Sachverhalt:
A. J._ (geboren 1946) war seit 1989 bei der P._ SA angestellt und in dieser Eigenschaft bei der "Zürich" Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. Juni 2004 rutschte er beim Verlad von Junghennen in zu Türmen aufgeschichteten Körben aus und schlug mit der linken Schulter an einem dieser Türme an. Die Zürich erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 18. Januar 2006, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 31. August 2006, stellte die Zürich fest, sie sei seit 1. Januar 2005 nicht mehr leistungspflichtig.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 4. März 2008 ab.
C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Zürich zu verpflichten, ihm auch nach dem 1. Januar 2005 Taggelder auszurichten. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Die Vorinstanz und die Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Leistungsvoraussetzungen des natürlichen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis), die Beweislastverteilung im Rahmen der Leistungseinstellung (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45, 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b) und die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Anzufügen bleibt, dass die Verwaltung als verfügende Instanz und - im Beschwerdefall - das Gericht eine Tatsache nur dann als bewiesen annehmen dürfen, wenn sie von ihrem Bestehen überzeugt sind (Kummer, Grundriss des Zivilprozessrechts, 4. Aufl., Bern 1984, S. 136). Im Sozialversicherungsrecht hat das Gericht seinen Entscheid, sofern das Gesetz nicht etwas Abweichendes vorsieht, nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit zu fällen. Die blosse Möglichkeit eines bestimmten Sachverhalts genügt den Beweisanforderungen nicht. Der Richter und die Richterin haben vielmehr jener Sachverhaltsdarstellung zu folgen, die sie von allen möglichen Geschehensabläufen als die wahrscheinlichste würdigen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181, 126 V 353 E. 5b S. 360, je mit Hinweisen).
2. Es ist unbestritten, dass das Carpaltunnelsyndrom sowie das Sulcus-ulnaris Syndrom unfallfremd sind. Streitig ist hingegen, ob die Partialruptur der Rotatorenmanschette der linken Schulter eine (indirekte) Folge des Unfalles vom 2. Juni 2004 ist und die Zürich dafür auch nach dem 1. Januar 2005 Leistungen zu erbringen hat.
3. 3.1 Dr. med. B._, Facharzt für Radiologie, Zentrum N._, führte am 16. Juni 2004 ein MRI durch und fand unter dem Supraspinatusansatz multiple kleine zystische/erosive Veränderungen. Die Kortikalis scheine etwas eingedellt. Die Supraspinatussehne sei in der Kontinuität erhalten und zeige eine weitgehend glatte Kontur und normales Signalverhalten. Dr. med. B._ hielt abschliessend Hinweise auf eine durchgemachte Knochenkontusion und eine leichte Kortikalisimpression am Supraspinatusansatz mit sekundären zystischen/degenerativen Veränderungen fest. Es lasse sich keine Rotatorenmanschettenruptur oder Muskelatrophie nachweisen.
3.2 Dr. med. S._, Leitender Arzt Orthopädie, Spital X._, berichtete am 27. November 2004, die linksseitigen Schulterbeschwerden hätten sich gebessert, seien aber nicht ganz verschwunden. Nach einer die linke Schulter belastenden Tätigkeit seien die Schmerzen reaktiviert worden, in der Zwischenzeit aber wieder abgeklungen. Er habe wiederum einen vollen aktiven Bewegungsumfang, insbesondere mit impingementfreier voller Abduktion und Flexion bis in die Vertikalstellung, festgestellt. Die erneute Prüfung der Funktion der Rotatorenmanschette habe allseits ausgesprochen kräftige Verhältnisse ohne jegliche Anhaltspunkte für Defizienzen der Rotatorenmanschette, namentlich der Supraspinatusportion, ergeben.
3.3 Dr. med. von H._, Facharzt für Neurologie, diagnostizierte am 5. Januar 2005 ein Sulcus ulnaris-Syndrom des linken Ellenbogens, ein beidseitiges Carpaltunnelsyndrom sowie anamnestisch ein Schulter/Armsyndrom mit vor allem linkem Schulterschmerz nach Anpralltrauma vom 2. Juni 2004.
3.4 Prof. Dr. med. V._, Facharzt für Chirurgie, verneinte am 26. April 2005 die Frage des Sachbearbeiters, ob das Nervus ulnaris Kompressionssyndrom und das Carpaltunnelsyndrom unfallbedingt seien. Bezüglich der Schulter hielt er die Prognose für ungewiss. Die Frage nach der Arbeitsunfähigkeit beantwortete er nicht, sondern ordnete ein Gutachten durch Dr. med. G._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, an.
3.5 Dr. med. B._ führte am 28. Juli 2005 erneut ein MRI durch. Dabei hielt er fest, die Supraspinatussehne weise im Gegensatz zur Voruntersuchung gelenkseitig eine aufgerissene Oberfläche auf. An einer Stelle distal ventral sehe man einen kleinen transmuralen Defekt. Die Sehne sei nicht retrahiert und der Muskel nicht atrophiert. Die übrigen Befunde seien im Verlauf weitgehend stationär.
3.6 Dr. med. G._ diagnostizierte am 4. Oktober 2005 den Status nach Kontusion der linken Schulter vom 2. Juni 2004, eine degenerative Rotatorenmanschettenläsion links sowie den Status nach Vorverlagerung des Nervus ulnaris links. Die geltend gemachten Beschwerden dürften durch die nachgewiesene Degeneration der Rotatorenmanschette links erklärt sein. Daraus resultiere aber keine unfallbedingte Leistungseinbusse. Für einen Riss der Rotatorenmanschette durch ein schädigendes Ereignis seien ungewöhnlich hohe Kräfte erforderlich, was hier nicht gegeben sei. Im MRI knapp zwei Wochen nach dem Ereignis seien weder periartikuläre Ödeme oder Hämatome nachgewiesen, was eigentlich unabdingbar wäre, wenn gleichzeitig eine kortikale Impressionsverletzung am Humerus postuliert werde, noch eine eindeutige weit fortgeschrittene Supraspinatus- und Subscapularisdegeneration aufgetreten. Degenerative Veränderungen seien im 5. Lebensjahrzehnt bei fast allen Menschen nachzuweisen und führten in einem Drittel der Fälle zu einem vollständigen Riss. Die nachgewiesene Partialruptur des Supraspinatus links sei damit weder direkte noch indirekte Folge des Ereignisses noch seien die Voraussetzungen einer unfallähnlichen Körperschädigung erfüllt. Infolge der sechs bis acht Wochen dauernden Ausheilung der Kontusion und da während etwa doppelt so langer Zeit noch Schmerzen bestünden, sei die Schätzung, der Status quo sine sei per 1. Januar 2005 erreicht, erklärt.
3.7 Am 23. Januar 2006 berichtete Dr. med. E._, Chefarzt, Chirurgische Klinik, Spital X._, über die am 18. Januar 2006 von Dr. med. K._, Oberarzt Orthopädie, Spital X._, durchgeführte Bizepstenotomie, Débridement und Supraspinatus-Refixation und am 28. Juni 2006 über die am 12. Juni 2006 ebenfalls von Dr. med. K._ vorgenommene Schultermobilisation in Narkose, subacromiale Bursektomie und Adhäsiolyse.
3.8 Dr. med. B._ präzisierte am 24. November 2006 seine Aussagen über die von ihm am 15. Juni 2004 und am 28. Juli 2005 durchgeführten MRI. Anlässlich des ersten MRI seien ein kleiner Einbruch der Kortikalis am Humeruskopf mit einer dadurch entstandenen, relativ scharfen Kante sichtbar und die Supraspinatussehne über dieser Kante diskret aufgequollen, was zu einer frischen Quetschung passe. In der Verlaufskontrolle vom 28. Juli 2005 sehe man weiterhin die alte Verletzung am Humeruskopf. Zusätzlich komme ein vollständiger Defekt (Loch) in der Supraspinatussehne zur Darstellung. Die Läsion liege gerade der scharfen Kante am Knochen gegenüber. Aufgrund des Ablaufs halte er einen Zusammenhang zwischen dem Unfall und der Sehnenverletzung für überwiegend wahrscheinlich. Am 8. März 2007 nahm Dr. med. B._ Stellung zur Beurteilung des Dr. med. G._. Dessen Schlussfolgerungen seien nachvollziehbar, doch teile er diese nicht. Tatsächlich lasse sich dem MRI vom 15. Juni 2004 nicht entnehmen, ob es sich beim Einbruch um eine frische Verletzung handle, doch schliesse das Fehlen eines Knochenmarködems dies auch nicht ganz aus. Die Beschwerden seien immerhin so intensiv gewesen, dass eine invasive Untersuchung veranlasst worden sei. Aus seiner Erfahrung (einige Tausend Untersuchungen im MRI) sei es relativ selten, dass nicht durch ein Trauma bedingte Risse an der Rotatorenmanschette rasch auftreten würden. Eine rasch progrediente Rissbildung habe er nur nach Traumata oder als Rezidivriss gesehen. Bei der ein Jahr nach dem Ereignis nachgewiesenen partiellen Rissbildung in der Rotatorenmanschette handle es sich mit überwiegender Wahrscheinlichkeit um eine indirekte Unfallfolge. Sicher falsch sei die Aussage, bei dem verzögert aufgetretenen Riss könne es sich nicht um eine Unfallfolge handeln.
3.9 Dr. med. L._, Assistenzarzt Orthopädie, und Dr. med. F._, Leitender Oberarzt Orthopädie, Klinik Y._, hielten in ihrem Bericht vom 5. April 2007 fest, anamnestisch sei der Aussage des Dr. med. B._, welcher einen kausalen Zusammenhang für überwiegend wahrscheinlich halte, zuzustimmen, da der Versicherte vor dem Ereignis seitens der linken Schulter stets beschwerdefrei gewesen sei und die Problematik nach diesem Trauma auftrat.
3.10 Dr. med. O._, Facharzt für Rheumatologie, Physikalische Medizin und Rehabilitation, Klinik Z._, verwies am 17. April 2008 darauf, die Beurteilung des Dr. med. G._ entspreche nicht den Anforderungen an ein Gutachten und ein Arthro-MRI der Schulter sei eine invasive Untersuchung, welche nur bei grossem Leidensdruck durchgeführt werde, weshalb dessen Anordnung 14 Tage nach dem Unfall auf eine schwere Verletzung schliessen lasse. Er lasse offen, ob mit Dr. med. G._ von einer Degeneration auszugehen sei oder ob die Veränderungen eher traumatisch bedingt seien. Die Beurteilung des Dr. med. B._ sei jedoch gut nachvollziehbar. Unter Berücksichtigung der Beschwerdefreiheit vor dem Ereignis, des einschneidenden Ereignisses und der radiologischen Veränderungen bestehe ein grosser Verdacht, dass die Rotatorenmanschettenruptur im Rahmen einer unfallähnlichen Körperschädigung erklärt werden könnte. Auch sei der erwähnte Unfallmechanismus dazu geeignet. Wie bereits von Prof. Dr. med. V._ vorgeschlagen, sei eine detaillierte orthopädische resp. rheumatologische Begutachtung unumgänglich.
4. 4.1 Vorweg ist festzuhalten, dass den Aussagen des Prof. Dr. med. V._ keinerlei Beweiswert zukommt, da sie nicht den Anforderungen der Rechtsprechung an einen ärztlichen Bericht genügen (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis). Entgegen den Ausführungen der Vorinstanz mindert der Umstand, dass sich Dr. med. B._ wie auch die Ärzte der Klinik Y._ auf Bitte des Versicherten zur Sache äusserten, nichts an ihrer Aussagekraft, rechtfertigt dies allein noch keine Zweifel an ihrem Beweiswert (<ref-ruling> E. 3b/dd und 3c S. 353 f. mit Hinweis). Dr. med. B._ begründet seine Einschätzungen hinreichend, so dass seine Berichte den Anforderungen der Rechtsprechung genügen. Hingegen hat die Vorinstanz zu Recht nicht auf den Bericht der Klinik Y._ abgestellt, da deren Schlussfolgerung im Wesentlichen auf die unzulässige Argumentation im Sinne von "post hoc ergo propter hoc" hinausläuft.
4.2 Soweit Dr. med. G._ darlegt, es sei auch keine unfallähnliche Körperschädigung gegeben, kann seiner Begründung nicht gefolgt werden. Denn es ist nicht massgebend, ob die strittige Verletzung (Rotatorenmanschettenruptur) aus medizinischer Sicht angesichts des Alters des Versicherten vornehmlich degenerativ bedingt ist. Es kommt vielmehr darauf an, ob diese Verletzung auf ein äusseres, objektiv feststellbares, sinnfälliges Ereignis - und wenn auch nur im Sinne eines Auslösers - zurückzuführen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 467 mit Hinweisen). Daran ändert auch der Einwand der Zürich in ihrer Eingabe vor Bundesgericht nichts, es bleibe kein Platz für eine unfallähnliche Körperschädigung, da das Ereignis vom 2. Juni 2004 als Unfall anerkannt sei. Dies bedeutet nämlich nur, dass das Ereignis vom 2. Juni 2004 auch das Unfallkriterium der Ungewöhnlichkeit erfüllt, welches für die Anerkennung eines Ereignisses im Rahmen der unfallähnlichen Körperschädigungen nicht verlangt ist. Damit sind aber alle in <ref-law> aufgelisteten Verletzungen als Unfallfolgen anzuerkennen, sofern das Ereignis vom 2. Juni 2004 zumindest Teilursache der erlittenen Verletzung ist. Da es unbestritten ist, dass direkt nach dem Ereignis vom 2. Juni 2004 noch keine Ruptur der Rotatorenmanschette vorlag, bleibt zu prüfen, ob die Rotatorenmanschettenruptur eine indirekte Folge des Unfalls vom 2. Juni 2004 darstellt.
5. 5.1 Zur Beantwortung dieser Frage stehen sich im Wesentlichen die Aussagen des Dr. med. G._ und die Schlussfolgerungen des Dr. med. B._ gegenüber. Dabei kann Dr. med. B._ nicht entgegen gehalten werden, seine Einschätzung würde sich nicht auf sämtliche Akten abstützen, zumal ihm die Berichte des Dr. med. von H._, des Prof. Dr. med. V._, des Dr. med. G._ sowie des Hausarztes, Dr. med. T._, Facharzt für Allgemeine Medizin, zur Verfügung standen und auch Dr. med. G._ die ihm überlassenen Akten weder zusammenfasst noch wenigstens auflistet, sondern nur festhält, ihm stünden sämtliche Akten zur Verfügung.
5.2 Dr. med. B._ hält in seiner Stellungnahme vom 8. März 2007 fest, tatsächlich zeige die MR-Untersuchung von 2004 nicht an, dass es sich beim Einbruch der Kortikalis um eine frische Verletzung handle. Das Fehlen eines Knochenmarködems schliesse dies aber auch nicht ganz aus. Damit stellt der Zusammenhang zwischen dem Ereignis vom 2. Juni 2004 und diesem Einbruch lediglich eine Möglichkeit dar, von welcher Dr. med. B._ ausgeht. Er ist somit nicht mit dem im Sozialversicherungsrecht notwendigen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Demzufolge ist auch der von Dr. med. B._ postulierte kausale Zusammenhang zwischen der scharfen Kante und dem dadurch verursachten partiellen Riss der Supraspinatussehne einerseits und dem Ereignis vom 2. Juni 2004 andererseits nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit gegeben. Daran ändert auch die Feststellung des Dr. med. B._ nichts, die Beschwerden seien nach diesem Ereignis aufgetreten und so intensiv gewesen, dass der Hausarzt kurze Zeit später eine invasive Untersuchung veranlasst habe. Denn aufgrund der Akten ist ausgewiesen, dass der Versicherte nach diesem Ereignis noch während mehrerer Tage seiner Arbeit nachging und damit erst am 9. Juni 2004 aussetzte, nachdem er am 8. Juni 2004 erstmals einen Arzt aufgesucht hatte. Zudem ergibt sich aus dem Bericht des Dr. med. S._ vom 27. November 2004, dass knapp ein halbes Jahr nach dem Unfall resp. acht Monate vor Feststellung der partiellen Ruptur bezüglich der Rotatorenmanschette keine Einschränkungen oder Beschwerden bestanden. An diesem Ergebnis vermag auch das Aktengutachten des Dr. med. O._ nichts zu ändern, da er sich im Wesentlichen der Ansicht des Dr. med. B._ anschliesst und keine darüber hinausgehenden Erkenntnisse einbringt; damit kann offen bleiben, ob es sich dabei um ein echtes Novum nach <ref-law> handelt. Im Rahmen der antizipierten Beweiswürdigung (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4b mit Hinweisen) ist auch auf die Einholung weiterer Gutachten zu verzichten, weil nicht damit gerechnet werden kann, dass diese Jahre nach dem strittigen Ereignis noch neue Erkenntnisse zu erbringen vermöchten.
5.3 Nach dem Gesagten ist nicht mit dem notwendigen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellt, dass die Rotatorenmanschettenruptur eine indirekte Folge des Unfalls vom 2. Juni 2004 ist. Im Ergebnis ist es deshalb nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Leistungseinstellung der Zürich auf den 1. Januar 2005 geschützt hat.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der Versicherte hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. November 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold