Sachverhalt:
A. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft (BA) führt seit Oktober 2004 ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren gegen X._ und Mitbeschuldigte wegen des Verdachtes des gewerbsmässigen Anlagebetruges und weiterer Delikte. Im Verlauf des Ermittlungsverfahrens wurde er zweimal verhaftet, letztmals am 6. März 2007. Schon anlässlich seiner ersten Entlassung aus der Untersuchungshaft wurde ihm als Ersatzmassnahme eine Fluchtkaution in der Höhe von Fr. 1 Mio. auferlegt. Bei seiner letzten Haftentlassung am 19. März 2007 wurde zusätzlich eine Sperre des Reisepasses gegen ihn verfügt. Gleichzeitig wurde der Beschuldigte verpflichtet, sich alle drei Wochen auf der Polizeiwache der Kantonspolizei in Frick (AG) zu melden.
B. Mit Eingaben vom 30. Januar 2009 beantragte der Beschuldigte die Reduktion der Kaution sowie die Aufhebung der Reisepasssperre und der polizeilichen Meldepflicht. Am 11. März 2009 wies das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt (Eidg. URA) die Anträge ab. Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, mit Entscheid vom 11. Mai 2009 teilweise gut, indem es die polizeiliche Meldepflicht aufhob.
C. Gegen den Entscheid des Bundesstrafgerichtes vom 11. Mai 2009 gelangte X._ mit Beschwerde vom 8. Juni 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, soweit die ihm auferlegten Ersatzmassnahmen darin bestätigt wurden.
Die BA beantragt mit Stellungnahme vom 16. Juni 2009 die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht hat auf Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet, während vom Eidg. URA innert angesetzter Frist keine Stellungnahme einging. Der Beschwerdeführer replizierte am 23. Juni 2009.

Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
2. Im angefochtenen Entscheid wird zunächst auf die Darstellung der BA verwiesen, wonach der Beschwerdeführer seit Jahren und auch während des Ermittlungsverfahrens enge Beziehungen nach Mauritius gepflegt habe. Die BA habe Kenntnis, dass der Beschwerdeführer und seine Ehefrau dort Bankverbindungen eröffnet hätten. Auch nach seiner Haftentlassung habe der Beschuldigte Instruktionen an in diesem Land wohnhafte Personen erteilt (vgl. angefochtener Entscheid, S. 8 f., E. 5.2). Die Vorinstanz setzt sich mit den Vorbringen der BA kritisch auseinander. Zwar ergebe sich aus den Akten, dass der Beschwerdeführer zwischen 1997 und 2004 13-mal nach Mauritius gereist sei und dass er dort dauernd ein Hotelzimmer (bzw. ein Haus) gemietet habe. Die in einem Schreiben des Beschwerdeführers vom 20. Februar 2006 an die Hoteldirektion enthaltene Aufforderung, alle seine persönlichen Gegenstände und diejenigen seiner Ehefrau seien an eine Drittperson herauszugeben, spreche jedoch dafür, dass "diese Bleibe dem Beschwerdeführer nicht mehr zur Verfügung" stehe. Hinsichtlich der von der BA erwähnten Bankkonten lägen der Vorinstanz "keine Unterlagen vor, welche Rückschlüsse auf einen engen persönlichen Bezug des Beschwerdeführers zu Mauritius belegen würden" (angefochtener Entscheid, S. 9, E. 5.3 zweiter Absatz).
Weiter erwägt das Bundesstrafgericht Folgendes: Das bisherige Wohlverhalten des Beschwerdeführers im Ermittlungsverfahren schliesse Fluchtgefahr nicht aus, sondern könne auch als Indiz für die Wirksamkeit der streitigen Ersatzmassnahmen interpretiert werden. Angesichts der untersuchten Straftaten und der Deliktssumme im dreistelligen Millionenbereich mit einer grossen Zahl von mutmasslichen Geschädigten drohten dem Beschwerdeführer eine mehrjährige Freiheitsstrafe sowie hohe Schadenersatzforderungen. Zwar würde "dies alleine kaum zur Rechtfertigung einer Inhaftierung" genügen. "Nachdem jedoch bei blossen Ersatzmassnahmen für Untersuchungshaft die Anforderungen an den Nachweis des Bestehens einer Fluchtneigung weniger weiter gehen", sei die Annahme ausreichender Fluchtindizien durch die Strafverfolgungsbehörden nicht zu beanstanden (angefochtener Entscheid, S. 9, E. 5.3 erster Absatz). Die Höhe der Kaution sowie die Weiterdauer der Reisepasssperre seien verhältnismässig (vgl. angefochtener Entscheid, S. 10 f., E. 6.1-6.3).
3. Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei keine Fluchtgefahr mehr gegeben, weshalb auch die noch verbliebenen Ersatzmassnahmen (Kaution und Reisepasssperre) aufzuheben seien. Die Auffassung des Bundesstrafgerichtes, für deren Aufrechterhaltung genüge eine blosse Fluchtneigung, sei mit Art. 53 BStP nicht vereinbar. Zur Begründung verweise die Vorinstanz lediglich auf die drohende Freiheitsstrafe bzw. die drohenden Schadenersatzforderungen. Weitere Indizien für Fluchtgefahr würden im angefochtenen Entscheid nicht genannt. Er, der Beschwerdeführer, sei Schweizer Bürger, habe immer in der Schweiz gelebt und sei hier verheiratet. Seit seiner Haftentlassung habe er alle behördlichen Auflagen beachtet und sämtlichen Vorladungen Folge geleistet. Mit der ihm vor gut zwei Jahren ausgehändigten Identitätskarte habe er die Schweiz nie verlassen. Engere Beziehungen ins Ausland pflege er nicht. Die Strafuntersuchung habe er mit einer polizeilichen Anzeige im September 2004 selber ausgelöst. Seine sämtlichen Vermögenswerte seien beschlagnahmt worden.
4. Der Beschuldigte, der wegen Fluchtverdachtes verhaftet ist oder in Haft zu setzen wäre, kann in Freiheit gelassen werden gegen Bestellung einer Sicherheit dafür, dass er sich jederzeit vor der zuständigen Behörde oder zur Erstehung einer Strafe stellen werde (Art. 53 BStP). Bei Pass- und Schriftensperren sowie polizeilichen Meldepflichten handelt es sich um weitere mildere Ersatzmassnahmen anstelle von strafprozessualer Haft, mit denen (im Rahmen der Verhältnismässigkeit) einer gewissen Fluchtneigung des Beschuldigten vorgebeugt werden soll (<ref-ruling> E. 2.2 S. 236 mit Hinweisen). Die betreffenden Zwangsmassnahmen werden zwar im BStP nicht ausdrücklich erwähnt. Da sie die persönliche Freiheit weniger stark einschränken als die im Gesetz geregelte Freiheitsentziehung, besteht für die fraglichen Ersatzmassnahmen jedoch (im Sinne von <ref-law>) eine genügende gesetzliche Grundlage. Sie setzen hinreichende Haftgründe voraus, müssen verhältnismässig sein und können einzeln oder (soweit sachlich geboten) auch kumuliert angeordnet werden (<ref-ruling> E. 3.2 S. 29 f., E. 3.3 S. 30, E. 3.4 S. 31 f., E. 3.5 S. 32, je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes braucht es für die Annahme von "Fluchtverdacht" (im Sinne von Art. 44 Ziff. 1 BStP) eine gewisse Wahrscheinlichkeit, dass sich der Angeschuldigte bei Verzicht auf die streitigen Zwangsmassnahmen der Strafverfolgung und dem Vollzug der Strafe durch Flucht entziehen würde. Die Schwere der drohenden Strafe darf als ein Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden. Zumindest bei Haftfällen genügt sie jedoch für sich allein nicht zur Rechtfertigung der Zwangsmassnahme. Es müssen vielmehr die konkreten Umstände des betreffenden Falles, insbesondere die gesamten Lebensverhältnisse des Beschuldigten, in Betracht gezogen werden (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 4a S. 70; je mit Hinweisen). In diesem Zusammenhang ist es zulässig, die familiären und sozialen Bindungen des Beschuldigten, dessen berufliche Situation sowie Kontakte ins Ausland und Ähnliches mitzuberücksichtigen. Auch bei einer befürchteten Ausreise in ein Land, das ihn grundsätzlich an die Schweiz ausliefern bzw. stellvertretend verfolgen könnte, ist die Annahme von Fluchtgefahr nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 3d S. 36 f.). Bei blossen Ersatzmassnahmen für Haft sind an den Nachweis einer hinreichenden Fluchtneigung grundsätzlich weniger hohe Anforderungen zu stellen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 31 mit Hinweisen; Urteile 1B_139/2007 vom 17. Dezember 2007 E. 5.1; 1P.704/2004 vom 29. Dezember 2004 E. 4.1).
5. Im angefochtenen Entscheid werden ausreichende Anhaltspunkte für eine gewisse Fluchtneigung dargelegt (vgl. oben, E. 2). Unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit hat die Vorinstanz auch zutreffend mitberücksichtigt, welche Arten von Ersatzmassnahmen für strafprozessuale Haft gestützt auf die erwähnten Fluchtindizien aufrechterhalten werden sollen. Falls die Eingriffsintensität sinkt, ist an den Nachweis von "Fluchtverdacht" im Sinne von Art. 44 Ziff. 1 und Art. 53 BStP in der Regel ein weniger strenger Massstab anzulegen. Untersuchungshaft stellt jedenfalls eine deutlich schärfere Zwangsmassnahme dar als blosse Ersatzmassnahmen für Haft wie Pass- und Schriftensperren oder Meldepflichten. Insofern haben für den strafprozessualen Freiheitsentzug auch unter dem Gesichtspunkt der Haftgründe qualifizierte Anforderungen zu gelten. Die Ansicht des Beschwerdeführers, die Anordnung von blossen Ersatzmassnahmen für Haft verlange stets die gleich hohe Intensität der Fluchtneigung wie die Anordnung von Haft, liesse sich mit dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit (Art. 36 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>) kaum vereinbaren; sie liefe praktisch darauf hinaus, dass bei Fluchtgefahr keine milderen Ersatzmassnahmen anstelle von Haft mehr verfügt werden könnten. An anderer Stelle wird in der Beschwerdeschrift denn auch eingeräumt, dass, "je akuter die Fluchtgefahr ist, desto weniger Ersatzmassnahmen in Betracht" kommen.
An der nach der konkreten Eingriffsintensität differenzierenden dargelegten Praxis (vgl. oben, E. 4) ist nach dem Gesagten festzuhalten. Im vorliegenden Fall ist auch noch zu beachten, dass die ursprünglich verfügten Ersatzmassnahmen unterdessen stufenweise reduziert worden sind: Die Identitätskarte wurde dem Beschwerdeführer bereits vor ca. zwei Jahren wieder ausgehändigt, die polizeiliche Meldepflicht im angefochtenen Entscheid aufgehoben. Dass die Vorinstanz die Voraussetzungen für die Aufrechterhaltung der noch streitigen Ersatzmassnahmen als erfüllt ansah, hält vor dem Bundesrecht stand.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Eidgenössischen Untersuchungsrichteramt, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster