Faits:
A. Par arrêté du 24 mars 2004, le Conseil d'Etat genevois a classé les bâtiments G912, G913 (parcelle n° 5750 de la commune de Genève), G900 à G904 (parcelle n° 5754), G948 (parcelles n° 5755 et 5758) et G905 (parcelle n° 6712). Situés à l'angle rue de Chantepoulet-rue du Cendrier et propriété (à l'exception de l'immeuble G948) de la société Mont-Blanc Centre SA, ces immeubles forment le complexe "Mont-Blanc centre - Cinéma Plaza". Oeuvre de l'architecte genevois Marc-Joseph Saugey, l'ensemble se compose du cinéma Plaza (construit en 1951-1953), du bâtiment n° 5 de la rue Chantepoulet (construit en (1954-1955) et de deux tours à la rue du Cendrier (construites en 1958-1968). Le classement était motivé par l'intérêt historique et technique des bâtiments.
Sur recours de Mont-Blanc Centre SA, le Tribunal administratif genevois a, par arrêt du 7 mars 2006, renvoyé la cause au Conseil d'Etat afin qu'il procède à une étude claire et complète des conséquences du classement pour ce qui concerne la salle de cinéma. Il y avait lieu de déterminer si celui-ci permettait un rendement acceptable ou s'il convenait d'envisager d'autres possibilités d'aménagement. Pour le surplus, l'arrêté de classement était confirmé.
Le recours déposé par Mont-Blanc Centre SA au Tribunal fédéral contre cette décision a été déclaré irrecevable par arrêt du 9 août 2006 (cause 1P.258/2006); le renvoi au Conseil d'Etat n'était pas une décision finale et la propriétaire ne subissait pas de préjudice irréparable s'agissant uniquement d'un allongement de la procédure.
B. Le 28 janvier 2009, le Conseil d'Etat a rejeté la demande d'annulation du classement du cinéma Plaza présentée par Mont-Blanc Centre SA.
Par arrêt du 27 avril 2010, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours de l'intéressée contre la décision précitée et renvoyé la cause au Conseil d'Etat pour qu'il procède à une étude claire et complète des possibilités d'aménagement du cinéma Plaza et de leur rendement. La cour cantonale n'est pas revenue sur l'examen de la mesure de classement en tant qu'elle concernait les autres bâtiments du Mont-Blanc Centre, question qui avait été examinée dans son arrêt du 6 mars 2006 et qui n'avait pas fait l'objet du renvoi pour instruction complémentaire au Conseil d'Etat.
C. Le 30 novembre 2011, le Conseil d'Etat a annulé le chiffre 1 du dispositif de son arrêté du 24 mars 2004 en tant qu'il visait le classement du bâtiment abritant le cinéma Plaza. La demande d'annulation relative aux autres bâtiments situés dans le complexe "Mont-Blanc centre" a en revanche été déclarée irrecevable.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Mont-Blanc Centre SA demande au Tribunal fédéral d'annuler les arrêts du Tribunal administratif des 7 mars 2006 et 27 avril 2010, sauf en ce qu'ils concernent le cinéma Plaza, de constater que le classement des autres bâtiments du complexe dont elle est propriétaire est inconstitutionnel et, partant, d'annuler cette mesure. Elle se plaint pour l'essentiel d'une mauvaise application du droit cantonal relatif à la protection des monuments, d'une violation du principe de la proportionnalité et d'une inégalité de traitement.
La Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, qui a succédé au Tribunal administratif, s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de ses arrêts. Le Conseil d'Etat s'en rapporte à justice en ce qui concerne la recevabilité du recours. Au fond, il conclut au rejet du recours et à la confirmation des arrêts du Tribunal administratif des 7 mars 2006 et 27 avril 2010. Invitée à se déterminer, la société Patrimoine Suisse Genève a indiqué ne pas vouloir intervenir dans la procédure. La recourante a répliqué le 30 mai 2012; elle persiste dans les conclusions de son recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre des décisions rendues dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. En tant que propriétaire des immeubles concernés par la mesure de classement litigieuse, la recourante est particulièrement touchée par les arrêts attaqués et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à leur annulation ou à leur modification. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
1.2 La recourante demande l'annulation des arrêts du Tribunal administratif des 7 mars 2006 et 27 avril 2010.
1.2.1 L'arrêt du Tribunal administratif du 7 mars 2006 a confirmé le classement du complexe "Mont-Blanc Centre", à l'exception du cinéma Plaza, pour laquelle la cause a été renvoyée au Conseil d'Etat. Considérant que cette décision n'était pas finale, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours déposé à son encontre par la recourante.
Le 27 avril 2010, le Tribunal administratif a de nouveau renvoyé la cause au Conseil d'Etat s'agissant de la question du cinéma Plaza; il n'est toutefois pas revenu sur l'examen de la mesure de classement en tant qu'elle concernait les autres bâtiments du Mont-Blanc Centre.
Faisant suite à ce dernier renvoi, le Conseil d'Etat a, par arrêté du 30 novembre 2011, annulé la mesure de classement relative à la salle de cinéma Plaza et déclaré irrecevable la demande d'annulation de l'arrêté du 24 mars 2004 en tant qu'elle concernait les autres bâtiments du complexe.
1.2.2 Le classement du cinéma Plaza ayant été annulé, ce point n'est plus litigieux. En revanche, la question du classement des autres bâtiments du complexe Mont-Blanc Centre, liée à celle du cinéma Plaza n'a pas été examinée par le Tribunal fédéral, l'arrêt du Tribunal administratif, qui renvoyait la cause au Conseil d'Etat, ayant été considéré comme une décision incidente par le Tribunal fédéral (arrêt 1P.258/2006 du 9 août 2006). Un recours contre l'arrêt du Tribunal administratif du 27 avril 2010 aurait également été déclaré irrecevable (cf. <ref-law>). L'arrêté du Conseil d'Etat du 30 novembre 2011, qui fait suite au renvoi du dossier par le Tribunal administratif et refuse d'entrer en matière sur le classement des autres bâtiments du complexe Mont-Blanc Centre, met un terme définitif à la procédure à cet égard au niveau cantonal; la voie du recours en matière de droit public est par conséquent ouverte contre les arrêts des 7 mars 2006 et 27 avril 2010 en vertu de l'<ref-law>.
1.3 Les autres conditions de recevabilité sont remplies si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. La recourante se plaint tout d'abord d'une constatation incomplète des faits.
2.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer ceux-ci que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), ce qu'il lui appartient d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée. La correction du vice soulevé doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2.2 La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir occulté dans son raisonnement juridique les faits confirmés par les expertises financières relatives à l'impact du classement sur sa situation. Il s'agit des expertises Hiltbrand, Engel & Völkers ainsi que Rieben. Il ressort toutefois de l'arrêt du 27 avril 2010 que le Tribunal administratif a mentionné les expertises précitées, dont il a fait un résumé succinct. Comme le relève la recourante elle-même, il serait excessif d'attendre d'un juge qu'il reproduise chaque ligne d'un document scientifique auquel il se réfère. Dans ces conditions, il apparaît que les juges cantonaux n'ont pas procédé à une constatation inexacte des faits en résumant le contenu des expertises en question. Mal fondé, ce premier grief doit être rejeté et Tribunal fédéral est par conséquent lié par les faits retenus dans les arrêts des 7 mars 2006 et 27 avril 2010, conformément à l'<ref-law>.
3. Au fond, la recourante estime que la mesure de classement se fonde sur une application arbitraire de la loi cantonale du 4 juin 1976 sur la protection des monuments, de la nature et des sites (LPMNS).
Sauf dans les cas cités expressément à l'<ref-law>, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal ou communal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Autrement dit, le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et art. 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.; <ref-ruling> consid de 1.4.2 p. 254 et les références). Le recourant doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. En outre, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
4. La recourante fait valoir qu'en vertu de l'art. 10 al. 3 LPMNS, le Conseil d'Etat aurait dû déclarer la demande de classement déposée par la société d'art public (ci-après: la SAP) irrecevable.
L'art. 10 al. 3 LPMNS prévoit que si la demande de classement porte sur un immeuble dont la démolition ou la transformation a fait l'objet d'un préavis favorable de la commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après: la CMNS) et est prévue par une autorisation de construire ou de démolir en force, elle est sans délai déclarée irrecevable.
4.1 Il ressort du dossier que la SAP a demandé le classement du complexe Mont-Blanc Centre le 10 janvier 2002. Préalablement à cette demande, la recourante avait obtenu, le 30 juin 1997, une autorisation de rénovation des façades de ses immeubles, prolongée à cinq reprises, la dernière fois jusqu'en juillet 2003. La CMNS avait préavisé favorablement la demande de rénovation des façades, sous certaines réserves.
4.2 Le Tribunal administratif a retenu, dans son arrêt du 7 mars 2006, que l'autorisation de rénovation avait été préavisée favorablement par la CMNS, sous réserve de la réalisation de certaines conditions, dont la nécessité de soumettre les règles de menuiserie ainsi que le choix des matériaux et des teintes au service des monuments et des sites; cette condition avait été reprise par le département lors de la délivrance de l'autorisation, le 30 juin 1997. Lorsque la demande de classement des bâtiments de la recourante avait été déposée par la SAP, des propositions étaient étudiées par la CMNS et par le département pour permettre la rénovation des façades conformément à l'autorisation délivrée, et en particulier à la condition susmentionnée. Finalement, les travaux avaient été autorisés par le département le 14 avril 2003. Dans ces conditions, les juges cantonaux ont considéré que le Conseil d'Etat était fondé à statuer sur la demande de classement formulée par la SAP. Au surplus, les modifications apportées à l'art. 10 al. 3 LPMNS en 2004 et 2005 étaient motivées par le désir d'éviter les demandes de classement dilatoires. Or, en l'occurrence, la demande de classement n'avait nullement empêché l'autorisation et l'exécution des travaux de rénovation des façades.
La recourante tient ce raisonnement pour arbitraire. L'autorisation dont elle disposait, accordée en 1997 et prolongée jusqu'en 2004, était en force depuis moins de cinq ans lors du dépôt de la demande de classement. De plus, elle faisait l'objet d'un préavis favorable de la CMNS. Elle estime que les discussions relatives au prototype de façade ne suppriment en rien le caractère exécutoire et l'entrée en force de l'autorisation de construire de 1997. Par ailleurs, la demande de classement avait eu pour effet de stopper net le projet de façade qu'elle avait développé. Le département et la CMNS avaient par la suite prétexté de l'existence de la demande de classement pour refuser son prototype et l'obliger à réaliser un prototype financé et commandé par la direction du patrimoine et des sites.
4.3 En l'espèce, la recourante ne conteste pas que la demande de classement n'a pas empêché la mise en oeuvre de l'autorisation de construire obtenue le 30 juin 1997, de même que l'exécution des travaux de rénovation des façades. Or, le but de l'art. 10 al. 3 LPMNS est d'éviter les demandes de classement dilatoires, ce qui n'apparaît pas être le cas de la demande de la SAP; la recourante ne le prétend d'ailleurs pas. Au demeurant, l'impératif de conserver le caractère d'origine des bâtiments n'a pas coïncidé avec le dépôt de la demande de classement, cette exigence remontant déjà à l'époque de la délivrance de l'autorisation de construire, celle-ci étant assortie de conditions ad hoc touchant à la protection du patrimoine. A cela s'ajoute que, comme le souligne le Conseil d'Etat dans sa réponse du 29 mars 2012, l'autorisation de construire délivrée par le département en 1997, relative à la rénovation des façades, ne portait pas à proprement parler sur la démolition ou la transformation de bâtiments existants, mais sur des travaux d'entretien des immeubles. Il apparaît dès lors que le Tribunal administratif n'est pas tombé dans l'arbitraire en retenant que l'art. 10 al. 3 LPMNS n'imposait pas au Conseil d'Etat de déclarer d'emblée la demande de classement irrecevable.
5. La recourante considère que la LPMNS ne saurait servir de base légale au classement de façades entièrement reconstruites. Invoquant l'art. 1 let. a LPMNS, elle allègue que le but de la loi est le maintien de la substance matérielle originale des monuments et de prohiber les transformations lourdes, du type de celles imposées par le Conseil d'Etat pour les façades. Il serait dès lors arbitraire, après avoir imposé une reconstruction des façades, de classer ce pastiche. Cette démarche serait également contraire à la Charte de Venise.
5.1 Selon l'art. 1 let. a LPMNS, le but de cette loi est de conserver les monuments de l'histoire, de l'art ou de l'architecture et les antiquités immobilières ou mobilières situés ou trouvés dans le canton.
5.2 Dans son arrêt du 7 mars 2006, le Tribunal administratif a constaté que les façades des immeubles de la recourante avaient été rénovées. Cette rénovation, qui avait fait l'objet de nombreux rapports et préavis, respectait toutefois les éléments d'origine et ne dénaturait aucunement l'oeuvre de Saugey. Elle ne s'opposait ainsi pas au prononcé d'une mesure de classement. L'évolution en matière de conservation des monuments, et partant de leur classement, pouvait en effet se résumer en deux mots : "conserver n'est pas congeler".
La recourante ne partage pas l'avis des juges cantonaux. Selon la Chartre internationale sur la conservation et la restauration des monuments et des sites, adoptée par le 2ème congrès international des architectes et des techniciens des monuments historiques en 1964 (ci-après: la Chartre de Venise), la conservation des monuments devait se fonder sur le respect de la substance ancienne. Les opérations visant la reconstruction, et non pas la restauration des sites, constitueraient donc des "falsifications" et seraient inacceptables dans le contexte de la conservation du patrimoine. Le terme "conservation", dans le contexte de la LPMNS, visait le maintien de la substance originale des bâtiments.
5.3 Il est douteux que la motivation de la recourante soit suffisante sous l'angle de la démonstration de l'arbitraire (cf. consid. 3 ci-dessus). Celle-ci se contente en effet d'opposer son opinion à celle des juges cantonaux, sans démontrer en quoi cette dernière serait insoutenable. Quoi qu'il en soit, celle-ci n'apparaît pas déraisonnable. La recourante semble tout d'abord perdre de vue que ce ne sont pas les façades en tant que telles qui ont fait l'objet de la mesure de classement, mais les bâtiments eux-mêmes, ainsi que leurs éléments dignes d'intérêt qui en dépendent; selon les spécialistes, lesdits immeubles présentent une valeur historique et architecturale au point de faire partie du patrimoine construit de l'architecture moderne. La recourante ne conteste pas que la rénovation des façades respecte les éléments d'origine et ne dénature pas l'oeuvre de Saugey. Or, l'on ne voit pas que l'art. 1 let. a LPMNS exclurait la protection des monuments dont certains éléments d'origine n'ont pas pu être conservés. Ainsi que le relève le Conseil d'Etat, la plupart des monuments qui subsistent de nos jours ont fait l'objet, au travers de leur histoire, d'interventions diverses, plus ou moins importantes selon les cas, ce qui n'empêche pas a priori qu'ils puissent bénéficier d'une mesure de protection, tel un classement. Au surplus, la Chartre de Venise, qui traite des principes qui doivent présider à la conservation et à la restauration des monuments, laisse à chaque Etat signataire le soin d'en assurer l'application dans le cadre de leur propre culture et de leurs traditions. Elle n'impose aucun critère aux Etats concernant les mesures de protection adéquates (classement, mise à l'inventaire, etc.) et ne saurait par principe faire obstacle à la rénovation d'un bâtiment, voire au classement d'un bâtiment rénové.
Dans ces conditions, il apparaît que le Tribunal administratif n'a pas fait une application arbitraire de l'art. 1 LPMNS en considérant que la rénovation de la façade des immeubles du complexe Mont-Blanc Centre ne s'opposait pas au prononcé d'une mesure classement. La recourante se plaint dès lors en vain, dans ce contexte, de ce que le classement litigieux serait dépourvu de fondement légal.
6. La recourante conteste ensuite que la mesure querellée remplisse la condition de l'intérêt public imposée par l'art. 36 al. 2 Cst.
6.1 D'après la jurisprudence, les restrictions de la propriété ordonnées pour protéger les monuments et les sites naturels ou bâtis sont en principe d'intérêt public (<ref-ruling> consid. 2c p. 221; <ref-ruling> consid. 4b p. 309 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral examine librement si une mesure de protection est justifiée par un intérêt public suffisant; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il doit se prononcer sur de pures questions d'appréciation ou tenir compte de circonstances locales, dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui, notamment en matière de protection des monuments ou des sites (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités). Il appartient en effet de façon prioritaire aux autorités des cantons de définir les objets méritant protection (<ref-ruling> consid. 2c p. 222; <ref-ruling> consid. 3b p. 275; <ref-ruling> consid. 5c/bb p. 96; <ref-ruling> consid. 2b p. 397; cf. aussi <ref-ruling> consid. 4.1 p. 344).
Tout objet ne méritant pas une protection, il faut procéder à un examen global, objectif et basé sur des critères scientifiques, qui prenne en compte le contexte culturel, historique, artistique et urbanistique du bâtiment concerné. Les constructions qui sont les témoins et l'expression d'une situation historique, sociale, économique et technique particulière, doivent être conservés. De plus, la mesure ne doit pas être destinée à satisfaire uniquement un cercle restreint de spécialistes; elle doit au contraire apparaître légitime aux yeux du public ou d'une grande partie de la population, pour avoir en quelque sorte une valeur générale (arrêt 1P.79/2005 du 3 septembre 2005, in ZBl 2007 p. 83; ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 275; <ref-ruling> consid. 5a p. 389).
6.2 Dans le cas particulier, la recourante allègue que, contrairement à ce qu'a indiqué la SAP pour justifier sa demande de classement, le Mont-Blanc Centre n'est pas la première expérimentation constructive d'une façade rideau en aluminium en Suisse. Par ailleurs, l'architecture du complexe litigieux faisait l'objet d'un manque de reconnaissance, voire d'hostilité de la part du grand public. Même les utilisateurs et locataires des immeubles commerciaux n'appréciaient guère l'intérieur des bâtiments, qu'ils estimaient impropres à l'utilisation en l'état actuel et lui préféraient un aspect en meilleure adéquation avec leur activité commerciale et administrative. Enfin, la reconstruction des façades, tout comme l'annulation du classement du cinéma Plaza, supprimait l'intérêt de la conservation des immeubles du complexe.
6.3 Pour confirmer la décision de classement, le Tribunal administratif s'est fondé sur les préavis de la CMNS et du Conseil administratif de la ville de Genève, des 29 avril, respectivement 12 février 2003, lesquels étaient favorables au classement des immeubles litigieux. D'autres spécialistes s'étaient également exprimés sur les qualités des immeubles, à savoir le conservateur des monuments, le bureau d'architectes Richter et Dahl Rocha, les architectes F. Graf et J. Menoud et le professeur Reichlin. Ces spécialistes ont en particulier retenu la valeur historique, architecturale, technique et urbanistique de l'immeuble Mont-Blanc Centre, qui faisait partie du patrimoine construit de l'architecture moderne. La valeur du complexe se retrouvait encore dans la littérature spécialisée, selon laquelle cet immeuble de bureaux représentait un cas unique à Genève, tant au niveau des principes d'implantation, du contenu et de l'expression architecturale; il concrétisait d'idée d'un type de bâtiment nouveau, celui de l'immeuble commercial de l'après-guerre, véritable conteneur des fonctions urbaines modernes. L'expression architecturale du complexe s'exprimait notamment par ses façades; pour la première fois en Suisse, une façade rideau d'aluminium et de verre habillait un immeuble commercial.
6.4 Malgré les critiques de la recourante, il apparaît que les juges cantonaux n'avaient pas de raison de s'écarter de l'appréciation des diverses expertises et avis émanant de spécialistes, lesquels mettaient en avant le caractère particulier digne de protection du complexe Mont-Blanc Centre. Les considérations de l'intéressée ne permettent pas de minimiser l'oeuvre de l'architecte Saugey et de discuter que les bâtiments du complexe en cause présentent un intérêt historique, architectural, urbanistique et technique. En particulier, même à considérer qu'il ne s'agisse pas de façades-rideaux au sens strictement architectural du terme, le caractère novateur des façades ressort clairement de la littérature, ainsi que l'a relevé le Tribunal administratif. En tout état de cause, la décision de classement de l'ensemble n'a pas été dictée par le seul intérêt attaché à ses façades. La recourante ne conteste au demeurant pas que, même si la population n'avait pas eu à se prononcer sur la mesure de classement, ce complexe avait, depuis son édification, marqué la vie genevoise, comme il ressort de l'arrêt du 7 mars 2006. Il importe peu à cet égard que, selon l'intéressée, les bâtiments fassent l'objet d'un manque de reconnaissance, voire d'hostilité de la part du grand public, ce qui n'est d'ailleurs qu'une simple allégation. La recourante se plaint également en vain de ce que les utilisateurs n'apprécient guère l'intérieur des bâtiments, cet élément n'ayant aucune incidence sur leur intérêt architectural digne de protection. Quoi qu'il en soit, selon les faits retenus par le Tribunal administratif et qui lient le Tribunal fédéral, la distribution intérieure des locaux loués reste aménageable; cela correspondrait à la conception de Saugey, pour lequel la répartition de l'espace devait être adaptable aux besoins de chaque époque. Au demeurant, l'annulation du classement du cinéma Plaza ne prive pas le complexe Mont-Blanc Centre de son intérêt, sur le plan de sa valeur historique et architecturale. Sur le vu de l'ensemble de ces éléments, le Tribunal administratif n'a pas violé le droit fédéral en confirmant l'intérêt public du complexe litigieux.
Enfin, la recourante reproche sans succès aux juges cantonaux d'avoir commis un déni de justice en n'analysant pas certaines de ses objections. L'arrêt du 7 mars 2006 traite en effet de son grief relatif à l'absence d'un intérêt public suffisant et la motivation de la cour cantonale apparaît satisfaisante au point de vue du droit d'être entendu. Le prétendu déni de justice n'a de toute façon pas empêché la recourante de recourir sur cette question. En outre, en considérant que le Tribunal administratif avait procédé à une constatation arbitraire des faits pertinents pour la détermination de l'intérêt public, la recourante critique en réalité leur appréciation juridique, question de droit qui a été examinée avec le fond.
Il résulte de ce qui précède que le grief relatif à la détermination de l'intérêt public est mal fondé et le recours doit être rejeté sur ce point.
7. La recourante estime que la mesure de classement adoptée par les autorités cantonales viole le principe de la proportionnalité.
7.1 Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité); en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; <ref-ruling> consid. 2c et les arrêts cités). L'examen, par le Tribunal fédéral, de la proportionnalité d'une mesure de protection d'un bâtiment ou d'un site est en principe libre mais, comme pour l'intérêt public, il s'exerce avec une certaine retenue (cf. consid. 6.1 ci-dessus et la jurisprudence citée).
7.2 Selon la recourante, le classement aurait des effets dramatiques sous l'angle du confort et de la gestion des bâtiments et des conséquences économiques négatives. Les mesures liées au classement lui imposeraient des contraintes très importantes quant aux possibilités de démolition, reconstruction ou transformation des bâtiments, préjudiciables voire incompatibles avec l'objectif d'un rendement acceptable. D'après l'expertise Engel & Völkers du 10 décembre 2009, le préjudice subi en cas de maintien de la mesure est d'au moins 64'158'000 fr. L'expertise Hiltbrand l'estime à 56'000'000 fr. Le Tribunal administratif aurait entièrement omis d'analyser l'impact des mesures de classement, et tout particulièrement la rénovation des façades qui lui a été imposée dans ce cadre, commettant un déni de justice. De même, la pesée des intérêts effectuée par les juges cantonaux n'auraient pas tenu compte des aspects énergétiques liés à l'isolation des façades.
7.3 Il ressort de l'arrêt du 7 mars 2006 que, lors de la comparution personnelle et du transport sur place, il a été précisé que les contraintes se situaient au niveau de la façade, des structures et de la salle de cinéma. La distribution faisait partie de la typologie du bâtiment et devait être maintenue. Les surfaces des couloirs et des escaliers ne pouvaient dès lors pas être modifiées. En revanche, un remodelage des surfaces de bureaux à l'intérieur de celles-ci était possible. D'ailleurs des autorisations pour des modifications de cloisons avaient déjà été délivrées. La recourante pouvait ainsi continuer à réaliser des travaux dans ses bâtiments et répondre à la demande des locataires dans les limites susmentionnées. En particulier, la distribution intérieure des locaux loués restait aménageable. Cela répondait d'ailleurs à la conception de Saugey, pour lequel la répartition de l'espace devait être adaptable aux besoins de chaque époque. La cour cantonale a par conséquent considéré que, pour les immeubles qui abritaient les bureaux et les commerces, il n'y avait pas de violation du principe de la proportionnalité. Ce faisant, elle a répondu de façon suffisante du point de vue du droit d'être entendu au grief de la recourante et cette dernière se plaint en vain d'un déni de justice. Par ailleurs, il apparaît que la motivation des juges cantonaux échappe à la critique et que ceux-ci n'ont pas excédé leur large pouvoir d'appréciation. On peut en effet relever que, malgré les contraintes résultant de la mesure de classement, la recourante peut continuer à louer ses locaux et les adapter à la demande des locataires, en respectant certaines conditions. La mesure litigieuse ne l'empêche dès lors pas d'avoir un rendement, même si celui-ci n'est pas optimal, comme elle l'allègue, et d'utiliser ses immeubles à des fins commerciales. Les différents arguments de la recourante ne permettent pas de considérer que son intérêt privé à réaliser un bénéfice plus élevé primerait l'intérêt public à la protection du complexe Mont-Blanc Centre. La mesure de classement litigieuse est par conséquent conforme au principe de la proportionnalité et le grief doit être rejeté.
8. La recourante se plaint finalement d'une inégalité de traitement. Elle fait valoir que le complexe Mont-Blanc Centre comporte deux autres immeubles, propriété du groupe Axa-Winterthur, et que ceux-ci ont pu être modifiés. Comme l'ont relevé les juges cantonaux, la mesure de classement litigieuse inclut également les bâtiments propriétés de la Winterthur, sis à la rue du Cendrier 15 et 17. Il ne saurait dès lors y avoir d'inégalité de traitement. Il apparaît au demeurant que la recourante conteste plutôt les conditions de l'autorisation accordée à Axa-Winterthur en 1998, soit avant la mesure litigieuse. Or, le bien-fondé de cette autorisation ne fait pas l'objet du présent litige et n'a pas à être examiné céans.
9. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, au Conseil d'Etat du canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 7 septembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard