Sachverhalt:
Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hielt auf Beschwerde des S._ gegen einen Einspracheentscheid der CSS Kranken-Versicherung AG, Luzern (im Folgenden: CSS), vom 23. April 2008 hin fest, die medizinischen Akten liessen hinsichtlich verschiedener, für die Beurteilung der Leistungspflicht der CSS in Zusammenhang mit der operativen Entfernung von vier (Weisheits-) Zähnen massgeblicher Fragen keine mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit abschliessende Beantwortung zu. Es wies die Sache zur klärenden Beurteilung in Bezug auf jeden der vier entfernten Weisheitszähne bei einem mit dem Versicherungsfall noch nicht befassten Facharzt an die CSS zurück (Entscheid vom 19. Januar 2009).
Die CSS führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie die Feststellung, dass S._ bezüglich der operativen Zahnentfernung (im Rahmen von <ref-law> und <ref-law>) keinen Anspruch auf Leistungen habe. Eventualiter sei die Sache bezüglich Neufestsetzung der Parteientschädigung im vorinstanzlichen Verfahren an das kantonale Gericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>, da das Verfahren damit nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 mit Hinweisen; SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131 E. 1.1 [9C_684/2007]). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit (alternativ) voraus, dass der anzufechtende Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1. 1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>, da das Verfahren damit nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 mit Hinweisen; SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131 E. 1.1 [9C_684/2007]). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit (alternativ) voraus, dass der anzufechtende Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2 1.2.1 Ein irreversibler Nachteil im Sinne von <ref-law> ist gegeben, wenn Verwaltung und Versicherungsträger sich durch den Rückweisungsentscheid gezwungen sehen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen. Diesfalls kann die Verwaltung bereits diesen Entscheid anfechten (<ref-ruling> E. 5.2 S. 483; vgl. <ref-law>). Der vorinstanzliche Rückweisungsentscheid enthält indes keine materiellen Vorgaben, die dem Rechtsstandpunkt der beschwerdeführenden Versicherung widersprechen und an welche diese im Rahmen der anschliessenden Beurteilung und neuen Verfügung gebunden wäre (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 317). Die Beschwerdeführerin wendet sich denn auch einzig gegen die vom kantonalen Gericht angeordnete zusätzliche fachärztliche Begutachtung.
1.2.2 Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn der Nachteil selbst mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar wäre. Die Verpflichtung zur weiteren Abklärung und neuen Entscheidung ist aber auch dann kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im genannten Sinn, wenn die vorinstanzliche Feststellung, wonach der rechtserhebliche Sachverhalt ungenügend abgeklärt sei, offensichtlich unrichtig wäre oder auf einer qualifiziert unrichtigen oder sogar willkürlichen Beweiswürdigung beruhte (vgl. <ref-law>). Einerseits verliehe eine allfällige Rechtsverletzung nach <ref-law> dem Nachteil an sich unnötiger Abklärungen nicht rechtlichen Charakter. Anderseits entspricht eine blosse Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens durch weitere Abklärungen nach mehrfach bestätiger Rechtsprechung nicht dem Kriterium von <ref-law> (Urteil 9C_878/2008 vom 18. November 2008 E. 1.2.2 mit Hinweisen).
1.3 Die vorinstanzliche Feststellung, der rechtserhebliche Sachverhalt sei nicht genügend abgeklärt, ist tatsächlicher Natur und damit letztinstanzlich nur eingeschränkt überprüfbar (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Weil eine derartige Sachverhaltsfeststellung in aller Regel nicht offensichtlich unrichtig ist, die dagegen erhobene Beschwerde demzufolge ebenso regelmässig abzuweisen wäre und der bezweckte Nutzen (Vermeidung von Verfahrensaufwand) doch nicht einträte, verfolgt das Gericht eine generell zurückhaltende Eintretenspraxis. Deshalb wird auf Beschwerden gegen vorinstanzliche Rückweisungsentscheide, mit denen einzig eine ergänzende Sachverhaltsabklärung angeordnet wird und die nicht auf einer falschen Rechtsanwendung im Sinne von <ref-law> beruhen, auch nicht nach Massgabe von <ref-law> eingetreten (vgl. das bereits angeführte Urteil 9C_878/2008 E. 1.3 mit Hinweisen), es sei denn, in der Beschwerde werde dargelegt, dass durch den sofortigen Endentscheid ein bedeutender Aufwand eingespart werden könnte. Dies trifft hier nicht zu.
2. Nach dem Gesagten sind die alternativen Sachurteilsvoraussetzungen des <ref-law> offensichtlich nicht gegeben, weshalb auf die Beschwerde, soweit sie sich gegen die Rückweisung zur erneuten Begutachtung richtet, im vereinfachten Verfahren ohne Durchführung eines Schriftenwechsels nicht eingetreten wird (<ref-law>). Verhält es sich so, ist auch das von der Beschwerdeführerin nebst dem Hauptbegehren gestellte Eventualbegehren betreffend Parteientschädigung im kantonalen Verfahren nicht weiter zu erörtern, zumal diese gegebenenfalls entweder selbstständig innerhalb der normalen Rechtsmittelfrist ab Rechtskraft des Endentscheids oder zusammen mit dem neuen Entscheid der Vorinstanz beim Bundesgericht angefochten werden kann (<ref-ruling>; Urteil 9C_567/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 4; vgl. auch Urteil 1C_364/2008 vom 15. September 2008 E. 2.2 i.f.).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle