Sachverhalt:
A. X._ wurde am 30. November 2011 festgenommen und am 2. Dezember 2011 in Untersuchungshaft versetzt. Die Basler Strafverfolgungsbehörden verdächtigen ihn, am 30. September 2011 vor dem Restaurant Y._ in Basel mit drei Komplizen die Gebrüder Z._ angegriffen und erheblich verletzt zu haben.
B. 1B_233/2012
B.a Am 30. Januar 2012 verlängerte das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft gegen X._ um weitere 12 Wochen bis zum 23. April 2012.
X._ erhob gegen die Verlängerung der Untersuchungshaft Beschwerde ans Appellationsgericht. Er beantragte, diese Verfügung aufzuheben und ihn aus der Haft zu entlassen. Ausserdem ersuchte er um unentgeltliche Prozessführung.
Der Appellationsgerichtspräsident wies die Beschwerde am 9. März 2012 ab. Die Verfahrenskosten von Fr. 500.-- auferlegte er X._. Die Kosten des amtlichen Verteidigers, Advokat André M. Brunner, Sissach, in Höhe von Fr. 1'742.60, nahm er auf die Gerichtskasse.
B.b Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Appellationsgerichtspräsidenten insoweit aufzuheben, als ihm Kosten auferlegt worden seien. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verteidigung.
B.c Der Appellationsgerichtspräsident beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
B.d In seiner Replik hält X._ an der Beschwerde fest.
C. 1B_381/2012
C.a Am 23. April 2012 verlängerte das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft gegen X._ um weitere 12 Wochen bis zum 16. Juli 2012.
X._ erhob gegen die Verlängerung der Untersuchungshaft Beschwerde ans Appellationsgericht. Er beantragte, diese Verfügung aufzuheben und ihn aus der Haft zu entlassen. Ausserdem ersuchte er um unentgeltliche Prozessführung.
Der Appellationsgerichtspräsident wies die Beschwerde am 9. Mai 2012 ab. Die Verfahrenskosten von Fr. 500.-- auferlegte er X._. Die Kosten des amtlichen Verteidigers, Advokat André M. Brunner, Sissach, in Höhe von insgesamt Fr. 762.20, nahm er auf die Gerichtskasse.
C.b Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Appellationsgerichtspräsidenten insoweit aufzuheben, als ihm Kosten auferlegt worden seien. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verteidigung.
C.c Der Appellationsgerichtspräsident beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
C.d X._ verzichtet auf Replik.

Erwägungen:
1. Die Beschwerden betreffen die gleiche Streitfrage und sind zu vereinigen.
2. Angefochten sind zwei kantonal letztinstanzliche Haftentscheide des Appellationsgerichtspräsidenten. Es handelt sich um Entscheide einer letzten kantonalen Instanz in Strafsachen, gegen die die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 BGG). Sie schliessen das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab, sind mithin Zwischenentscheide. Als solche sind sie nach <ref-law> nur anfechtbar, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 4) bewirken könnten (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerden sofort Endentscheide herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Letzteres fällt vorliegend nicht in Betracht. Da in der Fortsetzung von Untersuchungshaft ein nicht wieder gutzumachender Nachteil liegt, sind Haftentscheide unter dem Titel von <ref-law> in der Sache stets anfechtbar. Die (ungerechtfertigte) Verurteilung zu Gerichtskosten dagegen kann im Zusammenhang mit dem Entscheid in der Hauptsache angefochten werden, ohne dass dem Beschwerdeführer daraus ein irreversibler Nachteil entsteht, zumal die Forderungen nach der Darstellung des Appellationsgerichtspräsidenten während der Dauer der Haft ohnehin nach <ref-law> gestundet werden können. Die blosse Verzögerung oder Verteuerung des Verfahrens genügt generell nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts zu erwirken (<ref-ruling> E 1.2.1 S. 170). Dieses soll sich nach Möglichkeit nur einmal mit einer Sache befassen müssen. Wird wie hier allein die Kostenregelung von Haftentscheiden angefochten, ist auf die Beschwerden nicht einzutreten, weil sie keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirken können.
3. Auf die Beschwerden ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang der Verfahren wird der Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat indessen Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welche gutzuheissen sind, da die Bedürftigkeit des Beschwerdeführers ausgewiesen scheint und die Beschwerden nicht von vornherein aussichtslos waren (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_233/2012 und 1B_381/2012 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung werden gutgeheissen:
3.1 Es werden keine Kosten erhoben.
3.1 Es werden keine Kosten erhoben.
3.2 Advokat André M. Brunner, Sissach, wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtlicher Verteidiger eingesetzt und mit Fr. 2'000.-- aus der Kasse des Bundesgerichts entschädigt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Appellationsgerichtspräsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi