Sachverhalt:
A. A.a Am 6. März 2009 erliess die Eidgenössische Elektrizitätskommission (ElCom) eine Verfügung betreffend "Kosten und Tarife für die Netznutzung Netzebene 1 und Systemdienstleistungen". Darin verfügte sie u.a., gestützt auf Art. 31b der Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 (StromVV; SR 734.71):
"2. Der Tarif 2009 für allgemeine Systemdienstleistungen wird ab 1. Januar 2009 auf 0.77 Rappen/kWh festgelegt. Davon werden 0.40 Rappen/kWh den Endverbrauchern entsprechend der bezogenen elektrischen Energie angelastet.
3. Der Tarif 2009 für Systemdienstleistungen für Kraftwerke mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW gemäss Anhang 2 dieser Verfügung beträgt ab 1. Januar 2009 0.45 Rappen/kWh. Die swissgrid ag hat bei diesen Kraftwerken eine Erhebung der effektiv erzeugten Bruttoenergie durchzuführen. Sie hat nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen. Die swissgrid ag hat die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben. Diese Abrechnung kann unterjährig erfolgen."
Im Rubrum der Verfügung wurden die swissgrid ag als "Verfügungsadressatin" sowie u.a. die "Betreiber von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW" als "beteiligte Parteien" aufgeführt. Die Verfügung wurde an die swissgrid ag und an "Verfahrensbeteiligte gemäss Liste in Anhang 1" eröffnet. In der Liste in Anhang 1 waren u.a. auch die Ville de Lausanne, Services industriels de Lausanne (SIL; im Folgenden: Gemeinde Lausanne) und die Services industriels de Genève (im Folgenden: SIG) aufgeführt. Im Anhang 2 wurden unter den Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW u.a. auch das Kraftwerk Lavey der Gemeinde Lausanne und das Kraftwerk Verbois der SIG aufgeführt.
A.b Eine analoge Verfügung erging am 4. März 2010 für die Tarife ab 1. Januar 2010, wobei hier in Ziff. 4 der Tarif 2010 für allgemeine Systemdienstleistungen (SDL) auf 0.76 Rappen/kWh und in Ziff. 5 der Tarif 2010 für die Kraftwerke mit einer Leistung von mindestens 50 MW auf 0.42 Rappen/kWh festgelegt wurde.
A.c Entsprechend den festgesetzten Tarifen stellte die swissgrid ag der Gemeinde Lausanne und der SIG jeweils rückwirkend ab dem 1. Januar Akontorechnungen für die SDL-Kosten. Darüber hinaus forderte sie erstmals mit Rechnung vom 24. April 2009 zusätzliche Akontozahlungen von 0.35 Rp/kWh für das Erbringen von Systemdienstleistungen.
A.c.a Gegen die zusätzlich eingeforderten Akontozahlungen erhoben die SIG mit Schreiben vom 20. Mai 2009 Beschwerde bei der ElCom und beantragten, es seien die entsprechenden Rechnungen zu stornieren. Zur Begründung hielten die SIG fest, die zusätzlich eingeforderten Akontozahlungen seien nicht durch die Verfügung der ElCom vom 6. März 2009 betreffend die Tarife 2009 gedeckt und es fehle ihnen an einer genügenden gesetzlichen Grundlage. Die ElCom teilte den SIG mit Schreiben vom 18. Juni 2009 mit, dass sich auch die zusätzlich eingeforderten Akontozahlungen auf Art. 31b Abs. 2 StromVV und damit auf eine genügende gesetzliche Grundlage stützen würden. Zudem stünden die definitiven Kosten für SDL für das Jahr 2009 erst Ende des Jahres fest und deren Höhe sei alsdann Gegenstand eines formellen Genehmigungsverfahrens. Den SIG stehe die Möglichkeit offen, sich an jenem Verfahren als Partei zu beteiligen. Die ElCom forderte die SIG schliesslich auf, mitzuteilen, ob gleichwohl an der Beschwerde festgehalten und eine anfechtbare Verfügung verlangt werde.
A.c.b Die Gemeinde Lausanne ihrerseits teilte der swissgrid ag mit Schreiben vom 27. Mai 2009 mit, sie sei nur unter folgender Bedingung bereit, die zusätzlichen Akontozahlungen zu leisten:
"Le SEL [service de l'électricité de Lausanne] accepte de procéder aux paie-ments des acomptes supplémentaires de 0.35 ct/kWh dès le 1er janvier 2009 et, en contrepartie, Swissgrid certifie au SEL qu'en cas de succès des re-cours déposés à l'encontre de l'application de l'article 31b OApEL, elle leur remboursera l'intégralité des montants versés y compris les éventuels intérêts."
A.c.c Die swissgrid ag begründete mit Schreiben vom 9. Juni 2009 an die Gemeinde Lausanne und mit Schreiben vom 19. Juni 2009 an die SIG die zusätzlich eingeforderten Akontozahlungen. Sie hielt fest, der mit Verfügung der ElCom vom 6. März 2009 festgesetzte Tarif 2009 reiche zur Deckung der Kosten für SDL nicht aus. Aus diesem Grund würden, um eine zinspflichtige Vorfinanzierung der Kosten durch die swissgrid ag zu vermeiden, zusätzliche Akontozahlungen in Rechnung gestellt. In beiden Schreiben ist zudem festgehalten:
"Sollte in einem rechtskräftigen Entscheid gegenüber swissgrid die Vorge-hensweise in Bezug auf den zusätzlichen Akonto-Verrechnungssatz [zusätz-liche Akontozahlungen] oder dessen Höhe korrigiert werden oder die An-wendung von Art. 31b StromVV als nicht rechtmässig festgestellt werden, wird swissgrid allenfalls zuviel erhobene Akontobeiträge zurück erstatten."
A.c.d Die Gemeinde Lausanne hielt mit Schreiben vom 11. Juni 2009 an die swissgrid ag fest, von deren Rückzahlungsbereitschaft Kenntnis zu nehmen. Sie sei daher bereit, die zusätzlich eingeforderten Akontozahlungen zu leisten, dies allerdings unter dem Vorbehalt der Rückforderung, wenn rechtskräftig festgestellt werde, dass Art. 31b StromVV gegen geltendes Recht verstosse oder die zusätzlichen Akontozahlungen nicht rechtmässig seien. Dieser Vorbehalt gelte auch für alle bereits geleisteten Akontozahlungen. Mit Schreiben vom 30. Juni 2009 teilten die SIG der ElCom und in Kopie der swissgrid ag mit, ebenfalls zur Leistung der zusätzlich eingeforderten Akontozahlungen bereit zu sein, zumal die definitive Höhe der Kosten für SDL zu einem späteren Zeitpunkt Gegenstand eines formellen Verfahrens sei.
A.d Gegen die Verfügung vom 6. März 2009 hatten verschiedene Kraftwerkgesellschaften, aber nicht die Gemeinde Lausanne und die SIG, Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht erhoben. In einem Grundsatzurteil vom 8. Juli 2010 (A-2607/2009; BVGE 2010/49) betreffend die Gommerkraftwerke AG erkannte das Bundesverwaltungsgericht, dass Art. 31b Abs. 2 StromVV gesetzes- und verfassungswidrig sei; demgemäss hob es in teilweiser Gutheissung der Beschwerde Ziff. 2 Satz 2 sowie Ziff. 3 des Dispositivs der angefochtenen Verfügung vom 6. März 2009 mit Bezug auf die Beschwerdeführerin auf. Das Urteil wurde rechtskräftig. Analoge rechtskräftige Urteile ergingen in der Folge auch in Bezug auf die anderen Beschwerde führenden Kraftwerkgesellschaften.
A.e Bezug nehmend auf das erwähnte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts ersuchten die Gemeinde Lausanne und die SIG mit Schreiben vom 30. September 2010 bzw. 25. Oktober 2010 die swissgrid ag um Rückerstattung sämtlicher in den Jahren 2009 und 2010 für SDL-Kosten geleisteten Akontozahlungen. Die swissgrid ag wies die Forderungen der Gemeinde Lausanne und der SIG mit inhaltlich im Wesentlichen übereinstimmenden Schreiben vom 8. bzw. 11. November 2010 zurück. Dagegen wandten sich die Gemeinde Lausanne und die SIG mit inhaltlich im Wesentlichen übereinstimmenden, als "Beschwerden" bezeichneten Eingaben vom 9. bzw. 15. Dezember 2010 an die ElCom und verlangten die Rückerstattung der für SDL geleisteten Akontozahlungen zuzüglich Verzugszins.
A.f Die ElCom wies die Begehren der Gemeinde Lausanne und der SIG mit inhaltlich im Wesentlichen übereinstimmenden Verfügungen vom 12. Mai 2011 ab, soweit sie darauf eintrat. Auf die Wiedererwägungsgesuche trat die ElCom nicht ein.
B. B.a Am 20. Juni 2011 erhoben die Gemeinde Lausanne und die SIG getrennt Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragten übereinstimmend, die Verfügungen der ElCom vom 12. Mai 2011 seien aufzuheben und es seien ihnen die für SDL geleisteten Akontozahlungen im Umfang von Fr. 3'975'241.58 zuzüglich Verzugszins zu 5 % ab dem 5. Februar 2011 (Gemeinde Lausanne) bzw. Fr. 4'454'412.44 zuzüglich Verzugszins zu 5 % ab dem 15. Februar 2011 (SIG) zurückzuerstatten. Eventualiter sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerinnen für die Tarifjahre 2009 und 2010 nicht mit Kosten für SDL belastet werden dürften. Die Gemeinde Lausanne verlangte in einem weiteren Eventualbegehren, die Vorinstanz sei zu verpflichten, die Verfügungen vom 6. März 2009 und 4. März 2010 betreffend die Tarife 2009 und 2010 in Wiedererwägung zu ziehen. Die SIG stellte insgesamt drei weitere Eventualanträge; sie verlangte, es seien ihr die von der swissgrid ag zusätzlich eingeforderten Akontozahlungen im Umfang von Fr. 992'084.13 zuzüglich Verzugszins zu 5 % ab dem 15. Februar 2011 zurückzuerstatten oder es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin von der SIG zusätzliche, nicht geschuldete Akontozahlungen für SDL verlangt habe; schliesslich beantragte auch die SIG, die Vorinstanz sei zu verpflichten, die Verfügungen vom 6. März 2009 und 4. März 2010 betreffend die Tarife 2009 und 2010 in Wiedererwägung zu ziehen.
B.b Das Bundesverwaltungsgericht vereinigte am 18. Juli 2011 die beiden Verfahren. Mit Urteil vom 26. März 2012 wies es die Beschwerden ab, soweit darauf einzutreten war, und auferlegte die Verfahrenskosten den Beschwerdeführerinnen.
C. Die Gemeinde Lausanne und die SIG erheben am 14. Mai 2012 gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die swissgrid sei anzuweisen, ihnen die Beiträge für allgemeine Systemdienstleistungskosten von Fr. 3'975'241.58 zuzüglich Verzugszins von 5 % ab 5. Februar 2011 (Gemeinde Lausanne) bzw. Fr. 4'454'412.44 zuzüglich Verzugszins von 5 % ab 15. Februar 2011 (SIG) zurückzuerstatten. Eventualiter sei festzustellen, dass sie für die Tarifjahre 2009 und 2010 nicht mit allgemeinen Systemdienstleistungskosten belastet werden dürfen; subeventualiter sei die ElCom zu verpflichten, die Verfügungen bezüglich der Belastung der Beschwerdeführerinnen für die Tarifjahre 2009 und 2010 mit allgemeinen Systemdienstleistungskosten in Wiedererwägung zu ziehen.
Das Bundesverwaltungsgericht und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) verzichten auf eine Vernehmlassung. Die swissgrid ag äussert sich zur Sache, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen. Die ElCom beantragt Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwiefern auf eine Beschwerde einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 3; <ref-ruling> E. 1 S. 292).
1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der ElCom ist grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) und die Beschwerdeführerinnen sind dazu legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der ElCom ist grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) und die Beschwerdeführerinnen sind dazu legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 1.2.1 Beim Bundesgericht anfechtbar sind Endentscheide, d.h. Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG), ebenso Teilentscheide, d.h. Entscheide, die einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (Art. 91 BGG). Ferner ist die Beschwerde zulässig gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren. Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (Art. 92 BGG). Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist nach Art. 93 Abs. 1 BGG die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ist die Beschwerde nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (Art. 93 Abs. 3 BGG). Eine analoge Regelung gilt gemäss Art. 46 VwVG (i.V.m. Art. 37 VGG) für das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht; die Neufassung dieser Bestimmung erging im Zusammenhang mit dem Erlass des BGG und ist parallel zu diesem auszulegen (UHLMANN/WÄLLE-BÄR, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, Rz. 12 und 22 zu Art. 44 VwVG, Rz. 4 f. zu Art. 45 VwVG; MARTIN KAYSER, in: Auer/Müller/ Schindler [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2008, Rz. 8 zu Art. 46 VwVG; RHINOW/KOLLER/KISS/ THURNHERR/BRÜHL-MOSER, Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, S. 414 Rz. 1530; KIENER/RÜTSCHE/KUHN, Öffentliches Verfahrensrecht, 2012, S. 284 ff.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 278).
1.2.2 Aus dieser Regelung ergibt sich, dass vorliegend die materielle Beurteilung und die Eintretensfrage eng zusammenhängen:
1.2.2.1 In der Sache geht es darum, ob die Beschwerdeführerinnen gestützt auf die Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 Kosten für Systemdienstleistungen zu tragen haben. Diese beiden Verfügungen stützten sich im hier interessierenden Punkt auf Art. 31b StromVV. Nach dieser Bestimmung stellt die nationale Netzgesellschaft in den Jahren 2009-2013 den Netzbetreibern und den am Übertragungsnetz direkt angeschlossenen Endverbrauchern die Kosten für allgemeine Systemdienstleistungen zu höchstens 0,4 Rappen pro kWh in Rechnung. Die darüber hinausgehenden Kosten stellt sie den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW in Rechnung.
1.2.2.2 Die Vorinstanz hat erwogen, bei den Verfügungen vom 6. März 2009 und 4. März 2010 handle es sich um Endverfügungen. Mit diesen seien die Beschwerdeführerinnen als kostenpflichtige Kraftwerkunternehmen bestimmt worden, was mangels Anfechtung rechtskräftig geworden sei. Die Kostenauflage an die Kraftwerke gemäss Art. 31b StromVV sei zwar verfassungs- und gesetzwidrig; dieser Mangel sei aber nicht so schwerwiegend, dass die entsprechenden Verpflichtungen in den Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 nichtig seien. Diese bezögen sich jeweils auf einen abgeschlossenen Zeitraum und seien somit nicht als Dauerverfügung zu betrachten. Eine Wiedererwägung wegen ursprünglicher Fehlerhaftigkeit würde sich nur rechtfertigen, wenn der Mangel schwerwiegend sei und zu einem stossenden, dem Gerechtigkeitsempfinden zuwiderlaufenden Ergebnis führen würde; das sei zu verneinen, da es den Beschwerdeführerinnen zumutbar gewesen wäre, die ursprünglichen Verfügungen anzufechten und sie allein in ihren finanziellen Interessen betroffen seien. Auch aus dem Rechtsgleichheitsgebot oder dem Diskriminierungsverbot ergebe sich kein Anspruch auf Wiedererwägung. Sodann könne sich ein Rückerstattungsanspruch auch nicht aus Treu und Glauben ergeben: Da die swissgrid ag nicht hoheitlich handle, könnten ihre Zusicherungen nicht eine geschützte Vertrauensstellung auf Rückzahlung der Akontozahlungen begründen; die ElCom ihrerseits habe keine Zusicherung abgegeben, Akontozahlungen zurückzubezahlen. Ein Anspruch auf Rückerstattung könne sich auch nicht aus privatrechtlichem Vertrag ergeben, weil dadurch die rechtskräftig hoheitlich angeordnete Kostentragung abgeändert würde.
1.2.2.3 Die Beschwerdeführerinnen machen einerseits geltend, die Verfügungen gäben soweit hier von Interesse einzig den Inhalt von Art. 31b StromVV wieder, was nicht Gegenstand einer Verfügung sein könne und jedenfalls nicht die Gesetzwidrigkeit dieser Verordnungsbestimmung heilen könne; die Verfügung halte auch nicht fest, welche Kraftwerke betroffen wären, da ex ante nicht bekannt sei, ob im fraglichen Jahr die Leistung von 50 MW erreicht werde. Dieses Argument trifft vorab nicht zu: Die ursprünglichen Verfügungen haben nicht bloss den Wortlaut von Art. 31b StromVV wiedergegeben, sondern für die Kraftwerke mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW "gemäss Anhang 2 dieser Verfügung" den Tarif von 0,45 bzw. 0,42 Rp./kWh festgelegt. Im Anhang 2 wurden die betreffenden Kraftwerke und ihre Eigentümer namentlich genannt. Damit haben die Verfügungen individuell-konkret die Kraftwerkunternehmen bezeichnet, für welche der Tarif gelten soll. Das Argument der Beschwerdeführerinnen, es sei im Voraus nicht bekannt, welche Kraftwerke die Leistung erzielen werden, trifft zudem schon deshalb nicht zu, weil sich der Ausdruck "mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW" nicht auf die produzierte Elektrizitätsmenge (MWh) bezieht, sondern auf die maximal mögliche Leistung, die von der technischen Konfiguration des Kraftwerks abhängt und - vorbehalten baulicher oder technischer Änderungen - unveränderlich und im Voraus bekannt ist.
1.2.2.4 Andererseits machen die Beschwerdeführerinnen geltend, sie seien durch die Verfügungen vom 6. März 2009 und 4. März 2010 nicht rechtskräftig zur Kostentragung verpflichtet worden, weil darin der zu entrichtende Betrag nicht festgelegt sei; es handle sich daher höchstens um Zwischenverfügungen. Trifft das zu, wäre auch der Entscheid, diese Verfügungen nicht in Wiedererwägung zu ziehen oder die gestützt darauf bezahlten Akontozahlungen nicht zurückzuerstatten, seinerseits eine Zwischenverfügung, so dass die Beschwerde nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig wäre. Das hätte zur Folge, dass - sofern das Bundesgericht auf die vorliegende Beschwerde nicht eintritt - die umstrittene Zahlungspflicht der Beschwerdeführerinnen auch in einem späteren Stadium im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid noch angefochten werden kann (Art. 93 Abs. 3 BGG; Art. 46 Abs. 2 VwVG), ohne dass es dazu einer Wiedererwägung bedürfte. Handelt es sich bei den ursprünglichen Verfügungen hingegen um Endentscheide, können sie nur nach den von der Vorinstanz dargelegten Kriterien für eine Wiedererwägung aufgehoben oder abgeändert werden; der Entscheid, sie nicht in Wiedererwägung zu ziehen oder die gestützt darauf geleisteten Zahlungen nicht zurückzuerstatten, ist in diesem Fall seinerseits ein Endentscheid, der nach Art. 90 BGG anfechtbar wäre.
1.3 Zu prüfen ist somit, ob es sich bei den ursprünglichen Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 um End- oder Zwischenentscheide handelt.
1.3.1 Eine Endverfügung liegt vor, wenn das Verfahren prozessual abgeschlossen wird. Zwischenverfügungen schliessen demgegenüber das Verfahren vor einer Behörde nicht ab, sondern stellen lediglich einen Zwischenschritt auf dem Weg zur Verfahrenserledigung dar (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 34; <ref-ruling> E. 1.4.4 S. 146; BBl 2001 4331 f.). Für die verfahrensrechtliche Qualifizierung eines angefochtenen Erkenntnisses unter dem Gesichtspunkt der Art. 90 ff. BGG ist nicht dessen formelle Bezeichnung entscheidend, sondern sein materieller Inhalt (<ref-ruling> E. 1.1.2 S. 134; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 33).
1.3.2 Zwischenentscheide können formell- oder materiellrechtlicher Natur sein (BBl 2001 4333). Im Unterschied zur früheren Praxis im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gelten materiellrechtliche Grundsatzentscheide, die einen Teilaspekt einer Streitsache beantworten (z.B. eine von mehreren materiellrechtlichen Anspruchsvoraussetzungen, die Grundsatzfrage der Haftung oder Entschädigungspflicht oder das Vorliegen einer Invalidität) nach der Systematik des BGG als materiellrechtliche Zwischenentscheide (<ref-ruling> E. 1.1 S. 170; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 34; <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 481).
1.3.3 Entscheide über vorsorgliche Massnahmen, die ein Rechtsverhältnis vorläufig, vorübergehend oder befristet regeln, sind Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, sind hingegen Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG (<ref-ruling> E. 1.1 S. 327 f.; <ref-ruling> E. 1.1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.; vgl. UHLMANN, Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl. 2011, Rz. 12 zu Art. 90). So ist z.B. die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts (Art. 961 ZGB) ein Zwischenentscheid, da sie zwangsläufig von einem Klageverfahren gefolgt werden muss, um dauerhafte Rechtswirkungen zu erzielen (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 591). Dagegen sind Eheschutzmassnahmen Endentscheide (<ref-ruling> E. 4 S. 396), da sie nicht zwingend von einem Scheidungsverfahren gefolgt werden müssen.
1.3.4 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts gelten als Zwischenentscheide beispielsweise: Die Verfügung über Akontozahlungen an einen amtlichen Verteidiger in einem Strafverfahren (Urteil 1P.302/2006 vom 20. Juli 2006 E. 3); der Entscheid, der einige Steuerveranlagungsfaktoren endgültig festlegt und die Sache zur Prüfung anderer Punkte zurückweist (Urteil 2C_677/2007 vom 31. Oktober 2008 E. 3.3 und 3.4, in: RtiD 2009 I S. 473); ein Beitragsplan, welcher bei der Erstellung von Erschliessungsanlagen vor der Bauausführung gestützt auf einen Kostenvoranschlag die Beitragspflicht und die Höhe der Beiträge der einzelnen Grundeigentümer festlegt, wenn erst nach der Erstellung der Anlage die definitiv zu leistenden Beiträge verfügt werden (Urteil 2D_81/2007 vom 4. Dezember 2007 E. 1.2.3, m.H. auf <ref-ruling> E. 1a/aa S. 319); ein baurechtlicher "Vorentscheid", mit welchem als Zwischenschritt zur Erteilung der Baubewilligung die Unterschreitung eines Waldabstandes bewilligt wird (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 33); ein Entscheid, mit dem eine baurechtliche Auflage aufgenommen wird, wonach das Bauprojekt in einem bestimmten Sinn zu überarbeiten ist, weil so die Baubewilligung vor der noch vorzunehmenden Überarbeitung keine praktische Wirkung entfalten kann (Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.2); ein Entscheid über eine Beschwerde gegen einen Nutzungsplan, solange die Genehmigung des Planes gemäss Art. 26 RPG (SR 700) noch nicht vorliegt (<ref-ruling> E. 1; Urteil 1C_357/2008 vom 5. Dezember 2008 E. 1 und 2); ein Entscheid, der einen Punkt (die Notwendigkeit einer Bauzone) definitiv bejaht und zugleich zur Prüfung einer anderen Frage (Parkplatzbedarf) an die Gemeinde zurückweist (Urteil 1C_251/2008 vom 16. Dezember 2008 E. 2, in: RtiD 2009 II S. 138); eine Verfügung, mit welcher einer Sozialhilfe beziehenden Person bestimmte Verhaltenspflichten auferlegt werden, deren Verletzung zu einer Kürzung der Leistungen führt (Urteil 8C_871/2011 vom 13. Juni 2012 E. 4.3); die Gutheissung eines Gesuchs um vorsorgliche Beweisführung (<ref-ruling> E. 1.1) oder die Nichtgenehmigung der Schlussrechnung eines Vormunds unter Beauftragung eines Dritten, diese zu erstellen (<ref-ruling> E. 1.2).
1.3.5 Endentscheide sind praxisgemäss demgegenüber z.B. Steuersicherungsentscheide, die in einem vom Veranlagungsverfahren getrennten Verfahren ergehen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 351); der sog. Vorentscheid, mit welchem über die Steuerpflicht in einem Kanton zu befinden ist, wenn der Steuerpflichtige die Steuerhoheit bestreitet (<ref-ruling> E. 1.1 S. 305); die Festlegung des Katasterwerts eines Grundstücks, wenn dies unabhängig von einem konkreten Steuerveranlagungsverfahren und durch eine andere Behörde als die Veranlagungsbehörde erfolgt (Urteile 2C_742/2010 vom 16. Februar 2011 E. 1.1; 2C_101/2010 vom 24. Juni 2010 E. 1.4; 2C_83/2009 vom 8. Mai 2009 E. 1.2); der Entscheid, wonach der Staat ein gesetzliches Vorkaufsrecht ausübt, auch wenn in einem zweiten Schritt noch ein Schätzungsverfahren zu erfolgen hat (Urteil 1C_250/2007 vom 2. Juni 2008 E. 3) oder der Entscheid über die Vorleistungspflicht eines Versicherers im Sinne von Art. 26 Abs. 4 BVG (SR 831.40), da diese unter Umständen zu einer endgültigen Leistungspflicht führen kann (<ref-ruling> E. 1.1.3 S. 115).
1.3.6 Ein Teilentscheid liegt für den jeweils abgeschlossenen Teil vor, wenn über einen Teil einer Steuerforderung definitiv entschieden wird und für einen anderen Teil zur weiteren Abklärung an die Verwaltung zurückgewiesen wird (Urteil 2C_561/2009 vom 25. März 2011 E. 2, in: StR 66/2011 S. 643) oder wenn eine (Dauer-)Leistung für einen bestimmten, abgeschlossenen Zeitraum zugesprochen wird und für einen nachfolgenden Zeitraum die Sache zur neuen Entscheidung zurückgewiesen wird (BGE <ref-ruling> E. 1.4 S. 144 ff.).
1.4 Die ursprünglichen Verfügungen vom 6. März 2009 bzw. 4. März 2010 enthalten unterschiedliche Teile: In Ziff. 1 werden die Arbeits-, Leistungs- und Grundtarife für die Netznutzung der Netzebene 1 auf bestimmte Beträge abgesenkt; das Bundesgericht hat diese Absenkung (stillschweigend) als Endentscheid qualifiziert, ebenso die Ablehnung des Gesuchs um Verwendung des nicht reduzierten Zinssatzes gemäss Art. 31a Abs. 2 StromVV in Ziff. 4 der Verfügung vom 6. März 2009 (Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.1 und 1.5, nicht publ. in: <ref-ruling>). In Ziff. 2 und 3 bzw. 4 und 5 regeln die Verfügungen die Kosten für allgemeine Systemdienstleistungen. Diese bildeten im erwähnten Verfahren <ref-ruling> nicht Streitgegenstand (Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.4, nicht publ. in: <ref-ruling>), wohl aber im Urteil 2C_367/2012 vom 20. November 2012: Dort hatte die swissgrid ag die Reduktion der SDL-Kosten auf 0,77 Rp/kWh gemäss Ziff. 2 der Verfügung vom 6. März 2009 angefochten. Das Bundesgericht ging ohne nähere Prüfung davon aus, es handle sich dabei um einen Endentscheid (Urteil 2C_367/2012 vom 20. November 2012 E. 1.1). Bei vertiefter Betrachtung kann an dieser Sichtweise nicht festgehalten werden:
1.4.1 Nach dem Konzept des Stromversorgungsgesetzes ist es grundsätzlich Sache des Netzbetreibers, die Tarife für die Benützung seines Netzes festzulegen (Art. 18 Abs. 1 StromVV; <ref-ruling> E. 1.5 S. 526; <ref-ruling> E. 8.6.4 S. 496 f.). Das gilt auch für die Tarife für das von der nationalen Netzgesellschaft betriebene Netz mit Einschluss der darin enthaltenen Preise für Systemdienstleistungen (Art. 22 Abs. 2 StromVV; vgl. erwähntes Urteil 2C_367/2012 E. 2.2). Die ElCom ist aber zuständig für die Überprüfung der Netznutzungstarife und -entgelte und kann Absenkungen verfügen oder Erhöhungen untersagen (Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG). Gestützt darauf hat die ElCom in den hier zur Diskussion stehenden Verfügungen den Tarif für allgemeine Systemdienstleistungen auf 0.77 bzw. 0.76 Rp./kWh abgesenkt und diese gemäss Art. 31b StromVV im Umfang von 0.40 Rp./kWh den Endverbrauchern, im Übrigen - ausmachend 0.45 bzw. 0.42 Rp./kWh - den im Anhang zur Verfügung namentlich genannten Betreibern von Kraftwerken mit mindestens 50 MW elektrischer Leistung auferlegt.
1.4.2 Verfügungen, mit denen Tarife (soweit es sich nicht um Erlasse im Sinne von Art. 82 lit. b BGG handelt) festgelegt bzw. genehmigt (oder allenfalls abgeändert) werden, gelten grundsätzlich als Endverfügungen (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 269; Urteil 2C_658/2008 vom 18. März 2009 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 2C_146/2012 vom 20. August 2012 E. 1). Zwar werden damit nicht die Kosten, welche die einzelnen Zahlungspflichtigen zu tragen haben, individuell festgelegt; das liegt aber im Wesen jedes Tarifs und ändert am Charakter als Endentscheid nichts.
1.4.3 Hier verhält es sich aber anders: Die ElCom hat nämlich die Absenkung verfügt, bevor die effektiv anfallenden SDL-Kosten für die betreffenden Tarifjahre bekannt waren; sie hat gleichzeitig verfügt, dass die swissgrid ag nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen und die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den betroffenen Kraftwerkbetreibern individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben habe (Ziff. 3 Satz 3 und 4 der Verfügung vom 6. März 2009; Ziff. 5 Satz 4 und 5 der Verfügung vom 4. März 2010); das ergibt sich daraus, dass ungerechtfertigte Gewinne, die sich aus überhöhten Netznutzungstarifen ergeben, nachträglich in den Folgejahren zu kompensieren sind (Art. 19 Abs. 2 StromVV); desgleichen sind Unterdeckungen in den Folgejahren auszugleichen (vgl. Weisung 4/2010 der ElCom "Deckungsdifferenzen aus den Vorjahren" vom 10. Juni 2010; heute abgelöst durch die gleichnamige Weisung 1/2012 vom 19. Januar 2012; <ref-ruling> E. 1.5 S. 527; erwähntes Urteil 2C_367/2012 E. 3.6). Der Tarif von 0.77 oder 0.76 Rp./kWh bzw. von 0.45 oder 0.42 Rp./kWh gemäss den ursprünglichen Verfügungen hat somit nur provisorisch Geltung, bis die effektiven Kosten bekannt sind; es ist ein Akonto-Tarif und die gestützt darauf in Rechnung gestellten Zahlungen sind blosse Akontozahlungen, die an die später festzulegenden definitiven Zahlungen anzurechnen sind. Zugleich mit der Festlegung des provisorischen Tarifs hat die ElCom verfügt, sie werde später die tatsächlichen SDL-Kosten genehmigen, worauf die swissgrid ag die Differenz zwischen den Akonto- und den definitiven Zahlungen auszugleichen habe. Damit ist nicht nur inhaltlich, sondern auch prozessual ein Konnex zwischen der provisorischen und der definitiven Tariffestlegung hergestellt: Der Festlegung des provisorischen Tarifs folgt zwangsläufig ein Hauptverfahren (vgl. E. 1.3.3 hiervor), in welchem die definitiven Kosten und der definitive Tarif festzulegen sein werden. Demnach sind die Ziff. 2 und 3 der Verfügung vom 6. März 2009 bzw. Ziff. 4 und 5 derjenigen vom 4. März 2010 als Zwischenverfügungen zu qualifizieren, die einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid - nämlich die definitive Festlegung der massgebenden SDL-Preise - darstellen (vgl. E. 1.3.4 hiervor). Damit ist über die zu bezahlenden Preise noch nicht mit einer Endverfügung entschieden, namentlich nicht über diejenigen Zahlungen, welche die Betreiber von Kraftwerken mit mindestens 50 MW Leistung zu erbringen haben (vgl. <ref-ruling> E. 1a/aa S. 319). Folglich ist auch der in diesen Verfügungen enthaltene Entscheid über die grundsätzliche Kostenpflicht der betroffenen Kraftwerkbetreiber kein Endentscheid; vielmehr handelt es sich um einen materiellrechtlichen Grundsatzentscheid, der einen Teilaspekt einer Streitsache beantwortet und nach den dargelegten Kriterien ebenfalls als Zwischenentscheid zu qualifizieren ist (vgl. E. 1.3.2 hiervor).
1.4.4 Damit ist aber auch der angefochtene Entscheid, diese Verfügungen nicht in Wiedererwägung zu ziehen, ein Zwischenentscheid, auf den nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG einzutreten ist. Dasselbe gilt für den Entscheid, die geleisteten Akontozahlungen nicht zurückzuerstatten, denn im Rahmen der von der ElCom noch vorzunehmenden nachträglichen Genehmigung des Tarifs aufgrund der effektiven SDL-Kosten wird ein zu viel bezahlter Betrag ohnehin auszugleichen sein.
1.5 Die Voraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 BGG sind von den Beschwerdeführerinnen darzulegen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 329 mit Hinweisen), soweit sie nicht offensichtlich erfüllt sind (<ref-ruling> E.4 S. 95 mit Hinweisen). Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil liegt nur vor, wenn er rechtlicher Natur ist und auch durch einen späteren Endentscheid des Bundesgerichts nicht wieder behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.3 S. 335; <ref-ruling> E. 1.3 S. 525). Das ist hier nicht der Fall, denn die Beschwerdeführerinnen können im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid ihre Kostenpflicht bestreiten (Art. 93 Abs. 3 BGG; vgl. E. 1.2.2.4 und 1.4.3 hiervor), was sie übrigens mit ihrer Beschwerde im Verfahren 2C_572/2012 getan haben. Ebenso wenig legen sie dar, dass und inwiefern mit einer Gutheissung ein bedeutender Aufwand vermieden werden könnte.
1.6 Daraus ergibt sich, dass auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführerinnen grundsätzlich die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie konnten allerdings auf die nicht erkennbar unrichtige Rechtsmittelbelehrung vertrauen (Art. 49 BGG). Zudem erweist sich ihr Rechtsstandpunkt in der Sache nach dem vorne Gesagten als grundsätzlich berechtigt. Es sind daher keine Kosten zu erheben. Die nicht anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der swissgrid ag, der Eidgenössischen Elektrizitätskommission ElCom, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger