Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ im abgekürzten Verfahren der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren.
Das Obergericht des Kantons Zürich wies die von X._ erhobene Berufung mit Beschluss ab.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Beschluss des Obergerichts und das Urteil des Bezirksgerichts seien aufzuheben. Die Akten seien an die Staatsanwaltschaft zur Durchführung des ordentlichen Verfahrens zurückzuweisen. Eventualiter sei der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Anfechtungsobjekt der Beschwerde an das Bundesgericht ist der letztinstanzliche kantonale Entscheid (<ref-law>). Das ist vorliegend der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich. Soweit der Beschwerdeführer die Aufhebung des Urteils des Bezirksgerichts Zürich verlangt, ist auf seine Beschwerde nicht einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 362 Abs. 5 i.V.m. <ref-law>. Obwohl er sich an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung auf sein Aussageverweigerungsrecht berufen habe, nehme die Vorinstanz an, es habe seinerseits eine gültige Zustimmung zur Anklageschrift vorgelegen. Diese umfasse nach <ref-law> begriffsnotwendig die Anerkennung des Anklagesachverhalts. Gemäss <ref-law> befrage das Gericht die beschuldigte Person an der Hauptverhandlung und stelle fest, ob sie den Sachverhalt anerkenne, welcher der Anklage zugrunde liege und ob diese Erklärung mit der Aktenlage übereinstimme. Der Wortlaut dieser Bestimmung lasse nur den Schluss zu, dass die beschuldigte Person den Anklagesachverhalt an der Hauptverhandlung anerkennen, mithin ihr bereits abgelegtes Geständnis vor dem Gericht wiederholen müsse. Lege die beschuldigte Person kein erneutes Geständnis ab, seien die Voraussetzungen für ein Urteil im abgekürzten Verfahren nicht erfüllt. Anerkenne diese an der Hauptverhandlung den Sachverhalt nicht, sei es durch Widerruf des Geständnisses oder durch Aussageverweigerung, seien die Akten an die Staatsanwaltschaft zur Durchführung eines ordentlichen Vorverfahrens zurückzuweisen. Der Schluss der Vorinstanz, die Aussageverweigerung sei anders zu behandeln, als ein ausdrücklicher Widerruf des Geständnisses, sei nicht nachvollziehbar. In beiden Fällen könne das Gericht nicht feststellen, ob diese "Erklärung" mit der Aktenlage (<ref-law>) übereinstimme und die Anklage stimme nicht mit dem Ergebnis der Hauptverhandlung überein (<ref-law>).
2.2. Die Vorinstanz hält fest, der Beschwerdeführer habe an der staatsanwaltschaftlichen Einvernahme den Sachverhalt und dessen rechtliche Würdigung gemäss Anklageschrift anerkannt. Sein Verteidiger habe ihm das abgekürzte Verfahren zuvor erläutert. Nach dem Aushandeln und der Besprechung des Urteilsvorschlags der Staatsanwaltschaft habe der Beschwerdeführer zugestimmt und das abgekürzte Verfahren beantragt. In der Folge sei die schriftliche Bestätigung erfolgt. Nach der Ansetzung der Hauptverhandlung durch die erste Instanz, habe der Verteidiger den Staatsanwalt informiert, der Beschwerdeführer wolle das Risiko einer höheren als der vereinbarten Strafe eingehen, um im ordentlichen Verfahren eine tiefere Strafe zu erwirken. Deshalb ersuche er darum, die Anklage zurückzuziehen. Sodann habe der Verteidiger der ersten Instanz mitgeteilt, der Beschwerdeführer sei mit dem Urteilsvorschlag nicht mehr einverstanden und werde an der Verhandlung vermutlich sein Geständnis widerrufen. An der Hauptverhandlung habe der Beschwerdeführer bestätigt, den Anklagesachverhalt im Vorverfahren anerkannt zu haben. Heute wisse er jedoch nicht, was er sagen solle. Nachdem er auf das Aussageverweigerungsrecht hingewiesen worden sei, habe er von weiteren Aussagen abgesehen (Entscheid S. 4 ff. E. 2).
Die Vorinstanz erwägt, den dem Gericht obliegenden Prüfungspflichten gemäss <ref-law> könne auch Genüge getan werden, ohne dass die beschuldigte Person an der Hauptverhandlung aussage. Deren einlässliche Äusserung an der Verhandlung sei nicht notwendig, sofern sich das Gericht anderweitig davon überzeugen könne, dass das - im Vorverfahren vorbehaltlos erfolgte - Geständnis plausibel sei. Die erste Instanz habe den Beschwerdeführer zur Frage der Anerkennung des Sachverhalts befragt, nur habe sich dieser auf das Aussageverweigerungsrecht berufen. Die Aussageverweigerung als Teil des Aussageverhaltens des Beschuldigten würdigend, könne das Gericht zum Schluss kommen, diese Erklärung ergebe zusammen mit den Akten ein schlüssiges Bild und die Anklage stimme mit dem Ergebnis der Hauptverhandlung sowie den Akten überein. Der Beschwerdeführer habe nicht etwa das Geständnis widerrufen, sondern lediglich die Aussage verweigert. Sinn und Zweck des abgekürzten Verfahrens liessen es als nicht sachgerecht erscheinen, dass ein Beschuldigter dieses Verfahren allein durch eine Aussageverweigerung an der Hauptverhandlung zu Fall bringen könne. Dem Verhalten des Beschwerdeführers - zumal in Kombination mit den Äusserungen des Verteidigers - könne entnommen werden, dass er das abgekürzte Verfahren aufheben, nicht aber auf den in Bezug auf die Strafzumessung erheblichen Vorteil des Geständnisses verzichten wolle. Er habe sich die Sache nach der Zustimmung zur Anklageschrift anders überlegt und wolle nicht mehr daran gebunden sein, weil er die ausgehandelte Strafe als zu hoch empfinde. Dem stehe aber Art. 360 Abs. 2 letzter Satz StPO entgegen, der ins Gesetz aufgenommen worden sei, um Missbräuche zwecks Verfahrensverzögerung zu verhindern (Entscheid S. 10-18 E. 3.2 f.).
2.3. Gemäss <ref-law> kann die beschuldigte Person der Staatsanwaltschaft bis zur Anklageerhebung die Durchführung des abgekürzten Verfahrens beantragen, wenn sie den Sachverhalt, der für die rechtliche Würdigung wesentlich ist, eingesteht und die Zivilansprüche zumindest im Grundsatz anerkennt. Die Anklageschrift enthält im abgekürzten Verfahren unter anderem den Hinweis an die Parteien, dass sie mit der Zustimmung zur Anklageschrift auf ein ordentliches Verfahren und auf Rechtsmittel verzichten (<ref-law>). Die Staatsanwaltschaft eröffnet die Anklageschrift den Parteien, welche innert zehn Tagen zu erklären haben, ob sie ihr zustimmen oder sie ablehnen. Die Zustimmung ist unwiderruflich (<ref-law>; vgl. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar [nachfolgend: Praxiskommentar], Zürich 2009, N. 11 zu <ref-law> der in Anbetracht der gerichtlichen Überprüfung der Stichhaltigkeit der Anerkennung von einer relativen Unwiderruflichkeit ausgeht; DERSELBE, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts [nachfolgend: Handbuch], Zürich 2009, S. 632 N. 1382; gl.M. JEANNERET/KUHN, Précis de procédure pénale, Bern 2013, S. 436 N. 17069). Mit der Unwiderruflichkeit der Zustimmung soll sichergestellt werden, dass die beschuldigte Person das abgekürzte Verfahren nicht zur Verfahrensverzögerung missbrauchen kann, indem sie zunächst eine Absprache erzielt, diese aber in letzter Minute ablehnt (Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005 [nachfolgend: Botschaft StPO], BBl 2006 S. 1296).
Mit der Berufung gegen ein Urteil im abgekürzten Verfahren kann eine Partei nur geltend machen, sie habe der Anklageschrift nicht zugestimmt oder das Urteil entspreche dieser nicht (<ref-law>). Die beschränkte Rechtsmittelmöglichkeit hängt mit dem summarischen Charakter des abgekürzten Verfahrens zusammen. Da die Parteien der Anklageschrift im Wissen um die Folgen zustimmen, ist die Beschränkung der Berufungsgründe rechtsstaatlich akzeptabel (Botschaft StPO, BBl 2006 S. 1297; Schmid, Handbuch, S. 635 N. 1389; Bertrand Perrin, in: Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, Basel 2011, N. 14 zu <ref-law>). Der Berufungsgrund der fehlenden Zustimmung einer Partei zur Anklageschrift hat den Fall im Auge, in welchem das Gericht trotz fehlender Zustimmung ein Urteil im abgekürzten Verfahren fällt (Bertrand Perrin, a.a.O., N. 15 zu <ref-law>; Kuhn/Perrier, Quelques points problématiques du Code de procédure pénale suisse, in: Jusletter 22. September 2008, Rz. 28; Aline Breguet, La procédure simplifiée dans le CPP: un réel progrès?, in: Jusletter 16. März 2009, Rz. 67). Damit ist gemeint, dass Staatsanwaltschaft und Gericht zu Unrecht die Zustimmung einer Partei nach Art. 387 VE (d.h. <ref-law>) bejaht hätten (Begleitbericht des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements vom Juni 2001 zum Vorentwurf für eine Schweizerische Strafprozessordnung, S. 235 [nachfolgend: Begleitbericht]). Es stellt sich die Frage, ob Willensmängel der an sich erfolgten Zustimmung durch diesen Berufungsgrund abgedeckt sind (Greiner/Jaggi, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 43 ff. zu <ref-law> und N. 22 f. zu <ref-law>; Kuhn/Perrier, a.a.O., Rz. 29; Bertrand Perrin, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>; Donatsch/Frei, Die Prüfungspflichten des Gerichts beim abgekürzten Verfahren, in: Festschrift für Hans Wiprächtiger, "Toujours agité - jamais abattu", Basel 2011, S. 80 f.). Verwehrt ist die Rüge der beschuldigten Person, sie habe dem abgekürzten Verfahren zwar zugestimmt, sei aber in Wirklichkeit nicht geständig, der Sachverhalt sei nicht bewiesen oder der Tatbestand nicht erfüllt (Botschaft StPO, BBl 2006 S. 1297; in Bezug auf das Geständnis differenzierend Miriam Mazou, La procédure simplifiée dans le nouveau Code de procédure pénale: principes et difficultés, ZStrR 129/2011 S. 13 f. und S. 19, welche für die Zulassung der Berufung unterscheidet, ob die beschuldigte Person ihr Geständnis bereits an der Hauptverhandlung widerruft oder erst nach der Verhandlung vorbringt, sie lehne die Anklageschrift ab; sinngemäss gl.M. Moreillon/Parein-Reymond, Petit commentaire, Code de procédure pénale, Basel 2013, N. 11 zu <ref-law>).
2.4. Der Beschwerdeführer macht nicht geltend und gemäss Vorinstanz ist auch nicht ersichtlich, dass das Urteil nicht der Anklageschrift entspräche (Entscheid S. 18 E. 3.3). Unbestritten ist, dass das abgekürzte Verfahren gesetzeskonform eingeleitet wurde. Der Beschwerdeführer anerkannte im Vorverfahren den der Anklage zugrunde liegenden und mit der Aktenlage übereinstimmenden Sachverhalt. Er bestätigte, der Anklageschrift im abgekürzten Verfahren unwiderruflich zuzustimmen und auf Rechtsmittel zu verzichten. Er macht nicht geltend, er habe sich bei dieser Erklärung in einem Irrtum befunden (Beschwerde S. 10, Entscheid S. 6 f. E. 3.1.1 f.). Inwiefern die Berufung gegen ein Urteil im abgekürzten Verfahren im Falle eines Willensmangels zulässig ist, kann vorliegend offenbleiben. Der Beschwerdeführer stellt sich aber auf den Standpunkt, es mangle an seiner Zustimmung zur Anklageschrift, weil er sich an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung auf sein Aussageverweigerungsrecht berufen habe. Daher fehle es an der Erneuerung seiner Anerkennung des Sachverhalts.
2.5. Das Bundesgericht hat sich bislang noch nicht dazu geäussert, ob ein Urteil im abgekürzten Verfahren voraussetzt, dass die beschuldigte Person ihr Geständnis in der erstinstanzlichen Hauptverhandlung bestätigt.
2.5.1. Gemäss Art. 361 Abs. 1 und 2 StPO führt das erstinstanzliche Gericht eine Hauptverhandlung durch, an welcher es die beschuldigte Person befragt und feststellt, ob diese den Sachverhalt anerkennt, welcher der Anklage zu Grunde liegt, und ob diese Erklärung mit der Aktenlage übereinstimmt. Wenn nötig befragt es auch die übrigen anwesenden Personen. Ein Beweisverfahren findet indes nicht statt (Art. 361 Abs. 3 und 4 StPO). Soweit beim abgekürzten Verfahren keine besonderen Vorschriften bestehen, namentlich zur Hauptverhandlung, sind die allgemeinen Regeln anwendbar (vgl. Begleitbericht S. 231; Bertrand Perrin, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; Jo Pitteloud, Code de procédure pénale suisse, Zürich/St. Gallen 2012, S. 705 N. 1035; Greiner/Jaggi, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; John Noseda, in: Commentario, Codice svizzero di procedura penale, Zürich/St. Gallen 2010, N. 10 zu <ref-law>; Schmid, Praxiskommentar, N. 1 zu <ref-law>; Christian Schwarzenegger, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, N. 1 zu <ref-law>). Das Gericht befindet frei darüber, ob (a) die Durchführung des abgekürzten Verfahrens rechtmässig und angebracht ist, (b) die Anklage mit dem Ergebnis der Hauptverhandlung und den Akten übereinstimmt und (c) die beantragten Sanktionen angemessen sind (<ref-law>).
2.5.2. Der Botschaft lässt sich nicht entnehmen, ob das Gericht die ihm obliegenden Prüfungspflichten hinreichend wahrnehmen kann, wenn die beschuldigte Person an der Hauptverhandlung zwar anwesend ist, aber schweigt (Botschaft StPO, BBl 2006 S. 1294 ff.).
2.5.3. Nach Greiner/Jaggi kann sich das Gericht bei der Befragung der beschuldigten Person an der erstinstanzlichen Verhandlung vergewissern, dass die Anklageschrift tatsächlich auf dem freien Willen sämtlicher Beteiligter beruht. Die Befragung stelle ein wesentliches Element der Schutzfunktion des gerichtlichen Bestätigungsverfahrens dar. Das Gericht müsse sichergehen, ob überhaupt ein Geständnis vorliege und ob es sämtliche zur Anklage gebrachten Sachverhalte abdecke. Sodann müsse es sich versichern, dass die Erklärung, welche die beschuldigte Person in der Verhandlung abgebe, mit der Aktenlage übereinstimme. Die Autoren sind der Auffassung, die Befragung der beschuldigten Person sei unabdingbar, weil das Gericht im Rahmen der Hauptverhandlung klären müsse, ob diese den Sachverhalt anerkenne, welcher der Anklage zugrunde liege. Ohne Befragung könne das Gericht seiner Prüfungspflicht kaum nachkommen, weshalb ein abgekürztes Verfahren in Abwesenheit der beschuldigten Person nicht möglich scheine (a.a.O., N. 11 ff. und N. 19 zu <ref-law> mit Hinweisen; gl.M. mit eingehender Begründung Faller/Reymond/Vuille, Une procédure simplifiée au sens des art. 358 ss CPP peut-elle se dérouler par défaut?, ZStR 130/2012 76 ff., S. 87 ff.; ebenso Stefan Christen, Anwesenheitsrecht im schweizerischen Strafprozessrecht mit einem Exkurs zur Vorladung, Diss. 2010, S. 224 lit. c; gl.M. Jeanneret/Kuhn, a.a.O., S. 436 N. 17072; Moreillon/Parein-Reymond, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; John Noseda, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; Jo Pitteloud, a.a.O., S. 706 N. 1036; Bertrand Perrin, a.a.O., N. 14 ff. zu <ref-law>; a.M. Niklaus Schmid, Praxiskommentar, N. 3 zu <ref-law>; derselbe, Handbuch, S. 633 Fn. 87; wahrscheinlich auch a.M. Schwarzenegger, a.a.O., N. 4 zu <ref-law>). Greiner/Jaggi erachten eine Dispensation der beschuldigten Person höchstens in absoluten Ausnahmefällen als denkbar (a.a.O., N. 20 zu <ref-law> mit Hinweis; gl.M. Jo Pitteloud, a.a.O., S. 706 N. 1036; Faller/Reymond/Vuille, a.a.O., S. 91, plädieren für eine grosszügige Zulassung von Dispensationen).
2.5.4. Sven Zimmerlin nimmt an, aufgrund des erforderlichen Geständnisses der beschuldigten Person setze das abgekürzte Verfahren deren Verzicht auf das Aussageverweigerungsrecht voraus. Das Gericht habe zu prüfen, ob die Voraussetzungen des abgekürzten Verfahrens vorliegen. Indem die beschuldigte Person die Anerkennung des Sachverhalts zurücknehme, könne sie ein ordentliches Verfahren erzwingen. Voraussetzung für die Gültigkeit der abgegebenen Verzichtserklärungen der beschuldigten Person sei die strikte Einhaltung der gesetzlichen Formalien. Dazu gehöre neben der Bestellung eines amtlichen Verteidigers sowohl die Unterrichtung der beschuldigten Person über die Bedeutung ihrer Zustimmung zur Anklageschrift als auch die gerichtliche Kontrolle des Geständnisses bzw. der Anerkennung des Sachverhalts (inkl. deren Zustandekommen) sowie der Angemessenheit der Sanktionen (Sven Zimmerlin, Der Verzicht des Beschuldigten auf Verfahrensrechte im Strafprozess, Diss. 2008, S. 239 N. 702, S. 241 N. 707 und S. 248 N. 724).
2.5.5. FELIX BOMMER ist der Auffassung, dass man in der Anerkennung des Sachverhalts gemäss <ref-law> eine Erneuerung des Geständnisses sehen müsse, das bereits zu Beginn des abgekürzten Verfahrens abgelegt worden sei. Nur eine positive Erklärung könne daraufhin überprüft werden, ob sie mit der Aktenlage übereinstimme (<ref-law>). Fehle eine solche, müsse das abgekürzte Verfahren abgebrochen werden ( FELIX BOMMER, Schweizerische Strafprozessordnung und Schweizerische Jugendstrafprozessordnung, Kurzer Prozess mit dem abgekürzten Verfahren?, Bern 2010, S. 155).
2.6. Das gerichtliche Bestätigungsverfahren ist einer der gesetzlich vorgesehenen Schutzmechanismen im abgekürzten Verfahren. Die Befragung der beschuldigten Person anlässlich der Hauptverhandlung stellt dabei ein wesentlicher Bestandteil dar. Die Anerkennung des angeklagten Sachverhalts durch die beschuldigte Person gemäss <ref-law> muss als Erneuerung des Geständnisses verstanden werden, das diese bereits im Vorverfahren ablegte. Angesichts des Ausnahmecharakters des abgekürzten Verfahrens kann auf eine solche Bestätigung nicht verzichtet werden. Wenn sich die beschuldigte Person an der Hauptverhandlung auf ihr Aussageverweigerungsrecht beruft, kann das Gericht seine Prüfungspflichten nicht wahrnehmen. In einem solchen Fall kann es lediglich feststellen, dass die Voraussetzungen für ein Urteil im abgekürzten Verfahren nicht erfüllt sind, weshalb die Akten nach <ref-law> an die Staatsanwaltschaft zur Durchführung eines ordentlichen Vorverfahrens zurückzuweisen sind. Die Verweigerung der Aussage an der Gerichtsverhandlung führt zwar faktisch zur Möglichkeit, die (grundsätzlich unwiderrufliche, vgl. <ref-law>) Zustimmung zur Anklageschrift zu widerrufen. Diese Folge ist aber hinzunehmen, wenn sich das Gericht nicht persönlich davon überzeugen kann, dass die beschuldigte Person den angeklagten Sachverhalt anerkennt. Andernfalls könnte ebenso gut auf die Durchführung einer Hauptverhandlung und das gerichtliche Bestätigungsverfahren verzichtet werden.
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich ist aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Die Entschädigung ist seinem Rechtsvertreter zuzusprechen. Damit wird das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Stephan A. Buchli, für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini