Faits:
A. Par jugement du 6 octobre 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._ pour opposition aux actes de l'autorité (<ref-law>) à une peine pécuniaire de 15 jours-amende à 200 fr., assortie du sursis pendant trois ans.
B. Statuant le 11 avril 2011 sur l'appel du condamné, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a partiellement réformé le jugement entrepris et condamné X._ à une peine pécuniaire de cinq jours-amende. Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants.
Le 3 avril 2010, X._ a fait l'objet d'un contrôle douanier en rapport avec une suspicion de vol du véhicule qu'il conduisait. Une patrouille de gendarmes est intervenue. Ceux-ci ont demandé à l'intéressé, qui paraissait agité, de cesser de bouger et ils lui ont ordonné à plusieurs reprises de sortir les mains de ses poches, en lui expliquant qu'il s'agissait d'une mesure de sécurité. Face à son refus, ils ont décidé de le menotter. X._ s'étant fortement opposé à cette mesure, les policiers ont dû faire usage de la force afin de lui retirer les mains des poches et de lui mettre les menottes. X._ a ensuite été conduit au poste où il a été constaté que le véhicule lui appartenait et que la plainte pénale pour vol avait été déposée par sa femme alors que le véhicule était égaré. Celle-ci n'avait pas révoqué sa plainte après l'avoir retrouvé.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt dont il demande l'annulation. Il conclut à son acquittement ainsi qu'à l'octroi d'une allocation de 10'000 francs pour le temps consacré à la rédaction personnelle de sa défense et pour les frais engendrés. Il requiert, par ailleurs, le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant fait valoir que sur plusieurs points les faits retenus l'ont été de manière inexacte. Le grief ainsi soulevé revient à se plaindre d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits. Il invoque aussi la violation du principe de la présomption d'innocence sous son aspect de règle sur l'appréciation des preuves (art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH).
1.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5). L'invocation de ce moyen ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287; <ref-ruling> consid. 6 p. 397; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 105). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
1.2 La Chambre pénale a tenu pour établis les faits exposés (supra B.) en se fondant notamment sur le témoignage du gendarme A._, qui faisait partie des policiers qui étaient intervenus sur place. Elle a considéré qu'il n'y avait pas lieu de douter de la crédibilité de ce témoin, en soulignant en revanche le caractère contradictoire des déclarations du recourant sur son attitude face aux ordres de la police.
1.3 En l'espèce, le recourant qui, pour l'essentiel, ne conteste pas le déroulement des événements tels qu'arrêtés par la cour pénale, présente sa propre description des faits dans laquelle il met en exergue les points de divergence avec ceux retenus par l'autorité précédente. En tant que ceux-ci portent sur les circonstances de son audition dans les locaux de la police, ils sont dénués de pertinence au regard de l'infraction reprochée d'opposition aux actes de l'autorité. En relation avec son attitude sur place au moment du contrôle de police, le recourant se livre à une discussion de sa propre perception de son comportement, impropre à établir une constatation arbitraire des faits retenus. Il en va ainsi lorsqu'il affirme qu'il n'était pas agité, mais qu'il tournait sur lui-même en marchant dans une direction, puis dans l'autre sur quelques mètres, ou quand il soutient que la police, en lui indiquant qu'il devait sortir les mains de ses poches pour des raisons de sécurité, ne lui avait pas dit qu'il s'agissait d'une mesure de sécurité, étant relevé sur ce dernier point que le gendarme A._ a déclaré que la police avait répété à plusieurs reprises qu'il s'agissait de mesures de sécurité (PV du 6 octobre 2010 devant le Tribunal de police). Il en va de même quand il soutient que le fait de ne pas avoir réagi aux injonctions de la police de sortir les mains de ses poches ne pouvait pas être perçu comme un refus d'obtempérer de sa part. Son argumentation, purement appellatoire, est partant irrecevable (<ref-law>). Quant à sa critique relative aux considérations de la cour cantonale au sujet du caractère contradictoire de ses propres déclarations, elle procède d'affirmations péremptoires, inaptes à établir l'arbitraire dans l'appréciation des preuves. Enfin, quand il affirme avoir sorti de lui-même les mains de ses poches après que la police eut cessé de les lui tirer, il invoque un fait nouveau irrecevable (<ref-law>). Cette circonstance ne ressort nullement des faits établis et le recourant ne se plaint pas d'un état de fait arbitrairement lacunaire. Son grief est irrecevable.
1.4 Le recourant se plaint également de diverses violations de la présomption d'innocence. Il n'y a cependant pas lieu d'entrer en matière, le grief étant insuffisamment motivé au regard des exigences déduites de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités).
2. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>, les conditions d'une opposition aux actes de l'autorité n'étant pas réalisées.
Selon cette disposition, "celui qui aura empêché une autorité, un membre d'une autorité ou un fonctionnaire d'accomplir un acte entrant dans ses fonctions sera puni d'une peine pécuniaire de 30 jours-amende au plus".
2.1 Le recourant conteste l'existence d'un acte officiel.
Par acte de l'autorité (selon le titre marginal), on entend une activité d'une autorité, d'un membre d'une autorité ou d'un fonctionnaire entrant dans le cadre de sa compétence officielle (<ref-ruling> consid. 2 p. 187). L'acte officiel consistait en l'occurrence à assurer la sécurité en vérifiant que le recourant n'était pas armé (art. 3 let. c de la loi de la République et du canton de Genève du 26 octobre 1957 sur la police [LPol; RS/GE F 1 05]). La critique est mal fondée.
2.2 Le recourant soutient que, eu égard à son comportement purement passif lors de l'intervention de la police, on ne saurait lui reprocher une opposition.
2.2.1 Pour qu'il y ait opposition aux actes de l'autorité au sens de l'<ref-law>, il faut que l'auteur, par son comportement, entrave l'autorité ou le fonctionnaire dans l'accomplissement d'un acte officiel. La norme définit une infraction de résultat. Il n'est pas nécessaire que l'auteur parvienne à éviter effectivement l'accomplissement de l'acte officiel. Il suffit qu'il le rende plus difficile, l'entrave ou le diffère (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 100; <ref-ruling> consid. 2 p. 118; <ref-ruling> consid. 3a p. 129 et les références citées).
L'infraction se distingue tant de celle prévue à l'<ref-law>, en ce que l'auteur ne recourt ni à la violence ni à la menace, que de celle visée à l'<ref-law>, car une simple désobéissance ne suffit pas. Pour qu'il y ait opposition aux actes de l'autorité au sens de l'<ref-law>, il faut que l'auteur, par son comportement, entrave l'autorité ou le fonctionnaire dans l'accomplissement d'un acte officiel; il ne suffit pas qu'il se borne à ne pas obtempérer à un ordre qui lui est donné, par exemple de souffler dans l'éthylomètre, de parler moins fort ou de ne pas conduire (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 117 s., <ref-ruling> consid. 2 a p. 139 et références citées). Le seul fait d'exprimer son désaccord à l'endroit d'un acte entrepris par un fonctionnaire, mais sans l'entraver, ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 3 p. 49). L'<ref-law> n'est pas applicable si ce n'est pas l'acte officiel qui est rendu plus difficile, mais seulement le résultat escompté, par exemple en prévenant les automobilistes d'un contrôle radar (<ref-ruling> consid. 3b p. 291; <ref-ruling> consid. 4 et 5 p. 188).
Le comportement incriminé à l'<ref-law> suppose une résistance qui implique une certaine activité (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 100; <ref-ruling> consid. 2 p. 117 s. et les références citées) qui est réalisée, par exemple, par le fait de prendre la fuite (<ref-ruling> consid. 2a p. 140 et les références citées). Il peut s'agir d'une obstruction physique: l'auteur, par sa personne ou un objet qu'il dispose à cette fin, empêche ou gêne le passage du fonctionnaire pour lui rendre plus difficile l'accès à une chose. On peut aussi penser à celui qui, en restant fermement à sa place, ne se laisse pas ou difficilement emmener (Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3ème éd., 2010, n. 13 ad <ref-law>). Selon la jurisprudence, imposer sa présence dans une salle pour empêcher une autorité d'y tenir séance constitue, par une action, une opposition aux actes de l'autorité (<ref-ruling> consid. 4 p. 118).
La jurisprudence a laissé indécise la question de savoir si l'infraction pouvait être réalisée par omission, à savoir par un comportement purement passif, c'est-à-dire une abstention (<ref-ruling> consid. 6b p. 248). Ultérieurement, elle ne l'a pas exclu (<ref-ruling> c. 4d p. 118). En dernier lieu, elle semble l'admettre, suivant en cela un courant de la doctrine, mais en retenant alors qu'il faudrait que l'auteur ait omis par sa faute l'accomplissement d'un acte qu'il était juridiquement tenu d'accomplir et que son omission ait été causale (<ref-ruling> consid. 4.2 et 4.3 p. 97; <ref-ruling> consid. 2 b p. 140).
2.2.2 Contrairement à ce que prétend le recourant, la cour cantonale a retenu un comportement actif à son encontre. En gardant fermement les mains dans les poches de son pantalon, alors que les gendarmes tentaient de les lui faire sortir, il a opposé une résistance active, physique, qui dépasse le cadre de la simple désobéissance. Son comportement a conduit les gendarmes à faire usage de la force pour arriver à leurs fins et lui passer les menottes. En agissant de la sorte, il a activement empêché la police de procéder à une mesure de contrôle de sécurité, en particulier de s'assurer qu'il n'était pas armé. Le grief se révèle infondé.
2.3 Le recourant allègue ensuite qu'il n'avait aucune volonté d'empêcher l'acte de l'autorité.
2.3.1 L'infraction réprimée à l'<ref-law> requiert l'intention; le dol éventuel suffit.
Ce que l'auteur sait, veut ou ce dont il accepte l'avènement fait partie du contenu de la pensée et la constatation de celui-ci relève de l'établissement des faits (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 4 s. et les références citées ) qui lie la cour de céans (<ref-law>).
2.3.2 Le recourant savait qu'il avait à faire à des policiers. Il n'ignorait donc pas qu'il s'agissait de fonctionnaires. Il savait également qu'il faisait l'objet d'un contrôle douanier en rapport avec une suspicion de vol concernant son véhicule. L'intervention de la police lui était clairement reconnaissable comme un acte d'autorité auquel il était tenu de se soumettre. Celle-ci lui avait ordonné de sortir les mains de ses poches et lui avait exposé les raisons de cette injonction. En gardant fermement les mains en place, alors même que les policiers tentaient de les lui faire sortir et de lui passer les menottes, il ne pouvait lui échapper que son comportement avait pour effet d'entraver leur activité. C'est dès lors à bon droit que la cour cantonale a considéré que l'opposition du recourant était intentionnelle. Le grief est infondé.
En conséquence, la condamnation du recourant pour opposition aux actes de l'autorité ne viole pas le droit fédéral.
3. Le recourant invoque une violation des art. 47 et 50 CP. Il se plaint de la motivation de la peine.
3.1 Les art. 47 et 50 CP codifient la jurisprudence relative à la fixation et à la motivation de la peine rendue en application de l'art. 63 aCP, laquelle conserve ainsi sa valeur, de sorte qu'on peut s'y référer (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19/20 et les arrêts cités), étant précisé que la motivation du jugement (<ref-law>) doit permettre la vérification de la correcte application du droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 5). Il suffit de rappeler que, pour fixer la peine, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Sa décision sur ce point ne viole le droit fédéral que s'il est sorti du cadre légal, s'il s'est fondé sur des critères étrangers à l'<ref-law>, s'il a omis de prendre en considération des éléments prévus par cette disposition ou s'il a abusé de son pouvoir d'appréciation en fixant une peine exagérément sévère ou excessivement clémente (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19/20 et les arrêts cités).
3.2 Les juges cantonaux ont retenu que l'infraction commise par le recourant n'était pas anodine et qu'il avait désobéi à des agents des forces de l'ordre, se montrant ainsi irrespectueux du travail qu'ils effectuaient. A décharge, ils ont estimé que ses motivations n'étaient pas clairement définies et que sa situation personnelle n'apportait pas d'élément explicatif sur son comportement. Cette motivation est suffisante pour permettre de discerner quels sont les éléments essentiels qui ont été pris en compte.
3.3 Le recourant reproche aux autorités cantonales de l'avoir condamné à une peine pécuniaire de cinq jours-amende, malgré qu'il n'avait pas été possible de déterminer quels étaient ses buts et motivations. Selon lui, il conviendrait de prononcer une peine "nulle".
Autant que le recourant entend se prévaloir d'une violation de l'<ref-law> pour bénéficier d'une exemption de peine, son recours ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 245 s.). La Chambre pénale a exposé les motifs pour lesquels cette disposition ne trouvait pas application dans le cas d'espèce. Le recourant ne discute pas cette motivation, sa critique est irrecevable.
Dans la fixation de la peine, l'autorité précédente a retenu le critère des motivations et des buts de l'auteur à décharge du recourant et a réduit pour ce motif la sanction prononcée par le Tribunal de police, en sorte que l'on peine à comprendre ce que le recourant entend retirer de plus en sa faveur de ces éléments qui ont déjà été pris en considération.
Pour le surplus, le recourant ne cite aucun élément important, propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort. Il n'explique pas non plus en quoi la peine infligée serait exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation. Au demeurant, la sanction infligée, cinq jours-amende, se situe dans l'échelon inférieur du cadre légal prévu par l'<ref-law> qui s'étend jusqu'à 30 jours-amende. La peine ne peut être qualifiée d'excessive.
4. Le recours devra ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Comme il était d'emblée voué à l'échec, l'assistance judiciaire devra être refusée (<ref-law>). Le recourant supportera les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 27 octobre 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben