem Zeitpunkt noch geklagten Beschwerden nicht mehr in adäquatem Kausalzusammenhang mit den versicherten Autounfällen stünden.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 4. Dezember 2009 ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihm auch über den 15. August 2003 hinaus die gesetzlichen Versicherungsleistungen zuzusprechen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Verwaltung und Vorinstanz sind davon ausgegangen, dass keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen vorliegen und die für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzte adäquate Kausalität zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181) gestützt auf die Rechtsprechung zu den Unfallfolgen bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule (HWS; <ref-ruling>) zu prüfen ist.
3. Beschwerdeweise wird zunächst geltend gemacht, dass der Endzustand am 15. August 2003 noch nicht erreicht gewesen und die Adäquanzprüfung daher verfrüht vorgenommen worden sei.
Gestützt auf Art. 19 Abs. 1 UVG hat der Unfallversicherer den Fall (unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen [Heilbehandlung, Taggeld] und Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung) abzuschliessen, wenn von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes der versicherten Person mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind (<ref-ruling> E. 4 S. 113 ff.).
Das kantonale Gericht hat sich dazu nach eingehender Würdigung der medizinischen Akten zutreffend geäussert. Da der Beschwerdeführer seinen diesbezüglichen Einwand nicht substantiiert, ist darauf nicht weiter einzugehen.
4. Gerügt wird weiter, dass organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolgen vorliegen würden wie z.B. ein Tinnitus und Drehschwindel.
Auch dazu hat sich die Vorinstanz einlässlich dahingehend geäussert, dass nach Lage der medizinischen Akten von neuropsychologischen Störungen, Schwindel und Tinnitus als klinisch sichtbar zutage tretenden Gesundheitsschäden im Sinne des typischen Beschwerdebildes nach HWS-Trauma auszugehen, ein organisch-struktureller Schaden jedoch nicht belegt sei. Der Beschwerdeführer setzt sich mit den zutreffenden Erwägungen des kantonalen Gerichts nicht auseinander, weshalb auch auf diese Rüge nicht weiter einzugehen ist.
5. Beweismässige Weiterungen bezüglich der natürlichen Kausalität können unterbleiben, wenn die adäquate Kausalität zu verneinen ist (Urteil 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2 Ingress).
6. Verwaltung und Vorinstanz haben zur Prüfung der Adäquanz die Schleudertraumapraxis (<ref-ruling>) herangezogen. Das kantonale Gericht führt dazu aus, es sei aufgrund des nunmehr eingeholten Gutachtens des Instituts X._ erstellt, dass neben psychisch bedingten Einschränkungen immer auch (somatische) Beschwerden vorgelegen hätten, die zum typischen Beschwerdebild bei HWS-Distorsionen zu zählen seien. Dem ist beizupflichten. Die Frage, ob die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der Halswirbelsäule gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben waren, im Vergleich zur ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund getreten sind und damit die sogenannte Psychopraxis anzuwenden wäre (<ref-ruling> E. 2a S. 99; <ref-ruling>), ist auch deshalb nicht weiter zu erörtern, weil die Adäquanzkriterien bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft werden (BGE <ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) sowie Schädel-Hirntraumen (<ref-ruling> E. 4b S. 383) auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112); ist die Adäquanz bei Anwendung der Schleudertraumapraxis zu verneinen, wäre sie aus dem dargelegten Grund auch nach der Psychopraxis nicht gegeben.
7. Gemäss <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. ist zu prüfen, ob, ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf, ein leichter, mittlerer oder schwerer Unfall vorliegt. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte beziehungsweise indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden.
8. Einfache Auffahrunfälle werden rechtsprechungsgemäss in der Regel als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen qualifiziert (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2 mit Hinweisen). Es liegen unbestrittenerweise keine Umstände vor, die hier zu einer anderen Beurteilung Anlass zu geben vermöchten.
Die Adäquanz wäre daher zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> E. 6b S. 367 f.; bestätigt in <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f.).
Die Beurteilung der adäquaten Kausalität ist rechtsprechungsgemäss für jeden Unfall gesondert vorzunehmen (RKUV 1996 Nr. U 248 S. 176, U 213/95 E. 4b; SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1, U 39/04 E. 3.3.2). Hier ist indessen zu berücksichtigen, dass die ärztliche Behandlung nach dem ersten Unfall vom 6. August 1999 am 30. August 1999 abgeschlossen werden konnte und der Versicherte seither beschwerdefrei und voll arbeitsfähig war.
9. Zu prüfen ist im Weiteren, inwieweit die im Bereich der mittleren Unfälle beizuziehenden Kriterien erfüllt sind (<ref-ruling> E. 10 S. 126 ff.).
9.1 Unbestrittenerweise liegen keine besonders dramatischen Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls vom 13. November 1999 vor; dabei ist allein eine objektive Betrachtungsweise massgebend (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 209 E. 3b/cc; vgl. auch RKUV 2000 Nr. U 394 S. 313, U 248/98 E. 4 und 5).
9.2 Der Unfall hatte auch keine schweren Verletzungen oder Verletzungen besonderer Art zur Folge. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (Urteile U 386/04 vom 28. April 2005 E. 5.2; U 371/02 vom 4. September 2003 E. 2.2.2; U 61/00 vom 6. Februar 2002 E. 3b; U 21/01 vom 16. August 2001 E. 3d). Inwiefern die zum typischen bunten Beschwerdebild gehörenden Beeinträchtigungen (wie namentlich auch der Schwindel) besonders schwer sein sollen, wird nicht geltend gemacht. Entgegen den Behauptungen des Beschwerdeführers war er zum Zeitpunkt des zweiten Unfalls beschwerdefrei. Zwar ist zu berücksichtigen, dass pathologische Zustände der Halswirbelsäule bei erneuter Traumatisierung ausserordentlich stark exazerbieren können (SVR 2007 UV Nr. 1, U 39/04 E. 3.4.2). Dafür bestehen nach Lage der medizinischen Akten im vorliegenden Fall jedoch keine Anhaltspunkte. Dass es am 13. November 1999 zu einer Doppelkollision kam, indem das Fahrzeug des Versicherten nach dem Heckaufprall in das vor ihm stehende Auto gestossen wurde, vermag das Kriterium nicht zu begründen (Urteile 8C_304/2008 vom 1. April 2009 E. 5.2.1, 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008 E. 7.2.2).
9.3 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist, ob nach dem Unfall fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128). Vorliegend beschränkte sich die Behandlung im Wesentlichen auf physiotherapeutische (bzw. manuelle) und medikamentöse Therapien; des Weiteren wurde der Versicherte psychiatrisch betreut. Ausserdem war er zur Rehabilitation zweimal während je eines Monates hospitalisiert. Das kantonale Gericht hat das Kriterium bejaht.
9.4 Das präzisierte Kriterium der erheblichen Beschwerden beurteilt sich rechtsprechungsgemäss nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Das kantonale Gericht hat diesbezüglich erwogen, dass anhand der Akten eine dauerhafte und erhebliche Beeinträchtigung nicht belegt sei. Der Beschwerdeführer beschränkt sich in diesem Zusammenhang auf die Zitierung von Passagen aus den ärztlichen Berichten, ohne sich mit den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz - welche diese Stellungnahmen in die Würdigung der medizinischen Akten einbezogen hat - auseinanderzusetzen. Der im letztinstanzlichen Verfahren neu eingereichte Bericht des Dr. med. S._, Allgemeinmedizin FMH, vom 13. Januar 2010, ist nicht zu berücksichtigen. Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dies gilt auch im Verfahren um Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- und Unfallversicherung (<ref-ruling> E. 3 S. 196 f.). Diese Voraussetzung ist hier nicht erfüllt. Adäquanzrelevant können nur in der Zeit zwischen dem Unfall und dem Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128); Dr. med. S._ betreut den Beschwerdeführer indessen erst seit 2003, weshalb er sich dazu nicht äussern konnte.
