Sachverhalt:
A. Die 1948 geborene E._, verheiratet und Mutter von drei erwachsenen Kindern, von Beruf selbstständige Kosmetikerin und daneben u.a. im Bürobereich tätig, meldete sich am 18. Oktober 2006 bei der Invalidenversicherung wegen Rückenschmerzen nach einem Unfall vom 27. September 2005, bei dem sie sich eine instabile Lendenwirbelkörper(LKW)-Berstungsfraktur zuzog, zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich führte in der Folge zahlreiche Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht durch und zog die Akten der Unfallversicherung bei. Nach erfolgtem Vorbescheidverfahren wurde auf Veranlassung der Unfallversicherung ein Gutachten bei der Klinik X._, Wirbelsäulenzentrum, vom 19. März 2009 eingeholt. Gestützt darauf wies die IV-Stelle mit Verfügung vom 25. November 2009 das Begehren auf eine Invalidenrente ab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 16. Mai 2011 ab.
C. Die Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen sinngemäss mit den Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ab 27. September 2006 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventualiter sei die Angelegenheit an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese den Invaliditätsgrad im Sinne der Erwägungen neu berechne und den Rentenanspruch neu beurteile.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_934/2008 vom 17. März 2009 E. 1 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2009 UV Nr. 35 S. 120).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Von diesen tatsächlichen Feststellungen kann es nur dann abweichen, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die für den streitigen Leistungsanspruch jeweiligen geltungszeitlich massgebenden Bestimmungen und die von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze zutreffend dargelegt. Das betrifft insbesondere die Begriffe Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), den nach dem Grad der Invalidität abgestuften Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> in der bis Ende 2007 in Kraft gestandenen und <ref-law> in der seit Anfang 2008 geltenden Fassung), die Rechtsprechung zur Frage, nach welchen Kriterien zu beurteilen ist, ob eine versicherte Person als ganztägig oder teilweise erwerbstätig oder als nichterwerbstätig einzustufen sei (<ref-ruling> E.3.3 S. 507, 125 V 146 E. 2c S. 150) sowie die Bestimmung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen mittels Einkommensvergleich (<ref-law>). Gleiches gilt hinsichtlich der praxisgemässen Grundsätze zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.4 S. 470). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Nach überzeugender Würdigung der medizinischen Akten ist die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten der Klinik X._ vom 19. März 2009 zum Ergebnis gelangt, die Beschwerdeführerin könnte zumindest seit dem 27. September 2006 für 2 x 2 Stunden täglich mit einer Pause von einem Tag dazwischen dauerhaft ihrer angestammten Tätigkeit im Büro- und Kosmetikbereich sowie einer leidensangepassten Tätigkeit nachgehen. Die Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als auch in einer leidensangepassten Tätigkeit bezifferte sie mit 29 % (im Gegensatz zur Verwaltung, welche eine angepasste Tätigkeit als zu 70 % als zumutbar erachtete), was unbestritten und im Rahmen der bundesgerichtlichen Überprüfungsbefugnis nicht zu beanstanden ist. Unbestritten ist zudem die Qualifikation der Beschwerdeführerin als Vollerwerbstätige.
3.2 Letztinstanzlich streitig ist mithin einzig die nach der Einkommensvergleichsmethode vorgenommene Bemessung des Invaliditätsgrades. Beanstandet wird dabei von Seiten der Beschwerdeführerin die Bestimmung des Valideneinkommens durch die Vorinstanz in Abweichung zur Verwaltungsverfügung bzw. die Nicht-Parallelisierung der beiden Vergleichseinkommen.
3.3 Für die Ermittlung des Valideneinkommens ist, wie die Vorinstanz zutreffend erwog, entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des Rentenbeginns auf Grund ihrer beruflichen Fähigkeiten und persönlichen Umstände nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdienen würde, und nicht, was sie bestenfalls verdienen könnte (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59, 131 V 51 E. 5.1.2 S. 53). Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da erfahrungsgemäss die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen von diesem Erfahrungssatz müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein. Bezog eine versicherte Person aus invaliditätsfremden Gründen (z.B. geringe Schulbildung, fehlende berufliche Ausbildung, mangelnde Deutschkenntnisse, beschränkte Anstellungsmöglichkeiten wegen Saisonnierstatus) ein deutlich unterdurchschnittliches Einkommen, ist diesem Umstand bei der Invaliditätsbemessung nach <ref-law> Rechnung zu tragen, sofern keine Anhaltspunkte dafür bestehen, dass sie sich aus freien Stücken mit einem bescheideneren Einkommensniveau begnügen wollte. Nur dadurch ist der Grundsatz gewahrt, dass die auf invaliditätsfremde Gesichtspunkte zurückzuführenden Lohneinbussen entweder überhaupt nicht oder aber bei beiden Vergleichseinkommen gleichmässig zu berücksichtigen sind. Diese Parallelisierung der Einkommen kann praxisgemäss entweder auf Seiten des Valideneinkommens durch eine entsprechende Heraufsetzung des effektiv erzielten Einkommens oder aber auf Seiten des Invalideneinkommens durch eine entsprechende Herabsetzung des statistischen Wertes erfolgen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59, 134 V 322 E. 4.1 S. 325 f. mit Hinweisen). Ob eine versicherte Person im Validenfall einer bestimmten Tätigkeit nachgehen würde, ist eine Tatfrage, soweit sie im Rahmen einer Würdigung der konkreten Lage beantwortet wird (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Diesfalls prüft das Bundesgericht die vorinstanzlichen Feststellungen bloss daraufhin, ob sie offensichtlich unrichtig getroffen worden sind (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
Weist das bis zum Eintritt der Invalidität erzielte Einkommen starke und verhältnismässig kurzfristig in Erscheinung getretene Schwankungen auf, ist dabei auf den während einer längeren Zeitspanne erzielten Durchschnittsverdienst abzustellen (vgl. Urteil 8C_576/2008 vom 10. Februar 2009 E. 6.2 mit Hinweisen auf ZAK 1985 S. 464 E. 2c, I 370/84 und AHI 1999 S. 237 E. 3b, I 377/98; Urteil I 316/04 vom 23. Dezember 2004 E. 5.1.1).
4. 4.1 Für die Berechnung des hypothetischen Verdienstes ohne Gesundheitsschaden (Valideneinkommen) ist die Vorinstanz aufgrund der starken Schwankungen vom Durchschnitt der Einkünfte der Versicherten aus selbstständiger Erwerbstätigkeit (Kosmetikerin) und unselbstständiger Erwerbstätigkeit der Jahre 1999 bis 2003 ausgegangen. Sie hat festgestellt, dass die Beschwerdeführerin gemäss IK-Auszug vom 27. Oktober 2006 im Jahre 1999 Fr. 32'051.-, im Jahre 2000 Fr. 7'623.-, im Jahre 2001 Fr. 17'874.-, im Jahre 2002 Fr. 21'251.-, im Jahre 2003 Fr. 33'434.- und im Jahre 2004 Fr. 15'696.- erzielte, wobei das Einkommen als Selbstständigerwerbende im Jahre 2004 hier noch nicht erfasst sei. Die Jahresverdienste 1999 bis 2003 hat sie der Nominallohnentwicklung bis ins Jahre 2006 angepasst (Zeitpunkt des allfälligen Rentenbeginns) und ein durchschnittliches Jahreseinkommen 2006 von gerundet Fr. 24'080.- ([Fr. 36'173.-+ Fr. 8'399.- + Fr. 19'059.- + Fr. 22'262.- + Fr. 34'506.-] : 5) errechnet. Aufgrund der Willensäusserung der Beschwerdeführerin, im Gesundheitsfall unverändert weiterhin ihrer bisherigen Tätigkeit nachzugehen sowie aufgrund des IK-Zusammenzuges hat sie erwogen, dass von einer solchen dauernden Erwerbstätigkeit von bescheidenem Umfang auszugehen sei, womit dies dem Valideneinkommen entspreche. Dies ist nicht zu beanstanden.
4. 4.1 Für die Berechnung des hypothetischen Verdienstes ohne Gesundheitsschaden (Valideneinkommen) ist die Vorinstanz aufgrund der starken Schwankungen vom Durchschnitt der Einkünfte der Versicherten aus selbstständiger Erwerbstätigkeit (Kosmetikerin) und unselbstständiger Erwerbstätigkeit der Jahre 1999 bis 2003 ausgegangen. Sie hat festgestellt, dass die Beschwerdeführerin gemäss IK-Auszug vom 27. Oktober 2006 im Jahre 1999 Fr. 32'051.-, im Jahre 2000 Fr. 7'623.-, im Jahre 2001 Fr. 17'874.-, im Jahre 2002 Fr. 21'251.-, im Jahre 2003 Fr. 33'434.- und im Jahre 2004 Fr. 15'696.- erzielte, wobei das Einkommen als Selbstständigerwerbende im Jahre 2004 hier noch nicht erfasst sei. Die Jahresverdienste 1999 bis 2003 hat sie der Nominallohnentwicklung bis ins Jahre 2006 angepasst (Zeitpunkt des allfälligen Rentenbeginns) und ein durchschnittliches Jahreseinkommen 2006 von gerundet Fr. 24'080.- ([Fr. 36'173.-+ Fr. 8'399.- + Fr. 19'059.- + Fr. 22'262.- + Fr. 34'506.-] : 5) errechnet. Aufgrund der Willensäusserung der Beschwerdeführerin, im Gesundheitsfall unverändert weiterhin ihrer bisherigen Tätigkeit nachzugehen sowie aufgrund des IK-Zusammenzuges hat sie erwogen, dass von einer solchen dauernden Erwerbstätigkeit von bescheidenem Umfang auszugehen sei, womit dies dem Valideneinkommen entspreche. Dies ist nicht zu beanstanden.
4.2 4.2.1 Die Einwendungen der Beschwerdeführerin vermögen die vorinstanzlichen Feststellungen nicht als offensichtlich unrichtig oder als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Insbesondere ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz bei der Bemessung des Valideneinkommens auf den während einer längeren Zeitspanne erzielten Durchschnittsverdienst abstellte und nicht Tabellenlöhne beizog. Nachdem das bis zum Eintritt der Invalidität erzielte Einkommen starken und verhältnismässig kurzfristig in Erscheinung getretenen Schwankungen unterlag, entspricht diese Vorgehensweise der geltenden Rechtsprechung (vgl. E 3.3 hievor). Inwiefern Schwankungen in diesem Zusammenhang zu gross sein können, um als taugliche Basis zu dienen, wie geltend gemacht wird, ist nicht ersichtlich. Überdies kann nicht als offensichtlich unrichtig bezeichnet werden, wenn die Vorinstanz praxisgemäss bei der Ermittlung des Durchschnittseinkommens die Jahre 1999 bis 2003 - die entsprechend IK-Auszug aussagekräftigen letzten fünf Jahre vor Eintritt der Gesundheitsschädigung - in die Berechnung einbezog.
4.2.2 Weiter kann die Schlussfolgerung der Vorinstanz, wonach sich die Beschwerdeführerin aus freien Stücken mit einem tieferen Einkommen zufrieden gegeben habe, nicht als aktenwidrig bezeichnet werden. Aufgrund der Akten steht fest, dass sie seit 1984 als selbstständige Kosmetikerin tätig war und diese Tätigkeit - entgegen den Behauptungen in der Beschwerdeschrift - bis zum Unfallzeitpunkt ausgeübt hat (vgl. Fragebogen für Selbstständigerwerbende). Aus dem IK-Auszug ergibt sich sodann, dass diese selbstständige Erwerbstätigkeit nicht derart lukrativ war, dass daraus hohe Gewinne resultierten. Etwas Gegenteiliges wird nicht geltend gemacht. Der IK-Auszug weist diesbezüglich vor dem Unfall kein Einkommen aus, das über Fr. 10'000.- liegen würde (bis 1990 lag es unter Fr. 6'000.-, 1990/91 betrug es Fr. 6'334.- danach bis 1995 Fr. 7'038.-, bis 2002 jeweils Fr. 7'623.-, 2003 Fr. 9'300.- und 2004 war es noch nicht erfasst, wobei gemäss Betriebsrechnung ebenfalls Einnahmen erzielt wurden). Daneben hat die Beschwerdeführerin jeweils befristete Stellen oder Stellen mit kleinen Pensen innegehabt, die eher bescheiden entlöhnt waren. Aufgrund des IK-Auszuges steht fest, dass sie in den Jahren vor ihrem Unfall nicht ein Einkommen erzielt hat, das einem branchenüblichen Einkommen einer vollerwerbstätigen Person entsprechen würde. Nachdem gemäss den Akten und den eigenen Angaben der Versicherten davon auszugehen ist, dass sie als Gesunde vollerwerbstätig war - was entgegen der Beschwerdeführerin im angefochtenen Entscheid geprüft worden ist -, ist vor diesem Hintergrund nicht offensichtlich unrichtig oder bundesrechtswidrig wenn das kantonale Gericht in Abweichung zur Stellungnahme der Berufsberatung der IV-Stelle vom 29. Mai 2008 zum Schluss gelangte, dass sie sich aus freien Stücken mit unstabilen Arbeitsverhältnissen und damit verbunden mit einem bescheideneren Einkommen zufrieden gab. Andernfalls hätte sie überwiegend wahrscheinlich ihre nicht allzu einträgliche selbstständige Erwerbstätigkeit als Kosmetikerin aufgegeben, um eine ihrer Ausbildung entsprechende, besser entlöhnte Tätigkeit zu finden, was sie allerdings entgegen den Vorbringen in der Beschwerdeschrift nicht getan hat. Oder sie hätte nebst dem Kosmetikstudio eine Arbeit gesucht, die finanziell besser ihren Möglichkeiten entsprochen hätte. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, sie habe sich stets bemüht, eine Erwebstätigkeit zu finden, die ihr ein möglichst hohes Einkommen eingebracht hätte, findet in den Akten keine Stütze. Gegenteiliges kann auch nicht daraus geschlossen werden, dass sie nebst ihrer selbstständigen Erwerbstätigkeit teilweise mehreren Teilerwerbstätigkeiten nachgegangen ist und auch Arbeitslosentaggeld bezogen hat. Nachdem die Vorinstanz somit zu Recht von einem Einkommensverzicht ausgegangen ist, ist nicht als bundesrechtswidrig zu beanstanden, wenn sie keine Parallelisierung der Einkommen vorgenommen hat.
4.2.3 Schliesslich kann auch die Rüge der Beschwerdeführerin nicht gehört werden, wonach es willkürlich sei und gegen Treu und Glauben (<ref-law>) verstosse, wenn die Vorinstanz ungeachtet des Umstandes, dass das in der Verfügung festgelegte Valideneinkommen von Fr. 61'925.- nicht bemängelt wurde und auch zuvor im Verwaltungsverfahren nie strittig war und die angefochtene Verfügung gar damit begründet worden sei, dass das Valideneinkommen korrekt und anerkannt sei, einfach auf ein anderes Valideneinkommen abgestellt habe. Dem ist entgegenzuhalten, dass das kantonale Gericht von Amtes wegen für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts zu sorgen hat (<ref-law>) und nicht an die Begehren der Parteien gebunden ist (<ref-law>). Darüber hinaus entspricht es dem Begehren der Verwaltung in ihrer Vernehmlassung. Auch eine Verletzung der rechtlichen Gehörs ist nicht zu erkennen (vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb S. 278 mit Hinweisen). So hat die Vorinstanz, nachdem die IV-Stelle in ihrer Vernehmlassung das unangefochtene Valideneinkommen als definitiv zu hoch bezeichnete und entgegen der Ansicht der Berufsberaterin nunmehr davon ausging, dass die Versicherte freiwillig auf ein höheres Einkommen verzichtete, einen zweiten Schriftenwechsel durchgeführt, wovon die Beschwerdeführerin im Übrigen Gebrauch gemacht hat.
5. Beim Invalideneinkommen ist das kantonale Gericht in Bestätigung der IV-Stelle gestützt auf die LSE-Tabellenlöhne Tabellengruppe A, Frauen, einfachere kaufmännische Tätigkeiten, Anforderungsniveau 4 (Zentralwert) für das Jahr 2006 bei einem Pensum von 100 % von Fr. 61'925.- ausgegangen, was nicht bestritten wird. Unter Berücksichtigung einer zumutbaren Tätigkeit in einem Pensum von 29 % und ohne zusätzlichen Abzug ergab sich ein hypothetisches Invalideneinkommen von rund Fr. 17'958.-. Für die von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Parallelisierung zum Valideneinkommen bestand kein Grund (vgl. E. 4.2.2 hievor). In Gegenüberstellung mit dem Valideneinkommen von Fr. 24'080.- errechnete die Vorinstanz einen Invaliditätsgrad von gerundet 25 % und verneinte zu Recht einen Anspruch auf Rentenleistungen. Selbst die Berücksichtigung eines von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Abzugs vom Tabellenlohn aufgrund ihres Alters (58 Jahre) würde bei dieser Ausgangslage nicht zu einem rentenbegründenden Invaliditätsgrad führen. Die Beschwerde ist mithin abzuweisen.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Oktober 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Weber Peter