Faits :
A. Les Installations sportives et touristiques de Crans-sur-Sierre (ISTC; ci-après: l'assujetti ou l'intimé) ont été immatriculées dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995.
Les Installations sportives et touristiques de Crans-sur-Sierre sont nées d'une "convention et acte de cession" du 12 juin 1979, conclue entre la Société de sports et de développement de Crans, d'une part, et les communes de Chermignon, de Lens et d'Icogne, d'autre part. En vertu de cette convention, la société précitée cédait aux trois communes des immeubles d'une surface de l'ordre de 30'000 m2 sis sur le territoire de la commune de Lens, ainsi que les installations aménagées sur ces fonds: golf, tennis, piscine, patinoire et curling, jeu de la boule, moitié d'une piste de fond. Plus précisément, les biens transférés étaient les suivants (p. 2 de la "note concernant les équivalences d'investissement", faisant partie du rapport de révision de la fiduciaire lamon & renggli relatif aux comptes 1995/1996 de l'assujettie, pièce jointe au recours de l'assujettie du 1er septembre 2004 no 8a):
- Une partie des parcelles sur lesquelles se trouvait le parcours de golf, représentant une surface totale de 30'220 m2;
- deux parcelles (2'716 m2 au total) correspondant à 90% des surfaces de tennis;
- la surface de la piscine, soit environ 1'000 m2;
- un mazot situé sur le parcours de golf, ainsi que les constructions du driving range;
- les aménagements permettant l'exploitation de la piscine;
- les aménagements du curling;
- le matériel et les machines du jeu de golf, de la piscine, de la patinoire, de la piste de fond et du jeu de la boule.
Les communes devenaient copropriétaires de ces biens à raison de 47,5% chacune pour celles de Chermignon et de Lens et de 5% pour celle d'Icogne; elles convenaient que ces biens ne pourraient être vendus, aliénés ou grevés sans l'accord unanime des copropriétaires (art. 4 de la convention). En contrepartie, les communes reprenaient solidairement entre elles les dettes de la société précitée à hauteur de aaa fr. (art. 2).
Selon un projet de convention entre les communes de Chermignon, de Lens et d'Icogne, non daté mais se référant à une réunion de leurs conseils municipaux qui devait avoir lieu le 19 février 1981, les communes en question ont décidé la création d'un comité chargé de gérer les installations dont elles étaient copropriétaires en vertu de la convention du 12 juin 1979 (art. 4 en relation avec l'art. 2 du projet de convention). Ce comité de gestion était composé de sept membres, à savoir trois membres du Conseil municipal de Chermignon, autant de celui de Lens et un membre du Conseil municipal d'Icogne (art. 5). Ses tâches étaient les suivantes (art. 7):
- gérer les biens mentionnés dans la convention du 12 juin 1979;
- exploiter le jeu de golf; l'art. 11, prévoyant la conclusion d'un accord spécial avec le Golf-Club de Crans-sur-Sierre, était réservé;
- exploiter pour le compte des communes le jeu de la boule;
- aménager et entretenir les chemins de tourisme pédestre, promenades, bancs, jardins publics, places de jeux, etc.;
- de manière générale, assumer les tâches que la loi du 13 novembre 1975 sur l'organisation de l'Union valaisanne du tourisme et des sociétés de développement (Recueil des lois, décrets et arrêtés du canton du Valais 1975 p. 99 ss) attribuait aux communes, pour autant que ces tâches ne soient pas dévolues à la Société de développement de Crans et sous réserve des art. 8 et 9 du projet de convention (l'art. 8 réservait certaines compétences aux conseils municipaux des communes concernées; l'art. 9 réglait le cas où une tâche était assumée par une ou deux des communes en question elles-mêmes).
Le comité de gestion était également chargé d'engager le personnel nécessaire à l'exploitation des installations (art. 7 ch. 7).
Parmi les tâches que la loi du 13 novembre 1975 sur l'organisation de l'Union valaisanne du tourisme et des sociétés de développement attribuait aux communes figuraient la perception et l'utilisation des taxes de séjour (art. 3 al. 3).
Le produit des taxes de séjour devait être affecté en priorité aux charges suivantes (art. 12 al. 1, 13 al. 2 et 14 al. 1 du projet de convention):
- couvrir les frais d'encaissement de la taxe;
- indemniser la Société de sports et de développement de Crans de ses frais d'information et d'animation;
- aménager et entretenir les chemins de tourisme pédestre, les promenades, etc.;
- couvrir le déficit des tennis, de la patinoire et de la piscine ainsi que de la piste de ski de fond;
- couvrir les intérêts et les frais financiers;
- payer les indemnités, jetons de présence etc. des membres du comité de gestion;
- financer les nouveaux investissements.
Compte tenu de ce qui précède, une partie du produit des taxes de séjour était versée à la Société de sports et de développement de Crans, alors que l'autre restait acquise à l'assujetti.
Selon l'art. 12 al. 2, le comité devait veiller, dans la mesure du possible, "à ce que le jeu de golf soit financièrement équilibré, compte tenu des intérêts et amortissements du capital investi [...] et de la location des terrains copropriétés des 3 communes [...], ainsi que des services rendus pour les promenades, ski de fond, etc., et des éventuelles contributions d'autres communes".
L'art. 14 al. 2 et 3 réglait le sort des excédents d'exploitation: ceux-ci devaient être affectés, "dans la mesure du possible et après amortissements des actifs, au renouvellement du matériel et des installations ou à de nouveaux investissements [...]". Le solde devait être en principe réparti entre les communes en fonction de leurs parts de copropriété.
Jusqu'au début des années 1990, l'assujetti a exploité seul les installations de golf. Dès 1991/1992, il les a exploitées avec le Golf-Club de Crans-sur-Sierre (ci-après: le Golf-Club), association qui a pour but "la pratique du jeu de golf et son développement dans les stations de Crans-sur-Sierre - Montana et les régions avoisinantes" (art. 3 des statuts). Les charges d'exploitation et les investissements (à l'exception des immeubles immatriculés au nom des communes) étaient supportés pour moitié par l'assujetti et pour moitié par le Golf-Club. Le comité de sept membres a été élargi à des représentants du Golf-Club ainsi que du syndicat des propriétaires des terrains (p. 3 de la "note concernant les équivalences d'investissement", précitée).
Dans le questionnaire pour l'assujettissement à la TVA, rempli le 27 janvier 1995, les Installations sportives et touristiques de Crans-sur-Sierre ont indiqué qu'elles constituaient un "organisme intercommunal" dont les activités consistaient à gérer des installations sportives et à encaisser la taxe de séjour. Elles employaient 35 personnes, dont 6 engagées de manière fixe et 29 auxiliaires, et avaient réalisé un chiffre d'affaires de l'ordre de bbb fr. en 1994.
Les Installations sportives et touristiques de Crans-sur-Sierre ont été dissoutes avec effet au 31 décembre 2002. L'exploitation des installations a été reprise par Crans-Montana Exploitation (piscine et patinoire) ainsi que par le Golf-Club (courrier du 13 juin 2005 de Crans-Montana Exploitation à l'Administration fédérale des contributions, pièce jointe au recours no 14).
B. En juillet 1998, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou la recourante) a procédé auprès de l'assujetti à un contrôle portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1995 au 2ème trimestre 1998. Au terme de ce contrôle, elle a établi un décompte complémentaire de ccc fr. plus intérêts. Ce montant s'obtenait comme suit:
1. Chiffres d'affaires non imposés: participations du Golf-Club de Crans-sur-Sierre (montant d'impôt d'env. ddd), taxes de séjour (env. eee) et divers (fff), au total
ggg
2. participations des communes, considérées à tort comme des subventions et non imposées
hhh
3. déduction injustifiée de l'impôt préalable
iii
4. réduction de l'impôt préalable déductible pour double affectation devenue inutile en raison de la reprise 2) et supprimée
-jjj
Total
ccc
L'assujetti a contesté les reprises portant sur les chiffres d'affaires non imposés (participations du Golf-Club de Crans-sur-Sierre et taxes de séjour), à l'exclusion des divers (montant d'impôt de fff fr.), ainsi que les reprises ayant pour objet les participations des communes. Par ailleurs, il a fait grief à l'Administration fédérale de n'avoir pas pris en considération d'office une facture de A._ d'un montant de nnn fr., dont il avait omis de mettre en compte l'impôt préalable de lll fr. Enfin, il a relevé qu'il avait imposé intégralement le prix des abonnements et les green fees, qui constituaient, selon lui, les contre-prestations versées par les usagers du parcours de golf pour la mise à disposition des parcelles de terrain lui appartenant et des installations. Or, de son point de vue, en vertu du principe de l'exclusion de la valeur du sol, seule la mise à disposition des installations était soumise à l'impôt. Il soutenait donc que la mise à disposition des parcelles de terrain avait été imposée à tort, ce qui représentait un montant d'impôt versé en trop de mmm fr. L'assujetti a conclu à ce que le décompte complémentaire soit annulé et à ce que, au vu des éléments nouveaux (facture de A._ et imposition de la mise à disposition des installations de golf excluant la valeur du sol), l'Administration fédérale admette l'existence d'un solde en sa faveur de kkk (fff + iii - [jjj + lll + mmm] = - kkk) pour les périodes fiscales en cause.
Par décision du 13 juillet 1999, l'Administration fédérale a confirmé le décompte complémentaire et rejeté les conclusions de l'assujetti. Ce dernier a formé réclamation en prenant les mêmes conclusions. Par décision du 1er juillet 2004, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation dans toutes ses conclusions et confirmé le décompte complémentaire.
Le 1er septembre 2004, l'assujetti a interjeté recours contre cette décision auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours). Il a conclu à son annulation partielle, l'autorité saisie étant invitée à dire que les recettes provenant des taxes de séjour, les participations du Golf-Club et celles des trois communes concernées n'étaient pas soumises à l'impôt.
C. Par décision du 31 mai 2006, la Commission de recours a admis le recours et annulé la décision sur réclamation du 1er juillet 2004, sous réserve du considérant 1c, où il était question de la facture de A._, point qui n'était plus contesté et sur lequel la décision sur réclamation était par conséquent entrée en force. Après avoir relevé que l'assujetti ne contestait plus être une société simple, la Commission de recours a estimé que les montants qui lui avaient été versés par les trois communes concernées étaient typiques d'une opération d'apport et non d'un échange de prestations. Partant, ils n'étaient pas imposables. La Commission de recours a motivé son point de vue notamment par le fait que les montants réclamés correspondaient systématiquement au "niveau d'intéressement" de la commune concernée, les "factures" émises par l'assujettie constituant en réalité un "calcul de participation". S'agissant des montants versés par le Golf-Club, la Commission de recours a observé que, selon les déclarations de l'assujetti, celui-ci formait avec le Golf-Club une société simple pour l'exploitation des installations de golf, dont ce dernier était devenu copropriétaire à raison de 50%. Les montants versés par le Golf-Club représentaient des apports et n'étaient pas imposables. De son point de vue, l'échange de prestations avait lieu entre l'assujetti - qui encaissait les green fees - et les joueurs. Quant aux taxes de séjour, la Commission de recours a relevé que l'assujetti les encaissait au nom et pour le compte des communes concernées et n'en conservait qu'une partie. De son point de vue, cette part du produit de la taxe de séjour représentait un apport et non une contre-prestation des communes membres de l'assujetti. Si, comme le prétendait l'Administration fédérale, il ne s'agissait pas d'un apport, elle devait être qualifiée de subvention au sens de l'<ref-law>. Dans les deux cas, il n'y avait donc pas d'échange de prestations imposable.
D. Agissant par la voie du recours de droit administratif, l'Administration fédérale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler partiellement cette décision (conclusion 1). Elle prend également les conclusions suivantes:
2) Dire et prononcer que la décision sur réclamation de l'AFC du 1er juillet 2004 est entrée en force en ce qui concerne le refus de la déduction de l'impôt préalable relatif à une facture de A._ portant sur un montant de Fr. nnn.--.
3) Dire et prononcer que la décision sur réclamation de l'AFC du 1er juillet 2004 est entrée en force en ce qui concerne la base d'imposition de la mise à disposition des installations de golf aux utilisateurs.
4) Dire et prononcer que la créance fiscale de l'AFC n'est pas contestée en ce qu'elle porte sur les montants de Fr. fff et Fr. iii taxe sur la valeur ajoutée plus intérêt moratoire.
5) Dire et prononcer que les participations à la couverture du déficit et aux frais d'investissement ainsi que les rétrocessions des taxes de séjour consenties par les communes de Chermignon, Lens et Icogne entraînent une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
6) Dire et prononcer que les participations du Golf-Club Crans-sur-Sierre sont soumises à l'impôt."
Elle dénonce une violation des art. 4, 26 al. 1 et 6 lettre b ainsi que 30 al. 6 OTVA.
La Commission de recours a renoncé à déposer des observations. L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sous suite de frais et dépens.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. La loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ) demeure applicable en l'espèce (<ref-law>).
1.1 Dirigé contre une décision finale qui a été prise par une commission fédérale de recours (art. 98 lettre e OJ) et qui est fondée sur le droit public fédéral, le présent recours, qui a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, est recevable en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que des <ref-law> et 66 al. 1 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 2001; RS 641.20).
En vertu des <ref-law> et 66 al. 2 LTVA, l'Administration fédérale a qualité pour recourir (art. 103 lettre b OJ).
1.2 Le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'abus ou l'excès du pouvoir d'appréciation (art. 104 lettre a OJ). Le Tribunal fédéral vérifie d'office l'application du droit fédéral, sans être lié par les motifs invoqués par les parties ni, en matière de contributions publiques, par leurs conclusions (art. 114 al. 1 in fine OJ). Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ).
1.3 S'agissant des participations des communes et du produit de la taxe de séjour, l'intimé relève que la recourante admet désormais que ces montants ont été versés en dehors de tout échange de prestations et échappent ainsi à l'imposition, mais soutient nouvellement qu'il s'agit de subventions entraînant une réduction du droit à la déduction de l'impôt préalable. L'intimé observe que cette question n'a pas fait l'objet de la décision attaquée, de sorte que la (nouvelle) conclusion de la recourante serait irrecevable.
La conclusion de la recourante est liée à une nouvelle qualification juridique des participations des communes ainsi que de la part du produit de la taxe de séjour laissée à l'intimée, requalification qui entraîne des conséquences juridiques différentes. Il n'y a pas pour autant modification ou extension de l'objet du litige. Du reste, la Commission de recours avait elle-même déjà envisagé la qualification de subsides s'agissant du produit de la taxe de séjour. Dès lors, la conclusion en cause est recevable.
2. L'intimé relève que la recourante a, par courrier du 7 juin 2006, soit après le prononcé de la décision attaquée, adressé une demande officielle de renseignements, fondée sur l'art. 61 al. 2 lettre c LTVA, au Golf-Club. Pour le cas où ils seraient allégués, l'intimé soutient que ces nouveaux éléments de fait sont irrecevables.
La recourante n'ayant pas produit, après le dépôt de son recours, d'écriture contenant des allégués de fait nouveaux, il n'est pas nécessaire de se prononcer sur leur recevabilité. Au demeurant, il convient de rappeler que lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est en principe lié par les faits constatés dans la décision attaquée (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ).
3. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi fédérale du même nom, du 2 septembre 1999, entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'<ref-law>, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1995 au 2ème trimestre 1998.
4. La décision sur réclamation du 1er juillet 2004 a confirmé le décompte complémentaire et rejeté la réclamation dans toutes ses conclusions, y compris celles relatives à la déduction de l'impôt préalable transféré par la facture de A._ et à une imposition réduite de la mise à disposition des installations de golf. L'intimé a déféré cette décision à la Commission de recours seulement en ce qui concerne les recettes provenant de la taxe de séjour, les participations du Golf-Club et celles des communes. La décision sur réclamation est donc entrée en force pour le reste, à savoir pour ce qui est de la facture de A._, de l'imposition de la mise à disposition des installations de golf, du montant d'impôt de fff fr. correspondant à des chiffres d'affaires "divers" non imposés ainsi que du montant d'impôt préalable de iii fr. déduit à tort. Or, dans le dispositif de la décision entreprise, l'autorité intimée a annulé la décision sur réclamation dans son intégralité, à la seule exception du point concernant la facture de A._. Apparemment par inadvertance, elle n'a pas réservé les trois autres points qui viennent d'être cités, qui n'étaient plus contestés et sur lesquels la décision sur réclamation était par conséquent entrée en force. Il convient donc d'abord de constater que la conclusion 2) de la recourante est sans objet, puis d'annuler la décision entreprise en tant qu'elle porte sur les trois autres points, en faisant droit aux conclusions 3) et 4) de la recourante.
5. 5.1 Sont notamment soumises à la TVA, à moins d'être expressément exclues de son champ d'application, les livraisons de biens et les prestations de services qu'une entreprise effectue à titre onéreux sur territoire suisse (<ref-law>). Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation, entre lesquelles doit exister un rapport économique étroit, ce qui est le cas notamment si l'échange de prestations repose sur un contrat (<ref-ruling> consid. 4a, 443 consid. 6a).
La notion d'échange de prestations revêt une importance particulière lorsqu'il s'agit de savoir si, à la prestation fournie, correspond une contre-prestation ou une subvention.
5.2 Les subventions sont des versements des pouvoirs publics qui visent à inciter leur bénéficiaire à adopter une certaine attitude ou à effectuer certaines tâches dans un but d'intérêt public. Hormis le comportement attendu de leur bénéficiaire, ces montants sont alloués « gratuitement », c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui les verse (<ref-ruling> consid. 6c; 2A.273/2004, RF 61/2006 p. 239, consid. 2.3; cf. également art. 8 de l'ordonnance du Conseil fédéral du 29 mars 2000 relative à la LTVA [OLTVA; RS 641.201]). Les dons ressemblent aux subventions par le fait que leur auteur entend, par son attribution, donner au bénéficiaire les moyens d'exercer son activité. Le donateur n'agit pas afin que le bénéficiaire lui fasse une prestation déterminée, mais en vue de promouvoir son activité en général (<ref-ruling> consid. 8a et 8b; 2A.526/2003, RF 59/2004 p. 789, consid. 1.1).
S'agissant des contributions versées par une commune à un "Kur- und Verkehrsverein", le Tribunal fédéral a distingué entre celles qui servaient à l'aménagement et à l'entretien de chemins de randonnée, pistes de ski de fond, patinoires naturelles et à la couverture du déficit de centres de congrès, d'une part, et celles affectées à l'entretien et au déneigement des routes, d'autre part. Il a considéré que les premières servaient à la promotion du tourisme et poursuivaient, partant, un but d'intérêt public (économique), de sorte qu'il s'agissait de subventions. L'entretien et le déneigement des routes constituant des tâches communales, qui étaient assumées par le "Kur- und Verkehrsverein" sur une base contractuelle, les secondes s'inscrivaient en revanche dans un échange de prestations (2A.233/1997, Archives 71 p. 157, RF 56/2001 p. 55, RDAF 2003 II p. 256, consid. 9).
Les subventions et dons visent à encourager et soutenir une activité qui ne serait pas viable par elle-même ou la commercialisation de produits ou de services à un prix réduit par rapport au marché; ils représentent des recettes supplémentaires qui complètent les chiffres d'affaires (imposables, exclus ou exonérés) du bénéficiaire (<ref-ruling> consid. 7.1).
Les subventions ne font pas partie de la contre-prestation imposable (<ref-law>) et ne sont donc pas soumises à la TVA. En vertu de l'<ref-law>, l'assujetti qui reçoit des subventions doit réduire proportionnellement l'impôt préalable déductible. Cette réduction tient compte du fait que, dans la mesure où leur prix est diminué par une subvention, la livraison de certains biens ou la fourniture de certaines prestations ne génèrent pas de contre-prestation imposable, donnant droit à la déduction de l'impôt préalable selon l'<ref-law>. Il importe d'empêcher la récupération de cet impôt, afin d'éviter que les assujettis bénéficiant de subventions puissent inscrire un surplus d'impôt préalable dans chaque décompte et qu'ils soient ainsi mis au bénéfice d'un autre « subventionnement » indirect (<ref-ruling> consid. 6d p. 454; cf. aussi le rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national concernant l'initiative parlementaire « Loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée [Dettling] », FF 1996 V 701 ss, ad art. 36 al. 7). Les dons sont soumis au même régime que les subventions (<ref-ruling> consid. 8).
5.3 Les apports représentent des opérations de financement permettant à la société qui les obtient d'exercer une activité génératrice de plus-value en suivant les lois du marché. A la différence des subventions et des dons, ils ne représentent donc pas des chiffres d'affaires complémentaires (<ref-ruling> consid. 5.1 et 7.1).
Les actionnaires ou associés qui procèdent à des apports n'entretiennent pas des relations bénévoles ou gratuites avec la société, car ils comptent bénéficier d'un retour sur les investissements qu'ils consentent. En effectuant les apports, ils acquièrent une participation au capital de la société, avec les droits et les obligations correspondants.
Selon la doctrine suisse, les apports sont considérés comme des activités ne relevant pas de la TVA ("activités qui ne sont pas considérées comme des transactions" au sens de l'<ref-law>). La jurisprudence n'a pas tranché définitivement le point de savoir si tel est le cas ou s'ils doivent être considérés comme exclus du champ de l'impôt, comme le sont les crédits (<ref-law>; <ref-law>). Quoi qu'il en soit, ils ne donnent en principe pas droit à la déduction de l'impôt préalable des opérations qui sont en relation directe avec eux: la charge fiscale grevant les opérations d'amont (p. ex. les prestations de conseil) qui sont utilisées pour réaliser le financement n'est en principe pas déductible. En revanche, il n'y a pas lieu de réduire la déduction de l'impôt préalable grevant les biens et services acquis à l'aide des apports (<ref-ruling> consid. 6.2, 6.4 et 7.1).
6. S'agissant des contributions des communes, la recourante se range à l'avis de l'autorité intimée selon lequel elles ne s'inscrivent pas dans un échange de prestations et échappent ainsi à l'imposition. En revanche, la recourante conteste que ces contributions constituent des apports et les qualifie de subventions. A son avis, elles ne constituaient pas des apports, "dès lors qu'elles étaient destinées - non pas à la rentabilisation de la société - mais à la couverture annuelle des frais courants de l'assujettie (déficit et investissements) et visaient la promotion d'un intérêt public, soit la mise à la disposition des citoyens des installations sportives intercommunales". En consentant ces contributions, les communes agissaient ainsi en tant que collectivités publiques et non en qualité d'associées. En tant que subventions, ces contributions entraînaient une réduction de l'impôt préalable déductible.
Quant aux contributions du Golf-Club consistant à prendre en charge la moitié du déficit d'exploitation et des investissements du golf ainsi qu'une partie des charges salariales, la recourante conteste que l'intimé et le Golf-Club aient formé une société simple tacite ayant pour but d'exploiter les installations de golf. A son avis, l'intimé n'avait pas rapporté la preuve de l'existence d'une telle société. Au demeurant, s'agissant d'une société simple tacite, il ne saurait y avoir d'opérations, au sens du droit de la TVA, entre la société et ses membres. Par conséquent, à supposer que l'on ait dû admettre l'existence d'une telle société, les contributions du Golf-Club n'étaient pas versées à cette société, mais à l'intimé. Ces contributions s'inscrivaient dans un rapport d'échange: elles représentaient la contrepartie du droit préférentiel d'accès aux installations de golf que l'intimé accordait aux membres du Golf-Club. Ce dernier devait en effet acquérir un tel droit, puisque, contrairement aux allégations de l'intimé, il n'était pas devenu copropriétaire pour moitié des installations en question, ce qui aurait supposé l'accord unanime des trois communes parties à la convention du 12 juin 1979. Du moment que les contributions en cause étaient effectuées dans le cadre d'un rapport d'échange, elles étaient imposables. La recourante relève encore qu'à supposer qu'elles ne se soient pas inscrites dans un échange de prestations, ces contributions entraînaient la réduction de l'impôt préalable déductible.
7. 7.1 Le litige porte d'abord sur la nature des contributions des communes, qui sont de deux ordres: d'une part, leurs participations régulières à la couverture du déficit d'exploitation et aux frais d'investissement, d'autre part, la partie du produit des taxes de séjour qui restait acquise à l'intimé.
L'exploitation par l'intimé des infrastructures sportives et touristiques dont les communes concernées étaient copropriétaires servait à la promotion du tourisme et poursuivait ainsi un but d'intérêt public (économique). Il s'agissait d'une activité en général non rentable. En effet, selon les allégations de l'intimé, durant la période allant de 1981 à 1997, celui-ci a réalisé un bénéfice en 1981, 1982, 1984 et 1985. Les autres années, son activité a été déficitaire (cf. les résultats à la p. 3 du courrier du 27 août 1998 de la fiduciaire lamon & renggli à l'Administration fédérale, pièce jointe au recours no 3). Ainsi, durant les périodes fiscales en cause (s'agissant des deux premiers trimestres 1998, les résultats de l'exercice 1998 ne ressortent pas du dossier, mais l'intimé n'a pas allégué que celui-ci aurait été bénéficiaire) et pendant les dix années qui les ont précédées, l'activité de l'intimé ne paraît pas avoir été viable économiquement.
Il ressort du document annexé au décompte complémentaire que les communes effectuaient un premier versement sur la base du budget de l'exercice et un second au terme de l'exercice, en vue de couvrir le déficit d'exploitation. Dès 1990, ces montants ont été financés par le biais du budget des communes concernées, et non plus à l'aide de crédits bancaires (p. 2 du courrier du 27 août 1998 de la fiduciaire lamon & renggli à l'Administration fédérale, pièce jointe au recours no 3). Comme le relève l'autorité intimée, ces montants étaient versés sur la base de décomptes de répartition, et non de factures.
Les contributions en cause étaient ainsi versées par des communes, dans le but de financer une activité d'intérêt public, qui n'était généralement pas rentable. Les communes n'attendaient pas un retour direct sur investissements; elles pouvaient tout au plus escompter des "retombées" indirectes, liées au développement du tourisme, telles que des recettes fiscales supplémentaires. Dans ces conditions, ces contributions doivent être qualifiées de subventions et non d'apports. Le seul fait que les communes concernées se sont regroupées pour exploiter les infrastructures en question, en créant un organisme commun - dont la nature juridique n'a pas à être examinée plus avant (il pouvait s'agir d'une société simple, mais avec la particularité que ses membres étaient des collectivités publiques) -, et que les montants en cause ont été versés en exécution des obligations contractées au sein de cet organisme, en fonction de l'intéressement de chaque commune, ne suffit pas à les qualifier d'apports au sens du droit de la TVA. Le financement que des collectivités publiques membres d'un tel organisme lui procurent représente un subventionnement, lorsque, comme en l'espèce, ce dernier poursuit un but d'intérêt public, en exerçant une activité qui n'est généralement pas rentable. Au demeurant, selon le rapport de révision, l'intimé avait lui-même considéré les contributions des communes - à l'exclusion de la part du produit des taxes de séjour - comme des subventions.
Dans la mesure où les montants en question complètent les chiffres d'affaires générés par les infrastructures exploitées par l'intimé, il convient de réduire l'impôt préalable grevant les charges d'exploitation. Sur ce point, le recours doit être admis.
En ce qui concerne la taxe de séjour, le produit devait en revenir aux communes en tant que détentrices de la souveraineté fiscale. La part que celles-ci laissaient à l'intimé représentait donc également une forme de subventionnement, dont le sort fiscal était identique à celui des contributions mentionnées ci-dessus. Les considérations faites à propos de ces dernières valent donc également pour la part du produit des taxes de séjour qui restait acquise à l'intimé.
7.2 Pour ce qui est des contributions du Golf-Club, la question est de savoir si elles constituent des contre-prestations (imposables) ou des apports, voire des dons.
Il ressort du dossier qu'à partir de 1991/92, l'intimé et le Golf-Club ont supporté chacun la moitié des investissements (à l'exclusion de ceux se rapportant aux immeubles immatriculés au nom des communes) et des charges d'exploitation des installations de golf. Un protocole d'accord a apparemment été établi (p. 3 de la "note concernant les équivalences d'investissement", précitée), qui ne figure pas au dossier (il était l'un des objets de la demande de renseignements que la recourante a adressée au Golf-Club le 7 juin 2006).
La collaboration entre l'intimé et le Golf-Club portait seulement sur les installations de golf. Elle poursuivait donc un but différent (plus restreint) de celui que les trois communes concernées s'étaient donné en créant l'intimé. Cela impliquait en théorie la création d'une nouvelle entité, plutôt que l'adhésion du Golf-Club à l'intimé. Il ressort toutefois du dossier qu'à cette époque le comité de gestion qui dirigeait l'intimé a été élargi à des représentants du Golf-Club (ainsi que du syndicat des propriétaires des terrains sur lesquels se trouvait le parcours de golf). On ignore toutefois quels étaient les droits de ces représentants au sein du comité.
Au demeurant, l'intimé affirme, sans l'établir, que le Golf-Club aurait obtenu en échange de ses contributions des droits réels sur les installations de golf. Cela était en tout cas exclu pour les immeubles immatriculés au nom des communes, sur lesquels se trouvait le parcours de golf, et, en vertu du principe de l'accession, pour les constructions sises sur ces immeubles (<ref-law>); un éventuel droit de propriété n'aurait pu porter que sur des constructions mobilières (cf. Paul-Henri Steinauer, Les droits réels, t. II, 3ème éd., Berne 2002, n. 1623).
Quoi qu'il en soit, la participation du Golf-Club aux frais d'exploitation et d'investissements du golf ne fondait nullement d'éventuels droits sociaux. Dans ces conditions, on ne saurait admettre que le Golf-Club ait formé avec l'intimé une société simple - tacite ou non - ou toute autre entité créée dans le but commun d'exploiter les installations de golf. A cet égard, l'intimé ne saurait invoquer l'art. 105 al. 2 OJ et se prévaloir du fait que l'autorité intimée est parvenue à la conclusion contraire, car le point de savoir si l'existence d'une telle société est établie au vu des éléments ressortant du dossier relève du droit et non du fait. Dès lors que l'existence d'une société simple ou d'une autre forme de société n'est pas démontrée, les contributions en cause ne constituent pas des apports.
A supposer d'ailleurs que l'on admette l'existence - alléguée par l'intimé - d'une société simple tacite, cela ne lui serait vraisemblablement d'aucune aide. En effet, faute d'apparaître comme telle vis-à-vis de l'extérieur, une société simple tacite ne constitue pas un contribuable TVA et ses opérations sont attribuées à (aux) l'associé(s) apparent(s) (2A.520/2003, RF 60/2005 p. 244, RDAF 2005 II p. 75 consid. 2.2 i.f.; Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, n. 1027; concernant l'ancien impôt sur le chiffre d'affaires, voir Dieter Metzger, Handbuch der Warenumsatzsteuer, Muri/Berne 1983, n. 148). Dans ces conditions, il est très douteux que l'on puisse admettre l'existence d'apports à une telle société en droit de la TVA.
L'intimé ne soutient plus dans sa détermination que les contributions litigieuses auraient représenté en partie le remboursement d'une dette remontant aux années 1991/92.
L'intimé ne conteste pas dans sa détermination que les membres du Golf-Club bénéficiaient, de sa part à lui qui encaissait les green fees, de conditions préférentielles d'accès au parcours (question que l'autorité intimée n'a pour sa part pas eu besoin de trancher). On doit donc admettre, avec la recourante, que ces conditions préférentielles constituaient des prestations en faveur des membres du Golf-Club, dont lesdits green fees étaient complétés par les contributions litigieuses consenties par le Golf-Club (cf. art. 26 al. 2 1ère phr. OTVA). On voit mal, en effet, que des contributions aussi importantes aient été consenties sans contrepartie. Elles étaient certes versées par une association qui ne pouvait par définition poursuivre un but économique (<ref-law>); il n'empêche qu'une telle personne morale doit veiller, en réalisant son but, qui est en l'occurrence "la pratique du jeu de golf et son développement dans les stations de Crans-sur-Sierre - Montana et les régions avoisinantes", à promouvoir les intérêts de ses membres. Du moment qu'elles étaient consenties en échange de prestations en faveur des membres, les contributions en cause constituaient bien des contre-prestations, et non des subventions.
8. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, dans la mesure où il n'est pas sans objet. La cause est renvoyée à la recourante pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Les frais de justice, d'un montant de 3'000 fr., seront supportés par l'intimé (art. 153, 153a et 156 al. 3 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Dans la mesure où il n'est pas sans objet, le recours est admis dans le sens des considérants. La décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 31 mai 2006 est annulée, à l'exception des termes "sous réserve du considérant 1c" du chiffre 1 in fine du dispositif.
2. La cause est renvoyée à l'Administration fédérale des contributions pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
3. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (pour adresse Tribunal administratif fédéral).
Lausanne, le 18 janvier 2007
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: