Sachverhalt:
A. Rechtsanwalt B._ vertrat als amtlicher Beistand die Interessen eines Angeschuldigten, dem sexuelle Handlungen mit Kindern, eventuell sexuelle Nötigung und Vergewaltigung vorgeworfen worden war. Die Untersuchungsrichterin des Kantons Freiburg stellte das Verfahren am 14. Januar 2009 ein.
B. Im anschliessenden Entschädigungsverfahren fungierte B._ weiterhin als amtlicher Beistand. Das Kantonsgericht Freiburg fällte am 29. Juni 2009 den Sachentscheid und entschädigte den Rechtsbeistand für dieses Verfahren mit Fr. 700.--.
C. B._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei bezüglich der Entschädigung aufzuheben, und diese sei auf Fr. 4'051.80 zuzüglich Fr. 307.94 MWSt zu erhöhen. Eventuell sei die Sache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonsgericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe die Entschädigung ohne sein Kostenverzeichnis und ohne Begründung massiv zu tief festgelegt. Dadurch habe sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt und Art. 24 Abs. 1 URPG/FR willkürlich angewandt.
1.1 Zur Entschädigung des Beschwerdeführers hält die Vorinstanz lediglich fest, diese sei in Anbetracht der konkreten Umstände auf Fr. 700.-- festzusetzen, zuzüglich 7,6 % MWSt (<ref-law>/FR, Art. 24 Abs. 1 URPG/FR, Art. 1 Abs. 1 URTT/FR; angefochtener Entscheid S. 7 unten/8 oben).
1.2 Gemäss Art. 24 Abs. 1 URPG/FR entrichtet der Staat dem amtlichen Verteidiger zusätzlich zu den Reiseentschädigungen einen angemessenen Betrag, der vom Präsidenten der zuständigen Gerichtsbehörde oder vom Untersuchungsrichter gegen Vorweisung des Kostenverzeichnisses und unter Berücksichtigung der Umstände der Strafsache und der Anzahl der Sitzungen festgelegt wird.
Der kantonale Tarif hält in Art. 1 Abs. 1 fest: Die angemessene Entschädigung der Amtsverteidiger in Zivil- und Strafsachen wird auf Grund des Arbeitsaufwands sowie des Umfangs und des Schwierigkeitsgrads der Angelegenheit festgesetzt.
1.3 Diese beiden Bestimmungen sehen vor, dass die Entschädigung unter anderem "gegen Vorweisung des Kostenverzeichnisses" bzw. "auf Grund des Arbeitsaufwands" festzusetzen ist. Von einer pauschalen Entschädigung nach Ermessen ist nirgends die Rede.
Nach seiner eigenen Praxis entschädigt das Kantonsgericht lediglich Korrespondenzen und Telefongespräche pauschal, die zur Führung des Prozesses notwendig sind, aber den Rahmen einer einfachen Aktenverwaltung nicht überschreiten, insbesondere die Übermittlungsschreiben, die Gesuche um Fristerstreckung oder um Verschiebung einer Verhandlung (Urteil des Bundesgerichts 1P.194/2004 vom 18. Juni 2004, E. 4.2). Aus diesem Entscheid geht nirgends hervor, dass das Kantonsgericht weiter gehenden Aufwand pauschal honorieren würde.
Die Vorinstanz macht auch nicht geltend, dass der Beschwerdeführer von sich aus innert einer bestimmten Frist seine Kostennote hätte einreichen müssen.
Indem die Vorinstanz die Entschädigung festlegte, ohne sich dabei auf ein Kostenverzeichnis des Beschwerdeführers zu stützen, verletzte sie dessen Anspruch auf rechtliches Gehör bzw. wandte sie Art. 24 Abs. 1 URPG/FR willkürlich an. Deshalb ist der angefochtene Entscheid aufzuheben. Da Ermessensfragen zu beantworten sind, ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
1.4 Die Vorinstanz wird den Beschwerdeführer auffordern, ihr seine Kostenliste zu unterbreiten. Falls sie einzelne Posten zu kürzen gedenkt, wird sie ihn vor der Fällung des Entscheides in geeigneter Form anhören und seine Stellungnahme beim Kostenentscheid berücksichtigen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1P.194/2004 vom 18. Juni 2004, E. 5.3.3).
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Freiburg hat den Beschwerdeführer angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 29. Juni 2009 aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Freiburg hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Strafkammer des Kantonsgerichts Freiburg schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Mai 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner