Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Eine Beschwerde ans Bundesgericht ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid SK 2007.18 des Bundesstrafgerichts, Strafkammer, vom 16. September 2008 wurde in Bezug auf E. 6 sowie Dispositiv Ziff. 7, 8 und 9 einem Rechtsanwalt als Vertreter der Beschwerdeführerin gemäss Empfangsbestätigung am 24. Juni 2009 ausgehändigt. Die Beschwerde hätte daher, um rechtzeitig zu sein, unter Berücksichtigung des Fristenstillstandes von <ref-law> spätestens am 25. August 2009 beim Bundesgericht eingereicht sein müssen. Die Beschwerde vom 17. September 2009 ist verspätet. Darauf ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn