Sachverhalt:
A. X._ fuhr am 6. Oktober 2008, um 14.01 Uhr, mit einem Personenwagen auf der Autobahn A53 in Volketswil in Richtung Zürich, wobei sie mit einer Geschwindigkeit von 123 km/h statt der an dieser Stelle erlaubten 80 km/h unterwegs war.
Die Staatsanwaltschaft See/Oberland des Kantons Zürich verurteilte X._ am 17. Dezember 2008 wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln zu einer bedingten Geldstrafe von 18 Tagessätzen à 730 Franken und einer Busse von 2'500 Franken. Der Strafbefehl ist in Rechtskraft erwachsen.
B. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich entzog X._ den Führerausweis am 6. April 2009 für die Dauer von drei Monaten.
Der Regierungsrat des Kantons Zürich wies den Rekurs von X._ gegen diese Entzugsverfügung am 19. August 2009 ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde von X._ gegen diesen Rekursentscheid am 19. August 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und auf jegliche Massnahme zu verzichten, sie eventuell zu verwarnen oder ihr subeventuell den Ausweis für einen Monat zu entziehen.
D. Am 25. März 2010 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
E. Das Strassenverkehrsamt und das Verwaltungsgericht beantragen in ihren Vernehmlassungen unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen bzw. sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin rügt, das Verwaltungsgericht habe den Sachverhalt rein schematisch anhand der Höhe der Geschwindigkeitsüberschreitung im Sinn eines "Geschwindigkeitsstrafrechts bzw. -massnahmenvollzugs" gewürdigt und die konkreten Umstände ihres Falles ausser Acht gelassen; dadurch habe es die einschlägigen Bestimmungen des SVG sowie Art. 6 EMRK verletzt. Diese Rügen sind zulässig (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft, sofern ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss <ref-law> begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von <ref-law> als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Gemäss <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer schweren Widerhandlung, welche einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinn von <ref-law> entspricht (<ref-ruling> E. 3 S. 237), wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (Abs. 2 lit. a). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (<ref-law>).
2.2 Die Verwaltungsbehörde darf beim Entscheid über die Massnahme von den tatsächlichen Feststellungen des Strafrichters nur abweichen, wenn sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafrichter unbekannt waren, wenn sie zusätzliche Beweise erhebt oder wenn der Strafrichter bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht alle Rechtsfragen abgeklärt, namentlich die Verletzung bestimmter Verkehrsregeln übersehen hat (<ref-ruling> E. 1c/aa mit Hinweis). In der rechtlichen Würdigung des Sachverhalts - namentlich auch des Verschuldens - ist die Verwaltungsbehörde demgegenüber frei, ausser die rechtliche Qualifikation hängt stark von der Würdigung von Tatsachen ab, die der Strafrichter besser kennt, etwa weil er den Beschuldigten persönlich einvernommen hat (<ref-ruling> nicht publ. E. 3a; <ref-ruling> E. 1c/bb).
3. 3.1 Aus Gründen der Rechtsgleichheit hat das Bundesgericht für die Beurteilung von Geschwindigkeitsüberschreitungen präzise Regeln aufgestellt. Unabhängig von den konkreten Umständen liegt ein objektiv schwerer Fall unter anderem dann vor, wenn die Geschwindigkeitsüberschreitung auf einer Autobahn 35 km/h übersteigt. Diese Schematisierung entbindet die Entzugsbehörde allerdings nicht, den Umständen des Einzelfalles Rechnung zu tragen. Sie hat einerseits zu prüfen, ob besondere Umstände vorliegen, die die Verkehrsregelverletzung weniger gravierend erscheinen lassen, etwa wenn der Fahrer aus ernsthaften Gründen annahm, sich noch nicht oder nicht mehr in einer geschwindigkeitsbegrenzten Zone zu befinden. Anderseits sind die konkreten Umstände des Einzelfalles bei der Bemessung der Entzugsdauer zu berücksichtigen (Zusammenfassung der Rechtsprechung im Entscheid 1C_83/2008 vom 16. Oktober 2008 E. 2).
3.2 Die Beschwerdeführerin wurde am 17. Dezember 2008 wegen grober Verkehrsregelverletzung im Sinn von <ref-law> verurteilt. Auch wenn der in Rechtskraft erwachsene Strafbefehl nur summarisch begründet ist, ergibt sich aus ihm und der vom Staatsanwalt dazu nachträglich verfassten, erläuternden Aktennotiz vom 19. Februar 2009 jedenfalls, dass der Verurteilung in tatsächlicher Hinsicht der Vorwurf zugrunde liegt, die Beschwerdeführerin habe die signalisierte Geschwindigkeitsbeschränkung übersehen. Das setzt stillschweigend voraus, dass sie diese hätte erkennen können und müssen.
Indem die Beschwerdeführerin im Entzugsverfahren nunmehr vorbringt, sie hätte die entsprechende Signalisation gar nicht erkennen können, weil sie vor dem entsprechenden Verkehrsschild einen Lastwagen überholt habe, greift sie die tatsächliche Grundlage ihrer strafrechtlichen Verurteilung an. Diese ist indessen für die Entzugsbehörde nach der oben in E. 2.2 angeführten Rechtsprechung unter den gegebenen Umständen verbindlich. Der Einwand ist zudem auch in der Sache unbehelflich, da Geschwindigkeitsbegrenzungen auf Autobahnen, wie das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid unwidersprochen und zu Recht darlegt, beidseitig signalisiert sind. Das Gleiche gilt für ihren Einwand, sie sei "einige Zeit" vor der fotografisch dokumentierten Geschwindigkeitsmessung durch einen "Drängler" in Aufregung versetzt worden. Auch dieser Einwand hat im Strafbefehl keinen Niederschlag gefunden, und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern dieser ("einige Zeit" zurückliegende) Zwischenfall das überhöhte Tempo der Beschwerdeführerin erklären oder gar entschuldigen könnte; aus der Polizeifoto ergibt sich jedenfalls, dass sie im Zeitpunkt der Geschwindigkeitsmessung nicht bedrängt war, die Fahrbahn hinter ihr war, wie sie in der Beschwerde selber darlegt, zumindest etwa 60 m frei. Das Verwaltungsgericht hat damit keineswegs Bundesrecht verletzt, indem es die Geschwindigkeitsübertretung der Beschwerdeführerin entsprechend der strafrechtlichen Beurteilung als schweren Fall im Sinn von <ref-law> einstufte.
3.3 Die Beschwerdeführerin verfügt bei einer fast 40-jährigen Fahrpraxis über einen makellosen automobilistischen Leumund. Dieser Umstand spielt keine Rolle bei der Beurteilung, ob eine Verkehrsregelverletzung einen leichten, mittelschweren oder schweren Fall im Sinn der Art. 16a-c SVG darstellt. Hingegen kommt dem automobilistischen Leumund bei der Festsetzung der Administrativmassnahme ein grosses Gewicht zu. Das Verwaltungsgericht hat dies keineswegs verkannt und die Entzugsdauer auf das gesetzliche Minimum von drei Monaten festgelegt. Es hat damit seinen Ermessensspielraum zugunsten der Beschwerdeführerin voll ausgeschöpft, die Unterschreitung der gesetzlichen Minimaldauer ist unzulässig (oben E. 2.1).
4. Die Beschwerde erweist sich somit als offensichtlich unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Sicherheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi