Sachverhalt:
A. Der Jugendliche Xa._ wurde beschuldigt, am 29. Oktober 2007 einen Mann (Jahrgang 1934) angefahren und verletzt zu haben.
Der Schulrat des Bezirks Lenzburg bestätigte am 21. Mai 2008 den erstinstanzlichen Entscheid der Schulpflege vom 10. März 2008 und bestrafte Xa._ wegen fahrlässiger Körperverletzung sowie pflichtwidrigen Verhaltens bei Unfall mit Verletzten in Anwendung von <ref-law> mit drei Tagen Arbeitsleistung, verpflichtete ihn zu einem Entschuldigungsschreiben und erteilte ihm einen Verweis.
B. Xa._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den Entscheid des Schulrats aufzuheben, ihn von Schuld und Strafe freizusprechen, eventuell die Sache an den Schulrat zurückzuweisen.
Xa._ und der Schulrat wurden zur Vernehmlassung in der Verfahrensfrage eingeladen und nahmen Stellung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
1.1 Gemäss § 13 Abs. 4 StPO/AG in der bis Ende 2008 geltenden Fassung können Beschlüsse und Urteile der Schulpflege beim Bezirksschulrat angefochten werden, dessen Entscheid endgültig ist (ferner § 24 Dekret über die Jugenstrafrechtspflege [DJStP]). Die Vorinstanz hat als Bezirksschulrat geurteilt.
1.2 Gemäss <ref-law> haben die Kantone gegen Urteile und Verfügungen, die gestützt auf dieses Gesetz ergehen, ein Rechtsmittel an eine gerichtliche Instanz vorzusehen. Diese Bestimmung ist seit dem 1. Januar 2007 unmittelbar anwendbar (<ref-ruling>). In ihrer Vernehmlassung stellt die Vorinstanz klar, dass sie keine gerichtliche Instanz ist. Sie ist somit keine Vorinstanz im Sinne von <ref-law>, so dass auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
1.3 Der Anspruch des Beschwerdeführers gemäss <ref-law> bestand ungeachtet der im Urteilszeitpunkt fehlenden bundesrechtskonformen Ausführungsgesetzgebung. Gemäss der auf den 1. Januar 2009 in Kraft gesetzten Fassung von § 13 Abs. 4 und § 14 Abs. 1 lit. f StPO/AG können Beschlüsse und Urteile der Schulpflegen beim Jugendgericht angefochten werden (ebenso § 24 DJStP in der revidierten Fassung). Somit dürfte das Jugendgericht als das zuständige Gericht zu bestimmen sein (vgl. <ref-ruling> E. 3.4). Dem Beschwerdeführer darf aus dem bundesrechtswidrigen früheren Verfahrensrecht kein Rechtsnachteil erwachsen.
2. Aufgrund der besonderen Umstände werden dem Beschwerdeführer, obwohl er formell unterliegt, keine Kosten auferlegt (<ref-law>). Dem Kanton Aargau können keine Gerichtskosten überbunden werden (<ref-law>). Hingegen hat er dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Schulrat des Bezirks Lenzburg schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw