Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdegegnerin) ist eine Bank mit Sitz in Deutschland. Sie gewährte dem in Y._ domizilierten A._ (Beschwerdeführer) ein Darlehen, womit dieser den Erwerb dreier Eigentumswohnungen finanzierte. Nachdem das Darlehen durch Verwertung von Grundpfandsicherheiten teilamortisiert worden war, weigerte sich der Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin den Restbetrag des Darlehens zurückzubezahlen.
B. B.a Mit Weisung des Friedensrichteramtes Wangen-Brüttisellen vom 4. Januar 2007 und Klage vom 5. Januar 2007 gelangte die Beschwerdegegnerin an das Bezirksgericht Uster mit dem Rechtsbegehren, es sei der Beschwerdeführer zur Zahlung von Euro 146'480.01 nebst Zins zu verurteilen.
Mit Urteil vom 26. November 2009 hiess das Bezirksgericht die Klage teilweise gut und verurteilte den Beschwerdeführer zur Zahlung von Euro 128'715.86 nebst Zins an die Beschwerdegegnerin.
B.b Mit Beschluss und Urteil vom 13. April 2011 wies das Obergericht des Kantons Zürich die vom Beschwerdeführer gegen das Urteil des Bezirksgerichts eingelegte Berufung ab.
Das Obergericht kam zum Schluss, dass die Forderung der Beschwerdegegnerin begründet ist und die vom Beschwerdeführer dagegen erhobenen Einwendungen und Einreden in tatsächlicher Hinsicht nicht hinreichend substanziiert wurden.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei der Beschluss und das Urteil des Obergerichts aufzuheben und es sei die Sache an das Bezirksgericht Uster zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe gegen die richterliche Fragepflicht gemäss § 55 der auf den 1. Januar 2011 aufgehobenen Zivilprozessordnung des Kantons Zürich vom 13. Juni 1976 (aZPO/ZH) verstossen, indem sie ihn nicht auf die ungenügende Substanziierung seiner Vorbringen hingewiesen habe.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Mit Präsidialverfügung vom 20. Juni 2011 wurde das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) in einer Zivilsache (<ref-law>). Die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>).
1.2 Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist nur insofern der Beschwerde zugänglich, als es das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit erfüllt, mithin für die gegen dieses erhobenen Rügen kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stand (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 527). Gemäss §§ 281 ff. aZPO/ZH konnte gegen Urteile des Obergerichts kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich erhoben werden. Nach Art. 405 Abs. 1 der seit dem 1. Januar 2011 geltenden Schweizerischen Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 (ZPO; SR 272) gilt für die Rechtsmittel das Recht, das bei der Eröffnung des Entscheides in Kraft ist. Das angefochtene Urteil des Obergerichts wurde nach Inkrafttreten der ZPO eröffnet, womit für das Rechtsmittelverfahren das neue Recht gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 130). Dieses sieht gegen zweitinstanzliche Entscheide kein innerkantonales Rechtsmittel mehr vor (Art. 308 Abs. 1 und Art. 319 ZPO e contrario). Damit erweist sich der angefochtene Entscheid hinsichtlich sämtlicher im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen zulässigen Rügen als letztinstanzlich.
1.3 Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 117 i.V.m. <ref-law>), ist ein materieller Antrag erforderlich. Ausnahmsweise genügt ein blosser Aufhebungsantrag, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte.
Dies ist regelmässig der Fall, wenn die beschwerdeführende Partei - wie hier - hauptsächlich die Verletzung des rechtlichen Gehörs (Urteile 5A_359/2009 vom 4. August 2009 E. 1; 8C_241/2007 vom 9. Juni 2008 E. 1.3.2) bzw. eine willkürliche Anwendung kantonalen Zivilprozessrechts rügt (Urteile 4A_431/2009 vom 18. November 2009 E. 2.7; 4A_338/2007 vom 22. November 2007 E. 1.3). Der vorliegend gestellte Aufhebungsantrag erweist sich damit als zulässig.
1.4 Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht gerügt werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2). Nicht zu den in <ref-law> vorgesehenen Rügegründen gehört hingegen die Verletzung der kantonalen Zivilprozessordnung, deren Anwendung und Auslegung vom Bundesgericht einzig unter dem Blickwinkel eines Verstosses gegen Bundesrecht bzw. gegen Bundesverfassungsrecht beurteilt werden kann (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 4.3 S. 521; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382 f.).
Auf das Verfahren vor der Vorinstanz fand gemäss <ref-law> noch die nunmehr aufgehobene Zivilprozessordnung des Kantons Zürich Anwendung. Soweit der Beschwerdeführer die Verletzung von Normen des kantonalen Zivilprozessrechts rügen will, hat er mithin darzutun, dass dabei gleichzeitig ein Verstoss gegen Bundes- bzw. Bundesverfassungsrecht vorliegt. Der Beschwerdeführer legt zwar zutreffend dar, dass ihm aufgrund des Wegfalls der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde die Möglichkeit fehlt, den angefochtenen Entscheid mit voller Kognition auf Verletzungen von "wesentlichen Verfahrensgrundsätzen" der alten Zürcher Zivilprozessordnung (§ 281 Ziff. 1 aZPO/ZH) hin überprüfen zu lassen. Entgegen seiner Auffassung kann diese Situation jedoch keineswegs zu einer wie auch immer gearteten übergangsrechtlichen Erweiterung der Beschwerdegründe gemäss <ref-law> führen, sondern ist als Konsequenz der insoweit klaren Übergangsbestimmung von <ref-law> hinzunehmen, die - anders als noch der Vorentwurf der Expertenkommission vom Juni 2003 (Art. 391) - ausdrücklich vorsieht, dass für die Rechtsmittel das bei Eröffnung des Entscheids geltende Recht gilt.
1.5 Das Bundesgericht wendet das Recht zwar von Amtes wegen an (<ref-law>; vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Es prüft dabei aber nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Dazu ist unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung ist die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b aOG weiterhin gültig (<ref-ruling> E. 1.4.2). Dies gilt insbesondere für das Willkürverbot gemäss <ref-law>.
Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).

1.6 Der Beschwerdeführer verkennt diese Grundsätze:
Er wirft der Vorinstanz vor, diese habe in willkürlicher Weise gegen die richterliche Fragepflicht gemäss § 55 aZPO/ZH verstossen, indem sie es unterlassen habe, den in erster und zweiter Instanz nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer auf die ungenügende Substanziierung seiner Einwendungen und Einreden hinzuweisen.
Dabei legt der Beschwerdeführer in seiner Eingabe an das Bundesgericht zunächst unter Hinweis auf Lehre und kantonale Rechtsprechung zu § 55 aZPO/ZH die Tatbestandsvoraussetzungen und Rechtsfolgen der richterlichen Fragepflicht gemäss Zürcher Recht dar. Anschliessend versucht er anhand seiner Vorbringen in den kantonalen Verfahren aufzuzeigen, dass die entsprechenden Tatbestandselemente erfüllt und somit sowohl das Bezirksgericht als auch die Vorinstanz verpflichtet gewesen wären, den Beschwerdeführer auf die ungenügende Substanziierung seiner Vorbringen hinzuweisen.
Obwohl er dabei vorgibt, eine willkürliche Anwendung des kantonalen Zivilprozessrechts rügen zu wollen, lässt sich seinen Ausführungen jedoch nicht entnehmen, inwiefern die Vorinstanz § 55 aZPO/ZH nicht nur falsch, sondern geradezu unhaltbar, also willkürlich angewendet haben soll. Der Beschwerdeführer präsentiert seine subtilen Erörterungen vielmehr in einer Weise, als ob das Bundesgericht die Anwendung von § 55 aZPO/ZH mit freier Kognition überprüfen könnte, und verkennt dabei offensichtlich sowohl die Tragweite der Rügegründe gemäss <ref-law> als auch die strengen Begründungsanforderungen an Willkürrügen gemäss <ref-law>. Letzteren vermag seine Beschwerdeschrift nicht zu genügen. Auf die Rüge, die Vorinstanz habe § 55 aZPO/ZH willkürlich angewendet, ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
1.7 Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz habe mit der Verletzung von § 55 aZPO/ZH gleichzeitig seinen Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> verletzt.
Diese Rüge ist unbeachtlich, geht doch die Gehörsrüge gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung in der Rüge der willkürlichen Anwendung der Fragepflicht auf und hat neben dieser keine selbständige Bedeutung (vgl. den Leitentscheid <ref-ruling> E. 1 S. 435; zuletzt bestätigt in Urteil 5A_792/2010 vom 24. März 2011 E. 3).
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni