Sachverhalt:
A. Am 30. August 2011 kam es am Wohnort von X._ in Baden zu einem polizeilichen Zugriff durch die Sondereinheit "ARGUS" der Kantonspolizei Aargau, in dessen Verlauf nebst einem Tasereinsatz auch eine Schussabgabe durch einen Polizeibeamten erfolgte. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau wies gleichentags die gegen den Schützen zu eröffnende Strafuntersuchung der Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach zu, woraufhin die Staatsanwaltschaft den Beschuldigten, drei weitere am Einsatz beteiligte Polizeibeamten als Zeugen sowie X._ als Auskunftsperson einvernahm. Das Polizeikommando verweigerte der Staatsanwaltschaft die Bekanntgabe der Identität der am Einsatz beteiligten Polizeibeamten.
B. Die Staatsanwaltschaft sicherte der beschuldigten Person sowie den drei am Polizeieinsatz beteiligten Zeugen am 8. September 2011 Anonymität zu und unterbreitete dem Zwangsmassnahmengericht gleichentags einen Antrag auf Genehmigung der zugesicherten Anonymität. Das Zwangsmassnahmengericht trat mit Verfügung vom 3. November 2011 auf den Genehmigungsantrag nicht ein. Begründet wurde dies im Wesentlichen damit, dass die Kantonspolizei die Identität der betroffenen Polizisten der Staatsanwaltschaft noch nicht bekannt gegeben habe, womit weder ein Strafverfahren geführt noch über die Zusicherung der Anonymität entschieden werden könne.
C. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2011 verpflichtete die Staatsanwaltschaft Stephan Reinhardt, Kommandant der Kantonspolizei Aargau, ihr binnen zehn Tagen nach Rechtskraft die vollständigen Personalien der am Einsatz vom 30. August 2011 beteiligten Polizeibeamten mitsamt konkreter Einsatzfunktion schriftlich bekannt zu geben. Eine von Stephan Reinhardt dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau am 23. Februar 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
D. Gegen den obergerichtlichen Entscheid hat Stephan Reinhardt am 4. April 2012 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass er nicht verpflichtet sei, der Staatsanwaltschaft die Personalien der am Einsatz vom 30. August 2011 beteiligten Polizeibeamten schriftlich bekannt zu geben. Eventualiter sei festzustellen, dass die Weigerung, der Staatsanwaltschaft die Personalien bekannt zu geben, gerechtfertigt sei. Subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdeführer hat um Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ersucht.
E. Unter Hinweis auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid verzichtet die Vorinstanz auf eine Stellungnahme. Die Staatsanwaltschaft beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
F. Mit Eingabe vom 7. Mai 2012 hält der Beschwerdeführer sinngemäss an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft eine Strafsache im Sinne von <ref-law> und wurde von einer letzten kantonalen Instanz gefällt (Art. 80 Abs. 1 und 2 BGG). Es handelt sich um einen das Strafverfahren nicht abschliessenden Zwischenentscheid, der geeignet ist, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zu bewirken (vgl. <ref-law>). Die Beschwerde wurde form- und fristgerecht erhoben (Art. 42 und 100 Abs. 1 BGG).
1.2 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Zu prüfen bleibt, ob er ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des vorinstanzlichen Entscheids hat.
Die Klärung der Frage, ob die Polizei der Staatsanwaltschaft im Falle einer im Anschluss an einen Polizeieinsatz gegen einen Polizeibeamten eingeleiteten Strafuntersuchung die Personalien der am Einsatz beteiligten Polizisten bekannt geben muss, liegt im öffentlichen Interesse an einer funktionierenden Strafjustiz und dient der Rechtssicherheit. Allein daraus lässt sich allerdings ein rechtlich geschütztes Interesse des Beschwerdeführers an der Aufhebung oder Änderung des vorinstanzlichen Entscheids nicht ohne weiteres ableiten. Aber auch damit, dass sich die Herausgabe der verlangten Informationen offenbar nicht mit seiner persönlichen Überzeugung vereinbaren lässt, kann die Beschwerdelegitimation des Beschwerdeführers nicht begründet werden, zumal bei der Beschwerde in Strafsachen ein rechtlich geschütztes Interesse vorausgesetzt wird.
Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe als Leiter des Polizeikorps gegenüber den ihm unterstellten Polizeibeamten eine gesetzliche Fürsorgepflicht, die der Bekanntgabe der Personalien entgegenstehe. Er bezieht sich auf die allgemeinen personalrechtlichen Fürsorge- bzw. Schutzpflichten des Kantons gegenüber seinen Mitarbeitern (§ 14 f. des Gesetzes des Kantons Aargau über die Grundzüge des Personalrechts vom 16. Mai 2000), die er gegenüber den ihm unterstellten Mitarbeitern umzusetzen habe. Daraus lässt sich allenfalls ein rechtlich geschütztes Interesse des Dienstherrn bzw. Arbeitgebers zur Anfechtung des obergerichtlichen Entscheids ableiten. Indessen erscheint fraglich, ob der Beschwerdeführer als Polizeikommandant tatsächlich ein persönliches Rechtsschutzinteresse im Sinne von <ref-law> hat. Zwar richtete sich die Anordnung der Staatsanwaltschaft an ihn persönlich, aber nicht als ins Strafuntersuchungsverfahren involvierte Privatperson, sondern in seiner amtlichen Funktion. Er selber beruft sich mit dem Hinweis auf die gesetzliche Fürsorgepflicht auf Schutzpflichten des Dienstherrn und nicht auf ihn persönlich treffende Verpflichtungen. Ob er unter diesen Umständen nach <ref-law> beschwerdelegitimiert und die Beschwerde zulässig ist, erscheint fraglich, kann letztlich aber dahingestellt bleiben, da die Beschwerde ohnehin abzuweisen ist.
2. 2.1 Die Staatsanwaltschaft nimmt im strafprozessualen Verfahren bis zur Einstellung oder Anklageerhebung eine leitende Rolle ein (<ref-law> [SR 312.0]). Sie hat im Untersuchungsverfahren von Amtes wegen alle für die Beurteilung einer Tat und der beschuldigten Person bedeutsamen Tatsachen abzuklären (Art. 6 Abs. 1 sowie Art. 308 Abs. 1 StPO). Sie hat die persönlichen Verhältnisse der beschuldigten Person abzuklären, sofern eine Anklage oder der Erlass eines Strafbefehls zu erwarten ist (<ref-law>).
2.2 Gemäss Art. 15 Abs. 2 sowie Art. 307 Abs. 2 StPO untersteht die Polizei bei der Ermittlung von Straftaten der Aufsicht und den Weisungen der Staatsanwaltschaft. Über ihre Feststellungen und die von ihr getroffenen Massnahmen hat die Polizei der Staatsanwaltschaft Bericht zu erstatten (<ref-law>). Sie kann davon nur absehen, wenn zu weiteren Verfahrensschritten der Staatsanwaltschaft offensichtlich kein Anlass besteht und keine Zwangsmassnahmen oder andere formalisierte Ermittlungshandlungen durchgeführt worden sind (<ref-law>). Die Staatsanwaltschaft kann die Polizei auch nach Eröffnung der Untersuchung mit ergänzenden Ermittlungen beauftragen. Sie erteilt ihr dazu grundsätzlich schriftliche Anweisungen, die sich auf konkret umschriebene Abklärungen beschränken (<ref-law>).
2.3 Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die Polizei ihr bekannte Tatsachen, die bei der Ermittlung von Straftaten von Bedeutung sein können, der Staatsanwaltschaft grundsätzlich von sich aus mitzuteilen hat. Entsprechende Anfragen der Staatsanwaltschaft hat die Polizei angesichts der staatsanwaltlichen Weisungsbefugnis bei der Ermittlung von Straftaten zu beantworten. Insbesondere hat die Polizei der Staatsanwaltschaft auch die Identität der in eine Straftat involvierten Personen bekannt zu geben, soweit ihr diese bekannt ist. Dies gilt grundsätzlich selbst dann, wenn die Staatsanwaltschaft eine Strafuntersuchung gegen einen Polizeibeamten führt, wobei das kantonale Recht die Strafverfolgung der Mitglieder ihrer Vollziehungs- und Gerichtsbehörden wegen im Amt begangener Verbrechen oder Vergehen von der Ermächtigung einer Behörde abhängig machen kann (<ref-law>). Vorbehalten bleiben sodann das Recht der beschuldigten Person bzw. einer Auskunftsperson, die Aussage zu verweigern (vgl. Art. 158 Abs. 1 lit. b bzw. <ref-law>) sowie die Zeugnisverweigerungsrechte gemäss <ref-law>.
2.4 Die von der Staatsanwaltschaft vom Beschwerdeführer verlangten Informationen, nämlich die Personalien der am Einsatz vom 30. August 2011 beteiligten Polizeibeamten mitsamt konkreter Einsatzfunktion, sind für die Ermittlungen der Staatsanwaltschaft hinsichtlich der Schussabgabe eines am Einsatz beteiligten Polizeibeamten zweifellos von Bedeutung. Wie die Staatsanwaltschaft in ihrer Verfügung vom 21. Dezember 2011 in Aussicht gestellt hat, beabsichtigt sie, weitere Befragungen von Zeugen und Auskunftspersonen durchzuführen. Diese Ermittlungen würden zumindest erschwert, wenn ihr die verlangten Informationen nicht bekannt gegeben würden. Als Leiter des Polizeikorps ist der Beschwerdeführer somit grundsätzlich von Bundesrechts wegen verpflichtet, der Staatsanwaltschaft die verlangten, ihm bekannten Informationen herauszugeben. Daran ändert der Hinweis auf die ihm nach kantonalem Personalrecht obliegenden Fürsorgepflichten nichts.
3. Der Beschwerdeführer bringt nicht vor, das kantonale Recht verlange die Ermächtigung einer Behörde zur strafrechtlichen Verfolgung des betroffenen Polizeibeamten bzw. es fehle vorliegend an einer solchen Ermächtigung. Zu Recht macht er auch nicht geltend, dass er die Herausgabe der verlangten Informationen aufgrund eines strafprozessualen Auskunfts- oder Zeugnisverweigerungsrechts verweigern dürfte. Er bringt aber (sinngemäss) vor, die am Einsatz beteiligten Polizeibeamten hätten gemäss <ref-law> einen Anspruch auf Wahrung ihrer Anonymität im Strafverfahren und zwar auch gegenüber der Staatsanwaltschaft, weshalb er nicht verpflichtet werden könne, die verlangten Informationen bekannt zu geben.
3.1 Besteht Grund zur Annahme, ein Zeuge, eine Auskunftsperson, eine beschuldigte Person, eine sachverständige Person oder ein Übersetzer könnte durch die Mitwirkung im Verfahren sich oder eine Person, die mit ihr oder ihm in einem Verhältnis nach Art. 168 Abs. 1-3 StPO steht, einer erheblichen Gefahr für Leib und Leben oder einem anderen schweren Nachteil aussetzen, so trifft die Verfahrensleitung auf Gesuch hin oder von Amtes wegen die geeigneten Schutzmassnahmen (<ref-law>). Unter anderem kann die Verfahrensleitung der zu schützenden Person die Anonymität zusichern (Art. 149 Abs. 2 lit. a und <ref-law>). Wurde der zu schützenden Person die Wahrung ihrer Anonymität zugesichert, so trifft die Verfahrensleitung die geeigneten Massnahmen, um Verwechslungen oder Vertauschungen zu verhindern (<ref-law>). Verfahrensleitende Behörde und somit zuständig für die Anordnung von Schutzmassnahmen ist bis zur Einstellung des Verfahrens oder zur Anklageerhebung die Staatsanwaltschaft (<ref-law>, Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005 [Botschaft StPO], BBl 2006 1085 ff., S. 1189). Die Staatsanwaltschaft unterbreitet die von ihr gemachte Zusicherung innert 30 Tagen dem Zwangsmassnahmengericht zur Genehmigung (<ref-law>). Wird einer Person die Anonymität zugesichert, bedeutet dies, dass ihre Personalien im Verfahren nicht bekannt gegeben werden und ihre wahre Identität auch nicht in den Verfahrensakten erscheint. Typischerweise erscheint in den Akten nur eine Decknummer oder der Deckname der geschützten Person (Botschaft StPO, a.a.O., S. 1189).
3.2 Der untersuchende Staatsanwalt hat der beschuldigten Person sowie drei am Polizeieinsatz beteiligten Zeugen in Anwendung von Art. 149 Abs. 1 i.V.m. Abs. 2 lit. a sowie <ref-law> Anonymität zugesichert. Die Frage, ob daran festzuhalten ist, wird das Zwangsmassnahmengericht zu beantworten haben (<ref-law>); sie ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Vorliegend zu beantworten ist nur die Frage, ob der Beschwerdeführer verpflichtet werden kann, der Staatsanwaltschaft die vollständigen Personalien sowie die konkrete Einsatzfunktion der am Einsatz vom 30. August 2011 beteiligten Polizeibeamten schriftlich bekannt zu geben. Dass der Beschwerdeführer zur Herausgabe der verlangten Informationen grundsätzlich verpflichtet ist, wurde bereits ausgeführt (vgl. E. 2.1-2.4 hiervor). Zu prüfen bleibt, ob - wie er geltend macht - eine an einem Strafuntersuchungsverfahren beteiligte Person unter Umständen auch gegenüber der Staatsanwaltschaft Anonymität beanspruchen kann und er gegebenenfalls deshalb die Herausgabe der verlangten Informationen verweigern darf.
3.2.1 Haben die Strafbehörden der zu schützenden Person Anonymität zugesichert, haben sie die geeigneten Massnahmen zu treffen, um Verwechslungen oder Vertauschungen zu verhindern (<ref-law>), und zu prüfen, ob die Person, die sie vor sich haben, mit jener identisch ist, die sich hinter der Anonymität verbirgt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 41 f. sowie E. 4.1 S. 43 mit Hinweisen). Daraus folgt, dass sie die Verfahrensbeteiligten identifizieren können müssen. Zwar bringt der Beschwerdeführer vor, eine Strafbehörde könne sich vor der Einvernahme einer zu schützenden Person auch von einem Polizeibeamten bzw. vom Polizeikommandanten bestätigen lassen, dass die einvernommene Person mit jener identisch ist, die sich hinter der Anonymität verbirgt. Dieses Vorgehen sei im Hinblick auf das Verhältnismässigkeitsprinzip zu bevorzugen, weil es einen schriftlichen Vermerk der Identität in den Akten unnötig mache. Ob die Verfahrensrechte der weiteren Verfahrensbeteiligten in genügender Weise gewahrt bleiben, wenn eine Gerichtsbehörde die Identität einer zu schützenden Person nicht persönlich und anhand der Aufzeichnungen überprüft, sondern sich deren Identität einzig von einem Polizeibeamten bzw. vom Polizeikommandanten bestätigen lässt, kann vorliegend dahingestellt bleiben (vgl. dazu STEFAN WEHRENBERG, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 39 zu Art. 149 sowie <ref-ruling> E. 4.1 S. 43). Jedenfalls muss aber die Staatsanwaltschaft als bis zur Einstellung des Verfahrens oder zur Anklageerhebung verfahrensleitende und gegenüber der Polizei weisungsbefugte Behörde die Identität der beschuldigten Person sowie der weiteren Verfahrensbeteiligten persönlich überprüfen können.
3.2.2 Nicht zu folgen ist dem Beschwerdeführer, soweit er geltend macht, es bestehe keine gesetzliche Grundlage dafür, dass die Staatsanwaltschaft die Personalien einer zu schützenden Person ausserhalb der eigentlichen Verfahrensakten schriftlich festhalte. Wie die Vorinstanz ausgeführt hat, wird die Identität der einzuvernehmenden mit der tatsächlich einvernommenen Person in der Praxis dadurch sichergestellt, dass ihr bei der Zusicherung der Anonymität eine Nummer, ein Pseudonym oder ein fiktives Kürzel zugewiesen wird, die bzw. das in einem geheimen Dokument zusammen mit den wahren Personalien festgehalten und von der Staatsanwaltschaft bzw. vom Gericht unter Verschluss aufbewahrt wird. Bei Bedarf kann die Person dann unter Ausschluss der Parteien und der Öffentlichkeit anhand der Kennzeichnung und des geheimen Dokuments identifiziert werden. Für ein solches Vorgehen bildet <ref-law>, wonach die Verfahrensleitung die zum Schutz der betroffenen Person geeigneten Schutzmassnahmen trifft, eine genügende gesetzliche Grundlage. Ausserdem ist in <ref-law> ausdrücklich vorgesehen, dass die Verfahrensleitung die Personalien der zu schützenden Person unter Ausschluss der Parteien oder der Öffentlichkeit feststellen (lit. c) und das Akteneinsichtsrecht einschränken kann (lit. e).
3.2.3 Weiter bringt der Beschwerdeführer vor, es bestehe die Möglichkeit bzw. es sei zu erwarten, dass das Zwangsmassnahmengericht die Zusicherung der Anonymität nicht genehmige. Diesfalls bestehe die Gefahr, dass die Personalien der beteiligten Polizeibeamten den weiteren Verfahrensbeteiligten bekannt würden. Auch sei davon auszugehen, dass die Verfahrensgarantien der weiteren Verfahrensbeteiligten höher gewichtet würden, sodass früher oder später auch ursprünglich als geheim angelegte Dokumente und damit die Identität der am Einsatz vom 30. August 2011 beteiligten Polizeibeamten offenzulegen sein werden. Damit würden die Polizisten an Leib und Leben gefährdet, weshalb die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 21. Dezember 2011 ihr Recht auf Leben und persönliche Freiheit beeinträchtige (Art. 10 Abs. 1 und 2 BV sowie § 15 der Verfassung des Kantons Aargau vom 25. Juni 1980) und willkürlich sei (<ref-law>).
Dem Beschwerdeführer ist darin zuzustimmen, dass die am Strafverfahren beteiligten Personen möglicherweise dereinst die Identität der am Einsatz vom 30. August 2011 beteiligten Polizeibeamten werden in Erfahrung bringen können, sofern das Zwangsmassnahmengericht die Genehmigung der von der Staatsanwaltschaft zugesicherten Anonymität rechtskräftig verweigern sollte. Die diesbezüglichen Bedenken des Beschwerdeführers hinsichtlich der Sicherheit der am Einsatz beteiligten Polizeibeamten können aber auf das vorliegende Verfahren keinen Einfluss haben, weil die Polizei und damit der Beschwerdeführer nach dem in E. 2.1-2.4 Ausgeführten ohnehin verpflichtet wäre, der Staatsanwaltschaft die verlangten Informationen herauszugeben, sofern das Zwangsmassnahmengericht die Genehmigung rechtskräftig verweigern würde. Solche Bedenken sind vielmehr der Staatsanwaltschaft mitzuteilen und von dieser dem Zwangsmassnahmengericht mit dem Genehmigungsantrag zu unterbreiten (<ref-law>).
Soweit der Beschwerdeführer darüber hinaus geltend machen will, es bestehe die Gefahr, dass unter der Zusicherung der Anonymität erhobene Beweise den weiteren Verfahrensbeteiligten bekannt gegeben werden, erweist sich seine Rüge als unbegründet. Verweigert das Zwangsmassnahmengericht die Genehmigung, so dürfen die unter Zusicherung der Anonymität bereits erhobenen Beweise nicht verwertet werden (<ref-law>). Das Gleiche gilt, wenn ein Strafgericht zum Schluss kommt, die getroffenen Schutzmassnahmen seien mit den Verfahrensrechten der weiteren Beteiligten nicht vereinbar, zumal eine genehmigte oder erteilte Zusicherung der Anonymität sämtliche mit dem Fall betrauten Strafbehörden bindet (<ref-law>). Aufzeichnungen über unverwertbare Beweise sind aus den Akten zu entfernen, bis zum rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens unter separatem Verschluss zu halten und danach zu vernichten (Botschaft StPO, a.a.O., S. 1190; vgl. auch <ref-law>).
3.2.4 Sinn und Zweck der Zusicherung der Anonymität nach Art. 149 Abs. 1 i.V.m. Abs. 2 lit. a sowie <ref-law> ist nach dem Gesagten die Geheimhaltung der Identität der betroffenen Person gegenüber Personen, die ihr Schaden zufügen könnten. Das Recht auf Anonymität besteht nicht gegenüber den Behörden wie etwa Staatsanwaltschaft und Gericht (NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, N. 9 zu Art. 150; vgl. auch <ref-law> für die verdeckte Ermittlung), sondern nur gegenüber denjenigen Personen, welche eine Gefährdung darstellen könnten. Die Identifikation gegenüber den zuständigen Behörden (bei Kollegialgerichten zumindest gegenüber dem Vorsitzenden) ist auch im Falle von Schutzmassnahmen unverzichtbar (WEHRENBERG, a.a.O., N. 19 zu Art. 149 mit Hinweis auf Art. 98b Militärstrafprozess vom 23. März 1979 [MStP; SR 322.1], wo ausdrücklich festgehalten wird, dass die Identität von Zeugen und Auskunftspersonen "gegenüber Personen, die ihnen Schaden zufügen könnten", geheim gehalten werden kann). Ohnehin undenkbar und mit Art. 6 Abs. 1 sowie Art. 308 Abs. 1 und 2 StPO (vgl. E. 2.1 hiervor) unvereinbar wäre, dass die Staatsanwaltschaft nach Abschluss einer Untersuchung gegen eine Person Anklage erhebt oder einen Strafbefehl erlässt, ohne ihre Identität zu kennen. Aber auch über die Identität anderer zu schützender Verfahrensbeteiligter wie beispielsweise von Zeugen muss sich die Staatsanwaltschaft als verfahrensleitende Behörde ins Bild setzen können (vgl. <ref-law>). Immerhin ist darauf hinzuweisen, dass die Strafbehörden ihrer Verantwortung für die Sicherheit der zu schützenden Personen bewusst sein müssen und die nötigen Sicherheitsvorkehrungen zum Schutz ihrer Identität einzuhalten haben (WEHRENBERG, a.a.O., N. 18 zu Art. 150).
3.3 Damit steht fest, dass die am Einsatz vom 30. August 2011 beteiligten Polizisten im Strafuntersuchungsverfahren gegenüber der Staatsanwaltschaft keine Anonymität beanspruchen können und der Beschwerdeführer auch gestützt auf Art. 149 Abs. 1 i.V.m. Abs. 2 lit. a sowie <ref-law> die schriftliche Bekanntgabe der verlangten Informationen nicht verweigern darf.
4. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer schliesslich, soweit er vorbringt, er berufe sich auf den aussergesetzlichen Rechtfertigungsgrund der Wahrung berechtigter Interessen (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 226 mit Hinweisen), zumal gegen ihn kein Strafverfahren geführt wird und vorliegend nicht in Frage steht, ob die Erfüllung eines Straftatbestands gerechtfertigt gewesen ist.
5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird damit gegenstandslos. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle