Sachverhalt:
A. Der 1977 geborene F._ war ab Mai 2000 als Chauffeur bei der Firma A._ GmbH tätig und damit bei den Winterthur Versicherungen (heute AXA Versicherungen AG [AXA]) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 6. November 2000 wurde er Opfer eines Verkehrsunfalles. Er kollidierte mit dem von ihm gelenkten Personenwagen frontal mit einem vortrittbelasteten Lieferwagen. Im Spital Z._ diagnostizierte man eine Absplitterungsfraktur dorsal links des Rippenkomplexes (Rippe 2 und 3) und eine Commotio cerebri. Der Patient sei leicht verwirrt und habe nur ein lückenhaftes Erinnerungsvermögen an den Unfall; Prellmarken oder Hämatome lägen nicht vor. Der behandelnde Hausarzt Dr. med. D._ stellte zusätzlich die Diagnose einer HWS-Kontusion. Die AXA erbrachte Heilbehandlung und richtete Taggelder auf der Basis eines versicherten Verdienstes von Fr. 33'600.- aus. Dr. med. D._ attestierte in der Folge ununterbrochen eine volle Arbeitsunfähigkeit. Am 8. Februar 2002 kam es zu einem weiteren Unfall (Auffahrunfall mit einer HWS-Distorsion Grad I). Dessen Folgen heilten aber innert Wochenfrist ab. Im Auftrag der AXA fand im Dezember 2004 an der medizinischen Begutachtungsstelle X._ eine multidisziplinäre Untersuchung statt. Gemäss Expertise vom 21. Januar 2005 liegen beim Versicherten aus rheumatologischer Sicht ein Cervikocranialsyndrom bei Status nach Autounfall mit fraglicher Commotio cerebri und einer muskulären Dysbalance sowie segmentalen Funktionsstörungen, ein Lumbovertebralsyndrom bei leichter Fehlhaltung und leichten segmentalen Bewegungsstörungen, in psychiatrischer Hinsicht eine Angst- und depressive Störung gemischt (ICD-10: F 41.2) und eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4) vor. Neurologische Befunde gebe es nicht. Für Arbeiten, bei denen keine Lasten über 20 kg gehoben werden und nicht repetitiv über Kopf gearbeitet werden muss, sei der Versicherte zu zwei Dritteln arbeitsfähig, wobei die Einschränkung ausschliesslich auf die psychiatrischen Befunde zurückzuführen sei. Er selbst betrachte sich als überhaupt nicht arbeitsfähig. Eine Verbesserung könnte in einer Rehabilitation mit arbeitstherapeutischem Schwerpunkt bestehen. Das Cervicalsyndrom sei möglicherweise eine Folge des Unfalls vom November 2000, die psychischen Probleme überwiegend wahrscheinlich. Mit Verfügung vom 15. November 2006 teilte die AXA F._ mit, gestützt auf die Erkenntnisse aus dem Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ bestehe ab 1. August 2005 kein Anspruch auf Taggeldleistungen mehr. Die Heilbehandlung werde bis 31. Januar 2005 übernommen. Weitere Leistungen, wie eine Invalidenrente oder eine Integritätsentschädigung, würden nicht ausgerichtet. Daran hielt die AXA auf Einsprache hin, mit welcher neben einer mindestens 50%igen Invalidenrente und einer Integritätsentschädigung auch beantragt wurde, das in der Zeit vom 6. November 2000 bis 31. Juli 2005 ausgerichtete Taggeld sei neu auf der Basis eines Bruttoeinkommens von Fr. 50'400.- auszurichten, mit Entscheid vom 29. Mai 2007 vollumfänglich fest.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 14. Mai 2008 ab, wobei es unter anderem festhielt, es fehle am adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den geltend gemachten Gesundheitsschäden und dem versicherten Unfall.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es seien der kantonale Entscheid und der Einspracheentscheid aufzuheben und die AXA zu verpflichten, ihm eine Rente von mindestens 50 % und eine Integritätsentschädigung von mindestens 20 % auszurichten; zudem seien die bereits ausgerichteten Taggelder neu auf der Basis eines versicherten Verdienstes von Fr. 50'400.- zu gewähren. Eventualiter seien weitere medizinische Gutachten einzuholen. Im weiteren ersucht er um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
Die AXA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Strittig ist einerseits, ob die Höhe des nach dem Unfall vom 6. November 2000 bis zum 31. Juli 2005 ausgerichteten Taggeldes korrekt berechnet wurde, und andererseits, ob der Beschwerdeführer ab 1. August 2005 Anspruch auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung der Unfallversicherung hat.
3. Der Beschwerdeführer behauptet, der Arbeitgeber hätte ihm mündlich zugesagt, dass er ab Januar 2001 nicht nur als Chauffeur, sondern auch im Lager eingesetzt und dabei einen Lohn von Fr. 4'200.-, anstelle des im schriftlichen Anstellungsvertrag zugesicherten von Fr. 2'800.-, erhalten würde, weshalb er Anspruch auf ein höheres Taggeld habe.
3.1 Über Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die erheblich sind oder mit denen die betroffene Person nicht einverstanden ist, hat der Versicherungsträger schriftlich Verfügungen zu erlassen (Art. 49 Abs. 1 ATSG). Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die nicht unter Art. 49 Abs. 1 ATSG fallen, können in einem formlosen Verfahren behandelt werden (Art. 51 Abs. 1 ATSG). Die betroffene Person kann den Erlass einer Verfügung verlangen (Art. 51 Abs. 2 ATSG).
Art. 124 UVV listet Leistungen, Forderungen und Anordnungen auf, bei welchen im Bereich der Unfallversicherung eine schriftliche Verfügung zu erlassen ist. Die monatliche Berechnung des Taggeldanspruchs gehört nicht dazu.
Mit Bezug auf das zulässige formlose Verfahren nach Art. 51 ATSG wurde im Verlauf der Gesetzgebungsarbeiten diskutiert, innerhalb welcher Frist die versicherte Person ihr Gesuch um Erlass einer Verfügung stellen müsse (<ref-ruling> E. 5.3.1 S. 151 mit Hinweisen zur Entstehungsgeschichte der Norm). Auf eine gesetzliche Festsetzung wurde indessen verzichtet. In der Lehre wird von einer Frist zwischen 30 Tagen und mehreren Monaten, je nach Einzelfall, ausgegangen (<ref-ruling> E. 5.3.1. S. 152). Da die Rechtsprechung auch für Konstellationen, die unter Art. 49 Abs. 1 ATSG fallen, aber fälschlicherweise nicht mittels Verfügung geregelt wurden, in der Regel eine Frist von einem Jahr als ausreichend betrachtet, während dem eine anfechtbare Verfügung verlangt werden kann, gilt dies umso mehr bei Verfahren gemäss Art. 51 Abs. 1 ATSG.
3.2 Der Beschwerdeführer machte erstmals - im Zusammenhang mit der Invaliditätsbemessung (Höhe des Valideneinkommens) - mit Schreiben vom 22. September 2005 geltend, ab 1. Januar 2001 hätte er wesentlich mehr verdient. Er hat gegen die ihm schriftlich zugestellten Taggeldabrechnungen, aus denen zu entnehmen war, dass sie auf einem Jahreslohn von Fr. 33'600.- basieren, nie Einwände erhoben. Das selbe gilt für die ihn ab April 2002 vertretende Rechtsanwältin, der jeweils Kopien der Abrechnungen zugingen. Auch anlässlich des Hausbesuchs des Schadeninspektors vom 18. Januar 2001 hat der Versicherte diesen Betrag als Lohn angegeben und nicht dargetan, dass ab dem 1. Januar 2001 eine weitergehende Abmachung gelten würde. Der Beschwerdeführer hat nie eine anfechtbare Verfügung im Sinne von Art. 51 Abs. 2 ATSG über die Höhe seines Taggeldanspruchs verlangt. Diese bildet auch nicht Gegenstand der Verfügung vom 15. November 2006. Dort wird nur über die Höhe des hypothetischen Valideneinkommens gesprochen. Eine rückwirkende Erhöhung der bereits ausgerichteten Taggelder beantragte er erstmals in der Einsprache vom 14. Dezember 2006. Da der Beschwerdeführer gegenüber der Unfallversicherung somit nicht innerhalb eines Jahres nach der Zustellung der jeweiligen Taggeldberechnungen eine entsprechende anfechtbare Verfügung verlangt hat, sind diese in Rechtskraft erwachsen. Mangels Vorliegens eines Rückkommensgrundes (vgl. Urteil 8C_99/2008 vom 26. November 2008, SVR 2009 UV Nr. 21, E. 3.2) ist das Begehren abzuweisen.
4. Im weiteren ist zu prüfen, ob die AXA ihre Leistungen zu Recht auf den 1. August 2005 (Taggelder) beziehungsweise auf den 31. Dezember 2005 (Heilbehandlung) eingestellt hat.
4.1 Das kantonale Gericht hat die Rechtsgrundlagen der umstrittenen Leistungspflicht des Unfallversicherers (Art. 6 Abs. 1 UVG) und die Rechtsprechung zu dem für diese vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule (HWS) oder äquivalenten Verletzungsmechanismen im Besonderen (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 340; RKUV 2000 Nr. U 359 S. 29) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Entsprechendes gilt für die von der Judikatur entwickelten allgemeinen Grundsätze zum Erfordernis des adäquaten Kausalzusammenhanges (<ref-ruling> E. 5a S. 461 mit Hinweisen), insbesondere auch bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling>) und bei den Folgen eines Unfalles mit Schleudertrauma oder äquivalenten Verletzungen ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling>; vgl. auch RKUV 2002 Nr. U 456 S. 437). Ebenso zutreffend sind die vorinstanzlichen Ausführungen hinsichtlich der Beurteilung der Adäquanz in denjenigen Fällen, in welchen die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der HWS oder eines Schädel-Hirn-Traumas gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben sind, im Vergleich zur vorliegenden ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten. Sie ist nach der für psychische Fehlentwicklungen nach Unfällen geltenden Rechtsprechung (<ref-ruling>) vorzunehmen (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103).
Anzufügen bleibt, dass das Bundesgericht die sogenannte Schleudertrauma-Praxis in zweierlei Hinsicht präzisiert hat: Zum einen wurden die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung dieser Praxis bei der Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs rechtfertigt, erhöht. Zum anderen wurden die Kriterien, welche abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls in die Adäquanzbeurteilung einzubeziehen sind, teilweise modifiziert (<ref-ruling> E. 9 und 10 S. 121 ff.). Die bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall geltenden Grundsätze (<ref-ruling>) liess das Bundesgericht hingegen unverändert bestehen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116).
4.2 Das kantonale Gericht hat nach ausführlicher Auseinandersetzung mit dem Sachverhalt die Leistungseinstellung mit der Begründung bestätigt, zwischen den psychischen Problemen des Beschwerdeführers und dem versicherten Unfall vom 6. November 2000 bestehe kein adäquater Kausalzusammenhang mehr. Es prüfte die Adäquanz dabei nach der in <ref-ruling> ergangenen Rechtsprechung. Der Beschwerdeführer lässt insbesondere einwenden, die Vorinstanz habe zu Unrecht auf die Erkenntnisse des Gutachtens der medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 21. Januar 2005 abgestellt. Im weiteren wiederholt er die bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachen Argumente.
5. 5.1 Gemäss Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 21. Januar 2005, worauf - wie das kantonale Gericht mit zutreffenden Argumenten dargelegt hat - abzustellen ist, werden beim Beschwerdeführer die somatischen Diagnosen eines Cervikocranialsyndroms bei einem Status nach Autounfall mit fraglicher Commotio cerebri und muskulärer Dysbalance sowie segmentalen Funktionsstörungen und einem Lumbovertebralsyndrom bei leichter Fehlhaltung und leichten segmentalen Bewegungsstörungen und aus psychiatrischer Sicht eine Angst- und depressive Störung gemischt sowie eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung gestellt. Gravierende somatische Befunde bestehen nicht. Die leichte segmentale Bewegungsstörung ist gemäss Gutachten im hier relevanten Zeitpunkt der Leistungseinstellung nur noch möglicherweise eine Unfallfolge. Mit grösserer Wahrscheinlichkeit seien diese Veränderungen auf die Dekonditionierung und Fehlhaltung zurückzuführen. Unabhängig von der Kausalitätsfrage werde die Arbeitsfähigkeit durch diese leichten Befunde nicht wesentlich eingeschränkt. Es liegt kein Arztzeugnis vor, welches zu dieser Darstellung des somatischen Gesundheitszustandes in Widerspruch stehen würde.
5. 5.1 Gemäss Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 21. Januar 2005, worauf - wie das kantonale Gericht mit zutreffenden Argumenten dargelegt hat - abzustellen ist, werden beim Beschwerdeführer die somatischen Diagnosen eines Cervikocranialsyndroms bei einem Status nach Autounfall mit fraglicher Commotio cerebri und muskulärer Dysbalance sowie segmentalen Funktionsstörungen und einem Lumbovertebralsyndrom bei leichter Fehlhaltung und leichten segmentalen Bewegungsstörungen und aus psychiatrischer Sicht eine Angst- und depressive Störung gemischt sowie eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung gestellt. Gravierende somatische Befunde bestehen nicht. Die leichte segmentale Bewegungsstörung ist gemäss Gutachten im hier relevanten Zeitpunkt der Leistungseinstellung nur noch möglicherweise eine Unfallfolge. Mit grösserer Wahrscheinlichkeit seien diese Veränderungen auf die Dekonditionierung und Fehlhaltung zurückzuführen. Unabhängig von der Kausalitätsfrage werde die Arbeitsfähigkeit durch diese leichten Befunde nicht wesentlich eingeschränkt. Es liegt kein Arztzeugnis vor, welches zu dieser Darstellung des somatischen Gesundheitszustandes in Widerspruch stehen würde.
5.2 5.2.1 Damit ist einzig die Kausalität der psychischen Beschwerden zum Unfall vom 6. November 2000 zu prüfen. Die Vorinstanz bejaht den natürlichen Kausalzusammenhang. Das Ereignis stelle zumindest eine Teilursache der diagnostizierten Beschwerden dar. Daher erübrigt sich die Durchführung einer erneuten psychiatrischen Begutachtung.
5.2.2 Das kantonale Gericht hat die Frage, ob der Beschwerdeführer beim Unfall eine eigentliche HWS-Distorsion mit typischem Beschwerdebild erlitten hat, offen gelassen, da seines Erachtens die in der Folge geklagten psychischen Leiden derart ausgeprägt seien, dass die übrigen Beeinträchtigungen ganz in den Hintergrund träten (nunmehr: dass die bestehende psychische Problematik ein von dem einer Differenzierung kaum zugänglichen somatisch-psychischen Beschwerdebild klar zu trennendes, eigenständiges psychisches Leiden darstellt [<ref-ruling> E. 9.5 S. 126]). Es prüfte die Adäquanz daher in Anwendung der in <ref-ruling> begründeten Kriterien und kam zur Erkenntnis, dass davon keines erfüllt sei. Dem ist auch letztinstanzlich nichts hinzuzufügen.
5.3 Selbst wenn die Adäquanz in Anwendung der in <ref-ruling> modifizierten Rechtsprechung geprüft würde, wäre der adäquate Kausalzusammenhang zu verneinen.
5.3.1 Das Ereignis, bei dem der Beschwerdeführer als Lenker eines Personenwagens mit einer Geschwindigkeit von 50 km/h frontal mit einem nach links abbiegenden Lieferwagen kollidierte, ist als mittelschwer im mittleren Bereich einzustufen. Die Qualifikation des unfallanalytischen Gutachters spielt dabei keine Rolle. Damit müssten mehrere der Adäquanzkriterien gemäss <ref-ruling> E. 10.3 S. 130 oder eines in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sein.
5.3.2 Dem Unfall ist zwar angesichts des Umstandes, dass auf dem Beifahrersitz eine hochschwangere Frau mitfuhr und beim Unfall leicht verletzt wurde, eine gewisse Eindrücklichkeit nicht abzusprechen. Indessen ist diese nicht besonders ausgeprägt und es liegen auch keine besonders dramatischen Begleitumstände vor. So bringt denn auch der Beschwerdeführer selbst nicht vor, dass die Mitfahrerin ihr Kind verloren hätte oder sonst erheblich geschädigt worden wäre. Es muss zwar von einem anfänglichen Schreck gesprochen werden, der sich aber spätestens dann relativierte, als keine weitere Komplikation eintrat. Im weiteren waren weder die Verletzungen (Rippenbrüche) besonders schwer noch benötigten sie eine fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung. Die geltend gemachten Beschwerden sind nicht als erheblich zu werten und es liegt weder eine ärztliche Fehlbehandlung, noch ein schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen vor. Schliesslich sind auch keine ausgewiesenen Anstrengungen des Beschwerdeführers zu verzeichnen, womit dieser versucht hätte, seine Arbeitsunfähigkeit zu vermindern oder zu beenden, vielmehr hat er den Ärzten kundgetan, einen Arbeitsversuch könne er erst unternehmen, wenn er keine Schmerzen mehr verspüre.
Damit wurde die Adäquanz zwischen den persistierenden gesundheitlichen Beeinträchtigungen und dem Unfall vom 6. November 2000 von der Vorinstanz zu Recht verneint.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Gesuch um unentgeltliche Prozessführung (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Adrian Fiechter, Widnau, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer