Fatti:
A. Il 3 gennaio 2011 A._ aveva inviato uno scritto all'Ufficio federale dell'informatica e delle telecomunicazioni (UFIT), asserendo di essere a conoscenza dell'esistenza di un satellite americano ad esso collegato che, senza il suo consenso, lo filmerebbe giorno e notte, registrando tutte le sue conversazioni. Detta sostenuta connessione permetterebbe di assistere e partecipare a "demenziali, crudeli e odiose torture realvirtuali". Il 19 gennaio 2011 l'UFIT ha comunicato all'interessato l'insussistenza del preteso collegamento e di non essere a conoscenza dell'esistenza di un siffatto satellite, trasmettendo nondimeno lo scritto, per competenza, all'Incaricato federale della protezione dei dati e della trasparenza (IFPDT). Con lettera del 26 gennaio 2011, l'IFPDT ha rilevato di non essere a conoscenza di un tale satellite.
B. Con sentenza del 7 luglio 2011 il Tribunale amministrativo federale (TAF), adito dall'interessato, ha dichiarato irricevibile un ricorso per diniego di giustizia. Mediante sentenza 1C_347/2011 del 5 settembre 2011, il Tribunale federale ha respinto in quanto ammissibile un ricorso presentato da A._ contro detta decisione. Con sentenza 1F_26/2011 del 17 ottobre 2011, il Tribunale federale ha poi dichiarato inammissibile una domanda di revisione dell'interessato.
C. Il 12 luglio 2011, ossia prima di interporre ricorso al Tribunale federale, A._ aveva presentato una domanda di revisione del giudizio 7 luglio 2011 al TAF, che, dopo l'emanazione della sentenza del Tribunale federale, ha offerto all'istante la possibilità di completarla. Con decisione del 3 novembre 2011 il TAF ha dichiarato inammissibile la richiesta di revisione.
D. Avverso questo giudizio A._ presenta un "ricorso" al Tribunale federale, chiedendo che le sue argomentazioni siano esaminate e che venga aperta un'inchiesta tendente a far cessare l'asserita violazione dei suoi dati personali.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Nella decisione impugnata il TAF ha dapprima ricordato che, secondo l'art. 45 della legge sul Tribunale amministrativo federale del 17 giugno 2005 (RS 173.32; LTAF), alle domande di revisione sono applicabili, per analogia, gli art. 121-128 LTF. Ha poi stabilito che, avendo il Tribunale federale respinto il ricorso in quanto ammissibile, esso di massima non era più competente per esaminare la domanda di revisione. Ha nondimeno lasciato aperta la questione, vista l'inammissibilità dell'istanza.
1.2 L'istanza precedente ha ritenuto che, poiché gli argomenti addotti dall'istante potevano essere fatti valere con il ricorso ordinario dinanzi al Tribunale federale, ciò che egli peraltro ha fatto, l'istanza di revisione era inammissibile (<ref-law>). A titolo abbondanziale ha accertato che per di più non erano stati invocati né erano dati i motivi di revisione ai sensi degli art. 121 a 123 LTF.
1.3 Il ricorrente si limita ad addurre d'aver effettivamente sottoposto le medesime censure presentate al TAF anche al Tribunale federale, che, al suo dire, le avrebbe ingiustamente respinte: per tale motivo le ha riproposte al TAF con la domanda di revisione litigiosa. Con questo rilievo, tuttavia, egli non tenta del tutto di dimostrare che il TAF, dichiarando inammissibile l'istanza litigiosa, avrebbe violato l'art. 46 LATF. In effetti, il Tribunale federale esamina soltanto le censure sollevate e sostanziate: pertanto il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 6.3). È comunque palese che nella fattispecie il TAF ha applicato correttamente l'<ref-law>.
1.4 Riguardo alla motivazione abbondanziale, il ricorrente sostiene semplicemente che sarebbero dati i motivi di revisione di cui all'art. 121 lett. c e d LTF. La censura è chiaramente infondata, come già ritenuto nella sentenza 1F_26/2011 del 17 ottobre 2011.
2. In quanto ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 300.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, all'Incaricato federale della protezione dei dati e della trasparenza e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.