B 101343 Jas, hat sich ergeben:
A.- Die niederländischen Behörden ermitteln gegen den niederländisch-schweizerischen Doppelbürger S._ und weitere Personen wegen Teilnahme an einer kriminellen Vereinigung, Urkundenfälschung, Betrugs, qualifizierter Unterschlagung, Privatbestechung und Ausnützens der Kenntnis vertraulicher Tatsachen. Sie verdächtigen S._, aufgrund von Absprachen mit verschiedenen Personen, die als Effektenhändler bei internationalen Finanzinstituten oder institutionellen Anlegern tätig waren - darunter die ehemaligen Mitarbeiter der Bank X._ bzw. der Bank Y._ B._ und N._ - Effektentransaktionen manipuliert zu haben, so dass er (bzw. die von ihm beherrschten juristischen Personen) praktisch ausschliesslich Gewinne erzielt hätten.
B.-Mit Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 ("Schweiz I") ersuchte der Untersuchungsrichter am Arrondissementsgericht Amsterdam u.a. um Bankermittlungen hinsichtlich des auf die Firma W._ lautenden Kontos Nr. XXXX-XXXXXX bei der ehemaligen Bank Z._, Filiale Zürich-Wiedikon.
C.-Nach summarischer Prüfung des Rechtshilfeersuchens, leitete es das BAP an die Bezirksanwaltschaft IV für den Kanton Zürich (im Folgenden: Bezirksanwaltschaft) weiter und bestimmte den Kanton Zürich als Leitkanton.
D.-In der Folge erliess die Bezirksanwaltschaft verschiedene Eintretensverfügungen, mit denen sie die notwendigen Vollzugsmassnahmen anordnete. Mit der "Eintretensverfügung Nr. 2 - Req. Schweiz I" vom 9. April 1999 ordnete sie die Edition von Bankunterlagen bezüglich Konto Nr. XXXX-XXXXXX der Firma W._ bei der Bank V._ in Zürich (im Folgenden: die Bank) als Rechtsnachfolgerin der Bank Z._ in Zürich-Wiedikon an. Mit Schreiben vom 5. Mai 1999 reichte die Bank die Kontounterlagen bei der Bezirksanwaltschaft ein. Mit Verfügung vom 1. Juni 1999 hob die Bezirksanwaltschaft das in der Eintretensverfügung erlassene Mitteilungsverbot auf.
E.- Am 15. September 1999 erliess die Bezirksanwaltschaft hinsichtlich N._ und der Firma W._ eine gemeinsame Schlussverfügung, wobei N._ als Vertreter der Firma W._ aufgeführt wurde. Sie bewilligte die Herausgabe der Bankunterlagen der Firma W._ sowie von Akten betreffend N._ an die ersuchende Behörde.
Nachdem der Rechtsvertreter von N._, Rechtsanwalt Joseph Sutter, am 19. September 1999 mitgeteilt hatte, dass weder er noch N._ die Firma W._ vertreten, erliess die Bezirksanwaltschaft am 21. September 1999 eine neue Schlussverfügung gegenüber der Firma W._, die am 24. September 1999 der Bank zur Kenntnisnahme mitgeteilt wurde. Die Bank verweigerte Rechtsanwalt Sutter gegenüber die Auskunft, solange keine Vollmacht der Kontoinhaberin vorliege.
Daraufhin bemühte sich Rechtsanwalt Sutter um eine Vollmacht der Firma W._, die ihm am 7. Oktober 1999 zugestellt wurde. Noch am gleichen Tag wandte sich Rechtsanwalt Sutter an die Bank, die ihm die Schlussverfügung mit Schreiben vom 11. Oktober 1999 (eingegangen am 12. Oktober 1999) zustellte. Die Bank wies darauf hin, dass ihr die aktuelle Adresse der Firma W._ nicht bekannt gewesen sei, weshalb sie die Schlussverfügung der Betroffenen vorher noch nicht habe zustellen können.
F.- Am 19. Oktober 1999 stellte Rechtsanwalt Joseph Sutter namens der Firma W._ das Gesuch um vollständige Akteneinsicht in das gesamte Rechtshilfeverfahren. In seinem Schreiben wies er darauf hin, dass die Beschwerdefrist seines Erachtens erst am Tag nach dem Eingang der Schlussverfügung bei ihm, d.h. am 13. Oktober 1999, zu laufen begonnen habe. Mit Verfügung vom 20. Oktober 1999 gewährte ihm die Bezirksanwaltschaft Einsicht in alle die Firma W._ betreffenden Rechtshilfeakten.
G.-Gegen die Schlussverfügung vom 21. September 1999 erhob die Firma W._ am 10. November 1999 Rekurs an das Obergericht des Kantons Zürich. Am 10. Februar 2000 trat das Obergericht auf den Rekurs nicht ein. Es ging davon aus, die 30-tägige Rekursfrist habe gemäss <ref-law> mit der Zustellung an die Bank am 24. September 1999 zu laufen begonnen und habe am 25. Oktober 1999 geendet, weshalb der Rekurs verspätet sei.
H.-Hiergegen erhob die Firma W._ am 22. März 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und die Sache sei zur Beurteilung des Rekurses an die Vorinstanz zurückzuweisen.
I.-Die Bezirksanwaltschaft weist in ihrer Vernehmlassung darauf hin, dass die Firma W._ offensichtlich eine "Banklagernd-Vereinbarung" mit der Bank abgeschlossen habe; zudem habe Rechtsanwalt Joseph Sutter - der zugleich den an der Firma W._ wirtschaftlich berechtigten und hinsichtlich des Kontos einzelzeichnungsberechtigten N._ vertrete - den Irrtum der Bezirksanwaltschaft über die Vertretungsverhältnisse nicht aufgeklärt; vielmehr habe er am 4. Juni 1999 die deutsche Übersetzung des Rechtshilfeersuchens Schweiz I entgegengenommen und am 10. September 1999 schriftlich (und zuvor bereits mündlich) die Zustimmungserklärung zur Herausgabe der Kontounterlagen der Firma W._ verweigert.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich sowie das BAP haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
J.- Mit Verfügungen vom 23. Juni und vom 18. Juli 2000 forderte der Instruktionsrichter die Bank auf mitzuteilen, ob eine Banklagernd-Vereinbarung mit der Firma W._ bestehe und wenn ja, zu welchem Zeitpunkt die Schlussverfügung vom 21. September 1999 in das Banklagernd-Dossier abgelegt worden ist. Mit Schreiben vom 26. Juli 2000 teilte die Bank mit, dass im Zeitpunkt des Eingangs der Schlussverfügung keine gültige Banklagernd-Vereinbarung mit der Firma W._ vorgelegen habe und die Schlussverfügung daher nie in ein Banklagernd-Dossier abgelegt worden sei. Die Beteiligten erhielten Gelegenheit, sich zu dieser Auskunft der Bank zu äussern.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Der angefochtene Entscheid ist eine Verfügung einer letztinstanzlichen kantonalen Behörde, mit der das Rechtshilfeverfahren abgeschlossen wird. Er unterliegt der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht (Art. 80f Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSG; SR 351. 1]). Die Beschwerdeführerin ist als Rekurrentin zur Beschwerde gegen den Nichteintretensentscheid der Rekursinstanz legitimiert (vgl.
<ref-ruling> E. 1b S. 126). Auf die rechtzeitig erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher einzutreten.
2.-a) Grundsätzlich beginnt die Rekurs- bzw. Beschwerdefrist mit der schriftlichen Mitteilung der Verfügung (<ref-law>). Eine Verpflichtung zur Zustellung der Rechtshilfeverfügung an den Berechtigten besteht allerdings nur, wenn dieser einen Wohnsitz oder zumindest ein Zustellungsdomizil im Inland hat (<ref-law>). <ref-law> präzisiert, dass eine Partei oder ihr Rechtsbeistand, die im Ausland wohnen, ein Zustellungsdomizil in der Schweiz bezeichnen müssen; unterlassen sie dies, kann die Zustellung unterbleiben. In diesem Fall genügt es, die Verfügung dem Inhaber der Schriftstücke, d.h. in der Regel der Bank, zur Kenntnis zu bringen. Diese ist nach <ref-law> berechtigt und aufgrund des Vertrags mit ihrem Mandanten regelmässig verpflichtet, diesen über das Vorliegen des Rechtshilfeersuchens und alle damit zusammenhängenden Tatsachen zu informieren, sofern die zuständige Behörde dies nicht ausnahmsweise ausdrücklich untersagt hat.
b) Das Obergericht vertrat die Auffassung, bei einer gestützt auf <ref-law> vorgenommenen Zustellung beginne die 30-tägige Rekursfrist grundsätzlich mit der Zustellung an die Bank. In dieser Allgemeinheit trifft dies nicht zu: Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung beginnt die Beschwerdefrist grundsätzlich erst in dem Moment, in dem der Berechtigte Kenntnis von der ihn betreffenden Verfügung hat (<ref-ruling> E. 2d/aa S. 127 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 186 f.; Robert Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, Bern 1999, Rz 317 S. 242), i.d.R. also im Zeitpunkt, in dem er von der Bank informiert wird. Nur wenn der von der Verfügung betroffene Kunde eine sogenannte "Banklagernd-Vereinbarung" abgeschlossen hat, beginnt die Beschwerdefrist schon ab dem Zeitpunkt der Ablage der Verfügung in das Banklagernd-Dossier (<ref-ruling> E. 2e S. 130) bzw. im Zeitpunkt, in dem der Kontoinhaber die notwendige Information erhalten hätte, wenn sie ihm unverzüglich mitgeteilt worden wäre (<ref-ruling> E. 2d/aa S. 128 mit Hinweisen und E. 2e S. 131). Im vorliegenden Fall bestand jedoch, wie die Bank mitgeteilt hat, im Zeitpunkt des Erlasses der Schlussverfügung keine derartige Vereinbarung mit der Beschwerdeführerin.
c) Die vom Obergericht vertretene Rechtsauffassung (Ende der Rechtsmittelfrist am 25. Oktober 1999) liesse sich jedoch im konkreten Fall auf <ref-law> stützen, wonach der Berechtigte, der in ein hängiges Verfahren eintritt, eine rechtskräftige Schlussverfügung nicht mehr anfechten kann.
Üblicherweise wird eine Verfügung erst dann formell rechtskräftig, wenn sie von den Betroffenen nicht mehr mit ordentlichen Rechtsmitteln angefochten werden kann, d.h.
diese auf die Ergreifung eines Rechtsmittels verzichtet haben oder die Rechtsmittelfrist unbenutzt abgelaufen ist (Ulrich Häfelin/ Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Auflage, Zürich 1998, Rn 802 f.). Legt man diese Definition <ref-law> zugrunde, enthält diese Bestimmung eine Selbstverständlichkeit, die keiner Normierung bedurft hätte: Der Berechtigte kann die Schlussverfügung nach Ablauf der für ihn geltenden Rechtsmittelfrist (d.h. 30 Tage seit Kenntnisnahme von der Schlussverfügung) nicht mehr anfechten. Eine solche Regelung könnte sich allenfalls für umfangreiche Rechtshilfeverfahren rechtfertigen, in denen auf Grund von Ergänzungsersuchen in der gleichen Sache nacheinander mehrere Schlussverfügungen erlassen werden (diese Konstellation betrafen die unveröffentlichten Entscheide i.S. A. vom 19. Februar 1998 und i.S. M. vom 28. April 1997). Auch in diesem Kontext wäre die Bestimmung aber überflüssig und ginge weniger weit als die bisherige bundesgerichtliche Rechtsprechung, die dem Beschwerdeführer nicht nur die Anfechtung vorangegangener, bereits rechtskräftig gewordener Schlussverfügungen versagt, sondern ihn darüber hinaus im ergänzenden Verfahren mit allen Rügen ausschliesst, die er schon gegen die früher ergangenen Schlussverfügungen hätte erheben können (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 336; in <ref-ruling> nicht abgedruckte E. 2, je mit Hinweisen).
Es liegt deshalb nahe, für die Rechtskraft der Schlussverfügung i.S.v. <ref-law> auf den Ablauf der Rechtsmittelfrist gegenüber einer anderen Person als dem Berechtigten abzustellen. Hierfür kommt - wie auch der systematische Zusammenhang mit <ref-law> nahelegt - nur der Inhaber der Schriftstücke in Betracht, in aller Regel also die Bank, der die Schlussverfügung zugestellt wird, wenn der Berechtigte nicht bekannt ist oder dieser keinen Wohnsitz und kein Zustellungsdomizil in der Schweiz hat. Bei dieser Lesart würde <ref-law> keine Selbstverständlichkeit mehr ausdrücken, sondern eine nicht unbedeutende Einschränkung des Beschwerderechts des Berechtigten enthalten: Dieser könnte 30 Tage nach Zustellung der Schlussverfügung an die Bank keine Beschwerde mehr erheben, und zwar selbst dann, wenn seine Beschwerdefrist noch nicht abgelaufen ist oder - mangels Mitteilung der Bank - überhaupt noch nicht zu laufen begonnen hat! Im Ergebnis liefe dies auf eine Zustellungsfiktion heraus (so auch Maurice Harari/Corrine Corminboeuf, EIMP révisée: Considérations critiques sur quelques arrêts récents, AJP 1999 S. 151 Fn. 86), beschränkt auf Schlussverfügungen und auf Rechtshilfeverfahren, an denen sich der Berechtigte vor Erlass der Schlussverfügung nicht beteiligt hat. Der Gesetzgeber wollte mit Art. 80n Abs. 2 (wie auch mit Art. 80m Abs. 2) rev. IRSG verhindern, dass sich das Rechtshilfeverfahren endlos in die Länge zieht, weil sich bestimmte Berechtigte erst kurz vor dessen Abschluss bei der Rechtshilfebehörde melden (Botschaft des Bundesrates vom 29. März 1995; BBl 1995 III S. 31 f.). Dieser Zweck würde verfehlt, wenn der Berechtigte, der aus irgendeinem Grund von seiner Bank nicht benachrichtigt worden ist (und auch keine Banklagernd-Vereinbarung abgeschlossen hat), sich noch jahrelang nach Erlass der Schlussverfügung melden, um Zustellung und um Akteneinsicht ersuchen und Beschwerde erheben könnte.
Diese auf den ersten Blick sehr weitgehende Einschränkung des Beschwerderechts bliebe in der Praxis auf wenige Ausnahmefälle beschränkt: Wie in der Botschaft betont wird, darf vom Mandatar erwartet werden, dass er alles Notwendige unternimmt, um seinen Mandanten über ein laufendes Rechtshilfeverfahren zu informieren; dieser hat seinerseits dafür zu sorgen, dass er benachrichtigt werden kann. Zwischen dem Erlass der Eintretens- und der Schlussverfügung hat die Bank in aller Regel genügend Zeit, den Bankkunden vom hängigen Rechtshilfeverfahren zu informieren; der Berechtigte kann somit einen Rechtsvertreter beauftragen und/ oder ein Zustellungsdomizil in der Schweiz begründen, um sicherzustellen, dass ihm die (i.d.R. allein anfechtbare) Schlussverfügung zugestellt wird und er dagegen rechtzeitig Beschwerde erheben kann (so auch Maurice Harari/Corrine Corminboeuf, a.a.O., S. 149). Nur wenn sich der Berechtigte entweder bewusst am Rechtshilfeverfahren nicht beteiligt oder aber von seiner Bank nicht informiert wurde oder werden konnte (z.B. mangels aktueller Adresse), würde <ref-law> dem Beschwerderecht des Berechtigten eine absolute zeitliche Grenze setzen, die - unabhängig vom Zeitpunkt der Kenntnisnahme des Berechtigten - 30 Tage nach Zustellung der Schlussverfügung an die Bank endet.
d) Die aufgeworfenen Fragen können jedoch offen bleiben, wenn die Beschwerdeführerin auf andere Weise vor dem 12. Oktober 1999 effektiv Kenntnis von der Schlussverfügung erlangt hat.
Nach der bundesgerichtlichen Praxis wird die Beschwerde- bzw. Rekursfrist bereits ausgelöst, wenn der Berechtigte (ohne Wohnsitz oder Zustellungsdomizil in der Schweiz) hinreichende Kenntnis von der Existenz einer ihn betreffenden Schlussverfügung hat, auch wenn sie ihm noch nicht zugestellt worden ist, weil er die Möglichkeit hat, sich den Text der Rechtshilfeverfügung unverzüglich bei der Bank zu beschaffen (<ref-ruling> E. 2d/aa-cc S. 128 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 187). Diese Kenntnis wird dem Berechtigten i.d.R. durch die Mitteilung der Bank verschafft; sie kann aber auch durch eine andere Informationsquelle erfolgen, sofern diese gleichermassen vertrauenswürdig und sicher erscheint. Dies ist zumindest für den wirtschaftlich Berechtigten bzw. die für das Konto vertretungsberechtigten Personen sowie deren Rechtsvertreter zu bejahen.
Im vorliegenden Fall wussten sowohl der wirtschaftlich Berechtigte N._ als auch sein Rechtsvertreter Rechtsanwalt Sutter, dass eine Schlussverfügung gegenüber der Beschwerdeführerin erlassen worden war; sie kannten auch deren Inhalt, der sich mit dem die Beschwerdeführerin betreffenden Teil der Schlussverfügung vom 15. September 1999 deckte. Es erscheint sehr wahrscheinlich, dass N._ die Beschwerdeführerin von der Existenz dieser Schlussverfügung (wie auch der vorangegangenen Verfügungen) informiert hat; allerdings gibt es hierzu keine Feststellungen des Obergerichts. Spätestens jedoch, als Rechtsanwalt Sutter sich an die Organe der Beschwerdeführerin wandte, um sich von diesen für das Rechtshilfeverfahren bevollmächtigen zu lassen und die Schlussverfügung von der Bank verlangen zu können, hatte die Beschwerdeführerin sichere Kenntnis von der Existenz einer sie betreffenden Schlussverfügung. Aus der von Rechtsanwalt Sutter vorgelegten Vollmacht geht hervor, dass diese am 4. Oktober 1999 aufgrund einer besonderen Sitzung des Verwaltungsrats ("Special Meeting of the Board of Directors") der Firma W._ von der hierzu ermächtigten Direktorin L._ erteilt worden ist. Dieses Datum muss damit als spätestes Datum der effektiven Kenntnisnahme vom Vorliegen der Schlussverfügung angenommen werden.
Die Rekursfrist begann somit spätestens an diesem Tag und endete mit Ablauf des 3. November 1999. Somit war der Rekurs vom 10. November 1999 - wie das Obergericht im Ergebnis zu Recht entschieden hat - verspätet.
e) Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die Bezirksanwaltschaft in ihrer Akteneinsichtsverfügung vom 20. Oktober 1999 den Ausführungen Rechtsanwalt Sutters zum Beginn der Rekursfrist nicht widersprochen hat. Ein die Verlängerung der Rekursfrist rechtfertigender Vertrauenstatbestand hätte allenfalls durch eine ausdrückliche Zusicherung der Behörde gesetzt werden können. Überdies musste Rechtsanwalt Sutter aufgrund der publizierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung wissen, dass die Rekursfrist spätestens mit Kenntnis der Beschwerdeführerin von der Existenz der Schlussverfügung zu laufen beginnen würde.
3.- Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 156 OG), und es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Bezirksanwaltschaft IV für den Kanton Zürich, Büro 6, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, sowie dem Bundesamt für Justiz, Abteilung internationale Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 12. September 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: