Faits:
A. A._ et B._ ont contracté mariage le 4 mars 1994. Leur divorce est exécutoire depuis le 20 octobre 2006. La cause a été communiquée au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales pour qu'il instruise et exécute le partage par moitié des prestations de sortie acquises durant le mariage.
B. La juridiction cantonale a collecté les pièces nécessaires au calcul des prestations en question, qu'elle a évaluées à 587'377 fr. 35 pour B._ et à 66'711 fr. 75 pour A._, et a invité - au besoin condamné - la Caisse F._ à verser 260'332 fr. 80 à la Fondation E._ en exécution du partage convenu (jugement du 15 avril 2008).
C. A._ interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement. Elle en requiert l'annulation et conclut au transfert du ou des comptes de B._ auprès de ses institutions de prévoyance d'un montant de 459'332 fr. 80, avec intérêts compensatoires dès le 20 octobre 2006, sur son compte auprès de la Fondation E._.
L'ex-mari et la Caisse C._ ont déclaré s'en remettre à justice. L'Office fédéral des assurances sociales et les autres institutions de prévoyance ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'examine en principe que les griefs invoqués (<ref-law>) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
2. La recourante reproche uniquement aux premiers juges de n'avoir pas pris en considération le montant de 398'000 fr. retiré par l'ex-mari à titre de versement anticipé pour l'accession à la propriété.
2.1 Lorsque les époux divorcent avant qu'un cas de prévoyance ne se produise, le versement anticipé doit être considéré comme une prestation de libre passage et partagé conformément aux art. 122, 123, 141 CC et 22 LFLP (<ref-law>, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006).
2.2 En l'espèce, il ressort effectivement des pièces récoltées par la juridiction cantonale, en particulier de l'attestation du 5 février 2008 produite par la Fondation F._, qu'un retrait pour accession à la propriété a été effectué par B._ le 12 mai 2000 et que ce retrait s'élevait à 398'000 francs. Ce montant apparaît également dans la lettre du 8 février 2008 adressée par les premiers juges aux ex-époux (résumé des informations communiquées par les institutions interrogées sur le montant des prestations à partager) mais disparaît des considérants du jugement entrepris, lesquels ne permettent pas d'établir s'il s'agit d'un oubli involontaire, ni de saisir les raisons pour lesquelles il n'aurait volontairement pas été pris en compte le cas échéant. Or, le texte de l'<ref-law> ne prête pas à interprétation (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 233 s.) et exige clairement que le versement anticipé pour accession à la propriété soit pris en considération. Il y a donc lieu d'annuler l'acte attaqué et de renvoyer le dossier aux premiers juges pour qu'il rendent une nouvelle décision en tenant compte du montant indiqué.
3. Vu l'issue du litige et la violation qualifiée dans l'application des règles de droit, les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge du canton (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5 p. 407 et les références; Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Berne 2007, n. 43 ad art. 66; Thomas Geiser, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, n. 25 ad art. 66).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du 15 avril 2008 du Tribunal cantonal genevois des assurances sociales est annulé. La cause lui est renvoyée pour nouvelle décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires arrêtés à 500 fr. sont mis à la charge du canton de Genève.
3. Le canton de Genève versera à la recourante la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales, au canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 6 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Cretton