Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 30. Januar 2008 sprach die Strafkammer des Bundesstrafgerichts W._ in einem Fall vom Vorwurf des Betrugs frei (Ziffer 3.2.5 der Anklageschrift). Hingegen erklärte es ihn des mehrfachen Sich-bestechen-Lassens (<ref-law>), der mehrfachen ungetreuen Amtsführung (<ref-law>) und der Urkundenfälschung im Amt (<ref-law>) schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von 31⁄2 Jahren (unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungshaft von 96 Tagen) sowie mit einer Geldstrafe von 90 Tagessätzen à Fr. 150.--. Den Vollzug der Geldstrafe schob es bedingt auf, unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren. Von den W._ betreffenden Kosten von insgesamt Fr. 84'570.-- (inklusive Fr. 15'361.20 Kosten der Untersuchungshaft) auferlegte es ihm Fr. 50'000.--.
B. W._ führt Beschwerde in Strafsachen insbesondere mit den Anträgen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 sei aufzuheben, und er sei vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
C. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die SUVA hat auf Anmerkungen zur Beschwerde verzichtet und stellt Antrag auf Bestätigung des angefochtenen Urteils. Die Bundesanwaltschaft hat Bemerkungen zur Beschwerde eingereicht, ohne jedoch Anträge zu stellen.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht zusammenfassend von folgendem Sachverhalt aus:
1.1 Die Beschwerdegegnerin 1 verfügte über ein Immobilien-Portefeuille im Wert von rund 3 Milliarden Franken. Ab dem Jahre 2000 setzte sie sich zum Ziel, die internen Verfahrensabläufe und Zuständigkeiten im Immobilienwesen neu zu definieren, das Immobilien-Anlage-Portefeuille aktiver zu bewirtschaften und suboptimale Immobilien zu verkaufen. Sie engagierte im Jahre 2002 den Beschwerdeführer als Verantwortlichen für die Erarbeitung einer neuen Immobilienstrategie. Im Jahr 2003 wurde er zudem zum Bereichsleiter Immobilien innerhalb der Finanzabteilung ernannt. In dieser Funktion beantragte er im Immobilien-Anlageausschuss (nachfolgend: IAA) den Kauf oder Verkauf von Liegenschaften. Im Zuge des Devestitionsprozesses im Immobilienbereich kam es zum Verkauf von diversen Liegenschaften der Beschwerdegegnerin 1. Ein Verdacht auf Unregelmässigkeiten beim Verkauf von acht Immobilien, die im Zeitraum vom Frühjahr 2004 bis zum Sommer 2005 veräussert wurden und mehrheitlich im Kanton Tessin liegen, führte zur Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen mehrere Angestellte der Beschwerdegegnerin 1 und weitere Beteiligte. Diese acht Liegenschaftsverkäufe betreffen in chronologischer Reihenfolge die folgenden Immobilien: 1) Wohnüberbauung Via la Santa 7-11 in Lugano-Viganello, Parzelle Nr. 4 GB Lugano-Viganello (nachfolgend: Liegenschaft Viganello). 2) Wohnüberbauung Via Zorzi 19a in Lugano-Paradiso, Parzelle Nr. 349 sowie die Einstellhallenplätze auf der Parzelle Nr. 338, beide GB Lugano-Paradiso (nachfolgend: Liegenschaft Paradiso). 3) Wohn- und Geschäftshaus Via Vela 1 in Bellinzona, Parzelle Nr. 2640 GB Bellinzona (nachfolgend: Liegenschaft Bellinzona). 4) Wohn- und Geschäftshaus Via Pontico Virunio 5-7 in Mendrisio, Parzelle Nr. 1053 GB Mendrisio (nachfolgend: Liegenschaft Pontico Virunio). 5) Wohnüberbauung Castello Piana in Lugano-Davesco, Parzelle Nr. 346 GB Lugano-Davesco/Soragno (nachfolgend: Liegenschaft Casteldavesco). 6) Wohn- und Geschäftsüberbauung Wichlernweg 12-16 in Kriens, Parzelle Nr. 4155 GB Kriens (nachfolgend: Liegenschaft Kriens). 7) Wohnüberbauung Vogelsangweg 33-37 in Herzogenbuchsee, Parzelle Nr. 1880 GB Herzogenbuchsee (nachfolgend: Liegenschaft Herzogenbuchsee). 8) Wohn- und Geschäftsüberbauung Via L. Lavizzari 2 und 6-10 in Mendrisio, Parzellen Nr. 2937/2961/3112 und 3120 GB Mendrisio (nachfolgend: Liegenschaft Piazzale alla Valle).
1.2 Der Beschwerdeführer war als Bereichsleiter Immobilien bei der Beschwerdegegnerin 1 am Verkauf aller inkriminierten Liegenschaften direkt oder indirekt beteiligt. Er bezeichnete innerhalb der Beschwerdegegnerin 1 die zu verkaufenden Liegenschaften, setzte für den grössten Teil der betroffenen Liegenschaften unter Beizug externer Schätzer deren Verkehrswert fest und stellte Antrag an den für den Verkaufsentscheid zuständigen IAA. Den Verkehrswert der sechs im Tessin gelegenen Liegenschaften liess er von U._ schätzen. Die Liegenschaft Kriens wurde von O._ geschätzt. Letztlich ist der IAA in all seinen Entscheiden bezüglich Verkauf und Verkaufspreis den vom Beschwerdeführer oder seinem Mitarbeiter V._ gestellten Anträgen gefolgt. Letzterer war als zuständiger Portfoliomanager im Immobilienbereich bei der Beschwerdegegnerin 1 und späterer Nachfolger des Beschwerdeführers an den Verkäufen der Liegenschaften Kriens und Piazzale alla Valle beteiligt. Als Käufer aller Liegenschaften traten T._ oder die von ihm ganz oder teilweise beherrschten Aktiengesellschaften P._ SA, Q._ SA und R._ AG auf.
Die Liegenschaftsverkäufe lassen sich in zwei Gruppen unterteilen: Während die zuerst verkauften Liegenschaften Viganello, Paradiso, Bellinzona und Pontico Virunio einzig von T._ oder von der durch ihn gänzlich beherrschten P._ SA gekauft wurden, kaufte die R._ AG die später veräusserten Liegenschaften Casteldavesco, Kriens und Herzogenbuchsee. An dieser Gesellschaft waren T._ und der Beschwerdeführer zu je 50% beteiligt, weshalb Letzterer sowohl seitens der Käufer- als auch der Verkäuferschaft an diesen Rechtsgeschäften mitwirkte. Die Liegenschaft Piazzale alla Valle wurde durch die Q._ SA erworben. T._ war bei sämtlichen Liegenschaftskäufen für die Verhandlungen mit den kreditgebenden Banken und die Sicherstellung der Finanzierung verantwortlich. Die Banken überwiesen in der Regel die Kreditsumme auf Geschäftskonten der Erwerbergesellschaften. Im Rahmen des Liegenschaftserwerbs richtete T._ in mehreren Tranchen Geldbeträge an den Beschwerdeführer aus. Hierbei handelte es sich um Beträge, welche er in bar von den erwähnten Geschäftskonten bezog. Zwecks Rechtfertigung der hohen Barbezüge gegenüber den Banken wies T._ verschiedentlich simulierte Vermittlerverträge vor (angefochtenes Urteil S. 11 f.).
1.3 Im Kontext mit den im Sommer und Herbst 2004 vorgenommenen Liegenschaftstransaktionen Viganello, Paradiso, Bellinzona und Pontico Virunio übergab T._ dem Beschwerdeführer jeweils nach erfolgtem Verkauf und Verurkundung einer Liegenschaft tranchenweise insgesamt mindestens Fr. 1'000'000.-- - dies nachdem er dem Beschwerdeführer bereits im Herbst 2003 im Hinblick auf den Verkauf von "Basler Liegenschaften" Fr. 100'000.-- überreicht hatte. Der Beschwerdeführer behielt die Fr. 1'100'000.- für sich selbst (angefochtenes Urteil S. 22 f).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer erachtet seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und die hieraus abgeleitete Begründungspflicht als verletzt, da sich die Vorinstanz nicht mit seinen Vorbringen auseinandergesetzt habe (Beschwerde S. 19).
2.2 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Der Betroffene hat das Recht, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern. Dazu gehört insbesondere das Recht, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn es geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 2b). Wesentlicher Bestandteil des Anspruchs auf rechtliches Gehör ist die Begründungspflicht. Die Begründung soll verhindern, dass sich die Behörde von unsachlichen Motiven leiten lässt, und dem Betroffenen ermöglichen, die Verfügung gegebenenfalls sachgerecht anzufechten. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Dies bedeutet indessen nicht, dass sie sich ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2b S. mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz hat sich im angefochtenen Urteil, welches 97 Seiten umfasst, zu sämtlichen entscheiderheblichen Vorbringen des Beschwerdeführers geäussert. Insbesondere hat sie sich im Rahmen der Beweiswürdigung mit den Aussagen aller Beteiligten auseinandergesetzt und begründet, weshalb sie vom dargestellten Sachverhalt (vgl. E. 1 hiervor) ausgeht. Eine Verletzung der Begründungspflicht kann der Vorinstanz mithin nicht angelastet werden.
3. Der Beschwerdeführer rügt in verschiedener Hinsicht eine willkürliche Beweiswürdigung (vgl. etwa Beschwerde S. 21 f.; S. 47).
3.1 Die Vorinstanz hat eingehend begründet, weshalb sie die sich auf die Mischwertmethode (Mischwert zwischen Ertrags- und Sachwert) stützenden Verkehrswertberechnungen des vom Untersuchungsrichter bestellten Experten N._ als überzeugend eingestuft hat. So hat sie ausgeführt, die Berechnungen von N._ trügen namentlich der Entwicklung der Mietzinserträge, den Leerbeständen und den anfallenden Unterhaltsarbeiten Rechnung. Zudem würden die ausgewiesenen Verkehrswerte durch bankinterne Schätzungen einzelner Liegenschaft sowie durch die beim späteren Verkauf der Liegenschaften Bellinzona und Piazzale alla Valle erzielten Verkaufspreise bestätigt (angefochtenes Urteil S. 35 f.).
Die Vorinstanz hat weiter festgehalten, gestützt auf die Aussagen von T._ sei davon auszugehen, dass dieser selbst bestimmt habe, welchen Preis er für die Liegenschaften zu bezahlen bereit sei. Da diese Preise mit den später erstellten Verkehrswertschätzungen von U._ übereingestimmt hätten, könne es nur T._ gewesen sein, der seine Preisvorstellungen gegenüber dem Beschwerdeführer kommuniziert habe. T._ habe mit anderen Worten die Verkaufspreise für die Liegenschaften zum vornherein fixiert. Zudem könnten die Geldzahlungen von T._ an den Beschwerdeführer einzig als Gegenleistung dafür verstanden werden, dass dieser gestützt auf die von ihm beeinflussten Schätzungen von U._ den Preisvorstellungen von T._ entsprechende Verkaufsanträge an den IAA gestellt und in diesem Gremium auch durchgebracht habe (angefochtenes Urteil S. 40). Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers fänden sich ferner in den Akten keinerlei Hinweise darauf, dass der Verkauf der Liegenschaften derart dringlich gewesen wäre, dass ein Notverkauf unter liquidationsähnlichen Bedingungen hätte stattfinden müssen (angefochtenes Urteil S. 41 f.).
Die Vorinstanz hat überdies erwogen, der Beschwerdeführer sei im IAA jeweils überzeugend und als Immobilienexperte aufgetreten, so dass kein Grund bestanden habe, die von ihm vorgelegten Schätzungen zu hinterfragen. Als Fachmann habe der Beschwerdeführer es verstanden, den Schätzungsvorgang von U._ durch gezielte Veränderung einzelner Parameter in seinem Sinn zu beeinflussen. Nicht entlasten könne sich der Beschwerdeführer durch die SUVA-intern angefertigten "Second-Opinion-Schätzungen". Diese seien von Mitgliedern des Fachbereichs "Operations" der Finanzabteilung der Beschwerdegegnerin 1 verfasst worden, welche die Liegenschaften nicht besichtigt hätten. Diese Zweit-Schätzungen hätten primär der Plausibilisierung der externen Verkehrswertschätzungen gedient und in der Regel auf denselben quantitativen Grundlagen und auf derselben Beurteilung der Marktverhältnisse basiert, wie sie der Erst-Schätzung und dem IAA-Antrag zugrunde gelegt worden seien, weshalb die beiden Schätzungen öfters vergleichbare Verkehrswerte ausgewiesen hätten. Die IAA-Entscheidungen hätten folglich immer primär auf den externen Schätzungen beruht (angefochtenes Urteil S. 44 f.).
3.2 <ref-law> gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Auf dem Gebiet der Beweiswürdigung ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür beschränkt. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (<ref-ruling> E. 5.4). Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> nicht publ. E. 4.1; <ref-ruling> E. 2b).
Wird eine willkürliche Beweiswürdigung gerügt, reicht es nicht aus, wenn der Beschwerdeführer zum Beweisergebnis frei plädiert und darlegt, wie seiner Auffassung nach die vorhandenen Beweise richtigerweise zu würdigen gewesen wären, wie er dies in einem appellatorischen Verfahren mit freier Rechts- und Tatsachenüberprüfung tun könnte. Er muss gemäss ständiger Rechtsprechung vielmehr aufzeigen, inwiefern die angefochtene Beweiswürdigung die Verfassung dadurch verletzen sollte, dass sie im Ergebnis offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3c).
Wird eine willkürliche Beweiswürdigung gerügt, reicht es nicht aus, wenn der Beschwerdeführer zum Beweisergebnis frei plädiert und darlegt, wie seiner Auffassung nach die vorhandenen Beweise richtigerweise zu würdigen gewesen wären, wie er dies in einem appellatorischen Verfahren mit freier Rechts- und Tatsachenüberprüfung tun könnte. Er muss gemäss ständiger Rechtsprechung vielmehr aufzeigen, inwiefern die angefochtene Beweiswürdigung die Verfassung dadurch verletzen sollte, dass sie im Ergebnis offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3c).
3.3 3.3.1 Was der Beschwerdeführer gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz vorbringt, ist nicht geeignet, Willkür darzutun. Er bezeichnet in seiner Beschwerdeschrift die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung verschiedentlich pauschal als aktenwidrig, stellt aber den Ausführungen im angefochtenen Urteil lediglich seine eigene Sichtweise gegenüber, ohne näher zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte. Dies gilt etwa für seine Vorbringen, die externen Schätzungsgutachten hätten keinerlei Einfluss auf die internen Gutachten der Beschwerdegegnerin 1 gehabt, er habe den IAA nicht zum Abschluss der Kaufverträge verleitet, der Verkauf der Liegenschaften sei zeitlich dringlich gewesen, T._ habe die Verkaufspreise nicht zum voraus festgesetzt und die Vorinstanz habe die Gutachtensergebnisse von N._ willkürlich als zutreffend erachtet (Beschwerde S. 51 ff.).
Die Ausführungen des Beschwerdeführers erschöpfen sich mithin in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil und genügen den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht.
4.1 4.1.1 Der Beschwerdeführer bestreitet seine Beamteneigenschaft. Sein Arbeitsverhältnis mit der Beschwerdegegnerin 1 sei rein privatrechtlicher Natur und seine Tätigkeiten in der Immobilienverwaltung seien weder vom Gemeinwesen beherrscht noch in einem abschliessenden Monopolbereich angesiedelt gewesen. Im Immobilienbereich der Beschwerdegegnerin 1 würden keine öffentlichen Aufgaben ausgeführt, denn Immobilienmanager bei privaten Unfallversicherungen übten dieselbe Tätigkeit aus. Damit sei im Ergebnis die sachliche Zuständigkeit der Vorinstanz zur Beurteilung der ihm vorgeworfenen Delikte in Frage zu stellen. Bei fehlender Beamteneigenschaft könne er die ihm vorgehaltenen Delikte nicht erfüllt haben (Beschwerde S. 24-40).
4.1.2 Der Beschwerdeführer führt weiter aus, er sei sich jedenfalls seiner (angeblichen) Beamteneigenschaft nicht bewusst gewesen und habe die Taten folglich nicht vorsätzlich begangen. Zudem werde in der Anklage in keiner Weise dargetan, aus welchen Gründen er hätte annehmen müssen, dass er Beamter sei. Unter Beachtung des Anklagegrundsatzes habe er aber einen Anspruch darauf, dass die Anklage auf die subjektiven Tatbestandsmerkmale eingehe. Die Unkenntnis, Beamter zu sein, bedeute, dass er einem Sachverhaltsirrtum gemäss <ref-law> erlegen sei (Beschwerde S. 41-44).
4.1.2 Der Beschwerdeführer führt weiter aus, er sei sich jedenfalls seiner (angeblichen) Beamteneigenschaft nicht bewusst gewesen und habe die Taten folglich nicht vorsätzlich begangen. Zudem werde in der Anklage in keiner Weise dargetan, aus welchen Gründen er hätte annehmen müssen, dass er Beamter sei. Unter Beachtung des Anklagegrundsatzes habe er aber einen Anspruch darauf, dass die Anklage auf die subjektiven Tatbestandsmerkmale eingehe. Die Unkenntnis, Beamter zu sein, bedeute, dass er einem Sachverhaltsirrtum gemäss <ref-law> erlegen sei (Beschwerde S. 41-44).
4.2 4.2.1 Die Vorinstanz hat erwogen, die Beschwerdegegnerin 1 sei eine selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes, welche der Oberaufsicht des Bundesrates unterstehe. Der Beschwerdegegnerin 1 stehe im öffentlichen Aufgabenbereich der obligatorischen Unfallversicherung ein Teilmonopol zu. Zu den öffentlichen Aufgaben zählten auch Tätigkeiten der Beschwerdegegnerin 1, die der gesetzlich vorgeschriebenen Sicherung des Rentendeckungskapitals dienten, was insbesondere auf die Kapitalanlage in Liegenschaften und alle damit zusammenhängenden Tätigkeiten zutreffe. Der Beschwerdeführer als Bereichsleiter Immobilien der Finanzabteilung habe damit öffentliche Funktionen wahrgenommen und werde folglich vom funktionellen Beamtenbegriff erfasst (angefochtenes Urteil S. 15).
4.2.2 Die Vorinstanz betont, der Beschwerdeführer sei im Zeitpunkt der ersten ihm zur Last gelegten Tat bereits über ein Jahr in einer Kaderfunktion für die Beschwerdegegnerin 1 an deren Hauptsitz tätig gewesen. Als für den Immobilienbereich verantwortlicher Kaderangestellter der Beschwerdegegnerin 1 habe er gewusst, dass diese die öffentlichen Aufgaben einer Sozialversicherung wahrnehme, welche ihre Prämiengelder auf institutionelle Art und Weise unter anderem in Immobilien anlege. Er sei sich daher bewusst gewesen, als Beamter im Rechtssinne zu handeln (angefochtenes Urteil S. 29 und S. 44).
4.3 Der strafrechtliche Beamtenbegriff im Sinne von <ref-law> erfasst sowohl institutionelle als auch funktionelle Beamte. Erstere sind die Beamten im öffentlichrechtlichen Sinn sowie Angestellte im öffentlichen Dienst. Bei Letzteren ist es nicht von Bedeutung, in welcher Rechtsform diese für das Gemeinwesen tätig sind. Das Verhältnis kann öffentlichrechtlich oder privatrechtlich sein. Entscheidend ist vielmehr die Funktion der Verrichtungen. Bestehen diese in der Erfüllung öffentlicher Aufgaben, so sind die Tätigkeiten amtlich und die sie verrichtenden Personen Beamte im Sinne des Strafrechts (Mark Pieth, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, 2. Aufl., 2007, Art. 322ter N. 4; Daniel Jositsch, Das Schweizerische Korruptionsstrafrecht Art. 322ter bis <ref-law>, 2004, S. 314 f.; Marco Balmelli, Die Bestechungstatbestände des schweizerischen Strafgesetzbuches, 1996, S. 103; Rolf Kaiser, Die Bestechung von Beamten unter Berücksichtigung des Vorentwurfs zur Revision des schweizerischen Korruptionsstrafrechts, Diss. Zürich 1999, S. 92 ff.).
In der Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes (Revision des Korruptionsstrafrechts) sowie über den Beitritt der Schweiz zum Übereinkommen über die Bekämpfung der Bestechung ausländischer Amtsträger im internationalen Geschäftsverkehr vom 19. April 1999 (BBl 1999 5497 ff.) wird zur Illustration des strafrechtlichen Beamtenbegriffs folgendes Beispiel angeführt (BBl 1999 5525): "Eine Beamtin der staatlichen Liegenschaftsverwaltung X nimmt ihr nicht gebührende Vorteile für Wohnungszuweisungen entgegen. Sie kontrahiert namens des Staates mit den jeweiligen Mietern privatrechtlich und unterscheidet sich in ihrer Tätigkeit an sich nicht vom Angestellten einer privaten Liegenschaftsverwaltung. Dennoch rechtfertigt die Tatsache, dass sie Angestellte der staatlichen Liegenschaftsverwaltung ist, den strafrechtlichen Schutz des Vertrauens der Allgemeinheit in die Objektivität ihrer Tätigkeit. Die Liegenschaftsverwalterin ist auf Grund ihrer eigenen institutionellen Einbindung in die staatliche Organisation als Beamtin im Sinne von Artikel 110 Ziffer 4 Satz 1 StGB zu qualifizieren. Die privatrechtliche Natur der Kundenbeziehung ändert daran nichts."
4.4 Ausgehend von der dargestellten Rechtslage hat die Vorinstanz die (funktionelle) Beamteneigenschaft des Beschwerdeführers zutreffend bejaht. Entscheidend ist, dass die Beschwerdegegnerin 1 als selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes (vgl. Art. 61 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über die Unfallversicherung [UVG]; SR 832.20), welcher im Bereich der Unfallversicherung ein Teilmonopol zukommt, öffentliche Aufgaben ausübt, so dass sich der strafrechtliche Schutz des Vertrauens der Allgemeinheit in die Objektivität der Tätigkeit der Beschwerdegegnerin 1 rechtfertigt. Dies gilt insbesondere auch für den Bereich der Immobilienverwaltung, da diese der Sicherung der Renten der Versicherten dient.
4.5 Des Weiteren hat die Vorinstanz willkürfrei festgestellt, der Beschwerdeführer habe als für den Immobilienbereich verantwortlicher Kaderangestellter der Beschwerdegegnerin 1 um die öffentlichen Aufgaben der Beschwerdegegnerin 1 als Sozialversicherung gewusst und sei sich folglich auch bewusst gewesen, mit der von ihm getätigten Anlage der Prämiengelder in Immobilien als Beamter im strafrechtlichen Sinne zu handeln. Dass die Anklage keine detaillierten Ausführungen zum subjektiven Tatbestand enthält, bedeutet keine Verletzung des Anklagegrundsatzes, war für den Beschwerdeführer doch hinreichend klar, dass ihm vorgeworfen wird, wissentlich und willentlich als Beamter agiert und mit seinem Vorgehen bei den Liegenschaftsverkäufen die Beschwerdegegnerin 1 geschädigt zu haben. Vor diesem Hintergrund ist insbesondere nicht ersichtlich, inwieweit der Beschwerdeführer in der Ausübung seiner Verteidigungsrechte tangiert gewesen sein sollte (vgl. zum Ganzen auch sogleich E. 5.2).
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht in Bezug auf seine Verurteilung wegen ungetreuer Amtsführung vorab eine Verletzung des Anklagegrundsatzes geltend. Die Anklage enthalte keinerlei Ausführungen zu den von ihm anscheinend zu wahrenden öffentlichen Interessen und umschreibe damit nicht sämtliche Tatbestandsmerkmale der ungetreuen Amtsführung. Ihn trotzdem wegen dieses Delikts zu verurteilen, verstosse daher gegen den Anklagegrundsatz (Beschwerde S. 16 f.; S. 48 f.).
Zudem habe die Vorinstanz explizit festgestellt, dass die Anklage den eigentlichen Verkauf der Liegenschaften nicht umschreibe, sondern, dass die angeklagte Tathandlung in der täuschenden Antragstellung an den IAA bestehe. Sämtliche Handlungen, welche nach dem Beschluss des IAA vorgenommen worden seien, wie die Festsetzung des Verkaufspreises und die Auswahl der Käuferschaft, seien daher irrelevant, weil sie nicht angeklagt seien (Beschwerde S. 49 ff.).
Ferner habe ihm die Vorinstanz den Vorbehalt abweichender rechtlicher Würdigung so spät mitgeteilt, dass ihm nicht ausreichend Zeit verblieben sei, sich hierauf vorzubereiten. Letztlich sei ihm zur Neuausrichtung seiner Verteidigung lediglich ein Arbeitstag verblieben. Unter den konkreten Umständen wäre die Vorinstanz verpflichtet gewesen, die Verhandlung von Amtes wegen auszusetzen (Beschwerde S. 17 f.).
Im Übrigen habe er in jedem Fall einen Anspruch darauf, explizit vom Vorwurf des Betrugs freigesprochen zu werden (Beschwerde S. 22 f.).
5.2 Der Anklagegrundsatz dient dem Schutz der Verteidigungsrechte der beschuldigten Person und konkretisiert insofern das Prinzip der Gehörsgewährung (<ref-law> und Art. 6 EMRK; <ref-ruling> E. 2b). Nach diesem Grundsatz bestimmt die Anklage das Prozessthema. Gegenstand des gerichtlichen Verfahrens können nur Sachverhalte sein, die der beschuldigten Person in der Anklageschrift vorgeworfen werden. Diese muss die Person des Angeklagten sowie die ihm zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise umschreiben, dass die Vorwürfe im objektiven und subjektiven Bereich genügend konkretisiert sind (Umgrenzungsfunktion). An diese Anklage ist das Gericht gebunden. Die Anklage fixiert somit das Verfahrens- und Urteilsthema (Immutabilitätsprinzip). Zum anderen vermittelt sie der angeschuldigten Person die für die Durchführung des Verfahrens und die Verteidigung notwendigen Informationen (Informationsfunktion). Beiden Funktionen kommt gleiches Gewicht zu (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b und c; Robert Hauser/Erhard Schweri/Karl Hartmann, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl., 2005, § 50 N. 6 ff.; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl., 2004, N. 140 ff.).
5.3 Als Immobilienverwalter der Beschwerdegegnerin 1 war der Beschwerdeführer für die Anlage und Bewirtschaftung des der obligatorischen Unfallversicherung dienenden Rentendeckungskapitals verantwortlich. Dass ihm angelastet wird, diese öffentlichen Interessen nicht gewahrt zu haben, ergibt sich aus dem in der Anklage umschriebenen Sachverhalt. Eine Verletzung des Anklagegrundsatzes liegt insoweit nicht vor.
Des Weiteren hat die Vorinstanz im angefochtenen Urteil zwar festgestellt, die Anklage umschreibe den eigentlichen Verkauf der Liegenschaft nicht näher. Hingegen äussert sich die Anklage entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers sehr wohl zur Festsetzung der Höhe des Verkaufspreises durch T._ und zur Auswahl der Käuferschaft. Gegenteiliges lässt sich auch dem angefochtenen Urteil nicht entnehmen. Diese Vorgänge sind somit Teil des angeklagten Sachverhalts.
Die Vorinstanz hat am 19. November 2007 anlässlich der Hauptverhandlung dem Beschwerdeführer in Anwendung von Art. 170 BStP bekannt gegeben, der Anklagesachverhalt betreffend Betrug zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 1 werde auch unter dem Gesichtspunkt der ungetreuen Amtsführung gewürdigt. Das Plädoyer des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers fand am 23. November 2007 statt. Die in Aussicht gestellte abweichende rechtliche Würdigung verlangte keine Neuausrichtung der Verteidigung, wie der Beschwerdeführer behauptet. Die sich im Rahmen der Beweiswürdigung stellenden Fragen blieben weitestgehend dieselben und die Zeit, um sich auf die in Bezug auf den Tatbestand der ungetreuen Amtsführung stellenden Rechtsfragen vorbereiten zu können, ist als ausreichend einzustufen. Im Übrigen wäre es dem Beschwerdeführer ausdrücklich offen gestanden, einen Antrag auf Verschiebung der Verhandlung zu stellen.
Wo das Gericht aufgrund eines Würdigungsvorbehalts einer abweichenden tatbestandsmässigen oder rechtlichen Beurteilung seinem Entscheid einen andern als den zur Anklage gebrachten Straftatbestand zugrunde legt, lautet der Schuldspruch auf diesen. Ein Freispruch vom angeklagten Delikt hat hingegen nicht zu erfolgen (Hauser/Schweri/Hartmann, a.a.O., § 50 N. 11a). Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer damit zu Recht nicht explizit vom Vorwurf des Betrugs freigesprochen.
5.4 In materieller Hinsicht bringt der Beschwerdeführer betreffend die Verurteilung wegen ungetreuer Amtsführung insbesondere vor, er habe weder über formelle noch faktische Entscheidkompetenz verfügt, sondern dem IAA einzig Empfehlungen abgegeben (vgl. Beschwerde S. 50 ff. und S. 61). Zudem stelle die Verleitung des Entscheidgremiums zu einem Rechtsgeschäft kein rechtsgeschäftliches Handeln dar, zumal nicht ersichtlich sei, inwiefern er den IAA getäuscht haben soll (Beschwerde S. 62 f.). Des Weiteren sei der Beschwerdegegnerin 1 kein Vermögensschaden entstanden, denn die von ihm dem IAA beantragten Mindestverkaufspreise hätten dem tatsächlichen Wert der Liegenschaften entsprochen (vgl. Beschwerde S. 68 ff.). Auch der subjektive Tatbestand sei nicht erfüllt, da sein (angeblicher) Vorsatz zur Schädigung von öffentlichen Interessen nicht nachgewiesen sei (Beschwerde S. 83 ff.).
5.4 In materieller Hinsicht bringt der Beschwerdeführer betreffend die Verurteilung wegen ungetreuer Amtsführung insbesondere vor, er habe weder über formelle noch faktische Entscheidkompetenz verfügt, sondern dem IAA einzig Empfehlungen abgegeben (vgl. Beschwerde S. 50 ff. und S. 61). Zudem stelle die Verleitung des Entscheidgremiums zu einem Rechtsgeschäft kein rechtsgeschäftliches Handeln dar, zumal nicht ersichtlich sei, inwiefern er den IAA getäuscht haben soll (Beschwerde S. 62 f.). Des Weiteren sei der Beschwerdegegnerin 1 kein Vermögensschaden entstanden, denn die von ihm dem IAA beantragten Mindestverkaufspreise hätten dem tatsächlichen Wert der Liegenschaften entsprochen (vgl. Beschwerde S. 68 ff.). Auch der subjektive Tatbestand sei nicht erfüllt, da sein (angeblicher) Vorsatz zur Schädigung von öffentlichen Interessen nicht nachgewiesen sei (Beschwerde S. 83 ff.).
5.5 5.5.1 Die Vorinstanz hat erwogen, der Beschwerdeführer habe im Rahmen der Verkäufe der Liegenschaften Viganello, Paradiso, Bellinzona und Pontico Virunio in mehrfacher Hinsicht pflichtwidrig gehandelt. Eine erste Pflichtverletzung sei darin zu erblicken, dass er dem für den Verkaufsentscheid zuständigen IAA Mängel und Unregelmässigkeiten in seinen Devestitionsanträgen bewusst vorenthalten und gestützt darauf in diesem Gremium zu tiefe Mindestverkaufspreise durchgesetzt habe. So habe der Beschwerdeführer sich bei seinen Verkaufsanträgen jeweils auf Verkehrswertschätzungen von U._ abgestützt, auf welche er vorgängig Einfluss genommen habe, so dass die Schätzungen einen teilweise wesentlich unter dem tatsächlichen Marktwert liegenden Verkehrswert ausgewiesen hätten. Eine weitere Pflichtwidrigkeit sei darin zu erblicken, dass der Beschwerdeführer die Liegenschaften allesamt ausschliesslich T._ zum Mindestverkaufspreis gemäss dem Beschluss des IAA zum Kauf angeboten habe, ohne zu versuchen, auf dem freien Markt den je bestmöglichen Kaufpreis zu lösen (angefochtenes Urteil S. 23 f.).
Die Vorinstanz hält weiter fest, der Beschwerdeführer sei sich bewusst gewesen, dass die Liegenschaften einen wesentlich höheren Verkehrswert aufgewiesen hätten als jenen, den er seinen Anträgen an den IAA zugrunde gelegt habe (angefochtenes Urteil S. 29). Er habe mit seinem Handeln seinen Willen manifestiert, die von ihm zu wahrenden öffentlichen Interessen zu schädigen. Da die Liegenschaften schliesslich zu wesentlich unter den Marktwerten liegenden Preisen veräussert worden seien, sei bei der Beschwerdegegnerin 1 zudem auch tatsächlich ein Vermögensschaden eingetreten (angefochtenes Urteil S. 43). Überdies habe der Beschwerdeführer in Vorteilsabsicht gehandelt, indem er im Zusammenhang mit den Liegenschaftsgeschäften die entsprechenden "Provisionen" von T._ entgegengenommen habe (angefochtenes Urteil S. 44 f.).
5.5.2 Aktenmässig sei erstellt, dass T._ auch die Kaufpreise der Liegenschaften Casteldavesco, Kriens und Piazzale alla Valle festgesetzt habe, bevor der IAA über deren Verkauf und den Mindestverkaufserlös entschieden habe. Der Beschwerdeführer (Liegenschaften Casteldavesco und Piazzale alla Valle) und V._ (Liegenschaft Kriens) hätten alsdann gestützt auf die von ihnen beeinflussten Verkehrswertschätzungen den Preisvorstellungen von T._ entsprechende Verkaufsanträge an den IAA gestellt und in diesem Gremium vertreten. Der Vermögensschaden der Beschwerdegegnerin 1 bestehe in der Höhe der Differenz zwischen dem effektiv erreichbaren Verkaufspreis und den tatsächlich gelösten Preisen. Der Beschwerdeführer habe auch bei diesen Geschäften in Schädigungs- und Vorteilsabsicht gehandelt (angefochtenes Urteil S. 57 ff.).
5.5.3 Ferner - so betont die Vorinstanz weiter - habe der Beschwerdeführer auch in Bezug auf die "Provision der Liegenschaft Kriens" den Tatbestand der ungetreuen Amtsführung erfüllt. Er sei als Bereichsleiter Immobilien der Beschwerdegegnerin 1 und als Mitaktionär der R._ AG auf der Verkäufer- wie auf der Käuferseite beteiligt gewesen und habe V._ angewiesen, S._ eine Vermittlungsprovision zu offerieren, obwohl keinerlei Vermittlungsbedarf bestanden habe. Der Beschwerdeführer habe mithin S._ als Vermittler vorgeschoben, um seine Beteiligung seitens der Käuferin nicht offenlegen zu müssen. Die die Beschwerdegegnerin 1 schädigende Vermögensdisposition von Fr. 107'600.-- sei dem Beschwerdeführer zuzurechnen, welcher sich mit seinem Vorgehen zulasten seiner Arbeitgeberin unrechtmässig bereichert habe (angefochtenes Urteil S. 65 ff.).
5.6 Gemäss <ref-law> mit der Marginalie "Ungetreue Amtsführung" werden Beamte, die bei einem Rechtsgeschäft die von ihnen zu wahrenden öffentlichen Interessen schädigen, um sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen, mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder mit Geldstrafe bestraft. Mit der Freiheitsstrafe ist eine Geldstrafe zu verbinden.
Subjektiv erfordert die ungetreue Amtsführung einerseits Vorsatz, d.h. das Wissen um die Schädigung öffentlicher Interessen sowie den Willen dazu, und andererseits die Absicht, sich oder einem anderen einen unrechtmässigen Vermögensvorteil zu verschaffen. Der Vorteil muss sich für einen Dritten aus dem Rechtsgeschäft selbst ergeben (Marcel Alexander Niggli, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, 2. Aufl., 2007, Art. 314 N. 26 ff.; vgl. auch Günter Stratenwerth/Felix Bommer, Schweizerisches Strafrecht, Bes. Teil II, 6. Aufl. 2008, § 57 N. 29).
5.7 Soweit der Beschwerdeführer in tatsächlicher Hinsicht behauptet, die beantragten Mindestverkaufspreise hätten dem Verkehrswert der Liegenschaften entsprochen, kann ihm nicht gefolgt werden.
Die Vorinstanz hat willkürfrei dargelegt, weshalb sie bei der Verkehrswertschätzung auf die Gutachten von N._ abgestellt und daher die Verkaufspreise sämtlicher Liegenschaften als deutlich unter dem Verkehrswert liegend eingestuft hat. Des Weiteren hat die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen, gefolgert, T._ habe die Verkaufspreise für die von ihm erworbenen Liegenschaften bereits im Voraus festgelegt. Gestützt auf den erstellten Sachverhalt verletzt der Schluss der Vorinstanz, der Beschwerdegegnerin 1 sei durch die Liegenschaftsverkäufe ein Vermögensschaden erwachsen, kein Bundesrecht.
5.8 In <ref-ruling> E. 1a hat das Bundesgericht erwogen, ein Beamter, welcher selbst zwar keine endgültigen Entscheidungen treffe, jedoch aufgrund seines Fachwissens und seiner Stellung faktische Entscheidungskompetenz habe, könne den Tatbestand von <ref-law> erfüllen. Denn wer als Beamter einen Entscheid derart beeinflusse, könne die öffentlichen Interessen auch schädigen, wenn er nicht selbst formell entscheide.
An dieser Rechtsprechung ist - trotz Kritik in der Lehre (vgl. Niggli, a.a.O., Art. 314 N. 11) - festzuhalten. Der Unrechtsgehalt der ungetreuen Amtsführung besteht darin, dass der Beamte bei einem Rechtsgeschäft - vorliegend beim Verkauf von Liegenschaften - private Interessen auf Kosten der öffentlichen bevorzugt. Für die Schädigung der öffentlichen Interessen ist - wie der zu beurteilende Fall deutlich macht - aber keine formelle Entscheidungskompetenz erforderlich, sondern es reicht aus, dass der Beschwerdeführer aufgrund seines Fachwissens und seiner Position in dem Sinne Einfluss auf den IAA nehmen konnte, dass dieser den Liegenschaftsverkäufen zu deutlich unter dem Marktwert liegenden Verkaufspreisen zugestimmt hat. Der IAA ist in allen zu beurteilenden Fällen den Empfehlungen des Beschwerdeführers gefolgt, was untermauert, dass diesem faktische Entscheidkompetenz zukam.
5.9 Wie die Vorinstanz ohne Verstoss gegen <ref-law> erwogen hat, wusste der Beschwerdeführer, dass die tatsächlichen Verkehrswerte der Liegenschaften deutlich über den von T._ (beziehungsweise den von diesem beherrschten Gesellschaften) bezahlten Verkaufspreisen lagen. Zudem liess sich der Beschwerdeführer seine Dienste von T._ mit über Fr. 1 Mio. entschädigen. Er hat damit vorsätzlich und in Vorteilsabsicht gegen die ihm als Immobilienverwalter obliegenden Pflichten, die Liegenschaften im Interesse der Beschwerdegegnerin 1 zu verwalten, verstossen.
Der Schuldspruch wegen ungetreuer Amtsführung ist folglich zusammenfassend nicht zu beanstanden.
6. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung und rügt eine Verletzung der Begründungspflicht nach <ref-law>, einen Verstoss gegen das Doppelverwertungsverbot sowie die Nicht-Beachtung wesentlicher Strafzumessungsgesichtspunkte.
6.1 Die Vorinstanz hat erwogen, bei der Bemessung des Strafrahmens sei aufgrund der Tatmehrheit von der Strafandrohung der schwersten Straftat auszugehen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), welche um die Hälfte zu erhöhen sei. Der Beschwerdeführer sei der Dreh- und Angelpunkt gewesen und habe eine grosse kriminelle Energie freigesetzt. Er habe aus eigennützigen Motiven gehandelt und skrupellos Dritte eingespannt, um sich persönlich zu bereichern. Reue oder Einsicht habe er keine an den Tag gelegt. Insgesamt treffe ihn ein schweres Verschulden. Ferner wirkten die Tatmehrheit, die hohe Deliktssumme, der Missbrauch seiner Vertrauensstellung innerhalb der Beschwerdegegnerin 1 und der Umstand, dass er in seiner Beamteneigenschaft das Ansehen der öffentlichen Institution Beschwerdegegnerin 1 geschädigt habe, straferhöhend. Strafmilderungsgründe lägen keine vor. Die Vorinstanz hält weiter fest, der Beschwerdeführer lebe in geordneten Verhältnissen, sei nicht vorbestraft und habe sich seit den hier zu beurteilenden Taten wohl verhalten. Nach dem Gesagten wirkten sich die Täterkomponenten leicht zu seinen Gunsten aus.
Damit stünden im Ergebnis einem schweren Verschulden leicht strafmindernde Faktoren gegenüber. Dem Verschulden angemessen erscheine eine Freiheitsstrafe von 42 Monaten verbunden mit einer Geldstrafe zu 90 Tagessätzen à Fr. 150.--. Während für eine Freiheitsstrafe von über zwei Jahren der bedingte Vollzug ausgeschlossen sei, könne die nach <ref-law> zwingend auszusprechende Geldstrafe bedingt angeordnet werden (angefochtenes Urteil S. 78).
6.2 Der Beschwerdeführer bringt hiergegen vor, die Vorinstanz begründe die getroffenen Annahmen, wonach er den Dreh- und Angelpunkt der Straftaten gebildet, mit grosser krimineller Energie, skrupellos und in der Absicht persönlicher Bereicherung gehandelt und keine Reue oder Einsicht gezeigt habe, nicht hinreichend. Das Doppelverwertungsverbot sei verletzt worden, indem die Vorinstanz das Tatmotiv des Verschaffens finanzieller Vorteile, den Missbrauch einer Vertrauensstellung und die Schädigung des Ansehens der Beschwerdegegnerin 1 straferhöhend berücksichtigt habe, obwohl diese Umstände bereits Merkmale des gesetzlichen Tatbestands bildeten. Des Weiteren habe die Tatmehrheit bereits zur Erhöhung des Strafrahmens geführt; dieser Aspekt könne daher im Rahmen der Strafzumessung nicht (nochmals) straferhöhend gewichtet werden. Ausgeblendet geblieben seien im angefochtenen Urteil namentlich seine Wiedergutmachung des Schadens, seine Geständnisbereitschaft und sein kooperatives Verhalten, seine Strafempfindlichkeit, die Sühne durch die 96-tägige Untersuchungshaft sowie die mediale Vorverurteilung. Diese Umstände aber hätten sich zwingend strafmindernd auswirken müssen (Beschwerde S. 88 ff.).
6.3 Gemäss <ref-law> misst das Gericht die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Die Bewertung des Verschuldens wird in <ref-law> dahingehend präzisiert, dass dieses nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt wird, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Nach <ref-law> hat das Gericht die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten.
Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 6.1; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 4a).
6.4 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz dargelegt, weshalb sie auf ein schweres Verschulden geschlossen hat (angefochtenes Urteil S. 78). Ihre Ausführungen sind insoweit zwar knapp, aber ausreichend.
Des Weiteren konnte die Vorinstanz, ohne gegen das Doppelverwertungsverbot zu verstossen, das Ausmass der finanziellen Vorteile, des Missbrauchs der Vertrauensstellung und der Schädigung des Ansehens der Beschwerdegegnerin 1 berücksichtigen und im Ergebnis straferhöhend gewichten (vgl. hierzu Hans Wiprächtiger, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch I, 2. Aufl., 2007, Art. 47 N. 77). Dass die Vorinstanz in Verletzung des Doppelverwertungsverbots die Tatmehrheit zwei Mal zum Nachteil des Beschwerdeführers einbezogen hätte, lässt sich aus den Erwägungen im angefochtenen Urteil nicht folgern.
Die Vorinstanz hat, wie dargelegt, die Täterkomponenten leicht zu Gunsten des Beschwerdeführers gewichtet. Entgegen dessen Vorbringen, verletzt es kein Bundesrecht, dass sie die Strafe nicht noch zusätzlich gemindert hat. Dass der Beschwerdeführer der Rückübertragung der Liegenschaften zugestimmt und sich ausdrücklich damit einverstanden erklärt hat, dass die beschlagnahmte Provisionszahlung von Fr. 1 Mio. zurückerstattet wird, hat unter dem Titel der Wiedergutmachung des Schadens nicht zwingend zu einer Strafminderung zu führen, da der Beschwerdeführer sich gegen die Rückübertragung der Liegenschaften und die Rückzahlung der Gelder ohnehin nicht hätte zur Wehr setzen können und es daher an der Freiwilligkeit fehlt. Des Weiteren ist die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht willkürfrei davon ausgegangen, der Beschwerdeführer habe sich weder reuig noch einsichtig und damit auch nicht geständig oder kooperativ gezeigt. Ebenso wenig kann dem Beschwerdeführer entgegen seiner Behauptung eine über das durchschnittliche Mass hinausreichende Strafempfindlichkeit bescheinigt werden. Die Verbüssung einer Freiheitsstrafe ist für jeden in ein familiäres Umfeld eingebetteten Beschuldigten mit einer gewissen Härte verbunden. Als unmittelbare gesetzmässige Folge jeder Sanktion darf diese Konsequenz jedoch nur bei Vorliegen aussergewöhnlicher Umstände (erheblich) strafmindernd wirken (Wiprächtiger, a.a.O., Art. 47 N. 118). Ebenso wenig ist es zu beanstanden, dass die Vorinstanz der erstandenen Untersuchungshaft, welche sie auf die Strafe angerechnet hat, nicht mit einer Herabsetzung der Strafe Rechnung getragen hat. Soweit der Beschwerdeführer schliesslich eine mediale Vorverurteilung geltend macht, legt er nicht hinreichend dar, dass und inwiefern die Berichterstattungen in den Medien die Grundsätze der Unschuldsvermutung verletzt und ihn vorverurteilt hätten. Ebenso wenig ist ersichtlich, dass eine besonders intensive Berichterstattung in den Medien zu einer überdurchschnittlich hohen Belastung für den Beschwerdeführer geführt hätte, welche sich strafmindernd auswirken müsste.
6.5 Der von der Vorinstanz zusammenfassend gezogene Schluss, in Würdigung aller massgeblichen Strafzumessungsgründe erscheine eine Freiheitsstrafe von 31⁄2 Jahren sowie eine Geldstrafe von 90 Tagessätzen à Fr. 150.-- angemessen, hält der bundesgerichtlichen Rechtskontrolle stand.
Hingegen verletzt es Bundesrecht, die Geldstrafe bedingt auszusprechen. Wenn eine Strafdrohung, wie dies bei <ref-law> der Fall ist, die Verbindung der Freiheitsstrafe mit einer Geldstrafe obligatorisch vorsieht und eine unbedingte Freiheitsstrafe verhängt wird, so muss diese zwingend mit einer unbedingten Geldstrafe verbunden werden (Botschaft zur Änderung des Strafgesetzbuches in der Fassung vom 13. Dezember 2002 und des Militärstrafgesetzes in der Fassung vom 21. März 2003 [BBl 2005 4689 ff., 4707]). Vorliegend kommt hinzu, dass eine über dreijährige Freiheitsstrafe verhängt wurde.
Einer Abänderung des angefochtenen Urteils zu Ungunsten des Beschwerdeführers steht jedoch das Verbot der "reformatio in peius" (Schlechterstellungsverbot) entgegen, welches für das bundesgerichtliche Verfahren aus <ref-law> abgeleitet wird, wonach das Bundesgericht nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen darf (<ref-ruling> E. 6). Die im angefochtenen Urteil ausgesprochene Sanktion ist damit im Ergebnis zu bestätigen.
7. 7.1 Im Kostenpunkt beanstandet der Beschwerdeführer schliesslich die Auferlegung der Untersuchungshaftkosten von Fr. 15'361.20. Der mitangeklagte T._ sei zwei Tage länger als er in Untersuchungshaft genommen worden, ohne dass diesem jedoch insoweit Haftkosten in Rechnung gestellt worden seien. Der Betrag von Fr. 15'361.20 sei sämtlichen Beschuldigten anteilsmässig zu überbinden (Beschwerde S. 106).
7.2 Die Vorinstanz hat demgegenüber erwogen, jede verurteilte Person habe die sie betreffenden Untersuchungshaftkosten zu tragen, eine anteilsmässige Auflage der Haftkosten des Beschwerdeführers zu Lasten sämtlicher Beschuldigter komme daher nicht in Betracht (angefochtenes Urteil S. 87).
7.3 Diesen Ausführungen ist zuzustimmen. Aus dem Kostenantrag der Beschwerdegegnerin 2 an die Vorinstanz vom 21. November 2007 (vorinstanzliche Akten act. 89.710.001) unter Beilage der Abrechnung des Dipartimento delle Finanze e dell'Economia (vorinstanzliche Akten act. 89.710.004) ergibt sich, dass die Untersuchungshaftkosten von Fr. 15'361.20 (72 Tage à Fr. 213.35) einzig den Beschwerdeführer betreffen. Diese Kosten können daher den übrigen Mitbeschuldigten nicht überbunden werden, und der Beschwerdeführer kann aus seinem Vergleich mit dem mitangeklagten T._ nichts zu seinen Gunsten ableiten.
8. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer grundsätzlich die Kosten des Verfahrens (<ref-law>). Er stellt indes ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG. Dieses kann bewilligt werden, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen, diese ausreichend belegt ist (<ref-ruling> E. 4) und seine Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war. Dem Beschwerdeführer sind deshalb keine Kosten aufzuerlegen. Seinem Vertreter ist aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Urs Rudolf, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner