A.- Le 16 mai 1989, les époux A._ ont pris à bail un appartement de cinq pièces au quatrième étage de l'immeuble M._, à Genève, dont la société Y._ est propriétaire. Le 20 novembre 1989, les parties ont signé un contrat de bail, avec effet rétroactif au 1er juin 1989, qui fixait des loyers mensuels échelonnés de 1'900 fr. à 2'050 fr. de juin 1989 au 31 mai 1992. Le même jour, les parties ont signé deux contrats de bail portant chacun sur une place de parc extérieure devant l'immeuble C._, à Genève, pour la même période, et prévoyant un loyer mensuel échelonné de 350 fr. à 400 fr. pour chaque place. La propriétaire était représentée par l'agence immobilière X._.
Par décision du 30 mars 1990, la Commission cantonale de recours instituée par la loi sur les constructions et les installations diverses (ci-après: la Commission de recours) a autorisé la société Y._ à transformer l'appartement remis à bail aux époux A._ et fixé le loyer à 18'000 fr. par an, charges non comprises, soit 1'500 fr.
par mois, pour une durée de cinq ans. Les travaux, déjà réalisés, consistaient dans la réfection complète de l'appartement.
Le 3 décembre 1990, les époux A._ ont conclu un contrat de bail portant sur une place de parc double au sous-sol de l'immeuble C._, pour un loyer mensuel de 250 fr.
Le 10 février 1992, la société Y._ a fait notifier aux époux A._ un avis de majoration de loyer portant ce dernier à 29'082 fr. par an, soit 2'423. 50 fr. par mois, dès le 1er juin 1992, l'échéance étant reportée au 1er juin 1993 d'entente avec la propriétaire.
D'après les époux A._, les parkings extérieurs étaient fictifs et ils avaient résilié les baux les concernant le 29 novembre 1993. Selon la propriétaire, ils avaient été mis à disposition des locataires le 1er juin 1989; ceux-ci avaient résilié une première fois les baux en 1993, avant de retirer leur résiliation pour la renouveler en 1997 à l'échéance du 31 octobre, la "sortie" effective datant du 6 novembre 1997.
B.- Par avis des 2 et 5 février 1999, X._ a avisé les époux A._ qu'elle résiliait le bail de l'appartement et du parking double en sous-sol en raison du non-paiement des loyers.
Le 18 février 1999, les locataires ont saisi la Commission cantonale de conciliation en matière de baux et loyers d'une requête visant à la constatation de la nullité des baux portant sur les deux parkings extérieurs, d'une part, et de l'inefficacité du congé concernant l'appartement, d'autre part, ainsi qu'à la restitution des loyers payés en trop, pour un montant total de 137'515 fr.80. Le même jour, ils ont informé le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: le Département) des loyers qu'ils avaient payés, en partant de l'idée que les importantes rénovations avaient dû donner lieu à la fixation du loyer conformément à la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation, du 22 juin 1989 (aLDTR).
C.- Par décision du 17 mai 1999, le Département a ordonné à la société Y._ et à X._, prises solidairement, de restituer aux époux A._ le trop-perçu de loyer pour la période allant du 1er juin 1989 au 31 mai 1994, soit un montant de 53'900 fr. avec intérêts à 5% dès la prise d'effet des différents loyers, composé de 30'800 fr. pour l'appartement de 5 pièces et de 23'100 fr. pour les "parkings extérieurs fictifs". Il leur a également infligé une amende administrative de 20'000 fr., solidairement entre elles.
Le 16 juin 1999, X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève en invoquant la violation du principe de la légalité et l'incompétence matérielle de cette autorité au profit du Tribunal des baux et loyers. Le 18 juin 1999, la société Y._ en a fait de même en faisant valoir la prescription de l'amende et l'illégalité de l'ordonnance de restitution du trop-perçu de loyer. Elle contestait en particulier les faits allégués par les locataires, notamment quant au caractère fictif de la location des deux parkings extérieurs.
Par arrêt du 21 décembre 1999, le Tribunal administratif a partiellement admis les recours, après les avoir joints, et a annulé les décisions du Département en tant qu'elles infligeaient aux sociétés une amende de 20'000 fr.
qu'il tenait pour prescrite. Il les a confirmées pour le surplus, après avoir considéré qu'un délai de prescription de dix ans était applicable à la restitution du trop-perçu de loyer ordonnée en vertu de l'art. 129 let. e de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses, du 14 avril 1988 (LCI), par analogie avec l'<ref-law> et la jurisprudence rendue dans des domaines parallèles.
D.- Par actes séparés du 2 février 2000, la société Y._ a déposé un recours de droit public et un recours de droit administratif contre l'arrêt du Tribunal administratif du 21 décembre 1999.
Dans la procédure de recours de droit public, elle conclut à l'annulation de cet arrêt et au renvoi de la cause devant le Tribunal administratif pour qu'il statue à nouveau dans le sens des considérants. Elle reproche à cette autorité d'avoir apprécié les preuves et constaté les faits de manière arbitraire en tenant pour établi le caractère fictif des baux concernant les places de parc extérieures sur la base des allégations des locataires, sans ordonner de mesures probatoires à ce sujet. A l'appui du recours de droit administratif, elle fait grief à la cour cantonale d'avoir appliqué la prescription décennale de l'<ref-law> en lieu et place de la prescription quinquennale des actions en paiement et en répétition de prestations périodiques, prévue à l'<ref-law>. Elle demande en conséquence au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué, de la mettre au bénéfice de l'<ref-law>, de dire que la prescription était atteinte pour les créances antérieures au 18 février 1994 et de dire que le droit à la répétition de l'indu porte sur la période allant du 18 février 1994 au 20 mai 1995.
Le Département conclut au rejet des recours dans la mesure de leur recevabilité. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. X._ n'a pas déposé d'observations.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2 p. 463). Le recourant a formé contre l'arrêt attaqué un recours de droit public et un recours de droit administratif. En vertu de la règle de la subsidiarité du recours de droit public énoncée à l'art. 84 al. 2 OJ, il convient d'examiner en premier lieu la recevabilité du recours de droit administratif (<ref-ruling> consid. 1 et les arrêts cités).
a) D'après la jurisprudence, cette voie de droit est ouverte contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance et qui sont fondées sur le droit fédéral - ou qui auraient dû l'être - pour autant qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ ou dans la législation spéciale ne soit réalisée. Le recours de droit administratif est aussi recevable contre les décisions cantonales fondées à la fois sur le droit fédéral et sur le droit cantonal dans la mesure où la violation de dispositions du droit fédéral directement applicable est en jeu (<ref-ruling> consid. 2a p. 13 et les arrêts cités). A l'inverse, ce n'est pas la voie du recours de droit administratif, mais celle du recours de droit public, qui est ouverte lorsqu'une décision repose formellement, à tort, sur le droit fédéral en lieu et place du droit cantonal. Ce qui est déterminant, à cet égard, ce n'est pas la norme qui a été formellement appliquée par le juge cantonal mais celle qui aurait dû l'être compte tenu du rapport juridique litigieux. Une décision est donc fondée sur le droit cantonal ou est censée l'être, lorsque celui-ci règle le domaine à considérer de manière autonome par rapport au droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2d p. 186/187 et les références citées).
En l'espèce, le Tribunal administratif a considéré que le délai de prescription de l'art. 137 al. 6 LCI, ayant trait aux amendes administratives, n'était pas applicable aux mesures administratives visées à l'art. 129 LCI; à défaut d'une autre disposition de la loi cantonale concernant la prescription de ces dernières, il a appliqué le droit civil fédéral à titre de droit cantonal supplétif pour régler la question de la prescription des mesures ordonnées en application de l'art. 129 let. e LCI. Dans ces conditions, seul le recours de droit public est ouvert pour contester l'application de l'<ref-law>, à l'exclusion du recours de droit administratif (<ref-ruling> consid. 2d déjà cité) ou du recours en réforme (<ref-ruling> consid. 3c p. 302 et les arrêts cités).
b) Le recours de droit administratif ne peut pas davantage être traité sur ce point comme un recours de droit public, car la recourante se borne à invoquer les art. 128 ch. 1 et 135 ch. 2 CO, sans expliquer en quoi l'application de l'<ref-law> par la cour cantonale serait contraire à un droit ou à un principe constitutionnel, comme l'exige l'art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 1b p. 495).
Au demeurant, la conversion du recours de droit administratif déclaré irrecevable n'entre pas en ligne de compte dès lors que la recourante a déposé le même jour un recours de droit public par acte séparé dans lequel elle aurait pu se plaindre d'une application arbitraire de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 272).
c) La recourante est personnellement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme l'obligation mise à sa charge de restituer une somme de 53'900 fr. aux époux A._ à titre de trop-perçu de loyers; elle a un intérêt personnel, actuel et juridiquement protégé à ce que cet arrêt soit annulé et a, partant, qualité pour recourir selon l'art. 88 OJ.
Sous réserve des conclusions qui vont au-delà de la simple annulation de l'arrêt attaqué et qui sont de ce fait irrecevables (<ref-ruling> consid. 1b p. 107; <ref-ruling> consid. 5a p. 96; <ref-ruling> consid. 4a p. 332 et les références citées), le recours de droit public répond au surplus aux exigences des art. 84 ss OJ.
2.- La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir arbitrairement constaté les faits en tenant pour établis le caractère fictif des baux à loyer relatifs aux parkings extérieurs et le caractère excessif des loyers encaissés.
a) La jurisprudence reconnaît au juge du fond un important pouvoir d'appréciation dans la constatation des faits et leur appréciation. Le Tribunal fédéral n'intervient en conséquence pour violation de l'art. 4 aCst. que si celui-ci a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il admet ou nie un fait pertinent en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et les éléments du dossier, lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte, lorsque les constatations de fait sont manifestement fausses ou encore lorsque l'appréciation des preuves se révèle insoutenable (<ref-ruling> consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).
b) Dans le cas particulier, le Tribunal administratif a retenu que les baux à loyer relatifs aux deux places de stationnement extérieures avaient pour objet "des parkings fictifs", suivant en cela la décision du Département du 17 mai 1999 qui mentionnait la perception de loyers "pour parkings extérieurs fictifs" à concurrence d'un montant total de 23'100 fr. Or, dans son mémoire de recours cantonal du 18 juin 1999, la société Y._ invoquait les deux contrats de bail du 20 novembre 1989 portant chacun sur un parking extérieur, en précisant qu'ils avaient été résiliés en 1997 et en contestant que les deux parkings extérieurs aient été loués de manière fictive.
Devant la contestation formelle d'une allégation de la partie adverse à la recourante, reposant sur des documents versés à la procédure, soit notamment des baux signés par les locataires, le Tribunal administratif avait l'obligation, en vertu des art. 20 et 76 de la loi genevoise sur la procédure administrative, du 12 septembre 1985 (LPA gen.), de vérifier si ces derniers étaient ou non entrés en jouissance des deux places de stationnement extérieures, en contrepartie des loyers mensuels payés pour leur libre disposition, le cas échéant en les entendant comme ceux-ci l'avaient d'ailleurs proposé ou en recourant aux divers moyens de preuve énumérés à l'art. 20 al. 2 LPA gen.
Par ailleurs, la location de quatre places de stationnement par les occupants d'un appartement de cinq pièces, sans qu'un besoin particulier ne soit allégué, peut paraître insolite. Il est également très suspect que les locataires, qui ont eux-mêmes signé les deux contrats de bail et qui les ont résiliés de leur propre initiative, aient indiqué au Département que ces contrats portaient sur des parkings extérieurs fictifs. Dans ces circonstances, il appartenait à la juridiction cantonale de procéder aux investigations nécessaires afin de connaître les raisons pour lesquelles ils avaient signé ces contrats, d'en déterminer les causes juridiques, réelles ou simulées, et de fixer la date de résiliation ainsi que celle de la date de libération effective des places de parc, elle aussi controversée. Seul l'établissement de ces faits pouvait permettre au Tribunal administratif de statuer sur le bien-fondé éventuel de l'ordre de restitution du trop-perçu de loyers, à tout le moins pour le montant de 23'100 fr. correspondant aux loyers des places de parc extérieures que le Département désigne comme "parkings extérieurs fictifs". En renonçant à entreprendre les mesures d'instruction nécessaires et en tenant pour acquis un fait reposant sur la seule allégation d'une partie et s'avérant contraire à des pièces de la procédure, ainsi qu'à d'autres considérations découlant du dossier, le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire.
c) Pour le surplus, le grief tiré de la constatation arbitraire des faits quant à l'encaissement de loyers excessifs pour l'appartement litigieux ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 1b p. 495 et les arrêts cités), ce qui entraîne son irrecevabilité.
d) Le recours doit par conséquent être partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, et l'arrêt attaqué partiellement annulé en tant qu'il confirme la décision du Département du 17 mai 1999 visant la société Y._ et lui ordonnant de restituer aux époux A._ le trop-perçu de loyers pour les parkings extérieurs, à concurrence de 23'100 fr. Il appartiendra au Tribunal administratif d'instruire et de statuer sur cette question des loyers perçus pour les parkings extérieurs, avec les incidences que cela comporte, le cas échéant, sur les frais de justice de la procédure cantonale.
3.- Vu l'issue des recours, un émolument judiciaire global de 5'000 fr. pour les deux procédures sera mis à la charge de la société Y._ (art. 156 al. 2 et 3 OJ).
Cette dernière a droit à une indemnité réduite de dépens, à la charge de l'Etat de Genève (art. 159 al. 1 et 3 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Déclare le recours de droit administratif irrecevable;
2. Admet partiellement le recours de droit public dans la mesure où il est recevable et annule partiellement l'arrêt attaqué dans le sens des considérants;
3. Met un émolument judiciaire de 5'000 fr. à la charge de la recourante;
4. Alloue une indemnité de dépens de 500 fr. à la recourante, à la charge de l'Etat de Genève;
5. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des parties, au Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Genève.
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Lausanne, le 13 avril 2000 PMN/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,