A.- Die Firma T._ SA war ab 1. Oktober 1988 bis zur Aufhebung des Vertrages auf den 28. Februar 1991 der Winterthur-Columna Stiftung für berufliche Vorsorge zur Durchführung der beruflichen Vorsorge angeschlossen. Mit Zahlungsbefehl Nr. 910 vom 9. Juli 1998 des Betreibungsamtes O._ leitete die Stiftung für eine Restforderung aus dem Anschlussvertrag die Betreibung ein, worauf die Firma T._ SA ohne Begründung Rechtsvorschlag erhob.
B.- Am 1. Juni 1999 reichte die Winterthur-Columna Stiftung für berufliche Vorsorge Klage beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ein mit dem Rechtsbegehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr Fr. 2562. 85 nebst Zins zu 5,5 % seit 1. Januar 1999 auf Fr. 1287.- sowie die Kosten des Zahlungsbefehls von Fr. 70.- zu bezahlen unter Beseitigung des in der Betreibung Nr. 910 erhobenen Rechtsvorschlages und unter Erteilung der definitiven Rechtsöffnung.
Mit Eingabe vom 26. Dezember 1999 anerkannte die Beklagte die Klage unter Vorbehalt der Kosten- und Entschädigungsfolgen.
Daraufhin schrieb das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich den Prozess mit Verfügung vom 31. Januar 2000 als durch Anerkennung der Klage erledigt ab und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 910 des Betreibungsamtes O._ (Zahlungsbefehl vom 9. Juli 1998) auf (Ziff. 1 des Dispositivs). Der Klägerin sprach es keine Parteientschädigung zu (Ziff. 3 des Dispositivs).
C.- Die Winterthur-Columna Stiftung für berufliche Vorsorge führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, in Aufhebung von Ziff. 3 der vorinstanzlichen Verfügung sei die Sache an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zur Zusprechung einer Parteientschädigung zurückzuweisen.
Die Firma T._ SA schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das kantonale Gericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Bundesamt für Sozialversicherung stellt die Zulässigkeit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in Frage, verzichtet indessen im Übrigen auf eine Stellungnahme.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat die Beschwerdegegnerin am 22. März 2000 zur Vernehmlassung innert 20 Tagen eingeladen. Wegen eines Postrückbehaltungsauftrages konnte der Beschwerdegegnerin das Schreiben vom 22. März 2000 erst am 26. April 2000 ausgehändigt werden.
Da ein Postrückbehaltungsauftrag keine geeignete Vorkehr für die Zustellbarkeit von Gerichtsurkunden ist (<ref-ruling> mit Hinweisen, 119 V 94 Erw. 4b/aa) und die Beschwerdegegnerin angesichts des noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Verfahrens und des ihr vom Eidgenössischen Versicherungsgericht am 29. Februar 2000 gemeldeten Eingangs der Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit weiteren gerichtlichen Sendungen rechnen musste, gilt das Schreiben vom 22. März 2000 nach Ablauf der siebentägigen Abholfrist als zugestellt. Aus diesem Grund erweist sich die Vernehmlassung vom 12. Mai 2000 selbst unter Berücksichtigung des vom 16. April bis und mit 30. April 2000 dauernden Fristenstillstandes (Art. 34 Abs. 1 lit. a OG) als verspätet, so dass sie unbeachtlich ist (in ZAK 1989 S. 445 veröffentlichte Erw. 1 von <ref-ruling>).
2.- Gemäss Art. 128 OG beurteilt das Eidgenössische Versicherungsgericht letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 97, 98 lit. b-h und 98a OG auf dem Gebiet der Sozialversicherung.
Hinsichtlich des Begriffs der mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbaren Verfügungen verweist Art. 97 OG auf <ref-law>. Nach <ref-law> gelten als Verfügungen Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen (und im Übrigen noch weitere, nach dem Verfügungsgegenstand näher umschriebene Voraussetzungen erfüllen).
3.- Das Bundesamt für Sozialversicherung wirft in seiner Vernehmlassung die Frage auf, ob die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen die auf kantonalem Recht beruhende Parteikostenregelung zulässig sei.
Im zur Publikation vorgesehenen Urteil C. vom 3. April 2000, B 5/98, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht in Änderung der bisherigen Rechtsprechung erkannt, dass die weitreichenden bundesverwaltungsrechtlichen Normen über die prozessuale Ausgestaltung des kantonalen Sozialversicherungsprozesses zusammen mit den Grundsätzen des Sachzusammenhangs und der Einheit des Prozesses für die sachliche Zuständigkeit des Eidgenössischen Versicherungsgerichts zur Überprüfung kantonalen Verfahrensrechts sprechen und zwar auch dann, wenn es - im Unterschied zur Rechtsprechung des Bundesgerichts - allein um die Anfechtung eines reinen kantonalrechtlichen Prozess(zwischen)entscheides geht und unabhängig davon, ob das Rechtsmittel in der Sache selbst ergriffen wird. Für die Annahme einer bundesrechtlichen Verfügungsgrundlage genügt es daher, wenn der dem Verfahren zugrunde liegende materiellrechtliche Streitgegenstand dem Bundessozialversicherungsrecht angehört (Erw. 3c). Diese Voraussetzung ist im vorliegenden Fall erfüllt, weshalb auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten ist.
4.- a) Im gleichen Urteil vom 3. April 2000 hat sodann das Eidgenössische Versicherungsgericht den in den meisten Sozialversicherungszweigen und im letztinstanzlichen Verfahren geltenden Grundsatz, wonach der obsiegende Sozialversicherungsträger keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung zu Lasten der Versicherten hat, auch im erstinstanzlichen Verfahren der beruflichen Vorsorge und der Arbeitslosenversicherung als anwendbar erklärt. Eine Ausnahme von diesem allgemeinen Prozessgrundsatz ist analog zur Kostenfreiheit und in Präzisierung der bisherigen Rechtsprechung für sämtliche Sozialversicherungszweige für Fälle vorzusehen, in denen Versicherten mutwillige oder leichtsinnige Prozessführung vorzuwerfen ist (Erw. 3d/cc).
b) Im Lichte dieses neuen allgemeinen Rechtsgrundsatzes des Bundessozialversicherungsprozesses hält die vorinstanzliche Verneinung eines Anspruchs auf Parteientschädigung gestützt auf § 34 Abs. 2 des kantonalen Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht vom 7. März 1993 nur stand, sofern der beklagten Partei keine mutwillige oder leichtsinnige Prozessführung vorgeworfen werden kann. Gestützt auf <ref-ruling> macht die Beschwerdeführerin denn auch geltend, das Verhalten der Beschwerdegegnerin, die ohne Begründung Rechtsvorschlag erhoben und in der Folge die eingereichte Klage anerkannt habe, sei als mutwillig zu qualifizieren. Wie es sich damit verhält, kann mangels tatsächlicher Feststellungen und näherer Ausführungen im angefochtenen vorinstanzlichen Entscheid nicht beurteilt werden.
Das kantonale Gericht lehnte die beantragte Parteientschädigung ohne Begründung einzig unter Hinweis auf § 34 Abs. 2 des kantonalen Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht vom 7. März 1993 ab, wonach Versicherungsträgern ein Anspruch auf Ersatz der Parteikosten in der Regel nicht zusteht. Es hätte indessen Anlass gehabt, sich eingehender mit der Frage der Parteientschädigung zu befassen, da die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren ihren Antrag auf Zusprechung einer Parteientschädigung mit dem mutwilligen Verhalten der Beschwerdegegnerin begründete und ein solches Verhalten angesichts von <ref-ruling> nicht von vornherein entfällt. Die Sache geht daher an das kantonale Gericht zurück, damit dieses über einen allfälligen Anspruch auf Parteientschädigung neu entscheide.
5.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung ist der obsiegenden Beschwerdeführerin nicht zuzusprechen, da die Gründe, die zum letztinstanzlichen Verfahren geführt haben (vgl. Erw. 4b hievor), nicht auf das Verhalten der Beschwerdegegnerin zurückzuführen sind, so dass für das vorliegende Verfahren mutwillige oder leichtsinnige Prozessführung nicht gegeben ist (<ref-ruling> Erw. 7, 117 V 349 Erw. 8 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird
Ziffer 3 des Dispositivs des vorinstanzlichen Entscheides
vom 31. Januar 2000 aufgehoben und es wird
die Sache an das Sozialversicherungsgericht des Kantons
Zürich zurückgewiesen, damit dieses über den Anspruch
der Beschwerdeführerin auf Parteientschädigung
für das kantonale Verfahren im Sinne der Erwägungen
neu entscheide.
II. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
III. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 500.- wird der
Beschwerdeführerin zurückerstattet.
IV. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht
des Kantons Zürich und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 24. Mai 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: