Sachverhalt:
A. H._, geboren 1958, war Mitinhaber und Geschäftsführer der Firma N._ GmbH. Am 30. Oktober 2003 erlitt er einen Auffahrunfall. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher er für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, kam für die Heilbehandlung auf und entrichtete Taggelder. Mit Verfügung vom 14. März 2008 und Einspracheentscheid vom 10. September 2008 hielt die SUVA fest, dass sich der versicherte Verdienst gemäss Vereinbarung vom 30. August 2001 auf Fr. 60'000.- belaufe. Gestützt auf den Besuchsrapport vom 21. Juni 2004 habe der letzte vor dem Unfall deklarierte Lohn im Jahr 2002 Fr. 66'000.- betragen, welcher Betrag als Taggeldbasis für den Unfall vom 30. Oktober 2003 diene. Die im Rahmen des Jahresabschlusses anfangs 2004 nachträglich rückwirkend gebuchten Lohnzahlungen für das Jahr 2003 in der Höhe von Fr. 119'600.- könnten nicht berücksichtigt werden.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 20. Mai 2009 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm ab dem 2. November 2003 ein Taggeld für eine Arbeitsunfähigkeit von 100% im Umfang des Höchstbetrages des versicherten Verdienstes zuzusprechen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig ist einzig die Höhe des versicherten Verdienstes als Grundlage der Taggeldbemessung.
Das kantonale Gericht hat die Bestimmung über die Bemessung der Taggelder nach dem versicherten Verdienst (<ref-law>; Art. 22 und 23 UVV) zutreffend dargelegt; darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat erwogen, dass die SUVA den Beschwerdeführer aufgrund der vorliegenden Akten als Selbstständigerwerbenden versichert und den versicherten Verdienst auf Fr. 60'000.- festgesetzt hat (Vereinbarung vom 30. August 2001). Diesen Verdienst hat das kantonale Gericht mittels Beizugs des statistischen Durchschnittslohns (gemäss der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebung 2002, Baugewerbe in der Region Espace Mittelland, Anforderungsniveau 3) verifiziert und festgestellt, dass es sich dabei um einen zum Zeitpunkt des Unfalls orts- und branchenüblichen Lohn gehandelt habe. Der von der SUVA den Taggeldberechnungen zugrunde gelegte Verdienst von Fr. 66'000.- (bzw. 12 x Fr. 5'500.-) entspreche (gemäss Lohnsummenmeldung 2003, welche das Unternehmen der SUVA am 26. Februar 2004 zugestellt hatte, und Besuchsrapport vom 21. Juni 2004) dem vom Beschwerdeführer für das Jahr 2002 sowie für die Monate Januar bis Oktober 2003 deklarierten Lohn. Zudem habe er selber diesen Lohn zwar nicht anlässlich der Meldung des Unfalls vom 30. Oktober 2003 genannt (sondern Fr. 6'000.-); in den späteren Unfallmeldungen (undatierte Meldung betreffend ein Ereignis vom 27. Dezember 2005, Rippenbruch nach Ausrutschen im Bad, sowie Unfallmeldungen vom 14. Oktober 2004, Auffahrkollision, vom 10. April 2006, Sturz aufs Gesicht, und vom 18. Oktober 2007, Stolpersturz auf das rechte Knie) sei jedoch wiederum ein Salär von Fr. 66'000.- angegeben worden. Nach der Beweismaxime, wonach die so genannten spontanen "Aussagen der ersten Stunde" in der Regel unbefangener und zuverlässiger sind als spätere Darstellungen, die bewusst oder unbewusst von nachträglichen Überlegungen versicherungsrechtlicher oder anderer Art beeinflusst sein können (<ref-ruling> E. 2a S. 47), seien seine Einwendungen, welche sich auf die im Nachhinein erstellte Buchhaltung beziehen, nicht zu berücksichtigen. Prämien seien lediglich auf einem Verdienst von Fr. 60'000.- bezahlt worden. Schliesslich sei es aber auch nicht glaubhaft, dass der Beschwerdeführer im Jahr 2003 einen Verdienst von Fr. 119'600.- erzielt habe, zumal auch deshalb, weil das im Februar 1999 als Einzelunternehmen gegründete und am 29. Januar 2003 als GmbH ins Handelsregister eingetragene Unternehmen gemäss Auskunft der Ausgleichskasse des Kantons Solothurn ab März 2004 keine Löhne mehr deklariert hatte, am 8. April 2005 der Konkurs eröffnet worden war und das Konkursverfahren mangels Aktiven eingestellt werden musste. Über einen schriftlichen Arbeitsvertrag habe er als Angestellter in seiner Firma nicht verfügt, und es sei auch nicht ausgewiesen, dass sein Lohn vom Umsatz abhängig gewesen sei.
4. Der Beschwerdeführer wiederholt weitgehend die bei der Vorinstanz eingereichte Beschwerdeschrift.
Soweit er sich mit den Erwägungen des kantonalen Gerichts auseinandersetzt, macht er im Wesentlichen geltend, dass auf die Beweismaxime über die sogenannten "Aussagen der ersten Stunde" nicht abgestellt werden könne, weil er die jeweiligen Unfallmeldungen mit den genannten Lohnangaben nicht selber ausgefüllt habe. Mit dem Äquivalenzprinzip beziehungsweise der Diskrepanz zwischen den bezahlten Prämien und dem geltend gemachten Einkommen sei das Abstellen auf einen versicherten Verdienst von Fr. 66'000.- nicht zu begründen, sondern es seien aufgrund des nachträglich gestützt auf die Buchhaltung ermittelten Verdienstes auch höhere Prämien zu berechnen. Schliesslich hätten auch die Steuerbehörden gemäss definitiver Steuerveranlagung 2003 auf ein Einkommen von Fr. 109'215.- abgestellt.
Mit dem kantonalen Gericht stützt er sich zunächst auf die Vereinbarung mit der SUVA vom 30. August 2001 und scheint davon auszugehen, dass er sich als Selbstständigerwerbender freiwillig versichert habe. Indessen beruft er sich zur Begründung eines höheren als des vereinbarten versicherten Verdienstes auf Umstände, welche nach den gesetzlichen Bestimmungen über die Taggeldbemessung obligatorisch Versicherter zu berücksichtigen wären und daher eine Qualifikation seines Status als Unselbstständigerwerbender voraussetzen würde; so ist von den "Lohnangaben" (in den Unfallmeldungen) die Rede und wird eine Steuerveranlagung eingereicht, gemäss welcher ein Einkommen von Fr. 104'439.- aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit zu versteuern ist.
5. Nach Lage der Akten hat sich der Beschwerdeführer am 18. Februar 1999 als Einzelunternehmer (unter der Firma N._) ins Handelsregister des Kantons Aargau eintragen lassen. Mit Vertrag vom 12. Juli 2001 gründete er mit einem Geschäftspartner die Firma N._ GmbH, wobei er sich, in der Funktion als Gesellschafter und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift, mit einem Stammanteil von Fr. 1'000.-, der Mitinhaber der GmbH (als Gesellschafter mit Einzelunterschrift) mit einer solchen von Fr. 19'000.- beteiligte. Am 30. August 2001 schloss der Beschwerdeführer mit der SUVA eine "Versicherung von Familienangehörigen des Betriebsinhabers sowie von Aktionären, Gesellschaftern und Genossenschaftern" ab. Der Beschwerdeführer wurde als Gesellschafter versichert und als Tätigkeit "Geschäftsführer, davon: Betrieblicher Art wie Werkstatt, Baustelle: 100%", angegeben; der versicherte Verdienst wurde auf Fr. 60'000.- festgesetzt. Das Einzelunternehmen wurde im Handelsregister des Kantons Aargau indessen erst am 11. Juni 2002 gelöscht, die GmbH am 29. Januar 2003 ins Handelsregister des Kantons Solothurn eingetragen.
Im März 2004, rund vier Monate nach dem ersten Unfall des Beschwerdeführers, wurde der Betrieb, in welchem offenbar einige wenige Personen beschäftigt waren, faktisch eingestellt. Am 8. April 2005 wurde über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet; am 22. Juni 2005 musste das Konkursverfahren mangels Aktiven eingestellt werden.
Wie und durch wen das Einkommen des Beschwerdeführers bestimmt wurde, lässt sich den vorliegenden Akten nicht entnehmen. Anhand der Unfallmeldungen und Unfallscheine ist davon auszugehen, dass er sich als Selbstständigerwerbender bzw. - trotz seines formellen Stammanteils von lediglich Fr. 1'000.- - als die GmbH bestimmender faktischer Alleingesellschafter sah, wurde doch als Tätigkeit jeweils angegeben, er sei Inhaber der Firma. Eine Anpassung des versicherten Verdienstes gemäss Vereinbarung vom 30. August 2001 ist bis zum Zeitpunkt des Unfalls nicht erfolgt.
6. Die Vorbringen des Beschwerdeführers vermögen an der Beurteilung der Vorinstanz im Ergebnis, unbesehen davon, ob er als Selbstständigerwerbender oder als Angestellter der GmbH zu qualifizieren ist und dementsprechend eine obligatorische oder freiwillige Versicherung vorliegt, nichts zu ändern.
6.1 In der Schweiz wohnhafte Selbstständigerwerbende (und ihre nicht obligatorisch versicherten mitarbeitenden Familienglieder) können sich gemäss <ref-law> freiwillig versichern. Nach <ref-law> gelten die Bestimmungen über die obligatorische Versicherung sinngemäss für die freiwillige Versicherung. Der Bundesrat erlässt ergänzende Vorschriften über die freiwillige Versicherung. Er ordnet namentlich den Beitritt, den Rücktritt und den Ausschluss sowie die Prämienbemessung (<ref-law>). In der freiwilligen Versicherung wird das Versicherungsverhältnis gemäss <ref-law> durch schriftlichen Vertrag begründet. Nach <ref-law> werden die Prämien und Geldleistungen im Rahmen von Art. 22 Abs. 1 nach dem versicherten Verdienst bemessen, der bei Vertragsabschluss vereinbart wird und jeweils auf Beginn eines Kalenderjahres angepasst werden kann.
Bei der Vereinbarung des versicherten Verdienstes in der freiwilligen Versicherung ist allfälligen Einkommensschwankungen des Selbstständigerwerbenden rechtsprechungsgemäss in der Weise Rechnung zu tragen, dass ein den effektiven Einkommensverhältnissen möglichst annähernd entsprechender Betrag festgesetzt wird. Bezüglich der Leistungs- wie auch der Prämienbemessung gilt, dass längerdauernde massive Unterschiede zwischen dem vereinbarten versicherten Verdienst und den wirklichen Einkommensverhältnissen zu vermeiden und daher beide Vertragspartner, der Versicherte selbst wie auch der Versicherer, gehalten sind, ihre Vereinbarung nötigenfalls den konkreten Umständen anzugleichen (RKUV 1994 Nr. U 183 S. 49; 1998 Nr. U 315 S. 575; 2001 Nr. U 433 S. 326, U 107/99 E. 2c).
An einem langandauernden, krassen Missverhältnis zwischen dem vereinbarten versicherten Verdienst und den wirklichen Einkommensverhältnissen fehlt es vorliegend schon deshalb, weil seit der Vereinbarung vom 30. August 2001 erstmals für 2003 ein beträchtlich höherer Verdienst geltend gemacht wird; zu präzisieren ist, dass der SUVA zunächst - am 26. Februar 2004 - eine Lohnsummenmeldung 2003 über Fr. 66'000.- zugestellt wurde. Erst im Frühjahr 2004 wurde nachträglich eine Buchhaltung erstellt, gemäss welcher dem Versicherten für das Jahr 2003 ein Einkommen von Fr. 119'600.- zustehen soll. Die Voraussetzungen für eine Anpassung der (Prämien- und) Leistungsbemessung sind unter diesem Gesichtspunkt daher nicht erfüllt.
6.2 Auch die Kriterien für die obligatorische Versicherung führen nicht zu einem höheren versicherten Verdienst. Nach der Rechtsprechung zu den Bestimmungen über die obligatorische Versicherung ist für die Berechnung des Taggeldes jener Verdienst massgebend, den die versicherte Person vor dem Unfall bezogen hat (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 300). Grundsätzlich hat zwar auch ein erst nach Eintritt des versicherten Ereignisses effektiv ausgerichteter und verabgabter Verdienst als letzter vor dem Unfall bezogener Lohn im Sinne von <ref-law> zu gelten, jedoch nur dann, wenn er für den massgeblichen Zeitraum vor dem Unfallereignis bestimmt und ein diesbezüglicher Rechtsanspruch ausgewiesen ist (RKUV 1995 Nr. U 226 S. 187 E. 4b; <ref-law>).
An dieser Voraussetzung fehlt es vorliegend. Weder anhand der Lohnangaben auf den Unfallmeldungen - welche doch annähernd übereinstimmen mit dem versicherten Verdienst gemäss Vereinbarung mit der SUVA - noch gestützt auf die Buchhaltung, welche erst im Frühjahr 2004 für die Jahre 2002 und 2003 erstellt wurde, oder aufgrund der Steuerveranlagung 2003 lässt sich ein Rechtsanspruch des Beschwerdeführers gegenüber der GmbH auf den von ihm hier geltend gemachten Lohn von Fr. 119'600.- nachweisen. Ob und in welchem Umfang der Beschwerdeführer vom gesteigerten Umsatz zu profitieren berechtigt war, was allenfalls rechtfertigen würde, zufolge starker Lohnschwankungen auf einen "angemessenen Durchschnittslohn" im Sinne von <ref-law> abzustellen (SVR 2009 UV Nr. 17 S. 65, 8C_330/2008 E. 4.1), bleibt ebenfalls offen. Zudem lässt sich dem Bericht der SUVA über den Besuchsrapport vom 21. Juni 2004 entnehmen, dass die Gesellschaft gegenüber dem Beschwerdeführer über ein Guthaben von Fr. 289'981.77 verfüge. Auf das vom Beschwerdeführer geltend gemachte Einkommen von Fr. 119'600.- für das Jahr 2003 kann daher auch unter diesem Aspekt nicht abgestellt werden. Den Gründen, weshalb die Buchhaltung - auch diejenige für das Jahr 2002 - erst im Frühjahr 2004 erstellt wurde, ist unter diesen Umständen nicht weiter nachzugehen.
6.3 Da weder nach den Bestimmungen über die obligatorische noch gemäss den Grundsätzen über die freiwillige Versicherung auf den geltend gemachten versicherten Verdienst von Fr. 119'600.- abzustellen ist, kann die Frage nach der Qualifikation des Beschwerdeführers als Selbstständig- oder Unselbstständigerwerbender offen gelassen werden.
7. Damit ist es nicht zu beanstanden, dass die SUVA für das Unfallereignis vom 30. Oktober 2003 Taggelder auf der Basis eines versicherten Verdienstes von Fr. 66'000.- entrichtet hat.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten; <ref-law>) und Verbeiständung (<ref-law>) kann gewährt werden, weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin geboten war. Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.
Die Höhe der Entschädigung richtet sich nach Art. 64. Abs. 2 BGG und ist entsprechend dem geringen Zeitaufwand (E. 4) auf Fr. 1'400.- festzusetzen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Jörg Zurkirchen, Ebikon, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'400.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Februar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo