Sachverhalt:
A. Mit Verfügungen vom 23. November 2006 und 25. Januar 2007 sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen dem 1949 geborenen D._ bei einem Invaliditätsgrad von 40 % ab 1. Februar 2002 bis 31. Dezember 2003 eine halbe Härtefallrente und ab 1. Januar 2004 eine Viertelsrente zu.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen bei einem auf 46 % bemessenen Invaliditätsgrad mit Entscheid vom 22. April 2008 ab.
C. D._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erheben und beantragt Zusprechung einer halben Rente ab 1. Februar 2002.
Vorinstanz und Verwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N 24 zu Art. 97).
2. Zu beurteilen ist der Anspruch auf eine halbe Invalidenrente, wobei unbestritten ist, dass in einer angepassten Tätigkeit eine Arbeitsfähigkeit von 60 % besteht. Vorinstanz und Beschwerdeführer stimmen ferner darin überein, dass das Invalideneinkommen auf der Grundlage der Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) festzusetzen ist.
3. Hingegen wird bezüglich des Valideneinkommens gerügt, die Vorinstanz sei von den Lohnangaben der letzten Arbeitgeberin für das Jahr 2002 ausgegangen, statt auf das zwei Jahre vorher - vor Eintritt der Arbeitsunfähigkeit - erzielte Einkommen abzustellen und es auf das Jahr 2002 aufzurechen. Dieses Vorgehen ist indes nicht zu beanstanden; denn für die Ermittlung des Valideneinkommens sind konkrete Lohnauskünfte des bisherigen oder früheren Arbeitgebers beweistauglich, wenn angenommen werden kann, dass die versicherte Person, wäre sie nicht invalid geworden, mit überwiegender Wahrscheinlichkeit weiterhin dort tätig wäre (RKUV 2005 Nr. U 538 S. 112 [U 66/02 vom 2. November 2004, E. 4.1.1]). Davon kann hier ausgegangen werden, arbeitete der Beschwerdeführer doch seit 1982 in der genannten Firma. Das Valideneinkommen ist folglich mit der Vorinstanz auf Fr. 57'070.- (13 mal Fr. 4390.-) zu veranschlagen.
4. Zum anderen wird die Höhe des Abzugs vom Tabellenlohn beanstandet. Es wird gerügt, mit dem vorinstanzlich gewährten "Teilzeitabzug" von 10 % werde den nach der Rechtsprechung zu berücksichtigenden Einschränkungen (<ref-ruling> E. 5b/aa-cc S. 79 f.) ungenügend Rechnung getragen.
4.1 Die Festlegung der Höhe des Abzuges vom hypothetischen Invalidenlohn beschlägt eine typische Ermessensfrage und ist als Schätzungsfrage im Lichte der Art. 95 Abs. 1 und <ref-law> letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich, wo das kantonale Gericht das Rechtsermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 und 3.3 S. 396 und 399). Ermessensmissbrauch im Besonderen ist gegeben, wenn die Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür und von rechtsungleicher Behandlung, das Gebot von Treu und Glauben sowie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 615 und 123 V 150 E. 2 S. 152, je mit Hinweisen).
4.2 Bei der Bestimmung der Höhe des Abzugs vom Tabellenlohn sodann ist nicht in der Weise vorzugehen, dass für jedes in Betracht fallende Merkmal separat eine Reduktion vorgenommen wird, weil damit Wechselwirkungen ausgeblendet würden. Vielmehr ist der Einfluss aller Merkmale auf das Invalideneinkommen (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad) unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen. Dabei ist der Abzug auf insgesamt höchstens 25 % zu begrenzen (126 V 75 E. 5b/aa-cc S. 79 f.).
4.3 Die Vorinstanz hat anhand der LSE 2002 (Tabelle T8*) mit Recht festgestellt, dass der Beschwerdeführer bei einem Beschäftigungsgrad von 60 % im Jahr 2002 im Vergleich zu einer 100-prozentigen Tätigkeit statistisch einen Lohnnachteil von 10 % hätte in Kauf nehmen müssen. Zu der Forderung des Beschwerdeführers, es rechtfertige sich ein höherer Abzug, da zusätzliche Nachteile bestünden, hat sie erwogen, der Wechsel von einer körperlich schwereren in eine leichte Tätigkeit habe keinen Lohnnachteil zur Folge; denn es gebe keinen Hinweis darauf, dass körperlich leichte Tätigkeiten durchschnittlich schlechter entlöhnt würden als körperlich schwere Tätigkeiten. Jene leichten Hilfsarbeiten, die hohe Anforderungen an die Aufmerksamkeit, die Zuverlässigkeit und die Konstanz stellten, würden wohl sogar höher entlöhnt als Hilfsarbeiten, die körperliche Schwerarbeiten beinhalten.
4.4 Nach der allgemeinen Lebenserfahrung weckt eine solche Aussage Bedenken. Wie der Beschwerdeführer an sich mit Recht einwendet, trifft dies allenfalls für gesunde Personen zu, aber nicht für Teilarbeitsfähige mit krankheitsbedingt eingeschränkten körperlichen und geistigen Fertigkeiten. Insgesamt betrachtet ist es jedoch nicht ermessensmissbräuchlich, geschweige denn willkürlich, dem im Zeitpunkt des Verfügungserlasses über 57-jährigen Beschwerdeführer keinen höheren als den 10-prozentigen Abzug zu gewähren.
5. 5.1 Nach der im Rahmen der 4. IVG-Revision statuierten Übergangsregelung in lit. d Abs. 2 der Schlussbestimmungen zur Änderung des IVG vom 21. März 2003 wird, was die Vorinstanz übersehen hat und im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen (<ref-law>) zu korrigieren ist, der rentenberechtigten Person, die im Monat vor dem Inkrafttreten der Gesetzesänderung (am 1. Januar 2004) keinen Anspruch auf eine jährliche Ergänzungsleistung hat, die halbe Rente der Invalidenversicherung weiterhin ausgerichtet, solange sich ihr Wohnsitz und der gewöhnliche Aufenthalt in der Schweiz befinden (Bst. a), der Invaliditätsgrad mindestens 40 %, aber weniger als 50 % beträgt (Bst. b), die wirtschaftliche Voraussetzung des Härtefalles nach bisherigem Recht erfüllt ist (Bst. c) und die Viertelsrente und die jährliche Ergänzungsleistung zusammen niedriger als die halbe Rente sind (Bst. d).
5.2 In der Botschaft über die 4. IV-Revision vom 21. Februar 2001 (BBl 2001 S. 3205 ff.) führte der Bundesrat unter dem Titel "Übergangsbestimmungen zur Änderung des IVG; c. Besitzstandswahrung bei der Aufhebung der Härtefallrenten" zu der später im gleichen Wortlaut in die Schlussbestimmungen zur Änderung des IVG vom 21. März 2003 übernommenen Regelung (BBl 2001 S. 3297 f.) aus:
"Um finanzielle Verschlechterungen bei laufenden, d.h. nach altem Recht zugesprochenen, Härtefallrenten zu vermeiden, braucht es die Übergangsbestimmung.
Bei Personen, welche bereits Ergänzungsleistungen beziehen, führt die kleinere Rente (Viertelsrente) zu einer höheren Ergänzungsleistung. Die Ergänzungsleistungen decken bekanntlich den Ausgabenüberschuss (Ausgaben minus Einnahmen). Die Verminderung auf der Einnahmenseite führt zu einer entsprechenden Erhöhung des Ausgabenüberschusses.
Absatz 2 regelt die Situation von rentenberechtigten Personen, welche vor Inkrafttreten der Gesetzesänderung - sei es auf Grund der unterschiedlichen Berechnungsvorschriften, sei es wegen Nichterfüllung der Karenzfrist - keinen Anspruch auf eine jährliche Ergänzungsleistung haben. Bei diesen Personen wird der Einnahmenrückgang (Viertelsrente an Stelle der halben Rente) nicht durch eine im gleichen Umfang höhere Ergänzungsleistung ausgeglichen. In diesen Fällen wird daher eine Vergleichsrechnung gemacht und bei einer finanziellen Verschlechterung ein Besitzstand (d.h. die halbe Härtefallrente) gewährt. Wichtig für die Anwendung von Absatz 2 ist der fehlende Anspruch auf eine jährliche Ergänzungsleistung und nicht etwa der fehlende Bezug. Dies ist nötig, damit auch bei rückwirkend zugesprochenen IV-Renten der Besitzstand gewährt werden kann (Hervorhebung nicht im Original).
Der Besitzstand wird solange gewährt, als vier Voraussetzungen erfüllt sind:
Bereits heute gibt es eine Härtefallrente nur, solange der Wohnsitz und gewöhnliche Aufenthalt in der Schweiz gegeben ist. Diese Voraussetzung muss weiterhin erfüllt sein (Bst. a).
Bei einem Invaliditätsgrad von 50 Prozent und mehr besteht Anspruch auf eine halbe IV-Rente. Eine Besitzstandsgarantie für die Härtefallrente (halbe Rente an Stelle der Viertelsrente) ist in diesen Fällen nicht mehr nötig. Sobald der Invaliditätsgrad tiefer als 40 Prozent fällt, hört der Besitzstand auf. Im geltenden Recht würde in einem solchen Fall auch keine Härtefallrente mehr gewährt werden. Der Besitzstand soll nicht zu einer Ausdehnung gegenüber heute führen (Bst. b).
Beim Härtefall handelt es sich um einen wirtschaftlichen Härtefall. Solange die wirtschaftliche Voraussetzung nach bisherigem Recht gegeben ist, wird der Besitzstand gewährt. Die Berechnungsvorschriften für die Ergänzungsleistungen und den Härtefall sind nicht völlig identisch. Daher können nicht einfach die Regeln der Ergänzungsleistungen angewendet werden (Bst. c).
Sobald die Viertelsrente und die jährliche Ergänzungsleistung, welche monatlich ausgerichtet wird, zusammen höher sind als die halbe Rente, braucht es den Besitzstand nicht mehr. Die Vergütung von Krankheits- und Behinderungskosten nach Artikel 3 Absatz 1 Buchstabe b ELG (SR 831.30) wird dabei nicht berücksichtigt, weil es sich hierbei um einmalige Leistungen handelt (Bst. d)."
5.3 Die Rentenverfügungen und der kantonale Entscheid enthalten in dispositiv- und begründungsmässiger Hinsicht keinerlei Ausführungen über die Frage der Härtefallrente und insbesondere zu den Voraussetzungen für die Weiterausrichtung. Die dem Beschwerdeführer bis Ende 2003 bei einem Invaliditätsgrad von 40 % (Vorinstanz 46 %) zugesprochene halbe Rente in Form einer altrechtlichen Härtefallrente ist auf den 1. Januar 2004 - bei offenbar unveränderten Anspruchsvoraussetzungen - durch eine Viertelsrente abgelöst worden, ohne dass sich in den angefochtenen Entscheiden dazu Ausführungen finden. Aus den Akten ergeben sich keinerlei Indizien, dass der Beschwerdeführer im Dezember 2003 eine Ergänzungsleistung beanspruchte. Sein Wohnsitz befand sich am 1. Januar 2004 unverändert in der Schweiz und der Invaliditätsgrad betrug 40 % (oder 46 %). Unbestritten ist endlich, dass die Voraussetzungen zur Gewährung einer Härtefallrente nach früherem Recht bis Ende 2003 erfüllt waren, ansonsten diese nicht rückwirkend zugesprochen worden wäre. Nicht aktenkundig und durch die Beschwerdegegnerin abzuklären bleibt, ob diese Voraussetzungen weiterhin erfüllt sind. Unklar bleibt sodann die letzte Voraussetzung gemäss zitierter Schlussbestimmung lit. d Abs. 2 Bst. d. Die Beschwerdegegnerin wird abzuklären haben, ob die Viertelsrente und die jährliche Ergänzungsleistung zusammen niedriger als die halbe Rente sind. Je nach Ergebnis wird über den Anspruch auf eine halbe oder Viertelsinvalidenrente ab dem 1. Januar 2004 neu zu verfügen sein.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>), die zudem dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung auszurichten hat (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 22. April 2008 und die Verfügungen der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 23. November 2006 und 25. Januar 2007 werden aufgehoben, soweit sie den Anspruch auf Invalidenrente ab dem 1. Januar 2004 betreffen. Die Sache wird an die IV-Stelle des Kantons St. Gallen zurückgewiesen, damit sie nach ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen über diesen Anspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, der Ausgleichskasse des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. November 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz