Sachverhalt:
A. Auf Begehren der Y._ AG vom 9. Juni 2011 erliess das Bezirksgericht Zürich am 15. Juni 2011 gestützt auf <ref-law> einen Arrestbefehl, mit welchem es Vermögenswerte von X._ bei der Bank Z._ bis zur Deckung der geltend gemachten Arrestforderung von Fr. 1'408'231.05 (entsprechend USD 1'683'822.25 zum Umrechnungskurs von 0.83633) nebst Zins zu 5 % seit 1. April 2011 verarrestierte. Am 17. Juni 2011 vollzog das Betreibungsamt Zürich 2 den Arrest.
Mit Arresteinspracheentscheid vom 22. August 2011 hiess das Bezirksgericht Zürich die Arresteinsprache des Schuldners vom 27. Juni 2011 gut und hob den Arrest auf.
Demgegenüber ordnete das Obergericht des Kantons Zürich auf Beschwerde der Gläubigerin hin mit Urteil vom 24. Juli 2012 an, dass der Arrest bestehen bleibe.
B. Gegen das obergerichtliche Urteil erhob X._ am 27. August 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen mit den Begehren um dessen Aufhebung und Bestätigung des bezirksgerichtlichen Arresteinspracheentscheides, eventualiter um Rückweisung der Sache an das Obergericht bzw. subeventualiter an das Bezirksgericht. Mit Verfügung vom 30. August 2012 wurden die Gesuche um aufschiebende Wirkung und vorsorgliche Massnahmen abgewiesen, weil deren Gutheissung den bundesgerichtlichen Entscheid in unzulässiger Weise präjudiziert hätten. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer Schuldbetreibungs- und Konkurssache mit einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Streitwert (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 1 lit. b und Art. 75 Abs. 1 BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen steht folglich offen. Weil es sich beim Arresteinspracheentscheid um eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law> handelt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 234), kann indes einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden, wofür das strenge Rügeprinzip gilt (<ref-law>). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Lage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Der Beschwerdeführer rügt in verschiedener Hinsicht eine Verletzung des Willkürverbotes (<ref-law>). Dieses ist nach ständiger bundesgerichtlicher Praxis nicht schon dann verletzt, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre; vielmehr ist Willkür erst gegeben, wenn ein Entscheid auf einem offensichtlichen Versehen beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4; <ref-ruling> E. 4.2 S. 560). Willkür bei der Beweiswürdigung setzt sodann spezifisch voraus, dass das Gericht den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich nicht erkannt, ohne vernünftigen Grund ein entscheidendes Beweismittel ausser Acht gelassen oder aus den vorhandenen Beweismitteln einen unhaltbaren Schluss gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
2. In tatsächlicher Hinsicht ist umstritten, ob Vermögenswerte vorhanden sind; der Beschwerdeführer bestreitet dies und leitet daraus ab, dass der Arrest nichtig sei.
2.1 Das Obergericht hat erwogen, ob ein Arrest "leer" sei, ergebe sich erst aus der Auskunft des Drittschuldners gegenüber dem Betreibungsamt, wobei nicht ersichtlich wäre, warum ein "leerer" Arrest nichtig im Sinn von <ref-law> sein müsste. Im Übrigen komme es nicht entscheidend auf den Saldo aus der Bankbeziehung an; vielmehr sei der Arrest nicht "leer", solange es Vermögenswerte im Portfolio gebe (vorliegend gemäss Auszug ein solcher über Fr. 39'103.27), weil der negative Saldo das Resultat einer Verrechnung sei. Dass das vorhandene Vermögen durch die kontoführende Bank zur Verrechnung mit eigenen Guthaben herangezogen werden könne, sei denkbar, jedoch nicht zwingend und vorliegend auch nicht erstellt. Anzumerken sei, dass die fraglichen Dokumente über die Vermögenswerte bei der Bank Z._ erst im Beschwerdeverfahren vorgelegt und keine Entschuldigungsgründe für das nachträgliche Einreichen vorgebracht worden seien. Schliesslich werde ein Schreiben der Drittschuldnerin (Bank Z._) vom 4. Juli 2012 nachgereicht, in welchem diese bestätige, dass der Beschwerdeführer per 17. Juni 2011 keine Vermögenswerte bei ihr gehabt habe. Der Handelsregisterauszug der Zweigniederlassung Zürich zeige indes, dass A._ nicht zeichnungsberechtigt sei und B._ lediglich über eine Kollektivunterschrift verfüge, so dass auf diese Bescheinigung nicht abgestellt werden könne. Aber selbst wenn sie nicht mangelhaft wäre, könnte sie nicht berücksichtigt werden: Sie betreffe den 17. Juni 2011 und es handle sich somit um ein (zudem erst in der Duplik eingereichtes) unechtes Novum; einzig die Tatsache, dass die Bestätigung erst am 4. Juli 2012 neu ausgestellt worden sei, könne sie nicht zu einem echten Novum machen. Ausserdem widerspreche sie dem bei den Akten liegenden Kontoauszug vom 17. Juni 2011, der nach dem Gesagten ein Guthaben von zumindest rund Fr. 39'000.-- aufweise. Sodann sei evident, dass der mit der Beschwerdeantwort eingereichten und nicht einmal unterzeichneten Telefonnotiz des Parteivertreters keinerlei Beweiswert zukommen könne.
2.2 Der Beschwerdeführer macht im Zusammenhang mit dem Schreiben der Bank Z._ vom 4. Juli 2012 geltend, das Obergericht habe die tatsächliche Situation krass missachtet und sei damit in Willkür verfallen; aus dem Schreiben ergebe sich nämlich klar, dass er per 17. Juni 2011 bei der Bank Z._ keine Vermögenswerte gehabt habe, womit der Arrest nichtig sei. Bekanntlich bedürfe es für die Zeichnungsberechtigung keiner Eintragung im Handelsregister; dieser habe nur deklaratorischen Charakter. Ohnehin seien aber beide Unterzeichner des Schreibens im Handelsregister eingetragen, nämlich B._ im Handelsregister der Zweigniederlassung und A._ in jenem am Hauptsitz in Genf (je mit Kollektivunterschrift). Es sei üblich, dass bei wichtigen Dokumenten nebst der zeichnungsberechtigten Person der Zweigniederlassung auch eine zeichnungsberechtigte Person des Hauptsitzes mitunterzeichne, um einem Schreiben noch mehr Gewicht zu verleihen. Es sei krass willkürlich, wenn das Obergericht die Bestätigung der Bank Z._ aufgrund einer nachweislich falschen Annahme inhaltlich nicht berücksichtige. Im Übrigen sei zu erwähnen, dass aufgrund der bereits ergangenen Pfändungsandrohung die Bank Z._ zwischenzeitlich gegenüber dem Betreibungsamt Zürich 2 bestätigt habe, dass keine pfändbaren Vermögenswerte auf dem verarrestierten Konto vorhanden seien. Bei diesem Schreiben vom 23. August 2012 handle es sich um ein echtes Novum, welches beachtlich sei, da es sich um eine erst nach dem Einspracheentscheid ergangene Tatsache handle. Willkürlich sei auch die Feststellung, dass noch USD 39'000.-- in Cash vorhanden seien, denn unbestrittenermassen sei der Portfoliowert negativ, wie der Portfolio-Auszug, aber auch das vorerwähnte Schreiben der Bank Z._ ergäben, zumal völlig irrelevant sei, ob und inwiefern die vermeintliche Cash-Position zur Verrechnung gebracht oder sonstwie blockiert sei; massgeblich sei einzig, dass der Portfoliowert negativ sei und deshalb keine arrestierbaren Vermögenswerte vorhanden seien. Dies bestätige die Bank Z._ mit einem erneuten Schreiben vom 21. August 2012, welches als echtes Novum ebenfalls zu den Akten zu nehmen sei.
2.3 Zunächst ist auf das Novenverbot im bundesgerichtlichen Verfahren hinzuweisen (<ref-law>). Insbesondere hat nicht erst der angefochtene Entscheid zur Beibringung der Schreiben vom 21. und 23. August 2012 Anlass gegeben. Wie der Beschwerdeführer selbst geltend macht, handelt es sich bei den beiden Schreiben um echte Noven. Solche fallen aber a priori nicht unter die Ausnahme in <ref-law>, weil sie den von der Vorinstanz für das Bundesgericht gemäss <ref-law> verbindlich festgestellten Sachverhalt naturgemäss nicht betreffen können (<ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f.); unter die Ausnahme von <ref-law> können, soweit die gesetzlich geforderte kausale Beziehung zum angefochtenen Entscheid gegeben ist, einzig unechte Noven fallen oder aber Tatsachen, die erst für das bundesgerichtliche Verfahren erheblich werden wie z.B. die Einhaltung der Beschwerdefrist (<ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129). Die beiden Schreiben der Bank Z._ sind demnach unbeachtlich.
2.4 Was sodann das Schreiben der Bank Z._ vom 4. Juli 2012 anbelangt, so ist dieses auf Geschäftspapier verfasst, welches in der Kopfzeile "Bank Z._" und in der Fusszeile "...,...,Zurich" enthält. Das Obergericht war vor diesem Hintergrund nicht gehalten, andere Handelsregistereinträge als diejenigen des Handelsregisters des Kantons Zürich zu prüfen; vielmehr hätte für den Beschwerdeführer angesichts des auf Zürcher Papier verfassten Schreibens Anlass bestanden, auf Einträge in einem anderen Handelsregister hinzuweisen. Von Willkür lässt sich jedenfalls nicht sprechen, denn wenn schon wäre das (vorliegend nicht als verletzt gerügte) rechtliche Gehör des Beschwerdeführers und nicht das Willkürverbot betroffen. Sodann setzt sich der Beschwerdeführer nicht mit der obergerichtlichen Erwägung auseinander, es handle sich um ein unechtes Novum, für dessen Nachreichen Entschuldigungsgründe hätten genannt werden müssen. Die Rüge bleibt deshalb unsubstanziiert.
Ebenso wenig setzt sich der Beschwerdeführer mit der Begründung auseinander, weshalb das Obergericht auf die im Portfolio-Auszug (act. 44/9) genannten Vermögenspositionen über Fr. 39'103.27 und nicht auf den insgesamt negativen Saldo der Bankbeziehung abgestellt und im Übrigen bemerkt hat, aus dem betreffenden Auszug lasse sich nichts Schlüssiges bezüglich der verarrestierten Vermögenswerte ableiten; er beschränkt sich auf die nicht weiter ausgeführte Behauptung, nur der Saldo könne relevant sein. Dies stellt indes keine genügende Auseinandersetzung mit den obergerichtlichen Erwägungen dar (vgl. zu den Begründungsanforderungen bei Willkürrügen E. 1), weshalb es auch bei dieser Willkürrüge an der nötigen Substanziierung fehlt und folglich auf sie nicht eingetreten werden kann.
3. In rechtlicher Hinsicht geht es um die Frage, ob trotz der Vereinbarung eines Spezialdomizils in der Schweiz im Sinn von <ref-law> der sog. Ausländerarrest gemäss <ref-law> zulässig bleibt, was das Bezirksgericht verneint und das Obergericht bejaht hat.
3.1 Das Obergericht hat zunächst darauf hingewiesen, dass die Vereinbarung eines Spezialdomizils gemäss <ref-law> lediglich einen Betreibungsort schaffe, nicht aber einen Gerichtsstand (mit Ausnahme der Fälle, in denen es für die Zuständigkeit auf den Betreibungsort ankomme wie z.B. im Rechtsöffnungsverfahren gemäss <ref-law>). Demgegenüber schaffe der Ausländerarrest nicht nur einen Betreibungsort (<ref-law>), sondern zudem einen Gerichtsstand gemäss <ref-law> (wobei dies im Anwendungsbereich des LugÜ nicht gelte). Der Hauptvorteil des Arrestes gegenüber der Einleitung einer Betreibung mit Zahlungsbefehl sei die Sicherungsfunktion; der Betreibungsort am Spezialdomizil könne allerdings dann von selbständiger Bedeutung sein, wenn dem Gläubiger nicht klar sei, wo Vermögen liege. Sodann hat das Obergericht auf den Wortlaut von <ref-law> verwiesen, welcher vom Schuldner spreche, der "nicht in der Schweiz wohnt"; <ref-law> nenne den "im Ausland wohnenden Schuldner". Aus dieser Sicht seien beide Bestimmungen auf ausländische Schuldner nebeneinander anwendbar; jedenfalls schliesse der Wortlaut der Bestimmungen die Kumulation von Ausländerarrest und Spezialdomizil nicht aus. Aus dem Blickwinkel der historischen und der objektiv-geltungszeitlichen Auslegung sei zu bedenken, dass es sich um ein sehr altes Gesetz handle und im Übrigen ein rasanter Wandel stattgefunden habe; es sei zu aus der Sicht der 80er Jahre des vorletzten Jahrhunderts völlig unvorstellbaren Entwicklungen gekommen, indem das Verschieben des schuldnerischen Vermögens immer leichter und die Sicherungsfunktion des Arrestes deshalb zunehmend wichtig werde; die Existenz eines blossen Betreibungsortes in der Schweiz trete daher in den Hintergrund.
3.2 Der Beschwerdeführer hält diese Rechtsanwendung für krass willkürlich. Drei kantonale Entscheidungen und die Mehrzahl der Autoren würden das Gegenteil vertreten; sodann sei das Spezialdomizil in den von der Beschwerdegegnerin verfassten AGB enthalten, und es sei auch unbestritten, dass der Arrest (ausser der neu eingeführte Arrestgrund gemäss Ziff. 6) immer eine Gläubigergefährdung voraussetze, die aber nicht vorliegen könne, wenn aufgrund des Spezialdomizils in der Schweiz ein Betreibungsort gegeben sei. Es würden in krasser Weise Schuldner mit Wohnsitz im Ausland diskriminiert, wenn ohne Gläubigergefährdung ein Arrest gemäss <ref-law> zugelassen werde, während dies bei einem in der Schweiz wohnhaften Schuldner nicht möglich wäre; dies widerspreche auch der Tendenz der neueren Gesetze, immer mehr von der Unterscheidung zwischen In- und Ausland abzuweichen. Die Argumentation des Obergerichtes müsste im Übrigen zur Folge haben, dass auch der Arrest im Sinn von Art. 271 Abs. 1 Ziff. 1-3 SchKG ohne zusätzliche Gläubigergefährdung zuzulassen wäre, was vom Gesetzgeber offensichtlich nicht gewollt sei.
3.3 Die beiden letzten Argumente gehen an der Sache vorbei: Für den "Ausländerarrest" gemäss <ref-law> ist der (Wohn-)Sitz im Ausland gerade das massgebliche Tatbestandskriterium und die vorliegend interessierende Frage des Verhältnisses zwischen dieser Norm und derjenigen von <ref-law> hat keine Auswirkungen auf die Auslegung von Art. 271 Abs. 1 Ziff. 1-3 SchKG. Näher zu erörtern - im Rahmen einer Willkürprüfung - ist hingegen, ob die Vereinbarung eines Spezialdomizils in der Schweiz den Ausländerarrest ausschliesst.
3.4 Die wenigen greifbaren kantonalen Präjudizien halten den Ausländerarrest für ausgeschlossen, wenn ein Spezialdomizil im Sinn von <ref-law> besteht (Cour d'appel [Freiburg] vom 10. März 1971, in: ATCF 1971, S. 65; Tribunale d'appello [Tessin] vom 12. Juni 1996, in: RGP 1996, S. 299 f.; ferner mit Bezug auf die Geschäftsniederlassung im Sinn von <ref-law>: Cour de Justice [Genf] vom 4. November 1949, in: SJ 1951, S. 211 ff.). Von einem Ausschluss geht auch die deutliche Mehrheit der Lehre aus, teilweise kurz begründet (GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N. 24 zu <ref-law> [wobei derselbe in N. 56 zu <ref-law> nur vom ordentlichen Betreibungsort spricht]; DALLÈVES, Le séquestre des biens de personnes résidant à l'étranger, in: RVJ 1989 S. 370; MATTMANN, Die materiellen Voraussetzungen der Arrestlegung nach <ref-law>, Diss. Fribourg 1981, S. 75 f.; PACHLATKO, Ausgewählte Fragen zum schweizerischen Arrestrecht, Diss. Basel 1979, S. 80 ff.), grösserenteils ohne jede Begründung (SCHÜPBACH, in: Commentaire Romand, N. 25 zu <ref-law>; JAEGER/ WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. Zürich 1997, N. 28 zu <ref-law>; BOLLIGER/ JEANNERET, in: Kurzkommentar SchKG, N. 15 zu <ref-law>; MEIER-DIETERLE, in: Kurzkommentar SchKG, N. 9 zu <ref-law>; BLUMENSTEIN, Handbuch des schweizerischen Schuldbetreibungsrechts, Bern 1911, S. 833; FRITZSCHE/WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, Band II, 3. Aufl. Zürich 1993, § 56 Rz. 13; AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. Bern 2008, § 51 Rz. 18; GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4. Aufl. Lausanne 2005, Rz. 2203; FAVRE, Droit des poursuites, 3. Aufl. Fribourg 1974, S. 361; KREN-KOSTKIEWICZ, Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, Zürich 2012, S. 370; HIRT/RUDIN, Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, 3. Aufl. Zürich 2006, S. 184; MEIER-DIETERLE, Der "Ausländerarrest" im revidierten SchKG, in: AJP 1996 S. 1421; MEIER-DIETERLE, Arrestpraxis ab 1. Januar 2011, in: AJP 2010 S. 1218; KÖPE, Zur Dogmatik des Arrestbewilligungsverfahrens, Diss. Zürich 1991, S. 102; PEDROTTI, Le séquestre international, Diss. Fribourg 2001, S. 135; GASSMANN, Arrest im internationalen Rechtsverkehr, Diss. Zürich 1998, S. 269), wobei BLUMENSTEIN, in: Archiv für Schuldbetreibung und Konkurs, 1908, S. 261, präzisiert, dass der Arrest nur dann ausgeschlossen ist, wenn das Spezialdomizil ausdrücklich zur Erfüllung der dem Arrestbegehren zugrunde liegenden Verbindlichkeit gewählt wurde. Eine Minderheit von Autoren vertritt den gegenteiligen Standpunkt, wonach der Ausländerarrest auch dann möglich ist, wenn die Parteien ein Spezialdomizil vereinbart haben (JUD, Die Entwicklung der Rechtsprechung zum Arrestrecht des SchKG, Diss. Zürich 1940, S. 15; ROSSETTI, Das schweizerische Arrestrecht und seine Reformbedürftigkeit, Diss. Fribourg 1983, S. 31 f.; SCHINDLER, Die Arrestaufhebung nach <ref-law>, Diss Bern 1957, S. 97; ebenfalls in diese Richtung, indem der Ausschluss des Ausländerarrestes bezweifelt wird STOFFEL, in: Basler Kommentar, N. 84 zu <ref-law>; STOFFEL/ CHABLOZ, in: Commentaire Romand, N. 69 zu <ref-law>). Dem Entscheid BGE 59 III 174 lag ein Fall zugrunde, bei welchem gegen eine im Ausland wohnhafte, aber in der Schweiz im Handelsregister eingetragene Person ein Arrest verfügt worden war. Zu entscheiden war die Frage, ob diesfalls die Betreibung auf Konkurs fortgesetzt werden könne (das Betreibungsamt hatte dem Schuldner die Konkursandrohnung zugestellt), was das Bundesgericht mit Hinweis auf <ref-law> verneinte (E. 1). Es erwog sodann, dass aus den gleichen Gründen (kein ordentlicher Betreibungsstand) eine am Spezialdomizil angehobene Betreibung nicht auf Konkurs fortgesetzt werden könnte (E. 2). Das Verhältnis zwischen Spezialdomizil und Arrest war hingegen nicht Thema von BGE 59 III 174 und für diese Frage lässt sich entgegen gewissen Stimmen (JUD, a.a.O., S. 15; ROSETTI, a.a.O., S. 32) aus dem betreffenden Entscheid auch nichts ableiten.
Für die Gesetzesauslegung gilt, dass das Bundesgericht an einen klaren und unzweideutigen Gesetzeswortlaut im Prinzip gebunden ist, sofern dieser den wirklichen Sinn der Norm wiedergibt. Abweichungen von einem klaren Wortlaut sind aber zulässig oder sogar geboten, wenn triftige Gründe zur Annahme bestehen, dass dieser nicht dem wahren Sinn der Bestimmung entspricht; solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Sinn und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben (systematische, teleologische, historische und rechtsvergleichende Auslegung: vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 322 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 82; <ref-ruling> E. 2.4 S. 265; zur Publ. bestimmtes Urteil 5A_68/2012 E. 3.4).
Gemäss <ref-law> ist das vorliegend interessierende Kriterium erfüllt, "wenn der Schuldner nicht in der Schweiz wohnt", und <ref-law> nennt "im Auslande wohnende Schuldner". Rein grammatikalisch betrachtet, schliessen sich die beiden Tatbestände keineswegs aus, wie das Obergericht zutreffend festhält, im Gegenteil. Die eingangs zitierte Mehrheitsmeinung geht aber explizit oder implizit davon aus, dass es bei <ref-law> nicht eigentlich um den (Wohn-)Sitz geht, sondern die Norm darauf abzielt, einen Betreibungsstand in der Schweiz zu schaffen, wenn und soweit hier kein anderer (ordentlicher oder besonderer) Betreibungsort gegeben ist. Dabei handelt es sich um eine sog. teleologische Reduktion der Norm. Diese Sichtweise ist einerseits plausibel, andererseits aber nicht zwingend: Leitgedanke beim Ausländerarrest ist in der Tat, dass die Rechtsverfolgung im Ausland erschwert sein kann und deshalb über den Arrest ein Betreibungsort in der Schweiz geschaffen werden soll (<ref-law>), was überflüssig ist, wenn bereits anderweitig ein solcher besteht. Im Unterschied zur Geschäftsniederlassung im Sinn von <ref-law> oder zur gelegenen Sache gemäss <ref-law> muss aber der Schuldner bei der Vereinbarung eines Spezialdomizils keineswegs im Inland effektiv präsent bzw. mit Vermögenswerten fassbar sein (wobei diesfalls freilich auch der Arrest nicht weiterhilft). Nur eine untergeordnete Bedeutung kann indes dem Umstand zukommen, dass der Arrest eine sofortige Sicherungsmöglichkeit bedeutet und sich flüssige Vermögenswerte (heute) relativ leicht verschieben lassen, denn dies ist an sich auch beim in der Schweiz wohnhaften Schuldner der Fall. Trotzdem muss der Gläubiger hier zuerst das ganze Einleitungsverfahren durchlaufen, jedenfalls soweit er nicht zu einem Titelarrest gemäss dem neu geschaffenen <ref-law> schreiten kann oder eine Gefährdung im Sinn von <ref-law> gegeben ist. Immerhin ist einzuräumen, dass der im Ausland wohnhafte Schuldner in der Schweiz, und zwar unabhängig von einem Spezialdomizil, tendenziell nur punktuell Vermögenswerte aufweisen wird und ihm deshalb eine gesamthafte Verschiebung des Vermögens während des Einleitungsverfahrens unter Umständen leichter fällt als dem Schuldner mit (Wohn-) Sitz in der Schweiz.
Für die vorliegend interessierende Frage ist weder die systematische noch die historische Auslegungsmethode ergiebig. Der bundesrätliche Entwurf vom 23. Februar 1886 beschränkte den Arrest auf den Fall, dass der Gläubiger sein Recht im Ausland nur mit ausserordentlichen Schwierigkeiten verfolgen könne (BBl 1886 II 134), während die verabschiedete Fassung generell auf den Wohnsitz im Ausland abstellt. Daraus drängt sich aber keineswegs der Schluss auf, dass der Arrestgrund auch dann bestehen soll, wenn bereits anderweitig ein Betreibungsstand in der Schweiz gegeben ist; erforderlich wäre hierfür vielmehr eine konkrete Aussage zum Verhältnis zwischen Art. 50 Abs. 2 und <ref-law>, worüber aber die Materialien, soweit erkennbar, nichts sagen (vgl. OTT, Das Arrestverfahren nach dem Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs vom 11. April 1889, Diss Zürich 1900, S. 59 f.; MATTMANN, a.a.O., 47 f.). Ferner ist festzuhalten, dass sich auch aus dem neuen Arrestgrund von <ref-law>, wie er seit 1. Januar 2011 in Kraft steht, weder für die eine noch für die andere Sichtweise Entscheidendes ableiten lässt. Die Gesetzesnovelle steht im Zeichen der Stärkung der Gläubigerrechte und sieht im Wesentlichen vor, dass der neue Arrestgrund keine Gefährdung voraussetzt, auch ein schweizerischer Entscheid zum Titelarrest berechtigt und bei allen Arrestgründen schweizweit auf Vermögenswerte zugegriffen werden kann (vgl. Botschaft BBl 2009 1821); was sich aus diesen Eckpunkten für die vorliegend interessierende Frage potentiell ableiten lassen könnte (einerseits Voranstellen des Sicherungsgedanken, andererseits aber auch Inländergleichbehandlung), hebt sich im Kräftefeld gegenseitig auf; dies zeigt sich exemplarisch darin, dass in beiden kantonalen Urteilen und in der Beschwerde je zur Bekräftigung des eigenen Standpunktes auf die Gesetzesnovelle hingewiesen wird.
Aus dem Gesagten ergibt sich, dass für beide Sichtweisen gute Gründe bestehen, und jedenfalls lässt sich nicht sagen, dass der eine oder andere Standpunkt die fragliche Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen würde. Damit ist nach der in E. 1 genannten Definition keine der beiden Sichtweisen willkürlich, zumal sich nach ständiger Rechtsprechung in der Regel dort nicht von Willkür sprechen lässt, wo die Doktrin geteilt ist (vgl. Urteile 5A_353/2010 vom 16. August 2010 E. 3.2.; 5A_164/2008 vom 9. September 2008 E. 5.2.3; 2P.256/2004 vom 7. Januar 2005 E. 3.1).
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer hat folglich die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Der Gegenpartei ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Dezember 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli