Sachverhalt:
A. Am 28. Juni 2008, um ca. 15:30 Uhr, kam es auf dem Neuweg bei Rorbas zu einer Kollision zwischen dem mit seinem Personenwagen bergwärts fahrenden X._ und dem talwärts fahrenden Motorradfahrer Y._. Dieser kam zu Fall und erlitt eine Unterschenkel-Trümmerfraktur, welche eine mehrmonatige Arbeitsunfähigkeit zur Folge hatte. X._ anerkannte in der polizeilichen Einvernahme, den Unfall schuldhaft verursacht zu haben, da er den entgegenkommenden Motorradfahrer übersehen habe und auf der schmalen Strasse nicht am rechten Fahrbahnrand gefahren sei.
B. Am 12. September 2008 entzog die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich X._ den Führerausweis für drei Monate. Sie erwog er habe eine schwere Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz im Sinn von dessen Art. 16c begangen, weshalb ihm der Führerausweis gestützt auf Abs. 2 lit. a dieser Bestimmung für die gesetzliche Mindestdauer von 3 Monaten zu entziehen sei.
X._ rekurrierte gegen diesen Entscheid an den Regierungsrat des Kantons Zürich. Er beantragte, es sei aufgrund einer mittelschweren Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften im Sinn von <ref-law> ein Führerausweisentzug von einem Monat anzuordnen. Ausserdem ersuchte er, die aufschiebende Wirkung des Rekurses sei auf den Ablauf eines einmonatigen Entzuges wiederherzustellen.
C. Mit Strafbefehl vom 27. November 2008 verurteilte die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland X._ aufgrund dieses Vorfalls wegen fahrlässiger Körperverletzung im Sinn von <ref-law> zu einer bedingten Geldstrafe von 15 Tagessätzen à 100 Franken und einer Busse von 800 Franken. Der Strafbefehl blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft.
D. Der Regierungsrat des Kantons Zürich wies den Rekurs von X._ gegen den Führerausweisentzug am 6. Januar 2009 ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die von X._ dagegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde am 20. Mai 2009 ab.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, die Entscheide von Verwaltungsgericht, Regierungsrat und Sicherheitsdirektion aufzuheben und einen Führerausweisentzug von einem Monat unter Annahme einer mittelschweren Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften anzuordnen. Ausserdem ersucht er, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
F. Mit Verfügung vom 1. September 2009 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
G. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die Sicherheitsdirektion und das Bundesamt für Strassen beantragen, ohne Begründung bzw. unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Unzulässig ist der Antrag des Beschwerdeführers, auch die unterinstanzlichen Entscheide des Regierungsrates und der Sicherheitsdirektion (Strassenverkehrsamt) aufzuheben. Diese Entscheide sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4.5 S. 144; <ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe den Sachverhalt unter Verletzung seines rechtlichen Gehörs festgestellt und die einschlägigen Bestimmungen des SVG unrichtig angewandt. Beides ist zulässig (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde - unter dem Vorbehalt der Zulässigkeit der erhobenen Rügen - einzutreten ist.
2. Umstritten ist, ob der Beschwerdeführer, der den Unfall schuldhaft verursachte und deswegen rechtskräftig wegen fahrlässiger Körperverletzung verurteilt wurde, eine mittelschwere oder schwere Verkehrsregelverletzung beging.
2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss <ref-law> begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von <ref-law> als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Gemäss <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer schweren Widerhandlung, welche einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> entspricht (<ref-ruling> E. 3 S. 237), wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (Abs. 2 lit. a). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (<ref-law>).
2.2 Die mittelschwere Widerhandlung nach <ref-law> stellt einen Auffangtatbestand dar. Sie liegt vor, wenn nicht alle privilegierenden Elemente einer leichten Widerhandlung nach <ref-law> und nicht alle qualifizierenden Elemente einer schweren Widerhandlung nach <ref-law> gegeben sind (Urteil 6A.16/2006 vom 6. April 2006 E. 2.1.1, in: JdT 2006 I S. 442; Botschaft vom 31. März 1999 zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes, BBl 1999 4487). Die Annahme einer schweren Widerhandlung setzt kumulativ eine qualifizierte objektive Gefährdung und ein qualifiziertes Verschulden voraus. Ist die Gefährdung gering, aber das Verschulden hoch, oder umgekehrt die Gefährdung hoch und das Verschulden gering, liegt eine mittelschwere Widerhandlung vor (Botschaft a.a.O. 4489; Cédric Mizel, Die Grundtatbestände der neuen Warnungsentzüge des SVG und ihre Beziehung zum Strafrecht, in: ZstrR 124/2006, S. 31 ff., insbesondere S. 63 f.).
3. Das Verwaltungsgericht geht davon aus, dass vorliegend der in dieser Sache ergangene Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland vom 27. November 2008 in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht massgebend ist. Der Beschwerdeführer bestreitet dies zu Recht nicht (angefochtener Entscheid E. 3.2 S. 5 unten, E. 4.3 S. 7 unten). Allerdings enthält dieser weder eine explizite Qualifikation der dem Beschwerdeführer angelasteten Verkehrsregelverletzungen als grob bzw. einfach noch eine Bewertung seines Verschuldens.
3.1 In tatsächlicher Hinsicht steht für das Verwaltungsgericht fest, dass der Beschwerdeführer den ihm bekannten Neuweg mit ca. 50-60 km/h befuhr (Höchstgeschwindigkeit: 80 km/h). Er hielt sich auf der schmalen Strasse ohne Mittellinie ungefähr in der Mitte und fuhr in dieser Weise auf eine übersichtliche Linkskurve zu. Er habe sich dabei nicht auf den vor ihm liegenden Strassenabschnitt konzentriert, sondern weit vorausgeschaut. Aus diesem Grund sei er überrascht gewesen, als in der Kurve wenige Meter vor ihm plötzlich ein nicht besonders schnell entgegenkommender Motorradfahrer aufgetaucht sei, dem er nicht mehr habe ausweichen können. Der Beschwerdeführer müsse sich zwei simultane Fahrfehler vorhalten lassen: mangelnde Aufmerksamkeit auf den unmittelbar vor ihm liegenden Strassenabschnitt und ungenügendes Rechtsfahren. In objektiver Hinsicht sei diese sich ergänzende Kumulation von Fahrfehlern als grobe Verletzung der Verkehrsregeln zu beurteilen, welche abstrakt wie konkret eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit der anderen Verkehrsteilnehmer geschaffen habe. Es habe damit eine schwere Gefährdung vorgelegen.
Im Strafbefehl verbindlich festgestellt sei, dass der Motorradfahrer mit eingeschaltetem Abblendlicht unterwegs gewesen sei. Nicht entlasten könne sich der Beschwerdeführer zudem mit dem Argument, der vor ihm im Schatten liegende Strassenabschnitt sei schlecht einsehbar gewesen und das Abblendlicht des Motorrads sei wegen der rechtwinklig wegführenden Kurve nicht sichtbar gewesen. Er könne sich nicht mit Verhältnissen entlasten, mit denen er habe rechnen müssen. In subjektiver Hinsicht sei das Verschulden schwer, habe doch der Beschwerdeführer dem vor ihm liegenden, einsehbaren und für sein Fahrverhalten besonders wichtigen Strassenstück pflichtwidrig die notwendige Aufmerksamkeit nicht geschenkt. Eine allfällige Behinderung seiner Sicht durch Sonneneinstrahlung bzw. eine Erschwerung der Einsehbarkeit der Kurve durch Schattenwurf seien Umstände, mit denen er als Automobilist hätte rechnen und sich zwingend darauf einstellen müssen. Sie vermöchten ihn nicht zu entlasten, sondern hätten vielmehr eine erhöhte Aufmerksamkeit gefordert. Unverständlich sei, dass er sich bei diesen Verhältnissen nicht am rechten Strassenrand gehalten habe.
3.2 Der Beschwerdeführer wirft dem Verwaltungsgericht eine Verletzung seines rechtlichen Gehörs vor, da es seinen Antrag auf Einvernahme von Staatsanwalt Walder als Zeugen abgewiesen habe. Dieser habe im Unfallzeitpunkt "Brandtour" gehabt und sei als Erster auf dem Unfallplatz gewesen. Er hätte somit Aussagen zu den schwierigen Sichtverhältnissen machen und zudem bestätigen können, dass er ihm im Strafbefehl kein "grobes Verschulden" angelastet habe. Richtig sei, dass er das Gefahrenpotential der momentanen Sonnenblendung, kombiniert mit der direkt voraus liegenden Linkskurve mit Schlagschatten, falsch eingeschätzt habe. Zum Verhängnis geworden sei ihm, dass ausgerechnet zu diesem Zeitpunkt ein ungewöhnlich schlecht erkennbares Motorfahrrad entgegengekommen sei. Diese zusammen kommenden Ungewöhnlichkeitsfaktoren hätten ihn überrascht, wobei er zugegebenermassen auch mit Ungewöhnlichkeiten hätte rechnen müssen. Rücksichtslosigkeit könne ihm indessen nicht vorgeworfen werden.
4. Der Beschwerdeführer wollte mit der Zeugenaussage Walder einerseits beweisen, dass seine Sicht in die Kurve, aus der der Motorradfahrer herausfuhr, aufgrund der Lichtverhältnisse eingeschränkt war. Anderseits soll er als Zeuge bestätigen, dass seiner strafrechtlichen Verurteilung lediglich eine einfache, nicht eine grobe Verkehrsregelverletzung zu Grunde liege.
4.1 Nach den aus <ref-law> fliessenden Verfahrensgarantien sind alle Beweise abzunehmen, die sich auf Tatsachen beziehen, die für die Entscheidung erheblich sind. Das hindert aber den Richter nicht, einen Beweisantrag abzulehnen, wenn er in willkürfreier Überzeugung der bereits abgenommenen Beweise zur Überzeugung gelangt, der rechtlich erhebliche Sachverhalt sei genügend abgeklärt, und er überdies in willkürfreier antizipierter Würdigung der zusätzlich beantragten Beweise annehmen kann, seine Überzeugung werde auch durch diese nicht mehr geändert (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4a).
4.2 Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, schlechte Sichtverhältnisse könnten den Beschwerdeführer nicht entlasten, weil er seine Fahrweise danach hätte ausrichten müssen, ist nicht zu beanstanden (unten E. 5.2 f.). Die Sichtverhältnisse des Beschwerdeführers ergeben sich zudem mit ausreichender Klarheit aus der polizeilichen Fotodokumentation, die rund 1 1⁄2 Stunden nach dem Unfall und damit bei etwas tieferem Sonnenstand, aber sonst vergleichbaren Verhältnissen, erstellt wurde. Das von Staatsanwalt Walder gegen den Beschwerdeführer geführte Strafverfahren war mit Eintritt der Rechtskraft des Strafbefehls abgeschlossen. Der Staatsanwalt hat sich dazu ausserhalb der gesetzlich vorgesehenen Revisions- oder Wiederaufnahmeverfahren nicht mehr zu äussern. Das Verwaltungsgericht konnte somit ohne Verfassungsverletzung auf die Einvernahme von Staatsanwalt Walder verzichten, die Gehörsverweigerungsrüge ist unbegründet.
5. 5.1 Der Staatsanwalt hat das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer zwar wegen "grober Verletzung der Verkehrsregeln etc." eröffnet und ihm dies mit Vorladung vom 11. November 2008 auch mitgeteilt. Dem Strafbefehl selber ist indessen nicht zu entnehmen, ob der Staatsanwalt von einer groben Verkehrsregelverletzung des Beschwerdeführers im Sinne von <ref-law> oder einer einfachen im Sinne von <ref-law> ausging und wie er dessen Verschulden bewertete. Das Strafmass für die Verurteilung wegen fahrlässiger Körperverletzung - eine bedingte Geldstrafe von 15 Tagessätzen und eine unbedingte Busse von 800 Franken - lässt sich nicht eindeutig dem einen oder anderen Fall zuordnen. Der strafrechtlichen Verurteilung lässt sich somit nichts Schlüssiges entnehmen zur Schwere der dem Beschwerdeführer angelasteten Verkehrsregelverletzung. Darüber ist daher im Administrativverfahren zum Führerausweisentzug autonom zu befinden.
5.2 Ein Führerausweisentzug nach <ref-law> setzt in objektiver Hinsicht voraus, dass der Beschwerdeführer mit seiner Fahrweise eine ernsthafte Gefahr für Leib und Leben der Verkehrsteilnehmer schuf. Dieser hat nach den verbindlichen Feststellungen des Verwaltungsgerichts und eigenem Zugeständnis eine schmale, das Kreuzen zweier Personenwagen knapp ermöglichende, nicht richtungsgetrennte Nebenstrasse in der Strassenmitte mit ca. 50-60 km/h befahren, ohne den vor ihm liegenden Strassenabschnitt genügend weit einsehen zu können, um einem entgegenkommenden Fahrzeug rechtzeitig auszuweichen. Damit hat er offensichtlich objektiv eine schwere Gefahr für den Gegenverkehr (und für sich selber) geschaffen. Diese hat sich denn auch in einem Unfall verwirklicht, bei dem der einen Teil der Gegenfahrbahn beanspruchende Beschwerdeführer dem entgegenkommenden Motorradfahrer das Kreuzen verunmöglichte, weshalb dieser in die linke Frontseite des Personenwagens prallte und sich erheblich verletzte. Die objektive Voraussetzung einer schweren Widerhandlung im Sinn von <ref-law> ist erfüllt.
5.3 In subjektiver Hinsicht verlangt die Anwendung von <ref-law> ein schweres Verschulden. Für das Verwaltungsgericht ist diese Voraussetzung erfüllt, da der Beschwerdeführer nicht nur der Strasse vor ihm und damit allfälligem Gegenverkehr nicht genügend Aufmerksamkeit geschenkt habe, sondern zudem in der Mitte der Strasse gefahren sei.
Nach den eigenen Angaben des Beschwerdeführers war er vor dem Unfall mit ca. 50-60 km/h unterwegs und fuhr dabei eher in der Mitte der Strasse als am rechten Rand. Er sei vor der Linkskurve von der rechts über ihm stehenden Sonne geblendet worden und habe daher den sich im Schlagschatten nähernden, schwarz gekleideten Motorradfahrer übersehen. Die im Schatten liegende Linkskurve war somit für den Beschwerdeführer nach seiner eigenen Einschätzung im Gegenlicht schlecht einsehbar. Die Strasse ist an dieser Stelle unbestrittenermassen schmal und das Kreuzen zweier Personenwagen daher schwierig. In dieser Situation erscheint es unverständlich, dass der Beschwerdeführer seine Fahrt ungebremst und in der Mitte der Strasse fortsetzte, nachdem er die unmittelbar vor ihm liegende Linkskurve wegen des Schattenwurfs nicht genügend einsehen konnte, um allfälligen Gegenverkehr sicher zu erkennen. Er hat im Prinzip blindlings darauf vertraut, dass sich beim damals herrschenden schwachen Verkehrsaufkommen nicht ausgerechnet im schlecht einsehbaren Teil der Linkskurve ein entgegenkommendes Fahrzeug befinde, und die Fahrt fortgesetzt, wie wenn diese Möglichkeit nicht bestünde. Eine derartige Sorglosigkeit muss er sich als schweres Verschulden im Sinn von <ref-law> anrechnen lassen. Die Beschwerde ist unbegründet.
6. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen und dem Regierungsrat des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi