Sachverhalt:
A. Mit durch Rückzug der Beschwerde in Rechtskraft erwachsenem Einspracheentscheid vom 27. Oktober 2004 verpflichtete das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) die Firma F._, die für die Zeit von Mai 2003 bis Juni 2004 ausbezahlten Kurzarbeitsentschädigungen im Betrag von Fr. 122'154.65 zurückzuerstatten.
In der Folge ersuchte die Firma um Erlass der Rückzahlung. Mit Verfügung vom 30. März 2007 lehnte das beco Berner Wirtschaft (beco) das Gesuch ab, was es mit Einspracheentscheid vom 7. Juni 2007 bestätigte.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 29. Oktober 2007 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Firma den vollständigen oder teilweisen Erlass der Rückforderung, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. Verfahrensmässig wird um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ersucht.
Das beco und das seco verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Im Verfahren um den Erlass der Rückerstattung zu Unrecht bezogener Leistungen gilt die eingeschränkte Kognition mit der Folge, dass das Bundesgericht lediglich Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 f. BGG zu prüfen hat.
1.1 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Voraussetzungen, die erfüllt sein müssen, damit die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Leistungen ganz oder teilweise erlassen werden kann, zutreffend dargelegt (<ref-law>; siehe auch <ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2 S. 319; <ref-ruling> E. 2c S. 103; ARV 2003 Nr. 29 S. 258, E. 1.2 mit Hinweisen [Urteil C 295/03 vom 12. Juni 2003]; Urteile C 269/03 vom 25. Mai 2004, E. 3, und C 82/04 vom 30. Dezember 2004, E. 4).
1.2 Praxisgemäss ist zu unterscheiden zwischen dem guten Glauben als fehlendem Unrechtsbewusstsein und der Frage, ob sich jemand unter den gegebenen Umständen auf den guten Glauben berufen kann oder ob er bei zumutbarer Aufmerksamkeit den bestehenden Rechtsmangel hätte erkennen sollen. Die Frage nach dem Unrechtsbewusstsein gehört zum inneren Tatbestand und ist daher Tatfrage, die nach Massgabe von <ref-law> von der Vorinstanz verbindlich beurteilt wird. Demgegenüber gilt die Frage nach der gebotenen Aufmerksamkeit als frei überprüfbare Rechtsfrage, soweit es darum geht, festzustellen, ob sich jemand angesichts der jeweiligen tatsächlichen Verhältnisse auf den guten Glauben berufen kann (<ref-ruling> E. 3 S. 223).
2. Das kantonale Gericht hat die Frage, ob den Verantwortlichen der Beschwerdeführerin beim Bezug der Kurzarbeitsentschädigung ein Unrechtsbewusstsein fehlte, nicht näher geprüft; stattdessen sprach es der Firma das Recht ab, sich unter den konkreten Umständen auf den guten Glauben berufen zu können.
2.1 Dabei setzte es sich mit den, letztinstanzlich wiederholten, Vorbringen der Beschwerdeführerin einlässlich auseinander und legte dar, dass es dieser bei sorgfältigem Studium der Informationsbroschüre "Kurzarbeitsentschädigung", Ausgabe 2003, Ziff. 6, und dem Formular "Antrag auf Kurzarbeitsentschädigung", Titel "2. Anspruchsvoraussetzungen", hätte klar sein müssen, dass das Arbeitszeiterfassungssystem ihrer beiden grössten, praktisch einzigen Kunden dem Erfordernis einer eigenen, über die effektiv für den eigenen Betrieb geleisteten Arbeitsstunden Auskunft gebende Arbeitszeitkontrolle nicht zu genügen vermag. Gerade weil die Firma zur Erhaltung der Arbeitsplätze auf die finanzielle Unterstützung in Form der Kurzarbeitsentschädigung angewiesen war, hätte sie sich veranlasst sehen müssen, den Anforderungen an den Erhalt von Kurzarbeitsentschädigung in jeder Hinsicht hohe Beachtung zu schenken und sich bei allfälligen Unklarheiten umgehend an die zuständigen Ämter zu wenden; dies hat sie indessen unterlassen.
Den vorinstanzlichen Ausführungen ist genauso beizupflichten wie der daraus gezogenen Schlussfolgerung, dergestalt könne das Verhalten der Firma nicht mehr als leichte Nachlässigkeit eingestuft werden, womit es an der Erlassvoraussetzung des guten Glaubens fehle.
2.2 Die Beschwerdeführerin bringt nichts vor, was nicht bereits von der Vorinstanz mit zutreffenden Argumenten entkräftet worden wäre:
Zwar erscheint es tatsächlich als im Interesse aller Beteiligten wünschbar, dass die Informationsblätter und die Formulare bezüglich der Anforderungen an die betriebliche Arbeitszeitkontrolle noch deutlicher abgefasst würden, als dies heute der Fall ist (Näheres dazu im Urteil C 115/06 vom 4. September 2006, insbesondere E. 3.3; siehe auch Urteil 8C_375/2007 vom 28. September 2007). Daraus kann die Beschwerdeführerin indessen nichts zu ihren Gunsten ableiten: Einerseits ist die Verwaltung ihren Informationspflichten gemäss <ref-law> durch die Abgabe der aktuell gebräuchlichen Informationsbroschüre und den Hinweis im Formular "Antrag auf Kurzarbeitsentschädigung" in ausreichendem Masse nachgekommen (vgl. Urteil C 114/05 vom 26. Oktober 2005, E. 3). Andererseits bleibt es beim gegen die Beschwerdeführerin gerichteten Vorhalt, das unter den konkreten Umständen gebotene Mindestmass an Sorgfalt nicht eingehalten zu haben.
3. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird mit dem Entscheid in der Hauptsache gegenstandslos. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Staatssekretariat für Wirtschaft schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. März 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Grünvogel