(Beschlagnahme, Verwertung bzw. Vernichtung), hat sich ergeben:
A.- Die Bezirksanwaltschaft Winterthur führt für die Bezirksanwaltschaft Andelfingen gegen die Verantwortlichen der Genossenschaft X._ in Y._ (im Folgenden Genossenschaft genannt) eine Strafuntersuchung wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Anbau und Vertrieb von Hanf). Am 26. September 2000 stellte die Kantonspolizei Zürich in verschiedenen, von der Genossenschaft betriebenen Lokalitäten bzw. auf deren Areal grüne Hanfpflanzen sicher. Am 28. September 2000 ordnete die Bezirksanwaltschaft Winterthur in vier Verfügungen an, die sichergestellten grünen Hanfpflanzen zu beschlagnahmen und ab 29. September 2000 zu verwerten. Für den Fall, dass sich für die sofortige Verwertung als Industriehanf kein Abnehmer finden sollte, der jede missbräuchliche Verwendung ausschliessen konnte, wurde die Vernichtung der beschlagnahmten Hanfpflanzen durch die Kantonspolizei vorgesehen. Gemäss Rechtsmittelbelehrung betrug die Frist für einen begründeten Rekurs an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich drei Tage. Die Beschlagnahmeverfügungen wurden für die Genossenschaft dem angeschuldigten O._ in seiner Eigenschaft als Präsident der Verwaltung, den weiteren Angeschuldigten sowie dem Eigentümer der Lagerräumlichkeiten und Freilandparzellen zugestellt. Im Unterschied zu den übrigen Angeschuldigten befand sich O._ nicht in Untersuchungshaft, da er nicht hafterstehungsfähig war.
B.- Gegen die vier Beschlagnahmeverfügungen erhob O._ Rekurs an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Hinsichtlich seiner Rekurslegitimation verwies er auf seine Stellung als Angeschuldigter und erklärte, falls ihm ein eigenes Interesse abgesprochen werden sollte, handle er als Vertretungsbefugter der Genossenschaft. Diese sei zur Zeit nicht handlungsfähig, da keines der Mitglieder der Verwaltung einzelzeichnungsberechtigt sei und sich die übrigen Verwaltungsmitglieder überdies in Untersuchungshaft befänden.
Die zuständige Vormundschaftsbehörde habe daher gemäss <ref-law> eine Beistandschaft zu errichten, welche die Genossenschaft in den Zustand der Handlungsfähigkeit versetze. Erst dann könne diese ihre Prozessstellung im Verfahren wahrnehmen. Mit Entscheid vom 5. Oktober 2000 trat die Staatsanwaltschaft auf den Rekurs mit der Begründung nicht ein, beschwert sei nicht der Rekurrent sondern die Genossenschaft. Sein Rekurs könne auch nicht in einen solchen für die Genossenschaft umgedeutet werden, da der Rekurrent weder behaupte noch belege, dass die beiden andern Mitglieder der Verwaltung auch nicht in der Lage seien, ein Gesuch um Errichtung einer Beistandschaft an die Vormundschaftsbehörde zu richten.
Die gegen die Beschlagnahmeverfügungen erhobenen Rekurse M._s, W._s und C._s wies die Staatsanwaltschaft ab, soweit sie darauf eintrat. Die Hanfpflanzen wurden in der Folge vernichtet.
C.- Gegen den Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 5. Oktober 2000 führt O._ mit Eingabe vom 6. November 2000 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht. Er beantragt, der angefochtene Rekursentscheid sowie die vier Beschlagnahmeverfügungen der Bezirksanwaltschaft Winterthur vom 28. September 2000 seien aufzuheben, letztere in dem Umfang, in welchem sie die Verwertung bzw. Vernichtung der beschlagnahmten Gegenstände anordnen.
O._ rügt Verletzungen des Willkürverbots (<ref-law>), der Eigentumsgarantie (<ref-law>), der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) sowie von Verfahrensgarantien im Sinne von Art. 29, 30 Abs. 1 und <ref-law>. Unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> bringt er vor, es sei widersprüchlich, ihm die Rechtsmittellegitimation zu verweigern, obwohl er als Angeschuldigter Adressat der Beschlagnahmeverfügungen gewesen sei. Der Rekurs hätte auch als im Namen der Genossenschaft eingereicht angesehen werden müssen. Der Nichteintretensentscheid sei überspitzt formalistisch. Ferner habe die Bezirksanwaltschaft Winterthur mit der Anordnung der Vernichtung der beschlagnahmten Hanfpflanzen ihre Zuständigkeit gemäss § 106 ff. des zürcherischen Gesetzes betreffend den Strafprozess vom 4. Mai 1919 (Strafprozessordnung; StPO) verletzt und damit die Stellung des Beschwerdeführers im Strafverfahren zu seinem Nachteil beeinflusst.
D.- Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Bezirksanwaltschaft Winterthur beantragt Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Sie macht geltend, von den blühenden (erntereifen) Hanfpflanzen sei eine Vielzahl von Proben zur Bestimmung des THC-Gehalts genommen worden. Erst nachdem deren Auswertung ergeben habe, dass der für Industriehanf zulässige Wert von 0,3 % durchwegs klar überstiegen wurde und sich gezeigt habe, dass kein legaler Markt für grüne Hanfpflanzen mit einem hohen THC-Gehalt vorhanden sei, seien diese Pflanzen vernichtet worden. Das sichergestellte Trockenmaterial sei hingegen aufbewahrt und eine weitere Verfügung darüber dem zuständigen Gericht vorbehalten worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit einer staatsrechtlichen Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a S. 258; <ref-ruling> E. 1a S. 414, je mit Hinweisen).
a) Mit staatsrechtlicher Beschwerde kann, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, nur ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid angefochten werden (Art. 86 Abs. 1 OG). Der Entscheid einer unteren Instanz kann nur mitangefochten werden, soweit die letzte kantonale Rechtsmittelinstanz nicht alle Fragen, die Gegenstand der staatsrechtlichen Beschwerde bilden, mit gleicher Überprüfungsbefugnis wie das Bundesgericht überprüfen konnte (<ref-ruling> E. 2b S. 169 mit Hinweisen). Der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid im Sinne von Art. 86 Abs. 1 OG, gegen den kein anderes eidgenössisches Rechtsmittel zur Verfügung steht. Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung sowohl des Rekursentscheids der Staatsanwaltschaft als auch der vier Beschlagnahmeverfügungen der Bezirksanwaltschaft, soweit mit diesen letzteren die Verwertung bzw. Vernichtung der beschlagnahmten Gegenstände angeordnet wurde. Da der Staatsanwaltschaft keine engere Kognition als dem Bundesgericht zusteht, kann Anfechtungsobjekt nur der Rekursentscheid sein. Soweit sich die staatsrechtliche Beschwerde auch gegen die Beschlagnahmeverfügungen richtet, ist somit nicht darauf einzutreten. Es obliegt gegebenenfalls der Staatsanwaltschaft, diese Verfügungen zu korrigieren.
b) Ebenfalls frei und von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, ob ein Beschwerdeführer zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert ist (<ref-ruling> E. 2 S. 249 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer ist Präsident der Verwaltung der Genossenschaft, in deren Eigentum die vernichteten Hanfpflanzen standen. Gleichzeitig ist er Angeschuldigter in dem gegen die Verantwortlichen der Genossenschaft geführten Strafverfahren. Die Staatsanwaltschaft sprach ihm die Rekurslegitimation mit der Begründung ab, nicht er selbst, sondern die Genossenschaft sei von den Beschlagnahmeverfügungen in ihren vermögenswerten Rechten direkt betroffen. Eine persönliche Beschwer des Rekurrenten sei nicht gegeben. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 88 OG ist der Beschwerdeführer zur staatsrechtlichen Beschwerde nur legitimiert, wenn er durch den angefochtenen Hoheitsakt in seinen rechtlich geschützten eigenen Interessen betroffen wird; zur Verfolgung rein tatsächlicher oder allgemeiner öffentlicher Interessen ist die staatsrechtliche Beschwerde nicht gegeben. Die eigenen rechtlichen Interessen, auf die sich der Beschwerdeführer berufen muss, können entweder durch kantonales oder eidgenössisches Gesetzesrecht oder aber unmittelbar durch ein angerufenes spezielles Grundrecht geschützt sein, sofern sie im Anwendungsbereich desselben liegen (<ref-ruling> E. 3b S. 85, mit Hinweisen).
c) Der Beschwerdeführer macht zur Begründung seiner Legitimation geltend, die angefochtenen Beschlagnahmeverfügungen verletzten ihn als Genossenschafter und Arbeitnehmer in rechtlich geschützten Interessen, indem der Genossenschaft durch die Vernichtung des Hanfkrauts ihr substantieller Vermögenswert und damit die Existenzgrundlage entzogen wurde. Da Betreiberin der Hanfplantagen und Eigentümerin der Hanfpflanzen die Genossenschaft war, fragt sich, ob der Beschwerdeführer durch die Vernichtung der Pflanzen nicht nur in tatsächlichen sondern auch in rechtlich geschützten Interessen betroffen ist. Die Frage kann jedoch offen bleiben.
Auch bei fehlender Legitimation in der Sache selbst ist der Beschwerdeführer nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung befugt, die Verletzung von kantonalen Verfahrensvorschriften zu rügen, sofern diese auf eine Rechtsverweigerung hinausläuft.
Das nach Art. 88 OG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Wer an einem kantonalen Verfahren beteiligt war, kann in jedem Fall die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihm nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund des Bundesverfassungsrechts zustehen (<ref-ruling> E. 3b S. 86; <ref-ruling> E. 3b S. 94; <ref-ruling> E. 3c S. 312 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 250, je mit Hinweisen).
d) Die Beschlagnahmeverfügungen sind im Rahmen der gegen den Beschwerdeführer und die fünf Mitangeschuldigten geführten Strafuntersuchung ergangen. Der Beschwerdeführer macht geltend, im weiteren Untersuchungsverfahren hätten zur Bestimmung des THC-Gehaltes zusätzliche, breiter abgestützte und allenfalls ihn entlastende Proben angeordnet werden müssen.
Durch die Vernichtung des Hanfkrautes sei er in seiner prozessrechtlichen Stellung beeinträchtigt worden. Als Verfahrensbeteiligter ist der Beschwerdeführer befugt, den Nichteintretensentscheid der Staatsanwaltschaft im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren mit diesen Rügen anzufechten.
2.- a) Die beschlagnahmten grünen Hanfpflanzen sind im Anschluss an die Rekursentscheide der Staatsanwaltschaft vernichtet worden. Das Bundesgericht tritt auf eine staatsrechtliche Beschwerde grundsätzlich nur ein, wenn der Beschwerdeführer ein aktuelles und praktisches Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids beziehungsweise an der Überprüfung der von ihm erhobenen Rügen hat (<ref-ruling> E. 1a S. 490 mit Hinweisen). Ein aktuelles praktisches Interesse fehlt insbesondere dann, wenn der Nachteil auch bei Gutheissung der Beschwerde nicht mehr behoben werden kann. Die bereits erfolgte Vernichtung der Hanfpflanzen liesse sich selbst mit einer Gutheissung der vorliegenden Beschwerde nicht mehr rückgängig machen. Es stellt sich die Frage, ob die Beschwerde trotz Wegfalls eines aktuellen und praktischen Interesses des Beschwerdeführers zu behandeln ist.
b) Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das in Art. 88 OG enthaltene Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen jederzeit unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnten, an deren Beantwortung wegen der grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und sofern diese im Einzelfall kaum je rechtzeitig verfassungsgerichtlich geprüft werden könnten (<ref-ruling> E. 4b S. 397 mit Hinweisen).
c) Der Beschwerdeführer bestreitet die Zuständigkeit der Bezirksanwaltschaft zur Anordnung der Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände. Er macht geltend, im Rahmen einer Strafuntersuchung sei eine solche dem Sachrichter vorbehalten. Diese Rüge ist von erheblicher rechtsstaatlicher Bedeutung. Die Frist für einen Rekurs gegen Verfügungen der Bezirksanwaltschaft beträgt gemäss <ref-law> zwanzig Tage, sofern in der Verfügung nichts anderes bestimmt ist. Die Rekursfrist kann somit von der verfügenden Behörde abgekürzt werden. Davon machte die Bezirksanwaltschaft in den angefochtenen Beschlagnahmeverfügungen Gebrauch und verkürzte die Rekursfrist auf drei Tage. Ein Rekurs hat überdies gemäss <ref-law> keine aufschiebende Wirkung. Halten die kantonalen Behörden weiterhin an dieser Vorgehensweise fest, ist eine vorgängige verfassungsgerichtliche Kontrolle der Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände kaum je möglich. Die Voraussetzungen, unter denen auf ein Rechtsmittel einzutreten ist, auch wenn die gerügte Verletzung der Verfassung nicht mehr verhindert, sondern nur noch festgestellt werden kann, sind im vorliegenden Fall erfüllt.
Auf die staatsrechtliche Beschwerde ist somit einzutreten.
3.- a) Die Staatsanwaltschaft sprach dem Beschwerdeführer die Legitimation zur Anfechtung der ihm eröffneten Beschlagnahmeverfügungen mit der Begründung ab, nicht er sondern die Genossenschaft sei in ihren Vermögensrechten direkt betroffen. In seinem Rekurs an die Staatsanwaltschaft erklärte der Beschwerdeführer, sofern ihm ein eigenes Interesse abgesprochen werden sollte, handle er als Vertretungsbefugter der Genossenschaft. Da diese wegen der Untersuchungshaft von C._ und W._ und des angeschlagenen Gesundheitszustandes des Rekurrenten nicht handlungsfähig sei, habe die zuständige Vormundschaft in Anwendung von <ref-law> eine Beistandschaft zu errichten.
Die Staatsanwaltschaft lehnte es ab, den Rekurs des Beschwerdeführers als solchen der Genossenschaft entgegenzunehmen.
Sie begründete dies damit, der Rekurrent habe weder substantiiert behauptet noch belegt, dass er und die beiden anderen Organe nicht in der Lage seien, ein entsprechendes Ansuchen um Errichtung einer Beistandschaft an die Vormundschaftsbehörde zu richten.
b) Der Beschwerdeführer erachtet es als widersprüchlich und überspitzt formalistisch, dass die Staatsanwaltschaft bei dieser Situation weder auf die von ihm und den weiteren Mitgliedern der Verwaltung in eigenem Namen erhobenen Rekurse eingetreten ist noch dieselben als für die Genossenschaft eingereicht betrachtet hat. Überspitzter Formalismus als besondere Form der Rechtsverweigerung liegt insbesondere vor, wenn eine Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit den Bürgern den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt (<ref-ruling> E. 2a S. 6; <ref-ruling> E. 2a S. 15, je mit Hinweisen). Nachdem der Beschwerdeführer in seiner Rekursbegründung an die Staatsanwaltschaft auf die Handlungsunfähigkeit der Genossenschaft und die Notwendigkeit einer Beistandsernennung gemäss <ref-law> ausdrücklich hingewiesen hatte, wäre es für die Staatsanwaltschaft nahe liegend gewesen, dem Beschwerdeführer als Präsidenten der Genossenschaftsverwaltung Gelegenheit zu geben, der Vormundschaftsbehörde ein entsprechendes Gesuch zu stellen. Angesichts dessen, dass neben dem Beschwerdeführer auch C._ und W._ als weitere Mitglieder der Verwaltung in eigenem Namen gegen die Beschlagnahmeverfügungen Rekurs erhoben hatten, wäre es aufgrund dieses gleichgerichteten Vorgehens dreier Verwaltungsmitglieder auch denkbar gewesen, auf ein Handeln derselben für die Genossenschaft zu schliessen. Dass die Staatsanwaltschaft bei dieser Situation auf die in eigenem Namen erhobenen Rekurse sowohl des Beschwerdeführers wie auch der weiteren Angeschuldigten C._, W._ und M._ mit der Begründung nicht eintrat, von den Verfügungen direkt betroffen sei die Genossenschaft, erscheint widersprüchlich und überspitzt formalistisch. Wenn die Staatsanwaltschaft der Genossenschaft weder einen Beistand ernennen liess, noch deren Verwaltungsmitgliedern Gelegenheit gab, der Vormundschaftsbehörde ein Gesuch um Beistandsernennung zu stellen, noch die von mehreren Mitgliedern der Verwaltung eingereichten Rekurse sinngemäss als auch im Namen der Genossenschaft eingereicht entgegennehmen wollte, so wäre sie gehalten gewesen, jedenfalls auf die vom Beschwerdeführer und den weiteren Rekurrenten in eigenem Namen eingereichten Rekurse materiell einzutreten. Indem sie dies nicht tat, sondern sich bezüglich der Legitimation im Ergebnis nur auf die dingliche Berechtigung an den Hanfpflanzen stützte, ist sie in überspitzten Formalismus verfallen und hat damit dem Beschwerdeführer und den übrigen Rekurrenten das Recht verweigert. Darin liegt eine Verletzung sowohl des Willkürverbots (<ref-law>) wie auch des in <ref-law> gewährleisteten Anspruchs auf ein faires Verfahren.
c) Die Legitimation des Beschwerdeführers zur Rekurserhebung gegen die Beschlagnahmeverfügungen ergibt sich überdies aus <ref-law>, auf den sich der Beschwerdeführer beruft. Danach ist der Angeschuldigte zur Ergreifung der im IX. Abschnitt der StPO vorgesehenen Rechtsmittel, somit auch des Rekurses gegen Verfügungen der Bezirksanwaltschaft gemäss <ref-law>, befugt. Die Staatsanwaltschaft hat sich im angefochtenen Entscheid nicht mit dieser Bestimmung auseinander gesetzt. Angesichts der Stellung des Beschwerdeführers als Angeschuldigter in dem von der Bezirksanwaltschaft geführten Strafverfahren erscheint die Verweigerung der Rekurslegitimation auch im Lichte dieser Bestimmung als Verletzung klaren Rechts und damit als willkürlich.
4.- a) Der Beschwerdeführer bestreitet ferner die Kompetenz der Bezirks- und Staatsanwaltschaft, die Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände anzuordnen. Er macht geltend, der definitive Entscheid über die Verwendung beschlagnahmter Gegenstände sei dem Sachrichter vorbehalten.
b) Gemäss <ref-law> kann der Untersuchungsbeamte Gegenstände und Vermögenswerte, die als Beweismittel, zur Einziehung oder zum Verfall in Frage kommen, in Beschlag nehmen oder auf andere Weise der Verfügung ihres Inhabers entziehen. Das weitere Vorgehen in Bezug auf die beschlagnahmten Gegenstände ist in <ref-law> geregelt. Die Untersuchungsbehörde ist nur dann zum Entscheid über deren Vernichtung zuständig, wenn das Verfahren, in welchem die Beschlagnahme gemäss <ref-law> erfolgte, durch Strafbefehl oder durch Einstellung abgeschlossen wurde. Unterliegt ein im Kanton Zürich befindlicher Gegenstand oder Vermögenswert gemäss <ref-law> der Beschlagnahme, ohne dass im Zusammenhang damit in der Schweiz ein Strafverfahren gegen seinen Inhaber durchgeführt werden kann, so sieht <ref-law> die Durchführung einer besonderen Untersuchung durch die zuständige Untersuchungsbehörde vor. Hält diese die Voraussetzungen einer solchen selbständigen Einziehung für gegeben, so überweist sie gemäss <ref-law> die Akten dem Einzelrichter und stellt ihm Antrag. Aus dieser Regelung geht hervor, dass für die Anordnung der Vernichtung von im Rahmen eines Strafverfahrens beschlagnahmten Gegenständen nicht die Untersuchungsbehörde, sondern der Richter zuständig ist, wie dies auch <ref-law> entspricht (vgl.
Niklaus Schmid in Freiburger Zeitschrift für Rechtsprechung 7 (1998), S. 92 f.). Dabei ist allerdings festzuhalten, dass eine Verletzung von <ref-law> nicht mit staatsrechtlicher Beschwerde, sondern mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde geltend zu machen wäre. Mit der Anordnung der Vernichtung haben die Bezirksanwaltschaft Winterthur und die deren Entscheid schützende Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich die in der Zürcher Strafprozessordnung vorgesehene Zuständigkeitsordnung klar verletzt. Die durch die Bezirksanwaltschaft angeordnete Vernichtung erweist sich daher als verfassungsrechtlich nicht haltbar.
5.-Zusammenfassend erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde als begründet. Sie ist daher gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft vom 5. Oktober 2000 ist aufzuheben. Ob die Vernichtung der Hanfpflanzen auch eine Verletzung der weiteren angerufenen Verfahrensgarantien sowie der Eigentumsgarantie und der Wirtschaftsfreiheit des Beschwerdeführers beinhaltet, kann dabei offen bleiben.
6.- Bei diesem Ausgang sind für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 5. Oktober 2000 wird aufgehoben.
2.- Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Bezirksanwaltschaft Winterthur und der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 5. Februar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: