Caisse interprofessionnelle d'AVS de la Fédération romande des syndicats patronaux (CIAM-AVS), rue de St-Jean 98, 1201 Genève, recourante,
contre
X._ SA, intimée,
et
Commission cantonale de recours en matière d'AVS/AI, Genève
A.-La société X. _SA (ci-après : la société), dont le siège est à B._, a pour but l'exécution de tous mandats entrant dans l'activité d'une société fiduciaire et de révision. A._ en est l'administrateur doté de la signature individuelle.
Le 25 juin 1998, la Caisse interprofessionnelle d'assurance-vieillesse et survivants de la Fédération romande des syndicats patronaux (ci-après : la CIAM), à laquelle la société est affiliée, a procédé à un contrôle d'employeur. Dans un rapport du 5 août 1998, elle a constaté que des rémunérations versées durant les années 1993 à 1997 à A._ n'avaient pas été déclarées par l'employeur. Aussi, par décision du même jour, la caisse a-t-elle réclamé à la société un montant de 2231 fr. 45, somme représentant les cotisations AVS/AI/APG/AC - frais d'administration compris - dues pour la période du 1er janvier 1993 au 31 décembre 1997.
B.- La société a recouru contre cette décision, dont elle demandait implicitement l'annulation, devant la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'AVS/AI. Elle faisait valoir que A._ était en droit, en sa qualité d'expert-comptable indépendant, de percevoir ses honoraires francs de cotisations sociales et de ne s'acquitter de celles-ci que sur son résultat net, après déduction des frais administratifs nécessaires à l'exécution de ses mandats.
Par jugement du 7 mai 1999, la juridiction cantonale a admis partiellement le recours, en ce sens que seules les rémunérations hors taxe sur la valeur ajoutée (TVA) devaient être soumises à cotisations.
C.- La CIAM interjette recours de droit administratif contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation en tant qu'il exclut du salaire soumis à cotisations les indemnités versées par la société à A._ au titre de la prise en charge de la TVA due sur ses honoraires d'administrateur.
Ni l'intimé ni A._ n'ont présenté de préavis sur le recours.
De son côté, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) propose l'admission de celui-ci.

Considérant en droit :
1.- Comme aucune prestation d'assurance n'est litigieuse, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si le jugement de première instance viole le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus du pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
Il faut en outre tenir compte de l'art. 114 al. 1 OJ, selon lequel le Tribunal fédéral des assurances n'est pas lié par les conclusions des parties en matière de contributions publiques, lorsque le litige porte sur la violation du droit fédéral ou sur la constatation inexacte ou incomplète des faits.
2.- En l'occurrence, la décision de cotisations paritaires arriérées du 5 août 1998 n'a pas été notifiée personnellement à A._. On ne saurait toutefois voir dans cette omission une violation du droit d'être entendu du salarié concerné (cf. <ref-ruling>), du moment que le prénommé, en sa qualité d'administrateur de la société à laquelle la décision a été notifiée, était tout à fait en mesure de faire valoir ses propres griefs à l'encontre de la décision en cause.
3.- a) Le salaire déterminant, au sens de l'<ref-law>, comprend toute rémunération pour un travail dépendant, fourni pour un temps déterminé ou indéterminé. Font partie de ce salaire déterminant, par définition, toutes les sommes touchées par le salarié, si leur versement est économiquement lié au contrat de travail; peu importe, à ce propos, que les rapports de service soient maintenus ou aient été résiliés, que les prestations soient versées en vertu d'une obligation ou à titre bénévole. On considère donc comme revenu d'une activité salariée, soumis à cotisations, non seulement les rétributions versées pour un travail effectué, mais en principe toute indemnité ou prestation ayant une relation quelconque avec les rapports de service, dans la mesure où ces prestations ne sont pas franches de cotisations en vertu de prescriptions légales expressément formulées (<ref-ruling> consid. 4a, 124 V 101 consid. 2, et la jurisprudence citée).
Selon l'art. 7 let. p RAVS, le salaire déterminant pour le calcul des cotisations comprend - sous réserve d'exceptions qui ne concernent pas le cas particulier - notamment les prestations de l'employeur consistant à prendre en charge la cotisation due par le salarié à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité, au régime des allocations pour perte de gain et l'assurance-chômage et les impôts dus par le salarié, dans la mesure où il ne s'agit pas d'un dédommagement pour frais encourus.
b) Aux termes de l'art. 4 let. b de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA) du 22 juin 1994 - en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000 -, les prestations de services fournies à titre onéreux sur territoire suisse sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues du champ de l'impôt en vertu de l'<ref-law>. Est considérée comme prestation de services toute prestation qui ne constitue pas la livraison d'un bien (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, est assujetti à l'impôt quiconque, même sans but lucratif, exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle en vue de réaliser des recettes, à condition que ses livraisons, ses prestations de services et ses prestations à lui-même effectuées sur territoire suisse dépassent globalement 75 000 fr. par an.
Le ch. m. 202 des anciennes directives de l'Administration fédérale des contributions pour les personnes assujetties à la TVA (édition 1994) prévoyait que l'activité d'administrateur est soumise à la taxe.
4.- En l'occurrence, il est incontestable et incontesté que les honoraires des administrateurs font partie du salaire déterminant du point de vue de l'AVS, en d'autres termes, du revenu provenant d'une activité dépendante (art. 7 let. h RAVS dans sa version - applicable en l'espèce - en vigueur jusqu'au 31 décembre 1998).
Seul est donc litigieux le point de savoir si les indemnités versées par la société à son administrateur au titre de la prise en charge de la TVA due sur ses honoraires font partie du salaire déterminant.
Il y a lieu de relever qu'une telle controverse pouvait découler en particulier de la pratique de l'Administration fédérale des contributions, ci-dessus exposée (consid. 3b i.f.), qui considérait que les administrateurs exercent une activité lucrative indépendante soumise à la TVA.
A l'avenir, ce point ne pourra plus donner lieu à discussion. D'une part, le Tribunal fédéral, dans un arrêt A. du 27 octobre 2000, 2A.468/1999, s'est écarté de la pratique susmentionnée et a considéré - en se fondant sur sa jurisprudence en matière de double imposition en matière intercantonale (<ref-ruling>) - que les administrateurs exercent une activité dépendante et, partant, ne sont pas assujettis à la taxe en vertu de l'<ref-law>. D'autre part, l'art. 21 al. 1, seconde phrase, de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 (LTVA; RS 641. 20), en vigueur depuis le 1er janvier 2001, dispose notamment que l'activité des membres des conseils d'administration est considérée comme une activité dépendante.
5.- En l'espèce, c'est en vue d'éviter une double imposition que la juridiction cantonale a soustrait du salaire déterminant soumis à cotisations les indemnités versées à l'administrateur au titre de la prise en charge de la TVA due sur ses honoraires.
De son côté, la recourante fait valoir que, dans la mesure où la TVA est un impôt indirect dû par l'administrateur d'une société anonyme sur ses honoraires, la prise en charge par la société de cette taxe fait partie du salaire déterminant soumis à cotisations au sens de l'art. 7 let. p RAVS.
L'OFAS propose l'admission du recours en reprenant l'argumentation de la recourante.
6.- Dans un arrêt Ph. V. SA du5juin2001, H32/99, quiconcernaituneaffairesemblable, leTribunalfédéraldesassurancesaexposélesconsidérationssuivantes :
Dans la mesure où l'énumération figurant à l'<ref-law> (let. a à q) est exemplative ("le salaire déterminant pour le calcul des cotisations comprend notamment" ["insbesondere"; "in particolare"]), il n'est pas nécessaire de trancher le point de savoir si l'art. 7 let. p RAVS vise également, outre la prise en charge par l'employeur des impôts directs dus par le salarié, celle des impôts indirects, en particulier la TVA.
Le point à trancher est dès lors celui de savoir si la prise en charge par une société anonyme de la TVA due sur les honoraires des administrateurs fait partie du salaire déterminant, au sens de l'<ref-law>, lequel comprend, selon la jurisprudence exposée au consid. 3a, non seulement les rétributions versées pour un travail effectué, mais en principe toute indemnité ou prestation ayant une relation quelconque avec les rapports de service, dans la mesure où ces prestations ne sont pas franches de cotisations en vertu de prescriptions légales expressément formulées (<ref-ruling> consid. 4a, 124 V 101 consid. 2, et les références). Une indemnité ou prestation ayant une relation quelconque avec les rapports de service ne peut être toutefois considérée comme un salaire déterminant que dans la mesure où elle contribue à améliorer la situation économique du salarié.
Or, en tant qu'impôt sur les livraisons de biens et les prestations de services fournies au consommateur, la TVA, tout en étant supportée par ce dernier, a la particularité d'être collectée auprès des entreprises lors des stades précédant la consommation finale. Bien qu'assujetties à l'impôt, celles-ci doivent seulement effectuer le versement du montant dû, l'impôt étant en définitive supporté par le consommateur (<ref-ruling> consid. 6b et les références de doctrine).
Aussi, lorsqu'on veut qualifier juridiquement la prise en charge par une société anonyme de la TVA due sur les honoraires des administrateurs, il ne faut pas perdre de vue le fait que la volonté du constituant était de faire supporter l'impôt au consommateur final (<ref-ruling> consid. 5a et les références). De ce point de vue, la perception par un administrateur d'indemnités destinées à s'acquitter de la TVA ne représente donc que la mise en oeuvre de ce principe. En faisant supporter à la société anonyme, en tant qu'utilisatrice de prestations de services, la TVA due sur lesdites prestations, l'administrateur (en sa qualité de personne assujettie en vertu de l'ancienne pratique de l'Administration fédérale des contributions) joue simplement le rôle d'organe de recouvrement de la taxe. Dans ces conditions, la prise en charge par une société anonyme de la TVA due sur les honoraires de ses administrateurs ne contribue en rien à améliorer la situation économique de ces derniers et ne doit donc pas être considérée comme un salaire déterminant soumis à cotisations au sens de l'<ref-law>.
Le jugement entrepris n'est dès lors pas critiquable et le recours se révèle mal fondé.
7.- La procédure n'est pas gratuite. La recourante, qui succombe, supportera les frais de l'instance fédérale (art. 156 al. 1 en liaison avec l'art. 135 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est rejeté.
II. Les frais de justice, d'un montant de 600 fr., sont mis à la charge de la recourante et sont compensés avec l'avance de frais qu'elle a effectuée.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-vieillesse, survivants et invalidité, à A._ et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 2 juillet 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIIe Chambre :
LeGreffier :