Sachverhalt:
A. Am 14. November 2006 erteilte die Baubehörde Meilen der Sunrise Communications AG die baurechtliche Bewilligung für die Erstellung einer Mobilfunk-Antennenanlage auf dem Dach des Wohnhauses an der Wampflenstrasse 93 in Meilen.
Dagegen erhoben A._ und weitere Anwohner Rekurs bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich. Diese wies den Rekurs am 19. August 2008 ab.
B. Dagegen erhoben A._ und Konsorten Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde teilweise gut und ergänzte die Baubewilligung vom 14. November 2006 um folgende Auflagen:
"2a. Der Baubehörde ist vor Baubeginn entweder eine Vollmacht an die Alcatel-Lucent Schweiz AG zur Unterzeichnung des Standortdatenblatts oder ein von der Sunrise Communications AG gültig unterzeichnetes Exemplar des Standortdatenblatts vom 23. Februar 2009 einzureichen."
"Spätestens 60 Tage nach Erteilung der Bezugsbewilligung für das Neubauvorhaben auf Kat.-Nr. 10109 zu erfüllende Auflage:
Beim Grundstück Kat.-Nr. 10109 (Pkt. 8b) ist die in Disp.-Ziff. I/3 beschriebene Kontrollmessung ebenfalls vorzunehmen."
Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid haben A._ und die im Rubrum genannten weiteren Personen am 14. Oktober 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, soweit damit die von den Beschwerdeführenden erhobene Beschwerde abgewiesen wurde. Die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Alcatel-Lucent Schweiz AG schliesst namens der Sunrise Communications AG (im Folgenden: Beschwerdegegnerin) auf Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des angefochtenen Entscheids. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Baubehörde Meilen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts bundesumweltrechtskonform und die Einwände der Beschwerdeführer unbegründet seien.
In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.
E. Mit Verfügung vom 5. November 2009 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist einzutreten (Art. 82 ff.).
2. Zunächst sind die formellen Rügen zu prüfen, welche die Beschwerdeführer im Zusammenhang mit dem Standortdatenblatt vom 23. Februar 2009 erheben.
2.1 Zum Nachweis des - aufgrund eines Bauvorhabens - neu entstandenen Orts mit empfindlicher Nutzung (OMEN) 8b hatte die Beschwerdegegnerin im Rechtsmittelverfahren zwei nicht unterzeichnete Standortdatenblätter vom 12. Dezember 2007 und vom 23. Februar 2009 eingereicht. Daraus ergab sich, dass der OMEN 8b zu den drei OMEN gehört, an denen die Strahlung am stärksten ist (vgl. Art. 11 Abs. 2 lit. c der Verordnung vom 23. Dezember 1999 über den Schutz vor nichtionisierender Strahlung [NISV; SR 814.710]). Mit Präsidialverfügung vom 12. Mai 2009 forderte das Verwaltungsgericht die Beschwerdegegnerin auf, ein unterzeichnetes Exemplar des Standortdatenblatts vom 23. Februar 2009 einzureichen. Am 25. Mai 2009 reichte die Beschwerdegegnerin daraufhin ein unterschriebenes, mit dem Firmenstempel der Alcatel-Lucent Schweiz AG versehenes Exemplar des Standortdatenblatts vom 23. Februar 2009 ein. Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass auch das nachgereichte Standortdatenblatt unvollständig sei. Es ordnete daher in einer ergänzenden Auflage an, dass der Baubehörde vor Baubeginn entweder eine gültige Vollmacht an die Alcatel-Lucent Schweiz AG zur Unterzeichnung des Standortdatenblatts oder ein von der Beschwerdegegnerin selbst korrekt unterzeichnetes Exemplar des Standortdatenblatts vom 23. Februar 2009 einzureichen sei. Überdies sei für den neuen OMEN 8b eine Abnahmemessung vorzunehmen.
2.2 Die Beschwerdeführer rügen, es liege kein rechtsgültig unterzeichnetes Standortdatenblatt vor; dies verletze Art. 11 Abs. 2 lit. c Ziff. 2 NISV. Das Verwaltungsgericht hätte deshalb das Baugesuch abweisen müssen und sich nicht mit einer ergänzenden Nebenbestimmung begnügen dürfen.
Überdies stimme das Standortdatenblatt vom 23. Februar 2009 nicht überall mit dem der Baubewilligung zugrunde liegenden Standortdatenblatt vom 31. Mai 2006 überein; so werde für den OMEN 4 eine elektrische Feldstärke von 4.14 V/m angegeben anstatt (wie bisher) von 4.18 V/m.
Schliesslich rügen die Beschwerdeführer eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil ihnen das - vom Verwaltungsgericht für massgeblich erachtete - neue Standortdatenblatt vom 23. Februar 2009 weder zur Stellungnahme noch zur Kenntnisnahme zugestellt worden sei. Sie hätten daher keine Gelegenheit erhalten, sich dazu zu äussern.
2.3 Der Inhaber einer Mobilfunkanlage muss vor deren Erstellung der für die Bewilligung zuständigen Behörde ein Standortdatenblatt einreichen (<ref-law>); dieses muss u.a. Angaben über die von der Anlage erzeugte Strahlung an den drei OMEN, an denen die Strahlung am stärksten ist, enthalten (<ref-law>). Wesentlicher Bestandteil des Standortdatenblatts ist die Erklärung der anlageverantwortlichen Firma, mit der sie die Vollständigkeit und Richtigkeit der Angaben im Standortdatenblatt und in dessen Beilagen mit Datum, Unterschrift und Firmenstempel bestätigt.
Diese Erklärung war im Standortdatenblatt vom 31. Mai 2006, das mit dem Baugesuch eingereicht wurde, korrekt von der Beschwerdegegnerin als anlageverantwortlicher Firma unterzeichnet worden; dagegen fehlte die Unterschrift und der Firmenstempel in den nachträglich - zum Nachweis der Einhaltung des Anlagegrenzwerts (AGW) am neu entstandenen OMEN 8b - eingereichten Standortdatenblättern vom 12. Dezember 2007 und vom 23. Februar 2009. Wie das BAFU zu Recht betont, wurden allerdings beide Standortdatenblätter vom Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin eingereicht und konnten damit dieser zugerechnet werden.
Das Verwaltungsgericht beharrte jedoch zu Recht auf einer korrekten Unterschrift und setzte mit Verfügung vom 12. Mai 2009 eine Frist zur Behebung des Mangels. Nachdem auch das neu eingereichte Exemplar fehlerhaft war (Unterschrift der Alcatel-Lucent AG ohne Beilage einer Vollmacht), stellte das Verwaltungsgericht mittels einer Auflage in der Baubewilligung sicher, dass mit dem Bau der Anlage erst begonnen werden kann, wenn der Baubehörde ein gültig unterzeichnetes Exemplar des Standortdatenblatts vom 23. Februar 2009 vorliegt.
Mit dieser Auflage wird die Erfüllung der bundesrechtlichen Bestimmungen gewährleistet. Es ist nicht ersichtlich, dass den Beschwerdeführern daraus ein Nachteil entsteht.
2.4 Die Beschwerdegegnerin hat bereits vor Verwaltungsgericht dargelegt, dass die - geringfügigen - Abweichungen zwischen den Berechnungen der Standortdatenblätter vom 23. Februar 2009 und vom 31. Mai 2006 auf die Weiterentwicklung des Berechnungsprogramms zurückzuführen sei, welche die Einflüsse der Nebenkeulen der Antenne präziser berücksichtige.
Das BAFU bestätigt in seiner Vernehmlassung, dass die von den Beschwerdeführern festgestellte Abweichung von ca. 1 % im Rahmen dessen liege, was bei Berechnungen im Abstand von fast 3 Jahren zu erwarten sei; insbesondere das Ablesen (manuell oder elektronisch) der Richtungsabschwächung aus den Antennendiagrammen eines bestimmten Antennentyps sowie Rundungsdifferenzen bei der Berechnung könnten zu solchen geringfügigen Abweichungen führen. Die Verlässlichkeit der Prognosen werde dadurch nicht prinzipiell infrage gestellt.
Das Bundesgericht hat keine Veranlassung, von dieser Einschätzung der Fachbehörde des Bundes abzuweichen.
2.5 Das Standortdatenblatt vom 23. Februar 2009 wurde von der Beschwerdegegnerin mit ihrer Duplik vom 24. Februar 2009 eingereicht und ausdrücklich als Beilage erwähnt. Diese Duplik wurde den Beschwerdeführern zur Kenntnisnahme zugestellt, ebenso wie die Präsidialverfügung vom 12. Mai 2009, in der die Beschwerdegegnerin aufgefordert wurde, binnen 10 Tagen ein unterzeichnetes Exemplar des Standortdatenblatts vom 23. Februar 2009 einzureichen. Die (anwaltlich vertretenen) Beschwerdeführer wurden somit über den Eingang neuer entscheidwesentlicher Akten informiert, und hätten die Möglichkeit gehabt, Akteneinsicht zu beantragen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 391). Damit liegt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor.
3. Weiter kritisieren die Beschwerdeführer die den Immissionsberechnungen zugrunde liegenden Höhenangaben, namentlich in Bezug auf OMEN 6 (Wohnhaus Wampflenstrasse 37).
3.1 Die Beschwerdeführer hatten im kantonalen Verfahren geltend gemacht, die Höhenkote 0 des Standortgebäudes sei nicht richtig festgelegt worden, weshalb auch die Berechnung der elektrischen Feldstärke für die OMEN falsch sei. Überdies liege OMEN 6 um einige Meter höher über Boden als im Standortdatenblatt ausgewiesen. Da bereits die Beschwerdegegnerin hier eine elektrische Feldstärke von 4.91 V/m ausgewiesen habe, könne nicht ausgeschlossen werden, dass der Anlagegrenzwert (AGW) von 5 V/m (Ziff. 64 lit. c Anh. 1 NISV) hier überschritten sei.
Die Baurekurskommission holte eine Auskunft des Vermessungsamts der Gemeinde Meilen ein, wonach sich der Erdgeschossboden des Standortgebäudes (Höhenkote 0) auf rund 467 m.ü.M. befinde, was mit den Angaben im Standortdatenblatt übereinstimme. Die Rekurskommission ging daher davon aus, dass die OMEN-Berechnungen auf korrekten Höhenangaben basierten.
Das Verwaltungsgericht erwog, dass OMEN 6 gemäss Standortdatenblatt auf 480.8 m.ü.M. liege. Nach den Berechnungen der Beschwerdeführer, wonach sich das Gebäude Wampflenstrasse 37 auf 461 m.ü.M. befinde und OMEN 6 18.5 m über Boden liege, würde sich OMEN 6 auf einer Höhe von 479.5 m.ü.M. befinden, und läge somit 1.3 m unter der im Standortdatenblatt angenommenen Höhe. Damit wäre die elektrische Feldstärke jedenfalls nicht grösser als die bisher berechneten 4.91 V/m. Das von den Beschwerdeführenden beantragte Gutachten eines Geometers zur Position von OMEN 6 sei daher nicht notwendig.
3.2 Die Beschwerdeführer kritisieren diese Argumentation als nicht nachvollziehbar und willkürlich.
3.3 Die Beschwerdegegnerin führt aus, dass alle relevanten Höhen mittels Lasermessgerät vom Projektnullpunkt aus bestimmt worden seien; dieser und nicht die Meereshöhe sei als Höhenkote 0 festgesetzt worden. Die errechnete Meereshöhe des Projektnullpunkts diene lediglich zur Einordnung des gesamten Projekts in die Topographie, habe aber keine Auswirkungen auf die relative Lage eines OMEN zu den Antennen. Insofern sei es irrelevant, wenn die Beschwerdeführer sowohl in Bezug auf die Lage der Höhenkote 0 als auch in Bezug auf die Lage des Bodens des Gebäudes, in welchem sich der OMEN 6 befinde, von unterschiedlichen Höhenlagen über Meer ausgegangen seien.
Die von den Beschwerdeführern behauptete Gebäudehöhe von 18.5 m sei nicht plausibel, da die in dieser Zone zulässige maximale Höhe (bis Oberkante First) nur 17.5 m betrage und die oberste Standfläche ca. 2.8 m unter dem First liege. Im Übrigen wäre der AGW selbst bei einer Höhe von 18.5 m über Boden (bzw. 18.9 m über Höhenkote 0) eingehalten: Die Beschwerdegegnerin legt Berechnungen vor, wonach die elektrische Feldstärke auch in diesem Fall nur 4.91 V/m betragen würde.
3.4 Das BAFU hält in seiner Vernehmlassung fest, seine Überprüfung habe ergeben, dass bei der Koordinate des OMEN 6 der AGW in keiner Höhe überschritten werde; die elektrische Feldstärke könne maximal 4.97 V/m erreichen. Dieser Wert wäre nur geringfügig höher als der im Standortdatenblatt ausgewiesene. Insofern wäre der AGW auch dann eingehalten, wenn sich OMEN 6 auf einer grösseren Höhe befände als im Standortdatenblatt angegeben.
3.5 Das Bundesgericht ist an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz grundsätzlich gebunden; es kann sie nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung i.S.v. <ref-law> beruht (<ref-law>).
Wie die Beschwerdegegnerin richtig darlegt, ist für die NIS-Prognose die relative Höhe der OMEN zu den Antennen massgeblich; diese wurden im Standortdatenblatt gemessen an der Höhenkote 0, dem festgelegten Projektnullpunkt. Insofern ist die jeweilige Höhe über Meeresspiegel für die Berechnung irrelevant. Wichtig ist dagegen, dass die für die Immissionsberechnung verwendeten Höhenangaben stets auf denselben Nullpunkt referenziert werden. Insofern ist die Erwägung des Verwaltungsgerichts, das die Höhe über Meeresspiegel des OMEN 6 gemäss Standortdatenblatt (ausgehend von Höhenkote 0 = 467 m.ü.M.) vergleicht mit der Berechnung der Beschwerdeführer, ausgehend von einer tieferen Höhenkote 0 (459 m.ü.M.) und einer tieferen Bodenhöhe des Gebäudes Wampflenstrasse 37 (461 m.ü.M), in der Tat problematisch.
Zumindest im Ergebnis sind jedoch die Erwägungen des Verwaltungsgerichts, wonach der Anlagegrenzwert von 5 V/m auch bei einer höheren Lage von OMEN 6 eingehalten würde, nicht zu beanstanden. Dabei ist zu berücksichtigen, dass schon im Standortdatenblatt vom 23. Februar 2009 (Zusatzblatt 4a, OMEN 6) eine Richtungsabschwächung (horizontal und vertikal) von 0 eingesetzt wurde. Diese kann sich definitionsgemäss nicht mehr verringern. Insofern erscheinen die von der Beschwerdegegnerin eingereichten Berechnungen plausibel, wonach die elektrische Feldstärke auch bei einer Höhe von 18.9 m über Höhenkote 0 noch 4.91 V/m betragen würde, gleich wie bei der (im Standortdatenblatt angenommenen) Höhe von 13.8 m. Dies wird auch durch die Vernehmlassung vom BAFU bestätigt, wonach - unabhängig von der angenommenen Höhe von OMEN 6 - der AGW von 5 V/m immer eingehalten wird.
4. Schliesslich rügen die Beschwerdeführer die willkürliche Anwendung von § 357 Abs. 1 Satz 1 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG).
4.1 Das Standortgebäude Wampflenstrasse 93 weist eine Gebäudehöhe von 13.5 m auf, und überschreitet damit die nach Art. 18 der Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Meilen vom 25. März 1997 (BZO) zulässige Gebäudehöhe von 10.5 m. Da die Baurechtswidrigkeit auf eine seit Erteilung der Baubewilligung eingetretene Rechtsänderung zurückzuführen ist, beurteilt sich die Bewilligungsfähigkeit des Bauvorhabens nach § 357 Abs. 1 PBG. Danach dürfen bestehende Bauten und Anlagen, die Bauvorschriften widersprechen, umgebaut, erweitert oder anderen Nutzungen zugeführt werden, wenn keine überwiegenden öffentlichen oder nachbarlichen Interessen entgegenstehen (S. 1). Für neue oder weitergehende Abweichungen von Vorschriften bleiben die erforderlichen Ausnahmebewilligungen vorbehalten (S. 2).
4.2 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, es liege keine "weitergehende" Abweichung i.S.v. Satz 2 vor, weil Mobilfunkanlagen wie die vorliegend streitige als kleinere technisch bedingte Aufbauten i.S.v. § 292 PBG nicht an die Gebäude- und Firsthöhen gebunden seien.
Es prüfte daher, ob überwiegende öffentliche oder nachbarliche Interessen der Errichtung der Mobilfunkantenne entgegenstehen (§ 357 Abs. 1 Satz 1 PBG). Als nachbarliche Interessen berücksichtigte es die Belichtungs- und Besonnungsverhältnisse sowie die Aussicht, nicht aber die von den Beschwerdeführern geltend gemachten Interessen am Schutz vor elektromagnetischer Strahlung und vor dem Wertverlust ihrer Grundstücke infolge ideeller Immissionen. Es ging davon aus, dass diese Beeinträchtigungen auch bei einer Erstellung der Antenne auf einer baurechtskonformen Baute nicht vermeidbar gewesen wären; überdies stelle ein allfälliger Wertverlust der Grundstücke kein baurechtlich relevantes Interesse dar.
4.3 Die Beschwerdeführer erachten dies als willkürlich. Sie berufen sich auf <ref-ruling>, wo das Bundesgericht die negativen vermögensrechtlichen Auswirkungen, welche Mobilfunk-Basisstationen auf Nachbargrundstücke haben können, als schutzwürdige nachbarliche Interessen anerkannt habe. Das Verwaltungsgericht habe bei seiner Argumentation überdies ausser Acht gelassen, dass der Antennenmast aus funktechnischen Gründen die gleiche Höhe haben müsste, und deshalb 3 m über das Standortgebäude hinausragen würde, wenn dieses eine baurechtskonforme Höhe von 10.5 m statt 13.5 m hätte. Dies hätte jedoch zu einer ganz anderen Beurteilung der im vorinstanzlichen Verfahren ebenfalls zu beurteilenden Einordnungsfragen geführt.
4.4 Streitig ist die Anwendung einer kantonalen Bestimmung. Diese überprüft das Bundesgericht nur unter dem Aspekt des Willkürverbots. Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Instanz nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f. mit Hinweisen).
Die NISV regelt den Schutz der Nachbarn vor nichtionisierender Strahlung durch Mobilfunk-Basisstationen abschliessend, weshalb das Verwaltungsgericht dieses Interesse zu Recht nicht berücksichtigt hat (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 327 mit Hinweis). Auf die Frage, ob und inwiefern Nachbarn vor psychologischen Auswirkungen von umweltschutzkonformen Mobilfunkanlagen (ideelle Immissionen) und damit allfällig einhergehenden Wertminderungen ihrer Grundstücke geschützt werden sollen, sind verschiedene Antworten denkbar. Das Bundesgericht hat es im Entscheid <ref-ruling> E. 4.3.4 S. 328 für grundsätzlich möglich erachtet, ideelle Immissionen durch planungs- und baurechtliche Vorschriften einzuschränken; ob dies geschieht, liegt aber im Ermessen der Planungsbehörde bzw. des Gesetzgebers.
Im vorliegenden Fall gibt es keine Anhaltspunkte dafür, dass § 357 Abs. 1 PBG die Nachbarn auch vor ideellen Immissionen schützen will. Jedenfalls erscheint die Praxis des Verwaltungsgerichts und der Baurekurskommission nicht willkürlich, wonach bei der Interessenabwägung subjektive Gründe, wie namentlich die Angst der Anwohner vor elektromagnetischer Strahlung und eine damit einhergehende Wertminderung der Grundstücke, nicht zu berücksichtigen sind.
Es kann daher offen bleiben, ob die Errichtung der geplanten Mobilfunkanlage auf einer baurechtskonformen Baute hätte bewilligt werden müssen oder ob sie - weil 3 m über das Standortgebäude hinausragend - an Einordnungsfragen hätte scheitern können, wie die Beschwerdeführer geltend machen.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Baubehörde Meilen, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber