Fatti:
A.
A.a. B._ è stato alle dipendenze, dal 30 dicembre 2004 al 31 maggio 2009 della A._AG, presso la succursale di Lugano, quale vicedirettore e con la funzione di private banker. Il 5 novembre 2008 la datrice di lavoro gli ha concesso un mutuo di fr. 30'000.--, da rimborsare con trattenute mensili sullo stipendio di fr. 1'300.--.
A.b. L'8 febbraio 2010 B._ ha convenuto in giudizio innanzi al Pretore del distretto di Lugano la A._AG, chiedendo dapprima il pagamento di fr. 30'000.-- (cifra inferiore a quanto vantato a titolo di stipendio, indennità per ferie non godute e provvigioni) e il rilascio di un certificato di lavoro di cui ha proposto il testo. In seguito ad un'obiezione della convenuta l'attore ha modificato il petitum in modo che l'importo richiesto, sommato al valore del certificato di lavoro, non superasse il limite di fr. 30'000.-- menzionato dagli <ref-law> e 416 cpv. 1 CPC ticinese allora in vigore. Il 14 aprile 2011 la convenuta ha ritirato la sua opposizione al rilascio del domandato certificato di lavoro. Con sentenza 20 ottobre 2011 il Pretore ha accolto l'azione, ha condannato la A._AG a versare all'attore fr. 29'000.--, oltre interessi, e a consegnargli l'attestato di lavoro. Con riferimento alle pretese oggetto della causa, il Giudice di primo grado ha attribuito al certificato di lavoro un valore di fr. 1'000.--, ha riconosciuto fr. 33'994.-- a titolo di stipendi non pagati per i mesi da marzo a maggio 2009, fr. 4'806.45 per commissioni e fr. 10'897.25 quale indennità per vacanze non godute. Egli ha ammesso limitatamente a fr. 15'966.-- la compensazione delle pretese di salario con il mutuo fatta valere dalla convenuta.
B.
Con sentenza del 9 luglio 2012 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura in cui è ricevibile, un appello della convenuta.
C.
La A._AG chiede con ricorso in materia civile del 12 settembre 2012 al Tribunale federale di dichiarare irricevibile l'azione. In via subordinata postula che la sentenza impugnata sia annullata e riformata nel senso di dover corrispondere all'attore unicamente fr. 2'900.--, importo da cui vanno dedotti i contributi per le assicurazioni sociali. In via ancora più subordinata domanda invece che l'incarto sia rinviato all'autorità inferiore per nuova decisione. Ritiene che la Corte cantonale abbia violato il suo diritto di essere sentita e lamenta una violazione della massima dispositiva, che le avrebbe pure impedito di opporre in compensazione l'intera parte del mutuo non rimborsata (fr. 26'100.--), perché l'attore avrebbe sollevato un cumulo di azioni senza però cifrare le singole azioni parziali. Motiva la richiesta subordinata con la possibilità di compensare fr. 15'966.-- riconosciuta dal giudice di prima istanza e la compensazione della pretesa per le vacanze non godute con la rimanenza del mutuo. Giustifica infine la sua domanda di rinvio affermando che le istanze cantonali non hanno ripartito correttamente l'onere della prova con riferimento alla parte di salario che non può essere compensata, la quale sarebbe per altro stata fissata in modo arbitrario.
Con risposta 29 ottobre 2012 B._ propone la reiezione del ricorso.

Diritto:
1.
1.1. Nonostante il ricorso formulato in tedesco, in applicazione della regola prevista dall'<ref-law>, la presente sentenza viene redatta in italiano, lingua della decisione impugnata.
1.2. La tempestiva (<ref-law> combinato con l'<ref-law>) impugnativa è stata proposta dalla parte soccombente nella sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata su ricorso dall'autorità di ultima istanza del Cantone Ticino (<ref-law>) in una causa civile in materia di diritto del lavoro. Il valore litigioso supera la soglia di fr. 15'000.-- prevista dall'<ref-law>. Il ricorso in materia civile è quindi in linea di principio ammissibile.
2.
Nel proprio ricorso la ricorrente si prevale due volte di una violazione del suo diritto di essere sentita. Innanzi tutto perché nella sentenza impugnata la Corte cantonale ha citato, dimenticando di indicare la pagina in cui è stata pubblicata, una decisione di questo Tribunale nel seguente modo: " DTF 125 III consid. 3b ". Poi perché nella procedura di prima istanza essa avrebbe unicamente appreso con la pronuncia della decisione pretorile quali pretese pecuniarie erano state fatte valere dall'attore e perché ignorerebbe fino ad oggi in quale misura la condanna al pagamento di fr. 29'000.-- si riferisca al salario, alle provvigioni e all'indennità per vacanze, circostanza che impedirebbe pure di definire la forza di cosa giudicata.
Ora, contrariamente a quanto sostiene la ricorrente, l'omissione dell'indicazione di una pagina nella citazione di una DTF non le ha impedito di confrontarsi con il giudizio impugnato. Infatti, con un minimo di diligenza, il difensore professionista della ricorrente avrebbe potuto consultare il repertorio alfabetico delle DTF e scoprire sotto la voce " Rechtskraft, materielle " che il considerando a cui si riferisce la sentenza cantonale è stato pubblicato alla pagina 13 del volume in questa indicato, atteso che la Corte di appello aveva espressamente menzionato prima della referenza incompleta la forza di cosa giudicata. Altrettanto pretestuosa si rivela la seconda doglianza, peraltro in parte anche inammissibilmente riferita alla sentenza di primo grado (<ref-law>). Giova ricordare che, se è vero che solo il dispositivo di una decisione passa in giudicato, non va dimenticato che la sua portata va desunta anche sulla scorta dei considerandi (<ref-ruling> consid. 3b pag. 13) e che per tale motivo la convenuta non può nemmeno essere seguita quando ritiene la sentenza impugnata ineseguibile.
3.
La ricorrente ritiene che la Corte di appello, che ha statuito sotto il regime del Codice di diritto processuale svizzero (CPC), avrebbe dovuto verificare se la procedura di prima istanza rispettasse le esigenze poste da tale legge federale. A torto. Poiché il Pretore - che ha pronunciato la sua decisione il 20 ottobre 2011 - è stato adito con azione 8 febbraio 2010, e cioè prima dell'entrata in vigore del CPC, la procedura di prima istanza è retta dalla legge processuale cantonale (<ref-law>; v. per la scissione del diritto applicabile la sentenza 5A_565/2011 del 14 febbraio 2012 consid. 2.1 e 2.2 in RtiD 2012 II pag. 865).
4.
Secondo la ricorrente la Corte cantonale avrebbe violato la massima dispositiva (<ref-law> rispettivamente <ref-law>/TI) e le avrebbe impedito di opporre in compensazione il suo credito, perché ha riconosciuto all'attore la facoltà di inoltrare un'azione parziale in cui quest'ultimo ha indicato nelle sue richieste di giudizio un importo complessivo volutamente inferiore alla somma dei vari crediti vantati. Afferma che l'attore avrebbe invece dovuto menzionare per ogni singola pretesa l'ammontare di cui chiedeva il pagamento e non lasciare tale scelta al giudice.
La dottrina è unanime nel ritenere che il diritto federale accorda al creditore il potere di chiedere unicamente un pagamento parziale ( VON THUR/ESCHER, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, vol. II, 1974, pag. 16; ROLF H. WEBER, Berner Kommentar, 2a ed. 2005, n. 49 ad <ref-law>; MARIUS SCHRANER, Zürcher Kommentar, 2000, n. 30 ad <ref-law>; FABIENNE HOHL, in: Commentaire Romand, Code des Obligations I, 2a ed. 2012, n. 6 seg. ad <ref-law>; URS LEU, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 5a ed. 2011, n. 4 ad <ref-law>). La possibilità di introdurre un'azione parziale sgorga quindi - anche - dal diritto federale materiale, atteso che se il creditore ha diritto di domandare un pagamento parziale, egli deve pure poter far valere giudizialmente tale diritto. Il diritto processuale cantonale non può quindi escludere tale facoltà (sentenza 4A_194/2012 del 20 luglio 2012 consid. 1.3). Il Tribunale federale ha inoltre già avuto modo di pure precisare che il diritto materiale non richiede all'attore di indicare la pretesa a cui va imputato il pagamento parziale; questi può limitarsi a sostanziare l'esistenza di un credito complessivo superiore all'importo chiesto giudizialmente (sentenza 4A_71/2012 del 27 novembre 2012 consid. 2 con rinvio). Non è inoltre ravvisabile, perché tale modo di procedere avrebbe impedito alla ricorrente di obiettare, anche solo in via eventuale (sentenza 4A_290/2007 del 10 dicembre 2007 consid. 8.3.1), la compensazione di tutte le pretese fatte valere dall'attore fino all'importo dovutole per il mutuo. Ne segue che la censura è infondata.
5.
In via subordinata, la ricorrente sostiene che può compensare l'importo di fr. 29'000-- fatto valere giudizialmente con l'intero mutuo non rimborsato (fr. 26'100.--) ed essere condannata al pagamento di soli fr. 2'900.--. Essa indica che il Pretore ha espressamente riconosciuto la possibilità di compensare le pretese salariali dell'attore con fr. 15'966.-- (3 x 5'322.--) derivanti dal mutuo e afferma che, contrariamente a quanto indicato nella sentenza impugnata, la compensazione di fr. 10'134.-- riferita all'indennità per vacanze poteva, in ragione dell'<ref-law>, essere validamente invocata in sede di appello.
L'argomentazione ricorsuale parte dall'errato presupposto che le pretese pecuniarie dell'attore, diverse dal rilascio di un attestato di lavoro, riconosciute dalle autorità cantonali ammontino a soli fr. 29'000.--. Sennonché in realtà esse si assommano a fr. 49'697.70 (v. sopra, fatti lett. A.b), motivo per cui, anche deducendo l'importo di fr. 15'966.-- che è stato riconosciuto compensabile, l'ammontare residuo delle pretese attoree supera la cifra di fr. 29'000.-- al cui pagamento è stata condannata la ricorrente. Per quanto attiene poi alla compensazione della pretesa per vacanze non godute obiettata solo innanzi all'ultima istanza cantonale è necessario ricordare che, contrariamente a quanto sostiene la ricorrente, nella procedura di appello la ricevibilità di nuovi fatti è esclusivamente retta dall'<ref-law> e ciò anche nelle procedure elencate dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2). Ora, nemmeno la ricorrente afferma che i presupposti previsti dall'<ref-law> fossero in concreto realizzati.
6.
Infine a titolo ancora più subordinato, la ricorrente postula l'annullamento della sentenza impugnata con il rinvio dell'incarto all'istanza inferiore, perché questa avrebbe ripartito in modo errato l'onere della prova, ponendolo a carico del datore di lavoro, con riferimento alla determinazione della quota pignorabile del salario che può essere compensata (<ref-law>). Non sarebbe del resto nemmeno esatto considerare, come fatto nel giudizio impugnato, che le censure su questo punto non rispettassero le esigenze di motivazione poste dall'<ref-law>.
Nella fattispecie è esatto che la Corte cantonale ha segnatamente confermato l'opinione del Pretore secondo cui l'onere della prova concernente la pignorabilità del salario va a carico del datore di lavoro. Tuttavia il Pretore non si è limitato a tale affermazione, ma ha stabilito che il salario dell'opponente era impignorabile fino a un importo di fr. 8'000.-- mensili, riconoscendo così per la parte eccedente la già menzionata compensabilità di fr. 15'966.--. In queste circostanze la questione dell'onere della prova diventa senza oggetto (<ref-ruling> consid. 3.4). La Corte cantonale ha pure dichiarato inammissibile, per carente motivazione (<ref-law>), la lamentela esternata dalla datrice di lavoro con riferimento alla fissazione della predetta soglia di pignorabilità. Ciò a giusta ragione (v. sulle esigenze di motivazione di un appello <ref-ruling> consid. 4.3.1), la qui ricorrente essendosi limitata nel rimedio cantonale alla sola frase " Inoltre, la fissazione da parte dell'autorità inferiore di una quota non pignorabile pari a CHF 8000,00 mensili è del tutto arbitraria ".
7.
Da quanto precede discende che il ricorso si rivela infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 65 cpv. 4 lett. c, 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 700.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.