Sachverhalt:
A. Die Statuten der am 18. März 1940 ins Handelsregister eingetragenen Y._ AG enthielten spätestens seit 1960 eine Schiedsklausel für Streitigkeiten zwischen der Gesellschaft und ihren Organen bzw. Aktionären. Gemäss Artikel 28 der zuletzt geltenden Statuten der Y._ AG lautete die Schiedsklausel wie folgt:
"Rechtsstreitigkeiten in Gesellschaftsangelegenheiten zwischen der Gesellschaft und ihren Organen oder Aktionären sowie deren Rechtsnachfolgern entscheidet endgültig (einschliesslich aller Vor- und Zwischenfragen) unter Ausschluss des ordentlichen Rechtsweges ein dreiköpfiges Schiedsgericht mit Sitz in Biel. ...
Gerichtsstand ist Biel. Das Schiedsgericht entscheidet nach schweizerischem Recht. Es ordnet sein Verfahren selbst und regelt auch die Kostenfrage. Das Verfahren soll möglichst einfach sein. Die Parteien haben Anspruch auf ein schriftlich begründetes Urteil. Subsidiär gilt die bernische Zivilprozessordnung."
B. Am 5. Januar 2004 wurde der Konkurs über die Y._ AG eröffnet. A._ (Beschwerdegegnerin), Gläubigerin und Aktionärin der konkursiten Gesellschaft, erhob im März 2007 beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage und verlangte von X._ (Beklagter 1) und B._ (Beklagter 2) Fr. 1'000'000.-- nebst Zins aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit, nachdem sie sich diese Ansprüche gemäss Art. 260 SchKG hatte abtreten lassen. Die Beschwerdegegnerin wirft dem Beklagten 1, langjähriger Verwaltungsrat der Y._ AG, unter anderem vor, er habe die Gesellschaft ausgeblutet, wobei ein Grossteil der übermässigen Bezüge in die X._ SA (Beschwerdeführerin) geflossen sei, die von ihm und seiner Familie beherrscht werde. Der Beklagte 2 begleitete das Familienunternehmen Y._ AG als Willensvollstrecker von Professor C._ sowie als Urkundsperson und war schliesslich externer Verwaltungsrat. Die Beschwerdegegnerin wirft ihm vor, er habe von den Vermögensverschiebungen des Beklagten 1 Kenntnis gehabt und nicht auf die offensichtliche Interessenkollision des Beklagten 1 reagiert. Obwohl dem Beklagten 2 hätte klar sein müssen, dass weder die Umstrukturierungen noch der anschliessende Verkauf der Beteiligungen in der Kompetenz des Verwaltungsrats gelegen hätten, sei er nicht dagegen eingeschritten.
C. Nach Zustellung der Klage fiel der Beklagte 1 in Konkurs. Der Prozess wurde in Anwendung von Art. 207 SchKG eingestellt und die Konkursmasse des Beklagten 1, vertreten durch die Konkursverwaltung, aufgefordert, dem Handelsgericht zu erklären, ob sie oder allenfalls ein Gläubiger an die Stelle des Beklagten 1 in den hängigen Zivilprozess eintrete. Die Frist zur Abgabe dieser Erklärung wurde mehrmals verlängert.
Mit Verfügung vom 29. Oktober 2008 nahm das Handelsgericht das sistierte Verfahren gemäss Art. 207 SchKG wieder auf, unter Hinweis darauf, dass die Konkursmasse durch Stillschweigen in den hängigen Prozess eingetreten sei. Gleichzeitig setzte es der Konkursmasse des Beklagten 1 eine letzte, nicht erstreckbare Frist bis zum 24. November 2008 an zur Einreichung einer Klageantwort sowie zur Bezahlung des Kostenvorschusses. Dem Beklagten 2 wurde ebenfalls eine nicht verlängerbare Frist zur Einreichung der Klageantwort bis zum selben Datum angesetzt. Dieser reichte die Klageantwort fristgerecht ein, beantragte, die Klage sei zurückzuweisen, eventualiter abzuweisen, und machte die Unzuständigkeit der staatlichen Gerichte zufolge der in den Statuten der Y._ AG enthaltenen Schiedsklausel geltend.
Mit Verfügung vom 21. November 2008, die dem Konkursamt eröffnet wurde, teilte das Handelsgericht der Konkursmasse des Beklagten 1 mit, die angesetzte Frist zur Einreichung der Klageantwort sowie Bezahlung des Kostenvorschusses könne nicht verlängert werden, und wies sie auf die entsprechenden Säumnisfolgen hin. Gleichentags stellte das Konkursamt das Gesuch, die Verfügung vom 29. Oktober 2008 sei in Wiedererwägung zu ziehen. Das Handelsgericht entschied darauf, eine weitere Sistierung des Prozesses sei nicht angebracht und erklärte die Konkursmasse des Beklagten 1 hinsichtlich der Einreichung der Klageantwort als säumig, wobei es eine zweite formelle Aufforderung zur Leistung des Kostenvorschusses ansetzte. Im Übrigen wies es das Wiedererwägungsgesuch ab.
Am 12. Januar 2009 erklärte die Beschwerdeführerin, gemäss Art. 260 SchKG anstelle der Masse in den Passivprozess des Beklagten 1 einzutreten. Sie beantragte am 11. Februar 2009, sie sei in den Stand vor dem 24. November 2008 einzusetzen, und es sei ihr eine Frist zur Einreichung der Klageantwort von vier Wochen anzusetzen. Das Handelsgericht wies das Wiederherstellungsgesuch mit Verfügung vom 2. April 2009 ab. Dagegen erhob die Beschwerdeführerin beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde (Verfahren 4A_206/2009). Mit Präsidialverfügung vom 8. Mai 2009 wurde das Verfahren auf Antrag der Beschwerdeführerin sistiert.
D. Anlässlich der auf die Frage der Zuständigkeit beschränkten Hauptverhandlung schloss sich die Beschwerdeführerin der vom Beklagten 2 gestützt auf die Schiedsklausel erhobenen Unzuständigkeitseinrede an. Mit Urteil vom 7. Juli 2009 bejahte das Handelsgericht seine Zuständigkeit.
E. Mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und dessen Zuständigkeit zu verneinen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesgericht erteilte der Beschwerde auf Antrag der Beschwerdeführerin die aufschiebende Wirkung. Der Beklagte 2 hat das Urteil der Vorinstanz nicht angefochten.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerden nicht einzutreten, sie eventualiter abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Schreiben vom 6. November 2009 ersuchte die Beschwerdeführerin um Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.1).
1.1 Beim angefochtenen Entscheid, mit dem die Vorinstanz ihre sachliche Zuständigkeit bejahte, handelt es sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid über die Zuständigkeit. Gegen solche Entscheide ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig (Art. 92 Abs. 1 BGG). Nach dem Grundsatz der Einheit des Prozesses ist der Zwischenentscheid aber nur mit Beschwerde anfechtbar, wenn es auch der Endentscheid ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.). Die Hauptsache betrifft eine Forderung aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit, mithin eine Zivilsache, deren Streitwert den Betrag von Fr. 30'000.-- übersteigen muss, damit Beschwerdefähigkeit gegeben ist (vgl. Art. 51 Abs. 1 lit. c, Art. 72 Abs. 1 und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Die Beschwerdegegnerin macht gegenüber den Beklagten Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit geltend und verlangt Fr. 1'000'000.--. Sie ist der Auffassung, der Streitwert betrage weniger als Fr. 30'000.--, da sich die Beschwerdeführerin die Ansprüche des Beklagten 1 gemäss Art. 260 SchKG habe abtreten lassen und den Prozess als Abtretungsgläubigerin führe, weshalb dieser in Bezug auf den Beklagten 1 bzw. dessen Konkursmasse nur noch die Funktion eines Kollokationsprozesses habe; das Inventar im Konkurs des Beklagten 1 weise Aktiven im Schätzwert von Fr. 6'161.-- auf. Die Differenz in der Dividende zwischen angefochtener und beanspruchter Kollokation müsse tiefer sein. Die Beschwerdegegnerin verkennt, dass in dem von ihr eingeleiteten Verfahren der Bestand der Forderung rechtskräftig zu beurteilen ist, und es sich nicht um einen Kollokationsprozess handelt, in dem festgestellt wird, inwieweit die streitigen Gläubigeransprüche bei der Liquidationsmasse zu berücksichtigen sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 472 mit Hinweis). Das Streitwerterfordernis (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) ist daher erfüllt. Die Beschwerde in Zivilsachen ist somit grundsätzlich zulässig, so dass auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht einzutreten ist (Art. 113 BGG).
1.3 Zum Verfahrensantrag der Beschwerdeführerin, es sei ein zweiter Schriftenwechsel durchzuführen, ist festzuhalten, dass ein solcher in der Regel nicht stattfindet (Art. 102 Abs. 3 BGG). Das Bundesgericht stellt dem Beschwerdeführer die Vernehmlassung des Beschwerdegegners zur Kenntnisnahme zu, ohne eine Frist zur Einreichung einer Replikschrift anzusetzen, es sei denn, es erachtet einen zweiten Schriftenwechsel für erforderlich. Der beschwerdeführenden Partei steht es jedoch frei, sich zur Beschwerdeantwort zu äussern, wobei sie, wenn sie von dieser Möglichkeit Gebrauch machen will, nach Treu und Glauben gehalten ist, die Replikschrift umgehend einzureichen, ohne vorher um eine gerichtliche Fristansetzung zu ersuchen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 99 f.). Im zu beurteilenden Fall wurde der Beschwerdeführerin die Vernehmlassung am 19. Oktober 2009 zur Kenntnisnahme zugestellt. Die Beschwerdeführerin hat auf diese Zustellung erst am 6. November 2009 reagiert. Unter diesen Umständen besteht - nicht zuletzt mit Blick auf das Beschleunigungsgebot - keine Veranlassung, ihr jetzt noch eine Replikmöglichkeit einzuräumen.
2. Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdegegnerin trete in ihrer Klage als Abtretungsgläubigerin nach Art. 260 SchKG der konkursiten Y._ AG auf. Sie mache keine unmittelbaren Ansprüche als Aktionärin oder Gläubigerin geltend; es liege eine Klage aus dem einheitlichen Anspruch der Gläubigergesamtheit vor. Die Vorinstanz erwog, sowohl die Konkursmasse als auch Abtretungsgläubiger seien zwar an die vom Gemeinschuldner getroffene Schiedsabrede gebunden, soweit die Gesellschaft mit einem Dritten eine Schiedsvereinbarung getroffen habe. Die Beschwerdegegnerin mache aber einen eigenständigen und insoweit ausschliesslichen Anspruch der Gläubigergesamtheit geltend. Dieser werde nicht von der Schiedsklausel umfasst. Die Schiedseinrede der Beklagten sei somit nicht zu hören.
2.1 Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die Beschwerdegegnerin mache nicht nur Forderungen der Gesellschaft geltend, sondern auch direkte Ansprüche als Aktionärin. Der Beklagte 1 habe die öffentliche Urkunde sowie die Statuten als Delegierter des Verwaltungsrats unterzeichnet und sich damit der Schiedsklausel unterworfen. Mit der Unterzeichnung der öffentlichen Urkunde habe der Beklagte 2 als Notar und gleichzeitiger Verwaltungsrat der Y._ AG die Statuten und somit die Schiedsklausel anerkannt. Die Beschwerdegegnerin wiederum habe die Schiedsklausel unterschriftlich anerkannt, indem sie an der Generalversammlung im Januar 1989 betreffend Kapitalerhöhung die öffentliche Urkunde zusammen mit allen übrigen Aktionären unterzeichnet habe. Selbst wenn die Beschwerdegegnerin aber die Schiedsvereinbarung nicht unterzeichnet haben sollte, läge eine gültige Schiedsabrede vor, da sie als Abtretungsgläubigerin die Ansprüche der Gesellschaft bzw. der Masse einklage, wobei ihr lediglich ein Prozessführungsrecht bzw. eine Eintreibungsbefugnis zustehe. Die Gesellschaft sei an die in den Statuten enthaltene Schiedsklausel gebunden und müsse sie nicht noch separat unterzeichnen.
2.2 Verantwortlichkeitsklagen nach Art. 754 OR können einer schiedsgerichtlichen Entscheidung unterworfen werden (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, Rz. 118 zu § 36; Walter J. Habscheid, Statutarische Schiedsgerichte und Schiedskonkordat, Schweizerische Aktiengesellschaft [SAG] 57/1985 S. 166). Bei statutarischen Schiedsklauseln ist die Formvorschrift der Schriftlichkeit nach Art. 6 Abs. 1 des Konkordats über die Schiedsgerichtsbarkeit vom 27. März 1969 (KSG) gewahrt, wenn die schriftliche Erklärung des Beitritts zu einer juristischen Person ausdrücklich auf die in den Statuten oder in einem sich darauf stützenden Reglement enthaltene Schiedsklausel Bezug nimmt (vgl. Art. 6 Abs. 2 KSG).
2.3 Verantwortlichkeitsansprüche ausser Konkurs können sowohl von der Gesellschaft als auch von den einzelnen Aktionären geltend gemacht werden, wobei der Aktionärsanspruch nur auf Leistung an die Gesellschaft geht (Art. 756 Abs. 1 OR). Für mittelbar geschädigte Gläubiger gibt es keine Möglichkeiten, ihren eigenen Reflexschaden mittels Individualklage geltend zu machen (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 310; <ref-ruling> E. 1b/dd S. 439). Nach der Konkurseröffnung ist in erster Linie der Konkursverwalter berechtigt, die Verantwortlichkeitsansprüche der konkursiten Gesellschaft gegenüber den verantwortlichen Organmitgliedern geltend zu machen. Verzichtet er darauf, können die Aktionäre und Gesellschaftsgläubiger den Schaden der Gesellschaft gegenüber den verantwortlichen Organen einklagen (Art. 757 Abs. 1 und 2 OR), wobei sie ihren mittelbaren Schaden als einheitlichen Anspruch der Gläubigergesamtheit geltend machen (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 570 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1b/dd S. 439 f.; vgl. zu den verschiedenen Klagen, die dem Gesellschaftsgläubiger je nach der Art des von ihm erlittenen Schadens zur Verfügung stehen <ref-ruling> E. 3 S. 568 ff.).
2.4 Art. 757 OR begründet einen einheitlichen Anspruch der Gläubigergesamtheit (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1b/ee ff. S. 439 ff.), wobei der in Art. 757 Abs. 3 OR enthaltene Vorbehalt der Abtretung von Ansprüchen der Gesellschaft gemäss Art. 260 SchKG keine weiteren Rechte verleiht (vgl. Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, Rz. 358 zu § 18 mit weiteren Hinweisen). Anlässlich der Revision des Aktien- und Rechnungslegungsrechts soll Art. 757 Abs. 3 OR aufgehoben werden (vgl. Entwurf vom 21. Dezember 2007 zur Änderung des Obligationenrechts, BBl 2008 1787). In materiellrechtlicher Hinsicht besteht kein Unterschied zwischen dem Anspruch, den sich ein Gläubiger nach Art. 260 SchKG abtreten lässt und demjenigen, den die Aktionäre oder Gläubiger direkt aus Art. 757 Abs. 1 und 2 OR erheben (Widmer/Gericke/Waller, Basler Kommentar, 3. Aufl. 2008, N. 35 zu Art. 757 OR; Böckli, a.a.O., Rz. 358 zu § 18). Da im zu beurteilenden Fall eine formelle Abtretung nach Art. 260 SchKG erfolgte, braucht nicht darauf eingegangen zu werden, ob der Gläubiger gestützt auf Art. 757 Abs. 2 OR ohne entsprechende Abtretung direkt klagen könnte (vgl. Urteil 4C.263/2004 vom 23. Mai 2005 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Der Gesellschaftsgläubiger macht den Anspruch aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit im Namen der Gläubigergesamtheit geltend, sei es gestützt auf Art. 757 OR oder nach Art. 260 SchKG (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1b/ff S. 439 f.). Er handelt in einer Art Prozessstandschaft für die Gläubigergesamtheit (vgl. Widmer/Gericke/Waller, a.a.O., N. 23 zu Art. 757 OR; Böckli, a.a.O., Rz. 348a zu § 18).
2.5 Nach einhelliger Lehre ist grundsätzlich auch die Konkursmasse einschliesslich allfälliger Abtretungsgläubiger nach Art. 260 SchKG an die vom Gemeinschuldner abgeschlossene Schiedsvereinbarung gebunden (Berger/Kellerhals, Internationale und interne Schiedsgerichtsbarkeit in der Schweiz, 2006, Rz. 511, S. 178; Rüede/Hadenfeldt, Schweizerisches Schiedsgerichtsrecht, 2. Aufl. 1993, S. 81; Lalive/Poudret/Reymond, Le droit de l'arbitrage interne et international en Suisse, 1989, N. 1.2 zu Art. 4 KSG; Pierre Jolidon, Commentaire du Concordat suisse sur l'arbitrage, 1984, S. 141; Vogel/Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts und des internationalen Zivilprozessrechts der Schweiz, 8. Aufl. 2006, Rz. 43 zu Kapitel 14; vgl. auch Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Juli 1991 E. 2.2, in: Blätter für zürcherische Rechtsprechung [ZR] 90/1991 S. 216 f.; Entscheid des Wallisers Kantonsgerichts vom 9. Juli 1986, in: Zeitschrift für Walliser Rechtsprechung [ZWR] 1986 S. 406). Das Bundesgericht hat die Gültigkeit der Schiedsklausel für die Konkursmasse im Zusammenhang mit einer Kollokationsklage in einem älteren Entscheid zwar verneint (BGE 33 II 648 E. 4 S. 654). Auf die Tragweite dieses Entscheids braucht jedoch nicht näher eingegangen zu werden, da für Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit besondere Regeln gelten.
2.5.1 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin macht die Beschwerdegegnerin im Rahmen der Verantwortlichkeitsansprüche nach Art. 757 OR genau besehen nicht die Ansprüche der Gesellschaft gegenüber den Organen geltend, sondern diejenigen der Gläubigergesamtheit. Aus diesem Grund kann der Belangte der Abtretungsgläubigerin nicht sämtliche Einreden gegen sie persönlich und gegen die Gesellschaft entgegengehalten, sondern nur diejenigen, die ihm auch gegenüber der Gläubigergesamtheit zustehen (BGE <ref-ruling> E. 1b/gg S. 440 mit Hinweisen). Die Ablösung des eigenen Anspruchs der Gesellschaft durch denjenigen der Gläubigergesamtheit im Konkurs hat nicht zum Zweck, den Gläubigern mehr Rechte zu verschaffen, als die Gesellschaft jemals hatte. Sie dient allein dem Ausschluss derjenigen Einreden, die den Abtretungsgläubigern gegenüber nicht gerechtfertigt sind. Einreden, die unabhängig von der Willensbildung der Gesellschaft vor der Konkurseröffnung bestanden haben, können zulässig bleiben, beispielsweise die Einrede der Verrechnung mit Forderungen, die schon vor der Konkurseröffnung bestanden (<ref-ruling> E. 4.4 S. 351 mit Hinweisen; vgl. auch Bernard Corboz, La responsabilité des organes en droit des sociétés, 2005, N. 22 zu Art. 757 OR).
2.5.2 Bei der gestützt auf eine in den Statuten enthaltene Schiedsklausel erhobenen Schiedseinrede handelt es sich nicht um eine Einrede, die unabhängig von der Willensbildung der Gesellschaft besteht. Es rechtfertigt sich nicht, die Einrede gegenüber der Gläubigergesamtheit, die keinen Einfluss auf die Statuten hatte, zuzulassen, sonst bestünde die Gefahr, dass die Organe durch entsprechende statutarische Bestimmungen die Durchsetzung der Verantwortlichkeitsansprüche der Gläubiger im Konkurs erschweren. Massgebend ist, ob die Gläubigergesamtheit an die Schiedsklausel gebunden ist. Eine solche Bindung kann nicht aus den Statuten der Gesellschaft abgeleitet werden (vgl. Böckli, a.a.O., Rz. 154 zu § 16; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., Rz. 119 zu § 36; vgl. auch Habscheid, a.a.O., S. 166).
2.6 Soweit die Beschwerdeführerin behauptet, die Beschwerdegegnerin mache mit der Verantwortlichkeitsklage nicht nur einen Schaden der Gesellschaft als Abtretungsgläubigerin geltend, sondern auch den kompletten Wertverlust ihrer Aktien als direkten Schaden als Aktionärin, genügt sie den Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 2 BGG) nicht, da sie sich nicht im Einzelnen mit dem angefochtenen Entscheid auseinander setzt und nicht aufzeigt, inwiefern der Schluss der Vorinstanz, die Beschwerdegegnerin mache einen Anspruch der Gläubigergesamtheit geltend, offensichtlich unhaltbar bzw. willkürlich sein soll (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Damit bleibt es insoweit bei der Feststellung des angefochtenen Entscheids (Art. 105 Abs. 1 BGG), und die Rüge der Beschwerdeführerin stösst ins Leere, es sei überspitzt formalistisch, zu verlangen, dass die Beschwerdegegnerin die Statuten selbst unterzeichne. Die Frage, ob die Beschwerdegegnerin als Aktionärin der Schiedsklausel untersteht, konnte die Vorinstanz offen lassen.
3. Da die Schiedsklausel für den von der Beschwerdegegnerin geltend gemachten Anspruch der Gläubigergesamtheit nicht zur Anwendung gelangt, ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz ihre Zuständigkeit bejaht hat, und braucht auf die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin, die im Übrigen den Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 2 BGG) in keiner Weise genügen, nicht eingegangen zu werden. Die Beschwerde in Zivilsachen ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann