Faits:
A. Le 14 février 2012, la société Y._ SA (ci-après: Y._), active dans les conseils et les services financiers en rapport avec la gestion de patrimoine, a déposé plainte pénale auprès du Procureur général du canton de Genève contre X._ pour escroquerie et gestion déloyale. Elle a exposé qu'elle avait engagé X._ - alors employé de la société « Z._ » (ci-après: Z._) - en qualité de directeur exécutif qui apporterait avec lui des clients et des affaires génératrices de revenus pour la société; un contrat de travail avait été signé le 1er octobre 2010, contrat accompagné d'un business plan indiquant que le prénommé gérait personnellement 2 milliards de francs générant un revenu annuel de l'ordre de 5 millions de francs; le salaire annuel brut avait été fixé à 350'000 francs auquel s'ajoutait un bonus équivalent à la moitié du revenu net (i.e. diminué des frais); le contrat prévoyait également que X._ travaillerait exclusivement pour son employeur; il était toutefois silencieux sur un volume d'affaire déterminé à apporter par l'employé. Au cours de l'année 2011, Y._ a reproché à X._ de ne pas avoir transféré, après son engagement, ses clients de son ancien employeur Z._. Puis, elle s'est aperçue que son employé menait des affaires parallèles avec des clients pour un montant de 522'929 USD au premier trimestre 2011 et que ce montant aurait dû lui revenir. Or, elle n'avait perçu que 1'429.49 USD. Elle a également découvert que X._ avait procédé à plusieurs ouvertures de comptes de clients sans avertir Y._ et sans lui verser les honoraires y relatifs. Ensuite des dissensions intervenues, X._ a mis un terme à son contrat le 19 juin 2011 alors que Y._ lui notifiait la résiliation immédiate du contrat de travail le 22 juin 2011.
Le Ministère public du canton de Genève a décidé, par ordonnance du 24 février 2012, de ne pas entrer en matière sur cette plainte. Par arrêt du 6 juin 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice (ci-après: le Cour de justice) a rejeté le recours de Y._ contre cette décision.
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, Y._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt cantonal, d'inviter le Ministère public genevois à ouvrir une enquête sur la base des faits dénoncés dans la plainte pénale. Elle invoque une violation de l'<ref-law> dans la mesure où, selon ses dires, les conditions des art. 146 et 158 CP sont réalisées, une violation de l'art. 9 Cst ainsi que de l'art. 29 al. 1 Cst. féd. pour violation de son droit de réplique.
La Cour de justice a précisé qu'il n'y avait pas, en l'espèce, de violation du droit d'être entendu et que, pour le reste, elle se référait aux considérants de sa décision. Le Ministère public conclut au rejet du recours. L'intimé conclut principalement à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours avec suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué confirme la décision de non-entrée en matière dans la présente procédure pénale. Rendu en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), il met fin à la procédure pénale (<ref-law>). Partant, il peut faire l'objet d'un recours en matière pénale selon les <ref-law>.
Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 248). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
En l'espèce, la recourante a pris part à la procédure devant le Tribunal cantonal et prétend au remboursement du salaire versé à l'intimé durant son engagement ainsi qu'au paiement des revenus tirés des portefeuilles des clients que l'intimé s'était engagé à lui remettre. Elle a, dès lors, qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
2. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se prévaut d'une violation du droit d'être entendu en ce que la juridiction cantonale ne lui a pas accordé un délai pour se déterminer sur les observations de l'intimé du 13 avril 2012.
2.1 Selon les art. 29 al. 2 Cst. et 3 al. 2 let. c CPP, les parties ont le droit d'être entendues. Cela comprend notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Il appartient en effet aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Ce droit à la réplique découle aussi, en matière de détention, de l'art. 5 par. 4 CEDH. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit ainsi être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 197; CourEDH, arrêt Schaller-Bossert contre Suisse du 28 octobre 2010 § 39 s.).
Toutefois, dans un arrêt du 15 novembre 2012, la CourEDH a considéré que l'on pouvait, sans violer l'art. 6 CEDH, attendre d'un mandataire professionnel qu'il connaisse la jurisprudence du Tribunal fédéral publiée aux <ref-ruling> et s'y conforme en déposant des observations complémentaires ou en demandant un délai à cet effet lorsqu'il reçoit les observations de la partie adverse pour information (arrêt de la CourEDH Joos contre Suisse du 12 novembre 2012, 43245/07, § 30 ss.; ATF 138 IV 484 consid. 2 p. 486).
2.2 En l'espèce, la recourante était assistée d'un mandataire professionnel; les observations de l'intimé du 13 avril 2012 lui ont été transmises, ce qu'elle ne conteste pas. La décision de la Chambre pénale de la Cour de justice a été rendue le 6 juin 2012, soit deux mois après la notification des observations de l'intimé. La recourante disposait donc de suffisamment de temps pour répliquer aux observations du 13 avril 2012, si elle l'estimait nécessaire. En outre, la Chambre pénale ne s'est fondée sur les éléments figurant dans les observations de l'intimé que dans une argumentation subsidiaire pour considérer que les éléments constitutifs de la gestion déloyale n'étaient pas réunis, les éléments figurant au dossier étant suffisants pour fonder la négation d'un devoir de gestion conféré au recourant. Le grief de violation du droit d'être entendu doit par conséquent être rejeté.
3. La recourante voit une violation de l'<ref-law> dans la décision de la Chambre pénale de recours de ne pas entrer en matière sur sa plainte. A la suivre, il n'est pas possible de conclure en l'espèce à l'absence manifeste de réalisation des éléments constitutifs des infractions d'escroquerie (<ref-law>) et de gestion déloyale (<ref-law>).
3.1 Selon l'<ref-law>, le Ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis (let. a). Il peut faire de même en cas d'empêchement de procéder (let. b) ou en application de l'<ref-law> (let. c). Le Ministère public doit ainsi être certain que les faits ne sont pas punissables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 287 et les références citées).
Le principe "in dubio pro duriore" découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 2 CPP en relation avec les art. 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91). Il signifie qu'en principe, un classement ou une non-entrée en matière ne peuvent être prononcés par le Ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le Ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (138 IV 86 consid. 4.1.2 p. 91; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 288). Une non-entrée en matière s'impose lorsque le litige est de nature purement civile (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 287).
3.2 En l'occurrence, il ressort des pièces du dossier que l'intimé a très certainement violé ses obligations contractuelles, déjà en traitant des affaires annexes à celles de la recourante alors qu'il s'était engagé par contrat à travailler exclusivement pour son employeur. Il apparaît également que l'intimé a été engagé parce qu'il apporterait avec lui des clients et des affaires génératrices pour la société recourante, ce qui ne s'est pas produit. Reste que ces agissements ne sont pas en eux-mêmes constitutifs de délits pénaux. Le Ministère public pouvait donc constater, sous l'angle strictement pénal, qu'il y avait insuffisance de charges et que les éléments recueillis ne permettaient pas de retenir à l'encontre de l'intimé un comportement constitutif de gestion déloyale ou d'escroquerie.
3.3 Cela étant, l'<ref-law> permettait également au Ministère public de rendre une ordonnance de non-entrée en matière au motif que les éléments constitutifs de l'infraction n'étaient manifestement pas réunis.
La Chambre pénale a rappelé que l'infraction de gestion déloyale supposait que l'auteur ait eu une position de gérant, qu'il ait violé une obligation lui incombant en cette qualité, qu'il en soit résulté un préjudice et qu'il ait agi intentionnellement. Elle a souligné que l'auteur de l'infraction doit avoir une position de gérant, à savoir qu'il dispose d'une indépendance suffisante et qu'il jouisse d'un pouvoir de cognition autonome sur les biens qui lui sont confiés (<ref-ruling> consid. 3b p. 21 ; <ref-ruling> consid. 2b p. 192). Elle a également indiqué que, s'agissant de l'escroquerie, l'élément constitutif de l'astuce est réalisé lorsque l'auteur, pour tromper autrui, recourt à un édifice de mensonges, mais qu'en l'occurrence, l'intimé n'avait pas, au moment de la signature du contrat de travail, cherché à tromper la recourante.
Pour sa part, la recourante estime que le comportement de l'intimé tombe sous le coup des art. 158 ch. 1 al. 1 et 146 CP. Elle reproche au Ministère public d'avoir conclu, avant même l'ouverture d'une instruction pénale, à l'absence manifeste des éléments constitutifs de gestion déloyale et d'escroquerie. Elle fait valoir en particulier que l'intimé, en qualité de directeur exécutif, était tenu de veiller sur les intérêts pécuniaires de la société et dès lors d'accroître ses biens. Ainsi, en n'apportant pas à la société de nouveaux clients, il violait son devoir de gestion. S'agissant de l'escroquerie, la recourante souligne que l'intimé avait fallacieusement indiqué, au moment de la signature du contrat, qu'il apporterait son portefeuille de clients. En conclusion, la recourante soutient que le Ministère public ne pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, refuser d'entrer en matière sur la plainte pénale.
3.4 En l'espèce, l'intimé n'a commis aucune gestion déloyale sur des biens que lui aurait confiés la recourante. En effet, pour qu'il y ait gestion déloyale, il ne suffit pas que l'auteur ait été gérant, ni qu'il ait violé une quelconque obligation de nature pécuniaire à l'endroit de la personne dont il gère tout ou partie du patrimoine. Le terme de gestion déloyale et la définition légale de l'infraction exigent que l'obligation qu'il a violée soit liée à la gestion confiée (ATF <ref-ruling> consid. 2b, p. 193; <ref-ruling> consid. 3 p. 312 s.). Or, les opérations reprochées à l'intimé - qui violent éventuellement l'art. 4 de son contrat de travail ainsi que son devoir de fidélité - ne touchent que des clients préexistants à son engagement. Il ne pouvait donc veiller à la gestion d'un patrimoine qui ne lui avait pas été confié. Par voie de conséquence, l'élément constitutif de l'infraction de gestion déloyale n'est pas réalisé.
Enfin, on ne saurait reprocher à l'intimé d'avoir commis une escroquerie aux dépens de la recourante. L'escroquerie consiste à tromper la dupe. Pour qu'il y ait escroquerie, une simple tromperie ne suffit cependant pas ; il faut qu'elle soit astucieuse. Selon la jurisprudence, la tromperie est astucieuse lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des man?uvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il donne simplement de fausses informations, si leur vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 264 ; <ref-ruling> consid. 3a p. 20). En l'espèce, la Chambre pénale de recours, pouvait retenir, sans violer le droit fédéral, que rien au dossier ne laissait supposer qu'au moment de la signature du contrat de travail, l'intimé savait qu'il ne ferait aucun apport d'affaires à la société. Au contraire, les pièces déposées laissent supposer qu'il avait l'intention de faire bénéficier la société recourante de son portefeuille, preuve en est notamment le courriel par lequel l'intimé, quelques jours après la signature du contrat, s'engageait à transférer à la recourante les clients de Z._.
En estimant que le litige ne sortait pas du cadre purement civil, la Cour de justice n'a pas mésusé du pouvoir d'appréciation qui était le sien ; une non-entrée en matière ne viole ainsi pas l'<ref-law>. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté.
4. Vu l'issue de la procédure, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Celle-ci versera en outre une indemnité à titre de dépens à l'intimé qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'000 francs est allouée à l'intimé, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Ministère public du canton de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 6 mai 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller