Fatti:
A.
Il 29 marzo 2010 il Consiglio comunale di Massagno ha approvato, apportandovi una modifica, la convenzione del 27 ottobre 2008 tra il Comune di Massagno e quello di Lugano per la realizzazione di un piano regolatore intercomunale nel comparto della "trincea ferroviaria" di Lugano-Massagno. L'accordo prevedeva in particolare che i due Comuni si impegnassero ad allestire in modo coordinato i rispettivi piani regolatori disciplinanti il comparto interessato.
La decisione del Consiglio comunale è stata impugnata da alcuni cittadini dapprima dinanzi al Consiglio di Stato e in seguito dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che ha respinto il ricorso con sentenza del 13 aprile 2011.
B.
Frattanto, anche il Consiglio comunale di Lugano ha approvato la convenzione, apportandovi a sua volta alcune modifiche. Presone atto, con messaggio dell'8 giugno 2011 il Municipio di Massagno ha proposto al Consiglio comunale di approvare le modifiche e di adottare il testo finale della convenzione. Nella seduta del 12 settembre 2011, il Consiglio comunale ha approvato le proposte municipali. Contro questa decisione A._, B._ e C._ hanno adito il Consiglio di Stato che, con risoluzione del 30 maggio 2012, ha respinto in quanto ammissibili i gravami, confermando la decisione comunale.
C.
Con sentenza del 2 maggio 2013 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso degli interessati contro la risoluzione governativa.
D.
A._, B._ e C._ impugnano con un ricorso al Tribunale federale il giudizio della Corte cantonale, chiedendo in via principale di annullarlo e di accertare che la convenzione intercomunale contiene elementi in contrasto con le disposizioni e i principi pianificatori. Chiede inoltre che la convenzione sia rinviata al Comune, affinché siano eseguite le modifiche necessarie. In via subordinata, postula l'annullamento della sentenza impugnata e il rinvio degli atti all'istanza inferiore per un nuovo giudizio. I ricorrenti fanno valere la violazione del diritto federale.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'ammissibilità dei ricorsi sottopostigli (<ref-ruling> consid. 3 e rinvii).
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale resa dall'ultima istanza cantonale in una causa di diritto pubblico, il gravame è di principio ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.3.
1.3.1. Secondo l'<ref-law> ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (lett. a), è particolarmente toccato dalla decisione impugnata (lett. b) e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica della stessa (lett. c). Le condizioni dell'art. 89 cpv. 1 lett. b e lett. c sono strettamente dipendenti e si riallacciano alle esigenze poste per il ricorso di diritto amministrativo sotto l'egida del previgente art. 103 lett. a OG, mirando ad escludere l'azione popolare (cfr. sentenza 1C_558/2008 del 28 luglio 2009 consid. 1.2.1, in: RtiD I-2010 pag. 228 segg.). Il ricorrente deve quindi avere con l'oggetto litigioso un rapporto stretto, particolare e degno di protezione. Deve inoltre conseguire un vantaggio pratico dall'annullamento o dalla modifica della decisione contestata, che consenta di riconoscere che è toccato in un interesse personale chiaramente distinto dall'interesse generale degli altri abitanti (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.3).
1.3.2. Nella fattispecie i ricorrenti richiamano l'<ref-law>, fondando la loro legittimazione sulla qualità di cittadini attivi del Comune di Massagno e di abitanti o proprietari di fondi nel comparto interessato dalla pianificazione intercomunale. Essi sollevano essenzialmente censure di natura pianificatoria, in particolare lamentano un'insufficiente informazione e partecipazione della popolazione (art. 4 LPT) e il mancato rispetto di disposizioni e dei principi pianificatori (art. 1-3 OPT). Come gli stessi riconoscono esplicitamente, la convenzione litigiosa è tuttavia vincolante solo per le autorità e non per i proprietari privati, nei cui confronti non regola obblighi o diritti. In tale circostanza, essi non sono pertanto legittimati ad impugnarla. I ricorrenti non sono infatti particolarmente toccati nei loro interessi personali dalla convenzione in discussione, che impone alle autorità comunali di coordinare le rispettive pianificazioni nel comparto interessato. Essi potranno fare valere i loro diritti, compreso quello di partecipazione, nell'ambito della procedura pianificatoria e adire se del caso le istanze di ricorso superiori contro l'adozione del piano regolatore. A questo stadio del processo che condurrà alla nuova pianificazione del comprensorio, i ricorrenti difettano per contro della legittimazione a ricorrere giusta l'<ref-law>.
2.
2.1. D'altra parte, secondo l'<ref-law>, il ricorso in materia di diritto pubblico deve essere motivato in modo sufficiente. I ricorrenti devono quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto (DTF <ref-ruling> consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove è invocata la violazione di diritti fondamentali (<ref-law>; cfr. <ref-ruling> consid. 1.4.1).
2.2. I ricorrenti criticano il fatto che la Corte cantonale ha limitato l'esame del loro gravame alle censure concernenti le modifiche della convenzione approvate dal Consiglio comunale con la decisione del 12 settembre 2011. Al riguardo sollevano tuttavia una contestazione generica, disattendendo che l'adozione della convenzione era già stata oggetto di una precedente impugnativa sulla quale la Corte cantonale si è pronunciata con sentenza del 13 aprile 2011. Non fanno valere l'applicazione arbitraria di una norma del diritto procedurale cantonale che imporrebbe anche in tale circostanza un esame completo delle censure, né la violazione del loro diritto di essere sentiti.
Laddove poi sostengono di avere chiesto tempestivamente che il Consigliere di Stato allora direttore del Dipartimento del territorio si astenesse, se del caso, dal giudizio sul loro (secondo) gravame al Governo, i ricorrenti si limitano a contestare la tardività della domanda rilevata dalla Corte cantonale. In realtà, la precedente istanza ha considerato l'eccezione, oltre che tardiva, anche infondata nel merito, ritenendo che il membro del Governo non avesse un interesse personale nella causa: i ricorrenti non si confrontano con questa motivazione, spiegando conformemente agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF per quali ragioni violerebbe il diritto. Quando la decisione impugnata si fonda su due motivazioni indipendenti, di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, i ricorrenti sono infatti tenuti a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 6). Non sostanziano, infine, una violazione dell'art. 212 della legge organica comunale, del 10 marzo 1987, norma che disciplina l'annullabilità della decisione di un organo comunale e che è stata applicata in concreto dalla Corte cantonale.
3.
Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dei ricorrenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione alle parti, al Municipio di Massagno, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.