Faits:
A. Par jugement du 28 mai 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a reconnu X._ coupable d'abus de confiance, de vol, d'escroquerie, de tentative d'escroquerie, de fausses communications aux autorités chargées du registre du commerce, de tentative d'usure, de banqueroute frauduleuse et de fraude dans la saisie, de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et de faux dans les titres. Il a condamné l'intéressé à une peine privative de liberté de vingt-cinq mois, sous déduction de 99 jours de détention avant jugement, cette peine étant complémentaire à des condamnations antérieures. Il s'est en outre prononcé sur les conclusions des parties civiles et a ordonné la confiscation de divers objets et valeurs.
B. Par arrêt du 16 janvier 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté les recours formés par le condamné et son coaccusé Y._ et confirmé le jugement de première instance. En bref, il ressort de cet arrêt les faits essentiels suivants:
B.a Au sein de Y._ SA, Y._ travaillait avec son père dans le commerce de bétail sur pied et de viande. Cette société souffrait d'un manque de liquidités; sa faillite a été ouverte en été 1994. Les représentants de Y._ SA ont alors approché X._, gérant d'une fiduciaire, dans le but de poursuivre leur activité de boucherie dans des conditions assainies. Le 25 novembre 1994, celui-ci a mis à la disposition de Y._ A._, une société inactive, dont la raison sociale a été transformée en B._. X._ était le seul administrateur de la société, avec signature individuelle. Il la dirigeait effectivement et en tenait la comptabilité. Il avait seul le pouvoir de disposition sur les comptes bancaires de la société. Y._ a été nommé directeur sans signature. Il était l'interlocuteur à l'égard des partenaires commerciaux, étant précisé que son rôle se limitait aux ventes et achats de viande. Il participait à l'établissement des décomptes en encaissant parfois des montants au comptant. Les autres paiements parvenaient directement sur les comptes de B._ ouverts auprès de l'UBS et du Crédit Suisse.
Au printemps 1995, B._ a commencé à ne plus payer certains de ses fournisseurs. Le 20 avril 1995, X._ a créé la société C._, à Grône/VS, avec un but exactement similaire à celui de B._, auquel s'ajoutait l'exploitation d'entrepôts frigorifiques. Il en était l'actionnaire et l'administrateur unique. A partir de la fin du mois de mai 1995, il n'a plus fait créditer les paiements de la clientèle de B._ sur le compte de la société ouvert auprès de l'UBS, alors que Y._ continuait à faire commerce avec différents fournisseurs et acheteurs. Il a ainsi vidé B._ de sa substance au profit de C._, en payant par B._ les fournisseurs et en encaissant les montants versés par les clients de cette société sur les comptes de C._, voire d'autres sociétés ou de lui-même. Le solde créancier du compte de B._ auprès de l'UBS est passé de 152'229 fr. 90 au 11 mai 1995 à 381 fr. 85 au 31 août de la même année. La faillite de B._, ouverte à Lausanne, a été prononcée le 11 décembre 1996. Elle s'est soldée par un découvert de 1'184'978 fr.10.
B.b A la fin 1996, X._ a proposé à D._, boucher, d'exploiter un commerce de viande en gros et en détail. Il a constitué une société à l'Ile de Man sous la raison sociale E._, avec succursale à Lausanne. L'accusé en était le seul administrateur avec signature, D._ étant l'ayant droit économique de la société. Abusant de la confiance de celui-ci, il a indûment prélevé 70'500 francs sur le CCP de E._, profitant de sa signature individuelle.
B.c Le 13 septembre 1996, X._ a, par sa fiduciaire, acquis l'entier du capital-actions de F._, de siège à Romanel-sur-Lausanne. Il en est devenu seul administrateur. De 1991 à 1996, la caisse de compensation AVS, à laquelle était affiliée la société, avait prélevé par erreur des cotisations paritaires sur des indemnités journalières, les considérant à tort comme un salaire déterminant. Après avoir porté en compte le trop-perçu au crédit de la société affiliée, elle a laissé à X._ le soin de rétrocéder au travailleur la part salariale des redevances paritaires, ce qu'il n'a pas fait.
B.d X._ a changé la raison sociale de F._ en Fiduciaire G._ dont la faillite, prononcée le 10 février 1998, a été suspendue faute d'actifs le 23 mars suivant. Lors de cette faillite, il a été procédé à un inventaire du matériel entreposé dans le garage. Inventoriés sur la foi des dires de X._, ces biens ne valant pas plus de 15'000 francs ont été vendus de gré à gré sous l'autorité de l'Office des faillites. Ce dernier a toutefois dissimulé l'existence d'un oscillateur Bosch d'une valeur à neuf d'environ 50'000 francs et passé sous silence l'existence d'un compresseur, déplacé par ses soins avant l'établissement de l'inventaire.
B.e Dès 1997, la société H._ a cherché à vendre son magasin d'alimentation "J._", à Leysin. Son administrateur est entré en contact avec X._. Suivant ses conseils, la société I._ a été fondée à Port-Louis (Ile Maurice) avec succursale à Lausanne. X._ en était l'administrateur avec signature individuelle. Le 23 mars 1998, H._ et I._ ont passé convention de vente du magasin "J._" pour le prix de 185'000 francs, dont 125'000 fr. de reprise de marchandises. Le vendeur restait propriétaire du fond de commerce et de tous les biens inventoriés jusqu'à réception de l'intégralité du prix de vente, une réserve de propriété étant inscrite à l'Office des poursuites d'Aigle. En raison d'un litige survenu entre parties, le Président du Tribunal du district d'Aigle a interdit, par décision du 22 juin 1999, à I._, et notamment à X._, de pénétrer dans le magasin et de disposer d'une quelconque manière des biens garnissant ce commerce. Le même jour, pendant la pause de midi, ce dernier s'est introduit dans le commerce en compagnie de quatre comparses. Il a emporté toutes les denrées alimentaires et assimilées qui s'y trouvaient, à l'exception des produits surgelés et frais et s'est fait remettre par une employée le contenu de la caisse, soit environ 1'550 francs.
B.f K._, spécialiste en électronique, dirigeait la société L._, à Genève. Cette société disposait d'un scanner Kodak d'une valeur de 50'000 fr., équipé d'accessoires représentant une plus-value d'environ 20'000 francs. K._ est entré en contact avec X._ courant 1998. A la suite de diverses péripéties, celui-ci est devenu l'administrateur de la société après en avoir changé le nom. La faillite de la société a été ouverte le 12 mars 1999, suspendue faute d'actifs le 17 mai suivant et clôturée le 24 août de la même année. Entendu en qualité d'administrateur à l'Office des faillites, X._ a volontairement omis de mentionner le scanner parmi les actifs sociaux. L'appareil a été retrouvé dans les locaux de M._, société dont il est l'ayant droit économique. Il a été utilisé au profit de cette entreprise.
Le 20 octobre 1998, K._ avait remis à X._ une somme de 13'000 fr. en liquide, contre quittance, aux fins de payer des cotisations salariales arriérées et une partie des salaires. Ces paiements n'ont pas été effectués.
B.g A partir de 1998, X._ n'a plus versé les différentes taxes de domiciliation à l'Ile de Man des sociétés dont il était l'administrateur. Ces sociétés ont été radiées d'office par l'autorité compétente, puis dissoutes. X._ a néanmoins continué à encaisser de ses clients l'acompte mensuel de 250 fr. correspondant à la couverture des taxes fiscales et de domiciliation ainsi que de ses prestations de conseil.
B.h A la fin de l'année 1997, X._ est entré en relation avec N._, actionnaire majoritaire de O._ SA. Cette société faisait alors face à d'importants problèmes de trésorerie. L'accusé lui a proposé de scinder l'entreprise en deux nouvelles sociétés, soit O._ Ltd et Centre de revitalisation P._, toutes deux avec siège à l'Ile de Man et dont il était seul administrateur. Le 5 novembre 1998, il a retiré à N._ tout pouvoir sur le compte bancaire de O._ Ltd et s'est trouvé seul à disposer de l'avoir du compte. Il a prélevé, à son profit, 28'400 fr. le 9 novembre 1998, 11'000 fr. le 18 novembre suivant et 38'000 fr. le 26 novembre de la même année.
B.i Q._ a ouvert une boutique de verrerie à Lausanne. Quelques mois après l'ouverture du magasin, elle a rencontré des difficultés financières et s'est adressée à X._. Celui-ci a créé R._, à Port-Louis (Ile Maurice), en septembre 1998 avec succursale lausannoise. Il en était l'administrateur unique avec signature individuelle. Le 10 mai 1999, S._ lui a remis, pour le compte de R._, un chèque au porteur de 25'000 fr. tiré sur sa banque. Ce dernier a présenté ce chèque à l'encaissement le même jour. Après déduction d'avances et de frais justifiés, il a gardé indûment la différence, soit 13'742 francs.
C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Dénonçant la violation du droit d'être entendu et du principe de l'égalité des armes, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Dans un premier moyen, le recourant dénonce la violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst). Il fait valoir, en substance, qu'il n'a pas pu consulter l'entier du dossier de l'Administration fédérale des douanes, notamment les pièces relatives à la société T._, qui se trouveraient au bureau des douanes, à Zurich. A son avis, ces pièces lui auraient permis d'établir que son coaccusé avait détourné à son profit les valeurs de B._ et qu'il serait donc responsable de la déconfiture de la société.
1.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'accusé de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10). Celui-ci doit pouvoir consulter le dossier pour connaître préalablement les éléments dont dispose l'autorité et jouir ainsi d'une réelle possibilité de faire valoir ses arguments dans une procédure. Pour que cette consultation soit utile, il faut que figure au dossier tout ce qui concerne la cause (<ref-ruling> consid. 4c p. 99). L'autorité n'a pas le droit de choisir certaines pièces à communiquer et d'en soustraire d'autres à la consultation, sous réserve des documents internes qui ne concernent pas l'accusé. Le droit de consulter le dossier ne peut être limité que pour la sauvegarde d'un intérêt public prépondérant, dans l'intérêt d'un particulier, voire même dans celui du requérant lui-même (<ref-ruling> consid. 2b p. 10). En l'absence d'un tel intérêt, la consultation s'étend à l'ensemble du dossier.
En l'espèce, l'Administration fédérale des douanes a livré au Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne vingt-quatre classeurs, qui ont tous été rendus accessibles au recourant. Interrogé à l'audience de jugement, l'inspecteur qui a mené l'enquête administrative à l'encontre du co-accusé a déclaré que le dossier de la douane devait être ainsi considéré comme complet, contenant notamment toutes les pièces comptables nécessaires à l'appréciation du trafic de marchandise (jugement du Tribunal correctionnel p. 50-51). Les déclarations de l'inspecteur des douanes, qui ont été verbalisées et qui font partie intégrante du jugement de première instance, auquel l'arrêt attaqué renvoie, lient la cour de céans (<ref-law>), qui ne peut s'en écarter que si elles sont manifestement inexactes, à savoir entachées d'arbitraire (<ref-law>). Conformément à l'<ref-law>, il appartient au recourant de démontrer, par une argumentation précise, en quoi l'autorité précédente serait tombée dans l'arbitraire. Par son argumentation, le recourant se borne à affirmer que l'inspecteur des douanes aurait déclaré qu'il existerait d'autres classeurs à Zurich. Pour les motifs évoqués ci-dessus, la cour de céans ne peut toutefois pas tenir compte de cette prétendue déclaration non verbalisée. Au vu de l'état de fait cantonal, elle ne peut donc que constater que le recourant a pu consulter le dossier complet des douanes. Le grief du recourant doit être écarté.
1.2 Au demeurant, même si ces pièces devaient exister, encore faudrait-il qu'elles soient pertinentes pour l'issue du litige. En effet, le juge peut renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque la preuve résulte déjà de constatations versées au dossier, et lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3 i.f. et les arrêts cités, p. 157).
En l'espèce, le recourant a été condamné pour banqueroute frauduleuse et fraude dans la saisie pour avoir transféré les biens de B._, alors au bord de la faillite, à lui-même, à C._ ou à d'autres sociétés. Aussi, lorsqu'il expose que la comptabilité de T._ lui permettrait d'établir qu'un montant de 54'406 fr. 35, destiné au paiement de factures de cette société, ne lui était jamais parvenu et que son associé se serait approprié ce montant, il n'explique pas encore de cette manière pourquoi aucun paiement de la clientèle n'a été versé sur le compte de B._, alors que son activité commerciale se poursuivait. Par ailleurs, selon le jugement cantonal, B._ a procédé à différents aménagements qui ont finalement profité à C._; elle a acheté du matériel (véhicules par exemple) qui a également bénéficié à des sociétés tierces (jugement p. 74). Or, la comptabilité de T._ est également sans lien avec ces différentes opérations. Aussi, faut-il en conclure que, même si les pièces réclamées par le recourant existaient, elles n'auraient aucune incidence sur l'issue du jugement. Pour ce motif également, le grief du recourant doit être écarté.
2. Dans un second moyen, le recourant dénonce la violation du principe de l'égalité des armes et de ses droits de défense. Alors que le recourant n'était pas assisté d'un avocat, le conseil du co-accusé serait intervenu aussi en qualité de conseil du plaignant, en plaidoirie et dans le cadre d'une requête incidente d'aggravation de l'accusation dirigée contre lui-même et dictée au procès-verbal.
2.1 Le principe de l'égalité des armes constitue un élément de la notion plus large de procès équitable. Il requiert que chaque partie se voie offrir une possibilité raisonnable de présenter sa cause dans des conditions qui ne la placent pas dans une situation de net désavantage par rapport à son adversaire (parmi d'autres, cf. arrêt de la CourEDH G.B. contre France du 2 octobre 2001, Recueil CourEDH 2001-X p. 1 § 58). Il suppose un équilibre non seulement entre l'accusé et le ministère public soutenant l'accusation, mais aussi entre l'accusé et la partie civile (VELU/ERGEC, La Convention européenne des droits de l'homme, Bruxelles, 1990, p. 411 n° 470). Il est notamment violé si l'accusé s'est vu refuser le droit d'être assisté par un défenseur, alors que le lésé bénéficie de l'assistance d'un avocat et qu'il pouvait s'exprimer sur la question de la culpabilité (arrêt du Tribunal fédéral 1P.14/2004 du 28 février 2005 consid. 3.4 in Pra 2006 n° 2 p. 9; arrêt du Tribunal fédéral 1P.154/2005 du 30 mai 2005 consid. 3.2).
En droit vaudois, le principe de l'égalité des armes est consacré par deux dispositions. D'une part, l'<ref-law>/VD pose l'obligation de pourvoir l'accusé d'un défenseur lorsque le Ministère public intervient. D'autre part, l'<ref-law>/VD interdit au conseil du plaignant et de la partie civile de prendre part aux débats et de plaider lorsque l'accusé n'est pas assisté d'un défenseur. Dans sa jurisprudence constante, la cour cantonale a jugé que la seule présence d'un avocat aux côtés du plaignant, constatée au procès-verbal, suffisait à justifier l'annulation du jugement de condamnation rendu contre un accusé sans défenseur, parce qu'elle crée la présomption d'une intervention susceptible d'influer sur la décision attaquée, que l'avocat ait ou non plaidé et quelle qu'ait pu être la portée effective de son intervention (JT 1993 III 21; JT 1984 III 31; JT 1978 III 126; JT 1966 III 80 ; JdT 1948 III 123). Le recourant ne soutient toutefois pas que la cour cantonale aurait appliqué ces dispositions de manière arbitraire, de sorte que la cour de céans n'examinera pas le grief soulevé sous cet angle, mais uniquement sous celui de la Constitution fédérale et de la Convention européenne des droits de l'homme.
2.2 En l'espèce, le recourant s'est vu désigner un avocat d'office qui s'est présenté à l'audience de jugement (jugement du Tribunal correctionnel p. 2). Au début de l'audience, il a cependant requis de pouvoir se défendre seul. Le tribunal de première instance a fait droit à cette requête, après avoir attiré son attention sur les risques d'une condamnation non négligeable et sur le fait que sa cause exigerait la désignation d'un défenseur d'office (id. p. 4). Le recourant a pris note de ces mises en garde et a ajouté qu'il ne se prévaudrait pas du fait qu'il n'a pas été assisté (id. p. 4).
Lorsqu'il a requis de pouvoir se défendre seul, le recourant savait que son co-accusé était assisté d'un avocat et a donc pris le risque des propos de cet avocat à son encontre afin de disculper son client. En invoquant maintenant son droit à un défenseur et en prenant argument du fait qu'il n'a pas été assisté d'un avocat pour obtenir l'annulation de l'arrêt cantonal, il détourne l'institution de la défense obligatoire de son but, qui est de garantir à l'accusé un procès équitable et non de lui ouvrir la possibilité de manoeuvres dilatoires. Le comportement du recourant qui est parfaitement contradictoire apparaît constitutif d'un abus manifeste des droits de la défense (cf. dans le même sens arrêt D. du 24 février 2000, 6P.113/1999 publié in RVJ 2000, p. 288). En requérant de se défendre seul alors qu'un défenseur d'office s'était présenté à ses côtés à l'audience de jugement, le recourant a fait, en toute connaissance de cause, un choix. Au demeurant, le tribunal de première instance n'a pas donné suite à la requête incidente d'aggravation de l'accusation formée par l'avocat du co-accusé si bien que le principe de l'égalité des armes n'est en toute hypothèse pas violé. Le grief soulevé doit être rejeté.
3. Ainsi, le recours doit être rejeté.
Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF), réduits à 1600 fr., compte tenu de sa situation financière actuelle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 7 août 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin