Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 11. August 2011 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich W._ eine ganze Invalidenrente für die Zeit vom 1. Oktober 2010 bis 30. Juni 2011 zu. Gleichzeitig wies sie darauf hin, der Anspruch ab 1. Juli 2011 sei Gegenstand weiterer Abklärungen. Mit Schreiben vom 5. April 2012 teilte die IV-Stelle der Versicherten mit, dass die notwendige polydisziplinäre medizinische Untersuchung durch das medizinische Zentrum Z._ durchgeführt werde, und gab die Namen der Experten bekannt. Da sich W._ damit nicht einverstanden erklärte, insbesondere den Chefarzt der Gutachtenstelle (Dr. med. E._) als befangen ablehnte, erliess die IV-Stelle am 10. Mai 2012 eine Zwischenverfügung, mit welcher sie an der Begutachtung durch das medizinische Zentrum Z._ festhielt.
B. Dagegen liess W._ Beschwerde erheben, welche das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 26. September 2012 in dem Sinne teilweise guthiess, als es feststellte, dass Dr. med. E._ im Hinblick auf die in Aussicht genommene Begutachtung im medizinischen Zentrum Z._ als befangen zu gelten habe und ihm die Mitwirkung an der Begutachtung versagt sei.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV), der Entscheid vom 26. September 2012 sei aufzuheben.
W._ stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das kantonale Sozialversicherungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Der vorinstanzliche Entscheid, soweit angefochten, erklärt den im Rahmen der polydisziplinären Abklärung für die allgemeinmedizinische und internistische Begutachtung vorgesehenen Chefarzt des medizinischen Zentrums Z._, Dr. med. E._, als befangen und versagt ihm die Mitwirkung an der Massnahme. Dabei handelt es sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 277; SVR 2010 IV Nr. 66 S. 199, 9C_304/2010 E. 2.1; Urteile 4A_255/2011 vom 4. Juli 2011 E. 1.2 und 8C_214/2010 vom 7. Juli 2010 E. 1). Die Frage, ob der vorinstanzliche Entscheid bei Nichtanfechtung einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) stellt sich somit nicht. Die diesbezüglichen Vorbringen des Beschwerde führenden Bundesamtes und die Entgegnungen der Beschwerdegegnerin sind somit nur insoweit von Bedeutung, als sie Bezug haben zur Ausstandsfrage unter dem Gesichtspunkt der Befangenheit.
2. Im angefochtenen Entscheid werden die massgeblichen Rechtsgrundlagen zu den formellen Ausstandsgründen medizinischer Sachverständiger (<ref-law> und <ref-law> sowie <ref-ruling> E. 6.5 und 7.1 S. 108 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist, dass die Anforderungen an die Unbefangenheit eines medizinischen Sachverständigen sich aus dem Anspruch auf ein faires Verfahren gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK ableiten und sich nicht aus der Garantie eines unabhängigen und unparteiischen Gerichts nach <ref-law> ergeben (Urteil 6B_299/2007 vom 11. Oktober 2007 E. 5.1.1).
3. Die Vorinstanz hat Dr. med. E._ im Hinblick auf die von der IV-Stelle mit Schreiben vom 5. April 2012 mitgeteilte Begutachtung durch das medizinische Zentrum Z._ wegen Anscheins der Befangenheit in den Ausstand geschickt. Solange das Strafverfahren gegen diesen Arzt nicht rechtskräftig abgeschlossen sei, stünden die gegen ihn erhobenen Vorwürfe, wie sie im Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 8. Mai 2012 und in den Medien thematisiert worden seien, nach wie vor im Raum. Es könne daher bei Dr. med. E._ auch zum heutigen Zeitpunkt vorläufig nicht von einer unbedingten Vertrauenswürdigkeit ausgegangen werden und insofern sei ein triftiger Grund zur Ablehnung zu bejahen. In der Begründung ist die Vorinstanz derjenigen des Luzerner Verwaltungsgerichts, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, im Entscheid vom 8. Mai 2012 gefolgt, in dem es ebenfalls um ein Ausstandsbegehren gegen Dr. med. E._ ging. Das BSV stützt seine Bestreitungen seinerseits auf den Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 25. September 2012, welches in gegenteiligem Sinne entschieden und eine Befangenheit dieses Arztes aufgrund derselben strafrechtlichen Aktenlage verneint hat.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat die Strafakten nicht beigezogen, sondern die Befangenheitsrüge einzig aufgrund des von der Beschwerdegegnerin eingereichten Entscheids des Luzerner Verwaltungsgerichts vom 8. Mai 2012 und mehrerer Medienberichte betreffend den erstinstanzlichen Freispruch von Dr. med. E._ durch das Bezirksgericht Zürich am xxx geprüft. Das erweckt Bedenken, wenn strafrechtliche Vorwürfe bzw. der Sachverhalt, worauf diese gründen, Beurteilungsgrundlage sein sollen. Von einem Beizug der Strafakten kann indessen abgesehen werden.
Gemäss dem Entscheid des Luzerner Verwaltungsgerichts vom 8. Mai 2012 war Dr. med. E._ wegen Urkundenfälschung (<ref-law>) im Zusammenhang mit einer 2007 erfolgten Begutachtung angeklagt worden. Es sei ihm vorgeworfen worden, er habe im Hauptgutachten unter "Zusammenfassung und Beurteilung der Arbeitsfähigkeit" festgehalten, die Schlussfolgerungen seien gemeinsam mit den beteiligten Spezialärzten erarbeitet worden. Diese hätten sich ausdrücklich damit einverstanden erklärt. Danach sei Frau X. unter Berücksichtigung aller Gegebenheiten und Befunde weder aus internistischer, neurologischer noch psychischer Sicht in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt. Damit habe der Beschuldigte wissentlich und willentlich festgehalten, dass eine Einigung zwischen ihm und dem neurologischen Subgutachter über die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit zustande gekommen sei, was nicht der Wahrheit entsprochen habe. Dadurch habe er zumindest den Auftrag gebenden Unfallversicherer über dessen tatsächlich erhobene ("wahren") Befunde und sein Schlussfazit betreffend Arbeitsfähigkeit der untersuchten Person getäuscht oder dies mit seinem Vorgehen jedenfalls billigend in Kauf genommen. Das Bezirksgericht sprach Dr. med. E._ nach dem Grundsatz "in dubio pro reo" von Schuld und Strafe frei, auferlegte ihm indessen wegen Verletzung der gutachterlichen Sorgfaltspflicht die Verfahrenskosten. E. 3.3.2 des Entscheids des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 25. September 2012 zufolge sah das erstinstanzliche Strafgericht die ärztliche Sorgfaltspflicht insofern als verletzt an, als Dr. med. E._ trotz der Unklarheiten und teilweisen Widersprüche im neurologischen Teilgutachten eine Gesamtbeurteilung vornahm, ohne beim betreffenden Experten nachzufragen.
4.2 Die Beschwerdegegnerin weist in ihrer Vernehmlassung darauf hin, dass Dr. med. E._ in zweiter Instanz vom Vorwurf der Falschbeurkundung freigesprochen worden ist. Gemäss Tages-Anzeiger vom yyy hat der vorsitzende Richter in der mündlichen Urteilsbegründung an der Verhandlung vom Vortag u.a. ausgeführt, der Angeklagte habe wahrheitswidrig behauptet, alle Teilgutachter hätten sich «ausdrücklich» mit den Schlussfolgerungen einverstanden erklärt. Diese Unwahrheit sei aber rechtlich nicht erheblich. Ausschlaggebend für das Ergebnis des Hauptgutachtens sei, dass der Neurologe selber eingeräumt habe, es seien «keine pathologischen Befunde vorhanden, welche die Beschwerden der Versicherten und die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit erklären könnten». Deshalb sei auch «keine Konsenskonferenz mit dem Neurologen nötig gewesen». Dazu komme, dass der Neurologe die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit ausdrücklich dem Angeklagten überlassen habe. Tatsächlich habe der Facharzt in seinem Teilgutachten geschrieben: «Die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit hat im Gesamtzusammenhang zu geschehen und wird vom Hauptgutachter bestimmt.»
Der zweitinstanzliche Freispruch erfolgte nach Erlass des angefochtenen Entscheids und hat somit, da nicht von diesem veranlasst, unbeachtet zu bleiben (vgl. Art. 99 Abs. 1 und Art. 123 Abs. 2 lit. a in fine BGG; Urteile 9C_506/2012 vom 27. September 2012 E. 1 und 9C_334/2010 vom 23. November 2010 E. 2.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2011 IV Nr. 5 S. 20).
Der zweitinstanzliche Freispruch erfolgte nach Erlass des angefochtenen Entscheids und hat somit, da nicht von diesem veranlasst, unbeachtet zu bleiben (vgl. Art. 99 Abs. 1 und Art. 123 Abs. 2 lit. a in fine BGG; Urteile 9C_506/2012 vom 27. September 2012 E. 1 und 9C_334/2010 vom 23. November 2010 E. 2.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2011 IV Nr. 5 S. 20).
4.3 4.3.1 Das Luzerner Verwaltungsgericht begründete in seinem Entscheid vom 8. Mai 2012 den Anschein der Befangenheit damit, die Möglichkeit, dass Dr. med. E._ die Darstellung eines Subgutachters in einem wesentlichen Punkt verfälscht und sich auf diese Weise, mithin in Ausübung seiner gutachterlichen Tätigkeit strafbar gemacht haben könnte, bestehe nach wie vor. Dabei beziehe sich der anklageweise erhobene Vorwurf auf seine Tätigkeit als Hauptgutachter, dem die interdisziplinäre Gesamtschau obliege, welcher im Rahmen der leistungsspezifischen Beurteilung ganz besonderes Gewicht zukomme. Kaum ein Versicherter würde sich unter solchen Umständen freiwillig durch diesen Arzt begutachten lassen; und kein Rechtsanwender sollte sich bedenkenlos auf dessen Einschätzung abstützen, solange die hängigen Vorwürfe nicht abschliessend geklärt im Raum stünden. Dieses Unbehagen wird nach Auffassung der Vorinstanz im vorliegenden Fall durch den Umstand genährt, dass das Bezirksgericht eine Verletzung der Sorgfaltspflicht festgestellt und Dr. med. E._ deswegen trotz des Freispruchs die Kosten überbunden habe.
4.3.2 Vorweg kann es nicht auf das subjektive Empfinden der Person ankommen, die Befangenheit des oder der Sachverständigen behauptet (<ref-ruling> E. 7.1 S. 109 f.; Urteil 8C_781/2010 vom 15. März 2011 E. 3; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.2 S. 453). Ebenso wenig kann der Ausgang des Strafverfahrens für die Frage der Voreingenommenheit von Bedeutung sein. Ausstandsrechtlich für die Beurteilung der Sache entscheidend ist hingegen das Folgende: Das Dr. med. E._ strafrechtlich zur Last gelegte Verhalten betrifft eine Begutachtung, die 2007 stattgefunden hatte, somit fast fünf Jahre zurückliegt und überdies eine andere versicherte Person betraf. Vorliegend ist der Beschwerdegegnerin die Notwendigkeit einer Begutachtung mit Schreiben vom 5. April 2012 mitgeteilt worden. Selbst wenn Dr. med. E._ einmal Jahre zuvor, entgegen seinen Angaben im Hauptgutachten, seine Gesamtbeurteilung ohne vorherige Rücksprache und ausdrückliches Einverständnis mit einem Teilgutachter, der keine pathologischen Befunde erhoben hatte, vorgenommen haben sollte, vermöchte dies nicht rund fünf Jahre später noch objektiv den Anschein von Befangenheit - im Falle der Beschwerdegegnerin als Experte zu amten - zu wecken. Für diese Annahme bedarf es vielmehr weiterer, die konkrete Begutachtung betreffende Umstände. Solche werden indessen im angefochtenen Entscheid nicht genannt.
Die Beschwerdegegnerin bringt Gründe vor, die ihres Erachtens losgelöst vom Strafverfahren auf Befangenheit des Dr. med. E._ schliessen lassen. Dabei handelt es sich indessen grösstenteils um neue Vorbringen, ohne dass sie dartut, inwiefern sie erst durch den vorinstanzlichen Entscheid rechtswesentlich geworden sind (<ref-law>; SVR 2011 EL Nr. 6 S. 17, 9C_972/2009 E. 4.2; Urteil 5A_79/2008 vom 6. August 2008 E. 2.5). Im Übrigen weist sie selber richtig darauf hin, dass in diesem Verfahren lediglich formelle Ausstandsgründe zu prüfen sind (vorne E. 1). Die angeblichen infrastrukturellen, die Transparenz beeinträchtigenden Mängel des medizinischen Zentrums Z._ sowie dass insbesondere unter den gegebenen Umständen (u.a. zahlreiche offene Betreibungen gegen Dr. med. E._) nicht von einer genügend zufälligen Auftragsvergabe gesprochen werden könne (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 274), haben ausser Acht zu bleiben. Sie können allenfalls als qualitätsbezogene Rahmenbedingungen der Begutachtung gegen den Beweiswert der Expertise vorgebracht werden.
4.4 Nach dem Gesagten verletzt der vorinstanzliche Entscheid Bundesrecht. Die Beschwerde ist begründet.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2012 wird aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der IV-Stelle des Kantons Zürich und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. April 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Fessler