Faits:
A. A._ est propriétaire des parcelles nos 12441 et 12442 de la commune de X._. Par jugement du 13 septembre 2001, confirmé sur recours, le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal de première instance) a accordé, au profit de la parcelle n° 12443 (devenue n° 13297), propriété des époux B._, une servitude d'empiètement aérien à charge de la parcelle n° 12441. A titre d'indemnité équitable, A._ était autorisée à faire usage du mur mitoyen du garage sis sur la parcelle des époux B._. En 2003, sur réquisition de l'avocat de ces derniers, le registre foncier a procédé à l'inscription de la servitude d'empiètement.
A._, C._ et les époux B._ sont aussi propriétaires, à raison d'un tiers chacun (respectivement 1/6ème pour chacun des époux B._), de la parcelle n° 12444, qui constitue une dépendance de leurs parcelles respectives. Suite à un accord passé dans les années 1970 avec les précédents copropriétaires de la parcelle n° 12444, A._ a pu jouir de ce bien-fonds en y aménageant notamment un jardin. Lors d'une réunion tenue le 7 mai 2004, les époux B._ et C._ ont voté une remise en état de ladite parcelle. Par arrêt du 19 janvier 2007, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a constaté la nullité de cette décision. A._ a saisi le registre foncier d'une réquisition tendant à "l'enregistrement" de cet arrêt. Le registre foncier a rejeté cette réquisition par avis du 9 mars 2011, que la Cour de justice a confirmé par arrêt du 14 juillet 2011. A._ a contesté cet arrêt auprès de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral, qui a très partiellement admis son recours au motif que la Cour de justice avait omis de statuer sur une requête d'assistance judiciaire (arrêt 5A_516/2011 du 8 novembre 2011).
B. Le 12 août 2011, A._ a déposé une plainte pénale contre le registre foncier et les époux B._ pour faux dans les titres au sens de l'art. 251 du Code pénal suisse (CP; RS 311.0). Elle se plaignait essentiellement de l'inscription de la servitude d'empiètement aérien à charge de la parcelle n° 12441. Par ordonnance du 24 août 2011, le Ministère public du canton de Genève (ci-après: le Ministère public) a décidé de ne pas entrer en matière sur cette plainte, considérant que les éléments constitutifs de l'infraction dénoncée n'étaient pas réunis. Selon cette autorité, une inscription au registre foncier fondée sur un jugement du Tribunal de première instance définitif et exécutoire ne pouvait manifestement pas constituer un faux dans les titres. Statuant sur recours de A._, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a confirmé cette appréciation par arrêt du 10 octobre 2011.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt ainsi que l'ordonnance du Ministère public du 24 août 2011, de renvoyer la cause à l'instance cantonale afin qu'elle poursuive la procédure pénale, d'ordonner la récusation d'un juge "à titre préventif" et, subsidiairement, de prononcer directement diverses condamnations au versement d'indemnités. Elle requiert en outre l'octroi de l'assistance judiciaire. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt. Le Ministère public s'est déterminé, concluant au rejet du recours. La recourante a présenté des observations complémentaires.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 43; <ref-ruling> consid. 1 p. 331 et les arrêts cités).
1.1 Prise dans le cadre d'une procédure pénale, la décision attaquée peut faire l'objet d'un recours en matière pénale au sens des <ref-law>. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Il incombe au recourant de démontrer que cette condition est réalisée, conformément aux exigences de motivation déduites de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251). En particulier, la partie plaignante qui n'a pas eu la possibilité de prendre des conclusions civiles doit indiquer quelles conclusions elle entendrait faire valoir et exposer en quoi la décision attaquée pourrait avoir une incidence négative sur le jugement de celles-ci, à moins que l'on puisse le discerner d'emblée et sans ambiguïté (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 247 s.; <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 199; <ref-ruling> consid. 1a p. 187 et les arrêts cités).
En l'espèce, la recourante avait déclaré se porter partie civile mais elle n'avait pas pris de conclusions civiles dans le cadre de la procédure pénale. Celle-ci s'est cependant soldée par un refus d'entrer en matière prononcé une dizaine de jours après le dépôt de la plainte pénale, de sorte qu'on ne saurait faire grief à la recourante d'avoir omis de chiffrer ses prétentions civiles. Ces dernières ressortent de l'écriture de recours, dans laquelle la recourante chiffre le préjudice qu'elle prétend subir en raison de l'inscription de la servitude litigieuse. On discerne les incidences négatives de la décision attaquée sur le jugement de ces prétentions, de sorte que le recours est recevable au regard de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF.
1.2 Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées entrent dans le cadre de l'<ref-law>. Le recours est donc en principe recevable.
1.3 En vertu de l'<ref-law>, les conclusions nouvelles sont irrecevables. Devant l'instance précédente, la recourante avait conclu à l'annulation de l'ordonnance de non-entrée en matière et au renvoi de la cause au Ministère public pour qu'il poursuive la procédure. Les conclusions qui excèdent ce cadre et qui sont présentées pour la première fois devant la Cour de céans sont donc irrecevables, à l'exception de la conclusion tendant à l'annulation de l'arrêt querellé et à la récusation d'un juge faisant partie de la composition de la Cour ayant rendu cet arrêt.
2. Dans un premier grief, la recourante se plaint d'une constatation manifestement inexacte des faits.
2.1 Conformément à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente. L'<ref-law> ne permet de s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Le recourant peut critiquer les constatations de fait aux mêmes conditions, si la correction du vice soulevé est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Il lui appartient de démontrer que ces conditions sont réalisées, par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.).
2.2 En l'espèce, la recourante développe sa propre appréciation des multiples aspects du litige qui l'oppose depuis des années aux bénéficiaires de la servitude litigieuse. Elle mentionne diverses dispositions légales et des extraits de jurisprudence, mais elle n'expose pas concrètement en quoi les faits auraient été établis arbitrairement par la Cour de justice dans l'arrêt querellé, ni quels faits déterminants pour l'issue du présent litige n'auraient pas été pris en considération de façon insoutenable. L'argumentation présentée dans l'écriture de recours ne répond donc pas sur ce point aux exigences de motivation déduites de l'<ref-law>. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de s'écarter des faits retenus dans la décision attaquée. Les allégués de fait qui ne ressortent pas de celle-ci sont dès lors irrecevables.
3. Les autres griefs soulevés par la recourante sont présentés de manière relativement confuse, de sorte qu'il est difficile d'en dégager une argumentation juridique à laquelle rattacher les conclusions du recours qui sont recevables. On comprend néanmoins que la recourante reproche à la Cour de justice d'avoir confirmé le refus du Ministère public d'entrer en matière, car elle estime que l'infraction de faux dans les titres (<ref-law>) dénoncée dans sa plainte est réalisée.
3.1 Conformément à l'art. 310 al. 1 let. a du code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0), le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis.
Aux termes de l'<ref-law> l'infraction de faux dans les titres consiste à créer un titre faux, falsifier un titre, abuser de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constater ou faire constater faussement, dans un titre, un fait ayant une portée juridique, ou avoir, pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite.
3.2 En l'occurrence, la Cour de justice a confirmé l'appréciation du Ministère public, qui avait considéré que la réquisition présentée par l'avocat des époux B._ et la décision du registre foncier ne pouvaient être constitutives de faux dans les titres, dès lors qu'elles se fondaient sur une décision de justice définitive et exécutoire. La recourante ne remet pas en cause cette appréciation de façon convaincante. Comme elle l'a déjà fait devant les instances précédentes, elle tente de remettre en question des décisions civiles entrées en force, en particulier celles qui ont trait à la servitude d'empiètement octroyée par jugement du Tribunal de première instance du 13 septembre 2001 et au rejet des requêtes tendant à la radiation de cette inscription, respectivement à son complément par l'indication de l'assiette et du droit d'usage concédé à titre d'indemnité équitable. Ces questions ont au demeurant déjà été soumises au Tribunal fédéral (cf. arrêts 5C.232/2002 du 23 décembre 2002, 5A_516/2011 précité, consid. 3). La recourante allègue encore une attribution illicite d'une partie de la parcelle n° 12444 aux époux B._, en se fondant sur un passage de l'arrêt attaqué qui mentionne que ceux-ci sont propriétaires "à raison d'une moitié chacun". Elle se méprend cependant sur la portée de ce passage, qui a manifestement trait à la parcelle n° 13297. Il ressort au demeurant sans équivoque de l'arrêt querellé que les époux B._ sont bien propriétaires d'un tiers de la parcelle n° 12444, à savoir d'une part de 1/6ème chacun. Il en va au demeurant de même de l'extrait du registre foncier produit par la recourante, les mentions "1/2" étant à mettre en relation avec la part de "2/6" des époux B._.
Pour le surplus, la recourante ne démontre pas en quoi les démarches de l'avocat des époux B._ et du registre foncier relèveraient du droit pénal. Selon les documents figurant au dossier, l'inscription au registre foncier précise expressément que la servitude consiste en un "empiètement aérien du garage" situé sur la parcelle n° 13297. La réquisition déposée par l'avocat des époux B._ mentionne également ce point, en faisant référence au jugement rendu le 13 septembre 2001 par le Tribunal de première instance, annexé à la requête. Or, il ressort clairement de ce jugement que la servitude litigieuse vise à obliger le propriétaire de la parcelle n° 12441 à tolérer l'empiètement aérien du garage sis sur la parcelle n° 12443 (actuellement n° 13297). Le jugement précise en outre que la recourante est autorisée à faire usage du mur mitoyen du garage, à titre d'indemnité équitable pour la servitude d'empiètement. Dans ces conditions, on ne voit pas comment la recourante peut prétendre que l'empiètement aérien grève l'entier de sa parcelle, qu'il équivaut à une expropriation et que les bénéficiaires se sont octroyé ce droit de manière illicite et totalement gratuite. On ne discerne pas non plus sur cette base quel élément constitutif de l'infraction de faux dans les titres pourrait être réalisé. Il en va au demeurant de même en ce qui concerne l'infraction d'escroquerie, évoquée dans le recours mais dont la plainte pénale ne faisait pas état, et qui vise le comportement prétendument frauduleux des époux B._. Qu'elles soient dirigées contre ces derniers ou contre le registre foncier, les dénonciations de la recourante s'avèrent donc manifestement infondées. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de trancher la question de la recevabilité du recours au regard des prétentions que la recourante pourrait former à l'encontre des fonctionnaires du registre foncier (cf. <ref-law>). En définitive, le Ministère public pouvait considérer que les éléments constitutifs des infractions précitées n'étaient manifestement pas réalisés, de sorte que c'est à juste titre qu'il a rendu une ordonnance de non-entrée en matière en application de l'<ref-law>.
4. L'écriture de recours comporte encore un grief relatif à la récusation du juge D._, la recourante soutenant que ce magistrat doit être récusé au motif que la fille des époux B._ porte le même nom que lui. Ce moyen apparaît dépourvu d'objet dans la mesure où il vise une récusation "à titre préventif" pour le cas où la Cour de justice devait statuer à nouveau sur le présent litige, la cause n'étant pas renvoyée à cette autorité. Quoi qu'il en soit, l'homonymie alléguée ne constitue pas à elle seule un motif de récusation et elle établit encore moins une application arbitraire du droit cantonal régissant cette question.
5. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Il n'y a pas lieu d'accorder l'assistance judiciaire, dès lors que les conclusions du recours apparaissaient d'emblée vouées à l'échec (<ref-law>). La recourante, qui succombe, doit par conséquent supporter les frais de la présente procédure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 26 avril 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Rittener