Faits:
A. A.X._, ressortissante marocaine, a épousé, le 7 février 2007 à Casablanca, un compatriote naturalisé suisse, B.X._. Entrée en Suisse le 17 mars 2007, elle a obtenu une autorisation de séjour dans le canton de Fribourg pour vivre auprès de son époux. Par courriers des 21 novembre et 16 décembre 2007, les intéressés ont informé le Service de la population et des migrants du canton de Fribourg (ci-après: le Service de la population) de leur séparation, une reprise de la vie commune étant exclue pour B.X._, mais envisageable pour A.X._.
Après avoir procédé à l'audition des conjoints le 30 janvier 2008, le Service de la population a, par décision du 15 septembre 2008, refusé le renouvellement de l'autorisation de séjour de A.X._ aux motifs qu'elle invoquait abusivement les liens du mariage pour pouvoir prolonger son séjour en Suisse et qu'elle ne pouvait se prévaloir d'aucune disposition légale justifiant la poursuite de ce séjour. Il a prononcé son renvoi du territoire helvétique, dès lors qu'un retour au Maroc était possible, licite et raisonnablement exigible.
B. Saisi d'un recours dirigé par A.X._ contre la décision précitée du Service de la population, le Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Ie Cour administrative (ci-après: le Tribunal cantonal) l'a rejeté, par arrêt du 28 avril 2009. Il a retenu, en substance, que A.X._ ne pouvait plus invoquer son mariage pour maintenir son droit de séjour en Suisse, l'élément déterminant au regard de l'art. 42 al. 1 de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr.; RS 142.20) étant l'existence d'un ménage commun et qu'elle ne pouvait pas se prévaloir de raisons personnelles majeures imposant la poursuite de ce séjour.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 28 avril 2009 et de dire que son autorisation de séjour est prolongée sine die. Elle se plaint de la violation du droit d'être entendu et de la violation des art. 50 al. 1 let. b et 50 al. 2 LEtr.
Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral des migrations se réfèrent à l'arrêt attaqué et concluent au rejet du recours. Le Service de la population se réfère également à l'arrêt attaqué et renvoie à ses observations produites devant la juridiction cantonale.
Le divorce des époux X._ a été prononcé par jugement du Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine du 3 juin 2009, devenu exécutoire le 8 juin 2009.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le présent litige porte sur le renouvellement d'une autorisation de séjour valable jusqu'au 16 mars 2008, dont la prolongation a été requise le 22 janvier 2008 et qui a fait l'objet d'un refus en date du 15 septembre 2008. Ces faits sont postérieurs à l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la LEtr., de sorte que le nouveau droit est applicable (art. 126 al. 1 a contrario LEtr.).
1.2 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3). Dans cette mesure, il peut se fonder sur des faits postérieurs à la décision attaquée, lorsque ceux-ci déterminent la recevabilité du recours (Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, n. 20 ad art. 99 p. 961).
D'après l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit cantonal ne donnent droit.
1.2.1 Selon l'art. 42 al. 1 LEtr., le conjoint d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité à condition de vivre en ménage commun avec lui. L'art. 49 LEtr. prévoit cependant une exception à cette exigence de ménage commun lorsque la communauté familiale est maintenue et que des raisons majeures justifiant l'existence de domiciles séparés peuvent être invoquées.
La recourante a indiqué, dans son audition du 30 janvier 2008, qu'elle avait quitté le domicile conjugal au début du mois d'octobre 2007; la vie commune n'a pas repris depuis lors et le divorce des époux a été prononcé le 8 juin 2009. Par conséquent, la recourante ne peut pas se prévaloir d'un droit à une autorisation de séjour sur la base de l'art. 42 al. 1 LEtr.
1.2.2 Selon l'art. 50 al. 1 LEtr, après la dissolution de la famille, le droit du conjoint à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité en vertu de l'art. 42 LEtr. subsiste lorsque l'union conjugale a duré au moins trois ans et que l'intégration est réussie (let. a) ou lorsque la poursuite du séjour en Suisse s'impose pour des raisons personnelles majeures (let. b). L'art. 50 al. 2 LEtr. - repris du reste à l'art. 77 al. 2 de l'ordonnance du 24 octobre 2007 relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative (OASA; RS 142.201) - précise qu'il existe de telles raisons notamment lorsque le conjoint est victime de violence conjugale et que la réintégration sociale dans le pays de provenance semble fortement compromise. D'après le message du 8 mars 2002 concernant la loi sur les étrangers (FF 2002 p. 3510/3511), il s'agit de motifs personnels graves exigeant la poursuite du séjour en Suisse, notamment lorsque le conjoint demeurant en Suisse est décédé ou lorsque la réinsertion familiale et sociale dans le pays d'origine s'avérerait particulièrement difficile en raison de l'échec du mariage. Il importe d'examiner individuellement les circonstances au regard de la notion large de "raisons personnelles majeures" contenue à l'art. 50 al. 1 let b LEtr. (arrêt 2C_216/2009 du 20 août 2009, consid. 2.1), mais en principe, "rien ne devrait s'opposer à un retour lorsque le séjour en Suisse a été de courte durée, que la personne en cause n'a pas établi de liens étroits avec la Suisse et que sa réintégration dans son pays d'origine ne pose aucun problème particulier" (FF 2002 II p. 3511).
En l'espèce, l'union conjugale de la requérante n'a pas duré trois ans de sorte qu'elle ne peut déduire aucun droit de l'art. 50 al. 1 let. a LEtr. Contrairement à ce qu'a soutenu l'intéressée dans la procédure cantonale, les notions d'union conjugale et de mariage ne sont pas identiques. Le mariage peut être purement formel, alors que l'union conjugale implique en principe la vie en commun des époux, sous réserve des exceptions mentionnées à l'art. 49 LEtr. (cf. Marc Spescha, Kommentar Migrationsrecht, 2008, no 4 ad art. 50 LEtr.) non réalisées en l'espèce.
En ce qui concerne l'application de l'art. 50 al. 1 let. b LEtr., la recourante a invoqué en vain la rigueur de sa situation devant le Tribunal cantonal. En pareilles circonstances, il convient d'admettre un droit, sous l'angle de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, permettant à la recourante de former un recours en matière de droit public, le point de savoir si c'est ou non à juste titre que les juges cantonaux ont nié l'existence de raisons personnelles majeures au sens de l'art. 50 al. 1 let. b LEtr. ressortissant au fond et non à la recevabilité (arrêts 2C_460/2009 du 4 novembre 2009, consid. 2.1.2, destiné à la publication, et 2C_216/2009 du 20 août 2009, consid. 2.1).
1.3 Au surplus, dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>).
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>).
3. La recourante a demandé la production des dossiers du Tribunal cantonal et du Service de la population. Ceux-ci ont déposé leurs dossiers, en application de l'<ref-law>, de sorte que la réquisition d'instruction de la recourante a été satisfaite.
4. Invoquant la violation du droit d'être entendue, la recourante, après avoir rappelé qu'elle avait sollicité en vain du Service de la population une audition contradictoire des époux au sujet de la réalité des violences conjugales alléguées, reproche au Tribunal cantonal de n'avoir pas donné suite à sa requête d'audition, qui lui aurait permis de s'exprimer à ce sujet.
Dans la mesure où elle s'en prend à la procédure devant le Service de la population et, par conséquent, à la décision du 15 septembre 2008, son recours est irrecevable en raison de l'effet dévolutif au recours cantonal (cf. arrêt 2C_98/2009, du 10 juin 2009, consid. 1.2). La recourante n'ayant pas renouvelé devant le Tribunal cantonal sa requête d'audition contradictoire des conjoints, seule est litigieuse la question de savoir si le Tribunal cantonal a violé son droit d'être entendue en renonçant à son audition.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277 et la jurisprudence citée).
Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. ne comprend pas le droit d'être entendu oralement, ni celui d'obtenir l'audition de témoins. En effet, l'autorité peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428/429 et la jurisprudence citée).
4.2 En l'espèce, les époux X._ ont donné, lors de leur audition du 30 janvier 2008, des versions différentes des causes et des circonstances de leur séparation. Selon le mari, la recourante a quitté en juillet 2007 le domicile conjugal qu'elle a réintégré quelques jours plus tard pour se séparer définitivement en septembre 2007. Il impute cette séparation à une incompatibilité d'humeur, un fossé culturel et beaucoup de mensonges. Selon l'épouse, les difficultés du couple ont débuté en septembre 2007 et étaient consécutives aux contacts que son époux avait maintenu avec son ex-femme. A la suite d'une scène de jalousie, elle avait accepté de quitter le domicile conjugal pour permettre à son mari d'opérer un choix entre elle et son ex-épouse et de continuer à recevoir sa fille lors de l'exercice de son droit de visite. Elle a précisé que son mari n'avait jamais été violent avec elle. Ce n'est qu'ultérieurement, sous la plume de son avocat, que la recourante a invoqué des violences conjugales. Dans une lettre du 30 avril 2008, elle a fait état d'une scène de ménage survenue en juillet 2007, liée à des questions d'argent, au cours de laquelle son mari l'avait giflée et l'avait chassée de l'appartement conjugal. Le 30 juin 2008, elle a indiqué que son mari s'était fâché en octobre 2007 au motif qu'elle voulait gérer elle-même ses revenus et qu'il l'avait boutée hors du domicile conjugal.
Au vu des versions divergentes des conjoints, mais surtout des propos contradictoires de la recourante elle-même, l'audition de cette dernière ne s'imposait pas. Cela paraît d'autant plus justifié que le Tribunal cantonal a en réalité admis la version des faits la plus favorable à la recourante. En retenant que celle-ci avait été "prétendument" giflée, la juridiction cantonale n'a en effet nullement rejeté la version des faits de l'intéressée, mais l'a admise dans le doute, précisément en raison de ses propos contradictoires et des explications différentes de son mari. Dans ces circonstances, l'audition de la recourante n'aurait pas modifié l'opinion des premiers premiers juges qui pouvaient donc y renoncer sans arbitraire.
Le grief tiré de la violation du droit d'être entendu doit dès lors être écarté.
5. La recourante fait également valoir que le Tribunal cantonal a violé les art. 50 al. 1 let. b et 50 al. 2 LEtr. en refusant de retenir que les violences conjugales qu'elle avait subies justifiaient la prolongation de son autorisation de séjour.
5.1 Comme on l'a vu (supra consid. 1.2.2), l'art. 50 al. 1 let. b LEtr. permet au conjoint étranger de demeurer en Suisse après la dissolution de l'union conjugale, lorsque la poursuite de son séjour s'impose pour des raisons personnelles majeures, soit notamment lorsque le conjoint est victime de violence conjugale (art. 50 al. 2 LEtr.).
L'art. 77 OASA prévoit que si la violence conjugale est invoquée, les autorités compétentes peuvent demander des preuves (al. 5). Sont notamment considérés comme indices de violence conjugale au sens de l'alinéa 6 de cette disposition: les certificats médicaux (let. a), les rapports de police (let. b), les plaintes pénales (let. c), les mesures au sens de l'<ref-law> (let. d) ou les jugements pénaux prononcés à ce sujet (let. e).
5.2 En l'espèce, la recourante a allégué avoir reçu une gifle au cours d'une dispute conjugale et avoir été chassée du domicile conjugal. Sans vouloir minimiser de tels actes, qui constituent bien une forme de violence conjugale, il faut admettre qu'ils n'atteignent pas le degré de gravité exigé par la loi pour que la poursuite du séjour de la recourante en Suisse s'impose. Cette violence s'est exercée brièvement, à une seule reprise, et n'a pas amené la recourante à consulter un médecin, à avertir la police ou à déposer une plainte pénale. La recourante n'invoque pas de séquelles physiques ou psychologiques qui justifieraient la poursuite de son séjour en Suisse.
Le Tribunal cantonal pouvait ainsi admettre que la recourante avait été giflée à une reprise et qu'elle avait été boutée hors du domicile conjugal, mais que ces circonstances ne justifiaient pas le maintien de son autorisation de séjour au titre de raisons personnelles majeures.
Dans ces conditions, le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fédéral en considérant que la recourante ne pouvait pas invoquer des raisons personnelles majeures au sens des art. 50 al. 1 lettre b et 50 al. 2 LEtr. pour obtenir la prolongation de son autorisation de séjour.
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service de la population et des migrants et à la Ie Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 10 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat