Sachverhalt:
A. Die 1950 geborene T._ war in einem 80%-Pensum als Assistentin bei der Firma X._ tätig und in dieser Eigenschaft bei der Basler Versicherungsgesellschaft (im Weiteren: Basler) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 22. Juli 1999 hielt sie als Lenkerin eines Kleinwagens an einer Verzweigung an, als ein Lastwagen in ihr Fahrzeugheck prallte. In der Folge traten Sehstörungen sowie Kopf- und Nackenschmerzen, Schwindel, eine starke Müdigkeit und eine leichte Konzentrationsschwäche auf. Im erstbehandelnden Spital wurde eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. In der Klinik A._, wo die Versicherte vom 25. Januar bis 29. Februar 2000 hospitalisiert war, stellte man im Austrittsbericht die Diagnosen eines Status nach Verkehrsunfall mit HWS-Distorsion und leichter traumatischer Hirnverletzung mit persistierendem Zervikalsyndrom und neuropsychologischen Defiziten in Form von Konzentrationsstörungen. Ein erster Arbeitsversuch, der fünf Wochen nach dem Unfall erfolgte, scheiterte nach zwei Tagen wegen plötzlicher Verschlechterung der Schmerzsituation. Ab dem 17. Oktober 1999 nahm die Versicherte ihre Tätigkeit wieder zu 50% auf, musste aber auch diesen Versuch Anfang Dezember 1999 wieder abbrechen. Nach dem Aufenthalt in der Klinik A._ steigerte T._ ihre Arbeitstätigkeit innert zwei Monaten kontinuierlich von 20% auf 60% und arbeitete in diesem Pensum bis Ende April 2001, als die Arbeitsfähigkeit wieder auf 40% (entsprechend 50% des Vorunfallniveaus von 80%) reduziert werden musste. Gemäss Dr. med. B._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, kam auch dieses Pensum einer Überforderung gleich. Ab 4. Juli 2002 war die Versicherte wiederum zu 100% arbeitsunfähig. Sie nahm in der Folge keine Tätigkeit mehr auf. Das Arbeitsverhältnis wurde auf Ende September 2003 aufgelöst. Nach verschiedenen medizinischen Abklärungen und Behandlungen liess die Unfallversicherung T._ durch Prof. Dr. med. C._, Chefarzt der Neurologie an der Klinik D._, begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 26. Januar 2005 teilte die Basler der Versicherten mittels Verfügung vom 22. März 2005 mit, ab dem 1. April 2005 würden keine Leistungen mehr ausgerichtet, da ihre psychische Gesundheitsstörung nicht in einem ursächlichen, das heisst natürlichen und adäquaten Zusammenhang mit dem Unfall vom 22. Juli 1999 stehe. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 25. November 2005).
B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher auch zwei Gutachten der Dres. med. E._, Facharzt für Neurologie FMH, vom 10. Oktober 2005 und F._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH vom 26. Januar 2006 eingereicht wurden, mit Entscheid vom 18. März 2008 ab.
C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und des Einspracheentscheides vom 25. November 2005 seien ihr über den 31. März 2005 hinaus Versicherungsleistungen inklusive Verzugszinsen zu erbringen. Im Weiteren seien ihr die Kosten für die von ihr in Auftrag gegebenen Gutachten zu erstatten.
Die Basler schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Strittig ist der von der Basler verfügte Fallabschluss (Einstellung sämtlicher Leistungen aus dem Ereignis vom 22. Juli 1999) am 31. März 2005. Während die Unfallversicherung und das kantonale Gericht die Adäquanz des Kausalzusammenhang hinsichtlich der über den genannten Zeitpunkt hinaus von der Versicherten geklagten Beschwerden mit dem Unfall verneinen, macht die Beschwerdeführerin geltend, der anhaltende Gesundheitsschaden stehe in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem versicherten Ereignis. Die Beschwerdegegnerin sei daher weiterhin leistungspflichtig.
2.2 Das kantonale Gericht hat die Rechtsgrundlagen der umstrittenen Leistungspflicht des Unfallversicherers (<ref-law>) und die Rechtsprechung zu dem für diese vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule (HWS) oder äquivalenten Verletzungsmechanismen im Besonderen (<ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Entsprechendes gilt für die von der Judikatur entwickelten allgemeinen Grundsätze zum Erfordernis des adäquaten Kausalzusammenhanges (<ref-ruling> E. 5a S. 461 mit Hinweisen), insbesondere auch bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling>) und bei den Folgen eines Unfalles mit Schleudertrauma der HWS oder äquivalenten Verletzungen ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling> ff.; vgl. auch RKUV 2002 Nr. U 456 S. 437).
3. Die Beschwerdeführerin rügt vorerst, das kantonale Gericht habe seine Begründungspflicht missachtet und das rechtliche Gehör verletzt, weil es auf die mit der Einsprache und der kantonalen Beschwerde erhobenen Einwände gegen das Gutachten des Prof. Dr. med. C._ vom 26. Januar 2005 nicht eingetreten sei.
3.1 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid umfassend ausgeführt, weshalb auch nach eingehender Würdigung der von der Beschwerdeführerin eingeholten Gutachten der Dres. med. E._ und F._ vom 10. Oktober 2005 und vom 26. Januar 2006 nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit von organisch nachweisbaren Unfallfolgen auszugehen sei, und dass von weiteren Beweisergänzungen diesbezüglich auch keine neuen Erkenntnisse zu erwarten seien. Von einer Gehörsverletzung kann daher nicht gesprochen werden. Gleichzeitig hielt das kantonale Gericht fest, dass gestützt auf die zur Verfügung stehenden medizinischen Akten die Frage, ob die aktuellen Gesundheitsstörungen eine natürliche Folge des versicherten Unfalls seien, nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit bejaht oder verneint werden könne. Es liess diese Frage offen, da es die Adäquanz des Kausalzusammenhanges verneinte.
3.1 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid umfassend ausgeführt, weshalb auch nach eingehender Würdigung der von der Beschwerdeführerin eingeholten Gutachten der Dres. med. E._ und F._ vom 10. Oktober 2005 und vom 26. Januar 2006 nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit von organisch nachweisbaren Unfallfolgen auszugehen sei, und dass von weiteren Beweisergänzungen diesbezüglich auch keine neuen Erkenntnisse zu erwarten seien. Von einer Gehörsverletzung kann daher nicht gesprochen werden. Gleichzeitig hielt das kantonale Gericht fest, dass gestützt auf die zur Verfügung stehenden medizinischen Akten die Frage, ob die aktuellen Gesundheitsstörungen eine natürliche Folge des versicherten Unfalls seien, nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit bejaht oder verneint werden könne. Es liess diese Frage offen, da es die Adäquanz des Kausalzusammenhanges verneinte.
3.2 3.2.1 Nach Lage der medizinischen Akten steht fest, dass die Beschwerdeführerin am 22. Juli 1999 ein HWS-Distorsionstrauma erlitten hat. So stellten die Neurologen (Dr. med. G._, Assistenzarzt und Dr. med. H._, Oberarzt) der Klinik I._, am 26. Juli 1999 fest, einen Tag nach dem Unfall sei die typische Beschleunigungstrauma-Symptomatik in Form von Sehstörungen, Trümmel, Nackenbeschwerden und eine starke Müdigkeit aufgetreten. An der Klinik A._ wurde im Februar 2000 die Diagnose einer HWS-Distorsion und einer leichten traumatischen Hirnverletzung mit persistierendem Zervikozephalsyndrom und neuropsychologischen Defiziten in Form von Konzentrationsstörungen gestellt. Der die Beschwerdeführerin behandelnde Dr. med. B._ berichtete erstmals am 3. Juli 2000 über psychische Beschwerden und stellte die Diagnose eines organischen Psychosyndroms nach Schädelhirntrauma mit sekundärer ängstlich depressiver Symptomatik (ICD-10: F07.2). Dr. med. K._, Facharzt FMH für Neurologie, stellte am 6. September 2001 diejenige eines posttraumatischen cervico-cephalen Schmerzsyndroms bei Status nach Beschleunigungstrauma der HWS. Eine neuropsychologische Untersuchung ergab den Befund einer leichten neuropsychologischen Funktionsstörung nach Unfall mit HWS-Distorsion/Beschleunigungstrauma und milder traumatischer Hirnschädigung sowie eine Erschöpfungsdepression mit chronischer Überforderungsreaktion. Aus den Formulierungen in den Berichten dieser verschiedenen Ärzte kann geschlossen werden, dass sie den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 22. Juli 1999 sowie den Befunden und Diagnosen nicht in Zweifel zogen.
3.2.2 Im Dezember 2003 beauftragte die Basler Prof. Dr. med. C._ mit einer neurologischen Begutachtung. In der Expertise vom 26. Januar 2005 führt Prof. C._ auf die Frage nach dem natürlichen Kausalzusammenhang aus, "dass es für jeden, der Patienten mit nachgewiesenen organischen Hirnschädigungen kennt, nicht einsehbar [sei], dass die Art des beschriebenen Traumas die jetzt beklagten Beschwerden tatsächlich kausal verantworten kann". Der Arzt geht demnach grundsätzlich davon aus, dass Beschwerden nach HWS-Distorsionen auf objektiv nachweisbare neurologische Schädigungen beruhen müssten. Das "typische Beschwerdebild nach Distorsionstrauma der HWS" existiert seines Erachtens nicht, da die Betroffenen typischerweise beschwerdefrei seien. Dieser Gutachter war daher nicht geeignet, die Frage nach der natürlichen Kausalität in einer rechtlich überzeugenden Weise zu beantworten.
3.2.3 Es ist auf Grund der gesamten Aktenlage davon auszugehen, dass keine organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolge vorliegt, welche die persistierenden Beschwerden zu erklären vermöchte. Gleichzeitig sprechen die verschiedenen Arztberichte - mit Ausnahme des Gutachtens des Prof. Dr. C._ - dafür, dass die physischen wie auch die psychischen Beeinträchtigungen auf den Unfall vom 22. Juli 1999 zurückzuführen sind. Gutachterlich wurde diese Frage aber nicht abschliessend geklärt. Die Basler hat es denn auch unterlassen, neben der neurologischen auch eine psychiatrische Begutachtung anzuordnen, welche sich über die natürliche Kausalität der auch von Prof. C._ angesprochenen psychischen Gesundheitsschädigung hätte äussern müssen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 9.3 S. 123). Die Sache ist indessen nicht zur Durchführung einer umfassenden polydisziplinären Expertise an die Unfallversicherung zurückzuweisen, da die Adäquanz der verbleibenden Beschwerden verneint werden muss.
4. 4.1 Für die Adäquanzbeurteilung ist an das (objektiv erfassbare) Unfallereignis anzuknüpfen, wobei zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte bzw. indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere gegeben sein (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. mit Hinweisen).
4.2 Massgebend für die Beurteilung der Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (Urteil U 2, 3 und 4/07 vom 19. November 2007 E. 5.2 und 5.3.1 in SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26; Urteil 8C_986/2008 vom 23. März 2009, E. 4.2). Das kantonale Gericht hat den Unfall vom 22. Juli 1999 im mittleren Bereich an der Grenze zu den leichten Ereignissen eingeordnet. Die Beschwerdeführerin argumentiert, es sei von einem mittelschweren Ereignis an sich auszugehen. Der Unfall, bei dem die Beschwerdeführerin als Lenkerin eines Peugeot 106 stehend von einem Lastwagen Scania angefahren wurde, ist unstreitig im mittleren Bereich einzuordnen. Auffahrkollisionen vor einem Fussgängerstreifen oder einem Lichtsignal werden rechtsprechungsgemäss regelmässig als mittelschweres, im Grenzbereich zu den leichten Unfällen liegendes Ereignis eingestuft (Urteil 8C_824/2008 vom 30. Januar 2009 E. 4.2 mit Hinweisen). Auch wenn vorliegend eine Kollision eines Lastwagens mit einem Kleinwagen zu beurteilen ist, ist davon nicht abzuweichen. Die Adäquanz ist daher zu bejahen, wenn ein einziges Kriterium in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist, oder mehrere unfallbezogene Kriterien bejaht werden müssen (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126; <ref-ruling> E. 6b S. 367).
4.3 Im vorliegenden Fall kann entgegen der Argumentation in der Beschwerde weder von besonders dramatischen Begleitumständen noch von einer besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls gesprochen werden. Die Tatsache allein, dass es sich beim auffahrenden Fahrzeug um einen Lastwagen gehandelt hat und der Kleinwagen der Beschwerdeführerin einige Meter nach vorne geschoben wurde, ändert nichts daran, dass ein klassischer Auffahrunfall vorliegt. Weder wurden Dritte verletzt, noch erlitt die Versicherte neben der HWS-Distorsion irgendwelche weitere Verletzungen (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.). Ebenso wenig sind auf Grund der medizinischen Akten die Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen oder der ärztlichen Fehlbehandlung als gegeben anzusehen. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin enthalten sie auch keine Anhaltspunkte für einen schwierigen Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen.
Hinsichtlich des Merkmals der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung ist das kantonale Gericht zum Schluss gelangt, dass sich die angewendeten Massnahmen insgesamt zwar über mehrere Jahre erstreckten, sich die Behandlung im Wesentlichen aber auf physikalische Therapien im weiteren Sinne beschränkte. Dem ist zuzustimmen. Während des ersten halben Jahres nach dem Unfall wurde die Beschwerdeführerin an der Klinik I._ mit Infiltrationen gegen die verspannte Nackenmuskulatur behandelt. Das ist ebensowenig als besonders belastend anzusehen wie die darauf folgende Akupunktur und Physiotherapie in Form von Wärmeapplikationen, Lockerungsübungen und Massage. Als stationäre Therapie sind für die Zeit zwischen dem Unfall im Sommer 1999 und dem Fallabschluss per 1. April 2005 einzig ein fünfwöchiger Aufenthalt an der Klinik A._ und ein dreiwöchiger in der Klinik L._ im März 2003 zu verzeichnen. Dazu kommen einmal im Monat eine Therapiesitzung beim Psychiater Dr. med. B._, selbständig durchgeführtes Aquafit-Training und ab März 2004 eine ergotherapeutische Behandlung. Diese therapeutischen Massnahmen übersteigen den bei HWS-Distorsionen und vergleichbaren Verletzungen üblichen Umfang nicht, weshalb das Kriterium trotz des Umstandes, dass sich der erhoffte Erfolg auch bei grossem Engagement der Beschwerdeführerin nicht einstellte, nicht als erfüllt gewertet werden kann.
Das kantonale Gericht hat die Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengung zu Recht als erfüllt betrachtet. Hingegen geht selbst die Beschwerdeführerin nicht davon aus, dass sie in besonders ausgeprägter Weise gegeben sind. Bei lediglich zwei erfüllten Kriterien wäre die Adäquanz indessen selbst dann zu verneinen, wenn man den Schweregrad des Unfallereignisses als in der Mitte des mittleren Bereichs eingestuft hätte. Die Vorinstanz hat die Leistungspflicht der Basler ab 1. April 2005 daher zu Recht verneint.
5. Die Beschwerdeführerin beantragt schliesslich die Zusprechung der Kosten für die von ihr eingeholten Gutachten des Dr. med. E._ und des Dr. med. F._ vom 10. Oktober 2005 und vom 26. Januar 2006.
Gemäss <ref-law> sind die Kosten privat eingeholter Gutachten dann zu vergüten, wenn die Parteiexpertise für die Entscheidfindung unerlässlich war. Dies ist dann der Fall, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst aufgrund des Privatgutachtens schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist.
Aus den vorstehenden Erwägungen ergibt sich, dass der Sachverhalt in verschiedener Hinsicht - insbesondere auch bezüglich der Frage, ob die psychischen Beschwerden ein im Verhältnis zu der primären HWS-Distorsion eigenständiges Leiden sei - zwar nicht genügend abgeklärt, die genannten Expertisen für eine abschliessende Beurteilung der Streitsache hingegen nicht nötig waren. Die Vorinstanz hat die Basler daher zu Recht nicht zur Übernahme der Gutachterkosten verpflichtet.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten von der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 13. Mai 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer