Faits:
A. Le Restaurant X._ SA (ci-après : la société) a été constitué par inscription au registre genevois du commerce le 26 février 1999. Depuis lors, A._ en a assuré la gestion administrative avant d'en devenir l'administrateur unique avec signature individuelle par inscription du 16 janvier 2003.
En qualité d'employeur, la société a été affiliée auprès de la Caisse de compensation GastroSocial (ci-après : la caisse) dès le 1er février 1999. Confrontée à des déficits financiers chroniques, elle n'a plus été à même de s'acquitter envers la caisse de l'intégralité de ses cotisations AVS/AI/APG/AC et elle a fait l'objet de poursuites requises par la caisse dès le mois de mai 2003. Le sursis concordataire qui lui a été accordé avec effet au 15 décembre 2004 a été révoqué le 8 mars 2005 et sa faillite prononcée le 26 avril suivant. La liquidation de la faillite a été suspendue faute d'actifs le 3 juin 2005.
Par décision du 20 septembre 2005 confirmée sur opposition le 21 novembre suivant, la caisse a réclamé à A._ la réparation du préjudice subi par 92'989 fr. 05 correspondant au solde des cotisations AVS/AI/APG/AC impayées pour la période courant du 1er janvier 2002 au 31 mars 2005.
B. Par jugement du 21 septembre 2006, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par A._.
C. Ce dernier a interjeté un recours de droit administratif contre ce jugement dont il a requis l'annulation en concluant à ce que la caisse soit déboutée de ses prétentions.
La caisse a conclu au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. La loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 1205, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 395).
2. La décision litigieuse n'ayant pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
3. Le jugement entrepris expose de manière correcte les dispositions légales et réglementaires (<ref-law>, <ref-law> en relation avec les <ref-law>), ainsi que les principes jurisprudentiels applicables en matière de responsabilité de l'employeur et des organes de celui-ci. On peut donc y renvoyer sur ces points.
4. 4.1 Le recourant conteste toute responsabilité dans la survenance du préjudice encouru par la caisse suite au non-paiement des cotisations sociales dues par la société faillie. En particulier, il fait valoir qu'il ne saurait être tenu pour responsable du dommage afférent aux impayés échus avant son entrée en fonction comme administrateur et qu'en décider autrement équivaudrait à instituer une responsabilité objective de ce dernier. Il ajoute qu'il lui était en l'occurrence impossible de prendre connaissance de la précarité financière de l'entreprise prévalant au moment de sa nomination comme actionnaire, étant donné que la société boucle ses comptes au 30 avril de chaque année et que ceux établis au 30 avril 2002 ne faisaient nullement état d'une créance de 49'501 fr. 20 en faveur de l'intimée. Il considère n'être redevable que du préjudice afférent aux cotisations échues entre le 16 janvier 2003 et le 31 mars 2005, soit 48'938 fr. 25 dont il convient de retrancher les versements qu'il a effectués à hauteur de 46'954 fr. 55, de sorte que le solde en souffrance s'élève à 1'983 fr. 70. Il ajoute avoir renoncé pour les exercices 2003 et 2004 à 16'111 fr. 60 de salaire, contracté le 21 août 2003 un prêt bancaire d'une valeur de 74'000 fr. intégralement investi dans la société et proposé un plan de remboursement aux autorités de poursuites, de sorte qu'on ne saurait lui reprocher de n'avoir entrepris aucune mesure d'assainissement financière de l'entreprise. Enfin, il rappelle qu'un sursis concordataire a été accordé à cette dernière avec effet au 15 décembre 2004 ce qui atteste qu'au moment où il a retardé le paiement des cotisations, il avait des raisons sérieuses et objectives de penser qu'il pourrait s'en acquitter dans un délai raisonnable.
4.2 Selon le jugement entrepris, il est constant que l'intéressé a été administrateur de la société depuis le 16 janvier 2003 jusqu'à la dissolution par faillite de celle-ci et que toutes les cotisations sociales dues par cette dernière jusqu'au 31 mars 2005 n'ont pas été intégralement payées. Les premiers juges retiennent en outre que le recourant ne méconnaissait manifestement pas l'importance des difficultés de trésorerie subies par l'entreprise dès lors qu'il y a investi à perte un prêt bancaire d'une valeur de 74'000 fr., renoncé à une partie de son salaire, réglé des factures antérieures au 16 janvier 2003 et sollicité un plan de remboursement corrélatif. Ils ajoutent que l'octroi d'un sursis concordataire constitue une mesure de protection des intérêts financiers des créanciers, laquelle ne laisse nullement présumer d'un retour à meilleure fortune de la société et ne légitimait nullement le recourant à surseoir au paiement des charges sociales en faveur d'autres créanciers. Enfin, ils rappellent que selon la jurisprudence, celui qui entre dans le conseil d'administration d'une société a le devoir de veiller non seulement au versement des cotisations courantes mais également à l'acquittement des cotisations arriérées, soit de celles venues à échéance avant son entrée en fonction.
4.3 La Cour de céans fait siennes ces considérations auxquelles elle n'a rien à ajouter sauf à préciser qu'il n'apparaît pas que la société était surendettée au moment de l'entrée en fonction du recourant comme administrateur - ce dernier ne le prétend d'ailleurs pas - (<ref-ruling> consid. 4 p. 405); que par ailleurs, il ne saurait alléguer avec succès le fait d'avoir ignoré les difficultés financières auxquelles la société était confrontée au moment de son entrée en fonction comme administrateur, dès lors qu'il a assumé la gestion administrative de celle-ci depuis sa constitution en février 1999; qu'enfin, la nature causale de la responsabilité de l'administrateur pour le non-paiement de cotisations sociales échues avant son entrée en fonction a été confirmée à réitérées reprises par la jurisprudence du Tribunal fédéral (voir notamment RCC 1992 p. 262, 268 sv. consid. 7b; voir également SVR 2005 AHV n° 15 p. 48, SJ 2005 I p. 272).
5. Sur le vu de ce qui précède, c'est à juste titre que la caisse suivie en cela par les premiers juges a considéré le recourant comme responsable de la réparation du dommage subi en raison d'arriérés de cotisations sociales dus pour la période courant de janvier 2002 à mars 2005. Le jugement entrepris n'est pas critiquable et le recours se révèle mal fondé.
6. La procédure n'est pas gratuite étant donné que le litige ne porte pas sur l'octroi ou le refus de prestations d'assurance (art. 134 OJ a contrario). Le recourant qui succombe, supportera par conséquent les frais de la cause (art. 156 al. 1 OJ en liaison avec l'art. 135 OJ). Au regard de l'issue du litige, il ne saurait prétendre une indemnité de dépens (art. 159 al. 1OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit administratif est rejeté.
2. Les frais de justice, d'un montant total de 4'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Gehring