Faits:
A. Les époux AX._ et BX._ sont domiciliés dans le canton de Genève. AX._ (ci-après aussi: l'intimé), né en 1953, exerce la profession de chauffeur de taxi indépendant à plein temps.
Les époux X._ ont joint à leur déclaration fiscale pour la période 2005, établie le 3 août 2006, un compte d'exploitation couvrant la période allant du 1er janvier au 31 décembre 2005. Selon ce document, AX._ avait réalisé un chiffre d'affaires de 59'024 fr. et un bénéfice net de 26'112 fr. 35 (soit 59'024 ./. 32'911 fr. 65 de charges).
Par courriers des 17 janvier et 9 février 2007, l'Administration fiscale cantonale genevoise a invité les époux X._ à produire les disques tachygraphiques de l'année 2005, ainsi que "les relevés de caisse et toutes autres pièces justificatives [...] ayant permis de calculer le chiffre d'affaires indiqué pour CHF 59'024.-".
A une date indéterminée, AX._ a remis à l'Administration fiscale genevoise les disques tachygraphiques de l'année 2005, ainsi que des tableaux récapitulatifs journaliers pour l'année 2005, précisant les jours et les heures de travail, les jours de congé, les kilomètres parcourus, ainsi que les montants encaissés. Les disques indiquaient que le véhicule de AX._ avait parcouru 58'575 km au 6 janvier 2005 et 100'462 km au 31 décembre 2005, soit un total de 41'887 km durant l'année 2005 (= 100'462 - 58'575 km). Selon les tableaux récapitulatifs, l'intéressé avait parcouru en 2005 37'097 km à titre professionnel et encaissé 59'024 fr., soit une moyenne de 1 fr. 59 par kilomètre. Il avait par ailleurs été en vacances du 5 au 11 août et du 10 au 23 octobre 2005. Aucun jour de maladie n'était mentionné.
B. Le 10 mai 2007, l'Administration fiscale genevoise a adressé aux époux X._ un bordereau de taxation pour les impôts cantonal et communal de la période 2005 s'élevant à 10'573 fr. Elle avait procédé à une reprise de 31'400 fr. sur le bénéfice net déclaré par AX._ et arrêté celui-ci à 57'512 fr. (soit 26'112 fr. 35 + 31'400 fr.). Les relevés de AX._ indiquant des recettes inférieures à celles ressortant de l'analyse des disques et du rendement kilométrique moyen de 2 fr. 40 calculé pour Genève, l'Administration fiscale genevoise avait procédé à une estimation. Elle avait retenu que le prénommé avait parcouru au total 41'887 km en 2005, dont 5'200 km à titre privé, soit 36'687 km à titre professionnel. Elle avait appliqué le rendement moyen de 2 fr. 40 par km, qui tenait compte du lieu, des tarifs en vigueur, de l'activité de jour et de nuit, de l'affiliation, ou non, à une centrale, de la taxe de base, ainsi que des temps d'attente et des parcours à vide. Elle avait pris en considération "un kilométrage à vide de 45 %".
Les époux X._ ont formé une réclamation à l'encontre de ce prononcé. Ils ont contesté la taxation par estimation dans son principe, en faisant valoir notamment que la comptabilité produite était irréprochable.
Par décision du 26 novembre 2007, l'Administration fiscale genevoise a rejeté la réclamation.
A l'encontre de ce prononcé, les époux X._ ont recouru à la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission de recours) - dont les compétences ont été reprises entre-temps par le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Par décision du 7 décembre 2009, cette autorité a admis le recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale genevoise pour nouvelle taxation dans le sens des considérants. Elle a considéré que l'écart entre le rendement kilométrique moyen de 2 fr. 40 et celui de 1 fr. 59 ressortant des tableaux récapitulatifs journaliers de AX._ pouvait s'expliquer par les trajets facturés forfaitairement et les courses "à vide". Ce dernier rendement n'apparaissant pas insolite, les tableaux en question avaient une valeur probante et pouvaient servir de base à la taxation. Partant, il n'y avait pas lieu de procéder à une taxation par estimation.
L'Administration fiscale genevoise a déféré cette décision au Tribunal administratif - devenu entre-temps la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
Le 15 mars 2010, une audience de comparution personnelle s'est tenue.
Le 21 avril 2010, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, a transmis un document établi "à l'intention exclusive du Tribunal administratif", intitulé "coefficients d'expérience taxis, Genève", qui recensait, pour la période allant de 1996 à 2001, les données relatives à 86 chauffeurs de taxi public employés par six entreprises sises à Genève et affiliées à une centrale d'appel. Le tableau mentionnait le nombre de mois de travail saisi par le chauffeur, le total des jours travaillés, les kilomètres parcourus à titre professionnel durant la période indiquée, la recette totale, ainsi que le rendement moyen par kilomètre. Ce dernier variait entre 1 fr. 21 et 3 fr. 32. Le rendement moyen était de 2 fr. 36 et avait été arrondi vers le haut à 2 fr. 40 pour tenir compte des pourboires qui faisaient partie du chiffre d'affaires des chauffeurs indépendants.
Le 11 avril 2011, AX._ a produit un avis de taxation anonymisé concernant l'impôt fédéral direct d'un chauffeur de taxi travaillant à Genève. En l'absence de pièces justificatives, l'Administration fiscale genevoise avait procédé à une taxation par estimation. Ce faisant, elle avait appliqué un rendement kilométrique moyen de 2 fr. au lieu de 2 fr. 40 comme en l'espèce. AX._ s'est plaint d'inégalité.
Par arrêt du 17 avril 2012, la Cour de justice a rejeté le recours. Les juges cantonaux ont confirmé le point de vue de la Commission de recours selon lequel il n'y avait pas lieu de procéder à une taxation d'office du bénéfice de AX._. Celui-ci avait en effet suffisamment collaboré à l'établissement des faits en produisant son compte d'exploitation, les disques tachygraphiques et les relevés journaliers nécessaires à l'examen de sa déclaration d'impôt. On ne pouvait lui reprocher de n'avoir pas transmis les justificatifs (quittances) relatifs à chacune des courses effectuées, car l'obligation de remettre aux clients une quittance et d'en conserver une copie avait été introduite seulement par la loi genevoise du 21 janvier 2005 sur les taxis et limousines (LTaxis; RS/GE H 1 30) et son règlement d'exécution du 4 mai 2005 (RTaxis; RS/GE H 1 30.01), qui étaient tous deux entrés en vigueur seulement le 15 mai 2005; il fallait en outre tenir compte d'une période d'adaptation, car il était "notoire à Genève que tous les clients ne souhaitent pas recevoir une quittance, certains la refusant même d'emblée". En outre, le rendement kilométrique moyen de AX._ de 1 fr. 59 se trouvait dans la fourchette calculée par l'Administration fédérale des contributions et n'avait ainsi rien d'insolite. Dans ces conditions, il n'y avait pas lieu de s'écarter des documents fournis par AX._ pour déterminer son bénéfice. Il y avait d'autant moins de raisons d'appliquer le rendement moyen de 2 fr. 40 que l'Administration fiscale genevoise ne s'en tenait pas systématiquement à celui-ci, comme le montrait l'avis de taxation anonymisé concernant un autre chauffeur de taxi, où elle avait retenu un rendement moyen de 2 fr. par km.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale genevoise demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 17 avril 2012 et de rétablir sa décision du 26 novembre 2007.
L'autorité précédente s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste au surplus dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose d'admettre le recours. L'intimé s'en rapporte à justice quant à la recevabilité de ce dernier et conclut à son rejet sur le fond, sous suite de dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué s'est substitué au prononcé du 7 décembre 2009 par lequel la Commission de recours, estimant qu'il n'y avait pas lieu de procéder à une estimation du bénéfice imposable, a admis le recours et renvoyé le dossier à la recourante pour nouvelle taxation dans le sens des considérants. Il ne s'agit ainsi pas d'une décision finale au sens de l'<ref-law>, ni d'une décision considérée comme finale, comme cela est le cas lorsque l'autorité à laquelle la cause est renvoyée ne dispose d'aucune marge de manoeuvre, le renvoi ne servant qu'à calculer l'impôt dont les modalités ont été arrêtées par l'instance supérieure (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 148; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 127). Le jugement entrepris constitue plutôt une décision incidente (de renvoi) notifiée séparément, qui peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral si elle est de nature à causer un préjudice irréparable (<ref-law>). Selon la jurisprudence, cette condition est réalisée notamment lorsque l'administration est tenue par une décision de renvoi de rendre un prononcé - selon elle - contraire au droit, dès lors que celle-ci ne pourra plus par la suite contester sa propre décision (ATF <ref-ruling> consid. 1.3 p. 128; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 412). Tel est le cas en l'espèce, de sorte que l'arrêt attaqué peut faire séparément l'objet d'un recours au Tribunal fédéral.
1.2 Le jugement entrepris concerne le revenu imposable au titre des impôts cantonal et communal de la période fiscale 2005. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>. L'imposition du revenu étant une matière harmonisée au titre 2 (art. 7 ss) et la procédure de taxation au titre 5 (art. 39 ss) de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> ss).
1.3 Au surplus, le recours a été déposé en temps utile (cf. <ref-law>) à l'encontre d'une décision rendue par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). L'Administration fiscale genevoise est habilitée à recourir en vertu de l'art. 89 al. 2 let. d LTF en relation avec l'<ref-law>. Il convient donc en principe d'entrer en matière sur son recours, sous réserve de ce qui suit.
1.4 Le Tribunal fédéral fonde son examen sur les faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitrairement au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). D'une manière générale, la correction du vice doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le recourant ne saurait se contenter d'opposer sa propre version à celle retenue par l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid 1.4 p. 400).
En l'occurrence, la recourante se prévaut de faits qui, pour certains, ne ressortent pas de la décision attaquée. Comme elle n'expose pas en quoi les conditions rappelées ci-dessus seraient réunies, les faits en question ne peuvent pas être pris en considération, le Tribunal de céans étant fondé à vérifier l'application du droit sur la seule base de ceux qui ressortent de l'arrêt du 17 avril 2012.
2. 2.1 Selon l'<ref-law>, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, en particulier le produit d'une activité lucrative indépendante. Il en allait de même en vertu de l'art. 3 al. 1 de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu (revenu imposable), du 22 septembre 2000 (LIPP-IV; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009), encore applicable en l'espèce.
2.2 Aux termes de l'<ref-law>, le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (al. 1). Les personnes physiques qui ont un revenu provenant d'une activité lucrative indépendante doivent joindre à leur déclaration, à chaque période fiscale, en l'absence d'une comptabilité tenue selon l'usage commercial, l'état de leurs actifs et passifs, de leurs recettes et dépenses ainsi que de leurs prélèvements et apports privés (al. 3 1ère phrase).
Les exigences auxquelles doivent satisfaire ces états dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (cf., en relation avec l'art. 125 al. 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11], dont la teneur est en substance identique à celle de l'art. 42 al. 3 1ère phrase LHID, arrêt 2A.300/2006 du 27 février 2007 consid. 3.4, in RF 62/2007 p. 369).
Dans un arrêt du 4 juin 2012 concernant la taxation d'office d'une entreprise de taxi exploitée en raison individuelle, le Tribunal fédéral a relevé l'importance de la tenue en bonne et due forme d'un livre de caisse en particulier pour les petites entreprises. L'arrêt, rendu en matière de taxe sur la valeur ajoutée, précise que cette exigence vaut pour l'ensemble des impôts, dont l'impôt cantonal harmonisé (affaire 2C_835/2011 consid. 2.2.2, in RF 67/2012 p. 709).
La comptabilité de caisse des contribuables qui ne sont pas astreints à avoir des livres en vertu de l'<ref-law> ne doit certes pas satisfaire aux exigences d'un livre de caisse tenu en la forme commerciale. Il est toutefois insuffisant d'établir seulement des relevés du total des recettes journalières (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2ème éd., 2009, no 19 ad <ref-law>; cf. aussi en matière de taxe sur la valeur ajoutée arrêts 2A.297/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 et 2A.253/2005 de la même date consid. 3.2, in RF 61/2006 p. 556, RDAF 2007 II p. 318).
En droit cantonal, l'art. 29 al. 2 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc; RS/GE D 3 17) a le même contenu que l'<ref-law>. Sous le titre "Collaboration ultérieure du contribuable", l'art. 31 al. 1 LPFisc reprend la teneur de l'<ref-law>.
2.3 Selon l'<ref-law>, l'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (al. 1). Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou si les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue faute de données suffisantes (al. 3).
L'art. 36 al. 1 LPFisc est analogue à l'<ref-law>. S'agissant de la taxation d'office, l'art. 37 al. 1 1ère phrase LPFisc est en substance identique à l'<ref-law>. L'art. 37 al. 1 2ème phrase LPFisc précise que l'autorité fiscale se fonde sur tous les indices concluants dont elle a connaissance et peut prendre en considération notamment les coefficients expérimentaux.
3. 3.1 Le litige porte sur la question de savoir si c'est à bon droit que l'autorité précédente a estimé qu'il n'y avait pas lieu de procéder à une taxation d'office du bénéfice de l'intimé. Le Tribunal fédéral examine ce point librement (cf. arrêt 2A.113/2005 du 16 septembre 2005 consid. 3.2 non pub. in <ref-ruling>, mais in RDAF 2006 II p. 1, StE 2005 B 96.22 no 3).
3.2 Les tableaux récapitulatifs que l'intimé a produits à l'appui de son compte d'exploitation pour l'exercice 2005 indiquent les kilomètres parcourus et les montants encaissés chaque jour. S'agissant des trajets effectués, ils indiquent au total 37'097 km, alors que l'analyse des disques tachygraphiques donne 41'887 km, soit 4'790 km ou 12,9 % de plus. A cet égard, l'intimé a fait valoir qu'il avait effectué beaucoup de trajets privés, en ajoutant qu'il n'avait pas systématiquement mis le tachygraphe en mode "pause" lors de tels parcours. La différence de 4'790 km est d'ailleurs inférieure au kilométrage privé admis forfaitairement par la recourante (soit 5'200 km). En ce qui concerne le kilométrage, les tableaux en question n'apparaissent ainsi pas dénués de valeur probante lorsqu'on les compare avec les disques tachygraphiques.
S'agissant du rendement kilométrique, la moyenne ressortant des tableaux de l'intimé (1 fr. 59) est largement inférieure - d'environ 33% - à celle (2 fr. 40) issue des données d'expérience collectées par l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, dont le Tribunal fédéral a récemment encore rappelé la pertinence en matière d'impôts directs (arrêt 2C_32/2012 + 2C_33/2012 du 22 juin 2012 consid. 2.3). Dans un tel cas, il appartient à l'exploitant de l'entreprise de taxi d'expliquer les raisons d'un tel écart (cf. arrêt 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 3, in RF 61/2006 p. 558). Le fait que la moyenne de l'entreprise en question se trouve encore "dans la fourchette" (allant en l'occurrence de 1 fr. 21 à 3 fr. 32 par km) des données d'expérience de l'Administration fédérale des contributions ne le met pas dans tous les cas à l'abri d'une taxation d'office. Ainsi, dans le cas particulier, force est d'admettre, avec la recourante, que l'intimé n'est pas parvenu à expliquer de manière plausible et preuves à l'appui cet écart important par rapport à la moyenne. Sa justification tirée des courses à prix forfaitaire n'est en effet étayée que par une seule facture. Il a par ailleurs affirmé - sans fournir ni offrir davantage de preuves - qu'il effectuait 45 à 50% des trajets "à vide", sans rémunération, mais il ressort de la décision attaquée que le rendement moyen de 2 fr. 40 par km tient précisément compte d'un "kilométrage à vide de 45%". Ce second motif ne saurait par conséquent non plus expliquer l'écart par rapport à la moyenne. Dans ces conditions, la valeur probante des tableaux récapitulatifs ne peut être admise.
A cela s'ajoute qu'il ne ressort pas de la décision attaquée que l'intimé aurait disposé, en guise de comptabilité de caisse, d'autres documents que les tableaux récapitulatifs journaliers qui viennent d'être évoqués. Il n'est en particulier pas question d'un livre de caisse tenu en bonne et due forme. Or, s'il est nécessaire que les exploitants d'entreprises de taxis établissent des rapports journaliers des courses effectuées, lesquels peuvent être mis en relation avec les disques tachygraphiques (cf. arrêts 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 4.2; 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2, in RF 62/2007 p. 591), cela ne les dispense pas de tenir un livre de caisse - conformément à la jurisprudence et à la doctrine citées plus haut (consid. 2.2) - sur lequel les relevés journaliers doivent pouvoir s'appuyer.
Dans ces conditions, l'<ref-law> et l'art. 37 al. 1 1ère phrase LPFisc imposent de procéder à une taxation d'office, les éléments imposables ne pouvant être déterminés avec la précision voulue, faute de données probantes suffisantes. Le recours est bien fondé.
Au demeurant, si l'intimé a contesté la justification de la taxation d'office dans son principe, il ne s'en est pas pris aux modalités de celle-ci, ce qu'il aurait dû faire en s'efforçant d'en démontrer le caractère manifestement inexact (cf. <ref-law>). Compte tenu également de ce qui a été dit précédemment au sujet de la prise en considération des données d'expérience, rien ne s'oppose dès lors à ce que la décision sur réclamation du 26 novembre 2007 soit confirmée.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être admis. L'arrêt de la Cour de justice du 17 avril 2012 est annulé et la décision sur réclamation de l'Administration fiscale genevoise du 26 novembre 2007 est confirmée.
Succombant, l'intimé doit supporter des frais judiciaires (cf. <ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (cf. <ref-law>).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue à l'<ref-law> et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue sur les frais et les dépens de la procédure suivie devant elle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt de la Cour de justice du canton de Genève du 17 avril 2012 est annulé et la décision sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale genevoise du 26 novembre 2007 est confirmée.
2. La cause est renvoyée à la Cour de justice du canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué à l'Administration fiscale cantonale genevoise, au mandataire de l'intimé, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 12 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin