Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nur so weit eingetreten werden, als die Schadenersatzforderung kraft Bundesrechts streitig ist. Im vorliegenden Verfahren ist deshalb auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dem Umfang nicht einzutreten, als sie sich gegen die Schadenersatzforderung für entgangene Beiträge an die kantonale Familienausgleichskasse richtet (vgl. <ref-ruling> Erw. 1b, 118 V 69 Erw. 1b mit Hinweis).
b) Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Das kantonale Obergericht hat unter Hinweis auf Gesetz (<ref-law>) und Rechtsprechung (vgl. statt vieler <ref-ruling> Erw. 5a) die Voraussetzungen zutreffend dargelegt, unter welchen Organe juristischer Personen den der Ausgleichskasse wegen Missachtung der Vorschriften über die Beitragsabrechnung und -zahlung (<ref-law>, <ref-law>) qualifiziert schuldhaft verursachten Schaden zu ersetzen haben. Darauf kann verwiesen werden.
3.- Nach Art. 110 Abs. 4 OG findet nur ausnahmsweise ein zweiter Schriftenwechsel statt. Ein solcher ist nach den Grundsätzen des rechtlichen Gehörs zu gewähren, wenn in der Vernehmlassung der Gegenpartei oder der Mitbeteiligten neue tatsächliche Behauptungen aufgestellt werden, deren Richtigkeit nicht ohne weiteres aktenkundig ist und die für die Entscheidung von wesentlicher Bedeutung sind.
Da die Ausgleichskasse keine materielle Stellungnahme eingereicht hat, sind die Voraussetzungen für die Anordnung eines zweiten Schriftenwechsels vorliegend offensichtlich nicht erfüllt.
4.- Mit Urteil vom 29. Oktober 1998 wies das Eidgenössische Versicherungsgericht die Sache an die Vorinstanz zurück, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre. Aus der Urteilsbegründung ergibt sich, dass das kantonale Obergericht nur noch das Massliche des vom Beschwerdeführer zu leistenden Schadenersatzes abzuklären hatte, während die grundsätzliche Haftung nach <ref-law> feststand. Verweist das Dispositiv eines Rückweisungsurteils ausdrücklich auf die Erwägungen, werden diese zu dessen Bestandteil und haben, soweit sie zum Streitgegenstand gehören, an der formellen Rechtskraft teil. Dementsprechend sind die Motive, auf welche das Dispositiv verweist, für die Behörde, an die die Sache zurückgewiesen wird, verbindlich (<ref-ruling> Erw. 1a mit Hinweis). Daher hat die Vorinstanz entgegen den Rügen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu Recht nur noch das Ausmass des Schadenersatzes geprüft, ohne die Verschuldensfrage nochmals aufzurollen.
Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, es seien neue Tatsachen aufgetaucht, welche ihn entlasteten, die er aber im ersten Verfahren unverschuldeterweise nicht habe vorbringen können, hätte er ein Revisionsgesuch gegen das Urteil vom 29. Oktober 1998 einreichen müssen (vgl.
Art. 137 lit. b OG). Dies hat er nicht getan. Sodann kann die vorliegende Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht als Revisionsgesuch entgegengenommen werden. Ein solches hätte in Fällen des Art. 137 OG binnen 90 Tagen von der Entdeckung des Revisionsgrundes an gestellt werden müssen (Art. 141 Abs. 1 lit. b OG). Diese Frist wäre, soweit überhaupt Revisionsgründe vorgelegen haben sollten, offensichtlich verpasst worden.
5.- Da es im zweiten vorinstanzlichen Prozess einzig noch um das Ausmass des Schadenersatzes ging, ist vorliegend nur dieser Punkt zu prüfen. Die Vorinstanz hat ausführlich und für das Eidgenössische Versicherungsgericht verbindlich (Erw. 1b hievor) festgehalten, wie sich die Schadenersatzforderung zusammensetzt. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was den kantonalen Entscheid als bundesrechtswidrig erscheinen liesse.
6.- Da die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offensichtlich unbegründet bzw. unzulässig ist, wird sie im Verfahren nach Art. 36a OG erledigt.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit
darauf einzutreten ist.
II.Die Gerichtskosten von total Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 30. April 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: