Sachverhalt:
A. Die X._ (in Liquidation) (Beschwerdeführerin) war von Ende 1994 bis Ende 1997 Revisionsstelle der Y._ AG. Am 18. März 1998 wurde über die Y._ AG aufgrund einer Überschuldungsanzeige des damals einzigen Mitglieds des Verwaltungsrats, C._, der Konkurs eröffnet und im summarischen Verfahren durchgeführt. A._ und B._ (Beschwerdegegner) waren Gläubiger der Y._ AG. Sie liessen sich am 21. Januar 1999 unter anderem Verantwortlichkeitsansprüche gegen die Mitglieder des Verwaltungsrats, namentlich C._, im Sinne von <ref-law> abtreten. Mit Verfügung des Konkursrichters vom 30. März 1999 wurde das Konkursverfahren abgeschlossen.
Gestützt auf die Abtretungsurkunde des Konkursamtes Thalwil vom 21. Januar 1999 erhoben die Beschwerdegegner am 9. Dezember 1999 beim Bezirksgericht Horgen eine Forderungsklage über Fr. 2'250'000.-- nebst Zins gegen C._ und die Beschwerdeführerin betreffend aktienrechtliche Verantwortlichkeit/Schadenersatz.
In der Klageantwort rügte die Beschwerdeführerin, dass die ihr gegenüber geltend gemachten Verantwortlichkeitsansprüche im Konkursverfahren nie inventarisiert und somit auch nicht an die Beschwerdegegner abgetreten worden seien. Den Beschwerdegegnern wurde Frist angesetzt, zur Frage der Aktivlegitimation der Konkursmasse bzw. der genügenden Prozessführungsbefugnis der Beschwerdegegner bezüglich der Klage gegen die Beschwerdeführerin Stellung zu nehmen. In der Folge verlangte ein Gläubiger mit Schreiben vom 30. November 2000 an das zuständige Konkursamt die Behandlung der Verantwortlichkeitsansprüche gegenüber der Beschwerdeführerin im Rahmen eines Nachkonkurses. Aufgrund dessen wurde das Konkursinventar am 19. Dezember 2000 wie folgt ergänzt:
"Anspruch aus Verantwortlichkeit gemäss <ref-law> (Revisionshaftung) gegenüber der mit der Prüfung der Jahres- und Konzernrechnung, der Gründung, der Kapitalerhöhung oder Kapitalherabsetzung befassten Personen der konkursiten Gesellschaft, für einen Schaden in noch festzustellendem Betrag. Der Gesamtverlust dieses Konkursverfahrens beträgt Fr. 17'411'796.10."
Am 11. Januar 2001 liessen sich die Beschwerdegegner sowie sieben weitere Konkursgläubiger diesen Rechtsanspruch gemäss <ref-law> abtreten.
Mit Beschluss vom 12. Juli 2001 trat das Bezirksgericht Horgen wegen mangelnder Prozessführungsbefugnis der Beschwerdegegner auf die Klage gegen die Beschwerdeführerin nicht ein. Das Obergericht des Kantons Zürich hiess am 2. November 2001 einen von den Beschwerdegegnern dagegen erhobenen Rekurs gut und wies das Bezirksgericht an, den Prozess auch bezüglich der Beschwerdeführerin weiterzuführen.
B. Mit Teil-Urteil vom 27. September 2004 wies das Bezirksgericht Horgen die Klage gegen die Beschwerdeführerin ab. Es erkannte, dass der Verantwortlichkeitsanspruch gegenüber der Beschwerdeführerin nicht neu im Sinn von <ref-law> sei und somit die Voraussetzungen für die Durchführung eines Nachkonkurses nicht gegeben gewesen seien, weshalb die Klage abzuweisen sei.
Auf Berufung der Beschwerdegegner hin hob das Obergericht das Teil-Urteil des Bezirksgerichts Horgen vom 27. September 2004 auf und wies die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Es erwog, streitig sei die Frage, ob die Konkursverwaltung mögliche Verantwortlichkeitsansprüche gegen die Beschwerdeführerin geprüft habe. Eine Prüfung der Geschäftsakten der Konkursitin im Hinblick auf eine Verantwortlichkeit der Revisionsstelle und eine anschliessende Nichtinventarisierung eines entsprechenden Anspruchs wäre als Verzicht auf eine Geltendmachung auszulegen (<ref-ruling> E. 1). Dies hätte die Konsequenz, dass der Anspruch nicht neu wäre. Mithin handle es sich bei der Frage, ob eine Prüfung stattgefunden habe, um eine erhebliche strittige Behauptung, über die Beweis zu erheben sei. Da das Bezirksgericht diese Beweisabnahme unterlassen habe, sei das angefochtene Teil-Urteil aufzuheben und die Sache zur Durchführung des nötigen Beweisverfahrens und zu neuer Entscheidung an das Bezirksgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdeführerin erhob gegen diesen Beschluss des Obergerichts vom 17. April 2007 sowohl Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht (Verfahren 4A_196/2007) als auch kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich.
Die Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht mit Zirkulationsbeschluss vom 7. August 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit einer weiteren Beschwerde in Zivilsachen vom 22. September 2008 (Verfahren 4A_442/2008), den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts vom 7. August 2008 und den Beschluss des Obergerichts vom 17. April 2007 aufzuheben. Die Klage gegen die Beschwerdeführerin sei abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Kassationsgericht, subeventualiter an das Obergericht, subsubeventualiter an das Bezirksgericht Horgen zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegner beantragen, es sei davon Vormerk zu nehmen, dass die Beschwerdeführerin ausdrücklich auf die Klärung aller tatsächlichen Fragen durch Beweis verzichtet habe, mithin auf die Frage, ob eine Prüfung des Anspruchs aus ihrer Revisionshaftung durch die Konkursverwaltung stattgefunden habe, und auf die erneute Prüfung von Haupt- und Gegenbeweisen zur Frage, ob Fakten vorlagen, die einen begründeten Verdacht auf einen solchen Anspruch hätten wecken müssen, und dass sie damit anerkenne, dass nicht eine solche Prüfung und ein nachfolgender ausdrücklicher Verzicht grundlegend für die fehlende Inventarisierung des Anspruchs gewesen sei. Die Begehren 1-4 der Beschwerdeführerin seien abzuweisen. Das Verfahren sei zur materiellen Prüfung der Ansprüche gegen die Beschwerdeführerin an die erste Instanz zurückzuweisen.
Das Kassationsgericht und das Obergericht verzichteten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde.

Erwägungen:
1. Wenn der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts mit einem Rechtsmittel, das nicht alle Rügen nach Art. 95-98 zulässt, bei einer zusätzlichen kantonalen Gerichtsinstanz angefochten worden ist, so beginnt die Beschwerdefrist erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz (<ref-law>). Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann unter dieser Voraussetzung auch das Urteil der oberen kantonalen Instanz angefochten werden, soweit im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen zulässige Rügen dem höchsten kantonalen Gericht nicht unterbreitet werden konnten (<ref-ruling> E. 1.1).
Die innert 30 Tagen seit Eröffnung des Zirkulationsbeschlusses des Kassationsgerichts eingereichte Beschwerde in Zivilsachen vom 22. September 2008 wurde somit rechtzeitig erhoben, auch soweit sie sich gegen den Beschluss des Obergerichts vom 17. April 2007 richtet.
Das Verfahren 4A_196/2007 betreffend die Beschwerde in Zivilsachen, welche die Beschwerdeführerin bereits am 30. Mai 2007 gegen den Beschluss des Obergerichts vom 17. April 2007 eingereicht hatte, wurde mit Verfügung vom 4. Juni 2007 bis zum Entscheid des Kassationsgerichts sistiert. Die Beschwerdeführerin legt nunmehr dar, die Beschwerdeschrift vom 22. September 2008 ersetze die Beschwerdebegründung vom 30. Mai 2007. Dies kommt einem Rückzug der Beschwerde vom 30. Mai 2007 gleich, weshalb das Verfahren 4A_196/2007 abzuschreiben ist.
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2).
2.1 Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen Endentscheide, mithin solche, die das Verfahren abschliessen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.1), sei es insgesamt (<ref-law>), sei es hinsichtlich eines Teils der gestellten, unabhängig von den anderen beurteilbaren Begehren oder für einen Teil der Streitgenossen (<ref-law>).
Mit dem vorliegend angefochtenen Beschluss des Obergerichts vom 17. April 2007 wurde die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens betreffend der Prozessführungsbefugnis der Beschwerdegegner im Hinblick auf die Klage gegen die Beschwerdeführerin und zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Bezirksgericht zurückgewiesen. Dieser Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab, sondern stellt einen (Teil-)Zwischenentscheid dar. Ein Zwischenentscheid ist auch der angefochtene Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts vom 7. August 2008, mit dem die Beschwerde gegen den Zwischenentscheid des Obergerichts abgewiesen wurde, soweit darauf einzutreten war (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.3 S. 127; <ref-ruling> E. 1.3).
2.2 Gegen selbständig eröffnete (Teil-)Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn eine der folgenden alternativen Voraussetzungen erfüllt ist: Erstens, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Zweitens, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2).
Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer, darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 in fine; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2).
2.3 Dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken könnte, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
2.4 Hingegen beruft sich die Beschwerdeführerin auf <ref-law>. Sie bringt im Rahmen ihrer Ausführungen zur Zulässigkeit der Beschwerde im Lichte dieser Bestimmung vor, die Vorinstanzen hätten die Zulässigkeit des Nachkonkurses zu Unrecht nicht verneint. Die Gutheissung der Beschwerde würde daher zu einer Klageabweisung wegen Unzulässigkeit des Nachkonkurses und damit zu einem sofortigen Endentscheid führen. Damit liesse sich ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen. Das Beweisverfahren in einem Verantwortlichkeitsprozess sei erfahrungsgemäss umfangreich und sehr zeitaufwändig.
Die erste Voraussetzung von <ref-law>, dass das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin teilen, einen verfahrensabschliessenden Endentscheid fällen könnte, ist insoweit formell erfüllt, als die Beschwerdeführerin in ihren Beschwerdeanträgen die Abweisung der Klage der Beschwerdegegner verlangt hat. Es mag sodann auch zutreffen, dass bei Verneinung der Voraussetzungen für die Durchführung eines Nachkonkurses im Sinne von <ref-law> die Klage gegen die Beschwerdeführerin bereits aus diesem Grund abzuweisen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 101), so dass ein Endentscheid herbeigeführt werden könnte.
Allerdings setzt ein solcher Entscheid voraus, dass in der Beschwerde taugliche Rügen erhoben werden, in denen unter Bezugnahme auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt wird, inwiefern die Auslegung von <ref-law> seitens der Vorinstanz Bundesrecht verletzen soll (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1/2; Urteile 4A_22/2008 vom 10. April 2008 E. 1, 5A_56/2007 vom 6. Juni 2007 E. 2.1 und 5A_129/2007 vom 28. Juni 2007 E. 1.4; vgl. zu den entsprechenden Begründungsanforderungen der altrechtlichen Berufung: <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749). Überdies kann das Bundesgericht über die Frage der Zulässigkeit des Nachkonkurses nur befinden, wenn im angefochtenen Entscheid die dazu erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen getroffen wurden (<ref-law>) oder wenn in der Beschwerde zulässige Sachverhaltsrügen im Sinne von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG substantiiert werden, die es dem Bundesgericht nötigenfalls erlauben, den Sachverhalt zu berichtigen oder zu ergänzen (vgl. dazu im Einzelnen <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4; <ref-ruling> E. 6.2).
Dass die entsprechenden Voraussetzungen für einen Endentscheid gegeben sind, springt vorliegend keineswegs ins Auge. Es obläge daher der Beschwerdeführerin, welche die ausnahmsweise Anfechtbarkeit der Zwischenentscheide des Obergerichts und des Kassationsgerichts geltend macht, im Rahmen der rechtsgenügenden Darlegung der Sachurteilsvoraussetzungen kurz und mit Aktenhinweisen aufzuzeigen, inwiefern sie erfüllt sind. Nach dem Dargelegten begnügt sie sich indessen in diesem Zusammenhang mit der blossen Behauptung, die Vorinstanzen hätten die Zulässigkeit des Nachkonkurses zu Unrecht nicht verneint und die Gutheissung der Beschwerde würde daher zu einer Klageabweisung wegen Unzulässigkeit des Nachkonkurses und damit zu einem sofortigen Endentscheid führen. Damit vermag sie aber den Anforderungen an die Begründung der Zulässigkeit einer Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid nicht zu genügen. Die Prüfung der Richtigkeit der Behauptung, es sei ein sofortiger Endentscheid möglich, würde unter diesen Umständen eine aufwändige Analyse der umfangreichen Beschwerdeschrift und der angefochtenen Urteile bedingen. Dies liefe dem Ziel des Gesetzgebers, das Bundesgericht zu entlasten, indem er es grundsätzlich von der Aufgabe entband, Beschwerden gegen Zwischenentscheide zu behandeln, klar zuwider.
Nach dem Ausgeführten ist nicht hinreichend dargetan, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, und es kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Verfahren 4A_196/2007 wird zufolge Rückzugs der Beschwerde als erledigt abgeschrieben.
2. Auf die Beschwerde im Verfahren 4A_442/2008 wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren insgesamt mit Fr. 19'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer