Sachverhalt:
A. Der 1947 geborene K._ war seit 1992 als gelernter Koch im privaten Pflegeheim X._ tätig und dadurch bei der Basler Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Basler) unter anderem gegen die Folgen von Unfällen versichert.
Am 27. November 2002 rutschte er am Arbeitsort aus, stürzte auf das Gesäss und schlug mit dem Kopf an einer Tischbeinkante an. Er zog sich dabei gemäss erstem Arztzeugnis eine Rissquetschwunde am Hinterkopf und eine mehrfragmentäre, intraartikuläre, kaum dislozierte Fraktur der Mittelphalanx des linken Kleinfingers zu. Letztere heilte ohne Komplikationen aus. Von Seiten der Fingerverletzung bestand am 17. Februar 2003 wieder eine volle Arbeitsfähigkeit. Hingegen klagte der Versicherte über Schmerzen im Bereich der Halswirbelsäule, Konzentrationsstörungen, Kopfschmerzen und ein zeitweiliges Schwindelgefühl. MRI-Aufnahmen zeigten deutliche degenerative Veränderungen an der Halswirbelsäule. Die untersuchenden Ärzte am Spital Z._ führten die geltend gemachten Beschwerden auf ein durch den Sturz aktiviertes cervikospondylogenes Syndrom bei degenerativen Veränderungen zurück, wobei die Symptome durch die Befunde nicht erklärt werden könnten, sondern auf eine Schmerzverarbeitungsstörung hinwiesen. Da der Versicherte seine Arbeit nach dem 27. November 2002 nicht wieder aufnahm, meldete ihn sein Hausarzt am 5. Mai 2003 für eine stationäre Rehabilitation an der Klinik X._ an. K._ trat den Aufenthalt indessen nicht an.
Am 4. Januar 2004 erlitt K._ eine Frontalkollision als Autolenker. Dr. med. A._ stellte am 7. Januar 2004 die Diagnose einer erneuten HWS-Distorsion mit einer Zunahme der Schmerzen an der Halswirbelsäule. Radiologisch wurden einzig die bekannten degenerativen Veränderungen und keine frischen ossären Läsionen festgestellt. Die Basler holte in der Folge bei der Klinik X._ ein polydisziplinäres Gutachten vom 29. März 2005 ein. Gestützt darauf verfügte sie am 4. Januar 2006 mit der Begründung, der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden und den Unfallereignissen sei zu verneinen, die Einstellung sämtlicher Leistungen. Daran wurde auf Einsprache hin festgehalten (Einspracheentscheid vom 2. Juni 2006).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 23. Juni 2009 ab.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihm über den 1. Januar 2006 hinaus die gesetzlichen Leistungen aus den Unfallereignissen vom 27. November 2002 und vom 4. Januar 2004 zu erbringen und insbesondere ab jenem Zeitpunkt eine Rente von 100 % sowie eine Integritätsentschädigung von 40% zuzusprechen. Im weiteren habe ihm die Basler - in Solidarität mit der Invalidenversicherung - die Kosten für eine interdiszipliäre Beurteilung der Gutachtenstelle Y._ vom 19. September 2008 in der Höhe von Fr. 16'826.80 zu erstatten.
Während die Basler auf Abweisung der Beschwerde schliesst, soweit darauf einzutreten sei, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft indessen grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob aus den Unfällen vom 27. November 2002 und vom 4. Januar 2004 ab 1. Januar 2006 noch ein Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung besteht.
Die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache sind im vorinstanzlichen Entscheid, auf den verwiesen wird, zutreffend dargelegt. Das betrifft namentlich die Grundsätze über die für einen Leistungsanspruch aus der obligatorischen Unfallversicherung erforderlichen kausalen Zusammenhänge. Hervorzuheben ist, dass die Leistungspflicht des Unfallversicherers nebst anderem einen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden voraussetzt (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181). Liegt eine Gesundheitsschädigung mit einem klaren organischen Substrat vor, kann der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel ohne weiteres zusammen mit dem natürlichen Kausalzusammenhang bejaht werden. Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier lässt sich die Adäquanzfrage nicht ohne eine besondere Prüfung beantworten. Dabei ist vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (sog. Psycho-Praxis; <ref-ruling>), während bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (sog. Schleudertrauma-Praxis; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen).
3. Das kantonale Gericht hat insbesondere gestützt auf das Gutachten der Klinik X._ vom 29. März 2005 erkannt, die noch bestehenden Beschwerden seien natürlich kausal auf die Unfälle vom 27. November 2002 und vom 4. Januar 2004 zurückzuführen. Sie seien aber nicht mit einer organisch objektiv ausgewiesenen Folge des Unfalls zu erklären. Daher sei der adäquate Kausalzusammenhang besonders zu prüfen. Hinsichtlich der dabei anwendbaren Methode geht die Vorinstanz davon aus, dass sich beim ersten Unfall weder ein Schädel-Hirntrauma, noch eine HWS-Distorsion oder eine äquivalente Verletzung ereignet hat. Beim zweiten Unfall habe sich der Beschwerdeführer zwar eine HWS-Distorsion zugezogen, hingegen könne aber auch bei diesem Unfall mangels der dafür kennzeichnenden Befunde nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit von organisch nicht nachweisbaren Funktionsausfällen ausgegangen werden. Das kantonale Gericht prüfte die Adäquanz daher gemäss der Rechtsprechung für psychische Unfallfolgen (<ref-ruling>) und verneinte diese.
Der Beschwerdeführer hält zusammenfassend fest, sowohl beim ersten wie auch beim zweiten Unfall habe er sich ein HWS-Distorsionstrauma zugezogen - beim ersten zudem ein mildes Schädel-Hirn-Trauma - und es seien in der Folge die für diese Verletzungen typischen Beschwerdebilder festzustellen gewesen, weshalb die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> zur Anwendung gelange.
4. Die Frage, ob sich der Beschwerdeführer auch beim ersten Unfall eine der erwähnten Gesundheitsschädigungen zugezogen hat, oder ob insgesamt eine psychische Problematik im Vordergrund steht, kann letztlich offen gelassen werden, da die Adäquanz der Beschwerden zu den versicherten Unfällen auch in Anwendung der für den Beschwerdeführer günstigeren Rechtsprechung (Urteil 8C_349/2009 vom 17. August 2009 E. 4) verneint werden muss.
4.1 Falls im Anschluss an zwei oder mehrere Unfälle eine psychische Fehlentwicklung eintritt, hat die Adäquanzprüfung grundsätzlich für jeden Unfall gesondert gemäss der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen zu erfolgen (Urteile [des Eidg. Versicherungsgerichts] U 403/05 vom 20. Dezember 2006 E. 2.2.2, U 39/04 vom 26. April 2006 E. 3.2.2 und 3.3.2, in: SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1, und U 297/04 vom 16. Dezember 2005 E. 4.1.2, je mit Hinweisen). Gleiches gilt prinzipiell auch bei einer Mehrzahl von Unfällen mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung (Urteil [des Eidg. Versicherungsgerichts] U 297/04 vom 16. Dezember 2005 E. 4.1.2 mit Hinweis). In diesem Rahmen ist es rechtsprechungsgemäss jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder die Arbeitsfähigkeit nicht voneinander abgegrenzt werden können (Urteil [des Eidg. Versicherungsgerichts] U 39/04 vom 26. April 2006 E. 3.3.2, in: SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1). Der hinreichend nachgewiesenen, durch einen früheren versicherten Unfall verursachten dauerhaften Vorschädigung der HWS kann diesfalls bei der Beurteilung der einzelnen Kriterien - beispielsweise der besonderen Art der Verletzung, des Grades und der Dauer der Arbeitsunfähigkeit (neu: der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen) oder der Dauer der ärztlichen Behandlung (neu: fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung) - Rechnung getragen werden (bereits erwähntes Urteil U 39/04 [E. 3.3.2]).
4.2 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Die Vorinstanz qualifizierte die Ereignisse vom 27. November 2002 (Ausrutschen auf dem nassen Küchenboden mit Anschlagen des Kopfes an einer Tischbeinkante) und vom 4. Januar 2004 (Frontalkollision als Autofahrer ohne schwerwiegende körperliche Folgen für den Versicherten oder Angehörige) als mittelschwer und dies weder im Grenzbereich zu den leichten noch zu den schweren Unfällen. Das wird im letztinstanzlichen Verfahren auch vom Beschwerdeführer zu Recht nicht mehr bestritten, ist doch die vorinstanzliche Einstufung insbesondere des ersten Unfalls als wohlwollend zu bezeichnen. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre demnach nur dann zu bejahen, wenn eines der in <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. angeführten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
4.2.1 Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderer Eindrücklichkeit der Unfälle sei erfüllt. Ebensowenig ist der Heilungsverlauf - auch der Rissquetschwunde am Hinterkopf und der Fraktur des kleinen Fingers - als schwierig anzusehen, noch kam es zu erheblichen Komplikationen.
4.2.2 Die Verletzungen, welche sich der Beschwerdeführer bei den Unfällen zugezogen hat, waren nicht besonders schwer. Eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, ist hingegen speziell geeignet die "typischen" Symptome hervorzurufen, weshalb sie als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren ist (vgl. Urteile 8C_69/2009 vom 3. September 2009 E. 4.3.3, 8C_154/2009 vom 5. Juni 2009 E. 5.3, 8C_785/2007 vom 11. Juni 2008 E. 4.4). Eine entsprechende Qualifikation der erlittenen Verletzungen rechtfertigt sich indessen nur bei Vorliegen einer erheblich vorgeschädigten Wirbelsäule (vgl. Urteile 8C_759/2007 vom 14. August 2008, E. 5.3 und 8C_61/2008 vom 10. Juli 2008 E. 7.3.2). Es kann vorliegend offenbleiben, ob das Kriterium hier eventuell als erfüllt gelten kann, ist es doch mit Sicherheit nicht in besonders ausgeprägter Weise gegeben.
4.2.3 Eine fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung musste der Beschwerdeführer nicht über sich ergehen lassen. So hatte er im Sommer 2003 nicht einmal den dringend empfohlenen Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik X._ angetreten, weil er in den Ferien weilte, als das Aufgebot eintraf. Entgegen der Darstellung in der Beschwerdeschrift können diese Ferien nicht als Entschuldigung für das Fernbleiben gelten, hatte er durch die bereits am 5. Mai 2003 erfolgte Anmeldung doch gewusst, dass er sich für eine stationäre Behandlung bereit halten muss. Offenbar hat er die Unfallversicherung vorgängig nicht um Zustimmung für seinen geplanten Auslandaufenthalt ersucht oder sie über diesen orientiert, weshalb die Vorinstanz zu Recht davon ausgegangen ist, dass er die unterbliebene Rehabilitation selbst zu verantworten hat. Die weiteren medizinischen Massnahmen bestanden im Einnehmen von Medikamenten. Damit gehen auch die tatsächlich erfolgten Behandlungen nicht über das übliche Mass bei den vom Beschwerdeführer erlittenen Verletzungen hinaus.
4.2.4 Entgegen der Darstellung in der Beschwerdeschrift gilt die Verordnung eines Halskragens und das eventuell zu lange Tragen desselben nicht als ärztliche Fehlbehandlung (SVR 2009 UV Nr. 41 S. 142 E. 5.6).
4.2.5 Das Kriterium der erheblichen Beschwerden ist aufgrund der glaubhaften Schmerzen und der Beeinträchtigung, welche der Versicherte durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt, wenn überhaupt, höchstens in der einfachen Form zu bejahen. Was das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, ist entscheidend, dass der Beschwerdeführer zu keinem Zeitpunkt irgendwelche Schritte für eine berufliche Wiedereingliederung unternommen hat. Er hat weder nach dem ersten noch nach dem zweiten Unfall einen Arbeitsversuch absolviert oder Abklärungen über eine eventuelle andere zumutbare Tätigkeit durchgeführt. Da der Beschwerdeführer überhaupt keine Anstrengungen für eine Wiederaufnahme der Erwerbstätigkeit gemacht hat, ist auch dieses Kriterium in der nunmehr geltenden Fassung gemäss <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 nicht erfüllt.
4.3 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zugunsten des Beschwerdeführers die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der besonderen Art der erlittenen Verletzung als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen den Unfallereignissen vom 27. November 2002 sowie vom 4. Januar 2004 und den über den 1. Januar 2006 hinaus anhaltend geklagten, organisch nicht im Sinne der Rechtsprechung hinreichend nachweisbaren Beschwerden zu verneinen. Somit ist die Leistungseinstellung auf dieses Datum hin rechtens.
5. Der Beschwerdeführer verlangt weiter, die Basler sei in solidarischer Haftbarkeit mit der Invalidenversicherung zu verpflichten, für die Kosten der Gutachtenstelle Y._ aufzukommen.
Gemäss <ref-law> sind die Kosten privat eingeholter Gutachten zu vergüten, wenn die Parteiexpertise für die Entscheidfindung unerlässlich war. Dies ist dann der Fall, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst aufgrund des Privatgutachtens schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist.
Vorliegend hat das Gutachten der Klinik X._ vom 29. März 2005 für die sich der Unfallversicherung stellenden Fragen nach den persistierenden Beschwerden und dem natürlichen Kausalzusammenhang dieser Beschwerden mit den versicherten Unfällen umfassende und überzeugende Antworten geliefert. Ein zusätzliches Gutachten war für eine abschliessende Beurteilung der Streitsache nicht nötig. Die Vorinstanz hat die Basler daher zu Recht nicht zur Übernahme der Gutachterkosten verpflichtet.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten vom Beschwerdeführer als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Diese Verfügung wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Februar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer