Sachverhalt:
A. Die Gemeinde Rueun ordnete am 14. Dezember 1990 eine Gesamtmelioration für ihr gesamtes Gemeindegebiet an. Die Gemeindeversammlung genehmigte am 20. April 1991 das Reglement für die Durchführung der Gesamtmelioration und bestellte die Schätzungskommission. Am 25. August 2005 publizierte das kantonale Amt für Landwirtschaft, Strukturverbesserungen und Vermessung die Neuzuteilung in der Gesamtmelioration. Die Unterlagen lagen vom 26. August bis zum 14. September 2005 öffentlich auf. In der Publikation wurde darauf hingewiesen, dass Einsprachen gegen die Neuzuteilung, gegen die Nachbonitierung, gegen fehlende oder im Güterzettel neu eingetragene Anmerkungen, Vormerkungen und Dienstbarkeiten und gegen die Stallschätzung erhoben werden können.
Die Eheleute X._ führen in Rueun/ Gula einen Landwirtschaftsbetrieb. Dem Ehemann wurde im Rahmen der Gesamtmelioration Rueun die Eigentümer-Nr. 117, der Ehefrau die Eigentümer-Nr. 226 zugeteilt.
B. Die Ehegatten X._ erhoben Einsprache bei der Schätzungskommission und verlangten unter anderem die Aufhebung der Neuzuteilung an sie, d.h. an die Eigentümer-Nrn. 117 und 226, eventualiter die Zuweisung der Parzellen 196 und 197, Salavras, samt Stall sowie von Parzelle 210, Gula, und des Stalls auf der Parzelle 61 in Bual Sura. Überdies beantragten sie, die Ausscheidung der Wegparzelle 201, Gula, sei aufzuheben und das diese Parzelle umfassende Land sei dem Eigentümer 117 zuzuweisen unter Aufhebung des Überbaurechts Nr. 545 und unter Bildung eines Fusswegrechts zwischen den Parzellen 204 (Wegparzelle zum Hof Gula) und dem Fusswegrecht zulasten der Parzelle 212. Nachdem die Einsprache in Einigungsverhandlungen teilweise bereinigt werden konnte, entschied die Schätzungskommission am 13. März 2006, dass die Zuteilung an die Ehegatten X._ gemäss dem beiliegenden Güterzettel und dem beiliegenden Planausschnitt von Bual Sura erfolge. Die protokollarisch festgehaltenen Änderungen der Zuteilung in Gula und Val Sins Ransauls seien darin verarbeitet. Die Regelung bezüglich Abbruch des Bienenhauses und Entfernung der Bäume auf der alten Parzelle 939 in Bual Sura zulasten des Ausbaus des Güterweges bleibe unverändert, ebenso die Zuteilung des Stalles Nr. 63 in Starpuns sut (Zuteilung an Giacum Cadalbert). Der Wertanteil des Ehemannes X._ (2/8) am Stall Nr. 63 in Starpuns sut werde unverändert bei Fr. 900.-- belassen.
C. Gegen diesen Entscheid der Schätzungskommission erhoben die Ehegatten X._ Rekurs beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Mit Urteil vom 27. Oktober 2006 wies das Verwaltungsgericht den Rekurs ab. Diesen Entscheid hob das Bundesgericht auf staatsrechtliche Beschwerde der Ehegatten X._ hin mit Urteil 1P.48/2007 vom 11. Juni 2007 auf, weil die Mitwirkung eines Ingenieurs sowohl als beratender Fachmann für die Meliorationskommission wie auch als Aktuar der Schätzungskommission gegen <ref-law> verstiess.
D. Am 2. August 2007 entschied die Schätzungskommission der Gesamtmelioration Rueun, dass sowohl der Antrag auf Neuzuteilung der Parzellen 196/197 im Gebiet Salavras an die Eheleute X._ als auch die Neuzuteilung von Parzelle 51 oder eines Teils davon statt Parzelle 56 im Gebiet Bual Sura an die Ehefrau X._ abgewiesen werden (Ziff. 2 Dispositiv). Die Neuzuteilung an die erwähnten Eheleute erfolge nach den beiliegenden Güterzetteln 117 und 226 und den beiliegenden Planausschnitten von Bual Sura, Gula (Hof der Eheleute) und Valsins/Ransauls. Die protokollarisch festgehaltenen Änderungen der Zuteilung in Gula und Valsins/ Ransauls (nach nochmaliger Einigungsverhandlung am 11. Juli 2007) seien darin verarbeitet (Ziff. 3).
E. Gegen diesen Entscheid der Schätzungskommission gelangten die Eheleute X._ mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht mit den Begehren um Aufhebung der Ziff. 2 und 3 des angefochtenen Entscheids und Rückweisung der Angelegenheit zur Beweisergänzung und Neubeurteilung an die Vorinstanz. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 20. Mai 2008 ab.
F. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. September 2008 beantragen die Eheleute X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 20. Mai 2008 sei aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie rügen eine offensichtlich unrichtige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (<ref-law>) sowie die Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>).
G. Das Verwaltungsgericht sowie die Schätzungskommission und die Meliorationskommission beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Stellungnahme an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Die im verwaltungsgerichtlichen Verfahren beigeladenen A._ und B._, denen Land zugeteilt werden soll, auf welches die Beschwerdeführer Anspruch erheben, liessen sich nicht vernehmen.
H. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2008 lehnte der Präsidnet der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung ein Gesuch der Beschwerdeführer um aufschiebende Wirkung ab.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die Neuzuteilung landwirtschaftlicher Flächen im Rahmen einer Güterzusammenlegung. Es handelt sich um eine öffentlich-rechtliche Streitsache, die dem Bundesgericht mit der vorliegenden Beschwerde unterbreitet werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG). Ausnahmegründe im Sinne der <ref-law> liegen nicht vor. Die Beschwerdeführer haben am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen und sind von deren Entscheid als Grundeigentümer in schutzwürdigen Interessen besonders betroffen und somit zur Beschwerdeführung berechtigt (<ref-law>). Auf die form- und fristgerecht erhobene Beschwerde ist somit einzutreten.
2. Die Beschwerdeführer verlangten bereits im Verfahren vor der Schätzungskommission, dass ein neutrales Gutachten über die umstrittene Güterzusammenlegung eingeholt werde. Die Schätzungskommission und das Verwaltungsgericht verzichteten auf ein solches Gutachten, da alle Mitglieder der Schätzungskommission als langjährige und berufserfahrene Landwirte anhand ihrer Lebenserfahrung, Orts- und Fachkenntnisse selbst in der Lage seien, die positiven und negativen Auswirkungen einer derart grossen Güterzusammenlegung (mit 250 betroffenen Grundeigentümern) im Zuge eines bald 20 Jahre dauernden Meliorationsverfahrens im Detail gegeneinander sorgfältig abzuwägen sowie aus einer Gesamtoptik die erforderlichen Neuzuteilungen, Geländearrondierungen und Bodenbewertungen vorzunehmen. Ganz besonders seien die zahlreichen Güter der Beschwerdeführer als auch die Neuzuteilungen an die Beigeladenen umfassend mitberücksichtigt worden. Auf das von den Beschwerdeführern verlangte Gutachten, das sich lediglich spezifisch mit einem Teilaspekt der Betriebsoptimierung für den Bauernhof Gula befassen sollte, habe verzichtet werden dürfen, weil keine neuen verwertbaren Erkenntnisse zu erwarten gewesen seien.
2.1 Der in <ref-law> gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 3a S. 51 und 241 E. 2 S. 242, je mit Hinweisen). Die Begründungspflicht und der Anspruch auf Begründung sind nicht bereits dadurch verletzt, dass sich die urteilende Behörde nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 102; <ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 1a S. 181; <ref-ruling> E. 2c S. 34; <ref-ruling> E. 2c S. 57, je mit Hinweisen). Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn eine Behörde auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil sie aufgrund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass ihre Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428; <ref-ruling> E. 4a S. 211, je mit Hinweisen).
2.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
2.3 Die Beschwerdeführer beanstanden die Argumentation der Vorinstanz, das Fachwissen der Mitglieder der Schätzungskommission rechtfertige einen Verzicht auf ein Sachverständigengutachten. Sie wenden ein, die Schätzungskommission sei nicht neutral, sondern habe ein offenkundiges Interesse an einem für sie günstigen Ausgang des Verfahrens, und sei es nur schon aufgrund der Kosten- und Entschädigungsfolge im Falle eines für sie ungünstig lautenden Verdikts. Dies gelte umso mehr, als die Schätzungskommission bereits im Verfahren 1P.48/2007 vor Bundesgericht unterlegen sei und damit auch ihr Prestige auf dem Spiel stehe. Zur weiteren Begründung ihrer Rüge verweisen die Beschwerdeführer auf ein von ihnen in Aufrag gegebenes Gutachten des Schweizerischen Bauernverbands vom 15. April 2008. Sie leiten daraus ab, es bestünden zumindest genügend Anhaltspunkte, dass die Neuzuteilung für die Beschwerdeführer alles andere als vorteilhaft verlaufen sei. Unter den gegebenen Umständen habe ausreichend Anlass für ein Fachgutachten bestanden.
2.4 Das Verwaltungsgericht hat sich mit dem Beweisantrag der Beschwerdeführer eingehend auseinandergesetzt und auch die kritisierten Nachteile, welche den Beschwerdeführern entstehen sollen, gewürdigt. Es legt dar, dass die Melioration für die Beschwerdeführer eine Kostenersparnis von Fr. 873.-- pro Hektare bezogen auf die Bodenfläche im neuen Bestand ergebe. Dass bei zwei anderen zum Vergleich herangezogenen Eigentümern höhere Einsparungen von Fr. 1'271.-- bzw. Fr. 1'164.-- pro Hektare resultierten, könne nicht zu einer erneuten Überprüfung des gesamten Meliorationswerks aufgrund eines neuen Gutachtens führen. Entscheidend sei nicht, ob andere Eigentümer aus der Melioration noch grössere Vorteile zögen als die Beschwerdeführer, sondern, ob die Eigentums- und Nutzungsverhältnisse für die überwiegende Mehrheit der direkt betroffenen Grundeigentümer verbessert würden. Aus den weiteren Ausführungen der Vorinstanz ergibt sich, dass die Gesamtmelioration die genannte Zielsetzung erreicht habe und auch unter rein innerbetrieblichen Gesichtspunkten für die Beschwerdeführer ein wirtschaftlicher Nutzen entstehe. Diese grundsätzliche Erkenntnis stellen die Beschwerdeführer nicht in Frage. Ebenso wenig machen sie geltend, der Entscheid der Schätzungskommission vom 2. August 2007 leide unter der Verletzung von Ausstandsregeln.
2.5 Der Verzicht des Verwaltungsgerichts auf die Einholung eines Gutachtens kann unter den beschriebenen Umständen im Ergebnis nicht als willkürlich bezeichnet werden. Das Gericht hat am 16. April 2008 selbst einen Augenschein vorgenommen und mögliche Alternativen zu der von den Beschwerdeführern kritisierten Neuzuteilung geprüft. Zudem weist es darauf hin, dass es sich beim Verzicht der Schätzungskommission auf das verlangte Gutachten keineswegs um einen "Racheakt" auf das für sie - aus rein formellen Gründen - negative Urteil des Bundesgerichts 1P.48/2007 vom 11. Juni 2007 handle. Die Schätzungskommission habe diverse Verbesserungsvorschläge anlässlich der erneut durchgeführten Einigungsverhandlung im Juli 2007 zur Kenntnis genommen und in ihrem neuen Entscheid vom August 2007 - sofern als "Mosaikstein" mit der Gesamtmelioration vereinbar - noch verarbeitet und sich damit zum Wohle aller Beteiligten sehr flexibel gezeigt. Diese Aussagen werden von den Beschwerdeführern insofern bestätigt, als sie selbst ausführen, im Rahmen der Einspracheverhandlung vom 11. Juli 2007 seien zwei der vier Einsprachepunkte gütlich erledigt worden. Somit kann den Beschwerdeführern nicht zugestimmt werden, dass es sich bei der Schätzungskommission um eine "Partei" handle, die keine neutrale Beurteilung vornehmen könne. Bei der Schätzungskommission handelt es sich vielmehr um eine Beschwerdebehörde mit voller Überprüfung im Sinne von Art. 33 Abs. 1 lit. b RPG (Urteil des Bundesgerichts 1P.48/2007 vom 11. Juni 2007 E. 4.4). Diese durfte angesichts der unbestrittenen Sachkunde ihrer Mitglieder in antizipierter Beweiswürdigung willkürfrei auf die Einholung des beantragten Gutachtens verzichten.
2.6 Inwiefern der Entscheid des Verwaltungsgerichts auf einer offensichtlich unrichtigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts beruhen soll, ist im Übrigen nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführer kritisieren, dass das Verwaltungsgericht nur eine einzige mögliche Alternative zur umstrittenen Neuzuteilung in Betracht gezogen und verworfen habe, obwohl grundsätzlich auch zahlreiche anderen mögliche Lösungen zur Verfügung stünden, weil alle Zuteilungen insgesamt noch nicht rechtskräftig seien.
Auch wenn statt der vom Verwaltungsgericht genannten denkbaren Alternative zur umstrittenen Neuzuteilung noch andere Neuzuteilungen möglich wären, liegt in den vorinstanzlichen Ausführungen nicht eine offensichtlich unzutreffende tatsächliche Feststellung. Im Rahmen grösserer Meliorationen bestehen meist verschiedene Möglichkeiten der Neuzuteilung, und es ist Aufgabe der zuständigen Behörden, einen optimalen Ausgleich zwischen den zahlreichen zu berücksichtigenden Interessen herbeizuführen. In diesem Sinne ist auch die von den Beschwerdeführern beanstandete Feststellung in Bezug auf die Streitsache der Beschwerdeführer zu verstehen. Diese berufen sich somit zu Unrecht auf den Beschwerdegrund von <ref-law>.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Der Meliorationskommission Rueun ist als einer mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisation keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Schätzungskommission der Gesamtmelioration und der Meliorationskommission Rueun, A._ und B._ sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag