Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 30. August 2006 wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt den Fall der K._, welche Leistungen der Invalidenversicherung in Form einer Rente und einer Umschulung beansprucht hatte, zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle zurück. In der Folge bewilligte der Präsident des Sozialversicherungsgerichts der Versicherten mit Entscheid vom 5. August 2008 die "unentgeltliche Vertretung im Verwaltungsverfahren". Nach Vornahme verschiedener Abklärungen kündigte die IV-Stelle am 28. Oktober 2008 an, bei der (mittlerweile Mutter gewordenen) Versicherten werde eine Haushaltsabklärung durchgeführt. Mit Schreiben vom 18. November 2008 ersuchte der Rechtsvertreter der K._ die Verwaltung daraufhin um Bestätigung, dass die unentgeltliche Verbeiständung auch für die in Aussicht genommene Haushaltsabklärung gelte. Die IV-Stelle antwortete mit Schreiben vom 3. Dezember 2008, es stehe der Versicherten frei, sich bei der Haushaltsabklärung durch einen Advokaten begleiten zu lassen. Der entsprechende Aufwand werde jedoch nicht durch die unentgeltliche Verbeiständung erfasst. Nachdem die Versicherte mit Schreiben vom 12. Dezember 2008 eine beschwerdefähige Verfügung verlangt hatte, bestätigte die IV-Stelle mit Verfügung vom 14. Januar 2009 ihren ablehnenden Entscheid.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies der Präsident des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt mit Entscheid vom 27. März 2009 ab. Das überdies gestellte Gesuch um unentgeltliche Prozessführung im Beschwerdeverfahren wurde bewilligt.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, es seien die Verfügung vom 14. Januar 2009 und der Entscheid vom 27. März 2009 aufzuheben und es sei ihr auch für die Begleitung durch den Rechtsvertreter anlässlich der Haushaltabklärung im verwaltungsinternen Verfahren die unentgeltliche Verbeiständung zu bewilligen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung für das Verfahren vor Bundesgericht ersucht.
Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>) sowie gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren (<ref-law>). Gegen andere selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde nach <ref-law> zulässig, sofern - alternativ - der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts begründet die Verweigerung der unentgeltlichen Verbeiständung im kantonalen Verfahren einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4 S. 338; Urteile 8C_530/2008 vom 25. September 2008 E. 2.3; 2C_143/208 vom 10. März 2008 E. 2; 4A_350/2007 vom 3. Oktober 2007 E. 2; 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2).
1.3 Nicht jeder im Rahmen der einmal bewilligten unentgeltlichen Rechtspflege getroffene Entscheid stellt jedoch eine anfechtbare Zwischenverfügung gemäss <ref-law> dar. Grundsätzlich ist eine Beschwerde gegen eine selbständig eröffnete Zwischenverfügung gemäss <ref-law> nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Es muss sich dabei um einen Nachteil rechtlicher, nicht bloss tatsächlicher Natur handeln, der nicht durch ein späteres Endurteil korrigiert werden kann (<ref-ruling> E. 4 S. 338 mit weiteren Hinweisen). So droht beispielsweise in der Regel kein rechtlicher Nachteil, wenn das Gesuch um Wechsel des unentgeltlichen Verteidigers im Strafverfahren abgelehnt wird, weil der Beschwerdeführer mit dem alten Verteidiger weiterhin anwaltlich vertreten ist (<ref-ruling> E. 4 S. 338, 126 I 207 E. 2b S. 211; Urteile des Bundesgerichts 1B_7/2009 vom 16. März 2009 E. 1.1 - 1.4; 1B_245/2008 vom 11. November 2008 E. 2 und 3).
2. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid. Gegenstand ist indessen nicht die grundsätzliche Ablehnung der Verbeiständung, vielmehr wurde diese für das Verwaltungsverfahren bewilligt. Mit der angefochtenen Verfügung wird lediglich ein einzelner Aufwand als nicht notwendig qualifiziert. Es ist daher zu prüfen, ob auch auf die Beschwerde gegen einen solchen Entscheid eingetreten werden kann, zumal diese nicht vom Rechtsvertreter sondern von der Partei selbst erhoben worden ist.
2.1 Der unentgeltliche Vertreter steht in einem öffentlich-rechtlichen Verhältnis zum Staat (<ref-ruling> E. 5.1.4 S. 205). Er wird mit der Bewilligung ernannt und im Endentscheid beziehungsweise bei Abschluss des Verwaltungsverfahrens honoriert. Der Staat ist Schuldner, der Anwalt Gläubiger der Honorarforderung. Davon gehen auch die im sozialversicherungsrechtlichen Verwaltungsverfahren anwendbaren Bestimmungen aus (<ref-law> i.V.m. Art. 14 des Reglements über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2). Der Rechtsvertreter hat sein Mandat daher im Rahmen dieser offiziellen Tätigkeit zu erfüllen, was unter anderem bedeutet, dass er keine unnötigen und überflüssigen Schritte unternimmt. Die Entscheidung darüber, was zur Erfüllung des vom Staat übertragenen Mandates angemessen ist, liegt alleine in der Verantwortung des Anwaltes.
2.2 Das Gericht beziehungsweise analog die verfügende Behörde setzt die Entschädigung für den unentgeltlichen Vertreter aufgrund einer abschliessenden Beurteilung des notwendigen Zeitaufwandes (<ref-law>) fest. Vor Abschluss des Auftrags kann der unentgeltliche Vertreter das Honorar nicht fordern (vgl. entsprechend für den privatrechtlichen Auftrag an den Anwalt <ref-ruling> E. 4b S. 254; FRANÇOIS BOHNET/VINCENT MARTINET, Droit de la profession d'avocat, Berne 2009, Rz. 2976 m.w.N.). Er - oder die von ihm vertretene Partei - haben zudem im Rahmen der Mandatsführung keinen Anspruch darauf, dass ihnen verbindlich mitgeteilt wird, ob ein einzelner Schritt als notwendig erachtet wird oder nicht. Dies auch angesichts des Umstandes, dass die Honorarforderung a posteriore, global und in Anbetracht der gesamten Aktivitäten des Anwalts beurteilt werden muss.
Wenn die Verwaltung auf die konkrete Anfrage des Anwalts vom 18. November 2008 anstelle einer verfügungsweisen Verweigerung der "Kostengutsprache" für eine einzelne Vertretungshandlung geantwortet hätte, dass auf diese erst später einzugehen sei, hätte daher keine Rechtsverweigerung vorgelegen.
2.3 Die Höhe des aus der unentgeltlichen Prozessführung geschuldeten Honorars kann sodann nach Vorliegen des Endentscheids überprüft werden, ohne dass einem Beschwerdeführer dadurch ein nicht wieder gutzumachender Nachteil entsteht (<ref-law>). Ist der unentgeltliche Vertreter zur pflichtgemässen Mandatsführung im dargelegten Sinn verpflichtet, entsteht auch der von ihm vertretenen Partei kein nicht wieder gutzumachender rechtlicher Nachteil, wenn erst nach Mandatsabschluss über die Notwendigkeit einzelner Aufwandpositionen entschieden wird. Es liegt somit kein anfechtbarer Zwischenentscheid gemäss <ref-law> vor; auf die Beschwerde wird daher nicht eingetreten. Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob die Versicherte überhaupt selbst und nicht vielmehr nur der unentgeltliche Vertreter zur Beschwerde legitimiert gewesen wäre (SVR 2007 UV Nr. 16 S. 54 E. 2.1 mit Hinweisen = Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts U 63/04 vom 3. Oktober 2006; Urteil des Bundesgerichts M 2/06 vom 17. September 2007 E. 5.3.3).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin verlangt für das Verfahren vor Bundesgericht die Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung. Die Bewilligung setzt voraus, dass ein Verfahren nicht als aussichtslos zu beurteilen ist. Aussichtslos sind Prozessbegehren, bei denen die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder jene nur wenig geringer sind als diese (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135, 128 I 225 E. 2.5.3 S. 136 mit Hinweis).
3.2 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen. Die Beschwerdeführerin hat sich vorliegend nicht dazu geäussert, weshalb das Bundesgericht auf ihr Begehren - ausnahmsweise - einzutreten habe, obwohl es sich beim angefochtenen Entscheid um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid des kantonalen Gerichts handelt, auf welche von Gesetzes wegen nicht ohne weiteres einzutreten ist (vgl. Erwägung 1). Bei dieser Ausgangslage war ein Obsiegen der Beschwerdeführerin mit ihrem materiellen Rechtsbegehren, es sei ihr auch für die Begleitung durch den Rechtsvertreter anlässlich der Haushaltsabklärung im verwaltungsinternen Verfahren die unentgeltliche Verbeiständung zu bewilligen, aussichtslos. Die beantragte unentgeltliche Prozessführung im Verfahren vor Bundesgericht kann daher nicht bewilligt werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer