Sachverhalt:
A. A.a Für fällige Hypothekarforderungen von rund Fr. 1,6 Mio. per 30. Juni 2008 nebst Zinsen leitete die Bank W._ AG gegen X._ die Grundpfandbetreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes B._ auf Verwertung der Liegenschaft A._ ein. Das Zwangsvollstreckungsverfahren zog sich infolge zahlreicher Beschwerden und Interventionen der Schuldnerin sowie Neuschätzungsverfahren dahin. Schliesslich wurde auf der Grundlage des am 19. April 2011 mitgeteilten Lastenverzeichnisses und der am 20. bzw. 27. April 2011 erstellten Steigerungsbedingungen per 16. Juni 2011 die Steigerung angesetzt. Vorgängig fand am 14. Juni 2011 die Besichtigung der Liegenschaft statt. Am Steigerungstermin wurde die Liegenschaft für Fr. 1,48 Mio. an Y._ und Z._ zugeschlagen.
Gegen das Lastenverzeichnis und die Steigerungsbedingungen, die Liegenschaftsbesichtigung sowie den Steigerungszuschlag erhob die Schuldnerin Beschwerden, die allesamt erfolglos blieben (Urteile 5A_402/2012, 5A_403/2012 und 5A_404/2012 vom 14. August 2012).
A.b Bereits am 11. August 2011 waren Y._ und Z._ (Kläger) mit einer als Klage bezeichneten Eingabe an das Bezirksgericht Brugg gelangt. Sie verlangten, X._ und ihre Hausgenossen unter Strafandrohung bei Nichtbefolgung und unter Androhung des polizeilichen Vollzugs im Unterlassungsfall zu verpflichten, die Liegenschaft A._ per sofort zu räumen und in ordnungsgemässem Zustand zu verlassen (Ziff. 1 des Rechtsbegehrens). Diese Anordnung gemäss Ziff. 1 sei im Sinne von <ref-law>, insbesondere <ref-law>, vorsorglich sofort zu verfügen (Ziff. 2 des Rechtsbegehrens).
Das Bezirksgericht Brugg wies die Klage am 3. Oktober 2011 derzeit ab. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- wurden den Klägern auferlegt und sie wurden verpflichtet, X._ eine Parteientschädigung von Fr. 150.-- zu bezahlen.
B. Die Kläger erhoben gegen diesen Entscheid am 27. Oktober 2011 Berufung an das Obergericht des Kantons Aargau. Sie verlangten die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Räumung der fraglichen Liegenschaft durch X._ und ihre Hausgenossen gemäss Ziff. 1 ihres Klagebegehrens. Den Antrag gemäss Ziff. 2 wiederholten sie nicht.
Ende 2011 zog X._ aus der fraglichen Liegenschaft aus und überliess in der Folge die Schlüssel zur Liegenschaft dem Betreibungsamt.
Mit Verfügung vom 11. Juni 2012 schrieb der Instruktionsrichter die Klage und die Berufung als gegenstandslos ab. Die erstinstanzlichen Gerichtskosten von Fr. 500. -- und die obergerichtlichen Kosten von Fr. 200.-- wurden X._ auferlegt. Zudem wurde X._ verurteilt, den Klägern eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- für das erstinstanzliche und von Fr. 1'000.-- für das obergerichtliche Verfahren zu bezahlen.
C. Gegen diese Verfügung hat X._ (Beschwerdeführerin) am 20. Juli 2012 subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben. Sie beantragt die Aufhebung der vorinstanzlichen Prozesskostenregelung und verlangt, Gerichts- und Parteikosten für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren Y._ und Z._ (Beschwerdegegner) aufzuerlegen.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 331 mit Hinweisen).
1.1 Die angefochtene Verfügung betrifft die Ausweisung der vormaligen Eigentümerin eines Grundstücks durch die Ersteigerer und damit eine Zivilsache (<ref-law>). Die Ausweisung aus einer Liegenschaft stellt eine vermögensrechtliche Angelegenheit dar. Die Beschwerdeführerin hat ihre Eingabe ausdrücklich nicht als Beschwerde in Zivilsachen, sondern als subsidiäre Verfassungsbeschwerde bezeichnet und sie erhebt auch nur Verfassungsrügen. Die Qualifikation als Verfassungsbeschwerde begründet sie damit, dass die Beschwerde einzig die Prozesskosten zum Gegenstand habe und der Streitwert somit weniger als Fr. 15'000.-- betrage. Mit Letzterem bezieht sie sich insofern auf die Rechtsmittelbelehrung des Obergerichts, als dort der Streitwert des kantonalen Verfahrens mit mehr als Fr. 15'000.-- beziffert wird. Das Obergericht ist damit implizit von einer mietrechtlichen Streitigkeit ausgegangen (<ref-law>).
Weder diese Qualifikation durch das Obergericht noch die Streitwertbestimmung durch die Beschwerdeführerin treffen zu. Die Streitigkeit ist nicht mietrechtlicher Natur. Keine der Parteien hat behauptet, dass zwischen ihnen ein Mietverhältnis vorgelegen habe. Vielmehr haben die Beschwerdegegner ihren Anspruch in der Eingabe vom 10. August 2011 einzig auf sachenrechtliche Gründe (Besitz und Eigentum) gestützt und die Beschwerdeführerin hat in ihrer Stellungnahme vom 29. August 2011 darauf hingewiesen, dass es sich entgegen der Klassifizierung durch das Bezirksgericht Brugg nicht um eine Mietsache handle. In sachenrechtlichen Angelegenheiten beträgt der erforderliche Streitwert Fr. 30'000.-- (<ref-law>). Ob dieser erreicht ist, lässt sich dem vorinstanzlichen Urteil nicht entnehmen. Der Beschwerdeführerin ist aus der falschen Rechtsmittelbelehrung allerdings kein Nachteil erwachsen (<ref-law>), da sie gar nicht auf die obergerichtliche Angabe abgestellt, sondern den Streitwert anhand der vor Bundesgericht einzig umstrittenen Prozesskosten des kantonalen Verfahrens bestimmt hat. Ihre Streitwertberechnung trifft jedoch nicht zu. Vielmehr ist auf die vor Obergericht strittigen Begehren abzustellen und vor Obergericht war ursprünglich die Ausweisung als solche strittig (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 48). Dies gilt im vorliegenden Fall unabhängig davon, ob der angefochtene Entscheid als Zwischen- oder Endentscheid zu qualifizieren ist (dazu sogleich E. 1.2). Da die vorinstanzlichen Begehren nicht auf Geldzahlung lauten, legt das Bundesgericht den Streitwert nach Ermessen fest (<ref-law>). Das vorliegende Verfahren ist vergleichbar mit der Exmission nach abgelaufenem Mietverhältnis (vgl. Urteil 5A_295/2010 vom 30. Juli 2010 E. 1.2 zur Vollstreckung der Zuteilung einer ehelichen Wohnung). Diesbezüglich stellt das Bundesgericht auf den durch die Verzögerung mutmasslich entstehenden Schaden (Urteil 4A_107/2007 vom 22. Juni 2007 E. 2.3, nicht publ. in: <ref-ruling>) bzw. auf den in der betreffenden Zeit hypothetisch anfallenden Mietwert (Urteil 4A_72/2007 vom 22. August 2007 E. 2.2) ab. Angesichts dessen, dass die Beschwerdegegner die Liegenschaft als Villa bezeichnen und der - vor der Gegenstandslosigkeit - unbestimmten Dauer, während welcher ihnen die Nutzung entgeht bzw. während der die Beschwerdeführerin die Liegenschaft weiterhin nutzen konnte, ist der Streitwert ermessensweise auf über Fr. 30'000.-- festzusetzen. Die Beschwerde in Zivilsachen ist demnach zulässig. Die falsche Bezeichnung der Eingabe schadet nicht und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist als Beschwerde in Zivilsachen entgegenzunehmen.
1.2 Verfahrensgegenstand ist gemäss vorinstanzlichem Rubrum eine vorsorgliche Massnahme. Vorsorgliche Massnahmen gemäss <ref-law> sind einstweilige Verfügungen, die eine rechtliche Frage solange regeln, bis über sie in einem späteren Hauptentscheid definitiv entschieden wird. Zur Abgrenzung zum Endentscheid im materiellen Sinn ist nicht massgebend, in welchem Verfahren der Entscheid ergangen ist, sondern, ob er eine Rechtsfrage endgültig, aufgrund einer vollständigen tatsächlichen und rechtlichen Beurteilung mit Wirkung materieller Rechtskraft regelt, ohne den Entscheid in einem Hauptverfahren vorzubehalten, oder ob dies nicht der Fall ist (<ref-ruling> E. 5.1 S. 396; 589 E. 1 S. 590; <ref-ruling> E. 1.1 S. 431). Da die Beschwerdeführerin ohnehin nur Verfassungsrügen erhebt, kann die Frage nach der Qualifikation gemäss BGG ebenso offenbleiben wie die Frage, ob die Behandlung der beschwerdegegnerischen Eingabe vom 10. August 2011 einzig als vorsorgliche Massnahme zutreffend war, was angesichts ihrer Anträge (oben lit. A.b und lit. B) fraglich sein könnte. Handelt es sich um eine vorsorgliche Massnahme, so stellt sich die weitere Frage, ob es sich um einen End- oder Zwischenentscheid handelt. Massnahmenentscheide gelten als Endentscheide (<ref-law>), wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmenentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, Bestand haben, sind Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 79). Auch diese Frage braucht nicht geklärt zu werden. Betrachtet man entsprechende Entscheide als Zwischenentscheide, so könnten sie jedenfalls einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Das Obergericht hat erwogen, gemäss <ref-law> habe der Richter die Kosten des Verfahrens im Falle der Gegenstandslosigkeit nach Ermessen zu verteilen. Von Bedeutung sei dabei, wer oder was Anlass zur Klage gegeben habe, bei wem die Gründe eingetreten seien, dass das Verfahren gegenstandslos geworden sei, und wer mutmasslich unterlegen wäre.
Anlass zur Klage habe der Verbleib der Beschwerdeführerin in der zwangsversteigerten Liegenschaft gegeben. Zwar sei über den Steigerungszuschlag im Zeitpunkt der Abschreibungsverfügung noch nicht rechtskräftig entschieden. Allerdings erscheine das Verhalten der Beschwerdeführerin, die sich unter anderem mit Beschwerden gegen die Steigerungsbedingungen, das Lastenverzeichnis und die Besichtigung der Liegenschaft gewehrt habe, als nahezu querulatorisch, so dass sich aufgrund ihres mutmasslichen Unterliegens rechtfertige, ihr die Kosten des Verfahrens aufzuerlegen.
2.2 Die Beschwerdeführerin erachtet diesen Entscheid als willkürlich und wirft der Vorinstanz Ermessensmissbrauch vor. Die Frage nach dem mutmasslichen Unterliegen sei einzig anhand des Ausweisungsverfahrens zu beurteilen. Die gegen den Zuschlag geführten Beschwerden seien nicht Gegenstand des Ausweisungsverfahrens. Das Ausweisungsverfahren selber sei von den Beschwerdegegnern zur Unzeit angehoben worden und das Bezirksgericht habe das Ausweisungsbegehren denn auch zur Zeit abgewiesen. Selbst eine allfällige spätere rechtskräftige Abweisung ihrer Beschwerde gegen den Zuschlag hätte nichts daran geändert, dass die Beschwerdegegner die Ausweisung zu früh verlangt hätten.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> kann das Gericht von den üblichen Grundsätzen zur Verteilung der Prozesskosten abweichen und sie nach Ermessen verteilen, wenn das Verfahren als gegenstandslos abgeschrieben wird und das Gesetz nichts anderes vorsieht. Dass das Gesetz im vorliegenden Fall dem Gericht kein Ermessen einräumen würde, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend.
Wie gesagt, ist der vorinstanzliche Entscheid einzig unter Willkürgesichtspunkten (<ref-law>) zu prüfen. Willkür in der Rechtsanwendung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen). Da ein Ermessensentscheid in Frage steht, würde sich das Bundesgericht im Übrigen selbst bei einer freien Prüfung Zurückhaltung auferlegen und nur einschreiten, wenn der Ermessensentscheid Willkür gleichkommt (<ref-ruling> E. 1 S. 99).
3.2 Die Vorinstanz hat bewährte Methoden aufgezählt, nach denen die Prozesskosten bei Gegenstandslosigkeit des Verfahrens verteilt werden können (oben E. 2.1; vgl. auch Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], BBl 2006 Ziff. 5.8.2 zu Art. 105 des Entwurfs, S. 7297). Das Gesetz selber äussert sich nicht zu den in Frage kommenden Methoden. Es gebietet daher weder, dass ausschliesslich bestimmte Methoden zu befolgen seien, noch sieht es eine Rangfolge unter ihnen vor. Es ist deshalb nicht von vornherein ausgeschlossen, weitere Kriterien wie das prozessuale Verhalten einer Partei zu berücksichtigen. Bedenken erweckt jedoch, wenn für die angebliche Querulanz einer Partei ausschliesslich auf andere Verfahren abgestellt wird, als auf dasjenige, welches als gegenstandslos abzuschreiben ist. Dies läuft darauf hinaus, eine Partei für ein Verhalten zu sanktionieren, das sie gar nicht im zu beurteilenden Verfahren, sondern in einem anderen an den Tag gelegt hat. Wenn das vorinstanzliche Urteil dennoch nicht als willkürlich aufzuheben ist, so sind dafür folgende Gründe massgebend: Zum einen hat die Beschwerdeführerin die Gegenstandslosigkeit durch ihren Auszug verursacht. Es ist anerkannt, dass auf die Verursachung der Gegenstandslosigkeit abgestellt werden kann, um die Kosten des abzuschreibenden Verfahrens zu verteilen. Zum anderen ist die Vorinstanz davon ausgegangen, die Beschwerdeführerin werde mutmasslich unterliegen. Soweit sie dies auf das als gegenstandslos abzuschreibende Verfahren bezogen hat, steht offenbar die Überlegung dahinter, die Beschwerdeführerin werde mit ihren Beschwerdeverfahren im Zusammenhang mit dem Zuschlag scheitern und diese Tatsache könne im vorliegenden Berufungsverfahren, wenn es dannzumal noch hängig und die Berufung materiell zu entscheiden wäre, noch berücksichtigt werden (vgl. <ref-law>). Eine solche Prognose über den Ausgang anderer Verfahren, die mit dem vorliegend zu beurteilenden zusammenhängen, erscheint nicht als unhaltbar, zumal das Obergericht zuvor mit allen diesen Beschwerdeverfahren befasst gewesen war und nur noch der bundesgerichtliche Entscheid ausstand. Die Beschwerde ist mithin abzuweisen.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird als Beschwerde in Zivilsachen entgegengenommen.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 600.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Zingg