Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer; Jg. 1957) war in den Jahren 2005/2006 bei der Bauunternehmung Y._ AG angestellt und über seine Arbeitgeberin bei der X._ Versicherungs-Gesellschaft (Beschwerdegegnerin) krankentaggeldversichert. Er war ab 3. Februar 2006 zu 100 % arbeitsunfähig und musste sich am 17. und 28. Februar 2006 im Kantonsspital Aarau einer Diskushernienoperation unterziehen. Die Beschwerdegegnerin erbrachte nach Ablauf der vertraglichen Wartefrist von 30 Tagen ab 5. März 2006 Taggeldleistungen, stellte diese aber auf Ende Juli 2006 wegen Verletzung der Mitwirkungspflichten wieder ein.
Der Beschwerdeführer stellte am 29. Juli 2008 gegen die Beschwerdegegnerin ein Betreibungsbegehren.
B. Am 10. Februar 2009 erhob der Beschwerdeführer Klage beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau und beantragte, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm Fr. 83'946.-- nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin erhob die Einrede der Verjährung und beantragte die Abweisung der Klage. Mit Urteil vom 8. September 2009 wies das Versicherungsgericht die Klage ab. Es erkannte, dass die Forderung verjährt sei und verwarf den Einwand des Beschwerdeführers, die Beschwerdegegnerin habe die Verjährungseinrede rechtsmissbräuchlich erhoben.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, es sei festzustellen, dass der Leistungsanspruch des Beschwerdeführers nicht verjährt ist. Die Sache sei zwecks Abklärung der weiteren Voraussetzungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, dem Beschwerdeführer Fr. 83'946.-- nebst Zins zu bezahlen. Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.
Mit Verfügung vom 8. Februar 2010 wurde das Gesuch des Beschwerdeführers, ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu bewilligen, abgewiesen. Der verfügte Kostenvorschuss von Fr. 4'000.-- ist in der Folge fristgerecht eingegangen.

Erwägungen:
1. Streitig sind Leistungen aus einer Kollektiv-Krankentaggeldversicherung, mithin aus einer Zusatzversicherung zur sozialen Krankenversicherung. Derartige Zusatzversicherungen unterstehen gemäss Art. 12 Abs. 2 und 3 des Bundesgesetzes vom 18. März 1994 über die Krankenversicherung (KVG; SR 832.10) dem Versicherungsvertragsgesetz vom 2. April 1908 (VVG; SR 221.229.1). Streitigkeiten aus solchen Versicherungen sind privatrechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 2.1 S. 442). Bei der vorliegenden Streitsache, mit der Taggeldleistungen verlangt werden, handelt es sich überdies um eine vermögensrechtliche Angelegenheit. Der Streitwert übersteigt die Grenze von Fr. 30'000.-- (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid wurde vom Versicherungsgericht des Kantons Aargau gefällt. Dieses entscheidet gemäss kantonalem Recht als einzige kantonale Instanz. Es nimmt zwar von der Einbettung in die aargauische Gerichtsorganisation her die Stellung eines oberen Gerichts ein, fungiert aber im vorliegenden Fall nicht als Rechtsmittelinstanz im Sinne von <ref-law> (vgl. für das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich <ref-ruling> E. 2.2.2.2 S. 443 f.). Dies schadet nicht, da die Frist zur Anpassung der kantonalen Ordnung nach <ref-law> noch läuft. Eine solche Anpassung wird sich ohnehin mit Inkrafttreten der schweizerischen Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 (ZPO; BBl 2009 21) erübrigen. Denn nach <ref-law> können die Kantone für Streitigkeiten aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung ein Gericht bezeichnen, das als einzige kantonale Instanz zuständig ist. Gleichzeitig wird <ref-law> dahingehend abgeändert, dass als Ausnahme vom Grundsatz des doppelten Instanzenzuges eine einzige kantonale Instanz nicht mehr von einem Bundesgesetz vorgeschrieben sein muss, sondern dass es genügt, wenn ein Bundesgesetz eine solche vorsieht. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Nach <ref-law> verjähren die Forderungen aus dem Versicherungsvertrag in zwei Jahren nach Eintritt der Tatsache, welche die Leistungspflicht begründet. Während Lehre und Rechtsprechung hierfür ursprünglich den Eintritt des Versicherungsfalles als massgeblich erachtet haben, wird nunmehr in der Praxis je nach Versicherungsart und Leistungsanspruch auf unterschiedliche fristauslösende Ereignisse abgestellt (vgl. die Zusammenstellung in <ref-ruling> E. 2b S. 270 f.). Dabei wird in der Regel der Zeitpunkt, in dem die leistungsbegründenden Tatsachenelemente feststehen, als fristauslösend angesehen (<ref-ruling> E. 2b S. 271; Urteil 5C.185/2003 vom 23. Dezember 2003 E. 2). In <ref-ruling> ging es um Krankentaggelder. Die Leistungspflicht des Versicherers wurde ausgelöst durch die krankheitsbedingte, ärztlich bescheinigte Arbeitsunfähigkeit und den Ablauf der vereinbarten Wartefrist. Das Bundesgericht führte aus, die Taggeldentschädigung müsse grundsätzlich, wenn sich nicht etwas anderes deutlich aus dem Vertrag ergebe, als einheitliche aufgefasst werden, die gesamthaft verjähre. Es entschied daher, dass die für die Dauer der Krankheit geltend gemachten Taggelder gesamthaft in zwei Jahren ab jenem Zeitpunkt verjährten (<ref-ruling> E. 2b S. 271 f.).
2.2 Die Vorinstanz bejahte gestützt auf diesen Entscheid den Eintritt der Verjährung. Sie erwog, die ärztlich attestierte Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers sei am 3. Februar 2006 eingetreten. Nach Ablauf der Wartefrist von 30 Tagen habe am 5. März 2006 die Verjährung begonnen und sei am 5. März 2008 eingetreten. Unter geltendem Recht bestehe kein Raum, den Verjährungsbeginn erst an den Zeitpunkt der Leistungseinstellung zu knüpfen. Dieser Standpunkt des Beschwerdeführers wäre berechtigt, wenn die Taggeldzahlungen erst kurz vor Ablauf der Verjährungsfrist eingestellt würden. Vorliegend habe die Beschwerdegegnerin bis Ende Juli 2006 Versicherungsleistungen erbracht und die definitive Einstellung der Taggeldzahlungen am 21. August 2006 mitgeteilt. Dem Beschwerdeführer seien somit rund eineinhalb Jahre verblieben, um seine Ansprüche klageweise oder durch Betreibung geltend zu machen.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Anwendung von <ref-law>. Seiner Meinung nach ist <ref-ruling> im vorliegenden Fall nicht einschlägig. Dieser Entscheid gelte für Fälle, in denen der Schuldner die grundsätzliche Schuldpflicht nie anerkannt habe. Vorliegend habe die Beschwerdegegnerin aber durch die Zahlung der fälligen Taggelder die grundsätzliche Schuldpflicht anerkannt, womit die Verjährungsfrist bei der ersten als auch den übrigen Zahlungen jeweils unterbrochen worden sei und neu zu laufen begonnen habe. Mit der letzten Zahlung vom 21. August 2006 sei eine neuerliche Verjährungsunterbrechung und ein neuer zweijähriger Fristenlauf eingetreten, der anlässlich der Betreibung vom 29. Juli 2008 noch nicht abgelaufen sei. Auch im Lichte des Urteils des Bundesgerichts 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 sei der Entscheid der Vorinstanz nicht haltbar. In diesem Urteil sei das Bundesgericht davon ausgegangen, dass eine telefonische Kontaktnahme einer Haftpflichtversicherung zwecks Vereinbarung eines Besprechungstermins die Verjährung zu unterbrechen vermöge. Wenn nun aber bereits ein Telefon als Anerkennungshandlung aufgefasst werde, müsse dies für ausgerichtete Taggelder einer Taggeldversicherung umso mehr gelten.
2.4 Der Einwand, <ref-ruling> sei vorliegend nicht einschlägig, verfängt nicht. Vielmehr kommt diesem Entscheid, was den Beginn der Verjährungsfrist anbelangt, auch für den vorliegenden Fall präjudizielle Bedeutung zu. Entsprechend ging die Vorinstanz korrekterweise gestützt auf <ref-ruling> davon aus, dass die zweijährige Verjährungsfrist nach <ref-law> für den Taggeldanspruch des Beschwerdeführers im Zeitpunkt zu laufen begann, in dem die leistungsbegründenden Tatsachenelemente feststanden, das heisst am 5. März 2006 mit der krankheitsbedingten, ärztlich bescheinigten Arbeitsunfähigkeit und dem Ablauf der vereinbarten Wartefrist von dreissig Tagen. Die Vorinstanz nahm auch richtig an, dass ab diesem Zeitpunkt die für die Dauer der Krankheit geltend gemachten Taggelder gesamthaft verjährten. Damit war aber erst der Beginn der Verjährungsfrist festgelegt.
Der Beschwerdeführer bringt grundsätzlich zutreffend vor, dass weiter die Frage einer Unterbrechung der Verjährung durch Anerkennung der Forderung seitens des Schuldners zu prüfen ist, was die Vorinstanz unterliess. Wie in der nachstehenden Erwägung aufgezeigt wird, hilft dieser Einwand dem Beschwerdeführer im Ergebnis jedoch nichts. Denn im relevanten Zeitraum liegt keine verjährungsunterbrechende Handlung der Beschwerdegegnerin vor, weshalb die Verjährung bei Anhebung der Betreibung am 29. Juli 2008 schon eingetreten war.
2.5 Gemäss <ref-law> wird die Verjährung durch Anerkennung der Forderung von Seiten des Schuldners unterbrochen. Eine Anerkennungshandlung nach <ref-law> setzt keinen auf eine Unterbrechung der Verjährung gerichteten Willen voraus. Als Anerkennung mit Unterbrechungswirkung gilt jedes Verhalten des Schuldners, das vom Gläubiger nach Treu und Glauben im Verkehr als Bestätigung seiner rechtlichen Verpflichtung aufgefasst werden darf (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 594; <ref-ruling> E. 7b S. 378 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 180 f.). Ob dies zutrifft, ist nach den konkreten Umständen des Einzelfalles zu bestimmen. Die Anerkennungserklärung muss sich an den Gläubiger richten (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 594; <ref-ruling> E. 11 S. 442). Für die Unterbrechung der Verjährung genügt es, dass der Schuldner erklärt, unter gewissen Voraussetzungen zur Leistung weiterer Zahlungen bereit zu sein und somit das Bestehen einer Restschuld nicht ausschliesst. Dass er über deren Höhe im Ungewissen ist, schadet nicht, denn die Anerkennung der grundsätzlichen Schuldpflicht genügt. Sie braucht sich nicht auf einen bestimmten Betrag zu beziehen (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 594; Urteil 5C.41/2002 vom 17. Juni 2002 E. 2.1; je mit Hinweisen).
2.6 Der Beschwerdeführer erblickt in der Ausrichtung von Taggeldern durch die Beschwerdegegnerin eine Anerkennung des Eintritts des Versicherungsfalls und der grundsätzlichen Schuldpflicht. Es ist denkbar, dass die Bezahlung von Taggeldern, die ohne jeden Vorbehalt ausgerichtet wird, als Anerkennung der grundsätzlichen Zahlungspflicht aus dem Schadensfall verstanden werden kann und darf. Vorliegend kann diese Frage indessen offen bleiben, weil nicht festgestellt ist, dass eine solche vorbehaltlose Zahlung nach dem 29. Juli 2006 erfolgt wäre. Da der Beschwerdeführer das Betreibungsbegehren am 29. Juli 2008 stellte, müsste nach dem 29. Juli 2006 eine Unterbrechungshandlung seitens der Beschwerdegegnerin erfolgt sein, ab welchem Zeitpunkt die zweijährige Verjährungsfrist neu zu laufen begonnen hätte, so dass der Beschwerdeführer seinerseits die Verjährung durch die Betreibung vom 29. Juli 2008 rechtzeitig hätte unterbrechen können. Dies ist nicht festgestellt, und der Beschwerdeführer bringt auch nicht vor, entsprechende Feststellungen seien zu Unrecht unterblieben.
Vielmehr behauptet er, mit der letzten Versicherungsleistung vom 21. August 2006 sei die Verjährung wiederum unterbrochen worden. Dem kann nicht gefolgt werden. Am 21. August 2006 teilte die Beschwerdegegnerin dem Beschwerdeführer mit, dass sie die Leistungen zufolge Verletzung der Mitwirkungspflichten definitiv einstelle. Damit brachte sie klar zum Ausdruck, dass sie nach der Zahlung für Juli 2006 keinen weiteren Anspruch des Beschwerdeführers anerkenne, sondern einen solchen bestreite. Der Beschwerdegegner durfte angesichts dieser eindeutigen Kundgabe der Beschwerdegegnerin, dass sie einen Anspruch des Beschwerdeführers verneine, ihre Zahlung im August 2006 (für Juli 2006) nach Treu und Glauben nicht als Bestätigung einer rechtlichen Verpflichtung zur Ausrichtung weiterer Taggelder auffassen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.4 S. 595). Darin kann demnach keine verjährungsunterbrechende Anerkennungshandlung erblickt werden und dem Beschwerdeführer ist nicht zu folgen, wenn er der letzten Versicherungsleistung vom August 2006 verjährungsunterbrechende Wirkung beimessen will.
2.7 Aus dem Urteil des Bundesgerichts 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 kann der Beschwerdeführer nichts für sich ableiten, da sich der dort zu beurteilende Sachverhalt vom vorliegenden grundlegend unterscheidet. In jenem Fall war die grundsätzliche Zahlungspflicht der Versicherung unbestritten. Das Bundesgericht betonte, dass die Frage, ob eine Erklärung des Schuldners als verjährungsunterbrechende Anerkennung zu deuten ist, mit Blick auf den konkreten Einzelfall zu entscheiden sei. Entsprechend wurde keineswegs ausgeführt, dass eine telefonische Kontaktnahme der Versicherung generell genüge, um die Verjährung zu unterbrechen. Die in jener Angelegenheit im Besonderen gegebenen Umstände erlaubten aber im konkreten Einzelfall, der Vereinbarung eines Besprechungstermins verjährungsunterbrechende Wirkung zuzuerkennen (Urteil 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 E. 4.4 und 4.5). Eine solche Konstellation ist vorliegend nicht gegeben.
2.8 Mithin war die zweijährige Verjährungsfrist im Zeitpunkt der Betreibungsanhebung am 29. Juli 2008 bereits abgelaufen und die Vorinstanz hat im Ergebnis zu Recht erkannt, dass die Taggeldansprüche des Beschwerdeführers verjährt sind.
3. Der Beschwerdeführer macht weiter eine unrichtige Anwendung von <ref-law> geltend. Er beharrt auf seinem Standpunkt, dass die Beschwerdegegnerin die Verjährungseinrede rechtsmissbräuchlich erhoben habe.
3.1 Nach der Rechtsprechung ist <ref-law> nicht nur dann verletzt, wenn der Schuldner den Gläubiger arglistig dazu verleitet, nicht innert nützlicher Frist zu handeln, sondern auch dann, wenn er - ohne Arglist - ein Verhalten gezeigt hat, das einerseits den Gläubiger bewogen hat, rechtliche Schritte während der Verjährungsfrist zu unterlassen, und das andererseits die Säumnis des Gläubigers auch bei objektiver Betrachtungsweise als verständlich erscheinen lässt. Das Verhalten des Schuldners muss für das verspätete Handeln des Gläubigers kausal sein (<ref-ruling> E. 2 S. 437; <ref-ruling> E. 4a S. 241; Urteil 4A_487/2007 vom 19. Juni 2009 E. 4.1). Nach der Praxis kann sich auch der bösgläubige Schuldner auf Verjährung berufen, ohne dass ihm Rechtsmissbrauch entgegengehalten werden kann (<ref-ruling> S. 101). Die Verjährungseinrede ist namentlich nicht schon deshalb rechtsmissbräuchlich, weil der Schuldner weiss, dass der eingeklagte Anspruch zu Recht besteht. Nur die positive Verursachung der Fristversäumnis durch entsprechendes Verhalten des Schuldners vermag die Gegeneinrede des Rechtsmissbrauchs zu rechtfertigen (Urteil 5C.37/1997 vom 6. März 1997 E. 3a).
3.2 Die Vorinstanz führte dazu aus, die Beschwerdegegnerin habe nach der Einstellung der Taggeldleistungen den damaligen Vertretern des Beschwerdeführers mit Schreiben vom 22. Dezember 2006 und E-Mail vom 19. Juni 2007 mitgeteilt, die Umstände der Zustellung des "Gutachtensaufgebotes" würden noch einmal abgeklärt. Zudem sei am 16. März 2007 die Einreichung aktueller Arztzeugnisse verlangt, im April 2007 beim behandelnden Arzt nachgefragt und im Juli 2007 eine erneute Orientierung über den medizinischen Fallverlauf angefordert worden. Die Vorinstanz gestand zu, dass sich die Beschwerdegegnerin in Betrachtung des gesamten Fallverlaufs unklar bzw. widersprüchlich verhalten habe. Entscheidend sei aber, dass sie zu keiner Zeit Leistungszusagen gemacht, sondern jeweils nur weitere Abklärungen angekündigt habe. Auch wenn sie ihre Leistungsablehnung auf formelle Gründe gestützt habe (Verletzung der Mitwirkungspflichten), sei es nachvollziehbar, dass sie bei ihren Abklärungen auch den medizinischen Sachverhalt mitberücksichtigt habe. Dass sie damit beim Beschwerdeführer ein begründetes Vertrauen erweckt hätte, wonach der Ablehnungsgrund der verletzten Mitwirkungspflichten fallen gelassen werde, sei nicht ersichtlich. Mit E-Mail vom 19. Juni 2007 und Schreiben vom 22. Januar und 25. Februar 2008 habe sie eindeutig ihre Leistungsablehnung wie auch den (formellen) Ablehnungsgrund bestätigt. Spätestens dann hätte der Beschwerdeführer handeln müssen; dann sei die Verjährungsfrist noch nicht abgelaufen gewesen. Dass er weiterhin untätig geblieben sei und erst Ende Juli 2008 die Betreibung eingeleitet habe, könne nicht dem Verhalten der Beschwerdegegnerin angelastet werden.
3.3 Diese Erwägungen der Vorinstanz sind entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht zu beanstanden. Indem der Beschwerdeführer die Erwägungen in appellatorischer Weise als offensichtlich unrichtig und erstaunlich kritisiert, begründet er keine Verletzung von <ref-law>. Er vermag kein Verhalten der Beschwerdegegnerin zu nennen, das ihn veranlasst hätte, während der Verjährungsfrist rechtliche Schritte zu unterlassen, und das seine Säumnis auch bei objektiver Betrachtung als verständlich erscheinen liesse. Namentlich ist der Vorinstanz beizupflichten, dass der Einbezug des medizinischen Sachverhalts in die Abklärungen nachvollziehbar ist, zumal die Beschwerdegegnerin Zweifel an der durch den Hausarzt bestätigten Arbeitsunfähigkeit hegte und deshalb eine Begutachtung des Beschwerdeführers veranlassen wollte, in deren Zusammenhang die Verletzung der Mitwirkungspflichten auftrat. Die Vorinstanz wies schliesslich auf den entscheidenden Punkt hin, dass die Beschwerdegegnerin trotz des Einbezugs des medizinischen Sachverhalts in die Abklärungen beim Beschwerdeführer kein begründetes Vertrauen erweckte, sie werde am Ablehnungsgrund der verletzten Mitwirkungspflichten nicht mehr festhalten. Eine treuwidrige Handlungsweise kann der Beschwerdegegnerin nicht vorgeworfen werden.
Der Beschwerdeführer beruft sich insbesondere auf das E-Mail der Beschwerdegegnerin an die damalige Vertreterin des Beschwerdeführers vom 19. Juli (recte Juni) 2007. Damit habe die Beschwerdegegnerin ein berechtigtes Vertrauen beim Beschwerdeführer erweckt, die Obliegenheitsverletzung werde im Fall, dass die IV eine Erwerbsunfähigkeit anerkenne, allenfalls fallen gelassen. Dem kann nicht gefolgt werden. In diesem E-Mail ist davon die Rede, ein möglicher Lösungsansatz könnte sein, vorerst die Abklärungen der IV abzuwarten. Sollte die IV zum Entscheid kommen, dass eine Erwerbs- und Arbeitsunfähigkeit nicht gegeben sei, so müsste die Beschwerdegegnerin sicher analog daran festhalten - sofern sie überhaupt eine Leistung aufgrund der vorliegenden Obliegenheitsverletzung prüfe. Gerade mit Blick auf den letzten Passus, in dem wiederum die Leistungsverweigerung wegen der Obliegenheitsverletzung klar vorbehalten wird, durfte die Vorinstanz annehmen, dass die Beschwerdegegnerin beim Beschwerdeführer kein begründetes Vertrauen erweckt hat, wonach am Ablehnungsgrund der verletzten Mitwirkungspflicht nicht mehr festgehalten werde. Da somit die Obliegenheitsverletzung vorbehalten und damit überhaupt eine Leistungsprüfung als unsicher dargestellt wurde, kann im E-Mail vom 19. Juni 2007 keine verjährungsunterbrechende Anerkennungshandlung erblickt werden, wie der Beschwerdeführer dies zusätzlich geltend macht.
Die vorliegende Sachlage ist auch nicht vergleichbar mit derjenigen, welche dem vom Beschwerdeführer angerufenen Urteil des Bundesgerichts 4A_487/2007 / 4A_491/2007 vom 19. Juni 2009 zugrunde liegt. In diesem Entscheid hatte die Versicherung im Nachgang zum Unfall der Versicherten deren Ehemann angeschrieben mit der Aufforderung, sich zu gedulden, bis die vom privaten Haftpflichtversicherer angeforderte medizinische Expertise vorliege, die erlauben werde, den Invaliditätsgrad festzustellen. In einem späteren Schreiben liess die Versicherung das Ehepaar wissen, dass sie den verbleibenden Invaliditätsgrad noch nicht habe ermitteln können, da die Expertise noch nicht vorliege. Gleichzeitig bekräftigte sie ihr Interesse an dieser Expertise und kündigte an, das Ehepaar auf dem Laufenden zu halten. Das Bundesgericht erachtete dieses Verhalten der Versicherung für geeignet, die Versicherte zum Abwarten zu veranlassen und in ihr den Glauben zu erwecken, dass die Versicherung die geschuldete Versicherungsleistung erbringen werde und es nur noch um die Feststellung des Grades der Invalidität gehe (Urteil 4A_487/2007 / 4A_491/2007 vom 19. Juni 2009 E. 4.2). Ein entsprechendes Verhalten der Beschwerdegegnerin ist vorliegend nicht festgestellt. Der Beschwerdeführer vermag daher aus diesem Entscheid nichts für sich abzuleiten.
3.4 Die Vorbringen des Beschwerdeführers erweisen sich als unbegründet. Die Vorinstanz hat <ref-law> nicht verletzt, indem sie einen Rechtsmissbrauch mit Bezug auf die Verjährungseinrede verneinte.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Der obsiegenden Beschwerdegegnerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da keine Vernehmlassung eingeholt wurde.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer