Arbeitsvertrag; Überstunden, hat sich ergeben:
A.- Am 10. Juli 1996 schlossen die Parteien einen Arbeitsvertrag mit einem Beschäftigungsgrad von 50 % bei einem Jahresgehalt von Fr. 47'647. 25 brutto. Die Anstellung war vom 1. Oktober 1996 bis zum 30. Juni 1997 befristet. Gemäss Stellenbeschreibung war die Arbeitnehmerin X._ mit der Projektleitung "Hotelwerkstatt" betraut. Ihre Aufgabe bestand darin, die Inbetriebnahme eines Hotels vorzubereiten, welches durch behinderte Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter geführt wird.
Am 26. Juni 1997 vereinbarten die Parteien in einem neuen Arbeitsvertrag, das Arbeitsverhältnis vom 1. Juli 1997 bis zum 30. November 1997 mit einem Beschäftigungsgrad von 60 % und einem Jahresgehalt von Fr. 58'290. 55 weiterzuführen.
Im gleichen Vertrag war die unbefristete Anstellung von X._ ab dem 1. Dezember 1997 vorgesehen.
In beiden Arbeitsverträgen war eine 42-Stunden-Woche (für 100 %) vereinbart.
Nachdem X._ ihren Arbeitgeber mit Schreiben vom 5. November 1997 um einen Lösungsvorschlag für ihren "Ferienanspruch und die geleisteten und noch zu leistenden Überzeiten" ersucht hatte, legte sie ihm im Januar 1998 die Berechnung einer Entschädigung für geleistete Überstunden und nicht bezogene Ferien und Feiertage vor. Aus den beiden befristeten Arbeitsverhältnissen machte sie insgesamt ein Bruttoguthaben von Fr. 39'435. 74 geltend. Die Parteien gelangten in der Folge zu keiner Einigung.
B.- Mit Klage vom 22. Juni 1998 beantragte die Arbeitnehmerin X._ dem Bezirksgericht St. Gallen, ihr Arbeitgeber sei zur Bezahlung von Fr. 31'840. 24 nebst Zins, eventuell von Fr. 26'090. 70 nebst Zins sowie zur Gewährung eines zusätzlichen Ferienanspruchs von 186, 38 Arbeitsstunden, subeventuell von Fr. 23'675. 67 nebst Zins sowie zur Gewährung eines Ferien- und Freizeitanspruches von 241, 51 Arbeitsstunden zu verpflichten. Das Bezirksgericht St. Gallen hiess mit Urteil vom 15. März 1999 die Klage im Umfang von Fr. 26'090. 70 nebst Zins gut und gewährte der Arbeitnehmerin einen zusätzlichen Ferienanspruch von 131, 25 Arbeitsstunden. Auf Berufung des Arbeitgebers reduzierte das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 13. Januar 2000 den zugesprochenen Betrag auf Fr. 5'749. 55 nebst Zins für nicht bezogene Ferien und wies die weitergehenden Forderungen ab.
C.- Mit Urteil vom 9. Oktober 2000 hiess das Bundesgericht die Berufung der Klägerin gegen das kantonsgerichtliche Urteil teilweise gut, hob dieses mit Ausnahme von Ziff. 1 Abs. 1 (Ferienentschädigung im Betrag von Fr. 5'749. 55) auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück.
Das Bundesgericht erwog, die Vertragsklausel "Arbeitszeit: Die Arbeitszeit beträgt 42 Stunden pro Woche.
Überstunden sind nur in Absprache mit dem Präsidenten zu leisten" zeige, dass beide Parteien mit der Notwendigkeit der Leistung von Überstunden rechneten und dass dafür über den Lohn hinaus eine Entschädigung geschuldet war. Das Bundesgericht hielt sodann dafür, der Arbeitgeber habe die Mehrleistungen der Klägerin im Nachhinein genehmigt, weshalb diese grundsätzlich entschädigungspflichtig seien. Zur Notiz der Klägerin zu Handen der Kassiererin "Wenn ich die Überzeit nicht kompensieren kann (...), lassen wir es, keine Mehrkosten. Ist für Dich auch ok?" hielt das Bundesgericht fest, das Kantonsgericht habe es unterlassen, Erwägungen zum diesbezüglichen wirklichen Parteiwillen anzustellen. Damit es dies nachhole, wies das Bundesgericht die Sache an die Vorinstanz zurück. Diese hatte nach dem bundesgerichtlichen Urteil mit Blick auf die behauptete rechtsmissbräuchliche Geltendmachung der Überstundenentschädigung auch darüber zu entscheiden, ob der Beklagte aufgrund des genannten Schreibens an die Kassiererin oder anderer im kantonalen Verfahren vorgetragener Umstände nach Treu und Glauben davon ausgehen durfte, die Klägerin wolle für künftige Überstunden nicht entschädigt werden.
D.- Das Kantonsgericht hat hierauf am 30. März 2001 die Klägerin sowie den Präsidenten und ein Vorstandsmitglied des Beklagten, A._ und B._, als Parteien einvernommen.
In der Folge hiess es die Klage wiederum im Betrag von Fr. 5'749. 55 nebst Zins gut und wies sie im Übrigen ab.
E.- Gegen dieses Urteil erhebt die Klägerin sowohl staatsrechtliche Beschwerde als auch eidgenössische Berufung an das Bundesgericht. Mit Berufung beantragt sie, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache sei zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventualiter sei der Beklagte zu verpflichten, der Klägerin einen Betrag von Fr. 26'090. 70 nebst 5 % Zins seit 23. März 1998 zu bezahlen.
Das Kantonsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Der Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.
F.-Das Bundesgericht hat die staatsrechtliche Beschwerde mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz ist durch subjektive Auslegung zum Ergebnis gekommen, die Parteien hätten sich am 23. Juni 1998 vergleichsweise geeinigt. Das Entgegenkommen des Beklagten habe darin bestanden, den Beschäftigungsgrad der Klägerin von 50 auf 60 % zu erhöhen und ihr eine weitere Ausdehnung der Anstellung in Aussicht zu stellen. Im Gegenzug habe die die Klägerin auf eine Entschädigung für die bis dahin geleisteten Überstunden verzichtet. Dass die Vorinstanz mit dieser Beurteilung Bundesrecht verletzt hätte, wird in der Berufung nicht geltend gemacht.
2.- Die Forderung, welche die Klägerin für ab dem
1. Juli 1997 geleistete Überstunden geltend macht, hat das Kantonsgericht für rechtsmissbräuchlich erachtet.
a) Hat eine Person durch ihr Verhalten bei der Gegenpartei schutzwürdiges Vertrauen geschaffen und setzt sie sich durch neuere Handlungen, welche das geschaffene Vertrauen enttäuschen, zu ihrem früheren Verhalten in Widerspruch, ist darin ein Verstoss gegen Treu und Glauben zu erblicken. Das geschaffene Vertrauen der Gegenpartei ist schutzwürdig, wenn sie aufgrund dessen Dispositionen getroffen hat, die sich nun als nachteilig erweisen. Solchermassen widersprüchliches Verhalten gilt als Rechtsmissbrauch (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Keinen Rechtsmissbrauch begründet demgegenüber das blosse Zuwarten mit der Geltendmachung eines Anspruchs.
b) Die Schlussfolgerung, dass die Geltendmachung einer Entschädigungsforderung für die geleisteten Überstunden vorliegend rechtsmissbräuchlich sei, hat die Vorinstanz im Wesentlichen auf folgende Feststellungen gestützt:
aa) Die Parteien hätten vereinbart, dass die Klägerin die Zeit, die ihr Ehemann für das Projekt arbeite, kompensieren könne, dass dem Beklagten dadurch jedoch keine Mehrkosten entstehen würden. Die Klägerin habe autonom über ihre Arbeitszeit verfügen können. In den Arbeitsrapporten habe sie die durch ihren Ehemann geleistete Arbeitszeit zu ihrer eigenen hinzugezählt. Für den Beklagten sei nicht ersichtlich gewesen, wie viele entschädigungspflichtige Überstunden die Klägerin geleistet habe. Er habe den Vermerk der Klägerin "keine Mehrkosten" dahingehend verstehen dürfen, dass deren Überstunden kompensiert werden können, dafür aber keine Entschädigung verlangt werden könne.
bb) Die Klägerin habe sowohl an der Erstellung der Erfolgsrechnung 1996 als auch des Budgets 1997 mitgewirkt.
Keines der Dokumente enthalte einen Posten für Überstunden der Klägerin. Der Beklagte habe daher annehmen dürfen, aus Sicht der Klägerin bestehe keine entsprechende Forderung.
cc) Anlässlich der Verhandlungen vor dem Abschluss des zweiten Arbeitsvertrags in den Vorstandssitzungen vom 2. und 23. Juni 1997 habe die Klägerin nicht darauf hingewiesen, dass sie am Schluss der Projektphase noch eine Überstundenforderung geltend machen werde. Da für den Beklagten als von Spenden abhängigem Verein wichtig war, seine finanziellen Verpflichtungen genau zu kennen, wäre die Klägerin nach Treu und Glauben zu entsprechender Aufklärung verpflichtet gewesen.
dd) Beim Beklagten als Non-Profit-Organisation sei es üblich, dass viel Arbeit ehrenamtlich geleistet werde.
ee) Die Klägerin habe beim Beklagten eine sehr selbstständige Stellung inne gehabt. Es sei im Rahmen der Anstellung der Klägerin darum gegangen, "ihr Projekt" zu verwirklichen, also das Projekt, welches die Klägerin an den Beklagten herangetragen habe. Die im Arbeitsvertrag enthaltene Klausel "Arbeitszeit" sei aus anderen Vertragsformularen übernommen worden, es sei ihr nicht nachgelebt worden. Sie sei daher als Floskel zu betrachten.
ff) Der am 5. November 1997 erstmals gestellten und am 29. Januar 1998 bezifferten Forderung für Überstunden seien verschiedene Konflikte vorausgegangen, welche im Herbst 1997 begonnen hätten. Namentlich habe der Vorstand den Vorschlag der Klägerin abgelehnt, ihren Ehemann anzustellen.
Die Geltendmachung der Überstundenentschädigung sei in diesem Zusammenhang zu sehen.
gg) Der Beklagte sei bereit gewesen, das Projekt der Klägerin, einen Hotelbetrieb durch behinderte Menschen führen zu lassen, innerhalb eines bestimmten finanziellen Rahmens zu verwirklichen, habe aber die Aufwendungen gegenüber den Spendern zu vertreten und bei der Durchführung des Projekts seine Vertrauenswürdigkeit unter Beweis zu stellen gehabt. Die nachträgliche Zusatzforderung der Klägerin habe mehr als 50 % des Salärs betragen, welches ihr aus den ersten beiden Projektphasen zustand. Es sei deshalb nicht auszuschliessen, dass der Beklagte eine Beteiligung am Projekt der Klägerin verweigert hätte, wenn er gewusst hätte, dass die Kosten wesentlich höher als budgetiert ausfallen würden.
hh) Die Vorinstanz ist schliesslich davon ausgegangen, dass der Beklagte Massnahmen getroffen hätte, um zu verhindern, dass die Klägerin Überstunden leisten musste, wenn er mit einer Überstundenforderung gerechnet hätte.
3.- Die Klägerin macht in der Berufung geltend, die Vorinstanz habe ihre Notizen betreffend "keine Mehrkosten" und "unbezahlte Überzeit" normativ als Verzicht auf eine Entschädigung der Überstunden ausgelegt. Damit habe sie Art. 321c Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> verletzt.
Wollte man dem Beklagten zugute halten, er habe daraus entnehmen dürfen, dass er nur mit einem durch Freizeit ausgleichbaren Überstundenanspruch zu rechnen habe, liefe dies darauf hinaus, einen rechtswidrigen Zustand zu schützen.
Die Vorinstanz ist indes nicht so weit gegangen, aus den Notizen der Klägerin vertrauenstheoretisch den Schluss zu ziehen, der Lohn für Überstundenarbeit gemäss <ref-law> sei nicht geschuldet. Eine Wegbedingung der Entschädigungspflicht hat sie denn auch verneint, und lediglich geprüft, ob die Geltendmachung der Überstundenforderung angesichts dieser Notizen und der weiteren Umstände rechtsmissbräuchlich und ihr deshalb der Rechtsschutz zu versagen sei. Bundesrecht hat sie dadurch nicht verletzt.
4.- a) Die Klägerin bringt weiter vor, bei Erstellung des Budgetvorschlages für das Jahr 1997 habe sie noch nicht zuverlässig abschätzen können, ob es am Ende des Projekts zu einer die Sollarbeitszeit übersteigenden und damit ausgleichungspflichtigen Stundensumme kommen werde, weshalb sie nicht darauf habe hinweisen müssen.
b) Die Klägerin war vom Beklagten angestellt worden, um das von ihr vorgeschlagene Projekt zu realisieren.
Sie machte den Vorschlag für das Budget. Sie wusste, dass der finanzielle Spielraum des Beklagten durch den Eingang der Spendengelder begrenzt war. Die Vorinstanz ist unter diesen Umständen zu Recht davon ausgegangen, dass die Klägerin bei der Budgetierung auf die Möglichkeit einer Entschädigungsforderung hätte hinweisen müssen. Dies gilt gerade auch dann, wenn über die Frage, ob Überstunden anfallen würden, Unsicherheit herrschte. Daran ändert nichts, dass der Beklagte seinerseits im Folgejahr keine Überstunden budgetierte, vertrat er doch im Gegensatz zur Klägerin die Auffassung, für Überstunden sei keine Entschädigung zu bezahlen.
5.- a) Die Klägerin wirft der Vorinstanz ferner vor, die Bindungswirkung des bundesgerichtlichen Rückweisungsurteils missachtet und gegen Art. 66 Abs. 1 OG verstossen zu haben. Im Rückweisungsentscheid habe das Bundesgericht festgehalten, die Klägerin habe die Arbeitsrapporte, aus welchen die geleisteten Überstunden ersichtlich waren, regelmässig der Kassiererin übergeben. Damit habe sie den Arbeitgeber darüber informiert, dass es ihr nicht möglich sei, mit der vorgegebenen Zeit per Saldo auszukommen, und ihre Pflicht erfüllt.
b) Den Umstand, dass die Klägerin die besagten Arbeitsrapporte regelmässig der Kassiererin übergeben hatte, erwähnte das Bundesgericht im Rückweisungsentscheid bei der Prüfung der Frage, ob die Überstunden als genehmigt zu gelten haben. Eine Aussage darüber, ob die Klägerin den Beklagten auf eine künftige Entschädigungsforderung hätte hinweisen müssen, hat das Bundesgericht nicht gemacht. Vielmehr hat es die Streitsache zur Beurteilung der Frage, ob die Klägerin unter den gegebenen Umständen nach Beendigung des Projekts eine solche Entschädigungsforderung nach Treu und Glauben geltend machen durfte, an das Kantonsgericht zurückgewiesen.
Eine Verletzung von Art. 66 Abs. 1 OG ist mithin nicht ersichtlich.
6.- Ein Verstoss gegen <ref-law> dadurch, dass eine Klausel im Formularvertrag missachtet worden wäre, ist, entgegen der Auffassung der Klägerin, ebenfalls nicht auszumachen.
Die Vorinstanz hat zwar die Bestimmung über die Arbeitszeit im Arbeitsvertrag als Floskel bezeichnet. Sie hat jedoch das Vorliegen der geltend gemachten Überstunden und somit auch die vertraglich vereinbarte Arbeitszeit nicht in Frage gestellt; sie hat lediglich geprüft, ob die Geltendmachung einer Entschädigung für diese Überstunden gegen Treu und Glauben verstösst.
7.- a) Dass die Klägerin nach Beendigung des Projekts eine Überstundenentschädigung geltend macht, steht im Widerspruch dazu, dass sie bei den Verhandlungen zum Abschluss des zweiten Arbeitsvertrags zu guter Letzt in eine Anstellung zu 60 % eingewilligt hat: Sie hatte nämlich einen Anstellungsgrad von 75 % gewünscht, darauf aber angesichts der beschränkten finanziellen Mittel des Beklagten verzichtet.
Dazu kommt, dass die Klägerin ihre eigene Arbeitszeit und jene ihres Mannes, welche lediglich kompensiert, für die aber keine Entschädigung verlangt werden konnte, in den Arbeitsrapporten nicht getrennt auswies. Für den Beklagten war deshalb eine Entschädigungspflicht aufgrund der Leistung von Überstunden nicht erkennbar.
Aus diesen und den oben dargelegten Gründen nahm die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht an, die Klägerin habe durch ihr aktives und passives Verhalten auf Seiten des Beklagten das Vertrauen begründet, dass sie auch unter der Geltung des neuen Arbeitsvertrages vom 26. Juni 1997 keine Überstundenentschädigung verlangen werde.
b) Soweit die Klägerin in der Berufung die Feststellungen der Vorinstanz darüber kritisiert, welche Massnahmen der Beklagte getroffen hätte, wenn er sich nicht auf einen Verzicht der Klägerin auf die Einforderung allfälliger Überstundenansprüche verlassen hätte, ist sie nicht zu hören.
Auch Feststellungen zum hypothetischen Verhalten gehören, soweit sie auf den konkreten Umständen beruhen, zur Sachverhaltsermittlung und sind somit der Prüfung durch das Bundesgericht im Berufungsverfahren entzogen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2b S. 12).
c) In diesem Zusammenhang macht die Klägerin eine Verletzung von <ref-law> geltend: Indem die Vorinstanz festgestellt habe, es sei nicht auszuschliessen, dass der Beklagte bei Kenntnis der künftigen Entschädigungsforderung die Beteiligung am Projekt verweigert hätte, habe sie der Klägerin eine Beweislast aufgebürdet, welche richtigerweise beim Beklagten liege.
Die Vorinstanz ist für das Bundesgericht bindend davon ausgegangen, dass der Beklagte bei Kenntnis der Entschädigungspflicht Vorkehren getroffen hätte, um der Klägerin die Leistung von Überstunden zu ersparen. Es kann folglich nicht mehr darauf ankommen, ob der Beklagte allenfalls auf das Projekt der Klägerin gar nicht eingetreten wäre. Die Rüge der Klägerin stösst damit ins Leere.
d) Indem die Vorinstanz die Geltendmachung einer Entschädigung für die ab 1. Juli 1997 geleisteten Überstunden unter diesen Umständen als rechtsmissbräuchlich gewürdigt hat, ist sie den Grundsätzen gefolgt, welche die Rechtsprechung zum widersprüchlichen Verhalten entwickelt hat (<ref-ruling> E. 2a). Sie hat somit kein Bundesrecht verletzt.
Ob die Geltendmachung der Entschädigungsforderung darüber hinaus noch hinsichtlich der weiteren im angefochtenen Urteil aufgeführten Umstände als rechtsmissbräuchlich erscheint, kann offen bleiben: Nach dem Gesagten kommt ihnen keine den Entscheid tragende Bedeutung zu. Auf die diesbezüglich in der Berufung erhobenen Rügen braucht daher nicht eingegangen zu werden.
8.- Im Urteil vom 9. Oktober 2000 hatte das Bundesgericht der Vorinstanz aufgegeben, Feststellungen zu den Arbeitsleistungen der Klägerin an Feiertagen zu treffen. Die Klägerin bringt abschliessend vor, indem die Vorinstanz dies unterlassen habe, habe sie Art. 66 Abs. 1 OG verletzt.
Auch diese Rüge ist unbegründet. Ist davon auszugehen, dass die Klägerin keinerlei Ansprüche für Überstundenarbeit geltend machen kann, spielt keine Rolle, ob die über die bezahlte Arbeitszeit hinaus geleisteten Stunden auf gewöhnliche Arbeitstage oder auf Feiertage fielen. So oder anders sind sie nicht zu vergüten.
9.- Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Da <ref-law> nicht anwendbar ist, sind Gerichtskosten zu erheben. Diese werden dem Ausgang des Verfahrens entsprechend der Klägerin auferlegt (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Berufung wird abgewiesen, und das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen, III. Zivilkammer, vom 15. November 2001 wird bestätigt.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 2000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.-Die Klägerin hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3000.-- zu entschädigen.
4.-Dieses Urteil wird den Parteien und der III. Zivilkammer des Kantonsgerichts St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 26. April 2002
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: