Faits:
A. Dame X._, qui exerce l'activité d'agent en fonds de commerce sous la raison individuelle X._ (ci-après: la créancière), s'est occupée de la remise de deux commerces appartenant à Y._ (ci-après: la débitrice), soit le Café A._ en 2003 et le Café B._ en 2005.
Le 10 octobre 2008, dans la poursuite n° xxxx qu'elle a introduite contre la débitrice précitée, X._ s'est vu délivrer par l'Office des poursuites de Genève un procès-verbal de saisie valant acte de défaut de biens. Selon cet acte, aucun bien n'était saisissable, compte tenu des revenus mensuels de la débitrice et de son époux (rente AI de 1803 fr. pour la première, 2'794 fr. d'indemnité de chômage pour le second) et de leurs charges mensuelles (loyer de 1'750 fr., primes d'assurance maladie de 796 fr. 40).
B. La créancière a porté plainte auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève contre la délivrance de l'acte de défaut de biens. Alléguant que la débitrice avait reçu, lors de la remise de ses commerces, les sommes de 137'292 fr. 55 en 2003 et de 200'000 fr. en 2005, elle s'interrogeait sur le sort de ces deux montants, dont il n'était fait aucune mention dans l'acte en question. En outre, l'office avait omis d'indiquer le compte bancaire de la débitrice auprès du Crédit Suisse sur lequel avait été versé à l'époque le premier desdits montants.
B.a Dans son rapport du 4 novembre 2008, l'office a exposé le déroulement chronologique des opérations de saisie: il avait commencé par interroger la débitrice et établir un procès-verbal, que celle-ci avait signé le 22 janvier 2008; puis il avait interrogé les banques de la place et avait alors découvert l'existence, auprès du Crédit Suisse, d'un compte au nom de la débitrice et d'un compte joint au nom des deux époux; ce dernier compte avait été soldé en 2006; le compte au nom de la débitrice avait été bloqué dans un premier temps, jusqu'à ce que l'office constate que le minimum vital avait été atteint par cette mesure; la somme maximale ayant figuré sur ce compte n'avait pas dépassé 5'686 fr. entre 2007 et 2008; la débitrice avait procédé à de nombreux retraits durant les années 2004/2005, de sorte qu'au 30 juin 2005 il ne restait plus qu'un solde de 6'042 fr. 50; la débitrice avait refusé de justifier l'affectation des sommes reçues au titre de la remise de ses commerces et, s'agissant des retraits précités, elle avait expliqué que l'argent avait servi à régler des dettes relatives à son ancien restaurant, mais sans pouvoir en obtenir les justificatifs; l'office n'avait pas jugé opportun de dénoncer les faits pénalement puisqu'ils remontaient à plus de trois ans avant la date de la saisie; l'office avait par ailleurs procédé à la visite des logements de la débitrice.
B.b Autorisée à répliquer, la plaignante a constaté que l'office n'avait pas fait d'investigations concernant l'affectation des montants reçus suite à la vente des deux commerces de la débitrice et que les relevés des comptes bancaires ne suivaient pas un ordre chronologique. Elle était d'avis que l'office devait exiger de la banque et de Postfinance des extraits de comptes complets depuis 2003, solliciter des explications de la débitrice concernant ses retraits d'argent supérieurs à 5'000 fr. et obtenir des renseignements du service de la TVA et de l'acquéreur d'un des deux commerces. La plaignante contestait par ailleurs la décision de l'office de lever le blocage du montant de 3'428 fr. 49 figurant sur le compte bancaire.
B.c Dans sa duplique du 28 janvier 2009, l'office a indiqué avoir requis les divers renseignements sollicités. S'agissant du déblocage du compte bancaire, il a précisé que le montant y figurant correspondait au revenu de la débitrice, soit sa rente AI ainsi que la rente complémentaire en faveur de sa fille.
Le 20 février 2009, l'office a écrit à la commission de surveillance qu'il avait obtenu les renseignements en question: s'agissant des relevés de la banque, ceux-ci étaient identiques à ceux produits précédemment; les relevés de Postfinance couvraient la période du 2 décembre 2004 au 23 juin 2005, date à laquelle le compte avait été soldé; le service de la TVA avait refusé de répondre à la demande de renseignements et l'acquéreur du commerce visé était introuvable. L'office a signalé en outre que 4 classeurs fédéraux de justificatifs remis par la débitrice étaient à la disposition de la plaignante pour qu'elle en prenne connaissance ou, si elle le désirait et moyennant une avance de frais de 3'000 fr., pour qu'un comptable procède à l'examen de ces documents.
Par courrier du 25 février 2009, la commission de surveillance a transmis à la plaignante, pour information, une copie des écritures de l'office des 28 janvier et 20 février 2009. Donnant suite à ce courrier, la plaignante a requis que l'office interroge la débitrice pour savoir par le biais de quel(s) compte(s) elle avait payé son avocat lors de la procédure de mainlevée.
B.d Par décision du 26 mars 2009, la commission de surveillance a rejeté la plainte. Elle a estimé, en substance, que les investigations de l'office étaient des plus complètes et exhaustives, que la débitrice avait rempli ses obligations vis-à-vis de l'office en produisant finalement tous les documents demandés, dont les 4 classeurs de justificatifs, et que la plaignante n'avait pas sollicité d'examiner ces derniers.
C. Le 21 avril 2009, la créancière a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral pour violation des <ref-law> (maxime inquisitoire), 29 al. 1 Cst. (déni de justice formel, obligation de statuer), 29 al. 2 Cst. (droit d'être entendu) et 91 LP (obligations du débiteur lors de la saisie). A titre principal, elle conclut à l'annulation du procès-verbal de saisie litigieux et à ce que l'office procède à la saisie de tous les biens et revenus de la débitrice, l'office devant être invité, à cette fin, à réunir les documents bancaires et comptables permettant de constater le sort réservé aux sommes de 137'292 fr. 55 et 200'000 fr. encaissées par la débitrice en 2003 et 2005, à procéder à l'analyse des justificatifs produits par celle-ci (4 classeurs fédéraux) et à prendre tous les renseignements nécessaires auprès d'elle et des tiers; en outre, l'office devrait être invité à opérer la saisie en cause pour l'intégralité de la créance de la recourante, à savoir 15'883 fr. et non pas seulement 5'123 fr. A titre subsidiaire, la recourante demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le dépôt d'une réponse n'a pas été requis.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté dans le délai de l'<ref-law>, compte tenu de la suspension de l'<ref-law>, par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>) par une autorité cantonale de surveillance de dernière instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
1.2 Le chef de conclusions tendant à ce que l'office procède à la saisie pour un montant de créance de 15'883 fr. et non pas seulement de 5'123 fr. n'est pas du tout motivé conformément aux exigences de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF. La décision attaquée retient sur ce point (p. 3, consid. D in fine) que, selon les explications de l'office, l'acte de défaut de biens litigieux ne concerne qu'une des deux poursuites exercées par la recourante contre la débitrice, l'acte de défaut de biens concernant la seconde poursuite étant revenu non réclamé faute de paiement des frais par le créancier. La recourante ne souffle mot de la question. La conclusion qu'elle formule sur le sujet est donc irrecevable.
2. L'essentiel des griefs soulevés devant la Cour de céans repose sur le fait que les 4 classeurs fédéraux remis à l'office par la débitrice ont été mis à la disposition, non pas de la recourante, mais de la commission de surveillance, qui aurait dû statuer à leur sujet et non pas se borner à reprocher à la recourante de ne pas avoir sollicité leur examen. En procédant de la sorte, l'autorité cantonale aurait enfreint son devoir de constatation d'office des faits (<ref-law>), commis un déni de justice (art. 29 al. 1 Cst.) et violé le droit d'être entendu de la recourante (art. 29 al. 2 Cst.).
2.1 Aux termes de l'<ref-law>, l'autorité de surveillance constate les faits d'office; elle peut demander aux parties de collaborer et peut déclarer irrecevables leurs conclusions lorsqu'elles refusent de prêter le concours nécessaire que l'on peut attendre d'elles.
La maxime inquisitoire prévue par cette disposition impose à l'autorité cantonale de surveillance de diriger la procédure, de définir les faits pertinents et les preuves nécessaires, d'ordonner l'administration de ces preuves et de les apprécier d'office (arrêt 7B.68/2006 du 15 août 2006, consid. 3.1). L'autorité doit établir d'elle-même les faits pertinents dans la mesure qu'exige l'application correcte de la loi et ne peut se contenter d'attendre que les parties lui demandent d'instruire ou lui apportent spontanément les preuves idoines (arrêt 7B.15/2006 du 9 mars 2006, consid. 2.1). Les parties intéressées à une procédure d'exécution forcée n'en sont pas moins tenues de collaborer à l'établissement des faits (cf. à ce sujet: <ref-ruling>); il en est ainsi, notamment, lorsque la partie saisit dans son propre intérêt les autorités de surveillance ou qu'il s'agit de circonstances qu'elle est la mieux à même de connaître ou qui touchent à sa situation personnelle, surtout lorsqu'elle sort de l'ordinaire (arrêt 7B.100/2004 du 4 août 2004, consid. 3.1); à défaut de collaboration, l'autorité de surveillance n'a pas à établir des faits qui ne résultent pas du dossier (<ref-ruling> consid. 3 p. 329).
Par ailleurs, la maxime inquisitoire n'exclut pas l'appréciation anticipée d'une preuve qui la fait apparaître vouée à l'échec faute de force probante suffisante, impropre à modifier le résultat des preuves déjà administrées ou superflue (P.-R. Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 59 ad <ref-law> et la jurisprudence citée).
2.2 Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens de l'art. 29 al. 1 Cst., le droit d'être entendu garanti à l'alinéa 2 de cette norme constitutionnelle comprend notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute prise de position soumise au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Il appartient en effet aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Elles doivent à cette fin pouvoir s'exprimer dans le cadre de la procédure, ce qui suppose que la possibilité leur soit concrètement offerte de faire entendre leur point de vue. En ce sens, il existe un véritable droit à la réplique qui vaut pour toutes les procédures judiciaires (<ref-ruling> consid. 2.1). Lorsque le droit de procédure applicable ne prévoit pas de communication de la prise de position, l'autorité doit informer la partie du dépôt de celle-ci et de la possibilité de se déterminer à son sujet. S'il ne prévoit en principe qu'un seul échange d'écritures, l'autorité peut se limiter dans un premier temps à communiquer la prise de position à titre d'information, sans avis formel de la possibilité de répliquer; la partie est ainsi mise en situation de faire ou non usage de cette possibilité; si elle s'en abstient, elle est censée y avoir renoncé (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 46).
2.3 En l'espèce, par courrier du 25 février 2009, la commission cantonale de surveillance a communiqué à la recourante, pour information, une copie de la lettre de l'office du 20 février 2009 mentionnant la remise des 4 classeurs de justificatifs « afin que le plaignant [la recourante] en prenne connaissance » ou en vue d'une éventuelle expertise comptable moyennant avance de frais de 3'000 fr. La commission précisait que l'instruction de la cause était close « sous réserve de mesures d'instruction complémentaires que la Commission jugera utiles et de l'art. 74 LPA », disposition autorisant des écritures complémentaires estimées nécessaires.
En réponse audit courrier de la commission de surveillance, qui « a [pourtant] retenu toute [son] attention », la recourante n'a pas fait savoir qu'il lui importait de consulter les classeurs de justificatifs en question et de prendre position à leur sujet, ni qu'elle entendait qu'une expertise comptable fût mise en oeuvre, donnant ainsi à penser, conformément à la jurisprudence exposée ci-dessus, qu'elle renonçait à de telles démarches et acceptait par conséquent que l'instruction fût définitivement close. Elle s'est bornée à requérir, « sur la base des éléments recueillis », des renseignements sur le(s) compte(s) ayant servi à régler une note d'avocat concernant la procédure de mainlevée. La commission de surveillance pouvait, sur ce point et les autres, renoncer par appréciation anticipée des preuves à de plus amples investigations. Rien dans le recours ne permet de retenir qu'elle aurait usé de cette faculté de manière abusive, la recourante se contentant d'ailleurs de prétendre avoir été de bonne foi en adoptant un comportement attentiste au lieu de réagir comme le préconise la jurisprudence.
2.4 Il s'ensuit que les griefs de nature formelle fondés sur les <ref-law> et 29 Cst. doivent être rejetés.
3. La recourante reproche à la commission cantonale de surveillance d'avoir violé l'<ref-law> en considérant que « les investigations de l'office [étaient] des plus complètes et exhaustives en l'espèce », alors que ce dernier n'aurait procédé à aucun examen des pièces contenues dans les 4 classeurs de justificatifs.
3.1 En vertu de l'<ref-law>, l'office en charge de l'exécution de la saisie doit adopter un comportement actif et une position critique, de sorte qu'il ne peut s'en remettre, sans les vérifier, aux seules déclarations du débiteur quant à ses biens et revenus. Afin de pourvoir au meilleur désintéressement possible des créanciers, il doit procéder avec diligence, autorité et souci de découvrir les droits patrimoniaux du poursuivi. Il est doté à cette fin de pouvoirs d'investigation et de coercition étendus, « à l'instar d'un juge chargé d'instruire une enquête pénale ou d'un officier de police judiciaire » (Gilliéron, op. cit., n. 12 ad <ref-law>).
Il est constant que l'office a interrogé la débitrice, s'est enquis auprès des banques de la place de l'existence d'avoirs détenus par celle-ci et a, suite à la plainte de la recourante, procédé à des investigations complémentaires, notamment par rapport aux comptes bancaires et postal de la débitrice, dont tous les relevés ont été produits. L'office a également obtenu de la débitrice le dépôt de 4 classeurs de justificatifs des paiements qu'elle avait opérés. Il a en outre procédé à la visite de ses deux logements.
Le grief de violation de l'<ref-law> s'avère, dans ces conditions, manifestement mal fondé, d'autant que, pas plus en instance fédérale qu'en instance cantonale, la recourante n'a apporté le moindre élément tendant à démontrer que la débitrice aurait dissimulé des biens. Elle n'a pas davantage critiqué le choix de l'office de ne pas dénoncer les faits pénalement puisque ceux-ci remontaient à plus de trois ans avant la date de la saisie (cf. rapport de l'office du 4 novembre 2008).
3.2 Au demeurant, conformément à la jurisprudence rappelée ci-dessus (consid. 2.1 et 2.2), il appartenait en principe à la recourante, en tant que partie directement concernée, de décider si des pièces nouvellement versées au dossier contenaient des éléments déterminants appelant des observations de sa part. Informée par la commission de surveillance du dépôt de telles pièces et de la proposition de l'office de les mettre à sa disposition, pour consultation ou requête d'expertise comptable moyennant avance de frais, elle a ainsi été mise en situation de faire ou non usage de l'une de ces possibilités. Dès lors qu'elle s'en est abstenue, sous réserve de la question du règlement d'une note d'avocat jugée non déterminante par appréciation anticipée des preuves, elle est censée y avoir renoncé.
Le grief de violation de l'<ref-law> doit par conséquent également être rejeté.
4. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de son auteur (<ref-law>).
Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens, dès lors que le dépôt d'une réponse n'a pas été requis.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 5 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Fellay