Sachverhalt:
A. M._, geboren 1982, hatte bei der Firma W._ AG eine Anlehre als Holzbearbeiter absolviert und war in der Folge arbeitslos. Im Rahmen einer Zwischenverdiensttätigkeit erlitt er am 21. Oktober 2003 beim Einstellen einer Holzbearbeitungsmaschine einen Unfall, bei dem ihm die Fingerkuppen von Zeige-, Mittel- und Ringfinger der linken Hand abgetrennt wurden. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) kam für die Kosten der Heilbehandlung auf, richtete Taggelder aus und gewährte dem Versicherten eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 12,5 %. Einen Anspruch auf eine Invalidenrente lehnte sie mit Verfügung vom 3. Juli 2007 und Einspracheentscheid vom 11. Oktober 2007 ab unter Annahme, dass die Erwerbsunfähigkeit unter der Erheblichkeitsgrenze von 10 % liege.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 12. Januar 2009 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm eine Invalidenrente bei einem 10 % übersteigenden Invaliditätsgrad zuzusprechen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen zu den Voraussetzungen des Anspruchs auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law>), über die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.), teilweise unter Hinweis auf den Einspracheentscheid, zutreffend dargelegt.
3. Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, dass ihm zwar die angestammte Tätigkeit als Holzbearbeiter unbestrittenerweise nicht mehr zuzumuten sei, die SUVA indessen nicht abgeklärt habe, welche Tätigkeit seinem Leiden angepasst wäre.
3.1 Gemäss Bericht über die ärztliche Abschlussuntersuchung von SUVA-Kreisarzt Dr. med. O._ vom 28. Juni 2005 mussten nach dem erlittenen Unfall Zeige-, Mittel- und Ringfinger der linken adominanten Hand gekürzt werden. Die Fingerkuppen seien mässig überempfindlich, der trophische Zustand sonst ordentlich. Es bestehe eine Kälteempfindlichkeit. Die erhaltenen Finger-Grundgelenke (MP-Gelenke) und Mittelgelenke (PIP-Gelenke) agierten gut. Nicht voll befriedigend sei die Situation an der Kuppe IV, das Skelett sei dort instabil, der Finger zudem hyperpathisch. Die Funktionalität der drei Langfinger sei herabgesetzt, sie könnten lediglich beim Ergreifen von Gegenständen eingesetzt werden, wenn die Fingerkuppen dabei nicht wesentlich unter Druck gesetzt würden. Die Kraft sei in der linken Hand stark vermindert, ebenso die Geschicklichkeit, ein präzises Greifen sei nur mit Daumen und Kleinfinger möglich. Starke auf die linke Hand wirkende Erschütterungen seien zu vermeiden, ebenso eine Exposition der ungeschützten Hand unter Temperaturen von 5 Grad Celsius. Unter Einhaltung dieser Randbedingungen dürfe ein Ganztageseinsatz erwartet werden. Diese Einschätzung bleibt unbestritten.
3.2 Zum Einwand des Versicherten ist vorab zu bemerken, dass die Invalidenversicherung Beratung und Unterstützung bei der Stellensuche gewährte, die Arbeitsvermittlung am 2. März 2005 jedoch wegen unzureichender Mitwirkung des Versicherten abschloss. Im Übrigen ist allein massgebend, ob der Beschwerdeführer auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt (<ref-law>) eine Arbeit finden könnte. Der ausgeglichene Arbeitsmarkt ist ein theoretischer und abstrakter Begriff. Er berücksichtigt die konkrete Arbeitsmarktlage nicht, umfasst in wirtschaftlich schwierigen Zeiten auch tatsächlich nicht vorhandene Stellenangebote und sieht von den fehlenden oder verringerten Chancen Teilinvalider, eine zumutbare und geeignete Arbeitsstelle zu finden, ab. Er umschliesst einerseits ein bestimmtes Gleichgewicht zwischen dem Angebot von und der Nachfrage nach Stellen; anderseits bezeichnet er einen Arbeitsmarkt, der von seiner Struktur her einen Fächer verschiedenartiger Stellen offenhält (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 276). Mit Rücksicht darauf und mit Blick auf vergleichbare Fälle kann ohne weiteres davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer eine entsprechende Stelle finden würde (vgl. Urteile 8C_971/2008 vom 23. März 2009 E. 4.2.5, 9C_418/2008 vom 17. September 2008 E. 3.2.2). Der Versicherte kann seine dominante, rechte Hand uneingeschränkt benutzen und die linke mindestens als Zudienhand einsetzen.
4. Zu prüfen bleibt die erwerbliche Seite.
4.1 Was zunächst das hypothetische Einkommen im Gesundheitsfall betrifft (Valideneinkommen), ist die Vorinstanz zutreffend vom Verdienst ausgegangen, den der Versicherte bei der Firma W._ AG erzielt hat (SVR 2008 IV Nr. 49 S. 163, 9C_404/2007 E. 2.3; RKUV 1993 Nr. U 168 S. 97 E. 3b S. 100 f.). Dieser hätte sich im Jahr 2006 auf Fr. 51'597.- belaufen. Wie das kantonale Gericht des Weiteren mit der SUVA festgestellt hat, lag dieser Lohn um 9,8 % unter dem Tabellenlohn gemäss der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebung (LSE). Dabei hat es zur Prüfung, ob der tatsächlich erzielte Lohn unterdurchschnittlich gewesen sei, zu Recht auf den branchenüblichen Tabellenlohn abgestellt (BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.1.2). Der Einwand des Beschwerdeführers, dass diesbezüglich der gleiche Tabellenlohn wie beim Invalideneinkommen, somit der Zentralwert (Total), heranzuziehen wäre, ist damit unbegründet.
4.2 Das kantonale Gericht hat beim Invalideneinkommen zutreffend auf den Zentralwert (Total) im privaten Sektor, Männer, gemäss LSE 2006, Tabelle TA1 (S. 25), Anforderungsniveau 4 (einfache und repetitive Tätigkeiten), abgestellt und das entsprechende Einkommen von Fr. 4'732.- auf die betriebsübliche wöchentliche Arbeitszeit von 41,7 Stunden (Die Volkswirtschaft, 2008 Heft 7/8, S. 90, Tabelle B 9.2) umgerechnet, was Fr. 4'933.- pro Monat oder Fr. 59'197.- pro Jahr ergibt. Dieses Einkommen hat es in der Folge entsprechend dem unterdurchschnittlichen Valideneinkommen parallelisiert. Rechtsprechungsgemäss ist indessen nur in dem Umfang zu parallelisieren, in welchem die prozentuale Abweichung den Erheblichkeitsgrenzwert von 5 % übersteigt (BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.1.3). Das gestützt auf die LSE ermittelte Invalideneinkommen von Fr. 59'197.- ist somit nicht um 9,8 %, sondern lediglich um 4,8 % zu reduzieren, was einen Invalidenlohn von Fr. 56'356.- ergibt.
4.3 Gerügt wird schliesslich der von Verwaltung und Vorinstanz gewährte leidensbedingte Abzug von 10 %.
4.3.1 Beim Einkommensvergleich unter Verwendung statistischer Tabellenlöhne ist rechtsprechungsgemäss zu berücksichtigen, dass gesundheitlich beeinträchtigte Personen, die selbst bei leichten Hilfsarbeitertätigkeiten behindert sind, im Vergleich zu voll leistungsfähigen und entsprechend einsetzbaren Arbeitnehmern lohnmässig benachteiligt sind und deshalb in der Regel mit unterdurchschnittlichen Lohnansätzen rechnen müssen. Sodann ist dem Umstand Rechnung zu tragen, dass weitere persönliche und berufliche Merkmale einer versicherten Person, wie Alter, Dauer der Betriebszugehörigkeit, Nationalität oder Aufenthaltskategorie sowie Beschäftigungsgrad Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481). Der mit Blick auf die Behinderung gewährte Abzug ist nicht schematisch, sondern in Berücksichtigung der gesamten Umstände des Einzelfalles vorzunehmen. Dabei rechtfertigt es sich nicht, für jedes zur Anwendung gelangende Merkmal separat quantifizierte Abzüge vorzunehmen und diese zusammenzuzählen. Vielmehr ist der Einfluss aller genannten Merkmale auf das Invalideneinkommen unter Würdigung der Umstände von der Verwaltung im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen. Der insgesamt zulässige Abzug vom statistischen Lohn ist unter Berücksichtigung aller jeweils in Betracht fallenden Merkmale auf höchstens 25 % begrenzt (<ref-ruling> E. 5b S. 79 f.). Soweit die persönlichen und beruflichen Merkmale des konkreten Einzelfalles bereits im Rahmen der Ermittlung der hypothetischen Vergleichsgrössen berücksichtigt wurden, vermögen dieselben lohnbestimmenden Einflussfaktoren nicht zusätzlich auch noch einen Abzug von den LSE-Tabellenlöhnen zu rechtfertigen (Urteil U 454/05 vom 6. September 2006 E. 6.6.3). Die Frage, ob ein Abzug nach Massgabe der Grundsätze von <ref-ruling> vorzunehmen sei, ist rechtlicher Natur, die Bestimmung eines solchen Abzuges dagegen Ermessensfrage (<ref-ruling> E. 6 S. 81, 129 V 472 E. 4.2.3 S. 481), welche als solche nicht überprüfbar ist (Art. 95 und 97 BGG). Gerügt werden kann - auch auf dem Gebiet der Geldleistungen der Unfallversicherung - nur die Höhe des Abzuges im Hinblick auf Ermessensüberschreitung oder -missbrauch als Formen rechtsfehlerhafter (<ref-law>) Ermessensbetätigung (<ref-ruling> E. 3.3. S. 399).
4.3.2 Verwaltung und Vorinstanz haben mit Blick auf die leidensbedingte Einschränkung einen Abzug von 10 % vorgenommen. Dies wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten. Weitere Gründe, den Tabellenlohn zu reduzieren, sind nicht ersichtlich, nachdem eine Parallelisierung von Validen- und Invalideneinkommen vorgenommen wurde. Damit wurde den invaliditätsfremden Faktoren bereits Rechnung getragen. Die vom Beschwerdeführer (einzig) angeführte ausländische Herkunft ist daher im Rahmen des Abzuges vom Tabellenlohn im Sinne von <ref-ruling> (E. 4.2.3 S. 481) nicht zusätzlich noch zu berücksichtigen. Die Gewährung eines leidensbedingten Abzuges von 10 % ist damit nicht zu beanstanden. Es kann im Übrigen auf die zutreffenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden.
4.3.3 Wird somit das gestützt auf die LSE und unter Berücksichtigung eines Parallelisierungsabzuges ermittelte Einkommen von Fr. 56'356.- (E. 4.2) um 10 % (gemäss <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481) reduziert, resultiert ein Invalideneinkommen von Fr. 50'720.-.
4.4 Verglichen mit dem unbestritten gebliebenen Valideneinkommen von Fr. 51'597.- resultiert ein Invaliditätsgrad von 2 %. Mangels Erreichens der Erheblichkeitsgrenze von 10 % gemäss <ref-law> besteht damit kein Anspruch auf eine Invalidenrente.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten; <ref-law>) und Verbeiständung (<ref-law>) kann gewährt werden, weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin geboten war. Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Rechtsanwalt Dr. Bruno Häfliger wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo