Sachverhalt:
A. Ab dem Frühjahr 2002 führte ein aus Nigerianern bestehender, über ein internationales Netzwerk verfügender Drogenhändlerring mehrmals Drogen aus dem Ausland zwecks Verkaufs in den Raum Bern ein. Der Transport erfolgte durch Kuriere. Y._ nahm jeweils den Geldbetrag entgegen, den ihm X._ für die Bezahlung der Drogenlieferung zukommen liess, wechselte ihn in Euro, nahm den Kurier in Empfang und fuhr mit ihm zu Z._, wo der Kurier die Drogen ausschied und direkt bezahlt wurde. Die Drogen wurden an Zwischen- und Unterhändler weitergegeben. X._ war - jedenfalls unter den ermittelten Mitgliedern - der Kopf der Bande und als solcher verantwortlich für die Organisation der Lieferungen und damit auch für die Y._ vorgeworfenen Tathandlungen.
Am 8. Juli 2002 wurde gegen Y._ und unbekannte Täterschaft eine Telefonkontrolle angeordnet, welche bis am 4. Oktober 2002 andauerte.
B. X._ wurde am 26. August 2005 erstinstanzlich wegen qualifizierten Drogenhandels und Geldwäscherei zu 75 Monaten Zuchthaus, einer Busse von Fr. 2'500.-- und 20 Jahren Landesverweisung verurteilt. Das Obergericht Bern, an welches X._ appellierte, bestätigte mit Urteil vom 21. August 2007 in Anwendung des neuen Rechts das erstinstanzliche Urteil vollumfänglich, soweit angefochten. Gegen dieses Urteil erhob X._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde, soweit es darauf eintrat, gut und wies die Sache im Sinne der Erwägungen ans Obergericht zu neuem Entscheid zurück (Urteil 6B_50/2008 vom 20. Juni 2008).
C. Das Obergericht des Kantons Bern wies mit Kammerbeschluss vom 13. Oktober 2008 den Antrag der Generalprokuratur des Kantons Bern auf Einholung der Zustimmung im Sinne von <ref-law> ab. Es sprach X._ mit Urteil vom 28. Oktober 2008 der (zugestandenen) Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz im Umfang vom 1'768 Gramm Kokaingemisch sowie der einfachen Geldwäscherei (Deliktsbetrag Fr. 25'200.--) schuldig und verurteilte ihn zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 36 Monaten. Das Obergericht sprach ihm für die Überhaft eine Genugtuung sowie Schadenersatz für Lohn- und Verdienstausfall zu.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Generalprokuratur des Kantons Bern, X._ sei schuldig zu erklären der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und der qualifizierten Geldwäscherei. Er sei zu einer Freiheitsstrafe von 75 Monaten sowie zu einer Busse von Fr. 2'500.-- zu verurteilen. Eventualiter sei der Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Verfahrensgegenstand sind die weitergehenden Anschuldigungen gegen den Beschwerdegegner wegen mehrfacher, mengenmässig qualifizierter sowie banden- und gewerbsmässiger Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz in der Zeit ab spätestens Frühjahr 2002 bis am 4. Oktober 2002 durch Kauf von mindestens ca. 2,7 Kilogramm Kokaingemisch und 153 Gramm Heroingemisch in der Zeit von 14. Juni 2002 bis Mitte September 2002 und Verkauf einer unbestimmten Menge, mindestens jedoch drei Kilogramm Kokaingemisch, sowie wegen mehrfacher und gewerbsmässiger Geldwäscherei in der Zeit von ca. Frühjahr 2002 bis am 4. Oktober 2002 an einem Geldbetrag von mindestens ca. Fr. 217'000.-- (vgl. angefochtenes Urteil E. III. 1 S. 18).
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>.
2.1 Die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs im Rahmen eines Strafverfahrens richtet sich seit dem 1. Januar 2002 nach dem BÜPF, welches deren Voraussetzungen eingehend geregelt und teilweise verschärft hat. <ref-law> mit der Marginalie "Zufallsfunde" statuiert, dass bezüglich Ermittlungserkenntnissen, welche Straftaten einer Person betreffen, die in der Überwachungsanordnung keiner Straftat verdächtigt wird, vor Einleitung weiterer Ermittlungen die Zustimmung der Genehmigungsbehörde eingeholt werden muss (Abs. 2 Satz 1). Die Zustimmung kann erteilt werden, wenn die Voraussetzungen für eine Überwachung nach diesem Gesetz erfüllt sind (Abs. 2 Satz 2). Sind die Voraussetzungen für die Verwendung des Zufallsfundes nicht gegeben, so dürfen die Informationen nicht verwendet und es müssen die betreffenden Dokumente und Datenträger umgehend vernichtet werden (Abs. 3). Für die Fahndung nach gesuchten Personen dürfen sämtliche Erkenntnisse einer Überwachung verwendet werden (Abs. 4).
Rechtswidrig erlangte primäre Beweismittel sind unverwertbar. Folgebeweise, welche im Anschluss an die rechtswidrige Beschaffung eines primären Beweismittels an sich legal erhoben werden, sind verwertbar, wenn sie auch ohne das unverwertbare primäre Beweismittel hätten erlangt werden können (<ref-ruling> E. 4.4 und 4.5 S. 331 ff. mit Hinweisen).
2.2 Das Bundesgericht hielt im ersten Urteil (6B_50/2008 E. 2.1) Folgendes fest:
"Im vorliegenden Fall wurde gegen den Beschwerdeführer 1 [Beschwerdegegner] keine Telefonkontrolle angeordnet, die Strafverfolgungsbehörden stiessen vielmehr erst durch die Auswertung der Abhörung des Telefonanschlusses des Beschwerdeführers 2 [Y._] auf ihn. Damit hätten sie nach <ref-law> vor der Einleitung weiterer Ermittlungen gegen den Beschwerdeführer 1 [Beschwerdegegner] die Zustimmung der Genehmigungsbehörde einholen müssen. Daran ändert entgegen der Auffassung des Obergerichts nichts, dass sie das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer 2 [Y._] und Unbekannt eröffneten. Nach dem dargelegten Leitentscheid werden die Komplizen des abgehörten Verdächtigen vom Genehmigungsentscheid nicht mitumfasst. Werden solche im Laufe der Abhörung ermittelt, handelt es sich um personelle Zufallsfunde, gegen die nach dem klaren Wortlaut von <ref-law> nur nach vorgängiger Zustimmung der Genehmigungsbehörde weiter ermittelt werden darf. Die Abhörungsprotokolle sind damit gegen den Beschwerdeführer 1 [Beschwerdegegner] nicht verwertbar"...
2.3 Die Vorinstanz führt aus, sie sei an die Erwägung gebunden, dass die Abhörungsprotokolle sowie die unter Missachtung der Vorschriften von <ref-law> ohne Zustimmung der Genehmigungsbehörde durch weitere Ermittlungen erlangten Beweise nicht verwertbar seien. Das Bundesgericht sei davon ausgegangen, dass der Beschwerdegegner nur gestützt auf die Telefonkontrolle habe identifiziert und verhaftet werden können. Im vorliegenden, äusserst umfangreichen und mittlerweile lange zurückliegenden Verfahren sei es nachträglich praktisch unmöglich, darüber zu befinden, in wessen Verfahren bestimmte Aussagen gemacht worden seien und welche Aussagen genau bzw. welche Beweise auch ohne die im Verfahren gegen den Beschwerdegegner nicht verwertbare Telefonkontrolle hätten erhältlich gemacht werden können (angefochtenes Urteil E. III. 3 S. 21 f.).
2.4 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Erwägung des Bundesgerichts, wonach die Abhörungsprotokolle gegen den Beschwerdegegner nicht verwertbar seien (Urteil 6B_50/2008 E. 2.1), beziehe sich nicht auf die durch weitere Ermittlungen gegen den Beschwerdegegner erlangten Beweismittel. Z._ und Y._ hätten ihre Aussagen in ihren eigenen Verfahren nach Vorhalt der Erkenntnisse aus der gegen sie verfügten und genehmigten Telefonkontrollen gemacht. Gemäss dem klaren Wortlaut des Bundesgerichts im Leitentscheid <ref-ruling> E. 4.6 seien diese Aussagen auch gegen den Beschwerdegegner verwertbar. Indem die Vorinstanz diese Beweise aus dem Recht gewiesen habe, verletze sie <ref-law>.
2.5 Vorliegend handelt es sich bei den Abhörungsprotokollen um personelle Zufallsfunde, welche aufgrund der fehlenden Genehmigung nicht gegen den Beschwerdegegner verwertbar sind. Auch ein nachträgliches Genehmigungsverfahren ist gestützt auf Art. 9 Abs. 2 und 3 BÜPF ausgeschlossen (s. <ref-ruling> E. 4.3 S. 331). Das Bundesgericht hat sich im Urteil 6B_50/2008 nicht explizit zur Frage geäussert, ob die Folgebeweise auch ohne die Abhörungsprotokolle hätten erlangt werden können, und ob daher die Protokolle "condicio sine qua non" der durch weitere Ermittlungen gegen den Beschwerdegegner erlangten Beweise sind. Die Vorinstanz verneint dies. Zudem hält sie die gegen den Beschwerdegegner verwertbaren Beweise als offensichtlich ungenügend, um bezüglich der noch zu beurteilenden Anschuldigungen einen Schuldspruch zu begründen (angefochtenes Urteil E. III. 3.2 S. 23). Die Beschwerdeführerin legt nicht ausreichend dar, inwiefern diese vorinstanzliche Würdigung Recht verletzt (<ref-law>). Darauf ist nicht einzutreten. Die Rüge der Verletzung von <ref-law> erweist sich als unbegründet.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführerin sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner durch Publikation im Bundesblatt, in Kopie dem früheren amtlichen Verteidiger des Beschwerdegegners und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz