Sachverhalt:
A. X._, deutsche Staatsangehörige mit Aufenthaltsbewilligung "B", war seit dem 31. Dezember 2004 zusammen mit ihrem Ehemann in F._/TG wohnhaft. Sie war seit 1. April 2006 bei der Credit Suisse in Zürich angestellt, wogegen ihr Ehemann ebenfalls seit dem 1. April 2006 bei der Universität Zürich beschäftigt war. Daneben hatten beide Ehegatten weitere Einkünfte.
X._ und Y._ wurden am 4. April 2007 für ihr nicht an der Quelle besteuertes Einkommen ergänzend veranlagt. Mit Verfügungen vom 7. April 2007 wurden die abgezogenen Quellensteuern bestätigt unter teilweiser Anerkennung ihrer Anträge auf Tarifkorrekturen. Die gegen sämtliche Verfügungen erhobene Einsprache wurde bezüglich der Quellensteuern von X._ am 27. Juni 2007 teilweise gutgeheissen (Erhöhung der Tarifkorrektur), wogegen die ergänzende Veranlagung für die Steuerperiode 2006 immer noch hängig ist. Den gegen den Quellensteuerentscheid von X._ erhobenen Rekurs hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 18. Februar 2008 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs teilweise gut und wies die Streitsache zur Begründung der Rückerstattung und allfälliger Neuveranlagung an die Vorinstanz zurück. Eine hiergegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau am 3. September 2008 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. Oktober 2008 beantragt X._ dem Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 3. September 2008 aufzuheben und festzustellen, dass sie ordentlich unter verzinslicher Anrechnung der gezahlten Quellensteuern zu ver-anlagen sei; eventualiter sei das Ehepaar gemeinschaftlich (ordentlich) zu veranlagen; subeventuell seien bei der Tarifkorrektur die geltend gemachten Berufsauslagen anzuerkennen und die ordentlichen Tarife heranzuziehen, um eine im Verhältnis zur ordentlichen Veranlagung gleiche steuerliche Belastung zu gewährleisten.
Die beteiligten Behörden beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist gemäss Art. 90 BGG zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide). Rückweisungsentscheide, durch die eine kantonale Instanz die Sache zu neuer Behandlung an eine untere Instanz zurückweist, sind Zwischenentscheide, gegen die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht Beschwerde erhoben werden kann. Dies gilt auch dann, wenn nicht die unmittelbare Vorinstanz die Rückweisung angeordnet hat (sog. Devolutiveffekt des Rechtsmittelentscheids, vgl. u.a Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Auflage Bern 1983, S. 190) sowie wenn über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 und 4.3 S. 481 f.). Wenn jedoch der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum verbleibt und die Rückweisung nur der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG. Das trifft im Bereich der Steuern ebenfalls zu (vgl. BGE 134 Il 124 E. 1.3 S. 127).
Hier hat die Steuerrekurskommission die Streitsache "zur Begründung der Rückerstattung und allfälliger Neuveranlagung an die Vorinstanz zurückgewiesen". Dabei geht es nicht nur um die Begründung der Rückerstattung, sondern gleichzeitig um deren Überprüfung und gegebenenfalls Neufestsetzung. Die Steuerbehörde verfügt mithin über einen gewissen Entscheidungsspielraum, womit hier noch kein Endentscheid, sondern ein Zwischenentscheid vorliegt. Es wäre also zu fragen, ob eine Ausnahme nach Art. 92 oder 93 BGG gegeben ist, insbesondere ob die Gutheissung der Beschwerde nicht sofort einen Endentscheid herbeiführen könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Allerdings kann auf eine Beschwerde von vornherein nicht eingetreten werden, wenn sie sich zu diesen Rechtsmittelvoraussetzungen überhaupt nicht äussert (vgl. u.a. Urteil 4A_92/2007 vom 8. Juni 2007 E. 2). Das ist hier der Fall, weshalb auf die Art. 92 oder 93 BGG nicht näher einzugehen ist. Es bleibt dabei, dass es sich beim Anfechtungsobjekt insgesamt nur um einen Zwischenentscheid handelt, gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten - zur Zeit - nicht offen steht. Auf die Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 109 BGG nicht einzutreten.
2. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BBG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter