Faits :
A.
X._, né en 1979, est ressortissant du Sénégal. Il a obtenu une autorisation de séjour afin d'étudier à l'Université de Genève dès le 2 octobre 2005 où il a obtenu un certificat complémentaire en sciences de l'éducation, puis un master dans le même domaine.
Par décision du 7 août 2014, l'Office cantonal de la population et des migrations de la République et canton de Genève (ci-après : l'Office cantonal de la population) a refusé le renouvellement de cette autorisation de séjour.
X._ a posté un recours à l'encontre de cette décision à Dakar le 15 septembre 2014; le courrier a été reçu par La Poste Suisse le 24 septembre 2014. Le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a déclaré le recours irrecevable pour cause de tardiveté par jugement du 7 octobre 2014. Le recours avait été remis le dernier jour du délai à la poste au Sénégal et non à la poste suisse et la décision contestée mentionnait expressément les modalités de dépôt d'un recours depuis l'étranger; en outre, le séjour au Sénégal ne constituait pas un cas de force majeure.
B.
La Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours de X._ le 9 décembre 2014 pour les mêmes motifs.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande principalement au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 9 décembre 2014 de la Cour de justice, de constater la violation de son droit d'être entendu, de déclarer recevable son recours du 15 septembre 2014 à l'encontre de la décision du 7 août 2014 de l'Office cantonal, de renvoyer la cause au Tribunal de première instance pour examen sur le fond; subsidiairement, de renvoyer la cause à la Cour de justice pour une nouvelle décision dans le sens des considérants; encore plus subsidiairement, d'ordonner toutes mesures utiles à l'établissement des faits pertinents.
Par ordonnance du 20 janvier 2015, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la demande d'effet suspensif.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit :
1.
1.1. En tant qu'il se fonde sur l'art. 27 LEtr, le recours en matière de droit public est irrecevable (art. 83 let. c ch. 2 LTF) : en raison de sa formulation potestative, cette disposition ne confère pas de droit à une autorisation de séjour.
1.2. Reste seule ouverte la voie du recours constitutionnel subsidiaire, également interjeté par le recourant, qui peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 113 et 116 LTF).
Même s'il n'a pas qualité pour agir au fond, le recourant peut se plaindre par la voie de ce recours de la violation de ses droits de partie à la procédure cantonale équivalant à un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44 et les arrêts cités). La possibilité d'invoquer des garanties procédurales ne lui permet cependant pas de remettre en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 222). Il ne sera ainsi pas entré en matière sur les moyens indissociables du fond de la cause (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 326; en droit des étrangers <ref-ruling> consid. 6. p. 198 s.; <ref-ruling> consid. 3c p. 312 s.).
2.
Le recourant se plaint de la violation de son droit d'être entendu. Il relève qu'il avait, dans son recours du 5 novembre 2014 devant la Cour de justice, soulevé un grief invoquant une violation du principe de la bonne foi de la part de l'Office de la population et que la Cour de justice ne l'a pas traité.
2.1. Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision; elle ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties et elle peut se limiter aux questions décisives. Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner les problèmes pertinents (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540 et les arrêts cités).
2.2. Le recourant, dans son écriture devant la Cour de justice, conteste la décision d'irrecevabilité de son recours auprès du Tribunal de première instance à l'encontre de la décision du 7 août 2014 de l'Office cantonal refusant la prolongation de son autorisation de séjour. Il y invoque une violation du droit d'être entendu et du principe de la bonne foi. A cet égard, il expose la façon dont la procédure se serait déroulée: il a déposé une demande de prolongation de son autorisation en août 2013 afin d'écrire une thèse de doctorat; en septembre 2013, l'Office cantonal lui a demandé les raisons précises motivant cette demande; le recourant désirant se rendre au Sénégal dans le cadre de sa thèse, cet office lui a accordé, le 4 juillet 2014, un visa de retour pour une période allant jusqu'au 30 septembre 2014; l'Office cantonal a refusé de prolonger l'autorisation de séjour le 7 août 2014, soit une année après le dépôt de la demande, sans respecter le droit d'être entendu et alors que l'intéressé se trouvait au Sénégal, comme le savait cette autorité. Une telle façon de procéder violait, selon lui, le principe de la bonne foi et devait conduire à déclarer le recours du 15 septembre 2014 à l'encontre de la décision du 7 août 2014 recevable, mais la Cour de justice n'avait pas traité ce grief.
2.3. Il faut tout d'abord souligner que le recourant se base sur des faits qui n'ont pas été retenus par les juges précédents, notamment quant à la possibilité (ou l'absence de possibilité) qui a été donnée au recourant de déposer des observations avant que l'Office cantonal de la population rende sa décision du 7 août 2014, sans toutefois exposer en quoi l'établissement des faits par l'instance précédente serait contraire au droit (art. 118 al. 2 LTF). Dès lors, le Tribunal fédéral statuera sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF).
2.4. Dans son arrêt du 9 décembre 2014, la Cour de justice examine uniquement le respect du délai de recours à l'encontre de la décision du 7 août 2014 de l'Office cantonal de la population; il a jugé que ce délai n'avait pas été respecté et que le recourant ne pouvait pas faire valoir un cas de force majeur qui aurait permis la restitution du délai. Il ne traite effectivement pas les autres griefs (violation du principe de la bonne foi et du droit d'être entendu) sans en expliquer la raison.
Les règles relatives au délai de recours nécessitent une stricte application, ceci pour des motifs d'égalité de traitement et d'intérêt public lié à une bonne administration de la justice et à la sécurité du droit. Ainsi, l'irrecevabilité qui sanctionne le non-respect d'un délai de recours n'est en principe pas constitutive d'un formalisme excessif prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 66; arrêt 1C_138/2015 du 25 mars 2015 consid. 3). Compte tenu de cet élément, les juges précédents ont estimé qu'il suffisait d'examiner le grief de la tardiveté du recours qui était la question décisive en l'espèce.
Dès lors, même si la Cour de justice aurait pu expliquer succinctement la raison pour laquelle elle ne traitait les griefs en cause, elle n'a pas violé le droit d'être entendu du recourant en ne les examinant pas.
3.
3.1. Le recourant se plaint d'une application arbitraire de l'art. 16 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA; RS/GE E 5 10) qui a trait aux délais. Il ne conteste pas que son recours a été posté hors délai mais estime qu'il a été empêché d'agir sans sa faute: il a demandé des renseignements quant au délai de recours à la Conférence universitaire des associations d'étudiants qui, si elle lui a bien indiqué correctement la date du dernier jour du délai, a oublié de mentionner que le recours devait, ce jour-là, être remis à une représentation diplomatique ou consulaire suisse ou être envoyé plus tôt de sorte à parvenir à la poste suisse le dernier jour du délai. Son recours aurait ainsi dû être déclaré recevable.
3.2. La Cour de justice a correctement exposé le droit applicable et la jurisprudence y relative de sorte qu'il y est renvoyé (consid. 3 de l'arrêt attaqué). On ne voit pas en quoi son application du droit cantonal serait arbitraire dès lors que, même si la Conférence universitaire des associations d'étudiants n'a pas été suffisamment précise dans ses explications quant au délai, la décision attaquée signalait que, pour que le délai soit respecté, le recours devait être remis à un bureau de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse au plus tard le dernier jour du délai. Partant, le grief doit être rejeté.
4.
4.1. Le recourant invoque l'art. 9 Cst. et estime que l'Office cantonal a commis un abus de droit. Cet Office a envoyé la décision du 7 août 2014 refusant de prolonger l'autorisation de séjour du recourant, alors qu'il savait que celui-ci était au Sénégal, puisqu'il lui avait accordé un visa dans le cadre de ce voyage, et après avoir été inactif dans ce dossier pendant près d'une année. En agissant de la sorte, il aurait privé le recourant de la possibilité de se faire assister par un avocat et aurait profité de la méconnaissance du droit par l'étranger.
4.2. Il faut relever ici que rien n'obligeait l'autorité administrative à attendre le retour du recourant pour lui faire parvenir la décision du 7 août 2014, même si l'on peut regretter la façon dont la procédure cantonale semble s'être déroulée. En outre, s'il est vrai que contacter et expliquer la situation à un avocat en Suisse depuis le Sénégal n'est pas chose aisée, cela n'a rien d'impossible. D'ailleurs le recourant a bien entrepris des démarches auprès de la Conférence universitaire des associations d'étudiants en Suisse afin d'obtenir des informations quant au délai de recours. Le grief soulevé doit être rejeté.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires. (art. 66 al. 1 LTF). Le recours se révélant d'emblée dénué de chances de succès (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 2), l'intéressé ne saurait bénéficier de l'assistance judiciaire (art. 64 LTF). Les frais seront toutefois fixés en tenant compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière de droit public est irrecevable.
2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office cantonal de la population et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, ainsi qu'au Secrétariat d'Etat aux migrations.
Lausanne, le 13 mai 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière : Jolidon