Erwägungen:
1. Am 9. Juni 2009 trat die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau auf eine Einsprache der X._ AG gegen die Ermessensveranlagung zu den Staats- und Gemeindesteuern 2007 sowie die direkte Bundessteuer 2007 nicht ein. Auf die gegen den Einspracheentscheid erhobenen Rechtsmittel (Rekurs und Beschwerde) trat die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheiden vom 25. November 2009 nicht ein, weil der Kostenvorschuss trotz Androhung des Nichteintretens bei Säumnis mit zwei Tagen Verspätung geleistet worden sei, ohne dass diesbezüglich ein Fristwiederherstellungsgesuch gestellt worden wäre oder ein Fristwiederherstellungsgrund ersichtlich sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die Beschwerde(n) mit Entscheid vom 24. März 2010 ab.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. Mai 2010 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht im Wesentlichen, die "beiden Entscheide" seien aufzuheben und an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Es muss sich dabei um schweizerisches Recht handeln (Art. 95 BGG). Beruht der angefochtene Entscheid wie vorliegend auf kantonalem (Verfahrens-)Recht, fällt praktisch nur die Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte in Betracht, welche spezifischer Begründung bedarf (Art. 106 Abs. 2 BGG); dabei genügt appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht. In der so ausgestalteten Beschwerdebegründung muss konkret auf die für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen der Vorinstanz selber eingegangen werden. Diesem Erfordernis genügt nicht, wer dem Bundesgericht eine Begründung vorlegt, die weitgehend deckungsgleich mit derjenigen ist, die der Vorinstanz präsentiert worden ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 246 f.).
Das Verwaltungsgericht hat auf die einschlägigen kantonalen Gesetzesnormen verwiesen, die die Frage des Kostenvorschusses, der Fristeinhaltung und der Säumnisfolgen regeln (namentlich § 79 Abs. 1 und 2 in Verbindung mit § 24 Abs. 3 des kantonalen Gesetzes vom 23. Februar 1981 über die Verwaltungsrechtspflege [VRG]). Es hat sich sodann mit der Frage befasst, ob die strikte Anwendung dieser Regeln als überspitzt formalistisch qualifiziert werden könnte, auch wenn die Partei nicht durch ein unverschuldetes Hindernis vom rechtzeitigen Handeln abgehalten worden ist, und es hat unter Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (auf das gerade die Kostenvorschussregelung des Kantons Thurgau betreffende Urteil 2C_450/ 2008 vom 1. Juli 2008 E. 2.3.4) festgestellt, dass eine Behörde unter keinem Titel (auch nicht verfassungsrechtlicher Natur) verpflichtet ist, auf ein Rechtsmittel einzutreten, wenn eine Verfahrensvoraussetzung, wie sie die Leistung des Kostenvorschusses darstellt, nicht erfüllt wird, selbst wenn dies für die Partei schwerwiegende Folgen hat. Was die Beschwerdeführerin hiergegen vorbringt, genügt nicht um aufzeigen, dass das Verwaltungsgericht schweizerisches Recht (namentlich die von ihr erwähnten verfassungsmässigen Rechte) verletzt habe. Insbesondere geht sie nicht im Einzelnen auf die vorerwähnten Erwägungen des Verwaltungsgerichts ein, womit dieses ihre dort vorgebrachten Rügen geprüft und für unbegründet befunden hat; sie wiederholt vor Bundesgericht im Wesentlichen, was sie bereits vor der Vorinstanz geltend gemacht hat. Damit aber fehlt es insgesamt offensichtlich an einer hinreichenden Beschwerdebegründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG), sodass auf die Beschwerde im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten ist.
Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind dem Verfahrensausgang entsprechend der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Mai 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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