Sachverhalt:
A. Die SBB Transportpolizei Schweiz erstattete am 9. Oktober 2012 gestützt auf Art. 1 Abs. 2 lit. i und Art. 2 Abs. 1 i.V.m. Art. 5 Abs. 1 des Bundesgesetzes zum Schutz vor Passivrauchen (SR 818.31) Strafanzeige gegen X._ wegen Rauchens in einem Fahrzeug des öffentlichen Verkehrs.
Am 12. November 2012 trat das Untersuchungsamt Uznach auf die Strafanzeige nicht ein.
B. Auf die Beschwerde der Schweizerischen Bundesbahnen SBB AG (nachfolgend: SBB) gegen die Nichtanhandnahmeverfügung trat die Anklagekammer des Kantons St. Gallen am 12. Dezember 2012 nicht ein.
C. Die SBB führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz erwägt, die Beschwerdeführerin sei nicht legitimiert, weil sie nicht unmittelbar in ihren Rechten verletzt sei (Entscheid S. 4).
1.1 Zur Beschwerde nach <ref-law> ist berechtigt, wer unter anderem ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Das Gesetz zählt beispielhaft diejenigen Personen auf, welche üblicherweise ein rechtlich geschütztes Interesse haben.
1.2 Die Beschwerdeführerin bringt selbst vor, sie sei nicht Geschädigte im Sinne von <ref-law> und nicht unmittelbar in ihren Rechten verletzt. Sie beruft sich auf <ref-law>. Nach dieser Bestimmung stehen den unmittelbar betroffenen anderen Verfahrensbeteiligten (so auch dem Anzeigeerstatter) die zur Interessenwahrung erforderlichen Verfahrensrechte einer Partei zu (vgl. Urteil 1B_432/2011 vom 20. September 2012 E. 5, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die Beschwerdeführerin ist durch den Nichteintretensentscheid in ihrer Rechtsstellung nicht unmittelbar betroffen. Eine indirekte oder faktische Betroffenheit genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 283 mit Hinweisen). Unmittelbare Betroffenheit liegt nach der Doktrin etwa vor, wenn in die Grundrechte oder Grundfreiheiten eingegriffen wird, eine Schweigepflicht auferlegt oder Zwangsmassnahmen angeordnet werden (VIKTOR LIEBER, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, N. 13 ff. zu <ref-law>). Die Beschwerdeführerin könnte folglich höchstens von den vorinstanzlichen Verfahrenskosten unmittelbar betroffen sein (vgl. VIKTOR LIEBER, a.a.O., N. 14 zu <ref-law>), doch fehlt es diesbezüglich an einem hinreichend substantiierten Vorbringen (<ref-law>). Aus <ref-law> kann die Beschwerdeführerin keine Beschwerdeberechtigung ableiten. Das Anzeigerecht gemäss <ref-law> hat nicht automatisch ein Beschwerderecht zur Folge. Die Voraussetzungen von <ref-law> sind damit nicht erfüllt.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. April 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Andres