Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zürich erklärte X._ mit Urteil vom 25. November 2005 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind im Sinne von <ref-law>, der mehrfachen Pornographie im Sinne von <ref-law> (Dias Nr. 20, 31 und 32) sowie der Tätlichkeiten im Sinne von <ref-law> schuldig und verurteilte ihn zu 12 Monaten Gefängnis unter Anrechnung des ausgestandenen Polizeiverhafts und unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges bei einer Probezeit von 3 Jahren. Von der Anklage der mehrfachen Pornographie bezüglich der Dias Nr. 26 und 29 sowie der sexuellen Handlungen mit Kindern in einem Fall ("sich Entblössen vor Kindern") sprach es ihn frei. Ferner verpflichtete es X._ grundsätzlich, seiner geschädigten Tochter Ersatz für den aus den beurteilten Delikten entstandenen Schaden zu bezahlen, und verurteilte ihn zur Bezahlung einer Genugtuung in der Höhe von Fr. 4'000.--. Schliesslich entschied es über die Einziehung der beschlagnahmten Gegenstände.
Eine vom Beurteilten erhobene Berufung hiess das Obergericht des Kantons Zürich teilweise gut und setzte die Freiheitsstrafe auf 8 Monate Gefängnis herab, unter Anrechnung des ausgestandenen Polizeiverhafts und mit bedingtem Strafvollzug unter Auferlegung einer Probezeit von 2 Jahren. Im Schuldpunkt bestätigte es das erstinstanzliche Urteil. Die Schadenersatz- und Genugtuungsbegehren der Geschädigten wies es ab.
B. X._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde, mit der er beantragt, die Ziffer 1 Alinea 1 und 2, und die Ziffern 2, 3 sowie 5 bis 8 des angefochtenen Dispositivs seien aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Das Obergericht des Kantons Zürich hat auf Stellungnahme und die Oberstaatsanwaltschaft auf Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Vorinstanz stellt für den Kassationshof verbindlich (Art. 277bis Abs. 1 BStP) fest, der Beschwerdeführer habe sich zu einem nicht mehr genau eruierbaren Zeitpunkt vor dem 3. Mai 2002 in der damaligen ehelichen Wohnung in Zürich von seiner Tochter, geboren am 12. Dezember 1999, "den Penis festhalten lassen". Der erste Vorfall habe sich ereignet, als er seine Tochter zu sich ins Badezimmer gerufen habe, um ihr etwas zu zeigen. Beim zweiten Mal sei er nackt aus dem Badezimmer ins Wohnzimmer gekommen und habe dort seine Tochter "seinen Penis festhalten lassen". Ferner habe der Beschwerdeführer zu einem nicht mehr genau bestimmbaren Zeitpunkt zwischen dem 1. und 3. Oktober 2004 am Wohnort seiner Schwester im Tessin während der Ausübung des Besuchsrechts in sexueller Absicht seine Tochter mit einem Finger in die Scheide gefasst.
Im Weiteren stellt die Vorinstanz fest, der Beschwerdeführer habe im Juni 2002 bei einem Ferienaufenthalt in der Toskana seine Tochter, welche mit gespreizten Beinen auf einem Liegestuhl sass, so dass deren Genitalbereich klar und somit sexuell motiviert ersichtlich gewesen sei, zwei Mal abfotografiert. In Bezug auf ein weiteres Foto sah die Vorinstanz den Tatbestand im Gegensatz zur ersten Instanz nicht als erfüllt an.
2.1 2.1.1 In Bezug auf den Tatbestand der sexuellen Handlungen mit einem Kind nimmt die Vorinstanz in rechtlicher Hinsicht an, sowohl das Festhalten des Geschlechtsteils des Beschwerdeführers auf nackter Haut als auch das Einführen eines Fingers in die Scheide der Geschädigten weise aus der Sicht eines objektiven Betrachters einen eindeutigen Sexualbezug auf. Beim Anfassen und Festhalten des Penis habe es sich nicht um ein kurzes und spontanes Berühren durch das Kind gehandelt. Der Beschwerdeführer habe die Tochter beim ersten Vorfall zu sich ins Bad gerufen. Die Mutter, die dem Kind gefolgt sei, habe es daraufhin wegziehen bzw. auffordern müssen, zu ihr zu kommen und dies (Festhalten des Penis) nicht zu tun. Dieser Ablauf spreche gegen ein zufälliges Berühren aus kindlichem, spielerischem Interesse. Es sei vielmehr von einem eigentlichen Festhalten auszugehen, was sowohl in Bezug auf die Dauer als auch auf die Intensität über eine kurze spontane Berührung hinausgehe. Ein Sexualbezug sei daher zu bejahen.
Einen sexuellen Bezug erachtet die Vorinstanz auch beim Einführen eines Fingers in die Scheide der Geschädigten als gegeben. Auch wenn dieser Übergriff beim Waschen erfolgt sei, sei aus der Sicht eines aussenstehenden Beobachters die Grenze normaler Hilfeleistung bei der Körperpflege oder beim Verrichten der Notdurft überschritten. Für den objektiven, durchschnittlich aufgeklärten Beobachter liege es auf der Hand, dass ein knapp fünfjähriges Mädchen nicht durch Einführen eines Fingers im Genitalbereich gewaschen werden dürfe und müsse (angefochtenes Urteil S. 24 f.).
2.1.2 In subjektiver Hinsicht nimmt die Vorinstanz an, dem sexuell erfahrenen und durchschnittlich gebildeten Beschwerdeführer habe die sexuelle Bedeutung des Festhaltens des Penis sowie des Einführens eines Fingers in die Scheide klar sein müssen. Bezüglich des zweiten Vorwurfs hält es fest, jedem sexuell aufgeklärten und durchschnittlich gebildeten Erwachsenen, welcher in unserem Kulturkreis lebe und aufgewachsen sei, müsse klar sein, dass einem Mädchen von knapp fünf Jahren nicht in die Scheide gegriffen werden dürfe, ausser es lägen besondere behandlungsbedürftige Erkrankungen vor oder es müssten eingeführte Fremdkörper entfernt werden.
2.1.2 In subjektiver Hinsicht nimmt die Vorinstanz an, dem sexuell erfahrenen und durchschnittlich gebildeten Beschwerdeführer habe die sexuelle Bedeutung des Festhaltens des Penis sowie des Einführens eines Fingers in die Scheide klar sein müssen. Bezüglich des zweiten Vorwurfs hält es fest, jedem sexuell aufgeklärten und durchschnittlich gebildeten Erwachsenen, welcher in unserem Kulturkreis lebe und aufgewachsen sei, müsse klar sein, dass einem Mädchen von knapp fünf Jahren nicht in die Scheide gegriffen werden dürfe, ausser es lägen besondere behandlungsbedürftige Erkrankungen vor oder es müssten eingeführte Fremdkörper entfernt werden.
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer rügt in Bezug auf das Festhalten des Penis, es fehle an einem eindeutigen objektiven sexuellen Bezug. Es bestünden keine Anhaltspunkte dafür, dass er seine Tochter aufgefordert hätte, sein Glied anzufassen. Der Tatvorwurf beschränke sich auf ein blosses Zulassen des Festhaltens. Selbst wenn zutreffen würde, dass die Berührung von einer gewissen Intensität und Dauer gewesen wäre, zeigten die zwei Vorfälle des Penishaltens das ganz natürliche und unbedenkliche Verhalten eines Kleinkindes, das in seinem natürlichen Spiel- und Forschertrieb die Eigenheiten des erwachsenen Körpers des anderen Geschlechts entdecke und im eigentlichen Wortsinn begreife. Das Berühren des Glieds sei in diesem Kontext keine sexuelle Handlung.
In subjektiver Hinsicht macht er geltend, er habe mit gutem Gewissen darauf vertrauen dürfen, dass sein Verhalten nicht einer sozialen und rechtlichen Wertung als Gefährdung der Entwicklung Unmündiger unterliege. In jedem Fall habe ihm das Bewusstsein für eine mögliche Bewertung seiner Handlung als sittenwidrig oder unrecht gefehlt. Er sei daher einem Rechtsirrtum im Sinne von <ref-law> erlegen.
2.2.2 In Bezug auf das Einführen eines Fingers in die Scheide des Mädchens bringt der Beschwerdeführer vor, die Handlung sei beim Duschen bzw. Waschen geschehen. Er habe seine Tochter am ganzen Köper eingeseift und gewaschen und sei mit seinen Fingern auch in der Bereich zwischen den Schamlippen gelangt. Dies stelle keine sexuelle Handlung dar.
In subjektiver Hinsicht macht der Beschwerdeführer geltend, es sei gesellschaftlich akzeptiert und medizinisch geboten, dass bei der Körperpflege von Kleinkindern auch der Intimbereich gründlich gereinigt werde. Im konkreten Fall komme hinzu, dass er bestrebt gewesen sei, den hohen Anforderungen zu genügen, die seine Ehefrau, welche die Tochter mindestens zweimal am Tag duschte, an deren Körperpflege stellte. Er habe daher davon ausgehen dürfen, dass er als Vater sein Kind auch im Intimbereich waschen dürfe, ohne deswegen als pädophiler Straftäter abgestempelt zu werden. Zumindest habe ihm auch hier das Unrechtsbewusstsein gefehlt.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> wird mit Zuchthaus bis zu fünf Jahren oder mit Gefängnis bestraft, wer mit einem Kind unter 16 Jahren eine sexuelle Handlung vornimmt (Abs. 1), es zu einer solchen verleitet (Abs. 2) oder es in eine sexuelle Handlung einbezieht (Abs. 3).
Nach der Rechtsprechung gelten als sexuelle Handlungen im Sinne von <ref-law> Verhaltensweisen, die für den Aussenstehenden nach ihrem äusseren Erscheinungsbild eindeutig sexualbezogen sind, mithin objektiv eine Beziehung zum Geschlechtlichen aufweisen. Sind die Handlungen objektiv eindeutig sexualbezogen, kommt es nicht mehr auf das subjektive Empfinden, die Motive oder die Bedeutung, die das Verhalten für den Täter oder das Opfer hat, an.
Keine sexuellen Handlungen sind demgegenüber Verhaltensweisen, die nach ihrem äusseren Erscheinungsbild keinen unmittelbaren sexuellen Bezug aufweisen (<ref-ruling> E. 3b mit Hinweisen; vgl. ferner Philipp Maier, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, vor Art. 187 N 24; Stratenwerth/Jenny, Schweizerisches Strafrecht, Bes. Teil I, 6. Aufl. 2003; 1 7 N 10 ff; Stefania Suter-Zürcher, Die Strafbarkeit der sexuellen Handlungen mit Kindern nach <ref-law>, S. 40 ff.).
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Soweit die Verhaltensweisen des Täters äusserlich weder neutral noch eindeutig sexualbezogen erscheinen, wird in Rechtsprechung und Lehre von ambivalenten Handlungen gesprochen. Um solche handelt es sich etwa bei gynäkologischen Untersuchungen durch einen Arzt oder der Körperpflege bei einem Kleinkind oder einer hilfsbedürftigen Person (<ref-ruling> E. 3b S. 62 mit Hinweisen; krit. zum Begriff Philipp Maier, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, vor Art. 187 N 26; ders., Umschreibung von sexuellen Verhaltensweisen im Strafrecht, AJP 1999 S. 1392 f.; Suter-Zürcher, a.a.O., S. 47). Keine sexuelle Handlung ist anzunehmen, wenn die Untersuchung bzw. die Behandlung erforderlich ist und sie lege artis vorgenommen wird oder wenn eine blosse Ungeschicklichkeit vorliegt. Das gilt auch für Berührungen der Geschlechtsteile, die zum Zweck der Körperpflege einer hilflosen Person erfolgen, soweit das Gesamtgeschehen nach dem Urteil eines objektiven Beobachters als Säuberungshandlung, mithin nicht als sexuelle Handlung erscheint (<ref-ruling>; Rehberg/Schmid/Donatsch, Strafrecht III, 8. Aufl. 2003. S. 406; Guido Jenny, Kommentar zum Schweizerischen Strafrecht, Bern 1997, Art. 187 N 14; Wolters/Horn, Systematischer Kommentar zum Strafgesetzbuch, 8. Auflage, § 184f N 7). Soweit ein äusserlich ersichtlicher Sexualbezug fehlt, ist das Waschen eines Kindes im Genitalbereich daher nicht als sexuelle Handlung zu qualifizieren (Rehberg/Schmid/Donatsch, Strafrecht III, 8. Auflage, Zürich 2003, S. 407; Suter-Zürcher, a.a.O., S. 55; Peter Hangartner, Selbstbestimmung im Sexualbereich - Art. 188 bis 193 StGB, Diss. St.Gallen 1998, S. 52 f.).
In subjektiver Hinsicht ist erforderlich, dass sich der Täter des sexuellen Charakters seines Tuns bewusst ist (Stratenwerth/Jenny, a.a.O., § N § 7 N 17; Schönke/Schröder/Lenckner/Perron/Eisele, Strafgesetzbuch, Kommentar, 27. Aufl. München 2006, § 184f N 8).
3.2 Der Begriff der sexuellen Handlung erstreckt sich nur auf Verhaltensweisen, die im Hinblick auf das geschützte Rechtsgut erheblich sind. Dabei muss in Zweifelsfällen die Erheblichkeit relativ, etwa nach dem Alter des Opfers oder dem Altersunterschied zum Täter bestimmt werden (BGE 125 IV E. 3b, S. 62 f., mit Hinweisen). Das Merkmal der Erheblichkeit grenzt sozialadäquate Handlungen von solchen ab, die tatbestandsmässig sind. Bedeutsam für die Beurteilung sind hier qualitativ die Art und quantitativ die Intensität und Dauer einer Handlung, wobei die gesamten Begleitumstände zu berücksichtigen sind (Monika Frommel, Nomos Kommentar, Strafgesetzbuch, 2. Aufl., Baden-Baden 2005, Band 2, § 184f N 3).
4. 4.1 Bei der Beurteilung der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Handlungen ist zunächst davon auszugehen, dass allgemein übliche, alltägliche Zärtlichkeiten zwischen erwachsenen Betreuungspersonen und ihnen anvertrauten Kindern grundsätzlich nicht als sexuelle Handlungen gelten, solange es jedenfalls an jeglicher Erkennbarkeit des Bezugs zur Sexualität fehlt (Philipp Maier, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, vor Art. 187 N 25; Jenny, a.a.O., N 13). Im Weiteren ist zu beachten, dass das Kind entsprechend seiner Entwicklungsstufe Interesse am eigenen Körper und an demjenigen seiner Eltern zeigt. So wird in der Fachliteratur darauf hingewiesen, dass das Interesse von Kleinkindern an den Genitalien anderer Personen normaler Bestandteil des Körpererkundungsprozesses ist, der über den Köper des Kindes hinausgreift, und dass das sexuelle Interesse an den Eltern über die ganze Kindheit anhält (Bettina Schuhrke, Sexuelle Entwicklung von Kindern bis zur Pubertät, in: Handwörterbuch Sexueller Missbrauch, hrsg. von Dirk Bange und Wilhelm Körner, Göttingen 2002, S. 550 f.).
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers gehen die dem Tatvorwurf des "Penishaltens" zugrundeliegenden Handlungen indes über eine spontane Berührung aus kindlichem spielerischen Interesse hinaus. Denn nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ist der Beschwerdeführer zumindest beim ersten Vorfall aktiv geworden, indem er seine Tochter in das Badezimmer zu sich rief und sie seinen Penis "festhalten liess". Damit hat er bewusst die Gelegenheit gesucht, seiner Tochter seinen Penis zu zeigen und anfassen zu lassen. Die Vorinstanz verletzt jedenfalls kein Bundesrecht, wenn sie in diesem Kontext einen objektiven Bezug zum Bereich des Geschlechtlichen bejaht und eine sexuelle Handlung um Sinne von <ref-law> annimmt.
4.2 In Bezug auf den zweiten Anklagepunkt nimmt die Vorinstanz zu Recht an, dass das Eindringen mit einem Finger in die Scheide eines Mädchens objektiv zweifellos eine sexuelle Handlung darstellt. Allerdings hat sich der Vorfall beim Waschen der Tochter ereignet, bei welchem es sich, wie der Beschwerdeführer zu Recht vorbringt, um einen alltäglichen, natürlichen und unbedenklichen Vorgang handelt. Die Vorinstanz hält indes nicht das Waschen im Genitalbereich für eine sexuelle Handlung, sondern das bei dieser Gelegenheit erfolgte Eindringen mit dem Finger in die Scheide. Dieses geht in klarer Weise über eine blosse Hilfeleistung beim Baden hinaus (Suter-Zürcher, a.a.O., S. 55 mit Hinweis).
Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang vorbringt, er sei nicht mit dem Finger in die Scheide eingedrungen, sondern habe das Mädchen lediglich zwischen den Schamlippen eingeseift und gewaschen, wobei es sein könne, dass er dabei zu fest gedrückt habe (vgl. auch die Aussage der Tochter, angefochtenes Urteil S. 15 ["very hard pressed"]), macht er sinngemäss geltend, er sei unabsichtlich oder allenfalls aus einer zufälligen Ungeschicklichkeit heraus in die Scheide eingedrungen. Damit wendet er sich gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde vom Kassationshof nicht überprüft werden können (Art. 277bis Abs. 1 BStP).
4.3 Soweit sich die Beschwerde gegen die Bejahung des subjektiven Tatbestands richtet, verletzt die Vorinstanz ebenfalls kein Bundesrecht. Dass dem Beschwerdeführer die sexuelle Bedeutung des Festhaltens des Penis und des Einführens eines Fingers in die Scheide des Kindes klar sein musste, nimmt die Vorinstanz zu Recht an. Da der Vorfall bezüglich "Penishaltens" über das von ihm geltend gemachte Berühren aus kindlicher Neugier hinausgeht, ist auch nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer aus zureichenden Gründen hätte annehmen dürfen, er sei hiezu berechtigt. Dasselbe gilt hinsichtlich des zweiten Vorwurfs. Dass er als Vater befugt ist, seine Tochter auch im Intimbereich zu waschen, und dass eine solche Pflege auch in Säuglingspflegekursen vermittelt wird, steht ausser Frage. Doch nimmt die Vorinstanz zu Recht an, das Eindringen mit einem Finger in die Scheide gehe über die übliche Körperpflege hinaus. Zureichende Gründe dafür, aus welchen sich der Beschwerdeführer irrtümlich hätte für berechtigt halten können, sind auch hier nicht ersichtlich.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann.
5.1 5.1.1 In Bezug auf den Vorwurf der Pornographie nimmt die Vorinstanz in objektiver Hinsicht an, die Dias Nr. 31 und 32 (Untersuchungsakten act. HD 11/3 S. 1) rückten den Genitalbereich der fotografierten Tochter derart in den Vordergrund, dass diese auf ihr blosses Sexualorgan reduziert werde. Diese Darstellung des Kindes sei klar geeignet, pädosexuell veranlagte Betrachter sexuell aufzureizen. Da es sich bei <ref-law> um ein abstraktes Gefährdungsdelikt handle und auch der Aspekt des indirekten Missbrauchs von Kindern zu berücksichtigten sei, sei der Einwand, die Aufnahmen stellten Schnappschüsse dar, unbehelflich.
Die erste Instanz nahm in diesem Punkt an, der Genitalbereich des Mädchens sei derart in den Mittelpunkt des Bildes gerückt, dass dem übrigen Bildinhalt keinerlei Bedeutung zukomme. Es handle sich nicht mehr bloss um das fotografische Einfangen nackter Kinder. Der Beschwerdeführer habe seine Tochter in der eindeutigen Stellung belassen und sie fotografiert. Die Darstellung läge ausserhalb des sozial akzeptierten Rahmens und könne der sexuellen Erregung pädosexuell veranlagter Personen dienen. Der Zusammenhang mit dem Ferienaufenthalt in der Toskana fehle auf den Dias. Es sei auf den Bildern keine Aktion wie Umkleiden, Spielen, Spass machen oder ähnliches zu erkennen. Lediglich die Genitalien des Mädchens stünden im Mittelpunkt der Bilder und die Nacktheit sei aus dem Zusammenhang gerissen.
5.1.2 In subjektiver Hinsicht hält die Vorinstanz fest, es komme nicht darauf an, ob der Beschwerdeführer die Aufnahmen aus sexuellen Motiven hergestellt habe. Vielmehr genüge das Wissen, dass eine Darstellung landläufig nach laienhafter Sicht als unzüchtig beurteilt werde. Dem Beschwerdeführer habe aufgrund seiner Herkunft, Bildung und Position in der Gesellschaft bewusst sein müssen, dass die Dias nach allgemeiner Anschauung als unzüchtig beurteilt würden.
5.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, die fraglichen Dias seien an einem belebten öffentlichen Badestrand in der Toskana in unmittelbarer Gegenwart der Ehefrau aufgenommen worden. Es sei unbestritten, dass er während dieser Aufnahmen in keiner Weise auf seine Tochter eingewirkt habe. Er führt ferner aus, die Darstellung des nackten kindlichen Körpers sei an sich nicht pornographisch, namentlich wenn ihr in keiner Weise entnommen werden könne, dass der Täter bei deren Herstellung auf die Kinder eingewirkt habe. Dies müsse unabhängig davon gelten, ob die Fotos später zur sexuellen Erregung verwendet würden. Im zu beurteilenden Fall erweckten die Schnappschüsse nicht einmal ansatzweise den Gesamteindruck von objektiv auf sexuelle Aufreizung angelegten, primär auf den Genitalbereich konzentrierten, aus jedem realistischen Zusammenhang gerissenen, kinderpornographischen Erzeugnissen. Im Übrigen sei auch der subjektive Tatbestand nicht erfüllt. Er habe mit seinen Dias nicht in Kauf genommen, irgend jemanden sexuell aufzureizen oder zu erregen. Dies werde ihm auch von der Vorinstanz nicht vorgeworfen. Die Vorinstanz habe daher auch den Vorsatz zu Unrecht bejaht.
6. 6.1 Nach <ref-law> macht sich strafbar, wer pornographische Schriften, Ton- oder Bildaufnahmen, Abbildungen, andere Gegenstände solcher Art oder pornographische Vorführungen einer Person unter 16 Jahren anbietet, zeigt, überlässt, zugänglich macht oder durch Radio oder Fernsehen verbreitet.
Gemäss <ref-law> wird mit Gefängnis oder Busse bestraft, wer Gegenstände oder Vorführungen im Sinne von <ref-law>, die sexuelle Handlungen mit Kindern zum Inhalt haben, herstellt, einführt, lagert, in Verkehr bringt, anpreist, ausstellt, anbietet, zeigt, überlässt oder zugänglich macht. Der am 1. April 2002 in Kraft getretene <ref-law> erklärt nunmehr auch den Erwerb, das Sich-Beschaffen sowie den Besitz solcher Darstellungen oder Darbietungen für strafbar, enthält aber eine im Vergleich zu <ref-law> herabgesetzte Strafandrohung.
6.1.1 Der Begriff der Pornographie setzt einerseits voraus, dass die Darstellungen oder Darbietungen objektiv betrachtet darauf ausgelegt sind, den Konsumenten sexuell aufzureizen. Zum anderen ist erforderlich, dass die Sexualität so stark aus ihren menschlichen und emotionalen Bezügen herausgetrennt wird, dass die jeweilige Person als ein blosses Sexualobjekt erscheint, über das nach Belieben verfügt werden kann. Das sexuelle Verhalten wird dadurch vergröbert und aufdringlich in den Vordergrund gerückt (<ref-ruling> E. 10.1.1; <ref-ruling> E. 2.1, je mit Hinweisen).
6.1.2 Das Verbot der harten Pornographie gemäss <ref-law> bezweckt neben der ungestörten Entwicklung Jugendlicher (vgl. Art. 197 Ziff. 1 und 2 StGB; <ref-ruling> E. 10.1.2 mit Hinweisen) zusätzlich den Schutz von Erwachsenen vor der korrumpierenden Wirkung solcher Erzeugnisse und damit mittelbar die Bewahrung potentieller "Darsteller" vor sexueller Ausbeutung, Gewalt und erniedrigender bzw. menschenunwürdiger Behandlung. Ein Werk ist schon als kinderpornographisch zu betrachten, wenn daraus erkennbar ist, dass seine vorsätzliche Herstellung in der Schweiz nach <ref-law> strafbar wäre.
Nach der Rechtsprechung ist nicht ausgeschlossen, dass Nacktaufnahmen von Kindern auch ohne besondere Betonung des Genitalbereichs als pornographisch qualifiziert werden können. In jedem Fall erfüllt derjenige den Tatbestand der harten Pornographie gemäss <ref-law>, welcher das Kind mit entblösstem Genitalbereich in einer nach den Umständen objektiv aufreizenden Stellung posieren lässt und fotografiert, unabhängig davon, ob er dabei selbst sexuelle Regungen verspürt oder das Kind die sexuelle Bedeutung der Handlung erkennt. Von vornherein als nicht pornographisch sind hingegen Fotos des nackten kindlichen Körpers zu betrachten, denen in keiner Weise entnommen werden kann, dass der Täter bei der Herstellung auf die Kinder eingewirkt hat (z.B. Schnappschüsse am Strand oder in der Badeanstalt). Dies muss unabhängig davon gelten, ob die Fotos später zur sexuellen Erregung verwendet werden (<ref-ruling> E. 11.2; <ref-ruling> E. 3a S. 28 mit Hinweisen).
6.2 Die Vorinstanz erachtet als tatbestandsmässig die beiden Fotos, auf welchen das etwa dreijährige Mädchen an einem Strand nackt mit angewinkelten gespreizten Beinen auf einem Liegestuhl sass, so dass seine Scheide deutlich sichtbar war. Auf dem einen Foto der beiden dieselbe Situation festhaltenden Bilder blickt das Kind mit ernstem Gesichtsausdruck in die Kamera, auf dem anderen lacht es. Mit den Händen hält es sich seitlich am Liegestuhl fest.
Die Mutter des Kindes schilderte die Situation um die Entstehung des Bildes in den Untersuchungsakten folgendermassen:
Wir waren am Strand. Die Tochter hatte nasse Sachen an und da ich wollte, dass sie etwas Trockenes anzieht, habe ich sie ausgezogen. Sie legte sich dann auf einen Liegestuhl, wobei sie dann die Beine - wie Kinder halt so sind - auseinander hielt. Mein Mann hat dies sofort fotografiert, obwohl ich dies nicht wollte (Untersuchungsakten HD 6/2 S. 8 f.).
Daraus wie sich das Bild darstellt und wie es nach der Schilderung der Mutter entstanden ist, erhellt ohne weiteres, dass es sich bei der Aufnahme um eine natürliche Situation handelt. Der Beschwerdeführer hat offensichtlich bei der Herstellung nicht auf das Kind eingewirkt. Weder Gesichtsausdruck noch Pose des Kindes deuten zudem darauf hin, dass das Foto darauf ausgerichtet gewesen wäre, den Betrachter sexuell aufzureizen. Dies ganz im Gegensatz zu anderen Bildern, die das Bundesgericht in früheren Entscheiden zu beurteilen hatte. So namentlich in einem Fall, in welchem Bilder vorlagen, auf welchen ein Mädchen seine Scheide mit den Händen spreizte bzw. seinen Slip zur Seite zog, um den Blick auf die entblösste Vagina zu ermöglichen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2a; vgl. auch <ref-ruling> E. 10.2 und 11.3). Demgegenüber handelt es sich bei den hier zu beurteilenden Bildern nicht um kinderpornographische Erzeugnisse, sondern um eigentliche Schnappschüsse, die den Tatbestand der Pornographie mit Kindern gemäss <ref-law> nicht erfüllen.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als begründet.
7. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist, und im Übrigen abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer im Umfang seines Unterliegens die Kosten zu tragen. Soweit er obsiegt, steht ihm eine angemessene Parteientschädigung aus der Bundesgerichtskasse zu. Diese Forderungen sind miteinander zu verrechnen, so dass weder Kosten zu erheben sind noch eine Parteientschädigung auszurichten ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 12. Juni 2006 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen; im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigung ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2006
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: