Fatti:
A. Il 3 settembre 2001 il Consiglio comunale del già Comune di Olivone ha adottato la revisione generale del piano regolatore. In tale ambito, per quanto qui interessa, la particella xxx è stata assegnata parzialmente alla zona edificabile e per il resto alla zona agricola. Con risoluzione del 5 ottobre 2004 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato il piano regolatore. Ha tuttavia negato l'approvazione di determinate modifiche e sospeso la propria decisione su alcune estensioni della zona edificabile, compresa quella del citato fondo, offrendo agli interessati la facoltà di esprimersi in merito.
B. Con risoluzione del 12 luglio 2006 l'Esecutivo cantonale ha poi assegnato d'ufficio la particella xxx alla zona agricola. Questa decisione è stata notificata al proprietario con invio raccomandato, ritirato il 14 luglio successivo. La decisione è stata inoltre pubblicata presso la cancelleria comunale dal 1° al 30 settembre 2006, indicando la possibilità di ricorrere dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo entro il termine di pubblicazione.
C. Il 19 settembre 2006 il proprietario è insorto al citato Tribunale chiedendo l'inserimento del suo fondo nella zona edificabile. Con giudizio del 19 aprile 2007 la Corte cantonale ha dichiarato irricevibile siccome tardivo il ricorso.
D. Avverso questo giudizio A._ presenta un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di annullarlo e di rinviare l'incarto al Tribunale cantonale amministrativo, affinché proceda alle sue incombenze.
Non sono state chieste osservazioni.

Diritto:
1. 1.1 La decisione impugnata è stata pronunciata dopo l'entrata in vigore, il 1° gennaio 2007 (RU 2006 I 1205), della legge federale sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110): il ricorso è quindi disciplinato dal nuovo diritto (<ref-law>).
1.2 Il ricorrente, patrocinato da un legale, ha inoltrato un ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF) adducendo semplicemente che "il ricorso ordinario secondo gli art. 72-89 LTF" non sarebbe ammissibile. Ora, nella fattispecie è manifestamente dato il ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, visto che non si è in presenza di una delle eccezioni previste dall'<ref-law>. Il gravame inoltrato dal ricorrente viene comunque esaminato quale rimedio ordinario.
1.3 Presentato da una parte che ha partecipato al procedimento, direttamente toccata dalla decisione e avente un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (<ref-law>), il ricorso, tempestivo (<ref-law>) e diretto contro una decisione finale (<ref-law>), resa in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), è di massima ammissibile.
2. 2.1 La Corte cantonale ha rilevato che la risoluzione governativa è stata notificata al ricorrente per invio raccomandato il 14 luglio 2006: tenuto conto delle ferie giudiziarie, il termine di ricorso di 30 giorni dell'art. 38 cpv. 1 della legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990 (LALPT), scadeva il 14 settembre seguente, ossia cinque giorni prima dell'inoltro del gravame. Essa ha ritenuto che, contrariamente all'assunto ricorsuale, la tempestività dell'impugnativa non poteva riferirsi al termine, rispettato, che prendeva avvio dalla scadenza del termine di pubblicazione della risoluzione governativa, durata dal 1° al 30 settembre 2006. Secondo i giudici cantonali, quest'ultimo termine di notifica, alternativo, è infatti applicabile, eccezionalmente, qualora non tutti i destinatari della decisione possano essere identificati senza oneri eccessivi. Coloro che, come il ricorrente, hanno ricevuto personalmente la decisione non possono per contro appellarsi a tale termine: ciò varrebbe a maggior ragione nella fattispecie, visto che la pubblicazione presso la cancelleria comunale non conteneva alcun supplemento di informazioni, fungendo semplicemente da notifica nei confronti di un numero indefinito di potenziali interessati. Per di più, hanno aggiunto i giudici cantonali, il dispositivo n. 6 della risoluzione governativa fissava, per i proprietari dei fondi interessati, un termine di 30 giorni dalla notifica della decisione stessa per insorgere dinanzi alla Corte cantonale.
2.2 Il ricorrente si limita a sostenere, in maniera generica, che la facoltà di impugnare la decisione governativa entro la scadenza del termine di pubblicazione non sarebbe limitato a coloro che non hanno ricevuto una notifica personale, senza neppure tentare di dimostrare perché la contraria tesi dei giudici cantonali sarebbe insostenibile e quindi arbitraria (sulla nozione di arbitrio v. <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2b pag. 41, 54 consid. 2b).
2.3 Il ricorrente adduce inoltre, richiamando la <ref-ruling>, che l'errata indicazione del termine di ricorso nella risoluzione governativa violerebbe il principio della buona fede (<ref-law>). Ora, non si è manifestamente in presenza della fattispecie posta a fondamento della richiamata sentenza, nella quale due funzionari avevano prorogato all'interessato il termine ricorsuale (consid. 2d/bb pag. 109). Nel caso in esame, l'autorità non ha in effetti fornito alcuna garanzia al ricorrente circa il prolungamento del termine di ricorso.
D'altra parte, premesso che il ricorrente non sostiene che sarebbero adempiute, cumulativamente, le cinque condizioni poste dalla giurisprudenza affinché l'interessato possa prevalersi di un'indicazione inesatta di un termine ricorsuale (al riguardo vedi anche <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 381; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 170; <ref-ruling> consid. 3), egli disattende che in concreto non si è in presenza di una tale evenienza. In effetti l'indicazione contenuta nella decisione governativa notificata personalmente al ricorrente, secondo cui il termine ricorsuale iniziava a decorrere dal momento della sua ricezione, non era infatti per nulla errata. Il principio generale del diritto, secondo cui un'indicazione errata non deve causare pregiudizio al ricorrente (<ref-ruling> consid. 1a/aa; <ref-ruling> consid. 8b pag. 238), non è quindi applicabile in concreto.
2.4 Nemmeno l'accenno ricorsuale a un formalismo eccessivo (vedi al riguardo DTF <ref-ruling> consid. 2a/bb) regge. La circostanza che la criticata decisione governativa potesse eventualmente essere impugnata entro il termine di pubblicazione presso la cancelleria comunale, da altri proprietari che non avevano ricevuto una comunicazione personale, non è infatti decisiva. In effetti, in entrambe le fattispecie, gli interessati hanno a disposizione lo stesso tempo per formulare il ricorso. La soluzione proposta dal ricorrente comporterebbe quindi non una riduzione bensì un ingiustificato prolungamento del suo termine di ricorso. La distinzione adottata dalla Corte cantonale non è pertanto arbitraria.
2.5 Il ricorrente asserisce poi che la risoluzione governativa avrebbe lasciato intendere che il termine di ricorso fosse quello previsto dal dispositivo n. 7, relativo alla pubblicazione, poiché la causa sarebbe rientrata nell'ambito delle decisioni e delle modifiche d'ufficio. Con quest'argomentazione egli disconosce che, secondo il Tribunale cantonale amministrativo, il termine di 30 giorni dalla notifica personale vale anche per la non approvazione della zona edificabile litigiosa. In tale ambito, la Corte cantonale ha stabilito che il gravame del ricorrente contestava, con ogni evidenza, la modifica decretata d'ufficio, con la quale il Governo ha attribuito la porzione della particella alla zona agricola, limitandosi bensì a censurarne il presupposto e chiedendone l'attribuzione alla zona edificabile così come già prevedeva il piano regolatore adottato dal Consiglio comunale, per cui il termine di 30 giorni dalla comunicazione personale doveva essere rispettato. Il ricorrente non censura questa conclusione, né ne dimostra l'arbitrarietà: su questo punto il ricorso è quindi inammissibile per carenza di motivazione (<ref-law>; cfr. <ref-ruling> consid. 1.3).
3. 3.1 Ne segue che il gravame, trattato come ricorso in materia di diritto pubblico, manifestamente infondato (<ref-law>), dev'essere respinto in quanto ammissibile.
3.2 Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Municipio di Blenio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.