Sachverhalt:
A. Das Betreibungsamt A._ teilte nach Dahinfallen des Verwertungsaufschubs in der gegen X._ laufenden Betreibung Nr. 1 (Gläubigerin: Einwohnergemeinde A._, vertreten durch die Finanzverwaltung) am 9. August 2007 mit, dass gemäss betreibungsamtlicher Schätzung des Grundstückes GB A._ mit Remise Nr. ... der Verkehrswert Fr. 3'120'000.-- betrage (Schätzung des kantonalen Schätzers Z._ vom 27. Juli 2007). Am 20. August 2007 verlangte X._ eine neue Schätzung durch einen Sachverständigen. Mit Verfügung vom 31. August 2007 forderte der Gerichtspräsident als untere Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen den Schuldner gestützt auf <ref-law> auf, innert zehntägiger Frist einen Kostenvorschuss von Fr. 1'500.-- für die Sachverständigenschätzung zu leisten, andernfalls auf das Begehren nicht eingetreten werde. Am 21. September 2007 (dem letzten Tag der zehntägigen Frist) ersuchte der Schuldner um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Mit Entscheid vom 5. Oktober 2007 wies die untere Aufsichtsbehörde das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab und trat auf das Begehren um Neuschätzung nicht ein.
B. Gegen den Entscheid der unteren Aufsichtsbehörde gelangte X._ an das Obergericht des Kantons Aargau, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission, als obere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, welche die Beschwerde mit Entscheid vom 30. Juli 2008 abwies, soweit darauf eingetreten wurde.
C. Mit Eingabe vom 21. August 2008 führt X._ Beschwerde in Zivilsachen. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht im Wesentlichen, den Entscheid der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde vom 30. Juli 2008 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, unter Befreiung der Pflicht zur Leistung eines Kostenvorschusses die Sachverständigenschätzung anzuordnen. Weiter ersucht er um Gewährung der unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Der letztinstanzliche Entscheid über ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege stellt einen Zwischenentscheid mit einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil dar (<ref-law>; Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2). Er ist von einer Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen gefällt worden, womit die Beschwerde in Zivilsachen dem Hauptverfahren folgend und unabhängig eines Streitwertes gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG; <ref-ruling> E. 1.2).
1.2 Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), zu dem laut der Begriffsbestimmung des BGG auch das Verfassungsrecht gehört.
1.3 In der Begründung der Beschwerde ist darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (<ref-law>), wobei das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591).
2. Die obere Aufsichtsbehörde hat - im Wesentlichen unter Verweisung auf die Ausführungen der Erstinstanz - erwogen, dass für die Sachverständigenschätzung gemäss <ref-law> kein Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege bzw. Befreiung von der Kostenvorschusspflicht bestehe. Es handle sich nicht um eine Gebühr für eine amtliche Verrichtung, sondern um ausserordentliche Kosten, für die in der VZG ausdrücklich die Vorschusspflicht vorgesehen sei. Selbst wenn die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege möglich wäre, könnte sie dem Beschwerdeführer nicht bewilligt werden, da er seine Bedürftigkeit weder in substantiierter Weise behauptet noch belegt habe.
Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz im Wesentlichen einen Verstoss gegen <ref-law>, weil sie für die Kostenvorschusspflicht nach <ref-law> den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege ausschliesse, und macht geltend, seine Bedürftigkeit anhand von Angaben und Unterlagen hinreichend belegt habe.
3. Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt und deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege. Falls es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Grundsätzlich besteht dieser Anspruch für jedes staatliche Verfahren, in welches der Gesuchsteller einbezogen wird oder das zur Wahrung seiner Rechte notwendig ist. Die Rechtsnatur des Verfahrens ist dabei ohne Belang. Entscheidend ist hingegen, ob die Interessen des Gesuchstellers in schwerwiegender Weise betroffen sind und der Fall in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht Schwierigkeiten bietet, die den Beizug eines Rechtsvertreters erforderlich machen. Droht das in Frage stehende Verfahren besonders stark in die Rechtsposition des Gesuchstellers einzugreifen, ist die Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes grundsätzlich geboten, sonst nur dann, wenn zur relativen Schwere des Falles besondere tatsächliche oder rechtliche Schwierigkeiten hinzukommen, denen der Gesuchsteller auf sich alleine gestellt nicht gewachsen wäre (<ref-ruling> E. 2.2 S. 182 mit Hinweisen).
3.1 Umstritten ist die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege nach <ref-law> für das Verfahren zur Schätzung des Grundstücks durch Sachverständige gemäss <ref-law>. Soweit die obere Aufsichtsbehörde die unentgeltliche Rechtspflege mit dem Hinweis verweigert, die Kosten der Sachverständigenschätzung seien "ausserordentliche Kosten" und nicht Gebühren für eine amtliche Tätigkeit eines Vollstreckungsorganes, ist dies nicht haltbar. Wenn für ein Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren ist, so umfasst die Befreiungswirkung die Vorschüsse für sämtliche prozessualen Handlungen (vgl. BGE 57 I 337 E. 3 S. 348; <ref-ruling> E. 3c S. 18). Sodann ist unzutreffend, wenn die Aufsichtsbehörde festgehalten hat, der Beschwerdeführer hätte für sein Begehren "das kostenlose Beschwerdeverfahren in Anspruch nehmen können". Entweder werden Fehler im Verfahren zur betreibungsamtlichen Schätzung gerügt oder es geht - wie hier die kantonalen Aufsichtsbehörden unbestrittenermassen angenommen haben - um das Ergebnis der betreibungsamtlichen Schätzung, welches der Beschwerdeführer in Frage stellt. Im letzteren Fall hat jedoch eine (neue) Schätzung durch Sachverständige gemäss <ref-law> zu erfolgen (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen) und kann der Beschwerdeführer nicht auf das Beschwerdeverfahren verwiesen werden.
3.2 Zu prüfen ist, ob das Verfahren zur Neuschätzung des Grundstücks durch Sachverständige gemäss <ref-law> vom Anspruch gemäss <ref-law> erfasst ist.
3.2.1 Nach dem Sinn und Zweck der unentgeltlichen Rechtspflege muss das Gemeinwesen den Privaten nur dann unterstützen, wenn diesem ansonsten der Verlust eines Rechts oder ein als unzulässig erachteter Eingriff in seine Rechte droht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 182 mit Hinweisen; Urteil 5A_447/2007 vom 13. Dezember 2007 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>). So hat der Schuldner nach der Rechtsprechung für die vom Konkursamt im Rahmen der Verwertung eines Miteigentumsanteils an einem Grundstück durchzuführende Einigungsverhandlung mit den pfandberechtigten Gläubigern (Art. 73e i.V.m. <ref-law>) keinen Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand (<ref-ruling> E. 2.1-2.5 S. 13 ff.).
3.2.2 Nach den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil geht es vorliegend nicht um die Schätzung bei der Pfändung (<ref-law>), sondern offenbar um die Schätzung im Vorbereitungsverfahren zur Verwertung eines Grundstücks in einer Betreibung auf Pfändung. Jeder Betroffene hat das Recht, die im Hinblick auf die Verwertung eines gepfändeten Grundstücks vorgenommene Schätzung in Frage zu stellen und im Sinne von <ref-law> eine neue Schätzung durch Sachverständige zu verlangen (<ref-ruling> E. 3 S. 339). Im Verwertungsverfahren kommt der Schätzung allerdings nur untergeordnete Funktion zu. Ihre Hauptfunktionen wie im Pfändungsverfahren (<ref-ruling> E. 1a S. 339) - Bestimmung des Deckungsumfanges (<ref-law>), damit nicht mehr als nötig mit Beschlag belegt wird, und Orientierung des Gläubigers über das voraussichtliche Ergebnis der Verwertung (<ref-law>) - entfallen hier weitgehend (<ref-ruling> E. 1 S. 34).
3.2.3 Die Schätzung des zu versteigernden Grundstücks gibt den Interessenten lediglich einen Anhaltspunkt über das vertretbare Angebot, ohne etwas über den an der Versteigerung tatsächlich erzielbaren Erlös auszusagen (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 34; <ref-ruling> E. 3.1 S. 597). Dem Beschwerdeführer als Schuldner im Verwertungsverfahren droht nicht der Verlust eines Rechts, wenn ihn das Gemeinwesen nicht durch unentgeltliche Rechtspflege bei der Neuschätzung des zu versteigernden Grundstücks unterstützt. Anders als im Pfändungsverfahren besteht nicht etwa die Gefahr, dass mehr als nötig mit Beschlag belegt wird. Dem Beschwerdeführer droht - mit Blick auf die in der Folge zu treffenden vollstreckungsrechtlichen Anordnungen (<ref-ruling> E. 2.5 S. 15) - so wenig ein Eingriff in dessen Rechte wie es der Ausschluss der unentgeltlichen Rechtspflege für die Einigungsverhandlungen bei der Verwertung eines Miteigentumsanteils an einem Grundstück mit sich bringt. Vor diesem Hintergrund ist nicht zu beanstanden, wenn die obere Aufsichtsbehörde zum Ergebnis gelangt ist, dass dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege für die anbegehrte Neuschätzung des zu versteigernden Grundstücks nicht zu gewähren ist. Die Rüge einer Verletzung von <ref-law> ist unbegründet.
3.3 Bei diesem Ergebnis ist nicht zu erörtern, ob die obere Aufsichtsbehörde zu Recht angenommen hat, dass mit den vom Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren eingereichten Unterlagen die Bedürftigkeit nicht hinreichend belegt sei. Im Übrigen rügt der Beschwerdeführer nicht, inwiefern der von der oberen Aufsichtsbehörde bestätigte Nichteintretensentscheid rechtsverletzend sei, insbesondere wendet er sich nicht dagegen, dass sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abgewiesen und gleichzeitig auf das Gesuch um Neuschätzung nicht eingetreten wurde, ohne dass ihm eine Nachfrist zur Leistung des Kostenvorschusses angesetzt worden wäre. Insoweit ist die Beschwerde nicht hinreichend begründet.
4. Nach dem Dargelegten ist die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Über eine Parteientschädigung ist nicht zu befinden, da keine Vernehmlassung eingeholt worden ist. Die Voraussetzungen, um dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren, sind erfüllt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission, als oberer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante