Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 30. Juni 2006 revidierte die Gemeindeversammlung Schwerzenbach die kommunale Richt- und Nutzungsplanung und erliess mit den Art. 41 ff. der Bau- und Zonenordnung (BZO/Schwerzenbach) Sonderbauvorschriften für die Industriezone Ifang. Nach diesen Bestimmungen dürfen im fraglichen Gebiet - unter Beachtung einer näher geregelten Gestaltungsplanpflicht - auch Wohnnutzungen realisiert werden (Art. 44 und 45 BZO/ Schwerzenbach).
Diesen Beschluss fochten die A._ AG, Eigentümerin mehrerer Grundstücke im Gebiet, und der Betreiber eines Sexclubs in der Liegenschaft Ifangstrasse "..." bei der Baurekurskommission III des Kantons Zürich an. Diese wies die Rekurse am 11. Juli 2007 ab. Die gegen diesen Rekursentscheid geführten Beschwerden wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 7. Februar 2008 ab. Der Beschwerdeentscheid wurde von der A._ AG nicht angefochten; die vom Betreiber des Sexclubs erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil 1C_145/2008 vom 3. Juli 2008 ab.
B. Die C._ AG plant in der Industriezone Ifang eine Überbauung mit gemischter Nutzung auf einem zwischen Bahnhofstrasse, Chimlibach und Ifangstrasse gelegenen Areal. Zu diesem Zweck erarbeitete sie den privaten Gestaltungsplan Ifang-Park mit Situationsplan und Vorschriften (GPV), beide revidiert am 29. März 2011. Mit Beschluss vom 9. Mai 2011 stimmte der Gemeinderat Schwerzenbach dem privaten Gestaltungsplan Ifang-Park zu und nahm vom entsprechenden Planungsbericht Kenntnis.
Gegen diesen Beschluss erhoben die A._ AG sowie die B._ AG, die neue Betreiberin des Sexclubs in der Liegenschaft Ifangstrasse "...", gemeinsam Rekurs ans Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses wies das Rechtsmittel mit Entscheid vom 14. Dezember 2011 ab.
Gegen diesen Rekursentscheid gelangten die A._ AG und die B._ AG am 31. Januar 2012 mit Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragten die Sistierung des Gestaltungsplanverfahrens und die Aufhebung des Rekursentscheids.
Am 28. Februar 2012 genehmigte die Baudirektion des Kantons Zürich den privaten Gestaltungsplan Ifang-Park.
Mit Urteil vom 12. Juli 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde vom 31. Januar 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 8. September 2012 beantragen die A._ AG und die B._ AG in der Hauptsache, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 12. Juli 2012 sei aufzuheben, und die Sache sei an die Gemeinde Schwerzenbach zurückzuweisen zur Anpassung des privaten Gestaltungsplans Ifang-Park ans übergeordnete Planungsrecht. Das Plangenehmigungsverfahren für den privaten Gestaltungsplan sei zu sistieren, und es sei die Haupterschliessung für die Industriezone Ifang vor der Genehmigung des privaten Gestaltungsplans verbindlich festzusetzen.
Die C._ AG, die Gemeinde Schwerzenbach und das Verwaltungsgericht beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerinnen haben auf eine Stellungnahme hierzu verzichtet.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid (<ref-law>), der eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law> betrifft (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251, 409 E. 1.1 S. 411). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor.
Die Beschwerdeführerin 1 ist Eigentümerin der Liegenschaften Ifangstrasse "...", "...", "..." und "..." in Schwerzenbach; die Beschwerdeführerin 2 ist Betreiberin eines Sexclubs in der Liegenschaft Ifangstrasse "...". Die Grundstücke grenzen direkt an den Planungsperimeter des Gestaltungsplans Ifang-Park. Als unmittelbare Nachbarinnen sind die Beschwerdeführerinnen zur Beschwerdeführung legitimiert (vgl. <ref-law>). Auf ihre Beschwerde ist unter Vorbehalt der nachfolgenden Ausführungen einzutreten.
2. 2.1 In Art. 41 ff. BZO/Schwerzenbach sind Sonderbauvorschriften für die Industriezone Ifang festgesetzt. Art. 44 BZO/Schwerzenbach gestattet Wohnungen sowie mässig störende Industrie-, Gewerbe-, Handels- und Dienstleistungsbetriebe. Gemäss Art. 45 BZO/ Schwerzenbach darf von den Sonderbauvorschriften nur Gebrauch gemacht werden, wenn die Überbauung nach einheitlichen Gestaltungsgrundsätzen jeweils durch einen Gestaltungsplan sichergestellt wird, der eine planerische und städtebaulich zweckmässige Bauzonenfläche von mindestens 5'000 m2 umfasst (Abs. 1). Mit dem Gestaltungsplan muss nachgewiesen werden, dass die Wohnnutzung zweckmässig auf die bestehenden und geplanten gewerblichen Nutzungen abgestimmt ist und die Immissionsgrenzwerte gemäss Lärmschutzverordnung eingehalten sind (Abs. 2).
2.2 Im Urteil 1C_145/2008 vom 3. Juli 2008 (vgl. Sachverhalt lit. A. hiervor) hat das Bundesgericht in Zusammenhang mit Art. 44 und 45 BZO/Schwerzenbach ausgeführt, der Planungsgrundsatz von Art. 3 Abs. 3 lit. a RPG (SR 700), wonach Wohn- und Arbeitsgebiete einander zweckmässig zugeordnet sein sollen, bezwecke keine strikte Trennung von Wohn- und Arbeitsgebieten. Vielmehr sei eine Durchmischung von Arbeits- und Wohnflächen erwünscht, um den Verkehrsstrom der Pendler zu reduzieren und wohnliche Siedlungen zu schaffen (E. 2.2). Nach der BZO/Schwerzenbach seien in der Industriezone nur mässig störende Industrie- und Gewerbe- sowie Handels- und Dienstleistungsbetriebe zugelassen. Derartige Betriebe seien mit einer Wohnnutzung grundsätzlich verträglich. Gleiches gelte für die Zuordnung des Gebiets zur Lärmempfindlichkeitsstufe III (E. 2.4). Entscheidend sei im zu beurteilenden Fall, dass die Gemeinde Schwerzenbach mit der Einführung der Gestaltungsplanpflicht ein Instrument vorgesehen habe, um allfällige künftige Konflikte zwischen der Wohnnutzung und den vorbestehenden Gewerbebetrieben zu vermeiden. Machten Grundeigentümer von der Möglichkeit Gebrauch, nach den Sonderbauvorschriften zu bauen, so müssten sie im Gestaltungsplan nachweisen, dass die Wohnnutzung zweckmässig auf die bestehenden gewerblichen Nutzungen abgestimmt sei und die Immissionsgrenzwerte gemäss Lärmschutzverordnung eingehalten würden. Dadurch werde zum einen sichergestellt, dass Wohnungen nur an Standorten errichtet würden, die sich aufgrund der Immissionsbelastung für diese Nutzung eigneten bzw. die Wohnbauten so angeordnet und gestaltet würden, dass sie keinen erheblichen Immissionen ausgesetzt würden. Zum anderen hätten die Beschwerdeführerinnen die Möglichkeit, einen Gestaltungsplan anzufechten, der die Anordnung und Gestaltung der Wohnräume nicht zweckmässig auf den Sexclub abstimme (E. 2.5). Unter diesen Umständen trage die angefochtene Revision der Richt- und Nutzungsplanung dem Planungsgrundsatz von Art. 3 Abs. 3 lit. a RPG Rechnung (E. 2.6).
2.3 Die Vorinstanz hat erwogen, vorliegend stelle sich einzig die Frage, ob der strittige Gestaltungsplan die Anforderungen von Art. 45 BZO/Schwerzenbach sowie allenfalls weitere raumplanerische Vorgaben erfülle. Soweit sich die Beschwerdeführerinnen grundsätzlich gegen die Zweckmässigkeit von Art. 45 BZO/Schwerzenbach aussprechen würden, seien sie nicht zu hören, da dieser Aspekt bereits im Nutzungsplanungsverfahren, welches mit dem Urteil des Bundesgerichts 1C_145/2008 vom 3. Juli 2008 abgeschlossen worden sei, beurteilt worden sei (vgl. angefochtenes Urteil E. 3.2).
2.4 Diese Ausführungen der Vorinstanz sind zutreffend: Gegenstand des Verfahrens bildet die Frage, ob der behördlich genehmigte private Gestaltungsplan Ifang-Park den Voraussetzungen von Art. 45 BZO/ Schwerzenbach entspricht. Dass die Immissionsgrenzwerte gemäss Lärmschutzverordnung eingehalten werden, ist nicht strittig. Umstritten ist hingegen, ob die Wohnnutzung zweckmässig auf die bestehenden und geplanten gewerblichen Nutzungen abgestimmt ist. Indem sich die Vorinstanz nicht (erneut) mit der bereits im Nutzungsplanungsverfahren beurteilten Rüge, die Bestimmung von Art. 45 Abs. 2 BZO/ Schwerzenbach als solche sei nicht zweckmässig, auseinandergesetzt hat, hat sie den Anspruch der Beschwerdeführerinnen auf rechtliches Gehör im Sinne von <ref-law> nicht verletzt.
2.5 Die Vorinstanz hat festgehalten, im Gestaltungsplan Ifang-Park werde der oberirdische Baubereich durch eine blockrandmässige Anordnung einer inneren und einer äusseren Mantellinie um eine Freifläche herum definiert. Im Anstossbereich an die Bahnhof- und Industriestrasse sei für die Wohn- oder gemischte Wohn-/Gewerbenutzung aus Lärmschutzgründen die geschlossene Bauweise bis zu einer Gebäudehöhe von vier Vollgeschossen vorgeschrieben (Art. 4 Abs. 1 und 2 GPV). Diese Festlegungen ermöglichten im Grundsatz eine zweckmässige Abstimmung der vorgesehenen Wohnnutzung mit den bestehenden und geplanten gewerblichen Nutzungen im Sinn von Art. 45 Abs. 2 BZO/Schwerzenbach. Mit der Blockrandbauweise werde eine innenliegende Freifläche geschaffen und damit die neu mögliche Wohnnutzung jedenfalls auf der Innenseite gegen die Einwirkungen der Umgebung mehr oder weniger abgeschirmt. Indem im Gestaltungsplan die geschlossene Bauweise gegenüber den beiden Staatsstrassen vorgeschrieben werde, werde dem Strassenverkehrslärm Rechnung getragen (vgl. angefochtenes Urteil E. 3.3). Selbst wenn im Gestaltungsplangebiet faktisch nur Wohnungen entstehen würden, ändere dies nichts am grundsätzlichen Charakter der gesamten Industriezone Ifang. Diese bleibe trotz der Möglichkeit, nach den Sonderbauvorschriften zu bauen, rechtlich eine sowohl mässig störenden Betrieben als auch Wohnungen offenstehende Zone mit hoher Lärmtoleranz (Lärmempfindlichkeitsstufe III). Aus diesem Grund könnte selbst der Bau einer reinen Wohnsiedlung im Quartier nicht dazu führen, dass der Betrieb der Beschwerdeführerinnen nunmehr neu als stark störend und damit zonenwidrig zu qualifizieren wäre (vgl. angefochtenes Urteil E. 3.4).
2.6 Die Beschwerdeführerinnen bringen pauschal vor, entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei die im Gestaltungsplan vorgesehene Wohnnutzung nicht zweckmässig mit der bestehenden gewerblichen Nutzung ausserhalb des Gestaltungsplanperimeters abgestimmt. Sie setzen sich in ihrer Beschwerde jedoch nicht substanziiert mit der Argumentation der Vorinstanz auseinander, die durch den Gestaltungsplan ermöglichte Wohnnutzung ändere nichts am grundsätzlichen Charakter der gesamten Industriezone Ifang. Inwiefern die Ausführungen der Vorinstanz Bundesrecht verletzen sollten, ist nicht ersichtlich. Die Beschwerde ist insoweit abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerinnen machen weiter geltend, der Gestaltungsplan führe mutmasslich zu mehr Verkehr im Gestaltungsplangebiet, nämlich zu rund 1'160 Fahrzeugbewegungen pro Tag verglichen mit heute rund 760 Fahrzeugbewegungen. Zudem sei vorgesehen, die Haupterschliessung der Industriezone Ifang durch die Verlegung der Brücke über den Chimlibach um 20 bis 30 Meter gegen Osten anzupassen. Um die Anforderungen an die Haupterschliessung ausreichend ermitteln und die Verkehrsentwicklung beurteilen zu können, sei die Einholung eines Verkehrsgutachtens zwingend. Dies sei auch im Hinblick auf die Koordination der Haupterschliessung mit der übergeordneten Verkehrsplanung geboten. Das Gestaltungsplanverfahren sei deshalb bis zur Beendigung des Planverfahrens über die Haupterschliessung zu sistieren.
3.2 Die Vorinstanz hat die Anträge auf Einholung eines Verkehrsgutachtens und auf Verfahrenssistierung abgewiesen.
3.2.1 Sie hat erwogen, nach einer Erhebung der Beschwerdegegnerin sei im heutigen Zeitpunkt innerhalb des Gestaltungsplangebiets von rund 760 Fahrzeugbewegungen pro Tag auszugehen. Es treffe nicht zu, dass diese Fahrzeugbewegungen durch die angrenzenden Nutzungen und den Betrieb der Beschwerdeführerinnen erzeugt und auch bei Realisierung der neuen Nutzungen gemäss Gestaltungsplan vollumfänglich bestehen bleiben würden. Nach dem Überbauungskonzept der Beschwerdegegnerin seien 94 Wohnungen zu 130 m2 und eine Gewerbefläche von 1'650 m2 vorgesehen. Da sich das Gestaltungsplangebiet in unmittelbarer Nähe des S-Bahnhofs Schwerzenbach befinde, sei ohne Weiteres plausibel, dass die neu zugelassenen Nutzungen voraussichtlich keinen wesentlichen Mehrverkehr gegenüber den heutigen rund 760 Fahrzeugbewegungen bewirkten. Für diese Feststellung bedürfe es keines Verkehrsgutachtens (vgl. angefochtenes Urteil E. 4.3).
3.2.2 Die Vorinstanz hat weiter festgehalten, die gesamte Industriezone Ifang sei heute von der Industriestrasse her über eine den Chimlibach querende und direkt in die Ifangstrasse mündende Brücke erschlossen. Nach den Vorschriften zum Gestaltungsplan erfolge die Zufahrt zum Gestaltungsplangebiet ausschliesslich über die Ifangstrasse. Eine Verschiebung der Brücke um 20 bis 30 Meter gegen Osten, wie dies im Vorprüfungsbericht der Baudirektion des Kantons Zürich empfohlen werde, würde die Anpassung der Ifangstrasse im nördlichsten Abschnitt erforderlich machen. Diese Änderung liege jedoch ausserhalb des Gestaltungsplanperimeters und habe keine Auswirkungen auf die im Gestaltungsplan festgelegten Details der Feinerschliessung (Art. 7 GPV). Auch umgekehrt beeinflusse die geplante Feinerschliessung die vorgesehene Anpassung der Groberschliessung nicht; letztere sei nicht Gegenstand des Gestaltungsplans, sondern Aufgabe der Gemeinde bzw. des Kantons. Wenn die Vorinstanzen aufgrund dieser Situation eine Koordination des Gestaltungsplans mit der Anpassung der Groberschliessung als nicht angezeigt erachtet hätten, sei dies nicht zu beanstanden. Es bestehe daher kein Grund für eine Sistierung des Gestaltungsplanverfahrens (vgl. angefochtenes Urteil E. 4.1, 4.4 und 4.5).
3.3 Diese Ausführungen verletzen kein Bundesrecht:
3.3.1 Die Beschwerdeführerinnen sind der Ansicht, dass die heutigen rund 760 Fahrzeugbewegungen pro Tag im Gestaltungsplangebiet auch bei einer Nutzungsänderung vollumfänglich bestehen bleiben würden und dass aufgrund der neu vorgesehenen Wohn- und Gewerbenutzung zusätzlich mit rund 400 Verkehrsbewegungen pro Tag zu rechnen wäre. Sie begründen ihre Auffassung jedoch nicht näher und setzen sich auch nicht mit den Erwägungen im angefochtenen Urteil auseinander.
Die vorinstanzliche Argumentation ist nachvollziehbar. Es erscheint plausibel, dass zumindest ein Teil der heutigen rund 760 Fahrzeugbewegungen pro Tag künftig wegfallen wird, da die bisherige Nutzung aufgehoben wird, und dass angesichts der guten Anbindung des Gestaltungsplangebiets an den öffentlichen Verkehr kein spürbarer Mehrverkehr zu erwarten ist. Ausgehend von diesem willkürfrei festgestellten Sachverhalt, wonach aufgrund der Nutzungsänderung nicht mit einer wesentlichen Verkehrszunahme zu rechnen ist, konnte die Vorinstanz - ohne den Anspruch der Beschwerdeführerinnen auf rechtliches Gehör zu verletzen - in antizipierter Beweiswürdigung von der Einholung eines Verkehrsgutachtens absehen (vgl. insoweit <ref-ruling> E. 5.3 und 5.5 S. 236 ff.).
3.3.2 Nicht zu beanstanden ist auch die Auffassung der Vorinstanz, eine koordinierte übergeordnete Planung in Bezug auf die Haupterschliessung sei nicht notwendig.
Die von der Baudirektion im Rahmen einer Vorprüfung empfohlene Verschiebung der Chimlibachbrücke um 20 bis 30 Meter gegen Osten verlangt keine Sistierung des Gestaltungsplanverfahrens. Die Brücke liegt ausserhalb des Gestaltungsplanperimeters, und die vorgeschlagene Massnahme hätte, wie die Vorinstanz willkürfrei festgestellt hat, keinen Einfluss auf die im Gestaltungsplan vorgesehene Feinerschliessung, da sich hierdurch am Verkehrsaufkommen innerhalb des Gestaltungsplangebiets mutmasslich kaum etwas ändern würde.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind den unterliegenden Beschwerdeführerinnen zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Die Beschwerdeführerinnen haben die Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftbarkeit zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1, 2 und 4 BGG). Die Gemeinde Schwerzenbach hat keinen Anspruch auf eine Entschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerinnen haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit mit insgesamt Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Schwerzenbach und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner