Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 24./30. April 2009 stellte das Kantonale Untersuchungsrichteramt des Kantons Thurgau das Strafverfahren gegen X._ wegen Verdachts des betrügerischen Konkurses, eventualiter der Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung, ein. Es auferlegte ihr die Verfahrenskosten von Fr. 5'245.--. Eine Parteientschädigung sprach ihr das Kantonale Untersuchungsrichteramt nicht zu. Es hielt ausserdem die angeordnete Grundbuchsperre über eine Liegenschaft aufrecht.
X._ erhob gegen die Kostenauflage und die Grundbuchsperre Beschwerde an die Anklagekammer des Kantons Thurgau. Am 25. August 2009 wies diese die Beschwerde in Bezug auf die Überbindung der Verfahrenskosten ab. Die Anklagekammer wies das Kantonale Untersuchungsrichteramt hingegen an, über die Grundbuchsperre neu zu entscheiden.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und die Anklagekammer des Kantons Thurgau sei zu verpflichten, ihr die notwendigen Kosten der privaten Verteidigung zu ersetzen. Ebenfalls aufzuheben sei die Grundbuchsperre, und ihr sei eine Parteientschädigung für das vorinstanzliche Verfahren zuzusprechen.
C. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
A._, Inhaber der B._ Transport AG, war Eigentümer zweier Reisecars, die er an die "C._ Carreisen AG", handelnd durch deren Verwaltungsrat und Geschäftsführer D._, vermietete. Diese bezahlte die Mietzinse nicht und verkaufte die beiden Reisebusse später an Dritte. Nach verschiedenen Umfirmierungen wurde über die Mieterin, nun unter der Firma "E._ AG" auftretend, am 7. Juli 2003 der Konkurs eröffnet. Dieser wurde in der Folge mangels Aktiven wieder eingestellt. Im Rahmen einer Hausdurchsuchung wurde bei D._ ein Kaufvertrag sichergestellt, wonach die "F._ Reisen AG" (Vorfirma der E._ AG) der Beschwerdeführerin die Liegenschaft zu einem Kaufpreis von Fr. 180'000.-- verkaufte. Gemäss Präambel der "internen Zusatzvereinbarung" wurde der treuhänderische Verkauf des Grundstücks vorgenommen, um die Liegenschaft aus den Büchern der F._ Reisen AG zu entfernen. Durch den Verkauf an die Beschwerdeführerin sollte sichergestellt werden, dass das Grundstück bei einem allfälligen Konkurs der Gesellschaft nicht in die Konkursmasse fällt und verwertet wird.
Das Kantonale Untersuchungsrichteramt konnte der Beschwerdeführerin einen betrügerischen Konkurs (<ref-law>) bzw. eine Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung (<ref-law>) nicht rechtsgenüglich nachweisen. Sie auferlegte ihr jedoch die Verfahrenskosten, da sie den Kaufvertrag sowie die Zusatzvereinbarung ohne genaue Lektüre unterschrieben habe. Hätte die Beschwerdeführerin die Vereinbarung aufgrund ihrer Zweifel nicht unterzeichnet, hätte von einer Strafuntersuchung abgesehen werden können.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Annahme der Vorinstanz, sie habe durch die Verletzung gesetzlicher Pflichten, nämlich die Widerhandlung gegen die Art. 285-288 SchKG, Anlass für das Strafverfahren gegeben. Eine Widerhandlung bzw. ein Verstoss gegen die sogenannten paulianischen Anfechtungsklagen sei gar nicht möglich. Zudem liege keine Schädigung von Pfändungsverlustscheins- oder Konkursgläubigern vor, da der Kaufpreis der Liegenschaft dem Schätzwert entsprochen habe (Beschwerde, S. 6 ff.).
2.2 Die Vorinstanz erwägt, die Auflage der Verfahrenskosten bedinge eine klare Verletzung einer geschriebenen oder ungeschriebenen Verhaltensnorm, und zwar in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise. Zudem müsse das in Frage stehende Verhalten adäquate Ursache für die Einleitung eines Strafverfahrens bilden. Die Kostenauflage stelle eine den zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für ein fehlerhaftes Verhalten dar (angefochtenes Urteil, S. 9 f.).
Das vorliegende Strafverfahren sei eröffnet worden, weil bei der Hausdurchsuchung die interne Zusatzvereinbarung sichergestellt worden sei, worin die Beschwerdeführerin und D._ ihre Absicht kund getan hätten, das Grundstück aus den Büchern und einer allfälligen Konkursmasse zu entfernen. Mit der Übereignung des Grundstücks sei nach Abzug der Hypothekarschulden der Restkaufpreis mit den bestehenden Darlehensforderungen der Beschwerdeführerin gegenüber der F._ Reisen AG verrechnet und damit vollständig getilgt worden. Wäre das Grundstück jedoch in die Konkursmasse gefallen, hätten die Darlehensforderungen kaum vollumfänglich befriedigt werden können. Diese Vorgehensweise stelle eine Widerhandlung gegen die <ref-law> oder <ref-law> dar. Absicht sei es gewesen, die B._ Transport AG zu schädigen bzw. die Beschwerdeführerin zu begünstigen. Dass die Beschwerdeführerin die Verträge lediglich unterschrieben, nicht aber gelesen habe, könne in zivilrechtlicher Hinsicht nicht gehört werden (angefochtenes Urteil, S. 11 f.).
2.3 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des kantonalen Verfahrensrechts, nämlich <ref-law>/TG. Nach dieser Bestimmung hat der Angeschuldigte die Verfahrenskosten ganz oder teilweise zu tragen, sofern er einer strafbaren Handlung schuldig erklärt wird oder durch Verletzung gesetzlicher Pflichten Anlass für ein Strafverfahren gegeben oder dessen Durchführung erschwert hat.
Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann die Verletzung von kantonalen Bestimmungen nur im Umfang von <ref-law> gerügt werden. Bezüglich Vorschriften einer kantonalen Strafprozessordnung ist allein die Rüge der willkürlichen und damit verfassungswidrigen Auslegung und Anwendung dieser Bestimmungen unter dem Gesichtspunkt einer Verletzung des Willkürverbots gemäss <ref-law> zulässig (Urteil des Bundesgerichts 6B_87/2008 vom 31. Juli 2008 E. 1.4.2).
2.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von <ref-law>, ist (<ref-ruling> E. 1.2.2) oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht nach <ref-law> nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen).
2.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von <ref-law>, ist (<ref-ruling> E. 1.2.2) oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht nach <ref-law> nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen).
2.5 2.5.1 Die Argumentation der Beschwerdeführerin, es liege von Vornherein keine Schädigung von Pfändungsverlustscheins- oder Konkursgläubigern vor, da der Kaufpreis der Liegenschaft dem Schätzwert entsprochen habe, geht fehl. Den Anfechtungstatbeständen gemäss Art. 285-288 SchKG (paulianische Anfechtungsklagen) liegen Rechtshandlungen zugrunde, die Vermögenswerte der Zwangsvollstreckung entziehen sollen. Gemäss <ref-law> sind u.a. die folgenden Rechtshandlungen anfechtbar, wenn der Schuldner sie innerhalb des letzten Jahres vor der Pfändung oder Konkurseröffnung vorgenommen hat und im Zeitpunkt der Vornahme bereits überschuldet war: Tilgung einer Geldschuld auf andere Weise als durch Barschaft oder durch anderweitige übliche Zahlungsmittel (Ziff. 2) sowie Zahlung einer nicht verfallenen Schuld (Ziff. 3). Nach <ref-law> sind alle Rechtshandlungen anfechtbar, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Pfändung oder Konkurseröffnung in der dem andern Teile erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen.
2.5.2 An einer Gläubigerschädigung im Sinne von <ref-law> fehlt es etwa, wenn die angefochtene Rechtshandlung im Austausch gleichwertiger Leistungen besteht, es sei denn, der Schuldner habe mit dem Geschäft den Zweck verfolgt, über seine letzten Aktiven zum Schaden der Gläubiger verfügen zu können, und sein Geschäftspartner habe das erkannt oder bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit erkennen müssen. Ein Austausch gleichwertiger Leistungen liegt namentlich vor, wenn der Schuldner die ihm gehörenden Sachen gegen Zahlung des vollen Gegenwertes veräussert oder wenn ihm bei einem Finanzierungsgeschäft der volle Gegenwert der von ihm unter Garantie der Einbringlichkeit abgetretenen Forderungen vergütet wird (Urteil 5A_420/2008 vom 28. Mai 2009 E. 2 mit Hinweisen).
Wenn der Schuldner dagegen, wie im vorliegenden Fall, anstelle der von ihm veräusserten Vermögensstücke bloss eine Forderung erwirbt oder wenn er Geld oder andere Vermögenswerte zum blossen Zweck der Tilgung einer Forderung hingibt, tauscht er für seine Leistung keine Gegenleistung ein, die eine Schädigung der Gläubiger von Vornherein ausschliessen würde (<ref-ruling> E. 4). Insbesondere stellt beim Darlehensvertrag die Rückzahlung nicht eine (gleichwertige) Gegenleistung für die Hingabe des Darlehensbetrages dar, sondern die Erfüllung der mit der Darlehensaufnahme eingegangenen Pflicht zu späterer Rückzahlung. Sie bewirkt deshalb - unter Vorbehalt von Konkursprivilegien und dinglichen Vorrechten - regelmässig eine Schädigung der anderen Gläubiger (<ref-ruling> E. 5; <ref-ruling> E. 3.1).
2.5.3 Die Vorinstanz bejahte vor diesem Hintergrund eine den Art. 287 Abs. 1 und <ref-law> zugrunde liegenden Rechtshandlung, welche Vermögenswerte der "E._ AG" der Zwangsvollstreckung zugunsten der Beschwerdeführerin entziehen sollte (angefochtenes Urteil, S. 11 f.). Die Eröffnung des Strafverfahrens erfolgte aufgrund der Sicherstellung der internen Zusatzvereinbarung zwischen der Beschwerdeführerin und D._, wonach das Grundstück aus den Büchern und einer allfälligen Konkursmasse entfernt werden sollte. Zudem gab der Schuldner die Liegenschaft zum blossen Zweck der Tilgung einer Forderung der Beschwerdeführerin hin. Es ist nicht unhaltbar, dass die Vorinstanz aus diesen Gründen die Ursache der Strafverfahrenseröffnung der Beschwerdeführerin zuschreibt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt unbegründet.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz. Diese habe bei ihrem Rückweisungsentscheid an das Kantonale Untersuchungsrichteramt betreffend Aufrechterhaltung der Grundbuchsperre über die Liegenschaft übersehen, dass diese Grundbuchsperre bereits teilweise aufgehoben wurde. Ferner bestehe keinerlei Notwendigkeit, die Verfahrenskosten in Höhe von Fr. 5'245.-- mit einer Grundbuchsperre zu sichern. Es sei auch nicht ersichtlich, weshalb die Vorinstanz keinen Sachentscheid gefällt habe (Beschwerde, S. 8 f.).
3.2 Die Vorinstanz beanstandet die Auffassung des Kantonalen Untersuchungsrichteramtes, wonach die vorläufige Sicherungsmassnahme der Grundbuchsperre auch über die Einstellung des Strafverfahrens hinaus Geltung haben soll. Wenn ein Untersuchungsrichter ein Strafverfahren einstelle, müsse er auch abschliessend über die strafprozessual angeordnete Beschlagnahme entscheiden. Die Vorinstanz weist deshalb das Kantonale Untersuchungsrichteramt an, über die im Strafverfahren gegen die Beschwerdeführerin angeordnete Grundbuchsperre zu entscheiden (angefochtenes Urteil, S. 15 f.).
3.3 Was die Beschwerdeführerin gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz einwendet, erschöpft sich in einer appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil, die für die Begründung einer willkürlichen Feststellung des Sachverhalts nicht genügt. Es ist zwar zutreffend, dass das Kantonale Untersuchungsrichteramt am 9. Januar 2009 eine Teil-Aufhebung der Grundbuchsperre, nämlich über 327 m2 der insgesamt 1000 m2, verfügt hat. Es ist allerdings nicht ersichtlich, was die Beschwerdeführerin hieraus zu ihren Gunsten ableiten könnte.
Ebensowenig begründet die Beschwerdeführerin, weshalb keine Notwendigkeit bestehe, die Verfahrenskosten mittels Grundbuchsperre zu sichern. Aus welchen Gründen die Vorinstanz gestützt auf ihre Stellung als oberste Aufsichtsinstanz in der Sache selbst entscheiden müsste, lässt sie gleichermassen offen.
Die Ausführungen der Beschwerdeführerin sind insgesamt nicht geeignet, eine willkürliche Anwendung kantonalen Prozessrechts durch die Vorinstanz darzutun. Denn für die Begründung von Willkür genügt praxisgemäss nicht, dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung der Beschwerdeführerin nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre (Urteil des Bundesgerichts 6P.180/2004 vom 13. März 2005 E. 4.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang ist das Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos geworden. Die bundesgerichtlichen Kosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller