A.- Der 1962 geborene S._ ersuchte Ende März 1998 die Invalidenversicherung um eine Rente. Mit Verfügung vom 1. November 1998 lehnte die IV-Stelle des Kantons Zürich das Leistungsbegehren ab. Nachdem der Versicherte mit Schreiben vom 25. Februar 1999 mitgeteilt hatte, er habe die Verfügung nicht erhalten, weshalb er nochmals um deren Zustellung bitte, und sein Vater sich mit einer gleich lautenden Eingabe vom 19. März 1999 an die IV-Stelle gewandt hatte, sandte ihm diese eine Kopie des fraglichen Verwaltungsaktes zu. Im Begleitschreiben vom 13. April 1999 hielt sie u.a. fest, sie betrachte die Verfügung vom 1. November 1998 als zugestellt; durch die Zusendung einer Kopie davon werde die Beschwerdefrist nicht neu eröffnet. Mit Schreiben vom 15. April 1999 ersuchte S._ nochmals um Zustellung einer rekursfähigen Verfügung, was die IV-Stelle in ihrer Antwort vom 2. Juni 1999 ablehnte.
B.- Im Januar 2000 gelangte S._, nunmehr (über den Rechtsdienst X._) anwaltlich vertreten, erneut an die IV-Stelle und bat um Zustellung der Rentenverfügung im ordentlichen Verfahren. In der Folge überwies die Verwaltung die Akten an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und beantragte, das Schreiben vom 15. April 1999 als rechtzeitig erhobene Beschwerde zu betrachten und darauf einzutreten. Nachdem das Gericht den Parteien mit Verfügung vom 5. Juli 2000 mitgeteilt hatte, das Verfahren werde durch einen Nichteintretensentscheid erledigt, wozu S._ Stellung nehmen liess, trat es mit Beschluss vom 16. Oktober 2000 auf die Eingabe vom 15. April 1999 nicht ein.
C.- S._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren:
«1. Der Beschluss vom 16. Oktober 2000 sei aufzuheben und
das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich sei
anzuweisen auf die als Beschwerde überwiesene Eingabe
vom 15. April 1999 einzutreten.
2. (...)»
Während das Sozialversicherungsgericht auf eine Stellungnahme und einen Antrag zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde verzichtet, schliesst die IV-Stelle auf deren Abweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Gericht hat die Erledigung des bei ihm mit Einreichung der Akten durch die IV-Stelle am 7. Juni 2000 anhängig gemachten Verfahrens durch Nichteintreten auf die Sache im Wesentlichen damit begründet, der Versicherte habe bis zu diesem Zeitpunkt keinen klaren Anfechtungswillen geäussert. Die verschiedenen Interventionen bei der IV-Stelle, insbesondere sein Schreiben vom 15. April 1999, seien einzig darauf gerichtet gewesen, «die nochmalige Zustellung der Verfügung vom 1. November 1998 und die Eröffnung einer neuen Rechtsmittelfrist zu erwirken». Darin könne nicht eine klare Manifestation des Willens auf Änderung der mit der Ablehnung des Rentenanspruchs geschaffenen Rechtslage erblickt werden. Indem der Versicherte selbst als er durch einen Anwalt vertreten war, in dessen Schreiben vom 20. Januar 2000 an die IV-Stelle erneut die Zustellung der Verfügung «'im ordentlichen Verfahren'» verlangt habe, könne er (nach Treu und Glauben) spätestens ab diesem Zeitpunkt auch nicht mehr geltend machen, aufgrund einer fehlenden oder falschen Rechtsmittelbelehrung (in den mit Brief vom 13. April 1999 zugestellten Dokumenten [Kopie der Verfügung vom 1. November 1998 mit Begleitschreiben]) hinsichtlich der Anfechtung im Irrtum gewesen zu sein. Vielmehr habe er sich das Wissen seines Rechtsvertreters (dass «allein das Beharren auf der Zustellung einer anfechtbaren Verfügung keine klare Willensäusserung darstelle, die betreffende Rechtslage zu ändern») zurechnen zu lassen.
2.- Es trifft zu, dass es dem Beschwerdeführer in seinen verschiedenen Eingaben um die seiner Ansicht nach bisher nicht erfolgte formgültige Eröffnung der Verfügung vom 1. November 1998 ging. Schon im Schreiben vom 25. Februar hatte er geltend gemacht, diesen Verwaltungsakt nicht erhalten zu haben, weshalb er nochmals um dessen Zustellung ersuche. In gleichem Sinne äusserte sich sein Vater in seiner Eingabe vom 19. März 1999. Und auch nach Zusendung einer Kopie davon verlangte er im Schreiben vom 15. April 1999 wiederum die Zustellung einer «rekursfähigen» Verfügung. Ob darin ein erkennbar auf die Änderung der durch die Ablehnung der Anspruchsberechtigung geschaffenen Rechtslage (<ref-ruling> Erw. 2b; ZAK 1988 S. 459 Erw. 3a) gerichteter Anfechtungswille zu erblicken ist, was die Vorinstanz verneint hat, ist zweifelhaft. Darauf kann es indessen aus den nachstehenden Gründen nicht ankommen.
3.- War die IV-Stelle der Auffassung, die am 1. November 1998 verfügte Rentenablehnung sei formgültig eröffnet worden und demzufolge die Rechtsmittelfrist am 25. Februar 1999 (längstens) abgelaufen, wäre sie verpflichtet gewesen, auf die Schreiben vom 25. Februar und 19. März 1999 hin die Sache an das kantonale Sozialversicherungsgericht zur Prüfung dieser Frage zu überweisen. Sie durfte es nicht dabei bewenden lassen, dem Versicherten am 13. April 1999 mitzuteilen, sie erachte diese Verfügung als zugestellt und mit der Zusendung einer Kopie davon werde die Beschwerdefrist nicht neu eröffnet.
Gelangte umgekehrt die IV-Stelle später zur Auffassung, die Verfügung vom 1. November 1998 habe mangels Beweis des Gegenteils als nicht formgültig eröffnet zu gelten, hätte sie dies an sich nachholen müssen. Sie hat indessen davon abgesehen und die Sache an die Beschwerdeinstanz zur materiellen Beurteilung überwiesen, dies aus der Überlegung heraus, mit der Zusendung einer Kopie des fraglichen Verwaltungsaktes am 13. April 1999 könne dieser als zugestellt gelten und sei demzufolge trotz Eingabe bei einer unzuständigen Verwaltungsbehörde rechtzeitig am 15. April 1999 angefochten worden (vgl. Art. 107 Abs. 1 OG und <ref-ruling> f. Erw. 2).
4.- Nach dem Gesagten wird die Vorinstanz zu entscheiden haben, ob die am 1. November 1998 erlassene Verfügung formgültig eröffnet worden war. Verneinendenfalls hat sie dem Versicherten eine angemessene Frist zur Einreichung einer den gesetzlichen Anforderungen genügenden Beschwerde einzuräumen (<ref-law>; <ref-ruling> Erw. 2b) und diese materiell zu prüfen.
5.- Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario). Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der IV-Stelle aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG).
Dem Beschwerdeführer steht eine Parteientschädigung zu (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG; SVR 1997 IV Nr. 110 S. 341).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
gutgeheissen, dass der Beschluss vom 16. Oktober 2000
aufgehoben und die Sache an das Sozialversicherungs-
gericht des Kantons Zürich zurückgewiesen wird, damit
es im Sinne der Erwägungen verfahre.
II. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der IV-Stelle
des Kantons Zürich auferlegt.
III. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 500.- wird dem
Beschwerdeführer rückerstattet.
IV. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat dem Beschwerde-
führer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Ver-
sicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezah-
len.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversiche-
rungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 28. Februar 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident Der Gerichts der IV. Kammer: schreiber: