Fatti:
A. B._, cittadino italiano residente in Italia, ha lavorato in Svizzera in qualità di meccanico dal 1977 versando regolari contributi all'AVS/AI. Il 25 aprile 2005 l'assicurato è rimasto vittima di un incidente della circolazione che è stato assunto dall'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), il quale gli ha erogato, dal 1° dicembre 2007, una rendita d'invalidità LAINF per un grado d'incapacità al guadagno del 46 % nonché una indennità per menomazione dell'integrità del 30 % (decisione del 6 maggio 2009, cresciuta incontestata in giudicato).
Nel frattempo, il 24 aprile 2006 l'interessato ha presentato una domanda di prestazioni AI. Esperiti gli accertamenti del caso, l'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero (UAIE) gli ha riconosciuto una rendita intera d'invalidità dal 1° aprile 2006 al 31 dicembre 2007. Per il periodo successivo l'amministrazione ha per contro negato l'erogazione di ulteriori prestazioni accertando un tasso d'invalidità del 37 % (decisione del 22 luglio 2009).
B. Adito dall'assicurato, che chiedeva l'assegnazione di una mezza rendita dal 1° gennaio 2008, il Tribunale amministrativo federale ha parzialmente accolto il ricorso e gli ha riconosciuto, da tale data, il diritto a un quarto di rendita per un grado d'invalidità del 41 % (pronuncia del 2 novembre 2010).
C. L'UAIE si è aggravato al Tribunale federale, al quale chiede l'annullamento del giudizio di primo grado e la conferma della propria decisione o quantomeno il rinvio degli atti per complemento istruttorio.
B._ postula la reiezione del gravame e la conferma del giudizio impugnato, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.
D. Con decreto dell'8 febbraio 2011 il giudice dell'istruzione della II Corte di diritto sociale ha conferito l'effetto sospensivo al ricorso.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale fonda però la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF).
2. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, cui si rinvia, l'autorità giudiziaria di primo grado ha già esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti e l'estensione del diritto alla rendita (art. 28 LAI), il metodo ordinario di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (art. 16 LPGA), i compiti del medico ai fini di tale valutazione e il valore probatorio generalmente riconosciuto ai referti medici fatti allestire da un tribunale o dall'amministrazione conformemente alle regole di procedura applicabili (<ref-ruling> consid. 4 pag. 261, 351 consid. 3b/ee pag. 353; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3c pag. 314; <ref-ruling> consid. 1 pag. 158).
A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione non senza tuttavia ricordare che in caso di assegnazione retroattiva di una rendita temporanea, come in concreto, la data di modifica del diritto dev'essere stabilita conformemente all'art. 88a OAI (v. pure <ref-ruling>) e che se una persona assicurata, per motivi estranei all'invalidità, ha realizzato un reddito considerevolmente inferiore alla media svizzera (tale limite essendo stato fissato al 5 %: <ref-ruling>) nello specifico settore economico (RtiD II-2009 II pag. 194 [9C_83/2008]) senza che vi si sia spontaneamente accontentata, si procede a un parallelismo dei due redditi di paragone (ma soltanto per la parte percentuale eccedente la soglia del 5 %: <ref-ruling>), che può avvenire a livello di reddito da valido aumentando in maniera adeguata il reddito effettivamente conseguito oppure facendo capo ai valori statistici oppure ancora a livello di reddito da invalido mediante una riduzione adeguata del valore statistico (<ref-ruling>).
3. Controverso è il reddito da invalido accertato dai primi giudici. Non più contestati sono per contro in questa sede la valutazione del (migliorato) tasso di capacità lavorativa residua del 70 % in attività confacenti riconosciuto dal Tribunale amministrativo federale sulla base degli atti medici all'inserto come neppure l'accertamento del reddito da valido, quantificato in fr. 56'371.- (anno di riferimento: 2007).
3.1 Nel valutare le premesse per un eventuale parallelismo dei redditi di raffronto conformemente alla giurisprudenza in materia (v. sopra, consid. 2), il Tribunale amministrativo federale ha osservato che il salario usuale in Svizzera nel settore del commercio e della riparazione di veicoli a motore ammontava, nel 2007, a fr. 63'563.-. L'autorità giudiziaria di primo grado ha ricavato tale importo dalla inchiesta svizzera sulla struttura dei salari [ISS] edita dall'Ufficio federale di statistica facendo capo ai dati validi per il personale maschile con conoscenze professionali specialistiche (ISS 2006, Tabella TA1, categoria 3, cifra 50). Rilevando in questo modo una differenza dell'11.32 % tra il reddito conseguito e la media nazionale usuale nel settore, i primi giudici hanno ridotto, per la parte eccedente il 5 % (ossia il 6.32 %), il reddito base da invalido di fr. 60'144.-, a sua volta determinato sulla base dell'ISS 2006, Tabella TA1, categoria 4 (attività semplici e ripetitive) e dopo averlo adeguato all'orario settimanale usuale come pure all'evoluzione dei salari per l'anno di riferimento 2007. In questo modo hanno ottenuto un reddito (parziale) di fr. 56'324.- che, diminuito del 30 % (incapacità lavorativa residua) e del 15 % (per le particolarità personali e professionali del caso: <ref-ruling>), si è poi attestato a fr. 33'524.-. Il reddito da invalido così determinato è infine stato contrapposto al reddito da valido di fr. 56'371.-, originando una perdita di guadagno complessiva del 40.53 %, pari a un grado di invalidità (arrotondato) del 41 %.

3.2 L'Ufficio ricorrente, richiamandosi alla sentenza 9C_409/2009 dell'11 dicembre 2009 del Tribunale federale (cfr. Plädoyer 2010/1 pag. 62), rimprovera in primo luogo al Tribunale amministrativo federale di avere accertato i fatti in modo incompleto, e in particolare di avere proceduto direttamente al parallelismo dei redditi senza dapprima verificare se fosse intenzione o meno dell'assicurato accontentarsi di una retribuzione inferiore, rispettivamente senza chiarire se il salario da valido di quest'ultimo fosse nettamente inferiore alla media nazionale a causa di altri fattori quali il basso livello di istruzione, la mancanza di formazione professionale o le limitate possibilità di assunzione dovute al tipo di permesso. Per questi motivi chiede il rinvio degli atti per complemento istruttorio. In secondo luogo, l'UAIE contesta il calcolo stesso del parallelismo operato dai primi giudici. Osserva che l'assicurato non possedeva alcuna formazione professionale, avendo frequentato unicamente la scuola elementare. In tali condizioni, prosegue, la Corte di primo grado non poteva prendere in considerazione per l'esame di un eventuale parallelismo il salario usuale nel settore specifico relativo alla categoria 3, bensì solo quello relativo al livello di esigenze 4, che aggiornato al 2007 e all'orario settimanale usuale di 41.7 ore ammontava a fr. 54'888.-, inferiore al reddito da valido dell'interessato. Non essendovi di conseguenza alcun gap salariale da colmare, il grado di invalidità non raggiunge per l'UAIE il limite del 40 % che consentirebbe di erogare anche per il futuro una rendita AI.
4. 4.1 Per motivi di economia processuale, conviene subito esaminare la fondatezza della seconda censura. Infatti, qualora essa dovesse rivelarsi centrata, il giudizio impugnato verrebbe annullato e la decisione amministrativa confermata senza necessità di procedere a un complemento istruttorio.
4.2 Secondo giurisprudenza, le regole legali e giurisprudenziali relative al modo di effettuare il confronto dei redditi sono questioni di diritto (<ref-ruling> consid. 3.4 pag. 348; <ref-ruling> consid. 1 pag. 30). In quest'ottica, la determinazione del reddito da invalido rappresenta un accertamento di fatto nella misura in cui si fonda su un apprezzamento concreto delle prove; costituisce per contro una questione di diritto, liberamente esaminabile, se si fonda sull'esperienza generale della vita. Quest'ultima ipotesi si realizza segnatamente in relazione alla domanda se debbano applicarsi i salari statistici dell'ISS e, in tal caso, quale tabella utilizzare all'interno dell'ISS (<ref-ruling> consid. 3.3 pag. 399). Lo stesso dicasi in merito alla scelta del livello di esigenze (1, 2, 3 o 4) applicabile al caso di specie (SVR 2008 IV n. 4 pag. 9 [I 732/06 consid. 4.2.2]) come pure del settore economico e del valore totale da prendere in considerazione (sentenze 9C_290/2009 del 25 settembre 2009 consid. 3.3.1 e 9C_678/2008 del 29 gennaio 2009 consid. 3.2). Per contro, l'applicazione delle singole cifre riportate nelle tabelle determinanti dell'ISS è un accertamento di fatto, che come tale è solo limitatamente riesaminabile.
4.3 Ciò premesso, la decisione dell'istanza precedente di considerare, ai fini di un ipotetico parallelismo dei redditi, il valore statistico applicabile ad attività con conoscenze professionali specializzate (TA1, categoria 3, ISS) nel settore del commercio e della riparazione di veicoli a motore (TA1, cifra 50) è liberamente riesaminabile dal Tribunale federale.
4.4 Come rettamente sostenuto nelle allegazioni ricorsuali, il riferimento al livello di esigenze 3 per verificare l'esistenza dei presupposti per procedere a un parallelismo dei redditi non è condivisibile. Dagli atti risulta infatti che l'assicurato ha conseguito unicamente la licenza di scuola elementare e che non è in possesso di alcun attestato di capacità professionale. Tale circostanza non è del resto nemmeno (più) contestata dall'assicurato. Ora, per quanto ancora recentemente ricordato da questa Corte con riferimento a un (aiuto) giardiniere che aveva esercitato l'attività in parola per svariati anni (v. sentenza 9C_837/2009 del 23 giugno 2010 consid. 3.4 [RtiD I-2011 pag. 245]), se è anche vero che un'esperienza pluriennale non è trascurabile (cfr. ad esempio sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 246/02 del 7 novembre 2003 consid. 8.2.2), nondimeno oggigiorno praticamente in ogni settore professionale vengono richiesti un diploma o comunque delle formazioni e dei perfezionamenti (cfr. sentenza I 734/06 dell'8 ottobre 2007 consid. 5.2). Di questo aspetto tiene conto anche il testo tedesco dell'ISS che, per il livello di esigenze 3, non si limita a richiedere conoscenze professionali, bensì parla di "Berufs- und Fachkenntnisse" (in francese: "connaissances professionnelles spécialisées"), attribuendo così una certa importanza anche alla componente formativa. E in questo senso ha già avuto modo di pronunciarsi precedentemente il Tribunale federale delle assicurazioni, il quale in una sentenza I 19/05 del 29 giugno 2005, dovendo stabilire il livello di esigenze applicabile a un assicurato che per anni aveva lavorato in qualità di falegname, rispettivamente di aiuto falegname, precisò che l'esperienza lavorativa non poteva compensare la mancanza di una formazione professionale riconosciuta (sentenza citata consid. 2.4; sul tema cfr. pure la recente sentenza 9C_993/2010 del 2 dicembre 2011).
4.5 Per esaminare se l'assicurato realizzava dunque un reddito nettamente inferiore a quello nazionale usuale nel settore specifico, l'autorità giudiziaria di primo grado non poteva riferirsi ai dati statistici relativi alla categoria 3, bensì doveva prendere in considerazione quelli della categoria 4. Non avendolo fatto, essa è incorsa in una violazione del diritto federale che va qui corretta. Partendo dal salario mediano statistico valido nel settore del commercio e della riparazione di veicoli a motore per personale non qualificato (a tal proposito cfr. pure il curriculum vitae dell'assicurato trasmesso all'AI da cui risulta la sua funzione di operaio), si ottiene per il 2006 un importo mensile di fr. 4'318.- (ISS 2006, TA1, categoria 4, cifra 50) che aggiornato al 2007 (+ 1.4 % [v. La Vie économique, 1/2-2010, pag. 95, B10.2]) e all'orario settimanale usuale (41.8 ore [La Vie économique, 1/2-2010, pag. 94, B9.2]) si eleva a fr. 4'572.76, originando quindi un salario annuo di fr. 54'873.14. Essendo questo dato inferiore al guadagno da valido, il reddito base da invalido di fr. 60'144.- non poteva, come fatto dai primi giudici, essere ulteriormente ridotto per colmare un inesistente gap salariale. Ne consegue che il reddito base da invalido (fr. 60'144.-) poteva unicamente venire diminuito della quota del 30 % (incapacità lavorativa residua) e del 15 % (particolarità personali e professionali del caso accertate - senza eccesso o abuso del potere di apprezzamento [cfr. <ref-ruling> consid. 3.2 e 3.3 pag. 398 seg.] dal Tribunale amministrativo federale). In tali condizioni il reddito da invalido di fr. 35'785.68 contrapposto al reddito da valido di fr. 56'371.- porta a ritenere un grado d'invalidità, arrotondato (<ref-ruling>), del 37 %, insufficiente per rivendicare una rendita anche solo parziale dopo il 31 dicembre 2007 (art. 88a cpv. 1 OAI).
5. Ne segue che il ricorso dev'essere accolto e il giudizio impugnato annullato con contestuale ripristino della decisione amministrativa in lite. Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico dell'opponente (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e il giudizio del Tribunale amministrativo federale, Corte III, del 2 novembre 2010 è annullato.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'opponente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale, Corte III, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.