Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene A._ war als Hauswart der H._ AG bei der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (nachstehend: die Mobiliar) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als am 20. März 2001 ein Lastwagen in das Heck des Lieferwagens, in dem sich der Versicherte befand, auffuhr. Im Spital X._ wurde in der Folge eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der Brustwirbelsäule (BWS) diagnostiziert. Die Mobiliar anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese jedoch mit Verfügung vom 24. Mai 2006 und Einspracheentscheid vom 24. September 2007 per 14. September 2005 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien. Gleichzeitig verzichtete die Mobiliar auf eine Rückforderung bereits ausbezahlter Leistungen; betreffend Integritätsentschädigung wurde auf eine noch zu erlassende Verfügung verwiesen.
B. Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 3. Februar 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt A._, ihm sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides ab 1. Juni 2006 eine Rente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 77 % auszurichten.
Die Mobiliar und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar sind und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (zitiertes Urteil, E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (zitiertes Urteil, E. 9.4 und 9.5). Schliesslich wurden in E. 10 des zitierten Urteils die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls;
die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
erhebliche Beschwerden;
ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert;
schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer ab dem 1. Juni 2006 Anspruch auf eine Rente der Mobiliar hat.
4. Es ist zu Recht unbestritten, dass die über den 1. Juni 2006 hinaus geklagten Beschwerden nicht durch einen im Sinne der Rechtsprechung organisch nachweisbaren Unfallschaden verursacht worden sind. Somit ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen dem Ereignis vom 20. März 2001 und den geklagten Beschwerden speziell zu prüfen. Offenbleiben kann dabei, ob diese nach den Kriterien von <ref-ruling> oder nach denjenigen der sog. "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130) zu beurteilen ist, da - wie nachstehende Prüfung zeigt - die Adäquanz auch bei Anwendung der für die Versicherte günstigeren Kriterien verneint werden muss. Aufgrund der fehlenden Adäquanz braucht zudem die Frage, ob die geklagten Beschwerden natürlich kausal durch das Unfallereignis verursacht sind, nicht näher untersucht zu werden (vgl. Urteil 8C_698/2008 vom 27. Januar 2009 E. 3).
5. 5.1 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei wird eine einfache Auffahrkollision auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Die entsprechende Qualifikation des Unfallereignisses vom 20. März 2001 durch die Vorinstanz ist unbestrittenermassen nicht zu beanstanden (vgl. auch Urteil 8C_410/2008 vom 13. Mai 2009 E. 4.2). Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
5.2 Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalles, jenes der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung oder jenes der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmerten, seien erfüllt.
5.3 Die beiden Teilaspekte des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben. Die Durchführung verschiedener Therapien genügt nicht zur Bejahung dieses Kriteriums. Gleiches gilt für den Umstand, dass trotz regelmässiger Therapien keine Beschwerdefreiheit erreicht werden konnte (vgl. Urteil 8C_80/2009 vom 5. Juni 2009 E. 6.5). Das Kriterium ist vorliegend nicht erfüllt.
5.4 Gemäss <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 ist bei der Beurteilung des Kriteriums der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen nicht länger die Dauer der Arbeitsunfähigkeit massgebend, sondern eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt. Gelingt es der versicherten Person trotz Anstrengungen nicht, wieder arbeitsfähig zu werden, ist ihr dies durch Erfüllung des Kriteriums anzurechnen. Konkret muss ihr Wille erkennbar sein, sich durch aktive Mitwirkung raschmöglichst wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern. Vorliegend sind aus den Akten weder Arbeitsversuche im angestammten Beruf noch irgendwelche Bemühungen um die Aufnahme einer anderen, den Beschwerden angepassten Tätigkeit ersichtlich, so dass das Ausmass der geltend gemachten Arbeitsunfähigkeit unbeachtlich ist (vgl. Urteil 8C_106/2009 vom 8. Juni 2009 E. 6). Das Kriterium ist somit nicht gegeben.
5.5 Was schliesslich die beiden Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen und der erheblichen Beschwerden betrifft gilt festzustellen, dass selbst wenn diese bejaht werden könnten, sie jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben sind.
5.6 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zugunsten des Versicherten die beiden Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen und der erheblichen Beschwerden als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 11. März 2001 und den über den 1. Juni 2006 hinaus anhaltend geklagten, organisch nicht im Sinne der Rechtsprechung hinreichend nachweisbaren Beschwerden zu verneinen. Somit haben Vorinstanz und Verwaltung einen Anspruch des Versicherten auf eine Invalidenrente zu Recht verneint; die Beschwerde ist abzuweisen.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer