Sachverhalt:
A. A._ ist selbständiger Sanitärinstallateur. Er ist Eigentümer zahlreicher Liegenschaften und betätigt sich nebenbei im Liegenschaftenhandel. Im Jahre 1999 erzielte er Liegenschaftsgewinne von Fr. 58'976.-- und im Jahre 2000 von Fr. 173'776.--. Die Aufstellung der Gewinne und Verluste aus Liegenschaftsverkäufen der Jahre 1993-2000 zeigt folgendes Bild:
Jahr
Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen (Fr.)
Verlust aus Liegenschaftsverkäufen (Fr.)
1993
295'447
1994
0
1995
0
1996
63'127
1997
2'447
(Ø 1993-1997: 72'204)
1998
53'068
1999
58'976
2000
173'776
2001
289'000
2002
147'000
Am 9. Oktober 2002 veranlagte die Steuerbehörde aufgrund der Steuererklärung 2001a für die direkte Bundessteuer je eine separate Jahressteuer auf den ausserordentlichen Einkünften 1999 und 2000 (Wechsel von der zweijährigen Pränumerando- zur einjährigen Postnumerandobesteuerung per 1. Januar 2001). Die ausserordentlichen Gewinne aus Liegenschaftsverkäufen berechnete sie wie folgt:
1999
2000
Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen
58'976
173'776
abzüglich durchschnittlicher Gewinn 1993-1997
72'204
72'204
a.o. Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen
0
101'572
Hinzu kamen weitere ausserordentliche Einkünfte auf AHV-Beiträgen und aus der Auflösung stiller Reserven auf Delkredere von Fr. 30'000.-- (1999) und Fr. 8'100.-- (2000). Das ergab für die Jahressteuer 1999 und 2000 ausserordentliche Einkünfte von Fr. 30'000.-- (1999) und Fr. 109'600.-- (2000).
Die Veranlagung der Jahressteuer 1999 erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Eine Einsprache gegen die Veranlagung der Jahressteuer 2000 wies die Verwaltung für die direkte Bundessteuer am 24. Januar 2003 ab.
B. Hiergegen führte A._ Beschwerde bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Er beantragte, es seien für das Jahr 2000 allein die ausserordentlichen Einkünfte aus der Auflösung der Reserven auf dem Delkredere von Fr. 8'100.-- zu besteuern. Die Liegenschaftsgewinne seien ordentliches Einkommen.
Die Verwaltungsrekurskommission behandelte zunächst den Rekurs für die kantonalen Steuern. Dieser Entscheid wurde beim kantonalen Verwaltungsgericht angefochten. Das Verfahren für die direkte Bundessteuer blieb vor der Verwaltungsrekurskommission bis zum Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 23. April 2004 über die kantonalen Steuern sistiert.
Mit Entscheid vom 12. Januar 2005 befand die Verwaltungsrekurskommission über die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer. Sie erwog, nach der Veranlagungspraxis der st. gallischen Steuerbehörden seien Liegenschaftsgewinne insoweit als ordentlich zu qualifizieren, als sie das durchschnittliche Geschäftsergebnis der letzten fünf Jahre vor der Bemessungslücke nicht übersteigen würden. Ein quantitatives Kriterium dieser Art genüge in der Regel zwar nicht, um bei der Jahressteuer die ordentlichen von den ausserordentlichen Einkünften abzugrenzen. Beim Liegenschaftenhandel lägen jedoch besondere Umstände vor, weil die Handelsgewinne stärkeren Schwankungen unterworfen seien als bei anderen freiberuflichen Erwerbstätigen. Eine Pauschalierung im Sinne des Vergleichs mit den Vorjahren erscheine daher als zulässiger Behelf für die Unterscheidung von ordentlichen und ausserordentlichen Einkünften von Liegenschaftenhändlern. Im vorliegenden Fall rechtfertige es sich zudem, die Jahre nach dem Systemwechsel (2001 und 2002) ebenfalls zu berücksichtigen. Der durchschnittliche Gewinn dieser Jahre (Fr. 218'000.--) sei fast doppelt so hoch wie der durchschnittliche Gewinn in der Übergangsperiode 1999/2000 (Fr. 116'376.--) und deutlich höher als der durchschnittliche Gewinn der vorangegangenen Jahre. Das deute darauf hin, dass die in den Jahren 1999 und 2000 erzielten Gewinne vollumfänglich ordentliches Einkommen darstellen.
Mit dieser Begründung hiess die Verwaltungsrekurskommission die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer gut, hob die Veranlagung auf und setzte die der Jahressteuer 2000 unterliegenden ausserordentlichen Einkünfte neu auf Fr. 8'100.-- (Auflösung stiller Reserven auf dem Delkredere) fest.
C. Hiergegen führt die Verwaltung für die direkte Bundessteuer St. Gallen Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Sie beantragt eine reformatio in peius in dem Sinne, dass der gesamte Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen im Jahre 2000 der Sonderveranlagung unterstellt werde. Eventualiter sei der durchschnittliche Gewinn der sechs vorhergehenden Jahre 1993-1998 (Fr. 51'325.--) als ordentliches Einkommen zu qualifizieren und der darüber hinausgehende Teil des Liegenschaftsgewinns der Jahressteuer zu unterstellen.
Der Steuerpflichtige (Beschwerdegegner) hält, ohne einen ausdrücklichen Hauptantrag zu stellen, an den Ausführungen in seiner Vernehmlassung im kantonalen Verfahren fest. Im Eventualstandpunkt beantragt er, im Falle der Gutheissung der Beschwerde der Steuerverwaltung sei auf eine Schlechterstellung (reformatio in peius) zu verzichten.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei gutzuheissen. Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der angefochtene Entscheid der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen betrifft nur die direkte Bundessteuer auf den ausserordentlichen Einkünften 2000 (Jahressteuer). Es handelt sich um ein auf Bundesrecht gestütztes, letztinstanzliches Urteil, das mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. g OG sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG, SR 642.11). Die sich nach der Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen, wenn - wie im Kanton St. Gallen - für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher kantonaler Instanzenzug besteht (vgl. <ref-ruling> ff.), kommt im vorliegenden Fall ratione temporis nicht zur Anwendung; die Frist von acht Jahren, die den Kantonen gemäss Art. 72 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) zur Anpassung ihrer Gesetzgebung an die Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes - und damit auch an das harmonisierte Verfahrensrecht - offen stand, war in der hier in Frage stehenden Steuerperiode 1999/2000 noch nicht abgelaufen.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit zulässig. Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-law> in fine). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Der Kanton St. Gallen gehört zur Gruppe derjenigen Kantone, welche die Postnumerandobesteuerung, d.h. die einjährige Steuerperiode mit Gegenwartsbemessung (<ref-law>), für die natürlichen Personen auf den 1. Januar 2001 eingeführt haben. Die beiden Jahre vor dem Systemwechsel, die Jahre 1999 und 2000, fallen in die Bemessungslücke. <ref-law> enthält die Übergangsordnung für diesen Wechsel in der zeitlichen Bemessung für natürliche Personen. <ref-law> bestimmt, dass ausserordentliche Einkünfte in der Bemessungslücke für das Steuerjahr, in dem sie zugeflossen sind, einer vollen Jahressteuer unterliegen zum Satz, der sich für diese Einkünfte allein ergibt; Aufwendungen, die mit der Erzielung dieser Einkünfte zusammenhängen, können abgezogen werden (Abs. 2 in fine). Damit wird die Bemessungslücke, die sich aus dem Wechsel von der zweijährigen Pränumerando- zur einjährigen Postnumerandobesteuerung ergibt, teilweise geschlossen (s. dazu auch Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung Nr. 6 vom 20. August 1999, Ziff. 251, abgedruckt in ASA 68 S. 384; Beat Walker, Die Besteuerung der Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit im System der Postnumerandobesteuerung und im Übergang, StR 55/2000 S. 2 ff.).
Als ausserordentliche Einkünfte gelten gemäss <ref-law> "insbesondere Kapitalleistungen, aperiodische Vermögenserträge, Lotteriegewinne, sowie, in sinngemässer Anwendung von Art. 206 Abs. 3 (DBG), ausserordentliche Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit". Es handelt sich um eine nicht abschliessende Aufzählung, wie aus dem Wortlaut hervorgeht ("insbesondere"). Durch die Verweisung auf <ref-law> hat der Gesetzgeber die ausserordentlichen Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit der natürlichen Personen (<ref-law>) derselben Übergangsordnung unterstellt, die schon beim Inkrafttreten des DBG am 1. Januar 1995 bei der Reingewinnsteuer der juristischen Personen galt. Damit wird der Begriff der ausserordentlichen Einkünfte für alle Unternehmen, gleichgültig ob juristische oder natürliche Personen Träger sind, einheitlich festgelegt (vgl. René Eichenberger/Pierre-Olivier Gehriger, Der Übergang zur Gegenwartsbemessung im neuen Zürcher Steuergesetz, Zürich 2000, S. 76).
2.2 <ref-law>, der - wie erwähnt - durch Verweisung in <ref-law> auf die ausserordentlichen Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit der natürlichen Personen zur Anwendung gelangt, bestimmt:
"Als ausserordentliche Erträge gelten erzielte Kapitalgewinne, buchmässige Aufwertungen von Vermögensgegenständen, die Auflösung von Rückstellungen und die Unterlassung geschäftsmässig begründeter Abschreibungen und Rückstellungen."
Das am 1. Januar 1995 in Kraft getretene DBG hat die Besteuerung von Kapitalgewinnen vereinfacht und modifiziert. Eine Buchführungspflicht ist für die Besteuerung der ausserordentlichen Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit der natürlichen Personen nach Art. 218 Abs. 3 in Verbindung mit <ref-law> nicht erforderlich. Unter der Herrschaft des Bundesratsbeschlusses über die direkte Bundessteuer vom 9. Dezember 1940 (BdBSt) waren Kapitalgewinne von natürlichen Personen steuerbar, wenn sie im Rahmen einer auf Erwerb gerichteten Tätigkeit (Art. 21 Abs. 1 lit. a BdBSt) oder als Gewinn im Betrieb eines zur Buchführung verpflichteten Unternehmens bei der Veräusserung oder Verwertung von Vermögensstücken erzielt wurden (Art. 21 Abs. 1 lit. d und f BdBSt).
Zu den nach Art. 21 Abs. 1 lit. d und f BdBSt steuerbaren Kapitalgewinnen eines zur Buchführung bzw. zum Eintrag im Handelsregister verpflichteten Unternehmens (Art. 934 und 957 OR in Verbindung mit Art. 52 ff. HRV) gehören alle Wertzuwachsgewinne aus Veräusserung, Verwertung wie Privatentnahme oder Liquidationsgewinne bei Aufgabe oder Veräusserung des Unternehmens. Steuerfrei blieben nur die auf Gegenständen des privaten Vermögens realisierten Gewinne (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 3a; Danielle Yersin, La distinction entre l'activité indépendante et la gestion de la fortune privée, dans le domaine immobilier, ASA 67 S. 99 ff.; Markus Reich, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, N 43 zu <ref-law>).
Demgegenüber knüpft das DBG für die Kapitalgewinnbesteuerung nicht mehr an die Buchführungspflicht an, sondern es unterscheidet nur zwischen Privat- und Geschäftsvermögen. Es erklärt ausdrücklich die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen als steuerfrei (<ref-law>). Kapitalgewinne aus der Veräusserung, Verwertung oder buchmässigen Aufwertung von Geschäftsvermögen sind steuerbar. Solche Kapitalgewinne werden als Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit betrachtet (Art. 18 Abs. 1 und 2 DBG).
Das ist auch bei der Auslegung des Begriffs Kapitalgewinne in <ref-law> zu beachten.
2.3 In ASA 69 797 E. 3d hat das Bundesgericht erkannt, bei der Sondersteuer nach <ref-law> könne für die Unterscheidung von ordentlichen und ausserordentlichen Faktoren im Wesentlichen auf die Praxis zur Besteuerung der Liquidationsgewinne von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften nach Art. 53 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 43 BdBSt abgestellt werden. Gemäss Art. 53 Abs. 2 BdBSt entrichten Kapitalgesellschaften und Genossenschaften bei der Liquidation eine volle Jahressteuer "auf den in der Berechnungs- und in der Veranlagungsperiode erzielten Kapitalgewinnen und Wertvermehrungen wie die natürlichen Personen (Art. 43 BdBSt)". Art. 43 BdBSt regelte die Jahressteuer der natürlichen Personen bei Aufhören der Steuerpflicht und Vornahme einer Zwischenveranlagung. Danach ist bei Aufhören der Steuerpflicht und bei Vornahme einer Zwischenveranlagung neben der Steuer vom Einkommen eine volle Jahressteuer auf den in der Berechnungs- und Veranlagungsperiode erzielten Kapitalgewinnen und Wertvermehrungen im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. d und f BdBSt geschuldet. Sowohl bei <ref-law> wie auch bei Art. 53 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 43 BdBSt geht es systemgemäss darum, die ordentlichen von den ausserordentlichen Einkünfte zu trennen und letztere der Sondersteuer oder Jahressteuer zuzuführen. Damit soll verhindert werden, dass bei Beendigung der Steuerpflicht bzw. beim Wechsel des Systems der zeitlichen Bemessung ungerechtfertigte Steuervorteile entstehen.
Lehre und Rechtsprechung zum BdBSt gingen davon aus, dass der bei der Schlussabrechnung nach Art. 43 und 53 Abs. 2 BdBSt zu erhebenden Jahressteuer nicht nur Liquidationsgewinne unterliegen, die bei der Aufgabe oder Veräusserung des Unternehmens oder der (buchführungspflichtigen) Einzelfirma erzielt werden, sondern alle in der Berechnungs- und Veranlagungsperiode realisierten Reserven, die sonst wegen der Bemessungslücke unbesteuert blieben. Erfasst werden somit auch Reserven, die mit der Liquidation nicht unmittelbar zusammenhängen, unter Ausschluss des ordentlichen Betriebsgewinns. Es handelt sich um Wertzuwachsgewinne (Kapital- und Aufwertungsgewinne), die in der Berechnungsperiode durch Veräusserung, Verwertung oder Aufwertung von Geschäftsaktiven oder durch Auflösung von Geschäftsverbindlichkeiten wie Rückstellungen erzielt werden (Ernst Känzig, Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer] 2. Aufl., N 10 zu Art. 43 und N 18 zu Art. 53 Abs. 2 BdBSt; Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, 2. Aufl. 1985, N 2 zu Art. 43 BdBSt; ASA 69 797 E. 3d, 66 56 E. 3c, 61 791 E. 2b). Die Jahressteuer nach Art. 43 bzw. 53 Abs. 2 BdBSt erfasste daher nicht nur Kapitalgewinne auf Anlagevermögen, sondern alle eigentlichen Kapital- und Wertzuwachsgewinne. Das schloss auch Kapital- und Wertzuwachsgewinne, die auf Umlaufvermögen anfielen, beispielsweise auf den Warenvorräten oder auf sonstigem Umlaufvermögen oder Handelswaren, mit ein (Känzig, a.a.O., N 18 zu Art. 53 Abs. 2 BdBSt; vgl. auch ASA 61 791 E. 6 für Art. 43 BdBSt).
2.4 Nach dem Wortlaut von <ref-law> wären Kapitalgewinne immer ausserordentlich, gleichgültig ob sie häufig oder selten, regelmässig oder unregelmässig, in gleichbleibender oder in unterschiedlicher Höhe anfallen. In der Doktrin wird demgegenüber betont, dass auch bei den Kapitalgewinnen zwischen ordentlichen und ausserordentlichen Erträgen zu unterscheiden sei (Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 17 zu Art. 206; Dieter Weber, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, N 28 und 31 ff. zu <ref-law>).
In der Tat unterliegen nur eigentliche Kapital- und Wertzuwachsgewinne der Sondersteuer oder Jahressteuer, nicht dagegen ordentliche Betriebsgewinne, d.h. Einkünfte, wie sie im Rahmen von regelmässigen Geschäftsvorfällen erzielt werden. Diese bilden Gegenstand der laufenden Einkommens- oder Gewinnbesteuerung, weshalb es sich nicht rechtfertigt, sie der Sondersteuer oder Jahressteuer zu unterstellen (so bereits zu Art. 43 BdBSt: Känzig, a.a.O., N 7 zu Art. 43 BdBSt; Urteil vom 5. Dezember 1969, ASA 39 198 E. 2). Der Terminus "ausserordentliche Erträge" in Art. 206 Abs. 2 und 3 DBG ist ein steuerrechtlicher Begriff, der nicht zwischen Anlage- und Umlaufvermögen unterscheidet. Wie gesagt ist grundsätzlich über alle stille Reserven auf Anlage- oder Umlaufvermögen abzurechnen (ASA 69 797 E. 3e).
Allerdings ist es nicht immer leicht festzustellen, inwieweit früher geschaffene Reserven aufgelöst worden sind und inwieweit es sich um ordentlichen Betriebsgewinn handelt. Das entbindet indessen nicht von der Pflicht, im Einzelfall zu prüfen, ob es sich um ordentliche oder ausserordentliche Faktoren handelt, wie das Bundesgericht bereits in einem früheren Entscheid festgehalten hat (ASA 39 198 E. 2 S. 200). Grundsätzlich hat die Steuerbehörde nachzuweisen, dass und in welchem Umfang stille Reserven aufgelöst worden sind, wobei an diesen Nachweis keine zu strengen Anforderungen gestellt werden dürfen. Starke Indizien müssen genügen. Es ist dann Sache des Steuerpflichtigen darzutun, dass den Indizien, auf die sich die Steuerbehörde stützt, nicht die Beweiskraft zukommt, die sie ihnen beilegt (ASA 39 198 E. 2).
2.5 Die Jahressteuer nach Art. 218 Abs. 2 und 3 in Verbindung mit <ref-law> erfasst grundsätzlich auch alle Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Liegenschaften durch einen Liegenschaftenhändler.
Was den Liegenschaftenhandel betrifft, so hat das Bundesgericht in einem früheren Entscheid befunden, dass Kapitalgewinne (Wertzuwachsgewinne) auf Liegenschaften für den Liegenschaftenhändler ordentliche Gewinne seien. Mit dieser Begründung hat es die Besteuerung eines Steuerpflichtigen geschützt, der bei Aufnahme der Tätigkeit als Liegenschaftenhändler nach Art. 41 Abs. 4 BdBSt einer Zwischenveranlagung unterworfen wurde und im System der Pränumerandobesteuerung mit Vergangenheitsbemessung dieselben Gewinne in der folgenden Periode nochmals versteuern musste (ASA 49 478). Dieser Entscheid ist indessen zu Recht kritisiert worden. Es wurde geltend gemacht, Liegenschaftsgewinne fielen nicht regelmässig an. Falls keine Liegenschaftstransaktionen in der auf die Aufnahme der Tätigkeit folgenden Periode folgten, führe das zu einer Überbesteuerung. Es sei daher wohl sachgemässer, diese Gewinne in Anbetracht ihrer Aperiodizität und Unregelmässigkeit als ausserordentliche Faktoren zu betrachten und folglich nur in einer Steuerperiode als Bemessungsgrundlage heranzuziehen (Yersin, a.a.O., S. 112 f.; Peter Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, a.a.O., N 54 zu <ref-law>).
Dem ist grundsätzlich zuzustimmen. Im Immobilienhandel sind Liegenschaftsgewinne in zeitlicher Hinsicht oft starken Schwankungen unterworfen, weshalb von einem regelmässigen Betriebsergebnis nicht ausgegangen werden kann. Dazu kommt, dass Liegenschaftenhandel häufig im Rahmen einer Nebenerwerbstätigkeit oder einmalig ausgeübt wird. Es liegt daher nahe, Gewinne aus dem Liegenschaftenhandel auch unter dem Gesichtswinkel von Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG grundsätzlich als ausserordentliche Einkünfte zu betrachten. In diesem Sinne hat das Bundesgericht in zwei neueren Urteilen, allerdings ohne nähere Begründung, Liegenschaftsgewinne von Liegenschaftenhändlern als ausserordentliche Faktoren behandelt (Urteil 2A.37/2004 vom 25. März 2004, E. 2.4; Urteil 2A.544/2004 vom 9. Dezember 2004, E. 2.4). Es kann daher nicht von vornherein ausgeschlossen werden, dass ausnahmsweise - bei Vorliegen besonderer Umstände - ordentlicher Gewinn oder eine Komponente ordentlicher Einkünfte vorliegen kann. In diesem Sinne muss dem Steuerpflichtigen der Nachweis vorbehalten bleiben, dass solche Gewinne der ordentlichen Betriebstätigkeit entspringen.
3. 3.1 Es ist unbestritten, dass der Beschwerdegegner, selbständiger Sanitärinstallateur von Beruf, mit seinen (zahlreichen) Liegenschaften nebenberuflich Handel betrieb. Die darauf im Lückenjahr 2000 erzielten Veräusserungsgewinne anerkannte die Vorinstanz als ordentliche, nicht der Jahressteuer nach Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG unterliegende Einkünfte. Sie begründet das damit, dass der Beschwerdegegner bereits in den Jahren 1993 - 1997 durchschnittliche Gewinne aus Liegenschaftenhandel von Fr. 72'204.-- pro Jahr erzielte (vgl. vorn ad Sachverhalt). Die Liegenschaftengewinne der Jahre, welche der Bemessungslücke folgten, seien zudem mit Fr. 289'000.-- (2001) und Fr. 147'000.-- (2002) im Durchschnitt fast doppelt so hoch gewesen wie der Gewinn in den Jahren der Bemessungslücke 1999 und 2000 (Fr. 58'976.-- und Fr. 173'776.--). Es handle sich somit auch bei den Gewinnen der Jahre 1999 und 2000 um ordentlichen Betriebsgewinn.
Dieser Begründung kann nicht beigepflichtet werden. Die Vorinstanz übersieht, dass in den vorangegangen Jahren der Gewinn aus dem Liegenschaftenhandel unregelmässig floss. Der durchschnittliche Gewinn der Jahre 1993-1997 (Fr. 72'204.--) ergab sich im Wesentlichen aus dem hohen Gewinn des Jahres 1993 (Fr. 295'447.--) und aus dem etwas kleineren Gewinn des Jahres 1996 (Fr. 63'127.--). In den übrigen Jahren ergab sich kein Gewinn (1994, 1995: Fr. 0) oder nur ein kleiner Gewinn (1997: Fr. 2'447.--). Würde auch das Verlustjahr 1998 in die Berechnung mit einbezogen (Verlust Fr. 53'068.--), ergäbe sich gar nur ein durchschnittlicher Jahresgewinn von Fr. 51'325.--. Diese Schwankungen sind typisch für den Liegenschaftenhandel und sprechen gerade dafür, auch hier die Gewinne als ausserordentlich zu bezeichnen.
3.2 Dazu kommt, dass der Beschwerdegegner tatsächlich nur in den Jahren 1993 und 2000 grössere Gewinne (Gewinne über Fr. 100'000.--) erzielte. In den übrigen Jahren schloss er mit Verlust, ohne Gewinn oder mit kleineren Gewinnen ab (um Fr. 60'000.--). Unter diesen Umständen widerspiegelt der im Jahre 2000 erzielte Gewinn aus Liegenschaften nicht die bisher vorherrschende Ertragslage. Es handelt sich entgegen der Ansicht des Beschwerdegegners auch nicht um zwei "magere" Jahre, welche in die Bemessungslücke fallen. Die Zahlen weisen vielmehr darauf hin, dass der Beschwerdegegner in den Vorjahren den Verkauf von Liegenschaften eher ruhen liess. Dabei mangelte es dem Beschwerdegegner offenbar nicht an Liegenschaften, mit denen er Handel treiben konnte, wie die gewinnbringende Veräusserung von Liegenschaften in den folgenden Jahren 2001 und 2002 (Gewinne Fr. 289'000.-- und Fr. 147'000.--) vermuten lässt. Im Lichte des Prinzips der Leistungsfähigkeit muss daher der Gewinn aus dem Jahre 2000 als ausserordentlich bezeichnet werden. Dabei spielt unter dem Gesichtswinkel der Besteuerung nach der Leistungsfähigkeit auch keine Rolle, aus welchen - objektiven oder subjektiven - Gründen der Beschwerdegegner nicht bereits früher vermehrt Liegenschaften veräusserte.
3.3 Die Vorinstanz stellt vor allem auf die beiden der Bemessungslücke folgenden Jahre 2001 und 2002 ab. Die in diesen Jahren erzielten Gewinne von Fr. 289'000.-- (2001) und Fr. 147'000.-- (2002) zeigen jedoch nur, dass der Beschwerdegegner in den Jahren 2000-2003 zu einer im Mehrjahresvergleich sehr guten Gewinnsituation zurückfand. Es handelt sich um eine neue Situation, welche den Gewinn des Jahres 2000 als ausserordentlich erscheinen lässt.
Der Schluss der Vorinstanz, es handle sich um ordentlichen Betriebsgewinn, ist daher nicht haltbar. Die Kapitalgewinne (Veräusserungsgewinne) der Jahre 1999 und 2000 unterliegen der Jahressteuer. Das führt nicht zu einer Überbesteuerung, wie der Beschwerdegegner einwendet. Es entspricht vielmehr dem Wesen jeder steuerlichen Schlussabrechnung, dass über Kapitalgewinne und bisher unbesteuerte Reserven abgerechnet wird. Die Übergangsbesteuerung nach Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG kommt einer solchen Schlussabrechnung nahe.
4. Die beschwerdeführende Steuerverwaltung beantragt nicht nur die Bestätigung ihrer ursprünglichen Veranlagung. Sie verlangt vielmehr, dass der gesamte Liegenschaftsgewinn der Jahressteuer unterstellt werde. Damit wäre auch derjenige Teil, den die Beschwerdeführerin als ordentlichen Betriebsgewinn in der Veranlagungsverfügung für die Jahressteuer 2000 unbesteuert liess, mit der Jahressteuer zu erfassen. Im Verfahren vor der Verwaltungsrekurskommission beschränkte sich die Beschwerdeführerin noch darauf, die Bestätigung ihrer Veranlagung zu verlangen. Es handelt sich um einen neuen Antrag, der teilweise das in Frage stellt, was die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren anerkannt bzw. nicht bestritten hat. Fraglich ist, ob dieser Antrag zulässig ist.
4.1 Im Beschwerdeverfahren vor der Rekurskommission gilt die Offizialmaxime. Die Rekurskommission ist an die Begehren der Parteien nicht gebunden, sondern nur an den Streitgegenstand im weiteren Sinn. (In einem engeren Sinn ergibt sich der Streitgegenstand aus den Begehren, s. auch das Urteil 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 2, RDAF 2005 II S. 335). Eine reformatio in peius vel melius ist zulässig (<ref-law>; Ulrich Cavelti, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, N 2 zu <ref-law>, s. ferner Känzig/ Behnisch, Die direkte Bundessteuer, Basel 1992, N 4 zu Art. 109 BdBSt). Im Beschwerdeverfahren vor der Rekurskommission hätte die Beschwerdeführerin daher die Möglichkeit gehabt, ihre Veranlagung durch entsprechenden Antrag auf reformatio in peius vel melius dem objektiven Recht anpassen zu lassen, wenn sie der Auffassung gewesen sein sollte, ihre Veranlagung entspreche nicht dem objektiven Recht. Dass sie im vorinstanzlichen Verfahren in anderer Parteirolle - als Beschwerdegegnerin - auftrat, ändert daran nichts.
4.2 In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde sind hingegen nach ständiger Rechtsprechung neue Begehren grundsätzlich unzulässig (<ref-ruling> E. 2d S. 315 f.; <ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen; ASA 56 177 E. 6a S. 187). Das gilt auch für Abgabestreitigkeiten. Art. 114 Abs. 1 OG räumt dem Bundesgericht zwar die Möglichkeit ein, in Abgabestreitigkeiten den angefochtenen Entscheid ohne Bindung an die Begehren oder die Begründung der Parteien dem objektiven Recht anzupassen. Ein prozessualer Anspruch der Partei auf Prüfung neuer Rechtsbegehren folgt daraus jedoch nicht (ASA 54 578 E. 1 c; Cavelti, a.a.O., N 9 zu <ref-law>; so bereits Känzig/Behnisch, a.a.O., N 43 zu Art. 112 BdBSt). Voraussetzung für eine allfällige Korrektur nach Art. 114 Abs. 1 OG, welche über die Begehren der Parteien hinausgeht, ist jedoch, dass der angefochtene Entscheid offensichtlich unrichtig und die Anpassung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweis). Zudem hat das Bundesgericht nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle des Ermessens der Vorinstanz zu setzen (ASA 54 578 E. 1c S. 585 mit Hinweisen). Eine Korrektur greift praktisch somit nur bei der Verletzung klaren Rechts ein.
Diese Voraussetzung ist hier nicht erfüllt. Die Beschwerdeführerin wies zwar in der Vernehmlassung an die Vorinstanz auf verschiedene Entscheide hin, welche nach ihrer Ansicht bereits damals den Schluss zuliessen, dass der gesamte Liegenschaftsgewinn als ausserordentlich zu betrachten und der Jahressteuer nach Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG zu unterstellen sei. Eine Abänderung der Veranlagung in diesem Sinne verlangte sie jedoch nicht ausdrücklich, sondern stellte es ins Ermessen der Vorinstanz (Vernehmlassung S. 3: "... könnte man sich deshalb sogar fragen"), ob eine Änderung vorzunehmen sei. Die Regel nach Art. 114 Abs. 1 OG, wonach das Bundesgericht in Abgabesachen nicht an die Anträge der Parteien gebunden ist, kann nicht dazu dienen, dem Bundesgericht Anträge, die der Vorinstanz absichtlich oder aus Versäumnis nicht unterbreitet worden sind, doch noch zum Entscheid vorzulegen. Von der in Art. 114 Abs. 1 OG enthaltenen Ausnahme für Abgabestreitigkeiten ist zurückhaltend Gebrauch zu machen. Die dem Bundesgericht beantragte reformatio in peius mag vorliegend betragsmässig ins Gewicht fallen, doch fehlt es an der dringenden Notwendigkeit der Korrektur, nachdem die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren keinen verbindlichen Antrag stellte.
4.3 Die Beschwerdeführerin verlangt im Eventualantrag, es sei ein Gewinn von Fr. 130'551.-- zu besteuern. Mit dem Antrag will die Beschwerdeführerin den Entscheid der Vorinstanz in der Weise korrigieren, dass für die Berechnung des ordentlichen Betriebsgewinns sechs statt fünf Vorjahre, d.h. auch das Verlustjahr 1998, berücksichtigt wird. Das ergäbe einen ordentlichen Betriebsgewinn von Fr. 51'325.-- statt Fr. 72'204.--. Dieser Antrag mag sich zwar im Rahmen des Streitgegenstandes des Verfahrens der Vorinstanz halten und scheint zulässig (s. auch BGE <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 1b). Er ist indessen unbegründet: Die Ausscheidung einer Komponente ordentlicher Betriebsgewinn stellt hier einen verfehlten Ansatz dar, unabhängig davon, ob der durchschnittliche Gewinn von fünf oder von sechs Geschäftsjahren berücksichtigt wird. Eine Korrektur im Sinne des Eventualantrages drängt sich daher ebenfalls nicht auf. Für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes genügt es, wenn die ursprüngliche Veranlagung gemäss Einspracheentscheid bestätigt wird.
5. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten teilweise gutzuheissen und die Veranlagung gemäss Einspracheentscheid vom 24. Januar 2003 zu bestätigen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Die Beschwerdeführerin dringt mit ihrem Hauptantrag nicht durch. Der Beschwerdegegner seinerseits hat in der Vernehmlassung keinen ausdrücklichen Hauptantrag gestellt, sondern nur einen "Eventualantrag" (Vernehmlassung S. 3). Doch geht aus seinen Ausführungen unmissverständlich hervor, dass er im Hauptstandpunkt die Abweisung der Beschwerde will. Beide Parteien sind daher als teilweise unterliegend zu betrachten, weshalb die Kosten des Verfahrens anteilsmässig zu verlegen sind (Art. 156 Abs. 3). Dem Beschwerdegegner ist eine ermässigte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 159 Abs. 3 OG).
Über die Kosten des kantonalen Verfahrens wird die Vorinstanz gegebenenfalls in einem Zusatzentscheid zu diesem Entscheid neu befinden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen vom 12. Januar 2005 aufgehoben. Die Veranlagung der Jahressteuer 2000 für die direkte Bundessteuer gemäss Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes St. Gallen vom 24. Januar 2003 wird bestätigt. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird dem Beschwerdegegner und dem Kanton St. Gallen je zur Hälfte mit je Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Der Kanton St. Gallen hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: