Fatti:
A. Il 31 maggio 2005 B._SA, in qualità di locatrice, e A._Sagl, in qualità di conduttrice, hanno concluso un contratto di locazione avente per oggetto un capannone, un box e quattro posteggi, con effetto a partire dal 1° luglio 2005.
Il contratto, di durata indeterminata e disdicibile con un preavviso di 6 mesi per la scadenza del 30 giugno di ogni anno, la prima volta per il 30 giugno 2010, prevedeva una pigione annuale di fr. 29'400.--, pagabile in rate mensili anticipate di fr. 2'450.--.
B. Nonostante i dissapori immediatamente sorti fra le parti in merito ad asseriti difetti dell'ente locato, al mancato versamento del deposito di garanzia e al pagamento irregolare delle pigioni mensili, il rapporto di locazione è continuato sino ai fatti all'origine dell'attuale controversia, risalenti all'aprile 2007.
B.a Il 6 aprile 2007 A._Sagl ha segnalato alla locatrice che in occasione del temporale del 3 aprile precedente si erano verificate abbondanti infiltrazioni d'acqua, precisando che non avrebbe provveduto al pagamento delle pigioni sino all'eliminazione dei difetti dell'ente locato. Il 16 aprile 2007 essa ha ribadito la richiesta tendente alla riparazione del tetto e comunicato alla locatrice di ritenerla responsabile dei danni da lei subiti, quantificati in fr. 60'000.--, visto il rifiuto opposto dall'assicurazione alla sua richiesta d'indennizzo.
B._SA ha risposto il 20 aprile 2007, contestando il contenuto delle citate missive e sollecitando il versamento del deposito di garanzia. Il 26 aprile 2007 essa ha inoltre fissato a A._Sagl un termine di 30 giorni per il pagamento delle pigioni arretrate di febbraio, marzo e aprile 2007, con la comminatoria della disdetta anticipata ai sensi dell'<ref-law> in caso di mancato pagamento.
Con scritto del 22 maggio 2007 A._Sagl ha spiegato di non aver pagato il canone di locazione a causa della mancata eliminazione dei difetti all'origine delle infiltrazioni d'acqua, che le hanno causato un pregiudizio di fr. 60'000.--, e ha dichiarato che a partire dal mese di giugno avrebbe depositato la pigione presso l'Ufficio di conciliazione.
Il 29 maggio 2007 B._SA ha notificato la disdetta del contratto di locazione con effetto al 30 giugno 2007, su modulo ufficiale.
B.b A._Sagl si è quindi rivolta al competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, il 4 giugno 2007, chiedendo l'invalidazione della disdetta o, in subordine, la concessione di una protrazione della locazione di almeno due anni, nonché la condanna della locatrice al risarcimento dei danni subiti a causa dei difetti dell'ente locato.
All'udienza del 26 giugno le parti hanno concordato la liberazione a favore della locatrice del canone depositato per il mese di giugno 2007, così come la competenza della Pretura a decidere sulla contestazione della disdetta e sulla domanda di protrazione della locazione presentata dalla conduttrice, avendo la locatrice preannunciato l'inoltro di un'istanza di sfratto.
B.c Con istanza del 2 luglio 2007 B._SA ha in effetti domandato alla Pretura di Lugano di ordinare lo sfratto di A._Sagl, poiché l'ente locato non era stato riconsegnato entro il termine previsto dalla disdetta.
La conduttrice si è opposta all'istanza di sfratto e ha ribadito le richieste già formulate dinanzi all'Ufficio di conciliazione. Essa ha pure specificato che nella lettera del 22 maggio 2007 aveva espresso la volontà di depositare le pigioni future e compensare le pigioni scadute con la sua pretesa di risarcimento danni, quantificata in fr. 60'000.--. La disdetta notificata immediatamente dopo tale comunicazione sarebbe abusiva e quindi annullabile giusta l'art. 271 segg. CO, siccome data per il motivo ch'essa faceva valere in buona fede pretese derivanti dalla locazione. In via riconvenzionale la conduttrice ha inoltre postulato il risarcimento del pregiudizio patito a causa dell'inadempienza contrattuale della locatrice, la quale non ha mai provveduto a riparare il tetto difettoso, composto da fr. 108'434.85, quale risarcimento per il materiale ferroso e d'acciaio danneggiato dalle infiltrazioni d'acqua, e da fr. 173'300.90, a titolo di risarcimento per l'interruzione dell'attività a seguito della contestata disdetta. In sede di duplica ha poi comunicato la rinuncia alla domanda riconvenzionale - visto che l'<ref-law> esclude una simile domanda nel quadro della procedura speciale per le controversie in materia di locazione di locali di abitazione e commerciali e di affitto - e l'avvenuta introduzione, presso la medesima Pretura, di un'azione tendente al risarcimento danni e alla riduzione della pigione.
Statuendo il 15 luglio 2008, la Pretora, premesso che la sua competenza e il suo potere d'esame si fondano sull'<ref-law>, ha accertato la validità della disdetta notificata il 29 maggio 2007 con effetto a decorrere dal 30 giugno 2007 e ha accolto l'istanza di sfratto, respingendo la domanda di protrazione. In breve, la giudice di prima istanza è giunta alla conclusione che in concreto non sono riunite le condizioni per ammettere l'asserita estinzione del debito per compensazione: l'affermazione della conduttrice secondo la quale essa avrebbe subito un danno di fr. 60'000.-- a causa dei difetti è infatti una mera allegazione di parte, contestata dalla locatrice, che non può dirsi incontestabile. In queste circostanze, non avendo A._Sagl fatto uso della facoltà concessale dall'<ref-law> di depositare le pigioni in attesa dell'eliminazione degli asseriti difetti dell'ente locato, la disdetta per mora nel pagamento delle pigioni appariva giustificata. La giudice ha poi disatteso l'argomento secondo il quale la disdetta sarebbe abusiva e quindi annullabile giusta l'art. 271 e 271a CO, poiché dalla documentazione prodotta non è emerso alcun elemento a sostegno di tale asserzione. Da ultimo, la giudice ha respinto la domanda di protrazione della locazione, l'<ref-law> escludendo espressamente ogni proroga del contratto in caso di disdetta per mora del conduttore.
B.d L'impugnativa interposta dalla soccombente contro questo giudizio è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 15 settembre 2008.
La massima istanza ticinese non solo ha integralmente condiviso le considerazioni formulate dalla prima giudice, ma ha pure aggiunto che la domanda volta all'accertamento dell'abusività della disdetta risulta in ogni caso irricevibile, siccome formulata per la prima volta nel procedimento di sfratto, e non già davanti all'Ufficio di conciliazione.
C. Il 20 ottobre 2008 A._Sagl è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza impugnata nel senso dell'accoglimento del suo appello e, pertanto, dell'accoglimento della contestazione della disdetta con conseguente reiezione dell'istanza di sfratto.
La richiesta tendente al conferimento dell'effetto sospensivo è stata accolta in via supercautelare il 22 ottobre 2008.
Nella risposta del 5 novembre 2008 B._SA ha proposto di respingere sia la domanda di effetto sospensivo sia il ricorso. Contestualmente alla presentazione del suo allegato ha pure chiesto di ordinare alla controparte il versamento di un'adeguata garanzia per spese ripetibili giusta l'<ref-law>, pena il decadimento dell'intera procedura.
L'autorità cantonale ha invece rinunciato a presentare osservazioni.

Diritto:
1. Prima di chinarsi sul contenuto del ricorso è opportuno evadere la richiesta dell'opponente tendente al versamento di una garanzia per le spese ripetibili.
1.1 L'obbligo - previsto dall'<ref-law> - di fornire garanzie per le spese ripetibili mira ad evitare che la parte convenuta in giudizio affronti delle spese con il rischio di non vederle poi, se del caso, rimborsate, perché la controparte non ha domicilio in Svizzera o è insolvente. Alla parte che, in simili circostanze, insta per il versamento di una garanzia viene così offerta la possibilità di fare l'economia di tali spese, poiché, qualora la garanzia richiesta non venisse prestata in tempo utile, le domande della controparte verranno dichiarate inammissibili, come prescritto dall'<ref-law>. In altre parole, se intende vederne garantito il rimborso, la parte che chiede il versamento di una cauzione non deve acconsentire a tali spese prima di conoscere l'esito della sua richiesta e, nel caso in cui questa dovesse venire accolta, prima della scadenza del termine assegnato alla controparte per procedere al versamento. Ciò presuppone ch'essa non presenti la propria istanza di cauzione contemporaneamente alla risposta e, se necessario, che domandi l'assegnazione di un nuovo termine per inoltrare la risposta al ricorso (<ref-ruling> consid. 1 non pubblicato; <ref-ruling> consid. 2; 79 II 295 consid. 3 pag. 305).
1.2 In concreto, avendo introdotto la richiesta di prestazione di garanzie contestualmente all'allegato di risposta, l'opponente ha implicitamente consentito ad affrontare le spese che chiedeva di garantire.
La sua domanda di garanzie è pertanto divenuta priva di oggetto.
2. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
2.1 Dato che il litigio verte sulla validità della disdetta del contratto di locazione stipulato il 30 giugno 2005 e sul diritto della ricorrente di continuare ad occupare i locali commerciali oggetto di tale contratto, si è in presenza di un ricorso rivolto contro una decisione emanata in materia civile (<ref-law>).
2.2 L'autorità chiamata a statuire sullo sfratto e sulla validità della disdetta notificata in applicazione dell'<ref-law> in virtù dell'attrazione di competenza dell'<ref-law> è tenuta, secondo il diritto federale, ad esaminare il litigio con piena cognizione, indipendentemente dalla procedura prevista dal diritto cantonale. La sua decisione ha quindi senz'altro carattere finale ai sensi dell'<ref-law>.
2.3 Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario, concernente una controversia in materia di diritto della locazione il cui valore litigioso supera fr. 15'000.-- (<ref-law>; sulle modalità del calcolo del valore di causa cfr. <ref-ruling> consid. 1 pag. 386), il ricorso risulta ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
3. Nell'allegato di risposta, l'opponente propone infatti di respingere il ricorso in ordine in quanto carente nella motivazione. Il documento sottoposto al vaglio del Tribunale federale sarebbe infatti la fotocopia, paragrafo per paragrafo, dell'appello inoltrato il 28 luglio 2008. Le argomentazioni dei giudici della seconda istanza - prosegue l'opponente - "non sono state contestate ma semplicemente ignorate dalla ricorrente, la quale persiste ad esporre le proprie inconsistenti lamentele in maniera generica e superficiale".
Il rilievo dell'opponente è pertinente. Eccezion fatta per l'ultimo punto - il n. 4 - nel quale viene invocata la violazione del principio iura novit curia e dell'<ref-law>, il tenore del ricorso in materia civile corrisponde a una parte dell'atto d'appello, pressoché parola per parola. Considerato comunque che il Tribunale d'appello ha aderito alle argomentazioni pretorili le critiche mosse contro il primo giudizio valgono anche contro il secondo. Nella misura in cui sono motivate conformemente ai requisiti esposti qui di seguito, esse possono pertanto venire trattate.
3.1 A norma dell'<ref-law> nell'allegato ricorsuale occorre spiegare in modo conciso i motivi per i quali l'atto impugnato viola il diritto. Se questa condizione è soddisfatta, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1).
Le esigenze di motivazione quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali sono più rigorose; il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se il ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2). Il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono pertanto le regole di motivazione poste dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (<ref-ruling> consid. 2).
3.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda invece il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>); giusta l'<ref-law> può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere impugnato alle stesse condizioni (<ref-law>); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). L'onere di esporre i motivi per i quali queste condizioni sarebbero adempiute spetta alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata. Qualora venga fatto valere che nel quadro dell'accertamento dei fatti l'autorità cantonale ha violato il divieto dell'arbitrio, sancito dall'<ref-law>, la relativa censura deve ottemperare i requisiti di motivazione posti dall'<ref-law>.
4. La controversia in rassegna verte innanzitutto sulla validità della disdetta del contratto di locazione notificata il 29 maggio 2007 dall'opponente a causa del mancato pagamento delle pigioni di febbraio, marzo e aprile 2007 entro il termine di 30 giorni fissato nella lettera del 26 aprile 2007, con minaccia di disdetta in caso di mancato pagamento.
4.1 Giusta l'<ref-law>, quando, dopo la consegna della cosa, il conduttore sia in mora al pagamento del corrispettivo o delle spese accessorie scaduti, il locatore può fissargli per scritto un termine per il pagamento e avvertirlo che, scaduto infruttuosamente questo termine, il rapporto di locazione sarà disdetto. Se il conduttore non paga entro il termine fissato, il locatore può, nel caso di locali d'abitazione o commerciali, recedere dal contratto con un preavviso di 30 giorni almeno per la fine di un mese <ref-law>.
In concreto, l'opponente ha proceduto secondo le modalità appena descritte e, non avendo la ricorrente provveduto al pagamento delle pigioni arretrate entro il termine assegnatole il 26 aprile 2007, il 29 maggio 2007 ha disdetto il contratto con effetto al 30 giugno 2007.
4.2 Stando a quanto accertato nella sentenza impugnata, entro il predetto termine di 30 giorni la ricorrente ha però asseverato l'estinzione del debito mediante compensazione (art. 120 seg. CO) con la pretesa di risarcimento per i danni subiti a seguito delle infiltrazioni d'acqua, riconducibili ai difetti dell'ente locato che l'opponente - in contrasto con quanto promesso - non avrebbe eliminato, quantificata in fr. 60'000.--. Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente ribadisce di non poter essere considerata in mora con il pagamento delle pigioni, l'eccezione di compensazione dovendo essere accolta.
4.2.1 Il conduttore che riceve una disdetta per mora nel pagamento delle pigioni (<ref-law>) ha il diritto di eccepire l'estinzione del debito per compensazione con un suo credito nei confronti del locatore (<ref-ruling> consid. 6b/bb pag. 248; David Lachat, Le bail à loyer, 2008, n. 3.7 pag. 316; Raymond Bisang et al., Das schweizerische Mietrecht, 3a ed. 2008, n. 17 ad <ref-law>; Peter Higi, in Zürcher Kommentar, n. 15 ad <ref-law>).
4.2.2 Se l'inquilino eccepisce chiaramente la compensazione entro il termine della comminatoria (<ref-law>) e il credito posto in compensazione è dimostrato, non contestato oppure non contestabile - siccome fondato su un riconoscimento di debito o su una decisione giudiziale - la disdetta è inefficace (nulla), non essendo adempiuto il requisito della "mora nel pagamento delle pigioni" (Lachat, op. cit., n. 2.3.5 pag. 671 e n. 2.7 pag. 729; Bisang et al., op. cit., n. 17 e 19 ad <ref-law>; Higi, op. cit., n. 15 ad <ref-law>).
4.2.3 Di principio, a norma dell'<ref-law>, il debitore può opporre la compensazione anche se il suo credito è contestato; in questo caso il giudice deve statuire sull'esistenza del credito invocato, per decidere se la compensazione è possibile (sentenza 4C.212/2006 del 28 settembre 2006 consid. 3; sentenza 4C.295/2001 del 24 gennaio 2002 consid. 2b) rispettivamente, se necessario, deve fissare al debitore un termine per promuovere l'azione dinanzi all'autorità competente (Lachat, op. cit., nota a piè di pagina n. 74 pag. 316).
Come rettamente ritenuto nella sentenza impugnata, tale possibilità è però esclusa quando la pretesa posta in compensazione e contestata dalla controparte consiste in una domanda di riduzione della pigione a causa di difetti dell'ente locato oppure in una domanda di risarcimento danni per difetti dell'ente locato. Al conduttore che si prevale di difetti dell'ente locato, la legge - e segnatamente l'art. 259g segg. CO, lex specialis per rapporto all'<ref-law> - concede infatti la facoltà di depositare la pigione, mentre gli vieta di ridurre rispettivamente trattenere di propria iniziativa la pigione (Lachat, op. cit., n. 4.7 pag. 265, n. 7.4.8 pag. 279; Higi op. cit., n. 17 ad <ref-law>; Bisang et al., op. cit., n. 20 ad <ref-law>). In questo modo il conduttore dispone di uno strumento per indurre il locatore ad adempiere i suoi obblighi contrattuali senza venir meno ai propri ed esporsi al rischio, appunto, di una rescissione del contratto per mora nel pagamento delle pigioni.
4.2.4 Ne discende che la decisione delle autorità giudiziarie ticinesi di negare l'estinzione del debito a carico della ricorrente mediante compensazione con la pretesa di risarcimenti danni vantata in relazione ai difetti dell'ente locato, contestata dalla controparte nella sua esistenza prima ancora che nel suo ammontare, è conforme al diritto federale.
4.3 Questo rende inconferente la censura secondo la quale, ordinando la disgiunzione del procedimento di sfratto da quelli paralleli di risarcimento del danno e di riduzione della pigione, la giudice di primo grado avrebbe impedito alla ricorrente di fornire la prova del proprio credito e, di conseguenza, violato l'art. 9 e l'<ref-law>
4.4 In conclusione, la disdetta per mora nel pagamento delle pigioni notificata il 29 maggio 2007 è valida.
5. Nella denegata ipotesi in cui dovesse venir ammessa la validità della disdetta, la ricorrente insiste nel postularne l'annullamento siccome contraria alle regole della buona fede (art. 271 e 271a CO). A suo modo di vedere la disdetta dovrebbe venir annullata perché manifestamente dettata da una volontà di ritorsione nei suoi confronti, per le pretese da lei in buona fede fatte valere in relazione ai difetti dell'ente locato (<ref-law>). Essa mira inoltre a permettere alla locatrice di sottrarsi all'impegno assunto - anche dinanzi all'Ufficio dei fallimenti - di procedere al risanamento del capannone.
Queste affermazioni sono state disattese dalla giudice di prima istanza, la quale ha stabilito che dalle tavole processuali non è emerso nessun elemento suscettibile di confortare l'asserito carattere abusivo della disdetta. Il Tribunale d'appello non si è invece confrontato con gli argomenti sollevati dalla ricorrente a questo riguardo, avendo essa omesso di invocare l'abusività della disdetta già davanti all'Ufficio di conciliazione, entro 30 giorni dalla sua intimazione (<ref-law>). La ricorrente - hanno osservato i giudici della massima istanza ticinese - ha sì tempestivamente contestato la disdetta, adducendo i motivi che a suo modo di vedere giustificavano il mancato versamento delle pigioni, ma non ha preteso - a quel momento - che la disdetta fosse abusiva né ha accennato a circostanze che avrebbero permesso di giungere a una simile conclusione.
5.1 A mente della ricorrente, invece, anche in assenza di una contestazione esplicita della disdetta siccome abusiva, i giudici cantonali avrebbero dovuto esaminare la questione d'ufficio, sia in virtù del principio iura novit curia sia in considerazione dell'<ref-law>, visto che già dinanzi all'Ufficio di conciliazione essa aveva evidenziato la relazione di casualità esistente fra la segnalazione dei difetti e la notifica della disdetta.
5.2 La critica ricorsuale non è priva di pertinenza. Il richiamo della Corte cantonale alla giurisprudenza del Tribunale Federale (<ref-ruling>) per giustificare la propria decisione non convince, visto che in quel caso la parte conduttrice aveva completamente omesso di contestare la disdetta entro il termine di 30 giorni dalla sua notifica e addotto il carattere abusivo della stessa per la prima volta dinanzi al giudice dello sfratto. La parte che invece, come la ricorrente, adisce l'Ufficio di conciliazione entro il termine di 30 giorni posto dall'<ref-law> chiedendo l'invalidazione della disdetta, non è tenuta a specificare il motivo giuridico di cui si prevale (art. 271 cpv. 1 e art. 271a cpv. 1 CO): basta che esponga chiaramente i fatti su cui fonda la sua richiesta, che se necessario verranno accertati d'ufficio dall'autorità di conciliazione e poi dal giudice in virtù dell'<ref-law> (Lachat, n. 6.4 in fondo pag. 758; Bisang et al., op. cit., n. 22 ad <ref-law>).
5.3 La decisione impugnata merita per contro di essere condivisa laddove evidenzia come, in ogni caso, la ricorrente non abbia accennato dinanzi all'autorità di conciliazione a circostanze che avrebbero permesso di ammettere la natura abusiva della disdetta anticipata del contratto per mancato pagamento delle pigioni.
5.3.1 È vero che anche una disdetta fondata sull'<ref-law> può, in determinate circostanze, risultare abusiva (<ref-ruling> consid. 4a pag. 33). Non va tuttavia dimenticato che, qualora la disdetta sia stata data per mancato pagamento della pigione, il suo annullamento viene ammesso con estremo riserbo, questa misura dovendo restare una ultima ratio (sentenza 4A_361/2008 del 26 settembre 2008 consid. 2.3.2).
Il giudice può annullare la disdetta solamente se questa si rivela inammissibile tenuto conto della giurisprudenza relativa all'abuso di diritto e alla buona fede; come anticipato, la disdetta per mora del conduttore può venir annullata solo se sono realizzate delle condizioni particolari (<ref-ruling> consid. 4a pag. 33). Tale è il caso, ad esempio, se con la comminatoria il locatore ha preteso il pagamento di una somma molto superiore a quella effettivamente dovuta, se il locatore ha minacciato la disdetta senza nemmeno essere sicuro dell'ammontare della propria pretesa, se l'importo rimasto impagato è insignificante, se le pigioni arretrate sono state pagate solo uno o due giorni dopo la scadenza della comminatoria e in precedenza il conduttore ha sempre puntualmente pagato il canone di locazione mensile, oppure se il locatore disdice il contratto lungo tempo dopo la scadenza della comminatoria (DTF citata; sentenza 4C.430/2004 dell'8 febbraio 2005 consid. 3 in SJ 2005 I pag. 310; Lachat, op. cit., n. 2.3.6 pag. 672).
Tocca al destinatario della disdetta allegare e dimostrare ch'essa contravviene alle regole della buona fede e che il motivo invocato dal locatore, il mancato pagamento delle pigioni, è un mero pretesto che nasconde una motivazione abusiva (ATF 120 II 105 consid. 3c). La valutazione del carattere abusivo della disdetta deve riferirsi al momento in cui il locatore manifesta la volontà di porre fine al rapporto contrattuale (sentenza 4C.140/2006 del 14 agosto 2006 consid. 5.1).
5.3.2 In concreto la ricorrente non ha addotto nessuna delle circostanze sopra indicate. Essa si è limitata a sostenere che la disdetta per mora nel pagamento delle pigioni sarebbe in realtà stata notificata a causa della sua richiesta di eliminare i difetti dell'ente locato, alla quale l'opponente non vuole assolutamente dare seguito.
Sennonché il Tribunale federale ha a più riprese spiegato, anche in alcune recenti sentenze, che non vi è nulla di abusivo nella decisione del locatore di rescindere il contratto di un conduttore per il motivo ch'egli non paga più le pigioni e ciò anche qualora fra le parti vi sia - o vi sia stato - un litigio (sentenza 4A_361/2008 del 26 settembre 2008 consid. 2.3.2). La legge stessa, all'<ref-law>, prevede d'altro canto che il divieto di disdetta durante un procedimento di conciliazione o giudiziario in relazione con la locazione (art. 271 cpv. 2 lett. d CO) e nei tre anni susseguenti alla fine di un tale procedimento (art. 271 cpv. 2 lett. e CO) non vale qualora la rescissione del contratto avvenga per mora del conduttore (sentenza 4A_493/2007 del 4 febbraio 2008 consid. 4.1). Non si vede per quale motivo il conduttore che non paga le pigioni dovrebbe beneficiare di un trattamento diverso se si trova in una situazione di conflitto con il locatore al di fuori di un procedimento di conciliazione o giudiziario; a maggior ragione se il litigio verte su asseriti difetti dell'ente locato, visto che la legge, come già ricordato al consid. 4.2.3, offre all'inquilino uno strumento efficace - il deposito delle pigioni (art. 259a e 259g CO) - per spingere il locatore all'eliminazione di tali difetti, o eventualmente ottenere una riduzione del canone di locazione (sentenza 4C.49/2007 del 28 agosto 2007 consid. 3.5).
Anche su questo punto il gravame si rivela quindi infondato.
6. Ne discende l'integrale reiezione del ricorso in materia civile presentato dalla conduttrice.
6.1 Come rettamente deciso dai giudici ticinesi - e non più contestato in questa sede - una protrazione non entra in linea di conto (cfr. <ref-law>), indi per cui la ricorrente è tenuta a lasciare l'ente locato secondo le modalità indicate dalla Pretora nel giudizio emanato il 15 luglio 2008.
6.2 Con l'evasione del gravame la domanda di effetto sospensivo diviene priva d'oggetto.
6.3 Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.