Faits:
A. Par prononcé du 25 juillet 2003, le Préfet du district de Nyon a condamné G._ à une amende de 100 fr. ainsi qu'au paiement des frais de la cause, pour avoir voyagé à deux reprises en train sans titre de transport valable et contrevenu ainsi à l'art. 51 al. 1 de la loi fédérale sur les transports publics.
Après avoir vainement sommé le contrevenant de s'exécuter et s'être assuré de l'inefficacité d'une éventuelle poursuite, le Préfet du district de Nyon a, par pli du 28 octobre 2003, cité G._ à comparaître à son audience du 12 décembre 2003 pour y être entendu "au sujet de la conversion en arrêts de l'amende de 100 fr. plus 92 fr.", comprenant les frais du prononcé du 25 juillet 2003, les frais de sommation, les frais de réquisition et les frais de poursuite.
Le 17 novembre 2003, G._ a payé une somme de 72 fr. en précisant que cet acompte devait être imputé sur le montant de l'amende.
Par prononcé du 16 décembre 2003, le Préfet du district de Nyon a converti l'amende de 100 fr. en trois jours d'arrêts, après avoir imputé la somme versée sur les frais, en application de l'art. 15i al. 2 de la loi vaudoise sur l'exécution des condamnations pénales et de la détention préventive (LEP).
Au terme d'un jugement rendu le 11 février 2004, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a rejeté l'appel formé par G._ contre ce prononcé qu'il a confirmé. Il a considéré que l'art. 15i al. 2 LEP n'était pas contraire à l'art. 49 CP, lequel ne prévoyait pas pour le condamné le droit de décider à quelle dette devait être imputé un acompte inférieur au montant de l'amende.
B. Agissant par la voie du recours de droit public, G._ demande au Tribunal fédéral d'annuler ce jugement. Il prétend que l'application faite du droit cantonal reviendrait à le condamner pour ne pas avoir payé l'ensemble des frais accessoires à une amende, en violation de l'interdiction de la contrainte par corps.
Le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte et le Préfet du district de Nyon n'ont pas déposé d'observations.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 339; <ref-ruling> consid. 2 p. 456).
1.1 La conversion d'amendes impayées en arrêts, conformément à l'art. 49 ch. 3 CP, n'est pas une simple mesure d'exécution mais un jugement de droit matériel complémentaire au prononcé de l'amende. Ce jugement peut faire, d'une manière indépendante, l'objet soit d'un pourvoi en nullité à la Cour de cassation du Tribunal fédéral soit d'un recours de droit public, selon les griefs soulevés (cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 232). En l'occurrence, le recourant se plaint non pas d'une violation de l'art. 49 CP, mais d'une application du droit cantonal qu'il tient pour contraire au droit constitutionnel fédéral. Un tel grief doit être invoqué par la voie du recours de droit public (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 341 et les arrêts cités).
1.2 Selon l'art. 80a al. 2 de la loi vaudoise sur les contraventions, les jugements rendus sur appel par le Tribunal de police en matière de contravention de droit fédéral sont définitifs. Le jugement attaqué a donc été rendu en dernière instance cantonale, au sens de l'art. 86 al. 1 OJ. Les autres conditions de recevabilité du recours de droit public sont au surplus réunies, de sorte qu'il convient d'entrer en matière sur le fond.
2. Le Préfet du district de Nyon a imputé le paiement partiel opéré par le recourant non pas sur l'amende, comme celui-ci le demandait, mais sur les frais, conformément à l'art. 15i al. 2 LEP, suivant lequel lorsqu'une partie de l'amende a été payée par le condamné, le versement est imputé en premier lieu aux frais de poursuites, puis aux frais de procédure, et le surplus au compte de l'amende. G._ prétend que l'application de cette disposition serait incompatible avec l'interdiction de la contrainte par corps, qu'il déduit de la liberté personnelle garantie à l'art. 10 al. 2 Cst., en tant qu'elle a pour conséquence de le condamner à une peine d'arrêts.
2.1 Selon le principe de la force dérogatoire du droit fédéral, posé à l'art. 49 al. 1 Cst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Cela signifie que les cantons ne sont pas autorisés à légiférer dans les domaines exhaustivement réglementés par le droit fédéral. Dans les autres domaines, les cantons ne peuvent édicter des règles de droit qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 334, 337 consid. 3.1 p. 341, 346 consid. 3.1 p. 350, 402 consid. 2 p. 404 et les arrêts cités). Lorsque, comme en l'espèce, le Tribunal fédéral intervient dans le cadre d'un contrôle concret de la norme cantonale litigieuse, il n'examine que sous l'angle de l'arbitraire l'interprétation et l'application que l'autorité cantonale en a faite, sous réserve d'une atteinte grave à un droit constitutionnel spécial; en revanche, il vérifie librement si l'interprétation non arbitraire de la norme cantonale est compatible avec le droit fédéral pertinent (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 341 et les arrêts cités). Si cette norme devait se révéler inconstitutionnelle, le Tribunal fédéral n'aurait pas le pouvoir de remettre en question sa validité, mais il pourrait uniquement annuler la décision qui l'applique (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 268; <ref-ruling> consid. 3 p. 105/106; <ref-ruling> consid. 2 p. 291 et les références citées).
2.2 La Constitution fédérale du 18 avril 1999 n'a pas repris l'abolition de la contrainte par corps ancrée à l'art. 59 al. 3 de la Constitution fédérale du 29 mai 1874 (aCst.). Le constituant n'a en effet pas jugé utile d'inscrire ce principe dans une disposition expresse de la nouvelle constitution parce qu'il découlait déjà de la liberté personnelle et qu'il était consacré par la législation fédérale (Message du Conseil fédéral du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle Constitution fédérale, FF 1997 151). L'interdiction de la contrainte par corps demeure ainsi un principe de rang constitutionnel, que l'on peut rattacher aussi bien à la dignité humaine, consacrée à l'art. 7 Cst., qu'à la liberté personnelle garantie à l'art. 10 al. 2 Cst. (voir à ce sujet, Philippe Mastronardi, in Ehrenzeller/Mastronardi/Schweizer/Vallender, Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, Zurich 2002, n. 48 ad art. 7 Cst., p. 88; Ulrich Häfelin/Walter Haller, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, Supplement zur 4. Auflage "Die neue Bundesverfassung", Zurich 2000, n. 1665, p. 79; Felix Schöbi, Der Schuldverhaft ist abgeschafft, recht 16/1998 p. 185; Dieter Biedermann, Die neue Bundesverfassung: Übergangs- und Schlussbestimmungen sowie Anpassungen auf Gesetzesstufe, PJA 1999 p. 731; Paul Marville, L'exécution forcée, responsabilité patrimoniale et protection de la personnalité, thèse Lausanne 1992, n. 136 ad ch. 34, p. 44); au demeurant, l'art. 11 du Pacte international du 16 décembre 1966 relatif aux droits civils et politiques (Pacte ONU II; RS 0.103.2), entré en vigueur pour la Suisse le 18 septembre 1992, prévoit expressément que nul ne peut être emprisonné pour la seule raison qu'il n'est pas en mesure d'exécuter une obligation contractuelle.
2.3 Dans un arrêt du 28 mai 1875 paru aux ATF 1 p. 252, le Tribunal fédéral a jugé que tout emprisonnement substitué à une dette pécuniaire non payée devait être considéré comme une contrainte par corps, interdite par l'art. 59 al. 3 aCst., à moins que l'obligation de payer ne présente les caractères d'une peine, comme cela est le cas d'une amende, mais non pas des frais de justice, en raison de leur origine et de leur nature juridique différentes. Au terme d'un arrêt rendu le 16 mars 1877 et publié aux ATF 3 p. 70, il a confirmé ce point de vue, estimant inadmissible que de tels frais puissent être qualifiés de peine par une loi cantonale et qu'il suffise d'un tel procédé pour éluder une disposition formelle de la Constitution fédérale et rendre ces frais exigibles par la voie de l'emprisonnement. Enfin, dans un arrêt du 3 juin 1887 paru aux ATF 13 p. 164, le Tribunal fédéral a rappelé que l'amende, en tant que sanction pénale, était susceptible d'être exécutée sous la forme d'une privation de liberté, mais que tel n'était pas le cas, en revanche, des frais de justice, s'agissant d'une dette du condamné envers l'Etat. Il a dès lors admis qu'il n'était pas possible d'imputer unilatéralement, sans le consentement du débiteur, la somme versée à compte de l'amende sur les frais de procès ou sur les impôts. Une telle imputation ne pouvait en effet avoir d'autre but que d'utiliser la détention, en soi licite, en cas de non-paiement de l'amende comme moyen d'exécution pour le recouvrement des frais de justice et d'éluder ainsi l'application de l'art. 59 al. 3 aCst.
Il n'y a aucun motif de revoir cette dernière jurisprudence, qui n'a jamais été remise en cause, ni par le Tribunal fédéral ni par la doctrine (Reto Bernhard, Der Bussenvollzug gemäss Art. 49 StGB, thèse Zurich 1982, p. 51; Elsa Tannenblatt, Die Umwandlung einer Geldstrafe in eine Freiheitsstrafe, thèse Berne 1945, p. 13; Walther Burckhardt, Kommentar der schweizerischen Bundesverfassung vom 29. Mai 1874, 3e éd., Berne 1931, p. 584; Favre/Pellet/Stoudmann, Code pénal annoté, Lausanne 1997, n. 3.9 ad art. 49 CP, p. 128, et Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2e éd., Zurich 1997, n. 6 ad art. 49 CP, p. 234, qui se réfèrent à un jugement du Tribunal cantonal du canton de Bâle-Campagne du 31 janvier 1984, publié in BJM 1985 p. 237).
2.4 L'imputation d'un paiement partiel non pas sur l'amende, mais en priorité sur les frais de procédure et de poursuite, comme le prévoit l'art. 15i al. 2 LEP, va à l'encontre de cette jurisprudence, en tant qu'elle a pour effet de permettre la conversion de l'amende en arrêts; elle n'est, partant, pas compatible avec l'interdiction de la contrainte par corps, que le condamné ait ou non manifesté la volonté de voir son paiement imputé sur l'amende. Il n'est en effet pas admissible de faire dépendre la conversion de l'amende en une peine d'arrêts de l'indication expresse du débiteur qu'il entend imputer un paiement partiel sur l'amende et non pas sur les frais. Dès lors, l'interprétation de l'art. 15i al. 2 LEP, telle qu'elle ressort des travaux préparatoires, suivant laquelle un paiement partiel devrait, en dépit du texte clair de cette disposition, être imputé en premier lieu sur l'amende, lorsque le débiteur l'indique expressément, n'est pas suffisante pour rendre cette norme compatible avec le droit constitutionnel fédéral, car elle ne règle pas la situation du débiteur qui n'a fait aucune déclaration (cf. à ce sujet, Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud, séance du 22 février 1989, p. 1769-1772). Enfin, le fait qu'en droit privé, le débiteur ne puisse imputer un paiement partiel sur le capital qu'en tant qu'il n'est pas en retard pour les intérêts ou les frais (cf. art. 85 al. 1 CO) n'est pas déterminant, puisque, dans ce cas, l'intéressé ne s'expose pas à une peine privative de liberté pour non-paiement du capital. Aussi, le jugement attaqué, qui confirme l'application de l'art. 15i al. 2 LEP faite en l'occurrence par le Préfet du district de Nyon et la conversion de l'amende infligée au recourant le 25 juillet 2003 en trois jours d'arrêts, viole l'interdiction de la contrainte par corps et doit être annulé pour ce motif.
3. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, ce qui rend sans objet la demande d'assistance judiciaire déposée par le recourant. Le canton de Vaud est dispensé des frais (art. 156 al. 2 OJ); il versera en revanche une indemnité de dépens à G._, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 159 al. 1 OJ). Vu la portée du présent arrêt, une copie sera communiquée au Conseil d'Etat et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, dont dépendent respectivement les préfets et les tribunaux d'arrondissement (cf. art. 8 de la loi vaudoise sur les préfets et 8 al. 1 de la loi vaudoise d'organisation judiciaire).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement attaqué est annulé.
2. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
3. Une indemnité de 2'000 fr. est allouée au recourant à titre de dépens, à la charge du canton de Vaud.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, au Préfet du district de Nyon, au Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte, ainsi qu'au Tribunal cantonal et au Conseil d'Etat du canton de Vaud.
Lausanne, le 12 mai 2004
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: