Sachverhalt:
A. Der 1971 geborene I._ meldete sich im September 2006 bei der Invalidenversicherung an und beantragte eine Rente. Nach Abklärungen und durchgeführtem Vorbescheidverfahren, in welches auch die Pensionskasse X._, bei welcher er während seiner Anstellung als Buschauffeur bis Ende April 2007 berufsvorsorgeversichert gewesen war, wies die IV-Stelle des Kantons Zürich das Leistungsbegehren aufgrund eines Invaliditätsgrades von 23 % bis Ende September 2008 resp. 19 % ab 1. Oktober 2008 ab (Verfügung vom 30. Juni 2010).
B. Auf die Beschwerde des I._ mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass er aus gesundheitlichen Gründen maximal 80 % arbeiten könne und es sei der Invaliditätsgrad dementsprechend anzupassen (23 % [Mai bis Dezember 2007], 30 % [Januar bis Oktober 2008], 35 % [ab Februar 2009]), trat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nicht ein, wobei es das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abwies (Entscheid vom 13. September 2010).
C. I._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 13. September 2010 sei aufzuheben und das kantonale Sozialversicherungsgericht anzuweisen, auf die Beschwerde gegen die Verfügung vom 30. Juni 2010 einzutreten, unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das vorinstanzliche und das letztinstanzliche Verfahren.

Erwägungen:
1. Der Versicherte beantragte in der vorinstanzlichen Beschwerde, es sei festzustellen, dass er aus gesundheitlichen Gründen maximal 80 % arbeiten könne und es sei der Invaliditätsgrad dementsprechend anzupassen (23 % [Mai bis Dezember 2007], 30 % [Januar bis Oktober 2008], 35 % [ab Februar 2009]). Er wies darauf hin, dass gemäss dem Vorsorgereglement der Pensionskasse X._ bereits bei einem Invaliditätsgrad von 20 % eine Invalidenleistung ausbezahlt werde. Die IV-Stelle hatte in der angefochtenen Verfügung - durch Einkommensvergleich (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 30) - einen Invaliditätsgrad von 23 % (bis Ende September 2008) resp. 19 % (ab 1. Oktober 2008) ermittelt, was für den Anspruch auf eine Rente nicht ausreicht (<ref-law>). Die Vorinstanz ist auf das Feststellungsbegehren mangels eines schützenswerten Interesses (<ref-law>) nicht eingetreten. Zur Begründung hat sie angeführt, für die Abweisung (recte: Verneinung) des invalidenversicherungsrechtlichen Rentenanspruchs sei nicht entscheidend, ob der Invaliditätsgrad 23 %, 30 % oder 35 % betrage. Sodann sei die präzise Festlegung eines Invaliditätsgrades von unbestrittenermassen weniger als 40 % für den invalidenversicherungsrechtlichen Entscheid nicht von Belang, die Organe der Invalidenversicherung seien auch nicht verpflichtet, diesbezüglich weitere Abklärungen zu treffen und insoweit bestehe gegenüber der beruflichen Vorsorge auch keine Bindungswirkung.
Demgegenüber begründet nach Auffassung des Beschwerdeführers der Umstand, dass er bereits bei einem Invaliditätsgrad von 20 % Anspruch auf Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge habe, und der von der IV-Stelle ermittelte Invaliditätsgrad von 23 % resp. 19 % für die leistungspflichtige Vorsorgeeinrichtung verbindlich sei, ein schützenswertes Interesse an der genauen Feststellung des Invaliditätsgrades, auch wenn dieser weniger als 40 % betrage.
2. 2.1 Dem Begehren um Erlass einer Feststellungsverfügung ist zu entsprechen, wenn die gesuchstellende Person ein schützenswertes Interesse glaubhaft macht (<ref-law>). Erforderlich ist ein rechtliches oder tatsächliches und aktuelles Interesse an der sofortigen Feststellung des Bestehens oder Nichtbestehens eines Rechtsverhältnisses, dem keine erheblichen öffentlichen oder privaten Interessen entgegenstehen, und welches nicht durch eine rechtsgestaltende Verfügung gewahrt werden kann (<ref-ruling> E. 1 S. 259 mit Hinweisen). Obschon lediglich ein Begründungselement für die Zusprechung einer Rente oder die Verneinung eines Rentenanspruchs (<ref-ruling> E. 2b S. 416) und somit nicht zum Dispositiv gehörend, kann auch der Invaliditätsgrad Gegenstand einer Feststellungsverfügung sein (SVR 2009 BVG Nr. 27 S. 97, 8C_539/2008 E. 2.2).
Unbestrittenermassen hat die anbegehrte Festsetzung des Invaliditätsgrades auf 23 % und 30 % resp. 35 % nicht die Zusprechung einer Invalidenrente der Invalidenversicherung zur Folge (<ref-law>). Ein Feststellungsinteresse aus invalidenversicherungsrechtlicher Sicht besteht somit nicht (Ulrich Meyer, Über die Zulässigkeit von Feststellungsverfügungen in der Sozialversicherungspraxis, in: Sozialversicherungstagung 2007, S. 55). Sie könnte jedoch Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge auslösen, da gemäss Vorsorgereglement der Pensionskasse X._ bereits ein Invaliditätsgrad von 20 % hiezu genügt.
Unbestrittenermassen hat die anbegehrte Festsetzung des Invaliditätsgrades auf 23 % und 30 % resp. 35 % nicht die Zusprechung einer Invalidenrente der Invalidenversicherung zur Folge (<ref-law>). Ein Feststellungsinteresse aus invalidenversicherungsrechtlicher Sicht besteht somit nicht (Ulrich Meyer, Über die Zulässigkeit von Feststellungsverfügungen in der Sozialversicherungspraxis, in: Sozialversicherungstagung 2007, S. 55). Sie könnte jedoch Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge auslösen, da gemäss Vorsorgereglement der Pensionskasse X._ bereits ein Invaliditätsgrad von 20 % hiezu genügt.
2.2 2.2.1 Wurde, wie vorliegend, eine (präsumtiv leistungspflichtige) Vorsorgeeinrichtung (spätestens) ins Vorbescheidverfahren (<ref-law>) einbezogen und ihr die Verfügung formgültig eröffnet, sind die wesentlichen Feststellungen und Beurteilungen für die Festsetzung der Rente oder die Verneinung eines Rentenanspruchs, insbesondere der Invaliditätsgrad, in dem das IV-Verfahren abschliessenden Entscheid für sie verbindlich, sofern diese nicht offensichtlich unhaltbar sind (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 69 mit Hinweisen). Diese Bindung gilt für den obligatorischen Bereich (Art. 23 ff. BVG; <ref-ruling> E. 3.2 S. 4) und soweit das einschlägige Vorsorgereglement ausdrücklich oder unter Hinweis auf das Gesetz vom selben Invaliditätsbegriff ausgeht wie die Invalidenversicherung auch im überobligatorischen Bereich (Urteil 9C_689/2008 vom 25. Februar 2009 E. 1.2).
2.2.2 Der im IV-Verfahren ermittelte Invaliditätsgrad entfaltet jedoch dann keine Bindungswirkung für die berufliche Vorsorge und es besteht auch kein schutzwürdiges Interesse an einer (selbständigen) Anfechtung, wenn er nicht genau ("präzis") bestimmt werden muss, weil eine grobe Schätzung für die Festsetzung des Umfangs des Anspruchs oder die Verneinung eines Anspruchs genügt (Urteil 9C_345/2008 vom 25. Juli 2008 E. 2.2 mit Hinweisen; vgl. auch SVR 2007 IV Nr. 3 S. 8, I 808/05 E. 4.2). Diesfalls wird die allenfalls leistungspflichtige Vorsorgeeinrichtung den Invaliditätsgrad von Amtes wegen mit der gebotenen Sorgfalt zu ermitteln haben (Urteil 9C_345/2008 vom 25. Juli 2008 E. 2.3 mit Hinweis). Dabei kann sie sich auf die im IV-Verfahren durchgeführten medizinischen und erwerblichen Abklärungen stützen (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 40).
In der Gerichtspraxis stellte sich die Bindungswirkungsfrage, soweit ersichtlich, (lediglich) im Zusammenhang mit Ehepaar-Invalidenrenten (aArt. 33 Abs. 1 IVG; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts B 36/97 vom 8. Juni 1998), Härtefallrenten (aArt. 28 Abs. 1bis IVG; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 164/98 vom 28. September 1998) und Invalidenrenten bei parallelem Anspruch auf eine Witwenrente der AHV (<ref-law>; SVR 2006 IV Nr. 11 S. 41, I 791/03 und SVR 2007 IV Nr. 3 S. 8, I 808/05). Der vorliegend zu beurteilende Sachverhalt zeichnet sich dadurch aus, dass gemäss Vorsorgereglement der Pensionskasse X._ bereits ein Invaliditätsgrad von 20 % Anspruch auf Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge gibt.
2.2.3
2.2.3.1 Um zu entscheiden, ob überhaupt ein Rentenanspruch besteht, was einen Invaliditätsgrad von wenigstens 39,5 % (zum Runden <ref-ruling>) erfordert, kann unter Umständen ("in Extremfällen") eine grobe ("mehr oder weniger genaue") Schätzung der Vergleichseinkommen ohne und mit Behinderung, ziffernmässig oder in Prozentzahlen, genügen (<ref-ruling> E. 2b in fine S. 137). Dies ist etwa der Fall, wenn auch bei Annahme des maximal möglichen Valideneinkommens und des im Minimum erzielbaren Invalideneinkommens, ermittelt auf der Grundlage der verbliebenen Mindestarbeitsfähigkeit sowie allenfalls unter Vornahme des höchstzulässigen Abzugs vom Tabellenlohn gemäss <ref-ruling>, ein Invaliditätsgrad von deutlich weniger als 40 % resultiert. So verhält es sich vorliegend, indem auch bei einer (vom Beschwerdeführer anerkannten) Arbeitsfähigkeit von lediglich 80 % (in dem seit 1. November 2008 ausgeübten Beruf als Buschauffeur) und nicht 100 % wie von der IV-Stelle angenommen, der seit Mai 2007 erzielte Verdienst eine (gesundheitlich bedingte) Erwerbseinbusse von höchstens 35 % bedeutet.
2.2.3.2 Es sind keine Gründe ersichtlich und es werden auch keine solchen geltend gemacht, den von der IV-Stelle ermittelten Invaliditätsgrad von 19 % für die Belange der beruflichen Vorsorge als verbindlich zu betrachten. Daran ändert nichts, dass die IV-Stelle keine Schätzung im eigentlichen Sinne vorgenommen, sondern aufgrund der klaren und unbestrittenen Angaben zu den Verdienstverhältnissen vor und nach Eintritt der gesundheitlichen Beeinträchtigung (mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit) einen Einkommensvergleich mit ziffernmässig genau bestimmten Zahlen durchgeführt hat. Zu keiner anderen Betrachtungsweise Anlass gibt auch der Umstand, dass gemäss Vorsorgereglement der Pensionskasse X._ bereits ein Invaliditätsgrad von 20 % Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge auslöst. Gegenteils spricht die feinere Abstufung dafür, dass die (präsumtiv leistungspflichtige) Vorsorgeeinrichtung selber gegebenenfalls den Invaliditätsgrad ermittelt (vgl. Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 164/98 vom 28. September 1998; vorne E. 2.2.2).
2.3 Somit besteht unter den gegebenen Umständen auch aus berufsvorsorgerechtlicher Sicht kein schutzwürdiges Interesse an der Feststellung eines höheren als des von der IV-Stelle ermittelten Invaliditätsgrades von 19 %. Der vorinstanzliche Nichteintretensentscheid verletzt daher kein Bundesrecht.
3. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten grundsätzlich dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann jedoch entsprochen werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 202; vgl. nachstehende E. 4). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> hingewiesen, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.
4. Der Beschwerdeführer beantragt die unentgeltliche Rechtspflege auch für das vorangegangene Verfahren. Die Vorinstanz hat dieses Begehren gestützt auf § 16 Abs. 1 des Gesetzes vom 7. März 1993 über das Sozialversicherungsgericht (GSVGer; ZH-Lex 212.81) wegen Aussichtslosigkeit des Prozesses abgewiesen. Ob die Beschwerde aussichtslos war, ist jedoch eine Frage des Bundesrechts und vom Bundesgericht frei zu prüfen (<ref-law>; Urteil 9C_286/2009 vom 28. Mai 2009 E. 2.3; vgl. auch <ref-law> und <ref-ruling> E. 7.1 S. 2; <ref-law>).
4.1 Nach der Rechtsprechung sind Prozessbegehren als aussichtslos anzusehen, wenn die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren, so dass sie kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Massgebend ist, ob eine Partei, die über die nötigen finanziellen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Überlegung zu einem Prozess entschliessen würde (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135; <ref-ruling> E. 2.5.3 S. 236).
4.2 Der vorliegend zu beurteilende Sachverhalt ist insofern speziell und erstmalig, als der Anspruch auf eine Rente abgewiesen wurde und gemäss dem Vorsorgereglement der allenfalls leistungspflichtigen Vorsorgeeinrichtung bereits ein Invaliditätsgrad von 20 % Anspruch auf Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge gibt. Es kommt dazu, dass die IV-Stelle den Invaliditätsgrad nicht bloss geschätzt, sondern anhand der konkreten Verdienstverhältnisse vor und nach Eintritt der gesundheitlichen Beeinträchtigung durch Einkommensvergleich genau ermittelt hat (vorne E. 2.2.3.2). Die Frage der Bindungswirkung für die berufliche Vorsorge resp. eines schützenswerten Interesses an der Feststellung des Invaliditätsgrades im IV-Verfahren stellte sich somit in der vorliegenden Konstellation erstmals, ohne dass auf eine direkt anwendbare Rechtsprechung zurückgegriffen werden konnte (vorne E. 2.2.2). Unter diesen Umständen kann entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht von Aussichtslosigkeit des Prozesses gesprochen werden. Diese wird daher nach Prüfung der übrigen Anspruchsvoraussetzungen über die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das kantonale Verfahren neu entscheiden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 13. September 2010 wird aufgehoben, soweit er den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege verneint und dem Beschwerdeführer Gerichtskosten auferlegt. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie im Sinne von E. 4.2 verfahre. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Rechtsanwalt Dr. Matthias Gut wird als unentgeltlicher Rechtsbeistand für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- aus der Gerichtskasse entschädigt
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Dezember 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler