Faits:
A. Le 18 février 2010, le Tribunal régional du Jura bernois-Seeland a reconnu A._ coupable de diffamation, d'opposition aux actes de l'autorité, d'infractions à la LCR, de conduite inconvenante ainsi que de voies de fait. La prénommée a fait appel contre le prononcé précité. Par jugement du 26 janvier 2011, la Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne (ci-après: la cour cantonale) a homologué la convention conclue aux débats d'appel entre A._ et C._ mettant fin au litige les opposant. Pour le surplus, elle a reconnu A._ coupable de diffamation, d'opposition aux actes de l'autorité, d'infractions à la LCR, ainsi que de conduite inconvenante.
Par arrêt du 22 mars 2012, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours formé par A._ contre le jugement cantonal précité et a renvoyé la cause à la juridiction cantonale. Il a pour l'essentiel considéré que la prénommée n'avait pas été dûment citée à comparaître à l'audience de débats de première instance du 18 février 2010. La cour cantonale ne pouvait ainsi pas lui refuser d'entendre les témoins en instance d'appel pour le motif de son absence fautive aux débats de première instance au cours de laquelle dits témoins avaient été entendus. Ce faisant, elle avait violé le droit d'être entendu de l'intéressée en ne lui accordant pas la contradiction avec les témoins à charge.
B. Le 27 juillet 2012, la cour cantonale a cité à comparaître A._ et les témoins requis à l'audience de débats fixée au 12 septembre 2012. La prénommée a reçu cette citation le 2 août 2012. Elle a, par courrier du 21 août 2012, produit un certificat médical attestant une incapacité de travail et a requis le renvoi de l'audience appointée au 12 septembre 2012. A la demande du Juge d'appel B._ en charge du dossier, le médecin de l'intéressée a précisé que le certificat d'arrêt de travail délivré - couvrant la période du 1er août 2012 au 1er septembre 2012 - n'avait pas été prolongé. Le Juge d'appel a dès lors maintenu l'audience.
A._ a transmis à la cour cantonale un second certificat médical faisant état d'une incapacité de travail du 1er au 15 septembre 2012. Invité à se prononcer sur la capacité de la prénommée à participer à l'audience, le médecin concerné a indiqué que le certificat avait été falsifié car l'arrêt de travail prescrit s'étendait du 1er au 5 septembre 2012. Le 4 septembre 2012, le Juge d'appel a rejeté la requête de report d'audience et a confirmé le maintien de l'audience.
C. Le 6 septembre 2012, A._ a déposé une requête de récusation du Juge d'appel B._, qui a été rejetée, dans la mesure de sa recevabilité, par la cour cantonale le 10 septembre 2012. Elle a retenu, d'une part, que la composition de la cour cantonale avait été indiquée dans la citation à comparaître du 27 juillet 2012, de sorte que la demande de récusation du 6 septembre 2012 - fondée sur les actes du magistrat antérieurs au 27 juillet 2012 - était tardive et donc irrecevable. D'autre part, aucun reproche ne pouvait être formulé à l'encontre du Juge d'appel s'agissant de son comportement après le 27 juillet 2012, l'intervention de celui-ci auprès des médecins de l'intéressée étant parfaitement adéquate et licite; la demande de récusation était à cet égard manifestement mal fondée et devait être rejetée. Selon la cour cantonale, la requête de récusation était donc irrecevable pour une partie des faits reprochés et manifestement mal fondée pour l'autre partie des faits.
D. A._ forme un recours en matière pénale à l'encontre de la décision cantonale. Elle conclut à la récusation du Juge d'appel, à l'annulation des actes accomplis par ce dernier après le dépôt de sa demande, à la désignation d'un nouveau juge et, enfin, à ce qu'un délai lui soit accordé pour se soigner et se faire opérer avant la nouvelle audience.
Le Ministère public renonce à se déterminer. La cour cantonale ainsi que le Juge intimé déposent des observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision incidente relative à la récusation d'un magistrat dans la procédure pénale peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale. L'auteur de la demande de récusation a qualité pour agir (<ref-law>). La décision attaquée est rendue en dernière instance cantonale, au sens de l'<ref-law>. Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>).
1.2 Les chefs de conclusion tendant l'annulation de tous les actes accomplis par le juge intimé après le dépôt de la requête (cf. <ref-law>) ainsi qu'à l'octroi d'un délai à la recourante pour se faire soigner et opérer avant la nouvelle audience sont nouveaux et, à ce titre, irrecevables (<ref-law>).
1.3 Conformément à l'<ref-law>, aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Dès lors, les pièces nouvelles qui accompagnent le mémoire de recours au Tribunal fédéral sont irrecevables et il n'en sera pas tenu compte.
1.4 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sous réserve de l'<ref-law>. Il n'est ainsi lié ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente. Toutefois, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués pour autant que les vices juridiques ne soient pas manifestes; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400 s.; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254 et les arrêts cités). Aux termes de l'alinéa 2 de cette disposition, les motifs du recours doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient au recourant de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 245).
En outre, à teneur de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant conformément au principe d'allégation ("Rügeprinzip"). L'acte de recours doit ainsi, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 235; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 674, 232 consid. 1.2 p. 234).
2. La recourante se plaint d'une violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Elle reproche à l'instance précédente de ne pas avoir pris connaissance des moyens de preuve joints à sa requête et d'avoir traité sa demande de récusation en quelques minutes alors qu'en vertu de l'art. 29 al. 1 et 2 Cst., sa cause aurait dû être traitée équitablement et dans un délai raisonnable. Par ailleurs, elle fait grief à la cour cantonale d'avoir écarté et ignoré les preuves pertinentes produites à l'appui de sa demande de récusation; celles-ci ne seraient même pas mentionnées dans l'arrêt attaqué. Par sa critique, elle invoque une violation de son droit d'être entendue et se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
2. La recourante se plaint d'une violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Elle reproche à l'instance précédente de ne pas avoir pris connaissance des moyens de preuve joints à sa requête et d'avoir traité sa demande de récusation en quelques minutes alors qu'en vertu de l'art. 29 al. 1 et 2 Cst., sa cause aurait dû être traitée équitablement et dans un délai raisonnable. Par ailleurs, elle fait grief à la cour cantonale d'avoir écarté et ignoré les preuves pertinentes produites à l'appui de sa demande de récusation; celles-ci ne seraient même pas mentionnées dans l'arrêt attaqué. Par sa critique, elle invoque une violation de son droit d'être entendue et se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
2.1 2.1.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270 s.).
2.1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid 5.2.2 p. 322). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
L'appréciation des preuves est arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62 et les arrêts cités).
2.2 L'affirmation de la recourante selon laquelle la cour cantonale n'aurait pas pris connaissance des moyens de preuve joints à sa requête et aurait traité sa demande en quelques minutes n'est étayée par aucun élément concret pertinent et repose sur de simples suppositions. En particulier, le fait que l'instance précédente ait fait preuve de célérité dans l'examen de la requête ne permet pas d'aboutir à une telle conclusion. Certes, l'arrêt cantonal ne mentionne pas tous les éléments de preuve invoqués par la recourante à l'appui de son recours. Cependant, contrairement à ce que semble soutenir celle-ci, le juge n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236), ce qu'a précisément fait la cour cantonale.
La recourante fait en outre une brève allusion au fait que la cour cantonale aurait renoncé à une prise de position du juge intimé sur la requête de récusation précisément afin de liquider celle-ci en quelques minutes. Elle ne fait cependant pas de cet élément un grief distinct du précédent. Cela étant, même à supposer que la recourante ait voulu en soi critiquer l'absence d'une prise de position du juge, son argumentation ne satisfait pas sur ce point aux exigences minimales de motivation découlant de l'<ref-law> et doit être déclarée irrecevable. En effet, la recourante ne fait pas valoir que l'instance précédente aurait mal appliqué la législation topique, en particulier l'<ref-law> qui oblige la personne concernée par une demande de récusation à prendre position sur celle-ci; l'intéressée ne propose en outre aucune discussion des motifs retenus par le Tribunal cantonal lequel, estimant la demande de récusation manifestement irrecevable ou mal fondée, a renoncé à cette prise de position appliquant par analogie l'<ref-law>. Cette disposition, relative à la procédure devant l'instance de recours ou d'appel, permet en effet à l'autorité de recours de renoncer aux observations des parties et de l'autorité de première instance si le recours est manifestement irrecevable ou mal fondé. L'appréciation du Tribunal cantonal sur ce point n'apparaît au demeurant pas contraire au droit.
Enfin, la critique de l'intéressée concernant l'appréciation des preuves et l'établissement des faits par l'instance précédente se réduit à une simple énumération des éléments qui auraient été ignorés par l'instance précédente (notamment rejet de sa demande d'assistance judiciaire en juillet 2010; rejet de sa requête de report d'audience en janvier 2011 en dépit des certificats médicaux produits; envoi du rapport de police du 15 décembre 2010 au juge d'appel; très long interrogatoire et refus du juge de suspendre l'audience de débat, ... ). Elle ne répond ainsi manifestement pas aux exigences de motivation rappelées ci-dessus et doit être déclarée irrecevable. De surcroît, les éléments précités invoqués par la recourante - qui fonderaient, selon elle, la prévention du juge - ont trait à la procédure d'appel ayant abouti au prononcé du 26 janvier 2011; or, ils n'apparaissent pas déterminants pour le présent litige dans la mesure où la demande de récusation a été sur ce point jugée irrecevable pour un motif d'ordre formel (tardiveté de la requête) et non matériel (cf. consid. 3 infra). Il n'y a dès lors par lieu de s'écarter des faits retenus dans l'arrêt attaqué, conformément à l'<ref-law>.
3. La recourante fait ensuite valoir que c'est à tort que l'instance précédente a considéré que sa demande de récusation était tardive. Selon elle, son état de santé ne lui permettait pas de formuler une demande de récusation.
3.1 Conformément à l'<ref-law>, la récusation doit être demandée sans délai, dès que la partie a connaissance du motif de récusation. Celui qui omet de se plaindre immédiatement de la prévention d'un magistrat et laisse la procédure se dérouler sans intervenir agit contrairement à la bonne foi et voit son droit se périmer (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 4; <ref-ruling> consid. 4.3.1 et les références). Dès lors, même si la loi ne prévoit aucun délai particulier, il y a lieu d'admettre que la récusation doit être demandée aussitôt, c'est-à-dire dans les jours qui suivent la connaissance de la cause de récusation (arrêt 1B_203/2011 du 18 mai 2011 consid. 2.1).
3.2 La recourante ne conteste pas avoir eu connaissance, le 2 août 2012, de la composition de la cour cantonale par l'envoi de la convocation à l'audience de jugement. Or, la requête en récusation du juge intimé n'a été déposée que le 6 septembre 2012. L'intéressée ne démontre pas que son incapacité de travail entraînait également celle de déposer une demande de récusation, ces affirmations sur ce point étant purement appellatoires. Au demeurant, dans la mesure où elle a été capable de demander à plusieurs reprises le report de l'audience, elle ne saurait prétendre ne pas avoir été en mesure de formuler une requête de récusation. La cour cantonale pouvait ainsi, sans violer le droit fédéral, déclarer la requête irrecevable au motif qu'elle n'avait pas été présentée "sans délai".
4. Enfin, la recourante invoque l'appréciation erronée et arbitraire des motifs de sa demande de récusation, citant l'art. 30 al. 1 Cst. Dans une argumentation éparse et confuse, elle prétend en substance que le juge intimé se serait déjà occupé de la procédure antérieure - celle ayant abouti au prononcé du 26 janvier 2011 - et aurait une opinion préconçue de la cause. L'intéressée critique également le comportement du juge qui a refusé de reporter l'audience et qui a, selon elle, intimidé son médecin, ce qui a conduit ce dernier à affirmer que le certificat médical produit était falsifié.
4.1 La garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH permet d'exiger la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à faire naître un doute sur son impartialité (<ref-ruling> consid. 3a p. 73). Elle tend notamment à éviter que des circonstances extérieures à la cause ne puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du juge est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération, les impressions purement individuelles d'une des parties au procès n'étant pas décisives (<ref-ruling> consid. 2.2 p.3 et la jurisprudence citée).
L'<ref-law> concrétise ces garanties pour la procédure pénale: divers motifs de récusation sont énumérés aux let. a à f. L'art. 56 let. f CPP a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes de l'<ref-law> (arrêt 1B_131/ 2011 du 2 mai 2011 consid. 3.1).
4.2 En l'espèce, point n'est besoin d'examiner les critiques soulevées par la recourante en lien avec l'activité déployée par le magistrat avant le 27 juillet 2012, la requête de celle-ci ayant été sur ce point déclarée irrecevable (cf. consid. 3 supra).
En ce qui concerne le comportement du juge incriminé qui s'est renseigné sur la portée du certificat médical présenté pour reporter l'audience, la recourante n'invoque aucune violation du droit fédéral. Le seul motif susceptible d'entrer en considération, compte tenu de l'argumentation développée dans le recours, semble être l'art. 56 let. f CPP. A teneur de cette disposition, toute personne exerçant une fonction au sein d'une autorité pénale est tenue de se récuser lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil juridique, sont de nature à la rendre suspecte de prévention. En l'occurrence, la recourante soutient que le juge aurait intimidé le médecin ayant établi le certificat médical. Ce faisant, elle s'écarte de l'état de fait retenu par la cour cantonale sans en démontrer le caractère arbitraire; sa critique est ainsi irrecevable (cf. consid. 2.1.2 supra). Cela étant, on ne discerne aucune inimitié caractérisée du juge dans le fait de se renseigner sur la capacité de l'intéressée à assister à une audience et à maintenir celle-ci lorsque le médecin indique que le certificat médical présenté aux autorités a été falsifié. Son grief est rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité.
5. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Parquet général et à la Cour suprême du canton de Berne, Section pénale, 2ème Chambre pénale.
Lausanne, le 26 novembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
La Greffière: Arn