Faits :
A.
C._ et D._ sont copropriétaires de la parcelle n° 15 de la commune de Préverenges sur laquelle est érigé un bâtiment d'habitation. E._ est propriétaire de la parcelle n° 17 qui comprend un bâtiment commercial. Quant à D._, il est également propriétaire du bien-fonds n° 18 qui comporte un bâtiment d'habitation avec affectation mixte, ainsi que de la parcelle n° 20 qui constitue la ruelle des Pedzes. Les bâtiments situés sur ces parcelles - lesquelles sont colloquées en zone du village au sens des art. 6 ss du règlement communal du plan d'extension et de la police des constructions (ci-après: RPE) - sont mitoyens. Les parcelles n° 17 et 18 jouxtent au sud-ouest la parcelle n° 19, laquelle comprend dans sa partie sud une église protégée (ECA n° 35). Les parcelles n° 15, 17, 18 et 20 ont été promises-vendues à B._, président du conseil d'administration de la société A._ SA.
Le Service Immeubles, Patrimoine et Logistiques, Section Monuments et Sites (ci-après: le SIPAL) s'est opposé à la demande de permis de construire tendant à la démolition des bâtiments situés sur les parcelles n° 15, 17 et 18 et à la construction d'un bâtiments de 21 logements avec parking souterrain. Le SIPAL a estimé que le projet n'était pas compatible avec les objectifs de protection des abords de l'église protégée et qu'il portait atteinte à l'identité et au caractère du lieu par son manque d'intégration.
Les propriétaires concernés et le promettant-acquéreur ont déposé le 15 mai 2012 une nouvelle demande de permis de construire; le projet prévoyait la construction d'un bâtiment de 19 logements avec parking souterrain de 38 places. Mis à l'enquête publique du 2 juin au 2 juillet 2012, ce projet a suscité une quarantaine d'oppositions dont une collective signée par plus de 350 personnes. Le 27 juillet 2012, le bureau d'architectes F._ SA (ci-après: le bureau d'architectes) a communiqué un nouveau jeu de plans à la Municipalité.
La Centrale des autorisations CAMAC a établi sa synthèse le 10 septembre 2012. Le SIPAL indiquait notamment que les modifications apportées au projet mis à l'enquête permettaient de préserver les abords de l'église classée.
Par décision du 22 octobre 2012, la Municipalité de Préverenges (ci-après: la Municipalité ou la Commune) a refusé de délivrer le permis de construire principalement pour des motifs liés à l'esthétique du projet et à son intégration au site ainsi qu'à l'insuffisance du nombre de places de stationnement, se fondant notamment sur l'art. 86 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RSV 700.11), les art. 7, 15 RPE et l'art. 40a du règlement cantonal d'application du 19 septembre 1986 de la LATC (RLATC; RSV 700.11.1). La Municipalité a estimé que le projet était susceptible de compromettre l'aspect et le caractère du site bâti et portait atteinte à l'identité ainsi qu'au caractère du lieu par son manque d'intégration résultant d'une volumétrie trop massive.
Le 21 novembre 2012, le bureau d'architectes a produit des nouveaux plans modifiant le projet en supprimant une terrasse non réglementaire.
B.
B._, ainsi que les propriétaires concernés ont recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal ou la cour cantonale). Celle-ci a procédé à une inspection locale en présence des parties, le 13 juin 2013. A cette occasion, B._ et les propriétaires intéressés ont accepté de créer 28 places de parking supplémentaires, produisant un plan du deuxième sous-sol modifié dans ce sens; le SIPAL a par ailleurs confirmé son appréciation selon laquelle les modifications apportées au projet permettaient de préserver les abords de l'église classée. Par arrêt du 3 mars 2014, le Tribunal cantonal a admis le recours, annulé la décision du 22 octobre 2012 et invité la Commune à délivrer le permis de construire sur la base notamment des plans transmis le 21 novembre 2012 par le bureau d'architectes et du plan du deuxième sous-sol produit à l'occasion de l'audience du 13 juin 2013. Il a considéré en substance qu'en refusant le permis de construire sollicité la Municipalité avait abusé de son pouvoir d'appréciation.
C.
Agissant par les voies du recours en matière de droit public, la Commune de Préverenges demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que l'opposition au permis de construire est maintenue.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de l'arrêt attaqué. Le SIPAL renonce à se déterminer. Les intimés concluent au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité. Enfin, la recourante renonce à présenter des observations complémentaires.
Par ordonnance du 13 mai 2014, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Selon l'art. 89 al. 2 let. c LTF, les communes et autres collectivités publiques ont qualité pour recourir en invoquant la violation de garanties qui leur sont reconnues par les Constitutions cantonale ou fédérale. La Commune de Préverenges, qui invoque l'autonomie dont elle bénéficie en matière d'aménagement local du territoire, a ainsi qualité pour agir. La question de savoir si elle est réellement autonome dans ce domaine relève du fond (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 45 et les arrêts cités). Les autres conditions de recevabilité sont réunies, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Dans un premier moyen, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir manqué de retenue dans l'appréciation de la question de l'intégration et de l'esthétique du bâtiment, invoquant une violation des art. 7 RPE, 86 LATC et 3 al. 2 let. a LAT. Elle soulève ensuite le grief de la violation de l'autonomie communale, lequel se confond en l'espèce avec celui d'application arbitraire du droit communal et cantonal.
2.1.
2.1.1. Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Une commune bénéficie de la protection de son autonomie dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive, mais qu'il laisse en tout ou partie dans la sphère communale, conférant par là aux autorités municipales une liberté de décision relativement importante. L'existence et l'étendue de l'autonomie communale dans une matière concrète sont déterminées essentiellement par la constitution et la législation cantonales (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 317 et les arrêts cités).
Lorsqu'elle est reconnue autonome dans un domaine spécifique, une commune peut dénoncer tant les excès de compétence d'une autorité cantonale de recours que la violation par celle-ci des règles du droit fédéral, cantonal ou communal qui régissent la matière (<ref-ruling> consid. 2b p. 9 et l'arrêt cité). Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation du droit constitutionnel; en revanche, il vérifie l'application de règles de rang inférieur à la constitution cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 305 et les arrêts cités). Dans ce cas, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5 et les arrêts cités). Dans ce contexte, s'agissant de la violation d'un droit constitutionnel, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law>.
2.1.2. En droit cantonal vaudois, les communes jouissent d'une autonomie maintes fois reconnue lorsqu'elles définissent, par des plans, l'affectation de leur territoire, et lorsqu'elles appliquent le droit des constructions (art. 139 al. 1 let. d Cst./VD; cf. notamment <ref-ruling> consid. 3d p. 118 s.; arrêt 1C_365/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2 in Pra 2011 n° 60 p. 428). Cela ressort en particulier de l'art. 2 al. 2 LATC, selon lequel l'Etat laisse aux communes la liberté d'appréciation nécessaire à l'accomplissement de leurs tâches.
2.1.3. L'art. 86 LATC est une règle générale d'esthétique et d'intégration des constructions. Cette disposition prévoit que la Municipalité veille à ce que les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1). Elle refuse le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou culturelle (al. 2). L'alinéa 3 de cette disposition prévoit que les règlements communaux doivent contenir des dispositions en vue d'éviter l'enlaidissement des localités et de leurs abords.
Le RPE comprend un chapitre consacré à l'esthétique des constructions. Il prévoit, à son art. 70 al. 1, que la Municipalité peut prendre toutes mesures pour éviter l'enlaidissement du territoire communal. Quant à l'art. 71 al. 1 RPE, il dispose que les constructions, agrandissements, transformations de toutes espèces, les crépis et peintures, les affiches, etc., de nature à nuire au bon aspect d'un lieu sont interdits.
Enfin, il ressort de l'art. 7 RPE relatif à la zone du village que les constructions, reconstructions, agrandissements, transformations et aménagements doivent s'intégrer dans le site bâti et non bâti et respecter le caractère architectural des lieux. L'art. 18, première phrase, RPE précise que sont interdites les constructions dont l'architecture est de nature à nuire à l'ensemble avoisinant.
2.1.4. Selon la jurisprudence, l'application d'une clause d'esthétique ne doit pas aboutir à ce que, de façon générale, la réglementation sur les zones en vigueur soit vidée de sa substance. Lorsqu'un plan de zones prévoit que des constructions d'un certain volume peuvent être édifiées dans tel secteur du territoire, une interdiction de construire fondée sur une clause d'esthétique, en raison du contraste formé par le volume du bâtiment projeté, ne peut se justifier que par un intérêt public prépondérant. Il faut que l'utilisation des possibilités de construire réglementaires apparaisse déraisonnable. Tel sera par exemple le cas s'il s'agit de protéger un site, un bâtiment ou un ensemble de bâtiments présentant des qualités esthétiques remarquables, qui font défaut à l'immeuble projeté ou que mettrait en péril sa construction (<ref-ruling> consid. 6c p. 222 s.; <ref-ruling> consid. 3d p. 119).
Lorsqu'il s'agit d'examiner l'application de clauses d'esthétique, le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'appréciation des circonstances locales. Dans ce domaine, les autorités locales disposent en effet d'un large pouvoir d'appréciation (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les références; arrêt 1P.678/2004 du 21 juin 2005 consid. 4 in ZBl 2006 p. 430). C'est le cas notamment lorsqu'il s'agit de savoir si une construction ou une installation est de nature à compromettre l'aspect ou le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue (<ref-ruling> consid. 3d p. 118, 363 consid. 3b p. 367; arrêt P.265/1985 du 16 avril 1986 consid. 3 in RDAF 1987 p. 155).
2.2. En l'occurrence, le Tribunal cantonal a considéré, à l'instar du SIPAL, que le projet litigieux préservait de façon satisfaisante les abords de l'église protégée. Par ailleurs, il a constaté, lors de son inspection locale, que la zone du village comportait déjà plusieurs immeubles relativement volumineux et des bâtiments modernes situés sur la parcelle n°27 à proximité immédiate des parcelles des intimés. Selon lui, aucun intérêt public ne s'opposait à la construction du bâtiment litigieux, qualifié de moderne, qui n'atteignait pas la hauteur au faîte maximale autorisée par le règlement et qui ne présentait pas de caractéristiques particulièrement insolites. En particulier, le site et les bâtiments avoisinants existants n'étaient pas pourvus de qualités esthétiques remarquables qui justifiaient le refus du projet.
2.3. Dans un premier moyen, la Municipalité reproche à l'instance précédente de ne pas avoir examiné le projet litigieux à la lumière de l'art. 7 RPE, dénonçant une violation de son droit d'être entendue constitutive d'un déni de justice. L'intéressée affirme que le principe d'intégration ancré à l'art. 7 RPE (norme positive) serait plus exigeant que celui prévu à l'art. 86 al. 2 LATC (norme négative).
En l'espèce, le Tribunal cantonal a estimé que le projet litigieux était conforme aux différentes dispositions légales et réglementaires applicables en matière d'intégration des constructions, dont l'art. 7 RPE (cf. consid. 3 de l'arrêt entrepris). Il résulte de l'arrêt entrepris que la cour cantonale n'a pas prêté à cette disposition règlementaire une portée plus étendue que celle de l'art. 86 LATC. En édictant une disposition spéciale pour la zone du village, le législateur communal a vraisemblablement souhaité insister sur le devoir de la Municipalité de veiller à garantir, pour cette zone, l'intégration des bâtiments au site. Toutefois, il n'apparaît pas arbitraire de considérer que la portée de l'art. 7 RPE ne diffère guère de celle de l'art. 86 LATC qui consacre également, à son alinéa 1, le principe de l'intégration des bâtiments à l'environnement.
La cour cantonale n'a donc pas violé le droit d'être entendu de la recourante et son grief doit être rejeté.
2.4. La recourante fait ensuite grief à la cour cantonale d'avoir manqué de retenue dans l'appréciation de la question de l'intégration et de l'esthétique du bâtiment, mettant en exergue le contraste qui existerait entre le bâtiment projeté et l'environnement bâti existant. La recourante reproche en particulier à la cour cantonale de ne pas avoir examiné tous les arguments soulevés devant elle en lien avec l'aspect de la toiture du bâtiment projeté et la présence de nombreuses ouvertures en façade. La recourante n'invoque toutefois aucune violation de son droit d'être entendu, en particulier de son droit à une décision motivée. Sur ce point, son recours ne satisfait donc pas aux exigences de motivation accrues découlant de l'<ref-law> et doit, dans cette mesure, être déclaré irrecevable. Au surplus, la cour cantonale a exposé de façon suffisante les raisons qui l'ont amenée à considérer que la Municipalité avait abusé de son pouvoir d'appréciation en refusant de délivrer le permis de construire requis; les juges cantonaux n'étaient en particulier pas tenus de répondre en détail à tous les arguments de la recourante et pouvaient se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissaient pertinents.
Pour le reste, la motivation du grief de la recourante est manifestement déficiente sous l'angle de la démonstration de l'arbitraire (cf. consid. 2.1.1 ci-dessus). La recourante se contente en effet de présenter sa propre appréciation concernant l'intégration de la construction à l'environnement bâti, sans démontrer en quoi celle du Tribunal cantonal serait insoutenable. Or, l'appréciation des juges cantonaux n'apparaît pas arbitraire. Certes, l'immeuble projeté est relativement volumineux et présente une architecture moderne. Il n'est toutefois pas contesté que le bâtiment litigieux est conforme aux dispositions du règlement communal concernant l'implantation et la hauteur du bâtiment. De plus, la cour cantonale a notamment retenu - sans que l'arbitraire ne soit invoqué par la recourante, ni démontré s'agissant d'une constatation de fait - que le voisinage comportait déjà des bâtiments modernes et/ou relativement volumineux; la recourante soutient en particulier en vain que le bâtiment sur la parcelle n°43 serait situé dans un autre secteur: il ressort en effet des plans figurant au dossier que celui-ci se trouve dans la même zone que le projet querellé, à proximité de l'église protégée.
En l'occurrence, la recourante ne fait valoir aucun intérêt public prépondérant qui permettrait de refuser la construction d'un immeuble réglementaire au motif que sa volumétrie et son architecture moderne contrasteraient avec celles des bâtiments existants. La recourante ne conteste en effet plus que le projet litigieux préserve de façon satisfaisante les abords de l'église protégée, ainsi que l'ont retenu la cour cantonale et le SIPAL; lors de cet examen, l'instance précédente a entre autres nié l'opinion de l'intéressée selon laquelle le bâtiment litigieux constituait un "bloc massif" qui écraserait l'église protégée. La recourante ne critique par ailleurs pas non plus le jugement de l'instance précédente selon lequel le bâti existant ne présentait pas des qualités architecturales et esthétiques remarquables. Le fait que l'ouvrage projeté ne reprend pas l'identité des bâtiments mitoyens actuels des intimés n'est donc pas déterminant. Enfin, si la Municipalité regrette l'aspect moderne de la construction litigieuse comportant de nombreuses ouvertures en façade, on ne saurait considérer que cela constitue une utilisation déraisonnable et irrationnelle des possibilités réglementaires de construire. Sur ce point, la cour cantonale a d'ailleurs relevé que si la Municipalité estimait que la réglementation communale n'était pas ou plus adaptée - notamment parce qu'elle permettait une architecture moderne "anachronique" -, il lui appartenait de procéder à la révision de cette réglementation.
La recourante entend également tirer argument de la perte de tranquillité du quartier liée à la densification. Ce grief doit d'emblée être rejeté dans la mesure où il est invoqué pour la première fois devant le Tribunal de céans. Au demeurant, cet élément ne constitue pas un motif suffisant pour s'opposer à un projet de construction en tout point réglementaire.
Dans ces conditions, le Tribunal cantonal n'a pas versé dans l'arbitraire en considérant que la Municipalité avait abusé de son pouvoir d'appréciation en refusant le projet pour des motifs d'esthétique. Partant, le refus du Tribunal cantonal d'interdire le bâtiment litigieux ne viole pas l'autonomie de la Commune.
2.5. Enfin, la recourante se plaint d'une violation de l'art. 3 al. 2 let. b LAT qui précise que, dans l'accomplissement de leurs tâches, les autorités chargées de l'aménagement du territoire doivent notamment tenir compte de la nécessité de préserver le paysage et veiller à ce que les constructions prises isolément ou dans leur ensemble ainsi que les installations s'intègrent dans le paysage.
Selon la jurisprudence, pour qu'un projet puisse être condamné sur la base de l'art. 3 al. 2 let. b LAT, il doit porter une atteinte grave à un paysage d'une valeur particulière (cf. arrêt 1C_82/2008 du 28 mai 2008 consid. 6.3 non publié in <ref-ruling>; arrêt 1A.92/1998 du 30 décembre 1998 consid. 5 publié in RDAF 1999 I p. 410). Au vu des constatations qui précèdent (cf. consid. 2.4), tel n'est manifestement pas le cas en l'espèce. Mal fondé, ce grief peut être rejeté.
3.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires, la recourante ayant agi dans l'exercice de ses attributions officielles sans que son intérêt patrimonial soit en cause (<ref-law>). La Commune de Préverenges versera néanmoins une indemnité à titre de dépens aux intimés, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Une indemnité de 2'000 francs est allouée aux intimés à titre de dépens, à la charge de la Commune de Préverenges.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Service Immeubles, Patrimoine et Logistique du canton de Vaud, et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 24 septembre 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Arn