Sachverhalt:
A. X._ war vom 1. Mai 1998 bis zum 30. Juni 2003 im Register der Eidgenössischen Steuerverwaltung (EStV) für Steuerpflichtige eingetragen. In diesem Zeitraum betrieb er das von seinem Vater übernommene Restaurant in A._/Kanton Schwyz in Form einer Einzelfirma. Bis zum 31. Dezember 2000 rechnete er die Mehrwertsteuer nach vereinnahmten Entgelten ab (sog. effektive Methode). Auf seinen Antrag hin bewilligte ihm die EStV die Abrechnung nach der Saldosteuersatzmethode ab dem 1. Januar 2001.
Im Jahre 2003 gab X._ seine Tätigkeit als Wirt auf. Er meldete der EStV die Übertragung auf den 1. Mai 2003 des Restaurationsbetriebs an seine Nachfolgerin Y._. In der Schlussabrechnung vom 4. November 2003 deklarierte er einen steuerbaren Umsatz von Fr. 0.--.
Mit Ergänzungsabrechnung vom 10. Februar 2004 (EA Nr. 07608839) forderte die EStV von X._ Fr. 47'674.-- an Mehrwertsteuer nach. Sie begründete dies mit einer Nutzungsänderung; X._ habe weniger als fünf Jahre nach Saldosteuersätzen abgerechnet. Die EStV ermittelte die Nachbelastung der Mehrwertsteuer pro rata temporis (21/2 von 5 Jahren bzw. 30 von 60 Monaten; sog. Sechzigstel-Methode) auf dem Anlagevermögen mit einem Wert von Fr. 1'254'600.-- gemäss Bilanz für das Jahr 2000 (Berechnung: 30/60 von Fr. 1'254'600.-- multipliziert mit dem Steuersatz von 7.6 %). Mit Verfügung vom 9. August 2004 bestätigte sie ihre Nachforderung von Fr. 47'674.-- an Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins ab dem 30. August 2003.
Mit Entscheid vom 3. Januar 2005 hiess die EStV die von X._ dagegen erhobene Einsprache teilweise gut. In die obgenannte Berechnung setzte sie neu ein auf Fr. 1'076'424.-- herabgesetztes Anlagevermögen ein. Dadurch reduzierte sie die nachgeforderte Mehrwertsteuer auf Fr. 40'904.--.
B. Mit Rechtsmittel gegen den Einspracheentscheid beantragte X._, die Steuer auf Fr. 21'760.05 zu kürzen. Das Bundesverwaltungsgericht hiess die Beschwerde am 14. Juli 2008 gut. Dabei kam es zum Schluss, dass die EStV die insgesamt geforderte Steuer von Fr. 40'904.-- mangels gesetzlicher Grundlage zu Unrecht einverlangt habe.
C. Mit Beschwerde vom 10. September 2008 beantragt die EStV dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. Juli 2008 aufzuheben und ihren Einspracheentscheid vom 3. Januar 2005 zu bestätigen.
X._ stellt den Antrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts zu bestätigen. Eventualiter beantragt er für den Fall, dass das Bundesgericht der Argumentation der EStV folge, die mit Beschwerde bei der Vorinstanz geltend gemachten Steuerminderungsgründe zu berücksichtigen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 83 und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die EStV ist zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law> in Verbindung mit Art. 45b Abs. 2 MWSTGV, SR 641.201, und Art. 5 und 17 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 11. Dezember 2000, SR 172.215.1).
2. Im Streit liegen Steuerfragen welche den Zeitraum nach dem 1. Januar 2001 betreffen. Die umstrittenen Nachforderungen sind demnach ausschliesslich nach den ab diesem Zeitpunkt geltenden Bestimmungen des Mehrwertsteuerrechts zu beurteilen (vgl. Art. 93 f. MWSTG, SR 641.20).
3. 3.1 Die EStV rügt eine unzulässige Ausdehnung des Streitgegenstandes durch die Vorinstanz. Der Beschwerdegegner - als Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren - habe eine Kürzung der Mehrwertsteuer von Fr. 40'904.-- auf Fr. 21'760.05 verlangt. Das Bundesverwaltungsgericht sei aber darüber hinausgegangen. Es komme nämlich zum Schluss, dass vom Beschwerdegegner gar keine Mehrwertsteuer mehr nachgefordert werden könne.
Gemäss Art. 37 VGG (SR 173.32) richtet sich das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht nach dem Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG; SR 172.021), soweit das Verwaltungsgerichtsgesetz (VGG) - wie hier - nichts anderes bestimmt. Nach <ref-law> bindet die Begründung der Begehren die Beschwerdeinstanz in keinem Falle. Gemäss <ref-law> kann diese die angefochtene Verfügung zudem zugunsten einer Partei ändern. Damit ist gemeint, dass die Rechtsmittelinstanz grundsätzlich über die Anträge der beschwerdeführenden Partei hinausgehen und in ihrem Interesse mehr zusprechen darf, als diese beantragt hat (sog. reformatio in melius). Die Beschwerdeinstanz muss sich dabei allerdings an den Streitgegenstand halten (vgl. Madeleine Camprubi, in: Christoph Auer et al. [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, N. 4 f. zu Art. 62; Thomas Häberli, in: Bernhard Waldmann/Philippe Weissenberger [Hrsg.], VwVG, 2009, N. 12 ff. zu Art. 62; André Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, N. 3.199, S. 182).
Streitgegenstand war bei der Vorinstanz die mit Einspracheentscheid vom 3. Januar 2005 geforderte Mehrwertsteuer, deren Reduzierung der Steuerpflichtige begehrte. Insoweit durfte das Bundesverwaltungsgericht wegen der von ihm angenommenen Verletzung des Bundesrechts gemäss <ref-law> über den Antrag des Steuerpflichtigen hinausgehen und die gesamte mit Einspracheentscheid verlangte Steuer als unzulässig bezeichnen.
3.2 Die EStV weist darauf hin, dass das Dispositiv des vorinstanzlichen Urteils nicht mit dessen Begründung übereinstimme. Aufgrund der Urteilsbegründung sei zwar davon auszugehen, dass der von der EStV gemäss Einspracheentscheid verlangte Steuerbetrag von Fr. 40'904.-- gänzlich aufgehoben werde. In Ziff. 1 des Urteilsdispositivs vom 14. Juli 2008 heisse es aber bloss, die Beschwerde werde gutgeheissen. Mit einer solchen Gutheissung werde aber wohl nur dem Antrag des Steuerpflichtigen zugestimmt, welcher auf eine Kürzung der geschuldeten Steuer von Fr. 40'904.-- auf Fr. 21'760.05 lautete.
Es fragt sich, ob für die oben dargestellte reformatio in melius das Dispositiv des angefochtenen Urteils nicht anders hätte formuliert werden müssen, etwa indem darin der Einspracheentscheid der EStV ausdrücklich und vollumfänglich aufgehoben oder zumindest auf die Erwägungen verwiesen wird. Wie es sich damit verhält, kann hier offen gelassen werden, da das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts - wie nachfolgend dargelegt wird - ohnehin aufzuheben ist.
4. 4.1 Der Besteuerung im Inland unterliegen grundsätzlich die entgeltlich erbrachten Leistungen von Gegenständen, entgeltlich erbrachte Dienstleistungen, der Eigenverbrauch, sowie der entgeltliche Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland (Steuerobjekt; Art. 5 lit. a - d MWSTG). Wer der Steuerpflicht unterliegt, ergibt sich aus <ref-law>. Zentrales Element der Mehrwertsteuer neben der Steuerbemessungsgrundlage (<ref-law>) und den anwendbaren Steuersätzen (<ref-law>) ist der Vorsteuerabzug (vgl. Art. 1 Abs. 1 und <ref-law>). Mit Letzterem soll eine sog. Schattensteuerbelastung - taxe occulte - vermieden werden (vgl. <ref-ruling> E. 5e S. 202). Will der Steuerpflichtige Vorsteuern abziehen, muss er diese deklarieren und nachweisen (<ref-law>).
4.2 Die Saldosteuersatzmethode, für welche der Beschwerdegegner ab dem 1. Januar 2001 optierte, ist in <ref-law> geregelt. Dabei handelt es sich um eine Steuerabrechnungsmethode, die den administrativen Aufwand des Steuerpflichtigen verringern soll: Durch diese Methode wird für ihn die Ermittlung und Deklaration der Vorsteuern aufgrund der Lieferantenrechnungen entbehrlich; er kann sich mit der Berechnung und Deklaration des Totalumsatzes begnügen. Die nicht in Abzug gebrachten Vorsteuern werden durch besondere, reduzierte Steuersätze abgegolten, während der Steuerpflichtige seinen Kunden die Mehrwertsteuer zu den gesetzlichen Sätzen nach <ref-law> überwälzt (Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Auflage 2003, S. 518 ff., Rz. 1539 ff.; Makedon Jenni, in: mwst.com, 2000, N. 1 und 17 zu <ref-law>; Markus Metzger, Die nicht so bekannten Stolpersteine der Saldosteuersatzmethode, StR 60/2005 S. 593; Wegleitung 2001 zur Mehrwertsteuer der EStV, N. 949).
Bei den Saldosteuersätzen handelt es sich um Branchendurchschnittszahlen, welche die gesamten in den Bezügen enthaltenen Vorsteuern als Pauschale berücksichtigen (vgl. <ref-law>). Die Saldobesteuerung ist für Mehrwertsteuerpflichtige mit geringen Umsätzen (bis zu Fr. 3 Mio.) und einer Steuerzahllast von unter Fr. 60'000.-- möglich (<ref-law>) und kommt demnach für Kleinunternehmungen in Frage. Die Abrechnungsart muss während fünf Jahren beibehalten werden (<ref-law>).
4.3 Bei Beendigung der Steuerpflicht hat der Steuerpflichtige über Gegenstände steuerlich abzurechnen, für welche er den Vorsteuerabzug beanspruchen konnte und die sich noch in seiner Verfügungsmacht befinden (als Eigenverbrauch im Sinne von <ref-law>). Das gilt auch, soweit der steuerpflichtige Lieferungs- oder Dienstleistungsempfänger bei der entgeltlichen oder unentgeltlichen Übertragung eines Gesamt- oder eines Teilvermögens die von ihm übernommenen Gegenstände oder Dienstleistungen nicht für einen zum Vorsteuerabzug berechtigenden Zweck verwendet (vgl. Art. 9 Abs. 3 in Verbindung mit <ref-law>). Die erwähnte Abrechnung kann mit dem Meldeverfahren vermieden werden, wenn das Gesamt- oder Teilvermögen an einen anderen Steuerpflichtigen übertragen wird und dabei gewisse Rahmenbedingungen erfüllt sind (vgl. <ref-law>).
5. Die Vorinstanz kommt zum Schluss, dass kein Anwendungsfall von <ref-law> vorliege, der eine Beibehaltung des Saldosteuersatzes während fünf Jahren verlange. Im Weiteren geht sie davon aus, dass weder ein Eigenverbrauchstatbestand im Sinne von <ref-law> noch ein solcher gemäss <ref-law> gegeben sei. Schliesslich sei die bei der Übertragung des Unternehmens allenfalls geschuldete Steuer durch die Meldung nach <ref-law> erfüllt worden.
Demgegenüber geht die EStV davon aus, dass es sich bei der vorgenommenen Korrektur nicht um einen Tatbestand handelt, der unter das Meldeverfahren falle. Die vorgenommene Steuernachberechnung sei erforderlich, damit eine Gleichstellung mit der effektiven Abrechnungsmethode erreicht werde.
6. 6.1 Mit der fünfjährigen Sperrfrist nach <ref-law> soll sichergestellt werden, dass sich der Steuerpflichtige nicht aus rein steuerplanerischen Gründen (z.B. bei Investitionen) steuerliche Vorteile verschaffen kann (Bericht der Kommission für Wirtschaft und Arbeit des Nationalrats [WAK-N] vom 28. August 1996 zur parlamentarischen Initiative Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer [Dettling], BBl 1996 V 787, zu Art. 55 E-MWSTG; Makedon Jenni, a.a.O., N. 20 zu <ref-law>). Die EStV hat die steuerliche Detailbehandlung der Saldobesteuerung in einer Spezialbroschüre geregelt. Daraus ergibt sich, dass beim Wechsel der Abrechnungsart unter Umständen eine Steuerkorrektur vorzunehmen ist (vgl. Ziff. 8 der ab 1. Januar 2001 gültigen Fassung bzw. Ziff. 4 der ab 1. Juli 2004 und 1. Januar 2008 gültigen Fassungen der Spezialbroschüre der EStV Nr. 03 bzw. 03a Saldosteuersätze, Nr. 610.530.03[a], publ. in: Behnisch/Keller/Veya, Die Eidgenössische Mehrwertsteuer, Loseblattausgabe 2001 ff., Bd. 2, I B b 3 und 3a, und in: Wenk/Flury, MWST 2005, Basel 2005, S. 459 ff., bzw. auf der Internetseite der EStV). Damit soll eine Begünstigung durch Mehrfachabzug der Vorsteuern verhindert werden.
Allerdings ist weder im Gesetz noch in den Verordnungsbestimmungen besonders geregelt, wie es sich verhält, wenn die Steuerpflicht vor Ablauf der fünf Jahre endet und das Gesamt- oder ein Teilvermögen auf eine andere steuerpflichtige Person übertragen und dabei das Meldeverfahren nach <ref-law> angewandt wird. Für diesen Fall sieht die EStV in der erwähnten Spezialbroschüre vor, dass eine Steuerkorrektur grundsätzlich nur dann unterbleibt, wenn der Steuerpflichtige immer bzw. zumindest während der letzten fünf ganzen Kalenderjahre mit Saldosteuersätzen abgerechnet hat (vgl. die erwähnte Spezialbroschüre: Ziff. 8.3 und 8.4.1 mit Hinweis auf Ziff. 8.2.2 in der ab 1. Januar 2001 gültigen Fassung, und Ziff. 4.4 in den ab 1. Juli 2004 und 1. Januar 2008 gültigen Fassungen). Zu klären ist, ob hierfür mit den von der EStV angeführten Gesetzesbestimmungen (Art. 38 in Verbindung mit Art. 59 Abs. 2 bzw. Art. 52 und <ref-law>) eine genügende gesetzliche Grundlage besteht.
6.2 Das in <ref-law> für die öffentlichen Abgaben besonders verankerte Legalitätsprinzip verlangt, dass die wesentlichen Elemente einer Steuer, d.h. der Kreis der Steuerpflichtigen (Steuersubjekt), der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung in den Grundzügen in einem formellen Gesetz zu regeln sind (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 565 mit Hinweisen). Nach Auffassung der Vorinstanz fehlt es an einer gesetzlichen Grundlage, die es bei Übertragung von Gesamt- oder Teilvermögen vor Ablauf der Fünfjahresfrist von <ref-law> erlaubt, den Übertragenden zu besteuern.
6.3 Der Vorsteuerabzug kann geltend gemacht werden, wenn die in <ref-law> genannten Bedingungen eingehalten sind. Als zentrales Element des Mehrwertsteuersystems wird damit bewirkt, dass als Bemessungsgrundlage grundsätzlich nur der Nettoumsatz, d.h. der Umsatz abzüglich der Vorsteuern versteuert werden muss (Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 465, Rz. 1360). Der gesetzliche Normalfall ist dabei die Abrechnung der steuerbaren Umsätze unter Berücksichtigung der zulässigen Vorsteuerabzüge. Diese Lösung ist auch gemäss Botschaft vom 25. Juni 2008 zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer vorgesehen (vgl. BBl 2008 S. 6980 f. zu Art. 37 und 38 E-MWSTG). Als Ausnahme von der effektiven Abrechnung der Vorsteuern hat der Gesetzgeber in <ref-law> die Saldosteuersatzmethode eingeführt. Damit kann im Sinne einer Vereinfachung der Umsatz mit dem Saldosteuersatz multipliziert werden, ohne dass die Vorsteuern separat deklariert werden müssen. Die anwendbaren Saldosteuersätze stellen Pauschalsätze dar, die aufgrund von Erfahrungswerten aus den jeweiligen Branchen bestimmt werden. Deshalb variieren die Saldosteuersätze je nach Branche bzw. Tätigkeit. Da sie auch sämtliche Vorsteuerabzüge abgelten, werden sie zur Kompensation zudem entsprechend reduziert festgesetzt (s. auch E. 4.2 hievor).
Die in <ref-law> vorgesehene Regelung genügt den Anforderungen an das Legalitätsprinzip, zumal dieses für die Bemessungsgrundlage nur die Festlegung der Grundzüge im Gesetz verlangt. Die Ausgestaltung der Besteuerung nach der Saldosteuersatzmethode muss, nachdem es sich um eine Rahmenbestimmung handelt, zwangsläufig der EStV vorbehalten bleiben, welche die Details in Branchen- oder Spezialbroschüren regelt. Diese werden von der EStV gestützt auf <ref-law> erlassen. Die Broschüren haben den Charakter von Verwaltungsverordnungen (vgl. Urteil 2A.321/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.2.1 mit Hinweisen). Die EStV ist zur Vermeidung von übermässigen Umtrieben auch ermächtigt, Erleichterungen zu gewähren bzw. eine annäherungsweise Ermittlung der Steuer zuzulassen (<ref-law>).
6.4 In der erwähnten Spezialbroschüre für Saldosteuersätze hat die EStV die massgebende Verwaltungspraxis dargestellt. Diese erscheint zweckmässig und ist insofern zurückhaltend, als eine nachträgliche Berichtigung der bereits geltend gemachten Vorsteuern nur dann stattfindet, wenn vor Ablauf von fünf Jahren seit dem Wechsel zur Saldosteuersatzmethode
- die Tätigkeit aufgegeben wird, oder eine Löschung wegen Unterschreitens der massgeblichen Umsätze erfolgt (vgl. Spezialbroschüre: Ziff. 8.4.1 und 8.4.2 in der Fassung vom 1. Januar 2001 bzw. Ziff. 4.4.1 und 4.4.2 in den Fassungen vom 1. Juli 2004 und 1. Januar 2008); oder
- ein Teil des Geschäftsvermögens für private oder für von der Steuer ausgenommene Zwecke ausgeschieden wird (vgl. Spezialbroschüre: Ziff. 8.2.2 in der Fassung vom 1. Januar 2001 bzw. Ziff. 4.3.3.2 und 4.3.3.3 in den Fassungen vom 1. Juli 2004 und 1. Januar 2008); oder
- eine im Meldeverfahren abzuwickelnde Vermögensübertragung stattfindet und der übernehmende Steuerpflichtige nach der effektiven Methode abrechnet, es sei denn, der übergebende Steuerpflichtige habe seit Beginn der Steuerpflicht mit der Saldosteuersatzmethode abgerechnet (vgl. Spezialbroschüre: Ziff. 8.3 in der Fassung vom 1. Januar 2001 bzw. Ziff. 4.4.1 in den Fassungen vom 1. Juli 2004 und 1. Januar 2008).
Wesentlich ist dabei, dass der Steuerpflichtige, nachdem er zuerst nach der effektiven Methode abgerechnet hat, beim späteren Wechsel zur Abrechnung nach Saldosteuersätzen Warenlager, Betriebsmittel und Anlagegüter aufgrund des Vorsteuerabzuges vollumfänglich entsteuert übernommen hat. Bei einer Geschäftsaufgabe, dem Ausscheiden von Teilen des Geschäftsvermögens für private oder von der Besteuerung ausgenommene Zwecke, oder bei Vermögensübertragungen im Meldeverfahren würde sich ohne Nachbelastung bei Anwendung des Saldosteuersatzes ein ungerechtfertigter Steuervorteil für den Steuerpflichtigen ergeben. Die EStV weist deshalb zu Recht darauf hin, dass beim Wechsel zur Saldosteuersatzmethode eigentlich eine entsprechende Steuerkorrektur zu erfolgen hätte. Darauf werde aber aus Praktikabilitätsgründen verzichtet. Die EStV geht davon aus, dass sich der entsprechende Vorteil bei gleichbleibender Abrechnungsmethode während fünf Jahren sukzessive minimiert und nach dem Verstreichen dieser Zeit ungefähr ausgeglichen ist. Wird allerdings vor Ablauf der fünf Jahre die Saldobesteuerung aufgegeben, oder werden die genannten Vermögenswerte aus dem Geschäftsbereich entnommen und in einen privaten oder nicht steuerbaren Bereich überführt bzw. an einen Steuerpflichtigen veräussert, der nach der effektiven Methode abrechnet, so ist die Besteuerung nachzuholen. Die Steuer wird in solchen Fällen nach einem vereinfachten Verfahren berechnet, die der allmählichen Reduzierung des erwähnten Vorteils Rechnung tragen soll (sog. Sechzigstel-Methode, s. Berechnung im Sachverhalt, lit. A).
6.5 Der Beschwerdegegner wurde per 1. Mai 1998 ins Register für Steuerpflichtige eingetragen, wechselte mit Wirkung per 1. Januar 2001 zur Abrechnung mit Saldosteuersätzen und übertrug am 1. Mai 2003 sein Geschäftsvermögen im Meldeverfahren auf eine Steuerpflichtige, die nach der effektiven Methode abrechnete. Am 30. Juni 2003 wurde er im Register für Mehrwertsteuerpflichtige gelöscht. Da die Fünfjahresfrist noch nicht abgelaufen war, nahm die EStV aufgrund ihrer Praxis zu Recht eine Steuerkorrektur vor.
7. Zu prüfen bleibt, ob eine Steuerbefreiung - wie von der Vorinstanz angenommen - wegen Übertragung des Vermögens im Meldeverfahren in Betracht kommt. <ref-law> sieht bei der Übertragung von Gesamt- oder Teilvermögen vor, dass die Steuer durch Meldung entrichtet werden kann. Damit das Meldeverfahren zur Anwendung kommt, müssen verschiedene Voraussetzungen kumulativ erfüllt sein (vgl. Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., S. 541, Rz. 1604; Jean-Daniel Rouvinez, in: mwst.com, a.a.O., N. 5 ff. zu <ref-law>, S. 778 ff.).
Im vorliegenden Falle ist unbestritten, dass der Beschwerdegegner eine Vermögensübertragung im Sinne von <ref-law> vorgenommen und die damit verbundene Steuerpflicht durch Meldung erfüllt hat. Die Vorinstanz verkennt aber, dass es sich bei der von der EStV aufgrund ihrer rechtmässigen Praxis vorgenommenen Steuerberechnung um eine Berichtigung wegen zu viel geltend gemachter Vorsteuern handelt und damit lediglich eine mehrfache Beanspruchung des Vorsteuerabzuges verhindert wird. Diese Korrektur findet unabhängig von der Anwendung des Meldeverfahrens statt. Nach dem Dargelegten (E. 6 hievor) erweist sie sich als steuersystematisch begründet. Das Meldeverfahren steht in keinem direkten Zusammenhang mit der Besteuerung wegen vorzeitiger Beendigung der Saldobesteuerung innerhalb der fünfjährigen Sperrfrist des <ref-law>.
8. 8.1 Demnach ist die Beschwerde vollumfänglich gutzuheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. Juli 2008 aufzuheben.
Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz oder an die EStV zurück (vgl. <ref-law>). Im vorliegenden Falle rechtfertigt sich eine Rückweisung an die Vorinstanz, weil diese über den eigentlichen Antrag des Steuerpflichtigen, die Steuer von Fr. 40'904.-- auf Fr. 21'760.05 zu reduzieren, noch nicht entschieden und hierzu auch keine Sachverhaltsfeststellungen getroffen hat.
8.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der unterliegende Beschwerdegegner die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (vgl. <ref-law>). Zur Neubestimmung der Kosten und Entschädigungsfolgen des Verfahrens beim Bundesverwaltungsgericht wird die Sache zusammen mit der Rückweisung zur Neubeurteilung an die Vorinstanz überwiesen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. Juli 2008 aufgehoben.
2. Die Angelegenheit wird zu neuem Entscheid an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Merz