Faits:
A. Le 29 mars 2007, le Service de l'économie, du logement et du tourisme du canton de Vaud (ci-après: le Service de l'économie) a accordé une licence provisoire de tea-room pour l'établissement A._, à B._, qui comprenait l'autorisation d'exploiter l'établissement au nom de la société Y._ SA, à Zurich, et l'autorisation d'exercer au nom de X._, à Genève. La validité de cette licence était fixée du 1er avril au 31 juillet 2007, dans l'attente de la réussite de ce dernier à l'examen professionnel en vue de l'obtention du certificat de capacité de la catégorie d'établissement concernée. Une prolongation au 30 avril 2008 a été accordée par l'octroi, le 8 février 2008, d'une deuxième licence provisoire. La licence d'établissement no LADB-EV-2008-**** a finalement été délivrée le 9 juin 2008, pour une durée de quatre ans, soit jusqu'au 30 avril 2012.
B. Dans un rapport du 3 juin 2008 adressé à X._ et en copie à Y._ SA, l'inspecteur du Service de l'emploi qui, les 28 février et 4 avril 2008, avait procédé à deux contrôles de l'établissement A._ a constaté que les conditions de travail et la gestion du personnel n'étaient pas conformes aux prescriptions légales et conventionnelles sur plusieurs points: absence de planning des horaires de l'établissement du titulaire de l'autorisation d'exercer, dossiers du personnel incomplets, horaires effectifs non quittancés, compensation des heures supplémentaires et pauses repas invérifiables, nombre d'heures de travail et de repos non respecté, travail de nuit non compensé, salaire minimum pas respecté, jours fériés payés à 1,66% du salaire au lieu de 2,27%, salaire en nature non déclaré, emploi à plusieurs reprises d'un mineur après 22 heures. Un délai de deux mois était fixé aux intéressés pour remédier aux irrégularités constatées (points du rapport marqués en rouge).
Par courrier du 1er septembre 2008, le Service de l'économie, constatant qu'aucune preuve écrite de la régularisation de la situation de l'établissement n'avait été fournie, a invité X._ à se présenter, le 15 septembre 2008, en possession de toutes les pièces propres à apporter cette preuve. Le 9 septembre 2008, il a adressé la même convocation à la société Y._ SA. E._, représentant de Y._ SA, s'est présenté seul à la séance du 15 septembre 2008. Il a notamment produit les horaires des employés de janvier et février 2008, ainsi que le "payroll" des employés de décembre 2007 à février 2008.
Par décision du 24 septembre 2008, le Service de l'économie a ordonné, avec effet immédiat et sous commination de la peine prévue à l'<ref-law>, le retrait de l'autorisation d'exercer de X._ et de l'autorisation d'exploiter de Y._ SA pour le tea-room A._, à B._, ainsi que la fermeture de cet établissement et le retrait de la licence no LADB-EV_2008-****. Le Service de l'économie a considéré que les pièces produites le 15 septembre 2008 ne démontraient pas une régularisation de la situation et que les manquements relevés par le Service de l'emploi dans les conditions de travail et la gestion du personnel constituaient des violations graves et répétées du droit du travail. En outre, il a retenu que, contacté par téléphone le 15 septembre 2008, X._ avait admis travailler à plein temps dans un autre établissement de la chaîne A._, à Lausanne, et mettre à disposition de Y._ SA son certificat de capacité. Or, l'utilisation d'un prête-nom à seul fin de bénéficier d'une autorisation d'exercer pour obtenir la licence d'établissement constituait une violation grave des dispositions de la législation cantonale sur les auberges et les débits de boissons.
C. X._ et Y._ SA ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal vaudois (Cour de droit administratif et public). Ils ont notamment demandé à être entendus et requis l'audition de témoins.
Le 8 décembre 2008, les recourants se sont vus impartir un délai pour produire les documents démontrant que leur situation avait été régularisée et établir que X._ exerçait bien son activité dans l'établissement de B._ et non pas à Lausanne. Le 8 janvier 2009, ils ont communiqué de nouvelles pièces.
Statuant le 30 mars 2009 , le Tribunal cantonal a rejeté le recours.
D. X._ et la société Y._ SA forment un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et concluent, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 30 mars 2009, subsidiairement à l'annulation dudit arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
Les recourants ont également présenté une demande d'effet suspensif, qui a été admise, par ordonnance présidentielle du 11 juin 2009.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et conclut au rejet du recours. Au terme de ses déterminations, le Service de l'économie conclut au rejet du recours pour autant qu'il soit recevable, avec suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>, par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 86 a. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile, compte tenu des féries judiciaires (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) par les recourants, qui sont particulièrement atteints par la décision attaquée et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 let. b et c LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.2 D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral. Selon l'<ref-law>, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c, d et e LTF) non réalisées en l'espèce, que si ces griefs ont été invoqués et motivés de façon suffisante par le recourant (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 30 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397 et la jurisprudence citée).
1.3 Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>) qu'il ne peut rectifier ou compléter d'office que s'ils ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire, pour l'essentiel, que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst., doit démontrer, conformément aux exigences de l'<ref-law>, par une argumentation précise en quoi consiste la violation. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui retenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 68; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
2. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., les recourants se plaignent tout d'abord d'une violation du droit d'être entendu sur deux points.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il y soit donné suite, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494). Le juge n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités). La jurisprudence admet aussi que le droit d'être entendu n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 429).
2.2 Comme devant le Tribunal cantonal, les recourants soutiennent en premier lieu que la décision de retrait de l'autorisation d'exploiter de Y._ SA se fonde sur un entretien téléphonique du 15 septembre 2008, dans lequel X._ aurait indiqué au Service cantonal qu'il travaillait à plein temps dans un autre établissement de la chaîne A._ et qu'il mettait son autorisation d'exercer à disposition de Y._ SA. Or, cette dernière n'aurait jamais été informée de cet entretien téléphonique, ni de son contenu et elle n'a pas eu l'occasion de s'exprimer sur cet élément et de faire entendre des témoins à ce sujet. Selon les recourants, ce vice n'a pas été réparé, parce que le Tribunal cantonal a refusé de donner suite à leur requête de comparution personnelle et d'audition de témoins.
Les recourants perdent toutefois de vue que, contrairement à l'autorité administrative, les juges cantonaux ont laissé indécise la question de savoir si X._ exerçait la direction effective de l'établissement de B._, considérant que de toute manière le recours devait être rejeté pour d'autres motifs. Les faits à propos desquels les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendu n'ont donc pas joué de rôle décisif dans la décision attaquée, ce qui rend leur critique d'emblée infondée.
2.3 En second lieu, les recourants s'en prennent à l'administration des preuves, reprochant à la juridiction cantonale de ne pas les avoir renseignés sur les compléments d'information à apporter et les pièces à fournir, tout en refusant leur requête de comparution personnelle et d'audition de témoins.
Il ressort toutefois de l'arrêt attaqué que les recourants étaient clairement informés des manquements qui leur étaient reprochés depuis le rapport de l'inspection du travail du 3 juin 2008, qui leur donnait un délai de 2 mois pour y remédier. En outre, dans un avis du 8 décembre 2008, la juge chargée de l'instruction leur a imparti un délai pour produire notamment les documents permettant d'établir que la situation avait été régularisée. On ne voit pas en quoi le Tribunal aurait encore dû préciser sur quels points et pour quels employés des indications devaient être fournies. La question de l'appréciation de ces pièces par les premiers juges ne relève pas du droit d'être entendu au sens de la jurisprudence précitée, mais du fond du litige. Pour le reste, les juges pouvaient, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, considérer que la procédure écrite avait permis aux recourants de développer pleinement leurs arguments, sans qu'il soit encore nécessaire de les entendre. Quant à l'audition de témoins, les recourants n'expliquent pas, conformément aux exigences de l'<ref-law>, en quoi cette mesure d'instruction aurait été de nature à influer sur l'admission de leurs arguments présentés par écrit.
2.4 En tant qu'il est recevable, le grief de violation du droit d'être entendu doit dès lors être rejeté.
3. Les recourants se plaignent de la violation du principe de la liberté économique (art. 27 Cst.) en relation avec la violation de l'art. 60 de la loi vaudoise du 26 mars 2002 sur les auberges et les débits de boissons (LADB; RSVD 935.31) et du principe de la proportionnalité (art. 36 Cst.).
3.1 Selon l'art. 27 al. 1 Cst., la liberté économique est garantie. Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (art. 27 al. 2 Cst.). Cette liberté protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (<ref-ruling> consid. 4c/aa p. 29). Elle peut être invoquée tant par les personnes physiques que par les personnes morales (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 230 s.).
Conformément à l'art. 36 al. 1 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale; les restrictions graves doivent être prévues par une loi; les cas de danger sérieux, direct et imminent sont réservés. Toute restriction d'un droit fondamental doit être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (art. 36 al. 2 Cst.) et proportionnée au but visé (art. 36 al. 3 Cst.).
En tant qu'elle ordonne la fermeture immédiate de l'établissement des recourants et le retrait de leur autorisation respective, la sanction prononcée constitue une atteinte grave à la liberté économique garantie par l'art. 27 Cst. (cf. arrêt 2C_147/2009 du 4 mai 2009 consid. 6.3) Par conséquent, l'art. 36 Cst. exige qu'elle repose sur une base légale formelle, qu'elle soit justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui, et proportionnée au but visé.
3.2 Une licence d'établissement comprend, selon l'art. 4 LADB, une autorisation d'exercer délivrée à la personne physique responsable de l'établissement et une autorisation d'exploiter délivrée au propriétaire du fond de commerce.
Aux termes de l'art. 60 al. 1 LADB, le département retire la licence ou l'autorisation simple et ordonne la fermeture d'un établissement lorsque:
a. l'ordre public l'exige;
b. les locaux, les installations ou les autres conditions d'exploitation ne répondent plus aux conditions de l'octroi de la licence ou de l'autorisation simple;
c. les émoluments cantonaux ou communaux liés à la licence ou à l'autorisation simple ne sont pas acquittés dans le délai fixé par le règlement d'exécution;
d. les contributions aux assurances sociales que l'exploitant est également tenu de payer n'ont pas été acquittées dans un délai raisonnable.
L'art. 60 al. 2 LADB ajoute que le département retire l'autorisation d'exploiter ou encore l'autorisation simple lorsque:
a. le titulaire a enfreint, de façon grave ou répétée, les prescriptions cantonales, fédérales et communales relatives à l'exploitation des établissements et du droit du travail;
b. des personnes ne satisfaisant pas aux exigences légales en matière de séjour des étrangers sont employés dans l'établissement.
Quant à l'art. 62 LADB, il prévoit que dans les cas d'infractions de peu de gravité, le département peut adresser un avertissement (...).
4. Les mesures prises à l'encontre des recourants trouvent donc leur fondement dans la LADB. Les recourants estiment toutefois que l'art. 60 al. 1 let. d et al. 2 let. a LADB ne saurait constituer une base légale suffisante, dès lors qu'en matière d'assurance-vieillesse et survivants et de droit du travail, la compétence de légiférer appartient exhaustivement à la Confédération.
4.1 L'existence ou l'absence d'une législation fédérale exhaustive constitue le premier critère pour déterminer s'il y a conflit avec une règle cantonale. Toutefois, même si la législation fédérale est considérée comme exhaustive dans un domaine donné, une loi cantonale peut subsister dans le même domaine si elle poursuit un autre but que celui recherché par le droit fédéral. La primauté du droit fédéral découlant de l'art. 49 al. 1 Cst. n'est pas non plus violée dans la mesure où la loi cantonale vient renforcer l'efficacité de la réglementation fédérale (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 116; <ref-ruling> consid. 5 p. 21 ss). Ce n'est que lorsque la législation fédérale exclut toute réglementation dans un domaine particulier que le canton perd la compétence d'adopter des dispositions complétives, quand bien même celles-ci ne contrediraient pas le droit fédéral ou seraient même en accord avec celui-ci (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 116; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 86/87; <ref-ruling> consid. 3b p. 299).
4.2 Les mesures litigieuses reposent sur la législation vaudoise sur les auberges et les débits de boissons et se rapportent à l'exploitation d'un établissement public, soit sur une activité soumise, en vertu du droit cantonal, à autorisation. L'art. 60 LADB prévoit des mesures administratives permettant de retirer la licence ou l'autorisation et d'ordonner la fermeture d'un établissement. Ces mesures, découlant de la LADB, poursuivent des buts relevant de la politique économique, de l'ordre public et de la promotion d'un développement de qualité de l'hôtellerie et de la restauration (cf. art. 1 LADB). Elles tendent entre autres à garantir que les titulaires d'autorisations paient dans un délai raisonnable les contributions aux assurances sociales et respectent les prescriptions légales relatives à l'exploitation des établissements et au droit du travail. Elles ne se recoupent pas avec les sanctions pénales prévues, pour les domaines concernés, par les art. 87 de la loi fédérale sur l'assurance-vieillesse et survivants (LAVS; RS 831.10), 59 de la loi fédérale sur le travail dans l'industrie, l'artisanat et le commerce (LTr; RS 822.11) ou 117 de la loi fédérale sur les étrangers (LEtr; RS 142.20), ou encore avec l'amende conventionnelle qui peut être infligée en vertu de l'art. 35 let. f al. 2 de la convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés (CCNT). Rien n'empêche du reste que les mesures administratives prises en application de l'art. 60 LADB se cumulent avec les sanctions précitées.
Depuis l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la loi fédérale concernant des mesures en matière de lutte contre le travail au noir (LTN; RS 822.41), les cantons doivent désigner un organe de contrôle, chargé de vérifier les prélèvements des cotisations aux assurances sociales et aux impôts (art. 4 et 6 LTN), activité comprenant le contrôle de l'identité des travailleurs et de leur permis de séjour et de travail (art. 7 al. 1 let. d et e LTN). Les contrôles effectués en l'espèce par le Service de l'emploi et son rapport du 3 juin 2008 s'inscrivent donc parfaitement dans le cadre de ces tâches et sont en accord avec celles-ci. Les irrégularités constatées peuvent toutefois avoir des conséquences relevant non seulement du droit des assurances sociales et du droit du travail, mais aussi de l'exploitation et de la gestion de l'établissement public pour lequel le canton a octroyé des autorisations. Les unes n'excluant pas les autres.
Les mesures ordonnées en application de l'art. 60 al. 2 let. a LADB pour infractions graves ou répétées aux prescriptions du droit du travail ne sont pas non plus incompatibles avec la LTr. En effet, la LADB n'a pas pour but de légiférer sur la protection des travailleurs (cf. art. 1 LADB). Poursuivant donc un but distinct des normes protectrices figurant dans la LTr, l'art. 60 LADB peut coexister avec celles-ci (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2). Le fait que, sur certains points, la LTr soit exhaustive ne signifie pas que cette loi règle de manière exclusive tous les aspects de la protection des travailleurs (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 117). Ainsi, la décision concernant le retrait de l'autorisation d'exercer et d'exploiter un établissement public, de même que sa fermeture rendue en application de l'art. 60 LADB, n'est pas assimilable à une mesure prise sur la base des art. 51 al. 2 et 52 LTr. Les recourants ne peuvent donc se prévaloir de l'art. 52 al. 2 LTr, selon lequel la fermeture d'une entreprise ne peut être ordonnée pour une période déterminée, après sommation écrite et dans les cas particulièrement graves, que si la vie ou la santé des travailleurs ou le voisinage est sérieusement menacée (cf. Laurent Moreillon, Commentaire LTr, Berne 2005, n. 4 s. ad art. 52). En effet, cette disposition, qui s'applique à toutes les entreprises, ne saurait exclure une législation cantonale qui, dans le cadre d'un système d'autorisations relatives à l'exploitation des auberges et des débits de boissons, prévoit le retrait des autorisations décernées et la fermeture de l'établissement en cas de violation grave ou répétée des prescriptions relevant du droit du travail. Peu importe que les conditions prévues par l'art. 52 al. 2 LTr ne soient pas réalisées.
Il s'ensuit que les mesures ordonnées par le Service de l'économie et confirmées par le Tribunal cantonal reposent sur une base légale valable.
5. L'art. 60 LADB, qui tend notamment à éviter que les titulaires d'une autorisation d'exercer ou d'exploiter ne versent pas les contributions dues aux assurances sociales dans un délai raisonnable ou enfreignent les prescriptions en matière de droit du travail, repose sur un intérêt public évident. Comme l'a relevé l'arrêt attaqué, il vise un objectif de politique économique, dans la mesure où il évite des distorsions de concurrence entre les exploitants d'établissements publics qui sont au bénéfice d'une autorisation étatique. En outre, il réalise des intérêts relevant de la politique sociale, de l'hygiène et de la santé publique, tout en contribuant aussi à la promotion du développement et de la qualité de l'hôtellerie et de la restauration (cf. art. 1 LADB).
6. Reste à déterminer si le retrait des autorisations et la fermeture de l'établissement prononcés respectent le principe de la proportionnalité,
ce que contestent les recourants sous l'angle de l'adéquation et de la nécessité de la mesure.
6.1 Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité); en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis [(principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 123 et les arrêts cités)].
6.2 Il est indéniable que l'arrêt attaqué, qui confirme la mesure prise par le Service cantonal, a des répercussions économiques importantes. Il y a lieu toutefois de les relativiser pour les recourants, dès lors que Y._ SA exploite d'autres établissements, puisqu'elle est propriétaire de toutes les franchises A._ et que X._ travaille aussi pour un autre établissement public. Reste que le personnel employé à B._ risque de perdre son emploi, puisque la mesure aboutit à la fermeture de l'établissement. Ces conséquences sont à mettre en balance avec les manquements reprochés aux recourants.
6.3 Dans cette appréciation, seuls les manquements retenus par les juges cantonaux peuvent être pris en compte. Par conséquent, l'utilisation d'un certificat de capacité comme prête-nom à seule fin d'obtenir une licence d'établissement que le Service cantonal de l'emploi avait reprochée aux recourants, mais sur laquelle l'arrêt attaqué n'a pas pris position, ne peut jouer de rôle (cf. supra consid. 2.2).
6.4 Selon les constatations cantonales, qui lient le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 1.3), il a été reproché aux recourants, en matière d'assurances sociales, de ne pas s'être acquittés de leurs contributions en retard alors que le "délai raisonnable" de l'art. 60 al. 1 let. d LADB était largement dépassé et de n'avoir annoncé deux de leurs employés que plusieurs mois après leur engagement déclaré. En ce qui concerne le droit du travail, l'arrêt attaqué retient, en particulier sur la base du décompte de novembre 2008 produit (dont une page faisait défaut), que les recourants avaient remédié à une partie des manquements mentionnés par les autorités administratives. Il n'en demeurait pas moins que le travail de nuit n'était toujours pas compensé, ni en temps ni en argent, en violation de l'art. 17b LTr. En outre, les pièces produites étaient incomplètes. Ainsi, pour neuf employés, aucune pièce d'identité et aucun contrat de travail n'avaient été fournis, en violation de l'art. 73 al. 1 de l'ordonnance 1 du 10 mai 2000 relative à la loi sur le travail (OLT1; RS 822.111). Pour d'autres, un contrat de travail et plusieurs permis de séjour manquaient. Par ailleurs, les documents reçus ne permettaient pas de contrôler la date de paiement du salaire. Enfin, pour le mois de novembre 2008, il apparaissait que sept employés occupés le dimanche avaient travaillés plus de six jours consécutifs en violation de l'art. 21 al. 3 OLT1. Ainsi, les recourants non seulement n'avaient pas entièrement mis fin aux nombreux manquements qui leur étaient reprochés, mais avaient encore commis de nouvelles infractions. Même si celles-ci n'étaient pas graves individuellement, elles étaient nombreuses et se répétaient dans le temps.
Contrairement à ce que soutiennent les recourants, on ne voit pas que, sur la base de ces éléments, les juges aient violé le principe de la proportionnalité en confirmant les mesures prises par l'autorité administratives en application de l'art. 60 al. 1 let. d et al. 2 let. a LADB. En effet, par leur comportement, les recourants ont démontré qu'ils faisaient peu de cas des règles relevant des assurances sociales et du droit du travail. Alors que de très nombreuses infractions à la législation leur étaient reprochées, ils n'ont pas été en mesure de rétablir une situation conforme au droit, ni du reste de fournir des documents complets sur chacun de leurs employés, rendant le contrôle du respect des exigences légales impossible pour le personnel concerné. En outre, ils ont commis de nouveaux manquements, alors que la procédure était en cours. Cette légèreté face aux exigences légales concernant le personnel occupé dans l'établissement est d'autant moins excusable que, comme relevé par les juges cantonaux, Y._ SA, dans le cadre des franchises A._, gère un nombre très important de travailleurs. Les manquements retenus sont de nature à fausser les règles de la concurrence par rapport aux autres établissements publics également soumis à autorisation et qui respectent leurs obligations en la matière, ce que l'Etat ne peut tolérer. Ils portent aussi atteinte aux intérêts découlant de la politique sociale et nuisent à un développement de qualité de l'hôtellerie et de la restauration. Face à ces intérêts, on ne voit pas que l'intérêt privé des recourants à poursuivre leur activité à B._, pas plus du reste que celui de leur personnel à être lié à un employeur ne respectant pas les prescriptions de la législation en matière de droit du travail et des assurances sociales, puissent l'emporter.
6.5 Les critiques des recourants à cet égard ne peuvent être suivies. Ceux-ci font valoir que le non-versement des cotisations sociales qui leur est reproché ne concerne que le salaire en nature, soit une infraction de peu d'importance compte tenu des montants en jeu, qui ne justifierait pas la fermeture de leur établissement selon l'art. 60 al. 1 let d LADB. Quant aux infractions du droit du travail, soit le défaut de certains documents pour neuf employés, la nature invérifiable de la date du paiement du salaire, l'absence d'une autorisation de travailler pour un employé, le défaut de compensation du travail de nuit, et le travail consécutif de plus de six jours de quelques employés, il ne s'agirait pas non plus d'infractions graves, de sorte qu'un avertissement au sens de l'art. 62 LADB, aurait été propre à atteindre le but visé.
Ce faisant, les recourants examinent les infractions qui leur sont reprochées séparément. Or, il n'est pas contesté qu'envisagées une à une, ces infractions ne justifieraient pas la mesure prononcée, mais ce sont leur nombre et leur répétition dans le temps qui sont déterminants. En outre, les recourants, informés depuis le mois de juin 2008, des manquements commis, ne sont pas parvenus à y remédier complètement, mais surtout en ont commis de nouveaux, alors que la procédure était pendante. On ne voit donc pas qu'une mesure moins incisive, telle qu'un avertissement, soit envisageable. Au demeurant, l'art. 62 LADB réserve expressément l'avertissement aux cas de peu de gravité, condition qui, compte tenu du nombre de manquements commis par les recourants, n'est de toute manière pas réalisée en l'espèce.
7. Dans ces circonstances, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable et les frais mis à la charge des recourants, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Département de l'économie, Service de l'économie, du logement et du tourisme et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 5 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat