Sachverhalt:
A. Die X._ AG, Schaffhausen, strebte als Mehrheitsaktionärin der Y._ AG, Zug, deren vollständige Übernahme an und unterbreitete daher deren Minderheitsaktionären am 31. August 2006 ein öffentliches Kaufangebot über Fr. 150.-- für jede Namenaktie mit Fr. 20.-- Nennwert. Nach Vollzug des Angebots hielt die X._ AG direkt und indirekt insgesamt 92,8 % des Aktienkapitals und der Stimmrechte der Y._ AG.
Am 15. Dezember 2006 schloss die Z._, Schaffhausen, eine hundertprozentige Tochterfirma der X._ AG, einen Fusionsvertrag mit der Y._ AG. Darin wurde vereinbart, dass die Z._ im Rahmen einer Absorptionsfusion die Y._ AG übernimmt und deren Minderheitsaktionäre für jede Namenaktie mit Fr. 20.-- Nennwert eine Abfindung von Fr. 150.-- erhalten, welche die X._ AG bezahlt. Nachdem die Generalversammlungen der Vertragsparteien der Fusion zugestimmt hatten, wurde diese am 1. Februar 2007 im Schweizerischen Handelsamtsblatt veröffentlicht.
B. B.a Am 27. März 2007 klagten A._ (Kläger 1), Stuttgart, B._ (Kläger 2), Mainbernheim, und weitere Personen beim Kantonsgericht Schaffhausen gegen die Z._ (Beklagte 1) und die X._ AG (Beklagte 2) auf eine angemessene Erhöhung der Abfindung für ausgeschiedene Minderheitsaktionäre der früheren Y._ AG gemäss Art. 105 Abs. 1 des Bundesgesetzes über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung vom 3. Oktober 2003 (Fusionsgesetz, FusG, SR 221.301). Als minimale Ausgleichszahlung verlangten die Kläger von den Beklagten pro entzogene Aktie Fr. 50.--, d.h. Fr. 44'600.-- für den Kläger 1 und Fr. 43'150.-- für den Kläger 2.
Das Kantonsgericht überwies die Klage an das Friedensrichteramt der Stadt Schaffhausen, welches nach erfolglosem Sühneverfahren am 29. August 2007 die Weisung an das Kantonsgericht ausstellte.
Mit Statutenänderung vom 30. März 2007 änderte die Z._ ihre Firma in X._ Finanz AG.
B.b Mit Verfügung vom 26. November 2007 verpflichtete der Vorsitzende der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts die Kläger 1 und 2, je einen Gerichtskostenvorschuss von Fr. 4'000.--zu leisten.
Einen gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs der Kläger 1 und 2 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 23. Januar 2009 ab.
C. Die Kläger (Beschwerdeführer) erhoben Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, den Entscheid des Obergerichts vom 23. Januar 2009 aufzuheben und die Vorinstanzen anzuweisen, das Überprüfungsverfahren nach <ref-law> fortzusetzen, ohne von den Klägern Kostenvorschüsse zu erheben.
Die Beklagten (Beschwerdegegnerinnen) schlossen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Obergericht stellte bezüglich der Beschwerde keinen Antrag.
Der Fall wurde in öffentlicher Sitzung beraten.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1).
1.2 Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab und ist daher als selbständig eröffneter Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Gegen einen solchen Zwischenentscheid ist die Beschwerde in Zivilsachen - abgesehen vom hier nicht gegebenen Ausnahmefall gemäss <ref-law> - nur zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1; je mit Hinweisen).
1.3 Unter der Geltung des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) nahm das Bundesgericht an, eine Aufforderung zur Leistung eines Kostenvorschusses verbunden mit der Androhung, dass im Säumnisfall auf die Klage bzw. das Rechtsmittel nicht eingetreten wird, führe zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne Art. 87 OG (<ref-ruling> E. 1.2 S. 403; 77 I 42 E. 2 S. 46; je mit Hinweisen). Da der Gesetzgeber die Regelung von Art. 87 OG für die neurechtlichen Beschwerdeverfahren übernehmen wollte (<ref-ruling> E. 2.1 S. 190 f., mit Hinweis), hat diese Rechtsprechung auch für <ref-law> zu gelten (FELIX UHLMANN, in: Basler Kommentar zum BGG, 2007, N. 5 zu <ref-law>; BERNARD CORBOZ, in: Bernard Corboz und andere [Hrsg.], Commentaire de la LTF, 2009, N. 15 zu <ref-law>). Demnach ist im vorliegenden Fall die Voraussetzung des nicht wieder gutzumachenden Nachteils erfüllt.
1.4 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>). Der Streitwert bestimmt sich bei Beschwerden gegen Vor- und Zwischenentscheide nach den Begehren, die vor der Instanz streitig sind, wo die Hauptsache hängig ist (<ref-law>). Das Rechtsbegehren in der Hauptsache lautet vorliegend auf Bezahlung einer Ausgleichszahlung gemäss <ref-law>. Bei solchen Klagen hat das Urteil Wirkung für alle Gesellschafter des beteiligten Rechtsträgers, sofern sie sich in der gleichen Rechtsstellung wie der Kläger befinden (<ref-law>). Zufolge dieser Erstreckung der Urteilswirkung auf nicht klagende Gesellschafter bemisst sich der Streitwert aus Sicht der beklagten Gesellschaft. Als Streitwert gilt somit der Betrag, den diese im Fall ihres Unterliegens sämtlichen Gesellschaftern zu bezahlen hätte (Urteil 4A_440/2007 vom 6. Februar 2008 E. 1.1.2, nicht publiziert in BGE <ref-ruling>). Da die Beschwerdeführer bereits für sich Fr. 44'600.-- bzw. Fr. 43'150.-- verlangen, wird der erforderliche Streitwert offensichtlich erreicht.
1.5 Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.6 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur vorgebracht werden, soweit der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Soweit die Beschwerdeführer in ihrer Beschwerde von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichen, ohne substanziiert Ausnahmen von der Sachverhaltsbindung gemäss <ref-law> geltend zu machen oder Tatsachen vorbringen, welche im angefochtenen Urteil keine Stütze finden, haben ihre Vorbringen unbeachtet zu bleiben.
2.1 2.1.1 Das Fusionsgesetz geht vom Grundsatz der mitgliedschaftlichen Kontinuität aus. Demnach haben bei Fusionen die Gesellschafter der übertragenden Gesellschaft Anspruch auf Anteils- oder Mitgliedschaftsrechte an der übernehmenden Gesellschaft, die ihren bisherigen Anteils- oder Mitgliedschaftsrechten entsprechen (<ref-law>). Der Grundsatz der mitgliedschaftlichen Kontinuität wird allerdings eingeschränkt. So können die an der Fusion beteiligten Gesellschaften im Fusionsvertrag den Gesellschaftern ein Wahlrecht zwischen Anteils- oder Mitgliedschaftsrechten und einer Abfindung zugestehen oder bestimmen, dass nur eine Abfindung ausgerichtet wird (<ref-law>). Im letztgenannten Fall bedarf der Fusionsbeschluss der Zustimmung von mindestens 90 Prozent der stimmberechtigten Gesellschafter der übertragenden Gesellschaft (<ref-law>).
2.1.2 Geht bei einer Fusion ein ausgeschlossener Gesellschafter davon aus, die Abfindung sei nicht angemessen, kann er innerhalb von zwei Monaten nach der Veröffentlichung des Fusionsbeschlusses verlangen, dass das Gericht die Anteils- und Mitgliedschaftsrechte überprüft und eine angemessene Ausgleichszahlung festsetzt (<ref-law>). Diese so genannte Überprüfungsklage dient der wirtschaftlichen Korrektur einer Verletzung des Prinzips der Kontinuität der Mitgliedschaft (FELIX C. MEIER-DIETERLE, in: Zürcher Kommentar zum Fusionsgesetz, 2004, N. 1 zu <ref-law>; BÜRGI/GLANZMANN, in: Baker & McKenzie [Hrsg.], Fusionsgesetz, 2003, N. 1 zu <ref-law>). Aktivlegitimiert sind Personen, die durch einen den Grundsatz der mitgliedschaftlichen Kontinuität missachtenden Transaktionsbeschluss in ihrer Stellung als Gesellschafter beeinträchtigt wurden (AMSTUTZ/MABILLARD, Fusionsgesetz [FusG], Kommentar, 2008, N. 18 zu <ref-law>; BÜRGI/GLANZMANN, a.a.O., N. 14 zu <ref-law>; DIETER DUBS, in: Basler Kommentar, Fusionsgesetz, 2005, N. 41 zu <ref-law>). Gemäss <ref-law> wirkt das Urteil für alle Gesellschafter in der gleichen Rechtsstellung wie die klagende Partei. Damit wollte der Gesetzgeber verhindern, dass alle Gesellschafter einzeln eine Klage einreichen müssen (MEIER-DIETERLE, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>). <ref-law> sieht vor, dass der übernehmende Rechtsträger die Kosten des Verfahrens trägt, wobei das Gericht die Kosten ganz oder teilweise den Klägern auferlegen kann, wenn besondere Umstände es rechtfertigen. Gemäss dieser Regelung werden - entsprechend <ref-law> - die Kosten grundsätzlich der beklagten Partei auferlegt, was den Gesellschaftern erlauben soll, eine Überprüfungsklage zu erheben, wenn sie legitime Gründe dazu haben, ohne dass sich die voraussichtlichen Prozesskosten prohibitiv auswirken (Botschaft zum Fusionsgesetz vom 13. Juni 2000, BBl 2000, S. 4337 ff., 4488; MATTHIAS AMMANN, Die Verletzung der Kontinuität der Anteils- und Mitgliedschaftsrechte und deren Ausgleichung nach Art. 105 Fusionsgesetz, 2007, S. 190 Rz. 353). Besondere Gründe im Sinne von <ref-law> sind namentlich zu bejahen, wenn die Klage offensichtlich unbegründet ist und sich der Kläger dessen hätte bewusst sein müssen, oder wenn er die Klage böswillig erhoben hat, um eine Gesellschaft zu erpressen oder ihr zu schaden (Botschaft, a.a.O., S. 4488; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, S. 428 Rz. 263; Ammann, a.a.O., S. 192 Rz. 358 mit weiteren Hinweisen).
2.1.3 In der Lehre wird die Meinung vertreten, <ref-law> verbiete, Kostenvorschüsse oder Kautionen zu verlangen, wenn nicht bereits bei Klageeinreichung ersichtlich sei, dass besondere Umstände erlaubten, der klagenden Partei im Fall ihres Unterliegens Kosten aufzuerlegen (MEIER-DIETERLE, a.a.O., N. 35 zu <ref-law>; vgl. auch PIERA BERETTA, Strukturanpassungen, SPR VIII/8, 2006, S. 171; RASHID BAHAR, in: Commentaire LFus, Henry Peter/Rita Trigo Trindade [Hrsg.], 2005, N. 38 zu <ref-law>; Jean-Luc Chenaux, La protection des actionnaires et associés dans les fusions d'entreprises, in: Coopération et fusion d'entreprises, Mathieu Blanc/Laure Dallèves [Hrsg.], 2005, S. 101 ff., 148).
2.2 In Übereinstimmung mit dieser Lehrmeinung ging das Obergericht davon aus, von den Beschwerdeführern könne ein Vorschuss nur verlangt werden, wenn hinreichend klar sei, dass ihnen die Kosten aufgrund besonderer Umstände im Sinne von <ref-law> auferlegt werden könnten. Da im derzeitigen Verfahrensstadium - ohne zumindest vorläufige Beurteilung der Hauptfrage - nicht gesagt werden könne, die Klage sei offensichtlich unbegründet, lasse sich der Kostenvorschuss nicht mit dieser Begründung rechtfertigen. Die Beschwerdeführer hätten jedoch nicht in Abrede gestellt, mit der Durchführung von bzw. der Beteiligung an verschiedenen Klagen ein "Geschäftsmodell" zu verfolgen, bei welchem sie in börsenkotierte Gesellschaften investierten, deren vollständige Übernahme zu einer vom Mehrheitsaktionär festgelegten Abfindungszahlung geplant war, um darauf zu spekulieren, dass diese Abfindung auf Klage nach <ref-law> erhöht werde. Die Beschwerdeführer hätten ihre Aktien erst nach Veröffentlichung des Kaufangebots der Beschwerdegegnerin 2 erworben, als bekannt war, dass gegebenenfalls eine Abfindungsfusion stattfinden werde. Sie seien somit erst während des Übernahmeverfahrens in der Absicht Aktionäre geworden, im Rahmen der Abfindungsfusion einen zusätzlichen Wertausgleich zu erhalten. Auch wenn dieser Ausgleich auch anderen Aktionären zugutekomme, gehe es ihnen um den möglichen eigenen Profit für ihr kurzfristiges Engagement, das praktisch risikolos sei, weil es im Bereich des garantierten Angebotspreises liege. Für ein derartiges systematisches, von Anfang an auf potentielle Aufbesserung der Investition ausgerichtetes Vorgehen sei der prozessuale Kostenschutz gemäss <ref-law> nicht geschaffen. Daher sei von besonderen Umständen auszugehen, die - jedenfalls im Rahmen des persönlichen Interesses der Beschwerdeführer und in diesem Sinn auf einen Teil des Gesamtstreitwerts beschränkt - im Grundsatz eine Kostenverlegung nach dem Unterliegerprinzip rechtfertigten. Insoweit könnte von ihnen ein entsprechender Kostenvorschuss verlangt werden.
2.3 Die Beschwerdeführer wenden ein, die Legitimität von Klagen nach <ref-law> werde weder durch den Zeitpunkt des Aktienerwerbs noch durch die Anzahl der vom Kläger betriebenen Verfahren oder den daraus abgeleiteten Vorwurf eines "Berufsklägertums" berührt. Da sogar die Klage eines Gesellschafters zulässig sei, der die Anteils- oder Mitgliedschaftsrechte erst nach dem Übernahmebeschluss der Generalversammlung erworben habe, könne ein Anteilserwerb während des vorgängigen Übernahmeverfahrens die Legitimität einer Klage nicht beeinträchtigen. Die Beschwerdeführer seien als sachverständige Personen besser in der Lage als "Zufallskläger", die Legitimität von Klagen richtig einzuschätzen. Dass sachkundige Aktionäre gemäss <ref-law> Klagen ohne Kostenrisiko erheben könnten, liege im Interesse der übrigen Minderheitsaktionäre und entspreche dem vom Gesetzgeber verfolgten Schutzzweck. Es trage wesentlich zu einem wirksamen Minderheitenschutz bei, gemäss deutscher Praxis Sachverständige und gegebenenfalls erst im Übernahmeverfahren einsteigende Minderheitsaktionäre vor Kostenfolgen zu schützen. Der Vorwurf des "Berufsklägertums" sei insoweit unbegründet, als die Beschwerdeführer Vollzeitberufe an der Universität ausübten und ihnen für aktienrechtliche Verfahren nur ihre Freizeit zur Verfügung stehe.
2.4 <ref-law> will Gesellschaftern, welche ihre Gesellschafterstellung in Verletzung des Prinzips der Kontinuität der Mitgliedschaft verloren haben, zum wirtschaftlichen Ausgleich erlauben, die Angemessenheit der Abfindungszahlung grundsätzlich ohne Kostenrisiko gerichtlich überprüfen zu lassen. Der Schutzzweck dieser Regelung kommt damit nicht zum Tragen, wenn ein Kläger seine Aktien in Kenntnis der vorgesehenen Abfindung kauft, weil er dann wirtschaftlich betrachtet nur das Recht auf die Abfindung und nicht eine Gesellschafterstellung erwirbt, welche ihm durch die Fusion entzogen werden könnte. So verhält es sich im vorliegenden Fall. Die Beschwerdeführer haben gemäss den für das Bundesgericht verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen ihre Aktien im Rahmen des Übernahmeverfahrens in Kenntnis der vom Mehrheitsaktionär festgelegten Abfindungszahlung gekauft, weshalb die Kostenregelung in <ref-law> gemäss ihrem Zweck nicht zur Anwendung kommt. Damit kann offenbleiben, ob besondere Umstände eine eingeschränkte Anwendung von <ref-law> hätten rechtfertigen können. Nach dem Gesagten ist den Beschwerdeführern durchaus zuzumuten, bezüglich ihrer Überprüfungsklagen ein Kostenrisiko zu tragen. Daran vermag nichts zu ändern, dass diese Klagen Wirkung für alle Gesellschafter in der gleichen Rechtsstellung wie die Beschwerdeführer haben, erhoben sie doch die als Individualrecht ausgestalteten Klagen im eigenen Interesse. Die Vorinstanz hat demnach kein Bundesrecht verletzt, wenn sie von den Beschwerdeführern für den Fall ihres Unterliegens einen ihrem persönlichen Interesse entsprechenden Kostenvorschuss verlangte.
3. Gemäss der vorstehenden Erwägung ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit insgesamt Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. September 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Gelzer