Sachverhalt:
A. X._ wird der Widerhandlung gegen das Ausländergesetz verdächtigt. Am 16. Okober 2008 wurde er deswegen von der Kantonspolizei Aargau verhaftet. Am 28. Oktober 2008 beantragte der Bezirksamtmann des Bezirksamts Aarau dem Präsidenten der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau die Verlängerung der Untersuchungshaft bis zum 20. November 2008. Das Präsidium der Beschwerdekammer gab dem Antrag mit Verfügung vom 29. Oktober 2008 statt.
B. X._ führt mit Eingabe vom 13. November 2008 Beschwerde in Strafsachen und beantragt, die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer sei aufzuheben und die Sache sei zum neuen Entscheid an den Vizepräsidenten der Beschwerdekammer zurückzuweisen.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, der angefochtene Entscheid sei sowohl in tatbeständlicher wie auch in rechtlicher Hinsicht nicht hinreichend begründet. Der angefochtene Entscheid verletze u.a. die Mindestbegründungsvoraussetzungen gemäss <ref-law>.
1.2 Gemäss <ref-law> müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, unter anderem die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten, insbesondere die Angabe der angewendeten Gesetzesbestimmungen (lit. b). Das Bundesgericht kann nach <ref-law> einen Entscheid, der den Anforderungen von Absatz 1 nicht genügt, an die kantonale Behörde zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben. Aus <ref-law> folgt, dass Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, klar den massgeblichen Sachverhalt und die rechtlichen Schlüsse, die daraus gezogen werden, angeben müssen. Dies ist von Bedeutung im Hinblick auf die unterschiedliche Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Sachverhalts- und Rechtsfragen (Art. 95 und 97 BGG). Genügt der angefochtene Entscheid diesen Anforderungen nicht und ist deshalb das Bundesgericht nicht in der Lage, über die Sache zu befinden, ist er nach <ref-law> aufzuheben und die Angelegenheit an die kantonale Behörde zurückzuweisen, damit diese einen Entscheid treffe, der <ref-law> entspricht (Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 mit weiteren Hinweisen).
1.3 Der hier angefochtene Entscheid enthält keine eigene Begründung. Das Präsidium der Beschwerdekammer verweist darin lediglich auf den "beigefügten Antrag des Bezirksamts Aarau" vom 28. Oktober 2008. Zwar kann es grundsätzlich zulässig sein, dass der Haftrichter zur Begründung seines Entscheides auf den Haftverlängerungsantrag der Untersuchungsbehörde verweist (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 33 ff.). Der angefochtene Entscheid enthält jedoch nicht einmal eine summarische Begründung, welche auf eine Haftprüfung im Sinne von <ref-law> schliessen liesse. Es lassen sich dem Entscheid keinerlei Anhaltspunkte zur Frage entnehmen, inwiefern der Haftrichter sich mit den Vorbringen des Bezirksamtes (in dessen Haftverlängerungsantrag vom 28. Oktober 2008) auseinander setzte bzw. allfällig erhobene Einwände des Inhaftierten prüfte. Nach dem unter Ziffer 1.2 Ausgeführten ist der angefochtene Entscheid bereits deshalb in Anwendung von <ref-law> aufzuheben und die Sache an das Präsidium der Beschwerdekammer zurückzuweisen, damit es einen Entscheid treffe, der den Anforderungen von <ref-law> genügt.
1.4 Vorliegend kommt hinzu, dass der Bezirksamtmann dem Beschwerdeführer bezüglich des dringenden Tatverdachts Widerhandlungen gegen das Ausländergesetz vorwirft, ohne indessen eine der in Art. 115 ff. des Bundesgesetzes über die Ausländerinnen und Ausländer vom 16. Dezember 2006 (AuG) enthaltenen Strafbestimmungen dieses Gesetzes zu nennen. Ohne exakten Hinweis auf eine dieser Strafbestimmungen wirft der Bezirksamtmann dem Beschwerdeführer vor, am 10. September 2008 illegal von Frankreich herkommend als Asylbewerber in die Schweiz eingereist zu sein und sich als Schlepper betätigt zu haben. Die Schleppertätigkeit, die das schwerere Delikt darstellt, wird indessen nicht näher umschrieben. Es wird nicht dargelegt, was dem Beschwerdeführer konkret vorgeworfen wird. Damit wird die Tathandlung, welcher der Beschwerdeführer dringend verdächtigt wird, auch im Antrag des Bezirksamtmannes nicht genügend umschrieben, so dass ein Verweis darauf die Begründungsanforderungen ohnehin nicht zu erfüllen vermag.
2. Das Präsidium der Beschwerdekammer wird unter Beachtung des besonderen Beschleunigungsprinzips in Haftsachen (<ref-law>, Art. 5 Ziff. 4 EMRK) neu zu verfügen haben.
3. Beim vorliegenden Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens obsiegt oder unterliegt keine Partei (Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 mit Hinweisen). Dem Kanton werden keine Gerichtskosten auferlegt (Art. 66 Abs. 4). Dagegen rechtfertigt es sich, gemäss Art. 68 Abs. 4 in Verbindung mit <ref-law> den Kanton Aargau zur Zahlung einer Entschädigung an den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu verpflichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau vom 29. Oktober 2008 wird aufgehoben und die Sache zum neuen Entscheid an dieses zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Aarau, der Staatsanwaltschaft und dem Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli