Sachverhalt:
A. Die Anklage wirft X._ vor, er sei am Donnerstag, 14. Januar 2010 um ca. 10.30 Uhr, mit seinem Personenwagen mit einer Geschwindigkeit von deutlich über der signalisierten zulässigen Höchstgeschwindigkeit von 20 km/h aus der Richtung Zürichstrasse herkommend auf der Oberen Bahnhofstrasse in Affoltern am Albis durch die Begegnungszone Richtung Post gefahren. Dabei habe er seine Geschwindigkeit wissentlich und willentlich nicht den besonderen Umständen angepasst, namentlich nicht der Begegnungszone, in welcher Fussgänger vortrittsberechtigt seien. X._ habe nicht angehalten, als die Fussgängerin Y._ im Begriff gewesen sei, die Strasse auf Höhe der Oberen Bahnhofstrasse xx zu überqueren, da er sie nicht gesehen habe. Stattdessen sei er ungebremst auf Y._ zugefahren, so dass diese von der Strasse habe wegrennen müssen.
X._ habe mit seiner Fahrweise für die Fussgänger in der Begegnungszone, u. a. für Y._, bewusst eine besondere Gefahr geschaffen, da man nicht damit habe rechnen müssen, dass dort ein Autolenker deutlich schneller als 20 km/h fahren würde, und er habe zudem für Y._ aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit eine besondere Gefahr geschaffen, da diese in der Begegnungszone nicht habe damit rechnen müssen, dass ein Autolenker ihr Vortrittsrecht missachten würde.
B. Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte X._ am 2. März 2012 in Bestätigung des Urteils des Bezirksgerichts Affoltern wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln zu einer bedingten Geldstrafe von 14 Tagessätzen zu Fr. 150.-- bei einer Probezeit von 2 Jahren und zu einer Busse von Fr. 600.--.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, er sei freizusprechen. Er sei von allen Verfahrenskosten zu entlasten, und es sei ihm eine Umtriebsentschädigung von mindestens Fr. 2'500.-- zuzusprechen. Eventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Vorinstanz erachtet den eingeklagten Sachverhalt gestützt auf die Aussagen der Fussgängerin Y._ als erstellt. Sie verweist insbesondere auf die ausführlichen Erwägungen der ersten Instanz.
Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, sie habe den Sachverhalt unrichtig festgestellt bzw. die Beweise willkürlich gewürdigt.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dieser kann nur gerügt werden, wenn er offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>, vgl. auch <ref-law>). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 39).
Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f. mit Hinweisen).
Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f. mit Hinweisen).
1.3 1.3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Schilderungen von Y._ seien weder glaubhaft noch objektiv. Sie habe sich nach dem angeblichen Vorfall ihm gegenüber als Polizistin ausgegeben, jedoch später diese Aussage dahin gehend berichtigen müssen, dass sie einmal bei der Polizei im Gefangenentransport gearbeitet habe, dann aber aus psychischen und gesundheitlichen Gründen den Dienst quittiert habe. Wie emotional ihre Schilderungen seien, ergebe sich auch aus ihren Aussagen, wonach aus ihrer Sicht Personen wie er nicht Auto fahren dürften und man ihm den Führerausweis wegnehmen müsse. Er sei der Meinung, dass Y._ ihm eine Lektion habe erteilen wollen.
Anlässlich ihrer Zeugeneinvernahme erklärte Y._ auf entsprechende Ergänzungsfrage des Beschwerdeführers plausibel, dass sie ihre frühere Tätigkeit als Polizistin erst erwähnt habe, als der Beschwerdeführer entgegnet habe, dass man ihn zum Beweis für eine Geschwindigkeitsüberschreitung hätte "radaren" müssen (kantonale Akten, act. 9 S. 5). Die vom Beschwerdeführer behauptete Emotionalität von Y._ spricht nicht gegen deren Glaubwürdigkeit, sondern weist im Gegenteil darauf hin, dass er sie am 14. Januar 2010 durch seine Fahrweise tatsächlich konkret gefährdete und die in der Begegnungszone zulässige Geschwindigkeit deutlich überschritt. Dies ergibt sich auch aus der Aussage von Y._, wonach sie unmittelbar nach dem Vorfall gezittert habe, und das Ereignis ihr extrem eingefahren sei (kantonale Akten, act. 3 S. 3), was im Übrigen der Beschwerdeführer durch seine Aussage bestätigte, dass er, nachdem er vor der Post parkiert habe, von einer völlig aufgelösten und verstörten Frau angesprochen worden sei (kantonale Akten, act. 8 S. 3).
1.3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, Y._ habe ihre Aufmerksamkeit nicht uneingeschränkt dem Strassenverkehr widmen können, da sie beim Überqueren der Strasse offenbar etwas in ihre Tasche gesteckt habe. Die Vorinstanz sieht in dieser möglichen kurzen Unaufmerksamkeit keinen Grund, an den Aussagen von Y._ betreffend die Fahrgeschwindigkeit des Beschwerdeführers zu zweifeln. Dies tut sie ohne Willkür, führte doch Y._ als Zeugin nachvollziehbar aus, dass sie im Begriff gewesen sei, ihren Einkauf in die Tasche zu stecken, und sich etwa in der Strassenmitte befunden habe, als sie Autolärm gehört, daraufhin aufgeschaut und ein heranrasendes Auto gesehen habe. Daraufhin sei sie zur Seite gesprungen und habe dem Auto nachgeschaut, welches mit unveränderter Geschwindigkeit weiter Richtung Parkplatz bei der Post und Bank gefahren sei (kantonale Akten, act. 9 S. 1 f.).
Die Vorinstanz erwägt weiter willkürfrei, dass sich die Geschwindigkeitsschätzung durch Y._ auf lebensnahe und nachvollziehbare Umstände stütze, welche auf selber Erlebtes schliessen würden. Nicht unhaltbar ist auch, wenn die Vorinstanz hinsichtlich der Fähigkeit von Y._, Geschwindigkeiten einzuschätzen, ihren als Zeugin gemachten Angaben Bedeutung zumisst, wonach sie eine Ausbildung bei der Polizei absolviert habe und dabei im Rahmen von Verkehrskontrollen auch Geschwindigkeitsmessungen durchgeführt worden seien (kantonale Akten, act. 9 S. 3).
1.4 Der Beschwerdeführer beanstandet, dass kein Augenschein vorgenommen und sein GPS-Gerät nicht ausgewertet wurde.
Die Vorinstanz stellt ohne Willkür fest, dass eine Auswertung des GPS-Gerätes den Beschwerdeführer nicht entlasten könnte, sei doch dieses Gerät nicht geeignet, die damals am Tatort genau gefahrene Geschwindigkeit aufzuzeigen. Es ist auch nicht zu beanstanden, dass kein Augenschein vorgenommen wurde, konnte doch die Vorinstanz aufgrund der vorliegenden Beweise willkürfrei annehmen, dass ein solcher das Beweisergebnis nicht verändert hätte.
1.5 Die Vorinstanz durfte gestützt auf die Aussagen von Y._ davon ausgehen, dass der Beschwerdeführer am 14. Januar 2010 in Affoltern am Albis mit deutlich übersetzter Geschwindigkeit durch die Begegnungszone an der Oberen Bahnhofstrasse fuhr und dabei eine Fussgängerin konkret gefährdete bzw. ihr Vortrittsrecht missachtete. Die Rüge, die Vorinstanz sei bei der Feststellung des Sachverhalts in Willkür verfallen, ist unbegründet.
2. Der Beschwerdeführer übt Kritik am Verhalten der Richter an der vorinstanzlichen Verhandlung. Darauf ist mangels ausreichender Substanziierung nicht einzutreten.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juli 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Adamczyk