Forderung; Zession, hat sich ergeben:
A.- a) Mit rechtskräftigem Urteil vom 25. Mai 1994 sprach das Handelsgericht des Kantons Bern der X._ AG eine Zinsforderung gegen die Kollektivgesellschaft Y._ & Cie. zu. Grundlage dieser Zinsforderung war ein der Y._ & Cie. von der X._ AG Ende 1986 gewährtes Darlehen, wobei das Handelsgericht seinem rechtskräftigen Urteil eine Darlehenshöhe von Fr. 1'485'105. 60 zugrunde legte. Gesellschafter der Y._ & Cie. waren neben A._ (Beklagter) neun weitere Personen.
b) Mit Zessionen vom 30. Juni 1993 trat die X._ AG aus der ihr gegen die Y._ & Cie.
zustehenden Darlehensforderung zweimal einen Betrag von Fr. 480'000.--, mithin gesamthaft Fr. 960'000.--, an die deutsche Aktiengesellschaft E._ AG (fortan [...]) ab. Gemäss dem die Bedingungen für diese Abtretungen regelnden Darlehens- und Pfandvertrag vom 14. Dezember 1993 wurde der Preis für die Zessionen auf den Betrag der abgetretenen Forderungen bestimmt und als Darlehen gestundet; die abgetretenen Forderungen wurden überdies der X._ AG bis zur vollständigen Tilgung des Kaufpreises als Sicherheit verpfändet. Ob die abgetretenen Forderungen durch Verrechnung ganz oder teilweise getilgt wurden, ist umstritten.
c) Nach Eintritt der Rechtskraft des eingangs erwähnten Handelsgerichtsurteils vom 25. Mai 1994 fanden zwischen der Y._ & Cie. bzw. deren Kollektivgesellschaftern und der X._ AG Verhandlungen über eine Rückzahlung des von Letzterer gewährten Darlehens und Entlassung der Gesellschafter der Y._ & Cie. aus der Solidarhaft statt. Am 3. März 1995 kam es zu einem Vergleich zwischen der X._ AG auf der einen sowie dem Beklagten und zwei weiteren Gesellschaftern der Y._ & Cie. auf der anderen Seite. Darin verpflichteten sich die drei am besagten Vergleich beteiligten Gesellschafter der Y._ & Cie. , ihre insgesamt 576, 5 X._-Aktien auf die X._ AG zu übertragen. Diese erklärte im Gegenzug, für ihre Forderung gegenüber der Y._ & Cie.
im Umfang des Anteils der drei Gesellschafter befriedigt worden zu sein und "für den Fall von Ausfällen bei dritten Gesellschaftern" auf die Geltendmachung des Ausfalls gegenüber den Vertragspartnern zu verzichten. Im Übrigen erklärten sich die Parteien als per Saldo aller Ansprüche auseinandergesetzt.
Ob dieser Vergleich in Kenntnis und mit Zustimmung der E._ AG und späterer Zessionarinnen auch die am 30. Juni 1993 abgetretenen Teilforderungen umfasste, ist umstritten.
d) Am 25. April 1995 wurde über die Y._ & Cie. der Konkurs eröffnet. Das Verfahren wurde gemäss Verfügung des Konkursrichters von Bern vom 23. Mai 1995 mangels Aktiven eingestellt und die Gesellschaft in der Folge liquidiert.
Am 19. Oktober 1995 erfolgte die Löschung im Handelsregister.
e) Am 28. September 1995 zedierte die E._ AG die ihr am 30. Juni 1993 von der X._ AG abgetretenen Forderungen gegen die Y._ & Cie. an die deutsche V._ GmbH weiter, welche am 16. März 1997 auch die Verpflichtungen aus dem zwischen der X._ AG und der E._ AG geschlossenen Darlehens- und Pfandvertrag übernahm. Am 15. Juni 1997 trat die V._ GmbH die erwähnten Forderungen an die damals noch unter G._ SA firmierende G._ AG (Klägerin) ab. Diese notifizierte dem Beklagten die Zession mit Schreiben vom 13. August 1997 und forderte ihn als solidarisch haftenden Gesellschafter der konkursiten Y._ & Cie. auf, den Betrag von Fr. 960'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Der Beklagte widersetzte sich diesem Begehren.
B.- Mit Klage vom 30. Juli 1998 machte die Klägerin die Zinsen auf den von der X._ AG an die E._ AG und später über die V._ GmbH an sie weiterzedierten beiden Teilforderungen von je Fr. 480'000.--, also gesamthaft Fr. 960'000.--, geltend für die Zeit vom 30. Juni 1993 bis am 25. April 1995 (Datum der Konkurseröffnung über die Y._ & Cie.). Sie verlangte vom Beklagten demgemäss die Zahlung von Fr. 113'862. 10 und beantragte gleichzeitig in diesem Umfang die Erteilung der Rechtsöffnung in der gegen den Beklagten eingeleiteten Betreibung. Der Beklagte stellte den Antrag, die Klage sei wegen mangelnder Handlungs- und Prozessfähigkeit der Klägerin (leerer Aktienmantel) zurückzuweisen, eventualiter vollumfänglich abzuweisen.
Mit Urteil vom 18. April 2000 hiess das Handelsgericht des Kantons Bern die Klage gut.
C.-Der Beklagte führt gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 18. April 2000 eidgenössische Berufung. Er beantragt dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Klage sei zurückzuweisen bzw.
abzuweisen; eventualiter sei die Streitsache zur Ergänzung des Sachverhaltes und zu neuer Entscheidung an die kantonale Instanz zurückzuweisen. Die Beklagte schliesst auf Nichteintreten, subsidiär Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht hat seiner Entscheidung im Berufungsverfahren die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, sie beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustandegekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das Sachgericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm entscheidwesentliche Behauptungen und Beweisanerbieten dazu prozesskonform unterbreitet worden waren (Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 3 S. 372, 193 E. 1e S. 205; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2a). Werden solche Ausnahmen geltend gemacht, hat die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG). Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, welche über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und damit als unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Eine blosse Kritik an der Beweiswürdigung des Sachrichters ist, soweit nicht Vorschriften des Bundesrechts in Frage stehen, von der Berufung ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 6a S. 81; <ref-ruling> E. 2b S. 12; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 2a S. 485/6 mit Hinweisen).
Soweit der Beklagte zur Begründung seines Standpunktes auf Tatsachen verweist, welche im angefochtenen Urteil keine Stütze finden und er keine der erwähnten Ausnahmen geltend macht, kann auf die Berufung nicht eingetreten werden.
2.- Der Beklagte macht geltend, bei der Klägerin habe es sich im Zeitpunkt der Klageeinreichung um eine faktisch liquidierte Aktiengesellschaft und daher um einen leeren Aktienmantel gehandelt. Es sei ihr deshalb die Rechtsfähigkeit und damit die Prozessfähigkeit abzusprechen.
a) Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liegt eine Mantelgesellschaft vor, wenn die Gesellschaft wirtschaftlich vollständig liquidiert und von den Beteiligten aufgegeben wurde. Eine solche Aktiengesellschaft muss im Handelsregister gelöscht werden (<ref-ruling> E. 5c S. 484 mit weiteren Hinweisen). Zu beachten ist allerdings, dass von einem Aktienmantel nur bei einer definitiv aufgegebenen Gesellschaft die Rede sein kann; eine bloss vorübergehende Untätigkeit genügt dagegen nicht (<ref-ruling> E. 1 S. 564; <ref-ruling> E. 2).
b) Die Vorinstanz stellte fest, dass die Klägerin von ihrem Aktionariat nicht aufgegeben worden sei. Dies werde gerade dadurch bewiesen, dass die Klägerin die vorliegende Klage führe und einen Gerichtskostenvorschuss geleistet habe. Ob diese Ausführungen auf einem bundesrechtskonformen Verständnis des Erfordernisses der Aufgabe einer Aktiengesellschaft beruhen, scheint fraglich, denn das Handelsgericht stützt seine Erwägungen ausschliesslich auf Handlungen der Klägerin, welche diese gerade in demjenigen Verfahren vorgenommen hat, in welchem ihre Prozessfähigkeit bestritten wird.
Entscheidend für die Annahme eines Aktienmantels ist die definitive Aufgabe der Geschäftstätigkeit. Eine solche liegt selbst nach den Vorbringen des Beklagten nicht vor. Er macht geltend, die Klägerin habe im Jahre 1997 ihre Tätigkeit aufgegeben. Nach den Feststellungen der Vorinstanz wurden die strittigen Forderungen am 15. Juni 1997 an die Klägerin abgetreten. Am 13. August 1997 notifizierte die Klägerin dem Beklagten die Zessionen und beschritt in der Folge zur Eintreibung der geltend gemachten Forderungen den Rechtsweg. Diese Aktivitäten der Klägerin stellen eine Geschäftstätigkeit dar, weshalb ihre Untätigkeit im Jahre 1997 allenfalls als vorübergehende zu qualifizieren wäre. Dies genügt für die Annahme einer definitiven Aufgabe der Aktiengesellschaft durch das Aktionariat nach der Rechtsprechung nicht (vgl. oben E. 2a). Da entgegen der vom Beklagten vertretenen Auffassung im angefochtenen Urteil nicht festgestellt wird, dass die Aktien der Klägerin verkauft wurden, wäre überdies von einer Stilllegung mit anschliessender Reaktivierung der Klägerin auszugehen. Für diesen Fall gehen auch die vom Beklagten angeführten Autoren nicht von einer inexistenten Gesellschaft aus (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, S. 870/1 Rz. 169). Unter diesen Umständen braucht nicht geprüft zu werden, ob die Klägerin ihre Rechtsfähigkeit ohnehin erst mit der Löschung im Handelsregister verlieren würde (<ref-ruling> E. 3b; 73 III 61 E. 1; 64 II 150 E. 1; 42 III 37, S. 40; zum Meinungsstand in der Lehre vgl. Prader, Die Vorrats- oder Mantelgesellschaft im schweizerischen Aktienrecht, Diss. Freiburg 1995, S. 84 ff. mit weiteren Hinweisen).
c) Der Beklagte beruft sich darauf, dass die vorliegende Streitigkeit vom statutarischen Zweck der Klägerin nicht gedeckt und diese seit Jahren überschuldet sei. Er übersieht dabei, dass nach Lehre und Rechtsprechung die zur Vertretung befugten Personen einer Gesellschaft alle Rechtshandlungen vornehmen können, welche durch den Gesellschaftszweck nicht geradezu ausgeschlossen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 323 mit Hinweisen). Nachdem die Vorinstanz zutreffend erkannt hat, dass vorliegend die Geltendmachung einer bestrittenen Forderung unter diese weite Definition der zweckgemässen Geschäfte zu subsumieren ist, kann dahingestellt bleiben, ob der Beklagte als (angeblicher) Schuldner aus dem statutarischen Zweck der gegen ihn vorgehenden Gläubigerin überhaupt etwas zu seinen Gunsten ableiten kann (zur Relevanz des Zweckes vgl. die Übersicht bei Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., S. 106 Rz. 52 ff.). Die vom Beklagten ins Feld geführte Überschuldung der Klägerin sowie die behaupteten Verstösse des Verwaltungsrates und der Revisionsstelle gegen Art. 725 Abs. 2 bzw. <ref-law> vermögen schliesslich allenfalls eine Verantwortlichkeit der genannten Organe gemäss Art. 754 und Art. 755 OR zu begründen; wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat, bieten diese Vorschriften einem belangten Schuldner jedoch keine Handhabe, sich gegen eine Inanspruchnahme durch eine angeblich überschuldete Gesellschaft zur Wehr zu setzen.
Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz die Prozessfähigkeit der Klägerin im Ergebnis bundesrechtskonform bejaht.
3.- Der Beklagte macht geltend, die Zessionen von der ursprünglichen Gläubigerin X._ AG an die E._ AG, von dieser an die V._ GmbH und schliesslich an die Klägerin seien fiduziarische Rechtsgeschäfte. Hinter den vorgeschobenen Zessionarinnen stehe in Wirklichkeit die X._ AG. Diese aber habe sich mit dem Beklagten im Vergleich vom 3. März 1995 als per Saldo aller Ansprüche auseinandergesetzt erklärt. Im Lichte dieser Saldoklausel sei es offensichtlich rechtsmissbräuchlich, wenn die X._ AG über die Klägerin als vorgeschobene Mittelsfirma die angeblich abgetretenen Teilforderungen geltend mache. Es rechtfertige sich daher, von der juristischen Selbständigkeit der Klägerin abzusehen und "einen Durchgriff bis auf die X._ AG vorzunehmen".
Die Vorinstanz stellte fest, dass dem Beklagten vor Unterzeichnung des Vergleichs mit der X._ AG am 3. März 1995 bewusst war, dass die X._ AG eine Forderung gegen die Y._ & Cie. von gesamthaft Fr. 960'000.-- an die E._ AG abgetreten hatte.
Daraus schloss das Handelsgericht, dass der Beklagte wusste, dass er sich durch den mit der X._ AG abgeschlossenen Vergleich von seiner Schuldpflicht gegenüber der E._ AG bzw. gegenüber späteren Zessionarinnen nicht befreien konnte. Diese Erwägungen basieren auf einer Würdigung der Beweise und sind für das Bundesgericht verbindlich (vgl. oben E. 1). Ist im Berufungsverfahren somit davon auszugehen, dass die strittigen Forderungen vom Vergleich vom 3. März 1995 nicht erfasst wurden, kann in deren Geltendmachung durch die Klägerin kein Rechtsmissbrauch erblickt werden. Die Rüge des Beklagten erweist sich daher als unbegründet.
4.- Der inzwischen verstorbene B._ war wie der Beklagte Kollektivgesellschafter der Y._ & Cie. und haftete als solcher für deren Verbindlichkeiten ebenfalls solidarisch (<ref-law>). Der Beklagte macht geltend, die E._ AG als erste Zessionarin habe die dem vorliegenden Verfahren zugrunde liegende Forderung im Umfang von Fr. 480'000.-- mit einer Gegenforderung von B._ verrechnet. Die Klage sei deshalb im hälftigen Betrag abzuweisen.
a) Gemäss dem angefochtenen Urteil erklärte die E._ AG mit Schreiben vom 6. bzw. 15. September 1993 an B._, dass sie dessen Forderung aus einem Vergleich vom 11./14. September 1992 über DM 500'000.-- samt aufgelaufener Zinsen mit der ihr von der X._ AG abgetretenen Teilforderung gegen die Y._ & Cie. über Fr. 480'000.-- verrechne. Im kantonalen Verfahren war umstritten, ob die Voraussetzungen für die persönliche Belangbarkeit von B._ (Art. 573 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>) im Zeitpunkt der Verrechnungserklärung der E._ AG überhaupt gegeben waren. Die Vorinstanz liess diese Frage ausdrücklich offen, da nach ihrer Auffassung die Verrechnungserklärung der E._ AG aus einem anderen Grund keine Wirkung zeitigte. Im Folgenden ist daher der Standpunkt des Beklagten, wonach die Verrechnung rechtsgültig erfolgt sei, als zutreffend zu unterstellen und zu prüfen, ob die auf dieser Annahme beruhenden Erwägungen der Vorinstanz bundesrechtskonform sind.
b) Das Handelsgericht erwog unter Hinweis auf <ref-law> und <ref-law>, durch die Verrechnungserklärung der E._ AG sei zwar die Hauptforderung von B._ untergegangen, nicht jedoch das hierfür auf einer Liegenschaft in Augsburg haftende Grundpfandrecht.
B._ habe in der Folge seine Zustimmung zur Löschung des Pfandrechts trotz entsprechender vertraglicher Verpflichtung nicht gegeben. Vielmehr sei im Spätherbst 1993 die Forderung von B._ sowie das dafür haftende Grundpfand gegen eine Gesellschaft bürgerlichen (deutschen) Rechts namens "Projektgemeinschaft R._" als neue Schuldnerin erneuert worden. Als Gesellschafterin der "Projektgemeinschaft R._" habe die E._ AG damit weiterhin für die Forderung von B._ gehaftet, was es diesem ermöglicht habe, eineinhalb Jahre danach durch seinen deutschen Anwalt die Zwangsverwertung des Pfandes zu beantragen.
Mit dieser "Neuordnung der Verhältnisse" sei auch die Verrechnungsforderung der E._ AG wieder aufgelebt.
c) Ob <ref-law> auf das hier in Frage stehende Grundpfand, welches auf einem Grundstück in Deutschland lastete, Anwendung findet, ist im Lichte von <ref-law> zumindest fraglich. Da die vorinstanzliche Begründung aus einem anderen Grund nicht im Einklang mit dem Bundesrecht steht, braucht darauf jedoch nicht weiter eingegangen zu werden.
Die Verrechnung als Gestaltungsgeschäft ist bedingungsfeindlich und unwiderruflich (<ref-ruling> E. 8d S. 111; aus der Lehre statt vieler Aepli, Zürcher Kommentar, N. 68 ff. zu <ref-law>). Wollen die Parteien die vor der Verrechnungserklärung bestehende Rechtslage wiederherstellen, müssen sie die durch die Verrechnung erloschenen Obligationen vertraglich neu begründen (Aepli, Zürcher Kommentar, N. 75 zu <ref-law>). Der Vorinstanz kann somit nicht gefolgt werden, wenn sie ausführt, die Verrechnungsforderung der E._ AG sei durch die Neuordnung der Verhältnisse wieder aufgelebt; vielmehr lag allenfalls eine Neubegründung einer Forderung vor (von Tuhr/Escher, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, Band II, S. 207). Damit ist zu prüfen, ob die von der Vorinstanz angenommene Neuordnung der Verhältnisse durch B._ und die E._ AG eine Verpflichtung des Beklagten zur Folge haben konnte.
Grundvoraussetzung einer Belangbarkeit des Beklagten für die durch Verrechnung untergegangene Forderung der E._ AG gegen die Y._ & Cie. wäre, dass B._ eine solche Forderung der E._ AG im Namen der Y._ & Cie. gültig neu begründet hat. Eine solche Neubegründung stünde indessen im Widerspruch zur Annahme, dass die Verrechnung zunächst gültig erfolgt sei. Denn die - unterstellte - Gültigkeit der Verrechnung durch die E._ AG gegenüber B._ setzt voraus, dass die Y._ & Cie. im Zeitpunkt der Verrechnungserklärung aufgelöst war und dass dies der E._ AG bekannt war, denn nur unter dieser Bedingung war der Kollektivgesellschafter B._ überhaupt persönlich belangbar (<ref-law>). War aber die Y._ & Cie. aufgelöst, konnte B._ keine neue Forderung in deren Namen eingehen; mindestens fehlt es bei dieser Sachlage an der notwendigen Gutgläubigkeit der E._ AG im Sinne von <ref-law>.
Ob sich B._ im Rahmen der Neuordnung der Verhältnisse allenfalls persönlich gegenüber der E._ AG verpflichtet hat (vgl. <ref-law>), ist im vorliegenden Verfahren unerheblich.
d) Zusammengefasst kann entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht offen bleiben, ob im Zeitpunkt der Verrechnungserklärung der E._ AG gegenüber B._ ein Grund für die Auflösung der Y._ & Cie. vorlag und B._ als Kollektivgesellschafter der Y._ & Cie.
deshalb gemäss Art. 573 Abs. 3 i.V.m. <ref-law> persönlich belangbar war (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2).
Ist die Frage nämlich zu bejahen, ist die Verrechnungsforderung untergegangen und eine Neubegründung durch B._ im Namen der Y._ & Cie. und damit eine Verpflichtung des Beklagten zu verneinen; lag demgegenüber kein Auflösungsgrund vor, konnte die Verrechnungsforderung mangels persönlicher Belangbarkeit von B._ nicht untergehen.
Die Angelegenheit ist daher zur Ergänzung des Tatbestandes in diesem Punkt und zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.-Der Beklagte obsiegt damit mit Bezug auf die Hälfte der eingeklagten Forderung, wobei der definitive Ausgang der Streitigkeit noch nicht feststeht. Bei diesem Verfahrensausgang rechtfertigt es sich, den Parteien die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens je zur Hälfte aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 3 OG) und die Parteikosten wettzuschlagen (Art. 159 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 18. April 2000 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.- Die Parteikosten für das bundesgerichtliche Verfahren werden wettgeschlagen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 25. Mai 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Das präsidierende Mitglied:
Der Gerichtsschreiber: