Sachverhalt:
A. A.a Der 1956 geborene O._ arbeitete seit 1. November 1989 in der Firma H._ AG, ab 11. Februar 1991 als Hilfsmonteur in der Abteilung Kondensatoren-Montage. Im Rahmen dieser Anstellung war er bei der Personalvorsorgestiftung der Betriebsangestellten der Firma H._ AG berufsvorsorgeversichert. Wegen Schmerzen im rechten Knie unterzog sich O._ im Januar 1991 einer Arthroskopie. Im September 1991 wurde ein arthroskopischer Eingriff vorgenommen. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) als zuständiger obligatorischer Unfallversicherer erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Sie ging von einer unfallähnlichen Körperschädigung aus und nicht von einem Rückfall zum Unfall vom 18. September 1985, bei welchem sich O._ ebenfalls am rechten Knie verletzt hatte. Gemäss Bericht des Spitals B._ vom 29. Oktober 1992 bestand eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % im angestammten Beruf. Auf Ende Januar 1993 löste die Firma das Arbeitsverhältnis auf. Die SUVA stellte zum 1. Februar 1993 die Taggeldleistungen mit der Begründung ein, es bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 100 % für eine wechselbelastende Tätigkeit. Am 4. Mai 1993 wurde erneut eine Arthroskopie und am 7. März 1994 ein weiterer arthroskopischer Eingriff am rechten Knie vorgenommen.
Mit Einspracheentscheid vom 1. Dezember 1995 sprach die SUVA O._ ab 1. August 1994 aufgrund einer Erwerbsunfähigkeit von 15 % eine Invalidenrente der Unfallversicherung sowie eine Integritätsentschädigung von 10 % zu. In der Begründung wurde u.a. darauf hingewiesen, die Invalidenversicherung, bei welcher sich der Versicherte im Juli 1994 zum Leistungsbezug angemeldet hatte, gehe in ihrer Verfügung vom 4. August 1995 von einem Invaliditätsgrad von 17 % aus. Mit Entscheid vom 19. Oktober 1999 bestätigte das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt die UV-Leistungszusprechung.
A.b Im Zeitraum Dezember 1995 bis Dezember 1999 bezog O._ (nach einer Namensänderung seit 15. Juli 1998: N._) innerhalb zweier Rahmenfristen Taggelder der Arbeitslosenversicherung auf der Grundlage einer Arbeitsfähigkeit von 50 %. Vom 2. Januar bis 30. November 1995 war er als Hilfsarbeiter in einem u.a. auf Auto-Reparaturen spezialisierten Betrieb tätig, und vom 1. Oktober 1998 bis 31. Dezember 1999 arbeitete er als Magaziner in einem Beschäftigungsprogramm für Langzeitarbeitslose.
A.c Im November 2000 unterzog sich N._ einem weiteren arthroskopischen Eingriff am rechten Knie.
Mit Verfügung vom 18. Dezember 2003 erhöhte die SUVA aufgrund einer Zunahme der Erwerbsunfähigkeit von 15 % auf 59 % die Rente der Unfallversicherung ab 1. Juni 2001, was sie mit Einspracheentscheid vom 30. Dezember 2005 bestätigte.
Gestützt auf die im UV-Verfahren festgelegte Arbeitsfähigkeit sprach die IV-Stelle Basel-Stadt mit Verfügung vom 23. März 2004 N._ ab 1. Juni 2002 aufgrund einer Erwerbsunfähigkeit von 58 % eine halbe Rente der Invalidenversicherung samt einer Kinderrente zu.
A.d Mit Schreiben vom 7. Juli 2005 lehnte die Patria Schweizerische Lebensversicherungs-Gesellschaft das Gesuch von N._ um Ausrichtung einer Rente der beruflichen Vorsorge ab. Es bestehe mangels eines sachlichen und zeitlichen Zusammenhangs zwischen der Arbeitsunfähigkeit 1991 bis 1994 und der Verschlechterung des Gesundheitszustandes im Jahr 2001 keine Leistungspflicht der Patria-Stiftung zur Förderung der Personalversicherung. Dieser hatte sich die Firma H._ AG auf den 1. Januar 1996 zur Durchführung der beruflichen Vorsorge ihres Personals angeschlossen.
B. Am 4. April 2006 liess N._ beim Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt Klage gegen die Patria Schweizerische Lebensversicherungs-Gesellschaft mit Streitverkündung an die Personalvorsorgestiftung der Betriebsangestellten der Firma H._ AG einreichen mit den Rechtsbegehren, die Beklagte, eventualiter die Streitberufene seien zu verpflichten, dem Kläger nach Gesetz und Reglement mit Wirkung ab 1. Juni 2002 aufgrund eines Invaliditätsgrades von 59 % eine Rente der beruflichen Vorsorge samt Verzugszinsen zu 5 % mindestens ab Klageerhebung auszurichten; im Weitern sei die Beklagte, eventualiter die Streitberufene zu verpflichten, dem Kläger nach Gesetz und Reglement von der Beitragspflicht für die Sparbeiträge an das Altersguthaben zu befreien.
Die Patria-Stiftung zur Förderung der Personalversicherung als Rechtsnachfolgerin der Personalvorsorgestiftung der Betriebsangestellten der Firma H._ AG beantragte die Abweisung der Klage unter Anerkennung ihrer Passivlegitimation.
Nachdem der Kläger sich mit einem Parteiwechsel einverstanden erklärt hatte, führte das Gericht einen zweiten Schriftenwechsel durch und zog die Akten der Invalidenversicherung und der Unfallversicherung bei.
Mit Entscheid vom 29. Januar 2007 hiess das kantonale Sozialversicherungsgericht die Klage gut. Es verpflichtete die Vorsorgeeinrichtung unter Vorbehalt einer Überentschädigung, dem Kläger aufgrund eines Invaliditätsgrades von 58 % ab 1. Juni 2002 eine halbe Invalidenrente der beruflichen Vorsorge auszurichten, die ausstehenden Betreffnisse ab Klageeinreichung resp. Fälligkeit mit 5 % zu verzinsen sowie das Alterskonto des Klägers weiterzuführen und ihn von der Pflicht zur Zahlung der Sparbeiträge an das Alterskapital zu befreien. Für die Berechnung der Rentenhöhe und der Zinsen wies es die Sache an die Beklagte zurück.
C. Die Patria-Stiftung zur Förderung der Personalversicherung führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 29. Januar 2007 sei aufzuheben und es sei in Abweisung der Klage festzustellen, dass sie keine Leistungspflicht treffe.
Das kantonale Gericht und N._ beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die II. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts ist letztinstanzlich zuständig zum Entscheid über die von der Vorinstanz bejahte Leistungspflicht der Beschwerdeführerin für den vorsorgerechtlichen Versicherungsfall Invalidität beim Beschwerdegegner (Art. 73 BVG und Art. 35 lit. e des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BgerR], in Kraft seit 1. Januar 2007; Urteile B 114/06 vom 11. Mai 2007 E. 2 und B 130/06 vom 27. April 2007 E. 2). Da auch die übrigen formellen Gültigkeitserfordernisse gegeben sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Urteil 9C_294/2007 vom 10. Oktober 2007 E. 2 mit Hinweis; vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140).
3.1 3.1.1 Nach Art. 23 BVG, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2004, haben Anspruch auf Invalidenleistungen Personen, die im Sinne der IV zu mindestens 50 Prozent invalid sind und bei Eintritt der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, versichert waren. Laut dem am 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Art. 23 lit. a BVG besteht bereits bei einer Invalidität von mindestens 40 Prozent Anspruch auf Invalidenleistungen. Das vorliegend anwendbare Vorsorgereglement geht vom selben Invaliditätsbegriff aus wie die Invalidenversicherung, was unbestritten ist.
3.1.2 Gemäss Art. 26 Abs. 1 BVG gelten für den Beginn des Anspruchs auf Invalidenleistungen sinngemäss die entsprechenden Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 19. Juli 1959 über die Invalidenversicherung (<ref-law>). Der Eintritt des vorsorgerechtlichen Versicherungsfalles fällt somit in der Regel mit dem Beginn der einjährigen Wartezeit nach <ref-law> zusammen (<ref-ruling> E. 3c S. 245 mit Hinweis). Im Bestreitungsfalle greift allenfalls eine auf offensichtliche Unrichtigkeit der Festsetzung der IV-Stelle eingeschränkte Überprüfungsbefugnis des Berufsvorsorgegerichts Platz (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 273 ff.; SVR 2005 BVG Nr. 5 S. 15 E. 2.3 [in <ref-ruling> nicht publiziert]; vgl. auch Urteil I 349/05 vom 21. April 2006 E. 2.3 und 2.4).
Vorliegend legte die IV-Stelle den Beginn der Wartezeit nach <ref-law> in den Juni 2001. Für diese Festsetzung war offensichtlich der Zeitpunkt der Erhöhung der Invalidenrente der Unfallversicherung ab 1. Juni 2001 aufgrund einer Zunahme der (unfallbedingten) Erwerbsunfähigkeit von 15 % auf 59 % massgebend. Das kantonale Gericht hat den Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, frei und ohne Bindung an den im IV-Verfahren festgesetzten Beginn der Wartezeit geprüft, was die Beschwerdeführerin als bundesrechtswidrig rügt. Darauf braucht indessen nicht näher eingegangen zu werden, da die Frage nicht von entscheidender Bedeutung ist (vgl. E. 5 und 6 hienach).
3.2 Der Anspruch auf Invalidenleistungen der (obligatorischen) beruflichen Vorsorge setzt weiter einen engen sachlichen und zeitlichen Zusammenhang zwischen der während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses (einschliesslich der Nachdeckungsfrist nach Art. 10 Abs. 3 BVG) bestandenen Arbeitsunfähigkeit und der allenfalls erst später eingetretenen Invalidität voraus (<ref-ruling> E. 4.1 in fine S. 275). Der Gesundheitsschaden, der zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat, muss von der Art her im Wesentlichen derselbe sein, der der Erwerbsunfähigkeit zu Grunde liegt. Diese Bedingung ist hier unbestrittenermassen erfüllt.
3.2.1 Die Annahme eines engen zeitlichen Zusammenhangs setzt voraus, dass die versicherte Person nach Eintritt der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, nicht während längerer Zeit wieder arbeitsfähig war. Bei der Prüfung dieser Frage sind die gesamten Umstände des konkreten Einzelfalles zu berücksichtigen, namentlich die Art des Gesundheitsschadens, dessen prognostische Beurteilung durch den Arzt sowie die Beweggründe, welche die versicherte Person zur Wiederaufnahme oder Nichtwiederaufnahme der Arbeit veranlasst haben. Zu den für die Beurteilung des zeitlichen Konnexes relevanten Umständen zählen auch die in der Arbeitswelt nach aussen in Erscheinung tretenden Verhältnisse, wie etwa die Tatsache, dass ein Versicherter über längere Zeit hinweg als voll vermittlungsfähiger Stellensuchender Taggelder der Arbeitslosenversicherung bezieht (Urteile B 100/02 vom 26. Mai 2003 E. 4.1 und B 18/06 vom 18. Oktober 2006 E. 4.2.1 in fine mit Hinweisen). Allerdings kann solchen Zeiten nicht die gleiche Bedeutung beigemessen werden wie Zeiten effektiver Erwerbstätigkeit (Urteil B 23/01 vom 21. November 2002 E. 3.3). Mit Bezug auf die Dauer der den zeitlichen Konnex unterbrechenden Arbeitsfähigkeit kann die Regel von <ref-law> als Richtschnur gelten. Nach dieser Bestimmung ist eine anspruchsbeeinflussende Verbesserung der Erwerbsfähigkeit in jedem Fall zu berücksichtigen, wenn sie ohne wesentliche Unterbrechung drei Monate gedauert hat und voraussichtlich weiterhin andauern wird. Bestand während mindestens drei Monaten wieder volle Arbeitsfähigkeit und erschien gestützt darauf eine dauerhafte Wiedererlangung der Erwerbsfähigkeit als objektiv wahrscheinlich, stellt dies ein gewichtiges Indiz für eine Unterbrechung des zeitlichen Zusammenhangs dar. Anders verhält es sich, wenn die fragliche, allenfalls mehr als dreimonatige Tätigkeit als Eingliederungsversuch zu werten ist oder massgeblich auf sozialen Erwägungen des Arbeitgebers beruhte und eine dauerhafte Wiedereingliederung aber unwahrscheinlich war (<ref-ruling> E. 1c S. 264, 120 V 112 E. 2c/aa und bb S. 117 f. mit Hinweisen; Urteil B 23/01 vom 21. November 2002 E. 3.3; Jürg Brühwiler, Obligatorische berufliche Vorsorge, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR]/Soziale Sicherheit, 2. Aufl., Rz. 109 S. 2043; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zürich 2005, S. 279 f.; Isabelle Vetter-Schreiber, Berufliche Vorsorge [Kommentar zum BVG und zu weiteren Erlassen], Zürich 2005, S. 91 f.).
3.2.2 Als Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, im Sinne von Art. 23 BVG gilt eine Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich (<ref-ruling> E. 3.2 S. 99; Urteile B 13/01 vom 5. Februar 2003 E. 4.2 und B 49/00 vom 7. Januar 2003 E. 3; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.1 S. 36 mit Hinweisen). Kann vom Versicherten vernünftigerweise verlangt werden, dass er die ihm verbliebene Arbeitsfähigkeit in einem anderen Berufszweig verwertet, ist er unter Berücksichtigung der Arbeitsmarktlage und gegebenenfalls nach einer bestimmten Anpassungszeit nach der beruflichen Tätigkeit zu beurteilen, die er bei gutem Willen ausüben könnte (<ref-ruling> E. 1c S. 283; vgl. auch die Legaldefinition in <ref-law>, welche Vorschrift im Bereich der beruflichen Vorsorge allerdings keine Anwendung findet; Urteil B 54/05 vom 6. Februar 2006 E. 1.2).
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat festgestellt, der Kläger habe ab 29. Oktober 1992 aufgrund seiner Kniebeschwerden keine schwere körperliche Arbeit mehr verrichten können. Insbesondere sei es ihm verwehrt gewesen, weiterhin in seiner angestammten Tätigkeit zu arbeiten. Diese Einbusse an Leistungsvermögen sei während der ganzen Zeit bestehen geblieben und habe im Juni 2001 ein invalidisierendes Ausmass angenommen. Sodann sei der Kläger vom 1. Februar 1993 bis Ende Mai 1994 in einer wechselbelastenden Tätigkeit vollständig arbeitsfähig gewesen. Vom 2. Januar bis 30. November 1995 und vom 1. Oktober 1998 bis 31. Dezember 1999 - Letzteres im Rahmen eines Beschäftigungsprogramms für Langzeitarbeitslose - sei er einer leidensadaptierten Verweisungstätigkeit im Rahmen eines Pensums von 50 % nachgegangen. Im Zeitraum Dezember 1995 bis Dezember 1999 habe er Arbeitslosentaggelder, berechnet auf einer Arbeitsfähigkeit von 50 %, bezogen. Diese Anstellungen zeigten auf, dass er bloss in einem zeitlich reduzierten Umfang und zudem nur für körperlich leichte Arbeiten einsetzbar gewesen sei.
Gestützt auf diesen Sachverhalt hat die Vorinstanz den engen zeitlichen Zusammenhang zwischen der Arbeitsunfähigkeit als Folge der unfallähnlichen Körperschädigung am rechten Knie von 1991 und der 2001 eingetretenen Invalidität bejaht. Gemäss Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts B 35/05 vom 9. November 2005 E. 4.1.2 sei entscheidend, dass die während des Vorsorgeverhältnisses mit der Rechtsvorgängerin der Beklagten seit Oktober 1992 eingetretene Arbeitsunfähigkeit von 100 % in der damals ausgeübten (angestammten) Tätigkeit ohne wesentliche Unterbrechung bis zum Eintritt der rentenbegründenden Invalidität im Juni 2001 bestanden habe. Dass der Kläger im Zeitraum Februar 1993 bis Mai 1994 in einer wechselbelastenden Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig gewesen sein, genüge nicht, um den zeitlichen Konnex zu unterbrechen.
4.2 Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, die Feststellung der Vorinstanz einer Arbeitsfähigkeit von lediglich 50 % auch in wechselbelastenden Tätigkeiten zwischen dem 1. Juni 1994 und Anfang 2001 sei offensichtlich unrichtig. In rechtlicher Hinsicht bringt die Vorsorgeeinrichtung vor, das Eidgenössische Versicherungsgericht habe im Urteil B 42/02 vom 11. Februar 2003 in einem ähnlich gelagerten Fall den zeitlichen Zusammenhang als unterbrochen betrachtet. In den Urteilen B 27/03 vom 21. September 2004 und B 1/02 vom 2. Dezember 2002 habe das höchste Gericht klar zum Ausdruck gebracht, dass es für die Frage der Unterbrechung des zeitlichen Konnexes auf die volle Arbeitsfähigkeit in der neuen Tätigkeit resp. auf die Wiedererlangung der Erwerbsfähigkeit, welche sich auch auf eine Verweisungstätigkeit beziehen könne, ankomme. Der Beschwerdegegner sei in einer solchen Tätigkeit während vollen acht Jahren zu 100 % arbeitsfähig gewesen (1. Februar 1993 bis Juni 2001 mit einem kurzen Unterbruch von Ende Mai bis Ende Juli 1994). Somit sei der zeitliche Zusammenhang zwischen der Arbeitsunfähigkeit bis zum 31. Januar 1993 und der Invalidität ab 1. Juni 2002 offensichtlich unterbrochen und sie demzufolge nicht leistungspflichtig.
Der Beschwerdegegner macht u.a. sinngemäss geltend, die vorinstanzliche Feststellung einer maximal 50%igen Arbeitsfähigkeit auch in wechselbelastenden Tätigkeiten ab Januar 1995 sei nicht offensichtlich unrichtig und daher für das Bundesgericht verbindlich.
5. 5.1 Der enge zeitliche Zusammenhang zwischen der während des Vorsorgeverhältnisses bestandenen Arbeitsunfähigkeit und der später eingetretenen Invalidität ist unterbrochen («rompue»), wenn der Versicherte während einer bestimmten Zeit wieder arbeitsfähig ist «de nouveau apte à travailler») resp. seine Arbeitsfähigkeit wiedererlangt («recouvré sa capacité de travail») hat oder bei Wiederherstellung der Erwerbsfähigkeit («rétablissement de la capacité de gain»; <ref-ruling> E. 1c S. 265 und <ref-ruling> E. 2c/bb S. 118). Diese verschiedenen Formulierungen lassen einen Interpretationsspielraum offen. Der Begriff der Arbeitsfähigkeit kann sich auf die angestammte, eine gleichgeartete oder auf jede andere, allenfalls nach Eingliederungsmassnahmen beruflicher Art zumutbare Tätigkeit beziehen.
5.2 Die Gerichtspraxis zeigt kein einheitliches Bild, wie die folgenden Beispiele zeigen.
5.2.1 Im Urteil B 35/05 vom 9. November 2005 (SZS 2006 S. 370) war für die Frage des engen zeitlichen Zusammenhangs die Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit massgeblich. In E. 4.1.3 stellte das Eidgenössische Versicherungsgericht u.a. fest: «Tritt (...) in einem früheren Arbeits- und Vorsorgeverhältnis Arbeitsunfähigkeit ein und bleibt diese in Bezug auf die angestammte Tätigkeit bestehen, vermag die im Rahmen der Selbsteingliederung an einer neuen Arbeitsstelle in einer leidensangepassten Verweisungstätigkeit anfänglich während rund einem Jahr erreichte volle Arbeitsfähigkeit den sachlichen und zeitlichen Zusammenhang zwischen der ursprünglichen Arbeitsunfähigkeit und dem Eintritt der Invalidität im Verlauf eines späteren Arbeits- und Vorsorgeverhältnisses nicht zu durchbrechen, sofern der Gesundheitsschaden, der ursprünglich zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat, auch Ursache für den Eintritt der Invalidität oder der Erhöhung des Invaliditätsgrades ist». Sodann wurde im Urteil B 49/00 vom 7. Januar 2003 (SZS 2003 S. 521) der enge zeitliche Zusammenhang bei einem Versicherten, welcher bereits während des Vorsorgeverhältnisses gesundheitlich bedingt im angestammten Beruf als Hilfsschlosser zu 50 % eingeschränkt war, mit der Begründung bejaht, den medizinischen Akten seien keinerlei Hinweise auf eine zwischenzeitliche Verringerung der funktionellen Leistungseinbusse im zuletzt ausgeübten Beruf zu entnehmen (E. 4). Im Urteil B 46/06 vom 29. Januar 2007 liess nach Auffassung des Bundesgerichts die zehnmonatige Tätigkeit eines Versicherten im Rahmen eines Zwischenverdienstes als Lager-/ Werkstattmitarbeiter (1. Juli 1999 bis 30. April 2000) den zeitlichen Zusammenhang zwischen der 1997 eingetretenen Arbeitsunfähigkeit und der 2001 eingetretenen Invalidität nicht dahinfallen. «Anders verhielte es sich, wenn entweder diese Tätigkeit vom Anforderungsprofil her mit dem angestammten Beruf eines TV-Technikers im Aussendienst vergleichbar wäre oder die Erzielung eines rentenausschliessenden Einkommens ermöglichte (vgl. auch Urteil H. vom 9. November 2005 [B 35/05] E. 4.1.3 ...»; E. 6.2).
5.2.2 In der überwiegenden Mehrzahl der Fälle wurde bei der Beurteilung des zeitlichen Zusammenhangs zwischen der während des Vorsorgeverhältnisses eingetretenen Arbeitsunfähigkeit und der späteren Erwerbsunfähigkeit auf die Arbeitsunfähigkeit resp. Arbeitsfähigkeit in einer der gesundheitlichen Beeinträchtigung angepassten Tätigkeit, allenfalls nach Eingliederungsmassnahmen beruflicher Art, abgestellt (vgl. Urteile B 42/94 vom 24. März 1995 E. 4c/bb, B 19/98 vom 21. Juni 2000 E. 3c, B 23/01 vom 21. November 2002 E. 3.3, B 1/02 vom 2. Dezember 2002 E. 5.2, B 27/03 vom 21. September 2004 E. 3.3 und B 54/05 vom 6. Februar 2006 E. 2; vgl. ferner die bei Gabriela Riemer-Kafka, Zuständigkeit der Vorsorgeeinrichtung aufgrund von Art. 23 BVG: zeitliche Konnexität, in: SZS 2006 S. 370 ff. erwähnten Urteile). Dabei genügte bereits für die Unterbrechung des zeitlichen Zusammenhangs, wenn die versicherte Person in der Lage war, eine Ausbildung zu absolvieren, die sie in gleichem Masse wie die Ausübung eines zeitlich uneingeschränkten, den Leiden angepassten Erwerbstätigkeit beanspruchte (Urteile B 18/06 vom 18. Oktober 2006 E. 4.2.1 und B 42/02 vom 11. Februar 2003 E. 2.1). Schliesslich hat das Eidgenössische Versicherungsgericht bei der Beurteilung des zeitlichen Konnexes zwischen der Arbeitsunfähigkeit während des Vorsorgeverhältnisses und der später eingetretenen Erwerbsunfähigkeit auch Zeiten berücksichtigt, in welcher die versicherte Person arbeitslosenversicherungsrechtlich als vermittlungsfähig im Umfang des Arbeitsausfalles in der angestammten Tätigkeit galt (Urteile B 42/94 vom 24. März 1995 E. 4c/cc und dd, B 19/98 vom 21. Juni 2000 E. 3c, B 23/01 vom 21. November 2002 E. 3.3, B 1/02 vom 2. Dezember 2002 E. 5.1 und B 42/02 vom 11. Februar 2003 E. 2.1).
5.3 Die Rechtsprechung ist dahingehend zu verdeutlichen, dass für den Eintritt der Arbeitsunfähigkeit im Sinne von Art. 23 lit. a BVG die Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf massgeblich ist. Der zeitliche Zusammenhang zur später eingetretenen Invalidität als weitere Voraussetzung für den Anspruch auf Invalidenleistungen der damaligen Vorsorgeeinrichtung beurteilt sich hingegen nach der Arbeitsunfähigkeit resp. Arbeitsfähigkeit in einer der gesundheitlichen Beeinträchtigung angepassten zumutbaren Tätigkeit. Darunter fallen auch leistungsmässig und vom Anforderungsprofil her vergleichbare Ausbildungen. Diese Tätigkeiten müssen jedoch bezogen auf die angestammte Tätigkeit die Erzielung eines rentenausschliessenden Einkommens erlauben. Soweit insbesondere in den Urteilen B 35/05 vom 9. November 2005, B 49/00 vom 7. Januar 2003 und B 46/06 vom 29. Januar 2007 etwas anderes gesagt wird, kann daran nicht festgehalten werden. Der dort angewendete Begriff des engen zeitlichen Zusammenhangs zwischen Arbeitsunfähigkeit während des Vorsorgeverhältnisses und später eingetretener Erwerbsunfähigkeit liefe auf eine Versicherung des Berufsunfähigkeitsrisikos hinaus, was zumindest in jenen Fällen, wo das Vorsorgereglement vom selben Invaliditätsbegriff ausgeht wie die Invalidenversicherung, dem Gesetz widerspricht. Ebenfalls trägt diese - abzulehnende - Konzeption dem Aspekt der beruflichen Wiedereingliederung und auch der Rechtssicherheit zu wenig Rechnung (vgl. Riemer-Kafka a.a.O. S. 373).
6. Vorliegend war der Beschwerdegegner spätestens seit Ende Oktober 1992, somit während des Vorsorgeverhältnisses mit der Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin, wegen der Kniebeschwerden rechts zu 100 % arbeitsunfähig in der damals ausgeübten (angestammten) Tätigkeit. Aufgrund der Akten und insoweit unbestritten bestand indessen ab 1. Februar 1993 bis Ende Februar 1994 und wiederum vom September bis Dezember 1994 volle Arbeitsfähigkeit in leichten wechselbelastenden Tätigkeiten. Ob der Beschwerdegegner in der Zeit danach ununterbrochen auch bei solchen Tätigkeiten mindestens zu 50 % eingeschränkt war, wie das kantonale Gericht angenommen hat, ist fraglich. Dass das 1995 sowie 1998/99 effektiv geleistete Arbeitspensum lediglich 50 % betrug, lässt diesen Schluss jedenfalls nicht zu. Es fehlen denn auch entsprechende ärztliche Bescheinigungen. In diesem Zusammenhang macht der Beschwerdegegner nicht geltend, er habe sich nach Ablehnung seines Leistungsbegehrens im August 1995 schon vor der aktenmässig ausgewiesenen Verschlechterung des Gesundheitszustandes im Jahr 2000 erneut bei der Invalidenversicherung angemeldet. Wie es sich damit verhält, kann jedoch offenbleiben. Im Zeitraum Februar 1993 bis Dezember 1994 bestand, wie dargelegt, während mehr als eines Jahres volle Arbeitsfähigkeit in dem Knieleiden rechts angepassten Tätigkeiten. Damit hätte der Beschwerdegegner ein rentenausschliessendes Einkommen erzielen können. Die Invaliditätsschätzung der Invalidenversicherung und auch der Unfallversicherung für 1995 ergaben einen Invaliditätsgrad von weniger als 20 %. Dass und aus welchen Gründen der Beschwerdegegner diese Arbeitsfähigkeit nicht erwerblich verwertet und er sich offenbar auch nicht bei der Arbeitslosenversicherung zum Taggeldbezug angemeldet hatte, braucht nicht weiter zu kümmern. So oder anders hat nach dem Gesagten der zeitliche Konnex zwischen der Arbeitsunfähigkeit während des Vorsorgeverhältnisses und der Jahre später eingetretenen Invalidität als unterbrochen zu gelten. Der anders lautende kantonale Entscheid verletzt Bundesrecht.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 29. Januar 2007 aufgehoben und die Klage abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Dezember 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler