Faits:
A. X._ était propriétaire d'un très important portefeuille immobilier qu'il a souhaité transmettre de son vivant à ses deux enfants, A.X._ (ci-après: l'intéressé) et B.X._ (ci-après: l'intéressée), demeurant tous deux dans le canton de Genève.
Les enfants entendant conserver lesdits immeubles dans leur sphère privée et n'être soumis qu'à l'impôt spécial en cas de revente éventuelle, X._ a liquidé les différentes sociétés immobilières qu'il détenait avant de procéder à la donation.
Parmi ces sociétés, figuraient les SI C._ et SI D._, respectivement propriétaires des immeubles ** et **, rue de Y._, à Genève, cadastrés sous les n° *****et ***** de la commune de Z._. La juxtaposition des opérations de transformation et de liquidation desdites sociétés et de la donation entraînant une cascade d'impôts et de droits fiscaux, une convention fiscale a été conclue le 16 août 1999 (ci-après: la convention du 16 août 1999) entre la fiduciaire mandataire de X._ - la société fiduciaire Berney & Associés S.A. - et l'Administration fiscale cantonale. Il était précisé en préambule de la convention du 16 août 1999 que X._ conserverait l'usufruit de la totalité des objets donnés jusqu'à son décès. Les points convenus sont les suivants:
1. "X._ continue à déclarer ses biens à titre professionnel, soit en établissant un bilan et un compte de résultats; les valeurs comptables demeurent celles en vigueur jusqu'ici.
2. X._ déclare à titre professionnel, le résultat de la liquidation des sociétés immobilières, qui seront liquidées et radiées cette année encore, sous réserve d'une prolongation de la période transitoire.
3. B.X._ et A.X._ ne déclareront les mêmes immeubles que postérieurement au décès de leur père à leur valeur fiscale d'alors, soit plus précisément à la valeur fiscale de l'année du décès de X._ , soit le plus souvent à la valeur déterminée par la capitalisation de l'état locatif.
4. L'administration ne fera pas valoir, au moment du décès de X._ , un transfert de la fortune commerciale à la fortune privée.
5. X._ ne fera jamais valoir les dispositions de l'article 10a de la loi générale sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (LCP - D 3 05). Seules les dispositions de l'article 12 alinéa 4 LCP pourront être revendiquées. Demeure réservée la renonciation à l'usufruit.
6. En cas de vente d'un immeuble, du vivant de X._, le résultat correspondra à la différence entre le prix de vente et la valeur comptable (voir point 1), toutefois augmentée des droits de donation.
7. En cas de vente d'un immeuble, ultérieurement au décès de X._. mais dans un délai de huit ans à compter de maintenant (date de la donation), l'éventuel bénéfice sera imposé au taux de 15 % s'il s'agit d'un objet prélevé dans une SI dont la liquidation a bénéficié des articles 42 de la loi sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM - D 3 15), 207 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD - RS 642.11) et 189 loi sur les droits d'enregistrement du 9 octobre 1969 (LDE - D 3 30).
En ce qui concerne les autres immeubles, la date d'entrée en possession correspond à la date des donations".
La donation prévue a eu lieu le 18 février 2000. Par cet acte, les intéressés sont devenus propriétaires indivis, notamment, des immeubles sis ** et **, rue de Y._, à Genève. Ils ont été inscrits comme propriétaires des immeubles concernés au registre foncier, le 22 mai 2000. X._ est décédé le 7 mars 2001.
Le 6 octobre 2003, les intéressés ont vendu les immeubles précités pour un prix de 9'000'000 fr. à une fondation de prévoyance.
Dans leur déclaration d'impôt sur les bénéfices et les gains immobiliers, les intéressés ont chacun mentionné un gain immobilier imposable de 138'066 fr. calculé comme suit:
Valeur d'aliénation 1/2
4'500'000.-
Commission de vente
-72'360.-
Valeur nette d'aliénation
4'427'370.-
Valeur d'acquisition y c.
droits 1/2
4'299'969.-
Décompte acheteur-vendeur
- 10'665.-
Total
4'289'304.-
- 4'289'304.-
Gain immobilier imposable
138'066.-
B. Par bordereau daté du 29 décembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a fixé l'impôt sur les bénéfices et les gains immobiliers dû par chacun des contribuables à 67'555 fr. 50. Le gain imposable retenu était de 450'370 fr. Le calcul était le suivant:
Valeur d'aliénation 1/2
4'500'000.-
Commission de vente
- 72'000.-
Valeur nette d'aliénation
4'427'370.-
Valeur d'acquisition 1/2
3'880'000.-
Frais 2,5 %
97'000.-
Décompte acheteur-vendeur
Décompte acheteur-vendeur
0.-
Total
3'977'000.-
- 3'997'000.-
Gain immobilier imposable
450'370.-
Le taux d'imposition a été fixé à 15 %. La modification des montants retenus par rapport à la déclaration était justifiée par le fait que les immeubles concernés avaient été repris en nom propre suite à la liquidation de sociétés immobilières.
Par lettres du 30 janvier 2006, chacun des intéressés a déposé une réclamation. Ils contestaient la valeur d'acquisition retenue pour chaque immeuble qui n'était pas de 3'880'000 fr. mais de 4'231'609 fr. En effet, cette valeur correspondait, selon eux, à celle figurant dans l'acte de donation, à laquelle devait être ajouté le montant des droits de donation, de 68'360 fr. Le prix d'acquisition était en conséquence de 4'299'969 fr. et le bénéfice réalisé par chacun des vendeurs s'élevait à 127'401 fr.
Par décisions du 20 juin 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations. Les taxations étaient conformes à la convention du 16 août 1999 qui précisait qu'en cas de vente d'un immeuble après le décès de X._, l'éventuel bénéfice immobilier serait imposé au taux de 15 % s'il s'agissait d'un objet prélevé dans une société immobilière dont la liquidation avait bénéficié d'un régime d'imposition favorable, comme c'était le cas en l'espèce. La valeur d'acquisition à prendre en considération était donc la valeur de sortie validée dans le cadre de cet accord (point 7, page 2 de la convention du 16 août 1999).
Les intéressés ont recouru le 4 juillet 2006 contre les décisions rendues le 20 juin 2006 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (ci-après : la Commission cantonale de recours). Ils contestaient à nouveau la valeur d'acquisition des immeubles vendus.
Par décisions du 3 novembre 2008, la Commission cantonale de recours a rejeté les recours. Le 24 novembre 2008, les intéressés ont recouru auprès du Tribunal administratif contre ces décisions, concluant à leur annulation.
C. Par arrêts du 17 février 2009, le Tribunal administratif a rejeté les recours des intéressés. Il a jugé que la dernière aliénation soumise à l'impôt sur les gains immobiliers résidait dans le transfert de la fortune commerciale dans la fortune privée du père au moment de la liquidation des sociétés immobilières. La donation aux intéressés ayant entraîné la prorogation de l'imposition n'avait eu lieu qu'ensuite. Il fallait donc calculer le gain en utilisant la valeur de sortie des immeubles des sociétés immobilières (respectivement la valeur d'entrée dans la fortune privée du père), comme l'avait dûment décidé l'Administration fiscale cantonale. Le point n° 4 de la convention du 16 août 1999 ne paralysait pas le mode de fixation de la valeur d'acquisition dans une vente ultérieure au décès de X._ et le point n° 7 ne contenait aucune dérogation à la loi s'agissant de la valeur d'acquisition, puisqu'il n'avait pour but que de déroger au taux légal de 40% qui eût été applicable en l'espèce. Le début du délai de huit ans à la date de la donation prévu par le point n° 7 de la convention du 16 août 1999 correspondait au paragraphe 2 de la directive du 25 mars 1997 traitant de l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers consécutifs à la revente d'immeubles repris en nom suite à la liquidation facilitée de sociétés immobilières. Les frais d'acquisition arrêtés à 97'000 fr. (2,5% de la valeur d'acquisition) par l'Administration fiscale cantonale, plus élevés que les impenses déclarées par les intéressés, correspondaient à la directive déjà citée et ne devaient pas faire l'objet d'une reformatio in pejus.
D. Agissant séparément par la voie du recours en matière de droit public (recours 2C_164/2009 et 2C_165/2009), les intéressés demandent au Tribunal fédéral de constater que le Tribunal administratif s'est écarté de la teneur de la convention du 16 août 1999, de confirmer que les déclarations pour le gain immobilier ont été établies dans l'exact respect de la convention et d'annuler les arrêts rendus le 17 février 2009 par le Tribunal administratif et subséquemment les arrêts rendus le 3 novembre 2008 par la Commission cantonale de recours ainsi que les décisions rendues le 20 juin 2006 par l'Administration fiscale cantonale.
Le Tribunal administratif renonce à formuler des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet des recours sous suite de frais.

Considérant en droit:
1. Dirigés contre deux mêmes arrêts, les deux recours reposent sur le même état de fait, exposent une argumentation similaire et contiennent des conclusions identiques. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (<ref-ruling> consid. 1 p. 60 s.).
2. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
Les conclusions tendant à l'annulation des arrêts et décisions des instances précédant le Tribunal administratif sont toutefois irrecevables en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès de ce dernier (art. 54 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001, LPFisc; RSGE D 3 17).
3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
En l'espèce, les recourants font référence à un courrier du 12 janvier 2004. Ce courrier et son contenu n'ont pas été retenus dans l'arrêt du Tribunal administratif. Les recourants ne démontrent pas en quoi le Tribunal administratif a constaté les faits de manière manifestement inexacte ou en violation du droit. Il s'agit par conséquent d'un fait nouveau irrecevable. Destinée à prouver ce fait, la production du courrier du 12 janvier 2004 est également irrecevable.
4. 4.1 Les aliénations du 6 octobre 2003, qui font l'objet des impositions cantonales litigieuses, ont eu lieu durant une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001, soit après l'échéance du délai de huit ans prévu par l'art. 72 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) durant lequel les cantons devaient adapter leur droit cantonal aux dispositions des titres deuxième à sixième de la loi sur l'harmonisation fiscale. La loi sur l'harmonisation fiscale trouve par conséquent application en l'espèce (cf. <ref-law>).
4.2 D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Il n'est limité ni par les arguments des parties ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués devant lui ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de l'autorité attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 262; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). D'après l'<ref-law> en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'<ref-law> exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 143).
4.3 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>), ce qui a pour effet d'exclure toute reformatio in pejus également en matière de contributions publiques contrairement à ce qui prévalait sous l'empire de l'art 114 al. 1 OJ (Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, Berne 2009, n° 2 ad <ref-law>).
5. 5.1 D'après l'<ref-law>, dont la teneur est similaire à celle de l'art. 18 al. 2 de la loi fédérale du 12 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le produit de l'activité lucrative indépendante comprend notamment tous les bénéfices en capital provenant du transfert dans la fortune privée de la fortune commerciale.
5.2 Dans le canton de Genève, avant le 1er janvier 2001, si le bénéfice provenant de l'aliénation d'un bien immobilier n'était pas soumis à l'impôt sur le revenu en vertu de l'art. 16 al. 2 LCP, les art. 80 à 87 LCP, qui instituent un impôt sur les gains immobiliers, étaient applicables (art. 16 al. 2 et 3 ainsi que 80 à 87 de la loi générale du 9 novembre 1887 sur les contributions publiques dans leur teneur en vigueur avant le 1er janvier 2001; LCP; RSGE D 3 1). Depuis cette date, la matière est nouvellement régie par les art. 3 al. 2 et 10 lettre i de la loi du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques (impôt sur le revenu; LIPP-IV; RSGE D 3 14) ainsi que 80 à 97 LCP. Le canton de Genève a ainsi conservé le système dualiste d'imposition des gains immobiliers (Bernhard Zwahlen, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemein-den, Zweifel/Athanas éd., Bâle 2002, n° 4 <ref-law>): les bénéfices en capital provenant du transfert dans la fortune privée d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante (art. 3 al. 2 LIPP-IV), tandis qu'en sont exonérés ceux qui sont réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée, l'imposition des gains immobiliers étant alors réservée (art. 10 lettre i LIPP-IV).
5.3 A l'instar du régime transitoire en matière d'impôt fédéral direct facilitant la liquidation des sociétés immobilières (<ref-law>), le canton de Genève a adopté l'art. 42 de la loi du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSGE D 3 15) qui prévoit que l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé lors du transfert d'un
immeuble à l'actionnaire par une société immobilière fondée avant le 1er janvier 1995 est réduit de 75% si la société est dissoute (al. 1) et que la liquidation et le dépôt de la réquisition de radiation de la société immobilière est intervenu au plus tard le 31 décembre 2003 (al. 3).
5.4 Selon la jurisprudence, les actifs de la fortune commerciale du commerçant d'immeubles demeurent commerciaux malgré l'écoulement du temps (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 in RDAF 2007 II p. 299 et les références citées). En outre, l'appartenance d'un bien à la fortune commerciale ou privée n'est pas modifiée par une dévolution successorale. Les actifs de la fortune commerciale du de cujus demeurent commerciaux auprès de ses héritiers (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 in RDAF 2007 II p. 299 et les références citées). De même, l'appartenance à l'une ou l'autre fortune du contribuable n'a aucune espèce d'influence sur la liquidation privilégiée instituée par l'<ref-law> (Bernard Rolli, Commentaire romand de la LIFD; n° 5 ad <ref-law>; Dieter Weber, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, vol. I/2b, Zweifel/Athanas éd., 2e éd., Bâle 2008, n° 6 ad <ref-law>; Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar DBG, Zurich 2003, n° 12 ad <ref-law>). En revanche, la donation d'un élément de la fortune commerciale implique son passage préalable dans la fortune privée du donateur, une aliénation à titre gratuit n'étant pas compatible avec le but lucratif d'une entreprise (Archives 59, 476 consid. 3b p. 480 s. ainsi que les références citées; Yves Noël, Commentaire romand de la LIFD, n° 79 ad <ref-law>; Richner/Frei/Kaufmann, op. cit., n° 86 ad <ref-law>).
6. 6.1 D'après l'<ref-law>, l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). Toute aliénation d'immeubles est imposable (<ref-law>). Est assimilé à une aliénation le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable. L'<ref-law> assimile encore d'autres situations à une aliénation.
Selon l'<ref-law>, l'imposition est différée notamment en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d'hérédité, partage successoral, legs), avancement d'hoirie ou donation. L'<ref-law> contraint les cantons à percevoir un impôt sur les gains immobiliers et ne leur laisse aucune liberté pour décider des cas dans lesquels l'imposition doit être différée (F. Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, in Archives 61, 309 ss, p. 318). Ils sont en revanche libres d'adopter le barème de l'impôt sur les gains immobiliers (<ref-law>) sous réserve d'imposer plus lourdement les bénéfices réalisés à court terme (<ref-law>).
D'après l'<ref-law>, les cantons peuvent percevoir l'impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale du contribuable, à condition que ces gains ne soient pas soumis à l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice ou que l'impôt sur les gains immobiliers soit déduit de l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice. Dans l'un et l'autre cas: a. les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers; b. le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
6.2 Dans le canton de Genève, l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers a pour objet le bénéfice net provenant de l'aliénation d'immeubles ou de parts d'immeubles sis dans le canton, ainsi que certains gains que ces immeubles procurent sans aliénation (art. 80 al. 1 LCP). En omettant de préciser que l'aliénation imposable porte sur des immeubles ou parts d'immeubles faisant partie de la fortune privée du contribuable et en prévoyant que "le transfert d'un immeuble ou part d'immeuble [...] de la fortune commerciale dans la fortune privée est assimilé à une aliénation" (art. 80 al. 5 LCP), le canton de Genève fait usage de la faculté pour les cantons de percevoir l'impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale.
D'après l'art. 81 al. 1 lettre b LCP, l'imposition est prorogée en cas d'aliénation notamment en raison d'avancement d'hoirie ou de donation, ce qui est conforme à l'<ref-law>.
La loi sur l'harmonisation fiscale ne définissant pas précisément l'objet de l'impôt, les cantons disposent d'une certaine marge de manoeuvre dans la manière de calculer le bénéfice (F. Zuppinger, op. cit., p. 321). Dans le canton de Genève, le bénéfice ou gain imposable est constitué par la différence entre la valeur d'aliénation et la valeur d'acquisition (art. 82 al. 1 LCP). La valeur d'acquisition est égale au prix payé pour l'acquisition du bien, augmentée des impenses, ou, à défaut de prix, à sa valeur vénale (art. 82 al. 2 LCP). Lors de l'aliénation d'un immeuble acquis par un transfert justifiant la prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition est celui de la dernière aliénation soumise à l'impôt qui est aussi déterminante pour fixer la durée de possession (art. 82 al. 3 LCP). Enfin, lorsque l'immeuble appartient à une personne morale ou à une personne physique astreinte à tenir des livres dans les comptes de laquelle il figure, le bénéfice ou gain imposable correspond à la différence entre la valeur d'aliénation et le montant pour lequel l'immeuble figure dans les comptes. Les alinéas 2 à 5 et 8 de la présente disposition ne s'appliquent pas (art. 82 al. 9 LCP).
D'après l'art. 84 al. 1 LCP, l'impôt est perçu de l'aliénateur ou du bénéficiaire du gain sur le montant global du bénéfice ou du gain nets aux taux suivants: a) 50% lorsqu'il a été propriétaire des biens ou actifs immobiliers, ou titulaire des droits immobiliers (réels ou personnels) pendant moins de 2 ans; b) 40% lorsqu'il l'a été pendant 2 ans au moins, mais moins de 4 ans; c) 30% lorsqu'il l'a été pendant 4 ans au moins, mais moins de 6 ans; d) 20% lorsqu'il l'a été pendant 6 ans au moins, mais moins de 8 ans; e) 15% lorsqu'il l'a été pendant 8 ans au moins, mais moins de 10 ans; f) 10% lorsqu'il l'a été pendant 10 ans au moins, mais moins de 25 ans; g) 0% lorsqu'il l'a été pendant 25 ans et plus.
6.3 La prorogation de l'imposition signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est cependant pas soumis à imposition. Tout se passe, sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, comme si le transfert n'avait pas eu lieu ou, en d'autres termes, comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain (<ref-ruling> consid. 2c p. 212). La prorogation n'implique toutefois pas une exemption définitive, qui serait d'ailleurs contraire à l'<ref-law> (Bernhard Zwahlen, op. cit., n° 61 <ref-law>, F. Zuppinger, op. cit., p. 318). L'augmentation de valeur qui s'est produite entre la dernière aliénation imposable et l'acte prorogeant l'imposition n'est provisoirement pas taxée; l'imposition est simplement différée jusqu'à nouvelle aliénation imposable, comme le prévoit l'art. 82 al. 3 LCP dans le canton de Genève.
7. 7.1 Dans les arrêts attaqués, le Tribunal administratif a constaté que la donation par laquelle X._ a cédé ses immeubles à ses enfants le 18 février 2000 avait différé l'imposition des gains immobiliers. Cette aliénation ne pouvait par conséquent pas être prise en compte pour le calcul des impôts dus par les recourants sur les gains immobiliers provenant de la vente des immeubles le 6 octobre 2003. Le Tribunal administratif a considéré en revanche que la liquidation des sociétés immobilières avait eu pour conséquence de faire passer les immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée de X._ et jugé qu'un tel transfert constituait la dernière aliénation soumise à l'impôt au sens de l'art. 82 al. 3 LCP. Le prix d'acquisition des immeubles en cause résultait par conséquent du transfert effectué lors de la liquidation et correspondait à la valeur comptable de sortie de la société immobilière.
Les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir vu dans la liquidation des sociétés immobilières un transfert des immeubles appartenant à celles-ci dans la fortune privée de X._. Ils soutiennent qu'un tel transfert n'a jamais eu lieu.
7.2 En l'espèce, les parties sont d'accord pour considérer que X._ détenait les actions des sociétés immobilières en cause dans sa fortune commerciale tandis que les recourants détenaient les immeubles en cause dans leur fortune privée. Le Tribunal administratif a en outre dûment considéré que la donation du 18 février 2000 constituait une aliénation qui prorogeait l'imposition conformément à l'art. 81 al. 1 lettre b LCP.
En revanche, contrairement à ce qu'a jugé le Tribunal administratif, la liquidation des sociétés immobilières de X._ en 1999 n'a pas eu pour effet de transférer dans sa fortune privée les immeubles qu'elles détenaient. En effet, l'appartenance à l'une ou l'autre fortune du contribuable n'ayant aucune influence sur la liquidation privilégiée (cf. consid. 5.4 ci-dessus), le caractère commercial des immeubles perdure sauf déclaration contraire de l'actionnaire devenant propriétaire direct. En l'espèce, non seulement une telle déclaration à l'adresse des autorités fiscales relative à un éventuel transfert d'une fortune à l'autre fait défaut mais encore X._ a expressément déclaré maintenir le caractère commercial de ses immeubles en s'engageant à "continuer à déclarer ses biens à titre professionnel" (convention du 16 août 1999, point n° 1). Il s'ensuit qu'avant leur donation le 18 février 2000, les immeubles en cause étaient et sont restés des éléments de la fortune commerciale de X._. On ne saurait toutefois en déduire, comme le font les recourants, que la dernière aliénation est intervenue plus de dix ans avant celle du 6 octobre 2003 ni que la valeur fiscale fixée cinq ans avant l'aliénation doit être considérée comme valeur d'acquisition en application de l'art. 82 al. 5 LCP.
7.3 Dans leurs raisonnements respectifs, le Tribunal administratif et les recourants ont perdu de vue que la donation d'un élément de la fortune commerciale suppose son transfert préalable dans la fortune privée du donateur (cf. consid. 5.4 ci-dessus). X._ ayant procédé le 18 février 2000 à la donation des immeubles qu'il détenait en propre depuis 1999 dans sa fortune commerciale, c'est au plus tard le 18 février 2000 que les immeubles sont passés de sa fortune commerciale dans sa fortune privée. Il est vrai que ni les faits établis par le Tribunal administratif dans les arrêts attaqués ni les dossiers ne font apparaître le prélèvement d'un quelconque impôt sur le bénéfice en capital provenant de ce transfert auprès de X._ en l'an 2000. Il n'est pas nécessaire d'élucider ces faits du moment qu'une telle imposition n'a pas fait l'objet de la procédure cantonale de recours, s'écarte des conclusions des parties et ne saurait par conséquent être examinée d'office par le Tribunal fédéral (arrêts 2D_144/2008 du 23 mars 2009, consid. 3; 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées). Un éventuel effet de la convention du 16 août 1999 sur cette question sera examiné plus loin (cf. consid. 8 ci-dessous).
Il suffit de retenir que la donation du 18 février 2000 a entraîné le passage des immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée de X._ et que l'opinion des recourants selon laquelle il n'y a pas eu d'aliénation entraînant l'imposition durant les dix années qui ont précédé la vente des immeubles le 6 octobre 2003 doit être écartée. Dès lors, leurs conclusions tendant à ce que la valeur fiscale désignée par l'art. 82 al. 5 LCP soit utilisée comme valeur d'acquisition pour calculer l'assiette de l'impôt sur les gains immobiliers doivent être rejetées.
7.4 Dans les arrêts attaqués, le Tribunal administratif a jugé que le transfert des immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée de X._ au moment de la liquidation des sociétés immobilières devait être assimilé à une aliénation en application de l'art. 80 al. 5 LCP et devait être considéré comme la dernière aliénation soumise à l'impôt au sens de l'art. 82 al. 3 LCP. Il a également jugé, sans mentionner l'art. 82 al. 9 LCP, que le prix payé lors de ce transfert ne pouvait correspondre qu'à la valeur de sortie des immeubles des sociétés immobilières (valeur comptable), ou autrement dit, à la valeur d'entrée dans le patrimoine privé de X._, soit 3'880'000 fr.
Bien qu'elle considère à tort que la dernière aliénation soumise à l'impôt a eu lieu au moment de la liquidation des sociétés immobilières et non pas au moment de la donation, la solution du Tribunal administratif qui consiste à retenir comme prix d'acquisition la valeur de sortie des comptes des sociétés immobilières n'est pas critiquable. Au vu de la connexité dans le temps des deux opérations, il importe peu à cet égard que le transfert litigieux ait eu lieu juste avant la donation du 18 février 2000 plutôt qu'en 1999, lors de la liquidation des sociétés immobilières. C'est bien la valeur de sortie des immeubles des comptes des sociétés immobilières qui est déterminante. Le point n° 1 de la convention du 16 août 1999 prévoit en effet que:
"X._ continue à déclarer ses biens à titre professionnel [...], les valeurs comptables demeurent celles en vigueur jusqu'ici".
Dans ces conditions, qui constituent pour partie une substitution de motifs, le Tribunal administratif pouvait juger que la valeur d'acquisition des immeubles par les recourants s'élevait à 3'880'000 fr.
8. Les recourants soutiennent que le Tribunal administratif a violé la convention du 16 août 1999.
8.1 La confiance résultant d'un arrangement entre l'État et un particulier, qualifié de contrat de droit administratif, est d'abord et avant tout protégée par la force contraignante attachée à un tel acte (pacta sunt servanda); les obligations de l'État qui en découlent équivalent, en règle générale, à des droits acquis, qui ont la faculté de résister à un changement de législation ("Gesetzesbeständigkeit") et ne peuvent être modifiés que par voie d'expropriation, soit moyennant le versement d'une complète indemnité (cf. <ref-ruling>, consid. 3a-b p. 144/145; récemment: arrêt 2P. 94/2006 du 16 mars 2007, consid. 3.3); le contrat de droit administratif offre donc des garanties supérieures à la seule protection de la bonne foi (cf. <ref-ruling> consid. 7a-c, p. 340/341 et les références citées; récemment: arrêt 2P. 94/2006 du 16 mars 2007, consid. 3.3).
S'il est généralement admis qu'il y a place pour le contrat de droit administratif là où la loi ne l'exclut pas expressément, il est néanmoins possible, dans certains cas, que le sens ou le but de la loi s'y oppose (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 209; <ref-ruling> consid. p. 512; récemment: arrêt 2P. 94/2006 du 16 mars 2007, consid. 3.4 et les références citées). Il en va en particulier ainsi en matière fiscale. En effet, selon la jurisprudence, l'autorité fiscale est liée par le principe de la légalité de ses actes. Elle n'a de ce fait pas la compétence de conclure des conventions ayant un effet contractuel d'où dériveraient des droits, des obligations ou qui prévoiraient la renonciation à des droits, comme en droit privé. Elle ne peut établir des conditions spéciales en raison de l'intérêt public ou pour simplifier une procédure fiscale que dans les cas expressément prévus par la loi, laquelle garantit l'égalité de traitement vis-à-vis des autres contribuables dans une même situation. Les conventions sans base légale, voire contraires à la loi, sont nulles et ne sauraient par conséquent avoir d'effet contraignant. Il n'est fait exception à cette règle que dans les cas où la base légale serait incertaine et pour autant que l'autorité procède selon la règle que le législateur aurait adoptée s'il avait voulu expressément prendre en considération le cas d'espèce, ainsi que lorsque l'établissement des faits est impossible ou difficile. Pourtant, même lorsque la convention entre l'autorité fiscale et le contribuable est nulle, il n'est pas exclu que le contribuable puisse invoquer sa bonne foi (Archives 63, 661, consid. 5a p. 670; arrêt 2A.53/1998 du 12 novembre 1998 in RDAF 1999 II p. 97, consid. 7b.aa, p. 106 s.; Danielle Yersin, Commentaire romand de la LIFD; n ° 88 ss ad Remarques préliminaires).
8.2 En l'espèce, ni le droit fédéral ni le droit cantonal n'autorisaient l'existence d'un arrangement entre l'autorité fiscale et X._ sur les questions de droit soulevées par la présente cause, sinon celle de fait arrêtant la valeur des biens professionnels aux valeurs comptables en vigueur jusqu'ici (point n° 1 de la convention du 16 août 1999). Les autres hypothèses réservées par la jurisprudence ne sont pas non plus réalisées en l'espèce. Au demeurant, les points de la convention du 16 août 1999 que les recourants invoquent à l'appui de leurs conclusions sont contraires au droit.
Il en va ainsi du point de la convention du 16 août 1999 relatif au moment auquel a eu lieu le transfert des immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée. Il a été jugé que ce transfert a eu lieu juste avant la donation (cf. consid. 5.4 et 7.3 ci-dessus). Par conséquent, les recourants ne peuvent s'appuyer sur cette dernière pour affirmer tout à la fois que X._ détenait ses immeubles dans sa fortune commerciale jusqu'à son décès alors qu'eux-mêmes les introduisaient dans leur fortune privée (mémoire de recours, p. 5): Le point n° 4 de dite convention, par lequel l'Administration fiscale s'engageait à ne pas faire valoir de transfert de la fortune commerciale dans la fortune privée au moment du décès de X._, doit à cet égard être considéré comme sans objet. Les immeubles en cause ont fait partie de la fortune privée de X._ de son vivant au plus tard une seconde avant leur donation. Ils sont resté dans cette fortune jusqu'à son décès. Ils sont par conséquent ipso jure entrés dans la fortune privée des recourants (cf. consid. 5.4 ci-dessus).
Les recourants ne peuvent pas non plus prétendre tirer un avantage du point n° 7 de la convention du 16 août 1999, en affirmant que, sans cette clause fixant le taux d'imposition à 15%, le taux applicable eût été de 0% conformément à l'art. 84 al. 1 lettre g LCP lorsque le propriétaire a été propriétaire des biens pendant 25 ans ou plus. Leur raisonnement omet le transfert de propriété en 1999 entre les sociétés immobilières et X._. Conformément à l'interdiction de la reformatio in pejus (cf. consid. 4.3 ci-dessus), il n'y a toutefois pas lieu d'examiner si un taux plus élevé aurait dû être retenu.
Contraires aux règles légales et à la jurisprudence y relative, les points de la convention du 16 août 1999 que les recourants invoquent à l'appui de leurs conclusions sont sans pertinence. Leurs griefs sur ces points doivent donc être rejetés.
8.3 Pour le surplus, les recourants n'invoquent ni l'art. 9 Cst. ni la protection de leur bonne foi. Ils n'exposent pas en quoi seraient remplies l'ensemble des conditions posées par la jurisprudence (cf. à ce sujet: <ref-ruling> consid. 6.1 p. 636 et les références citées) pour que le fisc respecte, le cas échéant, ses engagements. Faute d'être motivés conformément aux exigences de l'<ref-law>, leurs recours sont irrecevables sur ce point.
9. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet des recours dans la mesure où ils sont recevables. Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours en matière de droit public 2C_164/2009 et 2C_165/2009 sont joints.
2. Les recours 2C_164/2009 et 2C_165/2009 sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge des recourants, chacun pour moitié.
4. Le présent arrêt est communiqué à la représentante des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 13 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey