Sachverhalt:
A. Die X._ mit Sitz in Zürich ist die hiesige operative Aktiengesellschaft der gleichnamigen Unternehmensgruppe. Es handelt sich bei dieser um einen international tätigen ...konzern. Mit Kaufvertrag vom 8. November 2006 veräusserte sie mehrere Liegenschaften in verschiedenen Gemeinden des Kantons Zürich an eine Anlagestiftung.
Für die veräusserte Liegenschaft in A._, Kanton Zürich, deklarierte die X._ in der Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer einen Grundstückgewinn von Fr. 166'809.--. Diesen verrechnete sie vollumfänglich mit dem Verlustvortrag aus dem Geschäftsabschluss per 31. Dezember 2005 von über ... Franken. Mit Veranlagungsentscheid vom 24. Januar 2007 anerkannte der Steuerausschuss der Stadt A._ die Verlustverrechnung nicht und setzte den Grundstückgewinn auf Fr. 277'745.-- fest (unter Vornahme einer Korrektur bei der Mäklerprovision). Auf Einsprache hin bestätigte der Steuerausschuss diese Veranlagung.
Mit Entscheid vom 27. März 2008 hiess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich einen Rekurs der Steuerpflichtigen gegen den Einsprachebeschluss vom 13. September 2007 teilweise gut und setzte den Grundstückgewinn auf Fr. 166'809.-- und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 66'488.-- fest. Sie anerkannte die vertraglich vereinbarte Provision in vollem Umfang. Hingegen lehnte sie eine Verrechnung des Betriebsverlusts mit dem Grundstückgewinn ab.
Das von den Steuerpflichtigen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess mit Urteil vom 10. Dezember 2008 ihre Beschwerde teilweise gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Steuerrekurskommission zurück. Es führte aus, dass § 221 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) keine Verrechnung von Betriebsverlusten mit Grundstückgewinnen vorsehe. Aus Art. 12 Abs. 4 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) ergebe sich weder eine Verpflichtung noch ein Verbot, Geschäftsverluste mit Grundstückgewinnen zu verrechnen. Die neuere bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Vermeidung von Ausscheidungsverlusten betreffe die interkantonale Doppelbesteuerung und könne auf einen rein innerkantonalen Sachverhalt, wie er hier vorliege, nicht direkt angewendet werden. Dennoch sei die kantonale gesetzliche Regelung einer Überprüfung auf ihre Verfassungsmässigkeit zugänglich, was die Rekurskommission nachzuholen habe.
B. Im zweiten Rechtsgang (Entscheid vom 10. Juni 2009) gelangte die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich zum Schluss, dass sich die zürcherische Regelung der Grundstückgewinnbesteuerung, die keine Verrechnung von Betriebsverlusten mit Grundstückgewinnen erlaube, für den vorliegenden innerkantonalen Sachverhalt (Unternehmenssitz und veräusserte Liegenschaft im Kanton Zürich) nicht mehr als verfassungsmässig erweise und die Verlustverrechnung auch ohne gesetzliche Grundlage im kantonalen Recht im Grundsatz zuzulassen sei. Sie wies die Sache an die zuständige Behörde der Stadt A._ zurück, damit diese zusammen mit dem kantonalen Steueramt den verrechenbaren Betriebsverlust 2006 bestimme.
Gegen diesen Entscheid führte die Stadt A._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess mit Urteil vom 25. August 2010 die Beschwerde gut und setzte die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 66'488.-- fest. Es pflichtete der Steuerrekurskommission zwar bei, dass die im kantonalen Recht fehlende Verlustverrechnungsmöglichkeit eine wesentlich stärkere Belastung und systematische Benachteiligung von Unternehmen bewirke, sofern sich ihr Sitz wie auch das veräusserte Grundstück im Kanton Zürich befänden. Insofern verletze die zürcherische Regelung den Grundsatz der Rechtsgleichheit und sei sie verfassungswidrig. Indessen bleibe es Aufgabe des Gesetzgebers, die von <ref-law> gebotene rechtsgleiche Behandlung von inner- und ausserkantonalen Unternehmungen herbeizuführen. Demzufolge sei die Beschwerde ohne Aufhebung der angefochtenen Verfügung gutzuheissen.
C. Die X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. August 2010 sei aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 0 festzusetzen.
Der Steuerausschuss der Stadt A._ beantragt die Abweisung der Beschwerde, allerdings mit einer anderen Begründung als derjenigen, die das Verwaltungsgericht seinem Entscheid zugrunde gelegt hat. Das Kantonale Steueramt Zürich schliesst sich der Vernehmlassung der Stadt A._ an. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet, da keine Verletzung von harmonisiertem Recht drohe.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts über die Grundstückgewinnsteuer ist zulässig (<ref-law>, Art. 73 Abs. 1 StHG); die Beschwerdeführerin ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Das Begehren um Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Festsetzung der Steuer auf Fr. 0 ist zulässig (<ref-law>).
1.2 Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht (<ref-law>), hier namentlich gegen die Vorschriften über die Steuerharmonisierung, oder gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze (<ref-ruling> E. 1.2 S. 145; <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 158; <ref-ruling> E. 3 S. 351).
Die Sachverhaltsfeststellungen, soweit rechtserheblich, können demgegenüber nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Das ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden ist (<ref-law>) oder die Sachverhaltsfeststellungen unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze zustande gekommen sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 und 1.4.3).
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine solche falsche Sachverhaltsfeststellung sowie die Verletzung von Verfahrensgarantien. Sie macht geltend, die Vorinstanz habe die angefochtene Besteuerung trotz festgestellter Verfassungswidrigkeit nicht aufgehoben, weil dadurch "ein erhebliches Regelungsdefizit" einträte und weil mit dem "Rückgang der Gemeindesteuereinnahmen (...) eine Neuregelung des Verhältnisses von Staats- und Gemeindesteuereinnahmen" erforderlich würde. Diese Feststellungen seien offensichtlich falsch. Die Vorinstanz habe zudem über diese entscheidrelevanten Sachverhaltsannahmen keine Beweise erhoben. Dadurch habe sie ihre aus der Untersuchungsmaxime fliessenden Verfahrenspflichten sowie den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör und das Recht zur Nennung von Beweismitteln verletzt.
Diese Rügen betreffen die Frage, wie die von der Vorinstanz bejahte Verfassungswidrigkeit zu beseitigen sei. Sie sind zu prüfen, sofern die Sachverhaltsfeststellungen für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>) und an den formellen Rügen ein aktuelles und praktisches Interesse besteht (<ref-ruling> E. 2a S. 492; Urteil 2P.143/2003 vom 19. Dezember 2003 E. 1.2). Das wäre nicht der Fall, wenn sich die angefochtene Besteuerung als verfassungsmässig erweisen sollte. Wie es sich damit verhält, wird noch zu prüfen sein (s. auch die nachfolgende E. 6.2).
3. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, allerdings mit einer anderen Begründung, als sie dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegt. Sie macht geltend, Art. 12 Abs. 4 StHG erlaube den Kantonen die Einführung einer reinen Objektsteuer ohne Zwang zur Verrechnung von Grundstückgewinnen mit Geschäftsverlusten. Die Bundesgesetze seien für die rechtsanwendenden Behörden massgebend (<ref-law>). Die Vorinstanz dürfe daher die im Kanton Zürich fehlende Möglichkeit der Verlustverrechnung nicht auf deren Verfassungsmässigkeit hin prüfen. Zudem könne die fehlende Verlustverrechnungsmöglichkeit nicht als verfassungswidrig bezeichnet werden, da die zürcherische Grundstückgewinnsteuer als reine Objektsteuer ausgestaltet sei.
Diese Vorbringen in der Beschwerdeantwort sind zulässig. Die Beschwerde wirft zwar nur die Frage auf, wie die von der Vorinstanz bejahte Verfassungswidrigkeit zu beseitigen sei; die Frage der Verfassungswidrigkeit der zürcherischen Regelung wird in der Beschwerde nicht mehr thematisiert. Die Beschwerdegegnerin kann in der Vernehmlassung aber eigene Rügen erheben, soweit diese darlegen sollen, dass trotz der (allfälligen) Stichhaltigkeit der von der Beschwerdeführerin erhobenen Rügen der getroffene Entscheid im Ergebnis zutreffend ist (Urteil 2C_693/2009 vom 4. Mai 2010 E. 1.4, nicht publ. in: <ref-ruling>; vgl. <ref-ruling> E. 6c S. 255): Eine Bundesrechtsverletzung liegt auch vor, wenn eine kantonale Behörde eine kantonale Norm aufgrund einer falschen Auslegung von Bundesrecht nicht anwendet (Urteil 2C_850/2008 vom 29. August 2009 E. 6 i.f., in: StR 64/2009 S. 902; <ref-ruling> E. 1 S. 12; <ref-ruling> E. 2.8 S. 227). Das wäre hier der Fall, sofern die Vorinstanz aufgrund einer falschen Auslegung von Art. 12 Abs. 4 StHG oder von Verfassungsrecht dem kantonalen Steuergesetz die Anwendung zu Unrecht versagt haben sollte. Bevor über die Beschwerdebegründung befunden werden kann, sind daher die Vorbringen der Beschwerdegegnerin zu prüfen.
4. Die Beschwerdegegnerin muss sich dabei auch auf <ref-law>, wonach die Bundesgesetze für das Bundesgericht und die rechtsanwendenden Behörden massgebend sind, berufen können. Nach Lehre und Rechtsprechung sind die kantonalen Gerichte zwar verpflichtet, auf Verlangen eines Rechtsuchenden das anzuwendende kantonale Recht vorfrageweise auf seine Übereinstimmung mit der Bundesverfassung zu prüfen (<ref-ruling> E. 2 S. 187 f. mit Hinweisen). <ref-law> ist aber von Bedeutung, wenn das Bundesgesetz - hier das Steuerharmonisierungsgesetz - den Kantonen eine bestimmte Lösung erlaubt oder gar vorschreibt, so dass dem kantonalen Gesetzgeber kein Gestaltungsspielraum verbleibt. Dann sind auch das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden daran gebunden und greift das verfassungsrechtliche Anwendungsgebot auf das kantonale Recht durch (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 55, 65 E. 3.3 S. 71 für das Steuerharmonisierungsgesetz).
5. 5.1 Die Besteuerung der Grundstückgewinne ist in den Kantonen nicht einheitlich geregelt. Grundstückgewinne werden entweder alle mit einer besonderen Wertzuwachs- oder Grundstückgewinnsteuer erfasst (sog. monistisches System); oder dann unterliegen nur Grundstückgewinne des Privatvermögens sowie land- und forstwirtschaftliche Grundstücke der Grundstückgewinnsteuer und werden Grundstückgewinne des Geschäftsvermögens der ordentlichen Einkommens- oder Gewinnsteuer unterstellt (sog. dualistisches System). Das Steuerharmonisierungsgesetz folgt im Grundsatz (Art. 12 Abs. 1) dem dualistischen System. Es stellt den Kantonen aber frei, die Grundstückgewinnbesteuerung nach dem monistischen System vorzunehmen. Das heisst, sie können auch die geschäftlichen Grundstückgewinne (Wertzuwachsgewinne) mit der Grundstückgewinnsteuer erfassen, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. Art. 12 Abs. 4 StHG sieht diese Möglichkeit ausdrücklich vor (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1 m.w.H.; Urteil 2C_624/2007 vom 9. Juni 2008 E. 2.1 in: StR 63/2008 S. 886).
5.2 Art. 12 Abs. 4 StHG regelt die Frage der Verlustanrechnung aber nicht. Die Vorschrift sieht für das monistische System die Verrechnung von Grundstückgewinnen auf Geschäftsliegenschaften mit Geschäftsverlusten weder ausdrücklich vor, noch schliesst sie eine solche Verrechnung explizit aus. Nach dem System des Steuerharmonisierungsgesetzes handelt es sich bei der Grundstückgewinnsteuer um eine Spezialeinkommenssteuer, die im Umfang ihres Steuerobjekts an die Stelle der ordentlichen Einkommens- und Gewinnbesteuerung tritt (ZUPPINGER/BÖCKLI/LOCHER/REICH, Steuerharmonisierung, 1984, S. 123 f.; BERNHARD ZWAHLEN, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, 2. Aufl. 2002, N. 6 zu Art. 12 StHG). Als Objektsteuer nimmt sie auf die übrige wirtschaftliche Situation der steuerpflichtigen Person grundsätzlich keine Rücksicht. Daher ist auch die Verrechnung von Geschäftsverlusten mit dem Grundstückgewinn dem Wesen der Grundstückgewinnsteuer als Objektsteuer an sich fremd (Urteil 2C_799/2008 vom 9. April 2009 E. 3.3, in: StE 2009 B 44.13.7 Nr. 24 mit Hinweisen). Es lässt sich auch sachlich rechtfertigen und wurde vom Bundesgericht jeweils geschützt, dass die Grundstückgewinne objektiv bemessen werden, d.h. allein nach dem auf der Liegenschaft erzielten Mehrwert und ohne Rücksicht auf die gesamte wirtschaftliche Leistungsfähigkeit des Pflichtigen (Urteile 2C_624/2007 vom 9. Juni 2008 E. 2.1, in: StR 63/2008 S. 886; 2P.75/2003 vom 1. September 2003 E. 4, in: StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18 m.w.H.; s. auch <ref-ruling> E. 6.3 S. 261 f.).
5.3 Dass Art. 12 Abs. 4 StHG den Kantonen mit monistischem System der Grundstückgewinnsteuer den Verlustabzug nicht vorschreibt, ergibt sich auch aus dem Verweis in der ursprünglichen Fassung von Art. 12 Abs. 4 lit. a StHG auf Art. 24 Abs. 4 StHG. Letztere Vorschrift verweist ihrerseits auf den Verlustabzug gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG. Im Rahmen des Fusionsgesetzes wurde jedoch dieser Verweis geändert. Dabei führte der Bundesrat in seiner Botschaft aus: "Der geltende Artikel 12 Absatz 4 StHG verweist für die Behandlung von Umstrukturierungen bei der Grundstückgewinnsteuer versehentlich auf Artikel 24 Absatz 4 statt auf Artikel 24 Absatz 3. Dieses Versehen soll durch eine entsprechende Änderung von Artikel 12 Absatz 4 berichtigt werden" (Botschaft vom 13. Juni 2000, BBl 2000 4510 Ziff. 2.2.8). In den Räten wurde diese Änderung diskussionslos angenommen (AB 2001 S 167, 2003 N 255). Diese Änderung kann nicht anders verstanden werden, als dass die zwingende Berücksichtigung des Verlustabzugs gestrichen werden sollte. Die Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnsteuer sind somit frei, ob sie Verluste berücksichtigen wollen oder nicht (s. auch Urteil 2P.75/2003 vom 1. September 2003 E. 3.5, in: StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18). Bei einer derart klaren gesetzlichen Regelung besteht auch nach <ref-law> kein Raum für eine verfassungsgestützte Auslegung des kantonalen Rechts mit dem Schluss, die Kantone seien verpflichtet, den Verlustabzug zu gewähren.
5.4 Das Bundesgericht hat zwar in seiner neueren Rechtsprechung zum Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung gemäss <ref-law> die Praxis zu den Ausscheidungsverlusten geändert und in mehreren Urteilen stufenweise die Kantone mit Liegenschaften verpflichtet, solche Verluste anzurechnen (<ref-ruling>, 285 E. 4.1 f.; <ref-ruling> E. 4; vgl. PETER LOCHER, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. 2009, S. 87 ff.; RENÉ MATTEOTTI, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 34 Rz. 25 S. 398). Diese neue Rechtsprechung des Bundesgerichts (s. dazu auch das Kreisschreiben der Schweizerischen Steuerkonferenz [SSK] Nr. 27 vom 15. März 2007 über "Die Vermeidung von Ausscheidungsverlusten") hat sich auch auf die kantonale Steuergesetzgebung ausgewirkt. So haben die meisten Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung denn auch in ihren Steuergesetzen die Verrechnung von Grundstückgewinnen mit Geschäftsverlusten eingeführt (vgl. die Übersicht im Urteil 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 4.5, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 22).
Diese Rechtsprechung bezieht sich aber nur auf die Besteuerung im interkantonalen Verhältnis. Es kann daraus nicht abgeleitet werden, dass die Verlustverrechnung im monistischen System von Bundesrechts wegen zugelassen werden muss. Der Kanton ist zwar frei, in Weiterentwicklung seines Steuerrechts mit Blick auf die interkantonal geltenden Grundsätze in sein monistisches System die Möglichkeit der Verrechnung von Grundstückgewinnen mit Geschäftsverlusten einzuführen (s. auch <ref-ruling> E. 6.4); verpflichtet ist er dazu jedoch nicht.
6. 6.1 Der Kanton Zürich erhebt die Grundstückgewinnsteuer nach dem monistischen System. § 221 StG/ZH sieht eine Verrechnung mit dem Geschäftsverlust nicht vor. Die Vorinstanz hielt im angefochtenen Entscheid fest, die im innerkantonalen Recht fehlende Möglichkeit, Geschäftsverluste mit den der Grundstückgewinnsteuer unterworfenen Gewinnen auf Geschäftsgrundstücken zu verrechnen, verletze den Grundsatz der Rechtsgleichheit und erweise sich als verfassungswidrig. Die Beschwerdegegnerin bestreitet dies und sieht durch den angefochtenen Entscheid die Gestaltungsfreiheit des Gesetzgebers im Sinne von Art. 12 Abs. 4 StHG als verletzt.
Die zuletzt genannte Auffassung ist begründet. Bei der Zürcher Grundstückgewinnsteuer handelt es sich um eine Spezialeinkommenssteuer, die als Objektsteuer getrennt vom übrigen Einkommen erhoben wird (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 16 ff. zu VB zu §§ 216-226a StG/ZH). Sie erfasst Gewinne bei der Veräusserung von Grundstücken sowohl des Geschäfts- als auch Privatvermögens. Die Loslösung der Grundstückgewinnsteuer aus der allgemeinen Einkommenssteuer ist weitgehend oder vollständig durchgeführt (REIMANN/ZUPPINGER/SCHÄRRER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 4. Band, 1996, N. 22 zu § 154 StG/ZH). Für die Gewinnermittlung und Steuerberechnung wird grundsätzlich nur auf das veräusserte Grundstück und die damit zusammenhängenden Kosten und Aufwendungen abgestellt. Die Ausgestaltung als Objektsteuer hat zur Folge, dass es auf die Person des Steuerpflichtigen nicht ankommt (RICHNER ET AL., a.a.O., N. 19 zu VB zu §§ 216-226a StG/ZH). Ausgenommen von der Grundstückgewinnbesteuerung ist nur der Buchgewinn, die sog. "wieder eingebrachten" Abschreibungen (RICHNER ET AL., a.a.O., N. 6 zu VB zu §§ 216-226a STG/ZH). Eine Verrechnung des Geschäftsverlusts mit einem Grundstückgewinn ist im kantonalen Steuergesetz nicht vorgesehen. Es wird damit bei der Erfassung und Bemessung der Grundstückgewinnsteuer nicht auf die gesamte wirtschaftliche Leistungsfähigkeit der steuerpflichtigen Person Rücksicht genommen (RICHNER ET AL., a.a.O., N. 20 zu VB zu §§ 216-226a STG/ZH). Art. 12 Abs. 4 StHG schreibt das nach dem Gesagten auch gar nicht vor. Er belässt diesbezüglich den Kantonen einen Freiraum.
6.2 Werden somit die Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung durch das Bundesrecht nicht verpflichtet, auf die übrige wirtschaftliche Situation der steuerpflichtigen Unternehmung Rücksicht zu nehmen oder Geschäftsverluste anzurechnen, ist die kantonale zürcherische Regelung in diesem Punkt nicht zu beanstanden. Der angefochtene Entscheid, welcher die Grundstückgewinnsteuerveranlagung ohne die Möglichkeit der Verlustverrechnung bejaht, ist zwar nicht in der Begründung, aber im Ergebnis richtig. Die Frage der Beseitigung einer Verfassungswidrigkeit stellt sich nicht. Daran vermögen trotz allfälliger Stichhaltigkeit auch die Rügen der Beschwerdeführerin (vgl. vorstehende E. 2) nichts zu ändern. Der Grundstückgewinn und die Grundstückgewinnsteuer sind betraglich nicht bestritten. Die Beschwerde ist abzuweisen.
7. Die Gerichtskosten sind entsprechend dem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt A._, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Oktober 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann