Faits:
A. B._ a travaillé comme nettoyeuse au service de X._ SA depuis 1997, à raison de 18 heures par semaine. Le 19 février 2002, victime d'un accident de la circulation en tant que passagère, elle a subi un choc à la tête et au genou gauche. Elle n'a repris son activité professionnelle qu'à raison de neuf heures par semaine à compter du 2 mai 2002. Le cas a été pris en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Celle-ci a mis fin à ses prestations à compter du 1er septembre 2002; au-delà de cette date, elle ne reconnaissait une responsabilité que pour d'éventuels soins nécessités par l'atteinte au genou gauche.
Le 12 septembre 2003, B._ a présenté une demande de prestations auprès de l'Office AI du canton de Fribourg. Après avoir procédé à une enquête économique sur le ménage et pris connaissance de l'expertise du 26 juin 2003 du docteur S._, spécialiste en rhumatologie et médecine interne, ainsi que de celle du 10 novembre 2003 du docteur M._, psychiatre et psychothérapeute (mandatés par l'assurance pour la perte de gain maladie de l'employeur de B._), l'office AI a nié le droit de la prénommée à des prestations (décision du 12 mars 2004). Sous l'angle somatique, il a fait siennes les conclusions du docteur S._. Il a ainsi retenu que l'assurée présentait des cervicalgies chroniques communes (status après accident de la circulation avec vraisemblable entorse cervicale; protrusion discale C5-C6 banale; spondylarthrose discrète C5-C6), des gonalgies gauches post-traumatiques anamnestiques (syndrome fémoro-patellaire modéré à gauche) et un syndrome somatoforme douloureux persistant (à l'exclusion d'une fibromyalgie). D'un point de vue ostéo-articulaire, ces affections n'empêchaient pas l'intéressée d'exercer son ancienne occupation de nettoyeuse à raison d'environ vingt heures par semaine ou une activité adaptée à plein temps. Quant aux limitations de la mobilité du rachis cervical révélées par l'examen clinique, elles étaient difficilement interprétables eu égard à l'attitude de résistance manifestée par l'assurée, laquelle présentait en outre des signes comportementaux clairs décrits par la littérature médicale consacrée aux signes de non-organicité dans la région cervicale. Enfin, il y avait discordance entre les constatations cliniques objectives concernant le genou gauche et les doléances de l'assurée. Sous l'angle psychique, l'office AI s'est fondé sur les conclusions du docteur M._ lequel a retenu le (seul) diagnostic de dysthymie, sans répercussion sur l'exercice d'une activité lucrative. Par ailleurs, l'Office AI a considéré que si l'assurée n'avait pas été atteinte dans sa santé, elle aurait exercé une activité lucrative à mi-temps et se serait occupée de son ménage pour le surplus. Par comparaison des revenus et au vu des résultats de l'enquête sur le ménage, l'Office AI a évalué le degré d'invalidité de B._ à 6.55%, taux insuffisant pour ouvrir le droit à des prestations.
Saisie d'une opposition contre sa décision du 12 mars 2004, l'administration a confirmé son point de vue par une nouvelle décision du 20 avril 2005.
B. B._ a déféré la décision sur opposition de l'Office AI à la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif du canton de Fribourg qui l'a déboutée par jugement du 31 janvier 2007.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, au renvoi de la cause à l'administration pour nouvelle instruction.
L'Office AI propose le rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 sv. LTF. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>) et peut rectifier ou compléter d'office les constatations de celle-ci si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
1.2 Au regard de la réglementation sur le pouvoir d'examen prévue par la LTF, il convient d'apprécier, sur la base des griefs soulevés dans le recours formé devant le Tribunal fédéral, si le jugement entrepris viole (notamment) le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (<ref-law>), y compris une éventuelle constatation des faits contraire au droit (art. 97 al. 1, <ref-law>). En revanche, sous l'empire de la LTF, il n'y a en principe pas lieu de procéder à un libre examen du jugement attaqué sous l'angle des faits, sauf si le recours est dirigé contre une décision concernant l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents et de l'assurance militaire (<ref-law>). De même, n'y a-t-il pas à vérifier l'exercice par la juridiction cantonale de son pouvoir d'appréciation sous l'angle de l'opportunité (selon les principes développés dans l'<ref-ruling> consid. 6 p. 81 en relation avec la version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006 de l'art. 132 de la loi fédérale d'organisation judiciaire [OJ], abrogée depuis).
1.3 Le présent litige porte sur des prestations de l'assurance-invalidité, de sorte que le Tribunal fédéral ne dispose que d'un pouvoir d'examen restreint au sens rappelé ci-dessus.
2. Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales et la jurisprudence relatives à la définition de l'invalidité (art. 8 al. 1 et 3 LPGA, 4 al. 1 LAI), à l'échelonnement des rentes (<ref-law>), à la méthode permettant d'évaluer le taux d'invalidité des assurés qui exercent une activité lucrative à temps partiel et travaillent dans le ménage pour le reste (<ref-law>, 27 et 27bis RAI) ainsi qu'à la valeur probante des rapports médicaux. Il suffit donc d'y renvoyer.
3. La recourante reproche aux premiers juges d'avoir statué sur son cas en se fondant principalement sur les rapports des docteurs S._ et M._ dont elle conteste la valeur probante, et non pas sur l'avis d'autres médecins.
Elle invoque plusieurs rapports émanant de ses médecins traitants qui ont exprimé leur avis sur la mesure de son incapacité de travail.
Dès lors qu'elle se contente de critiquer le contenu des rapports d'expertise et de faire implicitement grief à la juridiction cantonale d'avoir apprécié les faits de manière manifestement inexacte, il s'agit d'une question factuelle portant sur le contenu des rapports médicaux, en particulier sur l'appréciation des taux d'incapacité de travail déduits des observations concrètes de chaque praticien. Le raisonnement de l'intéressée ne suffit toutefois pas à remettre en question la constatation des faits par la juridiction cantonale au vu de la divergence consacrée par la jurisprudence entre un mandat de soins et un mandat d'expertise (cf. arrêt I 701/05 du 5 janvier 2007, consid. 2 et les nombreux arrêts cités, dont en particulier l'<ref-ruling> consid. 4 p. 175). Ainsi, on ne saurait remettre en cause une expertise ordonnée par l'administration ou le juge et procéder à de nouvelles investigations du seul fait qu'un ou plusieurs médecins traitants ont une opinion contradictoire. Il n'en va différemment que si ces médecins traitants font état d'éléments objectifs ayant été ignorés dans le cadre de l'expertise et qui sont suffisamment pertinents pour remettre en cause les conclusions de l'expertise. Cette hypothèse n'est toutefois pas donnée dans le cas d'espèce. C'est dès lors à juste titre que les premiers juges se sont fondés, sans violer le droit fédéral, sur les conclusions des docteurs S._ et M._.
Pour le surplus, la recourante n'a, à aucun stade de la procédure, contesté les résultats de l'enquête sur le ménage effectuée par l'administration.
Le recours est donc mal fondé.
4. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif du canton de Fribourg et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Ursprung Berset