Sachverhalt:
A.
A._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) und die B._ GmbH (Klägerin, Beschwerdegegnerin) schlossen am 25. März 2011 einen Werkvertrag betreffend den Bau eines Ferienbungalows in U._ ab.
B.
Am 31. August 2012 erhob die Klägerin beim Kantonsgericht Obwalden Klage mit dem Begehren, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 85'595.50 nebst Verzugszinsen zu verpflichten. Ferner sei der in der entsprechenden Betreibung erhobene Rechtsvorschlag zu beseitigen. Die Beklagte beantragte die Abweisung der Klage und bestritt die örtliche Zuständigkeit des Kantonsgerichts Obwalden. Das Kantonsgericht beschränkte das Verfahren vorerst auf die Frage der örtlichen Zuständigkeit. Mit Zwischenentscheid vom 20. März 2014 erklärte sich das Kantonsgericht Obwalden für zuständig.
Eine dagegen von der Beklagten erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Obwalden am 12. November 2014 ab und bestätigte den Entscheid des Kantonsgerichts.
C.
Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Obergerichts vollumfänglich aufzuheben und festzustellen, dass das Kantonsgericht Obwalden für das Hauptverfahren (Forderung aus Werkvertrag) örtlich nicht zuständig sei. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht, subeventualiter an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt, auf die appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil nicht einzutreten, eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1.
Beim angefochtenen Entscheid des Obergerichts, mit dem dieses die örtliche Zuständigkeit des Kantonsgerichts Obwalden zur Beurteilung der Forderungsklage der Beschwerdegegnerin gegen die Beschwerdeführerin bejaht hat, handelt es sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid eines oberen kantonalen Gerichts, das als letzte kantonale Instanz in einem Rechtsmittelverfahren über die Zuständigkeit geurteilt hat. Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig (Art. 92 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens ist der Zwischenentscheid aber nur mit Beschwerde anfechtbar, wenn es auch der Endentscheid ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 382; <ref-ruling> E. 3 S. 144; <ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.). Dies trifft vorliegend zu, handelt es sich in der Hauptsache doch um eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Streitwert (<ref-law>).
2.
Die Gültigkeit einer Gerichtsstandsvereinbarung bestimmt sich nach <ref-law> nach dem Recht, das zur Zeit ihres Abschlusses gegolten hat. Die Beschwerdeführerin beruft sich für die behauptete Gerichtsstandsvereinbarung auf eine Klausel im Werkvertrag vom 25. März 2011. Die ZPO ist am 1. Januar 2011 in Kraft getreten und hat daher bereits zur Zeit des Abschlusses der Werkvertrags gegolten. Die Gültigkeit der Gerichtsstandsvereinbarung beurteilt sich demnach nach der ZPO.
<ref-law> regelt die Gerichtsstandsvereinbarung. Danach können die Parteien für einen bestehenden oder für einen künftigen Rechtsstreit über Ansprüche aus einem bestimmten Rechtsverhältnis einen Gerichtsstand vereinbaren, soweit das Gesetz nichts anderes vorsieht (<ref-law>). Die Vereinbarung muss schriftlich oder in einer anderen Form erfolgen, die den Nachweis durch Text ermöglicht (<ref-law>).
Bei einer Gerichtsstandsvereinbarung handelt es sich um einen Prozessvertrag. Steht kein tatsächlich übereinstimmender Wille der Parteien fest, so ist diese nach dem Vertrauensprinzip auszulegen (<ref-ruling> E. 2.3.2). Ob ein gültiger Verzicht auf den Wohnsitzrichter vorliegt, hängt davon ab, ob der Vertragspartner des Verzichtenden in guten Treuen annehmen durfte, sein Kontrahent habe mit dem Akzept zum Vertrag auch der Gerichtsstandsvereinbarung zugestimmt (<ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 3 S. 280; zuletzt Urteil 4A_247/2013 vom 14. Oktober 2013 E. 2.1.2; je mit Hinweisen).
Für das Zustandekommen einer Prorogation ist erforderlich, dass die Parteien hinreichend klar bestimmen, welches Gericht sie als zuständig erklären, damit das angerufene Gericht zweifelsfrei seine Zuständigkeit feststellen kann (<ref-ruling> E. 2.3.3).
3.
Die vorliegend zu beurteilende Vertragsklausel lautet wie folgt:
"9 Gerichtsstand bzw. Sitz des Schiedsgerichts
Gerichtsstand bzw. Sitz des Schiedsgerichtes ist der Wohnsitz/Sitz der beklagten Partei (ordentlicher Gerichtsstand)
LUZERN".
3.1. Die Vorinstanz führte dazu aus, der Wortlaut, der neben dem ordentlichen Gerichtsstand auch Luzern nenne, sei widersprüchlich und zweideutig. Damit mangle es der Gerichtsstandsklausel sowohl an einer klaren Bezeichnung des zuständigen Gerichts als auch an einer unmissverständlichen Willenserklärung, auf den ordentlichen Gerichtsstand verzichten zu wollen. Zwischen den Parteien sei demnach keine gültige Gerichtsstandsvereinbarung zustande gekommen.
3.2. Dieser vorinstanzlichen Beurteilung ist ohne Weiteres zu folgen. Die zitierte Klausel ist widersprüchlich, indem sie einerseits gerade ausdrücklich den ordentlichen Gerichtsstand ("Wohnsitz/Sitz der beklagten Partei") festhält, dann aber doch auch "LUZERN" erwähnt. Angesichts der widersprüchlichen vertraglichen Bestimmung im Werkvertrag kommt darin nach dem Vertrauensprinzip kein hinreichend klarer Wille der Parteien zum Ausdruck, auf den ordentlichen Gerichtsstand zu verzichten. Zufolge Widersprüchlichkeit liegt keine gültige Gerichtsstandvereinbarung vor.
3.3. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, ändert nichts an dieser Beurteilung:
Sie ist der Meinung, die Einfügung des Wortes "LUZERN" gehe dem "klausulierten, vorformulierten Text" vor. Ebenso sei zu berücksichtigen, dass bereits unter Ziffer 8 des Werkvertrags "LUZERN" eingefügt worden sei. Dass eine Gerichtsstandsvereinbarung zweideutig sein solle, obwohl an zwei Stellen die Stadt Luzern ausdrücklich genannt werde, erscheine mehr als zweifelhaft. Vielmehr sei davon auszugehen, dass die Parteien Luzern als Gerichtsstand hätten vereinbaren wollen, es dabei aber unterlassen hätten, den vorformulierten Text zu streichen. Zudem hätte die Vorinstanz sich damit auseinander setzen müssen, dass die Beschwerdegegnerin als geschäftserfahrene Unternehmerin gerade dieser speziellen Gerichtsstandsvereinbarung hätte widersprechen und allfällige Widersprüchlichkeiten rügen müssen.
Mit diesen Vorbringen vermag die Beschwerdeführerin die Widersprüchlichkeit der vertraglichen Bestimmung nicht auszuräumen, sondern anerkennt sie im Grunde gerade an, indem sie versucht, die Verantwortung für die widersprüchliche Formulierung der Beschwerdegegnerin zuzuschieben, bzw. postuliert, es dürfe nur der eine Teil, nämlich die Erwähnung des Wortes "LUZERN", berücksichtigt werden. Beides kann nicht zielführend sein. Entscheidend ist, dass eine widersprüchlich formulierte Bestimmung vorliegt, die als solche keine materiell gültige Gerichtsstandsvereinbarung bilden kann.
3.4. Damit erübrigt sich, auf die Kritik der Beschwerdeführerin gegen die Eventualbegründung der Vorinstanz einzugehen, wonach, selbst wenn von einer gültig zustande gekommenen Gerichtsstandsklausel auszugehen wäre, diese dahingehend zu interpretieren wäre, dass die Parteien Luzern nicht als ausschliesslichen Gerichtsstand hätten vereinbaren wollen.
3.5. Die Vorinstanz folgerte zutreffend, dass mangels gültiger Gerichtsstandsvereinbarung der gesetzliche Gerichtsstand zur Anwendung gelangt, hier gemäss <ref-law> mithin das Gericht am Wohnsitz der beklagten Partei oder an dem Ort, an dem die charakteristische Leistung zu erbringen ist. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz befindet sich der Wohnsitz der beklagten Beschwerdeführerin in V._ (U._), und der Erfüllungsort, konkret der Standort des Ferienbungalows, ist gemäss Werkvertrag U._. Die örtliche Zuständigkeit des Kantonsgerichts Obwalden wurde demnach zu Recht bejaht.
4.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. März 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger