Fatti:

A. La A._SA, ditta di spedizione attiva a livello internazionale, ha proceduto, tra giugno 1999 e maggio 2001, allo sdoganamento, all'aliquota di contingente doganale (in seguito: ACD), di fiori recisi importati dalla B._AG, società poi fallita nell'aprile 2002. Il 27 febbraio 2003 la Direzione del circondario delle dogane di Lugano (di seguito DCD) le ha scritto, informandola che da controlli effettuati dall'Ufficio federale dell'agricoltura era emerso che la B._AG aveva superato il contingente assegnatole, motivo per cui i fiori avrebbero dovuto essere sdoganati all'aliquota fuori contingente doganale (in seguito: AFCD). Considerandola responsabile solidale, la DCD ha quindi rivendicato presso la A._SA la somma di fr. 243'399.30, corrispondente alla differenza tra le due aliquote, ivi inclusa l'imposta all'importazione di fr. 5'478.69.
B. Dopo uno scambio di corrispondenza tra la A._SA e la DCD, quest'ultima, il 7 luglio 2003, ha emanato nei confronti della società una formale decisione di esazione posticipata di dazi doganali e dell'imposta all'importazione per complessivi fr. 243'399.30.
La decisione è stata confermata su ricorso dapprima dalla Direzione generale delle dogane (in seguito: DGD), il 1° febbraio 2008, e poi dal Tribunale amministrativo federale, Corte I, con sentenza del 20 aprile 2010.
C. Il 21 maggio 2010 la A._SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la decisione impugnata sia annullata e l'esazione posticipata a suo carico archiviata definitivamente. Adduce, in sintesi, la violazione del suo diritto di essere sentita, dei principi della proporzionalità e della buona fede, degli art. 9 e 13 dell'abrogata legge federale del 1° ottobre 1925 sulle dogane (vLD; CS 6 475; RU 42 409 e successive modifiche), rispettivamente 11 e 12 della legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo (DPA; RS 313.0) nonché afferma che la pretesa sarebbe prescritta.
Chiamati ad esprimersi il Tribunale amministrativo federale, Corte I, ha fatto sapere, tardivamente, che rinunciava ad esprimersi, mentre la DGD ha chiesto, con risposta del 27 agosto 2010, la reiezione del ricorso.
D. Con decreto presidenziale del 1° settembre 2010 è stato concesso l'effetto sospensivo al ricorso.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43; <ref-ruling> consid. 1 pag. 24; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3; <ref-ruling> consid. 1 pag. 37 con rispettivi rinvii).
2. 2.1 Di carattere finale (<ref-law>), la decisione litigiosa è stata emanata nell'ambito di una vertenza concernente l'esazione posticipata di dazi doganali e dell'imposta all'importazione in applicazione della legislazione federale determinante in materia. Pronunciata dal Tribunale amministrativo federale (<ref-law>) in una causa di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>, segnatamente quella di cui alla lettera l della norma, la sentenza contestata può, di principio, essere impugnata mediante il rimedio ordinario del ricorso in materia di diritto pubblico. Presentato in tempo utile (<ref-law>) dalla destinataria della decisione contestata, la quale ha senz'altro un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (<ref-law>), il ricorso è quindi, in linea di massima, ammissibile (sentenza 2C_112/2010 del 30 settembre 2010 consid. 1.1).
2.2 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare venir censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>), nozione che comprende anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.). Di principio, il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (<ref-law>); esso non è vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. In virtù dell'<ref-law>, il ricorrente è tuttavia tenuto a spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Egli deve quindi confrontarsi almeno concisamente con i considerandi del giudizio impugnato, esponendo in quale misura sarebbe lesivo del diritto (<ref-ruling> consid. 2.1 e 2.3 pag. 245 seg.). Questa esigenza di motivazione è accresciuta quando viene lamentata la violazione di diritti fondamentali. Secondo l'<ref-law>, infatti, il Tribunale federale esamina tali censure soltanto se il ricorrente le ha sollevate e motivate. Ciò significa che il ricorrente deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione cantonale li disattenda (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 53; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 88 con rispettivi rinvii). Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso si scosta da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>) e se l'eliminazione del vizio è determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). Se ricorrono questi presupposti, ciò può indurre anche ad una rettifica o a una completazione d'ufficio (<ref-law>).
3. 3.1 La ricorrente lamenta la violazione sotto più aspetti del suo diritto di essere sentita garantito dall'<ref-law> In primo luogo afferma che la decisione di esazione posticipata era completamente priva di motivazione, nonostante lei abbia a suo tempo inoltrato osservazioni articolate nonché sollevato diverse eccezioni. Adduce in secondo luogo di non aver avuto accesso all'incarto, dato che non ha potuto disporre di un conteggio dettagliato in merito all'utilizzazione del contingente da parte di B._AG nonché alla quantificazione della pretesa risarcitoria. Infine rimprovera all'autorità precedente di non essersi espressa su importanti censure ricorsuali, in particolare sull'impossibilità di verifica anticipata e autonoma del contingente.
3.2 Dato che il diritto di essere sentiti ha natura formale, che una sua lesione può solo eccezionalmente essere sanata e comporta di regola l'annullamento della decisione impugnata, a prescindere dall'eventuale fondatezza delle critiche sollevate, tale censura va esaminata preliminarmente (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 190; 279 consid. 2.6 pag. 285 entrambe con rinvii).
Il diritto di essere sentiti ancorato nell'<ref-law> - quale garanzia minima che può essere concretizzata in norme di diritto cantonale, qui non invocate (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 281 seg.) -, comprende vari aspetti. Tra questi, il diritto di consultare l'incarto e quello a una decisione motivata. Il diritto a una motivazione ha lo scopo di permettere alle parti di rendersi conto della portata del provvedimento che le concerne e di poterlo se del caso impugnare con cognizione di causa. Esso non impone tuttavia all'autorità di esporre e discutere tutti i fatti, i mezzi di prova e le censure invocati; quest'ultima può in effetti limitarsi a quelli che le appaiono pertinenti per la decisione da prendere (DTF <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 236 seg.). Il diritto a una decisione motivata risulta violato unicamente quando l'autorità omette di pronunciarsi su censure di una certa pertinenza o di prendere in considerazione allegazioni e argomenti importanti per la decisione da prendere (cfr. <ref-ruling> consid. 2b pag. 102 seg.; <ref-ruling> consid. 2a pag. 441). Dal punto di vista formale, il diritto ad una motivazione è rispettato anche se la motivazione è implicita, risulta dai diversi considerandi componenti la decisione (sentenza 2C_505/2009 del 29 marzo 2010 consid. 3.1) oppure da rinvii ad altri atti. Anche in questo caso, occorre però che ciò non ne ostacoli oltremodo la comprensione o addirittura la precluda (cfr. decisioni del Tribunale federale 2A.199/2003 del 10 ottobre 2003 consid. 2.2.2 e 1P.708/1999 del 2 febbraio 2002 consid. 2).
3.3 Riguardo al lamentato difetto di motivazione della decisione di esazione del 7 luglio 2003 va osservato che anche se, effettivamente, è succintamente motivata, la stessa rinvia però alla corrispondenza scambiata in precedenza, segnatamente ad uno scritto del 27 febbraio 2003 della DCD ove sono state indicate le esigenze legali alle quali l'importazione di fiori è sottoposta, l'ammontare del dazio rivendicato nonché le disposizioni legali che ne disciplinano il ricupero. Al medesimo era inoltre allegato un conteggio e delle fotocopie delle "bollette/liste" di importazione sono state spedite separatamente all'interessata. In queste condizioni quest'ultima, che ha peraltro potuto esprimesi prima dell'emanazione della decisione del 7 luglio 2003 (cfr. osservazioni del 15 maggio 2003), ha quindi potuto agevolmente comprendere la portata della decisione e impugnarla - come poi ha fatto, esponendo le sue argomentazioni - con cognizione di causa dinanzi a un'autorità superiore. Su questo aspetto la critica, infondata, va pertanto respinta.
Per quanto concerne il mancato accesso agli atti, più precisamente il fatto che la ricorrente non avrebbe potuto disporre di un conteggio dettagliato in merito all'utilizzazione del contingente da parte di B._AG nonché alla quantificazione della pretesa risarcitoria, emerge dagli atti di causa che, come già accennato in precedenza, alla prima lettera della DCD del 27 febbraio 2003 era allegata una lista dettagliata, cioè un conteggio sul quale figuravano tra l'altro la data e l'ufficio doganale dove era stato eseguito lo sdoganamento, il genere di fiori importati, la quantità, il dazio pagato e quello che avrebbe dovuto essere soluto nonché la percentuale dell'IVA esatta e il suo ammontare. Inoltre l'11 aprile 2004 la DCD ha trasmesso alla ricorrente copia dei conteggi di sorpasso inviati all'epoca alla B._AG in cui sono indicati, anno per anno, i periodi interessati, il contingente attribuito e il saldo positivo o negativo del medesimo. Ne discende che, contrariamente a quanto addotto, la ricorrente ha ottenuto delle informazioni precise concernenti il sorpasso del contingente e l'ammontare del dazio rivendicato. Su questo punto, le sue censure, peraltro vaghe e ai limiti della ricevibilità (<ref-law>), si rivelano infondate e vanno respinte.
Infine, in merito al fatto che importanti censure ricorsuali non sarebbero state evase, in particolare quella concernente l'impossibilità di verifica anticipata e autonoma del contingente, occorre rilevare che, come emerge invece dal giudizio contestato, il Tribunale amministrativo federale si è espresso in proposito richiamando una chiara giurisprudenza del Tribunale federale sulla questione (cfr. sentenza impugnata pag. 10 consid. 5.3.2) la quale, come verrà precisato di seguito (cfr. consid. 5.4), definisce questo aspetto ininfluente. L'argomentazione della ricorrente non è all'evidenza né idonea né sufficiente per rimettere in discussione detta prassi. Anche su questo aspetto il ricorso si rivela infondato e va, di conseguenza, respinto.
4. 4.1 Secondo la ricorrente la pretesa avversata sarebbe prescritta per tre motivi. In primo luogo la prescrizione assoluta di 7,5 anni di cui all'<ref-law> sarebbe ora ampiamente scaduta; inoltre appunto perché assoluta la stessa non prevederebbe una sospensione del termine a motivo della pendenza di procedure ricorsuali. In secondo luogo non essendole imputabile alcuna infrazione doganale, il diritto penale amministrativo non tornerebbe applicabile e di riflesso, la prescrizione determinante sarebbe quella dell'art. 64 vLD, cioè un anno dal giorno dell'accettazione formale della dichiarazione doganale. Infine, quand'anche si ammettesse una sua responsabilità oggettiva, la prescrizione più lunga del diritto penale amministrativo non sarebbe opponibile a chi, come lei, ha agito in buona fede ed era impossibilitato a rendersi conto dell'eventuale superamento del contingente, ma unicamente nei confronti di chi ha intenzionalmente commesso l'infrazione.
4.2 Siccome un'eventuale prescrizione dei dazi doganali e dell'imposta all'importazione andrebbe a favore della ricorrente, tale quesito dev'essere esaminato d'ufficio (sentenza 2C_112/2010 del 30 settembre 2010 consid. 2.1 e riferimenti).
In concreto la prescrizione viene determinata in virtù dell'art. 12 cpv. 4 combinato con l'<ref-law>, dato che, come verrà illustrato in seguito (cfr. consid. 5), l'obbligo di prestazione è in relazione con un'infrazione (oggettiva) alla legislazione amministrativa federale. Giusta l'<ref-law>, l'obbligo di pagamento o di restituzione non si prescrive fintanto che non siano prescritte l'azione penale e l'esecuzione della pena. Secondo il diritto previgente, se la contravvenzione consisteva nella sottrazione o nella messa in pericolo di tasse o nell'ottenimento indebito di una restituzione, di una riduzione o di un condono di tasse, il termine di prescrizione era di cinque anni; in caso d'interruzione della prescrizione, il termine non poteva essere prolungato di più della metà (<ref-law>). Inoltre la prescrizione era sospesa durante i procedimenti d'opposizione, di reclamo o giudiziari circa l'obbligo di pagamento o restituzione (<ref-law>).
In base all'attuale legge detto termine dovrebbe essere, secondo il nuovo <ref-law> (applicabile alla procedura penale amministrativa giusta il capoverso 6 di questa norma), di dieci anni. Sennonché dato che il termine di prescrizione delle contravvenzioni non può essere più lungo di quello dei delitti della medesima legge, esso è quindi stato ridotto in modo corrispondente e limitato a 7 anni (art. 97 cpv. 1 lett. c CP; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 330). Anche questo termine, conformemente all'<ref-law>, è sospeso durante i procedimenti d'opposizione, di reclamo o giudiziari circa l'obbligo di pagamento o restituzione (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 332). Al riguardo va aggiunto che se in seguito alla modifica del Codice penale del 22 marzo 2002 sono state abrogate le norme sull'interruzione e la sospensione della prescrizione dell'azione penale, ciò non è stato tuttavia il caso dell'<ref-law> (art. 333 cpv. 6 lett. b e c CP).
4.3 Oggetto di disamina sono le operazioni di sdoganamento effettuate tra giugno 1999 e maggio 2001. Il 27 febbraio 2003 la DCD ha interpellato la ricorrente sulla questione del superamento del contingente e, di conseguenza, dell'applicazione dell'aliquota fuori contingente doganale. Il 7 luglio successivo è stata emanata la formale decisione di esazione posticipata, la quale è stata impugnata dalla qui ricorrente con ricorso alla DGD il 31 luglio 2003. In base al diritto previgente la prescrizione assoluta di 7,5 anni, iniziata a decorrere nel giugno 1999, data del primo sdoganamento litigioso, è quindi stata sospesa con il deposito del ricorso il 31 luglio 2003 (<ref-law>); di conseguenza essa non può essere considerata sopraggiunta né per questa prima operazione né per quelle successive. Per gli stessi motivi nemmeno la prescrizione assoluta di 7 anni prevista dal diritto in vigore è data, visto che pure in questa evenienza trova applicazione l'<ref-law>. Su questo tema il ricorso si rivela pertanto infondato e, come tale, dev'essere respinto.
5. 5.1 La ricorrente censura un'interpretazione penalizzante della giurisprudenza relativa alla previgente legge sulle dogane. In particolare ritiene di non potere essere ascritta ad alcuna delle categorie previste dagli art. 9 e 13 vLD, segnatamente di non potere essere qualificata come mandante, ragione per cui non tornerebbe nemmeno applicabile nei suoi confronti l'<ref-law>, ciò tantomeno che non vi era alcuna intenzionalità da parte sua. Afferma in seguito che se il diritto penale amministrativo dovesse comunque applicarsi, occorrerebbe allora garantire il rispetto del principio della retroattività della "lex mitior", motivo per cui nei suoi confronti dovrebbe applicarsi l'art. 70 della legge federale del 18 marzo 2005 sulle dogane (LD; RS 631.0), norma che esclude la responsabilità dello spedizioniere in determinati casi. Infine adduce che quand'anche dovesse valere il diritto più sfavorevole, il medesimo non varrebbe in presenza del sistema del permesso generale d'importazione (PGI), in vigore all'epoca delle importazioni in esame. Tale sistema l'ha privata infatti della possibilità di verificare anticipatamente ed autonomamente il rispetto del contingente e l'ha obbligata ad attenersi alle indicazioni fornite dall'importatore. Infine, per quanto concerne il pagamento dell'IVA, in assenza d'infrazione e non essendo pertanto applicabile il diritto penale amministrativo, la ricorrente ritiene che le sia applicabile l'art. 72 cpv. 2 della legge federale del 2 settembre 1999 concernente l'imposta sul valore aggiunto (vLIVA; RU 2000 1300 e successive modifiche) che sopprime, in fattispecie come la sua, la responsabilità solidale ai sensi dell'art. 13 vLD.
5.2 Un contributo non reclamato dev'essere pagato, interessi compresi, indipendentemente della punibilità di una data persona se, per effetto di un'infrazione alla legislazione amministrativa federale, a torto non è stato riscosso (<ref-law>). Al riguardo l'<ref-law> precisa che obbligata al pagamento è la persona che ha fruito dell'indebito profitto, segnatamente quella obbligata al pagamento della tassa; detta persona risponde anche quando non era al corrente della falsa dichiarazione. Una colpa e, soprattutto, un'azione penale non costituiscono pertanto una premessa per l'obbligo di pagamento secondo l'art. 12 cpv. 1 e 2 DPA. È invece sufficiente che l'indebito profitto, a seguito del mancato pagamento del contributo, scaturisca da una violazione oggettiva della legislazione amministrativa federale (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 167 e rinvii). In materia doganale commette una contravvenzione chiunque froda il dazio o ne pregiudica la determinazione, dichiarando inesattamente delle merci soggette a dazio oppure occultandole alla visita (art. 74 cifra 6 vLD). È alla luce del diritto doganale e della legislazione in materia d'IVA che va determinata la cerchia delle persone interessate. Visto quanto precede è quindi invano che la ricorrente contesta l'applicazione nei suoi confronti dell'<ref-law>.
5.2 Un contributo non reclamato dev'essere pagato, interessi compresi, indipendentemente della punibilità di una data persona se, per effetto di un'infrazione alla legislazione amministrativa federale, a torto non è stato riscosso (<ref-law>). Al riguardo l'<ref-law> precisa che obbligata al pagamento è la persona che ha fruito dell'indebito profitto, segnatamente quella obbligata al pagamento della tassa; detta persona risponde anche quando non era al corrente della falsa dichiarazione. Una colpa e, soprattutto, un'azione penale non costituiscono pertanto una premessa per l'obbligo di pagamento secondo l'art. 12 cpv. 1 e 2 DPA. È invece sufficiente che l'indebito profitto, a seguito del mancato pagamento del contributo, scaturisca da una violazione oggettiva della legislazione amministrativa federale (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 167 e rinvii). In materia doganale commette una contravvenzione chiunque froda il dazio o ne pregiudica la determinazione, dichiarando inesattamente delle merci soggette a dazio oppure occultandole alla visita (art. 74 cifra 6 vLD). È alla luce del diritto doganale e della legislazione in materia d'IVA che va determinata la cerchia delle persone interessate. Visto quanto precede è quindi invano che la ricorrente contesta l'applicazione nei suoi confronti dell'<ref-law>.
5.3 5.3.1 L'<ref-law>, normativa entrata in vigore il 1° maggio 2007, prevede che le procedure d'imposizione doganale pendenti all'entrata in vigore della legge, come in concreto, vengono concluse secondo il diritto previgente, cioè la legge federale del 1° ottobre 1925 sulle dogane. In proposito va sottolineato che trattandosi di diritto amministrativo non trova applicazione, contrariamente a quanto addotto dalla ricorrente, il principio della "lex mitior" di cui all'<ref-law>. Ma quand'anche si volesse considerarlo determinante, va precisato allora che, come già spiegato da questa Corte, dato che la nuova legge sulle dogane non è più favorevole all'interessata - la cerchia degli assoggettati e degli obblighi doganali non essendo stata infatti modificata dalla nuova normativa - il citato principio non trova applicazione (<ref-ruling> consid. 2 pag. 218 e seg.). Da quel che precede discende che, contrariamente a quanto preteso dalla ricorrente, la fattispecie va esaminata in base alla previgente legge sulle dogane.
Da parte sua la legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (LIVA; RS 641.20) è entrata in vigore il 1° gennaio 2010. Le disposizioni del diritto anteriore e le loro prescrizioni d'esecuzione rimangono tuttavia ancora applicabili a tutti i fatti e rapporti di diritto sorti durante la loro validità (<ref-law>, fatto salvo l'<ref-law>). Di conseguenza le operazioni attuate prima del 1° gennaio 2010 ma dopo l'entrata in vigore della legge federale del 2 settembre 1999 concernente l'imposta sul valore aggiunto rimangono assoggettate a quest'ultima normativa, rispettivamente per le operazioni compiute prima dell'entrata in vigore della vLIVA, cioè prima del 1° gennaio 2001, all'ordinanza del 22 giugno 1994 concernente l'imposta sul valore aggiunto (vOIVA; RU 1994 1464; adottata dal Consiglio federale in virtù dell'art. 8 delle disposizioni transitorie della previgente Costituzione federale del 29 maggio 1974 e che ha quindi natura di una cosiddetta ordinanza sostitutiva). Nel caso concreto l'esazione posticipata litigiosa concerne operazioni effettuate dal mese di giugno 1999 al mese di maggio 2001, motivo per cui si applicano le leggi previgenti (cfr. art. 93 vLIVA; <ref-law>), segnatamente gli art. 65 segg. vOIVA, rispettivamente gli art. 72 segg. vLIVA.
5.3.2 Conformemente all'art. 1 vLD chiunque trasporta merci attraverso la linea doganale svizzera deve osservare le prescrizioni della legislazione doganale, segnatamente quelle concernenti il traffico attraverso il confine (obbligo della denunzia doganale) e il pagamento delle tasse (obbligo di pagare il dazio) previste, per quanto qui d'interesse, dalla legge federale del 9 ottobre 1986 sulla tariffa delle dogane (LTD; RS 632.10). Tutte le merci importate o esportate attraverso la linea doganale svizzera devono essere sdoganate conformemente alla tariffa generale degli allegati 1 e 2 (art. 1 cpv. 1 LTD) i cui disposti definiscono i dazi dovuti così come il contingente doganale (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 163). L'art. 9 vLD specifica che sono soggette all'obbligo della denunzia doganale le persone che trasportano merce oltre il confine nonché i loro mandanti (cpv. 1). Il padrone risponde delle azioni commesse dai suoi impiegati, operai, apprendisti o domestici nell'esercizio delle loro incombenze di servizio o d'affari, salvo che egli non provi d'aver usato tutta la necessaria diligenza per far osservare le prescrizioni dalle dette persone (cpv. 2). Ai sensi dell'art. 13 cpv. 1 vLD il pagamento del dazio incombe alle persone soggette all'obbligo della denunzia doganale e a quelle indicate nell'art. 9 vLD come pure a tutte le persone per il conto delle quali le merci sono state importate o esportate (al riguardo Ernst Blumenstein, Grundzüge des schweizerischen Zollrechts, 1931, pag. 19 seg.). Tutte rispondono solidalmente delle somme dovute e il diritto di regresso è retto dalle norme del diritto civile. Inoltre esse rimangono sottoposte all'obbligo di pagamento anche quando non hanno personalmente fruito dell'indebito profitto. Al riguardo l'art. 29 cpv. 1 vLD precisa che le persone soggette all'obbligo della denunzia doganale devono prendere tutte le disposizioni necessarie, secondo la legge e i regolamenti, per l'esecuzione del controllo doganale stesso e per stabilire l'obbligo di pagare il dazio.
5.3.3 Dopo aver in primo tempo deciso che l'espressione "persone che trasportano merce" di cui all'art. 9 cpv. 1 vLD si applicava solo alle persone fisiche, non invece ad una persona giuridica che interveniva come trasportatore (a cui, se era il datore di lavoro, tornava comunque applicabile l'art. 9 cpv. 2 vLD dato che la nozione di mandante andava intesa in senso lato), il Tribunale federale ha poi modificato la propria prassi e deciso che non solo le persone fisiche ma anche quelle giuridiche potevano essere dei "trasportatori". Inoltre ha confermato la propria ampia interpretazione della nozione di "mandante", definendo tale non solo chi conclude, nel senso del diritto civile, un contratto di trasporto ma, in modo generale, chiunque di fatto predispone l'importazione di merci ("veranlasst"; sentenza 2C_363/2010 del 6 ottobre 2010 consid. 5.1 e numerosi riferimenti; cfr. pure Messaggio del 15 dicembre 2003 concernente una nuova legge sulle dogane in: FF 2004 485 segg., segnatamente 524 segg., dove viene richiamata questa interpretazione). Come già rammentato da questa Corte, la volontà del legislatore era infatti di ampliare la cerchia delle persone soggette all'obbligo di pagare il dazio per garantire la ricuperabilità del credito doganale (<ref-ruling> cons. 2b p. 310; <ref-ruling> cons. 6a p. 199; Messaggio citato in: FF 2004 485 segg., segnatamente pag. 526). Per quanto concerne l'IVA l'art. 68 vOIVA, rispettivamente l'art. 75 cpv. 1 vLIVA sanciscono che sono contribuenti tutte le persone o società soggette all'obbligo di pagare il dazio.
5.4 Nella fattispecie è incontestato che la ricorrente ha effettuato tra giugno 1999 e maggio 2001 per conto della B._AG lo sdoganamento di fiori recisi all'aliquota di contingente doganale (ACD). Essa ha eseguito detto sdoganamento allorché il contingente era superato e che, di conseguenza, si sarebbe dovuto applicare l'aliquota fuori contingente doganale (AFCD). Ciò costituisce oggettivamente una contravvenzione doganale ai sensi dell'art. 74 cifra 6 vLD. La ricorrente è quindi tenuta a pagare il dazio non riscosso conformemente all'<ref-law>: nella sua qualità di vettrice (art. 9 vLD) rispettivamente, di mandante dello spedizioniere che ha proceduto allo sdoganamento e quale sua datrice di lavoro (cfr. Ernst Blumenstein, op. cit., pag. 19 seg.), è soggetta all'obbligo di dichiarare le merci alla dogana (denunzia doganale) così come è altresì soggetta all'obbligo di pagare il dazio in virtù dell'art. 13 cpv. 1 vLD. Non è necessario una sua colpa, motivo per cui sono ininfluenti le sue obbiezioni riguardo al fatto che non era al corrente del superamento del contingente, rispettivamente che non poteva rendersene conto. Inoltre non va dimenticato che il regime doganale è fondato sul principio dell'autodichiarazione (cfr. art. 6 e 29 cpv. 1 vLD): il contribuente deve esaminare esso stesso se adempie le condizioni dell'assoggettamento e, in caso di dubbio, deve informarsi presso le autorità. Se si astiene di chiedere i ragguagli necessari non può in seguito invocare le sue conoscenze lacunose o la violazione del principio della buona fede per opporsi alla percezione dei dazi doganali (<ref-ruling> consid. 2.1.3 pag. 220 e richiami). Visto quanto precede è quindi a ragione che la ricorrente è stata qualificata di mandante nonché dichiarata responsabile solidale del pagamento dei dazi doganali e dell'IVA (art. 68 vOIVA, rispettivamente 75 cpv. 1 vLIVA) non riscossi.
6. 6.1 La ricorrente fa valere in seguito la violazione del principio della buona fede. Afferma infatti di aver sempre agito conformemente alle istruzioni impartite dall'importatore nonché di aver fatto affidamento ad un "Promemoria" allestito dalle autorità doganali secondo il quale il rispetto del contingente doganale incombe all'importatore, titolare del permesso generale d'importazione (PGI), non allo spedizioniere.
6.2 Il principio della buona fede, sancito dall'<ref-law>, tutela innanzitutto la fiducia riposta dal cittadino in un'informazione ricevuta dall'autorità quando quest'ultima sia intervenuta in una situazione concreta, quando tale autorità era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente sulla base di fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 636; <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 381) e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa. (<ref-ruling> consid. 8.1 pag. 60; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 170; <ref-ruling> consid. 3a pag. 36; <ref-ruling> consid. 2c pag. 479). Nella fattispecie la ricorrente non fa valere né comprova di avere ricevuto concrete informazioni da parte delle autorità doganali. Ne deriva quindi che è da ritenere carente una delle condizioni cumulativamente esatte dalla prassi per tutelare la buona fede dell'interessata, ossia quella secondo cui l'intervento dell'autorità deve avvenire in una situazione concreta nei confronti di persone determinate: la censura va quindi respinta. Occorre poi aggiungere che, come già spiegato dal Tribunale federale, un opuscolo informativo, distribuito spontaneamente da un'autorità amministrativa ad una cerchia indeterminata di persone e che contiene informazioni generali, non è vincolante dal profilo della protezione della buona fede (cfr. <ref-ruling> consid. 3b). Infine va precisato che le relazioni esistenti tra la ricorrente e la ditta importatrice non rientrano nel campo protetto dal principio della buona fede. Anche su questi aspetti il ricorso si rivela infondato e come tale, dev'essere respinto.
7. 7.1 La ricorrente si duole della violazione del principio della proporzionalità di cui all'<ref-law> Adduce che il provvedimento contestato l'obbliga a versare una somma così ingente da non solo compromettere la sua stabilità finanziaria ma anzi da condurla al dissesto finanziario. Pagare l'importo richiesto avrebbe infatti come conseguenza il suo fallimento, non essendo in grado di far fronte ad una pretesa di tale entità, implicherebbe un'ulteriore perdita di posti di lavoro in una regione già particolarmente colpita ed annienterebbe quanto costruito in anni di lavoro. Oltre a ciò rimprovera all'autorità doganale di non aver messo in atto tutti i mezzi disponibili per ottenere il pagamento da parte dell'importatore, ad esempio facendo valere la pretesa in ambito fallimentare oppure agendo nei confronti delle persone fisiche responsabili dell'amministrazione della società fallita.
7.2 Le critiche, infondate, devono essere respinte. Riguardo al primo argomento, come illustrato in precedenza (cfr. consid. 5), è senza disattendere il diritto federale determinante che la ricorrente è stata definita responsabile solidale del pagamento di dazi doganali e dell'imposta sull'importazione. Orbene l'ammontare di questi dazi viene fissato in base alla tariffa doganale, segnatamente corrisponde alla differenza tra l'aliquota di contingente doganale e quella fuori contingente doganale. Detto importo non è quindi lasciato al libero apprezzamento dell'autorità, ma è fissato in base alle tariffe doganali la cui applicazione non permette di tener conto della situazione personale del ricorrente. Altrimenti detto, trattasi di disposizioni che non concedono alcuna libertà all'autorità chiamata ad applicarle, motivo per cui non vi è neanche la possibilità di procedere ad una verifica della proporzionalità nella fattispecie concreta (cfr. PIERRE MOOR, Principes de l'activité étatique et responsabilité de l'État, in Droit constitutionnel suisse, 2001, pag. 265 segg., segnatamente pag. 277 n. 60; GAAC 69/2005 n. 21 consid. 5.1). Per il resto la classificazione tariffaria per l'imposizione di dazi su merci importate sfugge ad un esame da parte di questa Corte in virtù dell'art. 83 lett. l LTF. In queste condizioni, sebbene l'argomentazione della ricorrente sia degna di considerazione, la stessa è ininfluente ai fini del giudizio. Se del caso, potrà essere fatta valere nell'ambito di un'eventuale procedura di condono (cfr. art. 127 vLD, art. 76 vOIVA, art. 84 vLIVA). Riguardo al secondo argomento, ci si limita ad osservare che dal momento che tutte le persone soggette al pagamento dei dazi doganali ne rispondono solidalmente (art. 13 cpv. 1 seconda frase vLD), le competenti autorità possono rivolgersi indistintamente a una di loro. Spetterà poi a quest'ultima esercitare, se del caso, un diritto di regresso, retto dal diritto civile (art. 13 cpv. 1 terza frase vLD), nei confronti degli altri assoggettati (sentenza 2A.552/2001 del 14 maggio 2002 consid. 3.4.1 e rinvio).
8. Infine la ricorrente si richiama all'equità. Sennonché la censura non adempie manifestamente le esigenze di motivazione dell'<ref-law> e sfugge pertanto ad un esame di merito.
9. Alla luce delle considerazioni che precedono il ricorso in materia di diritto pubblico, nella misura in cui è ammissibile, si rivela infondato e deve perciò essere respinto.
10. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vanno poste a carico della ricorrente (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 8'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Direzione generale delle dogane e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.