Sachverhalt:
A. A._, geboren 1970, arbeitet als Tontechnikerin am Theater X._ und ist bei der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Allianz) obligatorisch gegen Unfall versichert. Am 26. November 2002 "verknackste" sie sich beim Fussballspielen den Fuss. Gemäss MRI-Untersuchung vom 27. November 2002 im Universitätsspital Y._ hatte sie sich durch eine Distorsion des rechten oberen Sprunggelenks eine Bänderzerrung zugezogen (ligamentum talofibulare anterius; bone bruise). Die Behandlung im Universitätsspital wurde am selben Tag abgeschlossen und eine Arbeitsunfähigkeit bis zum 30. November 2002 attestiert; die Hausärztin Frau Dr. med. K._ betreute A._ bis zum 10. April 2003 und verabreichte Schmerzmittel (NSAR lokal; Bericht vom 3. Juni 2003). Am 8. August 2003 suchte A._ Dr. med. R._, Rheumatologie FMH, Sportmedizin SGSM, auf. Gemäss seinem Bericht vom gleichen Tag litt sie unter einem persistierenden koordinativen Defizit, verstärkter Knick-Senkfussstellung wegen muskulärer Insuffizienz und einem sekundär aufgetretenen femoropatellären Schmerzsyndrom. Bei einer Kniearthroskopie vom 10. August 2004 wurde ein Meniskusriss medial rechts sowie eine kleine Teilruptur des vorderen Kreuzbandes festgestellt. A._ stand in der Folge weiterhin in Behandlung des Dr. med. R._, welcher Physiotherapie und Schmerzmittel verordnete. Im März 2006 mussten drei weitere Arthroskopien durchgeführt werden (am 8., 11. und 14. März), worauf A._ zur Rehabilitation in der Höhenklinik W._ hospitalisiert wurde (vom 5. bis zum 25. April 2006). Sie wurde wegen eines Infekts im Knie bis Ende Juni 2006 antibiotisch behandelt und es wurde ein Status nach CRPS (komplexes regionales Schmerzsyndrom) festgestellt, wobei sich in den Laborkontrollen durchweg rückgängige Entzündungsparameter zeigten. Der behandelnde Arzt Dr. med. R._ veranlasste auch weiterhin Physiotherapie.
Die Allianz kam für die Heilbehandlung auf und erbrachte Taggelder. Sie liess die Versicherte durch Dr. med. S._, Orthopädische Chirurgie FMH, abklären (Gutachten vom 12. Februar 2007). Ein Bericht des Dr. med. R._ vom 4. April 2007 ergab, dass A._ ihr angestammtes 50%-Pensum beim Theater X._ nunmehr mit einer 70%-igen Leistung erbringen könne, indessen die früher als Freelancerin übernommenen Tontechnikeraufträge nicht mehr zu bewältigen vermöge. Dr. med. S._ nahm in einem Schlussgutachten vom 28. November 2007 Stellung. Mit Verfügung vom 23. September 2008 schloss die Allianz den Fall ab und stellte ihre Leistungen per 30. September 2008 (Heilbehandlung) beziehungsweise 30. April 2008 (Taggelder) ein. Sie lehnte einen Anspruch auf Invalidenrente (mangels rentenbegründender Invalidität) ab, sprach der Versicherten indessen eine Integritätsentschädigung basierend auf einem Integritätsschaden von 10% zu. Auf Einsprache hin sicherte sie auch über den 30. September 2008 hinaus weitere Heilbehandlung zu (Einspracheentscheid vom 11. November 2008).
B. Die gegen die Verweigerung einer Invalidenrente erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 15. November 2010 ab. Es hob den Einspracheentscheid vom 11. November 2008 auf und stellte fest, dass die Allianz einzig für die Folgen der am 26. November 2002 erlittenen Distorsion des rechten oberen Sprunggelenks und der am 20. Januar 2006 erlittenen Kontusion des rechten Knies leistungspflichtig sei, wobei erwogen wurde, dass die Knie- und Knieinfektionsproblematik mit Meniskektomie, mehrfachen Arthroskopien und Rehabilitationsaufenthalt sowie den verbleibenden Restbeschwerden nicht unfallkausal sei.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, eventualiter sei ihr eine Invalidenrente auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von 24% zuzusprechen.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, wozu die Beschwerdeführerin noch einmal Stellung genommen hat. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat erwogen, dass nach Lage der Akten das rechte Knie beim Unfall vom 26. November 2007 nicht betroffen gewesen sei und andere Ereignisse vor der Arthroskopie vom 10. August 2004, bei welcher die Knieverletzung festgestellt worden sei, nicht dokumentiert seien. Es könne diesbezüglich daher nicht von einem unfallbedingten Gesundheitsschaden ausgegangen werden; mangels natürlicher Kausalität entfalle eine Leistungspflicht des Unfallversicherers.
3. Beschwerdeweise wird eine unzureichende Gewährung des rechtlichen Gehörs hinsichtlich der angedrohten Schlechterstellung durch die Vorinstanz sowie eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts bezüglich der (natürlichen) Unfallkausalität gerügt.
4. Es stellt sich zunächst die Frage, ob es zulässig war, dass die Vorinstanz die Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin auch in dem Umfang verneint hat, als diese der Versicherten mit Verfügung vom 23. September 2008 und Einspracheentscheid vom 11. November 2008 auch über den 30. September 2008 hinaus die Gewährung von Heilbehandlung zugesichert und eine Integritätsentschädigung zugesprochen hatte.
4.1 Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind grundsätzlich nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen und zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand (<ref-ruling> E. 2.1 S. 164 f.). Innerhalb des Anfechtungsgegenstandes bilden die von der Beschwerde führenden Person gestellten Anträge den Streitgegenstand (<ref-ruling> E. 1.1 S. 502; <ref-ruling> E. 1b S. 414, E. 2a S. 415; <ref-ruling> E. 3b u. c S. 51 f.; Urteil 8C_820/2010 vom 22. März 2011 E. 4.1). Eine Ausdehnung des Anfechtungsgegenstandes ist im verwaltungsgerichtlichen Verfahren unter bestimmten Voraussetzungen zulässig (<ref-ruling> E. 2a S. 36).
4.2 Anfechtungsgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens war der Einspracheentscheid vom 11. November 2008, mit welchem die Beschwerdegegnerin über den Anspruch auf weitere Heilbehandlung, auf eine Invalidenrente sowie auf eine Integritätsentschädigung verfügt hat. Die Beschwerdeführerin beantragte die Aufhebung dieses Einspracheentscheides, soweit er den Anspruch auf eine Invalidenrente verweigert, und Zusprechung einer Invalidenrente auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von 24%. Streitgegenstand im kantonalen Verfahren war somit einzig der Anspruch auf Invalidenrente.
4.3 In Urteil U 144/94 vom 15. Mai 1995 stellte das Eidgenössische Versicherungsgericht, heute Bundesgericht, fest, dass aufgrund der Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzig streitig und zu prüfen sei, ob der Unfallversicherer dem Beschwerdeführer aufgrund seiner unfallbedingten Beeinträchtigung zu Recht eine Invalidenrente von 20% zugesprochen habe, oder ob ihm - wie er geltend machte - eine Rente von 50% zustehe. Demgegenüber sei der vorinstanzliche Entscheid im Punkte der Integritätsentschädigung nicht mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten, weshalb diese Leistungsart nicht Streitgegenstand des letztinstanzlichen Verfahrens und daher vom Eidgenössischen Versicherungsgericht nicht zu beurteilen sei, auch nicht - mangels engen Sachzusammenhanges - in Ausdehnung des Verfahrens (Urteil U 144/94 vom 15. Mai 1995 E. 2a).
4.4 Indem das kantonale Gericht die Leistungspflicht des Unfallversicherers auch hinsichtlich der Ansprüche auf Heilbehandlung und Integritätsentschädigung geprüft hat, hat es nach der dargelegten Rechtsprechung eine unzulässige Ausdehnung des Streitgegenstandes vorgenommen.
Der angefochtene Entscheid ist daher aufzuheben, soweit er die Integritätsentschädigung und die Heilbehandlung betrifft.
5. 5.1 Der Streitgegenstand umfasst immer ein ganzes Rechtsverhältnis und nicht lediglich einen Teilaspekt desselben (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 415 ff.; Urteile 2C_446/2007 vom 22. Januar 2008 E. 2.2; I 226/99 vom 15. Mai 2000 E. 2 u. 3).
Der (allein) streitige Rentenanspruch unterlag daher insgesamt der uneingeschränkten richterlichen Überprüfung (vgl. auch Urteil I 226/99 vom 15. Mai 2000 E. 3d u. e) und es war zulässig, in diesem Zusammenhang auch die für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzte natürliche Kausalität (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181) zu beurteilen.
Zieht das Gericht an sich nicht bestrittene Aspekte des streitigen Rechtsverhältnisses in die Prüfung mit ein, hat es bei seinem Entscheid je nachdem die Verfahrensrechte der am Prozess Beteiligten, insbesondere das Anhörungsrecht der von einer möglichen Schlechterstellung bedrohten Partei oder den grundsätzlichen Anspruch auf den doppelten Instanzenzug zu beachten (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 417; Urteil I 226/99 vom 15. Mai 2000 E. 3c).
5.2 Diesen Anforderungen wurde Genüge getan. Die Vorinstanz hat den Parteien mit Beschluss vom 20. August 2010 mitgeteilt, es sei aufgrund einer vorläufigen Würdigung der Akten nicht ausgeschlossen, dass das Gericht zum Schluss kommen könnte, es fehle am natürlichen Kausalzusammenhang, und sie hat der Beschwerdeführerin die Gelegenheit eingeräumt, sich zu einer allfälligen Schlechterstellung (reformatio in peius) zu äussern. Nachdem schon die Beschwerdegegnerin den Anspruch auf eine Invalidenrente (wenn auch aus anderen Gründen) verneint hat, wurde die Beschwerdeführerin diesbezüglich durch den vorinstanzlichen Entscheid nicht schlechter gestellt. Indem sie zur Frage der natürlichen Kausalität Stellung nehmen konnte, wurde ihr das rechtliche Gehör ausreichend gewährt.
6. Zu prüfen bleibt, ob das kantonale Gericht den Anspruch auf eine Invalidenrente zu Recht mangels natürlicher Kausalität verneint hat.
6.1 Nach den vorinstanzlichen Erwägungen ist der Gutachter Dr. med. S._ am 12. Februar 2007 aktenwidrig davon ausgegangen, dass sich die Beschwerdeführerin am 26. November 2002 das rechte Bein und nicht lediglich das Fussgelenk verdreht habe, weshalb seine Einschätzung auf einem unrichtigen Sachverhalt beruhe. Zudem nehme er ohne schlüssige Begründung eine natürliche Kausalität zwischen dem Ereignis vom 26. November 2002 sowie einem Velosturz vom 20. Januar 2006, der aktenmässig nicht dokumentiert sei, und den gesundheitlichen Beeinträchtigungen der Beschwerdeführerin an, was nicht zu überzeugen vermöge.
6.2 Der Hergang des Unfalls vom 26. November 2002 ist nur dürftig und kaum schlüssig dokumentiert. Auf der Bagatellunfall-Meldung vom 12. Dezember 2002, die noch an die Elvia Versicherung, heute Allianz, erging, notierte die Arbeitgeberin "beim Fussballspielen Fuss verknackst". In den Berichten des Universitätsspitals Y._ vom 10. Januar und vom 12. März 2003 ist einmal von einem Sturz, dann von einem Misstritt die Rede. Die Versicherte selber wurde dazu nicht befragt; erst am 8. November 2006 fand ein Patientenbesuch statt, wobei diesbezüglich jedoch auf die Akten verwiesen wurde.
Hinsichtlich des erwähnten Velosturzes, für welchen gemäss Vorinstanz keine Unfallmeldung vorliegt, verweist die Beschwerdeführerin zu Recht auf einen sich bei den Akten befindlichen Unfallschein mit Stempeln des Dr. med. R._ sowie des Dr. med. M._, Orthopädische Chirurgie FMH, und Attestierung von Arbeitsunfähigkeiten ab dem 2. Mai 2006, der zwar auf ein Ereignis vom 26. November 2002 hinweist, jedoch unter einer anderen Schaden-Nummer geführt wird (2006-72454-4). Auch der ärztliche Zwischenbericht des Dr. med. R._ vom 3. Februar 2006 erwähnt eine Kniekontusion rechts am 20. Januar 2006 durch Velosturz. Die von der Beschwerdeführerin und von der Beschwerdegegnerin letztinstanzlich ins Recht gelegten Kopien der Unfallmeldung vom 21. Januar 2006, wonach die Versicherte am 19. Januar 2006 "mit dem Fahrrad in die Tramgeleise gerutscht und rechts hingeknallt" sei, der vom Unfallversicherer eingereichte Bericht des Dr. med. R._ vom 1. März 2006 über die Erstbehandlung vom 20. Januar 2006 sowie der Operationsbericht vom 20. März 2006 betreffend die Arthroskopie vom 8. März 2006, welcher sich nur als teilweise Kopie in den Akten befindet, können als zulässige Noven entgegengenommen werden (<ref-law>; Urteil 8C_205/2010 vom 1. Juli 2010 E. 3.3; Nicolas von Werdt, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 6 zu <ref-law>). Der Unfallversicherer hat seine Leistungspflicht (auch) für den zweiten Unfall vom 19. Januar 2006 grundsätzlich anerkannt.
6.3 Dr. med. S._ hielt in seinem Gutachten vom 12. Februar 2007 Folgendes fest: "Die Frage der natürlichen Kausalität muss eindeutig mit ja beantwortet werden, und zwar bei beiden Unfällen (26.11.2002 und 20.1.2006). Beide Unfälle haben zu einer richtunggebenden Verschlimmerung geführt, wobei beim zweiten Unfall ohne Infekt wahrscheinlich nur eine vorübergehende Verschlimmerung resultiert hätte." Des Weiteren beantwortete er die entsprechenden Fragen des Unfallversicherers dahingehend, dass die geltend gemachte Gesundheitsschädigung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit Folge des Unfalles vom 26. November 2002 und im Weiteren Folge des Unfalls vom 20. Januar 2006 sei. Unfallfremde Faktoren habe es nicht gegeben. Trotzdem fügte er unter der Frage, ob, bei Bejahung unfallfremder Faktoren, der Unfall vom 26. November 2002 zu einer richtunggebenden oder bloss zu einer vorübergehenden Verschlimmerung der unfallfremden Faktoren geführt habe, an, dass der Unfall vom 26. November 2002 zu einer richtunggebenden Verschlimmerung geführt habe mit Teilruptur des vorderen Kreuzbandes und medialer Meniskusverletzung; auch nach absolut adäquater Behandlung einer solchen Situation könne der Zustand quo ante nie mehr ganz erreicht werden.
6.4 Gestützt auf diese Angaben ist davon auszugehen, dass der Gutachter zumindest eine Teilursächlichkeit der beiden Unfälle für die noch geklagten Beschwerden annimmt, was zur Bejahung der Kausalität genügt (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125; <ref-ruling> E. 2b S. 45; <ref-ruling> E. 2 S. 329). Des Weiteren leidet die Versicherte nach seiner Einschätzung noch immer unter den Unfallfolgen und ist jedenfalls ein Vorzustand nicht erreicht beziehungsweise gar nicht zu erreichen. Auch wenn es sich dabei um einen krankhaften Vorzustand handeln sollte, der durch die Unfälle verschlimmert oder überhaupt erst manifest geworden ist, würde die Leistungspflicht des Unfallversicherers erst entfallen, wenn diese Unfälle nicht (mehr) die natürliche und adäquate Ursache des Gesundheitsschadens darstellen, wenn also der Gesundheitsschaden nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht; dies trifft dann zu, wenn entweder der (krankhafte) Gesundheitszustand, wie er unmittelbar vor dem Unfall bestanden hat (status quo ante), oder aber derjenige Zustand, wie er sich nach dem schicksalsmässigen Verlauf eines krankhaften Vorzustandes auch ohne Unfall früher oder später eingestellt hätte (status quo sine), erreicht ist (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b S. 328; 1992 Nr. U 142 S. 75 E. 4b).
Nicht schlüssig ist das Gutachten insofern, als Dr. med. S._ die natürliche Kausalität, namentlich zum ersten Unfall vom 26. November 2002, zwar eindeutig bejaht, ohne dies indessen zu begründen. Die Annahme ist nicht ohne Weiteres nachvollziehbar. Dr. med. S._ geht davon aus, dass die Versicherte sich beim Fussballspiel das Bein (und nicht nur den Fuss) verdreht hat, was anhand der Akten aufgrund der spärlichen Angaben zum Unfallhergang kaum verifizierbar ist. Wenig aussagekräftig ist auch der zitierte Befund des behandelnden Arztes Dr. med. R._, wonach im Frühling 2003 zusätzlich ein "sekundäres femoro-patelläres Schmerzsyndrom" aufgetreten sei. Nach Schilderung des Dr. med. S._ wurden diese Knieschmerzen vom Hausarzt zunächst konservativ, aber mit wenig Erfolg behandelt, worauf nach Überweisung an den Orthopäden bei der Arthroskopie überraschenderweise eine vordere Kreuzbandteilruptur sowie ein medialer Meniskusriss gefunden worden sei. Damit habe die natürliche Unfallkausalität festgestanden.
Für den Gutachter war die natürliche Kausalität somit zweifellos gegeben. Seine Einschätzung ist jedoch nicht nachvollziehbar, weil sich anhand der Akten nicht verifizieren lässt, ob die Knieverletzung bereits beim Unfall vom 26. November 2002 eingetreten ist, und Dr. med. S._ sich auch nicht dazu äussert, ob es zufolge der Fussverletzung (sekundär) zu Kniebeschwerden hätte kommen können, indem eine vorbestehende Knieverletzung sich erst dadurch manifestiert hätte oder die damit verbundenen Beschwerden eine richtunggebende Verschlimmerung erfahren hätten.
6.5 Aufgrund eigener Überlegungen hat die Vorinstanz in Abweichung der klaren, wenn auch nicht weiter begründeten gutachterlichen Stellungnahme eine medizinische Würdigung zur natürlichen Kausalität vorgenommen, ohne sich dabei auf das unabdingbare ärztliche Fachwissen stützen zu können. Es ist jedoch Aufgabe des Arztes, den Gesundheitszustand zu beurteilen (<ref-ruling> E. 4 S. 261 f.). Da die Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs der Beschwerden mit dem Unfall entscheidwesentlich, die Beweisgrundlage indessen unvollständig ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.), wäre der Beizug des Fachwissens unabhängiger Experten und Expertinnen unerlässlich gewesen.
Der angefochtene Entscheid ist daher auch in diesem Punkt aufzuheben. Die Sache ist zu weiteren Abklärungen bezüglich der für den Rentenanspruch vorausgesetzten natürlichen Kausalität an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
7. Nachdem die von der Beschwerdegegnerin letztinstanzlich eingereichten Dokumente zum Unfallereignis vom 19. Januar 2006 zu den Akten genommen wurden und festgestellt wurde, dass der Unfallversicherer seine diesbezügliche Leistungspflicht dem Grundsatz nach anerkannt hat, zudem die Sache zu weiteren Abklärungen (im Rahmen des allein streitigen Rentenanspruchs) an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen wird, ist auf das Eventualbegehren der Beschwerdeführerin auf Einreichung weiterer Unterlagen zum zweiten Unfallereignis und Anordnung eines diesbezüglichen zweiten Schriftenwechsels nicht weiter einzugehen.
8. Da sich die Vorinstanz dazu nicht geäussert hat, ist offen zu lassen, wie es sich mit den erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitsschadens verhält.
9. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 15. November 2010 wird aufgehoben. Der Einspracheentscheid vom 11. November 2008 wird aufgehoben, soweit er den Anspruch auf eine Invalidenrente betrifft. Die Sache wird an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf eine Invalidenrente neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. April 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Leuzinger Durizzo