"Unterer Graben/Müller-Friedberg-Strasse", hat sich ergeben:
A.- Urs Wagner ist Eigentümer der Liegenschaften Grundbuch St. Gallen Nr. C 2621 und C 2625 am Unteren Graben Nr. 21 und 25 und an der Müller-Friedberg-Strasse Nr. 6 und 8. Die Grundstücke liegen gemäss dem Zonenplan der Stadt St. Gallen vom 1. November 1980 in der Wohn-Gewerbe-Zone Bauklasse 5a (WG 5a) und werden ausserdem vom Überbauungsplan für das Gebiet zwischen dem Unteren Graben und der Müller-Friedberg-Strasse vom 7. Oktober 1953 mit Änderung vom 19. Januar 1990 (nachfolgend: Überbauungsplan) erfasst. Die Grundstücke des Überbauungsplangebiets sind mit einer Garage und Tankstelle, einer mehrstöckigen Parkgarage sowie mit Bürogebäuden überbaut. Die Änderung des Überbauungsplans vom 19. Januar 1990 beinhaltete eine Erhöhung der Gesimshöhenkoten, in deren Folge das Gebäude Unterer Graben 25/ Müller-Friedberg-Strasse 8 um ein Geschoss aufgestockt wurde.
Im Verlaufe des Jahres 1997 bereitete das Hochbauamt der Stadt St. Gallen eine erneute Änderung des Überbauungsplans vor. Dabei wurde eine Aufstockung des dreigeschossigen Gebäudes am Unteren Graben 21 um zwei und des Gebäudes Unterer Graben 25/Müller-Friedberg-Strasse 8 um ein Voll- sowie um ein gemeinsames nordseitiges Attikageschoss vorgesehen. Das Vorhaben wurde mit der erwünschten innerstädtischen Verdichtung an optimaler, zentrumsnaher und gut erschlossener Lage begründet sowie damit, dass der Universität St. Gallen der Zusammenzug von heute verstreuten Arbeitsplätzen an einem zentralen Ort ermöglicht werden solle.
Am 7. Oktober 1997 beschloss der Stadtrat die Abweisung der gegen die Planänderung erhobenen Einsprachen und die Vorlage an den Grossen Gemeinderat. Dieser stimmte der Änderung des Überbauungsplans am 28. Oktober 1997 zu.
B.- Gegen den Einspracheentscheid des Stadtrats vom 7. Oktober 1997 erhoben Kurt Pischl sowie eine weitere benachbarte
Grundeigentümerin erfolglos Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen.
Die unterlegenen Rekurrenten gelangten an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Das Verwaltungsgericht erwog in seinem Entscheid vom 18. Februar 1999 zusammengefasst, die Vorinstanz habe den Sachverhalt zuwenig eingehend geprüft. Namentlich seien Widersprüche zwischen den Erwägungen der Vorinstanz und den Vernehmlassungen bzw. Amtsberichten der verschiedenen Ämter nicht ausgeräumt worden. Es könne nicht zuverlässig beurteilt werden, ob die umstrittene Planänderung den angestrebten Zweck, die Verwirklichung einer Gesamtüberbauung mit städtebaulich guter Qualität, erreiche. Ferner sei unklar, ob der Überbauungsplan im konkreten Fall ein besseres Projekt als die Regelbauweise gewährleiste und auch den Interessen der Nachbarn angemessen Rechnung trage. Das Verwaltungsgericht wies daher die Angelegenheit zur Klärung der städtebaulichen Qualität der geplanten Änderungen des Überbauungsplans an das Baudepartement zurück.
Die übrigen Rügen der Beschwerdeführer verwarf das Verwaltungsgericht. Unter anderem gelangte es zum Schluss, es liege keine Verletzung des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG, SR 814. 01) und der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV, SR 814. 41) vor. Insbesondere dürfe hingenommen werden, dass für das Gebiet des Überbauungsplans noch keine Lärm-Empfindlichkeitsstufe festgesetzt worden sei, da dies im Rahmen des Baubewilligungsverfahrens nachgeholt werden könne.
C.- Kurt Pischl hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts am 26. März 1999 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, soweit damit die Rüge der Verletzung von Art. 43 f. LSV abgewiesen wurde. Weiter verlangt er die Aufhebung des Überbauungsplans "Müller-Friedberg-Strasse/Unterer Graben" samt ergänzenden Vorschriften gemäss Auflage vom 7. Juli 1997.
Urs Wagner und das Baudepartement beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Die Stadt St. Gallen und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
D.- Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) nahm zur Frage Stellung, ob im angefochtenen Planungsverfahren Empfindlichkeitsstufen gemäss Art. 43 f. LSV festzulegen seien. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich dazu zu äussern.
E.- Mit Verfügung vom 18. Mai 1999 wies der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung ab.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts stützt sich sowohl auf Bundesrecht als auch auf kantonales öffentliches Recht. Der Beschwerdeführer hat eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und ficht den Entscheid des Verwaltungsgerichts nur insofern an, als darin eine Verletzung der eidgenössischen Lärmschutzvorschriften verneint wird.
Gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist die Festsetzung der Lärm-Empfindlichkeitsstufen unabhängig davon, ob sie einzelfallweise oder in Ergänzung der Nutzungsplanung erfolgt, mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbar (<ref-ruling> E. 1b-d, 235 E. 1). Dies gilt auch für die Rüge, die Festsetzung der Empfindlichkeitsstufe sei in einem Planungsverfahren zu Unrecht unterblieben. Das Verwaltungsgericht hat die Frage, ob die Planänderung ohne Zuordnung der Empfindlichkeitsstufe zulässig ist, abschliessend beantwortet. Insofern liegt trotz des Rückweisungsentscheids ein mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbarer Endentscheid vor (vgl. Peter Karlen, Vewaltungsgerichtsbeschwerde, in: Geiser/ Münch, Prozessieren vor Bundesgericht, 2. Aufl. , Basel 1998, S. 96, Rz. 3.15, mit Hinweisen auf die Praxis).
b) Als Folge des im Beschwerdeverfahren geltenden Devolutiveffekts hat der Entscheid des Verwaltungsgerichts den bei ihm angefochtenen Beschluss über den Überbauungsplan ersetzt. Die Verwaltungsakte der städtischen Behörden brauchen nicht separat angefochten zu werden; sie sind inhaltlich notwendigerweise mitangefochten, wenn der Sachentscheid der obersten kantonalen Instanz mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht weitergezogen wird. Auf das Rechtsbegehren, der Überbauungsplan "Müller-Friedberg-Strasse/Unterer Graben" sowie die ergänzenden Vorschriften seien aufzuheben, ist daher nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1c S. 33 mit Hinweisen).
c) Der Beschwerdeführer ist als Nachbar des Überbauungsplangebiets von der Planänderung unmittelbar betroffen und daher gemäss Art. 103 lit. a OG zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert, sofern er ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung der angefochtenen Verfügung hat. Dieses kann rechtlicher oder auch bloss tatsächlicher Natur sein und braucht mit dem Interesse, das durch die vom Beschwerdeführer als verletzt gerügten Normen geschützt wird, nicht übereinzustimmen (<ref-ruling> E. 2b, 176 E. 2a). Es ist offensichtlich, dass der Beschwerdeführer an der Aufhebung der vorgesehenen Planänderung ein schützenswertes faktisches Interesse hat, fällt ohne diese doch die Möglichkeit dahin, die Gebäude im Plangebiet wie vorgesehen zu erhöhen. Es spielt daher keine Rolle, dass das Grundstück des Beschwerdeführers nicht im Plangebiet liegt und er aus der Festsetzung der Empfindlichkeitsstufe für dieses Gebiet keinen direkten Schutz vor Immissionen erlangt.
d) Die übrigen Sachurteilsvorsaussetzungen sind erfüllt.
Auf die rechtzeitig eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit unter Vorbehalt der Ausführungen in E. 1b hiervor einzutreten.
2.- a) Entsprechend den unterschiedlichen Lärmschutzbedürfnissen in verschiedenen Nutzungszonen unterscheidet <ref-law> vier Lärm-Empfindlichkeitsstufen. Gemäss <ref-law> haben die Kantone dafür zu sorgen, dass die Empfindlichkeitsstufen in den Baureglementen oder Nutzungsplänen der Gemeinden den Nutzungszonen zugeordnet werden. Die Zuordnung ist bei der Ausscheidung oder Änderung der Nutzungszonen oder bei der Änderung der Baureglemente, spätestens aber zehn Jahre nach Inkrafttreten der Lärmschutz-Verordnung vorzunehmen (<ref-law>). Der Begriff des Nutzungsplans im Sinne von <ref-law> schliesst kantonalrechtliche Sondernutzungspläne ein (<ref-ruling> E. 2c S. 292 oben).
b) Aus den Akten ergibt sich, dass die Stadt St. Gallen vorgesehen hatte, anlässlich der zu Beginn der neunziger Jahre eingeleiteten Zonenplanrevision den Nutzungszonen die entsprechenden Empfindlichkeitsstufen zuzuordnen (vgl. den Teilzonenplan Empfindlichkeitsstufen, Vorlage des Stadtrates zuhanden des Grossen Gemeinderates vom 10. Mai 1994). Die Planungsrevision scheiterte in der Volksabstimmung im Juni 1997, weshalb eine generelle Zuordnung der Empfindlichkeitsstufen trotz der abgelaufenen Frist von <ref-law> noch nicht vorliegt. Der Beschwerdeführer nimmt an, dies habe zur Folge, dass keine einzelfallweisen Zuordnungen von Empfindlichkeitsstufen mehr vorgenommen werden dürften, mithin ein Baustopp für lärmempfindliche und lärmerzeugende Bauten und Anlagen bis zur ordentlichen Zuordnung der Empfindlichkeitsstufen im Nutzungsplan eintrete. Dass diese Annahme zutrifft, ist unwahrscheinlich (vgl. Robert Wolf, Auswirkungen des Lärmschutzrechts auf Nutzungsplanung und Baubewilligung, in: AJP 1999 S. 1055 ff., 1058), kann aber vorliegend dahingestellt bleiben.
c) Der Beschwerdeführer kritisiert in erster Linie, dass für den Perimeter des Überbauungsplans keine Empfindlichkeitsstufe festgelegt wurde. Die übrigen Verfahrensbeteiligten sind übereinstimmend der Auffassung, eine solche Zuordnung sei nicht erforderlich gewesen, da sie auch noch einzelfallweise im Rahmen des anschliessenden Baubewilligungsverfahrens vorgenommen werden könne.
Beim umstrittenen Überbauungsplan handelt es sich um einen Nutzungsplan im Sinne der Art. 14 ff. des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700), der Abweichungen von der bisherigen Grundnutzungsordnung zulässt. Seine Revision beinhaltet Neuregelungen, welche die Geschosszahl und damit das Mass der Nutzung im Plangebiet betreffen. In erster Linie sollen durch die Planänderungen zusätzliche Stockwerke für lärmempfindliche Nutzungen ermöglicht werden. Diese Planung setzt eine Interessenabwägung voraus, die sich an den Kriterien von Art. 1 und 3 RPG orientiert. Unter anderem stellt sich die Frage, ob die vorgesehene Nutzung unter dem Gesichtspunkt der Lärmbelastung zulässig sei. Bei der entsprechenden Beurteilung musste das kantonale Amt für Umweltschutz eine Annahme über die massgebliche Empfindlichkeitsstufe treffen. Es ist problematisch, die Planänderung vorzunehmen, ohne über diese Annahme und damit die massgebliche Lärmempfindlichkeit auch formell und unter Einhaltung der massgeblichen Verfahrens- und Zuständigkeitsordnung zu befinden.
Die umstrittene Planänderung ist unter den gegebenen Umständen als Änderung der Nutzungszone im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren und gibt nach der genannten Vorschrift zwingend Anlass für eine Zuordnung der Empfindlichkeitsstufe zum Überbauungsplangebiet (vgl. Stefan Mesmer, Die Festlegung von Empfindlichkeitsstufen, Schriftenreihe Umwelt Nr. 205 [Hrsg. BUWAL], Bern 1993, S. 32 ff.). Die Stadt St. Gallen und die kantonalen Instanzen haben denn auch keine überzeugenden Gründe vorgebracht, die den Verzicht auf die Zuordnung der Empfindlichkeitsstufe im Planungsverfahren bzw. die Verschiebung der Zuordnung auf das Baubewilligungsverfahren rechtfertigen würden.
d) Das Grundstück des Beschwerdeführers liegt ausserhalb des Perimeters des Überbauungsplans und wird von der vorzunehmenden Zuordnung des Empfindlichkeitsstufe nicht erfasst. In der Beschwerde an das Bundesgericht beanstandete der Beschwerdeführer zumindest sinngemäss auch, dass die angefochtene Planänderung vorgenommen wurde, ohne für die umgebenden Grundstücke, namentlich für seine Liegenschaft, die massgebliche Empfindlichkeitsstufe zu bestimmen. Der Beschwerdeführer machte geltend, mit der Planänderung solle eine massive Mehrnutzung erlaubt werden. Das Gewerbegebäude, zusammen mit der daran anschliessenden Strasse, stelle eine emittierende Anlage dar, weshalb im Planungsverfahren die entsprechenden Abklärungen durchzuführen seien. Weiter bestritt der Beschwerdeführer die Ausführungen des Verwaltungsgerichts, wonach seiner Liegenschaft wegen Lärmvorbelastung allenfalls die Empfindlichkeitsstufe III zuzuordnen sei. Im Gegensatz zu diesen Äusserungen behauptet der Beschwerdeführer in seiner Vernehmlassung zur Stellungnahme des BUWAL, er habe nie beantragt, dass auch für seine Parzelle die Empfindlichkeitsstufe bestimmt werde. Es kann dahingestellt bleiben, ob in diesen Ausführungen ein Teilrückzug der Beschwerde zu erkennen ist, da die Empfindlichkeitsstufe der an das Plangebiet angrenzenden Grundstücke im Rahmen des vorliegenden Planungsverfahrens - wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt - ohnehin nicht bestimmt werden muss.
aa) Die Zuordnung einer Empfindlichkeitsstufe zu den Nachbargrundstücken des Überbauungsplangebiets würde ermöglichen, die auf diesen Grundstücken massgebenden Belastungsgrenzwerte zu bestimmen. Eine an den Belastungsgrenzwerten orientierte Begrenzung der Lärmemissionen erfolgt bei der Änderung einer ortsfesten Anlage indessen nur dann, wenn die Änderung in Bezug auf die Lärmbelastung als wesentlich zu bezeichnen ist (vgl. Art. 8 Abs. 2 und 3 LSV), während bei anderen Änderungen, die auf die Lärmbelastung der Umgebung kaum Einfluss haben und somit nicht als wesentliche Änderungen gelten, die Emissionen im Rahmen des Vorsorgegrundsatzes zu begrenzen sind, ohne dass eine Lärmbeurteilung bei den betroffenen Liegenschaften in der Umgebung vorgenommen werden muss (<ref-law>). Auf eine Empfindlichkeitsstufen-Zuordnung in der Umgebung kann mithin verzichtet werden, wenn die Änderung der Anlage in lärmschutzrechtlicher Hinsicht beurteilt werden kann, ohne dass die massgeblichen Immissionsgrenzwerte in der Umgebung bekannt sind. bb) Die umstrittene Planänderung wird zwar in baulicher Hinsicht eine intensivierte Nutzung des Plangebiets ermöglichen, indessen voraussichtlich den motorisierten Individual-Zubringerverkehr kaum erhöhen, weil der Umfang der vorhandenen Parkierungsflächen nicht ausgedehnt werden soll. Aufgrund der Pläne zur Änderung des Überbauungsplans ist ferner zu erwarten, dass die zusätzlichen Stockwerke für eine Büronutzung oder eine vergleichbare Tätigkeit ohne nennenswerte zusätzliche Lärmemissionen verwendet werden. Damit ist aus der Planänderung und der damit ermöglichten Nutzungserweiterung auch keine Zunahme der Lärmbelastung für die Nachbargrundstücke zu erwarten. Das BUWAL führt in seiner Vernehmlassung an das Bundesgericht somit zu Recht aus, dass die vorgesehene bauliche Veränderung unter lärmschutzrechtlichen Gesichtspunkten nicht als wesentliche Änderung im Sinne von <ref-law> zu bezeichnen ist.
Daran ändern die Ausführungen des Beschwerdeführers in der Vernehmlassung zur Stellungnahme des BUWAL nichts.
Das dort erwähnte Baugesuch, das zu einer Lärmzunahme führen soll, betrifft eine benachbarte Liegenschaft und nicht die vom Überbauungsplan erfassten Grundstücke. Die Frage, ob dieses Bauprojekt relevante Lärmimmissionen bewirken wird, ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
cc) Der hier zu beurteilende Überbauungsplan legt die in den zusätzlichen Stockwerken zulässige Nutzung indessen nicht ausdrücklich fest. Es ist deshalb möglich, dass im Baubewilligungsverfahren aufgrund veränderter Gegebenheiten nochmals geprüft werden muss, ob eine wesentliche Änderung im Sinne von <ref-law> vorliegt. Zur Zeit kann jedoch davon ausgegangen werden, dass der Überbauungsplan keine wesentliche Änderung im Sinne von <ref-law> zum Gegenstand hat, weshalb im vorliegenden Verfahren auch nicht zu beurteilen ist, ob die gemäss revidiertem Überbauungsplan vergrösserte Anlage in der Umgebung die massgeblichen Immissionsgrenzwerte einhalten wird. In dieser Situation erübrigt sich die Zuordnung der Empfindlichkeitsstufe nach Art. 43 f. LSV in Bezug auf die Liegenschaft des Beschwerdeführers, da eine solche Zuordnung nur dazu dienen könnte, die dort massgeblichen Belastungsgrenzwerte zu bestimmen.
3.- a) Es ergibt sich, dass die Auffassung der kantonalen Instanzen, die Zuordnung der Empfindlichkeitsstufe für das Gebiet des Überbauungsplans könne auf das Baubewilligungsverfahren verschoben werden, dem einschlägigen Bundesrecht widerspricht. Die entsprechenden Schritte sind von den zuständigen städtischen Behörden nachzuholen, und das Planänderungsverfahren ist zu ergänzen. Dies führt zur Gutheissung der Vewaltungsgerichtsbeschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Urteils des Verwaltungsgerichts, soweit darin die Verletzung von Art. 43 f. LSV verneint wurde.
Nachdem das Verwaltungsgericht die Streitsache bereits an das kantonale Baudepartement zur Prüfung der architektonisch-städtebaulichen Auswirkungen des Vorhabens zurückgewiesen hat, ist eine Rückweisung der Angelegenheit an das Verwaltungsgericht gerechtfertigt. Das Gericht wird die zur Ergänzung des Verfahrens durch die Stadt St. Gallen erforderlichen Anordnungen zu treffen und dabei die Koordination mit dem beim Baudepartement hängigen Verfahren sicherzustellen haben.
b) Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdegegner die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Zudem hat er den Beschwerdeführer für dessen Aufwand angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, soweit auf sie einzutreten ist. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 18. Februar 1999 wird aufgehoben, soweit darin eine Verletzung der Art. 43 und 44 LSV verneint wurde. Die Angelegenheit wird zur Ergänzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000. -- wird dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.- Der Beschwerdegegner hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 2'000. -- auszurichten.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde St. Gallen, vertreten durch den Stadtrat, dem Baudepartement sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: