Sachverhalt:
A. Die AHV Ausgleichskasse X._ (im Folgenden: Ausgleichskasse) ist eine Verbandsausgleichskasse im Sinne von Art. 53 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1946 über die Alters- und Hinterlassenenversicherung (AHVG; SR 831.10). Sie ist für verschiedene kantonale Gastro-Verbände tätig, die ihr u.a. das Inkasso für die 2. Säule, für die Kranken- und Unfallversicherung sowie für die Berufsbildung übertragen haben. Sie wurde 1999 rückwirkend auf den 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen.
Am 12. Mai 2000 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der Ausgleichskasse eine Steuerkontrolle durch. Geprüft wurde der Zeitraum vom 1. Januar 1995 bis zum 31. Dezember 1999. Aufgrund dieser Prüfung wurde ein Mehrwertsteuerbetrag von Fr. 948'669.-- nebst Verzugszins von 5 % ab dem mittleren Verfall nachbelastet. Damit wurden Umsätze ausserhalb der eigentlichen Ausgleichskassentätigkeit erfasst (u.a. Berufsbildungsfonds, Kranken- und Unfallversicherung, betriebliche Altersvorsorge).
Mit Entscheid vom 30. Oktober 2000 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Ergänzungsabrechnung. Dagegen erhob die Ausgleichskasse Einsprache. Aufgrund von zwischenzeitlich ergangenen Urteilen der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, welche vom Bundesgericht bestätigt wurden (Urteile 2A.305/2002 und 2A.291/2002), anerkannte die Ausgleichskasse am 9. Mai 2003 einige der in Rechnung gestellten Beträge. Bestritten blieb ihre Steuerpflicht bezüglich der Umsätze der Krankenversicherung und Unfallversicherung, der betrieblichen Altersvorsorge und des jeweils in der Position "übrige Einnahmen" enthaltenen Umsatzanteils aus Kurstätigkeit. Am 22. Januar 2004 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung die in Rechtskraft erwachsenen Umsätze fest (insgesamt Fr. 64'194.45) und wies die Einsprache im Übrigen vollumfänglich ab.
Eine von der Ausgleichskasse gegen diesen Einspracheentscheid gerichtete Beschwerde wies die Eidgenössische Steuerrekurskommission am 17. November 2006 (mit Ausnahme der Kosten für das Einspracheverfahren) ab.
B. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 3. Januar 2007 beantragt die Ausgleichskasse dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheides der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 17. November 2006.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesverwaltungsgericht, als Nachfolgeorganisation der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG; SR 173.100) ergangen. Es sind daher noch die Verfahrensvorschriften des Bundesrechtspflegegesetzes (OG) anwendbar (<ref-law>).
1.2 Die strittige Ergänzungsabrechnung erfasst den Zeitraum von 1995 bis1999, weshalb ausschliesslich die Bestimmungen der Verordnung über die Mehrwertsteuer anwendbar sind (Art. 93 und 94 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer [MWSTG; SR 641.20]).
1.3 Entscheide der Eidgenössischen Steuerrekurskommission in Mehrwertsteuersachen können mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 97 Abs. 1 und Art. 98 lit. e OG in Verbindung mit Art. 54 Abs. 1 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer [MWSTV] bzw. Art. 66 Abs. 1 MWStG [aufgehoben auf den 1. Januar 2007]). Die Beschwerdeführerin ist gemäss Art. 103 lit. a OG zur Beschwerde legitimiert. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.4 Im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann ein Verstoss gegen Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und lit. b OG). An die Sachverhaltsfeststellung des angefochtenen Entscheides ist das Bundesgericht allerdings dann gebunden, wenn es sich - wie im vorliegenden Fall - bei der Vorinstanz um eine richterliche Behörde handelt. Vorbehalten bleibt, dass der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
1.5 Streitgegenstand bilden im vorliegenden Verfahren nur noch die Fragen, ob es sich bei den Umsätzen aus Kurstätigkeit und Schulung um von der Besteuerung ausgenommene Umsätze handelt und in welchem Umfang die Zahlungen der betrieblichen Altersvorsorge (im Folgenden: BAV) X._ steuerpflichtig sind. Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides. Dies hätte bei Gutheissung der Beschwerde auch die Aufhebung der zu Gunsten der Beschwerdeführerin ausgefallenen Kostenliquidation im Einspracheverfahren zur Folge. Diesbezüglich ist die Beschwerdeführerin aber nicht mehr beschwert, weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
2. 2.1 Der Besteuerung im Inland unterliegen gemäss <ref-law> die entgeltliche Lieferung von Gegenständen, die entgeltliche Erbringung von Dienstleistungen, der Eigenverbrauch, sowie der entgeltliche Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland, sofern diese Umsätze nicht ausdrücklich von der Besteuerung ausgenommen (<ref-law>) oder befreit (<ref-law>) sind. Die sich aus <ref-law> ergebenden subjektiven Voraussetzungen der Steuerpflicht sind hier unbestritten.
2. 2.1 Der Besteuerung im Inland unterliegen gemäss <ref-law> die entgeltliche Lieferung von Gegenständen, die entgeltliche Erbringung von Dienstleistungen, der Eigenverbrauch, sowie der entgeltliche Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland, sofern diese Umsätze nicht ausdrücklich von der Besteuerung ausgenommen (<ref-law>) oder befreit (<ref-law>) sind. Die sich aus <ref-law> ergebenden subjektiven Voraussetzungen der Steuerpflicht sind hier unbestritten.
2.2 2.2.1 Umstritten ist im vorliegenden Falle zunächst, ob die von der Beschwerdeführerin erbrachten Referentenleistungen (Kurstätigkeit ihrer Revisoren) von der Besteuerung ausgenommen sind.
2.2.2 <ref-law> nimmt (ohne Recht zum Vorsteuerabzug) die von den Einrichtungen der Sozialfürsorge und Sozialhilfe sowie der sozialen Sicherheit erbrachten Leistungen mit Einschluss der Leistungen von gemeinnützigen Alters-, Wohn- und Pflegeheimen von der Steuer aus. Ausgenommen sind danach nur Leistungen, die der sozialen Sicherheit dienen.
Unter den Begriff der sozialen Sicherheit fallen gemäss der Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Verordnung über die Mehrwertsteuer die Leistungen im Bereich der Alters- und Invalidenvorsorge, der Kranken- und Unfallversicherung, der Militärversicherung, der Erwerbsersatzordnung und der Arbeitslosenversicherung sowie die bundesrechtlichen und kantonalen Familienzulagen. Die dafür aufgewendeten Prämien und Beiträge sind von der Steuer ausgenommen. Dies gilt auch für Entschädigungen, welche von den Kassen zur Deckung des Verwaltungsaufwandes zusammen mit den Prämien separat erhoben werden (vgl. Urteil 2A. 305/2002 vom 6. Januar 2003 E. 3.1).
Das Bundesgericht hat in konstanter Praxis stets nur Leistungen als von der Besteuerung ausgenommen zugelassen, die dem engen Begriff der "sozialen Sicherheit" zuzuordnen sind. Leistungen, die wie z. B. Dienstleistungen für die Geschäftsführung gegenüber verbandseigenen Kassen erbracht wurden, wurden deshalb nicht als ausgenommene Umsätze anerkannt (vgl. Urteile 2A. 305/2002 vom 6. Januar 2003 E. 3.2, und 2A. 292/2002 vom 19. März 2003 E. 2). An dieser Praxis ist festzuhalten.
2.2.3 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sind Leistungen, die im Zusammenhang mit Kursen erbracht werden oder im Zusammenhang mit dem Verkauf von Schulungs- und Abrechnungsunterlagen stehen, nicht dem Bereich der sozialen Sicherheit zuzuordnen. Hierbei handelt es sich vielmehr um Leistungen, die wie Dienstleistungen für die Geschäftsführung von verbandseigenen Kassen, über den Kernbereich der "sozialen Sicherheit" hinaus gehen und deshalb auch separat abgerechnet werden. Vor Bundesgericht wird überdies zu Recht nicht mehr geltend gemacht, dass die Ausnahmebestimmung von Art. 14 Ziffer 9 MWSTV anwendbar sei.
Die Beschwerde ist deshalb in diesem Punkte abzuweisen.
Die Beschwerde ist deshalb in diesem Punkte abzuweisen.
2.3 2.3.1 Umstritten ist im weiteren die Frage, wie die Entschädigung für die Umsätze mit der BAV X._ zu behandeln sind. Diesbezüglich erachtet die Beschwerdeführerin nur einen Teil der Zahlungen als entgeltliche Leistungen. Diese seien nach <ref-law> nur insoweit steuerbar, als sie auch unter unabhängigen Dritten bezahlt worden wären.
2.3.2 Gemäss <ref-law> ist für die Entgeltsbemessung bei Lieferungen oder Dienstleistungen an eine nahe stehende Person auf den Wert abzustellen, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde. Damit wird auf den Drittvergleich, d.h. auf das Prinzip des "Dealing at arm's length" abgestellt, wie es auch bei der direkten Bundessteuer zur Anwendung kommt (vgl. Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer zu Art. 26 Abs. 2 E-MWSTV, S. 29, und Bericht vom 28. August 1996 der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrates zur parlamentarischen Initiative [Dettling] zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer zu Art. 31 Abs. 2 E-MWSTG [BBl 1996 V 767]).
Der Begriff der nahe stehenden Person ist weder in der Verordnung noch im Gesetz über die Mehrwertsteuer festgelegt. Er deckt sich auch nicht in allen Teilen mit demjenigen bei der direkten Bundessteuer, wo er ebenfalls nicht näher bestimmt wird (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Auflage, Bern 2003, Rz 1220 - 1226; ebenso Ivo P. Baumgartner, in mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, <ref-law>, Rz 43 - 45). Das gilt auch für die Verrechnungssteuer (<ref-law>). Entscheidend ist in jedem Fall die Beziehung zu den beherrschenden bzw. betroffenen Personen. Als nahe stehend gilt demnach jede natürliche oder juristische Person, mit welcher der Leistungserbringer persönliche, rechtliche oder enge wirtschaftliche Beziehungen unterhält, die überdies so ausgestaltet sind, dass dem Leistungsempfänger eine ungewöhnliche Leistung erbracht wird (Jean Marc Rivier/Annie Rochat, Droit fiscal suisse, la taxe sur la valeur ajoutée, chap. IX, III, Ziff. 2a, S. 118 f. mit Verweis auf die deutsche Literatur).
2.3.3 Es steht fest, dass die Ausgleichskasse und die BAV Y._ im zu beurteilenden Zeitpunkt zwei rechtlich unabhängige Institutionen waren. Die Ausgleichskasse ist eine selbständige öffentlichrechtliche Anstalt, die als Verbandsausgleichskasse der AHV-Gesetzgebung untersteht (vgl. VPB 1991 Nr. 21 S. 192). Demgegenüber handelt es sich bei der BAV Y._ um eine Stiftung, für welche die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831.40) zur Anwendung kommen. Oberstes Organ ist der paritätisch zusammengesetzte Stiftungsrat (Art. 51 BVG).
Die Vorinstanz leitet eine offenkundig enge Verbindung der beiden Institutionen aus dem gemeinsamen Internetauftritt und dem Organigramm sowie der einheitlichen Struktur ab. Sie übersieht, dass der gemeinsame Internetauftritt erst im Jahre 2005 erfolgt ist. Aufgrund der massgebenden gesetzlichen Bestimmungen für die beiden Institutionen ist davon auszugehen, dass es diesen nicht gestattet ist, sich ausserhalb der für sie massgebenden gesetzlichen Bestimmungen (AHVG bzw. BVG) zu bewegen und, wie dies für nahe stehende Personen möglich wäre, davon abweichende Vereinbarungen zu treffen, die besondere Vorteile für den Leistungsempfänger zur Folge hätten, bzw. die dazu führen würden, dass die eigenen Verwaltungskosten mit ungerechtfertigten Zahlungen in Form von Subventionen oder Spenden belastet würden (vgl. <ref-law> sowie Art. 52 BVG).
Ob die Voraussetzungen für eine enge Beziehung im Beurteilungszeitpunkt gegeben waren, ist aufgrund der vorliegenden Aktenlage nicht erstellt und kann offen bleiben, weil auf jeden Falle die Ungewöhnlichkeit der Leistung, indem die BAV X._ als Leistungsempfänger weit mehr bezahlt hätte, als dies unter unabhängigen Dritten üblich wäre, nicht nachgewiesen ist. Dass die Ungewöhnlichkeit der Leistung eine wesentliche Voraussetzung für die Anwendung dieser Bestimmung darstellt, ergibt sich aus dem Sinn und Zweck der in <ref-law> vorgesehenen Drittvergleichsregelung. Die Anwendung dieser Norm verlangt, dass für die zwischen nahe stehenden Personen erbrachten Leistungen ein Entgelt verlangt wurde, das zwischen unabhängigen Dritten nicht verlangt wird. Wird beim Leistungsaustausch zwischen Nahestehenden ein Preis vereinbart der dem Drittvergleich entspricht, ist keine Abweichung gegeben und die Regelung entspricht dem Grundsatz des "dealing at arm's length". Damit die Drittvergleichsregelung zum Tragen kommt, ist mit anderen Worten darzutun, dass der zwischen den Parteien vereinbarte Preis dem Drittvergleichspreis nicht entspricht und dass, wie im konkreten Falle geltend gemacht wird, ein Teil der Leistung übersetzt ist, weil darin andere Komponenten wie Subventionen oder Spenden enthalten sind. Dieser Nachweis wurde, wie die Vorinstanz zu Recht festhält, durch die Beschwerdeführerin weder erbracht, noch ergeben sich aus den ins Recht gelegten Akten irgendwelche Anhaltspunkte, mit denen diese Behauptung gestützt werden könnte. Die Beschwerdeführerin trägt die Beweislast für die steuermindernden Tatsachen.
Die Beschwerde ist demnach auch in diesem Punkt abzuweisen. Damit kann offen bleiben und ist hier nicht mehr zu prüfen, ob die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung geltend gemachte rechtliche Auslegung von <ref-law> zutrifft, die davon ausgeht, dass die Drittvergleichsregelung nur zu Ungunsten des Steuerpflichtigen angewandt werden kann.
2.3.4 Was die Beschwerdeführerin gegen dieses Ergebnis vorbringt, trifft nicht zu. Wie vorstehend dargelegt, ist bei Leistungen unter Nahestehenden zuerst nachzuweisen, dass überhaupt eine Abweichung vom Drittvergleichspreis vorliegt, und nicht ohne Prüfung dieser Voraussetzung einfach auf einen Drittvergleich abzustellen.
Auch aus dem von ihr angeführten Entscheid der Vorinstanz (Urteil 2001-089 vom 4. März 2002) kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. In jenem Urteil erfolgte eine Kürzung des Vorsteuerabzuges, weil die Leistungen von der Steuerpflichtigen nicht für steuerbare Leistungen verwendet wurden, wie dies Art. 29 Abs. 1 und 2 MWSTV vorsehen. Nicht beantwortet wurde die Frage, ob bei Anwendung von <ref-law> ein Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung durch Gewährung von Subventionen oder Spenden erforderlich ist oder nicht.
2.3.5 Die Beschwerdeführerin macht im Weiteren geltend, die Vorinstanz habe mit ihrer Weigerung, eine Expertise abzunehmen, ihre Verpflichtung zur richtigen und vollständigen Sachverhaltsfeststellung verletzt. Wie die Vorinstanz zu Recht feststellt, liegen aufgrund der ins Recht gelegten Vereinbarungen zwischen den Parteien keine Anhaltspunkte vor, die darauf hindeuten, dass die Leistungen mit ungewöhnlichen, von einem Drittvergleichspreis abweichenden Entschädigungen abgegolten werden sollten. In Ziffer 3 dieser Vereinbarung wird festgestellt:
"Für die Benützung der Infrastruktur sowie für nicht direkt erfassbare Verwaltungskosten hat die BAV Y._ der AHV Y._ eine Vergütung zu entrichten. Diese umfasst insbesondere Anteile für Raumkosten, EDV, Telefonzentrale, Postzentrale, Hausdruckerei, Revisoren, Personaleinrichtungen, Geschäftsleitung und Kassenvorstand. Die Kostenanteile werden jährlich aufgrund der Verwaltungskostenrechnung der AHV Y._ festgesetzt und der BAV Y._ in vierteljährlichen Raten belastet. Ausgangspunkt ist die Aufschlüsselung vom 16. Juni 1982, welche periodisch überprüft und den Verhältnissen angepasst wird."
Weshalb die Parteien mit dieser Vereinbarung über die Kostenabgeltung eine Regelung getroffen haben sollten, die nicht einem Drittvergleich stand hält, bzw. Subventionen oder Spenden mitumfasst, ist weder aus dieser Bestimmung noch aus anderen Unterlagen ersichtlich. Eine Expertise ist deshalb, wie die Vorinstanz in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung festgestellt hat, nicht erforderlich. Sie könnte zu dieser Frage vermutlich keine neuen Erkenntnisse bringen, weil aufgrund der vertraglichen Regelung davon auszugehen ist, dass die Parteien als unabhängige Dritte gehandelt haben.
3. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich demnach in allen Teilen als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten wird. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und 153 a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und der Eidgenössischen Steuerrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng