Kantons Aargau, 1. Strafkammer, vom 5. April 2001), hat sich ergeben:
A.- A._ und B._ mieteten zusammen ab dem
15. August 1998 ein Ökonomiegebäude, das vorher für Tankreinigungen benutzt worden war. Sie bauten darin unter anderem aufwendige Bewässerungs-, Lüftungs-, Klima- und Düngeanlagen ein und pflanzten in "Indoor-Kultur" zwischen Dezember 1998 bis März 1999 aus Samen ca. 200 Hanfpflanzen an, welche aber wegen Schädlingsbefalls verdarben. Aus den noch verwertbaren Pflanzen gewannen sie ca. 180g Marihuana zum Eigenkonsum. Ziel der Zucht war nach Angaben beider Beteiligten der Verkauf der Pflanzen als Zierpflanzen.
Im März 1999 bezogen A._ und B._ ca.
150 Hanfsetzlinge der Sorte "Skunk" à Fr. 4.--/Stück, welche sie durch Trennung vermehrten. Die so gewonnenen 300 Pflanzen wurden weitergezüchtet und nach polizeilicher Intervention vom 10. August 1999 beschlagnahmt und vernichtet. Die Pflanzen waren zu einem erhofften Stückpreis von Fr. 40.-- bis 50.-- zum Verkauf an X._ von der "Y._ GmBH" in Zürich bestimmt, einen bekannten "Hanfladen", in dem nach polizeilichen Angaben mehrheitlich mit Betäubungsmitteln gehandelt wurde. Der entsprechende Verkaufsvertrag mit Vorfinanzierung durch die Y._ GmbH wurde allerdings erst nach der Razzia, am 12. August 1999 ausgefertigt und auf den 23. Februar rückdatiert.
A._ hat zudem im Mai 1999 von einem unbekannten Dealer in Zürich für Fr. 400.-- Haschisch erstanden, selbst Hanf zur Gewinnung von Marihuana angebaut und zwischen 15. November 1998 und 12. August 1999 regelmässig Haschisch und Marihuana konsumiert.
B.- Mit Urteil vom 16. März 2000 verurteilte das Bezirksgericht Bremgarten A._ wegen mehrfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und Widerhandlung gegen das kantonale Baugesetz zu einer Gefängnisstrafe von sechs Monaten, bedingt bei einer Probezeit von zwei Jahren und abzüglich von fünf Tagen Untersuchungshaft, ebenso zu einer Busse von Fr. 1'000.--. Es ordnete die Einziehung und Verwertung aller Produktionsanlagen und -materialien an.
Die von A._ dagegen erhobene Berufung wies das Obergericht mit Urteil vom 5. April 2001 ab.
C.- A._ führt staatsrechtliche Beschwerde und eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, das angefochtene Urteil aufzuheben. Er stellt Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Obergericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.
Das Bundesgericht zieht im Verfahren

nach Art. 36a OG in Erwägung:
I. Staatsrechtliche Beschwerde
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde ist nur zulässig, wenn die behauptete Rechtsverletzung nicht sonstwie durch Klage oder Rechtsmittel beim Bundesgericht oder einer andern Bundesbehörde gerügt werden kann (Art. 84 Abs. 2 OG). Fragen der Auslegung des Bundesrechts sind mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde geltend zu machen (Art. 269 BStP).
Insoweit der Beschwerdeführer die verfassungswidrige Auslegung des Betäubungsmittelgesetzes rügt, ist auf seine Beschwerde nicht einzutreten.
2.- a/aa) Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Unschuldsvermutung und eine Umkehr der Beweislast. Das Obergericht habe auf einen THC-Gehalt von über 0,3% der beschlagnahmten Pflanzen geschlossen, obschon der THC-Gehalt nicht bestimmt worden sei und aus dem Eigenkonsum einzelner Pflanzen aus der ersten Ernte nicht auf den Wirkstoffgehalt der zweiten Ernte geschlossen werden könne. Es gebe rund 20 verschiedene "Skunk"-Sorten mit unterschiedlichem THC-Gehalt.
Auch der Zeuge X._, auf den das Obergericht sich abstütze, habe zugegeben, weder die genaue Sorte noch den THC-Gehalt der vom Beschwerdeführer gezüchteten Pflanzen gewusst zu haben. Dem Beschwerdeführer könne nicht vorgeworfen werden, den THC-Gehalt seiner Pflanzen nicht zu kennen. Das Obergericht gehe ohne Nachweis der Sorte und in Verletzung der Unschuldsvermutung von qualitativ hochstehendem Drogenhanf aus. Dem Beschwerdeführer könne auch nicht der Kundenkreis des Hanfladens zur Last gelegt werden, da er diese Kunden nicht kenne. Schliesslich behaupte das Obergericht zu Unrecht, Hanf als einjährige Pflanze sei als Zimmerpflanze ungeeignet; durch geeignete Pflege und Beleuchtung könne durchaus eine längere Lebensdauer erzielt werden.
bb) Das Obergericht hält fest, dass es sich erübrige, den THC-Gehalt der Pflanzen zu bestimmen, wenn aus den übrigen Umständen hervorgehe, dass der Hanf zur Gewinnung von Betäubungsmitteln gedient habe. Aus der ersten Ernte habe der Beschwerdeführer selber Marihuana gewonnen und geraucht, wie er auch seine persönlichen "Zierpflanzen" regelmässig als Betäubungsmittel konsumiert habe.
Für die zweite Ernte sei die Sorte "Skunk" gepflanzt worden, welche auf hohen THC-Gehalt gezüchtet worden sei und bis zu 15% erreichen könne. Der Zeuge X._, auf dessen Wunsch der Beschwerdeführer "Skunk"-Hanf gepflanzt habe, habe bestätigt, dass er von dieser Sorte einen THC-Gehalt von 1 bis 10% erwarte und dass sie als Drogenhanf verwendet werden könne. In der beim Beschwerdeführer beschlagnahmten Fachliteratur würden die Drogenqualitäten von "Skunk" gerühmt. Der Beschwerdeführer habe nie behauptet, der gepflanzte Hanf weise einen niedrigen THC-Gehalt auf; sein Geschäftspartner B._ habe die Möglichkeit des Missbrauchs sogar eingeräumt. Der Beschwerdeführer habe nicht ausgeschlossen, aus der zweiten Ernte wie aus der ersten Betäubungsmittel zum Eigengebrauch zu gewinnen, lediglich den Verkauf zu diesem Zweck habe er verneint.
Der Hanf sei eine Woche vor dem vorgesehenen Verkauf beschlagnahmt worden. Die Pflanzen hätten zu diesem Zeitpunkt die vegetative Phase abgeschlossen gehabt und noch ungefähr drei Monate gelebt, für Zierpflanzen ein sehr ungünstiger Zyklus; hingegen sei zu diesem Zeitpunkt der THC-Gehalt am höchsten. Der Verkaufspreis der Pflanzen hätte dem Wert des zu gewinnenden Marihuanas entsprochen, mit leichtem Abzug für den Aufwand. Im Hanfladen der Y._ GmbH seien mehrere Kilogramm konsumfertige Cannabisprodukte beschlagnahmt worden. Damit sei erwiesen, dass die Verwendung der Pflanzen zur Gewinnung von Betäubungsmitteln im Vordergrund gestanden habe. Der Beschwerdeführer sei aufgrund eigener Erfahrung und durch die Fachliteratur genau über die Verwendungsmöglichkeiten des von ihm gezüchteten Hanfs orientiert gewesen und habe die Gewinnung von Betäubungsmitteln in Kauf genommen.
b) Gemäss dem in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Grundsatz "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis der Schuld zu vermuten, dass der wegen einer strafbaren Handlung Angeklagte unschuldig ist. Als Beweislastregel bedeutet die Maxime, dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen, und nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss.
Ob der Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweislastregel verletzt ist, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2a).
Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers nimmt das Obergericht keine Umkehr der Beweislast vor. Es stellt fest, dass der Beschwerdeführer den THC-Gehalt seiner Pflanzen nicht kannte und entsprechend auch nicht behauptet, nur Pflanzen mit niedrigem THC-Gehalt gezüchtet zu haben. Damit entfällt ein Argument, das allenfalls zu Gunsten des Beschwerdeführers gewirkt hätte; er hat sich nicht darum bemüht, eine unrechtmässige Verwendung der Pflanzen durch Auswahl der Sorte (anerkannte Sorte von Industriehanf) zu verhindern. Die Beweislast wird dadurch aber nicht umgekehrt, die Rüge ist unbegründet.
c) Als Beweiswürdigungsregel besagt die Maxime "in dubio pro reo", dass sich der Strafrichter nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhaltes überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung erhebliche Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Bei der Beurteilung von Fragen der Beweiswürdigung beschränkt sich das Bundesgericht auf eine Willkürprüfung.
Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen, auf einem offenkundigen Fehler beruhen oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen.
Dabei genügt es nicht, wenn der angefochtene Entscheid sich nur in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a).
Das Obergericht stützt sich insbesondere auf das eigene Konsumverhalten des Beschwerdeführers, den Abnehmer des Hanfs und dessen Kundenkreis, die gewählte Sorte und den Preis. Sie schliesst daraus, dass die Zucht von Zierpflanzen eine Schutzbehauptung darstelle und die Verwendung des Hanfs als Betäubungsmittel im Vordergrund gestanden habe. Dies ist in Anbetracht der Indizien nicht willkürlich. Im Gegenteil muss der behauptete Verkauf als Zierpflanzen unter den gegebenen Umständen als lebensfremd gelten. Die Rüge ist unbegründet, es kann auf die zutreffenden Ausführungen des Obergerichts verwiesen werden (Art. 36a Abs. 3 OG).
d) Der Beschwerdeführer rügt Willkür und eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" bei der Anwendung des kantonalen Rechts (§ 59 Abs. 1 des Aargauer Gesetzes über Raumplanung, Umweltschutz und Bauwesen vom 19. Januar 1993, SAR 713. 100). Das Obergericht habe willkürlich und aktenwidrig angenommen, dass er eine Lüftungsanlage über mehrere Stockwerke erstellt habe und dass von der Hanfkultur Immissionen (Geruch, Abfälle) ausgingen, die ein öffentliches Interesse auf Abnahme des Umbaus begründeten, zumal im Gebäude vorher eine Firma für Tankreinigungen untergebracht gewesen sei. Der Beschwerdeführer habe auch nicht eventualvorsätzlich gehandelt; er habe nicht geahnt, dass für sein Vorhaben eine Baubewilligung nötig sein könnte.
Das Obergericht hält fest, dass die Baubewilligungspflicht weit zu fassen sei, da einmal vollzogene Änderungen oft nur schwer wieder rückgängig zu machen seien.
Folglich genüge ein nicht unerhebliches Interesse der Allgemeinheit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle.
Der Wechsel von Tankreinigung zu Hanfzucht stelle eine wesentliche Umnutzung dar. Der Beschwerdeführer habe nicht einen einfachen Fensterventilator eingebaut, sondern eine Lüftungsanlage, die sich über mehrere Stockwerke erstrecke.
Er habe die Gefahr störender Geruchsentwicklung selber eingeräumt.
Die Dünge- und Bewässerungsanlagen könnten zudem zu einer Belastung der Umwelt durch Abwasser führen. Dem Beschwerdeführer seien diese möglichen Auswirkungen bewusst gewesen, weshalb er eventualvorsätzlich gegen das Baugesetz verstossen habe.
Diese Würdigung der Beweise ist nicht willkürlich.
Der Beschwerdeführer hat die von ihm gemieteten Räumlichkeiten umgebaut und einer neuen Nutzung zugeführt. Er hat aufwendige technische Einrichtungen eingebaut, wobei sich die Lüftungsanlage nach seinen eigenen Aussagen auch in den Keller erstreckte. Er war sich auch der möglichen Immissionen bewusst, wie seine Aussagen und die getroffenen technischen Vorkehren zeigen. Unter diesen Umständen oblag es ihm wie jedem Bauherrn, sich um die nötigen Bewilligungen zu bemühen; insoweit er dies unterliess, nahm er auch in Kauf, gegen die Bauvorschriften zu verstossen.
3.- Somit erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Da die Anträge des Beschwerdeführers aussichtslos waren, ist sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen (Art. 152 Abs. 1 OG).
Seiner wirtschaftlichen Lage kann mit einer herabgesetzten Gebühr Rechnung getragen werden (Art. 153a Abs. 1 OG).
II. Nichtigkeitsbeschwerde
4.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, dass Sorte und THC-Gehalt der ersten Hanfernte unbekannt seien, weshalb nicht davon ausgegangen werden könne, dass er diese Pflanzen herangezogen habe, um daraus Betäubungsmittel zu gewinnen.
Ein THC-Gehalt von über 0,3% stelle nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung ein objektives Tatbestandsmerkmal von <ref-law> dar, das in diesem Fall nicht gegeben sei.
Die Vorinstanz hält für das Bundesgericht verbindlich fest, dass der Beschwerdeführer aus den verwertbaren Teilen der ersten Hanfernte selber Marihuana gewonnen hat.
Damit hat die erste Pflanzung der Gewinnung von Betäubungsmitteln gedient. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet; es kann auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (Art. 36a Abs. 3 OG).
Ein THC-Gehalt von mehr als 0,3% stellt ein wichtiges und griffiges Indiz dar, ist aber zur Erfüllung der Tatbestände von Art. 19ff. BetmG nicht unbedingt notwendig. Das Bundesgericht hat im Interesse der Rechtssicherheit in dem Sinn Grenzwerte an THC-Gehalt als Richtwerte übernommen, dass Hanf mit einem THC-Gehalt unterhalb der Grenzwerte als ungeeignet zur Gewinnung von Betäubungsmitteln gelten kann, sofern aus den Umständen des Anbaus und der weiteren Verwertung nicht das Gegenteil hervorgeht. Umgekehrt muss Hanf, dessen THC-Gehalt die Grenzwerte überschreitet, als geeignet zur Gewinnung von Betäubungsmitteln gelten. Zur Erfüllung der Tatbestände von Art. 19ff. des BetmG kann in diesem Fall auch Eventualvorsatz genügen (<ref-ruling>).
b) Bezüglich der zweiten Ernte kritisiert der Beschwerdeführer erneut die Rechtsprechung. Durch die Übernahme der Grenzwerte von Landwirtschafts- und Lebensmittelgesetzgebung würde der subjektive Tatbestand, aus Hanf Betäubungsmittel gewinnen zu wollen, zu Unrecht objektiviert.
Auch die Vorinstanz gehe davon aus, dass der Beschwerdeführer seine Pflanzen als Zierpflanzen habe verkaufen wollen.
Es könne ihm nicht zur Last gelegt werden, wenn einzelne Kunden wüssten, wie aus den verkauften ganzen Pflanzen Betäubungsmittel zu gewinnen seien.
Auch in diesem Punkt ist die Beschwerde offensichtlich unbegründet. Die Vorinstanz hält für das Bundesgericht verbindlich fest, dass der Beschwerdeführer Hanf in Betäubungsmittelqualität gezüchtet hat, diesen einem einschlägig bekannten Geschäft liefern wollte und sich bewusst war, dass die Endabnehmer daraus mehrheitlich Betäubungsmittel gewinnen würden. Damit konnte sie ohne Verletzung von Bundesrecht annehmen, dass der Beschwerdeführer mit Eventualvorsatz gegen das Betäubungsmittelgesetz verstossen hat.
Es kann auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (Art. 36a Abs. 3 OG).
5.-Somit erweist sich die Nichtigkeitsbeschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Da die Anträge des Beschwerdeführers aussichtslos waren, ist sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen (Art. 152 Abs. 1 OG). Seiner wirtschaftlichen Lage kann mit einer herabgesetzten Gebühr Rechnung getragen werden (Art. 278 Abs. 1, Art. 245 BStP i.V.m. Art. 153a Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
3.- Die Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege werden abgewiesen.
4.- Die Gerichtsgebühren von insgesamt Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht, 1. Strafkammer, des Kantons Aargau sowie der Bundesanwaltschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 18. September 2001
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: