Sachverhalt:
A. W._, geboren 1961, schloss 1981 in Sarajevo (Bosnien-Herzegowina) die Ausbildung als Maschinenzeichnerin ab, nahm 1986 bei ihrem damaligen Ehemann in der Schweiz Wohnsitz und betätigte sich seit 1989 selbstständigerwerbend als Masseuse. Seit einer Heckauffahrkollision vom 4. Juli 2002 klagt sie über chronische Nacken- und Kopfschmerzen, Schwindel, Gangunsicherheit, Schlafstörungen, Erschöpfungszustand und Ängste, weshalb sie sich am 10. August 2004 bei der IV-Stelle Bern zum Rentenbezug anmeldete. Nach verschiedenen medizinischen Abklärungen ermittelte die IV-Stelle basierend auf dem polydisziplinären Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle vom 7. Januar 2008 (nachfolgend: MEDAS-Gutachten) einen Invaliditätsgrad von 20% und verneinte gestützt darauf einen Rentenanspruch (Verfügung vom 31. Juli 2008).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der W._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 3. Februar 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt W._ beantragen, die Invalidenversicherung habe ihr unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheids "die gesetzlichen Leistungen gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100% zu erbringen." Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz, eventuell an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese nach Einholung eines interdisziplinären Obergutachtens über den Leistungsanspruch der Versicherten neu entscheide. Schliesslich ersucht die Beschwerdeführerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Bereich der Invaliditätsbemessung [Art. 16 ATSG]). Ebenso entfällt eine Prüfung der Ermessensbetätigung nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (Urteil 8C_234/2009 vom 28. April 2009 E. 1 mit Hinweisen).
2. Am 1. Januar 2008 sind die Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) und anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision, AS 2007 5129 ff.) in Kraft getreten. Bei der Prüfung eines allenfalls schon vorher entstandenen Anspruchs auf eine Rente der Invalidenversicherung sind die allgemeinen intertemporalrechtlichen Regeln heranzuziehen, wonach in zeitlicher Hinsicht diejenigen Rechtssätze massgebend sind, die bei Verwirklichung des zu Rechtsfolgen führenden Sachverhalts galten. Demzufolge ist der vorliegend zu beurteilende Rentenanspruch für die Zeit bis zum 31. Dezember 2007 auf Grund der bisherigen und ab diesem Zeitpunkt - bis zum Erlass der strittigen Verfügung, welche rechtsprechungsgemäss die zeitliche Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildet (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen) - nach den neuen Normen zu prüfen (<ref-ruling> E. 1 S. 446 f. [mit Hinweis u.a. auf <ref-ruling>]). Dies fällt materiellrechtlich indessen nicht ins Gewicht, weil die 5. IV-Revision hinsichtlich der Invaliditätsbemessung keine substanziellen Änderungen gegenüber der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Rechtslage gebracht hat, sodass die zur altrechtlichen Regelung ergangene Rechtsprechung weiterhin massgebend ist (Urteil 8C_76/2009 E. 2).
3. Die Vorinstanz hat die zur Beurteilung des Leistungsanspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen und die dazu ergangene Judikatur zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Fest steht und unbestritten ist, dass weder das polydisziplinäre Gutachten des Zentrums für Medizinische Begutachtung X._ vom 3. Februar 2004 noch das psychiatrische Gutachten des Dr. med. H._ vom 26. Juli 2006, für sich allein schlüssig ist und sich als ausreichende Beweisgrundlage eignet zur Beantwortung der aus medizinischer Sicht zu klärenden Tatfragen.
5. 5.1 Das kantonale Gericht hat nach sorgfältiger und umfassender Würdigung der gesamten Aktenlage mit in allen Teilen zutreffender Begründung, worauf verwiesen wird (Art. 109 Abs. 3 BGG), korrekt erkannt, dass die Beschwerdeführerin gestützt auf das MEDAS-Gutachten vom 7. Januar 2008 trotz gesundheitlicher Beeinträchtigungen seit Juli 2002 zumutbarerweise in der Lage ist, ihre angestammte und jede andere leichte bis mittelschwere körperliche Tätigkeit ohne Überkopfarbeiten bei einer um 20% verminderten Leistungsfähigkeit erwerblich zu verwerten. Dieses Gutachten ist für die streitigen Belange umfassend, beruht auf allseitigen Untersuchungen, berücksichtigt die geklagten Beschwerden und ist in Kenntnis der Vorakten abgegeben worden; zudem ist es in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtend und enthält begründete Schlussfolgerungen (<ref-ruling> Erw. 3a). Somit kommt dieser Expertise grundsätzlich volle Beweiskraft zu.
5.2 Was die Beschwerdeführerin hiegegen vorbringt, ist offensichtlich unbegründet. Soweit sie geltend macht, schlüssig sei nur das von ihr selber in Auftrag gegebene Parteigutachten des Psychologen Dr. phil. K._ vom 9. März 2006, welcher "der Einzige [sei], der genau hingeschaut [...] und seine Diagnosen und Schlussfolgerungen auf umfangreiche Tests abgestützt" habe, begnügt sich die Versicherte im Wesentlichen mit appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid. Die ausschliesslich auf einer Exploration aus psychologischer Sicht beruhenden Erkenntnisse des Parteigutachters Dr. phil. K._, Fachpsychologe für Psychotherapie FSP, welcher vorwiegend auf neuropsychologischen Tests basierende Defizite beschrieb, ohne dass er gemäss vorinstanzlicher Feststellung über den entsprechenden Fachtitel im Bereich Neuropsychologie verfügte, vermögen die breit abgestützten Aussagen des polydisziplinären MEDAS-Gutachtens nicht ernsthaft in Frage zu stellen. Die MEDAS-Gutachter haben sich auch mit den Einschätzungen des Dr. phil. K._ befasst und ihre davon abweichende Beurteilung einleuchtend begründet. Die Vorinstanz hat zudem nach eingehender und ausführlicher Auseinandersetzung mit den von der Beschwerdeführerin in Auftrag gegebenen Berichten des Dr. phil. K._ vom 24. August 2008 sowie der Dres. med. R._ und S._, datierend vom 8. September 2008, überzeugend und nachvollziehbar dargelegt, weshalb neuropsychologische Testresultate allein nicht ausreichen, um Diagnosen zu stellen und die Arbeitsfähigkeit zu beurteilen. Die entsprechenden Untersuchungsergebnisse sind im Rahmen einer gesamthaften Beweiswürdigung nur insoweit bedeutsam, als sie überprüf- und nachvollziehbar sind und sich in die anderen (interdisziplinären) Abklärungsergebnisse schlüssig einfügen (<ref-ruling> E. 2b/bb S. 340; RKUV 2000 Nr. U 395 S. 316, U 160/98 E. 3; Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts I 542/05 vom 17. November 2006 E. 4.1). Inwiefern das kantonale Gericht den Sachverhalt auf der Grundlage des voll beweiskräftigen MEDAS-Gutachtens rechtsfehlerhaft festgestellt haben soll, ist nicht ersichtlich. Gegen die darauf basierende Ermittlung eines rentenanspruchausschliessenden Invaliditätsgrades gemäss angefochtenem Entscheid erhebt die Versicherte zu Recht keine Einwände.
6. Die offensichtlich unbegründete Beschwerde wird im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG - ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid (vgl. Art 102 Abs. 1 und Art. 109 Abs. 3 BGG) - erledigt.
7. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist zufolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG).
8. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Hochuli