Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. A.a Der 1956 geborene B._ war seit 1. November 1994 als Schätzungspräsident bei der X._ tätig und damit bei der ELVIA (heute Allianz Suisse Versicherungen; nachfolgend Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 22. Juni 1996 zog er sich eine Contusio capitis durch eine herabstürzende Gipsplatte zu, was eine viertägige Arbeitsunfähigkeit zur Folge hatte; im Dezember 1999 meldete er einen Rückfall wegen massiven Schlafstörungen. Am 9. Juni 1997 stürzte er von einem Gerüst auf das Gesicht, was eine Zahnschädigung und möglicherweise eine Halswirbelsäulen(HWS)-Distorsion zur Folge hatte. Am 20. August 1999 erlitt er bei einem Sportunfall (Hockey) eine HWS-Distorsion und am 12. März 2000 bei einem Skiunfall eine HWS-Stauchung. Eine neuropsychologische Untersuchung im Spital I._ vom 23. März 2000 ergab keine pathologischen Befunde. Im Juni 2000 zog sich der Versicherte bei einem brüsken Bremsmanöver auf der Autobahn eine HWS-Distorsion zu. Vom 15. August bis 12. September 2000 war er in der Klinik R._ hospitalisiert. Im Austrittbericht vom 15. September 2000 wurde ab 18. September 2000 eine Arbeitsfähigkeit von 100 % attestiert.
A.b Am 6. Oktober 2000 erlitt der Versicherte einen Autounfall, bei dem ein PW gegen das Heck seines Autos prallte. Das Spital S._, wohin er sich gleichentags in Behandlung begab, diagnostizierte im Zeugnis vom 18. Oktober 2000 ein HWS-Distorsiontrauma. Vom 15. bis 17. Oktober 2000 war er dort in stationärer Behandlung. Weitere Hospitalisationen erfolgten vom 8. Februar bis 22. März 2001 in der Klinik R._, vom 26. April bis 16. Mai 2001 im Spital S._, vom 17. Mai bis 19. Juni 2001 in der Klinik R._, vom 19. Juni bis 28. August 2001 in der Klinik C._ und vom 13. bis 25. Januar 2002 im Spital B._. Abgesehen von zwischenzeitlichen (gescheiterten) Versuchen, die Arbeit wieder aufzunehmen, war B._ seit dem Unfall 100% arbeitsunfähig. Die Allianz erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Zur Abklärung der Verhältnisse holte sie diverse Arztberichte, eine unfallanalytische Stellungnahme des Dipl. Ing. T._, Leiter Unfallanalyse der Y._, vom 11. September 2001, eine biomechanische Beurteilung des Prof. Dr. med. W._, FMH für Rechtsmedizin Forensische Biomechanik, vom 30. November 2001, Berichte der Frau lic. phil. N._, Fachpsychologin für Psychotherapie FSP, vom 28. März (visiert vom Psychiater PD Dr. med. Keel, Basel), 9. September und 25. November 2002, sowie ein polydisziplinäres Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle, Spital B._ (nachfolgend MEDAS), vom 8. Juli 2003 ein. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2003 stellte die Allianz die Leistungen aus dem Unfall vom 6. Oktober 2000 rückwirkend auf den 1. April 2001 ein. Die dagegen vom Versicherten und von der Helsana Versicherungen AG (Krankenversicherer) erhobenen Einsprachen wies sie mit Entscheid vom 2. Juli 2004 ab. Zur Begründung führte sie aus, die natürliche Kausalität zwischen dem Unfall und den weiterhin geklagten Beschwerden sei zumindest teilweise gegeben. Hingegen sei die Adäquanz, die nach der für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall geltenden Rechtsprechung zu beurteilen sei, zu verneinen. Der Unfall stelle ein mittelschweres Ereignis an der Grenze zu den leichten Unfällen dar. Selbst wenn man das Kriterium der körperlichen Dauerschmerzen bejahen würde, wären die Adäquanzkriterien nicht in erforderlichem Ausmass erfüllt. Gleiches würde gelten, wenn die Adäquanz nach der Rechtsprechung bei Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma beurteilt würde.
A.b Am 6. Oktober 2000 erlitt der Versicherte einen Autounfall, bei dem ein PW gegen das Heck seines Autos prallte. Das Spital S._, wohin er sich gleichentags in Behandlung begab, diagnostizierte im Zeugnis vom 18. Oktober 2000 ein HWS-Distorsiontrauma. Vom 15. bis 17. Oktober 2000 war er dort in stationärer Behandlung. Weitere Hospitalisationen erfolgten vom 8. Februar bis 22. März 2001 in der Klinik R._, vom 26. April bis 16. Mai 2001 im Spital S._, vom 17. Mai bis 19. Juni 2001 in der Klinik R._, vom 19. Juni bis 28. August 2001 in der Klinik C._ und vom 13. bis 25. Januar 2002 im Spital B._. Abgesehen von zwischenzeitlichen (gescheiterten) Versuchen, die Arbeit wieder aufzunehmen, war B._ seit dem Unfall 100% arbeitsunfähig. Die Allianz erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Zur Abklärung der Verhältnisse holte sie diverse Arztberichte, eine unfallanalytische Stellungnahme des Dipl. Ing. T._, Leiter Unfallanalyse der Y._, vom 11. September 2001, eine biomechanische Beurteilung des Prof. Dr. med. W._, FMH für Rechtsmedizin Forensische Biomechanik, vom 30. November 2001, Berichte der Frau lic. phil. N._, Fachpsychologin für Psychotherapie FSP, vom 28. März (visiert vom Psychiater PD Dr. med. Keel, Basel), 9. September und 25. November 2002, sowie ein polydisziplinäres Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle, Spital B._ (nachfolgend MEDAS), vom 8. Juli 2003 ein. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2003 stellte die Allianz die Leistungen aus dem Unfall vom 6. Oktober 2000 rückwirkend auf den 1. April 2001 ein. Die dagegen vom Versicherten und von der Helsana Versicherungen AG (Krankenversicherer) erhobenen Einsprachen wies sie mit Entscheid vom 2. Juli 2004 ab. Zur Begründung führte sie aus, die natürliche Kausalität zwischen dem Unfall und den weiterhin geklagten Beschwerden sei zumindest teilweise gegeben. Hingegen sei die Adäquanz, die nach der für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall geltenden Rechtsprechung zu beurteilen sei, zu verneinen. Der Unfall stelle ein mittelschweres Ereignis an der Grenze zu den leichten Unfällen dar. Selbst wenn man das Kriterium der körperlichen Dauerschmerzen bejahen würde, wären die Adäquanzkriterien nicht in erforderlichem Ausmass erfüllt. Gleiches würde gelten, wenn die Adäquanz nach der Rechtsprechung bei Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma beurteilt würde.
B. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau den Einspracheentscheid auf und verpflichtete die Allianz, dem Versicherten über den 1. April 2001 hinaus die gesetzlichen Leistungen zu erbringen (Entscheid vom 31. August 2005).
B. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau den Einspracheentscheid auf und verpflichtete die Allianz, dem Versicherten über den 1. April 2001 hinaus die gesetzlichen Leistungen zu erbringen (Entscheid vom 31. August 2005).
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die Allianz die Aufhebung des kantonalen Entscheides und Bestätigung des Einspracheentscheides.
Während der Versicherte Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurden das Eidgenössische Versicherungsgericht und das Bundesgericht Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2997, S. 10 N 75). Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Entscheid am 31. August 2005 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> Erw. 1.2).
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurden das Eidgenössische Versicherungsgericht und das Bundesgericht Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2997, S. 10 N 75). Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Entscheid am 31. August 2005 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> Erw. 1.2).
2. Mit Einspracheentscheid vom 2. Juli 2004 stellte die Allianz die Leistungen aus dem Unfall vom 6. Oktober 2000 auf den 1. April 2001 ein. Die Vorinstanz bejahte eine Leistungspflicht auch für die Zeit nach dem 1. April 2001.
Am 1. Januar 2003 ist das Bundesgesetz vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) in Kraft getreten. Das ATSG ist anwendbar, soweit es um allfällige Leistungen ab 1. Januar 2003 geht. Für den Zeitraum davor gilt altes Recht (<ref-ruling>; Urteil W. vom 1. März 2006 Erw. 2, U 153/05).
Am 1. Januar 2003 ist das Bundesgesetz vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) in Kraft getreten. Das ATSG ist anwendbar, soweit es um allfällige Leistungen ab 1. Januar 2003 geht. Für den Zeitraum davor gilt altes Recht (<ref-ruling>; Urteil W. vom 1. März 2006 Erw. 2, U 153/05).
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law>), zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> Erw. 3.1 mit Hinweisen), zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> Erw. 3.2 mit Hinweis), bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> Erw. 4.1, 115 V 133 ff.; RKUV 2002 Nr. U 465 S. 437 [Urteil W. vom 18. Juni 2002, U 164/01], 2000 Nr. U 397 S. 327 [Urteil F. vom 8. Juni 2000, U 273/99]) sowie Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma (<ref-ruling>, 117 V 359 ff.; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 [Urteil C. vom 15. März 2005, U 380/04], 2001 Nr. U 412 S. 79 [Urteil B. vom 12. Oktober 2000, U 96/00]) bzw. einer diesem äquivalenten Verletzung (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 Erw. 2) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle zutreffend dargelegt. Gleiches gilt zu dem im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> Erw. 2.1 mit Hinweis) sowie zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. Erw. 3a und b; RKUV 2003 Nr. U 487 S. 345 f. Erw. 5.1 [Urteil B. vom 5. Juni 2003, U 38/01]). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law>), zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> Erw. 3.1 mit Hinweisen), zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> Erw. 3.2 mit Hinweis), bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> Erw. 4.1, 115 V 133 ff.; RKUV 2002 Nr. U 465 S. 437 [Urteil W. vom 18. Juni 2002, U 164/01], 2000 Nr. U 397 S. 327 [Urteil F. vom 8. Juni 2000, U 273/99]) sowie Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma (<ref-ruling>, 117 V 359 ff.; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 [Urteil C. vom 15. März 2005, U 380/04], 2001 Nr. U 412 S. 79 [Urteil B. vom 12. Oktober 2000, U 96/00]) bzw. einer diesem äquivalenten Verletzung (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 Erw. 2) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle zutreffend dargelegt. Gleiches gilt zu dem im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> Erw. 2.1 mit Hinweis) sowie zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. Erw. 3a und b; RKUV 2003 Nr. U 487 S. 345 f. Erw. 5.1 [Urteil B. vom 5. Juni 2003, U 38/01]). Darauf wird verwiesen.
3.2 3.2.1 Zu ergänzen ist, dass sich mit dem In-Kraft-Treten des ATSG am 1. Januar 2003 am unfallversicherungsrechtlichen Begriff des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs sowie dessen Bedeutung als Voraussetzung für die Leistungspflicht der obligatorischen Unfallversicherung nichts geändert hat (Urteil K. vom 23. Dezember 2005 Erw. 1.2, U 289/04, mit Hinweisen). Keine materiellrechtliche Änderung beinhaltet auch der redaktionell neu gefasste Unfallbegriff des <ref-law> (RKUV 2004 Nr. U 530 S. 576 [Urteil F. vom 5. Juli 2004, U 123/04]; Urteil N. vom 21. August 2006 Erw. 1.2, U 360/05).
3.2.2 Ist die Unfallkausalität einmal mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit nachgewiesen, entfällt die deswegen anerkannte Leistungspflicht des Unfallversicherers erst, wenn der Unfall nicht die natürliche und adäquate Ursache des Gesundheitsschadens darstellt, wenn also Letzterer nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalls genügt nicht. Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die entsprechende Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht beim Versicherten, sondern beim Unfallversicherer. Diese Beweisgrundsätze gelten sowohl im Grundfall als auch bei Rückfällen und Spätfolgen (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328 Erw. 3b mit Hinweisen) und sind für sämtliche Leistungsarten massgebend. Der Unfallversicherer hat nicht den Beweis für unfallfremde Ursachen zu erbringen. Welche Ursachen ein nach wie vor geklagtes Leiden hat, ist an sich unerheblich. Entscheidend ist allein, ob die unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens ihre kausale Bedeutung verloren haben, also dahingefallen sind (Urteil S. vom 7. Juni 2006 Erw. 2.2, U 414/05, mit Hinweisen).
3.2.2 Ist die Unfallkausalität einmal mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit nachgewiesen, entfällt die deswegen anerkannte Leistungspflicht des Unfallversicherers erst, wenn der Unfall nicht die natürliche und adäquate Ursache des Gesundheitsschadens darstellt, wenn also Letzterer nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalls genügt nicht. Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die entsprechende Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht beim Versicherten, sondern beim Unfallversicherer. Diese Beweisgrundsätze gelten sowohl im Grundfall als auch bei Rückfällen und Spätfolgen (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328 Erw. 3b mit Hinweisen) und sind für sämtliche Leistungsarten massgebend. Der Unfallversicherer hat nicht den Beweis für unfallfremde Ursachen zu erbringen. Welche Ursachen ein nach wie vor geklagtes Leiden hat, ist an sich unerheblich. Entscheidend ist allein, ob die unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens ihre kausale Bedeutung verloren haben, also dahingefallen sind (Urteil S. vom 7. Juni 2006 Erw. 2.2, U 414/05, mit Hinweisen).
4. 4.1 Im Rahmen der MEDAS-Begutachtung wurde der Versicherte internistisch, rheumatologisch, psychiatrisch, neurologisch und neuropsychologisch untersucht. Im Gutachten vom 8. Juli 2003 stellte die MEDAS folgende Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit: 1. Status nach HWS-Distorsionstrauma am 6. Oktober 2000 mit Zervikalsyndrom ohne eindeutige radikuläre Reiz- oder Ausfallsymptomatik (ICD-10: S13.4) mit zervikozephalem Syndrom, leichten neuropsychologischen Funktionsstörungen; radiomorphologisch keine Auffälligkeiten demonstrierbar, 2. Status nach Contusio capitis (Kopfverletzung durch herabstürzende Gipsplatte am 22. Juni 1996), Sturz vom Gerüst mit möglicher HWS-Distorsion am 9. Juni 1997, Sportunfall mit HWS-Distorsion am 20. August 1999, Skiunfall mit HWS-Distorsion am 12. März 2000, HWS-Distorsion bei Bremsmanöver im Frühjahr 2000, 3. Intermittierende linksbetonte phasische und tonische Bewegungsmuster ohne Anhaltspunkt für eine Erkrankung des peripheren oder zentralen Nervensystems oder der Muskulatur per se, 4. posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10: F43.1) mit ausgeprägter Schreckhaftigkeit und Schlafstörung, 5. dissoziative Bewegungsstörungen (ICD-10: F44.4), 6. beginnende Coxarthrose links (Status nach operativer arthroskopischer Revision einer Meniskus- und Kreuzbandläsion vor Jahren) und 7. chronische periphere Ulnarisneuropathie beidseits nicht auszuschliessen. Ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit seien akzentuierte Persönlichkeitszüge mit im Vordergrund stehenden zwanghaften Elementen (ICD-10: Z73.1). Klinisch und radiologisch liessen sich keine Ursachen identifizieren, welche die Nackenschmerzen und die übrigen limitierenden Symptome in Bezug auf den Bewegungsapparat erklären würden. Es müsse allerdings gesagt werden, dass es nach multiplen HWS-Distorsionen im Weichteilbereich zu einer verminderten Belastbarkeit komme; weiter seien eine erhöhte Instabilität und nicht weiter spezifizierbare Strukturlockerungen anzunehmen. Es sei von einer verminderten Belastbarkeit des oberen Achsenskeletts und des Schultergürtelbereichs auszugehen. Eindeutige Hinweise für eine Radikulopathie hätten nicht erhoben werden können. Es habe weder klinisch noch radiologisch ein Hinweis für eine Myelopathie bestanden. Das aktuelle Beschwerdebild sei eine Kombination aus den Folgen mehrerer Schleudertraumata und eines psychiatrischen Krankheitsbildes. Zum erstmaligen Auftreten der posttraumatischen Belastungsstörung könne nicht Stellung genommen werden. Aus den Akten gingen gewisse Hinweise auf diese Erkrankung hervor, das Vollbild werde jedoch nicht beschrieben. Das heutige psychische Zustandsbild weise nicht auf eine so genannte organische Genese hin. Es lasse sich eine zwanghafte Persönlichkeitsstruktur diskutieren; die SCL-Werte in diesem Bereich seien deutlich erhöht gewesen und auch im psychopathologischen Befund imponierten zwanghafte Züge. Für das Zustandekommen bzw. Fortbestehen der posttraumatischen Belastungsstörung spielten am ehesten die wiederholten Unfälle im Sinne einer Triggerung eine Rolle. Psychische Fehlverarbeitungen des Unfalls vom 6. Oktober 2000 lägen nicht vor. Aus psychiatrischer Sicht sei das HWS-Beschwerdebild nicht im Vordergrund gestanden; jedoch sei anzunehmen, dass somatische Symptome (z.B. Kopfschmerzen) geeignet seien, die Beeinträchtigungen durch die posttraumatische Belastungsstörung zu verstärken. Eine Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit durch ein allfälliges HWS-Distorsionstrauma sei aus psychiatrischer Sicht nicht zu quantifizieren. Aus neurologischer Sicht lägen keine organisch nachweisbaren Funktionsausfälle oder Störungen vor; die festgestellten Störungen seien überwiegend wahrscheinlich Folge des Unfalls vom 6. Oktober 2000. Da es sich um eine Kombination handle, sei es nicht möglich, den Einfluss von neurologischen und psychischen Faktoren einzeln zu gewichten. Aus neurologischer Sicht sei der Endzustand noch nicht erreicht. Aus polydisziplinärer Sicht könne dem Versicherten ein Einsatz im angestammten Beruf nicht mehr zugemutet werden. Auf Grund der Aktenlage gingen sie davon aus, dass sich dies nach dem Unfall vom Oktober 2000 manifestiert habe. In anderen Berufen betrage die Arbeitsunfähigkeit aus polydisziplinärer Sicht aktuell 0 %. Der Grund liege in den vermehrten dissoziativen Bewegungsstörungen unter Belastung. Der heutige Gesundheitszustand stelle eine Summe der beschwerdeverursachenden Faktoren dar. Als solche könnten einzig die erwähnten Unfälle (vom 22. Juni 1996, 9. Juni 1997, 20. August 1999, 23. März sowie 6. Oktober 2000) eruiert werden. Der Unfall vom 6. Oktober 2000 stelle die entscheidende Komponente dar und müsse somit als richtungweisend beurteilt werden. Eine Quantifizierung, welche prozentuale gesundheitliche Einschränkung jeder einzelne Unfall zwischen Juni 1996 und März 2000 sowie der Unfall vom 6. Oktober 2000 bewirkt habe, sei schlicht unmöglich.
4.2 Dieses Gutachten erfüllt die Anforderungen an eine beweiskräftige medizinische Entscheidgrundlage (<ref-ruling> Erw. 3a, RKUV 2003 Nr. U 487 S. 345 f. Erw. 5.1). Es sind keine Gründe ersichtlich, weshalb darauf nicht abgestellt werden sollte.
4.3 Frau Dr. med. M._, Assistenzärztin, Chirurgie, Spital S._, wo der Versicherte am 6. Oktober 2000 in Behandlung war, gab im Zeugnis vom 18. Oktober 2000 an, der Beschwerdeführer habe beim Unfall vom 6. Oktober 2000 ein HWS-Distorsionstrauma erlitten. Der Schmerz strahle nach occipital aus. Es bestünden Parästhesien in Dig. I, II beider Hände. Im Bericht vom 19. Oktober 2000 diagnostizierte das Spital S._ unter anderem ein Schleudertrauma vom 6. Oktober 2000. Es habe weder eine Kopfverletzung noch eine Schädelfraktur vorgelegen; eine Hirnblutung respektive ischämische Läsionen als Ursache der Symptomatik hätten mittels Schädel-CT ausgeschlossen werden können. Im Zusatzfragebogen bei HWS-Verletzungen diagnostizierte Frau Dr. med. M._ am 30. Oktober 2000 eine HWS-Distorsion. Nach dem Unfall habe der Versicherte an Schwindel sowie Spontanschmerzen im Kopf okzipital sowie im Nacken rechts/links gelitten. Es habe eine HWS-Bewegungseinschränkung in allen Richtungen sowie eine HWS-Streckhaltung bestanden. Vor dem Unfall sei der Versicherte beschwerdefrei gewesen.
4.3 Frau Dr. med. M._, Assistenzärztin, Chirurgie, Spital S._, wo der Versicherte am 6. Oktober 2000 in Behandlung war, gab im Zeugnis vom 18. Oktober 2000 an, der Beschwerdeführer habe beim Unfall vom 6. Oktober 2000 ein HWS-Distorsionstrauma erlitten. Der Schmerz strahle nach occipital aus. Es bestünden Parästhesien in Dig. I, II beider Hände. Im Bericht vom 19. Oktober 2000 diagnostizierte das Spital S._ unter anderem ein Schleudertrauma vom 6. Oktober 2000. Es habe weder eine Kopfverletzung noch eine Schädelfraktur vorgelegen; eine Hirnblutung respektive ischämische Läsionen als Ursache der Symptomatik hätten mittels Schädel-CT ausgeschlossen werden können. Im Zusatzfragebogen bei HWS-Verletzungen diagnostizierte Frau Dr. med. M._ am 30. Oktober 2000 eine HWS-Distorsion. Nach dem Unfall habe der Versicherte an Schwindel sowie Spontanschmerzen im Kopf okzipital sowie im Nacken rechts/links gelitten. Es habe eine HWS-Bewegungseinschränkung in allen Richtungen sowie eine HWS-Streckhaltung bestanden. Vor dem Unfall sei der Versicherte beschwerdefrei gewesen.
5. Gestützt auf die medizinischen Akten ist sowohl die Diagnose einer HWS-Distorsion als auch das für ein HWS-Schleudertrauma bzw. eine äquivalente Verletzung typische Beschwerdebild mit einer Häufung von Beschwerden (vgl. <ref-ruling> Erw. 4b) zumindest teilweise gegeben. Auch die Klinik R._ ging am 18. Oktober 2000 und 26. Februar 2001 von einer HWS-Distorsion am 6. Oktober 2000 aus. Gleiches gilt für das MEDAS-Gutachten vom 8. Juli 2003. Damit ist überwiegend wahrscheinlich, dass der Versicherte eine solche Verletzung erlitten hat.
5. Gestützt auf die medizinischen Akten ist sowohl die Diagnose einer HWS-Distorsion als auch das für ein HWS-Schleudertrauma bzw. eine äquivalente Verletzung typische Beschwerdebild mit einer Häufung von Beschwerden (vgl. <ref-ruling> Erw. 4b) zumindest teilweise gegeben. Auch die Klinik R._ ging am 18. Oktober 2000 und 26. Februar 2001 von einer HWS-Distorsion am 6. Oktober 2000 aus. Gleiches gilt für das MEDAS-Gutachten vom 8. Juli 2003. Damit ist überwiegend wahrscheinlich, dass der Versicherte eine solche Verletzung erlitten hat.
6. 6.1 Auf Grund des MEDAS-Gutachtens vom 8. Juli 2003 ist erstellt und unbestritten, dass der Unfall vom 6. Oktober 2000, bei dem der Beschwerdegegner ein HWS-Distorsionstrauma erlitten hat, zumindest eine Teilursache der gesundheitlichen Störungen des Versicherten bildet, was für die Bejahung der natürlichen Kausalität genügt (<ref-ruling> Erw. 1, 117 V 360 Erw. 4b).
6. 6.1 Auf Grund des MEDAS-Gutachtens vom 8. Juli 2003 ist erstellt und unbestritten, dass der Unfall vom 6. Oktober 2000, bei dem der Beschwerdegegner ein HWS-Distorsionstrauma erlitten hat, zumindest eine Teilursache der gesundheitlichen Störungen des Versicherten bildet, was für die Bejahung der natürlichen Kausalität genügt (<ref-ruling> Erw. 1, 117 V 360 Erw. 4b).
6.2 6.2.1 Hieran ändert nichts, dass gemäss dem rheumatologischen MEDAS-Teilgutachten vom 10. Dezember 2002 die Gesundheitsschädigungen aus rheumatologischer Sicht nur möglicherweise Folgen des Unfalls vom 6. Oktober 2000 sind. Es wurde darin ausgeführt, der Unfall vom 6. Oktober 200 habe zu einer vorübergehenden Verschlimmerung des Vorzustandes geführt. Bei Austritt aus der Klinik R._ am 1. April 2001 hätten sich eine Besserung der nuchalen Schmerzsymptomatik sowie regrediente muskuläre Verspannungen gefunden, und es habe eine 30%ige Arbeitsfähigkeit attestiert werden können. Damit dürfte in rheumatologischer Hinsicht am 1. April 2001 bezogen auf das Unfallereignis vom 6. Oktober 2000 der Status quo ante erreicht gewesen sein.
6.2.2 Demgegenüber wurde im Bericht der Klinik R._ vom 30. März 2001 von einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit bis 2. April 2001 ausgegangen. Ab diesem Datum wurde die Arbeitsfähigkeit auf 30 % festgesetzt mit einer schrittweisen 10%igen Steigerung und dem Ziel einer 100%igen Arbeitsfähigkeit in ca. 6 Monaten. Indessen stellte die Klinik R._ im Bericht vom 11. Juli 2001 auf Grund der Hospitalisation des Versicherten vom 17. Mai bis 19. Juni 2001 fest, seit 25. April 2001 sei er wieder zu 100 % arbeitsunfähig. Die im rheumatologischen MEDAS-Teilgutachten erwähnte Verbesserung des Gesundheitszustandes dauerte mithin nur knapp drei Wochen.
Zudem kamen die MEDAS-Gutachter zum Schluss, als Folge der Summe sämtlicher seit 1996 erlittener HWS-Distorsionsereignisse betrage der Integritätsschaden aus rheumatologisch-orthopädischer Sicht 10 % auf Grund des zervikovertebralen Schmerzsyndroms ohne Schlafstörungen und ohne radiomorphologische pathologische Veränderungen. Eine differenzierte Zuordnung der prozentualen Integritätsentschädigung zu den einzelnen Ereignissen sei nicht möglich.
Unter diesen Umständen kann entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht gesagt werden, es bestünden mit überwiegender Wahrscheinlichkeit keine auf den Unfall vom 6. Oktober 2000 zurückzuführenden rheumatologischen Beschwerden mehr.
6.3 Weiter ist davon auszugehen, dass die beginnende Coxarthrose links (Status nach operativer arthroskopischer Revision einer Meniskus- und Kreuzbandläsion vor Jahren; vgl. MEDAS-Diagnose Ziff. 6) nicht natürlich kausal auf den Unfall vom 6. Oktober 2000 zurückzuführen ist.
6.3 Weiter ist davon auszugehen, dass die beginnende Coxarthrose links (Status nach operativer arthroskopischer Revision einer Meniskus- und Kreuzbandläsion vor Jahren; vgl. MEDAS-Diagnose Ziff. 6) nicht natürlich kausal auf den Unfall vom 6. Oktober 2000 zurückzuführen ist.
7. Auf Grund der medizinischen Akten steht unbestrittenermassen fest, dass den auf den Unfall vom 6. Oktober 2000 zurückzuführenden Beschwerden kein somatisches Korrelat mehr zu Grunde liegt.
7.1 Im Rahmen der MEDAS-Begutachtung war insbesondere der vom Neurologen Dr. med. M._, im Bericht vom 10. Januar 2001 beschriebene und auf den Unfall vom 6. Oktober 2000 zurückgeführte Herdbefund links parieto-frontal nicht mehr nachweisbar.
7.2 Auch dem neuropsychologischen MEDAS-Teilgutachten vom 26. März 2003 lässt sich nicht entnehmen, dass die festgestellten neuropsychologischen Defizite (leichte Einbussen in einzelnen Aufmerksamkeitsfunktionen und aufmerksamkeitsassoziierten exekutiven Funktionen) - deren Haupursache mit überwiegender Wahrscheinlichkeit der Unfall vom 6. Oktober 2000 sei - somatische Beschwerden darstellen (vgl. auch Urteil C. vom 19. September 2006 Erw. 4.2.2, U 60/06).
7.2 Auch dem neuropsychologischen MEDAS-Teilgutachten vom 26. März 2003 lässt sich nicht entnehmen, dass die festgestellten neuropsychologischen Defizite (leichte Einbussen in einzelnen Aufmerksamkeitsfunktionen und aufmerksamkeitsassoziierten exekutiven Funktionen) - deren Haupursache mit überwiegender Wahrscheinlichkeit der Unfall vom 6. Oktober 2000 sei - somatische Beschwerden darstellen (vgl. auch Urteil C. vom 19. September 2006 Erw. 4.2.2, U 60/06).
8. 8.1 Die Vorinstanz hat zu Recht die Adäquanz nach der Rechtsprechung für Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma bzw. einer diesem äquivalenten Verletzung geprüft. Dabei sei insbesondere nicht entscheidend, ob die geklagten Beschwerden medizinisch eher organischer und/oder psychischer Natur sind. Insgesamt müsse zwar davon ausgegangen werden, dass ein gewisses Überwiegen der psychischen Problematik vorliege. Diese habe indessen die physischen Beschwerden (Konzentrationsstörungen, Kopf- und Nackenschmerzen) nicht im Sinne einer eindeutigen Vorherrschaft in den Hintergrund gedrängt. Die physischen Beschwerden des am 6. Oktober 2000 erlittenen HWS-Distorsiontraumas seien vielmehr im gesamten Zeitverlauf ebenfalls durchgehend von nicht unerheblichem Gewicht gewesen bzw. seien es immer noch. Weiter handle es sich bei der psychischen Störung nicht um eine selbstständige, von der HWS-Distorsion losgelöste Gesundheitsschädigung.
8.2 Die Allianz wendet ein, die Adäquanzprüfung sei nach der für psychische Unfallfolgen geltenden Rechtsprechung vorzunehmen, weil die psychologisch-psychiatrische Störung weit im Vordergrund stehe. Dem kann nach dem vorstehend Gesagten nicht beigepflichtet werden.
8.2 Die Allianz wendet ein, die Adäquanzprüfung sei nach der für psychische Unfallfolgen geltenden Rechtsprechung vorzunehmen, weil die psychologisch-psychiatrische Störung weit im Vordergrund stehe. Dem kann nach dem vorstehend Gesagten nicht beigepflichtet werden.
9. 9.1 Die Vorinstanz hat den Unfall vom 6. Oktober 2000 als mittelschwer im mittleren Bereich eingestuft.
Die Allianz macht geltend, es habe sich höchstens um ein mittelschweres Ereignis an der Grenze zu den leichten Unfällen gehandelt.
Die Allianz macht geltend, es habe sich höchstens um ein mittelschweres Ereignis an der Grenze zu den leichten Unfällen gehandelt.
9.2 9.2.1 Der Versicherte fuhr am 6. Oktober 2000 beim Anschluss Wangen an der Aare auf die Autobahn-Fahrbahn ein und wechselte auf den Überholstreifen. Plötzlich kam der Verkehr ins Stocken und er musste brüsk bremsen. Der ihm direkt folgende PW-Führer bremste ebenfalls stark ab und wich gleichzeitig in eine Lücke zwischen den Fahrzeugen auf den rechten Fahrstreifen aus. Dadurch, dass dieser PW plötzlich nach rechts auf den Normalstreifen wechselte, wurde der weiter nachfolgende PW-Fahrer überrascht. Obwohl er stark bremste und gleichzeitig leicht nach links auszuweichen versuchte, prallte er mit der vorderen Front gegen das Heck des vermutlich noch langsam rollenden PW des Beschwerdegegners. Die Unfallbeteiligten parkierten hernach ihre Fahrzeuge auf dem Pannenstreifen. Der Versicherte konnte seinen PW selber auf den Pannenstreifen fahren und ohne fremde Hilfe aussteigen. Er hatte keine sichtbaren Verletzungen und begab sich nach Unfallaufnahme durch die Polizei selbst mit seinem Auto ins Spital. Die drei Insassen des anderen beteiligten PW erlitten gemäss dem Unfallrapport ebenfalls keine äusseren Verletzungen. Gemäss den aufliegenden Photos war der PW des Versicherten am Heck eingedrückt. Die Raparaturkosten an seinem Fahrzeug betrugen Fr. 6739.05.
9.2.2 Nach der Rechtsprechung werden Auffahrkollisionen auf ein (haltendes) Fahrzeug regelmässig als mittelschweres, im Grenzbereich zu den leichten Unfällen liegendes Ereignis eingestuft (vgl. RKUV 2005 Nr. U 549 S. 237 Erw. 5.1.2, 2003 Nr. U 489 S. 360 Erw. 4.2 [Urteil A. vom 24. Juni 2003, U 193/01], je mit Hinweisen).
Gemäss den Feststellungen des Dipl. Ing. T._ in der unfallanalytischen Stellungnahme vom 11. September 2001 betrug die kollisionsbedingte Geschwindigkeitsänderung "Delta-v" des Fahrzeugs des Versicherten beim Auffahrunfall vom 6. Oktober 2000 12 bis 17 km/h. Der Harmlosigkeitsbereich für nicht unerhebliche HWS-Beschwerden nach Heckkollisionen liegt laut der biomechanischen Beurteilung von Prof. Dr. med. W._ vom 30. November 2001 im "Normalfall" bei kollisionsbedingten Geschwindigkeitsänderungen des angestossenen Fahrzeuges (Delta-v) im Bereich von 10 bis 15 km/h. Obwohl der Unfall vom 6. Oktober 2000 demnach bezüglich der HWS-Belastung nicht unerheblich war, ist er unter Berücksichtigung sämtlicher Umstände als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen zu qualifizieren.
Gemäss den Feststellungen des Dipl. Ing. T._ in der unfallanalytischen Stellungnahme vom 11. September 2001 betrug die kollisionsbedingte Geschwindigkeitsänderung "Delta-v" des Fahrzeugs des Versicherten beim Auffahrunfall vom 6. Oktober 2000 12 bis 17 km/h. Der Harmlosigkeitsbereich für nicht unerhebliche HWS-Beschwerden nach Heckkollisionen liegt laut der biomechanischen Beurteilung von Prof. Dr. med. W._ vom 30. November 2001 im "Normalfall" bei kollisionsbedingten Geschwindigkeitsänderungen des angestossenen Fahrzeuges (Delta-v) im Bereich von 10 bis 15 km/h. Obwohl der Unfall vom 6. Oktober 2000 demnach bezüglich der HWS-Belastung nicht unerheblich war, ist er unter Berücksichtigung sämtlicher Umstände als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen zu qualifizieren.
10. Damit die Adäquanz des Kausalzusammenhangs bejaht werden kann, muss ein einzelnes der in die Beurteilung einzubeziehenden sieben Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sein oder die zu berücksichtigenden Kriterien müssen in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein (<ref-ruling> f. Erw. 6b).
10. Damit die Adäquanz des Kausalzusammenhangs bejaht werden kann, muss ein einzelnes der in die Beurteilung einzubeziehenden sieben Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sein oder die zu berücksichtigenden Kriterien müssen in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein (<ref-ruling> f. Erw. 6b).
11. 11.1 Die Allianz bringt vor, selbst bei Prüfung der Adäquanz nach <ref-ruling> wären einzig das Kriterium des Grades und der Dauer der Arbeitsunfähigkeit zu bejahen und allenfalls die - von ihr allerdings bestrittenen - Dauerschmerzen. Die Adäquanz sei demnach zu verneinen.
11.2 Die Vorinstanz hat die vier Kriterien Dauerbeschwerden, ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung, schwieriger Heilungsverlauf sowie Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit bejaht. Dies ist auf Grund der Akten nicht zu beanstanden.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin müssen die Kriterien des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen nicht kumulativ erfüllt sein (Urteil B. vom 7. Juli 2004 Erw. 4.2, U 348/03; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 7b). Zudem ist das Kriterium des Grades und der Dauer der Arbeitsunfähigkeit in besonders ausgeprägter Weise erfüllt, da der Versicherte gemäss dem MEDAS-Gutachten seit dem Unfall vom 6. Oktober 2000 vollständig arbeitsunfähig ist.
Das kantonale Gericht ist unter den gegebenen Umständen zu Recht zum Schluss gelangt, dass dem Unfall vom 6. Oktober 2000 eine massgebende Bedeutung für die Entstehung der anhaltenden Beschwerden und der damit verbundenen Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit zukommt. Die Adäquanz des Kausalzusammenhanges ist demnach zu bejahen, weshalb der Beschwerdegegner gegenüber der Beschwerdeführerin über den 1. April 2001 hinaus Anspruch auf die gesetzlichen Leistungen hat.
Das kantonale Gericht ist unter den gegebenen Umständen zu Recht zum Schluss gelangt, dass dem Unfall vom 6. Oktober 2000 eine massgebende Bedeutung für die Entstehung der anhaltenden Beschwerden und der damit verbundenen Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit zukommt. Die Adäquanz des Kausalzusammenhanges ist demnach zu bejahen, weshalb der Beschwerdegegner gegenüber der Beschwerdeführerin über den 1. April 2001 hinaus Anspruch auf die gesetzlichen Leistungen hat.
12. Entsprechend dem Verfahrensausgang hat der obsiegende Beschwerdegegner Anspruch auf eine Parteientschädigung zu Lasten der Allianz (Art. 159 Abs. 1 und 2 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 1500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
3. Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 1500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit zugestellt.
Luzern, 26. Januar 2007
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: