Aufschub des Strafvollzugs zu Gunsten einer ambulanten Massnahme (Art. 44 Ziff. 1 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), (Nichtigkeitsbeschwerde gegen den Entscheid der Rekurskommission des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 21. Dezember 1999), hat sich ergeben:
A.- A._ wurde in den letzten Jahren bereits verschiedene Male wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand bestraft. So verurteilte ihn unter anderem die Gerichtskommission Wil am 12. März 1997 wegen Führens eines Motorfahrzeugs in angetrunkenem Zustand zu einer bedingten Gefängnisstrafe von drei Monaten und Fr. 2'000.-- Busse.
A._ führte am 28. Februar 1998 einen Personenwagen in angetrunkenem Zustand; als Polizeibeamte ihn anhalten und einer Blutkontrolle zuführen wollten, beschimpfte und bedrohte er die Polizeibeamten und provozierte eine Rauferei. In der Nacht vom 12./13. September 1998 lenkte er erneut ein Motorfahrzeug in angetrunkenem Zustand.
B.- Das Bezirksgericht Frauenfeld verurteilte A._ am 8. September 1999 wegen mehrfachen Führens eines Motorfahrzeugs in angetrunkenem Zustand, Vereitelung einer Blutprobe, Fahrens trotz Führerausweisentzugs, einfacher Verkehrsregelverletzung, Sachbeschädigung, Beschimpfung sowie Gewalt und Drohung gegen Beamte zu einer Gefängnisstrafe von fünf Monaten und Fr. 2'500.-- Busse. Es schob die Freiheitsstrafe zu Gunsten einer ambulanten Massnahme zur Behandlung der Alkoholabhängigkeit auf, erklärte jedoch die am 12. März 1997 bedingt ausgesprochene Gefängnisstrafe von drei Monaten Gefängnis als vollziehbar.
Auf Berufung von A._ bestätigte das Obergericht des Kantons Thurgau am 21. Dezember 1999 den erstinstanzlichen Entscheid.
C.- A._ führt Nichtigkeitsbeschwerde und beantragt sinngemäss, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese auch die Gefängnisstrafe vom 12. März 1997 zu Gunsten der ambulanten Massnahme aufschiebe.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau beantragen die Abweisung der Nichtigkeitsbeschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) <ref-law> bestimmt:
Begeht der Verurteilte während der Probezeit ein Verbrechen oder Vergehen, handelt er trotz förmlicher Mahnung des Richters einer ihm erteilten Weisung zuwider, entzieht er sich beharrlich der Schutzaufsicht oder täuscht er in anderer Weise das auf ihn gesetzte Vertrauen, so lässt der Richter die Strafe vollziehen.
Gemäss Abs. 4 von <ref-law> ist der Strafvollzug aufzuschieben, wenn eine durch den Widerruf vollziehbar erklärte Strafe mit dem Vollzug einer Massnahme nach Art. 43, 44 oder 100bis StGB zusammentrifft.
Dasselbe gilt auch für ambulante Massnahmen, wenn die neue Freiheitsstrafe zu Gunsten der Massnahme aufgeschoben worden ist (Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, Bern 1989, S. 172 N 145 Fn 11; ergibt sich auch aus <ref-ruling> E. 1d S. 90).
Dann ist es sinnvoll, auch die alte, zu widerrufende Strafe gleich wie die neue Freiheitsstrafe zu Gunsten einer ambulanten Behandlung aufzuschieben. Dies ergibt sich daraus, dass nach der Rechtsprechung der Strafaufschub dann angezeigt ist, wenn die tatsächliche Aussicht auf eine erfolgreiche Behandlung durch den sofortigen Vollzug der Freiheitsstrafe erheblich beeinträchtigt würde. Ist nun mit dem Aufschub der neuen Freiheitsstrafe diese erhebliche Beeinträchtigung erstellt, so wäre es widersprüchlich, für die zu widerrufende Strafe diese erhebliche Beeinträchtigung zu verneinen. Der Vollzug der für vollziehbar erklärten Strafe ist dann aufzuschieben, wenn dies auch für eine zugleich mit der alten Massnahme verhängten neuen Freiheitsstrafe gilt (Stratenwerth, a.a.O., mit Hinweis auf ein Urteil des Kantonsgerichts Graubünden vom 19. Dezember 1992 = PKG 1972 Nr. 37; Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Auflage, Art. 41 N 64; in diese Richtung auch <ref-ruling> E. 1d S. 90).
b) Die Vorinstanz hält fest, zwar erachte das Bundesgericht eine Durchbrechung des Vollzugs von Freiheitsstrafen durch eine ambulante Behandlung nicht als sinnvoll. Im vorliegenden Fall bestünden jedoch gewichtige Gründe, von diesem Grundsatz abzuweichen. Der Beschwerdeführer sei ein geschätzter, langjähriger Mitarbeiter bei seinem heutigen Arbeitgeber. Falls er auf Grund des Strafvollzugs ausfallen würde, müsste der Arbeitgeber damit rechnen, einen langjährigen Kunden zu verlieren, und für den Beschwerdeführer bestünde die Gefahr, seine Arbeitsstelle zu verlieren; es werde ihm aber möglich sein, seine Strafe mittels gemeinnütziger Arbeit abzugelten, welche so geplant werden könne, dass seine Arbeit am heutigen Arbeitsplatz kaum beeinträchtigt werden dürfte.
Der Beschwerdeführer setzt sich überhaupt nicht mit dieser Argumentation auseinander. Insbesondere macht er nirgends geltend, dass das Verrichten einer gemeinnützigen Arbeit den Erfolg der begonnenen ambulanten Massnahme beeinträchtigen könnte, was unter den konkreten Gegebenheiten im Fall des Beschwerdeführers auch nicht ersichtlich ist. Besitzt der Beschwerdeführer somit die Möglichkeit, die dreimonatige Gefängnisstrafe in Form der gemeinnützigen Arbeit zu vollziehen ohne dass dabei die begonnene ambulante Massnahme beeinträchtigt wird, so entfällt damit auch der Grund dafür, die Strafe zu Gunsten der ambulanten Massnahme aufzuschieben.
Gegen diese Lösung könnte man einwenden, dass sie zu einer Schlechterstellung von zu kurzen Freiheitsstrafen Verurteilten führt, weil Art. 3a VStGB 3 die Vollzugsform der gemeinnützigen Arbeit nur bis maximal drei Monate Freiheitsstrafe zulässt. Vordergründig trifft dies auch zu, weil im Gegensatz dazu zu längeren Freiheitsstrafen Verurteilte - unter der Bedingung, dass der Vollzug der Strafe die ambulante Massnahme erheblich beeinträchtigen würde - in den Genuss eines Strafaufschubs gelangen. Da der Richter aber bei Abbruch beziehungsweise Beendigung der Massnahme zu entscheiden hat, inwieweit aufgeschobene Strafen noch zu vollziehen sind, wird die angesprochene Schlechterstellung bereits stark relativiert. Hinzu kommt, dass dem Sachrichter bei der der Sanktionenwahl oft ein Ermessensspielraum zusteht.
So kann es je nach Umständen sinnvoll sein, aus dem gesetzlichen Instrumentarium eine ganze Kombination von Sanktionen auszuwählen, um einen Täter vor Rückfällen zu bewahren.
Die von der Vorinstanz angeordneten Sanktionen - neu fünf Monate Gefängnis, aufgeschoben zu Gunsten der ambulanten Massnahme zur Behandlung der Alkoholabhängigkeit, Vollzug der widerrufenen dreimonatigen Gefängnisstrafe in Form der gemeinnützigen Arbeit sowie Fr. 2'500.-- Busse - stellen ein vernünftiges Gesamtpaket dar. Insbesondere durfte die Vorinstanz den bedingten Vollzug der dreimonatigen Gefängnisstrafe widerrufen, weil der Beschwerdeführer die Strafe in der Form der gemeinnützigen Arbeit verbüssen und so den "Tatbeweis" erbringen kann, dass es ihm mit einer Änderung seiner Lebensweise ernst ist.
Nach dem Gesagten verletzt der angefochtene Entscheid kein Bundesrecht. Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
c) Die Vorinstanz zitiert in ihrem Entscheid (S. 5 lit. bb am Ende) unter anderem <ref-ruling>, wonach es weder Aufgabe noch Ziel des Strafgesetzes sei, die (geistige) Gesundheit von Straftätern zu fördern; eine solche Aufgabe fiele allenfalls in den Bereich der Gesundheitsgesetzgebung. Vordringliches Anliegen der Strafgesetzgebung sei es, ein möglichst straffreies Verhalten aller anzustreben und die Resozialisierung von Straftätern zu fördern, damit sie in Zukunft nicht mehr straffällig würden (E. 3b S. 251 oben).
Diese Zeilen vermitteln - für sich allein zitiert - den Eindruck, das Bundesgericht vertrete die Auffassung, der Strafrichter solle Massnahmen, die die geistige Gesundheit von Straftätern beeinflussen, nur zurückhaltend ins Auge fassen, weil diese Aufgabe der Gesundheitspolitik zufalle. Damit wird aber die Grundaussage von <ref-ruling> verfälscht. Diese Aussage besteht vielmehr darin, dass der Richter bei geistig abnormen Straftätern nicht nur rein psychiatrische Therapien anordnen darf, sondern sämtliche Behandlungsformen im medizinischen Umfeld und sogar solche der Paramedizin, wenn sich durch die Behandlung die Gefahr weiterer Straftaten verhindern oder vermindern lässt.
2.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 278 Abs. 1 BStP).
Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und der Rekurskommission des Obergerichts des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 22. Februar 2001
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: