Sachverhalt:
A. Im Rahmen des gegen X._ laufenden Jugendstrafverfahrens beauftragten dessen Eltern, Z._ und Y._, Rechtsanwalt Dieter Roth mit der Vertretung ihres Sohns. Mit Schreiben vom 15. Juli 2011 beantragte Dieter Roth die Bewilligung der amtlichen Verteidigung. Die Jugendanwaltschaft Basel-Landschaft hiess das Gesuch mit Verfügung vom 16. August 2011 gut.
Am 19. Dezember 2011 beantragte Y._ einen Wechsel der amtlichen Verteidigung. Das Gesuch wurde von der Jugendanwaltschaft mit Verfügung vom 20. Dezember 2011 abgewiesen. Ebenfalls am 20. Dezember 2011 beantragte Rechtsanwalt Nicolas Roulet in Vertretung von X._ und Y._, er sei anstelle von Dieter Roth als amtlicher Verteidiger einzusetzen. Die Jugendanwaltschaft teilte daraufhin Nicolas Roulet mit, sie habe über diesen Antrag bereits mit der Verfügung vom 20. Dezember 2011 entschieden. Nicolas Roulet beantragte in der Folge im Auftrag von X._ und seinen Eltern, er sei zusätzlich zum bereits eingesetzten amtlichen Verteidiger als Wahlverteidiger zuzulassen. Mit Verfügung vom 23. Dezember 2011 wies die Jugendanwaltschaft das Gesuch ab und forderte zudem Nicolas Roulet auf, bis zum 6. Januar 2012 darzulegen, dass die Finanzierung seines Mandats zumindest bis zum Abschluss des erstinstanzlichen Verfahrens sichergestellt sei. Nach unbenutztem Ablauf dieser Frist werde davon ausgegangen, dass X._ und seine Eltern nicht über ausreichende Mittel zur Finanzierung der Wahlverteidigung verfügen.
Gegen die beiden Verfügungen der Jugendanwaltschaft vom 20. und 23. Dezember 2011 führte X._ mit Eingabe vom 5. Januar 2012 Beschwerde beim Kantonsgericht Basel-Landschaft. Mit Beschluss vom 20. März 2012 erwog das Kantonsgericht, die beiden Beschwerdeverfahren seien zusammen zu behandeln und über die Beschwerde vom 5. Januar 2012 sei in einem einzigen, für beide Verfahren gleichlautenden Beschwerdeentscheid zu befinden. Das Kantonsgericht stellte dennoch zwei verschiedene Entscheide mit verschiedenen Verfahrensnummern und unterschiedlich umschriebenem Verfahrensgegenstand aus. Die beiden Entscheide enthalten identische Erwägungen und das Dispositiv, welches ebenfalls wörtlich übereinstimmt, lautet wie folgt:
"1. Die Beschwerde wird abgewiesen. Die Verfügungen der Jugendanwaltschaft vom 20. und 23. Dezember 2011 werden demzufolge bestätigt.
2. Die Kosten des Beschwerdeverfahrens, bestehend aus einer Gebühr von CHF 2'000.-- sowie Auslagen von CHF 160.--, total CHF 2'160.--, gehen zu Lasten des Beschwerdeführers.
3. Dem amtlichen Verteidiger, Dieter Roth, wird für seine Bemühungen im vorliegenden Beschwerdeverfahren ein Honorar von CHF 689.40, zuzüglich Auslagen von CHF 42.50 und Mehrwertsteuer von CHF 58.55, total 790.45, zu Lasten des Staates ausgerichtet."
B. Mit zwei verschiedenen Eingaben vom 18. Mai 2012 erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. In seiner ersten Eingabe (Verfahren 1B_289/2012) beantragt er im Wesentlichen, der Beschluss des Kantonsgerichts sei aufzuheben und Dieter Roth sei als amtlicher Verteidiger durch Nicolas Roulet zu ersetzen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei Ziff. 2 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und ihm für das vorinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren, subsubeventualiter sei die Sache zur neuen Kostenregelung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In seiner zweiten Eingabe (Verfahren 1B_291/2012) beantragt X._ im Wesentlichen, der Beschluss des Kantonsgerichts sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Vorinstanz ihm den Beizug einer privaten Wahlverteidigung zu Unrecht verweigert habe. Dementsprechend sei ihm der Beizug einer freien Wahlverteidigung zu gestatten. Eventualiter sei die Angelegenheit zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonsgericht und die Jugendanwaltschaft beantragen hinsichtlich beider Verfahren die Abweisung der Beschwerden. Dieter Roth beantragt, die Beschwerden seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Zunächst ist zu klären, ob das Kantonsgericht am 20. März 2012 zwei verschiedene Beschlüsse gefällt hat, oder ob es sich um einen einzigen Beschluss handelt. Dies ist insbesondere im Hinblick auf die Kostenfolgen von Bedeutung, zumal der Beschwerdeführer rügt, es sei rechtsverletzend, wenn ihm für zwei gleichlautende Entscheide zweimal Fr. 2'000.-- Gerichtskosten auferlegt würden. Entscheidend ist diesbezüglich das Dispositiv in Verbindung mit den Erwägungen. Das Dispositiv beider Entscheide bezieht sich jeweils auf beide Verfügungen der Jugendanwaltschaft (jener vom 20. Dezember 2012 und jener vom 23. Dezember 2012). Dies steht in Einklang mit der vorinstanzlichen Erwägung, es sei angebracht, die beiden Beschwerdeverfahren zusammen zu behandeln und somit über die Beschwerde vom 5. Januar 2012 in einem einzigen, für beide Beschwerdeverfahren gleichlautenden Beschwerdeentscheid zu befinden. Mithin ist von einem einzigen Beschluss auszugehen. Dass das Kantonsgericht diesen in zwei verschiedenen Ausdrucken mit verschiedenen Verfahrensnummern und verschiedener Bezeichnung des Prozessgegenstands versehen hat, ist demgegenüber nicht entscheidend.
1.2 Da die vorliegenden Beschwerden einen einzigen Beschluss betreffen, ist es angezeigt, die Beschwerdeverfahren zu vereinigen und die Sache in einem einzigen Urteil zu behandeln.
1.3 Beim angefochtenen Beschluss handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid in Strafsachen (Art. 78, 80 und 93 BGG).
1.3 Beim angefochtenen Beschluss handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid in Strafsachen (Art. 78, 80 und 93 BGG).
1.4 1.4.1 Genauer zu prüfen ist, ob die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind. Sofern sich diese nicht ohne Weiteres aus den Akten ergeben, obliegt es dem Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern sie gegeben sind (<ref-ruling> E. 1 S. 356). Vorliegend fällt von vornherein ausschliesslich die Variante von <ref-law> in Betracht. Danach ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid zulässig, wenn dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann.
Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu <ref-law> ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte. Der blosse Umstand, dass es sich beim aktuellen Offizialverteidiger nicht (oder nicht mehr) um den Wunsch- bzw. Vertrauensanwalt eines Beschuldigten handelt, schliesst eine wirksame und ausreichende Verteidigung nicht aus. Die Ablehnung eines Gesuchs des Beschuldigten um Auswechslung des amtlichen Verteidigers begründet daher grundsätzlich keinen nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil im Sinne des Gesetzes. Anders kann der Fall liegen, wenn der amtliche Verteidiger seine Pflichten erheblich vernachlässigt, wenn die Strafjustizbehörden gegen den Willen des Beschuldigten und seines Offizialverteidigers dessen Abberufung anordnen, oder wenn sie dem Beschuldigten verweigern, sich (zusätzlich zur Offizialverteidigung) auch noch durch einen Privatverteidiger vertreten zu lassen (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 1.2-1.4 S. 264 f.; Urteile 1B_197/2011 vom 14. Juli 2011 E. 1; 1B_357/2010 vom 7. Januar 2011 E. 1; je mit Hinweisen).
1.4.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, der amtliche Verteidiger habe sich nie Zeit für ein Gespräch mit seinen Eltern genommen. Er habe es unterlassen, die Einweisung in eine Beobachtungsstation anzufechten oder nach einer gewissen Zeit ein Entlassungsgesuch zu stellen. Auch sei er vom Zeitpunkt seiner Mandatierung am 8. Juni 2011 bis zur Genehmigung der amtlichen Verteidigung am 16. August 2011 seinen Teilnahmerechten nicht nachgekommen. Er habe an wichtigen Beweiserhebungen nicht teilgenommen. Seine Untätigkeit zeige, dass eine genügende Vertretung nicht mehr bestehe. Schliesslich gebe es Kommunikationsprobleme zwischen seinen Eltern und dem amtlichen Verteidiger. Die Schreiben von seinen Eltern und ihm selber, die sie an den amtlichen Verteidiger und die Jugendanwaltschaft gerichtet hätten, würden im Übrigen eindeutig aufzeigen, dass das Vertrauensverhältnis nachhaltig gestört sei.
1.4.3 Das Kantonsgericht weist darauf hin, dass der amtliche Verteidiger von den Eltern des Beschwerdeführers ausgesucht worden sei. In Bezug auf den Vorwurf, der amtliche Verteidiger habe die Einweisung in eine Beobachtungsstation nicht angefochten und sich später nicht um eine Entlassung bemüht, hält das Kantonsgericht fest, dass der Beschwerdeführer und seine Eltern anlässlich der Verhandlung vor dem Zwangsmassnahmengericht vom 16. Juni 2011 mit einer stationären Beobachtungsabklärung einverstanden gewesen seien. Unter diesen Umständen sei es nachvollziehbar, dass der amtliche Verteidiger die später verfügte Einweisung nicht angefochten habe und auf ein Entlassungsgesuch verzichtet habe. Im Übrigen sei es in erster Linie die Sache des amtlichen Verteidigers, die geeignete Verteidigungsstrategie festzulegen. Der amtliche Verteidiger könne dies selbst gegen den klaren Willen des Beschwerdeführers bzw. seiner Eltern tun. Die Behauptung, der amtliche Verteidiger nehme sich keine Zeit für den Beschwerdeführer, werde von diesem selber sowie der Jugendanwaltschaft glaubhaft bestritten. Die Verfahrensakten zeigten zudem, dass der amtliche Verteidiger bei diversen Einvernahmen anwesend gewesen sei. Der Beschwerdeführer lege darüber hinaus nicht dar, inwiefern der amtliche Verteidiger seine Pflichten nicht hinreichend wahrnehme.
1.4.4 Der amtliche Verteidiger ist weiterhin, bereit, seine Aufgabe wahrzunehmen. Er führt aus, er habe seit seiner Mandatierung am 8. Juni 2011 rund 35 Stunden für das Strafverfahren aufgewendet. Der Beschwerdeführer sei letztmals am 11. Mai 2012 zu einer rund einstündigen Besprechung in seiner Kanzlei erschienen, dies freiwillig und ohne Begleitung seiner Eltern. Bei der Besprechung sei es hauptsächlich darum gegangen, wie das Verfahren weitergehe und inwiefern der Beschwerdeführer vom Jugendheim Erlenheim aus, wo er sich derzeit aufhalte, externe Schnupperlehren absolvieren könne. Im Anschluss daran habe er eine entsprechende Eingabe an die Jugendanwaltschaft verfasst. Hinsichtlich der Anfechtung der Einweisung bzw. eines möglichen Entlassungsgesuchs habe er sich von den objektiven Vor- und Nachteilen für den Beschwerdeführer leiten lassen. Es sei offensichtlich gewesen, dass im Dezember 2011, nach knapp einem halben Jahr in der Beobachtungsabklärung, eine gewisse Ermüdung eingetreten sei. Es sei allerdings klar gewesen, dass es Mitte Januar 2012 zu einem Standortgespräch kommen und anschliessend die Beobachtungsabklärung auf alle Fälle beendet werden würde. Ein Entlassungsgesuch sei in diesem Zeitpunkt nicht angezeigt gewesen. Am Standortgespräch habe er sich gemäss den Instruktionen durch den Beschwerdeführer und seine Eltern dafür eingesetzt, dass die Fortdauer der Massnahme, wenn sie denn unumgänglich sei, dann in der Nähe des Wohnorts der Eltern stattfinde. Dieses Ziel sei erreicht worden. Ebenfalls habe der Beschwerdeführer nun die Erlaubnis, externe Schnupperlehren zu machen.
1.4.5 Der Beschwerdeführer vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern das Vorgehen des amtlichen Verteidigers objektiv gegen seine Interessen verstösst, auch wenn klar ist, dass er persönlich nicht damit einverstanden ist. Der Beschwerdeführer zeigt auch nicht konkret auf, bei welchen Beweiserhebungen der amtliche Verteidiger in Verletzung seiner Pflichten gefehlt haben soll. Die allgemeinen Beanstandungen an der Mandatsführung und der Hinweis auf Kommunikationsprobleme zwischen seinen Eltern und dem amtlichen Verteidiger sind ebenfalls nicht geeignet, eine erhebliche Pflichtvernachlässigung nachzuweisen. Eine wirksame Verteidigung erscheint vor diesem Hintergrund nach wie vor gegeben. Die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> sind in dieser Hinsicht nicht erfüllt.
1.5 Es ergibt sich, dass auf die Beschwerde im Verfahren 1B_289/2012 nicht einzutreten ist. Dies gilt auch für die vorinstanzlich festgelegten Kosten- und Entschädigungsfolgen, soweit sie das Verfahren 1B_289/2012 betreffen. Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie ihm die unentgeltliche Rechtspflege verweigert habe. Diese Rüge ist im Rahmen einer allfälligen Beschwerde nach Vorliegen des Endentscheids vorzubringen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 331 ff.; Urteil 5A_780/2011 vom 23. Februar 2012 E. 2; je mit Hinweisen).
1.6 In Bezug auf das Verfahren 1B_291/2012 sind die Sachurteilsvoraussetzungen dagegen erfüllt. Auf diese Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer kritisiert, dass das Kantonsgericht Nicolas Roulet nicht als Wahlverteidiger zugelassen hat. Er habe in einem fairen Verfahren gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 EMRK einen uneingeschränkten Anspruch auf freie Wahl der Verteidigung. Es könne durchaus eine Wahlverteidigung neben einer amtlichen Verteidigung bestehen, auch wenn in diesem Fall der amtliche Verteidiger sinnvollerweise aus seinem Amt entlassen werde. Rechtsmissbräuchlich sei sein Ansinnen keineswegs, insbesondere wenn man bedenke, dass für die Kosten der Wahlverteidigung auch eine Drittperson aufkommen könnte. Im Übrigen verstosse es gegen die anwaltliche Schweigepflicht, das finanzielle Verhältnis zum Mandaten offenzulegen.
2.2 Das Kantonsgericht führt aus, bei einem Beizug eines Wahlverteidigers sei die amtliche Verteidigung aus dem Mandat zu entlassen, bzw. sei die Bewilligung der amtlichen Verteidigung zu widerrufen. In einem solchen Fall sei davon auszugehen, dass der Jugendliche oder seine Eltern entgegen der ursprünglichen Annahme über genügend finanzielle Mittel verfügten, um sich eine Wahlverteidigung zu leisten. Ein Gesuch um Bewilligung der selber zu entschädigenden Wahlverteidigung neben der zuvor beantragten, vom Staat bezahlten amtlichen Verteidigung sei widersprüchlich, wenn nicht gar rechtsmissbräuchlich. Ausserdem müssten bei einer Vertretung der beschuldigten Person durch mehrere Anwälte weitere problematische Fragen, namentlich die Regelung des Verkehrs der verschiedenen Vertretungen mit den Behörden, geklärt werden. Wenn zudem die amtliche Verteidigung aus dem Mandat entlassen würde, so bestehe das Risiko, dass die Wahlverteidigung kurze Zeit später ihrerseits ein Gesuch um Bewilligung der amtlichen Verteidigung stelle. Der zuständigen Behörde müsse daher das Recht zugestanden werden, vor der Entlassung der amtlichen Verteidigung von der gesuchstellenden Person einen Nachweis darüber zu verlangen, dass sie auch tatsächlich über die notwendigen finanziellen Mittel zur Bezahlung der Wahlverteidigung verfüge bzw. diese erhältlich machen könne. Diesen Nachweis habe der Beschwerdeführer nicht erbracht.
2.2 Das Kantonsgericht führt aus, bei einem Beizug eines Wahlverteidigers sei die amtliche Verteidigung aus dem Mandat zu entlassen, bzw. sei die Bewilligung der amtlichen Verteidigung zu widerrufen. In einem solchen Fall sei davon auszugehen, dass der Jugendliche oder seine Eltern entgegen der ursprünglichen Annahme über genügend finanzielle Mittel verfügten, um sich eine Wahlverteidigung zu leisten. Ein Gesuch um Bewilligung der selber zu entschädigenden Wahlverteidigung neben der zuvor beantragten, vom Staat bezahlten amtlichen Verteidigung sei widersprüchlich, wenn nicht gar rechtsmissbräuchlich. Ausserdem müssten bei einer Vertretung der beschuldigten Person durch mehrere Anwälte weitere problematische Fragen, namentlich die Regelung des Verkehrs der verschiedenen Vertretungen mit den Behörden, geklärt werden. Wenn zudem die amtliche Verteidigung aus dem Mandat entlassen würde, so bestehe das Risiko, dass die Wahlverteidigung kurze Zeit später ihrerseits ein Gesuch um Bewilligung der amtlichen Verteidigung stelle. Der zuständigen Behörde müsse daher das Recht zugestanden werden, vor der Entlassung der amtlichen Verteidigung von der gesuchstellenden Person einen Nachweis darüber zu verlangen, dass sie auch tatsächlich über die notwendigen finanziellen Mittel zur Bezahlung der Wahlverteidigung verfüge bzw. diese erhältlich machen könne. Diesen Nachweis habe der Beschwerdeführer nicht erbracht.
2.3 2.3.1 <ref-law>, Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK und <ref-law> garantieren das Recht des Beschuldigten, sich im Strafprozess durch einen Anwalt eigener Wahl verteidigen zu lassen. Das Recht auf freie Verteidigerwahl ist nicht unbeschränkt. Abs. 2 von <ref-law> sieht etwa Schranken für den Fall der Mehrfachvertretung vor, Abs. 5 behält die Verteidigung der beschuldigten Person grundsätzlich Anwälten vor. Das Kantonsgericht erblickt eine weitere Schranke darin, dass dem bereits amtlich verteidigten Beschuldigten die Wahlverteidigung nur unter Nachweis einer gesicherten Finanzierung zu erlauben sei. Es geht davon aus, dass bei der Zulassung eines Wahlverteidigers der amtliche Verteidiger zwingend zu entlassen sei.
2.3.2 Entgegen der Ansicht der Vorinstanz steht es einem bisher amtlich verteidigten Beschuldigten frei, eine private Verteidigung zu beauftragen (und diese dafür zu entschädigen). In der Regel wird damit zwar das Erfordernis der amtlichen Verteidigung entfallen (Urteil 6B_294/2008 vom 1. September 2008 E. 8.5 mit Hinweisen). Dies ist aber nicht zwingend der Fall. Die gleichzeitige Verteidigung durch einen amtlichen und einen Wahlverteidiger ist nicht ausgeschlossen. Es kann beispielsweise zulässig und geboten sein, einen amtlichen Verteidiger zusätzlich zu einer bereits bestehenden Wahlverteidigung zu bestellen, wenn ein Beschuldigter durch die ständige Bestellung und Abberufung von Verteidigern versucht, das Strafverfahren zu verschleppen (Urteil 1P.493/1999 vom 30. November 1999 E. 3b mit Hinweisen; vgl. auch WOLFGANG PEUKERT, in: Europäische Menschenrechtskonvention, 3. Auflage 2009, N. 300 zu Art. 6 EMRK). Ähnliche Überlegungen gelten, wenn fraglich ist, ob die Finanzierung und damit das Fortbestehen der Wahlverteidigung mindestens bis zum Abschluss des erstinstanzlichen Verfahrens gewährleistet ist, zumal wenn die vorangehende Einsetzung einer amtlichen Verteidigung auf der Mittellosigkeit des Beschuldigten beruhte (<ref-law>).
2.3.3 Aus dem Gesagten folgt, dass es in einer Situation wie der vorliegenden angezeigt sein kann, die amtliche Verteidigung nicht zu entlassen, solange die Kosten der Wahlverteidigung nicht bis zum Abschluss mindestens des erstinstanzlichen Verfahrens sichergestellt sind (vgl. NIKLAUS RUCKSTUHL, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 2 zu <ref-law>). Dagegen stellt es eine Verletzung des Rechts des Beschuldigten auf freie Verteidigerwahl dar, wenn die Verfahrensleitung es ihm von vornherein verwehrt, zusätzlich zum amtlichen einen Wahlverteidiger zu bestellen. Für die vorliegend verfügte Nichtzulassung eines Wahlverteidigers besteht somit keine Rechtsgrundlage. Die Rüge des Beschwerdeführers ist begründet.
3. 3.1 Es ergibt sich, dass auf die Beschwerde im Verfahren 1B_289/2012 nicht einzutreten ist, wobei sich diese Erkenntnis auf den Hauptpunkt sowie die Kosten- und Entschädigungsfolgen bezieht.
Die Beschwerde im Verfahren 1B_291/2012 ist dagegen gutzuheissen und der angefochtene Entscheid insoweit aufzuheben, als er dem Beschwerdeführer die Bestellung eines Wahlverteidigers verwehrt. Bei diesem Ergebnis erübrigt es sich, auf die in diesem Verfahren ebenfalls erhobene Rüge gegen die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege durch die Vorinstanz einzugehen. Ebenfalls als gegenstandslos erweist sich die Rüge gegen die angeblich doppelte Auflage der Gerichtskosten. Nach dem unter E. 1.1 Ausgeführten liegt nur ein Entscheid vor und sind die Gerichtskosten somit gar nicht zweimal geschuldet. Aufgehoben wird zudem auch Ziff. 2 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids. Entsprechend dem Obsiegen des Beschwerdeführers im Verfahren 1B_291/2012 sind die dem Beschwerdeführer auferlegten Gerichtskosten des kantonalen Verfahrens von Fr. 2'160.-- auf Fr. 1'080.-- zu halbieren (<ref-law>). Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für die Kosten der Wahlverteidigung eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- auszurichten. Die Kosten für die amtliche Verteidigung im kantonalen Verfahren trägt dagegen zumindest vorläufig der Staat, weshalb die Zusprechung einer weiteren Parteientschädigung für das kantonale Verfahren nicht angezeigt ist. Indessen wird das urteilende Gericht bei der Festlegung der Verfahrenskosten dem Umstand Rechnung tragen müssen, dass die Kosten der amtlichen Verteidigung für das Verfahren über die Zulassung eines Wahlverteidigers auch nicht nachträglich dem Beschwerdeführer auferlegt werden dürfen (Art. 135 Abs. 4 und Art. 426 Abs. 1 StPO).
3.2 Der Beschwerdeführer stellt für das Verfahren 1B_289/2012 ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Gemäss <ref-law> befreit das Bundesgericht eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 f.; <ref-ruling> E. 5 S. 616; je mit Hinweisen). Ob eine Beschwerde aussichtsreich ist, erschliesst sich aus den Begehren und ihrer Begründung durch den Beschwerdeführer (Urteil 6B_588/2007 vom 11. April 2008 E. 6.2, in: Pra 2008 Nr. 123 S. 766). Wie sich aus den vorangehenden Erwägungen ergibt, ist vorliegend auf die Begehren schon gar nicht einzutreten. Infolge Aussichtslosigkeit des Rechtsmittels entfällt deshalb der Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege nach <ref-law>. Der Beschwerdeführer trägt somit die Gerichtskosten für das Verfahren 1B_289/2012 (<ref-law>). Er hat zudem keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).
Infolge des Obsiegens des Beschwerdeführers im Verfahren 1B_291/2012 sind diesbezüglich keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Dem Beschwerdeführer ist zulasten des Kantons Basel-Landschaft eine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Das in diesem Verfahren vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.
Der amtliche Verteidiger macht grundsätzlich zu Recht Aufwendungen im Zusammenhang mit dem vorliegenden Verfahren geltend. Mit Blick auf die Verfahrensumstände erscheint es jedoch nicht als gerechtfertigt, im Zusammenhang mit dem vorliegenden Zwischenverfahren eine gesonderte Entschädigung für das Beschwerdeverfahren vor dem Bundesgericht festzusetzen. Die Staatsanwaltschaft oder das urteilende Gericht wird dem diesbezüglichen Verfahrensaufwand im Rahmen der Festsetzung der Entschädigung des amtlichen Verteidigers gestützt auf <ref-law> Rechnung zu tragen haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_289/2012 und 1B_291/2012 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerde im Verfahren 1B_289/2012 wird nicht eingetreten.
3. Die Beschwerde im Verfahren 1B_291/2012 wird gutgeheissen. Ziff. 1 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids wird insoweit aufgehoben, als dem Beschwerdeführer damit die Bestellung eines Wahlverteidigers verweigert wird. Ziff. 2 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids wird ebenfalls aufgehoben und die vom Beschwerdeführer zu tragenden Gerichtskosten des kantonalen Verfahrens werden auf Fr. 1'080.-- reduziert. Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für die Kosten der Wahlverteidigung im kantonalen Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- auszurichten.
4. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren 1B_289/2012 wird abgewiesen.
5. Der Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten des bundesgerichtlichen Verfahrens 1B_289/2012 von Fr. 1'000.--. Für das Verfahren 1B_291/2012 werden keine Gerichtskosten erhoben.
6. Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren 1B_291/2012 eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
7. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Jugendanwaltschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, sowie dem weiteren Beteiligten schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold