Faits:
A. Par ordonnance du 25 septembre 2008, le Procureur général du canton de Genève a classé la procédure ouverte contre X._ notamment pour contrainte sexuelle, viol et actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement et de résistance. Il a considéré que celui-ci avait à tout le moins commis, sur les personnes de A._ et B._, des actes d'abus de détresse, mais que, les faits remontant à 1991 et 1992, l'action pénale était prescrite.
B. X._ a recouru à la Chambre d'accusation genevoise, concluant au prononcé d'un non lieu, subsidiairement au renvoi de la cause au Procureur général pour qu'il rédige une nouvelle décision de classement se limitant à constater que les faits dénoncés étaient prescrits.
Par ordonnance du 5 novembre 2008, la Chambre d'accusation a déclaré le recours irrecevable. En bref, elle a considéré que, n'ayant pas été inculpé, le recourant n'était pas habilité à requérir un non-lieu et qu'elle n'avait au surplus pas la compétence de donner au Procureur général des instructions quant à la rédaction et à la motivation d'une ordonnance de classement.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'ordonnance attaquée en tant qu'elle refuse de donner suite à sa conclusion tendant à la rédaction d'une nouvelle décision de classement.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recourant soutient que le refus de l'autorité précédente d'admettre sa compétence pour ordonner au Procureur général de rédiger une nouvelle décision de classement se bornant à constater la prescription de l'action pénale procède d'une application arbitraire de l'<ref-law>/GE.
1.1 Le classement litigieux repose sur l'<ref-law>/GE, qui permet au procureur général de classer l'affaire lorsqu'il existe un obstacle à l'exercice de l'action publique, que les faits ne sont pas constitutifs d'une infraction ou que les circonstances ne justifient pas l'exercice de l'action publique, le classement ainsi prononcé l'étant sous réserve de faits nouveaux ou de circonstances nouvelles. Le classement fondé sur cette disposition intervient avant l'ouverture d'une instruction pénale, laquelle ressortit au juge d'instruction (<ref-law>/GE). Il peut faire l'objet d'un recours à la chambre d'accusation (<ref-law>/GE). La procédure de recours est réglée par les art. 190 à 196 et 198 al. 2 CPP/GE (<ref-law>/GE).
L'<ref-law>/GE précise les compétences de la chambre d'accusation lorsqu'elle est saisie d'un recours contre une ordonnance de classement du procureur général rendue une fois la procédure terminée, soit celle qui est rendue, sur la base de l'<ref-law>/GE, au terme de l'instruction. En pareil cas, la chambre d'accusation peut renvoyer la procédure au juge d'instruction, maintenir le classement ou ordonner au procureur général de prendre des réquisitions motivées.
En tant qu'il s'applique aussi en cas de recours contre un classement fondé sur l'<ref-law>/GE (cf. <ref-law>/GE), soit un classement prononcé avant l'ouverture d'une instruction, l'<ref-law>/GE signifie, selon la décision attaquée, que la chambre d'accusation ne peut que confirmer le classement ou ordonner une enquête préliminaire ou l'ouverture d'une instruction; en particulier, elle ne peut en aucun cas donner des instructions au procureur général quant à la motivation de l'ordonnance de classement qu'il a rendue.
1.2 Le recourant conteste cette interprétation. A l'appui, il n'avance toutefois pas d'arguments qui soient propres à faire admettre qu'elle serait arbitraire (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). Le fait que la prescription de l'action pénale, comme il insiste à le souligner, a pour effet que la personne mise en cause acquiert le droit de ne pas être jugée est manifestement dénué de pertinence au regard de la question à trancher. C'est en vain aussi que le recourant argue du pouvoir qui revient à la chambre d'accusation comme autorité de contrôle du procureur général; ce pouvoir ne se confond pas avec celui dont elle dispose en tant qu'autorité de recours contre les décisions de ce magistrat. Il est également sans pertinence que la chambre d'accusation, saisie d'un recours, jouisse d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit; elle n'en doit pas moins rester dans les limites de sa compétence quant aux mesures que le droit de procédure lui permet d'ordonner. Au demeurant, il n'est en tout cas pas arbitraire d'écarter un recours qui tend simplement à obtenir une motivation différente de la décision attaquée, sans que cela n'emporte de modification du dispositif de cette dernière. Le grief ne peut dès lors qu'être rejeté, autant qu'il soit recevable au regard des exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2. Le recourant invoque une violation de la présomption d'innocence. Il fait valoir que la motivation du classement, que la décision attaquée ne désapprouve pas, équivaut à un constat de culpabilité dans la mesure où il a été considéré comme établi qu'il avait commis des abus de détresse, donc une infraction.
La procédure ouverte contre le recourant a été classée à raison de la prescription. Or, le constat de cette dernière impliquait l'existence d'une prévention suffisante de la commission d'actes punissables, dont il y avait lieu de rechercher de quelles infractions ils pouvaient être constitutifs, afin de déterminer quelles étaient les peines encourues, la durée de celles-ci devant être connue pour juger de l'intervention de la prescription. En tant qu'elle relève à son tour que la prévention d'abus de détresse est suffisante, mais qu'un classement devait néanmoins être prononcé en raison de leur ancienneté, la décision attaquée ne viole donc pas la garantie invoquée. Elle ne contient rien qui aille au-delà de ce qui est nécessaire à justifier le motif du classement.
3. Le recours doit ainsi être rejeté autant qu'il est recevable. Succombant dans ses conclusions, le recourant devra supporter les frais (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 19 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz