B 65471/38 BF,hat sich ergeben:
A.- Die Republik der Philippinen ersuchte im April 1986 das Bundesamt für Polizeiwesen (BAP) um Rechtshilfe in Zusammenhang mit der Rückführung von Vermögenswerten, die sich Ferdinand Marcos, seine Angehörigen und ihm nahestehende Personen in Ausübung ihrer öffentlichen Funktionen unrechtmässig angeeignet haben sollen. Die philippinischen Behörden vermuteten, dass erhebliche Vermögenswerte u.a. auf "Bank A._" überwiesen worden seien. Als der Marcos-Familie nahestehende Personen wurden auch Y._ und dessen damalige Ehefrau Z._ genannt.
B.-Mit Verfügungen vom 29. Mai 1986 und vom 6. Juli 1990 forderte die Bezirksanwaltschaft Zürich die Bank A._ auf, alle Vermögenswerte, die auf den Namen der Angeschuldigten oder einer juristischen Person lauten, bei welcher einer der Angeschuldigten als formell oder wirtschaftlich berechtigt erscheint, zu sperren und die einschlägigen Kontounterlagen seit dem Jahre 1966 herauszugeben.
Nachdem dagegen kein Rechtsmittel ergriffen worden war, übermittelte die Bank A._ der Bezirksanwaltschaft am 5. Oktober 1990 Unterlagen zu Konten, die auf Y._ sowie die Firma X._ Inc. Panama lauteten.
Weil die Bank A._ ihre Filiale in Zürich schloss, wurden die Vermögenswerte (rund 5,5 Mio. DM und 3,13 Mio.
USD) im April 1997 auf das (ebenfalls gesperrte) Konto 000 der X._ Inc. Panama bei der Bank B._ in Zürich überwiesen. Als wirtschaftlich Berechtigter an diesem Konto wird in den Kontoeröffnungsunterlagen nur noch O._ aufgeführt, der Halbbruder von Y._.
C.- Am 17. April 1998, am 21. Dezember 1998 und am 6. Juli 1999 ersuchte der Vertreter der X._ Inc.
um Freigabe der gesperrten Vermögenswerte. Am 8. Juli 1999 unterrichtete die Bezirksanwaltschaft die Presidential Commission on Good Government (PCGG) auf den Philippinen vom Freigabegesuch und lud sie ein, hinsichtlich Y._ und möglicher Mitverdächtiger ein ergänzendes Rechtshilfeersuchen zu stellen oder mindestens weitere Angaben zu den Tatvorwürfen zu machen.
D.- Mit Ergänzungsersuchen vom 8. Juli 1999, das dem BAP am 9. August 1999 übermittelt worden ist, ersuchte die PCGG um Zustellung der Unterlagen über alle Konti, die auf Y._, Z._, O._ oder die X._ Inc.
lauten oder von Stiftungen, Gesellschaften oder anderen Unternehmungen gehalten werden, an welchen die erwähnten Personen wirtschaftlich berechtigt sind. Ausserdem seien alle Vermögenswerte, die auf den zuvor genannten Konten liegen, auf ein Treuhandkonto bei der Philippinischen Nationalbank in Manila zu überweisen. Die philippinischen Behörden werfen Z._ vor, als private Sekretärin von Frau Imelda Marcos für diese Schmuck und Kleider im Wert von mehreren Millionen Dollar gekauft zu haben. Sie und ihr Ehemann Y._ hätten sodann der Familien Marcos als Strohmann gedient, d.h. unrechtmässig erworbenes Vermögen für diese gehalten. So sei Y._ auf dem Papier Hauptaktionär und Direktor vieler philippinischer Unternehmen gewesen und das Ehepaar Y.-Z._ sei als Eigentümer von Ländereien an verschiedenen Orten der Philippinen eingetragen; angesichts der Vermögensverhältnisse des Ehepaars Y.-Z._ sei indessen völlig klar, dass sie nur Strohmänner von Ferdinand Marcos und dessen Familie seien.
Als Strohmann habe Y._ insbesondere auch für die "X._ Inc. " fast das gesamte Aktienkapital gezeichnet; die von dieser juristischen Person gehaltenen Vermögenswerte seien deshalb dem Vermögen von Marcos zuzurechnen.
Bei einigen Unternehmen, wie z.B. der X._ Inc. , sei auch O._, der Halbbruder von Y._, als Strohmann beteiligt gewesen. Nach dem Sturz von Ferdinand Marcos sei das Ehepaar Y.-Z._ zusammen mit der Familie Marcos nach Hawaii geflüchtet.
E.- Am 26. Januar 2000 erliess die Bezirksanwaltschaft die Schlussverfügung betreffend Y._ und X._ Inc. Panama. Darin entsprach sie dem Rechtshilfeersuchen der Philippinen teilweise und ordnete die Herausgabe der bei der Bank A._ und der Bank B._ erhobenen Kontounterlagen an den ersuchenden Staat an. Dagegen lehnte sie die vorzeitige Herausgabe der Vermögenswerte ab, weil deren deliktische Herkunft nicht offensichtlich sei. Die Kontensperre wurde aufrecht erhalten.
F.-Gegen die Schlussverfügung rekurrierten Y._ und die X._ Inc. , vertreten durch O._, an das Obergericht des Kantons Zürich. Dieses wies den Rekurs am 27. März 2000 ab.
G.-Hiergegen erhob die X._ Inc. Panama am 4. Mai 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht.
Sie beantragt, der angefochtene Rekursentscheid sei aufzuheben und es sei der Rekurs gegen die Verfügung der Bezirksanwaltschaft vom 26. Januar 2000 gutzuheissen; insbesondere sei Ziff. 2 der Schlussverfügung aufzuheben, wonach die Bankakten Ordner 42 (37101-37142, 37201-37272, 37301-37434) der ersuchenden Behörde herauszugeben seien.
Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Bezirksanwaltschaft, die Staatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das BAP beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Entscheid ist eine Verfügung einer letztinstanzlichen kantonalen Behörde, mit der das Rechtshilfeverfahren abgeschlossen wird. Sie unterliegt gemäss Art. 80f Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen (IRSG; SR 351. 1) der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht.
Mit der Schlussverfügung können grundsätzlich auch die vorangehenden Zwischenverfügungen angefochten werden.
Im vorliegenden Fall ist allerdings zu beachten, dass die Verfügungen vom 29. Mai 1986 und vom 6. Juli 1990 vor der Revision des IRSG vom 4. Oktober 1996 ergangen sind und nach damaligem Recht selbständig angefochten werden konnten und mussten. Diese Verfügungen sind somit rechtskräftig geworden; auf sie kann im vorliegenden Verfahren nicht zurückgekommen werden.
b) Die Beschwerdeführerin ist als Kontoinhaberin berechtigt, Beschwerde gegen die Übermittlung ihrer Kontounterlagen zu erheben (<ref-law>; Art. 9a lit. a der Verordnung vom 24. Februar 1982 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSV; SR 351. 11]). Auf die rechtzeitig erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher einzutreten. Diese hat von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung (<ref-law>).
c) Das Bundesgericht ist aufgrund von <ref-law>, der als Spezialbestimmung der allgemeinen Vorschrift von Art. 114 Abs. 1 OG vorgeht, nicht an die Begehren der Parteien gebunden. Es hat daher die Möglichkeit, den angefochtenen Entscheid gegebenenfalls zugunsten oder zuungunsten der Beschwerdeführer zu ändern. Das Bundesgericht prüft die bei ihm erhobenen Rügen grundsätzlich mit freier Kognition; es ist aber nicht verpflichtet, nach weiteren der Rechtshilfe allenfalls entgegenstehenden Gründen zu forschen, die aus der Beschwerde nicht hervorgehen (<ref-ruling> E. 3 S. 586). Da ein kantonales Gericht als Vorinstanz entschieden hat, ist das Bundesgericht an dessen Sachverhaltsfeststellung gebunden, sofern diese nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erfolgt ist (Art. 105 Abs. 2 OG). Ganz allgemein ist allerdings in Rechtshilfesachen vom Sachverhalt auszugehen, wie er im Rechtshilfegesuch und in dessen Ergänzungen bzw. Beilagen geschildert wird, es sei denn, diese Darstellung sei offensichtlich unrichtig, lückenhaft oder widersprüchlich (<ref-ruling> E. 4b S. 425 f. mit Hinweis, 115 Ib 68 E. 3b/bb S. 78 mit Hinweisen).
d) Mangels staatsvertraglicher Regelung richtet sich die Rechtshilfe zwischen der Eidgenossenschaft und der Republik der Philippinen nach den Bestimmungen des IRSG und der dazugehörenden Verordnung.
2.- a) Die Beschwerdeführerin macht in ihrer Beschwerde einzig geltend, dass die Y._ und O._ vorgeworfenen Straftaten verjährt seien: Gemäss Sec. 11 des Anti-Korruptionsgesetzes Nr. 3019 ("Anti-Graft and Corrupt Practices Act of the Philippines") betrage die Verjährungsfrist 10 Jahre. Zwar sei diese Frist im Jahre 1982 auf 15 Jahre verlängert worden; die revidierte Fassung des Gesetzes sei jedoch für die Angeschuldigten ungünstiger und komme daher gemäss Art. 22 des philippinischen Strafgesetzbuchs (Rückwirkungsverbot) nicht zur Anwendung. Die Beschwerdeführerin legt zwei Gutachten philippinischer Rechtsanwälte vor, die beide zum Ergebnis kommen, die Verjährungsfrist sei im Februar 1996, zehn Jahre nach dem Sturz des Marcos-Regime, abgelaufen.
b) Grundsätzlich ist es nicht Aufgabe der schweizerischen Behörden und Gerichte zu prüfen, ob die Verjährung nach dem Recht des ersuchenden Staates eingetreten ist: <ref-law> schliesst lediglich Zwangsmassnahmen zur Ausführung eines Rechtshilfeersuchens aus, wenn die Strafverfolgung oder die Vollstreckung nach schweizerischem Recht wegen absoluter Verjährung ausgeschlossen wäre. Ein Rechtshilfegesuch kann allenfalls abgewiesen werden, wenn ausser Zweifel steht, dass die Strafverfolgung (oder das Einziehungsverfahren) im ersuchenden Staat wegen Eintritts der Verjährung nicht weitergeführt werden kann (unveröffentlichte Urteile i.S. M. vom 17. September 1986 E. 3c und i.S. V. vom 1. Februar 2000, E. 3e/aa).
c) Die philippinischen Behörden vertreten die Auffassung, die Verjährungsfrist betrage im vorliegenden Fall 15 Jahre (vgl. Schreiben des Rechtsvertreters der Philippinen vom 30. Dezember 1999, Ziff. 17); zudem habe die Verjährung gemäss Art. 91 des philippinischen Strafgesetzbuchs geruht, solange sich Z._ und Y._ ausserhalb der Philippinen aufgehielten (Ergänzungsersuchen, Ziff. 18 S. 17 f.). Es erscheint bereits aufgrund dieser Ausführungen jedenfalls nicht offensichtlich, dass die Verjährung nach philippinischem Recht bereits eingetreten ist.
d) Überdies ist der Anspruch des philippinischen Staates auf Einziehung und Rückerstattung von Vermögenswerten, die unrechtmässig von Beamten oder öffentlichen Angestellten erworben wurden, unverjährbar (vgl. Art. XI Sec. 15 der philippinischen Verfassung von 1987 und Sec. 11 des Gesetzes Nr. 1379 über die Einziehung von Vermögen, das unrechtmässig von Beamten oder öffentlichen Angestellten erworben wurde); dies wurde erst kürzlich vom Supreme Court der Philippinen bestätigt (Entscheid vom 25. Oktober 1999 i.S. Presidential Ad Hoc Fact-Finding Comittee on Behest Loans vs.
Aniano A. Desierto as Ombudsman, S. 10 ff.). Hierauf wurde im Schreiben des Rechtsvertreters der Philippinen vom 30. Dezember 1999 hingewiesen, das der Beschwerdeführerin zur Stellungnahme zugestellt worden ist.
Die philippinischen Behörden gehen davon aus, dass die von der Beschwerdeführerin gehaltenen Vermögenswerte Ferdinand Marcos zurechenbar seien und als unrechtmässig erworbenes Vermögen der Einziehung unterliegen (vgl.
Ergänzungsersuchen, Ziff. 12 S. 14 und Ziff. 18 S. 17). Das Verfahren auf Einziehung bzw. Rückerstattung derartiger, deliktisch erworbener Vermögenswerte ist formell - vom anwendbaren Verfahrensrecht her - zivilrechtlicher Natur ("civil case"), materiell aber handelt es sich um ein Verfahren in strafrechtlichen Angelegenheiten i.S.v. <ref-law>, für das Rechtshilfe geleistet werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 7a/bb S. 261 f.; unveröffentlichter Entscheid i.S. V.
vom 1. Februar 2000 E. 3c). Die Beschwerdeführerin hat selbst im Rechtshilfeverfahren eine Bestätigung eingereicht, wonach ein derartiges "Zivil"-Verfahren gegen Y._ hängig ist.
e) Nach dem Gesagten ist nicht offensichtlich, dass der philippinische Strafanspruch bzw. der Anspruch auf Einziehung oder Rückerstattung deliktisch erworbener Vermögenswerte verjährt wäre.
3.-Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 156 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.-Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Bezirksanwaltschaft IV für den Kanton Zürich, Büro 2,der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kanton Zürich, III. Strafkammer, sowie dem Bundesamt für Justiz schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 23. Juni 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: