Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht VIII Bern-Laupen sprach X._ am 10. November 2000 wegen Check- und Kreditkartenmissbrauchs und Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig. Es verurteilte ihn unter Berücksichtigung einer verminderten Zurechnungsfähigkeit zu drei Monaten Gefängnis. Das Tribunal de Police Genève fällte am 20. Januar 2003 einen Schuldspruch wegen Verbrechens und Übertretung betreffend das Betäubungsmittelgesetz und bestrafte ihn mit 2 1⁄2 Jahren Gefängnis abzüglich 8 Tage Untersuchungshaft. Am 4. Februar 2005 verurteilte ihn das Kreisgericht VIII Bern-Laupen wegen Verbrechens und Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes. Es sprach unter Berücksichtigung der verminderten Zurechnungsfähigkeit eine Freiheitsstrafe von 24 Monaten Gefängnis abzüglich 197 Tage Untersuchungshaft aus. Der Vollzug der ausgesprochenen Strafe schob es zugunsten einer stationären Massnahme auf. Die ersten beiden Strafen wurden ebenfalls zugunsten des Massnahmenvollzugs aufgeschoben. Am 16. März 2006 erfolgte die bedingte Entlassung von X._ aus dem Massnahmenvollzug, unter Ansetzung einer Probezeit von drei Jahren.
Während dieser Probezeit machte sich X._ erneut strafbar. Das Kreisgericht XIII Obersimmental-Saanen sprach ihn am 10. Juli 2008 der mengenmässig qualifizierten Widerhandlung sowie der Übertretung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig. Es hob die vom Kreisgericht VIII Bern-Laupen am 4. Februar 2005 angeordnete stationäre drogentherapeutische Massnahme auf und verurteilte ihn als Gesamtstrafe, zusammen mit der vollziehbaren Reststrafe von 26 Monaten und 5 Tagen, zu einer Freiheitsstrafe von 34 Monaten. Es gewährte ihm den teilbedingten Strafvollzug bei einer Probezeit von 5 Jahren. Den unbedingt vollziehbaren Strafteil setzte es auf 14 Monate fest und rechnete die Untersuchungshaft auf die Strafe an. Weiter bestrafte es ihn für die Übertretungen mit einer Busse von Fr. 300.--. Dieses Urteil erwuchs mit Ausnahme der Strafzumessung in Rechtskraft.
Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte X._ am 27. Januar 2009 im Appellationsverfahren unter Berücksichtigung der Reststrafe von 26 Monaten und 5 Tagen zu einer Gesamtstrafe von 3 1⁄2 Jahren Freiheitsstrafe, unter Anrechnung der Untersuchungshaft sowie des vorzeitigen Strafantritts.
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei mit einer Freiheitsstrafe von 34 Monaten als Gesamtstrafe unter Gewährung des teilbedingten Strafvollzugs bei einer Probezeit von 5 Jahren zu bestrafen. Der unbedingt vollziehbare Teil der Strafe sei auf 14 Monate festzulegen. Die gesamten obergerichtlichen Verfahrenskosten seien dem Staat Bern aufzuerlegen und dieser sei zu verpflichten, ihm eine Parteientschädigung von Fr. 3'725.-- für das obergerichtliche Verfahren zu bezahlen. Weiter stellt er ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Dem vorinstanzlichen Urteil liegen folgende rechtskräftige Schuldsprüche zugrunde: die qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz durch Verkauf von ca. 400 g Heroingemisch mit unbekanntem Reinheitsgrad, das Anstaltentreffen zum Verkauf von ca. 22 g (Reinheitsgrad 24%) und ca. 45 g Heroingemisch (Reinheitsgrad 33%), die Abgabe einer unbekannten Menge Heroingemisch, der Verkauf von 4 g und die Abgabe von 1.1 g Kokaingemisch (Reinheitsgrad unbekannt) sowie die Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes durch Erwerb, Besitz und Konsum einer unbestimmten Menge Heroin und Kokain. In Rechtskraft erwuchs gemäss den unangefochtenen Erwägungen der Vorinstanz auch die Busse von Fr. 300.-- als Strafe für die Übertretung.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die der Strafzumessung zugrundeliegenden vorinstanzlichen Feststellungen (fast zehnfaches Überschreiten der Menge für den qualifizierten Drogenhandel, professionelle Organisation, finanzielle Interessen, mehrfache einschlägige Vorstrafen, fehlende Einsicht und Reue) seien nicht durch Aktenstellen belegt bzw. aktenwidrig. Weiter beanstandet er das fehlende Zitieren von Aktenstellen durch die Vorinstanz und er erachtet ein Gutachten aus einem länger zurückliegenden Verfahren als nicht stichhaltig. Er begründet seine Rüge, indem er auf das erstinstanzliche Urteil Bezug nimmt.
2.2 Die Feststellungen der Vorinstanz zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>). Die Rüge der Verletzung des Willkürverbots muss in der Beschwerde vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss sich dabei mit den Entscheidgründen der Vorinstanz auseinandersetzen und präzise angeben, worin er die Rechtsverletzung erblickt bzw. inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 3.3. S. 60 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid wird nicht eingetreten.
2.3 Der Beschwerdeführer macht nicht ausdrücklich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung geltend. Soweit er dies sinngemäss vorbringt, setzt er sich nicht mit der Urteilsbegründung der Vorinstanz zu den festgestellten Tatsachen auseinander. Er verweist in seinen Ausführungen zum Sachverhalt lediglich auf das erstinstanzliche Urteil. Insoweit erschöpfen sich seine Rügen in unzulässiger appellatorischer Kritik. Darauf ist nicht einzutreten.
3.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung. Unbestritten ist nach seinen Ausführungen die Aufhebung der Massnahme, die Höhe des Strafrests nach erfolgtem Massnahmenvollzug von 26 Monaten und 5 Tagen Freiheitsstrafe sowie die Anordnung der Vollziehbarkeit dieses Strafrests. Er beanstandet nicht, dass eine Freiheitsstrafe auszusprechen sei, für welche der vollbedingte Strafvollzug nicht gewährt werden könne und dass mit der neuen Strafe sowie dem noch zu vollziehenden Strafrest eine Gesamtstrafe gebildet werden müsse. Hingegen rügt er, die Vorinstanz sei bei der Bildung der Gesamtstrafe methodisch falsch vorgegangen. Die Vorinstanz habe unter Verletzung von Bundesrecht für die neuen Delikte eine separate Strafe von 22 1⁄2 Monaten festgesetzt und ohne nachvollziehbare Begründung mit der offenen Reststrafe von 26 Monaten und 5 Tagen eine Gesamtstrafe von 42 Monaten gebildet. Sie hätte nach seiner Auffassung prüfen müssen, welche der Delikte der Vorstrafen vom 10. November 2000, 20. Januar 2003 und 4. Februar 2005 sowie der erneuten Delikte die schwersten seien. Darauf hätte sie gemäss <ref-law> eine Einsatzstrafe bestimmen und diese angemessen erhöhen bzw. schärfen müssen. Von der darauf resultierenden Strafe hätte sie den bereits verbüssten Strafteil von 30 Monaten und 360 Tagen abziehen sollen.
3.2 Die Vorinstanz verweist zur rechtlichen Würdigung der in Rechtskraft erwachsenen Schuldsprüche auf das erstinstanzliche Urteil. Sie widerruft in Übereinstimmung mit der ersten Instanz die bedingte Entlassung aus dem Massnahmenvollzug und erklärt die zugunsten der Massnahme aufgeschobene Freiheitsstrafe als vollziehbar. Für die während der Probezeit begangenen Delikte ist nach ihrer Auffassung angesichts der Tat- und Täterkomponenten sowie der einschlägigen Vorstrafen eine unbedingt vollziehbare Freiheitsstrafe angezeigt. Aus dem durch die Massnahme nicht abgegoltenen Strafrest von 26 Monaten und 5 Tagen Freiheitsstrafe sowie der für die neuen Delikte festzusetzenden Strafe bildet sie in Anwendung von <ref-law> und <ref-law> eine Gesamtstrafe. Für die Beurteilung der neuen Delikte geht sie von der Strafdrohung nach Art. 19 Ziff. 1 und 2 lit. a BetmG aus. Zu den Tat- und Täterkomponenten verweist sie auf das erstinstanzliche Urteil. Einzelne Punkte gewichtet sie gegenüber der ersten Instanz als stärker straferhöhend. Gestützt darauf erachtet sie eine Freiheitsstrafe für die neuen Delikte von 30 Monaten als angemessen. Diese reduziert sie wegen der leicht verminderten Zurechnungsfähigkeit des Beschwerdeführers um einen Viertel auf 22 1⁄2 Monate. Aus der neuen Strafe und dem zu vollziehenden Strafrest von 26 Monaten und 5 Tagen bildet sie unter Anwendung des Asperationsprinzips nach <ref-law> i.V.m. <ref-law> eine Gesamtstrafe von 42 Monaten (bzw. 3 1⁄2 Jahren) Freiheitsstrafe.
3.2 Die Vorinstanz verweist zur rechtlichen Würdigung der in Rechtskraft erwachsenen Schuldsprüche auf das erstinstanzliche Urteil. Sie widerruft in Übereinstimmung mit der ersten Instanz die bedingte Entlassung aus dem Massnahmenvollzug und erklärt die zugunsten der Massnahme aufgeschobene Freiheitsstrafe als vollziehbar. Für die während der Probezeit begangenen Delikte ist nach ihrer Auffassung angesichts der Tat- und Täterkomponenten sowie der einschlägigen Vorstrafen eine unbedingt vollziehbare Freiheitsstrafe angezeigt. Aus dem durch die Massnahme nicht abgegoltenen Strafrest von 26 Monaten und 5 Tagen Freiheitsstrafe sowie der für die neuen Delikte festzusetzenden Strafe bildet sie in Anwendung von <ref-law> und <ref-law> eine Gesamtstrafe. Für die Beurteilung der neuen Delikte geht sie von der Strafdrohung nach Art. 19 Ziff. 1 und 2 lit. a BetmG aus. Zu den Tat- und Täterkomponenten verweist sie auf das erstinstanzliche Urteil. Einzelne Punkte gewichtet sie gegenüber der ersten Instanz als stärker straferhöhend. Gestützt darauf erachtet sie eine Freiheitsstrafe für die neuen Delikte von 30 Monaten als angemessen. Diese reduziert sie wegen der leicht verminderten Zurechnungsfähigkeit des Beschwerdeführers um einen Viertel auf 22 1⁄2 Monate. Aus der neuen Strafe und dem zu vollziehenden Strafrest von 26 Monaten und 5 Tagen bildet sie unter Anwendung des Asperationsprinzips nach <ref-law> i.V.m. <ref-law> eine Gesamtstrafe von 42 Monaten (bzw. 3 1⁄2 Jahren) Freiheitsstrafe.
3.3 3.3.1 Begeht der bedingt aus dem Massnahmenvollzug Entlassene während der Probezeit eine Straftat und zeigt er damit, dass die Gefahr, der die Massnahme begegnen soll, fortbesteht, so kann das Gericht insbesondere die Massnahme aufheben und den Vollzug der Freiheitsstrafe anordnen (vgl. <ref-law>). Sind aufgrund der neuen Straftaten die Voraussetzungen für eine unbedingte Freiheitsstrafe erfüllt und trifft diese mit einer zugunsten der Massnahme aufgeschobenen Freiheitsstrafe zusammen, so spricht das Gericht in Anwendung von <ref-law> eine Gesamtstrafe aus (<ref-law>).
Bei der Bildung der Gesamtstrafe nach <ref-law> ist vorab der Strafrahmen für die schwerste Straftat zu bestimmen und alsdann die Einsatzstrafe für die schwerste Tat innerhalb dieses Strafrahmens festzusetzen. Schliesslich muss die Einsatzstrafe unter Einbezug der anderen Straftaten in Anwendung des Asperationsprinzips angemessen erhöht werden (Urteil 6B_579/2008 vom 27. Dezember 2008 E. 4.2.2 mit Hinweis).
3.3.2 Soweit es um die Gesamtstrafenbildung im Rückversetzungsverfahren nach <ref-law> geht, hat das Bundesgericht kürzlich entschieden, dass das Gericht methodisch stets von derjenigen Strafe als "Einsatzstrafe" auszugehen hat, die es für die während der Probezeit neu verübte Straftat nach den Strafzumessungsgrundsätzen von <ref-law> ausfällt. Das gilt insbesondere deshalb, weil sich der noch zu vollziehende Vorstrafenrest in der Regel keiner, also auch nicht einer allfällig schwersten Tat, zuordnen lässt, da insbesondere bei Vorliegen mehrerer Straftaten nicht gesagt werden kann, welche Delikte des Täters durch Strafverbüssung bereits "abgegolten" bzw. welche noch "offen" sind. Die für die neuen Straftaten ausgefällte Freiheitsstrafe bildet als Einsatzstrafe die Grundlage der Asperation. Das Gericht hat diese folglich mit Blick auf den Vorstrafenrest angemessen zu erhöhen. Daraus ergibt sich die Gesamtstrafe im Rückversetzungsverfahren (BGE 6B_765/2008 vom 7. April 2009 E. 2.4.1 mit Hinweisen).
3.3.3 Bei der Gesamtstrafenbildung aus einer aus dem Massnahmenvollzug resultierenden Reststrafe und einer für neue Delikte auszusprechenden Freiheitsstrafe gemäss <ref-law> besteht dieselbe Ausgangssituation wie bei der Rückversetzung in den Strafvollzug nach <ref-law>. In beiden Fällen ist nicht bestimmbar, welche Delikte durch den Straf- bzw. Massnahmenvollzug abgegolten sind und als schwerste Delikte zu betrachten sind. Deshalb ist das vom Bundesgericht aufgezeigte Vorgehen auch auf die Gesamtstrafenbildung bei Nichtbewährung im Massnahmenvollzug anzuwenden (<ref-law> i.V.m. <ref-law> i.V.m. <ref-law>).
3.3.4 Die Vorinstanz bestimmt bei der Gesamtstrafenbildung nach <ref-law> i.V.m. <ref-law> die Einsatzstrafe korrekterweise ausgehend von den neuen Delikten und erhöht diese mit Blick auf die Reststrafe angemessen. Im Rahmen der neu zu beurteilenden Delikte ist die qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz nach <ref-law> das einzige für den Strafrahmen massgebende Delikt. Dafür bestimmt die Vorinstanz eine Einsatzstrafe von 30 Monaten Freiheitsstrafe, mildert diese aufgrund der verminderten Zurechnungsfähigkeit des Beschwerdeführers auf 22 1⁄2 Monate und erhöht sie anschliessend aufgrund des Strafrests auf eine Gesamtstrafe von 42 Monaten Freiheitsstrafe. Das methodische Vorgehen der Vorinstanz erweist sich als bundesrechtskonform.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze die Begründungspflicht bei der Strafzumessung nach <ref-law>. Sie führe nicht aus, welches das schwerste Delikt sei, wie sich der Strafrahmen gestalte und von welcher Einsatzstrafe sie ausgehe. Die Strafzumessung, worin die Vorinstanz einzelne Strafzumessungsfaktoren aufliste, sei unzureichend begründet. Es fehle eine Begründung, wie sich die Gesamtstrafe von 42 Monaten berechne. Der Verweis auf das erstinstanzliche Urteil genüge nicht, weil dieses die Strafe nach einer anderen Methode berechne.
4.2 Nach <ref-law> hat der Richter in der Urteilsbegründung die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten. Er soll die Überlegungen, die er bei der Bemessung der Strafe vorgenommen hat, in den Grundzügen wiedergeben, so dass die Strafzumessung nachvollziehbar ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen). Die Begründung muss in der Regel den zur Anwendung gelangenden Strafrahmen nennen und die massgeblichen Tat- und Täterkomponenten so erörtern, dass festgestellt werden kann, ob alle rechtlich massgeblichen Gesichtspunkte Berücksichtigung gefunden haben und wie sie gewichtet wurden, d.h. ob und in welchem Grade sie strafmindernd oder straferhöhend in die Waagschale fielen (<ref-ruling> E. 1c/aa S. 20 f. mit Hinweis).
4.3 Die Vorinstanz verweist für die Strafzumessung auf das erstinstanzliche Urteil und bringt gezielte Änderungen in der Gewichtung von Tat- und Täterkomponenten sowie in der Berechnungsmethode der Gesamtstrafe an. Daraus ergibt sich, dass sie die übrigen Ausführungen des erstinstanzlichen Urteils zur Strafzumessung sinngemäss übernimmt, welche sie nicht ändert. Ein Verweis auf ein früheres Urteil ist grundsätzlich zulässig, solange die Begründung nachvollziehbar bleibt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 20 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1 c/bb S. 21). Der Strafrahmen wird im erstinstanzlichen Urteil korrekt dargestellt, wonach die qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz mit Freiheitsstrafe von nicht unter einem Jahr bedroht ist, womit eine Geldstrafe verbunden werden kann. Wegen des Strafmilderungsgrundes der verminderten Zurechnungsfähigkeit erachtet sich die erste Instanz nicht an die Mindeststrafe gebunden (Art. 19 i.V.m. <ref-law>). Sie berücksichtigt die gehandelte Betäubungsmittelmenge, welche den Grenzwert zum mengenmässig schweren Fall um ein fast Zehnfaches überschreite. Der Beschwerdeführer habe nur an Süchtige verkauft, aber über längere Zeit und an viele Personen. In der Hierarchie sei er als Beschaffungskrimineller bzw. Gassenlieferant zu bezeichnen. Die Art und Weise der Tatbegehung falle nicht straferhöhend ins Gewicht. Strafmildernd sei die Drogensucht zur Tatzeit zu berücksichtigen. Er habe die Taten zur Deckung des Eigenkonsums begangen und kaum Gewinn erzielt. Negativ fielen die lange Drogenkarriere und zahlreichen Vorstrafen ins Gewicht. Obwohl der Beschwerdeführer seit über 20 Jahren Drogen konsumiere, habe er den kaufmännischen Abschluss nachgeholt. Er wirke trotz der langjährigen Drogenkarriere äusserlich unauffällig, differenziert und realistisch. Die abnehmende Geständnis- und Kooperationsbereitschaft im Laufe des Verfahrens berechtige zu keiner Strafreduktion. Hingegen werde die gewisse Einsicht und Reue zusammen mit dem Wohlverhalten seit September 2007 als strafmindernd gewertet. Die Strafempfindlichkeit des Beschwerdeführers sei eher niedrig, habe er doch selbst den Strafvollzug gewählt.
4.4 Gegenüber der ersten Instanz wertet die Vorinstanz die Überschreitung der Qualifikationsgrenze beim Betäubungsmittelhandel um ein fast Zehnfaches, das professionelle Vorgehen, das vorwiegend finanzielle Interesse, die lange Drogenkarriere, die mehreren einschlägigen Vorstrafen, die fehlende Einsicht trotz langer Gefängnisaufenthalte und Massnahmenvollzugs gegenüber der ersten Instanz in stärkerem Umfang als straferhöhend. Die Vorinstanz würdigt die für die Strafzumessung massgebenden Elemente unter Berücksichtigung der detaillierten Ausführungen im erstinstanzlichen Urteil hinreichend und in nachvollziehbarer Weise. Indem sie darlegt, welche Punkte sie anders wertet als die erste Instanz, bleibt ihre Strafzumessung nachvollziehbar. Sie geht bei der Bemessung der Gesamtstrafe auch nach der richtigen Methode vor und begründet die wesentlichen Schritte (vgl. E. 3.3) Die Rüge des Beschwerdeführers erweist sich als unbegründet.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die neue Gesamtstrafe von 42 Monaten Freiheitsstrafe entspreche nahezu einer Kumulation der Reststrafe von 26 Monaten und 5 Tagen sowie der neuen Strafe von 22 1⁄2 Monaten. Die Vorinstanz verletze damit Bundesrecht.
5.2 Das Bundesgericht greift in die Strafzumessung nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist, wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen).
5.3 Der Richter darf bei der Anwendung des Asperationsprinzips das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen. Dabei ist er an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden (vgl. Art. 49 Abs. 1 Satz 2 und 3 StGB). Die Höchststrafe für die qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz beträgt 20 Jahre Freiheitsstrafe (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). An dieses gesetzliche Höchstmass ist der Richter gebunden, er kann es nach <ref-law> nicht weiter erhöhen.
5.4 Die Vorinstanz addiert entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung nicht einfach die Einsatzstrafe (22 1⁄2 Monate) und den Strafrest (26 Monate und 5 Tage) zu einer Gesamtstrafe von 48 1⁄2 Monaten und 5 Tagen. Sie geht vielmehr von der Einsatzstrafe von 22 1⁄2 Monaten aus, erhöht diese unter Einbezug des Vorstrafenrests angemessen und bildet eine Gesamtstrafe von 42 Monaten. Dagegen gibt es mit Blick auf das weite Ermessen, welches <ref-law> gewährt, nichts einzuwenden. Das angefochtene Urteil ist insoweit nicht zu beanstanden.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz hätte ihm für die Gesamtstrafe den teilbedingten Strafvollzug gewähren müssen. Er beanstandet hingegen nicht, dass für die neuen Taten eine unbedingte Freiheitsstrafe auszusprechen und eine Gesamtstrafe zu bilden ist (Beschwerde S. 8 Ziff. 2).
6.2 Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu <ref-law> fällt die Bildung einer Gesamtstrafe überhaupt nur in Betracht, wenn die Reststrafe und die neu ausgefällte Freiheitsstrafe für die Probezeitdelikte zu vollziehen sind (BGE 6B_765/2008 vom 7. April 2009 E. 2.4.1 mit Hinweisen). <ref-law> und <ref-law> enthalten annähernd denselben Wortlaut für den Fall der Nichtbewährung bei bedingter Entlassung aus dem Strafvollzug bzw. aus dem Massnahmenvollzug, weshalb die erwähnte Rechtsprechung auf den vorliegenden Fall anwendbar ist. Daher kann auch bei der Gesamtstrafenbildung im Fall der Nichtbewährung nach bedingter Entlassung aus dem Massnahmenvollzug lediglich eine unbedingte Strafe ausgesprochen werden. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers verletzt die Vorinstanz insoweit kein Bundesrecht.
7. Der Beschwerdeführer macht geltend, die vorinstanzlichen Verfahrenskostens seien vollumfänglich dem Staat Bern aufzuerlegen und es sei ihm ein Parteikostenersatz von Fr. 3'275.-- zuzusprechen. Die Kostenverteilung des angefochtenen Entscheids ist zu belassen (<ref-law> e contrario), da die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf einzutreten ist.
8. 8.1 Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Der vom Sozialdienst unterstützte Beschwerdeführer ist bedürftig. Der Bundesgerichtsentscheid zum methodischen Vorgehen bei der Gesamtstrafenbildung im Rückversetzungsverfahren (BGE 6B_765/2008 vom 7. April 2009) ist lediglich ein Tag vor Einreichung der Beschwerde ergangen und war zu diesem Zeitpunkt noch nicht auf dem Internet veröffentlicht. Deshalb kann dem Beschwerdeführer nicht vorgeworfen werden, er hätte die Rechtsprechung kennen müssen bzw. seine Beschwerde sei von vornherein aussichtslos gewesen. Sein Gesuch ist gutzuheissen (<ref-law>). Somit sind keine Gerichtskosten zu erheben und dem Anwalt des Beschwerdeführers ist eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse auszurichten (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Fürsprecher Th. Müller, Thun, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch