Sachverhalt:
A. L._, geboren 1950, war seit 1997 als Sachbearbeiterin bei der Firma S._ AG tätig und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 2. Juni 1998 bei einem Auffahrunfall eine Kontusion der rechten Thoraxhälfte erlitt. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen und schloss den Fall 1998 ab. Am 22. August 2001 meldete L._ einen Rückfall. Nachdem die SUVA wiederum die gesetzlichen Leistungen erbrachte, verfügte sie am 27. April 2004 die Leistungseinstellung rückwirkend auf den 1. November 2003. Auf Einsprache hin zog die SUVA diese Verfügung in Wiedererwägung und sprach der Versicherten eine Integritätsentschädigung basierend auf einer Integritätseinbusse von 35 % zu (Verfügung vom 10. August 2004). Nach Abklärungen des medizinischen Sachverhalts und der erwerblichen Situation stellte die SUVA mit Verfügung vom 14. Oktober 2010 die Leistungen auf den 31. Oktober 2010 ein und verneinte bei einem Invaliditätsgrad von 8,92 % einen Rentenanspruch. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 31. Mai 2011 fest.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheid vom 22. Juni 2012 teilweise gut und sprach L._ ab 1. November 2010 eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 18 % zu.
C. Die SUVA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei der Einspracheentscheid vom 31. Mai 2011 zu bestätigen.
Während L._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichten Vorinstanz und Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Streitig ist, ob die Beschwerdegegnerin ab 1. November 2010 Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung hat. Zu prüfen ist dabei einzig das der Bestimmung des Invaliditätsgrades zugrunde zu legende Invalideneinkommen.
2.2 Im angefochtenen Entscheid vom 22. Juni 2012 ging das kantonale Gericht davon aus, dass die Versicherte im Unfallzeitpunkt (Juni 1998) und im Zeitpunkt der Rückfallmeldung (August 2001) in einer unselbstständigen Erwerbstätigkeit stand, während sie seit möglichem Rentenbeginn (November 2010) als selbstständig erwerbende Immobilienmaklerin tätig ist. Daraus schlussfolgerte es, dass ein verwertbarer Betätigungsvergleich nicht möglich sei, weshalb der Invaliditätsgrad anhand eines Einkommensvergleichs zu ermitteln sei. Dabei ging die Vorinstanz von einem unbestrittenen Valideneinkommen für das Jahr 2010 von Fr. 88'400.- aus. Bezüglich des Invalideneinkommens erwog sie, es sei zwar grundsätzlich von der beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, in welcher die versicherte Person konkret steht, jedoch könne vorliegend mangels stabilen Arbeits- und Lohnverhältnissen nicht auf das tatsächlich erzielte Einkommen als selbstständige Immobilienmaklerin abgestellt werden, weshalb das Invalideneinkommen unter Beizug der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik zu ermitteln sei. Ausgehend von der Tabelle TA1, Sektor 70/71 "Immobilienwesen und Vermietung beweglicher Sachen" der LSE 2008, Anforderungsniveau 3 ("Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt"), resultiere ein Invalideneinkommen von Fr. 72'732.- und demnach ein Anspruch auf eine Invalidenrente basierend auf einem Erwerbsunfähigkeitsgrad von 18 %.
2.3 In der Beschwerde wird nicht beanstandet, dass die Vorinstanz keinen Betätigungsvergleich vorgenommen hat, jedoch sei von der konkreten Arbeitssituation auszugehen, da es sich um ein stabiles Arbeitsverhältnis handle, die versicherte Person die verbliebene Arbeitsfähigkeit voll ausschöpfe und das erzielte Einkommen als angemessen erscheine. Sollte die LSE im Sinne der Vorinstanz angewandt werden, sei vom Anforderungsniveau 1 + 2 ("Verrichtung höchst anspruchsvoller und schwierigster Arbeiten sowie selbstständiger und qualifizierter Arbeiten") auszugehen.
2.4 In der Vernehmlassung lässt die Versicherte zusätzlich zu den vorinstanzlichen Erwägungen vortragen, dass die Auszüge aus dem individuellen Konto (IK) der Ausgleichskasse des Kantons Basel-Landschaft gestützt auf <ref-law> nicht zu berücksichtigen seien.
3. 3.1 Vorweg ist festzuhalten, dass es sich bei den IK-Auszügen bis ins Jahr 2008 nicht um Noven handelt, da diese bereits im Verwaltungsverfahren Bestandteil der Akten bildeten. Ob die deklarierten Einkommen für das Jahr 2009 von Fr. 79'300.- und für das Jahr 2010 von Fr. 71'100.- gemäss <ref-law> unberücksichtigt zu lassen sind, kann offen gelassen werden. Denn die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Versicherte im Jahr 2005 einen Reingewinn von Fr. 561.35, 2006 von Fr. 25'597.83, 2007 von Fr. 62'015.43, 2008 von Fr. 90'125.32, 2009 von Fr. 72'302.56 , 2010 von Fr. 61'776.64 erzielte und daraus zu Recht jährliche erhebliche Schwankungen abgeleitet und ein besonders stabiles Arbeits- und Lohnverhältnis verneint, weshalb sie das Invalideneinkommen gestützt auf die LSE ermittelte.
3.2 Zu prüfen bleibt, ob der Bemessung des Invalideneinkommens der statistische Wert auf den Anforderungsniveaus 1 + 2 ("Verrichtung höchst anspruchsvoller und schwierigster Arbeiten" [1] sowie "selbstständiger und qualifizierter Arbeiten" [2]), was die Beschwerdeführerin beantragt, oder auf dem Niveau 3 (Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt), wie von der Vorinstanz angenommen, zu Grunde zu legen ist. Die versicherte Person ist im Bereich Immobilienwesen seit 2005 gemäss Lizenzvertrag mit der Firma X._ vom 28. Januar 2005 selbstständig erwerbstätig. Nachdem sie die Tätigkeit seit mehreren Jahren im Rahmen des Lizenzvertrags mit der Firma X._ selbstständig ausübt und eine professionelle Buchführung aufweist, ist von einem selbstständigen und qualifizierten Arbeiten auszugehen. Auf ihrer Internetseite deklariert sie selbst "Immobilienmaklerin mit über 30 jähriger Berufserfahrung in der Baubranche und im Verkauf von Immobilien" zu sein, das Anforderungsprofil eines Experten der Firma X._ zu erfüllen und sich regelmässig weiterzubilden. Bei der Festsetzung des Invalideneinkommens ist daher auf den Tabellenlohn abzustellen, welcher der ausgeübten Selbstständigkeit entspricht (LSE 2010, TA1 Ziff. 68, Dienstleistungen im Grundstücks- und Wohnungswesen, Anforderungsniveau 1 + 2) und demnach auf Fr. 87'360.- (Fr. 7'000.- x 12 : 40 x 41.6 [Die Volkswirtschaft, 3-2013, S. 90 Tabelle B9.2]). Aus dem Vergleich mit dem unbestrittenen Valideneinkommen von Fr. 88'400.- resultiert ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad von 1 %. Die Beschwerdeführerin hat somit mit Einspracheentscheid vom 31. Mai 2011 einen Rentenanspruch zu Recht verneint. Die Beschwerde ist daher gutzuheissen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, vom 22. Juni 2012 wird aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Polla