Faits:
A. Depuis 1987, X._ a travaillé en qualité de boursière communale non permanente à la Municipalité de la Commune Z._ (ci-après: la Commune), en vertu d'un contrat de travail conclu les 11/19 mai 1987. Son taux d'activité a été fixé à 60% jusqu'au printemps 2000. Au moment de son engagement, X._ n'avait pas l'obligation de tenir un horaire particulier, sous réserve de quelques heures de réception.
Jusqu'au milieu des années 1990, le travail fourni par X._ a donné satisfaction et les comptes communaux étaient bien tenus.
Parallèlement à son activité de boursière, X._ a travaillé au service de la banque A._, jusqu'à la fusion de cette banque avec la banque B._ (ci-après : B._). A une époque, son taux d'activité à B._ était de 80 ou 90%. A compter du 1er septembre 1997, il a été ramené à 50%.
En 1994, la Commune s'est dotée d'un statut particulier pour le personnel communal, qui a été remis à X._ le 16 décembre 1994. Selon l'art. 6 de ce statut, la Municipalité pouvait en tout temps licencier l'employée pour de justes motifs, en l'avisant trois mois à l'avance au moins si la nature des motifs ou de la fonction n'exigeait pas un départ immédiat. Constituaient des justes motifs notamment l'incapacité ou l'insuffisance, ainsi que l'empêchement durable d'exercer ses fonctions.
A partir de l'exercice 1995, le Préfet du district de ... a formé diverses réserves et remarques au sujet des comptes tenus par X._. Des procès-verbaux des séances des années 1996 à 2001, il ressort que la Municipalité a dû très fréquemment discuter de X._.
Lors de sa séance du 26 janvier 1998, la Municipalité a eu un entretien avec X._ et lui a indiqué qu'elle devait effectuer ses heures de travail, soit 4,5 heures par jour représentant un 60%, au bureau communal. Instruction lui a également été donnée de marquer ses heures. Dès ce moment, X._ est devenue plus stressée et pressée. Des problèmes sont survenus avec ses heures de présence au bureau communal, qui ne correspondaient pas à son taux d'activité.
Le 10 février 1998, la Municipalité a écrit à X._ en lui demandant de fournir un effort pour améliorer l'ambiance, le climat et la collaboration au sein du bureau communal. Par courrier du 7 avril 1998, X._ a été informée du fait que, lors de la séance du 23 février 1998, il avait été décidé de ne pas lui accorder d'augmentation de salaire. La même décision a été prise à l'égard de la secrétaire communale. La Municipalité priait X._ d'améliorer la qualité de son travail et de développer un climat positif, en précisant qu'il ne s'agissait pas de reproches, mais de moyens en vue d'améliorer la situation. Un délai de trois mois lui était imparti pour qu'elle tienne compte de ces remarques, étant précisé qu'à son échéance, la Municipalité se prononcerait sur l'ensemble et, le cas échéant, sur la cessation du contrat de travail.
Un nouveau contrat "de droit privé" a été présenté à X._ à compter du 1er janvier 1999. L'employée n'a pas accepté de le signer. Ce contrat prévoyait un salaire annuel de 41'730 fr. brut, y compris le 13ème salaire et les vacances.
Le 13 mars 2000, le contrat de travail à temps partiel qui liait X._ à B._ a été résilié pour le 30 septembre 2000 (délai prolongé au 30 avril 2001), au motif que les prestations de l'employée n'était pas celles qui étaient attendues. Dès son licenciement, l'employée a été libérée de son obligation de travailler, afin qu'elle puisse se consacrer à la recherche d'un nouvel emploi.
Au début de l'année 2000, la Municipalité a constaté que X._, censée travailler 22,5 heures/semaines, a exercé son activité, les semaines où un contrôle a été effectué, seulement entre 6 et 12 heures/semaines. Elle est arrivée à la conclusion que le taux d'activité de la boursière communale était trop élevé, sans qu'il y ait eu une diminution de sa charge de travail au fil des années (son cahier des charges ayant au contraire augmenté avec le temps), excepté s'agissant des écoles.
Lors de sa séance du 22 mars 2000, la Municipalité a convenu d'un projet de contrat prévoyant une réduction du temps de travail de X._ à 40%, avec un salaire forfaitaire annuel de 30'000 fr. brut, y compris le 13ème salaire et les vacances. Elle a décidé de convoquer X._ pour le lundi 27 mars 2000, de lui donner un délai au mercredi 29 mars 2000 pour lui retourner le contrat et, si l'employée ne devait pas entrer en matière, de résilier son contrat.
Le 27 mars 2000, le Syndic a informé X._ des décisions prises par la Municipalité à son égard et lui a remis un projet de "contrat de droit privé pour boursière non permanente", accompagné d'un cahier des charges plus important que le précédent, pour un taux d'activité de 40% et un salaire annuel brut de 30'000 fr. Ce projet indiquait, comme début de l'engagement, le 1er juillet 1987 et prévoyait qu'il remplaçait le contrat signé le 11 mai 1987. X._ s'est vu impartir un délai au 3 avril 2000 pour signer ou refuser ce nouveau contrat de travail.
A la demande de X._, la Municipalité a prolongé ce délai au 10 avril 2000, en précisant qu'à défaut de réponse dans ce délai, elle "considérera avec regret que Mme X._ renonce à poursuivre son activité aux nouvelles conditions présentées et se verra dans l'obligation de dénoncer le contrat actuellement en vigueur". Après avoir formulé une contre-proposition sur laquelle la Municipalité n'est pas entrée en matière, X._ a refusé de souscrire au projet de contrat de travail qui lui avait été soumis.
X._ est tombée malade dès le 19 avril 2000 et a été totalement incapable de travailler jusqu'au 31 mars 2001, sauf durant la période du 9 septembre au 12 octobre 2000, où sa capacité de travail a été de 50%.
Le 9 septembre 2000, X._ s'est rendue à son poste de travail, mais elle est repartie, après avoir été informée que ses services étaient inutiles, étant donné que les travaux relatifs à l'installation d'un nouveau programme informatique et la remise à jour du plan comptable n'étaient pas terminés. Par lettre du 13 septembre 2000, le Syndic et la Vice-Syndic ont confirmé à X._ qu'elle était mise en congé jusqu'à nouvel avis en raison de travaux informatiques.
Le 23 novembre 2000, la Municipalité a convoqué X._ pour un entretien au cours duquel elle lui a signifié sa volonté de la licencier. Les motifs invoqués portaient d'une part sur la longue incapacité de travail de l'employée et sur des justes motifs. Il lui a notamment été reproché de ne pas respecter les heures de travail au bureau communal, celles-ci étant inférieures à 4,5 heures par jour, et des erreurs dans le bouclement des comptes.
Ces griefs ont été repris dans une lettre du 20 décembre 2000, dans laquelle la Municipalité confirmait à X._ qu'elle la licenciait pour justes motifs, la décision étant effective le 31 mars 2001, en application des statuts du personnel communal. L'employée était également informée qu'à supposer qu'elle recouvre une capacité de travail, complète ou partielle, elle était dispensée de se présenter au travail.
B. B.a X._ a contesté son licenciement en recourant au Tribunal administratif vaudois contre la décision de la Municipalité du 20 décembre 2000. Par arrêt du 3 avril 2001, cette autorité a décliné sa compétence, considérant que X._ était au bénéfice d'un contrat de travail relevant du droit privé. Il a invité l'employée licenciée à ouvrir action devant l'autorité civile compétente.
Le 19 juin 2001, la Caisse C._ a reconnu que X._ était définitivement invalide à 100 % dès le 1er avril 2001 et lui a alloué une rente. Son invalidité a également été reconnue, le 5 décembre 2002, par l'Office cantonal de l'assurance-invalidité, qui lui a octroyé une rente entière dès le 1er avril 2001.
Par lettre du 31 août 2001, X._ a réclamé à la Commune un montant global de 200'000 fr. Elle a fait valoir que son invalidité et son incapacité totale de travailler provenaient du mobbing et du licenciement dont elle avait été victime de la part de la Municipalité, ce qui entraînait une perte de gain évaluée à 170'000 fr. Elle a également requis une indemnité de six mois de salaire représentant 21'500 fr. pour licenciement abusif.
La Municipalité a contesté l'accusation de mobbing.
B.b Par demande du 26 septembre 2001, X._ a assigné la Commune auprès des autorités judiciaires civiles vaudoises, en concluant à ce que celle-ci soit reconnue sa débitrice d'un montant de 200'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er octobre 2001.
En cours de procès, une experte judiciaire en la personne de la doctoresse F._, spécialiste FMH en médecine interne, a été désignée. Dans son rapport du 25 juin 2003, l'experte a conclu que l'invalidité de X._ était due à l'apparition d'un état dépressif sévère, conséquence d'un processus de harcèlement psychologique subi de la part de ses deux employeurs. Un rapport d'expertise complémentaire a été déposé le 15 décembre 2003, dans lequel l'experte a confirmé que c'était bien la détérioration des relations de travail et le harcèlement psychologique qui seraient la cause de la dépression grave de X._. Elle a également indiqué qu'elle s'était prononcée, conformément à sa mission, uniquement sur des actes de harcèlement dans le cadre du travail de X._ auprès de la Municipalité, mais qu'elle ne voyait pas de raison de douter des conclusions de ses confrères, qui avaient conclu à du mobbing de la part de B._.
Par jugement du 9 décembre 2004, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'intégralité des conclusions formées par X._. Se prononçant au sujet de la résiliation, les juges ont considéré que la demanderesse n'avait pas démontré que son licenciement serait abusif et qu'au surplus, l'incapacité de travail prolongée constituait un motif de licenciement au sens de l'art. 6 du statut, de sorte que la décision de licencier X._ pour cette raison était justifiée. En ce qui concerne la demande de dommages-intérêts reposant sur des actes de mobbing, la cour cantonale a relevé que les comportements répétitifs imputables à la Commune qui ressortaient de l'expertise pourraient, s'ils étaient établis, être constitutifs de mobbing, mais qu'ils n'avaient pas à être pris en compte, car ils résultaient des seules déclarations de X._, qui n'avaient jamais été alléguées ni prouvées. Au demeurant, même si l'existence d'actes constitutifs de harcèlement psychologique devait être admise, la cour a estimé que X._ n'aurait pas suffisamment établi le lien de causalité avec son invalidité, dès lors qu'il était impossible de déterminer si la Commune était seule responsable de l'invalidité de son ancienne employée ou si elle devait partager cette responsabilité avec B._ et, le cas échéant, dans quelle proportion.
X._ a déposé un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois à l'encontre du jugement du 9 décembre 2004. Par arrêt du 4 novembre 2005, la Chambre des recours a maintenu le jugement attaqué.
B.c Parallèlement au recours en nullité déposé sur le plan cantonal, X._ a interjeté un recours en réforme au Tribunal fédéral contre le jugement du 9 décembre 2004. Elle a également formé un recours de droit public à l'encontre de l'arrêt de la Chambre des recours du 4 novembre 2005.
Par arrêt du 21 février 2006, le Tribunal fédéral a admis le recours de droit public et annulé l'arrêt attaqué. Il a jugé que la Chambre des recours avait appliqué arbitrairement le droit cantonal et que si les juges précédents éprouvaient des doutes au sujet des conclusions de l'expertise, il leur appartenait d'ordonner des preuves complémentaires pour dissiper leurs hésitations (procédure 4P.329/2005).
Le même jour, statuant sur le recours en réforme, le Tribunal fédéral a annulé le jugement de la Cour civile et lui a renvoyé la cause. Il a jugé qu'il n'était pas exclu que le congé donné en raison de l'incapacité de travail de X._ constitue un licenciement abusif au sens de l'art. 336 al. 1 let. d CO, si les juges arrivaient à la conclusion, après investigations complémentaires, que l'ancienne boursière avait été victime de mobbing à l'origine de l'atteinte à sa santé durant son activité auprès de la Commune. Le Tribunal fédéral a également considéré que la situation évoquée par la Cour civile ne relevait pas de la causalité, mais du concours de responsabilité, puisqu'elle envisagent l'hypothèse dans laquelle le préjudice subi serait causé par plusieurs personnes. Il a jugé que, si le mobbing était établi, la Commune ne pouvait alors, dans les rapports externes, opposer le fait qu'un tiers répond également du même dommage (procédure 4C.201/2005).
B.d Après réforme, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a entrepris une instruction complémentaire; elle a entendu six témoins, requis une expertise comptable pour déterminer le préjudice de l'employée et mandaté un expert en la personne du docteur H._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie. Dans son rapport du 23 juillet 2008, l'expert partage l'affirmation de la première experte, selon laquelle la personnalité de la recourante ne présentait pas d'état pathologique invalidant avant la détérioration des rapports de travail. Revenant sur l'expertise effectuée par la dresse F._, il a par contre affirmé qu'"un complément d'enquête et des preuves complémentaires - demandées par le Tribunal fédéral et nécessaires, à [son] avis - prouveront si oui ou non le harcèlement psychologique a été réel ou pas".
Par jugement du 27 février 2009, la Cour civile a rejeté les conclusions formées par la recourante. Constatant qu'il résultait des propos de l'expert H._ que l'expertise F._ et les opinions des médecins traitants ayant examiné la recourante ne suffisaient pas à faire la preuve de l'existence d'actes de harcèlement, l'autorité cantonale a apprécié les faits relevés dans l'expertise F._ à la lumière des preuves apportées dans le cadre de l'instruction complémentaire. La Cour civile a alors établi que la recourante n'avait pas été insensiblement mise à l'écart et que les quelques actes retenus, qui pourraient être considérés comme visant à isoler la recourante, ne représentaient pas des indices suffisants pour établir le mobbing. Niant l'existence d'un harcèlement psychologique, la Cour civile a écarté la violation de l'<ref-law> et jugé qu'en conséquence le licenciement n'était pas abusif.
C. X._ a exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement de la Cour civile du 27 février 2009. Elle a conclu, principalement, à sa réforme en ce sens que la Commune soit condamnée à lui payer la somme de 220'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2004 et sur 100'000 fr. dès le 1er janvier 2007 pour le solde. La recourante invoque la violation des art. 328 et 336 CO.
Parallèlement, la recourante a interjeté un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal, qui l'a rejeté par arrêt du 21 octobre 2009. Elle a alors formé un recours complémentaire en matière civile au Tribunal fédéral, reprenant, à titre principal, les conclusions déjà formulées dans son premier recours et concluant, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. La recourante reproche en particulier à la Chambre des recours d'avoir violé l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des témoignages.
Dans sa réponse, l'intimée conclut au rejet des conclusions prises contre elle par la recourante.

Considérant en droit:
1. 1.1 Vu leur connexité évidente, les deux recours, l'un dirigé contre le jugement de la Cour civile du 27 février 2009 et l'autre contre l'arrêt de la Chambre des recours du 21 octobre 2009, doivent être traités dans un seul et même arrêt.
1.2 Comme l'a retenu à juste titre la cour cantonale, la recourante était liée à l'intimée par un contrat de droit privé. On est donc en présence d'une contestation civile (cf. arrêt de renvoi 4C.201/2005 du 21 février 2006 consid. 1) dans une affaire pécuniaire en matière de droit du travail dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (<ref-law>).
Interjetés par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement (<ref-law>) et dirigés contre des décisions finales (<ref-law>) rendues en dernière instance cantonale (<ref-law>), les recours sont en principe recevables. Ils ont été déposés, dans la forme requise (<ref-law>), en respectant le délai fixé par la loi, puisqu'ils ont été formés dans les trente jours à compter de la notification complète de la deuxième décision (art. 48 al. 1, 100 al. 1 et 6 LTF).
1.3 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; <ref-ruling> consid. 8.1. p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Il incombe à la partie recourante, qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente, d'expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4 et 6.2).
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Recours contre l'arrêt de la Chambre des recours du 21 octobre 2009
2. Invoquant l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des témoignages (art. 9 Cst.), la recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir pas retenu qu'elle a été progressivement et insidieusement mise à l'écart par l'intimée.
2.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
Lorsque la recourante s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1). Le grief tiré de l'appréciation arbitraire des preuves ne peut être pris en considération que si son admission est de nature à modifier le sort du litige, ce qui n'est pas le cas lorsqu'il vise une constatation de fait n'ayant aucune incidence sur l'application du droit (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; arrêt 4P.305/2001 du 18 mars 2002, consid. 2a).
2.2 S'agissant du reproche selon lequel la Cour civile aurait entrepris une discrimination entre trois témoins de la recourante (son époux, sa soeur et son amie) et un témoin de l'intimée (G._, conseillère municipale en charge des finances au moment des faits litigieux), la Chambre des recours a confirmé l'appréciation de la Cour civile en jugeant que la décision de ne pas retenir les témoignages du mari et de la soeur ne prêtait pas le flanc à la critique, au vu du lien de parenté existant. Concernant l'amie de la recourante, G._, elle a considéré que son témoignage pouvait être retenu, pour autant qu'il ne s'oppose pas à celui de la municipale en charge des finances. Le témoignage de cette dernière, supérieure hiérarchique de la recourante n'exerçant plus ses fonctions depuis 2000, a donc été jugé prépondérant.
La recourante insiste sur le fait que la discrimination entre les témoins ne peut être justifiée pour le seul motif que la municipale ne fait plus partie de l'autorité communale; pour elle, G._, toujours domiciliée à Z._, ne saurait s'exprimer librement, mais est au contraire encline à soutenir la position du collège dont elle faisait partie. Il n'est pas utile de revenir précisément sur cet argument en l'espèce, d'autres raisons permettant d'écarter tout arbitraire dans la distinction opérée par la cour cantonale entre les témoins de chacune des parties. On observera en particulier que la conseillère municipale s'est exprimée en tant que témoin direct, ce qui n'est pas le cas des trois témoins cités par la recourante, qui n'ont fait que rapporter les propos de cette dernière. La position hiérarchique de supérieure de la recourante au moment des faits litigieux ne suffit pas, en soi, à diminuer la valeur probante de ses déclarations (cf. arrêt 1C_418/2008 du 27 mai 2009 consid. 2.2.1). Des actes de mobbing ne lui sont pas reprochés. Au contraire, il ressort des constatations cantonales que la municipale a toujours entretenu des contacts corrects avec la recourante; elle cherchait à arranger les choses et à faire le "tampon" entre cette dernière et les autres municipaux, ce qui a d'ailleurs été confirmé par le mari de la recourante. On ne saurait ainsi dire que c'est en faisant une distinction insoutenable entre les témoins que la cour cantonale s'est fondée principalement sur le témoin proposé par l'intimée, qu'elle a écarté deux témoins de la recourante et donné moins de poids à un troisième. Le grief est mal fondé.
2.3 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir constaté qu'elle "avait cessé de cotiser à la cagnotte", ce point de fait, qui expliquerait la raison de sa mise à l'écart des activités municipales, n'ayant jamais été allégué. Elle en tire argument pour soutenir que certains faits, non allégués par elle mais favorables à sa thèse, doivent aussi être pris en compte.
Sous le couvert de la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des témoignages, il semble que la recourante - qui, en l'absence de l'allégué correspondant de la partie adverse, entend écarter un point de fait - reproche plutôt à l'autorité précédente d'avoir violé arbitrairement les règles de droit cantonal relative à la maxime des débats, qui régit la présente cause (sur l'ensemble de la question, cf. arrêt 4P.329/2005 du 21 février 2006 consid. 3.2). La recourante n'ayant pas désigné la norme de droit cantonal visée, le grief est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 3: sous la LTF: Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, no 40 ad 106 LTF).
2.4 La recourante fait grief à la Chambre des recours d'avoir mis l'accent sur les témoignages, en écartant toutefois les déclarations de ses proches, pour ne pas tenir compte de plusieurs indices de mobbing, pourtant mis en évidence dans l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral (arrêt 4P.329/2005 du 21 février 2006 consid. 3.4).
S'agissant de l'appréciation des déclarations des témoins de chacune des parties, il a déjà été indiqué que la cour cantonale n'avait pas fait preuve d'arbitraire (cf. supra consid. 2.2). Quant aux prétendus indices évoqués par la recourante, il faut préciser que, dans l'arrêt de renvoi, le Tribunal fédéral a simplement observé que l'état de fait retenu par la cour cantonale contenait des indices "qui pourraient révéler l'existence d'actes de mobbing", dans le seul but de signaler que l'expertise de la dresse F._ ne pouvait être écartée sans autre explication (consid. 3.4 et 3.5). Certes, on pouvait néanmoins attendre de la cour cantonale qu'elle se prononce succinctement sur la pertinence de ces indices, ne serait-ce que pour les écarter. Toutefois, ces indices ne sont pas susceptibles d'avoir une incidence sur le sort de la cause (<ref-law>; cf. infra consid. 4.3.1) et le grief est donc mal fondé.
2.5 La recourante revient sur le témoignage de G._, écarté dans le premier jugement de la Cour civile, puis retenu dans le deuxième, au motif que les déclarations du témoin apparaissaient nuancées lors de sa seconde audition. Elle considère que la Chambre des recours a fait preuve d'arbitraire en confirmant cette appréciation, alors qu'on ne note, selon elle, aucune évolution des déclarations du témoin à la lecture de ses deux auditions successives. La recourante n'indique toutefois pas les conclusions qu'elle entend tirer de son argumentation. Elle ne démontre en particulier pas, de manière circonstanciée, en quoi sa critique aurait une influence sur le sort de la cause; le Tribunal fédéral ne peut donc entrer en matière. La cour cantonale est d'ailleurs restée prudente avec les déclarations de ce témoin indirect, précisant que celles-ci ne pouvaient être retenues qu'en tant qu'elles ne s'opposaient pas à celle de la supérieure hiérarchique de la recourante.
3. La recourante reproche enfin à la Chambre des recours de ne pas avoir pris en compte que l'intimée est une commune soumise à la loi sur la responsabilité de l'Etat, des communes et de leurs agents (LRECA; RSV 170.11), dont l'art. 4 prévoit que les corporations communales répondent du dommage que leurs agents causent à des tiers de manière illicite. La recourante ne fait pas grief à la Cour civile, puis à la Chambre des recours, d'avoir sombré dans l'arbitraire en n'appliquant pas l'art. 4 LRECA. Elle n'explique pas non plus, de manière circonstanciée, en quoi la Chambre des recours aurait violé le droit cantonal de procédure en n'examinant pas la question suite au recours. Les exigences strictes posées par l'<ref-law> n'étant pas remplies, le Tribunal fédéral ne saurait entrer en matière. La recourante se borne à critiquer l'arrêt cantonal en indiquant qu'il ne respecte pas l'exigence de motivation du droit fédéral (<ref-law>). Ce moyen devait être invoqué dans le recours exercé contre le jugement de la Cour civile (cf. infra consid. 4.5) et il n'y a donc pas lieu de se prononcer ici à ce sujet.
Le recours dirigé contre l'arrêt rendu le 21 octobre 2009 par la Chambre des recours ne peut donc qu'être rejeté.
Recours contre le jugement de la Cour civile du 27 février 2009
4. 4.1 La recourante considère que les faits retenus dans le jugement attaqué sont bien constitutifs de mobbing et que la cour cantonale a violé l'<ref-law> en ne le retenant pas. En conséquence, elle soutient que le licenciement, motivé par son incapacité de travail, était abusif au sens de l'<ref-law>, puisque l'intimée est elle-même responsable de la dégradation de santé de la recourante. Dans son mémoire de recours, elle s'écarte toutefois largement - de manière irrecevable - des constatations cantonales. En particulier, elle appuie son argumentation juridique sur les deux expertises, dont les conclusions confirment, selon elle, la réalité des actes fondant le mobbing. La cour cantonale a pourtant affirmé - en constatant que le deuxième expert affirmait que seul un complément d'enquête permettrait de confirmer ou d'infirmer si le harcèlement psychologique était réel ou pas - que les actes de mobbing évoqués par la première experte n'étaient pas établis. Elle est arrivée à cette conclusion en appréciant globalement les preuves, notamment en confrontant le contenu de la première expertise aux témoignages recueillis lors de l'instruction complémentaire. Le moyen tiré de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves pouvait faire l'objet d'un recours en nullité à la Chambre des recours; il n'est pas recevable dans le recours dirigé contre le jugement de la Cour civile du 27 février 2009, faute d'épuisement des instances cantonales (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 586; arrêt 4A_17/2009 du 14 avril 2009 consid. 1.2). Une inexactitude manifeste sur un fait déterminant n'apparaît pas non plus, de sorte qu'une rectification d'office sur la base de l'<ref-law> n'entre pas en considération (cf. <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288). Il convient donc de se fonder sur les faits établis par l'autorité cantonale, étant précisé qu'il s'agira de tenir compte des prétendus indices de mobbing évoqués par la recourante (cf. supra consid. 2.4).
4.2 Le harcèlement psychologique, appelé aussi mobbing, se définit comme un enchaînement de propos et/ou d'agissements hostiles, répétés fréquemment pendant une période assez longue, par lesquels un ou plusieurs individus cherchent à isoler, à marginaliser, voire à exclure une personne sur son lieu de travail (arrêt 2P.39/2004 du 13 juillet 2004 consid. 4.1; 2P.207/2002 du 20 juin 2003 consid. 4.2 et les références citées). La victime est souvent placée dans une situation où chaque acte pris individuellement, auquel un témoin a pu assister, peut éventuellement être considéré comme supportable alors que l'ensemble des agissements constitue une déstabilisation de la personnalité, poussée jusqu'à l'élimination professionnelle de la personne visée (arrêt 1P.509/2001 du 16 octobre 2001 consid. 2b et les références citées). Il n'y a toutefois pas harcèlement psychologique du seul fait qu'un conflit existe dans les relations professionnelles, ni d'une mauvaise ambiance de travail, ni du fait qu'un membre du personnel serait invité - même de façon pressante, répétée, au besoin sous la menace de sanctions disciplinaires ou d'une procédure de licenciement - à se conformer à ses obligations résultant du rapport de travail, ou encore du fait qu'un supérieur hiérarchique n'aurait pas satisfait pleinement et toujours aux devoirs qui lui incombent à l'égard de ses collaboratrices et collaborateurs. Il résulte des particularités du mobbing que ce dernier est généralement difficile à prouver, si bien qu'il faut savoir admettre son existence sur la base d'un faisceau d'indices convergents, mais aussi garder à l'esprit qu'il peut n'être qu'imaginaire, sinon même être allégué abusivement pour tenter de se protéger contre des remarques et mesures pourtant justifiées (arrêt 2P.39/2004 du 13 juillet 2004 consid. 4.1; 2P.207/2002 du 20 juin 2003 consid. 4.2 et les références citées). En droit privé, les actes de mobbing sont prohibés par l'<ref-law> (arrêt 2C.2/2000 du 4 avril 2003 consid. 2.3), qui dispose que l'employeur protège et respecte, dans les rapports de travail, la personnalité du travailleur; il manifeste les égards voulus pour sa santé et veille au maintien de la moralité (arrêt 4C.343/2003 du 10 mars 2006 consid. 3.1 et les références).
4.2 Le harcèlement psychologique, appelé aussi mobbing, se définit comme un enchaînement de propos et/ou d'agissements hostiles, répétés fréquemment pendant une période assez longue, par lesquels un ou plusieurs individus cherchent à isoler, à marginaliser, voire à exclure une personne sur son lieu de travail (arrêt 2P.39/2004 du 13 juillet 2004 consid. 4.1; 2P.207/2002 du 20 juin 2003 consid. 4.2 et les références citées). La victime est souvent placée dans une situation où chaque acte pris individuellement, auquel un témoin a pu assister, peut éventuellement être considéré comme supportable alors que l'ensemble des agissements constitue une déstabilisation de la personnalité, poussée jusqu'à l'élimination professionnelle de la personne visée (arrêt 1P.509/2001 du 16 octobre 2001 consid. 2b et les références citées). Il n'y a toutefois pas harcèlement psychologique du seul fait qu'un conflit existe dans les relations professionnelles, ni d'une mauvaise ambiance de travail, ni du fait qu'un membre du personnel serait invité - même de façon pressante, répétée, au besoin sous la menace de sanctions disciplinaires ou d'une procédure de licenciement - à se conformer à ses obligations résultant du rapport de travail, ou encore du fait qu'un supérieur hiérarchique n'aurait pas satisfait pleinement et toujours aux devoirs qui lui incombent à l'égard de ses collaboratrices et collaborateurs. Il résulte des particularités du mobbing que ce dernier est généralement difficile à prouver, si bien qu'il faut savoir admettre son existence sur la base d'un faisceau d'indices convergents, mais aussi garder à l'esprit qu'il peut n'être qu'imaginaire, sinon même être allégué abusivement pour tenter de se protéger contre des remarques et mesures pourtant justifiées (arrêt 2P.39/2004 du 13 juillet 2004 consid. 4.1; 2P.207/2002 du 20 juin 2003 consid. 4.2 et les références citées). En droit privé, les actes de mobbing sont prohibés par l'<ref-law> (arrêt 2C.2/2000 du 4 avril 2003 consid. 2.3), qui dispose que l'employeur protège et respecte, dans les rapports de travail, la personnalité du travailleur; il manifeste les égards voulus pour sa santé et veille au maintien de la moralité (arrêt 4C.343/2003 du 10 mars 2006 consid. 3.1 et les références).
4.3 4.3.1 Pour soutenir la thèse du harcèlement psychologique, la recourante s'appuie sur des éléments de faits qui, bien que constatés par la cour cantonale, n'entrent pas dans la définition du mobbing, telle que l'a posée la jurisprudence. Il en va ainsi des difficultés relationnelles qu'elle a rencontrées dans le cadre de son travail, ainsi que des tensions existant entre elle et I._, expert-comptable venu l'"épauler" depuis 1996. On relèvera d'ailleurs, que, selon les constatations cantonales, la situation s'est détériorée en raison de l'attitude agressive de la recourante à l'égard de plusieurs personnes de la municipalité et que c'est du fait de ces tensions que "tout le monde s'est éloigné l'un de l'autre". En ce qui concerne les prétendus indices de mobbing (cf. infra consid. 2.4), ceux-ci ne sont pas non plus le reflet de la mise à l'écart progressive de la recourante. Les courriers des 10 février et 7 avril 1998 demandaient à celle-ci de fournir un effort pour améliorer l'ambiance au sein du bureau communal, ainsi que la qualité de son travail. L'attitude de la recourante étant à l'origine des tensions, on ne saurait reprocher à l'intimée de lui avoir rappeler ses obligations. La menace de résiliation du contrat à défaut d'une amélioration de la situation dans un délai de trois mois n'est pas synonyme de harcèlement psychologique (cf. supra consid. 4.2). Enfin, du refus de l'intimée d'accorder à la recourante une augmentation de salaire, on ne saurait y voir une attitude hostile dirigée contre une employée déterminée (cf. arrêt 2A.770/2006 du 26 avril 2007 consid. 5.1), puisque cette mesure a également été prise à l'égard de la secrétaire municipale. Quant à la proposition de l'intimée, du 27 mars 2000, de réduire le taux d'activité de la recourante, ainsi que son salaire, tout en maintenant le même cahier des charges, la cour cantonale a retenu qu'elle était parfaitement justifiée eu égard à l'occupation effective de l'employée, très largement en-deçà des 22,5 heures/semaines alors prévues dans son contrat. La "correction" du taux d'activité ayant pour seul but d'adapter la relation contractuelle à la réalité, on ne saurait retenir que le délai très court imparti à la recourante pour signer ou refuser ce nouveau contrat de travail (jusqu'au 3 avril 2000) constitue un indice de harcèlement psychologique, ce d'autant plus qu'à la demande de la recourante, l'intimée a accepté de prolonger ce délai au 10 avril 2000.
4.3.2 Il a été établi que la recourante n'a pas été informée qu'elle allait devoir collaborer, courant 1996, avec I._, et qu'elle a été mise devant le fait accompli. La cour cantonale a retenu (<ref-law>) que l'intervention de l'expert-comptable était parfaitement justifiée, la recourante ayant besoin d'être "épaulée"; il n'a en outre pas été établi que l'intimée ait cherché à l'évincer pour placer I._ à son poste. Le fait de ne pas avoir informé l'employée était certainement maladroit; on ne saurait toutefois y voir un acte hostile contribuant, avec d'autres agissements, à déstabiliser la recourante. Il s'agit là d'un acte isolé. L'existence d'actes constitutifs d'un mobbing à cette époque est d'ailleurs douteuse. Le reproche de harcèlement n'a jamais été évoqué durant la période où la recourante a travaillé au service de l'intimée, ni même d'ailleurs pendant les premiers mois de son arrêt maladie en 2000. A l'époque, la recourante n'en avait jamais parlé au témoin J._, alors également employée de l'intimée. Enfin, dans un courrier adressé le 13 septembre 2000 à l'intimée, il apparaît que le harcèlement psychologique était alors évoqué par l'employée elle-même comme une éventualité future à prévenir, le conseil de la recourante indiquant que "compte tenu du climat de travail qui paraît quelque peu détérioré, sans que Mme X._ sache pourquoi, je dois attirer votre attention sur le fait que ma cliente ne tolérera aucune pression, ni aucune démarche pouvant être assimilée à ce que l'on appelle aujourd'hui du "mobbing'".
4.3.3 De façon générale, la cour cantonale a établi qu'il ne ressortait pas des preuves administrées que la recourante aurait été mise à l'écart, qu'elle aurait fait l'objet de menaces verbales ou qu'on lui aurait dit de se taire en présence des membres de la Municipalité. Constatant que certaines situations - reprises ci-après - pourraient toutefois être considérées comme visant à isoler la recourante, elle a jugé que celles-ci étaient toutefois insuffisantes pour établir le mobbing.
La recourante, pourtant boursière communale, n'a plus été convoquée par la Commission des finances pour la préparation du budget. La cour cantonale a constaté que la décision a été prise par cette Commission, ceci afin d'éviter des tensions lors des séances. On ne saurait y voir un acte hostile participant à l'isolement de la recourante, autre étant la question de savoir si l'intimée a pris les mesures nécessaires, attendues de l'employeur, pour réduire les tensions générées principalement par l'attitude agressive de la recourante (cf. infra consid. 4.3.1). La cour cantonale a établi que la comptabilité de l'établissement scolaire a été retirée à la recourante, qu'elle ne pouvait plus prendre le courrier contenant la bourse communale à la poste et n'était plus invitée aux sorties de fin d'année de la Municipalité. Les circonstances entourant chacun de ces agissements sont floues. Il n'est pas établi que la comptabilité aurait été retirée à la recourante sans qu'aucune explication ne lui ait été donnée; on ne sait en particulier pas si la mesure a été prise en raison des erreurs commises (constatées par la cour cantonale) dans l'accomplissement de son travail. Quant au courrier contenant la bourse communale, il n'est pas établi que la recourante n'y avait plus accès ou que la nouvelle manière de faire ne lui permettait plus d'exécuter convenablement les tâches confiées (cf. par exemple l'arrêt 4C.343/2003 du 13 octobre 2004 consid. 3.2). S'agissant enfin des sorties auxquelles la recourante n'aurait plus été conviées, il semble que cela s'explique par le fait qu'elle ne cotisait plus à la cagnotte correspondante.
En tout état de cause, ces seuls indices ne suffisent pas à établir qu'il y a eu un harcèlement psychologique systématique dirigé contre la recourante pendant une assez longue période, ce d'autant plus que l'attitude de l'employée semble exclure un tel comportement, en tout cas jusqu'en 2000 (cf. supra consid. 4.3.2). Reconnaissant elle-même que les indices de harcèlement "ne sont certes pas très nombreux", la recourante soutient que la réalité du mobbing doit néanmoins être admise puisque ces indices portent sur une période relativement longue (dégradation de la situation environ en 1995) et, surtout, qu'ils sont confortés par les déclarations de deux experts. Or, nous avons vu plus haut que ces deux arguments tombent à faux (cf. infra consid. 4.3.1 et 4.3.2 et consid. 4.1). Quant aux prétendues similitudes existant avec un précédent jugé le 13 octobre 2004 (arrêt 4C.343/2003) - dans lequel le Tribunal fédéral a relevé que l'existence d'un mobbing peut être admis, même si la personne qui en est l'objet n'est pas exempte de reproches -, il n'est d'aucune aide pour la recourante. Les indices constatés dans son cas sont sans commune mesure avec les faits à l'origine du mobbing dans l'arrêt cité où il a été établi que l'employeur avait choisi d'isoler l'employée, notamment en faisant pression, en communiquant avec elle uniquement par des notes écrites; certaines instructions données par l'employeur étaient contradictoires ou sans intérêt; plusieurs procédés ont été utilisés pour rendre impossible l'exécution des tâches confiées, volontairement nombreuses, dans un laps de temps donné; certaines directives données reflétaient en plus un autoritarisme dur, injuste, blessant, rabaissant et vexatoire.
S'agissant du refus de l'intimée d'accepter les services de l'employée en septembre 2000, il est incontestable que ce fait a pu être ressenti très fortement par la recourante, qui avait alors recouvré sa capacité de travail à raison de 50%. La cour cantonale a cependant retenu que ce refus ne reflétait pas une quelconque intention de l'intimée de mettre à l'écart la recourante, mais qu'il reposait sur un motif objectif, soit des travaux informatiques entrepris à cette période visant à changer le système informatique de la commune. La cour cantonale n'a nullement constaté que ce motif aurait été factice ou chicanier (cf. également l'arrêt de renvoi 4C.201/2005 du 21 février 2006 consid. 4). Ainsi, le refus de la commune n'est pas propre à démontrer la réalité d'un harcèlement psychologique.
On rappellera enfin que la décision qui admet, ou écarte, l'existence d'un harcèlement psychologique présuppose une appréciation globale des circonstances d'espèce, en particulier des indices pouvant entrer dans la définition du mobbing; il convient donc d'accorder au juge du fait une certaine marge d'appréciation. En l'occurrence, bien qu'il s'agisse d'un cas limite, on ne saurait reprocher à la cour précédente de ne pas avoir respecté sa marge d'appréciation en jugeant que les faits retenus (complétés sur un point, cf. supra consid. 4.1 et 2.4) ne permettent pas de conclure que la recourante aurait été victime de mobbing, au sens où l'entend la jurisprudence.
En conséquence, en résiliant le contrat de travail en raison de l'incapacité de travail de la recourante, l'intimée ne s'est pas prévalue d'un motif dont son propre comportement aurait été à l'origine (cf. à ce sujet, arrêt de renvoi 4C.201/2005 du 21 février 2006 consid. 3) et le licenciement ne peut dès lors être considéré comme abusif au sens de l'art. 336 al. 1 let. d CO.
4.4 La recourante soutient que dans l'hypothèse où les indices constatés ne permettraient pas d'établir l'existence d'un processus de harcèlement assimilable à du mobbing, il y aurait néanmoins lieu de retenir plusieurs transgressions de l'<ref-law>, ainsi que la violation de l'<ref-law>. Selon elle, l'intimée se devait de prendre les mesures nécessaires pour désamorcer les tensions et éviter de porter ainsi atteinte à la santé de l'employée.
En l'espèce, il est douteux que l'intimée ait pris toutes les mesures pour résoudre les conflits existants entre la recourante et d'autres personnes de la Municipalité (sur l'exigence, cf. arrêt 4C.253/2001 du 18 décembre 2001 consid. 3). Il n'est toutefois pas nécessaire d'approfondir la question. Il appartenait à la recourante, en vertu de l'<ref-law>, d'alléguer et de prouver les faits permettant de constater que le comportement de l'employeur (en l'occurrence la prétendue omission d'adopter des mesures destinées à protéger la personnalité et la santé de l'employée) est la condition sine qua non du résultat, soit du dommage subi par la recourante (en l'occurrence son invalidité). Autrement dit, il s'agissait de démontrer que si l'intimée avait pris les mesures qu'on pouvait attendre d'elle, la recourante ne serait pas dans l'incapacité de travailler aujourd'hui, étant précisé que cette incapacité est à l'origine de son action en dommages-intérêts (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 337; <ref-ruling> consid. 2a). Or, ce lien de causalité naturelle, qui relève du fait, n'est pas établi. La recourante ne prétend pas qu'elle l'aurait allégué en procédure cantonale et on ne trouve aucune trace d'une telle allégation. Il apparaît ainsi qu'elle présente une argumentation juridique nouvelle reposant sur des faits qui n'ont pas été allégués précédemment et dont le Tribunal fédéral ne saurait dès lors tenir compte (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.4 p. 34; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 144 et l'arrêt cité).
Le motif de la résiliation du contrat conclu entre l'intimée et la recourante consiste dans l'incapacité de travail durable de cette dernière (cf. arrêt de renvoi 4C.201/2005 du 21 février 2006 consid. 3). Les difficultés relationnelles et les tensions observées sur le lieu de travail de la recourante, pour lesquelles l'intimée n'aurait pas pris les mesures nécessaires, ne sont pas la cause du licenciement et la violation de l'<ref-law> est donc exclue (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 73).
4.5 Enfin, la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir examiné les conditions d'application de l'art. 4 LRECA. Elle n'explique pas, dans son recours formé à l'encontre du jugement de la Cour civile, en quoi cette autorité aurait violé une disposition de droit fédéral; l'exigence de motivation de l'<ref-law> n'est donc pas réalisée, et il est douteux que le renvoi à l'argumentation présentée dans son recours à l'encontre de l'arrêt de la Chambre des recours réponde à cette exigence (cf. arrêt 4A_186/2009 du 3 mars 2010 consid. 2.1). Fût-il recevable, le moyen serait mal fondé puisque la cour cantonale a expliqué, avec une motivation suffisante, les raisons pour lesquelles elle ne retenait pas la violation des art. 336 et 328 CO. Sur la base du jugement cantonal, on comprend donc parfaitement pourquoi la demande a été rejetée et l'exigence formelle de l'<ref-law> est donc remplie. Savoir si c'est à juste titre que la cour précédente n'a pas appliqué le droit cantonal (art. 4 LRECA) est une autre question (cf. Corboz, op. cit., no 29 ad <ref-law>), qui doit être tranchée dans l'examen du recours formé contre l'arrêt de la Chambre des recours (cf. supra consid. 3).
Le recours dirigé contre le jugement du 27 février 2009 rendu par la Cour civile ne peut donc qu'être rejeté.
5. Les deux recours formés par la recourante doivent être rejetés. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à sa charge (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les deux recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 avril 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Le Greffier:
Corboz Piaget