Sachverhalt:
A. Mit Gesellschaftsvertrag vom 24. April 1993 schlossen sich X._ (Beschwerdeführer 1) und Y._ (Beschwerdeführer 2) sowie die Z._ AG (nunmehr Z._ AG; Beschwerdegegnerin) in Pfäffikon/SZ zur "Baugesellschaft A._" (nachfolgend Baugesellschaft) zusammen mit dem Zweck, auf den Liegenschaften Kat. Nr. 1 und 2, eine Überbauung mit Wohnungen und Geschäftsräumlichkeiten gemäss einer bereits vorliegenden Baubewilligung zu erstellen, in Stockwerkeigentum aufzuteilen und anschliessend die einzelnen Stockwerkeigentumseinheiten zu verkaufen.
Die Beschwerdegegnerin beteiligte sich mit einer Kapitaleinlage von Fr. 2'610'000.-- am Projekt, Valuta 1. April 1993, und verpflichtete sich, die Mittel der Baugesellschaft entsprechend den Gesellschaftsbedürfnissen rechtzeitig zur Verfügung zu stellen. Die Beschwerdeführer überliessen der Baugesellschaft das Grundstück Kat. Nr. 1 und das zu Lasten der Liegenschaft Kat. Nr. 2 auf 62 Jahre eingeräumte selbständige und dauernde Baurecht zum Gebrauch, insbesondere zur Realisierung des bewilligten Bauvorhabens. Ausserdem überliessen sie der Baugesellschaft die ihnen erteilte rechtskräftige Baubewilligung für die Überbauung der beiden Grundstücke sowie die dem Beschwerdeführer 1 von der Baurechtsgeberin eingeräumte Möglichkeit, die Parzelle 2 zu Fr. 2'500'000.-- zu kaufen. Als Gegenleistung übernahm die Baugesellschaft im Wesentlichen ab 1. April 1993 die Schuldpflicht für die auf der Liegenschaft Nr. 1 und dem Baurecht Nr. 2 lastenden Hypotheken von insgesamt Fr. 4'000'000.--, Projektkredite von Fr. 800'000.--, die Hypothekar-, Projektkredit- und Baurechtszinsen sowie alle weiteren aus Besitz und Nutzung der überlassenen Liegenschaften sich ergebenden Rechte und Pflichten.
Die Gesellschaft wurde vor Zweckerfüllung, Ende März 1994, aufgelöst. Am 22. April 1994 schlossen die Beschwerdeführer mit einer neuen Finanzpartnerin einen Gesellschaftsvertrag betreffend Überbauung A._. Das Bauprojekt wurde mittlerweile im Rahmen dieser neuen Baugesellschaft realisiert.
B. Die Beschwerdeführer erhoben am 22. November 2004 Klage gegen die Beschwerdegegnerin auf Zahlung von Schadenersatz im Betrag von Fr. 2'610'000.-- nebst Zins infolge Nichterfüllung der Gesellschafterpflichten. Mit Widerklage verlangte die Beschwerdegegnerin Zahlung von Fr. 692'169.50 nebst Zins für von ihr im Zusammenhang mit dem Bauprojekt erbrachte Leistungen sowie für den ihr aus der Auflösung der Gesellschaft zustehenden Liquidationsanteil.
Das Handelsgericht schrieb mit Beschluss vom 20. Dezember 2007 die Hauptklage im Umfang von Fr. 395'972.-- als durch Klagerückzug erledigt ab; mit Teilurteil vom gleichen Tag wies es die Hauptklage (im übrigen Umfang) ab. Die Beschwerdeführer erhoben beim Kassationsgericht des Kantons Zürich Nichtigkeitsbeschwerde. Sie fochten ausschliesslich den Beschluss des Handelsgerichts vom 20. Dezember 2007 an und beantragten dessen Aufhebung. Gleichzeitig reichten sie sowohl gegen den Beschluss als auch das Teilurteil des Handelsgerichts vom 20. Dezember 2007 Beschwerde in Zivilsachen beim Bundesgericht ein mit dem Antrag, den Entscheid aufzuheben und die Sache betreffend Abweisung der Hauptklage an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 4A_70/2008). Mit Verfügung vom 11. Februar 2008 wurde das bundesgerichtliche Verfahren bis zum Entscheid des Kassationsgerichts ausgesetzt. Mit Zirkulationsbeschluss vom 9. Dezember 2008 hob das Kassationsgericht den Beschluss des Handelsgerichts vom 20. Dezember 2007 sowie das Urteil vom gleichen Tag hinsichtlich des Kostenspruchs auf und wies die Sache zur Neubeurteilung zurück.
Mit Teilurteil vom 3. April 2009 (in Ergänzung zum Teilurteil vom 20. Dezember 2007) wies das Handelsgericht die Hauptklage auch im restlichen Umfang von Fr. 395'972.-- ab.
Mit Beschluss vom 3. April 2009 schrieb das Handelsgericht die Widerklage im Umfang von Fr. 7'918.40 als durch Rückzug erledigt ab. Mit (Teil-)Urteil vom 3. April 2009 verpflichtete es die Beschwerdeführer unter solidarischer Haftung zur Zahlung von Fr. 260'745.25 nebst Zins an die Beschwerdegegnerin; im Mehrbetrag wies es die Widerklage ab. Damit hat die Vorinstanz sämtliche vor ihr geltend gemachten Ansprüche beurteilt.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. Mai 2009 (Verfahren 4A_230/2009) beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Teilurteil vom 20. Dezember 2007, das Teilurteil vom 3. April 2009 (in Ergänzung zum Teilurteil vom 20. Dezember 2007) sowie das Teilurteil vom 3. April 2009 (mit Ausnahme des zweiten Absatzes der Dispositiv-Ziffer 1, worin die Widerklage im Mehrbetrag abgewiesen wird) aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Widerklage zusätzlich im Betrag von Fr. 23'370.75 nebst Zins ebenfalls abzuweisen und die Beschwerdeführer unter solidarischer Haftung zu verpflichten, Fr. 237'374.50 nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf das Rechtsbegehren betreffend Aufhebung des Teilurteils vom 20. Dezember 2007 und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz nicht einzutreten, dieses eventualiter abzuweisen; im Übrigen schliesst sie auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Präsidialverfügung vom 29. Juni 2009 wurde das Gesuch der Beschwerdeführer um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
D. Im Verfahren 4A_70/2008 wurde die Sistierung aufgehoben. Das Bundesgericht setzte der Beschwerdegegnerin Frist zur Vernehmlassung an und wies das Gesuch der Beschwerdeführer betreffend Beschränkung des Verfahrens auf die Frage der Beschwerdefähigkeit des angefochtenen Entscheids sowie teilweiser Abschreibung des Verfahrens mit Verfügung vom 3. Juni 2009 ab. In ihrer Beschwerdeantwort beantragte die Beschwerdegegnerin, das Rechtsbegehren bezüglich Aufhebung des vorinstanzlichen Beschlusses infolge Gegenstandslosigkeit als erledigt abzuschreiben sowie das Rechtsbegehren hinsichtlich Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführer haben sowohl gegen den Beschluss und das Teilurteil des Handelsgerichts vom 20. Dezember 2007 Beschwerde in Zivilsachen erhoben (4A_70/2008) als auch gegen das Teilurteil vom 3. April 2009 (in Ergänzung zum Teilurteil vom 20. Dezember 2007) und das (Teil-)Urteil vom gleichen Tag (Verfahren 4A_230/2009). Letztere richtet sich auch gegen das Teilurteil des Handelsgerichts vom 20. Dezember 2007. Die Beschwerden beziehen sich auf denselben Streitgegenstand, weshalb es sich rechtfertigt, die beiden vor Bundesgericht eröffneten Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu beurteilen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
1.2 Soweit sich die Beschwerde vom 7. Februar 2008 gegen den Beschluss des Handelsgerichts vom 20. Dezember 2007 richtet, kann sie als gegenstandslos abgeschrieben werden, da das Kassationsgericht mit Zirkulationsbeschluss vom 9. Dezember 2008 diesen Beschluss aufgehoben hat. Damit ist das Anfechtungsobjekt dahingefallen.
1.3 Sowohl in der Beschwerde vom 7. Februar 2008 als auch in derjenigen vom 14. Mai 2009 fechten die Beschwerdeführer das Teilurteil vom 20. Dezember 2007 an. Die Beschwerden sind diesbezüglich - abgesehen von nicht entscheidrelevanten Vorbringen - identisch. Da es somit im Hinblick auf den Ausgang des Verfahrens keinen Einfluss hat, auf welche Beschwerde abgestellt wird, kann offen bleiben, ob die Beschwerde vom 14. Mai 2009 verspätet eingereicht worden ist, soweit sie sich gegen das Teilurteil vom 20. Dezember 2007 richtet.
2. Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), dürfen sich die Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern müssen einen Antrag in der Sache stellen. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer verlangen, die Teilurteile des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz hat die Klage im Wesentlichen mangels Substanziierung des behaupteten Schadens abgewiesen, ohne den Sachverhalt abschliessend abzuklären. Damit wäre das Bundesgericht im Falle der Gutheissung der Beschwerde nicht in der Lage, selbst ein Urteil zu fällen, und müsste die Streitsache an die Vorinstanz zurückweisen. Demzufolge genügt der Rückweisungsantrag.
3. 3.1 Die Beschwerde in Zivilsachen ist nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (<ref-law>). Gegen die angefochtenen Entscheide des Handelsgerichts wäre die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich nach § 281 des Gesetzes über die Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 [Zivilprozessordnung, ZPO/ZH; LS 271] möglich gewesen, weshalb sie insoweit nicht kantonal letztinstanzlich sind, als sie vom Kassationsgericht hätten überprüft werden können. Nach <ref-law>/ZH kann gegen Vor-, Teil-, und Endentscheide sowie gegen Rekursentscheide und Rückweisungen im Berufungsverfahren Nichtigkeitsbeschwerde erhoben werden, wenn geltend gemacht wird, der angefochtene Entscheid beruhe zum Nachteil des Nichtigkeitsklägers auf einer Verletzung eines wesentlichen Verfahrensgrundsatzes (Ziff. 1), auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme (Ziff. 2) oder auf einer Verletzung klaren materiellen Rechts (Ziff. 3). Ausgeschlossen ist die Nichtigkeitsbeschwerde, wenn das Bundesgericht einen Mangel frei überprüfen kann, wobei sie gemäss <ref-law>/ZH stets zulässig ist, wenn eine Verletzung von Art. 8, 9, 29 oder 30 BV oder von Art. 6 EMRK geltend gemacht wird.
Die angefochtenen Entscheide des Handelsgerichts stellen daher insoweit keine kantonal letztinstanzlichen Entscheide dar, als geltend gemacht wird, das Handelsgericht habe darin willkürliche tatsächliche Feststellungen getroffen, den Anspruch der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör (unter Vorbehalt von <ref-law>; vgl. Urteil 4A_430/2008 vom 24. November 2008 E. 1.4 mit Hinweisen) verletzt oder kantonale Verfahrensbestimmungen willkürlich angewendet. Soweit die Beschwerdeführer entsprechende Rügen erheben, kann auf die Beschwerden mangels Letztinstanzlichkeit der angefochtenen Entscheide nicht eingetreten werden.
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4339 Ziff. 4.1.4.3; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 485 f.). Neue Vorbringen sind nur zulässig, soweit erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>), was wiederum näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226; <ref-ruling> E. 3 S. 395).
4. Im Zusammenhang mit der finanziellen Auseinandersetzung bei der Auflösung der Baugesellschaft per 31. März 1994 sind sich die Parteien einig, dass die Beschwerdeführer im Zeitpunkt der Auflösung der Baugesellschaft das Projekt mit sämtlichen zu diesem Zeitpunkt bestehenden Aktiven und Passiven wieder in ihre alleinige Verfügungsgewalt und Verantwortung übernommen haben, da die Einbringung der Vermögenswerte nicht zu Eigentum, sondern lediglich zum Gebrauch ("quoad sortem") erfolgt war, und dass neben diesen Aktiven und Passiven keine weiteren Gesellschaftsaktiven oder -passiven existierten. Umstritten ist hingegen die Art der Berechnung der Aktiven in der Schlussbilanz der Baugesellschaft. Die Beschwerdeführer machen vorab geltend, die Baugesellschaft habe bei der Auflösung einen Verlust erzielt, wovon die Beschwerdegegnerin die Hälfte zu tragen habe. Mit der Klageabweisung habe die Vorinstanz <ref-law> verletzt. Gemäss dieser Bestimmung haben die Gesellschafter das Fehlende als Verlust zu tragen, wenn nach Tilgung der Schulden und Ersatz der Auslagen und Verwendungen das gemeinschaftliche Vermögen nicht ausreichend ist, um die geleisteten Vermögensbeiträge zurückzuerstatten.
4.1 Die Vorinstanz hielt fest, die Baugesellschaft sei nach Ausscheiden der Beschwerdegegnerin nicht weitergeführt worden; vielmehr hätten die Beschwerdeführer mit der neuen Finanzpartnerin eine neue Gesellschaft gegründet und dabei unbestrittenermassen sämtliche Aktiven der Baugesellschaft übernommen und in die neue Gesellschaft eingebracht. Deshalb rechtfertige es sich, die Baugesellschaft so zu stellen, wie wenn die Beschwerdegegnerin ausgeschieden wäre und sie von den Beschwerdeführern alleine oder mit weiteren Gesellschaftern fortgeführt worden wäre. Bei Fortführung des Geschäfts durch einen Gesellschafter sei eine Abfindungsbilanz zu Fortführungswerten zu erstellen, wobei der Wert massgebend sei, den die einzelnen Vermögensbestandteile für das weiter bestehende Unternehmen hätten. Ein Verschulden eines Gesellschafters dürfe nicht dazu führen, dass von der Schlussbilanz zu Fortführungswerten abgewichen werde. Zunächst sei der Fortführungswert der einfachen Gesellschaft zu bestimmen und dann ein allfälliges Verschulden der Beschwerdegegnerin zu berücksichtigen. Die der Baugesellschaft zur Verfügung gestellten Vermögenswerte seien bei Auflösung der einfachen Gesellschaft an die Beschwerdeführer zurückgefallen, in deren Eigentum sie geblieben seien, und bildeten nicht Teil der eigentlichen Liquidation. Gestützt auf <ref-ruling> kam die Vorinstanz zum Schluss, dass nur diejenigen tatsächlichen Veränderungen des Wertes der Aktiven, die auf Leistungen der Gesellschaft beruhen, Eingang in die Gewinn- und Verlustrechnung der Gesellschaft fänden. Eine Wertsteigerung konjunktureller Natur sei hingegen - vorbehältlich einer anderslautenden Vereinbarung - kein Gesellschaftsgewinn und wie ein Wertverlust oder zufälliger Untergang allein vom Gesellschafter zu tragen, in dessen Eigentum der Gegenstand verblieben sei. Die Beschwerdeführer hätten keine tatsächlichen Veränderungen am Grundstück durch die Gesellschaft behauptet, die zu einem Minderwert an den Grundstücken geführt hätten, und somit keine Veränderungen, für welche die Gesellschaft einzustehen habe. Eine durch eine Neu- oder Andersbewertung der Grundstücke resultierende Wertschwankung müsse vom Eigentümer der Grundstücke und nicht von der Gesellschaft getragen werden. Die Grundstücke seien somit in der Abschlussbilanz auf der Basis der gleichen Werte zu bilanzieren wie sie bereits in der Eröffnungsbilanz Eingang gefunden hätten; per 31. März 1994 resultiere somit eine ausgeglichene Schlussbilanz, die weder Gewinn noch Verlust aufweise. Der Abfindungsanspruch sei von einem allfälligen Schadenersatzanspruch für entgangenen Gewinn zu trennen.
4.2 Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz vor, <ref-ruling> verkannt zu haben und wollen eine Wertverminderung der "ad sortem" eingebrachten Sachwerte in der Schlussbilanz ohne Rücksicht auf die Ursache berücksichtigt wissen. Ob ein Wertverlust konjunkturell bedingt sei oder zufällig eintrete, sei ohne Bedeutung, wenn ein Projekt wie hier zur gemeinsamen Überbauung und zur späteren gemeinsamen Vermarktung in die Gesellschaft "ad sortem" eingebracht werde. Diese Ansicht ist unzutreffend. Die Auffassung der Vorinstanz, wonach nur diejenigen tatsächlichen Veränderungen des Wertes der Aktiven, die auf Leistungen der Gesellschaft beruhen, Eingang in die Gewinn- und Verlustrechnung der Gesellschaft finden und Wertsteigerungen konjunktureller Natur vorbehältlich einer anderslautenden Vereinbarung ausser Betracht fallen, entspricht der Rechtsprechung und Lehre (vgl. auch Urteil 4C.378/2002 vom 1. April 2003 E. 4.3; Tercier/Favre, Les contrats spéciaux, 4. Aufl. 2009, Rz. 7748; DANIEL STAEHELIN, in: Basler Kommentar, 3. Aufl. 2008, N. 10 zu Art. 548/549 OR; Raphaël Dessemontet, Le consortium de construction et sa fin prématurée en droit suisse, 2006, S. 188). Die in <ref-ruling> berücksichtigte Landwertsteigerung stand im Zusammenhang damit, dass die Gesellschaft die Parzelle baureif gemacht hatte, indem ein Projekt erstellt und die Baubewilligung erlangt worden waren. Ein konjunktureller Mehrwert wurde in diesem Entscheid nicht berücksichtigt. Eine Bundesrechtsverletzung liegt nicht vor.
4.3 Die Beschwerdeführer behaupten, zwischen den Parteien sei klar gewesen, dass sich konjunkturelle Wertveränderungen des Projekts während der Vertragsdauer zu Gunsten und zu Lasten der Gesellschafter auswirken sollten. Dies hat die Vorinstanz nicht festgestellt. Die Beschwerdeführer legen weder mit Aktenhinweisen dar, diese Behauptung bereits vor der Vorinstanz aufgestellt zu haben, noch zeigen sie auf, inwiefern erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; vgl. E. 3.2). Damit erweitern sie den Sachverhalt in unzulässiger Weise, weshalb sie mit ihren Vorbringen nicht zu hören sind, soweit die Rüge angesichts der Möglichkeit, Nichtigkeitsbeschwerde zu erheben, überhaupt zulässig ist (vgl. E. 3.1). Überdies könnte allein aus dem Zweck der Baugesellschaft, eine Überbauung mit Wohnungen und Geschäftsräumlichkeiten zu erstellen, in Stockwerkeigentum aufzuteilen und die einzelnen Stockwerkeigentumseinheiten zu verkaufen, entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer nicht auf einen solchen Willen geschlossen werden.
4.4 Die Beschwerdeführer machen geltend, sie seien nach der Auflösung der Baugesellschaft nicht in der Lage gewesen, das Projekt allein weiterzuführen ohne Einschuss von neuer Liquidität durch einen neuen Finanzpartner. Ohne einen solchen wäre das Projekt zwangsliquidiert worden mit einem Erlös, der mehrere Millionen Franken unter der Bewertung der Aktiven und Passiven des Projekts im April 1994 durch die B._ AG gelegen hätte. Die Beschwerdeführer anerkennen zwar, dass die Aktiven zu Fortführungswerten zu bewerten sind, wollen aber nur diejenigen Fortführungswerte berücksichtigt wissen, die von der neuen Finanzpartnerin auch akzeptiert worden seien. Die Schätzung des Projektwerts zu Fortführungswerten durch die B._ AG sei von zentraler Bedeutung. Wenn die Vorinstanz diese nicht akzeptiere, sei eine Expertise über den Fortführungswert des Projekts im Zeitpunkt der Auflösung der Baugesellschaft vorzunehmen im Hinblick auf die Fortführung mit der neuen Finanzpartnerin und nicht im Hinblick auf eine fiktive Fortführung durch die Beschwerdeführer allein; sämtliche Parameter für die Expertise lägen im Recht. Die Vorinstanz habe zudem verkannt, dass die Kündigung der Hypothekarkredite und des Projektkredits, die Nichtgewährung eines Baukredits infolge Nichtleistung der Bareinlage durch die Beschwerdegegnerin sowie der drohende entschädigungslose Heimfall des Baurechts tatsächliche durch die Gesellschaftstätigkeit verursachte Veränderungen während der Gesellschaftsdauer darstellen würden, die zu einer Entwertung der Aktiven und einer Erhöhung der Passiven des Projekts geführt hätten. Somit habe der Gesellschaftsverlust Fr. 2'734'151.80 betragen. Dieser wäre nicht eingetreten, wenn die Beschwerdegegnerin ihren Gesellschafterpflichten nachgekommen wäre.
4.5 Die Beschwerdeführer weichen in Einzelheiten vom festgestellten Sachverhalt ab, ohne mit Aktenhinweisen darzulegen, wo sie die entsprechenden Vorbringen bereits vor der Vorinstanz dargelegt haben. Mit Kritik am Sachverhalt sind sie ausgeschlossen, da der Instanzenzug nicht erschöpft ist (vgl. E. 3.1). Es ist vom Sachverhalt auszugehen, den die Vorinstanz festgestellt hat (vgl. E. 3.2).
4.5.1 Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführer könnten nicht gestützt auf die Bewertung der B._ AG behaupten, der tatsächliche Wert der Aktiven und Passiven per 31. März 1994 habe sich auf Fr. 6'533'000.-- belaufen, ohne aufzuzeigen, welche Positionen bzw. welche Aktiven warum und wie wertberichtigt worden bzw. wertzuberichtigen gewesen seien. Allein der Umstand, dass die neue Gesellschafterin nur diese Werte anerkannt habe, vermöge keine Wertberichtigung der Schlussbilanz zu rechtfertigen. Selbst unter Berücksichtigung der von den Beschwerdeführern eingereichten [von der B._ AG erstellten] Bilanz werde weder klar, welche konkreten Aufwendungen bzw. Leistungen warum wie bewertet worden seien, noch gehe daraus hervor, dass während des Bestehens der Baugesellschaft erbrachte Leistungen und/oder Aufwendungen wertberichtigt worden seien. Dem in der Verfügung vom 8. Dezember 2005 enthaltenen Substanziierungshinweis seien die Beschwerdeführer nicht nachgekommen, weshalb Wertberichtigungen auf den von der Baugesellschaft bzw. während deren Bestehen zwischen den Parteien erbrachten Leistungen nicht rechtsgenügend dargetan seien.
4.5.2 Wie weit ein Sachverhalt zu substanziieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann, beurteilt sich nach Bundesrecht (<ref-ruling> E. 2b S. 368; <ref-ruling> E. 3e S. 188; <ref-ruling> E. 2b S. 339). Tatsachenbehauptungen müssen so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2; Max Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 1979, S. 164). Bestreitet der Prozessgegner das schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserhebliche Tatsache nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann (Vogel/Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8. Aufl. 2006, S. 264 f.; C. Jürgen Brönnimann, Die Behauptungs- und Substanziierungslast im schweizerischen Zivilprozessrecht, 1989, S. 149). Für das Ausmass der im Einzelfall erforderlichen Substanziierung des Bestreitens ist auf die Einlässlichkeit der Sachdarstellung der behauptungsbelasteten Partei abzustellen und überdies zu prüfen, inwieweit der bestreitenden Partei eine substanziierte Bestreitung überhaupt zuzumuten ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 54; Brönnimann, a.a.O., S. 179 f.).
4.5.3 Nach dem angefochtenen Entscheid haben es die Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren trotz Substanziierungshinweises unterlassen aufzuzeigen, welche Leistungen und/oder Aufwendungen wertberichtigt worden sind, so dass die Vorinstanz zum Schluss gelangte, es fehle an den für die Durchführung eines Beweisverfahrens nötigen konkreten Behauptungen. Die Auffassung der Vorinstanz, es reiche nicht aus, sich auf eine Expertise zu berufen, ohne darzulegen, welche Positionen wertberichtigt worden seien bzw. wertzuberichtigen gewesen seien, stimmt mit den oben aufgeführten Grundsätzen überein, da die pauschale Behauptung der Beschwerdeführer mit Verweis auf die Expertise der Beschwerdegegnerin keine substanziierte Bestreitung erlaubt, zumal aus der Expertise nach der für das Bundesgericht verbindlichen Würdigung durch die Vorinstanz weder klar wird, welche konkreten Aufwendungen bzw. Leistungen warum wie bewertet worden sind noch hervorgeht, dass während des Bestehens der Baugesellschaft erbrachte Leistungen und/oder Aufwendungen wertberichtigt worden seien. Die Vorinstanz durfte somit davon ausgehen, dass Wertberichtigungen auf den von der Baugesellschaft bzw. während des Bestehens der Baugesellschaft zwischen den Parteien erbrachten Leistungen nicht rechtsgenügend dargetan sind. Die Vorinstanz hat jedenfalls die bundesrechtlichen Anforderungen an die Substanziierung nicht verkannt.
5. Die Beschwerdeführer erheben Anspruch auf Schadenersatz für den Gewinn, der ihnen entgangen sei, weil die Baugesellschaft das Projekt nicht habe zu Ende führen können. Mit Substanziierungshinweis vom 8. Dezember 2005 machte die Vorinstanz die Beschwerdeführer darauf aufmerksam, dass ein allfälliger entgangener Gewinn nach der vorläufigen Meinung des Gerichts durch einen Vergleich zwischen dem Gewinn unter der alten und neuen Gesellschaft berechnet werden könnte. Es sei im Einzelnen unter Bezugnahme auf die vertraglichen Bestimmungen und die einzelnen Aufwendungen und Erträge darzutun, wie der Gewinn unter der alten und neuen Gesellschaft zu berechnen sei. Trotz dieses Hinweises stellten sich die Beschwerdeführer in der Replik auf den Standpunkt, der Schaden entspreche der Differenz zwischen dem (Miss-)Erfolg der alten Gesellschaft (Stand bei Liquidation der einfachen Gesellschaft mit der Beschwerdegegnerin) und dem hypothetischen Erfolg aus dieser Gesellschaft (welches Vermögen die Beschwerdeführer hätten, wenn die Gesellschaft mit der Beschwerdegegnerin bis zum Verkauf der Wohnungen Bestand gehabt hätte). In ihrer Duplik behauptete die Beschwerdegegnerin, wie sie in der Beschwerdeantwort mit Aktenhinweis aufzeigt, es sei davon auszugehen, dass die Beschwerdeführer mit der neuen Finanzpartnerin mindestens den Gewinn erzielten, den sie ursprünglich mit ihr erzielen wollten. Die Vorinstanz folgte der Auffassung der Beschwerdeführer nicht, sondern hielt fest, ein Schaden bestehe nur, wenn mit der neuen Baugesellschaft kein oder weniger Gewinn erwirtschaftet worden sei als mit der alten Baugesellschaft voraussichtlich hätte erzielt werden können. Es gehe nicht an, das Vermögen zu zwei unterschiedlichen Zeitpunkten zu vergleichen. Ob eine Vorteilsanrechnung stattzufinden habe, müsse nicht beurteilt werden, da die Beschwerdeführer einen Schaden nicht rechtsgenügend behaupten würden. Per 31. März 1994 habe kein Verlust resultiert und ein Schaden der Beschwerdeführer sei insoweit nicht dargetan. Sodann würden sie nicht behaupten, mit der neu eingegangenen Baugesellschaft den mit der alten Baugesellschaft angestrebten Gewinn nicht erzielt zu haben.
5.1 Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz vor, sie habe den bundesrechtlichen Schadensbegriff verkannt, indem sie den entgangenen Gewinn nur in der Differenz zwischen dem Erfolg der alten und der neuen Gesellschaft sehen wolle. Zudem vermische sie die Berechnung des entgangenen Gewinns mit dem Grundsatz der Vorteilsanrechung und verstosse gegen die Beweislastregel von <ref-law>, indem sie den Beschwerdeführern den Nachteil der Beweislosigkeit bzw. mangelnder substanziierter Behauptungen bezüglich des Gewinns mit der neuen Gesellschaft auferlegt habe.
5.2 Nach konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts entspricht der Schaden der Differenz zwischen dem gegenwärtigen, nach dem schädigenden Ereignis festgestellten Vermögensstand, und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte. Der Schaden ist die ungewollte bzw. unfreiwillige Vermögensverminderung. Er kann in einer Verminderung der Aktiven, einer Vermehrung der Passiven oder in entgangenem Gewinn bestehen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 323 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 332; <ref-ruling> E. 2e/aa S. 26). Entgangener Gewinn liegt vor, wenn sich das Vermögen des Geschädigten ohne die schädigende Handlung in Zukunft vergrössert hätte. Nach den Grundsätzen des Obligationenrechts ist nur dann Ersatz von entgangenem Gewinn geschuldet, wenn es sich um einen üblichen oder sonst wie sicher in Aussicht stehenden Gewinn handelt (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 384; <ref-ruling> E. 6 S. 401; Roland Brehm, Berner Kommentar, 2. Aufl. 1998, N. 70 zu <ref-law>; Heinz Rey, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 4. Aufl. 2008, Rz. 347 f.).
5.3 Die Beschwerdeführer machen entgangenen Gewinn als Schaden geltend und behaupten, ihr Vermögen hätte sich ohne die behauptete Schädigung durch die Beschwerdegegnerin positiv entwickelt. Bundesrechtlich ist es daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die tatsächliche Vermögensentwicklung der Beschwerdeführer mit derjenigen ohne das schädigende Ereignis verglich. Zu prüfen ist, ob die Vorinstanz die Beweislast falsch verteilt hat.
5.4 Unbestritten ist, dass grundsätzlich die Beschwerdeführer, die Schadenersatz beanspruchen, zu beweisen haben, dass in ihrem Vermögen ein Schaden entstanden ist (<ref-law>; vgl. dazu <ref-ruling> E. 2a/aa S. 273 f.). Den Beschwerdeführern ist darin beizupflichten, dass die Beweislast für allfällige Massnahmen zur Schadensminderung oder für eine Vorteilsausgleichung bei der Beschwerdegegnerin läge (vgl. Max Kummer, in: Berner Kommentar, 1962, N. 171 zu <ref-law>).
5.5 Aus den Vorbringen der Beschwerdeführer selbst ergab sich, dass das Projekt mit der neuen Finanzpartnerin weiter geführt wurde. Nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge ist davon auszugehen, dass sich dies schadensmindernd auswirkte. Ob die Vorinstanz diese von den Beschwerdeführern selbst ins Verfahren eingebrachte Tatsache zu Gunsten der Beschwerdegegnerin berücksichtigen durfte, ist eine Frage des kantonalen Prozessrechts, dessen willkürliche Anwendung die Beschwerdeführer nicht rügen und dessen Überprüfung mangels Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs ohnehin ausgeschlossen wäre (vgl. E. 3.1). Die Beschwerdegegnerin hat in der Duplik denn auch ausdrücklich behauptet, mit der neuen Finanzpartnerin hätten die Beschwerdeführer mindestens den Gewinn erzielt, den sie im Rahmen der ursprünglichen Baugesellschaft mit der Beschwerdegegnerin hätten erzielen wollen. Mit Bezug auf diese Frage konnte die Beschwerdegegnerin aus eigener Kenntnis nichts Weiteres darlegen, da sie keinen Einblick in den Geschäftsgang der neuen Baugesellschaft hatte. Wenn die Vorinstanz vor diesem Hintergrund von den Beschwerdeführern verlangte, substanziierte Behauptungen zum Ergebnis mit der neuen Baugesellschaft aufzustellen, um der Beschwerdegegnerin ein substanziiertes Bestreiten zu ermöglichen, ist dies bundesrechtlich nicht zu beanstanden (vgl. E. 4.5.2; <ref-ruling> E. 4.1 S. 54; Brönnimann, a.a.O., S. 179 f.). Dass die Vorinstanz die sich aus den Vorbringen der Beschwerdeführer selbst ergebenden schadensmindernden Umstände beim Substanziierungshinweis berücksichtigte, bevor die Beschwerdegegnerin (mit der Duplik) eine entsprechende Behauptung aufgestellt hatte, betrifft, wie dargelegt, kantonales Prozessrecht, dessen willkürliche Anwendung die Beschwerdeführer nicht rügen und dessen Überprüfung mangels Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs ohnehin ausgeschlossen wäre (vgl. E. 3.1). Eine Bundesrechtsverletzung ist nicht ersichtlich.
5.6 Die Beschwerden erweisen sich mit Bezug auf die Abweisung der Hauptklage als unbegründet und sind abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. Mit Bezug auf die Widerklage erwog die Vorinstanz, der Beschwerdegegnerin stünde ein Anspruch von Fr. 261'279.50 (Rückerstattung von eingebrachten Einlagen von Fr. 140'839.50 sowie Anspruch aus Bauingenieur- und Architekturarbeiten von Fr. 120'440.--) zu. Dieser Betrag wird von den Beschwerdeführern anerkannt. Von der verrechnungsweise geltend gemachten Verzugszinsforderung von insgesamt Fr. 117'897.55 gegenüber der Beschwerdegegnerin, die ihrer Pflicht aus dem Gesellschaftsvertrag nicht nachgekommen sei, der Baugesellschaft die finanziellen Mittel entsprechend ihren Bedürfnissen zur Verfügung zu stellen, anerkannte die Vorinstanz lediglich einen Verzugszinsanspruch von Fr. 534.25, da die Beschwerdegegnerin mit der Bezahlung von Baurechtszinsen am 25. Januar 1994 durch Mahnung der Beschwerdeführer in Verzug geraten sei. Die Beschwerdeführer machen vor Bundesgericht Verzugszinsen in der Höhe von insgesamt Fr. 23'905.-- geltend und rügen eine Verletzung von Art. 102 und <ref-law> sowie <ref-law>.
6.1 Die Vorinstanz erwog, die Parteien hätten im Gesellschaftsvertrag vereinbart, dass sich die Beschwerdegegnerin mit Fr. 2'610'000.--, Valuta 1. April 1993, am Projekt beteiligen werde und die Mittel der Gesellschaft entsprechend den Gesellschaftsbedürfnissen rechtzeitig zur Verfügung stelle. Die Beschwerdeführer würden keine Vereinbarung eines Verfalltags behaupten, d.h. dass sich die Parteien bereits bei Vertragsabschluss verbindlich darauf geeinigt hätten, wann die Beschwerdegegnerin welche Zahlungen vorzunehmen hatte. Sie hätten somit bei Vertragsabschluss weder die Zahlungen noch deren Zahlungstermine verbindlich festgelegt. Da keine Verfalltagsabrede bestehe, habe die Beschwerdegegnerin - auch wenn sie die Mittel entsprechend der Fälligkeit der verschiedenen Schuldverpflichtungen zur Verfügung habe stellen müssen - erst durch eine Mahnung seitens der Baugesellschaft in Verzug geraten können, sofern sie die betreffende Einlage überhaupt zu erbringen gehabt habe.
Mangels übereinstimmenden tatsächlichen Parteiwillens legte die Vorinstanz die Bestimmung im Gesellschaftsvertrag, wonach die Beschwerdegegnerin die Mittel der Gesellschaft entsprechend den Gesellschaftsbedürfnissen rechtzeitig zur Verfügung stellen werde, nach dem Vertrauensprinzip aus. Sie gelangte zum Schluss, die Formulierung "entsprechend den Gesellschaftsbedürfnissen" könne nicht so verstanden werden, dass mit der Einlage der Beschwerdegegnerin laufend alles zu bezahlen gewesen wäre, ansonsten die Gefahr bestanden hätte, dass die Einlage aufgebraucht gewesen wäre, bevor mit der Realisierung des Projekts hätte begonnen werden können, da ein grosser Bedarf an finanziellen Mitteln bestanden habe. Ohne die nötigen Bankkredite und insbesondere ohne den Erwerb der Liegenschaft Kernstrasse 35 wäre das Projekt nicht realisierbar gewesen. Insofern sei diesen beiden Positionen entscheidende Bedeutung zugekommen. Sei der Erwerb der Liegenschaft ein vorrangiges Ziel der Baugesellschaft gewesen, habe auch die Bezahlung der ab 1. April 1993 anfallenden Baurechtszinsen ein Hauptinteresse der Baugesellschaft dargestellt. Ende Januar 1994 habe das prioritäre Gesellschaftsbedürfnis in der Eröffnung eines neuen Baukredits bestanden, wofür die noch verbleibende Einlage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich als Eigenmittel benötigt worden sei, so dass sie nicht zur Tilgung der per 31. Januar 1994 beim Schweizerischen Bankverein fälligen Bankschulden in die Baugesellschaft habe eingebracht werden müssen.
6.2 Die Beschwerdeführer berufen sich darauf, die Parteien hätten im Gesellschaftsvertrag vereinbart, die Beschwerdegegnerin werde die Mittel der Gesellschaft entsprechend den Gesellschaftsbedürfnissen rechtzeitig zur Verfügung stellen. In unzulässiger Erweiterung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts führen sie sodann aus, die Beschwerdegegnerin sei gemäss Gesellschaftsvertrag verpflichtet gewesen, die Geschäftsbücher zu führen, monatlich allen Gesellschaftern einen Abschluss sowie eine Kopie des Bankkontoauszugs zuzustellen. Ferner sei sie verpflichtet gewesen, zu überwachen, ob die verfügbaren Mittel den Zahlungsverpflichtungen entsprächen. Damit habe für die Beschwerdegegnerin mit Abschluss des Gesellschaftsvertrags ausser Zweifel gestanden, wann und in welcher Höhe sie ihre Einlage habe leisten müssen, um der Gesellschaft zu ermöglichen, die Bank- und Baurechtszinsen bei deren Fälligkeit sofort zu bezahlen. In einer solchen Situation bedürfe es gemäss <ref-law> für den Verzug keiner Mahnung.
6.2.1 Nach <ref-law> wird der Schuldner durch Mahnung des Gläubigers in Verzug gesetzt, wenn eine Verbindlichkeit fällig ist. Wurde für die Erfüllung ein bestimmter Verfalltag verabredet, oder ergibt sich ein solcher infolge einer vorbehaltenen und gehörig vorgenommenen Kündigung, kommt der Schuldner schon mit Ablauf dieses Tages in Verzug (<ref-law>). Ein Verfalltagsgeschäft liegt vor, wenn der Zeitpunkt, zu dem der Schuldner erfüllen muss, kalendermässig bestimmt oder zumindest bestimmbar ist; eine bloss ungefähre Festlegung des Erfüllungszeitpunkts reicht nicht aus. Eine undeutliche Verfalltagsbestimmung ist im Zweifel als Mahngeschäft auszulegen (vgl. zum Ganzen ROLF H. WEBER, Berner Kommentar, 2000, N. 110 ff. zu <ref-law>, mit zahlreichen Hinweisen).
6.2.2 Ein Verfalltag liegt nur vor, wenn für den Schuldner klar ist, dass und zu welchem Zeitpunkt er die Leistung erbringen muss. Verzugsleistungen kommen demnach von Vornherein nicht in Betracht, soweit objektiv bereits zweifelhaft war, ob die Leistungen gemäss Gesellschaftsvertrag durch einen Teil der Kapitaleinlage der Beschwerdegegnerin zu erbringen waren. Aus diesem Grund kann für die Zahlung von Fr. 800'000.-- an den Schweizerischen Bankverein, welche die Beschwerdegegnerin nach Auffassung der Beschwerdeführer in die Baugesellschaft hätte einbringen sollen, kein Verzugszins gefordert werden. Die Vorinstanz hielt fest, wäre der von den Beschwerdeführern geforderte Betrag von Fr. 1'185'988.95 für die Bezahlung des gekündigten Projektkredits von der Beschwerdegegnerin eingebracht worden, hätte dies die Eröffnung des für die Weiterführung des Projekts zwingend benötigten Baukredits mangels ausreichender Eigenmittel erheblich gefährdet. Ob diese Annahme in tatsächlicher Hinsicht zutrifft, kann das Bundesgericht nicht überprüfen (vgl. E. 3.1). Unter den festgestellten Voraussetzungen ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz zum Schluss kam, die Beschwerdegegnerin sei mit Blick auf die Erlangung des Baukredits nicht zur Zahlung von Fr. 800'000.-- verpflichtet gewesen und dementsprechend keinen Verzugszins zusprach.
6.2.3 Soweit die Beschwerdeführer Verzugszins auf einen Betrag von Fr. 400'000.-- verlangen, den die Beschwerdegegnerin zwecks Zahlung an die Zürcher Kantonalbank in die Baugesellschaft hätte einbringen sollen, führen sie selbst aus, die Beschwerdegegnerin habe die für die Erlangung des Kredits (wofür die Zahlung nach Angaben der Beschwerdeführer notwendig war) erforderliche Unterschrift vertragswidrig nicht geleistet. Kam (allenfalls infolge Verschuldens der Beschwerdegegnerin) kein Baukreditvertrag zustande, fehlte es an einem Grund für die Zahlung von Fr. 400'000.--, die den Bestand des Vertrags voraussetzt. Damit kann die Beschwerdegegnerin mit der Leistung auch nicht in Verzug gewesen sein. Ob sie für die behauptete ungerechtfertigte Verweigerung der Unterschrift allenfalls schadenersatzpflichtig ist, ist keine Frage des Verzugs. Da die Fr. 400'000.-- nur im Rahmen des Kreditvertrags zu erbringen waren, konnte die Beschwerdegegnerin ohne dessen Bestand einer allfälligen Pflicht zur Leistung objektiv nicht nachkommen.
6.2.4 Aber auch soweit für die Beschwerdegegnerin klar war, dass sie eine Leistung zu erbringen hatte, wie namentlich für die Baurechtszinsen, deren Zahlung sie ab 1. April 1993 anerkennt, konnte die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen, dass der Verzug erst durch Mahnung eintrat. Ein Verfalltag liegt nur vor, wenn der Schuldner im Moment des Vertragsabschlusses mit Bestimmtheit weiss, an welchem Tag bzw. bis zu welchem Tag er zu leisten hat (Weber, a.a.O., N. 112 zu <ref-law> mit Hinweisen). Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdeführer behaupteten nicht, dass zwischen den Parteien ein Verfalltag verabredet worden wäre, d.h. dass sich die Parteien bereits bei Vertragsschluss verbindlich darauf geeinigt hätten, wann die Beschwerdegegnerin welche Zahlungen vorzunehmen hatte. Die Parteien hätten somit bei Vertragsschluss weder die Zahlungen noch deren Zahlungstermine verbindlich festgelegt; sie hätten sich nicht einmal darauf geeinigt, welche konkreten Schulden mit der Kapitaleinlage der Beschwerdegegnerin hätten bezahlt werden sollen. Ob dies in tatsächlicher Hinsicht zutrifft, kann das Bundesgericht nicht überprüfen (vgl. E. 3.1). Gestützt auf die festgestellten Umstände ist es bundesrechtlich nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, dass Verzug nur bei Mahnung eintritt (<ref-law>).
6.3 Die Beschwerdeführer machen in der Beschwerde "Verzugszinsen (Schadenersatz)" von insgesamt Fr. 9'117.-- auf verspätete Bezahlung von Bankzinsen geltend. An der vor der Vorinstanz vertretenen Auffassung, wonach für sämtliche verspätete Einlagen der Beschwerdegegnerin ein Verzugszinssatz von 10% zu beachten sei, da dieser Zinssatz für den Projektierungskredit des Schweizerischen Bankvereins gelte, würden sie nicht mehr festhalten. Die Vorinstanz habe jedoch nur den gesetzlichen Satz von 5% auf verspätete Einlagen gelten lassen. Damit habe sie <ref-law> verletzt, wonach der Gläubiger bei Verzug des Schuldners Schadenersatz wegen verspäteter Leistung verlangen könne, es sei denn, der Schuldner könne sich exkulpieren. Die Vorinstanz habe sich nicht mit der Frage des Verschuldens der Beschwerdegegnerin an der Verspätung auseinander gesetzt. Eine Exkulpation sei demnach nicht erfolgt. Da gerichtsnotorisch sei, dass die Bank der Gesellschaft ab Zinsfälligkeit auf den ausstehenden Zinsen mindestens den Kreditzins belaste, sei der Baugesellschaft ab Bankzinsfälligkeit ein Schaden in der Höhe des Bankzinssatzes multipliziert mit dem Zinsbetrag für die Dauer der Verspätung entstanden.
Die Vorinstanz gelangte in Anwendung von <ref-law> zum Schluss, die Beschwerdeführer könnten höchstens einen Verzugszins von 5% pro Jahr geltend machen. Eine andere Frage ist, ob den Beschwerdeführern ein Schaden nach <ref-law> entstand. Im Zusammenhang mit den von den Beschwerdeführern aufgelisteten von der Beschwerdegegnerin nicht erbrachten Hypothekar- und Projektierungskreditzinsen (Fälligkeit per 30. Juni 1993 und 31. Dezember 1993) erachtete die Vorinstanz eine Vertragsverletzung durch die Beschwerdegegnerin mangels Substanziierung als nicht erwiesen. Die Beschwerdeführer legen nicht dar, eine entsprechende Vertragsverletzung vor der Vorinstanz substanziiert behauptet zu haben, sondern verweisen lediglich auf eine in der Replik enthaltene Liste, in der sie die Fälligkeit der ihrer Meinung nach von der Beschwerdegegnerin zu übernehmenden Beträge aufführt. Soweit die Vorinstanz indessen in Auslegung des Gesellschaftsvertrags zum Schluss gelangte, mit der Einlage der Beschwerdegegnerin habe nicht laufend alles bezahlt werden müssen, wofür die Baugesellschaft Geld benötigt habe, ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden, zumal die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht für das Bundesgericht verbindlich davon ausging, dass unter dieser Voraussetzung wesentliche Gesellschaftsbedürfnisse hätten unbefriedigt bleiben müssen. Damit ist mit der blossen Auflistung von bestimmten Beträgen eine Pflichtverletzung der Beschwerdegegnerin aber nicht hinreichend dargetan. Insoweit ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden.
6.4 Die Beschwerdeführer rügen schliesslich, die Vorinstanz habe ihren Beweisführungsanspruch nach <ref-law> verletzt, indem sie für die Berechnung des Verzugszinssaldos den Verweis auf den Beleg 1063 für unzulässig erachtet habe. Dieser hätte ohne zusätzliche Erläuterungen in die Rechtsschrift kopiert werden können, weshalb er als integrierender Bestandteil der Rechtsschrift zu betrachten sei. Selbst wenn der Beleg 1063 aus dem Recht zu weisen sei, hätten die Beschwerdeführer in der Replik sämtliche Parameter für die Verzugszinsberechnung konkret behauptet.
Die Beschwerdeführer verkennen, dass es sich bei der Beurteilung der Zulässigkeit ihres Verweises auf den von ihnen eingereichten Beleg 1063 richtig besehen nicht um die nach Bundesrecht zu beurteilende Frage handelt, wie weit ein Sachverhalt zu substanziieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann. Vielmehr geht es dabei um die dem kantonalen Zivilprozessrecht vorbehaltene Frage, ob ein solcher Verweis aus verfahrensrechtlicher Sicht zulässig und ausreichend ist, damit die entsprechenden Tatsachen als prozessgenüglich behauptet gelten. Eine Bundesrechtsverletzung ist daher nicht ersichtlich. Dass die Vorinstanz das kantonale Zivilprozessrecht willkürlich und damit verfassungswidrig angewendet hätte, könnten die Beschwerdeführer mangels Letztinstanzlichkeit nicht rügen (vgl. E. 3.1).
7. Nach dem Gesagten sind die Beschwerden abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdegegnerin wiederholte in der Beschwerdeantwort im Verfahren 4A_230/2009 die Begründung der Beschwerdeantwort im Verfahren 4A_70/2008. Somit ist ihr kein zusätzlicher Aufwand entstanden, weshalb ihr keine zusätzliche Entschädigung zusteht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 4A_70/2008 und 4A_230/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen (Verfahren 4A_70/2008) gegen den Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 20. Dezember 2007 wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung und intern je zur Hälfte auferlegt.
5. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftung und intern je zur Hälfte mit insgesamt Fr. 22'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann