Sachverhalt:
A.
A._ (Arbeitnehmer, Kläger, Beschwerdeführer) arbeitete seit dem 21. April 1980 bei der X._ AG (Arbeitgeberin, Beklagte, Beschwerdegegnerin). Mit Schreiben vom 26. Juli 2010 teilte die Arbeitgeberin den in ihrem Betrieb angestellten Grenzgängern - wozu auch der Arbeitnehmer gehörte - mit, dass der schwache Eurokurs für die Grenzgänger eine Lohnerhöhung von mindestens 12 % zur Folge habe. Deshalb wurde ihnen vorgeschlagen, dass ihr Lohn ab dem 1. September 2010 um 6 % reduziert werde, wobei diese Massnahme bei einem Eurokurs von Fr. 1.50 wieder aufgehoben werde. Die Grenzgänger wurden aufgefordert, der Arbeitgeberin bis spätestens am 31. August 2010 ihre Zustimmung oder Ablehnung zur Lohnreduktion mitzuteilen. Der Arbeitnehmer lehnte die Reduktion ab.
Mit Schreiben vom 6. September 2010 kündigte die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis mit dem Arbeitnehmer auf den 31. Dezember 2010, wobei sie ihm gleichzeitig einen neuen Arbeitsvertrag per 1. Januar 2011 anbot, welchen er nicht annahm. Am 23. Oktober 2010 erhob der Arbeitnehmer bei der Arbeitgeberin Einsprache gegen die Kündigung und behielt sich eine Klage wegen missbräuchlicher Kündigung vor.
B.
B.a. Mit Klagebegründung vom 18. August 2011 beantragte der Arbeitnehmer dem Bezirksgericht Arlesheim, die Arbeitgeberin sei zu verurteilen, ihm Fr. 38'025.-- (ohne Sozialversicherungsabzüge) als Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung sowie Fr. 24'613.-- brutto (Fr. 23'075.-- netto) als Entschädigung für geleistete Überstunden, je zuzüglich 5 % Zins ab Klageeinreichung zu bezahlen.
Mit Entscheid vom 31. Januar 2012 erkannte das Bezirksgericht Arlesheim:
"1. Die Klage wird teilweise gutgeheissen und die Beklagte verurteilt, dem Kläger CHF 46'465.00 nebst 5 % Zins seit 6. April 2011 zu bezahlen, wo- von von CHF 8'440.00 die gesetzlichen und vertraglichen Sozialbeiträge abzuziehen sind.
2. Die Kosten des Schlichtungsverfahrens von CHF 300.-- werden zu einem Viertel dem Kläger und zu drei Vierteln der Beklagten auferlegt. Die Ge- richtsgebühr beträgt CHF 5'000.00 und wird zu einem Viertel dem Kläger und zu drei Vierteln der Beklagten auferlegt.
Die Beklagte hat dem Kläger eine reduzierte Parteientschädigung von CHF 3'325.30 (inkl. Auslagen und MWST von CHF 246.40) zu bezahlen."
B.b. Gegen diesen Entscheid erklärte die Beklagte Berufung an das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit dem Antrag, der Entscheid des Bezirksgerichts Arlesheim vom 31. Januar 2012 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Mit Entscheid vom 17. Dezember 2012 hob das Kantonsgericht Basel-Landschaft in teilweiser Gutheissung der Berufung den Entscheid des Bezirksgerichts Arlesheim vom 31. Januar 2012 auf und ersetze ihn durch diesen Entscheid (Ziffer I des Entscheids) :
"1. Die Klage wird teilweise gutgeheissen und die Beklagte verurteilt, dem Kläger CHF 38'025.-- nebst 5 % Zins seit 6. April 2011 zu bezahlen. Von diesem Betrag sind keine gesetzlichen und vertraglichen Sozial- beiträge abzuziehen. Die Mehrforderung wird abgewiesen.
2. Die Kosten des Schlichtungsverfahrens von CHF 300.-- werden zu zwei Fünfteln dem Kläger und zu drei Fünfteln der Beklagten aufer- legt. Die Gerichtsgebühr beträgt CHF 5'000.-- und wird zu zwei Fünf- teln dem Kläger und zu drei Fünfteln der Beklagten auferlegt.
Die Beklagte hat dem Kläger eine Parteientschädigung von CHF 1'593.45 (inkl. Auslagen und MWST) zu bezahlen."
Die Gerichtsgebühr für das Berufungsverfahren von Fr. 5'000.-- auferlegte es zu vier Fünfteln bzw. Fr. 4'000.-- der Beklagten und zu einem Fünftel bzw. Fr. 1'000.-- dem Kläger. Sodann verpflichtete es die Beklagte dem Kläger für das Berufungsverfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'103.-- zu bezahlen (Ziffer II des Entscheids).
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt der Kläger dem Bundesgericht, Ziffer I des Entscheids des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 17. Dezember 2012 sei aufzuheben, die Berufung der Beklagten vollumfänglich abzuweisen und den Entscheid des Bezirksgerichts Arlesheim vom 31. Januar 2012 zu bestätigen. Sodann sei Ziffer II aufzuheben und die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- seien vollumfänglich der Beklagten aufzuerlegen. Diese sei ausserdem zu verurteilen, dem Kläger eine Parteientschädigung von Fr. 3'505.-- zu bezahlen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, eventuell die Rückweisung an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 BGG). In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in arbeitsrechtlichen Fällen nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 15'000.-- beträgt (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG). Der Streitwert bestimmt sich bei Beschwerden gegen Endentscheide nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren; vor der Vorinstanz ist sowohl die Missbräuchlichkeit der Kündigung bzw. die Höhe der Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung im Betrag von Fr. 38'025.-- als auch die Entschädigung für Überstunden in der Höhe von Fr. 8'440.-- streitig geblieben. Entsprechend ist das Streitwerterfordernis nach Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG erfüllt, auch wenn mit der Beschwerde einzig die Verweigerung der Entschädigung für Überstunden in der Höhe von Fr. 8'440.-- angefochten wird. Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig, womit die ebenfalls erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde ausscheidet (Art. 113 BGG).
2.
Vor Bundesgericht ist einzig noch die Frage streitig, ob dem Beschwerdeführer eine Überstundenentschädigung zusteht.
2.1. Gemäss Art. 12.1 der - unstreitig auf das vorliegende Arbeitsverhältnis anwendbaren - Vereinbarung in der Maschinen-, Elektro- und Metallindustrie (GAV; Vertragsperiode 1. Januar 2006 bis 31. Dezember 2010, verlängert bis 30. Juni 2013), beträgt die jährliche Normalarbeitszeit maximal 2'080 Stunden, was einer 40-Stunden-Woche entspricht.
2.2. Seit dem 1. Juli 1999 werden im Betrieb der Beschwerdegegnerin jedoch 41 Stunden in der Woche gearbeitet. Diese erhöhte wöchentliche Arbeitszeit wurde zwischen der Geschäftsleitung und der betriebsinternen Arbeitnehmervertretung (nachfolgend: ANV) vereinbart; jährlich wurde diese Vereinbarung zwischen den beiden Parteien erneuert und entschieden, die Arbeitszeit bei 41 Stunden zu belassen.
Die Vorinstanz sah es als erstellt, dass neben der Jahre 1999 bis 2004 auch für die Jahre 2005 bis 2010 eine (mündliche) Vereinbarung zwischen der Arbeitgeberin und der Arbeitnehmervertretung für die Weiterführung der 41-Stunden-Woche bestanden habe bzw. die ANV mit der Weiterführung einverstanden gewesen sei.
Auch das Arbeits- und Gleitzeitreglement der Beschwerdegegnerin vom 1. Januar 2004 sei in diesem Sinne angepasst worden; Ziffer 2 sehe vor, dass seit dem 1. Juli 1999 die mit der Arbeitnehmervertretung vereinbarte Arbeitszeit pro Woche 41 Stunden betrage.
2.3. Es gilt zu prüfen, ob die (mündliche) Vereinbarung zwischen der Arbeitgeberin und der ANV zur Belassung der 41-Stunden-Woche bzw. deren Übertragung in das durch die Arbeitgeberin erlassene Arbeits- und Gleitzeitreglement, gestützt auf den GAV, eine gültige Grundlage für die Erhöhung der Arbeitszeit war.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer stellt sich auf den Standpunkt, dass die Vereinbarung der 41-Stunden-Woche zwischen der Geschäftsleitung und der ANV nicht gültig zustande gekommen sei. Art. 57.4 GAV regle als Spezialbestimmung das Verfahren, wie vorzugehen sei, wenn von der Normalarbeitszeit gemäss Art. 12.1 GAV abgewichen werden soll. Art. 57.4 Abs. 3 GAV sehe vor, dass innerbetrieblich für längstens 24 Monate davon abgewichen werden könne; soll die Arbeitszeit über die Dauer von 24 Monaten verlängert werden, seien zwingend die Vertragsparteien beizuziehen. Art. 10.2 GAV könne nicht bewirken, dass die in Art. 57.4 GAV vorgesehene Information der Vertragsparteien unterbleiben könne. Diese Bestimmung räume der ANV keinerlei Kompetenz ein, rechtsgültig einer Erhöhung der Arbeitszeit zuzustimmen, ohne dass die Verbände beigezogen werden.
Die jährliche Vereinbarung zwischen der Geschäftsleitung und der ANV resp. das einseitig durch die Arbeitgeberin erlassene Arbeits- und Gleitzeitreglement vom 1. Januar 2004 würden die Voraussetzungen von Art. 57.4 GAV nicht erfüllen. Damit bestehe keine gültige Grundlage für die Erhöhung der Arbeitszeit ohne entsprechende finanzielle Entschädigung.
3.2. Die Vorinstanz erwog, dass im Gesamtkontext des GAV betrachtet betriebsinterne Vereinbarungen über eine höhere Wochenstundenzahl möglich seien, wenn diese einvernehmlich zwischen der Arbeitgeberin und der ANV festgelegt worden seien, zumal es sich um keinen allgemeinverbindlichen GAV handle. Dies gelte umso mehr in Anbetracht von Art. 10.2 Abs. 1 GAV; diese Bestimmung bedeute e contrario, dass Abweichungen von der normalen Arbeitsdauer unter Vorbehalt von Art. 12.4 Abs. 4 GAV möglich seien, wenn die ANV und die Geschäftsleitung eine Einigung erzielen würden. Demnach sei die einvernehmlich geschlossene Vereinbarung zwischen der Arbeitgeberin und der ANV über die Weiterführung der 41-Stunden-Woche als gültig und verbindlich zu betrachten, womit dem Arbeitnehmer kein Anspruch auf Überstundenentschädigung zustehe.
3.3. Art. 10.2 Abs. 1 GAV bezieht sich auf das Verfahren bei Meinungsverschiedenheiten im Betrieb und hat folgenden Wortlaut:
"Wenn eine Arbeitnehmervertretung und die Geschäftsleitung in ihren Verhandlungen keine Einigung erzielen, können sie einzeln die beidseitigen Vertragsparteien in folgenden Fällen zur Abklärung und Vermittlung beiziehen (Verbandsverhandlung) :
- (...)
- Abweichungen von der normalen Arbeitsdauer unter Vorbehalt von Art. 12.4 Abs. 4 [Arbeitszeitverkürzung bei Schichtarbeit]
- (...)
- (...) "
Unter Art. 57 GAV werden die Abweichungen von den arbeitsvertraglichen Bestimmungen geregelt. Art. 57.4 GAV bezieht sich auf Abweichungen zur Überwindung wirtschaftlicher Schwierigkeiten und hat folgenden Wortlaut:
"1) Zur Überwindung wirtschaftlicher Schwierigkeiten kann ausnahmsweise und befristet von arbeitsvertraglichen Bestimmungen der Vereinbarung (Art. 12.1 [jährliche Normalarbeitszeit], 12.5 [Überstunden und Überzeit]) abgewichen werden. Kommt es im Anschluss an eine Abweichungsverein- barung zu einer grösseren Anzahl von Entlassungen, so wird die Abwei- chung hinfällig und muss darüber gegebenenfalls neu verhandelt werden.
2) Die Geschäftsleitung soll die Arbeitnehmervertretung rechtzeitig über die wirtschaftlichen Schwierigkeiten und eine sich abzeichnende Anwendung des Art. 57.4 informieren.
3) Die Abweichungsvereinbarung kann im Betrieb für längstens 24 Monate abgeschlossen werden. Soll die Vereinbarung auf mehr als 24 Monate abgeschlossen oder nach 24 Monaten verlängert werden, meldet die Geschäftsleitung dies sofort dem ASM (Arbeitgeberverband der Schweizer Maschinenindustrie [Swissmem]), der umgehend die Vertragsparteien informiert. Die Vertragsparteien erklären innert 7 Tagen nach Erhalt der schriftlichen Mitteilung ihre Beteiligung am Verfahren. Die Betriebs- vereinbarung tritt nur in Kraft, wenn ihr neben der Geschäftsleitung und der Arbeitnehmervertretung auch die Mehrheit der am Verfahren beteiligten Vertragsparteien zustimmt."
3.4. Nach dem Gesagten gilt gemäss Art. 12.1 GAV eine Normalarbeitszeit von 52 x 40 Stunden (2'080 Stunden). Wie diese Normalarbeitszeit im Betrieb konkret umgesetzt werden soll, wird in Art. 12.2 ff. GAV geregelt, wobei Art. 12.3 Abs. 1 GAV vorsieht, dass die Umsetzung der jährlichen Normalarbeitszeit im Betrieb zwischen der Geschäftsleitung und der Arbeitnehmervertretung erarbeitet und schriftlich in einer Betriebsvereinbarung festgehalten wird.
Art. 12 GAV stellt eine normative Bestimmung dar. Die normativen Bestimmungen eines Gesamtarbeitsvertrages regeln den Abschluss, den Inhalt und die Beendigung der einzelnen Arbeitsverhältnisse zwischen den Arbeitgebern und den Arbeitnehmern (Art. 356 Abs. 1 OR), wobei diese an der Ausarbeitung des Gesamtarbeitsvertrages nicht direkt beteiligt sind. Diese Bestimmungen gelten während der Dauer des Vertrages unmittelbar für die beteiligten Arbeitgeber und Arbeitnehmer und können nicht wegbedungen werden, sofern der Gesamtarbeitsvertrag nichts anderes bestimmt (Art. 357 Abs. 1 OR).
3.5. Art. 57 GAV erlaubt unter qualifizierten Voraussetzungen, von den Bestimmungen über die Arbeitszeit (Art. 12 GAV) abzuweichen. Auf Basis der in Art. 57.1 GAV festgelegten Ziele und gemeinsamen Bestimmungen sind in den Art. 57.2 bis 57.5 GAV vier Möglichkeiten formuliert, wie von der jährlichen Arbeitszeit gemäss Art. 12.1 GAV abgewichen werden kann. Diese Abweichungsmöglichkeiten sollen es den Firmen erlauben, im Zusammenwirken der Geschäftsleitung mit der ANV und - je nach Tragweite der Abweichung - auch mit den Verbänden, auf besondere Situationen im Rahmen der Vereinbarung zu reagieren (Kommentar zur Vereinbarung in der Maschinen-, Elektro- und Metallindustrie, Swissmem Zürich, 8/2006, Art. 57, S. 87). Ziel jeder Abweichung muss es sein, Arbeitsplätze in der Schweiz zu erhalten oder zu schaffen.
Nach Art. 57.4 GAV (vgl. E. 3.3) kann die Geschäftsleitung mit der Arbeitnehmervertretung zur Überwindung wirtschaftlicher Schwierigkeiten autonom eine auf 24 Monate befristete Abweichung von der jährlichen Arbeitszeit vereinbaren. Der Gedanke hinter der befristeten Abweichungsmöglichkeit besteht darin, dass der GAV davon ausgeht, dass wirtschaftliche Krisen in der Regel binnen zwei Jahren bewältigt werden können. Soll die Abweichung jedoch für eine Dauer von länger als 24 Monaten vereinbart werden oder nach 24 Monaten verlängert werden, ist die Zustimmung der Mehrheit der am Verfahren beteiligten Vertragsparteien erforderlich. Stimmen die beteiligten Vertragsparteien nicht zu, gilt die Vereinbarung weiterhin ohne Abweichung (Kommentar zur Vereinbarung in der Maschinen-, Elektro- und Metallindustrie, Swissmem Zürich, 8/2006, Art. 57.1, S. 89).
3.6. Eine andere Regelung der Arbeitszeit ist somit möglich; der GAV lässt eine Abweichung zu. Die Geschäftsleitung kann demnach im Zusammenwirken mit der ANV autonom eine Abweichungsvereinbarung treffen und die jährliche Normalarbeitszeit für den Betrieb anders regeln, jedoch nur solange diese Abweichung nicht länger als 24 Monate dauert. Soll eine Abweichung für mehr als 24 Monate getroffen oder nach 24 Monaten verlängert werden, muss das Verfahren gemäss Art. 57.4 GAV eingehalten werden.
Art. 57 GAV stellt gegenüber Art. 10 GAV eine Spezialbestimmung dar; Art. 57.4 GAV regelt spezifisch die Möglichkeit, die Modalitäten und die Folgen einer Abweichung von arbeitsvertraglichen Bestimmungen bzw. von Abweichungen der jährlichen Normalarbeitszeit gemäss Art. 12.1 GAV, wogegen Art. 10 GAV allgemein auf Meinungsverschiedenheiten aller Art Anwendung findet. Wie der Beschwerdeführer zu Recht vorbringt, räumt Art. 10.2 GAV der Geschäftsleitung und der ANV keine Kompetenz ein, über eine längere Dauer als 24 Monate von der im GAV jährlich bestimmten Normalarbeitszeit abzuweichen. Aus Art. 10.2 GAV kann nicht e contrario geschlossen werden, dass solange eine einvernehmliche innerbetriebliche Vereinbarung gefunden werden kann, die Vertragsparteien nicht beigezogen werden müssen bzw. das Verfahren gemäss Art. 57.4 GAV nicht eingehalten werden muss.
3.7. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin die getroffene Vereinbarung zwischen der Geschäftsleitung und der ANV, die Arbeitszeit über 24 Monaten hinaus auf 41 Stunden in der Woche zu belassen, der Swissmem Geschäftsstelle nicht mitgeteilt und demnach die Zustimmung der am Verfahren beteiligten Vertragsparteien nicht eingeholt hat. Die Beschwerdegegnerin hat zusammen mit der ANV, entgegen dem in Art. 57.4 Abs. 3 GAV vorgesehenen Verfahren, selbstständig über die Erhöhung der jährlichen Normalarbeitszeit bzw. die Belassung der 41-Stunden-Woche über die Dauer von 24 Monaten hinaus entschieden, obwohl bei diesem Entscheid klarerweise die Zustimmung der Vertragsparteien erforderlich gewesen wäre.
Der GAV ist für die Vertragsparteien und deren Mitglieder verbindlich; die Beschwerdegegnerin ist somit verpflichtet, die Bestimmungen des GAV einzuhalten bzw. ist an die Vereinbarung gebunden. Es widerspricht dem Sinn des GAV und insbesondere dessen Schutzzweck, wenn die Geschäftsleitung und die ANV durch eine einfache mündliche Vereinbarung dauerhaft von der im GAV jährlich vorgesehenen Arbeitszeit abweichen, ohne das dafür bestimmte Verfahren einzuhalten. Es war der Beschwerdegegnerin daher nicht erlaubt, über eine Dauer von 24 Monaten hinaus, ohne Zustimmung der Verbände, innerbetrieblich eine vom GAV abweichende Arbeitszeit festzulegen.
Die zwischen der Geschäftsleitung und der Arbeitnehmervertretung getroffene (mündliche) Vereinbarung über die Belassung der 41-Stunden-Woche im Betrieb der Beschwerdegegnerin, war demnach nicht zulässig und stellt keine gültige Grundlage dar.
3.8. Art. 57.1 Abs. 3 GAV sieht vor, dass die Art, Dauer, Ausmass und Modalitäten sowie allfällige Kompensationen der Abweichung von arbeitsvertraglichen Bestimmungen, von der Geschäftsleitung und der Arbeitnehmervertretung - in den Fällen von Art. 57.4 GAV je nach Abweichungsdauer auch in Zusammenarbeit mit den beteiligten Vertragsparteien - in einer schriftlichen Betriebsvereinbarung festgelegt werden müssen.
Nach dem Gesagten, ist die (mündliche) Vereinbarung zwischen der Geschäftsleitung und der ANV über die Weiterbehaltung der 41-Stunden-Woche nicht gültig zustande gekommen. Folglich ist auch die Übertragung dieser Vereinbarung durch die Beschwerdegegnerin in ihr (einseitig erlassenes) Arbeits- und Gleitzeitreglement keine genügende Grundlage für die dauerhafte Belassung der wöchentlichen Arbeitszeit auf 41 Stunden.
3.9. Damit hält die Hauptbegründung der Vorinstanz nicht stand. Es ist folglich auch die Rüge gegen die Eventualbegründung der Vorinstanz zu behandeln, wonach die Überstundenforderung des Beschwerdeführers rechtsmissbräuchlich sei.
4.
4.1. Die Vorinstanz führt in ihrer Eventualbegründung aus, dass selbst wenn die zwischen der ANV und der Geschäftsleitung geschlossene Vereinbarung betreffend die 41-Stunden-Woche wegen dem Nichteinhalten des Vorgehens nach Art. 57.4 GAV nicht gültig sein sollte, die Überstundenforderung des Beschwerdeführers als rechtsmissbräuchlich anzusehen sei.
Es sei für alle Arbeitnehmer im Betrieb der Beschwerdegegnerin selbstverständlich gewesen, dass die wöchentliche Arbeitszeit 41 Stunden betrage; die Abweichung zum GAV - welche im Betriebsreglement explizit erwähnt wurde - sei allen Arbeitnehmern bekannt gewesen. Dennoch habe sich während all diesen Jahren nie ein Arbeitnehmer beschwert, dass er 41 Stunden habe arbeiten müssen noch habe je ein Arbeitnehmer Zweifel an der Gültigkeit der 41-Stunden-Woche geäussert. So habe auch nie ein Arbeitnehmer vorgebracht, dass sein Lohn nur auf einer 40-Stunden-Woche basiere, obwohl er seiner Lohnabrechnung habe entnehmen können, dass 41 Stunden pro Woche gearbeitet wurden. Aufgrund der Einwilligung der ANV zur Belassung der 41-Stunden-Woche und dem Untätigsein aller Arbeitnehmenden über die ganze Dauer hinweg, würden besondere Umstände vorliegen, weshalb sich die Beschwerdegegnerin auf einen Rechtsmissbrauch berufen könne; die Beschwerdegegnerin habe mit gutem Glauben davon ausgehen dürfen, dass die Arbeitnehmer die 41-Stunden-Woche akzeptiert hätten. Hätte die Beschwerdegegnerin gewusst, dass die Arbeitnehmenden bzw. ein Teil davon bei einer 41-Stunden-Woche eine Stunde pro Woche als Überstunden betrachte, wäre sie wohl aus dem GAV ausgetreten. Durch das Zuwarten der Arbeitnehmenden mit der Geltendmachung der Überstundenentschädigung sei der Beschwerdegegnerin ein Nachteil entstanden.
4.2. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Feststellung der Vorinstanz, wonach ihm die Abweichung vom GAV bekannt gewesen sei, sei falsch. Wie sich an der Hauptverhandlung vor der Vorinstanz herausgestellt habe, gebe es zwei verschiedene Versionen des Arbeits- und Gleitzeitreglements der Beschwerdegegnerin. Die den Arbeitnehmenden ausgehändigte Version erwähne in Ziffer 2 die Abweichung zum GAV nicht, sondern halte einzig die Normalarbeitszeit von 41 Stunden pro Woche fest. Erst in einer späteren Version (Ausdruck vom 11. Oktober 2010) sei dieser Hinweis - auf welchen sich die Vorinstanz stütze - in Ziffer 2 enthalten. Gemäss den Zeugenaussagen habe es weder eine erneute Aushändigung der neuen Version an die Arbeitnehmer noch eine öffentliche Kommunikation der Änderung gegeben.
Sodann bringt der Beschwerdeführer unter Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung vor, dass entgegen der Meinung der Vorinstanz keine besonderen Umstände vorliegen würden, welche ein missbräuchliches Verhalten des Beschwerdeführers begründen würden. Es könne vom Arbeitnehmer nicht verlangt werden, dass er eine rechtswidrige Situation erkenne und sich dagegen auch noch zur Wehr setze. Der Beschwerdeführer habe keine Kenntnis der rechtlichen Lage gehabt, weshalb es ihm nicht möglich und somit auch nicht zumutbar gewesen sei, gegen die 41-Stunden-Woche zu intervenieren.
4.3. Während die Pflicht zur Überstundenleistung nach Art. 321c Abs. 1 OR zwingender Natur ist (Art. 361 OR), können die Parteien in Bezug auf den Ausgleich und die Entschädigung der Überstunden eine andere Regelung treffen. Soweit Überstunden allerdings bereits geleistet worden sind und der entsprechende Lohnanspruch deshalb schon entstanden ist, kann während der Dauer des Arbeitsverhältnisses und während eines Monates nach dessen Beendigung nicht darauf verzichtet werden (Art. 341 Abs. 1 OR; <ref-ruling> E. 3a S. 472 f.).
4.4. Der Arbeitgeber kann sich zunächst nur bei Vorliegen besonderer Umstände auf einen Rechtsmissbrauch (Art. 2 Abs. 2 ZGB) des Arbeitnehmers berufen, der geltend macht, eine getroffene Vereinbarung verstosse gegen zwingendes Recht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 497 f., 618 E. 5.2 S. 622; <ref-ruling> E. 3c S. 171, je mit Hinweisen). Sodann begründet blosses Zuwarten mit der Rechtsausübung innerhalb der gesetzlichen Verjährungsfristen allgemein noch nicht Rechtsmissbrauch (<ref-ruling> E. 2 S. 431; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.4 S. 176; <ref-ruling> E. 4a S. 513, je mit Hinweisen). Zum blossen Zeitablauf müssen vielmehr besondere Umstände hinzutreten, welche die Rechtsausübung mit der früheren Untätigkeit des Berechtigten in einem unvereinbaren Widerspruch erscheinen lassen (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 497 mit Hinweisen). Solche können darin bestehen, dass dem Verpflichteten aus der verzögerten Geltendmachung in erkennbarer Weise Nachteile erwachsen sind und dem Berechtigten die Rechtsausübung zumutbar gewesen wäre, oder darin, dass der Berechtigte mit der Geltendmachung des Anspruchs zuwartet, um sich einen ungerechtfertigten Vorteil zu verschaffen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 443 mit Hinweisen). Der blosse Umstand, dass der Arbeitnehmer seine Ansprüche erst bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses geltend macht, vermag dagegen für sich allein keinen Rechtsmissbrauch zu begründen. Andernfalls würde dem Arbeitnehmer über Art. 2 ZGB der Schutz wieder entzogen, den ihm der Gesetzgeber durch Art. 341 Abs. 1 OR gewährte, worin bestimmt wird, dass der Arbeitnehmer während der Dauer des Arbeitsverhältnisses und eines Monats nach dessen Beendigung auf Forderungen, die sich aus unabdingbaren Vorschriften des Gesetzes ergeben, nicht verzichten kann (<ref-ruling> E. 5.1 S. 443 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5.2 S. 622).
4.5. Die Beschwerdegegnerin hat unbestrittenermassen in ihrem Betriebsreglement bestimmt, dass die wöchentliche Arbeitszeit 41 Stunden beträgt. Damit hat sie ihren Arbeitnehmern in Abweichung von der im GAV bestimmten Normalarbeitszeit wöchentlich eine zusätzliche Arbeitsstunde angeordnet, welche der Beschwerdeführer während Jahren widerstandslos geleistet hat. Im Einklang mit der zitierten ständigen Rechtsprechung (vgl. E. 4.4), reicht - entgegen der Annahme der Vorinstanz - allein die Tatsache, dass der Beschwerdeführer mit der Geltendmachung seiner Ansprüche zugewartet hat, nicht aus, um einen Rechtsmissbrauch zu begründen. Dabei kann offen gelassen werden, ob dem Beschwerdeführer gemäss dem Arbeits- und Gleitzeitreglement die Abweichung der angeordneten Arbeitszeit zum GAV bekannt war.
Besondere Umstände können denn auch nicht darin bestehen, dass der Beschwerdegegnerin aus der verzögerten Geltendmachung der Überstundenforderung des Beschwerdeführers Nachteile erwachsen wären. Ihr Vorbringen, wonach sie bei Kenntnis dessen, dass ihre Arbeitnehmer mit der angeordneten 41-Stunden-Woche nicht einverstanden waren, aus dem GAV ausgetreten wäre, ist nicht stichhaltig und kann insbesondere nicht als Nachteil gewertet werden. Es liegen denn auch keine konkreten Anhaltspunkte vor, dass die Beschwerdegegnerin tatsächlich vom GAV ausgetreten wäre; allein die Tatsache, dass sie es inzwischen getan hat, lässt keine Rückschlüsse zu. Wie der Beschwerdeführer überdies zu Recht vorbringt, tritt ein Betrieb nie einzig aus der Motivation des Arbeitnehmerschutzes einem GAV bei, sondern nur, weil ein GAV als Gesamtwerk sowohl für die Arbeitgeber- wie auch für die Arbeitnehmerseite Vorteile und Nachteile mit sich bringt. Der Beschwerdegegnerin wäre es jederzeit möglich gewesen, das Verfahren gemäss Art. 57.4 GAV einzuleiten und die Arbeitszeit gültig auf 41 Stunden zu erhöhen.
Nach dem Gesagten liegen keine besonderen Umstände vor, die einen Rechtsmissbrauch durch den Beschwerdeführer bejahen würden. Die Vorinstanz hat Art. 2 ZGB verletzt.
5.
Der Beschwerdeführer hat somit Anspruch auf Entschädigung der geleisteten Überstunden (Art. 341 Abs. 1 OR).
5.1. Art. 12.5 Abs. 2 GAV sieht vor, dass angeordnete Überstundenarbeit von Anfang an mit dem Lohn (ohne Jahresendzulage) und einem Zuschlag von 25 % bezahlt wird.
Der Beschwerdeführer hat vor dem Bezirksgericht Arlesheim eine Entschädigung von Fr. 8'440.-- brutto für 200 über die Zeitspanne von fünf Jahren geleisteten Überstunden geltend gemacht (200 Überstunden x Fr. 33.75/Stunde [Fr. 70'200.-- Jahreslohn / 2'080 Sollstunden] x 125 %). Diese Forderung wurde von der Beschwerdegegnerin im Umfang nicht bestritten.
5.2. Die Beschwerdegegnerin bringt allerdings vor, dass sie sich bereits vor den Vorinstanzen in ihrem Eventualstandpunkt auf einen Grundlagenirrtum berufen habe; der Beschwerdeführer habe sich - im Falle einer ungültig und unverbindlich vereinbarten 41-Stunden-Woche - die von der Beschwerdegegnerin freiwillig erbrachten Zusatzleistungen (Übernahme der NBU-Prämienzahlung sowie PEKA-Rückerstattungen) an seine Überstundenentschädigungsforderung anrechnen zu lassen.
Dabei bringt die Beschwerdegegnerin (unter Verweis auf ihre früheren Rechtsschriften) vor, dass es stossend und mit dem Gerechtigkeitsgedanken unvereinbar sei, wenn sich der Beschwerdeführer diese freiwillig erbrachten Zusatzleistungen nicht anrechnen lassen müsse. Daran ändere - entgegen der Ansicht des Bezirksgerichts - nichts, dass die Beschwerdegegnerin diese Leistungen nicht ausdrücklich als Kompensationsleistungen für die geleisteten 41-Stunden-Wochen ausgewiesen oder deklariert habe, denn dies sei keine Voraussetzung für die Anrechenbarkeit bei der Rück- bzw. Nachforderbarkeit von zu wenig erbrachten Lohnleistungen. Hätte die Beschwerdegegnerin um die Ungültigkeit der vereinbarten 41-Stunden-Woche gewusst, hätte sie fraglos entweder die 40-Stunden-Wochen-Regelung akzeptiert und auf einen entsprechend reduzierten Monatslohn beharrt, oder, die besagten Zusatzleistungen nicht angeboten, da der GAV diese nicht vorschreibe.
5.3. Der Beschwerdegegnerin kann dabei nicht gefolgt werden. Es mag sein, dass sie die erwähnten Zusatzleistungen ihren Arbeitnehmern gegenüber freiwillig erbracht hat. Allein daraus kann jedoch nicht geschlossen werden, dass sie mit diesen Zusatzleistungen die wöchentlich zusätzlich angeordnete Arbeitsstunde kompensiert hat. So äussert sich die Beschwerdegegnerin auch keineswegs dazu, ob der GAV überhaupt eine Verrechnung des Lohnanspruchs infolge dauerhaft erbrachter Überstundenarbeit mit den freiwillig erbrachten Zusatzleistungen bzw. mit Bezahlung einer NBU-Prämie und einer PEKA-Rückerstattung zugelassen hätte. Die Vorbringen der Beschwerdegegnerin erweisen sich als unbegründet.
5.4. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, dem Beschwerdeführer eine Entschädigung für die geleisteten Überstunden in der Höhe von Fr. 8'440.-- zu bezahlen.
6.
6.1. Der Beschwerdeführer stellt das Begehren, die Gerichtskosten und die Parteientschädigung des vorinstanzlichen Verfahrens seien anders zu verlegen.
Mit dem vorliegenden Entscheid wird das vorinstanzliche Urteil in Bezug auf die abgewiesene Überstundenentschädigung aufgehoben, womit das Begehren des Beschwerdeführers um Neuverlegung der Prozesskosten gerechtfertigt ist.
6.2. Das Bundesgericht kann gestützt auf Art. 67 BGG die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verlegen; die Vorinstanz hat die Gerichtskosten für das Berufungsverfahren von insgesamt Fr. 5'000.--, dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, zu einem Fünftel dem Beschwerdeführer auferlegt, da die Beschwerdegegnerin mit ihrem Begehren um Abweisung der Klage im Umfang der Überstundenentschädigung obsiegt hat. Da der angefochtene Entscheid in diesem Punkt aufgehoben wird, rechtfertigt es sich, die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens vollumfänglich der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Auf die Rückweisung zur Neufestsetzung der Kostenfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens kann damit verzichtet werden.
Nach dem gleichen Verteilschlüssel hat die Vorinstanz auch die Parteientschädigung festgesetzt, wobei sie festgehalten hat, dass der Beschwerdeführer infolge seines Unterliegens einen Fünftel an die Anwaltskosten der Beschwerdegegnerin und die Beschwerdegegnerin vier Fünftel an die Anwaltskosten des Beschwerdeführers bezahlen müsse. Nach gegenseitiger Verrechnung sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, dem Beschwerdeführer drei Fünftel von dessen Anwaltskosten zu bezahlen. Diese würden sich, gemäss der Honorarnote der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers, gesamthaft auf Fr. 3'505.-- belaufen, wovon drei Fünftel zu entschädigen seien.
Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert; praxisgemäss setzt das Bundesgericht jedoch keine Parteientschädigung für ein kantonales Verfahren selber fest, sondern weist die Sache grundsätzlich zu neuem Entscheid über die Entschädigungsfolgen an die kantonale Instanz zurück. Vorliegend rechtfertigt es sich jedoch, direkt darüber zu entscheiden, da die Parteientschädigung, die dem Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren hätte zugesprochen werden müssen, bereits feststeht, und der Beschwerdeführer ein genügend beziffertes Rechtsbegehren stellt. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, dem Beschwerdeführer für das vorinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 3'505.-- auszurichten.
7.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben, die Berufung der Beschwerdegegnerin abgewiesen und der Entscheid des Bezirksgerichts Arlesheim vom 31. Januar 2012 bestätigt. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 17. Dezember 2012 wird aufgehoben und der Entscheid des Bezirksgerichts Arlesheim vom 31. Januar 2012 bestätigt:
"1. Die Klage wird teilweise gutgeheissen und die Beklage verurteilt, dem Kläger Fr. 46'465.-- nebst 5 % Zins seit 6. April 2011 zu be- zahlen, wovon von Fr. 8'440.-- die gesetzlichen und vertraglich- en Sozialbeiträge abzuziehen sind.
2. Die Kosten des Schlichtungsverfahrens von Fr. 300.-- werden zu einem Viertel dem Kläger und zu drei Vierteln der Beklagten auferlegt. Die Gerichtsgebühr beträgt Fr. 5'000.-- und wird zu einem Viertel dem Kläger und zu drei Vierteln der Beklagten auferlegt.
Die Beklagte hat dem Kläger eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 3'325.30 (inkl. Auslagen und MWST von Fr. 246.40) zu bezahlen."
2.
Die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens vor dem Kantonsgericht Basel-Landschaft von insgesamt Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das vorinstanzliche Verfahren zudem mit Fr. 3'505.-- zu entschädigen.
3.
Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4.
Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivilrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. September 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze