Sachverhalt:
A. X._ verlangte mit Strafklage vom 14. Mai 2008, Y._ wegen Hausfriedensbruchs im Sinne von <ref-law> zu verfolgen. Sie warf ihm vor, am 26. April 2008 zwei Kinder veranlasst zu haben, in den umfriedeten Garten ihrer Liegenschaft A._ einzudringen, obwohl er nicht berechtigt gewesen sei, diesen Garten zu betreten.
Das Amtsstatthalteramt Luzern stellte die Strafuntersuchung gegen Y._ am 12. September 2008 ein.
Die Kriminal- und Anklagekommission des Luzerner Obergerichts wies den Rekurs von X._ gegen die Verfahrenseinstellung am 6. Januar 2009 ab. Sie erwog, es sei nicht rechtsgenüglich erstellt, dass der wie X._ in der Liegenschaft A._ wohnhafte Y._ keinerlei Berechtigung gehabt habe, die fragliche Wiese zu betreten. Auch wenn er keine allgemeine Zutrittsberechtigung gehabt habe, so sei trotz des zwischen X._ und Y._ bestehenden "persönlichen und mietrechtlichen Streits" jedenfalls kein ausdrückliches Betretungsverbot ausgesprochen worden. Nach der Aktenlage müsse davon ausgegangen werden, dass Y._ aus nachbarlicher Sorge die Kinder angehalten habe, die von ihnen auf die Wiese geworfenen Steine wieder einzusammeln. Für diese Aktion habe er von der mutmasslichen Einwilligung der Eigentümerin ausgehen dürfen.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, die Entscheide der Kriminal- und Anklagekommission und des Amtsstatthalteramts aufzuheben, sie als Privatklägerin anzuhören, untersuchungsrichterliche Befragungen durchzuführen und sie daran zu beteiligen sowie Y._ dem zuständigen Gericht zu überweisen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin ist sich bewusst, dass sie als Privatklägerin nicht berechtigt ist, die Verfahrenseinstellung in der Sache anzufechten (<ref-ruling> E. 2). Sie macht indessen geltend, es seien die ihr als Partei zustehenden, verfassungsmässigen Anhörungs- und Mitwirkungsrechte verletzt worden. Dazu ist sie befugt (<ref-ruling> E. 6.2 S. 198; <ref-ruling> E. 1.1).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Amtsstatthalteramt hätte sich nicht mit polizeilichen Vorabklärungen begnügen dürfen, an denen sie nicht habe teilnehmen können. Es wäre vielmehr verpflichtet gewesen, sie anzuhören, den Angeschuldigten zu befragen und die Auskunftspersonen als Zeugen einzuvernehmen und ihr Gelegenheit einzuräumen, an diesen Beweiserhebungen mitzuwirken. Mit dem Unterlassen eigener Untersuchungshandlungen habe das Amtsstatthalteramt sowohl gegen § 68 der Luzerner Strafprozessordnung vom 3. Juni 1957 (StPO/LU) verstossen als auch ihr rechtliches Gehör verletzt.
2.2 Der Amtsstatthalter hat die Strafklage der Beschwerdeführerin entgegengenommen und sich, wie sein Einstellungsentscheid zeigt, mit den darin erhobenen Vorwürfen eingehend beschäftigt. Damit hat er ihren Gehörsanspruch gewahrt. Es bestand für ihn keine verfassungsrechtliche Verpflichtung, sie auch noch mündlich anzuhören. Er hat die Untersuchung gestützt auf die Strafklage und die polizeilichen Vorabklärungen eingestellt, ohne eigene Untersuchungshandlungen vorzunehmen. Die Beschwerdeführerin rügt nicht, dieses Vorgehen beruhe auf einer willkürlichen Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts, was dementsprechend nicht zu prüfen ist (<ref-law>). Die angerufenen, in <ref-law> verankerten Verfahrensrechte geben ihr als Partei zwar den Anspruch, an den Untersuchungshandlungen des Amtsstatthalters - insbesondere an den Befragungen der Zeugen und des Angeschuldigten - teilzunehmen und Ergänzungsfragen zu stellen. Ob solche Beweise erhoben werden müssen, ergibt sich dagegen allein daraus, ob dies für die Abklärung des Tatverdachts im Hinblick auf die Weiterführung des Verfahrens durch Anklageerhebung oder auf dessen Einstellung erforderlich ist. Dieser Entscheid liegt im pflichtgemässen Ermessen des Amtsstatthalters. Aus <ref-law> ergibt sich nicht, ob der Untersuchungsrichter eine bestimmte Untersuchungshandlung - z.B. eine Zeugenbefragung - durchführen muss, sondern nur, wie er dabei vorzugehen hat. Die sinngemäss erhobene Rüge, der Amtsstatthalter habe <ref-law> verletzt, indem er keine eigene Untersuchungshandlungen vorgenommen habe, ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, Kriminal- und Anklagekommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi