Sachverhalt:
A. X._ übernahm 2002 die Grundstücke Grundbuch Matzendorf Nrn. 90, 232, 1641 und 1642 aus der Erbschaft ihres Onkels Y._. Auf Grundbuch Matzendorf Nrn. 90 und 232 stehen die beiden Liegenschaften A._ und B._.
B. Am 6. August 2009 reichte X._ ein Baugesuch für die Renovation der Liegenschaft A._ auf der Parzelle Grundbuch Matzendorf Nr. 90 ein, welche sich in der Landwirtschaftszone, überlagert von der Juraschutzzone, befindet. Die Baute besteht aus einem Kleinbauernhaus mit angebautem Ökonomieteil. Die Liegenschaft A._ wurde früher von Y._ und seinem Bruder als Arbeits- und Aufenthaltsraum genutzt. Seit langem wird das ziemlich verfallene Haus nicht mehr bewohnt oder zu Landwirtschaftszwecken benutzt. Das Gebäude soll nach der Renovation als Wohnhaus mit Nebenräumen dienen.
Das Bau- und Justizdepartement des Kantons Solothurn befand am 11. Februar 2010, das Bauvorhaben "Renovation Gesamtliegenschaft A._" auf Grundbuch Matzendorf Nr. 90 gelte weder als zonenkonform noch als standortbedingt und eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700) sei nicht möglich. Eine Baubewilligung dürfe nicht erteilt werden. Das Departement erwog im Wesentlichen, die Baute erfordere keinen Standort ausserhalb der Bauzone und diene nicht der landwirtschaftlichen Bewirtschaftung. Art. 24c RPG sei auf Bauten anwendbar, die durch nachträgliche Änderungen von Plänen oder Erlassen zonenwidrig geworden seien. Voraussetzung für den Bestandesschutz sei jedoch, dass die Baute bei Einreichen des Gesuches noch bestimmungsgemäss nutzbar sei. Das Departement sei schon im Jahr 2000 zum Schluss gekommen, dass die Räume an der Liegenschaft A._ nicht mehr bewohnbar seien und wohl schon lange keine Wohnnutzung mehr bestanden habe. Im Jahre 2004 sei wiederholt festgestellt worden, dass eine Wohnnutzung grundsätzlich unzulässig sei. Nach einem Augenschein sei die Baufälligkeit der Liegenschaft offensichtlich. Daran ändere der Umstand nichts, dass X._ dartue, eine Renovation sei kostengünstiger als ein Neubau. Der Sanierungsvorschlag gehe, abgesehen vom Kellergeschoss, von einem Abbruch und Wiederaufbau aus.
C. Gegen diese Verfügung gelangte X._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn, welches die Beschwerde mit Urteil vom 13. Juli 2010 abwies.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 13. August 2010 beantragt X._ dem Bundesgericht die Aufhebung des angefochtenen Urteils des Verwaltungsgerichts. Dem Baugesuch vom 6. August 2009 für die Renovation der Liegenschaft A._ in Matzendorf sei die Bewilligung zu erteilen.
Mit Eingabe vom 24. August 2010 beantragt X._ zusätzlich, es seien ihr die Gerichtskosten des Verwaltungsgerichts des Kantons Solothurn zurückzuerstatten und es sei ihr für die zusätzlichen Aufwendungen sowie "die entgangenen Zinsen auf dem Verkaufserlös der zweiten Liegenschaft, die wegen des fehlenden endgültigen Entscheides in dieser Angelegenheit noch immer nicht hätte verkauft werden können", eine Parteientschädigung von pauschal Fr. 5'000.-- zuzusprechen.
Die Gemeinde Matzendorf beantragt sinngemäss die Gutheissung der Beschwerde. Das kantonale Bau- und Justizdepartement liess sich nicht vernehmen, während das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn den Antrag stellt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Raumentwicklung verzichtet auf eine Stellungnahme.
In ihrer Replik vom 24. Oktober 2010 hält X._ sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG). Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung; das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 251, 409 E. 1.1 S. 411). Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251). Die Beschwerdeführerin als Baugesuchstellerin ist ohne Weiteres zur vorliegenden Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG; siehe dazu etwa <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.).
1.2 Nach Art. 48 Abs. 1 BGG müssen Eingaben spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden. Die Beschwerdeführerin hat ihre Beschwerde vom 13. August 2010 (Postaufgabe am 16. August 2010) rechtzeitig erhoben. Ihre zusätzlichen Anträge vom 24. August 2010 (Postaufgabe am 25. August 2010) erfolgten - unter Berücksichtigung des Friststillstands vom 15. Juli bis und mit dem 15. August (Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG) - ebenfalls innert der 30-tägigen Frist gemäss Art. 100 Abs. 1 BGG und deshalb rechtzeitig.
Da die Eintretensvoraussetzungen vorliegen, ist grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten, vorbehältlich rechtsgenügend begründeter Rügen (vgl. E. 1.3 hiernach).
1.3 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.4 Die Beschwerdeführerin rügt sinngemäss eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz. Diese habe von einem "Kleinbauernhaus" gesprochen. Es handle sich dabei aber um ein sogenanntes "Stöckli", eine Wohnliegenschaft, die als zusätzlicher Wohnraum für die damals grosse Bauernfamilie gedient habe.
Gemäss Art. 97 Abs. 1 BGG kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen, ist die Qualifizierung der umstrittenen Baute als Stöckli oder Kleinbauernhaus vorliegend nicht entscheidrelevant. Auf die Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin wirft dem Verwaltungsgericht sinngemäss eine unrichtige Anwendung von Art. 24c RPG vor. Sie ist der Auffassung, dass trotz fortschreitendem Zerfall der Liegenschaft der Besitzstand höher zu gewichten sei als der aktuelle Zustand.
2.2 Das Verwaltungsgericht hat erwogen, zugunsten der Beschwerdeführerin sei davon auszugehen, dass die Baute seinerzeit rechtmässig errichtet und (auch) zu Wohnzwecken genutzt worden sei. Die Baute habe eine Rechtsänderung erfahren. Als Stichtag massgebend sei der Zeitpunkt des Inkrafttretens des Gewässerschutzgesetzes, der 1. Juli 1972. Wie die Beschwerdeführerin ausgeführt habe, habe die Liegenschaft schon in den 60er-Jahren des vorigen Jahrhunderts den Zweck gehabt, "der grossen Familie damals genug Wohnraum zur Verfügung zu stellen". Bereits zu jener Zeit sei diese Liegenschaft also zu Wohnzwecken verwendet worden. Die Zonenwidrigkeit sei demnach durch die Rechtsänderung entstanden, denn es werde nicht geltend gemacht, es habe damals für das "Stöckli" noch ein landwirtschaftlicher Bedarf bestanden. Art. 24c RPG sei anwendbar.
Nicht mehr bestimmungsgemäss nutzbare Bauten dürften weder erneuert, erweitert noch abgebrochen und wiederaufgebaut werden. Der Heimatschutz habe schon in seiner Stellungnahme vom 7. Januar 2000 geschrieben, die Räume seien absolut nicht mehr bewohnbar. Eine Wohnnutzung habe hier in den letzten Jahren nicht mehr stattgefunden (wohl schon recht lange nicht mehr). Das Departement habe einen Augenschein durchgeführt und das Ergebnis in einer Fotodokumentation festgehalten. Daraus lasse sich Folgendes entnehmen: Das Dach müsse mit Planen grossflächig abgedeckt werden, und der Verputz sei grossflächig abgeplatzt. Das Holz erscheine morsch. Die Fenster seien zwar noch vorhanden, die Scheiben aber eingeschlagen. Der Delegationsaugenschein des Verwaltungsgerichts und die Befragung der sachverständigen Auskunftsperson habe zusätzlich ergeben, dass der Dachstuhl jedenfalls vollständig neu erstellt werden müsse. Die Aussenmauern des Erdgeschosses müssten zum Teil, die Fenster und Türen allesamt erneuert werden. Die Mauern des Kellergeschosses seien noch brauchbar, wohingegen der Holzboden des Erdgeschosses und die Deckenbalken des Kellers zu ersetzen seien. Nicht mehr sanierbar sei der Kamin. Es sei weder ein Wasser- noch ein Stromanschluss vorhanden. Eine Toilette gebe es nicht. Nach Ansicht des Verwaltungsgericht wäre es mit Sicherheit kostengünstiger, alles abzureissen und von Grund auf neu aufzubauen.
Nach den Angaben im Baugesuch komme die Renovation auf Fr. 189'000.-- zu stehen. Die Zahl beruhe auf einer Kostenschätzung eines Holzbauers und betreffe vier sehr kleine Zimmer, eine bescheidene Küche und ein WC. Auch dies belege, dass der heutige Zustand des Gebäudes desolat sei. Dass die sehr summarisch gehaltene kubische Kostenschätzung eines Architekten für einen vollständigen Neubau (inkl. Untergeschoss) einen noch grösseren Betrag ausweise, sei belanglos. Zusammengefasst handle es sich hier um eine schon längere Zeit unbewohnbare Baute, deren Tragkonstruktion mit Ausnahme der Grundmauern im Untergeschoss nicht mehr intakt sei. Die Baute verfüge weder über einen verwendbaren Fussboden, noch über taugliche Fenster und Türen. Das Dach (inkl. Dachstuhl) sei unbrauchbar, ebenso der Kamin. Sanitäre oder elektrische Anlagen seien keine vorhanden. Die Baute sei schon lange Zeit nicht mehr bestimmungsgemäss als Wohnraum nutzbar.
2.3 Art. 24c Abs. 1 RPG schützt bestimmungsgemäss nutzbare, aber zonenwidrig gewordene Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen grundsätzlich in ihrem Bestand. Nach Abs. 2 der zitierten Bestimmung können solche Bauten und Anlagen teilweise geändert oder massvoll erweitert werden, sofern sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind; in jedem Fall bleibt die Vereinbarkeit mit den wichtigen Anliegen der Raumplanung vorbehalten. Die Zulässigkeit einer teilweisen Änderung oder massvollen Erweiterung ergibt sich unmittelbar aus dem Bundesrecht (<ref-ruling> E. 3b S. 219 mit Hinweisen).
Der Anwendungsbereich von Art. 24c RPG ist auf Bauten und Anlagen beschränkt, die nicht mehr zonenkonform, d.h. durch eine nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen zonenwidrig geworden sind (Art. 41 RPV; vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 211 f.). Die Bestandesgarantie nach Art. 24c RPG erstreckt sich damit nur auf Bauten, die erstens ausserhalb der Bauzone liegen, zweitens rechtmässig erstellt oder geändert wurden, drittens eine Rechtsänderung erfahren haben (im Rahmen derer sie neu einer Nichtbauzone zugewiesen wurden), viertens infolge dieser Rechtsänderung zonenwidrig geworden sind (da sie nicht landwirtschaftlich genutzt waren) und fünftens noch bestimmungsgemäss nutzbar sind (Urteil des Bundesgerichts 1A.134/2002 vom 17. Juli 2003 E. 4.3, in: ZBl 106/2005 S. 158). Bestimmungsgemäss nutzbar ist eine Baute dann, wenn der Eigentümer oder die Eigentümerin durch einen angemessenen Unterhalt das fortbestehende Interesse an der Weiternutzung dokumentiert hat. Dies äussert sich darin, dass sie gemessen an ihrer Zweckbestimmung betriebstüchtig ist und die tragenden Konstruktionen mehrheitlich intakt sind (Urteile des Bundesgerichts 1A.76/1993 vom 24. Januar 1994 E. 4a; 1A.173/1992 vom 9. März 1993 E. 3c und 4a; Rudolf Muggli in: Aemisegger/Moor/Ruch/Tschannen (Hrsg.), Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Zürich 2009; N. 13 zu Art. 24c).
Die in den Akten vorhandenen Fotodokumentationen zeigen den stark verwahrlosten Zustand des Gebäudes. Es wird auch von der Beschwerdeführerin nicht in Abrede gestellt, dass sich die Liegenschaft in einem sehr schlechten Zustand befindet, der sich darin äussert, dass die tragenden Konstruktionen im gesamten Gebäude mit Ausnahme des Kellergeschosses unbrauchbar geworden sind. Zudem fehlen sanitäre Anlagen, Wasserzufuhr, elektrische Anschlüsse, Kücheneinrichtung sowie Heizmöglichkeiten. Die bestimmungsgemässe Nutzung ist damit nicht mehr möglich. Hinzu kommt, dass diese Situation schon lange besteht, zumal bereits im Jahre 2000 festgestellt worden ist, dass das Gebäude für eine Wohnnutzung seit längerer Zeit unbrauchbar geworden sei. Die Beschwerdeführerin räumt denn auch ein, dass es ihrem Onkel aus finanziellen Gründen nicht möglich gewesen sei, Beschädigungen der Liegenschaft zu reparieren. Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die Bewilligungsinstanz habe mit der Bewilligung der Nutzung der Wengistrasse durch Schwertransporte die Beschädigung/Zerstörung der Liegenschaft bewusst oder unbewusst in Kauf genommen, ist ihr entgegen zu halten, dass sie seit der Übernahme der Liegenschaft weder Reparaturen noch periodische Unterhaltsmassnahmen vorgenommen hat: infolgedessen ist es ihr zuzuschreiben, dass das Bauwerk immer mehr dem Verfall preisgegeben wurde. Offenbar betrachtete sie selber die vorhandene Bausubstanz als praktisch wertlos und war deshalb nicht mehr bereit, die entsprechenden Unterhaltsarbeiten vorzunehmen.
2.4 Es trifft zu, dass die unter den Anwendungsbereich von Art. 24c RPG fallenden Bauten in ihrem Bestand geschützt werden. Indessen geniessen nur solche rechtmässig bewilligte, im Verlaufe der Zeit rechtswidrig gewordene Bauten Bestandesschutz, die noch in gebrauchstauglichem Zustand sind (Urteil des Bundesgerichts 1A.134/2002 vom 17. Juli 2003 E. 4.3, in: ZBl 106/2005 S. 158; Bernhard Waldmann/Peter Hänni; Raumplanungsgesetz, Bern 2006, N. 5 zu Art. 24c RPG). Solche Bauten dürfen erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden, wobei der Sinn und Zweck dieser baulichen Massnahmen in der Substanzerhaltung besteht. Von Substanzerhaltung kann jedoch von vornherein nicht die Rede sein, wenn Bauwerke zerfallen oder im Laufe der Zeit unbrauchbar oder abbruchreif geworden und deshalb nicht mehr bestimmungsgemäss nutzbar sind (vgl. Urteil 1A.250/2002 des Bundesgerichts vom 16. Mai 2003 E. 3.1). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin erstreckt sich die Bestandesgarantie demzufolge nicht auf ein Gebäude, das sich in einem verfallenen, unbenutzbaren Zustand befindet, und dessen Lebensdauer abgelaufen ist (Urteile des Bundesgerichts 1A.13/2004 vom 14. April 2004 E. 3.1; 1A.250/2002 vom 16. Mai 2003 E. 3.1). Unter diesen Umständen verletzt es kein Bundesrecht, wenn das Verwaltungsgericht schliesst, es sei nach dem Raumplanungsgesetz nicht angängig, eine weit über zehn Jahre leerstehende Ruine wieder einer Wohnnutzung zuzuführen.
3. Das Bauvorhaben der Beschwerdeführerin kann somit nicht nach Art. 24c RPG bewilligt werden. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bau- und Justizdepartement des Kantons Solothurn, der Gemeinde Matzendorf sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Februar 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Fonjallaz Scherrer Reber