Sachverhalt:
A. A.a Dem 1955 geborenen Elektroingenieur HTL und Wirtschaftsinformatiker HWV G._ musste der linke Daumen wegen eines malignen Melanoms vorerst teilweise und am 30. Januar 2003 vollständig amputiert werden. Am 12. Mai 2003 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Nidwalden zum Leistungsbezug an. Diese klärte den Sachverhalt durch Beizug verschiedener Arztberichte und Berichte der Arbeitgeber ab. Während die behandelnden Ärzte eine Arbeitsfähigkeit von 50 % attestierten, kam der Arzt der IV-Stelle Dr. med. A._, zur Erkenntnis, es bestehe keine Arbeitsunfähigkeit. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2004 und Einspracheentscheid vom 21. März 2005 verneinte die IV-Stelle den Leistungsanspruch des G._. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden wies die dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 1. Mai 2006 ab. Das Bundesgericht hob mit Urteil vom 14. Dezember 2007 den kantonalen Entscheid auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit diese Abklärungen über die zumutbare Arbeitsfähigkeit sowie die tatsächlich erzielten beziehungsweise zumutbarerweise zu erzielenden Verdienste des G._ treffe.
A.b Mit Entscheid vom 26. Mai 2008 kam das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden zur Erkenntnis, die gesundheitlichen Beeinträchtigungen und deren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit des Versicherten liessen sich aufgrund der vorhandenen Arztberichte nicht schlüssig beurteilen. Es wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit diese ein medizinisches Gutachten in Auftrag gebe, in welchem die Einschränkungen in der angestammten sowie in anderen zumutbaren Tätigkeiten konkretisiert würden. Danach habe sie über den Rentenanspruch des Versicherten neu zu verfügen.
A.c Die IV-Stelle beauftragte das Zentrum X._ mit der entsprechenden Expertise. Die Untersuchungen fanden im Februar 2010 statt. Mit Datum vom 18. Mai 2010 erstattete das Zentrum X._ ihr Gutachten. Neben dem Allgemeinstatus wurden je ein handchirurgisches (Dr. med. W._), ein neurologisches (Dr. med. H._) und ein psychiatrisches (med. pract. B._) Konsilium eingeholt. Zusammenfassend kamen die Ärzte zum Schluss, dem Versicherten sei aus gesundheitlichen Gründen, insbesondere dem chronischen neuropathischen Schmerzbild beziehungsweise den Nebenwirkungen der hoch dosierten Medikamente, in einer Tätigkeit, wie er sie vor der Daumenamputation ausgeübt hatte (Projektleiter im IT-Bereich), noch täglich eine Arbeit von 3 bis 4 Stunden, entsprechend 40 bis 50 %, zumutbar. Eine zusätzliche Nebenerwerbstätigkeit - wie vor der Operation - sei nicht mehr zumutbar. Als Informatiklehrer betrage die zumutbare Arbeitsfähigkeit 4 bis 6 Lektionen pro Tag, je nach dem, ob doziert oder nur überwacht werden müsse. In psychiatrischer Hinsicht bestehe keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Auf Anfrage kam Dr. med. C._, Facharzt FMH für innere Medizin, vom Regionalen Ärztlichen Dienst der IV-Stellen der Zentralschweiz (RAD), zum Schluss, der Versicherte habe während längerer Zeit über das von den Gutachtern als zumutbar erachtete hinaus gearbeitet, woraus geschlossen werden könne, dass die effektive Zumutbarkeit über dem von den Experten geschilderten liege. Gestützt darauf, und auf die Angaben über in den Jahren 2003 bis 2009 effektiv erzielte Löhne, sprach die IV-Stelle G._ mit Verfügung vom 8. November 2010 eine vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 befristete Viertelsrente zu. Darüber hinaus bestehe kein rentenbegründender Invaliditätsgrad.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 11. April 2011 ab.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Hauptantrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm ab dem 1. Januar 2004 eine unbefristete Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 % zuzusprechen. Eventuell sei ihm, zusätzlich zur Berentung bis zum 31. Dezember 2007, ab 1. Januar 2010 und weiterhin eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 % zuzusprechen und subeventualiter sei die Sache zur ergänzenden Abklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Streitig ist die Höhe des Anspruchs auf eine Invalidenrente der Invalidenversicherung ab 1. Januar 2004 und deren Befristung auf Ende Dezember 2007.
2.1 Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff Invalidität als Erwerbsunfähigkeit (Art. 8 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>), die Regelung des Rentenanspruchs nach Massgabe des Invaliditätsgrades (<ref-law> in den vor 2004 und ab Anfang 2004 bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassungen; <ref-law> in der seit Anfang 2008 gültigen Fassung), die Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen mittels Einkommensvergleich (<ref-law>), die Aufgabe des Arztes bei der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99 f. mit Hinweisen) und die Beweiswürdigung in Bezug auf ärztliche Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.1 S. 232) zutreffend dargelegt.
2.2 Beizufügen ist, dass nach der Rechtsprechung bei der rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften oder befristeten Rente die Revisionsbestimmungen (<ref-law>; <ref-law>) analog anwendbar sind, weil noch vor Erlass der ersten Rentenverfügung eine anspruchsbeeinflussende Änderung eingetreten ist mit der Folge, dass dann gleichzeitig die Änderung mitberücksichtigt wird.
Nach <ref-law> ist die Rente bei einer erheblichen Änderung des Invaliditätsgrades von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend zu erhöhen, herabzusetzen oder aufzuheben. Revisionsbegründend kann u.a. eine Änderung des Gesundheitszustandes oder der erwerblichen Auswirkungen sein (<ref-ruling> E. 6.1 S. 546; <ref-ruling> E. 3.5 S. 349 ff.). Dabei kann auch eine geringfügige Änderung des Sachverhalts Anlass zu einer Revision geben, sofern sie zu einer Über- oder Unterschreitung des rentenbestimmenden Schwellenwertes beim Invaliditätsgrad führt (<ref-ruling>). Die Frage, ob eine erhebliche, d.h. mit Bezug auf den Invaliditätsgrad rentenwirksame Änderung der tatsächlichen Verhältnisse eingetreten ist, beurteilt sich durch Vergleich des Sachverhaltes, wie er im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung bestanden hat, mit demjenigen im Zeitpunkt der streitigen Revisionsverfügung (BGE <ref-ruling> E. 3.5.2 S. 351; Urteil 8C_871/2008 vom 24. März 2009 E. 2.2.1 mit weiteren Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling>). Wird rückwirkend eine abgestufte oder befristete Rente zugesprochen, sind einerseits der Zeitpunkt des Rentenbeginns und anderseits der in Anwendung der Dreimonatsfrist von <ref-law> festzusetzende Zeitpunkt der Rentenherabsetzung oder -aufhebung die massgebenden Vergleichszeitpunkte (Urteile I 716/06 vom 12. Juli 2007 E. 5.2 und I 541/06 vom 28. März 2007 E. 2.1 mit Hinweis).
Gemäss <ref-law> ist bei einer Verbesserung der Erwerbsfähigkeit die anspruchsbeeinflussende Änderung für die Herabsetzung oder Aufhebung der Leistung von dem Zeitpunkt an zu berücksichtigen, in dem angenommen werden kann, dass sie voraussichtlich längere Zeit dauern wird; sie ist in jedem Fall zu berücksichtigen, nachdem sie ohne wesentliche Unterbrechung drei Monate angedauert hat und voraussichtlich weiterhin andauern wird.
2.3 Schliesslich ist zu ergänzen, dass am 1. Januar 2008 die Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) und anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision, AS 2007 5129 ff.) in Kraft getreten sind. Bei der Prüfung eines schon vorher entstandenen Anspruchs auf eine Rente der Invalidenversicherung sind die allgemeinen intertemporalrechtlichen Regeln heranzuziehen, wonach in zeitlicher Hinsicht diejenigen Rechtssätze massgebend sind, die bei Verwirklichung des zu Rechtsfolgen führenden Sachverhalts galten. Demzufolge ist der vorliegend zu beurteilende Rentenanspruch für die Zeit bis zum 31. Dezember 2007 auf Grund der bisherigen und ab diesem Moment - bis zum Erlass der Verfügung vom 8. November 2010, welche rechtsprechungsgemäss die zeitliche Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildet (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen) - nach den neuen Normen zu prüfen (<ref-ruling> E. 1 S. 446 f. [mit Hinweis u.a. auf <ref-ruling>]). Dies fällt materiellrechtlich insoweit ins Gewicht, als im Zuge der 5. IV-Revision mit der Einfügung von <ref-law> veränderte Modalitäten hinsichtlich der Herabsetzung oder Aufhebung einer Rente Eingang ins Gesetz gefunden haben (vgl. E. 4.4.2 hiernach).
3. Zu prüfen ist vorerst der Invaliditätsgrad im Zeitpunkt des unbestrittenen Rentenbeginns am 1. Januar 2004.
3.1 Einig sind sich die Parteien über das Valideneinkommen. Ohne gesundheitliche Einschränkungen hätte der Beschwerdeführer im Jahre 2004 ein Erwerbseinkommen von Fr. 143'889.- erzielen können.
Tatsächlich verdiente der Beschwerdeführer mit seiner Behinderung im Jahre 2004 Fr. 80'205.-. Auf dieses Einkommen haben Verwaltung und Vorinstanz für die Bemessung des Invaliditätsgrades abgestellt und einen solchen von 44 % ermittelt.
3.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, die Vorinstanz habe den Sachverhalt insofern unrichtig und unvollständig festgestellt, als sie ihrer Beurteilung nicht die übereinstimmenden Arztberichte und insbesondere das Gutachten des Zentrums X._vom 18. Mai 2010 zugrunde gelegt hätten, welche eine Tätigkeit in einem Pensum von über 50 % als nicht zumutbar erachteten.
3.3 Fest steht, dass der Beschwerdeführer im hier interessierenden Zeitpunkt, Januar 2004, tatsächlich in einem Ausmass einer Erwerbstätigkeit nachging, die es ihm ermöglichte, ein Einkommen von Fr. 80'205.- zu erwirtschaften. Bei den Akten finden sich keine Unterlagen, aus denen hervorgeht, dass seine Gesundheit durch die damalige Tätigkeit im genannten Ausmass beeinträchtigt worden wäre. Die Gutachter des Zentrums X._ konnten im Jahre 2010 letztlich auch nur den aktuellen Gesundheitszustand und die medizinische Zumutbarkeit einer bestimmten Arbeitsfähigkeit beurteilen. Eine nachträgliche medizinische Beurteilung einer mehrere Jahre in der Vergangenheit liegenden Arbeitsfähigkeit kann selten ein aussagekräftiges Bild ergeben. Der Beschwerdeführer hat für den Zeitpunkt des Rentenbeginns den Tatbeweis für seine Arbeits- und Leistungsfähigkeit erbracht. Die Tatsache, dass er ab dem Jahre 2008 seine Erwerbstätigkeit weiter ausbauen konnte (vgl. E. 5 hienach) legt zudem den Schluss nahe, dass er seine Gesundheit durch die Intensität und den Umfang seiner beruflichen Tätigkeit nicht unzumutbarerweise strapazierte und damit gefährdete. Die Vorinstanz hat daher kein Recht verletzt, indem sie zur Bestimmung des Invalidenlohnes auf das tatsächlich erzielte Einkommen in jenem Jahr abstellte. Dies umso mehr, als Invalidität im Sinne des ATSG Erwerbsunfähigkeit bedeutet und damit durch wirtschaftliche und nicht medizinisch-theoretische Faktoren definiert ist. Der Invaliditätsgrad wurde mit 44 % richtig ermittelt. Damit wurde dem Beschwerdeführer zu Recht ab dem 1. Januar 2004 eine Viertelsrente zugesprochen.
4. Zu prüfen bleibt demnach, ob sich die gesundheitlichen oder erwerblichen Verhältnisse in der Folge verbessert haben, sodass die Rente revisionsweise aufgehoben werden kann (vgl. Erwägung 2.2).
4.1 Die IV-Stelle hat den Rentenanspruch befristet, nachdem der Beschwerdeführer ab dem Jahre 2008 seine Erwerbstätigkeit weiter ausbauen konnte und ein um ca. Fr. 36'000.- höheres Einkommen erzielte. Gemäss Feststellung der Vorinstanz beträgt der Invaliditätsgrad noch 17 %, womit kein Anspruch auf eine Rente mehr besteht. Der Beschwerdeführer bringt vor, das in den Jahren 2008 und 2009 erhöhte Arbeitspensum hätte zu mehr Schmerzen und damit einhergehend zu einem höheren Schmerzmittelkonsum geführt, was sich wiederum in vermehrten Nebenwirkungen der Medikamente bemerkbar gemacht habe. Sein Allgemeinzustand habe sich wegen der überhöhten Belastung auf eindrückliche Weise verschlechtert. So habe auch der neurologische Gutachter des Zentrums X._ dargelegt, die bisherige Leistungsdichte sei nicht weiter aufrechtzuerhalten.
4.2 Wie die Vorinstanz unwidersprochen festgestellt hat, verdiente der Beschwerdeführer im Jahre 2008 Fr. 126'050.-, wogegen das Einkommen im Jahre 2007 noch Fr. 90'275.- betragen hatte. Damit liegen für das Jahr 2008 veränderte erwerbliche Verhältnisse vor, welche einen Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> darstellen.
4.3 Gegenstand der Versicherung ist nicht die Gesundheitsbeeinträchtigung an sich; vielmehr hat sie im Gebiet der Invalidenversicherung rechtliche Bedeutung nur und erst, wenn sie sich - über die Arbeitsunfähigkeit - auf die Erwerbsfähigkeit in andauernder und erheblicher Weise negativ auswirkt (Ulrich Meyer, Rechtsprechung zum IVG, 2. Aufl. 2010, S. 14). Hingegen ist nicht nur arbeitsunfähig, wer gesundheitsbedingt die bisherige Tätigkeit nicht mehr oder nur noch beschränkt ausüben kann, sondern auch eine Person, welcher die weitere Verrichtung ihrer Berufsarbeit nur unter der Gefahr, ihren Gesundheitszustand zu verschlimmern, möglich ist. So kann beispielsweise die Wartezeit im Sinne von <ref-law> auch zu laufen beginnen, wenn die versicherte Person über das ihr gesundheitlich Zumutbare hinaus arbeitet (vgl. Meyer, a.a.O. S. 278 f.; SVR 2008 BVG Nr. 43 S. 143 E. 3.3 mit Hinweis auf BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 345).
4.3 Gegenstand der Versicherung ist nicht die Gesundheitsbeeinträchtigung an sich; vielmehr hat sie im Gebiet der Invalidenversicherung rechtliche Bedeutung nur und erst, wenn sie sich - über die Arbeitsunfähigkeit - auf die Erwerbsfähigkeit in andauernder und erheblicher Weise negativ auswirkt (Ulrich Meyer, Rechtsprechung zum IVG, 2. Aufl. 2010, S. 14). Hingegen ist nicht nur arbeitsunfähig, wer gesundheitsbedingt die bisherige Tätigkeit nicht mehr oder nur noch beschränkt ausüben kann, sondern auch eine Person, welcher die weitere Verrichtung ihrer Berufsarbeit nur unter der Gefahr, ihren Gesundheitszustand zu verschlimmern, möglich ist. So kann beispielsweise die Wartezeit im Sinne von <ref-law> auch zu laufen beginnen, wenn die versicherte Person über das ihr gesundheitlich Zumutbare hinaus arbeitet (vgl. Meyer, a.a.O. S. 278 f.; SVR 2008 BVG Nr. 43 S. 143 E. 3.3 mit Hinweis auf BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 345).
4.4 4.4.1 Wie bereits für den Zeitpunkt des Rentenbeginns ausgeführt (Erwägung 3.3), lässt sich auch für den hier relevanten Zeitpunkt im Januar 2008 nicht mehr ohne Weiteres feststellen, ob das damals tatsächlich geleistete Arbeitspensum aus medizinischer Sicht unzumutbar gewesen war. Unbestreitbar hat der Beschwerdeführer in jenem Jahr Arbeitsleistungen erbracht, für die er im Umfang der genannten Fr. 126'050.- entlöhnt wurde. Dass es sich dabei um Soziallohn gehandelt habe, wird weder behauptet noch gibt es dafür konkrete Anhaltspunkte. Auch wenn seine Arbeitsfähigkeit - insbesondere im Sinne des in Erwägung 3.3 ausgeführten - bereits damals nur 50 % betragen haben sollte, war er offenbar nicht in entsprechendem Ausmass erwerbsunfähig. Der Beschwerdeführer hatte dannzumal seine Leistung erbracht und wurde dafür leistungsgerecht entlöhnt. Wenn ihm für jenes Jahr nachträglich eine Rente ausgerichtet würde, obwohl er wirtschaftlich nicht in einem anspruchsbegründenden Ausmass erwerbsunfähig gewesen war, würde das Sinn und Zweck der Invalidenversicherung widersprechen. Eine nunmehr nachträglich für jenen Zeitraum ausgerichtete Rente könnte zu keiner körperlichen Entlastung mehr beitragen, sondern würde nur zu einer "Überentschädigung" führen. Damit ist für die Bestimmung des Invaliditätsgrades auf das unbestrittene Valideneinkommen und das tatsächlich erzielte Invalideneinkommen abzustellen.
4.4.2 Die IV-Stelle und das kantonale Gericht haben den Invaliditätsgrad für das Jahr 2008 mit 17 % beziffert. Die im Urteil 9C_50/2011 vom 25. Mai 2011 E. 5 (in SVR 2011 IV 78 238) offen gelassene Frage, ob <ref-law> auch bei einer Rentenabstufung zu beachten sei, muss vorliegend nicht beantwortet werden, da der Invaliditätsgrad auch unter Beachtung jener Gesetzesbestimmung keinen Rentenanspruch mehr begründet hätte (Valideneinkommen: Fr. 152'484.-; Invalideneinkommen: [Erhöhung gegenüber dem Jahre 2007: Fr. 35'775.- ./. Fr. 1'500.- = Fr. 34'275, davon 2/3 = Fr. 22'850.- + Einkommen 2007 von Fr. 90'275.-] Fr. 113'125.- = 25.8 %). Damit wurde die Rente des Beschwerdeführers zu Recht auf Ende 2007 terminiert.
5. Zu prüfen bleibt, ob bis zum Zeitpunkt der Verfügung vom 8. Novem-ber 2010 wiederum veränderte Verhältnisse eingetreten sind, die erneut einen Anspruch auf eine Invalidenrente geben würden.
5. Zu prüfen bleibt, ob bis zum Zeitpunkt der Verfügung vom 8. Novem-ber 2010 wiederum veränderte Verhältnisse eingetreten sind, die erneut einen Anspruch auf eine Invalidenrente geben würden.
5.1 5.1.1 Gestützt auf die mit Entscheid vom 26. Mai 2008 getroffene Anordnung des Verwaltungsgerichts Nidwalden hatte die IV-Stelle beim Zentrum X._ ein polydisziplinäres Gutachten über die zumutbare Arbeitsfähigkeit vom 18. Mai 2010 eingeholt. Zudem nahm sie Berichte der behandelnden Ärzte Dr. med D._, Allgemeine Medizin FMH, vom 8. September 2009 einerseits, sowie Prof. Dr. med. E._ und PD Dr. med. M._, Klinik U._, vom 10. September 2009, andererseits, zu den Akten. Hausarzt Dr. med. D._ und die Gutachter des Zentrums X._ erachten die Arbeitsfähigkeit als zu 50 % eingeschränkt. Die Spezialisten des Spitals U._ legen sich nicht auf einen Arbeitsunfähigkeitsgrad fest, merken aber an, dass das Konzentrationsvermögen, die Anpassungsfähigkeit und die Belastbarkeit durch neuropatische Schmerzen eingeschränkt seien.
5.1.2 Gemäss Gutachten des Zentrums X._ vom 18. Mai 2010 ist dem Beschwerdeführer sowohl in seiner angestammten Tätigkeit als Wirtschaftsinformatiker, wie auch als Informatiklehrer noch eine berufliche Tätigkeit von 3 bis 4 Stunden pro Tag zumutbar. Die Arbeitsfähigkeit wird mit 40 bis 50 % angegeben. Die Gutachter begründen die Einschränkung mit einem chronisch neuropathischen Schmerzbild, welches gelegentlich nach Verletzungen von grossen gemischten Handnerven auftreten könne. Diese Schmerzen könnten nur durch entsprechende Hochdosierungen von sehr wirksamen Medikamenten kontrolliert werden, welche ein Nebenwirkungsspektrum entwickelten, das eine Tätigkeit als leitender Informatiker respektive als Lehrperson deutlich einschränke. Eine psychiatrische Krankheit wurde nicht diagnostiziert. Entsprechend besteht hinsichtlich der Psyche auch keine eingeschränkte Arbeitsfähigkeit.
5.1.3 Dr. med. C._, Facharzt für innere Medizin FMH, vom RAD kommt in seiner Stellungnahme vom 15. Juli 2010 zum Gutachten des Zentrums X._ zum Schluss, der Beschwerdeführer könnte auch ein Pensum von 80 bis 100 % als Informatiklehrer ausüben. Das ergebe sich aus dem in den Jahren 2008 und 2009 Geleisteten. Von einer Unzumutbarkeit sei nicht auszugehen.
5.2 Das kantonale Gericht stützt sich in seiner Beurteilung auf die Einschätzung des RAD-Arztes. Diese sei in Kenntnis der Vorakten erfolgt, beruhe auf allseitigen Untersuchungen, berücksichtige die geklagten Beschwerden des Versicherten und könne vom Gericht prüfend nachvollzogen werden. Sie sei einleuchtend. Aufgrund der gezeigten Arbeitspensen könne der Beschwerdeführer mehr leisten, als ihm medizinisch attestiert worden ist.
5.2 Das kantonale Gericht stützt sich in seiner Beurteilung auf die Einschätzung des RAD-Arztes. Diese sei in Kenntnis der Vorakten erfolgt, beruhe auf allseitigen Untersuchungen, berücksichtige die geklagten Beschwerden des Versicherten und könne vom Gericht prüfend nachvollzogen werden. Sie sei einleuchtend. Aufgrund der gezeigten Arbeitspensen könne der Beschwerdeführer mehr leisten, als ihm medizinisch attestiert worden ist.
5.3 5.3.1 Die Begutachtung des Zentrums X._ beruht auf Untersuchungen des Beschwerdeführers während 4 Tagen (1., 3., 5. und 18. Februar 2010). Neben einem Allgemeinstatus wurden je ein handchirurgisches, ein neurologisches und ein psychiatrisches Konsilium eingeholt. Die Auswertung erfolgte in einer Kommission für medizinische Begutachtung. Diese kam zum Schluss, eine über dem Pensum von 50 % liegende Tätigkeit jeder Art sei unzumutbar. Trotz starken Medikamenten nähmen die Schmerzen im Tagesverlauf zu. Die vom Versicherten beschriebenen Nebenwirkungen seien gemäss Kompendium des Herstellers der Medikamente und gemäss klinischer Praxis typisch und sehr häufig. Eine Erhöhung der Dosis würde gemäss Darstellung des neurologischen Teilgutachters für den Patienten unannehmbare Nebenwirkungen mit sich bringen und eine Berufstätigkeit als Lehrperson verunmöglichen.
Damit darf ohne Weiteres davon ausgegangen werden, dass das Gutachten auf allseitigen Untersuchungen beruht, die geklagten Beschwerden berücksichtigt und für die streitigen Belange umfassend ist. Die medizinischen Zusammenhänge und die gesundheitliche Situation werden eingehend erörtert und die Schlussfolgerungen sind begründet. Die Gutachter haben ihre Zumutbarkeitseinschätzung im Wissen darüber beziffert, dass der Versicherte im Untersuchungszeitpunkt tatsächlich 29 Lektionen pro Woche gegeben hatte. Dies wurde in der Sozial- und Berufsanamnese entsprechend festgehalten. Das Attest über die Zumutbarkeit von 3 bis 4 Lektionen während 5 Tagen pro Woche wurde somit im Bewusstsein abgegeben, dass der Beschwerdeführer tatsächlich während einer gewissen Zeit mehr geleistet hatte.
5.3.2 Die interne Stellungnahme des RAD vom 15. Juli 2010, auf welche sich Verwaltung und Vorinstanz stützen, fasst zunächst die Erkenntnisse der Gutachter des Zentrums X._ zusammen. Aus den anschliessenden Überlegungen des RAD-Arztes geht hervor, dass er die Schlussfolgerungen der Experten nicht als wissenschaftlich fundiert, sondern lediglich als Angaben des Versicherten selbst versteht. Seine Ausführungen enthalten keine Äusserungen zur Schmerzproblematik und zu den Nebenwirkungen der eingenommenen Medikamente. Er erwähnt lediglich die nicht mehr mögliche Greiffunktion der linken Hand, die aber auf die Leistung als Lehrer keinen Einfluss habe. Entsprechend hält er auch ein Pensum von bis zu 100 % für möglich.
5.3.3 Beim fraglichen RAD-Bericht handelt es sich nicht um eine Stellungnahme im Sinne von <ref-law>, kann er sich doch entgegen der Darstellung im angefochtenen Entscheid nicht auf eigene Untersuchungen stützen. Es sind damit keine medizinischen Befunde erhoben worden, sondern die vorhandenen Befunde wurden aus medizinischer Sicht von einem Facharzt für innere Medizin gewürdigt. Damit liegt eine Empfehlung zur weiteren Bearbeitung des Leistungsbegehrens aus medizinischer Sicht im Sinne von <ref-law> und <ref-law> vor. Der RAD-Bericht vermag somit lediglich dazu Stellung zu nehmen, ob der einen oder anderen Ansicht zu folgen oder aber eine zusätzliche Untersuchung vorzunehmen sei (8C_756/2008 vom 4. Juni 2009 E. 4.4 in SVR, 2009 IV Nr. 50 S. 153). Der RAD-Arzt vertritt eine von der Einschätzung der Gutachter des Zentrums X._ und weiterer involvierter Ärzte abweichende Meinung. Dabei werden einzig die Schlussfolgerungen der Gutachter des Zentrums X._ als nicht einleuchtend kritisiert. Die Befunderhebung wird nicht in Frage gestellt. Eine solche interne Stellungnahme des RAD vermag allenfalls Zweifel an der Richtigkeit des Gutachtens des Zentrums X._ zu erwecken. Dies allein genügt indessen nicht, um das Gutachten schlüssig zu entkräften.
5.4 Das kantonale Gericht hat auf der Grundlage eines Auszuges aus dem Lohnkonto 2010 das in den Monaten Januar bis Mai erzielte - unregelmässige - Einkommen auf das ganze Jahr 2010 hochgerechnet und ein Invalideneinkommen für 2010 von Fr. 127'383.- ermittelt.
5.4.1 Der Beschwerdeführer lässt als Novum geltend machen, er habe im ganzen Jahr 2010 Fr. 110'711.- verdient, wobei er ab der zweiten Jahreshälfte, nunmehr in Kenntnis der Zumutbarkeitsbeurteilung des Zentrums X._, sein Pensum entsprechend reduziert habe.
5.4.2 Es kann offen bleiben, ob der erst letztinstanzlich eingereichte Lohnausweis für das Jahr 2010 als unzulässiges Novum zu qualifizieren oder ob er zu berücksichtigen ist, da erst der Entscheid der Vorinstanz zu dessen Einreichung Anlass gab (<ref-law>). Auf jeden Fall kann der Beschwerdeführer auch mit dem tatsächlich realisierten Invalideneinkommen nichts zu seinen Gunsten ableiten. Das von der Verwaltung und der Vorinstanz für das Jahr 2009 unbestritten festgestellte Valideneinkommen von Fr. 154'484.- hätte sich in nominal im Jahre 2010 um 1.2 % erhöht und auf Fr. 156'338.- beziffert (Lohnentwicklung 2010 des Bundesamtes für Statistik: Tabelle T1.1.05, Nominallohnindex für Männer in der öffentlichen Verwaltung). Verglichen mit dem nunmehr geltend gemachten Invalideneinkommen von Fr. 110'711.- ergibt sich ein Invaliditätsgrad von 29 %, weshalb der Beschwerdeführer bis zum Erlass der Verfügung vom 8. November 2010 keinen Anspruch auf eine Invalidenrente hatte. Daran ändert sich auch nichts, wenn nur die Zeitspanne von Juni 2010 bis zum Verfügungszeitpunkt berücksichtigt wird. Sollten sich in tatsächlicher Hinsicht, insbesondere auch hinsichtlich des tatsächlich erzielten Erwerbseinkommens, seither Änderungen ergeben haben, wäre dies gegenüber der Invalidenversicherung erneut geltend zu machen und im Rahmen einer Neuanmeldung zu prüfen.
6. Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Juli 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer