Faits :
A. Employé dès 1973 au sein de la société anonyme Y._ SA à ..., X._ y exerçait depuis 1996 conjointement les fonctions de directeur et d'administrateur délégué; il avait signature collective à deux avec A._, président et seul autre membre du conseil d'administration. Selon la mise à jour de son contrat de travail datée du 16 avril 1998, il recevait une rétribution mensuelle de 14'200 fr., une prime en fonction des résultats de l'entreprise et une voiture de fonction; le délai de résiliation était fixé à douze mois.
Le 17 juin 2002 ont eu lieu une séance du conseil d'administration puis l'assemblée générale ordinaire de Y._ SA. Au cours de cette dernière, X._ a été révoqué de sa fonction d'administrateur délégué. Le même jour, son contrat de travail a été résilié avec effet au 30 juin 2003; la lettre de résiliation, écrite au nom de Y._ SA à ..., porte la signature de A._, seul membre restant du conseil d'administration. X._ a été libéré avec effet immédiat de l'obligation de travailler.
Le 18 juin 2002, la signature de X._ a été radiée au registre de commerce, et trois semaines plus tard, le 10 juillet 2002, A._ y a été inscrit en qualité d'administrateur unique avec signature individuelle.
X._ a par la suite contesté la régularité de la résiliation du 17 juin 2002. Il soutient que son licenciement ne lui a été communiqué valablement que par l'envoi du certificat de travail du 30 juin 2003.
B. Le 13 mai 2005, X._ a saisi le Conseil de prud'hommes jurassien d'une demande en paiement de 267'696 fr. 50 dirigée contre Y._ SA. Par jugement du 28 mars 2006, cette autorité a rejeté l'action.
Statuant sur appel de X._ - qui reprenait ses conclusions de première instance, avec intérêt à 5 % dès le 1er juillet 2004 - par arrêt du 5 septembre 2006, la Cour civile du Tribunal cantonal jurassien a débouté celui-ci de toutes ses conclusions et confirmé le jugement attaqué.
C. X._ (le demandeur) interjette le présent recours en réforme au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à ce que Y._ SA soit condamnée à lui verser la somme de 181'028 fr. 50 avec intérêt à 5 % dès le 1er juillet 2004, montant correspondant au salaire pour la période du 1er juillet 2002 (recte: 2003) au 30 juin 2004 ainsi qu'au bonus pour l'année 2003, subsidiairement à ce que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale, chaque fois avec suite de frais et dépens pour toutes les instances.
Y._ SA (la défenderesse) conclut à ce que son adverse partie soit déboutée de toutes ses conclusions, sous suite de frais et dépens.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. La loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (<ref-law>).
2. Exercé par le demandeur, qui a succombé dans ses conclusions condamnatoires, et dirigé contre une décision finale rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 48 al. 1 OJ) sur une contestation civile dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 8'000 fr. (art. 46 OJ), le recours en réforme soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé en temps utile (art. 54 al. 1 OJ) et dans les formes requises (art. 55 OJ).
3. Saisi d'un recours en réforme, le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits contenus dans la décision attaquée, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il y ait lieu de rectifier des constatations reposant sur une inadvertance manifeste (art. 63 al. 2 OJ) ou qu'il faille compléter les constatations de l'autorité cantonale parce que celle-ci n'a pas tenu compte de faits pertinents, régulièrement allégués et clairement établis (art. 64 OJ); le recours en réforme n'est pas ouvert pour remettre en cause l'appréciation des preuves et les constatations de fait qui en découlent (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 106, 136 consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 3).
Invoquant l'art. 63 al. 2 OJ, le demandeur reproche à la cour cantonale d'avoir commis deux inadvertances manifestes en retenant d'une part que A._ avait seul, dans la fonction d'administrateur unique qu'il occupait à ce moment-là, pris la décision de résilier son contrat de travail, d'autre part que A._ aurait ratifié le congé avant le 30 juin 2003. Dans la mesure où il apparaît que, sous ce couvert, le demandeur cherche en réalité à critiquer l'appréciation des preuves à laquelle les précédents juges se sont livrés, son procédé n'est pas admissible.
4. Pour contester la validité de la résiliation du 17 juin 2002, le demandeur soutient en premier lieu que la décision de résilier son contrat de travail n'a pas été prise par le conseil d'administration de la défenderesse, mais par la direction de la maison mère de celle-ci en Allemagne; A._, en tant que conseil d'administration de la défenderesse, se serait limité à exécuter la décision prise par la direction de la maison mère et de signer la lettre de résiliation préparée par le conseil de cette dernière. La révocation des personnes chargées de la gestion et de la représentation de la société étant une attribution intransmissible et inaliénable du conseil d'administration (<ref-law>), la résiliation du 17 juin 2002 serait dès lors nulle (art. 714 et 706b CO).
En l'occurrence, il découle de l'état de fait souverain que A._ a prononcé la résiliation et signé la lettre correspondante au nom de la défenderesse et en tant que seul membre du conseil d'administration de cette dernière. La décision de résiliation émane donc bien du conseil d'administration de la défenderesse. Que cet organe ait, le cas échéant, prononcé la résiliation pour donner suite à une injonction, juridiquement non contraignante, de la maison mère et que la lettre ait été préparée à l'avance par le conseil de celle-ci n'y change rien, comme l'a pertinemment retenu l'autorité cantonale. L'argument du demandeur est ainsi dénué de fondement.
5. Le demandeur objecte en outre que la résiliation n'a pas été prise lors d'une séance formelle du conseil d'administration et ne ressort d'aucun procès-verbal. Il y voit également un motif de nullité (<ref-law>).
Les motifs de nullité des décisions de l'assemblée générale s'appliquent par analogie aux décisions du conseil d'administration (<ref-law>). Les décisions de l'assemblée générale sont nulles en particulier si elles suppriment ou limitent les droits des actionnaires impérativement garantis par la loi, restreignent les droits de contrôle des actionnaires davantage que ne le permet la loi, négligent les structures de base de la société anonyme ou portent atteinte aux dispositions de protection du capital (<ref-law>). La portée de la règle pour les décisions du conseil d'administration est discutée, mais il n'est pas contesté que la nullité ne sera admise qu'exceptionnellement, par exemple en cas de violation grave et durable de règles légales impératives et fondamentales (cf. <ref-ruling> consid. 3b; Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3e éd., Zurich 2004, § 13 n. 266; Wernli, Commentaire bâlois, n. 10 ad <ref-law>; Homburger, Commentaire zurichois, n. 346 ad <ref-law>).
Une séance formelle du conseil d'administration n'est pas impérativement prescrite; la loi prévoit au contraire la possibilité de prendre des décisions par circulation, c'est-à-dire par approbation écrite à une proposition, lorsqu'aucun membre ne demande la discussion (<ref-law>). Le défaut de séance formelle d'un conseil d'administration composé d'un seul membre ne saurait donc constituer un motif de nullité de la décision prise.
L'ancien droit (art. 715 al. 2 aCO, en vigueur jusqu'au 30 juin 1992) exigeait expressément la tenue d'un procès-verbal lorsque le conseil d'administration était composé d'un seul membre; le Conseil fédéral ayant proposé de biffer cette obligation au motif qu'elle n'était pas nécessaire et ne pouvait pas être imposée en pratique ("ni opportune, ni réalisable"; cf. Message du 23 février 1983, FF 1983 II 757 ss, spéc. p. 947), la disposition spécifique n'a pas été reprise dans la nouvelle loi (cf. <ref-law>). Certains auteurs estiment que l'obligation n'en subsiste pas moins, en particulier à cause de sa fonction de moyen d'information et de preuve dans un procès en responsabilité (cf. Meier-Hayoz/Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 10e éd., Berne 2007, § 16 n. 448; Böckli, op. cit., § 13 n. 152; Wernli, op. cit., n. 29 ad <ref-law>; Homburger, op. cit., n. 340 s. ad <ref-law>). La doctrine admet toutefois unanimement que le défaut de procès-verbal n'entraîne pas la nullité des décisions concernées (Böckli, op. cit., § 13 n. 276; Rhein, Die Nichtigkeit von VR-Beschlüssen, thèse Zurich 2001, p. 246; Homburger, op. cit., n. 385 ad <ref-law>; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Berne 1996, § 31 n. 17 et § 23 n. 120). L'objection du demandeur n'est donc pas pertinente.
6. Le demandeur conteste enfin la validité de la résiliation au motif que A._ a agi seul alors qu'il n'avait à l'époque que la signature collective à deux.
A teneur de la loi, un membre du conseil d'administration au moins doit avoir qualité pour représenter la société (<ref-law>). De cette disposition reprise de l'ancien droit (art. 717 al. 1 i.f. aCO), dont le but est de garantir que le conseil d'administration soit effectivement en mesure de représenter la société, il découle que dans les cas où le conseil d'administration est composé d'une seule personne, celle-ci a nécessairement, de par la loi, pouvoir de représenter la société, et cela nonobstant une éventuelle inscription divergente au registre du commerce (cf. Meier-Hayoz/Forstmoser, op. cit., § 16 n. 428; Krneta, Praxiskommentar Verwaltungsrat, 2e éd., Berne 2005, n. 1957 ad <ref-law>; Watter, Commentaire bâlois, n. 14 ad <ref-law>; Ditesheim, La représentation de la société anonyme, thèse Lausanne, Berne 2001, p. 124 ss; Guhl/Koller/Schnyder/Druey, Das schweizerische Obligationenrecht, 9e éd., Zurich 2000, § 71 n. 23; Homburger, n. 1148 s. ad <ref-law>; Bürgi, Commentaire zurichois, n. 11 ad art. 717 aCO).
Le 17 juin 2002, l'assemblée générale de la défenderesse a révoqué le demandeur sans le remplacer, de sorte que A._ est resté seul membre du conseil d'administration. A ce titre, il avait dès lors automatiquement le pouvoir d'agir, seul, en tant que conseil d'administration, comme l'a pertinemment retenu l'autorité cantonale; le fait que l'assemblée générale n'ait, le cas échéant, pas expressément décidé d'une modification de la réglementation relative à la signature collective à ce moment-là est sans pertinence. Le conseil d'administration a valablement agi au nom de la défenderesse lorsqu'il a résilié le contrat de travail du demandeur. Cela scelle le sort du recours, sans qu'il soit nécessaire d'examiner la motivation subsidiaire de l'autorité cantonale relative à une éventuelle ratification ultérieure de la résiliation.
7. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (<ref-ruling> consid. 5b p. 41), dépasse le seuil de 30'000 fr., la procédure n'est pas gratuite (art. 343 al. 2 et 3 CO). Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens seront mis à la charge du demandeur, qui succombe (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 6'000 fr. est mis à la charge du demandeur.
3. Le demandeur versera à la défenderesse une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal jurassien.
Lausanne, le 16 janvier 2007
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: