Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens, hat sich ergeben:
A.- Am 24. Januar 1998 verunfallte D._. Dr. med.
A._ behandelte ihn und betreute ihn während vier Wochen weiter. Für seine Bemühungen stellte A._ am 24. Februar 1998 Rechnung in der Höhe von Fr. 2'861. 25. Über die Höhe dieser Honorarforderung kam es zwischen der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) und A._ zu Differenzen. Rechtsanwalt B._ schlug daher A._ eine Aussprache mit dem SUVA-Arzt Dr. med.
C._ vor, die am 1. September 1999 stattfand.
C._ erstellte über diese Besprechung am 22. September 1999 ein "Gesprächsprotokoll", das unter anderem kritische Anmerkungen von Dr. C._ zur medizinischen Behandlung D._s durch A._ enthält.
A._ beauftragte Rechtsanwalt Bernard Olivier Rambert mit der Wahrung seiner Interessen. Mit Schreiben vom 20. September 1999 an die SUVA führte Rechtsanwalt Rambert aus, sein Mandant müsse annehmen, es sei bei der SUVA ein Dossier im Sinne einer Fiche über ihn erstellt worden und schloss: "meinem Mandanten steht selbstverständlich das Recht zu, in dieses Dossier Einsicht zu nehmen, weshalb ich darum ersuche, mir dieses im Original zukommen zu lassen".
B._ schickte hierauf ein Aktenheft von 103 Seiten, enthaltend das "Gesprächsprotokoll" vom 22. September 1999 über die Unterredung vom 1. September 1999, die Korrespondenzen mit A._ und seinem Rechtsvertreter, Arbeitskopien von Rechnungen, Instruktionen und Schreiben an den Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Rambert.
B.- Am 2. Juli 2000 erstattete Rechtsanwalt Bernard Rambert im Namen von A._ Strafanzeige gegen B._ und C._ betreffend Verdacht auf versuchten Betrug, Amtsmissbrauch und Urkundenfälschung im Amt, sowie gegen B._ und Unbekannt wegen Verletzung des Amtsgeheimnisses.
Mit Entscheid vom 10. Januar 2001 verweigerte das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement die Ermächtigung zur Strafverfolgung.
C.- Dagegen hat A._ am 12. Februar 2001 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Er beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und die zuständige Behörde zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen B._ und C._ zu ermächtigen. Er ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C._ und B._ sowie das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gemäss Art. 15 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördenmitglieder und Beamten (Verantwortlichkeitsgesetz, VG; SR 170. 32) bedarf die Strafverfolgung von Beamten wegen strafbarer Handlungen, die sich auf ihre amtliche Tätigkeit oder Stellung beziehen, ausgenommen wegen Widerhandlungen im Strassenverkehr, einer Ermächtigung des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements. Auf die strafrechtliche Verantwortlichkeit eines Organs oder eines Angestellten einer mit öffentlichrechtlichen Aufgaben des Bundes betrauten und ausserhalb der Bundesverwaltung stehenden Organisation finden die Artikel 13 ff. VG entsprechend Anwendung (Art. 19 Abs. 1 und 2 VG). Der Beschwerdegegner 1 als Bereichsleiter in der Abteilung Medizinaltarife der SUVA sowie der Beschwerdegegner 2 als ärztlicher Berater der Zentralstelle Medizinaltarife können demnach nicht ohne Ermächtigung des Departements wegen Verletzung von Art. 146, Art. 312, Art. 317 und Art. 320 des Schweizerischen Strafgesetzbuches vom 21. Dezember 1931 (StGB; SR 311. 0) strafrechtlich verfolgt werden. Gegen die Verweigerung der Ermächtigung ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (Art. 15 Abs. 5 VG in Verbindung mit Art. 100 Abs. 1 lit. f OG).
b) Die Legitimation zur Erhebung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich nach Art. 103 OG (<ref-ruling> E. 2c S. 352). Es ist daher gegen die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Bundesbeamten zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert, wer durch die angefochtene Verfügung berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat (Art. 103 lit. a OG); zur Beschwerdeführung genügt dabei auch ein bloss faktisches Interesse (<ref-ruling> E. 2c S. 352).
Hintergrund des vorliegenden Verfahrens bilden die Meinungsverschiedenheiten zwischen der SUVA und dem Beschwerdeführer in Bezug auf Rechnungen für ärztliche Behandlungen.
Soweit der Beschwerdeführer die Ermächtigung zur Strafverfolgung der Beschwerdegegner wegen angeblicher Urkundenfälschung im Amt und wegen Betrugsversuches verlangt, hat er ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung der angefochtenen Verfügung. Soweit er hingegen die Ermächtigung zur Strafverfolgung des Beschwerdegegners 1 verlangt, weil dieser dem Anwalt des Beschwerdeführers Akten zugestellt hat, welche einzusehen der Beschwerdeführer selbst berechtigt war, ist fraglich, ob dafür ein schutzwürdiges Interesse besteht. Die Frage kann aber offen bleiben, da der entsprechende Vorwurf der Verletzung des Amtsgeheimnisses ohnehin unbegründet ist.
2.- Gemäss Art. 15 Abs. 3 VG darf die Ermächtigung zur Strafverfolgung eines Beamten nur in leichten Fällen und sofern die Tat nach allen Umständen durch eine disziplinarische Massnahme des Fehlbaren als genügend geahndet erscheint, verweigert werden. Die Befugnis, in leichten Fällen die Ermächtigung zu verweigern, schliesst in sich, die Strafverfolgung eines Beamten auch dann nicht zuzulassen, wenn überhaupt keine strafbare Handlung vorliegt (<ref-ruling> E. 2 S. 85 ff.). Das Erfordernis der Ermächtigung zur Strafverfolgung soll in erster Linie den Beamten vor unbegründeten, insbesondere mutwilligen Strafanzeigen schützen und dadurch den reibungslosen Gang der Verwaltung gegen trölerische Störungen und Behinderung sicherstellen (<ref-ruling> E. 2c S. 352; <ref-ruling> E. 1a S. 175 f., mit Hinweisen).
Die Ermächtigung ist demnach zu verweigern, wenn sich bei der Vorprüfung herausstellt, dass ein Straftatbestand offensichtlich nicht vorliegt und sich der Vorwurf als haltlos erweist oder klar widerlegen lässt (<ref-ruling> E. 2 S. 85, mit Hinweisen). Anderseits muss die Ermächtigung, leichte Fälle im Sinne von Art. 15 Abs. 3 VG vorbehalten, erteilt werden, wenn sich Anhaltspunkte ergeben, dass die in Frage stehenden Handlungen einen Straftatbestand erfüllen und die gesetzlichen Voraussetzungen der Strafverfolgung gegeben sein könnten. Nicht Voraussetzung ist, dass der objektive und der subjektive Tatbestand mit Sicherheit nachgewiesen wird (<ref-ruling> E. 3d S. 62, mit Hinweis).
3.- Der Beschwerdeführer hatte den Beschwerdegegnern in seiner Anzeige noch Amtsmissbrauch (<ref-law>) vorgeworfen.
Diesen Vorwurf lässt er indessen im Verfahren vor Bundesgericht ausdrücklich fallen, so dass in Bezug auf diesen Straftatbestand eine Ermächtigung zur Strafverfolgung nicht mehr zu prüfen ist.
4.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Besprechung vom 1. September 1999 mit Dr. med. C._ sei nicht etwa anberaumt worden, damit die Differenzen auf einfache und unbürokratische Weise hätten bereinigt werden können, sondern allein, um nachträglich ein "frei erfundenes" Protokoll zu erstellen und damit die Stellung des Beschwerdeführers in einem nachfolgenden Verfahren gemäss Art. 57 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über die Unfallversicherung (UVG; SR 832. 20) zu unterlaufen; es handle sich damit um einen Betrugsversuch.
b) Des Betrugs macht sich strafbar, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt oder ihn in einem Irrtum arglistig bestärkt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer führt selber aus, er habe bisher kein Schiedsverfahren gemäss <ref-law> angestrengt.
Die SUVA hatte damit gar keinen Anlass, dem - noch nicht gebildeten - Schiedsgericht das "Gesprächsprotokoll" zukommen zu lassen. Das Verfassen des Gesprächsprotokolles stellt - selbst wenn es inhaltlich falsch sein sollte, wie der Beschwerdeführer behauptet - höchstens eine straflose Vorbereitungshandlung dar; der Betrugsvorwurf entbehrt schon daher jeglicher Grundlage.
5.- a) Der Beschwerdeführer wirft den Beschwerdegegnern Urkundenfälschung im Amt vor und macht geltend, der Inhalt des Gesprächsprotokolls über die Unterredung vom 1. September 1999 sei "schlichtweg vorsätzlich frei erfunden".
b) Gemäss Art. 317 Ziff. 1 Abs. 2 werden Beamte oder Personen öffentlichen Glaubens bestraft, die vorsätzlich eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkunden, namentlich eine falsche Unterschrift oder ein falsches Handzeichen oder eine unrichtige Abschrift beglaubigen. Es gelten für die Falschbeurkundung im Amt für die Täterhandlung dieselben Anforderungen wie bei <ref-law> (Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar,
2. Aufl. 1997, Art. 317 N 6).
Die Tatbestände des Urkundenstrafrechts schützen das Vertrauen, welches im Rechtsverkehr einer Urkunde als einem Beweismittel entgegengebracht wird. Mittel zum Beweis kann nur sein, was generell geeignet ist, Beweis zu erbringen.
Als Urkunden gelten darum unter anderem nur Schriften, die bestimmt und geeignet sind, eine Tatsache von rechtlicher Bedeutung zu beweisen (<ref-law>).
Der Urkundencharakter eines Schriftstücks ist relativ. Es kann mit Bezug auf bestimmte Aspekte Urkundencharakter haben, mit Bezug auf andere nicht. Nach der Praxis kann sich die Beweisbestimmung eines Schriftstücks einerseits unmittelbar aus dem Gesetz ergeben und anderseits aus dessen Sinn oder Natur abgeleitet werden (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 276).
Im Unterschied zur Urkundenfälschung im eigentlichen Sinn, welche das Herstellen einer unechten Urkunde erfasst, deren wirklicher Aussteller mit dem aus ihr ersichtlichen Autor nicht identisch ist, betrifft die Falschbeurkundung die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der also der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen, wobei nach allgemeiner Ansicht die einfache schriftliche Lüge keine Falschbeurkundung darstellt. Das Vertrauen darauf, dass über die Person des Ausstellers nicht getäuscht wird, ist und darf grösser sein als das Vertrauen, dass jemand nicht in schriftlicher Form lügt. Aus diesem Grund werden an die Beweisbestimmung und Beweiseignung einer Urkunde bei der Falschbeurkundung höhere Anforderungen gestellt. Eine qualifizierte Lüge im Sinne der Falschbeurkundung wird nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur angenommen, wenn der Urkunde eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihr daher ein besonderes Vertrauen entgegenbringt. Dies ist der Fall, wenn allgemein gültige objektive Garantien die Wahrheit der schriftlichen Erklärung gegenüber Dritten gewährleisten, wie sie unter anderem in der Prüfungspflicht einer Urkundsperson oder in gesetzlichen Vorschriften liegen, die, wie etwa die Bilanzvorschriften der <ref-law>, gerade den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen. Blosse Erfahrungsregeln hinsichtlich der Glaubwürdigkeit irgendwelcher schriftlicher Äusserungen genügen dagegen nicht, mögen sie auch zur Folge haben, dass sich der Geschäftsverkehr in gewissem Umfange auf entsprechende Angaben verlässt.
Die Grenze zwischen Falschbeurkundung und schriftlicher Lüge muss für jeden Einzelfall unter Berücksichtigung der konkreten Umstände gezogen werden, was mit erheblichen Schwierigkeiten verbunden sein kann, die jedoch unumgänglich sind und darin begründet liegen, dass das Gesetz nicht eindeutig regelt, wann noch eine straflose und wann eine strafbare schriftliche Lüge vorliegt (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 277, mit Hinweisen).
c) Das am 22. September 1999 nachträglich über die Unterredung vom 1. September 1999 erstellte sogenannte "Gesprächsprotokoll" ist eine Mischung aus indirekter Wiedergabe des Gesprächs von Dr. C._ mit dem Beschwerdeführer sowie daraus gezogener eigener Schlussfolgerungen.
Soweit letztere betreffend, ist dem Papier nach dem Gesagten ohnehin die Urkundenqualität abzusprechen. Dem "Gesprächsprotokoll" kommt aber auch in Bezug auf die angeblich vom Beschwerdeführer gemachten Äusserungen keinerlei Beweiseignung zu, hat doch keine formelle Befragung unter Beizug eines Protokollführers stattgefunden und hat der Beschwerdeführer auch nicht unterschriftlich bezeugt, die entsprechenden Aussagen zumindest sinngemäss gemacht zu haben.
Falls das "Gesprächsprotokoll" dem Beschwerdeführer Aussagen unterschieben sollte, die er nicht gemacht hat, so läge allenfalls eine - nach dem Gesagten straflose - schriftliche Lüge vor.
Der Vorwurf der Falschbeurkundung im Amt erweist sich damit als völlig unbegründet.
6.- a) Der Beschwerdeführer wirft dem Beschwerdegegner 1 vor, das Amtsgeheimnis verletzt zu haben, indem er seinem Rechtsvertreter Akten zugestellt habe, die über mehrere Patienten Informationen über das Unfallgeschehen, die Diagnose, die Therapie, den Heilverlauf und den Heilerfolg enthalten hätten.
b) Gemäss <ref-law> macht sich der Verletzung des Amtsgeheimnisses schuldig, wer ein Geheimnis offenbart, das ihm als Mitglied einer Behörde oder als Beamter anvertraut worden ist, oder das er in seiner amtlichen oder dienstlichen Stellung wahrgenommen hat.
aa) Bei B._ handelt es sich um einen Beamten im Sinne von <ref-law>. Informationen über das Unfallgeschehen, die Diagnose, die Therapie, den Heilverlauf und den Heilerfolg verschiedener Patienten, wie sie das vom Beschwerdegegner 1 an den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers überreichte Aktendossier enthielt, sind Geheimnisse im Sinne dieser Gesetzesbestimmung.
bb) Das Geheimnis wird dadurch offenbart, dass es unbefugten Dritten zur Kenntnis gebracht oder ihnen die Kenntnisnahme ermöglicht wird (Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Aufl. 1997, Art. 320 N 8).
Das Departement ist der Auffassung, dass ein Rechtsanwalt, der die Interessen seines Mandanten vertritt und in dessen Namen handelt, kein unbefugter Dritter im Sinne des Straftatbestandes von <ref-law> ist.
Die Mitteilung eines Geheimnisses an eine Drittperson ist zwar grundsätzlich auch dann eine Offenbarung im Sinne von <ref-law>, wenn die Drittperson ihrerseits einer Geheimhaltungspflicht untersteht und die fragliche Tatsache auch nach der Mitteilung noch ein Geheimnis darstellt (<ref-ruling> E. 3b S. 48, mit Hinweisen). Die Tatsache allein, dass der Rechtsvertreter des Arztes, der Einsicht in eine allfällig über ihn existierende Fiche nehmen will, selber einer Geheimhaltungspflicht untersteht, schliesst daher noch nicht aus, dass er als "unbefugter Dritter" gelten könnte, wohl aber seine Funktion: Als Rechtsanwalt einer Person, die ihr Akteneinsichtsrecht wahrnehmen will, und deren Interessen er vertritt, kann er deshalb nicht als unbefugt im Sinne von <ref-law> gelten, weil sonst der um Akteneinsicht ersuchenden Person eine wirksame Vertretung übermässig erschwert würde. Als Vertreter seines Mandanten ist ihm daher zuzubilligen, von der Verwaltung über all das Auskunft zu erhalten, über das auch sein Mandant ein Auskunftsrecht hat, soweit dies vom entsprechenden Mandatsverhältnis gedeckt ist.
c) Da der Rechtsanwalt des Beschwerdeführers nach dem Gesagten nicht als "unbefugter Dritter" gilt, ist der Straftatbestand von <ref-law> offensichtlich nicht erfüllt.
7.- Das Departement hat somit die Ermächtigung zur Strafverfolgung gegen die Beschwerdegegner zu Recht verweigert.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da sie von vornherein aussichtslos war, ist auch das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung abzuweisen (Art. 152 OG).
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Dieser hat die Beschwerdegegner zudem für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).
Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.- Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren gemeinsam mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 18. Juli 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: