Sachverhalt:
A. S._ betreibt unter dem Namen "Firma X._" ein Büro für Baurechtsfragen. Seit 1. November 2000 ist er als Selbstständigerwerbender der Ausgleichskasse des Kantons Zürich angeschlossen. In den Jahren 2004 und 2005 leistete er für die Bauabteilung der Gemeinde Y._ Arbeit zu einem Stundenansatz von Fr. 150.-, insgesamt für Fr. 11'731.- (2004) bzw. Fr. 63'839.- (2005). Nach Durchführung einer Arbeitgeberkontrolle am 27. August 2007 forderte die Ausgleichskasse mit Nachzahlungsverfügungen vom 6. November 2007 von der Gemeinde Y._ paritätische Beiträge von Fr. 1'267.85 (für 2004) bzw. Fr. 6'931.90 (für 2005). Die Verfügung erging auch an S._, der dagegen Einsprache erhob, welche die Ausgleichskasse am 26. Februar 2008 abwies.
B. S._ erhob dagegen Beschwerde an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, es sei vom Vorliegen einer selbstständigen Erwerbstätigkeit bei der Gemeinde Y._ auszugehen. Das Gericht wies die Beschwerde am 29. Oktober 2009 ab.
C. C.a S._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das angefochtene Urteil und die Nachzahlungsverfügungen bzw. der Einspracheentscheid seien aufzuheben. Die Gemeinde Y._ beantragt die Gutheissung der Beschwerde, während die Ausgleichskasse, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichten.
C.b Mit Verfügung vom 4. März 2010 holte der Instruktionsrichter von den Parteien weitere Unterlagen ein, die am 16. März und 9. April 2010 eingereicht wurden.

Erwägungen:
1. Streitig ist, ob das vom Beschwerdeführer in den Jahren 2004 und 2005 bei der Gemeinde Y._ erzielte Einkommen aus unselbstständiger oder aus selbstständiger Erwerbstätigkeit stammt.
2. 2.1 Vom Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit resp. massgebenden Lohn werden paritätische Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge erhoben (Art. 5 Abs. 1 und Art. 13 AHVG). Als massgebender Lohn gilt jedes Entgelt für in unselbstständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit, mit Einschluss von Teuerungs- und anderen Lohnzulagen, Provisionen, Gratifikationen, Naturalleistungen, Ferien- und Feiertagsentschädigungen und ähnlichen Bezügen, sowie Trinkgeldern, soweit diese einen wesentlichen Bestandteil des Arbeitsentgeltes darstellen (<ref-law>). Vom Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit wird demgegenüber ein Beitrag des Selbstständigerwerbenden erhoben (<ref-law>). Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit ist jedes Erwerbseinkommen, das nicht Entgelt für in unselbstständiger Stellung geleistete Arbeit darstellt (<ref-law>).
2.2 Nach der Rechtsprechung beurteilt sich die Frage, ob im Einzelfall selbstständige oder unselbstständige Erwerbstätigkeit vorliegt, nicht auf Grund der Rechtsnatur des Vertragsverhältnisses zwischen den Parteien. Entscheidend sind vielmehr die wirtschaftlichen Gegebenheiten. Die zivilrechtlichen Verhältnisse vermögen dabei allenfalls gewisse Anhaltspunkte für die AHV-rechtliche Qualifikation zu bieten, ohne jedoch ausschlaggebend zu sein. Als unselbstständig erwerbstätig ist im Allgemeinen zu betrachten, wer von einem Arbeitgeber in betriebswirtschaftlicher bzw. arbeitsorganisatorischer Hinsicht abhängig ist und kein spezifisches Unternehmerrisiko trägt. Aus diesen Grundsätzen allein lassen sich indessen noch keine einheitlichen, schematisch anwendbaren Lösungen ableiten. Die Vielfalt der im wirtschaftlichen Leben anzutreffenden Sachverhalte zwingt dazu, die beitragsrechtliche Stellung einer erwerbstätigen Person jeweils unter Würdigung der gesamten Umstände des Einzelfalles zu beurteilen. Weil dabei vielfach Merkmale beider Erwerbsarten zu Tage treten, muss sich der Entscheid oft danach richten, welche dieser Merkmale im konkreten Fall überwiegen (<ref-ruling> E. 1 S. 163; <ref-ruling> E. 3a S. 171; 281 E. 2a S. 283; <ref-ruling> E. 2 S. 162). In Grenzfällen, in denen sowohl Merkmale unselbstständiger als auch solche selbstständiger Erwerbstätigkeit vorliegen, ohne dass das Pendel eindeutig in die eine oder die andere Richtung ausschlagen würde, ist rechtsprechungsgemäss namentlich auch Koordinationsgesichtspunkten Rechnung zu tragen (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 167; Urteile H 55/01 vom 27. Mai 2003 E. 4.2 und H 300/98 vom 4. Juli 2000 E. 8d/aa). Dies gilt vorab bei Erwerbstätigen, die gleichzeitig mehrere erwerbliche Tätigkeiten für verschiedene oder denselben Arbeit- oder Auftraggeber ausüben. Es soll nach Möglichkeit vermieden werden, dass verschiedene Erwerbstätigkeiten für denselben Arbeit- oder Auftraggeber oder dieselbe Tätigkeit für verschiedene Arbeit- oder Auftraggeber unterschiedlich, teils als selbstständige, teils als unselbstständige Erwerbstätigkeit, qualifiziert werden (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 164; Urteile H 12/04 vom 17. Februar 2005, E. 3; H 300/98 vom 4. Juli 2000 E. 8d/aa).
2.3 Das Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit wird von den kantonalen Steuerbehörden auf Grund der rechtskräftigen Veranlagung für die direkte Bundessteuer ermittelt und den Ausgleichskassen gemeldet (<ref-law>; <ref-law> [SR 831.101]). Die Angaben der kantonalen Steuerbehörden sind für die Ausgleichskassen verbindlich (<ref-law>). Die absolute Verbindlichkeit der Angaben der Steuerbehörden für die Ausgleichskassen und die daraus abgeleitete relative Bindung des Sozialversicherungsgerichts an die rechtskräftigen Steuertaxationen sind auf die Bemessung des massgebenden Einkommens und des betrieblichen Eigenkapitals beschränkt und betreffen nicht die beitragsrechtliche Qualifikation (<ref-ruling> E. 2c S. 83). Auch hinsichtlich der Beurteilung, ob selbstständige oder unselbstständige Erwerbstätigkeit vorliegt, sind die Ausgleichskassen nicht an die Meldungen der kantonalen Steuerbehörden gebunden. Allerdings sollen sie sich bei der Qualifikation des Erwerbseinkommens in der Regel auf die Steuermeldungen verlassen und eigene nähere Abklärungen nur dann vornehmen, wenn sich ernsthafte Zweifel an der Richtigkeit der Steuermeldung ergeben (<ref-ruling> E. 3.3 S. 253 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 83; <ref-ruling> E. 2 S. 75; <ref-ruling> E. 3c S. 294). Dies entspricht dem Grundsatz, dass die Begriffe der selbstständigen und der unselbstständigen Erwerbstätigkeit im Steuerrecht und im AHV-Recht grundsätzlich gleich zu verstehen sind und im Sinn einer harmonisierenden Rechtsanwendung nicht ohne Not von der steuerrechtlichen Beurteilung abgewichen werden soll. Um der Einheit und Widerspruchslosigkeit der gesamten Rechtsordnung willen ist eine verschiedene Betrachtungsweise der Steuerbehörde und der AHV-Verwaltung zu vermeiden, ausser wenn dafür ausschlaggebende Gründe vorliegen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 302; vgl. Urteile H 2/06 vom 10. April 2006 E. 4.5; H 8/05 vom 8. August 2005 E. 4.2; H 30/99 [AHI 2001 S. 58] E. 6e; PETER FORSTER, AHV-Beitragsrecht, 2007, S. 142 f.; Bericht des Bundesrates vom 14. November 2001 über eine einheitliche und kohärente Behandlung von selbstständiger bzw. unselbstständiger Erwerbstätigkeit im Steuer- und im Sozialversicherungsabgaberecht, BBl 2002 1154, 1157 ff.).
2.4 Die Beiträge der Selbstständigerwerbenden werden für jedes Beitragsjahr festgesetzt (<ref-law>). Im laufenden Jahr haben die Beitragspflichtigen periodisch Akontobeiträge zu leisten (<ref-law>). Gestützt auf die Steuermeldung setzen die Ausgleichskassen sodann die für das Beitragsjahr geschuldeten Beiträge in einer Verfügung fest und nehmen den Ausgleich mit den geleisteten Akontobeiträgen vor (<ref-law>). Erhält eine Ausgleichskasse Kenntnis davon, dass ein Beitragspflichtiger keine oder zu niedrige Beiträge bezahlt hat, so hat sie die Nachzahlung der geschuldeten Beiträge zu verlangen und nötigenfalls durch Verfügung festzusetzen (Art. 39 Abs. 1 AHVV). Dies betrifft Beiträge für Einkommen, auf welchen bisher keine Abgaben geleistet worden sind. Ist hingegen für ein bestimmtes Einkommen das Beitragsstatut bereits rechtskräftig verfügt worden, so bedarf es für den Wechsel des Beitragsstatuts für den betreffenden Einkommensteil eines Rückkommenstitels in Form der prozessualen Revision oder der Wiedererwägung (Art. 53 Abs. 1 oder 2 ATSG [SR 830.1]; BGE <ref-ruling> E. 4a S. 173; <ref-ruling> E. 6 S. 4; Urteile H 64/98 vom 14. September 1999 E. 3 und 5; 9C_910/2007 vom 6. Juni 2008 E. 4).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat festgestellt, der Beschwerdeführer habe sich mit einem vom 6. Dezember 2004 bis Ende April 2005 befristeten Auftrag zur interimistischen Leitung der Bau- und Umweltabteilung der Gemeinde Y._ verpflichtet mit einem Arbeitspensum von 40 %, nötigenfalls 50 %, zu einem Stundenhonorar von Fr. 150.-. Er habe sich dabei an das geltende Funktionendiagramm der Gemeinde halten müssen und sei damit in die Organisation der Gemeinde eingebunden gewesen. Er habe sich auch an Arbeitsstunden gehalten und darüber rapportiert. Gestützt auf diese sachverhaltlichen Feststellungen hat die Vorinstanz erwogen, es habe sich um eine unselbstständige Tätigkeit gehandelt.
3.2 Die Vorinstanz ist damit wie im Rahmen einer freien erstmaligen Prüfung des Beitragsstatuts vorgegangen. Indessen hatte der Beschwerdeführer schon im vorinstanzlichen Verfahren darauf hingewiesen, dass er für die Jahre 2004 und 2005 (und 2007) der Beschwerdegegnerin bereits Beiträge für die bei der Gemeinde Y._ geleistete Tätigkeit bezahlt habe. Die Vorinstanz hätte daher aufgrund ihrer Untersuchungspflicht (<ref-law>) prüfen müssen, ob diese Zahlungen basierend auf einer rechtskräftigen Beitragsverfügung erfolgt sind, weil in diesem Fall nicht eine erstmalige freie Beurteilung vorzunehmen, sondern zu prüfen ist, ob ein Rückkommenstitel vorliegt (E. 2.4). Die Vorinstanz hat damit einen rechtserheblichen Sachverhalt nicht festgestellt; diesen kann das Bundesgericht selber feststellen oder ergänzen (<ref-law>).
3.3 Die im bundesgerichtlichen Verfahren eingeholten Unterlagen belegen, dass die Ausgleichskasse den Beschwerdeführer mit Beitragsverfügungen vom 28. Juni 2007 für die Jahre 2004 und 2005 - gestützt auf entsprechende Steuermeldungen - mit einem reinen Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 91'195.- bzw. Fr. 96'704.- veranlagte. Aus den Steuererklärungen geht ferner hervor, dass das gesamte deklarierte Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit in der gleichen Grössenordnung liegt, während kein Einkommen aus unselbstständiger Tätigkeit deklariert wurde. Sodann wurde auf den von der Gemeinde Y._ bezogenen Honoraren die Mehrwertsteuer abgerechnet. Damit ist rechtsgenüglich belegt, dass in den mit den Beitragsverfügungen vom 28. Juni 2007 erhobenen Beiträgen auch die Honorare aus der Tätigkeit bei der Gemeinde Y._ mit erfasst wurden, zumal der Beschwerdeführer bereits im vorinstanzlichen Verfahren unwidersprochen vorgebracht hat, er habe seit der Aufnahme der selbstständigen Tätigkeit im Jahre 2000 alle Honorare mit der Beschwerdegegnerin als Einkommen aus selbstständiger Tätigkeit abgerechnet, namentlich auch die hier streitigen Einkommen aus der Tätigkeit bei der Gemeinde Y._. Bei dieser Sachlage ist die streitige Nachtragsverfügung nur zulässig, wenn ein Rückkommenstitel vorliegt (E. 2.4).
3.4 Das Vorgehen der Beschwerdegegnerin ist schon aus formellen Gründen nicht zulässig: Eine Behörde, die auf dem Wege der prozessualen Revision oder der Wiedererwägung eine frühere rechtskräftige Verfügung in Frage stellen will, muss diese formell aufheben oder abändern und dabei begründen, inwiefern ein Revisions- oder Wiedererwägungsgrund vorliegt. Keinesfalls geht es an, auf einem Einkommensteil, welcher bereits rechtskräftig als selbstständiges Erwerbseinkommen bei einer Beitragsbemessung berücksichtigt worden ist, nachträglich Beiträge für unselbstständiges Erwerbseinkommen zu erheben, ohne dass gleichzeitig die frühere Verfügung entsprechend korrigiert wird, würden doch sonst auf dem gleichen Einkommensteil in gesetzwidriger Weise doppelte Beiträge erhoben. Spätestens nachdem der Beschwerdeführer in seiner Einsprache geltend gemacht hatte, er habe seit der Aufnahme seiner selbstständigen Erwerbstätigkeit am 1. November 2000 alle Honorareinnahmen mit der Beschwerdegegnerin direkt abgerechnet, hätte diese überprüfen müssen, ob sie die betreffenden Einkommensteile bereits als selbstständiges Erwerbseinkommen veranlagt hatte. Solange die Beitragsverfügungen vom 28. Juni 2007 nicht formell abgeändert worden sind, ist die Nachzahlungsverfügung von vornherein unzulässig. Sie ist aber auch aus materiellen Gründen ungerechtfertigt, wie sich aus dem Folgenden ergibt.
3.5 Ein prozessualer Revisionsgrund (<ref-law>) wird von der Beschwerdegegnerin nicht geltend gemacht und ist nicht ersichtlich.
3.6 Eine Wiedererwägung setzt voraus, dass die ursprüngliche Verfügung zweifellos unrichtig ist und zudem die Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-law>). Schon die zweite Voraussetzung ist fraglich: Die nachgeforderten Beiträge betragen Fr. 8'199.75. Im Gegenzug wären die vom Beschwerdeführer auf den entsprechenden Einkommensteilen geleisteten Beiträge aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zurückzuerstatten, was bei dem massgebenden Beitragssatz von 9,5 % Fr. 7'179.15 ausmacht. Durch die Ausgleichskasse tatsächlich erzielbar ist damit höchstens die Differenz im Betrag von Fr. 1'020.60. Der effektive Interessenwert ist noch kleiner, weil bei einer Qualifikation der hier streitigen Beiträge als Einkommen aus unselbstständiger Tätigkeit das verbleibende Einkommen aus selbstständiger Tätigkeit für das Jahr 2005 in den Bereich der sinkenden Beitragsskala fallen würde, so dass der zurückzuerstattende Betrag höher und die Differenz noch kleiner würde. Der Streitwert liegt damit jedenfalls an der unteren Grenze dessen, was in der Rechtsprechung als von erheblicher Bedeutung qualifiziert wird (UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 34 zu <ref-law>).
3.7 Es fehlt aber auch an der Voraussetzung der zweifellosen Unrichtigkeit; diese ist in der Regel gegeben, wenn die Verfügung auf unrichtiger Rechtsanwendung beruht (<ref-ruling> E. 2b/bb S. 401; SZS 2010 S. 43, 9C_33/2009 E. 2.4), nicht aber bei einer unzutreffenden Ermessensbetätigung (Urteil 9C_575/2007 vom 18. Oktober 2007 E. 2.2). Die vorliegende Konstellation liegt in einem Grenzbereich zwischen selbstständiger und unselbstständiger Tätigkeit: Es gibt zahlreiche Selbstständigerwerbende (etwa Anwälte, Ingenieure, Architekten, Geometer), die regelmässig für einen bestimmten Auftraggeber in mehr oder weniger grossem Umfang tätig sind und dabei eine Arbeit ausführen, die ebenso gut auch von (Teilzeit-)Arbeitnehmern ausgeübt werden könnte. Das allein macht eine Tätigkeit noch nicht zu einer unselbstständigen (vgl. etwa Urteile H 8/05 vom 8. August 2005 für Sekretariatsarbeiten; H 7/03 vom 30. April 2004 [SVR 2005 AHV Nr. 3 S. 7] für Unternehmensberater; H 58/01 vom 3. Juni 2002 sowie 30/99 vom 14. August 2000 [AHI 2001 S. 58] für EDV-Spezialisten; H 381/99 vom 26. September 2001 für eine von einer Gemeinde beigezogene Fachperson für Naturschutz- und Raumplanungsfragen; vgl. auch Bericht des Bundesrates, a.a.o. BBl 2002 1132 ff.).
Es mag zwar zutreffen, dass der Beschwerdeführer in die Organisationsstruktur der Gemeinde eingebunden war. Hingegen ist der von der Vorinstanz angeführte Umstand, dass der Beschwerdeführer über seine Arbeitsstunden rapportierte, kein Indiz für unselbstständige Tätigkeit; auch selbstständige Auftragnehmer (z.B. Anwälte) müssen über ihre Tätigkeit Zeitrapporte erstellen. Sodann ist das vereinbarte Stundenhonorar von Fr. 150.- weit höher als das, was für eine unselbstständige Erwerbstätigkeit vergleichbarer Art bezahlt würde, was darauf hinweist, dass der Beschwerdeführer nicht nur seine gesamten Personalkosten mit Einschluss von Ferien- und Krankheitsentschädigungen selber decken musste (was im Vertrag vom 28. Dezember 2004 ausdrücklich stipuliert worden war), sondern auch zumindest einen Teil seiner Arbeitsplatz- und Infrastrukturkosten; das ist für sich allein für die AHV-rechtliche Qualifizierung zwar nicht entscheidend, aber immerhin ein Indiz (vgl. Urteil H 195/05 vom 19. August 2006 E. 5). Sodann sprechen auch die koordinationsrechtlichen Aspekte (E. 2.2 und 2.3) für eine selbstständige Tätigkeit, nämlich einerseits die Übereinstimmung mit der steuerrechtlichen Beurteilung, wonach es sich um Einkommen aus selbstständiger Tätigkeit handelt, andererseits der Umstand, dass die Beschwerdegegnerin eine ähnlich gelagerte Tätigkeit des Beschwerdeführers in einer anderen Gemeinde nach dessen (bereits im vorinstanzlichen Verfahren) unwidersprochener Darstellung als selbstständige Tätigkeit akzeptiert hat. Schliesslich spricht auch eine verfassungskonforme Auslegung (<ref-ruling> E. 2.3 S. 163; <ref-ruling> E. 6 S. 110) dafür, soweit möglich der privatautonomen Ausgestaltung des Rechtsverhältnisses Rechnung zu tragen (<ref-law>), auch wenn diese für sich allein nicht ausschlaggebend ist (E. 2.2). Insgesamt gibt es zwar durchaus Indizien, die für eine unselbstständige Tätigkeit sprechen, aber auch solche, die eine selbstständige Tätigkeit nahe legen. Ob bei einer freien Prüfung im Rahmen einer erstmaligen Beurteilung die vorinstanzliche Betrachtung zutreffend wäre, kann offen bleiben; zweifellos unrichtig ist die mit den Beitragsverfügungen vom 28. Juni 2007 erfolgte Qualifizierung als Einkommen aus selbstständiger Tätigkeit jedenfalls nicht.
3.8 Es gibt nach dem Gesagten keinen Grund, auf die rechtskräftig erfolgte Beitragserhebung vom 28. Juni 2007 zurückzukommen. Die Beschwerde ist begründet.
4. Die unterliegende Beschwerdegegnerin trägt die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der obsiegende Beschwerdeführer hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung, da er nicht anwaltlich vertreten ist und keine besonderen Verhältnisse vorliegen, die eine Entschädigung für weitere Umtriebe rechtfertigten (Art. 1 und 11 des Reglements vom 31. März 2006 über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht, SR 173.110.210.3; StR 65/2010 S. 84, 2C_807/2008 E. 4.3). Die Gemeinde Y._ hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung geltend gemacht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Oktober 2009 sowie der Einspracheentscheid vom 26. Februar 2008 und die Verfügung vom 6. November 2007 der Ausgleichskasse des Kantons Zürich werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Y._, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Mai 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Dormann