Sachverhalt:
A. Die Einwohnergemeinde Münchenbuchsee errichtete in den 1990er-Jahren auf der ihr gehörenden Parzelle Nr. 69 in Münchenbuchsee einen Dreikammerglascontainer. Im Jahr 2004 reichte sie dafür ein nachträgliches Baugesuch ein. Die Parzelle liegt in der Wohnzone W3 mit Lärmempfindlichkeitsstufe II. Mit Entscheid vom 21. Dezember 2004 verweigerte der Regierungsstatthalter von Fraubrunnen die Baubewilligung und ordnete an, der Glascontainer müsse entfernt werden. Dagegen führte die Einwohnergemeinde Münchenbuchsee Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Im anschliessenden Verfahren reichte sie zwei Projektänderungen ein. Mit Entscheid vom 3. November 2005 hob die BVE die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung an den Regierungsstatthalter von Fraubrunnen zurück. Dieser bewilligte mit Gesamtbauentscheid vom 6. Juli 2006 das Vorhaben gemäss der zweiten Projektänderung unter Bedingungen und Auflagen. X._, Eigentümer der Nachbarparzelle Nr. 726, erhob gegen diesen Entscheid Beschwerde bei der BVE, welche das Rechtsmittel guthiess und das Baugesuch ablehnte. Dagegen führte die Einwohnergemeinde Münchenbuchsee Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Mit Urteil vom 13. Februar 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Beschwerde gut, hob den Entscheid der BVE auf und wies die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Auf eine gegen dieses Urteil gerichtete Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten von X._ trat das Bundesgericht nicht ein (Urteil 1C_121/2008 vom 28. März 2008).
Die BVE nahm das Verfahren in der Folge wieder auf und gab der Einwohnergemeinde Münchenbuchsee Gelegenheit, die formellen Mängel in ihrer Baueingabe zu verbessern. Mit Entscheid vom 19. Dezember 2008 bewilligte sie die dritte Projektänderung, wobei sie den Gesamtbauentscheid des Regierungsstatthalters von Fraubrunnen in zwei Punkten ergänzte und im Übrigen bestätigte. Ein gegen diesen Entscheid gerichtetes Rechtsmittel wies das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 3. Juni 2009 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. Juli 2009 beantragt X._ sinngemäss die Aufhebung der beiden Urteile des Verwaltungsgerichts vom 13. Februar 2008 und vom 3. Juni 2009 sowie die Verweigerung der Baubewilligung.
Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die BVE ist der Ansicht, die Beschwerdegegnerin hätte verpflichtet werden müssen, die Altglassammelcontainer unterirdisch zu errichten oder einzuhausen. Die Beschwerde sei deshalb gutzuheissen, soweit der Beschwerdeführer verlange, dass die beiden Urteile des Verwaltungsgerichts aufzuheben seien. Die Beschwerdegegnerin beantragt dagegen die Abweisung der Beschwerde. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält fest, der angefochtene Entscheid verletze das Lärmschutzrecht des Bundes nicht. Im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels halten das Verwaltungsgericht, die BVE, der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 3. Juni 2009 ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG), der sich auf Bundesverwaltungsrecht, namentlich auf das Bundesgesetz vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz (USG; SR 814.01) und die Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) stützt. Der Entscheid betrifft somit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund gemäss <ref-law> liegt nicht vor. Der Beschwerdeführer ist als Nachbar durch die von der Glassammelstelle zu erwartenden Lärmimmissionen direkt betroffen und zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer ficht neben dem Urteil des Verwaltungsgerichts vom 3. Juni 2009 auch jenes vom 13. Februar 2008 an. Bei letzterem handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der gemäss <ref-law> durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar ist, soweit er sich auf dessen Inhalt ausgewirkt hat.
Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägungen einzutreten ist.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
1.3 Der Beschwerdeführer macht sinngemäss eine willkürliche Anwendung von Art. 58 des Baureglements der Einwohnergemeinde Münchenbuchsee vom 7. März 1993 (BR), Art. 24 des Baugesetzes des Kantons Bern vom 9. Juni 1985 (BauG; BSG 721.0) und Art. 90 der Bauverordnung des Kantons Bern vom 6. März 1985 (BauV; BSG 721.1) geltend (<ref-law>). Das Verwaltungsgericht legte diesbezüglich dar, dass die Zonenkonformität gegeben sei, da in Wohnzonen auch Nutzungen mit einem hinreichenden Bezug zum Wohnen zulässig seien. Die Lärmimmissionen seien allein nach Massgabe des Umweltrechts des Bundes zu beurteilen. Auf diese Erwägungen geht der Beschwerdeführer nicht in hinreichend substanziierter Weise ein. Auf seine Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-law>). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.5 S. 129 f.; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; Urteil des Bundesgerichts 1C_412/2008 vom 24. März 2009 E. 2.1, in: URP 2009 S. 188; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer rügt, die von der Vorinstanz dem angefochtenen Entscheid zugrunde gelegte Entsorgungsmenge von durchschnittlich 150 Flaschen pro Tag sei willkürlich. Er habe diese Zahl in seinen diversen Eingaben in Frage gestellt und 267 Flaschen pro Tag errechnet. Dies sei zu berücksichtigen. Mit diesem Vorbringen kommt der Beschwerdeführer seiner Rügeobliegenheit nicht nach (<ref-law>). Diese erfordert, dass die erhobenen Rügen in der Beschwerdeschrift selber enthalten sind. Der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f. mit Hinweisen). Auf das Vorbringen ist nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>, weil die geplante Sammelstelle seiner Meinung nach mehr als eine nur geringfügige Störung bewirkt. Der Lärmwert müsse deutlich unter 55 dB(A) liegen. Massgebend für den durch den Flascheneinwurf verursachten Lärm sei der Maximalpegel (Lmax). Zudem sei die Pegelkorrektur gemäss Anhang 6 zur Lärmschutzverordnung voll auszuschöpfen. Das Gutachten vom 27. Januar 2006 sei wertlos. Die in ihm enthaltenen Berechnungen basierten auf den Messungen für das Gutachten vom 24. Januar 2005. Mit den Projektänderungen hätten sich jedoch viele Komponenten verändert, so insbesondere die Position der Container. Der korrekt berechnete Lärmwert betrage auf der Nordseite seines Hauses mindestens 60 dB(A) und auf der Westseite sogar 61 dB(A).
2.2 Die Vorinstanz führte zu diesen Beanstandungen aus, gemäss <ref-law> würden die Lärmimmissionen als Beurteilungspegel Lr oder als Maximalpegel Lmax anhand von Berechnungen oder Messungen ermittelt. Abzustellen sei auf die Lärmuntersuchung vom 27. Januar 2006, welche vom Beschwerdeführer zu Unrecht beanstandet werde. Ob nur der Wert gemessen an der Nordseite des Gebäudes des Beschwerdeführers oder auch jener an der Westseite massgebend sei, spiele keine Rolle. Die Differenz zwischen den beiden Punkten betrage lediglich 1 dB(A) und beeinflusse den Verfahrensausgang nicht. Zudem ändere es am Ergebnis nichts, wenn man mit dem Beschwerdeführer nicht von 150 täglich eingeworfenen Flaschen, sondern von 267 ausgehe. Schliesslich bestehe kein Grund, von der im Gutachten berechneten Lärmreduktion durch die Lärmschutzwand abzuweichen. Damit sei in Übereinstimmung mit dem Gutachten eine durch Flascheneinwürfe erzeugte Lärmbelastung der Liegenschaft des Beschwerdeführers von Leq 27 dB(A) sowie Lmax 51 dB(A) anzunehmen.
Das Verwaltungsgericht legte weiter dar, es sei nicht restlos klar, auf welchen Pegelwert abzustellen sei. Der Wert Lmax berücksichtige, dass die durch das Einwerfen von Glasflaschen erzeugte Störung stark von den spezifischen Charakteristika des Lärms geprägt sei. Das Abstellen auf den Wert Lr (Leq mit Pegelkorrekturen) entspreche dagegen eher dem bekannten System der LSV für Lärm von Gewerbe und Industrie. Wie es sich damit verhalte, könne aber offen gelassen werden. Die sinngemässe Anwendung von Grenzwerten sei gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ohnehin problematisch, da diese Werte typisierbare Situationen voraussetzten. Bei menschlichem Verhaltenslärm komme Schallpegelmessungen angesichts des Fehlens gesicherter Grenzwerte nur eine untergeordnete Bedeutung zu.
Das Verwaltungsgericht nahm im Resultat eine Einzelfallbeurteilung vor, wobei es den Planungswert für Industrie- und Gewerbelärm (Ziff. 2 des Anhangs 6 zur LSV) von Lr 55 dB(A) als Wertungshilfe heranzog. Es zeigte auf, dass selbst bei der Annahme maximaler Pegelkorrekturen der Beurteilungspegel lediglich 44 dB(A) beträgt (vgl. Ziff. 33 Abs. 1 bis 3 des Anhangs 6 zur LSV). Auch wenn man die Entsorgungsmenge von 150 Flaschen verdopple und die damit einhergehende Lärmzunahme von 3 dB(A) berücksichtige, so liege der Beurteilungspegel mit 47 dB(A) immer noch deutlich unter dem Grenzwert. Im Rahmen der Einzelfallbeurteilung falle vorab ins Gewicht, dass die Glassammelstelle nur am Tag (von 7.30 bis 18.30 Uhr) geöffnet und an Sonn- und allgemeinen Feiertagen geschlossen sei. Auch wenn die betreffende Wohnzone eher als ruhig einzustufen sei, so seien doch oberirdische Altglascontainer in Wohnzonen einer Agglomerationsgemeinde durchaus üblich. Hinsichtlich des Lärms, den die Flascheneinwürfe erzeugten, verursache das Vorhaben nicht mehr als geringfügige Störungen.
Das Verwaltungsgericht nahm im Resultat eine Einzelfallbeurteilung vor, wobei es den Planungswert für Industrie- und Gewerbelärm (Ziff. 2 des Anhangs 6 zur LSV) von Lr 55 dB(A) als Wertungshilfe heranzog. Es zeigte auf, dass selbst bei der Annahme maximaler Pegelkorrekturen der Beurteilungspegel lediglich 44 dB(A) beträgt (vgl. Ziff. 33 Abs. 1 bis 3 des Anhangs 6 zur LSV). Auch wenn man die Entsorgungsmenge von 150 Flaschen verdopple und die damit einhergehende Lärmzunahme von 3 dB(A) berücksichtige, so liege der Beurteilungspegel mit 47 dB(A) immer noch deutlich unter dem Grenzwert. Im Rahmen der Einzelfallbeurteilung falle vorab ins Gewicht, dass die Glassammelstelle nur am Tag (von 7.30 bis 18.30 Uhr) geöffnet und an Sonn- und allgemeinen Feiertagen geschlossen sei. Auch wenn die betreffende Wohnzone eher als ruhig einzustufen sei, so seien doch oberirdische Altglascontainer in Wohnzonen einer Agglomerationsgemeinde durchaus üblich. Hinsichtlich des Lärms, den die Flascheneinwürfe erzeugten, verursache das Vorhaben nicht mehr als geringfügige Störungen.
2.3 2.3.1 Der Bundesrat hat gestützt auf <ref-law> für einige häufige, oft als besonders störend empfundene Schall- bzw. Lärmquellen (Strassenverkehr, Regionalflughäfen und Flugfelder, Industrie- und Gewerbebetriebe, Schiessanlagen) in den Anhängen 3 bis 8 der LSV mit den Belastungsgrenzwerten (Planungs-, Immissionsgrenz- und Alarmwerte; <ref-law>) objektive Beurteilungskriterien aufgestellt, die auf die durchschnittliche Reaktion normal lärmempfindlicher Personen abgestützt sind. Die LSV enthält jedoch nicht für alle Lärmarten Belastungsgrenzwerte. Fehlen solche, so sind die Lärmimmissionen gemäss <ref-law> im Einzelfall nach <ref-law> unter Berücksichtigung von Art. 19 und 23 USG zu beurteilen.
Nach <ref-law> sind die Immissionsgrenzwerte für Lärm so festzulegen, dass nach dem Stand der Wissenschaft oder der Erfahrung Immissionen unterhalb dieser Werte die Bevölkerung in ihrem Wohlbefinden nicht erheblich stören. Aufgrund des Verweises auf Art. 23 RPG ist sodann eine strengere Beurteilung angezeigt, wenn wie hier nicht eine bereits bestehende, sondern eine neue Anlage zur Diskussion steht. In diesem Fall sind die Planungswerte zu berücksichtigen, welche unter den Immissionsgrenzwerten liegen (Art. 23 und 25 Abs. 1 USG, <ref-law>). Im Rahmen der vorzunehmenden Einzelfallbeurteilung sind der Charakter des Lärms, der Zeitpunkt und die Häufigkeit seines Auftretens sowie die Lärmempfindlichkeit bzw. Lärmvorbelastung zu berücksichtigen. Dabei ist nicht auf das subjektive Lärmempfinden einzelner Personen abzustellen, sondern eine objektivierte Betrachtung unter Berücksichtigung von Personen mit erhöhter Empfindlichkeit (<ref-law>) vorzunehmen (<ref-ruling> E. 3.2 und 3.3 S. 296 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 36; je mit Hinweisen).
2.3.2 Die Einschätzung des Verwaltungsgerichts ist vor diesem Hintergrund nicht zu beanstanden. Es hat aufgezeigt, dass der Beurteilungspegel klar unter den als Wertungshilfe herangezogenen Belastungsgrenzwerten für Industrie- und Gewerbelärm liegt (vgl. Urteil 1A.159/2005 vom 20. Februar 2006 E. 3.2.4, in: ZBl 108/2007 S. 111). Im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung hat es im Ergebnis auf eine Einzelfallbeurteilung abgestellt. Dabei hat es den Charakter des Lärms, die Öffnungszeiten der Sammelstelle, die zu erwartende Glasmenge sowie die Lärmempfindlichkeit bzw. Lärmvorbelastung der betroffenen Wohnzone berücksichtigt (vgl. Urteil 1A.36/2000 vom 5. Dezember 2000 E. 5d/aa und bb, in: URP 2001 S. 147). Gemäss dem erwähnten Gutachten vom 27. Januar 2006 konnte durch Lärmschutzmassnahmen (Verwendung schallgedämmter Container und Errichtung einer Lärmschutzwand) die zu erwartende Lärmbelastung stark gesenkt werden. Es erscheint deshalb als vertretbar, dass die Vorinstanz von höchstens geringfügigen Störungen ausging, auch wenn die betroffene Wohnzone eher ruhig sein soll. Ob andere Glassammelstellen auf dem Gemeindegebiet ohne Baubewilligung aufgestellt worden sind, wie der Beschwerdeführer vorbringt, ist dagegen nicht entscheidend.
2.3.3 Die Kritik des Beschwerdeführers am Gutachten vom 27. Januar 2006 geht ins Leere. Zwar wurde es vor der letzten Projektänderung erstellt und berücksichtigt diese somit nicht. Indessen bewirken die Rückversetzung der Lärmschutzwand und die Verwendung leiserer Glascontainer gemäss vorinstanzlichem Entscheid eine Abnahme der Lärmbelastung auf der Liegenschaft des Beschwerdeführers. Dies bestätigt in seiner Vernehmlassung auch das BAFU. Ein Abstellen auf das Gutachten ist damit weiterhin zulässig, auch wenn sich nach Ansicht des Beschwerdeführers die Schallreflexionen nun verändert haben sollen.
2.4 In Bezug auf den zu erwartenden Verkehrslärm bringt der Beschwerdeführer vor, die Sammelstelle werde mangels Parkplätzen bei anderen Sammelstellen überwiegend von quartierfremden Zulieferern frequentiert. Die Vorinstanz hat sich mit dieser Frage bereits befasst. Mangels einer hinreichend substanziierten Rüge an ihrer Sachverhaltsfeststellung (E. 1.4 hiervor) ist auf das Vorbringen nicht einzutreten (<ref-law>). Ebensowenig wird vom Beschwerdeführer dargelegt, inwiefern seine Behauptung zu berücksichtigen sein soll, dass Zulieferer ihre Autos auf der Strasse oder auf privaten Parkplätzen abstellten. Auch darauf ist nicht einzutreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Vorsorgeprinzips (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin habe die Emissionen nicht so weit begrenzt, als dies technisch möglich und wirtschaftlich tragbar sei. Insbesondere sei eine unterirdische Anlage zu fordern. Dass dies wirtschaftlich tragbar sei, bewiesen umliegende Gemeinden. Die Betriebskosten könnten dadurch sicherlich gesenkt werden und die Baukosten seien wirtschaftlich tragbar.
Auch die BVE ist der Ansicht, dass Altglascontainer, die unmittelbar neben einem Wohngebäude in einer Wohnzone aufgestellt werden, nach dem gegenwärtigen Stand der Technik unterirdisch angelegt werden müssten.
3.2 Gemäss <ref-law> sind Emissionen unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung im Rahmen der Vorsorge so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist. Dabei ist in Betracht zu ziehen, dass das Kriterium der wirtschaftlichen Tragbarkeit auf Unternehmungen zugeschnitten ist, die nach marktwirtschaftlichen Prinzipien, d.h. gewinnorientiert, betrieben werden. Gehen jedoch die zu bekämpfenden Emissionen von anderen Quellen als von marktwirtschaftlich geführten Unternehmen aus, so fällt das Kriterium der wirtschaftlichen Tragbarkeit dahin und sind allfällige wirtschaftliche Gesichtspunkte im Rahmen der allgemeinen Verhältnismässigkeitsprüfung zu beachten. Falls die massgebenden Planungswerte eingehalten sind, lassen sich weitergehende Emissionsbegrenzungen gemäss der Rechtsprechung zudem nur dann rechtfertigen, wenn mit relativ geringem Aufwand eine wesentliche zusätzliche Reduktion der Emissionen erreicht werden kann (<ref-ruling> E. 8 S. 318 mit Hinweisen).
3.2 Gemäss <ref-law> sind Emissionen unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung im Rahmen der Vorsorge so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist. Dabei ist in Betracht zu ziehen, dass das Kriterium der wirtschaftlichen Tragbarkeit auf Unternehmungen zugeschnitten ist, die nach marktwirtschaftlichen Prinzipien, d.h. gewinnorientiert, betrieben werden. Gehen jedoch die zu bekämpfenden Emissionen von anderen Quellen als von marktwirtschaftlich geführten Unternehmen aus, so fällt das Kriterium der wirtschaftlichen Tragbarkeit dahin und sind allfällige wirtschaftliche Gesichtspunkte im Rahmen der allgemeinen Verhältnismässigkeitsprüfung zu beachten. Falls die massgebenden Planungswerte eingehalten sind, lassen sich weitergehende Emissionsbegrenzungen gemäss der Rechtsprechung zudem nur dann rechtfertigen, wenn mit relativ geringem Aufwand eine wesentliche zusätzliche Reduktion der Emissionen erreicht werden kann (<ref-ruling> E. 8 S. 318 mit Hinweisen).
3.3 3.3.1 Das Verwaltungsgericht legte dar, eine Versenkung der Container würde nicht unerhebliche Mehrkosten verursachen. Die Beschwerdegegnerin habe geltend gemacht, die Baukosten würden sich auf rund Fr. 50'000.-- belaufen, während das Projekt mit oberirdischen Containern nur Fr. 25'000.-- koste. Eine unterirdische Anlage sei zudem wegen dem Gefälle des Terrains und dem Dachvorsprung beim alten Werkhof schwierig zu realisieren. Auch wenn die Bestreitungen des Beschwerdeführers zutreffen würden und die Mehrkosten geringer wären als von der Beschwerdegegnerin behauptet, seien sie immer noch erheblich. Der Beschwerdeführer vermöge mit seinen Ausführungen zudem nicht aufzuzeigen, weshalb eine unterirdische Sammelstelle im vorliegenden Fall gar weniger Betriebskosten verursachen würde als eine oberirdische.
Die Beschwerdegegnerin führte diesbezüglich in ihrer Vernehmlassung unter anderem aus, dass ein unterirdischer Container am geplanten Standort kaum zu realisieren sei. Der Platz falle zum Alten Werkhof hin ab und die Leerung der Container mit Hilfe eines Krans sei wegen des weiten Vordachs des Alten Werkhofs erschwert.
3.3.2 Die vorinstanzliche Erwägung, wonach nicht aufgezeigt worden sei, weshalb die Betriebskosten bei einer unterirdischen Anlage geringer sein sollten, wird vom Beschwerdeführer in seiner Beschwerdeschrift zwar bestritten, doch nicht mit hinreichender Begründung (<ref-law>). Bei den Ausführungen in seiner Stellungnahme vom 7. November 2009 zu den Betriebskosten wie auch zu den technischen Aspekten der Containerleerung handelt es sich grösstenteils um unzulässige neue tatsächliche Vorbringen im Sinne von <ref-law>. Zudem ist eine Beschwerdeergänzung nach Ablauf der Beschwerdefrist, auf dem Weg der Replik nur insoweit statthaft, als die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten dazu Anlass geben (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 21 mit Hinweisen). Diese Voraussetzung ist vorliegend nicht erfüllt, weshalb auch deshalb auf das Vorbringen nicht einzugehen ist.
3.3.3 Der Beschwerdeführer errechnet anhand eines Vergleichs mit einer unterirdischen Containeranlage an anderer Stelle auf dem Gemeindegebiet, dass die zusätzlichen Kosten für diese Variante auf weniger als Fr. 12'000.-- zu stehen kämen. Die Beschwerdegegnerin hält diesen Betrag für zu tief und verweist dabei unter anderem auf die erwähnten Besonderheiten des vorliegend zur Diskussion stehenden Standorts. Wie es sich damit genau verhält, kann offen bleiben. Fest steht, dass die Errichtung einer unterirdischen Anlage mit erheblichen Mehrkosten verbunden wäre, welche von der Beschwerdegegnerin auf der Grundlage des Vorsorgeprinzips nicht verlangt werden können. Dabei ist zu berücksichtigen, dass wegen der bereits geplanten Lärmschutzmassnahmen von höchstens geringfügigen Störungen ausgegangen werden kann (vgl. E. 2.3 hiervor). Auch wenn man von der Berechnung der Mehrkosten durch den Beschwerdeführer ausgehen wollte, könnte nicht gesagt werden, dass vorliegend mit relativ geringem Aufwand eine wesentliche zusätzliche Reduktion der Emissionen zu erreichen wäre.
3.4 Die Vorinstanz befasste sich schliesslich mit einer Reihe weiterer Massnahmen zur Reduktion der Lärmemissionen. Auch diesbezüglich verneinte sie die Verhältnismässigkeit. Der Beschwerdeführer bringt dagegen vor, die Lärmemissionen liessen sich kostengünstig begrenzen und führt beispielhaft vier der Massnahmen an, welche die Vorinstanz verworfen hatte. Auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid geht er dabei allerdings nicht ein. Mangels hinreichender Begründung der Rüge ist darauf nicht einzutreten (<ref-law>).
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Diesem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Die obsiegende, anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin tritt vorliegend als Bauherrin auf und ist insoweit einer privaten Bauherrschaft vergleichbar (Urteil 1P.207/2001 vom 21. Juni 2001 E. 3e). Sie hat deshalb Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold