Sachverhalt:
A. Der ao. Gerichtspräsident 3 des Gerichtskreises XI Interlaken-Oberhasli sprach X._ mit Urteil vom 14. Dezember 2006 der einfachen Körperverletzung mit gefährlichem Gegenstand schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Gefängnisstrafe von 30 Tagen. Die von X._ dagegen erhobene Appellation wies das Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, mit Urteil vom 30. November 2007 ab. Es bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 25 Tagessätzen zu Fr. 50.00 sowie mit einer Busse von Fr. 500.00.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und er sei von der Anschuldigung der Körperverletzung freizusprechen. Die Zivilklage des Beschwerdegegners 1 sei zurückzuweisen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Der Verurteilung wegen Körperverletzung liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
In der Nacht vom Dienstag, den 16. August 2005, auf Mittwoch, den 17. August 2005, kam es um ca. 01.30 Uhr im Tea Room/Bar B._ in Interlaken zu einer Auseinandersetzung unter Gästen. C._ warf A._ vor, er habe ihm das Portemonnaie gestohlen. Zusammen mit D._ und X._ versuchte er ihn in der Toilette zu stellen und verabreichte ihm einen Faustschlag. Danach verlagerte sich das Geschehen in die Bar. X._ und A._ versuchten beide, das Telefon zu behändigen, um die Polizei zu verständigen. Die Schwester von A._ mischte sich ins Geschehen ein und wurde tätlich gegenüber X._. Daraufhin versetzte A._ X._ einen Faustschlag. Dieser schlug mit einem scharfen Gegenstand an den Kopf von A._, welcher sich eine blutende Wund zuzog. Er blieb einen Moment auf dem Boden liegen, während X._ die Bar verliess.
2. Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts durch Verletzung des Willkürverbots und des Grundsatzes "in dubio pro reo" als Beweislast- und Beweiswürdigungsregel.
2.1 Die Vorinstanz stützt ihre Beweiswürdigung auf die Aussagen der Parteien und Zeugen sowie die Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin (nachfolgend IRM).
2.1.1 Der Beschwerdegegner 1 erlitt eine ca. 10 cm lange Wunde an der linken Schläfe, die einen scharfrandigen und gelegentlich etwas wellenförmigen Wundrand aufweist. Das Kurzgutachen des IRM vom 12. Juni 2007 führt aus, dass es sich um eine Schnittwunde durch die Einwirkung scharfer Gewalt handle. Es sei auszuschliessen, dass ein tangentialer Schlag gegen den Kopf mit dem intakten Aschenbecher diesen zu Bruch gebracht und die Wunde verursacht habe. Ein solcher Schlag hätte nicht ausgereicht, um den Glasbruch herbeizuführen, und ein gläserner Gegenstand von dieser Dicke könne nicht gleichzeitig zerbersten und schneiden. Das Zerbersten des Aschenbechers sei vielmehr durch Herunterfallen auf den Steinboden zu erklären. Eine grosse Scherbe am Boden des Aschenbechers sei mit Blut verschmiert, während das benachbarte Glasbruchstück frei von Blut sei. Das Ergänzungsgutachten vom 20. Juli 2007 verneint die Frage, ob das Aufschlagen des Kopfes auf ein am Boden liegendes Glasbruchstück die Ursache der Schnittverletzung sein könnte. Die Verletzung zeige einen wellenförmigen Rand auf, was ein deutlicher Hinweis auf eine nicht ganz gerade durchzogene Schnittbewegung sei, während bei einem Sturz auf einen geraden scharfen Gegenstand ein geradliniger Schnittverlauf zu erwarten sei (vgl. angefochtenes Urteil E. 2 S. 12 f.).
2.1.2 Die Vorinstanz verweist für den Tathergang im Wesentlichen auf die erstinstanzlichen Erwägungen. Aufgrund des rechtsmedizinischen Gutachtens sei auszuschliessen, dass der Aschenbecher durch den Schlag oder nach dem Schlag an den Kopf des Beschwerdegegners 1 zerbrochen sei. Zudem werde nachvollziehbar erläutert, weshalb die Verletzung durch einen scharfen bzw. geschliffenen Gegenstand (Glasscherbe, Messer oder dgl.) beigefügt worden sein müsse. Auch die Erläuterungen des Experten zum Erscheinungsbild der Wunde und zu den einzelnen Bruchstücken des Aschenbechers seien plausibel. Die rechtsmedizinische Beurteilung sei ein wesentliches Indiz dafür, dass die Behauptung des Beschwerdeführers, er habe dem Beschwerdegegner 1, wenn überhaupt, nur einen Faustschlag versetzt, nicht stimmen könne. Somit sei auszuschliessen, dass die Verletzung zufolge Sturzes auf die am Boden liegenden Glasbruchstücke erfolgt sei. Hingegen sei erwiesen, dass die Wunde durch einen Schlag gegen den Kopf unter Zuhilfenahme eines scharfen Gegenstandes entstanden sei, wobei Vieles für den Einsatz einer Glasscherbe spreche. Aufgrund der Aussagen der Beteiligten und dem Spurenbild sei klar, dass der Beschwerdeführer derjenige sei, der dem Beschwerdegegner 1 die Verletzung zugefügt habe. Die Polizei habe am Tatort neben dem zerbrochenen Aschenbecher keine weiteren Spuren zerbrochener Gläser oder anderer zerbrochener Gegenstände vorgefunden. Aus dem Umstand, dass auf dem Aschenbecher keine auswertbaren Daktyspuren gefunden wurden, sei nicht auf die fehlende Täterschaft des Beschwerdeführers zu schliessen (vgl. angefochtenes Urteil E. 6.2 S. 18 ff.).
2.2 Der Beschwerdeführer führt aus, in einem ersten Schritt seien die Aussagen der Parteien und Zeugen ausser Acht zu lassen und der Rahmen des Geschehensablaufs anhand der objektiv erwiesenen Tatsachen abzustecken. Gemäss dem Gutachten des IRM sei das Zerbersten des Aschenbechers durch Herunterfallen auf den Steinboden erfolgt und die Schnittwunde des Beschwerdegegners 1 höchstwahrscheinlich durch ein Glasbruchstück zugefügt worden. Hingegen gebe es keine objektivierte Tatsache, wonach er - der Beschwerdeführer - die Verletzung herbeigeführt habe. Diese vorinstanzliche Schlussfolgerung sei klar widersprüchlich.
Zumindest "zwischen den Zeilen" des Urteilstextes sei zu lesen, dass die Vorinstanz in den entscheidenden Punkten erhebliche Zweifel gehabt habe. Sie sei zwar überzeugt, dass die Verletzung durch ein Glasbruchstück entstanden sei, nicht aber, dass er dieses in der Hand gehalten und damit die Verletzung zugefügt habe. Zudem begründe sie nicht, weshalb der objektiven Tatsache der fehlenden Fingerabdrücke keine Beachtung zu schenken sei. Indem die Vorinstanz trotz erheblichen Zweifeln zum Ergebnis gelange, dass er den Beschwerdegegner 1 mit einem gefährlichen Gegenstand geschlagen habe, verletze sie den Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweislastregel.
Die Vorinstanz verletze auch den Grundsatz als Beweiswürdigungsregel, indem sie zentrale Abschnitte des Tatgeschehens, die offen und ungeklärt geblieben seien, nicht zu seinen Gunsten gewürdigt habe. Sie komme zum Schluss, er habe den Schlag erst nach dem Zerbersten des Aschenbechers ausgeführt. Vor dem Faustschlag habe er die Polizei anrufen wollen und deshalb keinen Anlass gehabt, eine Glasscherbe zu behändigen. Es sei kaum denkbar, dass er nach dem Faustschlag eine kleine Glasscherbe vom Boden genommen habe, ohne sich dabei zu verletzen. Zudem entspreche es nicht der intuitiven Reaktion eines Menschen, sich in einem "Tohuwabohu" zu bücken, um eine Glasscherbe vom Boden zu holen. Im rechtsmedizinischen Gutachten werde im Übrigen nicht gesagt, ob überhaupt ein Schlag erfolgt sei. Selbst wenn die Vorinstanz von einem Schlag ausgehe, bedeute dies nicht ohne weiteres, dass dadurch die Verletzung entstanden sei. Weiter schliesse die Vorinstanz anhand des Gutachtens des IRM aus, dass die Schnittwunde durch den Aufprall auf ein am Boden liegendes Glasbruchstück verursacht wurde. Ein Aufprall verbunden mit einer Bewegung (z.B. rutschender Sturz oder Kopfumdrehung im Liegen) hätte jedoch die Wunde von ca. 10 cm Länge verursachen können. Deshalb gehe es nicht an, dass die Vorinstanz den Schluss ziehe, dass sich der Beschwerdegegner 1 die Verletzung zugezogen habe, als er noch am Stehen war. Ferner habe die Vorinstanz die Aussagen der Beteiligten, insbesondere die ihn entlastenden, willkürlich gewürdigt. Die Aussagen des Beschwerdegegners 1 seien unglaubhaft und die Zeugenaussagen zum Geschehensablauf würden dem rechtsmedizinischen Befund widersprechen. Zusammengefasst sei den Aussagen nicht zu entnehmen, dass er einen scharfen Gegenstand in den Händen gehalten und durch einen bestimmten Schlag die Verletzung verursacht habe. Die Vorinstanz hätte an seiner Schuld erheblich zweifeln und ihn freisprechen müssen.
2.3 Aus der in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Unschuldsvermutung wird die Rechtsregel "in dubio pro reo" abgeleitet. Als Beweislastregel bedeutet der Grundsatz, dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen, und nicht dieser seine Unschuld beweisen muss. Dies prüft das Bundesgericht mit freier Kognition. Als Beweiswürdigungsregel besagt der Grundsatz, dass sich der Strafrichter nicht von einem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Bei der Frage, ob angesichts des willkürfreien Beweisergebnisses erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel hätten bejaht werden müssen und sich der Sachrichter von dem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt nicht hätte überzeugt erklären dürfen, steht der Vorinstanz ein weiter Ermessensspielraum zu. Willkür liegt einzig vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dabei genügt es nicht, wenn sich der angefochtene Entscheid lediglich in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 178 mit Hinweisen).
2.4 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zu begründen. Die Begründung hat in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>, BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254).
2.5 In objektiver Hinsicht ist unbestritten, dass die Schnittwunde des Beschwerdegegners 1 höchstwahrscheinlich mit einer Glasscherbe zugefügt wurde, welche nach dem Zerbersten des Aschenbechers infolge Herunterfallens auf dem Boden lag. Weiter bestreitet der Beschwerdeführer nicht, gegen den Kopf des Beschwerdegegners 1 geschlagen zu haben, sondern nur, dabei einen scharfen Gegenstand in der Hand gehalten und damit den Beschwerdegegner 1 verletzt zu haben.
Auch wenn die Vorinstanz offen lässt, mit welchem scharfen Gegenstand der Beschwerdeführer den Beschwerdegegner 1 verletzt hat, zweifelt sie nicht an seiner Täterschaft. Die Bestimmung des genauen Gegenstandes ist im Übrigen für den Schuldspruch der Körperverletzung irrelevant. Somit ist nicht die Verletzung der Beweislast-, sondern lediglich der Beweiswürdigungsregel zu prüfen.
Die Vorinstanz begründet, wieso sie das Ergebnis des rechtsmedizinischen Gutachtens, wonach sich der Beschwerdegegner 1 die Wunde nicht durch einen Sturz auf die Scherbe zugezogen hat, als plausibel erachtet. Der Beschwerdeführer legt nicht substantiiert dar, inwiefern sie dadurch in Willkür verfällt. Mit seiner Ausführung, wonach ein Sturz verbunden mit einer Bewegung die Wunde hätte verursachen können, stellt er dem Beweisergebnis seine eigene Sicht der Dinge gegenüber. Auf diese appellatorische Kritik ist nicht einzutreten. Weiter geht die Vorinstanz gestützt auf die Aussagen der Beteiligten davon aus, dass der Beschwerdeführer einen Gegenstand in der Hand hielt, als er den Beschwerdegegner 1 geschlagen hat. Der Beschwerdeführer führt nicht aus, wieso dieser Beweisschluss offensichtlich unhaltbar ist, sondern nimmt eine eigene Beweiswürdigung der Aussagen der Beteiligten vor. Die Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung erweist sich als unbegründet, soweit darauf mangels hinreichender Begründung überhaupt einzutreten ist. Bei diesem Beweisschluss bestehen keine offensichtlich erheblichen bzw. schlechterdings nicht zu unterdrückenden Zweifel an der Täterschaft des Beschwerdeführers. Ausgehend davon durfte die Vorinstanz den Umstand, dass auf dem Aschenbecher keine auswertbaren Fingerabdrücke vorgefunden wurden, vernachlässigen. Nach dem Gesagten liegt keine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" vor.
3. Auf den Antrag auf Zurückweisung der Zivilklage ist bereits mangels Begründung nicht einzutreten (<ref-law>).
4. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz