Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 7. Dezember 1995 zweitinstanzlich unter anderem des Mordes schuldig und verurteilte sie zu einer lebenslänglichen Zuchthausstrafe. X._ verbüsste ihre Strafe in den Vollzugsanstalten Hindelbank und anderen Anstalten sowie während verschiedener Phasen in Spitälern und psychiatrischen Kliniken. Ab dem 28. Januar 2002 weilte sie im Psychiatriezentrum Rheinau (nachfolgend PZR). Seit dem 6. Januar 2009 befindet sich X._ in den Anstalten Hindelbank und seit dem 1. Juni 2009 im Normalvollzug.
B. Die Leitung des PZR versetzte X._ per 14. August 2008 in die Sicherheitsabteilung des PZR. Das Amt für Justizvollzug (nachfolgend Justizvollzug) verfügte am 21. August 2008 rückwirkend die Versetzung sowie die Sistierung der Urlaubs- und Ausgangsbewilligungen. Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Direktion der Justiz und des Innern (nachfolgend Justizdirektion) am 11. November 2008 ab.
Mit Verfügung vom 3. Oktober 2008 verweigerte der Justizvollzug die bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug zum frühstmöglichen Zeitpunkt. Dagegen rekurrierte X._. Die Justizdirektion wies den Rekurs am 19. Dezember 2008 ab.
C. X._ führte gegen die Entscheide der Justizdirektion Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches am 24. August 2009 die beiden Verfahren vereinigte. Das Verwaltungsgericht trat auf die Beschwerde gegen den Entscheid vom 11. November 2008 nicht ein. Die Beschwerde gegen den Entscheid vom 19. Dezember 2008 wies es ab.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und sie sei bedingt aus dem Strafvollzug zu entlassen. Ihr sei in den kantonalen Verfahren die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und den unterzeichnenden Rechtsanwalt als unentgeltlichen Rechtsbeistand zu bezeichnen. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das vorliegende Verfahren.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Verweigerung der bedingten Entlassung. Sie rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten.
1.1 Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>, BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254).
1.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das angefochtene Urteil enthalte an keiner Stelle eine umfassende Sachverhaltsfeststellung, die eine Anwendung von <ref-law> erlauben würde. Dabei legt sie nicht ausreichend dar, inwiefern der Sachverhalt unvollständig ist. Auf die Rüge ist nicht einzutreten (<ref-law>).
1.3 Weiter rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör. Sie bringt vor, sie habe zum psychiatrischen Gutachten keine Stellung nehmen können und sei vor dem Entscheid über die bedingte Entlassung nicht angehört worden. Obschon der Gutachter faktisch eine belastende Person sei, habe die Vorinstanz ihren Antrag auf Stellung von neun Zusatzfragen an den Gutachter abgewiesen. Dies verstosse gegen den Grundsatz des fairen Verfahrens. Zudem verfalle die Vorinstanz in Willkür, indem sie ein generelles Recht auf Stellung von Zusatzfragen nach Erstattung eines psychiatrischen Gutachtens verneine.
Die Vorinstanz führt aus, die Beschwerdeführerin habe sowohl den Gutachtenauftrag vom 12. Dezember 2007 als auch die Ergänzungsfragen vom 21. Mai 2008 in Kopie zur Kenntnisnahme erhalten. Sie habe erst am 27. August 2008 dem Justizvollzug beantragt, dem Experten Ergänzungsfragen zu stellen. Diese Fragen hätten sich entweder nicht auf das Gutachten bezogen oder seien für die Beurteilung nicht relevant gewesen. Zudem sei die Beschwerdeführerin am 25. August 2008, mithin vor dem Entscheid über ihre bedingte Entlassung, vom Justizvollzug angehört worden (angefochtenes Urteil E. 2.2 S. 9). Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Erwägungen nicht auseinander, sondern wiederholt ihre Ausführungen, welche sie in der Beschwerde an die Vorinstanz vorgebracht hat. Sie legt nicht substanziiert dar, inwiefern die Vorinstanz die verfassungsmässigen Rechte verletzt. Auf die Rügen ist nicht einzutreten (<ref-law>).
1.4 Schliesslich ist auf die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht nach <ref-law> mangels rechtsgenügender Begründung nicht einzutreten (<ref-law>). Die von der Beschwerdeführerin bemängelte Subsumtion ihrer Situation unter die in <ref-law> festgelegten Bedingungen zur Gewährung der bedingten Entlassung bezieht sich auf die rechtliche Würdigung (s. E. 2.4 hiernach).
2. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung von Art. 75 und <ref-law>.
2.1 Nach <ref-law> ist der Gefangene nach Verbüssung von zwei Dritteln, mindestens aber drei Monaten seiner Strafe bedingt zu entlassen, wenn es sein Verhalten im Strafvollzug rechtfertigt und nicht anzunehmen ist, er werde in Freiheit weitere Verbrechen oder Vergehen begehen. Die zuständige Behörde hat von Amtes wegen zu prüfen, ob der Gefangene bedingt entlassen werden kann; dabei hat sie diesen anzuhören und einen Bericht der Anstaltsleitung einzuholen (<ref-law>).
Die bedingte Entlassung stellt die vierte und letzte Stufe des Strafvollzuges dar und bildet die Regel, von der nur aus guten Gründen abgewichen werden darf. In dieser Stufe soll der Entlassene den Umgang mit der Freiheit erlernen, was nur in Freiheit möglich ist. Diesem rein spezialpräventiven Zweck stehen die Schutzbedürfnisse der Allgemeinheit gegenüber, welchen umso höheres Gewicht beizumessen ist, je hochwertiger die gefährdeten Rechtsgüter sind. Die Prognose über das künftige Wohlverhalten ist in einer Gesamtwürdigung zu erstellen, welche nebst dem Vorleben, der Persönlichkeit und dem Verhalten des Täters während des Strafvollzugs vor allem dessen neuere Einstellung zu seinen Taten, seine allfällige Besserung und die nach der Entlassung zu erwartenden Lebensverhältnisse berücksichtigt. Dabei steht der zuständigen Behörde ein Ermessensspielraum zu. Das Bundesgericht greift in die Beurteilung der Bewährungsaussicht nur ein, wenn sie ihr Ermessen über- oder unterschritten oder missbraucht und damit Bundesrecht verletzt hat. Eine Ermessensüberschreitung kann etwa darin liegen, auf eine Gesamtwürdigung aller für die Prognose relevanten Umstände zu verzichten und auf die Vorstrafen allein abzustellen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 203 f. mit Hinweisen).
2.2 Die Vorinstanz stellt der Beschwerdeführerin eine negative Legalprognose. Sie führt aus, die Justizdirektion habe gestützt auf das psychiatrische Gutachten vom 6. August 2008 von Dr. A._ und den Anstaltsbericht vom 22. Juli 2008 eine emotionale Instabilität und eine latente Selbst- und Fremdgefährdung der Beschwerdeführerin festgestellt. Die Justizdirektion begründe die Verweigerung der bedingten Entlassung nicht nur mit der Persönlichkeitsstörung, sondern auch mit den beschränkten Behandlungserfolgen und ungenügenden Copingstrategien. Angesichts dieser Defizite könne nach sechs Jahren Behandlung nicht von normaler Therapiemüdigkeit gesprochen werden. Es sei auch nicht zu beanstanden, dass die Justizdirektion das Arbeitsexternat als gescheitert erachte. Gemäss dem Bericht des PZR habe sich die Beschwerdeführerin teils aufgrund einer realen Überforderung mit bestimmten Arbeitsaufträgen zunehmend unter Druck gefühlt. Nach einem Unterbruch der Arbeitstätigkeit und einer vereinbarten Wiederaufnahme der Arbeit sei sie mehrere Tage unentschuldigt der Arbeit ferngeblieben. Die Vorinstanz führt weiter aus, das Gutachten von Dr. A._ erscheine detailliert, überzeugend und setze sich auch mit den früheren Erhebungen auseinander. Die Rückschläge in den Therapieerfolgen seien nicht nur somatischer, sondern auch psychischer Natur gewesen. Der Gutachter berücksichtige die Entwicklungen der Beschwerdeführerin im Strafvollzug und in der Therapie. Deshalb sei es nicht widersprüchlich, dass er die Persönlichkeitsstörung der Beschwerdeführerin höher gewichte als Dr. B._ im Gutachten von 1994. Dr. A._ lege ausführlich dar, weshalb er von einer moderaten Rückfallgefahr für eine Tötungshandlung bzw. schwere Körperverletzung ausgehe (angefochtenes Urteil S. 13 ff.).
2.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz übernehme kritiklos das Gutachten vom 6. August 2008, ohne die Prognose den jahrelang durchlebten Freizeitaktivitäten, Ausgängen und Urlauben gegenüber zu stellen. Gemäss früheren Berichten respektiere sie getroffene Abmachungen und finde sich in einem sozialen Netz zurecht. Dementsprechend sei ihr Ausgangsrayon bis hin zu Übernachtungen laufend erhöht worden. Das Arbeitsexternat habe sie wegen gesundheitlichen Problemen abgebrochen. Die Leitung des PZR habe der Wiederaufnahme opponiert und ihr ohne Erklärung das erneute Arbeitsexternat verweigert. Ihre Persönlichkeit und ihr Verhalten während des Strafvollzuges seien durch die psychischen und somatischen Beschwerden geprägt. In der Beurteilung der bedingten Entlassung sei ihre Situation auf die letzten zehn Monate fokussiert worden. Unberücksichtigt geblieben sei, dass sich ihre Situation mit dem Eintritt ins PZR, wo ihre Beschwerden erstmals als Krankheit anerkannt worden seien, verbessert habe. Weiter hätten weder der Justizvollzug noch die Justizdirektion trotz Nachfrage einen Vollzugsplan erstellt. Im Rahmen der Gesamtwürdigung sei zu berücksichtigen, dass ihr ein Vollzugsplan Halt und Perspektive gegeben hätte.
2.4 Entgegen dem Vorbringen der Beschwerdeführerin beruht die vorinstanzliche Legalprognose auf einer Gesamtwürdigung. Die Vorinstanz berücksichtigt nicht nur die aktuelle Situation der Beschwerdeführerin. Sie hält fest, die Probleme in der Therapierung der Beschwerdeführerin und deren Drohungen mit Selbstverletzungen seien bereits früher thematisiert worden. Dabei verweist die Vorinstanz unter anderem auf den Jahresbericht des PZR vom 8. Mai 2007 sowie auf den Therapiebericht des PZR vom 20. Mai 2005 (angefochtenes Urteil E. 5.2 S. 14 f.). Hinsichtlich des Arbeitsexternats stellt die Vorinstanz verbindlich fest, dass dieses aufgrund des Verhaltens der Beschwerdeführerin gescheitert ist (<ref-law>). Die Vorinstanz bezieht anlässlich ihrer Beurteilung der bedingten Entlassung auch den fehlenden Vollzugsplan ein. Sie führt aus, die Jahresberichte und Standortgespräche des PZR würden kaum einen Blick in die Zukunft werfen. Dies genüge den Anforderungen von <ref-law> nicht. Da die Voraussetzungen der bedingten Entlassung jedoch insbesondere aufgrund der vergangenen und gegenwärtigen Vollzugssituation der Beschwerdeführerin zu beurteilen seien, führe dieser Mangel nicht zur bedingten Entlassung der Beschwerdeführerin. Der Justizvollzug sei aber einzuladen, einen den gesetzlichen Bestimmungen genügenden Vollzugsplan auszuarbeiten bzw. die Vollzugsanstalt damit zu beauftragen (angefochtenes Urteil E. 7 S. 19 f.). Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz <ref-law> verletzt. Dies wird im Übrigen von der Beschwerdeführerin auch nicht näher dargelegt. Schliesslich beachtet die Vorinstanz, dass sich die Beschwerdeführerin nun im ordentlichen geschlossenen Strafvollzug befindet, wo es nicht dieselben Therapiemöglichkeiten gibt (angefochtenes Urteil E. 6.2 S. 18).
Gestützt auf das Gutachten von Dr. A._ geht die Vorinstanz von einer moderaten Rückfallgefahr hinsichtlich hochwertiger Rechtsgüter aus. Die negative Legalprognose liegt durchaus im Rahmen ihres Ermessens. Somit ist die Verweigerung der bedingten Entlassung bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
3. Die Beschwerdeführerin bringt im Weiteren vor, die Vorinstanz sei zu Unrecht nicht auf die Beschwerde betreffend Vollzugslockerungen eingetreten und habe ihr zu Unrecht die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung im kantonalen Verfahren verweigert. Die Beschwerdeführerin begründet nicht, inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzt. Auf die Rügen ist nicht einzutreten (<ref-law>).
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin erschienen von vornherein aussichtslos, weshalb ihr Ersuchen um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung abzuweisen ist. Ihrer finanziellen Lage ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz