Sachverhalt:
A. A.a Die 1951 geborene B._ war bis August 2000 Datenbank-Koordinatorin bei der Firma X._. Mit Verfügung vom 28. August 2000 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Zürich ab 1. März 1999 eine halbe Invalidenrente zu. In der Folge lehnte sie eine revisionsweise Rentenerhöhung ab (Einsprachentscheid vom 3. September 2003). Im Mai 2006 wurde eine erneute Rentenrevision veranlasst. Die IV-Stelle zog unter anderem ein internistisches, psychiatrisches und neurologisches Gutachten des Instituts Y._ vom 7. Januar 2008 bei. Mit Verfügung vom 27. November 2008 hob sie die Invalidenrente auf Ende des der Zustellung folgenden Monats auf. Die dagegen geführte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich in dem Sinne gut, dass es die Verfügung aufhob und die Sache zur Einholung eines rheumatologischen Gutachtens an die IV-Stelle zurückwies, damit sie nach erfolgter Abklärung über den Rentenanspruch neu verfüge (Entscheid vom 26. Mai 2009).
A.b Diese holte ein Gutachten der Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._, Innere Medizin FMH spez. Rheumaerkrankungen, vom 27. April 2010 ein. Mit Verfügung vom 30. März 2011 hielt die IV-Stelle an der am 27. November 2008 verfügten Rentenaufhebung fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 5. April 2012 ?b.
C. Mit Beschwerde beantragt die Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihr rückwirkend ab Einstellung der vorbestehenden Invalidenrente unbefristet eine unveränderte halbe Invalidenrente, eventuell eine Viertelsrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen zur Klärung der Diskrepanz zwischen den CT-Befunden vom 11. März 2010 und 23. September 2002 (rheumatologisches Obergutachten mit MRI) sowie zur Einholung eines aktualisierten psychiatrischen Gutachtens bezüglich der Frage der Überwindbarkeit des Fibromyalgie-Syndroms.
Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen. sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen sowie die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> und der Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Akten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Die aufgrund ärztlicher Unterlagen gerichtlich festgestellte Gesundheitssituation bzw. Arbeitsfähigkeit und deren Veränderung in einem bestimmten Zeitraum sowie die konkrete Beweiswürdigung sind Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397; nicht publ. E. 4.1 des Urteils <ref-ruling>, veröffentlicht in: SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164 [9C_204/2009]).
2. Die Vorinstanz hat die massgebenden Beurteilungsgrundlagen, insbesondere über die Rentenrevision (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 132), richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen. Da die Versicherte die Rente bei Inkrafttreten des ATSG am 1. Januar 2003 bereits bezog, sind an sich die davor geltenden Rechtsnormen massgebend (Art. 82 Abs. 1 erster Satz ATSG; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 446); doch zeitigt dies keine Folgen, da das ATSG bei der Invaliditätsbemessung keine Änderungen brachte (<ref-ruling>, 130 V 343 und 393; Urteil 8C_829/2011 vom 9. März 2012 E. 3).
3. Zu prüfen ist, ob zwischen dem Einspracheentscheid vom 3. September 2003 - Bestätigung des Anspruchs auf eine halbe Invalidenrente - und der streitigen Rentenaufhebungsverfügung vom 30. März 2011 eine erhebliche Verbesserung der Arbeitsfähigkeit eintrat. Die unterschiedliche Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts ist im revisionsrechtlichen Kontext unbeachtlich (nicht publ. E. 3.2 des Urteils <ref-ruling>, veröffentlicht in SVR 2011 IV Nr. 1 S. 1 E. 3.2 [8C_972/2009]). Die auf der Würdigung der ärztlichen Befunde beruhende vorinstanzliche Feststellung, ob seit der ursprünglichen Rentenzusprechung eine Veränderung der gesundheitlichen Verhältnisse bzw. der Arbeitsfähigkeit eingetreten ist, bindet das Bundesgericht grundsätzlich (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Insoweit hat die Frage, ob im Einzelfall eine substanzielle Veränderung der Faktenlage oder aber eine abweichende Beurteilung vorliegt, tatsächlichen Charakter. Rechtlicher Natur ist hingegen, welchen Anforderungen der (gutachtliche) Beweis einer solchen Feststellung gerecht werden muss. Dementsprechend ist letztinstanzlich frei überprüfbar, ob die vorinstanzliche Beweiswürdigung diese beweisrechtlichen Vorgaben beachtet (Urteil 8C_437/2012 vom 5. September 2012 E. 5.1).
4. 4.1 Grundlage des Einspracheentscheides vom 3. September 2003 waren das Gutachten des Spital U._, Rheumaklinik und Institut für Physikalische Medizin, vom 27. Dezember 2001 - mit der Diagnose eines cervicovertebralen Syndroms mit intermittierender spondylogener Ausstrahlung bei degenerativen Veränderungen, Fehlform thorakal und Status nach Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS) am 28. Februar/1. März 1998 - sowie dessen Berichte vom 30. Oktober und 11. November 2002. Demnach war die Versicherte in einer leichten, wechselbelastenden Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig.
4. 4.1 Grundlage des Einspracheentscheides vom 3. September 2003 waren das Gutachten des Spital U._, Rheumaklinik und Institut für Physikalische Medizin, vom 27. Dezember 2001 - mit der Diagnose eines cervicovertebralen Syndroms mit intermittierender spondylogener Ausstrahlung bei degenerativen Veränderungen, Fehlform thorakal und Status nach Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS) am 28. Februar/1. März 1998 - sowie dessen Berichte vom 30. Oktober und 11. November 2002. Demnach war die Versicherte in einer leichten, wechselbelastenden Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig.
4.2 4.2.1 Bei der Rentaufhebungsverfügung vom 30. März 2011 stützten sich IV-Stelle und Vorinstanz auf das rheumatologische Gutachten der Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ vom 27. April 2010, die eine Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) durch das Arbeitsmedizin Zentrum I._ veranlasste. Die Gutachterin stellte keine Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit. Ohne Auswirkung auf diese diagnostizierte sie: Nikotinabusus, Fibromyalgie-Syndrom, Status nach HWS-Distorsionstrauma im März 1998 und leichte, vorwiegend sensible symmetrische Polyneuropathie. Aus rheumatologischer Sicht sei die Versicherte gar nie langandauernd arbeitsunfähig gewesen. Sie könne die angestammte Tätigkeit und sämtliche Tätigkeiten, die Frauen ihres Alters üblicherweise machen könnten, zu 100 % ausüben. In der letzten rheumatologischen Beurteilung habe das Spital U._ eine 50%ige Arbeitsfähigkeit in einer adaptierten Tätigkeit attestiert. Seither seien die Richtlinien bei der Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit durch die Stelle W._ richtungsweisend definiert und 2007 publiziert worden. Unter Berücksichtigung der aktuell gültigen Richtlinien sei die Versicherte aus rheumatologischer Sicht nie langandauernd arbeitsunfähig gewesen.
4.2.2 Nach dem Gesagten begründete die Gutachterin die 100%ige Arbeitsfähigkeit der Versicherten mit den geänderten Richtlinien der Stelle W._. Dies bildet indessen keinen Grund, auf den Einspracheentscheid vom 3. September 2003 zurückzukommen, weil es sich dabei nicht um neue oder geänderte Tatsachen hinsichtlich des Gesundheitszustandes bzw. der Arbeitsfähigkeit handelt. Vielmehr liegt eine lediglich andere und damit revisionsrechtlich nicht relevante Neubeurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts vor (siehe E. 3 hievor).
4.2.3 Die Rechtsprechung, wonach Fibromyalgien (<ref-ruling>) und Schleuder- bzw. Distorsionstraumen der HWS (<ref-ruling>) grundsätzlich nicht invalidisierend sind, bildet keinen Grund für die Herabsetzung oder Aufhebung einer rechtskräftig zugesprochenen laufenden Rente unter dem Titel der Anpassung an geänderte Rechtsgrundlagen (SVR 2009 IV Nr. 57 S. 177 E. 3.1 [9C_149/2009]; Urteil 8C_256/2011 vom 21. Juni 2011 E. 7.3).
4.2.4 Anhaltspunkte für eine Veränderung der erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes, bestehen nicht (vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 349 f.). Demnach erfolgte die Rentenaufhebung nach <ref-law> zu Unrecht.
5. Die Voraussetzungen für eine prozessuale Revision (<ref-law>) oder Wiedererwägung (<ref-law>) des Einspracheentscheides vom 3. September 2003 liegen nicht vor (SVR 2012 IV Nr. 36 S. 140 E. 4.1 f. [9C_896/2011]). Mit Blick auf <ref-law> kann nicht gesagt werden, er sei nach damaliger Sach- und Rechtslage zweifellos unrichtig gewesen (<ref-ruling> E. 2 S. 369; SVR 2010 IV Nr. 5 S. 10 E. 2 [8C_1012/2008]). Es kann auch nicht von einer damals klaren Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes ausgegangen werden (Urteil 8C_492/2011 vom 19. Oktober 2011 E. 5.1).
6. Die unterliegende IV-Stelle trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 5. April 2012 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 30. März 2011 werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Oktober 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Jancar