Fatti:
A. A.a Mediante decisione del 12 settembre 2002, cresciuta in giudicato, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha posto P._, di professione ausiliaria di pulizie, al beneficio di una mezza rendita di invalidità con effetto dal 1° giugno 2000. A motivazione della decisione, l'amministrazione ha stabilito che l'assicurata presentava una incapacità di lavoro (nella sua attività abituale) e di guadagno del 50 %.
In precedenza, l'assicurata era pure stata ritenuta pienamente abile a svolgere attività sostitutive leggere. In quell'ambito, la consulente in integrazione professionale dell'AI aveva ugualmente concluso, nel suo rapporto finale del 4 giugno 2002, per una invalidità del 50 %, stante un reddito senza invalidità di fr. 46'658.- e un reddito da invalida di fr. 23'730.- (ottenuto in applicazione dei valori statistici regionali e dopo avere dedotto dall'importo base un tasso del 25 % per tenere conto delle particolarità personali e professionali del caso).
A.b Al termine di una procedura di revisione avviata nel mese di luglio 2006, l'UAI ha soppresso il diritto alla rendita con effetto dalla fine del mese seguente l'intimazione del provvedimento (decisione del 6 giugno 2007). Pur facendo stato di una situazione valetudinaria invariata, l'amministrazione ha rilevato che il diritto alla mezza rendita era stato in origine erroneamente riconosciuto poiché era stato stabilito senza effettuare una corretta valutazione della capacità di guadagno residua. Di conseguenza ha soppresso la prestazione per via di riconsiderazione, osservando che, sulla base di un corretto confronto dei redditi secondo la più recente giurisprudenza in materia (e quindi in applicazione dei valori statistici salariali nazionali), l'assicurata avrebbe presentato un grado di invalidità del 12 % (reddito senza invalidità: fr. 46'035.-; reddito da invalida, dopo deduzione del 15 % per attività leggera e scarsa adattabilità dovuta alle limitazioni funzionali: fr. 40'620.-), insufficiente per conferirle un tale diritto.
B. Patrocinata dall'avv. Raffaele Dadò, P._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, statuendo per giudice unico, ha accolto il ricorso, annullando la decisione del 5 luglio (recte: 6 giugno) 2007 e ripristinando, dal 1° agosto 2007, il diritto alla mezza rendita d'invalidità (pronuncia del 6 agosto 2008). Dopo avere preliminarmente osservato che, in assenza di una modifica della situazione valetudinaria, non sussisteva un motivo di revisione, il giudice cantonale ha ugualmente negato le condizioni per ammettere una riconsiderazione ritenendo che la decisione di assegnazione di rendita non fosse palesemente errata e che anzi facesse seguito a una corretta valutazione economica.
C. L'UAI interpone ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione 6 giugno 2007. Nel contempo chiede che al ricorso venga concesso l'effetto sospensivo. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Sempre patrocinata dall'avv. Dadò, P._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). Per il resto, di regola il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezioni di cui al cpv. 2) e non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore.
2. Unico oggetto del contendere in questa sede è la questione della riconsiderazione della decisione di assegnazione della mezza rendita. In sostanza, l'UAI, facendo valere una violazione del diritto federale, ribadisce che la decisione originale sarebbe palesemente errata e meriterebbe di essere riconsiderata poiché scaturirebbe da un'inammissibile e automatica trasposizione del tasso di incapacità lavorativa - stabilito dal medico nella attività abituale - nel grado di invalidità. In subordine osserva che nemmeno il - contestato, in quanto avrebbe, senza motivo, applicato una riduzione massima sul reddito da invalida - raffronto dei redditi effettuato il 4 giugno 2002 dalla consulente in integrazione professionale avrebbe comunque giustificato il riconoscimento di una mezza rendita poiché da tale confronto deriverebbe in realtà un grado di invalidità del 49 % e non del 50 %.
3. Giusta l'<ref-law>, l'assicuratore può tornare sulle decisioni o sulle decisioni su opposizione formalmente passate in giudicato se è provato che erano manifestamente errate e se la loro rettifica ha una notevole importanza. Per determinare se è possibile riconsiderare una decisione per il motivo che essa sarebbe senza dubbio erronea, occorre fondarsi sulla situazione giuridica esistente al momento in cui questa decisione è stata resa prendendo in considerazione la prassi allora in vigore (<ref-ruling> consid. 3 pag. 389 con riferimenti). Come rettamente rilevato dalla Corte cantonale, un cambiamento di prassi o di giurisprudenza non giustifica di regola una riconsiderazione (<ref-ruling> consid. 2c pag. 17; <ref-ruling> consid. 4a/cc pag. 314). Per motivi legati alla sicurezza giuridica e per evitare che la riconsiderazione diventi uno strumento che consenta di riesaminare liberamente le condizioni poste a fondamento delle prestazioni di lunga durata, l'irregolarità deve essere manifesta. In particolare, non si può parlare di un'inesattezza manifesta se l'assegnazione della prestazione dipende dall'adempimento di condizioni materiali il cui esame presuppone un certo margine di apprezzamento riguardo a certi loro aspetti o elementi, e se la decisione iniziale appare ammissibile alla luce della situazione di fatto e di diritto. Se persistono ragionevoli dubbi sul carattere erroneo della decisione iniziale, le condizioni per procedere a una riconsiderazione non sono date (cfr. sentenza 9C_439/2007 del 28 febbraio 2008, consid. 3.1 con riferimenti).
4. 4.1 La Corte cantonale ha accertato in maniera vincolante per il Tribunale federale - e in conformità con le tavole processuali - che nel rapporto 4 giugno 2002 l'allora consulente in integrazione professionale, sulla scorta della documentazione medica all'inserto, aveva ritenuto l'assicurata abile al lavoro nella misura del 50 % (mezza giornata) nella sua professione di ausiliaria di pulizia e pienamente abile in lavori leggeri (che non richiedessero il sollevamento di pesi oltre i 5 chili) e prevalentemente sedentari (che permettessero di alzarsi occasionalmente). Il primo giudice ha altresì constatato che la consulente, dopo avere fatto capo - secondo una prassi allora tollerata dal Tribunale federale delle assicurazioni (v. sentenza U 75/03, in: SVR 2007 UV n. 17 pag. 56) - ai dati statistici salariali regionali, aveva quantificato in fr. 23'730.- il reddito ipotetico da invalida (ottenuto dopo una deduzione del 25 % dal valore base), al quale aveva contrapposto quello senza invalidità di fr. 46'658.-.
4.2 Alla luce di questi accertamenti, il Tribunale federale ritiene che il primo giudice poteva validamente negare l'esistenza dei presupposti per riconsiderare la decisione di assegnazione della mezza rendita.
4.2.1 In primo luogo, non si può sostenere, come lo pretende l'Ufficio ricorrente, che la decisione iniziale fosse palesemente errata per il fatto che l'incapacità di guadagno sarebbe stata nel 2002 automaticamente dedotta dal grado di incapacità lavorativa. A ben vedere, l'amministrazione aveva fatto coincidere il tasso di invalidità con quello di incapacità lavorativa nella professione abituale solo dopo avere anche accertato il grado di invalidità in attività sostitutive leggere ed avere ottenuto un risultato pressoché identico.
4.2.2 Per il resto, l'analisi non cambia per il fatto che il raffronto dei redditi operato dalla consulente nel giugno del 2002 avrebbe in realtà, come fa giustamente notare l'UAI, dovuto dare un grado - dopo arrotondamento (<ref-ruling>; <ref-ruling>) - del 49 % e non del 50 %. Né modifica tale valutazione la circostanza che sulla base della giurisprudenza già allora in vigore un tale valore non poteva più essere elevato al 50 % (DTF <ref-ruling>; cfr. e contrario pure sentenza citata 9C_439/2007, consid. 3.2, e sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 16/02 del 21 marzo 2002). Dal momento che i due valori rilevati nei due ambiti di attività (abituale e sostitutiva) risultavano pressoché identici e che la valutazione dell'invalidità è comunque un'operazione il cui risultato comporta necessariamente un certo margine di imprecisione (sentenza citata I 16/02), la decisione di riconoscere un grado di invalidità del 50 % non può infatti per questo certamente dirsi manifestamente errata. Pretendere il contrario significherebbe mettere gravemente a repentaglio il principio della sicurezza giuridica.
4.2.3 Per le stesse considerazioni, l'amministrazione non può validamente cercare di tornare sulla sua decisione iniziale rimettendo in discussione in questa sede la deduzione (del 25 %) che aveva applicato nel 2002 sul reddito base da invalido facendo uso del potere di apprezzamento riconosciutole per tenere conto delle particolarità personali e professionali del caso (<ref-ruling>). Sebbene la deduzione allora applicata si riveli senz'altro generosa, non per questo la decisione iniziale appare inammissibile alla luce della situazione di fatto e di diritto allora vigenti. Ne segue che, essendo infondato, il ricorso dell'UAI va respinto.
5. 5.1 Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e devono pertanto essere poste a carico dell'Ufficio ricorrente (<ref-law>), il quale rifonderà all'opponente, patrocinata da un legale, un'indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).
5.2 Con l'emanazione della presente sentenza, infine, la domanda di concessione dell'effetto sospensivo diviene priva d'oggetto.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Il ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 1000.- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.