Faits:
A. Le 22 novembre 2006, le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève a adopté le plan localisé de quartier n° 29'468 couvrant un secteur situé à l'angle des rues Maurice-Braillard et de Moillebeau, au Petit-Saconnex. Ce plan prévoit notamment la construction de trois immeubles sur les parcelles n°s 1775, 2247, 2248 et 3056, dont sont propriétaires C._ et la société D._. L'hoirie X._, propriétaire de la parcelle n° 2249, contiguë aux parcelles n°s 2247 et 2248, a vainement contesté ce plan devant le Tribunal administratif de la République et canton de Genève, puis devant le Tribunal fédéral (arrêt 1C_248/2008 du 25 septembre 2008).
Le 31 juillet 2009, la société E._ a déposé une demande d'autorisation de construire sur les parcelles n°s 1775, 2247, 2248 et 3056 trois immeubles de logements et commerces et des garages souterrains et d'installer des sondes géothermiques. Elle a en outre requis les autorisations de démolir les bâtiments et les garages existants et d'abattre des arbres sur ces parcelles.
Le 17 novembre 2010, le Conseil d'Etat a promulgué la loi n° 10'646 du 24 septembre 2010 déclarant d'utilité publique la réalisation du plan localisé de quartier n° 29'468 et des bâtiments prévus par ce plan.
Le 27 avril 2011, le Département des constructions et des technologies de l'information a autorisé l'application des normes de la 3ème zone de développement aux bâtiments à construire sur les parcelles n°s 1775, 2247, 2248 et 3056, selon le dossier présenté.
Le 25 mai 2011, le Conseil d'Etat a décrété l'expropriation de la servitude de restriction de bâtir grevant la parcelle n° 1775 au profit de la parcelle n° 2249, en vue de la construction des bâtiments de logements prévus dans le plan localisé de quartier n° 29'468. L'hoirie X._ a recouru contre cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève. La procédure est toujours pendante à ce jour.
Par décisions du 3 juin 2011, le Département des constructions et des technologies de l'information a délivré à E._ l'autorisation de construire requise, portant sur cinq immeubles de logements et commerces, et l'autorisation de démolir les bâtiments et les garages existants. Par décision du même jour, le Département de l'intérieur et de la mobilité a délivré l'autorisation d'abattage d'arbres.
Par jugement du 11 septembre 2012, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a rejeté, en tant qu'il était recevable, le recours formé par l'hoirie X._ contre ces trois autorisations.
L'hoirie X._ a recouru le 15 octobre 2012 contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève et a sollicité la restitution de l'effet suspensif. Cette juridiction a refusé de faire droit à cette requête au terme d'une décision rendue le 19 novembre 2012.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Roger et B._, pour l'hoirie X._, demandent au Tribunal fédéral de réformer cette décision en ordonnant la restitution de l'effet suspensif à leur recours cantonal. Ils concluent subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus et d'arbitraire dans l'établissement des faits, dans l'appréciation des preuves et dans l'application du droit cantonal.
La Cour de justice a renoncé à se déterminer. Le Département de l'urbanisme, qui a succédé au Département des constructions et des technologies de l'information, et le Département de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Les intimées proposent de déclarer le recours irrecevable, subsidiairement de le rejeter, et de confirmer la décision sur effet suspensif.
Les recourants ont répliqué.

Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants sont particulièrement touchés par le refus de restituer l'effet suspensif au recours qu'ils ont déposé contre un jugement confirmant l'autorisation de construire plusieurs immeubles sur des parcelles voisines de leur bien-fonds, de sorte qu'ils ont la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Interjeté en temps utile contre une décision prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 86 al. 1 let. d et 100 al. 1 LTF.
La décision attaquée ne met pas un terme à la procédure de recours pendante devant la Cour de justice et revêt un caractère incident. Une telle décision peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral notamment si elle peut causer au recourant un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF), par quoi on entend un dommage qui ne peut pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 1.3.4 p. 36; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 190). Les recourants ne se prononcent pas sur cette condition, partant à tort du principe qu'il s'agirait d'une décision finale. Toutefois, dans une précédente procédure de recours portant sur une décision de même nature prise par le Tribunal administratif de première instance et confirmée en dernière instance cantonale, la cour de céans avait tenu cette condition pour réalisée (arrêt 1C_568/2011 du 13 février 2012 consid. 1). La question de savoir si elle l'est toujours actuellement peut rester ouverte vu l'issue du recours.
2. La décision refusant de restituer l'effet suspensif à un recours est une décision de mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF, de sorte que seule la violation de droits constitutionnels peut être invoquée (<ref-ruling> consid. 2 p. 477). Les griefs formulés à ce titre doivent répondre aux exigences accrues d'allégation et de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 196).
3. Les recourants se plaignent de la motivation insuffisante de la décision attaquée, constitutive d'une violation de leur droit d'être entendus. La cour cantonale n'aurait donné aucune indication quant aux raisons qui l'ont conduite à fonder son raisonnement. Elle aurait omis de traiter la question de la conformité de l'autorisation de construire à l'art. 3 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses (LCI) et à la loi générale sur les zones de développement (LGZD).
3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Selon la jurisprudence, la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement. L'autorité n'a toutefois pas l'obligation de se prononcer sur tous les faits, moyens de preuves et griefs invoqués par les parties; elle peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 84; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités).
3.2 En l'occurrence, la cour cantonale a rappelé qu'en vertu des art. 146 al. 2 et 148 LCI, le recours n'avait pas d'effet suspensif lorsque, comme en l'espèce, l'autorisation de construire pouvait se fonder sur un plan localisé de quartier en force et qu'elle portait sur des ouvrages déclarés d'utilité publique. Se basant sur la jurisprudence rendue en application de la première de ces dispositions, elle a précisé que seule la vraisemblance de l'existence de divergences importantes entre le plan localisé de quartier et l'autorisation délivrée pourrait conduire à restituer l'effet suspensif. Elle a écarté l'argument invoqué à ce titre par l'hoirie recourante parce qu'il ressortait d'un examen prima facie des plans définitifs associés à l'autorisation de construire que celle-ci reprenait les trois bâtiments prévus par le plan localisé de quartier n° 29'468 et que le nombre de cinq malencontreusement mentionné dans le texte de l'autorisation ne visait en fait pas le nombre de bâtiments, mais celui des entrées d'immeubles du projet, le bâtiment situé le long de la rue de Moillebeau en comprenant trois. Procédant au surplus à une pesée des intérêts en présence, elle a considéré que l'intérêt public à la réalisation rapide du projet, déclaré d'utilité publique par le Grand Conseil, sur la base d'un plan d'affectation spécial entré en force, était largement prépondérant.
La cour cantonale a donc clairement indiqué les raisons qui l'ont amenée à rejeter la requête de restitution de l'effet suspensif formulée par les membres de l'hoirie X._. En tant qu'ils dénoncent d'une manière générale la motivation insuffisante de la décision attaquée, leur intervention est infondée.
3.3 Les recourants reprochent à la cour cantonale d'avoir passé sous silence la question de la conformité de l'autorisation de construire à la loi générale sur les zones de développement. Ils n'indiquent toutefois pas précisément les normes de cette loi qui auraient été violées et au sujet desquelles la décision attaquée serait muette. L'unique référence à cet égard à l'appui de leur requête d'effet suspensif était celle de l'art. 3 al. 4 LGZD. A teneur de cette disposition, les projets de construction établis selon les normes d'une zone de développement doivent être conformes aux plans localisés de quartier. Toutefois, lors du contrôle de conformité des requêtes en autorisation de construire avec le plan localisé de quartier, le département peut admettre que le projet s'écarte du plan dans la mesure où la mise au point technique du dossier ou un autre motif d'intérêt général le justifie. La cour cantonale s'est prononcée sur cette problématique en considérant que le projet litigieux ne s'écartait pas du plan localisé de quartier.
Les recourants soutiennent dans la partie "En fait" de leur recours que les conditions d'application des normes de la zone de développement imposent la constitution et l'inscription d'une servitude de passage à tous usages en surface sous le bloc A au profit des parcelles nos 2249 et 1793 et pour les accès véhicules au profit de la parcelle n° 3133 d'une largeur de 3,5 mètres, ce qui n'aurait toujours pas été fait. Ils ne se sont toutefois pas prévalus de cette circonstance pour justifier la restitution de l'effet suspensif à leur recours et ne sauraient de bonne foi faire grief à la cour cantonale de ne pas s'être prononcée sur ce point (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 640). La même objection peut leur être opposée s'agissant du reproche adressé à la cour cantonale de ne pas avoir examiné si le fait que la prise de possession anticipée de la servitude de restriction de bâtir grevant la parcelle de l'intimée en leur faveur n'a pas été accordée commandait la restitution de l'effet suspensif.
3.4 Les recourants font grief à la cour cantonale de ne pas avoir motivé sa décision par rapport à la violation de l'art. 3 LCI à teneur duquel toutes les demandes d'autorisation sont rendues publiques par une insertion dans la Feuille d'avis officielle, qui fait mention, le cas échéant, des dérogations nécessaires. Ce grief, pour autant qu'on le comprenne, se recoupe avec celui tiré de la violation de leur droit d'être entendus qu'ils voient dans le fait que l'autorisation définitive de construire porterait non pas sur trois immeubles, mais sur cinq, soit sur un objet différent de celui qui a été publié le 19 août 2009. Le Département de l'urbanisme a précisé à cet égard que la mention relative à la construction de cinq immeubles de logements et commerces dans le permis de construire et dans les avis parus dans la Feuille d'avis officielle les 8 juin et 8 juillet 2011 serait due à une erreur de retranscription. Il n'y a pas lieu d'examiner ce qu'il en est. L'autorisation de construire ne s'écarte pas, sur le point contesté, du projet mis à l'enquête, à savoir une construction d'un seul bloc avec trois entrées séparées donnant sur la rue de Moillebeau dans le périmètre d'implantation A. Les modifications apportées aux plans du rez-de-chaussée à la demande des services de l'Etat ne concernent pas cet aspect du projet. Le vice qui affecterait le libellé de la mise à l'enquête du 19 août 2009 n'est ainsi pas suffisamment grave pour retenir que la procédure d'autorisation de construire serait nulle. Par ailleurs, les recourants ont contesté l'autorisation de construire devant le Tribunal administratif de première instance sur ce point en faisant valoir la non-conformité du projet au plan localisé de quartier de sorte que le vice a été réparé au stade de l'instruction et du jugement de la cause par cette juridiction, qui exerçait un pouvoir d'examen complet en fait et en droit (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 204). Le grief tiré de la violation du droit d'être entendu ne saurait dès lors justifier la restitution de l'effet suspensif.
4. Les recourants reprochent à la Chambre administrative d'avoir refusé de restituer l'effet suspensif à leur recours au terme d'une application arbitraire du droit cantonal.
4.1 L'art. 66 al. 1 de la loi genevoise sur la procédure administrative (LPA) prévoit que sauf disposition légale contraire, le recours a effet suspensif à moins que l'autorité qui a pris la décision attaquée n'ait ordonné l'exécution nonobstant recours. L'art. 146 al. 2 LCI, applicable par analogie devant la Chambre administrative de la Cour de justice en vertu de l'art. 149 al. 1 LCI, dispose que lorsqu'un recours est dirigé contre une autorisation définitive précédée d'une autorisation préalable ou d'un plan localisé de quartier en force, il n'a pas d'effet suspensif, à moins qu'il ne soit restitué sur requête du recourant. Quant à l'art. 148 LCI, il précise que le recours dirigé contre une autorisation définitive concernant un ouvrage déclaré d'utilité publique par le Grand Conseil n'a pas d'effet suspensif, à moins qu'il ne soit restitué sur requête des recourants.
4.2 S'agissant de l'application de normes de droit cantonal, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est restreint à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466; arrêt 1A.43/2001 du 15 mars 2001 consid. 2, qui concernait, entre autres, la construction du stade de la Praille). Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 319; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5).
4.3 Il est constant que l'octroi de l'effet suspensif à un recours dirigé contre l'octroi d'une autorisation de construire ne constitue pas la règle en vertu des art. 146 al. 2 et 148 LCI lorsque le projet litigieux se fonde sur un plan localisé de quartier entré en force et qu'il a pour objet des ouvrages déclarés d'utilité publique par le Grand Conseil. En édictant cette règle, le législateur entendait éviter que la mise en oeuvre d'un projet qui a déjà fait l'objet d'un examen détaillé dans une procédure de planification préalable et dont l'utilité publique a été reconnue au terme d'une procédure spécifique soit paralysée par un recours contre l'autorisation de construire. Les autorités cantonales ont ainsi posé comme condition à la restitution de l'effet suspensif le fait de rendre vraisemblable l'existence de divergences importantes entre le plan localisé de quartier et l'autorisation délivrée. Les recourants ne contestent pas cette approche, mais la manière dont elle a été appliquée. Ils soutiennent avoir rendu vraisemblable que l'autorisation de construire comportait un objet différent de celui qui a fait l'objet de la consultation publique le 19 août 2009 et du plan localisé de quartier, s'agissant du nombre de bâtiments, que cette divergence n'est pas mineure et qu'elle n'est pas dictée par des considérations techniques.
La Cour de justice a considéré, au terme d'un examen prima facie des plans définitifs associés à l'autorisation de construire, que celle-ci reprenait les trois bâtiments prévus par le plan localisé de quartier et que le nombre de cinq, malencontreusement mentionné dans le texte de l'autorisation, ne visait en fait pas le nombre de bâtiments, mais celui des entrées d'immeubles du projet, le bâtiment situé le long de la rue de Moillebeau en comprenant trois. Elle a retenu ainsi qu'il n'y avait aucune différence entre le plan et l'autorisation délivrée sur la question du nombre de bâtiments.
La demande d'autorisation de construire déposée le 30 juillet 2009 se rapportait à la construction de trois immeubles de logements et commerces. Elle a été enregistrée, puis publiée comme telle par les services de l'Etat dans la Feuille d'avis officielle du 19 août 2009. Ce n'est que dans l'autorisation définitive de construire délivrée le 8 juin 2011 et publiée le même jour qu'il est fait pour la première fois mention de cinq immeubles. Le Département de l'urbanisme évoque à ce propos une erreur de retranscription. Aucun élément ne permet de mettre en doute cette affirmation. Quoi qu'il en soit, au vu des plans d'enquête, il n'était de toute manière pas insoutenable de considérer la construction édifiée dans le périmètre d'implantation A comme un bâtiment unique comportant trois entrées séparées et non comme trois bâtiments distincts. Le plan localisé de quartier ne s'oppose d'ailleurs pas à la présence d'une telle construction. Au demeurant, même si l'on voulait voir sur ce point une divergence avec le plan, celle-ci ne serait pas suffisamment importante pour admettre que la restitution de l'effet suspensif s'impose dès lors que les exigences du plan relatives au nombre de niveaux, à la hauteur à la corniche et à l'affectation commerciale des surfaces du rez-de-chaussée sont respectées.
4.4 Il n'est par ailleurs pas établi que le refus de restituer l'effet suspensif serait susceptible de créer une situation irréversible et de rendre le recours de l'hoirie sans objet si le projet autorisé devait en définitive ne pas être reconnu conforme au plan localisé de quartier ou l'autorisation de construire être annulée en raison des autres griefs invoqués. Il ressort en effet du dossier que le juge délégué a informé les parties le 5 décembre 2012 qu'il considérait l'instruction de la cause comme terminée, sous réserve d'éventuelles requêtes ou d'observations complémentaires formulées d'ici au 11 janvier 2013, et que passé ce délai, la cause serait gardée à juger en l'état du dossier. Ainsi, un arrêt final pourrait être rendu à bref délai, avant que la construction prévue dans le périmètre d'implantation A du plan localisé de quartier ne soit achevée. La restitution de l'effet suspensif ne s'impose donc pas davantage pour ce motif.
4.5 Enfin, le reproche fait à la cour cantonale de s'être écartée de l'arrêt du Tribunal fédéral rendu le 13 février 2012 dans la cause 1C_568/2011, qui avait admis l'existence d'un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, est infondé. La contestation portait sur le refus du Tribunal administratif de première instance de restituer l'effet suspensif au recours que l'hoirie X._ avait déposé devant cette juridiction contre l'autorisation de construire. La situation de fait s'est modifiée dans l'intervalle puisque les bâtiments existants ont été démolis et les arbres abattus. Le litige concerne désormais la restitution de l'effet suspensif au recours formé devant la Chambre administrative de la Cour de justice contre la décision du Tribunal administratif de première instance et l'instruction de ce recours arrive à son terme. La cour cantonale devait se prononcer sur cette question sur la base des dispositions cantonales qui prévoient en principe le refus de l'effet suspensif dans les cas où le projet de construction litigieux a été reconnu d'utilité publique et repose sur un plan localisé de quartier entré en force. Elle n'était ainsi pas liée par l'appréciation de la cour de céans retenue dans l'arrêt précité. La référence à l'ordonnance rendue le 23 avril 2012 par le Président de la Ire Cour de droit public dans le cadre de la cause 1C_148/2012 n'est pas mieux fondée. Dans ce cas, l'effet suspensif avait été octroyé au recours en matière de droit public déposé par l'hoirie X._ contre un arrêt de la Cour de justice autorisant les intimées à prendre possession anticipée de la servitude de restriction de bâtir grevant la parcelle n° 1175 au profit de celle des recourants en raison du fait que l'autorisation de construire était aussi contestée et qu'il convenait d'éviter des démarches administratives inutiles auprès du registre foncier.
4.6 En définitive, il y a lieu de constater que la cour cantonale n'a pas abusé de l'important pouvoir d'appréciation dont elle bénéficie dans la pesée des intérêts en présence (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 289) en refusant de faire une exception à la règle fixée aux art. 146 al. 2 et 148 LCI.
5. Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Ces derniers verseront des dépens aux intimées, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Les recourants verseront solidairement aux intimées, créancières solidaires, la somme de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties ainsi qu'au Département de l'urbanisme, au Département de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 11 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Parmelin