Faits:
A. Le 1er juillet 2009, le Vice-Président du Tribunal de première instance du canton de Genève a mis A._ au bénéfice de l'assistance juridique civile pour une action en complément du jugement de divorce. L'octroi de l'assistance judiciaire a été étendu le 3 mai 2010 à la procédure d'appel.
Par arrêt du 1er juin 2011, le Tribunal fédéral (arrêt 5A_835/2010) a annulé l'arrêt du 22 octobre 2010 de la Cour de justice du canton de Genève et renvoyé la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouvelle décision. Par arrêt du 3 novembre 2011, l'autorité cantonale a renvoyé l'affaire au Tribunal de première instance pour instruction.
B. Le 21 mars 2012, A._ a sollicité l'assistance judiciaire pour la suite de la procédure en complément du jugement de divorce, avec effet rétroactif au 24 juin 2011.
B.a Par décision du 30 mai 2012, la Vice-Présidente du Tribunal civil de première instance a octroyé l'assistance judiciaire à A._ avec effet au 21 mars 2012.
B.b Statuant par décision du 31 juillet 2012, la Cour de justice a rejeté le recours de A._ contre la décision du 30 mai 2012.
C. Par acte du 31 août 2012, A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et principalement à sa réforme, en ce sens que l'assistance judiciaire lui est octroyée dans la procédure actuellement pendante auprès du Tribunal de première instance, avec effet au 24 juin 2011, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente. A l'appui de ses conclusions, la recourante se plaint de la violation de l'art. 29 al. 1 et 3 Cst., estimant que l'autorité précédente a fait preuve de formalisme excessif. Elle requiert au préalable le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale.
Invitées à se déterminer, la Vice-Présidente du Tribunal de première instance et l'autorité précédente se sont référées aux considérants de leurs décisions.

Considérant en droit:
1. Le refus d'octroyer un effet rétroactif à la requête d'assistance judiciaire constitue une décision incidente en tant qu'elle est l'accessoire de la demande principale (<ref-law>; arrêt 5A_496/2009 du 21 octobre 2009 consid. 1.1). De jurisprudence constante, une décision en matière d'assistance judiciaire est susceptible de causer un préjudice irréparable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 p. 338 s.; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 283, 129 consid. 1.1 p. 131; <ref-ruling> consid. 2a p. 210 ss).
Le recours contre une telle décision incidente est soumis à la même voie de droit que celle qui est ouverte contre la décision principale (arrêts 5A_574/2011 du 6 janvier 2012 consid. 1; 5D_55/2011 du 23 septembre 2011 consid. 1.2; 5A_491/2007 du 15 novembre 2007, consid. 1.2). La cause pour laquelle l'assistance judiciaire est requise, renvoyée aux autorités cantonales par un arrêt du Tribunal fédéral du 1er juin 2011 (arrêt 5A_835/2010), a pour objet le complément d'un jugement de divorce tendant au partage des avoirs de prévoyance professionnelle des ex-époux. La décision attaquée se rapporte ainsi, sur le fond, à une affaire rendue en matière civile (<ref-law>), de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint le seuil minimal de 30'000 fr. (art. 51 al. 4 2ème phr. et 74 al. 1 let. b LTF; arrêt de renvoi précité 5A_835/2010 du 1er juin 2011 consid. 1.1). Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans la forme requise (<ref-law>), par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>), contre une décision prise sur recours par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Le recours en matière civile est donc en principe recevable au regard de ces dispositions.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). Le Tribunal fédéral ne connaît cependant de la violation des droits fondamentaux que si un tel grief a été soulevé et motivé par la partie recourante ("principe d'allégation", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
3. La Cour de justice a constaté que la recourante avait déposé sa demande d'assistance judiciaire seulement neuf mois après avoir eu connaissance de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, alors que son avocat avait déjà exercé une activité pour son compte. L'autorité précédente a considéré que la recourante, qui avait déjà bénéficié de l'assistance judiciaire et était assistée d'un avocat pour la procédure antérieure, ne pouvait méconnaître que cette assistance était octroyée en principe au jour de la demande et qu'il lui appartenait en conséquence de la requérir au plus tôt pour la suite de la procédure. Elle a aussi relevé que la recourante s'était contentée de solliciter l'effet rétroactif de l'assistance judiciaire sans expliquer sa requête tardive et sans fournir les éléments pertinents permettant au juge de se prononcer sur l'octroi exceptionnel d'un effet rétroactif. La Cour de justice a donc estimé qu'aucune exception n'était réalisée justifiant de déroger au principe de l'octroi au jour de la demande. En outre, la cour cantonale a jugé indispensable que les règles de procédure soient respectées afin d'assurer une égalité de traitement entre les justiciables, et que la recourante ne démontrait pas en quoi la décision refusant l'effet rétroactif à l'assistance judiciaire consacrerait un formalisme excessif. En définitive, l'autorité précédente a confirmé la décision de la Vice-Présidente du Tribunal de première instance.
4. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 29 al. 1 et 3 Cst., estimant que l'autorité précédente a fait preuve de formalisme excessif en n'accordant pas l'effet rétroactif à sa demande d'assistance judiciaire du 21 mars 2012. Elle expose qu'elle ne pouvait pas raisonnablement s'attendre à ce que sa demande d'assistance judiciaire soit acceptée uniquement depuis sa requête d'extension de l'assistance judiciaire, dès lors que la décision du 1er juillet 2009 lui accordait l'assistance judiciaire pour sa procédure en complément du jugement de divorce; partant, elle estime qu'elle devait bénéficier de l'assistance judiciaire depuis l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral. Elle considère que la Cour de justice aurait dû faire preuve de souplesse et accorder l'effet rétroactif dans le cas d'espèce, dès lors que cette autorité avait été désavouée par le Tribunal fédéral et qu'elle remplissait en outre les conditions d'octroi de l'assistance judiciaire avec effet rétroactif au sens de l'<ref-law>.
4. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 29 al. 1 et 3 Cst., estimant que l'autorité précédente a fait preuve de formalisme excessif en n'accordant pas l'effet rétroactif à sa demande d'assistance judiciaire du 21 mars 2012. Elle expose qu'elle ne pouvait pas raisonnablement s'attendre à ce que sa demande d'assistance judiciaire soit acceptée uniquement depuis sa requête d'extension de l'assistance judiciaire, dès lors que la décision du 1er juillet 2009 lui accordait l'assistance judiciaire pour sa procédure en complément du jugement de divorce; partant, elle estime qu'elle devait bénéficier de l'assistance judiciaire depuis l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral. Elle considère que la Cour de justice aurait dû faire preuve de souplesse et accorder l'effet rétroactif dans le cas d'espèce, dès lors que cette autorité avait été désavouée par le Tribunal fédéral et qu'elle remplissait en outre les conditions d'octroi de l'assistance judiciaire avec effet rétroactif au sens de l'<ref-law>.
4.1 4.1.1 Bien que la demande d'extension de l'assistance judiciaire ait été déposée le 21 mars 2012, à savoir postérieurement à l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2011, du nouveau Code de procédure civile fédéral, la décision accordant le bénéfice de l'assistance judiciaire à la recourante pour la première instance a été rendue le 1er juillet 2009, en sorte que se pose la question du droit applicable.
4.1.2 L'annulation de la décision ayant mis fin à la procédure et le renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouvelle décision ont pour effet de reporter la procédure au stade où elle se trouvait immédiatement avant que cette instance se prononce. L'autorité de renvoi ne se trouve pas saisie d'une nouvelle procédure, mais reprend la précédente procédure qui n'est pas close, faute de décision finale (arrêts 4A_8/2012 du 12 avril 2012 consid. 1; 4A_641/2011 du 27 janvier 2012 consid. 2.2).
4.1.3 En vertu de l'<ref-law>, l'ancien droit demeure applicable jusqu'à la clôture de l'instance, ce qui signifie en l'espèce que le droit cantonal genevois de procédure régit encore l'octroi de l'assistance judiciaire puisque la cause est renvoyée en première instance, laquelle s'est ouverte antérieurement à l'introduction de la procédure civile fédérale.
4.2 En l'occurrence, la recourante se méprend lorsqu'elle invoque l'<ref-law> et requiert à titre exceptionnel le bénéfice de l'assistance judiciaire avec effet rétroactif pour la procédure de complément du jugement de divorce. La décision mettant un terme à la procédure en complément du jugement de divorce a été annulée par le Tribunal fédéral et la cause a été renvoyée au Tribunal de première instance pour nouvelle décision. Les premiers juges doivent donc reprendre l'affaire comme s'ils n'avaient pas encore statué sur la demande de complément du jugement de divorce, autrement dit, la procédure de première instance n'est pas close tant que le Tribunal de première instance n'aura pas rendu de décision dans le sens des considérants de l'arrêt de renvoi (cf. supra consid. 4.1.2). Il s'ensuit que la première instance est toujours pendante et que la recourante bénéficie toujours de l'assistance judiciaire, accordée par décision du 1er juillet 2009 pour la procédure de première instance. La requête d'extension du bénéfice de l'assistance judiciaire déposée le 21 mars 2012 était en conséquence superfétatoire. Il résulte de ce qui précède que le recours doit ainsi être admis par substitution de motifs.
5. En définitive, le recours est admis, l'arrêt attaqué réformé en ce sens que le bénéfice de l'assistance judiciaire est accordé à la recourante pour son action en complément d'un jugement de divorce, au sens de la décision du 1er juillet 2009, à savoir pour toute la durée de la procédure devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, y compris pour la reprise de cette procédure à la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 1er juin 2011. Vu l'issue du litige, la recourante n'a pas à supporter de frais de justice. Le canton de Genève n'a pas à supporter de frais (<ref-law>), mais doit verser à la recourante une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La requête d'assistance judiciaire de la recourante pour la procédure devant le Tribunal fédéral devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que la recourante est mise au bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure en complément d'un jugement de divorce devant le Tribunal civil de première instance, jusqu'à la clôture de cette instance.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 1'500 fr., à verser à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Genève.
4. La requête d'assistance judiciaire de la recourante est sans objet.
5. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, à la Vice-présidente du Tribunal civil de première instance du canton de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 2 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin