Sachverhalt:
A. Das Spital X._ ist der Ausgleichskasse des Kantons St. Gallen unter der Bezeichnung "Spitalregion X._" als beitragspflichtiger Arbeitgeber angeschlossen. Seit dem 1. Januar 2007 besteht im Kanton St. Gallen für Kaderärztinnen und -ärzte eine Zusatzversicherung im Rahmen der beruflichen Vorsorge. Bei einer Arbeitgeberkontrolle vom 30. April/ 18. Mai 2009 stellte der Revisor fest, die Zusatzversicherung werde durch einen Vorwegabzug vom AHV-pflichtigen Bruttolohn finanziert, was als Umgehung der Beitragspflicht zu betrachten sei. Mit Nachzahlungsverfügungen vom 3. Juni 2009 verpflichtete die Ausgleichskasse das Spital X._ zur Bezahlung paritätischer AHV/IV/EO-Beiträge von Fr. 8'105.15 für das Jahr 2007 und Fr. 12'170.15 für das Jahr 2008, je einschliesslich Verwaltungskosten, sowie gemäss Verfügungen vom 5. Juni 2009 zur Entrichtung von Verzugszinsen von Fr. 579.70 für 2007 und Fr. 262.00 für 2008. Die dagegen erhobenen Einsprachen wies die Ausgleichskasse mit Entscheid vom 22. Dezember 2009 ab.
B. Mit Entscheid vom 29. September 2010 hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die vom Spital X._ hiegegen erhobene Beschwerde gut und hob den Einspracheentscheid auf.
C. Die Ausgleichskasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der kantonale Entscheid sei aufzuheben.
Das Spital X._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf die Einreichung einer Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> hat die Beschwerdeschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Aus der Beschwerdeschrift muss ersichtlich sein, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Der blosse Hinweis auf frühere Rechtsschriften oder auf den angefochtenen Entscheid genügt den Begründungsanforderungen nicht (<ref-ruling> E. 1.3 S. 306; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245; vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 452; <ref-ruling> E. 1a S. 336).
1.2 Aus der Beschwerdeschrift muss demgemäss zumindest ersichtlich sein, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (Laurent Merz, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008 N 51 zu Art. 42). Ob die Beschwerde der Ausgleichskasse dieses Erfordernis erfüllt, erscheint zumindest fraglich. Wie der Beschwerdegegner zu Recht festhält, fehlt eine Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid. In dem mit "Begründung" betitelten Teil der Beschwerdeschrift werden in Ziff. 1 die rechtlichen Grundlagen zur Bestimmung des für die Beitragspflicht massgeblichen Lohnes dargelegt - im Übrigen eine wörtliche Übernahme von Ziff. 1 des Einspracheentscheides vom 22. Dezember 2009. Ziff. 2 wiederholt die bereits im Einspracheentscheid aufgestellte These, die Besoldung der Kaderärzte und -ärztinnen habe sich per 1. Januar 2007 nicht verändert; das kantonale Gericht hat dazu allerdings einlässlich begründet, weshalb eine Lohnreduktion möglich war und auch tatsächlich Platz gegriffen hat (E. 2.3 des angefochtenen Entscheides). Unter diesen Umständen erscheint es als fragwürdig, allein die schon den ursprünglichen Verfügungen und dem Einspracheentscheid zu Grunde liegende These zu wiederholen, ohne auf die Erwägungen der Vorinstanz einzugehen, zumal sich das kantonale Gericht mit allen von der Beschwerdeführerin zur Stützung ihres Standpunktes vorgebrachten (Teil-)Argumenten auseinandergesetzt hat. In Ziff. 3 der Begründung wird schliesslich die Schlussfolgerung wiedergegeben, welche ebenfalls bereits den Verfügungen und dem Einspracheentscheid zu Grunde lag, nämlich dass die von den Nachzahlungsverfügungen erfassten Vorsorgeeinlagen von den Kaderärzten und -ärztinnen bezahlt worden seien, womit es sich um Lohnverwendung handle; darauf seien Beiträge geschuldet. Aus diesen Ausführungen kann wohl abgeleitet werden, dass die Ausgleichskasse zu einem anderen Ergebnis als das kantonale Gericht gelangt; inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sein oder auf einer anderweitigen Verletzung von Bundesrecht beruhen soll, ergibt sich aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin jedoch nicht. Auch wenn es vorliegend um die Verletzung von Bundesrecht geht und damit der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen Anwendung findet (<ref-law>), ist die Beschwerdebegründung wohl zu knapp ausgefallen. Weil die Beschwerde aber ohnehin abzuweisen ist, wie aus den nachstehenden Erwägungen erhellt, kann letztlich offen bleiben, ob diese als hinreichend begründet anzusehen ist.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
3. 3.1 Nach Art. 5 Abs. 1 und Art. 14 Abs. 1 AHVG werden vom Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit, dem massgebenden Lohn, Beiträge erhoben. Als massgebender Lohn gilt gemäss <ref-law> jedes Entgelt für in unselbstständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit. Zum massgebenden Lohn gehören begrifflich sämtliche Bezüge der Arbeitnehmerin und des Arbeitnehmers, die wirtschaftlich mit dem Arbeitsverhältnis zusammenhängen, gleichgültig, ob dieses Verhältnis fortbesteht oder aufgelöst worden ist und ob die Leistungen geschuldet werden oder freiwillig erfolgen. Als beitragspflichtiges Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit gilt somit nicht nur unmittelbares Entgelt für geleistete Arbeit, sondern grundsätzlich jede Entschädigung oder Zuwendung, die sonstwie aus dem Arbeitsverhältnis bezogen wird, soweit sie nicht kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift von der Beitragspflicht ausgenommen ist. Grundsätzlich unterliegen nur Einkünfte, die tatsächlich geflossen sind, der Beitragspflicht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 156 mit Hinweisen).
3.2 Reglementarische Beiträge des Arbeitgebers an Vorsorgeeinrichtungen, welche die Voraussetzungen der Steuerbefreiung nach dem DBG erfüllen, gehören nicht zum massgebenden Lohn (<ref-law>). Demgegenüber bilden Vorsorgeeinlagen von Arbeitnehmenden mangels einer Bestimmung, welche diese von der Beitragspflicht ausnimmt, Bestandteil des massgebenden Lohns (vgl. Rz 2165 der Wegleitung über den massgebenden Lohn in der seit 1. Januar 2007 gültigen Fassung [WML]).
4. 4.1 Strittig ist im Wesentlichen, ob die Einlagen in die für die Kaderärzte und Kaderärztinnen errichtete Zusatzversicherung der beruflichen Vorsorge als Beiträge des Arbeitgebers oder der Arbeitnehmenden zu qualifizieren sind. Das kantonale Gericht hat dazu festgehalten, dass es sich um Beiträge des Arbeitgebers handelt. Nach den Darlegungen der Vorinstanz verlangt die Vorschrift von Art. 81ter der Verordnung über die Versicherungskasse für das Staatspersonal des Kantons St. Gallen (VVK; sGS 143.7), dass die Gutschriften auf dem Sonderkonto, welches für die Zusatzversicherung in der Sparversicherung gebildet wird, vom Staat und von den Versicherten zu gleichen Teilen geleistet werden. Damit handelt es sich bei den erfolgten Zahlungen um reglementarische, auf kantonalem Verordnungsrecht basierende Beiträge des Arbeitgebers an die Vorsorgeeinrichtung, welche gemäss <ref-law> nicht zum massgebenden Lohn gehören.
4.2 Die Ausgleichskasse macht in diesem Zusammenhang nun geltend, der Lohn der Kaderärzte und -ärztinnen habe sich per 1. Januar 2007 nicht geändert; eine Besoldungsreduktion auf diesen Zeitpunkt wäre zwar grundsätzlich möglich gewesen, hätte aber eine Änderungskündigung vorausgesetzt, von welcher aus personalpolitischen Gründen abgesehen worden sei.
Diese Auffassung findet in den Akten keine Stütze und ist auch rechtlich nicht begründet. In der Botschaft des Regierungsrates zum Voranschlag 2007 vom 3. Oktober 2006 (S. 146) wird festgestellt, dass die Einführung der Zusatzversicherung wegen der neuen Arbeitgeberbeiträge einen Mehraufwand bei den Spitälern verursachen werde; dieser Mehraufwand müsse wegen der anzustrebenden Kostenneutralität geeignet kompensiert werden, wobei die Rede davon ist, die Jahresbesoldung der Kaderärzte und -ärztinnen so festzulegen, dass eine Einsparung resultiert, welche die Mehraufwendungen für die neue Zusatzversicherung zu kompensieren vermag. In der Folge wurden die Kaderärztinnen und Kaderärzte des Kantons mit Schreiben des Gesundheitsdepartementes vom 22. Dezember 2006 über die Einführung der Zusatzversicherung orientiert, wobei darauf hingewiesen wurde, dass "das Einkommen im Umfang der neuen Arbeitgeberbeiträge sinken" würde. Alle Kaderärztinnen und -ärzte wurden daraufhin individuell über die jeweilige Einkommensreduktion informiert, welche sie unterschriftlich zur Kenntnis nahmen. Unter diesen Umständen ist in tatsächlicher Hinsicht davon auszugehen, dass per 1. Januar 2007 der Lohn der Kaderärzte und -ärztinnen (in einem ersten Schritt) gekürzt worden ist. Das durch die Lohnkürzung eingesparte Geld wurde (in einem zweiten Schritt) dazu verwendet, den Arbeitgeberanteil an die Zusatzversicherung zu bezahlen. Wie das kantonale Gericht in E. 2.3 des angefochtenen Entscheides dargelegt hat, wurden bei der Lohnreduktion die einschlägigen Verordnungsbestimmungen eingehalten. Die Beschwerdeführerin macht in diesem Zusammenhang denn auch keine Verletzung von kantonalem Recht geltend, weshalb die Rechtmässigkeit der Lohnkürzung nicht zu prüfen ist (<ref-law>).
5. Handelt es sich bei den Einlagen in die Zusatzversicherung um Arbeitgeberbeiträge, so gehören sie nicht zum massgebenden Lohn, und es sind darauf keine AHV-Beiträge festzusetzen (vgl. E. 3.2 hievor). Die Nachzahlungsverfügungen sind zu Unrecht ergangen, wie das kantonale Gericht richtig festgestellt hat. Zu Recht hat die Vorinstanz auch den vor Bundesgericht in der Begründung nicht wiederholten Vorwurf der Gesetzesumgehung verneint. Die vom Beschwerdegegner im Einklang mit den kantonalen Behörden getroffene Regelung bezweckte nicht die Verminderung der AHV-Beitragspflicht. Vielmehr ging es darum, eine Lösung zu finden, um für die Kaderärzte und -ärztinnen eine erweiterte, paritätisch ausgestaltete Vorsorgeregelung zu treffen. Die Verminderung der AHV-Beitragspflicht war lediglich Folge dieses Vorgehens.
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten (Art. 65 Abs. 1 und 4 lit. a BGG) von der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>). Zudem hat sie dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1400.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Mai 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer