Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 23. Januar 2007 entmündigte die Vormundschaftsbehörde Z._ X._ auf deren eigenes Begehren mit der Begründung, sie sei aus gesundheitlichen Gründen nicht mehr in der Lage, ihre persönlichen und finanziellen Angelegenheiten gehörig zu besorgen. Der Sekretär der Vormundschaftsbehörde überbrachte diese Verfügung X._ am 25. Januar 2007, worauf sie einen auf dem Beschluss selbst angebrachten Rechtsmittelverzicht unterzeichnete. Gegen die Entmündigung rekurrierten X._ und ihre Tochter, Y._, beim Departement für Justiz und Sicherheit des Kantons Thurgau am 23. Februar 2007 mit dem Begehren, die Entmündigung aufzuheben. Mit Entscheid vom 24. Januar 2008 trat das Departement auf den Rekurs von X._ wegen verspäteter Eingabe nicht ein und wies jenen von Y._ ab.
B. Beide unterliegenden Parteien gelangten in der Folge je mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, welches am 3. Dezember 2008 die Verfahren vereinigte und in Gutheissung beider Beschwerden die Entmündigung von X._ rückwirkend per 23. Januar 2007 aufhob. Ferner verpflichtete es die Vormundschaftsbehörde für das Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde X._ mit Fr. 12'000.-- und Y._ mit Fr. 10'000.--, je zuzüglich Fr. 500.-- für Barauslagen und Mehrwertsteuer von 7,6% zu entschädigen (Ziff. 5a b).
C. X._ (Beschwerdeführerin 1) und Y._ (Beschwerdeführerin 2) erheben mit gemeinsamer Eingabe vom 2. Februar 2009 Beschwerde in Zivilsachen, bzw. subsidiäre Verfassungsbeschwerde beim Bundesgericht mit den Anträgen, die Ziffer 5 des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 3. Dezember 2008 aufzuheben, der Beschwerdeführerin 1 eine Entschädigung von Fr. 41'000.-- zuzüglich Mehrwertsteuer und der Beschwerdeführerin 2 eine solche von Fr. 39'000.-- zuzüglich Mehrwertsteuer zuzusprechen; eventuell sei die Sache zur Festsetzung der Parteientschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher (<ref-law>) Endentscheid (<ref-law>) über die Zusprechung von Parteikosten im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, welches nach erfolgter Entmündigung der Beschwerdeführerin 1 angehoben worden ist. Die Entmündigung kann beim Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Damit ist dieses Rechtsmittel auch gegen den vorliegenden Entscheid über die Parteikosten gegeben, sofern die strittige Entschädigung den Betrag von Fr. 30'000.-- erreicht (<ref-law> vgl. dazu 5D_175/2008 vom 6. Februar 2009 E. 1). Dies ist vorliegend der Fall, waren doch vor Verwaltungsgericht Honorare in der Höhe von rund Fr. 44'000.-- bzw. 81'000.-- strittig (<ref-law>). Die im Übrigen fristgerecht eingereichte Beschwerde in Zivilsachen ist damit zulässig. Mit ihr kann eine Verletzung von Bundesrecht gerügt werden, zu dem laut der Begriffsbestimmung des BGG auch das Verfassungsrecht gehört (<ref-law>). Für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde bleibt damit kein Raum (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde ist zu begründen. Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern dieser Bundesrecht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Verfassungsverletzungen werden nur geprüft, wenn sie gerügt und gehörig begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich oder durch eine andere Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> (z.B. <ref-law> oder <ref-law>) zustande gekommen ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 und 1.4.3 S. 255) und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in fine BGG; BGE 1C_291/2008 vom 17. Dezember 2008 E. 2.2.2). Auf rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein. In der Beschwerde in Zivilsachen dürfen überdies keine neuen Tatsachen und Beweismittel vorgebracht werden, es sei denn, erst der Entscheid der Vorinstanz habe dazu Anlass gegeben (<ref-law>). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die Voraussetzung für eine nachträgliche Einreichung von Tatsachen und Beweismitteln erfüllt sein soll (<ref-ruling> E. 3 S. 395).
2. 2.1 Im vorliegenden Fall geht es ausschliesslich um die den beiden Beschwerdeführerinnen geschuldete Parteientschädigung für das Verfahren der kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Nach § 2 Abs. 1 der Verordnung des Verwaltungsgerichts über den Anwaltstarif für Streitigkeiten vor dem Verwaltungsgericht (Rb 176.6; ATVG) beträgt die Grundgebühr bei Beschwerden Fr. 800.-- bis Fr. 6'000.--. Innerhalb dieses Rahmens bemisst sich die Gebühr nach dem Zeitaufwand, der Bedeutung und der Schwierigkeit der Sache und nach dem Streitwert, soweit dieser bestimmbar ist. Letzteres Kriterium fällt vorliegend ausser Betracht, geht es doch um eine Entmündigung, mithin um eine streitwertfremde Angelegenheit. Nach § 2 Abs. 2 ATVG können die Minimal- bzw. die Maximalansätze unter- oder überschritten werden, wenn Aufwand oder Interesse der Parteien in einem erheblichen Missverhältnis zur Grundgebühr einschliesslich allfälliger Zuschläge gemäss § 4 stehen. Gemäss § 4 können zur Grundgebühr folgende Zuschläge von je 10 bis 40 % in Rechnung gestellt werden: Für jede Verhandlung oder zusätzlich angeordnete Rechtsschrift (§ 4 Abs. 1 lit. a ATVG); in Verfahren mit unverhältnismässig umfangreichen Akten oder besonderer Weitläufigkeit, ohne dass die Voraussetzungen von § 2 Abs. 2 ATVG gegeben sind (§ 4 Abs. 1 lit. b ATVG). Überdies verweist § 80 Abs. 2 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Februar 1981 für den Ersatz der ausseramtlichen Kosten auf § 75 der Zivilprozessordnung. Danach kann die unterliegende Partei zum Ersatz für alle dem Gegner verursachten notwendigen Kosten und Umtriebe verpflichtet werden.
2.2 Gestützt auf die aufgezeigte gesetzliche Regelung hat das Verwaltungsgericht beiden Beschwerdeführerinnen eine Grundgebühr von Fr. 6'000.-- zugesprochen (§ 2 Abs. 1 ATVG) und diese durch Zuschläge von je 33 % (je Fr. 2'000.--) für die Beweisverhandlung und den zusätzlich angeordneten Schriftenwechsel erhöht (§ 4 Abs. 1 lit. a ATVG). Für die Beschwerdeführerin 1, deren Rechtsvertreter erst für das Verfahren vor dem Verwaltungsgericht beigezogen worden war, ergab sich ein weiterer Zuschlag von 1/3, d.h. Fr. 2'000.-- (§ 4 Abs. 2 ATVG). Das ergab für die Beschwerdeführerin 1 eine Entschädigung von Fr. 12'000.-- und für die Beschwerdeführerin 2 eine solche von Fr. 10'000.--. Weiter wurden Auslagen und Mehrwertsteuer berücksichtigt. Die Beschwerdeführerinnen rügen die Anwendung der zitierten Bestimmungen des ATVG durch das Verwaltungsgericht als willkürlich (<ref-law>).
3. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kommt den Kantonen bei der Bemessung der Parteientschädigung für den Rechtsvertreter ein weiter Ermessensspielraum zu. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die kantonalen Bestimmungen, welche den Umfang der Entschädigung umschreiben, in Verletzung von <ref-law> willkürlich angewendet werden oder wenn die kantonalen Behörden ihr Ermessen überschreiten oder missbrauchen (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 409; <ref-ruling> E. 2b S. 134). Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt sodann nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
4. 4.1 Die Beschwerdeführerinnen machen zusammengefasst geltend, die Vorinstanz habe willkürlich die Erhöhung des Grundhonorars nach § 2 Abs. 2 ATVG ausser Acht gelassen. Was sich die Beschwerdegegnerin zum Nachteil der Beschwerdeführerin 1 geleistet habe, sei einzig mit der ungezügelten Gier nach weiteren Millionen für das A._-Projekt zu erklären. Das grobe Unrecht habe sich dadurch potenziert, dass sich die Rekursinstanz in einem 38-seitigen Entscheid bemüht habe, das ungesetzliche Vorgehen der Beschwerdegegnerin zu rechtfertigen. Selbst das elf Monate dauernde Verfahren mit fast 300 Seiten an Rechtsschriften habe die skandalöse Entmündigung noch nicht aufgehoben. Die Entschädigung von Fr. 12'000.-- für die Beschwerdeführerin 1 bzw. von Fr. 10'000.-- für die Beschwerdeführerin 2 stehe in einem völligen Missverhältnis zum effektiven Aufwand. Wenn die Vorinstanz davon ausgehe, dass sich die Rechtsfragen einfach hätten abgrenzen lassen und kein komplizierter Sachverhalt zu beurteilen gewesen sei, so sei dies zwar rein theoretisch richtig. Die Beschwerdeführerinnen hätten sich aber mit den einzelnen Argumenten des 38-seitigen Entscheids der Rekursinstanz auseinandersetzen müssen. Zudem gelte es das Interesse der Beschwerdeführerin 1 zu berücksichtigen, zumal ihre ganze Persönlichkeit auf dem Spiel gestanden habe.
4.2 Das Verwaltungsgericht ist davon ausgegangen, dass weder der Aufwand noch das Interesse der Parteien in einem erheblichen Missverhältnis zur Grundgebühr inklusive Zuschläge stehe, und hat deshalb eine Erhöhung der Grundgebühr gestützt auf § 2 Abs. 2 ATVG verneint. Zur Begründung hat es ausgeführt, der von den Rechtsvertretern der Beschwerdeführerinnen in Rechnung gestellte und produzierte Aufwand, insbesondere derjenige des Rechtsvertreters der Beschwerdeführerin 2 in der Höhe von Fr. 81'253.05 allein für das Beschwerdeverfahren, sprenge jedes vertretbare Mass. In diesem Zusammenhang falle auf, dass gemäss Detail der Kostennote gleich zwei Anwälte und eine Mitarbeiterin offensichtlich parallel an der Beschwerdeeingabe der Beschwerdeführerin 2 gearbeitet hätten. Auch interne Besprechungen seien von allen drei Beteiligten kumulativ in Rechnung gestellt worden. An der Beweisverhandlung vom 13. August 2008 sei die Beschwerdeführerin 2 gleich durch zwei Anwälte vertreten gewesen, wobei der Zeitaufwand für beide in die Kostennote aufgenommen worden sei. Dieser Aufwand lasse sich unter dem Gesichtspunkt der gerichtlich festzusetzenden Entschädigung in keiner Art und Weise rechtfertigen. Im Fall der Beschwerdeführerin 2 rechtfertige somit nichts, vom gesetzlichen Rahmen gemäss § 2 Abs. 1 ATVG abzuweichen. Das treffe auch für die Beschwerdeführerin 1 zu, habe doch kein komplizierter Sachverhalt vorgelegen. Auch die sich stellenden formellen und materiellen Rechtsfragen wie etwa die Problematik der Eröffnung der Entmündigungsverfügung mit Bezug auf die Beschwerdeführerin 1 und die Frage, ob die Entmündigungsvoraussetzungen vorliegen, liessen sich klar abgrenzen und definieren. Vergleiche man die vorliegende Sache mit einem Steuerfall mit kompliziertem Zahlenmaterial oder mit einem umfangreichen baurechtlichen Verfahren mit Expertisen und technischen Unterlagen, so könne nicht von einem Verfahren gesprochen werden, welches die Überschreitung des Rahmentarifs rechtfertige. Einzig das relativ hohe persönliche Interesse der Beschwerdeführerin 1 im Prozess gegen die Beschwerdegegnerin rechtfertige es, den Grundbetrag im Bereich der Maximalansätze (gemäss § 2 Abs. 1 ATVG) anzusetzen.
Die Vorinstanz hat damit die Frage, ob der Grundbetrag gemäss § 2 Abs. 1 ATVG aufgrund von § 2 Abs. 2 ATVG zu erhöhen sei, in einer Weise verneint, die im Lichte von <ref-law> nicht zu beanstanden ist. Die Beschwerdeführerinnen setzen sich mit den Ausführungen der Vorinstanz kaum auseinander und bringen auch sonst nichts vor, was den angefochtenen Entscheid in dieser Hinsicht als willkürlich erscheinen liesse. Insbesondere waren die angeblichen Motive, welche die Beschwerdegegnerin zur Entmündigung der Beschwerdeführerin 1 veranlasst haben sollen, nicht relevant. Im vorliegenden Fall war im Rahmen des Beschwerdeverfahrens einzig zu beurteilen, wann die Entmündigungsverfügung der Beschwerdeführerin 1 korrekt zugestellt worden war und ob die Rekursfrist eingehalten war. In materieller Hinsicht waren die Entmündigungsvoraussetzungen und dabei insbesondere die Frage strittig, ob die Beschwerdeführerin 1 an einem die Entmündigung rechtfertigenden Schwächezustand litt. Insgesamt lag demnach weder ein komplizierter Sachverhalt vor, noch waren schwierige Rechtsfragen zu beantworten. Dass in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde auf den 38-seitigen Rekursentscheid einzugehen war, vermag ein Missverhältnis zwischen der Entschädigung gemäss § 2 Abs. 1 ATVG und dem entstandenen Aufwand nicht zu begründen. Dem hohen persönlichen Interesse der Beschwerdeführerin 1 hat die Vorinstanz dadurch Rechnung getragen, dass sie den Maximalansatz gemäss § 2 Abs. 1 ATVG (Fr. 6'000.--) berücksichtigte. Soweit in diesem Punkt auf die Beschwerde eingetreten werden kann, erweist sie sich als unbegründet.
5. 5.1 Die Vorinstanz hat sodann einen Zuschlag im Sinn von § 4 Abs. 1 lit. b ATVG (Zuschlag in Verfahren mit umfangreichen Akten oder bei besonderer Weitläufigkeit) abgelehnt. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, das Bundesgericht könne bereits anhand der eingereichten Prozessunterlagen beurteilen, wie umfangreich die Akten seien. Die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden belegten zudem die Weitläufigkeit des Verfahrens, sei es doch darum gegangen, eine Anzahl formeller und materieller Unzulänglichkeiten zu rügen und vor allem auch den "höchst unappetitlichen politisch-behördlichen Sumpf mit Vorgängen weit jenseits des Erlaubten trockenzulegen". Die Beschwerdeführerinnen seien Opfer behördlicher Machenschaften geworden, wobei erschwerend hinzu komme, dass hinter der Stiftung A._ eine Reihe politischer und wirtschaftlicher Honoratioren stehe, welche versucht hätten, auf das Verfahren Einfluss zu nehmen. Unter diesen Umständen sei ein Zuschlag von Fr. 2'000.-- gerechtfertigt. Aufgrund der Beschwerdeschriften, Repliken und Beweiswürdigungen habe die Vorinstanz umfassend Kenntnis erhalten. Unter diesen Umständen lasse sich das Verfahren nicht ohne Willkür als nicht besonders weitläufig bezeichnen. Die Vorinstanz sei in Willkür verfallen, indem sie einfach über diese Umstände hinweggesehen habe.
5.2 Das Verwaltungsgericht hat zur Begründung seiner den Beschwerdeführerinnen widersprechenden Auffassung vorgebracht, im vorliegenden Verfahren habe am 13. August 2008 eine (Beweis-)Verhandlung mit drei Parteieinvernahmen stattgefunden. Anschliessend sei den Beschwerdeführerinnen Gelegenheit zur Beweiswürdigung und Replik gegeben worden. Der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin 1 sei im Gegensatz zu demjenigen der Beschwerdeführerin 2 erst vor Verwaltungsgericht beigezogen worden. Das dem Verwaltungsgericht eingereichte relativ umfangreiche Aktenmaterial bestehe zu einem grossen Teil aus den mitunter mehrfach vorliegenden und äusserst seitenreichen Eingaben der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerinnen. Die zahlreichen Akten seien mit anderen Worten von ihnen selbst produziert worden. Eine besondere Weitläufigkeit des Verfahrens sei objektiv nicht gegeben.
Die Vorbringen der Beschwerdeführerinnen setzen sich nur unzulänglich mit den obergerichtlichen Erwägungen auseinander, so dass sich die Beschwerde insoweit als unzulässig erweist (E. 1.2). Im Übrigen war das Verfahren aufgrund der sich stellenden Fragen abgegrenzt. Das angeblich fragwürdige Verhalten der Beschwerdegegnerin, welches die Beschwerdeführerinnen ansprechen, hatte zudem mit der Rechtzeitigkeit des Rekurses oder mit den wesentlichen Voraussetzungen der Entmündigung nichts zu tun, so dass der Vorinstanz auch nicht vorgeworfen werden kann, sie habe diese Umstände verfassungswidrig nicht berücksichtigt. Der inzwischen relativ grosse Aktenberg bedeutet noch nicht, dass ein weitläufiges Verfahren vorliegt. Zudem betreffen diese Akten auch nicht ausschliesslich das Beschwerdeverfahren. Im vorliegenden Fall ging es im Wesentlichen darum, Beschwerde gegen den Entscheid der Rekursinstanz zu erheben. Anhand des im Rekursentscheid Vorgebrachten galt es zu entscheiden, ob allenfalls der Sachverhalt zu ergänzen oder neue rechtliche Argumente vorzutragen waren. Somit lässt sich der Entscheid des Verwaltungsgerichts auch im Fall der Beschwerdeführerin 1 ohne Willkür vertreten, die für das Verfahren vor dem Verwaltungsgericht einen anderen Anwalt beigezogen hatte. Unter diesen Umständen kann ohne Willkür angenommen werden, es seien keine Zuschläge gemäss § 4 Abs. 1 lit. b ATVG (Zuschlag in Verfahren mit umfangreichen Akten oder bei besonderer Weitläufigkeit) zu gewähren. Insgesamt legen die Beschwerdeführerinnen nichts dar, was den angefochtenen Entscheid in diesem Punkt als willkürlich erscheinen liesse. Die Beschwerde ist demnach auch in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. 6.1 Nach den Ausführungen des Parteivertreters der Beschwerdeführerinnen hat der Aufwand für die Beschwerdeführerin 1 im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde 162 Stunden betragen. Mit Bezug auf die Beschwerdeführerin 2 werde dem Einwand der Vorinstanz, der Prozessstoff sei bereits aus dem Rekursverfahren bekannt gewesen und es sei beim Verzeichnen der aufgewendeten Stunden der einzelnen Sachbearbeiter zu Überschneidungen gekommen, dadurch Rechnung getragen, dass für die Beschwerdeführerin 2 kein grösserer Aufwand in Rechnung gestellt werde als für die Beschwerdeführerin 1. Für die ausgewiesenen 162 Stunden ergebe sich unter Berücksichtigung des praxisgemässen Stundenansatzes von Fr. 250.-- ein Gesamthonorar bzw. zusammen mit den von der Vorinstanz ebenfalls grundlos gekürzten Barauslagen ein Gesamtaufwand von Fr. 41'000.--. Für die Beschwerdeführerin 2 falle die Prozessentschädigung im Ergebnis um 2'000.-- tiefer aus, weil bei ihr der Zuschlag (Beizug des Anwaltes erst vor dem Verwaltungsgericht; § 4 Abs. 2 ATVG) ausser Betracht falle. Die vom Verwaltungsgericht effektiv zugesprochene Entschädigung von Fr. 12'000.-- für die Beschwerdeführerin 1 und Fr. 10'000.-- für die Beschwerdeführerin 2 sei angesichts des ausgewiesenen Aufwandes im Ergebnis willkürlich.
6.2 Mit ihren Ausführungen übersehen die Beschwerdeführerinnen, dass sich die Bemessung der ausseramtlichen Entschädigung im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht ausschliesslich nach der Anzahl der aufgewendeten Stunden richtet. Aufgrund des in § 80 Abs. 3 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege enthaltenen Verweises auf <ref-law> sind von der unterliegenden Partei oder Behörde nur die notwendigen Kosten zu ersetzen. Überdies sieht § 2 Abs. 1 ATVG für das Beschwerdeverfahren vor, dass die Grundgebühr Fr. 500.-- bis Fr. 6'000.-- beträgt und nur in diesem Rahmen der Zeitaufwand und die Bedeutung des Falles zu berücksichtigen sind. Das Verwaltungsgericht hat wie bereits dargelegt willkürfrei begründet, weshalb keine Erhöhungen des Grundbetrages aufgrund von § 2 Abs. 2 und § 4 Abs. 1 lit. b ATVG vorzunehmen sind (E. 4 und 5 hiervor). Insofern gehen die Ausführungen der Beschwerdeführerinnen an der gesetzlichen Ordnung der Entschädigung vorbei und sind damit nicht geeignet, Willkür in der Begründung bzw. im Ergebnis darzulegen. Insoweit erweist sich die Beschwerde als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
7. Damit ist die Beschwerde insgesamt abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Beschwerdeführerinnen haben gemeinsam eine Beschwerde eingereicht und sind unterlegen. Sie haben daher die Gerichtskosten unter Solidarhaft zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden