Sachverhalt:
A. A.a Die 1968 geborene F._ war bei den A._ Versicherungen als Versicherungsberaterin angestellt und dadurch bei der Helsana Unfall AG (nachfolgend Helsana) obligatorisch unfallver-sichert. Am 14. August 1994 erlitt sie als Beifahrerin in einem Auto einen Unfall, in dessen Folge eine Luxation eines Halswirbels und ein erhebliches HWS-Schleudertrauma mit posttraumatischer radikulärer Symptomatik diagnostiziert wurden. Am 11. Juli 1996 meldete F._ einen Rückfall an, wobei der behandelnde Arzt einen Status nach HWS-Distorsion feststellte. Nach diversen medizinischen Abklärungen und einer Besprechung zwischen den Parteien gewährte die Helsana der Versicherten mit Verfügung vom 12. Juli 2004 rückwirkend ab 1. April 2003 eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 52 % sowie eine Integritätsentschädigung bei einem Integritätsschaden von 40 %. Mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 16. März 2009 zog die Unfallversicherung die Verfügung vom 12. Juli 2004 in Wiedererwägung, weil der damals errechnete versicherte Verdienst falsch gewesen sei.
A.b Mit Verfügung vom 12. Januar 2010 teilte die Helsana F._ mit, dass sie die Verfügungen vom 12. Juli 2004 und 16. März 2009 wiedererwägungsweise aufhebe, womit der Anspruch auf Versicherungsleistungen per 1. Februar 2010 erlösche. Die dagegen erhobene Einsprache wies die Helsana mit Entscheid vom 3. Mai 2010 ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 12. Januar 2011 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt F._ beantragen, der kantonale Entscheid vom 12. Januar 2011 sei aufzuheben und die UVG-Invalidenrente sei im bisherigen Umfang gemäss den rechtskräftigen Verfügungen vom 12. Juli 2004 und 16. März 2009 zu bestätigen.
Die Helsana und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 252). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Mit Verfügung vom 12. Januar 2010 zog die Helsana die Verfügungen vom 12. Juli 2004 und 16. März 2009 - mit welchen sie der Versicherten eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 52 % und eine Integritätsentschädigung bei einem Integritätsschaden von 40 % zugesprochen hatte - nach Art. 53 Abs. 2 ATSG in Wiedererwägung. Zur Begründung wies die Helsana darauf hin, dass nach Kenntnisnahme des Entscheids des Bezirksgerichts Rheinfelden vom 17. Dezember 2008 die Verfügungen als zweifellos unrichtig zu bezeichnen seien, weil der natürliche Kausalzusammenhang zwischen den geklagten Beschwerden und dem Ereignis vom 14. August 1994 verneint werden müsse. Die dagegen erhobene Einsprache wies die Helsana mit Entscheid vom 3. Mai 2010 im Ergebnis ab. Sie hiess sie insofern gut, als sie einräumte, die Tatsache, dass das Bezirksgericht Rheinfelden aufgrund derselben medizinischen Unterlagen, die auch bei Erlass der Verfügung vom 12. Juli 2004 zur Verfügung gestanden hätten, zu einem andern Ergebnis gekommen sei, führe noch nicht dazu, dass von einer zweifellos unrichtigen Verfügung gesprochen werden könne. Aufgrund der medizinischen Unterlagen, insbesondere aufgrund des Gutachtens des Dr. med. M._ vom 5. Juni 2003 hätte sie jedoch die Frage der Adäquanz vor Vornahme der Rentenverfügung prüfen müssen. Damit sei ihr Vorgehen zweifellos unrichtig gewesen. Eine Adäquanzprüfung auf den Zeitpunkt des Rentenanspruchs - sowohl nach den Kriterien von <ref-ruling> wie auch nach denjenigen von <ref-ruling> - führe zu einer Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs. Es hätte daher damals weder eine Rente noch eine Integritätsentschädigung zugesprochen werden dürfen. Das kantonale Gericht hat nach Vornahme einer Adäquanzprüfung die zweifellose Unrichtigkeit der Rentenzusprache bejaht.
3. Nach Art. 53 Abs. 2 ATSG kann der Versicherungsträger auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist. Zweifellose Unrichtigkeit liegt vor, wenn kein vernünftiger Zweifel daran möglich ist, dass der Verwaltungsakt unrichtig war. Es darf nur ein einziger Schluss - derjenige auf dessen Unrichtigkeit - möglich sein, wobei die Sach- und Rechtslage im Zeitpunkt der rechtskräftigen Leistungszusprechung massgebend ist (<ref-ruling> E. 2b/bb S. 401, 125 V 383 E. 3 S. 389 f. und E. 6a S. 393; SVR 2006 UV Nr. 17 S. 60 E. 5.2 [U 378/05]; Urteil 8C_862/2010 vom 4. Januar 2011 E. 3). Zweifellose Unrichtigkeit liegt in der Regel vor, wenn eine Leistungszusprache auf Grund falsch oder unzutreffend verstandener Rechtsregeln erfolgt ist oder wenn massgebliche Bestimmungen nicht oder unrichtig angewandt wurden. Anders verhält es sich, wenn der Wiedererwägungsgrund im Bereich materieller Anspruchsvoraussetzungen - hier des Kausalzusammenhangs - liegt, deren Beurteilung in Bezug auf gewisse Schritte und Elemente notwendigerweise Ermessenszüge aufweist (SVR 2010 AHV Nr. 12 S. 42 E. 3.7 [9C_1094/2009], IV Nr. 5 S. 10 E. 2.2 [8C_1012/2008], 2006 UV Nr. 17 S. 60 E. 5.3 [U 378/05]; Urteile 8C_862/2010 vom 4. Januar 2011 E. 3 und 8C_512/2008 vom 14. Januar 2009 E. 6.1).
Das Bundesgericht hat sich zum Begriff der zweifellosen Unrichtigkeit in Fällen geäussert, welche - wie vorliegend - eine Rentenzusprechung bei Folgen eines Autounfalles mit Schleudertrauma betrafen. Demnach genügt es für das Rückkommen auf eine formell rechtskräftige Verfügung über sozialversicherungsrechtliche Leistungsansprüche und insbesondere auf die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs sowie der diesbezüglich massgeblichen Kriterien nicht, dass der Sozialversicherungsträger oder das Gericht einfach sein Ermessen an die Stelle desjenigen der ursprünglich verfügenden oder urteilenden Behörde setzt, sofern die damalige Ermessensausübung vertretbar war. Vielmehr muss die neue Ermessensausübung als die klarerweise einzig richtige erscheinen (Urteile 8C_862/2010 vom 4. Januar 2011 E. 3, 8C_436/2007 vom 16. Juni 2008 E. 2 und U 5/07 vom 9. Januar 2008 E. 5.3.2.1; vgl. auch Urteil 8C_512/2008 vom 14. Januar 2009 E. 6.1 und 6.2.2).
4. 4.1 Die Helsana stellte sich im Einspracheentscheid vom 3. Mai 2010 auf den Standpunkt, der adäquate Kausalzusammenhang zwischen Unfallereignis und Beschwerden sei vor Erlass der Rentenverfügung nicht geprüft worden, weshalb ihr Vorgehen zweifellos unrichtig gewesen sei. Sie nahm sodann eine Adäquanzprüfung auf den Zeitpunkt des Rentenanspruchs vor und verneinte das Vorliegen eines adäquaten Kausalzusammenhangs.
4.2 Das kantonale Gericht überprüfte im angefochtenen Entscheid vom 12. Januar 2011, ob die der Rentenzusprache zugrunde liegende Bejahung der Adäquanz zweifellos unrichtig war, und bejahte dies anhand einer eigenen Adäquanzprüfung.
4.3 Die rentenzusprechende Verfügung der Helsana vom 12. Juli 2004 basierte auf einem umfangreichen medizinischen Dossier. Entscheidend ist, dass sich der Gesundheitszustand der Versicherten gestützt darauf zuverlässig beurteilen liess und die Helsana mit Zusprechung von Rente und Integritätsentschädigung unter Hinweis auf Art. 18 und 24 UVG ihre Leistungspflicht anerkannte. Aus dem Umstand, dass sich der Unfallversicherer in seiner Verfügung vom 12. Juli 2004 zur Voraussetzung des adäquaten Kausalzusammenhangs nicht explizit geäussert hat, kann nicht geschlossen werden, dass er sie nicht geprüft hätte, war er doch nicht gehalten, seine Verfügung weiter zu begründen. Vielmehr umfasst die Anerkennung der Leistungspflicht implizit auch die dafür vorausgesetzte Bejahung der Adäquanz der geklagten Beschwerden. Es kann nicht gesagt werden, die Adäquanzbeurteilung, bei welcher es sich um eine rechtliche Wertung handelt, sei zweifellos unrichtig gewesen. Sowohl im Einspracheentscheid vom 3. Mai 2010 wie auch im angefochtenen kantonalen Gerichtsentscheid vom 12. Januar 2011 wird die Adäquanz geprüft, wie wenn es um die ursprüngliche Beurteilung ginge, anstatt zu prüfen, ob die Bejahung der Adäquanz im Rahmen des bei sämtlichen Kriterien bestehenden Beurteilungsspielraums vertretbar war. Anhaltspunkte dafür, dass die neue Ermessensausübung klarerweise die einzig richtige ist, fehlen. Damit ist ein Zurückkommen auf die unangefochten gebliebenen Verfügungen vom 12. Juli 2004 und 16. März 2009 und insbesondere die Adäquanzbeurteilung unter dem Titel der hier streitigen Wiedererwägung nicht zulässig (vgl. auch Urteile 8C_862/2010 vom 4. Januar 2011 E. 4.2, 8C_512/2008 vom 14. Januar 2009 E. 6.2.2 und 8C_436/2007 vom 16. Juni 2008 E. 4; zur rechtskräftigen Adäquanz-Verneinung siehe Urteile U 210/00 vom 22. Oktober 2003 E. 3.4.2 und U 66/94 vom 4. November 1994 E. 3b).
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 5) und der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 12. Januar 2011 und der Einspracheentscheid der Helsana Unfall AG vom 3. Mai 2010 werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vor angegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. September 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch