Sachverhalt:
A. X._ verbüsste zwischen 1974 und April 1981 mehrere Strafen wegen Diebstahls. Am 14. Februar 1986 wurde er wegen vorsätzlicher schwerer Körperverletzung zu zwölf Monaten Gefängnis verurteilt, weil er einer Prostituierten mit einem Messer in den Bauch gestochen hatte. Aus diesem Strafvollzug wurde er im Dezember 1987 entlassen.
Am 4. November 1989 tötete er eine neunzehnjährige Prostituierte durch insgesamt 37 Stich- und Schnittverletzungen (<ref-ruling>, Sachverhalt). In der Folge einer zweiten bundesgerichtlichen Rückweisung zur Neubeurteilung (Urteil 6S.325/1992 vom 22. Sept. 1993 und <ref-ruling>) verurteilte ihn das Obergericht des Kantons Zürich am 7. Mai 1998 wegen Mordes zu 12 Jahren Zuchthaus, ordnete die Verwahrung gemäss Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe auf.
B. Vom Juni 2000 bis April 2006 nahm X._ in der Strafanstalt an einem durch den Psychiatrisch-Psychologischen Dienst des Amtes für Justizvollzug des Kantons Zürich (PPD) durchgeführten Ambulanten Intensivprogramm für Sexual- und Gewaltstraftäter teil. Er befand sich in der hochfrequenten Gruppe der Sexualstraftäter (AIP 2000), welche wöchentlich mehrere Stunden deliktorientierte Gruppenpsychotherapie, Einzeltherapie sowie Sozialtraining absolvierte. Anschliessend wechselte er im Zusammenhang der Überführung des AIP in die therapeutische Regelversorgung in ein ergänzendes Gruppenangebot mit deutlich reduziertem Setting, d.h. einer wöchentlichen Gruppentherapie, ergänzt durch eine Einzeltherapie und sporadisch durchgeführte begleitete therapeutische Ausgänge.
Mit Verfügung des Sonderdienstes des Amtes für Justizvollzug (Sonderdienst) vom 4. Dezember 2003 wurde ihm gestützt auf eine positive Stellungnahme der Fachkommission des Ostschweizer Strafvollzugskonkordats (Fachkommission) ein erster Vollzugslockerungsschritt in Form von therapeutischen Einzelausgängen gemäss Stufe I des AIP-Konzepts vom 26. Juli 2001 mit Auflagen bewilligt. Dazu hält die Präsidentin der Fachkommission in ihrem Schreiben vom 30. November 2007 an den Justizvollzug des Kantons Zürich fest, dass die Fachkommission in ihrer Stellungnahme vom 7. Mai 2003 begleitete Ausgänge der Stufe I befürwortet und weitergehende Vollzugslockerungen für nicht vertretbar gehalten habe.
Mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligte der Sonderdienst therapeutische Ausgänge gemäss den Stufen II und III des AIP-Konzepts mit Auflagen. Die Fachkommission hatte am 14. Dezember 2005 indessen auf eine Empfehlung zur Gemeingefährlichkeit verzichtet, weil eine zuverlässige Beurteilung ohne Information zu Art, Inhalt und Intensität der tatrelevanten Fantasien, allfälligen Ersatzhandlungen sowie Kontrollfähigkeit nicht möglich sei.
Nach dem "Konzept der therapeutischen Ausgänge im Rahmen des Ambulanten Intensiv-Programms (AIP)" vom 26. Juli 2001 handelt es sich bei Stufe I um einen "Einzelausgang" mit zwei Begleitpersonen von anfänglich 3 Stunden und in der Folge 5 Stunden Dauer. Stufe II betrifft den "Zweierausgang" mit zwei Begleitpersonen bis maximal 8 Stunden Dauer. Stufe III berechtigt zum "Dreierausgang" mit zwei Begleitpersonen bis maximal 8 Stunden Dauer. Bei den Begleitpersonen handelt es sich um erfahrenes forensisches Fachpersonal.
C. Nach einer Vollzugsunregelmässigkeit bei einem Verwahrten im Jahre 2006 wurden die amtsinternen Abläufe eingehend untersucht und einzelne Fälle überprüft. Die neue Amtsleitung hielt die Gewährung von therapeutischen Ausgängen gemäss den Stufen II und III des AIP-Konzepts ohne entsprechende materielle Empfehlung der Fachkommission für nicht verantwortbar. Das Amt für Justizvollzug verfügte daher am 15. Oktober 2007, die X._ betreffenden Akten hinsichtlich der Gewährung von therapeutischen Ausgängen der Stufen II und III erneut der Fachkommission vorzulegen, sobald das vom Obergericht in Auftrag gegebene Gutachten vorliege und das Gericht über die Verwahrung (gemäss Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002 des Strafgesetzbuches) Beschluss gefasst habe. Die mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligten therapeutischen Ausgänge der Stufen II und III würden bis zum Vorliegen dieser Stellungnahme der Fachkommission sistiert.
D. Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich wies mit Verfügung vom 26. März 2008 den von X._ gegen die Verfügung vom 15. Oktober 2007 geführten Rekurs ab. Zur Begründung führte sie aus:
Nach dem Strafurteil von 1998 gefährde X._ infolge seines Geisteszustandes die öffentliche Sicherheit in schwerwiegender Weise. Er habe im Tatzeitpunkt unter einer ausgeprägten Störung der Sexualpräferenz im Sinne eines Sadomasochismus mit fetischistischer Komponente und deutlicher Progredienz sowie einer Tendenz zur ausgeprägten Ritualisierung gelitten. Ausserdem habe als Grundstörung eine ausgeprägte kombinierte Persönlichkeitsstörung mit dissozialen, schizoiden, ängstlich-asthenischen sowie narzistischen Elementen bestanden. Dieses Störungsbild sei in seiner Gesamtheit als ursächlich für das Tötungsdelikt angesehen worden, in welchem er vor allem seine seit Jahren bestehenden und immer mehr ausgebauten paraphilen Fantasien in die Tat umgesetzt habe. Das Störungsbild sei generell als sehr schwer behandelbar beurteilt worden.
Nach dem letzten über ihn erstellten externen ergänzenden psychiatrischen Gutachten vom 7. April 2003 falle er statistisch gesehen in die Gruppe der Gewalttäter mit einem erheblich erhöhten Rückfallrisiko. Der PPD gehe in seiner jüngsten Beurteilung der Legalprognose von einer sehr hohen bzw. deutlichen bis sehr hohen strukturellen Rückfallgefahr aus, deren Beeinflussbarkeit generell als sehr gering bezeichnet werde. Verglichen mit dieser Ausgangssituation hätten durch die Teilnahme am AIP therapeutische Fortschritte erzielt werden können, so dass derzeit ein geringes bis moderates Rückfallrisiko bestehe.
Die Überprüfung der Verwahrung sei zurzeit beim Obergericht hängig (oben E. C). Gemäss § 56 Abs. 1 der Justizvollzugsverordnung (JVV) vom 6. Dezember 2006 würden Urlaub und Ausgang gemäss den Richtlinien der Ostschweizerischen Strafvollzugskommission über die Ausgangs- und Urlaubsgewährung bewilligt. Gemäss diesen Richtlinien vom 7. April 2006 über die Ausgangs- und Urlaubsgewährung seien im geschlossenen Vollzug Ausgänge nur als Bestandteil therapeutischer Programme zulässig. Gemäss § 70 Abs. 2 JVV würden Urlaub und andere Vollzugslockerungen gemeingefährlichen Straftätern nur gewährt, wenn davon ausgegangen werden könne, dass sie nicht mehr gemeingefährlich sind oder Dritte vor einer verbleibenden Gefahr durch begleitende Massnahmen ausreichend geschützt werden können. Die Richtlinien vom 27. Oktober 2006 über den Vollzug von Freiheitsstrafen und freiheitsentziehenden Massnahmen bei gemeingefährlichen Straftätern und Straftäterinnen schrieben vor, dass die Stellungnahme der Fachkommission eingeholt werde, wenn trotz Gemeingefährlichkeit eine Vollzugsöffnung erwogen werde.
In der Verfügung vom 10. Februar 2006 sei die Gemeingefährlichkeit nicht verneint, aber angenommen worden, Dritte könnten bei begleiteten Ausgängen ausreichend geschützt werden. Die Vollzugslockerung sei jedoch ohne Stellungnahme der Fachkommission bewilligt worden (oben E. B). Die einstweilige Sistierung der therapeutischen Ausgänge der Stufen II und III sei angesichts des besonders hohen öffentlichen Interesses am Schutz vor besonderer Gewaltdelinquenz geradezu geboten. Das bestellte Gutachten werde auch die Fragen der begleiteten Ausgänge beurteilen. Es sei nicht zu beanstanden, dass das Gutachten und der Entscheid des Obergerichts abgewartet würden.
E. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt:
1. die Verfügung der Direktion der Justiz und des Innern vom 26. März 2008 (Ziff. 1 des Dispositivs) aufzuheben,
2. die Vollzugsbehörden anzuweisen, die mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligten Ausgänge der Stufen II und III durchzuführen,
3. eventualiter die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen mit der Anweisung, die Durchführung der mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligten Ausgänge zu prüfen bzw. prüfen zu lassen, sobald das im Rahmen der Verwahrungsüberprüfung in Auftrag gegebene Gutachten vorliege und diesfalls die Akten sobald als möglich der Fachkommission vorzulegen,
4. die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
F. In der Vernehmlassung verweisen die Direktion der Justiz und des Innern sowie der Justizvollzug des Kanton Zürichs auf die angefochtene Verfügung und beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die angefochtene Verfügung der Direktion der Justiz und des Innern ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in Strafsachen im Sinne von Art. 78 Abs. 2 lit. b in Verbindung mit Art. 80 und Art. 130 Abs. 1 BGG. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt Verletzungen von <ref-law>, der persönlichen Freiheit (<ref-law>), des Legalitätsprinzips (<ref-law>), des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes (<ref-law> und <ref-law>), des Vertrauensschutzes (<ref-law>) sowie des rechtlichen Gehörs und des Anspruchs auf Begründung von Verfügungen (<ref-law>).
2.1 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1.4). Dieses Rügeprinzip verlangt, dass in der Beschwerdeschrift dargelegt wird, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 3.1).
2.2 Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law> als "selbständiges verfassungsmässiges Recht" geltend macht, ist darauf hinzuweisen, dass das allgemeine Willkürverbot für sich allein keine geschützte Rechtsstellung für die Beschwerdelegitimation begründet (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling>). Ferner ist bei der Anwendung des kantonalen Rechts, wozu auch das Konkordatsrecht (<ref-law>) zählt, die Frage der Verhältnismässigkeit (<ref-law>) ausserhalb des Schutzbereichs spezieller Grundrechte grundsätzlich nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots zu prüfen (<ref-ruling>; vgl. Matthias Oesch, Das Verhältnismässigkeitsprinzip in der Einheitsbeschwerde, in: Anwalts-Revue 6-7/2008 S. 271). Einschränkungen von Grundrechten unterliegen den weitergehenden Voraussetzungen von <ref-law>. <ref-law> betrifft hingegen die Anordnung einer Massnahme und nicht die Vollzugsmodalitäten. Die Grundzüge des Straf- und Massnahmevollzugsrechts regelt der Vierte Titel des Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs, wobei <ref-law> den Grundsatz der Verhältnismässigkeit für das gesamte Straf- und Massnahmevollzugsrecht statuiert. In diesem Umfang unterliegt die Rechtsanwendung der gegenüber der eingeschränkten Willkürprüfung (<ref-law>; <ref-law>) weitergehenden freien bundesgerichtlichen Kognition (<ref-law>), weshalb der Rüge der Willkür hier keine eigenständige Bedeutung mehr zukommt.
2.3 Nach den verfassungsrechtlichen Begründungsanforderungen (<ref-law>) ist es nicht erforderlich, dass sich eine Behörde mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1). Diese Begründungsanforderungen sind erfüllt. Es ist völlig klar, aus welchen Gründen die Verfügung vom 10. Februar 2006 sistiert wurde.
3. Das Obergericht des Kantons Zürich verwahrte den Beschwerdeführer weisungsgemäss gemäss Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB (<ref-ruling> E. 4d). Diese Verwahrung wird zurzeit gemäss Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002 des Strafgesetzbuches überprüft. Das Obergericht hat dazu ein psychiatrisches Gutachten in Auftrag gegeben. Übergangsrechtlich sind die Bestimmungen über die Verwahrung nach neuem Recht anwendbar (<ref-law>).
3.1 Die erwähnte Vollzugsunregelmässigkeit eines Verwahrten führte zu einer allgemeinen Überprüfung der Vollzugslockerungen, insbesondere zur sofortigen Aussetzung und Neubeurteilung der Vollzugslockerungen mit unbegleiteten Bewegungsmöglichkeiten für alle Verwahrten im Kanton Zürich (Urteil 6B_791/2007 vom 9. April 2008, Sachverhalt). Weil eine generelle Überprüfung vorgenommen wurde, der somit nicht alleine der Beschwerdeführer unterlag, ist insoweit Willkür bereits von vornherein ausgeschlossen. Ihn betreffend verfügte das Amt für Justizvollzug am 15. Oktober 2007, die Frage der therapeutischen Ausgänge der Fachkommission vorzulegen und die am 10. Februar 2006 bewilligten therapeutischen Ausgänge der Stufen II und III bis zum Vorliegen dieser Stellungnahme der Fachkommission zu sistieren (oben E. C).
Die Sistierungsverfügung vom 15. Oktober 2007 bewirkte zwar eine Schlechterstellung des Beschwerdeführers. Nachträgliche korrigierende Entscheidungen unterliegen aber nicht dem Verschlechterungsverbot. Sie dienen der elastischen Ausgestaltung sowie der sach- und situationsgerechten Handhabung der Vollzugsmodalitäten. Die Vollzugsbehörden fällen solche Entscheide nach pflichtgemässen Ermessen. Negative Auswirkungen auf die psychische Situation des Betroffenen sollen nach Möglichkeit vermieden werden. Denn häufige Änderungen bilden Störfaktoren für die Resozialisierung. Es muss auf eine gewisse Stetigkeit der Entwicklung und der Verhältnisse hingearbeitet werden. Ausgestaltung und Vollzug einer Verwahrung bereiten indessen besondere Schwierigkeiten (Marianne Heer, Strafrecht I, Basler Kommentar, 2. Auflage, Basel 2007, Art. 90 N. 23).
Der verfassungsrechtliche Vertrauensschutz (<ref-law>) verleiht einen Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Er setzt weiter voraus, dass gestützt auf berechtigtes Vertrauen nicht mehr rückgängig zu machende nachteilige Dispositionen getroffen wurden und dass nicht überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (<ref-ruling> E. 4.1). Der Beschwerdeführer kann sich zwar auf ein durch die Verfügung vom 10. Februar 2006 begründetes Vertrauen berufen. Solche Verfügungen unterliegen aber der kontinuierlichen Anpassung an die Vollzugsrealitäten, so dass mit Abänderungen gerechnet werden muss. Insbesondere kann dem Vertrauen auf den Bestand einer Vollzugsmodalität kein Vorrang vor den Notwendigkeiten der öffentlichen Sicherheitsinteressen eingeräumt werden. Daran vermöchten auch Dispositionen des Beschwerdeführers nichts zu ändern.
3.2 Der Beschwerdeführer zählt aufgrund seines sich in der Anlasstat und seinem Vorverhalten manifestierenden Störungsbildes zu der Kategorie der besonders gefährlichen Sexual- und Gewaltstraftäter (vgl. auch <ref-ruling> E. 3a). Allerdings unterzog er sich in der Zwischenzeit einer therapeutischen Behandlung. Deren Wirkung wird zurzeit gutachterlich untersucht.
Die Erforschung der Täterpersönlichkeit, insbesondere ihrer Gefährlichkeit, ist das zentrale Problem des Massregelvollzugs, weil es stets um diese Gefährlichkeit bzw. ihre Abwehr geht (Heinz Schöch, Strafgesetzbuch, Leipziger Kommentar, 12. Auflage, Berlin 2008, Vor § 61 N. 28). Individuelle Kriminalprognosen sind Wahrscheinlichkeitsaussagen über das künftige Legalverhalten von Personen. Somit gibt es, wie dieser Autor darlegt (a.a.O., N. 145), prinzipiell keine sicheren Prognosen und damit keine einfachen Ja/Nein-Antworten. Die Beantwortung dieser Frage konfrontiert Entscheidungsträger mit ausserordentlichen Schwierigkeiten (dazu Heer, a.a.O., Art. 64 NN. 46 ff.). Auch ist davon auszugehen, dass Gefährlichkeitsprognosen lediglich für den Zeitraum eines Jahres relativ zuverlässig gestellt werden können (<ref-ruling> E. 3.4). Entsprechend bedarf es bei jener Täterkategorie, zu welcher der Beschwerdeführer gehört, der vertieften Abklärung der Gemeingefährlichkeit (<ref-law>). Daran ändert nichts, dass es vorliegend nicht um eine eigentliche Vollzugsöffnung gemäss dem (nicht abschliessenden) Wortlaut von <ref-law> geht. Vollzugslockerungen wie die therapeutischen Ausgänge müssen ebenfalls gesichert werden. Die erwähnte Richtlinie vom 27. Oktober 2006 zählt in Ziff. 2.2 denn auch in vertretbarer Weise begleitete und unbegleitete Ausgänge zu den Vollzugsöffnungen. Bei Verwahrten stehen die besondere Gefährlichkeit und der Schutz der Allgemeinheit vor besonderer Gewaltdelinquenz im Zentrum des Interesses (Heer, a.a.O., Art. 75a N. 9). Diese Tatsache determiniert die Vollzugssituation und damit letztlich jede Vollzugsverfügung vollumfänglich.
3.3 Der Beschwerdeführer wendet insbesondere ein, die Vorinstanz entscheide willkürlich, wenn sie die Prüfung der Gefährlichkeit bzw. die Aktenüberweisung an die Fachkommission vom Vorliegen des bestellten Gutachtens abhängig mache. Sie verletze die persönliche Freiheit durch Verstoss gegen das Legalitätsprinzip und den Verhältnismässigkeitsgrundsatz (Art. 36 Abs. 1 und 3 BV). Denn schwere Eingriffe in die persönliche Freiheit, wie das vorliegend der Fall sei, bedürften einer rechtlichen Grundlage in Form eines Gesetzes im formellen Sinn. Die Richtlinien der Ostschweizer Strafvollzugskommission genügten diesen Anforderungen nicht. Der mit der Sistierung der therapeutischen Ausgänge verbundene Eingriff in seine Persönlichkeitsrechte sei im Hinblick auf die "extrem geringe Wahrscheinlichkeit weiterer Straftaten" unverhältnismässig.
3.3.1 Für den Straf- und Massnahmevollzug sind die Kantone zuständig, soweit das Gesetz nichts anderes vorsieht (<ref-law>). Die <ref-law> regeln nur die Grundzüge des Straf- und Massnahmevollzugs. Der Vollzug wird durch das kantonale Recht näher bestimmt, so durch das Ostschweizer Strafvollzugskonkordat, dessen oberstes Organ die Strafvollzugskommission ist, die aus je einem Vertreter der beteiligten Kantone und damit auch des Kantons Zürich zusammengesetzt ist. Diese Kommission ist befugt, Richtlinien zu erlassen. <ref-law> ermächtigt die Kantone zum Abschluss solcher Konkordate. Die auf dem ergänzenden kantonalen Recht beruhenden Freiheitsbeschränkungen müssen in einem kantonalen Gesetz oder Reglement festgelegt sein. Sie bedürfen mithin gemäss <ref-law> der gesetzlichen Grundlage, müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz der Grundrechte Dritter gerechtfertigt sein, sie müssen verhältnismässig sein und dürfen den Kerngehalt der Grundrechte nicht antasten. In ihrem Schutzgehalt knüpfen Kerngehalte der Grundrechte an die Garantie der Menschenwürde von <ref-law> an und konkretisieren jene Aspekte menschlicher Würde, deren Antastung keinem Menschen zugemutet werden darf (Markus Schefer, Beeinträchtigung von Grundrechten, in: Detlef Merten/Hans-Jürgen Papier, Handbuch der Grundrechte, Band VII/2, Heidelberg/Zürich/St. Gallen 2007, S. 184). Das Bundesgericht beurteilt diese Fragen aufgrund der konkreten Umstände des Einzelfalls (<ref-ruling> E. 6.1).
3.3.2 Vorliegend beruht die Einschränkung der persönlichen Freiheit auf Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB. Es ist sodann nicht ersichtlich, inwiefern die kantonalrechtlichen gesetzlichen Vollzugsgrundlagen den verfassungsrechtlichen Anforderungen nicht genügen sollten (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 und 4.3 hinsichtlich der Glaubens- und Gewissensfreiheit). Der Beschwerdeführer stellt die Gesetzmässigkeit von § 56 Abs. 1 und § 70 Abs. 2 JVV (oben E. D) nicht in Frage (oben E. 2.1). Die erwähnten zwei Richtlinien vom 7. April und 27. Oktober 2006 der Ostschweizer Strafvollzugskommission verweisen auf die gesetzlichen Grundlagen im Strafgesetzbuch und finden ihre Stütze weiter in der Justizvollzugsverordnung vom 6. Dezember 2006 (in deren Anhang sie aufgeführt sind), die sich ihrerseits insbesondere auf das Straf- und Justizvollzugsgesetz (StJVG) des Kantons Zürich vom 23. Juni 2006 stützt. Die Richtlinien verbleiben jedenfalls im zu beurteilenden Umfang auch inhaltlich im Rahmen des übergeordneten Rechts, so dass darauf nicht weiter einzutreten ist. Insbesondere wurde auch die Fachkommission mit Richtlinie vom 27. Oktober 2006 in Ausführung von <ref-law> geschaffen.
3.3.3 Es kann offen bleiben, ob die Sistierung der therapeutischen Ausgänge der Stufen II und III überhaupt als schwerer Eingriff in die persönliche Freiheit zu betrachten ist, wie das der Beschwerdeführer annimmt. Im Massnahmevollzug ergeben sich im öffentlichen Interesse liegende Freiheitsbeschränkungen aus dem Zweck dieser Institution. Über das hierzu erforderliche Mass dürfen sie aber nicht hinausgehen (<ref-ruling> E. 4.2). Das Gebot der Verhältnismässigkeit gemäss <ref-law> verlangt, dass eine behördliche Massnahme für das Erreichen des im öffentlichen oder privaten Interesse liegenden Zieles geeignet und erforderlich ist und sich für die Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung als zumutbar und verhältnismässig erweist. Erforderlich ist eine vernünftige Zweck-Mittel-Relation. Eine Massnahme ist unverhältnismässig, wenn das Ziel mit einem weniger schweren Grundrechtseingriff erreicht werden kann (<ref-ruling> E. 7.2 S. 62).
Die Prüfung der Verhältnismässigkeit der Sistierungsverfügung wird naturgemäss stark durch das besondere Rechtsverhältnis der Verwahrungssituation des Beschwerdeführers geprägt. Wie oben dargelegt, stehen sämtliche Vollzugslockerungen für den Beschwerdeführer unter dem Vorbehalt seiner besonderen Gefährlichkeit. Hier liegt der Sachverhalt vor, dass die Frage der Gemeingefährlichkeit heute nicht eindeutig beantwortet werden kann. In diesem Fall muss gemäss Ziff. 3.1 lit. b der Richtlinie vom 27. Oktober 2006 die Stellungnahme der Fachkommission eingeholt werden (vgl. auch <ref-law>). Diese auch der rechtsgleichen Rechtsanwendung dienenden Regeln sind zu beachten. Für die bewilligten Ausgänge der Stufen II und III fehlte die Stellungnahme der Fachkommission. In ihrer Stellungnahme vom 7. Mai 2003 hatte sie über die Stufe I hinausgehende Vollzugslockerungen für nicht vertretbar gehalten (oben E. B).
Aufgrund der Einstufung als gemeingefährlich ist die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers von Gesetzes wegen massiv eingeschränkt. Vollzugslockerungen bedürfen der Rechtfertigung. Dem Beschwerdeführer sind therapeutische Ausgänge der Stufe I bewilligt worden. Therapeutische Ausgänge der Stufen II und III führen zu einer quantitativen und qualitativen Ausweitung der Bewegungsfreiheit. Deren Bewilligungsfähigkeit ist primär eine Frage der Einstufung seiner Gefährlichkeit. Erst in zweiter Linie ist zu prüfen, ob diese Ausgänge hinreichend gesichert werden können. Auch müssen Vollzugsöffnungen und Sicherheitsmassnahmen in einem vertretbaren Verhältnis stehen. Allerdings würde ein allzu einengendes Sicherheitsdispositiv Sinn und Zweck der therapeutischen Ausgänge entgegenstehen, da das AIP-Konzept 2001 von dem Postulat ausgeht, dass in einem Behandlungssetting erreichte Fortschritte der Überprüfung, Erprobung, Erweiterung und Stabilisierung in einem "In-vivo-Setting" bedürfen, um dauerhaft zu sein. Dieses Konzept geht mithin bewusst gewisse notwendige vertretbare Risiken ein.
§ 70 Abs. 2 JVV schreibt aber richtigerweise vor, dass Vollzugslockerungen solchen Verurteilten nur gewährt werden können, wenn davon ausgegangen werden kann, dass a) sie nicht mehr gemeingefährlich sind oder b) Dritte vor einer verbleibenden Gefahr durch begleitende Massnahmen ausreichend geschützt werden können. Kann nun entgegen dem Beschwerdeführer weder einfach davon ausgegangen werden, dass er nicht mehr gemeingefährlich ist, noch dass sich die verbleibende Gefahr eindeutig beantworten lässt, verbleibt kein anderer Weg, als weitergehende Vollzugslockerungen zu sistieren, bis diese Frage hinreichend geklärt ist. Hinreichend geklärt ist diese Problematik aber erst mit dem Vorliegen des auf das neue Gutachten gestützten Gerichtsurteils. Denn die Beurteilung der Gemeingefährlichkeit ist eine Rechtsfrage. Damit erweist sich die Sistierung als verhältnismässig im Sinne der Geeignetheit und Erforderlichkeit. In Abwägung der berührten Interessen, wobei den öffentlichen Sicherheitsinteressen überwiegendes Gewicht zukommt, ist diese Massnahme dem Beschwerdeführer auch ohne weiteres zumutbar. Sie trifft ihn weder in unzumutbarer Härte noch tastet sie die Kerngehaltsgarantie seiner im Sinne von <ref-law> geschützten Grundrechtsposition im Rahmen seines besonderen Rechtsverhältnisses an. Schliesslich ist nicht zu übersehen, dass ihm therapeutische Ausgänge der Stufe I bewilligt sind, so dass weiterhin eine privilegierte Situation besteht.
3.4 Das angefochtene Urteil ist somit nicht zu beanstanden. Weiter ist nicht ersichtlich, wie das Bundesgericht ohne hinreichende Grundlagen für die Gefährlichkeitsprüfung die Vollzugsbehörden anweisen sollte, die Ausgänge entsprechend der sistierten Verfügung durchzuführen (Rechtsbegehren Ziff. 2). Schliesslich lässt sich die Beschwerde auch nicht im Eventualpunkt gutheissen (Rechtsbegehren Ziff. 3). Dieses Begehren entspricht inhaltlich im Wesentlichen der von den Vollzugsbehörden festgelegten Vorgehensweise. Diese werden nach Vorliegen des Gerichtsurteils die Frage der therapeutischen Ausgänge neu beurteilen. Auf die diesbezügliche Kritik ist nach dem Gesagten nicht mehr weiter einzutreten.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann gutgeheissen werden. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben und die Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Die Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Antigone Schobinger, wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 2'000.-- entschädigt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. September 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Briw