Faits:
A. Y._ SA est inscrite au registre du commerce du canton de Neuchâtel depuis le 29 juin 1955. Elle a pour but l'exploitation et la mise en gérance d'un immeuble situé à Neuchâtel et, d'une manière générale, l'achat, la vente, la construction et la gérance d'immeubles. Depuis 1997, A._ est l'unique administrateur et le seul actionnaire de Y._ SA, ainsi que de la Société X._ SA qui fait l'objet d'une procédure séparée (2C_722/2008).
Le 8 février 2006, le Service cantonal des contributions a notifié à Y._ SA les taxations relatives à l'année fiscale 2004, tant pour les impôts cantonal et communal, que pour l'impôt fédéral direct. Le bénéfice imposable retenu s'élevait à 21'800 fr., après reprise à hauteur de 11'150 fr. sur le montant de 21'150 fr. déclarés par Y._ SA à titre de salaire et autres frais versés à A._.
Cette taxation a été confirmée sur réclamation, par décision du Service des contributions du 30 mars 2006.
B. Y._ SA a recouru contre cette décision auprès du Tribunal fiscal de Neuchâtel qui, par jugement du 12 décembre 2007, a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation du 30 mars 2006. Il a notamment retenu que la recourante avait alloué à son administrateur un avantage appréciable en argent correspondant à la part versée à celui-ci à titre de rémunération qui dépassait 10'000 fr.
Le recours déposé par Y._ SA a été rejeté par arrêt du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel du 9 septembre 2008. Traitant simultanément les impôts cantonal et communaI, ainsi que l'impôt fédéral direct, la juridiction cantonale a considéré en substance qu'en l'absence de justificatifs pour les charges invoquées, les autorités inférieures pouvaient se référer au barème de l'Union neuchâteloise des professionnels de l'immobilier (en abrégé: l'UNPI) pour évaluer la rémunération admissible des services rendus par A._. En versant un montant de 21'150 fr. à son actionnaire et administrateur unique pour les prestations effectuées par ce dernier, Y._ SA avait, selon les juges cantonaux, accordé une prestation disproportionnée qui entrait dans la catégorie des avantages appréciables en argent. C'était donc à juste titre que l'autorité fiscale avait réintégré dans le bénéfice imposable de la société un montant de 11'150 fr.
C. Y._ SA déclare former un recours de droit public (sic) auprès du Tribunal fédéral et conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 9 septembre 2008 et des taxations 2004, la rémunération de 21'150 fr. servie par la recourante à A._ étant ainsi admise.
Le Tribunal administratif se réfère aux motifs de son arrêt et conclut au rejet du recours. Le Tribunal fiscal renonce à se déterminer sur le recours, en renvoyant à son jugement et à l'arrêt attaqué.
L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt entrepris et conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 La recourante a déclaré déposer un « recours de droit public » auprès du Tribunal fédéral. Cette voie de droit n'existe plus depuis l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). L'intitulé erroné de son mémoire ne saurait toutefois lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui est ouverte (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 314 et les références).
1.2 L'arrêt attaqué concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2004. S'agissant dans les deux cas de droit public, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>, les exceptions de l'<ref-law> n'étant pas réalisées. Les lois fiscales applicables confirment cette voie de droit : pour l'impôt fédéral direct, à l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11]) et, pour les impôts cantonal et communal, à l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors que le recours concerne le bénéfice imposable d'une personne morale, soit une matière harmonisée figurant à l'art. 24 de ladite loi, et qu'il porte sur une période postérieure au délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur l'harmonisation le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation (<ref-law>).
1.2 L'arrêt attaqué concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2004. S'agissant dans les deux cas de droit public, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>, les exceptions de l'<ref-law> n'étant pas réalisées. Les lois fiscales applicables confirment cette voie de droit : pour l'impôt fédéral direct, à l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11]) et, pour les impôts cantonal et communal, à l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors que le recours concerne le bénéfice imposable d'une personne morale, soit une matière harmonisée figurant à l'art. 24 de ladite loi, et qu'il porte sur une période postérieure au délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur l'harmonisation le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation (<ref-law>).
1.3 1.3.1 Les tribunaux cantonaux, lorsqu'ils se prononcent sur une question relevant tant de l'impôt fédéral direct que des impôts cantonal et communal doivent en principe rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans un seul acte, l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts. Cette exigence se justifie par le fait qu'il s'agit d'impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et qui font l'objet de taxations et de procédures séparées (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 8.3 p. 511). Elle garde donc toute sa justification, bien qu'elle ait été posée sous l'empire de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; RO 3 521; arrêt 2C_176/2008 du 26 août 2008 in RDAF 2008 II p. 247 consid. 1.2). Il y a lieu cependant de relativiser cette jurisprudence lorsque la question juridique à trancher par l'autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut donc être traitée avec un raisonnement identique, tant pour l'impôt fédéral direct, que pour les impôts cantonal et communal. Dans un tel cas, on peut admettre qu'une seule décision soit rendue et que le dispositif ne distingue pas entre les deux catégories d'impôts, à condition toutefois que la motivation de la décision attaquée permette clairement de saisir que la décision rendue vaut aussi bien pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal.
1.3.2 Parallèlement aux exigences de motivation destinées aux autorités judiciaires cantonales, la jurisprudence a également précisé que le recourant doit en principe déposer, devant le Tribunal fédéral, deux recours différents, qui peuvent aussi être contenus dans la même écriture avec des conclusions adaptées à chacun des impôts (ATF <ref-ruling> consid. 8.3 p. 511). A l'origine, il s'agissait avant tout de tenir compte d'impératifs procéduraux qui ont aujourd'hui disparu s'agissant du droit cantonal harmonisé. En effet, sous l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire, le Tribunal fédéral pouvait être saisi d'un recours de droit administratif tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal concernant un domaine harmonisé (<ref-law>). Toutefois, en matière d'impôt fédéral direct, il pouvait statuer sur le fond (art. 114 OJ) et aller au-delà des conclusions des parties, alors que, pour les impôts cantonal et communal portant sur une matière harmonisée, le Tribunal fédéral ne pouvait qu'annuler l'arrêt attaqué et renvoyer l'affaire pour nouvelle décision à l'autorité inférieure en vertu de l'<ref-law>, ce qui, selon le Tribunal fédéral, justifiait d'exiger le dépôt de deux recours distincts (cf. ATF <ref-ruling> consid. 8.3 p. 511). Avec la loi sur le Tribunal fédéral, en vigueur le 1er janvier 2007, la situation s'est modifiée et le Tribunal fédéral a jugé que l'<ref-law> devait céder le pas devant l'<ref-law>, qui lui confère un pouvoir général de réforme quel que soit le recours déposé devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 189; approuvant cette solution: DANIEL DE VRIES REILINGH, Premières expériences de procédure sous la LTF en matière de droit fiscal harmonisé (LHID), in Jusletter du 23 juin 2008 n. 17 et 18).
Dès lors que le pouvoir d'examen et les compétences du Tribunal fédéral sont désormais les mêmes, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, que les impôts cantonal et communal portant sur une matière visée à l'<ref-law>, il n'y a plus de raison d'exiger systématiquement du recourant qu'il dépose deux recours distincts pour chacun de ces impôts, à moins que l'autorité cantonale ait elle-même rendu deux décisions. Dans les cas où l'autorité cantonale se contente de rendre une seule décision valant pour les deux impôts, car la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. supra consid. 1.3.1), le recourant doit pouvoir attaquer cette décision dans un seul recours. Il faut cependant qu'il ressorte de la motivation du recours, que celui-ci s'en prend tant à l'impôt fédéral direct, qu'aux impôts cantonal et communal, pour que ces deux catégories d'impôts soient revues par le Tribunal fédéral. Dans cette mesure, la jurisprudence développée à l'ATF <ref-ruling> consid. 8.3 p. 511 doit être précisée.
1.3.3 En l'espèce, la décision attaquée ne distingue pas, dans son dispositif, l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal. Dans la motivation, les juges cantonaux ont toutefois indiqué que la notion de bénéfice net, servant de base à l'imposition des personnes morales et qui fait partie du domaine harmonisé, est la même pour les deux catégories d'impôts, de sorte que le rejet du recours prononcé dans l'arrêt attaqué vaut tant pour l'impôt fédéral direct, que pour les impôts cantonal et communal 2004. Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante de ne pas avoir déposé deux recours distincts, ni formulé des conclusions séparées, dès lors qu'il ressort clairement de son mémoire au Tribunal fédéral qu'elle s'en prend à ces deux catégories d'impôt.
1.4 Au surplus, déposé en temps utile, contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir (<ref-law>), le recours est recevable au regard des <ref-law>.
I. Impôt fédéral direct
2. Le litige porte sur le calcul du bénéfice imposable de la recourante et plus particulièrement sur le point de savoir si c'est à juste titre que les autorités cantonales ont considéré que, sur les 21'150 fr. déclarés à titre de salaire et autres prestations octroyées à A._, seule une rémunération globale de 10'000 fr. pouvait être admise.
Invoquant l'arbitraire et une fausse application du droit, la recourante reproche aux instances inférieures d'avoir assimilé l'activité de son actionnaire unique à celle d'une gérance immobilière et d'avoir considéré que, pour plus de la moitié, cette activité devait être qualifiée de prestation appréciable en argent, faisant partie de son bénéfice imposable.
2.1 D'après l'art. 58 al. 1 let. b in fine LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial.
Par distributions de bénéfice au sens de cette disposition, il faut entendre toutes les prestations appréciables en argent faites par la société au porteur de droits de participation. En fait notamment partie une rémunération salariale excessive octroyée dans un contexte de rapports de travail (ROBERT DANON, Commentaire romand LIFD 2008, n. 142 ad art. 57-58, p. 755). La délimitation entre revenu du travail et distribution dissimulée de bénéfice se pose spécialement lorsqu'une rémunération disproportionnée est versée à l'actionnaire-directeur, c'est-à-dire lorsque cette rémunération ne correspond pas à ce qui aurait été versé à un tiers dans les mêmes circonstances (arrêts 2A.742/2006 du 15 mai 2007, consid. 5.1 et 2A.71/2004 du 4 février 2005 in RF 2005 B 72.13.22 no 44, consid. 2). Pour en juger, il y a lieu de prendre en considération l'ensemble des facteurs objectifs et subjectifs qui, au sein de l'entreprise, sont déterminants pour évaluer financièrement les prestations, en tenant compte aussi des critères de rémunération connus dans des entreprises semblables (arrêt précité 2A.71/2004 consid. 2 in fine).
2.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a constaté qu'aucun document au dossier ne permettait d'établir la nature et l'importance des activités déployées par A._, dont la société prétendait qu'il procédait à la recherche de locataires, au nettoyage des appartements, aux travaux d'entretien et à la conciergerie. En l'absence d'éléments concrets, les juges se sont référés aux recommandations de l'UNPI relatives aux honoraires de gérance pour démontrer que la rémunération annuelle de 21'150 fr. versée à l'actionnaire-administrateur était disproportionnée par rapport aux activités déployées par ce dernier, qui ne comprenaient pas les frais de gérance et de fiduciaire figurant au compte d'exploitation de la société. En définitive, elle a retenu le montant de 4'658 fr. d'honoraires pour la gestion effectuée par A._, calculé sur la base du produit locatif de l'immeuble. Sur les 10'000 fr. de rémunération admis par l'administration fiscale, le solde de 5'342 fr. était manifestement suffisant pour rémunérer les autres activités de conciergerie exercées.
2.3 La recourante prétend que la comparaison avec les données figurant dans les recommandations de l'UNPI est arbitraire, dans la mesure où la situation de A._, qui gère les immeubles lui appartenant, ne saurait être comparée à celle d'une gérance qui dispose de suffisamment d'immeubles pour réduire ses coûts fixes et rentabiliser ses activités. En partant d'un tarif horaire de 200 fr. prévu par les normes de l'UNPI pour les indépendants, la recourante estime que le montant de 21'150 fr. déclaré correspond à un salaire mensuel net de 1'762 fr. 50, soit à une activité de 8 à 9 heures par mois, ce qui n'a rien d'abusif et ne saurait manifestement pas répondre à la notion de prestation appréciable en argent. la recourante soutient aussi que l'activité déployée par son actionnaire lui est beaucoup plus profitable que celle d'une gérance immobilière, en raison des travaux qu'il effectue lui-même ou des solutions les plus rationnelles recherchées. Elle se fonde, pour appuyer ses dires, sur une expertise établie le 3 juillet 2008 par un bureau d'architectes de Delémont.
2.4 Il faut tout d'abord relever qu'aucun fait nouveau ni aucune preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Il n'est ainsi pas possible de produire devant le Tribunal fédéral des pièces que le recourant a renoncé à présenter devant l'instance cantonale ou qui ont été écartées (cf. ULRICH MEYER, Commentaire bâlois, 2008, <ref-law> n. 6; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, n. 4046). Il ressort du dossier que, lorsque la cause était pendante devant le Tribunal administratif, la recourante n'a pas produit le rapport d'expertise du 3 juillet 2008, même pas avec sa lettre du 17 juillet 2008, dans laquelle elle déclarait confirmer ses conclusions, sans déposer d'observations. La recourante ne peut donc, devant le Tribunal fédéral, se prévaloir de cette pièce, qui est ainsi irrecevable.
2.5 Au surplus, pour que l'arbitraire prohibé par l'art. 9 Cst. puisse être retenu, il faut que la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle contredise d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain; en outre, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'autorité intimée serait concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 133 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 3.1). Il appartient au recourant de démontrer l'arbitraire en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 p. 265).
En l'occurrence, la juridiction cantonale pouvait retenir sans arbitraire, sur la base du dossier dont elle disposait, que la recourante n'avait pas apporté la preuve de la nature et de l'importance des activités déployées par A._. En l'absence d'élément concret, il n'y a rien d'insoutenable à opérer une comparaison avec les honoraires de gérance recommandés par l'Union des professionnels de l'immobilier du canton de Neuchâtel. La recourante se réfère d'ailleurs elle-même à ces recommandations, lorsqu'elle propose de taxer les prestations de son administrateur-actionnaire au taux horaire de 200 fr. prévu pour les activités d'un régisseur, chef d'entreprise ou directeur. En outre, la recourante ne démontre pas en quoi le montant de 5'342 fr. retenu par la juridiction cantonale pour rémunérer les tâches de concierge exercées par A._ serait choquant. Comme il n'est pas possible de prendre en considération l'expertise du 3 juillet 2008 produite avec le présent recours (consid. 2.4), il n'a pas davantage été établi que les honoraires pour les gestions locative, technique et financière de l'immeuble en cause, estimés à 4'658 fr. selon la méthode fondée sur les produits locatifs préconisée par l'UNIP, seraient manifestement inférieurs aux rémunérations généralement offertes pour des activités semblables, cela d'autant plus que les frais de gérance et de fiduciaire de la recourante sont facturés séparément.
Dans ces circonstances, le Tribunal administratif n'a pas violé la LIFD et n'est pas non plus tombé dans l'arbitraire, en retenant que le montant de 21'150 fr., déclaré à titre de rémunération versée à l'actionnaire et administrateur de la recourante, représentait une prestation disproportionnée par rapport à la contre-prestation correspondante obtenue par la société; partant, l'autorité fiscale avait réintégré à juste titre un montant de 11'150 fr. dans le bénéfice imposable.
II. Impôts cantonal et communal
3. Les considérations développées ci-dessus pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal de la période fiscale 2004. En effet, quand bien même l'<ref-law> ne renvoie pas expressément au solde du compte de résultat, à la différence de la lettre de l'<ref-law>, la notion de bénéfice soumis aux impôts cantonal et communal harmonisés est la même que celle de l'impôt fédéral direct (arrêt 2A.742/2006 du 15 mai 2007 consid. 8.1 et la référence citée).
Conformément à l'<ref-law>, l'art. 84 al. 1 let. b de la loi neuchâteloise sur les contributions directes du 21 mars 2000 (LCdir; RS NE 631.0) prévoit que le bénéfice net imposable comprend les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial. La teneur de cette disposition est semblable à celle de l'<ref-law>.
Par conséquent, en jugeant que le montant de 11'150 fr. devait être réintégré dans le bénéfice imposable de la période fiscale 2004, le Tribunal cantonal n'a pas non plus violé le droit cantonal harmonisé.
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, tant en en matière d'impôt fédéral direct, qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. LTF) et n'a pas droit à des dépens.

Le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des contributions, au Tribunal fiscal et à la Cour de droit public du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 5 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat