Sachverhalt:
A. Z._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin), geboren 1947, tschechische Staatsangehörige, und X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer), geboren 1958, österreichischer Staatsangehöriger, heirateten 1998. Sie führten in der Schweiz einen gemeinsamen Haushalt und trennten sich schon vor längerer Zeit. Die Beschwerdegegnerin lebt weiterhin in der Schweiz, der Beschwerdeführer hält sich in Österreich auf.
Im September 2006 stellte die Beschwerdegegnerin beim Kreisgericht Alttoggenburg-Wil ein Eheschutzgesuch. Der Präsident des Kreisgerichts stellte mit Entscheid vom 4. Januar 2008 fest, dass die Ehegatten getrennt leben, wies die Familienwohnung in A._ der Beschwerdegegnerin zur alleinigen Benützung zu und verpflichtete den Beschwerdeführer, ihr ab 8. September 2005 Unterhalt von Fr. 1'220.-- im Monat zu bezahlen.
B. Mit Rekurs vom 8. April 2008 verlangte der Beschwerdeführer beim Kantonsgericht St. Gallen sinngemäss, den Entscheid des Präsidenten des Kreisgerichts aufzuheben, eventualiter die Unterhaltsforderung der Ehefrau abzuweisen, subeventualiter die Sache in diesem Punkt zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Entscheid vom 30. Juni 2008 wies der Einzelrichter des Kantonsgerichts den Rekurs ab.
C. Mit Eingabe vom 21. August 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht sinngemäss die Aufhebung des Entscheids des Einzelrichters des Kantonsgerichts und das Nichteintreten auf das Eheschutzbegehren, eventualiter die Abschreibung des Eheschutzverfahrens zufolge Gegenstandslosigkeit, subeventualiter die Abweisung des Eheschutzbegehrenssub-subeventualiter die Zurückweisung zu neuer Beurteilung.
Mit Verfügung vom 25. August 2008 wurden die Gesuche um aufschiebende Wirkung und um Befreiung von der Sicherstellungspflicht gemäss <ref-law> abgewiesen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in Zivilsachen, welcher einen Endentscheid darstellt und einen Streitwert von mehr als Fr. 30'000.-- aufweist, sodass die Voraussetzungen einer Beschwerde in Zivilsachen insoweit gegeben wären (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Damit ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht zulässig (<ref-law>). Gleichwohl hat der Beschwerdeführer seine Eingabe als Verfassungsbeschwerde bezeichnet.
Die unrichtige Bezeichnung des Rechtsmittels schadet dem Beschwerdeführer nicht, wenn bezüglich des statthaften Rechtsmittels sämtliche formellen Voraussetzungen erfüllt sind und daher eine Konversion möglich ist (<ref-ruling> E. 1.2 S. 382; <ref-ruling> E. 1.3 S. 296; <ref-ruling> E. 3 S. 437; <ref-ruling> E. 1b S. 509 je mit Hinweisen). Da die Eingabe des Beschwerdeführers - wie zu zeigen ist (s. unten, E. 4 ff.) - den Anforderungen an die Begründung einer Beschwerde nicht genügt, fehlt es an einer der Beschwerde in Zivilsachen und der subsidiären Verfassungsbeschwerde gemeinsamen Voraussetzung (s. unten, E. 11), sodass offen gelassen werden kann, ob eine Konversion in eine Beschwerde in Zivilsachen überhaupt zulässig wäre.
2. Eheschutzentscheide gelten als vorsorgliche Massnahmen i.S.v. <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.2 S. 397, 585 E. 3.3 S. 587), sodass nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Dies gilt auch für Fälle, in welchen eine Verletzung von bundesrechtlichen Vorschriften über die sachliche, die örtliche oder die internationale Zuständigkeit der Behörden geltend gemacht wird und in welchen unter der Herrschaft des OG die Nichtigkeitsbeschwerde erhoben werden konnte (Art. 68 Abs. 1 lit. e OG; implizit Urteil 5A_95/2008 vom 20. August 2008 E. 1.4; zur altrechtlichen Nichtigkeitsbeschwerde betreffend örtliche Zuständigkeit vgl. Urteil 5C.287/2006 vom 6. Dezember 2007 E. 2.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, betreffend sachliche Zuständigkeit vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 61).
3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung i.S.v. <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
4. Strittig ist zunächst die örtliche Zuständigkeit des Kreisgerichts.
Diesbezüglich führte das Kantonsgericht aus, dass <ref-law> (SR 291) für Massnahmen betreffend die ehelichen Rechte und Pflichten - somit auch die Eheschutzmassnahmen - einen alternativen Gerichtsstand am Wohnsitz eines Ehegatten begründe und das schweizerische Gericht am Wohnsitz der gesuchstellenden Ehefrau somit für den Eheschutz im Allgemeinen und gemäss <ref-law> (SR 0.275.11) auch für die Festsetzung des Ehegattenunterhalts zuständig gewesen sei.
Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang einen Verstoss gegen das LugÜ rügt, verkennt er, dass die Geltendmachung der Verletzung staatsvertraglicher Bestimmungen aufgrund von <ref-law> nicht zulässig ist (s. oben, E. 2). Auch genügt der Hinweis auf <ref-ruling> zur Begründung der Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts nicht. Insofern stösst die allgemeine Behauptung des Beschwerdeführers ins Leere, es gehe nicht an, dass schweizerische Gerichte die Auffassung verträten, die Schweizerische Eidgenossenschaft könne die internationale Zuständigkeit ausserhalb eines Staatsvertrags mit Wirkung für andere Staaten regeln. Ebensowenig ergibt sich aus der vom Beschwerdeführer angerufenen Indikationentheorie und dem Hinweis, er habe seinen Wohnsitz längst in Österreich und habe zur Jurisdiktion dieses Staates daher einen wesentlich näheren Bezug als zu jener der Schweiz, eine genügende Rüge und Begründung der Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts (<ref-law>).
5. Sodann wendet sich der Beschwerdeführer gegen die sachliche Zuständigkeit des Eheschutzrichters. Wie bereits vor Kantonsgericht macht er geltend, dessen Kompetenz sei mit der Anhebung einer Scheidungsklage beim Kreisgericht im Oktober 2007 dahingefallen. Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) geltend.
Willkür in der Rechtsanwendung liegt dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbotes geltend, muss er anhand des angefochtenen Entscheides im Einzelnen darlegen, inwiefern dieser im Ergebnis an einem qualifizierten Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 262).
Das Kantonsgericht erwog unter Verweis auf <ref-ruling>, dass ab Anhängigmachung eines Scheidungsverfahrens zwar für die Zeit danach keine Eheschutzmassnahmen, sondern nur noch vorsorgliche Massnahmen getroffen werden könnten. Dies bedeute aber nicht, dass ein früher eingereichtes Eheschutzgesuch gegenstandslos werde. Der Eheschutzrichter habe es weiterhin zu behandeln, soweit es Wirkungen für die Zeit vor Klageanhebung entfalten könne, und seine Anordnungen blieben bestehen, bis der Massnahmerichter etwas anderes verfüge.
In diesem Zusammenhang beschränkt sich der Beschwerdeführer auf die allgemeinen Rügen, die Anordnung von Eheschutzmassnahmen sei nicht mehr zulässig, sobald eine Klage auf Ehescheidung eingereicht worden sei, nur vor Rechtshängigkeit der Ehescheidung getroffene Anordnungen des Eheschutzrichters blieben während des Scheidungsverfahrens aufrecht und das vor Rechtshängigkeit der Ehescheidungsklage eingeleitete Eheschutzverfahren werde gegenstandslos und sei als Massnahmebegehren im Ehescheidungsverfahren weiter zu behandeln. Mit den vorinstanzlichen Erwägungen und dem diesen zugrunde liegenden <ref-ruling> setzt er sich hingegen nicht auseinander. Eine genügende Begründung einer Verletzung des Willkürverbots führt der Beschwerdeführer nicht an, sodass sich die Beschwerde auch insofern als unsubstanziiert erweist.
6. In verfahrensrechtlicher Hinsicht rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung des in Art. 6 Ziff. 1 EMRK verankerten Grundsatzes der Öffentlichkeit des Verfahrens. Wie aus der Beschwerde sowie der vorinstanzlichen Begründung zu schliessen ist, wendet er sich gegen die Verweigerung der Teilnahme seines Bruders an der Verhandlung vor Kreisgericht.
Der Grundsatz der Öffentlichkeit der Gerichtsverhandlung nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK bezieht sich sowohl auf die Parteiöffentlichkeit als auch auf die Publikums- und Presseöffentlichkeit (<ref-ruling> E. 4a S. 104; vgl. auch <ref-ruling> E. 8.1 S. 107). Der Öffentlichkeitsgrundsatz bedeutet eine Absage an jegliche Form der Kabinettsjustiz. Er soll den Personen, die am Prozess beteiligt sind, eine korrekte Behandlung gewährleisten (<ref-ruling> E. 8.1 S. 107; <ref-ruling> E. 4a S. 104). Darüber hinaus soll es der Allgemeinheit ermöglicht werden, Kenntnis davon zu erhalten, wie das Recht verwaltet und die Rechtspflege ausgeführt wird; sie soll die Prozesse unmittelbar verfolgen und dadurch eine Kontrollfunktion wahrnehmen können. Es soll damit Transparenz der Rechtsprechung geschaffen und das Vertrauen in die Gerichtsbarkeit gesichert werden (<ref-ruling> E. 4a S. 104). Die rechtsstaatliche und demokratische Bedeutung des Grundsatzes der Öffentlichkeit verbietet einen Ausschluss dort, wo nicht überwiegende Gründe der staatlichen Sicherheit, öffentlichen Ordnung und Sittlichkeit oder schützenswerte Interessen Privater dies vordringlich gebieten (<ref-ruling> E. 8.1 S. 107 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 104 mit Hinweisen).
Das Kantonsgericht erwog, dass Art. 6 Ziff. 1 EMRK einen Verzicht auf öffentliche Anhörung erlaube, wenn der Schutz des Privatlebens es erfordere. Es sei auch nicht unzulässig, die Öffentlichkeit in einer ganzen Kategorie von Fällen auszuschliessen, was insbesondere für Ehesachen gelte, da es den Eheleuten nicht zuzumuten sei, ihren Streit vor Dritten auszutragen. Daher sei Art. 60 Abs. 1 [recte Abs. 2] lit. c des Gerichtsgesetzes vom 2. April 1987 (sGS 941.1), wonach Verhandlungen in Ehesachen in der Regel nicht öffentlich sind, mit den Grundsätzen der EMRK durchaus vereinbar. Der Eheschutzrichter müsse nicht jeder Seite voraussetzungslos gestatten, gewissermassen als Publikumsersatz eine frei gewählte Person ihres Vertrauens beizuziehen. Im vorliegenden Fall hätte die Anwesenheit eines Verwandten in der Rolle des Beobachters anstelle des unentschuldigt ferngebliebenen Beschwerdeführers erst recht bewirkt, dass der Schutzzweck, den Ehegatten eine freie Aussage über das Eheleben zu ermöglichen, durchkreuzt worden wäre.
Der Beschwerdeführer scheint aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK das Recht auf Anwesenheit einer Person seines Vertrauens neben seinem Rechtsvertreter bei der mündlichen Verhandlung abzuleiten. Er gibt jedoch weder einschlägige Präjudizien der Strassburger Organe an, noch erwähnt er dahingehende Äusserungen in der Fachliteratur. Auch setzt er sich nicht mit den Erwägungen des Kantonsgerichts auseinander, in welchen dieses die Gründe angibt, warum es den Verzicht auf die öffentliche Anhörung für gerechtfertigt erachtet hat, sodass sich die Beschwerde auch diesbezüglich als unbegründet erweist.
7. Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, er habe im Rekursverfahren beantragt, das Kantonsgericht möge dem Kreisgericht die Vorlage des Verhandlungsprotokolls auftragen und ihm Gelegenheit geben, zu dessen Inhalt binnen 10 Tagen ab dessen Zustellung Stellung zu nehmen. Er rügt in diesem Zusammenhang einen Verstoss gegen Art. 6 EMRK.
Das Kantonsgericht erwog, dass das Verhandlungsprotokoll gemäss Art. 50 der St. Gallischen Gerichtsordnung vom 19. April 1991 (sGS 941.21) Teil der Urteilsbegründung sei und die Parteien nicht behaupteten, dass darin etwas fehle. Insofern nimmt es auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Pflicht zur Protokollführung Bezug, wonach es einem aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör abgeleiteten allgemeinen Verfahrensgrundsatz entspricht, dass entscheidrelevante Tatsachen und Ergebnisse schriftlich festzuhalten sind (<ref-ruling> E. 4.2 S. 478; <ref-ruling> E. 3a S. 390 mit Hinweisen). So sind etwa die wesentlichen Ergebnisse eines Augenscheins in einem Protokoll, Aktenvermerk oder wenigstens in den Erwägungen des Entscheids klar zum Ausdruck zu bringen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 478; <ref-ruling> E. 3b S. 390; <ref-ruling> E. 2a S. 75 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer führt nicht weiter aus, weshalb diese Grundsätze verletzt sein sollen, und setzt sich auch mit den kantonsgerichtlichen Erwägungen nicht auseinander. Daher erweist sich auch die Rüge einer Verletzung von Art. 6 EMRK als unbegründet.
8. Im Zusammenhang mit dem Unterhaltsanspruch der Beschwerdegegnerin erwog das Kantonsgericht unter anderem, dass es für den Unterhaltsanspruch der Beschwerdegegnerin unerheblich sei, ob diese seit Herbst 2006 mit einem anderen Partner zusammenlebe. Ein solches einfaches Konkubinat führte nicht zum Verlust des Unterhaltsanspruchs.
Der Beschwerdeführer macht geltend, eine eheähnliche Gemeinschaft bewirke die Verweigerung der Unterhaltsgewährung, er habe das Bestehen eines lediglich einfachen Konkubinats nie behauptet und die Vorinstanzen hätten sich mit dieser rechtlich entscheidenden Frage auch im Zusammenhang mit dem Sachverhalt nicht befasst. Soweit er sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung richtet, tut er nicht dar, weshalb die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> erfüllt sein sollen und das Verfahren bei seiner Ansicht nach rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre (s. oben, E. 3). Soweit er sich in rechtlicher Hinsicht gegen die kantonsgerichtlichen Erwägungen richtet, begründet er mit seinen Ausführungen keine Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts durch die Vorinstanz, sodass sich die Rüge als unsubstanziiert erweist.
9. Strittig ist weiter die Höhe des Einkommens des Beschwerdeführers.
Das Kantonsgericht erwog, der Beschwerdeführer sei in der Zeit der ehelichen Gemeinschaft Teilhaber und Geschäftsführer zweier Gesellschaften zur Entwicklung und zum Vertrieb von Software gewesen, wobei damals nur die Firma in der Schweiz aktiv gewesen sei. In den Jahren 2003 und 2004 habe er jeweils einen Lohn von rund Fr. 200'000.--, ein Nebenerwerbseinkommen von mindestens Fr. 50'000.-- und einen Anteil am Geschäftsgewinn von Fr. 50'000.-- deklariert. Vor Gericht habe sein Vertreter zwei Einkommenssteuerbescheide eingereicht, die für das Jahr 2005 ein Einkommen von gut EUR 57'000.--, für das Jahr 2006 ein solches von rund EUR 17'000.-- angäben. Es erscheine jedoch zweifelhaft, ob der Beschwerdeführer seine Einkünfte damit vollständig offengelegt habe und ob für die Zeit danach nicht mit höheren Einnahmen zu rechnen sei, da kein Gewinn aus den Stammanteilen an der GmbH ausgewiesen werde und der Beschwerdeführer ausserdem die Gesellschaft beherrsche und damit den Ertrag aus seiner unternehmerischen Tätigkeit mehr oder weniger frei bestimmen könne. Er habe den eklatanten Einkommensschwund auf einen Zehntel des während ungetrennter Ehe erwirtschafteten Betrags nicht begründet und müsse es als Folge dieser Auskunftsverweigerung hinnehmen, dass seine Angaben nicht für glaubhaft gehalten würden. Der Eheschutzrichter sei bis an die unterste noch vertretbare Grenze gegangen, indem er dem Beschwerdeführer nur den für das Jahr 2005 angegebenen, im Vergleich zu früher bereits auf einen Drittel gesunkenen Verdienst von umgerechnet rund Fr. 90'000.-- als effektives und weiterhin zumutbares Einkommen angerechnet habe.
Mit dieser Argumentation setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Vielmehr macht er geltend, das Finanzamt habe alle Einkommensquellen auch ab dem Jahr 2005 geprüft und sei in den beiden vorgelegten Einkommenssteuerbelegen 2005 und 2006 zum Ergebnis gekommen, dass tatsächlich keine weiteren Einkünfte vorlägen, ohne darzutun, weshalb in Bezug auf die Sachverhaltsfeststellung die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> erfüllt sein sollen und das Verfahren bei seiner Ansicht nach rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre (s. oben, E. 3). Da er seine Rüge nicht weiter begründet, erweist sich die Beschwerde auch insofern als unsubstanziiert.
10. Schliesslich wendet sich der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Ablehnung eines Unterhaltsverzichts seitens der Beschwerdegegnerin sowie der Verwirkung ihrer Ansprüche. Indem er geltend macht, die vorinstanzlichen Erwägungen seien qualifiziert unrichtig, beruft er sich sinngemäss auf eine Verletzung des Willkürverbots (s. oben, E. 5).
Das Kantonsgericht erwog, dass es für einen Unterhaltsverzicht seitens der Beschwerdegegnerin keinerlei Anzeichen gebe. Im Übrigen wäre ein genereller Verzicht auf Beistand unzulässig und unbeachtlich. Er würde nur auf Zusehen hin und bis zu einem Widerruf gelten. Wenn der Beschwerdeführer annehme, die Beschwerdegegnerin habe mit ihrem jahrelangen Zuwarten zumindest stillschweigend auf Unterhalt verzichtet, sei ihm entgegenzuhalten, dass Stillschweigen nur dann als Willenskundgabe gelte, wenn aus den Umständen klar hervorgehe, was gemeint sei. Rein passives Verhalten habe keinen Erklärungsgehalt. Gemäss <ref-law> könne Unterhalt für das Jahr vor der Gesuchseinreichung gefordert werden. Damit werde den Ehegatten eine Überlegungszeit eingeräumt, die nicht mit der Annahme eines Verzichts unterlaufen werden dürfe. Eine Verwirkung des Unterhaltsanspruchs wäre ausserdem selbst dann nicht gegeben, wenn die Beschwerdegegnerin tatsächlich den Beschwerdeführer - wie dieser geltend mache - bei zwei Krankenhausaufenthalten trotz seiner inständigen Bitten nicht besucht hätte, da ein solcher Vorfall das Gewicht der gesetzlichen Regelbeispiele für offensichtliche Unbilligkeit in <ref-law> nicht erreiche und es vorliegend um die eheliche Unterhaltspflicht gehe, welche weiter gehe als die blosse nacheheliche Solidarität, und damit eine Sanktion für Fehlverhalten grundsätzlich nicht angebracht wäre.
Der Beschwerdeführer beschränkt sich auf die allgemeine Behauptung, es laufe dem Gerechtigkeitsgedanken in stossender Weise zuwider, wenn ihn die schweizerischen Gerichte zu Unterhalt verpflichteten, obwohl er über weniger finanzielle Mittel als die Beschwerdegegnerin verfüge, diese jedoch ihre Verpflichtungen aus der Ehe, etwa die Beistandspflicht, nicht zu erfüllen habe, wenngleich die Ehe institutionell von wechselseitigen Verpflichtungen ausgehe. Eine Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Erwägungen enthält die Beschwerde jedoch nicht, sodass sie sich auch insoweit als unbegründet erweist.
11. Insgesamt ist auf die Beschwerde mangels genügender Begründung nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter im Familienrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Januar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp