Sachverhalt:
A. Die Einzelrichterin des Bezirksgerichts Hinwil sprach Y._ am 28. Oktober 2010 vom Vorwurf der einfachen Körperverletzung und der Sachbeschädigung frei. Das schriftlich begründete Urteil wurde der Geschädigten X._ am 7. Dezember 2010 eröffnet. Diese erhob am 17. Dezember 2010 Berufung, versäumte es jedoch, die Beanstandungen fristgerecht bis am 17. Januar 2011 einzureichen. Das Obergericht des Kantons Zürich trat mit Beschluss vom 1. März 2011 auf die Berufung nicht ein.
B. X._ ersuchte das Obergericht am 18. März 2011 um Wiederherstellung der Frist. Sie machte geltend, der Vater ihres Rechtsvertreters sei ab dem 8. Januar 2011 hospitalisiert gewesen und am 27. Januar 2011 verstorben. Erst mit der Zustellung des Abschreibungsbeschlusses am 8. März 2011 sei ihrem Rechtsvertreter bewusst geworden, dass er die Frist für die Beanstandungen verpasst habe. Dieser habe gemäss Arztzeugnis noch bei Erhalt des Abschreibungsbeschlusses unter einer akuten Belastungssituation gelitten, welche ihn daran gehindert habe, die Frist einzuhalten.
Das Obergericht trat am 13. April 2011 auf das Fristwiederherstellungsgesuch nicht ein. Es erwog, X._ hätte das Begehren bis zum 22. Februar 2011 stellen müssen, weil ihr Rechtsvertreter das Versäumnis spätestens am 12. Februar 2011 vor seinen Ferien hätte entdecken müssen. Das Gesuch vom 18. März 2011 erachtete es als verspätet.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der Beschluss des Obergerichts vom 13. April 2011 sei aufzuheben, und das Gesuch um Wiederherstellung der Frist sei gutzuheissen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten von Y._, eventuell zulasten der Staatskasse des Kantons Zürich.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihr Rechtsvertreter habe gemäss Arztbericht von Dr. med. A._ vom 14. März 2011 an einer akuten Belastungsreaktion gelitten. Diese sei durch die schwere Erkrankung und den Tod seines Vaters ausgelöst worden. Die Störung habe es ihm objektiv und subjektiv verunmöglicht, das Fristversäumnis vor der Zustellung des Abschreibungsbeschlusses zu erkennen. Er habe keinen Anlass gehabt, eine rückwirkende Fristenkontrolle vorzunehmen, weil er aufgrund seiner anhaltenden Belastungsreaktion nicht habe annehmen müssen, eine Frist verpasst zu haben. Die Vorinstanz gehe in Abweichung vom Arztzeugnis und ohne die notwendigen Fachkenntnisse davon aus, die Belastungsstörung sei spätestens 14 Tage nach dem Tod des Vaters weggefallen. Die entsprechenden Sachverhaltsfeststellungen verstiessen gegen das Willkürverbot nach <ref-law>. Ob sich ihr Rechtsvertreter um den Nachlass gekümmert habe, sei für die Existenz der Störung nicht entscheidend. Im Zweifel hätte die Vorinstanz eine fachärztliche Begutachtung anordnen müssen. Psychiater könnten eine Diagnose auch nach Abklingen der Symptome stellen.
Mit ihrer Argumentation wendet sich die Beschwerdeführerin sinngemäss gegen die von der Vorinstanz verweigerte Wiederherstellung der Frist und damit gegen die Anwendung kantonalen Rechts. Sie bestreitet die Qualifikation des Verhaltens ihres Rechtsvertreters als grobes Verschulden im Sinne von § 199 Abs. 1 des Gerichtsverfassungsgesetzes des Kantons Zürich vom 13. Juni 1976 (aGVG/ZH, übergangsrechtlich gestützt auf Art. 453 Abs. 1 StPO anwendbar; SR 312) und die fehlende Einwilligung der Gegenpartei zur Fristwiederherstellung nicht. Strittig ist hingegen, in welchem Zeitpunkt ihr Rechtsvertreter das Fristversäumnis hätte erkennen müssen.
1.2 Die Vorinstanz erachtet es als entschuldbar, dass der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin durch die akute Erkrankung seines Vaters die am 17. Januar 2011 abgelaufene Frist versäumte. In der folgenden Zeit sei er aber in der Lage gewesen, sich um den Nachlass seines Vaters zu kümmern. Es sei davon auszugehen, dass die akute Belastungssituation nicht länger als zwei Wochen über den Todesfall hinaus gedauert habe. Das Arztzeugnis bescheinige ab dem 7. Januar 2011 eine während fünfzig Tagen anhaltende akute Belastungsreaktion. Diese Dauer der Störung sei gemäss einschlägiger Fachliteratur atypisch. Zudem stelle die Ärztin hauptsächlich auf die Schilderungen ihres Patienten ab. Die Diagnose vermöge deshalb nicht zu überzeugen. Jedenfalls hätte der Rechtsvertreter oder eine allfällige Vertretung spätestens bei seinem Ferienantritt am 12. Februar 2011 die Fristen kontrollieren und das Fristversäumnis wahrnehmen müssen, da die Fristenkontrolle eine elementare Berufspflicht sei.
1.3 Dem Arztzeugnis vom 14. März 2011 ist zu entnehmen, dass sich der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin nach dem Fristversäumnis wegen starker Schuldgefühle und Unverständnis über die verpasste Frist zu Dr. med. A._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, begab. Nach der Auffassung von Dr. med. A._ lässt sich die Fehlleistung mit einer akuten Belastungsreaktion erklären, wie sie in ICD 10 (F43.0) beschrieben wird. Die Einengung der Aufmerksamkeit und Erinnerung stehe im Vordergrund. Wegen der hohen emotionellen Belastung habe der Rechtsvertreter seine Aufmerksamkeit auf das belastende Ereignis eingeschränkt. Dass er sich erst mit Entgegennahme des obergerichtlichen Beschlusses an die Frist erinnert habe, sei eine kognitive Fehlleistung im Rahmen seines Krankheitsbildes. Die Symptomatik gehe einher mit einer Bewusstseinseinengung. Aus diesem Grund sei er nicht auf die Idee gekommen, die Fristen zu kontrollieren. Kontrollmechanismen, die er unter gewöhnlichen Umständen ausgeführt hätte, seien unter dieser Belastung ausser Kraft gesetzt gewesen.
1.4 Nach § 199 Abs. 1 aGVG/ZH kann das Gericht auf Antrag der säumigen Partei eine Frist wiederherstellen und eine Verhandlung neu ansetzen, bei grobem Verschulden der Partei oder ihres Vertreters aber nur mit Einwilligung der Gegenpartei. Das Wiederherstellungsgesuch ist spätestens zehn Tage nach dem Wegfall des Hindernisses zu stellen (§ 199 Abs. 3 aGVG/ZH).
1.5 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden und kann deshalb die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 104 mit Hinweisen).
1.6 Wird die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) gerügt, gelten qualifizierte Anforderungen an die Begründung. Eine solche Rüge prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur, wenn sie in der Beschwerde vorgebracht und substanziiert begründet worden ist. Das bedeutet, dass klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen).
1.7 Soweit die Beschwerdeführerin vom vorinstanzlichen Sachverhalt abweicht, ohne Willkür geltend zu machen und zu begründen, ist auf ihre Rügen nicht einzutreten (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>), so z.B. auf die Behauptung, ihr Rechtsvertreter habe während seiner Ferienabwesenheit sporadisch Post entgegengenommen, weshalb eine Ferienvertretung nicht erforderlich gewesen sei (Beschwerde S. 8 unten). Ebenso ist auf die Rügen betreffend das rechtliche Gehör nach <ref-law> und den Grundsatz des fairen Verfahrens nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin substanziiert ihre Beschwerde in diesen Punkten nicht näher (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen).
1.8 Die Frist für die Beanstandungen begann mit der Zustellung des begründeten Entscheids am 7. Dezember 2010 zu laufen (angefochtenes Urteil S. 2). Im damaligen Zeitpunkt war der Vater des Rechtsvertreters noch nicht hospitalisiert. Es bestand gemäss Arztzeugnis keine Belastungssituation (vgl. act. 39). Somit musste der Rechtsvertreter die Frist korrekt in seinem internen System vermerken. Dazu war er gestützt auf Art. 12 lit. a des Bundesgesetzes vom 23. Juni 2000 über die Freizügigkeit der Anwältinnen und Anwälte (BGFA; SR 935.61) verpflichtet, wonach Rechtsanwälte ihre Tätigkeit sorgfältig und gewissenhaft auszuüben haben. Selbst wenn sich der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin wegen der Belastungssituation nachträglich nicht mehr aller Fristen bewusst war, hatte er sich so einzurichten, dass er jederzeit, z.B. mittels eines elektronischen Systemes, zu erledigende Aufgaben erkannte. Nicht entlasten kann er sich mit dem Argument, er habe keine rückwirkende Fristenkontrolle durchführen müssen. Selbstredend gehört es zur pflichtgemässen Berufsausübung, nicht bloss laufende, sondern auch versäumte Fristen festzustellen. Im Übrigen ist die zeitliche Planung ein grundlegendes Arbeitsinstrument, da die Dringlichkeit eines Geschäftes den Tagesablauf in der Advokatur bestimmt. Ohne eine regelmässige Fristenkontrolle ist ein Rechtsanwalt ausserstande, seine Tätigkeit ordnungsgemäss zu verrichten. Die Auffassung der Vorinstanz, der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin hätte spätestens vor Ferienantritt am 12. Februar 2011 die anstehenden Aufgaben und Fristen überprüfen oder dies an einen Vertreter delegieren müssen, ist nicht zu beanstanden, weil er gemäss Arztzeugnis nicht vollkommen arbeitsunfähig war. In diesem Zeitpunkt wäre es ihm bei geeigneter Organisation zuzumuten gewesen, die verpasste Frist unabhängig von seiner Belastungssituation wahrzunehmen. Die vorinstanzliche Würdigung des Arztzeugnisses ist nicht schlechterdings unhaltbar. Dass die Vorinstanz das Wiederherstellungsgesuch vom 18. März 2011 als verspätet erachtet und die Wiederherstellung der Frist für die Beanstandungen gestützt auf § 199 Abs. 1 aGVG/ZH verweigert, verletzt die von der Beschwerdeführerin angerufenen Rechte nicht. Da der genaue Zeitpunkt des Wegfalls der akuten Belastungsreaktion für den Ausgang des Verfahrens nicht von Bedeutung ist, kann offenbleiben, ob die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung in diesem Zusammenhang willkürlich ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 560 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Koch