9.5 Es wird geltend gemacht, auch das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung sei erfüllt. Die Vorinstanz führt aus, dass der Versicherte seine Erwerbstätigkeit Ende Januar 2000, somit zweieinhalb Monate nach dem Unfall, zunächst teilzeitlich habe aufnehmen und das Pensum in der Folge habe steigern können. Ab dem 8. Juni 2000 sei wieder ein vollzeitiger Einsatz vorgesehen gewesen, worauf Dr. med. E._, Chirurgie FMH, jedoch eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert habe. Dem entsprechenden Bericht vom 18. Juli 2000 ist zu entnehmen, dass Dr. med. E._ den Beschwerdeführer medikamentös und psychotherapeutisch behandle. Inwiefern das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung mit erheblicher Verschlimmerung der Unfallfolgen - wegen "verheerender" Auswirkung der Intervention des Dr. med. E._ - erfüllt sein soll, ist nicht ersichtlich. Es kann auf die zutreffenden Erwägungen des kantonalen Gerichts verwiesen werden.
9.6 Von einem schwierigen Heilungsverlauf kann ebenfalls nicht gesprochen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1). Der Beschwerdeführer macht geltend, dass der Verlauf protrahiert gewesen sei und sich die Beschwerden als therapierefraktär erwiesen hätten, ohne jedoch zu substantiieren, worin die erforderlichen besonderen Gründe dafür bestehen sollen, und solche Umstände sind auch aus den Akten nicht ersichtlich. Der auch in diesem Zusammenhang geltend gemachte Doppelschlag durch die Heck- und Frontkollision vermag das Kriterium ebenso wenig zu begründen wie ein allenfalls "problematischer Arztwechsel". Die psychische und Schwindelproblematik gehören zum typischen Beschwerdebild und sind hier daher nicht zusätzlich zu berücksichtigen. Gleiches gilt bezüglich des erlittenen dritten Auffahrunfalls, für dessen Folgen die SUVA nicht einzustehen hat. Auf die gescheiterten Arbeitsversuche ist sogleich noch einzugehen.
9.7 Das kantonale Gericht hat auch das Merkmal der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als nicht erfüllt erachtet und in diesem Zusammenhang zutreffend erwogen, dass der Beschwerdeführer nach dem Unfall vom 13. November 1999 erstmals im Januar 2000 wieder zur Arbeit erschienen ist und einen Arbeitsversuch unternommen hat. Es folgten ab Ende Januar 2000 Einsätze von jeweils wenigen Tagen. Ab Februar 2000 war er, mit Unterbrüchen, zu 50% und ab dem 12. April 2000 zu 75% tätig. Eine weitere Steigerung war vorgesehen und konnte unter diesen Umständen auch erwartet werden, wurde aber nicht realisiert, sondern es wurde, wie erwähnt, seitens Dr. med. E._ eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert; die Vorinstanz hat zutreffend auf die diesbezügliche Anmerkung der Ärzte der Medizinischen Abklärungsstelle Y._, Kliniken Z._, hingewiesen, welche den Versicherten im Auftrag der Invalidenversicherung im August 2002 sowie im Januar 2004 untersucht haben (Gutachten vom 30. September 2002 und vom 19. Februar 2004). Nach dem Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik V._ vom 18. September bis zum 12. Oktober 2000 wurde eine leidensangepasste Tätigkeit als vollumfänglich zumutbar erachtet. Es ist daher nicht ersichtlich, was einem Wiedereinstieg in die Erwerbstätigkeit entgegen gestanden haben könnte. Entsprechende Anstrengungen des Beschwerdeführers sind jedoch nicht ausgewiesen; er hat seine Arbeit in der Folge nicht mehr aufgenommen, wobei das kantonale Gericht den weiteren Verlauf einlässlich dargelegt hat.
9.8 Zusammengefasst sind höchstens die Kriterien der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung, der erheblichen Beschwerden sowie der erheblichen Arbeitsfähigkeit in Betracht zu ziehen. Eine besondere Ausprägung eines einzelnen Kriteriums kann angesichts der vorliegenden Umstände nicht angenommen werden. Selbst wenn alle drei als erfüllt betrachtet würden, wäre zudem keine Häufung gegeben, welche bei der gegebenen Unfallschwere gestattete, den adäquaten Kausalzusammenhang zu bejahen. Damit entfällt eine über den 15. August 2003 hinaus gehende Leistungspflicht der SUVA.
10. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Juni 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo