Sachverhalt:
Mit Urteil vom vom 17. Juni 2009 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau eine Beschwerde von A. und B.X._ betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2004 teilweise gut und hob die Entscheide des Steuerrekursgerichts und der Steuerkommission Niederwil auf, "soweit darin über die Festlegung der Steuerfaktoren hinaus Feststellungen getroffen werden". Im Übrigen trat es auf die Beschwerde nicht ein.
Hiergegen führen die Steuerpflichtigen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Rechtsbegehren:
"1. Es seien die Bilanzwerte gemäss Jahresabschluss 2004 anzuerkennen.
2. Insbesondere sei auf die Aufrechnung Buchwertkorrektur Liegenschaft von Fr. 1'804.-- zu verzichten.
3. Es sei festzustellen, dass keine Buchwertübergabe erfolgt ist."
Es wurden die Akten beigezogen und die beteiligten Behörden zur Vernehmlassung eingeladen. Anwendung findet das Verfahren nach <ref-law>. Das Urteil ist summarisch zu begründen (<ref-law>).

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht und richtet sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Das Verwaltungsgericht hat zwar die Beschwerde partiell gutgeheissen, nämlich soweit Steuerrekursgericht und Steuerkommission "über die Festlegung der Steuerfaktoren hinaus Feststellungen getroffen haben". Die Beschwerdeführer bleiben durch den angefochtenen Entscheid aber gleichwohl beschwert, soweit das Verwaltungsgericht auf den weiteren Antrag, es seien die Bilanzwerte gemäss Jahresabschluss anzuerkennen, nicht eingetreten ist.
1.2 Die Anträge 1 und 3, es seien die Bilanzwerte gemäss Jahresabschluss 2004 anzuerkennen und es sei festzustellen, dass die Übergabe nicht zu den Buchwerten erfolgt sei, sind in dieser Form unzulässig. Das Verwaltungsgericht hat ein Prozessurteil (mit Nichteintreten) gefällt, weshalb zuerst der Nichteintretensentscheid beseitigt werden muss, bevor die Prüfung der materiellen Fragen erfolgen kann. Zulässig sind allein Rügen wegen formeller Rechtsverweigerung.
Die beiden Anträge können indessen zwanglos dahingehend interpretiert werden, es sei das angefochtene Urteil aufzuheben und das Verwaltungsgericht zu verpflichten, die Frage der Fortführung der Bilanzwerte gemäss Jahresabschluss 2004 materiell zu behandeln. Das gebieten auch Treu und Glauben. Insofern sind sie zulässig.
1.3 Nicht einzutreten ist auf den Antrag 2, es sei auf die Aufrechnung Buchwertkorrektur Liegenschaft von Fr. 1'804.-- zu verzichten. Es handelt sich um ein erstmals vor Bundesgericht erhobenes und daher unzulässiges neues Begehren (<ref-law>).
1.4 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (<ref-law>), hier namentlich über die Steuerharmonisierung. Inwiefern das der Fall sein soll, ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen (<ref-law>). Im Übrigen kann die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts lediglich im Lichte der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, namentlich des Willkürverbots (<ref-law>) geprüft werden (Art. 95 lit. a und c BGG; <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 158; <ref-ruling> E. 3 S. 351). Solche Rügen sind ausdrücklich zu erheben (<ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 3 S. 351 f.).
2. 2.1 Das Verwaltungsgericht begründete sein (partielles) Nichteintreten damit, dass die Beschwerdeführer keine über die Festlegung der Steuerfaktoren hinausgehende rechtskraftfähige Feststellungen verlangen können (angefochtenes Urteil E. II/3 in fine). Auch die Beschwerdeführer anerkennen, dass eine Feststellung über die Höhe der wieder eingebrachten Abschreibungen keinen Einfluss auf die Steuerfaktoren hätte (Beschwerde Ziff. 1). Sie machen jedoch geltend, dass die Steuerbehörde zu Lasten der Erfolgsrechnung auch eine Buchwertkorrektur im Betrag von Fr. 1'804.-- vorgenommen habe. Die Aufrechnung der sogenannten Bilanzkorrektur in der Höhe von Fr. 1'804.-- habe sich sehr wohl auf das Einkommen ausgewirkt, weshalb ihre Beschwerde hätte materiell behandelt werden müssen.
Der Einwand ist unbehelflich. Es ergibt sich aus dem angefochtenen Entscheid (S. 3, unter B), dass die Aufrechnung von Fr. 1804.-- mit der hier fraglichen Abtretung des Landwirtschaftsbetriebs und der Frage der Fortführung der Buchwerte nichts zu tun hat. Vielmehr handelt es sich um eine vor längerer Zeit bei den Veräusserern vorgenommene Korrektur des Buchwerts der Liegenschaft, die von diesen nie in die Bilanz übernommen wurde und die daher einkommensmässig realisiert und aufgerechnet worden sei. Der Einwand der Beschwerdeführer ist daher nicht geeignet, die Unrichtigkeit des Nichteintretensentscheides darzutun.
3. Im Übrigen legen die Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern das partielle Nichteintreten der Vorinstanz das Bundesrecht einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte (Art. 95 lit. a und b BGG) verletzen könnte. Der Beschwerde fehlt insofern die erforderliche Begründung (Art. 42 Abs. 2, 106 Abs. 2 BGG), so dass darauf nicht einzutreten ist.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen, die hierfür solidarisch haften (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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