Sachverhalt:
A. Anfangs 2000 stellte die Kantonale Steuerverwaltung Graubünden der Schweizerischen Bundesbahnen AG (im Folgenden: SBB AG) die Steuererklärung für die Steuerperiode 1999 zu und forderte sie auf, den Gewinn und das Kapital zu deklarieren. Sie verlangte ebenfalls die Nennung der Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zum Betrieb des Unternehmens haben. Die SBB AG bestritt ihre Steuerpflicht. Nach einem längeren Schriftenwechsel erliess die kantonale Steuerverwaltung am 25. November 2002 eine Feststellungsverfügung, wonach die SBB AG "im Kanton Graubünden für die nicht betriebsnotwendigen Liegenschaften der Gewinn- und der Kapitalsteuer, der Zuschlagssteuer gemäss FAG [Graubündner Gesetz vom 26. September 1993 über den interkommunalen Finanzausgleich] sowie der Kultussteuer unterliegt". Den hiegegen von der SBB AG erhobenen Sprungrekurs wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Urteil vom 18. März 2003 ab. Zudem auferlegte es der SBB AG Gerichtskosten von Fr. 10'170.--.
B. Die SBB AG hat mit Postaufgabe vom 30. April 2003 beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde eingereicht mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben.
C. Die Kantonale Steuerverwaltung Graubünden schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Mit Rechtsschrift vom 7. Juli 2003 hat die SBB AG einen in einer Festschrift publizierten Aufsatz nachgereicht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts ist kantonal letztinstanzlich und kann auf Bundesebene mit keinem ordentlichen Rechtsmittel angefochten werden (vgl. Art. 84 und 86 Abs. 1 OG; <ref-ruling> E. 2 S. 3 ff.; Urteil 2P.283/1999 vom 13. Juni 2000, E. 2a-d). Die Beschwerdeführerin ist in ihren rechtlich geschützten Interessen betroffen und damit zur Erhebung der Beschwerde legitimiert (Art. 88 OG). Auf die fristgerecht eingereichte staatsrechtliche Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Gemäss Art. 21 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1998 über die Schweizerischen Bundesbahnen (SBBG; SR 742.31) ist die Beschwerdeführerin "im Rahmen ihrer Aufgaben als Anbieterin der Eisenbahninfrastruktur und als Transportunternehmung von jeder Besteuerung durch die Kantone und Gemeinden befreit. Die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Hilfs- und Nebenbetriebe wie Kraftwerke, Werkstätten und Lagerhäuser, jedoch nicht auf Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zum Betrieb des Unternehmens haben."
Vor dem Inkrafttreten des neuen SBBG am 1. Januar 1999 galt das Bundesgesetz vom 23. Juni 1944 über die Schweizerischen Bundesbahnen (aSBBG; BS 7 S. 195). In Art. 6 Abs. 1 aSBBG enthielt es ebenfalls eine Regelung zur Steuerbefreiung mit folgendem Wortlaut:
"Die Bundesbahnen sind mit Einschluss der zu ihrer Aufgabe als Transportunternehmungen gehörenden Hilfs- und Nebenbetriebe, wie Kraftwerke, Werkstätten, Lagerhäuser und dergleichen, von jeder Besteuerung durch die Kantone und Gemeinden befreit. Die Befreiung erstreckt sich nicht auf Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zum Betrieb des Unternehmens haben."
2.2 Das Verwaltungsgericht hat festgehalten, Art. 6 Abs. 1 aSBBG sei vom Bundesgericht dahin ausgelegt worden, dass die Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) von allen Steuern, einschliesslich der Grundstückgewinnsteuer, befreit waren und sich die Ausnahme von der Steuerbefreiung einzig auf besondere Objektsteuern bezog, namentlich auf Grund- oder Liegenschaftssteuern. Diese vom Gesetzeswortlaut abweichende Auslegung rechtfertige sich nicht mehr, seitdem die SBB als Aktiengesellschaft nicht mehr eine Anstalt und damit auch nicht mehr als Teil des Bundes zu betrachten seien. Es könne nicht länger gesagt werden, der Bund würde durch eine Besteuerung der Beschwerdeführerin seitens der Kantone (mittelbar) selber der Besteuerung durch diese Hoheitsträger unterworfen.
2.3 Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung des Grundsatzes der derogatorischen Kraft des Bundesrechts (<ref-law>). Die kantonalen Instanzen hätten <ref-law> wie Art. 6 Abs. 1 aSBBG auslegen müssen mit der Folge, dass sie die geforderten Steuern nicht schulde. Wird mit staatsrechtlicher Beschwerde eine Verletzung von <ref-law> gerügt, prüft das Bundesgericht frei, ob die beanstandete kantonale Verfügung mit dem Bundesrecht vereinbar ist (<ref-ruling> E. 1 S. 78; <ref-ruling> E. 2b S. 317).
3. 3.1 Das Bundesgericht hat Art. 6 Abs. 1 aSBBG in Anlehnung an Art. 10 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 26. März 1934 über die politischen und polizeilichen Garantien zugunsten der Eidgenossenschaft (Garantiegesetz, GarG; SR 170.21, BS 1 S. 152, zuletzt in der Fassung gemäss AS 1977 S. 2249) ausgelegt und angewendet. Gemäss dieser Bestimmung, die seit 1. Dezember 2003 wortgleich in Art. 62d des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes vom 21. März 1997 (RVOG; SR 172.010) weitergeführt wird (Anhang I Ziff. 1 und Anhang II Ziff. 3 zum Bundesgesetz über die Bundesversammlung [Parlamentsgesetz], vom 13. Dezember 2002 [AS 2003 S. 3543, 3593 ff.]; vgl. auch BBl 2001 S. 3615), sind die Eidgenossenschaft sowie ihre Anstalten, Betriebe und unselbständigen Stiftungen "von jeder Besteuerung durch die Kantone und Gemeinden befreit; ausgenommen sind Liegenschaften, die nicht unmittelbar öffentlichen Zwecken dienen." Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 10 Abs. 1 GarG und zum gleich verstandenen Art. 6 aSBBG ist der Bund unter Einschluss der Schweizerischen Bundesbahnen generell von den allgemeinen Einkommens-, Vermögens-, Ertrags- und Gewinnsteuern befreit, auch wenn es sich um Einkünfte aus Liegenschaftsbesitz handelt, und zwar unabhängig davon, ob die Liegenschaften öffentlichen Zwecken dienen (<ref-ruling> E. 3 S. 259 f.). Als unzulässig gelten ebenso Grundstückgewinnsteuern und Handänderungsabgaben, weil damit nicht die Liegenschaft selber oder ein Recht daran besteuert wird, sondern der bei der Veräusserung erzielte Gewinn bzw. ein Verkehrsvorgang. Zulässig sind, sofern die Grundstücke nicht öffentlichen Zwecken dienen, besondere Objektsteuern, namentlich Grund- oder Liegenschaftssteuern (<ref-ruling> E. 4c S. 9; Urteil 2P.283/1999 vom 13. Juni 2000, StR 55/2000 S. 561, E. 4b; Urteil A.540/1985 vom 10. Oktober 1986, die neue Steuerpraxis [NStP] 41/1987 S. 59, E. 3b; kritisch: Marco Greter, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl., 2002, N. 5 zu Art. 23 StHG).
3.2 Der Wortlaut von Art. 10 Abs. 1 GarG und Art. 6 Abs. 1 aSBBG - aber auch von <ref-law> - kann den Eindruck erwecken, auf Liegenschaften des Bundes bzw. der Beschwerdeführerin, die nicht unmittelbar öffentlichen Zwecken dienen, dürften jedwelche Steuern erhoben werden, also auch Einkommens- und Vermögenssteuern (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 8; erwähntes Urteil in NStP 41/1987 S. 59, E. 3b). Das Bundesgericht hat die Steuerbefreiungsvorschrift jedoch, wie in Erwägung 3.1 ausgeführt, extensiv ausgelegt, weil die gegenseitige Besteuerung der verschiedenen Hoheitsträger ein wenig taugliches Mittel zur Deckung des öffentlichen Finanzbedarfs ist (<ref-ruling> E. 2b S. 141; <ref-ruling> E. 4b S. 8 f.). Laut Verwaltungsgericht wird diese Überlegung den bei der Beschwerdeführerin geänderten rechtlichen und tatsächlichen Verhältnissen allerdings nicht mehr gerecht. Hiegegen wendet die Beschwerdeführerin ein, der Gesetzgeber habe mit <ref-law> die bisherige Steuerbefreiung bezüglich der Besteuerung durch Kantone und Gemeinden weiterführen wollen. Dies ergebe sich auch daraus, dass der Wortlaut von <ref-law> mit redaktionellen Anpassungen den Bestimmungen von Art. 6 Abs. 1 aSBBG und Art. 10 Abs. 1 GarG entspreche (in diesem Sinne auch Amédéo Wermelinger/Serge Stalder, Der juristische Lebenslauf von SBB-Liegenschaften, in: Franz Werro/Bénédict Foëx [Hrsg.], La transmission du patrimoine, 1998, S. 193).
3.3 Zum Entwurf des <ref-law>, der mit dem endgültigen Gesetzestext wörtlich übereinstimmt, hat der Bundesrat in seiner Botschaft zur Bahnreform vom 13. November 1996 bemerkt, die Steuerbefreiung entspreche dem geltenden Recht, soweit es um die Besteuerung durch Kantone und Gemeinden gehe. Sie sei weiterhin gerechtfertigt, da die SBB als Universalbahn unter den gegebenen Marktverhältnissen kaum eine Chance auf Erzielung eines Gewinnes hätten. Würde den SBB keine steuerliche Privilegierung eingeräumt, würden sie mit ihrem Gesamtgewinn und -vermögen den ordentlichen Ertrags- und Kapitalsteuern der einzelnen Kantone unterliegen. Dabei sei davon auszugehen, dass sie als gesamtschweizerische Unternehmung in allen Kantonen steuerliche Anknüpfungspunkte in unterschiedlichem Umfang hätten. Während die Ertragssteuerbelastung von der Höhe des steuerbaren Gewinns und der Steuerprogression abhänge, werde die Kapitalsteuer unabhängig vom wirtschaftlichen Erfolg der Unternehmung auf dem Aktienkapital und in der Regel auch auf den offenen Reserven erhoben. Die mit einer Steuerpflicht verbundene kostenmässige Zusatzbelastung wäre nicht unerheblich, abgesehen von dem damit verbundenen nicht zu unterschätzenden administrativen Mehraufwand (BBl 1997 I 909, insbes. S. 962).
Für die Ansicht der Beschwerdeführerin spricht beim ersten Hinsehen die Erklärung in der Botschaft, die Steuerbefreiung solle dem geltenden Recht entsprechen. Die Botschaft äussert sich jedoch mit keinem Wort zur extensiven, über den Gesetzeswortlaut hinausgehenden Auslegung der Steuerbefreiung in Art. 10 Abs. 1 GarG und Art. 6 Abs. 1 aSBBG durch das Bundesgericht. Wäre sich der Gesetzgeber dieser Rechtsprechung bewusst gewesen und hätte er diese unverändert übernehmen wollen, hätte es nahe gelegen, den Wortlaut im Rahmen der Neuformulierung des Gesetzes redaktionell im Sinne einer Klarstellung anzupassen. Zumindest wäre eine ausdrückliche Bezugnahme auf die einschlägige Rechtsprechung in der Botschaft zu erwarten gewesen. Da weder das eine noch das andere geschehen ist, bleibt mit dem Verweis auf das "geltende Recht" letztlich offen, ob die für die Beschwerdeführerin ungünstigere strengere Interpretation des Gesetzeswortlauts oder die für sie grosszügigere Rechtsprechungspraxis gemeint ist. Die mit einer Besteuerung durch Kantone und Gemeinden zusammenhängenden Probleme, welche in der Botschaft aufgeführt sind, betreffen im Übrigen eher die Besteuerung des Gesamtbetriebs als die der Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zum Betrieb des Unternehmens haben. Somit kann aus den erwähnten Ausführungen in der Botschaft keine eindeutige Aussage zur Behandlung von Liegenschaften, die nicht öffentlichen Zwecken dienen, abgeleitet werden.
3.4 In der Botschaft zur Bahnreform wird bei den Bemerkungen zu <ref-law> im Weiteren ausgeführt, die SBB seien bisher als Anstalt von der direkten Bundessteuer befreit gewesen. Durch die Umwandlung in eine spezialgesetzliche Aktiengesellschaft sei diese Steuerbefreiung nicht mehr gerechtfertigt. Die SBB und die konzessionierten Transportunternehmungen sollten in Zukunft bei der direkten Bundessteuer gleich behandelt werden. Die SBB erhielten aber auch als Kapitalgesellschaft jene Steuervorteile, die den konzessionierten Transportunternehmungen ebenfalls zustünden und die für die direkte Bundessteuer in Art. 56 lit. d des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) verankert seien. Demnach würden verkehrspolitisch bedeutsame konzessionierte Verkehrsunternehmen, die im Steuerjahr keinen Reingewinn erzielt haben, von der Gewinn- und Kapitalsteuer befreit. Diese Steuerbefreiung greife auch dann, wenn im Steuerjahr und in den zwei vorangegangenen Jahren keine Dividenden oder ähnliche Gewinnanteile ausgerichtet worden seien (BBl 1997 I 963).
Demzufolge hat der Bundesgesetzgeber die Umwandlung der SBB in eine Aktiengesellschaft als Grund angesehen, die Beschwerdeführerin nicht mehr wie bisher vollumfänglich von der direkten Bundessteuer zu befreien. Damit wird aber auch dem für die extensive Auslegung der Steuerbefreiungsnormen wegleitenden Gedanken, dass die gegenseitige Besteuerung der verschiedenen Hoheitsträger ein wenig taugliches Mittel zur Deckung des öffentlichen Finanzbedarfs sei (s. oben E. 3.2), in Bezug auf die Beschwerdeführerin die Basis entzogen. Unbehelflich ist deren Einwand, es handle sich bei der direkten Bundessteuer um eine andere Steuer. Entscheidend ist, dass der Bundesgesetzgeber in Abkehr von der erwähnten Überlegung eine neue Besteuerung vorgesehen und gerade die geänderte Rechtsform als Grund für die neue Besteuerung genannt hat. Nach dem Gesagten trifft daher das Vorbringen der Beschwerdeführerin, aus den Materialien ergebe sich, dass sich am Status der Beschwerdeführerin trotz der Rechtsformumwandlung nichts geändert habe, nicht zu.
Im Übrigen ging der Bundesrat in seiner Botschaft sehr wohl davon aus, dass die Rechtsform der spezialgesetzlichen Aktiengesellschaft Änderungen mit sich bringen würde. Der Bundesrat sah darin gegenüber der bisherigen Rechtsform der öffentlichrechtlichen Anstalt "einige nicht zu unterschätzende Vorteile". Unter anderem werde die Möglichkeit geboten, mittel- oder langfristig neben dem Bund auch Kantone, Gemeinden und allenfalls Private an der Beschwerdeführerin zu beteiligen. Ausserdem könnten mit dem aktienrechtlichen Instrumentarium die unternehmerische Verantwortung sowie die Autonomie der Unternehmung gestärkt werden. Sodann sollte eine Angleichung an die Organisationsform der konzessionierten Transportunternehmungen und der ausländischen Bahnen erfolgen und damit die Gleichbehandlung aller Unternehmungen im öffentlichen Verkehr gefördert werden. Der Bundesrat bezeichnete denn auch die Gleichbehandlung der Beschwerdeführerin und der konzessionierten Transportunternehmungen als einen der wichtigsten Gründe für die Wahl der spezialgesetzlichen Aktiengesellschaft (BBl 1997 I 944). Dadurch kam der Gesetzgeber ebenfalls den Zielen des seither zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft am 21. Juni 1999 abgeschlossenen Abkommens über den Güter- und Personenverkehr auf Schiene und Strasse (SR 0.740.72) und der in dessen Art. 56 in Verbindung mit Anhang 1 Abschnitt 4 erwähnten Richtlinie des Rates der Europäischen Wirtschaftsgemeinschaft vom 29. Juli 1991 zur Entwicklung der Eisenbahnunternehmen in der Gemeinschaft (Richtlinie 1991/440/EWG, Amtsblatt der Europäischen Wirtschaftsgemeinschaft [ABl.] Nr. L 237 vom 24. August 1991, S. 25) entgegen (vgl. AB 1997 S 861; BBl 1997 I 911): Zwecks eines effizienten Verkehrssystems soll unter anderem ein lauterer Wettbewerb zwischen den Verkehrsträgern gewährleistet und den über den Regionalverkehr hinaus tätigen Eisenbahnunternehmen ein Unabhängigkeitsstatus eingeräumt werden (vgl. Art. 30 f. des Abkommens sowie Art. 1 und 4 der Richtlinie). Insoweit ist in der Doktrin Kritik an der Steuerbefreiung der Beschwerdeführerin erhoben worden, weil sie weiter reiche bzw. nicht gleich geregelt sei wie für andere konzessionierte Verkehrsunternehmen, für die Art. 23 Abs. 2 und 4 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) gelten (Reto Kuster, Steuerbefreiung von Institutionen mit öffentlichen Zwecken, Diss. Zürich 1997, S. 148 f.; vgl. allgemein auch Marco Greter, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2a, 2000, N. 33 und 38 zu <ref-law>; Gaudenz Schwitter, Die Privatisierung von Kantonalbanken, Diss. Freiburg 2000, S. 166; Markus Reich, Gemeinnützigkeit als Steuerbefreiungsgrund, ASA 58 S. 488 ff.). Gewiss sind gemäss <ref-law> Bundesgesetze für das Bundesgericht massgebend; dies hindert das Bundesgericht jedoch nicht, die gesetzlichen Bestimmungen in verfassungs- und staatsvertragskonformer Weise auszulegen.
3.5 Soweit in der Bundesversammlung überhaupt zu <ref-law> debattiert wurde, ist vor allem festgehalten worden, dass die Beschwerdeführerin als neue spezialgesetzliche Aktiengesellschaft nicht von der Steuer befreit sein solle, wenn sie Energie aus einem Kraftwerk, an dem sie beteiligt ist, nicht für den Eigenbedarf nutzt, sondern an Dritte veräussert (AB 1997 S 891). Auch damit wurde einer Beschränkung der Steuerbefreiung das Wort geredet.
3.6 Schliesslich weicht der Wortlaut des <ref-law> von demjenigen des Art. 6 Abs. 1 aSBBG und Art. 10 Abs. 1 GarG doch in dem wesentlichen Punkt ab, dass die Beschwerdeführerin jetzt nicht mehr als generell von jeder Besteuerung befreit bezeichnet wird, sondern lediglich "im Rahmen ihrer Aufgabe als Anbieterin der Eisenbahninfrastruktur und als Transportunternehmung" (ebenso Marco Greter, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl., 2002, N. 6 zu Art. 23 StHG). Hierzu passen die erwähnten Äusserungen in der Bundesversammlung (vgl. E. 3.5). <ref-law> geht der Regelung in Art. 10 Abs. 1 GarG (bzw. heute in Art. 62d RVOG) als Sondervorschrift vor.
3.7 Aus alledem ist zu folgern, dass die Beschwerdeführerin nur soweit gemäss <ref-law> von den kantonalen Steuern befreit sein soll, wie sie Dienstleistungen im Zusammenhang mit dem öffentlichen Verkehr erbringt. Tätigt sie hingegen Geschäfte ausserhalb dieses Zweckes (vgl. <ref-law>), soll die Steuerbefreiung grundsätzlich nicht mehr gelten. Dafür spricht auch, dass der Staat aus wirtschaftsverfassungsrechtlichen Gründen zur Wettbewerbsneutralität verpflichtet ist (vgl. <ref-law>; erwähntes Urteil in StR 55/2000 S. 561, E. 5b/cc, mit Hinweisen). Auf Liegenschaften bezogen ist <ref-law> daher - im Unterschied zur Praxis zu Art. 6 Abs. 1 aSBBG - so zu verstehen, dass für Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zum Eisenbahn- und Transportbetrieb haben, eine Besteuerung durch Kantone und Gemeinden zulässig ist (vgl. auch Peter Locher, Zur Auslegung der Steuerbefreiungsnorm von GarG 10, in: Peter Ruf/Roland Pfäffli [Hrsg.], Festschrift 100 Jahre Verband bernischer Notare, 2003, S. 559, insbes. S. 586 f., mit Hinweis auf ein die Beschwerdeführerin betreffendes Urteil der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich vom 30. Mai 2000, publ. in: StR 55/2000 S. 822). Dies gilt unter anderem für Gewinn- und Kapitalsteuern.
Ergänzend sei bemerkt, dass auch die Post als selbständige Anstalt des öffentlichen Rechts für ihre Gewinne aus den Bereichen, in denen sie in Konkurrenz mit privaten Anbietern Leistungen erbringt (sog. Wettbewerbsdienste), besteuert werden kann (Art. 13 des Bundesgesetzes vom 30. April 1997 über die Organisation der Postunternehmung des Bundes [Postorganisationsgesetz, POG; SR 783.1]). Dass <ref-law> nicht gleich lautend abgefasst wurde wie Art. 13 POG, spricht nicht gegen die vorstehende Auslegung. Auch mit Art. 10 Abs. 1 GarG bzw. Art. 6 Abs. 1 aSBBG besteht keine wörtliche Übereinstimmung. Unbeachtlich ist sodann, dass die Beschwerdeführerin die aus Liegenschaften erzielten Gewinne entsprechend den (bisher) vom Bundesrat erarbeiteten Leistungsvereinbarungen (vgl. <ref-law>) für ihre Kernaufgabe im öffentlichen Verkehr einsetzt. Auch die teilweise der Besteuerung unterliegende Post hat ihren Gewinn dem Bund abzuliefern (Art.12 Abs. 2 POG). Dass sich sämtliche Aktien der Beschwerdeführerin (jetzt noch) im Besitz des Bundes befinden, kann ebenso wenig ausschlaggebend sein, nachdem die Möglichkeit besteht, insbesondere Private zu beteiligen (<ref-law>). Unerheblich ist ferner, dass der Bund gemäss <ref-law> zu jeder Zeit die kapital- und stimmenmässige Mehrheit der Aktien besitzen muss.
3.8 Nach dem Gesagten ist es den kantonalen Steuerbehörden nicht verwehrt, die Beschwerdeführerin für Liegenschaften der Gewinn- und der Kapitalsteuer, der Zuschlagsteuer gemäss FAG/GR sowie der Kultussteuer zu unterwerfen, sofern es sich bei den interessierenden Grundstücken um solche handelt, die keine notwendige Beziehung zum Betrieb des Unternehmens haben. Die derogatorische Kraft des Bundesrechts wird somit durch den angefochtenen Entscheid nicht verletzt. Ins Leere stösst in diesem Zusammenhang die Rüge der Beschwerdeführerin, das Verwaltungsgericht habe durch materielle Rechtsverweigerung das rechtliche Gehör verletzt. Entgegen ihrer Behauptung hat das Verwaltungsgericht <ref-law> insbesondere nicht ausschliesslich auf dessen Wortlaut abgestützt ausgelegt.
4. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine Verletzung des Äquivalenzprinzips sowie des Legalitätsprinzips im Abgaberecht. Sie beruft sich auf <ref-law> bzw. sinngemäss auf Art. 8 und 9 BV. Das Verwaltungsgericht habe Gerichtsgebühren von insgesamt Fr. 10'170.-- erhoben. Die Gebührenverordnung sehe einen Rahmen von Fr. 100.-- bis 15'000.-- vor. Die festgesetzten Gebühren stünden in einem offensichtlichen Missverhältnis "zum objektiven Wert der Leistung" bzw. zu dem, was für sie als Steuerpflichtige auf dem Spiele stehe.
Soweit diese Rüge überhaupt den Begründungsanforderungen des Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügt (vgl. auch <ref-ruling> E. 1b S. 495, mit Hinweisen), geht sie fehl. Die Beschwerdeführerin mag zwar aus von ihr angestellten Erwägungen davon ausgehen, dass sie auch bei Unterliegen in der Hauptsache kaum Steuern wird bezahlen müssen, weil sie diverse Schuldenabzüge vorzunehmen gedenkt. Die kantonale Steuerverwaltung hat aber im Rahmen einer Ermessenstaxation betreffend die interessierenden Steuern für 1999 immerhin einen Steuerbetrag von über Fr. 90'000.-- festgesetzt. Auch wenn die Steuerverwaltung diese Taxation zwischenzeitlich zurückgenommen hat und den Abschluss des vorliegenden Verfahrens abwartet, steht noch nicht fest, ob sie die von der Beschwerdeführerin angeführten Abzüge anerkennen wird. Sodann ergibt sich aus der dem Verfahren zugrundeliegenden Feststellungsverfügung vom 25. November 2002 nicht eindeutig, ob diese nur das Jahr 1999 betrifft. Dafür mag zwar einiges sprechen. Dennoch könnte der Entscheid, vor allem wenn er bis zur letzten kantonalen Instanz weitergezogen worden und in Rechtskraft erwachsen ist, auch für die Folgejahre erhebliche Auswirkungen für die Beschwerdeführerin zeitigen. Aus diesen Gründen erscheinen die vom Verwaltungsgericht angesetzten Gerichtsgebühren nicht als unverhältnismässig.
5. Nach dem Gesagten erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu übernehmen (Art. 156 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG). Parteientschädigungen werden nicht geschuldet (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Graubünden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2003
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: