Sachverhalt:
A. V._, geboren 1949, war bei der Gemeinde B._ als Logopädin angestellt und bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft AG (nachfolgend: Zürich) für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert. Am 16. März 2006 zog sie sich bei einer Auffahrkollision ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule zu. Die Zürich Versicherungs-Gesellschaft anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach. Nachdem sie die Versicherte bei der Gutachterstelle S._ hatte abklären lassen (Gutachten vom 5. August 2008), stellte sie ihre Leistungen mit Verfügung vom 4. Juni 2009 und Einspracheentscheid vom 17. September 2009 per 31. Dezember 2007 ein, wobei sie auf eine Rückforderung der vom 1. Januar 2008 bis zum 11. Juni 2008 bereits bezahlten Taggelder verzichtete.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2011 ab.
C. V._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien ihr die gesetzlichen Leistungen auch über den 11. Juni 2008 hinaus zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur neuen Beurteilung zurückzuweisen, subeventualiter sei die Vorinstanz anzuweisen, ein neues Gutachten einzuholen.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers gemäss <ref-law> vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule (HWS; <ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Gemäss den vorinstanzlichen Erwägungen liegen keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen vor und die adäquate Kausalität der noch geklagten Beschwerden mit dem erlittenen Unfall wurde verneint.
Die Beschwerdeführerin rügt namentlich, dass das vom Unfallversicherer eingeholte Gutachten mangelhaft sei und daher nicht darauf abgestellt werden könne. Der Unfallhergang sei nur ungenügend abgeklärt.
4. Für die Beurteilung der Leistungspflicht des Unfallversicherers massgeblich ist zunächst, ob die Beschwerden organisch objektiv ausgewiesen sind.
Im Sozialversicherungsrecht spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112; <ref-ruling> E. 6 S. 138 ff.). Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (BGE <ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der Halswirbelsäule (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) sowie Schädel-Hirntraumen auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112).
Die Versicherte macht geltend, dass ihr Gesundheitszustand nur ungenügend abgeklärt worden sei. Sie beruft sich dabei auf Schwindelbeschwerden und kognitive Funktionsstörungen und erachtet auch eine neuro-otologische Untersuchung als erforderlich. Es wird indessen nicht weiter dargelegt, dass diese Beschwerden organisch objektiv ausgewiesen wären, und diesbezügliche Anhaltspunkte bestehen weder aufgrund der Röntgen- und computertomographischen Untersuchungen, welche der Hausarzt Dr. med. C._ sowie Dr. med. H._, Neurologie FMH, veranlasst hatten, noch anhand des S._-Gutachtens oder der von der Versicherten dazu eingeholten Stellungnahme des Instituts R._, vom 19. Februar 2009.
Es ist daher ohnehin gesondert zu prüfen, ob die organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden in einem adäquaten Kausalzusammenhang mit dem erlittenen Unfall stehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112). Auf weitere Beweisvorkehren zum natürlichen Kausalzusammenhang kann praxisgemäss verzichtet werden, wenn der adäquate Kausalzusammenhang zu verneinen ist (Urteil 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2 Ingress).
Weitergehende Abklärungen der genannten Beschwerden vermöchten daher an der Beurteilung im Ergebnis nichts zu ändern, weshalb davon abzusehen ist.
5. Entscheidwesentlich und zu prüfen bleibt, ob die organisch objektiv nicht ausgewiesenen Beschwerden in einem adäquat-kausalen Zusammenhang mit dem Unfall vom 16. März 2006 stehen (BGE <ref-ruling> E. 6 und 7 S. 138 ff.; <ref-ruling> E. 6 S. 366 ff.; <ref-ruling> E. 4b und c S. 382 ff.; <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff.).
5.1 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Einfache Auffahrunfälle werden rechtsprechungsgemäss in der Regel als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen qualifiziert (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2 mit Hinweisen). Dies gilt namentlich für Auffahrkollisionen auf ein (haltendes) Fahrzeug vor einem Fussgängerstreifen oder einem Lichtsignal (Urteil U 456/06 vom 14. September 2007 E. 6.1), wie sie sich auch im vorliegenden Fall zugetragen hat. Es liegen keine Umstände vor, die hier zu einer anderen Beurteilung Anlass zu geben vermöchten.
Die von der Beschwerdegegnerin veranlasste Unfallanalyse kann diesbezüglich nicht ausschlaggebend sein (SVR 2009 UV Nr. 18 S. 69, 8C_744/2007 E. 5.2). Auf die dagegen erhobenen Einwände ist daher nicht weiter einzugehen. Auch bestehen aufgrund der vorgebrachten Rügen keine Anhaltspunkte dafür, dass weitere Abklärungen des Unfallhergangs, wie sie beschwerdeweise beantragt werden, zu einer anderen Beurteilung führen müssten (s. auch unten E. 5.3).
5.2 Zu den zu berücksichtigenden Adäquanzkriterien hat sich das kantonale Gericht eingehend geäussert. Es hat einzig das Kriterium der erheblichen Beschwerden als erfüllt erachtet. Darauf ist im Folgenden unter Berücksichtigung der erhobenen Rügen einzugehen.
5.2.1 Ob besonders dramatische Begleitumstände gegeben waren oder der Unfall besonders eindrücklich war, ist allein nach einer objektiven Betrachtungsweise zu beurteilen (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 209 E. 3b/cc; vgl. auch RKUV 2000 Nr. U 394 S. 313, U 248/98 E. 4 u. 5). Das Kriterium ist hier zu verneinen. Die Versicherte beruft sich insbesondere auf die Fussgängerin, welche am Strassenrand gestanden habe. Diese befand sich jedoch zu keinem Zeitpunkt in Gefahr, da sie den Fussgängerstreifen noch gar nicht betreten hatte. Andere Umstände, die hier zu berücksichtigen wären, liegen nicht vor (vgl. RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207, U 287/97 E. 3b/cc; Urteile 8C_915/2008 vom 11. September 2009 E. 5.3; U 306/03 vom 15. November 2004 E. 3.3).
5.2.2 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung ist entscheidwesentlich, ob nach dem Unfall fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128). Manualtherapeutische Massnahmen zur Erhaltung des Zustandes, (haus-) ärztliche Verlaufskontrollen sowie medikamentöse Schmerzbekämpfung allein genügen den rechtsprechungsgemässen Anforderungen nicht (Urteil 8C_711/2010 vom 14. Januar 2011 E. 5.3.3). Die von der Beschwerdeführerin angegebenen Behandlungen, namentlich Physiotherapie (eine Woche lang täglich im Frühling 2006, je eine Serie im Frühling 2006 sowie von Juni bis November 2006), medizinische Trainingstherapie (ab Januar 2007) und Akupunkturmassage (18 Sitzungen), gehen nicht darüber hinaus. Soweit aus den Akten ersichtlich, fand sie sich bei der neuen Hausärztin Frau Dr. med. M._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, zu ein bis zwei Konsultationen pro Monat ein. Des Weiteren ging sie zum Pilates-Training sowie zum Tai Chi. Auch insgesamt resultiert daraus keine zusätzliche erhebliche Mehrbelastung.
5.2.3 Das präzisierte Kriterium der erheblichen Beschwerden beurteilt sich rechtsprechungsgemäss nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Das kantonale Gericht hat es als erfüllt erachtet und weitergehende Erörterungen erübrigen sich.
5.2.4 Zur Annahme des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblicher Komplikationen bedürfte es besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1). Dass es wegen einem Umzug ihres Unterrichtsraumes im August 2006 zu einer massiven und anhaltenden Verschlechterung des Gesundheitszustandes gekommen sei, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, findet in den Akten keine Stütze. Das Kriterium lässt sich dadurch nicht begründen.
5.2.5 Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, dass das Merkmal der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen erfüllt sei. Sie sei darum bemüht gewesen, nach dem Unfall so schnell wie möglich wieder zu arbeiten; trotz zahlreicher medizinischer Massnahmen und Alternativmethoden habe sie ihre Arbeitsfähigkeit letztlich jedoch nicht über 50 % steigern können. Das kantonale Gericht hat sich dazu eingehend geäussert. In Betracht fallen mag zusätzlich die Stellungnahme der behandelnden Ärztin Frau Dr. med. M._ vom 24. Oktober 2007. Sie attestierte eine derzeitige Arbeitsunfähigkeit von 50 % zufolge einer reaktiven Erschöpfungsdepression bei posttraumatischem Stress, räumte jedoch ein, dass es sich dabei um einen Vorschlag zur Entlastung der Versicherten handle, und prognostizierte dabei eine Verbesserung. Selbst wenn das Kriterium zu bejahen wäre, vermöchte dies im Ergebnis nichts zu ändern.
5.3 Der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den geklagten Beschwerden und dem erlittenen Unfall ist bei der gegebenen Unfallschwere und mit Blick auf die in Betracht fallenden Kriterien (der erheblichen Beschwerden sowie allenfalls der erheblichen Arbeitsunfähigkeit) zu verneinen (Urteil 8C_711/2010 vom 14. Januar 2011 E. 5.3); selbst bei einem Unfall im eigentlich mittleren Bereich würden zwei Kriterien nicht genügen (SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100, 8C_897/2009 vom 29. Januar 2010 E. 4.5).
6. Bei der dargelegten Beurteilung der Rechtsfrage nach der adäquaten Kausalität (<ref-ruling> E. 6.2.1 in fine S. 117) kam weder der Unfallanalyse der Beschwerdegegnerin noch der von ihr veranlassten Begutachtung durch die Gutachterstelle S._ (namentlich der psychiatrischen Exploration durch Prof. Dr. med. A._, welche ebenso beanstandet wird wie die diesbezügliche Würdigung durch die Vorinstanz) entscheidwesentliche Bedeutung zu. Die massgeblichen Fragen liessen sich zuverlässig beurteilen und es ergab sich kein Bedarf an weiteren sachverhaltlichen Abklärungen (vgl. Urteil 8C_578/2007 vom 30. Mai 2008 E. 4.2). Die Befürchtung der Beschwerdeführerin, dass ihr wegen diesbezüglicher Mängel, die vom Unfallversicherer zu verantworten wären, ein Rechtsnachteil erwachsen sei, ist daher unbegründet. Auf ihre Einwände ist bei diesem Ergebnis im Einzelnen nicht näher einzugehen. Es besteht im Übrigen kein Anlass, das Gutachten der Gutachterstelle S._ wie beantragt aus den Akten zu weisen.
7. Die Beschwerde kann ohne Durchführung des Schriftenwechsels (<ref-law>) erledigt werden.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. März 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo