Faits:
A. P._ perçoit depuis le 1er janvier 2006 des prestations complémentaires à une rente d'invalidité allouées par le Service des prestations complémentaires (ci-après: SPC), à Genève.
L'assurée souffrant d'un diabète de type I (dépendance à l'insuline) et d'une infection du pied, le SPC a également pris en charge une partie des frais du traitement prescrit par le docteur V._ (voir notamment le courrier du SPC du 29 avril 2008 et la décision du 26 août suivant). Entre autres certificats, ce médecin a attesté le 4 février 2009 la nécessité pour P._ de suivre un régime alimentaire entraînant des frais importants.
Par décision du 25 août 2011, confirmée le 9 décembre suivant, le SPC a octroyé à l'assurée une allocation-régime de 175 fr. par mois avec effet au 1er février 2009.
B. P._ a déféré cette décision à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, en concluant au versement de l'allocation-régime à partir de décembre 2005. La juridiction cantonale a partiellement admis le recours et a reconnu à l'assurée le droit à cette prestation de novembre 2007 à janvier 2009, confirmant la décision litigieuse pour le surplus, par jugement du 25 avril 2012.
C. Le SPC interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à ce que le droit à l'allocation-régime ne soit reconnu à l'assurée qu'à partir du 1er février 2009.
P._ conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2. Le litige porte sur le droit de l'intimée à des prestations complémentaires, singulièrement sur la prise en charge, par le biais d'une allocation mensuelle forfaitaire pour la période de novembre 2007 à janvier 2009, des frais supplémentaires liés au régime alimentaire particulier qu'elle suit, le droit à cette prestation n'étant pas contesté à partir de février 2009.
Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales relatives au remboursement des frais de maladie et d'invalidité dont font partie les frais liés à un régime alimentaire particulier. Il suffit d'y renvoyer.
3. La juridiction cantonale a constaté que l'assurée suivait un régime alimentaire nécessaire à sa survie depuis 2006 au plus tôt au vu des certificats établis par le docteur V._. Considérant cependant que la requête formelle tendant à l'octroi de l'allocation-régime datait de février 2009, date à laquelle l'intéressée avait transmis le certificat du docteur V._ du 4 février 2009 à l'administration, les premiers juges lui ont reconnu le droit à cette prestation à partir de novembre 2007, en appliquant "par analogie" l'<ref-law>. Ils ont par ailleurs constaté que l'assurée ne s'était pas opposée aux décisions de l'administration lui refusant de manière implicite le droit à l'allocation-régime, alors qu'elle disait l'avoir réclamé à réitérées reprises, de sorte qu'elle n'était plus fondée à le faire valoir pour les périodes antérieures à février 2009. Dans ces circonstances, la question de savoir si l'assurée avait requis l'octroi d'une telle allocation lors du dépôt de sa demande de prestations complémentaires en décembre 2005 pouvait être laissée ouverte.
4. 4.1 Le service recourant critique l'application "par analogie" de l'<ref-law> par la juridiction cantonale. Selon lui, cette disposition est claire et ne laisse aucune place à une interprétation ou à une application par analogie: un remboursement ne peut être effectué que dans les 15 mois à compter de la facturation. Il en déduit que les frais liés au régime alimentaire particulier de l'assurée doivent être remboursés à partir de février 2009, date à laquelle celle-ci lui a présenté la demande d'octroi de l'allocation-régime. L'administration reproche également aux premiers juges de s'être contredits lorsqu'ils ont reconnu à l'assurée le droit à une telle allocation de novembre 2007 à janvier 2009 tout en admettant que celui-ci ne pouvait plus être exercé pour les périodes antérieures à février 2009.
4.2 Aux termes de l'<ref-law>, les frais de maladie et d'invalidité sont remboursés lorsque le remboursement est demandé dans les 15 mois à compter de la facturation. Les frais de maladie et d'invalidité incluent notamment les frais liés à un régime alimentaire particulier s'ils sont dûment établis (art. 14 al. 1 let. d LPC).
4.3 En l'espèce, le service recourant ne saurait soutenir que l'<ref-law> est inapplicable et conclure que le droit de l'assurée à l'allocation-régime est dû seulement à partir de février 2009 pour les raisons qui suivent.
L'<ref-law> doit être lu à la lumière de l'<ref-law>. Cette dernière disposition énumère les frais de maladie et d'invalidité soumis à remboursement. Sous réserve des frais liés à un régime alimentaire particulier (let. d), ceux-ci se rapportent à des prestations individuelles et concrètes - dont bénéficie la personne assurée - entraînant l'établissement d'une facture, à savoir le traitement dentaire (let. a), l'aide, les soins et l'assistance à domicile ou dans d'autres structures ambulatoires (let. b), les cures balnéaires et séjours de convalescence prescrits par un médecin (let. c), le transport vers le centre de soins le plus proche (let. e), l'octroi de moyens auxiliaires (let. f), ou relèvent du décompte de l'assureur-maladie, ainsi le paiement au titre de la participation aux coûts selon l'<ref-law> (let. g). Tel n'est pas le cas du régime alimentaire particulier lorsqu'il génère un surcoût par rapport à un mode d'alimentation courant. La personne soumise à ce régime voit néanmoins sa charge financière augmenter. L'<ref-law> ne prévoit toutefois pas que les frais y relatifs seraient remboursés à partir d'un délai différent de celui des autres frais prévus à l'<ref-law>, de sorte que le terme de facturation figurant à l'<ref-law> doit être pris dans son acception large et se comprendre comme le moment où la personne assurée se voit confrontée à des dépenses supplémentaires dues à sa maladie ou à son invalidité. Cette disposition s'applique donc aussi aux frais liés à un régime alimentaire particulier, contrairement à ce qu'affirme le service recourant, et sans qu'il soit besoin de recourir à une application par analogie telle que mentionnée par la juridiction cantonale.
Or, le service recourant ne conteste pas les constatations cantonales, qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 1 supra), selon lesquelles l'intimée bénéficie de prestations complémentaires depuis le 1er janvier 2006 et l'existence d'un diabète de type I obligeant celle-ci à suivre un régime alimentaire nécessaire à sa survie et entraînant des frais importants depuis au moins 2006. Les premiers juges n'ont donc pas violé le droit fédéral lorsqu'ils ont reconnu à l'assurée le droit à l'allocation-régime à partir de novembre 2007, soit pour les 15 mois précédant le dépôt de la requête formelle de remboursement présentée à l'administration. Le reproche soulevé par le service recourant quant à un jugement cantonal contradictoire n'y change rien.
Il suit de ce qui précède que le recours, mal fondé, doit être rejeté et le jugement cantonal confirmé dans son résultat.
4.4 Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont supportés par le recourant (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>). Celui-ci versera par ailleurs à l'intimée, qui obtient gain de cause, une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimée la somme de 1'000 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 26 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Hichri