Faits:
A. Le 4 mai 2003, S._, né en 1980, à cette époque informaticien au service de X._, a été victime d'une chute à moto lui ayant occasionné une contusion du flanc droit. Il a été soigné à l'Hôpital Y._ qui a constaté un hématome et une dermabrasion du flanc droit. Dès le 9 mai 2003, l'assuré s'est plaint de lombalgies pour lesquelles son médecin traitant, le docteur B._, a attesté une incapacité de travail totale à partir du 4 mai 2003. Avertie le 14 mai suivant de cet accident par l'employeur de S._, la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) en a accepté la prise en charge. Après avoir préconisé une reprise du travail à 50 % dès le 27 mai 2003, le docteur B._ a prescrit un nouvel arrêt de travail à 100 %, dès le 19 septembre 2003, en raison d'une recrudescence de la problématique lombaire.
Un examen IRM pratiqué le 25 septembre 2003 par le docteur P._ n'a révélé aucune anomalie osseuse pathologique décelable; l'aspect des interlignes articulaires était également normal, mais de petits débords discaux postérieurs étaient présents au niveau de L4-L5 et de L5-S1, modifiant légèrement l'environnement en avant du fourreau dural; il n'y avait ni signe en faveur d'une hernie discale, ni canal lombaire étroit, ni rehaussement pathologique après injection de Gadolinium.
Du 3 au 21 février 2004, S._ a séjourné à la Clinique de réadaptation de L._. Selon les conclusions des médecins de cette institution, il présentait, sous l'angle rheumatologique, une capacité de travail de 50 % dans sa profession d'informaticien (susceptible de passer à 100%).
Déjà en possession de l'avis de son médecin d'arrondissement, le docteur C._ (rapports des 8 juillet 2003 et 22 mars 2004), la CNA a requis l'appréciation du docteur K._, spécialiste en chirurgie orthopédique de la Division Médecine des assurances (rapport du 26 mai 2004). Se fondant sur les conclusions de ce dernier, la CNA a mis un terme au versement de ses prestations avec effet au 26 mai 2004, au motif que les plaintes résiduelles étaient, à partir de cette date, d'origine exclusivement maladive (décision du 19 juillet 2004). L'assuré ayant fait opposition à cette décision, la CNA a demandé une nouvelle appréciation au docteur K._ (rapport du 8 février 2005). Par décision du 11 février 2005, la CNA a rejeté l'opposition de l'assuré.
B. Par jugement du 9 décembre 2005, le Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française a rejeté pour les même motifs le recours formé par S._ contre la décision sur opposition de la CNA du 11 février 2005.
C. S._ a formé un recours contre ce jugement dont il requiert l'annulation ainsi que celle de la décision sur opposition de la CNA, sous suite de frais et dépens. Par la suite, il s'est plaint de ce que la CNA ne lui a pas versé l'intégralité du dédommagement prévu et a demandé que l'intimée soit condamnée à lui payer 14'595 fr. (lettre du 30 janvier 2006).
La CNA conclut au rejet du recours. Invitée à s'exprimer, Helsana Assurances, assureur maladie a indiqué qu'elle avait retiré, le 26 août 2004, l'opposition qu'elle avait formée contre la première décision de la CNA. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 1205, 1242). L' acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 395).
2. Dans la procédure de recours concernant l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral en matière d'assurance-accidents n'est pas limité à la violation du droit fédéral - y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation - mais s'étend également à l'opportunité de la décision attaquée. Le tribunal n'est alors pas lié par l'état de fait constaté par la juridiction inférieure, et il peut s'écarter des conclusions des parties à l'avantage ou au détriment de celles-ci (art. 132 OJ dans sa teneur en vigueur jusqu'au 30 juin 2006).
3. Le litige porte sur le droit du recourant à des prestations de l'assurance-accidents au-delà du 25 mai 2004, singulièrement sur l'existence d'un lien de causalité naturelle entre les troubles de la santé, ainsi que l'incapacité de travail que celui-ci a présentés, à partir de cette date et l'accident du 4 mai 2003.
4. Les premiers juges ont exposé correctement les règles légales à la solution du litige. Il suffit de renvoyer au jugement attaqué, singulièrement au consid. 2 où sont rappelées les notions jurisprudentielles de causalité naturelle et adéquate ainsi que les principes régissant l'appréciation des preuves dans le domaine médical.
On ajoutera, cependant, que dans le contexte de la suppression du droit à des prestations, la règle selon laquelle le fardeau de la preuve appartient à la partie qui invoque la suppression du droit (RAMA 2000 n° U 363 p. 46 consid. 2, U 355/98) entre seulement en considération s'il n'est pas possible, dans les limites du principe inquisitoire, d'établir sur la base d'une appréciation des preuves un état de fait qui au degré de vraisemblance prépondérante corresponde à la réalité (<ref-ruling> consid. 3b p. 264). La preuve de la disparition du lien de causalité naturelle ne doit pas être apportée par la preuve de facteurs étrangers à l'accident. Il est encore moins question d'exiger de l'assureur-accidents la preuve négative qu'aucune atteinte à la santé ne subsiste plus ou que la personne assurée est dorénavant en parfaite santé. Est seul décisif le point de savoir si les causes accidentelles d'une atteinte à la santé ne jouent plus de rôle et doivent ainsi être considérées comme ayant disparu (arrêt S. du 15 novembre 2006, U 151/06 consid. 2.2 in fine et les arrêts cités).
5. 5.1 La juridiction cantonale a repris à son compte les conclusions du docteur K._ du 26 mai 2004, confirmées par ce praticien le 8 février 2005, dans le cadre de la procédure d'opposition. Elle a ainsi retenu qu'il ne subsistait pas, au-delà du 26 mai 2004, à tout le moins, - selon un degré de vraisemblance prépondérante -, plus aucun lien de causalité naturelle entre l'accident du 4 mai 2003 et les douleurs lombaires du recourant. Faute d'un tel lien, une causalité adéquate ne pouvait pas non plus être donnée.
5.2 Pour rendre ses conclusions, le docteur K._ s'est appuyé sur l'ensemble des pièces médicales (y compris un dossier radiologique complet) ainsi que sur une analyse très détaillée de l'anamnèse et de la situation post-accidentelle, complétée par des références à une abondante littérature médicale.
6. 6.1 A l'instar des premiers juges, le Tribunal fédéral n'a aucun motif de s'écarter des conclusions du docteur K._. Son appréciation répond en tous points aux exigences permettant de lui reconnaître pleine valeur probante su sens de la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 3a p. 352).
6.2 Le recourant fait grief à la juridiction cantonale de n'avoir pas pris en considération les éléments médicaux contraires (notamment les avis du docteur B._ ainsi que ceux du docteur C._ et le rapport du 31 octobre 2003 du docteur H._, spécialiste en chirurgie orthopédique). Cependant, le juge statue en matière de fait au regard de la vraisemblance prépondérante. Par ailleurs, dans le cadre de l'appréciation des preuves, les premiers juges ont soigneusement analysé les divers rapports médicaux des médecins précités et donné dans chaque cas les motifs pertinents pour lesquels ils ont considéré que leurs conclusions n'étaient pas aptes à jeter un doute sur la valeur probante du rapport du docteur K._. A raison ont-ils déduit de cette appréciation que la relation de causalité entre la chute du 4 mai 2003 et les troubles lombaires subséquents au 25 mai 2004 était seulement possible, ce qui est insuffisant au regard de la règle de vraisemblance prépondérante.
Il s'ensuit que les atteintes lombaires du recourant ne sont plus en relation de causalité naturelle avec la chute du 4 mai 2003.
Dans ces conditions, les pièces médicales versées au dossier permettent de statuer en pleine connaissance de cause sur le présent litige, si bien que la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise s'avérait superflue. Les premiers juges pouvaient s'en dispenser par appréciation anticipée des preuves (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 428/429). Partant, le grief du recourant tiré de la violation du droit d'être entendu par la juridiction cantonale dans ce contexte doit être rejeté.
6.3 On ajoutera que compte tenu de la présence de minimes discopathies propres à constituer un état maladif antérieur (cf. consid. 3.2 du jugement entrepris) les troubles résiduels lombaires invoqués par le recourant ne sauraient davantage être interprétés dans le sens d'une aggravation de cet (éventuel) état maladif préexistant du point de vue de l'accident pour les motifs exposés en détail au consid. 3.4 du jugement cantonal.
7. Dans sa lettre du 30 janvier 2006, le recourant semble reprocher à la CNA de ne lui avoir pas versé les indemnités qui lui étaient dues pour la période précédant la date à laquelle l'intimée a supprimé le versement de ses prestations. C'est une question qu'il n'y a pas lieu d'examiner dans le présent litige. Si le recourant entend contester le mode de règlement des indemnités auxquelles il avait droit jusqu'au 25 mai 2004, il lui appartient de s'adresser à la CNA qui rendra une décision à ce sujet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Dans la mesure où il est recevable, le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
3. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à Helsana Assurances SA, Burgdorf, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 6 mars 2007
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière: