Faits:
A. A.a Par acte authentique du 23 août 2006, Y._, désignée dans l'acte comme « le vendeur » (ci-après: la venderesse) et X._ (ci-après: l'acheteur) ont conclu une vente à terme conditionnelle portant sur deux parcelles sises sur la commune de A._. Le prix de vente était fixé à 1'300'000 fr.; il devait être payé à raison de 130'000 fr. au plus tard le 5 septembre 2006, puis à raison du solde le jour de la signature de la réquisition de transfert. Sous la rubrique "Inexécution- clause pénale", le chiffre 19 de l'acte prévoyait ce qui suit:
"Si l'une des parties fait défaut au rendez-vous fixé pour la signature de la réquisition ou ne donne pas suite aux engagements, pour quelque cause que ce soit, l'autre partie aura le choix:
- soit de poursuivre l'exécution du contrat en demandant le transfert des feuillets 642 et 557 de A._ et le paiement du solde du prix de vente, tous les dommages et intérêts pour inexécution tardive étant réservés,
- soit de renoncer à l'exécution du contrat et demander, en lieu et place, à titre de clause pénale, le paiement d'une somme de cent trente mille francs (130'000.-), sans autre mise en demeure que l'avis donné à la partie défaillante de sa détermination, le droit à de plus amples dommages et intérêts demeurant réservé.
Dans l'hypothèse où l'acheteur fait défaut au rendez-vous fixé pour la signature de la réquisition de transfert et que le vendeur choisit la clause pénale en lieu et place de l'exécution, l'acompte versé demeurera définitivement acquis au vendeur à titre de paiement de la clause pénale. Dans ce cas, le notaire soussigné reçoit d'ores et déjà tous pouvoirs pour remettre au vendeur, sans délai, l'acompte versé (...)"
La date de signature de la réquisition de transfert a été reportée plusieurs fois par les parties, la dernière fois au 9 novembre 2006. A cette date, le notaire a dressé un procès-verbal de carence signé par l'acheteur, constatant que le prix de vente n'avait pas été payé.
Au mois de mars 2007, les deux parcelles précitées ont été vendues à un tiers.
A.b Le 15 janvier 2008, la venderesse a fait notifier à l'acheteur, par l'Office des poursuites de Nyon-Rolle, un commandement de payer la somme de 130'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 23 août 2006, plus frais (poursuite no xxxx). Comme titre de la créance ou cause de l'obligation, cet acte mentionnait: "Acte de vente à terme - acompte de 10% du 23 août 2006, puis délai suppl. au 5 septembre 2006, à défaut un intérêt de cinq pourcent l'an courant depuis [le] jour de la signature de l'acte (chiffre 12 dans l'acte de vente) 9 novembre - procès-verbal de carence signé chez le notaire par le débiteur et [le] créancier".
L'acheteur a formé opposition totale au commandement de payer.
B. Par jugement du 19 mai 2008, le Juge de paix du district de Nyon a prononcé, à la demande de la venderesse, la mainlevée provisoire de l'opposition à concurrence de 130'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 janvier 2008.
Le recours formé par le poursuivi contre ce jugement a été rejeté par arrêt de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois du 27 novembre 2008, expédié aux parties le 5 février 2009.
C. Par acte du 9 mars 2009, le poursuivi a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à la réforme de l'arrêt de la cour cantonale en ce sens que la mainlevée de la poursuite [recte: opposition] est refusée.
La poursuivante conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La cour cantonale se réfère, quant à elle, à son arrêt.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 en relation avec 45 al. 1 LTF) par la partie qui a succombé en instance cantonale (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur recours par une autorité de dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF) dans une affaire de mainlevée provisoire de l'opposition (<ref-law>) dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Sous réserve de l'exception prévue par l'<ref-law> pour la violation des droits fondamentaux ou de dispositions de droit cantonal et intercantonal (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente. Eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1).
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). II ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2. Dans un premier moyen, le recourant invoque une violation de l'<ref-law> en lien notamment avec l'<ref-law>. A le suivre, il n'existerait pas d'identité entre la créance mentionnée dans le commandement de payer et celle retenue par la cour cantonale: la première serait la créance d'acompte née le 23 août 2006 et supposerait l'exécution du contrat, alors que la seconde serait la peine conventionnelle due pour inexécution du contrat.
2.1 A teneur des art. 69 al. 2 ch. 1 et 67 al. 1 ch. 4 LP, le commandement de payer doit contenir, entre autres indications, le titre et la date de la créance ou, à défaut, la cause de l'obligation. Ces dispositions ont pour but de renseigner le poursuivi sur la créance alléguée et doivent lui permettre de prendre position (P.-R. Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 77 ad <ref-law>; SABINE KOFMEL EHRENZELLER, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, n. 43 ad <ref-law>; ROLAND RUEDIN, Commentaire romand de la LP, n. 9 ad <ref-law>).
Selon la jurisprudence, toute périphrase relative à la cause de la créance, qui permet au poursuivi, conjointement avec les autres indications figurant sur le commandement de payer, de reconnaître la somme déduite en poursuite, suffit. En d'autres termes, le poursuivi ne doit pas être obligé de faire opposition pour obtenir, dans une procédure de mainlevée subséquente ou un procès en reconnaissance de dette, les renseignements sur la créance qui lui est réclamée. C'est par la voie de la plainte (<ref-law>) que le débiteur doit faire valoir que la cause de la créance qui lui est réclamée n'est pas reconnaissable au regard de l'ensemble du contexte, autrement dit que le commandement de payer n'est pas clair (<ref-ruling> consid. 2a). Sous réserve du cas de nullité du commandement de payer, le débiteur ne peut donc pas invoquer un tel moyen dans la procédure de mainlevée (cf. arrêt 5A_586/2008 du 22 octobre 2008 consid. 3). Le juge de la mainlevée statue simplement sur l'existence d'un titre de mainlevée au sens de l'<ref-law> et sur la vraisemblance des moyens libératoires du débiteur, étant entendu qu'il ne prononcera pas la mainlevée s'il y a absence manifeste d'identité entre la créance et le titre.
2.2 En l'occurrence, la créance réclamée est le montant de 130'000 fr. plus intérêts, dont le paiement est requis sur la base de l'acte de vente et du constat de carence. Le montant en question correspondant soit à l'acompte, soit à la clause pénale, il pouvait certes y avoir équivoque sur le titre de la créance ou la cause de l'obligation. Mais, pour dissiper cette équivoque, le recourant disposait, comme il a été exposé ci-dessus, de la voie de la plainte. Faute d'avoir usé de ce moyen en temps utile, il ne peut plus, au stade de la mainlevée, remettre en cause les indications du commandement de payer incriminé sous l'angle de la clarté ou de la précision.
Ces considérations suffisent pour rejeter le grief soulevé et il n'est pas nécessaire d'examiner plus avant les arguments développés par les parties et la cour cantonale sur ce point.
3. Dans un second moyen, le recourant invoque une violation de l'<ref-law>.
3.1 Constitue une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law> l'acte authentique ou sous seing privé signé par le poursuivi ou son représentant, d'où ressort la volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée ou facilement déterminable et échue. La reconnaissance de dette peut résulter de plusieurs pièces, dans la mesure où celle qui est signée renvoie ou se réfère directement à celle qui indique la créance et son montant (<ref-ruling> consid. 4.1 et les références citées).
Au stade de la mainlevée, le juge examine uniquement l'existence et la force probante du titre produit par le créancier, et non la réalité ou la validité de la créance; il attribue force exécutoire à ce titre à moins que le débiteur ne rende immédiatement vraisemblables ses moyens libératoires (<ref-ruling> consid. 4.1.1 et les références).
3.2 La cour cantonale voit dans le rapprochement entre l'acte de vente à terme, qui inclut la clause pénale de 130'000 fr., et le procès-verbal de carence un titre de mainlevée au sens de l'<ref-law>.
De son côté, le recourant soutient que ces deux éléments ne sont pas suffisants pour rendre exigible la créance en paiement d'une peine conventionnelle. Il prétend notamment que cette créance n'est pas née, faute pour la poursuivante de lui avoir notifié un acte formateur, nécessaire à la naissance de la créance.
Pour sa part, l'intimée se rallie au point de vue de la cour cantonale. Elle estime en outre que la clause pénale était exigible dès la signature du constat de carence le 9 novembre 2006.
3.3 Le commandement de payer n'étant pas nul, le titre produit, soit l'acte de vente assorti du constat de carence, preuve de sa non-exécution, suffit pour obtenir la mainlevée de l'opposition, vu l'identité existant entre le montant de 130'000 fr. et le titre. La question de savoir si ce montant n'est pas dû, selon les objections du recourant, soit en raison de l'extinction de la créance en paiement d'un acompte, soit faute d'exigibilité de la créance correspondant à la peine conventionnelle, relève de l'action en libération de dette.
La confirmation du prononcé de la mainlevée de l'opposition par la cour cantonale ne viole donc pas l'<ref-law>. Le recours doit ainsi également être rejeté sur ce point.
4. Le recourant reproche à juste titre à la cour cantonale d'avoir nié la nécessité d'examiner, faute de pertinence pour l'issue du litige, son argumentation concernant l'extinction de la créance en paiement d'un acompte (arrêt attaqué, consid. II in fine p. 7). L'<ref-law> impose en effet au juge d'examiner, avant de prononcer la mainlevée, les moyens libératoires rendus immédiatement vraisemblables par le débiteur.
Un renvoi de la cause pour nouvelle décision sur ce point ne se justifie toutefois pas, car il ne ressort pas des explications du recourant sur ce point, maigres explications qui ne répondent guère aux exigences de motivation (cf. consid. 1.2 ci-dessus), qu'il a rendu vraisemblable l'extinction de la créance en poursuite. Devant la cour cantonale, il s'est contenté d'affirmer, sans autre explication, qu'en produisant deux extraits du registre foncier, il avait rendu vraisemblable cette extinction, ce qui était manifestement insuffisant.
5. Compte tenu de l'issue de la cause, le recourant doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>) et verser à l'intimée une indemnité à titre de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 3 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Fellay