Sachverhalt:
A. Der aus Serbien (Kosovo) stammende X._ (geb. 1966) heiratete am 7. Dezember 1990 eine 15 Jahre ältere Schweizer Bürgerin, worauf ihm eine Aufenthaltsbewilligung im Kanton Bern erteilt wurde. Die Ehe wurde am 12. Januar 1993 geschieden. Da er eine Scheinehe eingegangen war, wurde X._ weggewiesen. Der Aufforderung, bis zum 30. April 1993 auszureisen, kam er nicht nach und verblieb illegal in der Schweiz.
Am 3. Juli 1993 heiratete er in seinem Heimatland eine 28 Jahre ältere Schweizer Bürgerin und kehrte am 18. November 1993 in die Schweiz zurück, wo ihm wiederum im Rahmen des Familiennachzuges eine Aufenthaltsbewilligung erteilt wurde. Seit Februar 1999 verfügt er über die Niederlassungsbewilligung.
Mit Urteil vom 8. Mai 2001 liess sich X._ in seinem Heimatland von seiner zweiten schweizerischen Ehefrau scheiden und heiratete am 27. August 2001 eine Landsfrau (geb. 1981), mit der er eine gemeinsame Tochter (geb. 2004) hat. Die Ehefrau und die Tochter leben im Heimatland.
B. X._ wurde wiederholt straffällig:
- Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern-Stadt vom 30. Dezember 1991 wegen Führens eines Personenwagens in angetrunkenem Zustand, wiederholten Missachtens eines Signals, Busse Fr. 500.--;
- Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern-Stadt vom 1. Februar 1993 wegen Inumlaufsetzens von Falschgeld, 3 Monate Gefängnis, bedingt vollziehbar, Probezeit 2 Jahre;
- Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern-Stadt vom 13. Mai 1994 wegen rechtswidrigen Aufenthaltes in der Schweiz, 14 Tage Gefängnis, bedingt vollziehbar, Probezeit 3 Jahre;
- Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern-Stadt vom 16. April 1997 wegen Missachtens des Rotlichtes einer Lichtsignalanlage, Nichtgewährens des Vortritts gegenüber Fussgängern auf Fussgängerstreifen, 10 Tage Gefängnis bedingt vollziehbar, Probezeit 4 Jahre, Busse Fr. 800.--, mit Urteil vom 16. November 2004 widerrufen;
- Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern-Stadt vom 31. August 1998 wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand, 7 Tage Gefängnis, Busse Fr. 1'300.--;
- Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern-Stadt vom 10. Januar 2000 wegen Nötigung und Tätlichkeit, Busse Fr. 500.--:
- Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern-Stadt vom 29. Juni 2001 wegen Führens eines Personenwagens in angetrunkenem Zustand, 5 Tage Gefängnis, Busse Fr. 800.--;
- Urteil des Obergerichtes des Kantons Luzern vom 16. November 2004 wegen Vergewaltigung, 21⁄2 Jahre Zuchthaus, 5 Jahre Landesverweisung.
C. Das Amt für Migration des Kantons Luzern wies X._ mit Verfügung vom 25. Januar 2007 aus der Schweiz aus und setzte die Ausreisefrist auf den Tag seiner Entlassung aus dem Strafvollzug fest. Dagegen beschwerte sich X._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Am 27. März 2007 wurde er bedingt aus dem Strafvollzug entlassen. Mit Urteil vom 18. Juli 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die Beschwerde gegen die verfügte Ausweisung ab.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 13. September 2007 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 18. Juli 2007 aufzuheben, die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz, allenfalls an das Amt für Migration zurückzuweisen, eventualiter die Verfügung des Amtes für Migration des Kantons Luzern vom 25. Januar 2007 aufzuheben und auf eine Ausweisung zu verzichten. Zudem stellt er das Begehren, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, und ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
Mit Präsidialverfügung vom 18. September 2007 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
E. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Amt für Migration des Kantons Luzern und das Bundesamt für Migration beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts betreffend die gestützt auf Art. 10 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG) verfügte Ausweisung ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (<ref-law> e contrario). Hingegen kann mit diesem Rechtsmittel einzig der kantonal letztinstanzliche Entscheid angefochten werden (vgl. <ref-law>). Soweit damit die Aufhebung der Verfügung des Amtes für Migration verlangt wird, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
1.2 Am 1. Januar 2008 ist das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (Ausländergesetz, AuG; SR 142.20) in Kraft getreten. Vorliegend ist jedoch - in analoger Anwendung von Art. 126 Abs. 1 AuG - noch das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG) massgebend.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweisen kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Die vom Beschwerdeführer neu eingereichten Beweismittel erfüllen diese Voraussetzungen nicht. Die Kopie des handschriftlichen Briefes vom 23. Juli 2006, die diebezügliche Aktennotiz der Kantonspolizei Luzern vom 12. September 2007, die Unterlagen betreffend den am 24. März 2007 verübten Raub im Restaurant seiner Schwester sowie das Schreiben der die Schwester betreuenden Psychotherapeutin vom 17. August 2007 sind daher unbeachtlich.
2. 2.1 Nach Art. 10 Abs. 1 lit. a ANAG kann ein Ausländer ausgewiesen werden, wenn er wegen eines Verbrechens oder Vergehens gerichtlich bestraft wurde.
Der Beschwerdeführer ist wiederholt straffällig geworden und wurde deshalb gerichtlich bestraft, zuletzt mit 21⁄2 Jahren Zuchthaus wegen Vergewaltigung. Damit ist der Ausweisungsgrund gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. a ANAG gegeben.
Der Beschwerdeführer ist wiederholt straffällig geworden und wurde deshalb gerichtlich bestraft, zuletzt mit 21⁄2 Jahren Zuchthaus wegen Vergewaltigung. Damit ist der Ausweisungsgrund gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. a ANAG gegeben.
2.2 2.2.1 Die Ausweisung soll nach Art. 11 Abs. 3 ANAG nur verfügt werden, wenn sie nach den gesamten Umständen angemessen, d.h. verhältnismässig erscheint (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 523). Dabei sind namentlich die Schwere des Verschuldens des Ausländers, die Dauer seiner Anwesenheit in der Schweiz und die ihm und seiner Familie drohenden Nachteile zu berücksichtigen (Art. 16 Abs. 3 der Vollziehungsverordnung vom 1. März 1949 zum Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer, ANAV; SR 142.201; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> ff.). Ob die Ausweisung im Sinne von Art. 11 Abs. 3 ANAG und Art. 16 Abs. 3 ANAV verhältnismässig ist, stellt eine Rechtsfrage dar und kann damit vom Bundesgericht frei geprüft werden (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 107, 521 E. 2a S. 523, mit Hinweisen). Dem Bundesgericht ist es jedoch verwehrt, sein eigenes Ermessen - im Sinne einer Überprüfung der Zweckmässigkeit (Opportunität; <ref-ruling> E. 2b S. 356 f.) der Ausweisung - an die Stelle desjenigen der zuständigen kantonalen Behörde zu setzen (<ref-ruling> E. 1b S. 2; <ref-ruling> E. 2a S. 523).
2.2.2 Ausgangspunkt für die Interessenabwägung gemäss Art. 11 Abs. 3 ANAG ist das Verschulden des Ausländers. Dieses findet vorab im vom Strafrichter verhängten Strafmass seinen Ausdruck. Dabei sind umso strengere Anforderungen an die Schwere des strafrechtlichen Verschuldens zu stellen, je länger ein Ausländer in der Schweiz gelebt hat. Zu berücksichtigen ist auch, in welchem Alter der Ausländer in die Schweiz eingereist ist. Selbst bei einem Ausländer, der bereits hier geboren ist und sein ganzes bisheriges Leben in der Schweiz verbracht hat ("Ausländer der zweiten Generation"), ist bei Gewalt-, Sexual- oder Betäubungsmitteldelikten bzw. wiederholter Straffälligkeit eine Ausweisung jedoch nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 4.4.2 S. 190 mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung aller entscheidenden Umstände kann schon eine einzige Verurteilung wegen einer besonders schwer wiegenden Straftat zur Ausweisung führen. Dem Gesichtspunkt der Rückfallgefahr kommt ausserhalb des Geltungsbereichs des Freizügigkeitsabkommens nicht vorrangige Bedeutung zu und es muss im Zusammenhang mit Gewaltdelikten selbst ein relativ geringes Restrisiko nicht hingenommen werden (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 4.2 bis 4.4 S. 185 ff. mit Hinweisen).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer hat seit seiner Einreise in die Schweiz immer wieder zu Klagen Anlass gegeben. Weder die verschiedenen Vorstrafen, noch die laufende Probezeit, noch der Vollzug einer kurzen Freiheitsstrafe vermochten ihn davon abzuhalten, schliesslich ein schweres Sexualdelikt zu begehen. In der Wohnung seiner Schwester hat er eine 19-jährige Frau vergewaltigt, die seine Schwester als deren Arbeitgeberin dort beherbergte. Der Beschwerdeführer, der seinem Opfer als Chef vorgestellt worden war, hatte die Tat planmässig vorbereitet und sich dabei einer raffinierten Kombination von Gewalt, Drohung und psychischem Druck bedient. Erschwerend kommt hinzu, dass er die Tat hartnäckig bestritten hat, was auf fehlende Reue und Einsicht schliessen lässt. Die Vorinstanz ist gestützt auf das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 16. November 2004 zu Recht von einem schweren Verschulden des Beschwerdeführers ausgegangen. Im ausländerrechtlichen Verfahren besteht im Übrigen regelmässig kein Raum, die Beurteilung des Strafrichters in Bezug auf das Verschulden zu relativieren (Urteile 2A.16/2007 vom 10. Mai 2007 E. 3.1.1; 2A.373/2006 vom 15. September 2006 E. 3.1; 2A.503/2004 vom 24. September 2004 E. 4.1). Nachdem sich der Beschwerdeführer bisher von den strafrechtlichen Verurteilungen nicht hat beeindrucken lassen, kann zudem ein Rückfallrisiko nicht ausgeschlossen werden. Die im Rahmen des Strafvollzugs im Zusammenhang mit der bedingten Entlassung gestellte Prognose ist im Übrigen für den Entscheid über die fremdenpolizeiliche Ausweisung nicht ausschlaggebend (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2c S. 110 mit Hinweisen). Zusammenfassend ergibt sich, dass ein gewichtiges öffentliches Interesse an der Entfernung des Beschwerdeführers aus der Schweiz besteht.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer hat seit seiner Einreise in die Schweiz immer wieder zu Klagen Anlass gegeben. Weder die verschiedenen Vorstrafen, noch die laufende Probezeit, noch der Vollzug einer kurzen Freiheitsstrafe vermochten ihn davon abzuhalten, schliesslich ein schweres Sexualdelikt zu begehen. In der Wohnung seiner Schwester hat er eine 19-jährige Frau vergewaltigt, die seine Schwester als deren Arbeitgeberin dort beherbergte. Der Beschwerdeführer, der seinem Opfer als Chef vorgestellt worden war, hatte die Tat planmässig vorbereitet und sich dabei einer raffinierten Kombination von Gewalt, Drohung und psychischem Druck bedient. Erschwerend kommt hinzu, dass er die Tat hartnäckig bestritten hat, was auf fehlende Reue und Einsicht schliessen lässt. Die Vorinstanz ist gestützt auf das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 16. November 2004 zu Recht von einem schweren Verschulden des Beschwerdeführers ausgegangen. Im ausländerrechtlichen Verfahren besteht im Übrigen regelmässig kein Raum, die Beurteilung des Strafrichters in Bezug auf das Verschulden zu relativieren (Urteile 2A.16/2007 vom 10. Mai 2007 E. 3.1.1; 2A.373/2006 vom 15. September 2006 E. 3.1; 2A.503/2004 vom 24. September 2004 E. 4.1). Nachdem sich der Beschwerdeführer bisher von den strafrechtlichen Verurteilungen nicht hat beeindrucken lassen, kann zudem ein Rückfallrisiko nicht ausgeschlossen werden. Die im Rahmen des Strafvollzugs im Zusammenhang mit der bedingten Entlassung gestellte Prognose ist im Übrigen für den Entscheid über die fremdenpolizeiliche Ausweisung nicht ausschlaggebend (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2c S. 110 mit Hinweisen). Zusammenfassend ergibt sich, dass ein gewichtiges öffentliches Interesse an der Entfernung des Beschwerdeführers aus der Schweiz besteht.
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer hält sich zwar seit bald 17 Jahren in der Schweiz auf. Zu berücksichtigen ist jedoch die Art und Weise, wie er sich sein Aufenthaltsrecht verschafft hat. Bei der 1990 mit einer 15 Jahre älteren Schweizer Bürgerin eingegangenen ersten Ehe handelte es sich unbestrittenermassen um eine Scheinehe, die zur Wegweisung des Beschwerdeführers bzw. zu dessen Untertauchen führte. Auch die 1993 mit einer 28 Jahre älteren Schweizerin eingegangene zweite Ehe wurde gemäss einem bekannten Verhaltensmuster, kurz nachdem der Beschwerdeführer gestützt hierauf die Niederlassungsbewilligung erhalten hatte, wieder geschieden. Einige Monate später heiratete er im Kosovo eine jüngere Landsfrau, mit der er eine Tochter zeugte. Die Dauer des Aufenthalts des Beschwerdeführers in der Schweiz wird somit durch sein planmässiges, auf den Erwerb eines Anwesenheitsrechts ausgerichtetes Vorgehen relativiert.
3.2.2 Im Übrigen ist der Beschwerdeführer in seinem Heimatland aufgewachsen und hat dieses erst im Alter von 24 Jahren, d.h. als Erwachsener, verlassen. Seine Beziehungen zum Kosovo, wo Verwandte und zudem seine heutige Ehefrau sowie das gemeinsame Kind leben, hat er nie abgebrochen. Trotz des relativ langen Aufenthalts in der Schweiz kann er schon aufgrund seiner wiederholten Straffälligkeit nicht als besonders gut integriert betrachtet werden. Der Umstand allein, dass er nach all den Jahren gut Deutsch spricht, belegt noch nicht, dass er in der Schweiz verwurzelt ist. Zudem ist unbestritten, dass er hier vor allem zu Landsleuten Kontakt pflegt. Es kann somit davon ausgegangen werden, dass er mit den Gepflogenheiten sowie der Sprache seines Heimatlandes nach wie vor bestens vertraut ist, was ihm die Wiedereingliederung in die dortige Gesellschaft erleichtern wird.
3.2.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe eine besonders enge Beziehung zu seiner Schwester (geb. 1959), die in der Schweiz als Wirtin tätig ist und in deren Restaurant er arbeitet. Dies mag durchaus zutreffen. Zwischen den beiden erwachsenen Geschwistern ist jedoch nicht ein eigentliches Abhängigkeitsverhältnis gegeben, das ausserhalb der Kernfamilie einen Anspruch auf Aufenthalt gestützt auf den Familienschutz nach Art. 8 EMRK entstehen lassen könnte (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2 S. 14; <ref-ruling> E. 1d und e S. 261 f. mit Hinweis). Nachdem die heutige Ehefrau des Beschwerdeführers sowie das gemeinsame Kind im Kosovo leben, ist der Anspruch auf Achtung des Familienlebens nach Art. 8 EMRK durch die verfügte Ausweisung von vornherein nicht betroffen. Dem Beschwerdeführer ist auch unter familiären Gesichtspunkten ohne weiteres zuzumuten, in sein Heimatland zurückzukehren.
3.2.4 Als Hauptgrund, der der Ausweisung entgegenstehe, macht der Beschwerdeführer geltend, es drohe ihm Todesgefahr, falls er in den Kosovo zurückkehre. Dass die Vorinstanz die behauptete Drohung als unglaubwürdig erachtete und daher keine weiteren Abklärungen veranlasste, nachdem sich der Beschwerdeführer in Kenntnis der angeblichen Gefahr im Jahre 2007 mit seinen beiden Schwestern rund einen Monat im Kosovo und in Montenegro aufgehalten hatte, ist nicht zu beanstanden. Abgesehen davon vermag das aufgeführte Risiko, dass er im Heimatland aufgrund der ergangenen Drohung Opfer eines Racheaktes werden könnte, die Zulässigkeit der Ausweisung schon aus grundsätzlichen Erwägungen nicht in Frage zu stellen. Es ist insbesondere nicht ersichtlich, dass die behauptete Gefahr der Rache in der Schweiz wesentlich kleiner wäre. Dass dem nicht so ist, räumt der Beschwerdeführer sogar selber ein, indem er im auf das Restaurant der Schwester verübten Raubüberfall einen ersten Racheakt erblicken will. Im Übrigen soll die angebliche Drohung von einem in der Schweiz inhaftierten Landsmann ausgehen und stünden auch einer - gegebenenfalls illegalen - Einreise in die Schweiz zum Zweck der Rache keine unüberwindbaren Hindernisse entgegen. Die Ausweisung des Beschwerdeführers verstösst somit auch nicht gegen Art. 3 EMRK (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3b S. 112; Urteil 2A.564/2006 vom 10. Januar 2007 E. 2.5.3).
3.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass das sicherheitspolizeiliche Interesse an der Entfernung und Fernhaltung des Beschwerdeführers sein privates Interesse an einem weiteren Verbleib in der Schweiz überwiegt. Die angeordnete Ausweisung verstösst weder gegen Bundesrecht noch gegen staatsvertragliche Bestimmungen.
4. 4.1 Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.2 Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Diesem kann wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren nicht entsprochen werden (<ref-law>). Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer somit kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Amt für Migration und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Merkli Dubs