Sachverhalt:
A. X._ wurde am 21. August 2008 wegen des Verdachts, in grossem Ausmass mit Kokain gehandelt zu haben, in Basel festgenommen und anschliessend wegen Kollusionsgefahr in Untersuchungshaft gesetzt. Am 18. September 2008 wurde die Haft wegen Kollusions- und Fluchtgefahr verlängert. Mit Verfügung vom 12. November 2008 verlängerte die Haftrichterin Basel-Stadt die Haft bis zum 9. Januar 2009.
In der Folge wies die Appellationsgerichtspräsidentin Basel-Stadt eine Beschwerde von X._ am 18. Dezember 2008 ab. Sie bejahte das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts sowie von Kollusions- und Fluchtgefahr und erachtete die Aufrechterhaltung der Haft als verhältnismässig.
B. Gegen diesen Haftentscheid hat X._ beim Bundesgericht am 28. Januar 2009 Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung der Haftentscheidungen vom 18. Dezember und 12. November 2008 und die sofortige Haftentlassung, eventualiter die Rückweisung zwecks Entlassung aus der Haft unter Anordnung sachgerechter Ersatzmassnahmen; ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Er rügt Verletzungen der persönlichen Freiheit (<ref-law>) sowie von zahlreichen weiteren Grundrechten und macht eine unzureichende Sachverhaltsermittlung geltend.
Das Strafgericht und die Appellationsgerichtspräsidentin beantragen mit ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde.
X._ hat keine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> ist zulässig. Der am 5. Januar 2009 in Empfang genommene Entscheid der Appellationsgerichtspräsidentin ist rechtzeitig angefochten. Der Beschwerdeführer ist nach wie vor in Haft und daher zur Beschwerde legitimiert, obwohl die zugrunde liegende Haftanordnung am 9. Januar 2009 ausgelaufen ist.
Mit der Beschwerde kann Bundesrecht (insbes. Bundesverfassungsrecht) und Völkerrecht als verletzt gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerdebegründung ist darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur insofern, als solche Rügen vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Die Verletzung von kantonalem Strafprozessrecht wird angesichts der Schwere von Untersuchungshaft frei geprüft (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 24). Es wird im einzelnen Sachzusammenhang zu prüfen sein, inwiefern die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen genügt.
2. Gemäss § 69 der Basler Strafprozessordnung (StPO/BS) ist die Anordnung oder Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft zulässig, wenn der Beschuldigte einer mit Freiheitsstrafe bedrohten Tat dringend verdächtigt wird und überdies Flucht-, Kollusions- oder Fortsetzungsgefahr besteht. Die Haftdauer darf das voraussichtliche Strafmass nach <ref-law>/BS nicht übersteigen.
Im angefochtenen Entscheid werden sowohl der dringende Tatverdacht wie auch Flucht- und Kollusionsgefahr bejaht. Der Beschwerdeführer bestreitet das Vorliegen all dieser Haftgründe. Hierfür macht er geltend, der Sachverhalt sei ungenügend und unter Verletzung von Verfahrensrechten erstellt worden. Zudem erachtet er die Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft aus grundsätzlichen Gründen als verfassungswidrig.
3. Nach der genannten StPO-Bestimmung kann Untersuchungshaft bei entsprechendem dringenden Tatverdacht angeordnet und aufrechterhalten werden. Damit wird nicht zum Ausdruck gebracht, der Betroffene habe sich tatsächlich einer Straftat schuldig gemacht. Nach der Praxis und der Lehre ist daher Untersuchungshaft mit der Unschuldsvermutung gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK vereinbar. Dem Aspekt der Unschuldsvermutung wird Rechnung getragen durch den Anspruch auf ein rasches Verfahren gemäss <ref-law> und Art. 5 Ziff. 3 EMRK, worauf unten unter dem Gesichtswinkel der Verhältnissmässigkeit einzugehen ist (vgl. zum Ganzen ESTHER TOPHINKE, Das Grundrecht der Unschuldsvermutung, Bern 2000, S. 367 ff.). Demnach ist im Folgenden zu prüfen, ob die verfassungsrechtlichen Voraussetzungen für die Aufrechterhaltung der Haft gegeben sind.
4. Primäre Voraussetzung für die Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft ist das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts.
4.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des dringenden Tatverdachtes keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers daran vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (BGE 116 la 143 E. 3c S. 146). Das Beschleunigungsgebot in Haftsachen lässt dabei nur wenig Raum für ausgedehnte Beweismassnahmen. Zur Frage des dringenden Tatverdachtes bzw. zur Schuldfrage hat der Haftrichter weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen, noch dem erkennenden Strafrichter vorzugreifen (BGE 124 l 208 E. 3 S. 210 mit Hinweisen).
4.2 Der Beschwerdeführer wirft den Strafbehörden rechtsfehlerhafte Erhebung des rechtserheblichen Sachverhalts vor.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen oder auf Beschwerde hin berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 sowie <ref-law>). Der Beschwerdeführer macht in verschiedener Hinsicht geltend, die Sachverhaltsermittlung beruhe in diesem Sinne auf Verfahrensfehlern.
Er wirft der Appellationsgerichtspräsidentin vor, in ihrem Entscheid vom 18. Dezember 2008 die Gerichtsberichterstattung in der Basler Zeitung vom 17. Dezember 2008 zu einem Parallelverfahren nicht berücksichtigt und den Bericht bzw. die Ergebnisse dieses Verfahrens nicht zu den Akten genommen zu haben. Er erblickt darin eine rechtsfehlerhafte Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Davon kann indes keine Rede sein. Das Gericht verletzt weder den Untersuchungsgrundsatz noch das rechtliche Gehör, wenn es nicht weiter belegte Gerichtsberichterstattungen unberücksichtigt lässt. Wie in der Vernehmlassung zu Recht festgehalten, wäre vielmehr ein Abstellen auf einen Zeitungsbericht zulasten des Beschwerdeführers geeignet, dessen rechtliches Gehörs zu verletzen. Die Appellationsgerichtspräsidentin war vielmehr gehalten, auf die in das Verfahren eingebrachten Vorbringen abzustellen. Sie brauchte auch die Ausfertigung des entsprechenden Protokolls der Gerichtsverhandlung nicht bis zu ihrem Entscheid abzuwarten.
Keine Verfahrensverletzung stellt ferner der Umstand dar, dass Konfrontationseinvernahmen zwischen dem Beschwerdeführer und den Zeugen, die zu dessen Ungunsten ausgesagt hatten, im Laufe des Untersuchungsverfahrens bisher nicht stattgefunden haben. Wie dargelegt, erlaubt das Haftprüfungsverfahren keine ausgedehnten Beweismassnahmen, wie sie der Sachrichter vorzunehmen hat. Es genügt vielmehr der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten.
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kann auch nicht gesagt werden, die Appellationsgerichtspräsidentin habe dadurch dessen rechtliches Gehör verletzt, als sie auf die in der Beschwerde vorgetragenen Argumente hinsichtlich der Geldflüsse auf dem Konto der Kantonalbank nicht eingegangen sei. Der Beschwerdeführer hatte in seiner Beschwerde ans Appellationsgericht nicht näher begründet, welches die Kontenbewegungen von rund 3'000 bis 4'000 Franken aus dem Handel mit Autoschrott seien. Demgegenüber wird im angefochtenen Entscheid ausgeführt, der Beschwerdeführer habe einen Tag vor seiner Verhaftung 13'000 Franken von der Bank bezogen und ein Hotelzimmer reserviert, das er nicht selber benützte.
Bei dieser Sachlage kann nicht gesagt werden, dass die Feststellung des Sachverhalts auf einem Rechtsfehler beruht.
4.3 Damit ist zu prüfen, ob der zugrunde gelegte Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt ist. Dies ist zu verneinen.
Im angefochtenen Urteil wird auf den Entscheid der Haftrichterin und namentlich auf die folgenden Sachverhaltselemente abgestellt: Aussagen von A._, Telefongespräche zwischen A._ und dem Beschwerdeführer, Aussagen von B._, Zuordnung einer Telefonnummer, Aussagen der Ehefrau des Beschwerdeführers zu den ihr vorgehaltenen Aufzeichnungen von Telefongesprächen, ein SMS-Schreiben, die Erwähnung des Namens C._, unter dem der Beschwerdeführer auch bekannt ist, sowie eine spezifische Kontenbewegung. All diese Sachverhaltselemente ergeben sich aus den Akten. Der Beschwerdeführer zieht sie letztlich nicht in Frage. Er legt nicht dar, dass die Sachverhaltsfeststellung in dieser Hinsicht offensichtlich unzutreffend sei. Dass er sie anders als die Strafverfolgungsbehörden bewertet und andere Schlüsse daraus zieht, betrifft nicht die Sachverhaltsfeststellung, sondern die Frage, ob aufgrund der Erhebungen ein dingender Tatverdacht abgeleitet werden kann.
4.4 Die Appellationsgerichtspräsidentin hat diese Beweise im Einzelnen gewürdigt und ist zum Schluss gekommen, dass am dringenden Tatverdacht nicht gezweifelt werden könne, selbst dann, wenn das eine oder andere Beweisergebnis wegen angeblich suggestiv geführter Einvernahmen und noch nicht durchgeführter Konfrontation mit Zurückhaltung gewürdigt werde.
Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, lässt - soweit er in dieser Hinsicht den Begründungsanforderungen von <ref-law> überhaupt genügt - keinen Verfassungsverstoss erkennen. Er setzt sich mit den oben angeführten Darlegungen im angefochtenen Entscheid nicht näher auseinander. Er beschränkt sich auf die Behauptung, A._ würde seine Aussagen nicht mehr bestätigen oder sie explizit widerrufen und die Vorwürfe von B._ würden sich als haltlos erweisen. Damit aber werden die zutreffenden Erwägungen der Appellationsgerichtspräsidentin nicht in Frage gestellt.
Demnach kann ein dringender Tatverdacht bejaht werden. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkte als unbegründet.
5. Der Beschwerdeführer bestreitet ferner das Vorliegen von Kollusionsund Fluchtgefahr.
Die Kollusionsgefahr kann ohne Weiteres angenommen werden. Dem Beschwerdeführer wird Drogenhandel in grossem Ausmass und in Verbindung mit einem grösseren Ring von weiteren Personen vorgeworfen. Es ist nicht unwahrscheinlich, dass der Beschwerdeführer in Freiheit mit all diesen Personen zu kolludieren versuchen könnte. Verdunkelungsgefahr ist auch gegenüber B._ zu befürchten. Allein der Umstand, dass D._ in Haft ist und der Beschwerdeführer A._ nicht kennen soll, vermag die Kollusionsgefahr nicht auszuschliessen.
Ferner kann der Appellationsgerichtspräsidentin kein Verfassungsverstoss vorgehalten werden, wenn sie auch das Vorliegen von Fluchtgefahr bejahte. Es kann davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer im Falle eines Schuldspruchs eine massive Freiheitsstrafe zu erwarten hätte. Er stellt nicht in Frage, dass er enge und intensive Kontakte mit Personen und Verwandten im Ausland unterhält und zudem über Geschäftsbeziehungen in Nigeria verfügt. Der wenig rentable Geschäftsbetrieb ist nicht geeignet, den Beschwerdeführer in der Schweiz zurückzuhalten. Eine eigentliche Integration am Wohnort wird vom Beschwerdeführer nicht behauptet. Wie es sich mit der Ehe mit E._ verhält, braucht nicht näher abgeklärt zu werden. Auch unter Mitberücksichtigung der ehelichen Verhältnisse darf gesamthaft Fluchtgefahr angenommen werden. Damit erweist sich die Beschwerde auch in dieser Hinsicht als unbegründet.
6. Damit verbleibt, die Verhältnismässigkeit der Haft zu prüfen.
Die Angemessenheit der Haftdauer beurteilt sich nach <ref-law> und Art. 5 Ziff. 3 EMRK sowie den dazu ergangenen Kriterien mit Blick auf die konkreten Verhältnisse (BGE 133 1 270 E. 3.4.2 S. 281). Unter diesem Gesichtswinkel ist zu beachten, dass dem Beschwerdeführer schwere Verstösse gegen das Betäubungsmittelgesetz vorgehalten werden. In diesem Lichte kann die Dauer der Haft von vier Monaten, berechnet ab der Verhaftung bis zum Zeitpunkt des angefochtenen Entscheides, nicht als übermässig betrachtet werden. Zudem kann den Strafverfolgungsbehörden nicht vorgehalten werden, die Untersuchung nicht hinreichend beschleunigt zu führen.
In Anbetracht der konkreten Umstände fallen auch Ersatzmassnahmen nicht in Betracht. Die Bejahung von Kollusionsgefahr schliesst Ersatzmassnahmen von vornherein aus. Solche sind überdies nicht geeignet, den Beschwerdeführer an einer Flucht zu hindern.
Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkte als unbegründet.
7. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Der Beschwerdeführer ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Beiordnung eines Rechtsvertreters im Sinne von <ref-law>. Die Mittellosigkeit kann - trotz des Geschäftsbetriebes - angenommen werden. Hingegen erweist sich die dem Bundesgericht eingereichte weitschweifige Beschwerde von vornherein als aussichtslos. Demnach ist das Gesuch abzuweisen. Es rechtfertigt sich indes, von einer Kostenerhebung abzusehen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Haftrichterin des Strafgerichts sowie der Appellationsgerichtspräsidentin des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann