Sachverhalt:
A.
Die A._ GmbH (Klägerin, Beschwerdeführerin) und die B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) schlossen im Juni 2009 einen Werkvertrag über Boden- und Wandplattenarbeiten in der Wohnüberbauung C._ in U._. Am 26. bzw. 31. August 2009 unterzeichneten sie einen weiteren Werkvertrag über Boden- und Wandplattenarbeiten in der Wohnüberbauung D._ in V._.
In beiden Verträgen war als Werklohn ein Pauschalpreis vorgesehen: Für das Objekt C._ betrug dieser Fr. 1'360'000.-- netto und für die D._ Fr. 305'000.-- netto. Die Beklagte leistete der Klägerin Akontozahlungen von insgesamt Fr. 1'100'000.-- für das C._ und von Fr. 270'000.-- für die D._.
Die Parteien hatten schon vor diesen beiden Projekten zusammengearbeitet. Insbesondere waren sie im Zusammenhang mit dem Wohnpark E._ in U._ ein Werkvertragsverhältnis über Boden- und Wandplattenarbeiten eingegangen.
In der Wohnüberbauung C._ wurden 118 Wohneinheiten erstellt, in der D._ deren 34.
In 20 Wohneinheiten im C._ und in einer Wohneinheit an der D._ führte die Klägerin gar keine Arbeiten aus. In acht Wohneinheiten des Projekts C._ und sechs Wohneinheiten der D._ leistete sie Arbeiten in reduziertem Umfang.
B.
Mit Klage vom 13. März 2012 beantragte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Bern, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr Fr. 196'613.-- nebst Zins sowie Fr. 200.-- Betreibungskosten und Fr. 250.-- Kosten des Aussöhnungsversuchs zu bezahlen. Ferner sei in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Oberland, Dienststelle Oberland West, definitive Rechtsöffnung zu erteilen. In der Replik erhöhte die Klägerin die Klageforderung auf Fr. 198'784.70. Die Beklagte trug auf Abweisung der Klage an und erhob Widerklage auf Bezahlung von Fr. 53'776.75 nebst Zins. An der Fortsetzungsverhandlung reduzierte sie ihre Widerklageforderung auf Fr. 49'000.--.
Mit Entscheid vom 4. Dezember 2013 wies das Handelsgericht die Klage ab und verpflichtete die Klägerin in weitgehender Gutheissung der Widerklage, der Beklagten Fr. 45'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Widerklage ab.
C.
Die Klägerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Handelsgerichts vom 4. Dezember 2013 aufzuheben und die Klagebegehren gutzuheissen. Die Widerklage der Beklagten sei vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Die Beklagte beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts ist ein Endentscheid (<ref-law>). Gegen Entscheide der als einzige kantonale Instanzen im Sinne von <ref-law> urteilenden Handelsgerichte (<ref-law>) ist die Beschwerde an das Bundesgericht streitwertunabhängig gegeben (<ref-ruling> E. 1.2). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Erwägung 2) - auf die Beschwerde einzutreten.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.1/2.2; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444). Macht die beschwerdeführende Partei eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn sie einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Sie hat vielmehr anhand der Erwägungen des angefochtenen Urteils im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieses offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 60; <ref-ruling> E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.8; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1. S. 399).
2.2. Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (vgl. <ref-law>). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf die beschwerdeführende Partei die Replik nicht dazu verwenden, ihre Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4). Die Replik ist nur zu Darlegungen zu verwenden, zu denen die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten Anlass geben (vgl. <ref-ruling> E. 2.2).
Soweit die Beschwerdeführerin in ihrer Replik darüber hinausgeht, können ihre Ausführungen nicht berücksichtigt werden.
2.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Entsprechende Rügen sind überdies bloss zulässig, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90; Urteile 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.3.1).
Zu beachten ist ferner, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1). Dies ist dann der Fall, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234; <ref-ruling> E. 4.2). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b).
Das Bundesgericht ist namentlich auch dann keine Appellationsinstanz, wenn als Vorinstanz ein Handelsgericht und damit eine einzige kantonale Instanz entschieden hat. Die Beschwerdeführerin scheint dies zu verkennen. Sie kann im Folgenden nicht gehört werden, soweit sie ihre Argumentation auf einen Sachverhalt stützt, der von den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht, ohne im Einzelnen hinreichend begründete Sachverhaltsrügen gemäss den eben dargelegten Grundsätzen zu formulieren. Unbeachtet bleiben muss namentlich, wenn sie auf S. 5 ff. der Beschwerde den Sachverhalt aus eigener Sicht darlegt.
3.
Die Parteien haben in den beiden Werkverträgen unstreitig je einen Pauschalpreis vereinbart. Fest steht auch, dass die Beschwerdeführerin nicht alle in den Werkverträgen vorgesehenen Leistungen ausführte. Der Streit dreht sich um die Fragen der Zulässigkeit dieses veränderten Leistungsumfangs und dessen Wirkung auf den Werklohn.
3.1. Die Vorinstanz stellte hinsichtlich der Möglichkeit einer Bestellungsänderung fest, dass in beiden Werkverträgen auf gleichlautende allgemeine und spezielle Vertragsbedingungen "als integrierter Vertragsbestandteil" verwiesen werde. In den Allgemeinen Werkvertragsbedingungen (AWB), welche kraft Unterzeichnung gültig übernommen worden seien, werde unter Ziffer 1/2 festgehalten, dass bestimmte Bedingungen der SIA-Norm 118 (Ausgabe 1977/91) "Allgemeine Bedingungen für Bauarbeiten" vorgingen. Die Bestimmungen des OR, insbesondere <ref-law>, seien damit nur subsidiär anwendbar, soweit sie nicht zwingendes Recht enthielten.
Gemäss der Vorinstanz haben die Parteien in Ziffer 5 AWB unter dem Titel "Projektänderungen (SIA-Norm 118; Art. 11+87-89) " Folgendes vereinbart:
"Kommt im Falle von Projektänderungen keine Einigung über die Preisanpassung zustande, so ist die Generalunternehmerin berechtigt, die entsprechenden Arbeiten unter Ausschluss von Entschädigungsfolgen an Dritte zu vergeben.
Bei Projektreduktionen ist die Generalunternehmerin berechtigt, den Werkpreis um die entsprechenden Minderpreise zu reduzieren."
Die Vorinstanz legte ihrem Entscheid diese Vereinbarung zu Grunde.
3.2. Die Beschwerdeführerin behauptet demgegenüber, die Parteien hätten gemäss übereinstimmendem wirklichem Willen einen "Gesamtauftrag" vereinbart, nach dem sich nicht nur die Beschwerdeführerin zum Bearbeiten sämtlicher 118 bzw. 34 Wohneinheiten, sondern auch die Beschwerdegegnerin zur Vergabe dieser gesamten Arbeiten an die Beschwerdeführerin vertraglich verpflichtet hätten. Der so verstandene "Gesamtauftrag" derogiere die weiteren integrierten Bestandteile, mithin die AWB und die Bestimmungen der SIA-Norm 118. Da sie (die Beschwerdeführerin) nicht alle Arbeiten "erhalten" habe, liege eine Vertragsverletzung durch die Beschwerdegegnerin vor. Die Beschwerdeführerin habe einen vertraglichen Schadenersatzanspruch nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>, es sei denn, die - beweisbelastete - Beschwerdegegnerin hätte vor der Vorinstanz aufzeigen können, dass dennoch keine Vertragsverletzung vorliege, oder dass sie kein Verschulden treffe. Beides sei ihr nicht gelungen.
Diese Argumentation gebricht bereits am Umstand, dass die Vorinstanz keinen den Behauptungen der Beschwerdeführerin entsprechenden tatsächlichen Parteiwillen zum Abschluss eines "Gesamtauftrags" mit dem von der Beschwerdeführerin behaupteten Inhalt festgestellt hat. Was die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang gegen den angefochtenen Entscheid vorbringt, erschöpft sich in appellatorischer Kritik, die nicht zu einer Korrektur des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts führen kann. Rechtsgenügend begründete Sachverhaltsrügen werden demgegenüber nicht vorgetragen (vgl. Erwägung 2.2).
4.
4.1. Die Vorinstanz stellte fest, dass die Parteien konkludent eine Reduktion des Leistungsumfangs vereinbart hätten, welche die Beschwerdegegnerin zu einer entsprechenden Reduktion des Werkpreises berechtige. Sie stützte dieses Erkenntnis auf Ziffer 5 Abs. 2 AWB und gelangte in objektiver Auslegung zum Ergebnis, Projektreduktionen seien insofern zulässig gewesen, als ein Wohnungskäufer einzelne Arbeiten selbst habe ausführen oder durch Dritte habe ausführen lassen wollen. Sie erwog, die Käuferbetreuung sei gemäss Werkvertrag Aufgabe der Beschwerdeführerin gewesen. Wenn sie nun Änderungswünsche der Käufer vorbehaltlos der Bauherrin mitgeteilt habe, sei darin eine konkludente Offerte zur Bestellungsänderung zu erblicken, welche die Beschwerdegegnerin konkludent - durch entsprechende Vergütung an die Käuferschaft - angenommen habe. Damit sei die Beschwerdegegnerin berechtigt, das Entgelt der Beschwerdeführerin im Sinne von Ziffer 5 Abs. 2 AWB um "die entsprechenden Minderpreise" zu reduzieren. Die Vorinstanz sah dieses Ergebnis bestärkt im Umstand, dass es in der Regel die Beschwerdeführerin gewesen sei, die mit den Käufern verhandelt habe. Sie hätte es demnach in der Hand gehabt, rechtzeitig von der Beschwerdegegnerin die Vereinbarung eines neuen Preises zu verlangen. Dies habe sie aber nicht getan. Auch sei die Bestimmung von Ziffer 5 Abs. 2 AVB entgegen der Beschwerdeführerin nicht ungewöhnlich, da die Parteien schon beim Projekt E._ genau so verfahren seien. Auch dort sei nur ein Teil der Arbeiten ausgeführt und entsprechend sei nicht der volle Pauschalpreis bezahlt worden.
4.2. Der Beschwerde sind keine einschlägigen, hinlänglich begründeten Rügen zu entnehmen, welche diese rechtlichen Erwägungen der Vorinstanz als bundesrechtswidrig ausweisen würden. Weder wird dargetan, dass Ziffer 5 Abs. 2 AVB auf die konkludent - einvernehmlich - erfolgte Reduktion des Leistungsumfangs nicht anwendbar sein sollte, noch wird nachvollziehbar begründet, weshalb angesichts der vertraglichen Verantwortung der Beschwerdeführerin für die Käuferbetreuung und die vorbehaltlose Mitteilung individueller Käuferwünsche an die Beschwerdegegnerin nicht von einer einvernehmlich erfolgten Leistungsreduktion ausgegangen werden dürfte. Die Beschwerdeführerin baut ihre Kritik auf ihrer eigenen Behauptung auf, die Parteien hätten einen "Gesamtauftrag" vereinbart, der die Verpflichtung der Beschwerdegegnerin enthalten habe, die Vergabe aller Arbeiten an die Beschwerdeführerin zu gewährleisten. Da sich diese Behauptung indessen im vorinstanzlichen Verfahren nicht erhärten liess und auch der Überprüfung durch das Bundesgericht nicht zugrunde gelegt werden kann (vgl. Erwägung 3.2), entbehren die insofern geübte Kritik sowie die Ausführungen zur behaupteten Nichterfüllung dieser angeblichen Vertragspflicht der Grundlage und vermögen nicht durchzudringen. Ebenso an der Sache vorbei gehen bei dieser Ausgangslage die Ausführungen in der Beschwerde zur angeblich fehlenden Exkulpation, weshalb sich eine Auseinandersetzung damit erübrigt.
Die Beschwerdeführerin vermag demnach keinen Grund aufzuzeigen, um von der vorinstanzlichen Auslegung abzuweichen. Gemäss der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz kann auch ein Pauschalpreis bei verändertem Leistungsumfang angepasst werden, wenn dies - wie vorliegend in Ziffer 5 Abs. 2 AVB - entsprechend vereinbart ist. Der Vorinstanz ist sodann ohne Weiteres beizupflichten, wenn sie dafür hält, die Beschwerdeführerin müsse es zumindest als konkludenten Akzept einer Leistungsreduktion gelten lassen, wenn sie als Unternehmerin, die ein Interesse an den Arbeiten habe, dem Bauherren mitteile, dass sie gewisse Arbeiten nicht ausführe, ohne Schadenersatz oder Schadloshaltung vorzubehalten und im Wissen darum, dass sie beim Vorgängerprojekt E._ in der analogen Situation nicht den ganzen Pauschalpreis erhalten habe. Es bleibt somit bei der vorinstanzlichen Schlussfolgerung, dass die Parteien einvernehmlich eine Leistungsreduktion vornahmen, die gemäss der ausdrücklichen Vereinbarung in Ziffer 5 Abs. 2 AVB zu einer entsprechenden Reduktion des Werkpreises führt.
5.
Eventualiter ficht die Beschwerdeführerin die vorinstanzliche Berechnung des Minderpreises an.
5.1. Die Vorinstanz hielt fest, dass die Parteien in den AVB nicht geregelt hätten, wie der Minderpreis bei einer Leistungsreduktion zu berechnen sei. Demnach gälten die subsidiär anwendbaren Bestimmungen der SIA-Norm 118. Deren Art. 84 ff. regelten zwar nur die einseitige Bestellungsänderung und ihre Folgen. Dennoch sei davon auszugehen, dass die Parteien mangels anderer Abrede die darin vorgesehenen Folgen - insbesondere die Bestimmung des Minderpreises - stillschweigend auch auf die vereinbarten Bestellungsänderungen anwenden wollten. Es würde sich auch aufdrängen, diese Bestimmungen heranzuziehen, wenn keine Verständigung über den Minderpreis vorläge und demnach eine richterliche Vertragsergänzung zum Zuge käme (<ref-law>).
Ein solches Vorgehen, mithin die sinngemässe Anwendung der Art. 84 ff. SIA-Norm 118 auf einvernehmliche Bestellungsänderungen, wird auch in der Literatur befürwortet, weil diese Bestimmungen zur Natur des Vertrages passen, für den die SIA-Norm 118 übernommen wurde (siehe Egli, in: Kommentar zur SIA-Norm 118, Art. 38-156 [Ausgabe 1977/1991], 1992, Vorbemerkungen zu Art. 84-91 SIA-Norm 118, S. 208; vgl. auch Spiess/Huser, Norm SIA 118, Stämpflis Handkommentar, 2014, N. 11 zu Art. 84 SIA-Norm 118). Das Vorgehen der Vorinstanz ist in diesem Sinne bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
5.2. Nach Art. 89 Abs. 2 SIA-Norm 118 wird der Nachtragspreis bei Leistungen zu Pauschalpreisen auf der Basis jener Kostengrundlage vereinbart, die im Zeitpunkt der Bestellungsänderung gültig ist. Kommt keine Einigung zustande, ist der Minderpreis nach Art. 89 SIA-Norm 118 durch den Richter zu bestimmen. Dabei wird der Nachtragspreis aus dem zugehörigen Pauschalpreis hergeleitet, unter Berücksichtigung der massgeblichen Unterschiede, die sich aus der Bestellungsänderung ergeben. Ein Leistungsverzeichnis kann dabei als Hilfsmittel dienen (siehe Egli, a.a.O., N. 10 i.V.m. N. 9 zu Art. 89 SIA-Norm 118).
In Berücksichtigung dieses Grundsatzes leitete die Vorinstanz den Minderpreis aus dem vereinbarten Pauschalpreis her, indem sie ihn anhand eines auf der Basis der Pauschale umgerechneten Quadratmeterpreises berechnete. Betreffend das Projekt C._ berechnete die Vorinstanz für die Leistungsreduktion einen Minderpreis von Fr. 310'000.--. Diesen brachte sie vom Pauschalpreis von Fr. 1'360'000.-- in Abzug, womit nach Berücksichtigung der Anzahlung von Fr. 1'100'000.-- ein Guthaben der Beschwerdegegnerin von Fr. 50'000.-- resultierte. Von diesem Ergebnis zog die Vorinstanz "ex aequo et bono" 10 % ab, um den beträchtlichen rechnerischen Unsicherheiten Rechnung zu tragen, so dass sie die Widerklage im Umfang von Fr. 45'000.-- guthiess.
Beim Projekt D._ resultierte nach der gleichen Berechnungsweise ein Guthaben der Beschwerdegegnerin von Fr. 2'600.--. Da sich die Beschwerdegegnerin insoweit aber mit den geleisteten Zahlungen als auseinandergesetzt erklärt hatte, begnügte sich die Vorinstanz mit dem Schluss, dass jedenfalls die Beschwerdeführerin aus diesem Projekt nichts mehr zu fordern habe.
5.3. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht nicht mit den "Budgetpreisen" pro Quadratmeter von Fr. 70.-- (Nasszellen) respektive Fr. 90.-- (Böden und Wände Wohnbereiche) gerechnet und dies in Verletzung von <ref-law> nicht begründet. Zudem habe sie in willkürlicher Weise verneint, dass beim Projekt E._ mit diesen Budgetpreisen abgerechnet worden sei.
Die Rüge geht fehl. Zunächst begründete die Vorinstanz das Nichtabstellen auf die "Budgetpreise" sehr wohl, nämlich damit, dass eine entsprechende Parteiabrede nicht Vertragsinhalt sei und auch nicht nachträglich getroffen worden sei. Zudem würden "Budgetpreise" nach anderen Kriterien festgelegt als Werkpreise. Eine Verletzung der Begründungspflicht nach <ref-law> liegt angesichts dieser hinreichenden Erwägungen nicht vor (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188).
Inwiefern es bundesrechtswidrig sein soll, wenn die Vorinstanz gemäss Art. 89 SIA-Norm 118 vom vereinbarten Pauschalpreis ausging und diesen auf die betreffenden Flächen umrechnete, legt die Beschwerdeführerin nicht dar und ist nicht ersichtlich.
Ebenso wenig vermag sie eine willkürliche Beweiswürdigung aufzuzeigen im Zusammenhang mit dem Schluss der Vorinstanz, dass auch das Projekt E._ nicht anhand der "Budgetpreise" von Fr. 70.-- respektive Fr. 90.-- abgerechnet worden sei, und, der Beschwerdeführerin sei der Nachweis nicht gelungen, dass die Parteien nachträglich übereingekommen seien, dass die Minderleistungen zu Quadratmeterpreisen von Fr. 70.--/90.-- abgerechnet werden sollten. Sie führt dazu an, die Vorinstanz habe die "Chronologie" in den Aussagen des Zeugen F._ "verwechselt". Selbst wenn dies zutreffen sollte, bleibt es indessen bei der von der Vorinstanz wiedergegeben Zeugenaussage, wonach die Berechnung betreffend das Projekt E._ nicht auf der Basis von Quadratmeterpreisen Fr. 70.--/90.-- erfolgt sei. Es sei darum gegangen, die Pauschale so auf die Wohneinheiten umzurechnen, dass das Total wieder die Pauschale ergebe. Wenn die Vorinstanz aus diesen Zeugenaussagen gerade nicht ableiten konnte, dass das Projekt E._ anhand der "Budgetpreise" Fr. 70.--/90.-- abgerechnet worden war, ist dies keineswegs unhaltbar, sondern plausibel und entspricht der zitierten Zeugenaussage.
5.4. Die Beschwerdeführerin moniert sodann eine Reihe von Verfahrensmängeln bei der Ermittlung der Minderflächen, mithin derjenigen Flächen, welche die Beschwerdeführerin nicht bearbeitet hat.
5.4.1. Soweit sie der Vorinstanz im Zusammenhang mit der Verfügung vom 27. November 2013, mit der die Eingabe der Beschwerdeführerin vom 15. November 2013 inklusive Beilagen aus den Akten gewiesen wurde, eine Verletzung der Begründungspflicht, von <ref-law> und des Willkürverbots vorwirft, stossen ihre Rügen ins Leere, nachdem die Vorinstanz mit Beschluss vom 3. Dezember 2013 in Derogation jener Verfügung vom 27. November 2013 die aus dem Recht gewiesene Eingabe der Beschwerdeführerin vom 15. November 2013 vorläufig wieder zu den Akten erkannte. Ohnehin lässt die Beschwerdeführerin ausser Acht, dass eine Zwischenverfügung nach <ref-law> nur dann mit dem Endentscheid angefochten werden kann, wenn sie sich auf dessen Inhalt auswirkt. Inwiefern Letzteres der Fall sein soll, führt die Beschwerdeführerin nicht aus, weshalb auf ihre diesbezügliche Kritik nicht weiter einzugehen ist. Dasselbe gilt auch, soweit die Beschwerdeführerin die Verfügung vom 28. August 2013 kritisiert und die Vorwürfe der Verletzung der Begründungspflicht, des Willkürverbots, von <ref-law> (Beweislast) sowie von <ref-law> erhebt. Es wird nicht dargetan, inwiefern sich diese Zwischenverfügung im Sinne von <ref-law> auf den Inhalt des Endentscheids auswirkt. Auf die daran geübte Kritik kann daher nicht eingetreten werden.
5.4.2. Die Vorinstanz wies die Eingabe der Beschwerdeführerin vom 15. November 2013 im angefochtenen Entscheid mit der Begründung aus dem Recht, dass der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin nicht die Unzulässigkeit der Editionsaufforderung vom 28. August 2013 geltend gemacht habe, sondern seinerseits Noven vorbringe, was unzulässig sei. In der Beschwerde wird dies beanstandet, jedoch nicht konkret begründet, inwiefern die Vorinstanz das Novenrecht (<ref-law>) verletzt haben soll. Damit bleibt die Rüge ohne Erfolg.
5.4.3. Die Beschwerdeführerin beanstandet sodann, dass die Vorinstanz für die Ermittlung der Minderflächen auf die Tabellen der Beschwerdegegnerin abgestellt habe, welche diese dem Gericht an der Verhandlung vom 3. Dezember 2013 eingereicht habe. Sie sieht auch insofern <ref-law> und <ref-law> verletzt.
Die Vorinstanz begründete die Entgegennahme dieser Übersichtstabellen damit, dass die Tabellen Zahlen beinhalteten, die sich aus den bereits eingereichten Beweismitteln ergeben würden. Die Zahlen würden nicht gewürdigt, sondern lediglich tabellarisch zusammengefügt. Die Tabellen erleichterten dem Gericht die Arbeit und stellten Hilfsmittel für die Nachvollziehbarkeit des Schlussvortrages dar. Die Vorinstanz stellte daher auf die Tabellen ab, soweit diese nur einen Zusammenzug der bereits vorhandenen Zahlen darstellten und keine Noven enthielten. Mit diesen einleuchtenden Erwägungen der Vorinstanz setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander, und sie liefert keine hinlängliche Begründung, weshalb sie bundesrechtswidrig sein sollen.
Sie bringt jedoch vor, die Tabellen hätten durchaus Noven enthalten, nämlich hinsichtlich der Minderleistungen "Treppen". Die Vorinstanz ging demgegenüber auch betreffend die Minderleistungen "Treppen" nicht von Noven aus, sondern davon, dass sich die diesbezüglichen Angaben (betreffend ursprüngliches Volumen und betreffend Minderleistungen) auch aus den Ausschreibungsunterlagen (KB 6 und KAB 7) und aus der Klageantwortbeilage 36 ergeben würden. Dass es geradezu unhaltbar gewesen wäre, wenn die Vorinstanz auch insoweit davon ausging, dass die besagten Tabellen keine Noven enthielten, sondern die Angaben den bereits eingereichten Unterlagen entnommen werden könnten, ist nicht ersichtlich. Indem die Vorinstanz auch betreffend die Minderleistungen im Bereich der Treppen nicht von Noven ausging und auf die genannten Übersichtstabellen abstellte, hat sie die Grenze zur Willkür nicht überschritten.
5.5. Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, dass die Vorinstanz für ihre Berechnungen auf "unklar gebliebene" Quadratmeterpreise abgestellt habe. Sie habe ihre Begründungspflicht verletzt und sei in Willkür verfallen.
Der Willkürvorwurf ist nicht hinlänglich begründet. Darauf ist nicht einzugehen. Sodann ist die Begründungspflicht nicht verletzt, hat die Vorinstanz ihre Berechnungsweise des Minderpreises doch begründet und ausgeführt, der Minderpreis werde anhand eines auf der Basis der Pauschale umgerechneten Quadratmeterpreises berechnet. Dabei erläuterte sie die konkret der Berechnung zugrunde gelegten Quadratmeterpreise als durchschnittlichen Quadratmeterpreis, der sich ergebe, wenn die Pauschale nach Abzug der verhältnismässigen Netto-Treppenkosten durch das Total der Plattenflächen dividiert werde. Die Gehörsrüge ist unberechtigt.
5.6. Schliesslich beanstandet die Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz den der Beschwerdegegnerin gewährten Rabatt von 30 % nicht wieder aufgerechnet habe.
Die Vorinstanz lehnte dies ab, da sachverhaltsmässig nicht erstellt sei, dass der Rabatt einzig aufgrund des (ganzen) Auftragsvolumens gewährt worden sei. Sie erwog, der veränderte Leistungsumfang weiche zudem nicht derart von der ursprünglich vereinbarten Leistung ab, dass der Minderpreis nicht mehr vom ursprünglich vereinbarten Werkpreis abgeleitet werden könnte und ein "neuer" Werkpreis festgesetzt werden müsste.
Die Beschwerdeführerin bringt vor, der "Inhaber G._" habe an der Parteieinvernahme vom 3. Dezember 2013 den Rabatt für die D._ mit nur 34 Wohneinheiten nachvollziehbar so erläutert, dass dieser Auftrag unmittelbar nach demjenigen für das C._ zur Diskussion gestanden habe. Nach seinem Verständnis habe er diesen Auftrag von H._ "eben nur mit demselben Rabatt von 30 % erhalten". Die Beschwerdegegnerin habe diese Ausführungen nicht mehr bestritten, weshalb das Gericht darauf hätte abstellen müssen. Es habe somit die Verhandlungsmaxime verletzt.
Laut der Vorinstanz war zwischen den Parteien strittig, ob die Beschwerdeführerin nur des gesamten Volumens wegen einen Rabatt gewährt habe. Dementsprechend lag eine bestrittene Behauptung vor, über die Beweis zu führen war (<ref-law>). Von einer unbestrittenen Tatsachenbehauptung ist demnach entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht auszugehen, und eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes scheidet aus.
Die Vorinstanz würdigte demnach die Beweise, namentlich die Aussagen von I._ und G._. Sodann zog sie in Betracht, dass die Beschwerdeführerin bei der D._, gleich wie beim C._, 30 % Rabatt gewährt habe, obwohl das Volumen des Projekts C._ rund vier Mal grösser gewesen sei als dasjenige der D._ und sich entsprechend auch der Werkpreis erheblich unterschieden habe. Gegen einen massgeblichen Einfluss des Arbeitsvolumens spreche auch der Umstand, dass die Beschwerdeführerin gemäss Offerte beim C._ anfänglich nur 10 % Rabatt vorgesehen habe, dagegen beim (viel kleineren) Projekt D._ bereits die 30 %. Zudem habe sie gestützt auf ihre Erfahrungen mit dem Projekt E._ damit rechnen müssen, dass einzelne Käufer die Plattenarbeiten nicht ihr übertragen würden. Trotzdem habe sie diesbezüglich keine vertraglichen Vorbehalte angebracht. Deshalb sei davon auszugehen, dass das Auftragsvolumen bei der Preisgestaltung nicht eine entscheidende Rolle gespielt habe, sondern vielmehr die langjährigen Geschäftsbeziehungen zwischen den Parteien.
Inwiefern dieser Schluss der Vorinstanz geradezu willkürlich sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar und ist auch nicht augenfällig. Es besteht daher für das Bundesgericht auch im Punkt der Rabattgewährung kein Anlass, in den vorinstanzlichen Entscheid einzugreifen.
5.7. Der Beschwerde kann demnach auch in der gegen die Berechnung des Minderpreises gerichteten Eventualbegründung nicht gefolgt werden.
6.
Zuletzt kritisiert die Beschwerdeführerin die Protokollführung durch die Vorinstanz an der Verhandlung vom 3. Dezember 2013. Die Protokollführung sei unvollständig, weil sie keinen Hinweis auf die Würdigung der Zeugenaussagen durch die Beschwerdeführerin enthalte, was einen Verfahrensfehler (Verletzung von <ref-law>) darstelle.
Dass ein Hinweis auf die Würdigung der Zeugenaussagen durch die Beschwerdeführerin in das Protokoll hätte aufgenommen werden müssen, ergibt sich nicht aus den von der Beschwerdeführerin angerufenen Bestimmungen. Eine ausdrückliche Protokollierung erscheint mit Blick auf den protokollierten Vermerk, die Anträge würden begründet, auch nicht erforderlich, ist doch nicht ersichtlich, was mit einem solchen blossen Hinweis zusätzlich gewonnen worden wäre. Vor allem konkretisiert die Beschwerdeführerin nicht, welche entscheiderheblichen Ausführungen sie gemacht haben will, die nicht protokolliert wurden und deshalb zu ihrem Nachteil von der Vorinstanz nicht berücksichtigt worden wären. Das Rechtsschutzinteresse an der Rüge unvollständiger Protokollführung ist daher nicht ersichtlich, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist.
7.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Parteientschädigung wird gemäss Praxis festgelegt, ohne dass die obsiegende Partei eine Kostennote einreichen müsste (vgl. Art. 12 Reglement über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht vom 31. März 2006 [SR 173.110.210.3]). Es erübrigt sich daher, die Beschwerdegegnerin wie beantragt zur Einreichung einer Kostennote aufzufordern.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. September 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz