Sachverhalt:
A. Die Parteien entstammen dem böhmischen Adelsgeschlecht der von Schwarzenberg. Die Familie erlangte im 15. Jahrhundert das Bürgerrecht der Stadt Zürich; einige der Nachkommen sind bis heute Schweizer Bürger und in den Registern der Stadt Zürich aufgeführt.
Die Beschwerdeführerin ist die leibliche Tochter des Heinrich Karl Borromäus Maria Franz von Sales Johannes Eleemosinarius Dominikus Benediktus von Schwarzenberg (geb. 29. Januar 1903 in Pressburg/Pozsony/Bratislava, " 18. Juni 1965 in Wien), der Beschwerdegegner ist dessen Adoptivsohn. Heinrich von Schwarzenberg seinerseits soll am oder kurz vor dem 29. April 1940 in Budweis/?eské Bud?jovice durch seinen Vetter Adolf Johann Maria Raphael Franz Josef Hubertus Agapit von Schwarzenberg (geb. 18. August 1890 in Frauenberg/Hluboká, " 27. Februar 1950 in Bordighera) adoptiert worden sein. Vorhanden ist einzig der Kindesannahmevertrag vom 29. März 1940, dessen Gültigkeit allerdings wegen der fehlenden eigenhändigen Unterschriften umstritten ist. So oder anders nicht vorhanden ist der Genehmigungsbeschluss bzw. die darüber ausgestellte Urkunde des Amtsgerichts Budweis; zwischen den Parteien ist strittig, ob es einen solchen Beschluss überhaupt je gegeben hat.
Hintergrund der vorliegend zu beurteilenden Auseinandersetzung sind Erbschaftsprozesse, welche die Parteien in Tschechien und Österreich, namentlich vor dem Landesgericht Leoben, um den Nachlass des Heinrich von Schwarzenberg austragen. Die Beschwerdeführerin behauptet dort, der Beschwerdegegner habe sich zu Beginn der 90er Jahre gegenüber der Tschechischen Republik zu wenig um die Restitution des enteigneten Familienbesitzes bemüht - das primär in riesigen Ländereien in Böhmen bestehende Vermögen des Hauses Schwarzenberg wurde 1940 durch die Gestapo konfisziert und nach Kriegsende entschädigungslos durch die Tschechoslowakei enteignet - und damit die Auflage im Testament des Heinrich von Schwarzenberg betreffend Restitutionsbemühungen verletzt, was zu einer Verwirkung der Rechte am Nachlass führe. Der Beschwerdegegner macht demgegenüber in den Erbschaftsprozessen geltend, weil Heinrich von Schwarzenberg durch Adolf von Schwarzenberg als letzten Träger des Familienvermögens nicht rechtsgültig adoptiert worden sei, habe er (der Beschwerdegegner) nach den tschechischen Restitutionsgesetzen gar keine Ansprüche geltend machen können.
B. Am 30. April 2002 erwirkte die Beschwerdeführerin die Eintragung der angeblich 1940 erfolgten Adoption des Heinrich von Schwarzenberg durch Adolf von Schwarzenberg im Familienregister der Stadt Zürich.
Nachdem der Beschwerdegegner im Zug der Erbschaftsprozesse von dieser Eintragung Kenntnis erlangt hatte (die Beschwerdeführerin hatte dort zur Stützung ihres Standpunktes Auszüge aus dem zürcherischen Familienregister vorgelegt), verlangte er am 11. Juli 2008 gestützt auf <ref-law> die Löschung des Adoptionseintrages.
Mit Verfügung vom 16. Januar 2008 ordnete das Bezirksgericht Zürich die Löschung der betreffenden Einträge im Familienregister der Stadt Zürich an. Den hiergegen erhobenen Rekurs wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 3. Juli 2008 ab.
Dagegen hat die Beschwerdeführerin sowohl Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht als auch Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich erhoben. Das bundesgerichtliche Verfahren wurde sistiert. Mit Beschluss vom 20. Juli 2009 wies das Kassationsgericht die Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen die Beschlüsse des Obergerichts und des Kassationsgerichts hat Elisabeth von Pezold am 11. September 2009 eine - soweit den obergerichtlichen Beschluss betreffend die ursprüngliche Beschwerde ersetzende - Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um deren Aufhebung und Abweisung des Löschungsgesuches, eventuell um Rückweisung der Sache an das Obergericht. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten sind zwei kantonal letztinstanzliche Endentscheide (Beschluss des Obergerichts bezüglich Rechtsfragen, Beschluss des Kassationsgerichts bezüglich Verfassungsgarantien) im Sinn von Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG betreffend richterliche Bereinigung des Zivilstandsregisters gestützt auf <ref-law>.
Gegenstand des Verfahrens ist die Berichtigung bzw. Löschung eines Eintrages, mithin eine zivilstandsregisterrechtliche Sache gemäss Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG. Die Beschwerdeführerin anerkennt, dass von keiner Seite eine Statusklage erhoben worden ist, macht aber geltend, unabhängig davon hätte das Obergericht eine materiellrechtliche Prüfung vornehmen müssen (im Einzelnen E. 3.1); inwiefern die Beschwerde damit auch über eine Zivilsache im Sinn von <ref-law> trägt, kann letztlich offen bleiben, weil die Angelegenheit so oder anders nicht vermögensrechtlicher Natur ist (vgl. Urteil 5A_840/2008, E. 1.2) und die Beschwerde in Zivilsachen für die vorgebrachten Rechts- und Verfassungsverletzungen umfassend zur Verfügung steht (Art. 95 f. BGG).
Von vornherein nicht einzutreten ist auf die Beschwerde jedoch, soweit die Beschwerdeführerin zunächst völlig losgelöst von irgendwelchen rechtlichen Vorbringen die Familiengeschichte und den adoptionsrechtlichen Sachverhalt aus eigener Sicht schildert. Für die rechtlichen Vorbringen und Verfassungsrügen wird auf die Eintretensfrage jeweils im konkreten Kontext zurückzukommen sein.
Was die Begründungsanforderungen und die Kognition anbelangt, so gilt für Verfassungsrügen das strenge Rügeprinzip (<ref-law>). Sodann ist das Bundesgericht grundsätzlich an die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen gebunden (<ref-law>). Demgegenüber prüft es die Rechtsanwendung im Rahmen rechtsgenüglicher Vorbringen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) grundsätzlich mit freier Kognition (<ref-law>).
2. Das Obergericht hat zunächst festgestellt, bei der Eintragung der Adoption in den zürcherischen Registern am 30. April 2002 habe keine Urkunde des Amtsgerichtes Budweis über die Genehmigung des notariellen Kindesannahmevertrages vom 29. März 1940 vorgelegen; vielmehr hätten die Registerbehörden auf den Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg vom 13. Dezember 2001 abgestellt, in welchem gestützt auf die Verordnung über die Ersetzung zerstörter oder abhanden gekommener gerichtlicher oder notarischer Urkunden (UrkErsV) vom 18. Juni 1942 (RGBl. I 1942, S. 395) festgestellt worden sei, "dass der notarielle Kindesannahmevertrag vom 29.03.1940 ... durch einen vor dem 29.04.1940 erlassenen Beschluss des Deutschen Amtsgerichts in Budweis bestätigt wurde".
Das Obergericht hat erwogen, die Anerkennung dieses Beschlusses verstosse gegen den Ordre public, weil dem Beschwerdegegner im Bamberger Verfahren kein rechtliches Gehör gewährt worden sei, obwohl ein kontradiktorisches Verfahren auch in der UrkErsV vorgesehen sei. Im Übrigen habe der Beschwerdegegner aufgrund der später (nach der Eintragung in den Zürcher Registern) erfolgten Zustellung des Beschlusses dagegen Rechtsmittel ergriffen. In diesem Rahmen habe das Landgericht Bamberg den fraglichen Beschluss am 11. April 2006 aufgehoben und den Antrag der Beschwerdeführerin auf Feststellung der Bestätigung des Adoptionsvertrages durch das Amtsgericht Budweis abgewiesen. Nach Abweisung des hiergegen ergriffenen Rechtsmittels der Beschwerdeführerin durch den Bundesgerichtshof sei der Entscheid des Landgerichts Bamberg am 18. September 2007 in Rechtskraft erwachsen.
Das Obergericht hat weiter erwogen, auch die vorgelegten österreichischen Urkunden vermöchten die Adoption nicht zu belegen, zumal die Registerbehörden nicht darüber Beweis abzunehmen, sondern vielmehr über die Anerkennung des Beschlusses des Amtsgerichtes Bamberg zu befinden gehabt hätten: Auf Betreiben der Beschwerdeführerin habe das österreichische Staatsarchiv, welches die sog. Heeres-Matriken fortführe, am 8. März 2002 im Geburtsbuch des Feldsuperiorates Pozsony gestützt auf den Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg die strittige Adoption nachgetragen. In seinem Beschwerdeentscheid vom 22. Oktober 2003 komme das Staatsarchiv allerdings nach einer umfangreichen Würdigung der Akten und der historischen Fachliteratur zum Schluss, das Amtsgericht Budweis habe die Adoption nicht in einem vor dem 29. April 1940 erlassenen Beschluss bestätigt. Der Verwaltungsgerichtshof habe zwar den Beschwerdeentscheid des Staatsarchivs am 15. Dezember 2006 aufgehoben mit der Begründung, der - kurz darauf rechtskräftig aufgehobene - Beschluss des Amtsgerichts Bamberg sei in Österreich anerkennungsfähig, weshalb für eine eigene Beweiswürdigung kein Raum bleibe. Die "Anerkennung der Anerkennung", so erwog das Obergericht weiter, sei jedoch unzulässig, so dass die österreichischen Anerkennungsurteile für das Gebiet der Republik Österreich nicht ihrerseits von den schweizerischen Behörden für das Gebiet der Schweiz anerkannt werden könnten und insofern die österreichischen Entscheide keine selbständige Bedeutung hätten.
Abschliessend hat das Obergericht erwogen, zwar würden beide Seiten (jedenfalls sinngemäss) auch von der materiellen Richtigkeit ihrer jeweiligen Standpunkte ausgehen. Indes wolle keine der je anwaltlich vertretenen Parteien einen Statusprozess führen, und weder die Offizialmaxime noch der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen würden gebieten, das Prozessthema gegen den ausdrücklichen Willen der Parteien von der registerrechtlichen Überprüfung auf die Statusfrage auszudehnen.
3. Die Beschwerdeführerin wirft dem Obergericht eine falsche Anwendung von <ref-law> vor. Gemäss dieser Norm kann auf Eintragung von streitigen Angaben über den Personenstand, auf Berichtigung oder auf Löschung einer Eintragung klagen, wer ein schützenswertes persönliches Interesse glaubhaft macht.
3.1 Die Beschwerdeführerin räumt ein, dass von keiner Seite eine Statusklage erhoben worden ist, macht aber geltend, unabhängig davon hätte das Obergericht eine materiellrechtliche Prüfung der Eintragung der Adoption im Zivilstandsregister vornehmen müssen; auch im Zusammenhang mit dem Gesuch um Registerberichtigung gelte das Prinzip der materiellen Wahrheit.
Im Zusammenhang mit der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen Revision des Scheidungsrechts wurden auch die Bestimmungen über den Personenstand neu gefasst (AS 1999 1118; BBl 1996 I 1). Dabei wurde die frühere Klage auf Berichtigung des Zivilstandsregisters (Art. 45 aZGB) zu einer umfassenden Bereinigungsklage auf Eintragung, Berichtigung oder Löschung von streitigen Angaben über den Personenstand ausgebaut, soweit kein eigenes Verfahren (z.B. Statusklagen des Kindesrechts) zur Verfügung steht (Botschaft, BBl 1996 I 52; <ref-ruling> E. 1.2 S. 203). Die von der Botschaft angesprochene Gestaltungswirkung ist indes nicht zu verwechseln mit der in der Botschaft ebenfalls erwähnten ungeschriebenen bundesrechtlichen Feststellungsklage, die weiterhin möglich bleibt - und vorliegend für die Feststellung der tatsächlich erfolgten oder gescheiterten Adoption bei entsprechenden Parteibegehren zu Gebote gestanden hätte -, aber nicht von <ref-law> erfasst wird (BBl 1996 I 53 oben). Wie sich aus dem Gesetzeswortlaut und insbesondere auch aus der Marginale zu <ref-law> ergibt, ist bei der hierauf gestützten Klage nichts anderes als die Bereinigung des Registers - d.h. Eintragung oder Berichtigung bzw. Löschung - Prozessthema (<ref-ruling> E. 1.1 und insb. E. 3.4.1 S. 395; vgl. auch BUCHER, Natürliche Personen und Persönlichkeitsschutz, 4. Aufl., Basel 2009, Rz. 306; WAESPI, in ZZW 2002, S. 175). Freilich handelt es sich dabei um eine richterliche Berichtigung, während <ref-law> diejenige durch die Zivilstandsbehörden regelt. Entsprechend dem Zweck des Berichtigungsverfahrens ist bei der auf <ref-law> gestützten Klage in jedem Fall erforderlich, dass damit ein Eintrag oder eine Berichtigung des Zivilstandsregisters angestrebt wird (SANTORO, in Müller/Wirth (Hrsg.), Gerichtsstandsgesetz, Zürich 2001, N. 20 zu Art. 14 GestG).
Beim registerrechtlichen Berichtigungsverfahren gemäss <ref-law> handelt es sich um ein Verfahren der sog. freiwilligen Gerichtsbarkeit, während der eigentliche Statusprozess in einem streitigen Verfahren ausgetragen und dabei eine materiellrechtliche Frage verbindlich beurteilt wird (<ref-ruling> E. 1 S. 292; <ref-ruling> E. 1.2 S. 203). Dies spiegelt sich auch im Rechtsmittelweg, der bei Inkrafttreten von <ref-law> im einen Fall mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde und im anderen Fall mit Berufung an das Bundesgericht führte (BBl 1996 I 52). Auch heute stehen vor Bundesgericht je nach Verfahrensart zwei verschiedene Spielarten der Beschwerde in Zivilsachen zu Gebote (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 resp. <ref-law>).
Wie das Obergericht vor diesem Hintergrund zutreffend festhält, kann das mit der Berichtigungsklage gemäss <ref-law> befasste Gericht das Verfahren nicht von Amtes wegen auf die materielle Statusfrage ausdehnen und damit die Partei, die lediglich einen Fehler im Beurkundungsverfahren rügen will, gegen ihren Willen in einen Statusprozess drängen. Sodann hat <ref-law> entgegen der sinngemässen Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht die Tragweite, dass die schweizerischen Gerichte im Berichtigungsverfahren von Amtes wegen über die materiellen Hintergründe einer 1940 in Budweis angeblich erfolgten Adoption innerhalb der Familie von Schwarzenberg Nachforschungen anstellen müssten.
3.2 Wie bereits im kantonalen Verfahren macht die Beschwerdeführerin geltend, dem Beschwerdegegner gehe ein persönliches schützenswertes Interesse an der Berichtigung ab, weil weder sein Familienname noch die erbrechtlichen Auseinandersetzungen davon berührt würden und rein vermögensrechtliche Interessen ohnehin nicht schützenswert seien.
Die Behauptung, die Eintragung stehe in keinem Zusammenhang mit den erbschaftsrechtlichen Auseinandersetzungen ist aktenwidrig. Das Obergericht hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass sich die Beschwerdeführerin den Eintrag im zürcherischen Register im Rahmen der in Tschechien und Österreich, namentlich vor dem Amtsgericht Leoben, hängigen Erbschaftsverfahren dienstbar macht; für nichts anderes als zu diesem Zweck hat sie die Eintragung in Zürich denn auch veranlasst. Im Rahmen der Erbschaftsprozesse spricht die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner die Erbberechtigung ab mit der Argumentation, dieser habe sich nicht bzw. zu wenig um die Restitution des Familienvermögens in Tschechien bemüht, während der Beschwerdegegner in diesem Zusammenhang vorbringt, mangels Gültigkeit der Adoption des Heinrich von Schwarzenberg durch Adolf von Schwarzenberg als letzten Vermögensträger vor der Enteignung sei die Restitution aufgrund der tschechischen Gesetzgebung gar nicht möglich. Allein bereits vor diesem Hintergrund hat der Beschwerdegegner ein persönliches und schützenswertes Interesse im Sinn von <ref-law> an der Berichtigung bzw. Löschung einer unzulässig erfolgten Eintragung der Adoption.
3.3 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, nicht sie müsse die Rechtmässigkeit der Belege, die zur Eintragung geführt hätten, nachweisen, sondern vielmehr müsse der Beschwerdegegner diese umstossen. Der Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg sei zum Zeitpunkt der Eintragung gültig gewesen, weshalb dessen spätere Aufhebung irrelevant sei.
Dass der Beschwerdegegner die formelle Unrichtigkeit der Eintragung nachzuweisen hat, ist selbstverständlich und das Obergericht hat auch nie etwas anderes erwogen (dazu im Einzelnen E. 4.1). Im Übrigen haben die Registerbehörden bei der Eintragung der Adoption wesentlich auf den Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg abgestellt. Auf die Frage, ob dieser gegen den Ordre public verstosse, wird im Sachzusammenhang zurückzukommen sein (E. 5.1). An dieser Stelle sei lediglich festgehalten, dass es sich dabei wie auch beim diesbezüglichen Hintergrund (rechtliches Gehör, Rechtskraft, etc.) um Rechtsfragen handelt und deshalb die von der Beschwerdeführerin vorgebrachte Problematik der Beweislastverteilung (vgl. auch E. 4.1 und 7.1) in diesem Kontext nicht relevant ist.
3.4 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, die "ex offo Geburtsurkunde" des österreichischen Staatsarchivs sei weiterhin gültig und habe entgegen der Auffassung des Obergerichts selbständige Bedeutung.
In diesem Zusammenhang bringt die Beschwerdeführerin nicht vor, inwiefern Recht verletzt worden sein soll. Im Übrigen wird darauf im Zusammenhang mit den IPRG-Fragen zurückzukommen sein (E. 5.3).
3.5 Die Beschwerdeführerin bringt schliesslich vor, die Zivilstandsbehörden hätten einen selbständigen Entscheid getroffen und namentlich auf einer viel weiteren Sachverhaltsbasis entschieden als das Obergericht, nach dessen Ansicht es nur auf den Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg ankomme.
Die Darstellung der Beschwerdeführerin ist unzutreffend, wurde doch die Registereintragung aufgrund einer (nicht weiter begründeten) Verfügung des Amtes für Gemeinden und berufliche Vorsorge vom 30. April 2002 vorgenommen, die ihrerseits im Wesentlichen auf der Abschrift des Notariatsaktes des Kindesannahmevertrages vom 29. März 1940, auf dem Auszug aus dem Geburtsbuch des Feldsuperiorates Pozsony sowie dem bereits mehrfach erwähnten Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg beruht. Mit eben diesen Elementen hat sich das Obergericht umfassend auseinandergesetzt. Aus diesem Grund ist weder ersichtlich, inwiefern sich das Obergericht beim Tatsachenmaterial in unsachlicher Weise eingeschränkt hätte, noch, inwiefern deshalb der im Zusammenhang mit <ref-law> geltende Grundsatz der Sachverhaltsabklärung von Amtes wegen (vgl. HEUSSLER, Basler Kommentar, N. 8 zu <ref-law>) verletzt sein soll, umso weniger als die Parteien nach dem in E. 3.1 Gesagten keine Statusklage erhoben haben.
4. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 8 und 9 ZGB.
4.1 Sie macht geltend, der Beschwerdegegner hätte die materielle Unrichtigkeit des Eintrages zweifelsfrei nachweisen müssen, weil gemäss <ref-law> die Eintragung im Zivilstandsregister für die durch sie bezeugten Tatsachen den vollen Beweis erbrächten. Die Hürde für den Nachweis der materiellen Unrichtigkeit werde kontinuierlich hoch angesetzt und sei vorliegend nicht erreicht. In diesem Zusammenhang habe das Obergericht auch die Beweislast falsch verteilt (vgl. in diesem Zusammenhang ferner E. 7.1).
Zunächst verwechselt die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang die Voraussetzungen und die Wirkungen der registerrechtlichen Eintragung: <ref-law> spricht eine Vermutung aus, die an den Eintrag knüpft; daraus lassen sich aber begriffslogisch gerade keine Schlüsse für die Rechtmässigkeit des Eintragungsaktes ziehen (vgl. auch E. 5.2).
Der Beschwerdegegner hat mit der Vorlage des Urteils des Landgerichts Bamberg vom 11. April 2006 (in Rechtskraft erwachsen mit dem Entscheid des Bundesgerichtshofes vom 18. September 2007), mit welchem der als Grundlage der Registereintragung dienende Beschluss des Amtsgerichts Bamberg vom 13. Dezember 2001 rechtskräftig aufgehoben worden ist, den Beweis erbracht, dass es dem Eintrag an einem Rechtsgrundausweis mangelt. Damit ist aber der im Rahmen des Berichtigungsverfahrens gemäss <ref-law> zu führende Beweis der formellen Unrichtigkeit des Eintrages erbracht, wie es sich im Übrigen auch schon nach altem Recht mit Bezug auf Art. 45 aZGB verhalten hätte (vgl. BGE 41 II 1 E. 1 S. 3 f.).
Mit ihren anschliessenden Ausführungen, unbekümmert um die fehlende Grundlage für die Eintragung sei der Registereintrag dennoch materiell richtig, weil die Adoption tatsächlich stattgefunden habe, überspielt die Beschwerdeführerin wiederum die Tatsache, dass vorliegend keine Statusklage erhoben worden ist. Dieses Faktum anerkennt sie im vorliegenden Kontext denn auch erneut, indem sie geltend macht, es wäre unbillig, wenn der Beschwerdegegner nur die formelle Unrichtigkeit der Eintragung nachweisen, sie aber eine Statusklage über eine 68 Jahre zurückliegende Adoption führen müsste. Dass es tatsächlich ihr obliegen würde, eine Feststellungsklage auf materiellen Bestand des Adoptionsverhältnisses zu führen, trifft nach dem Gesagten zu, ist aber nicht unbillig, sondern sachlogische Konsequenz aus dem Umstand, dass derjenige für eine Tatsachenbehauptung - vorliegend, die Eintragung sei zwar nicht formell, dafür aber materiell berechtigt, weil die Adoption unabhängig vom vorgelegten bzw. der Eintragung zugrunde liegenden Tatsachenmaterial effektiv stattgefunden habe - beweisbelastet ist, der aus ihr Rechte ableitet. Einer solchen Statusklage stünde das vorliegende, nur über die registerrechtliche Bereinigung tragende Urteil nicht entgegen, weil dieses gleich wie die Eintragung im Zivilstandsregister keinen neuen oder anderen Personenstand schafft, sondern lediglich deklaratorische Bedeutung hat (<ref-ruling> E. 3.4.1 S. 395).
4.2 Die Beschwerdeführerin sieht weiter eine Verletzung von <ref-law> darin, dass das Obergericht ihr Begehren um rechtshilfeweise Edition des angeblich am oder kurz vor dem 29. April 1940 gefällten Genehmigungsbeschlusses des Amtsgerichts Budweis mit dem Hinweis abgelehnt hat, die angefragten tschechischen Gerichte hätten bereits gegenüber der Beschwerdeführerin bekannt gegeben, ein solcher Beschluss liege nicht vor. Sie macht geltend, die Aufforderung zur betreffenden Aktenherausgabe durch ein schweizerisches Gericht wirke stärker als ihre eigene Anfrage.
In diesem Zusammenhang verkennt die Beschwerdeführerin, dass <ref-law> lediglich die Verteilung der Beweislast, mithin die Folgen der Beweislosigkeit regelt, und ferner einen Anspruch gibt, mit tauglichen Beweismitteln gehört zu werden (<ref-ruling> E. 4a S. 317). Dagegen wird die Art der Erhebung von Beweismitteln, wozu auch die Edition gehört, nicht von <ref-law> erfasst, sondern grundsätzlich vom kantonalen Prozessrecht geregelt (<ref-ruling> E. 5.4 S. 601), dessen Anwendung die Beschwerdeführerin nicht rügt.
Im Übrigen hat das Obergericht in Bezug auf den (vermutungsweise negativen) Erfolg eines solchen Editionsbegehrens beim Amtsgericht Budweis eine antizipierte Beweiswürdigung getroffen, die als Teil der Beweiswürdigung vom Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft werden kann, was entsprechend substanziierte Willkürrügen voraussetzen würde (<ref-ruling> E. 4b S. 11 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262). Erweist sich aber eine antizipierte Beweiswürdigung als willkürfrei (bzw. wurden diesbezüglich gar keine Rügen erhoben), liegt in ihr insbesondere auch keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör begründet (<ref-ruling> E. 5b S. 101; <ref-ruling> E. 3 S. 157).
5. Die Beschwerdeführerin wirft dem Obergericht eine Verletzung von Art. 27 Abs. 2 lit. b und Art. 32 IPRG vor.
5.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Obergericht hätte den formellen Ordre public nicht von sich aus prüfen dürfen; vielmehr hätte der Beschwerdegegner einen allfälligen Verstoss nachweisen müssen.
Diese Rechtsauffassung trifft an sich zu: Während die offensichtliche und grundlegende Verletzung des materiellen Ordre public von Amtes wegen berücksichtigt werden kann (BERTI/DÄPPEN, Basler Kommentar, N. 29 zu <ref-law>), ist die Verletzung des formellen Ordre public grundsätzlich vorzubringen und nachzuweisen (<ref-ruling> E. 4b S. 630; vgl. auch VOLKEN, Zürcher Kommentar, N. 70 ff. zu <ref-law>; WALDER, Grundfragen der Anerkennung und Vollstreckung ausländischer Urteile, ZZP 1990, S. 341 ff.).
5.2 Dies hilft aber der Beschwerdeführerin insofern nicht, als das Obergericht nicht nur auf das im Bamberger Verfahren nicht bzw. erst nachträglich gewährte Gehör und die damit verbundene Verletzung des formellen Ordre public abgestellt hat, sondern insbesondere darauf, dass der Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg durch das Landgericht Bamberg am 11. April 2006 aufgehoben worden und dieser Aufhebungsbeschluss nach Abweisung des dagegen ergriffenen Rechtsmittels durch den Bundesgerichtshof am 18. September 2007 in Rechtskraft erwachsen ist. Dies heisst aber nach dem in E. 4.1 Gesagten nichts anderes, als dass die Eintragung in den zürcherischen Registern auf einem Nicht-Beschluss beruht und es damit an einer Eintragungsgrundlage mangelt, die eine entsprechende Berichtigung zur Folge hat (so bereits BGE 41 II 1 E. 1 S. 4 für das altrechtliche Verfahren gemäss Art. 45 aZGB). Eine dergestalt erfolgte Eintragung im Zivilstandsregister schafft nämlich keinen neuen oder anderen Personenstand; die Beurkundung hat keine materielle, sondern lediglich deklaratorische Bedeutung (<ref-ruling> E. 4 S. 12; <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 395).
5.3 Liegt nach dem Gesagten gar kein Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg (mehr) vor, der Grundlage für den Registereintrag sein könnte, stossen die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der deutschen UrkErsV ins Leere. Ferner kann ebenso wenig die am 8. März 2003 erstellte bzw. um die Adoption ergänzte "ex offo Geburtsurkunde" des österreichischen Staatsarchivs die Grundlage der Registereintragung bilden, weil diese "Geburtsurkunde" bzw. die dortige Nachtragung der Adoption ihrerseits allein auf dem aufgehobenen Beschluss des Amtsgerichtes Bamberg beruhen.
6. Die Beschwerdeführerin macht gestützt auf <ref-law> eine falsche Anwendung ausländischen Rechts, nämlich von § 182 ABGB und der UrkErsV geltend. Sie führt aber nicht rechtsgenüglich aus, was das Obergericht in diesem Zusammenhang falsch gesehen haben soll, weshalb die Vorbringen unbegründet bleiben (<ref-law>). Die weiteren Ausführungen, insbesondere die erneute Behauptung, dem Beschwerdeführer mangle es an einem persönlichen schutzwürdigen Interesse, betreffen nicht das ausländische Recht und wurden bereits andernorts behandelt.
7. Die Beschwerdeführerin erhebt schliesslich verschiedene Verfassungsrügen und behauptet im Übrigen auch eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung. Weil sich die betreffenden Vorbringen jedoch - mit Ausnahme von drei Gehörsrügen - ausschliesslich gegen den Entscheid des Obergerichts richten, mangelt es ihnen an der Letztinstanzlichkeit (<ref-law>), kann doch im Rahmen des weiteren kantonalen Instanzenzuges vor Kassationsgericht sowohl die Verletzung wesentlicher Verfahrensgrundsätze (<ref-law>/ZH) als auch eine aktenwidrige bzw. willkürliche Tatsachenfeststellung vorgebracht werden (<ref-law>/ZH). Darauf ist nicht einzutreten. Einzig im Zusammenhang mit dem rechtlichen Gehör wendet sich die Beschwerdeführerin in drei Punkten (auch) gegen den Entscheid des Kassationsgerichts. Darauf ist im Folgenden einzugehen.
7.1 Die Beschwerdeführerin wirft dem Kassationsgericht vor, zu Unrecht befunden zu haben, das Obergericht habe im Zusammenhang mit dem Nachweis der Unrichtigkeit des Eintrages keine (unangekündigte) Praxisänderung vorgenommen.
Das Obergericht hat diesbezüglich ausgeführt, bei der altrechtlichen Berichtigungsklage habe der Nachweis genügt, dass der angegriffene Eintrag formell unkorrekt gewesen sei. Über eigentliche Statusfragen seien keine Beweise zu erheben gewesen, da dies nicht Prozessthema gewesen sei. <ref-law> habe also nicht die Folge gehabt, dass der Kläger auch noch die Beweislast für die materielle Unrichtigkeit getragen habe. Nichts deute darauf hin, dass die Revision des ZGB die Tragweite von <ref-law> habe ändern wollen. Auch unter dem neuen <ref-law> sei davon auszugehen, dass der Beweis der formellen Unrichtigkeit des angegriffenen Eintrages für dessen Löschung ausreiche. Der in ZR 105 Nr. 61 veröffentlichte Entscheid müsse in diesem Sinn präzisiert werden. Neu stehe der Gegenpartei aber offen, in demselben Verfahren zu behaupten und zu beweisen, dass der angegriffene Eintrag, obwohl unkorrekt zustande gekommen, eben doch die wahren Verhältnisse wiedergebe; so hätte es sich auch nach altem Recht verhalten, wo dieser Einwand allerdings mit separater Feststellungsklage hätte vorgebracht werden müssen. Die Beschwerdeführerin sieht in diesen Erwägungen eine unangekündigte Praxisänderung, mit welcher ihr rechtliches Gehör verletzt worden sei.
Wie das Kassationsgericht zu Recht festgehalten hat, hat das Obergericht keine Praxisänderung vorgenommen. Es hat nie etwas anderes gesagt, als dass die formelle Unrichtigkeit der Eintragung nachzuweisen ist, und entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin hat es insbesondere auch nicht die Beweislast für diesen Nachweis anders verteilt oder diesbezüglich das Beweismass herabgesetzt. Sodann haben die Hinweise des Obergerichts auf die revidierte Gesetzeslage mit einer Praxisänderung nicht entfernt etwas zu tun. Die Gehörsrüge der Beschwerdeführerin stösst insgesamt ins Leere.
7.2 Die Beschwerdeführerin wirft dem Kassationsgericht weiter vor, zu Unrecht festgehalten zu haben, dass das Obergericht in diesem Zusammenhang die Begründungspflicht nicht verletzt habe.
Ihre diesbezüglichen Ausführungen basieren wiederum auf der - nach dem Gesagten falschen - Prämisse, der Beschwerdegegner habe im Rahmen der registerrechtlichen Berichtigung nicht nur die formelle, sondern darüber hinaus auch die materielle Unrichtigkeit der Eintragung nachzuweisen. Die Begründungspflicht kann aber von vornherein nicht verletzt sein, wenn die kantonalen Entscheide keine Erwägungen, wie die Beschwerdeführerin sie sich wünscht, enthalten, sondern vielmehr die aktuelle Rechtslage wiedergeben. Ebenso wenig musste das Obergericht eine Praxisänderung begründen, weil nach dem in E. 7.1 Dargelegten und entgegen der wiederholten Behauptung der Beschwerdeführerin keine Praxisänderung vorgenommen worden ist.
7.3 Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, das Kassationsgericht habe zu Unrecht eine aus dem rechtlichen Gehör fliessende Fragepflicht des Obergerichts verneint. Dieses hätte sie darauf aufmerksam machen müssen, dass sie das Verfahren hätte ausweiten und auch die materielle Statusfrage zum Prozessgegenstand machen können.
Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung besteht kein verfassungsrechtlicher Anspruch der Parteien, zur rechtlichen Würdigung der durch sie in den Prozess eingeführten Tatsachen noch besonders angehört zu werden. Ebenso wenig folgt aus dem Gehörsanspruch, dass die Parteien vorgängig auf den für den Entscheid wesentlichen Sachverhalt hinzuweisen wären. Eine Ausnahme besteht einzig dann, wenn ein Gericht seinen Entscheid mit einem Rechtsgrund zu begründen beabsichtigt, auf den sich die beteiligten Parteien nicht berufen haben und mit dessen Erheblichkeit sie vernünftigerweise nicht rechnen mussten (<ref-ruling> E. 2d S. 69; <ref-ruling> E. 3c S. 52; <ref-ruling> E. 5 S. 39).
Wie bereits mehrmals festgehalten, hat das Obergericht weder eine Praxisänderung vorgenommen noch eine unabsehbare Begründung gegeben, sondern vielmehr auf der bereits vom Bezirksgericht eingeschlagenen Begründungslinie weitere Ausführungen zur Rechtslage gemacht. Diese ist im Übrigen sowohl aus dem Gesetzestext von <ref-law> als auch aus der Botschaft und der einschlägigen Literatur sowie Rechtsprechung ersichtlich. Das Obergericht hat deshalb, wie das Kassationsgericht zutreffend festgehalten hat, keine aus dem rechtlichen Gehör fliessenden Frage- oder Informationspflichten verletzt.
1. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenpartei ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kassationsgericht des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli