Faits:
A. X._ Sàrl (ci-après: la Société), société à responsabilité limitée sise à A._, a pour but, selon l'inscription au registre du commerce, l'exploitation et la construction d'installations de sports et de loisirs, toutes affaires mobilières et immobilières ainsi que l'importation et l'exportation d'installations. Elle est détenue à parts égales par Y._ et Z._, associés gérants avec signature individuelle.
La Société a été inscrite au registre du commerce le 11 août 1999.
Sur le questionnaire pour l'assujettissement comme contribuable TVA qu'elle a rempli le 26 novembre 1999, la Société a déclaré avoir commencé son activité en mars de la même année. A la demande de l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale), elle a établi une "déclaration de responsabilité" qu'elle a fait parvenir à cette dernière le 7 décembre 1999 et dans laquelle elle a déclaré "assumer les obligations contractées en son nom avant son inscription dans le registre du commerce".
La Société a été immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) avec effet au 1er mars 1999.
B. Les 18 et 19 novembre 2002, l'Administration fédérale a effectué auprès de la Société un contrôle fiscal portant sur la période allant du 1er mars 1999 au 30 juin 2002. A la suite de ce contrôle, elle a établi notamment le décompte complémentaire no 287'633 du 12 février 2003, d'un montant de 18'399 fr., se rapportant aux périodes fiscales allant du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000. Cette reprise portait sur la vente d'une catapulte géante à la société D._ SA le 1er mars 2000 pour un prix de 200'000 fr., lequel n'avait pas été comptabilisé dans les comptes de la Société, mais partagé entre Y._ et Z._, les deux associés de cette dernière. La reprise concernait également les recettes tirées de l'exploitation de ladite catapulte, qui avaient été enregistrées dans les comptes de l'entreprise individuelle de Y._. L'Administration fédérale a justifié les reprises par le principe de l'unité de l'entreprise.
Le décompte complémentaire a été confirmé par décision formelle du 10 janvier 2005.
Sur la base de plusieurs documents que la Société lui avait adressés à sa demande, l'Administration fédérale a établi le décompte complémentaire no 287'937 du 9 février 2006, d'un montant de 4'445 fr., qui concernait les mêmes périodes fiscales que celui du 12 février 2003. Cette reprise portait sur la part des recettes provenant de l'exploitation de la catapulte qui était revenue à Z._.
La Société a contesté également cette reprise.
Par décision sur réclamation du 1er mars 2006, l'Administration fédérale a confirmé les montants des deux décomptes complémentaires précités.
Le recours interjeté par la Société à l'encontre de cette décision a été rejeté par arrêt du Tribunal administratif fédéral du 13 septembre 2008. Cette autorité a considéré que, d'un point de vue juridique, les opérations relatives à la catapulte avaient été effectuées non pas par la recourante, mais par une société simple composée de Y._ et Z._. Toutefois, la recourante présentait trop de points communs avec cette société simple (les associés étaient les mêmes, l'adresse de la recourante se trouvait au domicile privé de l'un d'eux, les opérations effectuées par la société simple entraient dans le but de la recourante, les élastiques nécessaires à l'exploitation de la catapulte étaient fabriqués par cette dernière) pour que l'on puisse, sous l'angle du principe de l'unité de l'entreprise et plus largement du principe de l'appréciation économique, admettre l'existence de deux sujets fiscaux distincts. Les opérations en cause devaient donc être attribuées à la recourante.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt entrepris et de renvoyer le dossier à l'autorité compétente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre un jugement final (cf. <ref-law>) rendu dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par le Tribunal administratif fédéral (cf. <ref-law>), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public. Interjeté par une partie directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. <ref-law>), il a, en effet, été déposé dans le délai (cf. <ref-law>) et la forme (cf. <ref-law>) prévus par la loi et ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'<ref-law>.
1.2 La recourante ne forme que des conclusions en renvoi, alors que l'<ref-law> confère au Tribunal fédéral un pouvoir général de réforme, quel que soit le recours interjeté devant lui (cf. <ref-ruling> consid. 1.5 p. 190 ss). Selon la jurisprudence, toutefois, une conclusion tendant uniquement à l'annulation de la décision attaquée est recevable dans le cadre d'un recours en matière de droit public; elle doit en effet être interprétée en ce sens que le recourant laisse au Tribunal fédéral le soin d'apprécier s'il entend, une fois la décision entreprise annulée, statuer lui-même sur le fond ou renvoyer la cause pour nouvelle décision (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 414 s.). Par ailleurs, l'<ref-law> habilite le Tribunal fédéral, outre à réformer la décision entreprise, à renvoyer l'affaire à l'autorité précédente ou à celle de première instance pour qu'elle statue à nouveau. Les conclusions de la recourante sont ainsi recevables.
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire, pour l'essentiel, que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 39), doit démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation (<ref-law>). Les faits ont été établis de manière arbitraire lorsqu'ils se trouvent clairement en contradiction avec la situation réelle, qu'ils reposent sur une erreur manifeste ou que rien ne peut les justifier objectivement (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398 et les références). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature purement appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
2. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 1995 (OTVA; RO 1994 II 1464 ss et les modifications ultérieures), a été remplacée par la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, du 2 septembre 1999 (loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20), entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'<ref-law>, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur les périodes fiscales allant du 1er mars 1999 au 31 décembre 2000.
3. La recourante demande l'audition de ses associés Y._ et Z._.
Le Tribunal de céans statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. consid. 1.3) et il ne procède en principe pas à des mesures probatoires pour élucider des faits qu'il incombait à l'autorité inférieure de constater (cf. Bernard Corboz, Introduction à la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, SJ 2006 II p. 319 ss, 336). En l'occurrence, la recourante avait déjà demandé l'audition de ses associés devant l'autorité précédente, requête qui a été rejetée par appréciation anticipée des preuves. Devant le Tribunal fédéral, la recourante peut ainsi seulement faire valoir que cette appréciation est arbitraire et que le refus de l'autorité précédente porte atteinte à son droit d'être entendue (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 429), ce qu'elle ne fait nullement. Il n'y a donc pas lieu de donner suite à sa requête de mesures probatoires.
4. La recourante soutient que l'état de fait constaté par l'autorité précédente est inexact ou incomplet à plusieurs égards.
L'autorité précédente a retenu que le montant de 200'000 fr. constituait le prix de vente de la catapulte. La recourante soutient que ce prix représente seulement une partie du montant en question, qui comprendrait également des sommes dues à titre d'indemnités pour résiliation anticipée du contrat relatif à l'exploitation de ladite catapulte ainsi que d'un trampoline. Ce faisant, la recourante oppose sa propre version des faits à celle figurant dans la décision entreprise, alors que rien ne permet d'affirmer que cette dernière serait manifestement inexacte. Le document intitulé "Détail et répartition des revenus de la vente du 20 mars 2000", daté du 13 décembre 2002 et signé par Y._ et Z._ (pièce jointe no 15 du dossier de l'Administration fédérale) indique certes que la moitié du montant de 200'000 fr. représente des dommages-intérêts pour résiliation [anticipée] des contrats de location portant sur la catapulte et un trampoline; en revanche, il ressort tant de la convention que les prénommés ont conclue le 28 février 2000 avec la société D._ SA que de la quittance établie le 1er mars 2000 (pièces jointes no 15 du dossier de l'Administration fédérale) que les 200'000 fr. représentaient le prix de vente de la catapulte, ces deux documents ne faisant nullement état d'une indemnité pour résiliation anticipée du contrat. Dans ces conditions, il n'apparaît pas que la constatation de l'autorité précédente au sujet du prix de la catapulte soit insoutenable ou manifestement inexacte.
La recourante relève encore que les élastiques nécessaires à l'exploitation de la catapulte ont été facturés par la société B._ GesmbH, sise en Autriche, et ne sont ainsi pas fournis par elle-même. Il ressort pourtant de l'annexe 1 au rapport de révision (pièce jointe no 2 du dossier de l'Administration fédérale) que ces élastiques sont "fournis et facturés" par la recourante, comme cela a été retenu dans la décision entreprise, laquelle ne saurait ainsi apparaître manifestement inexacte sur ce point.
En outre, la recourante affirme que l'atelier de constructions métalliques exploité sous la forme d'une entreprise individuelle par Y._ n'était pas situé au domicile privé de ce dernier, à A._, mais dans la zone industrielle de C._. Toutefois, si la décision attaquée fait un lien entre l'adresse de la recourante et le domicile privé de l'un de ses associés (consid. 4.2.2), elle n'évoque pas celle de l'entreprise individuelle du prénommé, de sorte qu'elle ne saurait être, à cet égard non plus, affectée d'une inexactitude manifeste.
Les critiques de la recourante concernant l'état de fait retenu dans la décision attaquée sont ainsi infondées. C'est donc sur la base des faits tels que l'autorité précédente les a constatés qu'il convient d'examiner si ladite décision est conforme au droit fédéral.
5. 5.1 L'autorité précédente a fait application de la théorie de la réalité économique pour imputer à la recourante les opérations relatives à la catapulte.
La recourante conteste en substance que l'on puisse lui opposer cette théorie, car tout démontrerait que Y._ et Z._ avaient réellement la volonté d'exploiter eux-mêmes la catapulte, plutôt que de le faire au travers de la recourante. C'est ainsi que la catapulte n'a pas fait l'objet d'une reprise de biens lors de la constitution de la recourante, que son exploitation entrait dans les buts à la fois de l'entreprise individuelle de Y._ et de l'association au travers de laquelle Z._ gérait un parc d'attractions axées sur le saut à l'élastique et que le produit de la vente a été comptabilisé dans les comptes de l'entreprise individuelle de Y._.
5.2 Aux termes de l'<ref-law>, dont la teneur a été reprise à l'<ref-law>, est assujetti à l'impôt quiconque, même sans but lucratif, exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle en vue de réaliser des recettes, à condition que ses livraisons, ses prestations de services et ses prestations à lui-même effectuées sur territoire suisse dépassent globalement 75'000 fr. par an. Les <ref-law> et 21 al. 2 LTVA énumèrent de manière non exhaustive les entités qui peuvent être assujetties, à savoir les personnes physiques, les sociétés de personnes, les personnes morales de droit privé et de droit public, les établissements publics non autonomes ainsi que les collectivités de personnes dépourvues de la personnalité juridique qui effectuent des opérations sous une raison sociale commune.
Exerce une telle activité de manière indépendante l'entité qui fournit ses prestations en son nom, en apparaissant comme prestataire vis-à-vis de l'extérieur (cf. arrêt 2A.520/2003 du 29 juin 2004 consid. 4.1 et 5, in RDAF 2005 II p. 75, RF 60/2005 p. 244). Tel est généralement le cas des personnes morales, même si celles-ci, bien que juridiquement indépendantes, dépendent dans les faits d'une autre personne comme par exemple une société-mère qui contrôle sa filiale (Camenzind/ Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2e éd., 2003, n. 1006; pour le régime de l'IChA: Dieter Metzger, Handbuch der Warenumsatzsteuer, 1993, n. 152). Une communauté de personnes dépourvue de la personnalité juridique - notamment une société simple (cf. arrêt 2A.520/2003, précité, consid. 2.2) - peut aussi constituer un sujet fiscal distinct de ses membres dès que la collaboration se manifeste sur le plan externe et que la communauté fournit des prestations sous son nom (cf. <ref-law> et 21 al. 2 LTVA in fine; Rivier/Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, 2000, p. 104: principe de l'entité distincte).
Dès lors que l'entité remplit les conditions énoncées ci-dessus, elle est en principe considérée comme un assujetti distinct (Pierre-Marie Glauser, Evasion fiscale et interprétation économique en matière de TVA, Archives 75 p. 727 ss, 750; cf. aussi le rapport du 28 août 1996 de la Commission de l'économie et des redevances sur l'initiative parlementaire "Loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée [Dettling]", où il est dit, en relation avec l'énumération des entités entrant en considération comme assujettis, que "en principe, on se fonde donc sur la forme juridique de l'entreprise au sens du droit civil" [p. 49 du tiré à part]) et les prestations qu'elle fournit lui sont attribuées aux fins de l'assujettissement et de l'imposition (Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 86, 104).
5.3 Le principe de l'unité de l'entreprise ne va pas à l'encontre de cette règle. Selon ce principe, un assujetti est censé exploiter une seule et même entreprise, même s'il exerce son activité commerciale au travers de plusieurs établissements ou centres de profit, voire, s'agissant d'une personne physique, sous la forme de plusieurs entreprises individuelles. Il s'ensuit que, aux fins de l'assujettissement et de l'imposition, les chiffres d'affaires des différents établissements ou unités sont additionnés et portés sur les mêmes décomptes (Heinz Keller, Besondere mehrwertsteuerliche Probleme bei Selbständiger-werbenden, Archives 73 p. 433 ss, 446 s.; Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 108; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1024 s.). Le principe de l'unité de l'entreprise sert à déterminer l'étendue de l'assujettissement d'un contribuable donné (cf. Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 107 s.), tel que défini par les <ref-law> et 21 al. 2 LTVA. Il ne joue en revanche pas de rôle s'agissant de savoir si l'on est en présence d'un ou de plusieurs contribuables. Il ne permet pas, en particulier, de faire abstraction de la forme juridique pour admettre l'existence d'un seul assujetti en présence de plusieurs entités juridiquement distinctes, mais qui exploitent une seule entreprise d'un point de vue économique (cf. Keller, loc. cit., selon lequel l'unité de l'entreprise cesse lorsqu'une partie de celle-ci est détachée pour être exploitée sous la forme d'une nouvelle personne morale qui constitue alors un contribuable distinct). En d'autres termes, ce principe ne permet pas de réunir deux assujettis distincts pour qu'ils ne forment qu'un seul contribuable.
5.4 La jurisprudence a introduit des exceptions permettant, dans certaines situations, de déroger aux règles d'assujettissement et de ne pas considérer que l'on est en présence de plusieurs entités distinctes, mais d'un seul contribuable.
Sous le régime de l'ancien arrêté du Conseil fédéral du 29 juillet 1941 instituant un impôt sur le chiffre d'affaires (AChA; RO 1941 821), le Tribunal fédéral a été confronté à la problématique des restructurations par lesquelles l'activité économique d'un assujetti est répartie entre plusieurs entités juridiquement distinctes. Celles-ci devaient en principe être traitées comme des contribuables différents, avec, le cas échéant, pour conséquence que l'une ou plusieurs de ces entités ne remplissaient plus les conditions d'assujettissement à l'impôt. Afin d'éviter que, par ces restructurations, l'impôt soit éludé, la jurisprudence a posé des conditions pour que les nouvelles entités puissent être considérées, fiscalement, comme des sujets distincts. Il fallait pour cela que celles-ci disposent de leurs propres moyens de production, tiennent leur propre comptabilité et calculent leurs prix de manière à obtenir le meilleur résultat. Les entités issues de la restructuration devaient donc apparaître comme distinctes non seulement du point de vue juridique, mais aussi sous l'angle économique. A défaut, leurs chiffres d'affaires étaient attribués, aux fins de l'assujettissement et de l'imposition, à l'entité qui servait de support juridique à l'(unique) entreprise (arrêts 2A.287/1991 du 30 juin 1992 consid. 2b, in Archives 62 p. 427; 2A.75/2002 du 9 août 2002 consid. 3.1). Cette jurisprudence a été développée sur la base de l'art. 8 al. 4 AChA, disposition aux termes de laquelle "les actes juridiques qui ont pour but d'éluder, dans un cas d'espèce, l'obligation fiscale ou le paiement de l'impôt n'ont aucun effet au point de vue fiscal", et donc sur la notion d'évasion fiscale (Metzger, op. cit., n. 162).
Dans le système de la taxe sur la valeur ajoutée, la jurisprudence a également été amenée à se prononcer sur le cas de deux entités juridiquement distinctes - en l'occurrence une société à responsabilité limitée et une entreprise individuelle. Le litige portait sur l'assujettissement de la société à responsabilité limitée et son inscription au registre des contribuables. Celle-ci avait des liens étroits avec l'entreprise individuelle (détenteurs communs; domaines d'activité se recoupant; même localisation etc.). De plus, la société à responsabilité limitée réalisait un chiffre d'affaires inférieur à la limite déterminante pour l'assujettissement, mais cette limite était atteinte si on y ajoutait le chiffre d'affaires de l'entreprise individuelle. Compte tenu de l'ensemble de ces circonstances, le Tribunal fédéral a considéré que l'existence de deux entités était insolite et ne correspondait pas à la réalité économique, de sorte qu'il se justifiait d'admettre l'existence d'un seul contribuable (arrêt 2A.61/2006 du 26 novembre 2006 consid. 3.1 et 3.2, in RF 62/2007 p. 586). La motivation de cet arrêt se réfère non seulement à l'approche économique (wirtschaftliche Betrachtungsweise, voir à ce sujet Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., 2002, p. 31), mais aussi à l'évasion fiscale, sans toutefois les différencier (consid. 3.1 et 3.2). On ne peut toutefois déduire de cette jurisprudence qu'il suffit que deux assujettis distincts aient des liens économiques entre eux, pour faire abstraction de la réalité juridique et considérer que l'on est en présence d'un seul contribuable, sans examiner la problématique de l'évasion fiscale.
Du reste, sous l'empire de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, l'ancienne Commission fédérale de recours en matière de contributions a aussi estimé que des entités, même si elles présentaient des liens entre elles - il s'agissait en l'occurrence d'une société en nom collectif appartenant à des époux dont le mari exploitait en parallèle une entreprise individuelle - constituaient en principe des assujettis distincts, sous réserve de l'existence d'une évasion fiscale (arrêt du 23 avril 2003, CRC 2001-066 consid. 4c, in JAAC 67/2003 no 123 p. 1208).
5.5 La doctrine subordonne elle aussi la possibilité de faire abstraction de la réalité juridique pour retenir l'existence d'un seul assujetti TVA en présence de deux entités distinctes à l'évasion fiscale.
Certes, l'application et la portée de la théorie de l'évasion fiscale en matière de taxe sur la valeur ajoutée est sujette à controverse. Selon certains auteurs, ces règles s'appliquent de manière générale dans le domaine en question (cf. Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 25, qui se réfèrent au droit européen de la TVA). D'autres évoquent la notion d'évasion fiscale seulement dans le contexte particulier de la localisation et de l'imposition des prestations de services fournies à des sociétés de domicile sises à l'étranger, alors que leur propriétaire économique est domicilié en Suisse (Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 634 s.; voir aussi les auteurs cités par Glauser, op. cit., p. 755 en note 168). Enfin, Glauser est d'avis que les règles sur l'évasion fiscale ne sont applicables qu'en présence d'une norme fondée sur un concept de droit civil. Comme la taxe sur la valeur ajoutée repose sur une logique économique, l'évasion fiscale ne jouerait en principe pas de rôle dans ce domaine (op. cit., p. 759 ss).
Dans le cas particulier, la question de la portée des règles sur l'évasion fiscale en matière de taxe sur la valeur ajoutée n'a cependant pas à être tranchée de manière générale, mais seulement dans le contexte de l'assujettissement au sens des <ref-law> et 21 LTVA. Or, même les auteurs qui doutent de leur applicabilité générale se fondent sur les règles en matière d'évasion fiscale pour définir les conditions auxquelles il est possible de s'écarter de la forme juridique prévue - ce qui revient à pratiquer un "Durchgriff" (voir à ce sujet <ref-ruling> consid. 3.2 p. 493 et arrêt 4A_384/2008 du 9 décembre 2008 consid. 4.1) - et de se fonder sur la réalité économique, en admettant l'existence d'un seul contribuable en présence de plusieurs entités juridiquement distinctes (Glauser, op. cit., p. 762 s.; cf. aussi Oberson/ Pittet, La jurisprudence du Tribunal fédéral rendue en 2006 en matière de TVA, Archives 77 p. 25 ss, 51).
5.6 Il ressort ainsi tant de la jurisprudence en matière d'impôt sur le chiffre d'affaires et de taxe sur la valeur ajoutée que de la doctrine que la règle selon laquelle une entité au sens des <ref-law> et 21 al. 2 LTVA, qui fournit ses prestations en son nom, en apparaissant comme prestataire vis-à-vis de l'extérieur, est considérée comme un assujetti distinct, vaut sous réserve de l'évasion fiscale. Il en va d'ailleurs de même en matière d'impôt fédéral direct, où le Tribunal fédéral admet que l'on ignore l'existence d'une personne morale et que l'on attribue son revenu à son propriétaire économique uniquement si l'on se trouve en présence d'une évasion fiscale (arrêt 2P.92/2005 du 30 janvier 2006 consid. 8, in RF 61/2006 p. 523). C'est donc seulement dans ce cas qu'il convient de privilégier l'approche économique et de s'écarter de la construction juridique mise en place. On ne saurait en effet admettre que deux entités juridiquement distinctes constituent un seul contribuable pour le seul motif qu'elles possèdent des liens entre elles, indépendamment de toute incidence fiscale.
5.7 Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale lorsque a) la forme juridique choisie par le contribuable paraît insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, b) ce choix a été opéré abusivement, dans le seul but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit avaient été aménagés de façon appropriée et c) le procédé conduirait effectivement à une notable économie d'impôt s'il était admis par l'autorité fiscale. Lorsque ces conditions sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme juridique choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait été appropriée au but économique poursuivi par celui-ci (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 635 s.).
5.8 En l'espèce, l'autorité précédente a confirmé la reprise litigieuse en vertu du principe de l'unité de l'entreprise en se fondant sur une approche économique, tenant compte exclusivement des liens existant entre la Société à responsabilité limitée et la société simple. Bien qu'elle ait évoqué ce problème et présenté de manière détaillée les conditions de l'évasion fiscale, elle n'a toutefois pas examiné si les conditions d'une telle évasion étaient réalisées, estimant que le principe de l'unité de l'entreprise suffisait. Or, comme il a été indiqué ci-dessus, ce principe sert à déterminer l'étendue de l'assujettissement d'un contribuable donné, mais ne permet pas, en présence de deux contribuables, d'admettre l'existence d'un seul assujetti (cf. supra consid. 5.3). Il faut, comme le préconisent la jurisprudence et la doctrine, envisager cette problématique sous l'angle de l'évasion fiscale et le Tribunal administratif fédéral ne pouvait s'en dispenser. C'est à la lumière des règles sur l'évasion fiscale qu'il convient de déterminer s'il se justifie de ne pas considérer la société simple formée de Y._ et de Z._ comme un contribuable distinct de la recourante d'un point de vue économique, de sorte que les opérations relatives à la catapulte doivent être attribuées à cette dernière. Pour trancher ces questions, il faut en particulier se demander si le fait de "séparer" les opérations relatives à la catapulte, fournies par la société simple, de celles effectuées par la recourante, paraît insolite ou étrange. La réponse dépend notamment de la nature de l'activité effectivement exercée par la recourante, laquelle ne ressort pas de la décision attaquée, qui n'indique que le spectre d'activités très large découlant de l'inscription au registre du commerce de la Société. Une autre question à élucider est celle de savoir si le maintien de la société simple parallèlement à la recourante visait à réaliser une économie d'impôt. Elle dépend du point de savoir si la société simple remplissait les conditions d'assujettissement, aspect sur lequel la décision entreprise ne renseigne pas non plus (on peut tout au plus en déduire que la limite de chiffre d'affaires déterminante pour l'assujettissement - 75'000 fr. selon l'<ref-law> - était atteinte pour l'année 2000, puisque la vente de la catapulte a généré à elle seule des recettes de 200'000 fr.). Comme les constatations de fait ressortant de la décision attaquée ne sont pas suffisantes et qu'il n'appartient en principe pas au Tribunal de céans de procéder à des mesures probatoires sur ces éléments (cf. consid. 3 ci-dessus), il y a lieu d'annuler le prononcé du 13 septembre 2008 et de renvoyer le dossier à l'autorité précédente pour qu'elle complète l'instruction et statue à nouveau (cf. <ref-law>) dans le sens des considérants du présent arrêt.
6. Vu ce qui précède, le recours doit être admis. La décision attaquée doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants du présent arrêt.
Succombant, l'Administration fédérale, dont l'intérêt pécuniaire est en cause, doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 et 4 LTF). La recourante a droit à des dépens (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. La décision attaquée est annulée et la cause renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il rende une nouvelle décision dans le sens des considérants du présent arrêt.
2. Des frais judiciaires de 3'500 fr. sont mis à la charge de l'Administration fédérale des contributions.
3. L'Administration fédérale des contributions versera à la recourante une indemnité de dépens de 3'500 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 11 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Vianin