Sachverhalt:
A. A.a Das Amtsgericht Olten-Gösgen verurteilte A.X._ am 16. April 2010 wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, Geldwäscherei, Erleichterns des rechtswidrigen Aufenthalts, Verletzung der Verkehrsregeln und Übertretung der Verordnung über die Strassenverkehrsregeln zu einer Freiheitsstrafe von 8 Jahren, einer Geldstrafe von 14 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und einer Busse von Fr. 160.--.
A.b Auf Appellation von A.X._ hin bestätigte das Obergericht des Kantons Solothurn am 13. August 2012 das erstinstanzliche Urteil im Schuld- und Strafpunkt bzw. stellte die Rechtskraft der erstinstanzlichen Schuldsprüche fest.
Dem Urteil liegt u.a. folgender Sachverhalt zugrunde:
Ab September 2005 führte A.X._ im Auftrag von C._ zahlreiche Herointransporte nach Genf aus, wo sie die Droge an Dritte verkaufte. Nachdem C._ am 9. Dezember 2006 verhaftet und am 17. Dezember 2006 nach Albanien ausgeschafft worden war, übernahm sie bis zu dessen Rückkehr am 18. Februar 2007 selber die Organisation des Heroins und der Treffen in Genf, während sie ihren Vater B.X._ als Kurier einsetzte. Als Drogenumschlagplatz nutzten C._ und A.X._ eine von B.X._ gemietete Wohnung in Trimbach. Am 19. Februar 2007 erwarb A.X._ im Zusammenwirken mit C._ im Raum Rapperswil drei Kilogramm Heroin, welches sie in die Wohnung in Trimbach verbrachte. Insgesamt war A.X._ an der Umsetzung von rund 40 kg Heroingemisch beteiligt. Die Erlöse aus dem Drogenhandel brachte sie selber bzw. liess sie durch Dritte ausser Land bringen.
B. A.X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 13. August 2012 teilweise aufzuheben, sie in verschiedenen Anklagepunkten vom Vorwurf der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie von der Anklage der Geldwäscherei freizusprechen und zu einer Freiheitsstrafe von maximal 36 Monaten, davon 30 Monate bedingt, zu verurteilen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie ersucht um Erteilung der aufschiebenden Wirkung sowie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz gehe willkürlich davon aus, sämtliche in der Anklageschrift erwähnten Fahrten nach Genf hätten dem Drogentransport gedient. Teilweise hätten sie sich auch zwecks Geldeintreibung oder für den Transport von Personen oder anderen Gütern nach Genf begeben. Nicht bewiesen sei, dass die Drogentransporte jeweils mindestens 500 Gramm Heroingemisch betrafen. Am 19. Februar 2007 habe sie im Raum Rapperswil eine Tasche abgeholt. Was der Inhalt dieser Tasche gewesen sei, lasse sich nicht mit Sicherheit sagen.
1.2 Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.4.1). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2.4). Dem Grundsatz in dubio pro reo kommt in der von der Beschwerdeführerin angerufenen Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
1.3 1.3.1 Der Schuldspruch im Anklagepunkt Ziff. 1.6 (Kauf von 3 kg Heroin im Raum Rapperswil) basiert u.a. auf der willkürfreien Würdigung der Aussagen der Beschwerdeführerin. Diese beschrieb auf Vorhalt der polizeilichen Erkenntnisse den Ort, wo sie den Lieferanten getroffen hatte, den Lieferanten und die Verpackung des Heroins, das sich in einem Plastiksack befunden habe. Sie bestätigte, dass es sich um 6 Pakete zu 500 Gramm Heroin handelte und dass sie das Heroin in die Wohnung in Trimbach brachte (Urteil S. 18 f.). Auf die Rüge der Beschwerdeführerin ist nicht einzutreten, da sie sich mit der vorinstanzlichen Beweiswürdigung nicht rechtsgenügend auseinandersetzt.
1.3.2 Gleiches gilt, soweit sich die Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzlich festgestellten Drogentransporte bzw. -verkäufe nach Genf und die in diesem Zusammenhang umgesetzte Drogenmenge wendet. Die Vorinstanz stellt hierfür auf die Ergebnisse der Telefonüberwachungen sowie Geständnisse von Käufern und der Beschuldigten ab. Die Beschwerdeführerin geht auf die verfügbaren Beweise und die sorgfältig begründete Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht ein, sondern begnügt sich mit der pauschalen Kritik, die Vorwürfe seien nicht hinreichend bewiesen. Dies ist im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zulässig. Weshalb die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung offensichtlich falsch und damit willkürlich sein soll, zeigt sie nicht auf.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie sei lediglich in absolut untergeordneter Stellung tätig geworden und habe keinerlei Tatherrschaft gehabt. Ein mittäterschaftliches Handeln falle ausser Betracht. Gehilfenschaft sei nicht angeklagt.
2.2 Die allgemeinen Bestimmungen des Strafgesetzbuches finden auch im Betäubungsmittelstrafrecht Anwendung, soweit das Betäubungsmittelgesetz nicht selbst Bestimmungen aufstellt (<ref-law>). Der vorliegend noch anwendbare Art. 19 Ziff. 1 aBetmG (vgl. <ref-ruling> E. 3.2) umschreibt nahezu alle Unterstützungshandlungen als selbständige Handlungen. Unterstützende Tatbeiträge sind daher nicht über die Regeln der Mittäterschaft, Anstiftung oder Gehilfenschaft in die eigentliche Tat einzubeziehen. Als Mittäter zu bestrafen ist, wer als (untergeordnetes) Mitglied einer Bande auf Geheiss handelte oder wer in der Organisation nur dienende Stellung einnahm und Handlungen von untergeordneter Bedeutung vornahm. Gehilfenschaft im Sinne von <ref-law> liegt lediglich vor, wenn die objektive Mitwirkung an der Tat eines anderen sich auf einen untergeordneten, vom Gesetz nicht als selbständiges Delikt erfassten Beitrag beschränkt (<ref-ruling> E. 3.2 und 3.3). Die Beschwerdeführerin verkennt, dass sich auch als Mittäter strafbar macht, wer auf Geheiss einer anderen Person Betäubungsmittel erwirbt, transportiert, lagert oder verkauft. Ihr Einwand ist unbegründet.
2.3 Die Beschwerdeführerin weicht mit ihrer Rüge zudem von den Feststellungen der Vorinstanz ab. Diese geht von einem bandenmässigen Handeln aus, wobei C._ der Chef war und die Beschwerdeführerin seine rechte Hand. Nach dessen Ausschaffung habe jene seine Rolle übernommen und die frei gewordene Stelle als Transporteur in eigener Kompetenz durch ihren Vater ersetzt. Sie habe nicht nur Kenntnisse der genauen Abläufe der Drogentransporte, sondern auch der Beschaffung, der Bereitstellung und der einzelnen Abnehmer gehabt (Urteil S. 14 f. und 34). Die Beschwerdeführerin zeigt nicht rechtsgenügend auf, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich sein könnte.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Verurteilung wegen Lagerns von Heroin. Sie argumentiert, als untergeordnete Handlangerin habe es ihr am erforderlichen Herrschaftswillen über die gelagerten Drogen gefehlt.
3.2 Die Vorinstanz erwägt, die Wohnung in Trimbach habe C._ und der Beschwerdeführerin als Drogenumschlagplatz gedient. Der Vater der Beschwerdeführerin habe sie auf deren Wunsch gemietet. C._ habe die Miete bezahlt. Die Beschwerdeführerin und C._ hätten je einen Schlüssel zur Wohnung gehabt (Urteil S. 17). Die Vorinstanz stellt zudem willkürfrei fest, die Beschwerdeführerin habe keine bloss untergeordnete Stellung gehabt (oben E. 2.3). Sie war es schliesslich, welche die in Rapperswil erworbene Droge in die Wohnung in Trimbach verbrachte. Die Beschwerdeführerin weicht auch in dieser Hinsicht von den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz ab, weshalb auf ihre Rüge nicht einzutreten ist (<ref-law>).
4. Die Beschwerdeführerin sieht ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, da sich die Vorinstanz zur Tathandlung des Verkaufs in ihrem Urteil nicht äussere.
Die Rüge ist unbegründet. Die Vorinstanz legt dar, dass die Beschwerdeführerin die Drogen nicht nur nach Genf transportierte bzw. transportieren liess, sondern dort auch an Dritte verkaufte.
5. 5.1 Bezüglich des Schuldspruchs wegen Geldwäscherei beanstandet die Beschwerdeführerin, die Anklageschrift genüge den inhaltlichen Anforderungen von Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 und 3 lit. a und b EMRK nicht. Sie rügt zudem eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung. Sie habe mit den finanziellen Belangen nichts zu tun gehabt und die ganzen Einnahmen C._ abliefern müssen.
5.2 Den Tatbestand der Geldwäscherei nach <ref-law> erfüllt, wer eine Handlung vornimmt, die geeignet ist, die Ermittlung der Herkunft, die Auffindung oder die Einziehung von Vermögenswerten zu vereiteln, die, wie er weiss oder annehmen muss, aus einem Verbrechen herrühren. Eine Vereitelungshandlung im Sinne von <ref-law> begeht u.a., wer aus dem Drogenhandel stammendes Geld ins Ausland verschiebt (vgl. <ref-ruling> E. 2b/cc und 3b; Urteil 6B_88/2009 vom 29. Oktober 2009 E. 4.3) oder wer Erlöse aus einem Betäubungsmittelhandel versteckt (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2e).
5.2 Den Tatbestand der Geldwäscherei nach <ref-law> erfüllt, wer eine Handlung vornimmt, die geeignet ist, die Ermittlung der Herkunft, die Auffindung oder die Einziehung von Vermögenswerten zu vereiteln, die, wie er weiss oder annehmen muss, aus einem Verbrechen herrühren. Eine Vereitelungshandlung im Sinne von <ref-law> begeht u.a., wer aus dem Drogenhandel stammendes Geld ins Ausland verschiebt (vgl. <ref-ruling> E. 2b/cc und 3b; Urteil 6B_88/2009 vom 29. Oktober 2009 E. 4.3) oder wer Erlöse aus einem Betäubungsmittelhandel versteckt (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2e).
5.3 5.3.1 Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens. Die Anklageschrift muss die Person des Angeklagten sowie die ihm zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind (<ref-ruling> E. 6.3; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
5.3.2 Die Anklageschrift ist bezüglich des Geldwäschereivorwurfs zwar knapp gehalten. Aber insgesamt genügt sie den gesetzlichen Anforderungen. Der Beschwerdeführerin wird darin vorgeworfen (S. 11), sie habe in der Zeit zwischen September 2006 und Februar 2007 einen Teil der Erlöse von mehr als Fr. 900'000.-- aus dem Drogenhandel in Form von Bargeld nach Albanien bzw. in den Kosovo gebracht oder durch weitere Personen bringen lassen. Damit wird der Vorwurf in zeitlicher und örtlicher Hinsicht sowie bezüglich der Vereitelungshandlung ausreichend präzise umschrieben. Die Vorinstanz durfte eine Verletzung des Anklagegrundsatzes verneinen (Urteil S. 11 f.).
5.4 Die Vorinstanz führt aus, in der Wohnung in Trimbach und bei der Beschwerdeführerin zuhause seien insgesamt drei Drogenabrechnungen über Beträge von Fr. 155'920.--, Fr. 436'285.-- bzw. Fr. 325'540.-- gefunden worden. Die Beschwerdeführerin habe zwischen Dezember 2006 und Februar 2007 drei Kurzreisen in den Kosovo bzw. nach Albanien unternommen, die sich nur mit dem Transport von Drogenerlösen erklären liessen. Ihre Begründung, sie habe jeweils kurz eine spezielle orthodoxe Kirche in Albanien besucht, sei nicht glaubhaft. Aus einem aufgezeichneten Telefongespräch vom 26. Januar 2007 gehe zudem hervor, dass sie von C._ angewiesen wurde, einem Jungen EUR 20'000.-- oder 30'000.-- zu geben, damit ihm dieser das Geld nach Albanien bringen könne (Urteil S. 25). Gestützt darauf durfte die Vorinstanz willkürfrei für erwiesen annehmen, die Beschwerdeführerin habe einen Teil des deliktischen Erlöses ins Ausland verbracht. Deren Einwände gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung erschöpfen sich erneut in einer unzulässigen appellatorischen Kritik (vgl. oben E. 1.2).
6. Bei der Strafzumessung greift das Bundesgericht auf Beschwerde in Strafsachen hin nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. durch Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6; <ref-ruling> E. 5.3.1; <ref-ruling> E. 2.1). Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass die Vorinstanz das ihr zustehende Ermessen überschritten hat oder von falschen Strafzumessungsgrundsätzen ausgegangen ist. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit die Beschwerdeführerin die verlangte Reduktion des Strafmasses mit den beantragten Freisprüchen begründet und ihren Ausführungen eigene Sachverhaltsfeststellungen zugrunde legt (<ref-law>; vgl. Beschwerde S. 18).
7. Die Anträge auf Neuverteilung der Verfahrenskosten und Zusprechung einer Parteientschädigung begründet die Beschwerdeführerin ebenfalls ausschliesslich mit den beantragten Freisprüchen. Darauf ist nicht einzutreten.
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage der Beschwerdeführerin ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird mit dem Entscheid in der Sache gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld