Faits:
A. Le 16 janvier 1997, le Tribunal du IIème arrondissement pour les districts de Martigny et St-Maurice a condamné X._ à trois mois d'emprisonnement avec sursis, lequel a été révoqué par jugement du 27 novembre 2000.
B. Par décision du 25 juillet 2003, le Service de l'exécution des peines du canton de Fribourg (le SEP devenu depuis le SASPP, soit le Service de l'application des sanctions pénales et des prisons) a autorisé X._ à exécuter sa peine sous la forme d'un travail d'intérêt général (TIG).
Par décisions des 3 juillet et 2 novembre 2005, le SASPP et la Direction de la sécurité et de la justice du canton de Fribourg lui ont retiré l'autorisation d'effectuer un TIG. Par arrêt du 10 mai 2007, confirmé ultérieurement par l'autorité de céans, le Tribunal administratif a rejeté le recours dirigé contre le retrait du TIG et ordonné que la peine de 45 jours d'emprisonnement encore à subir soit exécutée en régime de semi-détention.
C. X._ a été convoqué pour exécuter le solde de sa peine au mois de février 2008.
Par décision du 29 janvier 2008, la Direction de la sécurité et de la justice du canton de Fribourg a déclaré irrecevable le recours dirigé contre l'ordre d'écrou dans la mesure où il s'agissait d'une décision d'exécution non sujette à recours.
Par arrêt du 8 avril 2008, la Ière Cour administrative du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours interjeté par X._ contre la décision précitée.
D. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 99 et 100 CP, il conclut au renvoi de l'affaire à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Invitée à se déterminer, la Ière Cour administrative conclut au rejet du recours, expliquant que le délai de prescription n'est plus applicable, l'intéressé ayant commencé l'exécution de sa peine. Il relève également que ce dernier n'a pas fait valoir la prescription en instance cantonale et que l'autorité de céans ne l'a pas constatée dans sa précédente décision.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué a été rendu dans le domaine de l'exécution des peines (<ref-law>), par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>). Il peut donc faire l'objet d'un recours en matière pénale (<ref-law>), que le recourant est manifestement habilité à former (art. 81 al. 1 let. a et b LTF).
1.2 Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) et n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués et n'est dès lors pas tenu de traiter des questions qui ne sont plus discutées devant lui, comme par exemple la prescription. Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
1.3 L'<ref-law> prohibe les faits nouveaux, les moyens de preuve nouveaux et les conclusions nouvelles. Lue a contrario, cette disposition n'interdit pas une argumentation juridique nouvelle, pour autant que celle-ci repose sur les constatations de fait de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.3 in fine).
2. 2.1 L'<ref-law> prévoit que, sauf disposition contraire de la loi, les dispositions du nouveau droit concernant la prescription de l'action pénale et des peines sont applicables également aux auteurs d'actes commis ou jugés avant l'entrée en vigueur du nouveau droit si elles lui sont plus favorables que celles de l'ancien droit (al. 1). Il est tenu compte du temps pendant lequel la prescription a couru avant l'entrée en vigueur du nouveau droit (al. 2).
Avec l'ancien droit, la peine de trois mois d'emprisonnement infligée au recourant se prescrit par cinq ans (art. 73 ch. 1 aCP). La prescription court du jour où le jugement devient exécutoire et, en cas de condamnation avec sursis, du jour où l'exécution de la peine est ordonnée (art. 74 aCP). La prescription d'une peine privative de liberté est suspendue pendant l'exécution ininterrompue de cette peine, pendant l'exécution immédiatement antérieure d'une autre peine privative de liberté ou d'une mesure de sûreté et pendant le délai d'épreuve en cas de libération conditionnelle (art. 75 ch. 1 aCP). Elle est interrompue par l'exécution de la peine et par tout acte fait en vue de l'exécution par l'autorité qui en est chargée. A chaque interruption, un nouveau délai de prescription commence à courir. Néanmoins, la peine est en tout cas prescrite lorsque le délai ordinaire est dépassé de moitié (art. 75 ch. 2 aCP).
Le nouveau droit, en vigueur depuis le 1er janvier 2007, n'a rien changé quant au délai de prescription de la peine infligée au recourant (cf. art. 99 ch. 1 let. e CP), à ses motifs de prolongation (cf. <ref-law>) et à son point de départ (cf. <ref-law>). En revanche, contrairement à l'ancienne loi, il ne prévoit plus de motifs d'interruption (FF 1999 II p. 1941).
2.2 En l'espèce, le sursis à la peine de trois mois d'emprisonnement infligée au recourant a été révoqué le 27 novembre 2000.
Selon l'ancien droit, le délai de prescription de cette peine a été à plusieurs reprises interrompu au sens de l'art. 75 ch. 2 aCP (cf. supra consid. B et C). De plus, la question se pose de savoir si, par application analogique de l'art. 75 ch. 1 aCP, l'exécution du TIG a suspendu ce délai. Dès lors, le délai absolu de sept ans et demi prévu par l'ancienne loi (cf. art. 73 al. 1 et 75 al. 2 aCP) n'est pas nécessairement acquis.
En revanche, vu la date de la décision précitée, la prescription de cinq ans est acquise en application de la nouvelle loi, celle-ci ne prévoyant aucun motif d'interruption. Pour le reste, il n'est pas nécessaire de trancher la question de savoir si ce délai de cinq ans a, en l'espèce, été prolongé par la durée du TIG, par application analogique avec l'<ref-law>, dès lors que la prescription est de toute manière acquise, le TIG ayant été effectué durant une période maximale inférieure à deux ans, soit du 25 juillet 2003 au 3 juillet 2005 (cf. supra consid. B). Partant, la peine de trois mois d'emprisonnement est prescrite et ne peut donc plus, à ce jour, être exécutée.
2.3 Dans son dispositif, la Ière Cour administrative a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité. Dans sa motivation, elle a toutefois laissé indécise la question de savoir si, sous certaines conditions, un ordre d'écrou était susceptible de faire l'objet d'un recours. Ainsi, cette question n'ayant pas été tranchée, l'intéressé n'avait pas à la discuter devant l'autorité de céans (cf. <ref-ruling> consid. 6.3).
3. En conclusion, le présent recours doit être admis et la décision attaquée annulée. Le recourant a procédé en personne et aucun motif particulier ne justifie de lui accorder des dépens. Il y a lieu de statuer sans frais (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision attaquée est annulée.
2. La peine infligée le 16 janvier 1997 à X._ est prescrite.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires ni alloué de dépens.
4. La cause est renvoyée à la Cour administrative pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Ie Cour administrative.
Lausanne, le 19 août 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Favre Bendani