Fatti:
A. A.a In data 9 marzo 2005 E._, nata nel 1980, di professione impiegata di commercio, è rimasta vittima di un incidente della circolazione in territorio di B._; segnatamente il veicolo da lei guidato è entrato in collisione con un'autovettura che, uscendo da un parcheggio, non ha rispettato la precedenza. I medici dell'ospedale X._, presso cui l'interessata è stata trasportata d'urgenza, hanno diagnosticato un trauma da accelerazione della colonna cervicale con dolori al capo di origine posttraumatica e contusioni al ginocchio sinistro.
Al momento dell'infortunio l'interessata era impiegata presso la ditta Y._, e, in quanto tale, era assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Generali Assicurazioni, la quale ha assunto il caso, corrispondendo le relative prestazioni di legge.
E._, che nel frattempo aveva conseguito il diploma federale di economista aziendale, ha ripreso la propria attività lavorativa al 30% dal 10 ottobre 2005.
A.b Dopo aver accordato due soggiorni riabilitativi presso le cliniche di Z._ e C._ e aver fatto allestire una perizia medica presso il Centro D._, con decisione del 28 luglio 2008, confermata in data 15 gennaio 2009, in seguito all'opposizione presentata dall'assicurata, la Generali ha decretato che il diritto a prestazioni assicurative riconducibile all'infortunio del 9 marzo 2005 si era estinto per carenza di nesso di causalità naturale sei settimane dopo l'infortunio e meglio a partire dal 20 aprile 2005.
B. Patrocinata dall'avv. Husmann, E._ si è quindi aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo l'annullamento della decisione su opposizione impugnata con conseguente assegnazione delle prestazioni di legge anche dopo il 25 aprile 2005 (recte 20 aprile 2005), così come l'allestimento di una nuova perizia specialistica.
Per pronuncia del 22 aprile 2009 il Presidente del Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto il gravame.
C. Ancora assistita dall'avv. Husmann l'assicurata interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale chiedendo l'annullamento del giudizio impugnato e l'assegnazione delle prestazioni di legge anche a far tempo dal 20 aprile 2005, in particolare di una rendita, di un'indennità per menomazione dell'integrità e di spese di cura. L'interessata postula pure l'allestimento di una perizia medica pluridisciplinare ed eventualmente di un referto analitico-infortunistico. Delle motivazioni si dirà, se necessario, nei considerandi.
Chiamati a pronunciarsi sul ricorso la Generali ne propone la reiezione, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è il diritto di E._ a prestazioni dell'assicurazione infortuni anche dopo il 20 aprile 2005, data a partire dalla quale la Generali ha dichiarato estinto il nesso di causalità naturale tra disturbi e infortunio ed evidenziato che non erano adempiuti neppure i presupposti per ammettere un nesso di causalità adeguato.
1.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è presentato contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>).
1.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Esso non è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte ricorrente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella ritenuta nel giudizio impugnato. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254; sentenza 1B_222/2007 del 29 novembre 2007 consid. 1.3).
2. 2.1 E._ contesta in primo luogo la fedefacenza della perizia del Centro D._ da un lato per carenza di indipendenza dei periti (nelle sue pubblicazioni il dott. I._ avrebbe infatti sostenuto la tesi secondo cui non esisterebbero danni neuropsicologici dopo un infortunio da accelerazione della colonna cervicale rispettivamente il centro dipenderebbe interamente dagli assicuratori, da cui riceve i mandati), dall'altro per l'assenza di una valutazione reumatologica, censurando quindi un accertamento dei fatti incompleto. Ne consegue che non può essere ritenuta provata, con il grado di verosimiglianza preponderante, l'estinzione del nesso di causalità naturale, mentre la valutazione dell'esistenza di un nesso di causalità adeguato può intervenire solo alla luce di una perizia affidabile. Infine pure la qualifica dell'incidente sarebbe scorretta, trattandosi in concreto di un infortunio di grado medio al limite di quelli gravi e altresì diversi fattori concomitanti sarebbero adempiuti.
2.2 Il giudice di prime cure dal canto suo ha preliminarmente rilevato che la perizia non è di parte, che la carenza di un referto reumatologico non ne inficia la validità e che quindi accertamenti supplementari non sono necessari. La Corte cantonale ha inoltre omesso di risolvere la questione circa l'esistenza o meno in concreto del quadro clinico tipico dei disturbi da trauma da accelerazione della colonna cervicale, ritenuto che il nesso di causalità adeguato, nel caso di infortunio di grado medio al limite di quelli leggeri, non era dato. A suo dire infatti un solo criterio risultava eventualmente adempiuto, segnatamente quello dei notevoli disturbi, tuttavia alle condizioni poste dalla giurisprudenza precedentemente in vigore (disturbi somatici persistenti).
3. 3.1 Nei considerandi del giudizio impugnato l'autorità cantonale ha indicato in modo corretto le norme legali e l'ordinamento giurisprudenziale applicabili in concreto per quanto concerne l'assegnazione di prestazioni dell'assicurazione infortuni (art. 10 e 16 LAINF e <ref-law>). A questa esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
Giova nondimeno ribadire che il diritto a prestazioni a dipendenza di un infortunio presuppone in primo luogo l'esistenza di un nesso di causalità naturale fra l'evento infortunistico e il danno alla salute. Questo presupposto è da considerarsi adempiuto qualora sia lecito ammettere che, senza l'evento infortunistico, il danno alla salute non si sarebbe potuto verificare del tutto o comunque non nel modo in cui si è prodotto. Non occorre, viceversa, che l'infortunio sia stato la sola o immediata causa del danno alla salute; è sufficiente che l'evento, se del caso unitamente ad altri fattori, abbia comunque provocato un danno all'integrità corporale o psichica dell'assicurato, vale a dire che l'evento appaia come una condizione sine qua non del danno. È questione di fatto lo stabilire se tra evento infortunistico e danno alla salute esista un nesso di causalità naturale; su detta questione amministrazione e giudice, fondandosi essenzialmente su indicazioni di natura medica, si determinano secondo il principio della probabilità preponderante applicabile generalmente nell'ambito dell'apprezzamento delle prove in materia di assicurazioni sociali. Ne discende che ove l'esistenza di un nesso di causalità tra infortunio e danno sembri possibile, ma essa non possa essere reputata probabile, il diritto a prestazioni derivato dall'infortunio assicurato dev'essere negato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
3.2 Se uno stato patologico preesistente è aggravato oppure si manifesta in seguito a un infortunio, l'obbligo dell'assicurazione contro gli infortuni di corrispondere le prestazioni decade se l'evento non costituisce più la causa naturale (e adeguata) del danno, ossia se quest'ultimo è da ricondurre soltanto ed esclusivamente a fattori extra-infortunistici. Ciò si verifica in particolare con il ripristino dello stato di salute esistente immediatamente prima dell'infortunio (status quo ante) oppure con il raggiungimento di quello stato che, prima o poi, secondo l'evoluzione ordinaria, sarebbe intervenuto anche senza l'infortunio (status quo sine; cfr. RAMI 1994 no. U 206 pag. 329, U 180/93; 1992 no. U 142 pag. 75, U 61/91 consid. 4b e riferimenti). L'estinzione del nesso di causalità deve essere stabilita con il grado della verosimiglianza preponderante richiesto in materia di assicurazioni sociali. Per contro, la semplice possibilità che l'evento non esplichi più effetto causale non è sufficiente. Trattandosi nel caso di specie della soppressione del diritto a prestazioni, l'onere della prova non incombe all'assicurato, bensì all'assicuratore (RAMI 2000 no. U 363 pag. 46, U 355/98 consid. 2; 1994 no. U 206 pag. 329, U 180/93; 1992 no. U 142 pag. 76, U 61/91 consid. 4b). Egli deve tuttavia provare che le cause riconducibili all'infortunio non esplicano più effetti non anche l'esistenza di un motivo estraneo all'incidente (RAMI 1994 no. U 206 pag. 328, U 180/93 consid. 3b).
4. 4.1 In materia di lesioni al rachide cervicale conseguenti ad un infortunio del tipo "colpo di frusta" senza prova di deficit funzionale, l'esistenza di un rapporto di causalità naturale tra l'infortunio e l'incapacità di lavoro o di guadagno deve essere ammessa, di principio, in presenza del quadro clinico tipico riconosciuto in tale ambito, caratterizzato da disturbi multipli, quali diffusi mal di testa, vertigini, disturbi della concentrazione e della memoria, nausee, affaticabilità, disturbi della vista, irritabilità, labilità affettiva, depressione ecc. Occorre tuttavia che l'esistenza di un tale trauma cervicale come pure le sue conseguenze siano debitamente attestate da indicazioni mediche attendibili (DTF <ref-ruling> consid. 2b/aa pag. 340). Ciò significa che non basta dimostrare l'esistenza di un trauma cervicale per ricondurre a quest'ultimo tutta una serie di disturbi, peraltro rientranti nel quadro tipico di una simile lesione, senza avere precedentemente accertato se i singoli disturbi siano o meno conseguenza del trauma cervicale oppure eventualmente di una patologia preesistente (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 299/02 del 2 settembre 2003 consid. 2.3).
Di recente il Tribunale federale ha inoltre precisato la giurisprudenza in materia di trauma da "colpo di frusta", ponendo in particolare esigenze accresciute per quel che concerne la prova di una lesione in relazione di causalità naturale con l'infortunio giustificante l'applicazione della citata prassi (documentazione concernente lo svolgimento dell'infortunio, primi accertamenti medici, perizia medica; <ref-ruling> consid. 9 e 10 pag. 121 segg.). In proposito il Tribunale federale ha stabilito che, per accertare l'esistenza di un nesso di causalità, è indispensabile eseguire rilevamenti medici approfonditi, sotto forma di perizia pluri- o intradisciplinare, già successivamente all'incidente, nell'ipotesi in cui vi è motivo di temere una persistenza o una cronicizzazione dei dolori. Una perizia è del resto indicata in tutti i casi in cui i disturbi sono già perdurati per un lungo lasso di tempo, senza che si possa prevedere un miglioramento decisivo entro breve. Di principio il provvedimento andrebbe ordinato circa sei mesi dopo l'inizio dei disturbi (<ref-ruling> consid. 9.4 pag. 124; sentenza 8C_694/2007 del 3 luglio 2008 consid 4.3, in SVR 2008 UV n. 30 pag. 111).
4.2 Affinché il nesso di causalità naturale possa essere ammesso, i disturbi a livello della nuca o del rachide cervicale devono manifestarsi entro 72 ore al massimo dall'evento infortunistico. In questa valutazione assumono particolare rilievo gli avvenimenti del giorno dell'infortunio e del periodo successivo, le indicazioni della persona infortunata e l'esattezza con la quale esse vengono riportate, così come pure le modalità - anche di tempo - nelle quali i medici intervenuti hanno compiuto i propri accertamenti (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 264/97 del 12 agosto 1999, in RAMI 2000 no. U 359 pag. 29). Questa giurisprudenza è stata ripetutamente confermata.
Per quanto riguarda, dal canto loro, i disturbi rientranti nel quadro tipico del colpo di frusta (v. consid. 4.1), la giurisprudenza ha più volte negato l'esistenza di un nesso di causalità naturale ad esempio nell'ipotesi in cui essi si erano manifestati solo due, tre anni dopo l'infortunio (v. sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni U 22/01 del 29 ottobre 2002 e U 33/01 del 7 agosto 2001; sul significato attribuito dalla giurisprudenza alla manifestazione tardiva dei sintomi cfr. sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni U 350/04 del 12 ottobre 2006, U 34/02 del 12 luglio 2002 [tempo di latenza: 2 anni dall'ultimo infortunio] e U 249/98 del 10 dicembre 1999 [tempo di latenza: 3 anni e mezzo]).
5. 5.1 Per potersi determinare sull'esistenza e sull'estinzione di un rapporto di causalità naturale, il Tribunale deve ricorrere, in ambito medico, alle indicazioni di personale sanitario specializzato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
Quanto alla valenza probatoria di un rapporto medico, determinante, secondo la giurisprudenza, è che i punti litigiosi importanti siano stati oggetto di uno studio approfondito, che il rapporto si fondi su esami completi, che consideri parimenti le censure espresse, che sia stato approntato in piena conoscenza dell'incarto (anamnesi), che la descrizione del contesto medico sia chiara e che le conclusioni del perito siano ben motivate. Determinante quindi per stabilire se un rapporto medico ha valore di prova non è tanto né l'origine del mezzo di prova, né la denominazione, ad esempio, quale perizia o rapporto (<ref-ruling> consid. 3a pag. 352; <ref-ruling> consid. 1c pag. 160; Hans-Jakob Mosimann, Zum Stellenwert ärztlicher Beurteilungen, in: Aktuelles im Sozialversicherungsrecht, Zurigo 2001, pag. 266). Nella sentenza I 128/98 del 24 gennaio 2000, pubblicata in VSI 2001 pag. 106 segg., il Tribunale federale (delle assicurazioni) ha però ritenuto conforme al principio del libero apprezzamento delle prove definire delle direttive in relazione alla valutazione di determinate forme di rapporti e perizie.
Così, in particolare, i referti affidati dagli organi dell'amministrazione a medici esterni oppure ad un servizio specializzato indipendente che fondano le proprie conclusioni su esami e osservazioni approfondite, dopo aver preso conoscenza dell'incarto, e che giungono a risultati concludenti, dispongono di forza probatoria piena, a meno che non vi siano indizi concreti a mettere in discussione la loro attendibilità (VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/bb e pag. 110 consid. 3c, I 128/98).
In relazione poi alle attestazioni del medico curante, la Corte federale ha già ripetutamente stabilito che il giudice può ritenere, secondo la generale esperienza della vita, che, nel dubbio, alla luce del rapporto di fiducia esistente col paziente, egli tenda ad esprimersi a suo favore (<ref-ruling> consid. 3b/cc pag. 353; <ref-ruling> consid. 4 pag. 175; VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/cc, I 128/98).
Se infine vi sono dei rapporti medici contraddittori il giudice non può evadere la vertenza senza valutare l'intero materiale e indicare i motivi per cui egli si fonda su un rapporto piuttosto che su un altro (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 673/00 dell'8 ottobre 2002 consid. 3.3). Al riguardo va tuttavia precisato che non si può pretendere dal giudice che raffronti i diversi pareri medici e parimenti esponga correttamente da un punto di vista medico, come farebbe un perito, i punti in cui si evidenziano delle carenze indicando qual è l'opinione più adeguata (consid. 4b non pubblicato in <ref-ruling>, ma in SVR 2000 UV n. 10 pag. 35).
5.2 Nella già citata <ref-ruling> consid. 9.5 pag. 125 questa Corte ha precisato a quali condizioni una perizia pluridisciplinare deve essere considerata valida. In particolare il referto deve soddisfare i presupposti indicati al consid. 5.1 in relazione al valore probante di un rapporto medico (<ref-ruling> consid. 3 pag. 352 segg.; sentenza 8C_694/2007 del 3 luglio 2008 consid. 4.3 e dottrina citata, in SVR 2008 UV n. 30 pag. 111) e dev'essere redatto da specialisti nel ramo, in particolare in questo genere di trauma. Si tratta di effettuare prioritariamente degli esami in ambito neurologico/ortopedico (nella misura del possibile grazie a degli apparecchi appropriati), psichiatrico e, se necessario, neuropsicologico. Per risolvere questioni specifiche ed escludere diagnosi differenziali, è indicato effettuare investigazioni otoneurologiche e oftalmologiche. Il perito deve disporre di un incarto affidabile, fatto che sottolinea l'importanza di una documentazione dettagliata circa la dinamica dell'incidente ed i primi accertamenti medici, ma anche circa l'ulteriore sviluppo fino all'esecuzione della perizia. Per quanto riguarda il contenuto si deve disporre di conclusioni convincenti in relazione alla credibilità dei disturbi e, in caso di assenza di un substrato organico oggettivo, circa l'esistenza di un nesso di causalità naturale tra i disturbi e il trauma da accelerazione della colonna cervicale o trauma analogo. In seguito va pure stabilito in che misura la capacità lavorativa nell'attività abituale o in un'attività adeguata è limitata dai disturbi in nesso causale con l'incidente. Infine una perizia che corrisponde ai criteri succitati deve pure permettere di stabilire quali sono i principi applicabili per esaminare l'adeguatezza del nesso causale (sentenza citata 8C_694/2007 consid. 4.3 e 4.4).
6. 6.1 In seguito all'incidente della circolazione del 9 marzo 2005 E._ ha riportato un trauma da accelerazione cranio-cervicale con dolori alla nuca, alla testa e alle spalle, perlopiù a destra, vertigini e una contusione al ginocchio sinistro.
Il 28 giugno 2005 il dott. M._ del reparto di reumatologia dell'ospedale A._ ha diagnosticato dolori alla testa persistenti, evidenziando un inizio di cronicizzazione e attestando pertanto, ai fini del conseguimento di una piena capacità lavorativa, la necessità di un trattamento stazionario in una clinica riabilitativa.
Dal 26 luglio al 23 agosto 2005 la ricorrente ha quindi soggiornato presso la clinica riabilitativa di U._. In tale occasione ha lamentato sensibilità al rumore, mal di testa costante, disturbi della concentrazione, vertigini e, in situazioni stressanti, dolori alla nuca diradanti nel braccio destro. Nel rapporto dettagliato trasmesso al dott. M._ i medici curanti hanno diagnosticato "chronifiziertes zervikospondylogenes Schmerzsyndrom bei kraniozephalem Beschleunigungstrauma vom 09.03.2005 mit Zephalgien und Myogelosen der Schultergürtel- und Nackenmuskulatur, vegetativer Begleitsymptomatik". Inoltre sono stati accertati disturbi dell'attenzione in situazioni di stress fittizio. A detta degli specialisti lo scopo della terapia era stato solo parzialmente raggiunto, in quanto all'uscita l'assicurata soffriva ancora di dolori al capo. La capacità lavorativa veniva fissata al 30%.
La medesima diagnosi è stata posta dal medico curante dell'interessata, dott.ssa S._, specialista in neurologia, in data 10 marzo 2006.
Non manifestandosi alcun miglioramento rilevante, se non temporaneo, dal 18 novembre al 18 dicembre 2006 l'interessata ha soggiornato presso la clinica C._. I medici curanti hanno diagnosticato "St. n. cranio-cervicalem Beschleunigungstrauma - 21 Monate nach Unfallereignis - noch residuelles post-traumatisches Beschwerdebild: Chronisch persistierende, permanente, fluktuierende Cephalea leichter bis mittelschwerer Ausprägung, wellenartig auftretend mit migräneartiger Komponente: Aura von Nausea, Schwindelerscheinungen, Erbrechen, cervico-okzipitales Schmerzbild - Migraine cervicale, haubenartig bis über die Supraciliar-Region bds. sich ausbreitend, neuropsychisches Defizit, beruflicher Leistungsknick, Kontusion des rechten Knies, radiologisch unauffällig, nur bei besonderen Anstrengungen noch Spur beschwerdebildend". Anche in tale occasione la paziente non ha conseguito una riduzione permanente del dolore, ma, nel limite del possibile, una stabilizzazione in ambito psichico e fisico. Nelle proprie conclusioni il dott. N._ ha proposto di eseguire, tramite la dott.ssa S._, ulteriori accertamenti in relazione all'emicrania che risultava particolarmente strana, consistenti in una nuova valutazione della regione atlanto-occipitale e del settore del midollo allungato. A proposito della capacità lavorativa il medico ha quindi proposto di procedere nuovamente al 30% e di aumentare prudentemente la percentuale fino al 50% a dipendenza dei disturbi. Egli ha infine rilevato l'impossibilità di fare una previsione a lungo termine.
Non manifestandosi alcun miglioramento rilevante, se non temporaneo, dal 18 novembre al 18 dicembre 2006 l'interessata ha soggiornato presso la clinica C._. I medici curanti hanno diagnosticato "St. n. cranio-cervicalem Beschleunigungstrauma - 21 Monate nach Unfallereignis - noch residuelles post-traumatisches Beschwerdebild: Chronisch persistierende, permanente, fluktuierende Cephalea leichter bis mittelschwerer Ausprägung, wellenartig auftretend mit migräneartiger Komponente: Aura von Nausea, Schwindelerscheinungen, Erbrechen, cervico-okzipitales Schmerzbild - Migraine cervicale, haubenartig bis über die Supraciliar-Region bds. sich ausbreitend, neuropsychisches Defizit, beruflicher Leistungsknick, Kontusion des rechten Knies, radiologisch unauffällig, nur bei besonderen Anstrengungen noch Spur beschwerdebildend". Anche in tale occasione la paziente non ha conseguito una riduzione permanente del dolore, ma, nel limite del possibile, una stabilizzazione in ambito psichico e fisico. Nelle proprie conclusioni il dott. N._ ha proposto di eseguire, tramite la dott.ssa S._, ulteriori accertamenti in relazione all'emicrania che risultava particolarmente strana, consistenti in una nuova valutazione della regione atlanto-occipitale e del settore del midollo allungato. A proposito della capacità lavorativa il medico ha quindi proposto di procedere nuovamente al 30% e di aumentare prudentemente la percentuale fino al 50% a dipendenza dei disturbi. Egli ha infine rilevato l'impossibilità di fare una previsione a lungo termine.
6.2 6.2.1 Su incarico della Generali nel corso del mese di gennaio 2008 il Centro D._ ha sottoposto l'assicurata ad un esame interdisciplinare, segnatamente ortopedico (dott. H._), neurologico, psichiatrico (dott. K._) e neuropsicologico (dott. phil. I._ e lic. phil. L._). Nel rapporto approfondito del 13 marzo 2008 i medici interpellati hanno posto la diagnosi di dolori di tipo tensivo ("Spannungsschmerzen", G.44.2) ed evidenziato esserci solo riscontri patologici leggeri. I periti hanno in particolare precisato: "In der orthopädischen Untersuchung betrafen die pathologische Befunde einzig eine leichte Einschränkung der HWS-Beweglichkeit sowie Druckdolenzen in der Nacken- und rechtsseitigen Schultermuskulatur. Myogelosen (wie sie früher beschrieben worden waren) lagen jetzt nicht mehr vor .... Auf neurologischem Gebiet konnten keine Hinweise auf Störungen im Bereich des peripheren oder zentralen Nerven-Systems festgestellt werden .... Auch in der neurologischen Untersuchung konnte eine Druckschmerzhaftigkeit im Bereich der Ansatzstellen der Halsmuskeln an der Hinterhauptsschuppe sowie der Muskulatur im Bereich der rechten Schulter festgestellt werden".
Da un punto di vista mentale i periti hanno confermato l'esistenza di leggeri deficit dell'attenzione consistenti in un rallentamento psicomotorio. In assenza di indizi circa un danno al cervello essi non potevano essere considerati espressione di disturbi organici di questo organo né spiegavano le limitazioni fatte valere dall'interessata. Da un punto di vista psichico, infine, i periti non hanno riscontrato alcunché.
Gli esperti hanno quindi concluso che da un punto di vista fisico non vi erano danni alla salute oggettivabili che potevano spiegare i dolori dell'assicurata, segnatamente i dolori muscolari constatati corrispondevano a dolori di tipo tensivo. In pratica muscoli e legamenti venivano tesi in modo non fisiologico, così da provocare "schmerzhafte Reizzustände an den Sehnenansätzen der Halsmuskulatur". I medici interpellati hanno ritenuto responsabili di questi dolori le sollecitazioni della vita quotidiana, precisando che tipico era il fatto che l'assicurata avesse approfittato dei provvedimenti terapeutici rilassanti a cui era stata sottoposta durante le due degenze, tuttavia i dolori erano ricomparsi in occasione della ripresa delle normali abitudini giornaliere. L'insorgenza dei dolori tensivi era quindi riconducibile ad un certo sovraffaticamento causato dal doppio carico professionale (attività lavorativa al 90% e studio per conseguire il diploma federale di economista aziendale), così come al matrimonio.
6.2.2 A proposito dell'esistenza del quadro clinico tipico del trauma da accelerazione della colonna cervicale, attestato dagli specialisti interpellati precedentemente, i periti hanno precisato: "Aus medizinischer Sicht kann kein typisches Beschwerdebild nach HWS-Distorsionstrauma oder äquivalenten Verletzungen existieren, weil die Diagnose des HWS-Distorsionstraumas und auch die Begriffseinheit äquivalente Verletzungen viel zu allgemein gehalten sind, um daraus ein typisches Beschwerdebild abzuleiten". Essi hanno comunque aggiunto: "Es besteht in der einschlägigen medizinisch-wissenschaftlichen Literatur zum HWS-Distorsionstrauma aber gerade Einigkeit darüber, dass die Symptomatologie nach einem Trauma mit Beschleunigungsmechanismus immer sehr vieldeutig ist und aus einer Reihe von sehr unspezifischen (!) Allgemein-Symptomen wie Kopf- und Nackenschmerzen, schmerzhafter Bewegungseinschränkung des Halses, Verspannungen, Armschmerzen, Schwindelattacken, vegetativen Symptomen wie Übelkeit, Zittern, Schwitzen, Schluckbeschwerden etc besteht". Gli esperti hanno poi affermato: "Auch die Beschwerden dieser Versicherten sind medizinisch unspezifisch und können ohne erkennbare Ursache, aufgrund von psychischen Stressfaktoren, infolge von Unfällen mit Beschleunigungsmechanismus, anderen Erkrankungen im Bereich von Schulter, Hals und Kopf (auch z.B. al systemische entzündliche Erkrankung) und als Folge von objektiven traumatischen Schädigungen der HWS auftreten, wobei gleich hinzuzufügen ist, dass in ihrem Fall keine Anhaltspunkte für eine solche Schädigung der HWS - also ein HWS-Trauma - vorliegen".
Secondo i periti quindi è soltanto possibile, non anche verosimile che i disturbi attuali siano riconducibili all'infortunio. Con verosimiglianza preponderante provocati dall'infortunio sarebbero unicamente i dolori manifestatisi nelle prime sei settimane: "Hinsichtlich dieser initialen, überwiegend wahrscheinlich unfallbedingten Beschwerden (Schmerzen im Schulter-Nacken-Kopfbereich) können auf der Basis neuester Erkenntnisse zu dieser Problematik Mikrotraumatisierungen unterstellt werden, die medizinisch plausibel sind, sich derzeit aber noch einer Objektivierbarkeit entziehen. In Rahmen eines radiologischen Forschungsprojekts mit hochauflösender Magnet-Resonanz-Tomographie soll es inzwischen möglich sein, solche sehr kleinen Läsionen bildhaft darzustellen. Diese Methodik wird bisher aber nur im Rahmen von Forschungsprojekten eingesetzt. Dem kann hinzugefügt werden, dass der Nachweis solcher Mikroläsionen folgerichtig auch den Nachweis von Mikronarben ermöglichen wird". Queste cicatrici avrebbero valenza clinica, cioè effetti rilevanti sulla funzionalità di muscoli e ligamenti, al massimo per sei settimane.
7. 7.1 Nella perizia commissionata dalla Generali gli specialisti hanno ammesso un nesso di causalità naturale tra infortunio e disturbi per la durata di sei settimane, in quanto i dolori sarebbero stati riconducibili a delle microlesioni oggettivabili, in quanto visibili in immagini, anche se attualmente soltanto nell'ambito di progetti di ricerca, tramite una risonanza magnetica tomografica, (si confronti in proposito anche <ref-ruling> consid. 7.2 pag. 119). In assenza di altri disturbi organici oggettivabili, così come di un trauma da accelerazione della colonna cervicale, il nesso di causalità naturale si sarebbe tuttavia estinto allo scadere del periodo indicato.
Al riguardo va rilevato che in concreto non è contestato che sin dall'inizio non vi era alcun substrato organico oggettivabile giustificante un nesso di causalità naturale, le presunte microlesioni citate dal Centro D._ non essendo ancora considerate accertabili tramite metodi scientificamente riconosciuti (si vedano in proposito le considerazioni pubblicate in <ref-ruling> consid. 7.2 pag. 119), rispettivamente che esso era presente in misura molto limitata, bensì il fatto che l'assicurata avesse, anche dopo il 20 aprile 2005 e per lo meno fino al momento determinante della decisione su opposizione impugnata, manifestato il quadro clinico tipico dei disturbi riconducibili ad un trauma da accelerazione della colonna cervicale (<ref-ruling> consid. 6.2.1 pag. 116; <ref-ruling> consid. 4b pag. 360). Tale questione non è stata tuttavia risolta dalla Corte cantonale la quale ha respinto il gravame per carenza dei presupposti necessari per ammettere l'esistenza di un nesso di causalità adeguato.
A mente di questa Corte tale procedere non può essere difeso. Occorre infatti evidenziare che essendo nei primi mesi successivi all'infortunio ancora possibile un sensibile miglioramento della salute dell'assicurata (consid 6.1), la chiusura della pratica non poteva in alcun caso avvenire in un momento talmente prematuro (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3 e 4 pag. 112 segg.). Pertanto è necessario stabilire se il nesso di causalità naturale, riconosciuto sin dall'inizio, si è nel frattempo estinto, segnatamente se la perizia ordinata dalla Generali è atta a provare, con il grado della verosimiglianza preponderante, il raggiungimento dello status quo sine/ante.
7.2 Al riguardo va rilevato che tutti i medici che hanno esaminato, anche in maniera particolarmente approfondita, l'assicurata hanno diagnosticato un trauma da accelerazione della colonna cervicale e attestato i vari sintomi rientranti nel quadro clinico tipico (consid. 6.1). Anche i periti del Centro D._, del resto, pur non ammettendo da un punto di vista medico l'esistenza di tale quadro, hanno dichiarato che la dottrina medica riconosce l'esistenza di sintomi generici non specifici in caso di trauma da accelerazione della colonna cervicale, sintomi manifestatisi anche nel caso concreto dell'assicurata. Malgrado ciò hanno negato l'esistenza di un trauma della colonna cervicale (".... wobei gleich hinzuzufügen ist, dass in ihrem Fall keine Anhaltspunkte für eine solche Schädigung der HWS - also ein HWS-Trauma -vorliegen"), adducendo che i sintomi potevano essere ricondotti a diverse altre cause tra cui, ad esempio, lo stress.
7.3 Questa Corte non ritiene attendibili le conclusioni del Centro D._ in quanto non sufficientemente motivate e in contrasto con la documentazione medica convergente agli atti. I periti non spiegano per quali motivi l'assicurata non avrebbe subito un trauma alla colonna cervicale. Per nulla convincente risulta al riguardo il tentativo di qualificare i disturbi quali dolori tensivi. In effetti non vi è alcun indizio agli atti che lasci anche lontanamente intendere che l'assicurata prima dell'incidente fosse sopraffatta dalla doppia attività svolta e che il matrimonio abbia contribuito a creare tensioni supplementari. Lei stessa si descrive come un'altra persona, prima dell'incidente, mentre i medici della clinica C._ la ritraggono quale soggetto assolutamente sano, dotato di un atteggiamento positivo e attivo verso la vita. Pure infondata è la spiegazione secondo cui i disturbi non sarebbero riconducibili all'infortunio, in quanto l'assicurata durante i soggiorni riabilitativi avrebbe approfittato delle terapie rilassanti, mentre confrontata con la vita quotidiana il dolore sarebbe aumentato, rilevato che, malgrado la paziente si sia sempre rivelata particolarmente motivata, i dolori si sono ripresentati durante la degenza già tre/quattro ore dopo la terapia, non solo dopo il rientro a casa ("Zu beachten ist allerdings, dass jeweils etwa 3-4 Stunden auch nach der erfolgreichen warmen Stein-Therapie die Beschwerden leider immer wieder zurückschlagen, sodass einstweilen von einer permanenten Schmerzreduktion im erheblichen Ausmass noch nicht gesprochen werden kann").
Significativo è infine anche il fatto che i cosiddetti dolori tensivi sono stati constatati dalla parte destra del corpo (l'auto con cui è entrata in collisione l'assicurata ha infatti omesso di rispettare la precedenza, immettendosi sulla strada dalla parte destra dell'assicurata) e meglio quella più colpita dall'incidente.
Alla luce di quanto appena esposto la perizia del Centro D._, che tenta - invano - di addossare allo stress la responsabilità dei dolori manifestatisi dopo l'infortunio, non dimostra con il grado della verosimiglianza preponderante valido nelle assicurazioni sociali, né che il nesso di causalità naturale tra i disturbi e l'infortunio si sarebbe estinto sei settimane dopo l'incidente, né tantomeno che tale relazione causale non avrebbe più esplicato effetti in un istante successivo.
Infine va ancora evidenziato che non risultano essere stati eseguiti gli accertamenti supplementari ventilati dal dott. N._. I periti del Centro D._ hanno infatti richiamato la risonanza magnetica-tomografica dell'ospedale A._ del 31 ottobre 2005.
Visto quanto sopra la perizia risulta insufficientemente motivata, incompleta e in contraddizione con l'ulteriore documentazione medica agli atti e pertanto non può essere posta alla base del presente giudizio indipendentemente dalle opinioni del dott. K._ circa la rilevanza dei traumi da accelerazione della colonna cervicale per l'insorgenza di danni neuropsicologici e dal fatto che il servizio redige principalmente perizie su incarico degli assicuratori.
Di conseguenza, poiché non risulta sufficientemente provato che il nesso di causalità naturale tra i disturbi di cui soffre l'assicurata e l'infortunio si sarebbe nel frattempo estinto, per raggiungimento dello status quo ante/sine, la vertenza va risolta alla luce di accertamenti specialistici supplementari, e meglio tramite l'erezione di una perizia specialistica da parte del Tribunale cantonale delle assicurazioni.
7.4 Il ricorso in materia di diritto pubblico va pertanto accolto e l'incarto rinviato al Tribunale cantonale delle assicurazioni affinché proceda all'erezione di una perizia giudiziaria, e, alla luce delle nuove risultanze processuali, si pronunci nuovamente sul diritto a prestazioni dell'interessata dopo il 20 aprile 2005.
8. Poiché le spese seguono la soccombenza, vanno poste a carico dell'intimata (<ref-law>), la quale (<ref-law>) verserà alla ricorrente fr. 2'800.- a titolo di indennità di parte per la sede federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto nel senso che, annullato il giudizio impugnato del 22 aprile 2009, l'incarto è rinviato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino per procedere agli accertamenti indicati nei considerandi (allestimento di una perizia giudiziaria) e pronunciarsi nuovamente sul diritto a prestazioni della ricorrente dopo il 20 aprile 2005.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico della Generali Assicurazioni.
3. La Generali Assicurazioni verserà alla ricorrente la somma di fr. 2'800.- a titolo di indennità di parte per la procedura federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.