Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 13. Juli 2010 erhob X._ gegen Y._ Privatstrafklage wegen Ehrverletzung. Sie wirft dem Angeschuldigten im Wesentlichen vor, in einem Schreiben vom 15. April 2010 an die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich (SVA Zürich) mit unwahren und ehrverletzenden Angaben über ihre Person eine Revision ihrer IV-Rente angestrebt zu haben. Am 31. August 2010 stellte das Friedensrichteramt Küsnacht die Weisung aus und am 8. September 2010 verfügte der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Meilen die Anklagezulassung und bestellte eine Untersuchungsrichterin. Die Untersuchungsrichterin forderte die Parteien auf, sämtliche Angriffs- und Verteidigungsmittel bekannt zu geben und mit Verfügung vom 21. Juli 2011 liess sie folgende Beweismittel zu: Die die Anklägerin betreffenden Akten der IV-Stelle der SVA Zürich, insbesondere die Verfügung, mit welcher ihr die IV-Rente entzogen wurde, sowie das Protokoll der Einvernahme der Anklägerin durch die Untersuchungsrichterin vom 5. April 2011.
Mit Rekurs an das Obergericht des Kantons Zürich vom 29. Juli 2011 beantragte X._, die Verfügung der Untersuchungsrichterin sei aufzuheben und der Beweisantrag des Angeschuldigten, soweit er die Akten der IV-Stelle der SVA Zürich betreffe, sei abzulehnen.
Mit Beschluss vom 10. Februar 2012 erwog das Obergericht, für die Beweisführung seien nicht sämtliche X._ betreffenden Akten der SVA Zürich notwendig; deren Beizug stelle einen unverhältnismässigen Eingriff in die Privatsphäre dar. Die massgebliche Information, weshalb ihr keine IV-Rente mehr ausgerichtet werde, dürfte sich der Begründung der Verfügung der SVA Zürich entnehmen lassen. Indessen sei diese noch nicht in Rechtskraft erwachsen, weshalb es der Untersuchungsrichterin obliege zu entscheiden, ob sie die Rechtskraft der Verfügung abwarten oder bei der SVA Zürich einen Amtsbericht zu den Gründen des Entzugs der IV-Rente einholen wolle. Im Ergebnis hiess das Obergericht den Rekurs teilweise gut, hob die Verfügung der Untersuchungsrichterin auf und wies die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen an die Untersuchungsrichterin zurück. Im Übrigen wies es den Rekurs ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 16. März 2012 beantragt X._, der Beschluss vom 10. Februar 2012 des Obergerichts sei insoweit aufzuheben, als damit der Beizug der Verfügung der SVA Zürich betreffend die Einstellung ihrer IV-Rente angeordnet werde. Zudem sei der Beweisantrag des Angeschuldigten, es seien die Akten der IV-Stelle der SVA Zürich zu edieren, abzulehnen.
Das Obergericht und die Untersuchungsrichterin des Bezirks Meilen haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Beschwerdegegner hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid über die Zulassung von Beweismitteln in einem Strafverfahren. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig (<ref-law>).
1.2 Am 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft getreten. Gemäss <ref-law> werden Privatstrafklageverfahren nach bisherigem kantonalem Recht, die bei Inkrafttreten der Schweizerischen Strafprozessordnung bei einem erstinstanzlichen Gericht hängig sind, bis zum Abschluss des erstinstanzlichen Verfahrens nach bisherigem Recht, vom bisher zuständigen Gericht, fortgeführt. Anwendbar ist somit auf das vorliegende Verfahren die Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321).
1.3 Das Beschwerderecht richtet sich nach <ref-law>. Danach ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Die Beschwerdeführerin stützt ihre Beschwerdelegitimation auf Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 aBGG. Nach dieser mit Wirkung seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Bestimmung ist zur Beschwerde in Strafsachen die Privatstrafklägerschaft legitimiert, wenn sie nach dem kantonalen Recht die Anklage ohne Beteiligung der Staatsanwaltschaft vertreten hat. Das Bundesgericht hat im Urteil 6B_358/2011 vom 22. August 2011 dargelegt, dass durch die Aufhebung dieser Bestimmung nicht den Privatstrafklägern in den noch unter altem Recht geführten Privatstrafklageverfahren das Rechtsmittel ans Bundesgericht verwehrt werden sollte. Zumindest solange noch kein erstinstanzlicher Entscheid ergangen ist, kann nach dieser Rechtsprechung auf eine Beschwerde gestützt auf Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 aBGG eingetreten werden (a.a.O., E. 1.4 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin, die am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat und als Privatklägerin nach kantonalem Recht die Anklage ohne Beteiligung der Staatsanwaltschaft vertreten hat, ist demnach zur Beschwerde berechtigt.
1.4 Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab. Es handelt sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde unter anderem dann zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Die mit einem Beizug der Verfügung der SVA Zürich oder einem Amtsbericht einhergehende Offenlegung der Gründe, weshalb der Beschwerdeführerin keine IV-Rente mehr ausgerichtet wird, kann für diese einen nicht wieder gutzumachenden Eingriff in ihre Privatsphäre bedeuten (<ref-law>). Die Voraussetzung von <ref-law> ist erfüllt.
1.5 Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass die Verfügung der SVA Zürich mittlerweile in Rechtskraft erwachsen sei und damit das Einholen eines Amtsberichts als Alternative nicht mehr in Betracht falle. Unbesehen dieses Umstands ist sie der Ansicht, der Beizug von Akten der SVA Zürich sei im aktuellen Verfahrensstadium noch nicht notwendig. Der Entscheid in der Sache sei dem Sachrichter vorbehalten, denn dieser könne auch Beweisanordnungen treffen. Es sei möglich, dass der Sachrichter zum Schluss komme, dass der Beizug der Akten der SVA Zürich nicht erforderlich sei. Aus diesen Gründen stelle der angefochtene Entscheid einen unverhältnismässigen Eingriff in ihre Privatsphäre dar.
2.2 Die Offenlegung der Gründe für die Einstellung der IV-Rente - unbesehen, ob durch die Verfügung der SVA Zürich oder einen Amtsbericht - stellt einen Eingriff in die Privatsphäre der Beschwerdeführerin dar (<ref-law>). Eine Einschränkung dieses Grundrechts hat die Voraussetzungen von <ref-law> zu respektieren. Vorliegend macht die Beschwerdeführerin geltend, dass es an der Verhältnismässigkeit fehle (<ref-law>). Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit verlangt, dass eine behördliche Massnahme für das Erreichen des im öffentlichen Interesse liegenden Ziels geeignet und erforderlich ist und sich für die Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung zumutbar erweist. Nicht erforderlich ist eine Massnahme dann, wenn das Ziel mit einem weniger schweren Grundrechtseingriff erreicht werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 91 f. mit Hinweisen).
In Bezug auf das Kriterium der Eignung hält die Vorinstanz fest, die Akten der SVA Zürich könnten grundsätzlich geeignet sein, die Behauptung des Beschwerdegegners, die Beschwerdeführerin gebe nur vor, psychisch krank zu sein, zu belegen. Die Beschwerdeführerin bringt in dieser Hinsicht vor, es sei möglich, dass der Sachrichter zum Schluss komme, dass der Beschwerdeführer mit den Akten der SVA Zürich nicht beweisen könne, dass sie sich bei ihm als Raumpflegerin gemeldet habe. Dabei verkennt sie, dass sich das Privatstrafklageverfahren keineswegs auf diese Frage beschränkt. In ihrer Anklageschrift wirft sie dem Angeschuldigten im Wesentlichen vor, in seinem Schreiben an die SVA Zürich mit unwahren und ehrverletzenden Angaben über ihre Person eine Revision ihrer IV-Rente angestrebt zu haben. Als unwahr bezeichnet sie nicht nur die Behauptung, sie habe sich als Raumpflegerin empfohlen, sondern insbesondere auch die Behauptungen, dass sie von ihrem Vater entlassen worden sei, dass sie ohne Weiteres in der Lage sei, stundenlang mit ihren Hunden durch die Gegend zu wandern, dass sie an drei Orten als Raumpflegerin gearbeitet habe, aber überall entlassen wurde, dass sie nur vorgebe, psychisch krank zu sein und dass sie ihrem Arzt Schauergeschichten erzähle. In Bezug auf die Frage, ob diese weiteren Behauptungen unwahr sind, ist die Offenlegung der Gründe für die Einstellung der IV-Rente durch die SVA Zürich relevant.
Auch dem weiteren Einwand der Beschwerdeführerin, es gebe mit Blick auf die Kompetenz des Sachrichters, Beweisanordnungen zu treffen, keinen Grund, diesem vorzugreifen, ist nicht zu folgen. Zum einen ist nicht ersichtlich, weshalb der Sachrichter zu einem anderen Schluss gelangen oder weshalb dieselbe Beweisanordnung durch den Sachrichter die Privatsphäre der Beschwerdeführerin weniger stark tangieren sollte. Zum anderen ist darauf hinzuweisen, dass gemäss <ref-law>/ZH die Möglichkeit besteht, dass nach durchgeführter Untersuchung ein Strafbefehl erlassen wird und somit gar nicht zwingend eine Hauptverhandlung stattfindet (vgl. in diesem Zusammenhang auch <ref-law>/ZH, wonach in Ehrverletzungssachen der Gerichtspräsident oder der Untersuchungsrichter unter den Voraussetzungen von <ref-law>/ZH den Strafbefehl erlässt). Unter diesen Umständen sind keine milderen Massnahmen ersichtlich, die gleich geeignet wären, die Beweisführung zu gewährleisten.
Die Beweisanordnung ist schliesslich auch zumutbar, zumal die Offenlegung der Gründe für die Einstellung der IV-Rente durch die SVA Zürich für das vorliegende Privatstrafklageverfahren zentral ist. In dieser Hinsicht ist zudem zu berücksichtigen, dass die Akteneinsicht im Strafverfahren zum Schutz privater Geheimhaltungsinteressen grundsätzlich eingeschränkt werden kann (vgl. etwa Urteil 1P.193/2004 vom 8. November 2004 E. 2.3 mit Hinweisen, in: Pra 2005 Nr. 83 S. 621; NIKLAUS SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl., 2004, Rz. 262 f.; vgl. auch Art. 101 Abs. 1, Art. 102 Abs. 1 und Art. 108 der Schweizerischen Strafprozessordnung).
Insgesamt ergibt sich, dass der angefochtene Entscheid <ref-law> nicht verletzt. Die Rüge der Beschwerdeführerin ist unbegründet.
3. Es ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist.
Die Beschwerdeführerin stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner, der sich im bundesgerichtlichen Verfahren nicht hat vernehmen lassen, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Claude Roy wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'000.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Untersuchungsrichterin des Bezirks Meilen im Privatstrafklageverfahren und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold