Faits:
A.
A.a. La Commune de C._ est propriétaire de l'immeuble feuillet n° xxx du ban de C._ sur lequel est constitué un droit de superficie distinct et permanent feuillet n° yyy du ban de C._, dont est titulaire la société A._ SA (ci-après: A._ SA).
A.b. A._ SA a conclu un contrat d'entreprise générale avec la société B._ SA (ci-après: B._ SA) en vue de la construction d'un bâtiment comprenant un parking, des commerces et un EMS précisément sur le terrain sur lequel elle bénéficie de son droit de superficie.
A.c. En date du 25 septembre 2013, A._ SA ne s'étant pas acquittée du solde du prix à hauteur de zzz, deux requêtes distinctes ont été déposées par B._ SA auprès de la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura pour garantir le paiement. La première en vue de l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur le feuillet n° yyy du ban de C._, correspondant au droit de superficie dont bénéficie A._ SA, et la seconde visant l'inscription provisoire d'une hypothèque légale sur le feuillet n° xxx du ban de C._, correspondant au bien-fonds de la Commune de C._ sur lequel le droit de superficie est constitué. Cette deuxième requête était motivée par le fait que la requérante n'avait pu obtenir l'acte constitutif du droit de superficie distinct et permanent constitué en faveur de A._ SA, qu'elle ne disposait donc d'aucune garantie quant à l'existence juridique dudit droit et que, si la Commune de C._ n'était certes pas débitrice du montant dû, elle avait toutefois donné son accord à l'exécution des travaux.
A.d. Par ordonnance du 27 septembre 2013, la Juge civile a ordonné la jonction des deux requêtes, considérant qu'elles concernaient toutes deux un même complexe de faits.
A.e. Dans une seconde ordonnance du même jour, la Juge civile a ordonné, à titre superprovisionnel, l'inscription provisoire, au Registre foncier de C._, d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs en faveur de B._ SA, uniquement sur l'immeuble feuillet n° xxx du ban de C._.
A.f. A la suite d'une demande de précision de la Conservatrice du Registre foncier à ce sujet, la Juge civile a rendu, le 21 octobre 2013, une ordonnance rectificative au sens de l'<ref-law> constatant que le dispositif de l'ordonnance du 27 septembre 2013 était incomplet dès lors qu'il ne mentionnait que le seul feuillet n° xxx du ban de C._ et qu'il y avait lieu de le compléter en ce sens qu'elle a ordonné l'inscription provisoire d'une hypothèque légale en faveur de B._ SA également sur l'immeuble feuillet n° yyy du ban de C._.
B.
B.a. Par courrier du 28 octobre 2013, B._ SA a requis la radiation de l'hypothèque légale provisoire inscrite sur le feuillet n° xxx, requérant que l'entier du montant grève uniquement le feuillet n° yyy propriété de A._ SA, au motif que si l'existence juridique du droit de superficie sur lequel l'immeuble a été érigé n'avait d'emblée fait aucun doute, seul cet article aurait été visé par la requête d'inscription provisoire d'une hypothèque légale.
B.b. Par acte du 30 octobre 2013, A._ SA a déposé un recours contre l'ordonnance rectificative du 21 octobre 2013 auprès de la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
B.c. Par ordonnance du 8 novembre 2013, la Juge civile a décidé de suspendre le cas au sens de l'<ref-law> jusqu'à droit connu au sujet du recours interjeté par A._ SA contre sa décision de rectification.
B.d. Par arrêt du 6 décembre 2013, le Tribunal cantonal a rejeté ledit recours.
C.
Par acte du 10 janvier 2014, A._ SA forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre la décision du 6 décembre 2013. Elle conclut principalement à ce qu'il soit dit et constaté que l'autorité de première instance ne pouvait valablement, par ordonnance rectificative du 21 octobre 2013, compléter d'office le dispositif de l'ordonnance de mesures superprovisionnelles du 27 septembre 2013 et que dite ordonnance rectificative soit par conséquent annulée. Ensuite de quoi, elle requiert également qu'il soit ordonné au Registre foncier de C._ de radier l'hypothèque légale provisoire inscrite sur le feuillet n° yyy du cadastre de C._. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et de l'ordonnance rectificative du 21 octobre 2013 et au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouvelle décision au sens des considérants. A l'appui de ses conclusions, elle invoque l'établissement manifestement inexact des faits au sens de l'<ref-law>, la violation des <ref-law> et 839 al. 2 CC, ainsi que des art. 9 et 26 Cst.
L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 et les références citées).
1.1. Le recours a été interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 et 76 al. 1 LTF), et est dirigé contre une décision rendue en matière civile (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>).
1.2. Selon la jurisprudence, la décision, fondée sur l'<ref-law>, qui refuse l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs constitue une décision finale au sens de l'<ref-law> dès lors que, si elle est maintenue, elle met fin à la procédure, le droit de requérir l'hypothèque s'éteignant par péremption en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2.2 et la jurisprudence citée).
En revanche, la décision qui autorise l'inscription provisoire d'une telle hypothèque légale se présente comme une mesure conservatoire, ordonnée provisoirement; elle doit en effet nécessairement être suivie, pour produire tous ses effets, d'une action au fond tendant à l'inscription définitive avec laquelle elle forme un tout; elle ne constitue qu'une étape vers le but recherché: l'inscription définitive. Une telle ordonnance ne constitue donc pas une décision finale au sens de l'<ref-law>, mais bien une décision incidente au sens de l'<ref-law>. Une telle décision n'est en outre pas susceptible de causer un préjudice irréparable au propriétaire visé au sens de l'<ref-law>. Le préjudice subi n'est en effet pas définitif, puisqu'il prend fin automatiquement si le requérant est débouté de son action en inscription définitive ou s'il n'introduit pas son action dans le délai fixé par le juge. Si l'inscription provisoire peut certes limiter les possibilités du recourant de disposer entre-temps de son immeuble, il s'agit toutefois de conséquences de nature purement économique. Par principe, l'éventualité prévue à l'<ref-law> ne peut pas non plus se réaliser en présence d'une décision qui autorise l'inscription provisoire étant donné qu'elle ne préjuge pas du fond ni n'est susceptible de mettre fin à la procédure. Il s'agit-là d'une décision conservatoire rendue sur la base des éléments de preuve immédiatement disponibles (<ref-law>) et dont la validité est subordonnée à l'ouverture d'une action en inscription définitive. En présence de telles décisions, ordonnant des mesures à titre provisoire pour la durée d'une procédure principale au fond pendante ou à la condition qu'une telle procédure soit introduite, l'hypothèse de l'<ref-law> est d'emblée exclue. En effet, cette éventualité est reprise de l'art. 50 al. 1a OJ (FF 2001 p. 4000 ss, 4131) et la jurisprudence relative à cette disposition de l'ancienne loi d'organisation judiciaire excluait de ses prévisions les décisions conservatoires ou provisoires, en particulier celles qui ordonnaient une inscription provisoire au registre foncier (<ref-ruling> précité consid. 1.2.3 et la jurisprudence et doctrine citée).
La même distinction entre la décision qui refuse l'inscription et celle qui l'autorise doit être faite lorsque l'inscription de l'hypothèque légale est ordonnée à titre superprovisionnel (arrêt 5A_808/2012 du 29 août 2013 consid. 3.1 avec les références aux arrêts cités; sur l'irrecevabilité du recours contre une décision de mesures superprovisionnelles en général, cf. <ref-ruling> consid. 1.1.1; <ref-ruling> consid. 1.2).
1.3. En l'espèce, la décision attaquée confirme une décision de rectification de la juge civile du 21 octobre 2013. Il s'agit d'une décision interprétée, respectivement rectifiée, au sens de l'<ref-law>, rendue à titre superprovisionnel, dans laquelle la juge a statué, à titre préjudiciel, sur le rescindant et, au fond, sur le rescisoire. D'ailleurs, lorsque le tribunal rend d'office une telle décision, ce qui est précisément le cas ici, il rend forcément une décision interprétée (Gasser/ Rickli, Schweizerische Zivilprozessordnung, Kurzkommentar, 2010, n° 9 ad <ref-law>) car on imagine mal qu'un tribunal rende d'office une décision sur interprétation pour constater qu'il n'y a rien à interpréter ou admette par décision séparée la nécessité d'une interprétation qu'il renverrait à une décision ultérieure (Schweizer, in: Code de procédure civile commenté, 2011, n° 18 ad <ref-law>). Conformément à la jurisprudence susmentionnée (cf. supra consid. 1.2), une telle décision, qui ordonne l'inscription provisoire à titre superprovisionnel - de même que celle qui l'ordonnera à titre provisionnel - d'une hypothèque légale autant sur le feuillet n° xxx que sur le feuillet n° yyy du ban de C._, ne remplit pas les conditions de l'<ref-law> et ne peut donc faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral.
2.
En définitive, le recours doit être déclaré irrecevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Jura, Cour civile.
Lausanne, le 17 avril 2014
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Hildbrand