Sachverhalt:
A.
Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte X._ am 11. März 2008 wegen mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern, mehrfacher sexueller Nötigung, mehrfacher sexueller Belästigung sowie Pornographie zu einer Freiheitsstrafe von 35 Monaten und zu einer Busse von Fr. 500.--. Es ordnete eine stationäre therapeutische Behandlung an. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es zugunsten der Massnahme auf.
Das Regionalgericht Bern-Mittelland verlängerte die stationäre therapeutische Massnahme jeweils um drei Jahre, letztmals am 25. Juni 2014. Der Entscheid wurde X._ anlässlich der Hauptverhandlung vom selben Tag mündlich eröffnet.
X._ reichte dagegen am 2. Juli 2014 beim Obergericht des Kantons Bern Beschwerde ein mit dem Hinweis, er behalte sich eine eingehende Auseinandersetzung mit dem Entscheid bei Vorliegen der schriftlichen Begründung vor.
Das Obergericht eröffnete am 4. Juli 2014 ein Beschwerdeverfahren. Das Verfahren wurde bis zum Eintreffen der schriftlichen Begründung des Entscheids vom 25. Juni 2014 sistiert.
Die schriftliche Begründung des Entscheids vom 25. Juni 2014 datiert vom 8. Juli 2014 und wurde den Parteien zugestellt. Sie ging bei X._ bzw. dessen Rechtsvertreter am 10. Juli 2014 ein.
Das Obergericht nahm das sistierte Verfahren am 11. Juli 2014 wieder auf. Es gab der Generalstaatsanwaltschaft Gelegenheit, innert 20 Tagen eine Stellungnahme zur Beschwerde einzureichen. Die von X._ eingereichte Beschwerdeergänzung vom 14. Juli 2014 erkannte es mit Verfügung vom 15. Juli 2014 nicht zu den Akten. Auf die dagegen geführte Beschwerde von X._ trat das Bundesgericht am 29. August 2014 nicht ein (Verfahren 6B_780/2014). Es verwies auf die Möglichkeit der Anfechtung des Endentscheids.
Das Obergericht wies die von X._ erhobene Beschwerde gegen die Verlängerung der Massnahme am 30. September 2014 in der Sache ab.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt im Wesentlichen, es sei das obergerichtliche Urteil vom 30. September 2014 aufzuheben. Die Sache sei an das Obergericht zurückzuweisen, welches seine Beschwerdeergänzung vom 14. Juli 2014 zu den Akten zu nehmen und den Fall neu materiell zu beurteilen habe. Eventualiter sei die Angelegenheit mit der Anweisung an die kantonalen Instanzen zurückzuweisen, anstelle des Beschwerdeverfahrens ein Berufungsverfahren durchzuführen. Subeventualiter sei eine ambulante Massnahme anzuordnen und er aus der stationären therapeutischen Massnahme bedingt zu entlassen. Subsubeventualiter sei die stationäre therapeutische Massnahme um maximal ein Jahr zu verlängern.
C.
Das Obergericht stellt in der Vernehmlassung zur Beschwerde keinen Antrag. Die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern verzichtet auf Stellungnahme.
D.
Das Bundesgericht hat den Entscheid öffentlich beraten (Art. 58 Abs. 1 BGG).

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Endentscheid, mit welchem die erstinstanzlich angeordnete Verlängerung der stationären Massnahme gemäss Art. 59 Abs. 4 StGB um drei Jahre geschützt wurde, unterliegt der Beschwerde in Strafsachen im Sinne von Art. 78 ff. BGG. Ebenso unterliegt der Beschwerde in Strafsachen die Verfügung der Vorinstanz vom 15. Juli 2014, mit welcher die Beschwerdeergänzung des Beschwerdeführers vom 14. Juli 2014 nicht zu den Akten genommen wurde (Art. 93 Abs. 3 BGG). Der Beschwerdeführer ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 81 BGG). Er rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, der Verfahrensfairness und des Prinzips der Waffengleichheit namentlich deshalb, weil die Vorinstanz den Beginn der 10-tägigen Frist für die Einreichung der Beschwerde auf den Zeitpunkt der mündlichen Entscheideröffnung vom 25. Juni 2014 festlegte und seine fristgerechte Beschwerdeergänzung vom 14. Juli 2014 zur schriftlichen Begründung des Entscheids aus dem Recht wies. Der Generalstaatsanwaltschaft habe sie nach Zustellung der schriftlichen Entscheidbegründung hingegen eine Frist von 20 Tagen angesetzt, um zur Beschwerde Stellung zu nehmen.
Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, es gehe vorliegend um die Verlängerung einer stationären Massnahme nach Art. 59 Abs. 4 StGB. Es handle sich um ein Verfahren betreffend selbständige nachträgliche gerichtliche Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO. In der Verfügung vom 11. Juli 2014 führe die Vorinstanz aus, bei der Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme handle es sich unzweifelhaft um ein Urteil, da über eine Straffrage materiell entschieden werde. Konsequenterweise hätte die Vorinstanz anstelle des Beschwerdeverfahrens ein Berufungsverfahren eröffnen müssen.
Es ist vorab das Vorbringen zu behandeln, die Vorinstanz hätte anstelle des Beschwerdeverfahrens richtigerweise ein Berufungsverfahren einleiten müssen.
3.
3.1. Als Entscheide im Nachverfahren gemäss Art. 363 ff. StPO gelten solche, in denen sich ein Gericht im Nachgang an ein in Rechtskraft erwachsenes Strafurteil hauptsächlich in Bezug auf die Massnahme oder den Vollzug der Strafe nochmals mit der Sache zu befassen hat. Das ursprüngliche Verfahren wird fortgesetzt. Solche nachträgliche Entscheide in Nachverfahren sind subsidiär. Kommt es wegen neuer Straftaten zu einer Anklage, übernimmt das dafür zuständige Gericht auch die Abänderungen und Ergänzungen des vorherigen Urteils (Art. 81 Abs. 4 lit. d, Art. 326 Abs. 1 lit. g StPO). In den Verfahren gemäss Art. 363 ff. StPO geht es mithin um die nachträgliche Abänderung oder Ergänzung der Sanktionsfolgen von rechtskräftigen Strafurteilen. Es soll damit einer späteren Entwicklung Rechnung getragen werden. Die Grundlage dafür findet sich im materiellen Recht. Beispiele für solche Nachverfahren sind die Festlegung einer Ersatzfreiheitsstrafe bei Nichtbezahlung der Geldstrafe bzw. Busse nach Art. 36 und Art. 106 Abs. 5 StGB, die Umwandlung der gemeinnützigen Arbeit in Geld- oder Freiheitsstrafe bei mangelnder Kooperation des Betroffenen nach Art. 39 StGB, die Verlängerung oder nachträgliche Anordnung einer stationären Massnahme nach Art. 59 Abs. 4 StGB bzw. Art. 62c Abs. 3 StGB oder gar die nachträgliche Anordnung der Verwahrung nach Art. 62c Abs. 4 StGB (MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl., Basel 2014, Rz. 1 zu Art. 363 StPO; s.a. CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Lieber/Hansjakob [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, Rz. 1 zu Art. 363 StPO). Die inhaltliche Bandbreite der Entscheide, welche im Nachverfahren im Sinne von Art. 363 ff. StPO ergehen, ist somit weit. Es geht einerseits um Bagatellen im strafvollzugsrechtlichen Massengeschäft bzw. um Fälle minderen Gewichts, andererseits um Entscheidungen, die für den Betroffenen mit ganz massiven Konsequenzen verbunden sind.
3.2. Das Nachverfahren im Sinne von Art. 363 ff. StPO ist im Gesetz nur rudimentär geregelt. Die zuständige Behörde - in aller Regel die Straf- oder Vollzugsbehörde - leitet das Verfahren auf Erlass eines nachträglichen richterlichen Entscheids von Amtes wegen ein, sofern das Bundesrecht nichts anderes bestimmt, und reicht dem Gericht die entsprechenden Akten und ihren Antrag ein (Art. 364 Abs. 1 StPO). In den übrigen Fällen können die verurteilte Person oder andere dazu berechtigte Personen mit einem schriftlichen und begründeten Gesuch die Einleitung des Verfahrens beantragen (Art. 364 Abs. 2 StPO).
Das zuständige Gericht - grundsätzlich das Gericht, welches das erstinstanzliche Urteil gefällt hat (Art. 363 Abs. 1 StPO) - prüft in der Folge, ob die Voraussetzungen für den nachträglichen richterlichen Entscheid erfüllt sind, und ergänzt, wenn nötig, die Akten oder lässt weitere Erhebungen durchführen (Art. 364 Abs. 3 StPO). Es gibt den betroffenen Personen und Behörden Gelegenheit, sich zum vorgesehenen Entscheid zu äussern und Anträge zu stellen (Art. 364 Abs. 4 StPO). Das Gericht entscheidet grundsätzlich gestützt auf die Akten. Es kann aber auch eine Verhandlung anordnen (Art. 365 Abs. 1 StPO). Es erlässt seinen Entscheid schriftlich und begründet ihn kurz. Hat eine mündliche Verhandlung stattgefunden, so eröffnet es seinen Entscheid sofort mündlich (Art. 365 Abs. 2 StPO).
3.3. Das Gesetz regelt damit nicht ausdrücklich, in welcher Rechtsform nachträgliche selbstständige Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO zu ergehen haben. Art. 365 Abs. 2 StPO spricht (ebenso wie die Marginale zur Gesetzesbestimmung) insofern neutral von "Entscheiden". Es stellt sich daher die Frage, ob solche Entscheide in Urteilsform oder aber in Beschluss- bzw. Verfügungsform zu ergehen haben, mit der Folge, dass im einen Fall die Berufung (Art. 398 Abs. 1 StPO), im andern Fall die Beschwerde (Art. 393 Abs. 1 lit. b StPO) das zulässige Rechtsmittel bildet. In der Literatur wird in diesem Zusammenhang mitunter von der "Urteil/Berufung"-Lösung oder aber der "Beschluss/Beschwerde"-Lösung gesprochen (NIKLAUS SCHMID, Nochmals zum Rechtsmittel gegen selbstständig gefällte Entscheide nach Art. 365 StPO, in forum poenale 4/2011, S. 222 ff.).
3.4. Das Gesetz muss in erster Linie aus sich selbst heraus, das heisst nach dem Wortlaut, Sinn und Zweck und den ihm zugrunde liegenden Wertungen auf der Basis einer teleologischen Verständnismethode ausgelegt werden. Die Gesetzesauslegung hat sich vom Gedanken leiten zu lassen, dass nicht schon der Wortlaut die Norm darstellt, sondern erst das an Sachverhalten verstandene und konkretisierte Gesetz. Gefordert ist die sachlich richtige Entscheidung im normativen Gefüge, ausgerichtet auf ein befriedigendes Ergebnis der ratio legis. Dabei befolgt das Bundesgericht einen pragmatischen Methodenpluralismus und lehnt es namentlich ab, die einzelnen Auslegungselemente einer hierarchischen Prioritätsordnung zu unterstellen (zur Publikation bestimmter Entscheid 6B_490/2014 vom 27. April 2015 E. 2.4; <ref-ruling> E. 3.5.4; <ref-ruling> E. 3.1; je mit Hinweisen).
3.5. Art. 80 ff. StPO enthalten Vorschriften zu Form und Inhalt von Entscheiden. Sie knüpfen an die allgemein gebräuchliche Begriffsbildung an. Nach Art. 80 Abs. 1 Satz 1 StPO ergehen Entscheide, in denen über Straf- und Zivilfragen materiell befunden wird, in Form eines Urteils. Die anderen Entscheide ergehen gemäss Art. 80 Abs. 1 Satz 2 StPO in Beschlussform, wenn sie von einer Kollektivbehörde (recte wohl Kollegialbehörde), in Verfügungsform, wenn sie von einer Einzelperson gefällt werden. Nach Art. 81 Abs. 3 lit. a StPO spricht sich ein Urteil inhaltlich zur tatsächlichen und rechtlichen Würdigung des der beschuldigten Person zur Last gelegten Verhaltens aus und enthält die Begründung der Sanktionen und der Nebenfolgen sowie der Kosten- und Entschädigungsfolgen. Das Urteilsdispositiv gemäss Art. 81 Abs. 4 lit. b StPO umfasst im Sinne einer Zusammenfassung der zentralen Punkte den Entscheid über Schuld und Sanktion, Kosten- und Entschädigungsfolgen sowie allfällige Zivilklagen.
3.6. Nach den Gesetzesmaterialien sollen die nachträglichen richterlichen Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO, ungeachtet ihrer jeweiligen inhaltlichen Tragweite für den Betroffenen, nicht in Urteilsform ergehen, sondern als Beschluss bzw. Verfügung, weil kein neues Sachurteil anstehe. Die Materialien sind unmissverständlich. Sie sprechen deutlich dafür, dass sich der Gesetzgeber bewusst und in voller Kenntnis der Sachlage für die sogenannte "Beschluss/Beschwerde"-Lösung entschieden hat. So listen der Begleitbericht des Bundesamts für Justiz zum Vorentwurf für eine Schweizerische Strafprozessordnung unter Einschluss des Vorentwurfs 2001 sowie namentlich die Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts die Entscheide, die als nachträgliche richterliche Anordnungen zu gelten haben, im Einzelnen auf und halten ausdrücklich fest, diese Entscheide müssten - weil kein neues Sachurteil anstehe - in Form eines Beschlusses oder einer Verfügung ergehen und unterlägen deshalb der Beschwerde (vgl. Begleitbericht zum Vorentwurf für eine Schweizerische Strafprozessordnung, Bundesamt für Justiz, Bern 2001, S. 236; Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, in BBl 2006 1085 ff., S. 1298 f.).
3.7. Die Lehre folgt überwiegend der in der Botschaft vertretenen "Beschluss/Beschwerde"-Lösung. Ausgeführt wird namentlich, der StPO liege ein enger Urteilsbegriff zugrunde. Darunter fielen nur Entscheide, in denen im Sinne eines umfassenden Sachurteils über Schuld und Unschuld, bei Schuldspruch über die Sanktion sowie die Nebenfolgen befunden werde. Auch wo selbstständige nachträgliche Entscheide Sachentscheide beträfen, mit denen eine Frage des materiellen Strafrechts beurteilt werde, liege deshalb kein (neues) Sachurteil vor. Es bestehe bereits ein rechtskräftiges Strafurteil, das bloss abgeändert oder ergänzt werde. Der nachträgliche gerichtliche Entscheid ergehe daher in Form eines Beschlusses bzw. einer Verfügung. Zulässiges Rechtsmittel sei die Beschwerde (so NIKLAUS SCHMID, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, Rz. 3 und 4 zu Art. 365 StPO; SCHWARZENEGGER, a.a.O., Rz. 1 und 3 zu Art. 365 StPO; DANIEL JOSITSCH, Grundriss des Schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl., Zürich 2013, N. 558 f.; ANDREAS KELLER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Lieber/Hansjakob [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, Rz. 21 zu Art. 393 StPO; RUCKSTUHL/DITTMANN/ARNOLD, Strafprozessrecht, Zürich 2011, S. 352 N. 1141; MARIE-LOUISE STAMM, Rechtsmittel bei selbstständigen nachträglichen Entscheiden nach Art. 363 ff. StPO, forum poenale 5/2012, S. 30 f.; MICHEL PERRIN, Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, N. 10 zu Art. 365 StPO; JEANNERET/KUHN, Précis de procédure Pénale, Bern 2013, S. 453 f. N. 17120; vgl. auch MOREILLON/PAREIN-REYMOND, CPP, Code de procédure pénale, 2013, Rz. 7 und 8 zu Art. 365 StPO).
3.8. Das Bundesgericht hat sich unter Hinweis auf die Botschaft und einzelne Autoren in seiner bisherigen Rechtsprechung dafür ausgesprochen, dass die Beschwerde zulässiges Rechtsmittel gegen nachträgliche gerichtliche Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO sein soll (Entscheide 6B_293/2012 vom 21. Februar 2012 E. 2 betreffend Verlängerung einer ambulanten Massnahme, 6B_425/2013 vom 31. Juli 2013 E. 1.2 betreffend Widerruf einer bedingten Strafe sowie namentlich 6B_688/2013 vom 28. Oktober 2013 E. 2.1. und 2.2 betreffend Verlängerung einer stationären Massnahme; vgl. auch Entscheid 6B_538/2013 vom 14. Oktober 2013 E. 5.2, worin es ausdrücklich heisst, nachträgliche gerichtliche Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO seien "par la voie du recours à l'exclusion de l'appel" anzufechten).
3.9. Die in der Botschaft und von der herrschenden Lehre vertretene Auffassung, dass Entscheide im Verfahren nach Art. 363 ff. StPO als Beschluss bzw. Verfügung ergehen und mit Beschwerde anzufechten sind, ist bei einem nicht unerheblichen Teil des Schrifttums auf Kritik gestossen. Eingewendet wird namentlich, mit der nachträglichen Modifikation eines rechtskräftigen Strafurteils auf der Grundlage von Art. 363 ff. StPO werde eine neue materiellrechtliche Entscheidung über eine Straffrage getroffen, indem die ursprüngliche Sanktionsfolge ergänzt oder abgeändert werde. Diese Entscheidung müsse zwingend in Urteilsform gemäss Art. 80 Abs. 1 Satz 1 StPO ergehen. Dass jedenfalls einschneidende Entscheide im Bereich des Massnahmenrechts nur als Urteil ausgefällt werden könnten, werde auch an anderer Stelle des Gesetzes deutlich. So ergehe die Anordnung der Massnahme bei einer schuldunfähigen Person nach Art. 375 Abs. 2 StPO ausdrücklich in Form eines Urteils; dies "aufgrund der Tragweite der möglichen Sanktionen" (Botschaft, a.a.O., S. 1305). Das Gesetz sehe die Urteilsform auch für die nachträgliche Verwahrung im Fall eines fehlerhaften Urteils im Sinne von Art. 65 Abs. 2 StGB vor, deren Verfahren sich nach den Regeln über die Wiederaufnahme richte (Art. 65 Abs. 2 StGB i.V.m. 410 StPO). Weshalb bei nachträglichen Entscheiden andere Regeln gelten sollen, sei nicht einsehbar, zumal es in der Sache um das Gleiche gehe. Das Rechtsmittel der Beschwerde und die gesetzliche Ausgestaltung des Beschwerdeverfahrens würden dem inhaltlichen Gewicht dieser Entscheide nicht gerecht. Daher sei im Verfahren nach Art. 363 ff. StPO die Berufung als zulässiges Rechtsmittel zuzulassen (HEER, a.a.O., Rz. 4 ff. zu Art. 365 StPO; RIEDO/FIOLKA/NIGGLI, Strafprozessrecht sowie Rechtshilfe in Strafsachen, Basel 2011, Rz. 2695 und Rz. 2697 f.; NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2012, S. 529 f. N. 1508 und 1509; CHRISTOPHER GETH, Rechtsmittel gegen selbstständige nachträgliche Entscheidungen des Gerichts nach Art. 363 ff. StPO, AJP 3/2011, S. 313 ff.; RENATE SCHNELL, Entscheide nach Art. 365 StPO - berufungsfähig oder nur der Beschwerde zugänglich, forum poenale 4/2011, S. 111 f.).
3.10. In Anlehnung an die Minderheitsmeinung haben mehrere Kantone explizit die Berufung als zulässiges Rechtsmittel gegen nachträgliche gerichtliche Entscheide im Verfahren nach Art. 363 ff. StPO bezeichnet (vgl. dazu PATRICK GUIDON, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl., Basel 2014, Rz. 12 zu Art. 393 StPO mit Hinweisen; so namentlich St. Gallen [GVP 2011 Nr. 79], Aargau [AGVE 2012 Nr. 82] und Luzern [LGVE 2012 I Nr. 68]). Andere Kantone erachten dagegen die Beschwerde als das zulässige Rechtsmittel (beispielsweise Basel-Stadt [BJM 4/2013 S, 209 ff.], Zürich [ZR 110 (2011) Nr. 53], Schwyz [EGV 2012 A 5.5 S. 36]).
3.11. Unter diesen Umständen besteht Anlass, die kontroverse Frage zum zulässigen Rechtsmittel gegen selbstständige gerichtliche Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO einer näheren Überprüfung zu unterziehen, zumal sich das Bundesgericht in seiner bisherigen Rechtsprechung damit nicht vertieft befasste.
4.
4.1. Die Argumente der Minderheitsmeinung für die "Urteil/Berufung"-Lösung haben einiges für sich, namentlich soweit es sich um nachträgliche gerichtliche Entscheide handelt, die materielle Sachentscheide betreffen, welche mit weitreichenden Konsequenzen für den Betroffenen verbunden sind. So wird im Nachverfahren nach Art. 363 ff. StPO im Zusammenhang mit Art. 65 Abs. 1 StGB überhaupt erstmals der eingriffsintensive Freiheitsentzug einer Massnahme angeordnet. Eine nachträgliche Anordnung oder Verlängerung einer stationären Massnahme - etwa im Sinne von Art. 59 Abs. 4 StGB oder Art. 62c Abs. 3 StGB - ist für den Betroffenen sodann nicht von geringerer Tragweite als die ursprüngliche Anordnung der Sanktion. Ebenso wenig kann es aus Sicht der betroffenen Person einen Unterschied machen, ob die nachträgliche Anordnung einer Verwahrung aufgrund eines fehlerhaften Urteils gemäss Art. 65 Abs. 2 StGB (dann Urteilsform) oder als Folge der Aussichtslosigkeit oder Undurchführbarkeit einer Massnahme gemäss Art. 62c Abs. 4 StGB i.V.m. Art. 363 ff. StPO (dann Beschlussform) erfolgt. Vor diesem Hintergrund kann man sich fragen, ob in diesen Fällen der nachträgliche Entscheid, mit welchem das ursprüngliche Urteil in Anwendung des materiellen Rechts abgeändert wird, aufgrund der damit verbundenen Eingriffsintensität nicht als Urteil ergehen müsste, welches mit Berufung anzufechten wäre (ähnlich nicht publizierter Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich, III. Strafkammer, vom 26. März 2013 E. 2.1/b S. 8).
4.2. Allerdings ist zu beachten, dass im Bereich von Rechtsmitteln das Gebot der Rechtssicherheit in hohem Masse gilt. Angesichts der inhaltlichen Bandbreite von möglichen nachträglichen Entscheiden ist mithin unabdingbar, dass bezüglich des zu ergreifenden Rechtsmittels Klarheit herrscht (STAMM, a.a.O., S. 31). Der Gesetzgeber hat sich im Zusammenhang mit den nachträglichen gerichtlichen Entscheiden gemäss Art. 363 ff. StPO - ungeachtet ihrer inhaltlichen Tragweite - bewusst und unmissverständlich für die "Beschluss/Beschwerde"-Lösung entschieden (vorstehend E. 3.6). Ausgangspunkt dieser Entscheidung bildet ein formaler Urteilsbegriff, wie er schon früher in der vorherrschenden Prozesslehre der Schweiz vertreten wurde und auch der geltenden StPO zugrunde liegt, wenn man Art. 80 ff. StPO nicht isoliert, sondern im strafprozessualen Kontext liest (Art. 80 Abs. 1 Satz 1 i.V.m. Art. 81 Abs. 3 lit. a und Abs. 4 lit. b StPO; siehe vorstehend E. 3.5). Als Urteile gelten danach nur solche Sachentscheide, in denen umfassend über Schuld oder Unschuld, bei einem Schuldspruch über die Sanktion und die Nebenfolgen entschieden wird (SCHMID, a.a.O., forum poenale, S. 223; wohl auch DONATSCH/SCHWARZENEGGER/WOHLERS, Strafprozessrecht, 2. Aufl. 2014, S. 264; HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2006, § 45 N. 1 ff.; GÉRARD PIQUEREZ, Traité de procédure pénale suisse, 2. Aufl. 2006, N. 582; SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, N. 581). Nachträgliche richterliche Anordnungen haben nicht diesen umfassenden Inhalt. Sie sind (bloss) urteilsähnlich (HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, a.a.O.). Auch wo nachträgliche richterliche Entscheide unstreitig Sachentscheide betreffen, mit welchen über eine materielle Straffrage befunden wird (zum Beispiel im Rahmen der nachträglichen Anordnung einer stationären Massnahme), ergeht kein neues umfassendes Sachurteil im Sinne von Art. 80 ff. StPO. Es besteht vielmehr bereits ein rechtskräftiges Strafurteil, das durch die nachträgliche richterliche Entscheidung (lediglich) modifiziert wird (DONATSCH/SCHWARZENEGGER/WOHLERS, a.a.O., S. 324 f.; STAMM, a.a.O., S. 30 f.).
4.3. Dass der "Beschwerde/Beschluss"-Lösung für nachträgliche richterliche Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO eine bewusste gesetzgeberische Entscheidung zugrunde liegt, zeigt auch ein Blick in die Jugendstrafprozessordnung. So hat der Gesetzgeber in Art. 43 lit. a JStPO ausdrücklich vorgesehen, dass Entscheide, mit welchen Massnahmen im Sinne von Art. 18 JStG nachträglich abgeändert werden, mit Beschwerde anzufechten sind (DIETER HEBEISEN, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl., Basel 2014, Rz. 3 zu Art. 43 JStPO; HEER, a.a.O., Rz. 9 zu Art. 365 StPO; siehe auch RENATE SCHNELL, Ausgewählte Aspekte zu den Rechtsmitteln im Anwendungsbereich der JStPO, in: Schweizerische Strafprozessordnung und Schweizerische Jugendstrafprozessordnung, [Hrsg. Marianne Heer], Bern 2010, S. 247 ff., S. 265).
4.4. Den Bedenken der Minderheitsmeinung, dass die Beschwerde bzw. das Beschwerdeverfahren der inhaltlichen Tragweite (eines grossen Teils) der nachträglichen richterlichen Entscheide im Sinne von 363 ff. StPO nicht gerecht wird (SCHNELL, a.a.O., S. 211; HEER, a.a.O., Rz. 10 zu Art. 365 StPO; siehe auch LUZIUS EUGSTER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl., Basel 2014, Rz. 14b zu Art. 399 StPO), ist entgegenzuhalten, dass auch die Beschwerde eine umfassende Prüfung der im Streite liegenden Angelegenheit zulässt. Die Beschwerde ist ein ordentliches, vollkommenes und devolutives Rechtsmittel, welches die Überprüfung des angefochtenen Entscheids mit freier Kognition erlaubt. Noven sind zulässig. Verfahrensmässig sind keine Nachteile auszumachen: Ein zweiter Schriftenwechsel darf durchgeführt werden (Art. 390 Abs. 3 StPO). Zusätzliche Erhebungen oder Beweisabnahmen können, wenn nötig, erfolgen (Art. 390 Abs. 4 StPO i.V.m. Art. 364 Abs. 3 StPO) und je nach Tragweite des Falles kann mündlich verhandelt werden (Art. 390 Abs. 5 StPO i.V.m. Art. 365 Abs. 1 StPO). Damit erlaubt die Beschwerde, falls notwendig, ein der Berufung angenähertes Verfahren. Einzig die Beschwerdefrist von 10 Tagen ist gegenüber der Berufungserklärungsfrist von 20 Tagen verkürzt. Angesichts der Tatsache, dass bei den nachträglichen gerichtlichen Entscheiden nur ein klar umgrenzter Ausschnitt, d.h. die Sanktionsfolge, eines bereits vorliegenden früheren Strafurteils neu geregelt wird, scheint die Frist von 10 Tagen zur Beschwerdeerhebung jedoch ausreichend (dazu eingehend STAMM, a.a.O., S. 30).
4.5. Die Meinung, die vornehmlich mit Verfahrensfragen befasste Beschwerdeinstanz könnte nicht ausreichend in der Lage sein, die sich in den Nachverfahren stellenden materiellrechtlichen Fragen zu beurteilen, entbehrt der Grundlage. Im Übrigen steht es den Kantonen frei, die Befugnisse der Beschwerdeinstanz dem Berufungsgericht zu überweisen (Art. 20 Abs. 2 StPO). Damit entfiele auch die (vermeintliche) Problematik, dass zwei unterschiedliche Rechtsmittelinstanzen über identische Sachfragen zu entscheiden haben. Hinzu kommt das Fol-gende: Für nachträgliche Entscheide ist gemäss Art. 363 Abs. 1 StPO grundsätzlich das Gericht zuständig, welches das erstinstanzliche Sachurteil gefällt hat. Diese Regelung ist indes nicht zwingend. Das Gesetz lässt vielmehr eine abweichende Regelung zu. Die Kantone können folglich andere erstinstanzliche Instanzen für zuständig erklären und beispielsweise betreffend die Nachverfahren nach Art. 363 ff. StPO separate Sanktionengerichte einrichten (SCHWARZENEGGER, a.a.O., Rz. 5 zu Art. 363 StPO; vgl. die Regelung in den Kantonen Genf und Waadt). Der Umstand, dass bereits das Gericht, welches das erstinstanzliche Sachurteil gefällt hat, nicht zwingend zuständig zu sein braucht, kann letztlich nur heissen, dass es auch nicht notwendigerweise das Berufungsgericht sein muss, welches in den Nachverfahren zweitinstanzlich entscheidet.
4.6. Ein weiterer Einwand der Minderheitsmeinung betrifft die angebliche Inkonsistenz in Bezug auf die nachträglichen Entscheide im Strafbefehlsverfahren (GETH, a.a.O., S. 30). Fallen nachträgliche Entscheide im Nachgang zu einem Strafbefehl an, ist die Staatsanwaltschaft zuständig (Art. 363 Abs. 2 StPO). Der nachträgliche Entscheid ergeht in der Form eines Strafbefehls, gegen welchen Einsprache erhoben werden kann (Art. 354 StPO; Botschaft, a.a.O., S. 1298 f.; siehe auch SCHWARZENEGGER, a.a.O., Rz. 6 zu Art. 363 StPO). Das Einspracheverfahren folgt anschliessend den Regeln von Art. 355 und 356 StPO. Diese Bestimmungen nehmen nicht vorweg, in welcher Form der Entscheid des erstinstanzlichen Gerichts ergeht. Da im Nachverfahren kein umfassendes neues Strafurteil ergeht, sondern (lediglich) die Sanktionsfolge im Sinne eines blossen Teilaspekts angepasst, ergänzt oder geändert wird, hat der nachträgliche richterliche Entscheid nach den allgemeinen Regeln als Beschluss bzw. Verfügung zu ergehen, welcher mit Beschwerde angefochten werden kann (vgl. STAMM, a.a.O., S. 31; SCHMID, a.a.O., Praxiskommentar, Rz. 4 zu Art. 363 StPO).
4.7. Unter all diesen Umständen hält das Bundesgericht namentlich mit Rücksicht auf den klaren gesetzgeberischen Willen in Übereinstimmung mit der überwiegenden Lehre an seiner bisherigen Rechtsprechung fest, dass die Beschwerde das zulässige Rechtsmittel gegen selbstständige nachträgliche Entscheide im Sinne von Art. 363 ff. StPO ist. Es läge am Gesetzgeber - wenn er es für notwendig ansieht - Abhilfe zu schaffen.
Daraus ergibt sich für den vorliegenden Fall, dass die Vorinstanz zu Recht ein Beschwerdeverfahren eingeleitet hat. Die Beschwerde in Strafsachen erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
5.
5.1. Zu behandeln bleibt die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör, die Verfahrensfairness sowie das Prinzip der Waffengleichheit verletzt, indem sie den Beginn der 10-tägigen Frist für die Einreichung der Beschwerde auf den Zeitpunkt der mündlichen Entscheideröffnung vom 25. Juni 2014 festgelegt und seine Beschwerdeergänzung vom 14. Juli 2014 zur schriftlichen Entscheidbegründung aus dem Recht gewiesen habe. Er habe seine Beschwerde folglich nicht gestützt auf die ausführliche schriftliche Begründung des Entscheids abfassen können. Der Generalstaatsanwaltschaft habe die Vorinstanz demgegenüber nach Zustellung der schriftlichen Entscheidbegründung eine Frist von 20 Tagen zur Stellungnahme eingeräumt.
5.2. Nach Art. 29 Abs. 1 und 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör und ein faires Gerichtsverfahren. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren zu allen wesentlichen Punkten und Entscheidgrundlagen Stellung nehmen und ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2). Alle Verfahrensbeteiligten sollen sich dabei nach Möglichkeit mit gleicher Wirksamkeit am Verfahren beteiligen können (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 2.6; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2.3). Die Waffengleichheit ist als formales Prinzip schon dann verletzt, wenn eine Partei bevorteilt wird; es ist nicht notwendig, dass die Gegenpartei dadurch tatsächlich einen Nachteil erleidet (<ref-ruling> E. 2.1.2).
5.3. Die nachträglichen richterlichen Anordnungen nach Art. 363 ff. StPO ergehen als Beschluss bzw. als Verfügung. Zulässiges Rechtsmittel ist die Beschwerde (Art. 393 Abs. 1 lit. b StPO). Gemäss Art. 365 Abs. 2 Satz 1 StPO erlässt das Gericht seinen Entscheid schriftlich und begründet diesen kurz. Eine schriftliche Begründung erfolgt auch, wenn ein Entscheid nach Art. 365 Abs. 2 Satz 2 StPO mündlich eröffnet wird. Bei mündlicher Eröffnung ist nicht zwingend ein Dispositiv auszuhändigen. Für die Rechtsmittelfrist von zehn Tagen gemäss Art. 396 Abs. 1 StPO ist nach Art. 384 lit. b StPO die Zustellung des begründeten Entscheids massgebend (vgl. SCHMID, a.a.O., Praxiskommentar, Rz. 3 zu Art. 365 StPO; DERSELBE, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl. 2013, Fn. 119, S. 628; SCHWARZENEGGER, a.a.O., Rz. 3 zu Art. 365 StPO; siehe auch HEER, a.a.O., Rz. 7 zu Art. 365 StPO).
5.4. Die Vorinstanz geht davon aus, dass die 10-tägige Rechtsmittelfrist im Beschwerdeverfahren mit der Aushändigung des "Urteilsdispositivs" zu laufen beginnt. Sie beruft sich auf Art. 396 Abs. 1 i.V.m. Art. 384 lit. a und Art. 80 Abs. 1 StPO. Eine Beschwerdeergänzung nach Ablauf dieser Frist sehe die StPO nicht vor (Entscheid, S. 3).
5.4.1. Mit ihrer Argumentation vermengt die Vorinstanz Elemente des Berufungs- mit solchen des Beschwerdeverfahrens. Sie verkennt, dass Art. 384 lit. a StPO nur zur Anwendung kommt, wenn Entscheide als Urteile ergehen. Diesfalls beginnt die Frist nach der genannten Gesetzesbestimmung mit der Aushändigung oder der Zustellung des schriftlichen Dispositivs. Bei andern Entscheiden ist demgegenüber Art. 384 lit. b StPO massgebend. Die Frist beginnt danach mit der Zustellung des Entscheids zu laufen. Eine Aushändigung des Dispositivs reicht hierfür nicht aus. Überdies müssen zugestellte Entscheide auch begründet sein (FRANZ RIKLIN, StPO Kommentar, 2. Aufl. 2014, Rz. 3 und 4 zu Art. 384 StPO, VIKTOR LIEBER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Lieber/Hansjakob [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, Rz. 1 und 3 zu Art. 384 StPO).
5.5. Der erstinstanzliche Entscheid betreffend die Verlängerung der Massnahme ist ein nachträglicher gerichtlicher Entscheid im Sinne von Art. 363 ff. StPO. Er hatte als Beschluss zu ergehen. Die Vorinstanz leitete zutreffend ein Beschwerdeverfahren ein. Folgerichtig hätte sie davon ausgehen müssen, dass die Rechtsmittelfrist im Beschwerdeverfahren - auch bei mündlicher Eröffnung - mit der Zustellung des schriftlich begründeten Entscheids zu laufen beginnt. Das tat sie fälschlicherweise nicht. Mit ihrem Vorgehen hat sie nicht nur die massgebenden Bestimmungen der StPO zur Fristenregelung unrichtig angewandt, sondern auch gegen die als verletzt gerügten Verfassungsbestimmungen verstossen, indem sie die fristgerechte Beschwerdeergänzung des Beschwerdeführers vom 14. Juli 2014 zum schriftlich begründeten Entscheid vom 25. Juni 2014 aus dem Recht wies. Jenem blieb es dadurch - im Unterschied zur Generalstaatsanwaltschaft, welche zum schriftlich begründeten Entscheid Stellung nehmen konnte - verwehrt, sich zu den Erwägungen im schriftlich begründeten Entscheid zu äussern. Der vorinstanzliche Entscheid ist deshalb aufzuheben und die Vorinstanz hat über die Verlängerung der Massnahme im Sinne von Art. 59 Abs. 4 StGB unter Berücksichtigung der zu Unrecht aus dem Recht gewiesenen Beschwerdeergänzung vom 14. Juli 2014 neu zu befinden. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als begründet.
6.
Die Beschwerde ist gutzuheissen und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei dieser Ausgangslage erübrigt sich eine Behandlung der materiellen Vorbringen des Beschwerdeführers. Darauf ist nicht einzutreten.
Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Insofern wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos (<ref-ruling> E. 4.1). Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf eingetreten wird, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 30. September 2014 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Bern hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. September 2015
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill