Fatti:
A. B._ e la sorella A._ sono comproprietari, in ragione di 1⁄2 ciascuno, della particella xxx RFD di X._. L'11 novembre 2010 A._ ha convenuto in giudizio il fratello con un'azione di scioglimento e divisione della comproprietà innanzi al Pretore del distretto di Lugano. Oltre alla divisione, ha postulato l'incarico di un notaio che provveda alla messa agli incanti pubblici della particella con un piede d'asta di fr. 4'400'000.--, il conferimento dell'amministrazione dell'immobile nonché della gestione del conto bancario comune a una fiduciaria e, infine, l'attribuzione di tasse e spese di giustizia a carico del convenuto con l'obbligo di rifonderle fr. 120'000.-- a titolo di ripetibili.
Con sentenza del 3 aprile 2012, in parziale accoglimento dell'azione, il Pretore ha sciolto la comproprietà della particella xxx RFD di X._, incaricato un notaio della liquidazione con la licitazione privata tra i due comproprietari in base a un piede di licitazione di fr. 4'400'000.--, e successivamente, in caso di mancato perfezionamento della licitazione privata, con la messa ai pubblici incanti in base a un piede d'asta di stesso importo. Per il resto, ha respinto la petizione. La tassa di giustizia e le spese di complessivi fr. 15'700.-- sono state poste a carico delle parti in ragione di metà ciascuno. Con rettificazione del 5 aprile 2012, operata su istanza dell'attrice, il Pretore ha completato il dispositivo di suddetta sentenza, compensando le ripetibili tra le parti.
B. Con sentenza del 20 agosto 2012 la III Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto il reclamo inoltrato il 17 aprile 2012 da A._ volto a contestare la ripartizione della tassa di giustizia e delle spese stabilita dal Pretore e a ottenere fr. 60'000.-- a titolo di ripetibili parziali per la procedura di prima istanza.
C. A._ insorge al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 21 settembre 2012, postulando in via principale l'annullamento della sentenza del tribunale cantonale, l'accoglimento del suo reclamo e conseguentemente la riforma della decisione pretorile nel senso che la tassa di giustizia e le spese di complessivi fr. 15'700.-- siano poste a carico delle parti in ragione di 1⁄4 alla ricorrente e 3⁄4 a B._, con l'obbligo di quest'ultimo a rifonderle fr. 60'000.-- a titolo di ripetibili parziali. In via subordinata chiede di annullare la sentenza della III Camera civile e di rinviare la causa all'autorità cantonale per nuovo giudizio.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere d'esame la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
1.1 La via d'impugnazione di decisioni afferenti pretese accessorie, tra cui le spese e le ripetibili, segue essenzialmente quella della vertenza di fondo (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.1; sentenza 5D_86/2012 del 14 settembre 2012 consid. 1). Nella fattispecie, il merito della controversia attiene ai diritti reali, ovvero a una materia civile (<ref-law>). La causa ha carattere pecuniario (sentenza 5A_52/2009 del 27 febbraio 2009 consid. 1). Qualora, come in concreto, innanzi all'ultima autorità cantonale l'oggetto del contendere era limitato alla ripartizione delle spese e alle ripetibili della procedura di prima istanza e non si estendeva anche al merito della vertenza, il valore litigioso davanti al Tribunale federale è determinato unicamente dalle conclusioni a queste relative (sentenza 5A_396/2012 del 5 settembre 2012 consid. 1.2). Sebbene, in urto all'art. 112 cpv. 1 lett. d LTF, il Tribunale d'appello non abbia indicato il valore di lite, questo è facilmente deducibile dalla sentenza impugnata che menziona un petitum per fr. 60'000.-- a titolo di ripetibili parziali oltre a una diversa ripartizione delle spese della procedura di prima istanza. Sicché il valore litigioso supera la soglia di fr. 30'000.-- posta dall'<ref-law>.
Interposto tempestivamente (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) emanata su ricorso da un tribunale superiore di ultima istanza (<ref-law>), il ricorso in materia civile è ammissibile anche perché presentato nelle forme richieste (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>).
1.2 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto federale (<ref-law>), che include anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1). Riservati i casi citati dall'<ref-law>, non può invece essere censurata la violazione del diritto cantonale. È però sempre possibile fare valere che l'errata applicazione del diritto cantonale da parte dell'autorità precedente comporti una violazione del diritto federale, segnatamente del divieto d'arbitrio (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3).
Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>). Ciò nondimeno, giusta l'<ref-law>, nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Le esigenze di motivazione sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali, anche siccome riferita al diritto cantonale nel senso esposto poc'anzi. II Tribunale federale esamina queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'<ref-law>. Ne discende che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati, precisando altresì in che consista tale violazione (<ref-ruling> consid. 2.2).
Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2). L'eliminazione del vizio indicato deve inoltre poter influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
2. La procedura di merito è stata promossa innanzi al Pretore del distretto di Lugano nel novembre 2010, ovvero prima dell'entrata in vigore, il 1° gennaio 2011, del Codice di diritto processuale civile svizzero del 19 dicembre 2008 (CPC; RS 272). Conformemente all'<ref-law>, fino alla sua conclusione davanti alla giurisdizione adita, essa soggiaceva al diritto procedurale previgente, e meglio al Codice di procedura civile ticinese del 17 febbraio 1971 (CPC/TI). Poiché la sentenza di prima istanza, compreso il relativo complemento, è stata inviata dopo il 1° gennaio 2011, i rimedi giuridici esperibili sono retti dal nuovo diritto (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 pag. 130). Secondo l'<ref-law>, la decisione in materia di spese (v. <ref-law>) è impugnabile a titolo indipendente soltanto mediante reclamo giusta gli art. 319 segg. CPC. È quindi rettamente che il Tribunale d'appello ha considerato proponibile il reclamo ai sensi del CPC avverso la ripartizione delle spese e le ripetibili di primo grado. Atteso che questo mezzo d'impugnazione tende unicamente al controllo della corretta applicazione del diritto da parte della precedente istanza (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 3), la questione afferente la ripartizione delle spese e le ripetibili di prima istanza continuava a essere disciplinata dal diritto cantonale, segnatamente dall'<ref-law>/TI.
3. La ricorrente lamenta arbitrio nell'applicazione dell'<ref-law>/TI, riconducibile anche a un accertamento dei fatti in aperto contrasto con gli atti di causa.
3.1 Per invalsa giurisprudenza l'arbitrio, vietato dall'<ref-law>, non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 7.1 con rinvii). Per quanto concerne la valutazione delle prove e l'accertamento dei fatti, il giudice - che in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1.2).
3.2 Trattandosi, in particolare, dell'applicazione del diritto cantonale occorre ben distinguere l'arbitrio dalla violazione della legge: per essere considerata come arbitraria la violazione della legge dev'essere manifesta e immediatamente riconoscibile. Il Tribunale federale non deve stabilire quale sarebbe l'interpretazione corretta da attribuire alla disposizione applicabile; deve unicamente decidere se l'interpretazione attribuitale dall'autorità cantonale sia sostenibile (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 5.1).
4. Nella procedura civile, la ripartizione delle spese e le ripetibili sono rette dal principio del risultato (Erfolgsprinzip) che poggia sulla presunzione secondo cui la parte soccombente ha causato i costi del processo (<ref-ruling> consid. 6b pag. 2). Di regola quindi le spese e le ripetibili sono addossate alle parti in funzione della loro soccombenza (v. sentenza 4A_407/2008 del 18 dicembre 2008 consid. 6.1.2). Questo principio trova applicazione anche nella procedura civile ticinese (COCCHI/TREZZINI, Codice di procedura civile ticinese massimato e commentato, appendice 2000/2004, 2005, n. 59 ad <ref-law>/TI). Giusta l'<ref-law>/TI, infatti, il giudice condanna la parte soccombente a rimborsare all'altra parte le tasse, le spese giudiziarie e le ripetibili (cpv. 1). Se vi è soccombenza reciproca o concorrono altri giusti motivi, può ripartirle parzialmente o per intero fra le parti (cpv. 2).
5. Ricordato il tenore dell'<ref-law>/TI, il Tribunale d'appello ha rilevato che la giurisprudenza cantonale riconosce un'ampia latitudine di giudizio al Pretore nella determinazione degli oneri processuali e delle ripetibili. La sua valutazione in merito è pertanto censurabile unicamente per eccesso o abuso del potere d'apprezzamento. Chinandosi poi sul caso concreto, l'autorità precedente ha osservato che le parti hanno convenuto sul principio dello scioglimento della comproprietà, ma non sulle modalità della divisione. La ricorrente è risultata soccombente sulla questione della vendita agli incanti pubblici e l'opponente su quella del piede di licitazione che aveva proposto di fissare a fr. 2'550'000.--. Analogamente, per quanto concerne l'amministrazione dell'immobile, l'insorgente è risultata soccombente in relazione alla nomina di una fiduciaria, mentre l'opponente lo è risultato con riferimento alle pretese volte ad aumentare la propria remunerazione e a ottenere un compenso per il plus valore generato nel corso degli anni durante i quali si è occupato di tale mansione. In simili circostanze, ha concluso il Tribunale d'appello, nella decisione di considerare le parti soccombenti in egual misura non era ravvisabile alcun eccesso o abuso del potere di apprezzamento del Pretore, la ripartizione delle spese in ragione di metà ciascuno e la compensazione delle ripetibili essendo conformi al principio della soccombenza reciproca.
5.1 La ricorrente intravede arbitrio nell'accertamento per cui l'opponente avrebbe convenuto sul principio dello scioglimento della comproprietà. Nella sua risposta egli avrebbe infatti postulato la reiezione integrale della petizione, ribadendo tale conclusione anche nella duplica. Solo in occasione delle conclusioni di causa, avrebbe modificato leggermente la sua posizione, continuando comunque a chiedere la reiezione della petizione. A mente dell'insorgente, per determinare il grado di soccombenza sarebbero determinanti solo le richieste di petitum e non quanto rilevato nella motivazione degli allegati o nell'ultimo atto di causa. Insostenibilmente, invece di fondarsi sulle conclusioni formali dell'opponente, il Tribunale d'appello si sarebbe richiamato alla motivazione della risposta di causa. I giudici cantonali avrebbero poi versato nell'arbitrio ritenendo una soccombenza reciproca. Infatti la ricorrente sarebbe risultata parte vincente sul principio dello scioglimento della comproprietà, sulla modalità di divisione (seppure preceduta da una licitazione privata), sull'importo del piede d'asta e sulla nomina di un notaio. La controparte avrebbe vinto solo in punto all'amministrazione dell'immobile. Ne seguirebbe che il grado di soccombenza della ricorrente sarebbe di al massimo 1⁄4, mentre quello dell'opponente pressoché totale.
5.2 La censura è infondata. Certo, l'art. 170 cpv. 1 lett. h CPC/TI, richiamato dalla ricorrente, esige che la risposta di causa contenga le domande (di giudizio) formulate in termini precisi e distinti e l'opponente ha formalmente concluso alla reiezione della petizione. Tuttavia, l'agire del Tribunale d'appello, che ha determinato la posizione di controparte anche alla luce della motivazione dell'allegato di risposta, se può forse apparire opinabile, non può comunque definirsi addirittura insostenibile e quindi arbitrario. Secondo la giurisprudenza, infatti, per non incorrere il rischio di un formalismo eccessivo vietato dall'<ref-law>, le conclusioni vanno interpretate sulla scorta delle motivazioni addotte (v. <ref-ruling> consid. 6.2 e rinvii; v. anche COCCHI/TREZZINI/BERNASCONI, Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero, 2010, pag. 152 seg.). L'insorgente peraltro non nega che, nella sua motivazione di risposta, l'opponente abbia effettivamente convenuto sul principio dello scioglimento della comproprietà (v. <ref-law>), contestando unicamente la modalità di divisione e il piede d'asta proposti con l'azione (v. <ref-law>). Siccome il Tribunale d'appello poteva senza arbitrio ritenere che, già in sede di risposta, l'opponente avesse manifestato il suo accordo allo scioglimento della comproprietà, non può poi risultare insostenibile l'accertamento secondo cui sia nella duplica sia nelle conclusioni scritte egli abbia ribadito quanto chiesto precedentemente, senza ravvisare alcuna evoluzione delle conclusioni.
5.3 Nemmeno in relazione al grado di soccombenza delle parti si riscontra arbitrio di sorta. Poiché entrambe hanno convenuto sul principio dello scioglimento, la vertenza risultava circoscritta alla modalità di divisione e all'amministrazione dell'immobile, questioni per cui è stata ritenuta una soccombenza reciproca. Nella prima la ricorrente è risultata vincente unicamente in relazione al piede d'asta, ma non sulla modalità di divisione. Su quest'ultimo aspetto la soluzione cantonale è sostenibile, il Pretore decidendo per la licitazione privata postulata dall'opponente, anche in ragione della posizione pre-processuale dell'insorgente orientata in questo senso. Contrariamente a quanto preteso nel ricorso, tale elemento, benché relativo a fatti fuori causa, non è del tutto inconferente per il giudizio sulle spese e ripetibili, perché indicativo di un comportamento inspiegabilmente contraddittorio. La ricorrente non può ritenersi vincente neppure in punto all'asta pubblica prevista solo in un secondo momento, trattandosi di una conseguenza quasi obbligata in caso di mancato perfezionamento della licitazione privata (v. a questo riguardo BRUNNER/WICHTERMANN, in Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 4a ed. 2011, n. 14 ad <ref-law>). Quanto alla seconda questione in giudizio, l'insorgente non critica il grado di soccombenza ritenuto, sicché non v'è motivo di soffermarsi oltre.
5.4 In simili circostanze, considerare le parti soccombenti in uguale misura non denota alcun arbitrio e la ripartizione delle spese e delle ripetibili così come deciso in sede cantonale risulta da un'applicazione sostenibile dell'<ref-law>/TI in quanto conforme al principio del risultato. Certo, dando maggior peso all'esito processuale sul piede di licitazione rispettivamente d'asta, ciò che peraltro la ricorrente neppure suggerisce, una diversa suddivisione poteva anche essere corretta o preferibile, ma la decisione impugnata né appare iniqua né urta il sentimento della giustizia.
6. Ne discende che il ricorso va respinto.
Le spese giudiziarie sono addossate alla ricorrente, secondo soccombenza (<ref-law>). Non si giustifica attribuire ripetibili all'opponente, non essendo stato invitato a esprimersi sul gravame (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla III Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.