Faits:
A. Depuis 1973, la Société X._ (ci-après: X._) loue une partie d'un bâtiment situé à Sion, qu'elle destine aux activités de son école.
Le 1er janvier 1990, la Caisse Y._ (ci-après: Y._) est devenue copropriétaire de l'immeuble abritant les locaux loués par X._.
Par avenant du 5 avril 1991, Y._ a reconduit le contrat de bail dont bénéficiait X._ en augmentant la surface des locaux loués, ceux-ci passant à 1676,19 m2 dès le 1er janvier 1995. La valeur locative a été fixée à 215 fr. le m2 dès le 1er janvier 1994. Les loyers étaient payables d'avance, par trimestre.
Comme X._ se plaignait d'une climatisation inopérante, les parties ont inséré, dans l'avenant du 5 avril 1991, une clause selon laquelle Y._ s'engageait à effectuer les travaux nécessaires à son fonctionnement normal et à pourvoir à son entretien régulier. Depuis cette date au moins, Y._ avait connaissance du défaut concernant la climatisation.
En été 1991, la communauté des copropriétaires de l'immeuble a chargé une entreprise d'effectuer des travaux de rénovation du chauffage et de la ventilation. La prise d'air installée au sud du bâtiment a également été améliorée.
Les problèmes de climatisation ont persisté après la fin des travaux de 1991.
Depuis le 9 octobre 1991, X._ a écrit à plusieurs reprises et à toutes les périodes de l'année à Y._, pour se plaindre des désagréments causés par le dysfonctionnement de la ventilation.
Le 8 avril 1997, X._ a fourni, à la demande de Y._, un inventaire décrivant dans quelles salles et à quelles époques de l'année des nuisances avaient été constatées. Il ressort de cette description précise des défauts que le 24,49 % de la surface totale de 1676,19 m2 était concerné par les problèmes de climatisation. Les désagréments causés par l'inadaptation des températures étaient perceptibles au maximum huit mois par an, alors que les nuisances sonores et la mauvaise qualité de l'air en raison de poussière dans les filtres étaient ressenties régulièrement, à toute période de l'année.
Le 16 juillet 1997, X._ a fixé à Y._ un délai de deux mois pour réparer les défauts de la climatisation, délai qu'elle a ensuite prolongé à fin novembre 1997, en avertissant que, s'il n'était pas remédié aux défauts d'ici là, elle consignerait 20 % du loyer dès le 1er décembre 1997. Ces mises en demeure étant restées sans suite, X._ a procédé à la consignation des loyers correspondant à leur 20 % de décembre 1997 à juin 1998, ce qui équivaut à 44'958 fr., et à leur totalité de juillet à septembre 1998, soit 96'706,65 fr.
Les loyers des locaux loués par X._ se sont élevés à 76'500 fr. pour les mois d'octobre à décembre 1992, à 258'800 fr. pour 1993, à 345'200 fr. pour 1994, à 374'800 fr. pour 1995, à 384'200 pour 1996 et à 393'612 fr. pour 1997.
B. Le 2 octobre 1997, X._ a saisi la Commission cantonale de conciliation, réclamant finalement à Y._ 360'140 fr. correspondant au 20 % des loyers payés pendant la période d'octobre 1992 à novembre 1997.
Le 24 décembre 1997, la locataire a introduit devant la même autorité une demande tendant à la réduction de 20 % du loyer de décembre 1997, qu'elle a complétée par la suite, en requérant une diminution de 20 % des loyers de janvier à juin 1998, puis leur suppression totale.
Durant l'été 1998, Y._ a fait procéder à la réfection complète de l'installation. A la demande de la locataire, des travaux sans relation avec la climatisation ont également été exécutés à cette occasion pour un montant de 15'660,95 fr., dont X._ reconnaît être débitrice.
Le 25 mars 1999, la Commission cantonale de conciliation a constaté l'échec de la tentative de conciliation concernant la requête en restitution des loyers perçus d'octobre 1992 à novembre 1997. Par décision du même jour, elle a admis une réduction de 10 % des loyers relatifs aux mois de décembre 1997 à septembre 1998.
C. Le 14 avril 1999, X._ a ouvert action à l'encontre de Y._ auprès du Tribunal du District de Sion, requérant la condamnation de la bailleresse d'une part à lui payer 360'114 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 26 octobre 1997 et, d'autre part, à lui accorder les réductions de loyer de 6'422,60 fr. pour le mois de décembre 1997, 19'267,80 fr. pour les mois de janvier à mars 1998, 19'267,80 fr. pour les mois d'avril à juin 1998 et 70'918,20 fr. pour les mois de juillet à septembre 1998, le tout sous déduction de 15'660,95 fr.
Y._ a conclu principalement au rejet des prétentions de X._, tout en lui donnant acte qu'elle acceptait de lui restituer 23'688,65 fr. plus intérêt.
Par jugement du 6 février 2002, le Juge III du District de Sion a admis partiellement la demande de X._. Il a condamné en substance Y._ à lui verser 319'328,90 fr. avec intérêt à 5 % dès le 26 octobre 1997 et a accordé à X._ une réduction de loyer de 75'345,30 fr. avec les intérêts y afférents.
Le 5 novembre 2003, la Ire Cour civile du Tribunal cantonal valaisan a admis partiellement l'appel principal interjeté par Y._ à l'encontre du jugement du 6 février 2002 et rejeté l'appel joint formé par X._ contre la même décision. Elle a condamné Y._ à payer à X._ 42'068,80 fr. avec intérêt à 5 % dès le 15 octobre 1997 (ch. 1). Cette somme correspondait au 16 % des loyers de janvier à novembre 1997, soit 57'729,75 fr., moins 15'660,95 fr. pour les travaux réalisés pendant l'été 1998 à la demande de la locataire. La Ire Cour civile a également accordé à X._ une réduction de loyer de 74'612,25 fr. pour la période durant laquelle la locataire a consigné les loyers, soit de décembre 1997 jusqu'à l'achèvement des travaux. Les juges ont ainsi libéré les loyers consignés plus les intérêts à hauteur de ce montant en faveur de X._, le solde, soit 67'052,60 fr., revenant à Y._, les intérêts en sus (ch. 2).
D. Contre le jugement du 5 novembre 2003, X._ (la demanderesse) interjette un recours en réforme au Tribunal fédéral. Elle conclut à la réforme du chiffre 1 du dispositif de la décision attaquée en ce sens que Y._ est condamnée à lui payer 272'388,80 fr. avec intérêt à 5 % dès le 15 octobre 1997, le chiffre 2 du dispositif étant confirmé, le tout avec suite de frais et dépens.
Parallèlement à ses conclusions tendant au rejet du recours principal, Y._ (la défenderesse) forme un recours joint dans lequel elle requiert, avec suite de frais et dépens, l'annulation ainsi que la suppression du chiffre 1 du dispositif du jugement du 5 novembre 2003 et la réforme du chiffre 2, en ce sens qu'il est accordé à X._ une réduction de loyer de 39'349,60 fr. moins 15'660,95 fr., soit 23'688,65 fr. plus les intérêts y afférents. A titre subsidiaire, elle propose le renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
X._ conclut au rejet du recours joint, dans la mesure de sa recevabilité.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Interjeté par la locataire qui a partiellement succombé dans ses conclusions tendant à la réduction de son loyer en application de l'art. 259d CO, le recours porte sur une contestation civile (<ref-ruling> consid. 2.1) dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 8'000 fr. (art. 46 OJ). Il est dirigé contre un jugement final rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 48 al. 1 OJ).
Le recours principal paraît donc recevable, puisqu'il a été déposé en temps utile (art. 54 al. 1 OJ) et dans les formes requises (art. 55 OJ). Il en va de même du recours joint interjeté par la bailleresse (art. 59 al. 3 OJ).
1.2 Saisi d'un recours en réforme, le Tribunal fédéral doit mener son raisonnement juridique sur la base des faits contenus dans la décision attaquée, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il y ait lieu de rectifier des constatations reposant sur une inadvertance manifeste (art. 63 al. 2 OJ) ou qu'il faille compléter les constatations de l'autorité cantonale parce que celle-ci n'a pas tenu compte de faits pertinents, régulièrement allégués et clairement établis (art. 64 OJ). Dans la mesure où une partie recourante présente un état de fait qui s'écarte de celui contenu dans la décision attaquée, sans se prévaloir avec précision de l'une des exceptions qui viennent d'être rappelées, il n'est pas possible d'en tenir compte (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2c). Il ne peut être présenté de griefs contre les constatations de fait, ni de faits ou de moyens de preuve nouveaux (art. 55 al. 1 let. c OJ).
Les parties ne font état d'aucune exception permettant de s'écarter des constatations cantonales, de sorte que la Cour de céans examinera les griefs soulevés exclusivement à la lumière des faits ressortant du jugement entrepris.
2. 2.1 Le litige concerne les droits de la locataire en réduction de loyer liés aux dysfonctionnements de la climatisation. Les prétentions invoquées portent à la fois sur la restitution partielle des loyers payés durant la période d'octobre 1992 à novembre 1997 et sur une réduction des loyers consignés de décembre 1997 jusqu'à la fin des travaux en septembre 1998. S'agissant du droit à obtenir la restitution partielle des loyers déjà payés, la cour cantonale a retenu que la bailleresse avait connaissance du défaut au moins dès la reprise du bail, le 5 avril 1991, de sorte que le droit à la réduction avait pris naissance à cette date. Le dépôt de la demande en conciliation du 2 octobre 1997 constituait, pour sa part, l'acte par lequel la locataire déclarait exercer ses droits à la garantie. Conformément à l'art. 259d CO, cette déclaration pouvait déployer un effet rétroactif au 5 avril 1991, sous réserve de la prescription. Appliquant le délai d'un an prévu à l'art 67 CO, les juges ont considéré que, comme le premier acte interruptif de prescription s'était réalisé le 2 octobre 1997, les prétentions relatives aux loyers échus avant le 2 octobre 1996 étaient prescrites. Les loyers d'octobre à décembre 1996 étant payables jusqu'en septembre 1996, seuls les loyers de janvier à novembre 1997 étaient concernés. S'agissant des prétentions en réduction des loyers consignés, la cour cantonale en a admis le principe et a confirmé le taux de réduction de 16 % arrêté par le premier juge.
2.2 Dans son recours principal, la demanderesse reproche uniquement à la cour cantonale d'avoir considéré que ses prétentions en restitution du loyer étaient soumises à un délai de prescription d'un an en vertu de l'art. 67 CO. Dans son recours joint, la défenderesse conteste le principe même d'une restitution des loyers, soutenant que la notion de droit formateur de l'art. 259d CO, l'interdiction de l'abus de droit et l'art. 63 al. 1 CO s'y opposent. Par ailleurs, tout en admettant le bien-fondé d'une réduction des loyers consignés, la bailleresse en conteste la quotité.
3. Il ressort de l'art. 259d CO qu'en présence d'un défaut qui entrave ou restreint l'usage pour lequel la chose a été louée, le locataire peut exiger du bailleur une réduction proportionnelle du loyer à partir du moment où le bailleur a eu connaissance du défaut et jusqu'à l'élimination de celui-ci. Il en découle, que dans le cas où le bailleur connaissait l'existence du défaut avant que le locataire ne déclare exiger une réduction de loyer, ce dernier pourra à la fois réclamer la restitution d'une partie des loyers déjà versés et la réduction des loyers pour le futur, jusqu'à l'élimination du défaut (Züst, Die Mängelrechte des Mieters von Wohn- und Geschäftsräumen, thèse St-Gall 1992, p. 184 s.; Higi, Commentaire zurichois, art. 259d CO no 25 s.; Lachat, Le bail à loyer, 2e éd. Lausanne 1997, p. 170) en consignant, au besoin, les loyers à échoir conformément à l'art. 259g CO (cf. SVIT-Kommentar Mietrecht II, 2e éd. Zurich 1998, art. 259d CO no 27 et 29).
Les parties n'ont à juste titre pas remis en cause l'existence d'un défaut lié à la climatisation défectueuse des lieux de nature à justifier une réduction de loyer au sens de l'art. 259d CO (cf. sur la notion de défaut, notamment: Higi, op. cit., n. 2755 ad art. 258 CO; Tercier, Les contrats spéciaux, 3e éd. Zurich 2003 p. 271 ss no 1868 ss). Ce point ne sera donc pas revu dans la présente procédure (art. 55 al. 1 let. c OJ).
La plupart des critiques invoquées dans les deux recours se focalisent sur les prétentions de la locataire en restitution des loyers déjà versés. La réduction des loyers à partir de décembre 1997 n'est remise en cause que dans la mesure où la défenderesse conteste la quotité de la réduction retenue. Cette question sera donc examinée en premier lieu.
4. Selon la défenderesse, le taux de réduction du loyer de 16 % admis par le jugement attaqué serait excessivement élevé. A son avis, un taux oscillant entre 3,33 % et 4,16 % apparaîtrait comme proportionné.
4.1 La réduction de loyer que peut exiger le locataire en application de l'art. 259d CO doit être proportionnelle au défaut et se détermine par rapport à la valeur de l'objet sans défaut. Elle vise à rétablir l'équilibre des prestations entre les parties (<ref-ruling> consid. 11c p. 394). En principe, il convient de procéder selon la méthode dite relative ou proportionnelle, telle qu'elle est pratiquée dans le contrat de vente: la valeur objective de la chose avec défaut est comparée à sa valeur objective sans défaut, le loyer étant ensuite réduit dans la même proportion. Cependant, le calcul proportionnel n'est pas toujours aisé, notamment lorsque, comme en l'espèce, le défaut est de moyenne importance. Il est alors admis qu'une appréciation en équité, par référence à l'expérience générale de la vie, au bon sens et à la casuistique, n'est pas contraire au droit fédéral (arrêt du Tribunal fédéral 4C.527/1996 du 29 mai 1997, in SJ 1997 p. 661, consid. 4a et les références citées, confirmé récemment, in arrêt non publié 4C.97/2003 du 28 octobre 2003 consid. 3.5). Chaque fois qu'une autorité cantonale procède en équité (art. 4 CC), le Tribunal fédéral ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'instance inférieure; il n'intervient que si celle-ci a abusé de son pouvoir d'appréciation, c'est-à-dire si elle a retenu des critères inappropriés, si la décision rendue aboutit à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (<ref-ruling> consid. 2, 715 consid. 4.4; <ref-ruling> consid. 4).
4.2 En l'espèce, pour confirmer le taux de 16 % retenu par les premiers juges, la cour cantonale s'est fondée sur les réductions prononcées par la pratique en cas de ventilation ou de chauffage défectueux et qui oscillent entre 25 % et 10 %. Par ailleurs, elle a pris en compte les exigences élevées que la demanderesse pouvait faire valoir quant à la climatisation des locaux dans lesquels elle exploitait son école, car l'environnement bruyant de l'immeuble en cause empêchait d'ouvrir les fenêtres pour aérer les locaux, tout en conservant des conditions adéquates pour donner des cours. Elle a également retenu que seul un quart (24,49 %) de la surface totale était affecté par les problèmes de température et que, si l'usage des locaux était entravé, il n'avait pas été invoqué de mise en danger de la santé des utilisateurs ou de perte de clientèle de la part de la locataire.
Compte tenu de ces éléments, on ne voit pas que le résultat auquel est parvenu la cour cantonale soit inéquitable et que la réduction prononcée soit hors de proportion avec le défaut. Il est vrai qu'en appliquant de manière purement mathématique les réductions retenues par la pratique, les juges seraient parvenus à un taux de réduction plus bas, compte tenu du fait que les problèmes de température affectaient un quart des locaux, qui plus est, comme le relève la défenderesse, durant seulement 8 mois par an. La bailleresse perd toutefois de vue qu'il a également été constaté que les nuisances sonores et la mauvaise qualité de l'air due à la présence de poussière dans les filtres étaient ressenties régulièrement et à n'importe quelles périodes de l'année. De plus, il faut garder à l'esprit que les locaux en cause sont utilisés comme école et qu'une climatisation défectueuse constitue un inconvénient grave lorsque de nombreuses personnes doivent rester confinées dans une salle pendant une assez longue durée. Si l'on tient compte de l'ensemble de ces circonstances, il ne peut être reproché à la cour cantonale d'avoir abusé de son pouvoir d'appréciation en admettant un taux de réduction de 16 %.
5. S'agissant de la restitution des loyers versés en trop, la défenderesse commence par soulever, à l'appui de son recours joint, deux griefs qui apparaissent d'emblée dépourvus de tout fondement.
5.1 Elle soutient tout d'abord qu'en admettant la faculté pour la locataire d'obtenir la restitution des loyers versés antérieurement à sa réclamation, la cour cantonale a méconnu le principe de non-rétroactivité des droits formateurs. Un tel raisonnement tombe à faux, car il va à l'encontre du texte même de l'art. 259d CO, qui prévoit le droit à une réduction de loyer à partir du moment où le bailleur a eu connaissance du défaut. D'ailleurs, s'il est vrai qu'une partie de la doctrine soutient que la déclaration par laquelle le locataire exige du bailleur une réduction de loyer au sens de l'art. 259d CO consiste en l'exercice d'un droit formateur (cf. en ce sens Higi, op. cit., art. 259d CO no 21 ss; Züst, op. cit., p. 162 ss; contra: Weber, Commentaire bâlois, art. 259d CO no 3), tous les auteurs, et même les tenants de la théorie du droit formateur, s'accordent à dire que cette déclaration déploie des effets rétroactifs, au moment où le bailleur a eu connaissance du défaut (Higi, op. cit., art. 259d CO no 25; Züst, op. cit., p. 184 s.; Weber, op. cit., art. 259d CO no 4; Lachat, Commentaire romand, art. 259d CO no 3; du même auteur, Le bail à loyer, op. cit., p. 170; SVIT-Kommentar, op. cit., art. 259d CO no 10).
5.2 La défenderesse ne peut davantage être suivie lorsque, invoquant une violation de l'art. 2 al. 2 CC, elle affirme que la demanderesse aurait commis un abus de droit en exigeant la réduction du loyer plus de six ans après avoir eu connaissance du défaut, alors que, durant cette période, elle avait payé ponctuellement son loyer. Si l'on peut exiger du locataire qui exerce les droits découlant de la garantie des défauts qu'il se comporte conformément aux règles de la bonne foi (art. 2 CC; cf. Tercier, op. cit., p. 273 no 1881; Corboz, Les défauts de la chose louée, SJ 1979 p. 129 ss, 134), on ne voit manifestement pas que la demanderesse ait adopté un comportement passif qui pourrait être interprété comme une renonciation tacite à invoquer le défaut (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 274). Au contraire, il ressort des constatations cantonales que, depuis octobre 1991, la locataire s'est régulièrement plainte, à toutes les périodes de l'année, des dysfonctionnements de la climatisation. On peut ajouter qu'il confine à la témérité pour un bailleur d'oser reprocher au locataire un comportement abusif lié au fait qu'il a payé son loyer de manière ponctuelle.
6. Les autres critiques formulées dans les deux recours à propos des prétentions en restitution des loyers supposent de s'interroger au préalable sur la nature juridique de cette créance.
6.1 Les actions en restitution peuvent reposer sur un contrat, un acte illicite ou sur l'enrichissement illégitime (cf. <ref-ruling> consid. 2c/aa), ce qui n'est pas sans influencer leur délai de prescription. Celui-ci sera régi soit par les art. 127 ss CO applicables aux contrats, soit par l'art. 60 CO si l'action repose sur un acte illicite, soit, enfin, par l'art. 67 CO si elle revêt les caractéristiques de l'enrichissement illégitime. En l'occurrence, aucun acte illicite n'entre en ligne de compte, de sorte que le choix se limite au fondement contractuel ou relevant de l'enrichissement illégitime.
Selon la doctrine dominante et la jurisprudence, l'existence d'une prétention de nature contractuelle exclut qu'une telle prétention découle de l'enrichissement illégitime; si une prestation est fournie en vertu d'un contrat valable, celui-ci en constituera la cause juridique, de sorte que le destinataire de cette prestation ne peut être enrichi de manière illégitime (<ref-ruling> consid. 3b p. 121 s. et les références citées).
Par ailleurs, il se dégage une tendance générale, parmi les auteurs récents et la pratique, à fonder plutôt les prétentions sur un contrat que sur l'enrichissement illégitime (<ref-ruling> consid. 3c p. 122), ce qui tend à réduire le champ d'application du droit de l'enrichissement illégitime (<ref-ruling> consid. 3c in fine).
6.2 Il faut encore préciser que, lors de la détermination de sa nature juridique, chaque prétention doit être envisagée séparément et ce n'est pas parce que les parties sont liées par un contrat que toutes les prétentions qu'elles peuvent faire valoir l'une envers l'autre revêtent, de ce seul fait, un caractère contractuel. Ainsi, celui qui a effectué une prestation supérieure à ce qu'il devait sur la base de ses engagements contractuels ne peut réclamer la différence qu'en vertu du droit de l'enrichissement illégitime (<ref-ruling> consid. 3c/bb p. 426; confirmé in arrêt du Tribunal fédéral non publié 4C.212/2002 du 19 novembre 2002 consid. 4.2). En droit du bail, tel est le cas lorsque le locataire réclame la restitution du loyer payé en trop en invoquant la nullité de l'avis de majoration et, par voie de conséquence, de la hausse de loyer. Son action n'est alors pas de nature contractuelle, mais repose sur l'enrichissement illégitime (<ref-ruling> consid. 1a), de sorte qu'elle se prescrit par un an en vertu de l'art. 67 CO (arrêt du Tribunal fédéral non publié 4C.134/2001 du 18 octobre 2001, consid. 4b; cf. Pichonnaz, Commentaire romand, art. 128 CO no 7; en ce sens également <ref-ruling> consid. 3e p. 123).
L'analyse qui va suivre ne portera que sur la nature juridique des prétentions en restitution de loyers au sens de l'art. 259d CO et ne saurait valoir pour toutes les actions en restitution que pourrait faire valoir le locataire envers le bailleur. Compte tenu du caractère subsidiaire des règles de l'enrichissement illégitime, il faut commencer par se demander si ces prétentions sont de nature contractuelle.
6.3 L'art. 259d CO figure parmi les dispositions énumérant les droits du locataire. Le texte de cette disposition prévoit que le locataire "peut exiger du bailleur une réduction proportionnelle du loyer". En réclamant une réduction de loyer en cas de défaut, le locataire fait donc clairement valoir une prérogative que lui confère le droit du bail. En outre, la prétention en restitution des loyers versés en raison d'un défaut au sens de l'art. 259d CO découle directement de la violation, par le bailleur, de ses obligations contractuelles (art. 256 al. 1 CO), et a pour but de rétablir un équilibre entre le loyer et l'état de la chose louée (cf. <ref-ruling> consid. 11c p. 394; Higi, op. cit., art. 259d CO no 5; Züst, op. cit., p. 181; David, Rechte und Pflichen der Parteien bei Mängel der Mietsache, Das neue Mietrecht, St-Gall 1991, p. 47ss). Un nouveau loyer tenant compte du défaut est alors fixé, ce qui démontre également les liens existant entre les prétentions découlant de l'art. 259d CO et le contrat de bail (cf. Weber, op. cit., art. 259d CO no 4a; SVIT-Kommentar, op. cit., art. 259d CO no 30). Enfin, le législateur a établi le point de départ des prétentions du locataire en fonction de la connaissance du défaut par le bailleur, soit en tenant compte de la position de l'autre cocontractant. Ces éléments font apparaître qu'en réclamant la restitution des loyers versés en trop, le locataire exerce une action de nature contractuelle, ce qui exclut qu'elle puisse se fonder sur l'enrichissement illégitime.
Cette conclusion est corroborée par le fait que, tant que le montant de la réduction de loyer liée au défaut n'est pas fixé, d'accord entre les parties ou par le juge, le locataire est dans l'incertitude quant à la quotité de la réduction. Pour lui éviter le risque d'une résiliation pour demeure, la doctrine lui conseille de continuer de s'acquitter de l'intégralité du loyer (Weber, op. cit., art. 259d CO no 5; Lachat, Le bail à loyer, op. cit., p. 171). Ce faisant, le locataire ne paie pas par erreur, pas plus qu'il ne paie une dette sans cause; il se contente de verser le loyer dû sur la base du contrat (cf. art. 257 CO), en attendant de connaître le montant de la réduction, ce qui lui permettra de chiffrer ses prétentions en restitution.
6.4 Un parallèle peut être tiré avec le cas du versement, sur la base d'un accord entre les parties, d'acomptes en vue d'un décompte et à propos duquel il a été admis que l'action en restitution des acomptes perçus en trop était de nature contractuelle (<ref-ruling> consid. 3d p. 122; pour les acomptes de chauffages, Weber, op. cit., art. 257a CO no 8). Une analogie existe également avec le droit à la restitution des prestations déjà opérées en cas de résolution d'un contrat (art. 109 al. 1 CO), dont la nature contractuelle a également été reconnue par la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 2c/bb et 2d p. 158 s.).
6.5 La doctrine tend également à qualifier de contractuelle l'action en restitution du loyer versé en trop fondée sur l'art. 259d CO. Certes, une partie des auteurs en droit du bail considère, à l'instar du jugement entrepris, que la créance en restitution dont dispose le locataire en raison d'un défaut de l'objet loué repose sur les dispositions concernant l'enrichissement illégitime (Higi, op. cit., art. 259d CO no 25; Züst, op. cit., p. 180 note 83; Guinand, Le paiement du loyer et les défauts de la chose louée, Séminaire sur le bail à loyer, Neuchâtel 1988, p. 2; Lachat/Stoll/Brunner, Das Mietrecht für die Praxis, 4e éd. Zurich 1999, p. 153; Tercier, op. cit., p. 276 no 1907). Il ne faudrait cependant pas y voir une affirmation de principe, car, excepté Higi, les auteurs cités n'analysent pas la question de manière approfondie. Certains n'abordent ce point qu'en relation avec le délai de prescription et se contentent d'une simple assertion, sans raisonnement ni démonstration. Guinand s'est, pour sa part, prononcé sous l'empire de l'ancien droit du bail. Quant à Lachat, il ne prend plus position dans ses contributions récentes. En revanche, deux auteurs se sont récemment penchés de façon détaillée sur la nature juridique de telles prétentions et sont parvenus à la conclusion que le droit pour le locataire d'obtenir la restitution des loyers versés en trop en cas de défaut était de nature obligationnelle (Weber, op. cit., art. 259d CO no 4a; Addorisio de Feo, Fälligkeit und Verjährungsfristen im Mietrecht, mp 4/2001 p. 163 ss, 184; en ce sens également, jurisprudence cantonale in mp 2/2000 p. 78 ss 80).
On peut encore relever que l'action en restitution des loyers versés en trop au sens de l'art. 259d CO repose sur un mécanisme qui n'est pas propre au droit du bail, mais qui se rencontre aussi dans la vente et dans le contrat d'entreprise. A l'instar du locataire, l'acheteur et le maître de l'ouvrage peuvent, en cas de défaut, obtenir une réduction du prix convenu, pour rétablir un nouvel équilibre entre les prestations, ce qui leur permet, s'ils se sont déjà exécutés, d'exiger la restitution du montant versé en trop (cf. art. 205 al. 1 CO; cf. <ref-ruling> consid. 7; Gauch, Le contrat d'entreprise, Zurich 1999, no 1617; Giger, Commentaire bernois, art. 205 CO no 16). Or, s'agissant de ces deux contrats, des auteurs récents qualifient également les prétentions en restitution liées à un défaut de contractuelles (Gauch, op. cit., no 1618; Venturi, Commentaire romand, art. 205 CO no 14 in fine).
6.6 En définitive, le caractère contractuel des prétentions en restitution fondées sur l'art. 259d CO ressort des éléments propres à cette action (cf. supra consid. 6.3) et s'insère dans la tendance qui se dégage de la jurisprudence actuelle (cf. supra consid. 6.4) et de la doctrine récente, tant en droit du bail qu'en matière de vente ou de contrat d'entreprise (cf. supra consid. 6.5).
7. La défenderesse soutient que la cour cantonale aurait dû rejeter les prétentions en restitution de la locataire en faisant application de l'art. 63 al. 1 CO.
Compte tenu de la nature contractuelle de l'action, l'art. 63 al. 1 CO ne pouvait être opposé à la locataire. Cette disposition suppose, entre autres conditions, que l'obligation n'existe pas au moment du paiement (Engel, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd. Berne 1997, p. 590). Or, comme on l'a vu, tant que le principe d'une réduction de loyer au sens de l'art. 259d CO et, le cas échéant, son montant ne sont pas fixés par les parties ou par le juge, le locataire reste tenu au paiement du loyer établi contractuellement. La jurisprudence citée par la défenderesse dans laquelle l'art. 63 al. 1 CO a été appliqué n'est du reste pas transposable au cas d'espèce, car les loyers dont le locataire demandait la restitution avaient été versés sur la base d'une cause nulle (cf. <ref-ruling> consid. 1b p. 414; <ref-ruling> consid. 2c p. 106 s.), de sorte que les prétentions invoquées reposaient sur l'enrichissement illégitime (<ref-ruling> consid. 1a; cf. supra consid. 6.2 in fine), contrairement au cas d'espèce.
8. La demanderesse reproche pour l'essentiel à la cour cantonale d'avoir soumis ses prétentions en restitution au délai de prescription d'un an de l'art. 67 CO.
8.1 Cette critique s'avère parfaitement fondée, car une action en restitution de nature contractuelle doit être assujettie aux règles sur la prescription découlant des art. 127 ss CO, ce qui exclut l'application subsidiaire du délai prévu dans le cadre de l'enrichissement illégitime (cf. supra consid. 6.1).
Le jugement attaqué doit donc être annulé dans la mesure où il considère, sur la base de l'art. 67 al. 1 CO, que les prétentions de la locataire en restitution des loyers échus avant le 2 octobre 1996 sont prescrites.
8.2 Les loyers étant des prestations périodiques, ils sont soumis au délai de prescription quinquennal de l'art. 128 ch. 1 CO (Weber, op. cit., art. 259d CO no 4a). Conformément à l'art. 130 al. 1 CO, la prescription court dès que la créance est devenue exigible. Si l'exigibilité de la créance est subordonnée à un avertissement, la prescription court dès le jour pour lequel cet avertissement pouvait être donné (art. 130 al. 2 CO).
Selon le système prévu par l'art. 259d CO, le locataire peut en principe choisir le moment auquel il exige du bailleur la réduction de loyer. Ses prétentions tendant à la restitution des loyers versés en trop, lorsque le bailleur avait déjà connaissance du défaut, deviennent donc exigibles au moment où il réclame au bailleur la réduction de loyer liée au défaut. Cette déclaration (qui correspond en l'espèce au dépôt de la demande en conciliation du 2 octobre 1997) constitue la date déterminante pour établir l'étendue de sa créance en restitution et, comme on vient de le voir, elle ne peut porter que sur les loyers qui ne sont pas déjà atteints par le délai de prescription de cinq ans de l'art. 128 ch. 1 CO.
8.3 La locataire obtient donc gain de cause sur le principe. Toutefois, dans la mesure où elle inclut dans ses conclusions en restitution les loyers d'octobre à décembre 1992, elle fait valoir des prétentions prescrites. Comme l'a relevé la cour cantonale, les loyers des mois d'octobre à décembre étaient payables pour la fin du mois de septembre, de sorte que seuls les loyers dont la locataire devait s'acquitter depuis octobre 1992, ce qui correspond aux loyers à partir de janvier 1993, entrent dans le cadre du délai de prescription quinquennal de l'art. 128 ch. 1 CO. Le montant à restituer à la locataire sera ainsi calculé sur la base des loyers de la période allant de janvier 1993 à novembre 1997 et non de janvier 1997 à novembre 1997 comme retenu dans le jugement entrepris. Selon les constatations cantonales, les loyers se sont élevés à 258'800 fr. pour 1993, à 345'200 fr. pour 1994, à 374'800 fr. pour 1995 et à 384'200 fr. pour 1996, soit au total à 1'363'000 fr. Ce montant sera ainsi ajouté aux loyers de janvier à novembre 1997 pris en compte par la cour cantonale pour établir les prétentions en restitution de la demanderesse.
9. En résumé, le recours joint doit être rejeté et le recours principal partiellement admis. Le jugement attaqué sera ainsi partiellement annulé dans la mesure où il accorde à la demanderesse 42'068,80 fr. plus intérêt à 5 % dès le 15 octobre 1997, c'est-à-dire 57'729,75 fr. à titre de restitution de 16 % des loyers payés de janvier à novembre 1997, moins les 15'660,95 fr. concernant les travaux réalisés en faveur de la locataire et dont celle-ci reconnaît être débitrice. Il convient d'ajouter à ce montant le 16 % de 1'363'000 fr. représentant les loyers de janvier 1993 à la fin de l'année 1996 (cf. supra consid. 8.3), soit 218'080 fr. On parvient ainsi à un total de 260'148,80 fr. Il n'y a en outre pas lieu de s'écarter du taux d'intérêt de 5 % dès le 15 octobre 1997 retenu par la cour cantonale, car les parties n'en contestent ni le principe ni les modalités (art. 55 al. 1 let. c OJ). Par conséquent, le chiffre 1 du dispositif du jugement attaqué sera réformé dans le sens où la défenderesse sera condamnée à verser à la demanderesse 260'148,80 fr. plus intérêt à 5 % l'an dès le 15 octobre 1997. La décision entreprise sera confirmée pour le surplus.
9. En résumé, le recours joint doit être rejeté et le recours principal partiellement admis. Le jugement attaqué sera ainsi partiellement annulé dans la mesure où il accorde à la demanderesse 42'068,80 fr. plus intérêt à 5 % dès le 15 octobre 1997, c'est-à-dire 57'729,75 fr. à titre de restitution de 16 % des loyers payés de janvier à novembre 1997, moins les 15'660,95 fr. concernant les travaux réalisés en faveur de la locataire et dont celle-ci reconnaît être débitrice. Il convient d'ajouter à ce montant le 16 % de 1'363'000 fr. représentant les loyers de janvier 1993 à la fin de l'année 1996 (cf. supra consid. 8.3), soit 218'080 fr. On parvient ainsi à un total de 260'148,80 fr. Il n'y a en outre pas lieu de s'écarter du taux d'intérêt de 5 % dès le 15 octobre 1997 retenu par la cour cantonale, car les parties n'en contestent ni le principe ni les modalités (art. 55 al. 1 let. c OJ). Par conséquent, le chiffre 1 du dispositif du jugement attaqué sera réformé dans le sens où la défenderesse sera condamnée à verser à la demanderesse 260'148,80 fr. plus intérêt à 5 % l'an dès le 15 octobre 1997. La décision entreprise sera confirmée pour le surplus.
10. La défenderesse succombe entièrement, alors que la demanderesse obtient quasiment le plein de ses conclusions, sous réserve d'un montant inférieur au 5 % de celles-ci. Dans ces circonstances, les frais et dépens des deux recours seront mis entièrement à la charge de la défenderesse (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).
L'affaire sera par ailleurs renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle se prononce à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle (cf. art. 157 et 159 al. 6 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours joint est rejeté.
2. Le recours principal est partiellement admis.
3. Le jugement attaqué est partiellement réformé en ce sens que le chiffre 1 de son dispositif est remplacé par la condamnation de la défenderesse à payer à la demanderesse 260'148,80 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 15 octobre 1997. Il est confirmé pour le surplus.
4. Un émolument judiciaire de 10'000 fr. est mis à la charge de la défenderesse.
5. La défenderesse versera à la demanderesse une indemnité de 12'000 fr. à titre de dépens.
6. La cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
7. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Ire Cour civile du Tribunal cantonal valaisan.
Lausanne, le 11 mai 2004
Au nom de la Ire Cour civile
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: