Sachverhalt:
A. Die Gemeinden Bellikon und Widen beabsichtigen, den Fuss- und Radweg zwischen den beiden Ortschaften auszubauen. Die geplante Wegverbindung tangiert die Parzelle Nr. 377 in Bellikon und die Parzelle Nr. 255 in Widen. Beide Grundstücke stehen im Miteigentum von X._ und Y._.
Das Wegbauprojekt wurde in beiden Gemeinden öffentlich aufgelegt. Es gingen dagegen mehrere Einsprachen ein. Nachdem der Kanton Aargau dem Projekt unter der Auflage, dass der Weg auf eine Breite von 2 m reduziert wird, die Zustimmung erteilt hatte, bewilligten die Gemeinderäte von Bellikon und Widen am 23. Juni 2008 das Wegbauprojekt und wiesen die Einsprachen ab, soweit sie darauf eintraten. Die Baubewilligung erwuchs in Rechtskraft.
Parallel zum neuen Wegabschnitt soll hangseits ein Tiefgraben angelegt werden, um das Hangwasser aufzufangen. Das Wasser soll zum einen Richtung Bellikon in einen bestehenden Schacht, zum andern Richtung Widen durch eine noch zu erstellende Leitung in den Kreuzweidbach geleitet werden. Der Bach ist derzeit eingedolt. Er soll bis hinunter zur Kantonsstrasse geöffnet werden. Das entsprechende Wasserbauprojekt wurde am 7. Februar 2008 vom Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau rechtskräftig bewilligt.
Mit der Zustimmung der Gemeinde Widen ersuchte der Gemeinderat Bellikon am 17. Juli 2006 die kantonale Schätzungskommission nach Baugesetz um Einleitung des Enteignungsverfahrens für das Wegbauprojekt. Der Präsident der Schätzungskommission führte eine Einigungsverhandlung durch, bei welcher sich jedoch keine umfassende Einigung ergab. Die Einsprachen, welche X._ und Y._ erhoben hatten, wurden deshalb an den Regierungsrat überwiesen. Mit Beschluss vom 13. Mai 2009 wies dieser die Einsprachen ab und ordnete die Enteignung für den Fuss- und Radweg an. Der Beschluss erwuchs unangefochten in Rechtskraft, worauf die Schätzungskommission das Verfahren wieder aufnahm.
Am 17. August 2010 entschied die Schätzungskommission im Wesentlichen, dass von der Parzelle Nr. 377 ca. 1065 m2 zugunsten der Einwohnergemeinde Bellikon und von der Parzelle Nr. 255 ca. 821 m2 zugunsten der Einwohnergemeinde Widen enteignet werden. Die Entschädigung wurde auf Fr. 8.--/m2 festgelegt. Weiter wurde festgestellt, dass sich die Parteien bezüglich der Beschränkung der Nutzungsmöglichkeiten auf eine Entschädigungssumme von Fr. 2'940.-- geeinigt hatten. In Bezug auf die Entschädigungsforderungen entschied die Schätzungskommission, dass diese 20 Tage nach Rechtskraft des Entscheids fällig werden. Weitergehende Forderungen wies sie ab. Auf die von X._ und Y._ betreffend ein Pachtverhältnis erhobenen Forderungen trat sie nicht ein.
Eine gegen den Entscheid der Schätzungskommission erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 13. April 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 26. Mai 2011 beantragen X._ und Y._ im Wesentlichen die Aufhebung der Entscheide des Verwaltungsgerichts und der Schätzungskommission. Die Angelegenheit sei an die Vorinstanzen zurückzuweisen und den Beschwerdeführern sei eine Entschädigung von mindestens Fr. 35'089.-- zuzusprechen. Zudem sei zu verfügen, dass die Gemeinde den Pächter zu entschädigen habe.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Der Gemeinderat von Bellikon schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In ihrer Stellungnahme dazu halten die Beschwerdeführer ausdrücklich an ihren Anträgen und Rügen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG). Dieser stützt sich in erster Linie auf kantonales Enteignungsrecht, betrifft also eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerdeführer sind Miteigentümer des Grundstücks, in Bezug auf welches die Enteignung verfügt wurde. Ihrem Entschädigungsbegehren wurde im vorinstanzlichen Urteil nicht vollumfänglich entsprochen, weshalb sie ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung haben. Sie sind zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-law>). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.5 S. 129 f.; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; Urteil des Bundesgerichts 1C_412/2008 vom 24. März 2009 E. 2.1; je mit Hinweisen).
2.2 Die Beschwerdeführer rügen, eine falsche Sachverhaltsdarstellung liege auch vor, wenn man etwas verschweige. Die Rechtskraft des Projekts sei wegen Missachtung ihrer Legitimation erfolgt. Dies sei zu erwähnen. Eine weitere mangelhafte Sachverhaltsfeststellung liege in der Behauptung, dass beim Bau des Wegabschnitts auf der Hangseite ein Tiefgraben angelegt werde, um das Hangwasser, Oberflächenwasser und Wasser aus Drainagen aufzufangen.
2.3 Die Kritik der Beschwerdeführer ist für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens nicht entscheidend, selbst wenn sie begründet wäre. Das Wegbauprojekt und das Wasserbauprojekt sind in Rechtskraft erwachsen und bildeten nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids. Auch hinsichtlich der Sachverhaltsrüge im Zusammenhang mit dem Tiefgraben ist nicht ersichtlich, inwiefern sie am Ausgang des vorliegenden Verfahrens etwas ändern könnte. Die Beschwerdeführer legen dies auch nicht dar. Insofern besteht kein Grund, von den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz abzuweichen.
3. Der angefochtene Entscheid betrifft ausschliesslich die Entschädigung für die Enteignung. Entsprechend haben die Beschwerdeführer im Verfahren vor Verwaltungsgericht ein Entschädigungsbegehren gestellt. In ihrer Beschwerdeschrift zuhanden des Bundesgerichts rügen sie jedoch in verschiedener Hinsicht das dem Enteignungsverfahren zugrunde liegende Weg- und das damit zusammenhängende Wasserbauprojekt. Dabei räumen sie selbst ein, dass darüber bereits rechtskräftig entschieden wurde. Der angefochtene Entscheid wird insoweit gar nicht in Frage gestellt. Dies betrifft im Wesentlichen die Rügen, das Projekt sei im Landwirtschaftsgebiet unzulässig, es verstosse gegen das Bundesgesetz vom 4. Oktober 1985 über Fuss- und Wanderwege (FWG; SR 704) und das Raumplanungsgesetz (SR 700), in diesem Gebiet sei eine Veränderung des Terrains unzulässig und es sei tatsachenwidrig, das Verbindungsstück überhaupt als Fuss- und Radweg zu bezeichnen. Dasselbe gilt für die Rüge, das Bauprojekt sei in willkürlicher Weise bewilligt worden, obwohl die erforderlichen Bewilligungen des Kantons nicht vorhanden gewesen seien.
4. Die Beschwerdeführer machen eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend (<ref-law>). Ihre Eingaben seien vollständig missachtet worden. Sie verweisen auf "die diversen Stellungnahmen", insbesondere aber auch auf jene vom 10. Februar 2011 an das Verwaltungsgericht. Sie hätten festgehalten, dass für den Pufferstreifen ein erhöhter Bewirtschaftungsaufwand nicht berechnet worden sei. Jedem Kleinkind sei klar, dass es erhöhte Umtriebe ergebe, wenn ein 6 m breiter Streifen als Wiesland neben einem Acker bewirtschaftet werden müsse.
Die Stellungnahme vom 10. Februar 2011 enthält entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer keine derartige Behauptung. Insofern fällt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ausser Betracht. Welche anderen Vorbringen unbeachtet geblieben sind, legen die Beschwerdeführer nicht konkret dar. Ihr allgemeiner Hinweis auf "die diversen Stellungnahmen" genügt den Anforderungen an eine hinreichend begründete Beschwerde nicht (<ref-law>). Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs erweist sich deshalb als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
5. 5.1 Die Beschwerdeführer kritisieren den vom Verwaltungsgericht eingeholten Fachbericht des Landwirtschaftlichen Zentrums Liebegg vom 28. Januar 2008. Sie führen aus, wenn ein offenes Gewässer durch eine Parzelle fliesse, müssten beidseitige Anpassungen gemacht werden. Wenn aber die Bachparzelle und die Strassenparzelle abgetrennt würden, sei bei der Berechnung des Streifens mit Düngeverbot und Bewirtschaftungseinschränkungen von der Bachgrenze her zu messen.
Die Beschwerdeführer weisen auf zwei sich bei den Verfahrensakten befindliche Merkblätter hin. Sie zeigen jedoch nicht konkret auf, mit welchen Stellen dieser Merkblätter der Fachbericht in Widerspruch stehen soll. Auch geht aus dem Vorbringen nicht hervor, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzen würde, wenn die Kritik zuträfe (<ref-law>), oder auch nur, welcher Zusammenhang zur Entschädigungsforderung besteht (<ref-law>). Es ist deshalb nicht ersichtlich, dass der angefochtene Entscheid diesbezüglich Recht verletzen würde.
5.2 Die Beschwerdeführer bringen vor, entgegen den Ausführungen im Fachbericht würden für Hecken, Ufer und Feldgehölze keine Entschädigungen bezahlt, denn sie seien von der landwirtschaftlichen Nutzfläche ausgeschlossen.
Der Fachbericht weist auf S. 4 den Deckungsbeitrag für den Pufferstreifen neben dem geplanten Oberflächengewässer aus. Auf diesem Streifen gilt ein Pflanzenschutzmittel- und Düngerverbot. Im Anschluss daran weist der Bericht darauf hin, dass die Möglichkeit bestehe, an der Böschung eine geschlossene Hecke zu pflanzen. Der Verlust von wertvollem Ackerland würde so geringer ausfallen. Zudem könnten laut Bericht für die Hecke zusätzliche Direktzahlungen ausgelöst werden. Diese ergänzenden Bemerkungen haben jedoch, soweit ersichtlich, in die Berechnungen für den Deckungsbeitrag keinen Eingang gefunden. Von den Beschwerdeführern wird dies auch gar nicht behauptet. Ihre Rüge ist deshalb unbegründet.
5.3 Den angefochtenen Entscheid erachten die Beschwerdeführer auch deshalb als falsch, weil er nicht erwähne, dass der Ertrag zufolge der Extensivierung um ein Vielfaches sinke. Weshalb aber angesichts der Verringerung des Ertrags die Entschädigung von Fr. 2'940.-- zu gering bemessen sein sollte, ergibt sich aus ihrer Beschwerde nicht (<ref-law>). Dies ist auch nicht ersichtlich.
5.4 Im Fachbericht wird festgestellt, die Extensivierung führe zu einer Reduktion der Arbeitszeit. Gegenüber der ackerbaulichen Nutzung erfordere die Bewirtschaftung eines Pufferstreifens pro Hektare rund 25 Arbeitskraftstunden (AKh) weniger (11 AKh statt 35.8 AKh). Die Beschwerdeführer machen in ihrer Beschwerde geltend, dass sie aber 38.22 AKh benötigen würden und dass das Verwaltungsgericht willkürlich entschieden habe, indem es in diesem Punkt auf den Fachbericht abstellte.
Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
Das Verwaltungsgericht legte dar, es sei ohne Weiteres nachvollziehbar, dass eine extensiv bewirtschaftete Naturwiese deutlich weniger Arbeitsaufwand erfordere als Ackerbaukulturen. Nicht nachvollziehbar sei demgegenüber das Ergebnis der Beschwerdeführer, wonach der Zeitaufwand für eine extensive Naturwiese 38.22 AKh/ha betragen solle und damit höher ausfalle als eine Bewirtschaftung mit Ackerbaukulturen (35.8 AKh/ha).
Dass eine extensiv bewirtschaftete Naturwiese deutlich weniger Arbeitsaufwand erfordert als Ackerbaukulturen, ist in der Tat einleuchtend und es erscheint nicht als willkürlich, dass das Verwaltungsgericht sich auch in dieser Hinsicht auf den Fachbericht abgestützt hat. Der Hinweis der Beschwerdeführer, ihre Berechnung würde einen Aufwand von 38.22 AKh/ha ergeben, lässt den angefochtenen Entscheid nicht als willkürlich erscheinen. Die Rüge ist unbegründet.
6. Die Beschwerdeführer bringen vor, nachdem es sich um ein Bauvorhaben für das Baugebiet handle, sei ein Zuschlag zum normalen landwirtschaftlichen Preis zu machen. Sie hätten Fr. 14.--/m2 verlangt, was ca. 170 % des landwirtschaftlichen Preises für dieses wertvolle Kulturland entspreche.
Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid ausführlich erläutert, weshalb vorliegend auf den Preis für Landwirtschaftsland abzustellen ist. Insbesondere hat es darauf hingewiesen, es habe keinen Einfluss auf die Höhe der Entschädigung, dass das Gemeinwesen das beanspruchte Land für landwirtschaftsfremde, bauliche Zwecke (den Bau eines Fuss- und Radwegs) nutzen werde. Entscheidend sei, dass das Land den Beschwerdeführern wie auch irgendeinem anderen privaten Eigentümer grundsätzlich nur für landwirtschaftliche Zwecke zur Verfügung stünde. Diese Erwägungen sind rechtlich zutreffend. Die pauschal dagegen erhobene Kritik der Beschwerdeführer ist unbegründet.
7. 7.1 Strittig ist schliesslich, ob die Beschwerdeführer Anspruch auf eine Entschädigung wegen Ertragsausfall des Pächters und vorzeitiger Pachtauflösung haben. Das Verwaltungsgericht wies zunächst darauf hin, dass der Beschwerdeantrag eine derartige Entschädigung gar nicht enthalten habe. Weiter legte es dar, die Schätzungskommission sei korrekterweise davon ausgegangen, dass Entschädigungen, die aus einer Beeinträchtigung von Miet- und Pachtrechten resultierten, an die Berechtigten (Mieter und Pächter) auszubezahlen sei (§ 21 Abs. 2 der kantonalen Verordnung vom 23. Februar 1994 über Landumlegung, Grenzbereinigung und Enteignung [LEV; SAR 713.112]). Die Entschädigungsforderungen stünden also dem Pächter zu und könnten nicht an dessen Stelle von den Beschwerdeführern geltend gemacht werden. Die Schätzungskommission sei zu Recht nicht auf das Begehren der Beschwerdeführer um Zusprechung einer Entschädigung für den Ertragsausfall des Pächters und für die vorzeitige Auflösung des Pachtvertrags eingetreten.
7.2 Die Beschwerdeführer bezeichnen diese Ausführungen als absolut daneben und machen damit sinngemäss Willkür geltend (<ref-law>). Sie sind der Ansicht, dass sie als Grundeigentümer die Forderung geltend machen müssten, welche dem Pächter ihnen gegenüber wegen der Beeinträchtigung des Pachtobjekts zukomme.
7.3 Gemäss § 133 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Aargau vom 19. Januar 1993 über Raumentwicklung und Bauwesen (BauG; SAR 713.100) sind Gegenstand der Enteignung das Eigentum und dingliche Rechte an Grundstücken, daraus hervorgehende Nachbar- sowie die Miet- und Pachtrechte der von der Enteignung betroffenen Grundstücke. § 144 Abs. 2 BauG sieht vor, dass für Schaden aus der vorzeitigen Aufhebung von Miet- und Pachtverträgen ein Anspruch auf Entschädigung besteht, sofern der Eingriff bei Vertragsabschluss nicht voraussehbar war. In Bezug auf die Verteilung der Entschädigung schreibt <ref-law> vor, dass Entschädigungen an Mieter und Pächter ohne Weiteres an die Berechtigten auszuzahlen sind. Dass das Verwaltungsgericht gestützt auf diese gesetzliche Regelung davon ausgeht, dass bei einer Beeinträchtigung eines Miet- oder Pachtvertrags ausschliesslich dem Mieter bzw. dem Pächter selbst ein Entschädigungsanspruch zukommt, ist nicht willkürlich.
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Sie haben keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Einwohnergemeinde Bellikon, der Einwohnergemeinde Widen und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold