Faits:
A. A.a D._, né en 1967, a travaillé en dernier lieu en qualité de maçon au service de l'entreprise X._ SA (depuis le 19 septembre 2000). A ce titre, il était assuré contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 21 mars 2003, sur un chantier, il a fait une chute d'une hauteur d'environ 3 mètres 50 en descendant d'une échelle.
Par décision du 14 février 2008, confirmée sur opposition le 28 février 2008, la CNA a alloué à D._, dès le 1er novembre 2007, une rente d'invalidité fondée sur un taux d'invalidité de 20 % ainsi qu'une indemnité pour atteinte à l'intégrité de 15 %. En ce qui concerne la rente d'invalidité, elle a estimé que l'assuré était en mesure de réaliser un revenu d'environ 51'250 fr. en se fondant sur cinq Descriptions de postes de travail). Elle a comparé ce revenu à un revenu sans invalidité de 64'387 fr.
D._ a déféré la décision sur opposition de la CNA à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois. Statuant par jugement du 8 juillet 2009 celle-ci a partiellement admis le recours en ce sens que l'assuré avait droit à une rente d'invalidité fondée sur un degré d'invalidité de 43 % - correspondant au taux retenu par l'assurance-invalidité - dès le 1er novembre 2007, la cause étant renvoyée à la CNA pour qu'elle procède au calcul de ladite rente.
A.b Saisi d'un recours de la CNA formé à l'encontre de ce jugement le Tribunal fédéral l'a annulé dans la mesure où il concernait le droit à la rente et a renvoyé la cause au tribunal cantonal pour qu'il statue à nouveau, conformément aux considérants. Entre autres motifs, le Tribunal fédéral a considéré que le revenu d'invalide devait être évalué sur la base des statistiques salariales, compte tenu d'un éventuel abattement (arrêt 8C_776/2009 du 19 juillet 2010).
B. Après avoir repris l'instruction de la cause, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours de D._ et réformé la décision sur opposition de la CNA en ce sens que l'assuré avait droit à une rente d'invalidité fondée sur un degré d'invalidité de 25 % dès le 1er novembre 2007, la cause étant renvoyée à l'assureur-accidents pour qu'il procède au calcul de la rente (jugement du 7 décembre 2010).
C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande, sous suite de frais et dépens, la réforme en ce sens que l'assuré a droit à une rente fondée sur un taux d'invalidité de 21 %.
D._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Dans son jugement, le Tribunal cantonal retient que l'assuré a droit à une rente d'invalidité de 25 % et renvoie la cause à l'assureur pour qu'il procède au calcul de ladite rente. D'un point de vue purement formel, il s'agit d'une décision de renvoi. En principe, les décisions de renvoi sont des décisions incidentes qui ne peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral qu'aux conditions de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.2 et 4.3 p. 481 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 790). Cependant, lorsque l'autorité précédente à laquelle la cause est renvoyée n'a pratiquement plus aucune marge de manoeuvre pour statuer et que le renvoi ne vise qu'à mettre à exécution la décision de l'autorité supérieure, cette décision doit être considérée comme une décision finale sujette à recours conformément à l'<ref-law> (FELIX UHLMANN, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger (éd.), Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2ème éd., n. 9 ad art. 90; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 127 s.). C'est le cas en l'espèce.
2. Le revenu d'invalide fixé par les premiers juges à 51'123 fr. n'est pas contesté par la recourante. Est seul litigieux le revenu sans invalidité. Il s'agit d'une procédure portant sur l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, de sorte que le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF).
3. 3.1 Pour procéder à la comparaison des revenus, il convient de se placer au moment de la naissance du droit à la rente; les revenus avec et sans invalidité doivent être déterminés par rapport à un même moment (<ref-ruling>; <ref-ruling>).
3.2 En l'espèce, les premiers juges ont fixé le revenu sans invalidité à 68'410 fr. 52. Ils ont considéré que le montant fixé par la CNA dans sa décision sur opposition (64'387 fr.) correspondait au salaire effectivement perçu par l'assuré durant l'année ayant précédé l'accident. Selon les premiers juges, ce montant devait donc être indexé à l'évolution des salaires jusqu'à l'année 2007, date de la naissance du droit à la rente.
3.3 Comme le fait valoir avec raison la CNA, le revenu de 64'387 fr. correspond précisément et exactement au salaire que l'assuré aurait réalisé en 2007 - année déterminante en l'espèce - s'il était resté au service de son employeur. En effet, au moment du passage à la rente (2007), l'assuré aurait perçu un salaire horaire de 28 fr. 15 selon les renseignements fournis par X._ SA le 16 mai 2007. L'horaire de travail applicable aurait été celui en vigueur pour les travailleurs des entreprises de la Fédération vaudoise des entrepreneurs (FVE), soit 2'112 heures de travail par an. L'horaire de 2'112 heures correspond d'ailleurs à celui prescrit par l'art. 24 de la Convention nationale du secteur principal de la construction en Suisse 2006-2008, qui a fait l'objet d'un arrêté d'extension du Conseil fédéral (FF 2006 825-826).
En multipliant le salaire horaire de 28 fr. 15 par 2112 heures, on obtient un montant de 59'452 fr.80, auxquels il y a lieu d'ajouter un treizième salaire à hauteur de 8,3 %, ce qui donne un montant total de 64'387 fr. L'intimé ne démontre du reste pas en quoi ce calcul serait erroné. Il se contente en effet d'affirmer que « les explications de la Suva sont dénuées de toute pertinence » et qu'il « est manifeste qu'une indexation doit prendre place en la matière ». C'est donc un revenu sans invalidité de 64'387 fr. qu'il convient de retenir en l'espèce. La comparaison avec le revenu d'invalide de 51'123 fr. génère une perte de gain de 20,6 % laquelle doit être arrondie à 21 % (<ref-ruling>).
4. Le recours est bien fondé. L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du 7 décembre 2010 de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois est modifié en ce sens que l'intimé a droit à une rente d'invalidité de l'assurance-accidents fondée sur un degré d'invalidité de 21 %.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont à la charge de l'intimé.
3. Le Tribunal cantonal vaudois statuera sur les dépens de la procédure cantonale au regard de l'issue du procès de dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 9 décembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Ursprung
La Greffière: Berset