Faits:
A. A.a La Caisse de prévoyance Y._ avait remis à bail à la société A._ SA, fondée en janvier 1994, des locaux dans lesquels cette société exploitait un café-restaurant.
Dès 1995, A._ SA a essuyé des pertes importantes. Les créanciers actionnaires de la société ont signé des conventions de postposition de créances pour un montant total de 668'015 fr. 65 au mois de janvier et de juin 1996, puis pour un montant supplémentaire de 1'274'139 fr. 85 au mois de janvier 1997, et enfin pour un nouveau montant de 2'355'660 fr. 61 au mois de mai 1998.
A.b Le 30 juin 1998, le café-restaurant exploité par A._ SA a fermé définitivement, tous les employés ayant été licenciés pour cette date. La faillite de A._ SA, requise le 12 octobre 1998 par son conseil d'administration, a été prononcée le 24 novembre 1998 et liquidée en la forme sommaire. Depuis 1994, B._ était inscrit au Registre du commerce comme administrateur unique et X._ SA (ci-après : X._) comme réviseur.
L'état de collocation, déposé le 28 juillet 1999, faisait état de dettes s'élevant à 2'020'448 fr. 95. À teneur de ce document, la Banque C._ avait une créance de 2'139'061 fr. 70 contre la société; la banque a toutefois retiré ses créances produites ensuite de leur rachat le 23 avril 1999 par D._, qui a alors été inscrit à l'état de collocation en qualité de créancier pour un montant de 600'000 fr. Une créance de la Caisse de prévoyance Y._ pour des arriérés de loyer a également été admise à hauteur de 335'116 fr.; ayant obtenu la réalisation à son profit du mobilier inventorié dans ses locaux, pour un montant net de 91'192 fr. 80, la Caisse de prévoyance Y._ s'est vu délivrer un acte de défaut de biens pour 243'923 fr. 20.
B. B.a Le 6 août 2001, la Caisse de prévoyance Y._, qui avait obtenu la cession (<ref-law>) d'une prétention de 1'920'000 fr. inventoriée par l'administration de la faillite à l'encontre de B._, de D._ et de X._ au titre de leur responsabilité en qualité d'organes de la société faillie, a assigné ceux-ci devant le Tribunal de première instance du canton de Genève en paiement de 243'923 fr. 20 plus intérêts légaux dès le 1er mai 1998.
B.b Le Tribunal de première instance a ordonné une expertise comptable. Dans son rapport, l'expert a conclu que les comptes annuels des exercices 1994 à 1997 n'avaient pas été établis conformément aux règles applicables, relevant en particulier l'absence de comptabilisation des amortissements économiquement nécessaires ainsi que l'absence de constitution de provisions pour litiges et pour d'autres risques et charges. Il a considéré qu'en comptabilisant les amortissements et provisions nécessaires, la situation réelle de A._ SA, estimée à sa valeur d'exploitation, se serait présentée comme suit :
Exercice Résultat Résultat cumulé Postpositions Découvert*
1994 -138'783.00 -138'783.00 312'600.00 0
1995 -1'072'503.90 -1'211'287.40 667'985.65 -443'301.75
1996 -1'006'024.45 -2'217'311.85 1'274'139.85 -843'172.00
1997 -1'036'891.24 -3'254'203.09 2'355'660.61 -798'542.48
1998** -1'676'194.88 -4'930'397.97 2'559'896.53 -2'270'501.44
* Fonds propres non couverts par les postpositions ** 31.08.1998
Selon l'expert, si les comptes annuels avaient été établis selon les règles, le surendettement manifeste de la société serait apparu dès le dépôt du rapport de révision sur les comptes annuels de l'exercice 1995, soit dès le 7 novembre 1996. Si X._ avait tiré les conséquences des réserves qu'elle formulait sur la non-comptabilisation des amortissements et des provisions, elle aurait pu se rendre compte de cette situation dès cette date et intimer l'ordre au conseil d'administration d'avertir le juge.
B.c Par jugement du 10 novembre 2005, le Tribunal de première instance a condamné B._ et X._, pris conjointement et solidairement, à payer à la Caisse de prévoyance Y._ la somme de 243'923 fr. 20 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er mai 1998, avec suite de dépens.
Statuant sur appel de X._, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé avec suite de dépens le jugement de première instance par arrêt du 15 décembre 2006.
C. C.a Par arrêt du 25 mai 2007 (4C.58/2007), le Tribunal fédéral, admettant partiellement le recours en réforme interjeté par X._ contre l'arrêt de la Cour de justice du 15 décembre 2006, a annulé cet arrêt et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour complètement de l'état de fait et nouvelle décision dans le sens des considérants.
C.b Le Tribunal fédéral a exposé que pour déterminer le dommage que les organes avaient causé à la société en tardant de manière fautive à aviser le juge selon les art. 725 al. 2 et 729b al. 2 CO, il y avait lieu de comparer, conformément à la théorie de la différence, le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant qu'aurait ce même patrimoine si l'événement dommageable ne s'était pas produit. Le dommage de la société consistait ainsi dans l'augmentation du découvert entre le moment où la faillite aurait été prononcée si l'organe recherché n'avait pas manqué à ses devoirs et le moment où elle avait effectivement été prononcée.
Dans ce contexte, seule la valeur de liquidation des biens entrait en ligne de compte, puisque l'ouverture de la faillite entraînait la dissolution de la société (<ref-law>) et sa liquidation en conformité des règles de la faillite (<ref-law>). La valeur de liquidation était ainsi déterminante non seulement pour fixer le montant du découvert à la date où la faillite avait effectivement été prononcée, mais également pour fixer le montant du découvert à la date où la faillite aurait été prononcée si l'organe recherché n'avait pas manqué à ses devoirs. Il n'était pas possible d'estimer les biens à leur valeur d'exploitation à la première date et à leur valeur de liquidation à la seconde. Une telle manière de procéder aboutissait à augmenter artificiellement le montant du dommage à concurrence de la différence entre la valeur de liquidation et la valeur d'exploitation - dans la mesure où celle-ci était en règle générale plus élevée - à la première date considérée.
C.c Or le Tribunal fédéral a constaté qu'en l'espèce, la Cour de justice avait évalué le dommage subi par la société à 1'427'329 fr. 44 en comparant le découvert de la société - après déduction des créances postposées - au 31 décembre 1996 (843'172 fr.) avec celui au 31 août 1998 (2'270'501 fr. 44). Or le premier montant avait été déterminé sur la base de la valeur d'exploitation, tandis que le second l'avait été sur la base de la valeur de liquidation, ce qui procédait d'une fausse application de la théorie de la différence. Le Tribunal fédéral a dès lors annulé l'arrêt attaqué et renvoyé l'affaire à l'autorité cantonale afin que celle-ci procède, dans les limites permises par les règles cantonales de procédure applicables, aux constatations de fait nécessaires pour que le dommage puisse être évalué correctement, c'est-à-dire sur la base de la valeur de liquidation tant au 31 décembre 1996 qu'au 31 août 1996, les dates n'étant pas contestées.
C.d Le Tribunal fédéral a par ailleurs exposé qu'il ne fallait pas se fonder, pour calculer le dommage subi par la société, sur les seules dettes sociales envers les tiers, mais sur l'ensemble des fonds étrangers inscrits au passif du bilan de la société, y compris les créances postposées des actionnaires. En effet, la postposition de créance ne constituait pas un abandon de créance et n'éliminait pas le surendettement; la créance postposée continuait d'exister en tant que passif de la société et le créancier obtiendrait un acte de défaut de biens dans la faillite (arrêt 4C.58/2007 du 25 mai 2007, consid. 4.3).
D. Statuant à nouveau par arrêt du 19 septembre 2008, la Cour de justice a derechef confirmé avec suite de dépens le jugement de première instance. La motivation de cet arrêt sera résumée plus loin (cf. consid. 2 infra) dans la mesure utile à l'examen du recours.
E. Agissant par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, X._ conclut, avec suite des frais et dépens des instances cantonales, à la réforme de cet arrêt en ce sens que la demanderesse est déboutée de toutes ses conclusions.
La demanderesse conclut avec suite de dépens au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie défenderesse qui a succombé dans ses conclusions en libération prises devant l'autorité précédente et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1), le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Portant sur une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est donc en principe recevable, puisqu'il a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prévues par la loi (<ref-law>).
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Sous réserve de l'exception prévue par l'<ref-law> pour la violation de droits fondamentaux ou de dispositions de droit cantonal et intercantonal (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1.2 et la jurisprudence citée).
2. À l'appui de sa décision présentement attaquée, la Cour de justice a exposé en substance ce qui suit :
2.1 Les chiffres retenus par l'expert en ce qui concerne l'évolution du découvert de la société (cf. lettre B.b supra) l'ont été sur la base des comptes de liquidation pour l'exercice au 31 août 1998 et sur la base des comptes d'exploitation pour les exercices antérieurs, ce qu'a précisément critiqué le Tribunal fédéral. Les chiffres de l'exercice 1998 ont été retenus par l'expert sur la base des comptes intermédiaires de liquidation établis par X._, qui font état de produits à concurrence de 358'889 fr. 36 et de charges à concurrence de 788'854 fr. 54, soit une perte de 429'965 fr. 18; à cette perte, X._ a ajouté une charge extraordinaire, au titre de provision sur valeurs de l'actif, à hauteur de 2'608'652 fr. 70, portant ainsi la perte totale de l'exercice à 3'038'617 fr. 88 (arrêt attaqué, lettre E p. 6).
2.2 Après le renvoi de la cause à la Cour, la demanderesse a conclu à ce qu'une contre-expertise soit ordonnée. La Cour a requis l'expert de compléter son rapport, pour tenir compte des critiques formulées par le Tribunal fédéral et en particulier pour établir les comptes de liquidation au 31 décembre 1996. L'expert a alors complété le tableau annexé à son expertise pour l'exercice 1996. Lors de sa comparution le 8 avril 2008, il a expliqué à la Cour qu'il avait pour ce faire pris en compte pour l'exercice 1996, à l'instar de ce qu'il avait déjà fait dans le cadre de son expertise pour l'exercice au 31 août 1998, l'amortissement extraordinaire de 2'608'652 fr. 70 « qui avait été calculé par X._ d'une manière sur laquelle [il ne pouvait pas se] prononcer car [il n'avait] pas de détail »; il a cependant ajouté que « sur le plan comptable, quel que soit le montant auquel cet amortissement extraordinaire est évalué, et pour autant qu'il soit repris pour chaque exercice sans modification, on constatera qu'il y a de toute façon une diminution du découvert entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998 » (arrêt attaqué, lettre F p. 6).
2.3 Le problème restant à examiner, au vu de l'arrêt de renvoi - soit l'évolution du découvert de la société entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998, selon des comptes de liquidation - requérait le cas échéant un apport de pièces et un avis d'expert. Les parties admettent qu'une détermination plus précise de la nature et de la valeur des biens sociaux n'est pas possible et qu'il convient de se référer aux seules pièces figurant actuellement au dossier pour résoudre cette question. D'autre part, la Cour, dans un souci d'économie de procédure, n'a pas ordonné de contre-expertise, mais a sollicité l'expert précédemment mandaté de bien vouloir compléter son rapport. À l'issue de ce complément d'instruction, la demanderesse n'a pas repris ses conclusions tendant à une contre-expertise, se référant aux compléments apportés par le premier expert, si bien qu'il y a lieu de statuer en l'état du dossier (arrêt attaqué, consid. 4 p. 8).
2.4 La composition des actifs mobiliers et immatériels de la société est connue; ceux-ci ont été inventoriés et chiffrés par l'expert, qui en a aussi calculé l'amortissement de manière précise et il n'y a pas lieu de revenir sur ce constat. Cela étant, l'expert a fourni des données complémentaires en vue de permettre la détermination du découvert de la société au 31 décembre 1996 sur la base d'une estimation des biens à leur valeur de liquidation. Pour ce faire, il n'a pas repris la valeur des actifs telle qu'il l'avait précédemment établie, mais s'est fondé sur l'estimation opérée par X._ un an et demi plus tard, soit au 31 août 1998, estimation que X._ qualifie de purement comptable. Il parvient ainsi au constat selon lequel, quelle que soit l'estimation prise en considération, et pour autant qu'elle soit reprise de manière identique pour les deux exercices concernés, le découvert de la société n'a en aucun cas augmenté entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998 (cf. consid. 2.2 supra).
Si ce constat n'est pas critiquable sur le plan mathématique, il n'en demeure pas moins qu'il repose sur une prémisse non vérifiable et, surtout, qu'il fait totale abstraction de la diminution de valeur des actifs concernés. X._ conteste à tort une telle dévaluation, qui résulte de l'usage des objets concernés et en tout cas de l'écoulement du temps. Il se justifie au contraire de reprendre le calcul auquel l'expert s'était livré, dont il résulte un amortissement annuel global de l'ordre de 380'000 fr. pour la seule année 1997. Partant, et en l'absence d'autres paramètres qui venait assainir la situation de la société, le découvert de la société a en tous cas augmenté entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998 à concurrence du montant précité, ce qui justifie l'admission des conclusions de la demanderesse (arrêt attaqué, consid. 4 p. 8-9).
3. 3.1 La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir établi les faits de manière arbitraire en s'écartant des conclusions de l'expert selon lesquelles le découvert de la société, déterminé en prenant en compte les valeurs de liquidation, n'avait pas augmenté entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998 (cf. consid. 2.4 supra). Elle soutient que les juges cantonaux ne pouvaient pas, sans tomber dans l'arbitraire, prendre en compte une prétendue dépréciation des actifs en valeur de liquidation entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998 en se fondant sur un amortissement théorique basé sur les valeurs d'exploitation, l'expert ayant considéré avec justesse que dès l'instant où la valeur de liquidation devait être prise en compte, celle-ci n'était pas différente le 31 décembre 1996 que le 31 août 1998. La recourante fait en outre valoir que rien ne permettrait de considérer que les actifs de la société, qui ont été vendus pour moins de 100'000 fr. dans le cadre de la faillite (arrêt attaqué, p. 8), auraient été mieux vendus vingt mois plus tôt; l'usure et l'écoulement du temps n'auraient plus aucune influence sur la valeur d'actifs partant en liquidation.
Selon la recourante, les juges cantonaux auraient dû constater que l'intimée - qui n'avait pas repris ses conclusions tendant à une contre-expertise, se référant aux compléments apportés par le premier expert (cf. consid. 2.3 supra) - avait failli dans l'apport de la preuve du dommage. En effet, il ressort du tableau déposé par l'expert à l'appui de sa déposition orale du 8 avril 2008 devant la Cour de justice que le découvert de la société, déterminé en prenant en compte les valeurs de liquidation, n'avait pas augmenté entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998, puisqu'il s'élevait à 2'515'575 fr. à la première date et à 2'270'501 fr. 44 à la seconde. Sur le vu de ce tableau, les juges cantonaux auraient dû, selon la recourante, se contenter de constater l'absence de tout dommage et débouter l'intimée de toutes ses conclusions. En ne le faisant pas, ils auraient violé l'<ref-law> et fait une fausse application de la théorie de la différence.
3.2 L'intimée fait valoir en premier lieu que, conformément à l'arrêt du Tribunal fédéral du 25 mai 2007, les créances postposées devaient être prises en considération dans le calcul du dommage causé à la société. Or il résulte du tableau complété par l'expert après le renvoi de la cause à la Cour de justice que le découvert de la société, déterminé en prenant en compte les valeurs de liquidation et sans en déduire les créances postposées, est passé de 3'789'714 fr. 85 au 31 décembre 1996 à 4'830'397 fr. 97 au 31 août 1998, de sorte que le dommage causé à la société, correspondant à l'augmentation du surendettement entre ces deux dates, s'élèverait à 1'040'683 fr. 12 et serait ainsi largement supérieur aux conclusions de la demande. Selon l'intimée, l'appréciation de l'expert indiquant une diminution du découvert entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998 se fonde sur le présupposé erroné que les créances postposées devraient être déduites pour calculer le dommage; cette appréciation ne pourrait pas être suivie dès lors qu'elle est contraire aux principes fixés par le Tribunal fédéral dans son arrêt du 25 mai 2007.
L'intimée soutient encore que même si l'on estimait, à tort, que les créances postposées réduisent effectivement le surendettement de la société et doivent donc être déduites du découvert, le découvert de la société aux valeurs de liquidation à la date du 31 décembre 1996 ne saurait être évalué en reportant simplement, sans modification aucune, l'amortissement extraordinaire de 2'608'652 fr. qui avait été appliqué par X._ au 31 août 1998. Selon elle, un tel procédé aurait pour effet de sous-évaluer arbitrairement les actifs au 31 décembre 1996 et donc d'accroître artificiellement le montant du découvert de la société à cette même date.
4. 4.1 L'expert judiciaire a pour tâche d'informer le juge sur des règles d'expérience ou sur des notions relevant de son domaine d'expertise, d'élucider pour le tribunal des questions de fait dont la vérification et l'appréciation exigent des connaissances spéciales - scientifiques, techniques ou professionnelles - ou de tirer, sur la base de ces connaissances, des conclusions sur des faits existants; il est l'auxiliaire du juge, dont il complète les connaissances par son savoir de spécialiste (<ref-ruling> consid. 1c et les références citées).
Le juge n'est en principe pas lié par les conclusions d'une expertise judiciaire; toutefois, s'il entend s'en écarter, il doit motiver sa décision et ne saurait sans motifs sérieux substituer son opinion à celle de l'expert (<ref-ruling> consid. 8a p. 274; <ref-ruling> consid. 1c; <ref-ruling> consid. 5; <ref-ruling> consid. 7b; <ref-ruling> consid. 3a et les références citées; voir aussi <ref-ruling> consid. 3b/bb; <ref-ruling> consid. 1c p. 161). Cela étant, ce n'est pas à l'expert, mais bien au juge qu'il incombe de résoudre les questions juridiques qui se posent dans le complexe de faits faisant l'objet de l'expertise (<ref-ruling> consid. 1c; <ref-ruling> consid. II/1a p. 201; <ref-ruling> consid. 3d p. 75 en bas).
4.2 En l'espèce, le Tribunal fédéral a exposé dans son arrêt de renvoi du 25 mai 2007 les principes applicables au calcul du dommage. Il a ainsi rappelé que le dommage dont répondait éventuellement l'organe de révision en vertu de l'<ref-law> consistait dans l'augmentation du découvert entre le moment où la faillite aurait été prononcée si l'organe de révision n'avait pas manqué à ses devoirs et le moment où elle avait effectivement été prononcée; ce dommage devait être calculé en évaluant les actifs de la société à leur valeur de liquidation aux deux dates déterminantes, en l'occurrence au 31 décembre 1996 et 31 août 1998 (cf. lettre C.b supra).
Le Tribunal fédéral a par ailleurs considéré que dans ce calcul du dommage subi par la société, il fallait tenir compte de l'ensemble des fonds étrangers inscrits au passif du bilan de la société, y compris les créances postposées des actionnaires; en effet, la postposition de créance ne constituait pas un abandon de créance et n'éliminait pas le surendettement; la créance postposée continuait d'exister en tant que passif de la société et le créancier obtiendrait un acte de défaut de biens dans la faillite (cf. lettre C.d supra).
Le Tribunal fédéral a par ailleurs considéré que dans ce calcul du dommage subi par la société, il fallait tenir compte de l'ensemble des fonds étrangers inscrits au passif du bilan de la société, y compris les créances postposées des actionnaires; en effet, la postposition de créance ne constituait pas un abandon de créance et n'éliminait pas le surendettement; la créance postposée continuait d'exister en tant que passif de la société et le créancier obtiendrait un acte de défaut de biens dans la faillite (cf. lettre C.d supra).
4.3 4.3.1 Se référant à un commentaire critique de l'arrêt 4C.58/2007 du 25 mai 2007 sous la plume d'ALAIN HIRSCH (Responsabilité de l'organe de révision - portée d'une « postposition de créance » pour l'évaluation du dommage, in RSDA 2007 p. 412-414), la recourante soutient que dans le cadre de l'action de la communauté des créanciers pour la créance que la société pouvait faire valoir contre l'organe responsable, on ne devrait pas tenir compte du dommage subi par les créanciers postposés, dès lors que ceux-ci ont consenti à ce dommage en acceptant la postposition de leurs créances. Le même raisonnement vaudrait pour la société elle-même, qui, si elle a certes subi une perte pendant la période déterminante pour le calcul du dommage, aurait accepté cette perte dans l'espoir d'un redressement et ne pourrait donc pas invoquer un dommage auquel elle a valablement consenti. Par ailleurs, si une postposition de créance n'a certes pas juridiquement les mêmes effets qu'un abandon de créance, le fait que les actionnaires n'aient pas produit leurs créances postposées dans la faillite pourrait implicitement être considéré comme un abandon de créance.
4.3.2 Ces arguments sont dénués de pertinence. En effet, selon la jurisprudence, lorsque la société tombe en faillite, la créance que celle-ci pouvait faire valoir contre l'organe responsable est remplacée par une créance de la communauté des créanciers (<ref-ruling> consid. 3.2.2; <ref-ruling> consid. 1b/ee p. 439). Le créancier qui a obtenu la cession des droits de la masse contre l'organe responsable en application de l'<ref-law> peut réclamer la réparation de tout le dommage causé directement à la société et indirectement aux créanciers de celle-ci; faisant valoir les droits de la communauté des créanciers, il ne peut se voir opposer ni des exceptions personnelles, par exemple le fait qu'il aurait contribué ou consenti à la survenance du dommage, ni des exceptions concernant la société, par exemple le fait que celle-ci aurait consenti aux actes dommageables de ses organes (ATF <ref-ruling> consid. 1b/ff et gg p. 440 et les références citées). En l'espèce, la recourante ne peut donc pas opposer à l'intimée, qui exerce l'action de la communauté des créanciers sur la base d'un mandat procédural (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.2 et les arrêts cités), le fait que les créanciers postposés respectivement la société faillie auraient consenti au dommage.
Quant au fait que les créances postposées n'aient ultérieurement pas été produites dans la faillite, il est dépourvu d'incidence sur le calcul du dommage subi directement par la société et indirectement par les créanciers de celle-ci. En effet, ce dommage consiste dans l'augmentation du découvert entre le moment où la faillite aurait été prononcée si la recourante n'avait pas manqué à ses devoirs et le moment où elle a effectivement été prononcée, soit entre le 31 décembre 1996 et le 31 août 1998.
4.4 Cela étant, la seule question qui reste litigieuse est celle de savoir si l'intimée a établi, sur le vu des chiffres résultant de l'expertise judiciaire et des compléments que l'expert y a apportés après le renvoi de la cause en instance cantonale, que le dommage pour lequel elle exerce l'action de la communauté des créanciers est au moins équivalent aux conclusions prises, par 243'923 fr. 20 plus intérêts. Pour résoudre cette question, il faut comparer l'état du patrimoine de la société aux dates déterminantes des 31 décembre 1996 et 31 août 1998, en estimant les biens à leur valeur de liquidation et en prenant en considération l'ensemble des fonds étrangers inscrits au passif du bilan de la société, y compris les créances postposées des actionnaires.
4.4.1 Il résulte du tableau produit par l'expert lors de sa comparution le 8 avril 2008 devant la Cour de justice - tableau qu'il a modifié, par rapport à celui figurant en annexe à son rapport d'expertise, en reportant dans l'exercice 1996 un amortissement extraordinaire de même montant que celui qu'il avait précédemment pris en compte dans l'exercice au 31 août 1998, cela pour tenir compte de la nécessité d'estimer les biens à leur valeur de liquidation tant au 31 décembre 1996 qu'au 31 août 1998 (cf. consid. 2.2 et 2.4 supra) - que le découvert de la société, sans en déduire les créances postposées, est passé de 3'789'714 fr. 85 au 31 décembre 1996 à 4'830'397 fr. 97 au 31 août 1998.
4.4.2 L'expertise judiciaire, telle que complétée après le renvoi de la cause à la Cour de justice, contient ainsi toutes les données de fait nécessaires pour constater que le dommage causé à la société, calculé conformément aux principes juridiques applicables, s'élève à 1'040'683 fr. 12 (4'830'397 fr. 97 moins 3'789'714 fr. 85). Ce dommage est ainsi largement supérieur aux conclusions prises par l'intimée, que l'on tienne compte ou non d'une éventuelle dépréciation des biens en raison de l'usure et de l'écoulement du temps, point sur lequel l'appréciation de la cour cantonale (cf. consid. 2.4 supra) est critiquée par la recourante (cf. consid. 3.1 supra).
4.4.3 L'observation de l'expert selon laquelle le découvert de la société, en tenant compte d'une estimation des biens à leur valeur de liquidation tant au 31 décembre 1996 qu'au 31 août 1998, aurait diminué entre ces deux dates (cf. consid. 2.2 supra), est fondée sur le présupposé qu'il y aurait lieu de déduire de ce découvert les créances postposées, qui s'élevaient à 1'274'139 fr. 85 au 31 décembre 1996 et à 2'559'896 fr. 53 au 31 août 1998. Or ce présupposé est erroné et il appartient au juge d'appliquer correctement les principes juridiques régissant le calcul du dommage (cf. consid. 4.1 supra).
5. En définitive, l'arrêt attaqué échappe à la critique dans son résultat, de sorte que le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>) et versera à son adverse partie une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 7'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 16 décembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Corboz Abrecht