Sachverhalt:
A. Die Einzelrichterin in Strafsachen des Bezirks Bülach erklärte X._ mit Urteil vom 18. April 2006 der fahrlässigen Widerhandlung gegen das Verbot der Publikumswerbung für verschreibungspflichtige Arzneimittel schuldig und bestrafte sie mit einer Busse von Fr. 5'000.--.
B. Auf Berufung des Schweizerischen Heilmittelinstituts Swissmedic (nachfolgend: Swissmedic) hin sprach das Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, X._ am 20. Februar 2007 der eventualvorsätzlichen Widerhandlung gegen das Verbot der Publikumswerbung für verschreibungspflichtige Arzneimittel schuldig und verurteilte sie zu einer Busse von Fr. 7'500.--.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, I. Strafkammer, vom 20. Februar 2007 sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die angefochtene Entscheidung ist nach dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes über das Bundesgericht (BGG, SR 173.110) ergangen (vgl. AS 2006, 1242). Die Beschwerde untersteht daher neuem Recht (<ref-law>).
Auf die Beschwerde ist einzutreten, da sie unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von der in ihren Anträgen unterliegenden beschuldigten Person (<ref-law>) eingereicht wurde und sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in Strafsachen (<ref-law>) richtet.
1.2 Am 1. Januar 2007 ist der revidierte Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches in Kraft getreten. Nach neuem Recht wird beurteilt, wer nach dessen Inkrafttreten ein Verbrechen oder Vergehen begangen hat (<ref-law>). Hat der Täter ein Verbrechen oder Vergehen vor Inkrafttreten dieses Gesetzes begangen, erfolgt die Beurteilung aber erst nachher, so ist dieses Gesetz anzuwenden, wenn es für den Täter das mildere ist (<ref-law>). Diese Bestimmung gilt auch für Übertretungen des Bundesgesetzes über Arzneimittel und Medizinprodukte (Heilmittelgesetz, HMG; SR 812.21) im Sinne von <ref-law> (<ref-law> i.V.m. Art. 102 aStGB bzw. <ref-law>). Gemäss <ref-law> wird mit Busse bis zu Fr. 50'000.-- bestraft, wer vorsätzlich gegen die Bestimmungen über die Werbung für Arzneimittel verstösst (<ref-law>); handelt der Täter fahrlässig, beträgt die Busse bis zu Fr. 10'000.-- (<ref-law>). Da die Bussen-Höchstbeträge des bisherigen und des revidierten Strafgesetzbuches nicht höher liegen (vgl. Art. 106 aStGB bzw. <ref-law>), ergeben sich insoweit keine Unterschiede zwischen altem und neuem Recht. Anwendung findet deshalb bisheriges Recht.
2. Die Verurteilung der Beschwerdeführerin wegen eventualvorsätzlich begangener Widerhandlung gegen das Verbot der Publikumswerbung für verschreibungspflichtige Arzneimittel im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 14 der Verordnung über die Arzneimittelwerbung (Arzneimittel-Werbeverordnung, AWV; SR 812.212.5) und <ref-law> basiert auf folgendem Sachverhalt:
Die Beschwerdeführerin erteilte als bei der A._ AG für die Werbung verantwortliche Person einer Kommunikationsfachfrau den Auftrag, für die Laienpresse verschiedene Artikel über die Hautkrankheit Neurodermitis zu verfassen. Die erstellten Texte wurden von der Beschwerdeführerin genehmigt und anschliessend an verschiedene Zeitschriften und Zeitungen zur Veröffentlichung herangetragen. In der Folge erschienen in einem Gesundheitsmagazin und in drei Tageszeitungen von Mai bis Juni 2003 redaktionelle Artikel zum Thema Neurodermitis. In den Artikeln wurde der Markenname eines von der A._ AG vertriebenen verschreibungspflichtigen Neurodermitis-Medikaments ausdrücklich genannt.
3. 3.1 Für Arzneimittel, die nur auf ärztliche Verschreibung abgegeben werden dürfen, ist sog. Publikumswerbung gemäss <ref-law> unzulässig. Verstösse gegen diese Bestimmung sind gemäss <ref-law> sowohl bei Vorsatz als auch bei Fahrlässigkeit strafbar.
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In <ref-law> wird der Bundesrat ermächtigt (vgl. Art. 164 Abs. 2 und Art. 182 BV), durch Verordnung die im Gesetz verwendeten Begriffe näher auszuführen. Die Botschaft zum Heilmittelgesetz nennt hierfür den Begriff der Publikumswerbung als Beispiel (Botschaft HMG, BBl 1999 S. 3492). Gestützt darauf hat der Bundesrat die Verordnung über die Arzneimittelwerbung erlassen, welche die Fach- und Publikumswerbung für verwendungsfertige Arzneimittel der Human- und Veterinärmedizin regelt (Art. 1 Abs. 1 AWV). Als Arzneimittelwerbung definiert werden alle Massnahmen zur Information, Marktbearbeitung und Schaffung von Anreizen, welche zum Ziel haben, die Verschreibung, die Abgabe, den Verkauf, den Verbrauch oder die Anwendung von Arzneimitteln zu fördern (Art. 2 lit. a AWV). Publikumswerbung ist Arzneimittelwerbung, welche sich an das Publikum richtet (Art. 2 lit. b AWV). Als Fachwerbung gilt Arzneimittelwerbung, die sich an zur Verschreibung, Abgabe oder zur eigenverantwortlichen beruflichen Anwendung von Arzneimitteln berechtigte Personen richtet (Art. 2 lit. c AWV). Art. 15 AWV listet verschiedene Arten von Publikumswerbung auf. Erwähnt werden namentlich Anzeigen in Zeitschriften und Zeitungen (Art. 15 lit. a AWV).
Das Publikumswerbeverbot für rezeptpflichtige Arzneimittel wird mit dem Argument begründet, dass Patienten aufgrund der Werbebotschaften die für die Verschreibung und Abgabe verantwortlichen Fachpersonen derart beeinflussen könnten, dass diese ihren Entscheid nicht mehr gestützt auf ihr Fachwissen, sondern gemäss den durch die Werbung bei den Patienten erzeugten Erwartungen fällen würden (Botschaft HMG, BBl 1999 S. 3518). Der Arzt soll mithin nicht als Folge der Publikumswerbung irgendeinem Druck seiner Patienten, das beworbene Präparat zu verschreiben, ausgesetzt werden (Urs Jaisli, in: Thomas Eichenberger/Urs Jaisli/Paul Richli, Heilmittelgesetz, Basel 2006, N. 43 zu <ref-law>). Zudem soll vermieden werden, dass Laien gestützt auf Aussagen aus der Werbung Krankheiten, die einer ärztlichen Diagnose und Therapie bedürfen, selber mit rezeptpflichtigen Medikamenten behandeln, die sie ohne Arzt - etwa im Ausland oder aus Restbeständen bei Bekannten - erlangen (vgl. Ursula Eggenberger Stöckli, Arzneimittel-Werbeverordnung, Bern 2006, N. 5 zu Art. 14 AWV). Das aus Sicht der Pharmaindustrie berechtigte Bedürfnis nach Vermarktungsmöglichkeiten für Arzneimittel wird somit insoweit dem öffentlichen Interesse des Gesundheitsschutzes hintan gestellt (Thomas Eichenberger, Das Verhältnis zwischen dem HMG und dem UWG, in: Thomas Eichenberger/Tomas Poledna, Das neue Heilmittelgesetz, Zürich/Basel/Genf 2004, S. 15 f.).
3.2 Vorliegend steht fest, dass es sich bei dem von der Arbeitgeberin der Beschwerdeführerin vertriebenen Präparat "B._" um ein verschreibungspflichtiges Arzneimittel zur Behandlung von Neurodermitis handelt. Erstellt ist des Weiteren, dass die veröffentlichten Texte insbesondere durch die ausdrückliche Nennung des Markennamens und die Beschreibung der positiven Wirkungen des Medikaments werbende Elemente enthalten. Der objektive Tatbestand von <ref-law> ist damit erfüllt.
Demgegenüber bestreitet die Beschwerdeführerin, eventualvorsätzlich gehandelt zu haben; vielmehr habe sie aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit die Folgen ihres Handelns nicht bedacht und sich deshalb einzig der fahrlässigen Tatbegehung schuldig gemacht.
4. 4.1 Die Vorinstanz erwägt, die Überprüfung der Fahrlässigkeit sei eine Frage der Sachverhaltsfeststellung. Gestützt auf § 412 Abs. 2 Ziff. 3 StPO/ZH könne der erstinstanzliche Entscheid einer Beurteilung unterzogen werden, wenn der massgebliche Sachverhalt in nicht nachvollziehbarer Art und Weise festgestellt worden sei. Die erste Instanz habe sich bei der Erstellung des subjektiven Tatbestands vornehmlich auf die Aussagen der Beschwerdeführerin gestützt und sich insbesondere nicht mit den Vorbringen von Swissmedic auseinandergesetzt. Die Überprüfung des erstinstanzlichen Urteils und damit auch der Glaubhaftigkeit der Aussagen der Beschwerdeführerin seien somit zulässig und führten zum Ergebnis, dass diese mit Eventualvorsatz gehandelt habe.
4.2 Die Beschwerdeführerin bringt hiergegen vor, die Vorinstanz hätte angesichts von § 412 Abs. 2 Ziff. 3 StPO/ZH gar nicht auf die Beschwerde von Swissmedic eintreten dürfen, denn vorliegend bestünden keine erheblichen Bedenken an der Richtigkeit der erstinstanzlichen Tatsachenfeststellung. Diese Kognitionsüberschreitung der Vorinstanz müsse zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids führen.
4.3 Betrifft das erstinstanzliche Urteil eine Übertretung, für die nur eine Busse ausgefällt worden ist, prüft die kantonale Berufungsinstanz gemäss § 412 Abs. 2 StPO/ZH nur, ob das Urteil auf einem Verfahrensfehler beruht (Ziff. 1), ob Fehler in der Anwendung des materiellen Rechts vorliegen (Ziff. 2), oder, ob erhebliche Bedenken gegen die Richtigkeit der Tatsachenfeststellung bestehen (Ziff. 3).
Die Beschwerde in Strafsachen kann wegen Rechtsverletzungen gemäss <ref-law> erhoben werden. Die Auslegung und Anwendung kantonalen Verfahrensrechts kann nur so weit gerügt werden, als damit ein Verstoss gegen das Willkürverbot (<ref-law>) verbunden ist.
Vorliegend hat die erste Instanz im Ergebnis vollumfänglich auf die Aussagen der Beschwerdeführerin abgestellt, ohne sich mit den Vorbringen von Swissmedic näher zu befassen und letztlich ohne den werbenden Inhalt der verfassten Zeitschriften- bzw. Zeitungsartikel hinreichend zu gewichten. Der Schluss der Vorinstanz, die erstinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen seien nicht nachvollziehbar bzw. würden erhebliche Bedenken hervorrufen, hält deshalb der bundesgerichtlichen Willkürüberprüfung stand.
4.4 Die Beschwerdeführerin macht in verfahrensrechtlicher Hinsicht weiter geltend, die Vorinstanz hätte jedenfalls zwingend ein mündliches Verfahren durchführen und sie persönlich anhören müssen. Die Beschränkung auf ein schriftliches Verfahren genüge den Anforderungen an ein faires Verfahren gemäss <ref-law> nicht und verstosse gegen das Unmittelbarkeitsprinzip bzw. verletze ihren Anspruch auf Gewährung des rechtlichen Gehörs nach <ref-law>.
4.5 Das kantonale Berufungsgericht kann gestützt auf § 421 Ziff. 1 StPO/ZH bei Übertretungen ein schriftliches Verfahren durchführen, wenn in erster Instanz ein mündliches Verfahren durchgeführt und nur eine Busse ausgefällt worden ist. Besteht allerdings die Notwendigkeit weiterer Abklärungen, ist trotz erfüllter Voraussetzungen nach § 421 Ziff. 1 StPO/ZH ein mündliches Verfahren anzuordnen; in solchen Fällen würde der Verzicht auf eine Befragung der verurteilten Person deren Anspruch auf Einräumung des rechtlichen Gehörs verletzen (vgl. Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Auflage, Zürich 2004, N. 1038).
Vorliegend sind die Voraussetzungen zur Durchführung eines schriftlichen Verfahrens gemäss § 421 Ziff. 1 StPO/ZH erfüllt. Zudem ist die Beschwerdeführerin vor erster Instanz eingehend einvernommen worden, so dass für die Vorinstanz kein Anlass zu einer erneuten persönlichen Anhörung resp. zu sonstigen weiteren Abklärungen bestand. Das schriftliche Verfahren verletzt somit den Anspruch der Beschwerdeführerin auf Gewährung des rechtlichen Gehörs nicht und wahrt die allgemeinen Verfahrensgarantien von <ref-law>.
4.6 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz des Weiteren willkürliche Beweiswürdigung vor. Die Vorinstanz habe dem Urteilsspruch nicht jene tatsächlichen Verhältnisse zu Grunde gelegt, die zum Zeitpunkt der Tat bestanden hätten. Vor allem aber habe sie nicht auf die von der Beschwerdeführerin im erstinstanzlichen Verfahren gemachten Aussagen, sondern primär auf die übrigen Akten abgestellt.
4.7 Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen, auf einem offenkundigen Fehler beruhen oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen. Dabei genügt es nicht, wenn der angefochtene Entscheid sich nur in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat sich eingehend mit den Aussagen der Beschwerdeführerin wie auch mit allen weiteren Beweismitteln befasst, und festgehalten, die Behauptung der Beschwerdeführerin, wonach die Nennung des Markennamens und die Anpreisungen des Präparats in den Zeitschriften- bzw. Zeitungsartikeln unabsichtlich erfolgt seien, sei wenig glaubhaft. Diese Beweiswürdigung, welche entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sehr wohl auf den Verhältnissen zum Tatzeitpunkt basiert, hält der bundesgerichtlichen Willkürprüfung stand.
Inwieweit die weiteren Erwägungen der Vorinstanz willkürlich sein sollten ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht näher substantiiert.
5. 5.1 Die Vorinstanz hat den Eventualvorsatz bejaht. Sie hat namentlich erwogen, in Anbetracht der konkreten Umstände und des Fachwissens der Beschwerdeführerin sei davon auszugehen, dass diese die Verletzung der Werbevorschriften zumindest in Kauf genommen habe.
5.2 Die Beschwerdeführerin wendet hiergegen ein, ihr könne einzig ein pflichtwidrig unvorsichtiges Verhalten angelastet werden, beruhe doch die Erwähnung der Marke B._ in den Zeitschriften- bzw. Zeitungsartikeln auf einem blossen Versehen. Die Vorinstanz habe fälschlicherweise vom Vorliegen werbender Elemente, d.h. des objektiven Tatbestands, auf eine Werbeabsicht, d.h. auf die vorsätzliche Begehungsweise, geschlossen. Hierdurch statuiere sie eine unzulässige Erfolgshaftung.
5.3 Gemäss Art. 18 Abs. 2 aStGB verübt ein Verbrechen oder ein Vergehen vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Diese Bestimmung erfasst auch den Eventualvorsatz. Ein solcher genügt bei <ref-law> (Jaisli, a.a.O., N. 46 zu <ref-law>).
Eventualvorsatz liegt vor, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs bzw. die Verwirklichung des Tatbestands für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 4.1, 9 E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.2). Nicht erforderlich ist, dass der Täter den Erfolg "billigt" (eingehend <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 8.3 mit Hinweisen).
Ob der Täter die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen hat, muss das Gericht - bei Fehlen eines Geständnisses der beschuldigten Person - aufgrund der Umstände entscheiden. Dazu gehören die Grösse des dem Täter bekannten Risikos der Tatbestandsverwirklichung, die Schwere der Sorgfaltspflichtverletzung, die Beweggründe des Täters und die Art der Tathandlung. Je grösser die Wahrscheinlichkeit der Tatbestandsverwirklichung ist und je schwerer die Sorgfaltspflichtverletzung wiegt, desto näher liegt die Schlussfolgerung, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen. Das Gericht darf vom Wissen des Täters auf den Willen schliessen, wenn sich dem Täter der Eintritt des Erfolgs als so wahrscheinlich aufdrängte, dass die Bereitschaft, ihn als Folge hinzunehmen, vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Erfolgs ausgelegt werden kann (BGE <ref-ruling> E. 8.4; <ref-ruling> E. 3c, je mit Hinweisen).
5.4 Die Beschwerdeführerin ist deutsche Staatsangehörige. Sie kam 1999 in die Schweiz, wo sie zunächst während drei Jahren als Marketingmanagerin für ein bekanntes Pharmaunternehmen arbeitete und mit Fachwerbung beschäftigt war. Anschliessend wechselte sie zur A._ AG, bei welcher sie unter anderem für die Werbung, den Verkauf und den Vertrieb des Medikaments B._ zuständig war.
Dieses mehrjährige Befassen mit Fachwerbung für pharmazeutische Produkte hat der Beschwerdeführerin ein vertieftes Fachwissen in den Bereichen Marketing und Arzneimittelwerbung verschafft. Des Weiteren hat die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass die Beschwerdeführerin zum Zeitpunkt der Tatbegehung um die Verschreibungspflicht von B._ gewusst und die Wirkungen des Präparats gekannt hat. Ferner war sich die Beschwerdeführerin gemäss den Ausführungen im angefochtenen Entscheid bewusst, dass bei verschreibungspflichtigen Medikamenten Publikumswerbung verboten ist. Schliesslich hat die Beschwerdeführerin die Artikel wissentlich zuhanden eines Laienpublikums abfassen und in Zeitschriften bzw. Zeitungen publizieren lassen.
In den veröffentlichten Artikeln wird der Markenname B._ mehrmals ausdrücklich erwähnt und das Präparat namentlich als der "neue Stern am Neurodermitis-Himmel" bezeichnet bzw. der Wirkstoff des Medikaments als "die neue kortisonfreie Wunderwaffe gegen Neurodermitis" angepriesen. Weiter werden im Zusammenhang mit B._ die Begriffe "neue Hoffnung", "bahnbrechende Wirkung" und "Lichtblick für Patienten" verwendet. Die Texte sind mithin eindeutig subjektiv gefärbt und geeignet, bei der Leserschaft Anreize zum Kauf des Produkts zu schaffen. Auch werden als Nebenwirkungen von B._ lediglich ein anfängliches Brennen und Jucken beschrieben. Andere bekannte Nebenwirkungen wie Akne, Alkoholunverträglichkeit sowie das gelegentliche Auftreten von Neubildungen von Körpergewebe (sog. Neoplasmen) bleiben dagegen unerwähnt. Verschwiegen wird ebenso, dass es sich bei B._ um ein Reservemedikament handelt, welches nur eingesetzt werden sollte, wenn die herkömmliche Behandlung nicht genügend wirksam ist oder Beschwerden verursacht.
5.5 Der Vorsatz als innerer Vorgang ist keines direkten Beweises zugänglich. Wie erörtert darf das Gericht vom Wissen des Täters auf den Willen schliessen, wenn sich dem Täter der Eintritt des Erfolgs aufgrund der konkreten Umstände als so wahrscheinlich aufdrängte, dass die Bereitschaft, ihn als Folge hinzunehmen, vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Erfolgs ausgelegt werden kann.
Die veröffentlichten Zeitschriften- und Zeitungsartikel enthalten unmissverständliche Werbebotschaften, indem sie B._ als "Wunderwaffe" umschreiben und auf gewisse Nebenwirkungen des Präparats nicht hinweisen. Zudem war die Tatbestandsverwirklichung, d.h. die Publikumswerbung für ein verschreibungspflichtiges Arzneimittel, mit der Genehmigung der Artikel so gut wie sicher, und schliesslich wiegt auch die Pflichtverletzung der Beschwerdeführerin schwer.
Vor diesem Hintergrund ist das Vorbringen der Beschwerdeführerin, sie habe den Markennamen mehrmals überlesen, obwohl dieser in den Artikeln an prominenter Stelle erschien, nicht glaubhaft. Ebenso wenig ist plausibel, dass die Beschwerdeführerin als Vertreterin eines gewinnorientierten Unternehmens die objektiv als Werbung für ein von ihrer Arbeitgeberin vertriebenes Präparat einzustufenden Artikel aus rein altruistischen Gründen verfassen liess und mit der Publikation keinerlei Absatzförderung bezweckt hat.
In Anbetracht der gesamten Umstände - d.h. namentlich der objektiv eindeutigen Werbewirkung der Artikel, der überaus hohen Wahrscheinlichkeit der Tatbestandsverwirklichung und der schweren Sorgfaltspflichtverletzung - ist die Schlussfolgerung der Vorinstanz, der Beschwerdeführerin hätten sich spätestens bei der Durchsicht der Artikel deren Werbecharakter und -wirkung als derart wahrscheinlich aufdrängen müssen, dass die Genehmigung der Artikel zwecks Veröffentlichung in Publikumszeitschriften bzw. -zeitungen vernünftigerweise nur als Inkaufnahme einer Verletzung des Verbots der Publikumswerbung ausgelegt werden könne, nicht zu beanstanden. Hierdurch wird entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin weder die Unschuldsvermutung verletzt noch eine unzulässige Erfolgshaftung statuiert.
6. Die Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin demnach zu Recht der eventualvorsätzlichen Tatbegehung schuldig gesprochen. Die Beschwerde ist damit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Schweizerischen Heilmittelinstitut Swissmedic, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2007
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: