Sachverhalt:
A. Die fairsicherungsberatung ag (Beschwerdeführerin) erbringt Dienstleistungen im Bereich der Versicherung, Vorsorge und Finanzplanung. Sie ist in allen Versicherungsfragen beratend tätig, bietet aber auch weitere Leistungen an, beispielsweise Führung von Verhandlungen mit Versicherungsgesellschaften, Anwälten und anderen Betroffenen im Schadenfall, Betreuung und Beratung bei Versicherungswechsel, Kurse und Seminare im Versicherungs-, Vorsorge- und Finanzbereich. Bei ihrer Gründung im Jahre 2001 übernahm sie als Sacheinlage die Aktiven und Passiven der Einzelfirma "fairsicherungsberatung" von F._. Dieser erteilte der Beschwerdeführerin die Lizenz zum Gebrauch seiner am 30. August 1994 in der Klasse 36 hinterlegten Marke "Fairsicherungsberatung" und ermächtigte sie zudem, die sich aus der Marke ergebenden Schutzrechte in eigenem Namen und in eigenem Interesse geltend zu machen. Auf den Namen der Beschwerdeführerin sind zudem die Domain-Namen "fairsicherung.ch" sowie "fairsicherungsberatung.ch" eingetragen.
Die B._ Versicherung AG hinterlegte am 12. September 2007 die Marken "fairsicherung", "Autofairsicherung", "Lebensfairsicherung", "Direktfairsicherung", "Rechtsschutzfairsicherung", "Krankenfairsicherung" und "Reisefairsicherung" jeweils für die Klassen 35, 36, 42, und 45. Gegen diese Markeneintragung erhob die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 17. Januar 2008 Widerspruch.
Die B._ Versicherung AG wurde am 11. Januar 2008 in "B._ AG" umbenannt und gleichentags die C._ Versicherung AG in B._ Versicherung AG. Diese wirbt mit Begriffen wie "Autofairsicherung" und "fairsichert". Am 9. Juni 2008 wurde sie zufolge Fusion mit der A._ Versicherungs-Gesellschaft (Beschwerdegegnerin) im Handelsregister gelöscht. Die A._ Versicherungs-Gesellschaft betreibt alle Arten von Versicherungs- und Rückversicherungsgeschäften mit Ausnahme der direkten Lebensversicherung. Sie betreibt eine Zweigniederlassung in E._, die unter dem Namen B._ Versicherungen geführt wird.
Die Beschwerdeführerin forderte die Beschwerdegegnerin erfolglos zu einer Erklärung auf, die Verwendung von "fairsicherung" in der Werbung und im geschäftlichen Verkehr zu unterlassen.
B. Am 28. März 2008 unterbreitete die Beschwerdeführerin dem Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen gestützt auf <ref-law> und <ref-law> in Verbindung mit Art. 28c - 28f ZGB ein Massnahmengesuch mit dem Antrag, es sei der Beschwerdegegnerin unter Androhung der Bestrafung gemäss <ref-law>/BE im Widerhandlungsfall vorsorglich zu verbieten, den Begriff "fairsicherung" als Ganzes, als Wortbestandteil, in Kombination oder in abgeleiteter Form, insbesondere in Verb- oder Adjektivform (z.B. "fairsichern", "fairsichert" etc.), im Zusammenhang mit ihren Versicherungsprodukten und -leistungen oder sonst wie im Geschäftsverkehr zu verwenden und/oder damit Werbung zu machen, z.B. in Printprodukten, in Werbefilmen oder -spots oder im Internet. Der Gerichtspräsident wies das Gesuch mit Entscheid vom 18. Juli 2008 ab.
Auf Appellation der Beschwerdeführerin mit leicht modifiziertem Rechtsbegehren bestätigte das Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, diesen Entscheid am 3. November 2008.
C. Die Beschwerdeführerin erhob dagegen Beschwerde in Zivilsachen. Sie beantragt, der Beschwerdegegnerin sei in Aufhebung des Entscheids des Obergerichts vom 3. November 2008 unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Haft oder Busse gemäss <ref-law> im Widerhandlungsfall vorsorglich zu verbieten, den Begriff "fairsicherung" als Ganzes, als Wortbestandteil, in Kombination oder in abgeleiteter Form, insbesondere in Verb- oder Adjektivform (z.B. "fairsichern", "fairsichert" etc.), im Zusammenhang mit ihren Versicherungsprodukten und -leistungen oder sonst wie im Geschäftsverkehr selbst oder durch Tochtergesellschaften, Zweigniederlassungen oder Lizenznehmer zu verwenden und/oder damit Werbung zu machen, z.B. in Printprodukten, in Werbefilmen oder -spots oder im Internet. Eventuell sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen und Weisungen des Bundesgerichts an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid schliesst ein eigenständiges Verfahren über vorsorgliche Massnahmen ab und ist damit ein Endentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.1). Gegen ihn steht kein kantonales Rechtsmittel offen, namentlich auch nicht die Nichtigkeitsklage beim Plenum des Appellationshofs im Sinne von Art. 359 Ziff. 3 in Verbindung mit <ref-law>/BE wegen Verweigerung des vollständigen rechtlichen Gehörs (vgl. Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl., 2000, N. 1b zu <ref-law>, 4. Lemma). Er ist somit ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 527) und die vorliegende Beschwerde gegen diesen ist grundsätzlich zulässig.
Nicht eingetreten werden kann auf den vorliegend gestellten Antrag, soweit damit verlangt wird, der Beschwerdegegnerin sei (auch) zu verbieten, das strittige Zeichen durch Tochtergesellschaften oder Lizenznehmer zu verwenden. Dieses Begehren ist neu und damit unzulässig (<ref-law>).
2. Gemäss <ref-law> kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Nach <ref-law> prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Der Beschwerdeführer muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399; <ref-ruling> E. 2 S. 591 f., je mit Hinweisen). Die erhobenen Rügen müssen zudem in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein; der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 399 mit Hinweisen).
Macht der Beschwerdeführer beispielsweise eine Verletzung von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.5 S. 5; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 2a S. 3 f.). Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1, je mit Hinweisen).
Die Ausführungen in der Beschwerde beschränken sich, wie in den nachfolgenden Erwägungen aufgezeigt wird, über weite Teile auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid und erfüllen insoweit die Begründungsanforderungen nicht. Auf die entsprechenden Vorbringen ist nicht einzutreten.
3. Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Da gegen den angefochtenen Entscheid nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann, gelangen jedoch die Art. 95 und 97 BGG und auch <ref-law> nicht (unmittelbar) zur Anwendung. Die hier gegebenen Verhältnisse entsprechen denjenigen bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (<ref-law>). Wie dort (Art. 118 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>) kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen nur dann in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat. Wird letzteres geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese verfassungswidrig, insbesondere willkürlich sein soll (<ref-ruling> E. 7.1, 585 E. 4.1 S. 588 f., je mit Hinweisen; vgl. auch die vorstehende Erwägung 2).
Die Beschwerdeführerin stellt ihren rechtlichen Vorbringen eine ausführliche eigene Sachverhaltsdarstellung voran. Sie weicht darin - wie auch in ihrer weiteren Beschwerdebegründung - in zahlreichen Punkten von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ab oder erweitert diese. Soweit sie dazu keine zulässigen Sachverhaltsrügen substantiiert, haben ihre Vorbringen unbeachtet zu bleiben.
4. Wer glaubhaft macht, dass er in seinem Recht an der Marke oder der Herkunftsangabe verletzt wird oder eine solche Verletzung befürchten muss und dass ihm aus der Verletzung ein nicht leicht wiedergutzumachender Nachteil droht, kann die Anordnung vorsorglicher Massnahmen beantragen (<ref-law> [SR 232.11]). Der Richter kann insbesondere die Verletzung vorsorglich verbieten oder beseitigen (<ref-law> und <ref-law>).
Der Markeninhaber kann anderen verbieten, ein Zeichen zu gebrauchen, das nach <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen ist (<ref-law>). Nach <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen sind u.a. Zeichen, die einer älteren Marke ähnlich und für gleiche oder gleichartige Waren oder Dienstleistungen bestimmt sind, so dass sich daraus eine Verwechslungsgefahr ergibt (vgl. zum Rechtsbegriff der Verwechslungsgefahr <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 1 S. 384 f.).
Die Vorinstanz entschied, die Beschwerdeführerin habe eine Verwechslungsgefahr zwischen den fraglichen Zeichen nicht glaubhaft gemacht, und verneinte einen vorsorglichen Verbotsanspruch gestützt auf das Markenschutzgesetz. Sie erwog, die strittigen Wortmarken seien zwar ähnlich und die Produkte gleichartig, aber innerhalb des Versicherungsbereichs bestehe ein grosser Produkteabstand. Sodann sei die Marke der Gesuchstellerin schwach und die Aufmerksamkeit des Publikums im Zusammenhang mit den fraglichen Dienstleistungen erhöht. Demnach bewirkten die von der Beschwerdegegnerin angefügten Wortbestandteile bzw. Weglassungen in ihren Wortmarken eine hinreichende Unterscheidungskraft.
4.1 Die Beschwerdeführerin hält dafür, es sei offensichtlich widersprüchlich und falsch, wenn einerseits Produktegleichartigkeit bejaht, dann aber bei der Frage der Verwechselbarkeit trotzdem von einem grossen Produkteabstand gesprochen werde.
4.1.1 Die Vorinstanz hat sich bereits mit diesem Einwand der Beschwerdeführerin gegen den Entscheid der Erstinstanz auseinandergesetzt und verneint, dass dieser insoweit widersprüchlich oder falsch sei. Sie erwog dazu, es handle sich vorliegend zwar um gleichartige Dienstleistungen im Versicherungsbereich, indessen bestehe innerhalb dieses Bereichs ein grosser Unterschied zwischen den erbrachten Leistungen, da eine Versicherungsberatung nicht mit einem Unternehmen gleichzusetzen sei, das Versicherungen abschliesse. Innerhalb dieses Rahmens sei daher von einem deutlichen Produkteabstand auszugehen.
4.1.2 Die Beschwerdeführerin hält der Annahme eines deutlichen Produkteabstands entgegen, im erstinstanzlichen Entscheid werde bei der Annahme der Dienstleistungsgleichartigkeit hinsichtlich Versicherungsabschluss im Verhältnis zu Versicherungsberatung sogar von "Hauptware und Zubehör" gesprochen, was deutlich mache, dass sicher kein erheblicher Produkteabstand bestehen könne. Es bestehe ganz klar ein funktioneller, praktisch nicht trennbarer Sachzusammenhang zwischen Versicherungsberatung und Versicherungsabschluss. Damit stellt sie der vorinstanzlichen Auffassung indessen in rein appellatorischer Weise ihre eigene Sicht der Dinge gegenüber. Sie vermag damit keineswegs aufzuzeigen, dass es offensichtlich unhaltbar wäre, in der Beratung durch ein unabhängiges Unternehmen gegenüber derjenigen durch den möglichen Versicherungsvertragspartner einen deutlichen Dienstleistungsabstand zu sehen.
4.1.3 Die Beschwerdeführerin macht in diesem Zusammenhang geltend, sie schliesse auch Versicherungen für bzw. mit ihren Kunden ab, für Produkte Dritter wie auch für eigene Produkte. Diese Behauptung findet im vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt keine Stütze und die Beschwerdeführerin beruft sich dafür auf ein als Beilage zu ihrer Beschwerde eingereichtes, neues Dokument. Da sie dazu indessen keine zulässige Sachverhaltsrüge erhebt, die es dem Bundesgericht gegebenenfalls erlauben könnte, den Sachverhalt zu ergänzen, und sie auch nicht darlegt, inwiefern die nachträgliche Einreichung des neuen Dokumentes nach <ref-law> zulässig sein soll (<ref-ruling> E. 3), haben ihre Behauptung und das Beweismittel vorliegend unbeachtet zu bleiben (Erwägung 3 vorne). Ohnehin wurde die Marke der Beschwerdeführerin nach den vorinstanzlichen Feststellungen nur für die Dienstleistung "Versicherungsberatung" ins Markenregister eingetragen. Sie kann Verwechslungsgefahr aufgrund der Dienstleistungsnähe mithin ohnehin nicht damit begründen, dass sie über die Beratung hinaus auch im Bereich des Versicherungsabschlusses tätig sei (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3a/b).
4.1.4 Weiter rügt die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang, die Vorinstanz habe ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie die willkürlichen Erwägungen der Erstinstanz einfach übernommen und auf die diesbezüglichen präzisen Rügen in der Appellation zum Produkteabstand und zur Verwechslungsgefahr nicht eingegangen sei.
Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt. Diese verfassungsrechtlichen Minimalanforderungen an die Begründung gelten auch für die Anordnung von vorsorglichen Massnahmen (<ref-ruling> E. 4.1).
Dem angefochtenen Urteil lassen sich ohne weiteres die Überlegungen entnehmen, aus denen die Vorinstanz einen deutlichen Produkteabstand bejahte und insoweit eine Verwechslungsgefahr ausschloss (vgl. die vorstehende Erwägung 4.1.1). Ihre Erwägungen sind in tatsächlicher wie in rechtlicher Hinsicht hinreichend klar und vollständig, um die Tragweite und Begründung des Urteils zu verstehen. Eine Gehörsverletzung liegt nicht vor. Ohnehin genügt die erhobene Gehörsrüge den vorstehend (Erwägung 2) umschriebenen Begründungsanforderungen nicht, da die Beschwerdeführerin in der Beschwerde nicht darlegt, mit welchen Rügen sich die Vorinstanz zu Unrecht nicht auseinandergesetzt haben soll, sondern sich mit einem Verweis auf die kantonalen Akten begnügt, und da sie auch nicht näher substantiiert, weshalb die Vorinstanz im Einzelnen darauf hätte eingehen müssen. Die Gehörsrüge erweist sich damit als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
4.2 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den rechtserheblichen Sachverhalt in willkürlicher Weise unvollständig festgestellt zu haben. Diese habe die im Zusammenhang mit der Verwechslungsgefahr bedeutsame Tatsache ignoriert, dass zwischen den strittigen Zeichen Identität nicht nur im Bestandteil "fair", sondern im ganzen (prägenden) Wortelement "fairsicherung" bestehe.
Es gelingt der Beschwerdeführerin indessen nicht darzutun, dass die Vorinstanz nur das Wortelement "fair" und nicht "fairsicherung" als tatsächlich identischen Bestandteil der streitbetroffenen Marken in ihre Betrachtungen einbezogen hätte:
Im Zusammenhang mit der - von ihr ohnehin bejahten - Frage der Ähnlichkeit zwischen der Marke "Fairsicherungsberatung" und den von der Beschwerdegegnerin hinterlegten Marken erwog die Vorinstanz zwar, dass den fraglichen Marken eine Identität im Wortbestandteil "fair" statt "ver" nicht abzusprechen sei, woraus allerdings nicht per se auf eine rechtlich relevante Verwechslungsgefahr geschlossen werden könne. In der Folge verwies sie aber auf die Erwägungen der Erstinstanz, die den Begriff "fairsicherung" als für den Gesamteindruck der Marke prägenden Bestandteil in unverkürzter Form beurteilt hatte, und der sie im Schluss beipflichtete, dass eine Ähnlichkeit der streitbetroffenen Marken vorliege.
Bei der Beurteilung der Verwechslungsgefahr führte die Vorinstanz zunächst aus, dass es sich beim Ausdruck "fair", dem einzigen auffallenden Wortbestandteil der Marke der Beschwerdeführerin, um ein gemeinfreies Zeichen handle, das für sich allein genommen vom Markenschutz ausgeschlossen wäre. Sodann erwog sie aber, der Wortschöpfung "Fairsicherungsberatung" könne keine besondere Originalität beigemessen werden, zumal der Wortbestandteil "fair" auch im Zusammenhang mit anderen Marken verwendet werde und auf einen beschreibenden Sinngehalt hinweise. Daraus ergibt sich, dass die Vorinstanz auch im Zusammenhang mit der Frage der Verwechslungsgefahr die Marke "Fairsicherungsberatung" als Ganzes in ihre Betrachtungen einbezogen hat, und es erscheint keineswegs als offensichtlich, dass sie den vollen, aus Sicht der Beschwerdeführerin prägenden, Bestandteil "fairsicherung" ignoriert hätte.
Eine offensichtlich unvollständige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ist somit nicht erkennbar.
4.3 Die Beschwerdeführerin rügt es sodann als willkürlich, dass die Vorinstanz der Marke "Fairsicherungsberatung" eine starke Kennzeichnungskraft abgesprochen und sie als schwache Marke qualifiziert habe. "Fairsicherung" bestehe aus einem Wortspiel, das einen konkreten Sinngehalt aufweise und mit der Phonetik und dem Schriftbild mit einem Überraschungseffekt spiele. Diesem Begriff könne Originalität sicher nicht abgesprochen werden, andernfalls die Gegenseite ihn wohl kaum für ihre Produktelinie übernommen hätte. Blosses Weglassen des Sachbegriffs "Beratung" oder Zufügen von Sachbegriffen wie "Auto-" oder "Haushalt-" genüge nicht, um hinreichende Unterscheidungskraft zu erwirken und die Verwechselbarkeit infolge Übereinstimmung im Hauptbestandteil "fairsicherung" auszuschliessen.
Die Beschwerdeführerin übt damit wiederum blosse appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, in der sie sich darauf beschränkt, ihre Sicht der Dinge zu bekräftigen. Sie verkennt überdies, dass die Vorinstanz ihrer Marke "Fairsicherungsberatung" nicht jegliche Originalität abgesprochen, sondern lediglich festgehalten hat, sie sei nicht besonders originell. Wenn die Vorinstanz dies damit begründete, der Wortbestandteil "fair" (statt "ver") werde auch im Zusammenhang mit anderen Marken verwendet, ist ihr Schluss durchaus nachvollziehbar und in keiner Weise willkürlich. Denn der Gebrauch des gleichen Markenbestandteils bzw. des gleichen Wortspiels durch die Gestalter von anderen Marken spricht gegen eine besondere Originalität der Wortschöpfung und führt zu einer Verwässerung ihrer Kennzeichnungskraft (BGE 79 II 98 E. 1b S. 100; Urteil 4C.258/2004 vom 6. Oktober 2004 E. 3.4, sic! 2/2005 S. 123 ff., 126). Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf angesichts ihrer appellatorischen Begründung einzutreten ist.
4.4 Die Vorinstanz berücksichtigte gegen eine Verwechslungsgefahr im Weiteren, dass die Produkte der Parteien einen anderen Personenkreis ansprächen. Während die einen noch unschlüssig seien und deshalb die Dienstleistung einer Versicherungsberatung in Anspruch nehmen wollten, hätten sich die anderen - die potentiellen Kunden der Beschwerdegegnerin - schon dazu entschlossen, ein konkretes Angebot einer Versicherung einzuholen. Selbst wenn man davon ausginge, so die Vorinstanz weiter, dass genau derselbe Personenkreis betroffen wäre, müsste von einer erhöhten Aufmerksamkeit des Publikums ausgegangen werden, weil es sich - wie die Erstinstanz korrekt ausgeführt habe - nicht um ein Alltagsgeschäft handle.
4.4.1 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz bei der Beurteilung der Aufmerksamkeit des Publikums eine Verletzung der aus dem Gehörsanspruch fliessenden Begründungspflicht vor, mit analoger Begründung wie im Zusammenhang mit der Frage des Produkteabstands. Diese Rüge erweist sich angesichts der vorstehend wiedergegebenen Begründung der Vorinstanz ohne weiteres als haltlos, soweit angesichts ihrer mangelhaften Substantiierung überhaupt darauf eingetreten werden kann. Es kann dazu sinngemäss auf das in vorstehender Erwägung 4.1.4 Ausgeführte verwiesen werden.
4.4.2 Die Beschwerdeführerin gibt sodann die Feststellung der Vorinstanz, wonach die Parteien zwei verschiedene Personenkreise ansprechen würden, als ganz klar falsch aus. Zur Begründung stellt sie dieser Feststellung indessen, ohne sich mit der diesbezüglichen Erwägung der Vorinstanz auseinanderzusetzen, bloss die Behauptung gegenüber, der Abnehmerkreis von Versicherungsberatungen und von Versicherungsunternehmen sei offen, heterogen und weitgehend identisch, und beide Unternehmungen richteten sich an den ganz normalen, durchschnittlichen Erwachsenen in der Schweiz. Damit genügt sie den Anforderungen an die Begründung einer Willkürrüge nicht und vermag sie keine Willkür aufzuzeigen.
Es erübrigt sich damit auf die - ohnehin auch rein appellatorischen - Rügen gegen die Alternativbegründung der Vorinstanz einzugehen, wonach es bei den in Frage stehenden Dienstleistungen nicht um Alltagsgeschäfte gehe, so dass von einer erhöhten Aufmerksamkeit eines identischen angesprochenen Personenkreises auszugehen sei.
4.5 Zusammenfassend hat die Vorinstanz eine Verwechslungsgefahr im Sinne von <ref-law> verfassungskonform verneint.
5. Die Vorinstanz lehnte die Anordnung der beantragten vorsorglichen Massnahmen auch ab, soweit sich die Beschwerdeführerin dafür auf Art. 2 und <ref-law> (SR 241) in Verbindung mit <ref-law> gestützt hatte.
5.1 Nach <ref-law> ist unlauter und widerrechtlich jedes täuschende oder in anderer Weise gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossende Verhalten oder Geschäftsgebaren, welches das Verhältnis zwischen Mitbewerbern oder zwischen Anbietern und Abnehmern beeinflusst. Unlauter handelt gemäss <ref-law> insbesondere, wer Massnahmen trifft, die geeignet sind, Verwechslungen mit den Waren, Werken, Leistungen oder dem Geschäftsbetrieb eines anderen herbeizuführen. Unter diesen mitunter als wettbewerbsrechtlicher Kennzeichenschutz bezeichneten Tatbestand fallen sämtliche Verhaltensweisen, bei denen das Publikum durch die Schaffung von Verwechslungsgefahr irregeführt wird, insbesondere um den Ruf der Wettbewerber auszubeuten (<ref-ruling> E. 4 S. 359; <ref-ruling> E. 3a S. 245, je mit Hinweisen). Die Schaffung einer Verwechslungsgefahr (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a; ferner die Hinweise in Erwägung 4 vorne) ist wettbewerbsrechtlich nur relevant, sofern die nachgeahmte Ausstattung Kennzeichnungskraft besitzt, indem sie vom Publikum als Herkunftshinweis verstanden wird, sei es Kraft ihrer Originalität oder ihrer Verkehrsdurchsetzung (<ref-ruling> E. 3b S. 368 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 73 f.; Urteil 4P.222/2006 vom 21. Dezember 2006 E. 3.1, sic! 5/2007 S. 374; PEDRAZZINI/PEDRAZZINI, Unlauterer Wettbewerb UWG, 2. Aufl., 2002, Rz. 5.171).
Wer glaubhaft macht, dass er in einem lauterkeitsrechtlichen Schutzanspruch verletzt ist oder eine Verletzung befürchten muss und dass ihm aus der Verletzung ein nicht leicht wiedergutzumachender Nachteil droht, kann die Anordnung vorsorglicher Massnahmen verlangen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
5.2 Die Vorinstanz verneinte eine lauterkeitsrechtlich relevante Verwechslungsgefahr.
5.2.1 Sie prüfte speziell, ob der Domainname der Beschwerdeführerin in lauterkeitsrechtlicher Hinsicht durch Verkehrsdurchsetzung Kennzeichnungskraft und damit Kennzeichenschutz erlangt habe. Insoweit hatte die Beschwerdeführerin vorgebracht, dass sie den Wortbestandteil "fairsicherung" seit 13 Jahren nutze und die Verkehrsdurchsetzung durch ihren Internetauftritt "www.fairsicherung.ch" glaubhaft gemacht sei. Die Vorinstanz erwog dazu, die Beschwerdeführerin habe nicht vorgebracht, dass einem erheblichen Teil der potentiellen Kunden der Begriff "fairsicherung" überhaupt bekannt sei. Auch lege sie in keiner Weise substantiiert dar, dass sie den Begriff "fairsicherung" ausserhalb des Internetauftritts im Geschäftsverkehr tatsächlich verwende und die Verwendung des Begriffs bei einem erheblichen Teil der Abnehmer dazu führe, dass der Wortbestandteil "fairsicherung" ihrer Unternehmung zugeordnet werde. Sie habe damit die Verkehrsdurchsetzung des Begriffs nicht glaubhaft gemacht.
Die Beschwerdeführerin beharrt darauf, dass sich der Begriff "fairsicherung" im Verkehr durchgesetzt habe. Sie weist dazu darauf hin, dass F._ seit dem Jahre 1995 und sie seit ihrer Gründung "Fairsicherungsberatung" als Firma, als Domainname und im Geschäftsverkehr verwende. Sie hält sinngemäss dafür, damit habe sie die Verkehrsdurchsetzung glaubhaft gemacht und die Vorinstanz stelle diesbezüglich derart hohe Anforderungen, dass dies einem konkret zu erbringenden Nachweis entspreche. Dies verstosse klar gegen <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> und sei willkürlich.
Dem kann nicht gefolgt werden. Wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, bedeutet Verkehrsdurchsetzung, dass ein Zeichen von einem erheblichen Teil der Adressaten im Wirtschaftsverkehr als individualisierender Hinweis auf ein bestimmtes Unternehmen verstanden wird (<ref-ruling> E. 1.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 6 S. 131; <ref-ruling> E. 3.1 S. 331). Etwas Entsprechendes hat die Beschwerdeführerin weder im vorinstanzlichen noch im vorliegenden Verfahren vorgebracht und damit schon gar nicht glaubhaft gemacht. Davon, dass die Vorinstanz das Beweismass willkürlich überspannt hätte, kann nicht die Rede sein.
5.3 Im Übrigen verneinte die Vorinstanz eine lauterkeitsrechtlich relevante Verwechslungsgefahr zwischen der Marke der Beschwerdeführerin und den Marken der Beschwerdegegnerin unter Verweis auf ihre Ausführungen zum Markenschutz, namentlich mit der Begründung, dass der Wortbestandteil "fairsicherung" nicht besonders originell sei. Auch die Beschwerdeführerin verweist insoweit auf ihre Ausführungen bzw. Rügen "zur Originalität des Markenbestandteils fairsicherung und zur Verwechselbarkeit", die auch im Bereich UWG Geltung hätten. Damit vermag sie indessen nach dem in vorstehender Erwägung 4 Gesagten keine Verfassungsverletzung darzutun. In ihren weiteren Vorbringen zur Originalität bzw. zur Kennzeichnungskraft des Begriffs "fairsicherung" legt sie sodann in rein appellatorischer Weise ihre eigene Sicht der Dinge dar, ohne Verfassungsrügen zu erheben. Darauf kann nicht eingetreten werden (Erwägung 2 vorne).
6. Zusammenfassend hat die Vorinstanz die Anordnung der verlangten vorsorglichen Massnahmen sowohl nach Markenschutz- als auch nach Lauterkeitsrecht verfassungskonform verweigert. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Februar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer