Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 6 febbraio 2009 la società A._SA ha inoltrato al Tribunale federale tre ricorsi per ritardata giustizia contro la Pretura della Giurisdizione di Mendrisio-Sud, chiedendo di ordinare a quest'autorità di procedere nelle proprie incombenze nel procedimento civile in materia di locazione che la oppone a B._.
2. Le circostanze che hanno indotto A._SA ad adire il Tribunale federale possono essere riassunte come segue.
2.1 A._SA, in qualità di conduttrice, e B._, in qualità di locatore, hanno stipulato un contratto di locazione con effetto a partire dal 1° dicembre 2004, avente per oggetto una stazione di servizio per carburanti con annesso un negozio di generi alimentari sita a Mendrisio, per un canone di locazione trimestrale di fr. 106'250.--, oltre le spese.
Fra le parti sono sorti rapidamente dei conflitti a causa di asseriti difetti dell'ente locato, che hanno indotto la conduttrice a depositare le pigioni.
2.2 Vista l'impossibilità di risolvere bonalmente i loro disaccordi, il 2 agosto 2006 A._SA si è rivolta all'Ufficio di conciliazione in materia di locazione, chiedendo:
- una riduzione del canone di locazione del 15 % dal 1° luglio 2006 sino alla fine del contratto, per la minor superficie dell'ente locato;
- una riduzione del canone di locazione del 35 % dal 1° maggio 2005 sino alla fine dei lavori intrapresi dal locatore, per i disagi provocati da tale intervento edile;
- una riduzione del canone di locazione del 20 % dal 1° maggio 2005 sino al perfetto funzionamento dell'impianto di climatizzazione;
- un'indennità di fr. 64'855.85 a titolo risarcitorio;
- la liberazione a suo favore dell'importo del canone di locazione depositato.
All'udienza del 9 ottobre 2006 B._ si è opposto alle richieste della conduttrice, indi per cui il tentativo di conciliazione è fallito.
Con decisione del 6 novembre 2006, pervenuta alle parti l'8 novembre seguente, l'Ufficio di conciliazione ha ammesso la riduzione del canone di locazione del 35 %, ma solo a partire dal 28 luglio 2006, e ha accolto nella stessa misura la domanda di liberazione del canone di locazione a favore della conduttrice.
2.3 La causa è proseguita dinanzi alla Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Nord.
2.3.1 Visto l'approssimarsi della scadenza del termine di 30 giorni per adire il giudice, il 6 novembre 2006, prima ancora di aver ricevuto la decisione dell'Ufficio di conciliazione, A._SA ha infatti inoltrato un'istanza tendente all'accoglimento delle domande di riduzione della pigione (incarto DI.2006.143).
Una volta preso conoscenza della decisione dell'Ufficio di conciliazione, il 16 novembre 2006 essa si è nuovamente rivolta alla Pretura, riproponendo anche la domanda tendente alla liberazione degli importi depositati, così come già formulata dinanzi all'Ufficio di conciliazione. Ha inoltre chiesto la congiunzione di tale causa (incarto DI.2006.150) con quella avviata il 6 novembre precedente (incarto DI.2006.143).
All'udienza di discussione del 7 dicembre 2006 - in ingresso alla quale le due azioni sono state congiunte, con l'accordo delle parti - B._ ha proposto la reiezione di tutte le pretese avanzate dalla conduttrice, dopodiché l'udienza è stata sospesa e le parti sono state riconvocate per la prosecuzione della discussione il 2 febbraio 2007.
2.3.2 L'11 dicembre 2006 B._ ha a sua volta adito la Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Nord onde ottenere l'annullamento della decisione emanata il 6 novembre 2006 dall'Ufficio di conciliazione e la consegna delle pigioni depositate, nella loro integralità (incarto DI.2006.166).
Alla successiva udienza di discussione, svoltasi il 2 febbraio 2007, A._SA ha avversato le richieste di B._.
2.3.3 Nella medesima circostanza quest'ultima causa è stata congiunta alle altre due per l'istruttoria e le parti hanno provveduto a notificare i rispettivi mezzi di prova. L'ordinanza sulle prove è stata emanata seduta stante.
L'istruttoria si è conclusa il 26 luglio 2007, con il sopralluogo dell'ente locato.
2.4 Parallelamente all'istruttoria e successivamente ad essa, tra il 22 marzo 2007 e il 10 gennaio 2008 il locatore ha a più riprese chiesto di poter versare agli atti nuova documentazione, suscettibile di smentire le dichiarazioni di un teste in merito al rispetto di una clausola contrattuale da parte di A._SA. Invitata ogni volta ad esprimersi, quest'ultima si è regolarmente opposta all'acquisizione di nuovi documenti all'incarto, presentando tuttavia a sua volta degli scritti da annettere qualora il giudice avesse deciso a favore di Ripepi.
Il 14 febbraio 2008 A._SA ha pure presentato un'istanza di restituzione in intero per notificare ulteriori difetti dell'ente locato, appena scoperti, e produrre i relativi documenti, istanza alla quale B._ si è opposto con osservazioni del 5 marzo 2008.
2.5 A seguito dell'accoglimento, il 6 maggio 2008, della domanda di astensione presentata dalla Pretora della giurisdizione di Mendrisio-Nord relativamente alle tre procedure in rassegna, gli incarti sono stati trasmessi per la continuazione della procedura alla Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Sud.
Il 19 giugno 2008 e il 5 agosto 2008 A._SA ha scritto a questa Pretura sollecitando la continuazione della procedura nelle tre cause.
L'unico ulteriore atto eseguito in relazione alla controversia che oppone le parti riguarda una nuova istanza cautelare di B._ tendente allo svincolo del deposito della pigione, datata 22 agosto 2008, che si è risolta con un accordo giudiziale il 23 settembre 2008, con il quale è stata pattuita la liberazione di fr. 410'000.--. Nell'ambito di tale procedura A._SA ha chiesto di prendere visione della documentazione fiscale presentata da controparte a sostegno della domanda di svincolo delle pigioni depositate; la richiesta è stata respinta con ordinanza del 18 settembre 2008.
3. Il 6 febbraio 2009, come detto in ingresso al presente giudizio, A._SA ha inoltrato al Tribunale federale tre ricorsi per ritardata giustizia, chiedendo di ordinare alla Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Sud di procedere immediatamente nelle proprie incombenze.
Nelle osservazioni del 24 marzo 2009 il Pretore della giurisdizione di Mendrisio-Sud, pur rimettendosi al giudizio del Tribunale federale, precisa di aver ricevuto gli incarti solo nel luglio 2008, dichiara di aver ricevuto una sola sollecitazione dopo tale data, quella del 5 agosto 2008, e rileva di essere successivamente intervenuto due volte, respingendo, il 18 settembre 2008, la domanda della qui ricorrente di visionare la documentazione fiscale di controparte, e convocando inoltre le parti all'udienza di discussione sull'istanza di svincolo delle pigioni depositate, svoltasi il 23 settembre 2008 e conclusasi con un accordo. In queste circostanze l'agire della ricorrente non appare comprensibile dal profilo della buona fede processuale.
4. Dato che i tre gravami, identici, riguardano tre cause che già in sede cantonale sono state congiunte siccome concernenti le medesime parti e la medesima fattispecie, essi possono - per ragioni di economia procedurale - essere trattati insieme e decisi con un'unica sentenza.
5. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3).
5.1 Giusta l'<ref-law> il ricorso è proponibile se l'autorità giudiziaria adita nega o ritarda indebitamente la pronuncia di una decisione impugnabile.
In concreto, la ricorrente si duole della mancata evasione delle varie richieste di assunzione suppletoria di prove formulate da B._ e della mancata decisione della sua istanza di restituzione in intero (cfr. quanto esposto al consid. 2.4), che devono necessariamente essere decise prima di poter procedere con la fase finale della procedura e all'emanazione del giudizio di merito sulla sua domanda di riduzione del canone di locazione e di risarcimento danni.
Si tratta di decisioni incidentali, che potrebbero di principio venir impugnate solo alle condizioni poste dall'<ref-law>. Ciò non osta all'ammissibilità del gravame, giacché per costante giurisprudenza quando il ricorrente lamenta un ingiustificabile ritardo nel decidere giusta l'<ref-law> il Tribunale federale rinuncia ad esigere l'esistenza di un danno irreparabile (<ref-ruling> consid. 2.2).
5.2 Concernente una causa di natura civile (<ref-law>), e meglio una causa in materia di locazione con un valore litigioso superiore a fr. 15'000.-- (<ref-law>), il ricorso inoltrato direttamente al Tribunale federale per ritardata giustizia - che può essere interposto in ogni tempo (<ref-law>) - è ammissibile, giacché il diritto cantonale ticinese non prevede un rimedio che conferisca a un Tribunale superiore un potere d'intervento nel caso in cui il ricorso per ritardata giustizia si rivelasse fondato (cfr. sentenza 4D_41/2007 del 21 novembre 2007 consid. 4.1).
5.3 Motivato conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law> e fondato sulla violazione del diritto federale (<ref-law>), segnatamente sulla violazione dell'<ref-law>, il gravame può essere esaminato nel merito.
6. Giusta l'<ref-law> nei procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
6.1 Questa disposizione consacra il principio della celerità. L'autorità cantonale viola la garanzia costituzionale qualora prolunghi in modo inabituale la trattazione di una vertenza rientrante nella sua competenza, senza che circostanze particolari lo giustifichino. La questione di sapere se la durata di una procedura superi quella "ragionevole" va valutata sulla base del tipo di procedura in oggetto, della complessità della causa, del comportamento delle parti (<ref-ruling> consid. 5.1 e 5.2 pag. 331 seg. con rinvii).
6.2 Con riferimento al tipo di procedura, la ricorrente rileva come, in ossequio all'<ref-law>, il Cantone Ticino si sia dotato di una procedura "semplice e rapida" per le controversie in materia di locazione di locali di abitazione e commerciali, disciplinata dagli art. 404 segg. CPC. In particolare l'<ref-law> prescrive che assunte le prove le parti procedono seduta stante, o al più tardi entro 10 giorni dall'ultima prova, al dibattimento finale e che la sentenza deve essere emanata entro 10 giorni dall'udienza di dibattimento. Anche se si tratta di termini d'ordine - osserva la ricorrente - essi non sono sprovvisti di qualsiasi efficacia. L'autorità si espone infatti al rimprovero di commettere un diniego di giustizia formale, qualora non rispetti in maniera abusiva un siffatto termine (cfr. sentenza del 17 marzo 2005 nella causa 1P.145/2005 consid. 2.8, pubblicata in RtiD 2005 II n. 1 pag. 3).
6.3 La ricorrente ha ragione.
Da quanto esposto al consid. 2 emerge che l'ultimo atto istruttorio risale al 26 luglio 2007. Pur ammettendo che il dibattimento finale non ha potuto aver luogo rapidamente anche a causa dell'istanza cautelare di svincolo del deposito della pigione nella misura del 70 %, presentata il 31 luglio 2007 da B._, si deve osservare che questa procedura si è risolta con l'accordo giudiziale del 3 ottobre 2007, nell'ambito del quale è stata pattuita la liberazione di fr. 175'000.--. La mancata prosecuzione della procedura dopo tale data si spiega difficilmente. Omettendo di pronunciarsi rapidamente sulla domanda di assunzione di nuovi documenti presentata da controparte il 22 marzo 2007, alla quale essa si è opposta, la Pretura ha effettivamente aperto la via - come sostenuto dalla ricorrente - alle successive richieste analoghe del 18 maggio 2007, 27 novembre 2007, 11 dicembre 2007 e 10 gennaio 2008, tutte ancora in attesa di decisione, così come l'istanza di restituzione in intero presentata il 14 febbraio 2008.
È vero che di per sé la Pretura di Mendrisio-Sud non può essere tenuta responsabile del ritardo cumulato prima del trasferimento degli incarti presso di lei. Resta il fatto, però, che pur essendo consapevole della necessità di decidere la causa, viste le sollecitazioni ricevute dalla ricorrente il 19 giugno 2008 e il 5 agosto 2008, nemmeno questa autorità ha proceduto nelle sue incombenze. Nelle sue osservazioni il giudice evidenzia di essersene occupato, mediante la trattazione dell'istanza cautelare di svincolo delle pigioni del 22 agosto 2008 - sfociata nell'accordo giudiziale del 23 settembre 2008 - e l'emanazione dell'ordinanza 18 settembre 2008 nell'ambito di questa procedura, sennonché questa istanza si è resa necessaria proprio a causa della durata eccessiva della procedura, mentre non è stato fatto nessun passo avanti verso il giudizio di merito. Gli avvicendamenti imprevisti fra i segretari assessori delle due Preture di Mendrisio e quella di Blenio, a seguito dei quali il posto di segretario assessore presso la Pretura di Mendrisio-Sud è rimasto parzialmente vacante sino al febbraio 2009, non possono giustificare l'inazione dell'autorità giudiziaria. Come rettamente ricordato dalla ricorrente, secondo costante giurisprudenza un eventuale ritardo nel giudicare non può essere giustificato da un sovraccarico di lavoro o deficienze organizzative, competendo allo Stato l'obbligo di dotare le autorità giudiziarie del personale e dei mezzi necessari per poter statuire in tempi ragionevoli ed ai tribunali quello di organizzare la loro attività in modo da poter evadere le vertenze loro sottoposte entro un termine adeguato (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 332 con rinvii).
Visto tutto quanto esposto, non si può rimproverare la ricorrente per non aver inoltrato un nuovo sollecito prima di adire il Tribunale federale; la sua decisione di non farlo può essere compresa se si considera che ambedue le parti si sono già attivate in tale senso, B._ il 28 febbraio 2008 e la ricorrente il 19 giugno e il 5 agosto 2008, senza ottenere alcun riscontro.
7. Il ricorso merita pertanto di venir accolto e il Tribunale federale ordina alla Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Sud di procedere senza indugio alle decisioni che le incombono per poter finalmente mettere un termine alla controversia (sull'ammissibilità di una simile ingiunzione cfr. <ref-ruling> consid. 4b/bb pag. 333).
Non si prelevano spese giudiziarie, ma il Cantone Ticino è tenuto a versare alla ricorrente un'adeguata indennità per ripetibili.

per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. I ricorsi vengono accolti e la Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Sud viene inviata a procedere senza indugio nelle proprie incombenze.
2. Non si prelevano spese giudiziarie. Il Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità per ripetibili di fr. 2'000.--.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Pretura della Giurisdizione di Mendrisio-Sud.