Faits:
A. L'immeuble sis au n° 5 du chemin des Crêts-de-Champel, à Genève, est un immeuble d'habitation de six étages sur rez plus un attique, soumis au régime de la propriété par étages. Il compte treize logements, à savoir neuf appartements de quatre pièces, deux de huit pièces et deux de deux pièces.
Z._Sàrl est une entreprise générale de constructions, acquisition, gestion, détention et cession de biens immobiliers, services et conseils dans le domaine immobilier. C.Y._ est associé-gérant de la société, pour une part de 20'000 fr., avec signature individuelle.
X._SA a notamment pour but la construction, rénovation, gérance et location de résidences ainsi que d'appartements meublés. B.X._ en est l'administratrice unique et C.Y._ le directeur.
B.X._ est également administratrice unique de M._SA, où C.Y._ possède la signature individuelle.
B. Par arrêté du 22 mai 2006, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le Département cantonal) a autorisé l'aliénation de trois appartements de quatre pièces de l'immeuble susmentionné, à savoir les appartements 8.01, 10.01 et 10.02, au profit de B.X._. Il était précisé que l'autorisation ne pouvait être invoquée ultérieurement pour justifier une aliénation individualisée des trois appartements concernés, en application de l'art. 39 al. 4 let. d de la loi genevoise du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (ci-après: LDTR). Le 10 juillet 2006, le Département cantonal a pris acte que les trois appartements en question étaient en réalité acquis conjointement par B.X._, A.X._ et C.Y._. L'opération a été inscrite au registre foncier le 22 juillet 2006.
Le 28 août 2006, le Département cantonal a autorisé l'aliénation de trois autres appartements de quatre pièces, soit les appartements 7.01, 7.02 et 8.02, au profit des sociétés X._SA, M._SA et G._Sàrl. Il était également précisé que l'autorisation ne pouvait être invoquée ultérieurement pour justifier une aliénation individualisée des trois appartements concernés. Le 1er novembre 2006, le Département cantonal a pris acte que la société Z._Sàrl achèterait en lieu et place de la société G._Sàrl. L'opération a été inscrite au registre foncier le 21 novembre 2006.
C. Par acte enregistré au registre foncier le 22 mars 2007, à la suite de la dissolution de la copropriété, A.X._ a été inscrite comme propriétaire de l'appartement 8.01, B.X._ de l'appartement 10.02 et C.Y._ de l'appartement 10.01.
Le même jour, les sociétés Z._Sàrl, X._SA et M._SA ont également procédé à un partage-attribution de leurs trois appartements. X._SA a ainsi été inscrite au registre foncier comme propriétaire de l'appartement 7.01, M._SA de l'appartement 7.02 et Z._Sàrl de l'appartement 8.02.
Interpellé par l'Association genevoise de défense des locataires (ci-après: l'Asloca) au sujet de ce partage, le Département cantonal a indiqué, dans des courriers des 12 juin et 13 juillet 2007, que celui-ci n'avait pas fait l'objet d'une demande d'autorisation d'aliéner. Ces opérations, qui apparaissaient destinées à éluder la LDTR, étaient problématiques car elles étaient effectuées directement auprès du registre foncier qui les enregistrait. Le Département entendait contacter ce dernier mais renonçait à intervenir dans le cas d'espèce.
D. Par arrêté du 12 novembre 2007 , le Département cantonal a autorisé Z._Sàrl à vendre l'appartement 8.02. Le 20 décembre 2007, la société X._SA a été autorisée à aliéner l'appartement 7.01 et A.X._ l'appartement 8.01 . Il était précisé, pour chaque autorisation, que la requérante ne possédait qu'un seul logement et que la prise en compte du principe de la proportionnalité conduisait à délivrer l'autorisation d'aliéner sollicitée.
L'Asloca a entrepris les arrêtés précités auprès de la Commission de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale), qui, par décision du 1er avril 2008, a admis les recours après les avoir joints.
E. Le 23 septembre 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté les recours de B.X._ et X._SA ainsi que de Z._Sàrl contre la décision de la Commission cantonale. Il a confirmé la décision attaquée en tant qu'elle annule les autorisations des 12 novembre 2007 (VA 9996) et 20 décembre 2007 (VA 10138 et VA 10139) et a constaté la nullité des partages-attributions des lots d'appartements 7.01, 7.02 et 8.02 ainsi que 8.01, 10.01 et 10.02. Le Tribunal administratif a considéré pour l'essentiel que les partages-attributions avaient permis une individualisation des objets et le transfert de la propriété d'un appartement à chaque intéressé. Cette opération revenait ainsi à une aliénation qui devait être soumise à autorisation au sens de l'art. 39 al. 1 LDTR. Or, l'absence d'autorisation de la part du Département cantonal constituait en l'espèce un vice particulièrement grave et entraînait la nullité des partages-attributions. A défaut d'être devenus propriétaires des appartements litigieux, les intéressés n'étaient ainsi pas légitimés à requérir l'autorisation de vendre leurs appartements.
F. La société X._SA, B.X._ et A.X._ (procédure 1C_505/2008) ainsi que Z._Sàrl et C.Y._ (procédure 1C_507/2008) ont interjeté un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt précité.
Les premières demandent à l'autorité de céans, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt litigieux, de dire que les partages-attributions des lots d'appartements 7.01, 7.02 et 8.02 ainsi que 8.01, 10.01 et 10.02 sont valables et de confirmer les arrêtés VA 10138 et VA 10139. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Les deuxièmes concluent, sous suite de frais et dépens, à la nullité de l'arrêt litigieux, subsidiairement à son annulation, en tant qu'il constate la nullité des partages-attributions des lots d'appartements 7.01, 7.02 et 8.02 ainsi que 8.01, 10.01 et 10.02 et demandent à l'autorité de céans d'autoriser la vente de l'appartement 8.02 par Z._Sàrl à E._.
Le Tribunal administratif renonce à formuler des observations au sujet des recours. Il s'en rapporte à justice quant à leur recevabilité et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département cantonal s'en rapporte à justice quant à la suite à donner aux deux recours. Il porte par ailleurs à la connaissance du Tribunal fédéral qu'à la suite de la décision de la Commission cantonale du 1er avril 2008, il a adressé le 16 mai 2008 une note au registre foncier ainsi qu'une circulaire aux notaires, les informant que toute opération de partage-attribution entre les membres d'une société simple consiste en une aliénation assujettie à la LDTR et doit par conséquent faire l'objet d'une autorisation d'aliéner.
L'Asloca conclut, sous suite de frais et dépens, à ce qu'il plaise au Tribunal fédéral de débouter les recourants de toutes leurs conclusions.

Considérant en droit:
1. Compte tenu de leur connexité, il se justifie de joindre les deux recours, dirigés contre une même décision, afin de statuer en un seul arrêt.
2. B.X._ recourt en son nom aux côtés de la société X._SA et de A.X._, alors qu'elle n'est pas partie à la procédure devant les autorités précédentes. Il en est de même de C.Y._ qui agit conjointement à la société Z._Sàrl.
La Commission cantonale a annulé les autorisations d'aliéner un appartement délivrées le 12 novembre 2007 à Z._Sàrl et le 20 décembre 2007 à X._SA et A.X._. Le Tribunal administratif a confirmé cette décision et a en outre constaté la nullité des partages-attributions du 22 mars 2007. Il a par conséquent déclaré nul le transfert de propriété des appartements effectué notamment en faveur des anciens associés B.X._ et C.Y._. Ces derniers sont donc particulièrement atteints par l'arrêt attaqué et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 let. b et c LTF). Comme ils font valoir qu'ils ont été sans droit privés de la possibilité de participer à la procédure cantonale, la qualité pour recourir au Tribunal fédéral doit leur être reconnue au sens de l'<ref-law>.
Au surplus, les recours ayant été déposés en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>), il y a lieu d'entrer en matière.
3. En vertu de l'<ref-law>, le recourant peut critiquer les constatations de fait à la double condition que ceux-ci aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
Les recourantes X._SA, B.X._ et A.X._ déclarent textuellement qu'elles ne font pas grief au Tribunal administratif d'avoir établi les faits en violation de l'<ref-law> (mémoire de recours p. 8). Elles critiquent néanmoins l'établissement des faits de la Commission cantonale, laquelle aurait retenu à tort que le partage-attribution du 22 mars 2007 procédait d'une volonté des parties d'éluder les dispositions légales. Elles n'indiquent cependant pas en quoi la prise en compte de leur version des faits par la Cour cantonale aurait permis d'aboutir à une solution différente. Par conséquent, dans la mesure où leur intention est de rectifier ou compléter l'état de faits de l'arrêt attaqué, leur grief est irrecevable.
4. Les recourants se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus. Ils font valoir d'une part que l'arrêt attaqué n'a pas été notifié à B.X._ ni à C.Y._, alors qu'ils sont touchés dans leurs droits; de plus, comme la Cour cantonale n'a pas interpellé les prénommés, en violation de l'art. 71 de la loi genevoise du 12 septembre 1982 sur la procédure administrative (ci-après: LPA/GE), ceux-ci n'ont pas pu s'exprimer avant que la décision ne soit rendue. D'autre part, ils reprochent au Tribunal administratif de s'être fondé principalement sur un motif sur lesquels ils n'ont jamais eu l'occasion de se prononcer, à savoir la nullité des partages-attributions du 22 mars 2007; cette question ne faisait alors pas partie de l'objet du litige.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour les parties à une procédure d'être informées et de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant leur situation juridique (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 494; <ref-ruling> consid. 2b p. 56). Si cette règle s'applique en principe sans restriction pour les questions de fait, il est admis que, pour ce qui est de la qualification juridique de ceux-ci, elle vaut dans l'hypothèse où une partie change inopinément son point de vue juridique ou lorsque l'autorité a l'intention de s'appuyer sur des arguments juridiques inconnus des parties et dont celles-ci ne pouvaient prévoir l'adoption (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 5b/bb p. 278; <ref-ruling> consid. 2c p. 52).
4.2 Ainsi qu'il a été mentionné au consid. 2 ci-dessus, le Tribunal administratif a déclaré nuls les partages-attributions du 22 mars 2007, tout comme le transfert de la propriété des appartements 10.02 et 10.01 en faveur de B.X._ et C.Y._. Dès lors, en omettant de donner aux intéressés l'occasion de s'exprimer avant de rendre une décision qui affecte leur situation juridique, le Tribunal administratif a violé leur droit d'être entendus. On peut relever à cet égard que le canton de Genève connaît l'appel en cause en procédure administrative. Aux termes de l'art. 71 LPA/GE, l'autorité peut ordonner, d'office ou sur requête, l'appel en cause de tiers dont la situation juridique est susceptible d'être affectée par l'issue de la procédure; la décision leur devient dans ce cas opposable (al. 1). L'appelé en cause peut exercer les droits qui sont conférés aux parties (al. 2). L'institution de l'appel en cause a justement pour but de sauvegarder le droit d'être entendus des personnes qui ne sont pas initialement parties à la procédure (cf. Pierre Moor, Droit administratif, 2ème éd., 2002, volume II, p. 254; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd.,1998, p. 191 ch. 528). En l'espèce, si elle avait procédé d'office à l'appel en cause de B.X._ et C.Y._, la Cour cantonale aurait ainsi pu leur permettre de faire valoir leurs droits en cours de procédure.
4.3 Au demeurant, en ce qui concerne la nullité des partages-attributions du 22 mars 2007, il s'agit d'un motif qui est développé pour la première fois dans l'arrêt attaqué. Il ressort du dossier que cette hypothèse n'a jamais été évoquée aux stades antérieurs de la procédure et que la pratique des autorités genevoises en la matière n'est pas claire. Interpellé par l'Asloca au sujet des partages en question, le Département cantonal a indiqué, dans des courriers des 12 juin et 13 juillet 2007, que ces opérations, qui apparaissaient destinées à éluder la LDTR, étaient problématiques car elles étaient effectuées directement auprès du registre foncier qui les enregistrait; il renonçait toutefois à intervenir dans le cas d'espèce. Dans ses observations du 22 février 2008 à l'attention de la Commission cantonale, il a encore précisé que la police des constructions s'était adressée au registre foncier pour tenter de définir une approche commune face au processus de ces partages-attributions, mais que la question demeurait encore ouverte. Dans sa décision sur recours du 1er avril 2008, la Commission cantonale ne s'est pas fondée sur l'éventuelle nullité des partages-attributions pour annuler les autorisations d'aliéner et n'a même pas fait allusion à cette problématique. Il apparaît ainsi que les parties ne pouvaient s'attendre à l'argumentation juridique du Tribunal administratif et ont été privées de la possibilité de se défendre sur ce point. Dans ces conditions, il s'impose de constater que la Cour cantonale a violé le droit d'être entendu des recourants sous cet angle également.
5. Il s'ensuit que les recours en matière de droit public doivent être admis, sans qu'il y ait lieu d'examiner les griefs des recourants sur le fond. L'arrêt attaqué doit être annulé et l'affaire renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision prise à l'issue d'une procédure respectant les garanties de l'art. 29 al. 2 Cst. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (<ref-law>). Les recourants, assistés d'un avocat, ont droit à des dépens, à la charge de l'État de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours sont admis; l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3a. Une indemnité de 1'500 fr. est allouée à X._SA, A.X._ et B.X._ à titre de dépens dans la cause 1C_505/2008, à la charge du canton de Genève.
3a. Une indemnité de 1'500 fr. est allouée à X._SA, A.X._ et B.X._ à titre de dépens dans la cause 1C_505/2008, à la charge du canton de Genève.
b. Une indemnité de 1'500 fr. est allouée à Z._Sàrl et C.Y._ à titre de dépens dans la cause 1C_507/2008, à la charge du canton de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 17 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
M. Féraud F. Mabillard