Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Muri sprach X._ Entscheid vom 21. Oktober 2009 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.A.1 - 10, I.B.1 - 8, I.C.1 - 8 und 11), der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.A.1, II.B und II.C), der mehrfachen Schändung (Anklage, Ziff. III.1 und 2), der mehrfachen sexuellen Belästigung (Anklage, Ziff. IV.B.2) sowie der Drohung (Anklage, Ziff. V) schuldig. Das Verfahren betreffend mehrfache sexuelle Belästigung (Anklage, Ziff. IV.A.1 und 2 sowie IV.B.1) stellte es ein. Von den Vorwürfen der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.C.9, 10 und 12) sowie der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.A.2) sprach es ihn frei. Es verurteilte ihn unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungshaft von 98 Tagen zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten. Zudem verhängte es als teilweise Zusatzstrafe zum Strafmandat der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug vom 29. Juli 2008 eine Busse von Fr. 200.--. Weiter verpflichtete es ihn zur Bezahlung von Schadenersatz sowie Genugtuung an A._, B._ und C._.
B. In teilweiser Gutheissung der Berufung von X._ hob das Obergericht des Kantons Aargau Ziffer 2 (Freisprüche) und 4.1 (Strafmass) des erstinstanzlichen Urteilsdispositiv mit Urteil vom 30. September 2010 auf. Es sprach ihn vom Vorwurf der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.A.9) betreffend das Erzählen von sexistischen Witzen, das Fotografieren von A._, das Auffordern derselben, ihre Bluse auszuziehen, und das Berühren ihrer Brüste frei. Weiter sprach es ihn vom Vorwurf der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.B.8) betreffend das Betrachten von B._ mit lüsternen Blicken, die Bemerkungen mit sexuellem Hintergrund, das Anstarren der Brüste von B._, das Umfassen ihrer Taille, die Klapse auf ihren Po und das Berühren ihrer Brüste frei. Sodann sprach es ihn von den Vorwürfen der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.C.9, 10 und 12), der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.A.2), der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.C) betreffend die Klapse auf den Po von C._ und das Berühren ihrer Brüste sowie der Schändung (Anklage, Ziff. III.1) frei. Im Übrigen wies es die Berufung von X._ sowie die Anschlussberufung von A._, B._ und C._ ab. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten.
C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei schuldig zu sprechen, was die Anklageziffern I.A.1 - 8 und 10, I.B.1 - 7, I.C.1 - 8 und 11, III.2 sowie V anbelange. Von den Vorwürfen gemäss Anklageziffern I.A.9, I.B.8, I.C.9, 10 und 12, II.A.1 und 2, II.B, II.C, III.1, IV.A.1 und 2 sowie IV.B. 1 und 2 sei er freizusprechen. Er sei unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs mit einer Freiheitsstrafe von höchstens zwei Jahren zu bestrafen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. September 2010 aufzuheben und zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Zudem sei ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und Rechtsanwältin Zaugg als unentgeltliche Rechtsvertreterin beizuordnen.
D. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Obergericht des Kantons Aargau erwägt in seiner Vernehmlassung vom 6. Juni 2011, die Beschwerde sei betreffend Fehler im Dispositiv berechtigt. Zugleich schlägt es ein berichtigtes Dispositiv vor (bundesgerichtliche Akten, act. 20).
Der Beschwerdeführer verzichtet auf eine Replik zur Vernehmlassung des Obergerichts.

Erwägungen:
1. Soweit der Beschwerdeführer beantragt, er sei hinsichtlich der Ziffern I.A.1 - 8 und 10, I.B.1 - 7, I.C.1 - 8 und 11, III.2 sowie V der Anklage schuldig zu sprechen und hinsichtlich der Ziffern I.C.9, 10 und 12, II.A.2, IV.A.1 und 2 sowie IV.B.1 der Anklage freizusprechen (Beschwerde, S. 2), fehlt es an einem rechtlich geschützten Interesse im Sinne von <ref-law>. Der vorinstanzliche Entscheid entspricht in diesen Punkten den Anträgen. Im Zusammenhang mit den Vorwürfen gemäss Anklageziffern IV.A.1 und 2 sowie IV.B.1 erfolgte kein Freispruch, sondern eine Einstellung. Ein Anspruch auf materielle Beurteilung besteht nur, wenn die formellen Voraussetzungen zur Beurteilung erfüllt sind (Urteil 6B_174/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 1). Mangels gültig gestellten Strafanträgen sind diese nicht gegeben. Auf die Beschwerde ist in diesen Punkten nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das vorinstanzliche Urteilsdispositiv weise redaktionelle Fehler auf und verletze dadurch das Willkürverbot nach <ref-law> (Beschwerde, S. 4 f.).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das vorinstanzliche Urteilsdispositiv weise redaktionelle Fehler auf und verletze dadurch das Willkürverbot nach <ref-law> (Beschwerde, S. 4 f.).
2.2 2.2.1 Das erstinstanzliche Dispositiv legt in Ziffer 1 die Einstellungen, in Ziffer 2 die Freisprüche, in Ziffer 3 die Schuldsprüche und in Ziffer 4 die Strafe fest (vorinstanzliche Akten, act. 303 f.). Die Vorinstanz hebt in ihrem Dispositiv lediglich die Ziffern 2 und 4.1 auf und ersetzt sie durch eine Neufassung.
Der Beschwerdeführer wird laut vorinstanzlicher Begründung vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern z.N. der Tochter A._ (Anklage, Ziff. I.A.9) vollständig freigesprochen (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3.3 f. S. 22 f.). Das Urteilsdispositiv wurde indessen in einer Weise verfasst, als sei der Freispruch nur ein teilweiser. Da die Vorinstanz Ziffer 3 des erstinstanzlichen Dispositivs nicht aufhebt und neu fasst, bleibt es zudem beim Schuldspruch aufgrund des Vorwurfs gemäss Anklageziffer I.A.9. Hierbei handelt es sich offensichtlich um ein Versehen. Die Absicht, den Beschwerdeführer diesbezüglich vollständig freizusprechen, ergibt sich eindeutig aus der Urteilsbegründung.
Betreffend die Tatvorwürfe gemäss Anklageziffern I.B.8 und II.C erfolgt ein teilweiser Freispruch (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3 S. 21 ff. und E. 3.2 S. 23). Insofern ist es richtig, dass es in diesen Punkten gleichzeitig bei teilweisen Schuldsprüchen bleibt und die Vorinstanz darauf verzichtet, das erstinstanzliche Dispositiv diesbezüglich aufzuheben. Hingegen muss im Dispositiv klar ersichtlich sein, aufgrund welcher Handlung der Schuldspruch erfolgte. Bezüglich der Freisprüche legt dies die Vorinstanz eingehend dar. Eine Neufassung der Ziffer 3 des erstinstanzlichen Dispositivs ist demnach auch aus diesem Grund angezeigt.
Die Vorinstanz spricht den Beschwerdeführer vom Vorwurf der Schändung z.N. von D._ gemäss Anklageziffer III.1 vollständig frei (vorinstanzliches Urteil, E. 5.3 S. 26). Auch diesbezüglich muss Ziffer 3 des erstinstanzlichen Urteilsdispositivs angepasst werden.
Aus der Begründung des vorinstanzlichen Urteils ergibt sich, dass Ziffer 3 des erstinstanzlichen Dispositivs versehentlich nicht aufgehoben und abgeändert wurde. Der Fehler beruht offensichtlich nicht auf einer fehlerhaften richterlichen Willensbildung, sondern auf einem redaktionellen Versehen.
2.2.2 Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer sei vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Abhängigen z.N. seiner Tochter A._ (Anklage, Ziff. II.A.1) vollständig und vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Abhängigen z.N. seiner Tochter B._ (Anklage, Ziffer II.B) teilweise freizusprechen. Ein Schuldspruch habe diesbezüglich lediglich aufgrund der Tathandlung des Berührens im Intimbereich zu erfolgen (vorinstanzliches Urteil, E. 3.1 S. 23). Im vorinstanzlichen Dispositiv bleiben diese Freisprüche indessen gänzlich unberücksichtigt, weshalb es weiterhin auf Schuldspruch in diesen Punkten lautet.
Auch hier handelt es sich offensichtlich um ein Versehen, da der Wille der Vorinstanz, den Beschwerdeführer in diesen Punkten freizusprechen, klar aus ihrer Begründung hervorgeht. Inwiefern der vorinstanzliche Entscheid aufgrund der redaktionellen Fehler hingegen willkürlich sein soll, ist nicht ersichtlich.
2.2.3 Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen. Die Vorinstanz hat das Dispositiv zu berichtigen. Von ihrem Vorschlag in der Vernehmlassung vom 6. Juni 2011 (bundesgerichtliche Akten, act. 20) ist Vormerk zu nehmen.
3. 3.1 Die Beschwerde richtet sich gegen die Verurteilungen wegen sexueller Handlungen mit Kindern z.N. der Tochter B._ (Anklage, Ziff. I.B.8) und wegen sexueller Handlungen mit Abhängigen z.N. der Tochter B._ (Anklage, Ziff. II.B) sowie z.N. der Tochter C._ (Anklage, Ziff. II.C) dadurch, dass der Beschwerdeführer seine Töchter im Intimbereich berührt habe. Der Beschwerdeführer macht geltend, die vorgeworfenen Handlungen würden keine sexuellen Handlungen im Sinne von Art. 187 bzw. <ref-law> darstellen. Es fehle ihnen an der hierfür notwendigen Intensität (Beschwerde, S. 6 ff.).
3.2 Gemäss Rechtsprechung gelten als sexuelle Handlungen im Sinne von <ref-law> Verhaltensweisen, die für den Aussenstehenden nach ihrem äusseren Erscheinungsbild eindeutig einen unmittelbaren sexuellen Bezug aufweisen. Sind die Handlungen objektiv eindeutig sexualbezogen, kommt es nicht mehr auf das subjektive Empfinden, die Motive oder die Bedeutung an, die das Verhalten für den Täter oder das Opfer hat. Schwierigkeiten bieten ambivalente Handlungen, die weder äusserlich neutral noch eindeutig sexualbezogen erscheinen. Der Begriff der sexuellen Handlung erstreckt sich nur auf Verhaltensweisen, die im Hinblick auf das geschützte Rechtsgut - die ungestörte sexuelle Entwicklung des Kindes - erheblich sind. Dabei muss in Zweifelsfällen die Erheblichkeit relativ, etwa nach dem Alter des Opfers oder dem Altersunterschied zum Täter bestimmt werden. Das Merkmal der Erheblichkeit grenzt sozialadäquate Handlungen von solchen ab, die tatbestandsmässig sind. Bedeutsam für die Beurteilung sind qualitativ die Art und quantitativ die Intensität und Dauer der Handlung, wobei die gesamten Begleitumstände zu berücksichtigen sind (Urteil 6S.355/2006 vom 7. Dezember 2006 E. 3.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3b; je mit Hinweisen).
Der Inhalt des Begriffs der sexuellen Handlungen sollte immer in Bezug auf den konkreten Tatbestand bestimmt werden. Das durch <ref-law> geschützte Rechtsgut - die Entwicklung von Unmündigen - deckt sich indessen mit demjenigen von <ref-law>, weshalb der Begriff der sexuellen Handlungen deckungsgleich ist (TRECHSEL/BERTOSSA, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 6 zu <ref-law> und N. 8 zu <ref-law>).
Der Inhalt des Begriffs der sexuellen Handlungen sollte immer in Bezug auf den konkreten Tatbestand bestimmt werden. Das durch <ref-law> geschützte Rechtsgut - die Entwicklung von Unmündigen - deckt sich indessen mit demjenigen von <ref-law>, weshalb der Begriff der sexuellen Handlungen deckungsgleich ist (TRECHSEL/BERTOSSA, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 6 zu <ref-law> und N. 8 zu <ref-law>).
3.3 3.3.1 Hinsichtlich der zu beurteilenden Taten verweist die Vorinstanz auf den in der Anklageschrift geschilderten und unbestrittenen Sachverhalt. Demnach handelt es sich um Berührungen im Intimbereich über den Kleidern. Diese geschahen während des Basketballspielens, wenn der Beschwerdeführer den Ball zwischen den Beinen seiner Töchter B._ oder C._ hervornehmen wollte oder während des Badens im Pool mit B._. Trotz Versuchen seitens der Tochter, dem Vater zu entrinnen, fand dieser stets wieder Möglichkeiten, sie anzufassen. Weiter erwägt die Vorinstanz, es sei zu einer Vielzahl solcher Übergriffe gekommen, gegen welche sich die Töchter gewehrt hätten. Gemäss deren Aussagen habe der Beschwerdeführer jeweils versucht, die Berührungen als zufällig erscheinen zu lassen (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3.1 f. S. 21 und E. 3.2 S. 23).
Soweit der Beschwerdeführer behauptet, die Vorinstanz gehe zu Unrecht von intensiven, länger dauernden Berührungen aus, wohingegen es sich nur um flüchtige Berührungen gehandelt habe (Beschwerde, S. 7), ist die Rüge unbegründet. Die Vorinstanz erwägt, bei den Übergriffen habe es sich um kurze Berührungen im Intimbereich bzw. Griffe an die Genitalien gehandelt. Von längeren, intensiven Berührungen ist nicht die Rede.
3.3.2 Die kurzen Berührungen des Genitalbereichs über den Kleidern sind vor dem Hintergrund der gesamten Begleitumstände und nicht für sich alleine zu betrachten. So wurde eine (versuchte) sexuelle Handlung in einem Fall verneint, in dem der Angeklagte versucht hatte, einem unter 16-jährigen Jungen in der Öffentlichkeit überraschend in den Schritt zu greifen, wobei es zu einer flüchtigen Berührung über den Kleidern kam. Eine derartige Zudringlichkeit sei in Anbetracht des Umstandes, dass die Annäherung in einer Gruppe in der Öffentlichkeit erfolgte, lediglich als sexuelle Belästigung zu würdigen (Urteil 6B_702/2009 vom 8. Januar 2010 E. 5.5 mit Hinweisen). Die vorliegend zu beurteilenden Handlungen sind Teil eines Gesamtgeschehens. Die drei Töchter des Beschwerdeführers waren über Jahre hinweg den Übergriffen ihres Vaters ausgesetzt. Darunter waren sexuelle Handlungen von einer erheblichen Intensität, wie das Berühren und Streicheln der Klitoris, das Verlangen von Zungenküssen, das Veranlassen der Töchter, seinen Penis anzufassen und ihn zu befriedigen, das Einführen eines Fingers in die Vagina, etc. Diese Übergriffe fanden über mehrere Jahre hinweg regelmässig - zum Teil mehrmals in der Woche - statt. Der Beschwerdeführer nahm sie erstmals vor, als seine Töchter noch sehr jung - 8, 6 und 4 Jahre alt - waren (vorinstanzliches Urteil, S. 2 ff.). Die vorliegend zu beurteilenden Berührungen des Genitalbereichs über den Kleidern geschahen, als seine Töchter zwischen 14 und 18 Jahre alt waren, mithin zu einem Zeitpunkt, als sie schon unzählige Übergriffe seitens des Vaters erduldet hatten. In Würdigung dieser Ereignisse, die den Handlungen vorausgegangen waren, sind auch die kurzen Berührungen als sexuelle Handlungen im Sinne von Art. 187 und <ref-law> zu qualifizieren (dazu Urteil 6S.239/2000 vom 30. August 2000 E. 3c und d mit Hinweisen). Vor diesem Hintergrund gibt es keine Zweifel, dass es sich beim Verhalten des Beschwerdeführers nicht bloss um eine Ungeschicklichkeit, Unbeholfenheit oder eine einmalige Entgleisung handelte.
3.3.3 Betreffend die weiteren objektiven und subjektiven Tatbestandsmerkmale von Art. 187 und <ref-law> - insbesondere das Abhängigkeitsverhältnis - ist in Anwendung von <ref-law> auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz beziehungsweise deren Bezugnahme auf das erstinstanzliche Urteil zu verweisen (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3.2 S. 22 und E. 3 S. 23; vorinstanzliche Akten, act. 264 ff.). Dass diese Voraussetzungen erfüllt sind, ist unbestritten.
3.3.4 Die Verurteilungen wegen sexueller Handlungen mit Kindern gemäss Anklageziffer I.B.8 und sexueller Handlungen mit Abhängigen gemäss Anklageziffern II.B und II.C verletzen kein Bundesrecht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Verurteilung wegen sexueller Belästigung z.N. der Tochter B._ (Anklage, Ziff. IV.B.2) verletze Bundesrecht. Die flüchtige Berührung der Brust der Tochter könne nicht als tatbestandsmässige Handlung erachtet werden (Beschwerde, S. 8 f.).
Zudem wäre auch bei Vorliegen eines tatbestandsmässigen Handelns die Verjährung der im März 2008 begangenen Übertretung eingetreten (Beschwerde, S. 9).
4.2 Nach <ref-law> wird, auf Antrag, mit Busse bestraft, wer jemanden tätlich oder in grober Weise durch Worte sexuell belästigt. Tätlichkeit bedeutet hier körperliche Berührung, mehr hat der Begriff mit der Tätlichkeit im Sinne von <ref-law> nicht gemein. Erfasst sind namentlich Fälle, in denen jemand auf überraschende Weise eine ahnungslose Person an den Geschlechtsteilen anfasst (Botschaft vom 10. September 1985 über die Änderung des StGB und des MStG, BBl 1985 II 1092). Auch flüchtiges kurzes Berühren der weiblichen Brust über den Kleidern stellt eine tatbestandsrelevante Handlung dar, sofern diese objektiv eindeutig sexualbezogen ist (Urteil 6P.224/2006 vom 16. Februar 2007 E.7.2 mit Hinweisen).
Bei Übertretungen verjährt die Strafverfolgung in drei Jahren (<ref-law>). Die Verjährung beginnt gemäss <ref-law> mit dem Tag, an dem der Täter die strafbare Tätigkeit ausführt. Ist vor Ablauf der Verjährung ein erstinstanzliches Urteil ergangen, so tritt die (Verfolgungs-)Verjährung nicht mehr ein (<ref-law>).
Bei Übertretungen verjährt die Strafverfolgung in drei Jahren (<ref-law>). Die Verjährung beginnt gemäss <ref-law> mit dem Tag, an dem der Täter die strafbare Tätigkeit ausführt. Ist vor Ablauf der Verjährung ein erstinstanzliches Urteil ergangen, so tritt die (Verfolgungs-)Verjährung nicht mehr ein (<ref-law>).
4.3 4.3.1 Gemäss unbestrittenem Sachverhalt half der Beschwerdeführer im März 2008 seiner Tochter B._ beim Umzug. Dabei nahm er ihr eine Tischplatte auf der Höhe ihrer Brüste ab und berührte diese flüchtig. Gemäss Aussage der Tochter hätte er ihr jene abnehmen können, ohne ihre Brust zu berühren (vorinstanzliches Urteil, E. 4.2 S. 25).
In Anbetracht der gesamten Umstände, insbesondere der weitaus schwerwiegenderen Straftaten des Beschwerdeführers seinen Töchtern gegenüber, weist die bloss flüchtige Berührung der Brust seiner Tochter B._ einen unmittelbaren sexuellen Bezug auf, der nicht alleine aufgrund des subjektiven Empfindens der Tochter gegeben ist. Derartige Zudringlichkeiten erfüllen den Tatbestand der sexuellen Belästigung im Sinne von <ref-law>.
Betreffend den subjektiven Tatbestand ist auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz zu verweisen (vorinstanzliches Urteil, E. 4.2 S. 24 f.).
4.3.2 Das erstinstanzliche Urteil erging am 21. Oktober 2009. Zu diesem Zeitpunkt war die Verfolgungsverjährung für die im März 2008 begangene Straftat noch nicht eingetreten. Der Einwand des Beschwerdeführers, er sei infolge Verjährung nicht der sexuellen Belästigung schuldig zu sprechen, ist unbegründet.
4.3.3 Die Verurteilung wegen sexueller Belästigung gemäss Anklageziffer IV.B.2 verletzt kein Bundesrecht.
5. 5.1 Die Beschwerde richtet sich sodann gegen die vorinstanzliche Strafzumessung. Der Beschwerdeführer macht geltend, der angefochtene Entscheid verletze <ref-law>. Insgesamt sei eine Freiheitsstrafe von höchstens zwei Jahren angemessen (Beschwerde, S. 9 ff.).
5.2 Das Gericht misst gemäss <ref-law> die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Das Verschulden wird nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Dem urteilenden Gericht steht bei der Gewichtung der einzelnen Strafzumessungsfaktoren ein erheblicher Ermessensspielraum zu. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. durch Überschreiten oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6 mit Hinweisen).
Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so muss der Richter in einem ersten Schritt gedanklich die Einsatzstrafe für das schwerste Delikt festlegen. In einem zweiten Schritt hat er die Strafe zu erhöhen, um die weiteren Delikte zu sanktionieren. Er darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen, und er ist an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 8.1 mit Hinweisen).
Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so muss der Richter in einem ersten Schritt gedanklich die Einsatzstrafe für das schwerste Delikt festlegen. In einem zweiten Schritt hat er die Strafe zu erhöhen, um die weiteren Delikte zu sanktionieren. Er darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen, und er ist an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 8.1 mit Hinweisen).
5.3 5.3.1 Die Rüge des Beschwerdeführers ist insofern unbegründet, als er sich im Zusammenhang mit den beantragten Freisprüchen wegen sexueller Handlungen mit Kindern, sexueller Handlungen mit Abhängigen und sexueller Belästigung zur Strafzumessung äussert (Beschwerde, S. 9).
5.3.2 Das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Strafe sei im Vergleich zur erstinstanzlichen Strafe angesichts der vorinstanzlichen zusätzlichen Freisprüche unverhältnismässig hoch (Beschwerde, S. 9), vermag keine Bundesrechtsverletzung darzutun. Die Vorinstanz ist in ihrer Strafzumessung nicht an die Erwägungen der ersten Instanz gebunden. Auch wenn sie den Beschwerdeführer in weiteren Punkten freispricht, bedeutet dies nicht, dass sie eine mildere Strafe als die erste Instanz aussprechen muss, sofern sie ihr Ermessen nicht missbraucht oder überschreitet. Zu berücksichtigen ist zudem, dass die vorinstanzlichen Freisprüche in Anbetracht der Gesamtheit der Taten mehrheitlich Geringfügigkeiten betreffen.
5.3.3 Die Vorinstanz verweist in ihrer Strafzumessung weitgehend auf die Erwägungen der ersten Instanz, nimmt jedoch betreffend die Strafzumessungsfaktoren Ergänzungen und einige Änderungen vor. Bei der Festlegung des Strafmasses geht sie von der Schändung als schwerstem Delikt aus, legt zunächst das Verschulden bezüglich dieser Tat fest und gewichtet in der Folge die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren hinsichtlich der weiteren Delikte (vorinstanzliches Urteil, E. 8.1 S. 28 ff.; vorinstanzliche Akten, act. 280 ff.).
Dies entspricht der nach <ref-law> vorgeschriebenen Vorgehensweise. Als schwerste Tat gilt jene, die gemäss abstrakter Strafdrohung des Gesetzes mit der höchsten Strafe bedroht ist, und nicht jene, die nach den konkreten Umständen verschuldensmässig am schwersten wiegt (<ref-ruling> E. 2c/bb). Das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Vorinstanz gehe fälschlicherweise von der Schändung als schwerstem Delikt aus, wohingegen im konkreten Fall die sexuellen Handlungen mit Kindern die schwersten Straftaten darstellen würden (Beschwerde, S. 12 f.), erweist sich demnach als haltlos. Zwar unterlassen es die kantonalen Instanzen, für das schwerste Delikt - die Schändung - eine Einsatzstrafe festzulegen. Hingegen ist nicht ersichtlich, dass sich dies zum Nachteil des Beschwerdeführers auswirkt. Insgesamt nimmt die Vorinstanz eine ausführliche Strafzumessung unter Berücksichtigung der relevanten Faktoren vor, so dass sich hinreichend nachvollziehen lässt, wie sie zu einer Gesamtstrafe von vier Jahren und zwei Monaten Freiheitsstrafe gelangt.
5.3.4 Gemäss <ref-law> mildert das Gericht die Strafe, wenn das Strafbedürfnis in Anbetracht der seit der Tat verstrichenen Zeit deutlich vermindert ist und der Täter sich in dieser Zeit wohl verhalten hat. Dieser Strafmilderungsgrund ist in jedem Fall zu beachten, wenn zwei Drittel der Verjährungsfrist verstrichen sind. Der Richter kann diese Zeitspanne unterschreiten, um Art und Schwere der Tat Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 6.2).
Die sexuellen Handlungen mit Kindern bzw. Abhängigen ereigneten sich ungefähr in den Jahren 1993 bis 2008. Die Schändung und die Drohung beging der Beschwerdeführer im Jahre 2008. Es ist somit nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den Strafmilderungsgrund nach <ref-law> nicht berücksichtigt. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist seit den Straftaten nicht viel Zeit verstrichen (Beschwerde, S. 9 f.).
5.3.5 Die Vorinstanz erwägt, das Verschulden betreffend die sexuellen Handlungen mit Kindern wiege sehr schwer. Sie begründet dies insbesondere mit der hohen Anzahl der Übergriffe - teilweise mehrmals pro Woche und über einen langen Zeitraum hinweg - sowie dem Umstand, dass mehrere Opfer betroffen waren. Des Weiteren würdigt sie straferhöhend, dass der Beschwerdeführer das Vertrauen seiner Kinder missbraucht, seine sexuellen Wünsche egoistisch durchgesetzt und Bitten oder Weigerungen seitens seiner Töchter ignoriert habe. Die Geschädigten seien psychisch schwer belastet und hätten Mühe, sexuelle Beziehungen einzugehen. Den Umstand, dass der Beschwerdeführer nie Geschlechts-, Oral- oder Analverkehr erzwungen und nicht gewalttätig gehandelt habe, würdigt die Vorinstanz nicht strafmindernd. Sie erwägt, das Vorliegen solcher schwerwiegender Handlungen wäre straferhöhend zu berücksichtigen gewesen. Dies bedeute indessen nicht, dass die Nichtvornahme solcher Handlungen strafmindernd zu werten sei (vorinstanzliches Urteil, E. 8.1.2 S. 28 f.).
Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind unbehelflich (Beschwerde, S. 10). Die Vorinstanz zieht die massgeblichen Strafzumessungsfaktoren in Erwägung und gewichtet sie angemessen. Insbesondere ist nicht zu beanstanden, dass sie den Umstand, dass sich der Beschwerdeführer an den eigenen Kindern verging, straferhöhend würdigt. Das Vertrauen der Töchter in ihren Vater, der insbesondere in der Kindheit und Jugend eine wichtige Bezugsperson sein sollte, wurde in schwerwiegender Weise erschüttert. Es ist zudem nachvollziehbar, dass es den Geschädigten grössere Mühe bereitet, Hilfe von aussen zu holen, wenn der Täter ein Familienangehöriger ist. Die Opfer müssen in diesem Fall befürchten, zugleich anderen Personen - wie insbesondere der Mutter - Leid zuzufügen. Diese Umstände wertete die Vorinstanz zu Recht als straferhöhend.
Auch hinsichtlich der weiteren Delikte würdigt die Vorinstanz die verschiedenen Strafzumessungselemente angemessen. Insbesondere ist nicht zu beanstanden, dass sie den Beschwerdeführer nicht als besonders strafempfindlich einstuft (Beschwerde, S. 10 f.). Sein Alter und seine Arbeitssituation begründen keine besondere Strafempfindlichkeit. Die Einsicht sowie das Geständnis bezüglich der Schändung und Drohung würdigt die Vorinstanz lediglich leicht strafmindernd (vorinstanzliches Urteil, E. 8.1.3 S. 30), was angesichts dessen, dass der Beschwerdeführer sich im Zusammenhang mit dem Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern im Untersuchungsverfahren nicht kooperativ verhalten hat, angemessen ist.
5.3.6 Die vorinstanzliche Strafzumessung ist nicht zu beanstanden. Die ausgefällte Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten - bei einem denkbaren erweiterten Strafrahmen bis zu 15 Jahren Freiheitsstrafe - liegt sogar noch im unteren Bereich des ordentlichen Strafmasses für die Schändung und ist angesichts des schweren Verschuldens hinsichtlich der sexuellen Handlungen mit Kindern angemessen.
6. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Die Sache ist zur Berichtigung des Dispositivs an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Er ersucht jedoch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Seine finanzielle Bedürftigkeit ist ausgewiesen. Die Beschwerde war nicht von vornherein aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen (<ref-law>). Somit sind keine Gerichtskosten zu erheben.
Der Beschwerdeführer ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Die Entschädigung ist der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers zuzusprechen. Den Beschwerdegegnerinnen A._, B._ und C._ ist keine Entschädigung auszurichten, da ihnen im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteilsdispositiv des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. September 2010 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen zur Berichtigung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Lisa Zaugg, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. September 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Horber