A.- Mit Verfügung vom 16. April 1999 lehnte das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) das Übertrittsbegehren der Ausgleichskasse des Schweizer Hotelier-Vereins (SHV) und des Schweizer Reisebüro-Verbandes (SRV) (nachstehend:
Ausgleichskasse Hotela) vom 21. Oktober 1998, wonach das Pflegeheim L._, die Seniorenresidenz A._, das Pflegeheim S._, das Alters- und Pflegeheim W._ und das Privataltersheim V._ per 1. Januar 1999 ihr anzuschliessen und der von der Ausgleichskasse des Kantons Bern hiegegen auf die entsprechenden Mutationsmeldungen hin erhobene Einspruch zu verwerfen seien, ab, indem es festhielt, diese Heime würden wie bis anhin der kantonalen Ausgleichskasse angehören.
B.- Die Ausgleichskasse Hotela führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Begehren, es seien die Verfügung des BSV vom 16. April 1999 aufzuheben und das Gesuch um Übertritt der betroffenen fünf Alters- und Pflegeheime auf den 1. Januar 1998 (recte: 1999) gutzuheissen.
Das Pflegeheim L._, das Alters- und Pflegeheim W._ und das Pflegeheim S._, alle vertreten durch C._, sowie die Seniorenresidenz A._ und das Privataltersheim V._ unterstützen den Antrag der Beschwerde führenden Kasse.
Das BSV und die als Mitinteressierte zur Stellungnahme eingeladene Ausgleichskasse des Kantons Bern schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
C.- Am 4. November 1999 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht die Ausgleichskasse Hotela in einem andern ebenfalls von dieser anhängig gemachten Verfahren aufgefordert, die zur Zeit des Erwerbs der Verbandsmitgliedschaft der betroffenen Heime gültigen Statuten und Reglemente des SHV einschliesslich der seitherigen Änderungen einzureichen.
Die von der Ausgleichskasse Hotela in der Folge beigebrachten Statuten von 1918 und 1967 sowie die Statuten mit Ausführungsreglement von 1989 sind zu den Akten des vorliegenden Verfahrens genommen worden. Zu diesen neu aufgelegten Unterlagen hat sich die kantonale Ausgleichskasse am 20. Januar 2000 geäussert, während das BSV mit Eingabe vom 3. Januar 2000 auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet hat. Von den ebenfalls zur Stellungnahme eingeladenen fünf Heimen hat sich das Privataltersheim V._ nicht vernehmen lassen, während die übrigen vier an ihrem Standpunkt festhalten.
Am 26. Januar 2000 hat die Ausgleichskasse Hotela dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine zusätzliche Eingabe, welcher eine Kopie der auf den 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Statuten des SHV beilag, zukommen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach <ref-law> entscheidet das BSV Streitigkeiten über die Kassenzugehörigkeit (Satz 1); sein Entscheid kann von den beteiligten Ausgleichskassen und vom Betroffenen innert 30 Tagen seit Erhalt der Mitteilung über die Kassenzugehörigkeit angerufen werden (Satz 2).
a) Entscheide über die Kassenzugehörigkeit sind demnach in erster Instanz vom BSV zu erlassen (vgl. <ref-ruling> ff. Erw. 1). Gemäss Art. 98 lit. c in Verbindung mit Art. 128 OG ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig gegen Verfügungen u.a. der den Departementen unterstellten Dienstabteilungen, mithin der Bundesämter; verfügen diese als erste Instanzen, kann Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben werden, soweit das Bundesrecht sie gegen diese Verfügungen vorsieht (Art. 98 lit. c in fine OG). Diese Voraussetzung trifft vorliegend zu, erklärt doch <ref-law> unmittelbar die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Verfügungen des BSV als zulässig.
b) Da die angefochtene Verfügung des BSV nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen betrifft, richtet sich die Kognition des Eidgenössischen Versicherungsgerichts nach Art. 104 und 105 OG. Es hat daher nur zu prüfen, ob Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, verletzt wurde oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt unrichtig oder unvollständig festgestellt worden ist (Art. 104 lit. a und b OG). An die vorinstanzliche Feststellung des Sachverhalts ist es nicht gebunden, weil nicht eine Rekurskommission oder ein kantonales Gericht im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG entschieden hat. Einer Überprüfung durch das Eidgenössische Versicherungsgericht entzogen ist hingegen die Angemessenheit der angefochtenen Verfügung (ZAK 1988 S. 34 Erw. 1 mit Hinweis).
2.- a) Nach <ref-law> werden den Verbandsausgleichskassen alle Arbeitgeber und Selbstständigerwerbenden angeschlossen, die einem Gründerverband angehören (Satz 1); Arbeitgeber oder Selbstständigerwerbende, die sowohl einem Berufsverband wie einem zwischenberuflichen Verband angehören, werden nach freier Wahl der Ausgleichskasse eines der beiden Verbände angeschlossen (Satz 2). Den kantonalen Ausgleichskassen werden demgegenüber laut <ref-law> alle Arbeitgeber und Selbstständigerwerbenden angeschlossen, die keinem Gründerverband einer Verbandsausgleichskasse angehören, ferner die Nichterwerbstätigen und die versicherten Arbeitnehmer nicht beitragspflichtiger Arbeitgeber.
b) <ref-law> sieht vor, dass ein Wechsel der Ausgleichskasse nur zulässig ist, wenn die Voraussetzungen für den Anschluss an die bisherige Ausgleichskasse dahinfallen. Gemäss Abs. 2 dieser Bestimmung vermag der Erwerb der Mitgliedschaft eines Gründerverbandes den Anschluss an die betreffende Verbandsausgleichskasse nicht zu begründen, wenn er ausschliesslich zu diesem Zweck erfolgt ist und kein anderes wesentliches Interesse an der Verbandsmitgliedschaft nachgewiesen wird. Wie das BSV in der angefochtenen Verfügung vom 16. April 1999 zutreffend festgehalten hat, ist der Anschluss an eine Verbandsausgleichskasse nach der Rechtsprechung nur zu verweigern, wenn der objektive Nachweis eines nebst der Kassenzugehörigkeit anderen wesentlichen Interesses an der Verbandsmitgliedschaft nicht gelingt (ZAK 1988 S. 34 Erw. 2 mit Hinweis). Objektive Gesichtspunkte lassen sich dabei durch die Berücksichtigung der Interessenlage und der statutenmässigen Zwecksetzung des betreffenden Gründerverbandes gewinnen (ZAK 1953 S. 139).
3.- Für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens entscheidend ist, ob die in der angefochtenen Verfügung des BSV vom 16. April 1999 erfolgte Verneinung eines - abgesehen vom Interesse an der Zugehörigkeit zur Ausgleichskasse Hotela - anderen wesentlichen Interesses der zur Diskussion stehenden Heime an der Mitgliedschaft beim SHV als Gründerverband der Ausgleichskasse Hotela bundesrechtskonform ist.
a) Das BSV ist zur Auffassung gelangt, die betroffenen Alters- und Pflegeheime hätten mit Hotellerie, Gastgewerbe und Fremdenverkehr im engeren Sinne nichts zu tun, weshalb der SHV für sie einen branchenfremden Berufsverband darstelle. Weiter prüfte es die von der Beschwerde führenden Ausgleichskasse als Nachweis eines wesentlichen Interesses an der Vereinsmitgliedschaft der Heime angeführten Umstände unter Berücksichtigung der ihm zur Verfügung stehenden Statuten, insbesondere der statutarischen Zweckbestimmung des Vereins. Dabei räumte es ein, sowohl Hotels als auch Pflegeheime wiesen einen Beherbergungs- und Verpflegungsbereich auf. Damit hörten die Gemeinsamkeiten aber bereits auf. Im Betreuungs- und Pflegebereich seien Pflegeheime auch bezüglich Infrastruktur eher mit einem Spital oder einer Klinik vergleichbar. Ferner seien die vom SHV angebotenen Dienstleistungen nicht spezifisch auf Pflegeheime zugeschnitten, könnten davon doch grundsätzlich alle Betriebe mit einer Kantine und/oder Übernachtungsmöglichkeiten profitieren. Überdies würden auch die brancheneigenen Verbände eine breite Palette speziell auf die Bedürfnisse von Alters- und Pflegeheimen abgestimmter Leistungen anbieten, sodass die nicht sozialversicherungsrechtlichen Dienstleistungen des SHV für die Heime trotz einer gewissen gemeinsamen Interessenlage nicht von besonderem Nutzen seien.
Auf Grund dieser Überlegungen lehnte das BSV den beantragten Kassenwechsel gestützt auf <ref-law> demnach ab, weil die Alters- und Pflegeheime, abgesehen vom Anschluss an die Ausgleichskasse Hotela, an dem in der Förderung des Hotellerie- und Gastgewerbewesens bestehenden Zweck des SHV und damit an einer Vereinsmitgliedschaft trotz allfälliger gemeinsamer Interessenlage kein im vorliegenden Zusammenhang wesentliches Interesse hätten.
b) Damit hat sich das BSV in der angefochtenen Verfügung vom 16. April 1999 mit den für und gegen die Zulässigkeit des fraglichen Kassenwechsels sprechenden Argumenten gründlich auseinandergesetzt und die Motive für seinen ablehnenden Standpunkt auf objektive Kriterien bezogen dargelegt. Es hat sich dabei von sachgerechten Überlegungen leiten lassen und ernsthafte Gründe angeführt, die für seinen Entscheid sprechen. Dafür, dass die angefochtene Verfügung unter diesen Umständen mit der bundesrechtlichen Ordnung nicht vereinbar sein sollte, bestehen keine Anhaltspunkte. Im Übrigen billigt <ref-law> dem Bundesamt beim Entscheid über einen Kassenwechsel einen gewissen Ermessensspielraum zu, in welchen einzugreifen dem Eidgenössischen Versicherungsgericht auf Grund der ihm im Rahmen der Kontrolle diesbezüglicher Verfügungen zustehenden Überprüfungsbefugnis (Erw. 1b) verwehrt ist. Von einer Überschreitung oder einem Missbrauch des Ermessens kann nicht gesprochen werden.
Einzuräumen ist, dass die angefochtene Verfügung vom 16. April 1999 insofern auf einer unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts beruht hat, als es die Beschwerde führende Ausgleichskasse unterlassen hat, dem BSV die im massgeblichen Zeitpunkt des gewünschten Kassenwechsels gültigen Statuten und Reglemente des SHV einzureichen. Dieser Mangel hat im vorliegenden Verfahren, in welchem das Eidgenössische Versicherungsgericht an die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen nicht gebunden ist (Erw. 1b), behoben werden können. In den auf Aufforderung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vollständig beigebrachten Statuten und dem dazugehörigen Ausführungsreglement des SHV in deren auf den 1. Januar 1989 in Kraft getretenen und bis Ende 1999 gültig gewesenen Fassung findet der vom BSV eingenommene Standpunkt eine Stütze. Nach Art. 2 Abs. 1 der Statuten des SHV ist Zweck des Vereins, seine Mitglieder in ihren unternehmerischen und beruflichen Belangen zu unterstützen, ihre Interessen zu vertreten und das Ansehen von Hotellerie, Gastgewerbe und Tourismus zu fördern. Gemäss Art. 6 Abs. 1 gehören zur Kategorie der Betriebsmitglieder (Art. 5 Abs. 1 lit. a) Firmen in jeder juristischen Form, welche als Eigentümer, Mieter oder im Managementvertrag ein Hotel oder Restaurant betreiben. Ausdrücklich nicht als Hotel im Sinne der Statuten gelten laut Art. 2 Abs. 2 des Ausführungsreglementes Alters- und Pflegeheime.
Diese Regelung bekräftigt die vom BSV vertretene Auffassung, wonach die Interessenverfolgung der zur Diskussion stehenden Heime vom Vereinszweck des SHV nicht unmittelbar miterfasst wird und der SHV insofern einen branchenfremden Verband darstellt. Die Heime sind denn vom SHV auch nur als Passivmitglieder aufgenommen worden.
Nichts zur Argumentation der Beschwerde führenden Ausgleichskasse beizutragen vermag demgegenüber deren Berufung auf den in Art. 9 Abs. 1 der bis Ende 1988 gültig gewesenen Vereinsstatuten verwendeten Begriff "Institut mit Pensionären".
Massgebend für die Beurteilung des vorliegenden Falles sind einzig die im Zeitpunkt, auf welchen der beabsichtigte Kassenübertritt erfolgen sollte, mithin die am 1. Januar 1999 gültig gewesenen Statuten. Die am 26. Januar 2000 nachträglich eingereichten neuen Statuten des SHV müssen demnach, weil sie erst auf den 1. Januar 2000 in Kraft getreten sind, bei der Prüfung der Zulässigkeit des auf den 1. Januar 1999 verlangten Kassenwechsels ebenfalls unbeachtlich bleiben.
c) Die Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vermögen an diesem Ergebnis nichts zu ändern. Die Heime haben zur Hauptsache betriebswirtschaftliche Interessen am Beitritt zum SHV geltend gemacht. Dabei hat das Bundesamt nicht etwa übersehen, dass einzelne der vom SHV angebotenen Dienstleistungen auch Alters- und Pflegeheimen zugute kommen können. Diesen Umstand hat es jedoch nicht als für die Bejahung eines wesentlichen Interesses an der Vereinsmitgliedschaft im Sinne von <ref-law> genügend qualifiziert.
Im Hinblick darauf, dass die von den Heimen erwarteten Dienstleistungen nach der statutarischen Ordnung des SHV gar nicht zu dessen Vereinszweck zu zählen sind (Erw. 3b), lässt sich dies nicht beanstanden. Dass - wie das BSV argumentiert - die mit der Mitgliedschaft im SHV verbundenen Vorteile auch von andern, den betroffenen Heimen näher stehenden Organisationen wie etwa dem Verband Bernischer Alterseinrichtungen angeboten werden, schliesst das Bestehen eines wesentlichen Interesses an der Vereinsmitgliedschaft zwar nicht zum Vornherein aus, kann aber doch als Indiz für die dem Vereinsbeitritt zu Grunde liegende Motivation in die Beurteilung miteinbezogen werden. Zu beachten ist, dass die Angebote des SHV grundsätzlich für Betriebe verschiedenster, auch nicht auf dessen Zweckorientierung ausgerichteter Berufsgattungen nutzbringend sein können. Allein aus der sich beratend und unterstützend manifestierenden und der Aufgabenbewältigung der Betriebsleitung der Heime allenfalls dienlichen Vereinsaktivität kann deshalb noch nicht auf eine besondere Interessenverbundenheit geschlossen werden, welche der bundesamtlichen Erkenntnis im vorliegenden Fall entgegenstehen würde. Die von der Beschwerde führenden Ausgleichskasse geltend gemachten Gemeinsamkeiten betreffen denn auch nur einen - je nach Betriebskonzept unterschiedlich bedeutsamen - Teilbereich des gesamten Aufgabenspektrums. Die für Alters- und Pflegeheime primär typische Zielsetzung, Betagten und Pflegebedürftigen im Rahmen einer ihrer Lebenslage gerecht werdenden Wohn- und Aufenthaltssituation die notwendige Betreuung zukommen zu lassen und ihnen damit die Möglichkeit zu einer sinnvollen Lebensgestaltung zu bieten, wird von den im massgebenden Beurteilungszeitpunkt vorwiegend im Fremdenverkehrsbereich anzusiedelnden Bestrebungen des SHV demgegenüber höchstens am Rande berührt.
4.- Da weder eine Bundesrechtsverletzung vorliegt (Art. 104 lit. a OG) noch von einer unrichtigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gesprochen werden kann (Art. 104 lit. b OG), hält der Entscheid des BSV, wonach die fünf betroffenen Alters- und Pflegeheime die Voraussetzungen für einen Kassenwechsel nicht erfüllen, einer Überprüfung durch das Eidgenössische Versicherungsgericht stand. Es muss deshalb mit der Verweigerung des beantragten Kassenübertritts, der nach Ansicht des BSV auch zu einer nach Massgabe von <ref-law> zu vermeidenden ungerechtfertigten Benachteiligung der kantonalen Ausgleichskasse führen würde, sein Bewenden haben.
5.- Weil nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen streitig war, ist das Verfahren kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario). Die Kosten sind von der unterliegenden Ausgleichskasse zu tragen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000. - werden der Ausgleichskasse des Schweizer Hotelier-Vereins und des Schweizer Reisebüro-Verbandes auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, der Ausgleichskasse des Kantons Bern, dem Pflegeheim L._, der Seniorenresidenz A._, dem Pflegeheim S._, dem Alters- und Pflegeheim W._ und dem Privataltersheim V._ zugestellt.
Luzern, 2. August 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: