Sachverhalt:
A. Die 1969 geborene V._ war als Produktionsmitarbeiterin bei der Firma A._ tätig und damit bei der SWICA Versicherungen AG (nachfolgend: Swica) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 9. Januar 2007 erlitt sie als Lenkerin eines Motorfahrzeuges einen Auffahrunfall. Der gleichentags konsultierte Hausarzt, Dr. med. E._, stellte die Diagnose einer Distorsion der Halswirbelsäule (HWS). Die Swica erbrachte Heilbehandlung und richtete Taggeld aus. Wegen eines protrahierten Heilungsverlaufs unterzog sich die Versicherte verschiedenen Untersuchungen und Behandlungen und weilte unter anderem vom 24. Mai bis 15. Juni 2007 in der Rehaklinik X._, vom 12. Mai bis 10. Juni 2008 in der Höhenklinik Y._ und vom 5. Juni bis 10. Juli 2009 in der Privatklinik Z._ für Psychiatrie und Psychotherapie. Gestützt auf ein von der Invalidenversicherung bei der Medas, medizinisches Institut B._, in Auftrag gegebenes Gutachten vom 14. Juni 2009 stellte die Unfallversicherung ihre Leistungen mit Verfügung vom 30. Oktober 2009 rückwirkend auf den 31. Mai 2008 ein. In der Begründung wird angeführt, ab jenem Zeitpunkt bestehe zwischen dem Unfallereignis und den persistierenden Gesundheitsschäden kein adäquater Kausalzusammenhang mehr. Eine dagegen erhobene Einsprache wies die Swica mit Entscheid vom 22. Januar 2010 ab.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies eine gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 23. März 2011 und der Begründung ab, gemäss Gutachten des medizinischen Instituts B._ führten die seit Ende Juli 2007 geklagten Beschwerden zu keiner Einschränkung der Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit und seien demnach nicht invalidisierend, weshalb eine Prüfung der natürlichen und adäquaten Kausalität entfalle.
C. V._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und des Einspracheentscheides seien ihr auch über den 31. Mai 2008 hinaus die gesetzlichen Leistungen zu erbringen.
Die Swica lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Beschwerdeführerin hat letztinstanzlich verschiedene Dokumente als Beweismittel eingereicht, welche dem kantonalen Gericht noch nicht vorlagen. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen indessen im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren - auch im Rahmen von Art. 105 Abs. 3 BGG (vgl. E. 1 hievor) - nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2 f. S. 196 ff.). Letzteres ist von der ein Novum einbringenden Partei näher darzulegen (Urteil 8C_684/2009 vom 23. April 2010 E. 2 mit Hinweisen), was die Beschwerdeführerin jedoch nicht getan hat.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin ab dem 1. Juni 2008 Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung hat.
Im Einspracheentscheid sind die Bestimmungen über diesen Leistungsanspruch und die Rechtsprechung über die hiefür erforderlichen kausalen Zusammenhänge zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden mit den jeweils zu beachtenden Beweisregeln zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Das kantonale Gericht hat einzig geprüft, ob die Beschwerdeführerin an einer ihre Arbeitsfähigkeit in der bisherigen oder einer vergleichbaren Tätigkeit beeinträchtigenden Gesundheitsschädigung leidet und dies gestützt auf die Ergebnisse des Gutachtens des medizinischen Instituts B._ vom 14. Juni 2009 verneint.
5. Die Swica hat im Einspracheentscheid vom 22. Januar 2010 ihre Leistungspflicht insbesondere mit dem Argument verneint, es liege kein adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den seit dem 1. Juni 2008 persistierenden Beschwerden vor. Daneben fehle es auch an einem natürlichen Kausalzusammenhang. Letzteres begründete die Unfallversicherung mit einem Verweis auf das Gutachten des medizinischen Instituts B._, in welchem ein Kausalzusammenhang als möglich bezeichnet wird. Ob ein adäquater Kausalzusammenhang besteht, hat das kantonale Gericht nicht geprüft, da es davon ausging, es bestehe keine Arbeitsunfähigkeit.
Ob die Verneinung einer Arbeitsunfähigkeit im Gutachten des medizinischen Instituts B._ - bei gleichzeitiger Empfehlung u.a. einer teilstationären psychiatrischen Behandlung und angesichts der Diagnostizierung einer seit dem Unfall zunehmenden psychischen Erkrankung durch den Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD), was zur Zusprechung einer Rente der Invalidenversicherung führte - schlüssig begründet ist, kann offen gelassen werden, denn zu diesbezüglichen weiteren Abklärungen wäre nur zurückzuweisen, wenn der adäquate Kausalzusammenhang allenfalls zu bejahen wäre. Obwohl sich die Vorinstanz zur Adäquanz nicht geäussert hat, ist die Sache diesbezüglich spruchreif, da die Unfallversicherung ihre Leistungen mit diesem Argument ablehnte und sich die Beschwerdeführerin bereits vor dem kantonalen Gericht dazu äusserte.
5.1 Im Sozialversicherungsrecht spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Adäquanzprüfung vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, wobei zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (sog. Psycho-Praxis; <ref-ruling>), während bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (sog. Schleudertrauma-Praxis; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen). In Fällen, in welchen die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der Halswirbelsäule gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben sind, im Vergleich zur vorliegenden ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten, ist die Beurteilung praxisgemäss unter dem Gesichtspunkt einer psychischen Fehlentwicklung nach Unfall vorzunehmen (<ref-ruling> E. 2a S. 99; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Sofern nicht von einem vielschichtigen somatisch-psychischen Beschwerdebild gesprochen werden kann, das einer Differenzierung kaum zugänglich ist, ist die Prüfung der adäquaten Kausalität unter dem Gesichtspunkt einer psychischen Fehlentwicklung nach Unfall gemäss <ref-ruling> vorzunehmen. Mit anderen Worten gelangt auch nach einer Distorsion der Halswirbelsäule die Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen zur Anwendung, sofern die im Anschluss an den Unfall aufgetretenen psychischen Störungen als eine selbstständige Gesundheitsschädigung zu qualifizieren sind, die insofern sekundären Charakter trägt, als sie sich von (Langzeit-)Symptomen der beim Unfall erlittenen Distorsion der Halswirbelsäule unterscheidet (Urteil U 238/05 vom 31. Mai 2006 E. 4.1).
5.2 Aufgrund der medizinischen Aktenlage steht fest, dass die Beschwerdeführerin nicht an organisch ausgewiesenen Unfallfolgen leidet. Unbestrittenermassen hat sie beim Unfall vom 9. Januar 2007 eine Distorsion der Halswirbelsäule erlitten, worauf innert der Latenzzeit von maximal 72 Stunden (SVR 2009 UV Nr. 23 S. 105 [E. 5.2 S. 107]) das bei solchen Verletzungen oftmals beobachtete und daher als typisch bezeichnete Beschwerdebild zumindest teilweise aufgetreten ist. Die Swica prüfte die Adäquanz der noch geklagten Beschwerden im Einspracheentscheid nach der Rechtsprechung zu psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall (sog. Psycho-Praxis; <ref-ruling>).
Dies ist letztlich nicht zu beanstanden. Das psychiatrische Krankheitsbild steht auch gemäss den von der Vorinstanz nicht gewürdigten Arztberichten, namentlich den in der Privatklinik Z._ erhobenen Diagnosen einer schweren depressiven Episode ohne psychotische Symptome, einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung und eines schädlichen Gebrauchs von Analgetika, klar im Vordergrund. Indessen braucht die Frage nach der anwendbaren Rechtsprechung nicht abschliessend geklärt zu werden, wenn - wie hier - selbst die Anwendung der bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der Halswirbelsäule sowie Schädel-Hirntraumen (sog. Schleudertrauma-Praxis; <ref-ruling>) einschliesslich der dort umschriebenen Adäquanzkriterien zu deren Verneinung und damit zum selben Ergebnis führt.
5.3 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Einfache Auffahrunfälle werden rechtsprechungsgemäss in der Regel als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen qualifiziert (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2 mit Hinweisen). Dies gilt namentlich auch für Auffahrkollisionen auf ein (haltendes) Fahrzeug (vor einem Fussgängerstreifen oder einem Lichtsignal; Urteil 8C_416/2011 vom 9. November 2011 E. 8 mit Hinweis). Es liegen keine Anhaltspunkte dafür vor, den Unfall vom 9. Februar 2007 als schwerer zu qualifizieren. Somit müssten für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs mehrere Kriterien oder eines in besonders ausgeprägter oder auffallender Weise erfüllt sein.
5.4 Klarerweise nicht erfüllt sind die Kriterien "besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls", "Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen", "ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert" sowie "schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen". Das Kriterium der "fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung" könnte angesichts von drei stationären Behandlungen von jeweils drei, vier und fünf Wochen Dauer bejaht werden. Ebenso das Kriterium der "erheblichen Beschwerden". "Erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen" ist zu verneinen, nachdem die Beschwerdeführerin keinerlei Anstrengungen gezeigt hat, nach dem Unfall ihre angestammte oder eine andere angepasste berufliche Tätigkeit wieder aufzunehmen. Vielmehr musste bei der Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (Bericht vom 24. August 2007) und während des Rehabilitationsaufenthaltes in der Höhenklinik Y._ eine fragliche Leistungsbereitschaft und Selbstlimitierung festgestellt werden. Nachdem höchstens zwei der Kriterien gegeben sind und diese nicht in besonders ausgeprägter oder auffallender Weise vorliegen, ist der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den im Zeitpunkt des Einspracheentscheids noch geklagten Beschwerden und dem Ereignis vom 9. Januar 2007 zu verneinen.
6. Dem Ausgang der Verfahren entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Februar 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer