Sachverhalt:
A. Die Strafkammer des Kantonsgerichts Glarus sprach X._ mit Urteil vom 3. Mai 2006 unter anderem der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie der mehrfachen einfachen und groben Verletzung der Verkehrsregeln schuldig. Sie verurteilte ihn zu 30 Monaten Gefängnis und ordnete eine ambulante Massnahme an. Zudem widerrief die Strafkammer in einem Zusatzbeschluss die vom Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 30. September 1999 ausgesprochene bedingte Strafe von 16 Monaten Gefängnis. Die von X._ erklärte Appellation wies das Obergericht des Kantons Glarus mit Urteil vom 29. April 2008 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts vom 29. April 2008 sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Eventualiter sei der Schuldspruch des Kantonsgerichts Glarus vom 3. Mai 2006 zu bestätigen, und er sei mit einer Freiheitsstrafe von 16 Monaten - als Zusatzstrafe zum Entscheid der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat vom 28. April 2006 und zum Entscheid der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl vom 10. August 2006 - zu bestrafen, unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges bei einer Probezeit von drei Jahren. Ihm sei die Weisung zu erteilen, die im August 2006 begonnene ambulante Massnahme weiterzuführen. Die vom Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 30. September 1999 ausgesprochene Gefängnisstrafe sei nicht zu widerrufen.
Subeventualiter sei eine ambulante Massnahme anzuordnen und der Vollzug der auszusprechenden Freiheitsstrafe und der zu widerrufenen Gefängnisstrafe aufzuschieben.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht zutreffend von der Anwendbarkeit des neuen Rechts aus. Angesichts der angeordneten unbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten erweist sich zwar das neue Recht nicht als milder (<ref-law>). Für den Aufschub der Strafe zugunsten einer ambulanten Massnahme ist jedoch das neue Massnahmenrecht anwendbar (Art. 2 Abs. 1 der Schlussbestimmungen der Änderung des StGB vom 13. Dezember 2002).
2. Der Beschwerdeführer bringt zur Strafzumessung vor, die ausgesprochene Strafe von 30 Monaten sei zu hoch ausgefallen. Zudem sei die Begründung nicht ausreichend und wichtige Strafzumessungsfaktoren seien falsch gewichtet und vergessen worden.
2.1 Die Vorinstanz würdigt das Verschulden des Beschwerdeführers als sehr schwer. Unter Berücksichtigung von verschiedenen Straferhöhungsfaktoren erachtet sie eine "Ausgangsstrafe" von 72 Monaten als angemessen. In einem weiteren Schritt reduziert die Vorinstanz die Ausgangsstrafe aufgrund der Strafminderungsgründe. So die leicht- bis mittelgradig herabgesetzte Schuldfähigkeit des Beschwerdeführers, sein kooperatives Verhalten während der Untersuchung und seine familiär teilweise belastete Jugendzeit sowie sein bereits im Teenageralter einsetzender Drogenkonsum. Die Vorinstanz hält jedoch fest, dass der Beschwerdeführer eine solide Berufsausbildung abschliessen konnte und insofern eine gute Startmöglichkeit in die berufliche Zukunft erhalten habe. Hinsichtlich des Beschleunigungsgebots sei zu beachten, dass er die Untersuchung durch seine Flucht ins Ausland verzögert habe. Einzig zwischen der Appellationsverhandlung vom 9. März 2007 und der Anordnung eines Zweitgutachtens am 23. August 2007 sei eine etwas zu lange Zeitspanne verstrichen, was leicht strafmindernd zu berücksichtigen sei. Bei einer Gesamtwürdigung der Strafzumessungselemente sei die erstinstanzlich verhängte Freiheitsstrafe von 30 Monaten zu bestätigen. Dabei sei berücksichtigt, dass es sich um eine Zusatzstrafe gemäss <ref-law> zur bedingten Gefängnisstrafe von 3 Monaten (Entscheid der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat vom 28. April 2006) und zur unbedingten Gefängnisstrafe von 90 Tagen (Entscheid der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl vom 10. August 2006) handle (angefochtenes Urteil E. IV. S. 8 ff.).
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei nicht ersichtlich, in welchem Masse die Vorinstanz die einzelnen strafschärfenden Punkte gewichtet habe. Die Festlegung der "Ausgangsstrafe" von 72 Monaten sei somit nicht nachvollziehbar. Es ergebe sich auch nicht, wie die Vorinstanz die Strafminderungsgründe im Einzelnen gewichtet habe. Unter Berücksichtigung der Strafminderungsgründe sei die Freiheitsstrafe von 30 Monaten zudem selbst bei einer "Ausgangsstrafe" von 72 Monaten viel zu hoch ausgefallen. So sei sowohl für die leicht- bis mittelgradig herabgesetzte Schuldfähigkeit als auch für das Geständnis und das kooperative Verhalten je ein Abzug von 24 Monaten angemessen, was eine Freiheitsstrafe von 24 Monaten ergebe. Strafmindernd komme seine familiär belastete Jugendzeit und die Verletzung des Beschleunigungsgebots - welche zu wenig strafmindernd berücksichtigt worden sei - hinzu. Ausserdem sei nicht ersichtlich, wie die Vorinstanz das Asperationsprinzip nach <ref-law> genau angewendet habe. Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz habe wichtige Strafminderungsgründe nicht berücksichtigt. So die positive Entwicklung und der lange Zeitablauf seit der Tat sowie der Zweck des Betäubungsmittelhandels (Finanzierung seines Eigenkonsums).
2.3 Der auf den 1. Januar 2007 in Kraft getretene Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches hat die bisherigen Strafzumessungsgrundsätze in <ref-law> beibehalten. Danach misst das Gericht die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Der Begriff des Verschuldens bezieht sich auf den gesamten Unrechts- und Schuldgehalt der Straftat (<ref-ruling> E. 5.3.3 S. 11 mit Hinweis) und ist damit das wesentliche Strafzumessungskriterium (<ref-ruling> E. 2a S. 103). Das Verschulden des Beschwerdeführers wiegt sehr schwer. Angesichts einer theoretisch möglichen Höchststrafe von 20 Jahren führt die Vorinstanz zu Recht aus, dass die erstinstanzliche Strafe von 30 Monaten "an sich noch milde ausgefallen" sei. Sie hat alle wesentlichen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt und in nicht zu beanstandender Weise gewichtet. Es liegt im Ermessen der Vorinstanz, wie sie die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Die Überlegungen, die sie bei der Bemessung der Strafe vorgenommen hat, hat sie in den Grundzügen wiedergegeben, so dass die Strafzumessung nachvollziehbar ist (vgl. <ref-ruling>7 E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen auf das bisherige Recht). Demnach hat die Vorinstanz weder ihr Ermessen noch ihre Begründungspflicht verletzt.
3. Weiter rügt der Beschwerdeführer die Verweigerung des Strafaufschubs nach <ref-law>, eventualiter nach <ref-law>.
3.1 Nach dem bisherigen Recht setzte die Anordnung einer (stationären und ambulanten) therapeutischen Massnahme (Art. 42 und 43 aStGB) das Vorliegen einer Rückfallgefahr voraus. Mangels günstiger Prognose kam deshalb nach ständiger Rechtsprechung die Anordnung des bedingten Strafvollzuges (Art. 41 aStGB) von vornherein nicht in Frage. Dieser Grundsatz ist auch nach neuem Recht beizubehalten. Die Anordnung einer Massnahme setzt gemäss Art. 56 Abs. lit. a StGB die "Gefahr weiterer Straftaten" voraus. Deshalb kann der Vollzug der gleichzeitig ausgefällten Strafe nicht nach Art. 42 und 43 StGB, sondern nur nach Art. 57 Abs. 2 bzw. 63 Abs. 2 StGB aufgeschoben werden (Urteil 6B_268/2008 vom 2. März 2009 E. 6). Die Rüge der Verletzung von <ref-law> erweist sich folglich als unbegründet. Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz die Strafe zu Recht nicht aufgeschoben hat (<ref-law>).
3.2 Ist der Täter psychisch schwer gestört, ist er von Suchtstoffen oder in anderer Weise abhängig, so kann das Gericht anordnen, dass er nicht stationär, sondern ambulant behandelt wird, wenn der Täter eine mit Strafe bedrohte Tat verübt, die mit seinem Zustand in Zusammenhang steht und zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit dem Zustand des Täters in Zusammenhang stehender Taten begegnen (<ref-law>). Gemäss Abs. 2 der Bestimmung kann das Gericht den Vollzug einer zugleich ausgesprochenen unbedingten Freiheitsstrafe und den Widerruf einer vollziehbar erklärten Freiheitsstrafe zu Gunsten einer ambulanten Behandlung aufschieben, um der Art der Behandlung Rechnung zu tragen.
3.2.1 Die Vorinstanz führt dazu aus, der Beschwerdeführer befinde sich hinsichtlich seiner Persönlichkeits- und Drogenproblematik seit Ende August 2006 in ambulanter Behandlung an der psychiatrischen Universitätsklinik Zürich. Die Psychotherapie des Beschwerdeführers beinhalte eine Gesprächsstunde pro Woche. Zudem habe er regelmässig Urinproben abzuliefern. Aus fachlicher Sicht werde keine engmaschigere Therapie - gegebenenfalls verbunden mit der Abgabe von Medikamenten - erwogen. Die Vorinstanz fasst die Gutachten von Dr. med. B._ vom 4. April 2006 (kantonale act. 44 und 103), der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich vom 12. Februar 2007 und 28. Januar 2008 (kantonale act. 105 und 129) sowie der Psychiatrischen Dienste Graubünden vom 18. Dezember 2007 (kantonale act. 119) zusammen. Bei der Würdigung der fachärztlichen Standpunkte hält sie vorab fest, betreffend die Berichte der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich sei eine gewisse Zurückhaltung angezeigt. Zwischen der Berichterstatterin lic. phil. A._ und dem Beschwerdeführer bestehe ein bald zwei Jahre dauerndes und bis anhin positiv verlaufenes Therapieverhältnis, weshalb es naheliegend sei, dass sie sich für eine Behandlung in Freiheit einsetze. Es falle auf, dass sowohl lic. phil. A._ als auch Dr. med. B._ den Strafaufschub aufgrund der Persönlichkeitsstörung des Beschwerdeführers empfehlen würden. Die Diagnose im Gutachten der Psychiatrischen Dienste Graubünden relativiere dies erheblich, oder stosse es gar um, so dass ein wesentlicher Argumentationspfeiler der Befürworter eines Strafaufschubs in sich zusammenbrechen würde. Abgesehen davon würden die fachärztlichen Stellungnahmen insgesamt nicht den Schluss nahe legen, dass der Erfolg der Therapie bei einem gleichzeitigen Vollzug der Strafe ernstlich oder erheblich gefährdet würde. Wohl liege es in der Natur der Sache, dass es für das Gelingen der ambulanten Massnahme förderlich sein möge, wenn der Täter in Freiheit belassen und so gezielt mit neuen Lebenssituationen konfrontiert werde. Diese Feststellung ziehe aber nicht den Umkehrschluss nach sich, dass eine Behandlung während des Strafvollzugs keine Aussicht auf Erfolg habe. So würden die Gutachter der Psychiatrischen Dienste Graubünden auch bei einer strafbegleitenden Therapie durchaus hoffnungsvolle Ansätze auf ein gutes Gelingen sehen. Somit bestehe keine Veranlassung für einen Strafaufschub gemäss <ref-law> (angefochtenes Urteil E. VI. S. 19 ff.).
3.2.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe die fachärztlichen Standpunkte nicht richtig gewürdigt. Dr. med. B._ und die Gutachter der Psychiatrische Universitätsklinik Zürich würden zum klaren Ergebnis kommen, dass die ambulante Massnahme in Freiheit durchgeführt werden müsse und der Vollzug der Freiheitsstrafe den Erfolg der Massnahme ernstlich gefährden würde. Einzig das Gutachten der Psychiatrischen Dienste Graubünden komme zum Ergebnis, dass eine ambulante Massnahme durchaus strafbegleitend durchgeführt werden könnte. Gute Resozialisierungschancen und gute Erfolgsaussichten der bereits laufenden ambulanten Behandlung seien klar gegeben. Im Gegensatz dazu müssten die Auswirkungen eines möglichen Strafvollzugs auf die bisher freiwillig durchgeführte ambulante Therapie und Resozialisierung als negativ bewertet werden. Deshalb sei die auszusprechende Freiheitsstrafe und die zu widerrufende Gefängnisstrafe zu Gunsten der bereits begonnenen ambulanten Behandlung aufzuschieben.
3.2.3 Gemäss der Praxis des Bundesgerichtes gilt der Grundsatz, dass die Strafe vollstreckt und die ambulante Massnahme gleichzeitig durchgeführt wird. Es ist vom Ausnahmecharakter des Strafaufschubs auszugehen. Dies ergibt sich zwanglos auch aus dem Grundsatz der Subsidiarität von Massnahmen nach <ref-law>, der hier zur Anwendung gelangt. Solange eine Strafe allein geeignet ist, der Gefahr weiterer Straftaten zu begegnen, ist deren Anordnung vorzuziehen. Eine ambulante Massnahme und entsprechend auch der damit verbundene mögliche Aufschub der Strafe bedürfen einer besonderen Rechtfertigung (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 und 4.3 mit Hinweisen; MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, N. 39 Art. 63). Der Strafaufschub ist anzuordnen, wenn eine tatsächliche Aussicht auf erfolgreiche Behandlung durch den sofortigen Vollzug der ausgefällten Freiheitsstrafe erheblich beeinträchtigt würde. Die Therapie geht vor, falls eine sofortige Behandlung gute Resozialisierungschancen bietet, welche der Strafvollzug klarerweise verhindern oder vermindern würde. Zu berücksichtigen sind dabei einerseits die Auswirkungen des Strafvollzugs, die Erfolgsaussichten der ambulanten Behandlung sowie die bisherigen Therapiebemühungen, andererseits aber auch das kriminalpolitische Erfordernis, Straftaten schuldangemessen zu ahnden bzw. rechtskräftige Strafen grundsätzlich zu vollziehen. Unter dem Gesichtspunkt des Gleichheitsgebots muss der Behandlungsbedarf jedoch um so ausgeprägter sein, je länger die zugunsten der ambulanten Therapie aufzuschiebende Freiheitsstrafe ist. Die ambulante Massnahme darf im Übrigen nicht dazu missbraucht werden, den Vollzug der Strafe zu umgehen oder auf unbestimmte Zeit hinauszuschieben. Ein Aufschub muss sich aus Gründen der Heilbehandlung hinreichend rechtfertigen (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Der Sachrichter verfügt über ein weites Beurteilungsermessen, in welches das Bundesgericht nur bei Ermessensüberschreitung oder -missbrauch eingreifen kann (<ref-ruling> E. 4.4 mit Hinweisen).
3.2.4 Wie der Beschwerdeführer zutreffend vorbringt, verläuft die bisherige ambulante Massnahme erfolgreich. Zu beurteilen bleiben die negativen Folgen eines allfälligen Strafvollzugs. Dr. med. B._ hält die "ambulante Massnahme im Fall eines Strafvollzugs nicht in einer sinnvollen Weise durchführbar" und gemäss den Berichten der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich wäre "der Erfolg der ambulanten Massnahme durch den Vollzug der Strafe erheblich beeinträchtigt". Als Gründe nennen die Gutachten die Tatsache, dass die Bewältigung von Problemsituationen in der Freiheit besser durchführbar ist und die hohe Verfügbarkeit illegaler Suchtmittel den halbwegs gefestigten Umgang des Beschwerdeführers mit Kokain im Strafvollzug erschweren würde. Der Beschwerdeführer würde aus seinem beruflichen und sozialen Umfeld herausgerissen und der Abbruch der therapeutischen Beziehung zu seiner jetzigen Therapeutin wäre eher ungünstig. Diese allgemeinen destabilisierenden Folgen des Strafvollzugs reichen nicht zur Begründung eines Strafaufschubs (vgl. Urteil 6S.102/ 2005 vom 8. Juni 2005 E. 2.2). Hinzu kommt, dass zu vermeiden ist, Straftäter mit therapierbaren Persönlichkeitsstörungen in einem mit dem strafrechtlichen Schuldprinzip nicht mehr zu vereinbarendem Mass zu privilegieren. Dies gilt insbesondere bei längeren Freiheitsstrafen und bei Verurteilten, deren diagnostizierte Persönlichkeitsstörung nur zu einer leicht verminderten Schuldfähigkeit geführt hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 164 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer war leicht- bis mittelgradig herabgesetzt schuldfähig und wurde zu einer Freiheitsstrafe von 30 Monaten verurteilt. Ein Strafaufschub ist deshalb besonders zurückhaltend anzuordnen. Zwar wäre ein solcher im vorliegenden Fall erfolgsversprechender. Die Vorinstanz hat jedoch aus den vorab genannten Gründen und angesichts ihres weiten Ermessens kein Bundesrecht verletzt, indem sie die Strafe nicht aufgeschoben hat.
4. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts (<ref-law>) indem die Vorinstanz davon ausgehe, der Widerrufsbeschluss sei unangefochten in Rechtskraft erwachsen. Der Beschwerdeführer führt aus, er habe unter anderem gegen den Schuldspruch appelliert. Weil der eventuelle Widerruf der Vorstrafe mit dem angefochtenen Schuldspruch in engem Sachzusammenhang stehe, habe sich die Appellation auch gegen den im Zusatzbeschluss angeordneten Vollzug der Vorstrafe gerichtet. Zudem nenne der Zusatzbeschluss kein Rechtsmittel, so dass die Rechtsmittelfrist noch nicht zu laufen begonnen habe. Aus den genannten Gründen sei der Zusatzbeschluss noch nicht rechtskräftig geworden. Seit dem Ablauf der Probezeit seien mehr als drei Jahre vergangen, so dass gemäss <ref-law> der Widerruf nicht mehr angeordnet werden dürfe.
Die Vorinstanz hält fest, der Beschwerdeführer habe den Schuldspruch beantragen lassen. Insofern liege ein Rückzug der Appellation vor, so dass der Schuldspruch rechtskräftig geworden sei (angefochtenes Urteil E. III S. 7 f.). Der Beschwerdeführer setzt sich mit dieser Erwägung nicht auseinander.
Weiter führt die Vorinstanz aus, das Kantonsgericht habe in einem Zusatzbeschluss den Vollzug der bedingten Gefängnisstrafe von 16 Monaten angeordnet, zu welcher der Beschwerdeführer am 30. September 1999 verurteilt worden sei. Gegen den Widerrufsbeschluss habe der Beschwerdeführer keine Appellation erhoben, weshalb der Beschluss unangefochten in Rechtskraft erwachsen sei. Die Rechtskraft sei innert der Dreijahresfrist gemäss <ref-law> ergangen (angefochtenes Urteil E. VIII S. 27 f.). Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, Willkür darzutun. Die vorinstanzliche Auffassung ist weder in der Begründung noch im Entscheid unhaltbar (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148 mit Hinweisen).
Die Rüge der willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
5. Demgemäss ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Glarus schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz