Faits:
A. A.a Le 3 février 2012, le Juge de paix du district de Morges a ordonné, à la demande de B._ qui se fonde sur un acte de défaut de biens, le séquestre, à concurrence de xxxx fr., sur les avoirs dont A._ est titulaire ou propriétaire économique auprès de la Banque Y._, soit notamment un compte n° IBAN xxxx.
Le 7 février 2012, l'Office des poursuites de Zurich a exécuté le séquestre en bloquant des avoirs d'un montant de xxxx fr. sur le compte n° 1 de A._ auprès de la Banque Y._.
Le 9 mars 2012, A._ a fait opposition au séquestre, faisant valoir qu'il n'était ni titulaire ni propriétaire du compte bloqué, celui-ci appartenant à X._. Le 13 mars 2012, le Juge de paix du district de Morges l'a informé que le séquestre était caduc, le créancier ne l'ayant pas validé en temps utile, et que son opposition était sans objet.
A.b Le 8 mars 2012, B._ a requis le séquestre du compte n° 1 dont A._ est titulaire auprès de la Banque Y._, à concurrence de xxxx francs. Le Juge de paix du district de Morges a fait droit à cette requête le 9 mars 2012 et a chargé l'Office des poursuites de Zurich de son exécution.
Le 30 mars 2012, B._ a requis du Juge de paix qu'il invite l'Office des poursuites de Morges à exécuter le séquestre, l'Office des poursuite de Zurich s'estimant incompétent. Le 2 avril 2012, il a requis du magistrat qu'il rende une nouvelle ordonnance de séquestre.
A.c Le 2 avril 2012, le Juge de paix a ordonné un nouveau séquestre ne portant pas expressément sur le compte n° 1 ouvert auprès de la Banque Y._ comme requis, mais sur les avoirs dont A._ est titulaire auprès de cette banque, en particulier sur le compte n° IBAN xxxx, ainsi que sur tout compte bancaire, safe et autres dépôts dont A._ est l'ayant droit économique et sur lesquels il dispose d'une procuration.
Le 19 avril 2012, l'Office des poursuites du district de Morges a établi le procès-verbal relatif au séquestre du 2 avril 2012 n° 2. Dix-sept comptes ont été bloqués pour un total de xxxx fr.; parmi ceux-ci, cinq comptes étaient au nom du séquestré: un compte n° 3 à concurrence de xxxx fr., un compte n° 4 à concurrence de xxxx fr., un compte n° 5 à concurrence de xxxx fr., un compte n° 6 à concurrence de xxxx USD ainsi que le compte n° 1 à concurrence de xxxx francs. En marge, il est indiqué que, selon les précisions de Banque Y._, un montant de xxxx fr. a déjà été bloqué par une autre instance.
B. B.a Statuant sur plainte de A._, la Présidente du Tribunal de l'arrondissement de La Côte l'a partiellement admise et a levé le séquestre portant sur les comptes n° 4 et n° 6.
B.b Par arrêt du 16 novembre 2012, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision.
C. Le 29 novembre 2012, A._ exerce un recours au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut à son annulation et à ce que tous les séquestres ordonnés à son encontre soient levés.
Des réponses n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. La décision rendue par une autorité cantonale de surveillance dans le cadre de l'exécution du séquestre est une décision en matière de poursuite pour dettes et de faillite sujette au recours en matière civile (<ref-law>), indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). Elle est finale au sens de l'<ref-law>, car elle met fin à la procédure d'exécution du séquestre. La décision attaquée a été prise par une autorité cantonale de surveillance de dernière instance (<ref-law>) et le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>). Interjeté en temps utile (<ref-law>), le recours en matière civile est donc, en principe, recevable.
2. L'exécution du séquestre (<ref-law>) n'étant pas considérée comme une mesure provisionnelle au sens de l'<ref-law> (arrêt 5A_360/2010 du 12 juillet 2010 consid. 1.2 non publié in <ref-ruling> et les références citées), la limitation à la seule invocation des droits constitutionnels prévue par cette disposition ne s'applique pas. Le recours peut donc être formé pour violation du droit suisse tel qu'il est délimité à l'<ref-law>, soit notamment pour violation du droit fédéral (let. a), lequel comprend les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3).
3. 3.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cependant, sous peine d'irrecevabilité, le recourant doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (<ref-law>), c'est-à-dire discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.4). En particulier, la motivation doit se rapporter à l'objet du litige tel qu'il est circonscrit par la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 6). Le Tribunal fédéral ne connaît en outre de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
3.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
4. 4.1 En substance, la cour cantonale a considéré que les griefs du recourant, selon lesquels le séquestre porterait sur des biens dont il n'était pas titulaire, étaient irrecevables dès lors qu'ils ressortissaient à la compétence du juge de l'opposition en application de l'<ref-law>. En tant que le recourant prétendait que le créancier poursuivant ne pouvait pas requérir un nouveau séquestre sur les mêmes biens passé le délai de validation de l'<ref-law> - ce qui équivaudrait à requérir le maintien d'un séquestre caduc - et se prévalait du risque que son patrimoine ne fasse l'objet d'une exécution à plusieurs reprises, la juridiction a jugé que ces critiques étaient dirigées contre l'ordonnance de séquestre et non contre son exécution; elle a cependant relevé qu'un seul séquestre était actuellement en vigueur. Enfin, concernant l'insaisissabilité des quatre premiers comptes séquestrés, elle a relevé que le séquestre avait été levé pour deux d'entre eux, que le troisième n'avait pas fait l'objet de la plainte devant l'autorité inférieure de surveillance et que, s'agissant du quatrième, le recourant n'avait pas établi qu'il serait lié à son activité professionnelle.
4.2 Le recourant invoque la nullité des mesures de l'office tendant à maintenir un séquestre caduc en faisant valoir que l'ordonnance de séquestres successifs sur les mêmes avoirs par le même créancier à l'encontre du même débiteur serait abusive et permettrait d'éviter la déchéance liée à l'inobservation du délai de l'<ref-law>. Il fait ensuite valoir que l'autorité de surveillance est habilitée à veiller à ce que le séquestre ne porte que sur des biens du débiteur et que X._ et non lui-même serait titulaire du compte n° 1. Sur ce point, il conteste également, invoquant l'arbitraire et la violation de son droit d'être entendu, avoir admis être l'ayant droit économique de ce compte et affirme que ce n'est pas ce compte qu'il utilise pour ses activités commerciales. Le recourant prétend encore que le compte n° 4 concernerait ses activités professionnelles et qu'il n'est pas possible de le séquestrer pour ce motif. Enfin, il fait valoir que des avoirs ont été bloqués pour un montant supérieur à la créance du séquestrant.
5. La présente procédure concerne exclusivement l'exécution du séquestre ordonné le 2 avril 2012, selon le procès-verbal du 19 avril 2012, lequel porte uniquement sur un montant de xxxx fr. s'agissant du compte n° 1. Aussi, lorsque le recourant se prévaut de la caducité ou de la nullité du séquestre portant sur ce compte et ordonné précédemment à concurrence d'un montant de xxxx fr., ses griefs sont étrangers au litige et donc irrecevables (cf. supra consid. 3.1). Sont également irrecevables, pour le même motif, ses critiques à l'encontre de la lettre du Juge du paix du 13 mars 2012 déclarant sans objet son opposition à un précédent séquestre. Enfin, il y a lieu d'emblée de rejeter les griefs du recourant, selon lesquels il fait valoir que des avoirs auraient été bloqués pour un montant supérieur au montant de la créance, dès lors que le séquestre dont l'exécution est l'objet du présent recours porte sur une somme globale de xxxx fr., à savoir un montant inférieur à la créance de l'intimé à hauteur de xxxx francs.
6. La question litigieuse est, en réalité, principalement celle de savoir si l'autorité de surveillance est habilitée, sur plainte, à examiner des questions telles que la titularité du compte séquestré et l'admissibilité de séquestres successifs sur un même objet pour la même créance.
6. La question litigieuse est, en réalité, principalement celle de savoir si l'autorité de surveillance est habilitée, sur plainte, à examiner des questions telles que la titularité du compte séquestré et l'admissibilité de séquestres successifs sur un même objet pour la même créance.
6.1 6.1.1 L'ordonnance de séquestre du juge (art. 272 et 274 LP) doit être entreprise par la voie de l'opposition (<ref-law>). La décision rendue peut ensuite faire l'objet d'un recours cantonal (<ref-law>), puis d'un recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a et 74 al. 2 let. c LTF).
De son côté, l'office des poursuites exécute l'ordonnance de séquestre (<ref-law>). Plainte peut être déposée contre sa décision à l'autorité de surveillance (art. 17 s. LP) et un recours en matière civile est ensuite admissible contre la décision de l'autorité cantonale de dernière instance (art. 72 al. 2 let a et 74 al. 2 let. c LTF).
6.1.2 Les griefs relatifs aux conditions de fond du séquestre, en particulier la propriété et la titularité des biens à séquestrer ainsi que l'abus de droit, relèvent de la compétence du juge dans la procédure d'opposition (<ref-ruling> consid. 2.2 et les références citées; STOFFEL/CHABLOZ, Poursuite et faillite, Commentaire romand, 2005, n° 10 ad <ref-law>; REISER, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, Basler Kommentar, 2010, n° 16 s. ad <ref-law>). Les compétences de l'office des poursuites et des autorités de surveillance sont, elles, limitées aux mesures proprement dites d'exécution du séquestre - à savoir notamment, en vertu du renvoi de l'<ref-law>, à celles concernant la saisissabilité des biens (<ref-law>), l'ordre de la saisie (<ref-law>), la sauvegarde des biens saisis (<ref-law>) et la procédure de revendication (<ref-law>) - ainsi qu'au contrôle de la régularité formelle de l'ordonnance de séquestre. Ce pouvoir d'examen entre en effet par définition dans les attributions d'un organe d'exécution qui ne peut donner suite à un ordre lacunaire ou imprécis, ni exécuter un séquestre entaché de nullité, l'exécution d'une ordonnance frappée de nullité étant elle-même nulle au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2 et 2.3; <ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 5A_483/2008 du 29 août 2008 consid. 5.3; STOFFEL/CHABLOZ, op. cit., n° 11 ad <ref-law>; REISER, op. cit., n° 10 ss ad <ref-law>). L'exécution du séquestre ne doit cependant être refusée que dans les cas où l'ordonnance de séquestre apparaît indubitablement nulle, notamment lorsqu'elle viole manifestement le droit international public relatif aux immunités et que l'on ne saurait exiger du plaignant qu'il agisse par la voie de l'opposition selon l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3 et 4.2.2)
6.2 En l'occurrence, le recourant invoque deux motifs pour obtenir la levée du séquestre: d'une part, il ne serait pas le titulaire du compte n° 1 et, d'autre part, le prononcé de séquestres successifs sur les mêmes avoirs par le même créancier à l'encontre du même débiteur serait abusif au sens de l'<ref-law>. De tels griefs relèvent du bien-fondé du séquestre ordonné et sont, selon la jurisprudence, du ressort du juge dans la procédure d'opposition au séquestre et non de l'autorité de surveillance statuant sur plainte contre l'exécution de celui-ci (cf. supra consid. 6.1). Seule une éventuelle nullité entachant l'ordonnance de séquestre pourrait donc entrer en considération. Or, il ne saurait en être question en l'espèce dès lors qu'il n'est pas manifeste que l'ordonnance de séquestre soit nulle et qu'il peut raisonnablement être exigé du débiteur poursuivi qu'il agisse par la voie de l'opposition pour faire valoir ses griefs. C'est donc à juste titre que la cour cantonale a jugé qu'il n'appartenait pas aux autorités de surveillance de se prononcer sur la titularité des comptes bloqués ni sur l'éventuel caractère abusif du séquestre ordonné. Mal fondé, le recours doit donc être rejeté sur ce point.
7. Enfin, lorsque le recourant se plaint d'arbitraire en tant que la cour cantonale a considéré, s'agissant de l'insaisissabilité de quatre comptes séquestrés, que le séquestre avait été levé pour deux d'entre eux, que le troisième n'avait pas fait l'objet de la plainte devant l'autorité inférieure de surveillance et que, s'agissant du quatrième, le recourant n'avait pas établi qu'il serait lié à son activité professionnelle, ses griefs sont irrecevables (cf. supra consid. 3.1). Dans ses écritures, il s'épuise en effet à démontrer que le compte n° 4 concernerait ses activités professionnelles. Or, le séquestre ayant été levé sur ce compte par l'autorité inférieure de surveillance, le recourant n'a pas d'intérêt actuel et pratique au recours sur ce point (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2). Concernant les deux comptes, dont les avoirs sont toujours bloqués, le recourant s'abstient de toute critique; en particulier, il n'établit pas que le compte n° 5 aurait fait l'objet de la plainte du 27 avril 2012 et que le compte n° 3 concernerait ses activités professionnelles.
8. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens, des réponses n'ayant pas été requises (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des poursuites du district de Morges et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud, en qualité d'autorité supérieure de surveillance.
Lausanne, le 18 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
Le Greffier: Richard