Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 15. März 2007 und vom 5. Mai 2007 ersuchte X._ bei der Finanzverwaltung E._ um Erlass der Kantons- und Gemeindesteuern für die Jahre 2004 bis 2006. Mit Entscheid vom 18. Februar 2008 wies der Gemeinderat E._ das Gesuch ab.
B. Hiergegen rekurrierte X._ beim Steuerrekursgericht des Kantons Aargau. Er beantragte nebst der Gutheissung seines Steuererlassgesuches auch die unentgeltliche Rechtspflege und die Bestellung des ihn vertretenden Rechtsanwaltes als unentgeltlichen Rechtsbeistand. Das Steuerrekursgericht hiess den Rekurs zwar in der Sache teilweise gut, wies jedoch das Gesuch um unentgeltliche Rechtsverbeiständung ab.
C. Mit Eingabe vom 9. Januar 2009 wendet sich X._ mit einem nicht näher bezeichneten Begehren an das Bundesgericht. Mit diesem ersucht er sinngemäss darum, ihm in Abänderung des vorinstanzlichen Entscheids die unentgeltliche Verbeiständung für das Verfahren vor dem Steuerrekursgericht zu bewilligen.
Das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau beantragt in seiner Vernehmlassung, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen.
Das Steueramt des Kantons Aargau schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegenstand des vorinstanzlichen Entscheides war der Erlass von Abgaben, weswegen die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law> ausgeschlossen ist. Als bundesrechtliches Rechtsmittel kommt daher nur die subsidiäre Verfassungsbeschwerde in Betracht, mit welcher ausschliesslich die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (<ref-law>). Aufgrund des im aargauischen Steuergesetz nicht vorgesehenen Rechtsanspruchs auf Steuererlass ist der Beschwerdeführer zwar grundsätzlich auch hierzu nicht legitimiert, da ihm das erforderliche rechtlich geschützte Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids fehlt (<ref-law>). Indes ist es trotz fehlender Legitimation in der Sache gegebenenfalls zulässig, mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde die Verletzung von Parteirechten zu rügen, deren Missachtung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft ("Star-Praxis"; vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 198). Im vorliegenden Fall richtet sich die eingereichte Beschwerde gegen die Verweigerung der unentgeltlichen Verbeiständung im vorinstanzlichen Verfahren, weswegen sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als zulässig erweist.
1.2 Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (<ref-ruling>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
Der Beschwerdeführer rügt nicht ausdrücklich die Verletzung des verfassungsrechtlich garantierten Anspruchs auf unentgeltliche Rechtspflege und -verbeiständung. Er bringt jedoch klar zum Ausdruck, dass er das vorinstanzliche Verfahren als kompliziert erachtet habe und aufgrund unzureichender Kenntnisse der deutschen Sprache nicht in der Lage gewesen sei, dieses ohne anwaltliche Vertretung zu bestreiten; er ersucht diesbezüglich um "Kostenübernahme". Aus der von einem juristischen Laien abgefassten Beschwerde geht damit hinreichend klar hervor, dass der Beschwerdeführer die Verweigerung der unentgeltlichen Verbeiständung beanstandet bzw. den entsprechenden Verfassungsanspruch als verletzt erachtet. Auf die im übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde kann daher eingetreten werden.
2. 2.1 Streitig ist vorliegend einzig, ob dem Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren ein Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung durch einen Rechtsanwalt zukam, bzw. ob die dadurch entstandenen Kosten von der Vorinstanz zu übernehmen sind.
2.2 Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt und deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege. Falls es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Im vorliegenden Fall wird nicht eingewendet, dass sich aus dem aargauischen Verfassungs- und Verfahrensrecht ein weitergehender Anspruch ergebe. Massgebend ist daher allein die bundesrechtliche Minimalgarantie. Die Mittellosigkeit des Beschwerdeführers sowie die fehlende Aussichtslosigkeit des von ihm eingereichten (und teilweise gutgeheissenen) Rekurses werden von der Vorinstanz nicht in Abrede gestellt. Nachfolgend zu prüfen verbleibt demnach nur, ob die Notwendigkeit einer anwaltlichen Vertretung bestanden hat.
2.3 Das Steuerrekursgericht hat die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu dieser Frage zutreffend wiedergegeben. Anders als der Beschwerdeführer ist es aber davon ausgegangen, dass das Rekursverfahren keine schwierigen tatsächlichen oder rechtlichen Fragestellungen geboten habe, weshalb der Beizug einer anwaltlichen Vertretung nicht notwendig gewesen sei. Das Steuerrekursgericht hat dabei insbesondere hervorgehoben, dass im Steuererlassverfahren die Untersuchungsmaxime gelte, weswegen an die sachliche Notwendigkeit einer anwaltlichen Vertretung ein strengerer Massstab anzulegen sei. Zudem sei es im vorliegenden Fall zwar um einen für den Beschwerdeführer zweifelsohne erheblichen Geldbetrag gegangen, dennoch seien nur finanzielle Interessen und keine höherwertigen Schutzgüter betroffen gewesen. Auch allenfalls mangelhafte Deutschkenntnisse des Beschwerdeführers seien nicht von entscheidender Bedeutung, zumal dieser in jedem Fall über hinreichende Sprachkompetenzen verfüge, um verstehen zu können, welche Unterlagen er gemäss den Vorgaben des Erlassformulars sowie der richterlichen Schreiben einzureichen habe.
2.4 Die Ausführungen des Steuerrekursgerichtes erscheinen grundsätzlich zutreffend. Dennoch ist festzustellen, dass im vorinstanzlichen Steuererlassverfahren eine Berechnung des Existenzminimums durchgeführt werden musste, bei welcher mehrere Faktoren streitig waren. Dies führte dazu, dass es einer systematischen Auf- und Gegenüberstellung der jeweiligen Berechnungsvarianten durch das Steuerrekursgericht bedurfte, um das Erlassgesuch bzw. den Rekurs des Beschwerdeführers materiell zu prüfen. Dass dies nicht gänzlich unproblematisch, sondern im Gegenteil recht anforderungsreich war, zeigen Umfang und Dichte der entsprechenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid, der nicht weniger als 18 Seiten umfasst. Das Steuerrekursgericht bringt diesbezüglich in seiner Vernehmlassung zwar vor, seine Ausführungen seien überwiegend der Präsentation des vom Steuerrekursgericht in Befolgung des Untersuchungsgrundsatzes erhobenen Zahlenmaterials und der Würdigung unter betreibungsrechtlichen Gesichtspunkten gewidmet gewesen. Dies und die Anwendbarkeit des Untersuchungsgrundsatzes im Rekursverfahren vermögen jedoch nichts daran zu ändern, dass sich der Beschwerdeführer zur Begründung seines Rekurses mit den verschiedenen streitigen Faktoren der Existenzminimumsberechnung und der jeweiligen Argumentation des Gemeinderates von E._ auseinandersetzen und diesbezüglich geeignete Argumente vortragen musste. Dieser prozessualen Obliegenheit vermochte der Beschwerdeführer, ein juristischer Laie mit unvollständigen Deutschkenntnissen, ohne fachkundige Unterstützung kaum nachzukommen. Aufgrund der Gesamtheit der Umstände ist daher im vorliegenden Fall von der Notwendigkeit einer anwaltlichen Vertretung auszugehen, ohne dass damit jedoch eine grundsätzliche Beanstandung der Praxis des Steuerrekursgerichts verbunden wäre.
3. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gutzuheissen und das Urteil des Steuerrekursgerichts vom 12. Dezember 2008 im angefochtenen Umfang (Ziff. 2 des vorinstanzlichen Entscheids) aufzuheben ist. Die Angelegenheit ist zur Bestimmung und Honorierung des unentgeltlichen Rechtsbeistands im vorinstanzlichen Verfahren an das Steuerrekursgericht zurückzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer ist im Verfahren vor Bundesgericht nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihm keine Parteientschädigung zuzusprechen ist. Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht wird bei diesem Ergebnis gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegen genommen und gutgeheissen, und Ziff. 2 des Urteils des Steuerrekursgerichts des Kantons Aargau vom 2. Dezember 2008 wird aufgehoben.
2. Die Angelegenheit wird zur Beiordnung und Honorierung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands im vorinstanzlichen Verfahren an das Steuerrekursgericht zurückgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Steuerrekursgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler