(Besteuerung von Mitarbeiteraktien), hat sich ergeben:
A.-X._ erhielt von seiner Arbeitgeberin, der Ciba-Geigy AG, in den Jahren 1987 und 1989 zum Preis von Fr. 200.-- je eine Mitarbeiteraktie, die bei der Vorsorgestiftung der Firma hinterlegt und in einem späteren Zeitpunkt in je fünf Aktien aufgesplittet wurden. Im Jahre 1993 erhielt er zum Preis von Fr. 500.-- fünf weitere Mitarbeiteraktien.
Anfangs 1998 wurden die 15 Aktien, die ursprünglich bis zur Pensionierung des betreffenden Mitarbeiters hätten gesperrt bleiben sollen, im Zusammenhang mit der Fusion der Ciba-Geigy AG und der Sandoz AG zur Novartis AG freigegeben.
B.- Mit Einspracheverfügung vom 7. September 2000 unterwarf die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft die Freigabe der Aktien für die direkte Bundessteuer der Periode 1999/2000 folgendermassen der Besteuerung:
"Die freigewordenen 15 Namenaktien Novartiswerden zu Börsenkurs CHF 2'623. 20 bewertet: CHF 39'348. 50 Darauf wird ein Diskont gewährt und die Be-steuerung erfolgt zum reduzierten Verkehrswert:
55,839 % von CHF 39'348. 00 CHF 21'971. 50abzüglich bezahltem Einstandpreis CHF 900. 00
_
steuerbares Einkommen aus Mitarbeiteraktien CHF 21'071. 00"
Die dagegen erhobene Beschwerde wies die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Landschaft mit Entscheid vom 6. April 2001 ab.
C.- Dagegen hat X._ am 17. August 2001 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Er beantragt:
"1a) Es sei der Entscheid der Steuerrekurskommission
des Kantons Basel-Landschaft aufzuheben und die
fünfzehn 1987 - 1993 erhaltenen Novartis Mitarbeiteraktien
nicht mehr als Einkommen zu besteuern.
Demgemäss sei die Steuerverwaltung Basel-Landschaft
anzuweisen, eine korrigierte Steuerveranlagung
ohne die 15 Mitarbeiteraktien zu erlassen.
b) Eventualiter sei die Besteuerung der 15 Novartis
Mitarbeiteraktien dahingehend vorzunehmen, dass
jeweils nur die Differenz zwischen dem effektiven
Einstandswert und dem diskontierten Verkehrswert
im Ausgabezeitpunkt (Zeitpunkt der Eigentumsübertragung
[Zeichnung und Erwerb der Aktien]) erfasst
wird, und die Steuerverwaltung Basel-Landschaft
anzuweisen, eine entsprechend korrigierte Bundessteuerveranlagung
zu erlassen.
c) Subeventualiter sei der Entscheid der Steuerrekurskommission
des Kantons Basel-Landschaft aufzuheben
und die Sache zur neuen Beurteilung an die
Vorinstanz zurückzuweisen.
2. Unter o/e Kostenfolge"
Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Landschaft hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Gegen den Entscheid der kantonalen Steuerrekurskommission für die direkte Bundessteuer steht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht offen (Art. 146 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 [DBG, SR 642. 11]; Art. 97 ff. OG). Der Beschwerdeführer ist zu deren Erhebung legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auf die im übrigen frist- und formgerecht erhobene Beschwerde ist daher einzutreten.
2.- Der Beschwerdeführer hat die Mitarbeiteraktien, um deren Besteuerung es im vorliegenden Verfahren geht, in den Jahren 1987, 1989 und 1993 erworben. Damals galt noch der Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer vom 9. Dezember 1940 (BdBSt).
Gemäss dem Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 8. November 1973 betreffend die Besteuerung von Mitarbeiteraktien (ASA 42 246; im Folgenden Kreisschreiben 1973) stellte die Überlassung von Aktien an die Mitarbeiter unter dem Verkehrswert steuerbares Erwerbseinkommen im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. a BdBSt dar.
Dieses galt im Zeitpunkt der Ausübung des Kaufrechts als realisiert, und zwar auch dann, wenn der Arbeitnehmer während einer bestimmten Sperrfrist nicht frei über die Aktien verfügen konnte (gebundene Mitarbeiteraktien). Als Verkehrswert war indessen in diesem Fall angesichts der Verfügungssperre ein herabgesetzter Wert einzustellen, der einer Diskontierung von jährlich 10%, höchstens aber 50%, entsprach (Ziff. 2 des Kreisschreibens). Die Abgabe von Mitarbeiteraktien, die erst bei Erreichen der Altersgrenze, bei Invalidität oder im Todesfall freigegeben werden sollten, wurde als Personalvorsorgeleistung betrachtet, die erst im Zeitpunkt der Freigabe als Ersatzeinkommen erfasst wurde; die Besteuerung der gesamten Abfindung sollte nach Art. 21bis und Art. 40 Abs. 2 BdBSt erfolgen (Ziff. 3 des Kreisschreibens).
Am 17. Mai 1990 erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung ein neues Kreisschreiben betreffend die Besteuerung von Mitarbeiteraktien (ASA 59 172; im Folgenden Kreisschreiben 1990). Dieses sah für die gebundenen Mitarbeiteraktien vor allem eine neue Diskontierungsmethode vor, indem es bei der Diskontierung nicht mehr vom Verkehrswert der Aktie ausging, sondern von der Differenz zwischen dem Verkehrswert einer freien Aktie und dem Abgabepreis. Im Unterschied zum Kreisschreiben 1973 wurden sodann die Abgabe von Mitarbeiteraktien, die erst bei Erreichen der Altersgrenze, bei Invalidität oder im Todesfall freigegeben werden sollten, nicht mehr als Personalvorsorgeleistung, sondern als ordentliches steuerbares Einkommen qualifiziert, das sofort (d.h. mit der Ausübung des Kaufrechts) der Besteuerung unterworfen wird; der erst in einem späteren Zeitpunkt erfolgenden Freigabe solcher Aktien sei durch einen Diskont Rechnung zu tragen (Ziff. 3 des Kreisschreibens).
In seinem Urteil vom 6. November 1995 i.S. B., publiziert in ASA 65 733, gelangte das Bundesgericht zum Ergebnis, die mit dem Kreisschreiben 1990 neu eingeführte Diskontierungsmethode halte vor Bundesrecht nicht stand. Die Eidgenössische Steuerverwaltung erliess daher am 30. April 1997 ein neues Kreisschreiben (ASA 66 130; im Folgenden Kreisschreiben 1997). Darin wurde daran festgehalten, dass der Arbeitnehmer auch bei den Mitarbeiteraktien, die erst bei Erreichen der Altersgrenze, der Invalidität oder im Todesfall freigegeben werden, im Zeitpunkt ihrer Zuteilung Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von <ref-law> erzielt, wobei der Verfügungssperre mit einem Einschlag Rechnung zu tragen ist. Gegenüber dem Kreisschreiben 1990 wurde nur die Methode der Berechnung dieses Diskonts abgeändert.
3.- Als der Beschwerdeführer in den Jahren 1987 und 1989 die ersten Mitarbeiteraktien erwarb, galt noch das Kreisschreiben 1973. Da die Aktien bis zur Pensionierung gesperrt waren, wurde deren Abgabe dementsprechend als Personalvorsorgeleistung betrachtet, die einstweilen nicht der Besteuerung unterworfen war; die Besteuerung sollte vielmehr erst im Zeitpunkt der Pensionierung erfolgen, und zwar nach den besonderen Regeln von Art. 21bis und 40 Abs. 2 BdBSt (vgl. zur damaligen Rechtslage auch Känzig, Die eidgenössische Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], 2. Aufl. , N. 26 zu Art. 21 BdBSt). Der Beschwerdeführer hält denn auch nicht mehr an der Behauptung fest, dass die Differenz zwischen Abgabepreis und Verkehrswert schon damals besteuert worden sei.
Entgegen den ursprünglichen Erwartungen wurden die streitigen Aktien indessen im Zusammenhang mit der Fusion der Ciba-Geigy AG und der Sandoz AG zur Novartis AG vorzeitig, d.h. unabhängig vom Erreichen der Altersgrenze oder des Eintritts eines Risikofalles (Tod, Invalidität), freigegeben.
Damit entfiel der Grund, der dazu geführt hatte, dass die Abgabe der Aktien nicht schon im Zeitpunkt der Ausübung des Kaufrechts besteuert worden war, und das damit erzielte Einkommen hatte jedenfalls jetzt als realisiert zu gelten.
Der Beschwerdeführer macht geltend, die Besteuerung hätte schon im Zeitpunkt des Erwerbs der Aktien erfolgen müssen. Das trifft zwar aus der Optik der heute geltenden, nicht aber der damals geltenden Praxis zu. Der Beschwerdeführer verlangt aber nicht, dass die entsprechenden Veranlagungsverfügungen vergangener Jahre, die ohne die Berücksichtigung des Erwerbs der Mitarbeiteraktien ergangen und unterdessen längst in formelle Rechtskraft erwachsen sind, in Revision gezogen und der Erwerb der Mitarbeiteraktien dort berücksichtigt wird. Wurden aber die Aktien im Zeitpunkt ihres Erwerbs nicht besteuert, so kann daraus nicht gefolgert werden, dass diese Aktien heute überhaupt nicht mehr besteuert werden dürften; vielmehr wirkt die alte - aus der damaligen Optik korrekte - Praxis bis heute insofern weiter, als diese Aktien auf jeden Fall irgendeinmal besteuert werden müssen; da nach dem Gesagten der ursprünglich vorgesehene Zeitpunkt der Pensionierung wegfällt, haben die kantonalen Behörden zu Recht den Zeitpunkt der Freigabe dieser Aktien als massgebend erachtet.
4.- Im Jahre 1993, als der Beschwerdeführer weitere fünf Mitarbeiteraktien erwarb, galt an sich bereits das Kreisschreiben 1990, gemäss welchem die Abgabe von Mitarbeiteraktien, die erst bei Erreichen der Altersgrenze, bei Invalidität oder im Todesfall freigegeben werden, nicht mehr als Personalvorsorgeleistung zu betrachten, sondern schon im Zeitpunkt des Erwerbs der Besteuerung zu unterwerfen war.
Verschiedene Kantone führten jedoch die bisherige Praxis weiter und erfassten den geldwerten Vorteil, der dem Mitarbeiter aus dem Erwerb der Mitarbeiteraktien zu einem Vorzugspreis zufloss, weiterhin erst im Zeitpunkt der Freigabe als Einkommen aus beruflicher Vorsorge (vgl. Christof Helbling, Mitarbeiteraktien und Mitarbeiteroptionen in der Schweiz, Diss. Zürich 1998, S. 252 f.). Gemäss einem Rundschreiben an die kantonalen Verwaltungen für die direkte Bundessteuer vom 9. März 1995 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung diese (mit dem Kreisschreiben 1990 in Widerspruch stehende) Praxis gebilligt. Die im Jahre 1993 zugeteilten Aktien wurden daher im Zeitpunkt des Erwerbs ebenfalls nicht der Besteuerung unterworfen. Mit der unabhängig von der Pensionierung erfolgten Freigabe der Aktien ist dies in gleicher Weise nachzuholen wie bei den in den Jahren 1987 und 1989 erworbenen Aktien.
Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, dringt nicht durch. Wenn ihm die Vorinstanz in diesem Zusammenhang ein nicht schutzwürdiges widersprüchliches Verhalten zur Last legt, ist dies nicht zu beanstanden. Der Aufschub der Besteuerung der Abgabe der Mitarbeiteraktien bis zum Zeitpunkt der Pensionierung lag im Interesse der Mitarbeiter.
Wohl ist richtig, dass der Beschwerdeführer gegen die Nichtbesteuerung des Aktienerwerbs im Zeitpunkt der Ausgabe mangels Legitimation kaum förmlich hätte Beschwerde führen können. Indessen hätte ihn nichts daran gehindert, das mit dem Erwerb der Aktien erzielte Einkommen schon damals zu deklarieren oder die Steuerverwaltung auf andere Weise darauf aufmerksam zu machen, dass er mit dem Steueraufschub nicht einverstanden war. Wenn er dies unterliess, kann er heute nicht mehr geltend machen, der Aktienerwerb hätte schon in einem früheren Zeitpunkt besteuert werden müssen, und sich so der Besteuerung überhaupt entziehen.
5.- Da die Freigabe der Mitarbeiteraktien entgegen der ursprünglichen Erwartungen nicht zufolge Pensionierung erfolgte, fällt eine Besteuerung als Personalvorsorgeleistung zum Vorzugssatz von <ref-law> zum vornherein ausser Betracht.
Der Beschwerdeführer verlangt dies auch nicht, sondern macht geltend, bei der Bewertung des mit dem Erwerb der Mitarbeiteraktien erzielten Vorteils hätte vom Wert der Aktien im Zeitpunkt der Eigentumsübertragung ausgegangen werden müssen, nicht von demjenigen im Zeitpunkt der Freigabe.
Es ist nach dem bereits Gesagten an sich richtig, dass nach den heute gültigen Vorschriften auch bei den Mitarbeiteraktien, die erst bei Erreichen der Altersgrenze, bei Invalidität oder im Todesfall freigegeben werden, das mit dem Erwerb der Aktien zu einem Vorzugspreis verbundene Einkommen bereits im Zeitpunkt der Abgabe der Aktien als realisiert gilt. Beim Beschwerdeführer unterblieb indessen damals aufgrund einer entgegenkommenden Praxis der Steuerbehörden, die sich auf das jedenfalls anfänglich noch massgebende Kreisschreiben 1973 stützen konnte, die Besteuerung. Mit der Freigabe der Aktien war die Besteuerung nachzuholen. Erfolgte die Besteuerung aber erst im Zeitpunkt der Freigabe der Aktien, kann der Beschwerdeführer nicht so gestellt werden, wie wenn sie bereits beim Erwerb erfolgt wäre. Für die Bewertung des vom Beschwerdeführer erzielten Vorteils ist daher von der Differenz zwischen dem Abgabepreis und dem Verkehrswert der Aktien im Zeitpunkt der Freigabe auszugehen.
6.-Die Steuerverwaltung gewährte dem Beschwerdeführer auf dem Verkehrswert der Aktien einen Diskont von 44,161%, wie er im Kreisschreiben 1997 bei gebundenen Mitarbeiteraktien für eine Sperrfrist von zehn Jahren vorgesehen ist. Die Gewährung eines solchen Diskonts erscheint auf den ersten Blick als fragwürdig:
Bei gebundenen Mitarbeiteraktien wird deswegen ein Einschlag auf dem Verkehrswert der Aktien gewährt, weil der Mitarbeiter erst nach Ablauf der Verfügungssperre über die von ihm erworbenen Aktien verfügen kann und er damit auch das Risiko eines allfälligen Wertverlustes bis zum Zeitpunkt der Freigabe trägt. Wird die Differenz zwischen dem Verkehrswert und dem Erwerbspreis aber erst im Zeitpunkt der Freigabe der Aktien besteuert, wie dies hier geschehen ist, ist die Gewährung eines Diskonts an sich nicht sachgerecht, kann der Mitarbeiter doch sofort über die Aktien verfügen; es fehlt denn auch an einem zukünftigen Datum, auf welches hin die Berechnung des Diskonts auszurichten wäre. Dass die Aktien bis zur Freigabe gesperrt waren, rechtfertigt an sich keinen Einschlag, wenn davon ausgegangen wird, das Einkommen werde erst mit der Freigabe realisiert. Da die in diesem Zeitpunkt bestehende Differenz zwischen Abgabepreis und Verkehrswert der Aktien besteuert wird, übernimmt der Mitarbeiter auch kein Risiko, das mit der Gewährung eines Einschlags ausgeglichen werden müsste.
Die im angefochtenen Entscheid angeführten Gründe für die Gewährung eines Pauschaldiskonts von 44,61% leuchten jedoch ein:
Wie die Vorinstanz ausführt, hätte die Besteuerung ohne jeden Diskont dem Umstand nicht Rechnung getragen, dass die Aktien in den meisten Fällen tatsächlich mehr als zehn Jahre lang gesperrt waren, und hätte bei den Pflichtigen zu massiven steuerlichen Mehrbelastungen geführt. Zudem war den Pflichtigen die Besteuerung der Aktien zum Rentensatz im Falle der Pensionierung ausdrücklich zugesichert worden.
Diese hatten ferner die Freigabe ihrer Aktien nicht selber verursacht. Die Vorinstanz kam daher zum Schluss, dass bei dieser Sachlage eine volle Besteuerung der freigegebenen Mitarbeiteraktien das Vertrauensinteresse der Steuerpflichtigen verletzt hätte.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat diese im Interesse des Beschwerdeführers liegende und auch von anderen Kantonen gehandhabte Praxis gebilligt, wie aus einem Schreiben an die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt vom 28. Mai 1999 hervorgeht. Ein gewisses Entgegenkommen lässt sich auch dadurch rechtfertigen, dass der Wertzuwachs, den die Aktien zwischen dem Erwerb und der Freigabe erfahren haben, nicht hätte versteuert werden müssen, wenn die Besteuerung schon im Zeitpunkt des jeweiligen Erwerbs erfolgt wäre, wie dies an sich hätte geschehen müssen; ausserdem wäre in diesem Fall der Progressionssatz niedriger gewesen als bei einer globalen Besteuerung sämtlicher Aktien im Zeitpunkt der Freigabe.
Die Gewährung des Diskonts ist daher gerechtfertigt, und zu einer reformatio in peius besteht kein Anlass.
7.- Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Landschaft sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 25. Januar 2002
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: