Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Con un contratto concluso per la durata di 20 anni, scadenti il 30 giugno 2016, la B._SA ha locato per una pigione mensile di fr. 5000.-- l'immobile sito sulla particella xxx di Lugano-Bré, adibito ad uso commerciale nonché di casa di vacanza ed abitazione.
2. Al pubblico incanto del 25 gennaio 2005, indetto in seguito al fallimento dei locatori, la A._SA si è aggiudicata, dopo un doppio turno d'asta, la predetta particella senza l'aggravio del contratto di locazione.
3. Il 1° febbraio 2005 l'aggiudicataria ha adito l'Autorità di I istanza del distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE; RS 211.412.41). Quest'ultima ha autorizzato, con decisione 7 febbraio 2005 rimasta incontestata, l'acquisto del fondo quale recupero del credito.
4. Con modulo del 19 maggio 2005 la A._SA ha notificato alla conduttrice la disdetta per il 29 marzo 2006, invocando il diritto di rescindere il contratto di locazione in seguito alla predetta aggiudicazione.
Con istanza 29 settembre 2005 - preventivamente sottoposta al competente Ufficio di conciliazione che ha accertato la validità della disdetta - la B._SA ha domandato al Pretore del distretto di Lugano, in via principale, l'annullamento della disdetta e, in via subordinata, qualora quest'ultima dovesse essere considerata valida, una protrazione della locazione di 6 anni. Il 3 novembre 2009 il Pretore ha integralmente respinto l'istanza.
5. Con sentenza 29 settembre 2010 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha invece accolto un rimedio della parte soccombente ed ha riformato la decisione del primo giudice nel senso che l'istanza del 29 settembre 2005 è accolta e che di conseguenza la disdetta del 19 maggio 2005 è nulla. Dopo aver richiamato l'<ref-law>, la Corte cantonale ha reputato che con l'aggiudicazione al pubblico incanto del 25 gennaio 2005 la A._SA sia divenuta la nuova proprietaria e locatrice della particella menzionata ed ha così ottenuto la possibilità di disdire il contratto di locazione nel rispetto del termine di preavviso legale e per la prossima scadenza legale. I Giudici cantonali hanno quindi considerato che la prima scadenza legale fosse quella del 29 settembre 2005, motivo per cui l'aggiudicataria, per rispettare il termine di preavviso legale di 6 mesi, avrebbe dovuto dare la disdetta entro il 28 marzo 2005. Per tale motivo hanno ritenuto che la disdetta del 19 maggio 2005 fosse stata notificata tardivamente.
6. Con ricorso in materia civile del 10 novembre 2010 la A._SA chiede l'annullamento della sentenza di appello e la sua riforma nel senso che la decisione pretorile sia confermata, con conseguente conferma della disdetta impartita il 19 maggio 2005 ed esclusione di una protrazione del contratto di locazione. Afferma in sostanza di aver agito in tempo utile, perché ritiene che giusta l'<ref-law> essa non avrebbe potuto validamente disdire il contratto di locazione prima che l'autorizzazione all'acquisto fosse divenuta definitiva.
Nella risposta dell'11 gennaio 2011 la B._SA propone la reiezione del ricorso, mentre l'autorità inferiore ha comunicato il 25 novembre 2010 di non avere osservazioni.
7. Con riferimento alla tempestività dell'impugnativa - prudenzialmente contestata dall'opponente - giova rilevare che dalla dichiarazione di ricevuta agli atti risulta che la sentenza impugnata è stata notificata al patrocinatore della ricorrente l'11 ottobre 2010 e che il ricorso in materia civile è stato consegnato alla posta svizzera il 10 novembre 2010 (data del timbro postale) e quindi in tempo utile (<ref-law>). Il ricorso in materia civile, diretto contro una decisione finale (<ref-law>) emanata dall'ultima istanza cantonale (<ref-law>) in materia di diritto di locazione con un valore di lite che supera ampiamente quello minimo di fr. 15'000.-- previsto dall'<ref-law>, si rivela pertanto in linea di principio ammissibile.
8. La giurisprudenza ha già avuto modo di specificare che chi si aggiudica in un incanto forzato, con un doppio turno d'asta, un fondo senza il contratto di locazione di abitazioni o locali commerciali può dare la disdetta in applicazione dell'<ref-law> per la prossima scadenza legale, rispettando il termine legale di preavviso, anche in assenza di un urgente bisogno personale (<ref-ruling> consid. 2a e 125 III 123 consid. 1e).
8.1 Nella fattispecie la ricorrente non contesta la suddetta prassi, ma rimprovera ai Giudici cantonali - che hanno considerato la disdetta tardiva - di aver ignorato che, essendo sottoposta alla LAFE, essa aveva potuto disdire il rapporto di locazione solo dopo che l'autorizzazione accordata dalle autorità preposte all'applicazione della predetta legge era cresciuta in giudicato, atteso che l'<ref-law> prevede che i negozi giuridici concernenti un acquisto per il quale l'acquirente deve chiedere un'autorizzazione rimangono inefficaci fintanto che manca l'autorizzazione definitiva (cpv. 1) e che essi diventano nulli se l'acquirente attua il negozio giuridico senza chiedere l'autorizzazione o prima che vi sia l'autorizzazione definitiva (cpv. 2 lett. a). Per questo motivo ritiene di aver agito nei termini previsti dall'<ref-law>.
8.2 Giusta l'<ref-law> nel caso di un'esecuzione forzata l'acquirente diventa proprietario già prima dell'iscrizione, ma può disporre del fondo nel registro fondiario solo dopo che l'iscrizione sia stata eseguita. Con l'aggiudicazione all'incanto, l'acquirente non diventa solo proprietario del fondo (<ref-ruling> consid. 4b), ma anche parte del rapporto di locazione e può così disdire il contratto (<ref-ruling> consid. 1a).
Adottando la LAFE, il legislatore ha tenuto conto di questa forma di acquisto a titolo originario della proprietà e ha esplicitamente disciplinato nell'<ref-law> l'eventualità dell'aggiudicazione di un fondo in un incanto svolto in un'esecuzione forzata (<ref-law>; MÜHLEBACH/ GEISSMANN, Lex F., Kommentar zum Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland, 1986, n. 2 ad <ref-law>; Messaggio del 16 settembre 1981 concernente una legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero e l'iniziativa popolare "contro la svendita del territorio", FF 1981 573). In tale norma vengono segnatamente anche regolate le conseguenze di un rifiuto definitivo dell'autorizzazione (<ref-law>). Ciò ha per conseguenza che l'art. 26 cpv. 1 e 2 LAFE, su cui la ricorrente fonda il suo gravame e che sarebbe stato disatteso dalla Corte cantonale, non si applica alla fattispecie (GILBERT KOLLY, L'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger - Aspects de droit privé de la Lex Friedrich, in Journées du droit de la construction, vol. 1, 1987, pag. 132; Messaggio, loc. cit.). Tale norma parte infatti dal presupposto che vi sia un negozio giuridico di mera natura obbligatoria che necessiti per il trasferimento della proprietà di un ulteriore atto di disposizione, eventualità che non si verifica nel caso dell'immediata acquisizione della proprietà nell'ambito dell'aggiudicazione in un'esecuzione forzata.
8.3 La ricorrente non può pertanto essere seguita quando afferma di essersi trovata, a causa dell'<ref-law>, "nell'impossibilità giuridica di procedere con la disdetta straordinaria" per il primo termine utile ai sensi dell'<ref-law>. Contrariamente all'assunto ricorsuale, la LAFE non comporta infatti alcuna deroga al principio secondo cui con l'aggiudicazione di un fondo in un incanto forzato, l'aggiudicatario non diventa solo proprietario, ma pure - per i motivi già indicati nella <ref-ruling> consid. 1 - parte in un eventuale contratto di locazione.
9. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 6'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 7'000.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.