Erwägungen:
1. X._ erhob am 22. September 2008 Strafklage gegen Stephanus Steuer wegen Diebstahl, eventuell unrechtmässiger Aneignung. Am 13. November 2008 verwies das Untersuchungsamt St. Gallen die Strafklage gegen Stephanus Steuer wegen unrechtmässiger Aneignung auf den Weg des Privatstrafklageverfahrens.
Gegen die Verweisungsverfügung erhob X._ am 26. November 2008 Rechtsverweigerungsbeschwerde und beantragte, die Angelegenheit im ordentlichen Strafverfahren zu belassen und die Vorinstanz anzuweisen, die notwendigen Untersuchungshandlungen vorzunehmen. Der Präsident der Anklagekammer des Kantons St. Gallen wies die Beschwerde mit Entscheid vom 7. Januar 2009 ab und setzte dem Beschwerdeführer zur Einreichung des Vermittlungsbegehrens eine Frist von vierzehn Tagen an. Der Präsident der Anklagekammer kam aufgrund einer Beweiswürdigung zusammenfassend zum Schluss, dass keine genügenden Anhaltspunkte für das Vorliegen eines Offizialdeliktes vorhanden seien. Der Tatbestand der unrechtmässigen Aneignung ohne Bereicherungsabsicht stelle ein Antragsdelikt dar. Allein aus der angeblichen Deliktssumme von rund Fr. 28'000.-- könne noch kein öffentliches Interesse an der Verfolgung der allenfalls strafbaren Handlungen abgeleitet werden. Überdies lasse sich aufgrund der umstrittenen Eigentumsverhältnisse die Deliktssumme nicht abschliessend bestimmen. Da ohne Weiteres eine Freiheitsstrafe unter drei Monaten (bzw. eine Geldstrafe unter 90 Tagessätzen) in Betracht falle, sei eine Verweisung in das Privatstrafklageverfahren nicht nur zulässig, sondern vielmehr geboten.
2. X._ führt mit Eingabe vom 22. Januar 2009 (Postaufgabe 26. Januar 2009) Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid des Präsidenten der Anklagekammer des Kantons St. Gallen.
Das Bundesgericht verzichtete auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. <ref-law> nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Ausführungen des Präsidenten der Anklagekammer nicht rechtsgenüglich auseinander. Er legt nicht dar, inwiefern der Präsident die Beschwerde gegen die Verweisungsverfügung in verfassungswidriger Weise abgewiesen haben sollte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von <ref-law> ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann. Bei dieser Sachlage erübrigt sich zu prüfen, ob vorliegend die Voraussetzungen von <ref-law> zur Anfechtung eines Zwischenentscheides überhaupt gegeben sind.
4. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).
Mit dem Entscheid in der Sache selbst wird das vom Beschwerdeführer sinngemäss gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Untersuchungsamt St. Gallen und dem Präsidenten der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli