Kostenvorschuss, hat sich ergeben:
A.- Mit Eingabe vom 14. September 2000 focht S._ (dipl. phys. , Patentanwalt) eine ihn verpflichtende Verfügung der Stiftung Auffangeinrichtung BVG (Zweigstelle Winterthur) bei der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (nachfolgend "Beschwerdekommission BVG") an.
B.- Am 12. Dezember 2000 erwog der Präsident der Beschwerdekommission BVG, die gesetzlichen Voraussetzungen für die Einforderung eines Kostenvorschusses seien erfüllt, und erliess folgende Verfügung:
"1.Der Beschwerdeführer wird verhalten, der Eidg.
Beschwerdekommission der beruflichen Alters-,
Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge bis zum 3. Januar 2001 den Betrag von Fr. 900.-- auf
das Postcheckkonto 10-8004-9, Eidgenössische
Rekurskommissionen, 1007 Lausanne, zu überweisen. Sofern
dieser Kostenvorschuss nicht innert
der angesetzten Frist einbezahlt wird, wird die
Beschwerde vom 15. September 2000 durch einen
Nichteintretensentscheid erledigt.
2. Diese Zwischenverfügung wird dem Beschwerdeführer
zugestellt; sie kann innert 10 Tagen seit
Eröffnung beim Schweizerischen Bundesgericht in
Lausanne angefochten werden.. "
C.- Am 4. Januar 2001 wurde der fragliche Kostenvorschuss dem entsprechenden Konto gutgeschrieben (vgl. Kontoauszug des "Postfinance Centre de traitement", Bulle, vom 4. Januar 2001). Daraufhin gelangte der Präsident der Beschwerdekommission BVG an den Kundendienst der Postfinance und erkundigte sich, wann die Gutschrift eingegangen sei bzw. "im Falle der Benützung des elektronischen Zahlungsauftrages (EZAG), wann der entsprechende Datenträger bei Ihrem Rechenzentrum eingetroffen ist (genaues Datum und Uhrzeit) und welches Fälligkeitsdatum darin angegeben war. "
Am 24. Januar 2001 antwortete der Kundendienst Postfinance, die Daten seien am 29. Dezember 2001 (recte:
2000) abends per Leitung im Rechenzentrum eingetroffen. Als Fälligkeitsdatum für die Zahlung sei der 4. Januar 2001 eingesetzt gewesen.
D.- Mit Urteil vom 30. Januar 2001 trat die Beschwerdekommission BVG auf die Beschwerde von S._ nicht ein.
Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, nach der neuesten Rechtsprechung genüge es - bei der Benützung des elektronischen Zahlungsauftrags - für die rechtzeitige Bezahlung des Kostenvorschusses, wenn einerseits spätestens der letzte Tag der vom Gericht festgesetzten Frist als Fälligkeitsdatum eingesetzt sei und anderseits der Datenträger innert dieser Frist der Post übergeben werde. Vorliegend habe die mit der Überweisung des Kostenvorschusses beauftragte Bank zwar den Datenträger am 29. Dezember 2000 der Post übermittelt; indes sei für die Zahlung als Fälligkeitsdatum der 4. Januar 2001 eingesetzt gewesen, weshalb der Kostenvorschuss nicht rechtzeitig geleistet worden sei.
E.- S._ führt mit Eingabe vom 27. März 2001 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit den Anträgen, den Entscheid der Rekurskommission BVG vom 30. Januar 2001 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, das Beschwerdeverfahren fortzusetzen; eventuell sei die bis zum 3. Januar 2001 gesetzte Frist "als unangemessen zu erklären" und um mindestens drei Tage zu verlängern, subeventuell sei die Verfügung der Stiftung Auffangeinrichtung BVG "als unrechtmässig zu erklären".
Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG (Zweigstelle Winterthur) hat sich vernehmen lassen, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen. Die Beschwerdekommission BVG sowie das Bundesamt für Sozialversicherung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gegen eine auf öffentliches Recht des Bundes gestützte Verfügung im Sinne von Art. 5 VwVG, die von einer eidgenössischen Rekurskommission als Vorinstanz nach Art. 98 lit. e OG erlassen wurde. Ein Ausschlussgrund gemäss Art. 99 - 102 OG liegt nicht vor. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist damit zulässig. Der Beschwerdeführer ist hierzu nach Art. 103 lit. a OG legitimiert.
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Die Verletzung von Bundesrecht kann materielle Bestimmungen oder Verfahrensvorschriften betreffen (Peter Karlen, in: Geiser/Münch, Prozessieren vor Bundesgericht, Basel 1998, Rz. 3.58 S. 110). Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und frei, ob Bundesrecht verletzt worden ist. Zum Bundesrecht im Sinne von Art. 104 lit. a OG gehört auch die Bundesverfassung (<ref-ruling> E. 3 S. 388, mit Hinweisen, vgl. auch Karlen, a.a.O., Rz. 3.56 S. 109, Rz. 3.59 S. 110).
2.- a) Die Praxis des Bundesgerichts und des Eidgenössischen Versicherungsgerichts betreffend Fristwahrung bei Leistung des Kostenvorschusses über eine Bank wird auch von den eidgenössischen Rekurskommissionen befolgt (vgl. André Moser, in: Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel 1998, Rz. 4.5 S. 145; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Auflage, Zürich 1998, Rz. 343 S. 124).
Sie können sich dafür auf eine zu Art. 32 Abs. 3 OG analoge Rechtsgrundlage berufen (Art. 21 Abs. 1 VwVG; zur Kostenvorschusspflicht als solcher vgl. Art. 63 VwVG).
b) In <ref-ruling> E. 2 erkannte das Bundesgericht, bei Benützung des Sammelauftragsdienstes werde der Kostenvorschuss dann rechtzeitig geleistet, wenn der Datenträger vor Ablauf der Zahlungsfrist der Post übergeben werde und darauf als Fälligkeitsdatum spätestens der letzte Tag der Frist vermerkt sei, selbst wenn die Gutschrift auf dem Konto der Bundesgerichtskasse nach dem ordentlichen postalischen Gang am letzten Tag der Frist nicht mehr möglich sei.
Das Bundesgericht hielt jedoch an derselben Stelle ausdrücklich fest, dass der Kostenvorschuss verspätet geleistet werde, wenn der Datenträger zwar rechtzeitig der Post übergeben werde, aber ein verspätetes Fälligkeitsdatum enthalte.
Seither hat das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 2, im Urteil vom 11. Januar 2000 (publiziert in Plädoyer 2000 2 61, StR 55 2000 353 und TrEx 2000 172) sowie in mehreren nicht veröffentlichten Urteilen diese Rechtsprechung immer wieder bestätigt, dies bis in die jüngste Zeit und gestützt auf einen Plenumsentscheid unter Mitwirkung des Eidg. Versicherungsgerichts.
Es besteht kein Anlass, hier auf diese Rechtsprechung zurückzukommen; ernsthafte, sachliche Gründe, die eine Praxisänderung gebieten würden (vgl. hiezu <ref-ruling> E. 5 S. 129; <ref-ruling> E. 4c/aa S. 162 f., je mit Hinweisen), liegen nicht vor. Da sich der Beschwerdeführer das Verhalten der Bank, auf deren Veranlassung vorliegend das verspätete Fälligkeitsdatum zustande gekommen war ("Dabei wurde vom System automatisch das Fälligkeitsdatum
4. Januar generiert", vgl. Schreiben der UBS vom 14. März 2001) als solches einer Hilfsperson anrechnen lassen muss (vgl. <ref-ruling> E. 2 und 3), ist es unerheblich, dass er die Bank am 27. Dezember 2000 angewiesen hat, den Kostenvorschuss mit Valutadatum 29. Dezember 2000 auf das Konto der eidgenössischen Rekurskommissionen zu überweisen.
Nach den eingangs erwähnten Regeln wurde der Kostenvorschuss vorliegend nicht rechtzeitig geleistet, was die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht feststellen durfte.
c) Auf den Grundsatz, wonach einer Partei aus mangelhafter Eröffnung bzw. aus einer fehlerhaften behördlichen Rechtsmittelbelehrung kein Nachteil erwachsen darf (Art. 107 Abs. 3 OG, Art. 38 VwVG, dazu ausführlich <ref-ruling> E. 1a/aa S. 258; <ref-ruling> E. 8b S. 238), kann sich der Beschwerdeführer nicht berufen. Die Kostenvorschussverfügung war hinreichend klar; die Beschwerdekommission BVG verlangte die Überweisung des Betrages auf ihr Postcheck-Konto bis zum 3. Januar 2001, unter Androhung des Nichteintretens für den Fall der nicht fristgemässen Bezahlung.
Diese Angaben reichten grundsätzlich aus (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 523/524).
d) Unbehelflich ist auch der Einwand, die für die Zahlung gewährte Frist (12. Dezember 2000 bis 3. Januar 2001 sei in Anbetracht der Gerichtsferien unangemessen kurz gewesen. Wenn der Beschwerdeführer nicht in der Lage war, innert der gesetzten Frist zu handeln, hätte er vor Ablauf der Frist eine Verlängerung derselben beantragen müssen.
e) Es kann sich einzig fragen, ob die Kostenvorschussverfügung der Beschwerdekommission BVG nicht zusätzlich auf die mit Banküberweisungen verbundenen Fristrisiken hätte hinweisen müssen. Diese Frage prüft das Bundesgericht, da es vorliegend um bundesrechtliche Prozessvorschriften geht, mit freier Kognition (vgl. E. 1b). Der Beschwerdeführer macht geltend, ein "normaler Bürger" könne nicht wissen, dass "bei einer Einzahlung durch die Bank ein völlig fiktives und unkontrollierbares 'Fälligkeitsdatum' zur Anwendung" komme.
Im Umstand, dass die Beschwerdekommission BVG nicht ausdrücklich auf die Besonderheiten im Falle der Benützung des Sammelauftragsdienstes hingewiesen hat, liegt keine bundesrechtswidrige Unterlassung. Die bei Zahlungsaufträgen an Banken zu beachtenden Besonderheiten ergeben sich aus der publizierten Rechtsprechung (vgl. E. 2b). Eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben durch die Beschwerdekommission BVG ist weder dargetan noch ersichtlich.
Dass das Bundesgericht in seinen Formularverfügungen betreffend Einforderung eines Kostenvorschusses auf die entsprechenden Besonderheiten ausdrücklich hinweist, ändert nichts. Vom Beschwerdeführer, der als Patentanwalt arbeitet und in seinem Beruf ebenfalls mit Fristproblemen vertraut ist, darf erwartet werden, dass er, soweit er in eigener Sache zur Leistung eines Kostenvorschusses aufgefordert wird, die publizierte Rechtsprechung zu den entsprechenden Modalitäten kennt oder zumindest vorgängig konsultiert. Wenn er den elektronischen Zahlungsauftrag seiner Bank ("Telebanking") benutzt, kann er aus allfälligen systembedingten Eigenschaften der Datenübermittlung zwischen Bank und Post, die eine Fristwahrung verhindern, nichts zu seinen Gunsten ableiten.
3.-Nach dem Gesagten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde als unbegründet abzuweisen.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG).
Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Stiftung Auffangeinrichtung BVG (Zweigstelle Winterthur) sowie der Eidgenössischen Beschwerdekommission der Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 2. Oktober 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: