Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 16. Januar 2004 sprach die IV-Stelle des Kantons Thurgau der 1963 geborenen, seit einem Gleitschirmunfall im Jahr 1998 querschnittgelähmten R._ eine halbe Rente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 58% zu. Nachdem R._ anlässlich einer zweiten Rentenrevision von Amtes wegen angegeben hatte, sie sei seit 1. Oktober 2004 wieder erwerbstätig, verfügte die IV-Stelle nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens am 4. Juli 2008 gestützt auf die rückwirkende Neuermittlung des Invaliditätsgrades die rückwirkende Herabsetzung der bisherigen halben Rente (1. Oktober 2004) auf eine Viertelsrente und die Aufhebung der Rente (31. Dezember 2005). Am 7. Juli 2008 verfügte das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau, Ausgleichskasse, die Rückforderung der für die Dauer vom 1. Oktober 2004 bis 30. November 2007 zuviel ausgerichteten Invalidenrenten in der Höhe von insgesamt Fr. 25'677.-.
B. Die Rückforderungsverfügung hob das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau, Ausgleichskasse, am 15. September 2008 wieder auf und beantragte in seiner Vernehmlassung diesbezüglich die Abschreibung wegen Gegenstandslosigkeit, nachdem R._ am 21. August 2008 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau gegen beide Verfügungen vom 4. und 7. Juli 2008 erhoben hatte. Mit Entscheid vom 26. November 2008 wies dieses die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass die Invalidenrente erst mit Wirkung ab 1. September 2008 aufzuheben sei. Eventualiter sei die Sache zur Prüfung der Frage des Zeitpunktes der Rentenaufhebung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Der vorinstanzliche Entscheid hat, soweit er die Beschwerde als unbegründet abweist, einzig die rückwirkende Neufestsetzung des Invaliditätsgrades ab Oktober 2004 zum Gegenstand, hingegen nicht die Rückerstattung der zuviel bezogenen Rentenbetreffnisse.
2. 2.1 In der Invalidenversicherung fällt eine Rückerstattung bei invaliditätsbezogenen Anspruchsänderungen nur in Betracht, wenn eine Verletzung der Meldepflicht gemäss Art. 77 IVV vorliegt, wonach die berechtigte Person oder ihr gesetzlicher Vertreter sowie Behörden oder Dritte, denen die Leistung zukommt, jede für den Leistungsanspruch wesentliche Änderung, namentlich eine solche des Gesundheitszustandes, der Arbeits- oder Erwerbsfähigkeit, der Hilflosigkeit oder des invaliditätsbedingten Betreuungsaufwandes, des für den Ansatz der Hilflosenentschädigung massgebenden Aufenthaltsortes, der persönlichen und gegebenenfalls der wirtschaftlichen Verhältnisse des Versicherten, unverzüglich der IV-Stelle anzuzeigen haben (vgl. Art. 85 Abs. 2 IVV). Nach Art. 88bis Abs. 2 IVV erfolgt die Herabsetzung oder Aufhebung der Renten und Hilflosenentschädigungen rückwirkend vom Eintritt der für den Anspruch erheblichen Änderung, wenn die unrichtige Ausrichtung einer Leistung darauf zurückzuführen ist, dass der Bezüger der ihm gemäss Artikel 77 zumutbaren Meldepflicht nicht nachgekommen ist (lit. b).
2.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet die rückwirkende Neufestlegung des Invaliditätsgrades durch die Vorinstanz ausdrücklich nicht; hingegen bestreitet sie, die Meldepflicht verletzt zu haben. Das Rechtsmittel ist nach seinem tatsächlichen rechtlichen Gehalt, auf den es praxisgemäss ankommt (in <ref-ruling> nicht publizierte E. 3 des Urteils I 138/02), einzig darauf ausgerichtet, der - bei Verletzung der Meldepflicht begründeten - Rückerstattungspflicht zu entgehen. Damit ist die Beschwerde jedoch unzulässig, weil die Rückerstattung nicht zum Anfechtungsgegenstand gehört (E. 1), sondern, wie das kantonale Gericht festgestellt hat, noch bei der Verwaltung hängig ist.
Selbst wenn man auf Grund des Wortlautes des Beschwerdeantrages annehmen wollte, die Beschwerdeführerin ziele mit der Beschwerde darauf ab, den Beginn der retrospektiv herabgesetzten Invaliditätsgrade, welche zur Rentenreduktion und zur Rentenaufhebung geführt hatten, auf den 1. September 2008 hinauszuschieben, wäre darauf mangels sachbezogener Begründung (vgl. Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) nicht einzutreten. Die Beschwerde ist so oder anders betrachtet unzulässig. Im Rahmen einer materiellen Beurteilung hätte die Beschwerde mit Blick auf Art. 99 Abs. 1 BGG nur abgewiesen werden können, sind doch die Ausführungen zur Meldepflicht neu und damit letztinstanzlich nicht zu hören, sondern vorerst durch die IV-Stelle zu prüfen.
3. Mit Blick auf den konkreten Verfahrensablauf seien die Vorinstanzen darauf hingewiesen, dass für eine Rückerstattung unrechtmässig bezogener Invalidenrenten - bei iv-spezifischen Anspruchselementen zufolge Meldepflichtverletzung (E. 2.1) - allein die IV-Stelle verfügungszuständig ist (Art. 57 Abs. 1 lit. g IVG)
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke