Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Beschwerdeführerin) schloss am 5. Mai 2003 mit A._ als Gründer der Übernahmegesellschaft Y.X._ AG (Beschwerdegegnerin) einen Kauf- und Darlehensvertrag ab. Es wurde beabsichtigt, im Sinne einer Nachfolgeregelung auf die - im damaligen Zeitpunkt noch zu gründende - Beschwerdegegnerin per 1. Januar 2004 gewisse Vermögenswerte zu übertragen.
Als Kaufpreis wurde der "Überschuss der übernommenen betrieblichen Aktiven ... abzüglich der übernommenen betrieblichen Passiven" bestimmt. Dabei wurde der Buchwert der Aktiven und Passiven gemäss definitiver geprüfter Bilanz per 31. Dezember 2003 als massgeblich erklärt (Ziffer 5.1). Vereinbart war eine Anzahlung von Fr. 200'000.-- an den Kaufpreis; in der Höhe des Restkaufpreises wurde der Beschwerdegegnerin ein Investitionsdarlehen gewährt (Ziffer 6 und 7). Die Beschwerdegegnerin erhielt von der Beschwerdeführerin zudem einen Betriebskredit in Form eines festen Vorschusses in der Höhe von Fr. 700'000.-- (Ziffer 8). Sowohl für das Investitionsdarlehen als auch für den Betriebskredit wurden eine Verzinsung von 4 % pro Jahr sowie Fälligkeitstermine per 30. Juni und 31. Dezember vereinbart (Ziffer 7.1.2 und 8.4).
Neben dem Kauf- und Darlehensvertrag schlossen die Parteien, ebenfalls am 5. Mai 2003, eine Zusatzvereinbarung ab. Darin wurde die Abgeltung eines "zu berücksichtigenden Mehrwerts" geregelt und die Bezahlung eines "Mehrpreises" von Fr. 800'000.-- durch die Beschwerdegegnerin an die Z._ AG vereinbart.
A.b Die Beschwerdegegnerin wurde in der Folge im Hinblick auf die beabsichtigte Nachfolgeregelung gegründet und am 22. Dezember 2003 im Handelsregister eingetragen. Per 1. Januar 2004 gingen sodann die betrieblichen Aktiven und Passiven der Beschwerdeführerin, mit Ausschluss der Liegenschaften und nicht übernommenen Anlageteile, der flüssigen Mittel und der Forderungen, auf die Beschwerdegegnerin über.
Strittig blieb zwischen den Parteien die Höhe des Kaufpreises, insbesondere die Höhe des Investitionsdarlehens. Nach Abschluss eines Teilvergleichs vom 28. Juni 2007 beträgt der streitige Betrag noch Fr. 700'000.--. Währenddem sich die Beschwerdeführerin auf den Standpunkt stellt, das Investitionsdarlehen betrage Fr. 1'681'225.--, geht die Beschwerdegegnerin von dem um Fr. 700'000.-- tieferen und anerkannten Betrag von Fr. 981'225.-- aus. Diese Differenz resultiert daraus, dass die Beschwerdegegnerin der Ansicht ist, bei den Fr. 700'000.-- handle es sich um ungerechtfertigterweise aufgelöste stille Reserven, die schon mit der Zusatzvereinbarung vom 5. Mai 2003 abgegolten worden seien, weshalb eine nochmalige Aufrechnung dieses Betrags auf den Kaufpreis und das Investitionsdarlehen eine Doppelzahlung darstellen würde. Entsprechend zahlte die Beschwerdegegnerin auf diesen Fr. 700'000.-- den vereinbarten Darlehenszins von 4 % nicht. Die diesbezüglichen Zinsen mit Fälligkeitsdatum per 1. Juli 2004, 1. Januar 2005 und 1. Juli 2005 betragen insgesamt Fr. 42'000.--. Im vorliegenden Verfahren geht es um den Darlehenszins auf dem streitig gebliebenen Betrag von Fr. 700'000.--.
B. Am 12. September 2006 erhob die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage mit dem Antrag, die Beschwerdegegnerin sei zu verurteilen, der Beschwerdeführerin einen Betrag von Fr. 59'741.10 zuzüglich Zins zu 5 % seit wann rechtens zu bezahlen.
Nach Abschluss des Teilvergleichs vom 28. Juni 2007 stellte das Handelsgericht des Kantons Bern fest, dass lediglich noch der Streitpunkt "stille Reserven" offen bleibe, und schrieb das Verfahren für den erledigten Teil als nicht mehr hängig ab.
Anlässlich der Fortsetzungsverhandlung vom 28. November 2007 änderte die Beschwerdeführerin die gestellten Rechtsbegehren ab und beantragte, die Beschwerdegegnerin sei zu verurteilen, der Beschwerdeführerin einen Betrag von Fr. 42'000.-- nebst 5 % Zins auf Fr. 14'000.-- seit dem 1. Juli 2004, auf Fr. 14'000.-- seit dem 1. Januar 2005 und auf Fr. 14'000.-- seit dem 1. Juli 2005, eventuell nebst Zins von 5 % auf Fr. 42'000.-- seit dem 23. Dezember 2005, zu bezahlen.
Mit Urteil vom 28. November 2007 wies das Handelsgericht die Klage ab.
C. Gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 28. November 2007 hat die Beschwerdeführerin beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Gutheissung ihrer (im vorinstanzlichen Verfahren abgeänderten) Klagebegehren. Eventualiter beantragt sie die Aufhebung des angefochtenen Urteils sowie die Rückweisung zur Neubeurteilung an die Vorinstanz.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Beschwerdeantwort die kostenfällige Abweisung der Klage. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D. Mit Präsidialverfügung vom 21. Mai 2008 wurde der Beschwerde auf Antrag der Beschwerdeführerin die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Nach <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen. Das bedeutet, dass der kantonale Rechtsmittelzug ausgeschöpft sein muss, bevor die Beschwerde an das Bundesgericht offensteht.
Gemäss <ref-law>/BE kann im Kanton Bern gegen ein Urteil des Handelsgerichts mit Nichtigkeitsklage geltend gemacht werden, der Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt worden (Bernhard Berger/Andreas Güngerich, Zivilprozessrecht, Bern 2008, Rz. 1078 ff. und 1087 ff.; Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl., Bern 2000, N. 1a der Bem. vor <ref-law>/BE und N. 6a ff. zu <ref-law>/BE). Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Gehörsanspruchs (<ref-law>) rügt, weil die Vorinstanz "eine nicht nachvollziehbare Urteilsbegründung geliefert und zahlreiche für den Entscheid wesentliche Gesichtspunkte in ihrer Entscheidbegründung übergangen" bzw. sie sich aufgrund einer vorgefassten Meinung nicht ernsthaft mit dem Standpunkt der Beschwerdeführerin auseinandergesetzt habe, kann darauf nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 mit Hinweisen).
Eine allfällige Verletzung von Grundrechten oder von kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur dann, wenn entsprechende Rügen in der Beschwerdeschrift ausdrücklich erhoben und begründet werden (<ref-law>).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich dabei nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4).
Soweit in einer Beschwerde in Zivilsachen Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht wird, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht; der Beschwerdeführer hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen habe (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b).
Soweit in einer Beschwerde in Zivilsachen Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht wird, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht; der Beschwerdeführer hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen habe (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b).
2.3 2.3.1 Diesen Anforderungen genügt die Beschwerde über weite Strecken nicht. So bringt die Beschwerdeführerin etwa eine Verletzung von <ref-law>/BE vor, ohne näher auszuführen, inwiefern der Sachverhalt unter verfassungswidriger Verletzung dieser kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden sein soll.
2.3.2 Im Weiteren wehrt sich die Beschwerdeführerin unter Berufung auf das Willkürverbot (<ref-law>) sowie <ref-law> gegen die Feststellungen der Vorinstanz, wonach sich die Parteien über die Bewertungsregeln hinsichtlich der relevanten Bilanzpositionen zur Bestimmung des Kaufpreises tatsächlich geeinigt hätten bzw. wonach zur Erhöhung des Buchwertes stille Reserven aufgelöst worden seien. Sie begnügt sich dabei jedoch weitgehend damit, verschiedene Zeugenaussagen sowie Urkunden anzuführen, die sie anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet wissen möchte. Entsprechend ist auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin nur insoweit einzutreten, als sie sich nicht in appellatorischer Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz erschöpfen.
2.3.3 Rein appellatorisch und damit unzulässig sind die Vorbringen der Beschwerdeführerin, soweit sie sich gegen die Feststellung der Vorinstanz richten, die Beschwerdegegnerin habe die abweichenden Buchwerte und damit die Kaufpreisberechnung nicht genehmigt. Die Beschwerdeführerin unterbreitet dem Bundesgericht unter gelegentlichem Hinweis auf die Akten einfach einen über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid hinausgehenden Sachverhalt, behauptet gestützt darauf eine Genehmigung der erstellten Berechnungen durch die Beschwerdegegnerin und bezeichnet das angefochtene Urteil als offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich. Im Übrigen geht die Beschwerdeführerin mit keinem Wort auf die vorinstanzliche Feststellung ein, wonach sie in ihrem Gesuch um Erlass einer einstweiligen Verfügung selbst ausführte, "dass sich die Parteien betreffend den Kaufpreis nicht gefunden hätten und sich deshalb in diesem Punkt nie einig gewesen seien". Darauf ist nicht einzutreten.
2.3.4 Nicht einzutreten ist schliesslich auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin, soweit sie sich auf das im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren erstmals eingereichte Schreiben der Revisionsstelle B._ vom 25. April 2008 stützen. Die eingereichte Zusammenstellung der Ende 2003 vorhandenen stillen Reserven bezieht sich auf eine Hauptfrage des vorinstanzlichen Verfahrens, weshalb entgegen der Beschwerdeführerin nicht erst das angefochtene Urteil dazu Anlass gegeben hat (vgl. <ref-law>).
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die vorinstanzliche Annahme eines tatsächlichen Konsenses der Parteien über die massgeblichen Grundsätze für die Bewertung der zu übertragenden Aktiven im Rahmen der Kaufpreisbestimmung nach dem Kauf- und Darlehensvertrag vom 5. Mai 2003 sei offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> und verletzte das Willkürverbot (<ref-law>).
Die Beschwerdeführerin bringt in diesem Zusammenhang unter anderem vor, die zur Annahme eines faktischen Konsenses führenden Überlegungen der Vorinstanz seien "schlicht unverständlich" und "in keiner Weise nachvollziehbar". Die von der Vorinstanz als vereinbart erachtete Bewertungsregel sei nicht aktenkundig, sondern von der Vorinstanz "gänzlich aus der Luft gegriffen" worden. Zudem habe die Vorinstanz in Widerspruch zu ihren eigenen Ausführungen erwähnt, die Beschwerdeführerin selber habe ausgeführt, man sei sich beim Kaufpreis nicht einig gewesen.
3.1 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn dieser mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei rechtfertigt sich die Aufhebung des angefochtenen Entscheides nur, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2 S. 61; <ref-ruling> E. 4 S. 58, je mit Verweisen).
3.2 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, soweit sie bloss einzelne Überlegungen der Vorinstanz als in keiner Weise nachvollziehbar bezeichnet. Entscheidend ist nämlich die Feststellung der Vorinstanz, dass nach dem übereinstimmenden Parteiwillen auf Grundlage des Kauf- und Darlehensvertrags sowie der Zusatzvereinbarung vom 5. Mai 2003 für die Berechnung des Kaufpreises die Buchwerte per 31. Dezember 2003 massgebend sind, wobei die gleichen Bewertungsgrundsätze wie bei der Erstellung der Bilanz per 31. Dezember 2002, die dem Kauf- und Darlehensvertrag als Anhang beigefügt war, angewendet werden sollten.
Die Vorinstanz erachtete es demnach als erwiesen, dass nach dem Verständnis der Parteien beim Abschluss per 31. Dezember 2003 die Vermögenspositionen - mit zwei vertraglich definierten Ausnahmen (Abschreibungsregeln beim mobilen Anlagevermögen sowie Bewertung der angefangenen Arbeiten mit Fr. 65.-- anstatt Fr. 40.--) - nach den gleichen Grundsätzen wie in der Bilanz 2002 zu bewerten seien. Zudem ging die Vorinstanz unter Berücksichtigung des Ablaufs der Vertragsverhandlungen mit nachvollziehbaren Überlegungen von einem natürlichen Konsens darüber aus, dass mit dem gemäss Zusatzvereinbarung vom 5. Mai 2003 zu bezahlenden Betrag von Fr. 800'000.-- sämtliche stillen Reserven auf den verkauften Aktiven abgegolten werden.
Ausgehend von diesen Überlegungen erwähnt die Vorinstanz bezüglich der Bilanz per 31. Dezember 2002 die von der Beschwerdeführerin beanstandeten "Bewertungsregeln gemäss Bilanz 2002", mit der die Vorinstanz lediglich die bereits erwähnten Grundsätze in einer Formel zusammenfassen wollte. Auch wenn die Formulierung dieser "Bewertungsregeln" schwer verständlich sein mag, so sollte damit offensichtlich zum Ausdruck gebracht werden, dass per 31. Dezember 2002 bereits bestehende stille Reserven (im Umfang von insgesamt Fr. 885'000.--) nach dem Willen der Parteien im Hinblick auf die Kaufpreisberechnung in der Bilanz per 31. Dezember 2003 beibehalten werden sollten.
3.3 Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin wäre die Vereinbarung dieser Bewertungsgrundsätze auch im Rahmen einer Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht zu beanstanden gewesen. Auch steht die Annahme eines natürlichen Konsenses hinsichtlich der erwähnten Bewertungsgrundsätze in keinem Widerspruch zum Umstand, dass nach dem angefochtenen Urteil die Beschwerdeführerin in ihrem Gesuch um Erlass einer einstweiligen Verfügung ausgeführt habe, die Parteien hätten sich betreffend den Kaufpreis nicht gefunden und seien sich deshalb in diesem Punkt nie einig gewesen. Abgesehen davon, dass es sich dabei um eine einzelne Parteiaussage im vorinstanzlichen Verfahren handelt, kommt damit bloss zum Ausdruck, dass sich die Parteien in Bezug auf das Ergebnis der Kaufpreisberechnung nicht einig geworden sind.
Von einer willkürlichen Beweiswürdigung (<ref-law>) kann vorliegend nicht die Rede sein.
4. Ausgehend von der Erwägung, dass gemäss vertraglicher Vereinbarung für die Erstellung der Bilanz per Ende 2003 - mit Ausnahme der im Vertrag ausdrücklich erwähnten Abweichungen - die gleichen Bewertungsgrundsätze wie in der Bilanz per 31. Dezember 2002 anzuwenden sind, hat die Vorinstanz untersucht, ob dieser Vorgabe tatsächlich nachgelebt wurde. Sie stellte dabei fest, dass im Laufe des Jahres 2003 stille Reserven im Umfang von Fr. 700'000.-- aufgelöst worden sind.
4.1 Die Beschwerdeführerin wehrt sich gegen die vorinstanzliche Feststellung, es seien vertragswidrig stille Reserven aufgelöst worden. Sie bestreitet unter Hinweis auf die Aussagen der Zeugen C._ und D._, dass eine Aufwertung der Buchwerte erfolgt sei und damit stille Reserven realisiert wurden.
Soweit es sich dabei nicht ohnehin bloss um appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz handelt, die im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren unzulässig ist (siehe vorn E. 2.3.2), vermag die Beschwerdeführerin mit ihren Ausführungen keine Willkür darzutun. Im Gegenteil bestätigen die beiden erwähnten Zeugenaussagen, dass tatsächlich stille Reserven aufgelöst wurden. Die Erklärung der Beschwerdeführerin, mit dem Verkauf der betreffenden betrieblichen Aktiven an die Beschwerdegegnerin seien die stillen Reserven zwangsläufig vollständig entfallen, da diese Aktiven bei der Beschwerdeführerin (als Verkäuferin) nicht mehr vorhanden gewesen seien, überzeugt nicht, zumal die Bewertung per Bilanzstichtag 31. Dezember 2003 erfolgte, während die Übernahme des Kaufgegenstands mit Nutzen und Gefahr nach Ziffer 2 des Kauf- und Darlehensvertrags vom 5. Mai 2003 erst per 1. Januar 2004 vorgesehen war. Damit waren die verkauften Aktiven am 31. Dezember 2003 noch bei der Beschwerdeführerin vorhanden und entsprechend zu bilanzieren. Wenn die Beschwerdeführerin behauptet, der vorgesehene "Entfall der stillen Reserven auf den verkauften Aktiven" habe bereits am Bilanzstichtag berücksichtigt werden müssen, was vorliegend offen bleiben kann, so bestätigt sie damit selbst die Auflösung der bestehenden stillen Reserven per 31. Dezember 2003.
Der Vorinstanz ist jedenfalls keine willkürliche Beweiswürdigung vorzuwerfen, wenn sie in tatsächlicher Hinsicht zum Schluss kam, es seien durch Erhöhung der Buchwerte stille Reserven aufgelöst worden.
4.2 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz im Weiteren vor, zu Unrecht davon ausgegangen zu sein, es müssten alle stillen Reserven gemäss Stand per Ende 2002 im Betrag von Fr. 700'000.-- auf den beiden Aktivposten "Warenvorräte" und "angefangene Arbeiten" vom Kaufpreis abgezogen werden. Diese Sachverhaltsfeststellung sei willkürlich, da die Vorinstanz bei der Berechnung ausser Acht gelassen habe, dass auf den angefangenen Arbeiten gemäss Kauf- und Darlehensvertrag anerkanntermassen eine Aufwertung des Stundenansatzes von Fr. 40.-- auf Fr. 65.-- erfolgen durfte.
Zwar trifft es zu, dass sich die Parteien nach dem angefochtenen Urteil darauf geeinigt haben, die angefangenen Arbeiten neu mit einem höheren Stundenansatz zu bewerten. Aus der vorinstanzlichen Berechnung der zu Unrecht per 31. Dezember 2003 aufgelösten stillen Reserven ist zudem nicht ersichtlich, ob diesem vertraglich vereinbarten Aufwertungsgrundsatz Rechnung getragen wurde.
Selbst die Beschwerdeführerin geht jedoch offenbar von einem Umfang der stillen Reserven bei den Warenvorräten sowie den angefangenen Arbeiten von Fr. 539'000.-- bzw. Fr. 220'000.-- (also insgesamt Fr. 759'000.--) aus. Gemäss dem von der Beschwerdeführerin eingereichten Schreiben der Revisionsstelle B._ vom 25. April 2008 soll es sich dabei nämlich um stille Reserven per 31. Dezember 2003 unter der Annahme handeln, dass keine Betriebsaktiven per 1. Januar 2004 verkauft worden wären. Der Betrag von Fr. 220'000.-- für angefangene Arbeiten soll dabei unter Neutralisierung des geänderten Stundenansatzes berechnet worden sein. Damit hätten sich selbst nach dem von der Beschwerdeführerin eingereichten Schreiben die stillen Reserven für die Warenvorräte und die angefangenen Arbeiten per 31. Dezember 2003 auf insgesamt Fr. 759'000.-- belaufen, wenn mangels Verkaufs keine Auflösung dieser Reserven stattgefunden hätte. Entsprechend ist nicht ersichtlich, inwiefern die Feststellung der Vorinstanz, es seien unzulässigerweise stille Reserven im Umfang von Fr. 700'000.-- aufgelöst worden, im Ergebnis willkürlich sein soll.
5. Die Beschwerdeführerin bestreitet schliesslich, dass die Bewertung der verkauften Vermögenswerte per 31. Dezember 2003 vertragswidrig erfolgt sei. Die Revisionsstelle der Beschwerdeführerin habe die Bilanz per 31. Dezember 2003 als korrekt testiert, womit die vertragliche Voraussetzung für die Festlegung der Höhe des Kaufpreises gemäss Kauf- und Darlehensvertrag ohne Weiteres erfüllt gewesen sei.
Mit diesem Vorbringen zeigt die Beschwerdeführerin keine Bundesrechtsverletzung auf. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz, die sich als nicht willkürlich erwiesen haben (siehe vorn E. 3), waren sich die Parteien tatsächlich darüber einig, die Vermögenspositionen per 31. Dezember 2003 nach den gleichen Grundsätzen wie in der Bilanz des Geschäftsjahrs 2002 zu bewerten. Auf dieser Grundlage hat die Vorinstanz zu Recht nicht vorbehaltlos auf die von der Revisionsstelle geprüfte Bilanz per Ende 2003 abgestellt, sondern geprüft, ob dieselben Bewertungsgrundsätze angewendet wurden. Dabei waren die beiden Bilanzen per Ende 2002 sowie 2003 miteinander zu vergleichen. Die vorinstanzliche Erwägung, wonach die Eingangsbilanz 2004 gemäss Swiss GAAP FER 2004 der Beschwerdegegnerin dazu nicht massgebend sei, ist unter dem Blickwinkel des Willkürverbots nicht zu beanstanden, sondern trifft vielmehr zu.
Ebenfalls keine Bundesrechtsverletzung ist der Vorinstanz vorzuwerfen, wenn sie bei der Beurteilung der Frage, ob die konkrete Bewertung der verkauften Vermögenswerte per Ende 2003 mit den vertraglichen Bestimmungen vereinbar ist, nicht unbesehen auf die Aussagen der Zeugen C._ und D._ abgestellt hat, da es sich dabei um eine vom Gericht zu beantwortende Rechtsfrage handelt.
6. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Leemann