Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach am 11. September 2008 X._ im Appellationsverfahren zahlreicher Straftaten schuldig, so neben anderen im Anklagepunkt ND 2 wegen Diebstahls, Sachbeschädigung und Hausfriedensbruchs. Es bestrafte ihn mit 21⁄2 Jahren Freiheitsstrafe unbedingt und einer Busse von Fr. 1'000.--.
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das obergerichtliche Urteil in Ziff. 1 (bezüglich ND 2), Ziff. 3 (Strafpunkt), Ziff. 6 (erstinstanzlicher Kostenspruch) und Ziff. 8 (Kosten des Appellationsverfahrens) aufzuheben. Er sei bezüglich ND 2 freizusprechen, die Strafe sei angemessen zu reduzieren und die Kosten seien ausgangsgemäss neu festzulegen, eventualiter sei das Obergericht anzuweisen, ein neues Urteil zu fällen. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe seine Vorbringen nicht gehört und ihn wegen des gar nicht anerkannten Sachverhalts ND 2 ohne rechtliche Begründung schuldig gesprochen. Damit sei sein rechtliches Gehör verletzt worden. Auch wenn ein Sachverhalt anerkannt sei, müsse geprüft werden, ob dies überhaupt strafbar sei.
1.2 Zu diesem Anklagepunkt ND 2 führt die Vorinstanz aus, das Bezirksgericht habe in seinem Entscheid festgehalten, welche Sachverhalte der Beschwerdeführer sowohl in der Untersuchung als auch anlässlich der bezirksgerichtlichen Hauptverhandlung anerkannt habe. Bei dieser Aufzählung finde sich auch ND 2 (bezirksgerichtliches Urteil S. 12, Ziff. 1, 4. Zeile). Es sei ferner darauf hinzuweisen, dass die Verteidigerin jeweils zugegen gewesen sei, als der Beschwerdeführer die unter dem Anklagepunkt ND 2 aufgeführten Sachverhalte anerkannt habe (act. HD 6/19, S. 3 f.; Prot. I, S. 8 f.). Der Einwand erweise sich als trölerisch (angefochtenes Urteil S. 15).
1.3 In der Anklageschrift vom 12. Juli 2007 wird unter dem Titel "(ND 2) Diebstahl/Sachbeschädigung/Hausfriedensbruch" ausgeführt:
"Am Samstag, 18. Februar 2006, begab sich der Angeklagte [der Beschwerdeführer] zusammen mit Y._ und Z._ (je sep. Verfahren) zum A._hof an der B._strasse in 8155 Niederhasli. Dort begab sich der Angeklagte ohne entsprechende Bewilligung in den "Verkaufsladen" des Bauernhofes, nachdem er mit Gewalt ein Fenster aufgedrückt hatte und dabei einen Schaden von rund Fr. 30.-- zum Nachteil des Geschädigten C._ verursacht hatte. Dort behändigte er die Ladenkasse im Werte von Fr. 200.-- samt dem darin enthaltenen Bargeld im Betrage von Fr. 180.--, um darüber wie ein Eigentümer zu verfügen. Nachdem er vom Bauern entdeckt worden war, flüchtete der Angeklagte, wobei er auf der Flucht seine Beute zurückliess." Der Geschädigte C._ machte Zivilansprüche von Fr. 50.-- geltend.
Der Beschwerdeführer hat in Anwesenheit seiner Verteidigerin am 11. Juli 2007 vor der Staatsanwaltschaft diesen Anklagesachverhalt und damit die im Titel (vgl. oben) sowie in den Anträgen beantragte rechtliche Subsumtion ausdrücklich anerkannt (HD 6/19 S. 3 f.). An der Hauptverhandlung des Bezirksgerichts am 30. Oktober 2007 bestätigte er in Anwesenheit seiner Verteidigerin diese Anerkennung (Protokoll des Bezirksgerichts, S. 8 f.). Im bezirksgerichtlichen Urteil wird auf S. 12 festgehalten, dass der Beschwerdeführer den Sachverhalt von ND 2 (neben anderen) im Rahmen der Untersuchung und anlässlich der bezirksgerichtlichen Befragung an der Hauptverhandlung vollumfänglich anerkannt hat. Das Geständnis decke sich mit dem Untersuchungsergebnis, weshalb diese Sachverhalte rechtsgenüglich erstellt seien.
1.4 Es ist nicht zu beanstanden, wenn unter den vorliegenden Umständen in klar umschriebenen und anerkannten Fällen in dieser summarischen Beurteilung verfahren wird. Der verbeiständete Beschwerdeführer war über den Anklagesachverhalt, die Tatbestandsmässigkeit seines Verhaltens und die anwendbaren Bestimmungen des Strafgesetzbuches unmissverständlich aufgeklärt und hat den Vorhalt im Untersuchungsverfahren und anlässlich der bezirksgerichtlichen Hauptverhandlung in der Befragung vollumfänglich anerkannt. Eine Verletzung des Gehörsrechts ist nicht ersichtlich.
Es ist darauf hinzuweisen, dass gemäss der sich aus Art. 29 Abs. 2 BV ergebenden Begründungspflicht wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden müssen, von denen sich die Behörde leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Sie muss sich nicht ausdrücklich mit jedem Einwand auseinander setzen, sondern kann sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.3; Urteil 6B_299/2007 vom 11. Oktober 2007, E. 9 mit Hinweisen). Nach diesen Kriterien ist das Vorgehen der kantonalen Behörden nicht zu beanstanden, auch wenn die allerdings nicht substanzierten Ausführungen im Plädoyer vor dem Bezirksgericht zu einer Bemerkung hätten Anlass geben können. Indessen handelt es sich entgegen der Beschwerde offenkundig nicht um einen geringfügigen Diebstahl (vgl. <ref-ruling>), und dass der Dieb auf der Flucht seine Beute zurücklassen muss, ändert nichts am vollendeten Diebstahl. Das Vorliegen der Strafanträge hinsichtlich der Sachbeschädigung und des Hausfriedensbruchs anerkennt der Beschwerdeführer (Beschwerde S. 4). Die bereits in der Anklageschrift klare Subsumtion ergibt sich weiter aus dem bezirksgerichtlichen Urteil S. 12, Ziff. 1 in Verbindung mit Ziff. 1 des Urteilsdispositivs unzweideutig, um so mehr als in Ziff. 2 unter den Freisprüchen das Dossier ND 2 nicht erwähnt wird. Der Vorwurf, eine Subsumtion dieses Sachverhalts fehle "dann aber gänzlich", ist abwegig, und wie der Beschwerdeführer "davon ausgehen musste, dass er diesbezüglich freigesprochen wurde" (Beschwerde S. 4), ist unerfindlich. Die materielle Subsumtion ergibt sich schliesslich zweifelsfrei auch aus dem vorinstanzlichen Urteilsdispositiv, welches die angewendeten Tatbestände mit ihren jeweiligen gesetzlichen Titeln und Artikelnummern des Strafgesetzbuches sowie die zugeordneten Anklagesachverhalte, insbesondere ND 2, akribisch auflistet. Dass dieser Anklagepunkt ND 2 materiell beurteilt wurde, ergibt sich ferner daraus, dass die Zivilforderung vom Bezirksgericht auf den Zivilweg verwiesen wurde. Was bereits die Vorinstanz zutreffend festgestellt hat, gilt um so mehr für das bundesgerichtliche Verfahren. Die Einwände sind trölerisch.
2. Soweit der Beschwerdeführer nebenbei erwähnt, die Vorinstanz habe zu Unrecht die Strafe nicht reduziert, obwohl die Berufung bei vier Delikten gutgeheissen worden sei, ist darauf mangels Begründung nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG). Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist auf die übrigen Rechtsbegehren nicht mehr einzutreten.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (Art. 64 StGB). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers kann mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung getragen werden (Art. 65 Abs. 2 und Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw