Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ AG reichte am 23. Januar 2007 bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Graubünden Strafanzeige und Strafantrag gegen X._ und Y._ sowie weitere Personen wegen Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses (<ref-law>), eventualiter wirtschaftlichen Nachrichtendienstes (<ref-law>) und weiterer Delikte ein. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Graubünden leitete die Strafanzeige am 31. Januar 2007 an die Bundesanwaltschaft weiter, da die in Betracht fallende Straftat des wirtschaftlichen Nachrichtendienstes unter die Bundesstrafgerichtsbarkeit fällt.
Am 14. Februar 2007 eröffnete die Bundesanwaltschaft ein Ermittlungsverfahren. Am 24. April 2008 eröffnete das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt die Voruntersuchung. Es beauftragte am 22. Dezember 2009 B._ mit der Erstellung eines Sachverständigengutachtens. Der Experte erstattete das Gutachten am 11. Februar 2010. Am 28. Dezember 2010 überwies das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt das Strafverfahren vor Abschluss der Voruntersuchung im Hinblick auf die neue Schweizerische Strafprozessordnung, die am 1. Januar 2011 in Kraft trat, an die Bundesanwaltschaft.
Am 4. Juni 2012 erhob die Bundesanwaltschaft gegen Y._ beim Bundesstrafgericht Anklage wegen mehrfacher Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses (<ref-law>) sowie wegen wirtschaftlichen Nachrichtendienstes (Art. 273 Abs. 1 und 2 StGB). Das Bundesstrafgericht erkannte, dass das Gutachten B._ zufolge Missachtung von Gültigkeitsvorschriften bei der Erteilung des Gutachtensauftrags unverwertbar ist. Es verfügte am 12. Juli 2012 in Anwendung von <ref-law> die Sistierung des Verfahrens und die Rückweisung an die Bundesanwaltschaft zur Einholung eines gültigen und vollständigen Gutachtens und zur weiteren rechtsgenügenden Abklärung des Sachverhalts im Sinne von <ref-law>.
Die Bundesanwaltschaft erteilte am 23. August 2012 C._ einen Gutachtensauftrag. Dieser reichte am 5. Oktober 2012 seine Expertise und am 10. Dezember 2012 ein Ergänzungsgutachten ein. Die Bundesanwaltschaft erhob am 16. Januar 2013 gegen Y._ erneut Anklage beim Bundesstrafgericht. Dieses erkannte, dass es weiterhin an einer rechtsgenügenden Untersuchung fehlte. Das Bundesstrafgericht verfügte daher am 5. Februar 2013 gestützt auf <ref-law> ein zweites Mal die Sistierung des Verfahrens und die Rückweisung an die Bundesanwaltschaft zur Durchführung eines gültigen und vollständigen Verfahrens.
B.
B.a. Mit Strafbefehl vom 28. Februar 2013 verurteilte die Bundesanwaltschaft Y._ wegen Ausnützens von ihm verratenen Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnissen (<ref-law>) und wegen wirtschaftlichem Nachrichtendienstes (<ref-law>) zu einer bedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 250.--.
B.b. Y._ erhob Einsprache. Die Bundesanwaltschaft überwies am 21. März 2013 den Strafbefehl vom 28. Februar 2013 als Anklageschrift an das Bundesstrafgericht.
C.
Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts, Einzelrichterin, sprach Y._ am 23. August 2013 von den Vorwürfen der Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses (<ref-law>) und des wirtschaftlichen Nachrichtendienstes (<ref-law>) frei. Sie auferlegte ihm reduzierte Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 7'230.--, sprach ihm zu Lasten des Bundes eine reduzierte Entschädigung von Fr. 58'539.-- zu und verpflichtete ihn, der A._ AG eine Entschädigung für notwendige Aufwendungen in der Höhe von Fr. 20'579.40 zu bezahlen. Unter Hinweis auf die Strafdrohung von <ref-law> untersagte die Strafkammer der Verteidigung, ausserhalb von Verfahren vor Gerichten und Behörden Dritten in Akten der sog. "Geheimnisordner", die von Verantwortlichen der A._ AG verfasst oder unterzeichnet sind, Einsicht zu gewähren oder Auskunft über deren Inhalt zu erteilen.
D.
Y._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, die Kostenauflage sei aufzuheben, es sei ihm eine Entschädigung von Fr. 117'080.-- zu Lasten des Bundes zuzusprechen und seine Verpflichtung zur Zahlung einer Entschädigung an die A._ AG sei aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Ergänzung des Verfahrens und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Y._ beantragt zudem, das Verbot der Gewährung von Einsicht in bestimmte Akten sei aufzuheben.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Anklagebehörde warf dem Beschwerdeführer vor, er habe Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisse, welche der Mitbeschuldigte X._ ihm in den Mails vom 29. August und vom 16. September 2006 verraten habe, für sich oder einen Dritten ausgenützt und dadurch den Tatbestand von <ref-law> erfüllt. Der Beschwerdeführer soll Inhalte der Mails in einer ersten Phase von 2003 bis 2007 zur Entwicklung und Herstellung von Nischenprodukten in der deutschen Kunststofffirma D._ GmbH und in einer zweiten Phase ab 2006 auch zum Aufbau eines eigenen Unternehmens für Polymerisierung und Compoundierung ausgenützt haben (angefochtener Entscheid E. 2.4.1a S. 36).
Die Vorinstanz kommt zum Schluss, es sei nicht erstellt, dass der Beschwerdeführer die Informationen, die er vom Mitbeschuldigten X._ erhalten hatte, für sich oder einen Dritten ausnützte, und sie spricht daher den Beschwerdeführer vom Vorwurf der Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses im Sinne von <ref-law> frei (angefochtener Entscheid E. 2.4.1e S. 37).
1.2. Die Anklagebehörde legte dem Beschwerdeführer im Weiteren zur Last, er habe in einem Mail vom 28. Februar 2007 an D._, dem Geschäftsführer des deutschen Unternehmens D._ GmbH, im Hinblick auf die Entwicklung und Herstellung eines Nischenprodukts Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisse der Privatklägerin betreffend Versuche mit Langglasfasern zugänglich gemacht und dadurch den Tatbestand des wirtschaftlichen Nachrichtendienstes im Sinne von <ref-law> erfüllt (angefochtener Entscheid E. 2.4.2a S. 37).
Die Vorinstanz erwägt, die Informationen, welche der Beschwerdeführer dem ausländischen Unternehmen zugänglich machte, seien derart oberflächlich und vage, dass kein berechtigtes, objektiv schutzwürdiges Interesse der Geheimnisherrin an der Geheimhaltung angenommen werden könne. Die Vorinstanz spricht daher den Beschwerdeführer vom Vorwurf des wirtschaftlichen Nachrichtendienstes im Sinne von <ref-law> frei (angefochtener Entscheid E. 2.4.2e S. 38 f.).
2.
2.1. Die Bundesanwaltschaft legte im Strafbefehl vom 28. Februar 2013 die Gebühr für das Vorverfahren gegen den Beschwerdeführer auf Fr. 2'700.-- fest. Die Vorinstanz erachtet dies als angemessen. Sie setzt die Gerichtsgebühr für das erstinstanzliche Hauptverfahren gegen den Beschwerdeführer und den Mitbeschuldigten X._ auf insgesamt Fr. 6'000.-- fest, und bestimmt den Anteil des Beschwerdeführers auf die Hälfte, mithin den Betrag von Fr. 3'000.--. Die auf den Beschwerdeführer entfallenden Auslagen beziffert die Vorinstanz auf Fr. 8'765.50. Die Vorinstanz auferlegt dem Beschwerdeführer rund die Hälfte der ihn betreffenden Verfahrenskosten von insgesamt Fr. 14'465.50, mithin Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 7'230.-- (angefochtener Entscheid E. 5.3.3 ff. S. 47 f.). Sie stützt diese Kostenauflage trotz Freispruch auf <ref-law>.
2.2. Die beschuldigte Person trägt die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird (<ref-law>). Wird das Verfahren eingestellt oder die beschuldigte Person freigesprochen, so können ihr die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Die Verfahrenskosten setzen sich zusammen aus den Gebühren zur Deckung des Aufwands und den Auslagen im konkreten Straffall (<ref-law>). Bund und Kantone regeln die Berechnung der Verfahrenskosten und legen die Gebühren fest (<ref-law>). Sie können für einfache Fälle Pauschalgebühren festlegen, die auch die Auslagen abgelten (<ref-law>). In Bundesstrafverfahren sind die Gebühren für die Verfahrenshandlungen geschuldet, die im Vorverfahren von der Bundeskriminalpolizei und von der Bundesanwaltschaft, im erstinstanzlichen Hauptverfahren von der Strafkammer des Bundesstrafgerichts und im Beschwerdeverfahren gemäss Artikel 37 StBOG von der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts durchgeführt oder angeordnet worden sind (Art. 1 Abs. 2 des Reglements des Bundesstrafgerichts über die Kosten, Gebühren und Entschädigungen im Bundesstrafverfahren [BStKR]; SR 173.713.162).
2.3. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen die Unschuldsvermutung gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK, wenn dem Beschuldigten in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden. Damit käme die Kostenauflage einer Verdachtsstrafe gleich. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einem nicht verurteilten Beschuldigten die Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verletzt und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. In tatsächlicher Hinsicht darf sich die Kostenauflage nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen. Diese Grundsätze gelten auch für die Verweigerung einer Parteientschädigung (<ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 2a in fine; Urteil 6B_143/2010 vom 22. Juni 2010 E. 2.1; je mit Hinweisen).
2.4.
2.4.1. Die Vorinstanz stellt fest, der Beschwerdeführer habe den Mitbeschuldigten X._ sowie weitere aktuelle und ehemalige Angestellte der Privatklägerin angegangen und sie nach Informationen betreffend die Privatklägerin ausgefragt. Es habe ein reger Mail-Verkehr stattgefunden, welcher grösstenteils aus Anfragen des Beschwerdeführers und Antworten der angefragten Personen bestanden habe. Der Beschwerdeführer sei sich bewusst gewesen, dass er sich bei gewissen Abklärungen aus der Sicht der Privatklägerin in einer "Grauzone" bewegt haben dürfte. Auf verschiedene Anfragen habe er die Antwort erhalten, dass er da "nichts zu suchen" habe beziehungsweise dass dies "mehr als allgemeine Chemie" sei. Er habe nach seinen eigenen Aussagen möglicherweise einmal technische Informationen erhalten, die er "nicht hätte haben sollen" (angefochtener Entscheid E. 5.3.2 S. 46 f.).
2.4.2. Die Vorinstanz erwägt, dieses Vorgehen des Beschwerdeführers sei auf den Erhalt einer Vielzahl interner Informationen beziehungsweise auf die Eruierung des Wissens von Angestellten der Privatklägerin ausgerichtet und objektiv geeignet gewesen, Auswirkungen auf den Markt beziehungsweise die Wettbewerbsfähigkeit der Privatklägerin zu haben. Der Beschwerdeführer habe daher gegen <ref-law> verstossen. Danach ist unlauter und widerrechtlich jedes täuschende oder in anderer Weise gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossende Verhalten oder Geschäftsgebaren, welches das Verhältnis zwischen Mitbewerbern oder zwischen Anbietern und Abnehmern beeinflusst. Die Vorinstanz erwägt im Weiteren, der Beschwerdeführer habe durch sein rechtswidriges Verhalten den Verdacht der strafbaren Handlung selbst generiert und die Einleitung des Verfahrens verursacht. Daher seien ihm gemäss <ref-law> die Verfahrenskosten teilweise aufzuerlegen (angefochtener Entscheid E. 5.3.2 S. 47 f.).
2.5. Der Beschwerdeführer legt nicht substantiiert dar, dass und inwiefern die Feststellung der Vorinstanz, er habe dem Mitbeschuldigten X._ sowie weiteren aktiven und ehemaligen Mitarbeitern der Privatklägerin in einem regen Mail-Verkehr im Hinblick auf die Herstellung von Konkurrenzprodukten zahlreiche Fragen betreffend die Privatklägerin gestellt, willkürlich seien. Er macht nicht geltend, dass ein solches Verhalten grundsätzlich nicht unlauter im Sinne von <ref-law> sein könne. Er ist der Auffassung, ein lediglich allenfalls gemäss der Generalklausel (<ref-law>) unlauteres Verhalten könne im konkreten Fall nicht Grundlage für eine Kostenauflage trotz Freispruch sein. Was er dazu vorbringt, geht zum Einen an der Sache vorbei und ist zum Andern unbegründet.
2.6.
2.6.1. Ein täuschendes oder in anderer Weise gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossendes Verhalten oder Geschäftsgebaren im Sinne von <ref-law>, welches das Verhältnis zwischen Mitbewerbern oder zwischen Anbietern und Abnehmern beeinflusst beziehungsweise zu beeinflussen geeignet ist (zu Letzterem <ref-ruling> E. 3a), ist rechtswidrig. Ein solches Verhalten kann eine Kostenauflage trotz Freispruch oder Verfahrenseinstellung begründen. Der Vorwurf unlauteren Verhaltens gemäss <ref-law> enthält weder direkt noch indirekt einen strafrechtlichen Vorwurf. Unlauteres Verhalten im Sinne von <ref-law> ist nicht strafbar, wie sich aus <ref-law> ergibt, der nicht auf <ref-law> verweist.
2.6.2. Widerhandlungen gegen das UWG wurden zwar im Strafantrag der Privatklägerin vom 23. Januar 2007 neben den Straftaten im Sinne von Art. 162 und <ref-law> sowie weiteren Delikten erwähnt, sie waren aber nicht Gegenstand des Strafverfahrens. Gegen den Beschwerdeführer und weitere Personen wurden lediglich Strafverfahren wegen des Verdachts der Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses (<ref-law>) beziehungsweise wegen des Verdachts des wirtschaftlichen Nachrichtendienstes (<ref-law>) eröffnet und durchgeführt. Dies schliesst indessen nicht aus, die Kostenauflage damit zu begründen, dass das für die Einleitung des Verfahrens kausale Verhalten des Beschwerdeführers im Sinne von <ref-law> unlauter und aus diesem Grunde rechtswidrig war. Hiefür ist es nicht erforderlich, dass auch Widerhandlungen gegen das UWG, beispielsweise Verleitung zum Verrat von Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnissen (Art. 23 in Verbindung mit Art. 4 lit. c UWG) oder Verwertung von Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnissen, welche der Täter auskundschaftet oder sonst wie unrechtmässig erfahren hat (Art. 23 in Verbindung mit <ref-law>), Gegenstand des Strafverfahrens bildeten.
2.6.3. Auch wenn das Verhalten des Beschwerdeführers, welches Grundlage für die Kostenauflage bildet, nicht unlauter gemäss Art. 4 lit. c und/oder <ref-law> war, kann es unlauter im Sinne von <ref-law> sein. Der Einwand, dass ohne Eröffnung und anschliessende Einstellung eines Strafverfahrens wegen UWG-Widerhandlungen die in <ref-law> vorausgesetzte Kausalität fehle, ist unbegründet. Aus den Urteilen 6B_143/2010 vom 22. Juni 2010 (E. 3.1) und 1P.584/2006 vom 22. Dezember 2006 (E. 9.3) ergibt sich nicht, dass nur Verstösse gegen Art. 3 bis 6 UWG, nicht auch ein lediglich im Sinne der Generalklausel (<ref-law>) unlauteres Verhalten eine Kostenauflage trotz Freispruch oder Verfahrenseinstellung nach sich ziehen können. Gemäss den zitierten Entscheiden sind die Spezialtatbestände von Art. 3 bis 6 UWG auf zivilrechtliche Sachverhalte zugeschnitten. Der Umstand, dass diese Tatbestände gemäss <ref-law>, auf Antrag, als Vergehen strafbar sind, ändere nichts daran, dass sich in zivilrechtlicher Weise schuldig mache, wer im Sinne von Art. 3 bis 6 UWG unlauter handle. Das Bundesgericht stellte damit in den zitierten Entscheiden klar, dass eine Kostenauflage mit der Begründung, der Freigesprochene habe sich gemäss Art. 3 bis 6 UWG zivilrechtswidrig verhalten, nicht die Unschuldsvermutung verletzt, obschon ein unlauteres Verhalten im Sinne dieser Bestimmungen bei Vorliegen eines Strafantrags gemäss <ref-law> als Vergehen strafbar ist. Diese Problematik stellt sich bei unlauterem Verhalten im Sinne von <ref-law> nicht, da dieses nur zivilrechtswidrig, aber nicht strafbar ist. Entgegen der Meinung des Beschwerdeführers haben <ref-law> gegenüber der Generalklausel im Sinne von <ref-law> keine "Sperrwirkung" (siehe CARL BAUDENBACHER, Wettbewerbsrecht, 2001, <ref-law> N. 10 ff.). Die vielfachen Anfragen des Beschwerdeführers an aktuelle und ehemalige Mitarbeiter der Privatklägerin zwecks Beschaffung von internen Informationen zu Konkurrenzzwecken können in ihrer Gesamtheit unlauter im Sinne von <ref-law> sein, auch wenn der Beschwerdeführer die Informationen nicht gemäss <ref-law> verwertete oder Dritten mitteilte und/oder die Informationen Tatsachen betrafen, die nicht als Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisse im Sinne von Art. 4 lit. c oder <ref-law> zu qualifizieren sind.
2.6.4. Die Vorinstanz stellt fest, das als unlauter im Sinne von <ref-law> zu qualifizierende Verhalten des Beschwerdeführers, bestehend in zahlreichen Anfragen an aktuelle und ehemalige Mitarbeiter der Privatklägerin, sei für die Einleitung der Untersuchung kausal gewesen. Der Beschwerdeführer legt nicht substantiiert dar, inwiefern diese Feststellung willkürlich sei. Ohne seine Anfragen hätte es keine Antworten der angefragten Mitarbeiter gegeben, die nach der Verdachtslage allenfalls den Tatbestand der Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses (<ref-law>) erfüllten, und hätte er nicht allenfalls ihm verratene Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisse für sich oder einen anderen ausnützen (<ref-law>) oder einem Unternehmen mit Sitz in der Bundesrepublik Deutschland zugänglich machen (<ref-law>) können. Dass dieses rechtswidrige Verhalten des Beschwerdeführers, das durch diverse Mails ausgewiesen ist, als solches nicht Gegenstand des Strafverfahrens war, ist unerheblich.
2.7. Die Beschwerde gegen die Kostenauflage ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.
3.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie gemäss <ref-law> unter anderem Anspruch auf (a.) Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verteidigungsrechte; (b.) Entschädigung der wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind. Die Strafbehörde prüft den Anspruch von Amtes wegen. Sie kann die beschuldigte Person auffordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (<ref-law>). Die Strafbehörde kann gemäss <ref-law> die Entschädigung herabsetzen oder verweigern, unter anderem wenn (a.) die beschuldigte Person rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat. Im Bundesstrafverfahren bestimmt sich die Entschädigung des Beschuldigten nach <ref-law>. Die Anwaltskosten umfassen das Honorar und die notwendigen Auslagen, namentlich für Reise, Verpflegung und Unterhalt sowie Porti und Telefonspesen (<ref-law>). Das Honorar wird nach dem notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand des Anwalts für die Verteidigung bemessen, wobei der Stundenansatz mindestens 200 und höchstens 300 Franken beträgt (<ref-law>).
3.2.
3.2.1. Die Vorinstanz bestimmt den angemessenen Aufwand für die Verteidigung des Beschwerdeführers durch Rechtsanwalt E._ in der Zeit von 2007 bis Ende 2010 auf Fr. 30'000.-- und für die Verteidigung des Beschwerdeführers durch Rechtsanwalt Wipfli in der Zeit vom 14. Dezember 2011 bis 30. Juli 2013 auf Fr. 78'260.-- (angefochtener Entscheid E. 6.3.2 und E. 6.3.3 S. 50 f.). Für die zwei Hauptverhandlungstage einschliesslich Reisezeit setzt sie einen Betrag von Fr. 7'020.-- fest. Als Ersatz für wirtschaftliche Einbussen bestimmt sie einen Betrag von pauschal Fr. 1'800.--. Die Vorinstanz erachtet demnach einen Aufwand von insgesamt Fr. 117'080.-- als angemessen (angefochtener Entscheid E. 6.3 S. 50 ff.). Diese Berechnungen ficht der Beschwerdeführer nicht an.
3.2.2. Für die als angemessen erachteten Aufwendungen und wirtschaftlichen Einbussen im Totalbetrag von Fr. 117'080.-- spricht die Vorinstanz dem freigesprochenen Beschwerdeführer in Anwendung von <ref-law> lediglich eine herabgesetzte Entschädigung von Fr. 58'539.-- zu Lasten des Bundes zu, da er rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt habe (angefochtener Entscheid E. 6.3.5 S. 52).
Der Beschwerdeführer ficht diese Reduktion der Entschädigung an. Er beantragt, es sei ihm die volle Entschädigung im Betrag von Fr. 117'080.-- zuzusprechen. Zur Begründung verweist er auf seine Einwände gegen die Kostenauflage.
Die Auffassung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe im Sinne von <ref-law> - und damit auch im Sinne von <ref-law> - rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt, ist indessen gemäss den vorstehenden Erwägungen (E. 2 hievor) nicht zu beanstanden. Die Beschwerde gegen die Herabsetzung der Entschädigung ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
4.1. Die Privatklägerschaft hat gemäss <ref-law> gegenüber der beschuldigten Person Anspruch auf angemessene Entschädigung für notwendige Aufwendungen im Verfahren, wenn (a.) sie obsiegt; oder (b.) die beschuldigte Person nach Artikel 426 Absatz 2 kostenpflichtig ist. Die Privatklägerschaft hat ihre Entschädigungsforderung bei der Strafbehörde zu beantragen, zu beziffern und zu belegen. Kommt sie dieser Pflicht nicht nach, so tritt die Strafbehörde auf den Antrag nicht ein (<ref-law>). Die Entschädigung bestimmt sich in Bundesstrafsachen nach <ref-law>.
4.2. Der Vertreter der Privatklägerin, Rechtsanwalt Hagger, beantragte eine Entschädigung in der Höhe von Fr. 362'207.20 für Aufwendungen in der Zeit vom 28. November 2006 bis 17. August 2013 und zusätzlich eine (nicht bezifferte) Entschädigung für Aufwendungen ab 18. August 2013 bis zum Abschluss des Verfahrens.
Die Vorinstanz beurteilt die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Aufwendungen bis 31. Dezember 2012 nicht, da diese vom Beschwerdeführer bereits im Rahmen der Einstellungsverfügungen vom 16. August 2013 geltend gemacht wurden und in jenem Verfahren zu beurteilen sind (angefochtener Entscheid E. 7.4 S. 53). Für die Zeit vom 1. Januar bis 17. August 2013 erachtet die Vorinstanz anstelle des geltend gemachten Arbeitsaufwands von 245,3 Stunden einen solchen von 85 Stunden zum Stundenansatz von Fr. 250.-- als angemessen, woraus sich eine Entschädigung von Fr. 21'250.-- ergibt. Die Vorinstanz setzt die Entschädigung für die zwei Hauptverhandlungstage samt Reisezeit auf Fr. 4'500.-- sowie für Auslagen auf Fr. 832.50 fest. Sie kommt zum Schluss, die Privatklägerin habe gegenüber dem Beschwerdeführer und dem Mitbeschuldigten X._ somit Anspruch auf eine Entschädigung von insgesamt Fr. 30'869.10. Die Vorinstanz verpflichtet den Beschwerdeführer, der Privatklägerin zwei Drittel dieses Betrages, mithin Fr. 20'579.40, zu bezahlen (angefochtener Entscheid E. 7.5 f. S. 53).
4.3.
4.3.1. Der Beschwerdeführer macht im Hauptstandpunkt geltend, seine Verpflichtung zur Zahlung einer Entschädigung an die Privatklägerin verstosse gegen Bundesrecht. Die Voraussetzungen von Art. 433 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit <ref-law> seien nicht erfüllt. Er habe nicht rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt. Dieser Einwand ist aus den vorstehend genannten Erwägungen (siehe E. 2 hievor) unbegründet.
4.3.2. Im Eventualstandpunkt vertritt der Beschwerdeführer die Auffassung, die Vorinstanz hätte gemäss <ref-law> auf den Entschädigungsantrag der Privatklägerin nicht eintreten dürfen. Ein Blick in die als Beleg für den Entschädigungsanspruch der Privatklägerin dienenden Kostennoten des Anwalts zeige auch ab dem 1. Januar 2013 diverse tungen auf, die nichts mit dem vorliegenden Strafverfahren zu tun hätten, zum Beispiel mehrere Kontakte mit Rechtsanwalt F._, dem Vertreter von G.Y._, Aktenstudium Zivilklage, Aufwand Friedensrichteramt Herrliberg, Medienmitteilungen etc. Unbelegt betreffend Verfahrensnotwendigkeit 2013 seien die auffallend häufigen Kontakte mit einem Herrn H._, dubios sei der Kauf von rechtsphilosophischer Literatur ("Information als Gegenstand des Rechts") am 4. Februar 2013. Somit seien diverse bezifferte Aufwendungen nicht mit ausreichendem Aufschluss als verfahrensnotwendig belegt. Dies müsse gemäss <ref-law> zum Nichteintreten auf das Entschädigungsbegehren und nicht lediglich zu einer Kürzung der beantragten Entschädigung führen. Wenn die Privatklägerin die Pflicht zur Belegung nicht einhalte, müsse Nichteintreten auf das Entschädigungsbegehren erfolgen und gehe sie ihrer Rechte verlustig.
4.3.3. Die Rüge ist unbegründet. Die behaupteten Mängel betreffen nicht die Bezifferung und Belegung im Sinne von <ref-law>. Vielmehr ist zweifelhaft, ob die fraglichen Positionen überhaupt das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer betreffen und insoweit notwendige Aufwendungen im Sinne von <ref-law> sind. Ist dies nicht der Fall, so hat dies nicht zur Folge, dass auf den Antrag auf Zahlung einer Entschädigung nicht einzutreten ist. Vielmehr sind die fraglichen Positionen bei der Festsetzung der Entschädigung ausser Acht zu lassen.
4.3.4. Die Beschwerde gegen die Verpflichtung zur Zahlung einer Entschädigung an die Privatklägerin ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
5.
Die Vorinstanz untersagt den Verteidigern (des Beschwerdeführers und des Mitbeschuldigten X._) unter Hinweis auf die Strafdrohung von <ref-law>, ausserhalb von Verfahren vor Gerichten und Behörden Dritten in Akten der sog. "Geheimnisordner", die von der Privatklägerschaft verfasst oder unterzeichnet sind, Einsicht zu gewähren oder Auskunft über deren Inhalt zu erteilen (angefochtener Entscheid E. 8 S. 54 f.; Dispositiv-Ziffer III.1).
Der Beschwerdeführer ficht dieses Verbot an. Es richtet sich ausschliesslich an die Verteidiger. Inwiefern es indirekt auch den Beschwerdeführer beschwert (Beschwerde S. 36), ist nicht ersichtlich. Auf die Beschwerde, welche die Verteidigung im Namen des Beschwerdeführers einreichte, ist daher in diesem Punkt nicht einzutreten.
6.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen. Der Beschwerdegegnerin 2 hat er keine Entschädigung zu zahlen, da dieser im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. September 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Näf