Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 19. April 2008 ereignete sich auf der Forchstrasse in Zürich eine Kollision zwischen einem von X._ gelenkten Fahrrad und einem Tram. Die Strasse wird an der fraglichen Stelle vierspurig geführt. Die inneren beiden und durch eine Leitlinie getrennten Spuren sind Tram und Bus vorbehalten. X._ fuhr zwischen den beiden Tramgeleisen, indessen links von der Leitlinie stadtauswärts. Von hinten näherte sich auf der rechten Tramspur und ebenfalls stadtauswärts fahrend der Tramzug. X._ fuhr eher unsicher, nicht in einer geraden Linie und deshalb nicht in einer Art und Weise, die ohne Weiteres erwarten liess, dass er seine Fahrt mit einem genügenden Abstand zwischen sich und dem Tram fortsetzen werde. Aus diesem Grund betätigte der Lenker des Tramzuges die Rasselglocke, um X._ auf das sich von hinten nähernde Tram aufmerksam zu machen. X._ meinte, nach rechts ausweichen zu müssen. Er machte einen Schwenker nach rechts, wurde vom Tramzug erfasst, kam zu Fall und zog sich eine Fraktur des rechten Schlüsselbeins zu.
Die gegen den Lenker des Tramzuges angehobene Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Körperverletzung wurde durch die Staatsanwaltschaft Zürich Limmat mit Verfügung vom 20. Juli 2008 eingestellt. Die Akten wurden an den Stadtrichter von Zürich überwiesen, damit er eine allfällige Übertretung der Verkehrsvorschriften prüfe.
Gegen die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft rekurrierte X._. Das Obergericht des Kantons Zürich wies den Rekurs mit Beschluss vom 18. November 2008 ab.
X._ wendet sich mit Beschwerde ans Bundesgericht und beantragt sinngemäss, der Lenker des Tramzuges sei wegen fahrlässiger Körperverletzung zu verurteilen.
2. Es kann davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG und damit zur vorliegenden Beschwerde legitimiert ist.
3. Soweit der Beschwerdeführer sich mit dem Sachverhalt befasst, ist darauf nicht einzutreten, weil er nicht in einer Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law> genügenden Weise darlegt, dass und inwieweit die Vorinstanz den Sachverhalt offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> bzw. willkürlich im Sinne von <ref-law> festgestellt hätte. So weist er insbesondere auf "die Falschaussage in den Akten" hin. Aus seinen Ausführungen ergibt sich indessen nicht, dass die Vorinstanz nicht hätte auf die Aussagen des Beschwerdegegners und diejenigen eines Fahrgastes im fraglichen Tramzug abstellen dürfen.
Wenn man vom Sachverhalt ausgeht, den die Vorinstanz festgestellt hat, ist die angefochtene Einstellung des Verfahrens wegen fahrlässiger Körperverletzung bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Der Beschwerdegegner musste nicht damit rechnen, dass der Beschwerdeführer auf die Rasselglocke falsch reagierte und offensichtlich zu Unrecht glaubte, er müsse nach rechts ausweichen. Dabei kann offenbleiben, ob die teilweise nur schwer verständliche Beschwerde in Bezug auf die Rechtsfragen überhaupt den Begründungsanforderungen genügt. Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung auszurichten, weil er vor Bundesgericht keine Umtriebe hatte.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn