Erwägungen:
1. Im Anschluss an Auseinandersetzungen zwischen A._, dessen damaliger Lebenspartnerin B._ und deren Bruder C._ wurde gegen den Erstgenannten eine Massnahme gemäss dem kantonalzürcherischen Gewaltschutzgesetz (GSG) verhängt (s. insoweit die beiden bundesgerichtlichen Verfahren 1C_308/2008 mit Präsidialverfügung vom 17. Juli 2008 und 1C_322/2008 mit Präsidialverfügung vom 25. September 2008). Dabei wurden sämtliche Waffen, die bei A._ gefunden wurden, sichergestellt und der zuständigen Untersuchungsbehörde übergeben.
Am 29. Mai 2008 stellten B._ und C._ Strafantrag gegen A._ wegen Körperverletzung und Drohung bzw. wegen Körperverletzung und Tätlichkeiten.
Mit Verfügung vom 1. Juli 2008 beschlagnahmte die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis im Rahmen der Strafuntersuchung bei A._ namentlich eine Pistole, Munition, einen Dolch und Reizstoffsprays.
Hiergegen rekurrierte A._ an das Bezirksgericht Horgen. Dessen Einzelrichter in Strafsachen hat den Rekurs mit Verfügung vom 11. September 2008 abgewiesen, soweit er darauf eingetreten ist. Gleichzeitig hat er die Kosten des Rekursverfahrens, bestimmt auf Fr. 500.--, dem Rekurrenten auferlegt.
2. Mit Eingabe vom 22. September 2008, die am 22. Oktober 2008 der Kantonspolizei Zürich zuhanden des Bundesgerichts übergeben worden ist, führt A._ der Sache nach Beschwerde in Strafsachen (<ref-law>). Er beantragt in erster Linie, die - ihm am 22. September 2008 eröffnete - Verfügung vom 11. September 2008 sei aufzuheben. Sodann hat der Beschwerdeführer dem Bundesgericht weitere Eingaben zukommen lassen (datiert vom 17. bzw. 27. Oktober 2008), welche die eingangs genannten Vorkommnisse und insbesondere auch die Strafanzeige betreffen, die er seinerseits gegen verschiedene Behördemitglieder eingereicht hat.
Das Bundesgericht hat davon abgesehen, bei den übrigen Verfahrensbeteiligten Vernehmlassungen zur Beschwerde einzuholen.
3. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offenstehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. in diesem Zusammenhang auch <ref-ruling> insb. E. 1.4 S. 254). Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer beanstandet das kantonale Verfahren, die Beschlagnahmeverfügung und den Rekursentscheid auf allgemeine Weise. Er setzt sich indes mit den dem angefochtenen bezirksgerichtlichen Entscheid zugrunde liegenden Erwägungen nicht auseinander und zeigt nicht im Einzelnen auf, inwiefern diese bzw. der Entscheid im Ergebnis verfassungswidrig sein sollen. Dies gilt insbesondere auch in Bezug auf den von ihm als unhaltbar erachteten Kostenentscheid. Ebenfalls in diesem Zusammenhang macht er über mehrere Seiten hinweg nur ganz allgemein geltend, die Höhe der Gerichtskosten werde durch die schweizerischen Gerichte nicht proportional dem Einkommen und dem Vermögen der Beteiligten angepasst, was die Reichen krass bevorteile und die Armen ebenso krass schädige. Aber auch insoweit legt er nicht konkret dar, inwiefern der in Anwendung der massgebenden kantonalen strafprozessualen Bestimmungen ergangene Entscheid geradezu willkürlich und damit verfassungswidrig sein soll.
Mangels einer hinreichenden Begründung ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
Ergibt sich das Nichteintreten bereits aus dem genannten Grunde, sind die vom Beschwerdeführer nebst dem Hauptbegehren um Aufhebung der Verfügung vom 11. September 2008 gestellten Zusatzbegehren nicht weiter zu erörtern.
4. Unter den gegebenen Umständen rechtfertigt es sich, für das bundesgerichtliche Verfahren ausnahmsweise keine Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis und dem Bezirksgericht Horgen, Einzelrichter in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Bopp