Abparzellierung nach BGBB, hat sich ergeben:
A.- E.K._ ist Eigentümer der Parzelle Appenzell Nr. 0 von ca. 3,4 ha. Das Grundstück gehört zur Landwirtschaftszone und umfasst ca. 249 a Wiesland, 47 a Wald, 44 a Streue und ein Wohnhaus mit angebautem Stall. E.K._ übernahm die Liegenschaft im Jahre 1990 aus der Verwandtschaft und bewirtschaftete sie bis 1996 von G._ aus.
Danach gab er die landwirtschaftliche Tätigkeit auf und verpachtete das Land und den Stallteil an einen ortsansässigen Landwirt. Am 17. Mai 1999 erhielt er die Bauerlaubnis zum Abbruch und Neubau des Wohnhauses. In der Folge führte er das Bauvorhaben aus.
Mit Eingabe vom 30. August 1999 ersuchte E.K._ um eine Ausnahmebewilligung zur Abparzellierung des Wohnhauses mit ca. 1'000 m2 Umschwung. Am 6. September 1999 wies der Präsident der Bodenrechtskommission Appenzell I.Rh. das Gesuch ab.
B.- Hiergegen beschwerte sich E.K._ beim Kantonsgericht Appenzell I.Rh. Nachdem der Präsident der Bodenrechtskommission das Ausnahmebegehren nachträglich der kantonalen Raumplanungsbehörde zugestellt hatte und das Beschwerdeverfahren zwischenzeitlich sistiert worden war, erteilte das kantonale Bau- und Umweltdepartement (Raumplanungsamt) am 17. März 2000 die Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 des Raumplanungsgesetzes (RPG; SR 700) zur Umnutzung des Wohnhauses zu zonenfremden Wohnzwecken.
Mit Urteil vom 30. Mai 2000 wies das Kantonsgericht Appenzell I.Rh. (Abteilung Verwaltungsgericht) die Beschwerde ab.
C.- E.K._ führt mit Eingabe vom 29. August 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die anbegehrte Ausnahmebewilligung vom Realteilungs- und Zerstückelungsverbot zu erteilen, eventuell die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonsgericht Appenzell I.Rh. schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesamt für Justiz beantragt, die Beschwerde gutzuheissen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Letztinstanzliche kantonale Beschwerdeentscheide in Anwendung des BGBB unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 97 OG (Art. 89 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht [BGBB, SR 211. 412.11]). Der Beschwerdeführer ist durch den angefochtenen Entscheid formell beschwert und in schutzwürdigen Interessen betroffen. Er ist deshalb zur Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids befugt (Art. 103 lit. a OG). Auf die formgerecht und gemäss Art. 106 Abs. 1 i.V.m. Art. 34 Abs. 1 lit. b OG rechtzeitig eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist einzutreten.
2.- a) Das Kantonsgericht ist davon ausgegangen, die Parzelle Nr. 0 liege ausserhalb einer Bauzone und sei für die landwirtschaftliche Nutzung geeignet. Sie stelle deshalb ein landwirtschaftliches Grundstück im Sinne von <ref-law> dar, das - weil die landwirtschaftliche Nutzung auch zulässig sei - in den Geltungsbereich des BGBB gemäss <ref-law> falle. Dies bestreitet der Beschwerdeführer nicht.
b) Für landwirtschaftliche Grundstücke gilt gemäss <ref-law> ein Zerstückelungsverbot; sie dürfen nicht in Teilgrundstücke unter 25 a aufgeteilt werden. Laut <ref-law> kann eine Ausnahme vom Zerstückelungsverbot beansprucht werden, wenn das landwirtschaftliche Grundstück in einen Teil innerhalb und einen Teil ausserhalb des Geltungsbereichs dieses Gesetzes aufgeteilt wird. Wird eine solche Ausnahme für ein Grundstück mit gemischter Nutzung gewährt und der landwirtschaftliche vom landwirtschaftsfremden Teil getrennt, so fällt der nichtlandwirtschaftliche Teil ohne weiteres aus dem Geltungsbereich des BGBB (<ref-law> [Umkehrschluss]). Er unterliegt alsdann weder den privatrechtlichen noch den öffentlichrechtlichen Verkehrsbeschränkungen des 2. und des 3. Titels des BGBB, insbesondere auch nicht den Vorschriften über die Belastungsgrenze (<ref-law>).
c) Eine gemischte Nutzung kann namentlich dadurch entstehen oder beabsichtigt werden, dass ursprünglich landwirtschaftliche Wohn- und Ökonomiegebäude für diese Nutzung nicht mehr benötigt werden und leer stehen oder bestimmungswidrig anderen Zwecken (beispielsweise Wohnzwecken) dienen oder zugeführt werden sollen (<ref-ruling> E. 2c S. 179; Christoph Bandli, in: Das bäuerliche Bodenrecht, Brugg 1995, N. 6 zu <ref-law>). Aus der Zwecksetzung des BGBB, insbesondere leistungsfähige bäuerliche Familienbetriebe zu erhalten (vgl. <ref-law>), ergibt sich ohne weiteres, dass eine derartige dauernde landwirtschaftsfremde Verwendung nicht im Belieben des Eigentümers liegen kann und für die Beurteilung ihrer Zulässigkeit auch nicht einfach auf den aktuellen Zustand abzustellen ist. Massgebend müssen objektive Gesichtspunkte sein (<ref-ruling> E. 2b S. 177; Christoph Bandli, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>). In erster Linie ist aufgrund einer längerfristigen Prognose und eines geeigneten Betriebskonzepts zu prüfen, ob ein Gebäude für die Bewirtschaftung unentbehrlich ist und ob die landwirtschaftliche Nutzung wirtschaftlich rentabel und - bei einem Gewerbe - existenzsichernd geführt werden kann. Eine Bindung an die landwirtschaftliche Bestimmung ist zu bejahen, wenn sich die "Unentbehrlichkeit" eines vormals landwirtschaftlich genutzten Gebäudes und die "Wirtschaftlichkeit" des Gewerbes, dem es dienen könnte, mit erheblicher Wahrscheinlichkeit und hinreichender Bestimmtheit abzeichnen (<ref-ruling> E. 2b u. c). In zweiter Linie sind auch die weiteren Anliegen des BGBB miteinzubeziehen (<ref-ruling> E. 2c S. 179; Christoph Bandli, a.a.O., N 7. zu <ref-law>). Zudem ist die zur Umnutzung erforderliche verbindliche Stellungnahme bzw. - in den nach dem 1. September 2000 rechtshängig gewordenen Bewilligungsverfahren - die Erlaubnis der kantonalen Raumplanungsbehörden nach Art. 24 RPG bzw. Art. 24 ff. revRPG einzuholen (Art. 4a der Verordnung vom 4. Oktober 1993 über das bäuerliche Bodenrecht [SR 211. 412.110] in der Fassung vom 28. Juni 2000 [AS 2000 2063 f.] i.V.m. Art. 49 u.
52 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 [SR 700. 1, AS 2000 2047 ff.]). Auf diese Weise wird die Koordination des bodenrechtlichen und des raumplanungsrechtlichen Verfahrens sichergestellt. Sind die raumplanungs- und die bodenrechtlichen Voraussetzungen zur nichtlandwirtschaftlichen Verwendung eines vormals landwirtschaftlichen Gebäudes erfüllt, besteht ein Rechtsanspruch auf Erteilung der Ausnahmebewilligung nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 2c S. 180, mit Hinweisen).
3.- a) Es ist festgestellt worden bzw. unbestritten geblieben, dass das Wohnhaus auf Parzelle Nr. 0 derzeit und auch in Zukunft nicht für landwirtschaftliche Wohnzwecke benötigt wird, weil das landwirtschaftliche Gewerbe aufgegeben worden ist, die noch vorhandenen Betriebsgrundlagen (ca. 3,4 ha Wiesland, Streue und Wald an Hanglage, kleiner, nicht tierschutzkonformer Stall) die rentable Führung eines landwirtschaftlichen Gewerbes nicht gestatten, und für die Bewirtschaftung der Parzelle allein kein ständiger Wohnsitz vor Ort erforderlich ist. Es ist auch unbestritten, dass die vorhandenen landwirtschaftlichen Flächen und der Stall (als Behelfsunterkunft für die weidenden Tiere bei schlechter Witterung) längerfristig landwirtschaftlich verpachtet sind und der Pächter über genügend und ausreichend dimensionierte eigene Gebäude verfügt, so dass er für die Bewirtschaftung des Landes ebenfalls nicht auf die Wohnbaute mit Umschwung angewiesen ist. Das Kantonsgericht hat denn auch unter den Gesichtswinkeln der Unentbehrlichkeit und der Wirtschaftlichkeit keine Hindernisse zur Erteilung der anbegehrten Ausnahme festgestellt. Die raumplanungsrechtliche Ausnahmeerlaubnis nach Art. 24 RPG liegt zudem vor. Trotz dieser Gegebenheiten hat das Kantonsgericht die Ausnahme vom Zerstückelungsverbot als mit den Zwecken des BGBB unvereinbar betrachtet. Zur Begründung hat es ausgeführt, zusammengebaute Wohn- und Ökonomieteile liessen sich nicht vernünftig trennen, wenn sich die Gebäudeteile horizontal überlappten und statisch so miteinander verbunden seien, dass Umbauten am einen Gebäudeteil nur unter Erschwernissen möglich seien. Eine derartige ungünstige Überlappung bestehe hier im Bereich der Jauchegrube unter dem Stall, die sich bis unter den Wohnbereich erstrecke.
Zudem seien mit der Nutzung des Stallteils verschiedene Immissionen verbunden (Geruch, Lärm, Verunreinigungen, Fliegenplage), die für einen durchschnittlichen Bewohner als unzumutbar bezeichnet werden müssten und unweigerlich zu Reibereien und Streitigkeiten zwischen den Benützern des Wohn- und des Ökonomieteils führten.
b) Der Beschwerdeführer wirft dem Verwaltungsgericht vorab eine offenkundig falsche Feststellung des Sachverhalts vor: Zum einen sei das Wohngebäude gestützt auf die Bauerlaubnis vom 11. Mai 1999 vollständig abgebrochen und wieder aufgebaut worden und statisch sowie konstruktiv nicht mehr mit dem Stall verbunden. Zum anderen seien im Zuge des Umbaus sämtliche Überlappungen und Verbindungen zwischen dem Wohn- und dem Ökonomieteil aufgehoben worden, und zwar auch im Bereich der Jauchegrube. Die Vorinstanz hätte dies aus den definitiven Bauplänen, von denen sie Anfang April 2000 Kenntnis erhalten habe, ersehen müssen.
Gemäss Art. 105 Abs. 2 OG ist das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhalts gebunden, wenn eine richterliche Behörde als Vorinstanz den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat. Vorliegend erweist sich der Vorwurf der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung als begründet. Aus den Bauplänen, dessen Vorlage das Kantonsgericht nicht bestreitet, geht einwandfrei hervor, dass das Wohnhaus abgebrochen und konstruktiv und statisch unabhängig vom Stallteil wieder aufgebaut werden sollte. Bestehende Überlappungen und Verbindungen sollten aufgehoben werden. Mit den Planvermerken "Abbruch/ Neubau" beim neuen Jauchekasten und "Bestehend" bei der Jauchegrube unter dem Stallteil sowie der Einzeichnung zweier Umfassungsmauern, die an der Grenze der Gebäudeteile aneinander stossen (s. Aufriss "Ostfassade"), wird in den Plänen auch aufgezeigt, dass der bestehende Jauchekasten durch eine neue Abschlussmauer auf den Stallteil begrenzt sowie unter dem Wohnteil abgebrochen und durch einen separaten, neuen Kasten ersetzt werden sollte. Da unbestritten ist, dass die Baupläne zur Ausführung gelangten, sind die sachverhaltlichen Feststellungen im vom Beschwerdeführer vorgebrachten Sinne zu korrigieren. Demnach besteht keine Handhabe, um die Ausnahmebewilligung wegen baulicher Verbindung und statischer Abhängigkeit von Wohnhaus und Stallteil zu verweigern; derartige Hindernisse bestehen nicht, zumal das blosse Aneinanderstossen von Gebäudeteilen weder rechtlich noch tatsächlich ausschliesst, den einen Gebäudeteil abzuparzellieren. Bei dieser Sachlage braucht weiter nicht geprüft zu werden, unter welchen Voraussetzungen bauliche Verbindungen überhaupt eine genügende Grundlage abgeben können, um ein Ausnahmegesuch nach <ref-law> abzuweisen.
c) Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, die Ausnahme dürfe auch nicht wegen der zu erwartenden Immissionen verweigert werden. Diese hielten sich in einem Rahmen, der in den ländlichen Gebieten des Kantons durchaus üblich sei und von der Bevölkerung allgemein toleriert werde.
Auch dieser Einwand ist begründet. Gewiss ist nicht zu verkennen, dass die Nutzung eines Stalls mit Lärm, Geruch und Staub verbunden ist und Fliegen anzieht, was für die Bewohner eines unmittelbar angrenzenden Wohnhauses lästig sein und Konflikte auslösen kann. Indessen bietet die nachbarrechtliche Bestimmung von <ref-law> ausreichend Schutz vor übermässigen Einwirkungen. Abs. 2 dieser Vorschrift stellt zugleich klar, dass die nach Lage und Beschaffenheit des Grundstücks oder Ortsgebrauch üblichen Immissionen zu dulden sind. Damit ist einerseits Gewähr dafür geboten, dass eine normale Nutzung des Stallteils durch empfindliche Bewohner des Hauses nicht unterbunden werden kann. Andererseits haben die Bewohner ein Abwehrmittel gegen eine rücksichtslose und übermässige (unsachgemässe) Benützung des Stalls durch den Bewirtschafter. Der angemessene Interessenausgleich kann damit als sichergestellt gelten. Vorliegend sind keine besonderen Umstände festgehalten worden, die auf eine Ausnahmesituation hindeuten würden, in der von vornherein mit übermässigen, aus dem Rahmen fallenden und nicht auf ein vernünftiges Mass reduzierbaren Beeinträchtigungen gerechnet werden müsste. Die Abklärungen haben vielmehr ergeben, dass der Stall recht klein ist, nur wenigen Tieren Platz bietet und vom Pächter nur zeitweise benützt wird. Bei solchen Verhältnissen kann die Ausnahme zur Abparzellierung nicht allein mit Blick auf die zu erwartenden Immissionen verweigert werden.
Eine solche Argumentation findet keine hinreichend konkrete Stütze in der Zwecksetzung des BGBB, die vorliegend - mangels gesetzlicher Kriterien - die Grundlage für eine Verweigerung bieten müsste. Mit den Zielen des BGBB sind Einwirkungen aus der landwirtschaftlichen Tierhaltung auf eine angrenzende nichtlandwirtschaftliche Wohnbaute in der Landwirtschaftszone in normalem Umfang grundsätzlich und auch hier vereinbar. Die zweite von der Vorinstanz angeführte Begründung für die Verweigerung der Ausnahme hält der Überprüfung daher ebenfalls nicht Stand.
4.- Nach dem Erwogenen erweist sich die Beschwerde als begründet und sind die Voraussetzungen zur Erteilung der anbegehrten Ausnahme erfüllt. Das Kantonsgericht hat freilich die Überprüfung unter dem Gesichtspunkt einer Umgehung der Vorschriften über die Belastungsgrenze vorbehalten, ein Kriterium, das schon der Präsident der Bodenrechtskommission zur Begründung seines abschlägigen Entscheids angeführt hatte.
Zwar ist nicht recht einzusehen, inwiefern die mit der Abparzellierung der nichtlandwirtschaftlichen Wohnbaute von Gesetzes wegen verbundene Entlassung aus dem Geltungsbereich des BGBB und damit auch aus dem Anwendungsbereich der Massnahmen zur Verhütung der Überschuldung (<ref-law>) eine Umgehung dieser Vorschriften darstellen sollte. Indessen hat das Kantonsgericht diesen Aspekt ausdrücklich erwähnt, ohne sich weiter dazu zu äussern. Es ist dazu freilich auch nicht gehalten gewesen, da es die Beschwerde aus anderen Gründen abgewiesen hat. Das Kantonsgericht hat seine Prüfung daher zu vervollständigen. Da sich die Angelegenheit unter diesem Gesichtswinkel nicht als liquid erweist, ist sie unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids zur weiteren Behandlung im Sinne des Ausgeführten an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.- Bei diesem Verfahrensausgang ist keine Gerichtsgebühr zu erheben (Art. 156 Abs. 1 u. 2 OG). Der Kanton Appenzell I.Rh. hat dem Beschwerdeführer jedoch die Parteikosten für das Verfahren vor dem Bundesgericht zu ersetzen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts Appenzell I.Rh. (Abteilung Verwaltungsgericht) vom 30. Mai 2000 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Kantonsgericht zurückgewiesen.
2.- Es wird keine Gerichtsgebühr erhoben.
3.- Der Kanton Appenzell I.Rh. hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Kantonsgericht Appenzell I.Rh. (Abteilung Verwaltungsgericht) sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 9. November 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: