Sachverhalt:
A. E._, geboren 1964, war ab November 1997 bei der Bäckerei I._ GmbH als Bäcker tätig. Mit Nichteignungsverfügung vom 4. September 2000 erklärte ihn die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) wegen einer Mehlstauballergie für die Tätigkeit als Bäcker für ungeeignet. Die Versicherung X._ richtete ab 1. November 2000 eine Übergangsentschädigung aus. Die IV-Stelle des Kantons Zürich finanzierte ab Mai 2001 eine Umschulung von E._ zum Taxichauffeur. Da er die Stadtkundeprüfung nicht bestand, wurde er nur für Fahrten ausserhalb der Stadt zugelassen. Vom 1. Januar 2002 an arbeitete er als Gebäudereiniger und Parkettverleger bei der C._ GmbH. Am 21. August 2002 zog er sich bei der Abwehr eines tätlichen Angriffs eine intraartikuläre mehrfragmentäre Radiusfraktur am linken Handgelenk zu, welche mittels offener Reposition und Osteosynthese behandelt wurde. Kreisarzt Dr. med. W._, Facharzt für Chirurgie, untersuchte ihn am 24. November 2003 und hielt noch eine mässige Belastungsintoleranz des linken Arms fest. In der Verfügung vom 26. Juli 2004 sprach die SUVA E._ mit Wirkung ab 1. August 2004 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 10 % basierend auf einem versicherten Verdienst von Fr. 43'200.- pro Jahr und eine Integritätsentschädigung gestützt auf eine Integritätseinbusse von 7.5 % zu. Mit Einspracheentscheid vom 13. Oktober 2006 bestätigte sie ihre Verfügung.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 22. März 2009 teilweise gut und erhöhte den versicherten Verdienst auf Fr. 53'695.-.
C. Mit Beschwerde lässt E._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung einer Rente, gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 28 % und basierend auf einem versicherten Verdienst von Fr. 76'896.- beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Unter Berücksichtigung der für Beschwerden bestehenden allgemeinen Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese letztinstanzlich nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze über die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers (Art. 6 Abs. 1 UVG), über den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 18 Abs. 1 UVG) sowie über die Berechnung des Invaliditätsgrades (Art. 16 ATSG) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt für die Bestimmung des Valideneinkommens. Richtig sind auch die Ausführungen zur Bemessung des versicherten Verdienstes (Art. 15 UVG, Art. 22 UVV) und die Grundsätze über die Regelung des massgebenden Lohnes für Renten in Sonderfällen (Art. 24 UVV). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist zunächst die Bemessung des Invaliditätsgrades, hierbei insbesondere die Höhe des Valideneinkommens.
3.1 Die Vorinstanz bestimmte das Valideneinkommen gestützt auf Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE). Sie ging dabei von von einem massgeblichen Valideneinkommen von Fr. 57'258.- pro Jahr aus (LSE 2004, S. 53, Tabelle TA1, Männer, Anforderungsniveau 4, Total, angepasst an die betriebsübliche durchschnittliche Arbeitszeit von wöchentlich 41.6 Stunden und aufgerechnet auf ein Jahr). Sie begründete das Abstellen auf Tabellenlöhne mit der beruflichen Vergangenheit des Beschwerdeführers, welche von vielen Wechseln mit grossen Einkommensschwankungen geprägt gewesen sei, wobei die höchsten Einkommen angefallen seien als der Beschwerdeführer Verwaltungsratspräsident bei der F._ AG sowie Gesellschafter und Geschäftsführer der I._ GmbH gewesen sei. Die F._ AG sei inzwischen gelöscht und die I._ GmbH befinde sich in Liquidation. Der Beschwerdeführer verfüge zudem über keine Berufsausbildung und habe mehrmals das Tätigkeitsfeld gewechselt, weshalb nicht von einer spezifischen Branche gemäss der LSE ausgegangen werden könne.
3.2 Der Beschwerdeführer macht hingegen geltend, sein Berufsleben sei nicht von Unkonstanz geprägt gewesen. Er habe im Wesentlichen als Bäcker gearbeitet und auf diesem Beruf eine zweijährige Anlehre in der Türkei absolviert. Er habe nur vorübergehend kurzfristig in die Autobranche gewechselt, weil seine Frau mit der Schichtarbeit als Bäcker nicht einverstanden gewesen sei. Es sei ein Valideneinkommen von Fr. 72'000.- für das Jahr 2004 anzunehmen.
3.3 Für die Ermittlung des Einkommens, welches die versicherte Person ohne Invalidität erzielen könnte (Valideneinkommen), ist entscheidend, was sie im massgebenden Zeitpunkt aufgrund ihrer beruflichen Fähigkeiten und persönlichen Umstände nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdient hätte. Die Einkommensermittlung hat so konkret wie möglich zu erfolgen. Da nach empirischer Feststellung in der Regel die bisherige Tätigkeit im Gesundheitsfall weitergeführt worden wäre, ist Anknüpfungspunkt für die Bestimmung des Valideneinkommens grundsätzlich der letzte vor Eintritt der Gesundheitsschädigung erzielte, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepasste Verdienst (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325, 129 V 222 E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweisen). Fehlen aussagekräftige konkrete Anhaltspunkte für die Einkommensermittlung, ist auf Erfahrungs- und Durchschnittswerte zurückzugreifen, wie sie in der bundesamtlichen Lohnstrukturerhebung enthalten sind (AHI 1999 S. 237).
3.3 Für die Ermittlung des Einkommens, welches die versicherte Person ohne Invalidität erzielen könnte (Valideneinkommen), ist entscheidend, was sie im massgebenden Zeitpunkt aufgrund ihrer beruflichen Fähigkeiten und persönlichen Umstände nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdient hätte. Die Einkommensermittlung hat so konkret wie möglich zu erfolgen. Da nach empirischer Feststellung in der Regel die bisherige Tätigkeit im Gesundheitsfall weitergeführt worden wäre, ist Anknüpfungspunkt für die Bestimmung des Valideneinkommens grundsätzlich der letzte vor Eintritt der Gesundheitsschädigung erzielte, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepasste Verdienst (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325, 129 V 222 E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweisen). Fehlen aussagekräftige konkrete Anhaltspunkte für die Einkommensermittlung, ist auf Erfahrungs- und Durchschnittswerte zurückzugreifen, wie sie in der bundesamtlichen Lohnstrukturerhebung enthalten sind (AHI 1999 S. 237).
3.4 3.4.1 Der Beschwerdeführer absolvierte gemäss Angaben gegenüber der Berufsberatung der IV-Stelle von 1974 bis 1976 eine Anlehre als Bäcker in Istanbul und war dort anschliessend bis 1979 als solcher tätig. Von 1979 bis 1983 habe er in Deutschland als Bäcker gearbeitet. Nach seiner Einreise in die Schweiz arbeitete er gemäss Auszug aus dem Individuellen Konto (IK) von 1982 bis 1989 als angestellter Bäcker. Im Jahr 1989 war er zusätzlich für eine Autogarage tätig. Auch in den Jahren 1990 und 1991 sind Tätigkeiten für Autogaragen vermerkt. Gleichzeitig arbeitete er in den beiden Jahren aber auch für Bäckereien. Von 1991 bis 1994 ging er einer selbständigen Tätigkeit als Autoreiniger nach. Ab 1995 bis 1997 arbeitete er bei der Bäckerei F._ AG, bei der er gemäss Handelsregisterauszug zudem Präsident des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift war. Im Jahr 1997 bezog er vorübergehend Arbeitslosentaggelder, bevor er von November 1997 bis April 1999 bei der Bäckerei I._ GmbH als Bäcker tätig war und dort zudem die Funktion eines Gesellschafters und Geschäftsführers bekleidete. Ab Mai 1999 verrichtete er wegen der Mehlstauballergie nur noch Hilfsarbeiten im Büro der I._ GmbH und erhielt ab diesem Zeitpunkt wegen Berufskrankheit Taggelder. Am 4. September 2000 erliess die SUVA die Nichteignungsverfügung.
3.4.2 Bei dieser beruflichen Vergangenheit des Beschwerdeführers ist sowohl insgesamt betrachtet als auch mit Blick auf die Tätigkeit der letzten Jahre vor dem Auftreten der Mehlstauballergie nicht von vielen Berufswechseln in einem Ausmass auszugehen, dass die konkrete Tätigkeit als Anknüpfungspunkt für die Bestimmung des Valideneinkommens dahin fiele. Der Beschwerdeführer war die weit überwiegende Zeit seines Berufslebens und insbesondere auch die letzte Zeit vor dem Ausbruch der Berufskrankheit als Bäcker tätig. In den letzten Jahren vor Ausbruch der Berufskrankheit kann auch nicht von starken Einkommensschwankungen gesprochen werden. Es lag statt dessen ein stetiger Anstieg des Einkommens vor. Im Jahr 1996 erzielte er bei der F._ AG als Bäcker ein Jahreseinkommen von Fr. 54'000.-. Nach einer Phase der Arbeitslosigkeit im Jahr 1997 bezog er bei der I._ AG im Jahr 1998 ein Gehalt von Fr. 60'000.- und im Jahr 1999 von Fr. 72'000.-. Konkrete Hinweise eines Zusammenhangs zwischen einem möglicherweise zu hohen Einkommen zur damaligen Zeit und der später erfolgten Liquidation der beiden Unternehmen F._ AG und I._ GmbH bestehen nicht. Die Voraussetzungen für ein ausnahmsweises Heranziehen von Tabellenlöhnen zur Bestimmung des Valideneinkommens wegen Fehlens aussagekräftiger konkreter Anhaltspunkte für die Einkommensentwicklung sind damit nicht gegeben. Die berufliche Situation erweist sich als hinreichend konstant, so dass mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit die letzte Tätigkeit als Bäcker im Gesundheitsfall weitergeführt worden wäre und damit vom effektiv erzielten Jahreseinkommen vor Ausbruch der Berufskrankheit von Fr. 72'000.- auszugehen ist. Massgebend für den Einkommensvergleich ist der Zeitpunkt des Rentenbeginns (<ref-ruling>), weshalb das Valideneinkommen der geschlechts- (<ref-ruling>) und branchenspezifischen (AHI 2000 S. 303, I 225/99) Nominallohnentwicklung bis zu diesem Zeitpunkt im Jahr 2004 anzupassen ist. Indexiert resultiert damit ausgehend von 106.0 Punkten im Jahr 1999 und 113.9 Punkten im Jahr 2004 (vgl. Bundesamt für Statistik [BfS], Nominallohnindex Männer 1993-2008, T 1.1.93, Abschnitt G, H [Handel; Reparatur; Gastgewerbe]) ein massgebliches Valideneinkommen von Fr. 77'366.-.
3.5 Unbestritten und korrekt erweist sich das mittels LSE-Tabelle (LSE 2004, S. 53, Tabelle TA1, Männer, Anforderungsniveau 4, Total) ermittelte und der betriebsüblichen durchschnittlichen Arbeitszeit von wöchentlich 41.6 Stunden im Jahr 2004 angepasste Invalideneinkommen von Fr. 57'258.-. Unbestritten ist auch der leidensbedingte Abzug von 10 %. Damit resultiert ein Invaliditätsgrad von 33 %.
4. Streitig ist sodann die Höhe des versicherten Verdienstes.
4.1 Gemäss Art. 15 UVG werden Taggelder und Renten nach dem versicherten Verdienst bemessen (Abs. 1). Als versicherter Verdienst gilt für die Bemessung der Taggelder der letzte vor dem Unfall bezogene Lohn, für die Bemessung der Renten der innerhalb eines Jahres vor dem Unfall bezogene Lohn (Abs. 2). Art. 15 Abs. 3 UVG räumt dem Bundesrat die Befugnis ein, Bestimmungen über den versicherten Verdienst in Sonderfällen, wie beispielsweise bei Berufskrankheiten (lit. b), zu erlassen, wovon dieser Gebrauch gemacht hat (vgl. Art. 23 f. UVV). Unter der Marginalie "Massgebender Lohn für Renten in Sonderfällen" sieht Abs. 1 des Art. 24 UVV vor, falls im Jahr vor dem Unfall wegen Militärdienst, Zivildienst, Zivilschutzdienst, Unfall, Krankheit, Mutterschaft, Arbeitslosigkeit oder Kurzarbeit ein verminderter Lohn bezogen wurde, den versicherten Verdienst nach dem Lohn fest zu setzen ist, den der Versicherte ohne ein solches Ereignis erzielt hätte.
4.1 Gemäss Art. 15 UVG werden Taggelder und Renten nach dem versicherten Verdienst bemessen (Abs. 1). Als versicherter Verdienst gilt für die Bemessung der Taggelder der letzte vor dem Unfall bezogene Lohn, für die Bemessung der Renten der innerhalb eines Jahres vor dem Unfall bezogene Lohn (Abs. 2). Art. 15 Abs. 3 UVG räumt dem Bundesrat die Befugnis ein, Bestimmungen über den versicherten Verdienst in Sonderfällen, wie beispielsweise bei Berufskrankheiten (lit. b), zu erlassen, wovon dieser Gebrauch gemacht hat (vgl. Art. 23 f. UVV). Unter der Marginalie "Massgebender Lohn für Renten in Sonderfällen" sieht Abs. 1 des Art. 24 UVV vor, falls im Jahr vor dem Unfall wegen Militärdienst, Zivildienst, Zivilschutzdienst, Unfall, Krankheit, Mutterschaft, Arbeitslosigkeit oder Kurzarbeit ein verminderter Lohn bezogen wurde, den versicherten Verdienst nach dem Lohn fest zu setzen ist, den der Versicherte ohne ein solches Ereignis erzielt hätte.
4.2 4.2.1 Der Beschwerdeführer erzielte im Jahr 1999 vor dem Ausbruch der Berufskrankheit als Bäcker ein Jahreseinkommen von Fr. 72'000.- zuzüglich Kinderzulagen von Fr. 3600.-. Im Jahr vor dem Unfall vom 21. August 2002 betrug der Lohn als Parkettleger/Gebäudereiniger Fr. 43'000.- pro Jahr. Zusätzlich richtete die Versicherung X._ wegen der Berufskrankheit vor dem Unfallereignis eine Übergangsentschädigung im Sinne von Art. 86 ff. der Verordnung über die Unfallverhütung (VUV; SR 832.30) aus.
4.2.2 Nach Auffassung der Vorinstanz ist das Jahr vor dem Unfallereignis in zwei Phasen aufzuteilen. Für den Zeitraum vom 21. August bis 31. Dezember 2001, in dem eine krankheitsbedingte Umschulung zum Taxichauffeur stattfand, sei gemäss Art. 24 Abs. 1 UVV vom Lohn auszugehen, welchen der Beschwerdeführer ohne Mehlstauballergie verdient hätte, nämlich Fr. 72'000.-. Danach, vom 1. Januar bis 21. August 2002, zog die Vorinstanz das effektiv erzielte Einkommen als Parkettleger/Gebäudereiniger bei der C._ GmbH heran, da der Beschwerdeführer wieder voll erwerbstätig gewesen sei, was einen versicherten Verdienst von insgesamt Fr. 53'695.- ergebe. Sie stützte ihr Vorgehen dabei auf das in RKUV 1994 Nr. U 179 S. 32 teilweise publizierte Urteil des damaligen Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 4. August 1993 (U 108/92), welches mit Urteil des Bundesgerichts vom 5. Februar 2009 (8C_879/2008) bestätigt wurde. Danach findet Art. 24 Abs. 1 UVV nicht Anwendung, wenn der Versicherte nach Beendigung der Arbeitslosigkeit zwar einen geringeren Verdienst erzielt, jedoch zeitlich wieder voll erwerbstätig ist.
4.2.3 Die Ausführungen der Vorinstanz erweisen sich als umfassend begründet und als zutreffend in Bezug auf den Umstand, wonach aufgrund der Akten nicht überwiegend wahrscheinlich davon ausgegangen werden kann, der Beschwerdeführer habe sich bei der C._ GmbH in einer Ausbildung befunden. Art. 24 Abs. 3 UVV gelangt daher nicht zur Anwendung. Den beiden von der Vorinstanz angegebenen Urteilen lag als Sachverhalt eine Phase (nicht gesundheitlich bedingter) Arbeitslosigkeit zugrunde, nach der die versicherte Person wieder voll erwerbstätig war. Vorliegend nahm der Beschwerdeführer hingegen nach einer Umschulung wegen Mehlstauballergie die Arbeitstätigkeit zwar ebenfalls wieder zu 100 % auf, allerdings lag im Zeitpunkt des Unfallereignisses am 21. August 2002 aufgrund des durch die Berufskrankheit notwendig gewordenen Berufswechsels weiterhin eine krankheitsbedingte Verminderung der Erwerbsfähigkeit vor (<ref-ruling> E. 4 S. 273 ff.). Der Beschwerdeführer erzielte wegen der Berufskrankheit ein erheblich tieferes Einkommen als zuvor. Damit ist das Vorliegen eines verminderten Lohnes im Sinne von Art. 24 Abs. 1 UVV zu bejahen. Auch ein durch Berufskrankheit verminderter Lohn wird gestüzt auf Art. 9 Abs. 3 UVG von Art. 24 Abs. 1 UVV erfasst (vgl. Ghélew/Ramelet/Ritter, Commentaire de la loi sur l'assurance-accidents, Lausanne 1992, S. 89). Anders als nach einer Phase nicht gesundheitsbedingter Arbeitslosigkeit wie in RKUV 1994 Nr. U 179 S. 32, ist hierbei keine Ungleichbehandlung gegenüber jenen Versicherten gegeben, die aus wirtschaftlichen Gründen, aber ohne je arbeitslos gewesen zu sein, eine schlechter bezahlte Stelle annehmen. Eine gesundheitlich bedingte Einschränkung der Arbeitsfähigkeit kann zudem nicht nur in einer zeitlichen Einschränkung der Erwerbstätigkeit liegen, sondern auch in spezifischen Anforderungen bestimmter Tätigkeiten, welche nicht mehr erfüllt werden können. Die von der Vorinstanz wiedergegebene Rechtsprechung kann damit nicht analog auf den vorliegenden Fall angewendet werden. Zum Unfallzeitpunkt erhielt der Beschwerdeführer zudem eine Übergangsentschädigung der Versicherung X._. Bereits am 2. November 2000 sprach die Versicherung X._ als damals zuständige Unfallversicherung dem Beschwerdeführer wegen der Berufskrankheit ab 1. November 2000 eine Übergangsentschädigung zu. Während der Umschulung zum Taxichauffeur wurde diese zugunsten der von der Invalidenversicherung bezahlten IV-Taggelder ausgesetzt. Nach Beendigung der Umschulung und Aufnahme der Tätigkeit bei der C._ GmbH richtete die Versicherung X._ die Übergangsentschädigung wieder aus.
4.2.4 Die Vorinstanz nahm an, der Beschwerdeführer habe die Lohneinbusse zum Unfallzeitpunkt im Vergleich zum Zeitpunkt vor Ausbruch der Berufskrankheit freiwillig hingenommen. Hierfür fehlen jedoch Anhaltspunkte. Im Rahmen der Umschulung zum Taxichauffeur bestand der Beschwerdeführer die Stadtkundeprüfung nicht. Er wäre damit nur für Fahrten ausserhalb der Stadt zugelassen worden. Ab Dezember 2001 hätte er eine Stelle als Taxichauffeur gehabt, dort jedoch gemäss Angaben des potenziellen Arbeitgebers lediglich zwischen Fr. 2'800.- und Fr. 3'000.- monatlich verdient. Wegen des höheren Lohns bei der C._ GmbH bevorzugte er unter Rücksprache mit der Berufsberatung der IV-Stelle in der Folge diese Stelle. Von einer freiwilligen Lohneinbusse kann unter diesen Umständen nicht ausgegangen werden. Der versicherte Verdienst ist gemäss Art. 24 Abs. 1 UVV daher nach dem Lohn festzusetzen, welcher der Beschwerdeführer ohne Berufskrankheit im Jahr vor dem Unfall erzielt hätte. Auszugehen ist vom im IK-Auszug für das Jahr 1999 ausgewiesenen Jahreslohn von Fr. 72'000.- zuzüglich der im Jahr vor dem Ausbruch der Berufskrankheit ausgerichteten Kinderzulagen von Fr. 3'600.- gemäss Art. 22 Abs. 2 lit. b UVV, somit insgesamt von Fr. 75'600.-. Dieser ist der geschlechts- und branchenspezifischen Nominallohnentwicklung bis zum Jahr 2001 anzupassen. Damit ergibt sich gemäss dem anwendbaren Nominallohnindex bei 106.0 Punkten im Jahr 1999 und 109.3 Punkten im Jahr 2001 (BfS, Nominallohnindex Männer 1993-2008, T 1.1.93, Abschnitt G, H [Handel; Reparatur; Gastgewerbe]; <ref-ruling>; AHI 2000 S. 303, I 225/99) ein massgeblicher versicherter Verdienst von Fr. 77'954.-.
5. Zusammenfassend hätte der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung ab dem 1. August 2004 bei einem Invaliditätsgrad von 33 % und einem versicherten Verdienst von Fr. 77'954.-. Das Bundesgericht darf gemäss Art. 107 Abs. 1 BGG jedoch nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen. In Gutheissung der Beschwerde ist die Invalidenrente entsprechend dem Antrag des Beschwerdeführers demnach bei einem Invaliditätsgrad von 28 % und basierend auf einem versicherten Verdienst von Fr. 76'896.- festzulegen.
6. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdegegnerin als unterliegende Partei aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine Parteientschädigung zu. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung wird gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. März 2009 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 13. Oktober 2006 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 28 % und basierend auf einem versicherten Verdienst von Fr. 76'896.- hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner