Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Streitig und zu prüfen ist einzig, ob die Ausgleichskasse die Schadenersatzverfügung gegen den Beschwerdeführer rechtzeitig innerhalb der einjährigen Verwirkungsfrist des <ref-law> erlassen hat.
a) Gemäss <ref-law> verjährt die Schadenersatzforderung, wenn sie nicht innert Jahresfrist seit Kenntnis des Schadens durch Erlass einer Schadenersatzverfügung geltend gemacht wird, auf jeden Fall aber mit Ablauf von fünf Jahren seit Eintritt des Schadens. Nach der Rechtsprechung erlangt die Ausgleichskasse in dem Zeitpunkt Kenntnis vom Schaden, in welchem sie unter Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit erkennen muss, dass die tatsächlichen Gegebenheiten nicht mehr erlauben, die Beiträge einzufordern, wohl aber eine Schadenersatzpflicht begründen können. Bereits in diesem Zeitpunkt beginnt die einjährige Verwirkungsfrist zu laufen. Die fünfjährige Verwirkungsfrist hingegen beginnt mit dem Eintritt des Schadens zu laufen. Der Schaden gilt als eingetreten, sobald anzunehmen ist, dass die geschuldeten Beiträge aus rechtlichen oder tatsächlichen Gründen nicht mehr eingefordert werden können.
Im Falle eines Konkurses besteht praxisgemäss in der Regel bereits dann ausreichend Kenntnis des Schadens, wenn die Kollokation der Forderungen eröffnet bzw. der Kollokationsplan (und das Inventar) zur Einsicht aufgelegt wird (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweisen). Diese Grundsätze kommen auch bei der Durchführung des summarischen Konkursverfahrens zur Anwendung (<ref-ruling> Erw. 3b mit Hinweisen).
Bei Betreibung auf Pfändung besteht Kenntnis des Schadens mit der Zustellung des definitiven Pfändungsverlustscheines.
Der Pfändungsverlustschein gemäss Art. 115 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>, welcher den Schaden grundsätzlich und in masslicher Hinsicht fest umschreibt, manifestiert, dass der Arbeitgeber seine Beitragspflicht nicht erfüllt hat und damit realistischerweise auch der Schadenersatzpflicht nach <ref-law> nicht nachkommen kann. Deshalb steht vom Zeitpunkt der Ausstellung des Pfändungsverlustscheines hinweg einer Belangung der subsidiär haftbaren Organe nichts im Wege. In diesem Moment hat die Ausgleichskasse auch Kenntnis des Schadens, was die einjährige Verwirkungsfrist nach <ref-law> in Gang setzt (<ref-ruling> f.). Demgegenüber begründet die Zustellung eines provisorischen Pfändungsverlustscheines in der Regel noch keine Kenntnis des Schadens, weil dieser Verlustschein die Ausgleichskasse aus beitragsrechtlicher Sicht verpflichtet, das Verwertungsbegehren zu stellen und dessen Ergebnis abzuwarten. Ausnahmen bilden jene Fälle, in denen nach den Umständen vom Verwertungsverfahren offensichtlich keine weitere Befriedigung erwartet werden kann (ZAK 1991 S. 127 Erw. II/2a mit Hinweisen).
b) Was die rechtzeitige Geltendmachung des Schadenersatzes betrifft, so hat das kantonale Gericht zutreffend auf die am 13. Oktober und 18. November 1997 erfolgte Auflage des Kollokationsplanes abgestellt und die Schadenersatzverfügung vom 10. September 1998 als rechtzeitig betrachtet.
Da der Konkurs im summarischen Verfahren durchgeführt worden ist, kommt den vier am 3. Dezember 1996 für Beitragsforderungen der Jahre 1995 und 1996 ausgestellten Pfändungsurkunden für die Annahme einer früheren Schadenskenntnis keine massgebende Bedeutung zu. Zum einen führten die Pfändungen nur zu provisorischen Verlustscheinen. Zu definitiven Verlustscheinen konnte es nicht mehr kommen, weil wegen der Konkurseröffnung am 12. Februar 1997 die Pfandverwertung nicht mehr verlangt werden konnte (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Zum andern liegen nach den verbindlichen Feststellungen (vgl.
Erw. 1 hievor) des kantonalen Gerichts keine Umstände vor, welche ein Abweichen vom Regelzeitpunkt der Auflage des Kollokationsplanes rechtfertigen würden. Nichts zu ändern vermögen daher die Einwendungen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, zu welchen bereits das kantonale Gericht mit zutreffender Begründung Stellung bezogen hat.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 3500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 21. Dezember 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: