Sachverhalt:
A. In den Jahren 1996 und 1997 kam es wegen des Vertriebs von sog. "Duftsäcklein" über den Hanfladen X._ AG zu Strafverfahren wegen Drogenhandels insbesondere gegen Y._ (seinerzeit Geschäftsführer der X._ AG) einerseits und die Gebrüder A.A._ und B.A._ (letzterer seinerzeit Präsident des Verwaltungsrats der X._ AG) andererseits.
Mit Urteilen des Bezirksgerichts Andelfingen vom 8. Juli 1999 bzw. mit den anschliessend im Berufungsverfahren gefällten Urteilen der I. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich vom 27. September 2001 wurden Y._ und die Gebrüder A._ der Widerhandlungen gegen das BetmG für schuldig befunden und zweitinstanzlich zu bedingt ausgesprochenen Gefängnisstrafen von 12 Monaten (Y._; Verfahren SB990761) bzw. von 18 Monaten sowie Bussen in der Höhe von Fr. 5'000.-- respektive Fr. 10'000.-- (A.A._ und B.A._; Verfahren SB990763) verurteilt. Diese obergerichtlichen Urteile sind in Rechtskraft erwachsen.
Mit Beschluss vom 8. Juli 1999 zog das Bezirksgericht Andelfingen im Verfahren gegen die Gebrüder A._ einen Betrag von Fr. 400'000.-- zulasten der X._ AG ein. Diesen Beschluss hob die I. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich mit Beschluss vom 27. September 2001 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die erste Instanz zurück.
Das Bezirksgericht Andelfingen erliess daraufhin am 22. September 2003 folgenden Beschluss (auszugsweise wiedergegeben):
2. Das mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 30. Mai 1997 (act. II/11/3) beziehungsweise mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 4. Juni 1997 (act. II/11/9) auf dem Liberty-Privatkonto Nr. xxx-xxxxxx.xx der UBS-Geschäftsstelle Shopville/Central, Zürich, lautend auf B.A._, vorsorglich sichergestellte Guthaben im Betrag von Fr. 423'856.80, zuzüglich Zinsen bis zur Saldierung wird eingezogen und ist an die Gerichtskasse Andelfingen, PC-Konto 84-655-7, zu überweisen.
3. Das mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich am 17. Juli 1997 (act. II/11/20) bei X._ in Zürich beschlagnahmte Bargeld im Betrag von Fr. 7'467.20 wird eingezogen.
4. Das mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Winterthur vom 9. Oktober 1998 (act. II/20/7) bei X._ in Zürich beschlagnahmte Bargeld im Betrag von Fr. 1'900.-- wird eingezogen.
Den gegen diesen Beschluss von der X._ AG erhobenen Rekurs hiess die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich am 11. Dezember 2004 gut und hob die Ziffern 2, 3 und 4 des angefochtenen Beschlusses auf. Das Obergericht erwog, über die Einziehung der im Strafverfahren gegen die Gebrüder A._ sichergestellten Vermögenswerte sei im Rahmen des Strafprozesses gegen Y._ zu befinden, und forderte das Bezirksgericht Andelfingen auf, gegen den rechtskräftig verurteilten Y._ ein Einziehungsverfahren durchzuführen.
B. Nach der Durchführung des Einziehungsverfahrens, in welches neben Y._ auch die X._ AG und B.A._ involviert waren, fällte das Bezirksgericht Andelfingen am 13. Dezember 2006 folgenden Beschluss (auszugsweise wiedergegeben):
1. Das mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 30. Mai 1997 beziehungsweise mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 4. Juni 1997 auf dem Liberty-Privatkonto Nr. xxx-xxxxxx.xx der UBS-Geschäftsstelle Shopville/Central, Zürich, lautend auf B.A._, vorsorglich sichergestellte Guthaben im Betrag von Fr. 423'856.80, zuzüglich Zinsen bis zur Saldierung, wird zuhanden der Staatskasse eingezogen und ist an die Gerichtskasse Andelfingen, PC-Konto 84-655-7, zu überweisen.
2. Das mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich am 17. Juli 1997 bei der X._ AG in Zürich beschlagnahmte Bargeld im Betrag von Fr. 7'467.20 wird eingezogen.
3. Das mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Winterthur vom 9. Oktober 1998 bei der X._ AG in Zürich beschlagnahmte Bargeld im Betrag von Fr. 1'900.-- wird eingezogen.
Den von Y._ gegen diesen Beschluss erhobenen Rekurs wies die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich am 26. August 2008 ab.
C. Y._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, es seien der angefochtene Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. August 2008 und die Ziffern 1, 2 und 3 des Beschlusses des Bezirksgerichts Andelfingen vom 13. Dezember 2006 aufzuheben, und es sei das beschlagnahmte Vermögen samt Zinsen dem jeweils Berechtigten herauszugeben. Eventualiter sei festzustellen, dass das Beschleunigungsgebot verletzt worden sei, und der Kanton Zürich sei zu verpflichten, ihm eine angemessene Entschädigung auszurichten.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde verzichtet.

Erwägungen:
1. Soweit der Beschwerdeführer die Aufhebung des erstinstanzlichen Beschlusses beantragt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden, denn Anfechtungsobjekt bildet einzig der kantonal letztinstanzliche Beschluss der Vorinstanz vom 26. August 2008 (<ref-law>).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Durchführung eines nachträglichen Einziehungsverfahrens sei vorliegend nicht zulässig gewesen und verstosse gegen den Grundsatz "ne bis in idem". Ein selbständiges Einziehungsverfahren sei ausgeschlossen, wenn das Sachgericht zum Zeitpunkt des ursprünglichen Strafverfahrens bereits Kenntnis von den einzuziehenden Vermögenswerten hatte und deren Einziehung aus Nachlässigkeit nicht regelte. Eine nachträgliche Einziehung sei mithin einzig beim Auftauchen neuer Vermögenswerte statthaft, was vorliegend gerade nicht der Fall sei. Vielmehr habe es die erste Instanz aus Unsorgfalt unterlassen, die beschlagnahmten Gelder im gegen ihn geführten Strafverfahren einzuziehen, sei doch die erforderliche Deliktskonnexität bei ihm als Geschäftsführer der X._ AG von Beginn der Strafuntersuchung an gegeben gewesen. Dies sei für die erste Instanz spätestens nach dem obergerichtlichen Urteil und Beschluss vom 27. September 2001 erkennbar gewesen. Die gegenteilige Annahme der Vorinstanz gründe auf einer willkürlichen Beweiswürdigung. Weil die Vorinstanz schliesslich gestützt auf diese willkürliche Sachverhaltsfeststellung eine Sorgfaltspflichtverletzung des Bezirksgerichts Andelfingen und damit die Verletzung des Grundsatzes "ne bis in idem" verneint habe, sei sie auch im Ergebnis in Willkür verfallen (Beschwerde S. 5 - 13).
2.2 Die Vorinstanz hat unter Bezugnahme auf den erstinstanzlichen Beschluss erwogen, die Rechtskraft des Strafurteils bzw. der Grundsatz "ne bis in idem" hindere das Nachschieben eines sog. unechten selbständigen Einziehungsverfahrens grundsätzlich nicht. Einzig wenn dem Gericht bereits im Zeitpunkt der Fällung des Sachurteils das Vorhandensein einzuziehender Vermögenswerte bei Beachtung der zumutbaren Sorgfalt hätte bekannt sein können und es aus Nachlässigkeit die Prüfung der Einziehungsfrage im Rahmen des Strafurteils unterlassen habe, sei ein nachgeschobenes Einziehungsverfahren unzulässig. Vorliegend aber habe das Bezirksgericht Andelfingen die Regelung der Einziehungsfrage nicht unterlassen, sondern von Anfang an sorgfältig geprüft und mit Beschluss vom 8. Juli 1999 auch entschieden. Der Umstand, dass das Bezirksgericht die Frage im Rahmen des Verfahrens gegen die Gebrüder A._ statt in jenem gegen den Beschwerdeführer behandelt habe, sei nicht Ausdruck von Nachlässigkeit. Unter den gegebenen Umständen sei daher die Durchführung eines selbständigen Einziehungsverfahrens ohne weiteres zulässig (angefochtenes Urteil S. 6 f.).
2.3 Gemäss <ref-law> (bzw. Art. 59 Abs. 1 aStGB) verfügt das Gericht die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, eine Straftat zu veranlassen oder zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands ausgehändigt werden.
Im Regelfall erfolgt die Einziehung von Vermögenswerten im Rahmen des Strafverfahrens. Eine nachträgliche, d.h. sog. selbständige Einziehung ist jedoch namentlich zulässig, wenn nach Abschluss des Strafverfahrens neue Vermögenswerte zum Vorschein kommen. Die Rechtskraft des Strafentscheids bzw. der Grundsatz "ne bis in idem" hindern das Nachschieben eines Einziehungsverfahrens grundsätzlich nicht, da von den Verfahren verschiedene Materien betroffen sind (vgl. Niklaus Schmid, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Band I, 2. Aufl. 2007, <ref-law> N. 80 sowie Art. 70-72 StGB N. 138; Florian Baumann, Basler Kommentar StGB I, 2. Aufl. 2007, Art. 70/71 N. 20). Ausgeschlossen ist ein selbständiges Einziehungsverfahren jedoch, soweit dem Gericht die Existenz der einziehbaren Vermögenswerte bei Anwendung der notwendigen Sorgfalt hätte bekannt sein können (Florian Baumann, Deliktisches Vermögen, dargestellt anhand der Ausgleichseinziehung, Diss. Zürich 1996, S. 17 f.; Jean Gauthier, Le rôle sanctionnateur du droit pénal, Enseignement de 3e cycle de droit 1984, 1985, S. 161 f.).
2.4 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers liegt kein Verstoss gegen den Grundsatz "ne bis in idem" vor:
Wie im angefochtenen Beschluss zutreffend ausgeführt wird, hat das Bezirksgericht Andelfingen die Regelung der Einziehungsfrage von Anfang an geprüft und mit Beschluss vom 8. Juli 1999 auch entschieden. Es handelt sich daher entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers gerade nicht um eine Konstellation, in welcher die Einziehung deliktischer Vermögenswerte aus Unsorgfalt nicht geregelt wurde. Dem Bezirksgericht kann mithin kein Unterlassen, sondern vielmehr vorgeworfen werden, dass es die Einziehung ursprünglich im Verfahren gegen die Gebrüder A._ statt in jenem gegenüber dem Beschwerdeführer geregelt hat. Insoweit konnte das Obergericht entgegen dem Vorbringen des Beschwerdeführers willkürfrei feststellen, das Bezirksgericht habe plausibel dargetan, weshalb es anfangs von falschen Voraussetzungen ausging. Da das Obergericht im Übrigen mit Beschluss vom 27. September 2001 den Beschluss vom 8. Juli 1999 auf Rekurs der X._ AG hin wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs zu neuer Entscheidung an das Bezirksgericht zurückwies, ist es auch ohne weiteres nachvollziehbar, dass dieses nach Einräumung des rechtlichen Gehörs die Einziehung erneut im gleichen Verfahren gegen die Gebrüder A._ beschloss. Erst mit Beschluss vom 11. Dezember 2004 - erneut auf Rekurs der X._ AG hin - forderte das Obergericht das Bezirksgericht alsdann explizit dazu auf, die Einziehung der beschlagnahmten Vermögenswerte gegenüber dem Beschwerdeführer zu prüfen, was das Bezirksgericht tat und am 13. Dezember 2006 auch beschloss. Dieser erstinstanzliche Beschluss wurde von der Vorinstanz, wie dargelegt, schliesslich mit Beschluss vom 26. August 2008 geschützt.
Vor diesem Hintergrund ist zusammenfassend festzuhalten, dass damit bislang noch nicht rechtskräftig über die Einziehung der (zu Beginn der Strafuntersuchung) beschlagnahmten Vermögenswerte entschieden worden ist, weshalb insoweit keine abgeurteilte Sache vorliegt und auch die Durchführung eines nachträglichen Einziehungsverfahrens gegen den Beschwerdeführer nicht zu beanstanden ist.
Die Beschwerde ist daher in diesem Punkt abzuweisen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Das Verfahren, welches seine Eigentumsrechte massiv belaste, sei weder ausgesprochen komplex noch derart umfangreich gewesen, dass sich eine Verfahrensdauer von über elf Jahren rechtfertigen liesse. Die lange Dauer sei einzig darauf zurückzuführen, dass die erste Instanz immer wieder fehlerhafte Beschlüsse gefasst habe, welche von der Vorinstanz korrigiert werden mussten. Als Rechtsfolge komme vorliegend als "ultima ratio" einzig die Verfahrenseinstellung in Frage. Falls wider Erwarten keine Einstellung erfolge, sei die Verletzung des Beschleunigungsgebots zumindest explizit festzustellen, und der Kanton Zürich sei zu verpflichten, ihm eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Beschwerde S. 13 - 17).
3.2 Die Vorinstanz hat demgegenüber mit Hinweis auf die Erwägungen im erstinstanzlichen Urteil eine Verletzung des Beschleunigungsgebots verneint. Weder die einzelnen Verfahrensabschnitte noch die Gesamtdauer des Verfahrens seien übermässig lange (angefochtenes Urteil S. 8).
3.3 Zur Garantie eines gerechten Verfahrens zählen der ausdrückliche Anspruch auf Beurteilung innert angemessener Frist und das Verbot der Rechtsverzögerung. Der Anspruch ergibt sich für sämtliche Rechtsbereiche und alle Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsbehörden aus <ref-law>, sowie für zivilrechtliche Streitigkeiten und Strafverfahren aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK (<ref-ruling> E. 2.3). Auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK berufen kann sich namentlich die von einer Einziehung betroffene Partei (Walter Gollwitzer, Menschenrechte im Strafverfahren, MRK und IPBPR, 2005, Art. 6 EMRK/Art. 14 IPBPR N. 24). Der Anspruch auf Beurteilung innert angemessener Frist wird missachtet, wenn eine Sache über Gebühr verschleppt wird. Die Beurteilung der angemessenen Verfahrensdauer entzieht sich starren Regeln. Es ist vielmehr in jedem Einzelfall zu prüfen, ob sich die Dauer unter den konkreten Umständen als angemessen erweist. Der Streitgegenstand und die damit verbundene Interessenlage können raschere Entscheide erfordern oder längere Behandlungsperioden erlauben. Entscheidend ist weiter der Umfang und die Komplexität der aufgeworfenen Sachverhalts- und Rechtsfragen. Rechtsverzögerung kann Haftungs- und Genugtuungsansprüche gegenüber dem Gemeinwesen auslösen (vgl. zum Ganzen Gerold Steinmann, St. Galler Kommentar BV, 2. Aufl. 2008, Art. 29 N. 11 ff.; )
Kriterien für die Angemessenheit der Verfahrensdauer im Rahmen von Strafverfahren bilden etwa die Schwere des Tatvorwurfs, die Komplexität des Sachverhaltes, die dadurch gebotenen Untersuchungshandlungen, das Verhalten des Beschuldigten und dasjenige der Behörden (z.B. unnötige Massnahmen oder Liegenlassen des Falles) sowie die Zumutbarkeit für den Beschuldigten (<ref-ruling> E. 3.1). Strafverfahren sind zügig voranzutreiben, um die beschuldigte Person nicht unnötig über die gegen sie erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen.
Diese Kriterien können nicht unbesehen auf selbständige Einziehungsverfahren übertragen werden. Der Beschwerdeführer ist rechtskräftig verurteilt, so dass insoweit keine belastende Ungewissheit mehr besteht. Die drohende Einziehung von Vermögenswerten hat für den Betroffenen nicht die gleich einschneidende Bedeutung wie ein drohender Freiheitsentzug, weshalb das Beschleunigungsgebot im nachträglichen Einziehungsverfahren nicht mit der gleichen Schärfe wie im Strafverfahren gilt.
3.4 Selbst unter Berücksichtigung dieser relativierenden Umstände erweist sich vorliegend die Verfahrensdauer jedoch als zu lange:
Die vorsorgliche Beschlagnahmung der unrechtmässig erlangten Vermögensvorteile zulasten der X._ AG erfolgte im Jahre 1997. Mit der Bestrafung der einzelnen Beteiligten und der Einziehung der Vermögenswerte hatten sich seither mehrere Gerichte zu beschäftigen, wobei das Verfahren ab dem Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 27. September 2001 (Verurteilung des Beschwerdeführers und der Gebrüder A._ wegen Widerhandlungen gegen das BetmG; vgl. Sachverhalt lit. A hiervor) einzig noch die Frage der Einziehung zum Gegenstand hatte. Wie der Beschwerdeführer zutreffend anführt (Beschwerde S. 15), war das Verfahren insoweit weder besonders komplex noch allzu umfangreich, so dass sich nicht überzeugend begründen lässt, weshalb die einzelnen Rechtsmittelinstanzen jeweils rund zwei Jahre zur Entscheidfällung benötigten. Jedenfalls seit dem Jahr 2001 dauerten die einzelnen Verfahrensabschnitte damit unangemessen lange, und auch die bisherige Gesamtdauer des Verfahrens von etwas über elf Jahren bis zum Erlass des angefochtenen obergerichtlichen Beschlusses ist als übermässig zu qualifizieren.
3.5 Mögliche Sanktion eines Verstosses gegen das Beschleunigungsgebot ist die Verfahrenseinstellung, welche als ultima ratio jedoch einzig in gravierenden Fällen in Betracht kommt. Denkbar ist weiter, den Kanton zur Zahlung von Schadenersatz zu verpflichten.
Vorliegend ist entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers weder eine Verfahrenseinstellung noch die Zusprechung einer Entschädigung sachgerecht. Die fraglichen Vermögenswerte wurden, wie dargelegt, zu Beginn der Strafuntersuchung beschlagnahmt und der Beschwerdeführer, welcher um die deliktische Herkunft der Gelder wusste, konnte nicht mit deren Herausgabe rechnen. Dementsprechend führte denn auch die übermässig lange Verfahrensdauer für ihn zu keiner besonderen Belastung. Es ist daher im konkreten Fall ausreichend, die Verletzung von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK festzustellen und dem Beschwerdeführer hierdurch eine Genugtuung für die erlittene Rechtsverletzung zu verschaffen (vgl. zum Ganzen Urteil des Bundesgerichts 1P.338/2000 vom 23. Oktober 2000 E. 4d/ aa und 4d/cc, in: Pra 2001 Nr. 3 S. 12).
4. Damit ist die Beschwerde gutzuheissen, soweit der Beschwerdeführer die Feststellung der Verletzung des Beschleunigungsgebots beantragt. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat daher die Hälfte der auf Fr. 5'000.-- bestimmten Gerichtskosten zu tragen. Dem Kanton Zürich werden keine Verfahrenskosten auferlegt (<ref-law>). Hingegen hat er den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Es wird festgestellt, dass das Beschleunigungsgebot (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK) im kantonalen Verfahren verletzt wurde. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner