Faits:
A. Par arrêt du 18 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a notamment condamné M._, pour blanchiment d'argent, à une peine pécuniaire de 360 jours-amende au montant de 165 fr. par jour, dont 36 ferme et 324 avec sursis, le délai d'épreuve étant fixé à trois ans. Elle l'a également condamné à participer au paiement des frais de la cause à hauteur de 59'073 fr.
Cette condamnation repose, en résumé et pour l'essentiel, sur les éléments suivants.
A.a En 1999, le gouvernement de l'Etat de Rio de Janeiro a constitué une nouvelle entité de contrôle fiscal des grandes sociétés implantées dans l'Etat, soit l'Inspectorat des grands contribuables, qui était dirigé par A._ et chargé du redressement fiscal desdites entreprises, comprenant tant l'encaissement des impôts soustraits que les amendes y relatives. Cette structure rapportait plus de 80 % de la recette fiscale de l'Etat précité.
Les agents de cette structure ont rapidement mis en place un système pour obtenir des sociétés inspectées qu'elles versassent des pots-de-vin en échange d'arrangements sur les amendes et redressements à encaisser par l'administration. En bref, ils désignaient un inspecteur qui se rendait dans les locaux de l'entreprise et lui demandait de produire divers documents à bref délai, sous peine d'amende. La brièveté du délai imparti avait pour but et conséquence de mettre l'entreprise dans l'impossibilité de l'observer, ce qui entraînait une série d'amendes et, avec la mise sous pression de la société, créait les conditions utiles au chantage. Apparaissait alors un intermédiaire étranger à l'administration fiscale, venant proposer à la société un accord de clôture d'inspection et/ou de remise finale d'amende contre paiement d'un pot-de-vin. Par l'acceptation de cet accord, l'entreprise voyait l'inspection clôturée, ce qui lui permettait, d'une part, d'éviter de payer de nouvelles amendes et, d'autre part, d'échapper à un redressement fiscal plus important.
Par arrêt du 19 septembre 2007, le Tribunal régional fédéral de la 2ème région, statuant en appel, a confirmé la condamnation des trois agents fiscaux A._, B._ et C._, pour corruption passive notamment.
A.b A._, B._ et C._ ont transféré, par le biais des services d'un changeur, l'argent issu du système de corruption exposé ci-dessus sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, dont le siège était à Genève et qui disposait de succursales à Zurich et Lugano.
Cette banque a été dissoute sans liquidation le 26 juin 2002, la banque E._ en ayant repris l'actif et le passif. Elle comprenait un Conseil d'administration et son Comité du Conseil, un Comité de Direction générale, un Comité de Direction locale pour chacune des succursales, un Comité de conformité, un organe de révision interne, des services juridiques et de compliance auprès du siège comme des succursales, ainsi que des chefs de groupe, des gestionnaires et des assistants gestionnaires. La banque D._ agissait également par ses Bureaux de représentation à l'étranger, fonctionnant notamment comme pourvoyeurs d'affaires.
A.c M._ était chef du service "compliance" et, en cette qualité, membre du Comité de conformité. Il était notamment chargé de convoquer et d'établir l'ordre du jour des séances de ce Comité et, à ce titre, le principal responsable du suivi des points en suspens.
Lors de la séance du Comité de conformité du 29 septembre 1998, une liste des comptes changeurs ouverts par la succursale de Zurich depuis 1992 a été soumise aux membres. Après discussion, il a été décidé de transmettre le dossier à la Direction générale pour décision au sujet de la politique en la matière sachant que l'existence de ces comptes était interdite par la CFB et pouvait poser des problèmes de blanchiment.
Par courrier électronique du 30 mai 2000, G._ a attiré l'attention du Comité de Direction locale sur le fait que A._ était mentionné comme auditeur fiscal pour deux comptes et vendeur de machines agricoles pour un troisième. La question de la possibilité de l'exercice d'une activité accessoire pour un agent public PEP était ainsi posée. De même, l'existence de transferts internes exécutés en faveur d'autres fonctionnaires fiscaux et l'importance des avoirs en compte étaient également relevées. Le 26 juin 2000, G._ a envoyé une copie du courrier précité à N._, responsable de l'organe de révision interne, qui l'a ensuite transmis au Comité de conformité.
Le 5 juillet 2000, G._ a transmis notamment à M._ le mémo de H._ et Q._ du 4 juillet 2000, par lequel ceux-ci confirmaient à F._ qu'ils connaissaient très bien, depuis de nombreuses années, A._, lequel avait une bonne situation familiale et vivait avec sa femme et ses enfants. Ils précisaient que le client travaillait toujours comme auditeur fiscal et, en sus (il était autorisé à exercer une seconde profession), comme vendeur à son compte, agissant en qualité d'intermédiaire entre des industries de machines agricoles et des acheteurs à l'extérieur du pays. Les fonds entrant sur ses comptes étaient les commissions qu'il percevait sur ces transactions.
Lors de sa séance du 4 août 2000, le Comité de conformité a demandé à X._ d'enquêter sur la compatibilité des activités de A._ avec le maintien de ses comptes auprès de la banque D._.
Le 4 septembre 2001, M._ a reçu une liste des PEP comprenant notamment les comptes de B._, C._ et A._, ce dernier figurant sous deux professions différentes.
Lors de sa séance du 28 septembre 2001, le Comité de conformité est revenu sur la mission confiée à X._. Il s'est ainsi référé au courrier électronique de F._ du 10 juillet 2001, dans lequel celui-ci décrivait le profil de A._. Il a constaté que les informations recueillies ne permettaient pas de se prononcer valablement sur la provenance et l'arrière-plan économique des transactions de ces comptes et qu'une analyse plus approfondie devait être faite par la succursale de Zurich. Le suivi devait être assuré par G._ et M._, aucun délai n'étant fixé pour ce faire. Le patrimoine du client déposé sur ses deux comptes atteignait 12'200'000 USD et 1'100'000 USD.
Par courrier du 26 novembre 2001, L._ a adressé à M._ les rapports sur les comptes PEP établis par les gestionnaires. Elle précisait qu'à son avis, la plupart des rapports sur les comptes qui avaient enregistré des transactions durant la période du 1er janvier au 31 octobre 2001 étaient peu significatifs et qu'elle était disposée à demander aux gestionnaires des informations qui le seraient plus. Un tableau annexé récapitulait les opérations sur les différents comptes de PEP ainsi que le solde de ceux-ci.
Le 10 juin 2002, G._ et L._ ont adressé un procès-verbal au Comité de conformité et à M._, avec copie à F._ et X._. Ils y rappelaient les éléments essentiels relatifs à deux comptes. Le premier de ceux-ci avait été ouvert en 1998. Son bénéficiaire économique, A._, était employé au service des impôts de la région de Rio de Janeiro et le total des entrées de fonds depuis l'ouverture jusqu'à ce jour était d'environ 17'000'000 USD contre 1'000'000 USD de sorties. Lors d'un voyage au Brésil au mois de juin de l'année précédente, F._ avait eu l'occasion de rencontrer ce client qui lui avait donné des explications sur les transactions enregistrées sur ce compte, informations sur la base desquelles il avait écrit un rapport. Cependant, les importantes entrées de fonds reçues depuis le début 2002 ne correspondaient pas à ce qui avait été discuté avec le client. Ainsi, le montant attendu des entrées devait s'élever à environ 50'000 USD par mois. Or, les contrôles avaient permis de constater que les montants reçus via leur changeur étaient bien plus importants (soit environ 440'000 USD par mois). En ce qui concernait le second compte, le bénéficiaire en était également un fonctionnaire travaillant pour les impôts et totalisait des entrées de fonds, depuis son ouverture en 1999, de 8'300'000 USD contre environ 20'000 USD de sorties.
Le 18 juin 2002, G._ a soumis le courrier de F._ du 3 juin 2002 à Y._, J._ et M._. F._ y indiquait notamment que Q._ lui avait encore confirmé les activités de A._ telles que décrites dans le mémo du 10 juillet 2001, que le volume des entrées de cette année était effectivement supérieur au cadre initial de 50'000 USD, que l'explication en était que le client travaillait pour une des plus grandes banques d'investissement ainsi que pour le plus grand groupe de boissons brésilien et qu'il percevait des honoraires de conseil pour ces activités.
Le 26 juin 2002, L._ a prié M._ de soumettre le cas de A._ au Comité compétent au sein de la banque E._, ce qu'il a fait le 2 juillet 2002.
B. M._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu à sa libération des fins de la poursuite pénale et à son acquittement de l'infraction de blanchiment d'argent, subsidiairement, au renvoi de la cause au Tribunal pénal fédéral et, plus subsidiairement, à ce qu'il soit dit que la République fédérative du Brésil n'a pas la qualité de partie civile dans cette procédure.

Considérant en droit:
1. Le recours peut être exercé, parmi d'autres griefs, pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office (<ref-law>); il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits. Il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne contrôle pas d'office le respect des droits fondamentaux (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (<ref-law>). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes ou établies en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Cette partie ne peut toutefois pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; elle doit plutôt indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable; une critique qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
L'<ref-law> interdit les faits nouveaux, les moyens de preuve nouveaux et les conclusions nouvelles. Lue a contrario, cette disposition n'interdit pas une argumentation juridique nouvelle, pour autant que celle-ci repose sur les constatations de fait de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 34).
2. Invoquant les art. 6 par. 3 let. c CEDH, 35 al. 2 PPF et 133 du code fédéral de procédure pénale, qui entrera en vigueur au 1er janvier 2011, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral d'avoir violé ses droits à une défense effective, en lui interdisant d'être assisté par deux avocats formellement constitués.
2.1 Selon l'art. 6 par. 3 let. c CEDH, tout accusé a droit à se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent.
Cette disposition ne confère pas le droit à une assistance numériquement illimitée (cf. JEAN-MARC VERNIORY, Les droits de la défense dans les phases préliminaires du procès pénal, Berne 2005, p. 254 et les références citées). Partant, le recourant ne saurait utilement s'en prévaloir.
2.2 Aux termes de l'art. 35 PPF, l'inculpé a, en tout état de cause, le droit de se pourvoir d'un défenseur. Le procureur général et le juge doivent l'en informer au début du premier interrogatoire (al. 1). Exceptionnellement, le président du tribunal peut autoriser deux défenseurs à assister un inculpé aux débats (al. 2). Cette disposition a pour but de prévenir que la justice ne soit paralysée ou compliquée par une pléthore d'intervenants (cf. LAURENT MOREILLON/MICHEL DUPUIS/MIRIAM MAZOU, La pratique judiciaire du Tribunal pénal fédéral, cinq ans de jurisprudence, in JdT 2008 IV 90). Le prévenu ne peut donc bénéficier de l'assistance de deux avocats que dans des circonstances exceptionnelles et avec l'autorisation de l'autorité judiciaire.
2.2.1 Dans sa décision incidente du 4 juillet 2008, la Cour des affaires pénales a considéré qu'il n'y avait pas lieu d'autoriser la constitution conjointe de deux avocats pour chaque coaccusé. Elle a toutefois constaté que le Président de la Cour, au vu de l'ampleur du dossier, avait autorisé tant l'avocat constitué que son assistant à intervenir lors des débats, pour autant qu'ils n'abordassent pas les mêmes sujets, ni n'interrogeassent les mêmes témoins.
2.2.2 Le recourant, à juste titre, ne prétend pas qu'il s'agissait d'une affaire exceptionnelle, mais se contente de relever l'importance du dossier, ce qui n'a toutefois pas été ignoré par le Président de la Cour, dès lors que celui-ci a autorisé que l'avocat se fît assisté. Pour le reste, on ne voit pas, et le recourant ne l'explique pas davantage, en quoi les juges auraient excédé ou abusé de leur pouvoir d'appréciation en refusant un second mandataire, tout en autorisant que l'avocat de la défense fût assisté et ce même dans le cadre des débats. Le grief doit par conséquent être écarté.
2.3 Les tribunaux ne sauraient, comme le suggère le recourant, appliquer le nouveau code de procédure pénale fédérale. En effet, ils n'ont pas la compétence de suppléer le Conseil fédéral et de décider qu'une nouvelle loi fédérale, adoptée mais formellement pas mise en vigueur, sera appliquée tandis que l'ancienne loi, formellement encore en vigueur, ne le sera plus (cf. MARTIN SCHUBARTH, Legisvakanz und Verfassung, in PJA 2005 p. 1043).
3. Se plaignant d'une violation des art. 6 CEDH, 29 Cst., 34 et 179 PPF, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral d'avoir admis la constitution de partie civile de la République fédérative du Brésil.
3.1 Invoquant une violation de son droit d'être entendu, il reproche tout d'abord à l'autorité précédente de ne pas avoir motivé sa décision sur cette question.
Cette critique est vaine. Il résulte en effet de la page 75 de l'arrêt entrepris, que la Cour des affaires pénales a, par décision du 17 juillet 2008, admis la République fédérale du Brésil en qualité de partie civile, au motif qu'il ne pouvait être exclu qu'elle eut été effectivement lésée dans ses intérêts patrimoniaux par le crime préalable de corruption. Elle a toutefois décidé de ne statuer, dans la présente procédure, que sur le principe de l'action civile et de renvoyer la lésée devant les tribunaux civils pour le reste en application de l'art. 210 al. 2 PPF, le jugement des prétentions civiles exigeant un travail disproportionné.
3.2 Le recourant conteste ensuite la qualité de partie civile de la République fédérative du Brésil. Il estime que cet Etat ne peut être lésé dès lors que le crime préalable de corruption vise la protection d'un intérêt collectif et qu'il n'est pas atteint immédiatement et personnellement dans ses droits protégés par la loi. Il précise également que les infractions commises en amont ne concernent que les agents de Rio de Janeiro et non pas l'Etat fédéral.
3.2.1 L'art. 34 PPF prévoit qu'aux termes de la présente loi, sont considérés comme parties l'inculpé, le procureur général et tout lésé qui se constitue partie civile.
Par lésé, il faut entendre la personne qui prétend être atteinte, immédiatement et personnellement, dans ses droits protégés par la loi, par la commission d'une infraction (<ref-ruling> consid. 2a p. 43-44; <ref-ruling> consid. 2a p. 136). Ainsi, en cas de délits contre des particuliers, le lésé est le titulaire du bien juridique protégé. Lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 99; <ref-ruling> consid. 1c p. 188; <ref-ruling> consid. 3).
Le Tribunal fédéral a admis que les actes de blanchiment punissables au sens de l'<ref-law> pouvaient fonder une responsabilité civile de l'auteur à l'égard de la personne lésée par l'infraction principale, dont le produit avait été blanchi (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 323 ss).
3.2.2 En l'espèce, les actes de blanchiment ont porté sur des sommes issues d'opérations de corruption par des agents du fisc de l'Etat de Rio de Janeiro (cf. supra consid. A.a et A.b). Selon les faits retenus, l'intégralité des fonds déposés sur les comptes en Suisse par trois de ces agents, à savoir A._, B._ et C._, provient de cette corruption, puisqu'obtenue sous forme de pots-de-vin versés par des entreprises inspectées aux fonctionnaires précités en échange de la clôture de l'inspection et de rabais sur les montants effectivement dus à l'Etat par ces contribuables. Ainsi, par le système mis en place par ses propres employés, l'Etat a manifestement subi un dommage dans la mesure où ces derniers ont détourné des rentrées fiscales qui devaient en réalité lui revenir. Par ailleurs, de manière générale, la corruption d'agents publics pervertit le processus de décisions au sein de l'administration, dessert l'intérêt public et affaiblit l'Etat.
Au regard de ces éléments, on peut admettre que, dans le cas particulier, l'Etat a été lésé. Le grief doit donc être rejeté.
4. Se prévalant des art. 6 CEDH et 150 PPF et invoquant une violation du principe d'immédiateté et de la règle de la concentration des débats, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral de ne pas avoir délibéré aux termes des débats, soit le 7 août 2008, mais peu avant le 18 septembre 2008 correspondant au jour de la lecture du dispositif de l'arrêt entrepris.
Le recours n'est pas recevable sur ce point, sa motivation, qui repose exclusivement sur des hypothèses, ne satisfaisant pas aux exigences de motivation déduites de l'<ref-law> (cf. supra consid. 1). Par ailleurs, les dispositions invoquées par l'intéressé concernent le principe d'immédiateté, qui vise à ce que les éléments de preuve soient en principe produits en présence du prévenu lors d'une audience publique, en vue d'un débat contradictoire (cf. <ref-ruling> consid. 6b p. 132 s. et les références citées). En revanche, elles ne contiennent pas de règle sur un principe absolument strict de continuité entre les débats et les délibérations.
5. Invoquant les art. 29 Cst. et 6 par. 1 CEDH, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral d'avoir violé le principe de célérité. En bref, il relève que les faits datent de 2001-2002, qu'il a été entendu, pour la première fois, 4 ans après les faits, que la première citation aux débats est intervenue près de deux ans après son inculpation et plus d'une année après la clôture de l'instruction préparatoire et que la motivation du premier jugement a été reçue une fois les infractions totalement prescrites.
5.1 L'art. 29 al. 1 Cst. garantit notamment à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. A l'instar de l'art. 6 par. 1 CEDH, qui n'offre, à cet égard, pas une protection plus étendue, cette disposition consacre le principe de la célérité, en ce sens qu'elle prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 331).
Pour déterminer la durée du délai raisonnable, il y a lieu de se fonder sur des éléments objectifs. Doivent notamment être pris en compte le degré de complexité de l'affaire, l'enjeu que revêt le litige pour l'intéressé ainsi que le comportement de ce dernier et des autorités compétentes. L'attitude de l'intéressé s'apprécie avec moins de rigueur en procédure pénale et administrative qu'en procédure civile. Celui-ci doit néanmoins entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence. Par ailleurs, on ne saurait reprocher à l'autorité quelques temps morts, qui sont inévitables dans une procédure. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activité intense peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires. Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute. Celles-ci ne sauraient donc exciper des insuffisances de leur organisation judiciaire (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 56 s.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 332).
Une violation du principe de célérité doit en principe être prise en compte au stade de la fixation de la peine. Le plus souvent, elle conduit à une réduction de la peine, parfois même à l'abandon de la poursuite (<ref-ruling> consid. 2a p. 140 s.). Il incombe au juge d'indiquer comment et dans quelle mesure il a tenu compte de cette circonstance (<ref-ruling> consid. 3 et 4 p. 126 ss).
5.2 A elles seules, les allégations du recourant ne suffisent pas à faire admettre une durée déraisonnable de la procédure. Encore faudrait-il qu'il soit établi que la durée de celle-ci ne se justifie pas au vu des critères à prendre en considération pour apprécier son caractère raisonnable. L'intéressé n'en fait aucune démonstration. En particulier, il n'établit pas que la procédure d'instruction aurait été d'une durée excessive au vu des investigations à mener, ni qu'elle aurait comporté des temps morts d'une durée choquante. Il n'établit pas non plus que l'autorité de jugement serait, sans raison suffisante, demeurée inactive durant une longue période, le jugement entrepris étant volumineux, incluant de nombreux coaccusés et tiers saisis, l'examen de multiples pièces et la discussion de plusieurs problèmes juridiques. Une violation du principe de la célérité n'est dès lors pas démontrée à suffisance de droit, ce qui entraîne l'irrecevabilité du grief.
Au demeurant, supposée recevable, la critique devrait être écartée. En effet, la Cour des affaires pénales a constaté, dans le cadre de la fixation de la peine, qu'un temps relativement long s'était écoulé depuis la commission des faits qui étaient reprochés au recourant et a mis ce dernier au bénéfice de cette circonstance (cf. art. 48 let. e CP). En conséquence, la décision rendue est conforme au droit quant à son résultat.
6. Invoquant une violation du droit d'être entendu et des droits de la défense, le recourant soutient que l'accusation ne portait pas sur les comptes de B._ et C._.
6.1 Le principe de l'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. et peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 par. 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique que le prévenu sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense (<ref-ruling> consid. 2a p. 21). Il n'empêche pas l'autorité de jugement de s'écarter de l'état de fait ou de la qualification juridique retenus dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, à condition toutefois que les droits de la défense soient respectés (<ref-ruling> consid. 2a et c p. 21 ss). Le principe est violé lorsque le juge se fonde sur un état de fait différent de celui qui figure dans l'acte d'accusation, sans que le prévenu ait eu la possibilité de s'exprimer au sujet de l'acte d'accusation complété ou modifié d'une manière suffisante et en temps utile (<ref-ruling> consid. 2c p. 22). Si l'accusé est condamné pour une autre infraction que celle visée dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, il faut examiner s'il pouvait, eu égard à l'ensemble des circonstances d'espèce, s'attendre à cette nouvelle qualification juridique des faits, auquel cas il n'y a pas violation de ses droits de défense (<ref-ruling> consid. 2d/bb p. 24).
6.2 Dans l'acte d'accusation, il était reproché au recourant d'avoir, au moins dès le mois de février 2001 et jusqu'à la fin juin 2002, commis et autorisé, voire permis la commission d'actes en violation systématique et répétée de ses obligations légales, fonctionnelles et contractuelles, lesquels étaient propres à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales. L'intéressé savait ou devait présumer que celles-ci provenaient d'un crime. Il envisageait et acceptait que des fonds d'origine criminelle en provenance de la République du Brésil fussent acheminés en Suisse, pour l'essentiel au moyen d'opérations de compensation. Ces mêmes fonds étaient déposés et conservés sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, succursale de Zurich, et appartenaient ou se trouvaient dans la sphère de puissance directe d'un groupe de hauts fonctionnaires brésiliens. L'acte d'accusation détaillait ensuite les infractions préalables commises au Brésil et énumérait les inspecteurs fiscaux impliqués, lesquels incluaient B._ et C._.
Au vu de ces indications, le recourant pouvait comprendre que l'accusation portait également sur les comptes des deux prénommés. Le grief doit par conséquent être rejeté.
7. Invoquant une violation du droit à la preuve au sens des art. 29 Cst. et 6 par. 1 CEDH, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral d'avoir fondé sa condamnation sans avoir procédé à l'audition de témoins essentiels, dont H._ et I._.
7.1 L'accusé a un droit absolu d'être confronté aux témoins à charge, du moins lorsque les déclarations de ceux-ci constituent le seul élément de preuve retenu par le tribunal, ou l'élément déterminant de son appréciation (<ref-ruling> consid. 6c/cc p. 134 s. et 6c/dd p. 135 s.). Pour le surplus, l'autorité de jugement peut renoncer à faire citer des témoins, qu'ils soient à charge ou à décharge, si, dans le cadre d'une appréciation anticipée des preuves, elle peut dénier à ces témoignages une valeur probante décisive pour le jugement (<ref-ruling> consid. 6c/cc p. 135 et 6c/ dd p. 135 s.; <ref-ruling> consid. 5b p. 285).
7.2 Dans ses écritures, le recourant ne précise pas sur quels points ou éléments déterminants auraient dû porter les témoignages sollicités et n'explique pas en quoi l'audition de ces personnes aurait été susceptible de modifier l'appréciation des juges de la Cour des affaires pénales. Le grief est donc irrecevable, puisque insuffisamment motivé au regard de l'<ref-law> (cf. supra consid. 1).
8. Invoquant une violation du droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint d'un défaut de motivation sur la condition subjective de l'infraction de blanchiment.
8.1 Le droit d'être entendu, garanti notamment par la disposition précitée, implique que l'autorité motive sa décision, afin que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 2C_505/2009 consid. 3.1).
8.2 Il résulte des pages 103 et 127 de l'arrêt entrepris que la Cour des affaires pénales a dûment motivé sa décision quant aux diverses conditions relatives à l'aspect subjectif de l'infraction retenue. Elle a en effet constaté que le recourant était parfaitement conscient de la nécessité d'annoncer les comptes si l'origine illicite des avoirs n'était pas établie, qu'il avait des soupçons quant à des actes de corruption, à savoir était conscient de l'origine vraisemblablement illicite des fonds, et finalement qu'il avait décidé, avec le Comité, d'attendre l'arrivée d'improbables explications additionnelles de la part des clients, de peur d'avoir à se séparer de ceux-ci, voir de faire fermer le bureau de représentation à Rio de Janeiro. Ce faisant, il ne pouvait qu'accepter que le comportement adopté fût propre à provoquer l'entrave prohibée. Par ailleurs, la Cour a exposé les éléments retenus pour aboutir à ce résultat en se référant en particulier aux diverses informations dont le recourant disposait au sujet des comptes des agents brésiliens (cf. supra consid. A.c). La critique doit par conséquent être rejetée.
8.3 A l'appui de son argumentation, le recourant cite encore d'autres dispositions légales, à savoir les art. 6 CEDH et 179 PPF, sans toutefois indiquer pour chacune d'elles en quoi elle serait violée, de sorte que les exigences de motivation découlant de l'<ref-law> ne sont pas remplies (cf. supra consid. 1).
9. Invoquant l'arbitraire, une violation de la maxime "in dubio pro reo" ainsi que des art. 12 et 305bis CP, le recourant conteste la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction de blanchiment.
9.1 Aux termes de l'<ref-law>, celui qui aura commis un acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales dont il savait ou devait présumer qu'elles provenaient d'un crime, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
9.1.1 L'infraction de blanchiment est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant. L'auteur doit vouloir ou accepter que le comportement qu'il choisit d'adopter soit propre à provoquer l'entrave prohibée. Au moment d'agir, il doit s'accommoder d'une réalisation possible des éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit également savoir ou présumer que la valeur patrimoniale provenait d'un crime; à cet égard, il suffit qu'il ait connaissance de circonstances faisant naître le soupçon pressant de faits constituant légalement un crime et qu'il s'accommode de l'éventualité que ces faits se soient produits (<ref-ruling> consid. 2e p. 217; <ref-ruling> consid. 2b p. 247).
Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait, même s'il ne le souhaite pas (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 16; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 4). La négligence consciente s'en distingue par l'élément volitif. Alors que celui qui agit par dol éventuel s'accommode du résultat dommageable pour le cas où il se produirait, celui qui agit par négligence consciente escompte - ensuite d'une imprévoyance coupable - que ce résultat, qu'il envisage aussi comme possible, ne se produira pas (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 16; <ref-ruling> consid. 8.3 p. 61). La distinction entre le dol éventuel et la négligence consciente peut parfois s'avérer délicate, notamment parce que, dans les deux cas, l'auteur est conscient du risque de survenance du résultat. En l'absence d'aveux de la part de l'auteur, la question doit être tranchée en se fondant sur les circonstances extérieures, parmi lesquelles figurent la probabilité, connue de l'auteur, de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont élevées, plus l'on sera fondé à conclure que l'auteur a accepté l'éventualité de la réalisation du résultat. Peuvent aussi constituer des éléments extérieurs révélateurs, les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 16; <ref-ruling> consid. 8.4 p. 62).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception du dol éventuel et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 4).
9.1.2 En tant que règle de l'appréciation des preuves, le principe "in dubio pro reo", qui est le corollaire de la présomption d'innocence garantie par les art. 32 al. 1 Cst., 6 par. 2 CEDH et 14 Pacte ONU II, qui ont la même portée, signifie que le juge ne peut se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé lorsqu'une appréciation objective de l'ensemble des éléments de preuve laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait (<ref-ruling> consid. 2a p. 41 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral ne revoit que sous l'angle de l'arbitraire la question de savoir si le juge aurait dû éprouver un doute, c'est-à-dire celle de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2 p. 40 ss; <ref-ruling> consid. 4 p. 211; <ref-ruling> consid. 2d p. 37 s.). Ce grief est en l'espèce à examiner exclusivement sous l'angle de l'interdiction de l'arbitraire.
9.2 Le recourant se plaint d'arbitraire s'agissant des faits retenus en relation avec l'aspect subjectif de l'infraction de blanchiment. Dans une large mesure, il se contente toutefois de nier les constatations factuelles de la Cour des affaires pénales, sans démontrer de manière conforme aux exigences de l'<ref-law>, que cette dernière serait tombée dans l'arbitraire en admettant que l'intéressé était conscient de l'origine vraisemblablement illicite des fonds et avait accepté que son comportement fût propre à provoquer l'entrave prohibée. Dans cette mesure, le grief est irrecevable (cf. supra consid. 1).
Le recourant présente également, dans son argumentation, des faits et preuves qui ne résultent pas de l'arrêt attaqué et qui sont par conséquent irrecevables devant le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 1).
9.3 S'agissant de la connaissance de la provenance des fonds, le recourant conteste s'être accommodé du fait que les valeurs patrimoniales transférées pouvaient avoir une origine criminelle. Il se réfère en particulier à la procédure de clarification mise en place après les indices révélés le 28 septembre 2002 et se prévaut de diverses déclarations de coaccusés et témoins.
La Cour des affaires pénales a retenu que le recourant avait des soupçons quant à des actes de corruption, à savoir était conscient de l'origine vraisemblablement illicite des avoirs en question, mais qu'il avait, malgré ces soupçons, choisi d'attendre d'improbables explications des clients brésiliens, acceptant ainsi que son comportement fût propre à provoquer l'entrave prohibée. Au regard du déroulement des événements tels qu'explicités ci-dessus (cf. supra consid. A.c), du fait que le recourant entretenait des contacts avec L._ et G._, lesquels lui avaient transmis de nombreuses informations relatives aux fiscalistes, qui venaient s'ajouter à celles qui ressortaient des listings informatiques mentionnant les entrées en compte importantes qu'il recevait quotidiennement, le Tribunal pénal fédéral pouvait, sans arbitraire, admettre que l'intéressé disposait de suffisamment d'indices pour douter de la provenance des fonds des agents brésiliens. En effet, il avait à faire à des comptes relatifs à des hauts fonctionnaires, à des montants hors proportion avec des salaires étatiques, à des entrées régulières et très importantes, à des explications contradictoires et exemptes de toute documentation.
Par ailleurs, le recourant ne saurait valablement se prévaloir d'une procédure de vérification qui aurait été mise en place par la banque D._. En effet, d'une part, conformément aux directives internes de la banque, la procédure de clarification devait être entreprise avec la diligence requise par les circonstances. Elle ne pouvait avoir pour effet d'exposer la banque à accepter des fonds d'origine criminelle et/ou retarder, sans motifs, l'exécution des autres obligations de diligence. L'instance compétente au sein de la banque devait être saisie et, le cas échéant, statuer sur le maintien ou non des relations de compte suspectes, prendre position, ordonner des mesures de surveillance, exiger que lui soient apportées les informations propres à la prise de décision, le cas échéant, fixer une date butoir pour que la procédure puisse être respectée. Or, en l'occurrence, selon les faits retenus, le Comité de conformité, au vu des indices existants, ne pouvait plus temporiser, en se prévalant d'une procédure de clarification, qui avait d'ailleurs déjà été entreprise et n'avait précisément donné aucun résultat (cf. supra consid. A.c). Il lui incombait, au contraire, d'aviser, sans délai, le Comité de Direction générale, celui-ci étant seul compétent pour décider s'il y avait lieu de communiquer et de bloquer les avoirs. Enfin, les témoignages auxquels se réfère le recourant sont insuffisants pour modifier cette appréciation.
Sur le vu de ce qui précède, le grief doit être écarté.
9.4 S'agissant de l'intention de commettre l'infraction de blanchiment, le recourant se prévaut d'une erreur sur les faits et d'une erreur de droit.
9.4.1 Agit sous l'emprise d'une erreur sur les faits au sens de l'<ref-law>, celui qui n'a pas connaissance ou qui se base sur une appréciation erronée d'un élément constitutif d'une infraction pénale. L'intention de réaliser la disposition pénale en question fait défaut dans ce cas. Dans une telle configuration, l'auteur doit être jugé selon son appréciation erronée, si celle-ci lui est favorable (cf. <ref-law>). La punissabilité de la négligence entre éventuellement en ligne de compte lorsque l'erreur aurait pu être évitée en usant des précautions voulues et lorsque la commission par négligence de cet acte est réprimée par la loi (art. 19 al. 2 aCP et 13 al. 2 CP). En principe, ces règles ne font que mettre en évidence ce qui peut être déduit du concept de l'intention (art. 18 al. 2 aCP et 12 al. 2 CP) et du régime général de la négligence (art. 18 al. 3 aCP et 12 al. 3 CP; cf. <ref-ruling> consid. 3.1).
Agit sous l'emprise d'une erreur sur l'illicéité au sens de l'<ref-law>, celui qui ne sait ni ne peut savoir au moment d'agir que son comportement est illicite. Cette disposition ne s'applique qu'à l'erreur sur l'illicéité d'un comportement déterminé. Ne se croit en droit d'agir au sens de cette disposition que celui qui pense que ce qu'il fait est licite, que son comportement n'est pas interdit. Il ne suffit en revanche pas qu'il pense que son comportement n'est pas punissable (cf. <ref-ruling> consid. 2).
9.4.2 Le recourant explique qu'un blocage interne a été effectué le 28 septembre 2001, ce qui attesterait qu'il ne s'est jamais accommodé de la réalisation possible des éléments constitutifs de l'infraction de blanchiment.
La Cour des affaires pénales a relevé qu'aucune trace d'un éventuel blocage interne n'avait jamais été retrouvée, qu'une telle mesure n'aurait d'ailleurs pas constitué une réponse adéquate et qu'il s'agissait d'informer la Direction générale du cas afin qu'elle puisse l'annoncer aux autorités pénales et bloquer les fonds. Elle a retenu que le recourant avait, conformément aux directives internes, mission d'informer sans délai le Comité de Direction générale des cas devant ou pouvant faire l'objet d'un blocage ou d'une communication au Bureau de communication et/ou à l'autorité pénale et/ou à la CFB et que l'intéressé était d'ailleurs parfaitement conscient de la nécessité d'annoncer les comptes si l'origine licite des avoirs n'était pas établi.
Au regard de ces constatations factuelles, l'erreur de fait ne saurait être valablement invoquée par le recourant. En effet, celui-ci savait que les comptes devaient être annoncés, de sorte qu'il importe peu, en définitive, de savoir si un blocage interne a réellement été effectué ou non, une telle mesure étant manifestement insuffisante au vu des informations alarmantes et donc des soupçons existant quant à la provenance des fonds des agents brésiliens.
9.4.3 Se prévalant de diverses déclarations, le recourant soutient ne jamais s'être inquiété des entrées de fonds sur le compte des agents brésiliens, car il pensait que seule une sortie d'argent était susceptible de constituer un acte d'entrave au sens de la loi. Il considère cette erreur comme excusable au regard notamment de sa formation, de sa position au sein de la banque, de son manque de connaissance en matière de lutte contre le blanchiment et des informations qui lui avaient été données par Y._.
Cette argumentation repose entièrement sur un fait nouveau, à savoir que le recourant pensait que seule une sortie de fond était susceptible de constituer un acte d'entrave. Elle est irrecevable en application de l'<ref-law> (cf. supra consid. 1).
9.5 Le recourant conteste toute intention en relation avec les comptes de B._ et C._.
L'intéressé ne s'en prend pas à l'appréciation des preuves effectuée par la Cour des affaires pénales. En particulier, il ne conteste pas les contacts entretenus avec L._ et G._, la réception de nombreuses informations relatives aux agents brésiliens et de listings informatiques mentionnant les importantes entrées sur les comptes des fiscalistes. Il se borne en réalité à alléguer des faits et à nier avoir eu conscience d'une problématique s'agissant des comptes de B._ et C._. Une telle argumentation ne répond pas aux exigences de motivation posées par la loi et est par conséquent irrecevable (cf. supra consid. 1).
9.6 Le recourant relève qu'il ne pouvait avoir d'intention dolosive compte tenu de la désorganisation totale des services de compliance, du fait que son service était sous-doté en personnel, qu'il n'était lui-même vraisemblablement pas à sa place et surtout qu'il n'avait finalement pas vraiment les moyens, tant au niveau de ses connaissances juridiques et personnelles qu'au niveau matériel, de pouvoir mener correctement ses tâches. Il souligne également son absence de mobile.
Ce faisant, le recourant ne conteste pas l'appréciation des preuves à laquelle la Cour des affaires pénales a procédé pour conclure à la réalisation des conditions subjectives du blanchiment d'argent. Il se contente de relever une série d'éléments pour étayer sa propre version des faits. Une telle motivation est purement appellatoire et par conséquent irrecevable (cf. supra consid. 1).
10. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la présente procédure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 3 novembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani