Sachverhalt:
A. Die 1950 geborene G._, gelernte Verkäuferin und Mutter von drei Kindern (Jahrgang 1973, 1975 und 1980), war seit ihrer Heirat 1972 nicht mehr erwerbstätig. Ab Ende 1993 erzielte sie einen Verdienst mit dem Verkauf selbst hergestellter Puppen, bis sie am 9. September 1995 einen Verkehrsunfall erlitt. Neben Hilfsmitteln und einer Hilflosenentschädigung für leichte Hilfslosigkeit wurde ihr ab 1. September 1998 eine ganze Rente der Invalidenversicherung ausgerichtet (Verfügung vom 24. September 1998), was revisionsweise mit Verfügung vom 8. Dezember 2000 bestätigt wurde.
Gegen die von der IV-Stelle Bern im Rahmen einer weiteren Rentenrevision angeordnete MEDAS-Begutachtung durch die ZVMB GmbH, erhob G._ den Einwand der Befangenheit des neuropsychologischen Teilgutachters Dr. phil. S._, weil dieser sie bereits im Auftrag des für den Verkehrsunfall zuständigen Motorfahrzeughaftpflichtversicherers untersucht habe, worauf die IV-Stelle die Teilbegutachtung durch lic. phil. D._ durchführen liess. Gestützt auf das am 6. November 2006 erstattete Gutachten des ZVMB, das als Diagnosen epileptische Gelegenheitsanfälle, die nicht von psychogenen Anfällen unterschieden werden könnten, und Spannungskopfschmerzen aufführte und eine volle Arbeitsfähigkeit attestierte, wurde nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens die Rente mit Verfügung vom 24. Januar 2007 und die Hilflosenentschädigung mit Verfügung vom 25. Januar 2007 aufgehoben. Beide Verfügungen erwuchsen unangefochten in Rechtskraft.
Nach einem Gesuch um Arbeitsvermittlung vom März 2007 erfolgte vom 3. bis 28. September 2007 eine berufliche Abklärung in der BEFAS (Bericht vom 15. Oktober 2007), welche zum Schluss kam, zur Zeit sei die Eingliederungsfähigkeit von G._ nicht gegeben, worauf die Berufsberatung der IV-Stelle den Fall abschloss und mit Vorbescheid vom 6. November 2007 die Ablehnung beruflicher Eingliederungsmassnahmen in Aussicht gestellt wurde. Darauf stellte G._ am 14. November 2007 einen Antrag auf Wiedererwägung der rentenaufhebenden Verfügung vom 24. Januar 2007. Die IV-Stelle trat darauf nicht ein, wertete die Eingabe aber als Neuanmeldung. In der Folge reichte G._ Berichte des Hausarztes Dr. med. B._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH vom 9. Januar 2008 und der Frau Dr. med. W._, Spezialärztin für Neurologie FMH vom 18. Januar 2008 ein. In der Folge schlug der RAD mit Stellungnahme vom 28. Mai 2008 die Einholung eines Verlaufsberichts bei Dr. K._ vor. Schliesslich holte die IV-Stelle weitere Berichte des Dr. med. B._ vom 8. September 2008 sowie der Frau Dr. med. W._ vom 10. September 2008 ein. Gestützt darauf kam der RAD am 2. Oktober 2008 zum Schluss, die Einschätzung des Hausarztes und der behandelnden Neurologin bezüglich der Einschränkung der Arbeitsfähigkeit durch das Anfallsleiden stünden im Gegensatz zu denen der Gutachter der MEDAS. Zudem lägen neue Diagnosen vor, deren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit auf Grund der vorliegenden Unterlagen nicht geklärt sei, weshalb ein Interdisziplinäres Verlaufsgutachten bei der MEDAS einzuholen sei, was die IV-Stelle veranlasste und G._ am 8. Oktober 2008 mitteilte. Auf deren Einwand vom 14. Oktober 2008, die ZVMB GmbH sei wegen ihrer Vorbefassung als Gutachterstelle ungeeignet, zumal auch gegen die Dres. med. R._ und S._ je ein Ablehnungsgrund vorliege, stellte sich die IV-Stelle mit Schreiben vom 22. Januar 2009 auf den Standpunkt, Befangenheit liege nicht vor und über die geltend gemachten - materiellen - Ablehnungsgründe könne nicht mit Verfügung befunden werden.
B. Mit Eingabe an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern vom 6. Februar 2009 liess G._ beantragen, die IV-Stelle sei anzuweisen, eine beschwerdefähige Verfügung betreffend der geltend gemachten Ablehnungsgründe zu erlassen. Das Verwaltungsgericht nahm die Eingabe als Beschwerde entgegen und wies diese mit Einzelrichterentscheid vom 2. März 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass gegen die MEDAS Bern ein Ablehnungsgrund vorliege.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist vorab zulässig gegen Endentscheide, welche das Verfahren abschliessen (<ref-law>), und gegen Teilentscheide im Sinne von <ref-law>). Zwischenentscheide sind - abgesehen von den Entscheiden über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren (vgl. <ref-law>) - nur dann (ausnahmsweise) selbständig anfechtbar, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können, oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>).
1.2 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig. Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (Art. 92 Abs. 1-2 BGG). Ablehnungs- und Ausstandsgründe gegen Gerichtsexperten sind sofort nach deren Bekanntwerden geltend zu machen. Hat es eine Partei versäumt, im kantonalen Verfahren rechtzeitig die Abberufung einer sachverständigen Person zu beantragen, können angebliche Ausstandsgründe nicht mehr später im Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht geltend gemacht werden (<ref-ruling> E. 4.3 S. 496; <ref-ruling> E. 3 S. 229).
2. Die Vorinstanz hat dem Schreiben der IV-Stelle vom 22. Januar 2009 zu Recht den Charakter einer Zwischenverfügung beigemessen und die Eingabe der Versicherten vom 6. Februar 2009 als Beschwerde beurteilt, weil die IV-Stelle jedenfalls zum Erlass einer Verfügung verpflichtet gewesen wäre. Dies gilt jedoch entgegen der Auffassung des kantonalen Gerichts auch dann, wenn materielle Befangenheitsgründe vorgebracht werden (vgl. Urteil 9C_199/2009 vom 9. Juni 2009, E. 4.1).
3. Streitig und als Rechtsfrage frei zu prüfen (Urteile 8C_802/2007 vom 5. Mai 2008, E. 4 in fine, mit Hinweis auf 9C_846/2007 vom 11. März 2008) ist einzig, ob ein Befangenheitsgrund der ZVMB GmbH oder des Dr. med. R._ gemäss <ref-law> vorliegt.
3.1 Die materiellen (inhaltlichen) Anforderungen an die zu erstattende ärztliche Expertise ergeben sich aus dem im Einzelfall zur Diskussion stehenden Beweisgegenstand in Verbindung mit den darauf bezogenen Fragestellungen. Erscheint dem zuständigen Justizorgan die Schlüssigkeit einer Expertise in wesentlichen Punkten zweifelhaft, hat es nötigenfalls ergänzende Beweise zur Klärung dieser Zweifel zu erheben. Dafür können sich namentlich eine Ergänzung des bestehenden Gutachtens oder die Anordnung eines neuen Gutachtens, allenfalls einer Oberexpertise anbieten. Das Abstellen auf eine nicht schlüssige Expertise im Rahmen der Beweiswürdigung kann Verstösse gegen das Willkürverbot oder gegen die Verfahrensrechte der Parteien nach sich ziehen (vgl. <ref-ruling> E. 5.4.2 S. 346; <ref-ruling> E. 4 S. 57 f.; <ref-ruling> E. 1c S. 146 f.). Welche Art von Gutachten anzuordnen ist (Zweitgutachten [Obergutachten] oder Ergänzungsgutachten), ist eine Ermessensfrage (Urteil 6B_283/2007 vom 5. Oktober 2007, E. 2).
3.2 Ergänzende Gutachten sind einzuholen, wenn die Würdigung des bereits erstatteten Gutachtens ergeben hat, dass einzelne der behandelten Punkte einer erneuten sachverständigen Stellungnahme bedürfen oder wenn bestimmte Fragen ausserhalb des gutachterlich bereits abgehandelten Bereichs abzuklären sind (UELI KIESER, Die rechtliche Würdigung von medizinischen Gutachten, in: René Schaffhauser/Franz Schlauri [Hrsg.], Rechtsfragen der medizinischen Begutachtung in der Sozialversicherung, St. Gallen 1997, S. 157 f.). Nach der Rechtsprechung ist grundsätzlich nichts dagegen einzuwenden, dass ein Gutachter seine Feststellungen im späteren Verfahren ergänzt oder im Lichte neuer Tatsachen oder erhobener Einwendungen prüft, soweit dabei das bereits erstattete Gutachten zum Ausgangspunkt der weiteren Untersuchungen und Ausführungen gemacht wird (RKUV 1985 Nr. K 646 S. 235, E. 5b). Ein Zweitgutachten steht im Vordergrund, wenn das Gericht ein bestehendes Gutachten für klar unzureichend und kaum verwertbar erachtet (Urteil 6B_283/2007 vom 5. Oktober 2007, E. 2) oder wenn es die Würdigung der vorhandenen, gegensätzlich lautenden gutachterlichen Stellungnahmen nicht erlaubt, auf eine derselben abzustellen, weil die Kenntnis fehlt, eine der beiden vertretenen Auffassungen als schlüssig und nachvollziehbar zu bezeichnen (UELI KIESER, a.a.O., S. 158 f.; SVR IV Nr. 16 S. 41, 8C_89/2007).
3.3 Nach der in <ref-law> enthaltenen Garantie des verfassungsmässigen Richters hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirkung sachfremder Umstände entschieden wird. Liegen bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vor, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen, so ist die Garantie verletzt. Für Sachverständige gelten grundsätzlich die gleichen Ausstands- und Ablehnungsgründe, wie sie für den Richter vorgesehen sind. Da sie nicht Mitglied des Gerichts sind, richten sich die Anforderungen zwar nicht nach <ref-law>, sondern nach <ref-law>. Hinsichtlich der Unparteilichkeit und Unbefangenheit kommt <ref-law> indessen ein mit <ref-law> weitgehend übereinstimmender Gehalt zu (Urteil 8C_615/2008 vom 15. September 2008).
3.4 Vorbefassung begründet nicht zwingend den Anschein der Befangenheit. Nach der Rechtsprechung kann ein Sachverständiger nicht allein deshalb abgelehnt werden, weil er den Exploranden schon früher einmal begutachtet hat (<ref-ruling> E. 7.2.2 S. 110). Als massgebendes Kriterium für die Beurteilung dieser Frage im Einzelfall hielt das Bundesgericht fest, es sei generell zu fordern, dass das Verfahren in Bezug auf den konkreten Sachverhalt und die konkret zu entscheidenden Rechtsfragen trotz der Vorbefassung als offen erscheine und nicht der Anschein der Vorbestimmtheit erweckt werde (<ref-ruling> E. 3b S. 184 mit Hinweis). Es ist somit danach zu fragen, ob das Ergebnis der Begutachtung nach wie vor als offen und nicht vorbestimmt erscheint. Kann die Offenheit bejaht werden, ist die Besorgnis der Voreingenommenheit trotz Vorbefassung unbegründet (REGINA KIENER/MELANIE KRÜSI, Die Unabhängigkeit von Gerichtssachverständigen, in: ZSR 2006 S. 506). Dies ist beispielsweise der Fall, wenn der Experte andere Fragen zu beantworten oder sein erstes Gutachten lediglich zu erklären, zu erläutern oder zu ergänzen hat, nicht aber, wenn er die Schlüssigkeit seiner früheren Expertise zu überprüfen oder objektiv zu kontrollieren hat (Urteil 2A.259/1998 vom 30. November 1998, Urteil 8C_89/2007 vom 20. August 2008).
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihre gesundheitliche Situation habe sich nicht verändert. Es wecke schwere Bedenken, wenn beim interdisziplinären Gutachten der MEDAS keine Beeinträchtigung festgestellt worden sei, obwohl kurze Zeit später in einer ebenfalls von der IV-Stelle beauftragten Stelle (BEFAS) auf Grund längerer persönlicher Beobachtungen in der Erprobung der Arbeitsfähigkeit eine gesundheitliche Beeinträchtigung in Form eines Anfallleidens festgestellt worden sei, die zur vollständigen Arbeitsunfähigkeit geführt habe; ein Anfallleiden, das in der Zwischenzeit von einer weiteren qualifizierten Neurologin Dr. med. W._, bestätigt worden sei. Wenn zwei Abklärungen, welche beide durch die IV-Stelle veranlasst wurden, innerhalb von kurzer Zeit zu völlig anderen Ergebnissen kämen, so wecke dies erhebliche Zweifel an der Unvoreingenommenheit des in Frage stehenden Gutachters und der Gutachterstelle als solcher. Es sei nahezu ausgeschlossen, dass die MEDAS heute unbefangen begutachten und zu einem anderen Schluss kommen werde als bei der Verfassung des interdisziplinären Gutachtens vom 6. November 2006. Da sich die diagnostischen Grundlagen nicht verändert hätten, müsste die MEDAS implizit zugeben, dass man sich bei der letzten Beurteilung massiv getäuscht habe. Es könne offensichtlich nicht sein, dass die MEDAS der Beschwerdeführerin vollständige Arbeitsfähigkeit in ihrem angestammten Beruf als Puppenmacherin attestiere, wogegen die Beurteilung der BEFAS zum Schluss komme, die berufliche Eingliederung der Versicherten sei nicht mehr möglich. Damit bestehe der objektive Anschein der Befangenheit und der Voreingenommenheit, da mit grosser Wahrscheinlichkeit bereits im Voraus feststeht, dass die MEDAS bei ihrer ursprünglichen Diagnose bleiben werde, um nicht eingestehen zu müssen, dass man sich bei der ursprünglichen Beurteilung massiv getäuscht habe.
4.2 Zunächst ist festzuhalten, dass eine Vorbefassung allein nicht zwingend den Anschein von Befangenheit zu begründen vermag (vgl. E. 3.4 hievor). Ebenso wenig genügt es entgegen der offenbaren Auffassung der Beschwerdeführerin für den Anschein der Voreingenommenheit, wenn sich zwei gegensätzliche Beurteilungen gegenüber stehen. Vielmehr ist im Rahmen der Vorbefassung von Sachverständigen erforderlich, dass zusätzliche Umstände vorliegen, welche den Ausgang der Expertise nicht mehr als offen erscheinen lassen.
4.3 Dass das Verhalten der Gutachter anlässlich der ersten Untersuchung zu Beanstandungen Anlass gab, welche den Anschein der Befangenheit wecken könnten oder die Experten es hierbei sonstwie an der notwendigen Objektivität und Sachlichkeit mangeln liessen, kann nicht gesagt werden, noch wird solches geltend gemacht. Auch die Schlüssigkeit des Gutachtens des ZVMB vom 6. November 2006 an sich lässt sich nicht in Frage stellen. Vielmehr legten die Gutachter einlässlich dar, dass die von der Versicherten angegebenen Konzentrations- und Gedächtnisprobleme sowie die feinmotorischen Schwierigkeiten anlässlich ausführlicher Testuntersuchungen nicht objektiviert werden konnten. Sie zeigten auch nachvollziehbar auf, weshalb bezüglich des Anfallsleidens nur noch von Gelegenheitsanfällen gesprochen werden könne, die keine Bedeutung für das Leistungsvermögen im Berufsleben hätten, zumal die Ätiologie der Anfälle nie habe geklärt werden können und immer wieder normale EEG-Befunde vorliegen würden.
Knapp ein Jahr nach der MEDAS-Expertise kam die BEFAS im Bericht vom 15. Oktober 2007 zum Schluss, bei der Versicherten liege ein Anfallsleiden vor, das am wahrscheinlichsten psychogener Art sei. Zusätzlich erklärten Arbeitsentwöhnung und Dekonditionierung ihre Verlangsamung, schnelle Ermüdung und reduzierte Belastbarkeit. Alle diese Symptome und Wortfindungsstörungen würden durch die Einnahme von Lamiktal, Topamax und Temesta noch verstärkt. Dass sich die Versicherte unfähig fühle, wieder Puppen herzustellen, habe zusätzlich einen Zusammenhang mit ihrem Perfektionismus. Ob ein invalidisierendes psychisches Leiden vorliege, müsse durch ein psychiatrisches Gutachten eruiert werden, wenn nötig unter stationären Bedingungen. Im interdisziplinären Gutachten habe der Psychiater einzig festgehalten, bei Fragen zum psychischen Themenkreis habe sich die Versicherte verhalten gegeben.
Wenn der Regionale Ärztliche Dienst, RAD, gestützt darauf und die in der Folge beigezogenen Verlaufsberichte des Dr. med. B._ vom 8. September 2008 und der Frau Dr. med. W._ vom 10. September 2008 (welche beide die von ihnen attestierte vollständige Arbeitsunfähigkeit in erster Linie mit der erheblich eingeschränkten psycho-physischen Belastbarkeit, die sich auch in der Zunahme der zum Teil psychogenen Anfallsereignisse zeige, begründeten) ein interdisziplinäres Verlaufsgutachten bei der ZVMB vorschlug, so geht es nach dem Gesagten nicht darum, angesichts eines unzureichenden und kaum verwertbaren Erstgutachtens eine Zweitexpertise durchzuführen (vgl. E. 3.2 hievor). Es kann auch nicht gesagt werden, dass sich zwei diametral gegensätzliche Gutachten gegenüber stehen, nachdem die Diskrepanz letztlich darin besteht, dass die MEDAS die Beschwerden nicht als invalidisierendes Leiden qualifiziert, während sich Hausarzt und Neurologin nicht weiter zu dieser Frage geäussert haben und die BEFAS diesbezüglich eine ergänzende Begutachtung fordert. Vielmehr ist entscheidwesentlich, dass es sich vorliegend um die Prüfung des Leistungsanspruchs im Rahmen einer Neuanmeldung handelt und deshalb zu untersuchen ist, ob sich der Zustand der Versicherten seit der letzten (rentenaufhebenden) Verfügung massgeblich verschlechtert hat. Der RAD führte denn auch aus, es lägen neue Diagnosen vor, deren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit auf Grund der vorliegenden Unterlagen nicht geklärt sei und sprach ausdrücklich von einem Verlaufsgutachten. Für diese weiterführende Begutachtung und die Auseinandersetzung mit zusätzlichen, in der Zwischenzeit erhobenen Einschätzungen der Arbeitsunfähigkeit der Versicherten ist die ursprüngliche Begutachtungsstelle prädestiniert. Inwieweit nach erfolgter erneuter Expertise an der ursprünglichen Einschätzung des ZVMB-Gutachtens vom 6. November 2006 festgehalten werden kann oder sich seit der Neuanmeldung eine neue Beurteilung der verwertbaren Arbeitsunfähigkeit ergibt, ist eine Frage der Beweiswürdigung, welche nicht hier im Rahmen der Befangenheitsprüfung, sondern im Hauptverfahren zu klären ist. In diesem Zusammenhang erweisen sich überdies die Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach sich ihre gesundheitliche Situation und die diagnostischen Grundlagen nicht verändert hätten, als widersprüchlich, wenn sie selbst eine Neuanmeldung geltend macht, welche eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes voraussetzt.
4.4 Schliesslich ist auch nicht ersichtlich, weshalb die gesamte MEDAS auf Grund der Gutachtertätigkeit des Dr. phil. S._ für den beim Verkehrsunfall involvierten Haftpflichtversicherer befangen sein soll, zumal Dr. S._ bei der erneuten Begutachtung ebenso wie schon bei der erfolgten Expertise nicht als Gutachter vorgesehen war.
4.5 Zusammenfassend mangelt es an Anhaltspunkten, dass die ZVMB GmbH oder die für die erneute Expertise vorgesehenen Gutachter gegenüber der Versicherten nicht unabhängig im Rechtssinn wären. Die Beschwerde ist unbegründet.
5. Die Beschwerdeführerin als unterliegende Partei hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. September 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke