Sachverhalt:
A. A.a Die 1959 geborene O._ war Sachbearbeiterin bei der Firma R._ AG und damit bei den Elvia Versicherungen (nunmehr Allianz Suisse Versicherungen; nachfolgend Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. Mai 1991 rutschte sie in der Badewanne aus und schlug sich beim Rückwärtsfallen den Nacken und den Kopf am Wannenrand an. Wegen persistierenden Nackenschmerzen suchte sie am 3. Juni 1991 ihren Hausarzt, Dr. med. T._ auf, welcher die Diagnose eines posttraumatischen Cervikalsyndroms bei (kongenitaler) Blockwirbelbildung C4/5 stellte. Die Versicherte arbeitete bis zum 26. Juli 1991 in vollem Umfang und verreiste danach in die Ferien. In der Folge (ab 19. August 1991) war O._ bis Ende April 1992 im Rahmen der von Dr. med. T._ und Dr. med. G._, Spezialarzt für Rheumatologie FMH, attestierten 50%igen Arbeitsfähigkeit tätig. Nachdem sie ihre angestammte Arbeit ab Mai 1992 wieder vollaufgenommen hatte, wurde ihr die Stelle gekündigt. PD Dr. med. B._, Spezialarzt für orthopädische Chirurgie, Klinik S._, stellte die Diagnose einer cervikalen Diskushernie mit kongenitalem Blockwirbel und unterzog O._ am 6. August 1993 einer ventralen Spondylodese C5/6. Mit Verfügung vom 10. September 1993 verneinte die Unfallversicherung die natürliche Kausalität zwischen der Diskushernie und dem Sturz in der Badewanne und stellte ihre Leistungen ein. Auf Einsprache hin wurde PD Dr. med. D._ mit einem Aktengutachten beauftragt. Gemäss Expertise vom 7. Dezember 1993 handle es sich beim Befund nicht um eine Diskushernie, sondern um ein Cervicovertebralsyndrom bei Status nach indirektem HWS-Trauma; unfallmedizinisch um eine Verschlimmerung eines Vorzustandes. Mit Schreiben vom 21. Dezember 1993 hob die Allianz ihre leistungsverweigernde Verfügung vom 10. September 1993 auf.
Nach einer weiteren Operation im Oktober 1994 (ventrale Nukleotomie und Plattenspondylodese C6/7) sowie einer Umschulung zur Marketingplanerin/Verkaufskoordinatorin sprach die Allianz O._ mit Verfügung vom 18. Juni 1998 ab 1. Mai 1998 eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung von je 50 % zu. Auch nach Rentenbeginn kam die Unfallversicherung weiter für die Heilbehandlung in Form von Arztkonsultationen, Physiotherapie und Medikamenten auf.
A.b Dr. med. H._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, teilte der Allianz mit Schreiben vom 6. Mai 2002 mit, aufgrund der Akten leide die Versicherte nicht mehr an Unfallfolgen, sondern an den - seines Erachtens - teilweise fragwürdigen und überflüssigen Operationen an ihrer Wirbelsäule. Die Unfallversicherung informierte O._ mit formlosem Schreiben, dass sie für die Heilbehandlungen nur noch bis Ende des Jahres 2002 aufkommen werde. Eine radiologische Untersuchung vom 16. Februar 2004 zeigte eine deutliche Spinalkanalstenose bei Diskushernie C4/5 mit Myelonkompression und bereits beginnender Myelomalazie. Am 26. März 2004 unterzog sich die Versicherte einer dorsalen Laminotomie und Dekompression C3/4 beidseits und informierte die Unfallversicherung über die Verschlechterung des Gesundheitszustandes mit vollständiger Arbeitsunfähigkeit. Am 20. August 2004 wurde O._ ein weiteres Mal an ihrer Halswirbelsäule operiert. Im Auftrag der Allianz erstellte das Institut X._ am 1. Juli 2005 eine Expertise, worauf die Unfallversicherung mit Verfügung vom 12. April 2006 die Versicherungsleistungen für Heilbehandlung - inklusive der Operationen im Jahre 2004 - auf den 31. Dezember 2002 und die Rentenleistungen per 31. August 2004 einstellte. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 23. Juli 2007).
B. Das Verwaltungsgericht Nidwalden wies eine gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 3. März 2008 ab.
C. O._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihr über den 31. Dezember 2002 hinaus die gesetzlichen Leistungen in Form von Heil- und Pflegeleistungen, Taggeldern und - über den 31. August 2004 hinaus - auch Rentenleistungen zu erbringen. Eventuell sei die Sache zur ergänzenden Abklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Invalidität (<ref-law>), die Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law>), auf Heilbehandlung, Taggeld und Invalidenrente (Art. 10, Art. 16, Art. 18 Abs. 1, Art. 19 Abs. 1 und Art. 21 Abs. 1 UVG; <ref-ruling> E. 4 f. S. 113 ff.) sowie die Revision und Anpassung von Leistungen (<ref-law>; <ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt betreffend den für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f. mit Hinweisen), die vorausgesetzte Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen und bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116, 115 V 133), den im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 mit Hinweis) sowie den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351 ff.). Darauf wird verwiesen.
Zu ergänzen ist, dass im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle spielt, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Allianz ihre Leistungen, unter anderem die seit dem 1. Mai 1998 ausgerichtete halbe Invalidenrente, zu Recht auf Ende August 2004 eingestellt hat, da sich ihres Erachtens die gesundheitlichen Verhältnisse insoweit verändert hätten, als die weiterhin bestehenden Beschwerden nicht mehr in einem rechtserheblichen Kausalzusammenhang mit dem Unfall vom 2. Mai 1991 stünden.
Die Beschwerdeführerin argumentiert, der entscheidwesentliche Sachverhalt habe sich seit Rentenbeginn nicht geändert. Es wäre Aufgabe der Allianz nachzuweisen, dass sich die festgestellte kongenitale Blockwirbelproblematik verändert habe und damit als unfallfremder Faktor neu eine Unfallkausalität der Beschwerden ausschliesse. Mit dem Gutachten des Instituts X._, auf welches sich die Unfallversicherung und die Vorinstanz stütze, liege nur eine neue Beurteilung der bereits bekannten Problematik vor, was hingegen keine Veränderung der tatsächlichen Verhältnisse darstelle.
4.1 4.1.1 Nachdem die Unfallversicherung ihre weitere Leistungspflicht mit Verfügung vom 10. September 1993 verneint hatte, holte sie im Rahmen des Einspracheverfahrens ein Aktengutachten beim Orthopäden PD Dr. med. D._ ein. In der Expertise vom 7. Dezember 1993 führt dieser aus, beim Sturz in der Badewanne sei es zu einer direkten Kontusion der HWS gekommen. Entgegen anderslautenden Diagnosen habe der Unfall keine Diskushernie verursacht. Eine solche sei auf dem MRI vom 11. Dezember 1991 nicht ersichtlich. Auch würde eine operationswürdige cervikale Diskushernie fast zwangsläufig auch radikuläre Symptome zeigen, was bei der Probandin nicht der Fall sei. Hingegen habe das klinische Bild typische Zeichen eines Cervicovertebralsyndroms gezeigt, dessen Beschwerden von den Gelenken, Gelenkkapseln und Muskeln ausgehen. Der Arzt bezeichnete seinen Befund als eine durch den Unfall verursachte richtunggebende Verschlimmerung eines Vorzustandes in Form einer mittelschweren Spondylose der Bandscheibe C5/6 bei direkt darüber liegendem Blockwirbel C4/5. Aufgrund dieser Beurteilung hob die Versicherung ihre Verfügung auf und richtete - nach einer weiteren Operation und einer durch die Invalidenversicherung erfolgten Umschulung - ab Mai 1998 eine halbe Rente aus.
4.1.2 Die Revisionsverfügung stützt sich auf das interdisziplinäre Gutachten des Instituts X._ vom 1. Juli 2005 inklusive der verschiedenen Untergutachten. Die Experten führen aus, die unfallbedingten Beschwerden seien nach der vierten HWS-Operation im August 2004 (Dekompression C3/4 202) verschwunden. Diese Einschätzung wird auch durch ein Zeugnis des Neurologen von der Klinik S._, Dr. med. E._, vom 24. November 2004 gestützt, der von sehr guten Befunden und einer anhaltenden Besserung des zervikalen Schmerzsyndroms berichtet. Gemäss Gutachten des Instituts X._ seien die Beschwerden bis zum Operationsdatum vom 2. August 2004 als richtungsbetontes Trauma in der Anamnese zu erklären gewesen, diese seien seit der letzten chirurgischen Intervention aber verschwunden. Spätestens seit diesem Eingriff beständen keine Folgen des Unfalls mehr. Indessen sei die Versicherte durch die angeborene Missbildung und die darauf beruhenden Folgen lediglich zu 50 % arbeitsfähig (S. 27). Grundsätzlich wird diese Einschätzung auch durch das Schreiben des Prof. Dr. med. B._, Chefarzt der Wirbelsäulenchirurgie an der Klinik S._, vom 5. Oktober 2005 bestätigt. Durch den letzten Eingriff hätten sich die Beschwerden seiner Patientin auch gemäss deren eigenen Angaben deutlich gebessert. Als Beschwerden würden eine weiterhin bestehende verminderte Kraft und Koordination im proximalen Anteil des rechten Armes geschildert.
4.2 Damit steht eindeutig fest, dass sich die gesundheitlichen Verhältnisse im August 2004 verändert, konkret verbessert haben. Was die Beschwerdeführerin gegen das Gutachten des Instituts X._ vorbringt, vermag daran nichts zu ändern. Entgegen ihrer Darstellung in der Beschwerdeschrift hat die Allianz nicht nachzuweisen, dass sich die angeborene Blockwirbelbildung, also der Vorzustand verändert hat. Es genügt, dass aus medizinischer Sicht das durch den Unfall verursachte Cervicovertebralsyndrom nunmehr für die attestierte Arbeitsunfähigkeit in jeder Tätigkeit keine Rolle mehr spielt. Entgegen der Darstellung des Prof. Dr. med. B._ hat die von ihm im August 2004 operierte Diskushernie mit beginnender Myelopathie nichts mit dem Unfall vom Mai 1991 zu tun. Eine unfallinduzierte Diskushernie wurde von PD Dr. D._ bereits im Jahre 1993 mit sehr guter Begründung ausgeschlossen. Daran hat sich nichts geändert. Auch die nunmehr vorgebrachte neuropsychologische Beeinträchtigung, welche gemäss Beschwerdeführerin auf eine durch den Unfall verursachte commotio cerebri zurückzuführen sei, spielt für den hier zu beurteilenden Sachverhalt keine Rolle. In den Arztzeugnissen vor der ursprünglichen Rentenverfügung war keine Rede von neuropsychologischen Defiziten. Sollten solche nunmehr vorliegen, wäre es ausserordentlich unwahrscheinlich, dass sie auf einen Unfall vom Mai 1991 zurückzuführen wären. Da entsprechende Beeinträchtigungen von der Beschwerdeführerin neu behauptet werden, hätte sie dafür auch den Wahrscheinlichkeitsbeweis zu erbringen. Auch die Einwände, welche die Beschwerdeführerin gegen die Qualität des Teilgutachtens des Rheumatologen Dr. med. Y._ vorbringt, vermag nichts daran zu ändern, dass das kantonale Gericht mit guten Gründen auf das Gutachten vom 1. Juli 2005 abgestellt hat. Aus der Untersuchungsdauer - gemäss Beschwerdeschrift 30 Minuten - kann nichts abgeleitet werden, was den Beweiswert der Expertise grundsätzlich in Frage zu stellen vermöchte. Zudem werden die wesentlichen Angaben auch vom behandelnden Chirurgen bestätigt; demnach hat sich seit der letzten Operation eine wesentliche Besserung eingestellt. Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, erfüllt das Gutachten des Instituts X._ vom 1. Juli 2005 die praxisgemäss für den Beweiswert medizinischer Gutachten massgebenden Anforderungen (<ref-ruling>). Sie hat zu Recht darauf abgestellt. Damit steht fest, dass nach der Operation vom 2. August 2004 keine Folgen des Unfalls vom 2. Mai 1991 mehr vorlagen. Eine Rentenrevision ist nur für die Zukunft möglich (<ref-law>). Eine rückwirkende Anpassung ist damit ausgeschlossen; der genaue Zeitpunkt wird vom Gesetz aber nicht bestimmt. Infrage kommen für die Festlegung des Anpassungszeitpunkts der Eintritt der massgebenden Sachverhaltsänderung, der für die Anpassungsüberprüfung vorgesehene Termin, der Zeitpunkt des Entscheids über die Anpassung oder ein folgender Zeitpunkt (Kieser, ATSG-Kommentar, N. 32 ff. zu Art. 17). Der genaue Zeitpunkt kann vorliegend offen bleiben, denn die Aliianz hat zwar die Rente auf den 31. August 2004 rückwirkend eingestellt, gleichzeitig aber auch die Rückforderung der auf danach und bis zum 31. Dezember 2005 noch bezahlten Renten verzichtet.
4.3 Nachdem der natürliche Kausalzusammenhang zwischen der ab September 2004 bestehenden gesundheitlichen Beeinträchtigung und dem versicherten Unfall weggefallen ist, besteht keine Veranlassung für eine Prüfung eines eventuellen adäquaten Kausalzusammenhanges. Immerhin ist diesbezüglich darauf hinzuweisen, dass Dr. med. Y._ die von der Beschwerdeführerin angegebenen Beschwerden als aus seiner Sicht objektivierbar erachtete, weshalb sich eine gesonderte Prüfung der Adäquanz erübrigt hätte (E. 2).
5. Mit Einspracheentscheid vom 23. Juli 2007 wurde nicht nur der Rentenanspruch aufgehoben, sondern auch die Heilbehandlung auf den 31. Dezember 2002 eingestellt. Das kantonale Gericht hat sich trotz ausdrücklichem Antrag in der Beschwerdeschrift, die Heil- und Pflegekosten seien über dem 31. Dezember 2002 hinaus zu übernehmen, zu diesem Rechtsbegehren nicht geäussert. Dasselbe gilt für dasjenige nach Ausrichtung von Taggeldleistungen. Die Beschwerdeführerin wiederholt auch letztinstanzlich die entsprechenden Anträge. Das Bundesgericht kann hingegen mangels vorinstanzlicher Entscheidfindung darüber nicht urteilen. Die Sache ist daher diesbezüglich an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie sich zum Anspruch der Beschwerdeführerin auf Heilbehandlung und Taggeld ab Januar 2003 äussert.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden zu zwei Dritteln der in der Hauptsache unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt. Zu einem Drittel hat sie die Unfallversicherung zu tragen (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Die Allianz hat die Beschwerdeführerin zudem mit Fr. 800.- für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>)

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über die noch nicht beurteilten Anträge in der Beschwerde vom 22. August 2007 materiell entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 500.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 250.- auferlegt.
3. Die Allianz hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer