Fatti:
A. Nelle sedute del 2/3 giugno e 13 ottobre 2003 il Consiglio comunale di Y._ ha adottato la revisione generale del piano regolatore. In quell'ambito il vasto comparto residenziale in località Z._, che si estende lungo il tracciato ferroviario con una fascia profonda circa 40 m, è stato ampliato di quasi il doppio della sua superficie. Dall'ampliamento sono stati interessati, tra altri, anche i fondi sss (di 550 m2) di B._ e ttt (di 547 m2) di A._, che presentano una superficie prativa.
B. Il 20 giugno 2006 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha parzialmente approvato il piano regolatore, sospendendo su determinati punti la propria decisione. Dopo aver offerto agli interessati la possibilità di esprimersi sull'intenzione di non approvare l'estensione della citata zona residenziale, il Governo cantonale, accertato un abbondante sovradimensionamento di detta zona e un conflitto con la conservazione del territorio agricolo, con risoluzione del 19 settembre 2007 non l'ha approvata. Adito dai citati proprietari, con giudizio del 7 settembre 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso.
C. A._ e B._ impugnano questa decisione con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di attribuire i loro fondi alla zona edificabile.
La Corte cantonale e il Consiglio di Stato si riconfermano nelle rispettive decisioni, il Comune si limita a rinviare alle osservazioni presentate nell'ambito della citata sospensione della procedura di approvazione.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (<ref-law>), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1, 353 consid. 2 e 3.3). La legittimazione dei ricorrenti è pacifica.
1.3 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Il Tribunale federale vaglia la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale unicamente se tale censura è stata sollevata e motivata (<ref-law>). Ciò significa, che il ricorrente deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata li leda (<ref-ruling> consid. 1.4.1, 65 consid. 1.3.1). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling>).
2. 2.1 Giusta l'art. 15 cpv. 1 LPT, le zone edificabili comprendono i terreni idonei all'edificazione, già edificati in larga misura (lett. a) o prevedibilmente necessari all'edificazione e urbanizzati entro quindici anni (lett. b).
2.2 Il Consiglio di Stato non ha approvato l'estensione, rispetto al precedente piano regolatore, della zona edificabile del comparto situato in località Z._, poiché le zone edificabili proposte dal Comune sono abbondantemente sovradimensionate. Esse permettono di accogliere circa 2'017 unità insediative, di cui 1'864 abitanti, rispetto a una situazione di 1'001 unità insediative, di cui 688 abitanti, alla fine del 2003. Ciò rappresenta un incremento delle unità insediative del 100 % in generale e addirittura del 170 % se riferito agli abitanti, ossia oltre 19 volte l'aumento degli abitanti del Comune registrato negli ultimi dieci anni. La Corte cantonale, ricordato l'interesse generale a impedire la formazione di zone edificabili troppo vaste, ha confermato il diniego governativo e ha poi stabilito che questa conclusione vale anche per i fondi dei ricorrenti.
2.3 I ricorrenti neppure tentano di contestare questi accertamenti di fatto relativi alla contenibilità del nuovo piano regolatore e ancor meno di dimostrarne l'arbitrarietà. Essi sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 e art. 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3).
2.4 Secondo i ricorrenti, la motivazione principale ritenuta dalla Corte cantonale, segnatamente il sovradimensionamento delle zone edificabili e il conseguente diniego di ampliare il menzionato comparto, non potrebbe riferirsi anche ai loro fondi, già urbanizzati, poiché, vista la loro superficie, la loro inclusione non comporterebbe alcun aumento significativo della zona edificabile comunale. Sempre sotto il profilo dell'art. 15 lett. a LPT, la loro esclusione dalla zona edificabile sarebbe inoltre costitutiva di una disparità di trattamento, ritenuto che sulle particelle uuu, www e xxx già sorgerebbero abitazioni monofamiliari. Ne deducono altresì che la destinazione dei loro fondi potrebbe essere quindi soltanto abitativa, quella agricola essendo esclusa per le loro esigue dimensioni e la loro ubicazione fra costruzioni esistenti.
2.4.1 L'assunto è infondato. In effetti, la Corte cantonale ha respinto l'argomento dell'esiguità delle particelle litigiose ricordando, rettamente, che secondo la giurisprudenza anche fondi di modeste proporzioni contribuiscono a definire le zone edificabili giusta l'art. 15 LPT, per cui occorre tenerne conto sotto il profilo del loro possibile sovradimensionamento (<ref-ruling>). Manifestamente a torto i ricorrenti sostengono poi che all'attribuzione dei loro fondi alla zona edificabile non osterebbe alcun interesse pubblico, il richiamato interesse generale a impedire la formazione di zone edificabili troppo vaste essendo chiaramente dato. Rientra inoltre nell'interesse pubblico anche il mantenimento di superfici coltive idonee (art. 3 cpv. 2 lett. a LPT).
2.4.2 Il generico, appellatorio accenno ricorsuale al fatto che i due fondi, a causa delle loro dimensioni, sarebbero inadatti all'agricoltura è inammissibile. Esso sarebbe comunque infondato. La Corte cantonale ha rilevato in effetti, senza che i ricorrenti censurino minimamente questi accertamenti, che la gran parte del comprensorio in esame era attribuita secondo il previgente piano regolatore al territorio fuori dalle zone edificabili, inserito nel perimetro della zona viticola. Questo comparto è composto da prati, campi e vigneti e, a livello di pianificazione direttrice, è assegnato al territorio agricolo. Al suo interno sorgono, in ordine sparso, alcune costruzioni di diverse dimensioni e funzioni, anteriori alla pianificazione del territorio. Quest'ultimo accertamento dimostra la manifesta infondatezza dell'asserita disparità di trattamento. Ciò vale a maggior ragione, poiché in tale ambito la Corte cantonale ha rilevato che alcuni fondi siti nel comparto in questione, tra i quali il xxx richiamato dai ricorrenti sono stati anch'essi esclusi dalla zona fabbricabile nonostante fossero già edificati.
2.4.3 Secondo i giudici cantonali, il fatto che i fondi dei ricorrenti siano a contatto con alcune costruzioni, casualmente disseminate nel territorio all'epoca in cui i piani regolatori non erano ancora entrati in vigore, non basta per soddisfare il requisito di un territorio ampiamente edificato ai sensi dell'art. 15 lett. a LPT: essi fanno piuttosto parte del vastissimo territorio inedificato, che si estende a valle della ferrovia fino al fiume, costituito da spazi aperti agricoli e da fasce forestali. Per di più, come accertato nel criticato giudizio, il catasto delle idoneità agricole allestito dalla Sezione dell'agricoltura assegna al comparto in esame, compresi i fondi dei ricorrenti, un'idoneità alla viticoltura e alla campicoltura: il piano direttore designa poi questi fondi come superfici idonee all'avvicendamento delle colture (SAC), che possono essere diminuite soltanto in presenza di importanti esigenze pianificatorie, per nulla indicate dai ricorrenti.
2.4.4 Ora, i ricorrenti non si confrontano del tutto con questi accertamenti che non risultano manifestamente inesatti o eseguiti in violazione del diritto. D'altra parte, sulla base degli stessi, la Corte cantonale poteva concludere, a ragione, che il comparto litigioso non rientra nel comprensorio già edificato in larga misura ai sensi dell'art. 15 lett. a LPT (cfr., su questa nozione, <ref-ruling> consid. 4.1 e rinvii).
2.5 Con riferimento all'art. 15 lett. b LPT, ossia alle prevedibili necessità insediative nei prossimi quindici anni, i ricorrenti non criticano del tutto l'accertamento e le considerazioni dei giudici cantonali sul manifesto sovradimensionamento delle zone edificabili del Comune. Essi omettono in particolare di confrontarsi con le citate, precise argomentazioni concernenti la contenibilità del piano regolatore in relazione al tasso di crescita della popolazione. Anche su questo punto, il ricorso disattende pertanto chiaramente le esigenze di motivazione dell'<ref-law> e si rivela quindi inammissibile.
Sulla base delle descritte circostanze, la Corte cantonale ha comunque ritenuto a ragione un sovradimensionamento delle superfici edificabili. Ora, le misure idonee ad impedire la formazione di zone edificabili troppo vaste o a ridurne l'estensione sono dettate dall'interesse pubblico: zone edificabili dimensionate in modo troppo ampio non sono soltanto inappropriate, ma anche illegali (<ref-ruling> consid. 4b; DTF 1C_220/2009 del 26 aprile 2010 consid. 7 e 7.1 destinata a pubblicazione; sentenza 1C_119/2007 del 13 novembre 2008 consid. 3.2.3, in: ZBl 110/2009 pag. 315 segg.).
2.6 Infine, limitandosi ad addurre l'urbanizzazione dei due fondi, i ricorrenti non si confrontano con l'argomento posto a fondamento del giudizio impugnato, basato sulla giurisprudenza (<ref-ruling> consid. 6a; <ref-ruling> consid. 3g), secondo cui questa circostanza non è decisiva e non conferisce un diritto all'attribuzione delle particelle alla zona edificabile. Anche questo accenno di critica è quindi inammissibile per carenza di motivazione.
3. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Municipio di Y._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.