Fatti:
A.
B._, titolare della ditta individuale A._, loca dal 1° luglio 2010 uno stabile con terreno annesso situato a Magadino e di proprietà della C._ SA. La pigione mensile è stata pattuita in fr. 4'200.--, pagabili anticipatamente, entro la fine del mese precedente. La prima pigione è stata pagata il 1° luglio, quelle di agosto e settembre in anticipo, come da contratto. Da ottobre 2010 in poi l'inquilina, facendo valere difetti, ha depositato le pigioni intere presso l'Ufficio di conciliazione in materia di locazione; i versamenti sono stati effettuati all'inizio di ogni mese corrente di locazione, non entro la fine del mese precedente.
Il 29 aprile 2011 la conduttrice ha avviato un'azione di riduzione della pigione davanti alla Pretura di Locarno-Campagna. Nell'ambito di quella causa, con istanza cautelare del 1° luglio 2011, la locatrice ha chiesto la liberazione a suo favore di tutte le pigioni depositate in ritardo. Il 21 luglio 2011 le parti hanno concordato in contraddittorio di liberarle in ragione di fr. 2'500.-- al mese e di mantenere il deposito per i restanti fr. 1'700.--, importo corrispondente alla riduzione per difetti chiesta dalla conduttrice.
B.
La medesima ripartizione è stata concordata per le pigioni a venire. Come in precedenza, l'inquilina ha effettuato i pagamenti - ovvero fr. 1'700.-- all'Ufficio di conciliazione e fr. 2'500.-- alla proprietaria - i primi giorni di ogni mese di locazione, non anticipatamente. Prevalendosi del ritardo dei versamenti, il 3 febbraio 2012 la locatrice ha assegnato alla conduttrice un termine di 30 giorni per il pagamento di fr. 28'900.--, l'intera somma depositata fino a quel momento presso l'Ufficio di conciliazione. Non avendo ricevuto riscontro, il 13 marzo 2012 ha disdetto il contratto di locazione. La conduttrice ha contestato la disdetta davanti all'Ufficio di conciliazione, il quale, costatata la mancata comparsa della locatrice, ha rilasciato l'autorizzazione ad agire.
La conduttrice ha continuato a pagare le pigioni, versando anticipatamente fr. 1'700.-- all'Ufficio di conciliazione e fr. 2'500.-- alla proprietaria per i mesi da aprile 2012 in poi.
C.
Con petizione del 21 giugno 2012 la conduttrice ha chiesto alla Pretura di Locarno-Campagna di annullare la disdetta e, in via subordinata, di prorogare la durata del contratto di locazione di tre anni. Il Pretore aggiunto ha accolto l'azione il 3 giugno 2013, ritenendo la disdetta abusiva.
La II Camera civile del Tribunale di appello ticinese, adita dalla locatrice, ha sovvertito il giudizio di primo grado con sentenza del 16 dicembre 2013: ha respinto la petizione dell'inquilina e adeguato di conseguenza il giudizio su spese e ripetibili.
D.
La conduttrice insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 3 febbraio 2014. Chiede l'annullamento della sentenza cantonale e la conferma di quella del Pretore aggiunto.
La locatrice propone di dichiarare il ricorso irricevibile, subordinatamente di respingerlo. L'autorità cantonale non ha preso posizione.
La domanda di concessione dell'effetto sospensivo presentata dalla conduttrice contestualmente al ricorso è stata respinta con decreto presidenziale del 28 febbraio 2014.

Diritto:
1.
Il ricorso è presentato dalla A._ di B._, la quale, così designata nella sentenza cantonale, è soccombente (<ref-law>). Va nondimeno osservato che la ditta individuale non ha diritti e obblighi propri, per cui legittimata a ricorrere è soltanto la persona fisica che ne è titolare, ossia B._. Per il resto il ricorso è ammissibile: è tempestivo (art. 45 cpv. 1, 46 cpv. 1 lett. c e 100 cpv. 1 LTF) ed è volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile in materia di locazione (<ref-law>) con un valore litigioso superiore a fr. 15'000.-- (<ref-law>).
2.
La violazione del diritto federale è motivo di ricorso secondo l'<ref-law>. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto federale (<ref-law>). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il cui mancato rispetto conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>), esso considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1). Inoltre, qualora una sentenza - o parte di essa - si fondi su più motivazioni alternative ed indipendenti, occorre contestarle tutte con censure che soddisfano le predette esigenze di motivazione, sotto pena d'inammissibilità (<ref-ruling> consid. 3.4; <ref-ruling> consid. 4.1.4).
In linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
Se rimprovera all'autorità inferiore un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - che significa arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.2 con rinvii; <ref-ruling> consid. 1.2.2) - il ricorrente deve sollevare la censura e motivarla in modo preciso, come esige l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.5 pag. 314; <ref-ruling> consid. 2.2). Siccome il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale nel campo dell'apprezzamento delle prove (e dell'accertamento dei fatti in genere), il ricorrente che invoca l'arbitrio deve dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1.2 pag. 62; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62; <ref-ruling> consid. 2.1).
3.
La Corte cantonale ha costatato che la conduttrice ha ammesso davanti a lei di avere depositato le pigioni da ottobre 2010 a gennaio 2012, dunque " per almeno 19 mesi ", con ritardi di qualche giorno rispetto alla scadenza anticipata stabilita per contratto e ha respinto l'obiezione della conduttrice secondo la quale la locatrice avrebbe acconsentito ai pagamenti posticipati.
Con la sua prima censura la ricorrente rimprovera alla Corte cantonale "una crassa violazione del diritto nonché un'interpretazione manifestamente errata dei fatti". Essa ammette anche davanti al Tribunale federale i pagamenti tardivi, ma ritiene che il comportamento remissivo della locatrice, la quale avrebbe tollerato che "ben 19 pigioni su 21 sono state pagate nei primi giorni del mese, anziché anticipatamente", debba essere interpretato secondo la teoria dell'affidamento e attesti un cambiamento tacito dei termini di pagamento. La ricorrente, tuttavia, contrappone il suo punto di vista, le proprie valutazioni, agli accertamenti di fatto dell'autorità cantonale, senza premurarsi di sostanziare l'arbitrio confrontandosi puntualmente con la motivazione impugnata. La Corte ticinese ha dedotto l'assenza di accettazione dei pagamenti tardivi da parte della proprietaria dalla lettera 10 settembre 2010 della locatrice, dalla sua istanza cautelare 1° luglio 2011, dagli accertamenti in tale senso del Pretore aggiunto e dal verbale dell'udienza del 9 ottobre 2012. La conduttrice contesta in modo mirato soltanto la rilevanza di quest'ultimo elemento, per il motivo che a quel momento la procedura di annullamento della disdetta era già pendente; non si pronuncia né sul contenuto della lettera 10 settembre 2010, né sugli accertamenti del Pretore aggiunto, ai quali rinvia come detto la sentenza. Quanto all'istanza cautelare 1° luglio 2011, la ricorrente riconosce che la proprietaria si lamentava dei ritardi dei pagamenti, sebbene - precisa - invocasse solo esigenze di liquidità.
La censura di accertamento manifestamente errato dei fatti è quindi inammissibile, poiché è espressa in modo appellatorio e non prende in considerazione tutta la motivazione della sentenza cantonale (cfr. consid. 2). Ne viene che i fatti ivi accertati rimangono vincolanti (<ref-law>) e, in diritto, che sulla base di tali accertamenti non può essere intervenuto un accordo tacito in merito al cambiamento della scadenza delle pigioni mensili.
4.
Oltre al predetto deposito tardivo delle pigioni presso l'Ufficio di conciliazione, l'autorità cantonale ha accertato anche che la conduttrice non ha pagato entro il termine di trenta giorni quanto la locatrice le aveva chiesto con la diffida del 3 febbraio 2012, con eccezione della pigione di aprile, versata il 29 marzo 2012. Ne ha dedotto che le condizioni della mora erano adempiute e che la disdetta straordinaria era giustificata. Richiamando prassi e dottrina, la Corte d'appello ha ricordato che il deposito effettuato in ritardo - anche di un solo giorno - non è conforme all'<ref-law> e dà al locatore la facoltà di chiedere che sia liberato a suo favore secondo l'<ref-law>; inoltre, non avendo effetto liberatorio, il deposito tardivo espone il conduttore alla disdetta per mora dell'<ref-law>. La Corte ticinese ha aggiunto che la conclusione non muterebbe se si ammettesse, nell'ipotesi più favorevole alla conduttrice, che i depositi effettuati all'inizio di ogni mese valessero di volta in volta per le pigioni del mese successivo, poiché rimarrebbe comunque scoperto il mese di ottobre 2010.
In un capitolo del ricorso intitolato "L'asserita mora della locatrice" la conduttrice contesta con argomenti di fatto e diritto quest'ultima parte della sentenza, asserendo in sostanza di avere pagato la sola mensilità rimasta scoperta. Essa non si avvede, tuttavia, che la motivazione così impugnata è stata esposta soltanto a titolo subordinato, come osserva giustamente la locatrice. Non è pertanto necessario affrontare le critiche di questo capitolo, che sono inammissibili d'entrata (cfr. consid. 2) e che si scontrano oltretutto con la predetta ammissione della ricorrente di avere pagato in ritardo " ben 19 pigioni su 21".
In questa parte del gravame la ricorrente non si confronta con la motivazione principale della sentenza. Vi accenna invece nel capitolo ove tratta il carattere abusivo della disdetta. A parer suo gli art. 257c e 259g CO non permettevano di disdire il contratto in applicazione dell'<ref-law>; la locatrice, "costatato il ritardo dei pagamenti, aveva - al massimo - il diritto di chiedere la liberazione delle pigioni depositate postnumerando". Questa tesi, che la ricorrente espone senza altre spiegazioni, è infondata; è smentita da dottrina e prassi menzionate correttamente nella sentenza impugnata (cfr. anche David Lachat, Le bail à loyer, 2008, pag. 278, n. 7.4.7).
5.
Rimangono da esaminare le censure riguardanti il carattere abusivo della disdetta straordinaria.
5.1. La Corte cantonale, dopo avere rammentato che la disdetta straordinaria può rivelarsi abusiva soltanto in circostanze eccezionali, che vanno interpretate restrittivamente, ha dapprima considerato che, di fronte a pagamenti tardivi protrattisi per 19 mesi, la locatrice non ha abusato dei propri diritti per avere aspettato qualche mese prima di diffidare la conduttrice; tanto più che la disdetta è stata inviata immediatamente dopo la scadenza del termine assegnato con la diffida. In seguito i giudici di appello hanno osservato che gli art. 271a cpv. 1 lett. a e lett. d CO non possono entrare in considerazione: il primo si riferisce solo alle pretese fatte valere in ambito extra-giudiziale, mentre nel caso in esame le parti sono già coinvolte in una causa giudiziaria concernente i difetti della cosa locata; il secondo non può applicarsi se la disdetta è stata data per mora del conduttore (<ref-law>).
Da ultimo l'autorità cantonale si è chiesta se la disdetta straordinaria fosse contraria alla buona fede nel senso della regola generale dell'<ref-law>. Ha risposto negativamente, tenuto conto che l'inquilina si è trovata in mora con il pagamento di almeno 19 pigioni, che i ritardi non erano " di scarsa rilevanza " poiché per 12 volte superiori a 3 giorni, che la mora persisteva anche nel momento in cui è stata inviata la disdetta e che in definitiva non si poteva pretendere che la locatrice tollerasse una tale " violazione contrattuale sistematica ".
5.2. Per la conduttrice la disdetta sarebbe abusiva prima di tutto in ragione della sproporzione tra il debito effettivo e la somma di fr. 28'900.-- chiesta dalla locatrice con la diffida del 3 febbraio 2012. A suo parere la locatrice poteva esigere una sola mensilità di fr. 4'200.-- o, nella peggiore delle ipotesi, soltanto la somma di fr. 11'900.-- corrispondente al totale degli importi parziali depositati preso l'Ufficio di conciliazione per i mesi da agosto 2011 a febbraio 2012; le pigioni precedenti erano coperte dalla transazione giudiziale del 21 luglio 2011, che equivale a una decisione passata in giudicato in forza sia dell'<ref-law>/TI, sia dell'<ref-law>. La locatrice avrebbe agito di mala fede, aggiunge la ricorrente, anche perché avrebbe potuto limitarsi a chiedere all'Ufficio di conciliazione la liberazione delle pigioni depositate dal mese di agosto 2011 in poi, evitandole così di pagare una seconda volta.
L'opponente afferma con ragione che queste argomentazioni sono nuove. Davanti all'autorità cantonale la conduttrice si è prevalsa dell'abuso, ma lo giustificava altrimenti; sosteneva che la disdetta non era altro che una rappresaglia della locatrice, per la quale il rispetto delle scadenze contrattuali non aveva nessuna importanza. Tuttavia, stabilire se una disdetta sia abusiva nel senso dell'<ref-law> è una questione di diritto, che il Tribunale federale può esaminare d'ufficio (<ref-law>). Lo può però fare solo sulla base dei fatti accertati nella sentenza impugnata (<ref-ruling> consid. 5.3.2).
5.3. L'<ref-law> si applica eccezionalmente - come ultima ratio - anche quando la disdetta è data per mora del conduttore secondo l'<ref-law>. Occorrono perciò delle circostanze particolari. La giurisprudenza ammette, ad esempio, che una disdetta sia abusiva qualora il locatore diffidi l'inquilino a pagargli una somma notevolmente superiore alle pigioni effettivamente arretrate, senza essere sicuro dell'importo dovuto (sulla questione: sentenza 4A_252/2014 del 28 maggio 2014 consid. 4.1 e 4.2).
La ricorrente si prevale di questa giurisprudenza; menziona la sentenza 4A_566/2011 del 6 dicembre 2011 consid. 3.1, la quale riprende l'anzidetto principio dalla <ref-ruling>. Nel caso esaminato in quest'ultima sentenza il locatore aveva emesso una diffida per fr. 1'375.--, benché il conduttore fosse in ritardo con il pagamento di soli fr. 436.-- (non aveva considerato il versamento di una mensilità), e aveva disdetto in seguito il rapporto di locazione. Il Tribunale federale aveva annullato la disdetta in applicazione dell'<ref-law>, poiché il locatore, non sicuro dell'importo arretrato, aveva chiesto espressamente all'inquilino di verificarlo e, a seguito delle sue contestazioni, aveva ridotto le pretese iniziali, mantenendo tuttavia la diffida per l'importo sbagliato. Il Tribunale federale aveva osservato che, in quella situazione, il locatore avrebbe dovuto notificare all'inquilino una nuova diffida con l'importo corretto. L'abuso di diritto era quindi stato ricondotto non tanto alla discrepanza tra l'importo dovuto realmente dal conduttore e quello esposto nella diffida, quanto piuttosto al comportamento contraddittorio o scientemente ingannevole del locatore.
L'insegnamento da trarre da questa giurisprudenza è che non vi sono regole assolute; occorre sempre valutare le circostanze del caso specifico, in particolare il comportamento delle due parti. Questa impostazione è stata confermata nella sentenza più recente 4A_32/2007 del 16 maggio 2007 consid. 6.2, nella quale il Tribunale federale, dopo avere ribadito che l'inserimento di un importo eccessivo nella diffida - da solo - non rende inefficace la disdetta data in applicazione dell'<ref-law>, ha precisato che non merita protezione il conduttore che non reagisce segnalando l'errore al locatore, oppure predisponendo il pagamento dell'importo a suo parere dovuto, e che non è neppure in grado di dimostrare che avrebbe pagato la somma arretrata se fosse stata reclamata correttamente (nello stesso senso: Lachat, op. cit., pag. 672, n. 2.3.6).
5.4. Che la locatrice potesse pretendere soltanto il pagamento di una pigione mensile è argomento inammissibile, che si scontra contro gli accertamenti della sentenza cantonale secondo i quali la conduttrice ha ammesso che i depositi tardivi presso l'Ufficio di conciliazione erano stati 19 su 21 (cfr. consid. 3). Questo fatto vincola il Tribunale federale.
La ricorrente afferma, in subordine, che la locatrice aveva il diritto di chiederle soltanto il pagamento delle mensilità posteriori alla transazione giudiziale del 21 luglio 2011, in totale fr. 11'900.--. L'opponente obietta che tale accordo aveva carattere cautelare, quindi non definitivo, e riguardava per di più un'altra procedura. Non è però necessario approfondire la portata dell'accordo giudiziale cautelare, dal momento che l'argomento dell'abuso sarebbe infondato anche seguendo la tesi della conduttrice. In forza della giurisprudenza commentata sopra, di fronte alla diffida notificatale per fr. 28'900.--, la ricorrente avrebbe infatti dovuto manifestare il suo disappunto alla locatrice, chiedere spiegazioni, impegnarsi a pagare l'importo di fr. 11'900.-- qualora la diffida fosse stata rettificata oppure autorizzare l'Ufficio di conciliazione a liberare tale somma a favore della locatrice.
Dagli accertamenti della sentenza impugnata, tuttavia, non emerge affatto che la conduttrice avesse intrapreso qualche cosa in tale senso, nel periodo intercorso tra la diffida del 3 febbraio 2012 e la disdetta del 13 marzo 2012; lei stessa non pretende d'altronde di avere in qualche modo reagito alla richiesta di pagamento che riteneva errata. Con il suo comportamento passivo la conduttrice ha assunto i rischi derivanti dall'applicazione dell'<ref-law>, precludendosi la possibilità di eccepire la mala fede della locatrice secondo l'<ref-law>. È vero che quest'ultima avrebbe potuto chiedere la liberazione delle pigioni depositate in forza dell'<ref-law>. Ma, come detto (cfr. consid. 4), la mora della conduttrice le permetteva di scegliere tra questa facoltà e la disdetta straordinaria del rapporto di locazione. Avendo la locatrice optato per quest'ultima via, toccava all'inquilina reagire adeguatamente, nel modo che s'è detto. L'autorità cantonale ha pertanto applicato correttamente l'<ref-law>, tenendo nella giusta considerazione la portata straordinaria della norma nell'ambito di una disdetta fondata sull'<ref-law>.
6.
La ricorrente afferma infine che la mala fede andasse ammessa per il semplice fatto che la locatrice, davanti al Pretore, non l'aveva contestata. La Corte ticinese avrebbe pertanto leso l'<ref-law>, che impone alla parte convenuta di specificare quali fatti riconosce o contesta.
La censura è inammissibile per due motivi. È in primo luogo nuova, perché la conduttrice non l'ha proposta nel processo d'appello, sebbene il carattere abusivo della disdetta - ammesso dal Pretore - fosse uno dei temi centrali dibattuti. Davanti alle due istanze cantonali, inoltre, la conduttrice sosteneva che la disdetta fosse abusiva per il motivo che la locatrice era mossa esclusivamente da intenti di rappresaglia. Nel ricorso al Tribunale federale l'argomento è però stato abbandonato; come detto (consid. 5.2) la conduttrice motiva l'abuso della locatrice con la sproporzione tra l'importo degli arretrati esposto nella diffida e quello effettivamente dovuto.
7.
Ne viene che il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, è infondato. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 5'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.