Faits:
A.
Aux mois de décembre 2007 et 2008, B._ et C._ ont demandé à Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques, l'accès à des documents relatifs à la demande d'autorisation de mise sur le marché des médicaments X._ (actuellement propriété de A._) et Y._ (détenu par D._), soit les rapports d'évaluation interne de Swissmedic et les résumés des essais cliniques. Cette demande a fait l'objet d'une procédure de médiation devant le Préposé fédéral à la protection des données et à la transparence, lequel a rendu une recommandation le 30 mars 2010, favorable à un droit d'accès partiel.
Par décision du 12 mai 2010, Swissmedic a considéré qu'en vertu de la loi fédérale sur le principe de la transparence dans l'administration (LTrans, RS 152.3), un droit d'accès aux documents concernant X._ devait en principe être reconnu. Une liste des documents a été établie, avec la mention des caviardages opérés à la demande de A._ afin notamment de protéger les données personnelles et les secrets d'affaires; d'autres caviardages ont été refusés. Les requérantes ont reçu une version de cette décision qui ne comportait qu'une partie des motifs.
B.
Cette décision a fait l'objet de recours auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF) de la part des requérantes ainsi que de A._. Les premières estimaient notamment que leur droit d'être entendues avait été violé car elles n'avaient pas eu accès aux arguments soulevés, aux pièces produites et aux motifs retenus. A._ persistait à s'opposer au droit d'accès; elle demandait subsidiairement que l'intérêt public à la consultation des documents soit démontré et que les caviardages soient effectués selon ses souhaits.
Par décisions incidentes du 11 janvier 2011 le TAF a admis la qualité de partie des requérantes ainsi que de A._ (cf. arrêts 1C_234-235/2011 du 23 août 2011 déclarant irrecevables les recours formés par A._ contre ces prononcés incidents).
Par arrêt du 28 février 2013, le TAF a admis le recours des requérantes. Celles-ci n'avaient pas pu participer à la procédure ouverte après l'opposition de A._ à la recommandation du préposé; elles n'avaient pas pu prendre position sur les arguments de l'opposante (irrégularité qui avait toutefois pu être réparée en procédure de recours) ni consulter les pièces du dossier qui ne faisaient pas l'objet de la demande d'accès. Dans sa version caviardée remise aux requérantes, la décision de Swissmedic ne comportait pas de motivation quant aux différentes catégories de données qui devaient rester secrètes, et quant aux caviardages effectués. Rien ne permettait d'admettre que la demande d'accès serait abusive, et Swissmedic n'avait jamais garanti à A._ la confidentialité des données litigieuses. Aucune disposition de la loi fédérale sur les produits thérapeutiques (LPTh, RS 812.21) ne s'opposait au droit de consultation. La suspension de la procédure, s'agissant des documents relatifs à Y._, ne se justifiait pas au regard des objectifs de la LTrans; la cause était renvoyée à Swissmedic afin qu'il rende une décision s'il n'entendait pas suivre la recommandation du préposé. La cause était également renvoyée à Swissmedic afin qu'il communique aux requérantes les pièces du dossier ou en résume la teneur essentielle, puis qu'il détermine quels types de données devaient rester confidentielles.
C.
Trois recours en matière de droit public ont été formés contre cet arrêt. Par acte du 30 avril 2013 (rédigé en allemand et complété le 2 mai suivant) A._ (cause 1C_501/2013) demande au Tribunal fédéral de renvoyer la cause à l'instance précédente afin qu'elle annule la jonction des procédures A-4307/2010 (recours de A._ contre la décision de Swissmedic) et A-4356/2010 (recours des requérantes), et qu'elle annule la poursuite de la procédure concernant les documents relatifs à Y._; elle conclut à titre éventuel à ce que le Tribunal fédéral statue directement dans ce sens, et demande l'effet suspensif. Par actes du 1 er mai 2013, Swissmedic (cause 1C_502/ 2013) et le Département fédéral de l'intérieur (DFI, cause 1C_503/ 2013) forment deux recours de teneur quasi-identique, tendant à l'annulation de l'arrêt du TAF, à la constatation que les requérantes n'ont pas qualité pour recourir contre la décision de Swissmedic et au renvoi de la cause au TAF afin qu'il statue sur le recours de A._. L'effet suspensif est également requis.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à se déterminer sur les recours. Les requérantes concluent à la jonction des causes et à l'irrecevabilité des recours, subsidiairement à leur rejet. Swissmedic s'est prononcée dans le sens de l'admission du recours de A._. Cette dernière s'est prononcée dans le sens de l'admission des recours de Swissmedic et du DFI. Les parties ont déposé des observations complémentaires. D._ ne s'est déterminée dans aucune des trois causes.
Par ordonnances du 14 juin 2013, les demandes d'effet suspensif ont été admises.

Considérant en droit:
1.
Les recours sont tous dirigés contre un même arrêt. Même si les conclusions présentées diffèrent, il y a lieu de joindre les procédures et de statuer par un même arrêt, rédigé en français (<ref-law>). A ce stade de la procédure, la jonction ne comporte aucun risque de révélation de données protégées.
2.
L'arrêt attaqué a été rendu par le TAF en application du droit public, soit en particulier de la LTrans. Il peut en principe faire l'objet d'un recours au sens de l'<ref-law>. Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est applicable. Les recours ont été formés en temps utile (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF).
2.1. Selon l'<ref-law>, a qualité pour recourir quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et dispose d'un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Ont aussi qualité pour recourir en vertu de l'<ref-law>, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attribution (let. a), ainsi que les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours (let. d).
2.1.1. La recourante A._, qui s'est vue reconnaître la qualité de partie (recourante et intimée) devant le TAF et s'oppose à l'accès à des documents relatifs à une autorisation de mise sur le marché dont elle est bénéficiaire, a qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
2.1.2. Pour satisfaire aux exigences de l'art. 89 al. 2 let. d LTF, le droit de recours des autorités doit être prévu dans une loi au sens formel (cf. <ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 56), ouvrant expressément le recours à une autorité donnée (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 755 ss; arrêt 2C_527/2007 du 13 mai 2008 consid. 3.1). En l'occurrence, Swissmedic fonde sa qualité pour recourir sur l'<ref-law>. Selon cette disposition, l'institut est habilité à utiliser les voies de recours du droit cantonal et du droit fédéral contre les décisions rendues par les autorités cantonales et le Tribunal administratif fédéral en application de la présente loi et de ses dispositions d'exécution. L'institut recourant perd de vue que l'arrêt attaqué est rendu en application de la LTrans, laquelle ne prévoit pas de droit de recours de l'autorité. La procédure n'a pas pour objet la délivrance d'une autorisation de mise sur le marché ou toute autre décision rendue conformément aux buts visés à l'<ref-law>, mais ne concerne que l'accès à des documents. L'arrêt du TAF n'est donc pas rendu en application de la LPTh, et Swissmedic n'intervient qu'en tant qu'autorité ayant statué en vertu de l'<ref-law>, et dont la décision a été annulée par le TAF. Or, selon la jurisprudence, l'autorité de première instance n'a pas qualité pour recourir contre un jugement annulant l'une de ses décisions (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 279, 123 II 371 consid. 2 p. 373).
Il s'ensuit que le recours de Swissmedic est irrecevable pour ce motif déjà.
2.1.3. Le DFI fonde sa qualité pour recourir sur l'<ref-law>. Cette disposition instaure un droit de recours en faveur de la Chancellerie et des départements fédéraux, indépendamment des conditions posées à l'<ref-law> et sans qu'une participation à la procédure devant l'instance précédente ne soit nécessaire. Pour les départements fédéraux (à la différence des offices fédéraux), ce droit de recours ne doit pas être expressément consacré par une disposition spécifique du droit fédéral ( WALDMANN, BsK BGG, n° 49 ad art. 89). Le DFI n'indique pas précisément en quoi l'arrêt attaqué serait susceptible de violer la législation dans son domaine d'attribution. En effet, le recours est formé pour violation de la LTrans et de certaines dispositions de procédure (art. 6, 30, 35 et 61 PA). En substance, le DFI conteste l'admission des requérantes comme parties à la procédure, ainsi que la violation du droit d'être entendu qui a été reconnu par le TAF. L'application de la LTrans n'apparaît pas a priori comme un domaine d'attribution spécifique du DFI.
La question peut toutefois demeurer indécise, puisque l'irrecevabilité des recours s'impose pour une autre raison.
2.2. En vertu de l'<ref-law>, le recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. Il est également recevable contre certaines décisions préjudicielles et incidentes. Il en va ainsi de celles qui concernent la compétence et les demandes de récusation (<ref-law>). Quant aux autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément, elles peuvent faire l'objet d'un recours si elles sont susceptibles de causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Selon la jurisprudence, il appartient à la partie recourant de démontrer la réalisation de ces conditions, à moins que cela ne soit évident (<ref-ruling> consid. 4 p. 95; <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 141; arrêt 2C_111/2011 du 7 juillet 2011 consid. 1.1.1, in SJ 2012 I p. 97).
2.2.1. En règle générale, une décision de renvoi ne met pas fin à la procédure et constitue une décision incidente ne pouvant faire l'objet d'un recours immédiat qu'aux conditions prévues par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 101; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 481). En principe, elle n'est pas susceptible de causer un préjudice irréparable aux parties ou de justifier l'ouverture du recours pour des motifs d'économie de la procédure, le seul allongement de la durée de la procédure ou le seul fait que son coût s'en trouve augmenté n'étant pas considéré comme un élément constitutif d'un tel dommage (<ref-ruling> consid. 1.3.4 p. 36; <ref-ruling> consid. 2.2 et les arrêts cités).
2.2.2. En l'occurrence, le TAF a admis le recours des requérantes et renvoyé la cause à Swissmedic pour nouvelle décision. La procédure prévue par la LTrans était régie par les principes de procédure administrative. Les requérantes devaient donc être entendues et avoir accès au dossier. Cette consultation ne pouvait évidemment s'étendre aux pièces visées par la demande, mais devait comprendre diverses lettres échangées entre les parties et procès-verbaux dressés dans la procédure, sur lesquels Swissmedic s'était fondé pour rendre sa décision. La décision de l'institut, dans sa version caviardée, n'exposait pas suffisamment les motifs de refus liés à certaines données, ce qui ne permettait pas aux requérantes de contester valablement la décision. Swissmedic devait classer les données litigieuses en diverses catégories et fournir une motivation (existence de secrets d'affaires ou de données personnelles) pour chacune d'entre elles. Même la version non caviardée était, sur certains points, insuffisamment motivée.
Le TAF a par ailleurs considéré que Swissmedic devait également rendre une décision relative aux documents concernant Y._, dès lors qu'en décidant de suspendre cette procédure, il ne suivait pas la recommandation du Préposé. Cette suspension ne se justifiait pas au regard du principe de célérité et en l'absence de risque de décisions contradictoires. Le TAF a encore retenu que la demande de consultation ne constituait pas un abus de droit et qu'il n'y avait pas de garantie de secret de la part de Swissmedic. Ni les dispositions de la LPTh, ni l'accord sur les aspects des droits de propriété intellectuelle qui touchent au commerce (annexe 1.C de l'Accord OMC, RS 0.632.20) n'imposaient de manière absolue la confidentialité de ce type de données.
2.2.3. Compte tenu de cet arrêt, il appartiendra à Swissmedic de rendre une nouvelle décision suffisamment motivée, après avoir donné un certain accès au dossier et accordé aux requérantes l'occasion de s'exprimer. Swissmedic dispose dans ce cadre d'une grande marge de manoeuvre, qu'il s'agisse des modalités d'exercice du droit d'être entendu ou de la décision à rendre sur le fond. L'arrêt attaqué tranche certes diverses questions de fond (inexistence d'un abus de droit et application de l'Accord et de la LPth), mais il ne statue pas sur un objet indépendant du reste de la contestation. Il ne s'agit donc pas d'un arrêt partiel au sens de l'<ref-law>. Les recours ne portent d'ailleurs pas sur ces questions.
2.2.4. Selon le DFI - et Swissmedic -, il y aurait un préjudice irréparable en ce que l'accès au dossier qui doit être accordé aux requérantes et l'obligation de motiver la décision imposeraient de révéler des secrets d'affaires. Il n'en est rien: comme le relève le TAF, l'accès au dossier n'implique évidemment pas la révélation des données visées par la demande elle-même. L'<ref-law> permet en effet de refuser la consultation de pièces pour des motifs d'intérêt public ou privé. Conformément à l'<ref-law>, la teneur essentielle "se rapportant à l'affaire" devra être communiquée pour autant que la décision à rendre se fonde sur les pièces en question. L'accès au dossier ne sera dès lors ni illimité, ni inconditionnel et Swissmedic pourra adopter les restrictions imposées par les circonstances afin d'éviter, au cours de la procédure ou dans sa décision sur le fond, la révélation de secrets d'affaires ou de données personnelles. Les recourants se plaignent essentiellement de ce que la qualité de partie a été reconnue aux requérantes. Comme cela a été rappelé dans l'arrêt du 23 août 2011, l'admission d'une partie à la procédure (au contraire de l'exclusion d'une partie, qui a pour celle-ci un caractère final) ne constitue pas une décision susceptible de causer un préjudice irréparable (<ref-ruling> consid. 1 p. 15). Il n'y a pas lieu de revenir sur cette appréciation à ce stade de la procédure.
2.2.5. Pour sa part, A._ remet en cause l'arrêt attaqué sur deux points: la jonction des deux causes par le TAF et l'extension de la procédure aux documents concernant Y._. Elle ne démontre toutefois pas que l'arrêt attaqué serait susceptible de lui causer un préjudice irréparable sur l'un et l'autre de ces points. Les recours de A._ et des requérantes étaient dirigés contre une même décision de Swissmedic concernant la même demande d'accès à des documents. On ne voit pas en quoi le traitement simultané par le TAF de ces deux recours aurait comporté un risque de divulgation de données plus élevé que si les recours avaient fait l'objet de deux arrêts distincts. La recourante ne donne d'ailleurs aucune indication à ce sujet, alors qu'il lui appartient de démontrer l'existence d'un préjudice irréparable. En tant qu'il impose la reprise de la procédure concernant Y._, l'arrêt attaqué ne cause pas non plus de préjudice irréparable. D'une part en effet, le médicament en question n'est pas le même que celui pour lequel la recourante bénéficie d'une autorisation de mise sur le marché. Dans un premier temps, la recourante affirmait qu'il s'agissait d'un médicament générique mais, dans le complément formé avant l'échéance du délai de recours, elle précise qu'il s'agit bien d'un produit distinct; on ne voit dès lors pas en quoi la recourante serait légitimée à agir sur ce point. D'autre part, la jurisprudence constante considère que l'ouverture, la reprise ou la poursuite d'une procédure ne constituent pas des décisions susceptibles de provoquer un préjudice irréparable (<ref-ruling> consid. 4 p. 95; <ref-ruling> consid. 1 p. 59 et les arrêts cités).
3.
Pour les motifs qui précèdent, les trois recours apparaissent irrecevables. Conformément à l'<ref-law> (qui dispense des frais judiciaires la Confédération et les entités chargées de tâches de droit public), les frais des trois procédures sont mis à la charge de A._, qui succombe. Les intimées, qui n'ont pas agi par l'entremise d'un mandataire professionnel, n'ont pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 1C_501/2013, 1C_502/2013 et 1C_503/2013 sont jointes.
2.
Les recours sont irrecevables.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr. pour l'ensemble des procédures, sont mis à la charge de A._.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à D._ et au Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 12 février 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz