A.- D._ et E._ se sont mariés le 25 octobre 1991. Un garçon prénommé B._ est issu de cette union le 26 janvier 1993. Les époux D._ et E._ se sont séparés le 1er septembre 1995. L'enfant a par la suite été placé auprès d'une famille d'accueil durant la journée et un curateur lui a été désigné en la personne de C._, assistant social au Service social régional du district de Delémont. Depuis le 6 juillet 1998, il est pensionnaire de l'Institut F._, à Delémont, et voit ses parents dans le cadre de leur droit de visite respectif.
B.- Le 25 juin 1997, C._ a requis l'ouverture d'une instruction pénale contre l'ami de E._, A._, qu'il accusait de s'être livré à des masturbations et à divers attouchements sur B._. Cette dénonciation faisait suite aux propos tenus le 18 juin 1997 par l'enfant à sa maman d'accueil, G._, en présence des deux garçons de celle-ci, à savoir, H._ et I._, nés respectivement les 1er septembre 1984 et 3 septembre 1986. Selon G._, B._ serait venu se frotter contre H._ alors que ce dernier était couché à plat ventre sur un divan. Interrogé sur son comportement, il aurait prétendu avoir vu A._ faire cela à sa maman alors qu'ils étaient nus. Il aurait ensuite affirmé que l'ami de sa mère lui caressait les bras, le devant du corps, le dos, les jambes et entre les jambes aussi, qu'il lui tirait le "zizi" en imitant une masturbation, qu'il lui mettait son sexe dans le derrière, dans la bouche, sur le ventre et sur le dos et qu'il l'avait piqué dans le "zizi" à l'aide d'une aiguille à coudre. L'enfant aurait précisé que sa mère était présente lorsque A._ lui tripotait le "zizi" et qu'elle lui disait d'arrêter. Il aurait encore ajouté que l'ami de sa mère lui donnait des coups sur les jambes la nuit quand il dormait. I._ et H._ ont confirmé la teneur des propos de B._, lequel aurait toutefois précisé par la suite, en l'absence de leur mère, que "ce n'était pas vrai".
A._ a contesté les faits qui lui sont reprochés, reconnaissant tout au plus avoir appliqué à plusieurs reprises une crème médicale sur le sexe de l'enfant avant qu'il ne se couche car celui-ci avait des rougeurs. Il a en outre indiqué que B._ avait parlé d'une aiguille que son père lui aurait plantée dans le "zizi".
Selon la mère de l'enfant, ce dernier lui aurait déclaré que son père l'avait piqué avec une aiguille dans le "zizi", alors qu'il se trouvait chez elle à l'occasion de son droit de visite, le 20 juin 1997. B._ a tenu des propos identiques à la mère de A._, J._. Les deux femmes ont alors pris la décision d'amener le jour même l'enfant en consultation auprès du Docteur K._; ce praticien n'a constaté aucune lésion visible des organes sexuels et de l'anus de l'enfant ni aucune trace de sang dans l'urine consécutive à une éventuelle lésion urétrale.
Il a précisé que le garçon avait affirmé spontanément à plusieurs reprises durant la visite médicale que "le papi" l'avait piqué avec une aiguille, tout en lui montrant son sexe.
D._ a contesté avoir piqué le sexe de son fils à l'aide d'une aiguille ou l'avoir caressé ou encore frappé.
B._ ne lui aurait par ailleurs jamais avoué que A._ se serait livré à des attouchements ou à des actes de sodomie.
Entendu le 1er juillet 1997 par un inspecteur et une inspectrice de la Police de sûreté, B._ a réaffirmé que A._ l'avait piqué sur le sexe à l'aide d'une aiguille et qu'il avait saigné. A la question de savoir si son père ne le piquait pas, il a répondu "Elle a dit oui la mami, elle a dit oui". L'enfant aurait également réitéré à deux reprises ses accusations contre A._ à L._, éducateur spécialisé à l'Institut F._.
Le 9 juillet 1997, le Juge d'instruction du district de Delémont (ci-après, le Juge d'instruction) a confié au Centre de recherches familiales et systémiques (Cerfasy), à Neuchâtel, le soin de procéder à une expertise pédopsychiatrique de l'enfant. La Doctoresse M._, psychiatre-psychothérapeute, a rendu son rapport le 11 novembre 1997 sur la base de deux entretiens avec B._, des dossiers pénaux et civils dans le cadre de la procédure de divorce et d'un examen psychologique effectué par le Docteur N._, psychologue. Elle est parvenue à la conclusion qu'il existait des signes clairs permettant d'admettre la réalité des abus sexuels dénoncés sur la base de la révélation de l'enfant, constituée par un ensemble d'énoncés brefs, répétés, cohérents et spontanés, de son comportement de sexualisation traumatique, caractérisé par une masturbation excessive et par une identification à l'agresseur dans des mises en scène sexuelles, ainsi que des comportements de victimisation, d'agressivité, d'instabilité et d'irritabilité alliés à une reprise des décompensations sous la forme de régression ou d'insubordination, notamment lorsque l'enfant est seul avec sa mère ou avec A._.
Le 13 janvier 1998, le Juge d'instruction a inculpé E._ de violation du devoir d'assistance, éventuellement de complicité de mise en danger du développement de mineurs pour avoir intentionnellement laissé son fils en présence de A._ alors qu'elle savait que celui-ci s'était livré à des actes de mise en danger du développement de mineurs sur l'enfant, subsidiairement d'avoir assisté son concubin lors de la commission de tels actes et mis ainsi en danger le développement psychique de B._.
Par ordonnances concordantes des 15 et 17 juillet 1998, le Juge d'instruction et le Substitut du Procureur général ont décidé de renvoyer A._ devant le Tribunal correctionnel du district de Delémont sous les préventions de mise en danger du développement de mineurs, d'actes d'ordre sexuel sur une personne incapable de discernement et de résistance ainsi que de voies de fait; ils ont en revanche rendu un prononcé de non-lieu, faute de charges suffisantes, en faveur de E._, que la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton du Jura a confirmé le 11 décembre 1998 sur recours de B._.
C.- Par jugement du 17 août 1999, le Tribunal correctionnel du district de Delémont n'a pas donné suite à la prévention de voies de fait commises sur la personne de B._ pour cause de prescription. Il a en revanche reconnu A._ coupable de mise en danger du développement de mineurs et d'actes d'ordre sexuel sur une personne incapable de discernement ou de résistance, et l'a condamné à une peine de dix mois d'emprisonnement avec sursis pendant quatre ans, sous déduction de la détention préventive subie.
Les premiers juges ont retenu que l'accusé s'était rendu coupable, dans le courant de l'année 1997, de masturbations et d'attouchements sur la personne de B._ en lui piquant le sexe avec une aiguille et en lui prodiguant des caresses sur les parties sexuelles, mais qu'il ne s'était pas livré à des actes de sodomie ou à d'autres attouchements avec le sexe.
Statuant le 14 mars 2000 sur appel du condamné, la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après, la cour cantonale) a constaté que le jugement de première instance était entré en force dans la mesure où il ne donnait pas suite à la prévention de voies de fait pour cause de prescription; elle l'a confirmé pour le surplus.
D.- Agissant par la voie du recours de droit public pour violation des art. 9, 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt.
Il reproche à l'autorité intimée d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des preuves et d'avoir violé le principe de la présomption d'innocence. Il requiert l'assistance judiciaire.
La cour cantonale et le Substitut du Procureur général concluent au rejet du recours. L'intimé n'a pas déposé d'observations.

Considérant en droit :
1.- a) Le pourvoi en nullité à la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une appréciation arbitraire des preuves et des constatations de fait qui en découlent (<ref-ruling> consid. 2ap. 83 et les arrêts cités) ou pour invoquer la violation directe d'un droit constitutionnel ou conventionnel (<ref-ruling> consid. 1a p. 114). Au vu des arguments soulevés, seul le recours de droit public est ouvert en l'occurrence.
b) Le recourant est personnellement touché par l'arrêt attaqué qui confirme sa condamnation pénale à une peine de dix mois d'emprisonnement avec sursis pendant quatre ans, sous déduction de la détention préventive subie; il a un intérêt actuel et juridiquement protégé à ce que cet arrêt soit annulé et a, partant, qualité pour recourir selon l'art. 88 OJ.
Les autres conditions de recevabilité du recours de droit public sont par ailleurs réunies, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.- Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des preuves et d'avoir violé le principe de la présomption d'innocence garanti aux art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH. Toutefois, tel qu'il est invoqué, ce dernier grief n'a pas de portée par rapport à celui d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2d p. 37/38).
a) L'art. 293 du Code de procédure pénale jurassien (CPP jur.), applicable par analogie à la Cour pénale en vertu de l'<ref-law> jur. , prévoit que le juge ou le tribunal apprécie librement les preuves administrées au cours des débats. Le droit cantonal de procédure ne fixe donc pas la force probante des preuves, le juge ayant seulement l'obligation de motiver, dans sa décision, en quoi elles ont eu pour effet d'emporter sa conviction (cf. <ref-law> jur. ; Gérard Piquerez, Procédure pénale suisse, Lausanne 2000, n. 1941 et 1944, p. 408/409). Cette liberté d'appréciation, dans l'exercice de laquelle le juge dispose d'une grande latitude (<ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 3a p. 450; <ref-ruling> consid. 3 p. 371), trouve sa limite dans l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 2d p. 38; <ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 2b p. 88 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral n'intervient que si le juge a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il admet ou nie un fait pertinent en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et éléments du dossier, lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte, lorsque les constatations de fait sont manifestement fausses ou encore lorsque l'appréciation des preuves se révèle insoutenable (<ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 2c p. 39, 292 consid. 3a p. 294).
Concernant plus particulièrement l'appréciation du résultat d'une expertise, le juge n'est en principe pas lié par ce dernier. Mais s'il entend s'en écarter, il doit motiver sa décision et ne saurait, sans motifs déterminants, substituer son appréciation à celle de l'expert, sous peine de verser dans l'arbitraire. En d'autres termes, le juge qui ne suit pas les conclusions de l'expert n'enfreint pas l'art. 9 Cst. lorsque des circonstances bien établies viennent en ébranler sérieusement la crédibilité (<ref-ruling> consid. 1c p. 160; <ref-ruling> consid. 8a p. 274; <ref-ruling> consid. 1c p. 146 et les arrêts cités). Si, en revanche, les conclusions d'une expertise judiciaire lui apparaissent douteuses sur des points essentiels, il doit recueillir des preuves complémentaires pour tenter de dissiper ses doutes.
A défaut, en se fondant sur une expertise non concluante, il pourrait commettre une appréciation arbitraire des preuves et violer l'art. 9 Cst. (ATF <ref-ruling> consid. 1c p. 146).
b) En l'occurrence, la cour cantonale a considéré que le recourant s'était rendu coupable de masturbations et d'attouchements sur la personne de B._ en lui piquant le sexe avec une aiguille et en lui prodiguant des caresses sur les parties sexuelles. Elle s'est déclarée convaincue de la véracité des faits dénoncés, parce que l'enfant les avait relatés spontanément à sa maman d'accueil en présence des enfants de cette dernière et qu'il les avait réitérés au Docteur N._, à la Doctoresse M._, à L._, au Docteur K._ et à O._. Elle a par ailleurs exclu que B._ ait pu inventer de tels propos en se fondant sur les avis de l'expert et des médecins du Centre médico-psychologique entendus dans le cadre de la procédure. Elle a en outre relevé que l'enfant avait toujours désigné le recourant comme l'auteur des faits incriminés, sauf au Docteur K._ et à J._; elle n'a cependant pas vu dans cette circonstance un élément de nature à remettre en cause la crédibilité des premières déclarations de l'enfant, car ces propos lui auraient été suggérés par sa mère. Elle s'est également fondée sur les conclusions de l'expertise pédopsychiatrique réalisée par la Doctoresse M._ en collaboration avec le Docteur N._, pour conclure à la réalité des abus sexuels subis par B._, en l'absence d'éléments permettant de s'en écarter.
Aux yeux du recourant, les déclarations de B._ seraient émaillées d'incohérences qui auraient dû amener la cour cantonale à douter de sa culpabilité et à le libérer de toute peine. L'enfant n'aurait, selon lui, pas identifié de manière claire son abuseur et l'autorité intimée aurait fait preuve d'arbitraire en tenant les accusations portées contre lui pour plus crédibles que celles lancées contre le père du garçon.
L'autorité intimée n'a pas ignoré que B._ avait également accusé son père de l'avoir piqué à l'aide d'une aiguille à coudre; elle a toutefois estimé que ces accusations avaient été induites par la mère de l'enfant parce qu'elles avaient été portées à chaque fois en présence de celle-ci, qu'il ressortait clairement de l'audition de l'enfant par la police que sa mère lui avait suggéré de tels propos et que l'expert partageait également cette opinion car l'intimé avait répété ses premières déclarations ultérieurement dans un contexte neutre et extérieur. Le recourant se borne à affirmer que cette interprétation des faits ne reposerait sur aucune preuve et que les allégations du plaignant lors de son audition par la police n'auraient pas été d'une grande précision s'agissant des faits constitutifs des infractions retenues à son encontre; il ne prétend toutefois pas que les déclarations faites par l'enfant aux inspecteurs de police auraient été interprétées de manière arbitraire; de même, il ne tente pas de démontrer en quoi les motifs retenus par l'expert pour parvenir à la conclusion que les accusations de l'enfant avaient été suggérées par sa mère seraient insoutenables, comme il lui appartenait de le faire (<ref-ruling> consid. 1b p. 495 et les arrêts cités).
Sur ce point, le recours ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 90 al. 1 let. b OJ. Au demeurant, les raisons avancées par l'expert et la cour cantonale permettent d'expliquer d'une manière convaincante les déclarations divergentes de l'enfant sur la personne qui l'aurait abusé sexuellement. L'autorité intimée n'a dès lors pas fait preuve d'arbitraire en considérant que les accusations portées contre son père avaient été suggérées par la mère et qu'il n'y avait ainsi aucun doute dans l'esprit de l'enfant sur l'auteur des sévices sexuels qu'il prétend avoir subis.
Le recourant voit un élément de nature à nier la réalité des sévices subis par l'intimé dans le fait qu'aucune trace de piqûres ou de saignement n'a été relevée sur le sexe de l'enfant, que ce soit par le Docteur K._, par le père de B._ ou par G._. Il perd toutefois de vue que la date exacte des faits incriminés n'a pas pu être déterminée et qu'un constat médical n'était dès lors plus envisageable lorsque l'enfant en a parlé la première fois à sa maman d'accueil le 18 juin 1997, respectivement lorsque le Docteur K._ l'a examiné deux jours plus tard à l'initiative de la mère. Par ailleurs, B._n'a jamais confié à son père les abus sexuels qu'il aurait subis de la part de l'ami de sa mère, de sorte que celui-ci n'avait aucune raison de porter une attention particulière au sexe de l'enfant lorsqu'il l'hébergeait dans l'exercice de son droit de visite.
Le recourant prétend que la scène mimée au domicile de G._ ne pouvait être tenue pour une révélation d'un vécu sexuel correspondant à une agression sexuelle, comme l'a retenu l'expert, car il aurait été constaté que l'enfant n'avait pas été victime d'actes de sodomie. Cette affirmation repose toutefois sur une interprétation erronée de l'arrêt attaqué et de l'expertise. La cour cantonale s'est en effet bornée à relever que l'attitude suggestive et imitative de B._ avec les enfants de G._ sur le canapé ainsi que les mots utilisés par l'enfant pour décrire la situation qu'il avait vécue renforçaient la crédibilité des premières déclarations. Elle ne retient nullement que le plaignant aurait réellement vécu la relation sexuelle mise en scène. Il en va de même de l'expert pour qui la relation sexuelle mimée par l'enfant était la mise en actes d'un vécu visuel, qui a permis la révélation et la reproduction des actes sexuels dont l'enfant avait personnellement été la victime; c'est cette reproduction que l'expert qualifie d'identification à l'agresseur. Au demeurant, à supposer même que l'expert ou l'autorité intimée ait retenu à tort que le dévoilement s'était effectué par une mise en scène d'un acte sexuel vécu par le plaignant, on ne voit pas en quoi cette appréciation erronée des faits ôterait toute crédibilité à l'expertise. Celle-ci se base en effet sur d'autres éléments, dont le recourant ne remet nullement en cause la pertinence, pour conclure à la réalité des abus sexuels dont l'enfant prétend avoir été l'objet, tels que la révélation constituée par un ensemble d'énoncés brefs, répétés, cohérents et spontanés, le comportement de sexualisation traumatique, caractérisé par une masturbation excessive, les comportements de victimisation, d'agressivité, d'instabilité et d'irritabilité conjugués à une reprise des décompensations sous la forme de régression ou d'insubordination, notamment lorsque l'enfant est seul avec sa mère ou avec A._. La cour cantonale n'a dès lors pas fait preuve d'arbitraire en tenant les accusations portées contre le recourant pour établies sur la base de l'expertise.
Ce dernier ne saurait par ailleurs tirer aucun argument en sa faveur du fait que l'enfant n'aurait rien dit à son père au sujet des sévices dont il aurait fait l'objet, cette situation pouvant s'expliquer par le conflit de loyauté auquel le plaignant était confronté. Enfin, ce n'est pas parce que les premiers juges n'ont pas retenu à la charge du recourant des actes de sodomie que celui-ci n'aurait pas commis les autres actes qui lui sont reprochés.
Le recourant a également remis en cause les conditions dans lesquelles s'était déroulée l'audition de l'enfant devant les inspecteurs de la Police de sûreté. Hormis les affirmations selon lesquelles les accusations proférées contre son père auraient été suggérées par sa mère, l'enfant s'est borné à cette occasion à confirmer le fait que A._ l'avait piqué à l'aide d'une aiguille, sans faire d'autres déclarations. Les irrégularités dénoncées, pour autant qu'il faille leur accorder un quelconque crédit, n'ont donc pas porté à conséquence quant à la culpabilité du recourant et ne sauraient justifier l'annulation de l'arrêt attaqué. Les autres griefs invoqués ne sont pas de nature à établir le caractère arbitraire de l'arrêt attaqué, dans la mesure où ils répondent aux exigences de motivation de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (cf. <ref-ruling> consid. 1b précité).
c) En définitive, le recourant ne parvient pas à démontrer que sa condamnation reposerait sur une appréciation arbitraire des preuves ou qu'un examen objectif de l'ensemble de la cause aurait dû inciter la cour cantonale à concevoir des doutes sur sa culpabilité au point que sa condamnation soit contraire au principe de la présomption d'innocence.
3.- Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les conditions de l'art. 152 al. 1 OJ étant réunies, il convient de faire droit à la demande d'assistance judiciaire présentée par le recourant et de statuer sans frais. Me Jean-Marie Allimann est désigné comme avocat d'office de A._ pour la présente procédure et une indemnité lui sera versée (art. 152 al. 2 OJ). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé qui n'a pas déposé d'observations.

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours dans la mesure où il est recevable;
2. Admet la demande d'assistance judiciaire et désigne Me Jean-Marie Allimann en qualité d'avocat d'office du recourant;
3. Dit qu'il est statué sans frais, ni dépens;
4. Dit que la Caisse du Tribunal fédéral versera au mandataire du recourant une indemnité de 1'200 fr. à titre d'honoraires;
5. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des parties, au Substitut du Procureur général et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
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Lausanne, le 5 septembre 2000 PMN/mnv
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président, Le Greffier,