Faits:
A.
B._ bénéficie d'un droit distinct et permanent de superficie sur les parcelles nos 3798 et 4353 de la commune de Vernier, qui se trouvent en zone de développement industriel et artisanal.Un entrepôt est construit sur ces parcelles, à l'angle entre le 8, chemin de Morglas et le 8, chemin de l'Emeraude.
La société C._, dont le but social est avant tout le commerce de meubles, dispose d'un magasin de meubles situé au lieu-dit «la Renfile», au 156, route de Vernier, à Vernier.
Par contrat de location du 25 octobre 2010, C._ a loué une surface de stockage nette de 7'520 m2 au premier étage de l'entrepôt précité. La surface locative totale était d'environ 8'619 m2 (clause 1.1 du contrat). Les surfaces louées devaient être utilisées comme des espaces de stockage (clause 2.1 du contrat).
B.
Le 8 juillet 2010, B._ a déposé auprès du département cantonal des constructions et des technologies de l'information, actuellement le département de l'urbanisme (ci-après: le département), une demande d'autorisation de construire en procédure accélérée. Cette demande avait pour objet l'aménagement d'une zone de livraison au premier étage de l'entrepôt précité. La surface de l'ensemble de la zone à aménager était de 8'286 m2et la surface destinée au parking de 631 m2. Le projet prévoyait également 15 places de stationnement à disposition des clients et deux places pour des camions.
Après avoir recueilli les préavis favorables des services concernés, le département a octroyé à B._ l'autorisation de construire sollicitée le 6 octobre 2010.
C.
La société A._ a recouru contre l'octroi de cette autorisation de construire auprès de la commission cantonale de recours en matière administrative, devenue depuis le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI). Le 20 juin 2011, le TAPI a rejeté le recours de A._ et confirmé la décision du 6 octobre 2010.
Par arrêt du 12 juin 2012, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours de A._ contre la décision du TAPI, considérant en substance que le projet litigieux était conforme à l'affectation de la zone et ne devait pas faire l'objet d'une étude d'impact.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2012 ainsi que l'autorisation de construire du 6 octobre 2010. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une violation du droit fédéral de l'environnement et d'une application arbitraire du droit cantonal des constructions.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. B._ et C._ concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Le département s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et demande au Tribunal fédéral de confirmer l'arrêt attaqué ainsi que l'autorisation de construire du 6 octobre 2010. Invité à prendre position, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV) estime que l'arrêt attaqué est conforme à la législation en matière de protection de l'environnement. La recourante a répliqué et confirmé ses conclusions.

Considérant en droit:
1.
Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. En tant que voisine du projet litigieux, la recourante a qualité pour agir au sens de l'<ref-law> contre l'autorisation de construire contestée.
2.
Dans un premier grief, la recourante reproche à la Cour de justice d'avoir violé le droit fédéral en considérant qu'une étude d'impact sur l'environnement n'était pas nécessaire. Elle estime que le projet litigieux est soumis à l'étude d'impact tant par sa nature que par son lien étroit avec le magasin C._.
2.1. En vertu de l'art. 10a de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01), avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations pouvant affecter sensiblement l'environnement, l'autorité apprécie le plus tôt possible leur compatibilité avec les exigences de la protection de l'environnement (al. 1). Doivent faire l'objet d'une étude de l'impact sur l'environnement (étude d'impact, EIE) les installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement, au point que le respect des dispositions en matière d'environnement ne pourra probablement être garanti que par des mesures spécifiques au projet ou au site (al. 2). Le Conseil fédéral désigne les types d'installations qui doivent faire l'objet d'une étude d'impact; il peut fixer des valeurs seuil (al. 3).
D'après les chiffres 11.4, 80.5 et 80.6 de l'annexe de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE, RS 814.011), en relation avec les art. 1 et 2 al. 1 OEIE, doivent faire l'objet d'une EIE les parcs de stationnement (terrain ou bâtiment) pour plus de 500 voitures, les centres commerciaux et magasins spécialisés d'une surface de vente supérieure à 7'500 m2et les places de transbordement des marchandises et centres de distribution disposant d'une surface de stockage des marchandises supérieure à 20'000 m2 ou d'un volume de stockage supérieur à 120'000 m3.
Selon la jurisprudence, des ouvrages distincts doivent être considérés comme des éléments d'une installation unique, et donc assujettis à une étude d'impact globale, lorsqu'ils atteignent ensemble le seuil déterminant pour une telle étude ou lorsqu'il existe entre eux un lien fonctionnel et spatial étroit. Encore faut-il que la réalisation de ces éléments soit prévue de manière concomitante et coordonnée (arrêt 1A.110/2006 du 19 avril 2007 consid. 2.2 et les références; arrêt 1A.355/1996 du 20 août 1997 consid. 5c/aa et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 7a p. 82). Comme le relève à juste titre la Cour de justice, les liens fonctionnel et spatial sont cumulatifs et non alternatifs.
2.2. En l'espèce, l'entrepôt litigieux, en tant que lieu de stockage des marchandises de C._, répond à la définition de "place de transbordement des marchandises" ou de "centre de distribution disposant d'une surface de stockage des marchandises" au sens du chiffre 80.6 de l'annexe OEIE. Toutefois, la surface de stockage totale de 8'286 m2, respectivement 8'619 m2, n'atteint pas la valeur-seuil de 20'000 m2 prévue par cette disposition. La valeur du volume de stockage de 120'000 m3 n'est non plus pas atteinte, si bien que le projet litigieux ne constitue pas une installation soumise à l'EIE selon le chiffre 80.6 précité. Quant au nombre de places de stationnement, qui s'élève à 17, il est bien inférieur à la valeur seuil de 500 places définie au chiffre 11.4 de l'annexe OEIE. Le parking de l'entrepôt n'est donc pas non plus soumis à une EIE.
La recourante estime toutefois que l'installation litigieuse doit être considérée comme un "centre commercial" ou "magasin spécialisé d'une surface de vente supérieure à 7'500 m2 " au sens du chiffre 80.5 de l'annexe OEIE. Elle fait valoir que l'entrepôt est un espace entièrement dédié à la vente de meubles, assimilable à un magasin spécialisé d'ameublement: il n'y a certes pas de vente directe dans le bâtiment litigieux, mais celui-ci n'existe que parce qu'il est un maillon indispensable des ventes intervenant dans le magasin principal. Les opérations accomplies dans le bâtiment seraient donc une étape de la vente de produits. Le raisonnement de la recourante ne convainc pas. Au vu des plans déposés au dossier et du contrat de location du 25 octobre 2010, l'entrepôt litigieux est en effet essentiellement un espace de stockage, sans espace de vente ni d'exposition de marchandises. Il ne peut donc manifestement pas être qualifié de centre commercial ou de magasin spécialisé et n'est pas soumis à une EIE sous cet angle également.
2.3. Il n'est pas contesté que l'entrepôt litigieux présente un lien fonctionnel avec le magasin de C._, puisque les clients doivent venir y retirer les marchandises qu'ils ont préalablement choisies et payées au magasin principal. Toutefois, un lien spatial est également nécessaire pour que les deux installations soient prises conjointement lorsqu'il s'agit d'évaluer si le projet est soumis ou non à une EIE. En l'espèce, l'entrepôt litigieux n'est pas dans le voisinage immédiat de magasin de C._ puisqu'il est situé à plus d'un kilomètre de celui-ci. Pour ce motif, on ne saurait considérer qu'il existe un rapport spatial étroit entre les deux bâtiments. Par conséquent, il n'y a pas lieu de les considérer comme des éléments d'une installation unique et d'exiger que la réalisation de l'entrepôt soit soumise à une EIE. La recourante ne peut être suivie lorsqu'elle affirme que la jurisprudence n'impose pas de lien spatial impératif et que le lien fonctionnel entre le magasin et l'entrepôt serait si fort que la distance entre les deux immeubles en perdrait sa pertinence.
2.4. Il résulte de ce qui précède que la Cour de justice a correctement appliqué le droit fédéral en retenant que le projet litigieux ne doit pas faire l'objet d'une EIE. Le recours doit être rejeté sur ce point.
3.
La recourante se plaint ensuite d'une mauvaise application du droit cantonal. A son avis, la Cour de justice a jugé de manière arbitraire que l'exploitation du bâtiment litigieux était conforme à l'affectation de la zone industrielle et artisanale, le qualifiant de dépôt industriel et non de centre de vente.
3.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560). Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law>.
3.2. En l'espèce, l'arrêt attaqué a rappelé la jurisprudence cantonale genevoise, neuchâteloise et vaudoise, selon laquelle il convient de se référer au sens large et commun de la notion de "construction industrielle" lorsqu'elle n'est pas définie dans la loi. Une notion large et commune de l'industrie ne se limite pas au travail et à la transformation de la matière mais s'étend à l'ensemble des opérations qui concourent à la production et à la circulation des richesses. La Cour de justice a ainsi estimé, dans une affaire récente, que les activités d'une société active dans la fabrication, la distribution et la commercialisation de produits finis et semi-finis répondaient à la définition d'industrie si elles étaient en lien avec le développement et la distribution des produits qu'elle commercialisait, même si la fabrication des produits ne se faisait pas au même endroit (ATA/518/2010 du 3 août 2010).
Les juges cantonaux ont considéré que l'objet litigieux était l'aménagement d'une zone de livraison au premier étage d'un entrepôt existant situé en zone de développement industriel, et non le déploiement de l'activité commerciale de C._, société principalement active dans la vente de meubles. Cet aménagement ne visait pas à modifier l'affectation première de l'entrepôt, qui demeurait le stockage de marchandises. La manière dont la marchandise quittait l'entrepôt, différente du cas général dans la mesure où c'est l'acheteur qui acceptait de se déplacer à l'entrepôt et d'en sortir la marchandise, ne modifiait en effet pas son affectation. Il n'y avait donc pas de raison de distinguer l'activité de stockage et l'opération de sortie de la marchandise, la seconde faisant partie inhérente de la première. De plus, il n'y avait, dans le cas particulier, ni exposition, ni achat de marchandises dans l'entrepôt, ces activités étant d'ailleurs exclues par le contrat de location du 25 octobre 2010. Le projet litigieux était dès lors conforme à l'affectation de la zone.
La recourante tient ce raisonnement pour arbitraire. Elle allègue en substance qu'il n'est pas possible d'assimiler le transfert effectué par une entreprise, au moyen d'un camion, de biens qui sont stockés en zone industrielle vers son magasin pour les vendre, et la livraison individuelle de biens à des clients privés. Il s'agirait dans le premier cas d'une opération de "logistique interne" visant à approvisionner le magasin, alors que, dans le second cas, la remise des biens serait une étape indispensable du processus de vente et devrait être assimilée à une opération de vente. Ce faisant, la recourante se contente d'opposer son opinion à celle des juges cantonaux. Son argumentation, de nature purement appellatoire, ne montre pas en quoi la motivation de l'arrêt attaqué serait insoutenable. Il apparaît au contraire que le raisonnement des juges cantonaux, conforme à la jurisprudence cantonale, échappe à l'arbitraire. En particulier, aucune opération de vente ne se déroule dans l'entrepôt, contrairement à ce que soutient la recourante, et l'aménagement d'une zone de livraison dans un entrepôt stockant des marchandises n'apparaît en tous les cas pas choquant au regard de la diversité des activités économiques jugées conformes à la zone industrielle par la jurisprudence cantonale.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et verser une indemnité de dépens aux intimées, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera les indemnités suivantes aux intimées, à titre de dépens:
- une indemnité de 2'000 fr. à C._,
- une indemnité de 2'000 fr. à B._.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'urbanisme et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 4 juin 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard