Faits:
A. X._, domicilié dans le canton de Genève, exerçait une activité salariée auprès de la société A._ SA en 2003. A la même période, il était actionnaire unique, administrateur unique avec signature individuelle et directeur de la société B._ SA, dont le but, selon le registre du commerce, était le commerce, l'importation, l'exportation et la distribution de matériel de télécommunication, informatique, électronique et accessoires divers. Il était par ailleurs actif dans le domaine immobilier sous la raison individuelle C._, X._.
X._ disposait d'un droit d'emption sur la parcelle n° xxx de la commune de D._, propriété de Y._. Le 22 avril 2003, il a donné à la société B._ SA le mandat de vendre deux villas sur plans situées sur cette parcelle. Il s'engageait à payer au mandataire une commission de CHF 25'000.- par villa vendue.
Après la division de la parcelle susmentionnée en deux parcelles distinctes, X._ a cédé le 8 décembre 2003 son droit d'emption sur la première parcelle pour un montant de CHF 44'000.- à un couple qui, par le même acte, a acquis la parcelle, sur laquelle avait été érigée une habitation, pour le prix de CHF 871'000.-. Par acte du même jour, X._ a cédé son droit d'emption sur la seconde parcelle pour un montant de CHF 40'000.- à un autre couple, qui a acquis ladite parcelle pour la somme de CHF 200'000.-.
Dans sa déclaration fiscale 2003, X._ n'a pas fait état de ces opérations immobilières. Les bordereaux de taxation relatifs à la période fiscale 2003 ont été établis le 26 mai 2005.
B. Le 24 octobre 2005, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après l'Administration cantonale) a informé X._ de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt pour la période fiscale 2003, tant pour les impôts cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct, en relation avec les opérations immobilières précitées. X._ a produit un décompte relatif à ces opérations d'où il ressortait que son bénéfice net se montait à CHF 5'664.05. Parmi les frais qu'il faisait valoir figuraient les deux commissions de CHF 25'000.- en faveur de B._ SA.
Le 20 février 2006, l'Administration cantonale a établi deux bordereaux rectificatifs. Les commissions en faveur de B._ SA étaient limitées à 5 % de CHF 44'000.- et de CHF 40'000.-, soit CHF 4'200.- en lieu et place du montant de CHF 50'000.- indiqué par le contribuable. X._ était par ailleurs astreint à verser un supplément d'impôt de CHF 14'866.20 et des intérêts de retard de CHF 273.40 pour les impôts cantonal et communal, et un supplément d'impôt de CHF 6'205.15 et des intérêts de retard de CHF 133.95 pour l'impôt fédéral direct, ainsi que des amendes de CHF 14'800.- pour les impôts cantonal et communal et de CHF 6'200.- pour l'impôt fédéral direct.
Le 5 septembre 2006, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation déposée par le contribuable. X._ a recouru contre cette décision auprès des Commissions cantonales de recours en matière fiscale du canton de Genève, remplacées dès le 1er janvier 2009 par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après la Commission de recours), devenue dès le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI).
Par décision du 19 mai 2009, la Commission de recours a rejeté le recours de X._ en ce qui concernait les impôts cantonal et communal. Le recours formé par le contribuable auprès du Tribunal administratif, devenu la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève le 1er janvier 2011 (ci-après : la Cour de justice), a été déclaré irrecevable le 16 novembre 2010.
Par jugement du 28 février 2011, le TAPI a rejeté le recours de X._ en ce qui concernait l'impôt fédéral direct. Le recours du contribuable a été rejeté par la Cour de justice par arrêt du 31 juillet 2012. Celle-ci a considéré, en substance, que les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées et que la commission de CHF 50'000.- n'était pas conforme aux usages professionnels et réalisait également les conditions de l'évasion fiscale.
C. Par acte du 15 septembre 2012 adressé au Tribunal administratif fédéral, X._ recourt contre l'arrêt précité. Il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle rectifie les bordereaux, afin de tenir compte de la commission de CHF 50'000.- versée et qu'elle annule les amendes. Il demande également qu'il soit constaté que le jugement du 31 juillet 2012 viole le principe de la maxime inquisitoire et l'interdiction de l'arbitraire, que la société B._ SA avait la capacité légale de mener des affaires immobilières, et que les commissions versées n'étaient pas insolites et ne constituaient pas une évasion fiscale.
Le 18 septembre 2012, le Tribunal administratif fédéral a transmis le recours de X._ au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence.
La Cour de justice a renoncé à formuler des observations, s'en est rapportée à justice quant à la recevabilité du recours et a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours, avec suite de frais. Quant à l'Administration fédérale des contributions, elle s'est ralliée aux observations de l'Administration cantonale et a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. <ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 103).
1.1 Le recourant a adressé son recours au Tribunal administratif fédéral qui l'a transmis au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence (cf. <ref-law> [RS 172.021]). Le recourant n'a par ailleurs pas indiqué par quelle voie de droit il entendait agir. Cette imprécision ne saurait toutefois lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 382 s.).
1.2 Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recourant a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Déposé en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable.
1.3 Les mémoires de recours doivent indiquer les conclusions (<ref-law>). Les conclusions de nature constatatoire sont admissibles dans le cadre d'un recours en matière de droit public pour autant qu'elles répondent à un intérêt légitime et ne se limitent pas à des questions théoriques; il faut en outre que le recourant ne puisse pas obtenir satisfaction par le biais de conclusions formatrices (cf. arrêt 2C_517/2009 du 12 novembre 2010 consid. 1.3 non publié aux <ref-ruling>; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, n° 936).
Au vu de ce qui précède, les conclusions du recours qui tendent à ce qu'il soit constaté que le jugement du 31 juillet 2012 viole le principe de la maxime inquisitoire et l'interdiction de l'arbitraire, que la société B._ SA avait la capacité légale de mener des affaires immobilières, et que les commissions versées n'étaient pas insolites et ne constituaient pas une évasion fiscale, ne sont pas recevables puisque le recourant peut obtenir satisfaction par le biais des conclusions réformatoires prises.
1.4 Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400 s.). A cet égard, le recourant doit se déterminer au moins brièvement par rapport aux considérants de l'arrêt entrepris et exposer, ne serait-ce que succinctement, en quoi l'autorité cantonale supérieure viole le droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 245 s.).
1.5 Lorsque la décision attaquée se fonde sur plusieurs motivations indépendantes, alternatives ou subsidiaires, toutes suffisantes, il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer que chacune d'entre elles est contraire au droit (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.4; arrêt 2C_176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 2). En l'espèce, la Cour de justice a refusé la déduction d'une commission de CHF 50'000.- pour le double motif qu'elle n'était pas conforme aux usages professionnels et réalisait également les conditions de l'évasion fiscale. Le recourant s'en prend à ces deux motivations, bien qu'il ne les traite que succinctement et concentre l'essentiel de son argumentation sur la qualité de société active dans le domaine de l'immobilier de B._ SA. Il convient donc d'entrer en matière. Il suffit toutefois que l'une des motivations permette de maintenir l'arrêt attaqué pour que le recours doive être rejeté (cf. <ref-ruling> consid. 7 p. 228; <ref-ruling> consid. 6 p. 20).
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire - ou en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
Il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a tiré des déductions insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; arrêt 2C_122/2012 du 1er novembre 2012 consid. 3.1).
2.2 Le recourant estime que la Cour de justice a violé la maxime inquisitoire en ne déterminant pas tous les éléments de fait pertinents, de sorte que la décision prise contredit, à son avis, la situation de fait. Son grief se confond de la sorte avec celui de constatation arbitraire des faits, qui sera examiné ci-après (cf. infra consid. 2.3).
2.3 Le recourant reproche à la Cour de justice d'être tombée dans l'arbitraire en ne retenant pas que la société B._ SA avait la capacité légale de gérer des affaires immobilières, en refusant d'admettre l'intervention de la société B._ SA dans la valorisation du projet immobilier en cause, en insistant sur l'incompétence du personnel de la société B._ SA en matière immobilière et en ne retenant pas les factures émises par des tiers et honorées par la société B._ SA. Tous ces éléments étaient, selon le recourant, propres à démontrer que la société B._ SA avait déployé une activité effective, de sorte que la commission qui lui a été versée était justifiée.
La Cour de justice, dans la partie "en fait" de l'arrêt attaqué, mentionne effectivement l'ensemble des faits critiqués par le recourant, mais elle ne les fait pas siens. Elle se limite à reproduire l'argumentation utilisée par l'Administration cantonale dans une détermination du 5 septembre 2006 (cf. consid. 10 de l'arrêt attaqué), mais sans en tirer de conséquences juridiques. On ne saurait donc, dans ce contexte, lui reprocher d'avoir arbitrairement établi les faits.
Dans son raisonnement, la Cour de justice a d'ailleurs retenu qu'une commission était bien due à la société B._ SA, seul son montant étant sujet à discussion. Ce faisant, la Cour de justice a admis que la société B._ SA exerçait bien une activité dans le domaine immobilier et que cette activité méritait le versement d'une commission de courtage. On ne voit donc pas en quoi les éléments dont se prévaut le recourant seraient de nature à modifier le résultat de l'arrêt attaqué, dès lors qu'ils tendent à établir la réalité des activités immobilières B._ SA que les juges cantonaux ont admise.
Dans ces conditions, la Cour de céans rendra son arrêt en se basant sur les faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt attaqué.
3. La cause concerne une procédure de rappel d'impôt initiée le 24 octobre 2005 à l'encontre du recourant.
3.1 Le présent litige porte exclusivement sur l'impôt fédéral direct pour l'année 2003. La question du rappel d'impôt pour les impôts cantonal et communal de la même année a en effet déjà été tranchée par décision définitive et exécutoire de la Commission de recours du 19 mai 2009, le recours du contribuable contre cette décision ayant été déclaré irrecevable le 16 novembre 2010.
3.2 Aux termes de l'<ref-law>, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (cf. arrêt 2C_724/2010 du 27 juil-let 2011 consid. 8.1 et les arrêts cités, in RDAF 2012 II 37).
En l'espèce, les conditions du rappel d'impôt sont manifestement remplies. En effet, il ressort de l'état de fait que le recourant a réalisé un bénéfice - dont le montant est contesté - en lien avec une opération immobilière ayant eu lieu en 2003, qu'il n'a pas fait état de cette opération immobilière dans sa déclaration fiscale 2003, et que l'Administration cantonale en a eu connaissance par ailleurs et postérieurement à la taxation ordinaire. Au demeurant, le recourant ne s'oppose pas au principe du rappel d'impôt qui a été effectué par l'Administration cantonale. Le litige porte seulement sur la prise en compte de certains montants à titre de revenu, dont il convient d'examiner le bien-fondé.
4. Il y a lieu de déterminer quel montant doit être admis en qualité de revenu du recourant en lien avec l'opération immobilière au cours de laquelle il a vendu le droit d'emption dont il disposait sur la parcelle n° xxx de la commune de D._ pour un montant total de CHF 84'000.-. Cette opération immobilière comprenait en particulier un mandat donné à la société B._ SA pour lequel la Cour de justice a admis une commission de courtage de CHF 4'200.- en déduction du revenu du recourant, alors que ce dernier entend déduire CHF 50'000.- à ce titre.
4.1 Selon l'<ref-law>, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques. Aux termes de l'<ref-law>, sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante. L'impôt sur le revenu frappe le revenu net, après déduction des frais d'acquisition, des déductions générales et des déductions sociales (cf. YVES NOËL, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 5 ad <ref-law>). Sont des frais d'acquisition du revenu les frais que le contribuable ne peut raisonnablement éviter et qui sont essentiellement occasionnés par la réalisation du revenu. En d'autres termes, il faut que la dépense soit économiquement nécessaire à l'obtention du revenu et que l'on ne puisse exiger du contribuable d'y renoncer (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 32; arrêt 477/2009 du 8 janvier 2010 consid. 3.2). Aux termes de l'<ref-law>, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. La possibilité de déduire ces frais est conditionnée à la preuve de leur nécessité au regard de l'activité poursuivie. A cet égard, le renvoi du législateur à l'usage, commercial ou professionnel, donne à l'autorité de taxation un pouvoir d'appréciation important. L'autorité de taxation doit notamment apprécier le caractère professionnellement usuel de la dépense (cf. arrêt 2C_132/2010 du 17 août 2010 consid. 3.2 et les références citées).
4.2 En l'espèce, le recourant a vendu un droit d'emption pour un montant total de CHF 84'000.-. Précédemment, il avait donné à la société B._ SA le mandat de vendre deux villas sur plans situées sur la parcelle sur laquelle portait son droit d'emption. Il s'engageait à payer au mandataire une commission de CHF 25'000.- par villa vendue. Selon l'état de fait retenu par la Cour de justice, la première cession a été faite en faveur d'un couple qui, par le même acte, a acquis la parcelle, sur laquelle avait été érigée une habitation, pour le prix de CHF 871'000.-, alors que la seconde cession concernait un autre couple, qui a acquis la parcelle pour la somme de CHF 200'000.-. Dans l'arrêt attaqué, la Cour de justice relève que, selon les conditions générales de la Société des régisseurs de Genève, le taux de la commission de courtage en cas de vente immobilière est de 5 % sur les premiers CHF 500'000.- et de 3 % au-delà, ce que le recourant ne conteste pas.
La Cour de justice a appliqué ce pourcentage au montant encaissé par le recourant pour la vente de son droit d'emption, soit CHF 84'000.-. Elle a relevé que le recourant n'était pas propriétaire des parcelles aliénées, mais ne détenait qu'un droit d'emption, qu'il avait cédé. De son côté, le recourant fait valoir que le pourcentage doit être appliqué à l'ensemble du marché, de sorte que la commission de CHF 50'000.- qu'il s'était engagé à verser à la société B._ SA représente moins de 4 % du prix de vente des deux villas.
En l'occurrence, on ne peut que suivre l'argument de la Cour de justice selon lequel il convient de calculer la commission de courtage déductible au titre des frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel sur le prix de cession du droit d'emption plutôt que sur l'ensemble du marché. En effet, c'est en cédant son droit d'emption que le recourant a réalisé le revenu en cause. Seule une commission de courtage relative à cette cession peut par conséquent être considérée comme professionnellement usuelle et économiquement nécessaire à l'obtention de ce revenu. Peu importe à cet égard que le recourant ait promis contractuellement et versé une commission plus élevée à la société B._ SA. Seule importe la commission admise par les usages professionnels, nécessaire à l'acquisition du revenu. Or, le recourant ne conteste pas que cette commission s'élève à 5 % sur les premiers CHF 500'000.- selon les conditions générales de la Société des régisseurs de Genève. C'est donc à juste titre que la Cour de justice a fixé à CHF 4'200.- la commission de courtage qui pouvait être déduite au titre de frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel et le recours doit être rejeté sur ce point.
4.3 Au vu de ce qui précède, point n'est besoin d'examiner si les conditions de l'évasion fiscale, également admise par la Cour de justice, sont remplies en l'espèce (cf. supra consid. 1.5).
4.4 Enfin, en ce qui concerne les conclusions du recourant relatives à l'annulation de l'amende prononcée, elles ne sont étayées par aucune motivation, ce qui n'est pas admissible (cf. <ref-law>; cf. supra consid. 1.4). On ne voit en outre pas en quoi, en n'annulant pas l'amende prononcée à l'encontre du recourant, la Cour de justice aurait violé le droit fédéral dès lors que l'<ref-law> prévoit que le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1) qui, en règle générale, est fixée au montant de l'impôt soustrait (al. 2).
5. Le recours sera par conséquent rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (<ref-law>). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 2'500.-, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 28 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti