(Nichteintreten; Strafverfahren), hat sich ergeben:
A.- Das Bezirksamt Laufenburg führt seit 1997 gegen X._ ein Strafverfahren wegen des Verdachts mehrfacher Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz. Ihm wird vorgeworfen, auf grösseren Flächen seines Kulturlands Hanf anzubauen, den er mehrheitlich Betäubungsmittelkonsumenten verkaufe. Am 13. September 1999 verfügte das Bezirksamt Laufenburg die Beschlagnahme, Einziehung und Vernichtung der Hanfernte 1999. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Diese Verfügung wurde X._ am selben Tag um 17.30 Uhr schriftlich zur Kenntnis gebracht. Am nächsten Morgen um 8 Uhr begann die Kantonspolizei, das Hanffeld zu schneiden und die Pflanzen wurden in den darauffolgenden Tagen abgeräumt und vernichtet.
Am 4. Oktober 1999 erhob X._ bei der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau Beschwerde gegen die Verfügung des Bezirksamts. Er beantragte Akteneinsicht, die Erteilung der aufschiebenden Wirkung und das Ansetzen einer Frist zur Begründung der Beschwerde.
Eventualiter beantragte er die Aufhebung der Verfügung des Bezirksamts und die fachgerechte Verwahrung der noch nicht vernichteten Pflanzen. Ausserdem sei festzustellen, dass das Bezirksamt nicht berechtigt sei, eine definitive Beschlagnahme zu verfügen, dass dies dem Strafrichter obliege und dass das Bezirksamt seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt habe. Nachdem ihm ein Polizeirapport über die Räumung des Feldes und die Vernichtung der Pflanzen zugestellt worden war, hielt er an seinen Anträgen fest, mit Ausnahme des Begehrens, die noch nicht vernichteten Pflanzen zu verwahren. Mit Entscheid vom 7. Dezember 1999 trat das Obergericht auf die Beschwerde nicht ein. Zur Begründung führte es aus, da die Verfügung schon vollstreckt und die Hanfpflanzen vernichtet worden seien, fehle ein aktuelles Rechtsschutzinteresse, und blosse Begehren, die Unrechtmässigkeit eines Entscheids festzustellen, seien unzulässig.
B.- X._ führt gegen den obergerichtlichen Entscheid staatsrechtliche Beschwerde und beantragt, dieser sei aufzuheben. Er rügt eine formelle Rechtsverweigerung sowie eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör, der Eigentumsgarantie, des Willkürverbots, der Unschuldsvermutung und seiner Verteidigungsrechte.
Das Bezirksamt und das Obergericht lassen sich zur Beschwerde vernehmen, letzteres mit dem Antrag, diese sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
C.- Auf eine ebenfalls gegen den obergerichtlichen Entscheid gerichtete Nichtigkeitsbeschwerde trat das Bundesgericht am 5. Februar 2000 nicht ein.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit einer staatsrechtlichen Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a S. 414 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer ist nur zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert, wenn er ein aktuelles praktisches Interesse an deren Behandlung hat (vgl. zu den Ausnahmefällen, in denen das Bundesgericht kein solches Interesse verlangt, hinten E. 4a). Dieses Erfordernis soll sicherstellen, dass das Gericht konkrete und nicht bloss theoretische Fragen entscheidet (<ref-ruling> E. 4 S. 396 ff.
mit Hinweisen). Das aktuelle praktische Interesse bestimmt sich nach der Zielsetzung der erhobenen Beschwerde und ist zu messen an der möglichen Auswirkung und Tragweite einer allfälligen Gutheissung. Es ist nach der Rechtsprechung grundsätzlich gegeben, wenn gerügt wird, auf ein kantonales Rechtsmittel sei fälschlicherweise nicht eingetreten worden (<ref-ruling> E. 1 S. 173; <ref-ruling> E. 2 S. 492, je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer bringt vor, an einem Sachurteil des Obergerichts ein Rechtsschutzinteresse zu haben, weshalb dieses zu Unrecht auf seine kantonale Beschwerde nicht eingetreten sei. Das aktuelle praktische Interesse, das seine Legitimation zur staatsrechtlichen Beschwerde begründet, besteht daher darin, dass das Obergericht im Falle seines Obsiegens vor Bundesgericht auf seine kantonale Beschwerde eintreten müsste. Diese Eintretensvoraussetzung ist von der Frage zu unterscheiden, ob der Beschwerdeführer ein aktuelles praktisches Interesse an einem Entscheid des Obergerichts hat, die Gegenstand der materiellen Prüfung bildet.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die staatsrechtliche Beschwerde somit einzutreten, soweit sie sich gegen den obergerichtlichen Nichteintretensentscheid richtet. Die in der Beschwerde enthaltenen Ausführungen zur Verfassungswidrigkeit des Entscheids des Bezirksamts Laufenburg sind hingegen unbeachtlich, da dieser nicht Beschwerdegegenstand ist. Die staatsrechtliche Beschwerde kann sich, abgesehen von hier nicht zutreffenden Ausnahmen, nur gegen letztinstanzliche Entscheide richten (vgl. Art. 86 und 87 OG; <ref-ruling> E. 1a/aa mit Hinweisen). Wenn die Beschwerde gutzuheissen und der Nichteintretensentscheid aufzuheben ist, wird sich das Obergericht mit den Rügen gegen den bezirksamtlichen Entscheid befassen müssen.
2.- Der Beschwerdeführer macht geltend, der Nichteintretensentscheid des Obergerichts verletze seinen Anspruch auf ein gerechtes Verfahren und auf rechtliches Gehör. Diese heute in Art. 29 Abs. 1 und 2 der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) vorgesehenen Verfahrensgarantien flossen zum Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids aus Art. 4 aBV.
Das Obergericht begründet sein Nichteintreten damit, dass eine Beschwerde ein Rechtsschutzinteresse voraussetze.
Ein solches habe der Beschwerdeführer nicht. Der Antrag auf Aufhebung des Entscheids des Bezirksamts könne keinen praktischen Verfahrenszweck mehr verfolgen, weil das beschlagnahmte Hanf vernichtet sei und nicht wiederhergestellt werden könne. Mit den verschiedenen Feststellungsbegehren werde keine Abänderung des Entscheides verlangt, was nach §§ 213 und 208 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau vom 11. November 1958 (StPO/AG; SAR 251. 100) der einzig zulässige Zweck einer Beschwerde sei.
Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, das Obergericht hätte im Dispositiv des von ihm beantragten Feststellungsentscheids oder in den Erwägungen zur Begründung der von ihm beantragten Aufhebung der bezirksamtlichen Verfügung die Unrechtmässigkeit des Vorgehens des Bezirksamtes feststellen müssen. An dieser Feststellung habe er ein Rechtsschutzinteresse, da sich das gleiche Vorgehen des Bezirksamtes jederzeit wiederholen könne, ohne dass er es rechtzeitig durch ein Rechtsmittel verhindern könnte. Ausserdem würde ihm eine Aufhebung des bezirksamtlichen Entscheids einen künftigen Staatshaftungsprozess erleichtern.
Gegen letzteres Argument wendet das Obergericht ein, eine Rechtswidrigkeit könnte im Staatshaftungsprozess festgestellt werden, weshalb der Beschwerdeführer kein Interesse an der Behandlung seiner Beschwerde gehabt habe.
Wenn es zutrifft, dass ein Staatshaftungsprozess das Rechtsschutzinteresse des Beschwerdeführers in jedem Falle hätte befriedigen können, brauchte das Obergericht auf seine Beschwerde nicht einzutreten. Im Folgenden ist daher zunächst zu prüfen, ob dies sichergestellt ist.
3.- a) Im vorliegenden Fall hätte eine Staatshaftungsklage gegen den Kanton Aargau eine Schädigung durch eine Verfügung zum Gegenstand. Im Bundesrecht können formell rechtskräftige Verfügungen im Verantwortlichkeitsverfah- ren nicht auf ihre Rechtmässigkeit überprüft werden (vgl.
Art. 12 des Verantwortlichkeitsgesetzes vom 30. Dezember 1958 [VG, SR 170. 32]). In der Lehre wird überwiegend angenommen, dies entspreche einem allgemeinen Grundsatz, der auch gelte, wenn das kantonale Recht keine entspre- chende Regel enthalte (vgl. Jean-François Egli, L'activité illicite du juge cause de responsabilité pécuniaire à l'égard de tiers, in: Hommage à Raymond Jeanprêtre, 1982, S. 22; Fritz Gygi, Die Widerrechtlichkeit in der Staatshaftung, in: Mélanges André Grisel, 1983, S. 429; Pierre Moor, Droit administratif, Band II, 1991, S. 471; Max Imboden/René A. Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, 1976, Band II, S. 744). Das aargauische Verantwortlichkeitsgesetz vom 21. Dezember 1939 (VG/AG; SAR 150. 100) enthält keine Regel, gemäss der im Verantwortlichkeitsprozess die Rechtmässigkeit von formell rechtskräftigen Verfügungen nicht mehr überprüft werden könnte. Das Aargauer Verwaltungsgericht hat entschieden, dass es im Staatshaftungsprozess an sich an eine rechtskräftige Verfügung gebunden sei. Es könne aber deren Rechtmässigkeit selbst überprüfen, wenn über eine Beschwerde gegen diese Verfügung noch nicht entschieden worden sei und mangels Beschwer möglicherweise nicht auf sie eingetreten würde (vgl. Entscheid vom 26. Mai 1975, Aargauische Gerichts- und Verwaltungsentscheide [AGVE] 1975, S. 153 ff.). Ebenso hat das Bundesgericht entschieden, dass einem Beschwerdeführer im Verantwortlichkeitsverfahren das unterlassene Benutzen eines Rechtsmittels nicht vorgehalten werden könne, wenn dieses gar keine Korrektur mehr hätte bringen und höchstens zu einer Feststellung hätte führen können (vgl. zur Veröffentlichung bestimmter Entscheid des Bundesgerichts vom 30. März 2000 i. S. D., E. 2a; <ref-ruling> E. 2b S. 11; <ref-ruling> E. 3c S. 212, je mit Hinweisen.
Es ist für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens jedoch letztlich nicht entscheidend, ob der Richter in einem Verantwortlichkeitsprozess an die formell rechtskräftige Verfügung des Bezirksamts gebunden ist oder ob er deren Rechtmässigkeit in einem solchen Prozess jedenfalls dann überprüfen kann, wenn auf ein Rechtsmittel gegen die Verfügung nicht eingetreten wurde, weil kein Rechtsschutzinteresse an dessen Behandlung besteht.
b) Ein Staatshaftungsverfahren könnte, auch wenn der Richter in diesem nicht an die formell rechtskräftige Verfügung des Bezirksamts gebunden wäre, das Rechtsschutzinteresse des Beschwerdeführers nicht in jedem Falle befriedigen.
Um in diesem Erfolg zu haben, müsste er insbesondere Widerrechtlichkeit und Verschulden nachweisen (vgl.
§ 2 VG/AG). Wenn es - wie im vorliegenden Fall - eine Entscheidung zum Gegenstand hat, müsste zudem eine schwere Rechtsverletzung gegeben sein und der Magistrat eine wesentliche Amtspflicht verletzt haben (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 249; <ref-ruling> E. 4 S. 234 f., je mit Hinweisen; Egli, a.a.O., S. 15-18; Moor, a.a.O., S. 470). Fehlt es insbesondere an dieser letzteren Voraussetzung kann seine Staatshaftungsklage abgewiesen werden, ohne dass die Rechtmässigkeit der in Frage stehenden Verfügung des Bezirksamtes beurteilt werden muss. Im Staatshaftungsprozess besteht grundsätzlich kein Anspruch, bloss die Rechtswidrigkeit einer Verfügung feststellen zu lassen. Ein solcher kann im Übrigen das Rechtsschutzinteresse des Betroffenen auch in all jenen Fällen nicht befriedigen, in denen durch eine strafprozessuale Massnahme kein Schaden entstanden ist, und eine Staatshaftungsklage daher von vornherein ausgeschlossen ist.
In all diesen Punkten unterscheidet sich das im vorliegenden Fall mögliche Staatshaftungsverfahren von demjenigen, das ein Haftentlassener anstreben kann, dem es deswegen nach der Praxis des Bundesgerichts am für eine Anfechtung der Haft nötigen aktuellen praktischen Interesse fehlt (<ref-ruling> E. 4 S. 396 ff. mit Hinweisen). Der Haftentlassene kann eine Verletzung von Art. 5 EMRK sowie der verfassungs- und gesetzmässigen Verteidigungsrechte in einem solchen Entschädigungsverfahren direkt gestützt auf Art. 5 Ziff. 5 EMRK und unabhängig vom anwendbaren Staatshaftungsrecht geltend machen. In diesem ist der Richter verpflichtet, auch über ein blosses Feststellungsbegehren zu befinden.
Ein Verschulden braucht nicht nachgewiesen zu werden und das Verfahren darf nicht von der vorgängigen Anfechtung der Haft oder Feststellung von deren Rechtswidrigkeit abhängig gemacht werden (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 5 S. 398 ff. mit Hinweisen). In einem gegenwärtig vor dem EGMR hängigen Fall hält ein Haftentlassener die bundesgerichtliche Praxis, ihn mangels aktuellen praktischen Interesses auf ein separates Verfahren nach Art. 5 Ziff. 5 EMRK zu verweisen (vgl. unveröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts vom 2. September 1994 i.S. B.), für mit der EMRK unvereinbar.
In jenem Falle hat der Haftentlassene jedoch alle seine Rügen auch tatsächlich in einem Direktprozess gegen das verantwortliche Gemeinwesen nach Art. 42 OG vom Bundesgericht beurteilen lassen (vgl. unveröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts vom 13. April 1999 i.S. B.)
c) Das Obergericht konnte seinen Nichteintretensentscheid somit nicht damit rechtfertigen, dass der Beschwerdeführer an einem Eintreten auf seine kantonale Beschwerde kein Rechtsschutzinteresse habe, weil er in einem Staatshaftungsprozess die Unrechtmässigkeit der bezirksamtlichen Verfügung feststellen lassen könne.
4.- Das Interesse des Beschwerdeführers an der Behandlung seiner kantonalen Beschwerde ist zwar kein aktuelles praktisches, insoweit er damit die Beschlagnahme, Einziehung und Vernichtung seiner Hanfernte 1999 nicht mehr verhindern oder rückgängig machen kann. Aus der aus Art. 4 aBV fliessenden Garantie eines gerechten Verfahrens (vgl. jetzt ausdrücklich <ref-law>) und gegebenenfalls aus Art. 6 und 13 EMRK ergibt sich jedoch angesichts der auf dem Spiele stehenden und in der staatsrechtlichen Beschwerde angerufenen verfassungsmässigen und durch die EMRK geschützten Rechte ein Anspruch, die Rechtswidrigkeit der bezirksamtlichen Verfügung feststellen zu lassen. Wo dies anders nicht möglich ist, muss im vom Gesetz gegen die zu beanstandende Verfügung vorgesehenen Rechtsmittelverfahren ein entsprechendes Rechtsschutzinteresse bejaht werden; dies jedenfalls dort, wo andernfalls kaum je die behauptete Verfassungs- oder EMRK-Verletzung geprüft werden könnte.
a) So verzichtet das Bundesgericht ausnahmsweise auf das in Art. 88 OG enthaltene Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen jederzeit unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen können, an deren Beantwortung wegen der grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und sofern diese im Einzelfall kaum je rechtzeitig verfassungsgerichtlich geprüft werden könnten (<ref-ruling> E. 4b S. 397 f. mit Hinweisen). Bei der Anwendung von § 38 Abs. 1 des Aargauischen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 9. Juli 1968 (VRPG; SAR 271. 100) folgt auch das Aargauer Verwaltungsgericht dieser Praxis (vgl. AGVE 1990, S. 330 und 1986, S. 153 f. mit Hinweisen). Soweit ersichtlich, folgen ihr auch die Gerichte mehrerer anderer Kantone (vgl. für folgende Kantone folgende unveröffentlichte Urteile des Bundesgerichts: Basel-Stadt: Entscheid vom 19. Juni 1985 i.S. Basler Heimatschutz, E. 2; Genf: Entscheid vom 13. Oktober 1990 i.S. de S., E. 2a; Graubünden:
Entscheid vom 23. Juli 1993 i.S. G., E. 3a; Solothurn: Entscheid vom 2. September 1994 i.S. B., E. 2; Zürich: Entscheid vom 14. Juli 1986 i.S. T., E. 1b).
b) Die genannten Voraussetzungen, unter denen auf ein Rechtsmittel eingetreten werden muss, auch wenn die gerügte Verletzung von Verfassung und EMRK nicht mehr verhindert, sondern nur noch festgestellt werden kann, sind im vorliegenden Fall gegeben.
Gegenstand der kantonalen Beschwerde bildet die Frage, ob bei einer strafprozessualen Beschlagnahme von verderblichen Gütern nach <ref-law>/AG auch deren Einziehung und sofortige Vernichtung zulässig ist. Dabei sind heikle Rechtsfragen zum Genügen der gesetzlichen Grundlage für einen solchen Eingriff in die Eigentumsgarantie sowie zur Vereinbarkeit eines solchen Vorgehens mit der Zuständigkeit des Strafrichters nach Art. 58 und 59 StGB zu beantworten (vgl. dazu Urteil des Bundesgerichts vom 24. November 1997 i.S. K., in Freiburger Zeitschrift für Rechtsprechung 7 (1998), S. 87 ff. [mit Kommentar von Niklaus Schmid, ebenda, S. 90-99], nach welchem eine solche Einziehung und Vernichtung nach <ref-law> dem Strafrichter vorbehalten ist). Ebenso ist zu entscheiden, ob die Einziehung und Vernichtung - auch im Lichte der vom Beschwerdeführer angerufenen verfassungsmässigen Rechte - ebenfalls bei Gütern wie Hanf zulässig und verhältnismässig sind, die sowohl legalen wie illegalen Zwecken dienen können. Dabei ist auch zu beurteilen, ob tatsächlich ein überraschendes Vorgehen sowie die sofortige Vernichtung der Ware notwendig waren. Diese Fragen sind von hinreichendem allgemeinen Interesse, und sie werden von keiner etablierten Gerichtspraxis beantwortet.
Sie können sich für den Beschwerdeführer, der angibt, auch dieses Jahr wieder Hanf anpflanzen zu wollen, und für andere Hersteller solcher Güter jederzeit wieder stellen. Schliesslich liegt es in der Natur der umstrittenen Massnahme, dass sie nie überprüft werden könnte, wenn nach der Einziehung und Vernichtung des Hanfs im Beschwerdeverfahren ein Rechtsschutzinteresse verneint würde.
Nach <ref-law>/AG hat eine Beschwerde an das Obergericht von Gesetzes wegen keine aufschiebende Wirkung und der Entscheid des Bezirksamts hat ihr diese im vorliegenden Fall ausdrücklich entzogen. Selbst wenn der Beschwerdeführer unverzüglich Beschwerde geführt hätte, als ihm die Verfügung eröffnet wurde, hätte das Obergericht seiner Beschwerde nicht mehr rechtzeitig aufschiebende Wirkung erteilen können, bevor die Verfügung am nächsten Morgen vollstreckt wurde. In seiner Vernehmlassung erklärt das Bezirksamt, warum die Verfügung nach seiner Auffassung überraschend eröffnet und sofort vollstreckt werden musste und warum eine Aufbewahrung des beschlagnahmten Hanfs unmöglich gewesen wäre.
Erste, unmittelbar bevorstehende Verkäufe hätten verhindert werden müssen, der Hanf habe daher geschnitten werden müssen, bevor er ausgereift und getrocknet gewesen sei, und aus diesem Grunde wäre er bei einer Aufbewahrung sofort verdorben.
Daraus ergibt sich, dass eine Überprüfung durch eine Rechtsmittelinstanz auch künftig unmöglich sein wird, bevor die Verfügung vollzogen wird.
5.- Die Verpflichtung, im vorliegenden Fall auf eine Beschwerde gegen die Verfügung des Bezirksamts auch nach der Vernichtung des beschlagnahmten Hanfs einzutreten, ergibt sich aus dem Interesse am Schutz der auf dem Spiele stehenden verfassungsmässigen und durch die EMRK geschützten Rechte, der sonst nicht sichergestellt wäre. Daher gilt sie auch für das Obergericht. Nach schweizerischem Rechtsverständnis ist es Aufgabe aller staatlichen Behörden, die verfassungsmässigen Rechte der Bürger zu schützen (vgl.
Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, Band I, 2000, S. 661). In grundrechtskonformer Auslegung des kantonalen Prozessrechts hätte das Obergericht das Rechtsschutzinteresse des Beschwerdeführers daher bejahen und auf seine kantonale Beschwerde eintreten müssen. Das Prozessrecht dient der Durchsetzung des materiellen Rechts, einschliesslich der Grund- und Menschenrechte. Es muss im Lichte dieser dienenden Funktion ausgelegt und angewandt werden.
6.- Zusammenfassend ergibt sich, dass das Obergericht auf Grund von Art. 4 aBV (<ref-law>) sowie gegebenenfalls von Art. 6 und 13 EMRK hätte auf die kantonale Beschwerde des Beschwerdeführers eintreten müssen. Die staatsrechtliche Beschwerde ist daher gutzuheissen und der angefochtene Nichteintretensentscheid aufzuheben. Bei diesem Ergebnis brauchen die gerügten Verletzungen des Anspruchs auf rechtliches Gehör im Laufe des obergerichtlichen Verfahrens nicht behandelt zu werden; damit wird sich das Obergericht im nach Aufhebung seines Nichteintretensentscheides wieder bei ihm anhängigen Beschwerdeverfahren zu befassen haben.
7.- Soweit auf sie eingetreten werden kann, ist die Beschwerde gutzuheissen. Es werden daher keine Gerichtskosten erhoben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit auf sie eingetreten werden kann, und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 7. Dezember 1999 aufgehoben.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Laufenburg und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 7. Juni 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: