Fatti :
A.- Con atti 8 giugno 1994 e 1° giugno 1995 la Federazione ticinese delle casse malati, ora Federazione ticinese degli assicuratori malattia (FTAM), ha censurato il dott. E._ di ineconomicità delle cure prestate negli anni 1992 e 1993.
Essendo fallita la procedura di conciliazione, il 27 febbraio 1997 le casse malati, rappresentate dalla FTAM, hanno inoltrato al Tribunale arbitrale in materia di assicurazione contro le malattie e gli infortuni del Cantone Ticino una petizione in cui hanno chiesto l'accertamento della violazione, da parte del dott. E._, del precetto del trattamento economico negli anni 1992 e 1993 e, di conseguenza, la condanna di quest'ultimo alla restituzione di fr. 42'049. 39 per il 1992 e di fr. 37'506. 42 per il 1993, in applicazione della soglia di ineconomicità fissata all'indice 140.
Il convenuto ha negato di aver operato in modo non economico, sostenendo, pur senza contestare la validità del metodo statistico in quanto tale, che la sua collocazione nel gruppo 20/70, riferito alla fisiatria e reumatologia, era improponibile. Ha poi dichiarato di non approvare l'applicazione dell'indice 140, ritenuto che non vi era alcun motivo di scostarsi dalla soglia di antieconomicità 150 vigente nel Cantone Ticino.
Terminati lo scambio di allegati e l'istruttoria, con giudizio 20 agosto 1999 l'autorità arbitrale ha parzialmente accolto la petizione delle casse, condannando il convenuto a restituire l'importo complessivo di fr. 17'531. 15 (fr. 9'735. 75 per il 1992 e fr. 7'795. 38 per il 1993), da ripartire in misura proporzionale fra le attrici. I giudici cantonali non hanno aderito alla richiesta delle casse intesa a diminuire la soglia di ineconomicità da 150 a 140.
B.- Contro il giudizio cantonale sia il dott. E._, assistito dall'avv. Gabriele Ferrari, che le casse, sempre rappresentate dalla FTAM e patrocinate dall'avv. Mario Molo, interpongono ricorso di diritto amministrativo. Il dott. E._ postula l'annullamento della pronunzia arbitrale e il rinvio dell'incarto all'istanza precedente per l'assunzione delle prove richieste e non ammesse, con esonero o riduzione dell'importo richiesto dalle casse. Da parte loro queste ultime chiedono l'annullamento della pronunzia arbitrale e la condanna del dott. E._ al pagamento dell'importo di fr. 79'555. 81, valutato in base ad una soglia di ineconomicità fissata a 140. Dei motivi invocati dai ricorrenti si dirà, per quanto occorra, nei considerandi di diritto.
Negli allegati di risposta le controparti propongono la reiezione dei rispettivi gravami, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.

Diritto :
1.- I due ricorsi concernono fatti di uguale natura e propongono gli stessi temi di diritto per cui si giustifica la congiunzione delle cause e la resa di una sola sentenza.
2.- La presente vertenza concerne il controllo dell'economicità delle cure prestate da un medico e non già l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative. Il Tribunale federale delle assicurazioni deve pertanto limitarsi ad esaminare se il contestato giudizio abbia violato il diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere d'apprezzamento, oppure se l'accertamento dei fatti operato dall'autorità arbitrale sia manifestamente inesatto, incompleto od avvenuto violando norme essenziali di procedura (art. 132 OG in relazione con gli art. 104 lett. a e b e 105 cpv. 2 OG; cfr. <ref-ruling> consid. 1).
In tali limiti, questa Corte procede ad un esame d'ufficio (<ref-ruling> consid. 1 in fine), senza essere vincolata dai motivi invocati dalle parti (art. 114 cpv. 1 in relazione con l'art. 132 OG), potendo altresì ammettere o respingere un gravame indipendentemente dalle censure ricorsuali addotte o dalle ragioni considerate dalla prima istanza (<ref-ruling> consid. 1b, 442 consid. 1a e rinvii).
3.- Malgrado dal 1° gennaio 1996 sia entrata in vigore la nuova Legge federale sull'assicurazione malattie (LAMal), nella fattispecie torna applicabile il diritto previgente (LAMI), e meglio in virtù del principio giurisprudenziale secondo il quale fa stato il disciplinamento legale in vigore al momento in cui si è realizzata la fattispecie giuridicamente rilevante (cfr. <ref-ruling> consid. 1; RAMI 1999 n. K 994 pag. 321 consid. 2), in concreto l'attività professionale del dott. E._ negli anni 1992 e 1993.
4.- Nella querelata pronunzia la precedente istanza ha già compiutamente indicato l'ordinamento legale e giurisprudenziale attinente all'oggetto materiale della lite, ossia il controllo dell'economicità dei trattamenti medici giusta l'art. 23 LAMI. Ha segnatamente illustrato contenuti e presupposti del metodo statistico quale mezzo di prova di polipragmasia riconosciuto dalla giurisprudenza (cfr. <ref-ruling> consid. 4a-d e riferimenti; SVR 1995 KV n. 40 pag. 125; RAMI 1999 n. K 994 pag. 322 consid. 4 e 1988 n. K 761 pag. 92; sentenze 23 gennaio 1998 in re M., K 129/95, 11 luglio 1996 in re C., K 39/95 - riassunta in CAMS Actuel 1996 n. 9 pag. 138 -, 14 dicembre 1995 in re W., K 45/95, e 29 ottobre 1993 in re S., K 101/92).
A questa esposizione può essere prestata adesione, non senza ribadire che il Tribunale federale delle assicurazioni non ha motivo di rivedere la sua giurisprudenza relativa al metodo statistico.
5.- a) Con il loro gravame le casse contestano il giudizio cantonale rimproverando ai primi giudici di non aver ammesso la riduzione dell'indice della soglia di ineconomicità da 150 a 140. Asseriscono che l'indice cantonale ticinese, passato da 120 dapprima a 140 per poi fissarsi a 150, costituisce un livello estremamente alto e di dubbia conformità al diritto federale. Argomentano inoltre che l'indice 150 ha soprattutto motivazioni che non riguardano l'art. 23 LAMI, essendo stato accettato e inserito all'art. 4 del regolamento relativo alla procedura di verifica della economicità delle cure sottoscritto dall'Ordine dei medici del Cantone Ticino (OMCT) e dalla Federazione ticinese delle casse malati (FTCM, ora FTAM) il 3 aprile 1990, affinché l'autorità arbitrale fosse in grado di evadere sollecitamente i procedimenti da troppo tempo pendenti. Le casse contestano poi l'affermazione del dott. E._ secondo cui egli non potrebbe essere paragonato ai medici del gruppo riferito alla fisiatria e reumatologia, in quanto praticherebbe cure omeopatiche e il trattamento manipolativo della colonna vertebrale. Le ricorrenti concludono precisando che il prontuario medico non prevede alcuna posizione specifica per l'omeopatia che, come tale, non rientra nelle prestazioni coperte dall'assicurazione base.
b) Da parte sua il dott. E._ fa valere nel suo gravame una violazione del diritto di essere sentito perché i primi giudici non si sarebbero determinati sui mezzi di prova richiesti. Sostiene inoltre - malgrado non abbia contestato, in linea di principio, la liceità del metodo statistico, ma la sua concreta applicazione nel caso di specie - di essere stato erroneamente collocato nel gruppo 20/70, atteso che esercita un'attività medica notoriamente differente da quella dei suoi colleghi. Chiede pertanto di essere tolto dal gruppo di appartenenza al quale è stato assegnato ai fini statistici e di poter beneficiare, per tale fatto, dell'esonero o di una riduzione dell'importo richiesto dalle casse.
6.- In primo luogo va esaminata la richiesta delle casse volta a ridurre l'indice della soglia di ineconomicità da 150 a 140.
a) Per essere compatibile con il principio costituzionale della parità di trattamento un cambiamento di giurisprudenza deciso da un'autorità giudiziaria deve fondarsi su motivi oggettivi, quali una conoscenza più approfondita dell'intenzione del legislatore, la modifica delle circostanze esterne o un cambiamento della concezione giuridica (<ref-ruling> consid. 6a, 387 consid. 4c e riferimenti).
b) L'art. 4 del già citato regolamento 3 aprile 1990 relativo alla procedura di verifica della economicità delle cure concluso fra l'OMCT e la FTCM, ora FTAM, dispone che i medici che raggiungono o superano l'indice 150 vengono segnalati alla Commissione paritetica che procederà come stabilito nella convenzione sottoscritta dalle parti interessate, di stessa data, agli art. da 6.1. a 7.2. Tale procedura prevede la convocazione del medico (art. 6.5.), una proposta di rifusione (art. 6.6.), l'apertura dell'esperimento di conciliazione (art. 6.7.) e infine - in assenza di accordo - il ricorso al Tribunale arbitrale (art. 7.2.).
c) Dagli atti emerge che l'8 giugno 1994 e il 1° giugno 1995 la FTCM aveva notificato al dott. E._ una segnalazione di sospetta ineconomicità delle cure prestate negli anni 1992 e 1993, calcolando l'importo da rimborsare in base all'indice 150.
Le casse durante l'intera procedura di verifica della sospetta ineconomicità delle cure mai avevano palesato all'interessato l'intenzione di applicargli l'indice 140. Solo con la petizione 27 febbraio 1999 hanno chiesto la restituzione della parte eccedente tale indice.
Ora, nel Cantone Ticino la soglia di ineconomicità è lievitata con gli anni - per motivi sostanzialmente connessi ad una specifica realtà socio-culturale cantonale, che si compendia in una domanda sanitaria accresciuta -, fissandosi per convenzione tra OMCT e FTCM all'indice 150. Questo limite tiene conto in termini pragmatici delle molteplici peculiarità che, se analizzate caso per caso secondo il metodo analitico, porterebbero a dilatazioni istruttorie incompatibili, sia per ragioni temporali che di costi, con l'obbligo di celerità che deve caratterizzare la trattazione delle cause. Detto altrimenti, l'indice 150 consente in linea di principio di evitare istruttorie defatiganti, anche se "prima facie" esso appare nel confronto intercantonale particolarmente favorevole ai medici ticinesi. Infatti, questa Corte ha già avuto modo di affermare che gli indici 120, 125 e 130 erano adeguati (sentenze 30 luglio 2001 in re A., K 50/00, consid. 4b/aa, e 29 giugno 2001 in re M., K 9/99, consid. 6b).
d) Per poter modificare la prassi - applicata in regime convenzionale da oltre una decina d'anni dall'autorità arbitrale cantonale, conformemente alla volontà delle parti interessate (OMCT e FTCM risp. FTAM) - le casse avrebbero dovuto portare tempestivamente a conoscenza dell'interessato, in modo chiaro ed inequivocabile già durante la procedura di conciliazione, che era loro intenzione ridurre l'indice di ineconomicità da 150 a 140. Questa procedura non è stata attuata: infatti, prima dell'inoltro della petizione, le casse mai hanno manifestato la loro intenzione di ridurre l'indice 150, peraltro stabilito concordemente dalle parti all'art. 4 del regolamento, portandolo a 140. Simile modus operandi non ha consentito al medico interessato di avere la tempestiva e necessaria conoscenza della gravità che tale decisione poteva avere nei suoi confronti.
Va pure rilevato che l'argomentazione delle casse - a giustificazione della loro richiesta di riduzione - appare quantomeno speciosa quando asseverano di essere libere, secondo il regolamento, di fissare la misura della domanda di rifusione dei costi della ineconomicità delle cure. A torto. Infatti, non si sono avvedute che la norma cui si riferiscono non è applicabile per il periodo qui entrante in linea di conto (1992 e 1993), in quanto è solo in virtù del regolamento 25 aprile 1996, in particolare del suo art. 3, che alle casse è permesso di modificare l'indice 150, tuttavia a condizione che il medico ne venga a conoscenza nella fase procedurale preventiva alla presentazione della petizione.
e) Le casse asseverano altresì che l'indice 150 non è un dogma, che il Cantone Ticino, a livello svizzero, si trova ai primi posti sia per la cifra d'affari media per medico che per i costi della medicina ambulatoriale per medico e per assicurato e che una riduzione dell'indice si impone anche dal profilo preventivo, "tenuto conto che il settore ambulatoriale è quello più inflazionistico dei costi".
Orbene, se per un verso le citate esigenze di politica sanitaria possono avere una giustificazione dal profilo della politica del diritto, d'altro canto la loro attuazione presuppone però che le parti (OMCT e FTAM) modifichino in senso convergente la relativa piattaforma regolamentare.
Ne consegue che, sulla base della normativa vigente nel 1992 e 1993, nel caso di specie non vi è motivo di scostarsi dall'indice 150 fissato convenzionalmente per definire la soglia di ineconomicità delle cure.
7.- Sulla questione della classificazione del dott.
E._, di natura pregiudiziale ai fini dell'esame dell'economicità degli interventi da lui dispensati, vi è disputa tra le parti. Mentre il medico è d'avviso che decisiva sia l'attività effettivamente svolta, le casse ritengono, a giusto titolo, che determinante sia la specializzazione
FMH.
Risulta ora dagli atti che l'interessato è attivo dal 1985 come medico specialista in fisiatria, riabilitazione e reumatologia. A suo dire, comunque, egli dalla fine del 1991 praticherebbe quasi esclusivamente la medicina omeopatica ed il trattamento chiropratico.
Orbene, un medico non può pretendere di far parte di un determinato gruppo o di avere una nuova specializzazione senza però dimostrare che tale specializzazione sia stata riconosciuta e che egli ne ossequi i requisiti formali. In concreto, il dott. E._ si è limitato ad affermare che dal 1991 esercita quasi esclusivamente secondo principi omeopatici. Ne consegue che ai fini del presente giudizio non sussiste motivo per non ritenerlo quale medico appartenente al gruppo 20/70.
8.- a) Le argomentazioni ricorsuali del dott. E._ - volte a dimostrare che le statistiche relative agli anni 1992 e 1993 sono errate, in quanto cinque medici del gruppo di riferimento o non eserciterebbero più, o eserciterebbero a tempo parziale, o farebbero parte del gruppo solo a partire dal 1994 - sono inconferenti. Infatti, per la giurisprudenza già bastano tre medici per effettuare il confronto secondo il metodo statistico (RJAM 1982 n. 505 pag. 211). Nel caso di specie i medici entranti in linea di conto nel 1992 - quand'anche si accettassero le argomentazioni dell'interessato, peraltro oggettivamente contestate dalle casse - sono cinque (dieci meno i cinque contestati) e nel 1993 sono almeno quattro.
b) Il dott. E._ fa valere pure la violazione del diritto di essere sentito, in particolare il rifiuto dell'assunzione di prove rilevanti che avrebbero potuto dimostrare l'economicità del suo operato.
Per costante giurisprudenza, dal diritto di essere sentito deve in particolare essere dedotto il diritto per l'interessato di esprimersi prima della resa di una decisione sfavorevole nei suoi confronti, quello di fornire prove circa i fatti suscettibili di influire sul provvedimento, quello di poter prendere visione dell'incarto, quello di partecipare all'assunzione delle prove, di prenderne conoscenza e di determinarsi al riguardo (<ref-ruling> consid. 2a/aa, 124 V 181 consid. 1a, 375 consid. 3b e sentenze ivi citate).
Se però gli accertamenti svolti d'ufficio permettono all'amministrazione o al giudice, che si sono fondati su un apprezzamento diligente delle prove, di giungere alla convinzione che certi fatti presentino una verosimiglianza preponderante, e che ulteriori misure probatorie non potrebbero modificare questo apprezzamento, è superfluo assumere altre prove (apprezzamento anticipato delle prove; Kieser, Das Verwaltungsverfahren in der Sozialversicherung, pag. 212 n. 450; Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2a ed., pag. 39 n. 111 e pag. 117 n. 320; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2a ed., pag. 274; cfr. anche <ref-ruling> consid. 4a, 122 III 223 consid. 3c, 120 Ib 229 consid. 2b, 119 V 344 consid. 3c e riferimenti). In tal caso non sussiste una violazione del diritto di essere sentito desumibile dall'<ref-law> (e in precedenza dall'art. 4 vCost. ; <ref-ruling> consid. 4b, 122 V 162 consid. 1d e sentenza ivi citata).
Deve pure essere ricordato che nell'ambito dell'accertamento dei fatti e della valutazione delle prove il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento. Per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti o un'asserita valutazione arbitraria delle prove non è sufficiente che il ricorrente critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Egli deve bensì dimostrare perché l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove da lui criticati sarebbero manifestamente insostenibili, si trovino in chiaro contrasto con la fattispecie, si fondino su una svista manifesta o contraddicano in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 3a, 124 IV 88 consid. 2a, 123 I 5 consid. 4a, 122 I 66 consid. 3a, 121 I 114 consid.
3a).
Orbene, dalle argomentazioni di prima sede traspare che in sostanza è stato operato un apprezzamento anticipato delle prove, nel senso che l'autorità arbitrale non ha reputato opportuno indagare oltre, dopo aver ritenuto valido l'indice 150 quale soglia di ineconomicità, osservato che non sussisteva alcun motivo per mettere in discussione la liceità del metodo statistico, riconosciuto valido dalla costante giurisprudenza del Tribunale federale delle assicurazioni (cfr. la già citata <ref-ruling> consid. 4a-d), e rilevato che non era ipotizzabile disputa alcuna sulla collocazione del dott. E._ nel gruppo 20/70.
Va poi ricordato che, ove si volesse seguire il ragionamento dell'interessato sull'economicità della medicina omeopatica, non si comprende il motivo del superamento dell'indice 150 nonostante l'effetto calmieratore che il dott. E._ si attende da siffatta attività e che dovrebbe permettere di ridurre i costi medi per paziente. Orbene, tale conclusione non giova al ricorrente, quando si ritenga che negli anni entranti in linea di conto, malgrado il ricorso alle tecniche omeopatiche, la soglia di ineconomicità stabilita convenzionalmente - che, come detto, risulta particolarmente favorevole ai medici ticinesi nel confronto intercantonale - è stata comunque superata.
9.- Per quanto precede, entrambi i gravami s'appalesano infondati e vanno disattesi. Il dott. E._ è tenuto quindi a restituire alle casse, in solido, l'importo complessivo di fr. 17'531. 15 per gli anni 1992 e 1993.
10.- a) Non trattandosi in concreto di una lite avente per oggetto l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, la procedura non è gratuita (art. 134 OG e contrario). Nel fissare la ripartizione delle spese processuali di complessivi fr. 5900. - si tiene conto della reciproca soccombenza delle parti ricorrenti (art. 135 e 156 cpv. 1 e 3 OG).
b) Le spese ripetibili sono determinate secondo i combinati disposti di cui agli art. 2 cpv. 2 della Tariffa delle spese ripetibili nelle procedure davanti al Tribunale federale delle assicurazioni e 4 cpv. 2 nonché 6 cpv. 1 della Tariffa delle spese ripetibili accordate alla controparte nelle cause davanti al Tribunale federale. Per valori di causa inferiori a fr. 20'000. - l'onorario dell'avvocato è fissato da fr. 500. - a fr 4000. -, per importi compresi tra fr. 50'000. - e fr 100'000. - da fr. 3000. - a fr.
10'000. -.
In concreto, il valore litigioso si situa in fr. 17'531. 15 per l'incarto concernente il gravame del dott. E._ e in fr. 79'555. 81 per l'incarto concernente l'impugnativa delle casse: ne consegue che a titolo di spese ripetibili per la procedura federale il dott. E._ è tenuto a versare alle casse, assistite da un legale, fr. 2500. -, mentre queste ultime rifonderanno all'interessato, anch'egli patrocinato da un legale, fr. 5000. -.

Per questi motivi, il Tribunale federale delle assicurazioni
pronuncia :
I.I ricorsi di diritto amministrativo sono respinti.
II. Le spese giudiziarie di complessivi fr. 5900. - sono poste a carico del dott. E._ in ragione di fr. 1400. - e delle casse, in solido, in ragione di fr. 4500. -. Le spese saranno compensate con gli anticipi prestati dai ricorrenti.
III. Le casse verseranno in solido al dott. E._ la somma di fr. 2500. - a titolo di ripetibili compensate per la procedura federale.
IV.La presente sentenza sarà intimata alle parti, al Tribunale cantonale arbitrale in materia di assicurazione contro le malattie e gli infortuni, Bellinzona, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.