Faits:
A. A.a Le 1er septembre 2000, la société anonyme X._, de siège à A._, a engagé V._, en qualité d'agent de sécurité, à partir du 1er octobre 2000.
Dès le 1er janvier 2004, l'employée a été affectée à la réception du site genevois de Z._, dotée du nouveau statut d'hôtesse d'accueil, puis, dès le 1er juillet 2004, du statut d'agent de sécurité fixe. Une attestation datée du 1er février 2005 mentionne la fonction de « réceptionniste de sécurité ».
Il n'est pas contesté que les tâches effectuées par l'employée auprès de Z._ consistaient à réceptionner les personnes se présentant, à contrôler leur identité avant de les autoriser à pénétrer dans les locaux et enfin à conserver leurs documents d'identité pendant la durée de la visite. L'employée portait un badge mentionnant son appartenance à X._, mais non une carte la légitimant comme agent de sécurité.
Dès janvier 2006, le salaire mensuel brut de l'employée s'est élevé à 4'363 fr.20.
A.b V._ a bénéficié, dès le début de l'année 2005, d'une place de parc mise à disposition directement par Z._. Les loyers dus pour l'occupation de cette place ont été acquittés, en ce qui concerne l'année 2007, par mensualités. S'agissant des années précédentes, des prélèvements ont été effectués sur le salaire de l'employée de juillet à décembre 2007, sans qu'aucune protestation ne soit formulée contre cette manière de faire.
A.c X._ était liée à Z._ par un contrat, qui représentait le tiers du chiffre d'affaires de la première nommée; le contrat a pris fin le 31 décembre 2007 faute d'avoir été renouvelé en octobre 2007.
Le 30 octobre 2007, X._ a procédé à vingt-neuf licenciements, dont celui de V._, sans avoir préalablement informé la représentation des travailleurs dans l'entreprise, constituée par une commission de quatre personnes, ni les travailleurs eux-mêmes. De même, aucune notification des licenciements projetés n'a été faite auprès de l'Office cantonal de l'emploi. Une amende administrative de 2'000 fr. a été infligée à X._ pour non-respect de la procédure en matière de licenciement collectif.
V._ a été licenciée pour le 31 décembre 2007, par remise en mains propres le 30 octobre 2007 de la lettre de licenciement.
Le 14 janvier 2008, V._ a fait opposition à son licenciement et offert ses services à l'employeuse jusqu'à la fin des rapports de travail, en faisant valoir que les rapports de travail n'avaient pas pris fin.
A.d Après avoir été interpellé par le Syndicat interprofessionnel de travailleuses et travailleurs (SIT) au sujet de la procédure à suivre en cas de licenciement collectif, l'employeuse a, le 21 janvier 2008, communiqué à l'Office cantonal de l'emploi l'annonce complète des vingt-neuf licenciements.
V._ a perçu des indemnités de l'assurance-chômage dès le mois de janvier 2008.
B. B.a Le 31 mars 2008, V._ a ouvert action contre X._ devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. La défenderesse devait être condamnée à payer 6'678 fr.73 à titre de différence de salaire brut de mars 2004 à décembre 2007, 556 fr.35 à titre d'indemnité vacances brute sur le montant qui précède, 1'080 fr. bruts à titre de remboursement de la déduction « vacances » effectuée indûment sur le salaire de décembre 2007, 9'270 fr.66 à titre de salaire brut pour les mois de janvier et février 2008, 772 fr.25 à titre d'indemnité vacances brute pour ces deux mois et 9'270 fr.66 à titre d'indemnité nette pour licenciement abusif. Ces sommes devaient porter intérêts au taux de 5% par an dès l'échéance de chaque créance. La défenderesse s'est opposée à la demande.
La Caisse de chômage du SIT est intervenue à la procédure.
Le Tribunal a statué le 28 octobre 2008. Il a tout d'abord estimé que la convention collective de travail pour la branche de la sécurité privée (ci-après: CCT ou convention collective de travail) n'était pas applicable aux rapports entre les parties et qu'ainsi les prétentions en paiement de la différence de salaire majoré d'une indemnité vacances pour la période antérieure au 31 décembre 2007 n'étaient pas fondées. Il a ensuite arrêté que l'employeuse n'avait pas respecté la procédure spécifique des art. 335d et ss CO en matière de licenciement collectif et, faisant application de l'<ref-law>, a jugé que les rapports de travail avaient pris fin trente jours après l'annonce du 21 janvier 2008, soit le 20 février 2008. Ainsi, il a alloué à la demanderesse le salaire et l'indemnité pour les vacances non prises en nature pour la période s'étendant du 1er janvier au 20 février 2008 (7'769 fr.10) et a admis la subrogation de la Caisse intervenante à concurrence des indemnités versées pour cette même période (4'880 fr.25); il a fixé l'indemnité pour licenciement abusif à deux mois de salaire (8'726 fr.40), en raison de la durée des rapports de travail (7 ans) et du fait que l'employée était toujours sans emploi. Le Tribunal a enfin considéré que la déduction opérée par l'employeuse pour les vacances prises en trop à concurrence de 1'080 fr. n'était pas justifiée, alors que celle pour les frais de parking l'était.
B.b La Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a été saisie d'un appel de l'employée et d'un appel de l'employeuse.
Statuant le 7 avril 2009, l'autorité cantonale a annulé le jugement attaqué en tant qu'il condamne l'employeuse à payer à l'employée la somme brute de 8'849 fr.10 (7'769 fr .10 + 1'080 fr.), avec intérêts à 5% l'an dès le 20 février 2008. Statuant à nouveau sur ce point, les juges cantonaux ont condamné l'employeuse à payer à l'employée 14'939 fr.85 (6'678 fr.73 + 5'021 fr.45 + 3'239 fr.65) bruts, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2008, sous déduction des 4'880 fr.25 nets dus à la Caisse de chômage du SIT. Le jugement attaqué a été confirmé pour le surplus.
Contrairement à la première autorité saisie, les juges cantonaux ont retenu que la CCT s'applique aux rapports entre les parties dès le 1er juin 2004 et ont donc admis les conclusions en paiement de la différence de salaire pour la période antérieure au 31 décembre 2007, soit 6'678 fr.73 bruts, avec intérêts à 5% dès le jour de la fin des rapports de travail. Confirmant que les rapports de travail ont pris fin le 20 février 2008, la cour cantonale a adapté, compte tenu de l'applicabilité de la CCT, les montants alloués pour janvier et février 2008; ainsi, le salaire mensuel dû, majoré de 8.33% à titre de vacances, a été arrêté à 5'021 fr.45 bruts pour janvier 2008 et à 3'239 fr.45 (recte: 65) pour février 2008. Les magistrats ont confirmé le remboursement par l'employeuse du montant de 1'080 fr., au titre des vacances prises en trop, et le non-remboursement des frais de parking prélevés. Enfin, le montant alloué à la Caisse de chômage - à porter en déduction du montant dû par l'employeuse - a été confirmé, ainsi que la quotité de l'indemnité allouée à titre de licenciement abusif.
C. C.a L'employeuse exerce un recours en matière civile. Invoquant une violation de l'art. 9 Cst., des art. 329a et 329d, 335g al. 4, 336 al. 2 let. c et 336a al. 3 CO, elle demande l'annulation du jugement rendu le 7 avril 2009 et le déboutement de l'employée de toutes ses conclusions, sous suite de dépens.
L'employée n'a pas déposé de réponse régulière dans le délai qui lui a été imparti par ordonnance du 25 juin 2009. La Caisse de chômage intervenante n'a, quant à elle, pas de remarques supplémentaires à ajouter au dossier et maintient ses prétentions à concurrence de 5'941 fr.25 nets, avec intérêts moratoires à 5% dès le 3 avril 2008, qui représentent la somme versée à titre d'indemnités de chômage pour les mois de janvier et février 2008.
La Cour d'appel n'a pas d'observations particulières à présenter et se réfère à son arrêt, dans les termes duquel elle persiste.
C.b Par ordonnance présidentielle du 12 juin 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un jugement final (<ref-law>), rendu en matière civile (<ref-law>) et en dernière instance cantonale (<ref-law>). Son auteur a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (<ref-law>). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 15'000 fr. prévu en matière de droit du travail (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. a LTF). Introduit en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours est en principe recevable.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105). Par exception au principe selon lequel il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). La partie recourante ne peut critiquer ceux-ci que s'ils ont été constatés de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 8.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 130) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), ce qu'il lui appartient d'expliquer et de démontrer de manière claire et circonstanciée. La correction du vice doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. Dans un premier grief, la recourante dénonce une violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. en lien avec les constatations de fait, qui ont justifié, aux yeux des magistrats cantonaux, l'application de la convention collective de travail. La recourante reproche en substance à l'autorité cantonale de s'être écartée, sans motivation, des constatations de fait des premiers juges pour déduire que l'activité de l'employée était une activité « opérationnelle » au sens de la CCT.
2.1 L'interdiction de l'arbitraire, figurant à l'art. 9 Cst., est un grief d'ordre constitutionnel, de sorte que le Tribunal fédéral ne peut l'examiner que dans la mesure où il a été invoqué et suffisamment motivé (<ref-law>). Même dans le cas particulier de l'inexactitude manifeste au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, il a été jugé que cette exigence s'appliquait (<ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.).
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et des constatations de fait, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.2 Dans son argumentation, la recourante perd manifestement de vue que la cour cantonale a arrêté un certain nombre de faits qui ont fondé l'application de la convention litigieuse à la relation liant les parties.
Ainsi, l'autorité cantonale a retenu que les parties étaient d'accord pour dire que l'employée, affectée à la réception de Z._, non seulement recevait les personnes qui se présentaient, mais encore contrôlait que l'accès aux locaux pouvait leur être donné, contrôlait leurs documents d'identité et conservait ceux-ci; elle a en outre ajouté qu'il était admis par les parties que l'employée disposait d'un badge au logo de l'employeuse, qui la légitimait, aux yeux du public, comme faisant partie d'un service de sécurité. La recourante ne critique pas sous l'angle de l'arbitraire ces éléments de fait, se contentant de reprendre pour l'essentiel dans son argumentation les constatations de fait du jugement de première instance. Par surabondance, elle ne critique pas à satisfaction la constatation de fait qui fonde la motivation subsidiaire avancée par les juges cantonaux, puisqu'elle n'explique pas en quoi il serait insoutenable d'avoir retenu que les parties avaient tacitement convenu d'une intégration de la CCT aux rapports de travail. On ne discerne par ailleurs aucune violation du droit au sens de l'<ref-law> en lien avec les constatations de fait retenues par la Cour d'appel.
Il n'y a donc pas lieu de s'écarter des faits à la base du raisonnement juridique de la cour en ce qui concerne l'application de la CCT.
3. Se fondant sur les dispositions de la CCT, l'employée a, en appel, réclamé à titre de différence de salaire, pour la période antérieure au 31 décembre 2007, 6'678 fr.73 bruts, avec intérêts à 5% dès le jour de la fin des rapports de travail. L'autorité cantonale a octroyé la somme demandée, en expliquant que les calculs de l'employée n'ont pas été spécifiquement contestés, qu'ils sont corrects et que rien ne justifie de s'en écarter. A lire la recourante, ces derniers faits auraient été établis de façon arbitraire, dès lors qu'ils ont été spécifiquement contestés dans le mémoire-réponse du 26 mai 2008.
La question de savoir si un fait a ou non été valablement contesté relève du droit de procédure cantonal. Dans la mesure où, sur ce point, la recourante ne dénonce aucune application arbitraire de ce droit par l'autorité cantonale, elle ne saurait présentement prétendre avoir valablement contesté, en procédure cantonale, les faits litigieux. En outre, la recourante ne démontre pas, à l'appui de son grief, en quoi les calculs de l'employée seraient erronés et, encore moins, en quoi la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire en les ayant repris. Le grief ne peut donc être que rejeté, pour autant qu'il soit recevable.
4. La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé les art. 329a et 329d CO, en ayant considéré que l'employeuse n'était pas justifiée à prélever le montant de 1'080 fr. sur le dernier salaire de l'employée, au titre des vacances prises en trop.
Les magistrats cantonaux ont tout d'abord relevé que les dispositions légales relatives aux vacances (art. 329a et ss CO) ne réglaient pas la question, puis se sont référés à un arrêt cantonal - qu'ils mentionnent être publié au JAR 1981 p. 28 (recte: p. 269 [?]) -, ainsi qu'à plusieurs auteurs de doctrine, qui considèrent que la question litigieuse doit être examinée sous l'angle de l'accord intervenu, expressément ou tacitement, entre l'employeur et le travailleur et qui relèvent qu'il y a lieu de distinguer laquelle des parties est à l'origine de la prise de vacances anticipée et laquelle des parties a pris l'initiative de la cessation des rapports de travail. Retenant que, dans le cas d'espèce, l'employeuse n'avait ni allégué, ni démontré que les jours de vacances pris en trop, au demeurant contestés par l'employée, résultaient d'une initiative de celle-ci, d'une part, et que seule l'employeuse avait mis fin aux rapports de travail, d'autre part, les magistrats genevois ont jugé que la déduction opérée par l'employeuse était injustifiée.
4.1 La doctrine majoritaire est d'avis que la question du remboursement des vacances excédentaires à la fin des rapports de travail s'examine, non pas sous l'angle de l'enrichissement illégitime - comme l'ont notamment soutenu JEAN-LOUIS DUC/OLIVIER SUBILIA (in Commentaire du contrat individuel de travail, 1998, note 431 ad no 22 ad <ref-law>) -, mais sous l'angle de l'existence d'un accord tacite ou exprès entre les parties contractantes, cet accord constituant la base juridique de l'obligation de restitution des jours perçus en trop (ERIC CEROTTINI, Le droit aux vacances, Etude des articles 329a à d CO, 2001, no 3, p. 321; RÉMY WYLER, Droit du travail, 2008, no 5.9, p. 362 s.; CHRISTIANE BRUNNER ET AL., Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, no 4 ad <ref-law>; GABRIEL AUBERT, Le droit aux vacances: quelques problèmes pratiques, 1990, p. 133 ss; ULLIN STREIFF/ADRIAN VON KAENEL, in Arbeitsvertrag, 6e éd. 2006, no 9 ad <ref-law>; ADRIAN STAEHELIN, Zürcher Kommentar, no 19 ad <ref-law>; FRANK EMMEL, in Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, no 5 ad <ref-law>).
Pour ces auteurs, il y a lieu de distinguer les situations dans lesquelles l'employeur est à l'origine de la prise anticipée des vacances des situations dans lesquelles de telles vacances relèvent de l'initiative du travailleur. Il ne saurait y avoir d'accord exprès ou tacite sur la restitution d'un excédent de vacances, lorsque celles-ci sont ordonnées unilatéralement par l'employeur; il importe dès lors peu, dans ce cas de figure, de savoir à qui la résiliation est imputable. Par contre, si la prise de vacances émane de l'employé, deux cas de figure se présentent: soit la résiliation émane de l'employeur et il faut mettre à la charge de ce dernier le fait de ne pas avoir conservé le travailleur à son service assez longtemps pour absorber la période de vacances prises en trop, soit la résiliation émane de l'employé, qui se met en position de ne pas pouvoir travailler suffisamment longtemps pour amortir l'avance de vacances consenties à sa demande. Ce n'est que dans ce dernier cas de figure que l'employé n'a pas respecté l'accord passé entre les parties et qu'il sera amené à prendre à sa charge l'excédent de vacances.
L'auteur cité par la recourante (WOLFGANG PORTMANN, in Obligationenrecht I, 4e éd. 2007, n° 8 ad <ref-law>) se distancie, de manière isolée, des auteurs précédemment cités, en ce sens qu'il estime que si les vacances anticipées ont été prises sur initiative du travailleur ou, à tout le moins, avec l'accord de celui-ci, le montant correspondant aux vacances prises en trop doit être restitué, en tant que prétention contractuelle - au même titre que la restitution d'acomptes payés en trop; pour cet auteur, il n'y a donc pas lieu de tenir compte, dans ce cas de figure, du motif qui a justifié la fin anticipée des rapports de travail, sauf en cas d'abus de droit.
4.2 Dans sa démonstration, la recourante pose que les vacances ont été prises d'un commun accord entre les parties et que l'employée n'a pas contesté les vacances prises en trop. Elle ajoute qu'il aurait été possible à l'employée, qui a bénéficié d'un délai de congé légal de deux mois pour la fin d'un mois, d'effectuer des heures supplémentaires pour rembourser les heures de vacances prises en trop par une prestation en nature.
Il apparaît clairement qu'en alléguant ces faits la recourante s'écarte de ceux souverainement retenus par l'instance inférieure, sans prétendre et encore moins démontrer que ces derniers auraient été établis de manière arbitraire ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Rien ne justifie donc, pour trancher la question litigieuse, de prendre appui sur des constatations qui diffèrent de celles arrêtées par l'autorité cantonale.
Il a été posé par cette autorité que la réalité des jours de vacances pris en trop a été contestée par l'employée et qu'il n'a pas été allégué, ni même démontré, que ces jours de vacances résultaient d'une initiative de l'employée. Il ne découle pas plus de l'état de fait que la prise de ces vacances aurait fait l'objet d'une convention entre les parties.
Dans ces circonstances, la question de savoir si l'autorité cantonale a valablement pris en compte le motif de résiliation pour trancher la question de la restitution du montant litigieux peut demeurer indécise.
En tout état de cause, la critique est vaine, dès lors que le dispositif de l'arrêt entrepris ne condamne pas l'employeuse à verser à l'employée le montant litigieux et qu'à défaut de tout recours de celle-ci, le Tribunal fédéral n'est pas habilité à corriger l'erreur commise par la cour cantonale - la reformatio in pejus étant exclue par l'<ref-law>. Il appert en effet à la lecture du dispositif de l'arrêt cantonal que la Cour d'appel a annulé le jugement du Tribunal des prud'hommes en tant qu'il condamne l'employeuse à payer à l'employée le montant de 8'849 fr.10 bruts, avec intérêts à 5% l'an dès le 20 février 2008, lequel montant comprenait les 1'080 fr. litigieux, sans toutefois reporter à nouveau ce dernier montant dans un des autres chiffres du dispositif.
5. La recourante critique l'application faite par les juges cantonaux de l'<ref-law>. Elle soutient que la cour cantonale n'aurait pas dû, au regard des circonstances du cas d'espèce, faire une application rigide de la disposition litigieuse et donc proroger la durée des rapports de travail au 20 février 2008. En l'ayant fait, la Cour d'appel a, selon la recourante, violé le but et l'esprit de la disposition précitée.
5.1 Au terme de l'<ref-law>, si le contrat de travail est résilié dans le cadre d'un licenciement collectif, les rapports de travail prennent fin 30 jours après la notification du projet de licenciement collectif à l'office cantonal du travail, à moins que, selon les dispositions contractuelles ou légales, le congé ne produise effet à un terme ultérieur. L'annonce à l'office cantonal du travail doit permettre à ce dernier de chercher des solutions, d'organiser le cas échéant des séances de médiation entre les parties et de soumettre des propositions, notamment s'agissant des indemnités et des mesures d'accompagnement. Pour ce faire, un délai de trente jours doit être mis à la disposition de l'autorité (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 409).
5.2 En l'espèce, il n'est pas contesté que l'annonce complète du licenciement collectif a été adressée à l'Office cantonal de l'emploi en date du 21 janvier 2008. Dès lors, on ne voit pas que la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en ayant arrêté la fin des rapports de travail au 20 février 2008, le texte légal étant dénué de toute ambiguïté en ce qui concerne le délai de trente jours prévu par la disposition litigieuse.
En outre, l'autorité cantonale a précisé que l'intervention de l'Office cantonal de l'emploi, de même que la mise en place de mesures d'accompagnement, étaient encore possibles à la date de l'annonce. Ainsi, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle sous-entend qu'une telle annonce, au regard des circonstances du cas, serait superfétatoire. Par ailleurs, elle s'écarte des faits souverains, lorsqu'elle affirme avoir entamé des démarches visant à replacer ses employés à la suite de la rupture du contrat avec Z._ et qu'il lui était financièrement impossible, au vu du risque de faillite réel, de proposer des mesures d'accompagnement, de placer ses employés de manière externe sans mandat supplémentaire ou de leur proposer des indemnités de départ. Elle semble de surcroît perdre de vue qu'il revenait précisément à l'Office d'entreprendre de telles démarches, consécutivement à l'annonce du licenciement collectif, ce qui n'a pas pu être mis en place à défaut de toute annonce.
Le grief ne peut donc être qu'écarté.
6. La recourante dénonce enfin une violation des art. 336 al. 2 let. c et 336a al. 3 CO.
6.1 Un contrat de travail de durée indéterminée peut être résilié conformément à l'<ref-law>. La résiliation est cependant abusive lorsqu'elle intervient dans l'une des situations énumérées à l'art. 336 al. 1 ou 2 CO, soit notamment, selon l'art. 336 al. 2 let. c CO, lorsque l'employeur procède à un licenciement collectif sans avoir consulté la représentation des travailleurs.
Selon l'art. 336a al. 1 et 2 CO, la partie qui a résilié abusivement doit à l'autre une indemnité à fixer par le juge, qui correspond, en règle générale, à six mois de salaire au plus. L'<ref-law> limite à deux mois de salaire, au plus, l'indemnité due en cas de licenciement collectif sans consultation préalable de la représentation des travailleurs.
6.2 L'autorité cantonale a jugé que le licenciement de l'employée était abusif au sens de l'art. 336 al. 1 let. c (recte: al. 2 let. c) CO et qu'une indemnité correspondant à deux mois de salaire était justifiée. Elle a motivé son appréciation en indiquant que l'employée, engagée en septembre 2000, avait donné satisfaction jusque-là et que l'employeuse ne l'a ni aidée, ni soutenue d'une quelconque manière pour retrouver un emploi, qu'elle ne lui a octroyé aucun congé pour procéder à ses recherches d'emploi et qu'elle l'a privée tant de son droit de consultation que de l'aide que l'employée aurait été en droit de recevoir par le biais de l'intervention de l'Office cantonal du travail.
6.3 Il sied tout d'abord d'observer que la recourante n'avance pas le début d'une motivation s'agissant d'une éventuelle violation de l'art. 336 al. 2 let. c CO. Il en découle nécessairement que, sur ce point, le grief est insuffisamment motivé et donc irrecevable. A supposer même qu'il ait été recevable, il n'aurait pu être que rejeté, dès lors que la recourante reconnaît, dans son écriture de recours, ne pas avoir respecté scrupuleusement la procédure en matière de licenciement collectif.
Quant au moyen se rapportant à un éventuel abus du pouvoir d'appréciation des critères découlant de l'<ref-law> par les juges cantonaux, il est infondé.
L'autorité cantonale n'a pas omis de prendre en considération certains faits à même de modifier, voire de supprimer, l'indemnité allouée. La cour cantonale n'avait en particulier pas à tenir compte de l'ignorance de la recourante de la procédure en cas de licenciement collectif et de la sanction administrative en découlant, dès lors que le caractère abusif du licenciement résulte précisément du non-respect de cette procédure. Il s'ensuit que les juges cantonaux n'avaient pas à considérer la situation qui aurait prévalu si la procédure de licenciement collectif avait été respectée. Enfin, la recourante invoque à tort la crainte avérée quant à sa survie financière conséquemment à la perte d'un important partenaire contractuel, ainsi que les démarches entreprises en faveur de l'employée et la conviction qu'elle aurait pu avoir sur les perspectives de celle-ci de retrouver un emploi, puisque ces circonstances ne ressortent pas des faits de la cause.
De surcroît, l'appréciation faite par la cour des circonstances d'espèce n'aboutit pas à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante, ce qui n'est du reste en aucun cas démontré. Cela étant, la cour cantonale n'a pas abusé du large pouvoir d'appréciation dont elle jouit, en ayant confirmé la quotité de l'indemnité allouée par les premiers juges, laquelle indemnité correspondait à deux mois de salaire (hors application de la CCT, l'employée n'ayant pas contesté en appel la quotité de l'indemnité allouée).
7. Il ressort du dispositif du jugement entrepris que le montant dû à la Caisse de chômage (4'880 fr.25) a été porté à deux reprises en déduction des montants dus à l'employée. Statuant à nouveau, la cour cantonale a déduit 4'880 fr.25 de la somme nouvellement allouée à l'employée. Elle a également maintenu la condamnation de l'employeuse au paiement du montant de 3'846 fr.15, obtenu en déduisant du montant octroyé à titre d'indemnité pour licenciement abusif (8'726 fr.40) celui octroyé à la Caisse de chômage.
Le Tribunal fédéral n'a toutefois pas à corriger l'erreur commise par la cour cantonale, dès lors que l'employée n'a pas recouru sur ce point et que la reformatio in pejus est exclue par l'<ref-law>.
8. Le recours se révèle privé de fondement, dans la mesure où il est recevable. A titre de partie qui succombe, son auteur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral. L'intimée n'ayant pas déposé de réponse régulière, il ne lui est pas alloué de dépens.
Quant à l'intervenante, qui n'est pas représentée par un avocat, elle n'est pas prise en considération dans la répartition des frais et il ne lui est pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 600 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 3 septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin