Fatti:
A.
A.a. Il 30 dicembre 2006 B._ ha locato a A._Sagl la parte adibita a ristorante di uno stabile sito a Bellinzona. Il contratto, di durata indeterminata, prevede la prima possibilità di disdetta per il 31 dicembre 2016 e un canone di locazione mensile di fr. 8000.--. Con istanze del 2 febbraio 2009 e 3 marzo 2010 la conduttrice ha adito il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, chiedendo in sostanza l'eliminazione dei difetti dell'ente locato e una riduzione della pigione.
A.b. Le decisioni dell'Ufficio di conciliazione sono state portate innanzi al Pretore del distretto di Bellinzona con istanza del 24 giugno 2009 da B._ e con istanze del 10 luglio 2009 e 27 maggio 2010 dalla A._Sagl. Il Pretore ha deciso tali domande nella sentenza del 27 febbraio 2012. Egli ha considerato che i difetti dell'ente locato giustificavano una riduzione complessiva della pigione del 20 % (fr. 1'600.-- mensili) dal mese di febbraio 2009 fino al mese della loro eliminazione e ha liberato le pigioni depositate in ragione dell'80 % a favore della locatrice e la rimanenza a favore della conduttrice.
A.c. L'11 gennaio 2013 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha accertato la validità della disdetta straordinaria del 20 maggio 2010 con effetto per il 30 giugno 2010 data da B._.
B.
Con sentenza 11 gennaio 2013 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha parzialmente accolto l'appello principale di B._ e ha modificato la sentenza pretorile del 27 febbraio 2012 come segue. Ha ridotto la pigione dell'8 % (fr. 640.-- mensili) a partire dal mese di febbraio 2009 compreso e del 13 % (fr. 1040.-- mensili) dal 24 febbraio 2010 fino al 30 giugno 2010. Ha liberato in favore della locatrice le pigioni depositate dal febbraio 2009 in ragione del 92 %, percentuale ridotta all'87 % dal 24 febbraio 2010 fino al 30 giugno 2010 e aumentata al 100 % dopo tale data, sbloccando nel contempo la rimanenza di tali pigioni a favore della conduttrice. La Corte cantonale ha poi respinto l'appello incidentale di quest'ultima. I Giudici di appello hanno considerato che i difetti per i serramenti di facciata sono stati notificati unicamente il 23 febbraio 2010 e hanno per tale motivo fatto decorrere la relativa riduzione della pigione a partire dal giorno seguente. Hanno poi osservato che le tracce di umidità nel bagno degli uomini sono state indicate per la prima volta dopo la disdetta, motivo per cui esse non potevano entrare in linea di conto nella riduzione della pigione accordata dal Pretore, che hanno decurtato del 2 %. La Corte di appello ha anche ritenuto che non vi sono prove dell'infiltrazione d'acqua nella sala da pranzo lamentata dalla conduttrice e ha reputato giustificato dedurre il 5 % della pigione dalla riduzione di quest'ultima riconosciuta dal Pretore.
C.
Con ricorso in materia civile del 15 febbraio 2013 la A._Sagl postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, l'annullamento della sentenza di appello e la conferma del giudizio pretorile. La ricorrente premette che il Pretore ha stabilito in equità sia la data di inizio della riduzione della pigione sia la percentuale complessiva per tutti i difetti accertati. Riferendosi alle tracce di umidità riscontrate nel bagno degli uomini e alle lamentate infiltrazioni nella sala da pranzo, afferma che la seconda istanza cantonale non poteva riformare la decisione di primo grado, perché si ignora la percentuale attribuita dal Pretore ai singoli difetti e perché essa non avrebbe spiegato per quale motivo sarebbe stato necessario intervenire per correggere una decisione che rientrava nel potere di apprezzamento del giudice di primo grado.
B._ propone con risposta 14 marzo 2013 la reiezione del ricorso.
La Presidente della Corte adita ha respinto con decreto del 2 maggio 2013 la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso.
D.
Con sentenza di data odierna il Tribunale federale ha respinto, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia civile presentato dalla conduttrice contro la sentenza 11 gennaio 2013 della II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino che ha accertato la validità della disdetta straordinaria del contratto di locazione.

Diritto:
1.
Il tempestivo ricorso in materia civile, diretto contro una decisione finale emanata su ricorso dal Tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino in una controversia in materia di diritto di locazione con un valore di lite manifestamente superiore a fr. 15'000.--, si rivela ammissibile dal profilo degli art. 72 cpv. 1, 74 cpv. 1 lett. a, 75 e 100 cpv. 1 LTF.
2.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame, considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 1.1). L'<ref-law> esige che il ricorrente si confronti almeno concisamente con i considerandi del giudizio impugnato (<ref-ruling> consid. 2.1). Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - ossia arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) - il ricorrente deve motivare la censura conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.5 pag. 314). Deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati e precisare in cosa consiste la violazione (<ref-ruling> consid. 2.2). Siccome il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale nel campo dell'apprezzamento delle prove (o dell'accertamento dei fatti in genere), chi invoca l'arbitrio deve dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1.2 pag. 62; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62; <ref-ruling> consid. 2.1).
3.
Giusta l'<ref-law> se il difetto pregiudica o diminuisce l'idoneità della cosa all'uso a cui è destinata, il conduttore può pretendere una riduzione proporzionale del corrispettivo a partire dal momento in cui il locatore ha avuto conoscenza del difetto fino all'eliminazione del medesimo.
3.1. La Corte cantonale ha premesso che la pigione può unicamente essere ridotta dal momento in cui il difetto che giustifica tale misura è stato notificato al locatore e che il diritto alla riduzione del corrispettivo sussiste fino all'eliminazione del difetto, ma al più tardi fino al termine del contratto. Essa ha poi considerato che le tracce di umidità nel bagno degli uomini erano note alla locatrice dalla ricezione della delucidazione peritale 30 settembre 2011, e quindi dopo che la disdetta del 20 maggio 2010 doveva esplicare i suoi effetti. Per questo motivo i giudici di appello hanno ritenuto, contrariamente alla pronuncia pretorile, che tale difetto non poteva giustificare una riduzione della pigione. Dopo aver ricordato che il Pretore non aveva stabilito individualmente, per ogni singolo difetto, la percentuale per la quale la pigione andava diminuita, essi hanno ritenuto equo attribuire in concreto a tale difetto la capacità di diminuire la pigione del 2 % e hanno tolto tale percentuale dalla riduzione accordata dal Pretore.
3.2. La ricorrente afferma che spetta al Pretore quantificare secondo il suo potere di apprezzamento la percentuale per cui la pigione va ridotta e che lo stesso Tribunale di appello ha indicato di riesaminare una tale valutazione con estrema prudenza, solo quando le decisioni rese secondo il libero apprezzamento sarebbero manifestamente inique o ingiuste. Essa sostiene che la Corte di appello non avrebbe indicato perché tali presupposti sarebbero in concreto dati e assevera che non avendo il Pretore dettagliato le singole percentuali, l'autorità di seconda istanza non avrebbe potuto modificare la percentuale globale contenuta nel giudizio pretorile né la data di inizio della riduzione, pure fissata complessivamente in maniera equitativa.
3.3. L'argomentazione ricorsuale si rivela infondata. Giova innanzi tutto osservare che dalla motivazione della sentenza impugnata riassunta sopra al consid. 3.1 risulta perché la Corte di appello ha ritenuto di dover correggere la pronuncia pretorile. La sentenza di appello è poi, contrariamente a quella del Pretore, perfettamente conforme al tenore dell'<ref-law> per quanto attiene al momento in cui una riduzione della pigione può avere inizio. La ricorrente non formula invece alcuna critica riferita alla determinazione del momento in cui la riduzione deve cessare, ma si limita ad indicare che tale termine dovrà essere modificato a seconda dell'esito del parallelo ricorso contro la disdetta. Anche per quanto riguarda la quantificazione della riduzione della pigione, il procedere della Corte di appello è corretto. Se quest'ultima riscontra un minor numero di difetti rilevanti rispetto al giudice di primo grado, tale circostanza deve riflettersi nella riduzione del corrispettivo. La soluzione contraria suggerita nel ricorso trascura completamente il fatto che la riduzione accordata dev'essere proporzionale e che quindi per determinarla occorre paragonare il valore oggettivo della cosa con i difetti al suo valore oggettivo senza di essi (<ref-ruling> consid. 4.1). Infine, l'appena abbozzata critica della percentuale del 2 % stabilita dalla Corte di appello, reputata errata " poiché non giustificata da elementi fattuali concreti " e senza tenere conto " che nel caso di specie trattasi di un esercizio pubblico e che di conseguenza il difetto è suscettibile di influenzare negativamente gli avventori ", è del tutto inidonea per giustificare un intervento del Tribunale federale nel senso auspicato con le conclusioni ricorsuali. Giova infatti a tal proposito ricordare che quando un'autorità procede secondo l'equità (<ref-law>) il Tribunale federale non sostituisce il proprio apprezzamento a quello dell'autorità inferiore: esso interviene unicamente se questa ha abusato del suo potere di apprezzamento, vale a dire se si è basata su criteri inappropriati, se la decisione porta a un risultato manifestamente ingiusto o a un'iniquità scioccante (<ref-ruling> consid. 2.2.1, con rinvii).
4.
Contrariamente al Pretore, la Corte di appello non ha accertato l'esistenza di infiltrazioni nella sala da pranzo e ha negato che potesse essere concessa una riduzione del corrispettivo a tale titolo. Basandosi sulla prassi in materia di infiltrazioni d'acqua, ha quindi decurtato del 5 % la riduzione accordata dal Pretore.
In concreto la ricorrente non spiega perché la predetta percentuale stabilita dalla Corte di appello sarebbe " del tutto errata ", limitandosi in sostanza a riproporre le argomentazioni già riassunte sopra al consid. 3.2. Così stando le cose si può semplicemente rinviare a quanto esposto nel consid. 3.3 di questa sentenza.
5.
Infine la ricorrente, pur chiedendo la conferma della decisione pretorile, omette di formulare un'argomentazione attinente ai difetti per i serramenti di facciata che, secondo la Corte di appello, giustificano una riduzione della pigione del 5 % unicamente a partire dal 24 febbraio 2010. In queste circostanze il ricorso, privo di qualsiasi motivazione, si rivela inammissibile su questo punto.
6.
Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa, nella misura in cui è ammissibile, manifestamente infondato. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 3'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.