Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig ist, ob die von der Versicherten geltend gemachten gesundheitlichen Störungen und die damit allenfalls verbundene Beeinträchtigung der Arbeits- bzw. Erwerbsfähigkeit in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis stehen. Dabei ist davon auszugehen, dass die "Zürich" die Leistungspflicht für die Unfallfolgen anerkannt und die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggelder) erbracht hat. Weil eine leistungsaufhebende Verfügung Gegenstand des Verfahrens bildet, ist es grundsätzlich Sache des Versicherers, den Nachweis dafür zu erbringen, dass die weiter bestehenden Beschwerden nicht mehr mit überwiegender Wahrscheinlichkeit in einem natürlichen Kausalzusammenhang mit dem Unfall vom 2. Juli 1994 stehen.
2.- a) In tatsächlicher Hinsicht steht fest, dass die Versicherte von einer herunterfallenden, 3,355 kg schweren Pfanne am Kopf, an der linken Brust und am linken Unterschenkel getroffen wurde. Laut dem vom Rechtsvertreter der Versicherten eingeholten unfalltechnischen Gutachten vom 8. Mai 1998 hat sich bei einer Fallhöhe der Pfanne von ca. 42 cm (bei gestreckter Körperhaltung) bis 59 cm (bei leicht gebückter Haltung) eine erhebliche Bewegungsenergie auf den Kopf der Versicherten ausgewirkt, welche etwa einem aus ca. 2,5 m herabfallenden 1 kg-Gewichtsstein entspricht. Nach Auffassung des Experten hat der Aufschlag der Pfanne vertikal zu einer Stauchung und horizontal zu einer Rotation des Halses nach hinten geführt, was sich mit den erhobenen medizinischen Befunden deckt. Nicht in allen Teilen übereinstimmend sind die ärztlichen Diagnosen. Während die erstbehandelnde Ärztin Dr. med. B._ nebst einer Platzwunde an der Stirn und einer Kontusion auf der linken Thoraxseite ein Schädeltrauma mit Commotio cerebri feststellte, gelangte Dr. med. H._ zur Diagnose einer Schädelkontusion und eines Stauchungstraumas der HWS. Im Gutachten der Neurologischen Klinik des Spitals X._ vom 3. Juni 1996 wird ausgeführt, es bestünden keine Anhaltspunkte für eine eigentliche Hirnkontusion; die Versicherte habe beim Unfall ein HWS-Distorsionstrauma erlitten, wofür die Art des Traumas (indirekte Gewalteinwirkung an der oberen HWS in Reklinations- und Rotationsstellung), die nachfolgenden Beschwerden (Nacken- und Kopfschmerzen) und der gegenwärtige Befund eines Zervikalsyndroms sprächen. Von einem Distorsionstrauma der HWS gehen auch die Gutachten des Spitals X._ vom 2. August 1996 und der Rehaklinik Z._ vom 29. Juni 1998 aus. Insgesamt ist aufgrund des Unfallhergangs und der ärztlichen Feststellungen anzunehmen, dass die Versicherte beim Unfall vom 2. Juli 1994 ein Schädel-Hirntrauma (Commotio cerebri) und ein HWS-Distorsionstrauma erlitten hat, welches als schleudertraumaähnliche Verletzung qualifiziert werden kann (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 Erw. 2; nicht publiziertes Urteil E. vom 8. Februar 2001 [U 415/00]). Die Versicherte hat denn auch von Anfang an über typische Symptome (Kopfschmerzen, Konzentrationsschwierigkeiten, Schwindel, Sehstörungen, Lärmempfindlichkeit etc.) geklagt, wie sie bei Schleudertraumen oder schleudertraumaähnlichen Verletzungen der HWS und bei Schädel-Hirntraumen erfahrungsgemäss auftreten (<ref-ruling> Erw. 4b und 377 Erw. 3c).
b) Was das Fortbestehen unfallbedingter und die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigender Beschwerden in dem für die Beurteilung massgebenden Zeitpunkt des Erlasses des Einspracheentscheids (<ref-ruling> Erw. 1a) vom 16. April 1999 betrifft, enthalten die Arztberichte unterschiedliche Angaben. Während der behandelnde Arzt Dr. med. S._ die Versicherte Ende 1997 noch zu 75 % arbeitsunfähig erachtete, gelangte die Neurologische Poliklinik des Spitals X._ im Gutachten vom 6. Februar 1998 zum Schluss, dass neurologisch nur noch ein sehr leichtgradiges Zervikalsyndrom vorliege, eine Diskrepanz zwischen Befund und geltend gemachter Arbeitsunfähigkeit bestehe und aus neurologischer Sicht lediglich eine geringe unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit gegeben sei. Demgegenüber wird im Gutachten der Rehaklinik Z._ vom 29. Juni 1998 ausgeführt, als Restfolgen der HWS-Distorsion seien klinisch sowohl myofasziale Befunde als auch eine eingeschränkte Beweglichkeit insbesondere der oberen HWS nachweisbar, welche für eine Dysfunktion der Kopfgelenke spreche. Bei der neuropsychologischen Untersuchung vom 12. Mai 1998 hätten sich ausgeprägte kognitive Leistungsbeeinträchtigungen vorab der Aufmerksamkeitsfunktionen gezeigt. Es sei fraglich, ob die Versicherte den körperlichen und geistigen Anforderungen im Gastgewerbe gewachsen sei. Vor dem Spitaleintritt habe sie sich bei einer Arbeitsfähigkeit von 25 % in einer andauernden Überforderungssituation befunden, was zu rezidivierenden Exazerbationen der Beschwerden geführt habe. Nach der im Rahmen der stationären Behandlung erzielten Besserung und Stabilisierung gelte es nun trotz Restbeschwerden eine Arbeitsfähigkeit von 25 % zu erhalten.
Das Gutachten der Rehaklinik Z._ beruht auf einer längeren stationären Abklärung und Behandlung der Versicherten und steht weitgehend im Einklang mit den übrigen Arztberichten, insbesondere auch mit dem früheren Gutachten des Spitals X._ vom 2. August 1996. Zur abweichenden Beurteilung im neuen Gutachten vom 6. Februar 1998 führen die Ärzte des Spitals X._ aus, anlässlich der früheren Begutachtung hätten keine Anhaltspunkte für unfallfremde Faktoren bestanden; auch habe sich der Heilungsverlauf in der Folge anders dargestellt, indem es nicht zur erwarteten dauerhaften Besserung des subjektiven Beschwerdebildes gekommen sei. Die Gutachter legen indessen nicht dar, auf welche unfallfremden Faktoren die Beschwerden nunmehr zurückzuführen sind. Es wurden weder psychiatrische noch neuropsychologische Abklärungen vorgenommen. Zu der von Frau Dr. phil. C._ festgestellten mittelschweren bis schweren, die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden neuropsychologischen Funktionsstörung wird lediglich ausgeführt, aufgrund der Angaben der Versicherten sei anzunehmen, dass die Störungen von der Intensität der Kopfschmerzen abhängig seien, und es ungewöhnlich wäre, wenn ein an sich mildes Hirn- und HWS-Trauma zu derart schweren Defiziten führen würde. Die auch im neuropsychologischen Bericht der Rehaklinik Z._ vom 12. Mai 1998 erwähnte Schmerzabhängigkeit der Beeinträchtigungen spricht aber nicht notwendigerweise gegen eine Unfallkausalität. Auch ist aufgrund der Feststellungen in der unfalltechnischen Expertise fraglich, ob effektiv von einem bloss milden Schädel-Hirntrauma ausgegangen werden kann. Insbesondere aber wäre es Sache der Gutachter gewesen, die behauptete Unfallfremdheit der Beschwerden näher zu begründen, nachdem im früheren Gutachten noch ausdrücklich festgestellt worden war, dass keine Anhaltspunkte für unfallfremde Faktoren gegeben seien. Anderseits kann auch auf das Gutachten der Rehaklinik Z._ vom 29. Juni 1998 nicht abschliessend abgestellt werden. Die Beurteilung erfolgte ohne Einbezug und Würdigung des in Auftrag gegebenen psychiatrischen Konsiliums von Dr. med. L._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie. Nach dessen Bericht vom 8. Juni 1998 leidet die Versicherte an einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10 F45.4) sowie an leichten kognitiven Störungen (ICD-10 F06.7). Die Angaben zur Arbeitsfähigkeit sind widersprüchlich, indem einerseits ausgeführt wird, aus psychiatrischer Sicht bestehe im angestammten Beruf als Wirtin eine Arbeitsunfähigkeit (recte: Arbeitsfähigkeit?) von 25 %; anderseits wird die Auffassung vertreten, dass bei einer Eingliederung in eine geeignete Tätigkeit eine Arbeitsfähigkeit von höchstens 50 % erreicht werden könnte. Dem Bericht lässt sich zudem nicht entnehmen, inwieweit die bestehenden Beeinträchtigungen auf somatische und inwieweit sie auf psychische Faktoren zurückzuführen sind. Zwar ist für die Beurteilung der Unfallkausalität nicht entscheidend, ob die im Anschluss an ein Schleudertrauma (bzw. eine schleudertraumaähnliche Verletzung der HWS) oder ein Schädel-Hirntrauma auftretenden Beschwerden medizinisch eher als organischer oder als psychischer Natur bezeichnet werden (<ref-ruling> Erw. 5d/aa; nicht publiziertes Urteil S. vom 4. Juni 1999 [U 7/98]). Die Unterscheidung ist jedoch insoweit von Belang, als die Adäquanzbeurteilung nicht nach den für Schleudertraumen der HWS und äquivalente Verletzungen (<ref-ruling> ff.), sondern nach den für psychische Unfallfolgen (<ref-ruling> ff.) geltenden Regeln zu erfolgen hat, wenn die zum typischen Beschwerdebild einer solchen Verletzung gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise vorliegen, im Vergleich zur psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten (<ref-ruling> Erw. 2a).
3.- Aufgrund der vorhandenen medizinischen Akten ist mit überwiegender Wahrscheinlichkeit anzunehmen, dass die Versicherte bei Erlass des Einspracheentscheids weiterhin an unfallbedingten, die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden Beschwerden gelitten hat. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der "Zürich" richtet sich denn auch nicht ausdrücklich gegen die Annahme eines natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen den geltend gemachten Beschwerden und dem Unfallereignis, sondern gegen die vorinstanzliche Bejahung der Adäquanz des Kausalzusammenhangs. Wie es sich diesbezüglich verhält, lässt sich nach dem Gesagten nicht zuverlässig beurteilen. Es bestehen wohl Anhaltspunkte dafür, dass sich die somatischen Befunde gebessert haben und am bestehenden Beschwerdebild zunehmend psychische Faktoren beteiligt sind. Ob die zum typischen Beschwerdebild des Unfalltraumas gehörenden Beeinträchtigungen gegenüber der psychischen Problematik eindeutig in den Hintergrund getreten sind, lässt sich den Arztberichten jedoch nicht entnehmen. Weil die Adäquanzbeurteilung im vorliegenden Fall je nach den anwendbaren Beurteilungskriterien unterschiedlich ausfallen kann, bedarf es zusätzlicher Abklärungen. Die Sache ist daher an die "Zürich" zurückzuweisen, damit sie ein polydisziplinäres Gutachten einhole und hierauf über den Leistungsanspruch neu entscheide. Zu einer Rückweisung an die Vorinstanz, wie sie die "Zürich" eventualiter beantragt, besteht kein Anlass, weil es nicht notwendigerweise eines Gerichtsgutachtens bedarf.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
teilweise gutgeheissen, dass Dispositiv-Ziffer 2 des
Entscheids des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau
vom 7. Februar 2001 und der Einspracheentscheid vom
16. April 1999 aufgehoben werden, und die Sache an die
"Zürich" Versicherungs-Gesellschaft zurückgewiesen
wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der
Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III.Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 3000.- wird der
Beschwerdeführerin zurückerstattet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 28. Dezember 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: