Sachverhalt:
A. A.X._ arbeitete seit 1995 für Z._ (nachfolgend: die Gesellschaft oder die Arbeitgeberin). Das Anstellungsverhältnis wurde im gegenseitigen Einvernehmen auf Ende Juli 2000 beendet. Der für A.X._ erstellte Lohnausweis 2000 hielt nebst einem regulären Lohn von Fr. 143'692.-- folgende Leistungen der Gesellschaft fest:
- Fr. 136'213.-- Bonuszahlungen aus dem sog. S._-Programm für die Jahre 1996, 1997 und 1998;
- Fr. 60'125.-- Bonuszahlungen aus dem S._-Programm für das Jahr 1999 und für sieben Monate des Jahres 2000;
- Fr. 60'125.-- Bonuszahlungen aus dem arbeitsvertraglich vereinbarten Bonussystem für das Jahr 1999 und für sieben Monate des Jahres 2000;
- Fr. 50'000.-- "Ex-gratia Zahlung" aufgrund der separaten Vereinbarung vom 14. Januar 2000 zur Beendigung des Arbeitsverhältnisses.
B. Mit Veranlagung vom 7. Februar 2002 qualifizierte die Steuerverwaltung des Kantons Zug alle vier Zahlungen (im Gesamtbetrag von Fr. 306'463.--) für die direkte Bundessteuer sowie die Kantons- und Gemeindesteuern als ausserordentliche Einkünfte und unterwarf sie der Jahressondersteuer 2000 beim Übergang von der zweijährigen Vergangenheitsbemessung zur einjährigen Gegenwartsbemessung.
Am 6. März 2002 erhoben A. und B. X.-Y._ Einsprache gegen diese Veranlagungen. Sie machten geltend, die genannten Leistungen seien allesamt als ordentliche Einkünfte einzustufen und somit der Übergangssteuer nicht unterworfen. Dem folgte die Rechtsmittelkommission der Steuerverwaltung insoweit, als sie die regulär in das Jahr 2000 fallenden Bonuszahlungen aus dem S._-Programm (in der Höhe von Fr. 52'326.40) und Fr. 37'947.-- aus dem arbeitsvertraglich vereinbarten Bonussystem für die Jahre 1999 und 2000 von der Sondersteuer ausnahm. Im Übrigen wurde die Einsprache abgewiesen und der steuerbare Betrag auf Fr. 216'100.-- festgesetzt.
Dagegen erhoben die Eheleute X.-Y._ Rekurs und Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zug. Dieses erwog, wie schon die Einsprachebehörde, dass die S._-Bonuszahlungen 1996-98 im Umfang von Fr. 52'326.40 regulär in das Jahr 2000 fielen und somit ordentliche Einkünfte im Lückenjahr darstellten. Dasselbe gelte für die Zahlung von Fr. 50'000.--, bei der es sich entgegen ihrer Bezeichnung nicht um eine ausserordentliche "Ex gratia"-Leistung handle, sondern um den regulären Jahresbonus 1999. Die restlichen Fr. 83'886.60 der S._-Boni 1996-98 und die beiden Leistungen von je Fr. 60'125.-- wären jedoch ohne Beendigung des Arbeitsverhältnisses nicht im Jahr 2000 ausbezahlt worden. Dementsprechend setzte das Gericht den der Sondersteuer 2000 unterworfenen Betrag mit Entscheid vom 19. Dezember 2006 auf Fr. 204'136.60 fest (wovon es noch die durch die Arbeitgeberin schon beglichenen AHV-Beiträge von 5,05 % abzog, was zu einem für die Besteuerung massgeblichen Betrag von Fr. 193'827.70 führte). Insoweit hiess das Gericht die Rechtsmittel der Steuerpflichtigen gut und wies die Sache zur Neuberechnung der Steuerbeträge an die Veranlagungsbehörde zurück. Im Übrigen bestätigte es den Einspracheentscheid.
C. Am 15. Februar 2007 haben A. und B. X.-Y._ beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht. Sie beantragen sinngemäss, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 19. Dezember 2006 insoweit aufzuheben, als die von der Gesellschaft im Jahr 2000 nebst dem regulären Lohn geleisteten Zahlungen als ausserordentliche Einkünfte qualifiziert und der Jahressondersteuer unterworfen worden seien. Die angefochtenen Veranlagungen seien ersatzlos aufzuheben. Eventuell sei die Angelegenheit zu neuem Entscheid - gegebenenfalls nach Durchführung eines zusätzlichen Beweisverfahrens - an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
I. Eintreten, Art des Rechtsmittels, Kognition
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid erging vor dem 1. Januar 2007. Auf das Verfahren ist daher noch das Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) anwendbar (Art. 132 Abs. 1 BGG).
1.2 Letztinstanzliche kantonale Entscheide betreffend die direkte Bundessteuer unterliegen nach der Regelung des OG der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 5 VwVG und Art. 98 lit. g OG sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG; SR 642.11).
Hinsichtlich der kantonalen Steuern ist die Anwendung von § 239 Abs. 3 des Zuger Steuergesetzes vom 25. Mai 2000 (StG/ZG) streitig (ausserordentliche Einkünfte des Jahres 2000 beim Wechsel der zeitlichen Bemessung). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist in diesem Fall ausnahmsweise auch für die kantonalen Steuern die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemäss Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) zu ergreifen. Nach Art. 69 StHG muss nämlich das kantonale Recht insoweit bereits ab dem 1. Januar 1999 und somit vor Ablauf der allgemeinen achtjährigen Übergangsfrist (per 1. Januar 2001; vgl. Art. 72 Abs. 1 und 2 StHG) harmonisiert sein (vgl. StR 59/2004 S. 361 E. 1.2 und S. 367 E. 2.2).
1.3 Angefochten ist der Entscheid, mit dem die letzte kantonale Instanz die an sie gerichtete Beschwerde teilweise gutgeheissen und die Sache zwecks Neuberechnung des Steuerbetrags an die Veranlagungsbehörde zurückgewiesen hat. Ein solcher Rückweisungsentscheid gilt im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde dann als (Teil-)Endentscheid, wenn er eine Grundsatz- oder Teilfrage abschliessend und für die Vorinstanz verbindlich beantwortet (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 324 mit Hinweisen). Das trifft hier für die Qualifikation der verschiedenen Leistungen der Gesellschaft zu. In diesem Punkt kann der vorinstanzliche Entscheid selbständig mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden.
1.4 Anfechtbar ist allerdings im vorliegenden Verfahren ausschliesslich das Urteil des Verwaltungsgerichts als letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (vgl. Art. 98 lit. g OG). Auf das Rechtsbegehren, die Veranlagungsverfügungen seien ebenfalls "ersatzlos aufzuheben", ist deshalb nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 474 f., mit Hinweis).
1.5 Das Bundesgericht überprüft den angefochtenen Entscheid auf Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich einer Überschreitung oder eines Missbrauchs des Ermessens, sowie auf unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 104 OG). An diesen ist es gebunden, wenn ihn eine richterliche Behörde als Vorinstanz nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG). Damit wird die Möglichkeit, vor Bundesgericht neue Tatsachen vorzubringen und neue Beweismittel einzureichen, weitgehend eingeschränkt. Das Bundesgericht lässt diesfalls nur solche neuen Tatsachen und Beweismittel zu, welche die Vorinstanz von Amtes wegen hätte berücksichtigen müssen und deren Nichtbeachtung eine Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften darstellt (vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 552 mit Hinweisen).
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der Kanton Zug ist am 1. Januar 2001 vom System der zweijährigen Vergangenheitsbemessung zu demjenigen der einjährigen Gegenwartsbemessung übergegangen; damit gelten die Art. 208 bis 220 DBG (vgl. Art. 41 DBG i.V.m. § 46 Abs. 1 der Zuger Verordnung vom 30. Januar 2001 zum Steuergesetz). Nach Art. 218 Abs. 1 DBG wird die Einkommenssteuer der natürlichen Personen für die erste Steuerperiode nach dem Wechsel gemäss Art. 41 DBG nach neuem Recht veranlagt. Die beiden Jahre vor dem Systemwechsel, die Jahre 1999 und 2000, fallen in die Bemessungslücke. Für diesen Fall bestimmt Art. 218 Abs. 2 DBG, dass ausserordentliche Einkünfte in der Bemessungslücke für das Steuerjahr, in dem sie zugeflossen sind, einer vollen Jahressteuer unterliegen zum Satz, der sich für diese Einkünfte allein ergibt. Ordentliche Einkünfte fallen dagegen in die Bemessungslücke.
2.2 Als ausserordentliche, der Jahressteuer nach Art. 218 Abs. 2 DBG unterliegende Einkünfte nennt der Absatz 3 dieser Vorschrift Kapitalleistungen, aperiodische Vermögenserträge, Lotteriegewinne sowie ausserordentliche Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von Art. 206 Abs. 3 DBG. Die Aufzählung ist nicht abschliessend, sondern hat beispielhaften Charakter, wie sich aus dem Wortlaut ergibt ("insbesondere"). Art. 218 DBG will verhindern, dass beim Wechsel des Systems der zeitlichen Bemessung ungerechtfertigte Steuervorteile entstehen.
Für die Ausserordentlichkeit von Einkünften nach Art. 218 Abs. 3 DBG hat das Bundesgericht in Anlehnung an das Kreisschreiben Nr. 6 der Eidgenössischen Steuerverwaltung Kriterien aufgestellt (vgl. ASA 72 663 E. 2.1; Kreisschreiben Nr. 6 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 20. August 1999, Ziff. 252, in ASA 68 S. 384): Danach kann sich der ausserordentliche Charakter einer Leistung namentlich aus deren Einmaligkeit ergeben, wie das etwa beim Lotteriegewinn oder bei der Entschädigung für die Aufgabe oder die Nichtausübung einer Tätigkeit der Fall ist. Die Nichtberücksichtigung solcher Leistungen hätte zur Folge, dass sie nie besteuert werden könnten. Ausserordentlich sind auch Einkünfte, die zwar regelmässig fliessen, aber im Vergleich zu den sonstigen Jahren ungewöhnlich hoch scheinen und sich dadurch vom Üblichen abheben. So kann es sich bei Abfindungen für spezielle Leistungen oder bei ausserordentlichen Gratifikationen verhalten. Schliesslich können auch Änderungen in der Verbuchung der Einkommensquelle zu ausserordentlichen Einkünften führen, etwa dann, wenn Rückstellungen aufgelöst oder geschäftsmässig begründete Abschreibungen unterlassen werden. Hingegen sind private Kapitalgewinne auch in der Übergangsperiode steuerfrei.
Ausserordentliche Einkünfte sind solche, die in der Übergangsperiode nicht unbesteuert gelassen werden können, weil sich sonst eine Disparität zwischen Leistungsfähigkeit und effektiver Steuerbelastung ergäbe. Ihr Merkmal ist, dass die steuerpflichtige Person ihr Einkommen gewöhnlich nicht oder nicht in dieser Art und Weise schöpft. Dabei müssen die gesamten Umstände berücksichtigt werden. Pauschale Abgrenzungen verbieten sich in der Regel (vgl. zum Ganzen u.a. StE 2006 B 65.4 Nr. 22 E. 3.2; ASA 73 133 E. 3.1; 72 663 E. 2.1; StR 58/2003 620 E. 5; je mit Hinweisen).
3. 3.1 Streitig sind hier einerseits die Bonuszahlungen aus dem S._-Programm für die Jahre 1996 bis 1998 im Gesamtbetrag von Fr. 136'213.--. Dieses Programm, dem der Beschwerdeführer im Jahr 1996 beigetreten war, sah Leistungen vor, die dem Begünstigten nach einer dreijährigen Vesting-Periode in den darauffolgenden drei Jahren je zu einem Drittel ausgerichtet wurden (vgl. zu den Einzelheiten und genauen Zahlen E. 4a des angefochtenen Entscheids).
3.1.1 Dementsprechend hat das Verwaltungsgericht zu Recht festgehalten, dass nur zwei Teil-Leistungen regulär in das Jahr 2000 fielen: der zweite Drittel der Leistung 1996 sowie der erste Drittel der Leistung 1997, das heisst ingesamt Fr. 52'326.40.
3.1.2 In Übereinstimmung damit hat die Vorinstanz weiter angenommen, dass die sonst noch ausstehenden (Teil-)Leistungen aus dem Programm - d.h. der letzte Drittel 1996, der zweite und dritte Drittel 1997 sowie die gesamten Leistungen ab 1998 - frühestens im Jahr 2001 ausbezahlt werden sollten. Da sie jedoch schon bei der Beendigung des Arbeitsverhältnisses ausgerichtet wurden, sind sie im Jahr 2000 als ausserordentliche Einkünfte zu qualifizieren, und zwar - wie auch schon von der Einsprachebehörde angenommen - in der Höhe des gesamten Restbetrags von Fr. 83'886.60.
Die Beschwerdeführer machen geltend, diese (Teil-)Leistungen müssten ebenfalls von der Sondersteuer 2000 ausgenommen werden. Es ist jedoch nicht ersichtlich, warum gewisse Leistungen bei ihrer Auszahlung besteuert werden sollten und andere schon anlässlich ihrer Gutschrift. Übrigens sind die in den Jahren 1996 bis 1998 gutgesprochenen, aber einstweilen noch zurückbehaltenen Boni nicht schon im Zeitpunkt ihrer jeweiligen Gutschrift deklariert bzw. besteuert worden, was mit den allgemeinen steuerrechtlichen Grundsätzen übereinstimmt: Zwar ist die Fälligkeit der Leistung nicht unbedingt Voraussetzung dafür, dass sich der Einkommenszufluss realisiert hat. Es genügt ein sicherer Anspruch, der aber unbedingt sein muss (vgl. <ref-ruling> E. 2e S. 26; <ref-ruling> E. 4a S. 242; StE 2005 A 24.21 Nr. 16 E. 4.1; mit weiteren Hinweisen). Diese Voraussetzung ist hier jedoch nicht erfüllt. Nach den Bedingungen des S._-Programms verfallen nämlich auch die bereits gutgeschriebenen, aber erst in einem späteren Jahr auszubezahlenden Ansprüche im Falle von Kündigung durch den Arbeitnehmer, Entlassung und vorzeitiger Pensionierung, soweit sie nicht auf Initiative des Arbeitsgebers erfolgt. Die Höhe der effektiven Zahlungen ist überdies vom jeweiligen Wechselkurs abhängig. Dazu kommt, dass sich die Höhe der gutgeschriebenen Beträge je nach der Entwicklung der "earnings per share" verändern kann. Unter diesen Umständen konnte der Beschwerdeführer über die gutgeschriebenen Beträge nicht vor deren Fälligkeit verfügen und das entsprechende Einkommen nicht bereits mit der Gutschrift als realisiert gelten.
3.2 Umstritten ist andererseits die steuerliche Behandlung der drei restlichen, als "ex gratia payments" bezeichneten Leistungen der Gesellschaft im Gesamtbetrag von Fr. 170'250.--.
Die Beschwerdeführer bringen vor, mit diesen Zahlungen seien ausschliesslich ordentliche arbeitsrechtliche Ansprüche beglichen worden: Fixlohn und Zulagen von August bis Oktober 2000; normaler Bonus 1999 (für die Zeit vom 1. April 1999 bis zum 31. März 2000) und 2000 (für die Zeit zwischen dem 1. April 2000 und dem 31. Oktober 2000); arbeitsvertraglicher S._-Bonus für die Zeit vom 1. Juli 1999 bis zum 31. Oktober 2000.
Unzutreffend ist vorab die Behauptung, das Arbeitsverhältnis habe bis zum 31. Oktober 2000 gedauert. Das Verwaltungsgericht hat zu Recht angenommen, dass das Anstellungsverhältnis im gegenseitigen Einvernehmen per Ende Juli 2000 aufgehoben wurde (vgl. E. 3c des angefochtenen Entscheids). Es hat sich dabei auf die Beendigungsvereinbarung vom 8. Juni 2000 sowie auf den mit der Steuererklärung eingereichten Lohnausweis stützen können. Auf die Einvernahme des Personalchefs der Gesellschaft hat das Gericht in antizipierter Beweiswürdigung verzichten dürfen, zumal sich dieser mit der von ihm selbst mitunterzeichneten Vereinbarung vom 8. Juni 2000 in Widerspruch setzen würde, wenn er die Behauptung des Beschwerdeführers bezüglich der Dauer des Arbeitsverhältnisses bestätigen müsste.
Weiter sind hier nur diejenigen Zahlungen als ordentliche Einkünfte zu qualifizieren, die auch ohne Beendigung des Anstellungsverhältnisses im Jahr 2000 ausgerichtet worden wären. Wie das Verwaltungsgericht zutreffend festgehalten hat, gilt das - abgesehen von den genannten zwei Teilleistungen 1996 und 1997 aus dem S._-Programm (vgl. oben E. 3.1.1) - ausschliesslich für den regulären Jahresbonus 1999. Bei dessen Berechnung hat die Vorinstanz durchaus mitberücksichtigt, dass der Beschwerdeführer nach seiner Kündigung zu den Geschäftszahlen der Gesellschaft keinen Zugang mehr hatte. Für die notwendige Schätzung hat sich das Gericht massgeblich auf die Höhe der in den Vorjahren ausbezahlten Boni gestützt, die sich für 1996 bis 1998 im Durchschnitt auf Fr. 42'230.-- beliefen. Überdies hat es annehmen dürfen, dass die Zahlung von Fr. 50'000.-- dem Jahresbonus 1999 entsprach: Diese Leistung wurde per Ende April 2000 ausgerichtet, d.h. genau zu dem Zeitpunkt, für den die Arbeitgeberin die entsprechende Bonuszahlung angekündigt hatte. Zudem stimmte der Betrag ungefähr mit der Höhe der Boni überein, die in den drei Vorjahren ausbezahlt worden waren.
Weshalb der Beschwerdeführer - anders als in den Vorjahren - Anspruch auf den maximal möglichen Bonus gehabt hätte, wird in der Beschwerde nicht substantiiert dargetan und ist auch nicht ersichtlich. Insbesondere legt der Beschwerdeführer keine Unterlagen vor, aus denen sich die Bemessungsgrundlagen des Bonus ergäben und woraus sich dieser berechnen liesse. Deshalb kam ohnehin nur eine ermessensweise Berechnung in Frage. Darüber hätte auch nicht Beweis abgenommen werden müssen; der Antrag auf Einholung eines Gutachtens wäre im Übrigen neu und daher unbeachtlich (vgl. oben E. 1.5). Zudem hätte der Maximalbonus höchstens 40 % des Grundlohns betragen, so dass entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers die restlichen Lohnbestandteile nicht in die Berechnung einzubeziehen wären. Die Vorinstanz hat jedenfalls das ihr zustehende Ermessen nicht überschritten, wenn sie den Bonus auf Fr. 50'000.-- festgesetzt hat. Damit muss aber der darüber hinaus ausbezahlte Betrag von Fr. 120'250.-- ausserordentlichen Charakter haben.
3.3 Soweit das Verwaltungsgericht die verschiedenen (Teil-)Leistungen als ordentlich bzw. ausserordentlich eingestuft hat, verstösst seine Qualifikation nach dem Gesagten nicht gegen Bundesrecht. Es besteht auch kein Grund, von den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz abzuweichen (vgl. oben E. 1.5).
III. Kantonale Steuer
4. In Bezug auf den Begriff der "ausserordentlichen Einkünfte" weichen Art. 218 Abs. 3 DBG und Art. 69 Abs. 3 StHG sowie § 239 Abs. 3 des Zuger Steuergesetzes vom 25. Mai 2000 (StG/ZG) nicht voneinander ab. Solche Einkünfte unterliegen einer Sondersteuer aufgrund des Wechsels der zeitlichen Bemessung (vgl. Art. 218 Abs. 2 DBG, Art. 69 Abs. 2 StHG, § 239 Abs. 1 StG/ZG). Die Regelung von Art. 69 StHG will aus Gründen der Rechtsgleichheit und der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit ebenfalls sicherstellen, dass im Jahr vor dem Systemwechsel nicht Einkünfte der Besteuerung entgehen, die (aus welchen Gründen auch immer) ausserhalb des üblichen Rahmens liegen und deshalb nicht als mit der Vorjahresbemessung hinreichend erfasst gelten können (vgl. u. a. StR 59/2004 S. 361, E. 3.1, 3.2 in fine, S. 367, E. 4.1.2, 4.3; mit Hinweisen). Ein solcher Fall liegt hier vor; für die kantonalen Steuern gilt grundsätzlich dasselbe wie das zur direkten Bundessteuer Gesagte.
IV. Kosten und Entschädigung
5. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet.

erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. November 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Matter