Arbeitsvertrag; Lohnanspruch; Überstunden, hat sich ergeben:
A.- B._ war vom 19. Juli 1993 bis zum 31. August 1995 in der Bäckerei/Konditorei von A._ angestellt.
Das Arbeitsverhältnis endete durch Kündigung des Arbeitgebers.
In einem ersten Prozess klagte B._ vor Arbeitsgericht Gossau gegen A._ auf Lohn, Gratifikation und Feststellung, dass eine missbräuchliche Kündigung vorliege.
Das Gericht hiess die Klage am 28. Juni 1996 im Umfang von Fr. 2'137.-- brutto teilweise gut. Gegen dieses Urteil führte der Kläger Berufung, welche vom Kantonsgericht am 10. Oktober 1996 abgewiesen wurde.
B.- Am 26. August 1998 reichte B._ gegen A._ erneut eine Klage ein. Mit dieser forderte er die Bezahlung von Lohnguthaben sowie Überstunden- und Ferienentschädigung im Betrag von insgesamt Fr. 14'572. 65 nebst Zins. Das Arbeitsgericht Gossau wies die Klage am 20. Januar 1999 ab. Auf Berufung des Klägers hin hob das Kantonsgericht St. Gallen dieses Urteil am 6. Mai 1999 auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Arbeitsgericht zurück.
Mit Urteil vom 6. August 1999 hiess das Arbeitsgericht die Klage im Umfang von Fr. 7'098. 80 nebst Zins teilweise gut.
Das Kantonsgericht wies am 31. März 2000 eine gegen dieses Urteil gerichtete Berufung des Beklagten ab, erhöhte jedoch den zugesprochenen Betrag auf Grund der Anschlussberufung des Klägers auf Fr. 11'324. 30 nebst Zins.
C.- Der Beklagte gelangt mit Berufung gegen dieses Urteil an das Bundesgericht. Er beantragt die vollumfängliche Abweisung der Klage. Der Kläger fordert die Abweisung des Rechtsmittels.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der vorliegende Rechtsstreit dreht sich um die Fragen, ob dem Kläger eine Entschädigung wegen Überstunden zusteht, ob er noch Anspruch auf Feriengeld hat und ob der Beklagte gegebenenfalls Verrechnung mit früher möglicherweise zuviel bezahltem Lohn geltend machen kann. Nicht mehr streitig ist die Frage, ob der Beklagte dem Kläger die weiteren von der Krankentaggeldversicherung erhaltenen Beträge herausgeben muss. Das Kantonsgericht hat die Überstunden als nachgewiesen, sowie den Ferienanspruch als gegeben erachtet.
Die Verrechnung wurde nicht zugelassen, da über die zur Verrechnung gestellte Forderung bereits in einem früheren Verfahren geurteilt worden sei.
Der Beklagte macht geltend, das angefochtene Urteil verstosse gegen <ref-law> und gegen den in <ref-law> verankerten Untersuchungsgrundsatz. Weiter führt er an, das Kantonsgericht habe <ref-law> und die Bestimmungen über die Verrechnung bzw. den bundesrechtlichen Grundsatz der res iudicata falsch angewendet. Der Beklagte macht Bundesrechtsverletzungen geltend; auf die Berufung ist daher grundsätzlich einzutreten.
Nicht gehört werden können jedoch diejenigen Ausführungen in der Berufungsschrift, welche sich gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz richten. Ebenso sind die verschiedenen Beweisanträge im Berufungsverfahren unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG).
2.- Der Beklagte hält <ref-law> und <ref-law> für verletzt, weil das Kantonsgericht seinen Antrag, die den Kläger behandelnden Ärzte einzuvernehmen, abgelehnt hat.
a) <ref-law> regelt nicht nur die Beweislast. Aus dieser Bestimmung ergibt sich auch ein Anspruch, überhaupt zum Beweis zugelassen zu werden (<ref-ruling> E. 3c S. 223; <ref-ruling> E. 1 S. 443; <ref-ruling> E. 2 S. 290; HansSchmid, Basler Kommentar, 1996, N 6 zu <ref-law>; Kummer, Berner Kommentar, N 74 ff. zu <ref-law>). Der Beklagte übersieht jedoch, dass ein Anspruch auf Beweisabnahme nur insoweit besteht, als der behauptete Sachverhalt für den Ausgang des Verfahrens erheblich ist (<ref-ruling> E. 2b S. 40; <ref-ruling> E. 3c 223; <ref-ruling> E. 1 S. 443). Weiter ist festzuhalten, dass <ref-law> dem Sachrichter nicht vorschreibt, mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären ist und wie die Beweise zu würdigen sind. Die Schlüsse, die das kantonale Gericht in tatsächlicher Hinsicht aus Beweisen und konkreten Umständen zieht, sind im Berufungsverfahren nicht überprüfbar (<ref-ruling> E. 3c S. 223; <ref-ruling> E. 2c S. 63; <ref-ruling> E. 1 S. 366). <ref-law> schliesst auch die vorweggenommene Würdigung von Beweisen nicht aus (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 291).
b) Notwendige Überstunden sind grundsätzlich zu entschädigen, wenn sie tatsächlich geleistet worden sind (<ref-law>). Der Arbeitgeber hat darüber zu befinden, ob Überstunden zu leisten sind oder nicht. Ohne entsprechende Weisung des Arbeitgebers ist der Arbeitnehmer zur Leistung von Überstunden verpflichtet, wenn sich dies aus der dem Arbeitnehmer zugewiesenen Arbeit ergibt oder es sich um dringliche Fälle handelt, welche die Leistung von Überstunden objektiv notwendig erscheinen lassen (Staehelin, Zürcher Kommentar, N 10 zu <ref-law>).
Der Beklagte wollte mit den von ihm beantragten Beweismitteln nachweisen, dass der Kläger in der fraglichen Zeit nicht die volle, sondern nur eine reduzierte Arbeitsleistung erbracht habe. Die Beantwortung dieser Frage trägt allerdings weder etwas zur Klärung bei, ob der Kläger in der als Überstunden geltend gemachten Zeit tatsächlich gearbeitet hat, noch ob die zusätzliche Arbeitsleistung notwendig war. Der Umstand, dass jemand aus medizinischer Sicht arbeitsunfähig ist, bedeutet nicht, dass keine Arbeitsleistung erbracht werden kann. Es ist durchaus möglich, dass jemand trotz Arbeitsunfähigkeit tatsächlich Arbeit leistet, was namentlich im Zusammenhang mit den Sperrfristen bei der Kündigung zu Schwierigkeiten führen kann (Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 1992, N 2 zu <ref-law>). Insofern ist die Frage, ob der Arbeitnehmer medizinisch arbeitsfähig oder arbeitsunfähig war, ohne Bedeutung. Die Leistung des Arbeitnehmers bemisst sich namentlich im Zusammenhang mit Überstunden nach den geleisteten Arbeitszeiten. Der Arbeitnehmer ist verpflichtet, während einer bestimmten Zeit dem Arbeitgeber seine Arbeitskraft zur Verfügung zu stellen. Ob seine Leistungsfähigkeit einem - wie auch immer - objektiv bestimmten Mass entspricht, ist grundsätzlich nicht erheblich (Rehbinder, Berner Kommentar, N 5 zu <ref-law>). Eine schlechte Arbeitsleistung berechtigt nicht zur Lohnkürzung, jedenfalls nicht so lange den Arbeitnehmer daran kein Verschulden trifft. Ebensowenig hat sie Einfluss auf die Beurteilung der Entschädigung der Überstunden und des Ferienanspruchs.
Das Kantonsgericht durfte daher ohne weiteres auf zusätzliche Beweiserhebungen verzichten. Eine Verletzung von <ref-law> liegt nicht vor.
c) Auch die Rüge, <ref-law> sei verletzt, ist unbegründet. Der Richter ist nur verpflichtet, Tatsachen, die entscheidrelevant sind, von Amtes wegen abzuklären.
Da die angebotenen Beweise jedoch gerade Tatsachen betrafen, welche für den Entscheid nicht von Bedeutung waren, war das urteilende Gericht nicht zur Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes verpflichtet.
3.- Das Kantonsgericht hat ebenso wie das erstinstanzliche Gericht aufgrund der Zeiterfassungsblätter und Zeugenaussagen als erwiesen erachtet, dass der Kläger die geltend gemachten Überstunden tatsächlich geleistet hat. Diese Feststellung bindet das Bundesgericht im Berufungsverfahren (Art. 63 Abs. 2 OG).
a) Ob diese Überstunden notwendig waren, weil der Kläger gesundheitsbedingt nur eine reduzierte Arbeitsleistung erbracht habe, wie dies der Beklagte gelten macht, hat auf den Anspruch auf Vergütung keinen Einfluss. Der Lohn ist die fest vereinbarte Gegenleistung zur Erbringung der Arbeitsleistung in der abgemachten Arbeitszeit (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 3 zu <ref-law>). Bei der Überstundenentschädigung handelt es sich demgemäss um die Entschädigung für die zusätzlich erbrachte Arbeitszeit. Eine Lohnkürzung ist weder bei einer Verletzung der Sorgfaltspflicht, noch bei einer sonst schlechten Arbeitsleistung zulässig, weil der Arbeitnehmer keinen Erfolg, sondern nur das Zurverfügungstellen seiner Arbeitskraft schuldet (Staehelin, a.a.O., N 4 zu <ref-law>). Warum die Überstunden notwendig geworden sind, ist für die Frage der Entschädigung grundsätzlich ohne Bedeutung. Auch wenn der Grund in der reduzierten Arbeitsfähigkeit des Arbeitnehmers gelegen haben sollte, ist die Entschädigung geschuldet.
Das rechtfertigt sich auch vom wirtschaftlichen Resultat her. Strebt der Arbeitgeber ein bestimmtes Arbeitsergebnis an und ist der Arbeitnehmer aus gesundheitlichen Gründen in der ordentlichen Arbeitszeit nicht in der Lage, dieses Ergebnis zu leisten, so kann der Arbeitgeber entweder auf der Arbeitsunfähigkeit des Arbeitnehmers bestehen, die Annahme der Leistung verweigern und die Arbeit durch andere Arbeitnehmer verrichten lassen. In diesem Fall hat er einerseits die anderen Arbeitnehmer zu entlöhnen und zudem dem erkrankten Arbeitnehmer nach <ref-law> den Lohn weiter zu bezahlen. Im anderen Fall kann der Arbeitnehmer die reduzierte Leistungskraft des Arbeitnehmers entgegennehmen. Er muss allerdings in Kauf nehmen, dass die Arbeit in der ordentlichen Arbeitszeit nicht verrichtet werden kann und der Arbeitnehmer Überstunden leistet, welche zu entschädigen sind.
b) Überstunden sind nur zu entschädigen, wenn sie entweder förmlich angeordnet worden sind oder betrieblich notwendig waren. Lag keine ausdrückliche Weisung des Arbeitgebers vor, kann dieser die Bezahlung von tatsächlich geleisteten Überstunden nicht verweigern, wenn er von ihrer Leistung Kenntnis hatte und dagegen nicht eingeschritten ist (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 10 zu <ref-law>). Er muss sich entgegenhalten lassen, durch sein Schweigen die Leistung der Überstunden gebilligt zu haben. Dabei genügt, dass die Präsenzzeiten mit einem Zeiterfassungsgerät vom Arbeitgeber erfasst werden und dieser sich damit jederzeit ein Bild über die Überzeitguthaben machen konnte (Staehelin, a.a.O., N 13 zu <ref-law>).
Die Vorinstanz hat in für das Bundesgericht verbindlicher Weise festgehalten, dass der Beklagte von der vom Kläger erbrachten zeitlichen Mehrleistung Kenntnis hatte.
Zudem gibt dies der Beklagte in seiner Berufungsschrift selber zu, lässt er doch ausführen, dass er von der Anwesenheit des Klägers im Betrieb wusste und davon ausging, dieser arbeite mit reduzierter Leistungsfähigkeit. Arbeitet aber ein Arbeitnehmer aus gesundheitlichen Gründen nur mit einer reduzierten Arbeitsfähigkeit und bewältigt er dennoch den gesamten ordentlichen Arbeitsaufwand, liegt es auf der Hand, dass dies nur durch Leistung von Überstunden, also Mehrarbeit möglich ist. Der Beklagte verkennt, dass ein Arbeitnehmer sich durch einen Arbeitsvertrag nicht zur Bewältigung eines bestimmten "Arbeitsanfalls" verpflichtet, sondern dazu, seine Arbeitskraft während einer bestimmten Zeit zur Verfügung zu stellen. Die Berufung erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
c) Der Arbeitnehmer hat nicht nur die tatsächliche Leistung der Überstunden nachzuweisen, sondern auch deren genaue Zahl. Das Ausmass der geleisteten Überstunden ist eine Tatfrage. Das Bundesgericht ist daher an die Feststellungen der Vorinstanz betreffend Umfang der geleisteten Überstunden gebunden.
d) Der Beklagte macht geltend, es liege eine rechtsmissbräuchliche Geltendmachung der Überstundenentschädigung vor. Dieser Ansicht kann nicht zugestimmt werden. Das Kantonsgericht hat in tatsächlicher Hinsicht festgestellt, dass auf den Zeiterfassungsprotokollen regelmässig die Überstundensaldi gezogen worden sind und der Beklagte jederzeit Einblick und Kontrolle über die erfassten Zeiten hatte. Der Anspruch des Klägers war ihm somit bekannt, bzw. er hätte ihm bekannt sein müssen. Unter diesen Umständen kann dem Kläger nicht vorgeworfen werden, den Anspruch erst nach Beendigung des Arbeitsverhältnisses auf dem Prozessweg geltend gemacht zu haben.
Inwiefern dem Beklagten aus dem zögerlichen Geltendmachen des Anspruches durch den Kläger in irgend einer Weise ein Nachteil entstanden sein sollte, ist nicht zu sehen.
Namentlich ist nicht ersichtlich, inwiefern neben der Zeiterfassung weitere Kontrollen dem Beklagten einen Vorteil gebracht hätten. Ebenso ist nicht zu erkennen, worin im Verhalten des Klägers (Einreichen der Arztzeugnisse) ein venire contra factum proprium liegen soll. Der Beklagte scheint auch hier von der irrtümlichen Meinung auszugehen, es gehe um die Frage, ob der Kläger eine vollwertige Arbeit erbracht habe. Entscheidend ist jedoch einzig, ob der Kläger im Vergleich zu der vertraglichen Vereinbarung in zeitlicher Hinsicht Mehrarbeit geleistet hat und dies für den Beklagten erkennbar war.
4.- Art. 27 Abs. 2 GAV des Schweizerischen Bäckerei-, Konditoren- und Confiseurgewerbes sieht analog <ref-law> eine Kürzung des Ferienanspruchs bei länger dauernder Arbeitsverhinderung vor. Der Beklagte macht geltend, dem Kläger stehe aufgrund dieser Bestimmung keine Vergütung für nicht bezogene Ferien mehr zu. Die Berechnung der Kürzung ist nicht streitig. Der Beklagte bringt vielmehr vor, der Umstand, dass der Kläger nach den beigebrachten Arztzeugnissen ganz oder teilweise arbeitsunfähig gewesen sei, rechtfertige eine Kürzung. Demgegenüber hat das Arbeitsgericht Gossau, auf dessen Ausführungen die Vorinstanz verweist, nur jene Zeit für die Berechnung der Kürzung berücksichtigt, in welcher der Arbeitnehmer tatsächlich nicht gearbeitet hat. Nur ein Fernbleiben vom Arbeitsplatz rechtfertigt eine Kürzung (die Lehre spricht denn auch regelmässig von Absenzen; Brühwiler, Kommentar zum Einzelarbeitsvertrag, 1996, N 1 zu <ref-law>; Staehelin, a.a.O., N 4 ff.
zu <ref-law>). Der Ferienanspruch vermindert sich demzufolge auch bei einer nur reduzierten Arbeitsunfähigkeit nicht (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N 6 zu <ref-law>).
Die kantonalen Instanzen haben somit zu Recht nur jene Zeit für die Berechnung der Kürzung des Ferienanspruchs berücksichtigt, während welcher der Kläger tatsächlich nicht am Arbeitsplatz war, und nicht auch die Tage, an denen er trotz Vorliegens eines Arztzeugnisses arbeitete, wenn auch möglicherweise bloss eine unterdurchschnittliche Arbeitsleistung erbrachte. Es liegt somit keine Verletzung von Bundesrecht vor.
5.- Wie bereits vor den kantonalen Instanzen macht der Beklagte auch vor Bundesgericht die Verrechnung der klägerischen Forderung mit angeblich in einer früheren Periode zu viel bezahltem Lohn geltend. Das Kantonsgericht hat einerseits festgehalten, es habe in seinem Entscheid vom 6. Mai 1999 bereits entschieden, dass diese Verrechnungsforderung schon in einem früheren Verfahren beurteilt worden sei. Andererseits hat es die im früheren Entscheid gegebene Begründung wiederholt.
a) Im vorliegenden, am 26. August 1998 eingeleiteten Prozess hatte der Beklagte einerseits die Forderungen des Klägers bestritten und für den Fall des Bestandes dieser Forderungen eine Gegenforderung zur Verrechnung gebracht.
Das Arbeitsgericht Gossau hatte mit Entscheid vom 20. Januar 1999 die Forderungen des Klägers als nicht bestehend erklärt und damit die Verrechnungsforderung des Beklagten überhaupt nicht behandelt. Auf kantonalrechtliche Berufung des Klägers hin kam das Kantonsgericht zum Schluss, dass die Forderungen des Klägers grundsätzlich bestehen, deren Höhe allerdings noch bestimmt werden müsse. Das Kantonsgericht befasste sich sodann mit der vom Beklagten zur Verrechnung gestellten Forderung und hielt fest, diese sei bereits in einem früheren Prozess zwischen den Parteien rechtskräftig beurteilt worden.
b) Die Argumentation des Kantonsgerichts im Urteil vom 6. Mai 1999 ist inhaltlich zutreffend. Die materielle Rechtskraft steht der wiederholten Beurteilung einer identischen Rechtsfrage zwischen den gleichen Parteien entgegen (Adrian Staehelin/Thomas Sutter, Zivilprozessrecht, 1992, S. 216 ff.). Dass es sich um einen Rechtsstreit zwischen den gleichen Parteien handelt, ist unbestritten. Es steht aber auch ausser Zweifel, dass die nunmehr zur Verrechnung gestellte Forderung den gleichen Lebenssachverhalt und die gleichen Ansprüche betrifft, welche bereits im Urteil des Arbeitsgerichts Gossau vom 28. Juni 1996 beurteilt worden sind. Im damaligen Verfahren ging es um die Lohnansprüche des Klägers vom Oktober 1993 bis Mai 1995. Streitig waren die verbleibenden Lohnansprüche; es ging also um einen Saldo.
Beurteilt wurde somit, ob dem Kläger noch etwas zusteht.
Damit sind sämtliche die Löhne betreffenden Forderungen beider Parteien für diese Zeit beurteilt worden. Ob der Beklagte für einzelne dieser Monate zu viel bezahlt hat, ist demzufolge res iudicata.
6.- Die Berufung ist als Ganzes unbegründet und daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. In arbeitsrechtlichen Verfahren bis zu einem Streitwert von Fr. 20'000.-- sind gemäss Art. 343 Abs. 2 und 3 OR keine Gerichtskosten zu erheben. Die in der Sache obsiegende Partei hat auch in Verfahren, die gemäss <ref-law> kostenlos sind, Anspruch auf Ersatz der Parteikosten (<ref-ruling> E. 5c S. 42).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen (III. Zivilkammer) vom 31. März 2000 wird bestätigt.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Beklagte hat den Kläger für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen (III. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 8. September 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: