Ortsplanungsrevision, hat sich ergeben:
A.- Die Stimmberechtigten der Gemeinde S-chanf beschlossen an der Gemeindeversammlung vom 12. April 2000 eine Totalrevision der Ortsplanung. Sie verabschiedeten unter anderem je einen Teilzonenplan (Zonenplan/Genereller Gestaltungsplan) sowie einen Generellen Erschliessungsplan für die Fraktionen "Cinuos-chel" und "Chapella".
Auf Gesuch des Gemeindevorstandes S-chanf entschied die Regierung von Graubünden am 20. März 2001 über die Genehmigung der Ortsplanung. Sie hielt dabei fest, dass für die Fraktionen Cinuos-chel und Chapella keine Anlagen für die gesetzeskonforme Entsorgung der Abwässer bestünden; dieser rechtswidrige Zustand müsse raschmöglichst beseitigt werden. Mit den Generellen Erschliessungsplänen Cinuos-chel und Chapella könne im Grundsatz davon ausgegangen werden, dass die raumplanerischen Voraussetzungen für eine gewässerschutzrechtskonforme Entsorgung geschaffen seien, auch wenn die möglichen Standorte für eine Abwasserreinigungsanlage (ARA) noch einer eingehenden Überprüfung und Optimierung bedürften. Die Regierung gehe davon aus, dass bezüglich der Anlagen zur Abwasserentsorgung umgehend die Detailplanung in Angriff genommen werde. Danach seien die konkreten Bauprojekte zu erstellen, die erforderlichen Baubewilligungsverfahren durchzuführen und die Anlagen umgehend zu realisieren. Solange die Fraktionen Cinuos-chel und Chapella sowie der Campingplatz Chapella nicht an eine den gesetzlichen Anforderungen genügende ARA angeschlossen seien, müssten die fraglichen Bauzonen bzw. die Campingzone planungsrechtlich als nicht hinreichend erschlossen und somit nicht als baureif beurteilt werden.
Gestützt auf diese Erwägungen beschloss die Regierung unter anderem die Genehmigung der Teilzonenpläne Cinuos-chel und Chapella mit gewissen Vorbehalten. Die Generellen Erschliessungspläne Cinuos-chel und Chapella genehmigte sie in Ziff. 6 des Beschlussdispositivs "im Sinne der Erwägungen mit folgender Anweisung und folgendem Vorbehalt:
a) Die Gemeinde S-chanf wird angewiesen, die
Arbeiten für eine gesetzeskonforme Abwasserbeseitigung
aus den Fraktionen Cinuos-chel und
Chapella sowie aus dem Campingplatz Chapella im
Sinne der Erwägungen umgehend an die Hand zu
nehmen und schnellstmöglich abzuschliessen. In
der Zwischenzeit wird die Gemeinde in diesen
Gebieten mangels hinreichender Erschliessung
keine Baubewilligungen für Neubauten oder wesentliche
Umbauten, die einen erhöhten Abwasseranfall
nach sich ziehen, erteilen dürfen.
b) ..."
B.- Die Gemeinde S-chanf erhob staatsrechtliche Beschwerde mit dem Antrag, Dispositiv Ziff. 6 lit. a des Regierungsbeschlusses aufzuheben. Sie rügt eine Verletzung der Gemeindeautonomie, des Willkürverbots und des Vertrauensprinzips (<ref-law>) sowie des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>).
C.- Die Regierung beantragt mit Eingabe vom 23. Mai 2001 die Abweisung der Beschwerde.
In einem zweiten Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Standpunkten fest.
D.- Am 22. Mai 2001 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die staatsrechtliche Beschwerde einer Gemeinde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie ist nach der Rechtsprechung eine Beschwerde "wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte der Bürger" im Sinne von Art. 84 Abs. 1 lit. a OG, auf welche die Zulässigkeitsvoraussetzungen der Art. 84 ff. OG anwendbar sind (Entscheid des Bundesgerichts 1P.127/2001 vom 30. Juli 2001 i.S. Commune de Gingins c.
Kanton VD, E. 2a; vgl. insbes. auch <ref-ruling> E. 1a S. 216; <ref-ruling> E. 4a S. 474; Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2.A., Bern 1994, S. 42).
b) Mit staatsrechtlicher Beschwerde können Hoheitsakte angefochten werden, die in irgendeiner Weise die Rechtsstellung des einzelnen Bürgers berühren, indem sie ihn verbindlich und erzwingbar zu einem Tun, Unterlassen oder Dulden verpflichten oder sonstwie seine Rechtsbeziehung zum Staat autoritativ festlegen (<ref-ruling> E. 1a S. 455 mit Hinweisen). Das Bundesgericht stellt primär auf den materiellen Inhalt des angefochtenen Hoheitsakts und nicht auf dessen Bezeichnung ab (<ref-ruling> E. 2a S. 121; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 1 S. 234 mit Hinweisen). Die Gemeinde, die sich über eine Verletzung ihrer Autonomie beschwert, muss ebenfalls als Trägerin hoheitlicher Gewalt in ihrer Rechtsstellung betroffen sein (<ref-ruling> E. 1b S. 226 mit Hinweisen). Unter dieser Voraussetzung ist die Gemeinde auch legitimiert, mit staatsrechtlicher Beschwerde die Verletzung ihrer Autonomie zu rügen. Ob ihr im betreffenden Bereich Autonomie zusteht, ist nicht eine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1b S. 226; <ref-ruling> E. 2a S. 204, je mit Hinweisen).
2.- a) Die Regierung hielt in Dispositiv Ziff. 6a Satz 2 des angefochtenen Entscheids sinngemäss fest, die Gemeinde werde bis zum Abschluss der Arbeiten für eine gesetzeskonforme Abwasserbeseitigung aus den Gebieten Cinuos-chel und Chapella sowie dem Campingplatz Chapella mangels hinreichender Erschliessung keine Baubewilligungen für Neubauten oder wesentliche Umbauten erteilen dürfen, die einen erhöhten Abwasseranfall nach sich ziehen.
aa) Die Gemeinde rügt, die Regierung habe hiermit, die beiden Fraktionen Cinuos-chel und Chapella faktisch mit einem Bauverbot belegt, indem sie der Gemeinde trotz Genehmigung der Erschliessungspläne für die Fraktionen verbiete, dort Baubewilligungen zu erteilen. Damit greife sie unzulässigerweise in den Kompetenzbereich der Gemeindebaubehörde ein und nehme ihr den Entscheid, ob eine Parzelle baureif sei, generell vorweg; es sei aber ausschliesslich Sache der Baubehörde der Gemeinde S-chanf, in einem konkreten Baubewilligungsverfahren darüber zu befinden, ob eine bestimmte Bauparzelle baureif sei oder nicht.
Die Regierung macht dazu geltend, die Beschwerdeführerin fasse den beanstandeten Satz als Verbot auf, bis zur Erstellung der erforderlichen Anlagen Baubewilligungen zu erteilen. Diese Interpretation sei jedoch unzutreffend.
Der fragliche Satz habe vielmehr den Charakter einer Rechtsbelehrung bzw. eines Hinweises auf die Rechtslage, wie sie sich insbesondere aus <ref-law> ohnehin ergebe: Die Fraktion Chapella mit dem Campingplatz sowie die Fraktion Cinuos-chel lägen in Bauzonen und gehörten zweifellos zum Bereich der öffentlichen Kanalisation im Sinne von Art. 17 lit. a i.V.m. <ref-law>; die Gemeinde sei schon direkt gestützt auf <ref-law> gehalten, in diesen Gebieten keine Baubewilligungen zu erteilen bis Kanalisationen und die ARA erstellt seien; die Regierung habe auf ein entsprechendes ausdrückliches Verbot verzichtet, weil sie darauf vertraut habe, dass die Gemeinde <ref-law> von sich aus beachten würde.
bb) Die Erschliessung ist Voraussetzung für die Baureife eines Grundstückes. Eine Baubewilligung setzt voraus, dass das Land erschlossen ist (Art. 22 Abs. 2 lit. b RPG). Nach Art. 19 Abs. 1 RPG ist Land erschlossen, wenn die für die betreffende Nutzung hinreichende Zufahrt besteht und die erforderlichen Wasser-, Energie- sowie Abwasserleitungen so nahe heranführen, dass ein Anschluss ohne erheblichen Aufwand möglich ist. Erschlossen ist ein Grundstück nicht schon, wenn die erforderlichen Erschliessungspläne rechtskräftig vorliegen, sondern erst, wenn die Erschliessungsanlagen erstellt sind (Alexander Ruch, Kommentar RPG, Zürich 1999, Rz. 83 zu Art. 22) oder eine hinreichende Erschliessung zumindest sichergestellt ist (vgl. <ref-ruling> E. 4a/cc S. 136; <ref-ruling> E. 2a S. 73; EJPD/BRP, Erläuterungen RPG, Bern 1981, Rz. 14 zu Art. 19 und Rz. 32 zu Art. 22).
Die Erschliessungsanforderungen für die Erteilung von Baubewilligungen werden in abwassertechnischer Hinsicht in <ref-law> näher umschrieben (vgl. André Jomini, Kommentar RPG, Zürich 1999, Rz. 32 zu Art. 19; Walter Haller/ Peter Karlen, Raumplanungs-, Bau- und Umweltrecht, 3.A., Zürich 1999, Rz. 583). Danach dürfen Baubewilligungen im Bereich öffentlicher Kanalisationen grundsätzlich nur erteilt werden, wenn gewährleistet ist, dass das verschmutzte Abwasser in die Kanalisation eingeleitet wird (<ref-law>). Vorbehalten bleiben Sonderfälle nach <ref-law>. Inwiefern der umstrittene Hinweis der Regierung auch solche Ausnahmefälle erfassen soll, ist nicht ersichtlich.
cc) Die streitbetroffenen Gebiete umfassen Bauzonen.
Damit liegen sie mindestens soweit im Bereich der öffentlichen Kanalisation (<ref-law>).
Die Anwendbarkeit von <ref-law> steht ausser Frage. Die Gemeinde bestreitet nicht ernsthaft, dass für die beiden Fraktionen keine gewässerschutzrechtskonformen Entwässerungsanlagen im Sinne von <ref-law> bestehen. Bis solche realisiert sind, kann nicht davon gesprochen werden, dass die Einleitung verschmutzten Abwassers in die Kanalisation im Sinne von <ref-law> gewährleistet wäre.
Vorher dürfen folglich keine Baubewilligungen erteilt werden.
Die Regierung hat die Beschwerdeführerin im zweiten Satz von Ziff. 6a Dispositiv des angefochtenen Entscheides auf diese nach den einschlägigen bundesrechtlichen Bestimmungen bestehende Rechtslage hingewiesen. Damit hat sie die Rechtsstellung der Beschwerdeführerin als Trägerin hoheitlicher Befugnisse in keiner Weise verändert. Dass die Regierung damit kein neues Verbot zur Erteilung von Baubewilligungen ausgesprochen hat, mit dem in die Befugnisse der Gemeinde eingegriffen würde, ergibt sich auch aus der von der Regierung gewählten Formulierung, wonach die Gemeinde bis zur Erfüllung der gewässerschutzrechtlichen Voraussetzungen keine Bewilligung werde erteilen dürfen. Soweit sich die staatsrechtliche Beschwerde hiergegen richtet, kann darauf nicht eingetreten werden.
b) Soweit die Regierung die Gemeinde verpflichtet hat, die Arbeiten für eine gesetzeskonforme Abwasserbeseitigung aus den Fraktionen Cinuos-chel und Chapella sowie dem Campingplatz Chapella im Sinne der Erwägungen umgehend an die Hand zu nehmen und schnellstmöglich abzuschliessen, ist die Gemeinde in ihrer Rechtsstellung als Trägerin hoheitlicher Befugnisse betroffen und zur Anfechtung des Entscheides der Regierung mit staatsrechtlicher Beschwerde befugt.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen der staatsrechtlichen Beschwerde grundsätzlich erfüllt sind, ist insoweit auf die Beschwerde einzutreten.
3.- a) Nach der Rechtsprechung ist eine Gemeinde in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht dafür keine abschliessende Ordnung trifft, sondern diese ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung des kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen (<ref-ruling> E. 2b S. 226; <ref-ruling> E. 4b S. 294, mit Hinweisen).
Im einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht, wobei das Bundesgericht die Anwendung des Gesetzesrechts nur auf Willkür hin überprüft (<ref-ruling> E. 8a S. 290).
Kommt einer Gemeinde in einem bestimmten Sachbereich Autonomie zu, so kann sie sich mit staatsrechtlicher Beschwerde gegen eine Autonomieverletzung wehren und verlangen, dass die kantonale Behörde in formeller Hinsicht ihre Befugnisse nicht überschreitet und korrekt vorgeht und dass sie in materieller Hinsicht die kantonal- und bundesrechtlichen Vorschriften im autonomen Bereich nicht verletzt.
Dabei überprüft das Bundesgericht die Anwendung von eidgenössischem oder kantonalem Verfassungsrecht frei (<ref-ruling> E. 8c S. 291; <ref-ruling> E. 4c S. 295 f.).
b) Die Beschwerdeführerin rügt, die Regierung habe die ihr im Plangenehmigungsverfahren zustehende Befugnis mit dem angefochtenen Entscheid klar überschritten. So habe die Regierung ihr konkrete Vorschriften gemacht, mit welchen Schritten und auf welche Art und Weise das Abwasser der Fraktionen Cinuos-chel und Chapella zu entsorgen sei. Zum einen sei die konkrete Anordnung der Errichtung spezifischer Wasserentsorgungsanlagen im Plangenehmigungsverfahren nicht vorgesehen; hierfür sehe das kantonale Gewässerschutzrecht in den Art. 10 ff. des kantonalen Gewässerschutzgesetzes von Graubünden vom 8. Juni 1997 (KGSchG) ein besonderes Verfahren mit anderem Rechtsmittelzug vor. Zum anderen seien die Anordnungen auch willkürlich, weil gemäss KGSchG die Aufsicht und Kontrolle, die Erstellung des generellen Entwässerungsplans, der Bau und Betrieb öffentlicher Abwasseranlagen und die Behandlung verschmutzten Abwassers in die Zuständigkeit der Gemeinden falle. Mit ihren detaillierten Anordnungen greife die Regierung zu stark in den Entscheidungs- und Ermessensbereich der Gemeinde ein. Im Rahmen einer weitergehenden Planung müsse der Gemeinde nach <ref-law> die Möglichkeit zustehen, allenfalls auch andere als zentrale Abwasserreinigungsanlagen zu erstellen, da es sich bei den Fraktionen Chapella und Cinuos-chel um abgelegene Gebiete handle. Die Regierung habe <ref-law> in willkürlicher Weise nicht beachtet. Zudem habe die Regierung den Anspruch der Gemeinde auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie Anordnungen zur Abwasserbehandlung erlassen habe, ohne die Gemeinde vorher anzuhören.
c) Wie das Bundesgericht schon wiederholt festgestellt hat, sind die Bündner Gemeinden in weiten Bereichen der Raumplanung und des Bauwesens autonom (<ref-ruling> E. 3c S. 454; <ref-ruling> E. 2b S. 207; <ref-ruling> E. 3b S. 238). Dies gilt grundsätzlich auch mit Bezug auf die Planung, den Bau und den Betrieb von Abwasseranlagen, die Sache der Gemeinde ist (Art. 10, 12 Abs. 1 und Art. 17 Abs. 1 KGSchG sowie Art. 19 des Raumplanungsgesetzes für den Kanton Graubünden vom 20. Mai 1973 [KRG]).
Die Autonomie der Gemeinden stösst aber dort an ihre Grenze, wo <ref-law> die Kantone verpflichtet, für die Erstellung öffentlicher Kanalisationen und zentraler Anlagen zur Reinigung von verschmutztem Abwasser aus Bauzonen zu sorgen, und das kantonale Recht die Gemeinden für den Bau und Betrieb dieser Anlagen für zuständig erklärt (Art. 12 Abs. 1 und Art. 17 Abs. 1 KGSchG); den Gemeinden steht keine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit zu, die es ihnen erlauben würde, das verschmutzte Abwasser aus Bauzonen durch andere Systeme als zentrale Abwasserreinigungsanlagen im Sinne von <ref-law> zu behandeln. Art. 17 Abs. 3 lit. a KGSchG erlaubt dem Kanton Graubünden überdies, eine Gemeinde zu verpflichten, innert angemessener Frist eine zentrale Abwasserreinigungsanlage und das erforderliche Kanalisationsnetz zu erstellen und sachgemäss zu betreiben.
Die Fraktionen Chapella und Cinuos-chel umfassen unbestrittenermassen Bauzonen, die ganzjährig von 85 bzw. 91 angemeldeten Einwohnern bewohnt werden. Zu diesen kommen mit dem Campingplatz Chapella sowie zahlreichen Ferienhäusern während der Ferienzeit noch etliche hundert Personen hinzu.
Der Regierung ist beizupflichten, dass die Gemeinde S-chanf nach den vorstehend genannten Bestimmungen schon seit langem verpflichtet gewesen wäre, die beiden Fraktionen an eine zentrale Abwasserreinigungsanlage anzuschliessen. Bezüglich dieser Grundsatzfrage kommt der Gemeinde keine erhebliche Entscheidungsfreiheit zu. Sie kann sich folglich nicht über einen Eingriff in ihre Autonomie beschweren. Die Beschwerde erweist sich soweit als unbegründet.
d) Das Amt für Raumplanung Graubünden hielt im Vorprüfungsbericht zur Totalrevision der Ortsplanung S-chanf vom 18. Dezember 1998 fest, dass die abwassertechnische Erschliessung der Fraktionen Cinuos-chel und Chapella ungenügend bzw. nicht vorhanden sei. Mit der Aufnahme eines Abwasserentsorgungskonzepts in den Entwurf für einen Generellen Erschliessungsplan sei ein erster Schritt in die richtige Richtung getan. Die Detailplanung für die Realisierung und die Finanzierung der Anlagen sei aber unverzüglich aufzunehmen bzw. abzuschliessen, damit die Anlagen realisiert werden könnten. Aus umweltrechtlicher Sicht sei eine Studie zur Abwasserentsorgung in den Fraktionen unabdingbar.
Die Regierung genehmigte in der Folge die ihr unterbreiteten Generellen Erschliessungspläne vom 12. April 2000, obwohl die Gemeinde ihnen keine Studie zur Abwasserentsorgung zugrunde gelegt hatte und gemäss Bericht zur Ortsplanungsrevision noch keine Standortevaluation für die im Generellen Erschliessungsplan Cinuos-chel eingetragenen ARA erfolgt war. Unter den gegebenen Umständen war es durchaus sachgerecht, ja drängte es sich geradezu auf, die Genehmigung der Generellen Erschliessungspläne im Sinn von Art. 17 Abs. 3 KGSchG mit Anweisungen hinsichtlich der weiterführenden Detailplanung und Realisierung der abwassermässigen Erschliessung zu verbinden.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Art. 10 ff.
KGSchG die Aufnahme einer solchen Anordnung in den Genehmigungsbeschluss über die Ortsplanung ausschliessen sollen.
Ebenso wenig ist erkennbar, in welcher Rechtsmittelmöglichkeit die Beschwerdeführerin gegen die Anordnung der Regierung beschnitten worden sein soll, weil die Anordnung in den Beschluss über die Genehmigung der Ortsplanung aufgenommen wurde. Nach dem Dargelegten und nach den aktenkundigen, jahrelangen Bemühungen des Kantons Graubünden, die Gemeinde zu einer Realisierung einer gewässerschutzrechtskonformen abwassermässigen Erschliessung der Fraktionen Chapella und Cinuos-chel zu veranlassen, kann auch keine Rede davon sein, dass die ergangenen Anordnungen für die Gemeinde überraschend und in Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) ergangen wären. Die Anordnungen waren vielmehr schon im genannten Vorprüfungsbericht des Amtes für Raumplanung weitgehend vorweggenommen worden.
Die Gemeinde verhält sich ihrerseits widersprüchlich.
Auf der einen Seite hat sie im Generellen Erschliessungsplan Cinuos-chel, den sie zur Genehmigung einreichte, Standorte für zentrale Abwasserreinigungsanlagen für Cinuos- chel und Chapella eingetragen, ohne die von den kantonalen Behörden verlangten Studien zur Abwasserbeseitigung vorgenommen zu haben. Auf der anderen Seite wendet sie sich grundsätzlich gegen die Anweisung zur weiterführenden Planung und Realisierung der im rechtskräftig gewordenen Erschliessungsplan vorgesehenen Anlagen, weil noch keine genügenden Entscheidgrundlagen vorlägen. Erschliessungspläne werden erlassen, um umgesetzt zu werden. Die Anordnung der Regierung zur schnellstmöglichen Detailplanung und Realisierung der geplanten Abwasserbeseitigungsanlagen lässt genügend Raum für eine Optimierung der Standorte. Die Beschwerdeführerin bringt in materieller Hinsicht nichts vor, was die angefochtenen Anordnungen zur sofortigen Planung und Realisierung der Abwasserbeseitigungsanlagen im Lichte der Ausführungen der kantonalen Behörden im vorliegenden Verfahren, auf die verwiesen werden kann, als nicht sachgerecht erscheinen liesse.
Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich auch insoweit als unbegründet.
4.- Die staatsrechtliche Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der unterliegenden Beschwerdeführerin werden keine Gerichtskosten auferlegt (Art. 156 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Dieses Urteil wird der Politischen Gemeinde S-chanf sowie der Regierung des Kantons Graubünden schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 5. November 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: