Erwägungen:
1. X._ studierte Psychologie an der Universität Basel. Am 5. August 2011 absolvierte sie die propädeutische Wiederholungsprüfung "Klinische Psychologie", welche sie zum zweiten Mal nicht bestand. X._ wandte sich in der Folge mit einem Antrag auf eine dritte Chance an die Fakultät, was von dieser abgelehnt wurde. Eine Beschwerde hiegegen wies die Rekurskommission 2 der Universität Basel mit Entscheid vom 20. März 2012 ab.
2. Mit Eingabe vom 2. Mai 2012 hat X._ gemäss der Rechtsmittelbelehrung des Entscheides der Rekurskommission 2 der Universität Basel Beschwerde an das Bundesgericht erhoben.
Nach <ref-law> setzen die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen. Nach der Rechtsprechung ist eine kantonale richterliche Behörde selbst dann nicht ein oberes Gericht, wenn sie in gewissen Bereichen letztinstanzlich entscheidet; erforderlich ist vielmehr, dass ihre Entscheide ganz allgemein, also in sämtlichen Zuständigkeitsbereichen, nicht an eine höhere kantonale Instanz weitergezogen werden können (<ref-ruling> E. 4 S. 97 ff.; Urteil 2C_390/2009 vom 14. Januar 2010 E. 2-4 betreffend die Schätzungskommission nach Baugesetz des Kantons Aargau; Urteil 2D_50/2011 vom 18. September 2011 betreffend die Schätzungskommission des Kantons Solothurn).
Gemäss § 30 des Vertrages vom 27. Juni 2006 zwischen den Kantonen Basel-Landschaft und Basel-Stadt über die gemeinsame Trägerschaft der Universität Basel besteht eine Rekurskommission als weisungsungebundene Instanz, welche für Beschwerden gegen Verfügungen aller inneruniversitären Organe zuständig ist. § 41 Abs. 1 bestimmt, dass für das Verwaltungsverfahren, namentlich für den Erlass von Verfügungen, das Recht des Kantons Basel-Stadt Geltung hat. Entscheide der Rekurskommission in Examenssachen sind nach § 41 Abs. 3 endgültig, während die übrigen Verfügungen nach den allgemeinen Bestimmungen über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Basel-Stadt an dessen Verwaltungsgericht weitergezogen werden können. Letzteres gilt etwa für Personalangelegenheiten, wo Vorinstanz des Bundesgerichts das Appellationsgericht als Verwaltungsgericht des Kantons Basel-Stadt ist (vgl. Urteil 8C_818/2010 vom 2. August 2011). Sind demnach Entscheide der Rekurskommission nur in einem Teilbereich, nämlich in jenem der Examensleistungen, endgültig, so handelt es sich bei ihr nicht um ein oberes kantonales Gericht, dessen Entscheide unmittelbar beim Bundesgericht angefochten werden könnten. Daran ändert nichts, dass das Statut vom 12. Dezember 2007 der Universität Basel in der Fassung vom 24. Februar 2011 durch Beschluss des Universitätsrats die Rekurskommission 2 für Examenssachen und die Rekurskommission 1 für die übrigen Angelegenheiten bestimmt hat (vgl. §§ 22 und 22bis des Universitätsstatuts).
3. Nach dem Gesagten liegt kein letztinstanzlicher Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts vor, weshalb das Bundesgericht auf die Beschwerde nicht eintreten kann. Da, soweit nicht Examensleistungen betroffen sind, Entscheide der Rekurskommission beim Appellationsgericht als Verwaltungsgericht des Kantons Basel-Stadt anfechtbar sind, erscheint es naheliegend, dass die Funktion des oberen kantonalen Gerichts auch für Examensleistungen von diesem wahrgenommen wird.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Angelegenheit wird zuständigkeitshalber dem Appellationsgericht als Verwaltungsgericht des Kantons Basel-Stadt überwiesen.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und der Rekurskommission 2 der Universität Basel schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juni 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass