Sachverhalt:
A. Mit Vertrag vom 30. Juli / 8. August 2001 vermietete die Y._ AG der A._ AG (nachfolgend: A._) das dritte Geschoss ihrer Liegenschaft an der B._strasse xx in C._.
Mit Werkvertrag vom 31. Oktober / 4. November 2001 beauftragte A._ die X._ AG mit der Herstellung von Holztrennwänden im zweiten Geschoss der besagten Liegenschaft.
B. Per 21. Januar 2002 liess die X._ AG für eine Forderung von Fr. 29'158.50 zuzüglich Zins auf der genannten Liegenschaft vorläufig ein Bauhandwerkerpfandrecht eintragen.
Am 13. Januar 2003 reichte sie eine ordentliche Klage auf Feststellung von Bestand und Umfang des Bauhandwerkerpfandrechts ein.
Das Handelsgericht des Kantons Zürich wies die Klage mit Urteil vom 5. Juli 2004 ab, soweit es auf sie eintrat, im Wesentlichen mit der Begründung, die Y._ AG als Eigentümerin und Vermieterin habe den Arbeiten nicht im Sinn von <ref-law> schriftlich zugestimmt.
In Verneinung des Schrifterfordernisses für die Zustimmung hob das Bundesgericht dieses Urteil am 12. April 2005 auf und wies die Sache zur Beweisabnahme für die Frage der angeblichen Einwilligung der Y._ AG und für die weiteren Voraussetzungen des Bauhandwerkerpfandrechts an das Handelsgericht zurück (5C.208/2004).
In der Folge führte dieses zu den Fragen der Zustimmung, der objektiven Wertvermehrung und der Fristwahrung ein Beweisverfahren durch. Es erachtete all diese Anspruchsvoraussetzungen für die Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts als nicht bewiesen und wies deshalb die Klage mit Urteil vom 10. September 2007 erneut ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen dieses Urteil hat die X._ AG am 18. Oktober 2007 sowohl Beschwerde in Zivilsache als auch subsidiäre Verfassungsbeschwerde eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung, um Verpflichtung der Y._ AG zur Bezahlung von Fr. 29'158.50 nebst Zins und um Anweisung des Grundbuchamtes D._ zur definitiven Eintragung des entsprechenden Bauhandwerkerpfandrechts.
Zufolge gleichzeitiger Einreichung einer Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht des Kantons Zürich wurde das bundesgerichtliche Verfahren mit Präsidialverfügung vom 25. Oktober 2007 suspendiert.
Mit Beschluss vom 11. November 2008 wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich die Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Weder hat die Beschwerdeführerin gegen diesen Beschluss eine selbständige Beschwerde erhoben noch hat sie die Beschwerde vom 18. Oktober 2007 ergänzt.
Mit Präsidialverfügung vom 27. Januar 2009 wurde der Beschwerde vom 18. Oktober 2007 zwecks Aufrechterhaltung des bestehenden Zustandes die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
In der Sache selbst wurde keine Vernehmlassung eingeholt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 3).
1.1 Die Beschwerdeführerin hat in der gleichen Eingabe sowohl eine Beschwerde in Zivilsachen als auch eine subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben, was <ref-law> entspricht.
1.2 Angefochten ist ein Endentscheid des Handelsgerichts in einer vermögensrechtlichen Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
1.3 Die Beschwerde in Zivilsachen ist ebenso wie die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nur gegen kantonal letztinstanzliche Urteile zulässig (Art. 75 Abs. 1 bzw. <ref-law>). Dies bedeutet, dass zuerst der kantonale Instanzenzug auszuschöpfen ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527).
Mit Bezug auf die Sachverhaltsfeststellung ist das handelsgerichtliche Urteil von vornherein nicht letztinstanzlich, weil mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht des Kantons Zürich geltend gemacht werden kann, der Entscheid beruhe auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme (<ref-law>/ZH); dies deckt sich mit der Rüge der offensichtlichen Unrichtigkeit gemäss <ref-law> (Urteil 4A_22/2008, E. 1 und 2), welche ihrerseits der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung entspricht (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398).
Was die Rechtsfragen angeht, würde sich das handelsgerichtliche Urteil zufolge des unbestrittenermassen unter Fr. 30'000.-- liegenden Streitwertes (<ref-law>) dann als kantonal letztinstanzlich erweisen (<ref-law>), wenn eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung vorläge und das Bundesgericht deshalb die rechtlichen Vorbringen frei überprüfen könnte (<ref-law>). Sind keine solchen Rechtsfragen gegeben, erweist sich der handelsgerichtliche Entscheid auch für rechtliche Rügen nicht als letztinstanzlich, weil mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann (<ref-law>) und die Rüge der willkürlichen Rechtsanwendung im Wesentlichen mit der vor Kassationsgericht zulässigen Rüge der Verletzung klaren materiellen Rechts gemäss <ref-law>/ZH übereinstimmt (<ref-ruling> E. 3.4 S. 588). Die Beschwerdeführerin hat diese Rüge denn auch erhoben und das Kassationsgericht hat sie materiell behandelt.
2. Mit Bezug auf die eingereichte Beschwerde in Zivilsachen (S. 7 ff. der Eingabe) behauptet die Beschwerdeführerin das Vorliegen einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinn von <ref-law>.
2.1 Dieser Rechtsbegriff wird vom Bundesgericht angesichts der im Verlauf der parlamentarischen Beratungen eingeführten subsidiären Verfassungsbeschwerde restriktiv ausgelegt, weshalb nicht einfach von den in der Botschaft erwähnten Anforderungen ausgegangen werden kann (<ref-ruling> E. 1.1 S. 495 mit Hinweisen auf die Literatur und die Entstehungsgeschichte von <ref-law>). Die Voraussetzungen von <ref-law> sind erfüllt, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 649; <ref-ruling> E. 1.3 S. 357). Ein erhöhtes Interesse besteht dann, wenn die Wahrscheinlichkeit, dass die entsprechende Frage je dem Bundesgericht unterbreitet werden kann, infolge der Streitwertgrenze äusserst gering ist (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 271). Keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung liegt demgegenüber vor, wenn es lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 495 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 117).
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, es sei eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, unter welchen Voraussetzungen die Zustimmung des Grundeigentümers gegeben sei. Sodann sei es auch eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, ob die tatsächliche Vermietbarkeit zu Zeiten grosser Leerstände spezifisch im Zusammenhang mit einem Fitnesszentrum einen objektiven Mehrwert schaffe.
2.3 Das Bundesgericht hat in seiner publizierten Rechtsprechung als Grundsatz festgehalten, dass ein Bauhandwerkerpfandrecht auch dann gegeben sein kann, wenn der Mieter das Werk bestellt hat; es bedarf diesfalls aber kumulativ dreier Voraussetzungen: der dauerhaften Verbindung (Akzession), der objektiven Wertvermehrung des Grundstücks und der Zustimmung durch den Grundeigentümer (<ref-ruling> E. 4c S. 683; <ref-ruling> E. 4a S. 507). In welcher Form die Zustimmung zu erfolgen hat, beschlägt die Kasuistik, die nicht ihrerseits eine Grundsatzfrage ist, sondern die Anwendung der Grundsätze im Einzelfall betrifft. Gleiches gilt für die Vorbringen der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der Vermietbarkeit von Fitnesszentren und objektiver Wertsteigerung.
2.4 Stellt sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, ist auf die Beschwerde in Zivilsachen und die mit damit vorgetragenen Rechtsrügen mangels genügenden Streitwertes nicht einzutreten.
2.5 Aus zwei Gründen würde der Beschwerdeführerin auch eine Konversion bzw. Entgegennahme der rechtlichen Ausführungen im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde nicht helfen: Zum einen sind die betreffenden Vorbringen appellatorischer Natur und genügen damit den an Willkürrügen zu stellenden Begründungserfordernissen nicht (<ref-ruling> E. 1b S. 495; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262); zum anderen könnte auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ohnehin wegen fehlender Ausschöpfung des Instanzenzuges nicht eingetreten werden (dazu sogleich E. 3).
3. In ihrer subsidiären Verfassungsbeschwerde (S. 16 ff. der Eingabe) rügt die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht eine willkürliche Beweiswürdigung (angeblich beliebige und widersprüchliche Zitierung von Zeugenaussagen und Gerichtsprotokollen).
Diese Rügen hat die Beschwerdeführerin bereits in ihrer Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht vorgebracht und dieses hat sie mit der gleichen Kognition wie das Bundesgericht überprüft.
Gegen das Urteil des Kassationsgerichts hat die Beschwerdeführerin kein Rechtsmittel ergriffen. Sie ficht einzig das handelsgerichtliche Urteil an, das sich angesichts der identischen Kognition nicht als letztinstanzlich im Sinn von <ref-law> erweist. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist demnach nicht einzutreten.
4. Nach dem Gesagten kann weder auf die Beschwerde in Zivilsachen noch auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde eingetreten werden. Der Beschwerdeführerin sind demnach die Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Betreffend aufschiebende Wirkung wurde nicht im Sinn der Beschwerdegegnerin entschieden und in der Sache selbst wurde keine Vernehmlassung eingeholt, weshalb ihr keine Entschädigung zuzusprechen ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons Zürich und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli