Fatti:
A. Il 24 ottobre 2007 la Procura della Repubblica presso il Tribunale ordinario di Roma ha presentato alla Svizzera una domanda di assistenza giudiziaria nell'ambito di un procedimento penale avviato nei confronti di A._, B._ e altre persone, per associazione a delinquere di stampo mafioso, narcotraffico e riciclaggio aggravato. Per riciclare il denaro, gli indagati avrebbero fatto capo anche a B._, già alle dipendenze della Banca X._, di Lugano. L'autorità estera ha chiesto di perquisire l'abitazione e l'ufficio, presso la citata banca, di questo indagato.
B. Con decisione di chiusura del 10 ottobre 2008, il Ministero pubblico della Confederazione ha ordinato la trasmissione all'autorità richiedente dei documenti sequestrati presso la banca. Adita da quest'ultima, con decisione del 4 maggio 2009, la II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (II CRP) ha dichiarato il ricorso inammissibile per carenza di legittimazione.
C. Avverso questo giudizio la Banca X._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarlo, unitamente alla decisione di chiusura, nel senso che i documenti n. 4 e n. 7 non siano trasmessi all'autorità estera.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Conformemente all'<ref-law>, questa Corte decide nella composizione di tre giudici circa la non entrata nel merito su ricorsi soggetti alle condizioni dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2). La decisione è motivata sommariamente (<ref-law>).
1.2 Secondo l'<ref-law>, contro le decisioni emanate nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale, il ricorso è ammissibile soltanto se concerne, tra l'altro, un sequestro oppure la comunicazione di informazioni inerenti alla sfera segreta e si tratti di un caso particolarmente importante (cpv. 1). Si è segnatamente in presenza di un caso particolarmente importante, laddove vi sono motivi per ritenere che sono stati violati elementari principi procedurali o che il procedimento all'estero presenta gravi lacune (cpv. 2). L'<ref-law> persegue lo scopo di limitare efficacemente l'accesso al Tribunale federale nell'ambito dell'assistenza giudiziaria in materia penale (<ref-ruling> consid. 3, 132 consid. 1.3). Nella valutazione circa l'esistenza di un caso particolarmente importante giusta l'<ref-law>, che dev'essere ammesso in maniera restrittiva, il Tribunale federale dispone di un ampio potere di apprezzamento (cfr. <ref-ruling> consid. 1.3.1 e rinvio). Spetta al ricorrente spiegare perché la causa adempirebbe queste condizioni (art. 42 cpv. 2 secondo periodo LTF).
2. 2.1 La II CRP ha rilevato che il documento n. 4 contiene uno scambio di messaggi di posta elettronica tra l'indagato B._ e un cliente della banca, concernente operazioni di cambio avvenute nel 2004, quando egli era ancora attivo presso la ricorrente. Ha stabilito che si tratta di un atto concernente la sfera privata di un cliente della banca, per cui quest'ultima non è legittimata a ricorrere. Ha aggiunto che il documento n. 7 contiene un indirizzo di posta elettronica privato, nonché codici d'accesso informatici di pertinenza di B._, non legati quindi a interessi propri della banca (sulla trasmissione di elementi di indirizzo Internet vedi <ref-ruling>).
2.2 La ricorrente sostiene che nel documento n. 4 si troverebbero messaggi di posta elettronica inviati da un cliente della banca estraneo ai fatti oggetto d'inchiesta e di cui l'autorità estera potrebbe scoprire l'identità. Vi sarebbero poi altre informazioni non relative a conti di clienti: si tratterrebbe quindi di corrispondenza generale tra il cliente e la banca, non riferita tuttavia a una relazione bancaria specifica.
Il documento n. 7 conterrebbe i codici d'accesso dell'account privato di posta elettronica di B._, per cui l'autorità estera potrebbe visionare la corrispondenza intercorsa tra l'indagato e terze persone non note alla banca. Non sarebbe inoltre escluso che questi avrebbe contattato in modo discreto clienti della banca, non coinvolti nella procedura, e dei quali potrebbe essere svelata l'identità. Adduce poi, in maniera generica, che il documento potrebbe contenere informazioni concernenti la banca e il suo ex dipendente e corrispondenza generale tra l'indagato e clienti della banca, non esclusivamente riferita a una determinata relazione bancaria. Ne deduce, ch'esso toccherebbe quindi direttamente attività proprie e interne della banca.
2.3 Con questi semplici accenni e ipotesi la ricorrente non dimostra che la II CRP avrebbe accertato i fatti in maniera manifestamente inesatta (<ref-law>) e che si sarebbe scostata dalla prassi secondo cui la banca non è legittimata a ricorrere, quando non è toccata nelle sue attività dalle criticate misure di assistenza, essendo svelate semmai solo relazioni di suoi clienti (<ref-ruling> consid. 2.3-2.5; ZIMMERMANN, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 3a ed., 2009, n. 533).
2.4 La ricorrente sostiene poi che si sarebbe in presenza di un caso particolarmente importante anche poiché sarebbero stati lesi elementari principi procedurali. Al riguardo, adduce che la trasmissione dei documenti n. 4 e n. 7 lederebbe il diritto di essere sentito di un determinato cliente e di altri potenziali clienti, ai quali la decisione di chiusura non sarebbe stata comunicata.
Ora, è manifesto ch'essa non è legittimata a contestare l'asserita lesione di diritti di terzi o dei suoi clienti e in particolare di quelli dell'indagato B._. Anche l'accenno a un'asserita mancata cernita del contenuto di detti documenti, e quindi del principio di proporzionalità, non dimostra che si sarebbe in presenza di un caso particolarmente importante, ritenuto che la ricorrente neppure sostiene d'averla chiesta, per lo meno con il ricorso o con la replica dinanzi all'autorità inferiore, e ch'essa non avrebbe potuto sanare l'asserito vizio.
3. 3.1 La criticata decisione non si scosta dalla giurisprudenza costante, né si è in presenza di una lesione di elementari principi di procedura (<ref-ruling> consid. 3), per cui il ricorso è inammissibile.
3.2 Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione, alla II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale e all'Ufficio federale di giustizia, Settore Assistenza giudiziaria.