Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Basel-Stadt (Dreiergericht) verurteilte X._ am 7. September 2005 wegen Raubs und qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu 2 Jahren Gefängnis. Es hielt für erwiesen, dass er am Raubüberfall vom 25. September 2000 auf den von A. A._ und B. A._ geführten Hanfladen in Basel beteiligt war und von Juli 2001 bis Januar 2003 mit Drogengeschäften einen Bruttogewinn von rund einer Million Franken erzielte.
Auf Appellation von X._ hin bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt (Ausschuss) am 31. August 2007 das erstinstanzliche Urteil im Schuldpunkt und verurteilte ihn zu 2 Jahren Freiheitsstrafe, wovon 12 Monate mit bedingtem Vollzug.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Appellationsgerichts teilweise aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen, ihn eventualiter vom Vorwurf des Raubes freizusprechen und zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 14 Monaten zu verurteilen oder ihn subeventualiter zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 2 Jahren zu verurteilen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt X._, seiner Beschwerde in Bezug auf den Strafantritt aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat auf Vernehmlassung verzichtet. Das Appellationsgericht beantragt Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Nach <ref-law> kommt der Beschwerde in Strafsachen in Bezug auf den Strafvollzug von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zu, weshalb der entsprechende Antrag gegenstandslos ist.
2. Der Beschwerdeführer bestreitet seine Beteiligung am Raubüberfall vom 25. September 2000 und macht geltend, seine Verurteilung in diesem Punkt beruhe auf einer Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" und willkürlicher Beweiswürdigung.
2.1 Die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Raubs beruht im Wesentlichen auf den Aussagen von B._ und C._, welche geständig sind, den Raubüberfall auf den Hanfladen ausgeführt zu haben und die deswegen rechtskräftig verurteilt wurden. Nach ihrer Darstellung begingen sie den Überfall auf Vorschlag des Beschwerdeführers, der sie in seinem schwarzen Fiat auch zum Tatort fuhr, zwei schwarze Masken besorgte, im Auto auf sie wartete, sie nach der Tat wieder aufnahm und mit ihnen flüchtete. Dies wird durch die Aussage des D._ gestützt, der als Fluchtfahrzeug einen schwarzen Personenwagen - vermutlich einen Fiat - mit BL-Kennzeichen ausmachte. Das Appellationsgericht (angefochtener Entscheid E. 4 S. 6 ff.) hält - wie schon zuvor das Strafgericht - die Aussagen der beiden Haupttäter für glaubhaft und sieht keinen Grund, weshalb die beiden den Beschwerdeführer zu Unrecht hätten belasten sollen. Es hat dessen erstmals vor Appellationsgericht erhobene und mit Ein- und Ausreisestempeln seines türkischen Reisepasses sowie mit Kopien einer Rechnung des Reisebüros E._ vom 17. September 2000 und des Flugscheins belegte Behauptung, er sei zur Tatzeit in der Türkei gewesen, geprüft. Die kriminaltechnische Untersuchung des Reisepasses verlief ergebnislos, sie konnte nicht nachweisen, ob die fraglichen Reisestempel echt oder gefälscht sind. Hingegen hat nach Auskunft der territorialen Verwaltungsbehörde des Flughafens Atatürk niemand namens X._ einen der beiden von ihm angegebenen Flüge (Hinflug Zürich - Istanbul am 22. September 2000, Rückflug Istanbul - Zürich am 29. September 2000) benützt. Nach Auskunft der Sicherheitsdirektion des Regierungsbezirks Istanbul ist X._ an den genannten Daten über den Flughafen Atatürk weder ein- noch ausgereist. Aufgrund dieser Auskünfte der türkischen Behörden erachtet das Appellationsgericht den Alibibeweis des Beschwerdeführers als gescheitert und sieht keine ernsthaften Zweifel an dessen Täterschaft.
2.2 Das Appellationsgericht legt im angefochtenen Entscheid (S. 7 ff.) in eingehender und sorgfältiger Beweiswürdigung dar, weshalb die den Beschwerdeführer belastenden Aussagen von B._ und C._ glaubhaft sind und durch die weiteren Beweismittel gestützt werden, weshalb die Bestreitungen des Beschwerdeführers nicht zu überzeugen vermögen und weshalb der von ihm knapp sechs Jahre nach dem Vorfall angetretene Alibibeweis gescheitert ist. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, erschöpft sich über weite Strecken in appellatorischer Kritik, die nicht geeignet ist, die Beweiswürdigung des Appellationsgerichts in Frage zu stellen. Er verweist zudem in wesentlichen Punkten auf frühere Rechtsschriften. Abgesehen davon, dass dies unzulässig ist (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), setzen sich diese Vorbringen nicht mit der Beweiswürdigung des Appellationsgerichts auseinander und vermögen diese daher von vornherein nicht zu erschüttern.
Beispiel dafür sind etwa die Ausführungen (Beschwerde S. 11 ff.), es sei ungeklärt, aus welchem Grund er den Hanfladen der Gebrüder A._ hätte überfallen sollen. Die Vorinstanz sei auf Grund der widersprüchlichen Aussagen von B._ und C._ in spekulativer Weise davon ausgegangen, dass er die Gebrüder A._ persönlich gekannt und versucht habe, diesen Konkurrenten im Drogenhandel "eins auszuwischen". Anders als das Strafgericht, welches effektiv den (nahe liegenden) Schluss gezogen hatte, der Beschwerdeführer und die Gebrüder A._ hätten sich als nicht unbedeutende Akteure in der Stadtbasler Hanfszene zwangsläufig gekannt, hat dies das Appellationsgericht im angefochtenen Entscheid ausdrücklich offen gelassen. Es hat in plausibler Weise ausgeführt, dass es für das Motiv, einen Konkurrenten zu schädigen, unerheblich ist, ob man diesen persönlich kennt oder nicht (angefochtener Entscheid S. 5). Unter diesen Umständen vor Bundesgericht erneut zu rügen, es sei nicht erwiesen, dass sich der Beschwerdeführer und die Gebrüder A._ kannten, ist offensichtlich nicht geeignet, die appellationsgerichtliche Beweiswürdigung willkürlich erscheinen zu lassen. Soweit im Folgenden auf Ausführungen in der Beschwerde nicht eingegangen wird, genügen sie den Anforderungen an die Begründung einer Willkürrüge nicht.
2.3 Der Reisepass (bzw. die darin enthaltenen Ein- und Ausreisestempel) ist ein Beweismittel, das wie jedes andere der freien Beweiswürdigung unterliegt. Dass die kriminaltechnische Untersuchung ohne Ergebnis blieb, bedeutet daher keineswegs, dass das Appellationsgericht ohne weiteres von der Echtheit der Stempel hätte ausgehen müssen. Sein Vorgehen, durch weitere Abklärungen zu prüfen, ob der Beschwerdeführer an den genannten Daten wirklich in die Türkei eingereist bzw. von dort wieder ausgereist ist, ist entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers verfassungsrechtlich keineswegs zu beanstanden, ebensowenig wie der von ihm aus den bei den türkischen Behörden eingeholten Auskünften gezogene Schluss, der Alibibeweis sei gescheitert. Dies umso weniger, als bereits das späte Auftauchen dieser Beweismittel rund sechs Jahre nach der Tat Skepsis erregen muss, da der Beschwerdeführer anfänglich keineswegs geltend machte, zur Tatzeit im Ausland gewesen zu sein. Er hat im Gegenteil bei seiner Einvernahme durch den Haftrichter vom 14. Februar 2003 in Gegenwart seines damaligen Verteidigers nicht bestritten, B._ und C._ in seinem Auto zum Tatort gefahren und von dort wieder weggebracht zu haben, sondern nur geltend gemacht, er sei von B._ dazu gezwungen worden, und er habe erst im Nachhinein erfahren, dass die beiden einen Raub begangen hätten. Er sei aber nicht sicher, ob es sich dabei um den vom Haftrichter angesprochenen Vorfall vom 25. September 2000 gehandelt habe. Da indessen von einem weiteren ähnlichen Raubüberfall der beiden nichts bekannt ist, kann sich die Aussage des Beschwerdeführers nur auf diesen bezogen haben. Es ist unter diesen Umständen verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass das Appellationsgericht den Beschwerdeführer insbesondere gestützt auf die Aussagen von B._ für schuldig befand, am Raub massgeblich beteiligt gewesen zu sein.
3. Für den Fall, dass seine Beschwerde im Schuldpunkt abgewiesen würde, macht der Beschwerdeführer geltend, die gesamte Strafe von 2 Jahren sei bedingt auszufällen. Dass Appellationsgericht habe zu wenig berücksichtigt, dass er sich vor dieser Verurteilung noch nichts habe zu Schulden kommen lassen und dass er heute als Unternehmer auf finanziell gesicherten Füssen stehe, sodass nicht erkennbar sei, weshalb er in Zukunft straffällig werden sollte.
3.1 Nach <ref-law> ist u.a. der Vollzug von Freiheitsstrafen von bis zu zwei Jahren in der Regel aufzuschieben, wenn eine unbedingte Strafe nicht notwendig erscheint, um den Täter von der Begehung weiterer Verbrechen oder Vergehen abzuhalten. Nach <ref-law> kann der Vollzug einer Freiheitsstrafe zwischen einem und drei Jahren auch nur teilweise aufgeschoben werden, wenn dies notwendig ist, um dem Verschulden des Täters Rechnung zu tragen. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts gilt für eine zweijährige Freiheitsstrafe, die sich im überschneidenden Anwendungsbereich dieser beiden Bestimmungen befindet, Folgendes:
Der Strafaufschub nach <ref-law> ist die Regel, die grundsätzlich vorgeht. Der teilbedingte Vollzug bildet dazu die Ausnahme. Sie ist nur zu bejahen, wenn der Aufschub wenigstens eines Teils der Strafe aus spezialpräventiver Sicht erfordert, dass der andere Strafteil unbedingt ausgesprochen wird. Damit verhält es sich ähnlich wie bei der Beurteilung der Bewährungsaussichten im Fall eines Widerrufs einer bedingt ausgesprochenen Freiheitsstrafe (<ref-ruling>). Ergeben sich - inbesondere aufgrund früherer Verurteilungen - ganz erhebliche Bedenken an der Legalbewährung des Täters, die bei einer Gesamtwürdigung aller Umstände eine eigentliche Schlechtprognose noch nicht zu begründen vermögen, so kann das Gericht an Stelle des Strafaufschubs den teilbedingten Vollzug gewähren. Auf diesem Wege kann es im Bereich höchst ungewisser Prognosen dem Dilemma "Alles oder Nichts" entgehen. <ref-law> hat die Bedeutung, dass die Warnwirkung des Teilaufschubes angesichts des gleichzeitig angeordneten Teilvollzuges für die Zukunft eine weitaus bessere Prognose erlaubt. Erforderlich ist aber stets, dass der teilweise Vollzug der Freiheitsstrafe für die Erhöhung der Bewährungsaussichten unumgänglich erscheint. Das trifft nicht zu, solange die Gewährung des bedingten Strafvollzugs, kombiniert mit einer Verbindungsgeldstrafe bzw. Busse (<ref-law>), spezialpräventiv ausreichend ist. Diese Möglichkeit hat das Gericht vorgängig zu prüfen (134 IV 1 E. 5.5.2).
Für die Prognose selber bleiben die vom Bundesgericht entwickelten Kriterien weiterhin massgebend. Bei der Prüfung, ob der Verurteilte für ein dauerndes Wohlverhalten Gewähr bietet, ist eine Gesamtwürdigung aller wesentlichen Umstände vorzunehmen. In die Beurteilung mit einzubeziehen sind neben den Tatumständen auch das Vorleben und der Leumund sowie alle weiteren Tatsachen, die gültige Schlüsse auf den Charakter des Täters und die Aussichten seiner Bewährung zulassen. Für die Einschätzung des Rückfallrisikos ist ein Gesamtbild der Täterpersönlichkeit unerlässlich. Relevante Faktoren sind etwa strafrechtliche Vorbelastung, Sozialisationsbiographie und Arbeitsverhalten, das Bestehen sozialer Bindungen, Hinweise auf Suchtgefährdungen usw. Dabei sind die persönlichen Verhältnisse bis zum Zeitpunkt des Entscheides mit einzubeziehen. Es ist unzulässig, einzelnen Umständen eine vorrangige Bedeutung beizumessen und andere zu vernachlässigen oder überhaupt ausser Acht zu lassen. Wie bei der Strafzumessung (<ref-law>) müssen die Gründe im Urteil so wiedergegeben werden, dass sich die richtige Anwendung des Bundesrechts überprüfen lässt (<ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2b).
Das neue Recht setzt für die Gewährung des Strafaufschubs voraus, dass nicht erwartet werden muss, der Verurteilte werde in Freiheit rückfällig. Damit ist es im Vergleich zum alten Art. 41 Ziff. 1 aStGB etwas milder, welcher die Gewährung des bedingten Strafvollzugs nur zuliess, wenn der Verurteilte zureichende Gewähr für eine dauernde Besserung bot und damit eine günstige Prognose zuliess (<ref-ruling> E. 2; 133).
3.2 Das Strafgericht entschied unter altem Recht und hatte sich mit der Frage des bedingten Strafvollzugs wegen der 18 Monate übersteigenden Strafdauer nicht zu beschäftigen. Das Appellationsgericht erwog damit im angefochtenen Entscheid als erste und einzige Instanz, die Anordnung einer teilbedingten Strafe setze voraus, dass begründete Aussicht auf Bewährung bestehe. Bei einer nicht vollumfänglich günstigen Prognose rechtfertige sich der gänzliche Aufschub nicht. Lasse sich durch den Teilvollzug der Strafe die Prognose verbessern, erscheine ein Verzicht auf den Vollzug der gesamten Strafe angemessen. Dies treffe auf den Beschwerdeführer zu. Dieser habe in Bezug auf den Raub keinerlei Einsicht gezeigt und die Tat nicht nur bestritten, sondern versucht, sich ein falsches Alibi zu verschaffen. Dieses Verhalten lasse befürchten, er werde auch in Zukunft straffällig. Eine gute Prognose sei einzig möglich, wenn ein Teil der Strafe vollzogen werde (angefochtener Entscheid E. 7 S. 11).
3.3 Diese Ausführungen entsprechen der in E. 3.1 angeführten, in wesentlichen Punkten nach dem angefochtenen Entscheid ergangenen bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu den Art. 42 und 43 StGB in verschiedener Hinsicht nicht. Einmal geht das Appellationsgericht zu Unrecht davon aus, dass die Gewährung auch des teilbedingten Vollzugs eine günstige Prognose voraussetze, währenddem es nach dem Gesagten genügt, dass keine Schlechtprognose vorliegt. Zudem geht es stillschweigend darüber hinweg, dass nunmehr jedenfalls bei Ersttätern wie dem Beschwerderführer der Aufschub einer zweijährigen Strafe die Regel, deren (auch nur teilweiser) Vollzug die Ausnahme darstellt. Vor allem aber hat es keine Gesamtwürdigung aller für eine Prognose über das künftige Wohlverhalten des Beschwerdeführers erheblichen Umstände vorgenommen. Es hat vielmehr einen besonders störenden Einzelaspekt im Verhalten des Beschwerdeführers - seinen Versuch, Jahre nach dem Vorfall mit manipulierten Dokumenten einen Alibibeweis zu erbringen - herangezogen, um zu begründen, dass eine günstige Prognose nur gestellt werden könne, wenn ein Teil der Strafe vollzogen werde. Eine derart einseitige Beurteilung der Bewährungsaussichten ist nach dem Gesagten bundesrechtswidrig.
4. Die Beschwerde ist somit im Schuldpunkt unbegründet, im Strafpunkt begründet. Sie ist daher teilweise gutzuheissen, und der angefochtene Entscheid ist insoweit aufzuheben, als dem Beschwerdeführer der bedingte Strafvollzug ohne Prüfung aller nach der neuesten Rechtsprechung massgebenden Momente teilweise verweigert wurde. Im Übrigen ist sie abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer reduzierte Gerichtskosten und der Kanton Basel-Stadt dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 31. August 2007 im Sinne der Erwägungen aufgehoben. Im Übrigen wird sie abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
3. Der Kanton Basel-Stadt hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Mai 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi