Sachverhalt:
A. Der 1975 geborene H._ war seit 1993, vorerst als Bauarbeiter, in den letzten Jahren als Lastwagenchauffeur, bei der Firma X._ AG angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 19. Juli 2009 wurde er als Lenker eines Personenwagens beim Linksabbiegen von einem in gleicher Richtung fahrenden überholenden Personenwagen hinten links gerammt. Die behandelnden Ärzte am Spital Y._ stellten die Diagnosen einer HWS-(Halswirbelsäulen)Distorsion, einer Claviculaschaftfraktur, einer Thoraxkontusion und einer Hüftkontusion links. Das Schlüsselbein wurde osteosynthetisch versorgt und musste zwei Mal operiert werden. Der Versicherte weilte zudem vom 27. Mai bis 1. Juli 2010 in der Rehabilitationsklinik Z._ und absolvierte ab 28. März 2011 ein Aufbautraining im Rahmen einer Frühinterventionsmassnahme der Invalidenversicherung, welches er am 20. Mai 2011 vorzeitig abbrach. Mit Verfügung vom 17. Juni 2011 stellte die SUVA ihre Versicherungsleistungen ab 1. Juli 2011 mit der Begründung ein, zwischen den weiterhin bestehenden Beschwerden und dem versicherten Unfall fehle es an einem adäquaten Kausalzusammenhang. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 3. November 2011).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. Juni 2012 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides auch ab dem 1. Juli 2011 weiterhin Taggeld auszurichten, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung und zur Prüfung eines Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung an die SUVA zurückzuweisen. Im Weiteren ersucht er um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer über den 31. August 2007 hinaus Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung hat.
Das kantonale Gericht hat die für die Beurteilung massgebenden Rechtsgrundlagen, insbesondere die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität; Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zum Erfordernis des adäquaten Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis) und bei psychischen Unfallfolgen im Besonderen (<ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die vorinstanzlichen Ausführungen zum Beweiswert und zur Würdigung medizinischer Berichte und Stellungnahmen (<ref-ruling> E. 3a S. 352, vgl. auch <ref-ruling> E. 5.1 S. 232) sowie zu dem im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Nach umfassender Würdigung der medizinischen Aktenlage hat das kantonale Gericht im angefochtenen Entscheid erkannt, dass für die bei Leistungseinstellung noch geklagten gesundheitlichen Beschwerden kein unfallkausales organisches Substrat im Sinne einer strukturellen traumatisch bedingten Veränderung objektiviert werden konnte.
Weiter hat es die Adäquanz der aktuell noch geklagten Beschwerden verneint und die Leistungseinstellung per 1. Juli 2011 bestätigt. Dazu hat das Gericht erwogen, das Vorliegen des typischen Beschwerdebildes, wie es nach einer HWS-Distorsion auftreten könne, sei zu verneinen. Selbst wenn allerdings vom teilweisen Bestehen der zu diesem Beschwerdebild gehörenden Beeinträchtigungen ausgegangen würde, träten diese im Vergleich zur vorliegend ausgeprägten psychischen Problematik ganz in den Hintergrund, weshalb die Adäquanzbeurteilung unter dem Gesichtspunkt einer psychischen Fehlentwicklung nach Unfall (sog. Psycho-Praxis im Sinne von <ref-ruling>) vorzunehmen sei. Gesamthaft betrachtet - unter Berücksichtigung des Geschehensablaufes, des Schadens und der Verletzung - könne das Unfallereignis im mittleren Bereich eingestuft werden. Das kantonale Gericht verneinte die Adäquanz der aktuell noch geklagten (psychischen bzw. nicht objektivierbaren) Beschwerden, da keines der für die Adäquanzbeurteilung massgebenden Kriterien erfüllt sei.
3.2 Der Beschwerdeführer lässt dagegen einwenden, die anlässlich wiederholter Fahreignungsprüfungen durchgeführten neuropsychologischen Untersuchungen hätten eine leichte bis mittelschwere neuropsychologische Störung ergeben. Es handle sich dabei um ein organisch objektivierbares Leiden, weshalb die Sache zu einer neurologischen Begutachtung und Neubeurteilung an die SUVA zurückzuweisen sei. Im Weiteren bringt er sinngemäss vor, das Unfallereignis an sich sei evident für die psychische Schädigung, welche von Dr. med. E._ im Rahmen seiner Begutachtung diagnostiziert worden sei. Dieser Arzt habe zudem den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen Unfall und psychischer Krankheit eindeutig bejaht. Damit entfalle eine Adäquanzprüfung nach Massgabe der in <ref-ruling> entwickelten Kriterien.
4. Sämtliche Einwendungen des Beschwerdeführers vermögen am vorinstanzlichen Entscheid nichts zu ändern. Insbesondere kann der Argumentation, bei den festgestellten neuropsychologischen Defiziten handle es sich um somatische Unfallfolgen, nicht gefolgt werden. Es gibt keinen Hinweis darauf, dass der Beschwerdeführer beim Unfall eine Kopfverletzung oder ein Schädel-Hirntrauma erlitten hätte. Die begutachtende Neuropsychologin stellt ihre Diagnose denn auch ausdrücklich in den Kontext der psychiatrischen Diagnosen (posttraumatische Belastungsstörung [ICD-10: F43.1] und chronische Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren [F45.1]). Es besteht kein Hinweis für eine organische neurologische Schädigung. Das kantonale Gericht hat damit zu Recht auf weitere medizinische Abklärungen verzichtet (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 4b S. 94).
Auch mit seinen weiteren Argumenten vermag der Beschwerdeführer nicht durchzudringen. Das kantonale Gericht hat das Unfallereignis in differenzierter Würdigung und unter Berücksichtigung der umfangreichen Praxis richtigerweise als im mittleren Bereich qualifiziert. Dass die Rechtsprechung nach der sogenannten Schleudertraumapraxis gemäss <ref-ruling> zu prüfen wäre, behauptet der Beschwerdeführer zu Recht selbst nicht. Wenn der Beschwerdeführer schliesslich geltend macht, angesichts des Umstandes, dass er ernsthaft um das Leben seiner Tochter habe bangen müssen, sei der Unfall als äusserst dramatisch zu bezeichnen, ist er darauf hinzuweisen, dass sich das Kriterium der dramatischen Begleitumstände und der besonderen Eindrücklichkeit objektiv und nicht nach dem subjektiven Empfinden der versicherten Person beurteilt (SVR 2012 UV Nr. 2 E. 3.5.1 mit Hinweisen). Auch diesbezüglich kann auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden. Er bringt keine weiteren Argumente vor, die die erstinstanzliche Qualifikation als unangemessen erscheinen lassen. Keines der für die Adäquanzbeurteilung massgebenden Kriterien ist erfüllt. Den differenzierten und überzeugenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid, auf die verwiesen wird, kann vollumfänglich beigepflichtet werden.
5. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach Art. 109 BGG, insbesondere ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung, erledigt wird.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird infolge Aussichtslosigkeit abgewiesen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer