Faits:
A. Dès la fin de l'été 2004, A._ a travaillé auprès des époux X._ en qualité d'employée de maison. Le 7 juillet 2006, elle leur a annoncé être enceinte. Suite à une chute au domicile de ses employeurs, elle a été en incapacité de travail du 8 au 30 août 2006. Elle n'a plus retravaillé pour les époux X._ depuis lors. A plusieurs reprises en septembre 2006, elle leur a offert ses services et requis le paiement de son salaire.
B. Le 27 novembre 2006, l'employée a ouvert action contre ses employeurs, en paiement de la somme de 102'560 fr. 25 et en délivrance d'un certificat de travail.
Par jugement du 9 janvier 2008, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné les employeurs à payer à l'employée la somme brute de 43'929 fr. 40 avec intérêts à 5 % l'an dès le 9 août 2006 et à établir un certificat de travail. Il a en revanche rejeté les conclusions de l'employée en paiement de 42'626 fr. à titre de salaire jusqu'à la fin de sa grossesse et pendant le délai de congé d'un mois; il a retenu que l'employée avait donné son congé en juillet 2006 pour le 31 août 2006, et en conséquence nié une résiliation en temps inopportun de la part des employeurs.
L'employée a interjeté appel, concluant à l'annulation du jugement en tant qu'il concerne la fin des rapports de service, à ce qu'il soit constaté que son licenciement est intervenu en temps inopportun et à ce que les employeurs soient condamnés au versement de son salaire pendant toute la durée de la grossesse y compris pendant le délai post-natal, ainsi qu'à une indemnité pour licenciement en temps inopportun. Les employeurs ont conclu à l'irrecevabilité de l'appel faute de conclusions chiffrées et, par appel incident, au rejet de toutes les conclusions en paiement.
Par jugement du 23 février 2009, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a admis l'appel et rejeté l'appel incident. Elle a condamné les employeurs à payer à l'employée la somme nette de 42'626 fr. et la somme brute de 43'929 fr. 40, les deux avec intérêts à 5 % l'an dès le 9 août 2006. Elle a en outre invité la partie qui en a la charge à opérer les déductions légales et sociales usuelles, et condamné les employeurs à établir un certificat de travail.
C. Les époux X._ (les recourants) ont formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Ils concluaient à ce que l'appel cantonal de leur adverse partie soit déclaré irrecevable et à ce que celle-ci soit déboutée de toutes ses conclusions prises en appel, avec suite de dépens des instances cantonales et fédérale; ils précisaient attaquer le jugement d'appel uniquement sur la question de la fin des rapports de service, que la cour cantonale avait selon eux à tort qualifiée comme constituant un licenciement donné en temps inopportun; ils déclaraient par contre expressément renoncer à contester le montant de 43'929 fr. 40 alloué à titre d'heures supplémentaires, vacances non prises, etc. Ils demandaient également l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 12 mai 2009.
A._ (l'intimée) a proposé principalement l'irrecevabilité, subsi-diairement le rejet du recours, sous suite de dépens.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). En tant que cour suprême, il est instance de révision du droit (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4135). Certes, il peut rectifier ou compléter les faits s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, ce pour autant que la correction soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 et art. 105 al. 2 LTF). Cette exception à la règle selon laquelle le Tribunal fédéral ne revoit pas les faits ne permet pas aux parties de rediscuter dans leurs mémoires les faits de la cause comme si elles plaidaient devant un juge d'appel. La partie recourante qui entend faire rectifier ou compléter un fait doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions pour le faire seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 6.2); les exigences en matière de motivation correspondent à celles en matière de violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287 s).
Dans un préambule précédant les griefs à proprement parler, les recourants expliquent longuement, phase par phase, leur version des faits et divers points sur lesquels l'état de fait retenu par la cour cantonale devrait à leur avis être complété; il n'y a pas à entrer en matière sur un tel exposé. Au demeurant, les recourants reviennent sur ces questions de fait dans le cadre d'un grief tiré de la violation de l'interdiction de l'arbitraire.
2. Les recourants se plaignent d'abord d'une application arbitraire de l'art. 59 al. 2 de la loi genevoise du 25 février 1999 sur la juridiction des prud'hommes (LJP/GE; RSG E 3 10), qui dispose que le mémoire d'appel "indique notamment (...) les conclusions en appel", et de l'art. 7 de la loi genevoise du 10 avril 1987 de procédure civile (LPC/GE; RSG E 3 05) - applicable en vertu du renvoi de l'art. 11 LJP/GE -, selon lequel l'assignation contient notamment "les conclusions". Dans ce cadre, ils invoquent un arrêt cantonal genevois, rendu en 1952 en matière de réparation morale suite à une rupture de fiançailles, selon lequel sont seules recevables les prétentions pécuniaires qui s'expriment par un chiffre précis (arrêt de la Cour de justice civile du canton de Genève du 2 décembre 1952, in SJ 1954 p. 108). Comme les recourants le relèvent à bon escient, s'agissant d'une question de droit cantonal, le Tribunal fédéral ne peut l'examiner que sous l'angle d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2.3).
2.1 En l'occurrence, l'intimée n'a certes pas pris de conclusions chiffrées en appel. La cour cantonale a toutefois considéré qu'il ressortait clairement du mémoire d'appel mis en relation avec le mémoire de demande qu'elle réclamait 42'626 fr. pour licenciement abusif et que dans ces circonstances, déclarer le recours irrecevable dans une cause prud'homale relèverait du formalisme excessif. Ce faisant, elle n'a pas donné aux dispositions susmentionnées une interprétation insoutenable. Celles-ci n'exigent en effet pas expressément que les conclusions soient chiffrées. En outre, le Tribunal fédéral admet lui-même la recevabilité des recours qui lui sont adressés lorsque la partie recourante omet de chiffrer ses conclusions, mais que la somme demandée est néanmoins d'emblée reconnaissable au regard de la motivation du recours ou de la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 2).
2.2 Les recourants contestent que le montant pouvait être aisément déterminé dans le cas d'espèce. Ils en veulent pour preuve une erreur sérieuse qu'aurait commise la cour cantonale en retenant que l'intimée demandait le montant net de 42'626 fr. alors qu'il ressort de la demande et du jugement qu'elle réclamait le versement de la somme brute de 42'626 francs.
Les juges cantonaux ont certes condamné les recourants à payer 42'626 fr. nets. Mais dans les considérants de leur arrêt, ils disent uniquement être saisis de conclusions portant sur 42'626 fr., sans préciser si le montant est brut ou net (cf. arrêt attaqué consid. 4.2 p. 26). On ne peut dès lors savoir s'ils ont, le cas échéant, mal défini les conclusions, commis une inadvertance lors de la formulation du dispositif ou consciemment accordé plus que demandé. La question n'est toutefois pas pertinente.
En effet, comme les recourants le relèvent eux-mêmes, le Tribunal des prud'hommes a constaté sans aucune ambiguïté dans son jugement que l'intimée demandait le paiement de 42'626 fr. bruts à titre de salaire jusqu'à la fin de sa grossesse et pendant le délai de congé d'un mois, au motif qu'elle avait été licenciée pendant sa grossesse. Le montant requis, soit 42'626 fr. bruts, ressortait donc clairement du jugement de première instance et pouvait être déterminé sans difficulté. Il s'ensuit la recevabilité du recours en application des principes retenus par la cour cantonale, peu importe qu'elle ait le cas échéant commis une erreur évidente lors de la lecture du jugement de première instance.
3. Les recourants reprochent aux juges cantonaux d'avoir violé le principe ne eat judex ultra petita partium; en allouant à l'intimée 42'626 fr. nets alors qu'elle ne demandait que 42'626 bruts, c'est-à-dire sous déduction des cotisations sociales à sa charge, la cour cantonale lui aurait à tort alloué plus qu'elle ne demandait.
Le principe invoqué relève du droit cantonal (<ref-ruling> consid. 1 p. 360), qui ne peut être examiné que sous l'angle d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire et pour autant que ce grief ait été invoqué et motivé de manière précise (cf. <ref-ruling> consid. 2.3). En l'occurrence, les recourants n'invoquent pas l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire, mais argumentent comme si l'application du droit cantonal pouvait être examinée avec pleine cognition. Il s'ensuit l'irrecevabilité de leur grief.
Au demeurant, les recourants renvoient uniquement à l'<ref-law>/GE, qui précise que l'assignation doit contenir les conclusions. Or, exiger que le mémoire de demande contienne des conclusions ne signifie pas nécessairement que le juge ne peut pas allouer plus que ce qui est demandé. Les recourants ne démontrent pas en quoi l'autorité précédente aurait appliqué cette disposition de manière arbitraire dans le cadre de la présente procédure prud'homale.
4. Les recourants se plaignent de "violations répétées de l'interdiction de l'arbitraire dans la constatation des faits et l'interprétation des preuves".
4.1 Les recourants reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir retenu que l'intimée avait donné un premier congé en date du 15 mai 2006, quand bien même cet événement aurait été confirmé par les deux témoins B._ et C._. A cet égard, il apparaît que les juges cantonaux n'ont pas retenu ce fait au motif que les deux témoins n'avaient pas assisté à la prétendue déclaration de congé par l'intimée et qu'en plus, elles étaient des amies de la recourante. Les recourants ne discutent pas ces motifs, se contentant d'invoquer les témoignages en question; il s'ensuit l'irrecevabilité du grief. Au demeurant, on ne discerne pas en quoi consisterait l'arbitraire à ne pas retenir de tels témoignages.
4.2 Les recourants se plaignent de ce que les précédents juges n'auraient pas retenu qu'ils avaient appris la grossesse de l'intimée à fin juin ou au début juillet. Or, la cour cantonale a expressément constaté en fait que l'intimée leur avait annoncé qu'elle était enceinte le 7 juillet 2006 (cf. arrêt querellé consid. Bb p. 2). La critique est ainsi infondée, sans qu'il soit nécessaire d'examiner la pertinence du fait pour la question à juger.
4.3 Les recourants reprochent à la cour cantonale d'avoir mal interprété leur lettre du 17 août 2006 par laquelle ils ont annoncé l'intimée, qui travaillait pour eux depuis deux ans, à l'AVS. Les précédents juges relèvent qu'il n'y est fait aucune mention du congé que l'intimée aurait donné un mois plus tôt. Cette constatation est exacte; il ne s'y trouve aucune allusion à une résiliation des rapports de travail. La cour cantonale en a déduit que cette lettre ne contenait aucun élément probant pour la thèse des recourants, déduction qui ne prête pas le flanc à la critique. Au demeurant, si les rapports de travail avaient été résiliés, il aurait été logique que les employeurs, tenus de verser des cotisations pendant la durée de l'engagement, l'annoncent à l'AVS; il n'y avait donc rien d'insoutenable à voir dans l'omission un élément en faveur de la thèse de l'intimée.
4.4 Les recourants font grief aux juges cantonaux d'avoir retenu une indifférence totale de leur part parce qu'ils n'avaient pas été chercher les courriers recommandés que l'intimée leur avait adressés et qu'ils n'avaient pas pris de ses nouvelles après l'accident, et d'avoir ensuite considéré que cette indifférence était propre à démontrer qu'ils avaient congédié l'intimée et non l'inverse. Or, il est pour le moins défendable de déduire de cette passivité une indifférence vis-à-vis de l'intimée. Et ce comportement inhabituel face à une employée accidentée se comprend plus facilement si les recourants voulaient se séparer de l'intimée enceinte restée à leur service que si celle-ci avait donné son congé et les quittait de son propre gré. Il n'y a pas arbitraire à y voir un indice plaidant en défaveur des recourants.
4.5 Les recourants reprochent à la cour cantonale d'avoir retenu que le recourant n'avait pas contesté le témoignage du mari de l'intimée, qui avait déclaré que l'employeur lui avait offert, en septembre 2006, de verser 1'000 fr. par mois à l'intimée sans que celle-ci ait besoin de travailler, en souhaitant que le contrat de travail prenne fin trois mois après l'accouchement. Les recourants allèguent simplement que le recourant a contesté le témoignage dans le sens que les 1'000 fr. correspondaient à la différence entre le salaire effectivement payé et le salaire dû selon le contrat-type; même s'il en était ainsi, cette précision ne contredirait pas le témoignage et n'exclurait pas que le souhait de voir le contrat de travail prendre fin trois mois après l'accouchement ait été articulé. Le grief, au demeurant fort peu étoffé, est infondé.
4.6 Les recourants se plaignent ensuite une deuxième fois du fait que les précédents juges n'auraient pas retenu les témoignages B._ et C._. Ils ne discutent cependant toujours pas la motivation donnée dans l'arrêt attaqué; cette deuxième version du grief n'est pas plus consistante que la première. Il n'y a pas à entrer en matière.
4.7 Pour terminer, les recourants allèguent qu'une lecture attentive de l'arrêt attaqué permettrait de constater que la cour cantonale aurait procédé à une lecture généralement partiale et orientée du dossier, interprétant ses différents éléments exclusivement en faveur de la thèse de l'intimée et ignorant les aspects qui viennent contredire cette thèse; ils concluent qu'une telle lecture orientée serait manifestement constitutive d'arbitraire. Ce genre de dénigrement global ne répond évidemment pas aux exigences en matière de motivation d'un grief d'arbitraire. Il n'y a pas à s'y arrêter.
5. Les recourants se plaignent d'une violation de l'<ref-law>/GE - applicable par renvoi de l'art. 11 LJP/GE -, au motif que la cour cantonale aurait de façon arbitraire rejeté les témoignages B._ et C._. La disposition invoquée prévoit que le juge apprécie librement les résultats des mesures probatoires, à moins que la loi ne prescrive le contraire.
Il s'agit d'un grief portant sur le droit cantonal, qui ne peut être examiné que sous l'angle d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire et pour autant qu'il ait été invoqué et motivé de manière précise (cf. <ref-ruling> consid. 2.3). En l'espèce, les recourants n'invoquent pas l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire; ils argumentent comme si l'application du droit cantonal pouvait être examinée avec pleine cognition, et leur critique est ainsi irrecevable.
Au demeurant, la libre appréciation des preuves signifie que le juge apprécie librement la force probante des moyens de preuve administrés selon son intime conviction, sans être lié par des règles de preuve légales. Il y a violation du principe si le juge dénie d'emblée toute force probante à un moyen de preuve ou s'il retient un fait contre son intime conviction. En revanche, une appréciation des preuves fausse voire arbitraire ne viole pas le principe de la libre appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 1c et 1d in fine). En l'espèce, les recourants ne soutiennent pas que la cour cantonale n'aurait pas apprécié les preuves selon son intime conviction, et aucun indice dans ce sens ne ressort de l'arrêt attaqué. Les recourants, une fois encore, reviennent sur la décision des juges cantonaux d'écarter les témoignages B._ et C._ qu'ils estiment essentiels, mais ils se limitent derechef à en donner leur appréciation, sans démontrer en quoi les motifs retenus par la cour cantonale seraient insoutenables.
6. Les recourants reprochent aux juges cantonaux d'avoir violé l'<ref-law>. Ils soutiennent que ceux-ci auraient renversé le fardeau de la preuve qui incombait à l'intimée. Pour preuve, ils relèvent que la cour cantonale a retenu qu'ils n'avaient fourni aucun élément probant démontrant qu'ils avaient reçu le congé de l'intimée pour fin août 2006.
La citation des recourants est correcte. Ils omettent toutefois de préciser que les juges cantonaux n'en sont pas restés là, mais ont ensuite constaté que leur comportement après la prétendue réception du congé et après l'accident de l'intimée rendait les explications de celle-ci sur le déroulement des faits beaucoup plus vraisemblables que celles qu'ils avaient données dès septembre 2006. Les précédents juges en ont déduit que l'intimée n'avait pas donné le congé le 17 juillet 2006 et qu'elle avait été licenciée le 8 août 2006 avec effet immédiat. La cour cantonale n'a donc pas renversé le fardeau de la preuve; appréciant les preuves administrées, elle a tranché en défaveur des recourants non pas parce que ceux-ci n'avaient pas pu prouver leur version des faits, mais parce qu'elle a jugé que celle de l'intimée correspondait à la vérité. Le grief est donc infondé.
Pour le surplus, les recourants reviennent encore et toujours sur l'appréciation des témoignages B._ et C._. Il ne s'agit toutefois pas d'une question relevant de l'<ref-law>.
7. Les recourants se plaignent enfin d'une violation des art. 336c et 328 CO par l'allocation à l'intimée du salaire pendant la grossesse et le délai post-natal. Ils soutiennent que la grossesse n'empêche pas la travailleuse de donner son congé, si bien que l'intimée ne saurait profiter de la protection donnée par les dispositions précitées dès lors que c'est elle qui aurait donné le congé.
L'application du droit est examinée sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Fondée sur un autre état de fait, la critique des recourants est irrecevable.
8. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
9. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis solidairement à la charge des recourants, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Pour le surplus, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'est pas assistée d'un avocat.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 15 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz