Sachverhalt:
A. Die Pensionskasse X._ und die Pensionskasse Y._ [vormals: Pensionskasse Z._] sind Eigentümerinnen einer Überbauung mit mehreren Ein- und Mehrfamilienhäuser in Arlesheim.
Mit Verträgen vom 25. Juni 1999 mieteten A._ und B._ ab dem 1. Oktober 1999 eine Dreizimmerwohnung und einen Einstellplatz im Mehrfamilienhaus B2 dieser Überbauung. In den Verträgen wird als Vermieterin die Dienststelle G._ angeführt. Der monatliche Mietzins für die Wohnung wurde auf der Basis des Hypothekarzinsfusses der Basellandschaftlichen Kantonalbank (BLKB) von 4.25 % auf Fr. 1'897.-- festgelegt. Für den Einstellplatz hatten die Mieter auf der Basis des Hypothekarzinsfusses BLKB von 4 % einen monatlichen Mietzins von Fr. 130.-- zu bezahlen.
Mit Schreiben vom 25. Juni 2005 verlangten die Mieter infolge Senkung des Hypothekarzinses auf 3 % per 1. Oktober 2005 von der Dienststelle G._ bezüglich der Wohnung und des Einstellplatzes eine entsprechende Mietzinsreduktion. Diese wurde von der Dienststelle G._ mit Schreiben vom 19. Juli 2005 unter Berufung auf eine ungenügende Bruttorendite abgelehnt.
B. Mit Eingabe vom 16. August 2005 an die Kantonale Schlichtungsstelle für Mietangelegenheiten verlangten die Mieter von der Dienststelle G._ für die Wohnung eine monatliche Mietzinsreduktion von Fr. 204.-- und für die Einstellhalle eine solche von Fr. 10.--. Eine vor der Schlichtungsstelle unterzeichnete Vereinbarung wurde später widerrufen.
Mit Klage vom 8. Dezember 2005 stellten die Mieter (Kläger) beim Bezirksgericht Arlesheim gegenüber der Dienststelle G._ (Beklagte) die Begehren, der monatliche Mietzins sei ab Oktober 2005 für die Wohnung um Fr. 204.-- und für den Einstellplatz um Fr. 10.-- herabzusetzen.
Mit Urteil vom 10. Januar 2007 wies das Bezirksgericht die Klage auf Mietzinsreduktion ab, wobei es entsprechend den schriftlichen Mietverträgen davon ausging, die Wohnung sei von der Dienststelle G._ vermietet worden und es diese als Beklagte aufführte.
Ab dem 1. Juli 2007 nannte sich die Dienststelle G._ "H._".
Auf Appellation der Kläger hin bestätigte das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Urteil vom 13. November 2007 das erstinstanzliche Urteil im Wesentlichen, reduzierte jedoch die vom Bezirksgericht zugesprochene Parteientschädigung.
C. Die Kläger erheben Beschwerde in Zivilsachen mit den Begehren, das Urteil des Kantonsgerichts vom 13. November 2007 sei aufzuheben und die Klage gutzuheissen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Als "Beschwerdegegner/Vermieter" geben die Beschwerdeführer die Pensionskasse X._ und die Pensionskasse Z._ [heute: Pensionskasse Y._], vertreten durch "H._", an.
In ihrer Vernehmlassung schliesst die "H._" als Vertreterin der Pensionskasse X._ und der Pensionskasse Y._ auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. In mietrechtlichen Fällen ist die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 15'000.-- beträgt (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG). Als Streitwert widerkehrender Nutzungen oder Leistungen gilt der Kapitalwert. Als solcher gilt bei ungewisser oder unbeschränkter Dauer der zwanzigfache Betrag der einjährigen Nutzung oder Leistung (Art. 51 Abs. 4 BGG). Die vor der Vorinstanz umstrittene Mietzinsherabsetzung von monatlich Fr. 214.-- ergibt jährlich Fr. 2'568.-- und multipliziert mit 20 Fr. 51'360.--. Damit wird der erforderliche Streitwert erreicht.
Da auch die weiteren Eintretensvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.3 Die Passivlegitimation der beklagten Partei betrifft die materielle Begründetheit des eingeklagten Anspruchs (Urteil 2C.5/1999 vom 3. Juli 2003 E. 2.1). Bei Mietverträgen ist zu beachten, dass die Rechtsstellung des Vermieters dessen Eigentum an der Mietsache nicht voraussetzt. Schliesst der Nichteigentümer den Mietvertrag in eigenem Namen, aber auf Rechnung des Eigentümers ab, liegt eine so genannte indirekte Stellvertretung vor. Das rechtsgeschäftliche Handeln des indirekten Stellvertreters begründet keine vertraglichen Beziehungen zwischen dem Vertretenen und dem Dritten. Dies gilt unbesehen darum, ob der Dritte von der Existenz des Vertretenen Kenntnis hat oder nicht (<ref-ruling> E. 8a S. 211 f.; Urteil 4C.245/1993 vom 19. April 1994 E. 5b und c mit Hinweisen).
2.4 Die Vorinstanz ging implizit davon aus, die Dienststelle G._ bzw. die "H._" sei als Vermieterin passivlegitimiert, da sie den Mietvertrag mit den Beschwerdeführern in eigenem Namen als indirekte Stellvertreterin der Eigentümerinnen abgeschlossen habe. Davon abweichend führen die Beschwerdeführer wie auch die "H._" in ihrer Vernehmlassung die Eigentümerinnen als Vermieterinnen an, ohne dies zu begründen.
2.5 Gemäss den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz und den bei den Akten liegenden Verträgen hat die Dienststelle G._ als Nichteigentümerin die Mietverträge mit den Beschwerdeführern in eigenem Namen abgeschlossen, weshalb eine indirekte Stellvertretung vorliegt. Dass das Mietverhältnis nachträglich auf die Eigentümerinnen übertragen worden wäre, geht aus dem angefochtenen Urteil nicht hervor und wird von den Beschwerdeführern auch nicht geltend gemacht. Damit hat das Kantonsgericht bundesrechtskonform angenommen, die "H._" habe die Mietverträge als indirekte Stellvertreterin der Eigentümerinnen geschlossen und sei damit als Vermieterin passivlegitimiert. Dass das Kantonsgericht bezüglich des zulässigen Ertrags auf die Verhältnisse bei den Eigentümerinnen abstellte, entspricht einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise, welche von den Beschwerdeführern zu Recht nicht beanstandet wird.
2.6 Damit die "H._" im Prozess als Beklagte bzw. als Beschwerdegegnerin auftreten kann, muss sie parteifähig sein. Die Parteifähigkeit, welche eine eigene Rechtspersönlichkeit voraussetzt, ist von Amtes wegen zu prüfen (<ref-ruling> E. 1 S. 530). Da die "H._" als Dienststelle des Finanzdepartements des Kantons U._ keine eigene Rechtspersönlichkeit hat, ist der Kanton U._ als Träger der "H._" als parteifähiger Beschwerdegegner anzusehen. In diesem Sinne ist die einfache fehlerhafte Parteibezeichnung von Amtes wegen zu korrigieren (vgl. <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 3a).
3. 3.1 Das Kantonsgericht ging davon aus, die ungenügende Bruttorendite gemäss Art. 296a lit. c OR habe der Vermieter zu beweisen, der sich darauf berufe. Er müsse nachweisen, dass die Nettomietzinseinnahmen im Verhältnis zu den gesamten Anlagekosten den zulässigen Bruttoertrag nicht übersteigen. Unter Anlagekosten seien die Investitionen des Erstellers eines Neubaus oder des Ersterwerbers unmittelbar nach der Fertigstellung zu verstehen. Den Beweis der Anlage- und Landerwerbskosten hielt das Kantonsgericht aufgrund der von der Beschwerdegegnerin eingereichten Bauabrechnungen als erbracht, zumal der darin figurierende Landpreis sogar tiefer liege als laut dem mit der Duplik eingereichten Kaufvertrag. Die Beschwerdegegnerin habe somit neben den Erstellungskosten auch die Landerwerbskosten rechtsgenüglich nachgewiesen.
3.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, gemäss § 106 Abs. 3 des basellandschaftlichen Gesetzes betreffend die Zivilprozessordnung (ZPO/BL) seien Urkunden, die als Beweismittel dienen sollen, der Klageantwort beizulegen. Die Beschwerdegegnerin habe daher zum Nachweis des geltend gemachten ungenügenden Ertrages vor Gericht die entsprechenden Belege - darunter den Kaufvertrag - einreichen müssen, was nicht rechtzeitig erfolgt sei. Auf die Bauabrechnung des Generalunternehmers habe bezüglich der Landerwerbskosten nicht abgestellt werden dürfen, da er diese lediglich aufgrund der Angaben der Beschwerdegegnerin aufgenommen habe und er selbst am Kaufgeschäft nicht beteiligt gewesen sei. Dass das Kantonsgericht trotzdem dem Einwand der ungenügenden Bruttorendite stattgegeben habe, verstosse gegen das verfassungsmässige Willkürverbot.
3.3 Gemäss Art. 9 BV hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist. Dies trifft namentlich zu, wenn er zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder er eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2a).
3.4 Das Kantonsgericht ist zumindest im Ergebnis nicht in Willkür verfallen, wenn es bezüglich der Landerwerbskosten auf die Preisangabe in der Baukostenabrechnung der Generalunternehmerin abstellte, zumal der nachträglich eingereichte Kaufvertrag keinen niedrigeren Betrag ergab. Demnach konnte das Kantonsgericht auch willkürfrei eine Verletzung der Eventualmaxime gemäss § 106 Abs. 3 ZPO/BL verneinen.
3.5 Alsdann machen die Beschwerdeführer geltend, das Kantonsgericht habe unter Verletzung des Willkürverbots den Einwand nicht beachtet, dass im Kaufvertrag die Pensionskasse Z._ nicht als Käuferin aufgeführt sei. Der Kaufpreis von Fr. 27'000'000.-- sei je zur Hälfte von der Pensionskasse X._ und der I._ AG entrichtet worden, was dazu führe, dass Landerwerbskosten von höchstens Fr. 13'500'000.-- zu berücksichtigen seien.
3.6 Mit diesen Ausführungen lassen die Beschwerdeführer ausser Acht, dass die I._ AG gemäss dem in der Appellationsantwortbeilage 2 eingereichten Handelsregisterauszug Rechtsvorgängerin der Pensionskasse Z._ war, die wiederum die Vorgängerin der heutigen Pensionskasse Y._ ist. Das Kantonsgericht ist daher nicht in Willkür verfallen, wenn es bei der Bestimmung der Anlagekosten den gesamten von den damaligen Käufern bezahlten Kaufpreis und nicht nur die Hälfte davon berücksichtigte.
4. 4.1 Das Kantonsgericht ging davon aus, für die Berechnung der Bruttorendite gelte der Grundsatz der individuellen Ertragsberechnung. Nach welchen Kriterien die Aufteilung der Anlagekosten auf die einzelne Wohnung erfolgen soll, sei vom Bundesgericht nicht in genereller Weise festgelegt worden. Denkbar sei etwa die Aufteilung nach Grundflächen (m2), Anzahl Zimmer, Gebäudeversicherungswert oder Wertquoten. Entscheidend sei, dass ein Aufteilungskriterium gewählt werde, welches den tatsächlichen Verhältnissen Rechnung trage. Würden sich die Wohnungen eines Mehrfamilienhauses oder die Liegenschaften einer Überbauung qualitativ erheblich unterscheiden, so sei dem in Form von Wertquoten Rechnung zu tragen. Andernfalls sei ein Abstellen auf die Wohnfläche vertretbar. Die Beschwerdeführer würden die Aufteilung der Erstellungskosten des von ihnen bewohnten Mehrfamilienhauses B2 nach der Wohnfläche nicht beanstanden. Was die Aufteilung der Gesamterstellungskosten betreffe, werde abgesehen vom Garten nicht substantiiert, inwiefern sich die Wohnungen in den verschiedenen Liegenschaften der Gesamtüberbauung qualitativ unterscheiden. Es lägen damit keine konkreten Hinweise dafür vor, dass erhebliche qualitative Unterschiede zwischen den Wohnungen der einzelnen Gebäude der Überbauung bestünden. Die Grösse der jeweiligen Liegenschaften reiche für sich genommen nicht aus, um auf einen unterschiedlichen Wert der Wohnungen darin zu schliessen. Es scheine deswegen nicht geboten, die Kosten des Gesamtobjekts nach Wertquoten aufzuteilen. Da bisher keine Quoten festgelegt worden seien, wäre eine entsprechende Aufteilung überdies auch mit einem unverhältnismässig grossen Aufwand verbunden. Daher sei vertretbar, die Erstellungskosten des Gesamtobjekts nach Quadratmetern Wohnfläche auf die einzelnen Liegenschaften bzw. Wohnungen zu verteilen.
4.2 Die Beschwerdeführer wenden ein, sie hätten geltend gemacht, dass die Wohnung der Beschwerdeführer im Gegensatz zu den Einfamilienhäusern der Überbauung über keinen Garten verfüge und damit auf einen qualitativen Unterschied hingewiesen. Die Aufteilung der Gesamtkosten nach Quadratmetern trage daher den unterschiedlichen Erstellungskosten und auch der Tatsache nicht Rechnung, dass zufolge unterschiedlicher Grösse der Wohnungen und Einfamilienhäuser höhere und tiefere Landerwerbskosten angefallen seien, welche nicht gesamthaft in die Rechnung hätten einbezogen werden sollen. Ansonsten müssten die Beschwerdeführer mit einem Mietobjekt ohne Garten diejenigen Mietobjekte mit Garten teilweise mitfinanzieren. Die Beschwerdeführer hielten zudem an ihrem Einwand fest, dass der von ihnen bewohnte Block B2 gemäss Plan eine bedeutend geringere Fläche aufweise als die Einfamilienhäuser und die Blöcke B1, B3, B4 und B5. Die Verteilung der Erstellungskosten des Gesamtobjekts nach Quadratmetern Wohnfläche auf die einzelnen Objekte verletzte daher den Grundsatz der individuellen Ertragsberechnung. Von diesem Grundsatz könne nicht unter Hinweis auf den Aufwand abgewichen werden, welcher mit der Aufteilung nach Wertquoten verbunden wäre.
4.3 Nach Art. 269a lit. c OR sind Mietzinse in der Regel nicht missbräuchlich, wenn sie bei neueren Bauten im Rahmen der kostendeckenden Bruttorendite liegen. Die Bruttorendite bezeichnet das in Prozenten ausgedrückte Verhältnis der Nettomietzinse (d.h. der Mietzinse ohne typische Nebenkosten) zu den Anlagekosten. Darunter sind die Investitionen des Erstellers eines Neubaus oder des Ersterwerbers unmittelbar nach der Fertigstellung zu verstehen (vgl. <ref-ruling> E. 5d S. 599). Die Kosten des Landerwerbs bilden Teil der Investitionen des Erstellers und sind daher bei den Anlagekosten zu berücksichtigen (Urteil 4C.464/1996 vom 17. Februar 1997 E. 2c, publ. in mp 1997 S. 240). Das Kriterium der kostendeckenden Bruttorendite beruht auf dem Grundsatz der Kostenmiete, die ihrerseits auf individuellen Berechnungselementen gründet (<ref-ruling> E. 6a S. 304). Soweit nicht ausnahmsweise standardisierte Kostenfaktoren gesetzlich vorgesehen sind, hat das zur Folge, dass allein die tatsächlichen individuellen Kosten Berücksichtigung finden können. Es gilt der Grundsatz, dass bei Mehrfamilienhäusern der zulässige Ertrag für jede Wohnung einzeln ermittelt werden muss; er darf nicht einfach gesamthaft für die ganze Liegenschaft oder gar für eine Mehrzahl von Liegenschaften errechnet werden (Urteil 4C.464/1996 vom 17. Februar 1997 E. 3b, publ. in: mp 1997 S. 243 mit Hinweisen). Bei unterschiedlichen Wohnungen ist die Aufteilung der Kosten gemäss den beim Stockwerkeigentum üblichen Aufteilungsschlüsseln vorzunehmen (<ref-ruling> E. 3a S. 186 f.; Urteil vom 17. Februar 1981 E. 4, publ. in: SJ 1981 S. 511).
Im Begründungsakt für Stockwerkeigentum ist die Wertquote des Stockwerks anzugeben (Art. 712e ZGB). Das Gesetz bestimmt nicht, wie die Wertquoten im einzelnen festzulegen und welche Faktoren dabei zu beachten sind. In der Praxis haben sich zur Ermittlung der Wertquoten verschiedene Vorgehensweisen herausgebildet, ohne dass eine davon objektive Richtigkeit und ausschliessliche Geltung für sich beanspruchen könnte. So werden die Quoten zum Teil einzig aufgrund von Flächen- oder Rauminhalten ermittelt. Zum Teil werden jedoch auch Faktoren, wie Lage der einzelnen Räume, Zugänglichkeit, Aussicht, Immissionen, miteinbezogen, für deren Gewichtung es keine objektiven Bemessungskriterien geben kann (<ref-ruling> E. 5c S. 61 f. mit Hinweisen). Demnach steht dem Richter bei der Wahl des Systems zur Aufteilung der Anlagekosten eines Mehrfamilienhauses auf die einzelne Wohnung ein Ermessensspielraum zu (Urteil 4A_219/2007 vom 26. November 2007 E. 3.2.1). Entsprechend hat das Bundesgericht die Aufteilung im Verhältnis der Anzahl Zimmer pro Wohnung, der Wohnfläche oder der Kubikmeterzahl der Wohnungen als zulässig angesehen (<ref-ruling> E. 3b S. 189; <ref-ruling> E. 6c S. 105). Das Abstellen auf Wertquoten unter Berücksichtigung qualitativer Elemente kann gerechtfertigt sein, wenn verschiedene Wohnungen in dieser Hinsicht erhebliche Unterschiede aufweisen (Beat Gut, Angemessener Ertrag, in: mp 1996, S. 177 ff., 197 f.; vgl. auch Urteil 4A_219/2007 vom 26. November 2007 E. 3.2.2). Dies trifft häufig für Überbauungen mit unterschiedlichen Gebäuden zu (Gut, a.a.O., S. 198 f.).
4.4 Mangels substantiierter Geltendmachung qualitativer Unterschiede der Wohnungen im von den Beschwerdeführern bewohnten Mehrfamilienhaus ist nicht zu beanstanden, dass das Kantonsgericht insoweit die Anlagekosten nach der Wohnfläche der entsprechenden Wohnungen aufteilte. Mit der Aufteilung der gesamten Anlagekosten unter Einschluss der Landerwerbskosten auf die Wohnflächen der Wohnungen und Einfamilienhäuer liess die Vorinstanz indessen ausser Acht, dass nach unbestrittener Darstellung der Beschwerdeführer den Einfamilienhäusern spezielle Gartenflächen zugeteilt waren, den Wohnblöcken dagegen nicht. Dies führt dazu, dass ein Einfamilienhaus pro Quadratmeter Wohnfläche mehr Boden beansprucht als ein Wohnblock. Bereits aus diesem Grunde fielen die Landerwerbskosten für die Mehr- und Einfamilienhäuser unterschiedlich aus. Hinzu kommt, dass Mehrfamilienhäuser in aller Regel eine grössere Baudichte aufweisen als Einfamilienhäuser und damit auf einen Quadratmeter Landfläche im Wohnblock mehr Wohnfläche entfällt als im Einfamilienhaus. Aus diesen Gründen müssen die Landkosten pro Quadratmeter Wohnfläche eines Einfamilienhauses höher ausfallen als im mehrstöckigen Block. Indem das Kantonsgericht die Anlagekosten der Gesamtüberbauung ohne Berücksichtigung der unterschiedlichen Landerwerbskosten für die Ein- und Mehrfamilienhäuser einheitlich nach Wohnfläche aufteilte, hat es daher den Grundsatz der individuellen Ertragsberechnung verletzt. Das Kantonsgericht hätte die Unterschiede bezüglich der Landerwerbskosten etwa dadurch berücksichtigen können, dass es diese für die gesamte Überbauung nach der Grundfläche der Häuser - inklusive der ihnen ausschliesslich zugeteilten Gartenflächen - aufgeteilt und nur den entsprechenden Anteil des von den Beschwerdeführern bewohnten Hauses auf die sich darin befindlichen Wohnungen verteilt hätte.
4.5 Da das Bundesgericht mangels genügender tatsächlicher Feststellungen die bundesrechtskonforme Aufteilung der Anlagekosten der Überbauung nicht vornehmen kann und eine Ergänzung des Sachverhalts durch das Bundesgericht nicht angezeigt erscheint, ist die Streitsache gemäss dem Eventualantrag der Beschwerdeführer zur Ergänzung des Sachverhalts und zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG).
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Da die Beschwerdeführer nur mit ihrem Eventualantrag auf Rückweisung obsiegten und der Ausgang des kantonalen Verfahrens noch offen ist, sind die Gerichtskosten den Parteien praxisgemäss je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 13. November 2007 wird aufgehoben und die Sache wird zur Ergänzung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Gelzer