Erwägungen:
1. Der Regionale Zwangsmassnahmenrichter des Kreisgerichts Rheintal verlängerte am 5. August 2011 erstmals die Untersuchungshaft gegen X._ bis vorläufig längstens 5. Oktober 2011. Auf Antrag der Staatsanwaltschaft hin verfügte der Zwangsmassnahmenrichter am 5. Oktober 2011 eine weitere Haftverlängerung bis vorläufig längstens 5. Januar 2012. Dagegen erhob X._ am 17. Oktober 2011 Beschwerde, welche die Anklagekammer des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 28. November 2011 abwies.
2. X._ führt gegen den Entscheid der Anklagekammer des Kantons St. Gallen mit Eingabe vom 9. Januar 2012 Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist die Beschwerde innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen. Diese Frist ist nicht erstreckbar (<ref-law>).
3.1 Der angefochtene Entscheid der Anklagekammer vom 28. November 2011 ist dem Beschwerdeführer nach eigenen Angaben am 5. Dezember 2011 eröffnet worden. Die Frist zur Anfechtung des Urteils begann somit am 6. Dezember 2011 zu laufen (<ref-law>) und endete am 4. Januar 2012. Die vorliegende Beschwerde vom 9. Januar 2012 hat der Beschwerdeführer gleichentags der Post übergeben. Er beruft sich auf den Fristenstillstand gemäss <ref-law>.
3.2 In Fällen der strafprozessualen Haft gilt der Fristenstillstand gemäss <ref-law> nicht (<ref-ruling> E. 1.2.1 ff. S. 273 ff., 135 I 257 E. 1.3 S. 259 f.). Demnach kommt vorliegend der Fristenstillstand gemäss <ref-law> nicht zur Anwendung. Die erst am 9. Januar 2012 der Post übergebene Beschwerde ist daher klarerweise verspätet, weshalb auf sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Kantonales Untersuchungsamt, dem Regionalen Zwangsmassnahmengericht und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli