Sachverhalt:
A. Das Amtsstatthalteramt Luzern verurteilte Y._ und X._ am 9. Mai 2007 wegen Widerhandlungen gegen das Gesundheits- und Heilmittelgesetz je zu einer Busse von Fr. 500.--.
B. Das Amtsgericht Luzern-Stadt sprach Y._ und X._ am 11. Juni 2008 im Einspracheverfahren vom Vorwurf der Widerhandlungen gegen das Heilmittelgesetz frei und stellte das Verfahren wegen Widerhandlungen gegen das Gesundheitsgesetz ein.
C. Das Obergericht des Kantons Luzern verurteilte Y._ und X._ am 9. Juni 2009 im Appellationsverfahren wegen Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz je zu einer Busse von Fr. 500.--. Das Verfahren wegen der Widerhandlung gegen das Gesundheitsgesetz stellte es infolge Verjährung ein.
D. Gegen dieses Urteil erhebt Y._ Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt einen Freispruch. Eventualiter sei die Sache zur ergänzenden Abklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz verletze den Anklagegrundsatz nach § 182 Abs. 1 des Gesetzes über die Strafprozessordnung des Kantons Luzern vom 3. Juni 1957 (SRL 305, StPO/LU), den Anspruch auf rechtliches Gehör sowie Art. 30 und Art. 32 BV (Beschwerde S. 23 f.). Der subjektive Tatbestand werde im Entscheid der Amtsstatthalterin, welcher als Anklageschrift gelte, nicht umschrieben. Er enthalte nicht, was sie tatsächlich wusste, hätte wissen sollen und wollte. Die Ausführungen der Vorinstanz seien von der Anklageschrift nicht abgedeckt. Die Vorinstanz habe aus ihrer tatsächlichen Stellung als Verwaltungsrätin sowie aus zitierten Aktenstellen den Schluss gezogen, sie sei über das Bewilligungsverfahren informiert gewesen. Die Zitate seien im Entscheid der Amtsstatthalterin nicht enthalten.
1.2 Die Amtsstatthalterin führte im Entscheid vom 9. Mai 2007 aus, zur Abgabe von Arzneimitteln in Apotheken sei eine kantonale Bewilligung nach Art. 30 des Bundesgesetzes über Arzneimittel und Medizinprodukte vom 15. Dezember 2000 (Heilmittelgesetz, HMG; SR 812.21) erforderlich (Entscheid Ziff. II. 2.2). A._ habe ohne Bewilligung Arzneimittel verkauft (Entscheid Ziff. II. 2.2.3). Der Ehemann der Beschwerdeführerin habe für A._ ein Bewilligungsgesuch beim Kantonsapotheker eingereicht. Die Unterlagen für die Praxis- und Betriebsbewilligung seien widersprüchlich und wenig vertrauenserweckend gewesen. Die Beschwerdeführerin und ihr Ehemann hätten nicht damit rechnen können, eine Bewilligung für A._ zu erhalten. Dies sei ihnen nie zugesichert worden und der Kantonsapotheker habe sie im Schreiben vom 14. Dezember 2004 darüber orientiert, dass die Unterlagen mangelhaft seien. Die Beschwerdeführerin habe nicht darauf vertrauen können, keine unrechte Tat zu begehen, wenn sie A._ ohne Bewilligung des Departementes in der Apotheke arbeiten lasse (Entscheid Ziff. II. 2.2.4 und 2.1.2). Sie sei über die fehlenden Bewilligungen orientiert gewesen (Entscheid Ziff. 2.2.4). Die Erteilung einer Bewilligung sei mit Entscheid des Gesundheits- und Sozialdepartements vom 31. Mai 2005 abgelehnt worden (Entscheid I. 5.). A._ habe von Dezember 2004 bis Mitte Juni 2005 die B._Apotheke, eine Filiale der "C._AG", ohne Praxis-, Betriebs- und Detailhandelsbewilligung geleitet (Entscheid I. 7.).
1.3 Nach § 182 Abs. 1 StPO/LU beurteilt das Gericht die Tat, die Gegenstand der Anklage oder des Antrages des Amtsstatthalters bildet. Die Strafverfügung des Amtsstatthalters, welche dem Gericht überwiesen wurde, enthält unter anderem den Sachverhalt, die Begründung und den Schlussbefund (§ 132 Ziff. 2, § 133ter Abs. 1 StPO/LU). Das auch in <ref-law> umschriebene Anklageprinzip bezweckt den Schutz der Verteidigungsrechte und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör. In der Anklage sind namentlich die Umstände aufzuführen, welche zum gesetzlichen Tatbestand gehören (<ref-ruling> E. 2c S. 22; <ref-ruling> E. 2 S. 353 f.; Urteil 1P.461/2002 vom 9. Januar 2003, E. 2.1, in: Pra 2003 Nr. 82 S. 448; je mit Hinweisen). Hinsichtlich der Vorsatzelemente genügt der Hinweis auf den gesetzlichen Straftatbestand im Anschluss an die Darstellung des Sachverhalts als zureichende Umschreibung der subjektiven Merkmale, wenn der betreffende Tatbestand nur mit Vorsatz begangen werden kann (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3c S. 355 ff. mit Hinweisen). Bei Fahrlässigkeitsdelikten sind die tatsächlichen Umstände anzuführen, aus denen sich die Pflichtwidrigkeit des vorgeworfenen Verhaltens sowie die Voraussehbarkeit und die Vermeidbarkeit des eingetretenen Erfolgs ergeben sollen. Es ist insbesondere auch darzulegen, inwiefern der Angeklagte die gebotene Vorsicht nicht beachtet hat (a.a.O.; <ref-ruling> E. 3a/cc S. 458 f. mit Hinweisen).
1.4 Übertretungen gegen das Heilmittelgesetz können vorsätzlich (<ref-law>) oder fahrlässig (<ref-law>) begangen werden. <ref-law> erklärt Art. 6 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht vom 22. März 1974 (VStrR; SR. 313.0) betreffend Widerhandlung in Geschäftsbetrieben auf die Strafverfolgung durch die kantonalen Behörden anwendbar. Nach Art. 6 Abs. 2 VStrR untersteht der Geschäftsherr, Arbeitgeber, Auftraggeber oder Vertretene, der es vorsätzlich oder fahrlässig in Verletzung einer Rechtspflicht unterlässt, eine Widerhandlung des Untergebenen, Beauftragten oder Vertreters abzuwenden oder in ihren Wirkungen aufzuheben, den Strafbestimmungen, die für den entsprechend handelnden Täter gelten.
1.5 Die Amtsstatthalterin wendete in ihrem Entscheid vom 9. Mai 2007 <ref-law> an, welcher die vorsätzliche Tatbegehung betrifft. Damit brachte sie zum Ausdruck, dass sie von einem vorsätzlichen Handeln der Beschwerdeführerin als Mitglied des Verwaltungsrats nach Art. 6 Abs. 2 VStrR ausgeht. Der Anklagegrundsatz ist nicht verletzt, da sich aufgrund der Anklage als Vorsatzdelikt weitere Ausführungen zum Tatbestand erübrigen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3c S. 355 ff. mit Hinweisen). Der gerügte Verstoss gegen die Unschuldsvermutung fällt mit der Rüge des Anklageprinzips zusammen. Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die richterliche Unabhängigkeit nach <ref-law> sei verletzt, weil die Vorinstanz das Anklageprinzip als eingehalten erachtet, geht ihre Rüge an der Sache vorbei. Denn sie wendet sich nicht gegen die Behördenorganisation, sondern das Ergebnis des angefochtenen Entscheids. Der Anklagegrundsatz gewährt ihr aber keinen Anspruch auf eine bestimmte inhaltliche Beurteilung von Rechtsfragen.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz sei mangelhaft (Beschwerde S. 20 f.). Das Schreiben des Kantonsapothekers vom 14. Dezember 2004 sei nur ihrem Ehemann zugegangen. Ob, wann und in welcher Funktion sie davon Kenntnis erhalten habe, stelle die Vorinstanz nicht fest. Sofern davon ausgegangen werde, der Zugang an den Ehemann habe ihr Vertrauen ebenfalls zerstört, sei dies willkürlich nach <ref-law> (Beschwerde S. 20 f.).
2.2 Die Vorinstanz stellt fest, die Beschwerdeführerin sei über die Belange der C._AG bestens informiert gewesen. Sie habe diese faktisch zusammen mit ihrem Ehemann als Familienbetrieb geführt, sei zur Kollektivunterschrift zu zweien berechtigt und habe betreffend die Belange der AG immer in "Wir-Form" gesprochen. Zudem sei sie im Namen der AG gegenüber der Santésuisse nach aussen auftgetreten. Auch wenn sie mit Personalfragen administrativ nichts zu tun gehabt habe, habe sie immer detailliert über die Verhältnisse in der Apotheke und das Bewilligungsverfahren Bescheid gewusst. Sie habe auf die Frage, ob A._ die Apotheke trotz fehlender Bewilligung geleitet habe, mit "theoretisch ja" geantwortet.
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Feststellungen zum Sachverhalt prüft es nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>). Es hat die Voraussetzungen an die Begründungspflicht einer Willkürrüge und wann Willkür vorliegt, bereits mehrfach dargelegt. Darauf kann verwiesen werden (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f.; je mit Hinweisen).
2.4 Die Vorinstanz bringt mit ihrer Feststellung, die Beschwerdeführerin habe jederzeit bestens über das Bewilligungsverfahren Bescheid gewusst, implizit zum Ausdruck, diese habe über das Schreiben des Kantonsapothekers am 14. Dezember 2004 im Zeitpunkt dessen Eingangs Bescheid gewusst. Der Sachverhalt ist entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht lückenhaft. Die Feststellungen der Vorinstanz zum Wissen der Beschwerdeführerin sind auch nicht schlechterdings unhaltbar. So war der Beschwerdeführerin nach den vorinstanzlichen Erwägungen "theoretisch" bekannt, dass A._ die Apotheke trotz fehlender Bewilligung leitete. Zudem erklärte sie in der Befragung vom 17. August 2005 zum Schreiben des Kantonsapothekers vom 14. Dezember 2004, sie hätten die Apotheke nicht schliessen wollen, nur weil die Bewilligung nicht erteilt worden sei. Ihr Ehemann habe die nötigen Unterlagen nachgereicht (act. 22, Ziff. 17 S. 4). Im besagten Schreiben wurde die Schliessung der Apotheke für den Fall der Nachreichung ungenügender Unterlagen per Anfang Januar 2005 angedroht. War die eventuelle Schliessung der Apotheke und die Nachreichung der Unterlagen der Beschwerdeführerin bekannt, so verletzt die vorinstanzliche Feststellung, sie habe vom Schreiben des Kantonsapothekers vom 14. Dezember 2005 Kenntnis gehabt, das Willkürverbot nicht. Die Rüge wegen ungenügender bzw. willkürlicher Feststellung des Sachverhalts ist unbegründet.
3. Die Beschwerdeführerin rügt zusammengefasst, sie erfülle den objektiven und subjektiven Tatbestand der Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz nach Art. 87 Abs. 1 lit. f i.V.m. <ref-law> i.V.m. Art. 6 Abs. 2 und Abs. 3 VStrR nicht (Beschwerde S. 4 ff.).
3. Die Beschwerdeführerin rügt zusammengefasst, sie erfülle den objektiven und subjektiven Tatbestand der Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz nach Art. 87 Abs. 1 lit. f i.V.m. <ref-law> i.V.m. Art. 6 Abs. 2 und Abs. 3 VStrR nicht (Beschwerde S. 4 ff.).
3.1 3.1.1 Sie macht geltend, der Wegfall der Bewilligung des Apothekenleiters, Dr. D._, habe nicht zur Folge, dass die Stellvertreterin, A._ ihre Berechtigung zur Abgabe von Heilmitteln verliere. Letztere verfüge über eine eigene Bewilligung. Solange die Stellvertreterbewilligung vorliege, sei sie als Inhaberin der Bewilligung zur Abgabe von Heilmitteln berechtigt. Deshalb sei der objektive Tatbestand nicht erfüllt.
3.1.2 Die Erteilung der Detailhandelsbewilligung (Berufsausübungsbewilligung nach der Terminologie der Vorinstanz) für die Abgabe von Heilmitteln nach <ref-law> sowie die Stellvertreterbewilligung und deren Wirkung richten sich nach kantonalem Recht (angefochtenes Urteil S. 8). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
3.1.3 Die Beschwerdeführerin legt aus ihrer Sicht dar, welche Wirkungen die Stellvertreterbewilligung habe. Sie zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz die kantonalen Normen über die Stellvertreterbewilligung qualifiziert falsch ausgelegt hätte, und setzt sich nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz über die Gültigkeit einer solchen Bewilligung auseinander (vgl. angefochtenes Urteil S. 8 ff., S. 18), wonach die Stellvertreterbewilligung gemäss kantonalem Recht nicht zum dauernden, selbständigen Verkauf von Heilmitteln berechtige. Auf ihre Rüge ist nicht einzutreten.
3.1.3 Die Beschwerdeführerin legt aus ihrer Sicht dar, welche Wirkungen die Stellvertreterbewilligung habe. Sie zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz die kantonalen Normen über die Stellvertreterbewilligung qualifiziert falsch ausgelegt hätte, und setzt sich nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz über die Gültigkeit einer solchen Bewilligung auseinander (vgl. angefochtenes Urteil S. 8 ff., S. 18), wonach die Stellvertreterbewilligung gemäss kantonalem Recht nicht zum dauernden, selbständigen Verkauf von Heilmitteln berechtige. Auf ihre Rüge ist nicht einzutreten.
3.2 3.2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe ihr als Verwaltungsrätin der C._AG das tatbeständliche Handeln von A._ als zu Unrecht angerechnet. Es sei eine Garantenstellung erforderlich, damit Art. 6 VStrR erfüllt sei. Die Vorinstanz habe diese Garantenstellung zu Unrecht bejaht. Die Pflicht zur Einholung einer Bewilligung treffe (nach kantonalem Recht) den jeweiligen Apotheker bzw. werde üblicherweise auf dessen Namen ausgestellt. A._ habe über eine Stellvertreterbewilligung verfügt und sei zur Abgabe von Heilmitteln berechtigt gewesen. Zudem habe die Beschwerdeführerin darauf vertrauen dürfen, dass die beantragten Bewilligungen zur Leitung der Apotheke rückwirkend erteilt würden.
3.2.2 Wer einziger Verwaltungsrat eines Familienunternehmens ist, als dessen Inhaber nach aussen in Erscheinung tritt, eine beherrschende Rolle einnimmt und in dieser Eigenschaft eine strafbare Handlung eines Angestellten erkennt, ist als Garant verpflichtet, für Abhilfe zu sorgen (vgl. <ref-ruling> E. II.4.a S. 174 f. mit Hinweisen).
3.2.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet die vorinstanzlichen Feststellungen zu ihrer Position in der C._AG nicht. Danach ist sie Mitglied des Verwaltungsrats, führt die Firma als Familienbetrieb zusammen mit ihrem Ehemann und ist zur Kollektivunterschrift zu zweien berechtigt. Sie war jeweils detailliert über die Verhältnisse in der B._Apotheke, wo A._ arbeitete, sowie über das Bewilligungsverfahren informiert, auch wenn sie administrativ nichts mit Personalfragen zu tun hatte. Sie trat auch gegen aussen auf, indem sie z.B. versuchte, mit der Santésuisse Kontakt aufzunehmen. Gestützt auf die festgestellten Umstände verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie von einer Garantenstellung der Beschwerdeführerin ausgeht (vgl. E. 3.2.2). Sie ist als Mitglied des Verwaltungsrats in Verletzung ihrer Rechtspflicht nicht gegen die Abgabe von Heilmitteln durch A._ eingeschritten, obwohl diese über keine Bewilligung nach <ref-law> verfügte. Damit erfüllt die Beschwerdeführerin den Tatbestand von Art. 6 Abs. 2 VStrR.
3.2.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet die vorinstanzlichen Feststellungen zu ihrer Position in der C._AG nicht. Danach ist sie Mitglied des Verwaltungsrats, führt die Firma als Familienbetrieb zusammen mit ihrem Ehemann und ist zur Kollektivunterschrift zu zweien berechtigt. Sie war jeweils detailliert über die Verhältnisse in der B._Apotheke, wo A._ arbeitete, sowie über das Bewilligungsverfahren informiert, auch wenn sie administrativ nichts mit Personalfragen zu tun hatte. Sie trat auch gegen aussen auf, indem sie z.B. versuchte, mit der Santésuisse Kontakt aufzunehmen. Gestützt auf die festgestellten Umstände verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie von einer Garantenstellung der Beschwerdeführerin ausgeht (vgl. E. 3.2.2). Sie ist als Mitglied des Verwaltungsrats in Verletzung ihrer Rechtspflicht nicht gegen die Abgabe von Heilmitteln durch A._ eingeschritten, obwohl diese über keine Bewilligung nach <ref-law> verfügte. Damit erfüllt die Beschwerdeführerin den Tatbestand von Art. 6 Abs. 2 VStrR.
3.3 3.3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, es fehle ihr am subjektiven Tatbestand. Die Vorinstanz verletze <ref-law> i.V.m. Art. 6 Abs. 2 VStrR. Sie habe nichts von der Unwirksamkeit der Stellvertreterbewilligung gewusst. Sie sei davon ausgegangen, A._ sei zur Abgabe von Heilmitteln berechtigt gewesen. Überdies habe sie darauf vertrauen dürfen, dass die Behörden A._ eine rückwirkende Praxis- und Berufsausübungsbewilligung nach Heilmittelgesetz erteilen würden. A._ habe Anspruch auf eine solche Bewilligung. Diese dürfe nicht von der Bewilligung nach KVG abhängig gemacht werden.
3.3.2 Was der Täter weiss, will und in Kauf nimmt, betrifft nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine innere Tatsache und ist Tatfrage. Rechtsfrage ist hingegen, nach welchen tatsächlichen Voraussetzungen bewusste Fahrlässigkeit, Eventualvorsatz oder direkter Vorsatz gegeben ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1. S. 17; <ref-ruling> E. 8.5 S. 62). Feststellungen zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>). Eventualvorsatz liegt vor, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs, die Tatbestandsverwirklichung, für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 4 ff.; <ref-ruling> E. 8.2 S. 60 f.; je mit Hinweisen). Der Richter darf vom Wissen des Täters auf den Willen schliessen, wenn sich dem Täter der Eintritt des Erfolgs als so wahrscheinlich aufdrängte, dass die Bereitschaft, ihn als Folge hinzunehmen, vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Erfolgs ausgelegt werden kann (BGE <ref-ruling> E. 8.4 S. 62 mit Hinweisen).
3.3.3 Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>). Sie beanstandet die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz zu ihrem Wissen und Willen nicht. Soweit sie von diesen Feststellungen abweichende Tatsachen behauptet, ohne Willkür darzulegen, genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht. Auf diese Rügen ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen). Aktenwidrig ist ihre Behauptung, die Vorinstanz prüfe ihr Wissen und Wollen nur in Bezug auf die Leitung der Apotheke und nicht auf die Abgabe von Heilmitteln (vgl. E. 3.3.2 des angefochtenen Entscheids: A._ durfte ohne die Bewilligung zur Leitung der Apotheke keine Heilmittel verkaufen). Nach den Feststellungen der Vorinstanz war die Beschwerdeführerin über das Bewilligungsverfahren bestens informiert. Dazu zählt auch die Korrespondenz ihres Ehemannes mit dem Kantonsapotheker betreffend A._. Sie wusste, dass A._ zur Leitung der Apotheke eine Bewilligung brauchte und ohne diese keine Heilmittel verkaufen durfte, da sie die entsprechende Frage mit "theoretisch ja" beantwortete und sich mit ihrem Ehemann um die fehlende Bewilligung kümmerte (angefochtenes Urteil S. 20). Sie war sich ihrer Pflicht als Verwaltungsratsmitglied bewusst, gegen den Heilmittelverkauf von A._ einschreiten zu müssen. Sie wollte aber die Apotheke gemäss ihren Aussagen nicht für sechs Monate schliessen. Vom verbindlich und nachvollziehbar festgestellten Wissen um den möglichen Erfolgseintritt hat die Vorinstanz zu Recht auf das Wollen der Beschwerdeführerin im Sinne der Inkaufnahme des Erfolgs schliessen und damit ohne Bundesrechtsverletzung den Eventualvorsatz nach <ref-law> bejahen dürfen.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie sei überzeugt gewesen, dass ein Rechtsanspruch auf die beantragten Bewilligungen bestanden habe und dass diese rückwirkend erteilt würden. Sie sei einem Rechtsirrtum im Sinne von <ref-law> unterlegen, weil sie davon ausgegangen sei, sie handle rechtmässig nach <ref-law>. Sie könne sich bezüglich der Bewilligungserteilung zudem auf Vertrauensschutz nach <ref-law> berufen. A._ habe Anspruch auf die rückwirkende Erteilung der Leitung der Apotheke gehabt. Ihr Ehemann habe sich anwaltlich beraten lassen.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie sei überzeugt gewesen, dass ein Rechtsanspruch auf die beantragten Bewilligungen bestanden habe und dass diese rückwirkend erteilt würden. Sie sei einem Rechtsirrtum im Sinne von <ref-law> unterlegen, weil sie davon ausgegangen sei, sie handle rechtmässig nach <ref-law>. Sie könne sich bezüglich der Bewilligungserteilung zudem auf Vertrauensschutz nach <ref-law> berufen. A._ habe Anspruch auf die rückwirkende Erteilung der Leitung der Apotheke gehabt. Ihr Ehemann habe sich anwaltlich beraten lassen.
4.2 4.2.1 Wer bei der Begehung der Tat nicht weiss und nicht wissen kann, dass er sich rechtswidrig verhält, handelt nicht schuldhaft. War der Irrtum vermeidbar, so mildert das Gericht die Strafe (<ref-law>). Im Falle des Rechtsirrtums handelt der Täter in Kenntnis aller Tatumstände, d.h. vorsätzlich, er hält aber sein Tun versehentlich für erlaubt. Der Irrtum bezieht sich auf die Rechtswidrigkeit der konkreten Tat (<ref-ruling> E. 3.1 S. 241 mit Hinweisen). Für das Bewusstsein um die Rechtswidrigkeit genügt es, wenn der Täter den Tatbestand so versteht, wie es der landläufigen Anschauung eines Laien entspricht (sog. Parallelwertung in der Laiensphäre) (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 243 mit Hinweisen).
4.2.2 Der verfassungsrechtliche Vertrauensschutz nach <ref-law> verleiht einen Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Er setzt weiter voraus, dass gestützt auf berechtigtes Vertrauen nicht mehr rückgängig zu machende nachteilige Dispositionen getroffen wurden und dass nicht überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (<ref-ruling> E. 4.1).
4.3 Die Vorinstanz erwägt zu Recht, die Mitteilung des Kantonsapothekers vom 14. Dezember 2004 drei Tage nach Gesuchseinreichung bzw. einen Tag vor Stellenantritt von A._ habe das Vertrauen der in Geschäftsbelangen gut informierten Beschwerdeführerin in eine Bewilligungserteilung zerstört. Sie bringt damit zum Ausdruck, die Beschwerdeführerin habe gewusst, dass A._ keine Heilmittel in der Apotheke abgeben dürfe. Aus der Korrespondenz mit dem Kantonsapotheker durfte die Beschwerdeführerin nicht ableiten, die Bewilligung sei blosse Formsache und werde ohne Weiteres rückwirkend erteilt. Aufgrund desselben Schreibens kann sie sich nicht auf Rechtsirrtum berufen. Wer von einer zuständigen behördlichen Stelle die Mitteilung erhält, die Unterlagen reichten für eine Bewilligungserteilung nicht aus, der irrt nicht über die Zulässigkeit seines Handelns. Nicht entscheidend ist unter diesen Umständen, dass sich ihr Ehemann anwaltlich beraten liess und sie deshalb einen anderen Rechtsstandpunkt einnimmt als der Kantonsapotheker ihr und ihrem Ehemann ausdrücklich kommunizierte. Die Mitteilung des Kantonsapothekers genügt, um auch bei einem Laien Zweifel hervorzurufen. Die Beschwerdeführerin macht insoweit auch nicht geltend, die Vorinstanz habe ihr Wissen und Willen in willkürlicher Weise festgestellt. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch