Fatti:
A. La comunione ereditaria composta di A._ e B._ è proprietaria dei fondi prativi contermini ppp, qqq, rrr, sss, ttt e uuu del Comune di Agno, ubicati in località V._, nonché delle particelle vvv, www, xxx, yyy e zzz, anch'essi prativi, ubicati in località W._. Il 21 novembre 1977 il Consiglio comunale aveva adottato il piano regolatore, approvato il 20 gennaio 1981 dal Consiglio di Stato, che attribuiva i fondi delle comproprietarie, in quanto non boschivi, al territorio senza destinazione specifica, ricompresi poi in gran parte nel perimetro della zona di pianificazione riva al lago.
B. Il 20 marzo 2000 il Consiglio comunale ha adottato la revisione generale del piano regolatore, approvata il 17 dicembre 2002 dal Governo cantonale. I citati fondi sono stati inclusi, assieme ad altri terreni, nel perimetro riservato all'allestimento del piano regolatore particolareggiato PRP3, denominato "comprensorio riva del lago", disciplinato dall'art. 46 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), comparto nel quale gli insediamenti esistenti possono essere riattati e trasformati, ma non ampliati.
C. Il 14 agosto 2009 le comproprietarie sono insorte con un'istanza per denegata giustizia al Consiglio di Stato, ritenendo ingiustificato il ritardo del Comune nel pianificare i loro fondi, chiedendo quindi un risarcimento di fr. 16'650'000.-- e un'indennità annua di fr. 950'000.-- per l'immobilizzazione dei terreni a partire dall'inoltro dell'istanza: richieste poi abbandonate nel contenzioso in esame. Il 23 giugno 2010 il Consiglio di Stato ha respinto in quanto ammissibile l'istanza, poiché la pianificazione comunale era vincolata a quella di ordine superiore relativa all'ampliamento della pista dell'aeroporto di Lugano-Agno e al progetto di circonvallazione Agno-Bioggio. Con giudizio del 10 giugno 2011 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso delle comproprietarie.
D. Avverso questa decisione A._ e B._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale (causa 1C_352/2011). Chiedono, in via principale, di annullarla, di accertare la denegata/ritardata giustizia da parte del Comune, di comminare a quest'ultimo un termine di un mese per dare avvio al processo pianificatorio dei loro fondi e di un anno per sottoporre al Dipartimento del territorio una proposta d'indirizzo del piano regolatore per una verifica generale; in via subordinata, di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
E. Con sentenza 1C_352/2011 del 18 ottobre 2011, il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile il ricorso per mancato versamento tempestivo dell'anticipo richiesto. Mediante sentenza 1F_34/2011 del 17 gennaio 2012, ha poi accolto una domanda di revisione delle ricorrenti e annullato la predetta sentenza, riprendendo l'istruzione della causa sotto il nuovo numero 1C_44/2012.
F. Il Comune di Agno propone di respingere il ricorso, la Corte cantonale si riconferma nel giudizio impugnato, mentre il Consiglio di Stato ha inoltrato osservazioni tardive. Nella replica le ricorrenti si riconfermano nelle loro conclusioni. Il Consiglio di Stato ha duplicato tardivamente, mentre le altre parti non si sono espresse.

Diritto:
1. 1.1 Presentato contro una decisione finale dell'ultima autorità cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (<ref-law>), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione delle ricorrenti è pacifica.
1.2 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Il Tribunale federale vaglia la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale unicamente se tale censura è stata sollevata e motivata (<ref-law>). Ciò significa che le ricorrenti devono dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata li leda (<ref-ruling> consid. 1.4.1, 65 consid. 1.3.1). In particolare, laddove lamentano l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella loro valutazione, spetta alle ricorrenti dimostrare per quali ragioni i criticati accertamenti sarebbero chiaramente insostenibili, in evidente contrasto con gli atti, fondati su una svista manifesta o manifestamente in contraddizione con il sentimento di giustizia e di equità (<ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 2.1). Nella misura in cui le ricorrenti criticano semplicemente la decisione impugnata, contrapponendole una versione propria, il gravame disattende le esposte esigenze di motivazione ed è pertanto inammissibile.
2. 2.1 Le ricorrenti fanno valere che i loro fondi sarebbero stati attribuiti al territorio senza destinazione specifica fin dal 1981, ossia non pianificati per oltre trenta anni. Ciò contrasterebbe sia con l'obbligo di pianificare disposto dall'art. 2 cpv. 1 LPT sia con lo scopo dei piani di utilizzazione di cui all'art. 14 cpv. 1 LPT o piani regolatori secondo la previgente legge cantonale di applicazione alla LPT del 23 maggio 1990 (LALPT), diritto applicabile alle procedure in corso prima dell'entrata in vigore, il 1° gennaio 2012, della legge ticinese sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (Lst; art. 107). Adducono inoltre una lesione del diritto di proprietà (<ref-law>), dei principi della parità di trattamento, della certezza del diritto, della proporzionalità e del divieto dell'arbitrio. Queste censure sono proposte, in sostanza, in modo indistinto con riferimento all'asserita lesione dell'obbligo di pianificare e all'incertezza circa la destinazione urbanistica dei fondi in questione.
2.2 Le ricorrenti fanno valere, in modo alquanto prolisso, un diniego di giustizia, poiché sarebbero state lese garanzie procedurali dedotte dall'<ref-law>, segnatamente il diritto di essere sentito, violazione per altro non meglio precisata, e il "diritto" a che la situazione giuridica dei loro fondi sia definita entro un termine ragionevole. Aggiungono, che decisivo è unicamente il quesito di sapere se i motivi, che hanno comportato il criticato ritardo nella procedura, siano obiettivamente giustificati. In realtà, sebbene critichino un asserito ritardo nella procedura di pianificazione, le ricorrenti contestano in sostanza l'attribuzione dei loro fondi al PRP3, decisa nell'ambito dell'ultima adozione del PR, ch'esse non hanno tuttavia contestato con i rimedi offerti all'uopo dalla LPT. Anche nella replica sottolineano che il Comune avrebbe dovuto ridefinire, riducendolo, il perimetro del PRP3. Le loro censure avrebbero quindi potuto essere sollevate nell'ambito dell'adozione del nuovo piano regolatore, approvato nel 2002, che ha attribuito i fondi litigiosi al PRP3. Non si è pertanto in presenza dell'asserito diniego di giustizia, ma dell'attribuzione di fondi a una zona differente da quella voluta dalle ricorrenti.
2.2.1 In effetti, esprimendosi sulla disciplina delle zone di riserva e di transizione, elle fanno valere un'asserita violazione dell'obbligo di pianificare da oltre trenta anni, perché i loro fondi non sarebbero stati attribuiti a una zona di utilizzazione specifica. Ora, come si vedrà, il Comune non è rimasto inattivo: esso ha invero inserito i fondi litigiosi in un'altra zona, sempre non edificabile, diversa da quella che avrebbero voluto le ricorrenti.
Al riguardo, le comproprietarie si limitano ad accennare, peraltro in maniera del tutto generica, senza neppure indicare le particelle interessate, al fatto che contro l'attribuzione di non meglio precisati fondi alla zona senza destinazione specifica secondo il primo piano regolatore del 1977, approvato nel 1981, il loro padre ne aveva contestato la mancata attribuzione alla zona edificabile. Al proposito giova ricordare che, in ultima istanza, il relativo ricorso di diritto pubblico era stato respinto in quanto ammissibile dal Tribunale federale (sentenza 1P.383/1988 del 13 dicembre 1988).
2.2.2 Insistendo sulla tesi, secondo cui si sarebbe in presenza di una ritardata o mancata pianificazione del comparto in questione per oltre trenta anni e che si imporrebbe pertanto l'istituzione di una zona di pianificazione, le ricorrenti disattendono, come rettamente rilevato dal Comune, ch'esse avrebbero potuto impugnare tempestivamente l'adozione del PRP3 e addurre, in quell'ambito, queste critiche.
Esse parrebbero misconoscere infatti che, secondo la giurisprudenza, un piano di utilizzazione in linea di principio può essere contestato solo al momento della sua adozione. Un'impugnazione successiva, sollevata pregiudizialmente (come per esempio nel quadro del rilascio di licenze edilizie asseritamente chieste dalle ricorrenti), può avvenire solo in via eccezionale, ossia quando l'interessato non si fosse potuto rendere pienamente conto, al momento dell'adozione del piano, della limitazione impostagli, quando la procedura non gli avesse offerto in quella sede la possibilità di tutelare adeguatamente i suoi diritti e quando si pretenda che le circostanze, in particolare l'interesse pubblico, che avevano giustificato l'adozione del piano e le sue restrizioni, fossero nel frattempo radicalmente mutate (<ref-ruling> consid. 3b e rinvii; <ref-ruling> consid. 3c; cfr. anche <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 12c pag. 346; sentenze 1P.51/2004 del 28 febbraio 2005, consid. 4.2, apparsa in: RtiD II-2005, n. 21, pag. 121 segg. e 1A.200/2006 del 16 agosto 2007 consid. 3.2 apparsa in RDAF 2009 I pag. 500). Le prime due condizioni non sono manifestamente adempiute in concreto e le ricorrenti nemmeno dimostrano, per lo meno con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law>, che sarebbe adempiuta la terza, ritenuto ch'esse potevano addurre, già in quell'ambito, l'asserita insufficienza di un interesse pubblico, come pure criticare l'applicazione delle invocate norme della LPT e il risultato della ponderazione dei contrapposti interessi pubblici e privati (<ref-ruling> consid. 4.3; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1.2.1). Resta quindi da esaminare soltanto l'asserito ritardo a partire dal 2002.
2.3 Le ricorrenti rilevano che a partire da quella data non vi sarebbe più stata alcuna attività pianificatoria in relazione al comparto litigioso. Non si confrontano tuttavia, come ancora si vedrà, con le diverse e articolate argomentazioni addotte dai giudici cantonali a sostegno del mantenimento dei fondi in questione alla criticata zona. In siffatte circostanze, l'assunto ricorsuale, secondo cui il ritardo nella pianificazione della circonvallazione Agno-Bioggio, dal quale deriverebbe il preteso diniego di giustizia, sarebbe imputabile soltanto alle negligenze "dell'Autorità", non regge. Assumono che la criticata regolamentazione transitoria, non attribuendo i fondi a una zona specifica di utilizzazione, non potrebbe essere considerata un intervento pianificatorio: alla zona senza destinazione specifica del 1981 si sarebbe sostituita nel 2002 un'altra identica zona. Questo modo di procedere violerebbe l'obbligo di disciplinare l'uso ammissibile dell'utilizzazione del suolo di cui all'<ref-law>, poiché in linea di principio il piano regolatore dovrebbe definire in maniera conclusiva una specifica zona di utilizzazione: esse non l'hanno tuttavia impugnato tempestivamente. Neppure l'affermazione, non sostenuta dalla minima precisazione o prova concreta, ch'esse avrebbero sollecitato il Comune a porre fine all'incertezza circa l'utilizzazione dei loro fondi e che avrebbero inoltrato più volte domande di costruzione, presentato progetti e chiesto autorizzazioni, per nulla indicate in relazione agli stessi, muta tale esito.
3. 3.1 La Corte cantonale ha accertato che i fondi delle ricorrenti sono situati grosso modo al centro del vasto comparto, in massima parte inedificato, sito in località Vallone e Y._, laddove scorre il fiume Vedeggio, a nord della quale è ubicata l'infrastruttura aeroportuale Lugano-Agno. Il piano direttore, adottato dal Consiglio di Stato il 20 maggio 2009, inserisce questo comparto nel Parco del Vedeggio, parco territoriale per lo svago, la distensione, la salvaguardia agricola e la protezione naturalistica e paesaggistica (scheda di coordinamento R3). Questo piano impone tuttavia ai Comuni interessati di coordinare la loro pianificazione sia con la nuova strada di circonvallazione Agno-Bioggio sia con lo sviluppo dell'aeroporto. Ha rilevato che il tracciato della circonvallazione è consolidato soltanto a livello di pianificazione direttrice, alla scheda di coordinamento M3, relativa al piano dei trasporti del Luganese (PTL), mentre lo sviluppo dell'aeroporto è menzionato nella scheda di coordinamento M9, relativa all'infrastruttura aeronautica, con l'indicazione dell'allungamento della pista da 1'350 a 1'550 m.
Riguardo alla nuova strada di circonvallazione, la scheda di coordinamento M3 prevede ch'essa si sviluppi dall'incrocio delle Cinque Vie di Bioggio al Vallone di Agno, proseguendo poi, tra l'altro, con un passante interrato sotto il fiume Vedeggio verso la zona Y._, dove emerge in superficie, invadendo il comparto in esame, dove è prevista la cosiddetta rotonda di Agno, che garantisce l'allacciamento alla rete viaria principale attraverso il raccordo con la rotonda delle Z._. Dalla rotonda la strada prosegue attraversando il piano di Agno in sotterranea, interessando la maggior parte dei fondi delle ricorrenti (particelle uuu, www, xxx, yyy e zzz), per poi congiungersi in località Vallone con la strada cantonale esistente. La pianificazione/progettazione della strada dovrà avvenire per il tramite del progetto stradale.
3.2 Ne ha concluso che l'area dove sono inseriti i fondi delle ricorrenti è manifestamente vincolata dalle menzionate previsioni pianificatorie di ordine superiore che, una volta affinate in un progetto stradale, determineranno verosimilmente la necessità di una verifica della pianificazione comunale attraverso un'azione di coordinamento, che attualmente non potrebbe essere attuata "nemmeno in embrione". Ciò poiché il comparto litigioso sarà condizionato dall'area occupata dal tracciato della nuova circonvallazione, dalle rotonde, dalle opere accessorie, dagli allacciamenti con il resto della rete viaria e dalle linee di arretramento, che comporteranno la sottrazione di superficie utile e il frazionamento delle aree interessate, comprese quelle delle ricorrenti. Ha stabilito che questi problemi pianificatori, contrariamente all'assunto ricorsuale, non possono essere ritenuti di un'entità talmente trascurabile da permettere una soluzione autonoma a livello comunale: poiché le esigenze di viabilità regionali devono comunque tener conto delle necessità del Comune, si impone un coordinamento delle due pianificazioni.
3.3 Ha aggiunto che la situazione d'incertezza che grava detto comparto è accentuata dai programmi di sviluppo dell'infrastruttura aeronautica di Lugano-Agno, che, benché non interessino direttamente i fondi delle ricorrenti, avranno nondimeno un'incidenza su buona parte del comparto in cui essi sono inseriti, con importanti ricadute sulla definizione delle loro destinazioni d'uso. Hanno ricordato che proprio le incognite inerenti alla strada di circonvallazione e all'ampliamento dell'aeroporto avevano spinto, nel 1998, il Dipartimento del territorio a ritenere impraticabile l'adozione da parte del Comune dell'allora proposta di piano particolareggiato per la zona riva al lago.
3.4 La Corte cantonale ha rilevato infine che con la revisione generale del piano regolatore adottata il 20 marzo 2000 e approvata il 17 dicembre 2002, il Comune ha comunque pianificato il comparto litigioso includendolo nel perimetro riservato PRP3, che può essere assimilato all'istituzione di una zona senza destinazione specifica (art. 28 cpv. 2 lett. n LALPT). L'approfondimento pianificatorio del comparto in questione dev'essere coordinato con la nuova circonvallazione Agno-Bioggio, la cui progettazione è in fase di avvio. Il grado d'incertezza tuttora permanente non permette al Comune di determinarsi compiutamente sul comparto oltre a quanto stabilito nella citata revisione generale.
4. 4.1 Nella misura in cui le ricorrenti, in particolare nella replica, richiamando considerazioni esposte nel 1998 dal Dipartimento del territorio nel quadro dell'esame preliminare del piano d'indirizzo del piano direttore, superate pertanto dal nuovo piano direttore adottato dal Governo cantonale il 20 maggio 2009 sul quale si fonda la decisione impugnata ed asserendo che i loro terreni né sarebbero toccati dal tracciato della circonvallazione né dall'ampliamento dell'aeroporto, non dimostrano per niente che l'accertamento dei fatti operato dai giudici cantonali sarebbe addirittura insostenibile e quindi arbitrario: esso è pertanto vincolante per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 1.2, 304 consid. 2.4 e 2.5).
4.2 Le ricorrenti non si confrontano neppure, se non in maniera del tutto generica, con i citati argomenti addotti dalla Corte cantonale, sostenendo semplicemente che l'attribuzione del comparto in esame a una zona senza destinazione specifica non sarebbe sorretta da un interesse pubblico sufficiente, né sarebbe giustificata dall'eccezionalità della situazione. Contrariamente ai fatti accertati nell'impugnato giudizio, come si è visto vincolanti per il Tribunale federale, esse si limitano ad addurre in maniera perentoria che nella fattispecie non vi sarebbero concrete ed effettive pianificazioni suscettibili di influenzare l'area in questione e che comunque i loro terreni non sarebbero toccati, se non in maniera marginale, dai previsti interventi: allegano che la circonvallazione Agno-Bioggio sarebbe stata per anni una mera chimera e che nel 2008 la Confederazione avrebbe modificato, declassandolo, l'ordine di priorità di detta opera. Anche riguardo al previsto ampliamento dell'aeroporto asseriscono, senza confrontarsi del tutto con i motivi e gli accertamenti posti a fondamento del criticato giudizio, che non vi sarebbe nulla di concreto, rilevando che tale "incertezza" perdurerebbe da oltre trenta anni. Queste censure sono inammissibili per carenza di motivazione (<ref-law>). Certo, nella risposta l'opponente rileva che il piano generale della circonvallazione del Comune di Agno è decaduto a causa di una decisione del Parlamento cantonale e di una sentenza del Tribunale cantonale amministrativo del 1° giugno 2010, procedura alla quale avrebbero partecipato anche le ricorrenti: ciò è tuttavia irrilevante, poiché si tratta di un fatto nuovo non considerabile (<ref-law>). Del resto il Comune precisa che questo progetto sarebbe ancora attuale e in fase di elaborazione da parte dell'autorità cantonale competente, circostanza non contestata dalle ricorrenti.
4.3 Le ricorrenti affermano che l'incertezza circa la pianificazione del comparto litigioso non sarebbe sufficiente a giustificare il mantenimento della criticata zona senza destinazione e si diffondono sulla natura e sulla portata delle zone di pianificazione ai sensi dell'art. 27 cpv. 1 LPT, sottolineano il principio della sua durata massima di cinque anni (cpv. 2). Rilevano che nel quadro di una siffatta zona i loro diritti quali comproprietarie di fondi sarebbero meglio garantiti. Non spiegano tuttavia perché queste critiche non avrebbero potuto essere addotte al momento dell'adozione del PRP3.
4.4 Del resto le ricorrenti non sostengono, per lo meno con una motivazione conforme alle esigenze dell'art. 42 LPT, e comunque come si è visto non lo dimostrano, che nella fattispecie si sarebbe in presenza di un notevole cambiamento delle circostanze, che imporrebbe un riesame del piano regolatore o un suo adattamento ai sensi dell'art. 21 cpv. 2 LPT (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 4.2 e rinvii; sull'obbligo di procedere a una pianificazione cfr. <ref-ruling> consid. 3c; sull'ammissibilità di una zona residua ossia senza destinazione speciale cfr. <ref-ruling> consid. 3a e b), né invocano l'art. 41 LALPT, concernente la verifica e le modifiche del piano regolatore.
4.5 Adducono poi, sempre in maniera del tutto generica, una pretesa lesione del principio della parità di trattamento, poiché i loro fondi sarebbero colpiti proporzionalmente in modo maggiore rispetto a quelli di qualsiasi altro proprietario. La censura, inammissibile sempre poiché lesiva delle esigenze di motivazione (<ref-law>), è comunque infondata, visto che, come rilevato dal Comune nelle osservazioni al gravame e non contestato dalle ricorrenti nella replica, il comparto litigioso comprende anche fondi non appartenenti alle ricorrenti. L'indistinta allusione ricorsuale, secondo cui altri non meglio precisati fondi sarebbero stati attribuiti alla zona edificabile in località Z._, non muta tale esito.
Circa l'accenno, anch'esso privo di una motivazione sufficiente, alla violazione del principio della certezza del diritto, le ricorrenti asseriscono semplicemente che negli ultimi trenta anni non avrebbero potuto pianificare con opportuno anticipo e per un arco di tempo ragionevole investimenti relativi ai loro fondi.
4.6 In relazione al principio della proporzionalità sostengono che non sussisterebbe alcun interesse al mantenimento dei loro fondi in una zona senza destinazione specifica. Ciò rappresenterebbe una misura sproporzionata: aggiungono che l'equità vorrebbe ch'elle fossero per lo meno sollevate, retrospettivamente, dal relativo onere fiscale. Anche questa generica critica è inammissibile per carenza di motivazione e per gli ulteriori motivi di cui si dirà in seguito.
4.7 Le ricorrenti contestano il fatto che, riguardo alle tasse sulla sostanza, i loro fondi avrebbero un valore di stima fiscale di CHF 55.--/85.-- m2, importo che non rappresenterebbe un valore riferito a fondi senza destinazione specifica e tantomeno agricoli: questi oneri fiscali ammonterebbero, per oltre 30 anni, a svariate centinaia di migliaia di franchi. Affermano che per il perdurare di questa situazione dovrebbero essere esentate, anche retroattivamente, per lo meno dall'onere fiscale o che debba essere versato loro un corrispettivo indennizzo. Riguardo alla destinazione pianificatoria dei fondi litigiosi questa circostanza è tuttavia ininfluente. Nulla impediva e impedisce infatti alle ricorrenti di contestare i citati valori di stima dinanzi alle competenti autorità, qualora li ritengano troppo elevati.
5. 5.1 Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto.
5.2 Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). Al Comune, patrocinato da un legale, ma che ha agito nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali, non spettano ripetibili della sede federale (<ref-law>; <ref-ruling>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti. Non si attribuiscono ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.