Sachverhalt:
A. A.a A._ (Beklagter) war Alleinaktionär der D._ AG in Glarus. Diese erwarb mit Aktienkaufvertrag vom 18. Juni 1987 von der E._ AG, das (gesamte) Aktienpaket an der Société de l'Hôtel F._ SA. Die F._ SA war Eigentümerin der Résidence G._ (Apparthotel) in Genf, d.h. der Besitz des Aktienpakets vermittelte das wirtschaftliche Eigentum an der Liegenschaft Résidence G._ in Genf. Die Verkäuferin, E._ AG, wurde von H._ beherrscht, mit dem der Beklagte seit Jahren befreundet war und zahlreiche Immobiliengeschäfte getätigt hatte. Grundlage des Kaufentscheids bildete ein Kurzexposé, das von I._, dem Direktor der "H._-Unternehmen", verfasst und dem Beklagten am 15. Juni 1987 übergeben worden war. Darin ist eine Berechnung des zukünftigen Mietertrags enthalten, der auf total brutto Fr. 1'878'500.-- p.a. geschätzt wird. Sodann wird ein Kaufpreis von Fr. 22,1 Mio. vorgesehen, zu dem der Kauf schliesslich auch abgeschlossen wurde.
Mit Vertrag vom 14. Juli/11. August 1988 gewährte die Schweizerische Bank C._, die später von der Bank B._ (Klägerin; nachfolgend wird der Einfachheit halber auch die Bank C._ als Klägerin bezeichnet) übernommen wurde, der D._ AG ein Darlehen von Fr. 12,8 Mio. für den vorgenannten Aktienkauf. Als Sicherheit wurde der Klägerin ein Inhaberschuldbrief, lastend auf der Liegenschaft Résidence G._ über Fr. 12,8 Mio. übergeben. Der F._ SA gewährte die Klägerin direkt ein Darlehen von Fr. 3,2 Mio. Die Verhandlungen mit der Bank über diese Darlehen zur Finanzierung des erwähnten Kaufgeschäfts vom 18. Juni 1987 wurden im Auftrag der Kreditnehmerinnen weitgehend von I._ geführt.
Der Beklagte verpflichtete sich, für das Darlehen über Fr. 12,8 Mio., das die Klägerin der D._ AG gewährt hatte, bis zu einem Höchstbetrag von Fr. 15'360'000.-- als Solidarbürge einzustehen. Gleichentags ging der Beklagte auch eine Solidarbürgschaft über Fr. 3'840'000.-- zur Sicherung des Kredits über Fr. 3,2 Mio. ein, den die Klägerin der F._ SA direkt gewährt hatte. Der Bürgschaftsvertrag über Fr. 15'360'000.-- datiert vom 12. August 1988, bezeichnet P._ als Ort der Unterzeichnung und enthält die Unterschrift des Beklagten. In dem darauf hin erstellten und zum Bürgschaftsvertrag gehörenden "act authentique", datierend vom gleichen Tag, hat Notar K._ die Solidarbürgschaft verurkundet. Effektiv wurde der Vertrag allerdings am 11. August 1988 unterzeichnet und am gleichen Tag in L._ notariell verurkundet.
A.b Der Darlehensvertrag über Fr. 12,8 Mio. enthält zwei Vorbehalte, die wie folgt lauten (im Folgenden auch bloss als "die Bedingungen" bezeichnet):
"Die Auszahlung des Darlehens ist davon abhängig, dass
1. die Expertise des Architekten M._ den neuen Verkehrswert der Liegenschaft bestätigt,
2. der Nettoertragswert ab 1. August 1988 Fr. 1,358 Millionen beträgt."
Die Klägerin zahlte das Darlehen an die D._ AG aus, obwohl diese Vorbehalte nicht erfüllt waren. - Der von der Klägerin beauftragte Experte M._ hatte den "valeur de gage" der Liegenschaft mit seinem Gutachten vom 4. Juli 1988 auf Fr. 16 Mio. beziffert, bei einem Anlagewert von Fr. 12,7 Mio. und einem kapitalisierten Ertragswert von Fr. 18,1 Mio. Das entsprechende Gutachten wurde dem Beklagten vor dem Abschluss des Darlehensvertrages vom 14. Juli/11. August 1988 und der Auszahlung des Darlehens nicht ausgehändigt.
Das Geschäft mit dem Apparthotel Résidence G._ entwickelte sich nicht wie von den Parteien des Kaufvertrags angenommen. Auch Ende 1991, nach Ablauf einer von den Parteien nachträglich, am 30. Juni 1989 vereinbarten Defizitgarantie (sog. 3-Jahres-Plan), war keine entscheidende Verbesserung festzustellen. Die Zahlungsverzögerungen bei den Schuldzinsen häuften sich.
B. Mit Teilklage vom 29. November 1995 beim Appellationshof des Obergerichts des Kantons Bern, 2. Zivilkammer, (im Folgenden "Appellationshof") forderte die Klägerin vom Beklagten aufgrund der Solidarbürgschaft die fälligen Zinsen per 31. Dezember 1991 und per 30. Juni 1992 auf dem der D._ AG gewährten Darlehen über Fr. 12,8 Mio. Sie beantragte mit im Laufe des Verfahrens modifiziertem Rechtsbegehren, den Beklagten zu verpflichten, ihr einen Betrag von Fr. 986'016.05 zuzüglich Zins zu 7.5 % auf Fr. 483'070.20 seit dem 1. Januar 1992 und auf Fr. 502'945.85 seit dem 1. Juli 1992 zu bezahlen und den Rechtsvorschlag in der angehobenen Betreibung aufzuheben. Eventuell sei der Beklagte zu verurteilen, der Klägerin einen Betrag von Fr. 1'162'960.04 zu bezahlen.
Der Beklagte schloss mit Klageantwort vom 5. März 1996 auf Abweisung der Klage und erhob gleichzeitig Widerklage mit dem folgenden, während des Verfahrens geänderten Begehren:
"1. Constater que le défendeur et demandeur reconventionnel n'est pas lié à la demanderesse et défenderesse reconventionnelle par les actes de cautionnement datés du 12.8.1988 suivants:
1.1 Cautionnement d'un prêt de Fr. 12.8 mio consenti à D._ AG le 14.7.1988 jusqu'à concurrence d'un montant maximum de 15.36 mio;
1.2 cautionnement d'un prêt de 3.2 mio consenti à la SI F._ SA le 14.7.1988 jusqu'à concurrence d'un montant maximum de 3.84 mio.
2. Condamner la demanderesse et défenderesse reconventionelle à payer les montants suivants au défendeur et demandeur reconventionnel:
2.1 CHF 6'100'000.00 avec intérêt à 6.15% dès le 1.8.1988
2.2 CHF 250'000.-- avec intérêt à 5% dès le 1.1.1998.
(...)."
Der Beklagte stellte sich im Wesentlichen auf den Standpunkt, die Bürgschaft für das Darlehen an die D._ AG sei hinfällig, weil der Darlehensvertrag zwischen der D._ AG und der Klägerin nicht gültig zustande gekommen sei. Zum einen habe die Klägerin das Darlehen ausbezahlt, obwohl die Bedingungen im Darlehensvertrag, dass der Experte M._ den Verkehrswert und den Ertragswert der Liegenschaft Résidence G._ bestätigen müsse, nicht erfüllt gewesen seien. Zum anderen hätte sich die D._ AG bzw. der Beklagte nicht auf das Darlehen vom 14. Juli/11. August 1998 eingelassen, wenn ihr bzw. ihm die Expertise M._ durch die Klägerin, H._ und I._ nicht in Täuschungsabsicht unterschlagen worden wäre, und sie bzw. er demnach gewusst hätte, dass der Kaufpreis für die F._ SA bzw. deren Liegenschaft dermassen übersetzt sei. - Die Verträge mit der Klägerin seien für ihn von H._ und I._, denen er vollends vertraut habe, ohne seine Beteiligung ausgehandelt worden. Er sei entsprechend auch beim Eingehen der Bürgschaft getäuscht worden. Da er überdies bei der notariellen Verurkundung der Bürgschaft durch Notar K._ am 12. August 1988 nicht anwesend gewesen sei, sei die Bürgschaft formungültig. Im Zusammenhang mit der Widerklage machte der Beklagte geltend, die Klägerin habe ihre vertraglichen Verpflichtungen als Darlehensgeberin verletzt und dadurch der D._ AG einen Schaden zugefügt. Er mache entsprechend Schadenersatz geltend, nachdem ihm die D._ AG die entsprechenden Forderungen abgetreten habe. Ferner forderte er Schadenersatz für die von ihm im Zusammenhang mit dem "F._-Geschäft" angestrengten Strafverfahren gegen H._, Notar K._ sowie I._ und N._, den Leiter der Genfer Niederlassung der Klägerin.
Der Appellationshof verpflichtete den Beklagten mit Urteil vom 9. Juni 2005 unter weitgehender Gutheissung der Klage, der Klägerin Fr. 960'000.-- zuzüglich Zins zu 7,5 % auf Fr. 480'000.-- seit dem 1. Januar 1992 und auf Fr. 480'000.-- seit dem 1. Juli 1992 zu bezahlen. Im entsprechenden Umfang hob er den Rechtsvorschlag in der gegen den Beklagten angehobenen Betreibung auf. Die Widerklage wies der Appellationshof ab.
C. Gegen dieses Urteil führt der Beklagte eidgenössische Berufung mit den Anträgen, die Klage abzuweisen und die Widerklage gutzuheissen. Eventuell sei die Sache an den Appellationshof zurückzuweisen.
Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf eingetreten werden kann.
D. Eine in gleicher Sache erhobene staatsrechtliche Beschwerde des Beklagten hat das Bundesgericht mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit darauf einzutreten war (Verfahren 4P.252/2005).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Umstritten ist zunächst, ob der Darlehensvertrag zwischen der Klägerin und der D._ AG gültig zustande gekommen und die Bürgschaftsschuld des Beklagten demnach überhaupt entstanden ist (<ref-law>). Nach den Feststellungen der Vorinstanz zahlte die Klägerin das Darlehen an die D._ AG aus, obwohl der Architekt M._ den neuen Verkehrs- bzw. Ertragswert der Liegenschaft "F._ SA" nicht bestätigt hatte und die entsprechenden Bedingungen im Darlehensvertrag vom 14. Juli/11. August 1998 somit nicht erfüllt waren. Der Beklagte ist der Auffassung, die Vorinstanz habe zu Unrecht angenommen, dass die Bedingungen einzig im Interesse der Klägerin in den Darlehensvertrag aufgenommen worden seien und der Darlehensvertrag daher trotz des Nichteintritts derselben gültig zustande gekommen sei.
1.1 In der Literatur wird die Auffassung vertreten, der durch eine Bedingung Begünstigte könne jedenfalls dann auf deren Eintritt verzichten, wenn dadurch keine unakzeptable Rechtsunsicherheit zu Lasten der anderen Partei entstehe (EHRAT, Basler Kommentar, N. 8 der Vorbemerkungen zu Art. 151-157 OR; GUHL/MERZ/KOLLER/DRUEY, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl., Zürich 2000, § 9 Rz. 17 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5 S. 530 f.).
Richtig besehen handelt es sich dabei indes um eine Frage der Vertragsauslegung, die nur aufgrund der konkreten Umstände beantwortet werden kann. Den Vertragschliessenden steht ohne weiteres offen, ihre Vereinbarung so auszugestalten, dass keine der Parteien einseitig auf den Eintritt einer Bedingung verzichten kann. Haben aber die Parteien dies nicht ausdrücklich vorgesehen und eine Bedingung im Interesse nur eines einzelnen Vertragspartners vereinbart, wird das Auslegungsergebnis in aller Regel dahin lauten, es stehe nach dem übereinstimmenden Parteiwillen in dessen Belieben, am Vertrag trotz Nichteintritts der Bedingung festzuhalten bzw. dessen Vollzug zu verlangen. Nach Treu und Glauben darf der Begünstigte annehmen, die Gegenpartei hätte dem Vertrag auch ohne die für sie belastende Bedingung zugestimmt. Anders waren die Umstände in dem von der Klägerin zitierten <ref-ruling> E. 5 S. 531, wo das Bundesgericht die betreffende vertragliche Bestimmung unter den konkreten Umständen dahingehend ausgelegt hatte, die Bedingung diene den Interessen beider Parteien, weshalb ein einseitiger Verzicht nicht zulässig war.
Um die Auswirkungen des Nichteintritts der streitbetroffenen Bedingungen auf die Gültigkeit des Darlehensvertrages zwischen der D._ AG und der Klägerin zu beurteilen, muss somit durch Vertragsauslegung ermittelt werden, welche Bedeutung diesen nach dem Willen der Vertragsparteien beizumessen ist.
1.2 Die Vorinstanz hat keine Feststellungen darüber getroffen, welche Tragweite den vereinbarten Bedingungen nach dem übereinstimmenden tatsächlichen Willen der Vertragsparteien zukommen sollte (<ref-law>). Für die Auslegung des Vertrages ist somit das Vertrauensprinzip massgebend. Danach sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Willenserklärungen der Parteien so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 3.2, 417 E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.5; <ref-ruling> E. 3a). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen im Berufungsverfahren als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (Art. 63 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.4 S. 707; <ref-ruling> E. 3a S. 253, je mit Hinweisen).
1.2.1 Die Vorinstanz hielt dafür, die Nichterfüllung der Bedingungen im Darlehensvertrag stehe seiner Gültigkeit nicht entgegen. Zwar handle es sich bei den beiden umstrittenen Bedingungen um Suspensivbedingungen, deren Eintritt den Vertrag erst gültig zustande kommen lasse. Sinn und Zweck der Bedingungen sei es indessen, den Wert des Garantieobjekts (Wert der Liegenschaft und Höhe der Mietzinseinnahmen) zu bestätigten und der Darlehensgeberin die Einschätzung ihrer Sicherheiten zu ermöglichen. Sie allein habe daher ein Interesse an den Bedingungen gehabt, indem diese ihrer Absicherung gedient hätten. Die Darlehensnehmerin, die D._ AG, habe hingegen keinen Vorteil aus den Bedingungen gehabt, sondern höchstens den Nachteil, das Geld nicht zu bekommen, wenn die Bedingungen nicht erfüllt würden. Entsprechend hätten sich denn auch die D._ AG bzw. der Beklagte nicht dagegen gewehrt, dass sie nicht eingehalten worden seien. Seien die Bedingungen nur im Interesse der Klägerin vereinbart worden, habe sie auf deren Einhaltung verzichten können und habe der Nichteintritt derselben keinen Einfluss auf die Verbindlichkeit des Vertrages.
1.2.2 Diese Auslegung der strittigen Klausel nach Sinn und Zweck, den die Parteien ihr in guten Treuen beimessen mussten, ist aus bundesrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden.
Auch schon der Wortlaut der strittigen Vertragsklausel in der unbestrittenen Übersetzung der Vorinstanz, wonach "die Auszahlung des Darlehens davon abhängig ist, dass ... ", deutet darauf hin, dass die Bedingungen einzig als einseitiger Vorbehalt der Klägerin zu verstehen sind, das Darlehen nur auszahlen zu müssen, wenn die Schätzung des Architekten M._ so ausfällt, dass die verpfändeten, auf der "Liegenschaft F._ SA" lastenden Schuldbriefe als Sicherheit zureichend erscheinen.
1.2.3 Der Beklagte hält dafür, die Klägerin sei am 14. Juli 1988, dem Zeitpunkt in dem sie den Darlehensvertrag über Fr. 12,8 Mio. unterzeichnet habe, bereits seit einer Woche im Besitz der Expertise M._ vom 4. Juli 1988 gewesen. Sie habe daher damals bereits davon gewusst, dass der Architekt M._ den Wert der Liegenschaft gemäss dem zwischen der E._ AG und der D._ AG geschlossenen Kaufvertrag bzw. dem entsprechenden Kurzexposé von I._ nicht bestätigt habe und damit die Bedingung nicht eingetreten sei. Der strittigen Bedingung könne mithin nicht der Sinn beigemessen werden, den die Vorinstanz darin gesehen habe.
Dem kann nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz musste aus dem geltend gemachten Umstand, dass die Klägerin bei Unterzeichnung des Darlehensvertrages bereits im Besitz des Gutachtens M._ gewesen sei, nicht schliessen, die Klägerin habe gar kein Interesse an der Bedingung gehabt bzw. die Bedingung hätte als Vorbehalt zu Gunsten der Klägerin für die Auszahlung des Darlehens keinen Sinn mehr gemacht. Denn die nicht erfüllte Bedingung hätte der Klägerin jedenfalls erlaubt, die Auszahlung des Darlehens an die D._ AG trotz Unterzeichnung des Darlehensvertrages zu verweigern, sollte sich die Einschätzung des Architekten M._ vorher erhärten oder gar als zu optimistisch erweisen. Nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die sich im Verfahren der parallel zur Berufung eingereichten staatsrechtlichen Beschwerde als verfassungskonform erwiesen haben, lässt sich indessen nicht sagen, die Zahlen im Kurzexposé, das Grundlage des Kaufs der D._ AG gebildet hatte, seien aus damaliger Sicht objektiv falsch gewesen - und umgekehrt die tieferen Zahlen, die im Gutachten des Architekten M._ aufgeführt wurden, objektiv richtig (vgl. das in gleicher Sache gefällte Urteil 4P.252/2005 E. 3.2). Dem Beklagten kann somit nicht beigepflichtet werden, wenn er geltend macht, die Klausel habe unter den geltend gemachten Umständen als Vorbehalt der Klägerin für die Auszahlung des Darlehens überhaupt keinen Sinn gemacht.
Würde der vom Beklagten geltend gemachte Umstand, d.h. das Wissen der Klägerin um den Nichteintritt der Bedingung bei Vertragsunterzeichnung, als gegeben betrachtet und gleichzeitig angenommen, die Bedingung sei auch im Interesse des Beklagten in den Vertrag aufgenommen worden, müsste überdies geschlossen werden, die Klägerin habe am 14. Juli 1988 einen Vertrag unterzeichnet, von dem sie bereits wusste bzw. wissen musste, dass er nicht zustande kommen wird. Davon ist nicht auszugehen.
1.2.4 Der Beklagte macht weiter geltend, er habe die Bedingung nach Treu und Glauben auch als in seinem Interesse vereinbart verstehen dürfen, da der effektive Wert des zu erwerbenden Investitionsobjekts dem Investor nicht gleichgültig sein könne. Denn von diesem hänge die Grösse des von ihm eingegangenen Risikos ab.
Auch dem kann nicht gefolgt werden. Beim entsprechenden Verständnis der Vertragsklausel geht der Beklagte von der falschen Vorstellung aus, es sei auch ohne besondere Vereinbarung grundsätzlich Sache der Bank, den Kreditbedarf und die Verwendungsabsichten des Kunden in dessen Interesse zu hinterfragen, auf deren sachliche Rechtfertigung und Zweckmässigkeit zu überprüfen und den Kunden über daraus gewonnene Erkenntnisse aufzuklären.
Wird ein Kredit - wie hier - nicht zur Abwicklung "banknaher" Geschäfte (z.B. Wertpapieranlagen) beansprucht, sondern zur Finanzierung eines vom Bankgeschäft unabhängigen Projekts, ist die Bank indessen - sofern überhaupt in der Lage - grundsätzlich nicht verpflichtet, die Durchführbarkeit solcher Projekte in rechtlicher oder wirtschaftlicher Hinsicht unaufgefordert zu prüfen, ebenso wenig dazu, den Kreditnehmer über die Risiken eines zu finanzierenden Objekts dieser Art zu unterrichten. Eine allgemeine Beratungspflicht der Bank fällt von vornherein nur für Geschäfte in Betracht, die mit, auf Veranlassung oder unter Vermittlung der Bank abgeschlossen werden, andernfalls deren Pflichtenkreis ins Uferlose erweitert würde. Das Unternehmerrisiko hat der Kreditnehmer zu tragen, und in noch stärkerem Masse als bei "banknahen" Geschäften besteht eine Warnpflicht nur unter ganz besonderen Voraussetzungen, namentlich bei einem Wissensvorsprung der Bank um spezielle Risiken eines zu kreditierenden Vorhabens (Urteil 4C.410/1997 vom 23. Juni 1998 E. 3c, Pra 1998 S. 827 ff., mit zahlreichen Hinweisen; vgl. dazu weiter: TERCIER, Responsabilité de la banque dispensatrice d'un crédit immobilier, BR 2000 S. 10 ff.; GUGGENHEIM, Arrêts civils récents en droit bancaire, in: Thévonoz/Bovet [Hrsg.], Journée 1999 de droit bancaire et financier, Bern 2000, S. 161 ff.; MARTIN MOSER/BERNHARD BERGER, Vertrauenshaftung auch im Bankgeschäft - zur Haftungsgrundlage und zu den Grenzen von Aufklärungspflichten, AJP 1999 S. 541 ff.; MATTHIAS SCHWAIBOLD, Rechtsprechungschronik, in: Peter Nobel [Hrsg.], Aktuelle Rechtsprobleme des Finanz- und Börsenplatzes Schweiz, Bern 1999 S. 208 ff.).
Entsprechende Umstände, aus denen eine Warnpflicht abzuleiten wäre, lassen sich den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil nicht entnehmen. Insbesondere kann der Klägerin kein Wissensvorsprung über das Risiko des F._-Geschäfts angelastet werden, wie der Beklagte geltend macht. So ist nach den verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen davon auszugehen, dass das ihr bekannte Gutachten M._, in dem der Wert der F._ SA unter dem zwischen der E._ AG und der D._ AG vereinbarten Kaufpreis beziffert wird, im damaligen Zeitpunkt angesichts des überhitzten Immobilienmarktes in Genf nicht ohne weiteres als objektiv richtig betrachtet werden kann. Der hinter der Käuferin, der D._ AG, stehende Beklagte war überdies ein im Immoblienhandel erfahrener Geschäftsmann, der die wirtschaftlichen Risiken des Investitionsvorhabens selbst hätte erkennen und abschätzen können. Er hätte es jederzeit in der Hand gehabt, selber ein Gutachten über den Wert der F._ SA einzuholen, wenn ihm an einer Überprüfung der Investition gelegen gewesen wäre.
Dass die strittige Vertragsklausel die Funktion hatte, die D._ AG von einer untragbaren Investition abzuhalten, musste im vorliegenden Fall nach Treu und Glauben um so weniger angenommen werden, als der Kaufvertrag zwischen dieser und der E._ AG über ein Jahr vor dem Kreditvertrag mit der Klägerin abgeschlossen worden war, und die Verpflichtung der D._ AG zur Bezahlung des Kaufpreises bereits in diesem Zeitpunkt entstanden war. Wenn der Beklagte dagegen geltend macht, die Kaufpreisforderung wäre von der E._ AG nicht durchgesetzt worden, falls die Klägerin die Finanzierung des Geschäfts verweigert hätte, ist er nicht zu hören; dieser Einwand ist rein hypothetischer Natur und findet in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze, ohne dass der Beklagte dazu eine Ausnahme von der Sachverhaltsbindung nach Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG anruft.
1.2.5 Die Klägerin durfte nach dem Ausgeführten bei der Auszahlung des Darlehens nach Treu und Glauben annehmen, der Beklagte hätte den Darlehensvertrag auch ohne die strittigen Bedingungen geschlossen. Der Nichteintritt der Bedingungen steht damit der Verbindlichkeit des Kreditvertrags nicht entgegen und der Beklagte kann sich gegen die Inanspruchnahme als Bürge nicht darauf berufen, die Hauptschuld bestehe insoweit nicht.
2.1 Hinsichtlich der geltend gemachten Formungültigkeit der Bürgschaft wegen mangelhafter öffentlicher Beurkundung verwarf die Vorinstanz zunächst die Behauptung des Beklagten, bei der notariellen Verurkundung nicht zugegen gewesen zu sein. Ihr Urteil hat sich im Verfahren der in gleicher Sache erhobenen staatsrechtlichen Beschwerde als verfassungskonform erwiesen (Urteil 4P.252/2005 E. 5.2) und wird vom Beklagten insoweit aus bundesrechtlicher Sicht nicht weiter in Frage gestellt. Er macht jedoch geltend, die Vorinstanz habe die bundesrechtlichen Minimalanforderungen an die öffentliche Beurkundung verkannt, indem sie zu Unrecht angenommen habe, dass die Bürgschaft formgültig eingegangen worden sei, obwohl die notarielle Urkunde nach ihren Feststellungen mit einem falschen Datum, dem 12. statt dem 11. August 1988 und einem unrichtigen Ort der Beurkundung (P._ statt L._) versehen sei.
2.2 Die Bürgschaftserklärung natürlicher Personen für einen Fr. 2'000.-- übersteigenden Betrag bedarf der öffentlichen Beurkundung, die den am Ort ihrer Vornahme geltenden Vorschriften entspricht (<ref-law>). Der Begriff der öffentlichen Beurkundung ist jedoch ein solcher des Bundesrechts, der auch den Umfang des Formzwanges bestimmt (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 2a, je mit weiteren Hinweisen). Der öffentlichen Beurkundung nach <ref-law> unterliegen alle objektiv und subjektiv wesentlichen Angaben. Von der Formvorschrift werden alle Angaben erfasst, die die Rechtsstellung des Bürgen erschweren, nicht aber diejenigen, die den Vertrag bloss in einem Nebenpunkt ergänzen oder die Stellung des Bürgen ausschliesslich in dessen Interesse erleichtern (<ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 2c, je mit Hinweisen). Die Vorinstanz hielt dafür, das Datum (und der Ort) der Beurkundung zähle nicht zu den wesentlichen Elementen der Bürgschaftserklärung, weshalb die falsche Datumsangabe und Ortsbezeichnung in der Bürgschaftsurkunde keine Formungültigkeit nach sich ziehe.
2.3 Dass die Orts- und Datumsangabe allgemein, d.h. auch wenn ihr keine materielle Bedeutung zukomme, zu den wesentlichen Angaben einer Bürgschaftserklärung zähle, macht auch der Beklagte zu Recht nicht geltend. Er bringt aber vor, im vorliegenden Fall wäre die richtige Angabe des Ortes und des Datums wesentlich gewesen, um die Gültigkeit der Bürgschaft angesichts der zahlreichen Ungereimtheiten und Widersprüche im Zusammenhang mit ihrer Errichtung beurteilen zu können, wie dies auch für die entsprechenden Angaben in letztwilligen Verfügungen der Fall sein könne (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3c).
Nachdem sich im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde ergeben hat, dass die Behauptungen des Beklagten betreffend angeblicher Ungereimtheiten und Widersprüche bei der öffentlichen Beurkundung von der Vorinstanz verfassungskonform verworfen worden sind (Urteil 4P.252/2005 E. 5), ist er mit den entsprechenden Vorbringen, mit denen er von den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil abweicht, nicht zu hören (Art. 63 Abs. 2 OG). Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt, indem sie die Formgültigkeit der Bürgschaft trotz unrichtiger Orts- und Datumsangabe in der öffentlichen Urkunde bejahte.
3. 3.1 Mit der Bürgschaft übernimmt der Interzedent gegenüber dem Gläubiger die Pflicht, für die Erfüllung der Schuld eines Dritten, des Hauptschuldners, einzustehen (<ref-law>). Die Bürgschaftsverpflichtung setzt den Bestand einer anderen (der sicherzustellenden) Verpflichtung voraus (<ref-law>). Sie ist dieser beigeordnet und hängt in Bestand und Inhalt notwendigerweise von ihr ab; die Bürgschaft ist akzessorisch. Sie sichert die Zahlungsfähigkeit des Schuldners oder die Erfüllung eines Vertrages (BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b).
Aus der Akzessorietät der Bürgschaft ergibt sich, dass der Bürge nur für die Erfüllung derjenigen Hauptschuld belangt werden kann, für die er sich verbürgt hat. Daraus wird weiter abgeleitet, dass die Hauptschuld im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses bestimmt oder zumindest bestimmbar sein muss. Dieses Erfordernis ist erfüllt, wenn der Gläubiger (und der Hauptschuldner) identifiziert werden können und der Forderungsgrund bekannt ist (<ref-ruling> E. 3.3 S. 437 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 37 f.).
3.2 Der Beklagte stellt sich auf den Standpunkt, die Klägerin belange ihn für eine andere Schuld als diejenige, für die er sich verbürgt habe. Er macht dazu sinngemäss geltend, er habe sich für zwei Darlehen in der Höhe von insgesamt Fr. 16 Mio. zur Finanzierung einer Liegenschaft verbürgt, die angesichts des Liegenschaftswertes von Fr. 22,1 Mio. durch die auf der Liegenschaft lastenden Schuldbriefe über Fr. 16 Mio. korrekt hätten abgesichert sein sollen. Die effektiv ausbezahlten Darlehen seien indessen nicht entsprechend grundpfandmässig abgesichert gewesen, weil die Liegenschaft viel weniger wert gewesen sei, worüber die Klägerin aufgrund des Gutachtens des Architekten M._ im Bild gewesen sei. Die Darlehensschuld für die er sich verbürgt habe, sei wirtschaftlich eine ganz andere als diejenige, für die ihn die Klägerin belangen wolle.
3.3 Dem kann nicht gefolgt werden. Der Beklagte hat sich für zwei Darlehen verbürgt, die aufgrund der Kreditverträge vom 14. Juli/ 11. August 1998 zwischen der Klägerin und der D._ AG einerseits und zwischen der Klägerin und der F._ SA andererseits zur Finanzierung des Kaufs der Aktien der F._ SA durch die D._ AG gewährt wurden und damit offensichtlich in jeder Hinsicht hinreichend bestimmt sind. Insoweit konnte sich der Beklagte denn auch eine klare Vorstellung über die Art und den Umfang des von ihm als Bürge übernommenen Risikos machen (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 38; 67 II 128 E. 3 S. 131). Die Darlehensbeträge wurden in der Folge auch wie in den Darlehensverträgen vorgesehen verwendet. Genau für die entsprechende Darlehensforderung der Klägerin wird der Beklagte von der Klägerin in Anspruch genommen. Dass der Wert des Objekts, welches mit dem Darlehen finanziert wurde, und damit auch die übrigen für das Darlehen geleisteten (Grundpfand)Sicherheiten, die vom Wert des Objekts abhängig sind, nicht den Erwartungen des Bürgen entsprechen, vermag offensichtlich nichts daran zu ändern, dass die Forderung für die er sich verbürgt hat nach dem Entstehungsgrund und den Parteien des Schuldverhältnisses mit der effektiv entstandenen bzw. der eingeklagten Hauptforderung der Klägerin übereinstimmt. Die vorliegende Konstellation ist insbesondere nicht mit derjenigen vergleichbar, die im vom Beklagten unter anderem angerufenen Urteil BGE 64 II 208 zu beurteilen war: Im damaligen Fall hat sich der Bürge für einen zweckgebundenen Baukredit verbürgt, während die Bank dem Schuldner effektiv einen frei verwendbaren Kontokorrentkredit einräumte, so dass die effektive Schuldforderung einen anderen Entstehungsgrund als die verbürgte Schuld hatte.
3.4 Der Beklagte beruft sich in diesem Zusammenhang darauf, die Klägerin habe im Zeitpunkt des Vertragsschlusses davon gewusst, dass der Wert der Liegenschaft F._ SA wesentlich unter den Erwartungen der D._ AG bzw. des Beklagten lag, die das dem Aktienkaufvertrag zugrunde liegende Kurzexposés geweckt habe. Sie habe ihn aber in treuwidriger Weise nicht darüber aufgeklärt. Vielmehr habe sie ihm das Gutachten M._ über den tieferen Wert der Liegenschaft F._ SA verheimlicht.
Insoweit macht er im Grund genommen geltend, die Klägerin habe ihn durch absichtliche Täuschung über den Wert der Liegenschaft zur Eingehung der Bürgschaften bestimmt. Damit nimmt er im Rahmen seiner Vorbringen über die angeblich fehlende Identität von verbürgter Hauptforderung und Bürgschaftsforderung eine Rüge vorweg, die er anschliessend auch ausdrücklich erhebt. Die von ihm weiter angerufenen Urteile BGE 57 II 276 und BGE 59 II 236 haben denn auch die absichtliche Täuschung des Bürgen zum Gegenstand (vgl. auch das weiter zitierte Urteil BGE 49 II 100 E. 2 S. 104 betreffend einen Willensmangel des Bürgen).
Bei den entsprechenden Vorbringen stützt er sich aber, ohne eine Sachverhaltsrüge nach Art. 63 Abs. 2 oder Art. 64 OG zu erheben, auf Sachverhaltselemente, die von den verfassungskonform getroffenen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichen. Insoweit ist er nicht zu hören. Nach den verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen kann nicht gesagt werden, dass es sich bei den Angaben im Kurzexposé über den Wert der F._ SA von rund Fr. 22 Mio. um objektiv falsche Zahlen gehandelt habe. Für die Klägerin habe kein Anlass bestanden, das davon abweichende Gutachten M._, das ihr einzig zur Einschätzung ihrer Sicherheiten gedient habe, auszuhändigen. Sie habe keine Handlungen vorgenommen, um die Expertise M._ gegenüber der D._ AG bzw. dem Beklagten in Täuschungsabsicht zu verheimlichen (vgl. dazu das Urteil 4P.252/2005 E. 3). Eine absichtliche Täuschung habe nicht bewiesen werden können.
Die Vorinstanz hat überdies aufgrund einer eingehenden Beweiswürdigung festgestellt, dass der Beklagte vor der Unterzeichnung der Bürgschaftserklärungen davon gewusst habe, dass für die Darlehen zum Erwerb der F._ SA eine Bürgschaft erforderlich sei, und demnach bei der Frage, ob er bei der Eingehung der Bürgschaften getäuscht worden sei, nicht von einer Überrumpelung des Beklagten ausgegangen werden könne. Die entsprechende Beweiswürdigung hat sich im Verfahren der parallel zur Berufung erhobenen staatsrechtlichen Beschwerde als verfassungskonform erwiesen (Erwägung 5.1 des Urteils 4P.252/2005). Wenn der Beklagte in diesem Zusammenhang eine Verletzung der Regeln über die Beweislastverteilung (<ref-law>) rügt, verkennt er, dass insofern kein offenes Beweisergebnis vorliegt. Die Beweislastverteilung ist damit gegenstandslos und eine Verletzung von <ref-law> fällt insoweit ausser Betracht (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 277; <ref-ruling> E. 2a).
Die Vorinstanz hat in diesem Zusammenhang ferner festgehalten, dass der Beklagte die Frist zur Anrufung eines Willensmangels nach <ref-law> verpasst habe, indem er einen solchen erst mit Brief vom 22. November 1993 geltend gemacht habe. Damit ist allerdings noch nicht gesagt, dass sich der Beklagte auch nicht einredeweise darauf berufen könnte, er sei bei der Eingehung der Bürgschaft absichtlich getäuscht worden (vgl. <ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen). Wie es sich damit verhält kann indessen nach dem vorstehend Ausgeführten offen bleiben.
4. Zusammenfassend lässt sich damit festhalten, dass die Vorinstanz die Hinfälligkeit der Bürgschaftsverpflichtung wegen Unverbindlichkeit der der Hauptforderung zugrunde liegenden Darlehensverträge als auch die Ungültigkeit der streitbetroffenen Bürgschaftsverträge bundesrechtskonform verneint hat. Die Vorinstanz hat die Klage insoweit zu Recht gutgeheissen. Daraus folgt auch, dass sie die Widerklage, soweit mit ihr die Feststellung verlangt wurde, dass die strittigen Bürgschaftsverpflichtungen nicht bestehen (Widerklagebegehren Ziff. 1), ohne Verletzung von Bundesrecht abgewiesen hat.
5. Der Beklagte macht sodann geltend, die Vorinstanz habe die Art. 68 und 84 Abs. 1 OR verletzt, indem sie den von der Klägerin zugestandenermassen einkassierten Erlös von Fr. 4 Mio. aus der Verwertung der Schuldbriefe, die auf der Liegenschaft der F._ SA lasteten, nicht auf den von der Klägerin eingeklagten Betrag angerechnet und die Klage aus diesem Grund abgewiesen habe. Er legt indessen in keiner Weise dar, inwiefern die Vorinstanz mit ihrem Entscheid insoweit die angerufenen bundesrechtlichen Bestimmungen verletzt haben soll. Auf seine Rüge kann deshalb mangels Begründung nicht eingetreten werden (Art. 55 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
Dennoch sei dazu festgehalten, dass sich der Beklagte nach den vorinstanzlichen Feststellungen bis zu einem Höchstbetrag von Fr. 15,36 Mio. für eine Forderung gegen die D._ AG verbürgt hat, die sich schon ohne aufgelaufene Zinsen auf Fr. 12,8 Mio. beläuft. Auch nach der teilweisen Tilgung der Schuld durch den Fr. 4 Mio. betragenden Erlös aus der Verwertung der Schuldbriefe besteht die ausstehende Forderung damit offensichtlich in einen weit höheren Betrag als demjenigen, den die Klägerin mit ihrer Teilklage fordert. Dass die Vorinstanz den Verwertungserlös von Fr. 4 Mio. auf die geltend gemachten aufgelaufenen Zinsen hätte anrechnen müssen und dass die entsprechende Forderung damit als getilgt angesehen werden müsste, macht der Beklagte nicht geltend und ist auch nicht erkennbar. Der vom Beklagten nicht angerufene <ref-law>, nach dem der Schuldner eine Teilzahlung nur insoweit auf das Kapital anrechnen kann, als er nicht mit Zinsen oder Kosten im Rückstand ist, dient dem Schutz des Gläubigers (LEU, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Aus dieser Bestimmung kann nicht abgeleitet werden, dass der Verwertungserlös von Fr. 4 Mio. auf die Forderung der Klägerin für die rückständigen Zinsen angerechnet werden muss und die Klägerin ihn nicht zur Tilgung der Kapitalschuld hätte verwenden dürfen. Eine Bundesrechtsverletzung ist insoweit nicht auszumachen.
6. In Ziffer 2 des Widerklagebegehrens fordert der Beklagte als Zessionar der D._ AG Ersatz des Schadens von Fr. 6,1 Mio. nebst Zins, den die D._ AG im Zusammenhang mit dem F._-Geschäft durch den Verlust des eingesetzten Eigenkapitals erlitten habe. Überdies fordert er sinngemäss Ersatz für Rechtsverfolgungskosten von Fr. 250'000.--, die ihm als Privatkläger in den im Zusammenhang mit dem F._-Geschäft geführten Strafverfahren entstanden seien, die der Sachverhaltsklärung im Hinblick auf das vorliegende Zivilverfahren gedient hätten. Die Vorinstanz hat diese Widerklageforderungen abgewiesen, nachdem sie zum Schluss gekommen war, dass die Klägerin im Zusammenhang mit der Abwicklung des Darlehens an die D._ AG keine vertraglichen Sorgfaltspflichten verletzt habe.
6.1 Der Beklagte widerspricht der Vorinstanz, indem er sinngemäss geltend macht, die Klägerin habe den Darlehensvertrag mit der D._ AG verletzt, weil sie das Darlehen für den Kauf der F._ SA ausbezahlt habe, obwohl die Bedingungen, dass der Architekt M._ den Verkehrs- und Ertragswert der F._ SA bestätigen müsse, nicht erfüllt gewesen seien. Überdies habe sie Nebenpflichten aus dem Vertrag verletzt, indem sie die D._ AG bzw. den Beklagten vor der Vertragsunterzeichnung nicht darüber aufgeklärt habe, dass der Architekt M._ den Wert bzw. den Kaufpreis des Apparthotels von Fr. 22,1 Mio. in seinem Gutachten vom 5. Juli 1988 nicht bestätigt hatte.
Diese Vorbringen erweisen sich nach dem bereits Ausgeführten (Erwägung 1.2 vorne) ohne weiteres als unbegründet, soweit sie sich überhaupt auf die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz stützen lassen und damit zu hören sind (Art. 63 Abs. 2 OG). In der Auszahlung des Darlehens trotz des Nichteintritts der angerufenen Bedingungen kann keine Vertragsverletzung gesehen werden, nachdem sich ergeben hat, dass die Bedingungen ausschliesslich im Interesse der Klägerin in den Darlehensvertrag aufgenommen worden sind und diese auf deren Einhaltung einseitig verzichten durfte (Erwägung 1.2 vorne). Auch eine Pflicht der Klägerin, die D._ AG bzw. den Beklagten auf die Risiken des zu kreditierenden Vorhabens aufmerksam zu machen, ist nicht erkennbar, zumal ihr nach den verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz bezüglich des objektiven Wertes der F._ SA kein Wissensvorsprung angelastet werden kann und es sich beim Beklagten um einen im Immoblienhandel erfahrenen Geschäftsmann handelt (vgl. Erwägung 1.2.4 vorne).
6.2 Der Beklagte macht sodann geltend, die Klägerin bzw. deren Vertreter hafteten ihm auch aus unerlaubter Handlung im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> bzw. mit Art. 3 Abs. 2 lit. c des Bundesgesetzes vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen (Bankengesetz, BankG)
Er bringt dazu zunächst vor, die Klägerin habe der D._ AG gegenüber eine widerrechtliche Handlung begangen, indem sie diese unter absichtlicher Täuschung über der Wert der F._ SA bzw. unter absichtlicher Verheimlichung des Gutachtens M._ vom 5. Juli 1988 zum Abschluss des Darlehensvertrages bestimmt habe. Auf die entsprechenden Vorbringen ist nicht einzutreten, da sie auf tatsächlichen Behauptungen beruhen, die von den verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz abweichen (Art. 63 Abs. 2 OG): Die Vorinstanz hat aufgrund des Beweisverfahrens verneint, dass die Klägerin das Gutachten M._ gegenüber der D._ AG bzw. dem Beklagten absichtlich verheimlicht habe, um diese bzw. ihn über den Wert der F._ SA zu täuschen. Diese Feststellung hat sich im Verfahren der in gleicher Sache geführten staatsrechtlichen Beschwerde als verfassungskonform erwiesen (vgl. Urteil 4P.252/2005 E. 3) und wird vorliegend mit keiner Sachverhaltsrüge im Sinne von Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG in Frage gestellt.
Inwiefern der Klägerin gestützt auf <ref-law> eine widerrechtliche Handlung zum Nachteil der D._ AG bzw. des Beklagten vorzuwerfen sein soll, begründet der Beklagte in seiner Berufung mit keinem Wort, sondern begnügt sich insoweit auf blosse Literaturhinweise. Damit genügt er den Anforderungen an die Begründung einer Berufung nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG nicht, weshalb insoweit auf das Rechtsmittel nicht einzutreten ist. Inwiefern das angefochtene Urteil Bundesrecht verletzt, ist in der Berufungsschrift selber darzulegen (<ref-ruling> E. 1d; <ref-ruling> E. 3 S. 85).
6.3 Die Vorinstanz hat die in der Widerklage gegen die Klägerin erhobenen Forderungen nach dem Ausgeführten zu Recht abgewiesen. Die Berufung erweist sich auch insoweit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
7. Die Berufung ist aus den dargelegten Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Ausgangsgemäss wird der Beklagte für das Verfahren vor Bundesgericht kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 30'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
3. Der Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 35'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: