Sachverhalt:
A. X._ wurde am 5. Mai 1999 von der 2. Abteilung des Bezirksgerichtes Zürich wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und weiterer Delikte zu 22 Monaten Gefängnis, abzüglich 34 Tage erstandener Untersuchungshaft, verurteilt, wobei der Vollzug der Freiheitsstrafe zugunsten der gleichzeitig angeordneten ambulanten Massnahme im Sinne von Art. 44 Ziff. 1 und 6 StGB aufgeschoben wurde. Weiter wurde der Widerruf des bedingten Strafvollzuges der von derselben Abteilung des Bezirksgerichtes Zürich am 2. April 1997 ausgesprochenen Freiheitsstrafe von 18 Monaten Gefängnis sowie deren Aufschub zugunsten der genannten ambulanten Massnahme beschlossen.
Mit Verfügung vom 26. Mai 1999 regelte das Amt für Justizvollzug (vormals Amt für Straf- und Massnahmenvollzug, im Folgenden AJV) den Vollzug der ambulanten Massnahme. Weiter schob das AJV mit Verfügungen vom 3. Januar 2000 und 10. Mai 2000 den Vollzug zahlreicher Bussenverhaftsbefehle auf (über insgesamt 171 Tage Haft), alle aus den Jahren 1998 und 1999.
B. Am 4. April 2001 beschloss das Bezirksgericht Zürich, 2. Abteilung, auf Ersuchen des AJV, welches den Vollzug der ambulanten Behandlung eingestellt hatte, es werde erneut eine ambulante Massnahme im Sinne von Art. 44 Ziff. 1 und 6 StGB angeordnet und der Vollzug der bisher aufgeschobenen Freiheitsstrafe weiterhin zugunsten der Behandlung aufgeschoben.
Erneut ordnete das AJV den Vollzug der ambulanten Massnahme an und schob in der Folge den Vollzug vier weiterer Bussenverhaftsbefehle (diesmal) des Statthalteramtes des Bezirkes Horgen über insgesamt 31 Tage Haft aus den Jahren 1998, 2000 bis 2002 sowie der mit Strafbefehl der Bezirksanwaltschaft Horgen vom 5. Dezember 2001 ausgefällten Strafe von 21 Tage Gefängnis zugunsten der Massnahme auf (Verfügungen vom 3. Januar und 10. Mai 2000 sowie vom 25. Juli 2002).
Nicht mehr aufgeschoben zugunsten der Massnahme wurde hingegen der Vollzug der mit Strafbefehl der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 3. Mai 2000 zunächst bedingt ausgesprochen, am 5. Dezember 2001 gestützt auf <ref-law> jedoch als vollziehbar erklärten Freiheitsstrafe von 30 Tagen Gefängnis.
C. C.a Mit Verfügung vom 25. Juli 2002 stellte das AJV den Vollzug der ambulanten Behandlung ein und beantragte bei der 2. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich, es sei die Vollstreckung sämtlicher zugunsten der Massnahme aufgeschobenen Freiheitsstrafen anzuordnen.
Das angerufene Gericht beschloss am 17. Dezember 2002, die aufgeschobenen Strafen seien ungekürzt zu vollziehen, eine Weiterführung bzw. erneute Anordnung einer ambulanten Behandlung sei nicht zweckmässig.
C.b Gegen diesen Entscheid reichte X._ Rekurs ein, mit welchem er unter anderem die Weiterführung der ambulanten Massnahme unter Aufschub des Strafvollzuges und die Einholung eines weiteren psychiatrischen Gutachtens beantragte.
D. Am 21. Juni 2004 wies das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, den Rekurs von X._ ab.
E. X._ legte gegen diesen Beschluss sowohl kantonale wie auch eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde ein. Mit der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde beantragt er, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
F. Mit Zirkulationsbeschluss vom 24. Dezember 2004 wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich die Nichtigkeitsbeschwerde von X._ ab.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung von <ref-law> geltend, weil die kantonalen Gerichte kein weiteres psychiatrisches Gutachten eingeholt hätten.
1.1 Die Vorinstanz hielt dazu fest, auf eine erneute Begutachtung könne verzichtet werden. Sie könne die Fragen, die sich im Zusammenhang mit der Anordnung einer erneuten Behandlung (ambulant oder stationär, mit oder ohne Aufschub des Strafvollzugs) stellten, aufgrund des früheren Gutachtens von Frau Dr. A._ vom 11. März 1999 und der Berichte der beiden behandelnden Psychiaterinnen Dr. A._ und Dr. B._ über den Therapieverlauf selber beantworten, nachdem sich keine Anhaltspunkte für eine veränderte Persönlichkeitsstruktur oder Entwicklung des Beschwerdeführers fänden, die eine Neubeurteilung verlangen würden (angefochtener Beschluss S. 8).
Es bestehe kein Anlass, auf den Vollzug der aufgeschobenen Freiheitsstrafen zu verzichten, nachdem eine Kooperationsbereitschaft des Beschwerdeführers fehle. Weder werde durch den Vollzug ein allfällig durch die Behandlung erreichter Fortschritt gefährdet noch drohe eine Verschlimmerung der Persönlichkeitsstörung beim Vollzug noch rechtfertige sich ein Verzicht aus anderen Gründen (angefochtener Beschluss S. 14).
1.2 Der Beschwerdeführer bringt zur Begründung seiner Rüge vor, ein in der Strafuntersuchung eingeholtes erstes ärztliches Gutachten aus dem Jahre 1999, abgefasst von Frau Dr. med. A._, sei von dieser selber ausdrücklich widerrufen worden. Somit habe in beiden Nachverfahren betreffend Einstellung der Massnahme infolge Widerrufs durch die Gutachterin kein gültiger gutachterlicher Beweisbericht vorgelegen. Später habe sich die zweitbehandelnde Ärztin Dr. med. B._ zwar auch fachärztlich geäussert; als zur Behandlung berufene ärztliche Person habe sie aber kein wirksames Gutachten erstatten können, und hierzu habe sie denn auch nie einen Auftrag erhalten; ebenso sei sie nie als Gutachterin zu ihren Pflichten ermahnt worden. Er sei in erster Linie nicht suchtkrank, sondern leide unter einer tieferen und die blosse Abhängigkeitsproblematik übergreifenden Persönlichkeitsstörung. Deshalb könne er von sich aus erst längere Zeit nach dem Anfang einer geeigneten Behandlung die gerügte Unzuverlässigkeit in der Therapie überwinden.
2. 2.1 Ist der Täter trunksüchtig und steht die von ihm begangene Tat damit im Zusammenhang, so kann der Richter seine Einweisung in eine Trinkerheilanstalt oder, wenn nötig, in eine andere Heilanstalt anordnen, um die Gefahr künftiger Verbrechen oder Vergehen zu verhüten. Der Richter kann auch ambulante Behandlung anordnen. Art. 43 Ziff. 2 ist entsprechend anwendbar (<ref-law>). Zwecks ambulanter Behandlung kann der Richter den Vollzug der Strafe aufschieben, um der Art der Behandlung Rechnung zu tragen (Art. 43 Ziff. 2 Abs. 2 Satz 1 StGB).
Der Strafaufschub ist gemäss der Praxis des Bundesgerichtes anzuordnen, wenn eine tatsächliche Aussicht auf erfolgreiche Behandlung durch den sofortigen Vollzug der ausgefällten Freiheitsstrafe erheblich beeinträchtigt würde. Die Therapie geht vor, falls eine sofortige Behandlung gute Resozialisierungschancen bietet, welche der Strafvollzug klarerweise verhindern oder vermindern würde. Dabei sind einerseits die Auswirkungen des Strafvollzugs, die Erfolgsaussichten der ambulanten Behandlung und die bisherigen Therapiebemühungen zu berücksichtigen, andererseits aber auch das kriminalpolitische Erfordernis, Straftaten schuldangemessen zu ahnden beziehungsweise rechtskräftige Strafen grundsätzlich zu vollziehen (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Selbst wenn der Richter zum Ergebnis gelangt, eine Behandlung sei ohne Beeinträchtigung der Erfolgsaussichten vollzugsbegleitend nicht durchführbar, verlangt das Gesetz nicht zwingend, den Vollzug der Strafe aufzuschieben. Die Bestimmung überlässt es vielmehr dem Richter, nach seinem (pflichtgemässen) Ermessen über den allfälligen Strafaufschub zu befinden. In dieses weite Beurteilungsermessen des Sachrichters kann das Bundesgericht nur bei Ermessensüberschreitung oder -missbrauch eingreifen (<ref-ruling> E. 4.4 mit Hinweisen).
Für die Beurteilung der Frage, ob der sofortige Vollzug der Strafe den Therapieerfolg erheblich gefährden würde, muss der Richter zwingend ein Gutachten einholen (<ref-ruling> E. 1b). Diesem Erfordernis genügt eine Expertise nur, wenn sie noch aktuell ist. Das Bundesgericht knüpft dabei nicht an das formale Kriterium eines bestimmten Alters an. Auf ein älteres Gutachten kann abgestellt werden, wenn sich die Verhältnisse seit dessen Erstellung nicht verändert haben (<ref-ruling> E. 3.4).
2.2 Nicht einzutreten ist auf die den vorinstanzlichen tatsächlichen Feststellungen widersprechende Behauptung des Beschwerdeführers, Frau Dr. A._ habe ihr Gutachten aus dem Jahre 1999 ausdrücklich widerrufen. Die Vorinstanz hielt fest, Frau Dr. A._ habe lediglich ihre Beurteilung des Verlaufs der Therapie deshalb geändert, weil ihr gewisse Diskrepanzen zwischen ihrer Schilderung und dem andernorts erlebten Verhalten des Beschwerdeführers zur Kenntnis gebracht worden seien. Es bestünden keine Anhaltspunkte dafür, dass das von ihr im März 1999 erstellte Kurzgutachten nicht oder nicht mehr zutreffen sollte (angefochtener Beschluss S. 8). Nachdem der Vorinstanz auch keine Anhaltspunkte für eine veränderte Persönlichkeitsstruktur oder Entwicklung des Beschwerdeführers vorlagen, die eine Neubeurteilung verlangt hätten, hat sie nicht Bundesrecht verletzt, indem sie kein neues Gutachten einholte. Es kommt dazu, dass dieses Gutachten durch die Berichte der beiden behandelnden Psychiaterinnen Dr. A._ und Dr. B._ bestätigt wird. Schliesslich war der Vorinstanz - entgegen einer Bemerkung in der Beschwerdeschrift (S. 3 unten) - bewusst, dass der Sucht des Beschwerdeführers eine psychische Erkrankung zu Grunde liegt (angefochtener Beschluss, S. 8/9).
Zusammengefasst durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht auf die Anordnung eines neuen Gutachtens verzichten. Sie hat - entgegen den Andeutungen in der Beschwerdeschrift (S. 4) - Bundesrecht auch nicht dadurch verletzt, dass sie den von der ersten Instanz angeordneten Vollzug der aufgeschobenen Strafen bestätigte. Dazu kann auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (angefochtener Entscheid, S. 5 - 15).
3. Der Beschwerdeführer ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die Beschwerde war indessen von Anfang an aussichtslos, was zur Abweisung des Gesuchs führt. Den angespannten finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers (Beschwerdeschrift S. 2) ist mit einer reduzierten Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 800.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich, Amtsleitung, und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Mai 2005
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: