Sachverhalt:
A. A.a V._, geboren 1955, war ab 11. August 1986 als Vorarbeiter bei der C._ AG angestellt. Am 27. September 2002 meldete er sich zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, besondere medizinische Eingliederungsmassnahmen) bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau führte erwerbliche und medizinische Abklärungen durch, sprach V._ eine Berufsberatung zu (Mitteilung vom 29. März 2004; Abschluss am 23. September 2004) und verfügte am 22. September 2004 die Abweisung des Rentenbegehrens (bei einem Invaliditätsgrad von 36 %). Eine hiegegen erhobene Einsprache des V._ wies sie mit Einspracheentscheid vom 12. Januar 2005 ab. Am 30. September 2005 erging ein von V._ veranlasstes Privatgutachten des Dr. med. H._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, Institut X._, dessen Berücksichtigung V._ beschwerdeweise bereits am 15. Februar 2005 beantragt hatte. In teilweiser Gutheissung dieser Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau den Einspracheentscheid am 18. April 2006 auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück zur Vornahme weiterer Abklärungen und Erlass einer neuen Verfügung. In der Folge beauftragte die IV-Stelle das Institut Y._ mit einer interdisziplinären versicherungsmedizinischen Begutachtung vom 27. Juni 2007. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 5. Oktober 2007 ab (bei einem Invaliditätsgrad von unverändert 36 %).
A.b Am 14. März 2008 meldete sich V._ erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Darauf trat die IV-Stelle nicht ein (Verfügung vom 16. Mai 2008).
A.c Mit Schreiben vom 23. Juni 2008 liess V._ ein erneutes Gesuch um IV-Leistungen einreichen und Berichte der Psychiaterin Z._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 10. Juni 2008, sowie der Frau Dr. med. K._, Oberärztin an der Klinik B._, Psychosomatik, vom 9. Januar 2008, ins Recht legen. Nach Eingang einer Stellungnahme der RAD-Ärztin med. pract. A._ vom 14. August 2008, durchgeführtem Vorbescheidverfahren, in dessen Rahmen V._ einen provisorischen Austrittsbericht der Klinik B._ vom 30. Oktober 2008 zu den Akten reichen liess, und nochmaliger Beurteilung durch med. pract. A._ vom 3. Februar 2009, verfügte die IV-Stelle am 10. Februar 2009 erneut Nichteintreten auf das Leistungsbegehren.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des V._, mit welcher er einen Austrittsbericht der Klinik B._ vom 4. Dezember 2008 ins Recht legen liess, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 12. Januar 2010 ab, soweit es darauf eintrat.
C. V._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie der Verfügung vom 10. Februar 2009 sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen zur materiellen Prüfung der Neuanmeldung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Diese gesetzliche Kognitionsbeschränkung in tatsächlicher Hinsicht gilt namentlich für die Einschätzung der gesundheitlichen und leistungsmässigen Verhältnisse (<ref-law>), wie sie sich im revisions- oder neuanmeldungsrechtlich massgeblichen Vergleichszeitraum (<ref-ruling>) entwickelt haben (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 692/06 vom 19. Dezember 2006 E. 3.1).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Beweisanforderungen an die Glaubhaftmachung einer massgeblichen Tatsachenänderung bei Neuanmeldung nach vorangegangener Leistungsverweigerung (Art. 87 Abs. 3 und 4 IVV; <ref-ruling> E. 2 S. 66 und E. 5.2.3 S. 68) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie entschied, es sei dem Beschwerdeführer mit den neu aufgelegten Arztberichten nicht gelungen, eine anspruchserhebliche Verschlechterung seines psychischen Gesundheitszustandes glaubhaft zu machen. Zeitlicher Ausgangspunkt für die Beurteilung der Frage, ob eine anspruchserhebliche Änderung des Invaliditätsgrades eingetreten ist, bildet die letzte rechtskräftige Verfügung, welche auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Durchführung eines Einkommensvergleichs beruht (<ref-ruling>; vgl. <ref-ruling>), mithin die leistungsabweisende Verfügung vom 5. Oktober 2007.
3.1 Die Vorinstanz erwog, weder der provisorische Austrittsbericht der Klinik B._ vom 30. Oktober 2008 noch der Austrittsbericht vom 4. Dezember 2008 könnten berücksichtigt werden, weil der massgebliche Zeitpunkt für die Glaubhaftmachung einer gesundheitlichen Änderung die Gesuchseinreichung (vom 23. Juni 2008) bilde. Sodann habe die Beschwerdegegnerin zu Recht die Glaubhaftmachung einer wesentlichen gesundheitlichen Verschlechterung verneint. Soweit die Psychiaterin Z._ anführe, die Depression habe sich nach dem Auftreten von Lungenproblemen massiv verschlechtert, könne darauf nicht abgestellt werden, nachdem die gutartige Raumforderung des Lungenhilus bereits bei der Begutachtung beim Institut Y._ im Juni 2007 als Diagnose ohne Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit bekannt gewesen und eine damit zusammenhängende krankheitswertige psychische Störung verneint worden sei. Weiter handle es sich bei der sowohl von Frau Zglinksi als auch von Frau Dr. med. K._, Klinik B._, diagnostizierten mittelschweren anhaltenden depressiven Episode definitionsgemäss um eine vorübergehende, rückbildungsfähige psychische Störung, welche nicht geeignet sei, die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit wesentlich und langdauernd zu beeinträchtigen. Schliesslich unterscheide die Psychiaterin Z._ nicht zwischen psychosozialen Umständen und psychischen Befunden und die von Frau Dr. med. K._ festgehaltene biopsychosoziale Belastungssituation sei als invaliditätsfremd unbeachtlich.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, seit der Begutachtung im Institut Y._ vom 27. Juni 2007 habe sich sein psychischer Gesundheitszustand "wesentlich und invaliditätsrelevant verschlechtert". Während im früheren Verfahren noch nicht von einer invalidisierenden psychischen Erkrankung im Sinne einer depressiven Störung habe ausgegangen werden können, hätten sowohl die behandelnde Psychiaterin Z._ als auch die Ärzte an der Klinik B._ nunmehr eine mittelschwere depressive Episode diagnostiziert. Mit diesen fachärztlichen Stellungnahmen sei eine gesundheitliche Verschlechterung genügend glaubhaft gemacht worden, so dass die Vorinstanz den Nichteintretensentscheid der Beschwerdegegnerin zu Unrecht geschützt habe.
4. 4.1 Die am 5. Oktober 2007 verfügte Leistungsablehnung erfolgte mit Bezug auf den psychischen Gesundheitszustand vor allem gestützt auf das versicherungspsychiatrische Teilgutachten des Dr. med. F._, Leitender Arzt am Institut Y._, vom 13. Juni 2007. Dieser kam zum Schluss, aus versicherungspsychiatrischer Sicht liege kein eigenständiger psychischer Gesundheitsschaden vor, der aus den Unterlagen über Jahre nachvollzogen werden könnte und dem eine derartige Ausprägung beizumessen sei, dass die Arbeitsfähigkeit alleine dadurch andauernd und deutlich (wenigstens 20 %) gemindert würde. Vielmehr seien krankheitsfremde Faktoren deutlich geworden: Der Beschwerdeführer habe primär eine gehobene Schulbildung genossen und nun, nach langen Jahren der teilweise als kränkend empfundenen Tätigkeiten als Bauarbeiter und Raumpfleger, das subjektive Gefühl der vollbrachten Lebensarbeitszeit zum Ausdruck gebracht. In sorgfältiger Auseinandersetzung mit den psychiatrischen Vorakten, insbesondere mit dem Gutachten des Dr. med. H._ vom 30. September 2005, hielt Dr. med. F._ fest, die von Dr. med. H._ gestellte Diagnose einer anhaltenden depressiven Episode von mindestens leichtem bis mittelschwerem Ausmass gemäss ICD-10 könne nicht bestätigt werden, weil sie auf einer Befunderhebung gründe, "die im Wesentlichen die dargestellten schmerzhaften Beschwerden und den affektiv traurigen Aspekt (der dem untersuchenden Gutachter imponierte) beinhalten, jedoch nicht objektivierbar und nachvollziehbar die Kriterien gemäss ICD-10 abprüfte". Aus der aktuellen Untersuchung, der Erhebung der Alltagsaktivitäten sowie dem psychischen Befund ergebe sich, dass der Versicherte nicht an einer depressiven Erkrankung leide. Die Angaben des Beschwerdeführers, insbesondere die gute Freudfähigkeit bei Besserung der Schmerzen (z.B. wenn er nachmittags mit seiner kleinen Enkeltochter spielen könne, Romane lese, spazieren gehe oder bei abendlichen sozialen Kontakten), entspreche den Ausführungen im Gutachten des externen psychiatrischen Dienstes vom 16. März 2004, wo bereits eine klare Abhängigkeit der (passageren) traurigen Verstimmung von dem Erleben der Rückenschmerzen beschrieben worden sei. Dieser klare Bezug auf die jeweils erlebten Schmerzen und die Eingrenzung auf einzelne Tage widerspreche eindeutig der Diagnosestellung einer anhaltenden depressiven Episode, weil für eine derartige eigenständige psychiatrische Erkrankung das Kriterium einer anhaltenden durchgehenden traurigen Verstimmung wesentlich sei.
4.2 Die vom Beschwerdeführer eingereichten Unterlagen ergeben folgendes Bild:
4.2.1 Frau Dr. med. K._ berichtete der behandelnden Psychiaterin Z._ am 9. Januar 2008 über ein am 4. Januar 2008 durchgeführtes Vorgespräch mit dem Versicherten hinsichtlich seines stationären Aufenthaltes auf der psychosomatischen Abteilung vom 2. bis 31. Oktober 2008. Anamnestisch habe der Beschwerdeführer zunehmende, vom lumbalen Rücken in den Nacken und in die Beine austrahlende Schmerzen sowie Probleme mit der linken Schulter geschildert. Erschreckend für ihn sei die Feststellung eines Lungentumors an kritischer Lage zwischen Herz und Lunge vor fünf Jahren gewesen. Dieser Tumor sei aber nicht bösartig und in Verlaufskontrollen stationär geblieben; die anfänglich grosse Angst vor dessen Bösartigkeit und das ständige "Herumstudieren" sei nun besser geworden. Wegen Schlafstörungen, Nervosität, Konzentrationsstörungen und grossen Ängsten habe er eine psychiatrische/psychotherapeutische Behandlung aufgenommen. Aufgrund der Angaben des Beschwerdeführers im Interview und seinem Verhalten stellte Frau Dr. med. K._ folgende Diagnosen:
- Depressive Episode, mittelschwer (ICD-10 F32.1) mit/bei biopsychosozialer Belastungssituation
- chronisch-multilokuläres Schmerzsyndrom mit/bei anamnestisch lumbaler Diskushernie (ICD-10 M51.2) mit Arthrose in linker Schulter bei Status nach Unfall vor Jahren, Verdacht auf somatoforme Komponente (ICD-10 F45.4)
- Arterielle Hypertonie
- Hyperlipidämie.
4.2.2 Die behandelnde Psychiaterin Z._ diagnostizierte am 10. Juni 2008 eine mittelschwere anhaltende depressive Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F32.32) vor dem Hintergrund einer chronischen Schmerzsymptomatik, sowie eine Karzinophobie (ICD-10 F45.2) mit Angstattacken. Sie gab an, die Depression des Versicherten habe sich im April 2008 rapide verschlechtert, nachdem er Lungenprobleme bekommen habe; der Tumor im Brustraum stelle einen zusätzlichen, psychisch belastenden Faktor dar. Der Beschwerdeführer sei schwer depressiv geworden und habe an Angstattacken gelitten. Finanzielle Sorgen hätten ihm zusätzliche Schwierigkeiten bereitet.
4.2.3 Im Austrittsbericht der Klinik B._ vom 30. Oktober 2008, welcher nach den insoweit zutreffenden Ausführungen des Versicherten vor dem Verfügungszeitpunkt datiert und damit zu berücksichtigen ist (<ref-ruling> E. 1b S. 366 mit Hinweisen), führte Dr. med. L._, leitender Arzt Psychosomatik, aus, der Beschwerdeführer leide an einer depressiven Episode, mittelschwer (ICD-10 F32.1) mit/bei chronisch-multilokulärem Schmerzsyndrom mit/bei arterieller Hypertonie, Hyperlipidämie und (abklärungsbedürftiger) Anämie. Im Verlauf der Hospitalisation habe sich der Zustand bezüglich Depression gebessert, hinsichtlich des Schmerzsyndroms sei keine Veränderung eingetreten.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern die vorinstanzlichen Tatsachenfeststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>) beruhen. Er macht einzig geltend, aus den Beurteilungen der Dr. med. K._ und der Psychiaterin Z._ vom 9. Januar und 10. Juni 2008 sowie aus dem Austrittsbericht der Klinik B._ vom 30. Oktober 2008 ergäben sich "klar und deutlich" verschiedene psychopathologische Befunde, welche auf eine Depression in erheblichem Masse hinwiesen. Sein psychischer Gesundheitszustand habe sich insoweit wesentlich und invaliditätsrelevant verschlechtert; zumindest sei eine Verschlechterung genügend glaubhaft gemacht worden. Damit legt der Beschwerdeführer aber nicht dar, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen rechtswidrig oder mit einem klaren Mangel behaftet sind, sondern er würdigt lediglich die Beweise anders und zieht daraus andere Schlüsse als die Vorinstanz, was als unzulässige appellatorische Kritik letztinstanzlich unbeachtlich bleiben muss (Urteil 4A_28/2007 vom 30. Mai 2007 E. 1.3 [in <ref-ruling> nicht publiziert]).
5.2 Fraglich bleiben kann einzig, ob das kantonale Gericht mit Bezug auf die Glaubhaftmachung einer Verschlechterung des Gesundheitszustandes von einem unrichtigen Beweismass im Sinne zu hoher Beweisanforderungen ausgegangen ist. Zwischen der letzten materiellen Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente (Verfügung vom 5. Oktober 2007) und der Neuanmeldung vom 23. Juni 2008 liegen nur rund 8 1⁄2 Monate, weshalb an die Glaubhaftmachung höhere Anforderungen zu stellen sind (SVR 2003 IV Nr. 25 S. 77 E. 2.2, 2002 IV Nr. 10 S. 26 E. 1c/aa [in <ref-ruling> nicht publiziert]; Urteile I 460/01 vom 18. Februar 2003 E. 4.1 und I 172/98 vom 3. November 1998 E. 3). Darüber hinaus ist - anders als bei der Prüfung einer glaubhaft gemachten Sachverhaltsänderung - bei der Frage nach dem richtigen Beweismass respektive den beweisrechtlichen Anforderungen an die Glaubhaftmachung auch die spätere Nichteintretensverfügung vom 16. Mai 2008 zu berücksichtigen (Urteil 9C_688/2007 vom I 460/01 vom 22. Januar 2008 E. 3.3.1 mit Hinweisen). Die zweite Neuanmeldung vom 23. Juni 2008 erfolgte nur gut einen Monat nach der Nichteintretensverfügung vom 16. Mai 2008. Auch unter diesen Umständen durfte das kantonale Gericht höhere Anforderungen an die Glaubhaftmachung neuer Tatsachen stellen. Diesen Anforderungen genügen die vom Versicherten eingereichten Unterlagen nicht. Zum einen findet sich die Diagnose einer anhaltenden depressiven Episode von mindestens leichtem bis mittelschwerem Ausmass (ICD-10 F32.0-1) bereits in den früheren ärztlichen Unterlagen (z.B. Gutachten des Dr. med. H._ vom 30. September 2005). Sie wurde aber durch Dr. med. F._ mit sorgfältiger und nachvollziehbarer Begründung widerlegt (E. 4.1 hievor). In den Akten existieren keine Hinweise, die glaubhaft machen würden, dass sich seither die psychische Situation in anspruchsrelevantem Ausmass verändert hätte, zumal sich insbesondere die Ausführungen der Frau Dr. med. K._ vom 9. Januar 2008 ausschliesslich auf das Verhalten und die Schilderungen des Versicherten während des Vorgesprächs stützten und auch die Befunde der Psychiaterin Z._ - deren Einschätzung im Übrigen mit Blick auf die beweisrechtlich bedeutsame Verschiedenheit von Behandlungs-/Therapieauftrag einerseits und Begutachtungsauftrag andererseits besonderes sorgfältig zu würdigen sind (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353 mit Hinweisen; Urteil 8C_214/2009 vom 10. Juli 2009 E. 3.2 mit Hinweisen) - massgeblich auf den subjektiven Empfindungen des Versicherten basieren. Es fehlen indes durch einschlägige diagnostische Methoden erhobene nachvollziehbare Anhaltspunkte, die eine erhebliche psychische Verschlechterung als genügend substantiiert erscheinen liessen; solche lassen sich auch dem nicht näher begründeten Austrittsbericht der Klinik B._ vom 30. Oktober 2008 nicht entnehmen. Schliesslich überzeugt die Beurteilung der behandelnden Psychiaterin Z._, wonach die (gutartige) tumoröse Veränderung an der Lunge im April 2008 zu einer rapiden Verschlechterung der depressiven Problematik mit schwerer Depression und Angstzuständen geführt habe, nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid auch deshalb nicht, weil der Befund an der Lunge bereits seit dem Jahre 2007 bekannt war und Frau Dr. med. K._ am 9. Januar 2008 festgehalten hatte, die damit einhergehenden Ängste hätten sich nach Angaben des Versicherten zwischenzeitlich gebessert. Der angefochtene Entscheid verletzt Bundesrecht nicht.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Mai 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle