Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Bremgarten sprach am 23. Februar 2009 Y._ der mehrfachen vorsätzlichen Nichtverhinderung einer strafbaren Veröffentlichung sowie der mehrfachen Begünstigung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 60.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 1'000.--.
Gegen dieses Urteil erhoben Y._ sowie der Zivilkläger X._ Berufung ans Obergericht des Kantons Aargau. Die Staatsanwaltschaft erhob Anschlussberufung. Das Obergericht hiess die Berufung von Y._ sowie die Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft mit Urteil vom 15. Juli 2009 teilweise gut, sprach Y._ lediglich der Begünstigung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 60.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 400.--.
B. Y._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und er sei betreffend Begünstigung von Schuld und Strafe freizusprechen.
C. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
Der Beschwerdeführer betreibt seit ca. Dezember 2004 die Internetplattform «www.xxxxxxxxx.ch». Diese Plattform bietet für die Benutzer die Möglichkeit, sich mit einem Pseudonym über verschiedene, meist lokalpolitische Themen anonym zu äussern. Dabei geriet auch X._ als amtierender Vizeammann von Wohlen ins Schussfeld der Kritik. Verschiedene, mit Namen nicht bekannte Benutzer, liessen sich zu Ehrverletzungen hinreissen, wobei der Beschwerdeführer für die Verbreitung dieser Texte die dafür notwendige Infrastruktur gratis zur Verfügung stellte.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt die fehlende örtliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts Bremgarten. Er habe Wohnsitz in der Gemeinde A._ (Bezirk Muri), wo sich auch der Sitz der "B._ GmbH" befinde. Zuständig sei deshalb das Bezirksgericht Muri. Er habe bereits bei den Klageantworten zu zwei früheren Verfahren, die nun Gegenstand des vorliegenden Offizialverfahrens bildeten, die fehlende Zuständigkeit des Bezirksgerichts Bremgarten gerügt, weshalb die Rüge nicht verspätet sei. Der vorinstanzliche Entscheid verletze Art. 340 f. StGB (Beschwerde, S. 4 f.).
2.2 Die Vorinstanz erwägt, dass die Rüge der fehlenden örtlichen Zuständigkeit des Bezirksgerichts Bremgarten erstmals im Berufungsverfahren und damit gemäss <ref-law>/AG verspätet vorgebracht wurde. Es gehe nicht an, bekannte Tatsachen, welche die Zuständigkeit der richterlichen Instanz fraglich erscheinen liessen, vorerst für sich zu behalten, um sie je nach Verfahrensausgang erst nach erfolgter Urteilsfällung geltend zu machen (angefochtenes Urteil, S. 17).
2.3 Gemäss <ref-law> sind für die Verfolgung und Beurteilung einer strafbaren Handlung die Behörden des Ortes zuständig, wo die strafbare Handlung ausgeführt wurde (...). Die Gerichtsstandsregeln der <ref-law> gelten für die in die kantonale Gerichtsbarkeit fallenden bundesrechtlichen Delikte nicht nur interkantonal, sondern auch innerkantonal. Wo der Gerichtsstand innerkantonal nach <ref-law> zu bestimmen ist, wird das eidgenössische Recht als subsidiäres kantonales Recht angewendet (<ref-ruling> E. 3 mit Hinweis).
Vorliegend ist vorab die Frage zu entscheiden, ob der Beschwerdeführer die Einrede der Unzuständigkeit des Bezirksgerichts Bremgarten rechtzeitig erhoben hat. Die Annahme der Vorinstanz, gemäss <ref-law>/AG seien die Vorfragen zu Beginn der Hauptverhandlung vor Bezirksgericht vorzubringen, weshalb die Einrede der örtlichen Unzuständigkeit in der Berufungsschrift verspätet sei, ist nicht unhaltbar bzw. willkürlich. Die vom Beschwerdeführer erwähnten Verfahren PS.2006.294 und PS.2007.7, bei denen er die fehlende Zuständigkeit rügte, ändern daran nichts. Diese sind mit dem laufenden Verfahren nicht identisch. Zudem muss die Unzuständigkeitseinrede örtlicher oder sachlicher Art in jedem Verfahren gesondert erhoben werden, wie dies der Beschwerdeführer denn auch getan hat. Ob die Vorinstanz die <ref-law> unrichtig angewendet hat, kann deshalb offenbleiben.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Schuldspruch der Begünstigung. Er habe niemanden der Strafverfolgung entzogen, und niemand sei begünstigt worden. Da er kein Provider sei, finde die Aufbewahrungspflicht gemäss Bundesgesetz betreffend die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs vom 6. Oktober 2000 (BÜPF) keine Anwendung (Beschwerde, S. 5 f.). Zudem bestehe auch bei Anwendbarkeit des BÜPF eine Verpflichtung des Internetanbieters, die Identifikation des Urhebers einer Straftat zu ermöglichen, nur, wenn eine solche via Internet begangen worden sei. Im Übrigen könnten die unbekannten Teilnehmer des Forums auch bei Speicherung der IP-Nummern nicht eruiert werden. Ein Untersuchungsverfahren gegen Dritte sei bis heute nicht eröffnet worden. Keine Behörde habe sich bis anhin für die IP-Adressen interessiert. Eine Behinderung der Strafverfolgung liege daher nicht vor (Beschwerde, S. 6 f.). Er befinde sich ohnehin in einem Rechtsirrtum, da er nicht mit der Anwendung des BÜPF habe rechnen müssen und ein Unrechtsbewusstsein fehle. Sollte eine Begünstigung bejaht werden, läge höchstens ein Versuch vor, weil gegen Dritte nie ein Strafverfahren eröffnet worden sei (Beschwerde, S. 8).
3.2 Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer habe anerkannt, dass die "B._ GmbH" eine Providerin sei. Als Geschäftsführer mit Einzelunterschrift dieser Gesellschaft sei er für die Einhaltung der gesetzlichen Anforderungen verantwortlich. Eine juristische Person handle durch ihre Organe. Es obliege ihm daher gemäss <ref-law> die Pflicht, die für die Teilnehmeridentifikation notwendigen Daten sowie die Verkehrs- und Rechnungsdaten während sechs Monaten aufzubewahren. Durch das Löschen der IP-Adressen habe er elektronische Spuren vernichtet, die zur Identifikation der Kommentar-Verfasser und damit zur Eröffnung eines Strafverfahrens beigetragen hätten. Es liege auf der Hand, dass er mit diesem Verhalten die anonymen Autoren der Strafverfolgung entziehen wollte. Aus dem Umstand, dass bis anhin kein Untersuchungsverfahren gegen Dritte eröffnet worden sei, könne er nichts zu seinen Gunsten ableiten (angefochtenes Urteil, S. 24 f.). Der Einwand des Beschwerdeführers, es fehle ihm jegliches Schuldbewusstsein, da er einem Rechtsirrtum unterlegen sei, stelle eine reine Schutzbehauptung dar. Es sei daher nicht davon auszugehen, dass er in Unkenntnis der Rechtswidrigkeit seines Verhaltens vorgegangen sei (angefochtenes Urteil, S. 26 f.).
3.3 Die Vorinstanz bejaht zutreffend die Provider-Eigenschaft der "B._ GmbH", deren Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der Beschwerdeführer ist. Seine diesbezüglichen Einwände sind nicht stichhaltig. Ebenso zutreffend ist demzufolge die Anwendbarkeit des BÜPF auf den Beschwerdeführer, das für alle staatlichen, konzessionierten oder meldepflichtigen Anbieterinnen von Post- und Fernmeldedienstleistungen sowie für Internet-Anbieterinnen gilt (<ref-law>). Als Organ dieser Gesellschaft ist er für die Einhaltung der Speicher- und Aufbewahrungspflichten des BÜPF verantwortlich.
3.4 Wer jemanden der Strafverfolgung, dem Strafvollzug oder dem Vollzug einer gesetzlich vorgesehenen Massnahme entzieht, macht sich wegen Begünstigung strafbar (<ref-law>). Der Tatbestand der Begünstigung setzt nicht voraus, dass gegen den Begünstigten bereits ein Strafverfahren eröffnet worden wäre (so auch Vera Delnon/Bernhard Rüdy, Basler Kommentar, StGB II, 2. Aufl. 2007, Art. 305 N. 18, mit Hinweis). Die Vorinstanz begründet die Begünstigungshandlung des Beschwerdeführers zu Recht mit der Nichtbeachtung der in <ref-law> festgelegten Auskunftspflicht der Provider gegenüber dem Dienst für die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs. Nach dieser Bestimmung ist die Internet-Anbieterin verpflichtet, der zuständigen Behörde alle Angaben zu machen, die eine Identifikation des Urhebers oder der Urheberin ermöglichen, wenn eine Straftat über das Internet begangen wird. Die Anbieterinnen sind zudem verpflichtet, die für die Teilnehmeridentifikation notwendigen Daten sowie die Verkehrs- und Rechnungsdaten während sechs Monaten aufzubewahren (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer argumentiert zu Unrecht, die Vorinstanz habe die Ehrverletzungs- und Mediendelikte gemäss Anklageschrift eingestellt, weshalb gar kein strafbares Verhalten mehr vorliege. Entscheidend für die Annahme der Begünstigung ist vielmehr eine erhebliche zeitliche oder inhaltliche Erschwernis der Strafverfolgung, die mit einem unwiederbringlichen Löschen der IP-Adressen der Website-Benutzer zweifellos geschaffen wurde. Dass bis anhin keine Behörde an diesen Adressen Interesse gezeigt hat, wie vom Beschwerdeführer erwähnt, ändert hieran nichts. Bereits die Verhinderung der Eröffnung eines Strafverfahrens kann eine Begünstigungshandlung darstellen (BGE 69 IV 118).
3.5 Der Beschwerdeführer räumt selber ein, die Vorschriften des BÜPF nicht beachtet zu haben, beruft sich hierbei jedoch auf Rechtsirrtum. Gemäss <ref-law> handelt nicht schuldhaft, wer bei der Begehung der Tat nicht weiss und nicht wissen kann, dass er sich rechtswidrig verhält. In einem Rechts- oder Verbotsirrtum handelt daher, wer in Kenntnis aller Tatumstände und somit vorsätzlich handelt, sein Tun jedoch versehentlich, aber aus zureichenden Gründen, für erlaubt hält. Die Vorinstanz verneint zu Recht einen Rechtsirrtum beim Beschwerdeführer. Das Löschen der IP-Adressen, obwohl sie vom Server automatisch gespeichert worden seien, habe nur dem Schutz der Anonymität der Benutzer dienen und nur den Zweck verfolgen können, sie einer allfälligen Strafverfolgung zu entziehen (angefochtenes Urteil, S. 27). Auf welchen gesetzlichen Bestimmungen eine Aufbewahrungspflicht der IP-Adressen beruht, erscheint unerheblich. Von entscheidender Bedeutung ist, dass der Beschwerdeführer die Benutzer seiner Website einer allfälligen Strafverfolgung entziehen wollte. Hinsichtlich des Begünstigungstatbestandes ist ein Rechtsirrtum des Beschwerdeführers nicht ersichtlich und wird von ihm auch nicht geltend gemacht.
Das angefochtene Urteil verletzt kein Bundesrecht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Kostenauflage. Die Vorinstanz habe das Verursacherprinzip, die Unschuldsvermutung sowie Art. 6 Ziff. 2 EMRK verletzt, indem er fast vollumfänglich von Schuld und Strafe freigesprochen bzw. das Verfahren in den Hauptpunkten eingestellt worden sei und er dennoch sämtliche Kosten zu übernehmen habe. Der Begünstigungsvorwurf sei ein völlig nebensächlicher, was sich schon aus der Anklageschrift ergebe. Die eingeklagten Ehrverletzungsdelikte umfassten zwölf, der Begünstigungsvorwurf lediglich eine Seite, weshalb eine Kostenverteilung von 1/13 zu seinen Lasten gerechtfertigt sei. Im Ergebnis liege eine willkürliche Verdachtsstrafe vor (Beschwerde, S. 8 f.).
4.2 Die Vorinstanz begründet die Korrektur der erstinstanzlichen Kostenverlegung von drei Vierteln zu einer vollständigen Kostenauflage mit ihrer ständigen Rechtsprechung zum Verursacherprinzip gemäss kantonaler Strafprozessordnung. Danach resultiert eine teilweise Kostenauflage, wenn im Punkt, in dem der Beschwerdeführer freigesprochen wurde, die Strafuntersuchung zu Mehrkosten geführt hat. Dies sei vorliegend nicht der Fall. Es liege ein einheitlicher Sachverhaltskomplex und keine klar voneinander trennbaren Untersuchungs- und Anklagepunkte vor, die eine Kostenausscheidung erlaubten (angefochtenes Urteil, S. 30).
4.3 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn dem Angeschuldigten in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden.
Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung des Grundsatzes der Unschuldsvermutung angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob die Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt den Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld enthält. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden demgegenüber durch die kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben. Deren Anwendung überprüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt einer Verletzung des Willkürverbots gemäss <ref-law> (BGE 116 la 162 E. 2f mit Hinweis; Urteil 6B_315/2007 vom 12.11.2007 in: Pra 2008 Nr. 37 S. 257).
Der vorinstanzlichen Kostenbegründung ist weder ein direkter noch indirekter Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld zu entnehmen. Der Beschwerdeführer macht denn auch lediglich geltend, die volle Kostenübernahme suggeriere für das Durchschnittspublikum, er sei vollständig schuldig gesprochen worden (Beschwerde, S. 9). Eine Verletzung der Unschuldsvermutung kann darin nicht erblickt werden.
4.4 Die Voraussetzungen der Kostenauflage sind in <ref-law>/AG geregelt. Die Praxis des Aargauer Obergerichts, vom Grundsatz der vollständigen Kostenauflage nur abzuweichen, wenn in dem Punkt, in welchem ein Beschwerdeführer freigesprochen wurde, die Strafuntersuchung zu Mehrkosten geführt hat, ist nicht zu beanstanden und jedenfalls nicht unhaltbar. Die Vorinstanz begründet im angefochtenen Entscheid, dass die Untersuchungsakten im Wesentlichen die Klagen und Strafanzeigen sowie die Einvernahmeprotokolle des Beschwerdeführers enthielten und aufgrund des einheitlichen Sachverhaltskomplexes alle zu beurteilenden Handlungen in einem engen und direkten Zusammenhang stünden.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller