Sachverhalt:
A. In Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen übermittelt das Eidgenössische Starkstrom-Inspektorat (ESTI) den jeweils betroffenen Kantonen das Gesuch und fordert sie auf, innerhalb von drei Monaten dazu Stellung zu nehmen (Art. 16d Abs. 1 des Bundesgesetzes betreffend die elektrischen Schwach- und Starkstromanlagen [EleG, SR 734.0; EleG]).
In der Vergangenheit erhob der Kanton Bern für den Aufwand, der ihm für solche Stellungnahmen entstand, Gebühren bei den Gesuchstellern von elektrischen Anlagen. Das ESTI wies den Kanton Bern mündlich auf die Unzulässigkeit dieser Praxis hin. Dieser kündigte daraufhin an, er werde seine Aufwendungen für die Erarbeitung kantonaler Stellungnahmen künftig dem ESTI in Rechnung stellen, welches sie im Plangenehmigungsentscheid den Gesuchstellern verrechnen könne. Mit Schreiben vom 1. Februar 2011 vertrat das ESTI die Ansicht, es gebe hierfür keine gesetzliche Grundlage.
B. Am 8. Februar 2011 ging die Rechnung des Kantons Bern für seine Stellungnahme zu einem 16 kV-Kabelleitungsprojekt in der Gemeinde Aefligen beim ESTI ein. Der Kanton Bern forderte das ESTI auf, eine Feststellungsverfügung zu erlassen, um eine gerichtliche Beurteilung erwirken zu können.
Mit Verfügung vom 4. März 2011 kam das ESTI dieser Aufforderung nach und stellte fest, dass es keine gesetzliche Grundlage für die Verrechnung von Gebühren des Kantons Bern für Aufwendungen in Zusammenhang mit der Abgabe einer Stellungnahme im Rahmen eines Plangenehmigungsverfahrens für elektrische Anlagen gebe.
C. Mit Beschwerde vom 28. März 2011 gelangte der Kanton Bern an das Bundesverwaltungsgericht. Er beantragte, es sei festzustellen, dass sämtliche Aufwendungen, die ihm für die Abgabe einer Stellungnahme im Rahmen eines Plangenehmigungsverfahrens für elektrische Anlagen entstehen, gebührenpflichtig im Sinne von Art. 48 Abs. 1 des Umweltschutzgesetzes (USG, SR 814.01) seien. Das Bundesverwaltungsgericht wies die Beschwerde am 15. Dezember 2011 ab.
D. Dagegen hat der Kanton Bern am 26. Januar 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, Disp.-Ziff. 1 und 2 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben, und wiederholt seinen schon vor Bundesverwaltungsgericht gestellten Feststellungsantrag.
E. Das ESTI beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Stellungnahme zum Ergebnis, der angefochtene Entscheid sei konform mit der Umweltschutzgesetzgebung des Bundes.
In seiner Replik hält der Kanton Bern an seinem Antrag fest.
F. Die Beschwerdesache ist am 10. Oktober 2012 öffentlich beraten worden.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts unterliegt grundsätzlich der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht (Art. 82 lit. a und 86 Abs. 1 lit. a BGG); ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor.
Näher zu prüfen ist die Beschwerdebefugnis des Kantons. Dieser kann sich nicht auf ein besonderes Beschwerderecht im Sinne von <ref-law> berufen. Nach dem allgemeinen Beschwerderecht von <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat. Diese Regelung ist auf Privatpersonen zugeschnitten, doch kann sich auch das Gemeinwesen darauf stützen, falls es durch einen Entscheid gleich oder ähnlich wie ein Privater oder aber in qualifizierter Weise in der Wahrnehmung einer hoheitlichen Aufgabe betroffen wird (<ref-ruling> E. 1.4 S. 273 f, mit Hinweisen), etwa als Gläubiger von Gebühren (<ref-ruling> E. 2e S. 391).
Der Kanton Bern ist formell Adressat der Feststellungsverfügung des ESTI; diese betrifft ihn auch materiell unmittelbar, indem ihm die Befugnis zur Verrechnung von Gebühren für seine Aufwendungen im Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen abgesprochen wird. Dieser Verfügung kommt präjudizielle Wirkung für alle künftigen Verfahren dieser Art zu. Unter diesen Umständen ist eine besondere Betroffenheit des Kantons in der Wahrnehmung seiner öffentlichen Interessen und ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung bzw. Änderung des angefochtenen Entscheids zu bejahen (vgl. <ref-ruling> E. 2e S. 391; Urteil 1A.240/1997 vom 6. Juli 1998 E. 1b, in: URP 1998 S. 535; RDAF 1999 I S. 646 zur Gebührenberechtigung eines Kantons).
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Gemäss Art. 25 des Verwaltungsverfahrensgesetzes (VwVG; SR 172.021) kann die in der Sache zuständige Behörde über den Bestand, den Nichtbestand oder den Umfang öffentlich-rechtlicher Rechte oder Pflichten von Amtes wegen oder auf Begehren eine Feststellungsverfügung treffen (Abs. 1). Dem Begehren ist zu entsprechen, wenn der Gesuchsteller ein schutzwürdiges Interesse nachweist (Abs. 2).
2.1 Das Bundesverwaltungsgericht bejahte ein Feststellungsinteresse, weil sich die Frage häufig stelle, ob Gemeinwesen die Aufwendungen für Stellungnahmen im Rahmen von Plangenehmigungsverfahren weiterverrechnen könnten; mit einer diesbezüglichen Feststellung könne somit im Sinne der Effizienz eine grundsätzliche Rechtsfrage vorweg geklärt werden.
Dem ist zuzustimmen. Zwar hätte der Kanton die Möglichkeit gehabt, die Plangenehmigungsverfügung des ESTI zum 16 kV-Kabelleitungsprojekt in der Gemeinde Aefligen anzufechten. Dies hätte jedoch zu einer Verzögerung jenes Verfahrens alleine wegen der Differenzen um die Kostenverlegung geführt. Da es sich um eine Grundsatzfrage handelt, die sich auch bei allen künftigen Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen stellen wird, durfte der Kanton den Weg des Feststellungsbegehrens wählen. Im Hinblick auf künftige Fälle ist ein aktuelles schutzwürdiges Feststellungsinteresse zu bejahen.
2.2 Gegenstand einer Feststellungsverfügung ist der Bestand, der Nichtbestand oder der Umfang von individuellen und konkreten Rechten oder Pflichten (<ref-ruling> E. 2.5 S. 392), d.h. es muss sich um (verwaltungsrechtliche) Rechte oder Pflichten eines individuell bestimmten Rechtssubjekts handeln, die sich aus einem bestimmten Sachverhalt ergeben. Zulässig sind auch Feststellungsverfügungen gegenüber einem Adressaten, die sich auf eine Vielzahl von zukünftigen Anwendungsfällen beziehen, sofern der Sachverhalt hinreichend bestimmt ist (BEATRICE WEBER-DÜRLER in: Christoph Auer/Markus Müller/ Benjamin Schindler, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Bern 2008, N. 3 zu <ref-law>).
Diese Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt, geht es doch um das Recht des Kantons Bern (und die entsprechende Pflicht des ESTI), Gebühren für die Stellungnahmen des Kantons im Rahmen von Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen zu erheben.
2.3 Ob die geltend gemachten Rechte oder Pflichten bestehen, prüfen die Bundesbehörden und -gerichte grundsätzlich frei, ohne Bindung an die rechtliche Begründung der Parteien. Insofern ist der Antrag des Kantons Bern, es sei festzustellen, dass seine Stellungnahmen gebührenpflichtig "im Sinne von <ref-law>" seien, problematisch. Es ist auch nicht ersichtlich, welches Rechtsschutzbedürfnis der Kanton an einer auf diese Norm beschränkte Feststellung haben könnte (vgl. dazu unten E. 5.3).
Der Antrag muss jedoch vor dem Hintergrund des angefochtenen Entscheids und im Lichte der Beschwerdebegründung ausgelegt werden. Ausgangspunkt ist die im angefochtenen Entscheid bestätigte Verfügung des ESTI vom 4. März 2011, in der festgestellt wurde, dass es keine gesetzliche Grundlage gebe, die dem Kanton Bern eine Verrechnung von Gebühren für die Abgabe einer Stellungnahme im Rahmen eines Plangenehmigungsverfahrens für elektrische Anlagen erlaube. Der Kanton Bern bestreitet dies und will festgestellt haben, dass er künftig berechtigt sei, dem ESTI Gebühren für seine Stellungnahmen in Rechnung zu stellen, die in der Plangenehmigungsverfügung dem Gesuchsteller weiter zu verrechnen seien. Sein Feststellungsbegehren ist in diesem Sinne zu verstehen.
Der Kanton stützt sich zur Begründung seines Begehrens in erster Linie auf <ref-law>. Der Bezug auf diese Bestimmung ist somit als Begründungselement und nicht als Beschränkung des Streitgegenstands zu verstehen. In diesem Sinne fasste bereits das Bundesverwaltungsgericht das Begehren auf, prüfte es doch im angefochtenen Entscheid (E. 6) neben <ref-law> weitere mögliche Rechtsgrundlagen für eine Entschädigung des Kantons.
Im Folgenden ist daher zu prüfen, ob sich das beanspruchte Recht aus <ref-law> oder einer anderen Bestimmung des Bundes- oder des kantonalen Rechts ergibt. Dabei prüft das Bundesgericht die Anwendung von Bundesrecht frei (<ref-law>), diejenige des kantonalen Rechts dagegen nur unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten.
3. In den vorinstanzlichen Verfahren war vor allem streitig, ob im Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen eine Mitwirkungspflicht der Kantone besteht und deren Stellungnahme deshalb dem Gesuchsteller als gebührenpflichtige Dienstleistung i.S.v. <ref-law> in Rechnung zu stellen sei.
3.1 Das Bundesverwaltungsgericht verneinte diese Frage: Das Plangenehmigungsverfahren werde auf Bundesebene durchgeführt. Das ESTI als zuständige Leit- und Genehmigungsbehörde ermittle dabei den Sachverhalt von Amtes wegen und wende das Recht von Amtes wegen an. Aus <ref-law> ergebe sich keine Mitwirkungspflicht der Kantone; diesen werde lediglich Gelegenheit gegeben, sich zum Gesuch zu äussern und damit ihre Interessen zu wahren; auf diese Möglichkeit könnten die Kantone auch verzichten. Diese Auslegung werde durch <ref-law> bestätigt, der eine Anhörung mit Konsultativcharakter statuiere. Gleiches gelte für andere Erlasse zum Plangenehmigungsverfahren im Infrastrukturbereich, die durch den Titel oder Randtitel "Anhörung" oder "Einladung zur Stellungnahme" ergänzt würden und damit klar ein Anhörungs- resp. Mitwirkungsrecht festhielten (vgl. Art. 18d des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 [EBG, SR 742.101], Art. 27b des Bundesgesetzes über die Nationalstrassen vom 8. März 1960 [NSG, SR 725.11] und Art. 37d des Bundesgesetzes über die Luftfahrt vom 21. Dezember 1948 [LFG, SR 748.0]).
3.2 Das BAFU teilt die Auffassung der Vorinstanz, dass der Aufwand für eine kantonale Stellungnahme dem Gesuchsteller nicht unmittelbar zugerechnet werden könne, weil der Kanton frei darüber entscheide, ob er überhaupt Stellung nehme: Die Stellungnahme des Kantons gemäss <ref-law> sei fakultativ, vergleichbar der Anhörung gemäss <ref-law>. Zudem gebe der Kanton seine Stellungnahme grundsätzlich im eigenen Interesse ab, z.B. weil sein Territorium von einem Vorhaben betroffen sei oder weil ein kantonaler Rechtssatz besondere Relevanz habe. Für den Vollzug des Umweltschutzrechts im Rahmen des EleG seien das ESTI als Genehmigungsbehörde und das BAFU als Umweltschutz-Fachstelle des Bundes zuständig (Art. 41 Abs. 2 Satz 1 und 3 USG i.V.m. Art. 62a Abs. 1 des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes vom 21. März 1997 [RVOG; SR 172.010], <ref-law>).
3.3 Der Beschwerdeführer ist dagegen der Ansicht, die Kantone seien aufgrund von <ref-law> zur Abgabe von Stellungnahmen verpflichtet. Dies ergebe sich bereits aus dem Wortlaut der Bestimmung ("fordert sie auf"). Mit Erlass des Koordinationsgesetzes sei für grosse Infrastrukturvorhaben das Konzentrationsmodell eingeführt worden. Danach entscheide zwar die Leitbehörde alleine über die betreffenden Bewilligungen für Bauten und Anlagen, doch sei sie weiterhin auf die Beteiligung und das Fachwissen der verschiedenen Fachstellen angewiesen. Die Anhörung der Kantone und ihrer Fachstellen sei essenzieller Bestandteil der Sachverhaltsermittlung und ermögliche erst einen fundierten und rechtmässigen Bewilligungsentscheid.
4. Grundlage für die Plangenehmigungsverfahren bildet das Bundesgesetz über die Koordination und Vereinfachung von Entscheidverfahren vom 18. Juni 1999 (Koordinationsgesetz; AS 1999 3071, BBl 1998 2591). Es handelt sich um einen Sammelerlass, in dem die Verfahren für die bundesrechtlich geordneten Infrastrukturvorhaben neu geregelt wurden. Mit diesem Gesetz wollte der Gesetzgeber einerseits die vom Bundesgericht entwickelten Grundsätze zur materiellen und verfahrensmässig koordinierten Rechtsanwendung umsetzen (Koordinationsgebot; grundlegend der Entscheid Chrüzlen, <ref-ruling> ff.) und andererseits die Bewilligungsverfahren vereinfachen und beschleunigen (Voten Respini, AB 1998 S 1062; Baumberger, AB 1999 N 49).
4.1 Grundgedanke des Gesetzes ist es, die Entscheidverfahren bei einer einzigen Behörde (Leitbehörde) zu konzentrieren, die erstinstanzlich die Einhaltung aller anwendbaren bundes- und kantonalrechtlichen Vorschriften beurteilt (Botschaft des Bundesrats vom 19. Mai 1998 zu einem Bundesgesetz über die Koordination und Vereinfachung der Plangenehmigungsverfahren, BBl 1998 III 2596 Ziff. 13.221; Voten Respini und Baumberger, a.a.O.).
Im Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen ist grundsätzlich das ESTI Genehmigungsbehörde (<ref-law>). Kann es die Einsprachen nicht erledigen oder Differenzen mit den beteiligten Bundesbehörden nicht ausräumen, entscheidet das Bundesamt für Energie (<ref-law>). Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt (<ref-law>); kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich; das kantonale Recht ist jedoch von der Genehmigungsbehörde zu berücksichtigen, soweit es die Betreiberin von Stark- oder Schwachstromanlagen (Unternehmung) in der Erfüllung ihrer Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt (<ref-law>).
4.2 Die verschiedenen Fachbehörden, die für die Erteilung von Spezialbewilligungen zuständig wären, verlieren im konzentrierten Verfahren ihre Entscheidbefugnisse. Jedoch wollte der Gesetzgeber den Vollzug des Umweltrechts nicht schwächen und wollte verhindern, dass sich die Leitbehörde leichtfertig über die Anträge der Spezialbehörden hinwegsetzt (Botschaft, S. 2599 Ziff. 13.232; vgl. auch Votum BR Leuenberger, AB 1998 S 1063 f.): Diese werden deshalb frühzeitig in das Plangenehmigungsverfahren einbezogen, beurteilen das konkrete Projekt aus ihrer Sicht und stellen zuhanden der Leitbehörde Antrag (sog. Anhörungsmodell; vgl. Botschaft, BBl 1998 S. 2598 f. Ziff. 13.231). Die Stellungnahmen der Fachbehörden sind im Entscheid wiederzugeben. Für Meinungsverschiedenheiten zwischen verschiedenen Bundesbehörden wurde ein formalisiertes Bereinigungsverfahren eingeführt (Art 62b RVOG). Die Mitwirkung der Fachbehörden ist somit von grundlegender Bedeutung für den Plangenehmigungsentscheid der Leitbehörde.
4.3 Dies gilt nicht nur für die Fachbehörden des Bundes, sondern auch für die kantonalen Behörden (Votum Grobet, AB 1999 N 50). Im föderalistischen System der Schweiz sind die Kantone nicht nur für den Vollzug des kantonalen Rechts zuständig (das im Plangenehmigungsverfahren nach <ref-law> zu berücksichtigen ist), sondern sie sind in der Regel auch mit dem Vollzug des Bundesrechts betraut. Sie verfügen deshalb über besondere Kenntnisse und Erfahrungen, etwa im Bereich des Gewässerschutzes, des Natur- und Heimatschutzes, der Jagd und der Fischerei. Zudem sind sie mit den örtlichen Verhältnissen besser vertraut als die Bundesbehörden. Erst ihre Stellungnahme ermöglicht es deshalb dem ESTI, den Sachverhalt vollständig festzustellen, eine umfassende Interessenabwägung vorzunehmen und das Recht korrekt anzuwenden (in diesem Sinne auch das BAFU in seinem Handbuch UVP 2009, S. 4 Rz. 3.2, zur Stellungnahme der kantonalen Umweltschutzfachstellen in UVP-pflichtigen Verfahren). Zwar wirken die Kantone am Bereinigungsverfahren nach Art. 62b RVOG nicht mit; sie haben aber (im Gegensatz zu den Fachbehörden des Bundes) die Möglichkeit, Beschwerde gegen sie betreffende Plangenehmigungsverfügungen zu erheben, wenn sich die Leitbehörde über ihre Stellungnahmen und Anträge hinweggesetzt.
4.4 Die Bedeutung der kantonalen Stellungnahmen wird durch die vom Kanton Bern eingereichten Beispiele belegt. Dieser übermittelt die Plangenehmigungsgesuche für elektrische Anlagen sowohl den betroffenen Gemeinden als auch den kantonalen Fachstellen. Diese verfassen (z.T. nach einer Geländebegehung) Amts- und Fachberichte, die vom kantonalen Amt für Umweltkoordination und Energie (als Umweltschutzfachstelle des Kantons) in einer Stellungnahme zuhanden des ESTI zusammengefasst und wo nötig kommentiert werden. Die kantonale Umweltschutzfachstelle nimmt eine Gesamtbeurteilung des Vorhabens vor und stellt Antrag; dabei werden regelmässig detaillierte Auflagen für die Plangenehmigungsverfügung formuliert.
Es liegt im öffentlichen Interesse, zugleich aber auch im Interesse des Gesuchstellers, wenn in einem möglichst frühen Verfahrensstadium auf Interessenkonflikte, Schwachstellen des Projekts, notwendige Auflagen usw. hingewiesen wird. Ansonsten besteht die Gefahr, dass die Plangenehmigung im Beschwerdeverfahren aufgehoben und die Sache zur weiteren Abklärung und neuer Beurteilung an die Genehmigungsbehörde zurückgewiesen werden muss. Dies führt zu unnötigen Verfahrensverzögerungen und Kosten.
4.5 Ist die kantonale Stellungnahme somit unverzichtbarer Bestandteil des Plangenehmigungsverfahrens, ist grundsätzlich von einer Mitwirkungspflicht des Kantons auszugehen.
Näher zu prüfen ist, welche Folgen dies für die Gebührenpflicht hat.
5. Der Kanton Bern geht davon aus, dass seine Stellungnahmen als gebührenpflichtige Dienstleistung i.S.v. <ref-law> zu qualifizieren seien.
5.1 <ref-law> konkretisiert das Verursacherprinzip nach <ref-law>, indem es die Überwälzung von Kosten, die dem Gemeinwesen im Zusammenhang mit dem Vollzug des Umweltschutzgesetzes entstehen, in Form von Gebühren anordnet (ALAIN GRIFFEL, Die Grundprinzipien des schweizerischen Umweltrechts, Zürich 2001, Rn. 272 S. 205; URSULA BRUNNER, Kommentar USG, N. 1 und 22 zu <ref-law>; PETER STEINER, Die Umsetzung des Verursacherprinzips durch das Umweltschutzrecht. Eine Darstellung der Vorschriften des Bundes und der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft, Diss. Basel 1998, Zürich 1999, S. 193; BEATRICE WAGNER, Das Verursacherprinzip im schweizerischen Umweltschutzrecht, ZSR 108/1989, Halbbd. 2, H. 3, S. 363 ff.). In der Botschaft des Bundesrats zum USG vom 31. Oktober 1979 wird dazu ausgeführt, entsprechend dem Verursacherprinzip müssten kostendeckende Gebühren erhoben werden, soweit der Vollzug des Umweltschutzgesetzes Leistungen der Verwaltung erfordere, die einem oder mehreren Verursachern bestehender oder künftiger Umweltbelastungen eindeutig angelastet werden könnten (BBl 1979 III S. 821 zu Art. 42 E-USG).
5.2 Dem Kanton Bern ist einzuräumen, dass seine ausführlichen Stellungnahmen zu Plangenehmigungsgesuchen für elektrische Anlagen einen aussergewöhnlichen staatlichen Aufwand verursachen (BRUNNER, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>); dieser wird durch das Plangenehmigungsgesuch ausgelöst und kann daher grundsätzlich dem Gesuchsteller zugerechnet werden (MARTIN FRICK, Das Verursacherprinzip in Verfassung und Gesetz, Diss. Bern 2003, S. 235).
Allerdings erscheint fraglich, ob es sich um eine Dienstleistung "nach diesem Gesetz". d.h. nach dem Umweltschutzgesetz und dessen Ausführungs- und Vollzugsvorschriften handelt. Das Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen ist im EleG und nicht im USG geregelt. Wie die vom Kanton eingereichten Beispiele zeigen, beziehen sich seine Stellungnahmen auch nicht überwiegend auf Fragen des USG (z.B. Immissionen), sondern auf zahlreiche weitere Bereiche, die in anderen Gesetzen des Bundes und des Kantons geregelt sind, wie namentlich den Ortsbild- und Landschaftsschutz, den Natur- und Biotopschutz, die Jagd, die Fischerei, den Gewässerschutz, den Wasserbau, die Walderhaltung, den Strassenbau, die Fuss- und Wanderwege sowie historischen Verkehrswege, die Arbeitsbedingungen, den Denkmalschutz und die Archäologie.
5.3 Letztlich kann die Frage offen bleiben:
<ref-law> ist nur für die Frage erheblich, ob die Gebührenerhebung nach Bundesrecht zwingend ist; auch ausserhalb des Anwendungsbereichs dieser Norm kann der Kanton jedoch zur Gebührenerhebung befugt sein; dies setzt eine genügende Rechtsgrundlage im Recht des Bundes oder des Kantons Bern voraus (vgl. nachfolgend, E. 6).
<ref-law> stellt für sich allein keine genügende gesetzliche Grundlage für die Erhebung von Gebühren dar, sondern setzt ergänzendes Ausführungsrecht voraus (GRIFFEL, a.a.O., Rn. 274 S. 207), namentlich für die Gebührenansätze (<ref-ruling> E. 4e S. 395). Insofern wäre auch bei Anwendbarkeit von <ref-law> noch nicht geklärt, ob der Kanton de lege lata zur Verrechnung von Gebühren berechtigt ist.
6. Öffentliche Abgaben bedürfen einer Grundlage in einem formellen Gesetz. Für Abgaben des Bundes präzisiert <ref-law>, dass die grundlegenden Bestimmungen über den Kreis der Abgabepflichtigen sowie den Gegenstand und die Bemessung von Abgaben in einem formellen Gesetz zu erlassen sind. Für Kantone und Gemeinden gelten gestützt auf <ref-law> sowie nach kantonalem Verfassungsrecht (hier: Art. 69 Abs. 4 lit. b KV/BE) vergleichbare Anforderungen (<ref-ruling> E. 2d S. 64 ff.). Die Rechtsprechung lockert die Anforderungen an die Umschreibung der Abgabenbemessung im formellen Gesetz, wenn das Mass der Abgabe durch überprüfbare verfassungsrechtliche Prinzipien (Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip) begrenzt wird und nicht allein der Gesetzesvorbehalt diese Schutzfunktion erfüllt (vgl. <ref-ruling> E. 7.2 S. 140 mit Hinweisen). Dies ist namentlich bei den Kausalabgaben der Fall, zu denen die vorliegend streitigen Gebühren zählen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 133 f.).
6.1 Grundsätzlich ist es Sache der Kantone zu entscheiden, von wem und in welcher Höhe sie Gebühren für den Aufwand ihrer Behörden verlangen. Dementsprechend regeln die Gesetze und Verordnungen des Bundes nur die Gebühren der Bundesverwaltung und nicht die Gebühren von kantonalen Stellen, die am Vollzug des Bundesrechts beteiligt sind. Auch <ref-law> geht davon aus, dass es Sache der nach kantonalem Recht zuständigen Behörde ist, die Gebührenansätze für gebührenpflichtige kantonale Handlungen i.S.v. <ref-law> zu bestimmen.
6.2 Der Kanton Bern nennt als Rechtsgrundlage für die streitigen Gebühren Art. 8 i.V.m. Art. 4 der bernischen Verordnung vom 2. Februar 1995 über die Gebühren der Kantonsverwaltung (Gebührenverordnung; GebV; BSG 154.21). Diese Verordnung stützt sich ihrerseits auf das Berner Gesetz vom 26. März 2002 über die Steuerung von Finanzen und Leistungen (FLG/BE).
Das FLG/BE statuiert den Grundsatz der Gebührenpflicht für Leistungen der kantonalen Behörden und der kantonalen Verwaltung (Art. 66) und legt die Ausnahmen davon fest (Art. 67). Es enthält die Grundsätze der Gebührentarife (Art. 68) und deren Bemessung (Art. 69 ff.).
Diese Grundsätze werden in der GebV konkretisiert. Art. 4 GebV sieht vor, dass die Gebühren grundsätzlich nach Taxpunkten festgesetzt werden (Abs. 1), wobei der Wert des Taxpunktes einen Franken beträgt (Abs. 2). Der Betrag der Gebühr in Franken berechnet sich durch Multiplikation der Anzahl Taxpunkte mit dem Wert des Taxpunktes (Abs. 3). Art. 8 GebV bestimmt folgende Ansätze für den Tarif nach Zeitaufwand:
Art. 8 Tarif nach Zeitaufwand
1 Der Tarif nach Zeitaufwand beträgt nach dem für die konkrete Verrichtung gebotenen Aufwand für Arbeiten von Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der Kantonsverwaltung [Fassung vom 20. 9. 2000]
a der Gehaltsklassen 1 bis 11 70 Taxpunkte pro Stunde;
b der Gehaltsklassen 12 bis 17 90 Taxpunkte pro Stunde;
c der Gehaltsklassen 18 bis 23 120 Taxpunkte pro Stunde;
d der Gehaltsklassen 24 bis 30 170 Taxpunkte pro Stunde.
2 Er entspricht einer für die ganze Verwaltung durchschnittlichen vollen Kostendeckung. In den Anhängen kann für bestimmte Dienstleistungen ein reduzierter Tarif nach Zeitaufwand vorgesehen werden.
3 Behörden, die eine eigene Kostenrechnung führen, können abweichende Stundenansätze anwenden.
In den Anhängen zur Verordnung werden die gebührenpflichtigen Handlungen (zu denen insbesondere auch Mitberichte zählen) und der Tarif für die einzelnen Behörden und Sachbereiche präzisiert.
Damit besteht grundsätzlich eine dem Legalitätsprinzip im Bereich der Kausalabgaben genügende kantonale Rechtsgrundlage.
6.3 Allerdings handelt es sich beim Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen um ein bundesrechtliches und nicht um ein kantonales Verfahren. An diesem Verfahren wirken jedoch die Kantone durch ihre Stellungnahmen massgeblich mit, auch wenn ihnen keine eigenen Entscheidbefugnisse zustehen (vgl. oben, E. 4). Diese Mitwirkung ist in <ref-law> ausdrücklich vorgesehen; darauf darf nur ausnahmsweise im erleichterten Verfahren, d.h. bei Verfahren von untergeordneter Bedeutung, verzichtet werden (Art. 17 Abs. 3 S. 2 EleG). Unter diesen Umständen ist davon auszugehen, dass auch die Kantone befugt sind, Gebühren für ihren Aufwand zu erheben. Das EleG und seine Ausführungsverordnungen enthalten keine Bestimmung, die eine kantonale Gebührenerhebung - ausdrücklich oder sinngemäss - ausschliessen würde. Es wäre auch nicht einzusehen, weshalb nur die Bundesbehörden, nicht aber die kantonalen Behörden ihren Aufwand für die Prüfung und Beurteilung eines Plangenehmigungsgesuchs dem Gesuchsteller überbinden dürften. Ansonsten bestünde die Gefahr, dass die Kantone in Zukunft auf detaillierte Stellungnahmen verzichten könnten. Damit würden der Leitbehörde wichtige Informationen fehlen, was zu nicht hinnehmbaren Abstrichen beim korrekten Gesetzesvollzug führen würde. Dies läge auch nicht im Interesse der Gesuchsteller (vgl. oben, E. 4.3).
6.4 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass der Kanton nach <ref-law> (insbesondere <ref-law>) i.V.m. Art. 66 ff. FLG/BE und der kantonalen GebV befugt ist, Gebühren für seine Stellungnahmen im Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen zu erheben.
7. Es würde allerdings dem im Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen geltenden Konzentrationsprinzip widersprechen, wenn der Kanton Bern selbst eine Gebührenverfügung erlassen würde. <ref-law> gebietet vielmehr, dass der Kanton seine Gebührenrechnung dem ESTI einreicht. Dieses (bzw. das BFE, falls es anstelle des ESTI entscheidet,) legt in seiner Plangenehmigungsverfügung die Gebühren des Kantons und diejenigen des Bundes sowie die sich daraus ergebende Gesamtgebühr zu Lasten des Gesuchstellers fest.
Diese Vorgehensweise entspricht derjenigen, die in Art. 8 der Allgemeinen Gebührenverordnung vom 8. September 2004 (AllgGebV; SR 172.041.1) bei der Beteiligung mehrerer Verwaltungseinheiten des Bundes vorgesehen ist. Danach legt jede Verwaltungseinheit für ihren Aufwand die Gebühr gestützt auf die für sie massgebende Gebührenregelung fest und teilt sie der federführenden Verwaltungseinheit mit. Diese legt dann unter Berücksichtigung der konkreten Umstände eine Gesamtgebühr fest. Dabei ist sie an den für sie massgebenden Gebührenrahmen (hier: Art. 8 der Verordnung über das Eidgenössische Starkstrominspektorat [V-ESTI, SR 734.24]) nicht gebunden.
Auf diese Weise kann die Genehmigungsbehörde (hier: ESTI bzw. BFE) überprüfen, dass der vom Kanton in Rechnung gestellte Aufwand in einem angemessenen Verhältnis zur Bedeutung und zur Komplexität des Gesuchs steht. Zudem muss sie sicherstellen, dass die von ihr festgelegte Gesamtgebühr das verfassungsrechtliche Äquivalenzprinzip einhält, d.h. nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert bzw. Nutzen der Leistung steht und sich in vernünftigen Grenzen bewegt (<ref-ruling> E. 5.3 S. 73 mit Hinweisen). Sofern der Kanton oder der Gesuchsteller mit der vom ESTI (bzw. BFE) festgesetzten kantonalen Gebühr nicht einverstanden sind, können sie dagegen Beschwerde führen.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Es ist festzustellen, dass der Kanton Bern berechtigt ist, Aufwendungen, die ihm für die Abgabe einer Stellungnahme im Rahmen eines Plangenehmigungsverfahrens für elektrische Anlagen entstehen, dem ESTI im Sinne der Erwägungen zur Weiterverrechnung an den Gesuchsteller in der Plangenehmigungsverfügung in Rechnung zu stellen.
Im Dispositiv, das in der öffentlichen Sitzung eröffnet und anschliessend an die Parteien verschickt wurde, heisst es versehentlich "Auslagen" statt "Aufwendungen". Dieser Redaktionsfehler ist von Amtes wegen zu berichtigen (<ref-law>).
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind weder für das bundesgerichtliche noch für das vorinstanzliche Verfahren Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>; <ref-law>) und es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (<ref-law>; <ref-law> i.V.m. Art. 7 Abs. 3 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE; SR 173.320.2]).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I, vom 15. Dezember 2011 wird aufgehoben.
Es wird festgestellt, dass der Kanton Bern berechtigt ist, Aufwendungen, die ihm für die Abgabe von Stellungnahmen im Rahmen von Plangenehmigungsverfahren für elektrische Anlagen entstehen, dem Eidgenössischen Starkstrominspektorat im Sinne der Erwägungen zur Weiterverrechnung in der Plangenehmigungsverfügung zu Lasten des Gesuchstellers in Rechnung zu stellen.
2. Es werden für das bundesgerichtliche und für das vorinstanzliche Verfahren keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird dem Kanton Bern, dem Eidgenössischen Starkstrominspektorat, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber