Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 25. April 2008 sprach das Kreisgericht Untertoggenburg-Gossau X._ der Brandstiftung, des Vergehens gegen das Waffengesetz und der mehrfachen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 32 Monaten, teilbedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, und zu einer Busse von Fr. 300.--. Den zu vollziehenden Teil der Freiheitsstrafe legte das Gericht auf 15 Monate fest.
B. Auf Berufung des Verurteilten und Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft hin bestätigte das Kantonsgericht St. Gallen mit Urteil vom 11. Februar 2009 den Schuldpunkt. Hingegen verurteilte es X._ zu einer Freiheitsstrafe von 36 Monaten, teilbedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 300.--. Den zu vollziehenden und den aufzuschiebenden Teil der Freiheitsstrafe legte das Gericht auf je 18 Monate fest.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Kantonsgericht St. Gallen vom 11. Februar 2009 und - soweit den Schuldspruch wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz betreffend - das Urteil des Kreisgerichts Untertoggenburg-Gossau vom 15. April 2008 seien aufzuheben. Er sei vom Vorwurf der mehrfachen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz freizusprechen und zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 24 Monaten zu verurteilen, unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren. Eventualiter für den Fall, dass er zu einer Freiheitsstrafe von mehr als 24 Monaten verurteilt werde, sei die Strafe gemäss Art. 43 Abs. 1 StGB teilweise aufzuschieben, wobei der unbedingt vollziehbare Teil der Strafe auf höchstens sechs Monate festzusetzen sei. Subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Den Verurteilungen des Beschwerdeführers liegt der folgende Sachverhalt zugrunde:
Am 7. Oktober 2005, ca. 2.15 bis 3.45 Uhr, setzte der Beschwerdeführer gemeinsam mit einer Person namens Y._, welche er nicht näher kannte, ein Café in Gossau in Brand. Y._, welcher dem Beschwerdeführer für seine Mithilfe einen "Lohn" von Fr. 10'000.-- bis Fr. 11'000.-- in Aussicht gestellt hatte, war für die Beschaffung und Bereitstellung des Einbruchswerkzeugs (Metallstab zum Einschlagen eines Fensters) und des Brandbeschleunigers (Kanister mit Benzin) verantwortlich. Der Beschwerdeführer half bei der Brandlegung mit, bei welcher es zu einer heftigen Explosion kam, so dass er durch brennende Gebäudeteile flüchten musste und sich schwere Brandverletzungen zuzog. Der Beschwerdeführer stellte sich gleichentags der Polizei und bekannte sich zur Brandstiftung. Diese führte zu einem Sachschaden von ca. Fr. 800'000.--. Y._ konnte nicht gefasst werden.
1.1 Des Weiteren gestand der Beschwerdeführer im Untersuchungsverfahren ein, im Zeitraum von ca. eineinhalb Monaten vor der Brandlegung an den Wochenenden jeweils etwa ein bis zwei Gramm Kokain konsumiert zu haben.
2. Der Beschwerdeführer wendet sich vorab gegen die Verurteilung wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und beantragt seine Freisprechung infolge Verjährung.
2.1 Die Vorinstanz hat ausgeführt, das erstinstanzliche Urteil sei am 25. April 2008 und damit vor Ablauf der für Übertretungen geltenden dreijährigen Verjährungsfrist ergangen. Damit seien die Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz nicht verjährt (angefochtenes Urteil S. 11).
2.2 Der Beschwerdeführer lastet der Vorinstanz insoweit eine falsche Anwendung von Art. 97 StGB i.V.m. Art. 19a Ziff. 1 BetmG an. Aufgrund der Gesetzessystematik sei davon auszugehen, dass die Verfolgungsverjährung bei Übertretungen durch die Bestimmung von Art. 109 StGB, welche als lex specialis Art. 97 StGB vorgehe, abschliessend geregelt werde. Die Bestimmung von Art. 97 Abs. 3 StGB, wonach die Verjährung nicht mehr eintrete, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen sei, gelte mit anderen Worten nur für Vergehen und Verbrechen, nicht aber für Übertretungen. Die Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz seien folglich verjährt (Beschwerde S. 8 - 11).
2.3 Die Strafverfolgung und die Strafe für Übertretungen verjähren in drei Jahren (Art. 109 StGB). Hingegen sind weder Beginn noch Ende der Verjährungsfrist in Art. 103 ff. StGB geregelt. Aufgrund von Art. 104 StGB gelten die Bestimmungen des Ersten Teils des Strafgesetzbuches - d.h. unter anderem auch Art. 97 Abs. 3 StGB - grundsätzlich auch für Übertretungen, soweit in den Art. 103 - 109 StGB nichts Abweichendes geregelt ist. Art. 104 StGB verweist generell und ausnahmslos auf den ersten Teil des Strafgesetzbuches, soweit im Übertretungsstrafrecht keine speziellen Regeln aufgestellt werden. Weder dem Gesetz noch der Botschaft zur Änderung des Strafgesetzbuches vom 21. September 1998 lässt sich entnehmen, dass einzelne Absätze der Gesetzesbestimmungen des ersten Teils auf das Übertretungsstrafrecht keine Anwendung finden sollen. Die Botschaft hält im Gegenteil ausdrücklich fest, dass die Verfolgungsverjährung auch im Strafbefehlsverfahren, also bei geringfügigeren Delikten, mit dem erstinstanzlichen Urteil endet (BBl 1999 1979 ff. Ziff. 216.11). Das Strafbefehlsverfahren ist nach dem Entwurf zur Schweizerischen Strafprozessordnung insbesondere auf Übertretungen anwendbar, d.h. in Fällen, in welchen lediglich die Busse als Strafe zur Verfügung steht (Art. 103 StGB; Art. 355 StPO/CH). Werden Strafbefehle generell als erstinstanzliche Urteile im Sinne von Art. 97 Abs. 3 StGB qualifiziert, soweit sie in Rechtskraft erwachsen, so ist diese Bestimmung auch auf Übertretungen anzuwenden. Aus der Botschaft ergibt sich dasselbe Resultat. Darin findet sich kein Hinweis, dass der Gesetzgeber Verbrechen bzw. Vergehen und Übertretungen bei der Verfolgungsverjährung nach einem erstinstanzlichen Urteil anders behandeln wollte (vgl. zum Ganzen BGE 6B_186/2009 vom 16. Juli 2009 E. 2).
Die Auffassung des Beschwerdeführers, Art. 97 Abs. 3 StGB sei auf Übertretungen nicht anwendbar, ist daher unzutreffend.
3. Nach Auffassung des Beschwerdeführers verstösst die vorinstanzliche Strafzumessung gegen Bundesrecht.
3.1 3.1.1 Die Vorinstanz hat erwogen, das Verschulden des Beschwerdeführers wiege schwer, da er mit direktem Vorsatz für einen in Aussicht gestellten "Verbrecherlohn" einen Brand in einem Gebäude innerhalb eines grossen Gebäudekomplexes gelegt und dadurch einen beträchtlichen Sachschaden in der Grössenordnung von Fr. 800'000.-- verursacht habe. Der Beschwerdeführer habe nicht gewusst, ob sich Menschen im Gebäude aufhielten. Dass letztlich niemand zu Schaden gekommen und das Feuer nicht auf weitere Gebäudeteile übergesprungen sei, sei einzig glücklicher Fügung zuzuschreiben. In Würdigung der gesamten Umstände sei die Einsatzstrafe auf fünf Jahre festzusetzen (angefochtenes Urteil S. 4 f.).
3.1.2 Die Vorinstanz hat weiter festgehalten, der Beschwerdeführer habe sich bei der Brandstiftung schwer verletzt und sei mit lebensbedrohlichen Verbrennungen in komatösem Zustand ins Spital eingeliefert worden. Im Gesicht seien heute keine Verbrennungsfolgen mehr sichtbar, und der Beschwerdeführer sei wieder zu 100% arbeitstätig. Schmerzen bereite ihm gemäss eigenen Angaben (einzig) noch die Haut an den Beinen. Hinweise auf anhaltende, schwere gesundheitliche Beeinträchtigungen als unmittelbare Tatfolgen liessen sich weder den Akten noch den Aussagen des Beschwerdeführers entnehmen. Dieser sei somit "physisch und psychisch zwar nicht vollständig, aber doch weitgehend wiederhergestellt", weshalb die persönliche Betroffenheit sein schweres Verschulden weder ganz noch weitgehend aufzuwiegen vermöge. Angemessen erscheine, die Einsatzstrafe von fünf Jahren um vier Monate zu reduzieren (angefochtenes Urteil S. 5 f.).
3.1.3 Die Vorinstanz hat ferner hervorgehoben, neben der persönlichen Betroffenheit durch die unmittelbaren Tatfolgen falle die Geständnisbereitschaft des Beschwerdeführers strafmindernd ins Gewicht. Allerdings werde der moralische Wert der Selbstanzeige leicht eingeschränkt, weil angesichts seiner schweren Brandverletzungen zweifellos ein starker Tatverdacht auf ihn gefallen wäre. Sachgerecht sei eine Strafreduktion von einem Viertel der Einsatzstrafe.
Mit einer weiteren Strafreduktion von sechs Monaten zu berücksichtigen seien die Vorstrafenlosigkeit des Beschwerdeführers, dessen gezeigte Reue und der Umstand, dass er sich seit der Tat nichts mehr habe zuschulden kommen lassen (angefochtenes Urteil S. 6 f.).
In Anwendung von Art. 49 Abs. 1 StGB schlage sich schliesslich die Widerhandlung gegen das Waffengesetz in einer Straferhöhung von einem Monat nieder. Es sei folglich eine Freiheitsstrafe von insgesamt drei Jahren auszusprechen (angefochtenes Urteil S. 9).
In Anwendung von Art. 49 Abs. 1 StGB schlage sich schliesslich die Widerhandlung gegen das Waffengesetz in einer Straferhöhung von einem Monat nieder. Es sei folglich eine Freiheitsstrafe von insgesamt drei Jahren auszusprechen (angefochtenes Urteil S. 9).
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer erachtet die Einsatzstrafe von fünf Jahren als unverhältnismässig hoch, zumal die hohe Strafandrohung von Art. 221 StGB in der heutigen Zeit nicht mehr gerechtfertigt sei. Angemessen sei eine Einsatzstrafe von drei Jahren (Beschwerde S. 23 - 26).
3.2.2 Der Beschwerdeführer betont weiter, gehe man in Übereinstimmung mit dem angefochtenen Urteil von einer Einsatzstrafe von fünf Jahren aus, so habe die Vorinstanz jedenfalls seiner Betroffenheit durch die unmittelbaren Tatfolgen mit einer Strafmilderung von lediglich vier Monaten nur unzureichend Rechnung getragen und hierdurch Art. 54 StGB verletzt. Insbesondere bedeute die Berücksichtigung seines Verschuldens bei der Beurteilung der Angemessenheit der Bestrafung eine unzulässige Doppelverwertung, sei das Verschulden doch bereits bei der Bestimmung der Einsatzstrafe einbezogen worden (Beschwerde S. 11 - 16). Zudem habe die Vorinstanz insoweit den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, da sie sich bei der Bewertung der Schwere seiner Betroffenheit auf die eigene Wahrnehmung statt auf medizinische Berichte abgestützt habe. Er habe sich vor allem im Beinbereich schwerste Verletzungen zugezogen, unter welchen er auch vier Jahre nach dem Brand noch leide. Bei korrekter Sachverhaltsfeststellung sei von einer ausserordentlich starken Betroffenheit auszugehen, was ohne Weiteres eine Strafmilderung im Umfang von zwei Jahren rechtfertige (Beschwerde S. 16 - 23).
3.2.3 Ferner hätte die Vorinstanz dem Umstand, dass er ein umfassendes Geständnis abgelegt habe, mit einer Strafreduktion im Umfang eines Drittels statt eines Viertels Rechnung tragen (Beschwerde S. 26 f.), sowie seine Reue und Vorstrafenlosigkeit stärker zu seinen Gunsten gewichten müssen (Beschwerde S. 27 - 29).
Zusammenfassend habe die Vorinstanz ihr Ermessen unrichtig ausgeübt und neben Art. 47 StGB zugleich ihre Begründungspflicht nach Art. 50 StGB verletzt. Sachgerecht sei eine Strafe im Bereich von höchstens 24 Monaten (Beschwerde S. 29 f.).
3.3 3.3.1 Gemäss Art. 47 Abs. 1 StGB misst das Gericht die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Die Bewertung des Verschuldens wird in Art. 47 Abs. 2 StGB dahingehend präzisiert, dass dieses nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt wird, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Nach Art. 50 StGB hat das Gericht die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten.
Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 6.1; <ref-ruling> E. 2).
Die Vorinstanz hat die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände eingehend gewürdigt und sämtliche Strafzumessungsfaktoren nachvollziehbar gewichtet. Indem sie insbesondere angesichts des schweren Verschuldens des Beschwerdeführers zusammenfassend gefolgert hat, eine Einsatzstrafe von fünf Jahren erscheine angemessen, hat sie das ihr zustehende Ermessen nicht verletzt.
Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang geltend macht, die Strafdrohung der Brandstiftung sei zu hoch, kann seiner Argumentation nicht gefolgt werden. Das Bundesgericht hat geltendes Recht anzuwenden, und es ist Sache des Gesetzgebers die Strafdrohung von Art. 221 StGB herabzusetzen, falls er diese als nicht mehr angemessen erachten sollte.
3.3.2 Gemäss Art. 54 StGB sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab, wenn der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen ist, dass eine Strafe unangemessen wäre (Art. 54 StGB).
Art. 54 StGB entspricht im Wesentlichen Art. 66bis aStGB, weshalb die bisherige bundesgerichtliche Rechtsprechung weiterhin massgebend ist (Urteil des Bundesgerichts 6B_111/2009 vom 16. Juli 2007 E. 3.2). Nach dem Grundsatz "a maiore minus" kann anstelle einer Strafbefreiung die Milderung der Strafe nach freiem Ermessen treten, wenn bei der Gegenüberstellung der unmittelbaren Folgen der Tat mit der angemessenen Strafe ein Rest zugunsten der Letzteren verbleibt, so dass eine Strafbefreiung nicht in Frage kommt (<ref-ruling> E. 2d; vgl. auch Silvan Flückiger, Art. 66bis / Art. 54 f. StGBneu - Betroffenheit durch Tatfolgen, Diss. 2006, S. 28 ff.). Neben der persönlichen Betroffenheit hängt der Entscheid über die Unangemessenheit der Strafe wesentlich vom Verschulden des Täters ab (Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes, BBl 1985 II 1018; Franz Riklin, Basler Kommentar StGB I, 2. Aufl. 2007, Art. 54 N. 35). Bei Vorsatztaten ist eine Strafreduktion nach Art. 54 StGB zwar möglich, sollte aber nur zurückhaltend vorgenommen werden (Riklin, a.a.O., Art. 54 N. 37). Die Bestimmung von Art. 54 StGB ist verletzt, wenn sie in einem Fall nicht Anwendung findet, in welchem ein leichtes Verschulden sehr schwere direkte Folgen für den Täter nach sich zieht, bzw. dort angewendet wird, wo ein schweres Verschulden lediglich zu einer leichten Betroffenheit des Täters geführt hat. Zwischen diesen beiden Extremen hat das Gericht nach Prüfung der konkreten Umstände des Einzelfalls zu entscheiden, wobei es bei der Festsetzung der angemessenen Strafe über ein weites Ermessen verfügt (<ref-ruling> E. 2d; <ref-ruling> E. 1a). Es ist insoweit nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht substantiiert dargelegt, inwiefern die Gegenüberstellung der Schwere der Betroffenheit und der angemessenen Strafe zu einer unzulässigen Doppelverwertung der Verschuldenskomponenten führen sollte (vgl. hierzu auch Flückiger, a.a.O., S. 86 f.).
Die Vorinstanz hat gestützt auf die Aussagen des Beschwerdeführers und unter Einbezug der Akten (vgl. vorinstanzliche Akten act. A/4 und S1/6) willkürfrei geschlossen, der Beschwerdeführer sei heute trotz seiner damaligen schweren Brandverletzungen physisch und psychisch weitgehend wiederhergestellt. Sie konnte mithin, ohne den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör zu verletzen, in antizipierter Beweiswürdigung davon absehen, weitere medizinische Berichte einzuholen. Der Beschwerdeführer hat mit direktem Vorsatz gehandelt. Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz das ihr zukommende Ermessen nicht verletzt, indem sie gefolgert hat, unter Berücksichtigung des schweren Verschuldens des Beschwerdeführers ergebe eine Gegenüberstellung der unmittelbaren Tatfolgen und der angemessenen Strafe, dass eine Reduktion der Einsatzstrafe um vier Monate angemessen sei.
3.3.3 Die Vorinstanz hat dem Geständnis des Beschwerdeführers mit einer Strafreduktion von einem Viertel der Einsatzstrafe hinreichend Rechnung getragen (vgl. <ref-ruling> E. 2d/cc). Insbesondere hat sie begründet, weshalb sie eine weiterreichende Strafminderung nicht als sachgerecht eingestuft hat (vgl. E. 3.1.3 hiervor). Ebenso wenig hat die Vorinstanz das ihr zustehende Ermessen verletzt, indem sie die Vorstrafenlosigkeit des Beschwerdeführers, dessen Reue und die Tatsache, dass er sich seit der Tat wohl verhalten hat, mit einer Strafreduktion von sechs Monaten, das heisst im Umfang eines Zehntels der Einsatzstrafe, berücksichtigt hat.
4. Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich gegen den teilbedingten Strafvollzug.
4.1 Die Vorinstanz hat erwogen, dem nicht vorbestraften Beschwerdeführer könne eine gute Prognose gestellt werden, bzw. jedenfalls fehle es an einer ungünstigen. Der Wahrscheinlichkeit seiner Legalbewährung einerseits und seiner Einzeltatschuld andererseits werde Rechnung getragen, wenn der aufgeschobene und der zu vollziehende Strafteil gleich gross seien (angefochtenes Urteil S. 9).
4.1 Die Vorinstanz hat erwogen, dem nicht vorbestraften Beschwerdeführer könne eine gute Prognose gestellt werden, bzw. jedenfalls fehle es an einer ungünstigen. Der Wahrscheinlichkeit seiner Legalbewährung einerseits und seiner Einzeltatschuld andererseits werde Rechnung getragen, wenn der aufgeschobene und der zu vollziehende Strafteil gleich gross seien (angefochtenes Urteil S. 9).
4.2 4.2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 43 StGB falsch angewendet, indem sie es unterlassen habe, vorgängig zu prüfen, ob in Anwendung von Art. 42 Abs. 4 StGB die Gewährung des bedingten Strafvollzugs, kombiniert mit einer Verbindungsgeldstrafe oder -busse, spezialpräventiv ausreichend gewesen wäre (Beschwerde S. 30 - 33).
4.2.2 Falls das Bundesgericht wider Erwarten die ausgesprochene teilbedingte Freiheitsstrafe von 36 Monaten als bundesrechtskonform bewerten sollte, habe die Vorinstanz Art. 43 StGB aber jedenfalls dadurch verletzt, dass sie trotz seiner guten Prognose den zu vollziehenden Anteil der Freiheitsstrafe auf 18 statt auf sechs Monate festgesetzt habe. Im Übrigen sei die im angefochtenen Urteil getroffene Aufteilung zwischen bedingtem und unbedingtem Anteil nicht hinreichend begründet und daher (erneut) gegen Art. 50 StGB verstossen worden (Beschwerde S. 33 - 36).
4.2.2 Falls das Bundesgericht wider Erwarten die ausgesprochene teilbedingte Freiheitsstrafe von 36 Monaten als bundesrechtskonform bewerten sollte, habe die Vorinstanz Art. 43 StGB aber jedenfalls dadurch verletzt, dass sie trotz seiner guten Prognose den zu vollziehenden Anteil der Freiheitsstrafe auf 18 statt auf sechs Monate festgesetzt habe. Im Übrigen sei die im angefochtenen Urteil getroffene Aufteilung zwischen bedingtem und unbedingtem Anteil nicht hinreichend begründet und daher (erneut) gegen Art. 50 StGB verstossen worden (Beschwerde S. 33 - 36).
4.3 4.3.1 Die von der Vorinstanz verhängte Freiheitsstrafe von insgesamt drei Jahren ist bundesrechtskonform (vgl. E. 3 hiervor). Der Anwendungsbereich von Art. 42 StGB ist auf Freiheitsstrafen bis zu zwei Jahren begrenzt, für Strafen von zwei bis drei Jahren gelangt ausschliesslich Art. 43 StGB zur Anwendung (<ref-ruling> E. 5.3.2 und E. 5.5.1).
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers entfällt damit vorliegend die Möglichkeit der Aussprechung einer bedingten Freiheitsstrafe verbunden mit einer unbedingten Geldstrafe oder einer Busse nach Art. 42 Abs. 4 StGB.
4.3.2 Ebenso wenig hat die Vorinstanz Bundesrecht verletzt, indem sie die Hälfte der teilbedingt ausgesprochenen Freiheitsstrafe von 36 Monaten für vollziehbar erklärt hat. Nach Art. 43 StGB muss der unbedingt vollziehbare Teil mindestens sechs Monate betragen (Abs. 3), darf aber die Hälfte der Strafe nicht übersteigen (Abs. 2). Innerhalb des gesetzlichen Rahmens liegt die Festsetzung im pflichtgemässen Ermessen des Gerichts. Als Bemessungsregel ist das "Verschulden" zu beachten, dem in genügender Weise Rechnung zu tragen ist (Abs. 1). Das Verhältnis der Strafteile ist so festzusetzen, dass darin die Wahrscheinlichkeit der Legalbewährung des Täters einerseits und dessen Einzeltatschuld anderseits hinreichend zum Ausdruck kommen. Je günstiger die Prognose und je kleiner die Vorwerfbarkeit der Tat, desto grösser muss der auf Bewährung ausgesetzte Strafteil sein. Der unbedingte Strafteil darf dabei das unter Verschuldensgesichtspunkten (Art. 47 StGB) gebotene Mass nicht unterschreiten (<ref-ruling> E. 5.6).
Angesichts des schweren Verschuldens des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz das ihr zukommende Ermessen nicht verletzt, indem sie die Hälfte der teilbedingt ausgesprochenen Strafe von drei Jahren für vollziehbar erklärt hat. Sie hat diese Aufteilung zwar knapp, aber hinreichend begründet. Eine Missachtung der Begründungspflicht gemäss Art. 50 StGB liegt nicht vor.
5. Soweit sich der Beschwerdeführer schliesslich gegen den Kostenpunkt wendet (Beschwerde S. 36 f.), begründet er nicht und ist auch nicht ersichtlich, weshalb die hälftige Kostenauflage im angefochtenen Urteil Bundesrecht verletzen sollte.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner