Sachverhalt:
A. A X._ betrieb im Jahr 2005 in C._ eine Zahnarztpraxis. Seine Ehefrau, ebenfalls Zahnärztin, arbeitete in der Praxis mit, wofür ihr gemäss Jahresrechnung 2005 ein Lohn von Fr. 16'800.-- ausgerichtet wurde. Diesen Betrag deklarierte das Ehepaar auch als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit der Ehefrau.
Bei der Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern 2005 setzte die Steuerverwaltung den Sonderabzug aufgrund Erwerbstätigkeit beider Ehegatten (sog. Zweitverdienerabzug) auf Fr. 1'680.-- (10 Prozent des Einkommens der Ehefrau) fest, während sie in den Jahren zuvor jeweils einen Abzug von Fr. 5'000.-- zugelassen hatte. Die Einsprache, die das Ehepaar X._ gegen die Veranlagung 2005 erhob, wurde am 30. Oktober 2006 bezüglich des Zweitverdienerabzugs abgewiesen. Gleich entschied am 25. Juni 2007 die Steuerrekurskommission des Kantons Glarus. Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus hiess dagegen am 29. Oktober 2008 die Beschwerde der Eheleute X._ gut und liess als Zweitverdienerabzug bei den Staats- und Gemeindesteuern 2005 den Betrag von Fr. 5'000.-- zu. Es wies die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung zurück.
B. Die Steuerverwaltung des Kantons Glarus beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 24. November 2008, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. Oktober 2008 aufzuheben und die Veranlagung gemäss Einspracheentscheid vom 5. September 2007 (recte: 30. Oktober 2006) vorzunehmen.
Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde. Denselben Antrag stellen sinngemäss die Beschwerdegegner. Die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet.

Erwägungen:
1. Die kantonale Steuerverwaltung Glarus ist gemäss <ref-law> und Art. 73 Abs. 1 und 2 StHG (SR 642.14) in Verbindung mit Art. 132 des Steuergesetzes des Kantons Glarus vom 7. Mai 2000 (StG/GL) zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Sie kann den Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts anfechten, gleich ob dieser als End- oder als Zwischenentscheid zu qualifizieren ist (vgl. Art. 90 und 93 Abs. 1 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 1.3 S. 127 f.; Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3 mit Hinweisen). Trotz Art. 73 Abs. 3 StHG - kassatorische Natur der Beschwerde im Steuerharmonisierungsrecht - ist nicht nur der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Urteils zulässig, sondern auch derjenige auf Veranlagung gemäss dem Einsprache- bzw. Rekursentscheid (vgl. <ref-law> als lex posterior; <ref-ruling> E. 1.5 S. 190 ff.).
2. Streitgegenstand bildet die Höhe des Zweitverdienerabzugs, der den Beschwerdegegnern bei den Staats- und Gemeindesteuern 2005 zusteht.
2.1 Nach Art. 31 Abs. 2 StG/GL in der für das Steuerjahr 2005 geltenden Fassung steht gemeinsam steuerpflichtigen Ehegatten, die beide erwerbstätig sind, vom niedrigeren der beiden Erwerbseinkommen ein Abzug von 10 Prozent, höchstens aber Fr. 5'000.-- zu (Halbsatz 1); ein gleicher Abzug bis zu Fr. 5'000.-- wird bei erheblicher Mitarbeit eines Ehegatten im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten gewährt (Halbsatz 2). Diese Norm führt auf kantonaler Ebene den in Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG vorgesehenen Abzug näher aus. Nach der Letzteren ist bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten Betrag ein Abzug vom Erwerbseinkommen zu gewähren, das ein Ehegatte unabhängig vom Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten erzielt; die Kantone können ausserdem einen gleichartigen Abzug vorsehen bei erheblicher Mitarbeit eines Ehegatten im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten.
2.2 Bei der direkten Bundessteuer galt bis zum 31. Dezember 2007 eine vergleichbare Regelung. Nach <ref-law> (AS 1991 1184 1197) wurden, wenn Ehegatten in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe lebten, vom Erwerbseinkommen, das ein Ehegatte unabhängig vom Beruf, Geschäft oder Gewerbe des anderen Ehegatten erzielt, ursprünglich Fr. 5'400.-- abgezogen; dieser Betrag war unter anderem für das Steuerjahr 2005 gemäss Art. 3 Abs. 3 der bundesrätlichen Verordnung vom 4. März 1996 über die kalte Progression (SR 642.119.2 und AS 1996 1118) auf Fr. 6'400.-- erhöht worden. Ein gleicher Abzug war zulässig bei erheblicher Mitarbeit eines Ehegatten im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des anderen Ehegatten (aArt. 33 Abs. 2 Halbsatz 2 DBG). Der Bundesgesetzgeber beschloss am 6. Oktober 2006 Sofortmassnahmen im Bereich der Ehegattenbesteuerung und regelte dabei den Zweitverdienerabzug neu. Nach dieser seit dem 1. Januar 2008 geltenden Fassung von <ref-law> (AS 2007 615 f.) werden, wenn Ehegatten in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe leben und beide ein Erwerbseinkommen erzielen, vom niedrigeren Erwerbseinkommen 50 Prozent, jedoch mindestens Fr. 7'000.-- und höchstens Fr. 11'500.-- abgezogen. Bei erheblicher Mitarbeit eines Ehegatten im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern Ehegatten oder bei gemeinsamer selbständiger Erwerbstätigkeit wird jedem Ehegatten die Hälfte des gemeinsamen Erwerbseinkommens zugewiesen. Eine abweichende Aufteilung ist vom Ehepaar nachzuweisen.
3. Die Vorinstanz erklärt, dass Art. 31 Abs. 2 StG/GL im Lichte von Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG und der Praxis, wie sie bei der direkten Bundessteuer bestehe, auszulegen sei. Da die Ehefrau keine vom Gewerbe des Ehemanns unabhängige Tätigkeit ausübe, sondern in der Praxis mitarbeite, sei der Zweitverdienerabzug nicht vom niedrigeren Einkommen vorzunehmen. Er habe vielmehr von der Hälfte des gemeinsam erzielten Einkommens zu erfolgen. Das bedeute, dass die Eheleute X._ den maximal zulässigen Betrag von Fr. 5'000.-- abziehen könnten.
Die kantonale Steuerverwaltung macht demgegenüber geltend, nach dem Massgeblichkeitsprinzip sei auf die von den Eheleuten eingereichte Jahresrechnung 2005 abzustellen. Danach belaufe sich das Einkommen der Ehefrau für das Jahr 2005 auf Fr. 16'800.--. Dieser Betrag sei im Vergleich zum gesamten aus der Zahnarztpraxis erzielten Einkommen nicht erheblich im Sinne von Art. 31 Abs. 2 StG/GL, so dass ein Abzug wegen Mitarbeit eines Ehegatten im Geschäft des anderen nicht in Betracht komme. Es sei nur ein Zweitverdienerabzug von 10 Prozent des deklarierten Einkommens der Ehefrau, also Fr. 1'680.--, zulässig.
4. Die vorinstanzliche Rechtsanwendung wird von der kantonalen Steuerverwaltung als Beschwerdeführerin zwar in verschiedener Hinsicht kritisiert. Sie legt jedoch nicht ausdrücklich dar, welche Normen inwiefern verletzt sein sollen. Anstatt sich mit dem angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen, wie dies <ref-law> verlangt, beschränkt sie sich weitgehend auf die Wiederholung ihres früheren Standpunkts und auf die Wiedergabe von Erwägungen, die sich im Entscheid der Steuerrekurskommission vom 25. Juni 2007 finden. Sinngemäss kann der Beschwerde immerhin die Rüge einer Verletzung von Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG sowie von Art. 31 Abs. 2 StG/GL entnommen werden. Eine Verletzung kantonalen Rechts kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten indessen nicht vorgebracht werden (vgl. <ref-law>). Zulässig wäre einzig die Rüge, Art. 31 Abs. 2 StG/GL sei willkürlich angewendet worden. Eine solche Rüge müsste allerdings ausdrücklich erhoben und begründet werden (<ref-law> und <ref-ruling> E. 3 S. 351 f. mit Hinweisen). Hieran fehlt es.
Es ist daher lediglich zu prüfen, ob der angefochtene Entscheid Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG verletzt.
5. Die zuletzt genannte Bestimmung sieht den Zweitverdienerabzug für zwei Fälle vor. Einerseits kommt er zum Zug, wenn ein Ehegatte unabhängig von der Tätigkeit des anderen ein Einkommen erzielt; anderseits findet er Anwendung, wenn ein Ehegatte im Beruf, Geschäft oder Gewerbe des andern erheblich mitarbeitet.
Nach den vorinstanzlichen Feststellungen hat B X._ das fragliche Einkommen durch Arbeit in der Zahnarztpraxis ihres Ehemanns erzielt. Die Vorinstanz hat zu Recht angenommen, dass in dieser Situation der Zweitverdienerabzug nach der zweiten Variante von Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG zu bestimmen ist. Dem steht nicht entgegen, dass die fragliche Mitarbeit in der Steuererklärung als unselbständige Erwerbstätigkeit deklariert wird (vgl. Ziff. 2 und 3 des Kreisschreibens Nr. 13 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 28. Juli 1994 zum Abzug bei Erwerbstätigkeit beider Ehegatten, in ASA 63 S. 281 f.; Peter Locher, Kommentar zum DBG, 2001, N. 97 - 101 zu <ref-law>).
Ebenso wenig ist zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die Mitarbeit der Ehefrau als erheblich qualifiziert. Nach der Praxis ist die Erheblichkeit zu bejahen, wenn die Mitarbeit regelmässig und in einem Ausmass erfolgt, dass einem Dritten dafür ein jährlicher Lohn mindestens in der Höhe des gesetzlichen Abzugs bezahlt werden müsste (vgl. Ziff. 2 Ingress des erwähnten Kreisschreibens; Urteil 2A.76/1992 vom 30. September 1992 E. 4, auszugsweise publ. in StR 48/1993 S. 552). Diese Voraussetzung ist ohne weiteres erfüllt, da der Abzug gemäss <ref-law>, auf den sich diese Praxis bezieht, Fr. 5'400.-- bzw. ab dem Jahr 1996 Fr. 6'400.-- (s. E. 2.2 hievor) betrug und der Lohn der Ehefrau für ihre Mitarbeit höher ist. Es kommt hinzu, dass weder Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG noch Art. 31 Abs. 2 StG/GL einen solchen fixen Abzug vorsehen, so dass die Erheblichkeit allenfalls auch bei einer geringfügigeren Mitarbeit bejaht werden könnte.
Es verletzt demnach Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG nicht, wenn die Vorinstanz den Beschwerdegegnern einen Zweitverdienerabzug nach der zweiten Variante (Mitarbeit eines Ehegatten im Geschäft des anderen) gewährt.
6. Das Steuerharmonisierungsgesetz überlässt es ausdrücklich den Kantonen, die Höhe und Bemessung des Zweitverdienerabzugs zu bestimmen. Die Vorinstanz nimmt demgegenüber an, Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG schreibe den Kantonen vor, der Berechnung des Abzugs die Hälfte des gemeinsam erzielten Einkommens zugrundezulegen. Diese Lösung wurde bei der Revision von <ref-law> getroffen, um die Bestimmung des Abzugs zu vereinfachen (vgl. Botschaft vom 17. Mai 2006 zu den Sofortmassnahmen im Bereich der Ehepaarbesteuerung, BBl 2006 S. 4492). Diese Revision bezog sich jedoch allein auf die direkte Bundessteuer und erstreckte sich nicht auf das Steuerharmonisierungsgesetz. Die Kantone können deshalb die Bemessung des Abzugs auch nach der erwähnten Revision selber festlegen. Das gilt erst recht für den Zeitraum vor deren Inkrafttreten.
Die Vorinstanz legt ihrem Entscheid somit eine unzutreffende Auslegung von Art. 9 Abs. 2 lit. k StHG zugrunde. Sie hat dadurch Bundesrecht angewendet, anstatt den fraglichen Zweitverdienerabzug allein nach Art. 31 Abs. 2 StG/GL zu bestimmen. Dieses Vorgehen stellt eine Bundesrechtsverletzung dar (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 12; <ref-ruling> E. 2.8 S. 227).
7. Die Beschwerde erweist sich somit in dem Umfang, in dem auf sie einzutreten ist, als begründet. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Da sich die Vorinstanz nicht zur Anwendung von Art. 31 Abs. 2 StG/GL unter Berücksichtigung des den Kantonen insoweit überlassenen Freiraumes geäussert hat, ist ihr die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen (vgl. <ref-law>).
8. Bei diesem Ausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdegegnern aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG). Parteientschädigungen werden für das vorliegende Verfahren nicht geschuldet (vgl. <ref-law>). Die Vorinstanz wird über die Kosten- und Entschädigungsfolgen für das kantonale Verfahren neu zu befinden haben (vgl. Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Glarus vom 29. Oktober 2008 wird aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an diese Instanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdegegnern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus, I. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Merz