Faits:
A. G._, née en 1959, a travaillé depuis le 26 février 2002 en qualité d'assistante d'un responsable de la clientèle auprès de X._ En 2005, son salaire annuel était de 96'060 fr.
Le 7 décembre 2005, l'intéressée a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité en raison de problèmes lombaires. Il ressort d'un rapport du docteur R._, spécialiste FMH en neurochirurgie, du 21 juin 2005, que l'assurée est en incapacité de travail totale depuis le 11 juin 2004 en raison d'une instabilité lombaire de L3 à S1. Dans un rapport ultérieur, du 31 janvier 2006, le docteur R._ a fait état d'une hernie discale L5-S1 avec décompensation et instabilité lombaire secondaire. L'incapacité de travail était toujours totale à cette date.
En juin 2006, l'assurée a présenté un carcinome canalaire invasif avec composante de carcinome canalaire in situ nécessitant la mise en place d'un traitement de chimiothérapie puis de radiothérapie. L'incapacité de travail était totale depuis la mi-juin 2006 (rapport de la doctoresse T._, spécialiste FMH en médecine interne, oncologie et hématologie, du 14 septembre 2006).
Le 16 janvier 2007, le docteur R._ a mentionné la persistance d'un syndrome vertébral chronique lombaire, en sus du carcinome du sein droit opéré et conclu qu'en l'état des choses, une reprise du travail était impossible. Le même jour, la doctoresse T._ a indiqué que l'assurée était désormais en fin de traitement adjuvant de chimiothérapie et radiothérapie mais que le pronostic était toujours réservé dans le cadre d'un carcinome du sein.
L'assurée a été soumise à une expertise rhumatologique par le docteur M._, spécialiste FMH en rhumatologie, médecine interne et médecine du sport. Dans son rapport du 18 avril 2007, ce dernier a posé le diagnostic de lombalgies chroniques et de status après cure de hernie discale L5-S1 le 18 novembre 2002, status après stabilisation inter-épineuse L4-L5 et L5-S1 par appareillage DIAM le 16 juin 2004 et status après ablation des deux DIAM L4-L5 et L5-S1 et mise en place de deux X-stop L3-L4 et L4-L5 le 25 février 2005. Sur le plan rhumatologique, l'expert a conclu à une capacité de travail de 70 % dans une activité légère, excluant le port de charges au-delà de 10 kg et les mouvements répétitifs en porte-à-faux du rachis mais permettant l'alternance des positions assise et debout, compte tenu de sa diminution de rendement. Il précisait qu'aucun élément objectif ne lui permettait de se prononcer sur une capacité de travail exigible antérieure à la date de son expertise et ajoutait que d'un point de vue professionnel, c'était vraisemblablement dans son activité d'employée de bureau que l'assurée était le plus à même de mettre en valeur sa capacité de travail résiduelle.
Dans un rapport du 19 septembre 2007, la doctoresse S._, médecin-conseil auprès du Service médical régional de l'AI, a estimé que l'assurée avait présenté une incapacité de travail totale de longue durée, d'abord en raison de problèmes lombaires puis en raison d'un problème oncologique. Néanmoins, depuis le 16 janvier 2007, une capacité de travail était exigible tant sur le plan somatique que rhumatologique. La reprise de l'activité habituelle à 70 % devait se faire progressivement, sur quelques semaines.
Par décision du 18 mars 2008, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'OAI) a alloué à l'assurée une rente entière d'invalidité du 1er juin 2005 au 30 avril 2007. Pour la période postérieure à cette date, l'OAI a supprimé le droit à la rente, motif pris qu'à partir du 16 janvier 2007, la capacité de travail exigible était de 70 % dans toute activité légère.
B. G._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal des assurances sociales de la République et canton de Genève, en concluant à son annulation et à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité au moins.
Par jugement du 14 janvier 2009, la juridiction cantonale a admis le recours formé par l'assurée et réformé la décision du 18 mars 2008, en ce sens que l'assurée avait droit à une demi-rente d'invalidité à compter du 1er mai 2007.
C. L'OAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation, en ce sens que l'assurée est mise au bénéfice d'un quart de rente d'invalidité à partir du 1er mai 2007.
G._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués. Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
1.2 Conformément aux principes relatifs au pouvoir d'examen du Tribunal fédéral développés dans l'<ref-ruling> consid. 3 p. 397 s., les règles légales et jurisprudentielles sur la manière d'effectuer la comparaison des revenus (prévue à l'<ref-law>), y compris celles concernant l'utilisation de l'Enquête suisse sur la structure des salaires (ESS), relèvent de questions de droit. Sous cet angle, la constatation des deux revenus hypothétiques à comparer est une question de fait, dans la mesure où elle repose sur une appréciation concrète des preuves; il s'agit en revanche d'une question de droit si elle se fonde sur l'expérience générale de la vie. Ainsi, relèvent du droit les questions de savoir si les salaires statistiques de l'ESS sont applicables, quel tableau statistique est déterminant et s'il y a lieu de procéder à un abattement en raison de circonstances particulières (liées au handicap de la personne ou d'autres facteurs). L'étendue de l'abattement (justifié dans un cas concret) constitue une question typique relevant du pouvoir d'appréciation, qui est soumise à l'examen du juge de dernière instance uniquement si la juridiction cantonale a exercé celui-ci de manière contraire au droit, soit a commis un excès positif (Ermessensüberschreitung) ou négatif (Ermessensunterschreitung) de son pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 399).
2. Le litige porte sur le point de savoir si c'est à bon droit que la juridiction cantonale a octroyé à l'intimée une demi-rente d'invalidité à partir du 1er mai 2007. Dans ce contexte, seul est contesté le montant du revenu d'invalide retenu par le tribunal des assurances du canton de Genève.
3. 3.1 La juridiction cantonale a fait siennes les conclusions de l'expert M._ (rapport du 18 avril 2007), selon lesquelles l'assurée disposait d'une capacité de travail résiduelle de 70 % dans son ancienne activité d'employée de bureau. Pour évaluer le revenu d'invalide, les premiers juges ont pris en compte le salaire auquel pouvaient prétendre les femmes ayant des connaissances professionnelles spécialisées dans les secteurs privé et public, soit durant l'année 2006, 5'014 fr. par mois (Enquête suisse sur la structure des salaires 2006 [ESS], TA7, niveau de qualification 3). Adapté à l'horaire de travail usuel de 41,7 heures dans les entreprises en 2007 (62'725 fr. 15) et à l'évolution des salaires nominaux (63'659 fr. 40), le revenu annuel auquel pouvait prétendre l'intimée a été fixé à 42'333 fr. 50 pour 2007, compte tenu d'un taux d'activité réduit à 70 % et d'un abattement de 5 % (63'659 fr. 40 - 5 % x 70 %). Comparant ce gain à un revenu annuel sans invalidité de 99'159 fr. 40, les premiers juges ont considéré que le taux d'invalidité de 57,3 % ouvrait droit à une demi-rente.
3.2 L'office recourant conteste uniquement le montant du revenu d'invalide. En premier lieu, il reproche aux premiers juges de s'être fondés sur la valeur moyenne statistique de l'ensemble des activités avec connaissances professionnelles spécialisées et de n'avoir pas retenu le salaire statistique de la branche économique correspondant à l'activité la mieux adaptée à l'intimée, soit sans conteste celui ressortant du chiffre 22 du tableau ESS, compte tenu de l'ancienne activité de secrétaire, laquelle était conforme à la formation apprise, à l'expérience acquise et aux compétences de l'assurée. Le recourant estime par ailleurs que les premiers juges ont fait preuve d'arbitraire en procédant à un abattement du revenu d'invalide dès lors que ni l'ancienneté, ni la nationalité ni l'âge ni les limitations fonctionnelles, déjà prises en compte dans le taux d'activité réduit de 70 %, ne permettaient de procéder à un quelconque abattement.
4. 4.1 Selon la jurisprudence, le revenu d'invalide doit être évalué avant tout en fonction de la situation professionnelle concrète de l'assuré. En l'absence d'un revenu effectivement réalisé, la jurisprudence considère que le revenu d'invalide peut être évalué sur la base des statistiques salariales (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 475; <ref-ruling> consid. 3b/aa p. 76 et les références). Dans ce cas, il convient de se fonder, en règle générale, sur les salaires mensuels indiqués dans la table ESS TA1, à la ligne «total secteur privé» (<ref-ruling> consid. 3b/aa p. 323). Toutefois, lorsque cela apparaît indiqué dans un cas concret pour permettre à l'assuré de mettre pleinement à profit sa capacité résiduelle de travail, il y a lieu parfois de se référer aux salaires mensuels de secteurs particuliers (secteur 2 [production] ou 3 [services]), voire à des branches particulières. Tel est notamment le cas lorsque avant l'atteinte à la santé, l'assuré a travaillé dans un domaine pendant de nombreuses années et qu'une activité dans un autre domaine n'entre pas en ligne de compte. En outre, lorsque les circonstances du cas concret le justifient, on peut s'écarter de la table TA1 (secteur privé) pour se référer à la table TA7 (secteur privé et secteur public [Confédération] ensemble), si cela permet de fixer plus précisément le revenu d'invalide et que le secteur en question est adapté et exigible (arrêt 9C_237/2007 du 24 août 2007 consid. 5.1, non publié aux <ref-ruling>, et les références citées).
En l'espèce, tant l'office recourant que les premiers juges ont considéré que l'intimée disposait d'une capacité résiduelle de travail de 70 % dans son ancienne profession d'assistante d'un conseiller à la clientèle du domaine bancaire. Dans cette activité, qu'elle exerçait à 100 %, l'intimée réalisait un revenu annuel brut de 96'451 fr. en 2005. Compte tenu de ces circonstances particulières et de la nécessité de fixer le plus précisément possible le revenu d'invalide conformément à la jurisprudence, il convient de s'écarter de la table TA1 et de se référer à la table TA7; toutefois, contrairement au choix opéré par les premiers juges, il s'agit de se référer au domaine «secrétariat, travaux de chancellerie», niveau de qualification 3. Le montant indiqué pour 2006, soit 5'675 fr., correspond à un horaire de travail de 40 heures, de sorte qu'il doit être porté à 6'011 fr. pour tenir compte d'un horaire hebdomadaire en 2007 de 41,7 heures (La Vie économique, 10-2009, p. 90, table B9.2) et d'une évolution des salaires de 1,6 % par rapport à l'année 2006 (La Vie économique, 10-2009, p. 91, table B10.2). Le montant du revenu d'invalide ainsi obtenu pour un plein temps, à savoir 72'120 fr. (6'010 fr. x 12) reste encore largement inférieur au salaire obtenu par l'intimée dans son ancienne activité d'assistante d'un conseiller à la clientèle d'une banque.
4.2 En ce qui concerne l'étendue de l'abattement du salaire statistique, comme argumente le recourant, il est vrai que l'assurée est en dessous du seuil à partir duquel le Tribunal fédéral parle d'un âge avancé et que ses limitations fonctionnelles ont été expressément prises en compte dans le taux d'activité réduit de 70 %; toutefois, le taux d'activité partiel de l'intimée est susceptible d'avoir une influence sur son revenu. Cela dit, et vu les circonstances du cas d'espèce, la réduction de 5 % opérée par la juridiction cantonale sur le revenu d'invalide n'apparaît pas, sous l'angle des critères pertinents (ATF <ref-ruling>), contraire aux règles jurisprudentielles en la matière.
Compte tenu d'une capacité de travail de 70 % et d'une déduction de 5 % sur le salaire statistique, le revenu d'invalide s'élève à 47'959 fr. 80. En comparant ce montant avec le revenu sans invalidité de 99'159 fr. 40 (non contesté), on obtient un taux d'incapacité de gain de 52 % (arrondi), lequel ouvre le droit à une demi-rente d'invalidité.
Aussi, la décision des premiers juges reconnaissant le droit de l'intimée à une demi-rentre d'invalidité à partir du 1er mai 2007 s'avère conforme au droit fédéral. Le recours se révèle dès lors mal fondé.
5. L'OAI, qui succombe, supportera les frais judiciaires de la présente procédure (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et versera à l'intimée une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., ont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimée la somme de 1'500 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, à l'Office fédéral des assurances sociales et à la Caisse cantonale genevoise de compensation.
Lucerne, le 20 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz