Sachverhalt:
A. Der 1950 geborene S._ stürzte am 28. November 2003 auf einer Treppe und zog sich dabei eine Patellarsehnenruptur rechts zu. Die "Metzger-Versicherungen" (heute: Branchen Versicherung) erbrachte bis Ende Oktober 2010 Heilbehandlung und richtete Taggeld aus. Das rechte Knie musste wiederholt operiert werden. So wurde unter anderem am 7. Februar 2005 eine patellofemorale Prothese eingesetzt und eine Tuberositas-Osteotomie bei patellofemoraler Arthrose vorgenommen; am 9. April 2008 erfolgte bei einer ausgeprägten Hoffa-Fibrose die Entfernung des femoralen Teilersatzes und die Implantierung einer Innex-Knieprothese. Es verblieb eine deutliche Bewegungseinschränkung mit Kapselverdickung am rechten Kniegelenk und ein persistierender chronischer Reizzustand. Der Versicherte konnte seine Arbeit als stellvertretender Geschäftsführer einer Metzgerei nicht wieder aufnehmen. Im Auftrag der Unfallversicherung wurde S._ an der Rehaklinik X._ interdisziplinär begutachtet. Mit Verfügung vom 9. Dezember 2010 sprach ihm die Branchen Versicherung ab 1. November 2010 eine Invalidenrente bei einer Erwerbseinbusse von 34 % und eine Integritätsentschädigung von 40 % zu, lehnte die Gewährung von weiterer Heilbehandlung in Form einer zusätzlichen Knieoperation indessen ab. Auf Einsprache hin erhöhte die Unfallversicherung die Invalidenrente auf 38 % und wies die Einsprache im Übrigen ab (Entscheid vom 23. Februar 2011).
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 7. Juni 2012 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihm über den 1. November 2010 hinaus Heilbehandlung zu gewähren und Taggeld auszurichten; eventuell sei ihm eine höhere Rente zuzusprechen, subeventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling>). Solche Umstände können namentlich in formellrechtlichen Mängeln des angefochtenen Entscheides liegen, mit denen die Partei nicht rechnete und nach Treu und Glauben nicht zu rechnen brauchte, oder darin, dass die Vorinstanz materiell in einer Weise urteilt, dass bestimmte Sachumstände neu und erstmals rechtserheblich werden. Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass im Sinne von <ref-law> für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können. Das Vorbringen von Tatsachen, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereigneten oder entstanden (echte Noven), ist vor Bundesgericht unzulässig (Urteil 8C_631/2012 vom 14. Dezember 2012 E. 2 mit Hinweis).
Vor Bundesgericht lässt der Beschwerdeführer einen Bericht der Dres. M._ vom Gelenkzentrum Z._ vom 12. Januar 2012 auflegen. Dieser bezieht sich im Wesentlichen auf den bereits vor der Vorinstanz strittigen Punkt der Möglichkeit beziehungsweise Wahrscheinlichkeit einer gesundheitlichen Verbesserung durch eine weitere Operation. Gemäss Versichertem belege dieser Bericht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit, dass noch eine namhafte Besserung seines Gesundheitszustandes zu erwarten sei. Indessen legt er nicht dar, weshalb es ihm nicht möglich gewesen sein sollte, diesen Arztbericht bereits im vorinstanzlichen Verfahren einzureichen. Damit stellt er ein unzulässiges Novum im Sinne von <ref-law> dar. Auf ihn ist im Folgenden nicht weiter einzugehen.
3. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Grundsätze und Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und auf eine Invalidenrente im Besonderen (<ref-law> in Verbindung mit Art. 7 und 8 ATSG) sowie die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf - wie auf die Erwägungen zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261 mit Hinweisen) und auf die Grundsätze zur Ermittlung von Validen- und Invalideneinkommen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59, 297 E. 5.2 S. 301) - wird verwiesen.
4. 4.1 Der Versicherte hat Anspruch auf die zweckmässige Behandlung der Unfallfolgen (<ref-law>). Er hat so lange einen entsprechenden Anspruch, als von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung eine namhafte Besserung seines Gesundheitszustands erwartet werden kann (Art. 19 Abs. 1 e contrario UVG; Urteil U 252/01 vom 17. Juni 2002 E. 3a). Die namhafte Verbesserung bezieht sich hierbei in erster Linie auf die Verbesserung der Arbeitsfähigkeit (<ref-ruling> E. 3.4 S. 115; ALEXANDRA RUMO-JUNGO/ANDRÉ PIERRE HOLZER, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Sozialversicherungsrecht, Bundesgesetz über die Unfallversicherung, 4. Aufl. 2012, S. 101).
4.2 Dr. med. D._, Co-Chefarzt Orthopädie an der Klinik Y._, schlug anlässlich einer Konsultation vom 4. Januar 2010 vor, entweder mittels eines Innex-Patellaersatzes oder einer Hemipatellectomie eine Verbesserung des unbefriedigenden Heilresultats zu erzielen. In seinem Bericht vom 1. März 2010 bestätigt dieser Arzt indessen, dass die Ausgangslage für einen erfolgreichen Eingriff äusserst ungünstig und das Outcome der Operation mehr als ungewiss sei. Auch Dr. med. O._ kommt im Gutachten der Rehaklinik X._ zum Ergebnis, dass die Wahrscheinlichkeit einer Besserung sehr gering einzustufen ist.
Aufgrund der übereinstimmenden ärztlichen Stellungnahmen haben die Unfallversicherung und die Vorinstanz den Anspruch auf weitere Heilbehandlung durch die Branchen Versicherung zu Recht verneint.
5. Zu prüfen bleibt die Höhe der Invalidenrente.
5.1 Einig sind sich die Parteien über die zumutbare Arbeitsfähigkeit. Demnach ist es dem Versicherten nicht mehr möglich, in seinem angestammten Metier als (stellvertretender) Betriebsleiter und Metzger tätig zu sein. Möglich sind wechselbelastende Tätigkeiten ohne Heben und Tragen von Gewichten über 10 kg und ohne langes Stehen, Gehen und Treppensteigen. Eine zeitliche Einschränkung besteht nicht. Einigkeit herrscht weiter über das im Jahre 2008 massgebende Valideneinkommen im Betrage von Fr. 117'046.-. Zwar sind für den Einkommensvergleich die Verhältnisse im Zeitpunkt des Beginns des Rentenanspruchs - hier also vom 1. November 2010 - massgebend (<ref-ruling>, 129 V 222). Da der Beschwerdeführer seit dem Unfall keiner Erwerbstätigkeit mehr nachgeht und sowohl das Validen- als auch das Invalideneinkommen parallel zu den Einkommensverhältnissen im Jahre 2010 anzupassen wären, ist es ausnahmsweise nicht zu beanstanden, wenn Unfallversicherung und Vorinstanz auf Zahlen früherer Jahre zurückgegriffen haben.
5.2 Strittig sind die Grundlagen zur Bestimmung des hypothetischen Invalideneinkommens. Vorinstanz und Unfallversicherer haben für die Bemessung des Invalideneinkommens zu Recht Tabellenlöhne gemäss der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) herangezogen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 301; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475).
5.2.1 Die Unfallversicherung hat sich in der Verfügung vom 9. Dezember 2010 angesichts der beruflichen Voraussetzungen, die der Versicherte mitbringt, auf das Mittel zwischen dem Anforderungsniveau 1+2 und 3 der Tabelle TA1 (monatlicher Bruttolohn [Zentralwert] nach Wirtschaftszweigen, Anforderungsniveau des Arbeitsplatzes und Geschlecht, privater Sektor) der LSE 2008 gestützt. Davon billigte sie einen Abzug von 10 % zu (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.) und begründete dies mit einer "Berücksichtigung der medizinischen Zumutbarkeit". Sie hat dabei nicht die Löhne einer bestimmten Branche herangezogen, sondern auf die Männerlöhne des Wertes "Total" abgestellt. Entsprechend verfügte sie eine Rente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 34 %.
5.2.2 Auf Einsprache hin berücksichtigte die Beschwerdegegnerin den Einwand des Versicherten, wonach ihm aufgrund seiner Einschränkungen die Verrichtung höchst anspruchsvoller und schwierigster Arbeiten, wie sie für das Anforderungsniveau 1 vorgesehen sind, nicht mehr zugemutet werden kann. Mit seinem Fachwissen sei er aber geradezu prädestiniert, Arbeiten im administrativen Bereich beziehungsweise im Aussendienst der Fleischwirtschaft zu leisten, was dem Anforderungsniveau 2 (Verrichtung selbständiger und qualifizierter Arbeiten) entspräche. Da die LSE die Anforderungsniveaus 1 und 2 nicht getrennt auswiesen, stützte sich die Unfallversicherung auf das tiefere Anforderungsniveau 3 (Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt) und verzichtete dagegen auf einen leidensbedingten Abzug, da eine entsprechende Tätigkeit ganztags ohne Einschränkung möglich sei. Es resultierte ein Invaliditätsgrad von 38 %.
5.2.3 Das kantonale Gericht erwog schliesslich, angesichts des beruflichen Werdegangs des Beschwerdeführers sei auf Branchen Bezug zu nehmen, für welche er über eine Qualifikation verfüge. Dies sei einerseits die Herstellung von Nahrungsmitteln und Ähnlichem und andererseits der Bereich Detailhandel. In diesen Berufsfeldern verfüge der Versicherte über mehr Fähigkeiten als lediglich "Berufs- und Fachkenntnisse" (Anforderungsniveau 3), weshalb die Vorinstanz auf die Löhne der Niveaus 1+2 abstellte. Da in den genannten Branchen Stellen, in denen man ausschliesslich körperlich leichte, vorwiegend sitzende Tätigkeiten ohne manuelle Komponente Arbeiten verrichten könne, nicht in gehäufter Zahl vorhanden seien, sei ein Abzug von 15 % gerechtfertigt. Auch bei dieser Berechnung resultierte ein Invaliditätsgrad von 38 %.
5.2.4 Der Beschwerdeführer rügt die vorinstanzliche Darstellung seiner beruflichen Möglichkeiten und präzisiert, er habe nach einer Berufslehre als Metzger eine zweijährige Anlehre als Fleischverkäufer bei der Migros gemacht und anschliessend interne Weiterbildungskurse besucht. In der Folge habe er bei verschiedenen Arbeitgebern immer als sogenannter "Bankmetzger", das heisst im Verkauf, gearbeitet, wenn auch zum Teil in leitender Stellung. Der administrative Anteil seiner Tätigkeit habe lediglich 10 - 20 % ausgemacht. Nennenswerte Weiterbildungen oder gar ein Diplom habe er nicht erworben. Er bringe keinerlei weitere Fachkenntnisse mit, die es ihm ermöglichen würden, ausserhalb seines angestammten Tätigkeitsgebietes einer Arbeit nachzugehen, die dem Anforderungsniveau 3 oder sogar 1+2 entsprechen würde. Weshalb er wegen seines beruflichen Werdeganges in den von der Vorinstanz genannten Bereichen Voraussetzungen für die Verrichtung von Tätigkeiten mitbringen solle, die mehr erfordern als lediglich Berufs- und Fachkenntnisse, sei mit keinem Wort begründet und auch sonst nicht nachvollziehbar. Zu berücksichtigen sei darüber hinaus, dass er im November 2010 schon mehr als sieben Jahre nicht mehr in seinem angestammten Bereich tätig gewesen sei und somit auch seine Fachkenntnisse grösstenteils verloren habe. Schliesslich sei auch sein Alter von - im damaligen Zeitpunkt - mehr als 60 Jahren zu berücksichtigen, weshalb seine Chancen auf dem Arbeitsmarkt zusätzlich eingeschränkt seien. Nach Ansicht des Beschwerdeführers ist angesichts seiner beruflichen Möglichkeiten Anforderungsniveau 4 der Tabelle TA1 massgebend.
5.3 In der Tat ist nicht nachvollziehbar, weshalb die Vorinstanz einzig auf die Löhne für höchst anspruchsvolle und schwierige Arbeiten sowie selbstständige und qualifizierte Arbeiten abgestellt hat, nachdem die verfügende Unfallversicherung vorerst auf das Mittel der Niveaus 1, 2 und 3 zurückgriff und auf die begründete Einsprache des Versicherten hin noch den Lohn gemäss Niveau 3 berücksichtigte. Das Ausbildungs- und Erfahrungsniveau des Beschwerdeführers liegt auf demjenigen eines "guten Berufsmannes". Entscheidend ist aber, dass er die Tätigkeiten, in denen er eine grosse Erfahrung sammeln konnte und erfolgreich war, behinderungsbedingt nicht mehr ausüben kann. Für die Verrichtung "höchst anspruchsvoller und schwierigster Arbeiten" bringt er weder Ausbildung noch Erfahrung mit. Für "selbstständige und qualifizierte Arbeiten" war er vor seinem Unfall als "Bankmetzger" qualifiziert; diese Tätigkeit auszuüben ist ihm aber nicht mehr möglich. In jeder leichten, vorwiegend sitzend und wechselbelastend auszuführenden Arbeit hat er aber weder eine höhere Qualifikation noch eine Ausbildung oder Erfahrung. Da der Beschwerdeführer sowieso eine neue Art von Arbeit antreten muss, ist sein Tätigkeitsgebiet nicht auf den Detailhandel und die Herstellung von Nahrungsmitteln zu beschränken. Mit der Unfallversicherung ist daher vom Total der Stellen im privaten Sektor (Tabelle TA1) auf dem Anforderungsniveau 3 auszugehen. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist mit Blick auf die wegen des fortgeschrittenen Alters erschwerte Situation auf dem Arbeitsmarkt kein Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen, da gemäss <ref-law> das Einkommen massgeblich ist, das der Versicherte im mittleren Alter erzielen könnte. Es bleibt demnach bei einem Invaliditätsgrad von 38 %.
6. Die Kosten des Verfahrens sind vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. März 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer