Faits:
A. Le 11 septembre 2003, A._ et B._ ainsi qu'une troisième personne circulaient, chacun en moto, route de Chancy, en direction de Chancy. Selon le rapport de police daté du 14 septembre 2003, l'attention d'une patrouille de gendarmerie avait été attirée par des motards qui circulaient à vive allure. Ces derniers avaient alors été suivis entre les giratoires route de Chancy/route de Laconnex et route de Chancy/route des Rupettes, soit sur une distance de plus de 1'500 mètres. Un dépassement de 36 km/h avait été établi. Les policiers avaient au surplus relevé qu'ils n'avaient pas pu suivre les motards à une vitesse constante. Alors que le compteur indiquait plus de 140 km/h, la distance les séparant de ces derniers continuait de s'accroître. Ils avaient donc enclenché la sirène et les signaux optiques peu avant le hameau de la Petite Grave et avaient dû rouler au maximum des capacités de leur véhicule pour rattraper les motards.
B. Par décision du 27 novembre et du 9 décembre 2003, le Service des automobiles et de la navigation de la République et canton de Genève (ci-après: le SAN) a respectivement retiré leur permis de conduire à B._ et à A._. La durée du retrait a été fixée à un mois pour cette dernière. Tenant compte d'un retrait de permis intervenu par décision du 26 février 2002 en raison d'un dépassement de plus de 30 km/h, elle a été élevée à six mois pour B._.
B._ et A._ ont séparément recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre les décisions de retrait de permis.
Les procédures ont été suspendues dans l'attente du résultat de la procédure pénale. Par jugement du 27 septembre 2006, le Tribunal de police de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal de police) a constaté la prescription de l'action pénale et a libéré B._ et A._ des fins de la poursuite. Le 18 octobre 2006, les causes ont été jointes par le Tribunal administratif et l'instruction a été reprise.
Le 13 novembre 2006, C._, gendarme auteur du rapport du 14 septembre 2003, a été entendu. Il a déclaré que le 11 septembre 2003, alors qu'il circulait avec un collègue sur la route de Chancy à l'occasion d'une patrouille et qu'ils arrivaient à une centaine de mètres d'un giratoire, ils avaient aperçu des motards qui avaient accéléré à la hauteur de ce dernier. Ils les avaient donc suivis. Vérification faite, le tronçon sur lequel le contrôle de vitesse avait été effectué avait une longueur de 2,6 kilomètres. A son souvenir, six motards roulaient ensemble. A un premier giratoire, ils avaient pu intercepter trois des motards et leur avaient demandé de se rendre au poste d'Onex en leur précisant que leurs numéros de plaque avaient été relevés. Ils avaient ensuite pu rattraper les trois autres, dont B._ et A._. Le contrôle de vitesse avait eu lieu sur l'ensemble des motards qui roulaient groupés. Ils avaient pu rattraper les premiers motards parce que la sirène avait été enclenchée et que ces derniers avaient donc levé le pied au giratoire. Les autres conducteurs avaient également ralenti mais avaient poursuivi leur route en prenant sur la gauche. Pendant le contrôle de vitesse, ils avaient toujours eu les véhicules suivis en vue, sans pouvoir dire quelle distance les séparait d'eux, étant précisé que l'écart s'accroissait.
B._ et A._ ont soutenu avoir été victimes d'une confusion résultant du nombre de motards qui circulaient à ce moment sur la route de Chancy. Par ailleurs, les directives applicables aux contrôles de vitesse n'avaient pas été respectées, la distance entre le véhicule de police et les motos poursuives ayant été beaucoup trop importante. Enfin, ils ont estimé qu'il fallait tenir compte de l'écoulement du temps et de la prescription de l'action pénale.
Par arrêt du 28 août 2007, le Tribunal administratif a rejeté les recours.
C. Agissant ensemble par la voie du recours en matière de droit public, B._ et A._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 28 août 2007 ainsi que les décisions du SAN des 27 novembre et 9 décembre 2003. Ils se plaignent d'une appréciation arbitraire des preuves et d'une violation des prescriptions en matière de contrôle de vitesse. Ils estiment enfin que le temps écoulé depuis l'infraction aurait dû être pris en compte. Ils requièrent en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Par ordonnance du 13 novembre 2007, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif formulée par B._ et A._.
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Office fédéral des routes renonce à prendre position sur le recours, au motif que l'appréciation à donner porte essentiellement sur la constatation des faits.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée ayant été rendue après le 1er janvier 2007, la loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF) est applicable à la présente procédure de recours (<ref-law>).
2. La voie de recours en matière de droit public, au sens des <ref-law> est ouverte contre les décisions prises en dernière instance cantonale au sujet de mesures administratives de retrait de permis de conduire.
Les recourants sont particulièrement atteints par la décision attaquée - qui confirme le retrait de leur permis de conduire - et ils ont un intérêt digne de protection à son annulation; ils ont donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 let. a et b LTF. Pour le surplus, interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
3. Dans un premier grief, les recourants se plaignent d'une appréciation arbitraire des preuves. Ils estiment qu'il ne peut être que compris du rapport de police qu'ils faisaient partie des trois premiers motards interpellés, alors que le gendarme C._ avait confirmé en audience que tel n'était pas le cas. Par ailleurs, les policiers auraient eux-mêmes admis que les motards qui n'avaient pas pu être interpellés en même temps que le premier groupe avaient pris des chemins différents et qu'ils n'avaient pas pu être interceptés. Les recourants soulignent qu'ils ont toujours soutenu qu'ils venaient d'une autre direction que les motards poursuivis.
3.1 Selon la jurisprudence, l'appréciation des preuves est arbitraire (art. 9 Cst.; pour une définition de l'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17 et les références) lorsque le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Il ne suffit pas qu'une interprétation différente des preuves et des faits qui en découlent paraisse également concevable pour que le Tribunal fédéral substitue sa propre appréciation des preuves à celle effectuée par l'autorité intimée. En serait-il autrement, que le principe de la libre appréciation des preuves par le juge du fond serait violé (<ref-ruling> consid. 2d p. 37 s.).
3.2 Il est vrai que le rapport de police ne mentionne pas que trois motards ont été dans un premier temps interceptés au giratoire route de Lancy/route des Rupettes. Il est également constant que C._ n'a pas signalé que d'autres motards avaient pris la fuite dans des directions différentes.
Il n'en demeure pas moins qu'il ressort tant du rapport de police que des déclarations de C._ que les recourants ont été suivis depuis le giratoire route de Chancy/route de Laconnex jusqu'au giratoire route de Chancy/route des Rupettes, tronçon sur lequel le contrôle de vitesse a été effectué. Il est également établi que les recourants ont ralenti à la hauteur de ce dernier giratoire et qu'ils ont obliqué à gauche pour être enfin rattrapés à la route des Lolliets.
Qu'il y ait des incohérences sur les autres points n'est en l'espèce pas déterminant. Il ne faut à cet égard pas perdre de vue que C._ a été interrogé plus de trois ans après la survenance des faits. En outre, contrairement à ce qu'affirment les recourants, ils n'ont pas toujours prétendu venir d'une direction contraire, puisque dans leur recours au Tribunal administratif, ils ont admis avoir circulé à l'heure des faits sur la route de Chancy, puis avoir bifurqué sur Laconnex. On ne peut donc pas reprocher au Tribunal administratif d'avoir retenu cet élément. Dans ces circonstances, il n'apparaît pas insoutenable de considérer, à l'instar de la Cour cantonale, que si les recourants n'avaient réellement pas commis d'excès de vitesse, ils auraient nécessairement été dépassés par le véhicule de police, étant donné qu'ils avaient indiqué que les autres groupes de motards roulaient derrière eux.
Il résulte de ce qui précède que l'on ne saurait tenir l'appréciation des preuves effectuée par les autorités cantonales pour arbitraire. Le grief doit dès lors être rejeté.
4. Dans un deuxième moyen, les recourants se plaignent d'une violation des prescriptions en matière de contrôle de vitesse. Ils font valoir que, contrairement à ce que prévoient les directives de l'Office fédéral des routes, la distance entre le véhicule des policiers et les motos n'aurait pas été constante. Même si le juge n'était pas lié par les directives, les conditions dans lesquelles le contrôle de vitesse s'était déroulé devraient avoir une incidence sur l'appréciation du rapport de police par le juge.
4.1 Les instructions techniques concernant les contrôles de vitesse dans la circulation routière éditées par le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (ci-après: DETEC), constituent de simples recommandations, qui n'ont pas force de loi et ne lient ni le juge, ni les autorités administratives ou de police elles-mêmes (<ref-ruling> consid. 2e p. 113; <ref-ruling> consid. 3 p. 66; <ref-ruling>). Le juge pénal n'est donc en principe pas restreint dans son pouvoir de libre appréciation des preuves et peut, sur la base d'une appréciation non arbitraire de l'ensemble des éléments à sa disposition, parvenir à la conclusion que le prévenu a circulé à la vitesse indiquée dans le rapport alors même qu'elle n'aurait pas été mesurée selon les recommandations émises dans ces instructions.
4.2 Le chiffre 7.5 des instructions du DETEC concerne les contrôles de vitesse au moyen d'un véhicule-suiveur muni d'un compteur de vitesse sans calculatrice. Il y est indiqué que le tronçon sur lequel le contrôle est effectué doit avoir une longueur d'au moins 500 mètres (ch. 7.5.1). Il est également précisé que la distance entre le véhicule de police et le véhicule suivi doit rester égale autant que possible, compte tenu de leur vitesse effective et qu'elle ne devrait pas dépasser la moitié de la valeur indiquée par le compteur de vitesse. A la fin de la mesure, la distance jusqu'au véhicule contrôlé doit être identique ou plus grande qu'au début du contrôle de vitesse (ch. 7.5.2).
4.3 Le Tribunal administratif a souligné qu'en raison de la vitesse respective du véhicule de police et des motos suivies, la distance séparant le premier des secondes s'était accrue, de sorte qu'à la fin du contrôle, elle était plus importante qu'au début. Suivre le raisonnement des recourants reviendrait selon la Cour cantonale à accorder l'impunité aux conducteurs roulant à une vitesse suffisamment élevée pour distancer le véhicule suiveur, ce qui n'était assurément pas l'objectif recherché par le législateur.
4.4 En l'espèce, le rapport de police indique que, compte tenu de l'accélération des motards et des capacités du véhicule de police, les intéressés n'avaient pas pu être suivis à une vitesse constante. Alors que le compteur du véhicule de police indiquait plus de 140 km/h, la distance augmentait de seconde en seconde. Le rapport mentionne en outre que les gendarmes ont circulé sur plus de 400 m à une vitesse de plus de 160 km/h, tandis que les motards continuaient de s'éloigner. C._ a quant à lui affirmé qu'ils roulaient dans les 160 km/h, mais que le véhicule avait été stabilisé à la vitesse de 140 km/h sur la distance prescrite. L'écart ne cessait cependant de s'accroître, raison pour laquelle la sirène avait été enclenchée.
Il existe manifestement une contradiction entre le rapport de police et les déclarations de C._, encore qu'il ne soit pas certain que l'on doive comprendre du rapport que le fait que la distance n'ait pas été constante sur tout le trajet implique nécessairement qu'elle ne l'ait pas été uniquement sur la distance prescrite par les instructions du DETEC.
Quoi qu'il en soit, on ne saurait reprocher à l'autorité cantonale d'avoir considéré que les principes essentiels des contrôles de vitesse avaient été respectés. En effet, les directives indiquent expressément que la distance doit rester égale "autant que possible". Or il s'agit en l'occurrence précisément d'un cas dans lequel cette exigence ne pouvait pas être pleinement respectée. Dans la mesure où, alors même que les gendarmes roulaient à 160 km/h sur un tronçon relativement long, la distance continuait de s'accroître, il n'apparaît pas insoutenable de retenir la vitesse la plus basse enregistrée, soit 140 km/h, comme base de calcul. La marge de sécurité de 10 %, appliquée conformément aux instructions du DETEC, tient au demeurant compte des variations dans la distance entre les véhicules que des différences de vitesse peuvent entraîner.
Les objections des recourants sont de toute façon purement théoriques. Ils n'expliquent pas en quoi le calcul aurait été faussé par l'incapacité de la patrouille de maintenir une vitesse constante. Dans ces conditions, le grief doit être rejeté.
5. Enfin, les recourants reprochent à l'autorité cantonale de ne pas avoir pris en considération le fait que quatre ans s'étaient écoulés depuis les faits litigieux.
5.1 Selon la jurisprudence, lorsqu'il s'est écoulé un temps relativement long depuis les faits qui ont provoqué la mesure, que l'intéressé s'est bien conduit pendant cette période et que la durée excessive de la procédure ne lui est pas imputable, l'autorité peut prononcer une mesure d'une durée inférieure au minimum légal et, le cas échéant, renoncer à toute mesure (<ref-ruling> consid. 3d p. 300; <ref-ruling> consid. 4e p. 510). En effet, l'éducation et l'amendement d'un auteur supposent que la mesure soit dans un rapport temporel approprié avec l'infraction commise. En outre, l'écoulement du temps relativise la nécessité d'une sanction éducative lorsque l'auteur s'est bien comporté dans l'intervalle. A défaut de norme spécifique en la matière, il y a lieu de s'inspirer des règles sur la prescription pénale. Toutefois, il n'est pas possible de dire abstraitement et en chiffres absolus à partir de quel moment une procédure doit être considérée comme trop longue. Pour répondre à cette question, il faut prendre en considération les circonstances du cas particulier (<ref-ruling> consid. 3d p. 300).
5.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a agi correctement en n'instruisant pas les recours interjetés contre les retraits infligés, avant que le jugement du Tribunal de police n'entre en force. Il a ainsi suivi un principe évoqué à réitérées reprises par le Tribunal fédéral, qui vise à assurer, en accord avec le principe de l'économie de procédure, une vérification des faits dans la meilleure considération possible des droits de la défense de l'intéressé (<ref-ruling> p. 162). Rien n'indique que l'inexplicable retard (environ trois ans) avec lequel s'est conclu la procédure pénale soit imputable aux recourants. Il n'est par ailleurs pas contesté que ces derniers se sont bien comportés depuis les faits du 11 septembre 2003.
En l'occurrence, le temps écoulé entre la commission de l'infraction et la décision administrative de dernière instance cantonale est de près de quatre ans. Cette durée est cependant inférieure à celles retenues dans la jurisprudence précitée. Il est vrai qu'une procédure d'un peu plus de quatre ans a déjà été reconnue comme trop longue par le Tribunal fédéral (<ref-ruling>; arrêt 6A.80/2004 du 31 janvier 2005), mais il s'agissait alors uniquement de contraventions. En revanche, une procédure de plus de cinq ans a été qualifiée de trop longue dans des cas ayant entraîné une condamnation pénale pour violation grave des règles de la circulation routière au sens de l'<ref-law> ou pour conduite en état d'ébriété selon l'<ref-law>, à une époque où ces délits se prescrivaient par cinq ans, voire sept ans et demi en cas d'interruption de la prescription (<ref-ruling> consid. 5a p. 182; <ref-ruling>).
Dans un arrêt récent (arrêt 6A.114/2006 du 27 janvier 2007), une durée de trois ans et sept mois n'a pas été considérée comme démesurée, s'agissant d'un excès de vitesse de 28 km/h sur l'autoroute.
On ne saurait ainsi reprocher aux autorités cantonales de ne pas avoir renoncé à la mesure de retrait du permis de la recourante et d'avoir refusé d'en diminuer la durée s'agissant du recourant, ce d'autant plus que les retraits ont été limités à la durée légale minimale.
6. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais de la présente procédure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge solidaire des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service des automobiles et de la navigation ainsi qu'au Tribunal administratif de la République et canton de Genève, de même qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 24 janvier 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann