Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Vorinstanz hat die massgebenden gesetzlichen Bestimmungen zum Anspruch auf medizinische Massnahmen bei Geburtsgebrechen (Art. 13 Abs. 1 und 2 IVG; Art. 1 Abs. 1 und 2 GgV) richtig dargelegt. Zutreffend wiedergegeben ist ferner Ziff. 404 GgV-Anhang betreffend die Voraussetzungen, unter welchen die Invalidenversicherung die Behandlung eines Psychoorganischen Syndroms (POS) zu übernehmen hat. Darauf wird verwiesen.
b) In <ref-ruling> hat das Eidgenössische Versicherungsgericht seine Rechtsprechung zum Psychoorganischen Syndrom nach Ziff. 404 GgV Anhang zusammengefasst und die Gesetzmässigkeit der erwähnten Ziffer bestätigt. Es hat sodann festgehalten, dass die in dieser Ziffer genannten Voraussetzungen für Leistungen der Invalidenversicherung auf der medizinisch begründeten und empirisch belegten Annahme beruhen, dass das Gebrechen vor Vollendung des
9. Altersjahres diagnostiziert und behandelt worden wäre, wenn es angeboren gewesen wäre (<ref-ruling> Erw. 3a/dd).
Rechtzeitige Diagnose und rechtzeitiger Behandlungsbeginn sind Anspruchsvoraussetzungen für entsprechende Leistungen der Invalidenversicherung. Fehlende Diagnose und fehlende Behandlung vor Vollendung des 9. Altersjahres schaffen die unwiderlegbare Rechtsvermutung, dass es sich nicht um ein angeborenes POS handelt (<ref-ruling> f. Erw. 3c/bb).
Weder kann zugestanden werden, dass eine mögliche rechtzeitige Diagnose aus objektiver Sicht ex post als zulässig erscheint, noch ist das Erfordernis der Behandlung auf Grund einer nachträglich möglichen Diagnosestellung als Behandlungsbedürftigkeit zu interpretieren. Dennoch ist nicht ausgeschlossen, dass mit ergänzenden Abklärungen nach dem 9. Geburtstag nachweisbar ist, es habe nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit bereits bei vollendetem
9. Altersjahr die komplette Symptomatik des Geburtsgebrechens Ziff. 404 GgV Anhang bestanden (<ref-ruling> Erw. Erw. 3b/cc). Sodann geht es nicht an, bei festgestellter Behandlungsbedürftigkeit bereits eine Behandlung im Verordnungssinne anzunehmen, da der Rechtsbegriff der Behandlung sonst die erforderliche Bestimmtheit verlieren und Ziff. 404 GgV Anhang die ihr zugedachte Abgrenzugsfunktion praktisch nicht mehr erfüllen könnte (<ref-ruling> Erw. 4c).
2.- Im vorliegenden Fall bestreitet das Beschwerde führende BSV in erster Linie, dass die Behandlung rechtzeitig begonnen worden sei. Diese Einwendung ist vorab zu untersuchen. Die Vorinstanz hat den rechtzeitigen Behandlungsbeginn ohne nähere Begründung als unbestritten bejaht.
a) Die Versicherte vollendete am 10. Dezember 1998 ihr
9. Lebensjahr. Der erste medizinische Bericht von Dr.
T._, Schulärztlicher Dienst, welcher die Diagnose eines POS enthält, stammt vom 13. Januar 1999. Demnach sei eine Mitteilung des Schulärztlichen Dienstes an die Eltern im Oktober 1998 ergangen. Hierauf sei eine kinderärztliche Untersuchung und Behandlung erfolgt, ferner eine "therapeutisch gefärbte Abklärung durch Schulärztin und Schulpsychologin".
Eine Ergotherapie werde so bald wie möglich am Ergotherapiezentrum X._ begonnen. Einem Bericht dieses Zentrums vom 30. September 1999 ist zu entnehmen, dass die Versicherte seit Februar 1999 in die Ergotherapiestunde komme. Auch der problemorientierte Fragebogen für das infantile POS von Dr. G._ und lic. phil.
J._ vom Zentrum für Kinder- und Jugendpsychiatrie an der Klinik Y._ vom 8. Dezember 1999 erwähnt die ab Februar 1999 erfolgte Ergotherapie, enthält daneben aber keine Hinweise auf frühere Behandlungen. In dem von den beiden Genannten verfassten Untersuchungsbericht vom 17. November 1999 ist zusätzlich die Rede vom wiederholten
2. Schuljahr im Sommer 1998. Im neu vorgelegten Bericht vom 22. Juni 2000 führt Dr. G._ aus, geeignete Behandlungsplätze für Kinder mit einem infantilen POS seien in der Schweiz nicht immer kurzfristig verfügbar. Die Versicherte habe denn auch einige Monate warten müssen, bevor die Therapie beginnen konnte. Es sei stossend, wenn dieser Mangel im therapeutischen Bereich dazu benützt werde, berechtigte Anliegen von Kindern abzuweisen.
b) Auf Grund des Gesagten ist anzunehmen, dass eine gewisse Behandlungsbedürftigkeit schon vor der Vollendung des 9. Altersjahres ausgewiesen war. Die eigentliche Behandlung setzte jedoch erst im Februar 1999 mit der Ergotherapie ein. Die früheren Vorkehren erfüllen den Begriff der Behandlung nicht. Die Repetition des 2. Schuljahres ist keine solche, die "therapeutisch gefärbte Abklärung" durch die Schulärztin ebenso wenig. Deshalb muss es damit sein Bewenden haben, dass der Behandlungsbeginn nicht rechtzeitig erfolgt ist. Was Dr. G._ hiegegen im Bericht vom 22. Juni 2000 geltend macht, hat zwar einiges für sich. Aus Gründen der Rechtssicherheit ist es jedoch nicht angezeigt, auf das klare Kriterium des rechtzeitigen Behandlungsbeginns als Anspruchsvoraussetzung zu verzichten.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird
der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons
Zürich vom 28. April 2000 aufgehoben.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der IV-Stelle des Kantons Zürich und der Ausgleichskasse des Kantons
Zürich zugestellt.
Luzern, 28. August 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: