wird festgestellt und in Erwägung gezogen:
1.- Auf Klage des Ehemannes schied das Bezirksgericht Brugg mit Urteil vom 15. September 1998 die seit 1978 verheirateten C.C._ und M.C._ wegen Zerrüttung ihrer Ehe. Es unterstellte zwei der Ehe entsprossene (1983 und 1987 geborene) und noch unmündige Kinder der elterlichen Gewalt der Mutter, gewährte dem Vater ein Besuchsrecht, verpflichtete diesen, den beiden vorerwähnten Kindern bis zum 12. Altersjahr je eine Rente von Fr. 1'200.-- und danach bis zur Mündigkeit von Fr. 1'350.-- zuzüglich Kinderzulagen zu bezahlen, setzte die Parteien güterrechtlich auseinander und verpflichtete den Kläger gestützt auf aArt. 152 ZGB, der Beklagten ab Rechtskraft des Scheidungsurteils bis und mit Oktober 1999 monatlich Fr. 2'050.-- und danach bis und mit Oktober 2003 Fr. 1'200.-- zu entrichten. In teilweiser Gutheissung der Appellationen beider Parteien ergänzte das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 5. November 1999 das erstinstanzliche Scheidungsurteil durch den Zusatz, dass auf die Widerklage nicht eingetreten wird. Weiter änderte es das im Urteil vom 15. September 1998 geregelte Besuchsrecht ab, setzte die Unterhaltsbeiträge für beide Kinder auf monatlich je Fr. 1'000.-- bis zum erfüllten 16. Altersjahr und danach auf Fr. 1'100.-- zuzüglich Kinderzulagen fest; die Bezahlung des zweiten Betrages befristete es entweder bis zur Mündigkeit oder bis zur Aufnahme der vollen Erwerbstätigkeit durch eines der Kinder in einem Zeitpunkt davor.
C.C._ beantragt mit staatsrechtlicher Beschwerde hauptsächlich, das Urteil des Obergerichts sei insoweit aufzuheben, als dieses Nichteintreten auf die Widerklage beschlossen, die Kinderunterhaltsbeiträge neu festgesetzt und weiter gehende Begehren abgewiesen hat. Vernehmlassungen sind nicht eingeholt worden.
2.- a) Obwohl die staatsrechtliche Beschwerde von hier nicht vorliegenden Ausnahmen abgesehen kassatorischer Natur ist (<ref-ruling> E. 4a bis c S. 332 ff.), mithin regelmässig auch nicht mehr als die Aufhebung des angefochtenen Entscheids beantragt werden darf, schadet der Rückweisungsantrag der Beschwerdeführerin nicht, weil im Fall der Gutheissung der staatsrechtlichen Beschwerde das Obergericht auf Grund der Erwägungen des bundesgerichtlichen Urteils ohnehin neu entscheiden müsste (<ref-ruling> E. 3c/bb; Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Rz 158 S. 225 f. mit Fn 10).
b) Obwohl am 1. Januar 2000 das neue Scheidungsrecht in Kraft getreten ist (AS 1999 S. 1118 und 1144), überprüft das Bundesgericht auf Grund der vorliegenden staatsrechtlichen Beschwerde nur, ob der im Vorjahr ergangene letztinstanzliche Entscheid auf der Basis des alten Rechts gegen die Verfassung verstösst (Art. 7b Abs. 1 e contrario und Abs. 3 SchlTZGB; Botschaft des Bundesrates über die Änderung des schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 15. November 1995, BBl.
1996 I S. 170 unten Ziff. 253. 2). Soweit sich die Beschwerdeführerin für ihren Standpunkt auf das neue Scheidungsrecht beruft, ist auf ihre Beschwerde daher nicht einzutreten.
c) Die Beschwerdeführerin verlangt erfolglos, das Obergericht habe maschinenschriftlich ein Protokoll zu erstellen, aus dem hervorgehe, dass sie die Behandlung der Widerklage verlangt habe. Neue tatsächliche und rechtliche Vorbringen sind im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 4b S. 212, 121 I 367 E. 1b S. 370).
Im Übrigen ist unerfindlich, wozu dieses Protokoll dienen könnte, steht doch schon nach dem Urteilsdispositiv des angefochtenen Entscheids fest, wonach auf die Widerklage nicht einzutreten ist, dass diese erhoben worden war.
d) Soweit die Beschwerdeführerin rügt, das Obergericht habe keine Erwägungen zur Unhaltbarkeit eines obergerichtlichen Kreisschreibens und zur nicht weiter entwickelten Praxis angestellt, und es sei eine Zumutung, gestützt auf handschriftliche Notizen eine staatsrechtliche Beschwerde verfassen zu müssen, genügt ihre Beschwerde der Begründungspflicht offensichtlich nicht (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1c S. 73, 121 I 225 E. 4c S. 230). Die Beschwerdeführerin scheint zu verkennen, dass sich die staatsrechtliche Beschwerde gegen das angefochtene und mit einer schriftlichen Begründung versehene Urteil richtet.
3.- Das Obergericht hat in Anwendung von § 180 Abs. 4 und § 189 Abs. 1 und 3 i.V.m. <ref-law>/AG erkannt, auf die in zeitlicher Hinsicht unbestritten zu spät eingereichte Widerklage der Beschwerdeführerin könne nicht eingetreten werden. Diese rügt willkürliche Anwendung von § 40 EGzZGB/AG i.V.m. § 300 Abs. 2 und <ref-law>/AG mit der Begründung, das Obergericht sei auf Grund der Offizialmaxime verpflichtet gewesen, die Widerklage zu beurteilen. Die ältere Praxis im Kanton Aargau habe noch geboten, verspätete Vorbringen zu würdigen. Später sei die Offizialmaxime so restriktiv gehandhabt worden, dass neue Anbringen zu den Nebenfolgen der Scheidung nicht mehr berücksichtigt werden durften.
Das Obergericht habe das Recht gegen den Wortlaut und die Entstehungsgeschichte der Normen und damit willkürlich angewendet. Ein die erwähnte Praxis kommentierender Oberrichter aus dem Kanton Aargau verweise zu Recht darauf, dass gemäss den genannten Verfahrensbestimmungen im Scheidungsverfahren ein umfassendes Novenrecht gelte; neue Tatsachen müssten von Amtes wegen berücksichtigt werden. Aus den geschilderten Gründen habe das Obergericht überspitzt formalistisch entschieden, indem es auf die Widerklage nicht eingetreten ist.
a) Wie die Beschwerdeführerin an verschiedenen Stellen ihrer Beschwerdeschrift zu Recht ausführt, verpflichtet die Offizialmaxime den Richter dazu, den Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären sowie über die Streitigkeit unabhängig von Parteivorbringen und -anträgen zu urteilen (z.B. <ref-ruling> E. 3d, 120 II 229 E. 1c und 119 II 201 E. 1). Jedoch entbindet die Offizialmaxime, die erst nach Eröffnung eines Verfahrens Wirkungen entfalten kann, private Parteien nicht davon, eine Rechtsvorkehr selber einzureichen (vgl. anders z.B. Art. 307 ff. und 368 ff. ZGB). Wenn die Ansicht der Beschwerdeführerin zutreffen würde, müssten die Gerichte Klagen, Widerklagen und Rechtsmittel unabhängig vom Willen der Parteien auf eigenes Betreiben und losgelöst von prozessualen Schranken, wie Fristen etc. , trotz Verwirkung auch nach Jahren noch an die Hand nehmen, sobald im entsprechenden Verfahren die Offizialmaxime gilt. Welche negativen Auswirkungen dies auf die Rechtssicherheit und den Rechtsfrieden hätte, bedarf keiner Beschreibung.
Inwiefern die Offizialmaxime, so wie sie das kantonale Recht vorsieht (<ref-law>/AG und § 40 EGzZGB/AG, vgl. zum Massnahmeverfahren <ref-law>/AG), die Beschwerdeführerin von der Pflicht hätte entbinden sollen, ihre Widerklage nach kantonalem Prozessrecht rechtzeitig einzureichen (<ref-law>/AG), sie mithin von der Erhebung der Rechtsvorkehr selbst hätte befreien sollen, ist nicht begründet (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG). Auch eine sich aus Bundesrecht ergebende Ausnahme, bei deren Vorliegen eine Widerklage im erstinstanzlichen Verfahren verspätet oder sogar erst im zweitinstanzlichen erhoben werden darf (Lüchinger/Geiser, Basler Kommentar, ZGB Bd. I, N 5 zu <ref-law>; Spühler/Frei-Maurer, Berner Kommentar, N 29 f. zu <ref-law>), hat die Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht. Aus dem Nichteintreten auf eine Rechtsvorkehr mangels Einhaltung einer Frist kann allein nicht auf überspitzten Formalismus geschlossen werden (z.B. <ref-ruling> E. 2b und 115 Ia 12 E. 3b).
b) Soweit die Rüge der Beschwerdeführerin das Wesen der Offizialmaxime, nämlich die Sachverhaltsermittlung von Amtes wegen und die Pflicht zur Entscheidung unabhängig von Parteianträgen, selbst betreffen sollte, ginge sie offensichtlich fehl. Denn das Obergericht hat die Ausführungen der Beschwerdeführerin in ihrer Widerklage in tatsächlicher Hinsicht insoweit berücksichtigt, als es die sich aus Bundesrecht ergebende Offizialmaxime gebietet (zu den Kinderrechten <ref-ruling> E. 3d und Lüchinger/Geiser, a.a.O. N 23 f. zu <ref-law> sowie zu den für den Scheidungspunkt wesentlichen Tatsachen aArt. 158 Ziff. 1 ZGB i.V.m. <ref-ruling> E. 1 S. 598 f. und Lüchinger/Geiser, a.a.O. N 4 zu <ref-law>).
4.- Das Obergericht hat die vom Bezirksgericht festgesetzten Scheidungs- und Kinderunterhaltsrenten insgesamt nur unwesentlich reduziert. In prozessualer Hinsicht hat es erkannt, der Beschwerdegegner habe die mit seiner Kündigung verbundene Lohneinbusse aus ihm anzulastenden Gründen zu spät in das Scheidungsverfahren eingebracht, weshalb auf das von ihm zugestandene Jahreseinkommen von Fr. 130'000.-- abzustellen sei. Gestützt auf die Offizialmaxime und vom vorerwähnten Einkommen des Beschwerdegegners ausgehend hat es die erstinstanzlich festgesetzten Kinderunterhaltsbeiträge reduziert mit der Begründung, diese dürften nicht über dem angesichts der guten wirtschaftlichen Verhältnisse des Beschwerdegegners sehr stark erhöhten Unterhaltsbedarf eines Kindes von Fr. 1'200.-- bis zum Alter von 16 Jahren und für den Zeitraum danach von Fr. 1'300.-- liegen (vgl. dazu Hegnauer, Berner Kommentar, N 26 zu <ref-law> und Breitschmid, Basler Kommentar, ZGB Bd. I, N 6 zu <ref-law>; gegen schematisches Vorgehen <ref-ruling> E. 3b/bb S. 290 f., Hegnauer, a.a.O. N 33 ff. zu <ref-law> und Breitschmid, a.a.O. N 7 und 22 zu <ref-law>). Von diesen beiden Beträgen müssten die ohnehin geschuldeten Kinderzulagen abgezogen werden, was gerundet einen Beitrag pro Kind von Fr. 1'000.-- bis zum vollendeten 16. Altersjahr und anschliessend von Fr. 1'100.-- ergebe.
Soweit die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit ihrer Rüge, das Einkommen des Beschwerdegegners sei verfassungswidrig ermittelt worden, auf Beweisanträge in ihren kantonalen Rechtsschriften und auf deren Wiederholung in ihrem späteren Schreiben an das Obergericht verweist, kann auf die staatsrechtliche Beschwerde nicht eingetreten werden. Denn die Beschwerdeschrift selber muss die Begründung der Rügen enthalten (<ref-ruling> E. 4a S. 30 nach Mitte).
5.- Das Obergericht hat auf die Abnahme von weiteren Beweisen zum zuletzt erzielten Einkommen des Beschwerdegegners verzichtet, weil mit der maximalen Erhöhung des Barbedarfs den überdurchschnittlichen wirtschaftlichen Verhältnissen des Beschwerdegegners Rechnung getragen worden sei. Im Übrigen habe es die Kinderunterhaltsbeiträge etwa gleich hoch wie das Bezirksgericht angesetzt, und die Beschwerdeführerin habe zu den Kinderrenten im Appellationsverfahren keine Rügen vorgebracht.
a) Da nach konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts für den hier vorliegenden Fall, dass das Beweisverfahren ohne Abnahme aller beantragten Beweise geschlossen wird (antizipierte Beweiswürdigung), nicht eine Verletzung des Gehörsanspruchs gerügt werden kann, sondern Art. 90 Abs. 1 lit. b OG entsprechend begründet werden muss, inwiefern das Beweisergebnis ohne Würdigung der ausser Acht gelassenen Beweise willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4a, 121 I 108 E. 3a S. 112, 119 Ib 492 E. 5a/bb S. 505 f., 117 Ia 262 E. 4 S. 268 f., 115 Ia 8 E. 3a S. 11 f.), kann der Vorwurf der Beschwerdeführerin, das Obergericht habe ihr dadurch, dass es von ihr angebotene Beweise über die Höhe des Einkommens des Beschwerdegegners nicht abgenommen habe, das rechtliche Gehör verweigert, zusammen mit der Rüge geprüft werden, das Einkommen des Beschwerdegegners sei willkürlich ermittelt worden.
b) aa) Willkür bei der Ermittlung des Einkommens des Beschwerdegegners begründet die Beschwerdeführerin doppelt:
Schon im vorsorglichen Massnahmeverfahren, das während des zweitinstanzlichen Sachverfahrens stattgefunden hat, habe der Beschwerdegegner behauptet, 1999 lediglich über ein Nettoeinkommen von monatlich Fr. 2'271. 50 verfügt zu haben.
Weil das Einkommen des Beschwerdegegners möglicherweise deutlich höher liege, als dieser angegeben habe, hätte Beweis geführt werden müssen. Denn auf blosse Behauptungen dürfe nicht abgestellt werden. Auch die Offizialmaxime habe das Obergericht verpflichtet, die wirtschaftlichen Verhältnisse des Beschwerdegegners und damit sein effektives Einkommen abzuklären.
bb) Ein Entscheid verstösst gegen die Verfassung nicht schon dann, wenn er willkürlich begründet ist, sondern erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 3a S. 15, 123 III 261 E. 4a S. 270). Eine Willkürrüge muss somit geeignet sein, sich auf den Ausgang des Verfahrens auszuwirken (<ref-ruling> E. 5 S. 57).
Da die Beschwerdeführerin mit keinem Wort darlegt, weshalb aus den nicht abgenommenen Beweisen zwingend darauf geschlossen werden müsste, der Beschwerdegegner erziele ein so hohes Einkommen, dass dessen Unterhaltsbeiträge heraufgesetzt werden müssen, ist auf die Beschwerde in diesem Punkt mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1c S. 73, 118 Ia 28 E. 1b S. 30). Möglich ist nämlich, dass das Obergericht im Fall der Berücksichtigung weiterer Beweise von einem tieferen Einkommen des Beschwerdegegners ausgehen könnte, führt es doch im Zusammenhang mit der Festsetzung der Scheidungsrente aus, der Beschwerdegegner habe gekündigt, er werde eine gleich gut bezahlte Stelle in der Baubranche wohl nicht mehr finden und werde als Selbständigerwerbender ein deutlich geringeres Einkommen erzielen.
Die Beschwerdeführerin macht im Ergebnis bloss geltend, das Einkommen des Beschwerdegegners hätte umfassender abgeklärt werden sollen, was etwas für sich hat. Jedoch übersieht sie, dass Willkür nicht bereits dann vorliegt, wenn eine andere Entscheidvariante möglich oder gar vorzuziehen wäre (<ref-ruling> E. 5b, S. 134, 124 I 247 E. 5 S. 250, 120 Ia 369 E. 3a, 119 Ia 113 E. 3a).
c) Weiter macht die Beschwerdeführerin erfolglos geltend, die Offizialmaxime hätte geboten, den Stand des Pensionskassenguthabens des Beschwerdegegners abzuklären.
Zwar kann der Scheidungsrichter nach dem bis Ende 1999 geltenden Art. 22 FZG (AS 1999 S. 1149; vgl. heute <ref-law> i.V.m. nArt. 22 ff. FZG; SR 831. 42) einen Anteil des Pensionskassenguthabens des unterhaltspflichtigen Geschiedenen auf den Rentengläubiger übertragen.
Jedoch ist er dazu nur verpflichtet, wenn der Unterhaltsgläubiger nach Massgabe seiner gesamten wirtschaftlichen Lage (unter Einschluss der zugesprochenen Scheidungsrente) nicht in der Lage ist, einen hinreichenden Vorsorgeschutz aufzubauen (<ref-ruling> E. 2b S. 55 f., 121 III 297 E. 4 S. 299 ff.). Die Beschwerdeführerin äussert sich mit keinem Wort zur Frage, ob ihre finanziellen Verhältnisse so schlecht sind, dass eine Aufteilung des Vorsorgeguthabens des Beschwerdegegners nötig wäre. Deshalb kann auf ihre Beschwerde auch in diesem Punkt nicht eingetreten werden (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG). Eine Begründung für das Vorliegen von tatsächlichen Umständen, die eine Aufteilung des Vorsorgeguthabens des Beschwerdegegners erfordern, wäre besonders deswegen nötig gewesen, weil der Umstand, dass der Beschwerdeführerin gemäss dem insoweit offenbar unangefochten gebliebenen erstinstanzlichen Scheidungsurteil ab November 2003 keine Bedürftigkeitsrente mehr zusteht, nicht auf finanzielle Unselbständigkeit der Beschwerdeführerin schliessen lässt.
d) Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin vergeblich, das angefochtene Urteil sei bezüglich des Einkommens des Beschwerdegegners so unzulänglich begründet (dazu <ref-ruling> E. 2a, 121 I 54 E. 2c), dass bei veränderten Verhältnissen die Abänderung des Scheidungsurteils nicht verlangt werden könnte. Denn aus dessen E. 3c Abs. 1 (Urteil S. 20) geht klar hervor, dass das Obergericht angesichts der Leistungskraft des Beschwerdegegners von einem maximalen Finanzbedarf der beiden Kinder ausgegangen ist und eventualiter auf ein Monatseinkommen von Fr. 10'000.-- abgestellt hat.
6.- Bleibt die staatsrechtliche Beschwerde somit erfolglos, hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtsgebühr zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG); parteientschädigungspflichtig wird sie jedoch nicht, weil keine Vernehmlassungen eingeholt worden und dem Beschwerdegegner somit keine Kosten entstanden sind (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau (1. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 18. Februar 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: