Fatti:
A. Il progetto stradale per la costruzione del nuovo ponte sul fiume Ticino che collega Giubiasco a Sementina prevedeva la formazione, fuori dal campo stradale, di una fermata per il bus dotata di una pensilina di 5.80 m x 2.40 m e di un marciapiede con una larghezza variabile di circa 3.50 m, in corrispondenza della particella xxx di Giubiasco di proprietà di A._, che si è opposto al progetto. L'opera avrebbe interessato tutto il fronte del fondo, ciò che avrebbe comportato l'espropriazione di circa 120 m2.
B. Con risoluzione del 9 luglio 2008, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, in parziale accoglimento dell'opposizione evasa ai sensi dei considerandi, ha approvato il progetto, fatta eccezione per la fermata del bus e per il marciapiede in corrispondenza della citata particella. Dopo aver confermato la necessità dell'opera e la sua realizzazione fuori del campo stradale e quindi sul fondo dell'insorgente, il Governo cantonale ha nondimeno ritenuto la possibilità di attuare una soluzione meno invasiva della proprietà privata. La variante allestita di conseguenza, che riduce a 70 m2 l'area da espropriare, è stata pubblicata dal 3 novembre al 3 dicembre 2009. Il nuovo progetto prevede di spostare la fermata del bus per lasciare al fondo in questione un fronte stradale più ampio e aperto, di ridurre la larghezza del marciapiede a 1.50 m e di arretrare lo spazio per la sosta del bus di 2.50 m rispetto al campo stradale. Esso prevede inoltre la posa di una pensilina in vetro dalle dimensioni più contenute (3.40 m x 1.60 m) rispetto alla cabina progettata inizialmente.
C. Il 30 novembre 2009 il proprietario si è opposto anche alla variante. Il 1° settembre 2010 il Consiglio di Stato, rilevato che sia la necessità sia l'ubicazione della fermata erano già state decise nell'ambito della prima approvazione, ha respinto l'opposizione e approvato la variante. L'insorgente è allora insorto dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che, dopo aver effettuato un sopralluogo in contraddittorio, ha respinto il ricorso.
D. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale chiedendo, concesso al gravame effetto sospensivo, di annullarla.
Sono state chieste osservazioni soltanto sulla domanda di effetto sospensivo ed è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi sottopostigli (<ref-ruling> consid. 3).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale emanata in ambito pianificatorio ed edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 cpv. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.3 Il Tribunale federale esamina soltanto le censure sollevate e motivate. In effetti, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute, laddove il ricorrente lamenta la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale (<ref-law>), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> e del diritto federale (<ref-ruling> consid. 2.4 e 2.5; <ref-ruling> consid. 4.1). In questa misura, argomentazioni vaghe o appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili. L'atto di ricorso, in larga misura di natura meramente appellatoria, adempie solo in parte queste esigenze di motivazione.
1.4 Riservati i casi dell'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale o comunale non costituisce di per sé un motivo di ricorso, ma può costituire una violazione del diritto federale ai sensi dell'<ref-law>, segnatamente qualora disattenda il divieto dell'arbitrio ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3). Chiamato a esaminare l'applicazione di una norma del diritto cantonale o comunale sotto il profilo dell'arbitrio, il Tribunale federale si scosta quindi dalla soluzione ritenuta dall'ultima istanza cantonale solo se appaia manifestamente insostenibile, in palese contraddizione con la situazione effettiva, non sorretta da ragioni oggettive e lesiva di un diritto certo. Non basta, inoltre, che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 2.4), ciò che spetta al ricorrente dimostrare (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2).
2. 2.1 La Corte cantonale, ricordato che può esaminare le decisioni di approvazione di progetti stradali con pieno potere d'esame, compresa quindi l'opportunità - controllo da esercitare nondimeno con il dovuto riserbo - ha stabilito che il ricorrente non poteva rimettere in discussione l'ubicazione della fermata dell'autobus, proponendo soluzioni alternative. Ciò poiché questi aspetti erano già stati esaminati, in via definitiva, dal Consiglio di Stato nella precedente decisione 9 luglio 2008, non impugnata e cresciuta in giudicato: l'ordine di presentare una variante era pertanto circoscritto ai dettagli realizzativi della stessa. Ha quindi ritenuto corretta la pronuncia governativa d'irricevibilità di dette censure, respingendo su questo punto il gravame.
2.2 Al riguardo il ricorrente ammette che la sua opposizione era stata respinta relativamente alla richiesta di spostare la fermata degli autobus sul campo stradale, mentre ciò non sarebbe il caso per le sue ulteriori richieste.
2.3 Certo, a prima vista, la decisione governativa del 9 luglio 2008 può sembrare fuorviante. In effetti, nei relativi considerandi e nel dispositivo si rileva che il progetto stradale è approvato, mentre "non è approvata la fermata dell'autobus e del marciapiede in corrispondenza del fondo part. xxx RFD di Giubiasco; per questi elementi, è imposto l'onere di procedere ad una variante ...". Nel dispositivo si rileva che l'opposizione era evasa ai sensi dei considerandi. Negli stessi è stato tuttavia precisato che la fermata doveva essere dotata di una nicchia sul fondo privato del ricorrente e che soltanto riguardo alle "dimensioni della fermata ed alle sue modalità di realizzazione (tettoia anziché cabina), alla sua situazione per rapporto al fondo ed alla larghezza del marciapiede" occorreva esaminare la possibilità di una soluzione meno incisiva. Era comunque chiaro che, anche secondo un progetto di variante elaborato all'epoca dal Dipartimento del territorio, la fermata sarebbe stata ubicata sulla particella del ricorrente, in posizione decentrata verso il fiume, come poi sostanzialmente previsto nella variante litigiosa.
2.4 Nel merito, l'atto di ricorso si limita in gran parte a riassumere semplicemente le varie fasi delle procedure ricorsuali. Nella misura in cui adduce un'asserita erronea constatazione dei luoghi, contrastante con le effettive risultanze di fatto, il ricorrente non dimostra per nulla che l'accertamento dei fatti posto a fondamento del giudizio impugnato sarebbe avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e che l'eliminazione del vizio sarebbe determinante per l'esito del procedimento, ossia che si sarebbe in presenza di un accertamento addirittura insostenibile e quindi arbitrario. Ciò vale a maggiore ragione, ricordato che i fatti non sono stati constatati soltanto sulla base di fotografie e piani, in parte prodotti anche dal ricorrente, ma anche in occasione di un soprallugo in contraddittorio esperito dal giudice delegato del Tribunale amministrativo. Il Tribunale federale è quindi vincolato ai fatti accertati dalla Corte cantonale, non essendo ravvisabili motivi che ne imporrebbero una rettifica o una modifica d'ufficio (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.5 Anche la pretesa violazione del principio della proporzionalità non regge. In effetti, il gravame si incentra e si esaurisce nel ribadire la richiesta del ricorrente di spostare lateralmente l'intera fermata del bus (nicchia e pensilina), occupando, almeno parzialmente, terreni pubblici confinanti. Ora, detta conclusione è manifestamente inammissibile, poiché nella decisione governativa del 9 luglio 2008, non impugnata dal ricorrente, è stato deciso che la fermata doveva essere ubicata sul suo fondo. D'altra parte, il ricorrente, insistendo sullo spostamento dell'opera litigiosa, precisa di non chiedere un ulteriore ridimensiona-mento della stessa, né si confronta, disattendendo il suo obbligo di motivazione (<ref-law>), con i vari argomenti che ostano al richiesto spostamento dell'opera, addotti dai giudici cantonali. In effetti, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>).
2.6 Infine anche l'accenno di critica, secondo cui l'opera litigiosa gli toglierebbe per intero il fondo stradale, è infondata, ritenuto che la Corte cantonale ha ritenuto, come si è visto in maniera vincolante per il Tribunale federale, che la stessa è stata ubicata in modo tale da mantenere un fronte stradale ampio e aperto, che non riduce l'accesso veicolare al fondo del ricorrente.
3. 3.1 Nella misura in cui è ammissibile il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
3.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda d'effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, al Municipio di Giubiasco, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.