A.- A._ travaillait depuis le mois de février 1985 comme magasinier et responsable technique au sein de la société X._. A ce titre, il était assuré auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après : CNA) contre les accidents non professionnels ainsi que les accidents et les maladies professionnels.
A partir du début de l'année 1992, l'assuré a progressivement développé une pathologie respiratoire. Le docteur B._, spécialiste FMH en médecine interne et des maladies des poumons, a posé le diagnostic de syndrome paroxystique para-asthmatique, en rapport avec l'exposition professionnelle à des poussières. Après avoir fait examiner A._ par le docteur C._, de la division de médecine du travail, qui relevait chez l'assuré la présence d'autres affections sans relation avec la possible maladie professionnelle (rapport du 29 août 1995), la CNA lui a, par décision du 21 décembre 1995, refusé toute prestation en relation avec cette affection au motif que cette dernière n'apparaissait pas due, d'une manière nettement prépondérante, à son activité professionnelle. Ensuite de l'opposition formée par A._ contre cette décision, la CNA a rendu à son endroit, le 30 janvier 1996, une décision d'inaptitude à toutes les activités en contact avec les poussières de céréales avec effet immédiat et elle a, par ailleurs, repris l'instruction du cas par la mise en oeuvre d'une expertise. Dans un rapport du 29 mars 1999, les docteurs D._ et E._, de la Clinique Y._, ont confirmé l'origine professionnelle de l'affection pulmonaire.
Dans l'intervalle, il est apparu, au mois de juin 1996, que l'assuré souffrait d'une grave affection intestinale (adénocarcinome du rectum), qui a été traitée par 30 séances de radiothérapie préopératoire suivies d'interventions chirurgicales en août et octobre 1996.
La CNA a versé des indemnités journalières en cas de changement d'occupation pour la période du 31 janvier au 31 mai 1996. L'assuré a, en outre, bénéficié d'indemnités journalières versées par son assurance perte de gain en cas de maladie du 6 mars 1995 au 26 avril 1997. Il a, par ailleurs, été reconnu invalide à 100 % et mis au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité dès le 1er août 1997.
Par décision du 14 janvier 2000, confirmée sur opposition le 17 avril de la même année, la CNA a refusé l'octroi d'indemnités pour changement d'occupation à l'échéance du droit à l'indemnité journalière pour changement d'occupation, soit dès le 31 mai 1996, au motif que l'incapacité de gain résultait, depuis le printemps 1996, d'une affection maladive, pour laquelle A._ avait été entièrement pris en charge par l'assurance-maladie puis par l'AI, et non de la décision d'inaptitude du 30 janvier 1996.
B.- Par jugement du 10 octobre 2000, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé contre la décision sur opposition du 17 avril 2000 par l'assuré.
C.- Ce dernier interjette recours de droit administratif contre ce jugement en concluant, avec dépens, à son annulation et à l'octroi de l'indemnité en cas de changement d'occupation. Il requiert par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale.
La CNA a conclu au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.- Le litige a pour objet le droit du recourant à l'indemnité pour changement d'occupation au sens des art. 86 à 88 de l'ordonnance du 19 décembre 1983 sur la prévention des accidents et des maladies professionnels (ordonnance sur la prévention des accidents [OPA; RS 832.30]).
2.- Aux termes de l'art. 84 al. 2 LAA, les organes d'exécution peuvent exclure d'un travail qui les mettrait en danger, les assurés particulièrement exposés aux accidents et maladies professionnels. Le Conseil fédéral règle la question des indemnités à verser aux assurés qui, par suite de leur exclusion de l'activité qu'ils exerçaient précédemment, subissent un préjudice considérable dans leur avancement et ne peuvent prétendre d'autres prestations d'assurance.
Le Conseil fédéral a fait usage de cette compétence en édictant les art. 83 ss OPA. Selon l'art. 86 al. 1 OPA, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 mai 2001 (RO 2001 1403, 1405), le travailleur qui a été définitivement ou temporairement exclu d'un travail ou qui a été déclaré apte à l'accomplir à certaines conditions reçoit de l'assureur une indemnité pour changement d'occupation lorsque du fait de la décision et malgré des conseils personnels et le versement d'une indemnité journalière pour changement d'occupation et compte tenu de l'effort que l'on peut raisonnablement attendre de lui pour qu'il compense le préjudice qu'il subit sur le marché du travail, ses possibilités de gains demeurent considérablement réduites (let. a) et que les autres conditions, sans pertinence pour la solution du présent litige, prévues par les lettres b et c de cette disposition sont cumulativement remplies.
Conformément à l'art. 89 al. 1 OPA, en corrélation avec l'art. 40 LAA, si l'indemnité journalière pour changement d'occupation ou l'indemnité pour changement d'occupation concourt avec les prestations d'autres assurances sociales, elle est réduite dans la mesure où, ajoutée aux prestations des autres assurances sociales, elle excède le gain dont on peut présumer que l'assuré se trouve privé.
3.- a) En l'espèce, le recourant prétend le versement d'une indemnité pour changement d'occupation dès mars 1995, subsidiairement dès janvier 1996 et, en tous les cas, pour la période postérieure au 31 mai 1996.
b) En ce qui concerne la période antérieure au 30 janvier 1996, le recourant invoque qu'il subissait déjà le préjudice décrit par l'art. 86 OPA lorsqu'il a dû interrompre son activité pour cause de maladie professionnelle en mars 1995. Cette argumentation procède cependant d'une confusion entre l'indemnisation des conséquences économiques d'une maladie professionnelle ouvrant le droit aux prestations prévues par le titre troisième de la LAA - qui était, en l'occurrence, l'objet de la décision rendue par l'intimée le 21 décembre 1995 - et l'indemnité pour changement d'occupation. Cette dernière ne constitue pas une prestation d'assurance au sens strict du terme mais une prestation accordée en relation avec la prévention des accidents et maladies professionnels (<ref-ruling> consid. 2c et les références citées; RAMA 2000 U 382 p. 254 consid. 3a) et suppose, partant, l'existence d'une mesure relevant de ce domaine, soit une décision d'exclusion au sens des art. 84 al. 2 LAA et 78 ss OPA (art. 86 al. 1 OPA). Une telle mesure n'a été prise en l'espèce que le 30 janvier 1996, si bien que le recourant ne saurait prétendre d'indemnisation de ce chef avant cette date.
c) Le recourant ne conteste pas que des indemnités journalières en cas de changement d'occupation (depuis le 1er juin 2001: indemnité journalière de transition [RO 2001 1403, 1405]) lui ont été allouées par l'intimée pour la période du 31 janvier au 31 mai 1996. Il ne peut dès lors prétendre en sus de cette indemnité journalière - qui est destinée à pallier, à court terme, de graves difficultés économiques (art. 83 OPA) -, pour la même période, l'indemnité en cas de changement d'occupation qui suppose que ni les conseils personnels (art. 82 OPA), ni les efforts que l'on peut raisonnablement attendre de l'assuré pour qu'il compense le préjudice qu'il subit sur le marché du travail, ni le versement d'une indemnité journalière au sens des art. 83 ss OPA n'aient permis d'améliorer ses possibilités de gain (art. 86 al. 1 let. a OPA, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 mai 2001; [RO 2001 1403, 1405]). Il faut déduire de ces conditions posées par l'art. 86 al. 1 let. a OPA que ce n'est qu'à l'issue du droit à l'indemnité journalière de transition, que peut se poser la question du droit à l'indemnité pour changement d'occupation, ce qui exclut que les périodes durant lesquelles ces indemnités sont versées (respectivement, au maximum, 4 mois et 4 ans [art. 84 al. 2 et 87 al. 3 OPA]) puissent coïncider. Au demeurant un cumul pur et simple de ces deux prestations, qui correspondent respectivement à la pleine indemnité journalière prévue par l'art. 17 al. 1 LAA (art. 84 al. 1 OPA) et à 80 % de la perte de salaire que subit l'assuré par suite de la décision d'inaptitude (art. 87 al. 1 OPA), aboutirait à une surindemnisation choquante.
d) En ce qui concerne la période postérieure au 31 mai 1996, les premiers juges ont retenu, en se référant au rapport des docteurs D._ et E._, que l'absence d'occupation durant cette période est due à des motifs étrangers à la décision d'inaptitude, soit à l'affection du système digestif dont la gravité est propre à elle seule à causer une incapacité de travail significative et qui a justifié l'octroi d'une rente entière d'invalidité fondée sur une incapacité totale de gain. Ils en ont déduit que le recourant ne pouvait prétendre une indemnité pour changement d'occupation faute de causalité entre la décision d'inaptitude et son inactivité au-delà du 31 mai 1996.
Selon les pièces médicales figurant au dossier, l'adénocarcinome dont a été atteint le recourant n'a été diagnostiqué que le 19 juin 1996, alors que les premiers symptômes, annoncés au médecin traitant au mois d'octobre 1995, n'avaient auparavant conduit à la prescription d'aucun traitement. On ne saurait dès lors retenir, contrairement à l'opinion des premiers juges, que l'inactivité du recourant aurait eu pour cause essentielle cette affection dans l'intervalle du 1er au 19 juin 1996.
Il ressort toutefois également du dossier de la cause que le recourant a perçu, du 1er mai 1996 au 26 avril 1997 soit durant une période recouvrant celle du 31 mai au 19 juin 1996, des indemnités journalières de 147 fr., correspondant à l'intégralité du gain assuré (53 300 fr. l'an brut), versées par son assurance perte de gain en cas de maladie. Le recourant ne peut dès lors prétendre, jusqu'au 26 avril 1997 non plus, aucune indemnité pour changement d'occupation (art. 89 al. 1 OPA en corrélation avec l'art. 40 LAA).
e) Dans la mesure où le recourant a été mis au bénéfice, dès le 1er août 1997, à l'issue d'une période de carence qui a débuté en août 1996 (art. 29 al. 1 let. b LAI), d'une rente entière correspondant à un degré d'invalidité de 100 % en raison de son affection intestinale, force est d'admettre que son inactivité n'est plus en relation de causalité avec la décision d'inaptitude du 30 janvier 1996. A cet égard, c'est en vain qu'il soutient, de manière au demeurant quelque peu contradictoire, que l'adénocarcinome n'a, en réalité, atteint que sa capacité résiduelle de travail et que, même sans cette affection, il ne pouvait exercer aucune activité physique quelconque en raison de l'atteinte pulmonaire dont il souffre. Ce faisant, il admet en effet implicitement que son inactivité n'est plus en relation avec la décision d'inaptitude comme telle, mais avec la seule maladie du système respiratoire apparue depuis 1992 (cf. supra, consid. 3b).
Il résulte de ce qui précède que c'est à bon droit que les premiers juges ont nié le droit du recourant à l'indemnité pour changement d'occupation. Le recours se révèle infondé.
4.- a) Le recourant a requis le bénéfice de l'assistance judiciaire. La procédure ayant pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance est gratuite (art. 134 OJ), si bien que cette demande ne porte que sur le droit à l'assistance d'un conseil d'office.
Conformément à l'art. 152 al. 1 et 2 OJ, le tribunal peut, au besoin, faire assister d'un avocat une partie indigente et dont les conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec. Selon la jurisprudence, cela suppose notamment que l'assistance d'un avocat soit nécessaire ou s'impose au vu des circonstances (RCC 1989 347 consid. 2a).
b) En l'espèce, le recourant a été taxé pour la période fiscale 1999-2000 sur un revenu de 2400 fr. et une fortune de 17 000 fr., si bien que la condition de l'indigence doit être considérée comme remplie. Le litige a pour objet la prétention à une indemnité pour changement d'occupation et pose des questions de fait et de droit suffisamment complexes pour justifier l'intervention d'un avocat. Le recours ne paraissant, par ailleurs, pas d'emblée dénué de toute chance de succès, le recourant peut prétendre l'assistance d'un conseil d'office.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est rejeté.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. L'assistance judiciaire est accordée. Les honoraires
(y compris la taxe à la valeur ajoutée) de Me Philippe
Nordmann sont fixés à 2000 fr. pour la procédure
fédérale et seront supportés par la caisse du
tribunal.
IV. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au
Tribunal des assurances du canton de Vaud ainsi qu'à
l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 28 décembre 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIe Chambre :
Le Greffier :