Erwägungen:
1. Mit Verfügung vom 18. April 2008 wies der Regierungstatthalter von Fraubrunnen X._ gestützt auf Art. 397a ff ZGB für längstens 6 Wochen zur psychiatrischen Begutachtung in das Psychiatriezentrum Münsingen ein und beauftragte das Zentrum damit, bis spätestens am 22. Mai 2008 ein Gutachten zu erstellen und ihm zuzustellen.
Das Obergericht des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, wies mit Urteil vom 29. April 2008 einen gegen die regierungsstatthalterliche Verfügung erhobenen Rekurs von X._ ab und stellte fest, dass die 6 Wochenfrist am 29. Mai 2008 ablaufe.
Dagegen gelangte X._ am 21. Mai 2008 mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und beantragte die Aufhebung von Ziffer 1 des Urteils der Rekurskommission vom 29. April 2008 sowie die Entlassung aus der Anstalt unmittelbar nach Abschluss des Gutachtens.
Die Rekurskommission hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Mit Verfügung vom 29. Mai 2008 ordnete der Regierungstatthalter von Fraubrunnen gestützt auf das eingeholte Gutachten in Anwendung von Art. 397a ff ZGB an, dass die Beschwerdeführerin bis auf weiteres in der psychiatrischen Klinik Münsingen zurückbehalten werde.
Die Beschwerdeführerin hat sich am 13. Juni 2008 aufforderungsgemäss zur beabsichtigten Gegenstandsloserklärung des Beschwerdeverfahrens und zur Kostenfrage vernehmen lassen. In dieser Vernehmlassung ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
2. 2.1 Die Beschwerde in Zivilsachen gegen den letztinstanzlichen Entscheid betreffend Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung setzt ein aktuelles rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides voraus (<ref-law>; Urteil 5C.3/1997 vom 20. Januar 1997, E. 2; Urteil 5C.11/2003 vom 22. Januar 2003, E. 1.2). An diesem fehlt es insbesondere, wenn der Nachteil auch bei Gutheissung der Beschwerde nicht mehr behoben werden kann (<ref-ruling> E. 6 S. 729).
2.2 Auch wenn die Beschwerde gegen den Entscheid der Rekurskommission vom 29. April 2008 gutgeheissen und dieser antragsgemäss aufgehoben würde, könnte die Beschwerdeführerin nicht entlassen werden, liegt doch eine weitere Verfügung vom 29. Mai 2008 vor, mit welcher der Regierungsstatthalter von Fraubrunnen die Beschwerdeführerin aufgrund des eingeholten Gutachtens für unbestimmte Zeit in der PZM zurückbehalten hat.
2.3 Im vorliegenden Fall ist das rechtlich geschützte Interesse nach Einreichung der Beschwerde dahingefallen. Aus diesem Grund hat nicht ein Nichteintretensentscheid zu ergehen; vielmehr ist das Beschwerdeverfahren in Anwendung von <ref-law> vom Abteilungspräsidenten als gegenstandslos abzuschreiben (vgl. dazu die Rechtsprechung zu Art. 88 OG; <ref-ruling> E. 1a).
3. 3.1 Wird ein Verfahren gegenstandslos, so ist mit summarischer Begründung über die Prozesskosten auf Grund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes zu entscheiden (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
3.2 Der Regierungsstatthalter von Fraubrunnen hat die Beschwerdeführerin mit Verfügung vom 18. April 2008 zur psychiatrischen Begutachtung in das PZM eingewiesen, weil sie nach Ansicht des behandelnden Arztes schwer psychisch krank sei und sich selbst und ihre Kinder gefährde. Gemäss dem als Grundlage für die Anordnung der Begutachtung dienenden Bericht der Ärzte vom 24. April 2008 leidet die Rekurrentin an einer wahnhaften und hypomanischen bis manischen Störung im Rahmen einer bipolaren oder schizoaffektiven Erkrankung. Zudem erwies sich eine ambulante Begutachtung als nicht durchführbar. Dass die Beschwerdeführerin ohne korrekte Untersuchung in das PZM eingewiesen wurde, trifft angesichts des eingeholten ärztlichen Berichts vom 24. April 2008 in dieser absoluten Form nicht zu. Überdies wird dabei übersehen, dass die psychiatrische Begutachtung der Grund für die Einweisung war und dass die Beschwerdeführerin mit der Zurückbehaltung zwecks Begutachtung - zu Beginn wenigstens - einverstanden war. Dass die Einweisung zwecks Begutachtung grundsätzlich von Gesetzes wegen nicht in Frage kommt, wird nicht rechtsgenüglich begründet (<ref-law>). Die Vorbringen der Beschwerdeführerin in der Beschwerde beschränken sich im Wesentlichen auf eine Kritik am Sachverhalt, welchen die Vorinstanz indes verbindlich festgestellt hat (<ref-law>). Aufgrund der Sachlage vor Erledigung des Verfahrens wäre der Beschwerde somit kein Erfolg beschieden gewesen. An diesem Ergebnis vermag insbesondere auch das Schreiben vom 26. April 2008 von Dr. med. A._, welche die Beschwerdeführerin nach deren Anhaltung durch die Polizei kurz gesprochen hatte, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nichts zu ändern, hatte doch diese Ärztin die Beschwerdeführerin, wie sie selbst zugibt, nur kurz gesprochen. Zudem gilt es in diesem Zusammenhang erneut darauf hinzuweisen, dass die psychiatrische Begutachtung Grund für die Einweisung war.
Der Beschwerdeführerin ist daher keine Parteientschädigung zuzusprechen. Hingegen ist von der Erhebung von Gerichtskosten abzusehen (<ref-law>).
4. Die Beschwerdeführerin ersucht um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Beschwerdeverfahren. Sie gilt als bedürftig. Mit ihrer Beschwerde an das Bundesgericht hat sie verständlicherweise versucht, sich gegen eine in schwerer Weise gegen ihre persönliche Freiheit gerichtete Massnahme zu wehren und ihre Entlassung aus der Anstalt zu erwirken, weshalb die Aussichtslosigkeit zurückhaltend zu beurteilen ist (zum Ganzen: Hotz, in: Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, Zürich 2002, N. 48 zu <ref-law>). Damit ist der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren unter Beiordnung eines amtlichen Rechtsbeistands, welchem ein Honorar aus der Bundesgerichtskasse zu entrichten ist (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG i.V.m. <ref-law>).

Demnach verfügt der Präsident:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist; ihr wird Fürsprecherin Eva Bertossi-Bertschi, Zeughausgasse 29, Postfach 357, 3000 Bern 7 als amtlicher Rechtsbeistand bestellt.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Fürsprecherin Eva Bertossi-Bertschi wird ein Honorar von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entrichtet.
5. Diese Verfügung wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden