Sachverhalt:
A. W._ liess gegen die Einspracheentscheide der Unfallversicherung der Stadt Zürich (UVZ) vom 13. Juli 2006 (betreffend Einstellung von Versicherungsleistungen) und 6. November 2006 (betreffend Überentschädigungsberechnung) Beschwerden erheben. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vereinigte die beiden Verfahren und bestellte R._ zum unentgeltlichen Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin. Dieser reichte, nachdem am 29. November 2008 der gerichtliche Sachentscheid ergangen war, am 12. Dezember 2008 eine Honorarrechnung über Fr. 16'978.60 (inkl. Barauslagen und Mehrwertsteuer) ein. Dabei war ein Zeitaufwand von 55,25 Std. à Fr. 280.- geltend gemacht worden. Mit Entscheid vom 12. Januar 2009 sprach das Sozialversicherungsgericht R._ auf der Basis eines gerichtsüblichen Stundenansatzes von Fr. 200.- und eines anrechenbaren Gesamtaufwandes von insgesamt 25,75 Stunden eine Entschädigung als unentgeltlicher Rechtsvertreter von Fr. 5'874.30 (inkl. Barauslagen in Höhe von Fr. 309.40 und Mehrwertsteuer von 7,6 %) zu.
B. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei das kantonale Gericht zu verpflichten, ihm für die unentgeltliche Rechtsverbeiständung der W._ im vorinstanzlichen UVG-Beschwerdeverfahren eine Entschädigung von Fr. 16'978.60 zuzusprechen.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Streitig und zu prüfen ist die Höhe der Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes für das kantonale Beschwerdeverfahren.
2. Der unentgeltliche Rechtsbeistand ist legitimiert, gegen die Festsetzung seines Honorars durch das kantonale Gericht in eigenem Namen (<ref-ruling> E. 2 S. 363 f. mit Hinweisen; Urteil M 2/06 vom 17. September 2007 E. 5.3.2 mit Hinweisen, in: SVR 2008 MV Nr. 2 S. 3; Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N 109 zu <ref-law>) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zu führen (<ref-law>; vgl. auch Urteil 8C_995/2008 vom 2. Juni 2009 E. 2 mit Hinweis). Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
3. Da es bei der strittigen Frage nicht um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung geht, kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>); im Übrigen ist das Bundesgericht an die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung gebunden (<ref-law>). Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem sowie interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht vorab eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, indem die Vorinstanz ihn vor Erlass des Entschädigungsbeschlusses nicht mehr angehört habe.
4.2 Diese Rüge ist nicht stichhaltig. Der Beschwerdeführer musste sich bei Einreichen seiner Honorarrechnung bewusst sein, dass sich das kantonale Gericht damit auseinanderzusetzen hatte und im Rahmen dieser Prüfung auch ohne weiteres Kürzungen stattfinden konnten. Es handelt sich also nicht etwa um eine Motivsubstitution oder einen vergleichbaren Vorgang, welcher ausnahmsweise die Gewährung des rechtlichen Gehörs indiziert hätte. Selbst in derartigen Konstellationen ist die Gewährung des rechtlichen Gehörs zudem nur für den Fall erforderlich, dass mit der neuen rechtlichen Begründung nach den gesamten Umständen des Einzelfalles schlechterdings nicht zu rechnen war (vgl. dazu Urteil 9C_41/2009 vom 24. April 2009 E. 2.1 mit weiteren Hinweisen; Ulrich Meyer, in: Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, 2008, N 13 zu <ref-law>). Die Vorinstanz war daher nicht gehalten, den Beschwerdeführer vor Kürzung der geltend gemachten Honorarforderung im Rahmen der Festlegung der Entschädigung für die unentgeltliche Rechtsverbeiständung vorgängig nochmals anzuhören. Eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör ist mithin nicht gegeben.
5. 5.1 Die Bemessung der Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes im kantonalen Verfahren ist mangels bundesrechtlicher Bestimmungen dem kantonalen Recht überlassen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 158; Kieser, a.a.O., N 109 zu <ref-law>). Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn dessen Auslegung und Anwendung zu einer Verletzung von Bundesrecht führt (<ref-law>), insbesondere gegen das Willkürverbot nach <ref-law> verstösst (<ref-law>; Urteil 9C_951/2008 vom 20. März 2009 E. 5.3 mit Hinweisen).
5.2 Ein Entscheid über die Entschädigungsbemessung ist dann willkürlich, wenn er eine Norm oder einen klaren und unumstrittenen Rechtsgrundsatz offensichtlich schwer verletzt, sich mit sachlichen Gründen schlechthin nicht vertreten lässt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3a S. 408 f. mit Hinweisen). Willkür kann namentlich in zwei Erscheinungsformen auftreten, nämlich als klare und schwere Verletzung kantonalen Rechts über die Bemessung der Entschädigung oder als schlechthin unhaltbare Betätigung in dem vom Bundes- und kantonalen Recht eröffneten Ermessensbereich. Im letzteren Fall kann die Festsetzung eines Anwaltshonorars wegen Verletzung von Art. 9 oder Art. 29 Abs. 3 BV nur aufgehoben werden, wenn sie ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu den mit Blick auf den konkreten Fall notwendigen anwaltlichen Bemühungen steht und in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstösst (Urteile 9C_671/2008 vom 6. März 2009 E. 7.1 und [des Eidg. Versicherungsgerichts] C 130/99 vom 11. Juni 2001 E. 4a, in: SVR 2002 ALV Nr. 3 S. 5). Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder sogar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 17; <ref-ruling> E. 3a S. 409; Urteil 9C_951/2008 vom 20. März 2009 E. 5.3, je mit Hinweisen).
5.3 Dem erstinstanzlichen Gericht ist bei der Bemessung der Entschädigung praxisgemäss ein weiter Ermessensspielraum einzuräumen (Urteil 8C_411/2008 vom 14. November 2008 E. 4.2 in fine mit Hinweis auf die Zusammenfassung der Rechtsprechung im Urteil [des Eidg. Versicherungsgerichts] I 308/98 vom 28. Juli 1999 E. 2b, in: SVR 2000 IV Nr. 11 S. 31).
6. Der Beschwerdeführer beanstandet zum einen den von der Vorinstanz verwendeten Stundenansatz von Fr. 200.- und macht geltend, es habe ein solcher von Fr. 280.- zur Anwendung zu gelangen.
6.1 Gemäss § 16 des Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vom 7. März 1993 (GSVGer/ZH; LS 212.81) wird einer Partei auf Gesuch eine unentgeltliche Rechtsvertretung bestellt, wenn sie nicht in der Lage ist, den Prozess selber zu führen, ihr die nötigen Mittel fehlen und der Prozess nicht als aussichtslos erscheint. § 34 Abs. 3 GSVGer/ZH sieht sodann vor, dass sich die Höhe der gerichtlich festzusetzenden Entschädigung nach der Bedeutung der Streitsache, der Schwierigkeit des Prozesses und dem Mass des Obsiegens, jedoch ohne Rücksicht auf den Streitwert bemisst. Nach § 9 in Verbindung mit § 8 Abs. 1 der Verordnung über die Gebühren, Kosten und Entschädigungen vor dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vom 26. Oktober 2004 (GebV SVGer/ZH; LS 212.812) wird einer Partei im Rahmen der unentgeltlichen Rechtsvertretung für unnötigen oder geringfügigen Aufwand keine Entschädigung zugesprochen (vgl. Urteil [des Eidg. Versicherungsgerichts] B 15/05 vom 29. März 2006 E. 11.2 in fine, in: SVR 2006 BVG Nr. 26 S. 98).
6.2 Wesentlich in den genannten Bestimmungen ist im vorliegenden Zusammenhang die Aussage, dass der Streitwert keine Auswirkungen auf die Höhe der Entschädigung hat. Dieser Grundsatz hat auch für die Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes Anwendung zu finden. Der Verweis des Beschwerdeführers auf den Streitwert, den er mit über 1 Mio. Franken beziffert, erweist sich folglich als unbehelflich. Soweit bei der Festlegung des Stundenansatzes auf das Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts I 10/04 vom 6. April 2004 E. 4.2 Bezug genommen wird, übersieht der Beschwerdeführer, dass sich das Bundesgericht seither in <ref-ruling> auch über den Stundenansatz eines unentgeltlichen Rechtsvertreters im Rahmen einer abstrakten Normenkontrolle des Aargauer Anwaltstarifes geäussert hat. Im betreffenden Urteil wurde in E. 8.7 festgelegt, dass sich die Entschädigung für einen amtlichen Anwalt im schweizerischen Durchschnitt in der Grössenordnung von Fr. 180.- pro Stunde zuzüglich Mehrwertsteuer bewegen muss, um vor der Verfassung Stand zu halten. Wenn nun die Vorinstanz in casu einen Stundenansatz von Fr. 200.- als angemessen erachtet, ist dies verfassungsrechtlich als willkürfrei zu betrachten. Seit dem Jahr 2006, in welchem <ref-ruling> gefällt wurde, ist keine Teuerung zu verzeichnen, welche eine Erhöhung des Stundenansatzes um mehr als Fr. 20.- zu rechtfertigen vermöchte. Vielmehr ist im Ansatz von Fr. 200.- auch berücksichtigt, dass sich die Praxisunkosten im Kanton Zürich allenfalls in etwas höherem Bereich als jene im Kanton Aargau bewegen, wobei die Unterschiede zwischen diesen beiden aneinander angrenzenden Kantone gerade in den Städten doch minim sein dürften. Im Übrigen hat das Eidgenössische Versicherungsgericht in <ref-ruling>, in welchem die Höhe der Entschädigung des Armenrechtshonorars im Sozialversicherungsverfahren im Kanton Zürich zu beurteilen war, einen Stundenansatz von Fr. 200.- zuzüglich Mehrwertsteuer als bundesrechtskonform bestätigt. Ebenso wurde dort der Einwand von unterschiedlichen kantonalen Ansätzen auf Grund der diesbezüglich abweichenden anwaltlichen Kostenstruktur verworfen.
7. Der Beschwerdeführer rügt ferner den vorinstanzlich als vertretbar betrachteten Zeitaufwand von 25,75 Stunden und beantragt die Vergütung von 55,25 Stunden.
7.1 Das kantonale Gericht hat den Zeitaufwand für das Verfassen der Beschwerdeschrift im Verfahren betreffend Einstellung der Leistungen aus Unfallversicherung (Einspracheentscheid der UVZ vom 13. Juli 2006) mit sieben Stunden und der Replik mit vier Stunden sowie der Beschwerde für den Prozess betreffend die Überentschädigungsberechnung (Einspracheentscheid der UVZ vom 6. November 2006) mit sechs Stunden beziffert. Demgegenüber veranschlagt der Beschwerdeführer den Zeitbedarf für die Erstellung der Rechtsschriften auf mehr als das Doppelte.
7.2 Der von ihm zusätzlich geltend gemachte Aufwand für die beiden Beschwerdeverfahren ist nicht ausgewiesen. Einerseits gilt es zu beachten, dass der Beschwerdeführer (respektive sein nicht anwaltlich ausgebildeter Mitarbeiter M._) W._ bereits im Verwaltungs- und Einspracheverfahren vertreten haben, sodass entsprechende Aktenkenntnis vorhanden war. Anderseits ist die Angelegenheit selbst nicht als derart aussergewöhnlich - und deshalb zeitintensiv - einzustufen, wie der Beschwerdeführer dies moniert. Es handelt sich vielmehr um eine doch relativ häufig vorkommende Streitigkeit über Leistungen aus Unfallversicherung im Nachgang zu einer Distorsion der Halswirbelsäule. Neue Unterlagen waren im Zusammenhang mit den Prozessen vor dem kantonalen Sozialversicherungsgericht nicht in wesentlichem Umfang zu konsultieren. Vielmehr war ein Grossteil der anwaltlichen Arbeit bereits vor Ergreifen der Rechtsmittel zu leisten. Überdies ist der Hinweis der Vorinstanz, dass der vom Beschwerdeführer mit der Beschwerde gegen die Überentschädigungsberechnung getätigte Aufwand letztlich in einem bedeutenden Ausmass als nicht erforderlich zu bezeichnen war, zutreffend. Auch im Rahmen einer unentgeltlichen Vertretung ist jedoch lediglich der notwendige Aufwand zu entschädigen (vgl. dazu auch das Urteil 5A_75/2009 vom 25. März 2009 E. 6.2). Gerade vor dem Hintergrund, dass der Beschwerdeführer gegenüber seiner Klientin bereits für den Zeitraum vom 23. April 2003 bis 14. Juni 2006 ein Honorar inklusive Barauslagen und Mehrwertsteuer von Fr. 24'420.90 geltend gemacht hat (vgl. die entsprechende Honorarforderung vom 31. August 2006) und er damit schon vor Einleitung der beiden kantonalen Beschwerdeverfahren als sehr vertraut mit der Angelegenheit zu betrachten ist, lässt sich der von der Vorinstanz festgelegte Gesamtaufwand von 25,75 Stunden nicht beanstanden. Vielmehr ist der vom Beschwerdeführer angegebene Zeitaufwand von 55,25 Stunden als klar übersetzt zu qualifizieren, weshalb keine Veranlassung besteht, im Rahmen der blossen Rechtskontrolle in das diesbezügliche Ermessen der Vorinstanz einzugreifen.
8. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1400.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Unfallversicherung Stadt Zürich, Monika Da Silva-Wismer, Zürich, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Fleischanderl