Faits:
A.
Par jugement du 31 août 2012, le Tribunal de police genevois a condamné X._ pour vol, dommages à la propriété, violation de domicile, infraction à la LEtr et vol d'importance mineure, révoqué la libération conditionnelle accordée par le Tribunal d'application des peines et mesures le 21 décembre 2011, fixé une peine privative de liberté d'ensemble de 15 mois, sous déduction de la détention avant jugement, et prononcé une amende de 200 fr., la peine de substitution étant de 2 jours.
B.
Par arrêt du 20 décembre 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel formé par X._.
En bref, il en ressort les éléments suivants.
Le 24 mai 2012, X._ a été arrêté alors qu'il venait de voler trois bouteilles de vodka dans un commerce du Petit-Lancy. Il était en outre soupçonné d'avoir commis un cambriolage le 13 janvier 2012 sur les lieux duquel des traces de son ADN ont été retrouvées. A la suite de son arrestation, ses empreintes d'oreille ont été prélevées. Après comparaison avec la banque de données des traces d'oreille, la Brigade de police technique et scientifique (ci-après : BPTS) a établi une correspondance entre l'empreinte d'oreille de X._ et quatre traces d'oreille prélevées sur les lieux de quatre cambriolages commis les 20 juin 2011, 9 février 2012, 15 et 29 mars 2012. X._ a reconnu être l'auteur de deux d'entre eux ainsi que de celui du 13 janvier 2012. Il a été condamné par le Tribunal de police pour les cinq cambriolages.
Lors de l'audience de première instance, l'inspectrice ayant procédé aux comparaisons des traces d'oreille et des empreintes d'oreille de X._ a été entendue. Elle a notamment déclaré que la méthode utilisée était récente, mais elle était pratiquée à Genève depuis 1986 et était fiable, en dépit du fait que les comparaisons étaient faites à l'oeil nu, sans l'aide d'un ordinateur. Les résultats étaient contrôlés par deux personnes.
Dans le cadre de son appel, X._ a uniquement remis en cause sa condamnation pour le cambriolage du 20 juin 2011. Il a requis, à titre de mesures d'instruction, la production au dossier de la trace d'oreille retrouvée sur la porte de l'appartement cambriolé le 20 juin 2011 et les empreintes d'oreille prélevées sur lui, ainsi que l'audition du Prof. Christophe Champod de l'Institut de police scientifique de l'Université de Lausanne. Lors de l'audience d'appel, il a produit deux publications du Prof. Champod relatives à l'utilisation de la méthode de comparaison des empreintes d'oreille dans les enquêtes policières. La cour cantonale a refusé les mesures d'instruction requises et écarté des débats les deux publications produites. Elle a confirmé la condamnation de X._ pour les cinq cambriolages.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, sous suite de dépens, principalement à son acquittement des infractions de vol, dommages à la propriété et violation de domicile en relation avec le cambriolage commis le 20 juin 2011 et à la réduction de sa peine en conséquence, subsidiairement, à l'annulation de la décision et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il requiert par ailleurs l'assistance judiciaire.
Parmi les parties plaignantes, seule Y._ a été invitée à déposer des observations sur le recours, les infractions ici litigieuses relatives au cambriolage du 20 juin 2011 ne concernant pas les autres parties plaignantes. Cette dernière et la cour cantonale, qui se réfère aux considérants de son arrêt, ont renoncé à se déterminer, alors que le Ministère public a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1.
Invoquant les art. 6, 10, 100, 101, 107, 108, 139 al. 1, 182, 192, 389 al. 3 CPP, 9, 29 al. 1 et 2, 32 al. 1 Cst. et 6 par. 1, 2 et 3 CEDH, le recourant soutient que le refus de la cour cantonale de verser au dossier la trace d'oreille retrouvée sur la porte de l'appartement cambriolé le 20 juin 2011 et les empreintes d'oreille prélevées sur lui, ainsi que d'ordonner l'audition du Prof. Christophe Champod et de verser au dossier ses publications scientifiques, viole le principe d'instruction, le principe de la présomption d'innocence et son droit d'être entendu.
1.1. Tel que garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend, notamment, le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 293; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494; <ref-ruling> consid. 2b p. 56). Le prévenu doit pouvoir consulter le dossier pour connaître préalablement les éléments dont dispose l'autorité et jouir ainsi d'une réelle possibilité de faire valoir ses arguments dans une procédure. Pour que cette consultation soit utile, le dossier doit être complet. Dans une procédure pénale, cela signifie que les moyens de preuve doivent être disponibles dans les pièces de l'instruction, en tous cas lorsqu'ils ne sont pas présentés directement lors des débats devant le tribunal, et que les modalités de leur établissement doivent être décrites dans le dossier afin que le prévenu soit en mesure d'examiner s'ils ne présentent pas des vices relatifs à la forme ou au contenu et que, le cas échéant, il puisse soulever une objection contre leur validité. C'est une condition pour qu'il puisse sauvegarder d'une manière générale ses droits de la défense, comme l'exige l'art. 32 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 s.). Le droit d'être entendu est également garanti par l'art. 3 al. 2 let. c CPP, qui a la même portée que l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. MICHEL HOTTELIER, in Commentaire romand, Code de procédure pénale, 2011, n o 22 ad <ref-law>). Concrétisant le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) ainsi que les garanties relatives à un procès équitable et aux droits de la défense (art. 32 al. 2 Cst. et 6 par. 3 CEDH), l'accès au dossier est en outre garanti en procédure pénale aux parties de manière générale par les art. 101 al. 1 et 107 al. 1 let. a CPP (arrêt 1B_445/2012 consid. 3.2).
Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle dont la violation doit en principe entraîner l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 190).
1.2. En substance, la cour cantonale a retenu que les réquisitions de preuve du recourant, déposées au stade de sa déclaration d'appel, étaient tardives. En outre, une appréciation anticipée des preuves lui permettait de retenir que les requêtes de preuve du recourant n'étaient pas pertinentes.
1.3. S'agissant de la trace d'oreille retrouvée sur la porte de l'appartement cambriolé le 20 juin 2011 et les empreintes d'oreille prélevées sur le recourant, le droit de consulter le dossier du recourant a été violé. En tant que moyen de preuve, ces éléments devaient être disponibles dans les pièces du dossier. Le rapport de police faisant état de leur existence et affirmant leur correspondance n'est à cet égard pas suffisant. En effet, il ne permet pas au recourant de vérifier les modalités de son établissement et d'examiner s'il ne présente pas des vices dans l'appréciation à laquelle il a été procédé. Cela a empêché le recourant de soulever une objection contre sa validité. L'argument de la cour cantonale selon lequel la demande de production de ces éléments est tardive tombe à faux. En effet, selon la jurisprudence, le prévenu peut se borner à contester la validité d'un moyen de preuve sans avoir auparavant requis la réparation du vice dont il se prévaut, y compris au stade de la procédure d'appel (<ref-ruling> consid. 4.4). Il doit toutefois le faire dans le respect des règles de la procédure applicable. Or, en l'espèce, le recourant a requis la production de la trace recueillie sur la porte de l'appartement et des empreintes de ses oreilles dans sa déclaration d'appel. Il a ainsi respecté les prescriptions de l'art. 399 al. 3 let. c CPP qui impose à l'appelant d'indiquer dans sa déclaration d'appel ses réquisitions de preuves. La requête de l'appelant n'était ainsi pas tardive, l'<ref-law> permettant en outre à l'autorité d'appel d'administrer, d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours. La cour cantonale ne pouvait pas non plus se fonder sur une appréciation anticipée des preuves pour retenir que la preuve n'était pas pertinente dès lors qu'elle s'est elle-même fondée sur cette preuve pour retenir que le cambriolage du 20 juin 2011 avait été commis par le recourant. Bien fondé, le recours doit être admis pour violation du droit d'être entendu du recourant. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle ordonne le versement au dossier de la trace d'oreille retrouvée sur la porte de l'appartement cambriolé le 20 juin 2011 et les empreintes d'oreille prélevées sur le recourant et pour qu'elle donne accès à ces éléments au recourant.
Pour le surplus, en l'absence de toute description, que ce soit dans le rapport de police ou dans les déclarations de l'inspectrice, de la méthode utilisée par celle-ci pour aboutir à la conclusion que la trace d'oreille relevée sur la porte de l'appartement avait été faite par le recourant, il n'est pas possible de juger de la validité scientifique de ladite méthode, ce qui constitue également une violation du droit d'être entendu du recourant. Cette question est une question technique qui nécessite la mise en oeuvre d'une expertise au sens de l'<ref-law> que la cour cantonale devait ordonner, le cas échéant, d'office en application de l'<ref-law> dans la mesure où la trace d'oreille était l'élément de preuve principal sur lequel elle s'est fondée pour condamner le recourant. En effet, en l'absence de cette trace, les autres indices sur lesquels la cour cantonale s'est fondée, soit la présence en Suisse du recourant au moment des faits, la commission de quatre autres cambriolages postérieurs de plusieurs mois à celui du 20 juin 2011 et les dénégations du recourant, n'étaient pas suffisants pour retenir que le recourant avait commis le cambriolage du 20 juin 2011. Par conséquent, dans le cadre du renvoi, il appartiendra à la cour cantonale d'examiner avec attention la problématique de la méthode utilisée et de la validité scientifique de celle-ci dans le cas concret, au besoin, en ayant recours à une expertise.
2.
Le recours dois être admis pour violation du droit d'être entendu du recourant. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision. Au vu du sort du recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant qui deviennent sans objet.
Le recourant obtient gain de cause. Il ne supporte pas de frais (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il peut prétendre à de pleins dépens à charge du canton, l'intimée ayant renoncé à se déterminer (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire est sans objet (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera à l'avocat du recourant une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 10 juin 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet