Sachverhalt:
A. Am 10. Oktober 1974 schloss die Firma X._ & Co., Heizöle und Benzin (heute X._ AG) mit den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) eine Vereinbarung über den Bau und die Benützung eines Ladegleises mit Anschluss an die Haltestelle Wiesendangen. Die mit Brenn- und Treibstoffen handelnde X._ AG unterhält an diesem Standort einen Umschlagplatz.
B. Am 3. Juli 1998 fassten die SBB ein Gespräch mit der X._ AG vom 29. Juni 1998 schriftlich zusammen und hielten fest, das Anschlussgleis in Wiesendangen sei nach wie vor für den Umschlag von sieben Wagen vorgesehen. Seit 1995 seien aber keine Wagen mehr über das Anschlussgleis transportiert worden. Die Transporte tätige die X._ AG vorwiegend über die schienenerschlossenen Tanklager Rümlang, Niederhasli und Mellingen. Aus diesem Grunde habe die X._ AG der SBB mitgeteilt, ihre Versicherung für die Ersthaftung bei der Zustellung von Kesselwagen per sofort aufzuheben. Mit der einseitigen Änderung einer Vertragsbestimmung seien aber die SBB nicht einverstanden. Weiter gaben die SBB in diesem Schreiben zu bedenken, dass die Weiche 61 zum Anschlussgleis im Jahre 2002 total erneuert werden müsse. Im Zuge dieser Erneuerung könne anstelle der Weiche 62 eine "Entgleisvorrichtung" eingebaut werden. Die Kosten dafür würden auf rund Fr. 270'000.-- geschätzt. Als Alternative für die Erneuerung der beiden Weichen könne auch deren Rückbau in Betracht gezogen werden, was Kosten in der Höhe von etwa Fr. 290'000.-- mit sich bringen werde. Dies bedeute aber, dass das Anschlussgleis nicht mehr am Schienennetz angeschlossen wäre.
C. In der Folge scheiterten die Versuche, den Anschlussgleisvertrag aus dem Jahr 1974 einvernehmlich aufzulösen. Die X._ AG erklärte sich im März 2002 allerdings bereit, den Ausbau der Weiche 61 als Notmassnahme unter dem Vorbehalt zu tolerieren, dass der Ausbau auf Kosten der SBB erfolge und diese die Verbindung zum Anschlussgleis auf eigene Kosten wieder herstellten, sobald die X._ AG das Gleis wieder benötige. Die SBB vertraten in ihrem Schreiben vom 27. März 2002 zu den Kosten für die zukünftigen Arbeiten hingegen die Auffassung, es werde diesbezüglich der gemäss Vereinbarung gültige Kostenverteiler zur Anwendung gelangen. Die Kosten für den Ausbau der Weiche werde sie jedoch letztmals in eigener Rechnung übernehmen. In der Nacht vom 21. auf den 22. März 2002 wurde eine Notsanierung der Weiche 61 vorgenommen.
D. Mit Schreiben vom 14. April 2003 teilten die SBB der X._ AG mit, dass sie, wie bereits mündlich angekündigt, den Anschlussgleisvertrag nicht weiterführen und diesen per 31. Dezember 2004 auflösen würden. Es seien bereits Weichenteile mit Zustimmung der X._ AG entfernt worden. Zudem sei das Gleis 1994 letztmals für die Zustellung von Güterwagen benutzt worden. Die restlichen Weichenteile hätten nun das Ende ihrer Lebensdauer erreicht und müssten zwingend ersetzt werden. Anstelle einer Oberbauerneuerung würden die SBB die restlichen Weichenteile entfernen und durch gerade Schienen ersetzen. Dies geschah im Juni 2003. Seither besteht zwischen dem Ladegleis und dem SBB-Netz keine Verbindung mehr.
Nachdem sich die SBB mit der X._ AG nicht über den Rückbau des Reststücks des Anschlussgleises einigen konnten, gelangten sie am 6. November 2006 an das Bundesamt für Verkehr (BAV) und beantragten im Wesentlichen, die X._ AG sei zu verpflichten, das Anschlussgleis auf eigene Kosten zurückzubauen.
E. Mit Verfügung vom 2. Mai 2007 hiess das BAV die Anträge der SBB vollumfänglich gut und verpflichtete die X._ AG, das Anschlussgleis auf der Parzelle Nr. 3420, Blattnr. 115/1002 Grundbuch Wiesendangen, bis zum Ende des Jahres auf eigene Kosten zurückzubauen. Vom Rückbau betroffen sind 180 m Gleisanlage mit Anschlussweiche und Prellbock, Entladeeinrichtungen für flüssige Brenn- und Treibstoffe und eine Schutzwanne unter dem Gleis aus Beton. Der Rückbau soll gemäss BAV soweit erfolgen, als dies ohne Beeinträchtigung der Schutzwanne als Fundament für die Abstützung des auf dem Areal befindlichen und von der X._ AG gemieteten Schuppens technisch möglich ist. Gleichzeitig verlangte das BAV, dass etwaige auf die Nutzung des Anschlussgleises zurückführende Altlasten oder Verschmutzungen des Bodens zu beheben seien. Falls die Anlagen nicht bis Ende des Jahres 2007 entfernt würden, wurden die SBB ermächtigt, die entsprechenden Arbeiten auf Kosten der X._ AG auszuführen.
F. Gegen diese Verfügung reichte die X._ AG beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde ein, welche dieses mit Urteil vom 19. Februar 2008 abwies, soweit es darauf eintrat.
G. Mit Eingabe vom 25. März 2008 erhebt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils sowie die Abweisung der Begehren der SBB. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Das BAV verweist auf das angefochtene Urteil und verzichtet auf eine ausführliche Stellungnahme. Desgleichen sieht das Bundesverwaltungsgericht von einer Vernehmlassung ab. Die SBB als Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Verfügung vom 17. April 2008 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Am 6. Juni 2008 stellt die Beschwerdeführerin ein Sistierungsbegehren, weil sie mit Vertretern der SBB Gespräche über eine aussergerichtliche Lösung aufgenommen habe. Die SBB stellen am 3. Juli 2008 Antrag auf Abweisung des Sistierungsbegehrens, da es an einer Grundlage für Vergleichsgespräche fehle. Die Beschwerdeführerin hält demgegenüber mit Schreiben vom 14. Juli 2008 an ihrem Sistierungsgesuch fest, während die SBB am 26. September 2008 nochmals um dessen Abweisung ersuchen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>) stützt sich in erster Linie auf Bundesverwaltungsrecht (Bundesgesetz vom 5. Oktober 1990 über die Anschlussgleise [AnGG; SR 742.141.5]) und betrifft demzufolge eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid i.S.v. <ref-law>. Mit dem Urteil hat das Bundesverwaltungsgericht bestätigt, dass die Beschwerdegegnerinnen berechtigt seien, das Anschlussgleis auf Parzelle Nr. 3420, Blattnummer 115/1002 Grundbuch Wiesendangen, zu beseitigen bzw. beseitigen zu lassen, dies auf Kosten der Beschwerdeführerin. Die Beschwerdeführerin ist von diesem Entscheid in besonderem Masse berührt und grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss <ref-law> siehe <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist - unter Vorbehalt gehörig begründeter Rügen (siehe E. 1.2 hienach) - einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstanden und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, können sie nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, ist substanziiert vorzubringen (E. 1.2 hiervor). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.4 Das Sistierungsbegehren der Beschwerdeführerin ist abzuweisen, da den behaupteten Einigungsverhandlungen nach dezidierter Ansicht der Beschwerdegegnerinnen keine Aussicht auf Erfolg beschieden ist.
2. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, das Bundesverwaltungsgericht habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, indem es zum Schluss gelangt sei, die Beschwerdeführerin habe kein Bedürfnis für einen Anschluss. Sie besitze am Bahnhof Wiesendangen einen Öltank von 4.25 Mio. l Fassungsvermögen. Bereits das Auffüllen dieser Tankanlage dauere rund 10-mal länger, wenn dies statt über Lieferungen per Bahn über die Strasse erfolge. Die Beschwerdeführerin bemühe sich um eine Reaktivierung bzw. Anpassung ihres Anschlussgleises. Dies sei eine zwingende Folge der neuesten Entwicklungen in der Transportbranche und entspreche den Bestrebungen des Bundes nach einer Verlagerung des Gütertransportes auf die Schiene. Weiter führt die Beschwerdeführerin wie zum Teil schon vor dem Bundesverwaltungsgericht die schwankenden Ölpreise und die LSVA, die rasant steigenden Benzinpreise und die drohende CO2-Abgabe als Druckmittel an, welche sie dazu zwingen würden, den Gütertransport auf die Schiene zu verlegen. Diese Faktoren hätten eine merkbar reduzierte Verfügbarkeit der zum jeweiligen Transport geeigneten Lastwagen zur Folge. Eine weitere Behinderung verursache die heute mehr und mehr im Mineralölgeschäft übliche Verpflichtung der Transportunternehmen, exklusiv für einen Kunden tätig zu sein. Hinzu komme das Siedlungsverhalten der Bevölkerung. Die vermehrte Ansiedlung der potentiellen Kundschaft ausserhalb der Ballungszentren Zürich und Winterthur mache das Tanklager in der Nähe wieder attraktiv.
Aufgrund dieser Umstände sei die Beschwerdeführerin auf die Beibehaltung bzw. Erneuerung ihres Anschlussgleises dringend angewiesen. Deswegen liege ein Bedürfnis auf Anbindung der Tankanlage an das Schienennetz und damit gleichzeitig ein Anspruch auf Anschluss an das Netz der SBB gemäss Art. 3 AnGG vor. Die gegenteiligen Feststellungen des Bundesverwaltungsgerichts seien offensichtlich unrichtig.
2.1 Gemäss Art. 3 AnGG muss die Bahn Anschluss an ihr Netz gewähren, wenn der Anschluss weder die Abwicklung und Sicherheit des Bahnbetriebs noch den künftigen Ausbau der Bahnanlagen beeinträchtigt und ein Bedürfnis ausgewiesen ist. Sie darf daran keine unverhältnismässigen Bedingungen knüpfen. Einmal erstellte Anschlussvorrichtungen können dann angepasst oder beseitigt werden, wenn das Anschlussgleis seit fünf Jahren nicht mehr betrieben wird und sein Betrieb auch in naher Zukunft nicht wahrscheinlich scheint (Art. 15 Abs. 1 lit. c AnGG). Die Beziehungen zwischen der Bahn und dem Anschliesser - namentlich hinsichtlich Bau, Betrieb und Instandhaltung des Anschlussgleises - regeln die Parteien in einem öffentlich-rechtlichen Gleisanschlussvertrag selber (vgl. Art. 6 AnGG). Dabei können sich die Vertragspartner mangels einer gesetzlichen Regelung auch über die Kündigungsmodalitäten des Anschlussvertrags grundsätzlich frei verständigen. Allerdings hängt die Zulässigkeit der Vertragsauflösung vom Bestand der Anschlusspflicht ab. Die Pflicht entfällt, wenn die Voraussetzungen von Art. 3 AnGG nicht gegeben sind oder diejenigen von Art. 15 AnGG erfüllt sind (vgl. Urteil 2A.48/2007 des Bundesgerichts vom 25. September 2007, E. 2.1).
2.2 Im Rahmen der Prüfung dieser gesetzlichen Vorgaben zieht das Bundesverwaltungsgericht u.a. in Erwägung, das Anschlussgleis sei seit nunmehr gut zwölf Jahren - wenn man die angeblichen Notlieferungen, die knapp nach 1995 noch stattgefunden haben sollen, auch berücksichtige - kaum, bzw. seit knapp sechs Jahren (wegen der Entfernung der Weiche zum Anschlussgleis) nicht mehr in Gebrauch. Wie sich aus den Akten ergebe, sei die Beschwerdeführerin im März 2002 - unter dem Vorbehalt, die Weiche bei Bedarf und auf Kosten der Beschwerdegegnerinnen wieder einbauen zu lassen - mit dem Ausbau der Weiche 61 einverstanden gewesen. Seit der Entfernung der Weiche habe die Beschwerdeführerin kein Bedürfnis nach einem Wiederanschluss geltend gemacht. Sie habe im Gegenteil mit den Beschwerdegegnerinnen über die Kosten für den Rückbau der (restlichen) Infrastruktur verhandelt. Aus dem Schreiben des damaligen Vertreters der Beschwerdeführerin vom 7. Oktober 2004 gehe deutlich hervor, dass diese unter den dort gemachten Bedingungen mit dem Rückbau einverstanden wäre. Das nun wieder vorgebrachte Argument, man prüfe die Reaktivierung der Anschlussgleisanlage wirke auch mit Blick auf die dafür nötigen Investitionen nicht überzeugend. Die Beschwerdeführerin mache kein konkretes Bedürfnis geltend; sie verweise lediglich auf die Lage im Transportmarkt und mache davon abhängig, ob sie eines Tages wieder ein Anschlussbedürfnis haben werde. Eine derart vage Aussicht auf einen sich allenfalls in der Zukunft ergebenden Wunsch nach Wiederanschluss an das Bahnnetz vermöge keine Anschlusspflicht der Bahnbetreiberin zu begründen. Insgesamt deute das Verhalten der Beschwerdeführerin vielmehr darauf hin, sie wolle den Rückbau allein wegen der daraus entstehenden Kosten verhindern bzw. hinauszögern.
2.3 Inwiefern diese Feststellungen offensichtlich unrichtig sein sollen, zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich auf. Sie stellt nicht in Abrede, dass der Öltank rund zwölf Jahre kaum, respektive seit dem Rückbau der Weiche gar nicht mehr über das Gleis beliefert wurde und bestreitet auch nicht, dass sie sich mit der Entfernung der Weiche - wenn auch unter dem Vorbehalt eines etwaigen späteren Wiedereinbaus - einverstanden erklärt hatte. Dem Bundesverwaltungsgericht ist insbesondere darin zuzustimmen, dass es sich lediglich um unausgegorene Absichten handelt, welche die Beschwerdeführerin äussert. Gleiches gilt für die Überlegungen zur allgemeinen Lage im Güterverkehr: Auch diese liefern keinen plausiblen und insbesondere keinen aktuellen Bedürfnisnachweis. Selbst wenn die Bahn den Anschluss nicht an unverhältnismässige Bedingungen knüpfen darf, muss doch ein Bedürfnis nach Anschluss ausgewiesen sein. Die Beschwerdeführerin bringt aber keine wesentlichen neuen Argumente vor, um ein solches Bedürfnis nach einem Gleisanschluss zu belegen beziehungsweise die Ausführungen des Bundesverwaltungsgericht zu widerlegen. Hinzu kommt, dass sich die Entwicklungen im Güterverkehr und im Siedlungsverhalten schon seit geraumer Zeit zeigen, die Beschwerdeführerin aber deswegen nie ein Bedürfnis nach einem (Wieder-)Anschluss geäussert hätte. Wenn sie vor Bundesgericht ausführt, was vor zwei bis drei Jahren wirtschaftlich sinnvoll gewesen sei, sei heute nicht mehr zweckmässig, kann sie dazu schwerlich die LSVA, die CO2-Abgabe oder das Siedlungsverhalten der Bevölkerung nennen. Diese Faktoren waren dazumal bereits bekannt.
2.4 Zudem zeigt der Briefwechsel zwischen den Parteien, dass in erster Linie die Kostentragung Anlass zu den fortwährenden Diskussionen gab. In einem ersten Schritt hatten sich die Beschwerdegegnerinnen darum bereit erklärt, die Aufwendungen für die Entfernung der Weiche 61 selber zu übernehmen. In der jeweiligen Korrespondenz haben die Beschwerdegegnerinnen festgehalten, die Beschwerdeführerin habe die vertraglich vereinbarten Mindesttransportmengen in den Jahren von 1995-2002 nicht eingehalten, die Beschwerdegegnerinnen hätten aber auf die Einforderung der dafür fälligen Fr. 160'000.-- verzichtet (Schreiben der SBB an die Beschwerdeführerin vom 14. Juli 2003). Diese Ausführungen sind von der Beschwerdeführerin nicht bestritten worden. Vor allem aber ist dem Umstand Rechnung zu tragen, dass die Beschwerdeführerin mit der Entfernung der Weiche 61 - wenn auch unter dem Vorbehalt eines späteren Wiederanschlusses - einverstanden war und in der Folge insbesondere im Schreiben ihres Rechtsvertreters vom 7. Oktober 2004 über den Rückbau verhandelt hat. Zwar hat sie auch in diesem Zusammenhang verschiedene Bedingungen gestellt, war aber mit der Entfernung des Gleises grundsätzlich einverstanden. Wörtlich finden sich darin u.a. folgende Ausführungen:
Gemäss neusten Expertenstudien könnte der Güterverkehr der Schiene bis im Jahre 2030 um 112 Prozent zunehmen (vgl. NZZ vom 4./5. September 2004, S. 13).
Das Anschlussgleis stört niemanden, insbesondere wird der ordentliche Zugsverkehr der SBB in keiner Art und Weise behindert.
Die zwei zuletzt genannten Tatsachen zeigen, dass gute Gründe für die Belassung der jetzigen Situation sprechen. Die Firma X._ bevorzugt denn auch diese Variante und wäre bereit, gemäss Ziff. 5c der bekannten Vereinbarung die hälftigen Kosten des jährlichen Unterhalts für die Weiche 62 zu übernehmen.
Nachdem die SBB an der Beibehaltung der jetzigen Situation aber leider kein Interesse hat, unterbreiten wir Ihnen, unter Berücksichtigung obiger Ausführungen, folgenden Vorschlag:
Betonausbau Gleis 3 100% X._
Rückbau Weiche 62 100% SBB
Rückbau Gleis 4 100% SBB
Rückbau Stellwerk- und Leittechnik 100% SBB (vgl. Erläuterungen
vorn)
Rückbau Betonwanne, Verladeanlage belassen, solange X._ AG
den teilweise darauf
abgestützten Schopf mietet
Rückbau Böschung belassen; die Firma
A._ AG, Wiesendangen,
verlangt bis auf weiteres
keinen Rückbau
Auflageprojekt 100% SBB
Nachführen Pläne 100% SBB."
Dass sich seither die Verhältnisse in ihrem Betrieb massgeblich verändert hätten, zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich auf. Bereits damals hat sie sich auf allgemeine Prognosen für das Jahr 2030 gestützt. Naheliegend ist darum vielmehr die Wertung des Bundesverwaltungsgerichts, wonach das Verhalten der Beschwerdeführerin darauf hin deute, dass sie den Rückbau allein wegen der daraus erwachsenden Kosten verhindern bzw. hinauszögern wolle.
2.5 Indes hat nun die Beschwerdeführerin am 4. April 2008 ein formelles Wiederanschlussgesuch gestellt. Sie beruft sich in diesem Zusammenhang auf ein echtes Novum i.S. von <ref-law>, weil erst der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichtes Anlass zur Gesuchseinreichung gegeben habe. Diese Begründung vermag nicht zu überzeugen. Schon das BAV hat in seiner Verfügung vom 2. Mai 2007 das Bedürfnis der Beschwerdeführerin nach einem Anschluss als nicht wahrscheinlich bezeichnet und im Wesentlichen die gleiche Argumentation verfolgt wie das Bundesverwaltungsgericht. Auch die Beschwerdegegnerinnen haben stets den Standpunkt vertreten, die Beschwerdeführerin habe keinen ausgewiesenen Bedarf nach einem Anschlussgleis. Hätte sie damit die Ernsthaftigkeit ihrer Absichten belegen wollen, wäre es der Beschwerdeführerin längst möglich gewesen, ein (Wieder-)Anschlussgesuch zu stellen. Das erstmals vor Bundesgericht erhobene Vorbringen, das Auffüllen mit Lastwagen dauere 10 mal länger als per Bahn, stellt ebenfalls kein echtes Novum dar und hätte längst geltend gemacht werden können. Aber selbst wenn die Beschwerdeführerin damit zu hören wäre, belegt sie noch kein ausgewiesenes Bedürfnis nach einem Wiederanschluss, hat sie doch in den Jahren seit 1995 nicht von der Möglichkeit des ihrer Ansicht nach schnelleren Auffüllens per Bahn Gebrauch gemacht.
2.6 Zusammenfassend ist dem Bundesverwaltungsgericht kein Vorwurf der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung zu machen. Auch die rechtliche Würdigung des beschwerdeführerischen Verhaltens ist nicht zu beanstanden.
3. Wie bereits vor Bundesverwaltungsgericht beruft sich die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit dem Anschluss ans SBB-Netz auf ein wohlerworbenes Recht respektive macht geltend, das Vertragsverhältnis zwischen ihr und den Beschwerdegegnerinnen sei wie eine Konzession zu interpretieren und die Grundsätze über wohlerworbene Rechte seien analog anzuwenden. Dazu kann umfassend auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (<ref-law>).
Nicht zu überzeugen vermag die Konstruktion einer analogen Anwendung der von der Rechtsprechung entwickelten Regeln über wohlerworbene Rechte. Die Beziehungen zwischen der Bahn und dem Anschliesser - namentlich hinsichtlich Bau, Betrieb und Instandhaltung des Anschlussgleises - regeln die Parteien in einem öffentlich-rechtlichen Gleisanschlussvertrag selber (vgl. Art. 6 AnGG). Allerdings hängt die Zulässigkeit der Vertragsauflösung vom Bestand der Anschlusspflicht ab. Nachdem mit dem Bundesverwaltungsgericht davon auszugehen ist, dass vorliegend die Voraussetzungen von Art. 15 Abs. 1 lit. c AnGG für die Entfernung der Weiche erfüllt waren respektive kein ausgewiesenes Anschlussbedürfnis der Beschwerdeführerin i.S. von Art. 3 AnGG mehr bestand, ist nicht ersichtlich, unter welchem Rechtstitel der Beschwerdeführerin ein Anspruch aus Vertrauensschutz oder der Eigentumsgarantie zustehen sollte. Das Bundesverwaltungsgericht gibt richtig zu bedenken, dass für den Anschliesser keine Unsicherheit über den Bestand seines Rechts besteht, solange ein Bedürfnis ausgewiesen ist, welches eine Anschlusspflicht der Bahn statuiert. Ist einer der Aufhebungsgründe gegeben, kann sich der Anschliesser gegen die Aufhebung seines Anschlusses nicht mehr mit Erfolg zu Wehr setzen (CARL N. KASA/FRANK FURRER, Industriegleise, Ein komplettes Vademekum, Zürich 1995, S. 259 Ziff. 9.2.4).
Soweit die Beschwerdeführerin aus ihrem Vertragsverhältnis mit den Beschwerdegegnerinnen finanzielle Ansprüche geltend machen will, ist nicht darauf einzutreten, da dies vorliegend nicht Verfahrensgegenstand ist.
4. Weiter bemängelt die Beschwerdeführerin die Unverhältnismässigkeit des verlangten Gleis-Rückbaus. Dabei verkennt sie, dass das Anschlussgleis auf dem Grundeigentum der Beschwerdegegnerinnen liegt und diese schon aufgrund ihrer Eigentumsrechte Anspruch auf Beseitigung der nicht mehr benötigten Bauten hat. Hinzu kommt, dass die Beschwerdeführerin diese Rüge ungenügend substanziiert, zeigt sie doch nicht auf, inwiefern der Rückbau unverhältnismässig sein soll oder welche mildere Massnahme geeignet wäre, dem Anspruch der Grundeigentümerin zu genügen. Nachdem festzustellen ist, dass eine Anschlusspflicht mangels ausgewiesenen Bedürfnisses nicht besteht, ist kein Grund vorhanden, die Reste des Anschlussgleises bestehen zu lassen.
5. Gemäss Art. 12 der Verordnung über die Anschlussgleise vom 26. Februar 1992 (AnGV; SR 742.141.51) ist die Beseitigung des Anschlusses dem Anschliesser in der Regel ein Jahr im Voraus schriftlich und begründet mitzuteilen. In diesem Zusammenhang rügt die Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerinnen hätten ihre Kündigung nicht begründet. Sie bringt diese Rüge im Verfahren vor dem Bundesgericht erstmals vor, obwohl kein Grund ersichtlich ist, warum sie diesen angeblichen Mangel nicht schon vor den Vorinstanzen geltend gemacht hat (<ref-law>). Damit ist sie nicht zu hören. Selbst wenn darauf einzutreten wäre, wäre die Rüge abzuweisen: Der Beschwerdeführerin war im Zeitpunkt der Kündigung bekannt, dass die Anschlussweiche aufgehoben worden war, weshalb auch der Grund für die Kündigung des Anschlussvertrages offensichtlich war. Zudem zeigt die im Vorfeld zwischen den Parteien gewechselte Korrespondenz, dass das Einvernehmen seit längerem getrübt war, weshalb sich die Beschwerdeführerin nicht im Nachhinein darauf berufen kann, ihr sei der Kündigungsgrund nicht bekannt gewesen.
6. Was die Beschwerdeführerin schliesslich zum Verhältnis von Art. 11 Abs. 1 und Art. 15 Abs. 2 AnGG vorbringt, vermag in keiner Weise eine bundesrechtswidrige Auslegung durch die Vorinstanz zu belegen. Das Gesetz ist in erster Linie nach seinem Wortlaut auszulegen. Vom klaren, das heisst eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, namentlich dann, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben (<ref-ruling> E. 2.4 S. 236, 353 E. 3.3 S. 356; siehe auch <ref-ruling> E. 3.5 S. 408 f.). Das Bundesverwaltungsgericht legt im angefochtenen Urteil in schlüssiger Weise dar, dass zwischen Anschlussgleis und Anschlussvorrichtung zu unterscheiden ist, wie dies denn auch der Gesetzestext ausdrücklich tut. Wenn dem nicht so wäre, wäre eine der beiden Bestimmungen über die Kostentragung unnötig. Art. 11 Abs. 1 lit. a AnGG legt unter der Marginalie "Kosten" unmissverständlich fest, dass der Anschliesser mangels anderer Vereinbarung die Kosten von Bau, Betrieb, Instandhaltung, Anpassung und Beseitigung des Anschlussgleises und der zugehörigen Einrichtungen trägt. Demgegenüber regelt Art. 15 die Anpassung und Beseitigung von Anschlussvorrichtungen, worunter etwa die Weichen zu subsumieren sind. Abs. 2 der genannten Norm legt fest, dass sich der Anschliesser an den Kosten beteiligt, wenn ihm daraus Vorteile erwachsen. Weitere Erwägungen erübrigen sich; es kann vollumfänglich auf die überzeugenden Schlussfolgerungen des Bundesverwaltungsgericht in E. 6.5 des angefochtenen Entscheids verwiesen werden (<ref-law>).
7. Nicht einzutreten ist auf die allgemein gehaltene Kritik der Beschwerdeführerin am AnGG.
8. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen, zumal die Beschwerdegegnerinnen nicht anwaltlich vertreten waren (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer