Sachverhalt:
A. Das schweizerische Heilmittelinstitut Swissmedic erliess am 10. Juni 2004 im Verwaltungsstrafverfahren gegen X._ und Unbekannt wegen Verdachts auf Widerhandlung gegen die Heilmittelgesetzgebung den Befehl, die Räumlichkeiten der Y._ AG in Z._ zu durchsuchen und "papiers et autres documents, en particulier de la comptabilité dès 2002 (Art. 50 VStrR)" zu beschlagnahmen. Die Hausdurchsuchung wurde gleichentags durchgeführt. Dabei wurden verschiedene Arzneimittel, Papiere und Datenträger beschlagnahmt.
Die Y._AG sowie deren Verwaltungsratspräsident, X._, erhoben am 14. Juni 2004 gemeinsam Beschwerde nach Art. 26 ff. VStrR bei der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts (im Folgenden kurz: Beschwerdekammer) in Bellinzona. Sie beantragten u.a., die Beschlagnahme aufzuheben und die beschlagnahmten Dokumente, Gegenstände und Informationen bis zur Aufhebung der Beschlagnahmeverfügung zu versiegeln.
Der Präsident der Beschwerdekammer hiess das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung teilweise gut, soweit er darauf eintrat. Er ordnete die provisorische Versiegelung der beschlagnahmten Papiere und Datenträger bis zum Entscheid über die hängige Beschwerde an.
B. Mit Beschwerde gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG und Art. 214 ff. BStP beantragt die Swissmedic, diesen Präsidialentscheid aufzuheben, soweit er die provisorische Versiegelung der beschlagnahmten Papiere und Datenträger anordne.
X._ und die Y._ AG beantragen in ihrer Vernehmlassung, auf die Beschwerde nicht einzutreten oder sie eventuell abzuweisen. Das Bundesstrafgericht lässt sich vernehmen, ohne einen Antrag zu stellen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Gegenstand des vor der Beschwerdekammer hängigen Beschwerdeverfahrens ist eine Zwangsmassnahme, die der Direktor der Swissmedic im Rahmen eines Verwaltungsstrafverfahrens gegen die Beschwerdeführer angeordnet hatte und gegen die diese sich nach Art. 26 VStrR mit Beschwerde bei der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts zur Wehr setzten. Im hier angefochtenen Entscheid ordnete der Kammerpräsident auf ein Gesuch der Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung in Anwendung von Art. 218 BStP die provisorische Versiegelung der beschlagnahmten Papiere und Datenträger bis zum Entscheid über die hängige Beschwerde an.
Anwendbares Verfahrensrecht im Beschwerdeverfahren vor der Beschwerdekammer ist, entgegen der Auffassung von deren Präsidenten, allerdings dasjenige der Art. 26 ff. VStrR und nicht der Art. 214 ff. BStP (Art. 28 Abs. 1 lit. d und Art. 30 des Strafgerichtsgesetzes vom 4. Oktober [SGG; SR 173.71] i.V.m. Art. 90 Abs. 1 des Heilmittelgesetzes vom 15. Dezember 2000 [HMG; SR 812.21]). Dies ist hier indessen nicht weiter von Belang, da Art. 218 BStP mit Art. 28 Abs. 5 VStrR insofern übereinstimmt, als auch der Beschwerde nach Art. 26 VStrR aufschiebende Wirkung nur zukommt, soweit ihr eine solche durch vorsorgliche Verfügung der Beschwerdeinstanz oder ihres Präsidenten verliehen wird.
1.1 Nach Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG sind "Entscheide der Beschwerdekammer über Zwangsmassnahmen" beim Bundesgericht mit Beschwerde anfechtbar; das Verfahren richtet sich sinngemäss nach den Art. 214-216, 218 und 219 BStP. Gemäss Art. 214 BStP sind vorab die Parteien beschwerdebefugt. Art. 34 BStP räumt der Bundesanwaltschaft im Bundesstrafverfahren ausdrücklich Parteistellung ein. Im VStrR fehlt eine gleiche Bestimmung zu Gunsten der zuständigen Strafverfolgungsbehörde. Der Sache nach muss jedoch der Strafverfolgungsbehörde in beiden Verfahren in gleicher Weise Parteistellung zukommen. Die Swissmedic oder eine andere im Verwaltungsstrafverfahren zuständige Strafverfolgungsbehörde ist daher in gleicher Weise wie die Bundesanwaltschaft im Sinne von Art. 214 BStP als Partei berechtigt, Beschwerde gegen Entscheide der Beschwerdekammer zu führen, und zwar auch dann, wenn sich die Beschwerde gegen eine von dieser selber erlassenen Verfügung richtet (vgl. <ref-ruling> E.3 und 130 IV 154 E. 1.2 S. 155).
1.2 Die Beschwerde setzt nach dem Wortlaut von Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG voraus, dass die Beschwerdekammer über eine Zwangsmassnahme entschieden hat.
1.2.1 Die hier zu beurteilende Beschwerde richtet sich nicht gegen einen Entscheid der Beschwerdekammer, sondern gegen einen solchen des Kammerpräsidenten und damit grundsätzlich nicht gegen ein taugliches Anfechtungsobjekt.
1.2.2 Die hier angefochtene provisorische Versiegelung der beschlagnahmten Dokumente und Datenträger betrifft den Bestand der Beschlagnahme nicht und ist damit offensichtlich kein Entscheid über eine Zwangsmassnahme im Sinne von Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG.
1.2.3 Richtet sich die Beschwerde somit weder gegen einen Entscheid der Beschwerdekammer, noch gegen einen Entscheid über eine Zwangsmassnahme, ist darauf nicht einzutreten.
Fraglich könnte einzig sein, ob nicht Rechtsschutz gewährt und die Beschwerde ans Bundesgericht nach Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG dann zugelassen werden müsste, wenn der Präsident der Beschwerdekammer eine Zwangsmassnahme aufheben oder eine solche neu anordnen würde. Darüber braucht hier indessen nicht entschieden zu werden.
2. Für die Verfahrenskosten gilt nach dem Verweis in Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG Art. 219 BStP, dessen Abs. 3 die grundsätzliche Kostenlosigkeit des Beschwerdeverfahrens statuierte. Diese Bestimmung wurde im Entlastungsprogramm für den Bundeshaushalt 03 aufgehoben, unter gleichzeitiger Ergänzung von Art. 245 BStP mit "im gerichtlichen Verfahren" (BBl 2003 S. 5763; AS 2004 S. 1638; in Kraft seit dem 1. April 2004, AS 2004 S. 1647), womit für die gerichtlichen Verfahrenskosten der generelle Verweis von Art. 245 BStP auf die Art. 146-161 OG zur Anwendung kommt.
Demzufolge sind keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Hingegen hat die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Präsident der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. September 2004
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: