Sachverhalt:
A. S._ beantragte im Mai 2010 Ergänzungsleistungen zur Altersrente der AHV. Die Durchführungsstelle für Zusatzleistungen zur AHV/IV der Gemeinde X._ berücksichtigte bei der Berechnung des Anspruchs ein Verzichtsvermögen von Fr. 200'000.- per 1. Januar 2007, was zu einem Einnahmenüberschuss führte. Sie verneinte daher mit Verfügung vom 20. Juli 2010 den Anspruch auf Zusatzleistungen, woran sie mit Einspracheentscheid vom 13. September 2010 festhielt.
B. Die Beschwerde des S._ hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach zweifachem Schriftenwechsel mit Entscheid vom 29. Mai 2012 insoweit gut, als es das Verzichtsvermögen auf Fr. 150'000.- reduzierte (und beim ebenfalls angerechneten Auto den Wert auf Fr. 2'638.- herabsetzte).
C. S._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 29. Mai 2012 sei zu ändern, soweit er die vorinstanzliche Beschwerde abweist, der Einspracheentscheid vom 13. September 2010 und die Verfügung vom 20. Juli 2010 seien aufzuheben, der Anspruch auf Ergänzungsleistungen sei unter Verneinung eines Vermögensverzichts mit Wirkung ab Mai 2010 zu bejahen und die Sache zu Berechnung und anschliessender neuer Verfügung an die Durchführungsstelle zurückzuweisen.
Die Durchführungsstelle für Zusatzleistungen zur AHV/IV der Gemeinde X._ beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Sozialversicherungsgericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit einer weiteren Eingabe hat sich S._ zu den Vorbringen der Gegenpartei geäussert.

Erwägungen:
1. Der vorinstanzliche Entscheid, soweit angefochten, bejaht einen Vermögensverzicht in der Höhe von Fr. 200'000.- für 2004 bzw. von Fr. 150'000.- am 1. Januar 2010 (Art. 11 Abs. 1 lit. g ELG und Art. 17a Abs. 1 und 2 ELV [jährliche Amortisation um 10'000 Franken]) und weist die Sache zu entsprechender neuer Berechnung des Anspruchs und zu neuer Verfügung an die Durchführungsstelle zurück. Die Rückweisung dient somit lediglich der (rechnerischen) Umsetzung des vorinstanzlich Angeordneten. Es liegt somit, materiell, ein Endentscheid im Sinne von <ref-law> vor (Urteile 2C_460/2012 vom 2. November 2012 E. 2.1 und 9C_723/2011 vom 2. Juli 2012 E. 1.1).
2. Die jährliche Ergänzungsleistung entspricht dem Betrag, um den die anerkannten Ausgaben die anrechenbaren Einnahmen übersteigen (Art. 9 Abs. 1 ELG). Als Einnahmen angerechnet werden u.a. zwei Drittel der Erwerbseinkünfte in Geld oder Naturalien, soweit sie bei Ehepaaren und Personen mit Kindern, die einen Anspruch auf eine Kinderrente der AHV begründen, 1'500 Franken übersteigen, sowie Einkünfte und Vermögenswerte, auf die verzichtet worden ist (Art. 11 Abs. 1 lit. a und lit. g ELG). Der anzurechnende Betrag von Vermögenswerten, auf die verzichtet worden ist, wird jährlich um 10'000 Franken vermindert. Der Wert des Vermögens im Zeitpunkt des Verzichts ist unverändert auf den 1. Januar des Jahres, das auf den Verzicht folgt, zu übertragen und dann jeweils nach einem Jahr zu vermindern (Art. 17a Abs. 1 und 2 ELV).
Nach der Rechtsprechung ist der Tatbestand des Art. 11 Abs. 1 lit. g ELG erfüllt, wenn der Anspruchsberechtigte ohne rechtliche Verpflichtung und ohne adäquate Gegenleistung auf Einkünfte oder Vermögen verzichtet hat (<ref-ruling> E. 3.2 S. 70; <ref-ruling> E. 4.2 S. 332 mit Hinweisen; Urteil 9C_904/2011 vom 5. März 2012 E. 4.1).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat ein Verzichtsvermögen von Fr. 306'142.- über den Zeitraum vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2009 ermittelt. Davon hat sie, wie zuvor die Durchführungsstelle, Fr. 200'000.- angerechnet unter der Annahme jährlicher Lebenshaltungskosten von Fr. 50'000.-. Die Fr. 306'142.- setzten sich zusammen aus der Summe der unerklärten Differenzen zwischen dem Soll- und dem (steuerrelevanten) Ist-Vermögensstand am Ende des jeweiligen Jahres (2004: Fr. 65'231.-, 2005: Fr. 53'440.-, 2006: Fr. 42'010.-, 2007: Fr. 52'313.-, 2008: Fr. 86'191.-, 2009: Fr. 6'957.-). Das Soll-Vermögen entsprach dem Vermögen Anfang Jahr, zuzüglich Vermögenszufluss (realisierte Kursgewinne auf Wertpapieren, Vorsorgekapitalbezug 2005 und 2006, Altersrente der AHV seit 2006), abzüglich realisierte Kursverluste auf Wertpapieren und (belegte) Lebenshaltungskosten.
Nach Auffassung des kantonalen Sozialversicherungsgerichts vermochte der Beschwerdeführer die Vermögensabnahme nicht durch höhere Lebenshaltungskosten (als Fr. 50'000.-) zu erklären. Neben den Zahlungen von seinem Konto habe er lediglich nicht mehr nachzuweisende Barauslagen getätigt. Allein die Kosten für Lebensmittel und Verkehr vermöchten die Vermögensabnahme nicht zu erklären. Ebenso wenig seien eine Hebung des Lebensstandards und dadurch bedingte besondere Ausgaben, Anschaffungen oder sonstige Leistungen ausgewiesen. Unter diesen Umständen sei nicht zu beanstanden, dass die Durchführungsstelle einen durchschnittlichen Bedarf von jährlich rund Fr. 50'000.- als mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt angenommen habe und (demzufolge) von einem anrechenbaren Vermögensverzicht ausgegangen sei.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt, die vorinstanzliche Annahme eines durchschnittlichen Bedarfs von jährlich etwa Fr. 50'000.- beruhe auf einem offensichtlich unrichtig bzw. unvollständig festgestellten Sachverhalt. Aus den in den Akten befindlichen Kontoauszügen ergäben sich nach dem hier massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit weit höhere Ausgaben, was eine erhebliche Reduktion des angerechneten Vermögensverzichts oder sogar einen Verzichtstatbestand ausschlösse (vgl. E. 4.1). Weiter rügt der Beschwerdeführer, das kantonale Sozialversicherungsgericht habe zu Unrecht lediglich die realisierten Börsengewinne und -verluste berücksichtigt, dagegen nicht die im vorinstanzlichen Verfahren mit Tabellen und dem Wertschriftenverzeichnis rechtsgenüglich belegten Buchverluste in der Höhe von Fr. 169'755.-. Dies führe faktisch zur Bejahung eines Vermögensverzichts im Zusammenhang mit nicht voraussehbaren Verlusten bei Börsengeschäften. Eine korrekt berechnete Vermögensverminderung in den Jahren 2004 bis 2009 ergäbe monatlich rund Fr. 1'858.-, was im normalen Rahmen der notwendigen Ausgaben für den allgemeinen Lebensbedarf liege (vgl. E. 4.2).
4. 4.1 Die Vorinstanz ist von belegten Lebenshaltungskosten von Fr. 46'097.- (2004), Fr. 31'689.- (2005), Fr. 41'061.30 (2006), Fr. 43'699.- (2007), Fr. 37'591.- (2008) und Fr. 36'951.- (2009) ausgegangen. Dabei handelt es sich um die Belastungen des Privatkontos Nr. ... bei der Bank Y._ für Sammelaufträge, insbesondere Miete, Versicherungsprämien, Abonnementsgebühren usw.. Die Beschwerdegegnerin weist insoweit richtig darauf hin, dass die monatlichen Belastungsanzeigen auch Zahlungen für Kreditkartenschulden ausweisen. Gemäss den Postenauszügen tätigte der Beschwerdeführer indessen auch Maestrocard-Bezüge, in der Regel in der Höhe von Fr. 300.- oder Fr. 400.-. 2006 etwa beliefen sich diese Bezüge auf insgesamt Fr. 16'700.-. Es besteht kein Anlass anzunehmen, der Beschwerdeführer habe dieses Geld ohne rechtliche Verpflichtung und ohne adäquate Gegenleistung verwendet. Sie sind daher bei den (belegten) Lebenshaltungskosten mitzuberücksichtigen. Insgesamt rechtfertigt es sich, unter diesem Titel von einem durchschnittlichen jährlichen Bedarf von mindestens Fr. 60'000.- auszugehen.
4.2 Die Vorinstanz hat neben dem 2005 und 2006 ausbezahlten Vorsorgekapital und der seit 2006 ausgerichteten Altersrente der AHV lediglich die realisierten Börsengewinne und -verluste gemäss der vom Beschwerdeführer eingereichten Tabelle vom 3. Oktober 2010 als Vermögenszufluss und -abflussgrössen berücksichtigt (vorne E. 3.1). In der Replik hatte der Beschwerdeführer geltend gemacht, sein Vermögen habe sich auch durch die Buchverluste vermindert. Diese beliefen sich gemäss der Aufstellung "Vermögensentwicklung 2004-2009" und der Tabelle "Wertschriftendepot" auf Fr. 44'877.- (2004), Fr. 17'612.- (2005), Fr. 12'200.- (2006), Fr. 38'962.- (2007) und Fr. 68'930.- (2008). Im Jahr 2009 resultierte ein Buchgewinn von Fr. 12'826.-. Damit war der sinngemässe Antrag, es seien auch die Buchgewinne und -verluste in die Berechnung des jeweils Ende Jahr noch vorhandenen Vermögens einzubeziehen, entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin genügend substanziiert. Die Vorinstanz hat nicht begründet, weshalb die Buchgewinne und -verluste zwischen Kauf und Verkauf unberücksichtigt zu bleiben haben.
Der Beschwerdeführer legt anhand von zwei einfachen Beispielen dar, dass bei Ausserachtlassen von Buchverlusten der realisierte Börsenverlust bei Verkauf geringer ausfallen kann als er effektiv ist. Die Beschwerdegegnerin bestreitet - zu Recht - nicht, dass auch die Buchgewinne und -verluste bei der Analyse des Vermögensverlaufs zu berücksichtigen sind. Dies zeigt folgendes Beispiel: Das (steuerbare) Vermögen am 1. Januar setzt sich zusammen aus dem Wertpapier A (Kurswert a) und Übriges. Im Verlauf des Jahres wird das Wertpapier A verkauft zum Preis VPA und das Wertpapier B gekauft zum Preis KPB. Ende Jahr besteht das Vermögen aus dem Wertpapier B (Kurswert b), dem Verkaufspreis VPA abzüglich dem Kaufpreis KPB und Übriges bzw. aus der Summe von Vermögen Anfang Jahr (a + Übriges), Buchgewinn oder -verlust (b - KPB) und realisierter Börsengewinn oder -verlust (VPA - a). Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin sind die geltend gemachten Buchverluste und -gewinne glaubhaft. Daran ändert nichts, dass diesbezüglich Widersprüche in den Unterlagen des Beschwerdeführers bestehen sollen, wie sie vorbringt. Jedenfalls geht es nicht an, in Bezug auf die realisierten Verluste auf dessen Angaben abzustellen, die geltend gemachten Buchverluste und -gewinne dagegen als nicht glaubhaft abzutun. Es wird Aufgabe der Vorinstanz sein, diesbezüglich Klarheit zu schaffen (vgl. <ref-law> und <ref-ruling> E. 6c S. 201). Danach wird sie unter Berücksichtigung des in E. 4.1 Gesagten über das Vorliegen eines Verzichtstatbestandes nach Art. 11 Abs. 1 lit. g ELG neu entscheiden. In diesem Sinne ist die Beschwerde begründet.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Mai 2012 wird aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie nach Abklärungen im Sinne der Erwägungen neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Dezember 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Fessler