A.- Par jugement du 27 octobre 1998, le Tribunal de district de Delémont a condamné R._ à quinze mois d'emprisonnement avec sursis et à 10'000 fr. d'amende, pour escroquerie et infraction à la loi fédérale sur l'assurance-chômage.
R._ a fait appel de ce jugement auprès de la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien (ci-après: la Cour pénale). Dans le cadre de cette procédure, il a requis, les 7 et 8 octobre 1999, l'administration de preuves complémentaires, notamment des auditions de témoins, des productions de pièces et une expertise.
B.- Par arrêt du 1er mars 2000, la Cour pénale a ordonné une nouvelle expertise requise par le Ministère public et la plaignante, et a rejeté la demande de compléments de preuves de l'appelant, considérant en substance que les preuves proposées n'étaient pas pertinentes.
Par acte du 5 avril 2000, R._ a formé un recours de droit public contre cet arrêt. Il soutient que le refus d'administrer les preuves pertinentes et valablement offertes violerait son droit d'être entendu, ainsi que la présomption d'innocence et les droits de la défense (art. 6 CEDH et 32 Cst.), en raison de certaines considérations de la Cour pénale laissant entendre qu'elle aurait préjugé de la cause.
R._ a également déposé une prise à partie auprès du Tribunal cantonal jurassien contre les juges de la Cour pénale, auxquels il reprochait de violer leur devoir d'établir la vérité, et de ne pas instruire à charge et à décharge. Il demandait que les preuves requises par lui soient administrées, et qu'une nouvelle procédure de nomination d'expert soit mise sur pied.
La procédure de recours de droit public a été suspendue, par ordonnance du 13 avril 2000, jusqu'à droit connu sur la prise à partie.
C.- Par arrêt du 28 juin 2000, le Tribunal extraordinaire désigné le 17 mai 2000 par le Parlement jurassien a déclaré irrecevable la demande de prise à partie, le droit cantonal ne prévoyant pas une telle procédure à l'encontre des juges cantonaux. En tant que moyen de nature disciplinaire, il était douteux que la prise à partie puisse s'étendre à une autorité collégiale; en tant qu'elle concernait le refus d'administrer des preuves, le moyen devait être soulevé par les voies ordinaires.
Par arrêt du 22 septembre 2000, le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure où il était recevable au regard de l'art. 87 OJ, un recours de droit public formé par R._ contre cet arrêt. Les griefs relatifs à la composition et à la compétence du Tribunal extraordinaire devaient être soulevés avant que celui-ci ne statue. En dehors des moyens de droit ordinaires concernant l'administration des preuves et la récusation des magistrats, ni le droit cantonal ni le droit constitutionnel n'exigeaient l'aménagement d'une procédure de prise à partie.
D.- Sur le vu de cet arrêt, la procédure relative au recours de droit public dirigé contre l'arrêt du 1er mars 2000 a été reprise le 5 octobre 2000.
Les parties intimées n'ont pas été invitées à se déterminer.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1, 125 I 253 consid. 1a, 412 consid. 1a p. 414 et les arrêts cités).
a) Selon l'art. 87 OJ, dans sa version antérieure au 1er mars 2000, le recours de droit public fondé sur l'art. 4 aCst. n'est recevable que contre les décisions finales ou les décisions incidentes causant à l'intéressé un préjudice irréparable.
La modification entrée en vigueur le 1er mars 2000, étend cette restriction à tous les recours de droit public, quel que soit le grief invoqué. Le recours formé le 5 avril 2000 contre un arrêt rendu le 1er mars 2000, doit être soumis à la nouvelle disposition, de sorte qu'il est indifférent que le recourant invoque d'autres griefs que ceux tirés de l'art. 4 aCst. Au reste, l'ancien art. 87 OJ aurait également été applicable, car, comme cela est relevé ci-dessous, les griefs tirés de la présomption d'innocence apparaissent, pour autant qu'ils aient une portée indépendante, manifestement mal fondés.
Selon l'art. 87 al. 1 OJ, le recours de droit public est recevable contre les décisions incidentes sur la compétence et sur les demandes de récusation. Dans une certaine mesure, le recourant met en doute l'impartialité de la Cour d'appel, puisqu'il lui reproche d'avoir une opinion préformée sur la cause, notamment quant au caractère indu des indemnités perçues.
Le recourant n'a toutefois pas formellement requis la récusation de la cour pour ce motif, et l'argument soulevé n'a guère de rapport avec le refus d'administrer des preuves, unique objet de la décision attaquée.
b) L'arrêt attaqué est incident, car il se rapporte à l'administration de compléments de preuves au cours de la procédure d'appel (<ref-ruling> consid. 3b p. 327; <ref-ruling> consid. 1a/aa p. 41; <ref-ruling> consid. 1b p. 372, 120 III 143 consid. 1a p. 144 et les arrêts cités). Il y a donc lieu de s'interroger sur l'existence d'un préjudice irréparable.
c) Pour qu'un dommage soit irréparable au sens de l'art. 87 OJ, la décision incidente doit causer à l'intéressé un préjudice juridique que la décision finale, par hypothèse favorable à celui-ci, ne ferait pas entièrement disparaître.
Est exposé à un tel dommage le justiciable qui court le risque d'une atteinte à sa position juridique quant aux voies de droit à sa disposition, par l'impossibilité d'un contrôle constitutionnel (<ref-ruling> consid. 3c; <ref-ruling> consid. 3, 251 consid. 1b p. 253/254 et 396 consid. 1 p. 398/399). Un dommage de pur fait, tel que la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue (<ref-ruling> consid. 3c). Il appartient au recourant non seulement d'alléguer, mais encore d'établir le risque de la survenance d'un dommage irréparable, à moins que cette possibilité ne laisse pas place au doute (<ref-ruling> consid. 2c in fine).
La jurisprudence constante considère ainsi que les décisions relatives à l'administration des preuves, au stade de l'instruction, de la première instance ou de la procédure de recours, ne causent pas de préjudice irréparable, car il est possible que l'intéressé obtienne ultérieurement une décision qui efface les effets du refus dont il se plaint (cf.
la jurisprudence citée dans l'arrêt du 22 septembre 2000).
Même si, comme le prétend le recourant, la cour cantonale a "fermé la porte à toute modification de l'état de fait retenu", il sera possible au recourant de s'en plaindre par le biais d'un recours dirigé contre la décision finale, en invoquant notamment son droit d'être entendu (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 16 et les arrêts cités; voir également l'art. 87 al. 3 OJ, <ref-ruling> consid. 1a/aa p. 42; <ref-ruling> consid. 4a).
d) Le recourant relève qu'en raison d'un changement de main de l'entreprise, les renseignements et documents requis, qui ne figurent pas au dossier, seraient "encore davantage" exposés à disparaître. L'éventuelle destruction ou altération de documents propres à servir de moyens de preuve peut constituer, dans la perspective de la procédure pénale, un préjudice irréparable (cf. arrêt du 26 octobre 1998, publié in SJ 1999 I 186 consid. 1b/bb/aaa p. 188). Le recourant doit toutefois démontrer en quoi ce risque serait vraisemblable, ce qui n'est pas le cas en l'espèce. Faute de toute indication de la part du recourant, on ne voit pas en quoi des documents - que le repreneur de l'entreprise est a priori tenu de conserver - risqueraient d'être détruits ou altérés.
Ce risque paraît en outre exclu en ce qui concerne les auditions de témoins et l'expertise requises par le recourant.
2.- Sur le vu de ce qui précède, le recours de droit public doit être déclaré irrecevable. Un émolument judiciaire est mis à la charge du recourant qui succombe, conformément à l'art. 156 al. 1 OJ.

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral,
vu l'art. 36a OJ:
1. Déclare le recours irrecevable.
2. Met à la charge du recourant un émolument judiciaire de 4000 fr.
3. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires du recourant, de la Confédération Suisse et de M._, ainsi qu'au Substitut du Procureur général, à la Cour pénale du Tribunal cantonal et au Tribunal cantonal extraordinaire du canton du Jura.
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Lausanne, le 5 décembre 2000 KUR/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,