Sachverhalt:
A. Der 1975 geborene G._ war als Automonteur der Garage S._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 9. November 2000 einen Auffahrunfall erlitt. Der Versicherte wurde noch am Unfalltag mit Verdacht auf eine C4-Fraktur in das Spital X._ verbracht; dieser Verdacht bestätigte sich allerdings nicht, vielmehr wurde eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Es folgten zahlreiche medizinische (u.a. neurologische, rheumatologische und psychiatrische) Abklärungen und Behandlungen. Am 30. Juni 2005 war der Versicherte erneut in einen Auffahrunfall verwickelt, was zu einer vorübergehenden Verstärkung der Beschwerden führte. Zudem verdrehte er sich am 31. Juli 2005 das linke Knie, weshalb am 3. November 2005 eine Teilmeniskektomie des medialen Meniskus durchgeführt wurde. Nach einer stationären Abklärung des Versicherten in der Rehaklinik Y._ (Bericht vom 7. März 2006 inklusive konsiliarische psychiatrische Beurteilung vom 14. Februar 2006) stellte die SUVA mit Verfügung vom 25. Juli 2006, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 13. Dezember 2006, die Leistungen per 31. August 2006 ein, da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht natürlich und adäquat kausal zum Unfallereignis seien.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. Februar 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides seien die gesetzlichen Leistungen über den 31. August 2006 hinaus weiterhin zu erbringen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar sind und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (zitiertes Urteil, E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (zitiertes Urteil, E. 9.4 und 9.5). Schliesslich wurden in E. 10 des zitierten Urteils die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
- besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrück- lichkeit des Unfalls;
- die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
- fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
- erhebliche Beschwerden;
- ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich ver- schlimmert;
- schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
- erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob aufgrund des Unfalles vom 9. November 2000 eine Leistungspflicht der SUVA für die über den 31. August 2006 hinaus geklagten Beschwerden besteht.
4. 4.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass der Versicherte entgegen anfänglichen Befürchtungen am 9. November 2000 keine im Sinne der Rechtsprechung organisch nachweisbaren Verletzungen erlitten hat. Die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Ereignis und den geklagten Beschwerden ist somit speziell zu prüfen. Dabei kann vorliegend offenbleiben, ob Vorinstanz und Verwaltung zu Recht die Adäquanz nach den Kriterien geprüft haben, welche für psychische Unfallschäden entwickelt wurden (<ref-ruling>), führt doch - wie nachstehend gezeigt wird - auch eine Prüfung nach den für den Versicherten günstigeren Kriterien der sog. "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130) zu einer Verneinung der Adäquanz.
4.2 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Vorinstanz und Verwaltung qualifizierten das Ereignis vom 9. November 2000 mit Blick auf die biomechanische Kurzbeurteilung vom 5. November 2002 als mittelschweren Unfall; diese Qualifikation ist jedenfalls nicht zu Ungunsten des Versicherten ausgefallen. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn entweder ein einzelnes der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sind (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 367 f.)
4.2 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Vorinstanz und Verwaltung qualifizierten das Ereignis vom 9. November 2000 mit Blick auf die biomechanische Kurzbeurteilung vom 5. November 2002 als mittelschweren Unfall; diese Qualifikation ist jedenfalls nicht zu Ungunsten des Versicherten ausgefallen. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn entweder ein einzelnes der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sind (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 367 f.)
4.3 4.3.1 Der Versicherte macht zu Recht nicht geltend, das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls sei erfüllt.
4.3.2 Was das Kriterium der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung betrifft, hat das Bundesgericht im erwähnten Urteil <ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f. seine Rechtsprechung bestätigt, wonach die Diagnose einer HWS-Distorsion für sich allein zu dessen Bejahung nicht genügt. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können. Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06 E. 5.3; RKUV 2003 Nr. U 489 S. 357, U 193/01 E. 4.3 mit Hinweisen), was vorliegend allerdings nicht der Fall ist. Daneben gilt es zu beachten, dass eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, speziell geeignet ist, die "typischen" Symptome hervorzurufen, weshalb sie als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren ist (vgl. SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1, U 39/04 E. 3.4 und Urteil 8C_785/2007 vom 11. Juni 2008 E. 4.4). Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ist indessen nicht bereits deshalb eine Verletzung besonderer Art anzunehmen, weil der Versicherte bereits in der Vergangenheit einmal einen Auffahrunfall erlitten hat. Vielmehr rechtfertigt sich eine entsprechende Qualifikation der erlittenen Verletzungen nur bei Vorliegen einer erheblich vorgeschädigten Wirbelsäule (vgl. SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105, 8C_413/2008 E. 6.3.2 mit weiteren Hinweisen). Da die Beschwerden nach dem ersten Auffahrunfall im Jahre 1995 im Jahre 2000 abgeheilt waren, ist nicht davon auszugehen, dass diese Vorschädigung der Wirbelsäule eine Bejahung des Kriteriums rechtfertigen würde. Zudem bleibt anzumerken, dass die angeführte Heckkollision vom 30. Juni 2005 lediglich zu einer vorübergehenden Schmerzverstärkung der vorbestehenden HWS-Beschwerden, ohne richtunggebende Veränderung des Beschwerdebildes, führte (Gutachten der Rehaklinik Y._ vom 7. März 2006).
4.3.3 Das Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung ist objektiv zu beurteilen und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens der versicherten Person (Urteil 8C_970/2008 vom 30. April 2009 E. 5.4). Auch unter Berücksichtigung des dreiwöchigen Aufenthaltes in der Klinik Z._ im Herbst 2002 kann dieses Merkmal insgesamt nicht als erfüllt gewertet werden, so handelt es sich bei den seit dem Unfallereignis wiederholt angewendeten Therapieformen nebst der Abgabe von Medikamenten vornehmlich um manualtherapeutische Behandlungen (u.a. Physiotherapie) sowie Psychotherapie. Eine erhebliche Mehrbelastung kann darin nicht gesehen werden (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.2.4 in fine; Urteile 8C_89/2008 vom 3. Oktober 2008, E. 8.3 mit diversen Hinweisen).
4.3.4 Ebenfalls nicht gegeben ist das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmerte. Nach dem heutigen Kenntnisstand kann einzig aufgrund des Umstandes, dass der Beschwerdeführer nach dem Unfall auf ärztliche Anordnung hin einen Halskragen getragen hat, noch nicht auf eine Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat, geschlossen werden (Urteil 8C_1020/2008 vom 8. April 2009 E. 5.6 mit weiteren Hinweisen). Bei Auffahrunfällen mit Distorsion der HWS tritt im Weiteren in vielen Fällen schon nach kurzer Zeit eine deutliche Besserung der geklagten Beschwerden ein (<ref-ruling> E. 9.3 S. 124). Mithin kann entgegen den Einwendungen des Versicherten auch nicht als Fehlbehandlung gewertet werden, dass ihm von den behandelnden Ärzten nicht von Beginn weg eine Arbeitsunfähigkeit bescheinigt wurde (Urteil 8C_154/2009 vom 5. Juni 2009 E. 5.5). Auch wenn Dr. med. O._ in seinem Gutachten vom 4. Juli 2005 auf das Scheitern der Rehabilitationsbehandlung in der Klinik Z._ im Oktober 2002 hinweist, kann daraus ebenfalls keine Fehlbehandlung im Sinne des Kriteriums abgeleitet werden.
4.3.5 Die beiden Teilaspekte des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (vgl. 8C_349/2009 vom 17. August 2009 E. 5.3). Schwierigkeiten bei der Bestellung eines geeigneten Gutachters können entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers nicht zu einer Bejahung dieses Kriteriums führen. Im Vergleich mit anderen Fällen von HWS-Distorsionstraumen und äquivalenten Verletzungen kann vorliegend nicht von erheblichen Komplikationen ausgegangen werden. Auch ein schwieriger Heilungsverlauf liegt nicht vor. Das Kriterium ist mithin ebenfalls zu verneinen.
4.3.6 Was schliesslich die beiden Merkmale der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, gilt festzustellen, dass selbst wenn diese bejaht werden könnten, sie jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben sind.
4.3.7 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zu Gunsten der Versicherten die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 9. November 2000 und den über den 31. August 2006 hinaus geklagten Beschwerden zu verneinen. Die Leistungseinstellung auf dieses Datum hin ist somit nicht zu beanstanden.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter