Faits:
A. Par décision du 3 décembre 2007, l'Office d'exécution des peines (ci-après: OEP) a ordonné le maintien du placement de X._ en secteur d'isolement cellulaire à titre de sûreté aux Etablissements de la plaine d'Orbe (ci-après: EPO) pour une durée de trois mois.
Par décision du 29 février 2008, l'OEP a prolongé ce placement en isolement cellulaire à titre de sûreté pour une nouvelle durée de trois mois.
B. Par arrêt du 20 mars 2008, le Juge d'application des peines du canton de Vaud a rejeté les recours de X._ contre les deux décisions précitées.
Cette décision repose, en bref, sur les éléments suivants.
B.a Par arrêt du 17 octobre 2002, le Tribunal d'accusation du canton de Vaud a constaté l'irresponsabilité de X._ et ordonné son placement dans une institution pour toxicomanes au sens de l'art. 44 aCP, ainsi que l'application parallèle d'un traitement ambulatoire de sa schizophrénie comprenant la prescription d'un traitement neuroleptique.
Par arrêt du 23 février 2005, le Tribunal d'accusation, saisi au terme d'une enquête ouverte pour violation de domicile, menaces, contrainte, voies de fait, violence ou menace contre les autorités ou les fonctionnaires et contravention à la LStup, a constaté l'échec du placement précité et ordonné l'internement de l'intéressé au sens de l'art. 43 ch. 1 al. 2 aCP, ainsi que l'application en parallèle d'un traitement de sa schizophrénie comprenant la prescription d'un médicament neuroleptique.
Par arrêt du 16 juillet 2007, le Tribunal d'accusation, chargé du réexamen de la mesure d'internement selon l'art. 2 al. 2 des dispositions finales de la modification du CP, a ordonné que X._ soit soumis à un traitement institutionnel au sens de l'art. 59 al. 3 CP.
B.b Les 16 juin et 25 octobre 2006, la Commission de libération a refusé la libération à l'essai de X._ et ordonné la poursuite de l'internement.
Il ressort du dernier examen de cette Commission que, depuis le début de son internement, l'intéressé a fait l'objet de plusieurs sanctions disciplinaires, ainsi que de différents placements à l'unité psychiatrique des EPO, démontrant ainsi qu'il ne faisait pas preuve d'une évolution favorable. Selon le membre visiteur, il nécessitait un encadrement permanent pour poursuivre sa médication et éviter les décompensations.
X._ a séjourné successivement en régime disciplinaire du 30 juin au 30 juillet 2006, en régime d'arrivants du 30 au 31 juillet 2006, en régime d'évaluation du 31 juillet 2006 au 25 septembre 2006, pour retourner en régime de sécurité renforcée afin de préparer un nouveau séjour à la division psychiatrique de la prison. Par décision du 3 juillet 2006, il s'est vu infliger une sanction de 30 jours d'arrêts disciplinaires pour avoir agressé un surveillant.
Depuis le 25 septembre 2006, X._ est resté en régime d'isolement jusqu'au 9 février 2007, en régime disciplinaire jusqu'au 17 février, puis encore en régime d'isolement jusqu'au 8 mai 2007. Après un passage en unité psychiatrique entre le 8 mai et le 1er juin 2007, il est à nouveau en régime d'isolement depuis cette date.
B.c X._ a été soumis à plusieurs expertises psychiatriques dont la dernière date du 20 décembre 2004.
Les experts ont posé le diagnostic de schizophrénie paranoïde épisodique avec déficit progressif et syndrome de dépendance à des substances psychoactives multiples, actuellement abstinent en milieu protégé. Ils ont constaté qu'en l'absence de traitement, le risque de récidive était extrêmement élevé, que l'importance de la pathologie schizophrénique impliquait une vulnérabilité au stress considérable et que la prise en compte de cette vulnérabilité liée à la maladie était le meilleur garant d'une diminution du risque de la dangerosité à terme. Celle-ci passait par une acceptation de la pathologie et une confrontation à la réalité progressive avec évaluation des ressources résiduelles chez l'expertisé.
Les médecins ont précisé qu'il était indispensable qu'un dispositif thérapeutique se construise autour de projets avec des étapes dont les objectifs seraient clairement établis et évalués à intervalles prévus et bien spécifiés, l'enjeu pour l'expertisé étant d'apprendre à vivre avec sa maladie en prenant en compte les limitations chroniques qu'elle impose. Ils ont estimé qu'une astreinte au traitement selon l'art. 43 aCP était une mesure indispensable pour fournir le cadre minimum permettant la réalisation des objectifs thérapeutiques.
B.d Dans sa séance des 21 et 22 mars 2006, la Commission interdisciplinaire consultative concernant les délinquants nécessitant une prise en charge psychiatrique (ci-après: CIC) a conclu qu'il apparaissait primordial de maintenir un cadre solide susceptible de contenir et de traiter les troubles toujours présents et actifs chez X._ et ce d'autant que celui-ci n'en avait toujours qu'une conscience très partielle. Elle a estimé qu'en l'état ce cadre ne pouvait être réalisé ailleurs que dans l'environnement carcéral et que toute progression du régime de la mesure devait tenir compte en priorité de l'évolution psychopathologique de l'intéressé et des nécessités du soin. Elle l'a dès lors encouragé à poursuivre ses efforts, afin de rendre réalisable à terme son éventuel placement en milieu institutionnel.
Dans sa séance du 12 avril 2007, la CIC a estimé que le cadre adéquat était à rechercher dans le maniement coordonné des ressources offertes tant par le régime de sécurité renforcée que par l'unité psychiatrique. Elle a réitéré ses recommandations à X._ d'accepter sans défaillance les traitements prescrits, qui seuls étaient susceptibles d'atténuer les effets de sa maladie.
B.e Dans un bilan du 13 février 2008, le Service de médecine et psychiatrie pénitentiaires (ci-après: SMPP) a signalé que l'évolution de X._ était rendue particulièrement aléatoire par le fait que ce dernier se montrait peu conscient du trouble dont il souffrait et remettait régulièrement en question le bien-fondé de son traitement, pour le refuser depuis plusieurs semaines, son état psychique étant à nouveau instable, quoiqu'il se montrât encore relativement collaborant et respectueux dans le contact avec l'équipe soignante.
C. Déposant un recours en matière pénale, X._ conclut à la réforme de l'arrêt du 20 mars 2008 en ce sens qu'une expertise psychiatrique est ordonnée aux fins de déterminer s'il doit être astreint à prendre des neuroleptiques, qu'il n'est plus tenu de prendre de tels médicaments et qu'il est libéré de l'isolement cellulaire.

Considérant en droit:
1. 1.1 Saisi d'un recours contre une décision de l'OEP relative à l'exécution d'une mesure, le Juge d'application des peines statue en dernière instance cantonale (art. 37 al. 3 de la loi vaudoise sur l'exécution des condamnations pénales; RSV 340.01). Le recours en matière pénale est recevable (art. 80 al. 1 et 78 al. 2 let. b LTF).
1.2 Le recours doit être motivé conformément à l'art. 42 al. 2 LTF, qui exige que le recourant indique en quoi la décision attaquée viole le droit. Les griefs mentionnés à l'art. 106 al. 2 LTF, en particulier celui pris d'une violation des droits fondamentaux, sont toutefois soumis à des exigences de motivation accrues, qui correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2. Le recourant sollicite une expertise psychiatrique indépendante du milieu pénitentiaire pour déterminer si un traitement neuroleptique est nécessaire et constitue la seule solution pour diminuer sa dangerosité.
2.1 Tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend celui de produire ou de faire administrer des preuves, mais à condition qu'elles soient pertinentes (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.). Le droit d'être entendu n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de se forger une conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 3 p. 157).
L'appréciation des preuves n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis sans raison sérieuse de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.2 Le Juge d'application des peines a rejeté la requête d'expertise au motif que les pièces du dossier lui permettaient clairement de conclure que l'état de santé du recourant nécessitait un traitement neuroleptique. En effet, selon l'expertise du 20 décembre 2004, l'intéressé présente un tableau schizophrénique manifeste et progressivement déficitaire, ces déficits révélant un problème crucial, notamment parce qu'ils entraînent chez l'expertisé un déni de la pathologie qui entrave les tentatives d'intégration à des processus thérapeutiques; ces déficits sont d'ordre cognitif, affectif et relationnel; la confrontation à ceux-ci est essentielle, car elle est seule à permettre progressivement une acceptation de la pathologie, prémice d'une adhésion au traitement multi-modal nécessaire; une thérapie psychopharmacologique constitue le socle indispensable de ce traitement, mais doit pouvoir s'accompagner d'une psychothérapie individuelle, d'un soutien familial et d'un encadrement de type réhabilitatif avec sociothérapie. Selon le rapport du SMPP du 13 février 2008, la prise d'une médication adéquate permet au recourant de se stabiliser tant au niveau de son vécu intérieur que dans ses relations à autrui. Selon la CIC, la priorité reste le soin et l'entretien du cadre thérapeutique, l'intéressé devant accepter sans défaillance les traitements prescrits.
Le recourant n'invoque pas l'arbitraire et ne s'en prend pas à la motivation précitée. Il ne démontre pas en quoi sa requête d'expertise ne pouvait être rejetée sur la base des éléments retenus par le Juge d'application des peines. En particulier, il ne critique pas l'expertise du 20 décembre 2004, ni n'avance d'indices laissant penser que les conclusions dudit rapport, lequel a d'ailleurs été rendu par des médecins indépendants du milieu pénitentiaire, seraient lacunaires, erronées ou dépassées. Insuffisamment motivée, sa critique est irrecevable (cf. supra consid. 1.2).
3. Le recourant conteste sa mise en isolement cellulaire pour une longue période. Il estime que les conditions de l'art. 90 CP ne sont pas réalisées, que la mesure imposée viole les art. 3 CEDH et 10 Cst. et vise finalement à le contraindre à prendre des médicaments neuroleptiques.
3.1 Selon l'art. 90 al. 1 CP, la personne exécutant une mesure prévue aux art. 59 à 61 CP ne peut être soumise à l'isolement ininterrompu d'avec les autres personnes qu'à titre de mesure thérapeutique provisoire (let. a), pour sa protection personnelle ou pour celle de tiers (let. b) ou à titre de sanction disciplinaire (let. c). Cette disposition constitue ainsi une base légale suffisante pour le prononcé d'un isolement notamment en cas de dangerosité du détenu. Dans ce sens, elle est d'ailleurs le pendant de l'art. 59 al. 3 2ème phrase CP qui précise que le traitement des troubles mentaux peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'art. 76 al. 2 CP, dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié (M. Heer, Basler Kommentar, 2ème éd., art. 90 n° 8). Contrairement à la let. a de l'art. 90 al. 1 CP qui mentionne le caractère provisoire de l'isolement prononcé à titre de mesure thérapeutique (cf. FF 1998 p. 144), la let. b ne prévoit pas de limitation dans le temps pour l'isolement dicté par la protection des personnes. En revanche, le droit cantonal fixe une durée maximale de six mois pour un isolement cellulaire à titre de sûreté, cette décision pouvant cependant être renouvelée (cf. art. 135 du règlement vaudois sur le statut des condamnés exécutant une peine privative de liberté et le régime de détention applicables; RSV 340.01.1; ci-après: RSC).
3.1.1 Le recourant souffre d'une grave affection psychique. Il présente un risque d'hétéro agressivité, majoré en cas de rechute toxicomaniaque. Les frustrations engendrées par la réalité difficile dans laquelle il se trouve peuvent conduire à des manifestations agressives contre lui-même ou, par mécanisme d'externalisation, contre autrui, notamment ses parents. Tous les spécialistes, experts psychiatriques, CIC, médecins du SMPP, confirment, de manière unanime, d'une part, la nécessité absolue du traitement neuroleptique et, d'autre part, la diminution de la dangerosité du recourant avec ce traitement. L'instabilité dans laquelle se trouve actuellement l'intéressé, découlant de son refus de se soumettre à la médication neuroleptique, engendre de l'agressivité et favorise un risque de passage à un acte violent auto- ou hétéro-agressif.
Il ressort d'un rapport des EPO du 6 juin que le recourant, alors placé en unité psychiatrique, faisait preuve depuis quinze jours d'un comportement agressif et instable avec des propos délirants et inquiétants, notamment au sujet de son droit de commettre un meurtre, et qu'il avait demandé lui-même à regagner le régime d'isolement cellulaire. Le 26 novembre 2007, les EPO faisaient état de ce que, après une amélioration notable, le recourant se montrait à nouveau agressif envers le personnel et refusait de suivre son traitement. Le 29 février 2008, les EPO ont indiqué que le recourant allait très mal, qu'il était devenu verbalement extrêmement agressif, qu'il ne suivait plus sa médication et qu'il ne se rendait plus régulièrement au travail.
3.1.2 Au regard des éléments précités, et plus particulièrement de l'état actuel du recourant et du danger qu'il présente pour lui-même et les autres à défaut de traitement, l'autorité cantonale, pouvait, sans violation du droit fédéral, admettre que les conditions de l'art. 90 al. 1 let. b CP étaient réalisées.
3.2 La torture ou tout autre traitement ou peine cruels, inhumains ou dégradants sont interdits (art. 3 CEDH).
3.2.1 Pour tomber sous le coup de l'art. 3 CEDH, un traitement doit atteindre un minimum de gravité. L'appréciation de ce minimum dépend de l'ensemble des données de la cause et notamment de la nature et du contexte du traitement ainsi que de sa durée, de ses effets physiques ou mentaux ainsi que, parfois, du sexe, de l'âge et de l'état de santé de la personne concernée. Dans cette perspective, il ne suffit pas que le traitement comporte des aspects désagréables (arrêt de la Cour européenne des droits de l'Homme du 8 juin 1999, affaire Antonio Messina c. Italie, chif. 1).
Un isolement sensoriel complet combiné à un isolement social total peut détruire la personnalité et constituer une forme de traitement inhumain qui ne saurait se justifier par les exigences de la sécurité ou toute autre raison. En revanche, l'interdiction de contacts avec d'autres détenus pour des raisons de sécurité, de discipline et de protection ne constitue pas en elle-même une forme de peine ou traitement inhumains (arrêt de la Cour européenne des droits de l'Homme du 4 juillet 2006, affaire Ramirez Sanchez c. France, chif. 117 ss; arrêt de la Cour européenne des droits de l'Homme du 8 juin 1999, affaire Antonio Messina c. Italie, chif. 1).
3.2.2 En l'espèce, le recourant ne subit pas un isolement sensoriel, ni un isolement social absolu. En revanche, il est soumis à un isolement social relatif depuis le 25 septembre 2006, dans la mesure où il n'est plus autorisé à côtoyer d'autres détenus (cf. art. 90 al. 1 let. b CP et 133 RSG) en raison de sa dangerosité liée à son état mental. Ce souci de protection est fondé et raisonnable, les experts s'accordant sur la dangerosité du recourant à défaut de traitement neuroleptique. Par ailleurs, ce dernier ne prétend pas être dénué de tout contact, notamment avec le personnel des EPO, les médecins ou son avocat. Selon le RSC, il doit d'ailleurs également avoir accès au téléphone (cf. art. 143 RSC) et pouvoir suivre, à certaines conditions, des activités professionnelles, occupationnelles ou socio-éducatives (cf. art. 144 RSC). Il ne se plaint pas non plus des conditions matérielles de sa détention. Enfin, il n'allègue pas avoir subi des effets physiques ou psychologiques préjudiciables du fait de son isolement. Dans ces conditions, le traitement dont se plaint le recourant n'atteint pas le minimum nécessaire de gravité pour tomber sous le coup de l'art. 3 CEDH. Le grief est dès lors infondé.
3.3 L'isolement constitue également une atteinte à la liberté personnelle (<ref-ruling> consid. 3b p. 115), de sorte qu'il doit reposer sur une base légale, être ordonné dans l'intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (cf. art. 36 Cst.). Ce dernier principe exige que les mesures coercitives prises par les autorités soient propres à atteindre le but visé, justifié par un intérêt public prépondérant, et qu'elles soient nécessaires et raisonnables pour la personne concernée. Une mesure restrictive est notamment disproportionnée si une mesure plus douce est à même de produire le résultat escompté. L'atteinte, dans ses aspects matériel, spatial, temporel et personnel, ne doit pas être plus rigoureuse que nécessaire (<ref-ruling> consid. 5b p. 119 s.).
3.3.1 Il est constant que la mesure attaquée repose sur une base légale formelle suffisante, à savoir l'art. 90 al. 1 let. b CP, et répond à un intérêt public prépondérant, l'isolement ayant été choisi comme instrument de protection, le recourant présentant un danger pour lui-même et les tiers en contacts quotidiens avec lui.
3.3.2 Sous l'angle de la proportionnalité, le recourant allègue que son isolement prolongé constitue une sanction inadmissible et sert à l'obliger à accepter un traitement neuroleptique.
L'isolement n'équivaut pas à une sanction telle qu'un arrêt disciplinaire, beaucoup plus sévère et contraignant. En effet, celui-ci emporte, pendant toute sa durée, non seulement la privation de contact avec les autres détenus, mais également de toutes les activités et des relations avec l'extérieur (cf. art. 26 du règlement sur le droit disciplinaire applicable aux détenus avant jugement et aux condamnés; RSV 340.07.1), ce que ne comporte en principe pas l'isolement au sens des art. 90 let. b CP et 133 ss RSC. La mesure prise n'est par conséquent pas comparable à un arrêt disciplinaire.
L'isolement n'a pour but de contraindre le recourant à prendre ses médicaments, mais de protéger les personnes. Les autorités d'exécution examinent d'ailleurs régulièrement l'évolution du détenu, la mesure devant être renouvelée et donc justifiée tous les trois mois. Il reste qu'actuellement, au vu de sa maladie, le recourant n'a pas d'autre choix que de suivre son traitement, qui devrait l'amener à un placement plus souple dans un milieu institutionnel, ou de s'opposer aux soins empêchant ainsi toute amélioration de son état et ouverture du régime carcéral. Dans ce sens, la CIC lui a, à plusieurs reprises, recommandé d'accepter sans défaillance les traitements prescrits, lui expliquant que seuls ceux-ci étaient susceptibles d'atténuer les effets de sa maladie psychique (cf. supra consid. B.d). Or, l'intéressé refuse de reconnaître sa pathologie et de suivre de manière scrupuleuse sa médication. Dans ces conditions, la mesure critiquée n'est pas disproportionnée et le grief de violation de la liberté personnelle est ainsi mal fondé.
Il reste que le recourant est soumis au régime de l'isolement cellulaire, de manière pratiquement ininterrompue, depuis le 25 septembre 2006 et que cette mesure ne saurait durer indéfiniment. Or, l'intéressé remet en cause et refuse de se soumettre au traitement neuroleptique, qui, selon les spécialistes, est pourtant absolument indispensable pour diminuer sa dangerosité. Si cette situation devait perdurer, la mesure d'isolement risquerait de ne jamais être levée. Dès lors, les autorités d'exécution doivent examiner si une médication forcée est envisageable et si elle peut constituer une mesure plus favorable qu'un isolement durable notamment au regard de la manière dont elle peut être exécutée, de ses effets secondaires sur le détenu et de ses chances de succès. A ce propos, on peut encore souligner que, contrairement aux allégations du recourant, une médication même forcée reposerait en l'occurrence sur une base légale suffisante ainsi que cela ressort des arrêts du 23 février 2005 et 16 juillet 2007 (cf. supra consid. B.a) et de la jurisprudence rendue aux <ref-ruling> consid. 3.3 p. 52 et 127 IV 154 consid. 3d p. 159.
4. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Dès lors que le recourant est dans le besoin et que ses conclusions ne paraissaient pas d'emblée vouées à l'échec, l'assistance judiciaire doit lui être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant requiert la désignation de Me Jean Lob en qualité d'avocat d'office. Il y a lieu d'accéder à cette requête et de fixer d'office les honoraires de l'avocat, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (art. 64 al. 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise.
3. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
4. Me Jean Lob, avocat à Lausanne, est désigné comme avocat d'office du recourant et ses honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 fr.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant et au Juge d'application des peines du canton de Vaud.
Lausanne, le 12 juin 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
5.1
Schneider Bendani