Faits:
A. En 1999, une société simple a entrepris la construction de vingt-quatre villas jumelles dans le canton de Genève. La SA représentant le maître de l'ouvrage a signé des contrats d'entreprise avec D._ SA (ci-après: D. SA) pour la charpente et C._ SA (ci-après: C. SA) pour la couverture. Onze villas ont été construites sans incident.
Le 15 septembre 2000, un accident s'est produit sur le toit de la douzième villa. En bref, un couvreur employé depuis 25 ans par C. SA a chuté d'une hauteur d'environ 5 mètres à travers l'ouverture prévue pour la pose d'un « Velux ». Une toile de protection contre l'humidité (pare-vapeur), marquée d'une croix de St-André rouge signalant le danger, avait cédé sous son poids. Depuis, l'ouvrier souffre de graves séquelles et se trouve en incapacité de travail totale.
B. Par un jugement du 2 novembre 2006, le Tribunal de police de Genève a acquitté l'administrateur de la société en charge des travaux et l'architecte chargé de la direction de ceux-ci. Le directeur et un technicien de D. SA ainsi que X._ et Y._, deux responsables de C. SA, ont été condamnés à des peines d'emprisonnement s'échelonnant de 1 à 3 mois, avec sursis, pour lésions corporelles par négligence au sens de l'art. 125 al. 1 et 2 CP.
C. Par un arrêt du 24 septembre 2007, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a admis les appels des quatre condamnés en ce sens que des peines pécuniaires ont été prononcées au lieu de l'emprisonnement. Ainsi, X._ a été condamné à 60 jours-amende à 120 fr. et Y._ à 30 jours-amende à 100 fr. Il ressort notamment de cet arrêt les faits pertinents suivants.
C.a X._ était responsable technique du chantier pour le compte de C. SA, également quant à la sécurité. Y._ était responsable du service entretien de cette SA, ce qui incluait tout ce qui concerne l'entretien des toitures. Son travail consistait également à informer sur les mesures de sécurité. Il était présent lors des deux derniers rendez-vous de chantier qui ont précédé l'accident du vendredi 15 septembre 2000.
C.b D. SA devait mettre en place le « Velux » dans la charpente et la sous-toiture qu'elle avait construite. Faute de stock, cela n'avait pas été fait. Elle avait posé la toile pare-vapeur recouvrant le trou. Une croix rouge avait été peinte (côté toit) sur la toile pour indiquer le danger. Aucune autre mesure de sécurité telle que par exemple l'installation d'un échafaudage mobile sous l'ouverture n'avait été prise.
C. SA devait intervenir à partir du 18 septembre 2000 pour couvrir le toit. En premier lieu, la victime (avec deux ouvriers) devait fixer le lattage portant les tuiles avant de pouvoir poser ces dernières. Au cours de la pose des liteaux de bois, la victime a marché sur l'un d'eux qui s'est brisé et a déchiré la toile. Celle-ci a cédé sous le poids du couvreur qui a chuté à travers l'ouverture. Il a subi plusieurs traumatismes et fractures. Entièrement indemnisé par les assurances, il a retiré sa constitution de partie civile en 2006.
C.c A la suite de cet accident, des amendes administratives ont été prononcées contre D. SA, C. SA et contre le représentant du maître de l'ouvrage. Leurs montants respectifs sont de 8000, 1000 et 2500 fr.
C.d La victime a déclaré au Juge d'instruction qu'elle n'avait pas vu la croix rouge tracée au-dessus de l'ouverture destinée au « Velux ». Elle a cependant admis connaître la pratique consistant à marquer d'une croix les ouvertures en toiture masquées par la toile pare-vapeur. Selon elle, cette signalisation n'interdisait pas de marcher sur cet emplacement mais indiquait que celui-ci pouvait présenter un danger. Elle ne se souvenait pas pourquoi elle se trouvait le jour de l'accident sur le toit alors que son intervention n'était prévue que plus tard. L'un de ses aides a déclaré qu'un marquage de couleur avait été utilisé sur toutes les villas pour signaler une ouverture sur laquelle il ne fallait pas marcher, car la chute pouvait être immédiate. La victime lui avait indiqué les ouvertures pour « Velux » marquées d'une croix.
X._ a expliqué qu'il se rendait deux fois par semaine sur le chantier. En son absence, le responsable était la victime. Avant chaque rendez-vous de chantier, il faisait le point avec elle sur le programme de la semaine suivante. Les travaux de couverture de cette villa n'étaient pas prévus avant le 18 septembre. Les mesures de sécurité étaient du ressort de D. SA. Après l'accident, C. SA avait exigé que les « Velux » soient posés avant l'intervention des couvreurs.
Y._ a reconnu avoir remplacé X._ notamment lors des deux rendez-vous de chantier précédant l'accident. Selon lui, le charpentier aurait dû en principe obstruer l'ouverture du « Velux » mais le marquage au moyen de la croix était usuel.
D. En temps utile, X._ et Y._ ont saisi le Tribunal fédéral d'un recours en matière pénale tendant à leur acquittement, sous suite de frais et dépens.
En résumé, les recourants invoquent des lacunes de l'état de fait, la violation de l'<ref-law> et celle du principe in dubio pro reo.
E. Le procureur du canton de Genève a conclu au rejet du recours avec suite de frais alors que la Cour de justice a renoncé à des observations

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est circonscrit par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral l'applique d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente. Il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
2. En droit, l'autorité précédente a déclaré les recourants coupables de lésions corporelles par négligence (<ref-law>).
2.1 Conformément à cette disposition, celui qui, par négligence, aura fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle ou à la santé sera, sur plainte, puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Si la lésion est grave le délinquant sera poursuivi d'office.
Une infraction de résultat peut cependant être également réalisée lorsque l'auteur n'empêche pas le résultat dommageable de se produire, alors qu'il aurait pu le faire et qu'il avait l'obligation juridique d'agir pour prévenir la lésion de l'intérêt protégé (délit d'omission improprement dit). Un délit d'omission improprement dit est réalisé lorsque la survenance du résultat que l'auteur s'est abstenu d'empêcher constitue une infraction, que ce dernier aurait effectivement pu éviter le résultat par son action et qu'en raison de sa situation juridique particulière, il y était à ce point obligé que son omission apparaît comparable au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (v. p. ex.: <ref-ruling> consid. 5a, p. 72; cf. actuellement: <ref-law>). La doctrine et la jurisprudence ont développé les situations de garant qui obligent juridiquement à prendre des mesures de précaution (<ref-ruling> consid. 5b, p. 73).
En l'espèce, il n'est pas contesté que la victime a subi une grave atteinte à son intégrité corporelle. Il convient donc d'examiner tout d'abord quelles mesures de précaution s'imposaient puis, si l'omission de ces mesures peut être reprochée aux recourants.
2.2 Conformément à l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006), celui-là commet un crime ou un délit par négligence, qui par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur de l'acte n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Cette définition a été reprise sans modification autre que rédactionnelle à l'<ref-law> dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007 (Message du Conseil fédéral concernant la modification du code pénal suisse [dispositions générales, entrée en vigueur et application du code pénal], du 21 septembre 1998; FF 1999 II 1787, spéc. 1809). L'entrée en vigueur du nouveau droit demeure sans incidence sur la qualification de la négligence. Pour déterminer plus précisément quels étaient les devoirs imposés par la prudence, on peut se référer à des normes édictées par l'ordre juridique pour assurer la sécurité et éviter des accidents. A défaut de dispositions légales ou réglementaires, on peut se référer à des règles analogues qui émanent d'associations privées ou semi-publiques lorsqu'elles sont généralement reconnues. La violation des devoirs de la prudence peut aussi être déduite des principes généraux, si aucune règle spéciale de sécurité n'a été violée. Un comportement viole le devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui et qu'il a simultanément dépassé les limites du risque admissible. C'est donc en fonction de la situation personnelle de l'auteur que l'on doit apprécier son devoir de diligence. Peu importe toutefois que l'auteur ait pu ou dû prévoir que les choses se passeraient exactement comme elles ont eu lieu. S'il y a eu violation des règles de la prudence, encore faut-il que celle-ci puisse être imputée à faute, c'est-à-dire que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, d'avoir fait preuve d'un manque d'effort blâmable (<ref-ruling> consid. 3b p. 147 s. et les références citées).
2.2.1 En ce qui concerne les recourants, la cour cantonale leur a reproché de ne pas avoir pris les mesures de sécurité adéquates, en soulignant que la seule signalisation de l'ouverture dans le toit par une croix ne constituait pas une mesure de sécurité contre les chutes et n'offrait aucune protection aux ouvriers qui travaillent sur le toit (arrêt entrepris, consid. 2.1.3, p. 8/13 s.).
2.2.1.1 Depuis le 1er décembre 1967, l'Ordonnance du Conseil fédéral concernant la prévention des accidents dans les travaux de toiture et les travaux exécutés sur les toits, du 17 novembre 1967 (RO 1967 1680), prescrivait notamment les mesures de sécurité suivantes.
Conformément à l'art. 7 (ouvertures), les ouvertures de tout genre pratiquées dans les planchers et les parois, à travers lesquelles une chute est possible, doivent être, pendant les travaux, recouvertes d'un solide platelage ou entourées de solides garde-corps et plinthes. Le chapitre V de cette ordonnance (Travaux sur les toits ou éléments de toiture en matériaux peu résistants) précisait également que toute circulation sur des toitures ou des sous-toits en matériaux peu résistants (plaques en amiante-ciment, en fibre de bois, ou en matière synthétique, verre armé, planches de plâtre ou autres matériaux semblables) est interdite à moins que [...] des installations de protection telles que grillages, filets de sécurité ou autres installations résistantes montées immédiatement au-dessous du toit, ne retiennent les chutes à travers celui-ci, la solidité des installations de protection permanentes, dont l'entretien incombe au propriétaire de l'immeuble doit être contrôlée avant le début des travaux (let. b); un plancher jointif solide se trouve 3 mètres au plus au-dessous du toit (let. c) [...]. Conformément à l'art. 21 (Protection des parties de toit sur lesquelles on ne doit pas circuler) de cette ordonnance, les fenêtres, vitrages ou autres matériaux peu résistants sur lesquels en aucun cas on ne doit circuler même s'ils font partie de toits résistants seront soit surélevés par rapport au pan du toit soit entourés d'un garde-corps, afin de pouvoir être reconnus aisément lorsqu'ils sont couverts de neige ou de poussière.
Au moment des faits, l'ordonnance précitée avait été remplacée par l'ordonnance sur la sécurité et la protection de la santé des travailleurs dans les travaux de construction du 29 mars 2000 (OTConst; RO 2000 1403), en vigueur du 1er juillet 2000 au 31 décembre 2005 (<ref-law>. 2000 et 86 s. de l'Ordonnance sur la sécurité et la protection de la santé des travailleurs dans les travaux de construction [Ordonnance sur les travaux de construction, OTConst] du 29 juin 2005; RS 832.311.141). Cette ordonnance précisait de manière plus détaillée les mesures de sécurité. Il en ressort notamment ce qui suit, au titre de la protection contre les chutes. Les endroits non protégés présentant une hauteur de chute de plus de 2 m et ceux situés à proximité de cours d'eau et de talus doivent être pourvus d'une protection latérale (art. 15 al. 1). A l'intérieur des bâtiments, un garde-corps doit être installé lorsque les sols présentent des différences de niveau de plus de 50 cm. Les ouvertures dans les sols à travers lesquelles il est possible de tomber doivent être pourvues d'une protection latérale ou d'une couverture résistante à la rupture et solidement fixée (art. 16 al. 1 et 2). Cette ordonnance fixe, par ailleurs, les mesures spécifiques concernant les travaux exécutés sur les toits (chapitre 3) et, en particulier, pour prévenir les chutes à travers le toit (section 2). Conformément à l'art. 31 al. 3, des protections contre les chutes doivent être installées aux ouvertures dans la toiture, et ce indépendamment de la hauteur de chute. L'art. 33 al. 2 de cette ordonnance précise également que lorsque des travaux doivent être exécutés à proximité de surfaces de toitures non résistantes à la rupture, ces dernières doivent être isolées des zones de travail ou munies d'une couverture résistante à la rupture. Enfin, selon l'art. 34, il est permis, pour le montage d'éléments de toiture, de s'engager sur les toitures de résistance limitée à la rupture, voire sur les toitures non résistantes à la rupture, en marchant directement sur les éléments porteurs et sans faire usage de passerelles, si l'écartement entre les éléments porteurs n'est pas supérieur à 70 cm dans une direction (al. 1). L'alinéa 3 de cette même disposition précise que les lattes à tuiles ne sont pas considérées comme des éléments porteurs.
2.2.1.2 On retiendra de ces règles, pour l'essentiel, que les mesures de sécurité imposées par la législation fédérale ne se limitent pas à une simple signalisation des ouvertures et des parties de construction n'offrant pas une résistance à la rupture, mais imposent des mesures empêchant effectivement les chutes (garde-corps, plinthes, platelages, etc.) ou en limitant les effets (filets intérieurs; cf. art. 14 et 18 OTConst). On ne saurait ainsi reprocher à la cour cantonale d'avoir retenu que ces règles de prudence s'appliquaient en l'espèce et qu'elles n'ont pas été respectées. Les recourants ne soutiennent au demeurant pas le contraire.
2.2.2 Les recourants ne contestent pas non plus avoir endossé, en principe, une position de garant à l'égard de la victime en relation avec l'obligation de prendre des mesures de sécurité, eu égard à leurs fonctions respectives, au sein de l'entreprise employant la victime (cf. <ref-law>), de responsable technique (y compris quant à la sécurité) et de responsable du service d'entretien chargé de l'information sur les mesures de sécurité (v. supra consid. C.a). Ils soutiennent cependant qu'en ce qui concerne précisément l'ouverture dans le toit destinée à accueillir un Velux qui n'avait pas été posé par l'entreprise de charpente, c'était à cette dernière qu'il incombait de prendre les mesures de sécurité nécessaires. Ils relèvent que pour toutes les villas du lot sur lesquelles l'entreprise de couverture était intervenue auparavant, les Velux avaient déjà été posés avant le début des travaux de couverture. Les recourants invoquent, dans ce contexte, le principe de la confiance, en soulignant qu'ils n'avaient pas de raison de penser que l'entreprise de charpente n'avait pas pris les mesures nécessaires.
2.2.2.1 Conformément à l'art. 9 al. 1 de l'Ordonnance sur la prévention des accidents et des maladies professionnelles (Ordonnance sur la prévention des accidents, OPA), du 19 décembre 1983 (RS 832.30), lorsque des travailleurs de plusieurs entreprises sont occupés sur un même lieu de travail, leurs employeurs doivent convenir des arrangements propres à assurer le respect des prescriptions sur la sécurité au travail et ordonner les mesures nécessaires. Les employeurs sont tenus de s'informer réciproquement et d'informer leurs travailleurs respectifs des risques et des mesures prises pour les prévenir. Cette disposition institue ainsi une obligation de collaborer entre les différentes entreprises, qui tient compte des contingences d'organisation du travail résultant de la complexité technique, qui requiert une répartition des tâches et une spécialisation des compétences. La jurisprudence admet, en règle générale, que chacun n'engage sa responsabilité pénale, pour le défaut d'accomplissement d'un acte, que dans les limites de ses tâches et compétences (<ref-ruling> consid. 6d, p. 75). Par ailleurs, pour délimiter les responsabilités des travailleurs en cas de division du travail, la doctrine pénale recourt au principe de la confiance, développé en matière de circulation routière, selon lequel tout conducteur peut compter, en l'absence d'indice contraire, avec une certaine prudence des autres personnes (<ref-ruling> consid. 4, p. 280 ss). De la même manière, en cas de division horizontale du travail, chaque travailleur doit pouvoir légitimement s'attendre à ce que son collègue respectera ses devoirs, tant qu'aucune circonstance ne laisse présumer le contraire. En cas de répartition verticale, la doctrine subordonne le principe de la confiance à la cura in eligendo, custodiendo et instruendo (Seelmann, Basler Kommentar, vol. I, 2003, n. 73 ad art. 1; Roth, Le droit pénal face au risque et à l'accident individuels, Lausanne 1987, p. 88 ss; <ref-ruling> consid. 3d/bb, p. 310).
Il n'y a pas de raison de s'écarter de ces principes lorsque les employés dépendent d'employeurs différents, appelés à collaborer à un même ouvrage en raison de la spécialisation de leurs tâches respectives. Par ailleurs, contrairement à l'avis de la cour cantonale (arrêt entrepris, consid. 2.3, p. 10/13), le seul fait que les règles de sécurité soient destinées à protéger des tiers ne justifie pas d'écarter l'application du principe de la confiance, qui trouve précisément application lorsqu'il s'agit de délimiter les responsabilités respectives en matière de mesures de sécurité. Seules des circonstances particulières permettent d'y faire échec, par exemple lorsque plusieurs systèmes de sécurité successifs forment un tout, de façon que les carences de l'un soient palliées par le fonctionnement du suivant (cf. <ref-ruling> consid. 3d/bb, p. 310), hypothèse qui n'est pas réalisée en l'espèce. Du reste, le fait d'étendre la responsabilité des mêmes mesures de sécurité à plusieurs garants présente le risque de disperser ces mesures (voir Laurent Moreillon, L'infraction par omission, Genève 1983 p. 309 n. 584). Ce problème doit ainsi plutôt être réglé par la coordination des différents intervenants et leur collaboration, comme l'exige l'art. 9 al. 1 OPA. Sur le plan pénal, il n'a cependant pas été reproché aux recourants d'avoir manqué à leurs obligations sur ce point, qu'il n'y a dès lors pas lieu d'examiner plus avant.
2.2.2.2 En l'espèce, il existait une répartition horizontale des tâches entre les entreprises C. SA et D. SA. Selon les constatations de fait de l'arrêt cantonal, l'ossature de la charpente et la sous-toiture de la villa « L » avaient été construites par l'entreprise D. SA. Au-dessus de la cage d'escalier, une ouverture pour un « Velux » avait été pratiquée dans la toiture, sans que celui-ci ait encore été installé. Il avait été demandé à D. SA de « sortir » les « Velux » de la villa « L », à savoir les mettre en place, ce qui n'avait toutefois pas été fait car elle n'en avait pas en stock. Après l'achèvement des travaux de D. SA sur la villa « L », C. SA devait intervenir pour la couverture du toit dès le lundi 18 septembre 2000. La victime et les deux ouvriers qui l'accompagnaient devaient en premier lieu fixer le lattage destiné à recevoir les tuiles, avant de poser celles-ci (arrêt cantonal, consid. C.b, p. 3/13). Autrement dit, D. SA devait fournir charpente et sous-toit équipés des fenêtres et C. SA procéder à la couverture.
Il s'ensuit que les recourants, en tant qu'employés de C. SA, pouvaient légitimement s'attendre à ce que D. SA prenne les mesures de sécurité adéquates aussi longtemps que son travail n'était pas achevé ou, tout au moins, les informe, conformément à l'art. 9 al. 1 OPA, du risque particulier existant sur le toit de la Villa « L ». Il est vrai que les travaux de C. SA ne devaient pas débuter avant le lundi 18 septembre 2000. Cela ne dispensait toutefois pas D. SA de prendre les mesures de sécurité adéquates pour la protection de ses propres employés, qui devaient encore fermer l'ouverture par la pose du Velux. En outre, l'accident est survenu le vendredi 15 septembre 2000 et rien n'indique dans l'état de fait de l'arrêt cantonal que le Velux en cause aurait pu être posé le lundi suivant, lorsque les travaux de C. SA étaient censés commencer. Il s'ensuit que les recourants pouvaient, le jour de l'accident, partir de l'idée que les mesures de protection nécessaires avaient été prises par D. SA. Ils avaient, au demeurant, d'autant moins de raisons de se soucier ce jour-là de la mise en place de ces mesures de sécurité que les travaux de couverture ne devaient commencer que le lundi suivant. On ne saurait donc leur faire le reproche de n'avoir pas veillé à faire installer des mesures de protections spécifiques en raison de l'ouverture laissée dans le toit, couverte d'une simple toile pare-vapeur, par l'entreprise D. SA. L'omission à l'origine des lésions corporelles par négligence n'est pas imputable aux recourants.
3. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres questions posées par le recours, en relation avec l'état de fait de la décision entreprise, le principe in dubio pro reo et la causalité. L'arrêt attaqué est annulé en ce qui concerne les recourants, qui sont acquittés. Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le canton de Genève versera une indemnité aux recourants à titre de dépens, qui tiendra compte du fait qu'ils ont agi par l'intermédiaire d'un seul et même conseil, qui a déposé un seul mémoire n'exposant pas une argumentation distincte pour chacun des recourants (<ref-law>). La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé en ce qui concerne X._ et Y._.
2. Les recourants sont acquittés.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le canton de Genève versera une indemnité globale de 3000 fr. aux recourants à titre de dépens.
5. La cause est renvoyée à la Chambre pénale de la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 20 juin 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Schneider Vallat