Faits:
A. X._, née en 1969, est gestionnaire de fortune et administratrice unique de la société A._ SA. En 2006, elle a rencontré dans le cadre de ses activités professionnelles Y._, né en 1958. Il est également gestionnaire de fortune et administrateur unique de la société B._ SA.
Dès 2007, ils ont entretenu une relation amoureuse.
B. Le 19 février 2008, ils ont acquis en copropriété pour moitié chacun les parcelles a et b de la commune de D._, sur lesquelles est érigée une villa.
Après l'emménagement, les relations des parties se sont rapidement détériorées. A la fin du mois d'octobre 2008, Y._ a quitté la villa et s'est provisoirement installé dans les locaux de sa société.
Par courrier du 14 novembre 2008 adressé à B._ SA, le conseil de X._ a exigé des explications sur des opérations financières qui engageraient la responsabilité de Y._ ainsi que celle de B._ SA et lui a fait interdiction de revenir à la villa "dans un souci de ne pas envenimer davantage la situation".
Le même jour, Y._ s'est rendu à la villa. Les cylindres des serrures ayant été changés, il a brisé un carreau de la véranda pour pénétrer dans l'habitation.
Le 19 décembre 2008 dans la matinée, Y._ qui avait obtenu dans l'intervalle un jeu des nouvelles clefs, a constaté que les cylindres avaient été changés à nouveau. Il a alors fait appel à la police pour pénétrer dans la villa. Dans la soirée du même jour, il est revenu sur les lieux et a brisé les carreaux de la véranda pour accéder à l'intérieur.
Le 24 décembre 2008, X._ a été victime d'un cambriolage dont l'auteur n'a pas été identifié.
C. Le 22 janvier 2009, elle a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une requête de mesures préprovisionnelles et provisionnelles tendant, en substance, à ce qu'il soit fait interdiction à Y._ d'approcher et d'accéder à la villa ou dans un rayon de 500 m. de la rue dans laquelle cette villa est située, de fréquenter certains restaurants et un salon de coiffure ainsi que de prendre contact avec elle ou de lui causer d'autres dérangements.
Par ordonnance provisoire du 23 janvier 2009, le Tribunal a fait interdiction à Y._ d'accéder à la villa, de pénétrer dans un rayon de 250 m autour de cette habitation ainsi que de prendre contact avec X._, notamment par téléphone, par écrit ou par voie électronique ou de lui causer d'autres dérangements.
Le 16 mars 2009, après avoir entendu les parties, le Tribunal a confirmé, sous la menace de la peine d'amende de l'<ref-law>, les mesures d'interdiction prononcées le 23 janvier 2009.
Statuant sur appel de Y._, la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 9 juillet 2009, annulé l'interdiction de prendre contact ou de causer d'autres dérangements à X._. L'ordonnance du 16 mars 2009 a été confirmée pour le surplus.
D. Le 11 août 2009, X._ a formé un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal, concluant à son annulation et à la confirmation de l'ordonnance du 16 mars 2009.
Par ordonnance présidentielle du 1er septembre 2009, sa requête d'effet suspensif a été admise.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. L'ordonnance de mesures provisionnelles fondée sur l'<ref-law> est une décision rendue en matière civile (<ref-law>) dans une affaire non pécuniaire (arrêts 5A_190/2007 du 10 août 2007 consid. 1.1; 5A_202/2007 du 13 juin 2007 consid. 1). Elle est finale (<ref-law>) lorsqu'elle est prise dans une procédure indépendante (<ref-ruling> consid. 3.1 et les références citées). Tel n'est pas le cas en l'espèce, dès lors que la recourante s'est vu impartir un délai pour faire valoir son droit en justice. Il s'agit par conséquent d'une décision incidente au sens de l'<ref-law>. Selon la jurisprudence, une telle décision cause toutefois un préjudice irréparable, de sorte que le recours est recevable sous l'angle de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités).
2. Le recours étant dirigé contre une mesure provisionnelle, seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels (<ref-law>). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'<ref-law> prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (<ref-ruling> consid. 3.2). Le recourant doit ainsi indiquer quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste cette violation (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités).
3. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans le cadre d'un recours dirigé contre une mesure provisionnelle, le recourant ne peut critiquer la constatation des faits susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis en violation de droits fondamentaux, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Conformément à ces principes, le Tribunal fédéral ne prendra pas en considération l'exposé des faits de 11 pages qui, contrairement à ce que laisse croire son intitulé, n'est pas un simple rappel des circonstances retenues par l'autorité précédente, mais constitue la version des faits de la recourante. Elle présente en effet nombre de modifications ou compléments à l'état de fait arrêté par la cour cantonale, sans se plaindre de violations de droits fondamentaux dans l'établissement des faits. Il sera par conséquent fait abstraction de ce "rappel des faits essentiels" et seules les critiques dûment formulées aux pages 25 à 28 du recours seront examinées.
4. La recourante se plaint expressément d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir écarté les attestations établies par le Dr C._, psychiatre, qui rendraient vraisemblable l'existence d'actes contribuant au harcèlement dont elle serait victime.
4.1 S'agissant de l'appréciation des preuves et de la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les arrêts cités). Il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst. (sur la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 2b, 60 consid. 5a), que si le juge du fait abuse de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte, lorsque des constatations de fait sont manifestement fausses, enfin, lorsque l'appréciation des preuves est tout à fait insoutenable (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 4a). Il montre une retenue d'autant plus grande lorsque, comme en l'espèce, le juge n'examine la cause que de manière sommaire et provisoire (<ref-ruling> consid. 3.3 et les arrêts cités).
4.2 En premier lieu, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir jugé, en contradiction avec l'avis du Dr C._, que les courriers et les démarches judiciaires émanant du conseil de l'intimé (action en partage de copropriété et en fixation de mode du partage, action en revendication, poursuites) n'étaient pas constitutifs de harcèlement au sens de l'<ref-law>.
Les constatations de la cour cantonale relatives à l'existence des actes reprochés (intrusions dans la villa, courriers, actions en justice) relèvent du fait. En revanche, savoir si un comportement précis, en l'occurrence l'envoi de courriers et l'ouverture d'actions et de poursuites constituent un harcèlement au sens de l'<ref-law>, est une question de droit. Le reproche formulé par la recourante ne relève ainsi pas de la constatation des faits mais de l'application de l'<ref-law>, traitée au considérant 5.
4.3 Selon la recourante, la cour cantonale aurait versé dans l'arbitraire en constatant que la recourante a indiqué dans ses écritures que l'intimé ne serait plus revenu l'importuner depuis l'ordonnance du 29 janvier 2009. La recourante prétend avoir précisément soutenu le contraire dans son mémoire-réponse du 9 avril 2009.
La constatation de l'autorité précédente se référait aux irruptions de son ex-compagnon au domicile de la recourante. C'est dans ce contexte que les juges cantonaux ont précisé que l'intimé n'était plus revenu importuner son ex-compagne depuis le 23 janvier 2009. Dans son mémoire de réponse à l'appel, la recourante fait état d'autres démarches qu'elle juge chicanières, qui sont les plaintes pénales, les courriers, les poursuites et l'action en partage émanant de l'intimé. En revanche, elle n'a effectivement pas allégué d'autres intrusions de l'intéressé à son domicile. La constatation de la cour cantonale n'a par conséquent rien d'insoutenable.
5. La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir annulé l'interdiction de prendre contact avec elle. Elle y voit une décision arbitraire en ce sens que la cour cantonale, bien qu'elle ait constaté l'existence d'une atteinte à sa personnalité, n'a pas pris les mesures aptes à la protéger.
5.1 Aux termes de l'<ref-law>, celui qui subit une atteinte illicite à sa personnalité peut agir en justice pour sa protection contre toute personne qui y participe (al. 1). Une atteinte est illicite, à moins qu'elle ne soit justifiée par le consentement de la victime, par un intérêt prépondérant privé ou public, ou par la loi (al. 2). Le demandeur à une telle action peut, en vertu de l'<ref-law>, requérir des mesures provisionnelles s'il rend vraisemblable qu'il est l'objet d'une atteinte illicite à sa personnalité, que cette atteinte est imminente ou actuelle et qu'elle risque de lui causer un préjudice difficilement réparable.
En dehors des mesures générales que le demandeur peut requérir en cas d'atteinte illicite à la personnalité (<ref-law> : actions en interdiction, en cessation et en constatation du trouble), le législateur a prévu à l'<ref-law> des mesures spécifiques à disposition des victimes de violence. Ainsi, en cas de violence, de menaces ou de harcèlement, le demandeur peut requérir le juge d'interdire à l'auteur de l'atteinte, en particulier, de l'approcher ou d'accéder à un périmètre déterminé autour de son logement (<ref-law>), de fréquenter certains lieux, notamment des rues, places ou quartiers (ch. 2), de prendre contact avec lui, notamment par téléphone, par écrit ou par voie électronique, ou de lui causer d'autres dérangements (ch. 3).
Par violence, on entend l'atteinte directe à l'intégrité physique, psychique, sexuelle ou sociale d'une personne, qui doit présenter un certain degré d'intensité. Tout comportement socialement incorrect n'est pas constitutif d'une atteinte à la personnalité. Les menaces se rapportent à des situations où des atteintes illicites sont à prévoir. Il doit s'agir d'une menace sérieuse qui fasse craindre la victime pour son intégrité physique, psychique, sexuelle ou sociale, ou du moins pour celle de personnes qui lui sont proches et non pas d'une menace anodine. Quant au harcèlement ou stalking, cette condition d'application se réfère à la poursuite et au harcèlement obsessionnels d'une personne sur une longue durée, indépendamment du fait qu'il existe une relation entre l'auteur et la victime. Les caractéristiques typiques du harcèlement sont l'espionnage, la recherche de la proximité physique et tout ce qui y est lié, à savoir la poursuite et la traque ainsi que le dérangement et la menace d'une personne. Ces événements doivent engendrer chez la personne une grande peur et survenir de manière répétée (<ref-ruling> consid. 2.3; FF 2005 p. 6449-6450).
5.2 La cour cantonale a relevé qu'entre le 14 novembre et le 22 décembre 2008, l'intimé s'est rendu plusieurs fois à la villa. A deux reprises, il y est entré par effraction en brisant des carreaux, alors que la recourante s'opposait à ce qu'il y pénètre. L'autorité précédente a estimé que l'absence de nouvelles intrusions depuis fin décembre 2008 n'était pas déterminante car l'intimé n'avait fait que se conformer aux injonctions judiciaires, sans prendre d'engagement de ne plus répéter ces actes. Les magistrats précédents ont ainsi considéré que ces actes constituaient une atteinte illicite à la personnalité de la recourante, justifiant le maintien de l'interdiction de périmètre prononcée en première instance.
En revanche, ils ont jugé que la recourante n'avait pas rendu vraisemblable l'existence d'autres actes de harcèlement justifiant des mesures supplémentaires, en particulier l'interdiction de prendre contact (cf. consid. 4.2). Par ailleurs, rien ne permettait de retenir que l'intimé était l'auteur du cambriolage de la villa survenu le 24 décembre 2008 ni des menaces dont aurait été victime une amie proche de la recourante. Enfin, il ressortait du dossier que les parties s'étaient réciproquement envoyé des sms depuis leur séparation, de sorte que l'on ne saurait voir un harcèlement de la part du recourant sous cet angle non plus. En conséquence, faute d'autres agissements tombant sous le coup de l'<ref-law>, ils n'ont pas reconduit l'interdiction de prendre contact ou de causer d'autres dérangements.
5.3 Les critiques de la recourante ne démontrent pas que l'autorité précédente a appliqué arbitrairement l'<ref-law>. Elle fait grief à la cour cantonale de n'avoir pas prononcé l'interdiction de prendre contact alors que cette autorité avait admis que les agissements de l'intimé à son encontre constituaient une atteinte à sa personnalité. Elle perd de vue que les atteintes qu'a reconnues la cour cantonale se limitent aux intrusions à domicile, ce qui a conduit la cour à prononcer une interdiction de périmètre. Il lui appartenait ainsi de démontrer, soit que l'autorité précédente avait versé dans l'arbitraire en refusant de considérer que les autres actes allégués en procédure étaient constitutifs de violence, de menaces ou de harcèlement au sens de l'<ref-law>, soit que l'interdiction de périmètre n'était pas apte à elle seule à la protéger contre les intrusions à son domicile. La recourante ne fournit aucune explication à ce sujet.
Elle prétend que l'autorité précédente n'a pas tenu compte du comportement antérieur au 23 janvier 2009 notamment des "actes de violence" commis par l'intimé les 14 novembre, 19, 20 et 24 décembre 2008 ainsi que de l'envoi d'un sms menaçant constaté par huissier le 19 décembre 2008. Ce grief tombe à faux. La cour a tenu compte des irruptions au domicile privé survenues les 14, 19 et 20 décembre 2008 mais a jugé que l'interdiction de périmètre suffisait à protéger la recourante. Quant au cambriolage du 24 décembre 2008 et à l'envoi d'un sms, elle a nié qu'il s'agissait d'actes de violence ou de harcèlement imputables à l'auteur. La recourante ne prétend pas avoir rendu vraisemblable que son ex-compagnon était l'auteur du cambriolage, ni que l'envoi du sms devait être considéré comme un acte tombant sous le coup de l'<ref-law>. Elle ne démontre pas non plus que l'interdiction de périmètre était insuffisante à protéger la victime des agissements qu'elle a jugé illicites, soit les intrusions des 14,19 et 20 décembre 2008.
6. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Au vu de ce résultat, les frais sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé qui a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif et n'a pas été invité à se déterminer sur le fond.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 5 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Rey-Mermet