Faits:
Faits:
A. Par arrêt du 20 février 2006, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral, à Bellinzone, a reconnu X._ coupable de corruptions passives répétées (<ref-law>), d'acceptation d'un avantage (art. 316 aCP et 322sexies CP), de gestion déloyale répétée des intérêts publics (<ref-law>) et d'instigation à faux dans les titres (<ref-law>). Elle l'a condamné à une amende de 10'000 francs et à une peine de deux ans de réclusion, sous imputation de la détention préventive, le canton de Vaud étant chargé d'exécuter cette peine. Elle a en outre ordonné une créance compensatrice de 156'400 francs en faveur de la Confédération et maintenu, en garantie du paiement de la créance compensatrice, les séquestres frappant le compte dépôt N. K.317.20.46 "Bouzou 910282" auprès de la Banque cantonale vaudoise et l'immeuble sis sur la commune de Sovilier (BE), parcelle numéro 399, plan numéro 711, au nom de X._.
La condamnation pour corruptions passives répétées de X._ repose sur les faits suivants:
Monteur en chauffage, X._, né en 1945, a été engagé en 1977 comme employé technique par l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après Ecole polytechnique) et placé, en 1985, à la tête du secteur chauffage, ventilation, sanitaires, avec pour mission d'assurer les travaux d'entretien et d'exploitation de ce secteur. L'instruction n'a pas permis d'établir avec certitude les pouvoirs décisionnels qui lui avaient été formellement attribués au fil des ans. Selon un témoin, il était autorisé à adjuger seul des travaux d'une valeur égale ou inférieure à 10'000 francs. D'après un autre témoin, son autonomie était limitée à 6'000 francs. Selon un troisième, il n'avait pas toute liberté pour adjuger des travaux d'une valeur importante, mais il avait en revanche toute latitude pour choisir les entreprises qui étaient appelées à soumissionner. Au delà de ces imprécisions, il est établi qu'assez rapidement, ses qualités professionnelles et techniques aidant, X._ a acquis une grande confiance de la part de ses supérieurs et a exercé sur eux une influence déterminante dans le choix des entreprises appelées à effectuer des travaux pour l'Ecole polytechnique, même pour des montants supérieurs à 10'000 francs.
Dès 1985, X._ a décidé de profiter de ses fonctions pour favoriser des entreprises appartenant à des proches et pour obtenir d'elles, en contrepartie, des avantages financiers sous la forme de prestations en espèces (commissions) ou en nature (matériaux, appareils, main d'oeuvre). Il a ainsi érigé ses pratiques en véritable système, au point que, dans les milieux intéressés, il était devenu notoire que, pour obtenir des travaux dans son secteur, "il fallait passer à la caisse", c'est-à-dire lui fournir des prestations. A la faveur d'un tel comportement, X._ s'est procuré, de 1985 à 2002, des avantages dont il a estimé lui-même, lors de l'enquête de police, le total à 270'000 francs.
Dès 1985, X._ a décidé de profiter de ses fonctions pour favoriser des entreprises appartenant à des proches et pour obtenir d'elles, en contrepartie, des avantages financiers sous la forme de prestations en espèces (commissions) ou en nature (matériaux, appareils, main d'oeuvre). Il a ainsi érigé ses pratiques en véritable système, au point que, dans les milieux intéressés, il était devenu notoire que, pour obtenir des travaux dans son secteur, "il fallait passer à la caisse", c'est-à-dire lui fournir des prestations. A la faveur d'un tel comportement, X._ s'est procuré, de 1985 à 2002, des avantages dont il a estimé lui-même, lors de l'enquête de police, le total à 270'000 francs.
B. Contre cet arrêt fédéral, X._ dépose un pourvoi en nullité devant le Tribunal fédéral. Il conteste, avant tout, sa condamnation pour corruptions passives répétées selon les <ref-law> et 315 al. 2 aCP. Il s'en prend également à la mesure de la peine, à la créance compensatrice et au séquestre frappant l'immeuble sis à Sovilier. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 La Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral, à Bellinzone, est le tribunal pénal de première instance dans les causes soumises à la juridiction fédérale (art. 191a al. 1 Cst.; art. 1 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 2002 sur le Tribunal pénal fédéral, LTPF; RS 173.71). Ses jugements peuvent faire l'objet d'un pourvoi en nullité à la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral (art. 1 al. 2 et art. 33 al. 3 let. b LTPF). Les art. 268 ss PPF sont applicables par analogie, à l'exception de l'art. 269 al. 2 PPF (art. 33 al. 3 let. b LTPF).
1.2 Dans un pourvoi en nullité dirigé contre une décision cantonale, l'art. 269 al. 2 PPF réserve le recours de droit public pour violation de droits constitutionnels, ce qui signifie que les griefs d'ordre constitutionnel sont irrecevables. L'art. 33 al. 3 let. b LTPF prévoit toutefois que cette disposition ne s'applique pas au pourvoi contre un jugement rendu par la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral, de sorte que les griefs d'ordre constitutionnel sont dans ce cas recevables. Le législateur a de la sorte anticipé sur le futur recours unifié (cf. art. 95 de la loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005; FF 2005 3829; message, FF 2001 4132). En conséquence, le recourant est habilité à se plaindre de la violation de droits constitutionnels dans le présent pourvoi en nullité.
Cette possibilité ouverte au recourant ne fait pas de la Cour de cassation un juge d'appel qui revoit les questions de fait. En effet, la Cour de cassation reste liée par les constatations de fait de l'autorité précédente (art. 277bis al. 1 phr. 2 PPF), et les griefs contre les constatations de fait sont irrecevables dans un pourvoi en nullité (art. 273 al. 1 let. b PPF). La Cour de cassation n'examine donc que la violation de la garantie constitutionnelle de l'interdiction de l'arbitraire. Dans ce cadre, elle n'entre en matière que sur les griefs expressément soulevés et suffisamment motivés. Comme dans un recours de droit public, le recourant doit donc non seulement indiquer les droits constitutionnels qui seraient, selon lui, violés, mais aussi démontrer par le détail en quoi consiste cette violation; des argumentations purement appellatoires ne sont pas recevables (<ref-ruling> consid. 3c p. 43, 125 I 492 consid. 1b p. 495).
Cette possibilité ouverte au recourant ne fait pas de la Cour de cassation un juge d'appel qui revoit les questions de fait. En effet, la Cour de cassation reste liée par les constatations de fait de l'autorité précédente (art. 277bis al. 1 phr. 2 PPF), et les griefs contre les constatations de fait sont irrecevables dans un pourvoi en nullité (art. 273 al. 1 let. b PPF). La Cour de cassation n'examine donc que la violation de la garantie constitutionnelle de l'interdiction de l'arbitraire. Dans ce cadre, elle n'entre en matière que sur les griefs expressément soulevés et suffisamment motivés. Comme dans un recours de droit public, le recourant doit donc non seulement indiquer les droits constitutionnels qui seraient, selon lui, violés, mais aussi démontrer par le détail en quoi consiste cette violation; des argumentations purement appellatoires ne sont pas recevables (<ref-ruling> consid. 3c p. 43, 125 I 492 consid. 1b p. 495).
2. Le recourant se plaint de la violation des art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH (présomption d'innocence).
2.1 La présomption d'innocence et le principe "in dubio pro reo", qui en est le corollaire, sont des garanties de rang constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2b p. 35/36 et 2e p. 38). Celles-ci concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2c p. 36). En tant que règles sur le fardeau de la preuve, ces principes signifient, au stade du jugement, que le fardeau de la preuve incombe à l'accusation et que le doute doit profiter à l'accusé. Comme règles sur l'appréciation des preuves, ils sont violés lorsque le juge, qui s'est déclaré convaincu, aurait dû éprouver des doutes quant à la culpabilité de l'accusé au vu des éléments de preuve qui lui étaient soumis (<ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 2c p. 37). La Cour de cassation examine librement si ces principes ont été violés en tant que règles sur le fardeau de la preuve, mais elle n'examine que sous l'angle de l'arbitraire la question de savoir si le juge aurait dû éprouver un doute, c'est-à-dire celle de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 2e p. 38).
En l'espèce, il n'apparaît pas que le premier juge aurait renversé le fardeau de la preuve, ni qu'il aurait éprouvé un doute qu'il aurait interprété en défaveur de l'accusé. La seule question est donc de savoir si le premier juge aurait dû éprouver un doute, question qui relève de l'appréciation des preuves et ne peut être examinée que sous l'angle de l'arbitraire, de sorte que ce grief se confond avec celui d'appréciation arbitraire des preuves.
2.2 Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2 p. 61; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9, 173 consid. 3.1 p. 178). A cet égard, il ne suffit pas non plus qu'une solution différente de celle retenue par l'autorité de dernière instance apparaisse également concevable ou même préférable (<ref-ruling> consid. 5 p. 280; <ref-ruling> consid. 2b p. 56, 60 consid. 5a p. 70).
Lorsque le recourant - comme c'est le cas en l'espèce - s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est entachée d'arbitraire que si le juge ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'il se trompe manifestement sur le sens et la portée d'un tel élément, ou encore lorsqu'il tire des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 4a p. 211).
2.3 Le recourant reproche au premier juge d'avoir retenu que "pour travailler à l'Ecole polytechnique, il fallait passer à la caisse". Cette affirmation irait à l'encontre des pièces du dossier et des déclarations des parties. Ainsi, une dizaine d'entrepreneurs auraient travaillé de manière régulière sur le site de l'Ecole polytechnique, dont A._ et B._. En outre, l'octroi d'avantages au recourant n'aurait pas été une garantie d'obtention des travaux. Le recourant soutient enfin que, depuis 1991, il était souvent absent pour cause de maladie et que, dès 1994, il n'était plus employé qu'à temps partiel, de sorte qu'il ne pouvait exercer cette fonction de "deus ex machina" qui lui a été prêtée.
A._ et B._ ont certes témoigné, lors de l'audience de jugement, avoir travaillé pour l'Ecole polytechnique sans avoir versé de commissions. Si C._ a déclaré avoir reçu des mandats sans payer des commissions, il a aussi avoué avoir versé des pots-de-vin pour ne pas perdre des mandats ultérieurs. Il a précisé que s'il a accepté d'entrer dans le système, c'était parce qu'il s'agissait de la condition incontournable pour travailler à l'Ecole polytechnique (71 04 005). D._ a déclaré que, "dans le milieu, tout le monde savait que pour travailler à l'Ecole polytechnique, il fallait verser des pots-de-vin" (71 04 009). Enfin, Y._ a témoigné qu'il savait "à l'avance qu'en général il fallait payer des commissions pour travailler pour X._" (71 04 013).
Au vu de ces déclarations faites à l'audience de jugement et du nombre d'entrepreneurs impliqués, le premier juge n'est pas tombé dans l'arbitraire en retenant que le recourant avait érigé ses pratiques en véritable système, au point que, dans les milieux intéressés, il était devenu notoire que, pour obtenir des travaux dans le secteur dépendant du recourant, il fallait passer à la caisse, c'est-à-dire fournir des prestations à ce dernier. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, il ressort clairement des différents témoignages que les entrepreneurs ont agi de la sorte par crainte de ne plus avoir de travaux au sein de l'Ecole polytechnique (cf. notamment C._). Le fait que deux entrepreneurs ne sont pas entrés dans le système et que certains ont parfois refusé de verser une commission pour des travaux ne signifie pas encore que la constatation du premier juge est arbitraire.
S'agissant du grief relatif à la maladie, l'arrêt attaqué retient - ce qui n'est pas contesté - que le recourant a conservé sa fonction de chef du secteur chauffage, ventilation, sanitaires jusqu'en 1999 et qu'ultérieurement, après la suppression de son service au profit d'un nouveau service d'exploitation, il a conservé la responsabilité de certains chantiers importants. Dans ces circonstances, la constatation du premier juge, selon laquelle le recourant a continué à exiger des commissions des entrepreneurs à qui il confiait des travaux après son infarctus en 1991 et sa réduction de travail en 1994, n'est pas arbitraire.
2.4 En relation avec le montant de la créance compensatrice, le recourant soutient que le premier juge a violé la présomption d'innocence en retenant que F._ avait versé 110'000 francs au recourant de 1993 à 1999, alors que le Ministère public de la Confédération a mentionné, dans son acte d'accusation (p. 7), un montant entre 90'000 et 145'000 francs pour les années 1992 à 1999.
Le premier juge a retenu que le recourant avait reçu 140'000 francs de 1992 à 1999, sur la base des déclarations de F._. Il a ensuite évalué le montant des commissions annuelles à 17'000 francs et fixé à 110'000 francs le total des commissions reçues de juin 1993 à 1999. Ni le montant de départ, situé dans la fourchette du Ministère public de la Confédération, ni le calcul opéré par le premier juge ne sont arbitraires.
Le premier juge a retenu que le recourant avait reçu 140'000 francs de 1992 à 1999, sur la base des déclarations de F._. Il a ensuite évalué le montant des commissions annuelles à 17'000 francs et fixé à 110'000 francs le total des commissions reçues de juin 1993 à 1999. Ni le montant de départ, situé dans la fourchette du Ministère public de la Confédération, ni le calcul opéré par le premier juge ne sont arbitraires.
3. 3.1 Le recourant a été condamné pour corruption passive. Les faits reprochés au recourant se sont étalés sur une période allant de 1985 à 2002. Les dispositions du code pénal réprimant la corruption ont été entièrement revues par la loi fédérale du 22 décembre 1999, entrée en vigueur le 1er mai 2000. Conformément au principe de la non rétroactivité de la loi pénale, les actes commis avant le 1er mai 2000 doivent donc être jugés selon l'ancien droit (<ref-law>), à moins que la nouvelle loi ne soit plus favorable à l'accusé (<ref-law>). En l'occurrence, le premier juge a considéré que le recourant, qui avait favorisé les entrepreneurs lui ayant versé des pots-de-vin, avait effectivement violé ses devoirs de sa charge et tombait en conséquence sous le coup de l'art. 315 al. 2 aCP (corruption qualifiée). Comme la peine prévue par cette dernière disposition était la réclusion pour cinq ans au plus ou l'emprisonnement pour un mois au moins, le nouvel <ref-law>, qui ne prévoyait pas un minimum d'un mois d'emprisonnement, était plus favorable. Le premier juge a donc appliqué l'<ref-law> à tous les actes reprochés au recourant postérieurs au 16 mai 1993 (cf. consid. 3.3).
Le recourant soutient que les actes commis avant le 1er mai 2000, date de l'entrée en vigueur du nouveau droit, ne tombent pas sous le coup de l'art. 315 aCP, mais de l'art. 316 aCP (acceptation d'un avantage). Premièrement, il n'aurait pas violé les devoirs de sa charge, dans la mesure où il ne serait pas établi qu'il aurait favorisé l'une ou l'autre entreprise dans le cadre de son pouvoir d'adjudication autonome. En second lieu, les commissions auraient toujours été versées postérieurement à l'adjudication des travaux. Faute de violation des devoirs de la charge et en l'absence d'antériorité dans les versements, seul le délit d'acceptation d'avantages selon l'art. 316 aCP pourrait entrer en considération. Or, en application des nouvelles normes sur la prescription, entrées en vigueur le 1er octobre 2002, le délai de prescription serait de sept ans (pour les infractions passibles de l'emprisonnement ou de l'amende) et la prescription serait échue au jour du jugement de première instance, de sorte que toutes les acceptations d'avantages antérieures au 20 février 1999 seraient prescrites.
Le recourant soutient que les actes commis avant le 1er mai 2000, date de l'entrée en vigueur du nouveau droit, ne tombent pas sous le coup de l'art. 315 aCP, mais de l'art. 316 aCP (acceptation d'un avantage). Premièrement, il n'aurait pas violé les devoirs de sa charge, dans la mesure où il ne serait pas établi qu'il aurait favorisé l'une ou l'autre entreprise dans le cadre de son pouvoir d'adjudication autonome. En second lieu, les commissions auraient toujours été versées postérieurement à l'adjudication des travaux. Faute de violation des devoirs de la charge et en l'absence d'antériorité dans les versements, seul le délit d'acceptation d'avantages selon l'art. 316 aCP pourrait entrer en considération. Or, en application des nouvelles normes sur la prescription, entrées en vigueur le 1er octobre 2002, le délai de prescription serait de sept ans (pour les infractions passibles de l'emprisonnement ou de l'amende) et la prescription serait échue au jour du jugement de première instance, de sorte que toutes les acceptations d'avantages antérieures au 20 février 1999 seraient prescrites.
3.2 3.2.1 L'art. 315 ch. 1 aCP punit de la réclusion pour trois ans au plus ou de l'emprisonnement les fonctionnaires qui, pour faire un acte impliquant une violation des devoirs de leur charge, auront d'avance sollicité, accepté ou se seront fait promettre un don ou quelque autre avantage auquel ils n'avaient pas droit. Le chiffre 1 de l'art. 315 aCP suppose que le fonctionnaire soit disposé à accomplir un acte impliquant une violation des devoirs de sa charge, alors que, dans le cas qualifié du chiffre 2 - retenu par le premier juge -, le fonctionnaire doit avoir accompli un tel acte; dans ce dernier cas, la peine est la réclusion pour cinq ans au plus ou l'emprisonnement pour un mois au moins.
3.2.2 Agit contrairement aux devoirs de sa charge au sens de cette disposition le fonctionnaire qui agit contrairement à la loi, mais aussi celui qui excède son pouvoir d'appréciation ou qui en abuse. Alors que la notion d'excès a trait à l'existence d'un pouvoir d'appréciation, la notion d'abus concerne l'exercice d'un tel pouvoir; dans ce dernier cas, l'autorité reste dans le cadre de ses pouvoirs, mais se fonde sur des critères non pertinents ou viole le principe d'égalité de traitement (Moor, Droit administratif, volume I: Les fondements généraux, 2e éd., Berne 1994, p. 376; Marco Balmelli, Die Bestechungstatbestände des schweizerischen Strafgesetzbuches, thèse bâloise, 1996, p. 189 ss; Rolf Kaiser, Die Bestechung von Beamten unter Berücksichtigung des Vorentwurfs zur Revison des schweizerischen Korruptionsstrafrechts, thèse zurichoise, 1999, p. 222 ss; Pieth, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, art. 322ter, n. 40).
La doctrine n'est pas unanime sur la question de savoir à partir de quand une décision, qui entre dans le pouvoir d'appréciation du fonctionnaire et qui est en soi défendable, est contraire aux devoirs découlant de la charge du fonctionnaire. Selon certains auteurs, un acte est déjà contraire aux devoirs lorsque le fonctionnaire accepte ou se fait promettre un avantage; dans ce cas, le fonctionnaire corrompu n'est plus impartial, et l'instance de décision est mal constituée (Mark Pieth, Die Bestechung schweizerischer und ausländischer Beamter, in: Festschrift für Jörg Rehberg, Zurich 1996, p. 233 ss, p. 242; le même, Basler Kommentar, art. 322ter, n. 40). Pour d'autres auteurs, l'acte est contraire aux devoirs seulement si le fonctionnaire se laisse effectivement influencer par la promesse d'un avantage et applique dès lors un critère objectivement non pertinent. D'après cette conception, l'apparence de partialité résultant de la promesse ou de l'acception d'un avantage ne rend pas en soi la décision d'appréciation du fonctionnaire contraire aux devoirs. Ces auteurs ajoutent que, si l'on fondait la violation des devoirs incombant au fonctionnaire sur le seul fait qu'il a reçu un avantage, on priverait l'art. 316 aCP de tout champ d'application (Marco Balmelli, op. cit., p. 196 ss; Rolf Kaiser, op. cit., p. 230 ss; Ursula Cassani, Le droit pénal suisse face à la corruption de fonctionnaires, Plaidoyer 1997, p. 44 ss, p. 46).
Dans un arrêt du 20 mai 2000, le Tribunal fédéral a considéré que se rendait coupable de corruption active celui qui accordait un avantage financier à un fonctionnaire dans le dessein de le convaincre d'exécuter ses devoirs de façon partiale (<ref-ruling> consid. 2c p. 146). Dans un arrêt du 19 décembre 2000, non publié, le Tribunal fédéral a précisé que celui qui accordait un avantage à un fonctionnaire, en connaissance de son pouvoir d'appréciation, dans une situation de concurrence, où il existait des possibilités de gains importants, ne pouvait qu'agir dans le dessein et l'attente que le fonctionnaire le favorise dans le cadre de son pouvoir d'appréciation et désavantage ainsi les concurrents sans raison objective (6S.413/1999, consid. 1c).
Le nouvel <ref-law> mentionne expressément à côté des actes contraires aux devoirs les actes dépendant du pouvoir d'appréciation. Selon le nouveau droit, les actes discrétionnaires accomplis contre la promesse d'un avantage doivent être traités de la même façon que les infractions aux normes juridiques claires (message du 19 avril 1999 concernant la modification du code pénal suisse et du code pénal militaire (révision des dispositions pénales applicables à la corruption) et à l'adhésion de la Suisse à la Convention sur la lutte contre la corruption d'agents publics étrangers dans les transactions commerciales internationales, FF 1999 p. 5045, spéc. p. 5080).
3.2.3 Conformément à la jurisprudence précitée et suivant l'avis de Balmelli et Kaiser, il faut admettre que l'infraction de corruption passive selon l'ancien droit est réalisée lorsque, dans l'exercice d'un pouvoir discrétionnaire, un fonctionnaire favorise, sans raison objective, le fournisseur d'avantages indus. Il n'est certes pas toujours facile de prouver que le fonctionnaire s'est laissé influencer par l'octroi d'un avantage et qu'il a agi de façon partiale (FF 1999, p. 5080). Ici, le premier juge a cependant admis, au terme d'une appréciation non arbitraire des preuves, que cet élément était prouvé, puisqu'il retient que le recourant a accordé aux entreprises concernées des faveurs sous la forme d'attributions de travaux et de commandes dont il décidait lui-même, ou de recommandations auprès de ses supérieurs - qui se fiaient à son opinion - lorsque la décision excédait son propre pouvoir décisionnel (arrêt p. 25). Selon les constatations de fait, le recourant a favorisé les fournisseurs d'avantages au motif que ceux-ci lui consentaient des faveurs. Il y a donc violation du principe d'impartialité et de neutralité et ce même si - comme le soutient le recourant - les travaux n'étaient pas inadéquats ni trop chers. Dans la mesure où le recourant soutient que ses choix et ses propositions se fondaient sur des critères objectifs, il s'écarte de l'état de fait, ce qu'il n'est pas habilité à faire dans un pourvoi (art. 273 al. 1 let. b, 277bis al. 1 PPF).
C'est en vain que le recourant soutient que ses supérieurs hiérarchiques ne lui auraient pas demandé de garantir une égalité de traitement entre les concurrents ni d'assurer une certaine rotation. En effet, tout agent public doit respecter le principe d'égalité de traitement et prendre ses décisions sur la base de critères objectifs et sérieux. Il y a inégalité de traitement et, partant, violation des devoirs de sa charge, lorsqu'un agent public traite deux situations semblables de manière différente sans raison objective. En particulier, dans le domaine de l'octroi des marchés, les agents des établissements publics sont soumis à un strict devoir d'impartialité et de neutralité dans le choix des entreprises. Ils ne peuvent donner systématiquement la préférence à une entreprise, plutôt qu'à une autre, au motif que la première leur a consenti des faveurs.
Le recourant fait valoir qu'il ne proposait pas à ses supérieurs uniquement des entreprises qui lui avaient fournis des avantages et que ceux-ci étaient compétents pour juger de l'adéquation des offres proposées. Par cette argumentation, le recourant s'éloigne de l'état de fait, qui retient qu'il exerçait sur ses supérieurs une influence déterminante dans le choix des entreprises appelées à effectuer des travaux pour l'Ecole polytechnique. Au demeurant, le principe de l'impartialité vaut non seulement pour l'attribution des marchés eux-mêmes, mais aussi pour le choix des entreprises appelées à faire des offres.
Dans la mesure où il est recevable, le grief relatif à la violation des devoirs doit donc être rejeté.
3.2.4 L'art. 315 aCP suppose que le fonctionnaire sollicite ou se fait promettre un avantage financier "pour faire un acte impliquant une violation des devoirs de sa charge". De l'avis de la doctrine et de la jurisprudence, la libéralité doit être accordée d'avance et non à titre de récompense après l'accomplissement de l'acte contraire aux devoirs de fonction (Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II: Straftaten gegen Gemeininteressen, 4e éd., Berne 1995, § 57, n. 8; Logoz, Commentaire du code pénal suisse, partie spéciale II, art. 315, n. 3b, p. 758; <ref-ruling> consid. 2b p. 316). Toutefois, l'antériorité de l'avantage indu est admise si la preuve peut être apportée que le fonctionnaire a sollicité l'avantage financier avant la violation des devoirs de sa charge.
En l'espèce, l'arrêt attaqué retient, en fait, que le comportement du recourant revêtait un caractère systématique, conçu pour durer, auquel les entrepreneurs concernés devaient se soumettre s'ils entendaient pouvoir travailler pour l'Ecole polytechnique. Selon les constatations de fait, chaque avantage reçu en récompense d'un mandat précédemment attribué constituait simultanément la promesse d'un même profit en cas d'adjudication d'un nouvel ouvrage (dans ce sens, Balmelli, op. cit., p. 208 s.; RSJ 92 (1996) p. 16). Dans la mesure où le recourant soutient que les avantages ont été versés postérieurement à la violation des devoirs, il s'écarte donc de l'état de fait. Au vu des éléments arrêtés dans l'arrêt attaqué, l'exigence de l'antériorité de l'avantage est en conséquence satisfaite.
Le grief relatif au défaut d'antériorité de l'avantage doit ainsi être rejeté.
3.2.5 Pour le surplus, les autres éléments constitutifs de l'art. 315 al. 2 aCP sont réalisés.
La notion de fonctionnaire s'applique à tout fonctionnaire ou à tout employé d'une administration publique, soit à toute personne qui, en tant que subordonné, a charge d'exécuter une tâche de droit public incombant à la collectivité (<ref-ruling> consid. 3 a p. 220). Le recourant a commis les actes qui lui sont reprochés dans l'exercice de ses fonctions d'employé au sein de l'Ecole polytechnique. La gestion des écoles polytechniques fédérales constitue une tâche publique de la Confédération suisse (art. 63 al. 2 Cst, art. 27 et 27sexies aCst.). A teneur des art. 5 al. 1 et 17 al. 2 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales, l'Ecole polytechnique est un établissement autonome de droit public, dont le personnel est aujourd'hui soumis aux dispositions de la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (RS 172.220.1) après l'avoir été, depuis la fondation de la haute école, à celles du statut des fonctionnaires (RS 172.221.10). Tant par sa mission que par son statut, le recourant est donc un fonctionnaire.
Les sommes d'argent et les prestations en nature (matériel, rabais sur commandes) que le recourant a reçues des entrepreneurs auxquels il confiait ou faisait confier des travaux à exécuter pour le compte de l'Ecole polytechnique constituent des avantages au sens de l'art. 315 aCP.
Enfin, le recourant ne s'est pas borné à obtenir des avantages indus, mais il a encore effectivement confié des travaux aux entrepreneurs qui lui ont fournis ces avantages, violant ainsi les devoirs de sa charge. C'est donc à juste titre que le premier juge a considéré que le cas qualifié de la corruption passive (art. 315 al. 2 aCP) était applicable.
Implicitement, le recourant a agi avec conscience et volonté.
3.3 Pour l'essentiel, les éléments constitutifs de l'infraction de l'<ref-law> sont identiques à ceux de l'<ref-law>. Conformément au principe de la lex mitior, le premier juge a appliqué à juste titre l'<ref-law> à tous les actes reprochés au recourant (y compris à ceux commis avant l'entrée en vigueur de la nouvelle loi), puisque cette disposition prévoit comme peine minimale l'emprisonnement (au lieu de l'emprisonnement pour un mois au moins).
Selon les anciennes dispositions sur la prescription, applicables aux infractions commises avant le 1er octobre 2002, l'action pénale se prescrivait par dix ans (art. 70 aCP) pour les infractions qui, tel l'<ref-law>, prévoyait une peine de réclusion, délai porté à 15 ans en cas d'interruption par un acte d'instruction (art. 72 ch. 2 aCP). L'application de ces règles conduit à retenir comme prescrits tous les actes antérieurs de dix ans à l'ouverture de la poursuite pénale, qui a eu lieu le 16 mai 2003. Les infractions commises avant le 16 mai 1993 sont donc prescrites. Les nouvelles règles sur la prescription ne sont pas applicables, dès lors qu'elles ne sont pas plus favorables.
Selon les anciennes dispositions sur la prescription, applicables aux infractions commises avant le 1er octobre 2002, l'action pénale se prescrivait par dix ans (art. 70 aCP) pour les infractions qui, tel l'<ref-law>, prévoyait une peine de réclusion, délai porté à 15 ans en cas d'interruption par un acte d'instruction (art. 72 ch. 2 aCP). L'application de ces règles conduit à retenir comme prescrits tous les actes antérieurs de dix ans à l'ouverture de la poursuite pénale, qui a eu lieu le 16 mai 2003. Les infractions commises avant le 16 mai 1993 sont donc prescrites. Les nouvelles règles sur la prescription ne sont pas applicables, dès lors qu'elles ne sont pas plus favorables.
4. Le recourant considère que la peine de deux ans de réclusion qui lui a été infligée est exagérément sévère.
4.1 Selon l'<ref-law>, le juge fixe la peine d'après la culpabilité du délinquant, en tenant compte des mobiles, des antécédents et de la situation personnelle de ce dernier. La loi n'énonce cependant pas de manière détaillée et exhaustive les éléments qui doivent être pris en considération, ni les conséquences exactes qu'il faut en tirer quant à la fixation de la peine. Elle laisse donc au juge un large pouvoir d'appréciation, de sorte que le Tribunal fédéral n'admettra un pourvoi en nullité portant sur la quotité de la peine que si la sanction a été fixée en dehors du cadre légal, si elle est fondée sur des critères étrangers à l'<ref-law>, si les éléments d'appréciation prévus par cette disposition n'ont pas été pris en compte ou enfin si la peine apparaît exagérément sévère ou clémente au point que l'on doive parler d'un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 20 s. et les arrêts cités).
Les éléments pertinents pour la fixation de la peine ont été exposés dans les <ref-ruling> consid. 1 et 116 IV 288 consid. 2a et, plus récemment, dans l'<ref-ruling> consid. 6.1, auxquels on peut se référer. Le critère essentiel à prendre en considération dans la fixation de la peine est la gravité de la faute, que le juge doit évaluer en fonction de tous les éléments pertinents, notamment de ceux qui ont trait à l'acte commis et à l'auteur lui-même.
4.2 En l'espèce, le premier juge a retenu, à charge du recourant, le concours d'infractions entre les corruptions passives répétées, l'acception d'un avantage, la gestion déloyale répétée et l'instigation à faux dans les titres. Il a relevé la gravité de la faute du recourant, qui a mis sur place un véritable système de corruption, dans lequel il a entraîné de nombreuses entreprises. Il a insisté sur la durée de l'activité illicite et a noté que les mobiles du recourant résidaient uniquement dans sa volonté de s'enrichir à tout prix.
A décharge, il a mentionné que le recourant n'avait jamais été condamné. Il a tenu compte de sa collaboration à l'enquête. Il a relativisé les difficultés que le recourant aurait connues dans son enfance et son adolescence et qui l'auraient conduit à tout faire pour éviter que sa famille se trouve dans le besoin, dans la mesure où il bénéficiait d'une situation financière confortable. Enfin, il a noté que le recourant avait fait preuve dans son activité professionnelle de compétences reconnues et que, sous réserve d'un cas, ses choix n'avaient pas porté atteinte aux intérêts patrimoniaux de son employeur.
4.3 Il n'appartenait pas au premier juge d'examiner si, compte tenu de la situation personnelle du recourant, il ne convenait pas de réduire la peine d'ensemble à dix-huit mois pour pouvoir octroyer le sursis. En effet, selon la jurisprudence, le juge doit procéder à cet examen seulement si la peine privative de liberté qu'il envisage de prononcer n'est pas d'une durée nettement supérieure à dix-huit mois, c'est-à-dire seulement si elle n'excède pas vingt et un mois (<ref-ruling> consid. 3 p. 101; <ref-ruling> consid. 2c p. 339 s.). Or, en l'occurrence, la peine envisagée était de deux ans de réclusion.
Se fondant sur le principe d'égalité de traitement, le recourant invoque l'affaire citée à l'<ref-ruling>, où l'employé à l'université de Genève a accepté des largesses pour un montant de 350'000 fr. pendant dix ans et n'a été condamné qu'à une peine de dix mois d'emprisonnement avec sursis. En règle générale, toute comparaison des peines est stérile vu les nombreux paramètres intervenant dans la fixation de la peine. Il ne suffit notamment pas que le recourant puisse citer un ou deux cas où une peine particulièrement clémente a été fixée pour prétendre à un droit à l'égalité de traitement (<ref-ruling> consid. 3a i.f. p. 144). En l'espèce, les circonstances du cas cité par le recourant étaient non seulement totalement différentes (durée de l'activité illicite, nombre de fournisseurs d'avantages, caractère systématique de la corruption), mais surtout le fonctionnaire genevois n'avait pas violé son devoir de fonction et seule l'infraction de l'art. 316 aCP avait été retenue.
Le recourant ne peut tirer argument du fait qu'il n'exerçait pas, en tant qu'employé de l'Ecole polytechnique, une tâche ressortissant de l'exercice de la puissance publique au sens traditionnel, pour diminuer la gravité de l'atteinte à l'intérêt juridique protégé et, partant, la gravité de sa faute. Comme le relève le premier juge, le recourant a gravement trahi la confiance dont il bénéficiait de la part de ses supérieurs et a porté atteinte à l'image d'impartialité et de probité de son employeur public.
Enfin, contrairement à ce que prétend le recourant, le premier juge a tenu compte de sa collaboration à l'enquête.
4.4 En conclusion, la peine de deux ans de réclusion n'apparaît pas, au vu des circonstances mentionnées au consid. 4.2, sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé au premier juge. Ce dernier a motivé de manière détaillée et complète la peine, et le recourant n'invoque aucun élément, propre à modifier la peine, qu'il aurait omis ou pris en considération à tort. Le grief de violation de l'<ref-law> est dès lors infondé.
4.4 En conclusion, la peine de deux ans de réclusion n'apparaît pas, au vu des circonstances mentionnées au consid. 4.2, sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé au premier juge. Ce dernier a motivé de manière détaillée et complète la peine, et le recourant n'invoque aucun élément, propre à modifier la peine, qu'il aurait omis ou pris en considération à tort. Le grief de violation de l'<ref-law> est dès lors infondé.
5. Le recourant s'en prend au montant de la créance compensatrice.
D'abord, il considère que le droit de prononcer une créance compensatrice s'agissant des pots-de-vins reçus avant le 16 mai 1998 est prescrit. Comme vu sous consid. 3.3, le raisonnement du recourant relatif à la prescription des faits qui lui sont reprochés est cependant inexact; seuls les actes antérieurs à mai 1993 sont prescrits.
En outre, le recourant conteste en vain le montant des commissions versées par F._. Comme vu sous consid. 2.4, le montant de 110'000 francs, retenu par le premier juge, n'est pas arbitraire.
En outre, le recourant conteste en vain le montant des commissions versées par F._. Comme vu sous consid. 2.4, le montant de 110'000 francs, retenu par le premier juge, n'est pas arbitraire.
6. Enfin, le recourant offre de substituer le séquestre frappant l'immeuble sis à Sorvilier par un séquestre portant sur un compte ouvert à son nom et à celui de son épouse auprès de la Banque cantonale vaudoise.
Comme le pourvoi en nullité n'a qu'un caractère cassatoire (art. 277ter al. 1 PPF), les conclusions du recourant sont irrecevables dans la mesure où elles tendent à autre chose qu'à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'il soit statué à nouveau (<ref-ruling> consid. 1 p. 252). Il s'ensuit que la conclusion du recourant tendant à remplacer le séquestre ordonné par le premier juge par un autre séquestre est irrecevable.
Au demeurant, la décision de séquestre ne prête pas le flanc à la critique. Elle peut porter sur n'importe quel élément du patrimoine de la personne concernée (<ref-law>).
Au demeurant, la décision de séquestre ne prête pas le flanc à la critique. Elle peut porter sur n'importe quel élément du patrimoine de la personne concernée (<ref-law>).
7. Dans la mesure où il est recevable, le pourvoi doit être rejeté.
Comme le pourvoi était d'emblée dépourvu de chances de succès, l'assistance judiciaire doit être refusée (art. 152 al. 1 OJ). Le recourant, qui succombe, sera condamné aux frais (art. 278 al. 1 PPF), dont le montant sera toutefois arrêté en tenant compte de sa situation financière.
Vu l'issue du pourvoi, la demande d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le pourvoi en nullité est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1. Le pourvoi en nullité est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Un émolument judiciaire de 800 francs est mis à la charge du recourant.
3. Un émolument judiciaire de 800 francs est mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 14 juillet 2006
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: