Faits:
A. La société X._ SA (ci-après: la Société), dont le but est l'exécution de tous mandats dans les limites de l'activité fiduciaire, est issue de la reprise des actifs et passifs le 23 décembre 1986 par la Société Fiduciaire Y._ SA (ci-après: Y._ SA), créée en 1962 à Lausanne, de la société Z._ SA (ci-après: Z._ SA), à Genève. Elle est dotée d'un capital-actions de 400'000 fr. réparti en 1600 actions d'une valeur de 250 fr. chacune. Lors de la fusion, A._ en détenait dix; sa participation s'est ensuite réduite à deux actions. B._, directeur de la Société, en détenait alors 364, représentant 13,38% du capital, puis 214 dès 1990.
En 1976, Y._ SA avait créé le Fonds de prévoyance en faveur des collaborateurs de la Fiduciaire Y._ SA (ci-après: la Fondation Y._) et Z._ SA la Fondation de prévoyance en faveur des collaborateurs de la société Z._ SA Genève (ci-après: la Fondation Z._). Conformément à leurs statuts, le but de ces fondations était de venir en aide au personnel de la fondatrice notamment en cas de vieillesse, maladie, invalidité et accident par la conclusion d'assurances appropriées et l'attribution de prestations décidées librement et exclusivement par le conseil de fondation.
B. Dès la fondation de Y._ SA en novembre 1962, A._, né le 1er janvier 1917, a occupé successivement la fonction de directeur adjoint puis de directeur et de "secrétaire hors conseil". Il a également occupé le poste de membre du conseil d'administration dès la création de Z._ SA et en plus, depuis 1975, celui de directeur général de celle-ci.
Par avenants des 2 et 7 février 1977, le contrat de travail entre Y._ SA et A._ a été modifié, son taux d'activité a été réduit de moitié et sa rémunération mensuelle nouvellement fixée à 3'500 fr. Aux termes du nouveau contrat, A._ était autorisé à faire valoir son droit à la retraite dès le 1er janvier 1982, une rente mensuelle de 900 fr. indexée à l'indice des prix à la consommation lui étant versée dès sa retraite par la Fondation Y._. Y._ SA s'engageait à fournir mensuellement les fonds exigés par cette rente. Le contrat précisait que cette condition tenait compte du fait qu'A._ ne bénéficierait guère ou pas du second pilier.
Parallèlement, aux mêmes dates, Z._ SA et A._ ont signé un contrat rappelant que ce dernier avait été à l'origine de la création de Z._ SA, dont il avait été membre du conseil d'administration depuis sa fondation et qu'il avait occupé le poste de directeur général depuis 1975 sans recevoir de rémunération autre que celle allouée par Y._ SA. Les termes du contrat précisaient que A._ réduisait son activité auprès de Y._ SA pour se consacrer à Z._ SA et fixaient son salaire mensuel à 1'000 fr. auquel s'ajoutaient annuellement 4'000 fr. de frais de représentation et de transport ainsi que 4'000 fr. d'honoraires d'administrateur. A._ était en outre autorisé à faire valoir son droit à la retraite dès le 1er janvier 1982, une rente mensuelle de 650 fr. indexée à l'indice des prix à la consommation lui étant versée dès sa retraite par la Fondation Z._ ou par une assurance. A._ a pris sa retraite en mai 1982. De 1989 à 1992, il a reçu à ce titre deux rentes versées par le Fonds Z._ et par X._ SA par l'intermédiaire de la Fondation Y._ qui représentaient au total 25'098 fr. (recte: 25'818 fr.), 27'118 fr., 28'574 fr. et 30'095 fr.
C. Au moment de la fusion en 1986, X._ SA a conservé la structure du plan de prévoyance mise en place par les sociétés Y._ SA et Z._ SA. Les Fondations Y._ et Z._ ainsi que leurs buts et leurs modes de financement ont été maintenus. Leurs noms ont été modifiés en "Fondation de prévoyance en faveur des collaborateurs de X._ SA" respectivement, "siège Lausanne" et "siège Genève" (ci-après encore citées: la Fondation Y._ et la Fondation Z._). Modifiés le 30 janvier 1987, les statuts de la Fondation Y._ précisaient en outre que la fondation remplit son but de prévoyance notamment par la conclusion d'assurances soumises à un règlement de fondation et par l'ouverture au nom de la fondation de "livrets d'épargne prévoyance" auprès d'un établissement bancaire au bénéfice de collaborateurs désignés par le conseil de fondation.
La même année, un fonds de réserve pour contributions futures a été créé au sein de la Fondation Y._. Il était alimenté par les attributions bénévoles de l'entreprise à la fondation (art. 5 des statuts). En sus des contributions réglementaires, X._ SA a alimenté le fonds de réserve de la Fondation Y._ par des versements bénévoles notamment pour les années 1989 à 1992 de 73'860 fr., de 74'556 fr., de 90'336 fr. et de 91'140 fr.
Les mesures de prévoyance appliquées dans la société X._ SA étaient les suivantes:
a) En 1985, avant leur fusion, Y._ SA et Z._ SA avaient chacune signé un contrat d'affiliation valable dès le 1er janvier 1985 auprès de la Fondation collective LPP de l'Assurance G._ dont les règlements prévoyaient pour l'ensemble de leur personnel des prestations ainsi qu'un financement conformes au minimum légal de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40). Ces contrats ont été repris par la Société dont tous les employés sont assurés auprès de la Fondation collective.
b) En septembre 1986, la Fondation Y._ a conclu un contrat d'assurance surobligatoire (n° xxx) auprès de l'Assurance G._. A la même date, le règlement de l'assurance surobligatoire de la Fondation Y._ a été modifié avec effet au 1er janvier 1985. Aux termes de son art. 6 al. 1, tous les travailleurs faisant partie du personnel cadre, dont l'engagement est définitif et n'est pas résilié, s'ils ont accompli trois ans de service et atteint l'âge de 30 ans sans avoir dépassé l'âge de 60 ans pour les hommes respectivement 57 ans pour les femmes, sont admis dans l'assurance, un travailleur pouvant être admis dès son engagement dans des cas particuliers (charges de familles ou libre passage). Le montant du capital mixte est fonction de l'âge de l'assuré et de son salaire. Il est versé à l'âge de la retraite ou en cas de décès prématuré intégralement au conjoint, aux enfants ou aux personnes à charge. En cas d'invalidité, une rente de 25% du traitement de base est versée. Le financement est assuré par des cotisations de 3% du traitement de base, qui correspond au "salaire annuel communiqué à l'Assurance G._", payées par moitié par l'assuré et la Fondation Y._ jusqu'à 44 ans pour les hommes et jusqu'à 41 ans pour les femmes, puis à raison de 0,75% par l'assuré et 2,25% par la Fondation et enfin uniquement par la Fondation dès l'âge de 55 ans pour les hommes et de 52 ans pour les femmes.
La Fondation Z._ a procédé de la même manière.
c) Durant la même année, la Fondation Y._ a également ouvert des "livrets d'épargne prévoyance" auprès de la Banque F._ au bénéfice des personnes nommément désignées par son conseil.
D. Au cours de sa séance du 11 décembre 1986, puis chaque année jusqu'en 1993, le conseil de la Fondation Y._ a décidé le versement d'attributions bénévoles sur les "livrets d'épargne prévoyance" à son nom auprès de la Banque F._. Elle a notamment versé les sommes de 100'000 fr. en 1986, de 125'000 fr. prélevés sur l'exercice 1988, de 60'000 fr. prélevés sur l'exercice 1989, de 58'000 fr. sur l'exercice 1990, de 75'000 fr. sur l'exercice 1991 et de 80'000 fr. sur l'exercice 1992. Les montants des années 1989 à 1992 ont été répartis entre les assurés de la fondation, au nombre de cinq la première année, puis de sept les années suivantes, selon une clé de répartition tenant compte "de l'importance des valeurs mathématiques des polices conclues par la fondation et des années de services".
Le livret d'épargne prévoyance de B._, né en 1928, a ainsi été crédité de 37'500 fr. en 1989, de 35'700 fr. en 1990, de 46'000 fr. en 1991 et de 48'500 fr. en 1992.
Au cours de la séance du 11 décembre 1986, le conseil de la Fondation X._ siège Lausanne a constaté que, si les attributions bénévoles à l'ancien directeur A._ avaient été effectuées selon le même critère de répartition, un montant complémentaire de 11'425 fr. correspondant à une rente mensuelle de 948 fr. devrait lui être versé. Il a alors été décidé que la rente payée par Y._ serait augmentée de ce montant dès le 1er janvier 1987.
E. A l'occasion d'un contrôle fiscal de la Société en octobre 1995 portant sur les périodes fiscales 1987/1988 à 1993/1994, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a procédé à des reprises sur des frais forfaitaires non admis et des primes d'assurances-maladie versées en faveur de l'administrateur et actionnaire B._, sur les rentes versées à A._ par le siège de Lausanne et la succursale de Genève pour les exercices comptables 1989 à 1992 ainsi que sur la moitié des attributions au fonds de prévoyance en faveur de B._ pendant la même période. Elle a estimé que l'ancien directeur A._ était avantagé par rapport aux autres employés qui n'ont pas bénéficié de la même prestation et que le critère de répartition des attributions aux livrets d'épargne prévoyance arrêté par la Fondation X._ siège Lausanne avantageait B._.
Par décisions notifiées à X._ SA les 20 décembre 1996 et 23 janvier 1997, l'Administration cantonale des impôts a arrêté les rappels d'impôts et les amendes pour les périodes fiscales 1987/1988 et 1989/1990 et procédé aux taxations définitives des périodes fiscales 1991/1992 et 1993/1994. En matière d'impôts cantonal et communal, elle a réclamé un montant total de 104'892 fr. 15. En matière d'impôt fédéral direct, elle a réclamé un montant de fr. 43'033 fr. 60 pour les périodes fiscales 1991/1992 et 1993/1994.
Par décision du 31 juillet 1997, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations de la Société contre les décisions de taxation pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal, dont les conclusions étaient limitées à l'annulation des reprises concernant les montants versés à A._ et B._.
F. Le 16 décembre 2004, le Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif) a admis le recours déposé par X._ SA contre la décision sur réclamation du 31 juillet 1997 de l'Administration cantonale des impôts. Il a considéré en substance qu'A._ avait été à l'origine de la création des sociétés Y._ SA et Z._ SA et de l'important développement dont elles avaient bénéficié. Il avait également exercé la fonction de directeur général de Z._ SA de 1975 à 1977 sans rémunération. Enfin, il était le seul collaborateur qui avait travaillé à plein temps aussi longtemps dans l'entreprise et qui avait atteint l'âge de 60 ans au moment de la constitution du premier fonds de prévoyance en faveur des employés de Y._ SA. Faisant enfin référence à l'<ref-law>, il a jugé que ces circonstances particulières justifiaient la déduction de la rente litigieuse comme frais autorisés par l'usage commercial. S'agissant des attributions sur le compte de prévoyance de B._, il a ordonné une expertise qui a été confiée à C._ de la société D._ SA. Se fondant sur les deux rapports d'expertise dûment soumis aux parties pour observations, le Tribunal administratif a jugé qu'aucune des mesures de prévoyance de la Fondation Y._ depuis la modification de ses statuts et de son règlement en 1985 et 1987 ne respectait le principe de collectivité. La répartition des attributions bénévoles, notamment celles faites sur les livrets d'épargne prévoyance, ne respectait pas le principe de planification. Toutefois, B._ appartenait à la génération d'entrée pour laquelle des mesures spéciales de prévoyance pouvaient être prises au sens des art. 31 et 32 LPP. Les mesures prises par la société et la Fondation Y._, en particulier la clé de répartition des attributions bénévoles, étaient, à dires d'experts, souvent utilisées dans la pratique. Elles ne provoquaient en l'espèce pas d'inégalité entre les employés de la générations d'entrée, en particulier par rapport à la situation de E._, né en 1936, le plus ancien employé au service de l'entreprise après B._, dont le compte avait été crédité de 15'300 fr. en 1989, de 15'000 fr. en 1990, de 19'000 fr. en 1991 et de 20'500 fr. en 1992. Les reprises devaient par conséquent être annulées.
G. Agissant le 28 janvier 2005 par la voie du recours de droit administratif, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 16 décembre 2004 et l'aggravation de la décision sur réclamation du 31 juillet 1997 de l'Administration cantonale des impôts en matière d'impôt fédéral direct en ordonnant en sus la reprise de l'entier et non pas seulement de la moitié des attributions bénévoles versées par X._ SA de 1989 à 1992 au fonds de prévoyance en faveur de B._. Selon elle, le bénéfice imposable pour 1991 et 1992 devait être porté respectivement à 209'500 au lieu de 108'600 fr. et pour 1993 et 1994 respectivement à 243'500 au lieu de 123'200 fr. Elle demande subsidiairement l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 16 décembre 2004 et la confirmation de la décision sur réclamation du 31 juillet 1997 de l'Administration cantonale des impôts. Elle dénonce une violation des art. 34quater aCst., 81 al. 1 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) ainsi que 49 al. 1 lettre b et al. 2 de l'arrêté du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD, RO 1940 II 2021).
Le Tribunal administratif du canton de Vaud et la société X._ SA, qui produit une copie de la liste de ses actionnaires au 1er novembre 1991, concluent au rejet du recours. L'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud fait siennes les conclusions du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre un arrêt rendu par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale et fondé sur le droit public fédéral, le présent recours est recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière des art. 112 AIFD et 146 LIFD.
1.2 L'Administration fédérale des contributions, qui a un intérêt à une application correcte et uniforme de la loi (<ref-law>), a qualité pour recourir (art. 103 lettre b OJ) et peut demander la correction de l'arrêt attaqué en défaveur du contribuable (RF 55 2000 122 consid. 2b ; cf. Jean-Marc Rivier, Les attributions de l'Administration fédérale des contributions dans le cadre du recours de droit administratif au Tribunal fédéral, in Archives 59 p. 81 ss, p. 87; Attilio R. Gadola, Die reformatio in pejus vel melius in der Bundesverwaltungsrechtspflege - eine Übersicht der neuesten Rechtsprechung, AJP 1998 p. 59 ss, p. 63).
1.3 Conformément à l'art. 104 lettre a OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 1.2.1). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 188; <ref-ruling> consid. 2b p. 60; <ref-ruling> consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 188; <ref-ruling> consid. 1b p. 12 , 264 consid. 1b p. 268; <ref-ruling> consid. 1b/aa p. 500 et les arrêts cités). De surcroît, en matière de contributions publiques, le Tribunal fédéral peut aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de celles-ci, lorsque le droit fédéral est violé ou lorsque des faits ont été constatés de manière inexacte ou incomplète (art. 114 al. 1 OJ). Une correction en défaveur du contribuable (reformatio in peius) n'est cependant entreprise que si celui-ci a été préalablement averti, si la décision concernée est manifestement erronée et si sa rectification revêt une importance notable (<ref-ruling> consid. 8b; <ref-ruling> consid. 1b; Archives 69 811 consid. 4b/bb; RF 55 2000 122 consid. 3a; RDAT 1998 II 22t 353 consid. 3c/bb et les références citées).
2. Avec l'entrée en vigueur le 1er janvier 1995 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'arrêté du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD) a été abrogé (<ref-law>). Les dispositions de droit matériel de l'ancien arrêté du Conseil fédéral restent toutefois applicables aux impôts des années antérieures qui n'ont pas encore été taxés ou dont la taxation n'est pas encore entrée en force. Les dispositions de droit matériel de l'arrêté du Conseil fédéral sont par conséquent applicables aux périodes fiscales 1991/1992 et 1993/1994.
3. Après l'entrée en vigueur le 1er janvier 1972 de la loi fédérale révisant les titres dixième et dixièmebis du code des obligations (RO 1971, 1461), la prévoyance professionnelle faisait l'objet d'un sous-chapitre des dispositions sur le contrat de travail (<ref-law>) et de l'<ref-law> relatif aux institutions de prévoyance en faveur du personnel, constituées sous forme de fondation.
3.1 A cette époque, la prévoyance réglée par les dispositions du Code des obligations revêtait un caractère facultatif (cf. Message du Conseil fédéral du 19 décembre 1975 à l'appui d'un projet de loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité [ci-après: Message à l'appui de la LPP]; FF 1976 I 117 ss, p. 118). Classiquement, la doctrine distinguait parmi les formes usuelles de prévoyance, selon qu'elle était garantie directement par l'employeur lui-même ou par la conclusion d'assurances directes ou encore par la mise sur pied d'une institution de prévoyance (Jürg Brühwiler, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, Berne 1989, p. 94 ss, n° 1 ss). Tout reposait sur le contrat de travail et sur le principe de la liberté contractuelle, en particulier, l'existence même de la prévoyance, sa forme (promesse de prévoyance, contrat d'assurance ou institution de prévoyance), la détermination du cercle des bénéficiaires, de son financement (par l'employeur seul ou avec la participation de l'employé et le cas échéant son montant) et la désignation des prestations (Jürg Brühwiler, op.cit., p. 132 ss, n° 41 ss). Il n'y avait aucune obligation légale immédiate pour l'employeur de verser des contributions à une institution de prévoyance (Jürg Brühwiler, op. cit., p. 112, n° 7). Toutefois, si un employeur effectuait des prestations dans un but de prévoyance de son personnel ou si les travailleurs versaient des contributions à cette fin, l'employeur était soumis aux dispositions impératives de l'<ref-law> dans sa teneur du 1er janvier 1972 (<ref-law>; cf. <ref-ruling>). Il était tenu de verser parallèlement une contribution au moins égale à la somme des cotisations (<ref-law> dans sa teneur au 1er janvier 1972) et également de transférer ces prestations et contributions à une fondation, à une société coopérative ou à une institution de droit public (<ref-law> dans sa teneur au 1er janvier 1972; cf. Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zurich, Bâle, Genève 2005, p. 2 s. n° 6, p. 19 ss n° 50 ss; Frank Vischer, Le contrat de travail in: Traité de droit privé suisse 1982, vol. VII, tome I, 2, p. 130 ss). L'<ref-law> n'exigeait pas que les cotisations de l'employeur soient versées par l'entreprise fondatrice elle-même (<ref-ruling>). Elles pouvaient être prélevées sur l'ensemble des biens de la fondation ou versées par une fondation patronale alimentée par des versements des employeurs fixés selon la marche des affaires (<ref-ruling>). Conformément au caractère facultatif de la prévoyance, le code des obligations ne fixait pas de limite supérieure pour les cotisations (Jürg Brühwiler, op. cit., p. 122, n° 25).
Egalement introduite par la loi fédérale révisant les titres dixième et dixièmebis du code des obligations (RO 1971, 1461, 1479 s.), l'indemnité à raison de longs rapports de travail des art. 339b-d CO complétait la réglementation de prévoyance en faveur du personnel. Elle avait pour but d'inciter l'employeur à créer un système de prévoyance. Elle peut en effet être remplacée par les versements d'une institution de prévoyance. Dans ce cas, l'employeur est libéré de l'obligation de verser l'indemnité dans la mesure où il s'engage à payer dans le futur les prestations de prévoyance au travailleur ou les lui fait assurer par un tiers (<ref-law>). Dans ce sens, cette indemnité a servi de transition jusqu'à ce que soit instituée la prévoyance obligatoire dans les entreprises (Frank Vischer, op. cit., p. 137 et 140; Jürg Brühwiler, op. cit., p. 529 s., n° 103 ss).
3.2 Sous l'angle fiscal, l'art. 16 chiffre 4bis AIFD prévoyait l'exonération des fondations constituées en la forme prévue aux articles 80 ss CC. Les art. 22 al. 1 lettre f et 49 al. 2 AIFD autorisaient la déduction des sommes affectées à des buts de bienfaisance en faveur du personnel de l'entreprise, en tant que l'affectation de ces sommes était assurée de telle sorte que tout emploi contraire fût impossible. L'art. 22 al. 1 lettre f AIFD, dont la teneur était identique à celle de l'art. 49 al. 2 AIFD, conférait aux propriétaires et associés d'entreprises commerciales la faculté d'adapter au résultat de chaque exercice annuel les contributions en faveur de la prévoyance de leur personnel et d'influencer par là le revenu commercial imposable (E. Känzig, Die eidgenössische Wehrsteuer (Direkte Bundessteuer), vol. 4, 2ème éd., Bâle 1982, n° 182, p. 669; Message du Conseil fédéral du 1er mai 1984 concernant l'adaptation de l'impôt fédéral direct à la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, FF 1984 II 749 p. 758). Sous cet angle, il n'y avait en principe pas de limitations à la déduction des montants irrévocablement affectés à des buts de prévoyance.
D'après une circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 11 avril 1958 (Archives 26, p. 435), les sommes versées à un fonds de prévoyance en faveur du personnel constitué sous la forme d'une caisse d'assurance au sens de l'art. 16 chiffre 4 AIFD peuvent être déduites, même lorsque les prestations d'assurances prévues sont garanties ou versées à des personnes qui détiennent une part importante du capital social (actionnaires directeurs). De même, les salaires versés aux chefs de l'entreprise, directeurs et fondés de pouvoirs, dans la mesure où ils restent dans des limites normales, sont considérés comme des frais généraux. Toutefois les prestations d'assurance qui sont garanties ou versées à ces personnes ne doivent pas être plus élevées que les prestations accordées à d'autres employés occupant dans l'entreprise la même situation ou une situation semblable, mais ne participant pas ou ne participant pas dans une mesure importante au capital social (cf. H. Masshardt/F. Gendre, Commentaire IDN, Lausanne 1973, n° 26 ad art. 49 al. 2, p. 237 s.; E. Känzig, op.cit., n° 182 ad art. 22 al. 1 lettre f et n° 415 ad art. 49 al. 2).
Dans un arrêt du 10 avril 1987 concernant la période fiscale 1983/1984, le Tribunal fédéral a rappelé qu'il se justifiait d'admettre que les versements d'une entreprise en vue d'assurer des actionnaires travaillant pour la société, ne pouvaient être considérés comme des frais justifiés par l'usage commercial que s'ils étaient également consentis en faveur d'autres employés; se référant à la circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 30 avril 1958, il a considéré que les paiements directs de rentes par l'entreprise à d'anciens actionnaires-directeurs ainsi qu'à leurs survivants ne pouvaient être admis comme frais justifiés par l'usage commercial que si les personnes dirigeantes ne pouvaient pas être incluses dans l'assurance concernant les autres employés et qu'elles n'étaient pas traitées plus favorablement qu'eux (<ref-ruling> consid. 4c p. 16 s. et les nombreuses références de jurisprudence citées).
4. Entrée en vigueur le 1er janvier 1985, sous réserve notamment des art. 81 al. 2, al. 3, 82 et 83, qui sont applicables depuis le 1er janvier 1987 (RO 1983 p. 827), la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) règle la prévoyance professionnelle (2ème pilier).
4.1 La loi sur la prévoyance professionnelle est une loi spéciale dont les normes l'emportent sur les dispositions générales du code civil et du code des obligations, qui continuent à s'appliquer aux rapports de droit que la loi sur la prévoyance obligatoire ne concerne pas, en particulier la prévoyance supplémentaire et aux rapports juridiques nés avant l'entrée en vigueur de la loi (Message à l'appui de la LPP; FF 1976 I 117 ss, p. 129). Selon les art. 111 et 113 Cst., qui reprennent l'art. 34quater aCst., la prévoyance professionnelle doit permettre aux personnes âgées, aux survivants et aux invalides de maintenir de façon appropriée leur niveau de vie antérieur, compte tenu des prestations de l'assurance fédérale (cf. Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 117). Le maintien du niveau de vie antérieur est garanti, à titre d'exigence minimale (<ref-law>), par une rente globale (rente du premier et du deuxième pilier) de 60 pour cent du dernier salaire brut d'une personne ayant eu une carrière professionnelle normale (Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 125). Il est toutefois loisible aux institutions de prévoyance reconnues de prévoir les prestations supérieures qui leur conviennent (Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 127 s.; nommée prévoyance sur-obligatoire, 2ème pilier b). La prévoyance professionnelle obligatoire et surobligatoire est financée en principe par l'employeur et l'employé. Selon la loi, l'employeur finance en principe une somme égale à celle financée par l'employé; il peut toutefois verser un montant supérieur (<ref-law>, <ref-law>). Dans la mesure où les statuts ou les règlements le prévoient expressément, l'employeur peut également verser, en sus des contributions ordinaires au fonds de prévoyance, des contributions extraordinaires uniques dans le but de racheter des années de cotisation des employés ou dans le but d'alimenter un fonds de réserve ou les moyens à libre disposition de la fondation de prévoyance (cf. à cet égard, l'arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 4.1 et 4.2 et les références de jurisprudence citées). Tant le financement que la mise en oeuvre de la prévoyance obligatoire et surobligatoire doivent être fixés à l'avance dans les statuts et les règlements selon des critères schématiques et objectifs et respecter, en particulier, les principes d'adéquation, de collectivité (solidarité), d'égalité de traitement, de planification ainsi que d'assurance (<ref-ruling> consid. 3d p. 204, pour une définition de ces principes cf. arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 3 et la confirmation que le principe d'assurance vaut pour les institutions de prévoyance obligatoires et surobligatoires 2A.408/2002 du 13 février 2004, consid. 2.4).
La 1ère révision de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité dans sa teneur du 3 octobre 2003 reprend expressément les notions d'adéquation, de collectivité, d'égalité de traitement, de planification et le principe d'assurance dont la définition devra être précisée par le Conseil fédéral (art. 1 al. 3 qui entrera en vigueur le 1er janvier 2006, RO 2004 1677, 1700). Cette intégration est le fruit d'une évolution historique marquée par le glissement de la prévoyance du domaine du droit privé vers celui du droit public des assurances sociales. En effet, le domaine de la prévoyance surobligatoire reposait encore lors des premières applications de la loi sur la prévoyance professionnelle avant tout sur le contrat, en d'autres termes, sur le principe du droit privé autonome, soit sur la liberté contractuelle, qui n'était pas remise en cause par les dispositions légales (cf. <ref-law>, <ref-law> et les art. 331-331c CO) applicables à la prévoyance surobligatoire (Jürg Brühwiler, op. cit., p. 586 s., n° 39 et 40). Par conséquent, l'influence du droit privé l'emportait encore largement à ce moment-là.
4.2 La prévoyance obligatoire instituée par le deuxième pilier faisant défaut ou étant nettement insuffisante avant l'entrée en vigueur de la loi (Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 119 et 124 s.), la génération d'entrée, composée des personnes, lors de l'entrée en vigueur de la loi, de plus de 25 ans n'ayant pas encore l'âge ouvrant le droit à la rente, n'atteignait pas la durée normale de cotisation (<ref-law>; Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 143 s.). L'art. 11 Disp. trans. aCst. a exigé par conséquent que la loi institue des dispositions spéciales afin que les assurés appartenant à la génération d'entrée du régime de la prévoyance professionnelle obligatoire puissent bénéficier d'une protection minimale passé un certain délai variant entre dix et vingt ans en fonction du revenu. Contre l'avis du Conseil national toutefois (BO CN 1977 II 1339 ss), les art. 31 à 34 du projet du Conseil fédéral (Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 209 ss), qui reprenaient assez fidèlement la teneur de l'art. 11 al. 2 Disp. trans. aCst., ont été éliminés par le Conseil des Etats au profit d'une "solution simplifiée" qui supprimait "des restrictions non désirées dans l'autonomie des institutions de prévoyance" à cet égard (BO CE 1980 280 s., voir également BO CN 1981 II 1082 ss, BO CE 1982 11 ss). L'<ref-law> relatif aux dispositions spéciales prévoit par conséquent que chaque institution de prévoyance est tenue, dans les limites de ses possibilités financières, d'établir des dispositions spéciales pour la génération d'entrée en favorisant notamment les assurés d'un certain âge et plus particulièrement ceux d'entre eux qui ne disposent que de revenus modestes. A cet effet, elle pourra tenir compte des prestations auxquelles des assurés ont droit en vertu des mesures de prévoyance prises antérieurement à la présente loi (<ref-law>). Les institutions de prévoyance sont donc relativement libres dans le choix des mesures qu'elles sont tenues de prendre et bénéficient d'une large marge d'appréciation (Jürg Brühwiler, op. cit., p. 222, n° 23 et 24 et p. 237 ss n° 45 ss). Elles peuvent puiser à cet effet dans leur fortune à libre disposition (Jürg Brühwiler, op. cit., p. 224 s., n° 26).
Enfin, la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle a modifié la teneur de l'art. 331 al. 3 in fine CO. Cette disposition exige nouvellement depuis le 1er janvier 1985 (RO 1983 797) de l'employeur qu'il finance sa contribution à la prévoyance de ses employés par ses moyens propres ou à l'aide de réserves de cotisations dans l'institution de prévoyance et non plus à l'aide de la fortune libre de l'institution lorsque ses statuts ne l'excluaient pas; ces réserves doivent avoir été accumulées préalablement dans ce but par l'employeur et être comptabilisées séparément.
4.3 Sur le plan fiscal, dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public sont exonérées des impôts directs de la Confédération des cantons et des communes (<ref-law>). Les contributions des employeurs ainsi que celles que les salariés et les indépendants versent à des institutions de prévoyance conformément à la loi ou aux dispositions réglementaires sont déductibles en matière d'impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes (art. 81 al. 1 et 2 LPP dans leur teneur jusqu'au 1er janvier 2005). Les art. 16 al. 4, 22 al. 1 lettre f et 49 al. 2 AIFD ont repris ces dispositions (Message sur l'adaptation de l'IFD à la LPP, FF 1984 II 749, p. 756 s., 758 et 760). Le Tribunal fédéral a jugé qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter de la jurisprudence rendue en la matière avant l'entrée en vigueur de la loi sur la prévoyance professionnelle, notamment s'agissant du respect des principes qui régissent son financement et sa mise en oeuvre (<ref-ruling> consid. 3d p. 204 s.). De même, à l'instar de ce qui prévalait avant l'entrée en vigueur de la LPP, il n'est pas possible de fixer de limite précise et unique à la constitution de réserves de cotisations patronales ou de réserves libres que prétend faire un employeur (cf. consid. 2.1.2 ci-dessus; Conférence suisse des impôts, Groupe de travail prévoyance, Prévoyance et impôts, cas d'application, Muri/Berne 2002, cas n° A 3.5.1).
Dans un arrêt récent (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 4.3), le Tribunal fédéral, confirmant une jurisprudence antérieure (arrêt 2P.107/1994 du 16 mai 1995, consid. 4b/bb, in: StE 1998 B 72.14.2 n° 21) a jugé que la déduction fiscale des contributions volontaires au titre de frais justifiés par l'usage commercial n'était possible que si l'institution de prévoyance professionnelle utilisait ces contributions conformément à la loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité. Les contributions volontaires entraient dans les réserves à libre disposition de l'institution de prévoyance et devaient servir exclusivement à l'amélioration générale de la prévoyance des assurés de l'institution ou à l'amélioration de la couverture d'assurance en renforçant le capital de couverture. Le Tribunal fédéral a précisé que, comme les cotisations ordinaires, les contributions volontaires devaient respecter les principes de collectivité, de planification, d'adéquation et d'égalité de traitement. Il était nécessaire que les statuts et les règlements prévoient que les contributions extraordinaires de l'employeur servent à l'amélioration en général de la prévoyance des assurés membres de l'institution et qu'elles soient réparties entre les preneurs d'assurance au moyen d'une clé prévue dans les statuts ou les règlements. Par conséquent, les cotisations qui ne respectaient pas ces principes et les contributions volontaires que l'employeur effectuait en l'absence de fondements statutaires ou réglementaires ne pouvaient être considérées comme des frais déductibles justifiés par l'usage commercial. Il était donc inadmissible de verser dans l'institution de prévoyance de telles contributions extraordinaires au seul gré de la volonté de l'employeur et de les porter directement dans les comptes individuels de prévoyance qui y sont ouverts. En cas de contributions extraordinaires, les principes d'adéquation et d'égalité de traitement revêtaient un poids plus important, tandis que celui de planification (d'un point de vue temporel) passait au second plan. La planification exigeait dans un tel contexte que les contributions extraordinaires soient prévues par les statuts ou les règlements et que leur répartition entre les assurés ou leur compte de prévoyance ait lieu en fonction de critères objectifs. Le principe d'adéquation était respecté si l'institution de prévoyance n'était pas dotée de moyens excessifs dont elle n'aurait vraisemblablement pas besoin dans un avenir proche pour remplir ses obligations légales, statutaires ou réglementaires. Enfin, à l'inverse des cotisations périodiques ordinaires, le principe de l'équivalence des mesures de prévoyance devait être compris dans un sens relatif: les réserves à libre disposition de l'institution de prévoyance devaient être proportionnellement équivalentes dans la caisse des employés et la caisse des cadres (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 4.3 et 4.4 ainsi que les nombreuses références de jurisprudence et de doctrine citées).
5. 5.1 En vertu de l'art. 49 al. 1 lettre b AIFD, entrent en considération pour le calcul du rendement imposable tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de profits et pertes qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l'usage commercial en particulier les libéralités en faveur de tiers. La notion de "libéralités en faveur de tiers" comprend notamment les prestations appréciables en argent, également qualifiées de distributions dissimulées de bénéfices, faites par la société, (a) sans contre-prestation, (b) à ses actionnaires ou encore à toute personne la ou les touchant de près et (c) qu'elle n'aurait pas faites aux mêmes conditions, dans les mêmes circonstances, à des tiers non participants (<ref-ruling> consid. 2 p. 120; Archives 67 216 consid. 2; RDAF 1997 2 483 consid. 2).
5.2 En particulier, les rentes qu'une société verse à son ancien actionnaire directeur après sa retraite ne peuvent pas être considérées comme des frais autorisés par l'usage commercial, lorsque la société n'alloue pas aussi des prestations correspondantes aux anciens employés ou qu'il n'existe pas de circonstances extraordinaires pouvant justifier d'une autre manière que ces prestations soient reconnues comme frais. Pour déterminer s'il existe des circonstances particulières justifiant la déduction des rentes, il convient de prendre en compte l'ensemble des circonstances qui ont entouré la conclusion du contrat de rentes (<ref-ruling> consid. 2 et 3 p. 179 ss).
Dans des arrêts plus récents, le Tribunal fédéral a considéré comme distribution dissimulée de bénéfice, le versement d'une prime unique par la société favorisant son actionnaire-directeur par rapport aux autres collaborateurs (cadres), parce que ce rachat ne répondait pas à un système schématique valable pour l'ensemble des collaborateurs (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004). Il a également considéré comme distribution dissimulée de bénéfice le versement par la société de la totalité des contributions alimentant le fonds de prévoyance de son actionnaire unique, dès lors qu'il n'était pas établi que des contributions comparables avaient été versées au profit d'autres employés de la recourante (arrêt 2A.368/1995 du 24 avril 1996; arrêt P1521/1983 du 30 mars 1984 in: Archives 55, p. 171 ss). De même, la conclusion d'une assurance de rente viagère contre le paiement d'une prime unique par la société en faveur de son actionnaire unique qui n'avait jamais été ni n'était dans un rapport de travail avec celle-ci constitue, en l'absence de toute contre-prestation, une distribution dissimulée de bénéfice (Archives 64 p. 493 consid. 3). En revanche, il a refusé de considérer comme distribution dissimulée de bénéfice les cotisations d'une société en faveur de la prévoyance complémentaire dont bénéficiaient seuls ses deux actionnaires employés à l'exclusion d'un troisième employé dont le salaire ne dépassait la limite supérieure du salaire LPP, parce qu'elles correspondaient aux dispositions du règlement applicable à tous ses employés. Les actionnaires n'étaient pas favorisés par le taux de cotisation; le montant des cotisations paritaires était adéquat; le salaire des actionnaires était raisonnable et fixé en fonction de critères objectifs tandis que celui de l'employé non actionnaire aurait été soumis au régime complémentaire s'il n'avait pas travaillé à temps partiel (arrêt 2A.404/2001 du 20 mars 2002 in: RF 57 2002 p. 488).
Selon le Groupe de travail prévoyance de la Conférence suisse des impôts, le fait que les deux actionnaires d'une société reçoivent le 77,5% des versements complémentaires bénévoles ne permet pas encore de conclure à une distribution dissimulée de bénéfice, si la clé de répartition choisie a pour effet de favoriser les employés fidèles et ceux qui ont de petits salaires, que tous les salariés bénéficient des prestations patronales selon la clé de répartition et que cette clé, à défaut d'être inscrite dans le règlement de l'institution de prévoyance, reste inchangée pendant quelques années. Selon ce Groupe de travail prévoyance, toutefois, une clé de répartition qui aurait pour effet d'avantager ceux qui sont au service depuis de nombreuses années avec des salaires élevés irait à l'encontre de l'<ref-law> et conduirait à une distribution dissimulée de bénéfice, notamment lorsque, d'emblée, elle exclut de la répartition certains employés (Conférence suisse des impôts, Groupe de travail prévoyance, Prévoyance et impôts, cas d'application, Muri/Berne 2002, cas n° A 3.5.2).
Il convient d'examiner en premier lieu si les mesures de prévoyance de la société intimée respectent les conditions de l'art. 49 al. 2 AIFD et ensuite quand bien même elles les respecteraient si elles doivent être qualifiées de distributions dissimulées de bénéfices.
6. Rappelant en substance le contenu des exigences qui régissent la prévoyance professionnelle, l'autorité intimée a constaté à bon droit qu'aucune des mesures mises en place par la Fondation Y._ dans le règlement de 1985 et les statuts de 1987 ne respectait le principe de collectivité car elles ne s'appliquaient pas à l'ensemble du personnel; en outre les attributions bénévoles ne respectaient pas le principe de planification.
6.1 Avec l'autorité intimée et la recourante, force est de constater que les statuts et les contributions bénévoles de la société intimée ne respectent pas les principes développés par la jurisprudence jusqu'à aujourd'hui et repris par la 1ère révision de la loi sur la prévoyance professionnelle (cf. art. 1 al. 3 nouveau LPP, cf. ci-dessus consid. 4.1). Les statuts violent en particulier le principe de collectivité en ne définissant pas de manière objective le cercle des employés assurés. Les contributions bénévoles violent aussi le principe d'assurance, dès lors qu'elles ont été versées sur de simples "livrets d'épargne prévoyance" (pour la prévoyance vieillesse) qui apparaissent ainsi comme une simple accumulation de fortune ne servant pas à couvrir les cas d'invalidité. Ces défauts constatés, il n'est pas nécessaire d'examiner d'autres violations dénoncées par la recourante dans le chef de la fondation Y._, dont les statuts, d'une manière générale selon elle, ne respecteraient pas, ou mal, les principes de la prévoyance professionnelle. Ces violations relèvent avant tout de la fondation - en particulier, elles mettent en cause son exonération fiscale - dont le chapitre ne fait pas l'objet de la présente procédure. Toutefois, la constatation que le système des "livrets d'épargne prévoyance" gérés par la Fondation Y._ semble ne pas respecter tous les principes qui régissent la prévoyance professionnelle ne conduit pas pour autant à l'admission du recours.
6.2 Dans son arrêt, l'autorité intimée a considéré que, malgré l'ignorance de certains principes de la prévoyance, les contributions bénévoles versées sur les "livrets d'épargne prévoyance" constituaient des mesures spéciales en faveur de la génération d'entrée au sens de l'<ref-law>. Certes elles entraînaient bien une inégalité de traitement entre B._ et les autres membres de la fondation, mais pas au point qu'elles doivent, pour moitié, être reprises dans le bénéfice imposable de la société intimée.
L'<ref-law> imposait à la société intimée d'établir des dispositions spéciales en faveur de la génération d'entrée qu'elle assurait. A cet égard, elle disposait d'une grande marge de manoeuvre (cf. ci-dessus consid. 4.2). En l'espèce le Tribunal administratif a demandé une expertise des mesures de prévoyance litigieuses. Cette expertise a certes constaté que la clé de répartition avantageait les employés avec le plus grand nombre d'années de service et qui avaient le plus cotisé sur un salaire élevé en retenant l'importance des comptes individuels de cotisations personnelles. Mais elle a également observé qu'il s'agissait d'une clé utilisée "assez souvent dans les fondations de prévoyance" et "dans la pratique". Cette clé n'a pas fait l'objet de dispositions réglementaires de la fondation. Elle a néanmoins fait l'objet de décisions d'application réitérées année après année du conseil de fondation sans voir sa teneur modifiée. Selon le Groupe de travail prévoyance de la Conférence suisse des impôts qui a examiné une clé identique sous cet angle, cela suffit pour considérer qu'elle respecte le principe de planification (cf. Conférence suisse des impôts, Groupe de travail prévoyance, Prévoyance et impôts, cas d'application, Muri/Berne 2002, cas n° A 3.5.2). Dans ces conditions, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a considéré les mesures litigieuses comme compatibles avec l'<ref-law>.
C'est en vain que la recourante, qui s'appuie sur la doctrine (cf. Conférence suisse des impôts, Prévoyance et impôts, op. cit., cas n° A 3.5.2, remarque), fait valoir que la clé de répartition litigieuse, viole les dispositions de l'<ref-law> parce qu'elle ne privilégie pas les bas revenus. Ni la lettre ni l'historique de cet article n'exigent que dans tous les cas la clé de répartition privilégie les bas revenus, sans égard à l'âge des assurés et à leur situation concrète. S'agissant de mesures spéciales adoptées en application de l'<ref-law>, il convient bien plutôt de procéder à l'examen complet de la situation concrète des assurés affiliés qui font partie de la génération d'entrée, sans perdre de vue le but ultime de la prévoyance professionnelle d'assurer à l'âge de la retraite une rente, ajoutée à celle de l'AVS, de 60 pour cent du dernier revenu. En l'espèce, en outre il y a lieu de prendre en considération le fait que les mesures dont ont bénéficié B._ et, pour partie également, A._ ont été prises et appliquées au moment où était adoptée la loi sur la prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité.
7. A._ a pris sa retraite en 1982, soit avant l'entrée en vigueur de la loi sur la prévoyance professionnelle. Depuis cette date et également durant les années 1989 à 1992, les Fondations Y._ et Z._ lui ont versé des rentes mensuelles (ci-après: les rentes mensuelles; consid. 7.1 ci-dessous). En outre, dès le 1er janvier 1987 et durant les années 1989 à 1992 en cause en l'espèce, la Fondation Y._ a versé à A._ un supplément de rente, sous forme d'une treizième rente (ci-après: la treizième rente; consid. 7.2).
7.1 Les rentes mensuelles payées à A._ l'ont été en exécution des contrats des 4 et 7 février 1977 passés par A._ avec les sociétés Y._ SA et Z._ SA qui n'ont pas été modifiés au moment de la reprise des actifs et passifs de Z._ SA par Y._ SA en 1986. Elles reposaient uniquement et directement sur le contrat de travail passé entre l'ancien directeur et la société intimée. Revêtant l'une des formes classiques de la prévoyance qui prévalait avant l'entrée en vigueur de la législation sur la prévoyance obligatoire (cf. consid. 3.1 ci-dessus), elles ne sauraient être qualifiées de contraires aux dispositions de la LPP, auxquelles elles ne sont pas soumises. Au contraire, dès lors qu'il n'est pas contesté qu'elles respectent les conditions minimales imposées par les <ref-law>, qui ne fixent notamment pas de montant maximal pour les contributions de prévoyance, elles doivent être considérées dans le chapitre fiscal de la société intimée comme des contributions affectées à un but de prévoyance au sens de l'art. 49 al. 2 AIFD.
Dans ces conditions, il importe peu de savoir si A._ aurait pu ou dû s'affilier aux fondations nouvellement créées par ses employeurs ou si les rentes mensuelles pouvaient être qualifiées d'indemnité pour longs rapports de travail. Il n'importe pas non plus d'examiner si elles respectaient le mode de calcul qu'imposeraient, selon la recourante, les <ref-law>. Enfin, le versement des rentes mensuelles par les fondations ne constitue qu'une modalité de paiement qui cantonne les fondations érigées par la société intimée dans un rôle d'intermédiaire "payeur", leur statut d'institution de prévoyance professionnelle n'étant pas en cause ici.
7.2 La treizième rente attribuée à A._ l'a été sur décision du conseil de la fondation Y._. Cette décision s'est inscrite dans le prolongement des rentes mensuelles qui constituaient la prévoyance de ce dernier et qui continuaient d'être payées à ce titre après le 1er janvier 1985. Les premières répartitions décidées dès 1986 par le conseil de la Fondation Y._ au profit de tous les assurés affiliés à la fondation ont été prélevées sur des fonds à sa libre disposition qui avaient été constitués durant les années antérieures à 1985. L'<ref-law> contraignant nouvellement la Fondation Y._ à prendre des mesures spéciales qu'elle devait financer notamment au moyen des dits fonds, on ne saurait reprocher à son conseil d'avoir considéré qu'il devait sauvegarder une certaine égalité de traitement entre les membres de la génération d'entrée affiliés à la fondation et l'ancien directeur, en le faisant bénéficier des fonds qui avaient été accumulés, au moins en partie, durant les années où il était encore employé de la société intimée au même titre que ceux pour lesquels les "livrets d'épargne prévoyance" venaient d'être ouverts. Dans la mesure en outre où elle provient de fonds affectés à la prévoyance professionnelle et qu'elle a pour but de renforcer et d'améliorer la prévoyance professionnelle de A._, en application au moins indirecte de l'<ref-law>, cette treizième rente est conforme au prescrit de l'art. 49 al. 2 AIFD.
8. Au moment de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, B._, qui était né en 1928, avait 57 ans. Il appartenait à la génération d'entrée. Par conséquent, les attributions effectuées sur le "livret d'épargne prévoyance" de B._ durant les années en cause en l'espèce doivent être examinées à la lumière des dispositions qui régissent la prévoyance professionnelle surobligatoire et les dispositions spéciales édictées en faveur de la génération d'entrée selon l'<ref-law>.
En choisissant une clé de répartition des attributions extraordinaires de la société intimée fondée sur un coefficient résultant de la multiplication des années de service et des valeurs mathématiques, le conseil de fondation a favorisé doublement les personnes affiliées à la fondation, comme B._, qui avaient beaucoup cotisé et étaient en service depuis longtemps. Ce faisant il a tenu compte de la situation personnelle de B._ qui ne disposait plus que de huit ans pour constituer un capital de prévoyance. Sous cet angle, se fondant sur l'expertise judiciaire qu'elle avait ordonnée, l'autorité intimée a constaté qu'en faisant usage par hypothèse du capital retraite total que les mesures spéciales lui ont permis d'accumuler, B._ aurait obtenu une rente globale (y compris la rente AVS) correspondant à "46,2 pour cent du dernier salaire AVS [de l'intéressé]", de sorte qu'on ne saurait parler, selon l'expert, d'un dépassement objectif de la prévoyance. Il est en effet admis que la prestation finale à atteindre devrait s'élever à environ 60-70 pour cent du dernier salaire net (Martin Steiner, Beletage-Versicherung, Möglichkeiten und Grenzen aus steuerlicher Sicht, Archives 58, 625 p. 632). Dans ces conditions, les attributions extraordinaires effectuées sur le "livret d'épargne prévoyance" de B._ remplissaient les conditions prévues par l'art. 49 al. 2 AIFD, même si certains principes généraux de la prévoyance n'avaient pas été respectés dans le cadre des mesures en faveur de la génération d'entrée.
Au demeurant, il convient de souligner que les contributions bénévoles de la société intimée ont été définitivement abandonnées dès l'exercice commercial 1994 avec le départ à la retraite de B._, leur but temporaire ayant été atteint.
9. Même si, dans le contexte qui prévaut au moment de leur mise en oeuvre, les mesures de prévoyance litigieuses respectent les exigences de l'art. 49 al. 2 AIFD, elles doivent néanmoins entrer en considération pour le calcul du rendement net imposable, dans la mesure où elles doivent être qualifiées de distributions dissimulées de bénéfices (art. 49 al. 1 lettre b AIFD). Il convient donc d'examiner les reprises litigieuses à la lumière des principes développés par la jurisprudence en la matière (cf. consid. 5 ci-dessus).
9.1 Avec le Tribunal administratif et la recourante, force est d'admettre que la société intimée n'a versé à aucun autre de ses employés des rentes comparables à celles allouées à A._. S'agissant des rentes mensuelles, le Tribunal administratif a toutefois constaté que ce dernier avait été à l'origine de la création des sociétés Y._ SA et Z._ SA et de l'important développement dont elles avaient bénéficié, qu'il avait également exercé la fonction de directeur général de Z._ SA de 1975 à 1977 sans rémunération et enfin, qu'il était le seul collaborateur qui avait travaillé à plein temps aussi longtemps dans l'entreprise et qui avait atteint l'âge de 60 ans au moment de la constitution du premier fonds de prévoyance en faveur des employés de Y._ SA. Ces circonstances de fait, au demeurant suffisamment établies par la production des contrats des 4 et 7 février 1977, démontrent que les rentes reposaient sur des clauses contractuelles qui faisaient partie intégrante d'un contrat de travail et s'inscrivaient ainsi dans un rapport de prestations et contre-prestations dont personne n'a considéré qu'elles pouvaient être déséquilibrées (cf. sur ce point Jürg Brühwiler, op. cit., p. 566 s., n° 32). L'existence d'une contre-prestation conduisant à exclure toute distribution dissimulée de bénéfice, l'autorité intimée pouvait à bon droit considérer ces rentes mensuelles comme des charges justifiées par l'usage commercial. Au demeurant, à l'instar de l'opinion exprimée par la société intimée dans ses observations sur recours, il est douteux que A._, qui ne détenait que deux actions du capital social de celle-ci, ait pu exercer une quelconque influence sur le versement des rentes. C'est un motif supplémentaire pour écarter l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice à son endroit. Il en va de même de la treizième rente, dont il a déjà exposé ci-dessus qu'elle avait été attribuée par le conseil de la Fondation Y._ par soucis d'égalité de traitement. Le recours sur ce point est par conséquent mal fondé.
9.2 S'appuyant sur la comparaison des montants attribués aux employés assurés par la Fondation Y._, la recourante considère que la clé de répartition bien qu'objective in abstracto conduisait à ne favoriser que les directeurs actionnaires de la société intimée, ce qui constituerait une distribution dissimulée de bénéfice.
L'opinion de la recourante ne saurait être suivie. En 1989, la Fondation Y._ assurait cinq employés de la société intimée dont deux seulement étaient actionnaires. En 1990, 1991 et 1992, sur les sept employés assurés quatre d'entre eux n'étaient pas actionnaires. Les attributions versées sur les "livrets d'épargne prévoyance" ne permettent pas d'établir de corrélation entre la qualité d'actionnaire et le montant de ces attributions, d'autant moins que des employés qui ne participent pas au capital de la société intimée ont bénéficié de montants plus élevés que certains actionnaires et que, parmi les actionnaires, il n'y a pas de corrélation entre le nombre d'actions détenues et les montants versés. Par conséquent, les attributions litigieuses n'ont pas seulement profité à des actionnaires mais également à des employés de la société intimée qui ne participaient pas à son capital-actions. Ils en ont profité certes de manière différente mais conforme à la clé de répartition choisie. Il s'ensuit que le motif à l'origine des attributions litigieuses ne réside pas dans la qualité d'actionnaire de la société intimée mais dans l'obligation légale de la Fondation Y._ de prendre des mesures spéciales pour la génération d'entrée. Au surplus, il est douteux que B._, qui détenait 368 actions du capital social de la société intimée sur 1600 actions au total, ait disposé par ce biais d'un pouvoir déterminant au sein de la société intimée. Par conséquent, en considérant les attributions litigieuses comme conformes à l'usage commercial et déductibles du bénéfice imposable de la société intimée, le Tribunal administratif n'a pas violé l'art. 49 al.1 lettre b AIFD.
9.3 Dans ces conditions, c'est à bon droit que l'autorité intimée a annulé les reprises effectuées par l'autorité fiscale cantonale. Il n'est donc plus nécessaire d'examiner les motifs qui, selon la recourante, exigent une aggravation de l'imposition de la société intimée. Le recours est également mal fondé à cet égard.
9.3 Dans ces conditions, c'est à bon droit que l'autorité intimée a annulé les reprises effectuées par l'autorité fiscale cantonale. Il n'est donc plus nécessaire d'examiner les motifs qui, selon la recourante, exigent une aggravation de l'imposition de la société intimée. Le recours est également mal fondé à cet égard.
10. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Vu l'issue du recours, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de l'Administration fédérale des contributions qui succombe et qui défend un intérêt pécuniaire (art. 156 al. 1 et 156 al. 2 a contrario en relation avec les art. 153 et 153a OJ). Cette dernière versera en outre une indemnité de dépens à X._ SA qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 159 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge de l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre.
3. Une indemnité de dépens de 3'000 fr. à charge de l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre est allouée à la société X._ SA.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre, à la société X._ SA, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud et au Tribunal administratif du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 août 2005
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: