hat sich ergeben:
A.- Am 31. Mai 1989 schlossen die Münsterhof AG (Klägerin) als Vermieterin und die Viva AG (Beklagte) als Mieterin per 15. Juni 1989 einen Mietvertrag über Atelier- und Lagerräume an der Dufourstrasse 185a in Zürich 8. Der jährliche Mietzins sollte netto Fr. 193'020.-- betragen, wobei er gemäss der in den Vertrag aufgenommenen Indexklausel zu 2/3 dem Landesindex der Konsumentenpreise und zu 1/3 der Entwicklung des Hypothekarzinssatzes folgen sollte. Der Vertrag war unter Einhaltung einer zwölfmonatigen Kündigungsfrist frühestens auf den 31. März 1999 kündbar. Die Klägerin gewährte der Beklagten zudem das Recht, die Mietdauer einseitig um 5 Jahre bis am 31. März 2004 zu verlängern. Sie behielt sich jedoch das Recht vor, den Mietzins zu den dannzumal herrschenden Bedingungen an die Orts- und Quartierüblichkeit anzupassen.
Mit amtlichem Formular vom 22. August 1990 kündigte die Klägerin der Beklagten gestützt auf die vertragliche Indexklausel eine Mietzinserhöhung auf Fr. 208'524.-- an. Am 4. Mai 1992 behielt sich die Klägerin wiederum mit amtlichem Formular bei gleichbleibendem Mietzins eine unausgeschöpfte Mietzinsreserve von 8,65% vor. Mit Schreiben vom 29. März 1993 gewährte die Klägerin der Beklagten eine auf zwei Jahre befristete Mietzinsreduktion; vom 1. April 1993 bis am 31. März 1995 sollte der Mietzins jährlich Fr. 140'000.-- betragen. In der Folge führten die Parteien Verhandlungen über den Abschluss eines neuen Mietvertrages, deren Ergebnis strittig ist. Die Beklagte bezahlte auch nach dem 31. März 1995 einen Mietzins von Fr. 140'000.--.
Mit Schreiben vom 18. September 1996 zeigte die Klägerin der Beklagten gestützt auf die vertragliche Indexklausel unter Beilage eines amtlichen Formulars per 1. April 1997 eine Mietzinserhöhung von bisher Fr. 140'000.-- auf Fr. 171'660.-- netto pro Jahr an, wobei sie festhielt, dass der aufgrund des Mietvertrages zulässige Nettomietzins Fr. 218'753.-- pro Jahr betrage und die Ausschöpfung dieser Reserve vorbehalten bleibe. Die Beklagte focht diese Erhöhung bei der Schlichtungsbehörde an.
B.- Nachdem vor der Schlichtungsbehörde keine Einigung erzielt werden konnte, gelangte die Klägerin mit Eingabe vom 30. Juni 1997 an das Mietgericht des Bezirkes Zürich mit dem Begehren, es sei festzustellen, dass mit Wirkung ab 1. April 1997 der Mietzins von Fr. 171'660.-- netto zuzüglich Fr. 7'980.-- für Nebenkosten pro Jahr nicht missbräuchlich sei. Mit Urteil vom 27. August 1998 erklärte das Mietgericht die strittige Mietzinserhöhung als zulässig. Dieses Urteil wurde vom Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich mit Beschluss vom 26. Januar 1999 bestätigt. Eine dagegen von der Beklagten eingereichte kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 23. Mai 2000 ab, soweit darauf eingetreten werden konnte.
C.- Die Beklagte hat gegen den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. Januar 1999 eidgenössische Berufung eingelegt. Darin beantragt sie dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventualiter sei die Mietzinserhöhung vom 18. September 1996 auf das zulässige Mass von Fr. 141'184.-- zu reduzieren. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Es ist unbestritten, dass die Klägerin mit Schreiben vom 29. März 1993 den von der Beklagten zu bezahlenden jährlichen Mietzins für die Zeit vom 1. April 1993 bis 31. März 1995 von Fr. 208'524.-- auf Fr. 140'000.-- reduzierte. Die Beklagte vertritt zudem entgegen den Ausführungen im angefochtenen Urteil die Auffassung, zwischen ihr und der Klägerin sei im Frühjahr 1995 eine neue Vereinbarung zustande gekommen, wonach auch ab dem 1. April 1995 ein Jahresmietzins von Fr. 140'000.-- geschuldet sei.
a) Die Beklagte wirft der Vorinstanz vor, bezüglich der behaupteten neuen Mietzinsabrede für die Zeit nach dem 1. April 1995 die Beweislast falsch verteilt zu haben. Zwar treffe es zu, dass sie für das Zustandekommen der behaupteten Vereinbarung beweisbelastet sei. Die Klägerin habe aber auch nach dem 1. April 1995 den reduzierten Mietzins verlangt und im kantonalen Verfahren geltend gemacht, diese Mietzinsreduktion habe nur während der Vertragsverhandlungen Gültigkeit gehabt. Damit behaupte die Klägerin eine rechtshindernde Tatsache, für welche sie (die Klägerin) die Beweislast trage. Dies habe die Vorinstanz verkannt.
b) Gemäss <ref-law> hat grundsätzlich derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet. Die Beklagte bestreitet zu Recht nicht, dass sie für den behaupteten Abschluss einer neuen Mietzinsvereinbarung für die Zeit ab dem 1. April 1995 beweisbelastet ist. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass dieser Beweis nicht gelungen sei. Nachdem die Vorinstanz bereits den Bestand der Vereinbarung einer Mietzinsreduktion als nicht gegeben erachtete, brauchte auch über deren allfällige Befristung kein Beweis geführt zu werden. Dies wiederum liess die Auferlegung einer entsprechenden Beweislast obsolet werden. Die Rüge der Beklagten erweist sich damit als unbegründet.
2.- Die Beklagte rügt, die Vorinstanz sei in unrichtiger rechtlicher Beurteilung der festgestellten Tatsachen davon ausgegangen, die Parteien hätten im Frühjahr 1995 keine neue Mietzinsvereinbarung abgeschlossen. Das Obergericht habe zudem Art. 1 und Art. 18 Abs. 1 OR verletzt, indem es von den Willenserklärungen und dem Verhalten der Parteien nicht in Anwendung des Vertrauensprinzips auf eine dauerhafte Reduktion des Mietzinses geschlossen habe.
Das Mietgericht, auf dessen Erwägungen die Vorinstanz grundsätzlich verwies, kam zum Schluss, die Parteien hätten auf die Schriftform als Gültigkeitserfordernis für einen neuen Mietvertrag nicht verzichten wollen. Nachdem die Beklagte keine hinreichend substanziierten Sachverhaltsrügen vorbringt, ist das Bundesgericht an diese tatsächliche Feststellung hinsichtlich des inneren Willens der Parteien gebunden (Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 2a/aa S. 436; <ref-ruling> E. 3a S. 168; <ref-ruling> E. 2a S. 418 mit Hinweisen). Mit Bezug auf die vereinbarte Form schliesst dieser übereinstimmende tatsächliche Wille überdies die normative Würdigung des Parteiverhaltens nach dem Vertrauensprinzip aus (<ref-ruling> E. 2b S. 39). Somit könnte eine Vereinbarung über einen ab dem 1. April 1995 geltenden reduzierten Mietzins nur zustandegekommen sein, wenn sie der vorbehaltenen Schriftform genügen würde. Dass eine solche schriftliche Vereinbarung vorliegen würde, wurde von der Vorinstanz nicht festgestellt. Die Beklagte erachtet in der Berufung eine vertragliche Abrede gestützt auf das Vertrauensprinzip als zustande gekommen, macht jedoch nicht geltend, die Parteien hätten sich in einer das Schriftformerfordernis erfüllenden Weise geeinigt. Die Annahme einer vertraglichen Mietzinsabrede der Parteien scheitert damit bereits daran, dass die vertraglich vorbehaltene Form nicht gewahrt ist (<ref-law>). Bei dieser Sachlage kann offen bleiben, ob aufgrund des Vertrauensprinzips auf das Zustandekommen einer vertraglichen Einigung geschlossen werden müsste, wenn die Schriftform nicht vorbehalten worden wäre.
3.- Die Beklagte rügt schliesslich, die von der Klägerin vorgenommene und von der Vorinstanz geschützte Berechnung des Mietzinses verletze die mietrechtliche Regelung betreffend Mietzinsvorbehalte.
a) Soweit den Vorbringen der Beklagten die Annahme zugrunde liegt, die Parteien hätten im Frühjahr 1995 eine neue Mietzinsabrede getroffen, ist ihre Rüge - nachdem die Vorinstanzen das Vorliegen einer solchen Vereinbarung bundesrechtskonform verneint haben - zum Vornherein unbegründet.
b) Die Beklagte wendet sodann ein, selbst für den Fall, dass der Abschluss einer neuen Vereinbarung im Jahre 1995 verneint werde, sei die Berechnung der Mietzinserhöhung der Klägerin nicht korrekt vorgenommen worden. Sie begründet ihre Auffassung damit, dass in der Mietzinsfestsetzung vom 29. März 1993 der im Schreiben vom 4. Mai 1992 enthaltene Vorbehalt von 8,65% nicht mehr aufgenommen und zudem generell auf einen besonderen Vorbehalt verzichtet worden sei. Damit übersieht die Beklagte indessen, dass mit Schreiben vom 29. März 1993 der Mietzins gar nicht erhöht, sondern im Gegenteil der Klägerin eine zeitlich befristete Reduktion zugestanden wurde. Die Klägerin hat somit im erwähnten Schreiben gar nicht eine unvollständige Mietzinserhöhung geltend gemacht, was jedoch Voraussetzung für die Anwendung der Vorbehaltsregelung ist (vgl. Higi, Zürcher Kommentar, N. 104 zu <ref-law>). Daher erübrigte sich auch die Angabe eines Vorbehaltes, weshalb auch diesbezüglich keine Bundesrechtsverletzung vorliegt.
4.- Damit erweisen sich die von der Beklagten vorgebrachten Rügen als unbegründet. Die Berufung ist deshalb abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, und das Urteil des Obergerichts (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich vom 26. Januar 1999 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 6'500.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 29. September 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: