Fatti:
A. Dal 1980 A._ è proprietario nel Comune di Bioggio della particella xxx. Sul fondo, di complessivi 1'074 m2, sorgono, tra l'altro, una casa d'abitazione e un'autorimessa, oltre ad alberi e arbusti di vario genere.
Nell'ambito della procedura di revisione del piano regolatore di Bioggio, con risoluzione del 17 giugno 1998, cresciuta in giudicato incontestata, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato la delimitazione del bosco a confine con l'area edificabile del Comune, includendo nell'area boschiva parte del fondo part. xxx. Si tratta di una superficie di 150 m2 posta al margine della strada cantonale che porta alla frazione di W._ e situata su un terreno in forte pendenza all'interno di una valletta in fondo alla quale scorre un piccolo riale.
B. In data 3 giugno 2004 A._ si è rivolto alla Sezione forestale cantonale chiedendo in sostanza che la sua proprietà venisse liberata dal suddetto vincolo boschivo. Con decisione del 16 giugno 2004 l'autorità forestale ha respinto l'istanza, osservando che non erano date le condizioni per procedere al riesame di un accertamento effettuato pochi anni prima e che, oltretutto, a un esame sommario, risultava corretto.
C. Adito su ricorso del proprietario, dopo avere esperito un sopralluogo, il Consiglio di Stato ha accertato, con decisione del 24 gennaio 2006, che la superficie litigiosa, adempiendo i criteri qualitativi e quantitativi in materia, doveva essere considerata di natura forestale. In particolare, ha stabilito che l'area interessata doveva essere considerata quale parte integrante del più vasto bosco esistente sul confinante fondo part. yyy, situato sull'altro lato del riale.
D. A._ ha impugnato questa decisione dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, al quale ha chiesto di accertare l'inesistenza di area boschiva sulla sua proprietà. Con sentenza del 24 maggio 2006 la Corte cantonale ha respinto il ricorso, confermando sostanzialmente che la superficie alberata in lite adempiva i presupposti quantitativi e qualitativi del bosco.
E. A._ impugna la sentenza cantonale con un "ricorso" al Tribunale federale, al quale ripropone la domanda di prima sede. Il ricorrente fa sostanzialmente valere che la superficie litigiosa non presenterebbe le caratteristiche del bosco, bensì, piuttosto, quelle di un giardino. Degli ulteriori motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. Poiché il giudizio impugnato è stato emanato prima dell'entrata in vigore, il 1° gennaio 2007, della legge sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110; cfr. RU 2006 1069), alla procedura ricorsuale in esame rimane applicabile, secondo l'<ref-law>, la legge federale del 16 dicembre 1943 sull'organizzazione giudiziaria (OG).
2. 2.1 La decisione dell'ultima istanza cantonale relativa alla conferma del carattere parzialmente forestale di un fondo, precedentemente accertato nell'ambito di una procedura di revisione di piano regolatore, si fonda essenzialmente sulla legge federale sulle foreste del 4 ottobre 1991 (LFo; RS 921.0) ed è quindi di principio impugnabile con il ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale (art. 10 cpv. 2 e 46 cpv. 1 LFo [nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2006], art. 97 e 98 lett. g OG). La legittimazione del ricorrente, proprietario del fondo oggetto dell'accertamento, è data (art. 103 lett. a OG). Il ricorso è tempestivo (art. 106 cpv. 1 OG).
2.2 Con il ricorso di diritto amministrativo si possono far valere la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento (art. 104 lett. a OG), e la violazione di diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 1.2). L'accertamento dei fatti vincola il Tribunale federale se l'istanza inferiore, come è qui il caso, è un'autorità giudiziaria e i fatti non risultino manifestamente inesatti o incompleti oppure siano stati accertati violando norme essenziali di procedura (art. 105 cpv. 2 OG; <ref-ruling> consid. 2d). In simili casi, la possibilità di allegare fatti nuovi o di far valere nuovi mezzi di prova è alquanto ristretta. Sono in effetti ammesse soltanto quelle prove che l'autorità avrebbe dovuto prendere in considerazione d'ufficio e la cui mancata amministrazione costituisce una violazione di regole essenziali di procedura. In particolare, non è possibile tener conto, in linea di principio, di fatti che le parti avrebbero potuto far valere - in virtù del loro dovere di collaborazione - già dinanzi all'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 1.2.1; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2a ed., Zurigo 1998, n. 943).
3. 3.1 A ragione, preliminarmente, la Corte cantonale ha qualificato come inspiegabile il fatto che la Sezione forestale, dopo aver rilevato che non erano date le condizioni per procedere a un riesame dell'accertamento del carattere forestale dell'area boschiva interessata compiuto nell'ambito della procedura di revisione del PR di Bioggio, approvata dal Consiglio di Stato con risoluzione del 17 giugno 1998 cresciuta in giudicato, sia comunque entrata nel merito dell'istanza del 3 giugno 2004 del ricorrente. La questione della natura parzialmente forestale del fondo, stabilita in sede pianificatoria, non poteva infatti essere rimessa in discussione dall'autorità forestale sulla base di una semplice istanza di riesame, riaprendo in tal modo, senza apparente ragione giuridica, vie ricorsuali a cui non è stato fatto capo a tempo debito (cfr. <ref-ruling> consid. 2b, che ricorda come le domande di riesame non possono avere per effetto di rimettere continuamente in questione delle decisioni amministrative cresciute in giudicato né possono essere utilizzate per eludere le disposizioni di legge concernenti i termini di ricorso). Ciò a maggior ragione se si rileva che nel caso di specie le condizioni necessarie per obbligare l'autorità amministrativa ad entrare nel merito di una domanda di riesame non erano palesemente date (cfr. <ref-ruling> consid. 6 e riferimenti) e che la giurisprudenza, in simile evenienza - tenuto conto dell'importanza degli interessi pubblici che la legislazione in materia forestale intende salvaguardare e della conseguente necessità di garantire la sicurezza dei rapporti giuridici anche in relazione a concrete misure che assicurano la conservazione e il mantenimento dell'area boschiva -, non ammette che l'autorità vi proceda ugualmente (sentenza 1A.116/1998 del 3 settembre 1998, consid. 2a, in: RDAF 1999 I pag. 245). Senza dimenticare che la Sezione forestale si è del resto di fatto limitata a confermare la precedente decisione senza alcun ulteriore esame (v. BLAISE KNAPP, Précis de droit administratif, 4a ed., Basilea/Francoforte 1991, n. 1142; PIERRE MOOR, Droit administratif, vol. II, 2a ed., Berna 2002, pag. 343 seg.).
3.2 La nozione di foresta considerata dalla LFo, come ancora si vedrà più compiutamente, si basa anzitutto su caratteristiche qualitative, rinunciando ad una rigida delimitazione spaziale e tenendo conto della volontà del proprietario fondiario solo in misura molto puntuale (<ref-ruling> consid. 4d; <ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 3; per quanto concerne le caratteristiche quantitative cfr. tuttavia l'<ref-law> in relazione con l'<ref-law>, che fissa i limiti entro i quali i Cantoni possono stabilire larghezza, superficie ed età che deve avere un'estensione boschiva spontanea come anche larghezza e superficie che devono avere altre aree boschive per essere considerate foreste [sulla funzione e il significato dei criteri quantitativi nell'ambito dell'accertamento della natura boschiva di un popolamento v. <ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 3b/bb]).
Poiché si riconosce l'esistenza di foresta giuridicamente protetta ovunque si presenti una superficie coperta da alberi o arbusti forestali, che possa svolgere funzioni forestali (art. 2 cpv. 1 in relazione con l'art. 1 cpv. 1 lett. c LFo, che definisce alcune di queste funzioni; è normalmente reputata svolgere simili funzioni un'area boschiva di 500 m2 di superficie, 12 metri di larghezza e 15 anni di età [<ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 3b/bb, in cui si è ugualmente precisato che i valori fissati dai Cantoni entro i limiti di cui all'<ref-law> servono unicamente a concretizzare il concetto indeterminato [qualitativo] di foresta in caso di aree più piccole e costituiscono in tal caso dei criteri minimi]), si parla di definizione dinamica della foresta (v. STEFAN M. JAISSLE, Der dynamische Waldbegriff und die Raumplanung, tesi, Zurigo 1994, pag. 96 segg.). Al fine di evitare i delicati problemi giuridici che si sono posti, in particolare in considerazione del costante avanzamento della foresta, nella sua delimitazione dalla zona edificabile, l'<ref-law>, entrato in vigore il 1° gennaio 1993, ha predisposto l'iscrizione nelle zone edificabili dei margini della foresta accertati secondo una specifica procedura (v. pure sentenza 1P.482/1999 del 9 giugno 2000, consid. 2a). Un accertamento del carattere forestale deve essere ordinato, segnatamente al momento dell'emanazione e della revisione dei piani di utilizzazione ai sensi della Legge federale sulla pianificazione del territorio (LPT; RS 700), laddove le zone edificabili confinano o confineranno con la foresta (art. 10 cpv. 1 e 2 LFo). Nuovi popolamenti al di fuori dei margini stabiliti in conformità della legge non sono considerati foreste (<ref-law>). Sono da rivedere gli accertamenti dei margini della foresta, se fondi sono rimossi dalla zona edificabile nell'ambito di una revisione del piano di utilizzazione (<ref-law>), riprendendo efficacia in tale evenienza la definizione dinamica di foresta (v. sentenza 1A.107/1993 del 6 dicembre 1994, consid. 4). Pertanto, nella fattispecie, compiuto l'accertamento del limite del bosco nel 1998, nell'ambito della procedura di revisione del piano regolatore di Bioggio, qualsiasi mutamento dell'area boschiva riguardante il fondo del ricorrente non poteva influire sulle possibilità edificatorie dello stesso e, mancando chiaramente le premesse giustificanti un nuovo accertamento, nemmeno poteva trovare una qualsiasi giustificazione la trattazione dell'istanza di riesame oggetto del presente procedimento (v. sentenza 1A.116/1998 del 3 settembre 1998, consid. 2a, in: RDAF 1999 I pag. 245). La Sezione forestale non avrebbe quindi dovuto entrare nel merito della domanda di riesame. Ritenuto tuttavia che sia il Consiglio di Stato sia il Tribunale cantonale amministrativo hanno trattato nel merito i gravami presso loro introdotti, il ricorso dev'essere nondimeno esaminato nel merito (cfr. <ref-ruling>, consid. 3 inedito).
4. Decisivi per l'accertamento della natura boschiva di un fondo (o di una parte di esso) sono la situazione effettiva degli spazi in esame (crescita, densità, età, dimensione e funzione della superficie coperta da alberi, come pure la sua connessione con i fondi vicini), la nozione di foresta, attinente al diritto federale (<ref-law>), ed eventualmente i criteri posti dal diritto cantonale di applicazione in conformità all'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3e e riferimenti; <ref-ruling> consid. 2a).
4.1 La Corte cantonale ha accertato, senza violare norme essenziali di procedura né incorrere in inesattezze manifeste, che sulla superficie alberata litigiosa sorgevano tra l'altro, da oltre 20 anni, due tigli, un noce e un nocciolo. Per quanto concerne le due prime specie di piante, esse costituiscono innegabilmente alberi forestali ai sensi dell'ordinanza sulla protezione dei vegetali del 28 febbraio 2001 (OPV; RS 916.20; cfr. art. 3 cpv. 1 lett. i in relazione con l'allegato 9 OPV). Con riferimento al nocciolo - apparentemente non più esistente, al pari di altre piante contemplate dall'allegato 9 OPV (ciliegio, robinie, frassini), che il ricorrente avrebbe provveduto (in passato) ad estirpare - i giudici cantonali, pur dando atto che tale specie non è espressamente menzionata nell'allegato in questione, hanno osservato che è comunque piuttosto diffuso nei boschi ticinesi e può essere considerato alla stregua di una specie forestale. Il Tribunale federale non ha serio motivo di scostarsi da questa constatazione, non da ultimo perché la Corte cantonale, cui va riconosciuto un certo margine di apprezzamento in quest'ambito, è ritenuta meglio conoscere la realtà concreta in esame (cfr. per analogia sentenza A.40/1986 del 4 giugno 1986, consid. 2b, in: ZBl 89/1988 pag. 81) e anche perché l'elenco degli alberi e degli arbusti forestali menzionati all'allegato 9 OPV non è comunque stato dichiarato esaustivo (DTF <ref-ruling> consid. 8d).
4.2 Parimenti, già in considerazione della forte pendenza dei luoghi, risultante dagli atti, e dell'attività erosiva nella valletta ad opera dell'alveo, riconosciuta dal ricorrente, la Corte cantonale ben poteva ammettere una funzione protettiva (art. 1 cpv. 1 lett. c LFo) della superficie alberata in questione e attribuirle, sotto il profilo qualitativo, carattere boschivo (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 2c; sentenza 1A.224/2002 del 7 aprile 2003, in: RDAT II-2003, n. 74, pag. 315 consid. 2.2; v. pure FF 1988 III 151).
4.3 Non più censurabile appare quindi in questa sede (v. consid. 2.2) il giudizio dell'autorità giudiziaria cantonale nella misura in cui ha accertato, in maniera sostenibile, che la superficie alberata in lite, di per sé di dimensioni ridotte, faceva parte integrante della più vasta area boschiva esistente sul contermine fondo part. yyy. Sulla scorta della documentazione agli atti e soprattutto delle riprese fotografiche (aeree e non; sul valore probatorio di questo materiale cfr. DTF <ref-ruling> consid. 2b e riferimenti), che confermano la prossimità - in tempi recenti e passati (sul momento determinante per l'accertamento della natura boschiva cfr. <ref-ruling> consid. 4d; sulla possibilità di tenere conto tuttavia, in determinate circostanze, anche della situazione passata cfr. <ref-ruling>) - tra le chiome degli alberi situati lungo entrambe le rive del riale e quindi anche la continuità del suolo boschivo, la constatazione dei primi giudici è condivisibile nonostante il breve intervallo tra i fondi creato dal piccolo corso d'acqua e malgrado la (parziale) eterogeneità della vegetazione presente su di essi. In tali circostanze, l'adempimento del criterio quantitativo, previsto dall'ordinamento in materia (<ref-law>, <ref-law>; cfr. pure l'art. 3 della legge cantonale sulle foreste del 21 aprile 1998 [RL 8.4.1.1]) per giustificare la qualifica di bosco, può essere confermato. Nulla mutano, a questo riguardo, le contrarie e, in parte, nuove allegazioni del ricorrente, cosiccome i nuovi mezzi di prova irritualmente prodotti per la prima volta in sede federale (cfr. consid. 2.2).
4.4 Sulla base di un apprezzamento complessivo delle circostanze in esame, si deve concludere che la precedente istanza non ha violato il diritto federale, segnatamente l'<ref-law>, riconoscendo un carattere forestale alla superficie litigiosa. Di poco rilievo appare, in tali condizioni, il fatto che il proprietario (precedente e/o attuale) intendesse creare con la contestata vegetazione un giardino e non un bosco (DTF <ref-ruling> consid. 4a con riferimenti; <ref-ruling> consid. 3; cfr. pure sentenza 1A.80/1996 del 13 giugno 1997, consid. 3a, in: Pra 1997 n. 139 pag. 744).
5. Facendo peraltro in parte valere fatti nuovi inammissibili (consid. 2.2), il ricorrente insiste sulla pretesa violazione del principio della buona fede (<ref-law>) e sostiene di essere stato deluso nelle sue aspettative. Rammenta di avere acquistato il fondo quale terreno interamente edificabile e di avere effettuato notevoli investimenti per la sua manutenzione. In tali condizioni, il vincolo boschivo, oltre a limitarne le possibilità edificatorie, avrebbe provocato un evidente pregiudizio finanziario. Come pertinentemente già fatto notare dalla Corte cantonale, il ricorrente dimentica però che, avendo passivamente accettato l'imposizione del vincolo forestale al momento della decisione, correttamente pubblicata, del Consiglio di Stato del 17 giugno 1998, egli ha di fatto rinunciato a fare valere l'affidamento che aveva potuto riporre nella situazione e nell'utilizzo precedenti. Nell'avere semplicemente confermato la natura boschiva della superficie litigiosa, la Sezione forestale cantonale non ha quindi deluso alcuna legittima aspettativa dell'insorgente. Quanto alle non meglio sostanziate assicurazioni fornitegli ancora nel 1999 dai "tecnici comunali" e dall'"esperto cantonale", è sufficiente il rilievo che laddove la legge, come in concreto, istituisce delle possibilità formali di partecipazione o di ricorso (anche) a tutela di terze persone, non vi è più margine per eventuali assicurazioni fornite al di fuori delle procedure prescritte (sentenza 1P.373/2006 del 18 ottobre 2006, consid. 2.3.1).
6. Manifestamente infondata risulta infine anche la censura relativa alla pretesa violazione del principio della parità di trattamento (<ref-law>), per avere l'autorità amministrativa respinto la domanda di riesame del ricorrente, contrariamente a quanto avrebbe per contro fatto il Consiglio di Stato con riferimento ai "reclami" di non meglio precisati proprietari, i quali, "accortisi dei" comunque non meglio definiti "mutamenti", avrebbero chiesto e ottenuto la riqualifica dei loro fondi. A prescindere dall'inconsistenza dell'allegazione, insufficientemente sostanziata per permettere l'eventuale esame delle realtà a confronto, dalla diversità della situazione esistente sui vicini fondi part. ttt, uuu e vvv, accertata dalla Corte cantonale, come pure dal fatto che nessun elemento agli atti ha comunque permesso di evidenziare una modifica rilevante della situazione relativa all'area litigiosa, il ricorrente insiste nel non comprendere che, in tali circostanze, posta la validità della qualifica boschiva della superficie in esame, la sua doglianza si esaurisce, come già evidenziato dai giudici cantonali, nella richiesta di poter usufruire di un trattamento illegale di cui avrebbero eventualmente beneficiato altri proprietari. Sennonché, dall'<ref-law> non deriva, eccettuati casi eccezionali non realizzati in concreto, un diritto all'uguaglianza di trattamento nell'illiceità (<ref-ruling> consid. 4a).
7. Nella misura della sua ammissibilità, il ricorso va pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 156 cpv. 1 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 2'000.-- è posta a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dell'ambiente.