Sachverhalt:
A. Die X._ ist Detailhändlerin im food- und non-food-Bereich. Sie ist als Mehrwertsteuerpflichtige im Register der Eidgenössischen Steuerverwaltung eingetragen.
Mit Ergänzungsabrechnung Nr. 167'514 nahm die Eidgenössische Steuerverwaltung u.a. eine Nachbelastung für Personalrabatte vor. Es geht um Preisvergünstigungen, welche die X._ ihren Angestellten in den Jahren 1996, 1997 und 1998 auf diversen von ihr verkauften Produkten nach Massgabe des Rabattreglements vom 15. April 1981 für X._ Genossenschaften in der Höhe von 10 Prozent gewährte.
Die X._ bestritt die Rechtmässigkeit der Aufrechnung. Mit förmlichem Entscheid vom 10. April 2003 und Einspracheentscheid vom 26. März 2007 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Aufrechnung.
B. Die X._ führte Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie machte u.a. geltend, für die Aufrechnung gäbe es keine gesetzliche Grundlage. Der Begriff der nahestehenden Person werde in der Mehrwertsteuerverordnung nicht erläutert. Was unter dem Selbstkostenpreis abgegeben werde, könne als Eigenverbrauch besteuert werden. Eine entsprechende Praxis habe bereits unter dem Beschluss über die Warenumsatzsteuer bestanden und sei jetzt auch ins Mehrwertsteuergesetz überführt worden.
Mit Urteil vom 22. September 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 22. September 2008 vollumfänglich aufzuheben und die Eidgenössische Steuerverwaltung anzuweisen, ihr eine Gutschrift in der Höhe von Fr. _ zu erteilen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten richtet sich gegen einen vom Bundesverwaltungsgericht (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Sie wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde, es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
1.2 Betroffen sind die Quartale 1/1996 bis 4/2000. Anwendbar ist noch die Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 (MWSTV, AS 1994 1464; vgl. Art. 93 des Bundesgesetzes über die Mehrwertsteuer vom 2. September 1999, MWSTG, SR 641.20). Das Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer vom 2. September 1999 trat erst am 1. Januar 2001 in Kraft.
2. Gemäss <ref-law> wird die Steuer vom Entgelt berechnet. Nach Absatz 2 dieser Vorschrift gehört zum Entgelt alles, was der Empfänger oder an seiner Stelle ein Dritter als Gegenleistung für die Lieferung oder Dienstleistung aufwendet (erster Satz). Im Falle einer Lieferung an eine nahestehende Person gilt als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart worden wäre (letzter Satz).
Umstritten ist, ob das Personal der Beschwerdeführerin im Sinne dieser Vorschrift als nahestehend zu betrachten sei. Ist die Frage zu bejahen, so wäre auf den verbilligt abgegebenen Waren als Wert der Ware und damit als Entgelt derjenige Wert einzusetzen, den auch die übrigen Kunden der Beschwerdeführerin zu bezahlen haben.
3. 3.1 Nach der Rechtsprechung der Eidgenössischen Steuerrekurskommission (SRK) und des heutigen Bundesverwaltungsgerichts gelten Leistungen an das Personal zu Vorzugskonditionen, welche einem unabhängigen Dritten unter den gleichen Umständen nicht gewährt würden, als Lieferung an eine nahestehende Person gemäss <ref-law>. Der "Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde", bemisst sich in diesem Fall nach jenem Preis, den ein Dritter der gleichen Abnehmerkategorie zu bezahlen hätte (Entscheide SRK vom 1. Juni 2004, in: VPB 68.158 E. 4a/cc, und vom 22. Mai 2001, in: VPB 65.103 E. 7d).
Diese Rechtsprechung wurde vom Bundesgericht mit Urteil 2A.223/2002 vom 4. September 2002 bestätigt. Es bejahte, dass zu den nahestehenden Personen im Sinne von <ref-law> neben den Verwandten des Unternehmensinhabers bzw. -teilhabers auch die Angestellten zu zählen seien. Es ging um ein Unternehmen, das den Handel mit Damen- und Herrenkonfektion betrieb. Das Bundesgericht räumte ein, dass die Beschwerdeführerin darauf angewiesen sei, dass die Angestellten ihre Arbeit in ansprechender Kleidung verrichten, um die Kunden zum Erwerb von Kleidungsstücken zu animieren. Dennoch handle es sich bei den von der Beschwerdeführerin verbilligt abgegebenen Kleidern nicht um Uniformen oder Dienstkleidungen, die nur zu betrieblichen Zwecken verwendet werden können. Vielmehr könnten die Kleider auch privat getragen werden. Unter diesen Umständen sei nicht zu beanstanden, dass die Differenz zwischen dem ermässigten Preis und dem Preis, der von Dritten verlangt werde, als Entgelt der Mehrwertsteuer unterworfen werde (Urteil 2A.223/2002 vom 4. September 2002, E. 3.2).
Diese Praxis zu <ref-law> wurde auch in der Doktrin nicht in Zweifel gezogen (Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl. 2003, S. 416 Rz. 1216; s. auch Ivo P. Baumgartner, in mwst.com, 2000, N. 43 ff. zu Art. 33, besonders N. 45).
3.2 Nach dem Mehrwertsteuergesetz gilt neu im Falle von Leistungen an das Personal als Bemessungsgrundlage das tatsächlich bezahlte Entgelt (<ref-law>, SR 641.20). Diese Bestimmung findet keine Anwendung auf Personal, welches "massgeblich" an der Unternehmung beteiligt ist. Zudem ist mindestens der Steuerbetrag geschuldet, der im Fall von Eigenverbrauch geschuldet wäre.
Der Gesetzgeber wollte damit vor allem die in Warenhäusern geübte Praxis honorieren, dem Verkaufspersonal auf Waren einen Rabatt zu geben und damit einen Lohnbestandteil abzudecken (vgl. Dieter Metzger, Kurzkommentar zum Mehrwertsteuergesetz, 2000, N. 9 zu <ref-law>, mit Hinweis). Dabei handelt es sich jedoch um eine Sonderregelung für Leistungen an das Personal. Sie gilt gemäss <ref-law> ausdrücklich "abweichend" von der Regel in Absatz 2, wonach im Falle von Leistungen an nahestehende Personen als Entgelt der Wert gilt, der unter unabhängigen Dritten vereinbart worden wäre. Aus <ref-law> kann daher in Bezug auf den hier anwendbaren <ref-law> nichts abgeleitet werden. Eine Rückwirkung ist jedenfalls ausgeschlossen, wie die Vorinstanz zutreffend dargelegt hat.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin gewährte ihren Angestellten auf diversen Produkten, die sie in ihrem Sortiment führte, einen Personalrabatt von 10 % des Kaufbetrags. Die Angestellten durften den Rabatt auch für die im gleichen Haushalt lebenden Familienangehörigen in Anspruch nehmen. Als Legitimation zum Einkauf zu Vorzugskonditionen diente die Personalrabattkarte. Diese lautete auf die entsprechende Person und war durch sie zu unterzeichnen. Die Karte musste zur Geltendmachung des Rabatts bei Bezahlung der Ware an der Kasse vorgewiesen werden. Es handelt sich um Vergünstigungen, die dem Personal der Beschwerdeführerin vorbehalten sind. Dritte gelangten nicht in den Genuss derselben Konditionen. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die Differenz zwischen dem ermässigten Preis und dem Preis, der durch durch die normale Kundschaft zu bezahlen war, in die Bemessungsgrundlage einbezogen hat.
4.2 Zu den Einwendungen der Beschwerdeführerin gegen diese Besteuerung hat die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid bereits ausführlich Stellung genommen.
So kann namentlich dem Argument, für die Erfassung von Personalrabatten finde sich keine gesetzliche Grundlage in der MWSTV, nicht gefolgt werden. Die gesetzliche Grundlage ist in der Vorschrift über die Berechnung des Entgelts bei Leistungen an nahestehende Personen enthalten (<ref-law>). Dass auch Personal, soweit es Waren zu einem ermässigten Preis beziehen kann, als nahestehend zu betrachten ist, ergibt sich durch Auslegung. Angesichts der gefestigten Rechtsprechung zur Besteuerung von Personalrabatten kann von einer fehlenden gesetzlichen Grundlage offensichtlich nicht die Rede sein. Auf den Begriff der nahestehenden Person bei den direkten Steuern oder der Verrechnungssteuer kann es nicht ankommen. Der Hinweis im neuen <ref-law> auf das Personal zeigt vielmehr, dass der Gesetzgeber den Begriff der nahestehenden Person im Mehrwertsteuerrecht umfassender versteht (vgl. auch Baumgartner, a.a.O., N 44, 45 zu <ref-law>).
Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid (E. 4.2.2) auch dargelegt, dass der Einkauf mit der Personalkarte durch eine im gleichen Haushalt lebende Person im Namen des oder der Angestellten erfolgt. Als Leistungsempfänger gilt die Person, deren Personalkarte vorgelegt wird. Lediglich die Bezahlung erfolgt durch eine Drittperson, was aber das Leistungsaustauschverhältnis nicht berührt. Nach Art. 26 Abs. 2 erster Satz MWSTV gehört zum Entgelt alles, was der Leistungsempfänger oder an seiner Stelle ein Dritter als Gegenleistung für die Lieferung oder Dienstleistung aufwendet.
4.3 Die Beschwerdeführerin wendet ein, dass an einzelnen Tagen alle Kunden einen Rabatt von 10 % eingeräumt erhielten. An diesen Tagen könne der Personalrabatt nicht kumuliert werden und werde das Personal gleich behandelt wie die übrige Kundschaft. Diesem Einwand hielt die Vorinstanz entgegen, dass die Beschwerdeführerin den Nachweis nicht erbracht habe, dass (und in welchem Umfang) die Einkäufe des Personals an diesen Tagen separat erfasst und mit der Ergänzungsabrechnung in Rechnung gestellt worden seien. Diese Feststellung betrifft den Sachverhalt. Inwiefern die Sachverhaltsfeststellung offensichtlich falsch sein oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen soll (<ref-law>), wird in der Beschwerde nicht dargelegt.
Was die Gewährung von Rabatten an Betriebe und Gemeinden betrifft, die in den Baumärkten der Beschwerdeführerin kaufen, handelt es sich bei diesen um ein anderes Kundensegment als bei den Privatpersonen und dem Personal, das bei der Beschwerdeführerin einkauft. Die Vergünstigung hat andere Ursachen (Grosskunden) und verfolgt einen anderen Zweck als die Vergünstigung gegenüber dem Personal. Es lässt sich daraus nicht ableiten, dass es sich beim Personal, soweit es Vergünstigungen der Beschwerdeführerin erlangt, nicht um nahestehende Personen handelt. Die angebliche Missbrauchsgefahr durch Privatpersonen, welche private Einkäufe im Namen des Betriebs oder des Gemeinwesens tätigen, hat die Vorinstanz zu Recht als hypothetisch zurückgewiesen. Sollte die Rabattgewährung tatsächlich für private Zwecke missbraucht worden sein, so hätte das zudem mehrwertsteuerrechtlich keine Auswirkungen, da die Einkäufe zweifelsfrei im Namen des Betriebs oder Gemeinwesens erfolgten, wie die Vorinstanz zu Recht festhielt.
5. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann