Sachverhalt:
A. Am 3. April 2007 verkaufte X._ (Verkäuferin, Beklagte, Beschwerdeführerin) A.Y._ und B.Y._, (Käufer, Kläger, Beschwerdegegner) das Grundstück C._, zu einem Kaufpreis von Fr. 780'000.--. In der Folge stellten die Käufer an der Liegenschaft ihrer Ansicht nach schwerwiegende Mängel fest. Diese betrafen insbesondere die Heizung, die aufgrund einer Sanierungsverfügung der Gemeinde vom 31. Mai 2005 bis Ende 2011 saniert werden musste. Zwischen den Parteien ist namentlich streitig, ob die Beschwerdegegner bei Vertragsschluss davon Kenntnis hatten.
Mit Schreiben vom 8. Juni 2007 traten die Käufer vom Kaufvertrag zurück und verlangten die Rückerstattung der geleisteten Anzahlung von Fr. 30'000.--. Da die Verkäuferin diesen Betrag nicht bezahlte, leiteten die Käufer die Betreibung ein. Gegen den entsprechenden Zahlungsbefehl vom 26. Oktober 2007 erhob die Verkäuferin Rechtsvorschlag, ebenso gegen einen weiteren Zahlungsbefehl vom 3. Januar 2008 über den Betrag von Fr. 20'000.--, den die Käufer als Abgeltung für diverse Aufwendungen geltend machen.
B. B.a Am 24. Oktober 2008 reichten die Käufer beim Bezirksgericht Rheinfelden Klage ein mit den Begehren, es sei die Verkäuferin zur Zahlung von insgesamt Fr. 43'550.95 zu verurteilen und es seien in den beiden Betreibungen je der Rechtsvorschlag zu beseitigen und die definitive Rechtsöffnung zu erteilen.
Mit Urteil vom 28. April 2010 wies das Bezirksgericht Rheinfelden die Klage ab.
B.b Gegen dieses Urteil erhoben die Käufer beim Obergericht des Kantons Aargau Appellation mit dem Begehren, es sei der Entscheid des Bezirksgerichts aufzuheben und die Klage gutzuheissen.
Mit Entscheid vom 25. Oktober 2011 hob das Obergericht des Kantons Aargau in teilweiser Gutheissung der Appellation das Urteil des Bezirksgerichts auf, verurteilte die Verkäuferin zur Zahlung von insgesamt Fr. 33'277.40 und erteilte den Käufern im entsprechenden Umfang die definitive Rechtsöffnung.
Zur Begründung führte das Obergericht aus, die Verkäuferin habe die Käufer in Bezug auf den Zustand der Heizung absichtlich getäuscht (Art. 28 und 203 OR).
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 1. Dezember 2011 beantragt die Verkäuferin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegner beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1, 101 E. 1).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) einzutreten.
1.2 Die Beschwerdeführerin reicht dem Bundesgericht neu eine Rechnung der Gemeinde vom 23. August 2007 für eine Ölfeuerungskontrolle ein. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nach <ref-law> nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 3 S. 395 mit Hinweis). Die Beschwerdeführerin bringt keine solche Begründung vor. Es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern erst der Entscheid der Vorinstanz Anlass geben sollte, die Rechnung einzureichen. Das neue Beweismittel hat im vorliegenden Verfahren folglich unbeachtet zu bleiben.
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe willkürlich festgestellt, die Beschwerdegegner hätten die Sanierungsbedürftigkeit der Heizung bei Abschluss des Kaufvertrags nicht gekannt. Erstens setze sich die Vorinstanz nicht mit der Tatsache auseinander, dass bereits am 2. Februar 2007 eine amtliche Messung der Abgaswerte der Heizung stattgefunden habe und die Beschwerdegegner daher über die zu hohen Abgaswerte und über die Notwendigkeit einer Einregulierung der Heizung Kenntnis gehabt hätten. Zweitens habe der Beschwerdegegner 1 auf die Frage, weshalb die Beschwerdegegner Ende Januar 2007 in die Liegenschaft eingezogen seien, die Vertragsunterzeichnung aber erst im April 2007 stattgefunden habe, Folgendes ausgesagt: Sie seien mit der Absicht eingezogen, das Haus zu kaufen. Als das mit der Heizung zum Vorschein gekommen sei, hätten sie gedacht, es habe noch mehrere Leichen im Keller. Die Unterzeichnung habe wegen der Bank erst später stattgefunden. Diese Aussage lasse keinen anderen Rückschluss zu, als dass die Beschwerdegegner die Sanierungsbedürftigkeit der Heizung gekannt hätten, aber dennoch auf die Zusage der Bank gewartet hätten.
2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255; <ref-ruling> E. 7.1, 462 E. 2.4).
Wird Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht; die beschwerdeführende Partei hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen habe (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 1b). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, namentlich auf bloss appellatorische Vorbringen, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3, 396 E. 3.1 S. 399).
2.2 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin. Sie beschränkt sich grösstenteils darauf, ihre Sicht der Dinge darzulegen. Dabei geht sie indessen in keiner Weise auf die Ausführungen der Vorinstanz ein. So hat die Vorinstanz etwa zur Behauptung der Beschwerdeführerin, sie habe die Beschwerdegegner über die Sanierungsbedürftigkeit der Heizung aufgeklärt, festgehalten, diese sei erstmals in der Replik und in völlig allgemeiner Art vorgebracht worden, insbesondere ohne Angabe über Ort und Zeitpunkt der Informierung. Der Beschwerdegegner 1 habe zu dieser Behauptung ausgesagt, das sei schlicht und einfach gelogen. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin seien als Schutzbehauptungen zu qualifizieren und es sei davon auszugehen, dass die Beschwerdegegner die Sanierungsbedürftigkeit der Heizung beim Abschluss des Kaufvertrags nicht gekannt hätten. Auf diese Beweiswürdigung geht die Beschwerdeführerin mit keinem Wort ein und zeigt nicht auf, inwiefern diese geradezu willkürlich sei. Damit genügt sie den Begründungsanforderungen nicht. Was die Notwendigkeit einer Einregulierung wegen zu hoher Werte angeht, so ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz in diesem Zusammenhang Beweise willkürlich ausser Acht gelassen hätte. Zudem ist unklar, inwiefern eine Ergänzung des Sachverhalts in dieser Hinsicht für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnte, geht es doch vorliegend nicht um eine Einregulierung der Heizung nach einer amtlichen Messung, sondern um eine Sanierungspflicht aufgrund einer Sanierungsverfügung der Gemeinde. Die Rügen sind damit unbegründet, soweit darauf überhaupt einzutreten ist.
3. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, die Vorinstanz habe in mehrfacher Hinsicht die Begründungspflicht als Teilgehalt des rechtlichen Gehörs verletzt. Bis auf einige Aussagen der Beschwerdeführerin, welche die Vorinstanz als Schutzbehauptungen bezeichne, habe diese alle Argumente, welche gegen die Annahme einer absichtlichen Täuschung sprechen würden, im Urteil nicht einmal erwähnt.
3.1 Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verlangt, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2 S. 242). Aus <ref-law> wird zudem die Pflicht der Behörden abgeleitet, ihre Entscheide zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen). Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236).
3.2 Diesen Anforderungen genügt der vorinstanzliche Entscheid. Mit den Behauptungen der Beschwerdeführerin, sie habe die Beschwerdegegner über die Sanierungsbedürftigkeit der Heizung aufgeklärt, hat sich die Vorinstanz auseinandergesetzt (vgl. E. 2.2). Die Vorinstanz hat zudem nicht einseitig argumentiert, sondern durchaus auch für den Standpunkt der Beschwerdeführerin sprechende Tatsachen berücksichtigt. So hat sie etwa ausgeführt, die Pflicht zur Information der Beschwerdeführer über die Sanierungsverfügung könnte dadurch relativiert werden, dass die Frist bei Abschluss des Kaufvertrags noch über viereinhalb Jahre lief. Dies verneinte sie sodann mit der Begründung, dass sich die Beschwerdegegner aktiv für den Zustand der Heizung interessiert hätten und der damalige Lebenspartner der Beschwerdeführerin als deren Hilfsperson die Beschwerdegegner mit seiner Aussage, die Heizung habe noch eine Mindestlebensdauer von 10 Jahren, in falscher Sicherheit gewogen hätte. Zu einer darüber hinausgehenden Auseinandersetzung mit sämtlichen Argumenten der Beschwerdeführerin war die Vorinstanz nicht verpflichtet. Die Rüge ist unbegründet.
4. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich, die Vorinstanz habe Art. 28 und 203 OR verletzt, indem diese das Vorliegen einer absichtlichen Täuschung bejaht habe. Die Beschwerdegegner hätten vor Vertragsabschluss gewusst, dass die Abgaswerte leicht zu hoch seien. Eine einfache Einregulierung der Heizung hätte hier genügt, um die in der Sanierungsverfügung gestellten Anforderungen zu erfüllen. Der Beschwerdegegner 1 habe auch ausgesagt, als sie das mit der Heizung erfahren hätten, hätten sie nicht zurücktreten wollen, sondern erst, als das Gesamtpaket nicht mehr gestimmt habe. Absichtlich täuschen könne man nur über etwas, was den Vertragspartner in erkennbarer Weise vom Vertragsabschluss abhalten würde. Zudem setze sich die Vorinstanz mit keinem Wort mit der erforderlichen Täuschungsabsicht der Beschwerdeführerin auseinander. Schliesslich bestehe vorliegend keine Aufklärungspflicht, da sich die erforderliche Sanierung aus einer Gemeindeverordnung ergebe, weshalb die Beschwerdegegner davon Kenntnis gehabt haben müssten.
4.1 Wenn ein Vertragschliessender durch absichtliche Täuschung seitens des anderen zum Vertragsabschluss verleitet worden ist, so ist der Vertrag für den Getäuschten gemäss <ref-law> auch dann nicht verbindlich, wenn der erregte Irrtum kein wesentlicher war (<ref-ruling> E. 3.4.2; <ref-ruling> E. 4.1 S. 165). Bei absichtlicher Täuschung des Käufers durch den Verkäufer findet eine Beschränkung der Gewährleistung wegen versäumter Anzeige nach <ref-law> nicht statt. Der Tatbestand der absichtlichen Täuschung setzt voraus, dass der Vertragspartner - durch positives Verhalten oder durch Schweigen (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.2; <ref-ruling> E. 4.1 S. 166; <ref-ruling> E. 3a S. 434) - absichtlich getäuscht wurde; für die Täuschungsabsicht genügt Eventualvorsatz (<ref-ruling> E. 3.4.2; 53 II 143 E. 1a S. 150). Das Verschweigen von Tatsachen ist dabei insoweit verpönt, als eine Aufklärungspflicht besteht. Eine solche kann sich aus besonderer gesetzlicher Vorschrift und aus Vertrag ergeben, oder wenn eine Mitteilung nach Treu und Glauben und den herrschenden Anschauungen geboten ist (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 434). Ob eine Aufklärungspflicht besteht, bestimmt sich auf Grund der Umstände im Einzelfall (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4.1 S. 166; <ref-ruling> E. 3a S. 434). Erforderlich ist zudem, dass der Vertragspartner den Vertrag ohne das täuschende Verhalten nicht oder nicht mit dem entsprechenden Vertragsinhalt abgeschlossen hätte (<ref-ruling> E. 3.4.2; <ref-ruling> E. 4.1 S. 166).
4.2 Soweit die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerdebegründung den Sachverhalt erweitert, ohne eine den Begründungsanforderungen genügende Sachverhaltsrüge vorzubringen (vgl. E. 2.1), sind deren Vorbringen unbeachtlich. Auszugehen ist von der verbindlichen Feststellung der Vorinstanz, wonach die Beschwerdeführerin die Beschwerdegegner über eine von der Gemeinde am 31. Mai 2005 erlassene und die Heizung betreffende Sanierungsverfügung nicht in Kenntnis gesetzt hat. Die Sanierung einer Heizung bringt im Allgemeinen erheblichen Aufwand und wesentliche Kosten mit sich. So haben die Beschwerdegegner die Kosten gemäss dem vorinstanzlichen Urteil mit Fr. 18'500.-- beziffert. Dass es sich bei der Sanierung nicht um eine einfache Einregulierung handelt, zeigt bereits der Umstand, dass die Gemeinde der Beschwerdeführerin dafür eine Frist von rund sieben Jahren gesetzt hat. Die Beschwerdegegner durften nach Treu und Glauben erwarten, von der Beschwerdeführerin über eine solche Verpflichtung aufgeklärt zu werden. Von dieser Aufklärungspflicht wird die Beschwerdeführerin auch nicht durch die Tatsache entbunden, dass die Sanierungspflicht allenfalls aus einer allgemein-abstrakten Norm in einer Gemeindeverordnung abzuleiten gewesen wäre. Damit kann offen bleiben, ob das Verhalten des Lebenspartners der Beschwerdeführerin, der den Beschwerdegegnern auf Frage nach dem Zustand der Heizung gesagt hatte, diese habe noch eine Mindestlebensdauer von 10 Jahren, dieser zuzurechnen ist. Was die Täuschungsabsicht angeht, so konnte die Beschwerdeführerin nicht erwarten, dass die Beschwerdegegner im Wissen um die Sanierungsverfügung denselben Kaufpreis für das Grundstück bezahlt hätten wie ohne Kenntnis derselben. Durch ihr Schweigen hat sie daher zumindest in Kauf genommen, dass die Beschwerdegegner in einen höheren Kaufpreis einwilligten, als sie dies bei Kenntnis der Sanierungsverfügung getan hätten. Die Vorinstanz hat somit kein Bundesrecht verletzt, indem sie das Vorliegen einer absichtlichen Täuschung bejaht hat.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Damit wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau Zivilgericht 1. Kammer schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier