Sachverhalt:
A. Die Goldsteig Käsereien Bayerwald GmbH, Cham, ersuchte am 30. Juni 2010 das Bundesamt für Gesundheit (BAG; nachfolgend: Bundesamt) um Bewilligung, "Mozzarella schnittfest gerieben" als Lebensmittel nach dem Cassis-de-Dijon-Prinzip in der Schweiz in Verkehr bringen zu dürfen. Das Bundesamt gab mit Verfügung vom 26. August 2010 dem Gesuch statt und traf zugleich als integrierenden Bestandteil dieser Verfügung folgende Allgemeinverfügung:
"1. Bewilligung und Beschreibung des Lebensmittels (Art. 8 Abs. 1 Bst. a VIPaV)
Geriebener Käse, hergestellt nach deutschem Recht, der in Deutschland rechtmässig in Verkehr ist, darf in die Schweiz eingeführt bzw. in der Schweiz hergestellt und in Verkehr gebracht werden, auch wenn er nicht den in der Schweiz geltenden technischen Vorschriften entspricht.
2. Ausländische Rechtserlasse, deren Vorschriften das Lebensmittel zu entsprechen hat (Art. 8 Abs. 1 Bst. b VIPaV)
Das Lebensmittel hat den einschlägigen technischen Vorschriften der Europäischen Union (EU) und Deutschlands zu entsprechen. Massgeblich sind insbesondere folgende Rechtsakte:
Deutsche Käseverordnung vom 14. April 1986
Deutsche Verordnung über die Kennzeichnung von Lebensmitteln vom 15. Dezember 1999
3. Herstellung in der Schweiz
Bei Herstellung des Lebensmittels in der Schweiz müssen die schweizerischen Vorschriften über den Arbeitnehmer- und den Tierschutz eingehalten werden.
4. Entzug der aufschiebenden Wirkung
Einer allfälligen Beschwerde gegen diese Allgemeinverfügung wird ... die aufschiebende Wirkung entzogen.
(5. Rechtsmittelbelehrung)"
Die Allgemeinverfügung wurde am 31. August 2010 im Bundesblatt eröffnet (BBl 2010 5510).
B. Dagegen erhob der Schweizerische Bauernverband (SBV; im Folgenden: Bauernverband) Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Der Bauernverband hat nach der von ihm dem Bundesverwaltungsgericht eingereichten Mitgliederliste 82 Mitglieder und setzt sich aus rund 20 kantonalen Berufsorganisationen sowie verschiedenen landwirtschaftlichen Fachorganisationen zusammen. Die Berufs- und Fachorganisationen, die (unter anderem) im Bereich der Milchverarbeitung und Käseproduktion tätig sind, machen dabei ungefähr die Hälfte der Mitglieder aus. Der Bauernverband beantragte vor dem Bundesverwaltungsgericht im Wesentlichen die Aufhebung der Allgemeinverfügung, weil diese gegen das überwiegende öffentliche Interesse des Schutzes der Konsumentinnen und Konsumenten sowie gegen die Lauterkeit des Handelsverkehrs verstosse.
Mit Urteil vom 2. Mai 2011 trat das Bundesverwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein, da der Bauernverband dazu nicht legitimiert sei.
C. Der Bauernverband führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und dieses sei anzuweisen, auf die Sache einzutreten.
Das Bundesamt schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Nichteintretensentscheid des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich der Gesetzgebung über die Lebensmittel sowie über die technischen Handelshemmnisse des Bundes. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen.
2. Nach <ref-law> dürfen Lebensmittel, die den Anforderungen dieses Gesetzes und seinen Ausführungsbestimmungen nicht entsprechen, nicht oder nur mit Auflagen verwendet oder an den Konsumenten abgegeben werden. Gemäss Art. 4 Abs. 2 lit. b der Lebensmittel- und Gebrauchsgegenständeverordnung vom 23. November 2005 (LGV; SR 817.02) legt das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) die Anforderungen an die zulässigen Lebensmittel fest. Nach <ref-law>, in der Fassung vom 12. Juni 2009, in Kraft seit dem 1. Juli 2010, dürfen Produkte in Verkehr gebracht werden, wenn sie den technischen Vorschriften der Europäischen Gemeinschaft (EG) und, bei unvollständiger oder fehlender Harmonisierung in der EG, den technischen Vorschriften eines Mitgliedstaats der EG oder des Europäischen Wirtschaftsraums (EWR) entsprechen und im EG- oder EWR-Mitgliedstaat rechtmässig in Verkehr sind. Das Inverkehrbringen von Lebensmitteln, für die Art. 16a Abs. 1 gilt und die den schweizerischen technischen Vorschriften nicht entsprechen, bedarf einer Bewilligung des Bundesamts (<ref-law>), die als Allgemeinverfügung erteilt wird (<ref-law>). In diesem Sinne hat das Bundesamt mit der Verfügung vom 26. August 2010 das Inverkehrbringen des fraglichen geriebenen Käses, dessen Herstellung mit dem deutschen Recht im Einklang steht und der in Deutschland rechtmässig in Verkehr ist, in der Schweiz bewilligt, und zwar unabhängig davon, ob auch die hiesigen Vorschriften zur Produktion und zum Inverkehrbringen von Reibkäse in der Schweiz erfüllt sind.
3. 3.1 Nach <ref-law> ist zur Beschwerde vor dem Bundesverwaltungsgericht berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat. Diese Anforderungen sind besonders bedeutend, wenn es wie hier um die Beschwerde eines Dritten geht, der nicht Verfügungsadressat ist, sondern gegen eine den Adressaten begünstigende Verfügung Beschwerde erhebt. Der Beschwerdeführer muss durch den angefochtenen Entscheid stärker als ein beliebiger Dritter betroffen sein und in einer besonderen, beachtenswerten, nahen Beziehung zur Streitsache stehen. Ein bloss mittelbares oder ausschliesslich allgemeines öffentliches Interesse berechtigt - ohne die erforderliche Beziehungsnähe zur Streitsache selber - nicht zur Beschwerde (<ref-ruling> E. 2.1 S. 174 f.; <ref-ruling> E. 6.1 S. 150 f.; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 252 f.; <ref-ruling> E. 2.1 und E. 3 S. 588 ff.). Juristische Personen können zur Wahrung ihrer eigenen Interessen Beschwerde führen. Sie können aber auch die Interessen ihrer Mitglieder geltend machen, wenn es sich um solche handelt, die sie nach ihren Statuten zu wahren haben, die der Mehrheit oder doch einer Grosszahl ihrer Mitglieder gemeinsam sind und zu deren Geltendmachung durch Beschwerde jedes dieser Mitglieder befugt wäre ("egoistische Verbandsbeschwerde"; <ref-ruling> E. 1.1 S. 542, mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdeführer eine juristische Person und statutarisch zur Wahrung der Interessen eines Grossteils seiner Mitglieder im Zusammenhang mit der Milchverarbeitung und Käseproduktion befugt ist. Indessen seien seine Mitglieder zur Beschwerde nicht berechtigt. Deren Beschwerdelegitimation richte sich nach den Kriterien der Konkurrentenbeschwerde. Diese sei nicht schon aufgrund der blossen Befürchtung zu bejahen, einem verstärkten Konkurrenzdruck ausgesetzt zu sein; vielmehr liege diese Art des Berührtseins im Prinzip des freien Wettbewerbs. Für die Bejahung der Beschwerdelegitimation bedürfe es einer spezifischen Beziehungsnähe, die durch eine spezielle Zulassungs- oder Kontingentierungsordnung geschaffen werden könne; ferner seien Konkurrenten zur Beschwerde legitimiert, wenn sie geltend machten, andere Konkurrenten würden rechtsungleich bzw. privilegiert behandelt. Der Beschwerdeführer mache aber lediglich öffentliche Interessen geltend. Die behaupteten wirtschaftlichen Nachteile begründeten keine ausreichende spezifische Beziehungsnähe. Die Konkurrenten würden auch nicht gegenüber den Mitgliedern des Beschwerdeführers privilegiert, könnten doch diese Mitglieder ebenfalls gemäss <ref-law> nach den Vorgaben der angefochtenen Verfügung geriebenen Käse für den inländischen Markt produzieren. Schliesslich begründe auch das Interesse an der Wahrung des Qualitätsstandards die Beschwerdelegitimation nicht.
3.3 Diese Überlegungen der Vorinstanz entsprechen sowohl in Bezug auf die Konkurrentenbeschwerde (Urteil 2C_694/2009 vom 20. Mai 2010, in <ref-ruling> nicht publ. E. 1.1; <ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling> E. 3d ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.3) als auch auf die fehlende Legitimationsbegründung rein öffentlicher oder ideeller Interessen oder des allgemeinen Interesses an richtiger Rechtsanwendung (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4a) der bundesgerichtlichen Rechtsprechung. Insbesondere kann das Interesse, dass keine gesundheitsgefährdenden oder sonst wie die Vorschriften nicht erfüllenden Lebensmittel in Verkehr gebracht werden, keine Beschwerdelegitimation begründen (BGE <ref-ruling> E. 4b/bb), und zwar auch nicht zu Gunsten der Konkurrenten, welche befürchten, infolge der angeblich rechtswidrigen Zulassung neuer Produkte einen Umsatzrückgang zu erleiden (BGE <ref-ruling> E. 5b). Wohl mag die beanstandete Zulassung von geriebenem Käse aus Deutschland Auswirkungen auf die wirtschaftliche Tätigkeit der Mitglieder des Beschwerdeführers zeitigen; es handelt sich dabei aber um die normale Konsequenz des wirtschaftlichen Wettbewerbs, was nach dem Gesagten gerade keine Beschwerdelegitimation zu begründen vermag. Die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Interessen des Konsumentenschutzes und der Lauterkeit des Handelsverkehrs sind allgemeine öffentliche Interessen, die ebenfalls kein schutzwürdiges Interesse im dargelegten Sinne begründen (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 2C_348/2011 vom 22. August 2011 E. 2.3). Es verhält sich auch anders als in <ref-ruling> E. 1.2, wo das Bundesgericht auf eine Beschwerde von Winzern eingetreten ist, die sich gegen einen Erlass wehrten, welcher die Befugnis zur Verwendung einer kontrollierten Ursprungsbezeichnung für Weine ausdehnen wollte. Die Ursprungsbezeichnungen umschrieben nach festgelegten Kriterien einen Kreis von Produzenten, welche für ihre Produkte eine bestimmte Bezeichnung verwenden dürfen; solche Regelungen dienen der Absatzförderung, indem die bezeichneten Produkte gegenüber anderen einen gewissen Mehrwert aufweisen sollen (vgl. <ref-law> sowie die GUB/GGA-Verordnung [SR 910.12]; <ref-ruling> E. 4.3; Urteil 2C_852/2009 vom 29. Oktober 2010 E. 6.2, sic! 3/2011 S. 176). Sie stellen eine spezielle Zulassungsordnung für die umschriebenen Produkte bzw. ihre Produzenten dar, so dass diese ein schutzwürdiges Interesse daran haben, dass der Kreis nicht ausgedehnt wird. Vorliegend geht es demgegenüber um die Anwendung von Vorschriften, die für die ganze Schweiz einheitlich gelten und eine gesundheitspolizeiliche und lauterkeitsrechtliche Zielsetzung haben (vgl. <ref-law>). Die richtige oder allenfalls falsche Anwendung solcher Vorschriften berührt die Hersteller der betreffenden Produkte nicht "besonders" im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.5 und 2.6). Anders zu entscheiden würde bedeuten, dass jeder Konkurrent gegen jeden Rechtsanwendungsakt, der eine konkurrierende Tätigkeit zulässt, Beschwerde erheben könnte, weil dadurch seine Absatzchancen reduziert werden. Das liefe auf eine generelle Zulassung der Konkurrentenbeschwerde hinaus, was nach dem Gesagten nicht dem Sinn des Gesetzes entspricht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei der Wille des Verordnungsgebers gewesen, den Rechtsmittelweg auch für Drittansprecher zu öffnen, indem Entscheide über die Zulassung von Produkten nach dem Cassis-de-Dijon-Prinzip in einer Allgemeinverfügung zu ergehen hätten. Werde die Beschwerde weiterer betroffener Kreise im Sinne der Dritt- oder Konkurrentenbeschwerde nicht zugelassen, komme es überhaupt nie zu einer gerichtlichen Überprüfung, ob die gesetzlichen Voraussetzungen allgemeiner Natur wie die Interessen des Konsumentenschutzes und die Lauterkeit des Handelsverkehrs eingehalten würden. Eine virtuelle oder potentielle Betroffenheit müsse daher genügen, um als Verfügungsadressat zur Beschwerde zugelassen zu werden. Eine Nichtzulassung komme überdies einer Verletzung der Rechtsweggarantie nach <ref-law> gleich.
4.2 Indem sich der Beschwerdeführer darauf beruft, eine virtuelle oder potentielle Betroffenheit müsse für eine Beschwerdelegitimation genügen, zieht er eine gewisse Analogie zur Anfechtung von Erlassen. Die Allgemeinverfügungen sind davon allerdings zu unterscheiden. Als solche gelten Anordnungen, die weder generell-abstrakt noch individuell-konkret, sondern generell-konkret sind, d.h. zwar einen spezifischen Sachverhalt regeln, aber eine unbestimmte Zahl von Adressaten betreffen (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 2a; Urteil 2C_585/2009 vom 31. März 2010 E. 2.2; MOOR/ POLTIER, Droit administratif, Vol. II, 3. Aufl. 2011, S. 200 ff.; HÄFELIN/ MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, S. 206 f., TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl. 2009, S. 278 f.). Sie werden nach herrschender Lehre und Rechtsprechung in Bezug auf ihre Anfechtbarkeit grundsätzlich den Verfügungen gleichgestellt (BGE <ref-ruling> E. 2b; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., S. 207 f., TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, a.a.O., S. 280 f.; MARKUS MÜLLER, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], Kommentar VwVG, 2008, N. 23 zu Art. 5; FELIX UHLMANN, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Kommentar VwVG, 2009, N. 55 zu Art. 5), namentlich auch in Bezug auf die Legitimation (ISABELLE HÄNER, Die Beteiligten im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, 2000, S. 323 f.; SEILER/VON WERDT/ GÜNGERICH, Bundesgerichtsgesetz, 2007, N. 18 zu Art. 89; BERNHARD WALDMANN, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar BGG, 2008, N. 18 zu Art. 89; MARANTELLI-SONANINI/HUBER, in: Waldmann/ Weissenberger [Hrsg.], Kommentar VwVG, 2009, N. 25 zu Art. 48; vgl. auch das Urteil des Bundesgerichts 2C_348/2011 vom 22. August 2011 E. 3.1).
4.3 Die Anfechtbarkeit von Erlassen ist im hier anwendbaren Verwaltungsverfahrensgesetz des Bundes (VwVG) nicht vorgesehen. Aber auch eine analoge Anwendung der Legitimationsgrundsätze, wie sie gemäss Bundesgerichtsgesetz für die abstrakte Normenkontrolle gelten, würde nicht zur Bejahung der Legitimation führen: Auch die Beschwerdeberechtigung zur Anfechtung von Erlassen (<ref-law>) richtet sich nach <ref-law>. Es wird einzig der Besonderheit von Erlassen Rechnung getragen, dass sie noch nicht einen konkreten Einzelfall regeln, sondern eine unbestimmte Vielzahl von (künftigen) Sachverhalten. Deshalb wird die Legitimation zur Anfechtung - anders als bei der Anfechtung einer Verfügung - nicht an das Erfordernis eines aktuellen Rechtsschutzinteresses geknüpft, sondern es genügt ein virtuelles Interesse, d.h. dass der Beschwerdeführer von der angefochtenen Regelung früher oder später einmal mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit unmittelbar betroffen sein muss (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.1). Wie sich aus dieser Formulierung ergibt, besteht die Abweichung von der Legitimationsordnung bei Verfügungen nur darin, dass die Betroffenheit nicht aktuell schon vorliegen muss. In Bezug auf die Intensität der verlangten (aktuellen bzw. virtuellen) Betroffenheit besteht indessen kein Unterschied zwischen Erlassen und Verfügungen: In beiden Fällen genügt zwar ein rein tatsächliches Interesse (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.2), das jedoch die verlangte Intensität (vorne E. 3) aufweisen muss. Sind Konkurrenten zur Anfechtung einer Verfügung nicht legitimiert, weil sie aktuell nicht im verlangten Ausmass berührt sind, so sind sie auch zur Anfechtung eines Erlasses nicht legitimiert, wenn sie im gleichen Ausmass virtuell berührt sind (vgl. <ref-ruling> E. 2; vgl. auch das Urteil des Bundesgerichts 2C_348/2011 vom 22. August 2011 E. 3.2).
4.4 An diesem Ergebnis ändert die Rechtsweggarantie (<ref-law>) nichts: Diese gewährt einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung bei "Rechtsstreitigkeiten". Eine solche liegt nur vor bei Streitigkeiten, die im Zusammenhang mit einer individuellen schützenswerten Rechtsposition stehen (<ref-ruling> E. 4.3; Urteile 2C_122/2009 vom 22. September 2009 E. 3 und 1C_33/2007 vom 21. April 2008 E. 6.3; GIOVANNI BIAGGINI, BV-Kommentar, 2007, N. 6 zu Art. 29a; MÜLLER/ SCHEFER, Grundrechte in der Schweiz, 4. Aufl. 2008, S. 912 f.; RHINOW ET AL., Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, S. 140 Rz. 427). <ref-law> gibt keinen Anspruch darauf, dass jedermann jedes staatliche Handeln auf seine Rechtmässigkeit hin überprüfen lassen kann und schliesst insbesondere nicht aus, dass die Gesetzgebung die üblichen Legitimationsvoraussetzungen aufstellt (<ref-ruling> E. 4.3; AUER/MALINVERNI/HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, vol II, 2. Aufl. 2006, S. 565 Rz. 1206; AUBERT/MAHON, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, 2003, N. 5 zu Art. 29a; RHINOW ET AL., a.a.O., S. 140 Rz. 428; vgl. auch das Urteil des Bundesgerichts 2C_348/2011 vom 22. August 2011 E. 3.4).
4.5 Schliesslich finden sich in der Literatur zwar vereinzelte Lehrmeinungen, die sich für eine Ausweitung der Beschwerdeberechtigung gerade bei Dritt- oder Konkurrentenbetroffenheit aussprechen (vgl. etwa CHRISTOPH ERRASS, Zur Notwendigkeit der Einführung einer Popularbeschwerde im Verwaltungsrecht, in: AJP 2010, S. 1351 ff.). Solche Auffassungen bilden bisher aber die Ausnahme.
5. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 65 Abs. 1-3 und <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesamt für Gesundheit und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Uebersax