Faits:
A. B._, né en 1976, et C._, née en 1979, tous deux de nationalité suisse, sont les parents non mariés de A._, né en 2005 à Genève.
B._ et C._ vivent séparés depuis le mois de novembre 2006.
B._ travaille auprès de X._. Il réalise un revenu mensuel net moyen de 19'300 fr. (moyenne des trois dernières années). Le montant de ses charges s'élève à 11'700 fr.
C._ est également employée auprès de X._, à un taux d'occupation de 60%. Son revenu mensuel net se chiffre à 5'800 fr. (moyenne des années 2006 et 2007) et ses charges personnelles à 5'300 fr.
B. Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance du canton de Genève le 13 décembre 2007, A._, représenté par sa mère, a assigné son père en paiement d'une contribution d'entretien mensuelle, allocations familiales non comprises, avec effet rétroactif au 1er novembre 2006, d'un montant de 3'500 fr. jusqu'à ses 6 ans, 3'700 fr. de 7 à 12 ans et 3'900 fr. de 13 à 18 ans, voire jusqu'à 25 ans en cas d'études sérieuses et suivies.
Par jugement du 22 mai 2008, le Tribunal de première instance a condamné B._ à verser à C._, à titre de contribution à l'entretien de leur fils, la somme de 3'000 fr. dès le 13 décembre 2006 et jusqu'à ce que l'enfant atteigne l'âge de 6 ans, 3'500 fr. de 6 à 12 ans et 4'000 fr. de 12 ans jusqu'à l'âge de sa majorité, voire au maximum jusqu'à 25 ans en cas d'études ou de formation professionnelle sérieuses et régulières.
B._ a fait appel de ce jugement. Statuant par arrêt du 17 octobre 2008, la Cour de justice l'a condamné au versement d'une contribution d'entretien mensuelle d'un montant de 2'500 fr. du 13 décembre 2006 jusqu'à 12 ans révolus, 2'800 fr. de 12 ans à 16 ans révolus et 3'000 fr. de 16 ans jusqu'à la majorité, voire au maximum jusqu'à 25 ans en cas d'études ou de formation professionnelle sérieuses et régulières.
C. Contre cet arrêt, A._, représenté par sa mère, interjette un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire devant le Tribunal fédéral. Il conclut au versement d'une contribution d'entretien mensuelle, allocations familiales non comprises, avec effet rétroactif au 13 décembre 2006, d'un montant de 3'500 fr. jusqu'à l'âge de 6 ans, 3'700 fr. de 7 à 12 ans et 3'900 fr. de 13 à 18 ans, voire 25 ans en cas de formation ou d'études sérieuses et régulières. A l'appui de ses conclusions, A._ allègue une violation des art. 276 et 285 CC et prétend que l'arrêt cantonal est entaché d'arbitraire.
Invité à se déterminer, B._ conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt cantonal. Il soutient que le grief d'arbitraire n'est pas démontré et qu'aucune violation des art. 276 et 285 CC n'est établie. La cour cantonale s'est référée à son arrêt.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>), prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une affaire civile (<ref-law>), dont la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (art. 51 al. 4 et 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Seule est ainsi ouverte la voie du recours en matière civile.
1.2 Le recourant méconnaît que le choix entre la voie du recours en matière civile et celle du recours constitutionnel subsidiaire dépend de la nature de l'affaire et, si elle est pécuniaire, de la valeur litigieuse (<ref-ruling> consid. 3.1), ainsi qu'exceptionnellement, de l'existence d'une question juridique de principe (<ref-law>). L'intitulé erroné d'un recours ne nuit pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soit réunies (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1b et les arrêts cités). Le grief d'arbitraire lié au calcul des soldes disponibles de chaque époux et à la répartition des charges entre les parents du recourant sera ainsi traité en relation avec la violation de l'<ref-law>, à savoir dans le cadre du recours en matière civile dont les conditions de recevabilité sont remplies (consid. 1.1 supra).
2. Sous réserve de la violation des droits fondamentaux et des dispositions du droit cantonal et intercantonal, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (cf. <ref-law>). Il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, de sorte qu'il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité précédente. Conformément aux exigences de motivation prévues par l'<ref-law>, il n'examine en principe que les griefs qui ont été dûment motivés, pour autant que l'erreur de droit ne soit pas manifeste (<ref-ruling> consid. 1.4.1; arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2008, consid. 2.1 destiné à la publication).
3. Il convient d'examiner en premier lieu la critique de fait soulevée par l'intimé. Tout en prenant acte de ce que le recourant admet l'état de fait retenu par la Cour de justice, l'intimé précise que la crise économique et financière, fait aujourd'hui notoire, aura sans aucun doute des effets négatifs sur sa rémunération en tant que trader et qu'il risque ainsi d'être privé des bonus importants dont il a profité ces dernières années. Outre le fait qu'aucune répercussion concrète n'est alléguée par l'intimé, il s'agit-là d'un fait nouveau, qui, conformément à l'<ref-law>, ne peut être présenté devant le Tribunal de céans.
4. La Cour de justice genevoise a avant tout considéré que, au vu des revenus largement supérieurs à la moyenne de l'intimé, c'était à tort que le juge de première instance avait fixé le montant de la contribution d'entretien en se fondant uniquement sur le critère des 15% de son revenu mensuel net. Cette méthode se fondait exclusivement sur la capacité contributive des père et mère, alors que l'examen des autres facteurs d'appréciation était également nécessaire.
Après avoir relevé que le coût des besoins d'un enfant à Genève ne pouvait être inférieur aux montants fixés par les tabelles zurichoises, la cour cantonale a néanmoins souligné que les sommes fixées par ces dernières constituaient des indications valables pour des parents dont le revenu mensuel total se chiffrait entre 7'000 et 7'500 fr. et qu'il convenait de tenir compte des particularités de chaque situation, sans faire preuve d'un schématisme aveugle.
La dernière instance cantonale a calculé que le minimum vital élargi de l'enfant (assurance complémentaire, frais de crèche, loyer et entretien de base) s'élevait à 1'571 fr. 35. Puis, se basant sur les tabelles zurichoises et en retenant que le revenu total des parents se montait à 26'000 fr. - à savoir un revenu plus de trois fois supérieur aux revenus sur lesquels se fondent ces tabelles -, elle a estimé que le coût mensuel de l'enfant, sans les soins et le logement, s'élevait à 2'800 fr. La cour cantonale a ainsi simplement multiplié par trois les coûts afférents aux postes "nourriture", "habillement" et "autres coûts" tels qu'établis par les tabelles zurichoises, tout en maintenant le coût des postes fixes que sont le logement (1/3 du loyer effectif) et les soins en nature. Considérant que la mère fournissait les soins et le logement et que les disponibles des parents étaient de 7'600 fr. pour le père et 500 fr. pour la mère, elle en a conclu qu'il n'y avait pas lieu de partager par moitié la charge de l'enfant entre les parents et a fixé à 2'500 fr. la contribution d'entretien à charge du père.
5. 5.1 Le recourant se plaint d'une violation des art. 276 et 285 CC, reprochant avant tout à la cour cantonale de ne pas avoir convenablement pris en considération le revenu de l'intimé. Le recourant devrait en effet bénéficier de l'aisance financière de son père et celui-ci devrait s'acquitter de l'intégralité de la contribution financière liée à son entretien, du fait qu'il dispose d'un revenu beaucoup plus élevé que celui de sa mère. Il conclut à l'obtention d'une contribution d'entretien d'un montant de 3'500 fr. jusqu'à ses six ans, 3'700 fr. de 7 à 12 ans et 3'900 fr. de 13 à 18 ans, voire 25 ans s'il poursuit une formation ou des études sérieuses et régulières.
Le recourant ne remet pas directement en cause le coût d'entretien que la Cour de justice a fixé à 2'800 fr. En tenant compte du montant du loyer, à savoir 609 fr. 65, et de celui des soins qui lui sont apportés, à savoir 715 fr. selon les tabelles zurichoises, le coût de son entretien atteint 4'124 fr. 65. Dans la mesure où le recourant soutient que son père devrait supporter l'intégralité de la contribution financière et conclut au versement d'une contribution de 3'500 fr., il faut considérer qu'il admet ces chiffres à 100 fr. près (à savoir 2'800 fr. + 609 fr. 65, sa mère supportant les soins en nature).
5.2 En concluant à la confirmation de l'arrêt cantonal, l'intimé ne critique pas lui non plus le coût d'entretien mensuel que la cour cantonale a fixé à 2'800 fr. Il estime que celle-ci est demeurée dans le cadre de son pouvoir d'appréciation en le condamnant au versement d'une contribution mensuelle de 2'500 fr. et en mettant ainsi une partie de la contribution à charge de la mère de l'enfant. Cette dernière tendrait en effet à profiter de la pension élevée due par le père de son enfant pour ses propres besoins.
5.2 En concluant à la confirmation de l'arrêt cantonal, l'intimé ne critique pas lui non plus le coût d'entretien mensuel que la cour cantonale a fixé à 2'800 fr. Il estime que celle-ci est demeurée dans le cadre de son pouvoir d'appréciation en le condamnant au versement d'une contribution mensuelle de 2'500 fr. et en mettant ainsi une partie de la contribution à charge de la mère de l'enfant. Cette dernière tendrait en effet à profiter de la pension élevée due par le père de son enfant pour ses propres besoins.
5.3 5.3.1 En vertu de l'<ref-law>, la contribution d'entretien doit correspondre aux besoins de l'enfant ainsi qu'à la situation et aux ressources des père et mère; il est tenu compte de la fortune et des revenus de l'enfant, ainsi que de la participation de celui des parents qui n'a pas la garde de l'enfant à la prise en charge de ce dernier. Ces différents critères doivent être pris en considération; ils exercent une influence réciproque les uns sur les autres. Ainsi, les besoins de l'enfant doivent être examinés en relation avec les trois autres éléments évoqués et la contribution d'entretien doit toujours être dans un rapport raisonnable avec le niveau de vie et la capacité contributive du débirentier (<ref-ruling> consid. 1a). Celui des parents dont la capacité financière est supérieure est par ailleurs tenu, suivant les circonstances, de subvenir à l'entier du besoin en argent si l'autre remplit son obligation essentiellement en nature (<ref-ruling> consid. 3a/cc; arrêt 5C.125/1994 consid. 5c). Le montant de cette obligation est laissé, pour une part importante, à l'appréciation du juge du fait (<ref-law>). Le Tribunal fédéral lui reconnaît à cet égard un large pouvoir d'appréciation; il n'intervient que si l'autorité cantonale a pris en considération des éléments qui ne jouent pas de rôle au sens de la loi ou a omis de tenir compte de facteurs essentiels, ou bien encore si, d'après l'expérience de la vie, le montant arrêté apparaît manifestement inéquitable au regard des circonstances (<ref-ruling> consid. 2c/aa; <ref-ruling> consid. 2f).
Les besoins d'entretien statistiques moyens retenus dans les "Recommandations pour la fixation des contributions d'entretien des enfants" éditées par l'Office de la jeunesse du canton de Zurich (cf. PETER BREITSCHMID, in Zivilgesetzbuch I, Commentaire Bâlois, 3e éd., 2006, n. 6 ad <ref-law>) peuvent servir de point de départ pour la détermination des besoins d'un enfant dans un cas concret. Il y a toutefois lieu de les affiner en tenant compte des besoins concrets particuliers de l'enfant, ainsi que du niveau de vie et de la capacité contributive des parents (<ref-ruling> consid. 3a). En cas de situation financière particulièrement bonne, il n'est pas nécessaire de prendre en considération toute la force contributive des parents pour calculer la contribution à l'entretien des enfants. Il ne faut pas prendre comme point de départ le niveau de vie le plus élevé qu'il est possible d'avoir avec un certain revenu, mais celui qui est réellement mené. De plus, dans certaines circonstances, il peut se justifier, pour des motifs pédagogiques, d'accorder un niveau de vie plus modeste à l'enfant qu'aux parents (<ref-ruling> consid. 3b). Le montant de la contribution d'entretien ne doit donc pas être calculé simplement de façon linéaire d'après la capacité financière des parents, sans tenir compte de la situation concrète de l'enfant (<ref-ruling> consid. 3b/bb; arrêt 5A_507/2007 du 23 avril 2008, consid. 5.1).
5.3.2 Le raisonnement effectué par la cour cantonale pour fixer le montant de la contribution d'entretien est critiquable.
La cour cantonale a jugé que le coût d'entretien de l'enfant s'élevait à 2'800 fr., multipliant ainsi par trois le montant des postes retenu par les tabelles zurichoises. En y additionnant le coût effectif du loyer et des soins, le montant destiné à l'entretien de l'enfant s'élèverait mensuellement à 4'125 fr. 65. Bien que ce montant ne soit contesté ni par le recourant, ni par l'intimé, une telle méthode de calcul constitue une violation manifeste du droit fédéral (cf. consid. 2). Se fondant sur le fait que le revenu parental était supérieur à la moyenne, la Cour de justice a calculé la contribution d'entretien schématiquement, en procédant à une simple multiplication des chiffres arrêtés par les tabelles zurichoises, sans tenir compte des besoins réels de l'enfant. Si une augmentation de la contribution d'entretien de 25% par rapport au coût d'entretien moyen d'un enfant peut être jugée comme étant adéquate (cf. arrêt 5A_507/2007 du 23 avril 2008 consid. 5.3.2; Breitschmid, op. cit. n. 23 ad <ref-law>), une majoration de plus de 200 %, comme en l'espèce, viole manifestement le droit fédéral. Au demeurant, aucune des parties ne prétend mener un train de vie justifiant un coût d'entretien aussi élevé.
La cour cantonale a par ailleurs abusé de son pouvoir d'appréciation dans la répartition des charges financières liées à l'enfant. Selon ses constatations de fait, l'intimé dispose d'un revenu mensuel net de 19'300 fr. pour des charges - qualifiées de surévaluées - s'élevant à 11'700 fr. La mère de l'enfant perçoit quant à elle un revenu net de 5'800 fr. par mois, tout en supportant des charges d'un montant de 5'300 fr. Le disponible de l'intimé (7'600 fr. ) est en conséquence plus de quinze fois supérieur à celui de son ex-compagne (500 fr.). Au vu de l'inégalité évidente entre les disponibilités financières des parents, il se justifiait de faire supporter au père de l'enfant l'intégralité des charges financières liées à celui-ci.
5.3.3 En considérant que la totalité de la charge financière doit être assumée par l'intimé, le montant de la contribution d'entretien fixé à 2'500 fr. par la dernière instance cantonale peut être néanmoins considéré comme adéquat. En effet, si l'on déduit de ce dernier montant le coût du loyer, mis jusqu'alors à la charge de la mère (609 fr. 65), ainsi que les frais de crèche (687 fr. 95) - lesquels sont, selon les tabelles zurichoises, inclus dans le montant des soins (cf. Empfehlungen zur Bemessung von Unterhaltsbeiträgen für Kinder, 1ère éd., 2000) -, l'entretien de base de l'enfant (nourriture, habillement et autres coûts) se chiffre à 1202 fr. 40, à savoir un montant près de 30% supérieur à celui retenu par les tabelles zurichoises.
5.3.4 Contrairement à ce que prétend le recourant, il n'y a pas lieu d'augmenter le montant de la contribution d'entretien entre 7 et 12 ans. Le montant retenu pour cette tranche d'âge par les tabelles zurichoises est en effet inférieur à celui de la tranche d'âge précédente. Par ailleurs, si, comme le prétend le recourant, ses frais devaient augmenter suite à son entrée à l'école primaire, ses dépenses liées à la crèche diminueront. On ne saurait ainsi reprocher à l'autorité cantonale d'avoir outrepassé son pouvoir d'appréciation en maintenant le montant de la contribution à 2'500 fr. jusqu'à ce que l'intéressé atteigne l'âge de 12 ans.
5.3.5 L'intégralité des charges financières liées à l'enfant étant supportée par son père, il devient sans objet d'examiner le grief du recourant lié au fait que la Cour de justice n'aurait pas retenu les postes allégués par sa mère alors qu'elle aurait retenu ces mêmes postes dans les charges de son père.
6. 6.1 Au vu de ce qui précède, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable. Le recours en matière civile est rejeté au frais de son auteur (<ref-law>). L'intimé a droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est rejeté.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Une indemnité de 400 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 26 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret