Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Die A._AG betreibt seit den Fünfzigerjahren in der Schwerzi einen Altautoverwertungsbetrieb. Dieser erstreckt sich über eine Gesamtfläche von 6'600 m2. Das Betriebsareal gliedert sich in verschiedene Betriebsbereiche: Fahrzeugannahme, Annahmelager, Vorbehandlung, Zwischenlager, Demontage, Ersatzteillager, Lager fester Abfälle, Lager flüssiger Abfälle, Lager Restkarosserien bzw. Autowracks und Pressen. Gemeinde und Kanton erteilten hierfür im Verlauf der Jahre verschiedene bau- und gewässerschutzrechtliche Bewilligungen; zum Teil wurden diese befristet und nicht mehr erneuert.
Das Gebiet Schwerzi befindet sich in der Landwirtschaftszone. Im regionalen Richtplan Oberland von 1985 war hier ein Autosammelplatz festgelegt. Anlässlich der Revision des Richtplans im Jahre 1998 wurde diese Festlegung wegen entgegenstehender planungsrechtlicher Grundsätze aufgehoben.
Das Gebiet Schwerzi befindet sich in der Landwirtschaftszone. Im regionalen Richtplan Oberland von 1985 war hier ein Autosammelplatz festgelegt. Anlässlich der Revision des Richtplans im Jahre 1998 wurde diese Festlegung wegen entgegenstehender planungsrechtlicher Grundsätze aufgehoben.
B. Ende 1994 ersuchte die A._AG die Baudirektion des Kantons Zürich um einen Vorentscheid im Sinne von Art. 24 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700). Das Gesuch betraf den Neubau einer Werk- und Lagerhalle, eines überdachten Platzes für verschiedene Arbeiten sowie eines gedeckten Abstellplatzes für Unfallautos und Betriebsfahrzeuge. Das Projekt sollte der gewässerschutzrechtlichen Sanierung dienen und eine rationellere Betriebsabwicklung ermöglichen. Die Baudirektion lehnte das Gesuch am 13. Juli 1995 ab. Hiergegen erhob die A._AG Rekurs an den Regierungsrat, der das Verfahren im Einvernehmen mit den Beteiligten bis auf weiteres sistierte.
In der Folge liess das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) gutachterliche Berichte über die Altautoverwertung erarbeiten, die es alsdann der A._AG zur Stellungnahme unterbreitete. Zudem vereinbarten das AWEL und die A._AG, dass letztere den Behörden die Skizze eines redimensionierten Sanierungskonzepts zur Beurteilung einreiche. Dieser Vereinbarung kam die A._AG am 10. November 2000 nach. Anlässlich der Besprechung vom 16. November 2000 wurde von Amtsvertretern die Meinung geäussert, das redimensionierte Projekt bzw. Konzept stelle eine gute Grundlage für den Entscheid über dessen Bewilligungsfähigkeit dar. Im Mai 2002 teilte die Baudirektion der A._AG mit, dass das Gesuch um eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 RPG auch für das reduzierte Sanierungsprojekt vom November 2000 nicht in Aussicht gestellt werden könne. Nach eingegangener Stellungnahme der A._AG verfügte die Baudirektion am 24. Februar 2003 was folgt:
I. Das reduzierte Sanierungsprojekt der A._AG vom 10. November 2000 wird gestützt auf Art. 24 RPG abgelehnt. Demgemäss wird die nachgesuchte Ausnahmebewilligung für das reduzierte Sanierungsprojekt verweigert.
II. Die in der Vernehmlassung von der A._AG gestellten Anträge werden abgelehnt.
III. Die A._AG wird verpflichtet, ab sofort Unfallautos unter Dach und Restkarosserien im Freien nur noch einstöckig zu lagern. Ab dem 1. Januar 2004 ist die Lagerung von Unfallautos und Restkarosserien im Freien gänzlich untersagt.
IV. Das heutige Areal der A._AG (gemäss Kataster-Kopie vom 12. Januar 1988) in der "Schwerzi" (Im Ried 9) wird ab dem 1. Januar 2007 mit einem Verbot der Altautoverwertung und des Autohandels belegt.
V. Die A._AG wird verpflichtet, die bestehenden Bauten und Anlagen mit provisorischer Baubewilligung bis zum 31. Dezember 2007 abzubrechen bzw. zu beseitigen:
- Abwasseranlage (provisorische Einleitungsbewilligung 16. August 1967)
- Vorplatzabwasser (provisorische Einleitungsbewilligung vom 8. Dezember 1967)
- Provisorische Werkplatzüberdachung (provisorische Bewilligungen vom 20. November 1974, vom 16. Mai 1975 sowie vom 17. Juni 1975)
- Einleitung Meteorwasser (provisorische Einleitungsbewilligung vom 2. Juni 1975)
VI. Die A._AG wird verpflichtet, den Standort des Verwertungsbetriebs in der "Schwerzi" einer Altlastenvoruntersuchung zu unterziehen und dem AWEL Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft bis 30. Juni 2003 einen entsprechenden Untersuchungsbericht in achtfacher Ausfertigung vorzulegen.
VII. (Grundbuchanmerkung des Verbots gemäss Disp.-Ziff. III)
VIII. -X. (Gebühren, Rechtsbelehrung, Mitteilung)"
VIII. -X. (Gebühren, Rechtsbelehrung, Mitteilung)"
C. Den gegen die vorerwähnte Verfügung der Baudirektion erhobenen Rekurs hiess der Regierungsrat am 19. November 2003 gut, hob die angefochtene Verfügung auf und beauftragte die Baudirektion, über das reduzierte Sanierungskonzept der A._AG eine Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) durchzuführen. Zudem verpflichtete er die A._AG, den Standort des Verwertungsbetriebs in der Schwerzi einer Altlastenvoruntersuchung zu unterziehen und dem AWEL innert sechs Monaten nach Rechtskraft des Rekursentscheids einen entsprechenden Untersuchungsbericht vorzulegen.
Die Stadt Uster gelangte gegen diesen Beschluss an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess mit Entscheid vom 19. August 2004 die Beschwerde gut, hob den angefochtenen Beschluss auf und bestätigte unter Ansetzung neuer Vollzugsfristen die Verfügung der Baudirektion vom 24. Februar 2003.
Die Stadt Uster gelangte gegen diesen Beschluss an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess mit Entscheid vom 19. August 2004 die Beschwerde gut, hob den angefochtenen Beschluss auf und bestätigte unter Ansetzung neuer Vollzugsfristen die Verfügung der Baudirektion vom 24. Februar 2003.
D. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht vom 6. Dezember 2004 verlangt die A._AG, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und der Rekursentscheid des Regierungsrats vom 19. November 2003 sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache in teilweiser Aufhebung des angefochtenen Entscheids an die Vorinstanz bzw. an die Baudirektion des Kantons Zürich zurückzuweisen mit der Auflage, der Beschwerdeführerin die Verwirklichung des reduzierten Sanierungsprojekts im Sinne einer teilweisen Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands zu befehlen. Subeventualiter sei die Sache in teilweiser Aufhebung des angefochtenen Entscheids an die Baudirektion des Kantons Zürich zurückzuweisen mit der Auflage, die Beschwerdeführerin zur Einreichung eines erneut reduzierten Sanierungsprojekts anzuhalten.
Die Stadt Uster beantragt, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen. Die Baudirektion und der Regierungsrat des Kantons Zürich haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Verwaltungsgericht schliesst unter Hinweis auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) erachtet den Entscheid der Vorinstanz im Ergebnis als richtig und beantragt ebenfalls die Abweisung der Beschwerde.
Die Stadt Uster beantragt, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen. Die Baudirektion und der Regierungsrat des Kantons Zürich haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Verwaltungsgericht schliesst unter Hinweis auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) erachtet den Entscheid der Vorinstanz im Ergebnis als richtig und beantragt ebenfalls die Abweisung der Beschwerde.
E. Mit Verfügung vom 27. Januar 2005 erkannte der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist gemäss Art. 34 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700) unter anderem zulässig gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide über die Zonenkonformität von Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen sowie über Bewilligungen im Sinne der Artikel 24-24d RPG. Nach Art. 37a RPG regelt der Bundesrat, unter welchen Voraussetzungen Zweckänderungen gewerblich genutzter Bauten und Anlagen zulässig sind, welche vor dem 1. Januar 1980 erstellt wurden oder seither als Folge von Änderungen der Nutzungspläne zonenwidrig geworden sind. Gleich wie Art. 24c RPG ist auch Art. 37a RPG nur auf solche Bauten anwendbar, die seinerzeit in Übereinstimmung mit dem materiellen Recht erstellt wurden, durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen jedoch zonenwidrig geworden sind. Art. 37a RPG behandelt somit einen Spezialfall der grundsätzlich in Art. 24c RPG geregelten Bestandesgarantie (Peter Karlen, Die Ausnahmebewilligung nach Art. 24-24d RPG, in: ZBl 102/2001 S. 291 ff., 302). Art. 37a RPG ist erst im Differenzbereinigungsverfahren bei der Revision der Art. 24 ff. RPG entstanden (vgl. Rudolf Muggli, Kurzkommentar zum Entwurf für eine Änderung des Raumplanungsgesetzes vom 20. März 1998, Raum & Umwelt, Bern 1998, N. 1 zu Art. 37a). Dies mag erklären, weshalb er in Art. 34 Abs. 1 RPG nicht ausdrücklich erwähnt wird. Gestützt auf Art. 37a RPG erteilte Bewilligungen gehören jedoch materiell klarerweise zu den Anordnungen im Sinne von Art. 24-24d RPG. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit grundsätzlich auch gegen Verfügungen, die in Anwendung von Art. 37a RPG ergangen sind, zulässig (Urteil des Bundesgerichts 1A.227/2004 vom 6. April 2005, E. 1; 1A. 119/2004 vom 6. Juli 2004, E. 1.1; 1A.176/2002 vom 28. Juli 2003, E. 1).
1.2 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann ebenfalls gegen Anordnungen ergriffen werden, die einen hinreichend engen Sachzusammenhang zu einer im Rahmen dieses Rechtsmittels zu beurteilenden Frage aufweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 262; <ref-ruling> E. 1a S. 173). Im vorliegenden Fall kann daher mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht nur vorgebracht werden, das Verwaltungsgericht habe eine Bewilligung nach Art. 37a RPG zu Unrecht verweigert, sondern es kann auch die damit im Zusammenhang stehende Verfügung, mit der in zeitlich gestaffelter Abfolge die Lagerung von Unfallautos im Freien zunächst nur noch einstöckig gestattet und später gänzlich untersagt wird, die Altautoverwertung und der Autohandel verboten werden und bestehende Bauten und Anlagen mit provisorischer Bewilligung abzubrechen sind, beanstandet werden (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 254 ff.; <ref-ruling> E. 6 S. 221 ff.). Indessen sind auch solche Beanstandungen nur im Rahmen des vorliegenden Streitgegenstandes zulässig. Dieser wird zunächst durch das Baugesuch der Beschwerdeführerin bestimmt. Rechtsbegehren, die darauf hinauslaufen, dass dem Entscheid des Bundesgerichts andere als die mit dem Baugesuch angestrebten baulichen Änderungen zu Grunde gelegt werden (s. E. 4.2.1 hiernach), sind unzulässig (Urteil des Bundesgerichts 1A.110/2001 vom 4. Dezember 2001, E. 1.1). Insoweit kann somit auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht eingetreten werden.
Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist unter Vorbehalt der vorerwähnten Ausführungen einzutreten.
1.3 Im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde überprüft das Bundesgericht die richtige Anwendung des Bundesrechts, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens frei (Art. 104 lit. a OG). Zum Bundesrecht im Sinne von Art. 104 OG gehört auch die Bundesverfassung, weshalb die Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig ist (<ref-ruling> E. 1b S. 302; <ref-ruling> E. 2d/bb S. 47, je mit Hinweisen). An die Begründung der Beschwerde ist das Bundesgericht nicht gebunden (Art. 114 Abs. 1 OG). Nachdem als Vorinstanz ein Gericht entschieden hat, ist das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhalts gebunden, soweit diese nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erfolgte (Art. 105 Abs. 2 OG). Eine Ermessensüberprüfung steht dem Bundesgericht nicht zu (Art. 104 lit. c OG; <ref-ruling> E. 5a S. 390, 497 E. 1b/aa S. 500 mit Hinweisen).
1.4 Der rechtserhebliche Sachverhalt geht mit genügender Klarheit aus den Akten hervor. Auf den beantragten Augenschein kann daher verzichtet werden.
1.4 Der rechtserhebliche Sachverhalt geht mit genügender Klarheit aus den Akten hervor. Auf den beantragten Augenschein kann daher verzichtet werden.
2. Das Verwaltungsgericht hat erwogen, für den Vergleich zwischen "Bestehendem und Geplantem" wären an sich nur die vor 1980 errichteten Gebäude rechtlich massgebend. Vereinfachend werde jedoch vom heutigen Ist-Zustand ausgegangen und damit der 1988 vorgenommene An- und Umbau miteinbezogen, was mit Blick auf das Ergebnis zulässig erscheine. Im Ist-Zustand seien gemäss Projektunterlagen ungefähr 1240 m2 überdachte Flächen vorhanden (Hauptgebäude 600 m2, Werkhalle mit Schrottpresse 350 m2, Einstellhalle 135 m2, verschiedene Ersatzteillager 155 m2). Das Sanierungsprojekt sehe vor, alle vorhandenen Bauten ausser dem Hauptgebäude abzubrechen. Das Hauptgebäude solle um ca. 16 m verlängert und daneben eine neue, 8 m hohe Halle von ca. 75 m mal 45 m Grundfläche errichtet werden. Die Fläche der neuen Bauten betrage insgesamt ca. 3'585 m2. Auch unter Berücksichtigung, dass die heutige ca. 12.5 m hohe Schrottpresse abgebrochen und möglicherweise die Fläche, auf welcher Altautos im Freien gelagert würden, vermindert werde, sei offensichtlich, dass das nach Art. 43 Abs. 2 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV, SR 700.1) zulässige Erweiterungsmass von 30% bei weitem überschritten werde. Von einer massvollen Erweiterung könne klarerweise keine Rede mehr sein. Der angefochtene Entscheid des Regierungsrats sei daher aufzuheben; die Bewilligungsverweigerung durch die Baudirektion erweise sich als rechtmässig.
2.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet die tatsächlichen Feststellungen des Verwaltungsgerichts nicht. In rechtlicher Hinsicht vertritt sie die Auffassung, ihr seinerzeit in Übereinstimmung mit den geltenden materiellrechtlichen Vorschriften eingerichteter und mehrmals erweiterter Betrieb falle unter den Schutz der Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) und von Treu und Glauben (Art. 9 BV). Daran ändere nichts, dass verschiedene provisorisch bzw. befristet erteilte gewässerschutzrechtliche Bewilligungen zwischenzeitlich abgelaufen seien. Ihre Bauten und Anlagen seien in ihrem Bestand und ihrer bisherigen Nutzung grundsätzlich geschützt und dürften unter bestimmten Voraussetzungen auch gewissen Änderungen unterworfen werden. Die Beschwerdeführerin stelle nicht in Abrede; dass gewichtige öffentliche Interessen vorliegend eine Anpassung ihres Betriebs an die geltenden abfall- und gewässerschutzrechtlichen Vorschriften gebieten würden. Ihre Bereitschaft zu einer entsprechenden Sanierung werde nun aber aus raumplanerischen Gründen nicht erlaubt, was stossend sei. In einem Fall wie dem vorliegenden dürfe es keine Rolle spielen, dass das Sanierungsprojekt den Rahmen des Zulässigen im Sinne von Art. 43 RPV gegebenenfalls nicht vollumfänglich respektiere. Eine raumplanerische und umweltrechtliche Gesamtbetrachtung ergebe, dass der bestehende Zustand insgesamt erheblich und dauerhaft verbessert werde und eine Verweigerung der Bewilligung für den Betroffenen zudem mit gravierenden wirtschaftlichen Konsequenzen verbunden wäre.
2.1.1 Soweit die Beschwerdeführerin damit geltend machen will, die Eigentumsgarantie im Sinne der Bestandesgarantie gehe über den Schutz von Art. 43 RPV hinaus, ist ihr nicht zu folgen. Die Eigentumsgarantie gewährleistet das Eigentum nur innerhalb der Schranken, die ihm im öffentlichen Interesse durch die Rechtsordnung gezogen sind. Zu beachten sind namentlich die Anforderungen der Raumplanung (BGE 117 Ib S. 243 E. 3a S. 246 mit Hinweisen). Die Eigentumsgarantie schützt nur die rechtmässige Ausübung des Privateigentums (BGE <ref-ruling> E. 6c S. 225). Die Baufreiheit und damit auch das Recht zur Erweiterung oder zum Ersatz einer Baute bestehen daher nur innerhalb der Vorschriften, die der Gesetzgeber über die Nutzung des Grundeigentums erlassen hat (Urteil des Bundesgerichts 1A.110/2001 vom 4. Oktober 2001, E. 8.1, publ. in ZBl 103/2002 S. 615). Wie erwähnt (vgl. E. 1.1 hiervor), regelt nach Art. 37a RPG der Bundesrat, unter welchen Voraussetzungen Zweckänderungen gewerblich genutzter Bauten und Anlagen zulässig sind, die vor dem 1. Januar 1980 erstellt wurden oder seither als Folge von Änderungen der Nutzungspläne zonenwidrig geworden sind. Der Bundesrat hat die entsprechenden Voraussetzungen in Art. 43 RPV festgelegt. Ob die angestrebten baulichen und betrieblichen Änderungen auf der Parzelle der Beschwerdeführerin unter die Bestandesgarantie fallen, bemisst sich somit ausschliesslich nach dieser Bestimmung.
2.1.2 Der Beschwerdeführerin ist auch nicht zu folgen, soweit sie sich bezüglich der provisorisch bzw. befristet bewilligten Bauten und Anlagen auf die Bestandesgarantie und den Vertrauensschutz beruft und geltend macht, daran ändere nichts, dass diese Bewilligungen in der Zwischenzeit abgelaufen seien. Befristete Baubewilligungen grenzen ihre zeitliche Geltungskraft ein. Nach einer bestimmten Frist fällt die Baubewilligung von selbst, d.h. ohne behördliche Anordnung, dahin (Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 4. Auflage, Bern 2002, S. 319; Walter Haller/Peter Karlen, Raumplanungs-, Bau- und Umweltrecht, Band I, Zürich 1999, Rz. 528 S. 147). Vorliegend wurden für die Abwasseranlage, das Vorplatzwasser, die Werkplatzüberdachung und die Einleitung des Meteorwassers jeweils provisorische bzw. befristete Bewilligungen erteilt. Diese Fristen sind seit Jahren abgelaufen. Einen Anspruch auf Verlängerung von Bewilligungen, die im Einklang mit ihrer gesetzlichen Grundlage befristet wurden, verleiht die Eigentumsgarantie nicht; sie schützt nur die rechtmässige Ausübung des Privateigentums (BGE <ref-ruling> E. 6c S. 225 mit Hinweisen). Eine gegenteilige Auffassung lässt sich entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin auch nicht auf Konrad Willi, Die Besitzstandsgarantie für vorschriftswidrige Bauten und Anlagen innerhalb der Bauzonen, Zürich 2003, S. 22 ff. abstützen. Den vorerwähnten Bauten und Anlagen fehlt heute eine rechtsgültige Baubewilligung. Sie ermöglichen eine widerrechtliche Nutzung des Grundeigentums und stehen somit nicht unter dem Schutz der Eigentumsgarantie. Wie das Verwaltungsgericht zutreffend festgestellt hat, musste sich die Beschwerdeführerin aufgrund der langjährigen "Vorgeschichte" auch bewusst sein, dass sie mit weiteren Verlängerungen der befristeten Bewilligungen nicht mehr rechnen konnte (vgl. dazu E. 4.1 hiernach). Unter diesen Umständen ist auch ihre Berufung auf den Vertrauensschutz unbehelflich.
Stehen nach dem Gesagten nur solche Bauten und Anlagen unter dem Schutz der Eigentumsgarantie, deren Bewilligung im Zeitpunkt eines Änderungsgesuchs rechtsgültig ist, so fallen vorliegend einzig diejenigen darunter, welche das Verwaltungsgericht beim Flächenvergleich als Ist-Zustand angeführt hat (vgl. E. 2 hiervor).
2.2 Das Verwaltungsgericht ist zum Schluss gelangt, dass eine Auseinandersetzung mit den Erwägungen des Regierungsrats zu den Voraussetzungen gemäss Art. 43 Abs. 1 RPV an sich unterbleiben könne, nachdem das Bauvorhaben an einer von ihm nicht näher geprüften Voraussetzung (Art. 43 Abs. 2 RPV) scheitere.
Der Regierungsrat hat in seinem Rekursentscheid das Baugesuch unter dem Gesichtspunkt von Art. 43 Abs. 1 RPV beurteilt und nicht vorab oder zusätzlich geprüft, ob eine Bewilligung nicht bereits auf Grund von Art. 43 Abs. 2 und/oder Abs. 3 RPV ausser Betracht fällt. Auch die Baudirektion hatte sich als Bewilligungsbehörde mit dem Bauvorhaben ausschliesslich unter dem Aspekt von Art. 43 Abs. 1 RPV auseinandergesetzt, wobei sie jedoch im Gegensatz zur Rekursinstanz zum Schluss kam, dem Vorhaben stünden lit. b und f von Abs. 1 entgegen. Des Weiteren stellte die Baudirektion fest, die zonenwidrig genutzte Fläche werde durch das Sanierungsprojekt nicht vergrössert, so dass sich insofern weitere Ausführungen zur Anwendbarkeit von Art. 43 Abs. 2 und 3 RPV erübrigten. Es könne daher offen bleiben, ob diese Vorschriften analog auch auf wesentliche Erweiterungen des Volumens anwendbar seien. Der Regierungsrat hat sich mit dieser Frage nicht näher befasst. Aus seinem Stillschweigen ist zu schliessen, dass er sich von den gleichen Überlegungen wie die Baudirektion leiten liess. Sie finden allerdings nur dann eine Stütze, wenn bei der Feststellung des Ist-Zustands nicht allein die zonenwidrig genutzten Gebäudeflächen berücksichtigt werden, sondern zusätzlich auch das zonenwidrig genutzte Betriebsareal miteinbezogen wird.
Im Gegensatz zu seinen Vorinstanzen hat das Verwaltungsgericht dem Ist-Zustand allein das Flächenmass der zonenwidrig genutzten Gebäude zu Grunde gelegt (vgl. E. 2 hiervor). Ob als massgebliche Referenzfläche diejenige des gesamten Betriebsareals oder bloss der Bauten beizuziehen ist, ist vorliegend insoweit von Bedeutung, als sich je nach Ausgangszustand eine Gesamtbeurteilung im Sinne von Art. 43 Abs. 1 RPV erübrigt (vgl. E. 2.3 hiernach). Das Bundesgericht konnte diese Frage bis heute offen lassen (vgl. dazu Urteil 1A.227/2004 vom 6. April 2005, E. 3.1 und 3.2; 1A.176/2002 vom 28. Juli 2003, E. 6.2). Die unterschiedlichen Auffassungen des Verwaltungsgerichts einerseits und seiner Vorinstanzen andererseits legen es nahe, sich nachfolgend damit auseinander zu setzen.
2.2.1 Art. 37a RPG privilegiert gewerblich genutzte Bauten gegenüber anderen altrechtlichen Bauten ausserhalb der Bauzone insofern, als er - im Gegensatz zu Art. 24c Abs. 2 RPG - nicht nur eine teilweise, sondern auch eine vollständige Zweckänderung zulässt. Der Gesetzgeber wollte damit bestehenden Gewerbebetrieben ausserhalb der Gewerbezone die nötige Flexibilität für Modernisierungen und Umstrukturierungen einräumen. Damit sollte deren Konkurrenzfähigkeit gesichert und eine Fortführung des Betriebs durch die nächste Generation ermöglicht werden (Nationalrat Durrer, AN 1997 1862; Nationalrat Baumberger, AN 1998 503; so auch Rudolf Muggli, Begriffe zum Bauen ausserhalb der Bauzone, Raum und Umwelt 2003 S. 17-39, insbes. S. 21; Bundesamt für Raumentwicklung, a.a.O., Teil I, S. 47; Urteil 1A.186/2004 vom 12. Mai 2005 E. 5.2). So werden auch vollständige Zweckänderungen zugelassen (Art. 37a RPG in Verbindung mit Art. 43 Abs. 1 RPV) und die Beschränkung zur Erweiterung der zonenwidrig genutzten Fläche auf 100 m2 findet nur ausserhalb des bestehenden Gebäudevolumens Anwendung. Schliesslich ist eine Erweiterung über dieses Mass hinaus zulässig, sofern sie für die Fortführung des Betriebs erforderlich ist (Art. 43 Abs. 3 RPV). Im Übrigen sind die Voraussetzungen für Änderungen an zonenwidrig gewordenen Bauten und Anlagen nach Art. 24c RPG in Verbindung mit Art. 42 RPV im Wesentlichen dieselben wie nach Art. 37a RPG in Verbindung mit Art. 43 RPV. Ob bei einer zonenwidrig genutzten Baute, die unter Inanspruchnahme des ebenfalls zonenwidrig genutzten Umschwungs erweitert werden soll, nur die Gebäudeflächen oder zusätzlich auch der Umschwung zur Referenzfläche zu zählen ist, ist demnach in beiden Fällen nach den gleichen Grundsätzen zu beurteilen.
2.2.2 Nach den Erläuterungen des Bundesamtes für Raumentwicklung zur Raumplanungsverordnung und Empfehlungen zum Vollzug, Bern 2000/01, Ziff. 2.4.4 S. 46, ist bei Art. 42 RPV von der zonenwidrig genutzten Fläche auszugehen. Mit diesem Begriff solle - in Übereinstimmung mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3 S. 98) - klar gestellt werden, dass der Flächenvergleich nicht auf die Bruttogeschossfläche reduziert werden dürfe. Vielmehr sei der tatsächliche Umfang der Erweiterung massgebend, auch wenn diese in der Erstellung von Garagen, Heizungs-, Keller-, Estrichräumen oder Ähnlichem bestehe. Dies bedeute jedoch nicht, dass bei bereits zonenwidrig genutzten Flächen die Zonenwidrigkeit beliebig verstärkt werden dürfe. So gelte etwa die Umwandlung von Estrichräumen in normal beheizte, befensterte und damit bewohnbare Räume ebenfalls als Erweiterung, auf welche die Grenze von Absatz 3 anwendbar sei.
Dieser Auffassung des Bundesamtes ist beizupflichten. Auch die blosse Ausstattung einer bereits zonenwidrig genutzten Fläche kann zu derart neuen Auswirkungen auf Raum und Umwelt führen, dass sie die bisherige Zonenwidrigkeit erheblich verstärkt und damit einem Erweiterungsbau gleich zu setzen ist. Es rechtfertigt sich daher, auch solche Änderungen den in Art. 42 Abs. 3 RPV festgelegten Erweiterungsmassen zu unterstellen. Nicht anders verhält es sich, wenn Flächen von einem insgesamt zonenwidrig genutzten Grundstück für die Erweiterung des darauf befindlichen Gebäudes beansprucht werden. Auch in einem solchen Fall wird die Zonenwidrigkeit des einbezogenen Umschwungs derart verstärkt, dass der Erweiterungsbau als neue zonenwidrig genutzte Fläche zu qualifizieren ist und er sich daher an die Masse gemäss Art. 42 Abs. 3 RPV zu halten hat. Die gegenteilige Auffassung führte zu einer unhaltbaren Ausdehnung der Besitzstandsgarantie; mit ihr soll einzig eine massvolle Erweiterung gewährleistet sein (Art. 24c Abs. 2 RPG). Davon könnte jedoch keine Rede mehr sein, wenn selbst bei einer neu vorgesehenen, erheblich gesteigerten Zonenwidrigkeit die gesamte Grundstückfläche als massgebliche Referenzfläche betrachtet würde, obwohl sie bis anhin in weit abgeschwächter Form zonenwidrig genutzt wurde.
2.2.3 Die vorerwähnten Ausführungen zu Art. 42 Abs. 3 RPV treffen mit Ausnahme reiner Zweckänderungen (vgl. dazu E. 2.2.1 hiervor) auch auf Art. 43 Abs. 2 und 3 RPV zu, zumal keine Gründe für eine in dieser Hinsicht unterschiedliche Behandlung auszumachen sind. Für den hier zu beurteilenden Fall bedeutet dies, dass dem geplanten Sanierungsprojekt vom November 2000 als Referenzfläche einzig die bis 1980 zonenwidrig genutzten Gebäudeflächen und nicht das gesamte zonenwidrig genutzte Betriebsareal zu Grunde zu legen ist. Das Verwaltungsgericht hat demnach zu Recht zunächst einen Vergleich zwischen den bestehenden und geplanten Gebäudeflächen gezogen und gestützt darauf geprüft, ob das Sanierungsprojekt bewilligungsfähig ist. Dass es bei der Ermittlung der Referenzfläche nicht vom massgeblichen Stichtag (31. Dezember 1979) ausgegangen ist, sondern auch den 1988 vorgenommenen An- und Umbau mit einbezogen hat, hat nach seinen zutreffenden Feststellungen keine Auswirkungen auf das Ergebnis.
2.3 Wie erwähnt (vgl. E. 2 hiervor), steht unbestrittenermassen fest, dass nach dem Sanierungsprojekt vom November 2000 das Hauptgebäude um 16 m verlängert und die verschiedenen Nebenbauten durch eine neue Halle mit einer Grundfläche im Ausmass von 75 m mal 45 m und einer Gebäudehöhe von 8 m ersetzt werden sollen. Die Fläche der neuen Bauten beläuft sich damit auf insgesamt ca. 3'585 m2, während die Referenzfläche aller bestehenden Bauten ca. 1'240 m2 beträgt. Das Verwaltungsgericht hat gestützt darauf zu Recht festgestellt, dass die geplante Erweiterung das nach Art. 43 Abs. 2 RPV zulässige Mass von 30% bei weitem übersteigt. Eine andere Frage ist jedoch, ob das umstrittene Sanierungsprojekt überhaupt nach dieser Bestimmung zu beurteilen ist, oder ob nicht vielmehr Art. 24c RPG in Verbindung mit Art. 42 RPV zur Anwendung gelangt. Wie noch aufzuzeigen sein wird, ist diese Frage vorliegend allerdings insofern nicht von Belang, als sich am Ergebnis so oder anders nichts ändert (vgl. dazu E. 2.5 hiernach).
Soweit die Beschwerdeführerin dem Verwaltungsgericht vorhält, es hätte das Sanierungsprojekt nicht nur unter dem Gesichtspunkt der Flächenerweiterung, sondern darüber hinaus auch im Rahmen einer Gesamtbetrachtung beurteilen müssen, ist ihr nicht beizupflichten. Art. 43 RPV lässt gleich wie Art. 42 RPV nur massvolle Erweiterungen zu. Dabei hat der Verordnungsgeber im Interesse der Rechtssicherheit das Höchstmass zulässiger Erweiterungen in Art. 43 Abs. 2 und 3 RPV begrenzt und damit zum Ausdruck gebracht, dass bei dessen Überschreitung in jedem Fall nicht mehr eine massvolle Erweiterung vorliegt und es damit an einer wesentlichen Voraussetzung für eine Bewilligung nach Art. 43 RPV fehlt. Eine Gesamtbetrachtung im Sinne von Art. 43 Abs. 1 lit. a-f RPV ist demzufolge nur vorzunehmen, wenn die Erweiterungsmasse nach Art. 43 Abs. 2 und 3 RPV eingehalten sind. Auch in dieser Hinsicht unterscheidet sich Art. 43 RPV grundsätzlich nicht von den in Art. 42 RPV getroffenen Regelungen. Da vorliegend das in Art. 43 Abs. 2 RPV festgelegte Erweiterungsmass um ein Mehrfaches überschritten ist, brauchte das Verwaltungsgericht das umstrittene Sanierungsprojekt somit nicht einer Gesamtbetrachtung im Sinne von Art. 43 Abs. 1 RPV zu unterziehen (vgl. <ref-ruling> E. 3d S. 220; Urteil des Bundesgerichts 1A.227/2004 vom 6. April 2005, E. 3). Insbesondere lässt sich die geplante bauliche Erweiterung auch nicht damit begründen, dass dadurch sämtliche bestehenden abfall- und gewässerschutzrechtlichen Probleme behoben würden. Diese Vorkehren sind wohl im Rahmen der Würdigung nach Art. 43 Abs. 1 RPV wesentlich, können jedoch nicht dazu dienen, eine Vergrösserung der massgeblichen Referenzfläche um beinahe das Dreifache zu rechtfertigen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1A.71/2001 vom 17. Dezember 2001, E. 3c).
2.4 Die Stadt Uster ist der Auffassung, Art. 37a RPG möge zwar dem Bundesrat einen Ermessensspielraum zugestehen. Gleichwohl sei aber vom Wortlaut der Bestimmung auszugehen, wonach nur Zweckänderungen, nicht aber Erweiterungen gewerblicher Bauten von der Normierung erfasst würden. Gegenüber der Vorinstanz brachte sie zusätzlich vor, Erweiterungen seien nur nach Art. 24c RPG zulässig.
Im Gegensatz zu Art. 37a RPG werden in Art. 43 RPV nicht nur Zweckänderungen, sondern auch Erweiterungen unter den dort genannten Voraussetzungen als zulässig bezeichnet. Dass der Bundesrat als Verordnungsgeber damit die an ihn delegierte Kompetenz überschritten hat, lässt sich nach den zutreffenden Darlegungen des Verwaltungsgerichts nicht behaupten. Der Gesetzgeber wollte den Bestandesschutz für zonenwidrig gewordene gewerbliche Bauten und Anlagen einer Spezialregelung unterziehen. Damit verfolgte er das Ziel, den sich ausserhalb der Bauzonen befindlichen Gewerbebetrieben jene Umstrukturierungen und Strukturbereinigungen zu ermöglichen, die zwecks Erhaltung der Konkurrenzfähigkeit erforderlich sind. Bei dieser Zielsetzung liegt es nahe, dass der vom Bundesrat zu konkretisierende Art. 37a RPG nicht nur reine Zweckänderungen, sondern auch massvolle Erweiterungen erfassen sollte (Bundesamt für Raumentwicklung, Erläuterungen, a.a.O., Ziff. 2.4.5 S. 47). Art. 43 RPV, der in begrenztem Rahmen auch Erweiterung zulässt, beruht somit auf einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage. Das Bundesgericht ist in seinen bisherigen Urteilen denn auch selbstredend davon ausgegangen und hat Erweiterungen von zonenwidrig gewordenen gewerblichen Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzone stets unter dem Gesichtspunkt von Art. 43 RPV geprüft (vgl. <ref-ruling> E. 3d S. 220; Urteil des Bundesgerichts 1A.227/2004 vom 6. April 2005, E. 3; 1A.176/2002 vom 28. Juli 2003, E. 5.2.2 und 6.1). Auch die herrschende Lehre geht davon aus, dass solche Erweiterungen nach Art. 43 RPV zu beurteilen sind (vgl. dazu Karlen, Ausnahmebewilligung, S. 302; Hänni, a.a.O., S. 201; Balthasar Heer, St. Gallisches Bau- und Planungsrecht, Bern 2003, Rz. 485 S. 147; Rudolf Kappeler, Die baurechtliche Regelung bestehender Gebäude, Zürich 2001, Rz. 3961 S. 902; Christoph Fritzsche/Peter Bösch, Zürcher Planungs- und Baurecht, Zürich 2003, Ziff. 18.3.6.1 S. 18-29 f. und Rz. 18.3.6.3 S. 18-31; gl.M. wohl auch Ulrich Zimmerli, Zu den Neuerungen im Raumplanungsrecht, recht 2001, Heft 3 S. 97, der die Erweiterung allerdings nicht ausdrücklich nennt). Dem Einwand der Stadt Uster zum Anwendungsbereich von Art. 37a RPG in Verbindung mit Art. 43 RPV ist somit nicht zu folgen.
2.5 Es stellt sich allerdings die Frage, ob nicht andere Gründe einer Prüfung des umstrittenen Sanierungsprojekts unter dem (alleinigen) Gesichtswinkel von Art. 43 RPV entgegenstehen: So sind nach dieser Bestimmung einzig solche zonenwidrig gewordene gewerbliche Bauten und Anlagen zu beurteilen, bei denen Zweckänderungen und/oder Erweiterungen vorgesehen sind. Erneuerungen und Wiederaufbauten fallen demgegenüber in den Anwendungsbereich von Art. 24c RPG in Verbindung mit Art. 42 RPV (vgl. dazu: Bundesamt für Raumentwicklung, a.a.O., Ziff. 2.4.5 S. 47; Zimmerli, a.a.O., S. 97; Hänni, a.a.O., S. 201 FN 624; Heer, a.a.O., Rz. 485 S. 147, Fritzsche/Bösch, a.a.O., Ziff. 18.3.6.4 S. 18-31).
2.5.1 Das Sanierungsprojekt sieht einerseits die Verlängerung des bestehenden Hauptgebäudes und andererseits eine neue Halle vor, welche die abzubrechenden Nebenbauten ersetzen soll (vgl. E. 2 hiervor). Was die Verlängerung des Hauptgebäudes betrifft, handelt es sich fraglos um eine Erweiterung, die nach Art. 43 RPV zu beurteilen ist. Hingegen trifft dies auf die neue Halle nicht zu. Sie dient nicht der flächenmässigen Erweiterung eines bestehenden Gebäudes, sondern tritt an Stelle verschiedener Nebenbauten: Für die Bewilligungsfähigkeit dieser Neubaute stellt sich daher zunächst die Frage, ob sie als Ersatz- oder Wiederaufbaute im Sinne von Art. 24c RPG in Verbindung mit Art. 42 RPV qualifiziert werden kann. Ist dies zu verneinen, ist eine Bewilligung nur unter den Voraussetzungen von Art. 24 RPG zulässig. Art. 43 RPV ist in solchen Fällen von vornherein nicht anwendbar.
2.5.2 Ersatz- oder Wiederaufbauten gelten nur dann nicht als Neubauten, wenn sie sowohl in der Grösse als auch der Nutzungsart der ursprünglichen Baute ungefähr entsprechen. Sie dürfen also höchstens teilweise Änderungen beinhalten, um nicht unter Art. 24 RPG zu fallen (Haller/Karlen, a.a.O., Rz 739 S. 204). Die hierfür massgeblichen Kriterien hat der Verordnungsgeber in Art. 42 RPV festgelegt. Danach kann von einer massvollen Änderungen unter anderem dann nicht mehr die Rede sein, wenn die zonenwidrig genutzte Fläche um mehr als 30 Prozent erweitert wird (Art. 42 Abs. 3 lit. a RPV). Die bei Wiederaufbauten maximal zulässige Flächenerweiterung entspricht somit derjenigen gemäss Art. 43 Abs. 2 RPV. Steht der geplanten Halle aufgrund seiner Ausmasse Art. 43 Abs. 2 RPV entgegen, ist sie demzufolge auch nach Art. 42 Abs. 3 lit. a RPV nicht bewilligungsfähig. Es spielt daher im Ergebnis keine Rolle, dass das Verwaltungsgericht und seine Vorinstanzen das umstrittene Sanierungsprojekt als Ganzes unter dem Gesichtswinkel von Art. 43 RPV beurteilt haben.
Kann die neue Halle nicht als Ersatz- oder Wiederaufbau qualifiziert werden, fällt sie als Neubaute unter Art. 24 RPG. Dass hierfür die dort genannten Bewilligungsvoraussetzungen nicht erfüllt sind, ist offensichtlich.
2.5.3 Ist die neue Halle aus den dargelegten Gründen nicht bewilligungsfähig und fehlt es damit bereits an einer wesentlichen Voraussetzung für die Bewilligung des Sanierungsprojekts als solches, braucht nicht darüber entschieden zu werden, ob bei der Bemessung der zulässigen Flächenerweiterung die Neubaute und die Erweiterung des Hauptgebäudes zusammen oder separat zu beurteilen sind.
2.6 Als Zwischenergebnis ist somit festzuhalten, dass bei der Beurteilung des Sanierungsprojekts als Referenzfläche nicht diejenige des gesamten Betriebsareals, sondern einzig der bestehenden Gebäude beizuziehen ist. Davon ausgehend ergibt sich, dass die gemäss Art. 42 Abs. 3 lit. a und b RPV maximal zulässige Flächenerweiterung allein schon durch die geplante Halle um ein Mehrfaches überschritten wird. Unter diesen Umständen braucht nicht weiter geprüft zu werden, ob das Sanierungsprojekt allenfalls mit den zusätzlichen Bewilligungsvoraussetzungen gemäss Art. 42 RPV vereinbar ist. Dasselbe gilt sinngemäss auch, wenn es entgegen den vorstehenden Erwägungen (vgl. E. 2.5.1 hiervor) als Ganzes unter dem Aspekt von Art. 43 RPV beurteilt wird. Das Verwaltungsgericht war daher aufgrund der massiven Flächenüberschreitung nicht gehalten, das Sanierungsprojekt auch auf seine Vereinbarkeit mit den in Art. 43 Abs. 1 lit. a-f RPV genannten Kriterien zu überprüfen. Dass es trotzdem auch dazu einige Bemerkungen anbrachte, erfolgte nicht mit Blick auf eine zusätzlich vorzunehmende Gesamtbetrachtung, sondern um auf weitere Unzulänglichkeiten im Rekursentscheid hinzuweisen. Darauf braucht daher vorliegend nicht näher eingegangen zu werden.
2.6 Als Zwischenergebnis ist somit festzuhalten, dass bei der Beurteilung des Sanierungsprojekts als Referenzfläche nicht diejenige des gesamten Betriebsareals, sondern einzig der bestehenden Gebäude beizuziehen ist. Davon ausgehend ergibt sich, dass die gemäss Art. 42 Abs. 3 lit. a und b RPV maximal zulässige Flächenerweiterung allein schon durch die geplante Halle um ein Mehrfaches überschritten wird. Unter diesen Umständen braucht nicht weiter geprüft zu werden, ob das Sanierungsprojekt allenfalls mit den zusätzlichen Bewilligungsvoraussetzungen gemäss Art. 42 RPV vereinbar ist. Dasselbe gilt sinngemäss auch, wenn es entgegen den vorstehenden Erwägungen (vgl. E. 2.5.1 hiervor) als Ganzes unter dem Aspekt von Art. 43 RPV beurteilt wird. Das Verwaltungsgericht war daher aufgrund der massiven Flächenüberschreitung nicht gehalten, das Sanierungsprojekt auch auf seine Vereinbarkeit mit den in Art. 43 Abs. 1 lit. a-f RPV genannten Kriterien zu überprüfen. Dass es trotzdem auch dazu einige Bemerkungen anbrachte, erfolgte nicht mit Blick auf eine zusätzlich vorzunehmende Gesamtbetrachtung, sondern um auf weitere Unzulänglichkeiten im Rekursentscheid hinzuweisen. Darauf braucht daher vorliegend nicht näher eingegangen zu werden.
3. Die Beschwerdeführerin beantragt eventualiter, die Sache sei in teilweiser Aufhebung des angefochtenen Entscheids an die Vorinstanz bzw. an die Baudirektion zurückzuweisen mit der Auflage, ihr die Verwirklichung des reduzierten Sanierungsprojekts trotz fehlender raumplanungsrechtlicher Bewilligungsfähigkeit im Sinne einer teilweisen Herstellung des gesetzmässigen Zustands zu befehlen. Zur Begründung führt sie an, eine Stilllegung des Betriebs lasse sich mit dem Verhältnismässigkeitsprinzip nicht vereinbaren. Daran ändere sich nichts, dass das Sanierungsprojekt in raumplanerischer Hinsicht gewisse Probleme aufweise. Ihr Interesse an einer Weiterführung des Gewerbebetriebs sei hoch zu gewichten. Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit gebiete es daher, ihr die Realisierung des reduzierten Sanierungsprojekts unbesehen der raumplanungsrechtlichen Konflikte zu bewilligen.
3.1 Die Beschwerdeführerin übersieht, dass die (teilweise) Aufhebung und Rückweisung einer Sache an das Verwaltungsgericht oder eine ihrer Vorinstanzen nur in Frage kommt, wenn der Sachverhalt nicht genügend abgeklärt ist und das Bundesgericht nicht aufgrund eigener Beweiserhebungen in der Sache entscheiden will (BGE 120 lb 305 E.5a S. 311), die Regelung eines Rechtsverhältnisses im Ermessensbereich der Behörde liegt (BGE 117 lb 225 E. 7a S. 235; 115 lb 347 E. 2e S. 357) oder die Vorinstanz unzulässigerweise einen Nichteintretensentscheid gefällt und die Beschwerde noch nicht materiell behandelt hat (BGE 119 lb 56 E. 2c S. 60 f.; vgl. zum Ganzen auch: Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 233 f.; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, Rz. 1005 f. S. 353). Solche Voraussetzungen sind hier nicht gegeben; insbesondere ist der für die Beurteilung des umstrittenen Sanierungsprojekts relevante Sachverhalt vollständig und mit genügender Klarheit festgestellt worden.
3.2 Dem Antrag auf Rückweisung der Sache an eine vorinstanzliche Behörde stehen zudem noch weitere Gründe entgegen:
3.2.1 Dieser Antrag zielt im Kern darauf ab, die zuständige Behörde mit der Auflage, dass die gewässerschutz- und abfallrechtlichen Vorschriften eingehalten werden, zur Bewilligung des Sanierungskonzepts zu verpflichten. Die Beschwerdeführerin verkennt hierbei, dass eine derartige Verpflichtung unter Verletzung raumplanungsrechtlicher Vorschriften auch unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit nicht zur Diskussion stehen kann. Dieser Verfassungsgrundsatz dient dem Schutz vor (unrechtmässigen) Eingriffen in Freiheitsrechte, nicht aber zu ihrer Erweiterung über das gesetzlich Zulässige hinaus.
3.2.2 Soweit die Beschwerdeführerin die beantragte Rückweisung zusätzlich damit begründet, dass die Stilllegung ihres Betriebs unverhältnismässig sei, betrifft dies eine materiellrechtliche Frage, welche das Bundesgericht gestützt auf die vorliegenden Akten ohne weiteres selbst beurteilen kann. Eine Rückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht oder die Baudirektion erübrigt sich somit auch hinsichtlich dieses umstrittenen Punkts.
Vor dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit hält eine Massnahme stand, wenn sie zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich ist und das verfolgte Ziel in einem vernünftigen Verhältnis zu den eingesetzten Mitteln, d.h. den zur ihrer Verwirklichung notwendigen Freiheitsbeschränkungen steht (<ref-ruling> E. 3e/cc S. 15 mit Hinweisen). Unverhältnismässig ist ein Beseitigungsbefehl nur dann, wenn die Abweichung vom Gesetz gering ist und die berührten allgemeinen Interessen den Schaden, der dem Eigentümer durch den Abbruch entstünde, nicht zu rechtfertigen vermögen (Urteil 1A.141/2003 vom 16. Dezember 2003, E. 4.1 mit Hinweis). Vorliegend dient der Beseitigungsbefehl der Wiederherstellung von wichtigen, in Art. 75 und 76 BV umschriebenen Zielen der Raumplanung und des Gewässerschutzes, die in Art. 24 ff. RPG und Art. 6 ff. GSchG konkretisiert worden sind. Die Abweichungen der (bloss) provisorisch bewilligten Bauten und Anlagen von diesen Bestimmungen sind klarerweise nicht derart, dass sie als geringfügig bezeichnet werden können. Ihre Beseitigung ist daher nicht zu beanstanden. Genügt der Betrieb hinsichtlich Gewässerschutz und Abfallbeseitigung offensichtlich nicht dem geltenden Recht, mangelt es ihm für eine Fortführung an grundlegenden Voraussetzungen. Unter diesen Umständen erweist sich der angefochtene Entscheid auch als verhältnismässig, soweit damit die von der Baudirektion verfügte Stilllegung des Gewerbebetriebs geschützt wurde.
Vor dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit hält eine Massnahme stand, wenn sie zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich ist und das verfolgte Ziel in einem vernünftigen Verhältnis zu den eingesetzten Mitteln, d.h. den zur ihrer Verwirklichung notwendigen Freiheitsbeschränkungen steht (<ref-ruling> E. 3e/cc S. 15 mit Hinweisen). Unverhältnismässig ist ein Beseitigungsbefehl nur dann, wenn die Abweichung vom Gesetz gering ist und die berührten allgemeinen Interessen den Schaden, der dem Eigentümer durch den Abbruch entstünde, nicht zu rechtfertigen vermögen (Urteil 1A.141/2003 vom 16. Dezember 2003, E. 4.1 mit Hinweis). Vorliegend dient der Beseitigungsbefehl der Wiederherstellung von wichtigen, in Art. 75 und 76 BV umschriebenen Zielen der Raumplanung und des Gewässerschutzes, die in Art. 24 ff. RPG und Art. 6 ff. GSchG konkretisiert worden sind. Die Abweichungen der (bloss) provisorisch bewilligten Bauten und Anlagen von diesen Bestimmungen sind klarerweise nicht derart, dass sie als geringfügig bezeichnet werden können. Ihre Beseitigung ist daher nicht zu beanstanden. Genügt der Betrieb hinsichtlich Gewässerschutz und Abfallbeseitigung offensichtlich nicht dem geltenden Recht, mangelt es ihm für eine Fortführung an grundlegenden Voraussetzungen. Unter diesen Umständen erweist sich der angefochtene Entscheid auch als verhältnismässig, soweit damit die von der Baudirektion verfügte Stilllegung des Gewerbebetriebs geschützt wurde.
4. Subeventualiter beantragt die Beschwerdeführerin, die Sache sei in teilweiser Aufhebung des angefochtenen Entscheids an die Baudirektion zurückzuweisen mit der Auflage, die Beschwerdeführerin zur Einreichung eines erneut reduzierten Sanierungsprojekts anzuhalten.
4.1 Das Verwaltungsgericht schloss aus der jahrelangen Vorgeschichte, dass die Beschwerdeführerin nicht gewillt oder nicht in der Lage sei, ein Sanierungsprojekt vorzulegen, das den Rahmen des gemäss Art. 43 RPV Zulässigen einhalte und zugleich die erforderliche gewässerschutzrechtliche Sanierung sicherstelle. Somit bestehe kein Anlass, die Angelegenheit nochmals an die Baudirektion zurückzuweisen, um die Beschwerdeführerin zur Einreichung eines erneut überarbeiteten Projekts anzuhalten.
Die Beschwerdeführerin rügt diese Sachverhaltsfeststellungen als willkürlich. Wie es sich damit verhält, kann indes offen bleiben, da unbesehen davon eine Rückweisung der Sache an die Baudirektion im Sinne des Subeventualantrags ausser Betracht fällt (vgl. E. 4.2 hiernach). Nicht zu folgen ist der Beschwerdeführerin, soweit sie sich auch in diesem Zusammenhang auf Treu und Glauben beruft. Anlässlich der Besprechung vom 16. November 2000 äusserten sich Vertreter zweier Ämter einzig dahingehend, dass das redimensionierte Projekt bzw. Konzept eine gute Grundlage für den Entscheid über dessen Bewilligungsfähigkeit darstelle. Allein diese Aussage vermochte noch keineswegs begründete Erwartungen auf eine Bewilligungserteilung durch die zuständige Baudirektion zu wecken. Im Übrigen musste sich die Beschwerdeführerin im Klaren sein, dass die Amtsvertreter für eine derartige Zusicherung gar nicht befugt gewesen wären. Auch die Berücksichtigung der gesamten Vorgeschichte führt zu keinem anderen Ergebnis. Ein Vertrauen begründendes Verhalten der Behörde auf Bewilligung des Sanierungsprojekts lässt sich daraus nicht herleiten. Ebenso wenig ist ersichtlich, auf Grund welcher Umstände die Beschwerdeführerin damit hätte rechnen dürfen, dass ihr die Baudirektion im Verweigerungsfall nochmals Gelegenheit bieten würde, ein erneut reduziertes Sanierungsprojekt zur Bewilligung einzureichen.
4.2 Die Beschwerdeführerin erblickt in der unterlassenen Rückweisung an die Baudirektion eine krasse Verletzung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes. Nach ihrer Meinung hätte darauf nur verzichtet werden dürfen, wenn die Ausarbeitung eines Projekts mit den für die Weiterführung des Betriebs erforderlichen Massnahmen und unter Berücksichtigung der raumplanungsrechtlichen Vorgaben von Art. 43 RPV von vornherein nicht in Frage kommen würde. Davon könne vorliegend jedoch keine Rede sein. Aufgrund des abschlägigen Entscheids der Vorinstanz habe sie sich veranlasst gesehen, ein erneut reduziertes Sanierungsprojekt ausarbeiten zu lassen. Das neue Projekt vom 2. Dezember 2004 zeige auf, dass es durchaus möglich sei, die gewässerschutz- und abfallrechtlichen Probleme ohne grössere Veränderungen des Gebäudebestands zu beheben. Aus ihrer Sicht sei (auch) das neue Vorhaben mit den Voraussetzungen von Art. 43 RPV vereinbar, wobei sich eine Bewilligung allenfalls auch auf Art. 24c Abs. 2 RPV abstützen lasse.
4.2.1 Gegenstand des vorliegenden Baubewilligungsverfahrens bildet einzig das reduzierte Sanierungsprojekt vom November 2000. Soweit die Beschwerdeführerin die beantragte Rückweisung der Sache an die Baudirektion mit einem im Vergleich dazu weiter reduzierten Sanierungsprojekt begründet, hält sie sich nicht an den Rahmen des Streitgegenstands. Dieser ist nicht dadurch gewahrt, dass das neue Projekt im Vergleich zum früheren weniger weitgehende Änderungen aufweist. Eine unzulässige Abweichung vom Streitgegenstand liegt auch vor, wenn ein (neues) Bauprojekt vorgelegt wird, mit dem sich die Bewilligungsbehörde und seine Rechtsmittelinstanzen bis anhin nicht zu befassen hatten. Auf das Subeventualbegehren ist somit nicht einzutreten.
4.2.2 An diesem Ergebnis ändert auch die Befürchtung der Beschwerdeführerin nichts, dass sich die Behörde nach Vorliegen des Endentscheids des Bundesgerichts mit ihrem erneut reduzierten Sanierungsprojekt nicht mehr befassen oder trotz Behandlung des neuen Gesuchs die angeordneten Vollstreckungsmassnahmen sukzessive durchsetzen könnte, bevor über das neue Sanierungsprojekt rechtskräftig entschieden worden sei.
Ob ein erneut redimensioniertes Projekt, wie dasjenige vom 12. Dezember 2004, bewilligungsfähig ist, ist im Rahmen eines neuen Baubewilligungsverfahrens zu prüfen. Die Einleitung eines solchen ist indessen nicht Aufgabe der Bewilligungsbehörde. Es ist der Beschwerdeführerin jedoch unbenommen, von sich aus ein neues, entsprechend geändertes Baugesuch einzureichen. Wird hierbei den Einwänden gegen das frühere Gesuch Rechnung getragen oder liegen in anderer Hinsicht massgeblich veränderte Verhältnisse vor, hat sich die Baubehörde grundsätzlich damit zu befassen (Aldo Zaugg, Kommentar zum Baugesetz des Kantons Bern vom 9. Juni 1985, 2. Aufl., Bern 1995 N. 8 zu Art. 34; Christian Mäder, Das Baubewilligungsverfahren, Zürich 1991, Rz. 271 S. 126; Fritzsche/Bösch, a.a.O., Ziff. 20.5.1.3 S. 20-26). Insofern sind die Befürchtungen der Beschwerdeführerin unbegründet.
Ob ein erneut redimensioniertes Projekt, wie dasjenige vom 12. Dezember 2004, bewilligungsfähig ist, ist im Rahmen eines neuen Baubewilligungsverfahrens zu prüfen. Die Einleitung eines solchen ist indessen nicht Aufgabe der Bewilligungsbehörde. Es ist der Beschwerdeführerin jedoch unbenommen, von sich aus ein neues, entsprechend geändertes Baugesuch einzureichen. Wird hierbei den Einwänden gegen das frühere Gesuch Rechnung getragen oder liegen in anderer Hinsicht massgeblich veränderte Verhältnisse vor, hat sich die Baubehörde grundsätzlich damit zu befassen (Aldo Zaugg, Kommentar zum Baugesetz des Kantons Bern vom 9. Juni 1985, 2. Aufl., Bern 1995 N. 8 zu Art. 34; Christian Mäder, Das Baubewilligungsverfahren, Zürich 1991, Rz. 271 S. 126; Fritzsche/Bösch, a.a.O., Ziff. 20.5.1.3 S. 20-26). Insofern sind die Befürchtungen der Beschwerdeführerin unbegründet.
5. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Obsiegenden Behörden wird im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen (Art. 159 Abs. 2 OG). Die von der Stadt Uster vorgebrachten Gründe sind nicht geeignet, um vorliegend von dieser Regel abzuweichen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Uster, der Baudirektion, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juni 2005
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: