Sachverhalt:
A. A.X._ und B.X._ zogen am 1. März 2000 vom Kanton Aargau her nach Walchwil/ZG. Anfangs 2001 gründete A.X._ die Einzelfirma "A.X._, Unternehmer/Treuhänder", die laut Handelsregisterauszug "Treuhandgeschäfte" bezweckt. Einen ersten Geschäftsabschluss per Ende 2001 erstellte A.X._ am 6. Oktober 2002. Darin bilanzierte er Aktiven von Fr. 127'500.--, darunter vier argentinische Obligationen, auf denen er ausserordentliche Abschreibungen von Fr. 224'491.10 vornahm; infolge der Abschreibungen wurde ein Verlust von Fr. 37'317.35 ausgewiesen.
Für die Steuerperiode 2001 deklarierten A.X._ und B.X._ ein steuerbares Einkommen von Fr. 0.-- (Kantonssteuer und direkte Bundessteuer) und ein steuerbares Vermögen von Fr. 1'712'231.-- (Steuererklärung vom 5. Oktober 2002). Abweichend davon wurden sie am 21. April 2005 von der Kantonalen Steuerverwaltung Zug wie folgt eingeschätzt:
Einkommen
gesamt
Einkommen
im Kanton Zug
steuerbar
Vermögen
gesamt
Vermögen
im Kanton Zug steuerbar
Kantonssteuer
Fr. 628'964
Fr. 194'400
Fr. 1'502'651
Fr. 354'000
Direkte Bundessteuer
Fr. 647'564
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Dabei wurden insbesondere die ausserordentlichen Abschreibungen auf den argentinischen Obligationen aufgerechnet, da sie nicht Geschäftsvermögen bildeten.
Dagegen erhoben A.X._ und B.X._ am 19. Mai 2005 Einsprache und reichten modifizierte Jahresrechnungen ein. Darin wiesen sie nunmehr auch zwei Liegenschaften im Kanton St. Gallen (Rorschach und St.Gallen) sowie eine im Kanton Thurgau (Romanshorn) als Geschäftsvermögen aus und nahmen darauf ordentliche Abschreibungen von 2% (ausmachend Fr. 220'000.--) vor.
Im Einspracheentscheid vom 26. Juni 2006 wurden weder die ausserordentlichen noch die ordentlichen Abschreibungen anerkannt, weil es sich nicht um Geschäftsvermögen handle. Hingegen wurden die nachträglich eingereichten Unterlagen zu den Mieterträgen sowie Unterhaltskosten der Immobilien berücksichtigt und die Eheleute X._ in teilweiser Gutheissung der Einsprache neu wie folgt veranlagt:
Einkommen
gesamt
Einkommen
im Kanton Zug steuerbar
Vermögen
gesamt
Vermögen
im Kanton Zug steuerbar
Kantonssteuer
Fr. 469'748
Fr. 191'700
Fr. 1'502'651
Fr. 354'000
Direkte Bundessteuer
Fr. 488'348
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B. Im Rekurs vom 19. Juli 2006 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zug verlangten die Eheleute X._, die Schuldzinsen im Betrag von Fr. 358'981.25 seien vollumfänglich zu berücksichtigen, ebenso Verwaltungskosten von Fr. 10'000.-- für die Liegenschaft Wängi/TG. Daneben beharrten sie auf der Zulassung der Abschreibungen.
In der Folge hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zug am 28. Dezember 2006 den Rekurs insoweit gut, als es Schuldzinsen von Fr. 358'981.25 und Verwaltungskosten von Fr. 10'000.-- zum Abzug zuliess und diesbezüglich die Sache zur Neuberechnung der Steuerbeträge an die Steuerverwaltung zurückwies. Im Übrigen wurde der Rekurs abgewiesen. Die beantragten Abschreibungen wurden nicht anerkannt, weil weder die vier argentinischen Obligationen noch die drei ausserkantonalen Liegenschaften zum Geschäftsvermögen gehörten.
C. A.X._ und B.X._ haben am 8. Februar 2007 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Die Beschwerdeführer beantragen sinngemäss, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 28. Dezember 2006 sei aufzuheben und es seien sowohl die ausserordentlichen Abschreibungen auf den Wertschriften als auch die ordentlichen Abschreibungen auf den drei Immobilien "in der Höhe des gesetzlich maximal Möglichen nach Zuger- und Bundes-Steuerrecht" anzuerkennen.
D. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug, das Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts erging am 28. Dezember 2006. Auf das vorliegende Verfahren findet somit noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, BGG; SR 173.110).
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, welches Rechtsmittel zulässig und in welchem Umfang darauf einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 142; <ref-ruling> E. 1 S. 60, je mit Hinweisen).
2.1 Sowohl mit Bezug auf die direkte Bundessteuer als auch hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuer steht gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen (Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
2.2 Die Beschwerdeführer sind zur Beschwerdeführung berechtigt (Art. 103 lit. a OG; Art. 73 Abs. 2 StHG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
2.3 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde können die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und lit. b OG). Hat - wie hier - als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden, so ist das Bundesgericht an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, wenn der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.4 Für die direkte Bundesteuer ist Art. 114 OG zu beachten. Danach kann das Bundesgericht in der Sache entscheiden und gegebenenfalls auch über die Anträge der Parteien hinausgehen (<ref-ruling> E. 2 S. 366, mit Hinweisen). Bei der Kantons- und Gemeindesteuer hingegen kann das Bundesgericht bei Gutheissung der Beschwerde den angefochtenen Entscheid nur kassieren und nicht an Stelle der kantonalen Behörde neu entscheiden (Art. 73 Abs. 3 StHG; <ref-ruling> E. 2.3 S. 5, mit Hinweis). Soweit die Beschwerdeführer mehr verlangen, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
I. Direkte Bundessteuer
3. Nach <ref-law> unterliegen alle Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit der Einkommenssteuer. Gemäss <ref-law> kön-nen bei selbständiger Erwerbstätigkeit die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten, insbesondere die Abschreibungen, abgezogen werden (Art. 27 Abs. 2 lit. a und Art. 28 DBG). Solche Aufwendungen sind nur auf Geschäftsvermögen zulässig, wogegen sie auf Gegenständen des Privatvermögens ausgeschlossen sind (statt vieler: Urteil 2A.228/2006 vom 28. November 2006, E. 2.1).
Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (Art. 18 Abs. 2 Satz 3 erster Teil DBG; vgl. Martin Arnold, Geschäfts- und Privatvermögen im schweizerischen Einkommenssteuerrecht, in: ASA 75, 265 ff., insbesondere S. 271 ff.). Aus dieser gesetzlichen Umschreibung ergibt sich, dass das Hauptkriterium für die Zuteilung eines Vermögenswertes zum Geschäfts- oder Privatvermögen dessen aktuelle technisch-wirtschaftliche Funktion ist; massgebend ist, ob der fragliche Gegenstand tatsächlich dem Geschäft dient (vgl. Arnold, a.a.O., S. 274).
4. Die vorliegend umstrittenen Abschreibungen sind nach der dargestellten Rechtslage nur zulässig, wenn die betreffenden Immobilien und Wertschriften zum Geschäftsvermögen der Beschwerdeführer gehören. Die Vorinstanz hat dies verneint.
4.1 Mit Bezug auf die fraglichen drei Immobilien steht fest, dass die Beschwerdeführer diese Liegenschaften in ihrer Steuererklärung für die Steuerperiode 2001 noch als Privatvermögen deklarierten; entsprechend waren sie im ersten Jahresabschluss per Ende 2001 vom 6. Oktober 2002 noch nicht unter den Aktiven aufgeführt. Erst im "zweiten" Jahresabschluss per Ende 2001 vom 20. März 2005 wurden die Mehrfamilienhäuser in Rorschach, St. Gallen und Romanshorn mit Fr. 10'780'000.-- als Aktiven bilanziert, auf welchen eine ordentliche Abschreibung von 2% (ausmachend Fr. 220'000.--) vorgenommen wurde.
Wie die Vorinstanz zu Recht erwog, dienten diese Liegenschaften technisch-wirtschaftlich nicht dem Geschäftszweck der Einzelfirma. Es kommt hinzu, dass die blosse Vermietung von Liegenschaften in der Regel keine selbständige Erwerbstätigkeit darstellt (ASA 74, 737 E. 2.5 S. 741 f., mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer behaupten im Übrigen mit Grund nicht, sie seien gewerbsmässige Liegenschaftshändler; diese Qualifikation wäre für sie nicht hilfreich, weil die Liegenschaften alsdann Umlaufvermögen (Handelsware) darstellen würden und ordentliche Abschreibungen damit ohnehin nicht zulässig wären (vgl. Urteil 2A.667/2006 vom 16. Februar 2007, E. 3.3, mit Hinweisen).
4.2 Was die ausserordentlichen Abschreibungen auf den argentinischen Obligationen anbetrifft, so belegen die Wertschriftenabrechnungen der beteiligten Banken aus den Jahren 2000 und 2001, dass die jeweiligen Käufe dem Privatkonto der Beschwerdeführer belastet wurden. Wohl wäre auch eine Sacheinlage denkbar, allerdings ist nicht ersichtlich und auch nicht dargetan, inwiefern diese Obligationen der Treuhandfirma "tatsächlich gedient" haben sollen. Die Vorinstanz sah daher zu Recht keinen Bezug zur Geschäftstätigkeit des Beschwerdeführers als Treuhänder. Zudem verneinte sie richtigerweise jeglichen gewerbsmässigen Handel mit Wertpapieren, weil die Obligationen nicht in Ausnutzung der Entwicklungen des Marktes zur Gewinnoptimierung gekauft worden waren (vgl. dazu ASA 73, 656 E. 2, mit Hinweisen).
Was die Beschwerdeführer dagegen einwenden, überzeugt nicht: Soweit sie geltend machen, die Wertschriften seien ohne Eigenmittel durch Aufnahme von Hypotheken auf den "Geschäftsimmobilien" erfolgt, übersehen sie, dass es sich bei diesen Immobilien, wie oben dargelegt, gerade nicht um Geschäftsvermögen handelt. Ferner trifft wohl zu, dass die Wertschriften - erstmals - in der Jahresabschlussbilanz vom 6. Oktober 2002 per Ende 2001 unter den Aktiven aufgeführt und insofern buchhalterisch als Geschäftsvermögen behandelt wurden. Entscheidend ist hier jedoch, wie erwähnt, der Umstand, dass nichts dafür spricht, dass die fraglichen Obligationen tatsächlich der Gewinnerzielung in der Treuhandfirma gedient hätten.
II. Kantons- und Gemeindesteuer
5. Nach Art. 7 Abs. 1 StHG und § 17 Abs. 1 des Steuergesetzes vom 25. Mai 2000 des Kantons Zug (StG/ZG) unterliegen alle Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit der Einkommenssteuer. Gemäss Art. 10 StHG und § 26 Abs. 1 StG/ZG können bei selbständiger Erwerbstätigkeit die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten, insbesondere die ausgewiesenen Abschreibungen des Geschäftsvermögens, abgezogen werden (Art. 10 Abs. 1 lit. a StHG; § 26 Abs. 2 lit. a StG/ZG). Solche Aufwendungen sind mithin ausdrücklich nur auf Geschäftsvermögen zulässig. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (Art. 8 Abs. 2 erster Teil StHG; § 17 Abs. 2 Satz 3 erster Teil StG/ZG). Daraus erhellt, dass das Steuergesetz des Kantons Zug in den hier zur Diskussion stehenden Punkten vollkommen mit dem Steuerharmonisierungsgesetz übereinstimmt und beide Steuererlasse mit dem Bundessteuergesetz (DBG) identisch sind. Das hiervor zur direkten Bundessteuer Ausgeführte gilt folglich gleichermassen für die Kantons- und Gemeindesteuer.
6. Nach dem Gesagten ist das angefochtene Urteil nicht zu beanstanden. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist sowohl betreffend die direkte Bundessteuer als auch betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'500.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung des Kantons Zug, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Mai 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: