Sachverhalt:
A. Am 5. Juli 2005 schloss A._ (Beschwerdeführer) mit der X._ AG (Beschwerdegegnerin) einen Mietvertrag ab, durch welchen der Beschwerdegegnerin das Recht auf Nutzung des Schrägdachs sowie der Innenräume zur Erstellung und zum Betrieb einer Fernmeldeanlage eingeräumt wurde.
B. B.a Mit Eingabe vom 10. Juni 2011 ersuchte die Beschwerdegegnerin beim Bezirksgericht Kreuzlingen um Rechtsschutz in klaren Fällen zur Durchsetzung von Forderungen aus diesem Mietvertrag. Der damals nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführer nahm dazu mit Eingabe vom 8. Juli 2011 Stellung und vermerkte gleichzeitig, nachdem er sich im Zusammenhang mit dem Fristenlauf beim Bezirksgericht erkundigt hatte, mit fett gedruckter Schrift und gelber Markierung, dass er vom 15. Juli bis zum 5. August 2011 in den Ferien weile.
Mit Entscheid vom 14. Juli 2011 hiess das Bezirksgericht das Rechtsschutzgesuch gut. Das Urteil wurde am 18. Juli 2011 - somit während der Ferienabwesenheit des Beschwerdeführers - versandt, woraufhin es am 19. Juli 2011 beim Postamt Kreuzlingen einging und von der Post gemäss dem Auftrag des Beschwerdeführers bis zu seiner Heimkehr zurückbehalten wurde. Am 5. August 2011 nahm der Beschwerdeführer den bezirksgerichtlichen Entscheid in Empfang.
B.b Mit Schreiben vom 8. August 2011 stellte der Beschwerdeführer beim Obergericht des Kantons Thurgau ein Begehren um Erstreckung bzw. Wiederherstellung der Berufungsfrist. Das Obergericht nahm dieses Schreiben als Berufung gegen den bezirksgerichtlichen Entscheid vom 14. Juli 2011 entgegen. Mit Entscheid vom 14. September 2011 trat das Obergericht auf die Berufung wegen verpasster Rechtsmittelfrist nicht ein und wies die Eingabe ab, soweit diese als Wiederherstellungsgesuch zu verstehen war.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 14. September 2011 aufzuheben und die Sache zur Wiederherstellung der Frist und zur materiellen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Präsidialverfügung vom 21. November 2011 stellte das Bundesgericht fest, dass der Beschwerde von Gesetzes wegen keine aufschiebende Wirkung zukommt und sah von einer Anordnung der aufschiebenden Wirkung ab.

Erwägungen:
1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; <ref-ruling> E. 1 S. 216).
Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 60'175.--, womit der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert erreicht ist (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer reicht dem Bundesgericht neu je einen Beleg für seinen Aufenthalt in Thailand sowie für das Telefonat mit dem Bezirksgericht Kreuzlingen ein. Es ist nicht ersichtlich, warum der Beschwerdeführer diese Belege nicht bereits im obergerichtlichen Verfahren eingereicht hat, zumal es bereits in diesem Verfahren um die Frage der Fristwahrung ging. Diese Beweismittel sind daher unbeachtlich.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz sei zu Unrecht nicht auf seine Berufung eingetreten und wirft ihr eine unrichtige Anwendung von <ref-law>, überspitzten Formalismus und eine Verletzung des verfassungsmässig garantierten Vertrauensschutzes vor.
2.2 Die Vorinstanz stellte fest, dass der Entscheid des Bezirksgerichts Kreuzlingen vom 14. Juli 2011 am 19. Juli 2011 beim Postamt eintraf und gestützt auf den Auftrag des Beschwerdeführers zurückbehalten wurde. Die siebentägige Abholfrist gemäss <ref-law> sei somit am 26. Juli 2011 abgelaufen, so dass die zehntägige Berufungsfrist nach <ref-law> am darauffolgenden Tag begonnen habe und dementsprechend am 5. August 2011 abgelaufen sei. Da der Beschwerdeführer innerhalb dieser Frist keine Berufungsschrift zuhanden des Obergerichts aufgegeben habe, sei die Rechtsmittelfrist verpasst. Die Vorinstanz erwog zudem, dass der Hinweis des Beschwerdeführers auf seine Ferienabwesenheit ("Ich weile vom 15. Juli 2011 bis 5. August 2011 in den Sommerferien") ganz am Ende seiner Gesuchsantwort vom 8. Juli 2011 an das Bezirksgericht Kreuzlingen leicht übersehen und daraus nicht geschlossen werden könne, dass der Beschwerdeführer um Verschiebung der Zustellung des Gerichtsentscheids ersucht habe.
Der Ort der Anbringung dieses Hinweises ganz am Ende der Eingabe sei missglückt gewesen; daran habe auch nichts geändert, dass der Beschwerdeführer den Hinweis mit fett gedruckter Schrift und gelber Markierung angebracht habe. Der Hinweis hätte gemäss den Erwägungen der Vorinstanz zu Beginn der Gesuchsantwort stehen sollen, korrekterweise verbunden mit einem prozessualen Antrag auf Verschiebung der Zustellung. Von der dem Beschwerdeführer erteilten Auskunft durch das Bezirksgericht, wonach der Ferienhinweis in der Gesuchsantwort angebracht werden solle, habe die Gerichtsvorsitzende keine Kenntnis haben können, da tagtäglich zahlreiche allgemeine Anfragen und Auskünfte auf der Gerichtskanzlei eingehen würden. Daher wäre der Hinweis an korrekter Stelle umso eher geboten gewesen, denn die nicht "vorgängig sensibilisierte" Gerichtsvorsitzende hätte ganz am Schluss der Eingabe nicht mehr damit rechnen müssen, auf einen solchen Hinweis zu stossen.
Entsprechend habe der Beschwerdeführer mit der Zustellung des Entscheids des Bezirksgerichts Kreuzlingen rechnen müssen (<ref-law>), womit die Zustellfiktion am siebten Tag nach erfolglosem Zustellungsversuch eingetreten sei. Daher könne auf seine Berufung wegen verpasster Rechtsmittelfrist nicht eingetreten werden. Zudem würde den Beschwerdeführer mehr als ein leichtes Verschulden treffen, weshalb auch eine Wiederherstellung der Berufungsfrist gemäss <ref-law> ausser Betracht falle.
2.3 Der Beschwerdeführer sieht eine Verletzung von <ref-law> darin, dass er entgegen der Ansicht der Vorinstanz gerade nicht mit der Zustellung eines fristauslösenden Entscheids während seiner Ferienabwesenheit habe rechnen müssen. Im Hinblick auf seine dreiwöchige Ferienabwesenheit habe er am 1. Juli 2011 die für seinen Fall zuständige Einzelrichterin persönlich angerufen, um sich über den Ablauf des Verfahrens und allfällige Fristen zu informieren. Diese habe ihm daraufhin empfohlen, den Zeitpunkt seiner Abwesenheit in der Klageantwort zu vermerken, um eine Zustellung des Entscheids während dieser Zeit zu verhindern.
2.4 Nach <ref-law> ist die Zustellung von Vorladungen, Verfügungen und Entscheiden erfolgt, wenn die Sendung von der Adressatin oder vom Adressaten oder von einer angestellten oder im gleichen Haushalt lebenden, mindestens sechzehn Jahre alten Person entgegengenommen wurde. Wird jedoch der Empfänger einer eingeschriebenen Briefpostsendung oder Gerichtsurkunde nicht angetroffen und wird daher eine Abholeinladung in seinen Briefkasten oder in sein Postfach gelegt, so wird die Sendung in jenem Zeitpunkt als zugestellt betrachtet, in dem sie auf der Poststelle abgeholt wird. Wird die Sendung innert der Abholfrist von sieben Tagen nicht abgeholt, tritt an Stelle der Zustellung die Zustellfiktion gemäss <ref-law>. Die Zustellung gilt somit am siebten Tag nach dem erfolglosen Zustellungsversuch als erfolgt, sofern die Person mit einer Zustellung rechnen musste. Die Tatbestände, die der Gesetzgeber in der zitierten Vorschrift der neuen Schweizerischen Zivilprozessordnung niedergelegt hat, entsprechen der Rechtsprechung (Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, BBl 2006 7307 Ziff. 5.9.2). Die Zustellfiktion gilt auch dann, wenn gegenüber der Post für eine gewisse Dauer ein Zurückbehaltungsauftrag erteilt wurde (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 52).
2.4.1 Mit einer Zustellung ist insbesondere in einem hängigen Verfahren zu rechnen, also während eines bestehenden Prozessrechtsverhältnisses. Dieses verpflichtet die Parteien, sich nach Treu und Glauben zu verhalten, d.h. unter anderem dafür zu sorgen, dass ihnen Entscheide, welche das Verfahren betreffen, zugestellt werden können. Diese prozessuale Pflicht entsteht mit der Begründung eines Verfahrensverhältnisses und gilt insoweit, als während des hängigen Verfahrens mit einer gewissen Wahrscheinlichkeit mit der Zustellung eines behördlichen Aktes gerechnet werden muss (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 399 mit Hinweisen).
Im zu beurteilenden Fall musste der Beschwerdeführer aufgrund des bestehenden Prozessrechtsverhältnis grundsätzlich mit der Zustellung des Entscheids des Bezirksgerichts Kreuzlingen rechnen. Das Verfahren um Rechtsschutz in klaren Fällen (<ref-law>) ist ein summarisches Verfahren, welches der klagenden Partei bei klarer Rechts- und Sachlage erlaubt, möglichst rasch zu einem Entscheid zu kommen. Die Schnelligkeit ist somit ein typisches Merkmal dieses Verfahrens (BBl 2006 7349 ff. Ziff. 5.17 f.).
2.4.2 Im Vorfeld seiner dreiwöchigen Abwesenheit hat sich der nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführer als juristischer Laie beim Bezirksgericht erkundigt, was vorzunehmen sei, um eine Zustellung während dieser Zeit zu verhindern. Er bringt diesbezüglich vor, persönlich mit der Einzelrichterin telefoniert zu haben, welche ihm empfohlen habe, einen Vermerk in seiner Gesuchsantwort anzubringen. Aus dem angefochtenen Entscheid ist ersichtlich, dass ein solcher Anruf beim Bezirksgericht tatsächlich erfolgt ist, wenn auch nicht mit Sicherheit feststeht, mit wem genau der Beschwerdeführer telefoniert hat. Fest steht, dass der Beschwerdeführer gestützt auf diese behördliche Auskunft den Hinweis in seine Gesuchsantwort aufgenommen hat.
Aus dem angefochtenen Entscheid geht hervor, dass die Gerichte auf fristauslösende Zustellungen verzichten, wenn Parteien in einem hängigen Verfahren auf ihre Ferienabwesenheit hinweisen und um Verschiebung des Versands ersuchen. Insofern dürfe eine Partei ohne gegenteiligen Bescheid seitens des Gerichts davon ausgehen, dass dem gestellten Gesuch entsprochen werde und sie folglich während der Ferienabwesenheit nicht mit einer fristauslösenden Zustellung rechnen müsse. Obwohl der Beschwerdeführer in seiner Gesuchsantwort an das Bezirksgericht Kreuzlingen vom 8. Juli 2011 auf seine Ferienabwesenheit hingewiesen habe, sei diese Mitteilung jedoch nicht gehörig erbracht worden, weshalb sich der Beschwerdeführer nicht darauf berufen könne.
Der Erwägung der Vorinstanz, wonach der Ferienhinweis des Beschwerdeführers zu Beginn seiner Gesuchsantwort hätte angebracht werden sollen, versehen mit einem "prozessualen Antrag auf Verschiebung der Spedition" kann nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführer den Hinweis auf seine Ferienabwesenheit vom 15. Juli bis zum 5. August 2011 am Ende seiner Gesuchsantwort mit fett gedruckter Schrift verfasst und zudem mit gelber Markierung hervorgehoben hat. Selbst ein unaufmerksamer und unsorgfältiger Leser hätte diesen Hinweis nicht übersehen können. Es kann von einer nicht anwaltlich vertretenen Partei nicht verlangt werden, einen solchen Hinweis zu Beginn der Rechtsschrift anzubringen und mit einem formellen Antrag auf Verschiebung der Zustellung zu versehen. Die Gerichte sind gehalten, keine überspannten Anforderungen an die Rechtsschriften zu stellen, die dem Bürger den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperren. Der Beschwerdeführer hat dem Bezirksgericht seine Ferienabwesenheit somit hinreichend und gehörig mitgeteilt. Wie die Vorinstanz unter Hinweis auf die Lehre zu Recht anerkennt, hätte sie dieser Mitteilung aus Kulanz Rechnung tragen und den Versand der fristauslösenden Mitteilung verschieben sollen.
2.4.3 Aus den vorinstanzlichen Feststellungen geht hervor, dass der Beschwerdeführer den Ferienhinweis gestützt auf eine behördliche Auskunft seitens des Bezirksgerichts in seine Gesuchsantwort aufgenommen hat. Der Grundsatz von Treu und Glauben schützt den Bürger in seinem berechtigten Vertrauen auf behördliches Verhalten. Nach dem verfassungsmässigen Recht auf Vertrauensschutz (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>) durfte der Beschwerdeführer in guten Treuen davon ausgehen, dass das Bezirksgericht ihm den fristauslösenden Entscheid nicht während seiner Ferienabwesenheit zustellen wird.
2.5 Der Beschwerdeführer musste demnach während seiner angekündigten Ferienabwesenheit bis zum 5. August 2011 nicht mit einer Zustellung des Entscheids rechnen. Entsprechend ist die Vorinstanz zu Unrecht gestützt auf <ref-law> davon ausgegangen, die 10-tägige Berufungsfrist (<ref-law>) habe am 27. Juli 2011 begonnen und sei am 5. August 2011 abgelaufen.
Nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid hat der Beschwerdeführer den Entscheid am 5. August 2011 bei seiner Ferienrückkehr bei der Poststelle abgeholt. Nachdem ein früherer auf die Zustellfiktion gestützter Fristbeginn ausser Betracht fällt, begann die 10-tägige Berufungsfrist gemäss <ref-law> am 6. August 2011 zu laufen. Innert dieser Frist, nämlich am 8. bzw. am 15. August 2011, hat der Beschwerdeführer dem Obergericht seine erste Eingabe sowie eine umfassende Berufungsschrift mit Begründung und Anträgen eingereicht, auf welche die Vorinstanz zu Unrecht wegen angeblich verpasster Rechtsmittelfrist nicht eingetreten ist.
3. Demnach erweist sich die Beschwerde als begründet. Der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 14. September 2011 ist in Gutheissung der Beschwerde aufzuheben und die Sache gestützt auf <ref-law> zur materiellen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat dem obsiegenden Beschwerdeführer eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 14. September 2011 wird aufgehoben und die Sache zur materiellen Entscheidung an die Vorinstanz zurückge-wiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundes-gerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Februar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze