Sachverhalt:
A. Der deutsche Staatsangehörige X._, geboren 7. Oktober 1962, reiste 1986 in die Schweiz ein, wo er eine Niederlassungsbewilligung erhielt. Mit Urteil vom 14. August 1996 sprach ihn das Strafgericht Basel-Stadt der mehrfachen sexuellen Handlung mit Kindern schuldig, verurteilte ihn zu 14 Monaten Gefängnis bedingt und wies ihn an, sich auf eigene Kosten einer ambulanten psychiatrischen Behandlung zu unterziehen. Am 27. Januar 2006 wurde er vom Strafgericht Basel-Landschaft der mehrfachen sexuellen Handlung mit Kindern, der mehrfachen sexuellen Nötigung sowie der einfachen Körperverletzung für schuldig gesprochen und zu drei Jahren und neun Monaten Zuchthaus verurteilt unter Anrechnung einer Untersuchungshaft von 980 Tagen. Der Strafvollzug wurde aufgeschoben und X._ gemäss aArt. 43 Ziff. 1 Abs. 1 StGB in eine Heil- oder Pflegeanstalt eingewiesen. Seit 10. Februar 2004 befindet er sich im vorzeitig angetretenen Massnahmenvollzug.
B. Mit Verfügung vom 13. Dezember 2006 wies die Justiz-, Polizei- und Militärdirektion des Kantons Basel-Landschaft (JPMD; heute: Sicherheitsdirektion; nachfolgend: Direktion) X._ gestützt auf Art. 10 Abs. 1 lit. a ANAG für 5 Jahre aus der Schweiz aus. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft am 27. Oktober 2009 ab. Dagegen erhob X._ Beschwerde an das Kantonsgericht, welches diese mit Urteil vom 25. August 2010 ebenfalls abwies.
C. X._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil des Kantonsgerichts sowie die Verfügung der Direktion seien aufzuheben. Zudem beantragt er aufschiebende Wirkung und Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Die Sicherheitsdirektion (sinngemäss) und das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
E. Mit Verfügung vom 26. November 2010 erteilte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Namentlich steht auch <ref-law> der Zulässigkeit der Beschwerde nicht entgegen, bezieht sich doch die dortige Ausnahme für die politische Ausweisung und die Wegweisung nicht auf die (altrechtliche) Ausweisung gemäss Art. 10 ANAG bzw. den (neurechtlichen) Bewilligungswiderruf gemäss Art. 62 f. AuG (THOMAS HÄBERLI, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 101 zu <ref-law>). Anfechtbar ist allerdings nur das Urteil des Kantonsgerichts (sog. Devolutiveffekt); dem Antrag des Beschwerdeführers auf Aufhebung des Direktionsentscheids kann daher von vornherein nicht stattgegeben werden. Immerhin gelten die Entscheide der unteren Instanzen als inhaltlich mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144; <ref-ruling> E. 1 S. 441).
2. In der ursprünglichen Verfügung vom 13. Dezember 2006 wurde der Beschwerdeführer "für 5 Jahre" aus der Schweiz ausgewiesen. Er befand sich damals im strafgerichtlich angeordneten Massnahmenvollzug. In der Vernehmlassung im Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat beantragte die Direktion, die Ausreisefrist auf den Zeitpunkt der Entlassung aus dem stationären Massnahmenvollzug anzusetzen, sofern das Strafgericht den Vollzug der Freiheitsstrafe nicht anordne. Demgemäss hielt der Regierungsrat im Dispositiv seines Beschwerdeentscheids vom 27. Oktober 2009 fest, der Beschwerdeführer habe die Schweiz "zum Zeitpunkt der Entlassung aus dem stationären Massnahmenvollzug beziehungsweise aus dem Strafvollzug zu verlassen". Der Beschwerdeführer hat in seiner Beschwerde an das Kantonsgericht diese Präzisierung nicht beanstandet; das Kantonsgericht hat die Beschwerde abgewiesen und in den Erwägungen ausgeführt, die 5-jährige Ausweisung nach der Entlassung aus dem Massnahmen- bzw. Strafvollzug sei zulässig. Vor Bundesgericht hält der Beschwerdeführer fest, die Vorinstanz habe richtigerweise die Korrektur im Beschwerdeentscheid vom 27. Oktober 2009 übernommen, wonach die 5-jährige Ausweisungsdauer mit dem Zeitpunkt der Entlassung aus dem Massnahmen- bzw. Strafvollzug beginnt. Dies bildet somit den Streitgegenstand, wobei der Beginn der 5-jährigen Frist noch nicht feststeht, da sich der Beschwerdeführer nach wie vor im Massnahmenvollzug befindet und nach Lage der Akten ungewiss ist, wann er daraus entlassen wird.
3. 3.1 Das Ausweisungsverfahren wurde noch unter der Herrschaft des ANAG eröffnet. Nach der Rechtsprechung bleibt dieses daher materiellrechtlich auch nach dem Inkrafttreten des AuG anwendbar (Art. 126 Abs. 1 AuG analog; Urteil 2C_329/2009 vom 14. September 2009 E. 2.1). Nach Art. 10 Abs. 1 ANAG kann ein Ausländer ausgewiesen werden, wenn er wegen eines Verbrechens oder Vergehens gerichtlich bestraft wurde (lit. a), was beim Beschwerdeführer zutrifft. Die Ausweisung soll nur verfügt werden, wenn sie nach den gesamten Umständen angemessen erscheint (Art. 11 Abs. 3 ANAG). Nach der dazu ergangenen Rechtsprechung ist ein niedergelassener Ausländer, der sich schon seit langer Zeit hier aufhält, nur mit Zurückhaltung auszuweisen. Bei wiederholter bzw. schwerer Straffälligkeit ist diese Massnahme jedoch selbst dann nicht ausgeschlossen, wenn ein Ausländer hier geboren ist und sein ganzes bisheriges Leben in der Schweiz verbracht hat (<ref-ruling> E. 4.4.2 S. 190). Bei schweren Straftaten, insbesondere unter anderem bei Sexualdelikten, und bei Rückfall bzw. wiederholter Delinquenz besteht ein wesentliches öffentliches Interesse an einer Ausweisung (<ref-ruling> E. 2c S. 436). Erst recht wenn die Straftaten an Kindern und Jugendlichen verübt wurden, ist angesichts der durch den traumatisierenden Übergriff oftmals hervorgerufenen Entwicklungsstörungen und langjährigen, schweren psychischen Leiden der Betroffenen eine strenge Praxis gerechtfertigt und angezeigt (Urteil 2C_18/2009 vom 7. September 2009 E. 2.4). Diese hohe rechtliche Bedeutung des Kindesschutzes wird auch dadurch unterstrichen, dass sogar im Ausland begangene sexuelle Handlungen mit Kindern gemäss <ref-law> ohne das Erfordernis der beidseitigen Strafbarkeit in der Schweiz strafbar sind; diese Regelung setzt ein Zeichen, indem sie die Verwerflichkeit sexuellen Kindsmissbrauchs unterstreicht (BBl 1999 1995).
3.2 Der Beschwerdeführer hat gemäss Strafurteil vom 27. Januar 2006 während vieler Jahre sieben Knaben sexuell missbraucht (manuelle und orale Manipulation des Penis der Knaben; von den Kindern verlangte manuelle Befriedigung des Beschwerdeführers), indem er sich gezielt an die Opfer heranmachte, diese durch Zuwendungen und Geschenke vereinnahmte und das Vertrauen der Kinder und Eltern in gravierender Weise missbrauchte. Er fuhr damit trotz einer ersten Verurteilung und einer darin angeordneten Psychotherapie fort und wurde daher trotz einer mittelgradig reduzierten Zurechnungsfähigkeit mit drei dreiviertel Jahren Zuchthaus bestraft. Die Vorinstanz erachtete unter dem Gesichtspunkt einer Verhältnismässigkeitsprüfung gemäss Art. 11 Abs. 3 ANAG die Ausweisung mit Recht als zulässig: Die Delikte wiegen schwer. Der Beschwerdeführer ist erst im Alter von 24 Jahren in die Schweiz eingereist und ist hier weder beruflich noch gesellschaftlich besonders integriert; eine Ausreise nach Deutschland ist ihm zumutbar. Zu prüfen ist allerdings noch die Zulässigkeit der Ausweisung unter dem besonderen Gesichtspunkt des Freizügigkeitsrechts.
4. 4.1 Als deutscher Staatsangehöriger kann sich der Beschwerdeführer auf das Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit (Freizügigkeitsabkommen, FZA; SR 0.142.112.681) berufen. Gemäss Art. 2 Abs. 1 Anhang I FZA hat er das Recht, sich nach Massgabe der Kapitel II bis IV dieses Anhangs in der Schweiz aufzuhalten und hier eine Erwerbstätigkeit auszuüben. Nach Art. 5 Anhang I FZA darf dieses Recht nur durch Massnahmen, die aus Gründen der öffentlichen Ordnung, Sicherheit und Gesundheit gerechtfertigt sind, eingeschränkt werden. Dazu wird auf die Richtlinien 64/221/EWG (ABl. Nr. 56, 1964, S. 850), 72/194/EWG (ABL. Nr. L 121, 1972, S. 32) und 75/35/EWG (ABl. Nr. L 14, 1975, S. 10) Bezug genommen.
4.2 Aus dem vorinstanzlichen Urteil geht nicht hervor, ob der Beschwerdeführer überhaupt nach den Kapiteln II-IV von Anhang I FZA Anspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung in der Schweiz hat. Dies kann jedoch offen bleiben, wenn sich erweist, dass die Voraussetzungen für eine Einschränkung eines solchen Anspruchs nach Art. 5 Anhang I FZA ohnehin erfüllt sind.
4.3 Nach Artikel 3 Absatz 1 der Richtlinie 64/221/EWG darf bei Massnahmen der öffentlichen Ordnung oder Sicherheit ausschliesslich das persönliche Verhalten der betreffenden Person ausschlaggebend sein, und nach Absatz 2 dieses Artikels können strafrechtliche Verurteilungen allein ohne weiteres diese Massnahmen nicht begründen. Nach der gemäss Art. 16 Abs. 2 FZA zu berücksichtigenden Rechtsprechung des EuGH und derjenigen des Bundesgerichts darf daher eine strafrechtliche Verurteilung nur insoweit als Anlass für eine Ausweisung herangezogen werden, als die ihr zugrunde liegenden Umstände ein persönliches Verhalten erkennen lassen, das eine gegenwärtige Gefährdung der öffentlichen Ordnung darstellt. Art. 5 Anhang I FZA steht somit Massnahmen entgegen, die (allein) aus generalpräventiven Gründen verfügt werden (Urteile vom 27. Oktober 1977 in der Rechtssache 30/77, Bouchereau, Slg. 1977, 1999, Randnr. 28, vom 19. Januar 1999 in der Rechtssache C-348/96, Calfa, Slg. 1999, I-11, Randnr. 24). Dabei kommt es wesentlich auf das Rückfallrisiko an. Zu verlangen ist eine nach Art und Ausmass der möglichen Rechtsgüterverletzung zu differenzierende hinreichende Wahrscheinlichkeit, dass der Ausländer künftig die öffentliche Sicherheit und Ordnung stören wird. Je schwerer die möglichen Rechtsgüterverletzungen sind, desto niedriger sind die Anforderungen an die in Kauf zu nehmende Rückfallgefahr (<ref-ruling> E. 4.2 S. 20 mit Hinweisen).
4.4 Von dieser Rechtslage ist die Vorinstanz ausgegangen. Sie hat festgestellt, der Beschwerdeführer habe eine sexuelle Präferenz für Jungen im vorpubertären Alter oder im frühen Stadium der Pubertät. Pädophilie sei nach vorherrschender Meinung nicht heilbar, sondern lediglich kontrollierbar. Der Beschwerdeführer habe über Jahre hinweg mehrere Jungen sexuell missbraucht und damit trotz der ersten Verurteilung fortgefahren. Die Direktion sei am 13. Dezember 2006 zu Recht davon ausgegangen, dass der Beschwerdeführer eine gegenwärtige Gefährdung der öffentlichen Sicherheit darstelle. Mittlerweile befinde sich der Beschwerdeführer im fünften Jahr des Massnahmenvollzugs. Gemäss aktuellem Verlaufsbericht vom 12. Juli 2010 bereite es ihm immer noch sehr grosse Schwierigkeiten, sich und seine pädosexuellen Neigungen zu kontrollieren. Auch in der Vollzugsanstalt fühle er sich zu jungen erwachsenen Männern hingezogen und verhalte sich ihnen gegenüber teilweise aufdringlich. Trotz intensiver Therapie seien die Behandlungserfolge gering. Wegen diverser Vorfälle hätten die Ausgangsmöglichkeiten des Beschwerdeführers stufenweise wieder reduziert werden müssen, so dass er sich momentan nur noch mit Begleitung auf dem Klinikgelände aufhalten dürfe. Die Aussagen von Dr. A._ deuteten darauf hin, dass das Gefährdungspotential nach wie vor sehr hoch sei und tendenziell sogar anzusteigen scheine. Das Vorliegen einer gegenwärtigen Gefährdung könne demnach auch bei der heutigen Prüfung bestätigt werden.
4.5 Bei diesen Ausführungen handelt es sich um Sachverhaltsfeststellungen, die vom Beschwerdeführer als solche nicht in Frage gestellt werden, auch sonst nicht offensichtlich unrichtig erscheinen und damit für das Bundesgericht verbindlich sind (vgl. <ref-law>). Auf dieser Grundlage hat die Vorinstanz grundsätzlich mit Recht die Ausweisung bestätigt. Sie hat ihren Entscheid nicht auf generalpräventive Überlegungen oder ausschliesslich auf die ausgesprochene Strafe, sondern auf eine konkrete Risikobeurteilung gestützt und dabei mit Recht eine erhebliche Gefährdung angenommen. Auch im Rahmen von Art. 5 Anhang I FZA kommt dem Schutz der sexuellen Integrität - namentlich von Kindern und Jugendlichen - ein hoher Stellenwert zu, was Einschränkungen des Freizügigkeitsrechts zu rechtfertigen vermag (Urteil 2C_396/2008 vom 15. September 2008 E. 6).
5. 5.1 Der Beschwerdeführer bestreitet im Grundsatz nicht ernsthaft, dass er aktuell eine Gefährdung darstellt und dass die Voraussetzungen für eine Ausweisung gemäss Art. 10 und 11 ANAG bzw. Art. 5 Anhang I FZA zur Zeit erfüllt sind. Er macht aber geltend, die Voraussetzungen einer gegenwärtigen Gefährdung müssten in dem Zeitpunkt erfüllt sein, in dem die Ausweisung vollzogen werde. Die stationäre Massnahme, in der er sich befinde, könne noch Jahre dauern, so dass die im Zeitpunkt des Vollzugs der Ausweisung entscheidrelevanten Umstände heute noch gar nicht bekannt seien. Die Ausweisung sei daher erst nach Beendigung der gerichtlich angeordneten Sanktionen und gestützt auf die in jenem Zeitpunkt vorliegenden tatsächlichen Verhältnisse zu prüfen. Im Verlauf der Therapie könne sich die Legalprognose ändern. Gemäss <ref-law> dürfe die Entlassung aus dem Strafvollzug erst angeordnet werden, wenn dem Betroffenen eine günstige Prognose gestellt werden könne. Solange dies nicht zutreffe, dürfe er nicht entlassen werden, so dass eine ausländerrechtliche Ausweisung obsolet sei. Werde er aber dereinst entlassen, so nur deshalb, weil ihm eine günstige Prognose gestellt werden könne, was eine Ausweisung ausschliesse. Die heute bereits ausgesprochene Ausweisung sei daher überflüssig und damit rechtswidrig. Dieses Vorbringen ist im Folgenden zu prüfen, und zwar zunächst unter dem Gesichtspunkt des Landesrechts (E. 5.2), dann unter demjenigen des Staatsvertragsrechts (E. 5.3).
5. 5.1 Der Beschwerdeführer bestreitet im Grundsatz nicht ernsthaft, dass er aktuell eine Gefährdung darstellt und dass die Voraussetzungen für eine Ausweisung gemäss Art. 10 und 11 ANAG bzw. Art. 5 Anhang I FZA zur Zeit erfüllt sind. Er macht aber geltend, die Voraussetzungen einer gegenwärtigen Gefährdung müssten in dem Zeitpunkt erfüllt sein, in dem die Ausweisung vollzogen werde. Die stationäre Massnahme, in der er sich befinde, könne noch Jahre dauern, so dass die im Zeitpunkt des Vollzugs der Ausweisung entscheidrelevanten Umstände heute noch gar nicht bekannt seien. Die Ausweisung sei daher erst nach Beendigung der gerichtlich angeordneten Sanktionen und gestützt auf die in jenem Zeitpunkt vorliegenden tatsächlichen Verhältnisse zu prüfen. Im Verlauf der Therapie könne sich die Legalprognose ändern. Gemäss <ref-law> dürfe die Entlassung aus dem Strafvollzug erst angeordnet werden, wenn dem Betroffenen eine günstige Prognose gestellt werden könne. Solange dies nicht zutreffe, dürfe er nicht entlassen werden, so dass eine ausländerrechtliche Ausweisung obsolet sei. Werde er aber dereinst entlassen, so nur deshalb, weil ihm eine günstige Prognose gestellt werden könne, was eine Ausweisung ausschliesse. Die heute bereits ausgesprochene Ausweisung sei daher überflüssig und damit rechtswidrig. Dieses Vorbringen ist im Folgenden zu prüfen, und zwar zunächst unter dem Gesichtspunkt des Landesrechts (E. 5.2), dann unter demjenigen des Staatsvertragsrechts (E. 5.3).
5.2 5.2.1 Auf Vollzug und Beendigung der nach aArt. 43 StGB angeordneten Massnahmen sind heute die Art. 56-65 StGB anwendbar (Ziff. 2 Abs. 1 der Schlussbestimmungen der Änderung des StGB vom 13. Dezember 2002). Gemäss <ref-law> beträgt der mit der stationären Behandlung verbundene Freiheitsentzug in der Regel höchstens fünf Jahre. Sind die Voraussetzungen für die bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen, so kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Verlängerung der Massnahme um jeweils höchstens fünf Jahre anordnen. Die Verlängerung über die fünf Jahre hinaus setzt somit einerseits voraus, dass eine Gefährdung weiterhin besteht, mithin die Voraussetzungen für eine bedingte Entlassung nach <ref-law> noch nicht erfüllt sind (<ref-ruling> E. 2.2.1). Andererseits wird vorausgesetzt, dass dieser Gefahr durch die Massnahme begegnet werden kann, mithin dass der Täter überhaupt behandlungsfähig ist (<ref-ruling> E. 3.4.1; <ref-ruling> E. 3; MARIANNE HEER, in: Niggli/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum StGB, 2. Aufl., 2007, N. 63 zu <ref-law>); gemeint ist damit eine therapeutische dynamische Einflussnahme, die zu einer Verbesserung der Legalprognose führt (<ref-ruling> E. 3.6). Eine Verlängerung über die fünf Jahre hinaus kann deshalb nur in Betracht gezogen werden, wenn sich davon eine therapeutische Wirkung in diesem Sinne erwarten lässt (BBl 1999 2078 f.; <ref-ruling> E. 2.3.2). Zudem hat die Verlängerung der Massnahme im Grunde Ausnahmecharakter und rechtfertigt sich deshalb nur bei Gefahr relativ schwerwiegender Delikte (<ref-ruling> E. 2.1 S. 141 und E. 2.4 S. 144). Sodann wird die stationäre Massnahme nach <ref-law> aufgehoben, wenn ihre Durch- oder Fortführung als aussichtslos erscheint, also namentlich wenn eine therapeutische Behandlung erfolglos ist (ANDREA BAECHTOLD, Strafvollzug, 2. Aufl., 2009, S. 281; HEER, a.a.O., N. 17 ff. zu <ref-law>).
Es ist also nicht so, dass die stationäre Massnahme in jedem Fall erst beendet wird, wenn dem Täter eine günstige Prognose gestellt werden kann. Sie kann gerade auch dann und deshalb beendet werden, weil eine therapeutische Besserung nicht mehr zu erwarten ist. Zwar könnte in diesem Fall gemäss <ref-law> eine andere Massnahme angeordnet werden, wenn zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit dem Zustand des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen. Da in solchen Fällen auch eine ambulante therapeutische Behandlung nicht zielführend wäre, käme nur die Verwahrung in Frage (<ref-law>; vgl. BBl 1999 2079; <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 130; <ref-ruling> E. 3.2 S. 320 und 3.7 S. 324), die indessen strengeren Voraussetzungen unterliegt und als ultima ratio nur bei qualifizierter Wahrscheinlichkeit einer erneuten schweren Delinquenz in Frage kommt (zur Publikation in den BGE vorgesehenes Urteil 137 IV 59 E. 6.3 S. 70; <ref-ruling> E. 3.4.4 S. 132). Dabei ist zu beachten, dass eine Verwahrung ein bedeutend schwererer Eingriff in die Rechtsstellung des Betroffenen ist als eine ausländerrechtliche Ausweisung und deshalb im Lichte des Verhältnismässigkeitsprinzips zurückhaltender angeordnet werden darf. Eine Gefährdung, die ausreicht, um eine Ausweisung zu rechtfertigen, genügt deshalb nicht unbedingt für eine Verwahrung. Es ist also denkbar, dass zwar eine stationäre therapeutische Massnahme mangels Therapierbarkeit des Beschwerdeführers nicht mehr weitergeführt und eine Verwahrung mangels qualifizierter Wahrscheinlichkeit einer Gefährdung nicht angeordnet wird, aber weiterhin eine Gefährdung besteht.
5.2.2 Aber selbst wenn der Beschwerdeführer dereinst wegen verbesserter Legalprognose aus dem Massnahmenvollzug entlassen werden sollte, schliesst dies eine Ausweisung nicht aus. Strafrecht und Ausländerrecht verfolgen unterschiedliche Ziele und sind unabhängig voneinander anzuwenden. Der Straf- und Massnahmenvollzug hat nebst der Sicherheitsfunktion eine resozialisierende bzw. therapeutische Zielsetzung; für die Fremdenpolizeibehörden steht demgegenüber das Interesse der öffentliche Ordnung und Sicherheit im Vordergrund, woraus sich ein im Vergleich mit den Straf- und Strafvollzugsbehörden strengerer Beurteilungsmassstab ergibt (<ref-ruling> E. 5b S. 132; Urteil 2A.103/2005 vom 4. August 2005 E. 4.2.2; NÄGELI/SCHOCH, Ausländische Personen als Straftäterinnen und Straftäter, in: Uebersax et al., Ausländerrecht, 2. Aufl., 2009, S. 1163). So kann aus dem Umstand, dass ein Straftäter bedingt aus dem Strafvollzug entlassen wurde, nicht bereits geschlossen werden, es gehe keine Gefahr (im fremdenpolizeilichen Sinne) mehr von ihm aus (<ref-ruling> E. 4.3.3 S. 188). Auch eine aus der Sicht des Massnahmenvollzugs positive Entwicklung oder ein klagloses Verhalten im Strafvollzug schliessen eine Rückfallgefahr und eine fremdenpolizeiliche Ausweisung nicht aus (<ref-ruling> E. 4a/bb S. 528; Urteile 2A.688/2005 vom 4. April 2006 E. 3.1.3 und 2C_832/2009 vom 29. Juni 2010 E. 4.3). Die Argumentation des Beschwerdeführers, wonach er nach seiner allfälligen Entlassung aus dem Massnahmenvollzug keine Gefahr im ausländerrechtlichen Sinne mehr darstellen werde, geht deshalb fehl.
5.2.3 Die Frage kann höchstens sein, ob eine Koordination zwischen den Strafvollzugsbehörden und den Fremdenpolizeibehörden stattzufinden habe in dem Sinne, dass diese eine Ausweisung bzw. einen Bewilligungswiderruf erst dann anordnen, wenn sich jene zur Fortführung einer stationären Massnahme bzw. zur Anordnung einer Verwahrung geäussert haben.
Gemäss <ref-law> bleibt im Falle eines Straf- oder Massnahmenvollzugs die bisherige ausländerrechtliche Bewilligung bis zur Entlassung aus dem Straf- oder Massnahmenvollzug gültig. Gemäss Abs. 2 dieser Bestimmung ist das Anwesenheitsverhältnis spätestens auf den Zeitpunkt der bedingten oder unbedingten Entlassung neu zu regeln. Besteht die Möglichkeit, die betroffene Person zum Vollzug eines Strafurteils in den Heimatstaat zu überstellen, ist sofort über das Anwesenheitsverhältnis zu entscheiden. Diese Bestimmung entspricht ungefähr der früheren Regelung von Art. 14 Abs. 8 ANAV.
Dazu hatte das Bundesgericht erkannt, dass Art. 14 Abs. 8 ANAV den Zeitpunkt der Verfügung nicht näher regle, dass aber jedenfalls vor der Entlassung verfügt werden soll, damit der Ausländer sein Leben in Freiheit vorbereiten könne. Es sollte auf eine vernünftige zeitliche Distanz zwischen der Verfügung und der Entlassung geachtet werden, wobei die Zeitspanne zwischen der Regelung des künftigen Aufenthalts und der Entlassung aus dem Vollzug die voraussichtliche Dauer eines Rechtsmittelverfahrens nicht übertreffen sollte (<ref-ruling> E. 2.3 und 2.4). Als zulässig erachtet wurde auch eine Ausweisung, die rund sechs Jahre vor der frühestmöglichen bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug angeordnet worden war, da keine erkennbaren Anzeichen dafür vorhanden waren, dass sich die für die Anordnung der Ausweisung massgebenden Verhältnisse bis zu deren Vollzug entscheidend verändern würden (Urteil 2C_201/2007 vom 3. September 2007 E. 5). Auch brauchte eine während des Strafvollzugs durchgeführte psychotherapeutische Behandlung nicht abgewartet zu werden, um die Ausweisung zu verfügen. Einerseits erschienen nämlich die Erfolgsaussichten der Behandlung als ungewiss und könne ein Rückfallrisiko selbst nach einer psychiatrischen Behandlung nicht ausgeschlossen werden und andererseits habe der frühzeitige, noch vor der Haftentlassung getroffene Entscheid über die Ausweisung auch Vorteile, indem Klarheit darüber geschaffen werde, wo der Straftäter nach der Entlassung aus dem Vollzug leben würde. Das ermögliche den Strafvollzugsbehörden und auch dem Betroffenen selber, sich im Hinblick auf die Wiedereingliederung in die Gesellschaft rechtzeitig darauf einzurichten. Im Geltungsbereich des Übereinkommens vom 21. März 1983 über die Überstellung verurteilter Personen (SR 0.343) kommt hinzu, dass der Verurteilte bei geklärter fremdenpolizeilicher Ausgangslage daran interessiert sein könnte, für den weiteren Vollzug der Sanktion in seinen Heimatstaat überstellt zu werden (Urteil 2A.153/1999 vom 3. September 1999 E. 4b).
5.2.4 Diese Rechtsprechung ist auch unter der Geltung von <ref-law> massgebend, denn nach dieser Rechtslage kann eine Ausweisung selbst dann erfolgen, wenn sich der Verurteilte gegebenenfalls im Straf- oder Massnahmenvollzug gebessert hat, so dass ein Zuwarten mit der Verfügung bis zum Ende des Vollzugs keinen Sinn macht.
Schliesslich ist zu berücksichtigen, dass Pädosexualität kaum heilbar, sondern lediglich kontrollierbar ist. Es erscheint in solchen Fällen daher fraglich, ob eine Therapierung so weit zu gedeihen vermag, dass eine ausländerrechtlich relevante Gefahr entfällt. Jedenfalls gibt es hier keine Anhaltspunkte dafür, dass sich vorliegend eine andere Schlussfolgerung aufdrängen würde.
Schliesslich ist zu berücksichtigen, dass Pädosexualität kaum heilbar, sondern lediglich kontrollierbar ist. Es erscheint in solchen Fällen daher fraglich, ob eine Therapierung so weit zu gedeihen vermag, dass eine ausländerrechtlich relevante Gefahr entfällt. Jedenfalls gibt es hier keine Anhaltspunkte dafür, dass sich vorliegend eine andere Schlussfolgerung aufdrängen würde.
5.3 5.3.1 Der Beschwerdeführer beruft sich darauf, dass nach dem Freizügigkeitsabkommen die Ausweisung erst nach Beendigung der strafrechtlichen Sanktion und gestützt auf die dannzumal vorliegenden tatsächlichen Verhältnisse zu prüfen sei. Er stützt sich dabei auf das Urteil des EuGH in der Rechtssache Orfanopoulos und Oliveri vom 29. April 2004, C-482/01 und C-493/01, Slg. 2004, I-5257, Randnrn. 77 bis 79. In diesem Urteil hat der EuGH erkannt, dass Artikel 3 der Richtlinie 64/221/EWG einer innerstaatlichen Praxis entgegensteht, wonach die nationalen Gerichte nicht verpflichtet sind, bei der Prüfung der Rechtmässigkeit einer Ausweisung einen Sachvortrag zu berücksichtigen, der nach der letzten Behördenentscheidung erfolgt ist und der den Wegfall oder eine nicht unerhebliche Verminderung der gegenwärtigen Gefährdung mit sich bringen kann, die das Verhalten des Betroffenen für die öffentliche Ordnung darstellen würde. Dies ist vor allem dann der Fall, wenn ein längerer Zeitraum zwischen der Entscheidung über die Ausweisung und der Beurteilung dieser Entscheidung durch das zuständige Gericht liegt.
5.3.2 Dieses Urteil bejaht somit nur die novenrechtliche Frage, ob ein Verwaltungsgericht verpflichtet ist, neue Sachverhalte zu berücksichtigen, die seit dem Verwaltungsentscheid ergangen sind. Das hat aber die Vorinstanz bereits so getan. Zwar stammt die ursprüngliche Verfügung der Direktion vom 13. Dezember 2006. Indessen hat der Regierungsrat in seinem Beschwerdeentscheid vom 27. Oktober 2009 die Entwicklung des Beschwerdeführers während des Massnahmenvollzugs (Bericht der Sicherheitsdirektion vom 28. Juli 2009) berücksichtigt. Das Kantonsgericht seinerseits stützte sich zusätzlich auf die seither erfolgte Entwicklung, nämlich den Verlaufsbericht vom 12. Juli 2010 und die Parteiverhandlung vom 25. August 2010, an welcher der Beschwerdeführer und der für ihn zuständige Oberarzt der Massnahmenvollzugsanstalt befragt wurden. Das Kantonsgericht hat also die aktuelle Entwicklung bis zum Urteilstag berücksichtigt.
5.3.3 Aus der Rechtsprechung ergibt sich, dass die Gefährdung der öffentlichen Ordnung "gegenwärtig" sein muss (Urteil des EuGH in der Rechtssache Calfa C-348/96 vom 19. Januar 1999, Rdnr. 24; <ref-ruling> E. 3.2). Weder das Freizügigkeitsabkommen noch die Rechtsprechung äussern sich dazu, in welchem Zeitpunkt die Gefahr gegenwärtig sein muss. Die Interpretation des Beschwerdeführers, wonach die Gefährdung im Zeitpunkt der Entlassung aus dem Straf- oder Massnahmenvollzug vorliegen müsse, ist zwar vertretbar, aber andere Interpretationen sind ebenfalls denkbar. Ein Zuwarten bis zum Ende des Vollzugs würde nur Sinn machen, wenn die seitherige Entwicklung für den Entscheid massgeblich sein kann. Dem kann das Interesse an einem sofortigen oder frühzeitigen Entscheid über die Entfernungsmassnahme entgegenstehen (E. 5.2).
5.3.4 In diesem Sinne steht die Interpretation des Beschwerdeführers in einem gewissen Widerspruch zum Zusatzprotokoll vom 18. Dezember 1997 zum Übereinkommen über die Überstellung verurteilter Personen (SR 0.343.1), das für die Schweiz am 1. Oktober 2004 und für Deutschland am 1. August 2007 in Kraft getreten ist und damit im Verhältnis zwischen diesen beiden Staaten als jüngerer Vertrag dem Freizügigkeitsabkommen vorgeht, welches nicht nur mit der EG, sondern auch mit den einzelnen Mitgliedstaaten abgeschlossen wurde (Art. 30 Abs. 3 und Abs. 4 lit. a des Wiener Übereinkommens vom 23. Mai 1969 über das Recht der Verträge [VRK; SR 0.111]). Gemäss Art. 3 Abs. 1 dieses Zusatzprotokolls kann eine verurteilte Person auch ohne ihre Zustimmung zum Vollzug in ihren Heimatstaat überstellt werden. Darin liegt der Unterschied zum ursprünglichen Übereinkommen vom 21. März 1983 über die Überstellung verurteilter Personen (SR 0.343; vgl. <ref-law> in der Fassung vom 19. Dezember 2003; Botschaft vom 1. Mai 2002 zu diesem Zusatzübereinkommen, BBl 2002 4341, 4348 f.; BAECHTOLD, a.a.O., S. 96 f.). Voraussetzung für die Überstellung ist, dass die verhängte Sanktion oder eine infolge dieser Sanktion getroffene Verwaltungsentscheidung eine Ausweisungsanordnung enthält, auf Grund deren es der betroffenen Person nicht gestattet sein wird, nach der Entlassung aus der Haft im Hoheitsgebiet des Urteilsstaats zu bleiben. Diese völkerrechtliche Regelung lässt somit ausdrücklich zu bzw. setzt sogar voraus, dass eine allfällige Ausweisungsverfügung möglichst frühzeitig ergeht (BAECHTOLD, a.a.O., S. 97; vgl. auch NAEGELI/SCHOCH, a.a.O., S 1155 f.), wenn möglich gleich zu Beginn des Vollzugs. Dies wird denn auch in <ref-law> umgesetzt, wonach sofort über das Anwesenheitsverhältnis zu entscheiden ist, wenn die Möglichkeit besteht, die verurteilte Person zum Vollzug in den Heimatstaat zu überstellen.
5.4 Insgesamt entspricht es jedenfalls vorliegend sowohl dem Landesrecht als auch dem Staatsvertragsrecht, dass möglichst früh und jedenfalls vor dem Ende des Straf- oder Massnahmenvollzugs über die Ausweisung entschieden wird. Der angefochtene Entscheid ist auch in dieser Hinsicht nicht zu beanstanden.
6. Die Beschwerde erweist sich daher als unbegründet. Damit wird der Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (<ref-law>). Da er bedürftig ist und seine Rechtsbegehren nicht von vornherein aussichtslos erscheinen, kann ihm jedoch die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gewährt werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der Beschwerdeführer wird ausdrücklich auf seine Ersatzpflicht aufmerksam gemacht, wenn er später dazu in der Lage sei wird (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer wird für das Verfahren vor Bundesgericht die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
a) Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
b) Advokat Alain Joset wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand bestellt und aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 2'000.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion, dem Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juni 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Uebersax