Sachverhalt:
A. Der 1972 geborene R._ war seit April 2003 als Hilfsarbeiter bei der C._ SA angestellt gewesen und dadurch bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert, als er am 3. Mai 2005 von einem Raupenbagger erfasst wurde und ein Überrolltrauma mit subtotaler Amputation des rechten Beines (auf Höhe Knie/Unterschenkel proximal) erlitt. Eine Wundinfektion machte am 25. Mai 2005 eine distale Oberschenkelamputation unter Thierschung nötig und am 23. Juni 2005 wurde ein Abszess im Wundbereich durch Inzision und Débridement behandelt. Vom 27. Juli bis 7. Dezember 2005 weilte R._ in der Rehaklinik X._ zur stationären Therapie. Die SUVA sprach dem Versicherten nach Abschluss der unfallbedingten Heilbehandlung und im Anschluss an die nach erfolgter Anmeldung bei der Invalidenversicherung von der IV-Stelle durchgeführten Eingliederungsmassnahmen (Berufliche Abklärung, Arbeitstraining) mit Verfügung vom 8. August 2008 für die unfallbedingte Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit eine Invalidenrente von 33 % ab 1. September 2008 und für die verbleibenden Unfallrestfolgen eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 40 % zu. Die dagegen geführte Einsprache hiess die SUVA teilweise gut, indem sie den Erwerbsunfähigkeitsgrad neu auf 35 % festsetzte (Einspracheent-scheid vom 12. Dezember 2008).
B. Im Beschwerdeverfahren gegen diesen Einspracheentscheid reduzierte das Verwaltungsgericht des Kantons Bern den der Invalidenrente zu Grunde zu legenden Erwerbsunfähigkeitsgrad - nach erfolgter Ankündigung einer in Betracht fallenden Schlechterstellung (reformatio in peius) - auf 30 % und wies die Beschwerde, mit welcher nebst einer höheren Rente auch eine höhere Integritätsentschädigung geltend gemacht worden war, ab (Entscheid vom 14. Dezember 2009).
C. R._ lässt Beschwerde erheben und - unter Aufhebung des kantonalen Entscheids - die Ausrichtung einer Rente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 67 % sowie einer 50 %igen Integritätsentschädigung beantragen. Zudem wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Schreiben vom 17. Mai 2010 liess der Versicherte ein interdisziplinäres MEDAS-Gutachten der ZVMB GmbH, vom 29. April 2010 nachreichen. Am 27. Mai 2010 gab er sodann den Vorbescheid der IV-Stelle des Kantons Freiburg vom 21. Mai 2010 zu den Akten.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder der Unfallversicherung ist das Bundesgericht - anders als in den übrigen Sozialversicherungsbereichen (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) - nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Im Übrigen wendet es das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen). Es prüft indessen - unter Beachtung der allgemeinen Begründungspflicht in Beschwerdeverfahren (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) - grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Streitig sind die Höhe der Integritätsentschädigung und der Invalidenrente. Die für die Beurteilung der streitigen Leistungsansprüche massgebenden gesetzlichen Grundlagen und die in diesem Zusammenhang ergangene Rechtsprechung sind im kantonalen Entscheid sowohl in materiell- als auch in beweisrechtlicher Hinsicht richtig dargelegt worden. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Integritätsentschädigung wird entsprechend der Schwere des Integritätsschadens abgestuft (<ref-law>). Die Schwere des Integritätsschadens wird nach dem medizinischen Befund beurteilt. Bei gleichem medizinischem Befund ist der Integritätsschaden für alle Versicherten gleich; er wird abstrakt und egalitär bemessen. Die Integritätsentschädigung der Unfallversicherung unterscheidet sich daher von der privatrechtlichen Genugtuung, mit welcher der immaterielle Nachteil individuell unter Würdigung der besonderen Umstände bemessen wird. Im Gegensatz zur Bemessung der Genugtuungssumme im Zivilrecht lassen sich ähnliche Unfallfolgen miteinander vergleichen und auf medizinischer Grundlage allgemein gültige Regeln zur Bemessung des Integritätsschadens aufstellen. Spezielle Behinderungen der Betroffenen durch den Integritätsschaden bleiben dabei unberücksichtigt. Die Bemessung des Integritätsschadens hängt somit nicht von den besonderen Umständen des Einzelfalles ab. Auch geht es bei ihr nicht um die Schätzung erlittener Unbill, sondern um die medizinisch-theoretische Ermittlung der Beeinträchtigung der körperlichen oder geistigen Integrität, wobei subjektive Faktoren ausser Acht zu lassen sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 230, 115 V 147 E. 1 mit Hinweisen).
3.2 Die Beurteilung der einzelnen Integritätseinbussen obliegt den ärztlichen Sachverständigen. Dem Gericht ist es nicht möglich, die Beurteilung aufgrund der aktenkundigen Diagnosen selber vorzunehmen, da die Ausschöpfung des in den Tabellen offengelassenen Bemessungsspielraums entsprechende Fachkenntnisse voraussetzt (RKUV 1998 Nr. U 296 S. 235 E. 2d; vgl. auch Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts U 191/00 vom 13. Januar 2002, E. 2c, wonach es sich bei der Bestimmung des Schweregrades einer gesundheitlichen Beeinträchtigung um eine Tatfrage handelt, für deren Beantwortung Verwaltung und Gerichte auf fachärztliche Mithilfe angewiesen sind, da von einem medizinischen Laien eine zuverlässige Zuordnung nicht erwartet werden kann).
3.2 Die Beurteilung der einzelnen Integritätseinbussen obliegt den ärztlichen Sachverständigen. Dem Gericht ist es nicht möglich, die Beurteilung aufgrund der aktenkundigen Diagnosen selber vorzunehmen, da die Ausschöpfung des in den Tabellen offengelassenen Bemessungsspielraums entsprechende Fachkenntnisse voraussetzt (RKUV 1998 Nr. U 296 S. 235 E. 2d; vgl. auch Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts U 191/00 vom 13. Januar 2002, E. 2c, wonach es sich bei der Bestimmung des Schweregrades einer gesundheitlichen Beeinträchtigung um eine Tatfrage handelt, für deren Beantwortung Verwaltung und Gerichte auf fachärztliche Mithilfe angewiesen sind, da von einem medizinischen Laien eine zuverlässige Zuordnung nicht erwartet werden kann).
3.3 3.3.1 Bei der basierend auf einer Integritätseinbusse von 40 % festgelegten Integritätsentschädigung folgten Vorinstanz und SUVA der kreisärztlichen Einschätzung des Dr. med. K._, Allgemeine Chirurgie FMH, vom 27. Juni 2007, wonach bei Status nach Amputation des rechten Beins auf Höhe des distalen Oberschenkels eine 40 %-ige Entschädigung angemessen sei. Er stützte sich dabei zur Begründung auf das Bild Nr. 14 von Tabelle 4.4 der von der SUVA unter dem Titel "Integritätsentschädigung gemäss UVG" herausgegebenen Richtlinien (Integritätsschaden bei einfachen oder kombinierten Zehen-, Fuss- und Beinverlusten), was einer Exartikulation im Knie entspricht. In Rahmen des vorinstanzlichen Verfahrens begründete der Kreisarzt diese Beurteilung vertieft und führte am 27. Februar 2009 aus, man versuche wann immer möglich, - wie beim Versicherten - im Kniegelenksbereich zu bleiben und maximal suprakondylär (oberhalb des Gelenks) abzusetzen. Dies erlaube einerseits die Verwendung der Patella als Puffer für die Stumpfendbelastung, andererseits die Versorgung mittels reiner Oberschenkelprothese (Bild Nr. 14).
3.3.2 Den medizinischen Unterlagen ist zu entnehmen, dass beim Beschwerdeführer am Unfalltag (3. Mai 2005) eine Exartikulation im Knie durchgeführt wurde. Am 25. Mai 2005 musste wegen einer Wundinfektion eine Oberschenkelamputation unter Thierschung vorgenommen werden, indem 5 cm vom Oberschenkelknochen entfernt wurde, wodurch ein 45 cm langer Oberschenkelstumpf übrig blieb (Bericht des Kantonsspitals Freiburg vom 30. September 2005; Bericht der Rehaklinik X._ vom 15. Februar 2006), wovon auch Dr. med. K._ ausgeht (Ärztliche Abschlussuntersuchung vom 27. Juni 2007; Beurteilung des Integritätsschadens vom 27. Juni 2007 und 27. Februar 2009). Mit Blick auf Anhang 3 zur UVV sowie die SUVA-Tabelle 4.4 (zum rechtlichen Charakter dieser sogenannten Feinraster: <ref-ruling> E. 1c S. 32 f., 209 E. 4a/cc S. 211 und Urteil U 134/03 vom 12. Januar 2004 E. 5.1, in: RKUV 2004 Nr. U 514 S. 415) ist die Bewertung des Kreisarztes insoweit nicht überzeugend, als er sich auf Figur 14 abstützt, welche jedoch die Knieexartikulation zeigt. Auch wenn beim Versicherten unbestrittenermassen keine - wie auf Figur 15 oder 16 dokumentierte - proximale Amputation vorliegt, sind der Oberschenkelknochen und die entsprechende Muskulatur, im Gegensatz zu einer Exartikulation im Knie, nicht mehr intakt, weshalb kein voll endbelastbarer Oberschenkelstumpf vorliegt. In Anbetracht des medizinischen Befundes erscheint es deshalb nicht als schlüssig, die Höhe der Integritätsentschädigung lediglich mit 40 % zu beziffern, wobei für die Bemessung des Integritätsschadens unerheblich ist, ob dieser mit einem Hilfsmittel ganz oder teilweise ausgeglichen werden kann (<ref-ruling> S. 149 E. 3a; im gleichen Sinn für die Militärversicherung: <ref-ruling> E. 3c/cc S. 82 f.). Überdies lässt sich fragen, ob die komplexen, schwierigen Stumpfverhältnisse mit Status nach Weichteildefekt und multiplen Thierschungen mit Tendenz zu Erosionen bei der Bemessung des Integritätsschadens nicht ebenfalls zu berücksichtigen sind (vgl. Kreisärztliche Abschlussuntersuchung vom 8. Mai 2008 S. 3; Ärztliche Zwischenberichte des Dr. med. T._, Oberarzt Orthopädische und Handchirurgische Rehabilitation, Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates FMH, Rehaklinik X._, vom 18. April und 22. August 2008), wozu sich die Ärzte im Rahmen der neu vorzunehmenden Einschätzung der dauernden erheblichen Beeinträchtigung der Integrität des Versicherten zu äussern haben werden. Demnach ist die Sache zur erneuten medizinischen Beurteilung des Integritätsschadens mit entsprechender Festsetzung der Höhe der Integritätsentschädigung an die SUVA zurückzuweisen.
4. 4.1 Mit Blick auf die der Invaliditätsbemessung (nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs; <ref-law>) zu Grunde zu legenden Restarbeitsfähigkeit stellte das kantonale Gericht auf die Ergebnisse der Abschlussuntersuchung durch Kreisarzt Dr. med. K._ vom 27. Juni 2007 und seiner Nachuntersuchung vom 8. Mai 2008 ab, wonach der Beschwerdeführer nicht mehr fähig sei, mittelschwere oder schwere körperliche Arbeit zu leisten, Gewichte zu tragen, sowie ständig im Stehen und Gehen tätig zu sein. Nicht zumutbar sei das Begehen von Treppen und Gerüsten, insbesondere unter Belastung. Zumutbar hingegen erachtete Dr. med. K._ eine leichte Tätigkeit mit überwiegendem Sitzen, wenn sich der Versicherte stündlich fünf bis zehn Minuten bewegen könne. Als Beispiele nannte er das Überwachen von Maschinen und Schaltpulten, die Stückkontrolle oder Kleinmontage; für ein rein administrativ-technisches Tätigkeitsgebiet dürften die intellektuellen Fähigkeiten nicht ausreichen. Alternativ käme gemäss Dr. med. K._ eine Arbeit mit Wechselbelastung allenfalls unter zur Verfügungstellen eines Coxarthrosestuhls in Frage. Im optimalen Fall könne man von einer ganztägigen Präsenz ausgehen, bei vermehrten Stehleistungen sei allenfalls die Präsenz um zwei Stunden zu reduzieren, wobei vorzugsweise die Arbeitsleistung auf je sechs (recte: drei) Stunden zu verteilen sei.
Diese Beurteilung stimmt mit der Einschätzung des Dr. med. T._, FMH Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, Stv.-Leitender Arzt an der Rehaklinik X._, hinsichtlich Leistungsfähigkeit insofern nicht überein, als dieser anlässlich seiner Kontrolle in der orthopädischen Sprechstunde am 15. Februar 2006 festhielt, für eine rein sitzende Tätigkeit sei aufgrund der schwierigen Stumpfverhältnisse übers Jahr ein bis 20 %-iger Ausfall anzunehmen, bei einer wechselbelastenden Tätigkeit sei von einem zusätzlich reduzierten Rendement von 20- 30 % auszugehen, da der Versicherte mehr Zeit benötige, um aufzustehen und nur langsamer gehen könne. Insgesamt sei damit bei einer wechselbelastenden Tätigkeit mit einer reduzierten Leistung von 40 bis 50 % zu rechnen.
Hinsichtlich Arbeitsfähigkeit und Zumutbarkeitsprofil ergibt sich sodann gestützt auf eine von der IV-Stelle veranlasste berufliche Abklärung in der Stiftung Battenberg, Berufliches Ausbildungszentrum, Biel, die vom 5. März bis 1. Juni 2007 hätte dauern sollen und wegen der fehlenden gesundheitlichen Stabilität des Beschwerdeführers (Anpassen einer neuen Prothese) am 20. April 2007 abgebrochen werden musste, sowie eine weitere berufliche Abklärung vom 6. November bis 16. Dezember 2007 und ein anschliessendes Arbeitstraining vom 7. Januar bis 6. Juli 2008 in der Genossenschaft Y._ folgendes Bild: Dem Abklärungsbericht vom 12. Februar 2008 ist zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer aus gesundheitlichen Gründen nicht in der Lage war, das vorgesehene 100 %-ige Arbeitspensum einzuhalten. Er gab häufig starke Schmerzen am Stumpf an. Zudem plagten ihn (gemäss Bericht) häufig Phantomschmerzen, Schmerzen aufgrund von offenen Stellen und Geschwüren sowie Schulterschmerzen (Ausstrahlung der Phantomschmerzen in die Schulter) und Schlafstörungen. Die hierin begründeten Fehlzeiten am Arbeitsplatz ergaben ein Arbeitspensum zwischen 60 bis 70 %, wobei er in sitzender Position arbeitete, Stehen an Ort sei maximal 30 Minuten möglich gewesen. Arbeiten im Stehen hätten aufgrund der geringen Stabilität des Standes (ohne Gehhilfen) nicht verrichtet werden können. Aus Sicht der Berufsabklärung der Genossenschaft Y._ hat der Versicherte zudem seinen Unfall psychisch nicht verarbeitet. Auch während des anschliessenden Arbeitstrainings habe der Versicherte starke gesundheitliche Beschwerden benannt. So habe er sich nahezu regelmässig über offene, nässende Stellen und "Schwitzen" am Stumpf sowie starke Schmerzen beklagt. Zudem sei es zwischenzeitlich laut seinen Angaben zu Hüft-, Rücken- und Schulterschmerzen gekommen, die er auf die Benutzung der Gehilfen und seine Körperhaltung beim Gehen zurückgeführt habe. Das Arbeitspensum von 100 % habe er in keiner Woche erreicht, es habe zwischen 50 und ausnahmsweise maximal 80 % geschwankt. Obwohl aufgrund dieser Fehlzeiten und der Hoffnung auf gesundheitliche Stabilität das Pensum auf Vorschlag des Versicherten hin ab 8. April 2008 auf 80 % reduziert worden sei, habe sich die Präsenzzeit nicht verbessert. Wegen der vielen unregelmässigen Fehlzeiten und der zeitlich geringen Einsatzfähigkeit von durchschnittlich 50 bis 60 % erachtete die Genossenschaft Y._ den Beschwerdeführer zum Zeitpunkt der Berichterstattung auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt als nicht vermittelbar, wobei sie die Minderbelastbarkeit in der nach wie vor nicht stabilen gesundheitlichen Situation begründet sah.
4.2 Rechtsprechungsgemäss ist ein Abstellen auf die Berichte versicherungsinterner medizinischer Fachpersonen nur dann möglich, wenn auch nicht geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der ärztlichen Schlussfolgerungen bestehen (<ref-ruling> E. 4.7, 125 V 351, 122 V 157). Angesichts dieser von der kreisärztlichen Restarbeitsfähigkeitsschätzung klar divergierenden Angaben hinsichtlich der zumutbaren Arbeitsfähigkeit bestehen solche Zweifel an den diesbezüglichen Schlussfolgerungen des Kreisarztes Dr. med. K._. Dies auch ohne Berücksichtigung des erstmals vor Bundesgericht aufgelegten und sich auf die von der IV-Stelle angeordnete MEDAS-Begutachtung beziehenden Schreibens vom 4. Januar 2010 sowie des nach Abschluss des Schriftenwechsels eingereichten MEDAS-Gutachtens vom 29. April 2010 (unzulässige Noven, <ref-law>). Nach dem Gesagten drängt sich eine Neueinschätzung hinsichtlich der Frage nach dem zumutbaren Pensum in einer angepassten Tätigkeit unter Berücksichtigung des nunmehr vorliegenden Gutachtens der MEDAS durch die SUVA auf, an welche die Sache ohnehin zurückgewiesen werden muss (E. 3.3).
5. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG) von der SUVA als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>). Dem Beschwerdeführer als aufgrund der angeordneten Rückweisung obsiegender Partei (<ref-ruling> E. 6.2) steht gegenüber der SUVA eine Parteientschädigung zu (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist somit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 14. Dezember 2009 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 12. Dezember 2008 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) zurückgewiesen, damit sie nach weiteren Abklärungen im Sinne der Erwägungen über den Anspruch des Beschwerdeführers auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Juni 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla