Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die X._ AG handelt mit "Halbfabrikaten, Elektromaterialien, elektronischen Komponenten und Geräten"; sie wird von den Ehegatten A.C._ und B.C._ beherrscht. Im Anschluss an eine am 9. Oktober 2000 durchgeführte Bücherrevision nahm die Steuerverwaltung des Kantons Zürich auf dem deklarierten Gewinn der X._ AG eine Aufrechnung vor, weil sie die Bezüge des Aktionärsehepaars als zu hoch erachtete: Für die direkte Bundessteuer 1997 rechnete sie 200'000 und für jene des Jahres 1998 420'000 Franken auf, was neu einen steuerbaren Gewinn von Fr. 389'400.-- bzw. Fr. 1'045'300.-- ergab (Verfügungen vom 10. bzw. 16. Juli 2001). Diese Veranlagung wurde von der Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich kantonal letztinstanzlich geschützt (Entscheid vom 29. Juni 2004).
2. Am 28. September 2004 hat die X._ AG beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und sie für die direkte Bundessteuer mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 189'400.-- (1997) bzw. Fr. 625'300.-- (1998) einzuschätzen. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet und - nach Beizug der Akten des kantonalen Verfahrens - im vereinfachten Verfahren nach Art. 36a OG (summarische Begründung, Verzicht auf Einholung von Vernehmlassungen) abzuweisen:
3. Die Gewinnsteuer juristischer Personen wird vom Reingewinn berechnet (<ref-law>), wobei dafür grundsätzlich die Erfolgsrechnung massgebend ist. Gegebenenfalls werden verschiedene Beträge auf den buchhalterisch ausgewiesenen Unternehmensgewinn aufgerechnet, so unter anderem verdeckte Gewinnausschüttungen an die Aktionäre (vgl. <ref-law>). Wird dem Aktionärsdirektor ein offensichtlich übersetztes Salär bezahlt, so stellt dies eine verdeckte Gewinnausschüttung dar (Peter Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2. Teil, Therwil/Basel 2004, N 118 zu Art. 58; Peter Brülisauer/Stephan Kuhn, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a: Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Basel 2000, N 204 ff. zu Art. 58).
3.1 In den Jahren 1997 und 1998 hat das Aktionärsehepaar von der Beschwerdeführerin Lohnzahlungen von insgesamt Fr. 645'000.-- bzw. Fr. 1'195'000.-- erhalten. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz bezog A.C._ in den Jahren 1997/98 einen Fixlohn von Fr. 250'000.--, wozu im Jahr 1997 eine Erfolgsbeteiligung von Fr. 130'000.-- sowie eine zusätzliche Zahlung von Fr. 200'000.-- (offenbar als Kompensation für tiefere Bezüge in früheren Jahren) kamen, während die Erfolgsbeteiligung im folgenden Jahr Fr. 420'000.-- (recte: Fr. 425'000.--) und die "Nachzahlung" Fr. 420'000.-- betrugen. Die Lohnzahlungen an den Aktionärsdirektor machten also 1997 580'000 und 1998 1'095'000 Franken aus. Die primär das Sekretariat betreuende Ehefrau B.C._ bezog ihrerseits einen Lohn von 65'000 (1997) bzw. 75'000 Franken (1998) und erhielt 1998 zusätzlich 25'000 Franken für Mehrleistungen. Im Umfang von Fixlohn und Erfolgsbeteiligung erachtete die Bundessteuer-Rekurskommission das Salär von A.C._ als marktkonform; nicht als geschäftsmässig begründete Entlöhnung bezeichnete sie demgegenüber die "Nachzahlung" von 200'000 bzw. 420'000 Franken. Die Bezüge von B.C._ waren nicht streitig.
3.2 Was die Beschwerdeführerin hiergegen vorbringt, überzeugt - soweit es sich dabei nicht ohnehin um unzulässige Noven handelt (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 99 f.) - offensichtlich nicht: Auch wenn A.C._ als Geschäftsführer ein enormes Arbeitspensum leistete und offenbar allein für mehr als die Hälfte des Umsatzes der Beschwerdeführerin verantwortlich war, verstösst es nicht gegen Bundesrecht, ein Salär von 380'000 (1997) bzw. 675'000 Franken (1998) als an der Grenze der Marktkonformität liegend zu betrachten. Bei der Beschwerdeführerin handelt es sich um einen kleinen bis mittleren Betrieb mit einem Personalbestand von offenbar rund zehn Mitarbeitern und einem jährlichen Umsatz zwischen 7 und 10 Mio. Franken. Neben dem geschäftsführenden Aktionär A.C._ werden keine weiteren Kaderleute beschäftigt; die übrigen Angestellten sind als Verkäufer, Sachbearbeiter, im Sekretariat oder im Lager tätig. Bei diesen Gegebenheiten kann ohne weiteres ausgeschlossen werden, dass einer anderen Person als dem beherrschenden Aktionär ein Lohn ausgerichtet würde, wie ihn A.C._ in der streitigen Periode bezogen hat: Ein Salär von 1'095'000 Franken für das Jahr 1998 ist angesichts von Grösse und Struktur des Unternehmens ebenso offensichtlich übersetzt wie die 580'000 Franken des Vorjahres, welche rund das dreifache des ausgewiesenen Gewinns der Beschwerdeführerin ausmachten. Im Übrigen kann auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (Art. 36a Abs. 3 OG).
4. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 156 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich und der Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Oktober 2004
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: