Sachverhalt:
A. Mit Strafbefehl vom 2. Februar 2009 wurde X._ gestützt auf Art. 90 Ziff. 2 i.V.m. <ref-law> und <ref-law> von der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland zu einer Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 300.-- und einer Busse von Fr. 1'800.-- verurteilt. Es wurde ihm vorgeworfen, er habe am 12. Oktober 2008 auf der Autobahn A51 (Gemeindegebiet Opfikon in Richtung Zürich) als Lenker eines Personenwagens bei einer Geschwindigkeit von ca. 100 km/h während ca. zwölf Sekunden lediglich einen Abstand von ca. zehn Metern zum vorausfahrenden Fahrzeug eingehalten.
B. Am 16. April 2009 verfügte das Verkehrsamt des Kantons Schwyz gegen X._ als Administrativmassnahme den Entzug des Führerausweises für die Dauer von drei Monaten. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Urteil vom 10. Juni 2009 ab.
C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts gelangte X._ mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. August 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids.
D. Das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Strassen beantragen je die Abweisung der Beschwerde, während sich das Verkehrsamt nicht vernehmen liess. Der Beschwerdeführer hält mit Stellungnahme vom 2. Dezember 2009 an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> sind erfüllt. Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, dass die Dauer des Entzugs seines Führerausweises auf lediglich einen Monat statt auf drei Monate hätte festgelegt werden dürfen, weil es sich bei seinem Verhalten in Anbetracht der Umstände nicht um eine schwere Widerhandlung gegen Strassenverkehrsvorschriften gehandelt habe, sondern nur um eine mittelschwere. Er begründet diese Ansicht zunächst damit, dass die subjektive Vorwerfbarkeit seines Verhaltens nicht schwer wiege. Die Gefährdung der anderen Verkehrsteilnehmer möge zwar gross gewesen sein, wie der Strafbefehl vom 2. Februar 2009 aber feststelle, habe er nicht vorsätzlich, sondern fahrlässig gehandelt. Zudem seien sein guter allgemeiner und automobilistischer Leumund, die nicht aussergewöhnlichen Verkehrs- und Witterungsumstände und die guten Sicherheitsmechanismen bei seinem Fahrzeug zu berücksichtigen. Ihm könne wegen des versehentlichen zu nahen Auffahrens an der betreffenden Stelle keine besonders grosse Rücksichtslosigkeit unterstellt werden.
2.1 Nach Widerhandlungen gegen die Strassenverkehrsvorschriften, bei denen das Verfahren nach dem Ordnungsbussengesetz vom 24. Juni 1970 (OBG; 741.03) ausgeschlossen ist, wird der Führerausweis entzogen oder eine Verwarnung ausgesprochen (<ref-law>). Nach einer schweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (<ref-law>), nach einer mittelschweren Widerhandlung für mindestens einen Monat (<ref-law>). Eine mittelschwere Widerhandlung begeht, wer durch die Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (<ref-law>), während für eine schwere Widerhandlung eine grobe Verletzung von Verkehrsregeln und eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer vorausgesetzt wird (<ref-law>). Für die Annahme einer schweren Widerhandlung bedarf es demnach sowohl einer qualifizierten objektiven Gefährdung als auch eines qualifizierten Verschuldens (Botschaft zur Änderung des SVG vom 31. März 1999, BBl 1999 4489).
2.2 Der Fahrzeugführer hat beim Hintereinanderfahren einen ausreichenden Abstand zu wahren, sodass er auch bei überraschendem Bremsen des voranfahrenden Fahrzeugs rechtzeitig halten kann (<ref-law> i.V.m. Art. 12 Abs. 1 der Verkehrsregelnverordnung vom 13. November 1962 [VRV; SR 741.11]). Gemäss unbestrittener Sachverhaltsdarstellung der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland und der Vorinstanz fuhr der Beschwerdeführer auf der Autobahn A51, Gemeindegebiet Opfikon, bis auf rund zehn Meter zum voranfahrenden Fahrzeug auf und hielt diesen Abstand bei einer Geschwindigkeit von 100 km/h über eine Fahrstrecke von 330-340 Metern bei.
2.2.1 Ein Abstand von lediglich zehn Metern bzw. 0,36 Sekunden bei 100 km/h ist vorschriftswidrig und offensichtlich ungenügend. Bei einem verkehrsbedingten brüsken Abbremsen des voranfahrenden Fahrzeugs wäre ein Auffahrunfall nur schwer bzw. nur durch glückliche Umstände zu vermeiden gewesen und zwar unabhängig von der Qualität der Sicherheitsmechanismen des Fahrzeugs des Beschwerdeführers. Für die Beurteilung der Grösse der Gefährdung Dritter ist den konkreten Umständen des Einzelfalls Rechnung zu tragen. Gemäss Polizeirapport war das Wetter zwar schön und der Strassenbelag trocken. Es herrschte allerdings ein starkes Verkehrsaufkommen, was die Gefährdung anderer erhöht hat. Der Beschwerdeführer räumt denn auch ein, dass die Gefährdung der anderen Verkehrsteilnehmer gross gewesen sein möge. Wie die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat, hat der Beschwerdeführer durch sein vorschriftswidriges Verhalten eine ernstliche Gefahr für sich und die übrigen Verkehrsteilnehmer geschaffen (vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 136 ff. mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 1C_7/2008 vom 24. Juli 2008 E. 6.1 f.).
2.2.2 Diese Einschätzung widerspricht denn auch nicht der (für das Administrativverfahren grundsätzlich nicht verbindlichen) Beurteilung der Staatsanwaltschaft, welche im Strafbefehl vom 2. Februar 2009 feststellte, der Beschwerdeführer habe durch sein Verhalten eine erhöhte Gefahr für die übrigen Verkehrsteilnehmer geschaffen (zur Frage der Bindung der Verwaltungsbehörde und des Verwaltungsrichters an die Sachverhaltsfeststellung und die rechtliche Würdigung durch den Strafrichter vgl. <ref-ruling> E. 1c/bb S. 106 f.).
2.3 Nach Ansicht der Vorinstanz wiegt das Verschulden des Beschwerdeführers schwer, weil er grobfahrlässig gehandelt habe. Auch die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland ging von grobfahrlässigem Handeln aus, verurteilte sie den Beschwerdeführer doch für eine fahrlässige begangene grobe Verletzung der Verkehrsregeln im Sinne von <ref-law>.
2.3.1 Gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum wörtlich mit der Formulierung von <ref-law> übereinstimmenden <ref-law> begeht eine grobe Verkehrsregelverletzung, wer sich rücksichtslos oder sonst wie schwerwiegend regelwidrig verhalten hat. Ein schweres Verschulden liegt immer vor, wenn sich der Täter der Gefährlichkeit seiner Fahrweise bewusst ist. Bei fahrlässigem Handeln muss zumindest grobe Fahrlässigkeit gegeben sein (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136; <ref-ruling> E. 5.1 S. 40; je mit Hinweisen; Hans Giger, Strassenverkehrsgesetz, 7. Auflage, Zürich 2008, Rz. 11 zu Art. 90; in diesem Sinne zu Art. 16 Abs. 3 lit. a aSVG, AS 1959 679, RENÉ SCHAFFHAUSER, Grundriss des schweizerischen Strassenverkehrsrechts, Band III: Die Administrativmassnahmen, Bern 1995, S. 185 ff.). Diese Rechtsprechung ist auch bei der Anwendung von <ref-law> zu beachten, zumal der Gesetzgeber diese Bestimmung bei der Revision des SVG bewusst an den Wortlaut von <ref-law> angepasst hat (<ref-ruling> E. 3.2 S. 238; BBl 1999 4489; anderer Ansicht offenbar GIGER, gemäss welchem für die Annahme einer groben Verkehrsregelverletzung gemäss <ref-law> eine vorsätzliche oder zumindest eventualvorsätzliche Einstellung mitgespielt haben müsse, a.a.O., Rz. 3 zu Art. 16c).
2.3.2 Vorliegend ist davon auszugehen, dass dem Beschwerdeführer die besondere Gefährlichkeit seiner verkehrsregelwidrigen Fahrweise bewusst war. Aber selbst wenn er die Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer nicht in Betracht gezogen haben sollte, liess er zumindest die geforderte Sorgfalt vermissen und handelte er grobfahrlässig.
2.4 Damit steht fest, dass der Beschwerdeführer im Sinne von <ref-law> eine grobe Verletzung der Verkehrsregeln beging und damit eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorrief oder in Kauf nahm, weshalb ihm der Führerausweis nach <ref-law> für mindestens drei Monate zu entziehen war. Zwar sind bei der Festsetzung der Entzugsdauer die Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen, die Mindestentzugsdauer darf aber nicht unterschritten werden (<ref-law>). Weil das Verkehrsamt den Entzug des Fahrausweises für die Mindestentzugsdauer anordnete, bleibt der Hinweis des Beschwerdeführers auf seinen guten Leumund unbeachtlich.
3. Weiter bringt der Beschwerdeführer vor, die Vorinstanz habe das Gleichbehandlungsgebot verletzt, indem sie von Ziffer 2.2 des Handbuchs für die Administrativmassnahmen im Strassenverkehr des Verkehrsamts Schwyz abgewichen sei, wonach erst ein Abstand von weniger als 0.3 Sekunden zum voranfahrenden Fahrzeug als schwere, ein Abstand von 0.36 Sekunden dagegen als mittelschwere Widerhandlung gegen SVG-Vorschriften einzustufen sei. Es könne davon ausgegangen werden, dass die Vorinstanzen Ziffer 2.2 des Handbuchs bis anhin angewendet hätten und weiterhin anwenden würden. Es gebe keinen Grund, im vorliegenden Fall davon abzuweichen.
3.1 Der Anspruch auf Rechtsgleichheit (<ref-law>) gebietet, Gleiches nach Massgabe der Gleichheit gleich und Ungleiches nach Massgabe der Ungleichheit ungleich zu behandeln. Das Rechtsgleichheitsgebot wird insbesondere verletzt, wenn gleiche Sachverhalte ohne sachliche Gründe ungleich behandelt werden (<ref-ruling> E. 3.4 S. 102 f. mit Hinweisen). Das Gleichheitsprinzip und der Grundsatz der Rechtssicherheit verlangen, dass an einer eingelebten Praxis in der Regel festgehalten wird. Sie stehen aber einer Praxisänderung nicht entgegen, sofern diese auf sachlichen Gründen beruht (<ref-ruling> E. 8.1 S. 366; <ref-ruling> E. 3c S. 52; je mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, dass die im Handbuch für die Administrativmassnahmen im Strassenverkehr vorgenommene Klassierung, wonach ein ungenügender Abstand zum voranfahrenden Fahrzeugen von 0.31-0.60 Sekunden als mittelschwere und ein Abstand von weniger als 0.30 Sekunden als schwere Widerhandlung einzustufen sei, im Widerspruch zur Rechtsprechung stehe, rechtswidrig und daher unbeachtlich sei. Das Verkehrsamt werde deshalb eingeladen, die entsprechende Passage im Handbuch zu überarbeiten.
Beim erwähnten Handbuch handelt es sich um eine Verwaltungsverordnung. Diese im Dienste rechtsgleicher Gesetzesanwendung erlassenen Bestimmungen sind für den Richter nicht verbindlich. Er soll sie bei seiner Entscheidung jedoch mitberücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulassen (<ref-ruling> E. 5b/bb; Urteil des Bundesgerichts 6A.12/2004 vom 18. Juni 2004 E. 1.7). Wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat, sind im Falle von ungenügendem Abstand beim Hintereinanderfahren auf der Autobahn keine schematischen Einteilungsregeln möglich, sondern müssen im Einzelfall alle massgebenden Umstände berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136). Schon aus diesem Grund ist die erwähnte Ziffer 2.2 des Handbuchs für die rechtsanwendenden Behörden nicht verbindlich. Zudem ist sie unbeachtlich, soweit sie der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 16b und 16c SVG widerspricht.
3.3 Aufgrund der Ausführungen des Verwaltungsgerichts ist nicht anzunehmen, dass sich die Vorinstanzen in der Vergangenheit strikt und ohne Berücksichtigung der konkreten Umstände an die von ihnen selbst als nicht verbindlich angesehene Richtlinie des Handbuchs für die Administrativmassnahmen im Strassenverkehr gehalten haben. Allein der Hinweis auf Ziffer 2.2 des Handbuchs vermag das Bestehen einer eingelebten Praxis im Bereich von Administrativmassnahmen im Falle ungenügenden Abstands auf der Autobahn jedenfalls nicht zu belegen. Der Beschwerdeführer bringt ansonsten nichts vor, was auf das Vorhandensein einer solchen eingelebten Praxis schliessen lassen würde. Der von der Vorinstanz geschützte Entscheid des Verkehrsamts stellt demnach keine Praxisänderung dar, von welcher im Lichte des Gleichheitsprinzips und des Grundsatzes der Rechtssicherheit nur unter bestimmten Voraussetzungen abgewichen werden dürfte.
3.4 Aber selbst wenn vorliegend eine entsprechende eingelebte Praxis der Vorinstanzen bestanden hätte, stünde einer Anpassung dieser im Sinne des vorinstanzlichen Entscheids nichts entgegen und wäre die Praxisänderung diesfalls mit der Rechtsgleichheit vereinbar. Die Anpassung einer im Lichte der bundesgerichtlichen Rechtsprechung rechtwidrigen Auslegung von Bundesrecht durch eine kantonale Behörde würde nämlich einen ernsthaften und sachlichen Grund für die Änderung darstellen. Zudem würde die Anpassung einer rechtswidrigen Praxis an die Rechtsprechung des Bundesgerichts auch keinen Verstoss gegen Treu und Glauben darstellen, weshalb der Einwand des Beschwerdeführers, die neue Praxis dürfte auf ihn noch nicht angewendet werden, unbeachtlich bliebe. Einer vorgängigen Bekanntgabe einer Praxisänderung bedarf es nur, wenn diese Einfluss auf die Zulässigkeit einer Klage oder eines Rechtsmittels hat oder den Verlust eines Rechts bewirkt (Imboden/Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Band I, 6. Aufl., Basel 1986, Nr. 72 B I e mit Hinweis). Schliesslich geht aus den Ausführungen der Vorinstanz eindeutig hervor, dass Ziffer 2.2 des Handbuchs auch künftig nicht angewendet werden soll. Im Gegensatz zur Ansicht des Beschwerdeführers bestünde im Falle der Aufgabe einer rechtswidrigen Praxis kein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht (<ref-ruling> E. 3a S. 2 f.).
4. Damit ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Verkehrsamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Mattle