Fatti:
A.
La B._AG è proprietaria del fondo yyy di X._, ubicato nella zona residenziale semi-estensiva zzz del piano regolatore comunale. Sul fondo sorge un centro commerciale con una superficie di vendita di 6'601 m2.
Il 26 luglio 2007 la A._SA ha chiesto al Municipio di X._ il permesso di riattare e ampliare il centro commerciale, aumentandone la superficie di vendita a circa 10'000 m2. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, l'Esecutivo comunale ha negato il rilascio della licenza edilizia.
B.
Frattanto, con decisione del 2 marzo 2009, il Municipio ha adottato una zona di pianificazione, comprendente anche il comprensorio ove è ubicato il fondo yyy, volta a vietare interventi in contrasto con gli obiettivi descritti nella relativa scheda o suscettibili di generare un forte aggravio della viabilità e del carico ambientale. Il provvedimento sospensivo, della durata massima di cinque anni, è stato confermato dal Tribunale cantonale amministrativo con sentenza dell'8 marzo 2010, cresciuta in giudicato.
C.
Il 26 giugno 2009 la A._SA ha presentato al Municipio una domanda di costruzione in variante concernente la trasformazione con ampliamento del centro commerciale B._, che prevede un aumento della superficie di vendita da 6'601 a 7'310 m2. Con decisione del 15 settembre 2011 il Municipio ha sospeso la procedura di esame della domanda, alla quale si erano opposti diversi privati. La risoluzione municipale è stata confermata il 3 aprile 2012 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso della proprietaria e dell'istante.
D.
Con sentenza del 28 agosto 2013, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto, in quanto ricevibile, un ricorso presentato da A._SA e da B._AG contro la decisione governativa. La Corte cantonale ha essenzialmente ritenuto che il progettato ampliamento rientrava chiaramente negli interventi non ammessi nella zona di pianificazione, essendo contrario all'obiettivo di concentrare in un altro comprensorio del territorio comunale le attività commerciali di portata non soltanto locale.
E.
A._SA e B._AG impugnano questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo che la causa sia rinviata al Municipio, affinché esamini la variante presentata e si pronunci al riguardo. I ricorrenti fanno valere la violazione del divieto dell'arbitrio, del principio della buona fede e della proporzionalità.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale concernente il mancato rilascio di una licenza edilizia, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 LTF. La Corte cantonale ha confermato la decisione municipale di sospendere l'esame della domanda di costruzione in variante. Si è invero pure chiesta se non occorreva piuttosto respingerla direttamente e ha rilevato che nel frattempo gli obiettivi della zona di pianificazione erano stati concretizzati in una variante di piano regolatore approvata il 25 ottobre 2012 dal Consiglio comunale. In concreto, può essere lasciata indecisa la questione di sapere se la decisione impugnata è di natura finale (<ref-law>) o incidentale (<ref-law>). La sospensione della procedura della domanda di costruzione per un periodo di tempo rilevante può infatti comportare un diniego di giustizia, nonché un pregiudizio irreparabile per i ricorrenti, sicché la via del ricorso in materia di diritto pubblico è in ogni caso aperta.
1.2. La Corte cantonale ha ritenuto che soltanto la A._SA, quale istante, era legittimata a ricorrere contro la risoluzione governativa. Dandosene le condizioni, solo lei può quindi ricorrere nel merito in questa sede. La B._AG, che si è vista negare la legittimazione da parte dei giudici cantonali, è per contro abilitata unicamente a fare valere che la precedente istanza avrebbe violato i suoi diritti di parte, negandole a torto la facoltà ricorsuale (cfr. <ref-ruling> consid. 1.3.2). Fondato esclusivamente su argomentazioni di merito, il presente gravame è quindi inammissibile nella misura in cui è interposto dalla B._AG. La A._SA, che ha presentato quale progettista la domanda di costruzione con il consenso della proprietaria ed ha partecipato alla procedura cantonale, è per contro legittimata a ricorrere giusta l'<ref-law> (cfr. <ref-ruling> consid. 1; sentenza 1P.776/2001 del 18 aprile 2002 consid. 1.2, in: RDAT II-2002, pag. 3 segg.).
2.
2.1. Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. La ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute, laddove è invocata la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale (<ref-law>; cfr. <ref-ruling> consid. 2.5; <ref-ruling> consid. 1.4.1).
2.2. Nella misura in cui la ricorrente si limita ad addurre il proprio parere, diverso da quello della Corte cantonale, senza confrontarsi con i considerandi del giudizio impugnato, spiegando in che consiste la violazione del diritto, il gravame riveste una natura essenzialmente appellatoria, disattende le esposte esigenze di motivazione ed è pertanto inammissibile. La ricorrente si fonda infatti essenzialmente sul ridimensionamento del progetto in variante rispetto a quello iniziale e sul conseguente impatto più contenuto sotto il profilo ambientale. Richiama al riguardo principalmente l'ottemperanza del limite massimo di 200 movimenti veicolari giornalieri per le attività commerciali di vendita previsto dalla zona di pianificazione. Facendo riferimento esclusivamente a tali aspetti, la ricorrente non considera però l'insieme degli obiettivi perseguiti dalla zona di pianificazione, che vieta non soltanto gli interventi che possono comportare un aggravio sulla viabilità e sul carico ambientale, bensì anche quelli in contrasto con l'esigenza di concentrare e spostare le attività commerciali a ovest della ferrovia, a ridosso della stazione.
3.
3.1. La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere violato l'art. 25 LPT e l'art. 3 della legge edilizia cantonale, del 13 marzo 1991 (LE), nonché il divieto dell'arbitrio, per essersi sostituita al Municipio quale autorità competente a esaminare la conformità del progetto e a rilasciare la licenza edilizia.
3.2. La censura è manifestamente infondata, giacché la Corte cantonale ha deciso nello stesso senso del Municipio, confermando la decisione di sospendere la procedura di esame della variante di domanda di costruzione. Non ha quindi sostituito il proprio potere di apprezzamento a quello dell'Esecutivo comunale.
4.
4.1. La ricorrente, rilevato che il preavviso dell'autorità cantonale è stato emanato il 20 giugno 2011, rimprovera al Municipio di non avere concesso la licenza edilizia entro il termine dell'art. 10 LE. Il cpv. 1 di questa disposizione prevede infatti che il Municipio decide sulla domanda e sulle opposizioni entro 15 giorni dalla scadenza del termine di opposizione del Dipartimento. Sostiene inoltre che la decisione di sospensione della procedura contrasterebbe con l'art. 61 cpv. 3 della legge cantonale sullo sviluppo territoriale, del 21 giugno 2011 (Lst), entrata in vigore il 1° gennaio 2012, che, nel caso di una domanda di costruzione in contrasto con gli obiettivi del piano in formazione, consente unicamente di negare la licenza edilizia.
4.2. Ora, soltanto la sentenza dell'ultima istanza cantonale può essere oggetto del ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale (cfr. art. 86 cpv. 1 lett. d LTF). Eventuali ritardi e manchevolezze del Comune devono essere sottoposte dapprima al vaglio delle istanze cantonali. La censura di violazione dell'art. 10 LE è comunque parimenti inammissibile nella misura in cui è sollevata fondando sul presupposto che la licenza avrebbe dovuto essere rilasciata. La ricorrente disattende inoltre che il termine in discussione è un termine d'ordine, la cui inosservanza non comporta l'invalidità della decisione municipale ( SCOLARI, Commentario, 1996, pag. 400, n. 818). Al riguardo non fa valere di avere subito un pregiudizio per il fatto che il Municipio ha ritardato a statuire sulla domanda. Richiama poi impropriamente l'art. 61 Lst: la Corte cantonale si è infatti fondata sul diritto previgente, in base al quale è stata adottata la zona di pianificazione, che consentiva anche la sospensione della domanda di costruzione (cfr. art. 63 cpv. 3 della legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990). La ricorrente non sostiene che i giudici cantonali avrebbero ritenuto a torto applicabile il diritto previgente.
5.
5.1. La ricorrente rimprovera alla Corte di avere misconosciuto il fatto che il progetto in variante rispetterebbe il limite massimo di 200 movimenti veicolari giornalieri per le attività commerciali di vendita secondo quanto previsto dalla zona di pianificazione. Rileva inoltre che il nuovo assetto pianificatorio del comparto non è ancora entrato in vigore, sicché non sarebbe per il momento possibile stabilire se il progetto ostacola gli sviluppi pianificatori futuri. La ricorrente ritiene l'aumento di circa 700 m2 della superficie di vendita, che verrebbe riservata all'insediamento di una farmacia e di un negozio di elettrodomestici, attività a suo dire di valenza soprattutto locale, limitato.
5.2. Con queste argomentazioni, generiche, la ricorrente non comprova una violazione del diritto, in particolare non sostanzia con una motivazione conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nell'applicazione del diritto cantonale. Disattende in particolare che la zona di pianificazione non considera solo il criterio del limite massimo di movimenti veicolari giornalieri, ma elenca specifiche finalità, in particolare quella di spostare e concentrare le attività commerciali esistenti e future (escluse le piccole attività a carattere locale) a ovest della ferrovia, a ridosso della stazione. Espone inoltre gli obiettivi della densificazione degli immediati dintorni della stazione con contenuti a valenza regionale e cantonale e del ripristino di una vocazione locale (in particolare residenziale) nel settore chiuso tra la montagna, la strada cantonale in direzione di Claro e quella in direzione di Lumino. A torto la ricorrente attribuisce poi un'importanza soltanto locale all'attività commerciale in discussione. A prescindere dal fatto che l'incremento della superficie di vendita non appare esiguo, la ricorrente si limita infatti a sminuirne la portata, considerando in modo a sé stante i nuovi negozi progettati. Disattende per contro ch'essi si inseriscono nel contesto del centro commerciale esistente, ampliandone ulteriormente la superficie di vendita, e ne costituiscono uno sviluppo esplicitamente vietato dalla zona di pianificazione.
6.
6.1. La ricorrente lamenta una violazione del principio della buona fede, adducendo di avere confidato nell'approvazione del progetto in variante, che sarebbe stato elaborato coinvolgendo le competenti autorità cantonali e comunali. Richiama al riguardo il preavviso favorevole del 20 giugno 2011 dei Servizi generali del Dipartimento del territorio, a suo dire trascurato dalla Corte cantonale.
6.2. L'<ref-law> istituisce un diritto fondamentale del cittadino ad essere trattato secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato. In materia di diritto amministrativo, tale principio tutela l'amministrato nei confronti dell'autorità, quando, assolte determinate condizioni, il medesimo abbia agito conformemente alle istruzioni e alle dichiarazioni di quest'ultima. Il principio tutela in particolare la fiducia riposta in un'informazione ricevuta dall'autorità o in un suo determinato comportamento suscettibile di destare un'aspettativa legittima, quando l'autorità sia intervenuta in una situazione concreta riguardo a determinate persone, quand'essa era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente sulla base di fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 8.1 pag. 60 e rispettivi rinvii; cfr. inoltre <ref-ruling> consid. 2.5.1).
6.3. Con l'esposta argomentazione, la ricorrente non dimostra che il Municipio, autorità competente per concedere la licenza edilizia, le avrebbe rilasciato concrete e vincolanti assicurazioni riguardo all'approvazione del progetto. Il semplice fatto che le autorità fossero informate delle modifiche che la ricorrente avrebbe apportato al progetto iniziale non fonda una simile assicurazione. Nemmeno ne realizza gli estremi l'avviso del Dipartimento del territorio, che non è competente a rilasciare la licenza edilizia e che ha esplicitamente riservato la decisione del Municipio, in particolare sull'applicazione del diritto comunale.
7.
7.1. La ricorrente ritiene violato il principio della proporzionalità, sostenendo che il progetto in variante avrebbe una portata limitata, non sufficiente a giustificare una sospensione dell'esame della domanda di costruzione. Sostiene che uno spostamento del centro commerciale nella nuova zona prevista dal Comune comporterebbe investimenti ingenti e non potrebbe essere eseguita in tempi brevi, occorrendo ancora attuare i necessari collegamenti ed accessi stradali al comparto.
Con queste argomentazioni la ricorrente rimette indirettamente in discussione il contenuto della zona di pianificazione, che, come visto, vieta la realizzazione di edifici o interventi in contrasto con gli obiettivi prefissati e che è già stata oggetto della sentenza definitiva dell'8 marzo 2010 della Corte cantonale. La presente controversia non concerne nemmeno la nuova pianificazione, frattanto adottata dal Consiglio comunale, o un'eventuale imposizione alla proprietaria di spostare altrove il centro commerciale, ma verte esclusivamente sulla compatibilità del progetto edilizio con la zona di pianificazione in vigore.
7.2. Laddove accenna infine ad una licenza edilizia per l'edificazione su un fondo vicino di un grande magazzino concorrente, che sarebbe stato autorizzato dal Municipio dopo che era già entrata in vigore la zona di pianificazione, la ricorrente non dimostra che le due situazioni sarebbero analoghe sotto il profilo della zona di ubicazione e delle caratteristiche degli impianti. Comunque, anche qualora si volesse ritenerle simili, la ricorrente non fa valere, in modo conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, che sarebbero date le condizioni poste dalla giurisprudenza per ammettere eccezionalmente una parità di trattamento nell'illegalità (cfr. al riguardo <ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 5.6; <ref-ruling> consid. 9 pag. 44).
8.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dei ricorrenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione ai patrocinatori dei ricorrenti, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.