Sachverhalt:
A. Die X._ S.A. liess am 5. November 2010 gegen Y._ wegen Betrug und Urkundenfälschung Strafanzeige erstatten. Dabei machte sie im Wesentlichen geltend, mit Vertrag vom 4. Mai 2009 der A._ GmbH ein Darlehen über Euro 450'000.-- gewährt zu haben. Y._ sei Geschäftsführer und einziger Gesellschafter der A._ GmbH. Für die X._ S.A. habe B._ unterzeichnet, für die A._ GmbH C._, der von Y._ eine Vollmacht erhalten habe. Per 7. Mai 2009 (Valuta-Datum) habe sie den Betrag auf ein Postfinance-Konto der A._ GmbH überwiesen. Im Darlehensvertrag habe ihr die A._ GmbH zugesichert, das Darlehen innert 60 Tagen zurückzuerstatten und dafür einen Bonus von 20 % des Darlehensbetrags zu gewähren. Y._ habe B._ erklärt, mit der Darlehenssumme solle eine Bankgarantie finanziert werden. Die Bankgarantie diene dazu, Gelder für eine Investition in ein Goldgeschäft der D._ AG mit Sitz in Schweden bereit zu stellen. Angesichts der exponentiell ansteigenden Goldkurse, so das Versprechen der A._ GmbH, könne nach kurzer Zeit ein Teil des Gewinns aus dem Goldgeschäft als Bonus an die X._ S.A. ausbezahlt werden. Die A._ GmbH habe weiter erklärt, dass sie bei diesen Gewinn bringenden Geldgeschäften über ein Joint Venture Agreement von einer auf Goldhandel spezialisierten Gesellschaft, der E._ Pte. Ltd., unterstützt werde. Ein entsprechendes Agreement sei ihr übergeben worden. Die A._ GmbH habe ihre Versprechen jedoch nicht eingehalten und Y._ lehne es ab, den Erhalt der Darlehenssumme zu bestätigen. Schliesslich habe die A._ GmbH kurz nach der erfolgten Überweisung eine Rechnung der E._ Pte. Ltd. vom 7. Mai 2009 über Euro 400'000.-- vorgelegt. Diese beziehe sich angeblich auf die Begleichung von Bankgebühren für die Emission einer Bankgarantie. Bei genauerer Betrachtung ergäben sich allerdings Hinweise darauf, dass es sich um eine Fälschung handle.
Mit Verfügung vom 3. Februar 2011 nahm die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug die Strafuntersuchung gegen Y._ nicht an die Hand. Eine dagegen von der X._ S.A. erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zug mit Urteil vom 17. August 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 21. September 2011 beantragt die X._ S.A., das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, die Strafuntersuchung gegen Y._ wegen Betrug unter Berücksichtigung der mit der Strafanzeige gestellten Einziehungsanträge an die Hand zu nehmen.
Das Obergericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Staatsanwaltschaft hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdegegner hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> gegeben.
1.2 Die Einstellungsverfügung datiert vom 3. Februar 2011. Anwendbar ist deshalb die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0; siehe Art. 453 f. StPO und zur Publ. bestimmtes Urteil 1B_123/2011 vom 11. Juli 2011 E. 1.1 mit Hinweisen).
1.3 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Da der angefochtene Entscheid nach dem 31. Dezember 2010 datiert, beurteilt sich die Frage des rechtlich geschützten Interesses nach der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Fassung von <ref-law> (<ref-law>). In Betracht fällt vorliegend einzig Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG. Danach wird der Privatklägerschaft ein rechtlich geschütztes Interesse zuerkannt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Dies verlangt grundsätzlich vom Privatkläger, dass er bereits adhäsionsweise Zivilforderungen geltend gemacht hat. Ausnahmsweise, bei Nichtanhandnahme oder Einstellung des Strafverfahrens, ist auf dieses Erfordernis zu verzichten, zumal von der Privatklägerschaft in solchen Fällen nicht verlangt werden kann, dass sie bereits adhäsionsweise Zivilforderungen geltend gemacht hat. Immerhin ist jedoch erforderlich, dass im Verfahren vor Bundesgericht dargelegt wird, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderungen auswirken kann (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 199; <ref-ruling> E. 1 S. 141; zur Publ. bestimmtes Urteil 1B_236/2011 vom 15. Juli 2011 E. 1.3.1; je mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Sie hat die Strafanzeige noch vor Inkrafttreten der Schweizerischen Strafprozessordnung gestellt, weshalb es ihr damals nicht möglich war, im Sinne von <ref-law> zu erklären, sie beteilige sich am Strafverfahren als Straf- oder Zivilklägerin. Die Staatsanwaltschaft hat sie offensichtlich vor der Verfügung der Nichtanhandnahme auch nicht auf die Möglichkeit einer derartigen Erklärung hingewiesen (<ref-law>). Unter diesen Voraussetzungen ist für die Bejahung der Legitimation nach Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 ausreichend, dass die Beschwerdeführerin den Zusammenhang zwischen dem angefochtenen Entscheid und ihren Zivilforderungen aufzeigt. Dies hat sie in ihrer Beschwerdeschrift getan.
1.4 Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und des Willkürverbots. Sie habe das Obergericht im Detail auf die aktuelle Rechtsprechung des Bundesgerichts hingewiesen. Dies betreffe die Aspekte der Arglist und der Opfermitverantwortung. Das Obergericht habe sich damit jedoch nicht auseinandergesetzt.
2.2 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236 mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz hat sich mit den Fragen der Arglist und der Opfermitverantwortung auseinandergesetzt. Insbesondere hat sie sich auch zur Bedeutung von unseriös hohen Renditeversprechen und der Geschäftserfahrung des Opfers geäussert. Dass sie sich mit jedem einzelnen Argument der Beschwerdeführerin befasst, ist nach dem Gesagten nicht vorausgesetzt. Die wesentlichen Punkte sind im angefochtenen Entscheid enthalten, und die Beschwerdeführerin war offensichtlich in der Lage, diesen in voller Kenntnis der Sache ans Bundesgericht weiterzuziehen. Ihre Rüge ist somit unbegründet.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, die Nichtanhandnahme habe <ref-law> und <ref-law> verletzt. Ein unverhältnismässig hohes Renditeversprechen schliesse die Erfüllung des Betrugstatbestands nicht per se aus. Es sei also nicht relevant, ob ein Gewinnversprechen als solches "seriös" bzw. "nicht seriös" sei. Im Devisenhandel seien aufgrund der eingesetzten Hebel Gewinne von 400 % ebenfalls nicht gänzlich ausgeschlossen. Zwar sei nicht zu verkennen, dass bestimmte Klauseln des Darlehensvertrags wie auch des Joint Venture Agreements sowie die in Aussicht gestellten Gewinne B._ zu Vorsicht hätten mahnen müssen. Auch möge zutreffend sein, dass dieser in finanziellen Belangen nicht gänzlich unerfahren sei. Das schliesse jedoch einen Betrug ebenfalls nicht aus. Zudem habe B._ keinerlei Erfahrung im Trading-Geschäft oder im Bankgarantien- bzw. Goldhandel. Er habe sich in erster Linie auf den Rückzahlungswillen des Beschuldigten verlassen und sich darüber hinaus eine 20-prozentige Verzinsung innert kurzer Zeit erhofft; die ebenfalls zugesagte Beteiligung dürfte weniger im Vordergrund gestanden haben. Es sei von einem raffinierten Lügengebäude auszugehen, welches nicht einfach zu durchschauen gewesen sei. Insbesondere sei für B._ nicht feststellbar gewesen, dass von Anfang an der Wille zur Darlehensrückzahlung fehlte. Schliesslich könne der Beschwerdeführerin auch nicht vorgeworfen werden, angesichts des minimalen Stammkapitals der A._ GmbH nicht misstrauisch geworden zu sein, zumal viele finanzkräftige GmbHs lediglich das Mindeststammkapital von Fr. 20'000.-- aufwiesen.
Insgesamt stehe deshalb keineswegs eindeutig fest, dass der Betrugstatbestand wegen Opfermitverantwortung entfalle. Eine Nichtanhandnahme hätte deshalb nicht erfolgen dürfen.
3.2 Die Staatsanwaltschaft eröffnet eine Untersuchung, wenn sich aus den Informationen und Berichten der Polizei, aus der Strafanzeige oder aus ihren eigenen Feststellungen ein hinreichender Tatverdacht ergibt (<ref-law>). Die Staatsanwaltschaft verzichtet auf die Eröffnung, wenn sie sofort eine Nichtanhandnahmeverfügung oder einen Strafbefehl erlässt (<ref-law>). Die Nichtanhandnahme wird verfügt, sobald aufgrund der Strafanzeige oder des Polizeirapports feststeht, dass die fraglichen Straftatbestände oder die Prozessvoraussetzungen eindeutig nicht erfüllt sind (<ref-law>). Wird eine Untersuchung eröffnet, so richtet sich deren Durchführung nach den Bestimmungen von <ref-law>. Erachtet die Staatsanwaltschaft die Untersuchung als vollständig, so erlässt sie einen Strafbefehl oder kündigt den Parteien schriftlich den bevorstehenden Abschluss an und teilt ihnen mit, ob sie Anklage erheben oder das Verfahren einstellen will (vgl. <ref-law>). Eine Einstellung des Verfahrens erfolgt insbesondere, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (<ref-law>), oder kein Straftatbestand erfüllt ist (<ref-law>).
Nach dem Wortlaut von <ref-law> muss somit feststehen, dass "die fraglichen Straftatbestände (...) eindeutig nicht erfüllt sind". Es muss mit anderen Worten sicher sein, dass der Sachverhalt unter keinen Straftatbestand fällt, was etwa der Fall ist bei rein zivilrechtlichen Streitigkeiten. Eine Nichtanhandnahme darf nur in sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen ergehen. Insbesondere ist bei Ereignissen mit schwerwiegenden Folgen in der Regel eine Untersuchung durchzuführen. Dies gilt namentlich, wenn eine Person bei einem Unfall eine schwere Körperverletzung erleidet und eine strafrechtliche Drittverantwortung nicht eindeutig ausgeschlossen werden kann. Im Zweifelsfall ist folglich eine Untersuchung zu eröffnen (zum Ganzen: zur Publ. bestimmtes Urteil 1B_365/2011 vom 30. September 2011 E. 2.2 f. mit Hinweisen).
3.3 Gemäss <ref-law> macht sich des Betruges u.a. schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
Der Tatbestand des Betruges erfordert eine arglistige Täuschung. Wer sich mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit selbst hätte schützen bzw. den Irrtum durch ein Minimum zumutbarer Vorsicht hätte vermeiden können, wird strafrechtlich nicht geschützt. Mit dem Tatbestandsmerkmal der Arglist verleiht das Gesetz dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung wesentliche Bedeutung. Dabei ist die jeweilige Lage und Schutzbedürftigkeit des Betroffenen im Einzelfall entscheidend. Besondere Fachkenntnis und Geschäftserfahrung des Opfers sind in Rechnung zu stellen. Auch unter dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung erfordert die Erfüllung des Tatbestands indes nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen Vorkehren trifft. Arglist scheidet lediglich aus, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet. Entsprechend entfällt der strafrechtliche Schutz nicht bei jeder Fahrlässigkeit des Opfers, sondern nur bei Leichtfertigkeit (<ref-ruling> E. 5.2 S. 79 ff. mit Hinweisen).
3.4 Das Obergericht ging davon aus, dass B._ zwar über keinerlei Erfahrung im Trading-Geschäft oder im Bankgarantien- bzw. Goldhandel verfüge, jedoch in Finanzfragen nicht gänzlich unerfahren sei, da er mit der X._ S.A. über eine Offshore-Gesellschaft in Panama verfüge. Das wird von der Beschwerdeführerin nicht in Abrede gestellt.
Zur Frage, ob B._ bzw. der Beschwerdeführerin vor diesem Hintergrund Leichtfertigkeit vorgeworfen werden kann, führte die Vorinstanz aus, der Darlehensvertrag habe unbestrittenermassen über die Darlehensrückzahlung nach zwei Monaten hinaus eine Verzinsung zu 600 % (p.a.) beinhaltet. Die Beschwerdeführerin ist diesbezüglich wie erwähnt der Ansicht, es sei nicht relevant, ob ein Gewinnversprechen als solches "seriös" bzw. "nicht seriös" sei. Zudem könnten beispielsweise im Devisenhandel aufgrund der eingesetzten Hebel Gewinne von 400 % ebenfalls nicht gänzlich ausgeschlossen werden.
Dazu ist zweierlei zu bemerken. Zum einen ist die Frage, ob ein Gewinnversprechen "unseriös" ist, nicht von vornherein unbedeutend. Wenn nämlich das Gewinnversprechen Ausmasse annimmt, die es von den Realitäten des üblichen Wirtschaftsverkehrs weit entfernt, mit anderen Worten "das Blaue vom Himmel versprochen wird", so muss einer in Finanzfragen nicht unerfahrenen Person Leichtfertigkeit vorgeworfen werden, wenn sie sich darauf einlässt. Zum andern trifft gewiss zu, dass im Devisenhandel unter dem Einsatz von Hebeleffekten Gewinne von 400 % nicht ausgeschlossen sind. Entscheidend ist jedoch nicht nur der Ertrag, sondern auch das Risiko. Dieses ist bei Spekulationen mit Hebeleffekten entsprechend hoch. Vorliegend gilt es jedoch einen Darlehensvertrag zu beurteilen, welcher keine aleatorischen Elemente und auch keine Risikobeteiligung enthält. Vielmehr wurde gemäss angefochtenem Entscheid nicht nur die Rückzahlung des Darlehens zum Nominalwert versprochen, sondern auch ein Bonus von 20 % in bar und von 80 % in Form von Anteilen an einer Aktiengesellschaft. Dabei bestimmte sich die Anzahl der Anteile nach deren Wert am Tag der Darlehensrückzahlung, bestand also auch diesbezüglich eine Nennwertgarantie. Unter Berücksichtigung der Laufzeit des Darlehens von zwei Monaten ergibt dies eine Verzinsung von 600 % pro Jahr. Dass dies bei einem Darlehensvertrag ohne Risikobeteiligung weit jenseits des im Wirtschaftsverkehr Üblichen liegt, muss einer Person mit wirtschaftlichen Grundkenntnissen auffallen. Die Beschwerdeführerin handelte offensichtlich leichtfertig, wenn sie sich trotzdem auf das Geschäft einliess.
Zutreffend ist, dass ein Blick auf den Handelsregisterauszug der A._ GmbH über deren Bonität kaum etwas ausgesagt hätte, zumal die Bonität von der Höhe des Stammkapitals weitgehend unabhängig ist. Dies ist jedoch nicht von Bedeutung, zumal sich die Beschwerdeführerin unter den gegebenen Voraussetzungen von vornherein nicht hätte auf das Geschäft einlassen dürfen.
Die Beschwerdeführerin versucht schliesslich, ihren Standpunkt mit dem Hinweis auf zwei Bundesgerichtsurteile zu untermauern, die sie als mit dem vorliegenden Fall vergleichbar erachtet. Sie übersieht, dass diese Urteile in relevanten Punkten eben doch nicht vergleichbar sind, nämlich bezüglich der Höhe des versprochenen Gewinns und des (offenbarten) Risikos (vgl. Urteile 6P.190/2006 E. 2.2 und E. 7, nicht publ. in: <ref-ruling>; 6P.34/2007 vom 18. April 2007 E. 4 und 7).
Mangelt es nach dem Gesagten offensichtlich am Tatbestandselement der Arglist, so liegt weder eine Verletzung von <ref-law> noch von <ref-law> vor. Die Rüge der Beschwerdeführerin ist unbegründet.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Sie hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, II. Abteilung, und dem Obergericht des Kantons Zug, I. Beschwerdeabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold