hat sich ergeben:
A.- Gegen A._ ist im Kanton Thurgau ein im Kanton Zürich eingeleitetes Strafverfahren wegen sexueller Handlungen mit einem Kind hängig, das zwischenzeitlich auf den Vorwurf der sexuellen Nötigung bzw. der Vergewaltigung ausgedehnt worden war. Hinsichtlich des Vorwurfs der sexuellen Handlungen mit einem Kind ist A._ geständig.
A._ stellte am 27. Juli 1999 beim Verhörrichteramt des Kantons Thurgau das Gesuch, es sei ihm die amtliche Verteidigung zu bewilligen und den bevollmächtigten Rechtsanwalt zur Seite zu stellen.
Dieses Gesuch wies die Präsidentin des Bezirksgerichts Frauenfeld mit Verfügung vom 16. August 1999 ab. Eine hiergegen von A._ erhobene Beschwerde wies die Rekurskommission des Obergerichts des Kantons Thurgau (im Folgenden "Obergericht" genannt) mit Beschluss vom 27. September 1999 (zugestellt am 12. November 1999) ab.
B.- Mit Verfügung vom 29. September 1999 (am 30. September 1999 von der Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau genehmigt) stellte das Verhöramt die Untersuchung wegen sexueller Nötigung bzw. Vergewaltigung ein.
Am 17. November 1999 erhob die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau Anklage gegen A._ und beantragte eine Strafe von einem Jahr Gefängnis, bedingt erlassen, sowie fünf Jahren Landesverweisung, unbedingt.
C.- A._ führt gegen den Beschluss des Obergerichts vom 27. September 1999 mit Eingabe vom 13. Dezember 1999 staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung des Willkürverbots sowie des verfassungsmässigen Rechts auf unentgeltliche Rechtspflege und Ernennung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes (Art. 4 aBV und Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK). Ferner stellt er das Gesuch, es sei ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und Rechtsanwalt Dr. Simon Ulrich zu seinem unentgeltlichen Rechtsvertreter zu ernennen.
D.- Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der angefochtene Entscheid ist ein selbständig eröffneter, kantonal letztinstanzlicher Zwischenentscheid, der nach Art. 86 in Verbindung mit Art. 87 Abs. 2 OG in der am 1. März 2000 in Kraft getretenen Fassung (AS 2000 417; BBl 1999 7937) nur anfechtbar ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Bei Zwischenentscheiden über die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege und Rechtsverbeiständung ist diese Voraussetzung nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung zu Art. 87 OG in seiner bisherigen Fassung, die unter dem geänderten Recht ihre Gültigkeit behält, zu bejahen (<ref-ruling> E. 2b S. 278 f.). Die vorliegende Beschwerde ist insoweit zulässig.
Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen der staatsrechtlichen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.- a) Der Anspruch des bedürftigen Angeklagten auf Offizialverteidigung wird in erster Linie durch die Vorschriften des kantonalen Strafprozessrechts geregelt. Unabhängig davon greifen die direkt aus Verfassung und Europäischer Menschenrechtskonvention hergeleiteten Minimalgarantien Platz. Ob diese beachtet wurden, prüft das Bundesgericht frei (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2). Das Obergericht hat seinen Entscheid auf § 51 Abs. 2 in Verbindung mit § 50 Abs. 4 der Strafprozessordnung des Kantons Thurgau vom 30. Juli 1970/5. November 1991 (StPO) gestützt. Danach sei dem Gesuch um Offizialverteidigung zu entsprechen, wenn der Angeschuldigte bedürftig und zur Wahrung seiner Interessen unfähig sei, oder wenn eine Strafe beantragt werde, bei welcher der bedingte Strafvollzug wegen ihrer Dauer ausgeschlossen sei, die Anordnung einer freiheitsentziehenden Massnahme in Frage komme oder in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht Schwierigkeiten bestünden.
Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, die kantonalen Behörden hätten das Thurgauer Strafprozessrecht falsch angewendet. Er rügt, die Verweigerung der amtlichen Verteidigung im angefochtenen Entscheid verletze den direkt aus Art. 4 aBV und Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK fliessenden Anspruch auf unentgeltliche Verteidigung.
b) Als besondere Garantie für den Angeschuldigten im Strafprozess gewährleistet Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK die unentgeltliche Bestellung eines amtlichen Verteidigers, falls dies im Interesse der Rechtspflege erforderlich erscheint und der Angeschuldigte mittellos ist. Der Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege wurde bisher als Minimalgarantie auch aus Art. 4 aBV abgeleitet: Danach hat die bedürftige Partei in einem für sie nicht aussichtslosen Verfahren Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, der auch die Vertretung durch einen unentgeltlichen Rechtsbeistand umfasst, sofern ein solcher zur gehörigen Interessenwahrung erforderlich ist (<ref-ruling> E. 3b S. 163; <ref-ruling> E. 4a/b; <ref-ruling> E. 2a S. 306). Dieser Anspruch ist nunmehr in <ref-law> ausdrücklich gewährleistet worden.
Für den Bereich des Strafverfahrens ist die Bestellung eines amtlichen Rechtsvertreters geboten, wenn das Verfahren besonders stark in die Rechtspositionen des Betroffenen eingreift. Das trifft unabhängig von den tatsächlichen oder rechtlichen Schwierigkeiten des Verfahrens zu, wenn ein schwerer Fall vorliegt, d.h. dem Angeschuldigten konkret eine schwerwiegende freiheitsentziehende Massnahme oder eine Strafe droht, deren Dauer die Gewährung des bedingten Strafvollzugs ausschliesst. Falls kein besonders schwerer Eingriff in die Rechte des Gesuchstellers droht, müssen zur relativen Schwere des Falles besondere tatsächliche oder rechtliche Probleme hinzukommen, denen der Betroffene auf sich allein gestellt nicht gewachsen wäre. Als besondere Schwierigkeiten fallen nicht nur Umstände wie Kompliziertheit der Rechtsfragen, Unübersichtlichkeit des Sachverhalts und dergleichen in Betracht, sondern insbesondere auch in der Person des Angeschuldigten liegende Gründe, wie etwa dessen Fähigkeiten, sich im Verfahren zurecht zu finden. Sind die Voraussetzungen erfüllt, so besteht der Anspruch auf Bestellung eines amtlichen Rechtsvertreters bereits im Stadium der Strafuntersuchung. Dass im betreffenden Verfahren die Offizialmaxime gilt, vermag die Notwendigkeit der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung nicht apriori auszuschliessen. Bei offensichtlichen Bagatelldelikten, bei denen im konkreten Fall nur eine Busse oder eine geringfügige Freiheitsstrafe in Frage kommt, verneint die Bundesgerichtspraxis jeglichen verfassungsmässigen Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung (<ref-ruling> E. 2c/bb S. 51 f., 275 E. 3a; <ref-ruling> E. 2 und 3; <ref-ruling> E. 6a; <ref-ruling> E. 3a S. 84, je mit Hinweisen).
c) Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, das Obergericht habe die Anforderungen an den Nachweis seiner Bedürftigkeit überspannt und sei in Willkür verfallen, indem es diese verneint habe. Wie es sich damit verhält, kann hier indessen offen bleiben, da das Obergericht zur Bedürftigkeit des Beschwerdeführers zwar umfassende Erwägungen anstellte, die Frage aber letztlich offen liess, weil es die übrigen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung als nicht erfüllt betrachtete. Es ist deshalb vorliegend nur zu prüfen, ob das Obergericht gegen die vom Beschwerdeführer angerufenen verfassungsmässigen Rechte verstiess, indem es die übrigen Voraussetzungen für die Gewährung der Offizialverteidigung verneinte.
d) aa) Die Präsidentin des Bezirksgerichts hatte im Entscheid vom 16. August 1999 unter anderem erwogen, der Strafrahmen wegen sexueller Handlungen mit einem Kind nach <ref-law> betrage Zuchthaus bis zu fünf Jahren und derjenige wegen sexueller Nötigung gemäss <ref-law> Zuchthaus bis zu zehn Jahren. Es sei noch nicht bekannt, welches Strafmass der Staatsanwalt beantragen werde, weshalb noch nicht entschieden werden könne, ob eine bedingte Strafe ausgeschlossen sei und der Gesuchsteller deshalb amtlich verteidigt werden müsse. Werde eine Strafe von mehr als 18 Monaten beantragt, stehe es dem Beschwerdeführer frei, sein Gesuch zu erneuern.
bb) Das Obergericht folgte der vom Beschwerdeführer hiergegen geführten Argumentation nicht, wonach das Abwarten des Strafantrags der Staatsanwaltschaft faktisch zur gänzlichen Verweigerung der Offizialverteidigung im Vorfeld der Hauptverhandlung bzw. im Untersuchungsverfahren führe. Es erwog, das Begehren um Offizialverteidigung könnte nach <ref-law> jederzeit gestellt werden. Die Gewährung der Offizialverteidigung erfolge grundsätzlich unabhängig davon, ob bereits eine Strafe von mehr als 18 Monaten beantragt werde. Solange ein Strafantrag aber noch nicht gestellt worden sei, müsse eine andere der alternativen Voraussetzungen von <ref-law> vorliegen, was hier nicht der Fall sei.
Die Strafuntersuchung betreffe, so das Obergericht weiter, nur noch den Vorwurf der sexuellen Handlungen mit einem Kind. Insoweit sei der Beschwerdeführer geständig und der Sachverhalt unbestritten. Der Beschwerdeführer sei der Strafuntersuchung nicht so unbeholfen gegenübergestanden, dass deren Bewältigung für ihn mit unüberwindbaren Schwierigkeiten verbunden gewesen wäre. Besondere Schwierigkeiten seien auch nicht erstellt, weil der Beschwerdeführer aus einem anderen Kulturkreis stamme. Er halte sich seit längerem in Europa auf, kenne seine Frau, eine Schweizerin, seit fünf oder sechs Jahren und spreche deutsch, auch wenn an den Einvernahmen stets ein Dolmetscher zur Verfügung gestanden sei. Dass das Strafverfahren mit erheblichen Beeinträchtigungen, sei es auch psychischer Natur, verbunden sei, folge aus der Natur der Sache.
e) Für die Beurteilung eines Gesuchs um unentgeltliche Verbeiständung ist grundsätzlich auf den Zeitpunkt abzustellen, in dem das Gesuch gestellt wird (<ref-ruling> E. 4 S. 6 f.; <ref-ruling> E. 2; bestätigt in <ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 2c S. 307). In diesem Zeitpunkt war der Beschwerdeführer mit den Schuldvorwürfen der sexuellen Handlungen mit einem Kind und der sexuellen Nötigung bzw. der Vergewaltigung konfrontiert. Für die Beurteilung sind deshalb diese Schuldvorwürfe massgeblich. Das Obergericht hat in Teilen seiner Entscheidbegründung zu Unrecht darauf abgestellt, dass das Strafverfahren wegen sexueller Nötigung bzw. wegen Vergewaltigung später eingestellt wurde. Unabhängig davon, dass auf die Schuldvorwürfe zur Zeit des Gesuchs abzustellen ist, hätte es die Teileinstellung des Strafverfahrens in der Begründung des Entscheids zudem schon deshalb nicht berücksichtigen dürfen, weil die Einstellung nach dem Zeitpunkt der Fällung seines Entscheids erfolgte; auch für die bundesgerichtliche Beurteilung sind die rechtlichen und tatsächlichen Verhältnisse, wie sie im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids gegeben waren, massgeblich (<ref-ruling> E. 3a S. 283 f.; 367 E. 1b S. 370).
Angesichts der massgeblichen Vorwürfe der sexuellen Nötigung bzw. der Vergewaltigung sowie der sexuellen Handlungen mit einem Kind hätte das Obergericht nicht bloss von einem relativ schweren Fall im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ausgehen dürfen, da dem Beschwerdeführer danach eine Strafe drohte, deren Dauer die Gewährung des bedingten Vollzugs ausschliesst. Dass seinerzeit von einem schweren Fall auszugehen gewesen wäre, zeigt im Nachhinein schon der Antrag der Staatsanwaltschaft in der Anklageschrift vom 17. November 1999, der für die vorgeworfenen sexuellen Handlungen mit einem Kind allein auf eine Gefängnisstrafe von einem Jahr bedingt und eine unbedingte Landesverweisung für fünf Jahre lautet. Die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wäre deshalb nach der vorstehend dargestellten Rechtsprechung gestützt auf Art. 4 aBV bereits im Untersuchungsverfahren geboten gewesen, und zwar unabhängig davon, ob besondere tatsächliche oder rechtliche Probleme hinzukamen, denen der Beschwerdeführer auf sich allein gestellt nicht gewachsen gewesen wäre. Die obergerichtliche Anwendung von <ref-law> hält deshalb vorliegend einer verfassungsrechtlichen Überprüfung nicht Stand. Diese Bestimmung, die sich ihrem Wortlaut nach nur auf das Gerichtsverfahren nach der Anklageerhebung zu beziehen scheint, darf auf das Untersuchungsverfahren nicht in der Weise angewendet werden, dass die unentgeltliche Rechtsverbeiständung vor der Anklageerhebung auch in schweren Fällen im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur dann gewährt wird, wenn sich konkret besondere tatsächliche oder rechtliche Probleme stellen, denen der Angeschuldigte auf sich allein gestellt nicht gewachsen ist.
f) Die Beschwerde erweist sich demnach als begründet. Das Obergericht wird zu entscheiden haben, ob die von ihm noch nicht abschliessend beurteilte kumulative Voraussetzung der Bedürftigkeit für eine Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege zu bejahen ist. Angesichts der umfassenden Erwägungen, die das Obergericht dazu bereits angestellt hat, rechtfertigen sich vorliegend einige Hinweise dazu.
aa) Das Obergericht erwog, die vom Beschwerdeführer für die Monate März bis Juni 1999 eingereichten Gegenüberstellungen von Einnahmen und Ausgaben aus seiner selbständigen Erwerbstätigkeit als Marktfahrer samt Belegen liessen mangels weitergehender Angaben, z.B. hinsichtlich der Abgrenzung von Privat- und Geschäftsaufwand, keine Rückschlüsse für eine Ermittlung zumindest einer groben Gewinn- und Verlustrechnung zu. Hinzu komme, dass die Monate März bis Juni für die Ermittlung des tatsächlichen Einkommens aus dem Marktfahrergeschäft nicht repräsentativ sein dürften, zumal er für das Jahr 1998 nach seinen Angaben einen Umsatz von rund Fr. 120'000. -- erzielt habe und demnach wesentlich mehr einnehme als er mit seinen Angaben für die Monate März bis Juni glauben machen wolle. Bei dem Umsatz handle es sich immerhin nur um ein Bruttoeinkommen, aus dem kein sonderlich grosses Nettoeinkommen resultieren dürfte. Auch dürfe die Bedürftigkeit des Beschwerdeführers nicht ohne Not verneint werden, weil er mit seiner Familie von der Gemeinde Unterstützungsbeiträge erhalte.
bb) Bedürftig ist ein Gesuchsteller, der die Leistung der erforderlichen Prozess- und Parteikosten nur erbringen kann, wenn er die Mittel angreift, deren er zur Deckung des Grundbedarfs für sich und seine Familie bedarf. Zur Prüfung der Bedürftigkeit sind sämtliche Umstände zu würdigen; die entscheidende Behörde hat insbesondere zu berücksichtigen, welche Mittel binnen welcher Frist aufzubringen sind. Massgebend ist die gesamte wirtschaftliche Situation zur Zeit der Gesuchstellung (124 I 1 E. 2a; <ref-ruling> E. 3a, je mit Hinweisen).
Für die Feststellung der wirtschaftlichen Situation des Gesuchstellers darf die entscheidende Behörde zwar die Beweismittel nicht formalistisch beschränken und etwa einseitig nur einen amtlichen Beleg über dessen finanzielle Verhältnisse zulassen. Sie hat allenfalls unbeholfene Rechtsuchende auch auf die Angaben hinzuweisen, die sie zur Beurteilung des Gesuches benötigt. Grundsätzlich aber obliegt es dem Gesuchsteller, seine Einkommens- und Vermögensverhältnisse umfassend darzustellen und soweit möglich auch zu belegen (BGE <ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall erhält die Familie des Beschwerdeführers von der Gemeinde Fürsorgeleistungen. Damit ist grundsätzlich davon auszugehen, dass er die Kosten für einen Rechtsbeistand nicht aufbringen kann. Ein Beizug der Akten der Fürsorgebehörde könnte hier allenfalls weitere Aufschlüsse bringen. Die Ansicht des Obergerichts, die vom Beschwerdeführer eingereichten Aufstellungen und Belege vermöchten mangels ergänzender Angaben seine Bedürftigkeit zur Zeit der Gesuchseinreichung nicht zu belegen, erscheint unter allen gegebenen Umständen als streng. Zwar erscheint die Ansicht des Obergerichts nicht als willkürlich, dass Unterlagen für nur vier Monate des ersten Halbjahres 1999 grundsätzlich keinen repräsentativen Überblick über die Einkommenssituation für das ganze Jahr zu verschaffen vermögen. Immerhin hat der Beschwerdeführer aber auch verschiedene Schreiben von Marktgemeinden eingereicht, aus denen hervorgeht, dass der Beschwerdeführer im übrigen Jahresverlauf zu verschiedenen, bereits voll belegten Jahrmärkten nicht mehr zugelassen werden konnte. Zu berücksichtigen ist bei der Stellung der Anforderungen an den Nachweis der Einkommenssituation auch, dass bei Wegfallen der Bedürftigkeit im Laufe des Verfahrens ein rückwirkender Entzug der unentgeltlichen Rechtsvertretung nicht zum vornherein verfassungswidrig ist und einer Bewilligung damit insoweit nur vorläufige Bedeutung zukommt (vgl. <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 2a).
3.-Die staatsrechtliche Beschwerde ist demnach gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Bei diesem Ausgang hat der Kanton Thurgau den anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht angemessen zu entschädigen (Art. 159 OG). Gerichtskosten sind keine zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Beschluss der Rekurskommission des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 27. September 1999 aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Thurgau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und der Rekurskommission des Obergerichts des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 15. März 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: