Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte H.G._ am 20. Mai 2008 wegen Vernachlässigung von Unterstützungspflichten zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 200.-- und einer Busse von Fr. 1'000.--. Gleichzeitig verpflichtete es ihn, E.G._, M.G._ und R.G._ unter dem Titel Schadenszins Fr. 16'772.-- an Schadenersatz zu zahlen. Für den Mehrbetrag verwies es die Forderung auf den Zivilweg.
Auf Berufung von H.G._ hob das Obergericht des Kantons Zürich am 30. März 2009 das Urteil des Bezirksgerichts auf und stellte fest, dass der (gleichlautende) Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl vom 3. September 2007 im Schuld- und Strafpunkt rechtskräftig sei. Die Schadenszinsforderung von E.G._, M.G._ und R.G._ wies es ab und verwies die Schadenersatzforderung in den übrigen Punkten auf den Zivilweg.
B. E.G._, M.G._ und R.G._ führen Beschwerde und beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell sei H.G._ zu verpflichten, ihnen Fr. 16'772.-- an Schadenszins zu zahlen, und entsprechend dem Ausgang des Verfahrens seien die kantonalen Kosten- und Entschädigungsfolgen zu bestimmen.
Das Obergericht, die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und der Beschwerdegegner haben auf eine Vernehmlassung verzichtet (act. 12 - 14).

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführer bringen vor, der Beschwerdegegner habe vor Vorinstanz lediglich den Schadenersatzanspruch angefochten, weshalb nach den Bestimmungen der Beschwerde in Zivilsachen zu verfahren sei. Der Streitwert von Fr. 30'000.-- werde zwar nicht erreicht. Die Beschwerde sei aber dennoch zu behandeln, weil eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung zu entscheiden sei. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde rügen die Beschwerdeführer zudem, die Vorinstanz habe die Dispositionsmaxime verletzt.
1.2 Nach der Rechtsprechung steht die Beschwerde in Strafsachen der Zivilpartei nur zur Verfügung, wenn die obere kantonale Instanz (Art. 80 Abs. 1 BGG) sowohl den Strafpunkt wie den Zivilpunkt zu beurteilen hatte. Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig, wenn die obere kantonale Instanz (Art. 75 Abs. 2 BGG) im Strafverfahren nur noch über den Zivilpunkt urteilen musste (<ref-ruling> E. 2.1 S. 704).
Die Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich nur zulässig, wenn der Streitwert von Fr. 30'000.-- erreicht ist (Art. 74 BGG), während die Beschwerde in Strafsachen keinen Streitwert voraussetzt. Einer Zivilpartei steht damit die ordentliche Beschwerde (in Strafsachen) unabhängig von der Höhe ihrer Forderung offen, wenn im Strafverfahren vor der oberen kantonalen Instanz auch der Strafpunkt noch umstritten ist. Sie kann sämtliche zulässigen Rügen im Sinne von Art. 95 und 96 BGG erheben (<ref-ruling> E. 2.1 S. 703).
1.3 Im vorinstanzlichen Verfahren hatte der Beschwerdegegner beanstandet, dass das Bezirksgericht im Schuld- und Strafpunkt überhaupt noch ein Urteil erlassen habe. Die Vorinstanz kam in dieser Frage zum Schluss, dass das Bezirksgericht aus prozessualen Gründen nicht über den Schuld- und Strafpunkt hätte entscheiden dürfen, hob das Urteil diesbezüglich auf und stellte fest, dass der Strafbefehl im Schuld- und Strafpunkt in Rechtskraft erwachsen sei.
Vorinstanzlich war somit nicht der Strafpunkt selbst (im Sinne einer materiellrechtlichen Beurteilung), sondern eine verfahrensrechtliche Frage im Zusammenhang mit dem Strafpunkt streitig, deren Beantwortung jedoch zu einer Änderung des erstinstanzlichen Urteils im Strafpunkt führte. Damit beurteilte die Vorinstanz sowohl den Straf- als auch den Zivilpunkt. Folglich ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig.
2. Die Vorinstanz verweist auf die zutreffenden Ausführungen des Bezirksgerichts zum Verzugs- bzw. Schadenszins. Nicht berücksichtigt habe es jedoch, dass die beiden Zinsarten nicht kumulativ gefordert werden könnten (ROLF WEBER, Berner Kommentar, N. 11 zu Art. 104 OR). Wenn ein Schuldner mit der Zahlung von Zinsen oder mit der Entrichtung von Renten oder mit der Zahlung einer geschenkten Summe im Verzug sei, könne Verzugszins erst vom Tage der Anhebung der Betreibung oder der gerichtlichen Klage an gefordert werden. Bei familienrechtlichen Unterhaltsverpflichtungen handle es sich um Renten im Sinne von Art. 105 Abs. 1 OR (ROLF WEBER, a.a.O., N. 17 zu Art. 105 und N. 45 zu Art. 104 OR, 3. Beispiel der Kasuistik). Folglich sei die Schadenszinsforderung abzuweisen (angefochtener Entscheid S. 16 f. lit. b).
2.1 Zum Schaden gehört nach konstanter Rechtsprechung der Zins vom Zeitpunkt an, in dem das schädigende Ereignis sich finanziell ausgewirkt hat. Er läuft bis zum Tag der Zahlung des Schadenersatzes. Dieser Schadenszins bezweckt, den Anspruchsberechtigten so zu stellen, wie wenn er für seine Forderung am Tag der unerlaubten Handlung bzw. für deren wirtschaftliche Auswirkungen mit deren Entstehung befriedigt worden wäre. Er setzt im Gegensatz zum Verzugszins weder eine Mahnung des Gläubigers noch den Verzug des Schuldners voraus, erfüllt jedoch denselben Zweck. Er soll den Nachteil ausgleichen, der dadurch entsteht, dass ein Kapital nicht genutzt werden kann (<ref-ruling> E. 9.1 S. 22 mit Hinweisen).
Der gerichtlich bestimmte Termin für die Zahlung von Unterhaltsbeiträgen ist ein Verfalltag (GAUCH/SCHLUEP/SCHMID/REY, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Bd II, 8. Aufl. 2003, S. 157 Rz. 2976 mit Hinweis). Dies hat zur Folge, dass es weder einer Mahnung noch des Ablaufs einer angemessenen Reaktionszeit bedarf und der Verzug nach Ablauf des (gerichtlich) bestimmten Verfalltags eintritt (DIESELBEN, a.a.O., S. 155 Rz. 2963).
Der gerichtlich bestimmte Termin für die Zahlung von Unterhaltsbeiträgen ist ein Verfalltag (GAUCH/SCHLUEP/SCHMID/REY, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Bd II, 8. Aufl. 2003, S. 157 Rz. 2976 mit Hinweis). Dies hat zur Folge, dass es weder einer Mahnung noch des Ablaufs einer angemessenen Reaktionszeit bedarf und der Verzug nach Ablauf des (gerichtlich) bestimmten Verfalltags eintritt (DIESELBEN, a.a.O., S. 155 Rz. 2963).
2.2 Im vorliegenden Fall kann offen bleiben, ob der Zins von 5 % gestützt auf Art. 41 ff. OR oder Art. 97 ff. OR geschuldet ist. Im ersten Fall ist der Zins ab Eintritt des Schadens geschuldet (d.h., wenn die Zahlung hätte erfolgen sollen), im zweiten üblicherweise erst, wenn der Schuldner in Verzug gesetzt wird (Art. 102 Abs. 1 OR).
Im Familienrecht sind die allgemeinen Bestimmungen des Obligationenrechts sinngemäss anwendbar, soweit nicht familienrechtliche Vorschriften ein Abweichen erheischen (HAUSHEER/SPYCHER, Unterhalt nach neuem Scheidungsrecht, Ergänzungsband zum Handbuch des Unterhaltsrechts, Bern 2001, S. 31 ff. Rz. 05.14 - 05.22). Im Familienrecht finden sich keine besonderen Vorschriften über die Zu-spät-Erfüllung von Unterhaltsbeiträgen an den geschiedenen Ehegatten. Der Unterhaltsbeitrag an ein Kind ist im Voraus auf die Termine zu entrichten, die im Urteil festgesetzt sind (Art. 285 Abs. 3 ZGB). Dieser Zeitpunkt bestimmt gleichzeitig die Entstehung und die Fälligkeit der einzelnen Beitragsforderung (CYRIL HEGNAUER, Grundriss des Kindesrechts, 5. Aufl. 1999, S. 170 Rz. 23.03). Da aber der Scheidungsrichter für die Zahlung der einzelnen Unterhaltsbeiträge an die Beschwerdeführer eindeutige Termine bestimmt hat, ist der Beschwerdegegner seit deren Ablauf für die jeweilige Zahlung in Verzug (Art. 102 Abs. 2 OR; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID/REY, a.a.O.). Folglich muss er auch für den geltend gemachten Verspätungsschaden von 5 % aufkommen. Für weiter gehende Forderungen wegen verspäteter Leistung sind die Beschwerdeführer auf den Zivilweg zu verweisen.
2.3 Die Vorinstanz verkennt die Tragweite von Art. 105 OR, wenn sie Unterhaltsbeiträge gleich behandelt wie die dort aufgeführten Zinsen, Renten und Schenkungen. Renten sind nämlich nur diejenigen Beträge, welche an die Stelle des Kapitals treten, nicht allgemein periodische Leistungen (WEBER, a.a.O., N. 16 zu Art. 105 OR). Familienrechtliche Unterhaltsbeiträge werden aber in der Regel aus dem Arbeitseinkommen des Pflichtigen bezahlt und nur ausnahmsweise als Kapitalzinsen. Sie zählen somit zu den allgemein periodischen Leistungen (so auch WEBER, a.a.O., N. 12 zu Art. 89 OR).
Die Vorinstanz beruft sich auf WEBER, wonach auch für gerichtlich festgelegte Unterhaltsrenten erst mit der Betreibung Verzugszins geschuldet ist (a.a.O., N. 17 am Ende zu Art. 105 OR). Wie dargelegt (E. 2.1 und 2.2), ist diese Auffassung nicht haltbar, weil der Schuldner von Unterhaltsbeiträgen bereits mit Ablauf des gerichtlich bestimmten Termins für die Zahlung in Verzug gerät.
Die allgemein zutreffende Erwägung der Vorinstanz, dass Schadenszins und Verzugszins nicht kumulativ gefordert werden können, geht im vorliegenden Fall an der Sache vorbei. Denn für den fraglichen Zeitraum (Oktober 2000 bis September 2004) haben die Beschwerdeführer weder Schadens- noch Verzugszins erhalten.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Da die Schadenersatzforderung über Fr. 16'772.-- ausgewiesen ist (Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 20. Mai 2008, E. 3.4 - 3.6), ist der Betrag den Beschwerdeführern zuzusprechen. Im Übrigen ist die Sache zur Neubeurteilung der kantonalen Verfahrenskosten an die Vorinstanz zurückzuweisen. Da der Beschwerdegegner keine Anträge gestellt hat, sind keine Kosten zu erheben. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer angemessen zu entschädigen (Art. 66 Abs. 3 und Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 30. März 2009 aufgehoben. Der Beschwerdegegner wird verpflichtet, den Beschwerdeführern Fr. 16'772.-- Schadenersatz zu zahlen. Im Mehrbetrag wird die Schadenersatzforderung auf den Zivilweg verwiesen. Im Übrigen wird die Sache zur Neufestlegung der kantonalen Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Dezember 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner