Sachverhalt:
A. W._, geboren 1970, meldete sich am 13. April 2004 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Ihr Arbeitsverhältnis mit der Genossenschaft Q._, wo W._ als Verkaufsassistentin zuletzt gesundheitlich bedingt eine leichtere Arbeit ausgeübt hatte, war von der Arbeitgeberin am 29. Januar 2004 per 29. Februar 2004 aufgelöst worden. Die IV-Stelle Nidwalden holte einen Bericht des Dr. med. A._, Allgemeine Medizin FMH, ein, welcher am 6. Mai 2004 eine Schulterdistorsionsverletzung links mit konsekutiver Ausbildung einer AC-Gelenksarthrose, bestehend seit Frühjahr 2002 (Verletzung beim Krafttraining), bei Status nach lateraler Clavicularesektion links am 5. November 2002 und Schulterrevision links am 7. August 2003, mit persistierenden, invalidisierenden Schulterschmerzen links diagnostizierte. In der Klinik X._ war eine Schulterarthroskopie links, eine Tenotomie der langen Bizepssehne, eine offene Tenodese der langen Bizepssehne sowie eine Revision des AC-Gelenks vorgenommen worden (Operationsbericht vom 7. August 2003). Ab 28. Juni 2004 begab sich die Versicherte zur Behandlung ins Paraplegikerzentrum Y._ (Bericht der Dres. med. S._ und H._ vom 15. September 2004). Am 21. Dezember 2004 erstattete Dr. med. G._, Orthopädische Chirurgie FMH, ein vom Unfallversicherer eingeholtes Gutachten. Er hielt dabei fest, dass W._ die linke Schultergürtelmuskulatur und den linken Arm nicht in gegebenem Ausmass schone, eine funktionelle Störung im glenohumeralen Gelenk nicht vorliege und die richtunggebende Verschlimmerung im AC-Gelenk einerseits korrekt therapiert und andererseits nicht mehr behandlungsbedürftig sei. Aufgrund der Klinik ("aus orthopädisch-traumatologischer Sicht keine relevante, eine leistungsvermindernde Einschränkung des linken Schultergelenkes feststellbare Pathologie [...]") wäre jederzeit eine ganztägige Arbeitstätigkeit zumutbar, wobei aus Gründen der zur Zeit der Erstellung des Gutachtens noch fehlenden Kondition initial vielleicht auch ein halbtägiger Einsatz akzeptiert werden könnte, allerdings nach einer Angewöhnungszeit von vier bis maximal acht Wochen die volle ganztägige Arbeitsleistung wieder zumutbar wäre. In der Folge hielt sich W._ vom 18. April bis zum 19. Mai 2004 in der Beruflichen Abklärungsstelle BEFAS auf. In deren Bericht vom 4. Juli 2005 wurde festgehalten, dass die Versicherte in einer körperlich leichten, etwas wechselnd belastenden Tätigkeit ganztags arbeitsfähig sei. Die Tätigkeit sollte dabei keine Anforderungen an die linken oberen Extremitäten stellen. Damit sollten keine werfenden, schlagenden, weit ausholenden Bewegungen sowie keine positionsmonotonen, repetierenden Tätigkeiten ausgeführt werden. W._ sollte keinen Vibrationen ausgesetzt sein und die Arbeiten sollten vorwiegend auf Tischhöhe mit aufgelegtem Arm erfolgen können. Mit Verfügung vom 25. Juli 2005 und Einspracheentscheid vom 13. Februar 2006 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren von W._ gestützt auf diese Grundlagen ab.
B. W._ erhob dagegen Beschwerde beim Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden und reichte im Rahmen des Beschwerdeverfahrens einen Bericht des Instituts für Radiologie des Paraplegikerzentrums Y._ vom 25. Januar 2005 sowie einen Bericht der Klinik X._ vom 7. September 2006 ein. Die Beschwerde wurde mit Entscheid vom 6. November 2006 insofern teilweise gutgeheissen, als der angefochtene Einspracheentscheid bezüglich der nicht gewährten unentgeltlichen Verbeiständung aufgehoben und im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen wurde. Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen.
C. W._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Angelegenheit zur nochmaligen Abklärung und Verfügung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurden das Eidgenössische Versicherungsgericht und das Bundesgericht in Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, S. 10 Rz. 75) und es wurde die Organisation und das Verfahren des obersten Gerichts umfassend neu geregelt. Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Gerichtsentscheid am 6. November 2006 und somit vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Gemäss Art. 132 Abs. 2 OG in der seit 1. Juli 2006 in Kraft stehenden Fassung (Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, AS 2006 2003) in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG ist in Streitigkeiten, die Leistungen der Invalidenversicherung betreffen, nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde.
3. Streitig ist, in welchem Umfang die Beschwerdeführerin noch arbeitsfähig ist. Sie beanstandet, dass die diesbezüglichen Abklärungen der IV-Stelle unvollständig seien und insbesondere auf das BEFAS-Gutachten nicht abgestellt werden könne.
3.1 Jede (leistungsspezifische; <ref-law>) Invalidität setzt einen (bleibenden oder langdauernden; <ref-law>) Gesundheitsschaden voraus, sei er körperlicher, geistiger oder psychischer Natur, auf Krankheit, Unfall oder Geburtsgebrechen zurückzuführen (<ref-law>). Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose betreffen ebenso eine Tatfrage wie die Prognose (fallbezogene medizinische Beurteilung über die voraussichtliche künftige Entwicklung einer Gesundheitsbeeinträchtigung im Einzelfall) und die Pathogenese (Ätiologie) im Sinne der Feststellung der Ursache eines Gesundheitsschadens dort, wo sie invalidenversicherungsrechtlich erforderlich ist (z.B. bei den Geburtsgebrechen; <ref-law>). Zu der - durch die festgestellten Gesundheitsschädigungen kausal verursachten - Arbeitsunfähigkeit nimmt die Arztperson Stellung (<ref-ruling> E. 4 S. 261, 115 V 133 E. 2 S. 134, 114 V 310 E. 3c S. 314, 105 V 156 E. 1 in fine S. 158 f.; AHI 2002 S. 62 [I 82/01] E. 4b/cc; SVR 2006 IV Nr. 10 S. 38 [I 457/04] E. 4.1). Soweit diese ärztliche Stellungnahme sich zu dem in Anbetracht der festgestellten (diagnostizierten) gesundheitlichen Beeinträchtigungen noch vorhandenen funktionellen Leistungsvermögen oder (wichtig vor allem bei psychischen Gesundheitsschäden) zum Vorhandensein und zur Verfügbarkeit von Ressourcen ausspricht, welche eine versicherte Person im Einzelfall noch hat, handelt es sich ebenfalls um eine Tatfrage. In diesem Sinne ist die aufgrund von (medizinischen) Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit Entscheidung über eine Tatfrage. Als solche erfasst sie auch den in die gesetzliche Begriffsumschreibung der Arbeitsunfähigkeit nach <ref-law> integrierten Aspekt der zumutbaren Arbeit; denn in dem Umfange, wie eine versicherte Person von funktionellem Leistungsvermögen und Vorhandensein/Verfügbarkeit psychischer Ressourcen her eine (Rest-)Arbeitsfähigkeit aufweist, ist ihr die Ausübung entsprechend profilierter Tätigkeiten zumutbar, es sei denn, andere als medizinische Gründe stünden der Bejahung der Zumutbarkeit im Einzelfall in invalidenversicherungsrechtlich erheblicher Weise entgegen, was jedoch nach der Rechtsprechung zu den invaliditätsfremden Gründen, welche die versicherte Person an der Aufnahme oder weiteren Ausübung einer gesundheitlich zumutbaren Erwerbstätigkeit hindern, nur in sehr engem Rahmen der Fall ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398; <ref-ruling> E. 2c S. 21 mit Hinweisen; ZAK 1989 S. 456 E. 3b S. 458).
3.2 Die Vorinstanz schloss mit ausführlicher Begründung darauf, dass die von der BEFAS ermittelte Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin zutreffend sei und die Beschwerdegegnerin somit zu Recht darauf abgestellt habe. Diese Tatsachenfeststellung des kantonalen Gerichts ist für das Bundesgericht grundsätzlich bindend.
4. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig resp. unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt zu haben. Dem kann aus nachstehenden Erwägungen nicht gefolgt werden.
4.1 Die von Dr. med. G._ vorgenommene Einschätzung des Gesundheitszustandes der Beschwerdeführerin und der ihr zumutbaren Tätigkeit erfolgte in Kenntnis der massgebenden Akten und nach entsprechender Untersuchung der Beschwerdeführerin. Daran vermag auch das erst später am 25. Januar 2005 im Paraplegikerzentrum Y._ erstellte MRI nichts zu ändern. Einerseits handelt es sich dabei um eine Befunderhebung durch die Ärzte, welche die Beschwerdeführerin betreuen; es ist somit die Erfahrungstatsache zu berücksichtigen, dass Hausärzte mitunter im Hinblick auf ihre auftragsrechtliche Vertrauensstellung in Zweifelsfällen eher zugunsten ihrer Patienten aussagen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353). Andererseits wird von Dr. med. G._ eine richtunggebende Verschlimmerung im AC-Gelenk nicht negiert, sondern vielmehr festgehalten, dass diese korrekt therapiert worden und nicht mehr behandlungsbedürftig sei. Die Ärzte des Paraplegikerzentrums Y._ stellen in Übereinstimmung mit Dr. med. G._ eine recht kräftige Schultergelenksmuskulatur fest, was darauf schliessen lässt, dass die Beschwerdeführerin diese nicht in dem von ihr angegebenen Ausmass schont.
4.2 Nicht nachvollziehbar ist, was die Beschwerdeführerin aus der von ihr bei der Vorinstanz eingereichten Zusammenstellung der Diagnosen und der behandelnden Ärzte ableiten will. Sowohl die Expertise von Dr. med. G._ wie auch die Abklärung der BEFAS-Gutachter wurden unter umfassender Kenntnis der Krankengeschichte erstellt. Es würde das im Sozialversicherungsverfahren massgebende Untersuchungsprinzip sprengen, wenn die Beschwerdegegnerin jedem Einwand und jedem Vorbringen der Beschwerdeführerin nachgehen müsste. Vielmehr sind in Anwendung von <ref-law> lediglich die notwendigen Abklärungen vorzunehmen (vgl. Kieser, ATSG-Kommentar, N 11 ff. zu Art. 43). Die Beschwerdegegnerin hat nun nicht etwa allein auf das vom Unfallversicherer eingeholte Gutachten des Dr. med. G._ abgestellt, sondern zusätzlich noch eine umfassende berufliche Abklärung veranlasst. Diese Erhebungen sind für die Entscheidfindung hinreichend und es muss nicht wegen des Umstands, dass der Unfallversicherer offenbar noch eine zusätzliche polydisziplinäre Begutachtung veranlasst hat, nun auch im Verfahren um die Zusprechung von Leistungen der Invalidenversicherung ein gleiches Gutachten ergänzend eingeholt werden.
4.3 Allein aufgrund des diskreten Verdachts einer dissoziativen Störung und der Feststellung, dass die kognitive Leistungsfähigkeit der Beschwerdeführerin sich am unteren Rande des Durchschnitts bewege, wie im Abklärungsbericht der BEFAS (S. 7 und 8) angeführt wird, ist nicht auf die Notwendigkeit des Einholens von Gutachten in den Fachgebieten der Neurologie und der Psychiatrie zu schliessen. Vielmehr ist wesentlich, dass bei der Beschwerdeführerin die klinischen Befunde kaum vereinbar sind mit den massiven Schmerzangaben. Aus diesem Grund kann den BEFAS-Gutachtern auch nicht vorgeworfen werden, dass die Arbeitsversuche gemäss Darstellung der Beschwerdeführerin nur halbtags erfolgt seien. Dass die Abklärung durch die zahlreichen Absenzen erschwert wurde, ist auch im Bericht der BEFAS selber festgehalten. Es wird jedoch nicht angeführt, dass dadurch eine Beurteilung der Leistungsfähigkeit der Versicherten verunmöglicht worden wäre. Letztlich hat es auch die Beschwerdeführerin selber zu verantworten, wenn es nach ihrer Auffassung nicht zu einem ganztägigen Arbeitsversuch gekommen war, weil sie sich als krank abmeldete und sich zur Behandlung in das Paraplegikerzentrum Y._ resp. in Spitalpflege begab. Es ist auch nicht aktenkundig, dass die Beschwerdeführerin, welche damals bereits anwaltlich vertreten war, auf eine längere Dauer der Abklärung bei der BEFAS gedrängt hätte.
4.4 Die Beschwerdeführerin rügt des Weiteren, sowohl Dr. med. G._ wie auch die Gutachter der BEFAS seien befangen. Dr. med. G._ wird der Befangenheit bezichtigt, weil er die Beschwerdeführerin als Simulantin betrachte. Eine solche Aussage kann jedoch dem von ihm erstellten Gutachten nicht entnommen werden. Das Festhalten des Auseinanderklaffens der objektiven Befunde und der subjektiven Wahrnehmung der Beschwerdeführerin selbst kann nicht zu einem Befangenheitsvorwurf führen, wenn dies, wie vorliegend, sachlich begründet ist. Insbesondere wurde dies nicht nur von Dr. med. G._, sondern auch im Rahmen der BEFAS-Abklärung beobachtet. Das Vorhandensein einer recht kräftigen Schultergelenksmuskulatur wurde im Übrigen auch im erwähnten Bericht des Paraplegikerzentrums Y._ beschrieben (vgl. oben Ziffer 4.1). Ebenso wenig lässt sich der Befangenheitsvorwurf gegen die BEFAS-Gutachter begründen, weil diese sich angeblich einseitig nur beim Spital Z._, gegen welches Arzthaftungsansprüche geltend gemacht würden, orientiert haben. Wenn man die Angaben auf Seite 5 des BEFAS-Abklärungsberichtes konsultiert, wird klar, dass der Vorwurf der einseitigen Erkundigung beim Spital Z._ nicht zutrifft, sondern dass dieser Bericht in umfassender Aktenkenntnis ausgearbeitet wurde. Die Beschwerdeführerin will offensichtlich einzig die Aussagen der sie im Paraplegikerzentrum Y._ behandelnden Ärzte als richtig anerkennen. Jedoch ist darauf hinzuweisen, dass Dr. med. S._ und Dr. med. H._ vom Paraplegikerzentrum Y._ in ihrem Bericht vom 15. September 2004 gerade keine Aussagen zum Ausmass der Einschränkung der beruflichen Tätigkeit gemacht haben. In diesem Bericht vom 15. September 2004 wurden im Übrigen vor allem die Wahrnehmungen der Beschwerdeführerin selber geschildert, währendem aus den erhobenen Befunden keine konkreten Schlüsse gezogen wurden. Das Abstellen der Beschwerdegegnerin resp. der Vorinstanz auf die Erkenntnisse der BEFAS ist somit nicht zu beanstanden.
5. Die von der Beschwerdeführerin einzig bezüglich Feststellung der noch zumutbaren Tätigkeit gerügte Sachverhaltsermittlung durch das kantonale Gericht ist somit weder offensichtlich unrichtig oder unvollständig noch rechtsfehlerhaft erfolgt. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher abzuweisen.
6. Soweit die Beschwerdeführerin eine Verschlechterung ihres Gesundheitszustandes nach Erlass des Einspracheentscheides geltend macht, hat dies in Übereinstimmung mit der Darstellung der Beschwerdegegnerin unberücksichtigt zu bleiben, da dieser Zeitpunkt für die richterliche Überprüfungsbefugnis massgebend ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 243).
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 OG in der seit 1. Juli 2006 in Kraft stehenden Fassung; Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, AS 2006 2003). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten) und Verbeiständung (Art. 152 Abs. 2 OG) kann gewährt werden, weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin geboten war (<ref-ruling> E. 5b S. 372 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin wird indessen darauf aufmerksam gemacht, dass sie gemäss Art. 152 Abs. 3 OG der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist,

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege werden sie einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
3. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird Rechtsanwalt Dr. Rolf Thür, Zürich, für das Verfahren vor dem Bundesgericht aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, der Ausgleichskasse Nidwalden und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 30. Oktober 2007
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo