Sachverhalt:
A. Die Schweizerische Bundesbahnen AG (im Folgenden: SBB) reichte am 20. Juli 2001 ein überarbeitetes Plangenehmigungsgesuch zur Lärmsanierung auf dem Gebiet der Stadt Baden ein. Das Projekt wurde vom 22. Oktober bis 21. November 2001 öffentlich aufgelegt. Während der Auflagefrist erhob unter anderem das Ehepaar X._ als Eigentümer der Liegenschaften Zürcherstrasse 69 und 71 Einsprache. Sie verlangten einerseits, dass die Südost-Fassade des Hauses Zürcherstrasse 71 in den Sanierungskataster aufgenommen werde, und andererseits, dass die Lärmschutzwand vor dem Haus Zürcherstrasse 69/71 bis zur Brücke über die Neuenhoferstrasse 4 m hoch zu erstellen bzw. auf weiteren 4 m von 2 auf 4 m zu erhöhen sei.
Mit Verfügung vom 12. Mai 2004 erteilte das Bundesamt für Verkehr (BAV) den ihm vorgelegten Plänen die Plangenehmigung und gewährte für verschiedene Teilbereiche, so auch für den die Liegenschaften Zürcherstrasse 69/71 betreffenden Teilbereich, Erleichterungen. Die Einsprache des Ehepaars X._ wurde hinsichtlich des Begehrens um Erhöhung der Lärmschutzwand abgewiesen. Den Antrag um Einbezug der Südost-Fassade des Hauses Zürcherstrasse 71 in den Sanierungskataster schrieb das BAV als gegenstandslos geworden ab, da nachträglich Lärmberechnungen für diese Fassade angestellt und keine Überschreitungen des Immissionsgrenzwertes festgestellt worden seien.
B. Gegen die Plangenehmigung des BAV vom 12. Mai 2004 erhob das Ehepaar X._ gemeinsam mit weiteren Grundeigentümern Verwaltungsbeschwerde bei der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (Rekurskommission INUM). Die Beschwerdeführer stellten folgende Anträge:
"1. Die Lärmschutzwand LSW 2 sei Richtung Osten bis zur Brücke über die Neuenhoferstrasse (Autobahnzubringer) vier Meter hoch zu erstellen. Eventuell sei zu verfügen, dass die LSW 2 ab der Brücke über die Neuenhoferstrasse bis zur vier Meter hohen LSW schräg ansteigend ausgeführt werde. Der gebäudeseitige Lebhag sei entsprechend zu verlängern.
1. a) Es sei festzustellen, dass das Dröhnen der Betonbrücke über die Neuenhoferstrasse in den Beurteilungen der Lärmsituation nicht berücksichtigt wurde und sanierungspflichtig ist.
a) Die SBB seien zu verpflichten, das Dröhnen ihrer Betonbrücke auf dem Wege einer angemessenen Mitwirkung und Kostentragung im bevorstehenden Verfahren des Kantons Aargau zur Lärmsanierung der unterführenden Neuenhoferstrasse (Autobahnzubringer, über den die Eisenbahnlinie führt) zu beheben (z.B. durch schallabsorbierendes Verkleiden der Brückenplatte und der Stützwände o.ä.).
b) Eventuell sei die SBB zu verpflichten, das Dröhnen der Brücke über die Neuenhoferstrasse im Rahmen des Auflageprojekts lärmtechnisch zu sanieren.
2. a) Es sei festzustellen, dass die vorgezogene Erneuerung der Limmatbrücke unter Verletzung der damals geltenden Lärmschutzvorschriften erfolgte.
a) Die SBB seien zu verpflichten, diesen Mangel innert der anwendbaren Sanierungsfrist zu beheben.
b) Eventuell sei das Projekt, soweit es die Untere Limmatbrücke betrifft, in dieser Form vollumfänglich abzuweisen. Die generelle Projektierung sei zu überarbeiten, ev. unter Beizug eines Architekturbüros. Die SBB seien anzuweisen, bei der Überarbeitung die Anstösser, die Lärmopfer und die Delegierten der Quartiervereine in geeigneter Weise einzubeziehen."
C. Mit Teilentscheid vom 14. Januar 2005 wies die Rekurskommission INUM die Beschwerde ab bzw. trat auf diese nicht ein, soweit sie von anderen Grundeigentümern als dem Ehepaar X._ erhoben worden war. Die hierauf eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Bundesgericht am 12. Mai 2005 ab, soweit darauf einzutreten war (1A.34/2005).
Im Verlaufe des weiteren Instruktionsverfahrens vor der Rekurskommission INUM stellte das Ehepaar X._ verschiedene zusätzliche Begehren.
Mit Entscheid vom 26. April 2006 hiess die Rekurskommission INUM die Beschwerde des Ehepaars X._ teilweise gut, soweit darauf eingetreten werden konnte. Sie ordnete an, dass die Lärmschutzwand 1 auf einer Länge von 4 m anschliessend an die Lärmschutzwand 2 mit einer Höhe von 4 m zu erstellen sei. Im Übrigen wies die Rekurskommission die Sache, soweit sie die untere Limmatbrücke betraf, im Sinne der Erwägungen 15 und 40 an das BAV zur Weiterführung des Verfahrens zurück.
D. Das Ehepaar X._ hat gegen den Entscheid der Rekurskommission INUM vom 26. April 2006 Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit folgenden Anträgen eingereicht:
"1 Vorsorglich sei das rechtskräftig verfügte Teilprojekt "Tunnelportal Chrüzliberg" (Lärmschutzmassnahmen zwischen der Unteren Limmatbrücke und dem östlichen Portal des Chrüzlibergtunnels: LSW 1, LSW 2, schallschluckende Verkleidung der Flügelmauern) von allen aufschiebenden Wirkungen auszunehmen, welche mit anderen Lärmschutzmassnahmen in Baden verbunden sein könnten.
1-1 Im Bereich der unterführenden Neuenhoferstrasse sei
a) die Lärmeinwirkung aus dem Eisenbahn- und Strassenverkehr gesamthaft und nach ihrem Zusammenwirken zu beurteilen (z.B. durch einen speziellen Zuschlag oder durch Verzicht auf den sog. Schienenbonus K1).
b) die lärmrechtliche Aufstufung der umliegenden Parzellen der Zone W3 in die LES III aufzuheben.
1-2 Die SBB sei zu verpflichten, die Lärmbelastung im Bereich der unterführenden Neuenhoferstrasse zu reduzieren (z.B. durch schallschluckende Verkleidung der Brückenplatte und der Stützwände, durch den Einbau von Unterschottenmatten, o.ä.).
1-3 Die Behörden, die für das Sanieren des Eisenbahnlärms und des Strassenlärms zuständig sind, seien zur Kooperation und zum Erarbeiten eines koordinierten Sanierungsprojekts zu verpflichten, das den einschlägigen umweltrechtlichen Anliegen (Lärmsanierungsvorschriften für Eisenbahn- und Strassenlärm des Bundes sowie des Lärmschutzreglements der Stadt Baden vom 15.12.1985; Wildtierverbindungen gemäss dem städtischen Ökorichtplan; Zielbestimmungen der kommunalen Planungsberichte bzw. -Leitbilder betreffend die Verbesserung der Wohnqualität) gesamtheitlich Rechnung trägt.
1-4 Vorsorglich sei dem Verfahren zur Entscheidung der Anträge 2-1 und 2-3 die aufschiebende Wirkung hinsichtlich der rechtskräftig verfügten Lärmschutzmassnahmen auf dem Gebiet der Stadt Baden zu entziehen.
1-1 Es sei festzustellen, dass die vorgezogene Erneuerung der Unteren Limmatbrücke unter Verletzung der damals geltenden Lärmschutzvorschriften erfolgte.
1-2 Vorsorglich sei das Teilprojekt "Untere Limmatbrücke"
a) aus dem Lärmsanierungsprojekt Baden herauszunehmen und in ein separates, von den übrigen Lärmschutzmassnahmen in Baden unabhängiges Verfahren zu verweisen (evtl. mit anderen solchen Brücken).
b) von einer aufschiebenden Wirkung mit Bezug auf das Realisieren der übrigen Lärmschutzmassnahmen in Baden zu befreien."
D. Die SBB beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit auf diese einzutreten sei. Das BAV ersucht sinngemäss um Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Die Rekurskommission INUM stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit auf sie einzutreten sei. Die Rekurskommission INUM präzisiert im Übrigen, dass das vor ihr gestellte Begehren 2c der Beschwerdeführer (Dröhnen der über die Neuenhofstrasse führenden Brücke) zwar nicht explizit, aber sinngemäss abgewiesen worden sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der eidgenössischen Verwaltungsgerichtsbeschwerde kommt von Gesetzes wegen bloss aufschiebende Wirkung zu, wenn sie sich gegen eine Verfügung richtet, die zu einer Geldleistung verpflichtet. Die Beschwerde gegen andere Verfügungen hat nur aufschiebende Wirkung, wenn der Präsident der urteilenden Abteilung sie von Amtes wegen oder auf Begehren einer Partei verfügt (vgl. Art. 111 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege [OG; SR 173.110]). Auf die Begehren der Beschwerdeführer um Entzug der aufschiebenden Wirkung ist schon aus diesem Grunde nicht einzutreten.
2. Die Beschwerdeführer haben vor jeder Instanz neue Einwände erhoben und neue Begehren gestellt. Eine solche Prozessführung ist, wie auch die Rekurskommission INUM festgestellt hat, unzulässig. Im angefochtenen Entscheid wird hierzu dargelegt, im Rechtsmittelverfahren werde der Streitgegenstand im Rahmen des Anfechtungsgegenstandes durch die Parteibegehren definiert. Der Streitgegenstand könne sich im Laufe des Rechtsmittelzuges verengen und um nicht mehr strittige Punkte reduzieren, hingegen grundsätzlich nicht erweitern oder qualitativ verändern. Dabei setze allerdings ein im Rahmen des erstinstanzlichen Verfahrens durchgeführtes Einspracheverfahren den Streitgegenstand für das spätere Beschwerdeverfahren (noch) nicht fest. Das Einspracheverfahren stelle kein eigentliches Rechtsmittelverfahren dar, sondern diene bei Plangenehmigungsverfahren, bei denen regelmässig eine grosse Anzahl von Personen und damit eine Vielzahl potentieller Parteien im Sinne von Art. 6 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren (VwVG; SR 172.021) betroffen seien, in erster Linie der formalisierten Gewährung des rechtlichen Gehörs. Der Streitgegenstand bestimme sich daher nach den in der Beschwerdeschrift vorgebrachten Begehren. Die Änderung dieser Begehren, insbesondere deren Erweiterung sei gesetzlich nicht vorgesehen und damit unzulässig. Hingegen könnten die Rechtsbegehren nach Ablauf der Beschwerdefrist noch präzisiert werden. Zusammengefasst bedeute dies, dass die Beschwerdeführenden im Laufe eines Beschwerdeverfahrens die Begründung, nicht jedoch die Rechtsbegehren ergänzen könnten.
Diesen Ausführungen über die Unzulässigkeit der Erweiterung des Streitgegenstandes ist grundsätzlich zuzustimmen. Nicht zu teilen ist dagegen die Auffassung, dass sich der Streitgegenstand in Plangenehmigungsverfahren wie dem vorliegenden nicht schon anhand der Einsprachebegehren, sondern erst anhand der Beschwerdebegehren festlegen lasse.
2.1 Gemäss Art. 13 des Bundesgesetzes über die Lärmsanierung von Eisenbahnen vom 24. März 2000 (BGLE; SR 742.144) richten sich Verfahren und Zuständigkeiten nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 (EBG; SR 742.101). Bauliche Massnahmen zur Sanierung des Eisenbahnlärms sind demnach, wie auch in Art. 23 der Verordnung über die Lärmsanierung der Eisenbahnen vom 14. November 2001 festgestellt wird (VLE, SR 742.144.1), im eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren zu bewilligen. Solche Plangenehmigungsverfahren richten sich gemäss <ref-law> (in der durch das Bundesgesetz vom 18. Juni 1999 über die Koordination und Vereinfachung von Entscheidverfahren eingeführten Fassung) nach den Verfahrensvorschriften des revidierten Eisenbahngesetzes selbst, ergänzt durch die Verordnung über das Plangenehmigungsverfahren für Eisenbahnanlagen vom 2. Februar 2000 (VPVE; SR 742.142.1), sowie subsidiär nach dem Bundesgesetz über die Enteignung (EntG; SR 711).
2.2 Nach <ref-law> kann, wer nach den Vorschriften des Verwaltungsverfahrensgesetzes oder des Enteignungsgesetzes Partei ist, während der öffentlichen Auflage gegen ein Plangenehmigungsgesuch Einsprache erheben. Wer keine Einsprache erhebt, ist vom weiteren Verfahren ausgeschlossen. Auch die Gemeinden haben ihre Anliegen mit Einsprache zu wahren (<ref-law>).
Zur 1999 neu in das Eisenbahngesetz aufgenommenen Bestimmung von <ref-law> wird in der bundesrätlichen Botschaft ausgeführt, dass sämtliche Einwände gegen ein Projekt innerhalb der Auflagefrist zu erheben sind. Damit werde gewährleistet, dass im Interesse der Konzentration alle Einwände gesamthaft überprüft und in den Plangenehmigungsentscheid einfliessen könnten (vgl. Botschaft zu einem Bundesgesetz über die Koordination und Vereinfachung der Plangenehmigungsverfahren vom 25. Februar 1998, BBl 1998 S. 2634 mit Verweis auf S. 2620). Im Gesetzgebungsverfahren ist demnach klar ausgedrückt worden, dass alle Einwendungen, die während der Auflagefrist erhoben werden können, bereits im Einspracheverfahren anzubringen sind und im Beschwerdeverfahren nicht noch nachgetragen werden können.
2.3 Gemäss <ref-law> sind innerhalb der Auflagefrist auch sämtliche enteignungsrechtlichen Einwände sowie Begehren um Entschädigung oder Sachleistung geltend zu machen. Die enteignungsrechtliche Auflage- bzw. Eingabefrist ist eine Verwirkungsfrist (vgl. Art. 30 Abs. 1 und Art. 35 EntG; <ref-ruling> E. 13 S. 69, 581 E. 2.2.5 S. 585, je mit Hinweisen). Nach Ablauf der Einsprachefrist können nachträgliche Einsprachen und Begehren nach den Art. 7-10 EntG nur noch unter den in Art. 39 und 40 EntG umschriebenen Voraussetzungen und insbesondere nur noch dann erhoben werden, wenn die Einhaltung der Frist wegen unverschuldeter Hindernisse nicht möglich war.
Die im Plangenehmigungsverfahren vorgebrachten Einwände von Anwohnern gegen übermässige (Lärm-)Einwirkungen aus dem Bau und Betrieb eines öffentlichen Werkes gelten, da sie sich gegen die Unterdrückung nachbarlicher Abwehrrechte richten, als enteignungsrechtliche Einsprachen (vgl. Art. 5 Abs. 1 EntG). Mit solchen Einsprachen und mit Begehren gemäss Art. 7 Abs. 3 EntG kann auch zusätzlicher baulicher Lärmschutz verlangt werden (vgl. auch Art. 19 f. EBG; s. etwa <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 6 mit Hinweisen). Dementsprechend können die im Lärmsanierungsverfahren erhobenen Einwendungen und Begehren um zusätzliche Schallschutzmassnahmen zumindest sinngemäss als enteignungsrechtliche Einsprachen gegen übermässige Lärmimmissionen betrachtet und verfahrensmässig als solche behandelt werden (vgl. Urteil 1A.146/2000 / 1A.147/2000 sowie Urteil 1A.135/2000 / 1A.149/2000, beide vom 1. Mai 2001, je E. 6).
2.4 Bestimmt sich mithin der Streitgegenstand im eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren aufgrund der während der Auflagefrist gestellten Begehren, so kann er im Anschluss an den Einspracheentscheid bzw. an die Plangenehmigungsverfügung nicht mehr erweitert werden. Dies hat das Bundesgericht in nationalstrassenrechtlichen Verfahren, die mit den eisenbahnrechtlichen vergleichbar sind, bereits verschiedentlich erklärt. So ist im Urteil 1E.18/1999 vom 25. April 2001 dargelegt worden, dass Streitgegenstand des Beschwerdeverfahrens nur sein könne, was bereits Gegenstand des unterinstanzlichen Verfahrens gewesen sei oder hätte sein sollen. Gegenstände, über welche die verfügende Behörde oder die erste Rechtsmittelinstanz weder entschieden habe noch hätte entscheiden müssen, seien durch die Beschwerdeinstanz nicht zu beurteilen. Der Streitgegenstand dürfe sowohl nach den allgemeinen Prozessvorschriften als auch nach den Sonderbestimmungen des eidgenössischen Enteignungsrechts, soweit diese anwendbar seien, im Laufe des Rechtsmittelzuges nicht ausgeweitet werden. Es sei den Parteien daher grundsätzlich verwehrt, vor der nächsthöheren Instanz neue oder weiter gehende Begehren zu stellen. Das Verbot der Erweiterung des Streitgegenstandes gelte auch für das bundesgerichtliche Verfahren selbst. Die Vorbringen vor Bundesgericht seien mithin nur zulässig, soweit sie - zumindest dem Sinne nach - bereits Gegenstand der seinerzeit von den Beschwerdeführern erhobenen Einsprachen gebildet hätten (1E.18/1999 vom 25. April 2001, in URP 2001 S. 445 und ZBl 103/2002 nicht publ. E. 3; s.a. <ref-ruling> E. 9 S. 300; <ref-ruling> E. 6c S. 313; Urteile 1E.17/1999 E. 1b und 1E.5/2000 E. 3b vom 25. April 2001).
3. Nach dem Gesagten hätte die Rekurskommission INUM nur insoweit auf die Beschwerdebegehren der Beschwerdeführer eintreten sollen, als sie den seinerzeit erhobenen Einsprachebegehren entsprachen. Auch das Bundesgericht kann sich nur mit den in der Einsprache erhobenen Einwendungen befassen. Daran ändert nichts, dass die Rekurskommission auch auf weitere Begehren eingetreten ist; das Bundesgericht kann nicht durch das Eintreten einer Vorinstanz auf unzulässige Begehren dazu veranlasst werden, seinerseits den Streitgegenstand - unzulässig - zu erweitern.
4. Die Beschwerdeführer haben in ihrer Einsprache einerseits verlangt, dass die Lärmschutzwand im Bereiche ihrer Liegenschaften auf 4 m erhöht werde, und andererseits, dass eine weitere Fassade des Hauses Zürcherstrasse 71 in den Sanierungsperimeter einzubeziehen sei. Das Begehren um Erhöhung der Lärmschutzwand ist von der Rekurskommission INUM gutgeheissen worden. Den Antrag um Erweiterung des Sanierungsperimeters schrieb das BAV als gegenstandslos geworden ab, ohne dass sich die Beschwerdeführer dagegen im Beschwerdeverfahren zur Wehr gesetzt hätten. Da die im Einspracheverfahren gestellten Begehren somit erledigt sind, ist insgesamt auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten.
5. Die Kosten- und Entschädigungsregelung kann in sinngemässer Anwendung der Spezialbestimmungen des Enteignungsgesetzes getroffen werden (vgl. oben E. 2.3 mit Hinweisen). Danach ist die Gerichtsgebühr, die niedrig gehalten werden kann, den SBB als Inhaberinnen der zu sanierenden Eisenbahnanlagen zu überbinden (vgl. Art. 116 Abs. 1 EntG). Partei- oder Umtriebsentschädigungen sind den vollständig unterliegenden und nicht durch einen Anwalt vertretenen Beschwerdeführern nicht zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB AG) auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, den Schweizerischen Bundesbahnen SBB (SBB AG), Infrastruktur, Netz- und Programmmanagement Lärm, dem Bundesamt für Verkehr (BAV) und der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. November 2006
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: