Sachverhalt:
A. Y._ richtete am 18. Juli 2006 über die Internetauktionsplattform A._ im Namen der B._ AG ein Konto ein. Im Auftrag von X._ bot er vom 21. Juli 2006 bis zum 24. Juli 2006 nicht vorhandene Mobiltelefone und Notebooks an und forderte die Gewinner der Auktion zur Vorauszahlung auf. Er veranlasste die Überweisung der Vorauszahlungen auf das Konto der B._ AG und erhielt von X._ einen Anteil am Erlös ausbezahlt. X._ lieferte die Ware nicht, weil ihm zur Beschaffung die finanziellen Mittel fehlten. Am 7. August 2006 startete er eine neue Auktion auf C._. Bei beiden Auktionen kam es nicht in allen Fällen zu Zahlungen der Auktionsgewinner.
B. Das Kreisgericht VIII Bern-Laupen sprach X._ und Y._ am 21. November 2007 des mittäterschaftlich begangenen mehrfachen Betrugs und Versuchs dazu schuldig. X._ verurteilte es zu einer Freiheitsstrafe von 16 Monaten und zwei Tagen und Y._ zu einer Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu je Fr. 90.--. Dagegen erhoben die Staatsanwaltschaft III Bern-Mittelland und die Verurteilten Appellation. Das Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, sprach X._ und Y._ mit Urteil vom 27. November 2008 von den Anschuldigungen frei.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Generalprokuratur des Kantons Bern, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Das Obergericht des Kantons Bern verzichtet auf Vernehmlassung. X._ und Y._ beantragen die Abweisung der Beschwerde. Zudem ersucht Y._ um amtliche Verteidigung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen den Freispruch der Beschwerdegegner von der Anklage des Betrugs. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz verletze <ref-law>, indem sie die Begriffe der Arglist und der Opfermitverantwortung verkenne.
1.1 Gemäss <ref-law> macht sich des Betrugs namentlich schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen anderen unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen anderen am Vermögen schädigt.
Die Erfüllung des Tatbestands erfordert eine arglistige Täuschung. Betrügerisches Verhalten ist strafrechtlich erst relevant, wenn der Täter mit einer gewissen Raffinesse oder Durchtriebenheit täuscht. Einerseits muss sich aus der Art und Intensität der angewendeten Täuschungsmittel eine erhöhte Gefährlichkeit ergeben (betrügerische Machenschaften, Lügengebäude). Einfache Lügen, plumpe Tricks oder leicht überprüfbare falsche Angaben genügen demnach nicht. Andererseits erfolgt die Eingrenzung des Betrugstatbestands über die Berücksichtigung der Eigenverantwortlichkeit des Opfers.
Danach ist ausgehend vom Charakter des Betrugs als Beziehungsdelikt, bei welchem der Täter auf die Vorstellung des Opfers einwirkt und dieses veranlasst, sich selbst durch die Vornahme einer Vermögensverfügung zugunsten des Täters oder eines Dritten zu schädigen, zu prüfen, ob das Opfer den Irrtum bei Inanspruchnahme der ihm zur Verfügung stehenden Selbstschutzmöglichkeiten hätte vermeiden können. Wer sich mithin mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit selbst hätte schützen beziehungsweise den Irrtum durch ein Minimum zumutbarer Vorsicht hätte vermeiden können, wird strafrechtlich nicht geschützt. Dabei ist die jeweilige Lage und Schutzbedürftigkeit des Betroffenen im Einzelfall entscheidend. Besondere Fachkenntnis und Geschäftserfahrung des Opfers sind in Rechnung zu stellen. Auch unter dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung erfordert die Erfüllung des Tatbestands indes nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen Vorkehren trifft. Arglist scheidet lediglich aus, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet. Entsprechend entfällt der strafrechtliche Schutz nicht bei jeder Fahrlässigkeit des Opfers, sondern nur bei Leichtfertigkeit, welche das betrügerische Verhalten des Täters in den Hintergrund treten lässt. Die zum Ausschluss der Strafbarkeit des Täuschenden führende Opfermitverantwortung kann daher nur in Ausnahmefällen bejaht werden.
Arglist wird nach all dem - soweit das Opfer sich nicht in leichtfertiger Weise seiner Selbstschutzmöglichkeiten begibt - in ständiger Rechtsprechung bejaht, wenn der Täter ein ganzes Lügengebäude errichtet oder sich besonderer Machenschaften oder Kniffe bedient. Arglist ist aber auch schon bei einfachen falschen Angaben erfüllt, wenn ihre Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, und wenn der Täter den Getäuschten von der möglichen Überprüfung abhält oder nach den Umständen voraussieht, dass dieser die Überprüfung der Angaben auf Grund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde (<ref-ruling> E. 5.2 S. 79 ff. mit Hinweisen).
1.2 Die Vorinstanz bejaht eine überwiegende Opfermitverantwortung. Entgegen der Auffassung der ersten Instanz seien die Kontroll- und Vorsichtspflichten der Teilnehmer von Internetauktionen nicht aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses zwischen Anbietern und Bietern herabgesetzt. Solche Geschäftsbeziehungen seien nicht geeignet, eine für die Annahme eines Vertrauensverhältnisses notwendige Vertrauensbasis zu schaffen. Weil die Auktionen in vollkommener Anonymität ablaufen würden, bedürften sie gewisser Vorsichtsmassnahmen seitens der daran beteiligten Personen. Aus diesem Grund würden von den Betreibern der entsprechenden Internetplattformen mehrere Sicherheitsvorkehrungen angeboten und empfohlen. Diese würden zunächst auf die Bewertungssysteme hinweisen, bei welchen die beiden Seiten nach dem Kauf den Vorgang beurteilen könnten. Für den Bieter bestehe zudem die Möglichkeit, sich alle laufenden Angebote des Verkäufers sowie die dazugehörenden Fragen und Antworten anzeigen zu lassen. Weiter werde auf die Risiken hingewiesen, die mit einer an den Anbieter geleisteten Direktzahlung verbunden seien, wobei beide Auktionsplattformen verschiedene Zahlungsmöglichkeiten anbieten würden.
Die Auktionen auf A._ seien die ersten gewesen, welche die Beschwerdegegner unter dem Namen der "B._ AG" durchgeführt hätten. Es hätte die Käufer zur Vorsicht mahnen müssen, dass unvermittelt ein scheinbar professioneller Verkäufer in Erscheinung trete, welcher über keine einzige Bewertung verfüge. Hinzu komme, dass die Beschwerdegegner auf Vorauszahlung bestanden und eine Abholung der Ware mit Zug-um-Zug-Leistung ausdrücklich abgelehnt hätten. Deshalb hätte es sich für die Bieter aufgedrängt, vor Überweisung der geforderten Geldbeträge die Seriosität des Anbieters näher zu prüfen. Die elektronische Korrespondenz der drei letzten Tage vor Auktionsende zeige, dass sowohl die Fragen der Bieter als auch die Antworten der Beschwerdegegner eindeutige Hinweise auf die Missbräuchlichkeit der Auktion enthalten hätten. Eine Durchsicht dieses Mailverkehrs hätte jeden durchschnittlich besonnenen Menschen davon abgehalten, an der Auktion (weiter) mitzubieten und im Falle eines Zuschlags sogar eine Vorauszahlung zu leisten. In diesem Zusammenhang sei zu beachten, dass die auf der Käuferseite auftretenden Teilnehmer von Internetauktionen nicht per se als besonders unterlegene Vertragspartner betrachtet werden könnten, denen im Rahmen der Opfermitverantwortung eine besondere Schutzwürdigkeit zukäme. Dass für die Bieter die Möglichkeit bestanden habe, die Missbräuchlichkeit des Geschäfts zu erkennen, zeige sich auch darin, dass 16 der insgesamt 37 Personen die Vorauszahlung nicht geleistet hätten. Somit fehle es am Tatbestandsmerkmal der Arglist.
Das gleiche gelte auch in Bezug auf die Auktion bei C._. Zu Gunsten des Beschwerdegegners 1 sei davon auszugehen, dass er über keine Bewertungen verfügt habe und dass diese Auktion auch sonst im gleichen Rahmen wie die erste verlaufen sei (angefochtenes Urteil E. III D. S. 23 ff.).
1.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz äussere sich nicht zu allen Fallgruppen der Arglist, sondern ziele direkt auf die Verneinung eines besonderen Vertrauensverhältnisses und das Vorliegen einer Opfermitverantwortung. Gemäss dem überwiesenen Sachverhalt gehe es um falsche (konkludente) Angaben, deren Überprüfung den Getäuschten nicht möglich oder zumutbar war. Die Beschwerdegegner seien weder gewillt noch in der Lage gewesen, die angebotenen Geräte zu liefern. Beim fehlenden Erfüllungswillen handle es sich um eine innere Tatsache, welche für die Gegenpartei nicht überprüfbar sei. Die Bieter hätten hinsichtlich der Liefermöglichkeit nur Verdacht schöpfen können. Die Rechtsfigur der Opfermitverantwortung sei im Hinblick auf besonders sorglose Geschädigte entwickelt worden. Die Vorinstanz überdehne den Begriff der Opfermitverantwortung, wenn sie ihn auf Internetbörsen anwende. Dort würden sich Personen auf gleicher Augenhöhe gegenüberstehen, welche von den Vorzügen des Internets profitieren wollten. Wenn nun ein Anbieter planmässig eine ganze Reihe von Geräten ins Netz stelle, ohne diese liefern zu können und zu wollen, so missbrauche er die Usanzen dieses Mediums derart, dass die erfolgreichen Bieter nach der Verkehrsübung ohne Zweifel strafrechtlichen Schutz verdienten. Die vorinstanzlichen Ausführungen zu den Schutzmöglichkeiten würden verkennen, dass sich der Plan der Anbieter auf jene Kunden beziehe, welche im Bereich von wenigen hundert Franken darauf vertrauen würden, dass die angebotenen Geräte existierten. Die kritischen Einträge, welche die Vorinstanz zitiere, beträfen einzig die Auktion zum Gerätetyp Nokia N80, während die Bieter für andere Geräte den Fragen und Antworten auch nach dem Zuschlag nichts Negatives hätten entnehmen können. Soweit das angefochtene Urteil den Eindruck erwecke, die genannten Signale hätten alle Auktionen betroffen und alle Bieter warnen sollen, beruhe dies auf einer aktenwidrigen Vereinfachung. Zudem laste die Vorinstanz den Opfern die Vorauszahlung quasi als Verschulden an, obwohl dies in Internetbörsen üblich und notwendig sei. Für die Bieter habe es keine verhältnismässige und übliche Methode der Überprüfung der Liefermöglichkeiten und des Lieferwillens der Beschwerdegegner gegeben. Indem die Vorinstanz zu einem anderen Schluss komme, mache sie die Internetbörsen zu einem rechtsfreien Raum, obschon diese von grosser praktischer und wirtschaftlicher Bedeutung seien. Zusammenfassend sei festzuhalten, dass sich die Opfer nicht leichtfertig verhalten und deshalb strafrechtlichen Schutz verdient hätten.
1.4 Der Beschwerdegegner 1 macht anlässlich seiner Vernehmlassung geltend, die Geschädigten würden keinen strafrechtlichen Schutz verdienen. Bei Internetauktionen würden sich Anbieter und Bieter auf "gleicher Augenhöhe" gegenüberstehen, was nicht eine Aushebelung des Erfordernisses der Arglist nach sich ziehe. Vor einer Vorauszahlung werde ausdrücklich gewarnt, und es werde empfohlen, den Austausch Ware gegen Geld über die angebotenen Dienstleistungen abzuwickeln. Jeder Ersteigerer hätte diese Möglichkeit nutzen und erkennen können, ob sie - die Beschwerdegegner - leistungswillig und zur Leistung fähig gewesen seien. Es sei davon auszugehen, dass unzählige Interessenten nicht mitgeboten hätten, weil keine Bewertungen ersichtlich waren und/oder das Abholen der Ware gegen Aushändigung des Kaufpreises nicht möglich gewesen sei. Annähernd die Hälfte der Bieter hätte sich geweigert, die Vorauszahlung zu leisten. Die verbleibenden Bieter hätten die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen ausser Acht gelassen. Zwar seien nicht zu allen Angeboten Warnungen abgegeben worden. Es sei jedoch ohne unzumutbaren Aufwand möglich, sich per Mausklick die gleichzeitig laufenden Angebote des gleichen Anbieters anzusehen. Für die Bieter wäre dies angezeigt gewesen, zumal die B._ AG über keine Bewertungen verfügte. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, die Vorauszahlung erfolge bei Internetauktionen routinemässig, sei eine Unterstellung. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die Bieter hätten elementarste Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet, mache die Internetauktion noch lange nicht zu einem rechtsfreien Raum.
1.5 Der Beschwerdegegner 2 bestreitet, planmässig eine Reihe von Geräten ins Internet gestellt zu haben, ohne diese liefern zu wollen. Er sei davon ausgegangen, dass die Mobiltelefone nach Auktionsschluss geliefert würden und habe vom Beschwerdegegner 1 kein Geld erhalten. Die Bieter hätten den Versand per Nachnahme fordern und dadurch die Liefermöglichkeit überprüfen können. Deshalb hätten sie die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen missachtet.
1.6 Im Sinne der Rechtsprechung zur Arglist ist einerseits die Art und Intensität der angewendeten Täuschungsmittel der Beschwerdegegner und andererseits die Eigenverantwortlichkeit der Opfer zu prüfen.
1.6.1 Die Beschwerdeführerin bringt zu Recht vor, dass die Vorinstanz das Vorliegen eines besonderen Vertrauensverhältnisses verneint, ohne die anderen Fallgruppen der Arglist zu prüfen. Die Beschwerdegegner haben ihren Leistungswillen betreffend die Lieferung der Geräte vorgetäuscht, im Wissen darum, die Geräte nie zu liefern. Diese Täuschung bezieht sich auf eine innere Tatsache, welche von den Bietern nicht überprüft werden konnte. Eine solche Täuschung ist arglistig, es sei denn, eine zumutbare Überprüfung lege die Erfüllungsunfähigkeit nahe (vgl. Urteil 6B_440/2008 vom 11. November 2008 E. 4.1 mit Hinweisen). Die Internetauktionen stellen eine relativ neue und rasche Geschäftsart dar, welche auf gegenseitigem Vertrauen basiert. Auch wenn die Internetplattformen auf die angebotenen Sicherheitsvorkehrungen hinweisen, sind Vorauszahlungen üblich und für die praktische Bedeutung von Internetauktionen wichtig. Zudem verfügten die Beschwerdegegner in den meisten Fällen über keine Bewertungen, und es handelte sich nicht um grössere Kaufsummen. Vor diesem Hintergrund waren den Bietern der Auktionen die Überprüfung der Erfüllungsfähigkeit der Beschwerdegegner nicht zumutbar und der fehlende Leistungswille nicht erkennbar. Die Täuschung über die Vertragserfüllung stellte demnach nicht lediglich eine einfache Lüge dar.
1.6.2 Bei der Beurteilung der Eigenverantwortlichkeit der Opfer ist von der fehlenden Erkennbarkeit des Leistungswillens und der Leistungsfähigkeit der Beschwerdegegner auszugehen. Wie bereits ausgeführt, sind bei Internetauktionen Vorauszahlungen üblich. Auch wenn die Bieter die Seriosität des Anbieters nicht näher überprüft haben, reicht dies für die Bejahung der zum Ausschluss der Arglist führenden Opfermitverantwortung nicht aus. Das Verhalten der Geschädigten ist zwar fahrlässig. Ein Ausnahmefall, bei welchem der strafrechtliche Schutz entfällt, ist demgegenüber nicht gegeben. Aufgrund der Usanz bei Internetauktionen haben mehr als die Hälfte der Bieter die Vorauszahlung tatsächlich geleistet. Ihnen kann nicht Leichtfertigkeit vorgeworfen werden, welche das betrügerische Verhalten der Beschwerdegegner in den Hintergrund treten lässt. Unerheblich ist ferner, dass nicht alle Bieter die Vorauszahlung geleistet haben. Ob die Täuschung arglistig ist, hängt nicht davon ab, ob sie gelingt (s. <ref-ruling> E. 5.2 S. 79 mit Hinweisen). Ansonsten wäre eine Verurteilung wegen versuchten Betrugs per se nicht möglich. Somit ist eine überwiegende Opfermitverantwortung zu verneinen.
1.6.3 Die Vorinstanz weist darauf hin, dass die elektronische Korrespondenz hinsichtlich eines Gerätetyps eindeutige Hinweise auf die Missbräuchlichkeit der Auktion enthielt.
Wie die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht festgestellt hat (<ref-law>), stellten die Beschwerdegegner planmässig eine Vielzahl von Geräten in die Internetplattform und wendeten das gleiche Handlungsmuster auf eine ganze Opfergruppe an. Bei solchen Serienbetrügen kann das Element der arglistigen Täuschung zunächst in allgemeiner Weise für alle Einzelhandlungen gemeinsam geprüft werden. Eine ausführliche fallbezogene Erörterung der einzelnen Merkmale muss nur in denjenigen Fällen erfolgen, die in deutlicher Weise vom üblichen Handlungsmuster abweichen (<ref-ruling> E. 5a S. 286 f.; <ref-ruling> nicht publ. E. 3.3).
Vorliegend sind die Beschwerdegegner bei den Auktionen zu diesem Gerätetyp nicht von ihrem Handlungsmuster abgewichen. Deshalb ist das Merkmal der Arglist nicht gesondert zu prüfen. Es kann dahingestellt werden, ob den Bietern dieser Auktionen die Überprüfung der Leistungsfähigkeit zumutbar war.
1.7 Der Freispruch der Beschwerdegegner von der Anklage des Betrugs aus Gründen der Arglist verletzt nach dem Gesagten Bundesrecht.
2. 2.1 Somit ist die Beschwerde gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>). Diese wird neu auch die Frage der Gewerbsmässigkeit, welche von der Beschwerdeführerin anlässlich der Appellation beantragt wurde, zu beurteilen haben.
2.2 Der Beschwerdegegner 2 beantragt einen amtlichen Verteidiger. Zur Begründung macht er geltend, ein Verteidiger stehe ihm zu, wobei ihm die finanziellen Mittel für einen privaten Verteidiger fehlten.
Im Beschwerdeverfahren vor dem Bundesgericht gibt es keine amtliche Verteidigung in diesem Sinne. Das Bundesgerichtsgesetz sieht die unentgeltliche Rechtspflege vor (<ref-law>), bei deren Gewährung das Bundesgericht der Partei einen Anwalt oder eine Anwältin bestellt, wenn dies zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist (<ref-law>). Der Beschwerdegegner 2 hat seine Vernehmlassung ausreichend begründet und konnte seine Rechte ohne Verteidigung wahren. Im Übrigen ist seine Bedürftigkeit nicht dargelegt (<ref-law>). Somit ist das Gesuch abzuweisen.
2.3 Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Beschwerdegegner die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>), wobei sie von Gesetzes wegen zu gleichen Teilen und solidarisch haften (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Strafsachen wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern, 1. Strafkammer, vom 27. November 2008 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Gesuch des Beschwerdegegners 2 um amtliche Verteidigung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdegegnern zu gleichen Teilen und solidarisch auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz