Sachverhalt:
A.
Am 30. August 2012 ersuchte die Baugesellschaft X._ um die Erteilung der Baubewilligung für den Neubau eines Mehrfamilienhauses auf Parzelle 1859 in Flims Waldhaus. Dagegen erhob die als Verein konstituierte Helvetia Nostra Einsprache. Mit Entscheid vom 30. Oktober/5. November 2012 trat die Baubewilligungsbehörde auf die Einsprache nicht ein und erteilte die Baubewilligung.
B.
Dagegen erhob die Helvetia Nostra am 5. Dezember 2012 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses trat darauf am 11. Dezember 2012 nicht ein, weil die Helvetia Nostra nicht zur Beschwerde legitimiert sei. Im Übrigen ging das Verwaltungsgericht davon aus, dass Art. 75b BV und seine Übergangsbestimmungen (Art. 197 Ziff. 9 BV) intertemporalrechtlich noch nicht anwendbar seien. Daraus ergebe sich, dass auch in Gemeinden wie Flims, in denen die kritische Grenze von 20 % Zweitwohnungen überschritten sei, im Jahr 2012 noch Baubewilligungen für Zweitwohnungen nach bisherigem Recht erteilt werden konnten.
C.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die Helvetia Nostra am 28. Januar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid in dem Sinne zu ändern, dass die dem Projekt der Beschwerdegegnerin erteilte Baubewilligung aufgehoben werde.
D.
Mit Verfügung vom 25. Februar 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Das Verfahren wurde bis zum Vorliegen eines Grundsatzentscheids des Bundesgerichts zur Frage der Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra und der Anwendbarkeit von Art. 75b BV und Art. 197 Ziff. 9 BV sistiert.
E.
Am 22. Mai 2013 fällte das Bundesgericht die ersten Leitentscheide: Es bejahte die Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra (<ref-ruling>) sowie die direkte Anwendbarkeit von Art. 75b BV und Art. 197 Ziff. 9 BV ab dem 11. März 2012 (<ref-ruling> und 263).
F.
Mit Verfügung vom 1. Juli 2013 wurde das Verfahren wieder aufgenommen und der Beschwerdegegnerin, der Gemeinde und dem Verwaltungsgericht Gelegenheit zur Stellungnahme eingeräumt. Alle drei haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Die Plafonierung des Zweitwohnungsbaus gemäss Art. 75b BV stellt eine Bundesaufgabe dar, die der Schonung der Natur und des heimatlichen Landschaftsbildes dient. Die nach Art. 12 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) beschwerdebefugten Organisationen im Bereich des Natur- und Heimatschutzes - zu denen auch die Helvetia Nostra gehört - können daher Baubewilligungen wegen Verletzung von Art. 75b BV und seiner Übergangs- und Ausführungsbestimmungen anfechten (<ref-ruling> E. 11 S. 276 ff.). Das Verwaltungsgericht Graubünden hat somit die Einsprache- und Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin zu Unrecht verneint.
2.
Das Verwaltungsgericht ging überdies davon aus, dass die neuen Verfassungsbestimmungen nicht anwendbar seien auf Baubewilligungen, die zwischen dem 11. März 2012 und dem 31. Dezember 2012 erstinstanzlich erteilt wurden (Art. 197 Ziff. 9 Abs. 2 BV e contrario).
Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> (E. 9-11 S. 249 ff.) entschieden, dass Art. 75b Abs. 1 BV seit seinem Inkrafttreten am 11. März 2012 anwendbar ist. Zwar bedarf diese Bestimmung in weiten Teilen der Ausführung durch ein Bundesgesetz. Unmittelbar anwendbar ist sie jedoch insoweit, als sie (in Verbindung mit Art. 197 Ziff. 9 Abs. 2 BV) ein Baubewilligungsverbot für Zweitwohnungen in allen Gemeinden anordnet, in denen der 20 %-Zweitwohnungsanteil bereits erreicht oder überschritten ist. Dies hat zur Folge, dass Baubewilligungen für Zweitwohnungen, die zwischen dem 11. März und dem 31. Dezember 2012 in den betroffenen Gemeinden erteilt wurden, auf Beschwerde hin aufzuheben sind.
3.
Wird ein Nichteintretensentscheid eines kantonalen Gerichts angefochten, kann das Bundesgericht in der Regel nicht selbst in der Sache entscheiden, sondern muss diese zu materieller Beurteilung an die Vorinstanz zurückweisen. Auf eine Rückweisung kann jedoch ausnahmsweise verzichtet werden, wenn das Durchlaufen der kantonalen Instanz eine leere zwecklose Formalität wäre (vgl. <ref-ruling> E. 5a/bb S. 11 mit Hinweisen).
Vorliegend ist unstreitig, dass es sich um eine Baubewilligung für Zweitwohnungen handelt, und dass der 20%-Anteil in der Gemeinde überschritten ist. Damit steht bereits fest, dass die angefochtene Baubewilligung gegen Art. 75b BV verstösst. Die Beschwerdeführerin hat (im Eventualantrag) die Aufhebung der Baubewilligung, d.h. (sinngemäss) die Abweisung des Baugesuchs, beantragt. Die Beschwerdegegnerin und die Gemeinde haben sich diesem Antrag nicht widersetzt.
Unter diesen Umständen erscheint es sinnvoll, in Gutheissung des Eventualantrags der Beschwerdeführerin in der Sache zu entscheiden, d.h. die Baubewilligung und den Einspracheentscheid aufzuheben und das Baugesuch abzuweisen.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt die Beschwerdeführerin; die private Beschwerdegegnerin trägt daher die Kosten des bundes- und des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 und 67 BGG).
Da die Helvetia Nostra weder vor Bundesgericht noch vor Verwaltungsgericht anwaltlich vertreten war, hat sie praxisgemäss keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.
Die Sache wird an die Gemeinde zurückgewiesen, um die Kosten des Baubewilligungs- und Einspracheverfahrens neu zu verlegen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 11. Dezember 2012 sowie die Baubewilligung und der Bau- und Einspracheentscheid der Gemeinde Flims vom 30. Oktober/5. November 2012 werden aufgehoben. Das Baugesuch der Baugesellschaft X._ für Parzelle 1859 in Flims Waldhaus wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- für das bundesgerichtliche Verfahren und von Fr. 1'033.-- für das verwaltungsgerichtliche Verfahren werden der Beschwerdegegnerin (Baugesellschaft X._) auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des Baubewilligungs- und Einspracheverfahrens an die Gemeinde Flims zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Flims und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts