Faits:
A. A.a X._ et Y._ sont propriétaires des locaux abritant le garage, situé boulevard ..., à Genève, et exploité sous la raison sociale "Garage et carrosserie Z._ Sàrl" (ci-après: Z._ Sàrl).
Un contrat de bail à loyer a été conclu entre les précédents propriétaires de l'immeuble, F.A.._ et H.A.._, et la société Z._ Sàrl, pour la période déterminée s'écoulant du 1er septembre 1998 au 31 août 2008. A la suite de l'acquisition par les actuels propriétaires du bien immobilier, le bail a été transféré à ces derniers.
Les locaux loués comprennent une vitrine pour la vente des véhicules, un atelier mécanique, un atelier de carrosserie, un tunnel de lavage, des locaux administratifs et des parkings intérieurs et extérieurs; ils représentent une surface d'environ 3'000 m2.
Le loyer annuel, réputé adapté à l'indice suisse des prix à la consommation, est de 180'000 fr., charges non comprises, ou de 15'000 fr. par mois.
A.b Plusieurs procédures judiciaires ont déjà opposé les parties au présent litige.
Ainsi, dans le courant de l'année 2002, était initiée par la locataire une procédure devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers qui tendait à faire valider la consignation des loyers opérée en août 2002, à faire condamner les bailleurs à procéder à certains travaux (réparation du chauffage des locaux de la carrosserie, isolation du toit, réparation ou changement de la chaufferie principale, réparation de la porte automatique, vidange des caves, canalisations des WC et des eaux, élimination du dégât d'eau dans la station d'essence) et à accorder une réduction de loyer de 50% et le versement d'une somme de 60'000 fr. à titre de dommages et intérêts.
Par arrêt du 5 septembre 2005, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement du Tribunal des baux et loyers du 29 novembre 2004 et, statuant à nouveau, a condamné les propriétaires à la réparation de l'installation de chauffage dans les locaux de la carrosserie, à l'isolation du toit, à la vidange des caves, des canalisations des WC et des eaux. Le loyer a été réduit de 10% du 1er octobre au 30 avril de chaque année, du 1er octobre 2001 jusqu'à la suppression du défaut relatif à l'installation de chauffage. Une réduction supplémentaire de 10% pour les autres défauts allégués a été accordée du 26 février 2002 jusqu'à leur suppression. Les loyers consignés depuis le mois d'août 2002 ont été libérés en faveur des bailleurs à due concurrence et les conclusions en paiement de dommages et intérêts ont été rejetées.
Les propriétaires ont été sommés, le 4 février 2008, de respecter le dispositif de l'arrêt de la Cour de justice du 5 septembre 2005. Quelques jours plus tard, le 13 février 2008, les propriétaires rappelaient à la locataire que le bail arrivait à échéance le 31 août 2008 et qu'ils souhaitaient obtenir la restitution des locaux. Le 21 février 2008, la locataire réclamait l'exécution de certains travaux, non mis en oeuvre à la suite du jugement rendu; elle se plaignait notamment de l'absence de régulateur et de câble électrique dans la chaufferie, de fuite d'eau dans la chaufferie, de l'ameublement à remplacer consécutivement à la fuite d'eau dans le magasin (shop), d'infiltration d'eau dans l'atelier, du toit de l'annexe à la réception qui s'écroule, de l'absence d'électricité et de la présence d'amiante sur les toits. Dès le mois de mai 2008, les loyers ont à nouveau été consignés.
A partir de mars 2008, de nouvelles procédures ont été introduites devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers. Le 7 mars 2008, la résiliation du contrat de bail a été contestée par la locataire qui considérait que le "congé" était nul pour ne pas avoir été signifié au moyen de la formule officielle; le 29 mai 2008, une requête en validation de la consignation des loyers, en exécution de divers travaux, en réduction du loyer de 50% depuis le mois de mai 2008 (en sus de celle déjà en vigueur) et en paiement de 50'000 fr. à titre de dommages-intérêts a été déposée devant cette autorité, suivie le 25 juin 2008, par une requête en prolongation du bail de six ans.
B. B.a La requête tendant à la constatation de la nullité du "congé" et celle en prolongation du bail ont été jointes. Les autorités judiciaires cantonales ont considéré que le bail était de durée déterminée et qu'il venait à échéance le 31 août 2008. Une unique prolongation de bail jusqu'au 31 décembre 2011 a été accordée par la Cour de justice, dont le prononcé daté du 6 septembre 2010 a été confirmé par le Tribunal fédéral, statuant le 16 décembre 2010 sur recours de droit civil.
B.b Quant à la requête en exécution des travaux, en validation de consignation et en réduction du loyer de la locataire, elle a, pour sa part, été rejetée par la Commission de conciliation en matière de baux et loyers. Cette même autorité s'est déclarée incompétente pour statuer sur la demande en dommages et intérêts.
Le 13 janvier 2009, ce dernier litige a été porté devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève.
Par jugement du 26 mai 2010, le loyer, sans les charges, a été réduit de 5% et la consignation du loyer validée à concurrence de ladite réduction; les loyers consignés ont été libérés pour le solde restant. Les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions.
Statuant le 26 janvier 2011 sur appel des bailleurs et de la locataire, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le précédent jugement et, se prononçant à nouveau, a déclaré irrecevables les conclusions de la locataire tendant à la réparation du chauffage dans la carrosserie et la tôlerie ainsi qu'à des travaux d'électricité dans le local chaufferie, à la réparation du toit de l'immeuble et à la suppression des infiltrations d'eau dans le local chaufferie, l'atelier et le shop. L'autorité cantonale a, par contre, condamné les bailleurs à procéder aux travaux d'électricité nécessaires dans le local "annexe" ou "tôlerie", réduit, dès le 1er mai 2008, de 5% le loyer, sans les charges, des locaux loués jusqu'à la réalisation des travaux précités, validé la consignation de loyer effectuée à concurrence de la réduction de loyer susvisée, ordonné la libération des loyers consignés à due concurrence, condamné solidairement les bailleurs à payer à la locataire les sommes de 1'783 fr.20 et 2'162 fr., condamné chaque partie à verser à l'Etat de Genève un émolument de 300 fr. et rejeté toutes autres conclusions.
C. Les bailleurs (recourants) exercent un recours de droit civil au Tribunal fédéral. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt entrepris et requièrent du Tribunal fédéral qu'il déclare irrecevables les prétentions de la locataire portant sur la réparation du chauffage dans la "tôlerie" et la réduction du loyer jusqu'à l'exécution de celle-ci, qu'il déboute la locataire de ses prétentions en exécution de travaux d'électricité nécessaires dans le local "annexe" ou "tôlerie" et en réduction de loyer jusqu'à l'exécution de ceux-ci, qu'il soit ordonné en conséquence aux Services financiers du Pouvoir judiciaire de Genève la libération du solde des loyers consignés et qu'il soit dit que les bailleurs ne sont pas tenus de verser un émolument de 300 fr. à l'Etat de Genève. Pour le surplus, les bailleurs demandent la confirmation de l'arrêt attaqué, sous suite de dépens.
Les recourants invoquent une violation grossière du principe de l'autorité de la chose jugée en lien avec l'octroi d'une réduction de loyer de 5% supplémentaire relative à l'absence de chauffage dans la tôlerie. Ils dénoncent également une violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. s'agissant du défaut d'électricité dans la tôlerie.
La locataire (intimée) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 La valeur litigieuse en cas de recours est déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>). Dès lors que, devant cette autorité, les bailleurs contestaient entièrement la réduction de loyer de 5% par mois octroyée dès le mois de mai 2008 et que la locataire réclamait une réduction supplémentaire de 50%, la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. requise dans les affaires relevant du droit du bail à loyer (<ref-law>) est largement atteinte en l'espèce. Pour le surplus, la décision émane de la dernière instance cantonale. La voie du recours en matière civile est ouverte (art. 74 al. 1 let. a et art. 75 al. 1 LTF).
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 314; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4 et 6.2). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. Les recourants se plaignent d'une violation du principe de l'autorité de la chose jugée s'agissant de la "prise en compte d'un défaut de chauffage dans la tôlerie" qui aurait conduit les magistrats cantonaux à octroyer une réduction de loyer supplémentaire de 5%. Ils prétendent que le loyer aurait déjà été réduit du fait de ce défaut, dans le cadre d'une procédure antérieure.
Le dispositif de l'arrêt entrepris déclare irrecevable les conclusions de la locataire tendant à la réparation du chauffage dans la carrosserie et la tôlerie. Il condamne par contre les bailleurs à procéder aux travaux d'électricité nécessaires dans le local "annexe" ou "tôlerie" et réduit, dès le 1er mai 2008, de 5% le loyer, sans les charges, des locaux loués jusqu'à la réalisation des travaux en question.
Dans la mesure où aucune réduction de loyer n'a été accordée par l'autorité cantonale du fait de l'absence de chauffage dans la tôlerie, le grief des recourants tombe manifestement à faux, sans qu'il n'y ait lieu de l'examiner plus avant.
3. Dans un second grief, les recourants dénoncent une violation de l'interdiction de l'arbitraire s'agissant de l'absence d'électricité dans la tôlerie.
Pour les recourants, la mise en demeure du 21 février 2008 concernait l'"annexe à la réception" et l'objet du litige ne portait que sur l'absence d'électricité dans ce dernier local. De leur point de vue, c'est de manière arbitraire que la cour cantonale a assimilé la tôlerie à l'annexe et retenu l'existence d'un défaut dans le premier de ces deux locaux, puisqu'aucun élément du dossier ne permet de conclure à une telle assimilation; ils ajoutent que le résultat en découlant est lui-même arbitraire. A titre subsidiaire, les recourants remettent en cause, toujours sous l'angle de l'arbitraire, le moment à partir duquel la réduction accordée a été calculée. Ils prétendent qu'ils n'ont pas eu connaissance du défaut relatif à l'absence d'électricité dans la tôlerie avant le 14 décembre 2009, en précisant que la plainte du 21 février 2008 ne portait que sur l'absence d'électricité dans l'annexe.
Dans le dispositif de l'arrêt attaqué, la cour cantonale a pris soin de désigner le local sujet aux travaux d'électricité par le terme "tôlerie" ou "annexe", sans limiter l'exécution des travaux à la seule tôlerie - comme suggéré par les recourants. Dans la mesure où ces derniers ne contestent pas l'existence d'un défaut lié à l'absence d'électricité dans l'un au moins des deux locaux désignés par la conjonction disjonctive "ou" et ne remettent pas en cause la date de prise d'effet de la réduction de loyer y relative, leur argumentation est vaine. On ne décèle aucune trace d'arbitraire dans le résultat du fait que la "tôlerie" est assimilée à l'"annexe".
Le moyen est totalement infondé.
4. En conclusion, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge des recourants, qui succombent (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'500 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Les recourants, solidairement entre eux, verseront à l'intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 9 juin 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin