Faits:
A. Le 12 novembre 2007, après avoir menacé de mort sa famille, A._ s'est rendu à la mosquée de Crissier, muni de son fusil d'assaut dont il avait chargé le magasin. Sous la menace de son arme, il a rassemblé les fidèles, parmi lesquels se trouvait X._, dans la salle des prières, exigeant qu'ils s'alignent pour prier. Comme B._ ne s'exécutait pas assez rapidement, il a appuyé le canon de son arme contre sa poitrine. Certains fidèles ont alors essayé de désarmer A._, qui a ouvert le feu et tiré à douze reprises, atteignant C._ dont la vie a été gravement mise en danger.
En cours de procédure d'instruction, A._ a été soumis à une expertise. Les experts psychiatres ont posé le diagnostic d'épisode maniaque avec symptômes psychotiques et conclu à son irresponsabilité totale.
B. Sur la base de cette expertise, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a, par arrêt du 13 février 2009, prononcé un non-lieu et astreint A._ à un traitement institutionnel. Dans le même arrêt, il a statué sur les prétentions civiles émises par B._ et X._, les autres lésés y ayant renoncé. Ils leur a alloué à chacun 2500 fr. à titre d'indemnité pour tort moral. L'indemnité due à Me D._, conseil d'office de X._, a été fixée à 4'266 fr. 50, plus la TVA par 324 fr. 25.
C. X._ interjette un recours en matière pénale, dans lequel il conclut principalement à la réforme de l'arrêt du Tribunal d'accusation, en ce sens que l'indemnité en capital pour tort moral due par A._ est fixée à 13'000 fr. et l'indemnité à son conseil d'office à 5'801 fr. 25. Il sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été requis de déterminations.

Considérant en droit:
1. Dans un premier grief, le recourant conteste le montant de l'indemnité pour tort moral qui lui a été allouée et qu'il estime manifestement trop basse.
1.1 L'<ref-law> dispose que celui qui subit une atteinte illicite à sa personnalité a droit à une somme d'argent à titre de réparation morale, pour autant que la gravité de l'atteinte le justifie et que l'auteur ne lui ait pas donné satisfaction autrement.
L'ampleur de la réparation morale dépend avant tout de la gravité des souffrances physiques ou psychiques consécutives à l'atteinte subie par la victime et de la possibilité d'adoucir sensiblement, par le versement d'une somme d'argent, la douleur morale qui en résulte. En raison de sa nature, l'indemnité pour tort moral, qui est destinée à réparer un dommage qui ne peut que difficilement être réduit à une simple somme d'argent, échappe à toute fixation selon des critères mathématiques, de sorte que son évaluation en chiffres ne saurait excéder certaines limites. L'indemnité allouée doit toutefois être équitable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 704/705; <ref-ruling> consid. 7.2 p. 36). Le juge en proportionnera donc le montant à la gravité de l'atteinte subie et il évitera que la somme accordée n'apparaisse dérisoire à la victime. S'il s'inspire de certains précédents, il veillera à les adapter aux circonstances actuelles pour tenir compte de la dépréciation de la monnaie (ATF <ref-ruling> consid. 7.2 p. 36/37 et les arrêts cités).
La fixation de l'indemnité pour tort moral est une question d'application du droit fédéral, que le Tribunal fédéral examine donc librement. Dans la mesure où celle-ci relève pour une part importante de l'appréciation des circonstances, il fait toutefois preuve de retenue. Il n'intervient que si l'autorité cantonale s'est fondée sur des critères étrangers à la disposition applicable, a omis de tenir compte d'éléments pertinents ou a fixé une indemnité inéquitable parce que manifestement trop élevée ou trop faible. Comme il s'agit d'une question d'équité, et non d'une question d'appréciation au sens strict, qui limiterait sa cognition à l'abus ou à l'excès du pouvoir d'appréciation, le Tribunal fédéral examine toutefois librement si la somme allouée tient suffisamment compte de la gravité de l'atteinte ou si elle est disproportionnée par rapport à l'intensité des souffrances morales causées à la victime (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 705; <ref-ruling> consid. 7.2 p. 37; <ref-ruling> consid. 2a p. 273 s.).
S'agissant du montant de l'indemnité, toute comparaison avec d'autres affaires doit intervenir avec prudence, dès lors que le tort moral touche aux sentiments d'une personne déterminée dans une situation donnée et que chacun réagit différemment face au malheur qui le frappe. Une comparaison avec d'autres cas similaires peut cependant, suivant les circonstances, constituer un élément d'orientation utile (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 705; <ref-ruling> consid. 2a p. 274).
1.2 Selon la juridiction cantonale, le recourant, rentier AI, se déclarant épileptique et atteint de sclérose en plaques, a souffert d'un stress post-traumatique. Choqué par les événements, il a ainsi rapporté à son médecin traitant des troubles du sommeil, des cauchemars et des angoisses. Suivi par un psychologue, il présente une évolution favorable et le stress traumatique est en voie de rémission. Pour tenir compte de ces éléments, soit du traumatisme psychique subi qui s'est greffé sur un état de santé déjà détérioré et fragilisé, les juges cantonaux lui ont alloué 2500 fr. à titre d'indemnité pour tort moral.
Pour le recourant, c'est à tort que la juridiction cantonale a alloué la même indemnité aux deux parties civiles qui ont pris des conclusions en réparation, dès lors que l'état de santé de l'une et l'autre, ainsi que les conséquences sur celui-ci, sont différents. D'autre part, le montant alloué est manifestement trop bas comme le montre, à titre d'exemple, un jugement d'un tribunal zurichois rendu en 2004.
1.3 Ces reproches ne sont pas fondés. Aussi bien B._ que le recourant ont souffert de stress post-traumatique sous forme d'angoisse et de troubles du sommeil; l'un et l'autre ont dû de ce fait être pris en charge médicalement. A la suite de ces traitements, leurs symptômes ont été en voie de rémission après quelques semaines, même si, dans le cas du recourant, cela s'est greffé sur un état de santé déjà détérioré. D'un autre côté, l'intensité de la menace a été nettement plus grande pour B._, dès lors que A._ lui a appuyé le canon de son arme chargée directement sur la poitrine. Dans ces conditions, l'allocation de montants identiques par la juridiction cantonale n'apparaît pas critiquable.
Par ailleurs, et comme on l'a vu ci-dessus (cf. consid. 1.1), si la comparaison avec des cas similaires peut, suivant les circonstances, constituer un élément d'orientation utile, il n'en est évidemment rien avec un jugement d'une instance zurichoise, inconnu du Tribunal fédéral. Reste en revanche que la comparaison peut être faite avec une cause jugée récemment par la cour de céans (arrêt S. du 24 avril 2008, 6B-135/2008). Dans ce cas, l'auteur avait saisi par derrière la caissière d'un magasin et placé le tranchant de la lame d'un couteau de poche sur sa gorge, lui criant de lui remettre la caisse. La victime avait été profondément marquée par l'agression, dans l'incapacité de travailler plus de sept mois encore après les faits et souffrant toujours de stress post-traumatique ainsi que de dépression sévère. Sur recours de l'auteur, le Tribunal fédéral avait réduit de 10'000 fr. à 6000 fr. l'indemnité pour tort moral.
Même avec la prudence qui s'impose en pareil cas, on peut en inférer que l'indemnité pour tort moral allouée au recourant n'est pas inéquitable ni manifestement trop basse. Au demeurant, les juges cantonaux ont pris en compte correctement les éléments pertinents dont ils disposaient pour la fixer, si bien qu'il ne se justifie pas, dans le cadre de cet examen, de la corriger.
2. Dans un deuxième moyen, le recourant critique le montant des dépens alloués à son conseil d'office. Il se plaint de la violation de son droit d'être entendu, vu l'absence de toute motivation, ainsi que d'arbitraire dans l'appréciation de cette indemnité.
2.1 Selon l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. L'intérêt juridique constitue la condition matérielle de la qualité pour recourir. Un simple intérêt de fait ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 1.2), l'intéressé devant au surplus être personnellement touché par la décision.
L'avocat d'office accomplit une tâche étatique régie par le droit public cantonal. Lors de sa désignation, il s'établit, entre l'avocat et l'Etat, un rapport juridique spécial en vertu duquel l'avocat a contre l'Etat une prétention de droit public à être rétribué dans le cadre des prescriptions cantonales applicables. L'avocat d'office a alors droit au remboursement intégral de ses débours ainsi qu'à une indemnité s'apparentant aux honoraires perçus par le mandataire plaidant aux frais de son client. En revanche, il ne peut pas se faire rémunérer par la partie assistée. Il n'est en particulier pas autorisé à se faire payer une indemnité complémentaire à celle qu'il reçoit de l'Etat et un paiement par la partie assistée est exclu même si l'indemnité allouée par l'Etat ne correspond pas à des honoraires pleins. D'ailleurs, le défenseur qui contreviendrait à ces principes serait passible de poursuites disciplinaires (<ref-ruling> consid. 3b et les arrêts cités).
2.2 Dans le cas d'espèce, le recourant a plaidé comme lésé et partie civile devant la juridiction cantonale au bénéfice de l'assistance judiciaire. Celle-ci a fixé l'indemnité due par l'Etat à l'avocat d'office qui n'est pas autorisé à faire valoir des prétentions à son encontre du fait de son activité. Par conséquent, comme il n'est pas concerné par le montant de l'indemnité, son recours est irrecevable, faute d'un intérêt juridique.
3. Dans la mesure de sa recevabilité, le recours était d'emblée dénué de chances de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant succombe. Il supporte les frais de la procédure qui peuvent être réduits pour tenir compte de sa situation économique (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Dans la mesure où il est recevable, le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 24 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin