Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1948) trat am 1. Februar 2002 als Informatik-Sicherheitsbeauftragter II bei der Direktion Informatik VBS (DIK) in den Bundesdienst ein. Das Arbeitsverhältnis wurde mit öffentlich-rechtlichem Einzelarbeitsvertrag vom 31. Januar/1. Februar 2002 begründet.
Im Zusammenhang mit dem Reformprojekt VBS XXI wurde die DIK mit der Untergruppe Führungsunterstützung (UG FU) auf den 1. Januar 2005 zur Führungsunterstützungsbasis (FUB) fusioniert. Im Hinblick darauf übernahm X._ per Ende Oktober 2004 auch die Funktion des Chefs Sicherheit. Ein entsprechender schriftlicher Arbeitsvertrag wurde aber nicht verfasst.
Gemäss Ziff. 1 einer am 17. bzw. 27. Mai 2006 zwischen X._ und dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) unterzeichneten Vereinbarung wurde X._ darüber informiert, dass seine Stelle als Informatik-Sicherheitsbeauftragter II aufgrund der (inzwischen abgeschlossenen) Fusion per 28. Februar 2007 aufgehoben werden müsse.
Mit Schreiben vom 30. November 2006 setzte die FUB X._ namens des VBS darüber in Kenntnis, dass sie das Arbeitsverhältnis per 31. März 2006 (recte 2007) aufzulösen gedenke. Da X._ vom 19. Dezember 2006 bis Mitte Juni 2007 ganz oder teilweise krank geschrieben war, erfolgte am 7. Juni 2007 eine erneute Anzeige, wonach das Arbeitsverhältnis per 31. Oktober 2007 aufgelöst werden solle.
Am 18. Juni 2007 verfügte die FUB in Vertretung des VBS die Auflösung des Arbeitsverhältnisses auf den 31. Oktober 2007. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Zur Begründung wurde im Wesentlichen auf die durchgeführte Reorganisation und den damit verbundenen Stellenabbau verwiesen. Die Stellenvermittlungsbemühungen seien nicht erfolgreich gewesen, weshalb das Arbeitsverhältnis aufgelöst werden müsse.
Mit gleichlautenden Eingaben vom 15. August 2007 machte X._ einerseits beim VBS die Nichtigkeit der Kündigungsverfügung geltend, und andererseits erhob er beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde. Gemäss seinen Anträgen sei im Nichtigkeitsverfahren festzustellen, dass die Verfügung vom 18. Juni 2007 ungültig sei. Im Beschwerdeverfahren sei die angefochtene Verfügung aufzuheben bzw. es sei die Nichtigkeit der angefochtenen Verfügung festzustellen. Nebstdem sei die aufschiebende Wirkung der Beschwerde wiederherzustellen. Dabei machte er namentlich geltend, er habe seit Oktober 2004 die Funktion als Chef Sicherheit in Personalunion mit seinem bisherigen Aufgabengebiet als Informatik-Sicherheitsbeauftragter wahrgenommen. Diese Änderung des Arbeitsverhältnisses sei formell nicht angepasst worden, doch habe die FUB ihn damit in eine zu schützende Vertrauensposition gebracht. Darauf sei sie nun zu behaften. Ausschlaggebend für die Kündigung seien vielmehr angeblich ungenügende Arbeitsleistungen gewesen, was indes bestritten werde. Die gestützt auf die Reorganisationsverordnung unterzeichnete Vereinbarung sei wegen Willensmängeln ungültig. Auch habe die FUB ihn nach Abschluss der Vereinbarung nicht genügend unterstützt.
Mit Schreiben vom 13. September 2007 verlangte das VBS die Feststellung der Gültigkeit der Kündigung. Ein Nichtigkeitsgrund sei nicht erkennbar, weshalb es an der Kündigung festhalte.
Mit Zwischenverfügung vom 15. Oktober 2007 wies der Instruktionsrichter das Gesuch des Beschwerdeführers um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ab.
Mit Urteil vom 11. Juni 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab. Es erachtete die Kündigung aus betrieblichen Gründen als rechtmässig.
B. Mit Eingabe vom 11. Juli 2008 führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichtes aufzuheben. Die Verfügung des VBS/FUB vom 18. Juni 2007 sei aufzuheben bzw. es sei die Nichtigkeit dieser Verfügung festzustellen. Soweit das Bundesgericht die Beschwerde gegen die ausgesprochene Kündigung abweise, sei festzustellen, dass der Lohn bei Krankheit gemäss Art. 56 der Bundespersonalverordnung vom 3. Juli 2001 (BPV; SR 172.220.111.3) im Sinne der Krankentaggeldversicherung gemäss Art. 67 ff. des Bundesgesetzes vom 18. März 1994 über die Krankenversicherung (KVG; SR 832.10) auch nach ausgesprochener Kündigung und über das Kündigungsdatum hinaus bezahlt werde, solange die Krankheit dauere. Sodann stellte er das Gesuch, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung beizulegen.
C. Mit Präsidialverfügung vom 15. Juli 2008 wurde das bundesgerichtliche Verfahren bis 15. September 2008 sistiert, um X._ zu ermöglichen, mit dem VBS in einen Dialog über eine gütliche Einigung zu treten. Gemäss Schreiben vom 21. August 2008 lehnte das VBS Verhandlungen ab, woraufhin das bundesgerichtliche Verfahren mit Präsidialverfügung vom 11. September 2008 wieder aufgenommen wurde.
D. Das Departement und das Bundesverwaltungsgericht beantragen in ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdeführer nahm unter Aufrechterhaltung seiner Anträge nochmals Stellung.
E. Mit Präsidialverfügung vom 13. Oktober 2008 hat das Bundesgericht das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit (<ref-law>). Mit dem Begehren, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Nichtigkeit der Kündigungsverfügung festzustellen, sind aufgelaufene und zukünftige Lohnforderungen verbunden, weshalb es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit handelt und ein Ausschlussgrund nicht vorliegt (<ref-law>). Die wirtschaftlichen Folgen der verlangten Weiterbeschäftigung des Beschwerdeführers übersteigen die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.-- (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde ist somit grundsätzlich zulässig. Der Beschwerdeführer ist als Adressat des angefochtenen Entscheides besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (<ref-law>).
1.2 Unzulässig ist der Antrag des Beschwerdeführers, die Verfügung des VBS/FUB vom 18. Juni 2007 sei aufzuheben bzw. es sei die Nichtigkeit dieser Verfügung festzustellen. Diese ist durch das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144, 129 II 438 E. 1 S. 441). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.3 Nach <ref-law> sind neue Begehren unzulässig. Der Beschwerdeführer erhebt für den Fall, dass das Bundesgericht die Beschwerde gegen die ausgesprochene Kündigung abweist, gestützt auf die Bundespersonalverordnung und das Krankenversicherungsgesetz einen Lohnfortzahlungsanspruch des Arbeitgebers über die Auflösung des Arbeitsverhältnisses hinaus. Laut Beschwerdeschrift vom 15. August 2007 an das Bundesverwaltungsgericht beantragte der Gesuchsteller die Aufhebung der Verfügung des VBS bzw. die Feststellung der Nichtigkeit der Kündigung. Der Gesuchsteller stellte indessen beim Bundesverwaltungsgericht kein Begehren um Feststellung der Lohnfortzahlungspflicht über die Auflösung des Arbeitsverhältnisses hinaus. Deshalb ist gestützt auf <ref-law> auf die Beschwerde in diesem Punkt nicht einzutreten.
1.4 In Ergänzung zu den Rügen, die sich auf Art. 95 f. BGG stützen, kann der Beschwerdeführer unter den engen Voraussetzungen von <ref-law> die tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Urteils beanstanden. Ein solches Vorbringen kann nach der letztgenannten Bestimmung nur erhoben werden, wenn die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Entsprechende Beanstandungen müssen präzise vorgebracht und begründet werden. Es genügt nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern die Feststellungen offensichtlich falsch bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
Ob diese Voraussetzungen erfüllt sind, wird nachfolgend im Zusammenhang mit den einzelnen Rügen geprüft.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt die tatsächlichen Feststellungen des Bundesverwaltungsgerichts im Zusammenhang mit der Frage, ob der Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. e des Bundespersonalgesetzes vom 24. März 2000 (BPG; SR 172.220.1) gegeben sei. Nach dieser Vorschrift kann der Arbeitgeber aus schwer wiegenden wirtschaftlichen oder betrieblichen Gründen ordentlich kündigen, sofern er der betroffenen Person keine zumutbare andere Arbeit anbieten kann. Die speziell für den Stellenabbau in der Bundesverwaltung erlassene, bis zum 31. Dezember 2010 verlängerte Verordnung vom 10. Juni 2004 über die Stellen- und Personalbewirtschaftung im Rahmen von Entlastungsprogrammen und Reorganisationen (SR 172.220.111.5; nachfolgend: Reorganisationsverordnung) bezweckt, den Stellenabbau möglichst ohne Entlassungen sozialverträglich und ökonomisch umzusetzen (vgl. Art. 1 Abs. 1 Reorganisationsverordnung). In Art. 4 dieser Verordnung ist das Verfahren geregelt, wie mit betroffenen Angestellten umzugehen ist. Sie sind spätestens sechs Monate vor einer allfälligen Kündigung zu informieren (Abs. 1), es ist eine Vereinbarung zwischen Arbeitgeber und Angestelltem betreffend Stellensuche abzuschliessen (Abs. 2), die Angestellten sind in der bundesinternen Job-Datenbank zu erfassen, und Arbeitgeber und Arbeitnehmer haben intensiv nach einer internen oder externen Stelle zu suchen (Abs. 4). Konnte innerhalb von sechs Monaten nach Unterzeichnung der Vereinbarung keine andere zumutbare Arbeit gefunden werden, so wird das Arbeitsverhältnis aus Gründen nach Art. 12 Abs. 6 lit. e BPG aufgelöst (Abs. 7). Die Bundespersonalverordnung und der Sozialplan für die Bundesverwaltung vom Februar 2002 sind anwendbar, soweit die Reorganisationsverordnung nichts anderes bestimmt (Art. 1 Abs. 4 Reorganisationsverordnung).
2.2 Gemäss Darstellung im angefochtenen Urteil wurde der Arbeitsvertrag des Beschwerdeführers infolge einer Umstrukturierung im VBS (Fusion der DIK mit der FUB auf den 1. Januar 2005 zur FUB) aufgehoben. Im Zuge dieser Massnahme hätten die meisten der Mitarbeitenden per Anfang 2006 einen neuen Arbeitsvertrag erhalten. Innerhalb der FUB sei bei sechs Mitarbeitenden der Trennungsprozess eingeleitet worden, wobei man zwei davon intern habe weiter vermitteln können. Mit vier Mitarbeitenden, inklusive dem Beschwerdeführer, habe man eine Vereinbarung betreffend Stellensuche gemäss Art. 4 Abs. 2 Reorganisationsverordnung abgeschlossen. Weitere 37 Mitarbeitende seien einvernehmlich nach Sozialplan pensioniert worden. Eine Restrukturierung diesen Ausmasses könne ohne Weiteres unter Art. 12 Abs. 6 lit. e BPG subsumiert werden, womit dieses Erfordernis grundsätzlich erfüllt sei. Es stelle sich jedoch die Frage, ob die Stelle des Beschwerdeführers tatsächlich im Rahmen der Restrukturierung aufgehoben worden sei bzw. ob die Reorganisation der tatsächliche Grund für die gegen den Beschwerdeführer ausgesprochene Kündigung sei.
Das Bundesverwaltungsgericht erwog, dass im öffentlichen-rechtlichen Dienstrecht der Abschluss sowie die Änderung des Arbeitsvertrages der Schriftform bedürfe (Art. 8 Abs. 1 BPG sowie Art. 30 Abs. 1 BPV). Vorliegend sei mit dem Beschwerdeführer kein neuer bzw. abgeänderter Arbeitsvertrag als Leiter Integrale Sicherheit/Chef Sicherheit abgeschlossen worden. Demzufolge sei zwischen dem FUB und dem Beschwerdeführer mit dessen Übernahme neuer Aufgaben im Oktober 2004 kein gültiger neuer bzw. abgeänderter Arbeitsvertrag zustande gekommen. Der Beschwerdeführer habe die Funktion Leiter Integrale Sicherheit, welche auch Aufgaben des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II beinhaltet habe, lediglich faktisch ausgeübt. Dass der Beschwerdeführer mehrmals als Chef Sicherheit bezeichnet worden und er als solcher aufgetreten sei, vermöge nichts an der Tatsache zu ändern, dass er formell einzig die Stelle als Informatik-Sicherheitsbeauftragter II bekleidet habe.
Inwiefern der Beschwerdeführer dadurch, dass ihm während einer gewissen Zeit als zusätzliche Aufgabe diejenige des Leiters Integrale Sicherheit übertragen wurde, in eine schützenswerte Vertrauensposition gesetzt worden sei, sei nicht ersichtlich. Der Beschwerdeführer lege weder dar noch vermöge er zu belegen, dass ihm von seiten des Arbeitgebers zugesichert worden wäre, er sei oder werde unbefristet als Leiter Integrale Sicherheit angestellt oder bei einer entsprechenden künftigen Stellenausschreibung berücksichtigt. Im Gegenteil sei der Beschwerdeführer auch bei der LOBE 2005 noch als Informatik-Sicherheitsbeauftragter beurteilt worden, womit er sich am 26. Oktober 2005 unterschriftlich einverstanden erklärt habe.
Der Reformprozess der FUB habe seinen Abschluss mit der am 26. Juni 2006 rückwirkend auf den 1. Januar 2006 genehmigten Organisation gefunden. Die Umsetzung der Personalmigration in die neue Organisationsstruktur habe dazu geführt, dass der Beschwerdeführer nicht mehr als Leiter Sicherheit FUB eingesetzt worden sei. Grund hierfür habe der Umstand gebildet, dass die Stelle eines Verantwortlichen Sicherheit FUB mit entsprechendem Pflichtenheft geschaffen worden sei, für welche der Beschwerdeführer indessen als ungeeignet eingestuft worden sei. In der Folge sei diese Funktion ausgeschrieben und durch eine andere Person besetzt worden.
Im Rahmen der Reorganisation sei auch die bisherige Stelle des Beschwerdeführers als Informatik-Sicherheitsbeauftragter II aufgehoben worden. Faktisch sei dies bereits auf den 1. Januar 2005 erfolgt, indem der Beschwerdeführer ab jenem Zeitpunkt Zusatzaufgaben wahrgenommen habe, und formell auf den 28. Februar 2007, auf welchen Termin bei Abschluss der Reorganisation die Beendigung des Vermittlungsprozesses und die Kündigung des Beschwerdeführers vorgesehen gewesen sei. Die im Software-Center der FUB neu geschaffene Stelle des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II sei nicht identisch mit der im Rahmen der Reorganisation abgebauten Stelle des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II der DIK.
2.3 Der Beschwerdeführer bestreitet, dass die Kündigung durch betriebliche Änderungen begründet sei. Noch vor dem 1. Januar 2005 sei er durch Beschluss der Geschäftsleitung FUB mit Wirkung ab 26. Oktober 2004 zum Chef Sicherheit in Personalunion mit seinem bisherigen Aufgabengebiet als Informatik-Sicherheitsbeauftragter ernannt worden. Die Sicherheitszelle der FUB habe gemäss Organigramm zum Beschluss der Geschäftsleitung FUB vom 26. Oktober 2004 damals aus dem Chef Sicherheit und - diesem fachlich unterstellt - der Informatiksicherheit sowie dem Informations- und Objektschutz mit jeweils eigenen Stellenbeschreibungen bestanden. Seit dem 26. Oktober 2004 sei der Beschwerdeführer FUB-intern als auch FUB-extern als Leiter Sicherheit aufgetreten und habe diese Funktion auch gemäss Stellenbeschreibung vom 18. September 2005 ausgeübt. Die behauptete Reorganisation sei ein vorgeschobener Grund, um nicht die ordentlichen Kündigungsbestimmungen anwenden zu müssen. Die Stelle Chef Sicherheit FUB sei nicht abgebaut worden, sondern man habe den Beschwerdeführer von diesen Aufgaben wegen angeblich nicht zufriedenstellenden Leistungen entbinden wollen. Dies belege auch die Tatsache, dass die angeblich abgebaute Stelle des Beschwerdeführers neu ausgeschrieben worden sei und in der Zwischenzeit (ab 1. Januar 2007) durch eine andere Person habe besetzt werden können.
Das Bundesverwaltungsgericht habe unzulässigerweise das Pflichtenheft des Beschwerdeführers als Sicherheitsbeauftragter DIK aus dem Jahre 2002 mit den Stellenbeschreibungen, die der Beschwerdeführer in eigener Person bei der FUB wahrgenommen habe, verglichen. Aufgrund dieser Gegenüberstellung sei das Bundesverwaltungsgericht zur Schlussfolgerung gelangt, dass dies nicht identische Stellen seien. Die Vorinstanz habe nicht bemerkt, dass der Beschwerdeführer sämtliche Anforderungen gemäss den Erwägungen in Ziffer 4.4.1 des angefochtenen Urteils zu erfüllen gehabt habe und nicht der neue Sicherheitsbeauftragte II. Der rechtserhebliche Sachverhalt sei völlig falsch zusammengefasst worden. Fest stehe, dass der Beschwerdeführer ab 26. Oktober 2004 mit einem erweiterten Pflichtenheft die Funktion als Informatiksicherheitsbeauftragter II und gleichzeitig Chef Sicherheit FUB bis zum 3. März 2006 und nicht - wie im Urteil fälschlicherwiese festgehalten werde - bis 1. Januar 2006 ausgeübt habe. Genau diese Stelle sei im Rahmen der Reorganisation nicht abgeschafft worden, und der Beschwerdeführer sei in rechtlich unzulässiger Weise "in den Abbau geschickt" worden. Auch sei der Beschwerdeführer in den Jahren 2004 und 2005 aufgrund der angepassten Stellenbeschreibungen qualifiziert worden. Per 1. Juni 2007 sei eine andere Person als Informatiksicherheitsbeauftragter II in die Dienste der FUB eingetreten. Er sei in die Lohnklasse 22 und nicht - wie das Bundesverwaltungsgericht festhalte - in der Lohnklasse 25 eingereiht worden und sei auch nicht Chef der Sicherheitszelle FUB, wie das Bundesverwaltungsgericht fälschlicherweise ausgeführt habe. Es sei weder die Stelle Chef Sicherheit FUB noch die Stelle Informatiksicherheitsbeauftragter II abgebaut worden.
Das Bundesverwaltungsgericht habe unzulässigerweise das Pflichtenheft des Beschwerdeführers als Sicherheitsbeauftragter DIK aus dem Jahre 2002 mit den Stellenbeschreibungen, die der Beschwerdeführer in eigener Person bei der FUB wahrgenommen habe, verglichen. Aufgrund dieser Gegenüberstellung sei das Bundesverwaltungsgericht zur Schlussfolgerung gelangt, dass dies nicht identische Stellen seien. Die Vorinstanz habe nicht bemerkt, dass der Beschwerdeführer sämtliche Anforderungen gemäss den Erwägungen in Ziffer 4.4.1 des angefochtenen Urteils zu erfüllen gehabt habe und nicht der neue Sicherheitsbeauftragte II. Der rechtserhebliche Sachverhalt sei völlig falsch zusammengefasst worden. Fest stehe, dass der Beschwerdeführer ab 26. Oktober 2004 mit einem erweiterten Pflichtenheft die Funktion als Informatiksicherheitsbeauftragter II und gleichzeitig Chef Sicherheit FUB bis zum 3. März 2006 und nicht - wie im Urteil fälschlicherwiese festgehalten werde - bis 1. Januar 2006 ausgeübt habe. Genau diese Stelle sei im Rahmen der Reorganisation nicht abgeschafft worden, und der Beschwerdeführer sei in rechtlich unzulässiger Weise "in den Abbau geschickt" worden. Auch sei der Beschwerdeführer in den Jahren 2004 und 2005 aufgrund der angepassten Stellenbeschreibungen qualifiziert worden. Per 1. Juni 2007 sei eine andere Person als Informatiksicherheitsbeauftragter II in die Dienste der FUB eingetreten. Er sei in die Lohnklasse 22 und nicht - wie das Bundesverwaltungsgericht festhalte - in der Lohnklasse 25 eingereiht worden und sei auch nicht Chef der Sicherheitszelle FUB, wie das Bundesverwaltungsgericht fälschlicherweise ausgeführt habe. Es sei weder die Stelle Chef Sicherheit FUB noch die Stelle Informatiksicherheitsbeauftragter II abgebaut worden.
2.4 2.4.1 Soweit der Beschwerdeführer die tatsächlichen Feststellungen des Bundesverwaltungsgerichts bezüglich des Zeitpunktes der Beendigung seiner Aufgabe als Leiter Integrale Sicherheit bemängelt, ist ihm zuzugestehen, dass sich aus den Akten ergibt, dass der Beschwerdeführer seine Aufgabe bis am 3. März 2006 und nicht, wie im vorinstanzlichen Urteil festgehalten, bis am 1. Januar 2006 ausübte. Zutreffend ist auch, dass die Stelle des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II nicht der Lohnklasse 25, sondern der Lohnklasse 22 zugeordnet wurde. Diese beiden unrichtigen Sachverhaltsdarstellungen der Vorinstanz sind indessen nur von untergeordneter Bedeutung und für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend, wie im folgenden noch zu zeigen sein wird.
2.4.2 Was der Beschwerdeführer gegen die tatsächlichen Feststellungen des Bundesverwaltungsgerichts weiter vorbringt, ist nicht geeignet, diese als offensichtlich falsch im Sinne von <ref-law> auszugeben.
Es ist unbestritten, dass die FUB mit circa 550 Mitarbeitenden wesentlich grösser ist als die damalige DIK, bei welcher der Beschwerdeführer als Informatik-Sicherheitsbeamter II tätig war. Auch die Struktur und der Aufgabenbereich der beiden Organisationen unterscheiden sich in verschiedenen Punkten. Wie das Bundesverwaltungsgericht zu Recht festgehalten hat, legt dies bereits den Schluss nahe, dass die jeweils gleich bezeichneten Stellen des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II bei der DIK und im Software-Center der FUB nicht identisch sind. Ein Vergleich des Pflichtenheftes des Beschwerdeführers als Informatik-Sicherheitsbeauftragter II bei der DIK vom 3. Januar 2002 mit dem Stellenbeschrieb des Informatik-Sicherheitsbeauftragten der FUB vom 25. August 2004 ergibt, dass wesentliche Unterschiede zwischen den beiden Stellen bestehen. So setzt die Stelle des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II im Software-Center der FUB im Gegensatz zu derjenigen als Informatik-Sicherheitsbeauftragter II bei der DIK einen Hochschulabschluss voraus. Der Umstand allein, dass die beiden Stellen lohnmässig gleich eingestuft sind, ist nicht von entscheidender Bedeutung (vgl. E. 2.4.1). Hingegen ergibt sich sowohl aus der Umschreibung des Aufgabenbereichs resp. dem Ziel der Stelle als auch aus dem Stellenbeschrieb des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II im Software-Center der FUB klar, dass dieser Aufgabenbereich weitreichender und umfassender ist als derjenige des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II bei der DIK. So hat der Informatik-Sicherheitsbeauftragte II im Software-Center der FUB zum Beispiel die gesamte FUB in Fragen der Informatik-Sicherheit zu beraten und ist im Gegensatz zum Informatik-Sicherheitsbeauftragten II bei der DIK auch für die Ausbildung der Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen der FUB in Informatik-Sicherheit zuständig. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist nicht zu beanstanden, wenn sich das Bundesverwaltungsgericht auf das ursprüngliche Pflichtenheft des Beschwerdeführers und nicht auf die vom Beschwerdeführer ab Oktober 2004 faktisch ausgeübte Aufgabe abstützte, zumal es ja gerade darum ging, die Funktion des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II bei der DIK mit derjenigen eines Informatik-Sicherheitsbeauftragten II im Software-Center der FUB zu vergleichen.
Im Übrigen setzt sich der Beschwerdeführer, abgesehen von der berechtigten Rüge, die Vorinstanz habe irrtümlich angenommen, die neu geschaffene Stelle des Sicherheitsberaters der FUB sei in der Lohnklasse 25 eingereiht, mit der Begründung des angefochtenen Urteils, dass es sich bei der aufgehobenen Stelle eines Sicherheitsberaters bei der DIK und der gleichnamigen neuen Stelle beim FUB um unterschiedliche Funktionen handle, nicht wirklich auseinander. Das in diesem Zusammenhang gestellte Editionsbegehren ist neu und daher unzulässig (<ref-law>).
Somit hat das Bundesverwaltungsgericht den Sachverhalt nicht offensichtlich falsch im Sinne von <ref-law> festgestellt, wenn es aufgrund der Akten schliesst, dass die im Software-Center der FUB neu geschaffene Stelle des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II nicht identisch mit der im Rahmen der Reorganisation abgebauten Stelle des Informatik-Sicherheitsbeauftragten II der DIK sei.
2.4.3 Weiter rügt der Beschwerdeführer die Sachverhaltsdarstellung des Bundesverwaltungsgerichtes bezüglich der Schaffung der Stelle eines Verantwortlichen Sicherheit FUB. Er stellt sich auf den Standpunkt, dass diese Funktion ihm mit Geschäftsleitungsbeschluss vom 26. Oktober 2004 zugewiesen und nicht erst zu einem späteren Zeitpunkt geschaffen worden sei. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kann aus dem Umstand, dass an exakt derselben Stabsstelle in der Organisationsstruktur (Sicherheit), auf der per 1. Januar 2007 eine andere Person aufgeführt ist, und auf der noch per 1. Januar 2006 der Beschwerdeführer ersichtlich war, nicht geschlossen werden, dass es sich dabei um identische Stellen handelt. Ein Vergleich des Pflichtenheftes des Beschwerdeführers als Chef Sicherheit gemäss Geschäftsleitungsbeschluss vom 26. Oktober 2004 mit der Stellenbeschreibung des Verantwortlichen Sicherheit FUB vom 21. März 2006 zeigt auf, dass das Aufgabenspektrum des Chefs Sicherheit viel enger umschrieben ist. So war der Beschwerdeführer als Chef Sicherheit nur für die Führung der Sicherheitsorganisation des Bereichs FUB Basis verantwortlich, währenddem der Aufgabenbereich des Verantwortlichen Sicherheit FUB die Sicherheitsorganisation in der Führungsunterstützungsbasis und der Sicherheits- und Informatiksicherheitsoffiziere der Truppen der Führungsunterstützungsbasis mitumfasst. Der Umstand, dass der Beschwerdeführer bis am 3. März 2006 und nicht, wie im vorinstanzlichen Urteil festgehalten, bis am 1. Januar 2006 als Chef Sicherheit tätig war, ist für die Qualifikation seiner Funktion nicht von Bedeutung. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn das Bundesverwaltungsgericht davon ausging, dass diese Stelle neu geschaffen worden sei. Die Beschwerde erweist sich deshalb auch in diesem Punkt als unbegründet, soweit die pauschalen und teilweise nicht einschlägigen Vorbringen gehört werden können.
2.4.4 Soweit der Beschwerdeführer die Sachverhaltsdarstellung in Bezug auf das Angebot einer vorzeitigen Pensionierung rügt und geltend macht, dass das VBS/FUB ihn informiert habe, eine vorzeitige Pensionierung sei nicht möglich, weshalb es nicht zutreffe, dass er entsprechende Angebote ausgeschlagen habe, ist ihm entgegenzuhalten, dass zwar in der Auflösungsvereinbarung vom 17./27. Mai 2006 festgehalten wurde, dass im Falle des Beschwerdeführers keine vorzeitige Pensionierung möglich sei, die Frage einer vorzeitigen Pensionierung nachträglich aber weiter geprüft worden ist. Gemäss E-Mail des Personalchefs Verteidigung vom 17. November 2006 an den Beschwerdeführer wurde diesem erneut eine vorzeitige Pensionierung angeboten, obwohl er zuvor mit E-Mail vom 26. Oktober 2006 an den Personalchef Verteidigung eine vorzeitige Pensionierung mit Einkommenseinbusse abgelehnt hatte. Am 13. Dezember 2006 wurde dem Beschwerdeführer erneut eine Pensionierung mit Sozialplan angeboten. Das Bundesverwaltungsgericht hat somit auch in diesem Punkt den Sachverhalt nicht offensichtlich falsch im Sinne von <ref-law> festgestellt, wenn es davon ausgeht, dass die FUB dem Beschwerdeführer eine Sozialpensionierung anbot. Die Beschwerde erweist sich diesbezüglich als unbegründet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, dass ihn das FUB mit seinem Vorgehen in eine zu schützende Vertrauensposition gebracht habe, indem er sich darauf verlassen durfte, als Leiter Sicherheit der FUB angestellt zu sein. Sämtliche Strukturmerkmale des Vertrauensschutzes (vgl. Art. 5 Abs. 3 und <ref-law>) seien gestützt auf den erstellten rechtserheblichen Sachverhalt gegeben (Vertrauensgrundsatz und Vertrauensbestätigung). Seit dem 26. Oktober 2004 sei der Beschwerdeführer FUB-intern als auch FUB-extern als Leiter Sicherheit aufgetreten und habe diese Funktion auch gemäss Stellenbeschreibung vom 18. September 2005 ausgeübt. Dass diese Änderung formell nicht angepasst worden sei, habe die FUB und nicht der Beschwerdeführer zu verantworten. Der Beschwerdeführer habe ohne Vorbehalt, gestützt auf einen schriftlichen Geschäftsleitungsbeschluss der FUB und mithin nicht ad interim ab 26. Oktober 2004 bis am 3. März 2006, also mehr als 16 Monate als Chef Sicherheit FUB geamtet. Die FUB habe mit diesem Vorgehen den Beschwerdeführer in eine zu schützende Vertrauensposition gebracht, indem er sich darauf verlassen durfte, als Leiter der Sicherheit der FUB angestellt zu sein. Nachdem beide Parteien den Vertrag irrtumsfrei und freiwillig während 16 Monaten erfüllt hätten, sei die rechtliche Qualifikation der Vorinstanz als eine rechtsmissbräuchliche Berufung auf einen Formmangel zu bezeichnen.
3.2 Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Vorausgesetzt ist weiter, dass die Person, die sich auf Vertrauensschutz beruft, berechtigterweise auf diese Grundlage vertrauen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann; schliesslich scheitert die Berufung auf Treu und Glauben dann, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen gegenüberstehen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 170).
3.3 Vorliegend fehlt es bereits an einer genügenden Vertrauensgrundlage. Der Beschwerdeführer behauptet zwar, am 1. Januar 2005 sei der Fusionsprozess abgeschlossen und die neue FUB als Bundesamt operationell gewesen. Doch ergibt sich aus dem angefochtenen Entscheid unwidersprochen, dass infolge der Komplexität der Reorganisation auf den 1. Januar 2005 noch keine genehmigten Strukturen mit den entsprechenden Funktionen vorlagen, die Neuorganisation des FUB erst am 26. Juni 2006 mit Rückwirkung auf den 1. Januar 2006 genehmigt wurde und in der Zwischenzeit ein grosser Teil des FUB im Rahmen einer Projektorganisation arbeitete. Gemäss den im Hinblick auf die damals anstehenden Reformen im VBS konzipierten und seit dem 1. Januar 2002 gültigen "Grundsätzen der Personalmigration im VBS" war in Bezug auf die Verantwortlichkeiten in der Überführungsphase vorgesehen, dass bis zum Zeitpunkt der definitiven Stellenzuweisungen Projektleitende bestimmt werden, welche die Umsetzungsarbeiten übernehmen und den Übergang von der heutigen in die neue Struktur sicherstellen. Dabei waren die Projektleitenden darüber zu informieren, "dass sich daraus keinerlei personalrechtliche Ansprüche, insbesondere auch auf eine definitive Ernennung ableiten lassen" (vgl. Ziff. 5 der erwähnten Grundsätze). Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich zwar nicht, dass der Beschwerdeführer ausdrücklich in diesem Sinne orientiert worden wäre. Doch rechtfertigt allein dieses (allfällige) Versäumnis die Annahme nicht, es sei beim Beschwerdeführer in dem Sinne eine Vertrauensposition begründet worden, dass er damit rechnen durfte, definitiv in dieser neuen Funktion angestellt zu sein, zumal bei einer definitiven Beförderung in eine andere bzw. neu geschaffene Funktion der Abschluss eines neuen Arbeitsvertrages unabdingbar gewesen wäre. Der bisherige Arbeitsvertrag mit der Funktion "Sicherheits-Beauftragter II" blieb weiterhin bestehen, und der Beschwerdeführer wurde weiterhin mit seinem Einverständnis in dieser Eigenschaft qualifiziert. Dies rechtfertigt die Annahme, dass der Beschwerdeführer damals selber davon ausging oder zumindest davon ausgehen musste, die neue bzw. zusätzliche Funktion im Rahmen der Projektorganisation zu übernehmen, und nicht definitiv ernannt worden zu sein. Es ist deshalb nicht ersichtlich, inwiefern der Einwand der Verwaltung, der Beschwerdeführer sei für die neue Funktion nicht definitiv ernannt worden und es sei mit ihm auch kein entsprechender Arbeitsvertrag abgeschlossen worden, gegen Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3, <ref-law>) verstossen bzw. rechtsmissbräuchlich sein soll.
4. Zusammenfassend ist Folgendes festzuhalten: Zum einen wurde die vom Beschwerdeführer innegehabte Stelle eines Sicherheitsbeauftragten II der DIK aufgehoben und stellte die neu geschaffene gleichnamige Stelle bei der FUB andere Anforderungen. Zum andern wurde der Beschwerdeführer nicht definitiv zum Chef der Sicherheitszelle FUB ernannt. Damit ist aber nicht nur dem Argument, dass dem Beschwerdeführer nicht gestützt auf Art. 12 Abs. 6 lit. e BPG hätte gekündigt werden dürfen, der Boden entzogen, sondern auch der Berufung des Beschwerdeführers auf Irrtum bzw. absichtliche Täuschung bei der Unterzeichnung der Reorganisationsvereinbarung vom 17. bzw. 27. Mai 2006.
5. Das Bundesverwaltungsgericht hat demnach kein Bundesrecht verletzt, wenn es davon ausgeht, dass die Kündigung gemäss Art. 12 Abs. 6 lit. e BPG, d.h. aus schweren wirtschaftlichen oder betrieblichen Gründen, rechtmässig sei.
Die Beschwerde ist nach dem Gesagten unbegründet und daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>), wobei der geschätzte Streitwert die Grenze von Fr. 30'000.-- übersteigt und der Kostenrahmen für Arbeitsstreitigkeiten gemäss <ref-law> demzufolge nicht anwendbar ist. Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) sowie dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder