Genehmigung des Verteilungsplans, hat sich ergeben:
A.- Der X._-Verband, Zürich, und der Y._- Verband, Ostermundigen, schlossen sich auf den 1. Januar 1992 zur Z._ zusammen. Beim X._-Verband in Zürich bestand die mit öffentlicher Urkunde vom 6. Oktober 1975 errichtete Personalvorsorgestiftung des X._- Verbandes. Diese Stiftung wurde in die Sacheinlagegründung der Z._ einbezogen. Mit Datum vom 29. März 1993 wurden die Stiftungsstatuten entsprechend angepasst. Der Stiftungsname lautet seither Personalvorsorgestiftung der Z._. Es handelt sich um eine rein patronale Stiftung.
Nach Art. 3 der revidierten Statuten bezweckt die Stiftung "für die Mitarbeiter der Stifterfirma beziehungsweise von deren Tochter- oder Schwestergesellschaften, als Ergänzung zu bestehenden Fürsorgeeinrichtungen, eine zusätzliche Absicherung in Fällen von Alter, Tod und Invalidität. Der Zweck der Stiftung besteht auch in der Unterstützung des Vorsorgenehmers oder seiner Hinterlassenen in Notlagen wie Krankheit, Unfall, Invalidität, Arbeitslosigkeit. " Gemäss Art. 5 der Statuten beschliesst der Stiftungsrat über die Zuwendungen an die Destinatäre im Rahmen seines pflichtgemässen Ermessens sowie des Zweckartikels (Art. 3). Ein Stiftungsreglement besteht nicht.
Mit Vereinbarung vom 16./17. Februar 1994 übernahm die damalige C._ gestaffelt die Z._ (40 % der Aktien per 17. Februar 1994 und die restlichen 60 % per
1. Juli 1996). Auf den 1. Januar 1995 erhielten die Mitarbeiter der Z._ neue Arbeitsverträge, die nach dem Muster derjenigen der C._/D. _ ausgestaltet waren. Zugleich wurde mitgeteilt, dass die Arbeitsverhältnisse definitiv per 1. Juli 1996 auf die C._/ D._ übergingen. Nach der vollständigen Übernahme der Z._ und von deren Personal wurde die Personalvorsorgestiftung der Z._ als nicht mehr notwendig betrachtet, weshalb der Stiftungsrat dem Amt für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich am 11. September 1996 das Gesuch um Zustimmung zur Liquidation gestützt auf Art. 7 der Stiftungsstatuten von 1993 unterbreitete. Nach dieser Bestimmung ist der Stiftungsrat im Falle des Übergangs der Stifterfirma auf einen Rechtsnachfolger berechtigt, die Stiftung mit Bewilligung der Aufsichtsbehörde aufzulösen. Als Auszahlungsstichtag setzte der Stiftungsrat den 31. Dezember 1996 fest.
Mitarbeiter, die zu diesem Zeitpunkt bei der Z._/ C._/D. _ angestellt waren, sollten den vollen Liquidationsanteil erhalten, Mitarbeiter, die zwischen dem
1. Januar 1995 und dem 31. Dezember 1996 ausgetreten waren, einen nach Monaten berechneten Anteil, nämlich 1/24 pro Monat ihrer Betriebszugehörigkeit in dieser Periode. Im Übrigen stellte die Verteilungsliste auf die Kriterien der Funktionsstufe und Dienstjahre bis 1. Januar 1995 ab.
Mit Verfügung vom 2. Juni 1997 ordnete das Amt für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich die Aufhebung der Personalvorsorgestiftung der Z._ gemäss Stifterwillen an und genehmigte den vom Stiftungsrat vorgelegten Verteilungsplan.
B.- A._ und B._, die vor dem 1. Januar 1995 aus der Z._ ausgeschieden waren und dementsprechend im Verteilplan unberücksichtigt blieben, gelangten am 1. Juli 1997 an die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (im Folgenden: Beschwerdekommission BVG). Diese wies ihre Beschwerde mit Urteil vom 7. September 2000 ab.
C.- Mit Eingabe vom 25. Oktober 2000 haben A._ und B._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, den Entscheid der Beschwerdekommission BVG vom 7. September 2000 aufzuheben, als Stichtag den 1. Januar 1993 oder eventuell den 11. Juni 1993 oder den 1. November 1993 festzulegen, eine entsprechende Verteilliste zu erstellen, wobei das Verfahren bestimmten Kriterien (unter Hinweis auf SZS 1999 S. 332 ff.) zu genügen habe. Sie erachten namentlich den vom Stiftungsrat festgesetzten Stichtag vom 1. Januar 1995 als nicht haltbar, da zahlreiche Austritte des Personals bereits im Verlaufe des Jahres 1993/94 erfolgt seien. Im Jahre 1993 habe der wirtschaftliche Niedergang der Z._ begonnen. Der Kreis der Destinatäre hätte weiter gefasst werden müssen.
D.-Die Personalvorsorgestiftung der Z._ sowie das Amt für Gemeinden und berufliche Vorsorge des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Die Beschwerdekommission BVG und das Bundesamt für Sozialversicherung haben auf Vernehmlassung verzichtet.
Es wurde ein zweiter Schriftenwechsel durchgeführt.

Das Bundesgericht zieht Erwägung:
1.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gegen das Urteil einer eidgenössischen Rekurskommission (Art. 98 lit. e OG). Ihm liegt eine Verfügung im Rahmen der Stiftungsaufsicht zugrunde, in der die vom Stiftungsrat der Beschwerdegegnerin beschlossene Gesamtliquidation und der Verteilplan genehmigt wurden. Hiegegen steht der Verwaltungsrechtsweg nach Art. 74 und nicht die Klage an das kantonale Versicherungsgericht gemäss Art. 73 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG, SR 831. 40) offen (<ref-ruling> E. 1c S. 50; Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 3. Februar 1995, publiziert in SZS 1999 S. 373 ff.). Auch wenn das Verhältnis zwischen Stif- tung und Aufsichtsbehörde vom Zivilgesetzbuch geregelt wird (<ref-law>), ist es öffentlichrechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 2b S. 415; <ref-ruling> E. 1a S. 49; <ref-ruling> E. 2 S. 388).
Nach Art. 61 Abs. 1 BVG besteht in jedem Kanton eine Behörde, welche die Vorsorgeeinrichtungen beaufsichtigt und bei Stiftungen auch die Aufgaben nach Art. 84 Abs. 2, 85 und 86 ZGB erfüllt (Art. 62 Abs. 2 BVG). Deren Entscheid kann bei der Beschwerdekommission BVG angefochten und hernach an das Bundesgericht weitergezogen werden (Art. 74 Abs. 2 lit. a und Abs. 4 BVG), auch wenn es dabei um eine nicht registrierte (d.h. nicht der Durchführung des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge dienende) Personalfürsorgestiftung geht (<ref-law>). Zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde sind die Beschwerdeführer gemäss Art. 103 lit. a OG als Betroffene, die nach Meinung von Stiftung und Aufsichtsbehörde im Verteilungsplan nicht berücksichtigt werden sollen, legitimiert (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 50).
b) Das Bundesgericht prüft das angefochtene Urteil auf die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens (Art. 104 lit. a OG). Da eine Rekurskommission entschieden hat, ist es aber an die Feststellung des Sachverhalts gebunden, soweit dieser von der Vorinstanz nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG). Das schliesst im bundesgerichtlichen Verfahren auch neue Tatsachenbehauptungen und Beweismittel weitgehend aus. Sie sind lediglich dann zulässig, wenn die Vorinstanz sie von Amtes wegen hätte erheben sollen und ihr Nichterheben als Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften zu qualifizieren ist (<ref-ruling> E. 1c S. 99 f., mit Hinweisen).
2.- a) Der Stiftungsrat der Personalvorsorgestiftung der Z._, bei welcher es sich um eine rein patronale Stiftung handelt, hat gestützt auf Art. 7 der Statuten beschlossen, die Stiftung infolge Übergangs der Stifterfirma auf einen Rechtsnachfolger zu liquidieren, weil für sie kein Bedarf mehr bestehe. In einem solchen Fall der Liquidation von Personalvorsorgevermögen, auf das keine Rechtsansprüche der Destinatäre besteht, ist ein Verteilplan zu erstellen, der den Grundsätzen der Gleichbehandlung zu genügen hat. Was den Kreis der Begünstigten betrifft, so ist in Rechtsprechung und Lehre anerkannt, dass nicht nur die im Moment der Liquidation oder Teilliquidation bei der Stifterfirma beschäftigten Arbeitnehmer in den Verteilplan einzubeziehen sind, sondern ebenso jene, die - bei umfassender Betrachtungsweise - aufgrund derselben Veränderungen bei der Arbeitgeberfirma, die auch zur Liquidation der Stiftung führten, schon zuvor ihren Arbeitsplatz verloren haben (<ref-ruling> E. 4d S. 55, mit Hinweisen). Arbeitnehmer dagegen, die aus freiem Entschluss und ohne Veranlassung seitens des Arbeitgebers ein Arbeitsverhältnis selber aufgelöst haben, brauchen nicht berücksichtigt zu werden, denn sie werden nicht durch die Umstrukturierung in ihrem Vertrauen auf allfällige künftige Leistungen der Personalfürsorgestiftung enttäuscht (<ref-ruling> E. 4d S. 55 f.).
Davon sind Kündigungen durch Arbeitnehmer zu unterscheiden, welche bei sich abzeichnenden wirtschaftlichen Schwierigkeiten des Arbeitgeberbetriebs aus berechtigter Angst um den Verlust des Arbeitsplatzes von sich aus frühzeitig eine neue Stelle suchen. Solche Kündigungen gehen ebenfalls auf dasselbe wirtschaftliche Ereignis zurück, welches für die Liquidation ursächlich ist (E. 3c/bb des nicht publizierten Urteils des Bundesgerichts vom vom 30. Juni 1998, 2A.76/ 1997; vgl. auch Thomas Manhart, Die Aufhebung mit Liquidation von Stiftungen, insbesondere von Personalvorsorgestiftungen, Diss. Zürich 1986, S. 159).
b) Für den Stiftungsrat war Anlass zur Auflösung der Stiftung die vollständige Eingliederung der Arbeitnehmer der Z._ in die übernehmende Gesellschaft, weil nach seiner Einschätzung für die patronale Stiftung aufgrund der neuen Arbeitsverhältnisse und der damit verbundenen Neuregelung der Vorsorge kein Bedarf mehr bestand. In den Verteilplan sollten auch diejenigen Arbeitnehmer einbezogen werden, welche seit dem 1. Januar 1995 ausgeschieden waren.
Massgebend für die Festlegung dieses Stichtags war für den Stiftungsrat, dass per dieses Datum die bisherigen Arbeitsverträge der Z._ durch neue nach dem Muster der C._/D. _ ersetzt worden waren und den Mitarbeitern mitgeteilt wurde, dass ihr Arbeitsverhältnis per
1. Juli 1996 definitiv durch die C._/D. _ übernommen würde.
Was die Beschwerdeführer betrifft, so hat die Beschwerdekommission BVG zunächst festgestellt, dass sie - lange vor dem Stichtag - selber gekündigt haben. Das Arbeitsverhältnis des Beschwerdeführers 2 habe per 31. Dezember 1993 geendet. Zwar sei er im August 1993 zur Kündigung gedrängt und schliesslich bis Ende 1993 freigestellt worden. Doch seien erste Gespräche mit der Schweizerischen Treuhandgesellschaft erst im Januar 1994 geführt worden, woraus sich ergebe, dass die Kündigung des Beschwerdeführers 2 nicht aufgrund des Sachverhalts erfolgt sei, der schliesslich zur Liquidation der Personalvorsorgestiftung der Z._ geführt habe. Der Beschwerdeführer 1 habe das Arbeitsverhältnis im Mai 1994, also nach Abschluss des Übernahmevertrags, gekündet. Er behaupte zwar, zum Ausscheiden gedrängt worden zu sein. Doch bleibe es bei einer Behauptung, die nicht bewiesen sei. In einer Gesamtbetrachtung, welche auch die Niederlassung Zürich einbeziehe, ergebe sich, dass die Personalfluktuation im normalen Rahmen gelegen habe. Selbst was die Niederlassung Ostermundigen betreffe, hätten die Austritte, wie die Personalvorsorgestiftung - nicht bestritten durch die Beschwerdeführer - ausführe, teilweise durch Neuanstellungen ersetzt werden müssen. Die Beschwerdeführer seien mithin nicht aufgrund des nämlichen Sachverhalts ausgeschieden, der zur Liquidation der Stiftung führte.
c) Diese Feststellungen sind für das Bundesgericht in den Grenzen von Art. 105 Abs. 2 OG verbindlich (vgl.
E. 1b). Die Beschwerdeführer vermögen dagegen nicht aufzukommen, wenn sie darzulegen versuchen, dass 1991 der wirtschaftliche Niedergang der Arbeitgeberfirma schon eingesetzt habe und sich für die Zeit seit 1992/1993 ein klares Bild einer Umstrukturierung ergebe, die eine Teilliquidation der Stiftung erforderlich mache. Die Vorinstanz gelangte gerade nicht zur Überzeugung, dass von einem wirtschaftlichen Niedergang der Arbeitgeberfirma gesprochen werden kann, und vor allem erachtet sie die Kündigungen der Beschwerdeführer nicht als durch die wirtschaftliche Umstrukturierung veranlasst.
Diese Annahme ist jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig, sind doch die Verhandlungen mit der Schweizerischen Treuhandgesellschaft erst anfangs 1994 geführt worden und wurde im entsprechenden Vertrag vom 16./17. Februar 1994 die Zusicherung abgegeben, dass beim Personal der Z._ keine Kündigungen bis Ende 1995 erfolge und der Besitzstand in Bezug auf Salär, Gratifikation und Sozialleistungen gewahrt bleibe. Soweit in einer Mitteilung vom 6. Dezember 1993 der Z._ in Zusammenhang mit dem Strukturwandel im Bankensektor und ihren Auswirkungen auf die Z._ davon gesprochen wurde, dass Entlassungen unvermeidlich seien, erachtet die Vorinstanz diese Befürchtungen durch die seitherige Entwicklung, d.h. durch die Vereinbarung vom 16./17. Februar 1994, als überholt. Das kann nicht als offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung qualifiziert werden, zumal diese Äusserung vor Abschluss des Übernahmevertrages mit der C._ und gar noch vor Aufnahme der Vertragsverhandlungen mit ihr gemacht wurde.
d) Ist aber aufgrund der Bindung des Bundesgerichts an die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz davon auszugehen, dass die Übernahme der Z._ durch die C._ nicht zu Kündigungen seitens der Arbeitgeberfirma geführt hat, namentlich der Beschwerdeführer 1 freiwillig ausgeschieden ist und beim Beschwerdeführer 2 noch kein Zusammenhang mit der Übernahme durch die C._ gegeben war, so kann auch nicht beanstandet werden, dass sie nicht in den Verteilplan einbezogen und auch nicht weiter orientiert wurden. Dies entspricht vielmehr der Rechtsprechung, wie sie in E. 2a hievor dargelegt wurde.
3.- Die Beschwerdeführer berufen sich darauf, dass der Vertrag vom 16./17. Februar 1994 vorsehe, dass das Vermögen der Personalvorsorgestiftung der Z._ den bisherigen Mitarbeitern erhalten bleibe. Damit wurde aber nur ausgedrückt, dass das Personalvorsorgevermögen nicht in dasjenige der übernehmenden Gesellschaft integriert werden dürfte. Die Beschwerdeführer vermögen daraus nichts für sich abzuleiten.
4.- Der Verteilplan berücksichtigt nicht nur die Destinatäre, die im Zeitpunkt der Liquidation (31. Dezember 1996) noch bei der Z._ bzw. bei C._/D. _ tätig waren, sondern auch noch teilweise frühere Mitarbeiter. Als Stichtag wurde der 1. Januar 1995 bestimmt. Diese Festlegung kann nicht als willkürlich qualifiziert werden (zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 5a S. 70; <ref-ruling> E. 2a S. 168, je mit Hinweisen), fällt dieses Datum doch damit zusammen, dass die bisherigen Arbeitsverträge der Z._ durch neue nach dem Muster der C._/D. _ ersetzt wurden und den Mitarbeitern mitgeteilt wurde, dass ihre Arbeitsverhältnisse per 1. Juli 1996 definitiv auf die C._/D. _ übergingen. Es erscheint nicht als zwingend, ein weiter zurückliegendes Stichdatum festzulegen.
5.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet und ist abzuweisen.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang haben die Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 und 7 in Verbindung mit Art. 153, 153a OG).
Eine Parteientschädigung ist der Beschwerdegegnerin, die sich nicht durch einen Anwalt vertreten liess, nicht zuzusprechen (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Amt für Gemeinden und berufliche Vorsorge des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge sowie dem Bundesamt für Sozialversicherung schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 22. August 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: