Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 27. Oktober 2009 erteilte der Gemeinderat Volketswil der Migros Genossenschaft Zürich die Bewilligung für den Umbau und die Erweiterung des M-Parcs in Volketswil. Der Fachmarkt befindet sich an der Industriestrasse 20 und ist der Industriezone mit hoher Ausnützung (Zone Ic) zugewiesen. Der Gemeinderat verband die Bewilligung unter anderem mit folgenden Nebenbestimmungen:
"1.4 Im Sinne der Erwägung ist ab Eröffnung der M-Parc Gebäudeerweiterung für den einzelnen Kundenparkplatz eine Mindestgebühr von Fr. 1.00/h degressiv nach Ablauf der ersten Stunde von mindestens Fr. -.50/h zu erheben. Eine Rückerstattung dieser Mindestgebühren ist nicht zulässig. Die Gebührenpflicht ist mit geeigneten Mitteln sicherzustellen, die mindestens den gleichen Effekt wie die übliche Einrichtung einer zentralen Kassierstation aufweist.
1.6 Die bestehende Gesamtzahl von 310 Parkplätzen (285 Kunden- und 25 Beschäftigtenparkplätze) darf nicht erhöht werden.
Die Trennung zwischen den Kunden- und den Beschäftigtenparkplätzen muss dauernd gewahrt sein. Die 25 Beschäftigtenparkplätze im abgeschlossenen Anlieferungsbereich dürfen auch bei Stoss-/Spitzenzeiten nicht von Kunden genutzt werden."
Gegen den Beschluss erhob der Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) Rekurs. Die Baurekurskommission III des Kantons Zürich hiess das Rechtsmittel mit Entscheid vom 1. Dezember 2010 teilweise gut. Sie ersetzte zum einen Dispositiv-Ziffer 1.6 Abs. 1 des Beschlusses durch die Anordnung, vor Baubeginn sei eine überarbeitete Berechnung der Parkplatzzahl einzureichen und bewilligen zu lassen. Zum anderen ergänzte sie Dispositiv-Ziffer 1.4 Satz 3 insofern, als sie den gleichen Effekt wie die übliche Einrichtung einer zentralen Kassierstation in Kombination mit einer Schranke verlangte. Im Übrigen wies sie den Rekurs ab.
In der Folge gelangten die Migros Genossenschaft Zürich, der Gemeinderat Volketswil und der VCS ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht vereinigte die drei Verfahren und hiess mit Urteil vom 14. September 2011 die Beschwerden der Migros Genossenschaft Zürich und des Gemeinderats Volketswil gut und machte die Änderung von Dispositiv-Ziffer 1.6 Abs. 1 des gemeinderätlichen Beschlusses durch die Baurekurskommission wieder rückgängig. Im Ergebnis bestätigte es damit den erstinstanzlichen Entscheid, ergänzt in Dispositiv-Ziffer 1.4 Satz 3 durch die Worte "in Kombination mit einer Schranke". Die Beschwerde des VCS wies es ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 28. Oktober 2011 verlangt der VCS im Wesentlichen die Aufhebung des Urteils der Verwaltungsgerichts, die Feststellung, dass die Beschwerden der Migros Genossenschaft Zürich und des Gemeinderats Volketswil hätten abgewiesen werden müssen, die teilweise Aufhebung des Entscheids der Baurekurskommission sowie die Anordnung folgender Nebenbestimmungen:
Ziffer 1.6 Abs. 1: "Die bestehende Gesamtzahl der Parkplätze ist von 310 auf maximal 242 (eventualiter: 252) zu reduzieren, wovon 217 (eventualiter: 227) für die Kunden und 25 für die Beschäftigten auszuscheiden sind. Vor Baubeginn sind entsprechend überarbeitete Pläne einzureichen und bewilligen zu lassen."
Ziffer 1.4 Abs. 1 Satz 1 und 2: "Ab Eröffnung der M-Parc-Gebäudeerweiterung ist für alle Kundenparkplätze ab der ersten Minute eine mit zunehmender Parkierungsdauer degressiv verlaufende Gebühr zu erheben. Für die erste angebrochene Stunde hat die Gebühr mindestens Fr. 2.-- und für die zweite angebrochene Stunde mindestens Fr. 1.-- zu betragen."
Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat schliesst auf die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin beantragt im Wesentlichen, die Beschwerde sei abzuweisen, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) ist der Auffassung, das angefochtene Urteil stehe mit der Umweltschutzgesetzgebung des Bundes im Einklang. In seiner Stellungnahme dazu hält der Beschwerdeführer im Wesentlichen an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
Mit Präsidialverfügung vom 30. November 2011 hat das Bundesgericht das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Baubegehren und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde (<ref-law>). Für die Beurteilung des umstrittenen Bauvorhabens war eine Umweltverträglichkeitsprüfung durchzuführen. Der VCS zählt zu den gesamtschweizerischen Organisationen, die im Sinne von <ref-law> (SR 814.01) beschwerdeberechtigt sind (vgl. Ziff. 20 des Anhangs zur Verordnung vom 27. Juni 1990 über die Bezeichnung der im Bereich des Umweltschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes beschwerdeberechtigten Organisationen [VBO; SR 814.076]). Der VCS ist in Anwendung dieser Bestimmung in Verbindung mit <ref-law> befugt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts anzufechten.
1.2 Ein Interesse an der beantragten separaten Feststellung, die Beschwerden der Migros Genossenschaft Zürich und des Gemeinderats Volketswil hätten abgewiesen werden müssen, besteht nicht. Auf das Feststellungsbegehren ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1 S. 88 f.; Urteil 1C_45/2009 vom 6. Juli 2009 E. 1.5; je mit Hinweisen). Ebenfalls nicht einzutreten ist auf den Antrag auf teilweise Aufhebung des Entscheids der Baurekurskommission. Dieser Entscheid ist durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer beanstandet den angefochtenen Entscheid in erster Linie bezüglich der Frage der zulässigen Anzahl Parkplätze. Das Verwaltungsgericht führt dazu aus, beim M-Parc handle es sich um eine stationäre Anlage im Sinne von <ref-law> und Art. 2 Abs. 1 lit. a und Abs. 4 der Luftreinhalte-Verordnung vom 16. Dezember 1985 (LRV; SR 814.318.142.1). Er befinde sich in einem lufthygienisch übermässig belasteten Gebiet. Auch sei er zweifellos als überdurchschnittlicher Emittent zu qualifizieren, da er einen erheblichen Besucherverkehr auslöse, der grösser sei als jener von traditionellen Industriebetrieben und kleineren Handels- und Dienstleistungsbetrieben. Weil die übermässige Luftbelastung nicht allein auf den M-Parc zurückzuführen sei, seien die erforderlichen Emissionsbegrenzungen grundsätzlich nicht isoliert zu verfügen, sondern durch einen Massnahmenplan gemäss <ref-law> und Art. 31 ff. LRV zu koordinieren. Die Gemeinde Volketswil habe ihre Parkplatzvorschriften den Empfehlungen des bestehenden Massnahmenplans nicht angepasst, weshalb die zulässige Parkplatzzahl nach der Wegleitung der Baudirektion des Kantons Zürich zur Regelung des Parkplatz-Bedarfs in kommunalen Erlassen vom Oktober 1997 (im Folgenden: Wegleitung) zu bestimmen sei.
Laut der Wegleitung sei für die Bestimmung der zulässigen Parkplatzzahl zuerst der Grenzbedarf an Parkplätzen zu ermitteln (d.h. die obere Grenze der Nachfrage). Dieser richte sich nach der massgeblichen Geschossfläche (mGF). Die Wegleitung beschränke die massgebliche Geschossfläche nicht auf die Verkaufsflächen. Vielmehr seien alle dem Betrieb des Einkaufszentrums dienenden Räume, etwa Büro-, Lager- und Technikräume, miteinzubeziehen. Wenn der Gemeinderat die massgebliche Geschossfläche als Bruttogeschossfläche abzüglich der Aussenwände definiere und nur die Anrechnung von Flächen ausschliesse, die nicht dem Zweck des Einkaufszentrums dienten, sei dies nicht zu beanstanden. Diese Auslegung sei sowohl mit dem Wortlaut der Wegleitung als auch mit ihrem Zweck vereinbar. Es sei durchaus sinnvoll, das Einkaufszentrum bei der Ermittlung des Grenzbedarfs als Ganzes zu betrachten. Die Wegleitung stelle in diesem Sinne auf die Spezialnutzung "Einkaufszentrum" ab und verzichte auf Unterscheidungen hinsichtlich der Nutzungsweise.
2.2 Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, die für die Berechnung der zulässigen Parkplatzzahl massgebende Fläche müsse mit jener übereinstimmen, welche für die Ermittlung der Pflicht zur Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) gelte, da sonst Bundesrecht unterlaufen würde. Es sei davon auszugehen, dass §§ 3 und 5 der Verordnung des Kantons Zürich vom 26. August 1981 über die Verschärfung oder die Milderung von Bauvorschriften für besondere Bauten und Anlagen (Besondere Bauverordnung II; LS 700.22) und § 219 des Gesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht (LS 700.1; im Folgenden: PBG) in sachgerechter Weise den bundesrechtlichen Begriff der Verkaufsfläche nach Nr. 80.5 des Anhangs zur UVPV konkretisierten. Weiter sei von Bedeutung, dass sich die Wegleitung auf § 242 Abs. 1 PBG stütze, wo von "erforderlichen Parkplätzen" die Rede sei. Logischerweise könnten aber nur Nutzweisen Parkplätze erfordern, welche überhaupt Verkehr erzeugen. Indem die Vorinstanz diese Überlegungen unberücksichtigt gelassen habe, habe sie sowohl das Willkürverbot als auch Art. 11 Abs. 2 und 3 i.V.m. <ref-law> und Art. 31 ff. LRV verletzt.
2.3 <ref-law> unterstellt Anlagen der Umweltverträglichkeitsprüfung, wenn sie Umweltbereiche erheblich belasten können, so dass die Einhaltung der Vorschriften über den Schutz der Umwelt voraussichtlich nur mit projekt- und standortspezifischen Massnahmen sichergestellt werden kann. Gemäss Abs. 3 Satz 1 dieser Bestimmung bezeichnet der Bundesrat die Anlagetypen, die der Umweltverträglichkeitsprüfung unterstehen; er kann Schwellenwerte festlegen, ab denen die Prüfung durchzuführen ist. Für Einkaufszentren und Fachmärkte hat der Bundesrat den Schwellenwert in Nr. 80.5 des Anhangs zur UVPV bei einer Verkaufsfläche von 7'500 m2 festgelegt. Dass für die Frage der UPV-Pflicht bei Einkaufszentren und Fachmärkten gemäss Bundesrecht auf die Verkaufsfläche abzustellen ist und dass es sich bei der Verkaufsfläche insofern um einen bundesrechtlichen Begriff handelt, bedeutet indessen entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers nicht, dass die Kantone beim Erlass von Massnahmenplänen im Sinne von <ref-law> und bei deren Anwendung ebenfalls auf die Verkaufsfläche abzustellen hätten. Massnahmenpläne dienen der Emissionsbegrenzung nach <ref-law>. Bei ihrer Ausgestaltung geniessen die Kantone einen erheblichen Ermessensspielraum (vgl. Art. 32 LRV). Damit geht einher, dass in Massnahmenplänen nicht zwingend die gleichen Ansätze oder Begriffe wie zur Bestimmung der UVP-Pflicht nach der UVPV verwendet werden müssen. Die UVPV wird deswegen nicht unterlaufen. Dies ist gerade im vorliegenden Fall ersichtlich, wo unabhängig von der im Massnahmenplan und in der Wegleitung verwendeten Begrifflichkeit die Pflicht zur Durchführung einer Umweltverträglichkeitsprüfung zu bejahen war.
Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, dass nur Nutzweisen Parkplätze erforderten, welche überhaupt Verkehr erzeugen. Dies trifft zwar zu, bedeutet indessen ebenfalls nicht, dass nur reine Verkaufsflächen für die Berechnung des Grenzbedarfs an Parkplätzen berücksichtigt werden dürften. Auch dem Verkauf dienende Räume (etwa Lagerräume oder Toiletten für das Personal) verursachen in indirekter Weise Verkehr. Die Wegleitung definiert in diesem Sinn die massgebliche Geschossfläche für alle Nutzungsarten in einer funktionalen und umfassenden Weise als "alle dem Wohnen oder Arbeiten dienende Räume in Voll-, Unter und Dachgeschossen (inkl. Erschliessung, Sanitärräumen und Trennwänden, exkl. Aussenwänden)". Dies widerspricht weder der Logik, wie das der Beschwerdeführer andeutet, noch den von ihm angeführten Gesetzesbestimmungen. Die betreffenden Rügen sind unbegründet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, eine Mindestgebühr für die erste angebrochene Stunde von mindestens Fr. 2.-- sei anerkanntermassen Voraussetzung für die Lenkungswirkung einer Parkplatzbewirtschaftung bei publikumsintensiven Einrichtungen. Davon seien in Bezug auf den vorliegenden Fall auch die Koordinationsstelle für Umweltschutz (KofU) und das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) der Baudirektion des Kantons Zürich ausgegangen. Zudem sei die höhere Gebühr unter dem Gesichtswinkel der Lastengleichheit geboten, denn sie würde auch auf der unmittelbar benachbarten Anlage der Bauarena erhoben. Die dagegen vom Verwaltungsgericht ins Feld geführte Behauptung, im Fall der Bauarena sei im Vergleich zum M-Parc von einer markant höheren Umsteigeelastizität auszugehen, sei nicht belegt. Studien würden vielmehr das Gegenteil beweisen. Auch die Gefahr von Umsatzeinbussen und von Wettbewerbsverzerrungen sei nicht nachgewiesen, ebenso das Abwandern von Kunden ins nahe gelegene Volkiland. Schliesslich berufe sich das Verwaltungsgericht zu Unrecht darauf, die von höheren Gebühren erwartete Reduktion der Fahrten trete erst bei einer flächendeckenden Einführung der Parkplatzbewirtschaftung ein, während bei einer isolierten Einführung der Umsteigeeffekt gering bleibe. Der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden.
Der Beschwerdeführer wirft dem Verwaltungsgericht in dieser Hinsicht auch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor. Es habe nicht nur seine Kritik, sondern auch seinen Beweisantrag, die neusten Abklärungen des BAFU zu berücksichtigen, übergangen. Der Beschwerdeführer weist darauf hin, dass das BAFU derzeit eine Metaevaluation und eine Wirkungsanalyse zum Thema "Effektivität und Effizienz von verkehrsbeschränkenden Massnahmen bei verkehrsintensiven Einrichtungen" erarbeite, wobei ein nicht öffentlicher Zwischenbericht bereits vorliege.
3.2 Das Verwaltungsgericht führt aus, den kommunalen Bewilligungsbehörden komme bei der Bestimmung der Gebührenhöhe ein Ermessensspielraum zu, den die Rechtsmittelinstanzen zu beachten hätten. Die Beurteilung durch die KofU sei nicht ohne Weiteres zu übernehmen, zumal es sich um ein Themengebiet handle, in welchem keine gesicherten Erkenntnisse bestünden. Bei der Bemerkung der KofU, nach der aktuellen Rechtsprechung werde eine Gebührenhöhe von Fr. 2.-- pro Stunde als angemessen betrachtet, handle es sich zudem um einen Hinweis allgemeiner Art. Bei der Ermittlung der Parkgebühr seien alle massgeblichen Faktoren, so unter anderem auch der Grundsatz der Lastengleichheit bzw. der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen, miteinzubeziehen. Ein Vergleich mit der Bauarena spreche ebenfalls nicht ohne Weiteres für die beantragte Gebührenhöhe von Fr. 2.--, denn zum vorliegenden Fall bestünden zwei wesentliche Unterschiede. Zum einen habe im Fall der Bauarena der Anlagebetreiber eine Gebühr von Fr. 2.-- im Rekursverfahren akzeptiert, weshalb sich die betreffende Frage in der Folge gar nicht mehr gestellt habe. Zum anderen handle es sich bei der Bauarena um ein Ausstellungszentrum, wo kaum Waren, sondern in erster Linie Information und Beratung angeboten würden. Es sei deshalb von einer längeren Aufenthaltsdauer der Besucher und einer markant höheren Umsteigeelastizität auszugehen gewesen. Allgemein sei zu beachten, dass die von höheren Gebühren erwartete Reduktion der Fahrleistung nur bei einer flächendeckenden Einführung der Parkplatzbewirtschaftung bei publikumsintensiven Einrichtungen im gewünschten Umfang eintrete, während bei einer isolierten Einführung der Umsteigeeffekt gering bleibe. Vorliegend sei davon auszugehen, dass die Erhebung einer Parkgebühr von Fr. 2.-- für die erste angebrochene Stunde zu Suchfahrten und zu einer Abwanderung zur Konkurrenz im nahe gelegenen Volkiland führen würde. Wohl spreche nichts dagegen, die Bewirtschaftungspflicht, wo dies aus lufthygienischen Gründen erforderlich erscheine, im Rahmen eines Massnahmenplans auch auf bestehende Anlagen auszudehnen. Es könne aber nicht Sache der rechtsanwendenden Behörden, sein, bei der Bewilligung von Neuanlagen im Einzelfall hinreichend lenkungswirksame Gebühren durchzusetzen und damit ein Missverhältnis zu bestehenden Anlagen zu schaffen.
3.3 Inwiefern der angefochtene Entscheid ungenügend begründet sein sollte, wie dies der Beschwerdeführer geltend macht, ist angesichts dieser Ausführungen des Verwaltungsgerichts nicht ersichtlich. Das rechtliche Gehör verlangt nicht, dass sich die Behörde mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236 mit Hinweisen). Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich mit genügender Klarheit, weshalb das Verwaltungsgericht die Anordnung einer Parkgebühr von Fr. 2.-- für die erste angebrochene Stunde ablehnte. Der Beschwerdeführer vermochte das verwaltungsgerichtliche Urteil denn auch durchaus sachgerecht anzufechten.
Das Verwaltungsgericht durfte zudem ohne Willkür in antizipierter Beweiswürdigung davon absehen, vom BAFU Zwischenergebnisse einer noch nicht vollendeten und noch nicht publizierten Studie herauszuverlangen. Die Zuverlässigkeit von Daten einer unvollendeten Arbeit sind naturgemäss mit Zweifeln behaftet und deshalb grundsätzlich nicht geeignet, Grundlage eines Entscheids zu bilden (vgl. in diesem Zusammenhang Urteil 1C_118/2010 vom 20. Oktober 2010 E. 4.2.3 mit Hinweisen, in: URP 2010 S. 871). Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs erweist sich in dieser Hinsicht ebenfalls als unbegründet. Im Übrigen ist auch zum jetzigen Zeitpunkt die vom Beschwerdeführer erwähnte Studie noch nicht publiziert worden. Ein Beizug unvollständiger Studienresultate ist zudem auch für das bundesgerichtliche Verfahren abzulehnen.
Das Verwaltungsgericht durfte zudem ohne Willkür in antizipierter Beweiswürdigung davon absehen, vom BAFU Zwischenergebnisse einer noch nicht vollendeten und noch nicht publizierten Studie herauszuverlangen. Die Zuverlässigkeit von Daten einer unvollendeten Arbeit sind naturgemäss mit Zweifeln behaftet und deshalb grundsätzlich nicht geeignet, Grundlage eines Entscheids zu bilden (vgl. in diesem Zusammenhang Urteil 1C_118/2010 vom 20. Oktober 2010 E. 4.2.3 mit Hinweisen, in: URP 2010 S. 871). Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs erweist sich in dieser Hinsicht ebenfalls als unbegründet. Im Übrigen ist auch zum jetzigen Zeitpunkt die vom Beschwerdeführer erwähnte Studie noch nicht publiziert worden. Ein Beizug unvollständiger Studienresultate ist zudem auch für das bundesgerichtliche Verfahren abzulehnen.
3.4 3.4.1 Die Pflicht zur Bewirtschaftung der Kundenparkplätze von publikumsintensiven Anlagen stellt eine öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung dar, die auf einer gesetzlichen Grundlage beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein muss (<ref-law>). Sie ist eine Emissionsbegrenzungsmassnahme und lässt sich insbesondere auf 12 Abs. 1 lit. c USG abstützen (<ref-ruling> E. 8b S. 143 f.; <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 109 mit Hinweis). Das Bundesumweltrecht enthält indessen zur konkreten Ausgestaltung der hier umstrittenen Massnahmen der Parkplatzbewirtschaftung keine Regeln. Den kantonalen Vollzugsinstanzen steht demnach ein relativ grosser Ermessensspielraum offen. Ihr Gestaltungsbereich ist jedoch insofern eingeschränkt, als unter den Begriff der Emissionsbegrenzung nach <ref-law> nur Massnahmen fallen können, die auch tatsächlich geeignet sind, die Emissionen einer bestimmten Anlage zu begrenzen (vgl. <ref-ruling> E. 9 S. 145 ff.). Aus diesem Grund müssen die Parkplatzgebühren so ausgestaltet sein, dass sie zur Emissionsreduktion beitragen, d.h. lenkungswirksam sind (zum Ganzen: Urteil 1C_412/2008 vom 24. März 2009 E. 3.3, in: URP 2009 S. 188).
3.4.2 Bei der Festlegung der Parkplatzgebühr haben die Behörden zudem den Grundsatz der Lastengleichheit (<ref-ruling> E. 5d S. 34 f.) bzw. der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen zu beachten. Spürbare Wettbewerbsverzerrungen sind deshalb zu vermeiden (<ref-ruling> E. 10b S. 150 mit Hinweisen). Der Grundsatz der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen steht mit dem Erfordernis der Lenkungswirksamkeit in einem direkten Zusammenhang, so etwa, wenn sich neben einem bestehenden Anbieter, welcher keiner Parkgebühren-Erhebungspflicht unterworfen ist, ein direkter Konkurrent ansiedeln will. Wird ausschliesslich dem hinzukommenden zweiten Anbieter die Pflicht auferlegt, von seinen Kunden Parkgebühren zu erheben, so führt dies nicht nur zu einer Wettbewerbsverzerrung, sondern stellt gleichzeitig die Lenkungswirkung in Frage. Denn die Kunden haben in diesem Fall neben einem Verzicht auf die Benutzung des Autos auch die Möglichkeit des Einkaufs beim ersten Anbieter, wo sie gratis parkieren können. Das Verwaltungsgericht weist deshalb darauf hin, dass die von höheren Gebühren erwartete Reduktion der Fahrleistung nur bei einer flächendeckenden Einführung der Parkplatzbewirtschaftung bei publikumswirksamen Einrichtungen im gewünschten Umfang eintrete, während bei einer isolierten Einführung der Umsteigeeffekt gering bleibe (vgl. dazu die Studie "Parkplatzbewirtschaftung bei 'Publikumsintensiven Einrichtungen' - Auswirkungsanalyse", Forschungsauftrag 49/00 des ARE, BUWAL, Cercl'Air, MGB, SVI/ASTRA, verfasst durch die Metron Verkehrsplanung und Ingenieurbüro AG, Brugg, Neosys AG, Gerlafingen und Hochschule Rapperswil, Januar 2002, S. 127 und 138).
3.4.3 Vor diesem Hintergrund lässt sich die Behauptung des Beschwerdeführers, erst eine Mindestgebühr von mindestens Fr. 2.-- für die erste angebrochene Stunde sei lenkungswirksam, in dieser Pauschalität nicht halten. Dies ergibt sich auch nicht aus dem vom Beschwerdeführer angeführten Bundesgerichtsurteil 1C_412/2008 vom 24. März 2009 (E. 3.3, in: URP 2009 S. 188; vgl. insbesondere auch den dortigen Hinweis auf die soeben angeführte Studie). Die Lenkungswirksamkeit ist abhängig von den konkreten Umständen des Einzelfalls. In Bezug auf den vorliegenden Fall legt das Verwaltungsgericht dar, es sei davon auszugehen, dass die Erhebung einer Parkgebühr von Fr. 2.-- für die erste angebrochene Stunde zu Suchfahrten und zu einer Abwanderung zur Konkurrenz im nahe gelegenen Volkiland führen würde, wo keine Parkgebühr erhoben werde. Diese Sachverhaltsfeststellung bzw. -prognose erscheint plausibel; der Beschwerdeführer bringt abgesehen von einer generellen Bestreitung nichts vor, was sie willkürlich erscheinen liesse (<ref-law>). Dasselbe gilt für die vorinstanzlichen Erwägungen zur benachbarten Bauarena. Im betreffenden Verfahren stand zum einen offensichtlich die Gebühr für die erste angebrochene Stunde gar nicht zur Diskussion, zum andern besteht das Angebot der Bauarena vornehmlich aus Information und Beratung. Wenn das Verwaltungsgericht aus dem zweitgenannten Umstand darauf schliesst, dass von einer längeren Aufenthaltsdauer und einer markant höheren Umsteigeelastizität auszugehen sei, ist dies nicht willkürlich (<ref-law>). Den vom Beschwerdeführer angeführten Studien lässt sich nichts Gegenteiliges entnehmen. Insbesondere geht aus den in der Beschwerdeschrift zitierten Textstellen nicht hervor, wie sich die Umsteigeelastizität als Funktion des Umfangs des durchschnittlich mitgeführten Gepäcks verhält. Dies wäre aber entscheidend.
3.4.4 Insgesamt hat das Verwaltungsgericht kein Bundesrecht verletzt, indem es den Antrag des Beschwerdeführers auf Erhöhung der Parkgebühr auf Fr. 2.-- für die erste angebrochene Stunde ablehnte. Daran ändert nichts, dass die KofU und das AWEL in ihren Stellungnahmen zum Umweltverträglichkeitsbericht ebenfalls eine Gebühr von Fr. 2.-- verlangt hatten. Aus den betreffenden Ausführungen in den beiden Stellungnahmen geht hervor, dass dieser Betrag nicht das Ergebnis einschlägigen Fachwissens war. Vielmehr gingen die Autoren einfach davon aus, dieser Betrag werde gemäss der aktuellen Rechtsprechung als angemessen beurteilt. Nach den obigen Ausführungen trifft dies jedoch nicht auf alle Fälle zu.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Er hat zudem der obsiegenden Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Dold