(Haftentlassung), hat sich ergeben:
A.- S._ wurde am 9. November 1999 unter dem Verdacht der am 13. Juli 1998 erfolgten Tötung seines Vaters verhaftet und in Untersuchungshaft genommen. Anlässlich seiner Einvernahme vom gleichen Tag und vom 17. November 1999 legte er ein umfassendes Geständnis ab. Am 18. Dezember 1999 stellte er ein Haftentlassungsgesuch, welches der Haftrichter des Bezirkes Meilen mit Verfügung vom 21. Dezember 1999 abwies.
B.- Gegen diesen Entscheid führt S._ mit Eingabe vom 5. Januar 2000 staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung der persönlichen Freiheit. Er beantragt, die Verfügung vom 21. Dezember 1999 sei aufzuheben und er sei unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen, allenfalls unter Ansetzung einer angemessenen Fluchtkaution.
Die Bezirksanwaltschaft Meilen beantragt die Abweisung der Beschwerde. Der Haftrichter des Bezirkes Meilen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Mit einer staatsrechtlichen Beschwerde, die sich gegen die Aufrechterhaltung der Haft richtet, kann in Abweichung vom Grundsatz der kassatorischen Natur der Beschwerde nicht nur die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, sondern ausserdem die Entlassung aus der Haft verlangt werden (<ref-ruling> E. 4a und b/aa; <ref-ruling> E. 5c; <ref-ruling> E. 1a, je mit Hinweisen).
Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass, so dass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.- Bei staatsrechtlichen Beschwerden, die gestützt auf das verfassungsmässige Recht der persönlichen Freiheit wegen der Ablehnung eines Haftentlassungsgesuchs erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs die Auslegung und Anwendung des entsprechenden kantonalen Rechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Instanz willkürlich sind (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3a, 268 E. 2d, je mit Hinweisen).
3.- a) Gemäss § 58 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich (StPO) ist die Anordnung oder Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft zulässig, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und überdies Flucht-, Kollusions- oder Wiederholungsgefahr besteht. Wiederholungsgefahr liegt gemäss Zürcher Strafprozessrecht vor, wenn "aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss", der Angeschuldigte werde, "nachdem er bereits zahlreiche Verbrechen oder erhebliche Vergehen verübt hat, erneut solche Straftaten begehen" (<ref-law>). <ref-law> erlaubt ausserdem die Anordnung von Untersuchungshaft, wenn der Angeschuldigte dringend verdächtigt wird, ein Verbrechen in strafbarer Weise versucht oder vorbereitet zu haben, und wenn aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, er werde die Tat ausführen.
b) Der Haftrichter erwog, der Beschwerdeführer habe am 10. September 1999 in eine Klinik eingewiesen werden müssen, weil er sich seit einem Verkehrsunfall psychisch stark verändert, in diesem Zustand ein Schwert gekauft und zu Hause gegenüber seiner Mutter geäussert habe, er werde denjenigen, der sie als Nächster bedrohe, mit diesem umbringen.
Der Beschwerdeführer habe nach einem damals (in einem gerichtlichen Verfahren betreffend fürsorgerischen Freiheitsentzug) zu Protokoll gegebenen Gutachten an "einer akuten schizophreniformen psychotischen Störung" gelitten, die sich in wahnhaften Ideen geäussert habe, beispielsweise in der Vorstellung, dass die Freundin seines verstorbenen Vaters schon vier Mordanschläge auf seine Mutter verübt habe. Die Gutachterin habe dem Beschwerdeführer sowohl eine hohe Selbst- als auch eine hohe Drittgefährdung attestiert. Es bestehe damit eine konkrete Wiederholungsgefahr, zumindest bis aufgrund einer entsprechenden psychiatrischen Begutachtung des Beschwerdeführers davon ausgegangen werden könne, dass sein Delikt auf einen besonderen, einmaligen Lebenssachverhalt zurückzuführen sei. Ersatzanordnungen im Sinne der §§ 72 und 73 StPO anstelle von Untersuchungshaft würden sich als ungenügend erweisen.
c) Der Beschwerdeführer macht geltend, es könne vorliegend von vornherein nicht von einer konkreten Wiederholungsgefahr die Rede sein, weshalb sich auch die Bezirksanwaltschaft zu Recht nicht auf diesen Haftgrund berufen habe. Der Haftgrund der Wiederholungsgefahr nach <ref-law> setze voraus, dass der Täter bereits zahlreiche Verbrechen oder erhebliche Vergehen begangen habe. Er sei daher bei Vorliegen lediglich eines Vordeliktes, so schwer dieses auch wiegen möge, zum Vornherein nicht anwendbar. Es könne dahingestellt bleiben, wie ernst die Äusserung des Beschwerdeführers zu nehmen sei, er werde den Nächsten, der seine Mutter bedrohe, mit seinem Schwert umbringen. Da sie von vornherein nicht strafrechtlich erfassbar sei, lasse sich damit auch nicht die für die Annahme der Wiederholungsgefahr erforderliche Vielzahl von Delikten konstruieren.
Ebenso wenig sei der Haftgrund der Ausführungsgefahr gegeben, die einigermassen konkret sein müsse. In der Tatsache, dass der Beschwerdeführer ein Schwert besessen habe, von dem er gesagt habe, dass er es bei einem rechtswidrigen Angriff gegen seine Mutter einsetzen würde, könne bei weitem noch nicht die Vorbereitung eines konkreten Verbrechens erblickt werden, auf welche ein dringender Verdacht bestehen müsste.
Eine allfällige Selbst- und/oder Drittgefährdung vermöge die fehlenden Haftgründe, da sie weder strafrechtlich noch strafprozessual erfassbar sei, nicht zu ersetzen. Die Gutachterin habe die Fremdgefährdung im vorangegangenen Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zudem nur als "recht hoch", nicht als hoch eingestuft.
d) Der Einzelrichter begründete seinen Entscheid mit "Wiederholungsgefahr", ohne sich auf eine bestimmte Gesetzesbestimmung zu beziehen.
Dem Beschwerdeführer wird nur eine einzige Vortat vorgeworfen. Der Wortlaut von <ref-law> wie auch die Lehre fordern aber für den Haftgrund der Wiederholungsgefahr "zahlreiche" bzw. "mindestens mehr als zwei" schwere Vordelikte (Donatsch, in: Donatsch/Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1. Lieferung, März 1996, N. 50 zu § 58). Wie sich aus der Begründung des angefochtenen Entscheids ergibt, hat der Haftrichter hingegen nicht eine Wiederholungsgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 3 als gegeben erachtet, sondern sinngemäss eine Ausführungsgefahr im Sinne von <ref-law>, wenn er diese auch als "Wiederholungsgefahr" bezeichnete. Der Haftgrund der Ausführungsgefahr im Sinne von <ref-law> ist vom angestrebten Ziel her mit demjenigen der Wiederholungsgefahr eng verwandt. Sinn und Zweck der Anordnung von Haft wegen Wiederholungsgefahr im Sinne von <ref-law> ist die Verhütung von Verbrechen; die Haft ist somit überwiegend Präventivhaft. Dasselbe gilt für Haft wegen Ausführungsgefahr im Sinne von <ref-law>, die verhindern soll, dass ein Angeschuldigter wegen Fehlens eines traditionellen Haftgrundes in die Freiheit entlassen werden müsste, obschon konkret zu befürchten ist, er werde dann eine bestimmte Straftat verüben (vgl. Donatsch, a.a.O., Rz. 47 und 61 zu § 58; Rehberg/Hohl, Die Revision des Zürcher Strafprozessrechts von 1991, Zürich 1992, S. 33).
e) Die Notwendigkeit, den Angeschuldigten an der Begehung einer strafbaren Handlung zu hindern, somit Spezialprävention, wird von Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK ausdrücklich als Haftgrund anerkannt (<ref-ruling> E. 4c S. 365 f.; <ref-ruling> E. 2c, S. 270).
Da Präventivhaft einen schwerwiegenden Eingriff in das Recht der persönlichen Freiheit darstellt, muss sie auf einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein. Die Anordnung von Untersuchungshaft wegen Fortsetzungsgefahr ist verhältnismässig, wenn einerseits die Rückfallprognose sehr ungünstig und anderseits die zu befürchtenden Delikte von schwerer Natur sind. Die rein hypothetische Möglichkeit der Verübung weiterer Delikte sowie die Wahrscheinlichkeit, dass nur geringfügige Straftaten verübt werden, reichen dagegen nicht aus, um eine Präventivhaft zu begründen. Schliesslich gilt auch bei der Präventivhaft - wie bei den übrigen Haftarten -, dass sie nur als ultima ratio angeordnet oder aufrechterhalten werden darf. Wo sie durch mildere Massnahmen (wie z.B. ärztliche Betreuung, regelmässige Meldung bei einer Amtsstelle, Anordnung von anderen evtl. stationären Betreuungsmassnahmen etc.) ersetzt werden kann, muss von der Anordnung oder Fortdauer der Haft abgesehen und an ihrer Stelle eine dieser Ersatzmassnahmen angeordnet werden (<ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 5 S. 213; <ref-ruling> E. 2c S. 271, je mit Hinweisen).
f) Nach dem Wortlaut von § 58 Abs. 2 (i.V.m.
Abs. 1) StPO ist der Haftgrund der Ausführungsgefahr gegeben, wenn der Angeschuldigte dringend verdächtigt wird, ein Verbrechen in strafbarer Weise versucht oder vorbereitet zu haben, und wenn aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, er werde die Tat ausführen.
aa) Es kann dahingestellt bleiben, ob dem Beschwerdeführer bezüglich weiterer zu befürchtender Tötungsdelikte ein strafbarer Versuch oder strafbare Vorbereitungshandlungen vorgeworfen werden können. Die Gesetzmässigkeit einer vorwiegenden Präventivhaft kann, wie das Bundesgericht in einem die in Frage stehende Bestimmung der zürcherischen StPO betreffenden Fall erkannt hat, nicht allein dann gegeben sein, wenn der Haftgrund streng dem Wortlaut der gesetzlichen Bestimmungen entspricht, auf die sich die Haft stützt. Es genügt, dass besondere Tatsachen vorliegen, die dem im Gesetz ausdrücklich genannten Haftgrund bzw. dessen Voraussetzungen im Lichte des Zwecks der Bestimmung gleichgestellt werden können, wenn diese Gleichstellung angesichts des schweren Grundrechtseingriffs auch nur in engen Grenzen zulässig ist. Der dringende Verdacht eines in strafbarer Weise versuchten oder vorbereiteten Verbrechens begründet grundsätzlich die Gefahr, dass ein Angeschuldigter das Verbrechen tatsächlich begehen bzw. wiederholen könnte. Angesichts von Sinn und Zweck des Haftgrundes von <ref-law>, die Begehung von Verbrechen bei entsprechender konkreter Gefahr durch Haftanordnung zu verhindern, ist es zulässig, die Regelung auf andere Anlasstaten als die im Gesetz ausdrücklich erwähnten anzuwenden, sofern diese in Bezug auf die Begründung der Gefahr der Ausführung eines Verbrechens in jeder Hinsicht vergleichbar sind. So darf es einem in strafbarer Weise versuchten oder vorbereiteten Verbrechen gleichgestellt werden, wenn bereits eine entsprechende Tat vollendet wurde und aufgrund ernst zu nehmender Drohungen eine Vertiefung des Schadens befürchtet werden muss (<ref-ruling> E. 4 mit Hinweisen).
bb) Was die konkreten Anhaltspunkte betrifft, die nach <ref-law> für die Annahme der Ausführungsgefahr vorausgesetzt werden, so ist es nicht erforderlich, dass der Verdächtige konkrete Anstalten getroffen hat, um das befürchtete Verbrechen zu vollenden. Vielmehr genügt es, wenn sich aufgrund der persönlichen Verhältnisse des Verdächtigen sowie der Umstände ergibt, dass die Wahrscheinlichkeit einer Ausführung als sehr hoch erachtet werden muss. Die Abschätzung des Wahrscheinlichkeitsgrades ist aufgrund einer Gesamtwertung aller massgeblichen Aspekte zu treffen (<ref-ruling> E. 5 mit Hinweisen). Bei der Annahme, dass der Angeschuldigte weitere Verbrechen oder Vergehen begehen könnte, ist Zurückhaltung geboten. Andererseits darf bei Gewalttaten von der Schwere einer Tötung an die Annahme von Wiederholungs- bzw. Ausführungsgefahr kein allzu hoher Massstab gelegt werden. Besonders bei drohenden schweren Gewaltverbrechen ist dabei auch dem psychischen Zustand des Verdächtigen bzw. seiner Unberechenbarkeit oder Aggressivität Rechnung zu tragen. Anders zu entscheiden hiesse, die potentiellen Opfer von neuerlichen Taten aufgrund plötzlich auftretender wahnhafter Vorstellungen des Beschwerdeführers einem nicht verantwortbaren Risiko auszusetzen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2c und e S. 271 ff. sowie die obige Erwägung 3e).
g) Der Beschwerdeführer hat nicht mit der Tötung einer konkreten Person gedroht, sondern erklärt, er werde denjenigen umbringen, der seine Mutter als Nächster bedrohe.
Der behandelnde Arzt in der psychiatrischen Klinik Schlössli attestierte, der Beschwerdeführer befinde sich in einem "psychotischen Zustand mit schwankendem Affekt (erhöhte und spontane Reizbarkeit bis Aggressivität) und mit unberechenbarem Verhalten". Auch die unabhängige Gutachterin im Verfahren betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung im Herbst 1999 bestätigte, dass eine "recht hohe" Suizid- und Fremdgefährdung vorliege. Sie gab ferner zu Protokoll, dass der Beschwerdeführer unter wahnhaften Ideen leide, auf seine Mutter würden Mordanschläge verübt, vor denen er diese mit einem bereits gekauften Schwert schützen müsse, und dass er sogar zu wissen glaube, wer hinter den Anschlägen stecke.
Der Haftrichter hat unter den gegebenen Umständen zu Recht bejaht, dass eine hohe Gefahr besteht, der Beschwerdeführer könnte an einer in seinen Wahnvorstellungen als Bedroher seiner Mutter erscheinenden Person ein Verbrechen ausführen.
Es bestehen hinreichend konkrete Anhaltspunkte für die Annahme einer hohen Ausführungsgefahr.
h) Der Haftrichter hat die Fortsetzung der Haft bis zum 9. Februar 2000 bewilligt und bestimmt, dass bis zu diesem Datum kein neues Haftentlassungsgesuch zugelassen werde (<ref-law>). Er erwog, dass die Gründe für die Annahme der Flucht- und Wiederholungsgefahr bis zum Vorliegen eines zumindest vorläufigen Bescheids des (bereits beauftragten) psychiatrischen Gutachters betreffend Massnahmebedürftigkeit des Beschwerdeführers weiterhin als gegeben erscheine. Der Beschwerdeführer wendet sich nicht gegen die angeordnete Sperrfrist für ein neues Haftentlassungsgesuch. Er macht nur geltend, es wäre anstelle von Haft ein fürsorgerischer Freiheitsentzug (<ref-law>) zu prüfen gewesen.
Der Beschwerdeführer wird sich bis Ende Februar/ Anfangs März 2000 während rund vier Monaten in Haft befunden haben. Angesichts der Schwere der im Fall einer Freilassung zu befürchtenden Straftaten erweist sich diese Dauer nicht als unverhältnismässig. Nach dem vorstehend Dargelegten ist ein wirksamer Schutz von Dritten aufgrund der gegenwärtigen Aktenlage nur mit einer Aufrechterhaltung der Haft gewährleistet (vgl. BGE <ref-ruling> E. 5 letzter Absatz). Wie aus den Akten hervorgeht, kann bis im Februar 2000 mit einem vorläufigen Bescheid des psychiatrischen Gutachters betreffend Massnahmebedürftigkeit des Beschwerdeführers i.S.v.
<ref-law> gerechnet werden. Nach Eintreffen dieses Bescheides wird die Berechtigung der Haft neu zu prüfen sein, allenfalls auch, ob an Stelle einer Fortsetzung der Haft die Anordnung anderer Massnahmen, etwa solcher fürsorgerischer Natur, in Frage kommt (vgl. ähnlich <ref-ruling> E. 6).
i) Die Aufrechterhaltung der Haft wegen Wiederholungs- bzw. Ausführungsgefahr verstösst damit nicht gegen das verfassungsmässige Recht der persönlichen Freiheit. Ob der Haftrichter die bestrittene Fluchtgefahr zu Recht bejaht hat, kann demnach offen bleiben.
4.- Nach dem Dargelegten ist die Beschwerde unbegründet und daher abzuweisen.
Bei diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Dem Beschwerdeführer wird eine Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Bezirksanwaltschaft Meilen, Büro C, und dem Bezirksgericht Meilen, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: