Lufttüchtigkeitszeugnisses für den Helikopter HB-XYS, hat sich ergeben:
A.- Im Juni und Juli 1998 führte die Helikopterunternehmung X._ AG in der Walliser Gemeinde Liddes im Val d'Entremont Holztransportflüge durch. Sie setzte dazu namentlich den Helikopter HB-XYS (Typ Ecureuil AS 350 B2) ein. Das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL, im Folgenden: Bundesamt) inspizierte am 7. Juli 1998 den Holzablageplatz in der Gemeinde Liddes. Am 13. Juli 1998 führten Vertreter des Bundesamts mit einem Super-Puma-Helikopter der Luftwaffe eine Wägung verschiedener dort zwischengelagerter Holzstämme durch.
Auf Grund weiterer Abklärungen kam das Bundesamt zum Ergebnis, es sei mit dem Helikopter HB-XYS eine Überlast geflogen und dadurch die Lufttüchtigkeit der Maschine beeinträchtigt worden. Es verfügte deshalb am 24. Juli 1998, der Helikopter HB-XYS dürfe mit sofortiger Wirkung und bis nach erfolgter Gesamtüberholung des Triebwerks nicht mehr in Verkehr gesetzt werden (Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses). Der Entzug wurde damit begründet, dass die Lufttüchtigkeit in Frage gestellt sei. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Diese Verfügung wurde nicht angefochten.
Nach weiteren Abklärungen und gestützt auf einen Bericht der Firma A._ SA, der Herstellerin des Helikopters, erliess das Bundesamt am 10. August 1998 eine neue Verfügung, die diejenige vom 24. Juli 1998 aufhob. Darin wurde erneut angeordnet, der Helikopter dürfe mit sofortiger Wirkung nicht mehr in Verkehr gesetzt werden, da sein Triebwerk grundüberholt werden müsse. Einer allfälligen Beschwerde wurde erneut die aufschiebende Wirkung entzogen.
Gegen diese Verfügung beschwerte sich die X._ AG beim Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK, im Folgenden:
Departement), wobei sie um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ersuchte. Das Departement wies das Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung am 14. August 1998 ab. Diese Zwischenverfügung wurde nicht angefochten.
Die Beschwerde selber wies das Departement mit Entscheid vom 22. September 1998 ab, wobei auf die Erhebung von Kosten verzichtet wurde.
Am 21. Oktober 1998 gelangte die X._ AG gegen diesen Entscheid mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Ein Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung stellte sie nicht. In der Hauptsache beantragte sie, der Beschwerdeentscheid vom 22. September 1998 sei aufzuheben und festzustellen, dass keine Überlastung des Helikopters HB-XYS stattgefunden habe und dass deshalb die Lufttüchtigkeit nicht in Frage gestellt und der Lufttüchtigkeitsausweis zurückzuerstatten sei (Verfahren 2A.525/1998).
In der Zwischenzeit brachte die X._ AG das Triebwerk des fraglichen Helikopters nach Frankreich zur Grundüberholung. Nachdem diese durchgeführt worden war, konnte die X._ AG den Helikopter ab dem 14. November 1998 wieder einsetzen. Bereits vom 17. September 1998 bis zum 4. November 1998 hatte die X._ AG die Maschine mit einem von dritter Seite angemieteten Triebwerk wieder eingesetzt.
Gestützt auf den Untersuchungsbericht der Firma B._ vom 12. November 1998 reichte die X._ AG am 3. Dezember 1998 beim Departement ein Gesuch um Revision des Beschwerdeentscheides vom 22. September 1998 ein und beantragte, den zu revidierenden Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass die Lufttüchtigkeit des Helikopters HB-XYS nie in Frage gestellt gewesen sei. Gegen den abweisenden Entscheid des Departements vom 4. Juni 1999 erhob die X._ AG am 5. Juli 1999 ebenfalls Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Schweizerischen Bundesgericht (Verfahren 2A.352/1999). In diesem Verfahren beantragte sie ebenfalls, es sei festzustellen, dass keine Überbelastung des Helikopters HB-XYS stattgefunden habe und dass das Lufttüchtigkeitszeugnis am 10. August 1998 zu Unrecht entzogen worden sei.
Da die X._ AG den fraglichen Helikopter nach der Grundüberholung des Triebwerks ab dem 14. November 1998 wieder einsetzen konnte, verneinte das Bundesgericht mit Entscheid vom 22. Dezember 1999 das Vorliegen eines aktuellen Rechtsschutzinteresses und trat auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 5. Juli 1999 nicht ein, währenddem es die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 29. Oktober 1998 als gegenstandslos geworden abschrieb.
B.- Bereits am 3. September 1999 hatte die X._ AG gestützt auf das Bundesgesetz vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten (VG; SR 170. 32) Schadenersatzansprüche gegen die Schweizerische Eidgenossenschaft in Höhe von Fr. 367'606. 55 geltend gemacht. Zur Begründung führte die Gesuchstellerin aus, der Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses für den Helikopter HB-XYS sei widerrechtlich erfolgt. Namentlich hätten das Bundesamt und das Departement im Verfahren um den Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses den Sachverhalt unkorrekt abgeklärt, die Beweise falsch gewürdigt und den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Durch den widerrechtlichen Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses sei ein erheblicher Schaden entstanden. Insbesondere habe der Helikopter HB-XYS vom 26. Juli 1998 bis zum 14. November 1998 überhaupt nicht oder bloss mit einem angemieteten Ersatztriebwerk eingesetzt werden können, was zu Einnahmeausfällen respektive Mietkosten geführt habe.
Das Eidgenössische Finanzdepartement ist auf das Begehren um Schadenersatz mit Verfügung vom 25. September 2000 nicht eingetreten, soweit die X._ AG Ersatz für Einnahmeausfälle oder Ersatztriebwerkskosten für den Zeitraum vom 26. Juli 1998 bis und mit dem 21. September 1998 geltend gemacht hatte. Für den restlichen Zeitraum wies es das Schadenersatzbegehren ab.
C.- Mit Eingabe vom 26. Oktober 2000 hat die X._ AG gegen diesen Entscheid Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, die Verfügung des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 25. September 2000 aufzuheben. Weiter stellt sie den Antrag, die Schweizerische Eidgenossenschaft sei zur Anerkennung und Bezahlung von Schadenersatz in Höhe von Fr. 372'414. 50 zuzüglich 7,5% Mehrwertsteuer und 5% Zins seit dem 14. November 1998 an die X._ AG zu verpflichten. Eventuell sei die Sache zur betragsmässigen Festsetzung des Schadenersatzes an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D.- Das Eidgenössische Finanzdepartement beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen. Mit Eingabe vom 19. Dezember 2000 hat die X._ AG zur Vernehmlassung des Rechtsdienstes des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 6. Dezember 2000 unaufgefordert erneut Stellung genommen und wiederum beantragt, dem in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gestellten Rechtsbegehren stattzugeben.
E.- Die Parteien haben auf die Durchführung einer Parteiverhandlung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Es ist ein Entscheid des Eidgenössischen Finanzdepartements über die Staatshaftung nach Art. 10 VG angefochten.
Gemäss Art. 97 OG in Verbindung mit Art. 98 lit. b OG ist gegen den Entscheid des Departements die Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht zulässig. Eine Beschwerde an eine Eidgenössische Rekurskommission ist nicht vorgesehen. (Art. 10 Abs. 2 VG in der Fassung gemäss Bundesgesetz vom 23. Juni 2000, AS 2000 S. 2719, sieht mit Wirkung ab dem 1. Januar 2001 nunmehr eine Beschwerde an eine Eidgenössische Rekurskommission vor.)
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nach Art. 104 lit. a und b OG die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde von Amtes wegen an, ohne an die Begründung der Parteibegehren gebunden zu sein (vgl. Art. 114 Abs. 1 OG). Es kann daher den Entscheid mit Erwägungen aufrecht erhalten, die von denen im angefochtenen Entscheid abweichen, oder eine Beschwerde aus anderen als den darin geltend gemachten Gründen gutheissen (<ref-ruling> E. 4a S. 117; <ref-ruling> E. 1b S. 382; <ref-ruling> E. 2c S. 275/276; <ref-ruling> E. 3 S. 388 f.). Da vorliegend keine richterliche Behörde, sondern eine Verwaltungsinstanz als Vorinstanz entschieden hat, ist das Bundesgericht an deren Sachverhaltsfeststellung nicht gebunden (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Die Haftung der Eidgenossenschaft für widerrechtliches Verhalten ihrer Beamten richtet sich nach dem Verantwortlichkeitsgesetz.
Nach Art. 3 Abs. 1 VG haftet der Bund für den Schaden, den ein Beamter in Ausübung seiner amtlichen Tätigkeit Dritten widerrechtlich zufügt, ohne Rücksicht auf das Verschulden des Beamten. Nach Art. 3 Abs. 2 VG richtet sich die Haftung des Bundes bei Tatbeständen, die unter die Haftpflichtbestimmungen anderer Erlasse fallen, nach jenen besonderen Bestimmungen. Über streitige Haftungsansprüche aus der Amtstätigkeit von Beamten eines Bundesamtes entscheidet gemäss Art. 10 Abs. 1 VG das zuständige Departement; gegen dessen Verfügung ist - nach der für den vorliegenden Fall noch massgeblichen Fassung - die Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht zulässig. Nach Art. 2 der Verordnung zum Verantwortlichkeitsgesetz (SR 170. 321) ist zum Entscheid über das Schadenersatzbegehren für den vorliegenden Fall das Eidgenössische Finanzdepartement zuständig. Die gegen dessen Entscheid erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist deshalb zulässig.
3.- a) Gegen die Verfügung des Bundesamts von 10. August 1998 hat die Beschwerdeführerin umgehend Beschwerde beim Departement eingereicht und dabei auch die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung verlangt. Dieses Gesuch wies das Departement am 14. August 1998 ab. <ref-law> sieht eine Haftung des Staates vor für den Fall, dass die aufschiebende Wirkung einer Beschwerde willkürlich entzogen wird oder einem Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung willkürlich nicht oder verspätet entsprochen wird. Die Vorinstanz ist der Auffassung, vorliegend gehe es, soweit die Haftung für die Zeit vom 26. Juli 1998 bis zum 21. September 1998 (Datum des Entscheids des Departements) in Frage steht, um eine Haftung nach dieser Bestimmung und nicht um eine Haftung nach dem Verantwortlichkeitsgesetz.
Zum Entscheid hierüber sei aber nicht das Finanzdepartement, sondern das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation zuständig, weshalb sie auf das Entschädigungsbegehren insoweit nicht eintrat.
b) Dem kann sich das Bundesgericht nicht anschliessen.
<ref-law> enthält keine besonderen Verfahrensvorschriften, nach denen das Entschädigungsbegehren zu behandeln ist. Es handelt sich bei dieser Vorschrift um eine besondere Haftungsnorm, welche die entsprechenden Normen des Verantwortlichkeitsgesetzes bloss ergänzt (Art. 3 Abs. 2 VG), indem die Haftung auf Willkürakte eingeschränkt wird (vgl. <ref-ruling> E. 1 und 4). Da das Verwaltungsverfahrensgesetz keine Verfahrensvorschriften für die Behandlung von Entschädigungsbegehren zufolge willkürlichen Entzugs oder willkürlicher Nicht-Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung aufgestellt hat, ist ein entsprechendes Begehren beim Eidgenössischen Finanzdepartement nach den Vorschriften des Verantwortlichkeitsgesetzes durchzusetzen.
Es liesse sich sachlich nicht rechtfertigen, die haftpflichtrechtlichen Folgen des materiellen Entscheides vom Eidgenössischen Finanzdepartement, diejenigen des Entscheids über den Entzug oder die Ablehnung der Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung aber vom betreffenden Fachdepartement beurteilen zu lassen. Durch eine solche Verfahrensspaltung entstünde die Gefahr widersprüchlicher Entscheide über einen einheitlichen Lebenssachverhalt, die der Gesetzgeber vermeiden wollte, indem er einzig im Verantwortlichkeitsgesetz ein Verfahren zur Durchsetzung von Schadenersatzansprüchen vorgesehen hat. Somit sind auch Schadenersatzbegehren, die sich auf die Sondervorschrift von <ref-law> stützen, in dem im Verantwortlichkeitsgesetz vorgesehenen Verfahren zu prüfen (vgl. <ref-ruling> ff.).
Im Übrigen hätte die Vorinstanz auf das Begehren nicht einfach mangels Zuständigkeit nicht eintreten dürfen, sondern sie hätte dieses nach <ref-law> an die ihres Erachtens zuständige Behörde weiter leiten müssen.
c) Das Nichteintreten der Vorinstanz auf das Schadenersatzbegehren in Bezug auf die Zeit vom 26. Juli 1998 bis und mit dem 21. September 1998 ist somit rechtswidrig.
In Bezug auf die übrige Zeit, für die Schadenersatz zufolge des Flugverbots geltend gemacht wird (22. September bis 14. November 1998), liegt ein Sachentscheid vor. Diesbezüglich hat das Bundesgericht daher einen materiellen Entscheid zu fällen. Es ist nicht angezeigt, dass das Bundesgericht die Sache zum Entscheid über das Entschädigungsbegehren für die Zeit vom 26. Juli bis zum 21. September an die Vorinstanz zurückweist. Einerseits wäre diesbezüglich kein anderer Entscheid zu erwarten. Anderseits müsste die Sache ohnehin insgesamt an die Vorinstanz zurückgewiesen werden, wenn die Beschwerde im Hauptpunkt als begründet erscheinen sollte, da zum Quantitativ noch kein Entscheid getroffen wurde. Somit rechtfertigt es sich, dass das Bundesgericht über den Grundsatz der Haftung auch für die Zeit vom 26. Juli bis zum 21. September 1998 im vorliegenden Verfahren entscheidet.
4.- a) Die Gesetzgebung über die Luftfahrt ist gemäss <ref-law> Sache des Bundes. Nach Art. 3 des Bundesgesetzes vom 21. Dezember 1948 über die Luftfahrt (Luftfahrtgesetz, LFG; SR 748. 0) übt der Bund die Aufsicht über die Luftfahrt im gesamten Gebiet der Schweiz aus. Die unmittelbare Aufsicht steht dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (vormals Eidgenössisches Luftamt) zu (Art. 3 Abs. 2 LFG).
b) Die Zulassung von Luftfahrzeugen zum Verkehr im schweizerischen Luftraum setzt nach Art. 2 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit Art. 56 LFG die Eintragung im schweizerischen Luftfahrtregister voraus. Die Zulassung erfordert u.a. ein Lufttüchtigkeitszeugnis (Art. 56 Abs. 1 lit. b LFG). Das Bundesamt trifft nach Art. 15 LFG besondere polizeiliche Massnahmen, namentlich zur Wahrung der Luftsicherheit bei der Erteilung einer Bewilligung oder durch besondere Verfügung.
Das Lufttüchtigkeitszeugnis wird nach Art. 20 Abs. 1 lit. a der Verordnung vom 14. November 1973 über die Luftfahrt (Luftfahrtverordnung, LFV; SR 748. 01) namentlich entzogen, wenn das Luftfahrzeug nicht mehr flugtüchtig ist und der Mangel innert einer vom Bundesamt angesetzten Frist nicht behoben worden ist. Für die Entwicklung und Herstellung von Flugzeugen sind nach Art. 3 Abs. 1 der Verordnung vom 18. September 1995 über die Lufttüchtigkeit von Luftfahrzeugen (VLL; SR 748. 215.1) die von den Joint Aviation Authorities erlassenen technischen Vorschriften (JAR) massgebend.
Nach Art. 92 LFG und <ref-law> kann das Bundesamt Zeugnisse, Bewilligungen und Ausweise entziehen oder einschränken, wenn die für die Erteilung massgebenden Voraussetzungen nicht mehr erfüllt sind.
5.- a) Die Haftung nach Art. 3 Abs. 1 VG setzt ein widerrechtliches Verhalten eines Beamten voraus. Im Bereich der Staatshaftung gilt eine Schadenszufügung dann als widerrechtlich, wenn die amtliche Tätigkeit des Beamten gegen Gebote oder Verbote der Rechtsordnung verstösst, die dem Schutz des verletzten Rechtsgutes dienen (<ref-ruling> E. 4d/aa S. 581; <ref-ruling> E. 2b S. 476; <ref-ruling> E. 2a S. 195; <ref-ruling> E. 3a 164). Soweit es um eine Verletzung absoluter Rechte geht, ergibt sich die Rechtswidrigkeit grundsätzlich auch ohne dass eine Ordnungswidrigkeit oder eine Amts- oder Dienstpflichtverletzung vorliegt. Steht dagegen - wie vorliegend - ein reiner Vermögensschaden zur Diskussion, wird für die Annahme der Widerrechtlichkeit zusätzlich eine Amtspflichtverletzung verlangt (<ref-ruling> E. 4d S. 581 f.; <ref-ruling> E. 2, 473 E. 7 S. 482 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 195 ff., 367 E. 5 S. 374 ff.; <ref-ruling> E. 2a S. 7 f., 160 E. 3 S. 163 ff.; <ref-ruling> E. 2c S. 362; <ref-ruling> E. 3b S. 12; <ref-ruling> E. 4/5 S. 639 ff.). Eine wesentliche Amtspflichtverletzung ist ferner Voraussetzung für das Vorliegen einer Staatshaftung für Schäden infolge eines Rechtsaktes, der sich später als unrichtig erweist.
Dabei setzt die Widerrechtlichkeit in Ausübung einer amtlichen Befugnis einen besonderen Fehler des Richters oder Beamten voraus, die nicht schon vorliegt, wenn sich die Entscheidung später als unrichtig, gesetzwidrig oder sogar willkürlich erweist. Haftungsbegründende Widerrechtlichkeit ist vielmehr erst dann gegeben, wenn der Richter oder Beamte eine für die Ausübung seiner Funktion wesentliche Pflicht, eine wesentliche Amtspflicht, verletzt hat und damit eine unentschuldbare Fehlleistung vorliegt, die einem pflichtbewussten Richter oder Beamten nicht unterlaufen wäre. Die Amtspflichten sollen vor Schädigungen durch fehlerhafte Rechtsakte schützen, nicht die Normen des materiellen Rechts selbst, die der Richter oder Beamte anzuwenden hat (<ref-ruling> E. 4d/dd S. 582; <ref-ruling> E. 2b S. 249; <ref-ruling> E. 5a und b S. 215; <ref-ruling> E. 2 S. 164, mit Hinweisen).
Diese Praxis steht im Zusammenhang mit dem Rechtskraftprinzip, welches vermeiden will, dass die Frage der Richtigkeit eines formell rechtskräftigen Rechtsaktes nachträglich auf dem Weg über einen Schadenersatzprozess nochmals überprüft werden kann (s. sogleich lit. b; Art. 12 VG; Michael Fajnor, Staatliche Haftung für rechtmässig verursachten Schaden, Diss. Zürich 1987, S. 33 f.; Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Bern 1991, S. 470 f.; Emil W. Stark, Die Haftungsvoraussetzung der Rechtswidrigkeit in der Kausalhaftung des Staates für seine Beamten, Festschrift Häfelin, Zürich 1989, S. 569-582, 581). Zudem geht es in diesen Fällen meistens um reine Vermögensschäden (vgl. <ref-ruling> E. 4d/dd S. 582 f.).
b) Nach Art. 12 VG kann die Rechtmässigkeit formell rechtskräftiger Verfügungen, Entscheide und Urteile nicht in einem Verantwortlichkeitsverfahren überprüft werden. Wie das Bundesgericht bereits in seinem Urteil vom 22. Dezember 1999 (E. 3c S. 6) festgehalten hat, kann diese Regel einem Kläger nicht entgegen gehalten werden, wenn eine Verfügung - wie hier - sofort vollzogen wird, sie aber nachträglich dahin fällt und deshalb auf eine dagegen erhobene Beschwerde mangels eines aktuellen Interesses nicht eingetreten bzw. ein bereits hängiges Verfahren als gegenstandslos erklärt wird (bestätigt in <ref-ruling> E. 2a S. 148). Es besteht kein Anlass, vorliegend davon abzuweichen, wie die Vorinstanz verlangt. Somit ist auf die Frage der Haftung einzutreten.
6.- a) Im vorliegenden Fall hat das Bundesamt gestützt auf die in E. 4b genannten Vorschriften das Lufttüchtigkeitszeugnis für das Luftfahrzeug HB-XYS entzogen und mit sofortiger Wirkung verfügt, dass dieses nicht mehr in Verkehr gesetzt werden darf. Zu entscheiden ist, ob der sich aus diesem Flugverbot ergebende Schaden von der Eidgenossenschaft zu ersetzen ist. Da es um Schäden als Folge eines Rechtsaktes geht, ist für die Haftung das Vorliegen einer wesentlichen Amtspflichtverletzung erforderlich (oben E. 5a).
b) Nach den in E. 4b genannten Bestimmungen hat das Bundesamt die Flugtüchtigkeit der Luftfahrzeuge zu überwachen und geeignete Massnahmen, bis hin zum Entzug der Bewilligungen, zur Gewährleistung der Lufttüchtigkeit zu ergreifen.
Diese luftpolizeilichen Aufsichtsmassnahmen (vgl. Art. 15 LFG; Fritz Gygi, Verwaltungsrecht, 1986, S. 172) dienen dem Schutz vor den Gefahren des Luftverkehrs und müssen nach <ref-law> den Grundsatz der Verhältnismässigkeit wahren. Polizeiliche Massnahmen zur Wahrung der öffentlichen Ordnung und Sicherheit (Leib und Leben, Gesundheit usw.) sind dem präventiven Schutzgedanken entsprechend nicht erst zu ergreifen, wenn eine gefährliche Situation bereits eingetreten ist, sondern bereits, wenn (künftig) die reale Gefahr einer erheblichen Verletzung konkret droht (Gygi, a.a.O., S. 173; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Aufl. 1998, S. 487 N 1921). Durch allgemeine Polizeivorschriften darf eine abstrakte Gefährdung eines Polizeiguts abgewendet werden, wenn nach der Lebenserfahrung in der Mehrzahl der Fälle wahrscheinlich eine konkrete Gefährdung besteht. Eine konkrete Gefährdung muss im Einzelfall nicht nachgewiesen werden. Eine polizeiliche Massnahme wird nicht dadurch unzulässig, wenn im Nachhinein nachgewiesen wird, dass im betreffenden Fall keine Gefährdung bestand (Häfelin/Müller, a.a.O., S. 488 N 1923 f.). Bei der Feststellung erheblicher Gefahren kann daher dem präventiven Schutzzweck des Polizeirechts entsprechend zufolge der zumeist bestehenden zeitlichen Dringlichkeit der Gefahrenabwehr regelmässig nicht ein voller Beweis verlangt werden, würde doch sonst das Ziel, erhebliche Gefahren abzuwehren, häufig verfehlt. Das rechtfertigt es, die Beweisanforderungen für das Bestehen einer Gefährdung herabzusetzen. Es muss genügen, dass eine reale Gefährdung mit hinreichender Wahrscheinlichkeit angenommen werden kann (vgl. E. 2c des bundesgerichtlichen Urteils vom 22. Dezember 1999, S. 5, i.S. X._ AG c/ UVEK; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl. 1983, S. 283).
Sodann ist zu beachten, dass die Behörden bei der Frage, ob und wie sie polizeilich handeln sollen, häufig über einen weiten Ermessensspielraum verfügen (Häfelin/Müller, a.a.O., S. 484 f. N 1909 ff.).
c) Vorliegend geht es beim fraglichen Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses um den Widerruf einer Polizeibewilligung.
Ein solcher ist ebenfalls zulässig und stellt demnach keine die Staatshaftung begründende wesentliche Amtspflichtverletzung dar, wenn mit erheblicher Wahrscheinlichkeit eine reale Gefährdung anzunehmen war bzw. wenn hinreichende Anhaltspunkte für eine erhebliche Gefahr bestanden haben.
7.- a) Nach den Feststellungen der Vorinstanz, die sich auf die Stammliste des Forstwarts der Gemeinde Liddes und das Flugrapporthandbuch des Helikopters HB-XYS stützen, hat die Beschwerdeführerin am 1., 3. und 4. Juli 1998 in der Gemeinde Liddes mit dem Helikopter HB-XYS Holztransportflüge durchgeführt. Nach ihren weiteren Feststellungen hat die Beschwerdeführerin dabei mit einem Stamm von einem Gewicht von 1'140 kg, der später in drei Stammteile zersägt worden sei, eine Überlast (von mindestens 190 kg, bei einer Temperatur von durchschnittlich 6° C) geflogen.
Hiegegen brachte und bringt die Beschwerdeführerin zunächst vor, für den gleichen Schlag und den gleichen Zeitraum sei auch ein Helikopter des Typs Kamann K-1200 der Firma Y._ AG mit einer Nutzlast von 2'500 kg im Einsatz gestanden, mit dem die schwereren Stämme transportiert worden seien.
Dieser Einwand erscheint als wenig glaubwürdig.
Wie die Vorinstanz feststellt und in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde jedenfalls nicht substantiiert bestritten wird, betrifft die von der Beschwerdeführerin eingereichte Rechnung der Firma Y._ AG einen Einsatz vom 4. Juni 1998. Somit bestehen keine Anhaltspunkte für einen Transport schwerer Stämme anfangs des Monats Juli 1998 durch einen Kamann-Helikopter dieser Firma.
b) Weiter bestreitet die Beschwerdeführerin, dass mit dem gleichen Flug ein Stamm bzw. Stammteile mit einem Gewicht von insgesamt 1'140 kg gehoben worden sind:
Nach den Feststellungen der Vorinstanz haben am 7. Juli 1998 zwei Mitarbeiter des Bundesamts auf dem Holzablageplatz in der Gemeinde Liddes verschiedene besonders grosse Baumstämme sichergestellt; diese seien später weisungswidrig in Stammteile von 4 bis 5 Metern Länge zersägt worden. Am 13. Juli 1998 wurde mit einem Super-Puma-Helikopter der Luftwaffe eine Gewichtsmessung der sichergestellten Stämme bzw. Stammteile durchgeführt, wobei die Messung der Stammteile Nr. 4230, 4500 und 4503 ein Gesamtgewicht von 1'140 kg ergab.
Strittig ist zunächst, ob diese drei Stämme im Zeitpunkt des Transports noch einen gemeinsamen Stamm gebildet haben und erst später zersägt worden sind bzw. ob sie gemeinsam transportiert worden sind. Diesbezüglich stützt sich die Vorinstanz auf die Angaben von zwei Beamten des Bundesamtes und des Forstwarts sowie eines weiteren Försters der Gemeinde Liddes. Nach den Angaben von Herrn C._ vom Bundesamt bildeten die Stämme Nr. 4230, 4500 und 4503 einen einzigen Stamm, der entgegen den Weisungen des Bundesamts in der Zwischenzeit zersägt worden sei. Ausserdem bestätigen der Forstwart und ein weiterer Förster (forestier bûcheron) der Gemeinde Liddes am 14. September 1998, dass diese drei Stämme vom gleichen Baum herstammen, der zudem Gegenstand eines einzigen Lastfluges gewesen sei. Die drei Stämme wurden nach dem Messprotokoll am 13. Juli 1998 in Anwesenheit des Forstwarts der Gemeinde gemeinsam gewogen.
Es kann angenommen werden, dass der fachkundige Forstwart anlässlich dieser Wägung durchaus in der Lage war, anhand der Stammdicke, der Holzqualität und der Beschaffenheit der Schnittstellen zu beurteilen, ob diese drei Stammstücke zum gleichen Baum gehört haben. Dass die Nummern nicht fortlaufend sind, besagt noch nicht, dass die Stämme nicht zusammen gehört haben. Eher lässt sich daraus der Schluss ziehen, dass ein Stamm - wie das Bundesamt vorbringt - nachträglich zersägt worden ist. Und dass die drei Stammteile nicht das gleiche spezifische Gewicht aufgewiesen haben, ist ebenfalls nicht ausgeschlossen, da durchaus nachvollziehbar ist, dass dieses nicht auf der ganzen Länge des Stammes gleich sein muss (kann doch die Holzqualität im unteren Bereich - wie die Vorinstanz überzeugend darlegt - zufolge von Beschädigungen und unterschiedlicher Härte anders als im oberen Bereich sein).
Auch weist nichts ernsthaft darauf hin, dass die Behauptung der Herren C._ und D._ vom Bundesamt unrichtig ist, wonach sie beim Augenschein vom 7. Juli 1998 mehrere grosse Stämme festgestellt hätten, die nach Angaben des Forstwarts der Gemeinde von der Beschwerdeführerin transportiert und von ihnen speziell gekennzeichnet worden, in der Zwischenzeit aber, d.h. vor dem Tag der Wägung am 13. Juli 1998, weisungswidrig teilweise zersägt worden seien. Hiezu genügen die eher vagen und nicht substantiierten Behauptungen der Beschwerdeführerin nicht, wonach das Bundesamt und der fragliche Forstwart der Beschwerdeführerin sowie der Z._ SA (die für jene geflogen ist) als Marktneulingen hätten schaden wollen.
Ebenfalls nicht nachvollziehbar sind die Zweifel der Beschwerdeführerin an der Zuverlässigkeit der Gewichtsmessung durch die Waage des Super-Pumas, haben doch die Testmessungen vom 5. August 1998 laut dem Protokoll der Luftwaffe ergeben, dass die Waage - obwohl sie vorgängig nicht geeicht war - mit Abweichungen von maximal 3,12 % recht zuverlässige Resultate geliefert hat. Das Bundesamt konnte demnach im Juli/August 1998 jedenfalls ohne Verletzung einer wesentlichen Amtspflicht davon ausgehen, dass das Gewicht durch den Armeehelikopter korrekt festgestellt worden ist.
Es drängt sich daher der Schluss nicht auf, dass die Feststellung, wonach ein Gewicht von 1'140 kg transportiert worden sei, unrichtig ist.
c) Die Vorinstanz hat die maximal zulässige Nutzlast unter den gegebenen Verhältnissen, namentlich der Flughöhe über Meer und der Lufttemperatur, auf 970 bzw. 930 kg festgelegt (effektive Nutzlast von 1'140 kg ./. minimale Gewichtsüberschreitung von 190 kg). Ausserdem haben nach den Messungen zwei weitere Stämme, Nr. 4519 und 4517, mit 1'030 sowie mit 1'070 kg diese Maximalgrenze überschritten. Hiegegen vermag die Beschwerdeführerin keine ernsthaften, nachvollziehbaren Einwendungen zu machen.
Bei einer Gewichtsüberschreitung von ca. 200 kg nimmt die A._ SA (Herstellerfirma der HB-XYS) in ihrer Beurteilung vom 7. August 1998 - abweichend von ihrer Stellungnahme vom Vortag, die von anderen Angaben ausging - an, dass bei der fraglichen Turbine eine Generalrevision durchgeführt werden müsse ("révision générale chez le fabricant ou un réparateur agréé"). In der Einschätzung vom 16. September 1998, die auf neuen Angaben des Bundesamts vom 10. September 1998 beruht, bestätigt die A._ SA bei Annahme einer mittleren Lufttemperatur von 6° C eine Überlast von 190 kg (bei einer Lufttemperatur von 16° C hätte die Überlast 290 kg betragen); ausserdem hält sie fest, dass eine solche Überlast die bestehenden Sicherheitsmargen normalerweise überschreitet.
d) Die Beschwerdeführerin vermag in ihrer Beschwerde nichts vorzubringen, was Anlass zur Annahme gäbe, dass die Vorinstanz die zulässige Nutzlast unkorrekt berechnet hätte, oder dass ihre Einschätzung unzutreffend ist, wonach eine Überschreitung der Maximalgrenze in der Höhe von rund 200 kg zwingend zu einer Revision der Turbine Anlass gebe. Unter diesen Umständen muss der Schluss gezogen werden, dass das Bundesamt jedenfalls ernsthafte Gründe hatte, anzunehmen, dass eine Überlast von mindestens 190 kg geflogen worden ist und dass dies eine Revision der Turbine unumgänglich machte. Somit lässt sich ohne Weiteres sagen, dass ohne zusätzliche Abklärungen über die Funktionstüchtigkeit der Turbine in jenem Zeitpunkt eine reale Gefährdung der Flugsicherheit als hinreichend wahrscheinlich erschienen ist. Dem Bundesamt kann demnach nicht vorgeworfen werden, dass es mit dem erlassenen Verbot der Inverkehrsetzung und dem Entzug des Lufttüchtigkeitsausweises eine wesentliche Amtspflicht verletzt hat.
Dass sich bei der Kontrolle der Turbine bei der Firma B._ am 12. November 1998 nachträglich ergeben hat, dass diese in gutem Zustand war und effektiv kein Sicherheitsrisiko bestand, bedeutet nicht, dass diese Massnahmen als widerrechtlich zu beurteilen sind, erfordert doch der hier gebotene präventive Schutz der Flugsicherheit ein aufsichtsrechtliches Tätigwerden des Bundesamtes bereits, wenn eine reale Gefährdung als wahrscheinlich erscheint, was vorliegend wie gesehen zu bejahen war. Ausserdem kann aus dem guten Zustand der Turbine - angesichts der bestehenden Sicherheitsmargen - noch nicht der Schluss gezogen werden, dass kein Überlastflug stattgefunden hat, wie im Schreiben der Firma B._ AG vom 27. April 1999 ausdrücklich festgehalten ist.
e) Der Beschwerdeführerin hätte es im Übrigen frei gestanden, die Revision der Turbine - wie angeordnet - bereits viel früher durchzuführen.
8.- Erweist sich der Entzug des Lufttüchtigkeitsausweises und das Verbot der Inverkehrsetzung des Helikopters HB-XYS als rechtmässig, entfällt von vornherein auch eine Haftung aufgrund des Entzugs der aufschiebenden Wirkung nach <ref-law>. Wie das Bundesgericht schon im Entscheid vom 22. Dezember 1999 i.S. X._ AG c. UVEK festgestellt hat, muss das Lufttüchtigkeitszeugnis bei hinreichenden Anhaltspunkten dafür, dass ein Luftfahrzeug nicht mehr flugtüchtig ist, mit sofortiger Wirkung entzogen werden und ist einer gegen den Entzug der aufschiebenden Wirkung erhobenen Beschwerde regelmässig die aufschiebende Wirkung zu entziehen (E. 2c S. 5). Der Entzug der aufschiebenden Wirkung durch das Bundesamt und die Nichtwiederherstellung dieser Wirkung durch das Departement erweisen sich demnach jedenfalls nicht als willkürlich.
9.- Das Bundesamt hat gegenüber der Beschwerdeführerin im Verfahren um Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses unbestrittenermassen verschiedene Verfahrensvorschriften verletzt (Verfahrensführung ohne rechtzeitige Orientierung, Gewichtsmessung ohne vorgängige Mitteilung, ungenügende Begründung usw.). Diese Gehörsverweigerungen wurden aber im Beschwerdeverfahren vor dem Departement geheilt, das in der Folge auf die Erhebung von Kosten verzichtet hat. Daraus lässt sich folglich keine Haftung der Eidgenossenschaft ableiten, ebenso wenig daraus, dass das Bundesamt seine Verfügung nicht sofort erlassen und damit einige Tage eine Gefährdung in Kauf genommen hat. Dass der Pilot der HB-XYS nicht als Zeuge einvernommen wurde, erscheint nicht als Verfahrensfehler, wurde dieser doch brieflich angefragt und konnte er schriftlich Auskunft erteilen. Ein solches Vorgehen ist nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> zulässig. Es lässt sich auch nicht sagen, dass das Bundesamt die A._ SA mit dem Fax vom 7. August 1998 unter Druck gesetzt hat. Mit diesem Schreiben hat das Bundesamt der A._ SA namentlich seine Annahmen über die Aussentemperatur, die Zahl der Rotationen und die Höhe der Gewichtsüberschreitung übermittelt. Dass es der Helikopterherstellerin auch mitgeteilt hat, es werde bei einem Flugunfall zufolge von Gewichtsüberschreitungen diese Korrespondenz dem Büro für Flugunfalluntersuchungen weiter leiten, ist nicht zu beanstanden, ist doch das Bundesamt als staatliche Flugaufsichtsbehörde hiezu ohnehin verpflichtet.
10.- Die Beschwerde erweist sich demnach als unbegründet.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Eidgenössischen Finanzdepartement schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 2. März 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: