Architekturvertrag; Honorar, hat sich ergeben:
A.- Die Kommanditgesellschaft X._ & Partner (Klägerin) schloss unter Verwendung des SIA-Formulares Nr. 102 (1984) mit der Y._ (Beklagte) einen Vertrag über verschiedene Architekturleistungen.
Die vereinbarten Leistungen umfassten:
- den Kostenvoranschlag 7%- die Submissionen und Vergebungsanträge 6%- die Terminplanung und Termineinhaltung 1%- die Unternehmer- und Lieferantenverträge
50 % von 1 % 0,5 %- die Bauleitung 90 % von 27 % 24.3 %- die Garantiearbeiten 1%
T o t a l 39,8 %
Die Prozentzahlen beziehen sich auf den Gesamtvertrag (100 %).
Die Parteien hielten im Vertrag fest, das Honorar von pauschal Fr. 355'000.-- entspräche gemäss Offerte einer honorarberechtigten Bausumme von 12 Mio. Franken. Anderseits hielten sie fest, dass die honorarberechtigte Bausumme bei Fr. 10'570'000.-- liege und beliessen das Pauschalhonorar bei Fr. 355'000.--. Zusätzlich wurde ein Bonus von Fr. 30'000.-- für die Einhaltung von Termin und Kostenrahmen vereinbart. Im Laufe der Zeit traten verschiedene Unstimmigkeiten zwischen den Parteien auf, die schliesslich in der Kündigung des Vertrages durch die Klägerin mündeten. Die Beklagte weigerte sich in der Folge, die von der Klägerin erstellte Schlussrechnung zu bezahlen. Die Klägerin berechnete ihr Honorar basierend auf einer honorarberechtigten Bausumme von Fr. 11'530'000.-- auf Fr. 387'000.-- bei Erfüllung aller vertraglichen Teilleistungen. Sie anerkannte zwar eine Reduktion auf Fr. 353'223. 65, rechnete aber den Bonus von Fr. 30'000.--, die Mehrwertsteuer von Fr. 20'743. 05 und eine Spesenentschädigung von Fr. 246. 80 hinzu. Vom Gesamtbetrag von Fr. 404'213. 50 brachte sie die geleisteten Akontozahlungen von Fr. 246'852. 65 in Abzug und ermittelte ein Resthonorar von Fr. 147'756. 65 (recte: Fr. 157'213. 50) zuzüglich Mehrwertsteuer von Fr. 9'604. 20.
B.- Mit Klage beim Handelsgericht des Kantons Zürich vom 12. März 1999 belangte die Klägerin die Beklagte auf Zahlung von Fr. 157'360. 85 nebst Zins. Mit Urteil vom 25. September 2000 wies das Handelsgericht die Klage ab. Es begründete seinen Entscheid in erster Linie damit, die Klägerin habe es unterlassen, ihre geltend gemachten Ansprüche ausreichend zu substanziieren. Es erachtete nur gerade 18 % der insgesamt eingeklagten Architekturleistungen von 39,3 % als hinreichend ausgewiesen. Da die von der Beklagten bereits geleisteten Akontozahlungen den gerichtlich anerkannten klägerischen Anspruch übersteigen, stehe der Klägerin keine weitere Forderung zu.
C.- Die Klägerin führt gegen dieses Urteil eidgenössische Berufung und verlangt dessen Aufhebung sowie die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung der Klage. Die Beklagte beantragt, auf die Berufung nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Das Handelsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Handelsgericht hat die von der Klägerin unter den sechs Teilleistungspositionen erbrachten Arbeiten nur soweit den Kostenvoranschlag betreffend als vollständig ausgewiesen betrachtet. Demgemäss hat es den für die Honorarberechtigung massgebenden Prozentsatz für diese Position belassen und für die übrigen Positionen wie folgt neu festgesetzt (in Klammern wird der bei vertragskonformer Leistung geschuldete Prozentsatz genannt):
1.1 Kostenvoranschlag 7 % (7 %)
1.2 Submissionen und Vergebungs- anträge 4 % (6 %)
1.3 Terminplan 0 % (1 %)
1.4Unternehmer- und Lieferanten- verträge 0 % (0,5 %)
1.5Bauleitung 7 % (24, 3 %)
1.6Garantiearbeiten 0 % (1 %)
Total 18 % (39, 8 %)
Streitig sind alle Positionen abgesehen von den "Garantiearbeiten", bei denen das Gericht eine Kürzung vorgenommen hat.
b) Die Vorinstanz hielt bezüglich sämtlichen streitigen Positionen fest, die Vorbringen der Klägerin seien (zumindest teilweise) ungenügend substanziiert. Die Klägerin wehrt sich in ihrer Berufungsschrift gegen diesen Vorwurf.
Sie macht eine Verletzung von Bundesrecht geltend dadurch, dass das Gericht die Anforderungen an die rechtsgenügliche Behauptungs- bzw. Substanziierungslast verkannt habe.
Die inhaltlichen Anforderungen an die Substanziierung bundesrechtlicher Ansprüche richten sich nach dem Bundesrecht.
Das Bundesgericht kann daher im Berufungsverfahren prüfen, ob der Sachverhalt durch die Sachvorbringen einer Partei hinreichend substanziiert ist. Eine rechtsgenügliche Substanziierung liegt vor, wenn der Sachverhalt so konkretisiert wird, dass er unter die Bestimmungen des Bundesrechts subsumiert werden kann, das heisst die Beurteilung der Rechtsbehauptung zulässt, um die sich der Streit dreht (<ref-ruling> E. 2 und 3 mit Hinweisen; Jürgen Brönnimann, Die Behauptungs- und Substanzierungslast im schweizerischen Zivilprozessrecht, Diss. Bern 1989, S. 166). Die Wiedergabe einer Norm reicht nicht aus, um dem Erfordernis der Substanziierung der geltend gemachten Ansprüche zu genügen. Die Parteien haben nicht die anwendbaren Bestimmungen zu nennen (iura novit curia), sondern die tatsächlichen Vorgänge, die eine Zuordnung zur rechtlichen Grundlage überhaupt erst ermöglichen.
2.- Die Klägerin rügt, das Handelsgericht habe Bundesrecht verletzt, indem es die Durchführung eines Beweisverfahrens verweigert habe. Sie habe die von ihr gemäss SIA-Norm 102 (Ausgabe 1984) zu erfüllenden Grundleistungen in der Replik detailliert aufgeführt und es sei in einem Beweisverfahren abzuklären, ob die behaupteten Leistungen tatsächlich erbracht wurden.
a) Das Handelsgericht hält fest, es habe die Klägerin bereits an der Referentenaudienz auf ihre Substanziierungspflicht hingewiesen und sie daran erinnert, dass sie die erbrachten Architekturleistungen möglichst bestimmt und vollständig dartun müsse. Die Vorinstanz machte die Klägerin weiter darauf aufmerksam, dass es nicht ausreiche, einzig die massgebende SIA-Norm zu zitieren, die Erfüllung der dort aufgeführten Teilleistungen zu behaupten und es im Übrigen dem Gericht zu überlassen, die einzelnen klägerischen Leistungen aus den Beilagen zusammenzusuchen. Die Klägerin habe diese Aufforderung weitgehend missachtet. Im Zusammenhang mit der Position "Submissionen und Vergebungsanträge" habe sie weder das für die einzelnen Arbeitsgruppen gewählte Vorgehen konkret und im Einzelnen dargelegt noch die übrigen Arbeitsgruppen unter konkretem Hinweis auf die zugehörigen Ausschreibungen und Offertvergleiche zumindest aufgelistet.
Deshalb sei der Klägerin in Bezug auf diese Position nur der von der Beklagten anerkannte Leistungsumfang von 4 % zuzugestehen.
b) Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil (Art. 63 Abs. 2 OG) hat die Klägerin im Behauptungsverfahren vor dem Handelsgericht nur die gemäss SIA-Norm 102 geschuldeten Teilleistungen wiedergegeben, von Tatsachenbehauptungen jedoch abgesehen.
Von der Klägerin wird selbst in der Berufung nicht geltend gemacht, sie habe solche tatsächlichen Behauptungen aufgestellt. Sie ist offensichtlich der Meinung, diese könnten auch noch im Beweisverfahren aufgestellt werden. Sie verkennt dabei, dass die Substanziierung nicht nur die Anwendung des Bundesrechts auf den konkreten Sachverhalt erlauben, sondern überdies die beweismässige Abklärung überhaupt erst ermöglichen muss (Georges Huguenin-Dumittan, Behauptungslast, Substanziierungspflicht und Beweislast, Diss. Zürich 1980, S. 19; <ref-ruling> E. 3).
3.- Im Zusammenhang mit der Teilleistung "Terminplan" bringt die Klägerin erneut vor, die Vorinstanz stelle überhöhte Anforderungen an die Begründung der geltend gemachten Ansprüche und verletze dadurch Bundesrecht. Im Weiteren macht sie geltend, das Handelsgericht widerspreche sich und verhalte sich aktenwidrig, indem es davon ausgehe, dass die Klägerin 100 % der Terminplanung zu erbringen habe und sich dabei auf einen widersprüchlichen Vertrag stützt, welcher einerseits eine Leistungspflicht von 100 %, andererseits nur 50 %vorsieht.
a) Auch hier hält das Handelsgericht der Klägerin mangelnde Substanziierung vor. Die Klägerin habe nicht einmal die Eckdaten und Anfangs- und Schlusstermine der Planung dargelegt. In Bezug auf die gemäss Vertrag vierzehntäglich abzuliefernden Rapporte behaupte die Klägerin nicht einmal, dass sie diese abgeliefert hätte.
b) Die Klägerin bringt in ihrer Berufungsschrift vor, sie habe ihre Leistungen in Bezug auf die Terminplanung in ihrer Replikschrift detailliert dargetan. Die Klägerin behauptet, es sei zur ausreichenden Substanziierung genügend, wenn im kantonalen Verfahren behauptet werde, dass ein Terminplan erstellt worden sei, der in einem späteren Beweisverfahren dann eingereicht werde.
Dieser Ansicht kann nicht zugestimmt werden. Wie bereits erwähnt, kann mit der Substanziierung nicht auf das Beweisverfahren gewartet werden, da es bereits für die Durchführung des Beweisverfahrens notwendig ist zu wissen, was zu beweisen ist (vgl. E. 2b). Ebenso wenig obliegt es dem Gericht, sich aus diversen Unterlagen die wesentlichen herauszusuchen. Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt durch seine Annahme, dass die Klägerin ihren Anspruch nicht hinreichend substanziiert hat.
c) Die Klägerin macht weiter geltend, das Handelsgericht habe aktenwidrige Feststellungen getroffen. Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, sie beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das Sachgericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm entscheidwesentliche Behauptungen oder Beweisanerbieten dazu prozesskonform unterbreitet worden waren (Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 1e; <ref-ruling> E 2). Eine blosse Kritik an der Beweiswürdigung ist, soweit nicht Vorschriften des Bundesrechts in Frage stehen, von der Berufung ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2b).
Wollte die Klägerin eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts rügen, so hätte sie dies mit staatsrechtlicher Beschwerde tun müssen. Ein offensichtliches Versehen liegt demgegenüber gemäss Rechtsprechung nur vor, wenn die Vorinstanz eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig, das heisst nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht mit ihrem wirklichen Wortlaut wahrgenommen hat (<ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 3b). Erforderlich ist, dass ein Aktenstück unberücksichtigt geblieben ist, dessen Berücksichtigung oder Mitberücksichtigung die Feststellung als blanken Irrtum ausweist. Weiter ist erforderlich, dass das derartige Versehen den Entscheid beeinflusst (<ref-ruling> E. 1). Betrifft das Versehen nur einen Ausschnitt der Beweiswürdigung, so läuft die Versehensrüge auf eine unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung hinaus und ist daher von vornherein nicht zu hören (Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Zürich 1992, S. 138).
Selbst wenn im vorliegenden Fall von einem offensichtlichen Versehen seitens der Vorinstanz auszugehen wäre, so fehlte es dennoch an dessen Einfluss auf den Entscheid selber. Die Klägerin hat es versäumt, ihre Ansprüche aus der Teilleistung "Terminplan" hinreichend zu substanziieren. Dieses Versäumnis besteht jedoch unabhängig vom prozentualen Leistungsanteil der Klägerin. Die Versehensrüge der Klägerin ist demnach unbegründet.
4.- Die Klägerin bemängelt auch im Zusammenhang mit der Position "Unternehmer- und Lieferantenverträge", das Handelsgericht sei von überhöhten Beweisanforderungen ausgegangen.
Das Gericht anerkannte auch diese Leistung nicht, da es die Klägerin unterlassen habe, möglichst bestimmt und vollständig darzutun, welche Verträge sie für welche Unternehmer und Lieferanten ausgearbeitet hat.
Die Klägerin übersieht, dass die Tatsachenbehauptungen für die Durchführung des Beweisverfahrens unabdingbar sind und vor dessen Durchführung aufzustellen sind, da dieses nicht dazu dienen kann, das Behauptungsverfahren nachzuholen.
5.- Das Handelsgericht erachtet für die unter dem Titel "Bauleitung" erbrachten Teilleistungen ein Honorar von 7 % an Stelle der geforderten 24,3 % (= 90 % von 27 %) als angemessen.
Zur Begründung führte es an, die Beklagte anerkenne einen Viertel der zur Bauleitung gehörenden Leistungen (d.h.
1/4 von 27 %) als erfüllt und zudem übersteige die zu überwachende Einhaltung der Bezugsdaten als einzige erfüllte Teilleistung einen Viertel der zu Bauleitung gehörenden Leistungen nicht. Das Handelsgericht verneint einen weitergehenden Anspruch im Wesentlichen mit dem Hinweis auf die fehlende Substanziierung seitens der Klägerin.
Die Klägerin macht wiederum zu Unrecht geltend, das Handelsgericht sei von überhöhten Behauptungsanforderungen ausgegangen. Sie stellt sich erneut auf den Standpunkt, sie brauche im Prozess zur Behauptung und Begründung ihres Anspruches nicht mehr zu tun, als die in SIA-Norm 102 unter Bauleitung aufgelisteten Grundleistungen zu wiederholen.
Dass dies unzureichend ist, wurde oben bereits dargelegt.
Die Rüge ist demzufolge unbegründet.
6.- Die Rügen der Klägerin bezüglich der vom Handelsgericht vorgenommenen Reduktion der einzelnen Honorarpositionen sind somit unbegründet. Es ist demnach von einem Honoraranspruch von 18 % auszugehen. Die auf der Basis von 39,8 % berechnete Honorarpauschale von Fr. 355'000.-- ist demzufolge zu kürzen auf Fr. 162'595. 40. Die Vorwürfe der Klägerin, das Handelsgericht hätte angesichts der Heraufsetzung der honorarberechtigten Bausumme von Fr. 10,57 Mio. auf Fr. 11,53 Mio. auch das Pauschalhonorar von Fr. 355'000.-- auf Fr. 387'000.-- heraufsetzen müssen und der Bonus von Fr. 30'000.-- sei geschuldet, sind unbehelflich. Selbst wenn dem so wäre, würde sich am Prozessergebnis nichts ändern, da die von der Beklagten geleisteten Akontozahlungen den Mehrbetrag noch immer decken würden. Die Klage ist demnach zu Recht abgewiesen worden. Das ergibt sich ohne weiteres aus der vom Handelsgericht offengelegten Rechnung.
7.- Nach dem Gesagten ist die Berufung abzuweisen, weshalb die Klägerin dem Verfahrensausgang entsprechend die Gerichtsgebühr zu bezahlen und der Beklagten eine Parteientschädigung zu entrichten hat (Art. 156 Abs. 1 und 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 25. September 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'500.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 18. April 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: