Sachverhalt:
A. Die X._GmbH ist Eigentümerin der Parzelle 249 (ehemaliges Hotel Lischana) in Sent. Darauf stehen derzeit zwei Gebäude. Am 7. April 2010 unterbreitete die X._GmbH der Gemeinde Sent das von ihr als "Vorprojekt Hotel Swissroof" bezeichnete Bauprojekt zur Prüfung in der Frage, ob die Gemeinde für eine Bebauung im Sinne des Vorprojekts das Grenzbaurecht zur gemeindeeigenen Parzelle 264 erteile.
B. Am 31. Mai 2010 entschied der Gemeindevorstand Sent, der X._GmbH für deren Vorhaben ein Näherbaurecht zulasten der im Gemeindeeigentum stehenden Parzelle 264 einzuräumen, dies unter verschiedenen Auflagen. Eine davon war, dass das öffentliche Fusswegrecht über die Parzelle 249 zwischen Gemeindehaus und Hotel gewährleistet sein müsse.
Daraufhin stellte die Bauherrin am 28. August 2010 der Gemeinde ein Gesuch um Sanierung des Hauses Assek.-Nr. 82, um Abbruch des Hauses Assek.-Nr. 82-A und um Erstellung zweier Neubauten auf der Parzelle 249. Geplant waren gemäss Baugesuch die Erstellung von Ferien-Lofts und Dienstleistungsfläche.
C. Am 13. Oktober 2010 sandte die X._GmbH der Gemeinde das "Konzept Alpenloft und Nutzungsschema". Danach sollten 13 "Alpenlofts" erstellt werden, (Ein-)Raumangebote mit zeitgemässem Komfort (Kaffeemaschine, Fernseher, Internet). Für einen Teil der Lofts würden Investoren gesucht, welche diese eine gewisse Anzahl Wochen pro Jahr selber belegen könnten und sie sonst der X._GmbH zur Weitervermietung überliessen. Die Mieteinnahmen der Lofts sollten, abzüglich einer Kommission, an die Investoren fliessen. Die X._GmbH reinige die Lofts, stelle Bettwäsche zur Verfügung, besorge den Unterhalt und die Vermietung, mache Marketing und sorge mit einer dynamischen Preisgestaltung für eine maximale Auslastung der Lofts.
D. Am 27. Februar 2011 sandte der kommunale Bauberater der Gemeinde seine Beurteilung des Baugesuchs. Er stellte unter anderem fest, dass die geplante Neubaute auf der westlichen Grenze von Parzelle 249 liege. Eine Realisierung sei nur möglich, wenn verschiedene Anstösser der Baugesuchstellerin ein Grenzbaurecht einräumten, u.a. die Gemeinde selber als Eigentümerin der Parzelle 264. Es frage sich, ob die Gemeinde es sich leisten könne, durch die Gewährung des Grenzbaurechts dazu beizutragen, dass ein potenzieller Freihaltebereich an extrem exponierter Lage überbaut, die empfindliche Umgebung des Gemeindehauses und der Dorfkirche tangiert werde und dabei möglicherweise Zweitwohnungen errichtet würden. Angesichts der Bestrebungen zur Einschränkung des Zweitwohnungsbaus erscheine ein derartiges Verhalten inkonsequent.
E. Am 8. März 2011 erstellte die Bauherrin ein detailliertes Bewirtschaftungskonzept für die "Alpenlofts". Danach sollten die Lofts 9, 10 und 11 verkauft werden. Sie sollten durch die Eigentümer maximal 12 Wochen im Jahr eigenbelegt werden. Die Eigentümer dieser Lofts sollten sich verpflichten, falls sie diese als Zweitwohnungen nützten, diese selber oder durch die Bauherrin mit einer Mindestauslastung von 20 % zu bewirtschaften. Falls dies nicht erreicht werde, müssten die Lofts als Erstwohnungen selber genutzt, vermietet oder verkauft werden.
F. An seiner Sitzung vom 28. März 2011 beschloss der Gemeindevorstand nach einer Orientierung durch die X._GmbH, acht Lofts müssten im Eigentum der letzteren bleiben und touristisch bewirtschaftet werden. Die Bewirtschaftung als hotelähnlicher Betrieb aller Lofts müsse auf lange Sicht garantiert werden. Die Bauherrschaft solle einen entsprechenden Vertragsentwurf vorlegen.
G. Am 30. März 2011 unterbreitete die X._GmbH der Gemeinde eine Aktennotiz der Gemeindevorstandssitzung vom 28. März 2011, worin festgehalten wurde:
"Grenzbaurechtsvertrag mit Gegenleistungsbewirtschaftungssicherheit. Keine Zweitwohnungen, was passiert bei Umnutzung, Nachfolgeregelung. Herr Müller verfasst einen Vertragsentwurf, der durch den Gemeindeanwalt überprüft wird".
Ebenso lag dem Schreiben ein Entwurf über eine Vereinbarung des Grenzbaurechts bei. Gemäss diesem Entwurf hätte sich die X._GmbH als Gegenleistung für die Einräumung des Grenzbaurechts verpflichtet, die drei im Haus B befindlichen Lofts nicht als Stockwerkeigentum zu verkaufen und diese selber zu bewirtschaften, oder sie Dritten zur Bewirtschaftung zur Verfügung zu stellen. Falls die X._GmbH Konkurs gehe, hätte die Gemeinde das Vorkaufsrecht. In einem ebenfalls beigelegten Entwurf eines Vorkaufsrechtsvertrags war vorgesehen, dass das Vorkaufsrecht nicht im Grundbuch vorzumerken sei.
H. Am 21. April 2011 erklärte sich die Gemeinde gegenüber der Bauherrin bereit, eine Zone zu schaffen, welche den Betrieb touristisch bewirtschafteter Zweitwohnungen zuliesse.
Die Bauherrschaft ging auf diesen Vorschlag nicht ein, sondern erwiderte am 28. April 2011, sie erwarte den Baubescheid umgehend.
I. Mit Entscheid vom 23./25. Mai 2011 wies der Gemeindevorstand das Baugesuch ab. Er erwog, die Baugesuchstellerin sei nicht bereit, den von der Gemeinde für die Einräumung der erforderlichen Grenz- und Näherbaurechte geforderten Ausschluss der Zweitwohnungsnutzung rechtlich verbindlich sicherzustellen. Auf die Einräumung von Grenz- und Näherbaurechten zulasten einer im Eigentum der Gemeinde stehenden Parzelle bestehe kein Rechtsanspruch. Die Gemeinde entscheide darüber als Grundeigentümerin privatrechtlich. Die Gesuchstellerin könne sich auch nicht auf den Grundsatzentscheid vom 8. Juni 2010 berufen, zumal diesem ein Vorprojekt zugrunde gelegen habe, in welchem die Gesamtanlage als Hotelprojekt bezeichnet worden sei. Beim vorliegenden Baugesuch handle es sich um eine Zweitwohnungsüberbauung, verbunden mit einer rechtlich unverbindlichen Erklärung, diese touristisch bewirtschaften zu wollen. Infolge Nichteinhaltung des Grenzabstands zu Parzelle 264 erweise sich das Baugesuch als materiell baurechtswidrig und sei daher abzuweisen.
J. Dagegen gelangte die X._GmbH ans Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerde 1. November 2011 ab.
K. In ihrer als Beschwerde bezeichneten Eingabe vom 6. Januar 2011 (recte 2012) beantragt die X._GmbH dem Bundesgericht die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 1. November 2011 und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung im Sinne der Beschwerdebegründung.
Die Gemeinde Sent als Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden stellt einen gleichlautenden Antrag und verweist auf den angefochtenen Entscheid.

Erwägungen:
1. 1.1 Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde unter Vorbehalt rechtsgenüglich begründeter Rügen (E. 1.2 hiernach) grundsätzlich einzutreten ist.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung; dazu <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführerin wirft dem Verwaltungsgericht die Missachtung von Grundsätzen des staatlichen Handelns (<ref-law>), von Verfahrensgrundsätzen (<ref-law>) und generell von Grundrechten (<ref-law> vor), dies im Wesentlichen, weil die Vorinstanz das Vorliegen des notwendigen Grenzbaurechts in Abrede gestellt hat.
2.1 Unbestritten ist, dass das Projekt der Beschwerdeführerin den Grenzabstand zur Strassenparzelle 264 der Gemeinde nicht einhält. Gemäss Art. 77 Abs. 1 des kantonalen Raumplanungsgesetzes vom 6. Dezember 2004 (KRG/GR; BR 801.100) kann die kommunale Baubehörde Unterschreitungen der in diesem Gesetz und im Baugesetz der Gemeinde festgelegten Bauabstände bewilligen, wenn eine Vereinbarung zwischen den Betroffenen vorliegt und keine überwiegenden öffentlichen Interessen entgegenstehen. Die kommunale Baubehörde verfügt die Anmerkung der Unterschreitung im Grundbuch. An weitere formelle Voraussetzungen ist die Einräumung von Abstandsunterschreitungen offensichtlich nicht geknüpft. Das Verwaltungsgericht hält denn auch dafür, es habe schon "beiläufig" entschieden, dass eine solche Vereinbarung auch mündlich möglich sei (VGU R 08 77, S. 16). Indessen sei vorliegend aus anderen Gründen keine Einigung zustande gekommen. Die Gemeinde sei beim Grundsatzentscheid vom 8. Juni 2010 offensichtlich davon ausgegangen, das Vorhaben betreffe ein Hotel, sei doch das Vorprojekt als "Vorprojekt Hotel der Swissroof" bezeichnet worden. Erst im eigentlichen Baugesuch vom 28. August 2010 samt Nutzungskonzept vom 13. November 2010 habe die Beschwerdeführerin ihr Detailvorhaben kund getan. Von einer Einigung über die erst rund vier Monate nach dem Grundsatzentscheid eröffneten Bau- und Nutzungsabsichten könne keine Rede sein.
2.2 Zur Stützung dieser Einschätzung beruft sich das Verwaltungsgericht auf ein Schreiben der Beschwerdeführerin vom 30. März 2011 an den Gemeindepräsidenten und den Gemeinderat mit dem Titel "Projekt Hotel Alpenloft". In diesem hält die Beschwerdeführerin einleitend fest:
"Wir bedanken uns, dass wir Ihnen letzten Montag unser Projekt persönlich vorstellen konnten. Wir sind sehr erleichtert, dass wir gemeinsam zu einer Einigung gefunden haben. Wir haben Ihnen in diesem Sinn zwei Vertragsentwürfe beigelegt. Der erste ist eine Vereinbarung eines Grenzbaurechts, der zweite ein Vorkaufsrechtsvertrag [...]".
Dem Brief waren die erwähnten Vertragsentwürfe beigelegt. Daraus schliesst das Verwaltungsgericht, dass selbst nach Auffassung der Beschwerdeführerin erst nach der Unterzeichnung der vorgelegten Vertragsentwürfe eine Vereinbarung nach Art. 77 KRG/GR vorgelegen hätte. Zur Unterzeichnung sei es nicht mehr gekommen, weil die Gemeinde eine andere Form der Sicherstellung - mittels Schaffung einer Spezialzone - vorgeschlagen habe. Die Beschwerdeführerin habe aber ultimativ auf einem Baubescheid beharrt, woraus sich ergeben, dass bis heute keine Vereinbarung im Sinn von Art. 77 KRG/GR zustande gekommen sei. Damit sei ebenfalls klar, dass das für die Erteilung der Baubewilligung notwendige Grenzbaurecht zu keinem Zeitpunk rechtsgültig erteilt worden sei.
2.3 Was an dieser Sachverhaltsfeststellung und der daraus folgenden rechtlichen Würdigung offensichtlich falsch sein soll, vermag die Beschwerdeführerin nicht darzutun. Nachdem öffentlich-rechtliche Abstandsvorschriften in erster Linie (neben der Sicherheit) dem Nachbarschutz dienen, ist es für eine Unterschreitung derselben unabdingbar, dass der betroffene Nachbar sein Einverständnis dazu erklärt. Dieses Konzept verfolgt Art. 77 KRG/GR. Die Gemeinde ist demnach zunächst als private Grundeigentümerin der angrenzenden Strassenparzelle betroffen; ihre Zustimmung zur Grenzabstandsunterschreitung stellt eine formelle Voraussetzung dar, damit die (öffentlich-rechtliche) Baubewilligung überhaupt erteilt werden kann. Dabei besteht keine Verpflichtung des Privaten, eine solche Vereinbarung gegen seinen Willen einzugehen. Fehlt aber diese Zustimmung, kann auch die Baubewilligung mangels Einhaltung der massgebenden Abstandsvorschriften nicht erteilt werden.
2.4 Eine Gehörsverletzung ist dem Verwaltungsgericht in diesem Zusammenhang nicht vorzuwerfen. Es hat sich bei seiner Einschätzung an die Aktenlage gehalten und an Schreiben, welche die Beschwerdeführerin im Laufe des Baugesuchsverfahrens selber verfasst hat. Es war nicht gehalten, dieser im Voraus kund zu tun, auf welche Unterlagen es seinen Entscheid genau stützen werde. Insgesamt ist in der Sachverhaltsfeststellung keinerlei Willkür zu erkennen.
Auch kann die Beschwerdeführerin keinen Anspruch aus Vertrauensschutz geltend machen. Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben statuiert ein Verbot widersprüchlichen Verhaltens und verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Voraussetzung für eine Berufung auf Vertrauensschutz ist, dass die betroffene Person sich berechtigterweise auf die Vertrauensgrundlage verlassen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann. Die Berufung auf Treu und Glauben scheitert sodann, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (<ref-ruling> E. 6 S. 636 ff.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 170; je mit Hinweisen). Aus dem Verhalten der Gemeinde ging von Anfang klar hervor, dass diese beim Projekt von einer "klassischen" Hotelbewirtschaftung ausging. Der Grundsatzentscheid vom 8. Juni 2010 vermag als Vertrauensgrundlage nicht zu überzeugen, weil im damaligen Zeitpunkt noch keine Details über das dannzumal als Hotel erwartete Bauvorhaben bestanden und das "Näherbaurecht" (so die Bezeichnung im Grundsatzentscheid) nicht vorbehaltlos, sondern unter verschiedenen Auflagen gewährt werden sollte. Auch die Wortwahl macht deutlich, dass die Gemeinde von einem anderen Projekt ausging. So verweist sie ausdrücklich darauf, dass das "öffentliche Fusswegrecht über die Parzelle 249 zwischen Gemeindehaus und Hotel" gewährleistet sein müsse (Beilage 6 der Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren). Für sie bestand kein Anlass, vom Bau von Ferienwohnungen auszugehen. Im Vorprojekt, welches die Beschwerdeführerin der Gemeinde am 7. April 2010 vorgelegt hatte, ist nur von einem Hotel die Rede ("Vorprojekt Hotel Swissroof"). Die Loftnutzung wird mit keinem Wort erwähnt und in den Plänen finden sich keine Grundrisse, nur ein Situationsplan, eine Fotomontage und Fassadenpläne (Beilage 4.1-4.7 der Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren). Indes hat die Gemeinde in der Folge unmissverständlich klar gemacht, dass sie dem Bau von Zweitwohnungen (Stichwort "kalte Betten") negativ gegenüberstehe (siehe etwa Protokollauszug vom 28. März 2011, Beilage 18 der Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren). Die erwähnten Schriftstücke zeigen denn auch, dass dem Verwaltungsgericht kein Vorwurf wegen offensichtlich falscher Sachverhaltsfeststellung zu machen ist. Demzufolge ist die vorinstanzliche Schlussfolgerung, wonach für das strittige Bauprojekt keine Vereinbarung nach Art. 77 KRG/GR vorliege, nicht zu beanstanden.
2.5 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, ist unbehelflich, zumal ihre Eingabe den Anforderungen an eine rechtsgenügliche Begründung über weite Teile nicht genügen vermag. Aus dem Umstand, dass die grosse Mehrzahl der geplanten Wohneinheiten als Stockwerkeigentum verkauft werden soll, wird hinlänglich deutlich, dass es sich nicht um einen herkömmlichen Hotelbetrieb handeln wird, zumal die Lofts je mit einer Küche ausgestattet werden. Des Weitern war die Beschwerdeführerin offensichtlich nicht bereit, sich verbindlich zu einer touristischen Bewirtschaftung der Lofts zu verpflichten. Eine Hotelnutzung steht offenkundig nicht zur Diskussion. Dass die Gemeinde hierzu nicht Hand bieten will, geht wie gesehen ebenfalls aus deren Willensbekundungen hervor. Und dass auch die Beschwerdeführerin von einer fehlenden Vereinbarung ausging, zeigt sich darin, dass sie der Gemeinde am 30. März 2011 einen (bis heute nicht unterzeichneten) Vertragsentwurf zugestellt hat. Entsprechend durfte das Verwaltungsgericht willkürfrei von einer fehlenden Grenzbauvereinbarung ausgehen. Weitere Erwägungen hierzu erübrigen sich, es kann auf die zutreffenden Ausführungen des angefochtenen Entscheids verwiesen werden (<ref-law>).
2.6 Wie das Verwaltungsgericht im Übrigen zu Recht zu bedenken gibt, stünde dem Vorhaben - selbst wenn denn die privatrechtliche Zustimmung vorläge - erhebliche öffentliche Interessen entgegen. Nachdem am 11. März 2012 die Zweitwohnungsinitiative angenommen wurde, ist die negative Haltung der Gemeinde gegenüber dem Projekt durchaus begründet. Selbst wenn hier offen gelassen werden kann, ob eine Bewilligung im Licht der Übergangsregelung noch erteilt werden könnte, ist der Gemeinde zuzugestehen, sich auf das öffentliche Interesse an der Vermeidung weiterer Zweitwohnungen zu berufen.
3. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin für die bundesgerichtlichen Kosten aufzukommen (<ref-law>). Nachdem die Gemeinde als obsiegende private Eigentümerin anwaltlich vertreten war, hat die Beschwerdeführerin sie für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber