Sachverhalt:
A. A.a K._, geboren 1963, arbeitete als angelernter Zimmermann, bis er Ende Februar 1997 seine Stelle verlor und in der Folge arbeitslos wurde. Am 29. März 1997 erlitt er als Beifahrer eines Personenwagens bei einer Heckauffahrkollision ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS). Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher er obligatorisch gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert war, kam für die Kosten der Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus.
A.b Am 15. Mai 1998 trat K._ eine neue Stelle als Zimmermann an, verletzte sich indessen bereits am 25. Mai 1998 bei einem Arbeitsunfall am rechten Fuss (Pilon tibial-Fraktur mit lateraler Malleolarfraktur Typ Weber B). Die SUVA erbrachte wiederum die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggelder). In der Folge entwickelte sich im rechten oberen Sprunggelenk (OSG) eine posttraumatische Arthrose. Mit Verfügung vom 23. Mai 2000 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich K._ eine ganze Rente vom 1. Mai bis 30. Juni 1999 zu. Die SUVA verfügte am 5. Juli 2001 die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 15 % sowie einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von ebenfalls 15 %.
Nachdem K._ gegen die Festsetzung des Invaliditätsgrades Einsprache hatte erheben lassen, hob die SUVA ihre Verfügung vom 5. Juli 2001 auf und sprach ihm am 19. September 2001 nach weiteren erwerblichen Abklärungen - wiederum ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 15 % - eine Rente zu. Auch hiegegen liess K._ Einsprache erheben.
A.c Bereits am 22. Juni 2001 hatte sich K._ bei einem weiteren Unfall eine HWS-Kontusion zugezogen. Die SUVA teilte ihm am 28. Februar 2002 mit, der Fallabschluss sei angesichts des dritten Unfalles verfrüht erfolgt, weshalb die Verfügung vom 19. September 2001 aufgehoben werde.
Am 22. August 2002 verfügte die SUVA für die verbliebenen Beeinträchtigungen aus den Unfällen vom 25. Mai 1998 und 22. Juni 2001 die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 15 % und einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 %. Hiegegen liess K._ erneut Einsprache erheben, worauf die SUVA am 10. Januar 2003 die Verfügung - wiederum unter Hinweis auf einen verfrühten Fallabschluss - aufhob.
In der Folge liess die SUVA K._ in der Rehaklinik X._ begutachten (Gutachten vom 1. Mai 2003) und verfügte am 12. Dezember 2003 die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 22 % und einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 %. Die hiegegen erhobene Einsprache des K._ wies sie am 10. März 2004 ab.
B. Beschwerdeweise beantragte K._, es sei ihm eine Rente basierend auf einem "22 % deutlich übersteigenden" Invaliditätsgrad sowie eine 10 % "deutlich übersteigende" Integritätsentschädigung zuzusprechen und eine umfassende medizinische Begutachtung, unter Einschluss einer neuropsychologischen Abklärung, durchzuführen. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde am 16. September 2005 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid vom 10. März 2004 aufhob und die Sache zur nochmaligen Abklärung und Neuverfügung an die SUVA zurückwies.
C. Die SUVA führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht zur materiellen Beurteilung.
K._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Im angefochtenen Entscheid wie auch im Einspracheentscheid, auf welchen die Vorinstanz verweist, werden die massgeblichen Rechtsgrundlagen zum intertemporalen Recht (<ref-ruling>; zur Gültigkeit der bisherigen Rechtsprechung unter dem ATSG: RKUV 2004 Nr. U 529 S. 576 [Urteil G. vom 22. Juni 2004, U 192/03]), zu den Voraussetzungen des Anspruchs auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zur allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und zur Integritätsentschädigung (<ref-law>, <ref-law>) ebenso zutreffend dargelegt wie die Grundsätze zur freien Beweiswürdigung (<ref-ruling> Erw. 3a, 122 V 160 Erw. 1c). Darauf wird verwiesen.
Richtig ist insbesondere, dass auch den Berichten und Gutachten versicherungsinterner Ärzte Beweiswert beigemessen werden kann, sofern sie als schlüssig erscheinen, nachvollziehbar begründet sowie in sich widerspruchsfrei sind und keine Indizien gegen ihre Zuverlässigkeit bestehen. Die Tatsache allein, dass der befragte Arzt in einem Anstellungsverhältnis zum Versicherungsträger steht, lässt somit nicht schon auf mangelnde Objektivität und auf Befangenheit schliessen. Dies trifft insbesondere auch auf die Berichte und Gutachten von Ärzten der SUVA zu, da diese ein zur Objektivität verpflichtetes gesetzesvollziehendes Organ ist (<ref-ruling> f. Erw. 1c in fine). In jedem Fall bedarf es besonderer Umstände, welche das Misstrauen in die Unparteilichkeit der Beurteilung objektiv als begründet erscheinen lassen, wobei an die Unparteilichkeit des Gutachters ein strenger Massstab anzulegen ist (<ref-ruling> f. mit Hinweisen).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die medizinischen Abklärungen zur Beurteilung des Leistungsanspruches genügen.
2.1 Die Vorinstanz erwog, an die Überzeugungskraft der Berichte aus X._ sei angesichts dessen, dass die Rehaklinik von der SUVA betrieben werde und der Versicherte dort einen mehrwöchigen Aufenthalt absolviert habe, ein strenger Massstab anzulegen. Zwar erhielten die Einschätzungen der dortigen Ärzte in Anbetracht des stationären Aufenthaltes des Beschwerdegegners ein gewisses Gewicht, doch läge der Bericht der Ärzte an der Klinik Y._, vom 16. Januar 2004 dem Einspracheentscheid zeitlich am nächsten. Sodann bestünden zwischen den Berichten der Klinik Y._ und des Hausarztes Dr. med. S._, Allgemeine Medizin FMH, vom 21. Januar 2003 auf der einen und denjenigen der Rehaklinik X._ vom 28. Januar 2002 und 1. Mai 2003 auf der anderen Seite hinsichtlich der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit erhebliche Differenzen. Schliesslich seien die beiden Berichte aus X._ auch unter sich widersprüchlich und es fehlten Ausführungen zur Kausalität und den Auswirkungen der Konzentrations- und Aufmerksamkeitsstörungen.
2.2 Mit der Rechtsprechung zum Grundsatz der freien Beweiswürdigung ist es nicht zu vereinbaren, die Beweiskraft einer ärztlichen Einschätzung unbesehen des Beweiswertes des konkreten Berichtes oder Gutachtens (hiezu <ref-ruling> f. Erw. 3) einzig anhand der zeitlichen Nähe zur Verfügung oder zum Einspracheentscheid festzusetzen. Da für die (richterliche) Prüfung des Leistungsanspruchs die tatsächlichen Verhältnisse zum Zeitpunkt der Verfügung bzw. des Einspracheentscheides massgeblich sind (<ref-ruling> 169 Erw. 1), kommt den diesen zeitlich am nächsten stehenden ärztlichen Einschätzungen aufgrund ihrer Aktualität zwar besondere Bedeutung zu. Indessen ändert dies nichts daran, dass die Beurteilung, ob und allenfalls inwieweit auf eine ärztliche Einschätzung abzustellen ist, sich - nebst der fachlichen Qualifikation des rapportierenden Arztes - vor allem nach deren Inhalt beurteilt (<ref-ruling> f. Erw. 1c mit Hinweisen).
Soweit die Vorinstanz dem Bericht der Klinik S._ vom 16. Januar 2004 deshalb entscheidende Bedeutung beimass, weil er dem Einspracheentscheid vom 10. März 2004 zeitlich am nächsten liegt, kann ihr nach dem Gesagten nicht gefolgt werden. Dies gilt umso mehr, als das Gutachten der Rehaklinik lediglich zehn Monate vor Erlass des Einspracheentscheides datiert und Dr. med. L._ von der Klinik Y._ keine Verschlechterung des Gesundheitszustandes, sondern im Gegenteil eine "deutliche Regredienz der vor 4 Monaten akuten Verschlechterung", bemerkte.
Soweit die Vorinstanz dem Bericht der Klinik S._ vom 16. Januar 2004 deshalb entscheidende Bedeutung beimass, weil er dem Einspracheentscheid vom 10. März 2004 zeitlich am nächsten liegt, kann ihr nach dem Gesagten nicht gefolgt werden. Dies gilt umso mehr, als das Gutachten der Rehaklinik lediglich zehn Monate vor Erlass des Einspracheentscheides datiert und Dr. med. L._ von der Klinik Y._ keine Verschlechterung des Gesundheitszustandes, sondern im Gegenteil eine "deutliche Regredienz der vor 4 Monaten akuten Verschlechterung", bemerkte.
2.3 2.3.1 Es trifft zu, dass die ärztlichen Einschätzungen bezüglich der Arbeitsfähigkeit stark divergieren. Während Hausarzt Dr. med. S._ eine vollständige Arbeitsunfähigkeit seit 22. Juni 2001 (Bericht vom 18. Oktober 2001) bzw. 1. Mai 2002 (Bericht vom 21. Januar 2003) attestierte und auch die Ärzte am Spital Z._ - wo der Versicherte vom 25. bis 28. März 2003 wegen zunehmenden Nacken- und immobilisierenden Rückenschmerzen hospitalisiert war - am 28. März 2002 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit seit 25. März 2002 bis auf Weiteres bescheinigten, erachteten sowohl Kreisarzt Dr. med. J._ (Einschätzung vom 14. Mai 2002) als auch die Ärzte an der Rehaklinik X._ (Bericht vom 28. Januar 2002; Gutachten vom 1. Mai 2003) den Beschwerdegegner als im Rahmen des Zumutbaren arbeitsfähig. Anlässlich der Abklärung in der Klinik Y._ vom 16. Januar 2004 kam Dr. med. L._ zum Schluss, der Versicherte sei für leichte Tätigkeiten versuchsweise zu 50 % arbeitsfähig.
2.3.2 Die Gutachter der Rehaklinik X._ verfügten aufgrund der mehrwöchigen Hospitalisation des Versicherten und umfangreicher Untersuchungen über genaue Kenntnis der gesundheitlichen Einschränkungen. Sie beschrieben die noch möglichen (leichten wechselbelastenden, vorwiegend sitzenden) Tätigkeiten (mit [deutlichen] Einschränkungen für Verrichtungen wie Besteigen von Leitern, Gerüsten oder Treppensteigen) denn auch sehr präzise und begründeten ihre Einschätzungen einleuchtend. Demgegenüber veranschlagte Dr. med. L._ die Arbeitsfähigkeit ohne weitere Konkretisierungen auf versuchsweise 50 % für leichte Tätigkeiten, was umso weniger nachvollziehbar ist, als er sowohl in der neurologischen Untersuchung wie auch anhand der Röntgenbilder der HWS und aus dem ihm vorliegenden MRI der Klinik I._, vom 9. Oktober 2003 nur diskrete Befunde erhob. Hingegen berücksichtigte er - wie im Übrigen auch die Ärzte am Spital Z._ (Bericht vom 28. März 2002) - nebst den schwierigen sozialen Umständen bzw. der Symptomausweitung insbesondere auch die Rückenschmerzen im Lumbalbereich, welche indessen als unbestrittenermassen unfallfremd ausser Acht bleiben müssen. Die Beurteilung des Dr. med. L._ ist schliesslich umso kritischer zu würdigen, als er - was vom Beschwerdegegner letztlich nicht bestritten wird - nicht über sämtliche Akten verfügte.
2.3.3 Das nicht näher begründete Kurzattest des Dr. med. S._ vom 21. Januar 2003 vermag das Gutachten vom 1. Mai 2003 ebenfalls nicht in Frage zu stellen. Daran ändert nichts, dass der Hausarzt in früheren Berichten (ärztliches Zeugnis zuhanden des Sozialamtes vom 23. Mai 2002; Schreiben an die Rehaklinik X._ vom 30. Januar 2003) die vollständige Arbeitsunfähigkeit näher begründet (und auf Kopfschmerzen, Schwindel sowie Schulter/ Nacken- und Armbeschwerden bei zervikocephalem und zervikobrachialem Schmerzsyndrom links zurückführt). Zum einen fehlt es auch in den angeführten Berichten an einer nachvollziehbaren Begründung und insbesondere an dokumentierten Befunden, welche die Arbeitsunfähigkeit erklären könnten. Zum anderen fällt ins Gewicht, dass die Einschätzungen des Dr. med. S._ mit Blick auf seine auftragsrechtliche Vertrauensstellung mit Vorbehalt zu würdigen sind (Urteil S. vom 20. März 2006, I 655/05, Erw. 5.4 mit Hinweisen) und ihnen nicht der gleiche Beweiswert zukommt wie beispielsweise den Berichten von Ärzten, die von der Verwaltung mit der Erstattung einer neutralen Expertise beauftragt werden (SVR 2005 UV Nr. 16 [U 192/03] S. 54 Erw. 2.2; Urteil P. vom 2. August 2006, U 58/06).
2.4 Zu prüfen ist der weitere Einwand, die Berichte der Rehaklinik enthielten nicht dieselben Diagnosen. Eine Gegenüberstellung der Hauptdiagnosen ergibt folgendes Bild:
Bericht vom 28. Januar 2002
Gutachten vom 1. Mai 2003
1. Zervikozephales und zervikobrachiales Schmerzsyndrom links
mit
- bewegungs- und belastungsabhängigen
Beschwerden parietal, im Hinterkopf-,
Nacken- sowie Schulter/Armbereich links
(VAS 4-5/10)
- leichtgradig schmerzhaft eingeschränkter
HWS-Beweglichkeit
- schmerzabhängigen
Schwankschwindelsensationen
- klinisch Hinweise für vestibuläre
Funktionsstörung rechts
ohne
- AP für radikuläre Reiz- o. Ausfallsymptomatik bei
- Status nach HWS-Kontusion 22.6.2001
- Status nach HWS-Distorsion am 29.3.1997
2. Anlauf-, belastungs- und bewegungsabhängige Schmerzsymptomatik im OSG- und Fersenbereich rechts
mit
- mittelschwer eingeschränkter OSG-
Beweglichkeit
- leichtgradig periartikulärer
Weichteilschwellung OSG
- deutlich verminderter Abrollphase rechts
- Rückfussvarusfehlstellung und
supinatorischer Verwindung der Sohlenplatte
rechts
bei
posttraumatischer OSG-Arthrose rechts nach Pilon tibiale-Fraktur 1998
A. HWS-Distorsion
B. Dislozierte Pilon tibiale-Trümmerfraktur mit
Absprengung des Malleolus medialis mit
Aussprengung des Volkmann'schen Dreiecks
sowie lateraler Malleolarfraktur Weber B rechts
- Status nach blutiger Reposition und
Osteosynthese
- Status nach
Osteosynthesematerialentfernung 01/1999
- Im Verlauf Diagnose einer posttraumatischen
OSG-Arthrose rechts
C. HWS-Kontusion
Im Gutachten vom 1. Mai 2003 wird das zervikozephale und zervikobrachiale Schmerzsyndrom links unter dem Titel "Diagnosen" nicht erwähnt. Indessen weist die SUVA zutreffend darauf hin, dass die Terminologie hinsichtlich der Beschleunigungsverletzungen der HWS uneinheitlich ist. So beschreibt die Bezeichnung "Zervikobrachial- und Zervikozephal-Syndrom" letztlich dasselbe Beschwerdebild wie der Terminus "HWS-Distorsionstrauma" (hiezu Prof. Dr. Peter Marx, Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft für Neurologische Begutachtung der Deutschen Gesellschaft für Neurologie EV [ANB], Berlin, Referat zum Thema "Aktuelle Entwicklungen in der Begutachtung der HWS-Beschleunigungsverletzung", gehalten anlässlich der Jahrestagung der ANB 2004; abrufbar unter http://www.anb-ev.de/publikationen/). Darüber hinaus führen die Gutachter bei den "aktuellen Problemen" an, der Versicherte klage über belastungsabhängige myofasziale Beschwerden im Nacken-Hinterhauptsbereich, verbunden mit Kopfbeschwerden und zeitweise Schwindelsensationen, was im Wesentlichen dasselbe Beschwerdebild umschreibt, wie es auch im Bericht vom 28. Januar 2002 enthalten ist.
Die Armbeschwerden werden im Gutachten weder bei den Diagnosen noch bei den aktuellen Problemen vermerkt. Die Ärzte stellten bei der Untersuchung des Schultergürtels fest, die Arme könnten frei bewegt werden, der Armvorhalteversuch sei 20 Sekunden möglich mit Angabe von mässig ziehenden muskulären Beschwerden in der Nacken-Schultermuskulatur. Aus den weiteren medizinischen Akten geht indessen hervor, dass der Versicherte nicht durchgehend über (ausstrahlende) Schmerzen in die Arme - insbesondere in den linken Arm - geklagt hat. So gab er beispielsweise nach dem ersten Unfall gegenüber Dr. med. R._, FMH für Physikalische Medizin und Rehabiliation, am 25. Juni 1997 an, unter ausstrahlenden Schmerzen in den linken Arm zu leiden, und beschrieb ähnliche Beschwerden auch anlässlich der kreisärztlichen Untersuchungen vom 14. November 1997 und 12. März 2001. Hingegen klagte er weder anlässlich der Konsultation des Dr. med. S._ vom 26. Juni 2001 (Bericht vom 18. Oktober 2001) noch bei der Untersuchung durch Dr. med. W._, FMH für Neurologie, vom 4. Oktober 2001 über solche Schmerzen. In Anbetracht des fluktuierenden Beschwerdebildes kann daraus, dass die Ärzte im Gutachten vom 1. Mai 2003 diese Beschwerden nicht erwähnt haben, nicht auf die Inkonsistenz ihrer Beurteilung geschlossen werden. Im Übrigen hat die Zervikobrachialgie nach Einschätzung der Ärzte an der Klinik A._ vom 7. Juni 2001 ohnehin keinen Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit.
Schliesslich findet sich die Diagnose einer HWS-Distorsion und -Kontusion sowohl im Bericht vom 28. Januar 2002 als auch im Gutachten vom 1. Mai 2003. Entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen bestehen damit bezüglich der am 28. Januar 2002 bzw. 1. Mai 2003 erhobenen Diagnosen keine inhaltlichen Widersprüche.
2.5 Zu prüfen sind die weiteren (inhaltlichen) Rügen der Vorinstanz an den Berichten der Rehaklinik.
2.5.1 Soweit im Bericht von 28. Januar 2002 bei den Resultaten der therapeutischen Massnahmen angeführt wird, der Versicherte sei maximal im Stande gewesen, Gewichte bis 8 kg auf Taillenhöhe (nicht repetitiv) zu heben und zu tragen und bei der Beurteilung das Heben auch von leichten Gewichten bis 10 kg (nur bis Taillenhöhe sowie "repetitiv limitiert und beschwerlich") als möglich erachtet wird, liegt in den unterschiedlichen Traglimiten kein Widerspruch. Während sich die erste Angabe auf die subjektiv demonstrierte Leistungsfähigkeit bezieht, betrifft die Limite von 10 kg die aus medizinischer Sicht zumutbare Belastung. Die Differenz ist angesichts dessen, dass in den Akten verschiedentlich auf die Selbstlimitierung und die Symptomverdeutlichung des Versicherten hingewiesen wird (vgl. etwa Bericht des Spitals B._ vom 6. August 1997 "äusserst demonstrative Schilderung der Beschwerden mit Tendenz zu Aggravation"; festgestellte Symptomausweitung und gewisse Selbstlimitierung anlässlich des Psychosomatischen Konsiliums in der Rehaklinik X._ vom 17. Dezember 2001), ohne weiteres erklärbar.
2.5.2 Aus denselben Gründen spricht auch der Umstand, dass die Ärzte einerseits festhalten, aufgrund der Selbsteinschätzung der körperlichen Leistungsfähigkeit seien berufliche Massnahmen nur mit Vorbehalt empfohlen worden und anderseits ausführen, eine berufliche Neuorientierung sei indiziert, nicht gegen die Glaubwürdigkeit des Berichts von 28. Januar 2002. Wie die SUVA zutreffend ausführt, ergibt sich die Notwendigkeit der beruflichen Umorientierung aus der unfallbedingten OSG-Problematik. Dass entsprechende Massnahmen bislang nicht durchgeführt worden sind, ist auf die Selbstlimitierung des Beschwerdegegners zurückzuführen. Die letztinstanzlich eingereichte Mitteilung der IV-Stelle, wonach berufliche Massnahmen derzeit wegen der von Dr. med. S._ attestierten vollständigen Arbeitsunfähigkeit nicht durchgeführt werden könnten, führt zu keinem anderen Schluss.
2.5.3 Wenn im Gutachten vom 1. Mai 2003 zum einen von einer "nur fraglichen" milden traumatischen Hirnverletzung die Rede ist, während im selben Gutachten unmittelbar zuvor eine solche Verletzung verneint und aus diesem Grund auch kein Anlass für eine neuropsychologische Untersuchung gesehen wird, ist dies keine Ungenauigkeit, welche die Überzeugungskraft des Gutachtens einschränkt. Anlässlich des ersten Aufenthaltes in X._ (vom 14. November 2001 bis 11. Januar 2002) hielt Dr. med. N._ im neurologischen Konsilium fest, beim zweiten und dritten Unfall seien "höchstens fraglich" milde traumatische Hirnverletzungen durchgemacht worden, weshalb eine neuropsychologische Untersuchung nicht unbedingt indiziert sei. In seiner Stellungnahme vom 28. April 2003 führte Dr. med. N._ aus, die detaillierte neurologische Untersuchung vom Januar 2002 habe ergeben, dass der Versicherte zwei HWS-Distorsionen, jedoch keine milde traumatische Hirnverletzungen erlitten habe; eine neuropsychologische Untersuchung mache daher keinen Sinn. Diese Aussagen werden im Gutachten vom 1. Mai 2003 wiedergegeben. Weder bei der neurologischen Abklärungen in X._ noch anlässlich der neurologischen Untersuchung durch Dr. med. W._ vom 3. Oktober 2001 wurden eine intrakranielle Läsion oder ein messbarer Defektzustand in Form neurologischer Ausfälle, wie sie nach einer Contusio cerebri auftreten können, festgestellt, welche auf eine milde traumatische Hirnverletzung schliessen liessen (vgl. Urteil T. vom 29. März 2006, U 197/04, Erw. 3.1). Vielmehr hielt Dr. med. N._ in seinem Konsilium vom 11. Januar 2002 fest, die detaillierte neurologische Untersuchung habe einzig eine leichte Unsicherheit im vestibulären Bereich ergeben, während Dr. med. W._ nicht einmal den Verdacht auf eine (fragliche) milde traumatische Hirnverletzung äussert. Aus den Akten ergibt sich somit eindeutig, dass die Kriterien für die Annahme einer solchen Verletzung nicht erfüllt sind, woran die im Gutachten vom 1. Mai 2003 wiedergegebene Formulierung des Dr. med. N._ einer "höchstens fraglichen" milden traumatischen Hirnverletzung nichts ändert.
2.6 Entgegen der Vorinstanz - und anders als in dem von ihr zitierten Urteil P. vom 18. Juni 2003, U 135/00 (Erw. 3.2) - ist hier ein typisches buntes Beschwerdebild - mit einer Häufung von Beschwerden wie diffuse Kopfschmerzen, Schwindel, Konzentrations- und Gedächtnisstörungen, Übelkeit, rasche Ermüdbarkeit, Visusstörungen, Reizbarkeit, Affektlabilität, Depressionen, Wesensveränderung usw. (vgl. SVR 2003 UV Nr. 12 S. 35) - nicht gesichert. Bezüglich des ersten Unfalles vom 29. März 1997 hielt Dr. med. Bracher, Zürich, am 28. April 1997 lediglich fest, der Versicherte klage über Schmerzen in der oberen BWS. Im Anschluss an den Unfall vom 22. Juni 2001 klagte der Beschwerdegegner über leichte Kopfschmerzen und Schmerzen im Nacken, rechts mehr als links und etwas in die rechte Schulter ausstrahlend (Bericht des Stadtspitals Waid Zürich vom 22. Juni 2001), später auch über Schmerzen an der HWS (Bericht des Dr. med. S._ vom 18. Oktober 2001). Es besteht daher kein Anlass, bezüglich der natürlichen Kausalität nicht auf die Einschätzungen der Ärzte an der Rehaklinik X._ abzustellen.
2.7 Zusammenfassend ist eine zusätzliche medizinische Abklärung nicht angezeigt. Bei diesem Ergebnis ist die Sache antragsgemäss an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 16. September 2005 aufgehoben, und es wird die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 10. März 2004 materiell entscheide.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit zugestellt.
Luzern, 6. Oktober 2006
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer: Die Gerichtsschreiberin: