Sachverhalt:
A. Y._, geb. 1960, und X._, geb. 1963, heirateten am 20. April 1993. Sie haben den aus der früheren Ehe der Ehefrau stammenden, vom Ehemann adoptierten Sohn A._, geb. 1989, sowie den gemeinsamen Sohn B._, geb. 1993.
B. Mit Eheschutzentscheid vom 20. Juni 2011 regelte das Gericht C._ das Getrenntleben der Parteien und verpflichtete den Ehemann zu Unterhaltsbeiträgen von Fr. 8'702.-- an die Ehefrau.
Mit Entscheid vom 28. November 2011 setzte das Obergericht des Kantons Aargau die Unterhaltsbeiträge auf Fr. 5'000.-- von April 2011 bis Juni 2012 und für die Zeit danach auf Fr. 3'640.-- fest; zusätzlich verpflichtete es den Ehemann, ab 2012 jeweils einen Drittel des Netto-Barbonus, maximal Fr. 30'875.--, zu bezahlen.
C. Dagegen hat die Ehefrau am 10. Januar 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht, in welcher sie die Aufhebung der Unterhaltsanordnung und die Festsetzung des Unterhaltsbeitrages auf Fr. 5'000.-- ab April 2011 verlangt (zzgl. die Bar-Bonus-Regelung gemäss obergerichtlichem Entscheid). Mit Schreiben vom 23. März 2012 hat das Obergericht auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Ehemann schloss in seiner Vernehmlassung vom 19. April 2012 auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Angefochten sind die Fr. 30'000.-- übersteigenden vermögensrechtlichen Belange in einer kantonal letztinstanzlich entschiedenen Zivilsache; die Beschwerde ist somit gegeben (Art. 51 Abs. 4, Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
Weil Eheschutzentscheide vorsorgliche Massnahmen im Sinn von <ref-law> darstellen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 397), kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>).
Vorliegend wird eine Verletzung des Willkürverbotes gerügt im Zusammenhang mit der oberinstanzlichen Erwägung, der Ehefrau sei die Wiederaufnahme einer Erwerbstätigkeit zumutbar.
2. Das Obergericht hat auf den erstinstanzlichen Entscheid verwiesen, wonach während des Zusammenlebens praktisch das gesamte Einkommen für den Familienunterhalt verwendet worden sei (Durchschnittseinkommen des Ehemannes von 28'471.-- in den Jahren 2008-2010 und Sparquote von Fr. 539.--). Das Grundgehalt betrage Fr. 220'000.--. Dazu komme ein Bar-Bonus, der in den vergangenen Jahren sukzessive zurückgegangen sei (Bonus 2007 von Fr. 205'063.--, 2008 von Fr. 134'056.--, 2009 von Fr. 131'933.-- und 2010 von Fr. 92'625.--). Die erste Instanz habe der Ehefrau kein hypothetisches Einkommen angerechnet mit Verweis auf die klassische Rollenteilung während 18 Jahren und der weiteren Begründung, das Einkommen des Ehemannes reiche für die Finanzierung von zwei Haushalten.
Das Obergericht hat befunden, Bonuszahlungen seien nur in die Unterhaltsberechnung einzubeziehen, soweit sie nach Aufnahme des Getrenntlebens erfolgt und auch verfügbar seien. Der Ehemann erhalte den Bonus jeweils im Folgejahr und er habe ihn nach seiner Darstellung teils zur Begleichung der offenen Steuerrechnungen, teils zur Ausgleichung der extensiven Frustkäufe der Ehefrau verwendet. Die Ehefrau vermöge dieser Darstellung nichts Substanzielles entgegenzuhalten, weshalb es als glaubhaft erscheine, dass der bereits im Februar 2011 und somit vor der Trennung ausbezahlte Bonus für das Jahr 2010 nicht mehr zur Verfügung stehe und folglich nicht in die Unterhaltsberechnung einzubeziehen sei.
Im Folgenden rechnete das Obergericht dem Ehemann nur das monatliche Grundeinkommen (ohne Spesen) von Fr. 15'346.65 an. Mit Bezug auf die Ehefrau erwog es, dass streitig sei, ob sie bereits für ihren neuen Freund erwerbstätig und ihr deshalb ein Einkommen von zumindest Fr. 2'200.-- (60%-Pensum) anzurechnen sei, wie dies der Ehemann verlange. Die Ehefrau bringe vor, im Geschäft ihres Freundes nur ausnahmsweise und unentgeltlich ausgeholfen bzw. den Laden für kurze Zeit beaufsichtigt zu haben, weshalb ihr kein hypothetisches Erwerbseinkommen angerechnet werden könne. Im Trennungszeitpunkt sei die Ehefrau bereits über 47 Jahre alt gewesen und während des 18-jährigen ehelichen Zusammenlebens nie einer Erwerbstätigkeit nachgegangen. Heute oblägen ihr allerdings keine Betreuungspflichten mehr und mit den eingereichten Unterlagen sei keine gesundheitliche Beeinträchtigung glaubhaft gemacht. Zudem verfüge sie über eine Drogistinnenausbildung. Durch ihre nunmehr erfolgten Einsätze im Verkaufsladen ihres neuen Freundes habe sie den Tatbeweis erbracht, dass ihr eine Erwerbstätigkeit im Verkauf zugemutet werden könne, habe sie doch eingeräumt, ihm "das eine oder andere Mal" ausgeholfen zu haben. Zwar habe sie glaubhaft dartun können, dass sie für diese Einsätze keine Entschädigung erhalten habe, aber nach einer Übergangsfrist von einem halben Jahr sei ihr ab Juli 2012 die Annahme einer bezahlten Stelle im Verkauf zuzumuten und für ein 60%-Pensum ein Nettoeinkommen von Fr. 2'200.-- anzurechnen. Den Bedarf hat das Obergericht für den Ehemann auf Fr. 5'159.-- und für die Ehefrau auf Fr. 2'680.-- berechnet.
Ausgehend von diesen Einkommens- und Bedarfszahlen hat das Obergericht unter Abzug der früheren Sparquote von Fr. 539.-- einen Überschuss von Fr. 6'969.-- bis Juni 2012 und unter Hinzufügung des hypothetischen Einkommens der Ehefrau ab Juli 2012 einen Überschuss von 9'018.-- berechnet. Diesen hat es jeweils zu einem Drittel der Ehefrau und zu zwei Dritteln dem Ehemann zugewiesen, was gerundet einen Unterhaltsanspruch der Ehefrau von Fr. 5'000.-- bzw. von Fr. 3'640.-- ergab. Darüber hinaus hat das Obergericht festgelegt, dass der Ehemann der Ehefrau jeweils einen Drittel des Bonus schulde, dies bis zu einem Höchstbetrag von Fr. 30'875.--.
3. Die Ehefrau beanstandet weder die Methodenwahl noch die Bedarfsberechnung und Überschussverteilung, ebenso wenig die Verteilung und Plafonierung des Bar-Bonus und die Ausklammerung der Mitarbeiteraktien. Zufolge des vorliegend anwendbaren Rügeprinzips sind diese Punkte folglich nicht aufzugreifen, sondern ist einzig auf das von ihr als willkürlich kritisierte hypothetische Einkommen einzugehen.
Diesbezüglich bestreitet die Ehefrau in tatsächlicher Hinsicht, dass ihr die Aufnahme einer Erwerbsarbeit möglich sei. Sie verweist auf ihr Alter, auf die Hausgattenrolle während der gesamten Ehedauer sowie auf das Schleudertrauma im Jahr 2005 und die noch heute bestehenden Unfallfolgen. Das Obergericht habe nicht näher geprüft, ob ihr eine Erwerbstätigkeit überhaupt möglich sei, sondern lediglich befunden, durch die Einsätze im Verkaufsladen ihres Freundes habe sie den Tatbeweis erbracht, dass ihr eine Erwerbsarbeit möglich sei. Indes habe sie lediglich einige wenige Male stundenweise den Laden beaufsichtigt, ohne ein Entgelt zu erhalten; daraus könne nicht abgeleitet werden, dass eine Erwerbarbeit auch tatsächlich möglich wäre.
In rechtlicher Hinsicht macht die Ehefrau geltend, dass gemäss Rechtsprechung eine Pflicht zur Aufnahme einer Erwerbstätigkeit während bestehender Ehe nur dann anzunehmen sei, wenn die frühere Sparquote oder allfälliges Vermögen bzw. insgesamt die vorhandenen Mittel zur Finanzierung von zwei Haushalten nicht ausreichten; soweit dies aber der Fall sei, bleibe es bei der bisherigen Aufgabenteilung. Der Ehemann erziele ein sehr hohes Einkommen und es verbleibe ein rechnerischer Überschuss von Fr. 6'788.65, was mehr als genug sei, um zwei Haushalte zu finanzieren; die Aufnahme einer Erwerbstätigkeit während bestehender Ehe sei vor diesem Hintergrund keineswegs erforderlich.
Ferner rügt die Ehefrau auch die Übergangsfrist von lediglich einem halben Jahr als unangemessen, dies angesichts der langen Ehe und der Tatsache, dass sie noch nie im Verkauf tätig gewesen sei. Abschliessend macht sie mit Blick auf die Anforderung, dass der angefochtene Entscheid auch im Ergebnis willkürlich sein muss, geltend, dass dem Ehemann bei einer Unterhaltsverpflichtung von Fr. 5'000.-- immer noch ein Betrag von Fr. 10'346.65 zzgl. 2/3 des Bonus übrig bleibe, womit ihm mehr als doppelt so viel Mittel zur Verfügung stünden. Im Übrigen sei auch zu berücksichtigen, dass sie bei einer Erwerbsverpflichtung von 60% ihre Hunde fremdbetreuen lassen müsste, was Kosten von rund Fr. 360.-- pro Hund verursache; faktisch müsste sie deshalb die Hundehaltung und damit ihr wichtiges Hobby, das sie auch während der gemeinsamen Lebenszeit immer extensiv habe ausüben dürfen, aufgeben.
3.1 Was die Annahme eines hypothetischen Einkommens anbelangt, ist die effektive Erzielbarkeit (angesichts des Alters, der Gesundheit, der Ausbildung und persönlichen Fähigkeiten, der Arbeitsmarktlage, etc.) eine Tatfrage, während es eine Rechtsfrage ist, ob die Erzielung angesichts der Tatsachenfeststellungen als zumutbar erscheint (vgl. <ref-ruling> E. 4c/bb und cc S. 7; <ref-ruling> E. 4.2.2.2 S. 108; <ref-ruling> E. 2.3 S. 121). Vorliegend sind indes beide Fragen mit der gleichen Kognition zu beurteilen, weil in Eheschutzsachen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (dazu E. 1).
3.2 In tatsächlicher Hinsicht hat sich das Sachgericht konkret zu äussern, welche Tätigkeiten bzw. welche Stellen für die Person, der ein hypothetisches Einkommen angerechnet wird, effektiv möglich sind; fehlt es an solchen Feststellungen, ist der kantonal letztinstanzliche Entscheid als bundesrechtswidrig aufzuheben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhaltes und neuer Entscheidung zurückzuweisen (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 122). Dabei ist selbstverständlich nicht erforderlich, dass das Gericht im eigentlichen Sinn Stellensuche betreiben und konkrete Arbeitsplätze aufzeigen muss.
3.3 Mit Bezug auf die Rechtsfrage der Zumutbarkeit der Aufnahme einer Erwerbsarbeit ist zu unterscheiden zwischen dem Unterhalt für das unmündige Kind, in welcher Hinsicht vom unterhaltspflichtigen Elternteil besonders hohe Anforderungen an die Ausnützung der Erwerbskraft zu stellen sind, namentlich wo enge finanzielle Verhältnisse vorliegen (BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 121), sowie zwischen dem nachehelichen Unterhalt in Zuge der Scheidung, bei welcher die Eigenversorgungskapazität der Ehegatten im Vordergrund steht und gegebenenfalls die bloss auf nachehelicher Solidarität beruhende subsidiäre Unterhaltspflicht verdrängt wird (<ref-ruling> E. 4 S. 146; Urteile 5A_6/2009 vom 30. April 2009 E. 2.2 und 5A_177/2010 vom 8. Juni 2010 E. 8.2.2), und dem Trennungsunterhalt während der Ehe andererseits, wo die Ehebande und damit die gegenseitigen Beistands- und Unterstützungspflichten nach wie vor bestehen (<ref-ruling> E. 3 S. 578), weshalb sich die Frage der Eigenversorgung hier weniger akzentuiert stellt. Soweit keine Möglichkeit besteht, auf eine Sparquote oder auf Vermögen zurückzugreifen, und die vorhandenen Mittel nicht zur Finanzierung von zwei Haushalten ausreichen, ist aber der nicht erwerbstätige Ehegatte grundsätzlich bereits ab der erfolgten Trennung und nicht erst bei der Scheidung zur Aufnahme einer Arbeit verpflichtet, dies jedenfalls, soweit mit der Wiederherstellung des gemeinsamen Haushaltes nicht mehr ernsthaft zu rechnen ist, weshalb nicht auf den Fortbestand der Ehe vertraut werden darf und das Ziel der wirtschaftlichen Selbständigkeit an Bedeutung gewinnt, was freilich bei vorsorglichen Massnahmen während des Scheidungsverfahrens stärker der Fall ist als im Eheschutzverfahren (<ref-ruling> E. 3.2 S. 542). Eine langjährige Rechtsprechung hat zur Begründung der Plicht zur (Wieder-)Aufnahme oder Ausdehnung der Erwerbstätigkeit während der bestehenden Ehe den <ref-law> in Analogie herangezogen (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 68; <ref-ruling> E. 3.4 S. 543; sodann ausführlich Urteil 5A_516/2010 vom 22. September 2010 E. 3.6). Die betreffende Verpflichtung ergibt sich indes bereits aus <ref-law>, indem einerseits für die Finanzierung von zwei Haushalten höhere Kosten anfallen und andererseits für den haushaltsführenden Ehegatten der bisherige Beitrag an die gemeinsamen Lasten (unter Vorbehalt von Erziehungspflichten) wegfällt, wenn neu jeder Teil einen eigenen Haushalt führt, was normalerweise gleichzeitig bedeutet, dass Kapazitäten für die (Wieder-)Aufnahme oder Ausdehnung einer Erwerbstätigkeit frei werden, soweit nicht Kinder zu betreuen sind, weshalb sich der bisher haushaltsführende Ehegatte nicht unbeschränkt auf die seinerzeit vereinbarte Rollenteilung berufen kann, zumal diese stillschweigend unter dem Vorbehalt gleich bleibender Verhältnisse steht (Urteil 5A_122/2011 vom 9. Juni 2011 E. 4; sodann <ref-ruling> E. 3.1 S. 387).
Was nun konkret die Zumutbarkeit angelangt, gilt nach wie vor der Grundsatz, dass dem bislang nicht erwerbstätigen (gesunden und von Erziehungspflichten befreiten) Ehegatten die Aufnahme einer Erwerbsarbeit bis zum vollendeten 45. Altersjahr zumutbar ist, wobei es sich dabei nicht um eine starre Regel, sondern um eine Richtlinie handelt (so schon <ref-ruling> E. 5a S. 11) und eine Tendenz besteht, die Alterslimite auf 50 Jahre anzuheben (BGE <ref-ruling> E. 4.2.2.2 S. 109 m.w.H.). Wie schnell und wie kategorisch sich der Ehegatte in den Arbeitsprozess eingliedern muss, hängt stark von den finanziellen Verhältnissen ab. So kann bei ausserordentlich günstigen Verhältnissen und langjähriger klassischer Rollenteilung eine Erwerbsarbeit unabhängig von der tatsächlichen Möglichkeit unzumutbar sein, während sie bei (bloss) guter finanzieller Situation allenfalls aufgrund der konkreten Situation zu verneinen ist (vgl. z.B. Urteil 5A_272/2009 vom 16. September 2009 betreffend eine 47-jährige Frau, die während den gesamten 17 Ehejahren nicht gearbeitet hatte, über keine Ausbildung verfügte und gesundheitliche Probleme kannte). Sodann ist von entscheidender Bedeutung, ob es sich um den beruflichen (Wieder-)Einstieg nach jahrelangem Erwerbsunterbruch oder bloss um die Ausdehnung einer bereits bestehenden Erwerbstätigkeit handelt. So kann die Ausdehnung der Erwerbsarbeit allenfalls auch einer älteren Person zumutbar sein (vgl. z.B. Urteil 5A_206/2010 vom 21. Juni 2010 E. 5 betreffend eine 54-jährige Frau, die während der gesamten Ehedauer berufstätig war und sich zudem auf ihrem Beruf weiterbildete).
Wie die vorstehenden Ausführungen zeigen, sind stets die konkreten Verhältnisse des Einzelfalles massgebend.
3.4 Vorliegend gebricht es im angefochtenen Entscheid an vernünftigen tatsächlichen Feststellungen als Basis für die Annahme, dass der Ehefrau die Aufnahme einer Erwerbsarbeit möglich ist, indem diese in haltloser und damit willkürlicher Weise ausschliesslich aus dem Umstand abgeleitet wird, dass sie den Verkaufsladen ihres Freundes gehütet hat: Nach den Feststellungen des Obergerichtes war dies nur sporadisch der Fall und erfolgte dies insbesondere ohne jedes Entgelt. Es handelt sich mithin um eigentliche Freundschaftsdienste, die ebenso gut von einem älteren Kind oder einem anderen Familienmitglied geleistet werden könnten und aus welchen sich nicht ansatzweise konkrete Schlüsse für die Marktchancen der Ehefrau mit Bezug auf bezahlte Stellen von Arbeitgebern, zu denen kein besonderes Näheverhältnis besteht, ableiten lassen. Aufgrund des in E. 3.2 Gesagten ist die Sache deshalb zur Sachverhaltsergänzung an das Obergericht zurückzuweisen.
Im Rahmen der Rückweisung ist die Vorinstanz jedoch nicht gehalten, eine allfällige gesundheitliche Beeinträchtigung der Ehefrau abzuklären: Das Schleudertrauma und dessen angeblich noch heute bestehenden Folgen werden im angefochtenen Urteil nicht thematisiert, ohne dass dies in der Beschwerde als willkürlich gerügt worden wäre. Es wird einzig kritisiert, dass ungeachtet von Klageantwortbeilage 3 befunden worden sei, eine gesundheitliche Beeinträchtigung sei nicht glaubhaft dargetan. In den erstinstanzlichen Akten findet sich ein ärztliches Attest vom 21. April 2011, wonach bei der Ehefrau anlässlich der Untersuchung am 27. Januar 2011 keinerlei krankhafte Befunde hätten erhoben werden können (KAB 2), sowie das Schreiben der Helvetia Versicherungen vom 27. Oktober 2006 (KAB 3), wonach sie für den Direktschaden per Saldo aller Ansprüche unter allen Titeln (Haushaltführung, Genugtuung, vergangene und zukünftige Heilungskosten) eine Pauschalentschädigung von Fr. 50'000.-- erhalte. Vor diesem Hintergrund erweist es sich nicht als willkürlich, wenn das Obergericht befunden hat, eine erwerbshindernde gesundheitliche Beeinträchtigung sei nicht nachgewiesen, äussert sich doch das aus dem Jahr 2006 stammende Schreiben der Helvetia nicht zu den konkreten Beeinträchtigungen und schon gar nicht zum heutigen Gesundheitszustand der Ehefrau. Heutige erwerbshindernde Einschränkungen hätten mittels aktueller Arztzeugnisse oder Gutachten belegt werden müssen; aus dem ärztlichen Attest KAB 2 ergibt sich aber wenn schon das Gegenteil.
Ferner ist die Vorinstanz auch nicht gehalten, näher auf die Frage der "Fremdbetreuung" der Hunde einzugehen. Abgesehen davon, dass viele Hundehalter einer Berufstätigkeit nachgehen, ist ein blosses Hobby grundsätzlich nicht geeignet, die Aufnahme einer Erwerbstätigkeit als tatsächlich unmöglich erscheinen zu lassen.
3.5 Angesichts der fehlenden Sachverhaltsfeststellungen bzw. der willkürlichen Schlüsse mit Bezug auf die tatsächliche Möglichkeit der Aufnahme einer Erwerbsarbeit erübrigt sich eine nähere Prüfung der diesbezüglichen Verpflichtung bzw. Zumutbarkeit sowie der gewährten Übergangsfrist. In dieser Hinsicht ist einzig festgehalten, dass das Obergericht ausgehend von den noch zu treffenden Feststellungen die konkreten Verhältnisse des Einzelfalles zu würdigen und vor dem Hintergrund der in E. 3.3 genannten Kriterien zu beurteilen hat.
4. Die Rückweisung an die Vorinstanz mit offenem materiellem Ausgang führt praxisgemäss zu einer hälftigen Verteilung der Gerichts- und einer Wettschlagung der Parteikosten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In dahingehender Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 28. November 2011 aufgehoben und die Sache zur Sachverhaltsergänzung und neuen Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Jede Partei trägt ihre eigenen Vertretungskosten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli