Sachverhalt:
A. M._, geboren 1950, war bis zum Stellenverlust wegen Umstrukturierungen des Betriebs auf Ende Oktober 2004 während neun Jahren als System-Controller bei der X._ AG tätig. Am 10. August 2005 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an und beantragte Rente sowie Umschulung auf eine neue Tätigkeit. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte den Arbeitgeberbericht und diverse Arztberichte ein. Des Weiteren beauftragte sie Dr. med. W._, Facharzt FMH für Rheumatologie und Physikalische Medizin, Interventionelle Schmerztherapie, mit der Erstellung eines Administrativgutachtens (vom 1. Juni 2006). Dieser befand den Versicherten für schwere und mittelschwere körperliche Arbeiten als voll arbeitsunfähig; für leichtere körperliche Arbeiten, darunter auch die angestammte Tätigkeit als System-Controller, wurde ihm eine Arbeitsfähigkeit von 80 % attestiert. Mit Bericht vom 13. September 2006 nahm der behandelnde Arzt Dr. med. B._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, Sportmedizin SGSM, Stellung zu dem Gutachten und dem darauf abgestützten ablehnenden Vorbescheid (vom 8. August 2006), in welchem der Invaliditätsgrad auf 20 % festgesetzt worden war. Er bezeichnete den Versicherten auch für leichtere körperliche Arbeiten zu mindestens 40 % arbeitsunfähig. Am 14. September 2006 wies M._ in Ergänzung zu seinem Einwand vom 23. August 2006 insbesondere auf die Notwendigkeit von Umschulungsmassnahmen hin. Mit Verfügung vom 28. Dezember 2006 verneinte die IV-Stelle den Anspruch auf Rente und berufliche Massnahmen.
B. M._ erhob dagegen Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich; er beantragte Umschulung und soweit erforderlich Rente. In der Vernehmlassung schloss die IV-Stelle auf teilweise Gutheissung der Beschwerde und Zusprechung einer Viertelsrente bei einem Invaliditätsgrad von 47 %. Replicando schränkte der Versicherte seinen Antrag ein auf die Zusprechung einer angemessenen Invalidenrente ab Januar 2005. Mit Entscheid vom 28. April 2008 wies das Sozialversicherungsgericht die Beschwerde bei einem auf 32 % bemessenen Invaliditätsgrad ab.
C. M._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und Zusprechung mindestens einer Dreiviertelsrente ab dem 1. Januar 2005.
Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Beschwerde, Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Bereich der Invaliditätsbemessung [<ref-law>] für die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach <ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist der Invaliditätsgrad und in diesem Zusammenhang zunächst die Frage, in welchem Umfang der Beschwerdeführer gesundheitsbedingt arbeitsunfähig ist. Feststellungen der Vorinstanz hinsichtlich des Grades der Arbeitsunfähigkeit betreffen Tatfragen, soweit sie auf der Würdigung konkreter Umstände beruhen, und sind daher lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbar. Des Weiteren ist zu erörtern, wie das für die Bemessung des Invaliditätsgrades massgebende hypothetische Invalideneinkommen zu bestimmen ist. Als Rechtsfrage frei überprüfbar ist, ob es auf der Grundlage statistischer Durchschnittslöhne zu ermitteln ist, und welches die massgebliche Tabelle ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Frei überprüfbare Rechtsfrage ist auch die getroffene Wahl der massgeblichen Stufe (Anforderungsniveau 1+2, 3 oder 4) beim statistischen Lohnvergleich auf der Grundlage der Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) (SVR 2008 IV Nr. 4 S. 9 [Urteil I 732/06 vom 2. Mai 2007, E. 4.2.2]).
3. Im angefochtenen Entscheid werden die Bestimmungen (in der bis Ende Dezember 2007 gültigen Fassung) über den Begriff der Invalidität (<ref-law>, <ref-law>), die Voraussetzungen für einen Rentenanspruch und dessen Umfang (<ref-law>), die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>, <ref-law>) sowie die dazu ergangene Rechtsprechung zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Zur vorinstanzlichen Würdigung des medizinischen Sachverhalts wird gerügt, die Aussagen des behandelnden Arztes Dr. med. B._ über die verbliebene Arbeitsfähigkeit seien übergangen worden; man habe sich ausschliesslich auf das Administrativgutachten der Dres. med. W._ und J._ abgestützt; dort sei eine verbliebene Arbeitsfähigkeit von 80 % angegeben, aber nicht begründet, warum sie nicht zum Beispiel 50 % oder 60 % betrage. Eine solche Beurteilung sei lediglich als medizinisch-theoretische Einschätzung zu werten.
4.1 Zunächst ist anzumerken, dass für die Festsetzung der Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit eine objektive ("medizinisch-theoretische") Einschätzung aus ärztlicher Sicht massgebend ist. Zudem ist im Gutachten W._/J._ begründet worden, wie die Schätzung eines Grades von 80 % zustande gekommen ist: In Ziff. 8 ist unter Verweis auf die Begründung in Ziff. 6 ausgeführt, der Versicherte sei innerhalb Limiten für leichtere körperliche Arbeiten voll arbeitsfähig. Es sei aber eine Zunahme der Femurkopfnekrose rechts zu vermuten, und zusätzlich bestehe eine deutliche Irritation am rechten Kniegelenk. Diese floriden Reizungszustände veranlassten die Festlegung einer Einschränkung der vollen Arbeitsfähigkeit um 20 %.
4.2 Die vom Beschwerdeführer beanstandete vorinstanzliche Aussage, Dr. med. B._ habe sich nicht zur Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit oder in einer anderen leichten Beschäftigung geäussert, erscheint in der Tat fraglich, hat doch Dr. med. B._ ausdrücklich Aussagen zur Arbeitsfähigkeit gemacht, die sich nach den üblichen Usanzen bei solchen Angaben wohl auf die bisherige Tätigkeit beziehen. Doch wird dadurch die vorinstanzliche Feststellung einer 80-prozentigen Arbeitsfähigkeit in dem Leiden angepassten Tätigkeiten, wozu auch die Kernaufgaben eines System-Controller zählen, nicht offensichtlich unrichtig. Die Vorinstanz hat ausgeführt, wie weit sich die ärztlichen Einschätzungen überdecken. Da nach der Rechtsprechung Berichte der behandelnden Ärzte auf Grund der Verschiedenheit von Expertise und Therapie (zuletzt Urteil 9C_705/2007 vom 18. August 2008 E. 4.1.1 mit zahlreichen Hinweisen) grundsätzlich mit Vorbehalt zu würdigen sind (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353), hat sie dann vorab auf das Administrativgutachten abgestützt argumentiert, welches im Übrigen - wie die Vorinstanz zutreffend festgestellt hat - sämtlichen von der Rechtsprechung gestellten Anforderungen gerecht wird. Dass der mit der Erstattung beauftragte Rheumatologe Dr. med. W._ den Beschwerdeführer nicht persönlich untersuchte, sondern dies Dr. med. J._ überliess und dessen Gutachten visierte, ändert daran vorliegend nichts. Dr. med. W._ standen vor seinem Visum die gesamten Akten zur Verfügung, darunter auch frühere und neu erstellte Röntgenbilder. Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, hat Dr. med. W._ mit seinem Visum die Verantwortung für den Inhalt der Expertise übernommen. Die beschwerdeführerische Behauptung, dieser habe das Gutachten vor dem Visum höchstens kursorisch durchgesehen, ist durch nichts fundiert.
4.3 Der Beschwerdeführer sieht sich aus gesundheitlichen Gründen nicht mehr in der Lage, in einem Rechenzentrum zu arbeiten, weil es sich bei dieser Tätigkeit mehr um eine handwerkliche als um eine reine Büroarbeit handle: Er verweist in diesem Zusammenhang auf seine Ausführungen in der vorinstanzlichen Replik, wo er die Arbeit eines System-Controllers konkret anhand der bis Ende Oktober 2004 ausgeübten Beschäftigung schilderte. Es ist durchaus denkbar, dass dieser Arbeitsplatz auf die spätere gesundheitliche Situation schlecht angepasst war. Die Tätigkeit eines System-Controllers ist jedoch in vielen Variationen - so auch in Team- und Gruppenarbeit - in nahezu allen Wirtschaftszweigen und öffentlichen Verwaltungen verbreitet und die - medizinisch-theoretisch festzulegende - Arbeitsfähigkeit darf nicht nur fixiert auf eine konkret verlassene Arbeitsplatzsituation beurteilt werden. Wie die Vorinstanz in diesem Zusammenhang denn auch zu Recht angeführt hat, nahm der Beschwerdeführer bei der letzten Arbeitgeberin neben seiner Haupttätigkeit als System-Controller verschiedene Zusatzaufgaben wahr; dazu gehörte ebenso die Bedienung der Alarm- und Wertschutzanlagen wie die Überwachung der Klimageräte im Rechenzentrum sowie der allgemeine Hausdienst (vgl. Arbeitszeugnis X._ AG vom 31. Oktober 2004).
4.4 Auf Grund der nicht offensichtlich unrichtigen und für das Bundesgericht daher verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz ist erstellt, dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Verfügungserlasses aus medizinischer Sicht in einer leidensangepassten Tätigkeit - worunter auch die eines System-Controllers fällt - zu 80 % arbeitsfähig war.
5. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe einen zu hohen Tabellenwert berücksichtigt, denn es sei nicht auf das Einkommen im Anforderungsniveau 1+2 abzustellen, sondern höchstens auf dasjenige im Anforderungsniveau 3.
5.1 Wie in E. 2 ausgeführt, ist die Frage der zu treffenden Wahl der im statistischen Lohnvergleich massgeblichen Stufe (d.h. Anforderungsniveau 1+2, 3 oder 4) letztinstanzlich frei überprüfbar. Das kantonale Gericht hat unter Bezugnahme auf die damalige Forderung des Beschwerdeführers, das Invalideneinkommen sei anhand des Tabellenlohnes im Anforderungsniveau 4 festzusetzen, da er im Hinblick auf die gesundheitlichen Einschränkungen in seiner Wahl auf einfache und repetitive Tätigkeiten ohne Fach- und Berufskenntnisse beschränkt sei, erwogen, es sei nicht einzusehen, weshalb der Beschwerdeführer sein berufliches Wissen und seine langjährigen Erfahrungen nicht in einer anforderungsreicheren, vorwiegend am Schreibtisch auszuübenden Tätigkeit einsetzen könne.
5.2 Wenn der Beschwerdeführer seine bisherige Kerntätigkeit als System-Controllers weiterhin ausüben kann, ist bei der Bestimmung des Invalideneinkommens nicht - wie von der Verwaltung vorinstanzlich angeregt und in der letztinstanzlichen Beschwerde gefordert - auf den Tabellenwert des LSE-Anforderungsniveaus 3 abzustellen, für welche Kategorie lediglich noch Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt werden. Ein tieferes Niveau rechtfertigt sich dort, wo der Versicherte den bisherigen Beruf nicht mehr ausüben kann und dann oft eine andere Tätigkeit verrichten muss, für die er nicht ausgebildet ist. Wenn aber die gleiche Arbeit wie vorher - wenn auch vom Pensum her eingeschränkt - verrichtet werden kann, kann grundsätzlich auch der gleiche Lohn erzielt werden wie zuvor. Dieser ist allerdings wegen des eingeschränkten Pensums reduziert. Eine allenfalls zusätzliche überproportionale Einbusse hat die Vorinstanz mit dem Abzug von 15 % berücksichtigt. Sie hat dabei einbezogen, dass der Beschwerdeführer aus wirtschaftlichen Gründen ohnehin nicht mehr beim früheren Arbeitgeber arbeiten würde, und hat deshalb auch das Valideneinkommen mit dem LSE-Tabellenwert des Anforderungsniveaus 1+2 berechnet. Würde davon ausgegangen, dass der Beschwerdeführer den bisherigen Lohn (der nach den Einträgen in den individuellen Konten etwa dem statistischen Einkommen gemäss Niveau 1+2 des Bereichs Informatikdienstleistungen entsprach) nur dank der Erfahrungen bei gerade diesem bisherigen Arbeitgeber hätte erzielen können, sonst aber bei keinem anderen Arbeitgeber mehr, dann müsste im Einkommensvergleich auch beim Validenlohn das Anforderungsniveau 3 gewählt werden, womit wieder zum gleichen Ergebnis zu kommen wäre wie die Vorinstanz.
6. Das beschwerdeführerische Argument, dass Arbeiten im Anforderungsniveau 1+2 in aller Regel nicht in Teilzeit verrichtet werden könnten, ist insofern stichhaltig, als aus LSE 2004 TB1 hervorgeht, dass der Anteil zu weniger als 90 % beschäftigter Männer bei Einkommen ab Fr. 9'000.- bis Fr. 10'000.- (die Vorinstanz ermittelte für den Beschwerdeführer ein Durchschnittseinkommen von Fr. 9'181.75) nur 0,4 % beträgt und damit rund zehnmal kleiner ist als bei Vollzeitbeschäftigten (3,5 %). Dies mag dem Beschwerdeführer das Finden einer Stelle im bisherigen Lohnspektrum erschweren. Die Vorinstanz hat jedoch der Lohneinbusse Teilzeitbeschäftigter mit der Gewährung des Abzuges von 15 % vom Invalideneinkommen Rechnung getragen. Die Frage, ob ein solcher Abzug nach Massgabe der Grundsätze von <ref-ruling> vorzunehmen ist, ist rechtlicher Natur, seine Bestimmung dagegen Ermessensfrage, die vom Bundesgericht nicht zu prüfen ist (Art. 95 und 97 BGG). Gerügt werden kann die Höhe des Abzuges nur im Hinblick auf Ermessensüberschreitung oder -missbrauch als Formen rechtsfehlerhafter (<ref-law>) Ermessensbetätigung (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Eine solche ist hier in Anbetracht der Begründung der Vorinstanz nicht gegeben.
7. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse Promea und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Oktober 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Borella Schmutz