Faits:
A. X._ a échoué lors de la session de janvier 2010 à l'examen oral du module de formation "concevoir, mettre en ?uvre et analyser des situations d'enseignement - apprentissage" (module MSENS 31), dans le cadre de sa formation visant au Master of Arts ou Master of Science en enseignement pour le degré secondaire I et au diplôme d'enseignement pour le degré secondaire I dans la discipline musique, délivré par la Haute école pédagogique du Canton de Vaud (ci-après: HEP). Elle s'est à nouveau présentée à la session d'examens d'août 2010 mais a subi un nouvel échec, obtenant trois points sur quatorze alors que le seuil de réussite de l'examen était fixé à dix points. Le nombre de points attribués figure sur un document intitulé «grille d'évaluation» qui mentionne un certain nombre de critères d'évaluation avec des indicateurs auxquels des points sont attribués. Lors de l'examen d'août 2010, chaque indicateur, à une exception, a fait l'objet d'un bref commentaire des examinateurs.
Par décision du 22 septembre 2010, la HEP a prononcé l'échec définitif de X._ au module précité et l'interruption définitive de sa formation. X._ a recouru le 4 octobre 2010 contre cette décision auprès de la Commission de recours de la HEP (ci-après: la Commission de recours), qui, par décision du 17 janvier 2011, a rejeté son recours et confirmé la décision de la HEP du 22 septembre 2010.
B. X._ s'est pourvue contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal) le 17 février 2011 en concluant principalement à sa réforme en ce sens qu'elle soit autorisée à poursuivre sa formation au sein de la HEP, subsidiairement à son annulation et à ce que la cause soit renvoyée à la Commission de recours pour nouvelle instruction et nouvelle décision et plus subsidiairement à son annulation et à ce qu'elle soit autorisée à repasser l'épreuve orale échouée au module MSENS 31. Le Tribunal a tenu audience le 22 février 2010. A cette occasion, il a procédé à l'audition de trois témoins, dont les deux experts qui avaient officié lors de l'examen litigieux. Le 14 avril 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours.
C. Contre l'arrêt du 14 avril 2012, X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal, au renvoi de la cause au Comité de direction de la HEP du canton de Vaud et à une nouvelle décision sur les frais de l'instance cantonale par le Tribunal cantonal. La Commission de recours de la HEP conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, le Comité de direction de la HEP à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours en matière de droit public, alors que le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le sort à réserver à cette écriture.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-law>). S'agissant de contester le résultat d'examens, le recours en matière de droit public est irrecevable (art. 83 let. t LTF; <ref-ruling> consid. 1 p. 231; arrêts 2D_11/2011 du 2 novembre 2011 consid. 1.1; 2D_14/2011 du 29 août 2011 consid. 1.1 et les arrêts cités). Dans la mesure où l'écriture parvenue au Tribunal fédéral le 16 mai 2012 remplit les conditions du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>), elle est néanmoins recevable comme telle.
1.1 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral examine toutefois la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, seulement lorsque ce grief a été invoqué et motivé de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 2 p. 315; 83 consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il statue sur la base des faits constatés dans la décision attaquée et ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si les faits ont été établis en violation des droits constitutionnels (<ref-law>). A cela s'ajoute qu'en matière d'examen, le Tribunal fédéral revoit l'application des dispositions cantonales régissant la procédure d'examen - pour autant que les griefs soulevés satisfassent aux exigences rappelées ci-dessus - sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 473 et les références; arrêts 2D_2/2012 du 19 avril 2012 consid. 3.1, 2D_14/2011 du 29 août 2011 consid. 1.3). Seuls les griefs de la recourante répondant à ces exigences seront examinés.
1.2 L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 117 et 90 LTF) rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 114, 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Le recours a été déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF), par la recourante qui a un intérêt juridique à l'annulation ou la modification de la décision attaquée, qui prononce son échec définitif aux examens et l'interruption définitive de sa formation (<ref-law>).
2. La recourante soutient ne pas comprendre ce qui lui est reproché par les experts et prétend que l'instance précédente ne pouvait exercer un contrôle, même limité, de l'évaluation contestée, dans la mesure où le déroulement de l'examen et ce qu'elle a pu dire pendant l'épreuve orale ne pouvaient pas être reconstitués. Faute de pouvoir déterminer sur cette base si l'évaluation de son examen oral par les experts n'était pas insoutenable ou manifestement injuste, l'instance précédente aurait ainsi violé son droit d'être entendue.
2.1 Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. impose notamment à l'autorité de motiver sa décision. Cette obligation est remplie lorsque l'intéressé est mis en mesure d'en apprécier la portée et de la déférer à une instance supérieure en pleine connaissance de cause. Il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son prononcé. Elle n'est pas tenue de se prononcer sur tous les moyens des parties et peut ainsi se limiter aux points essentiels pour la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 677).
En matière d'examens, l'autorité doit pouvoir exposer brièvement, même oralement, quelles étaient les attentes et dans quelle mesure les réponses du candidat ne les satisfaisaient pas pour remplir son obligation de motivation (cf. arrêts 2D_65/2011 du 2 avril 2012 consid. 5.1, 2P.23/2004 du 13 août 2004 consid. 2.1), même si le droit d'être entendu n'impose aucune obligation de tenir un procès-verbal d'une épreuve orale ou de l'enregistrer sur un support audio ou vidéo (arrêt 2D_25/2011 du 21 novembre 2011 consid. 3.2 et 2P.23/2004 du 13 août 2004 consid. 2.4). Le Tribunal fédéral renonce à se livrer à sa propre appréciation de l'évaluation des compétences, faisant preuve d'une réserve toute particulière en la matière. Il lui revient toutefois de vérifier que l'autorité chargée d'apprécier l'examen respecte les garanties minimales de procédure, évitant de se laisser guider par des considérations étrangères à l'examen ou de toute évidence insoutenables pour d'autres raisons (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 473 et les références citées).
2.2 La HEP a motivé sa décision comme suit:
"Nous sommes au regret de vous informer que vous n'avez pas satisfait aux exigences fixées concernant le module MSENS31 : Enseignement, apprentissage et évaluation et ce après un premier échec à la session de janvier 2010. Ce nouvel échec entraîne l'interruption définitive de votre formation".
Le formulaire d'échec à la certification du 31 août 2010 donne les indications suivantes:
"Voir feuille annexée.
Total des points: 3/14
Seuil de réussite: 10/14."
La feuille annexée détaille les trois critères d'évaluation ainsi que les indicateurs et mentionne le nombre de points attribués pour chacun d'eux. Elle est également complétée de brefs commentaires.
"Critère 1/ Pertinence des réponses à la question tirée:
a) liens argumentés entre la question et les réponses: 0 point. Commentaire: Elle ne répond pas à la question, décrit sa situation d'enseignement et parle essentiellement de différenciation.
b) références à la pratique en s'appuyant sur des traces: 1 point. Commentaire: Parle du protocole mais tient des propos généraux.
c) utilisation correcte des concepts: 1 point. Commentaire: Evoque un concept sans le définir et sans pertinence avec le propos.
Critère 2/ Pertinence des réponses aux questions du jury:
a) liens argumentés entre les questions et les réponses: 0 point. Commentaire: Ne répond pas aux questions et tient des propos confus.
b) références à la pratique en s'appuyant sur des traces: 0 point. Commentaire:-
c) utilisation correcte des concepts: 0 point. Commentaire: Aux questions posées par le jury sur les concepts de ZPD (?) ou d'alignement curriculaire, elle démontre qu'elle ne les a pas compris.
Critère 3/ Clarté de l'expression et cohérence du propos:
a) Qualité de l'argumentation: 1 point. Commentaire: Propos difficiles à suivre, pas d'argumentation."
Comme l'a relevé la Cour cantonale, les commentaires des experts figurant sur la grille d'évaluation ne donnent pratiquement aucune information au sujet des questions posées par les experts et des réponses données par la recourante. Les experts eux-mêmes n'ont pu apporter aucun élément matériel supplémentaire lors de leur audition devant le Tribunal cantonal. Ils n'ont notamment pas été en mesure de préciser les questions posées lors de l'examen, n'en ayant pas de souvenir clair. Or, il incombe aux experts chargés d'évaluer une prestation orale d'être en mesure de fournir les indications nécessaires à l'examen ultérieur de leur appréciation par l'autorité de recours qui peut revoir le fond, même de manière limitée. Il suffit que, sur la base de notes internes ou d'indications orales ultérieures suffisamment précises, l'expert puisse reconstituer le contenu de l'examen devant l'instance de recours pour que cette dernière puisse juger du bien-fondé général de l'appréciation. Tous les moyens propres à atteindre ce but peuvent être utilisés; on peut penser, comme déjà évoqué, à des notes internes, mais aussi à un procès-verbal tenu par un collaborateur prenant en note les principales questions et les manquements dont souffrent les réponses, à un enregistrement sonore ou vidéo ou encore à des indications données par l'expert lui-même au cours d'une audience devant l'instance de recours. Ce qui est déterminant c'est que le contrôle de l'autorité de recours ne se résume pas à une pure formalité par défaut d'indications et que le candidat soit mis en mesure de comprendre les motifs de son échec, ce qui lui permet soit de mieux se préparer pour une session ultérieure, soit de l'accepter plus facilement si celui-ci est définitif. C'est pourquoi il n'est pas soutenable, dans les circonstances de l'espèce, de considérer que l'évaluation de l'examen ne saurait être tenue pour arbitraire en l'absence d'information concrète permettant de vérifier le bon déroulement de la procédure d'examen. Devant l'impossibilité d'exercer un contrôle adéquat, il convient de retenir la violation du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst.
2.3 Il y a lieu d'observer, à titre subsidiaire, que la même appréciation s'est imposée au Tribunal cantonal dans une affaire à laquelle se réfère la recourante, concernant le même examen, la même session, et où l'un des experts siégeait également. Une telle différence de traitement entre les deux causes ne se justifie au demeurant nullement. En effet, l'audition des témoins dans la présente cause n'a apporté aucun élément matériel supplémentaire par rapport à ceux, plus que sommaires, figurant dans la feuille d'évaluation, les experts ne se souvenant pas précisément des questions posées. La recourante pouvait donc aussi voir, dans ce traitement moins favorable, une violation de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.), grief qu'elle invoque d'ailleurs expressément.
3. Au vu de ce qui précède, le recours, considéré comme recours constitutionnel subsidiaire, est admis, la décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il procède dans le sens des considérants. A défaut de pouvoir remédier à la violation du droit d'être entendu ou de pouvoir reconnaître une équivalence à laquelle la recourante prétend, cette dernière doit être autorisée à se représenter à l'examen en cause.
Il est renoncé à percevoir des frais (<ref-law>) et la recourante a droit à des dépens (<ref-law>) versés par la HEP.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. La décision attaquée est annulée. La cause est renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais. La HEP versera à la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, au Comité de direction et à la Commission de recours de la Haute École pédagogique du canton de Vaud, ainsi qu'au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 28 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz