Sachverhalt:
A. A._(Klägerin, Beschwerdegegnerin) war seit dem Februar 2005 bei der X._ GmbH (Beklagte, Beschwerdeführerin) als Therapeutin angestellt, zunächst in einem Teilzeit-, ab dem 1. September 2005 in einem Vollzeitpensum. Mit Schreiben vom 28. Oktober 2007 und vom 4. November 2007 verwarnte die Beklagte die Klägerin. Am 10. Januar 2008 kündigte die Beklagte das Arbeitsverhältnis mit der zum Kündigungszeitpunkt schwangeren Klägerin fristlos. Am 11. und am 16. Januar 2008 teilte die Klägerin der Beklagten mit, dass sie mit der Kündigung nicht einverstanden sei.
B. B.a Mit Klageschrift vom 10. Juni 2008 machte die Klägerin geltend, die fristlose Kündigung sei ungerechtfertigt gewesen, und forderte von der Beklagten gestützt auf Art. 337c Abs. 1 und 2 OR Fr. 48'177.80 nebst 5 % Zins seit dem 11. Januar 2008. Die Beklagte beantragte, die Klage abzuweisen, und verlangte gleichzeitig widerklageweise Fr. 28'821.-- Schadenersatz im Sinne von Art. 337b zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 11. Januar 2008 OR.
Der Einzelrichter des Bezirkes March verpflichtete die Beklagte mit Urteil vom 27. April 2011 zur Bezahlung von Fr. 30'162.25 brutto nebst 5 % Zins seit dem 24. Januar 2008 und Weiterleitung der entsprechenden Sozialversicherungsbeiträge an die Sozialversicherungsbehörden sowie zur Zahlung von Fr. 2'700.-- nebst 5 % Zins seit dem 10. Juni 2008. Die Widerklage wies er ab.
B.b Mit Berufung vom 3. Juni 2011 beim Kantonsgericht Schwyz trug die Beklagte auf Abweisung der Klage an, eventuell auf Rückweisung der Sache an das Bezirksgericht zu weiterer Beweisabnahme. Die Klägerin beantragte mit Berufungsantwort/Anschlussberufung vom 7. Juli 2011, die Berufung abzuweisen und die Beklagte im Rahmen der Entschädigung nach Art. 337c Abs. 3 OR zu verpflichten, ihr Fr. 10'800.-- nebst 5 % Zins seit 10. Juni 2008 zu bezahlen anstatt des vom Einzelrichter zugesprochenen Betrages von Fr. 2'700.--.
Das Kantonsgericht Schwyz wies die Berufung mit Urteil vom 2. Oktober 2012 ab und schützte die Anschlussberufung teilweise, indem es die Beklagte verpflichtete, der Klägerin statt Fr. 2'700.-- eine Pönale von Fr. 5'400.-- nebst 5 % Zins seit dem 10. Juni 2008 zu bezahlen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen, eventualiter für die Zeit vom 15. Juli 2008 bis 30. September 2008 keinen Lohnersatz zuzusprechen und subeventualiter, die Sache an das Bezirksgericht zurückzuweisen zur Durchführung eines ergänzenden Beweisverfahrens. Ihr Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 14. Dezember 2012 ab. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, das Kantonsgericht auf Abweisung, soweit darauf einzutreten ist. Die Parteien haben unaufgefordert eine Replik und eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 1 und 2 BGG. Sodann übersteigt der Streitwert die Grenze nach Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Nicht zu den in Art. 95 BGG vorgesehenen Rügegründen gehört hingegen die Verletzung kantonaler Verfahrensvorschriften, deren Anwendung und Auslegung vom Bundesgericht einzig unter dem Blickwinkel eines Verstosses gegen Bundesrecht bzw. gegen Bundesverfassungsrecht beurteilt werden (<ref-ruling> E. 2.4 S. 249; <ref-ruling> E. 4.3 S. 521 f.). Das Verfahren vor erster Instanz richtete sich noch nach der nunmehr aufgehobenen Zivilprozessordnung des Kantons Schwyz vom 25. Oktober 1974 (ZPO/SZ).
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungspflicht des Beschwerdeführers (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbstständig tragenden Begründungen, die je für sich den Ausgang des Rechtsstreits besiegeln, so hat der Beschwerdeführer darzulegen, dass jede von ihnen Recht verletzt, andernfalls kann mangels genügender Begründung auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 535 f.; <ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 560).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 341, 462 E. 2.4 S. 466 f.). Soweit die beschwerdeführende Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2).
3. Zu prüfen ist, ob die Vorinstanz zu Recht von einer ungerechtfertigten fristlosen Entlassung ausging.
3.1 Vorerst ist umstritten, ob von einem eigenmächtigen Ferienbezug zwischen Weihnachten 2007 und Neujahr 2008 als Grund für die fristlose Entlassung auszugehen ist. Die Vorinstanz nahm an, die Beweislast für das Vorliegen eines wichtigen Grundes gemäss Art. 337 Abs. 1 OR liege bei der Beklagten; diese hätte daher auch die Tatsache des eigenmächtigen Ferienbezugs beweisen müssen. Diesen Beweis habe sie nicht erbracht. Darüberhinaus ging die Vorinstanz davon aus, dass, selbst wenn ein eigenmächtiger Ferienbezug erstellt wäre, die am 10. Januar 2008 ausgesprochene fristlose Kündigung verspätet erfolgt wäre.
Die Beschwerdeführerin beanstandet einzig die vorinstanzliche Beweislastverteilung. Die selbstständige Alternativbegründung, dass eine fristlose Kündigung gestützt auf diesen Kündigungsgrund jedenfalls verspätet erfolgt wäre, rügt sie nicht. Allein mit dem behaupteten unberechtigten Ferienbezug kann daher unabhängig von der Beweislastverteilung die fristlose Kündigung nicht gerechtfertigt werden.
3.2 Als weiterer wichtiger Grund für die fristlose Entlassung wird das unberechtigte Nicht-Erscheinen zur Arbeit am 11. und 18. Januar 2008 geltend gemacht.
3.2.1 Diesbezüglich ist von folgendem, für das Bundesgericht verbindlichen (vgl. E. 2.2 hiervor) Sachverhalt auszugehen: Es bestand eine gut zweijährige Übung, wonach die Arbeitszeiten der Klägerin auf Montag (10.00 Uhr bis 20.00 Uhr), Dienstag bis Donnerstag (7.00 Uhr bis 22.00 Uhr) sowie jeden zweiten Freitag (7.00 Uhr bis 14.00 Uhr) festgelegt waren. Mit Schreiben vom 10. Dezember 2007 teilte die Beschwerdeführerin dieser mit, dass die Arbeitszeiten ab 1. Januar 2008 geändert würden. Neu habe sie von Montag bis Donnerstag jeweils von 7.45 Uhr bis 12.00 Uhr und von 13.00 Uhr bis 17.30 Uhr sowie am Freitag von 7.00 Uhr bis 12.00 Uhr und von 13.00 Uhr bis 15.00 Uhr zu arbeiten. Daraufhin teilte die Klägerin der Beklagten mit Schreiben vom 5. Januar 2008 mit, dass ihr die neuen Arbeitszeiten zu spät kommuniziert worden seien und sie aus diesem Grund schon bestehende Termine am Freitag, 11. Januar 2008, am Montag, 14. Januar 2008, sowie am Freitag, 18. Januar 2008, nicht wahrnehmen könne. Jene Termine würden somit als Arbeitszeit gelten und seien von der Beklagten zu entschädigen. Am 9. Januar 2008 antwortete diese darauf, dass die Termine vom 14. und vom 18. Januar 2008 zu verschieben seien und die Klägerin zur Arbeit zu erscheinen habe. Am 11. Januar 2008 habe sie einen Ferientag zu beziehen.
3.2.2 Die Vorinstanz nahm an, dass eine Änderung der Arbeitszeiten nur durch vertragliche Übereinkunft und nicht aufgrund einer einseitigen Weisung der Arbeitgeberin möglich war. Sie legte das Antwortschreiben der Beschwerdegegnerin vom 5. Januar 2008 sodann nach dem Vertrauensprinzip so aus, dass diese zwar mit den neuen Arbeitszeiten einverstanden war, jedoch unter der Bedingung, dass aufgrund schon bestehender und nicht verschiebbarer Termine am 11., 14. und 18. Januar 2008 die entsprechenden Abwesenheiten als Arbeitszeit gelten müssten. Technisch habe es sich hierbei um ein Gegenangebot gehandelt, das von der Beschwerdeführerin nicht angenommen worden sei. Der Beschwerdegegnerin könne somit ihr Nichterscheinen am 11. und 18. Januar 2008 nicht zum Vorwurf gemacht werden.
3.2.3 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, ist nicht geeignet, diese Beurteilung in Frage zu stellen. Sie stellt vorerst in Abrede, dass eine vertragliche Einigung notwendig gewesen sei; gemäss Arbeitsvertrag habe vielmehr sie die Arbeitszeiten durch Weisung bestimmen können. Gemäss Ziff. 5 des Arbeitsvertrages waren die Arbeitszeiten nicht festgelegt, sondern nur das Arbeitspensum von 100 %, d.h. 42 Stunden pro Woche. "Die Aufteilung der Arbeitszeit auf die einzelnen Wochentage wird von der Arbeitgeberin in Absprache mit der Arbeitnehmerin festgelegt, wobei die Bedürfnisse des Betriebes berücksichtigt werden". Daraus kann kein einseitiges Weisungsrecht der Beschwerdeführerin abgeleitet werden; vielmehr bedurfte es einer Absprache. Eine solche fand mit der zweijährigen Übung statt; deren Änderung musste wiederum im gegenseitigen Einverständnis erfolgen. Unbegründet ist sodann der Einwand, dieses Einverständnis habe vorgelegen, weil die Beschwerdegegnerin selbst den 11. und 18. Januar 2008 als "Arbeitszeit" betrachtet und sich der "Weisung" der Beschwerdeführerin nicht widersetzt habe. Aus dem Schreiben vom 5. Januar 2008 ergibt sich klar, dass die Beschwerdegegnerin nicht vorbehaltlos einverstanden war. Dass sie nicht ausdrücklich das Wort "Bedingung" benutzte, ist nicht entscheidend. Die Vorinstanz ging zu Recht von einem Gegenantrag aus. Irrelevant ist schliesslich der Hinweis, es sei unglaubhaft, dass die Beschwerdegegnerin die Termine nicht mehr habe verschieben können.
3.3 Unbestrittenermassen entfernte sich die Beschwerdegegnerin am 10. Januar 2008 vom Arbeitsplatz, nach Angaben der Beschwerdeführerin für ca. eine Stunde. Auch die Beschwerdeführerin anerkennt, dass dies für sich allein genommen keinen Grund für eine fristlose Entlassung darstellt. Ihr Vorwurf, die Beschwerdegegnerin habe in diesem Zeitpunkt bereits zwei ganztätige Arbeitsverweigerungen in Aussicht gestellt, hat sich indessen als unbegründet erwiesen. Und nachdem die Beschwerdeführerin nach den Feststellungen der Vorinstanz den behaupteten eigenmächtigen Ferienbezug im Schreiben vom 9. Januar 2008 mit dem Betreff "Unbewilligte Absenzen" nicht thematisiert und die Beschwerdegegnerin abgemahnt hat, vermöchte die Absenz vom 10. Januar 2008 auch zusammen mit diesem keine fristlose Kündigung zu rechtfertigen. Damit kann offen bleiben, ob die Beschwerdeführerin die Behauptungen der Beschwerdegegnerin zum Geschehensablauf vom 10. Januar 2008 entgegen der Annahme der Vorinstanz hinreichend bestritten hat und wen bezüglich der Unzulässigkeit des Ferienbezugs die Beweislast trifft. Insgesamt erweist sich die fristlose Entlassung als unberechtigt.
4. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin, dass für die Zeit vom 15. Juli 2008 bis 30. September 2008 kein Lohnersatz zuzusprechen sei.
4.1 Die Vorinstanz führte aus, die Beklagte habe erstmals in der Duplik des erstinstanzlichen Verfahrens geltend gemacht, die Klägerin habe in der Zeit vom 15. Juli 2008 bis zum 30. September 2008 Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung gehabt, weshalb für die entsprechende Periode nicht gleichzeitig ein Anspruch auf Lohnzahlung bestehe. Das Bezirksgericht habe sich mit diesem Einwand zu Recht nicht auseinander gesetzt, weil die Beklagte die fragliche Behauptung erst in der Duplik vorgebracht habe mit der Folge, dass sie aus der fehlenden Bestreitung der Klägerin nichts ableiten könne, nachdem der Schriftenwechsel mit der Duplik beendet worden sei. Zudem habe die Beklagte für ihre Behauptung keine Beweise offeriert (z.B. Edition der Unterlagen der Arbeitslosenversicherung); aufgrund der Eventualmaxime hätte sie dies nach § 103 ZPO/SZ aber spätestens mit der Duplik tun müssen. Anzufügen bleibe, dass im Rahmen der Schadenminderungspflicht des entlassenen Arbeitnehmers nach Art. 337c Abs. 2 OR keine Pflicht zur Geltendmachung von Ansprüchen gegenüber der Arbeitslosenkasse bestehe.
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt, die Argumentation der Vorinstanz laufe darauf hinaus, dass in der Duplik keine neuen Tatsachenbehauptungen mehr vorgebracht werden dürften. Das widerspreche jedoch klar dem in vielen kantonalen Zivilprozessordnungen vorgesehenen doppelten Schriftenwechsel. Die Rechtsauffassung der Vorinstanz entbehre jeglicher Rechtsgrundlage und werde auch mit keinem einzigen Wort begründet. Nachdem die Beschwerdeführerin in der Duplik ihre Behauptung noch habe vorbringen dürfen und die Klägerin diese nicht bestritten habe, handle es sich um eine unbestrittene und damit nicht beweisbedürftige Behauptung. Es sei daher entgegen der Vorinstanz irrelevant, ob in der Duplik bereits Beweisanträge gestellt wurden oder nicht. Schliesslich gingen die Ausführungen der Vorinstanz zum Nichtbestehen einer Pflicht zur Geltendmachung von Arbeitslosenentschädigung an der Sache vorbei. Habe die Klägerin im fraglichen Zeitraum - wie von der Beklagten behauptet - tatsächlich Arbeitslosenentschädigung bezogen, so seien die entsprechenden Ansprüche auf die Kasse übergegangen und die Klägerin in diesem Umfang nicht mehr aktivlegitimiert. In der erstinstanzlichen Replik habe sich die Klägerin sodann zur Begründung, dass sie ihrer Schadenminderungspflicht nachgekommen sei, ausdrücklich auf einen "Taggeldbezug ohne Einstelltage" berufen. Demgegenüber sei die nachträgliche Eingabe der Klägerin vom 7. Dezember 2011 samt Bestätigung der Arbeitslosenkasse vom 5. Dezember 2011, wonach kein Taggeldbezug erfolgt sei, verspätet und nicht zu berücksichtigen.
4.3 Es kann offen bleiben, ob die Auslegung des kantonalen Prozessrechts durch die Vorinstanz geradezu willkürlich ist bzw. ob die Beschwerdeführerin diesbezüglich überhaupt eine genügende (Willkür-)rüge (vgl. E. 2.1 hiervor) erhoben hat. Die Ansprüche der Beschwerdegegnerin gehen erst mit der Zahlung von Arbeitslosenentschädigung auf die Kasse über (Art. 29 Abs. 2 AVIG). Dass ein Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung bestand, bewirkte dagegen noch keine Subrogation und änderte daher auch nichts an der Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin. Die Beschwerdeführerin macht nun zwar geltend, bereits mit ihren zitierten Ausführungen in der erstinstanzlichen Duplik eine Zahlung von Arbeitslosenentschädigung behauptet zu haben. Nach den Feststellungen der Vorinstanz behauptete sie indessen lediglich einen entsprechenden Anspruch. Diese Behauptung war nicht rechtserheblich und musste demnach auch nicht bestritten werden. Im Ergebnis hat die Vorinstanz daher zu Recht einen Abzug für Arbeitslosenentschädigung abgelehnt.
5. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten insgesamt abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Schwyz, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. März 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak