Sachverhalt:
A. Der 1959 geborene selbstständig erwerbstätige G._ betreibt seit 1993 als gelernter Koch ein Cafe/Restaurant. Er meldete sich am 19. August 2002 unter Hinweis auf einen seit Jahren bestehenden juvenilen Diabetes mellitus sowie Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Bern klärte die medizinischen und beruflich-erwerblichen Verhältnisse ab und verneinte einen Leistungsanspruch (Verfügung vom 17. November 2003). Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ab (Entscheid vom 9. August 2004). In Gutheissung der dagegen eingereichten Verwaltungsgerichtsbeschwerde hob das Eidgenössische Versicherungsgericht den kantonalen Gerichtsentscheid sowie die Verwaltungsverfügung auf und wies die Sache zu weiterer Abklärung und Feststellung des Invaliditätsgrades mittels ausserordentlicher Bemessungsmethode an die IV-Stelle zurück (Urteil vom 28. Februar 2005, Dispositiv-Ziffer 1). Diese holte einen neuen Arztbericht ein und liess von ihrem Abklärungsdienst für Selbstständigerwerbende einen weiteren Bericht erstellen. Nach Ermittlung eines Invaliditätsgrades von 36 % wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 17. März 2006 wiederum ab. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 9. Juni 2006).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 29. November 2006 ab.
C. G._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, es sei ihm in Aufhebung des kantonalen Entscheides eine halbe Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (Art. 132 Abs. 1 BGG). Da der kantonale Gerichtsentscheid vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. 2.1 Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 Abs. 2 OG [in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, in Kraft gewesen von 1. Juli 2006 bis 31. Dezember 2006] in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.2 Mit Blick auf diese neue Kognitionsregelung im Bereich der Invalidenversicherung ist aufgrund der Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a OG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 105 Abs. 2 OG). Hingegen hat eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht (aArt. 132 lit. b OG) ebenso zu unterbleiben wie eine Prüfung der Ermessensbetätigung (aArt. 132 lit. a OG) nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (<ref-ruling> E. 6 S. 81). Auch besteht (entgegen aArt. 132 lit. c OG) Bindung an die Parteianträge, handelt es sich doch nicht um eine Abgabestreitigkeit (Art. 114 Abs. 1 OG; zum Ganzen: <ref-ruling>).
3. Die auf einen den Anforderungen genügenden Abklärungsbericht an Ort und Stelle (Art. 69 Abs. 2 IVV; vgl. E. 5.3 hienach) gestützten Feststellungen einer gerichtlichen Vorinstanz über das Ausmass der Arbeitsfähigkeit für bestimmte Tätigkeiten sowie deren prozentuale und wirtschaftliche Gewichtung im Rahmen der gesamten Erwerbstätigkeit sind - analog zu den medizinischen Angaben über gesundheitliche Beeinträchtigungen bzw. über das noch vorhandene funktionelle Leistungsvermögen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398) oder über das Vorliegen von Einschränkungen im Haushalt (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 693/06 vom 20. Dezember 2006, E. 6.3) - Sachverhaltsfeststellungen. Rechtsfrage ist hingegen die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes (<ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f. mit Hinweisen) und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 und E. 4 S. 399). Rechtsfrage ist auch, ob die ausserordentliche Bemessungsmethode zur Bestimmung des Invaliditätsgrades richtig angewendet worden ist.
4. Im angefochtenen Entscheid sind die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (Art. 4 Abs. 1 IVG; ab 1. Januar 2003 Art. 8 Abs. 1 ATSG), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 [in den vor und ab 1. Januar 2004 geltenden Fassungen] und Abs. 1bis IVG [in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2003]) und die Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen nach der Einkommensvergleichsmethode sowie der ausserordentlichen Bemessungsmethode (bis Ende 2002: Art. 28 Abs. 2 IVG; während des Jahres 2003: Art. 16 ATSG; seit 1. Januar 2004: Art. 28 Abs. 2 IVG in Verbindung mit Art. 16 ATSG) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
5. 5.1 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gegen die vorinstanzliche Feststellung des Invaliditätsgrades. Es wird geltend gemacht, das kantonale Gericht habe die Mitarbeit von Familienangehörigen, allen voran der Ehefrau und der Mutter des Beschwerdeführers, zu wenig berücksichtigt. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden insbesondere Feststellungen im Abklärungsbericht über das Ausmass der Behinderung in den einzelnen Tätigkeiten bemängelt.
5.2 Die gerichtliche Feststellung der (Rest-)Arbeitsfähigkeit (vgl. Art. 6 und Art. 16 ATSG) ist, soweit sie sich auf konkrete ärztliche Stellungnahmen zum Gesundheitszustand stützt, eine Tatfrage und als solche letztinstanzlich nur unter dem eingeschränkten Blickwinkel von Art. 105 Abs. 2 OG überprüfbar (vgl. E. 1.2); Entsprechendes gilt für die erwerblich-praktische Auswirkung der gesundheitlich bedingten Einschränkungen und die Frage nach der prozentualen Gewichtung der einzelnen verschiedenen Verrichtungen im Rahmen der gesamten Erwerbstätigkeit als Selbstständigerwerbender.
5.3 Die vorinstanzliche Feststellung, dass auf den Bericht der Dr. med. U._, Fachärztin FMH für Chirurgie und leitende Ärztin am Spital X._, vom 20. Juni 2005 abzustellen ist, wonach sich seit ihrem Bericht vom Mai 2003 keine gesundheitlichen Veränderungen ergeben hätten, und dass die IV-Stelle diese medizinische Einschätzung zu Recht in ihren Abklärungsbericht vom 21. Februar 2006 übernommen hat, ist im Lichte der Akten weder als offensichtlich unrichtig noch als unvollständig oder sonstwie mangelhaft im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG zu qualifizieren. Das Gleiche gilt hinsichtlich der vorinstanzlichen Würdigung des Abklärungsberichts für Selbstständigerwerbende vom 21. Februar 2006. Dieser beruht auf Kenntnis der Akten, inklusive der ärztlichen Zumutbarkeitsbeurteilung, auf einer im Jahre des möglichen Rentenbeginns (2003) gemachten Abklärung vor Ort hinsichtlich der prozentualen Gewichtung der Tätigkeiten im eigenen Betrieb und auf einer nachvollziehbaren finanziellen Bewertung dieser einzelnen Aufgabenbereiche. Dem Abklärungsbericht ist mit der Vorinstanz voller Beweiswert zu attestieren. Die Einwände hinsichtlich des Ausmasses der Beeinträchtigungen in den einzelnen Teilaufgaben betreffen Tatfragen und geben im Rahmen der eingeschränkten Kognition zu keinerlei richterlicher Korrektur Anlass.
5.4 Der Beschwerdeführer rügt bei der kantonalen Sachverhaltsfeststellung weder Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, noch offensichtliche Unrichtigkeit, Unvollständigkeit oder eine Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen (E. 2 hievor). Seine Einwände richten sich primär gegen die Nichtberücksichtigung der zum Teil unentgeltlichen Mehrarbeit von Familienangehörigen. Dem ist entgegenzuhalten, dass diese bei der Anwendung der ausserordentlichen Bemessungsmethode, wie sie das Eidgenössische Versicherungsgericht in seinem Rückweisungsurteil vom 28. Februar 2005 angeordnet hatte, keine Rolle spielt, da nur noch die wirtschaftlich gewichtete prozentuale Beeinträchtigung in den einzelnen Tätigkeiten gewertet wird und kein Einkommensvergleich erfolgt. Das kantonale Gericht hat diese Methode richtig angewendet, was als Rechtsfrage der uneingeschränkten Überprüfung des Bundesgerichts unterliegt. Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, bei der Gewichtung der Behinderung im Betätigungsvergleich sei die Mitarbeit zu wenig berücksichtigt worden, rügt er hingegen wiederum eine Tatsachenfeststellung, die unter dem hier anwendbaren Recht nur eingeschränkt überprüfbar ist und, wie dargelegt, dieser Überprüfung standhält. Die von der Vorinstanz vorgenommene Invaliditätsbemessung gibt daher nach Lage der Akten und der Parteivorbringen zu keinen Beanstandungen tatsächlicher (Art. 105 Abs. 2 OG) oder rechtlicher (Art. 104 lit. a OG) Art Anlass.
6. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die gestützt auf Art. 134 OG (in der von 1. Juli bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Fassung; vgl. E. 2 hievor) zu erhebenden Gerichtskosten zu tragen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. Dezember 2007
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer