Faits:
A. A.a La Fondation "Hôpital B._" (ci-après la Fondation) à C._ était propriétaire de l'article 2609 du cadastre de ladite commune. Cet article a fait l'objet d'une division cadastrale le 20 novembre 2006 pour devenir les parcelles nos 2868, 2870 et 2871 du même cadastre, avec report des servitudes et gages sur les nouveaux biens-fonds.
Par acte du même jour, un droit de superficie distinct et permanent a été constitué sur l'article 2868 et immatriculé sous la désignation D2869, au profit de l'Etablissement Hospitalier Multisite Cantonal (ci-après EHM), avec report sur ce dernier article des servitudes et titres grevant l'article 2869 (recte: 2868), notamment de différents droits de gage immobiliers au profit de la Banque Cantonale Neuchâteloise (ci-après BCN).
A.b Auparavant, le 7 avril 2006, la Fondation avait passé avec D._ SA un contrat d'entreprise générale pour l'agrandissement ouest de "l'Hôpital B._ (Centre de réadaptation)".
Le 19 septembre 2006, D._ SA a conclu avec E._ AG un contrat d'entreprise portant sur les travaux de façade.
E._ AG a, à son tour, confié à A._ AG (ci-après A._) une partie de ces travaux de façade pour le montant forfaitaire de 143'000 fr.
A._ n'a pas été intégralement payée pour les travaux effectués.
B. Suite à la faillite de E._ AG (devenue "E._ AG in Liquidation"), A._ a requis, le 19 avril 2007, l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur l'article D2869 pour un montant de 80'635 fr. 55.
Le Président du Tribunal du Locle a fait droit à sa requête le 20 avril 2007.
Statuant sur opposition de l'EHM, le même juge a confirmé sa décision par ordonnance du 5 juin 2007.
C. Par mémoire déposé le 19 juin 2007 devant le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, A._ a conclu à l'inscription définitive de l'hypothèque inscrite provisoirement.
La cour cantonale a rejeté ladite demande par jugement du 23 décembre 2010, considérant qu'il était impossible de constituer une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur le droit distinct et permanent formant l'article D2869, ce dernier relevant du patrimoine administratif cantonal.
D. Le 26 janvier 2011, A._ (ci-après la recourante) exerce, contre cette décision, un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral, demandant son annulation. A titre principal, elle conclut à l'inscription définitive de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs à concurrence de 80'635 fr. 55 plus 5% d'intérêt l'an dès le 20 avril 2007; subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale.
Des observations n'ont pas été requises.
E. Par ordonnance présidentielle du 9 février 2011, la recourante a obtenu l'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. Le jugement attaqué tranche une contestation civile (<ref-law>), portant sur des droits de nature pécuniaire dont la valeur dépasse 30'000 fr. (<ref-law>); il constitue une décision finale (<ref-law>). Interjeté dans le délai (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, par la partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 aLTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
L'arrêt du Tribunal cantonal ayant été rendu et expédié aux parties en 2010, il n'est pas soumis au code de procédure civile fédéral du 19 décembre 2008 (CPC, RS 272), entré en vigueur le 1er janvier 2011 (arrêt 4A_80/2011 du 31 mars 2011 consid. 2, destiné à la publication). Le droit transitoire relatif aux art. 75 al. 2 et 111 al. 3 LTF, tel que prévu par l'<ref-law>, demeure donc applicable au présent recours. Celui-ci, dirigé contre un arrêt du Tribunal cantonal neuchâtelois statuant en instance unique, est dès lors ouvert.
2. Le litige porte sur l'applicabilité du droit civil à l'inscription d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur un immeuble appartenant à un établissement de droit public autonome. L'autorité cantonale considère que cet immeuble appartient au patrimoine administratif de l'Etat, qu'il est affecté à une tâche publique, et que l'inscription requise doit par conséquent être exclue, ce même si cette affectation n'est que partielle. La recourante estime essentiellement que l'immeuble litigieux ne relève pas du patrimoine administratif cantonal et que, à supposer qu'il en fasse partie, il demeurerait soumis au droit civil et pourrait donc faire l'objet d'une inscription d'hypothèque légale.
2.1 La cour cantonale a d'abord considéré que l'EHM répondait à la définition d'établissement public, ce malgré sa relative indépendance juridique et le fait que la garantie de l'Etat était seulement possible et non de règle. L'immeuble litigieux appartenait ainsi au patrimoine administratif cantonal, même s'il n'était pas soumis à la loi sur la poursuite pour dettes contre les communes et autres collectivités de droit public cantonal. Analysant les buts poursuivis par l'EHM à la lumière du rapport de planification sanitaire du 8 septembre 2004 établi par le Grand Conseil neuchâtelois, les juges cantonaux ont ensuite estimé qu'une partie des activités déployées sur l'immeuble litigieux ne relevait pas rigoureusement de la réalisation d'objectifs étatiques (direction générale de l'Hôpital neuchâtelois, home pour personnes âgées), tandis que l'autre partie appartenait typiquement aux tâches de l'Etat (unité de médecine physique et de réadaptation, unité de médecine). Jugeant que la poursuite de tâches publiques, dans une partie seulement d'un immeuble compris dans le patrimoine administratif, s'opposait à la constitution d'une hypothèque légale d'artisans et entrepreneurs et qu'elle ignorait la répartition de l'immeuble dans les diverses activités de l'EHM, l'autorité cantonale en a conclu que celles qui excluaient l'application du droit privé ne se limitaient de toute évidence pas à une portion si congrue qu'elle ferait apparaître un tel résultat comme choquant. Certes, l'inscription au registre foncier de gages immobiliers, très largement supérieurs par leur montant à celui dont la constitution était sollicitée par la recourante, faisait apparaître cette conclusion comme insatisfaisante. Néanmoins, un tel "hiatus" tenait sans doute aux objectifs économiques de l'établissement, alliant efficience économique et réalisation de buts de politique sociale.
2.2 La recourante affirme quant à elle que le droit de superficie litigieux appartiendrait à l'intimé, organe indépendant de l'Etat, de sorte qu'il ne pourrait relever du patrimoine administratif de ce dernier: l'intimé gérerait en effet ce droit distinct et permanent de manière autonome; il l'aurait par ailleurs financé par ses propres moyens et pourrait le céder sans l'intervention du canton de Neuchâtel. De plus, si l'acte constitutif du droit de superficie prévoyait que les bâtiments sis sur ce dernier étaient de nature hospitalière, il n'imposait pas que dite activité fût exécutée par le canton de Neuchâtel. Pour qu'un bien appartînt au patrimoine administratif, il fallait en outre que l'Etat eût le pouvoir de disposer de cet objet, pour l'affecter ensuite à une fin d'intérêt public. Tel n'était pourtant pas le cas en l'espèce, de sorte que l'immeuble litigieux pouvait être librement gagé. A supposer toutefois que ce dernier relevât du patrimoine administratif, la recourante observe que les prestations fournies par l'intimé l'étaient aux mêmes conditions que dans le secteur privé. En application de la jurisprudence publiée aux <ref-ruling>, rien ne s'opposait dès lors à l'application du droit civil et à l'inscription définitive de l'hypothèque requise. La recourante conclut néanmoins son argumentation en remarquant que la question de savoir si le droit de superficie litigieux faisait partie du patrimoine financier ou administratif cantonal était de toute manière sans importance dans la mesure où ledit immeuble était déjà grevé de droits de gages immobiliers en faveur de la BCN, lesquels étaient parfaitement réalisables.
2.2 La recourante affirme quant à elle que le droit de superficie litigieux appartiendrait à l'intimé, organe indépendant de l'Etat, de sorte qu'il ne pourrait relever du patrimoine administratif de ce dernier: l'intimé gérerait en effet ce droit distinct et permanent de manière autonome; il l'aurait par ailleurs financé par ses propres moyens et pourrait le céder sans l'intervention du canton de Neuchâtel. De plus, si l'acte constitutif du droit de superficie prévoyait que les bâtiments sis sur ce dernier étaient de nature hospitalière, il n'imposait pas que dite activité fût exécutée par le canton de Neuchâtel. Pour qu'un bien appartînt au patrimoine administratif, il fallait en outre que l'Etat eût le pouvoir de disposer de cet objet, pour l'affecter ensuite à une fin d'intérêt public. Tel n'était pourtant pas le cas en l'espèce, de sorte que l'immeuble litigieux pouvait être librement gagé. A supposer toutefois que ce dernier relevât du patrimoine administratif, la recourante observe que les prestations fournies par l'intimé l'étaient aux mêmes conditions que dans le secteur privé. En application de la jurisprudence publiée aux <ref-ruling>, rien ne s'opposait dès lors à l'application du droit civil et à l'inscription définitive de l'hypothèque requise. La recourante conclut néanmoins son argumentation en remarquant que la question de savoir si le droit de superficie litigieux faisait partie du patrimoine financier ou administratif cantonal était de toute manière sans importance dans la mesure où ledit immeuble était déjà grevé de droits de gages immobiliers en faveur de la BCN, lesquels étaient parfaitement réalisables.
2.3 2.3.1 L'établissement de droit public se définit comme une unité administrative, séparée de l'administration centrale, à laquelle incombe la réalisation de tâches publiques déterminées. L'établissement de droit public est généralement soumis au pouvoir de surveillance hiérarchique de son fondateur (cf. ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd. 2010, n. 1316; BLAISE KNAPP, Précis de droit administratif, 4e éd. 1991, n. 2671). Certains établissements de droit public disposent en outre de la personnalité juridique: ils sont alors des personnes morales de droit public au sens de l'<ref-law> et sont ainsi titulaires de droits et d'obligations (établissements autonomes de droit public; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, op. cit., n. 1320); ils peuvent en principe posséder un patrimoine administratif et un patrimoine financier ainsi que des biens soumis à l'usage commun (<ref-ruling> consid. 2a et les références; arrêt 5C.261/1996 du 3 avril 1997 consid. 2a).
2.3.2 Appartiennent au patrimoine financier de l'Etat les biens qui ne servent qu'indirectement, soit grâce à leur valeur en capital et à leur rendement, à remplir des tâches publiques. Relèvent en revanche de son patrimoine administratif, toutes les choses publiques servant directement, c'est-à-dire par leur utilisation en tant que telle, à remplir une tâche publique (<ref-ruling> consid. 3; cf. ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, vol. II, 1984, p. 525 ss et 538 s.; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, op. cit., n. 2330 s. et 2332 ss; ARTHUR MEIER-HAYOZ, Berner Kommentar, 5e éd. 1981, S. T., n. 201 ss; PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, tome 1, 4e éd. 2007, n. 71 et 74), une affectation partielle étant au demeurant suffisante (arrêt 5C.261/1996 du 3 avril 1997 consid. 2b; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, Patrimoine administratif et hypothèque légale des artisans et entrepreneurs, in: "Mélanges Henri Zwahlen", 1977, p. 502).
Les biens du patrimoine fiscal de l'Etat sont en principe régis par le droit civil. En revanche, les biens relevant du patrimoine administratif y restent soumis dans la mesure compatible avec leur affectation et en tant que la loi ne prescrit pas expressément une solution différente (<ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 4; cf. POUDRET, op. cit., p. 501 s.). L'appartenance de biens au patrimoine administratif de l'Etat - ou d'un établissement public autonome (<ref-ruling> consid. 2a) - n'exclut pas complètement l'application du droit civil. Il s'agit d'examiner, dans le cas concret, si l'accomplissement de tâches publiques déterminées par la loi exclut l'application du droit civil, en d'autres termes si le principe de la primauté du droit public sur le droit privé doit l'emporter.
La constitution d'un droit réel ne doit pas entraver ou mettre en question l'exécution des tâches publiques auxquelles sert un immeuble appartenant au patrimoine administratif de l'Etat: en tant qu'il sert à l'accomplissement de tâches publiques, il ne doit en effet pas être soumis à l'exécution forcée et réalisé. Dit immeuble ne peut donc être grevé d'un droit de gage, et, par conséquent, d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs. Ce principe est concrétisé par la loi sur la poursuite pour dettes contre les communes et autres collectivités de droit public cantonal (LPCom, RS 282.11), laquelle prévoit expressément que les biens du patrimoine administratif ne doivent être ni saisis ni réalisés aussi longtemps qu'ils sont affectés à un service public (art. 9 et 10 LPCom); il vaut également comme principe général lorsque cette loi n'est pas applicable (<ref-ruling> consid. 2b; RAINER SCHUMACHER, Das Bauhandwerkerpfandrecht, 3e éd. 2008, n. 620 et les références citées).
Constitue une tâche publique l'activité administrative destinée à satisfaire un besoin d'intérêt général. Il ne suffit pas toutefois qu'une loi qualifie une tâche de publique pour que celle-ci le soit; inversement, une loi cantonale est sans portée si elle considère comme privés des biens, qui, servant à accomplir une tâche publique, appartiennent manifestement au patrimoine administratif.
L'exclusion du droit civil ne saurait néanmoins résulter de la seule existence d'une tâche publique, mais doit également reposer sur des motifs particuliers, en ce sens que seule une tâche publique, qui touche l'intérêt public, et qui ne peut être réalisée que par l'Etat ou une autorité de l'administration décentralisée, rend le droit civil inapplicable. De telles raisons sont évidentes dans le domaine hospitalier ou scolaire, les prestations devant être fournies parce qu'elles ne se trouvent pas sur le marché ou seulement à des conditions dont seule une minorité profiterait; en politique sociale, il s'agira de prestations nécessaires, que des particuliers ne pourraient fournir aux mêmes conditions (<ref-ruling> consid. 2g et les références).
Dans ces circonstances, l'exécution d'une tâche publique l'emporte alors sur le droit de l'entrepreneur à la constitution d'un gage découlant du droit privé.
Dans ces circonstances, l'exécution d'une tâche publique l'emporte alors sur le droit de l'entrepreneur à la constitution d'un gage découlant du droit privé.
2.4 2.4.1 En l'espèce, la cour cantonale a admis que l'immeuble, propriété de l'EHM, appartenait au patrimoine administratif cantonal. Se fondant sur les art. 11 ss de la Loi sur l'établissement hospitalier multisite cantonal (ci-après LEHM), elle a souligné que les autorités supérieures de l'EHM étaient en effet le Grand Conseil et le Conseil d'Etat et conclu que, malgré sa relative indépendance juridique et le fait que la garantie de l'Etat fût seulement possible et non de règle, il répondait à la définition d'un service décentralisé soumis au pouvoir de surveillance de l'Etat.
Les allégations de la recourante, qui se limite à observer que l'intimé gérerait l'immeuble de manière autonome, qu'il l'aurait financé par ses propres moyens et pourrait le céder sans l'intervention du canton de Neuchâtel, ne permettent pas de s'écarter des conclusions cantonales. Le fait que l'EHM gère ses biens de manière autonome (art. 5 LEHM) n'exclut pas, en effet, son appartenance au patrimoine administratif cantonal (supra consid. 2.3.1). Si l'art. 21 al. 6 let. c LEHM prévoit certes que l'acquisition ou l'aliénation des biens mobiliers ou immobiliers est de la compétence du Conseil d'administration, il convient de garder à l'esprit que ses membres sont nommés par le Conseil d'Etat (art. 13 LEHM) et qu'un lien est assuré avec ce dernier par le président du Conseil d'administration (art. 15 al. 3 LEHM). S'agissant enfin de la question du financement de l'immeuble, le directeur financier de l'EHM a certes indiqué que le Conseil d'Etat n'avait pas doté celui-ci d'un capital et que le rachat avait été effectué grâce à des bailleurs de fonds externes; il a néanmoins précisé que le Conseil d'Etat payait les intérêts et les amortissements dudit prêt.
2.4.2 L'art. 3 LEHM décrit les buts poursuivis par l'EHM, à savoir diriger et gérer les hôpitaux publics de soins physiques (let. a), garantir à la population les infrastructures et les équipements hospitaliers adéquats permettant l'accès pour tous à des soins de qualité (let. b), maîtriser l'évolution des coûts de la santé par une affectation optimale des ressources à disposition (let. c), mettre en oeuvre la planification sanitaire définie par le Conseil d'Etat (let. d) ou encore promouvoir l'intégration en son sein des structures indépendantes dont les activités sont nécessaires au bon fonctionnement des hôpitaux (let. e). Se référant à cette disposition, la cour cantonale a admis que l'immeuble servait à l'accomplissement de tâches publiques. Devant être fournies parce qu'elles ne se trouvaient pas sur le marché ou seulement à des conditions dont seule une minorité profiterait, lesdites tâches satisfaisaient en outre à l'exigence de motifs particuliers formulée par la jurisprudence. Selon le communiqué de presse de l'Hôpital neuchâtelois du 30 octobre 2007, publié à l'occasion de l'inauguration du site du Val-de-Ruz et auquel la cour cantonale se réfère, celui-ci allait en effet désormais permettre aux patients qui devaient jusqu'à présent se déplacer dans les cantons de Vaud, du Valais ou de Berne, de bénéficier d'un centre de compétence cantonal en matière de réadaptation. Le site disposait d'une infrastructure médico-technique complète, destinée aux patients nécessitant des traitements de réadaptation intensifs - réadaptation post-opératoire orthopédique ou rééducation neurologique; il bénéficiait également d'une unité de médecine, vouée à accueillir les patients nécessitant une suite de traitement à leur sortie d'un centre de soins aigus et les patients de médecine du Val-de-Ruz dont le cas ne nécessitait pas d'infrastructure d'investigation lourde.
Contrairement à ce que prétend la recourante, les unités de réadaptation et de médecine s'inscrivent ainsi typiquement parmi les tâches qui relèvent, sinon de façon exclusive, du moins de façon préférentielle, de l'Etat. Même si d'autres activités s'exercent sur le site, qui abrite notamment la direction générale de l'Hôpital neuchâtelois, la seule poursuite des tâches publiques susmentionnées s'oppose à la constitution d'une hypothèque légale.
2.5 L'inscription préexistante de différents droits de gage en faveur de la BCN ne saurait justifier celle d'un nouveau gage alors qu'il est établi que l'immeuble sert à l'exercice d'une tâche publique, remplissant la condition des motifs particuliers sus-exposée.
3. En conclusion, le recours doit être rejeté, aux frais de son auteur (<ref-law>). L'intimé, qui n'a pas été invité à répondre au fond, n'a droit à aucune indemnité de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, au Président du Tribunal civil du district du Locle et à l'Office du registre foncier de l'arrondissement des Montagnes et du Val-de-Ruz.
Lausanne, le 15 juin 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret Bortolaso