Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Da es um eine Strafsache geht, ist die als staatsrechtliche Beschwerde bezeichnete Eingabe als Beschwerde gemäss <ref-law> entgegenzunehmen. Mit diesem Rechtsmittel können auch Verfassungsverletzungen gerügt werden.
2. Der Beschwerdeführer wendet sich dagegen, dass auf seine Strafanzeige wegen falschen ärztlichen Zeugnisses, eventuell Irreführung der Rechtspflege und wegen Ehrverletzungsdelikten (welche derzeit beim Friedensrichteramt des Bezirks Brugg hängig sind; vgl. Beschwerde S. 2) bzw. Gehilfenschaft zu einem Vergehen nicht eingetreten und im angefochtenen Entscheid eine Beschwerde abgewiesen wurde. Die Frage der Beschwerdelegitimation kann offen bleiben. Aus der Beschwerde ergibt sich nicht, dass und inwieweit die Vorinstanz den Sachverhalt offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> bzw. willkürlich im Sinne von <ref-law> festgestellt, die Grundrechte des Beschwerdeführers verletzt, Verfahrensfehler begangen oder sonst gegen das Recht im Sinne von <ref-law> verstossen haben könnte. Die Eingabe genügt folglich den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law> nicht. Darauf ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
3. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill