Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Nell'ottobre 2005 l'azienda ticinese B._SA ha stipulato con la società olandese C._BV un contratto avente per oggetto la fornitura e il montaggio di una serra per la coltivazione dei pomodori. Il contratto includeva anche il montaggio dell'impianto di riscaldamento, non invece la sua messa in funzione; di questa si è occupata D._AG, poi ripresa da A._AG, con sede a X._.
2. Il 20 dicembre 2006 B._SA ha convenuto le due imprese dinanzi al Pretore del Distretto di Bellinzona, chiedendone la condanna, in solido, al pagamento di fr. 200'000.-- oltre interessi, quale risarcimento del danno patito a causa della moria delle colture (e della conseguente perdita di produzione), riconducibile alle esalazioni nocive sprigionatesi dal citato impianto di riscaldamento.
Avversata la petizione, nella risposta del 24 gennaio 2008 A._AG ha sollevato anche l'eccezione d'incompetenza territoriale del giudice adito.
C._BV non ha per contro reagito, facendosi precludere.
2.1 In occasione dell'udienza preliminare svoltasi il 3 febbraio 2009, il Pretore ha innanzitutto sospeso la causa nei confronti della ditta olandese, in attesa di conoscere l'esito di quella incoata contro la società bernese.
2.2 L'udienza è stata quindi limitata all'esame dell'eccezione d'incompetenza territoriale, così come previsto dall'<ref-law>/TI, che il giudice ha respinto con decreto dello stesso giorno.
Per il Pretore, la connotazione internazionale della vertenza fra B._SA e C._BV non influisce sulla qualifica della lite nei confronti di A._AG, che ha carattere nazionale e soggiace pertanto alla Legge federale sul foro in materia civile (LForo; RS 272). Ammessa l'esistenza di un litisconsorzio facoltativo fra le parti convenute in causa e la sua competenza territoriale nei confronti della litisconsorte con sede nei Paesi Bassi, il giudice si è riconosciuto competente anche nei confronti della società svizzera; l'art. 7 cpv. 1 LForo prevede infatti che "se l'azione è diretta contro più litisconsorti, il giudice competente per un convenuto lo è anche per gli altri".
3. Asserendo che la competenza del foro di Bellinzona nei suoi confronti non risulta né dalla LForo, dato il carattere internazionale della fattispecie, né dalla Convenzione di Lugano né tantomeno dalla LDIP, priva di una norma di competenza territoriale specifica per il caso del litisconsorzio facoltativo, A._AG si è tempestivamente aggravata contro il decreto pretorile. Invano. Con sentenza del 9 marzo 2010 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto la sua impugnativa.
3.1 Posto che B._SA ha fondato la pretesa nei confronti di A._AG sulla violazione di un (asserito) contratto, quello con il quale le aveva affidato il compito di mettere in servizio l'impianto di riscaldamento, e che in tale rapporto contrattuale non è ravvisabile nessun elemento di estraneità - avendo entrambe le parti sede in Svizzera e dovendo la prestazione contrattuale essere fornita in Svizzera - i giudici della massima istanza ticinese hanno in primo luogo negato il carattere internazionale della vertenza in rassegna e, di conseguenza, hanno ammesso l'applicabilità della LForo alla fattispecie.
Dopodiché sono stati verificati i presupposti per l'applicazione dell'art. 7 cpv. 1 LForo. Riconosciuta l'esistenza di un litisconsorzio facoltativo passivo e la competenza territoriale del Pretore bellinzonese a statuire nei confronti della società olandese in forza dell'art. 5 n. 1 CL, il Tribunale d'appello ha respinto la tesi della società appellante secondo cui l'art. 7 cpv. 1 LForo non permetterebbe la creazione di una competenza presso un foro risultante - per un altro litisconsorte - dall'art. 5 n. 1 CL. È pertanto possibile - conclude la sentenza cantonale - "convenire il domiciliato in Ticino (e quindi di riflesso, a seguito dell'entrata in vigore della LForo, anche il domiciliato in Svizzera) al foro dell'adempimento valido per l'altra parte domiciliata all'estero".
3.2 In via abbondanziale, i giudici ticinesi hanno osservato che si giungerebbe allo stesso risultato anche nella denegata ipotesi in cui si volesse - come A._AG - considerare il rapporto fra le parti in causa di natura internazionale; la competenza del foro bellinzonese si evincerebbe allora dall'<ref-law>, che disciplina le azioni derivanti da atto illecito e al cpv. 2 crea (eccezionalmente) un foro dei litisconsorti.
3.3 Donde la conferma della reiezione dell'eccezione d'incompetenza territoriale sollevata dall'appellante.
4. Prevalendosi della violazione della LForo - di cui contesta l'applicabilità e, in ogni caso, l'applicazione fattane dai giudici cantonali - il 14 maggio 2010 A._AG è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza cantonale nel senso dell'accoglimento dell'appello e, quindi, dell'accoglimento dell'eccezione d'incompetenza territoriale.
La domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è stata accolta con decreto del 2 giugno 2010.
Nelle osservazioni del 14 luglio 2010 B._SA ha proposto di respingere il ricorso, mentre l'autorità cantonale non si è determinata.
5. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1).
6. Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione incidentale sulla competenza (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso raggiunge fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso appare ricevibile, ma solo sotto questo profilo.
7. Il ricorso deve infatti essere dichiarato inammissibile a causa della sua motivazione.
7.1 Anche se, di per sé, esamina d'ufficio il diritto federale (<ref-law>), tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>), il Tribunale federale vaglia di regola solo le censure sollevate. Esso non è tenuto a trattare tutte le questioni giuridiche che si pongono, come farebbe un'autorità di prima istanza, se queste non sono più oggetto di discussione in sede federale (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104 seg.). Nell'allegato ricorsuale occorre pertanto spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto federale; la motivazione dev'essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca su quali punti e perché la decisione dell'autorità inferiore viene contestata (<ref-ruling> consid. 2.1).
In concreto, dinanzi al Tribunale federale la ricorrente ribadisce il carattere internazionale della vertenza - ciò che esclude l'applicabilità della LForo - ma non si confronta criticamente con il considerando della decisione impugnata che esamina la fattispecie sotto questo profilo; in particolare non si esprime né sull'interpretazione né sull'applicazione dell'<ref-law> effettuata dai giudici ticinesi.
Questo rende il suo gravame inammissibile.
7.2 Secondo costante giurisprudenza, infatti, quando una sentenza si fonda su più motivazioni indipendenti, alternative o sussidiarie, ciascuna sufficiente a giustificarla, la parte ricorrente deve censurarle tutte (<ref-ruling> consid. 6.3 pag. 120 seg.; <ref-ruling> consid. 3). Altrimenti il rimedio esperito si esaurirebbe in un (inammissibile) litigio sui motivi, privo di ogni influsso sul dispositivo della pronunzia cantonale poiché, anche se le obiezioni formulate contro una delle motivazioni dovessero apparire giustificate, la decisione rimarrebbe comunque valida nel suo risultato, sulla base delle argomentazioni non criticate (<ref-ruling> consid. 1b).
Nella fattispecie, come indicato al consid. 3, la sentenza impugnata contiene due motivazioni: quella principale, fondata sull'applicazione dell'art. 7 LForo è stata esposta ai consid. 2-4; quella "abbondanziale", fondata sull'applicazione dell'<ref-law>, al consid. 5. Poco importa che la seconda motivazione sia stata addotta "in via abbondanziale": essa costituisce una motivazione indipendente dalla prima, sufficiente - da sola - a giustificare la decisione cantonale.
Come appena esposto, dinanzi al Tribunale federale la ricorrente non ha preso posizione sulla seconda motivazione: essa ha concentrato le sue critiche sulla motivazione principale, precisando esplicitamente di non ritenere rilevante la "digressione ad 5".
8. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 5'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.