Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Bezüglich der Rückerstattung von Pensionskassenbeiträgen ist der vorinstanzliche Entscheid mangels Anfechtung in Teilrechtskraft erwachsen (vgl. RKUV 1999 Nr. U 323 S. 98 Erw. 1b).
2.- Die vorliegende Streitigkeit unterliegt der Gerichtsbarkeit der in Art. 73 BVG erwähnten richterlichen Behörden, welche sowohl in zeitlicher als auch in sachlicher Hinsicht zuständig sind (<ref-ruling> Erw. 2, 120 V 18 Erw. 1a, je mit Hinweisen).
3.- a) Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über den Anspruch auf Invalidenleistungen der obligatorischen beruflichen Vorsorge (Art. 23 BVG) und die Abgrenzungskriterien der Haftung mehrerer Vorsorgeeinrichtungen (<ref-ruling> Erw. 1a, 120 V 112 ff., insbesondere Erw. 2c/aa und bb, 118 V 167 Erw. 4e; SZS 1997 S. 459 Erw. 2b) zutreffend dargelegt.
Darauf ist zu verweisen.
b) Weiter hat das kantonale Gericht im angefochtenen Entscheid ausgeführt, weshalb zwischen der, auf die MS zurückzuführenden Invalidität ab Januar 1997 und der bereits vom Juni 1989 bis Ende Februar 1995 bestehenden, damals bereits eine Invalidenrente auslösenden Arbeitsunfähigkeit sowohl sachlich als auch zeitlich ein enger Zusammenhang besteht, weshalb eine Leistungspflicht für die Beschwerdegegnerin entfällt. Dabei hat es bei der Frage nach dem zeitlichen Konnex zu Recht schwergewichtig auf das Krankheitsbild und die anlässlich der vorinstanzlichen Zeugenbefragung vom 14. Juni 2000 berichteten Beobachtungen über den Krankheitsverlauf der die Beschwerdeführerin von 1991 bis 1999 bzw. seit 1993 behandelnden Ärzte Dr.
Z._ und Dr. E._ abgestellt. Auf die auch in diesem Punkt zutreffenden Erwägungen ist ebenfalls zu verweisen.
An diesem Ergebnis vermögen die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorgetragenen Einwände nichts zu ändern.
Es mag durchaus zutreffen, dass sich die MS-Krankheit seit Februar 1995 erst wieder nach dem Stellenantritt bei der Psychiatrischen Klinik Y._ am 15. Juli 1996 auf die Arbeitsfähigkeit sichtbar ausgewirkt hat und nicht, wie von der Vorinstanz allerdings mit guten Gründen angenommen, bereits am 28. Februar 1996. Dies ist indessen nicht entscheidwesentlich.
Zwar wäre diesfalls der vom Eidgenössischen Versicherungsgericht angenommene Richtwert von einer dreimonatigen Arbeitsfähigkeit für die Annahme eines Unterbruchs des zeitlichen Zusammenhangs (vgl. <ref-law>) noch deutlicher als von der Vorinstanz angenommen überschritten. Es sind indessen die gesamten Umstände des Einzelfalles zu berücksichtigen (<ref-ruling>, 120 V 117 Erw. 2c mit Hinweis), welche auch auch unter Ausklammerung der Arbeitsausfälle vor dem 15. Juli 1996 nach überzeugender Darlegung im angefochtenen Entscheid gesamthaft gesehen gegen ein dauerhaftes Wiedererlangen der Erwerbsfähigkeit im Anschluss an die bis Ende Februar 1995 bestehende Arbeitsunfähigkeit sprechen.
4.- Die obsiegende Pensionskasse beantragt die Zusprechung einer Parteientschädigung, was ihr indessen gestützt auf Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG zu verwehren ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 29. November 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: