Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) erstellte als Bauherrin und Totalunternehmerin die Überbauung U._ bestehend aus zwei Terrassenhäusern mit je sechs Wohnungen sowie zusammen einer Tiefgarage. Mit vier Werkverträgen vom 28. März bzw. 28. April 2008 betraute sie die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit Bauleistungen im Bereich der Sanitäranlagen und Wärmeerzeugung. Bestandteil der Werkverträge war jeweils auch die SIA-Norm 118 (Version 1977/1991). Nach Fertigstellung der Überbauung traten in verschiedenen Wohnungen Wasserschäden auf.
A.b. Mit einer Vereinbarung von Mai/Juni 2009 beschlossen die Beklagte, die Versicherung C._, Unternehmen D._ und die Versicherung E._ sowie F._ (c/o G._ AG) und H._ (c/o I._ AG) als Experten, die Terrasse der Wohnung xxx solle unter der fachmännischen Leitung der beiden Experten zurückgebaut werden, wobei die Experten die Ursachen der Feuchtigkeitsschäden dokumentieren und die Verantwortlichkeiten der am Bau beteiligten Unternehmen festlegen sollten.
Die beiden Experten erstellten das baufachliche Gutachten am 18. August 2009. In einem weiteren Bericht vom 26. August 2009 nahmen sie die Verantwortungszuweisungen auf die am Bau beteiligten Unternehmen vor. Für den Bereich "Sanitärleitungen und Terrassenentwässerung" bestimmten sie einen Kostenanteil von 15.49 %, wobei davon ein Anteil von 60 % auf die Klägerin entfalle. Über sämtliche Mängelbereiche hinweg wurde der Klägerin somit ein Verantwortlichkeitsanteil von 9.29 % zugewiesen (60 % von 15,49 %).
B.
B.a. Mit Klage vom 9. Dezember 2010 beim Handelsgericht des Kantons Aargau beantragte die Klägerin, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 239'721.60 nebst Zins zu 5 % seit 15. Februar 2009 auf Fr. 30'990.35 und seit 1. Juni 2009 auf Fr. 208'731.25 zu verpflichten. Der eingeklagte Betrag ergebe sich aus dem ursprünglichen Werkpreis von Fr. 487'117.-- sowie einer Forderung von Fr. 72'604.60 für zusätzliche Arbeiten, abzüglich eines bereits bezahlten Betrages von Fr. 320'000.--. Die Beklagte beantragte die Abweisung der Klage.
B.b. Das Handelsgericht des Kantons Aargau schützte die Klage mit Urteil vom 14. Mai 2014 vollumfänglich. Es auferlegte die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 14'421.70 der Beklagten und diese wurde verpflichtet, die Klägerin für ihre Parteikosten mit Fr. 34'420.30 zu entschädigen.
Das Handelsgericht nahm an, die Werkpreisforderung der Klägerin sei von der Beklagten grundsätzlich anerkannt worden. Diese mache einzig (und nicht bloss im Eventualstandpunkt) Verrechnung mit Gegenforderungen aus Sachgewährleistung bzw. Schadenersatz geltend. Aus ihren Rechtsschriften werde nicht klar, auf welche Rechtsgrundlage sie ihren Verrechnungsanspruch stütze. Sie habe nie behauptet, gegenüber der Klägerin Wandelung, Minderung oder Nachbesserung erklärt zu haben. Der Verrechnungsanspruch könne sich somit nicht auf diese Grundlagen stützen. Vielmehr müsse davon ausgegangen werden, dass die Beklagte einen Schadenersatzanspruch geltend mache. Dieser richte sich jedoch nur auf Ersatz des Mangelfolgeschadens, nicht auf Ersatz von Schäden an der vom Unternehmer gelieferten Sache selber. Diesen Schaden habe die Beklagte nicht genügend substanziiert. Zwar erscheine als erstellt, dass die Klägerin für einen Werkmangel verantwortlich sei. Jedoch fehlten substanziierte Ausführungen der Beklagten dazu, welcher Schaden ihr durch diesen Werkmangel entstanden sei.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 14. Mai 2014 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sodann sei der Beschwerde superprovisorisch die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde und des Gesuchs um aufschiebende Wirkung an. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin reichte unaufgefordert eine Replik ein und stellte gleichzeitig ein Sistierungsgesuch.
Mit Präsidialverfügung vom 29. September 2014 wurden die Gesuche um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Der Begriff des Bundesrechts umfasst die von den Bundesorganen erlassenen Rechtsnormen aller Erlassstufen, insbesondere die Bundesverfassung, die Bundesgesetze sowie die verschiedenen Arten von Verordnungen. Soweit sich der angefochtene Entscheid auf Quellen des kantonalen Rechts stützt, welche nicht in Art. 95 lit. c-e BGG genannt werden, beschränkt sich die Überprüfung durch das Bundesgericht inhaltlich auf die Frage, ob die Anwendung des kantonalen Rechts zu einer Bundesrechtswidrigkeit führt. Im Vordergrund steht dabei eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte, insbesondere des Willkürverbots nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 1 S. 95; <ref-ruling> E. 1 S. 203 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungspflicht der Beschwerdeführerin (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f., 115 E. 2 S. 116). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Soweit die beschwerdeführende Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; je mit Hinweisen).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; <ref-ruling> E. 2 S. 61).
1.4. Die Beschwerdeführerin legt unter lit. A ihrer Beschwerde über mehrere Seiten den Sachverhalt aus ihrer eigenen Sicht dar. Dabei geht sie aber selber davon aus, dass damit keine Sachverhaltsrügen im oben dargelegten Sinne erfolgen, da diese vielmehr erst im Abschnitt B ihrer Beschwerde vorgebracht werden. Auf die Ausführungen unter lit. A ist somit nicht einzugehen.
2.
2.1. Am 5. Mai 2014 reichte die Beschwerdeführerin der Vorinstanz eine Noveneingabe ein, welche die Abschrift einer Klage (inkl. Beilagen) enthielt, die beim Bezirksgericht Affoltern gegen alle am Bau beteiligten Unternehmer eingereicht werden sollte. Die Vorinstanz erachtete die Eingabe gestützt auf das - im vorinstanzlichen Verfahren noch anwendbare - kantonale Prozessrecht (<ref-law> AG) als grundsätzlich zulässig. Auch in einer Noveneingabe müssten jedoch die neuen Tatsachen im Einzelnen dargelegt und die neuen Beweismittel unter Hinweis auf die damit zu beweisenden Tatsachen einzeln bezeichnet werden. Die Eingabe vom 5. Mai 2014 würde aber nur fünf Bemerkungen auflisten, weshalb die zur Einreichung beim Bezirksgericht Affoltern vorbereitete Klage für das vorliegende Verfahren relevant sei. Konkrete Sachverhaltsbehauptungen würden fehlen. Mangels genügender Substanziierung sei daher die nachträgliche Eingabe nicht weiter zu beachten.
2.2. Wie weit die anspruchsbegründenden Tatsachen inhaltlich zu substanziieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können, bestimmt das materielle Bundesrecht. Die jeweiligen Anforderungen ergeben sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und andererseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen dabei so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann. Bestreitet der Prozessgegner das an sich schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserheblichen Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann. Auf welchem Weg ein subsumptionsfähiger Sachverhalt erlangt werden soll, bestimmt dagegen - soweit es intertemporal noch anwendbar ist - das kantonale Prozessrecht, das die Frage regelt, in welcher Form und bis zu welchem Zeitpunkt die inhaltlich genügenden Sachvorbringen in das Verfahren einzuführen sind. Kantonales Prozessrecht entscheidet auch darüber, ob eine Ergänzung der Sachvorbringen aufgrund des Beweisverfahrens zulässig ist oder ob bereits die vorgängigen Behauptungen so konkret und detailliert sein müssen, dass das Beweisverfahren allein noch ihrer Überprüfung dient (<ref-ruling> E. 2b f. S. 368 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 341; Urteile 4A_623/2011 vom 10. Februar 2012 E. 2.3 und 4A_499/2010 vom 9. November 2010 E. 3.1 mit Hinweisen).
2.3. Was die Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzliche Beurteilung der Eingabe vom 5. Mai 2014 vorbringt, ist unbehelflich.
Sie moniert, die Vorinstanz habe das (Begleit-) Schreiben vom 5. Mai 2014 übersehen. Das ist jedoch nicht der Fall, hat diese doch ausdrücklich darauf Bezug genommen. Dass die allgemeinen Bemerkungen im Schreiben vom 5. Mai 2014 genügend substanziierte Tatsachenbehauptungen dargestellt hätten, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Sie wirft der Vorinstanz in diesem Zusammenhang lediglich eine rechtsungleiche Behandlung vor, indem diese an die Substanziierung der klägerischen Hauptforderung viel tiefere Anforderungen gestellt habe. Im Hinblick auf die in Rechnung gestellten Regiearbeiten habe sich die Vorinstanz mit einem Satz der Beschwerdegegnerin begnügt, ohne dass diese hätte darlegen müssen, wozu diese zusätzlichen Arbeiten ausserhalb des Werkvertrags notwendig gewesen wären. Mit diesem Einwand übergeht sie aber, dass die Vorinstanz die klägerische Werklohnforderung schützte, weil sie davon ausging, sie sei als solche nicht bestritten (dazu nachfolgend E. 3). Entsprechend musste sie nicht beurteilen, ob die Umstände der Regie-Rechnungen genügend detailliert behauptet worden waren.
Hauptsächlich rügt die Beschwerdeführerin aber, es widerspreche "der Prozessökonomie " und sei "überspitzter Formalismus ", wenn eine 30-40 Seiten umfassende Rechtsschrift aus einem anderen Verfahren im Begleitschreiben selber hätte aufgeführt werden müssen. Dabei scheint sie jedoch zu übergehen, dass dies eine durch das kantonale Prozessrecht geregelte Frage betrifft, in welcher Form Tatsachenbehauptungen in den Prozess eingeführt werden müssen (E. 2.2). Die Beschwerdeführerin müsste somit dartun, nach kantonalem Prozessrecht sei die Nichtbeachtung der Klageschrift aus einem anderen Verfahren unzulässig. Sie äussert sich aber diesbezüglich nicht zum kantonalen Recht, sodass keine genügende Rüge (vgl. E. 2.2) vorliegt. Damit stösst auch ihr Vorwurf einer Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil nicht alle Richter die am 5. Mai 2014 eingereichte Klageschrift aus dem Verfahren vor Bezirksgericht Affoltern gelesen hätten, ins Leere.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt sodann, entgegen der Vorinstanz habe sie die (Werklohn-) Forderung der Beschwerdegegnerin über Fr. 239'761.-- bestritten. Ihren Ausführungen kann jedoch nur entnommen werden, dass sie nach ihrer Auffassung die "rechtlichen Voraussetzungen für Regiearbeiten " bestritten haben will. In diesem Zusammenhang verweist sie auf die Seiten 41/42 ihrer Klageantwort und das Plädoyer vor der Vorinstanz. An der angegebenen Stelle in der Klageantwort findet sich jedoch nichts dergleichen. So scheint sie dabei auch zu übergehen, dass die Vorinstanz begründet hat, Vorbringen die erst im Plädoyer an der Hauptverhandlung vorgebracht werden, seien verspätet (<ref-law> AG). Damit setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander und macht denn auch insbesondere nicht geltend, die Auslegung des kantonalen Rechts durch die Vorinstanz sei willkürlich (vgl. E. 1.1). Auf die Rüge ist nicht einzutreten (vgl. E. 1.2).
4.
Der Unternehmer im Werkvertrag schuldet ein mängelfreies Werk und hat sich bei dessen Mangelhaftigkeit nach Wahl des Bestellers und unter den Voraussetzungen von <ref-law> bzw. Art. 169 ff. SIA-Norm 118 die Wandelung des Vertrages oder die Herabsetzung des Werklohnes gefallen zu lassen oder kann zur Nachbesserung des Werkes verpflichtet werden; bei Verschulden haftet er überdies für den Mangelfolgeschaden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 274; <ref-ruling> E. 10a S. 391; <ref-ruling> E. 2c S. 307, 454 E. 2a S. 455; Urteil 4A_90/2013 vom 10. Juni 2013 E. 4).
4.1. Nach den bereits erwähnten Feststellungen der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin weder behauptet, gegenüber der Beschwerdegegnerin je Wandelung, Minderung oder Nachbesserung erklärt zu haben, noch hat sie eine solche Gestaltungserklärung in ihren Rechtsschriften abgegeben, weshalb ein solcher Anspruch entfalle.
Dagegen bringt die Beschwerdeführerin einerseits vor, entgegen der Auffassung der Vorinstanz könne Wandelung (noch) an der Hauptverhandlung vorgebracht werden. Aus dem Protokoll der Hauptverhandlung ergebe sich denn auch, dass diese "Einrede" tatsächlich vorgebracht worden sei. Mit diesen Ausführungen begründet die Beschwerdeführerin jedoch nicht in rechtsgenüglicher Hinsicht, weshalb die Auffassung der Vorinstanz, dass Wandelung als Gestaltungserklärung spätestens in den Rechtsschriften erklärt werden muss, auf einer willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts beruht. Im Übrigen hält der von der Beschwerdeführerin in anderem Zusammenhang zitierte Kommentar (Bühler/Edelmann/Killer, Kommentar zur aargauischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 1998, N. 4 zu <ref-law> AG) ausdrücklich fest, Gestaltungsrechte bzw. entsprechende Gestaltungserklärungen müssten im Rahmen von <ref-law> AG, d.h. im Schriftenwechsel, vorgebracht werden.
Andererseits ist die Beschwerdeführerin der Auffassung, anlässlich einer gemeinsamen Sitzung aller Beteiligten am 31. August 2009 sei nach dem Vertrauensprinzip Wandelung vereinbart worden. Minderung und Nachbesserung sei nicht in Frage gekommen. Vielmehr habe man sich auf eine Totalsanierung - einen "Totalabbruch (Gleich Wandelung) " - mit dem entsprechenden Kostenteiler geeinigt. "Bezeichnenderweise ist denn auch die Frage der Reduktion des Werklohnes aufgeworfen worden, zahlenmässig konnte aber keine Feststellung getroffen werden". Wandelung bedeutet aber Vertragsaufhebung; die gegenseitigen Ansprüche erlöschen und bereits Geleistetes ist zurückzuerstatten (Zindel/Pulver, in: Basler Kommentar Obligationenrecht I, 5. Aufl. 2011, N. 25 zu <ref-law>; Peter Gauch, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, Rz. 1531 ff.). Es besteht demnach auch keine Werklohnforderung mehr. Wurde also nach der eigenen Behauptung der Beschwerdeführerin nur über eine Werklohnreduktion - und nicht über ein Entfallen des Werklohnanspruchs - gesprochen, kann keine Einigung über Wandelung des Vertrages vorgelegen haben.
4.2. Wie bereits vor Vorinstanz ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin nicht zwischen den einzelnen Anspruchsgrundlagen unterscheidet. So lässt sie beispielsweise ausführen, "Nichterfüllung" bzw. "schuldhaftes Handeln" könnten als rechtliche Vorbringen auch noch an der mündlichen Hauptverhandlung erfolgen. Was sie damit meint, ist nicht klar, ist die Vorinstanz doch lediglich davon ausgegangen, Gestaltungsrechte könnten nicht mehr an der Hauptverhandlung ausgeübt werden; einen Anspruch für Mangelfolgeschaden hat sie aber geprüft. Es scheint denn auch, als würde die Beschwerdeführerin das Verhältnis der verschiedenen Rechtsbehelfe missverstehen, wenn sie ausführt, ihr bleibe jedenfalls die Einrede der Nichterfüllung nach <ref-law> und da die Beschwerdegegnerin ein unbrauchbares Werk geliefert habe, entfalle der Werklohn. Dies trifft nicht zu. Die werkvertraglichen Bestimmungen über die Mängelhaftung beinhalten eine abschliessende Sonderregelung; der Besteller kann sich nicht stattdessen auf <ref-law> berufen, wenn er die werkvertraglichen Gestaltungsrechte nicht ausgeübt hat. Im Geltungsbereich der SIA-Norm 118 wird dies durch deren Art. 171 Abs. 1 ausdrücklich festgehalten (<ref-ruling> E. 2.2 S. 274; <ref-ruling> E. 4b/cc S. 552f.; <ref-ruling> E. 2 S. 32).
4.3. Unbehelflich ist auch, was die Beschwerdeführerin zu den von der Vorinstanz abgewiesenen Schadenersatzansprüchen vorbringt:
4.3.1. Die Vorinstanz legte dar, die Beschwerdeführerin habe in ihrer Klageantwort (Rz. 23 ff.) auf über zwanzig Seiten zahlreiche Kosten aufgelistet, doch bringe sie nirgends schlüssig und substanziiert vor, dass sie selber diese Kosten zu tragen hätte (und nicht die Stockwerkeigentümer) und dieselben durch einen von der Beschwerdegegnerin zu verantwortenden Werkmangel verursacht worden seien. Aus der Zeugen- und Parteibefragung ergebe sich, dass der Beschwerdeführerin selber unmittelbar keine Kosten entstanden seien. Vielmehr seien die Sanierungskosten - abgesehen von der Wohnung xxx - von den neuen Eigentümern der Wohnung selber bezahlt worden. Und die Kosten für die Wohnung xxx seien von der Versicherung C._, der Versicherung der Beschwerdeführerin, bezahlt worden. Gemäss der Aussage von J._ als Parteivertreter der Beschwerdeführerin sei der Beschwerdeführerin einzig insofern ein Schaden entstanden, als die Käufer der Wohnungen ihr für von ihr ausgeführte Zusatzleistungen die Bezahlung verweigert hätten. Die Beschwerdeführerin substanziiere auch nicht, inwiefern die aufgeführten Kosten durch einen von der Beschwerdegegnerin zu verantwortenden Werkmangel verursacht worden seien. Dass mehrere Unternehmer, die für einen Schaden mitverantwortlich sind, dem Besteller solidarisch hafteten, befreie die Beschwerdeführerin nämlich nicht davon, substanziiert zu behaupten, welche Schäden (Kosten) konkret von der Beschwerdegegnerin verursacht worden seien. Die solidarische Haftung greife nur dann und soweit, als die Haftungsvoraussetzungen für den betreffenden Schaden von mehreren Personen je separat erfüllt seien.
4.3.2. Dem hält die Beschwerdeführerin entgegen, die Feststellung, sie hätte auf jegliche Substanziierung der Schäden verzichtet, sei aktenwidrig. Dabei verweist sie auf die Seiten 16-30 bzw. 16-40 der Klageantwort, wo sie ihre Gegenforderungen detailliert aufgeführt und die entsprechenden Rechnungen zur Verfügung gestellt habe. Mit ihrem Hinweis auf die Kostenaufzählung in Rz. 23 ff. der Klageantwort bezog sich die Vorinstanz indessen genau auf die nun von der Beschwerdeführerin selber angeführte Stelle. Sie hat somit nicht übersehen, dass die Beschwerdeführerin Kosten substanziierte, sie konnte aber aufgrund der Tatsachenbehauptungen der Beschwerdeführerin diese Kosten nicht zuordnen.
Darauf, weshalb dies nach Auffassung der Vorinstanz nicht möglich war, geht die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich ein. Sie macht einerseits allgemeine Ausführungen zur Solidarität und übt damit lediglich appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid. Zwar weist sie zudem darauf hin, dass sich der von der Vorinstanz geforderte Nachweis, welche Kosten konkret durch einen von der Beschwerdegegnerin zu verantwortenden Werkmangel verursacht worden seien, erübrige, nachdem die Beschwerdegegnerin eine Schadenquote anerkannt habe. Sie übergeht aber, dass die Vorinstanz aufgrund ihrer Beweiswürdigung eine solche Vereinbarung nicht als erwiesen erachtete. Zum einen habe dies der Parteivertreter der Beschwerdeführerin selber verneint und zum anderen wäre insbesondere unklar, auf welche Kosten sich der von den Experten ermittelte Anteil der Beschwerdeführerin von 9,29 % bezog (Schäden an welchen Wohnungen? Rückbaukosten? Wiederaufbaukosten?). Die Beschwerdeführerin führt dazu nur aus, "sicherlich betraf dies [d.h. die Einigung über eine Quote von 9,29 %] die Wiederaufbaukosten". Eine genügende Rüge liegt damit nicht vor.
4.3.3. Die Vorinstanz hat die mangelhafte Substanziierung nicht nur darin gesehen, dass die Beschwerdeführerin nicht genügend dargelegt habe, welche Schäden von der Beschwerdegegnerin verursacht worden seien, sondern auch darin, dass diese nicht schlüssig vorgebracht habe, dass sie selber diese Kosten zu tragen habe. Insbesondere wies sie darauf hin, dass aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht ersichtlich sei, ob und wie diese versucht habe, ihre Forderungen aus der Leistung von Zusatzarbeiten (Käuferwünsche) gegenüber den Käufern durchzusetzen. Ob diese Begründung für sich allein genügt hätte, um der Beschwerdeführerin mangelnde Substanziierung vorzuwerfen, kann offen gelassen werden, nachdem wie dargelegt (E. 4.3.2) die Annahme einer ungenügenden Substanziierung aus andern Gründen nicht zu beanstanden ist.
4.3.4. Die Vorinstanz hat die von der Beschwerdeführerin angebotenen Zeugen K._ und L._ nicht einvernommen, da sie in antizipierender Würdigung davon ausging, deren Aussagen könnten am Beweisergebnis nichts mehr ändern.
Die Beschwerdeführerin rügt die antizipierte Würdigung als solche nicht. Sie erblickt aber im Verzicht auf die Einvernahme trotzdem eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, denn: "Die Ausführungen dieser Zeugen hätten die Substanziierung ergänzen können [...]". Die Zeugen seien angeboten worden, "um noch Lücken zu schliessen".
Wie erwähnt (vorne E. 2.2) entscheidet das kantonale Prozessrecht darüber, ob eine Ergänzung der Sachvorbringen aufgrund des Beweisverfahrens zulässig ist oder ob bereits die vorgängigen Behauptungen so konkret und detailliert sein müssen, dass das Beweisverfahren allein noch ihrer Überprüfung dient. Die Beschwerdeführerin geht offenbar davon aus, es wäre nach aargauischem Prozessrecht zulässig, den massgeblichen Sachverhalt noch aufgrund von Zeugenaussagen zu ergänzen. Sie legt aber wiederum nicht dar, woraus sich dies ergeben soll. Auch auf diese Rüge ist nicht einzutreten (vgl. E. 1.2). Im Übrigen ist auch nach aargauischem Prozessrecht nur über genügend substanziierte Sachbehauptungen Beweis abzunehmen ( Bühler/Edelmann/Killer, a.a.O., N. 7 zu § 75 und N. 12 zu <ref-law> AG), womit " Lücken" in den Sachbehauptungen nicht durch die Beweiserhebung geschlossen werden können.
5.
Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze