Sachverhalt:
A. X._ wurde vorgeworfen, er habe von 1995 bis 1999 eine grössere Menge Kokain verkauft bzw. abgegeben, sich im März 2003 an einem Kokaintransport über 400 Gramm beteiligt und sich in dieser Zeit wegen Zuwiderhandlungen mit Hanf und Hanfprodukten strafbar gemacht. Ausserdem sei er mehrmals Pfändungsaufforderungen des Betreibungsamts nicht nachgekommen.
B. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen erkannte am 16. November 2007 auf seine Berufung hin:
1. [...]
2. Der Angeklagte ist schuldig der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG) sowie des Ungehorsams im Betreibungsverfahren (<ref-law>).
3. Der Angeklagte wird zu 24 Monaten Freiheitsstrafe [unter Anrechnung von] 150 Tagen Untersuchungshaft verurteilt. Diese Strafe gilt als Zusatzstrafe zum Strafbefehl des Verkehrsstrafamts des Kantons Schaffhausen vom 26. Sept. 1996, zum Strafbefehl der Bezirksanwaltschaft Winterthur vom 18. März 1999 sowie zu den Strafverfügungen des Untersuchungsrichteramts des Kantons Schaffhausen vom 22. Okt. 2001, 11. März 2002, 19. Aug. 2002 und 25. Juli 2003. [...]
6. Der mit Strafbefehl der Bezirksanwaltschaft Winterthur vom 18. März 1999 gewährte bedingte Strafvollzug für eine Gefängnisstrafe von 2 Monaten wird nicht widerrufen (Art. 41 Ziff. 3 Abs. 5 aStGB). [...]
8. a) Die hinterlegte Sicherheit von Fr. 5'000.- wird mit dem Beginn des Vollzugs freigegeben und mit den dem Angeklagten auferlegten Gerichtskosten verrechnet.
b) Der hinterlegte Schweizer Pass wird mit Beginn des Vollzugs dem Angeklagten herausgegeben. [...]
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, (1) den Vollzug der Freiheitsstrafe von 24 Monaten (unter Anrechnung von 150 Hafttagen) aufzuschieben bei einer Probezeit von 4 Jahren, (2) in Aufhebung von Ziff. 8 des Dispositivs die hinterlegte Sicherheit von Fr. 5'000.- an deren Eigentümer E._ und den hinterlegten Schweizer Pass an den Beschwerdeführer herauszugeben, (3) die Sache zur Neufestsetzung der Kosten, eventuell zum gesamthaften Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen und (4) der Beschwerdegegnerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sowie eine angemessene Parteientschädigung zu seinen Gunsten aufzuerlegen.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die Rüge muss präzise (<ref-ruling> E. 3.2) und damit entsprechend den Anforderungen der früheren Bestimmung von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG begründet werden (<ref-ruling> E. 1.4). Die Anwendung des kantonalen Rechts prüft das Bundesgericht auf Willkür hin (<ref-law>). Es hebt einen Entscheid wegen Willkür auf, wenn er schlechterdings unhaltbar ist, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offenkundigen Versehen beruht oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lässt (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1, 467 E. 3.1).
In tatsächlicher Hinsicht wird das Urteil nicht in dieser Weise angefochten, weshalb das Bundesgericht den Sachverhalt zugrunde legt, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze mit der Ablehnung des bedingten Vollzugs der Freiheitsstrafe <ref-law>.
2.1 Unter bisherigem Recht (Art. 41 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB) war im zu beurteilenden Fall der bedingte Vollzug objektiv ausgeschlossen. Gemäss <ref-law> sind hingegen Freiheitsstrafen von mindestens sechs Monaten und höchstens zwei Jahren in der Regel aufzuschieben. Auch die Anforderungen an die Prognose der Legalbewährung liegen unter neuem Recht etwas tiefer (<ref-ruling> E. 4.2.2). Das neue Recht ist somit milder.
Die Vorinstanz lehnt in einer Eventualerwägung den bedingten Vollzug der Freiheitsstrafe auch unter dem Titel von <ref-law> ab, weil das Fehlen einer ungünstigen Prognose verneint werden müsse (angefochtenes Urteil S. 19). Sie nimmt damit an, dass es an einer ungünstigen Prognose gerade nicht fehlt. Während nämlich nach bisherigem Recht eine günstige Prognose erforderlich war, genügt nunmehr das Fehlen einer ungünstigen Prognose (<ref-ruling> E. 4.2.2).
Schliesslich prüft sie in einer weiteren Eventualerwägung den teilbedingten Strafvollzug gemäss <ref-law> und kommt zum Ergebnis, auch dieser sei nicht möglich (angefochtenes Urteil S. 20).
2.2 Nach der Rechtsprechung zu Art. 41 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB und Art. 68 Ziff. 2 aStGB war die Gewährung des bedingten Vollzugs ausgeschlossen, wenn die Strafdauer der früher verhängten Grundstrafe und der neuen Zusatzstrafe insgesamt 18 Monate überstieg (<ref-ruling> E. 1). Diese Rechtsprechung ist auch unter neuem Recht weiterzuführen. Im neuen Recht wurden die Obergrenzen hinaufgesetzt und können nunmehr Freiheitsstrafen von 6 bis 24 Monaten bedingt sowie Freiheitsstrafen von 12 bis 36 Monaten teilbedingt ausgesprochen werden. Damit können Freiheitsstrafen von mehr als 24 Monaten bis zu 36 Monaten nur noch teilbedingt festgesetzt werden (vgl. <ref-ruling>7 E. 3.3). Fällt die Gesamtstrafe in diesen Anwendungsbereich teilbedingter Strafen, spricht nichts dagegen, im Rahmen von <ref-law> den teilbedingten Strafvollzug zu gewähren (Markus Hug, in: Andreas Donatsch [Hrsg.], Schweizerisches Strafgesetzbuch, 17. Auflage, Zürich 2006, Art. 49 Abs. 2).
2.3 Vorliegend wurde die Freiheitsstrafe von 24 Monaten als Zusatzstrafe ausgesprochen (oben Bst. B), und zwar zum Strafbefehl des Verkehrsstrafamts des Kantons Schaffhausen vom 26. Sept. 1996 (5 Monate Gefängnis), zum Strafbefehl der Bezirksanwaltschaft Winterthur vom 18. März 1999 (2 Monate Gefängnis) sowie zu den Strafverfügungen des Untersuchungsrichteramts des Kantons Schaffhausen vom 22. Okt. 2001 (3 Tage Haft), 11. März 2002 (5 Tage Haft), 19. Aug. 2002 (2 Tage Haft) und 25. Juli 2003 (5 Tage Haft; Strafregisterauszug, kantonale Akten, act. 520, 716 und 717).
Damit ist ein bedingter Vollzug gemäss <ref-law> objektiv ausgeschlossen, da die Gesamtstrafe 24 Monate übersteigt. Wegen des Sachzusammenhangs ist aber der teilbedingte Vollzug zu prüfen.
2.4 Das Bundesgericht hat die Anwendungsvoraussetzungen von <ref-law> in <ref-ruling> E. 5 dargelegt. Danach bildet Grundvoraussetzung für die teilbedingte Strafe, dass eine begründete Aussicht auf Bewährung besteht. Wenn und soweit die Legalprognose nicht schlecht ausfällt, verlangt die Bestimmung, dass zumindest ein Teil der Strafe auf Bewährung ausgesetzt wird. Umgekehrt gilt, dass bei einer Schlechtprognose auch ein bloss teilweiser Aufschub der Strafe nicht gerechtfertigt ist. Denn wo keinerlei Aussicht besteht, der Täter werde sich in irgendeiner Weise durch den ganz oder teilweise gewährten Strafaufschub beeinflussen lassen, muss die Strafe in voller Länge vollzogen werden (<ref-ruling> E. 5.3.1).
2.4.1 Die Vorinstanz übernimmt die Erwägungen des Kantonsgerichts. Dieses hielt fest, es könne dem Beschwerdeführer auch keine günstige Prognose gestellt werden. Er sei mehrfach vorbestraft, jedoch scheine ihm dies keinen Eindruck gemacht zu haben. Zudem habe er während der laufenden Strafuntersuchung weiter delinquiert, und er sei zur ersten Hauptverhandlung am 16. Februar 2006 unentschuldigt nicht erschienen (angefochtenes Urteil S. 18; act. 659 f.). In ihrer Eventualerwägung zu <ref-law> führt die Vorinstanz weiter aus, die zu beurteilenden Delikte habe der Beschwerdeführer teilweise in der Probezeit der bedingten Vorstrafen begangen. Diese hätten ihn offensichtlich unbeeindruckt gelassen. Aufgrund seiner gezeigten Unfähigkeit bzw. seines Unwillens, sich gesetzeskonform zu verhalten, müsse ihm eine ungünstige Prognose gestellt werden. Aus diesen Gründen verneint sie schliesslich auch die Möglichkeit eines teilbedingten Vollzugs.
2.4.2 Soweit der Beschwerdeführers geltend macht, die Vorinstanz habe auf den Widerruf der Vorstrafe vom 18. März 1999 "verzichtet", ist festzustellen, dass das Kantonsgericht diese bedingte Vorstrafe widerrufen und für vollstreckbar erklärt hatte, während die Vorinstanz annimmt, der Widerruf könne aus gesetzlichen Gründen nicht mehr angeordnet werden (oben Bst. B, Ziff. 6; angefochtenes Urteil S. 21). Der Widerruf unterblieb wegen Ablaufs der Fünfjahresfrist.
2.4.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Betäubungsmittelstraftaten seien im Zeitraum von 1995 bis März 2003 verübt worden. Bei den restlichen Schuldsprüchen handle es sich lediglich um Übertretungen gemäss <ref-law>, die bald vier Jahre zurücklägen und nach neuem Recht (<ref-law>) bei der Prognose ohnehin nicht zu berücksichtigen seien. Er komme seit seiner Entlassung aus der Untersuchungshaft vor viereinhalb Jahren für sich selbst auf und habe seit Sommer 2006 eine gesicherte Temporär-Stelle im grenznahen Ausland inne.
Diese Einwände werden unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> vorgebracht. Diese Bestimmung findet hier keine Anwendung. Gemäss <ref-law> muss eine begründete Aussicht auf Bewährung bestehen. In der Kommentierung von Roland M. Schneider/Roy Garré (Strafrecht I, Basler Kommentar, 2. Auflage, Basel 2007, Art. 42 N. 42), auf die sich der Beschwerdeführer beruft, wird betont, dass zukünftige Übertretungen bei der Prognose keine Rolle mehr spielen sollen. Die Vorinstanz begründet ihre Entscheidung aber nicht mit der Wahrscheinlichkeit zukünftiger Übertretungen. Sie verweist vielmehr auf den langen Deliktszeitraum und die Weiterdelinquenz trotz Verurteilungen und während der Probezeit. Sie stellt zudem fest, der Beschwerdeführer sei unwillig, sich gesetzeskonform zu verhalten. Dabei handelt es sich um eine tatsächliche Feststellung zum Willen (<ref-law>). Unter diesen Voraussetzungen einer eigentlichen Schlechtprognose ist der teilbedingte Strafvollzug nicht möglich. Es reicht noch nicht für eine begründete Aussicht auf Bewährung, dass der Beschwerdeführer sich etwas aufgefangen zu haben scheint und seit den Straftaten eine gewisse Zeit verstrichen ist. So musste selbst für die Durchführung dieses Strafverfahrens noch eine Sicherheitshaft angeordnet werden. Die Entscheidung liegt im Rahmen des vorinstanzlichen Ermessens.
3. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verrechnung der freigewordenen "Kaution" mit den Gerichtskosten.
3.1 Das Kantonsgericht hatte in seinem Urteil vom 29. Juni 2006 entschieden, der Beschwerdeführer werde gegen Hinterlegung und Sperre der Ausweisschriften aus der Haft entlassen; die Sperre gelte bis zum Antritt des Strafvollzugs. Die Vorinstanz verfügte am 4. September 2006, gegen eine Sicherstellung in der Höhe von Fr. 5'000.- werde die sichergestellte Identitätskarte herausgegeben (act. 671). Die Finanzverwaltung des Kantons Schaffhausen (Kasse) stellte am 5. September 2006 eine Quittung aus, wonach sie vom Vater des Beschwerdeführers den Betrag von Fr. 5'000.- für die Kaution erhalten hatte (act. 672). Im angefochtenen Urteil entschied die Vorinstanz, die hinterlegte Sicherheit freizugeben und mit den Gerichtskosten zu verrechnen (oben Bst. B, Ziff. 8 lit. a).
3.2 Gemäss Art. 167 Abs. 1 der Strafprozessordnung für den Kanton Schaffhausen(StPO/SH) kann bei Fluchtgefahr dem Beschuldigten eine Sicherheitsleistung dafür abgenommen werden, dass er sich jederzeit zu Prozesshandlungen sowie zum Antritt einer Strafe oder Massnahme stellen werde. Gemäss <ref-law>/SH kann die freiwerdende Sicherheit von der Gerichtskasse mit den dem Beschuldigten im betreffenden Verfahren auferlegten Bussen und Kosten verrechnet werden.
3.3 Vorliegend ist die vom Vater des Beschwerdeführers geleistete Sicherheit nicht verfallen. Sie wurde frei und ist mit den Gerichtskosten verrechnet worden. Der Beschwerdeführer macht deshalb eine Verletzung der Eigentumsgarantie und der Verrechnungsordnung des Obligationenrechts geltend. Sein Vater habe die Sicherheit geleistet und nicht damit gerechnet, dass sie trotz des rechtskonformen Verhaltens des Sohnes "dem Staat anheim fallen werde" (denn er habe sich nicht durch Flucht dem hängigen Strafverfahren entzogen). In diesem Punkt ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, weil der Beschwerdeführer zur Geltendmachung von behaupteten Rechtsansprüchen seines Vaters nicht legitimiert ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1; Urteil 6B_277/2007 vom 8. Januar 2008, E. 7.4; Urteil 6P.133/2005 vom 7. Juni 2006, E. 9.3.3).
3.4 Soweit der Beschwerdeführer beantragt, ihm den hinterlegten Pass herauszugeben, ist auf Ziff. 8 lit. b des angefochtenen Dispositivs zu verweisen (oben Bst. B) und im Übrigen mangels Begründung auf die Beschwerde nicht einzutreten (oben E. 1).
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Briw