Sachverhalt:
A. Im Rahmen einer Revision machte das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) die Trägerschaft der Arbeitslosenkasse Comedia für einen Schaden, der im Zusammenhang mit an den Versicherten B._ zu Unrecht ausbezahlten Taggeldern der Arbeitslosenversicherung eingetretenen war, im Umfang von Fr. 10'000.- haftbar (Verfügung vom 5. September 2006; Revisionsbericht vom 8. August 2006).
B. Die von der Trägerschaft der Arbeitslosenkasse Comedia hiegegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 19. Juni 2008 ab.
C. Die Trägerschaft der Arbeitslosenkasse Comedia lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und der Verfügung vom 5. September 2006 sei in Bezug auf den Versicherten B._ von einer Trägerhaftung abzusehen.
Das SECO schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 Ingress S. 140 mit Hinweisen).
2. 2.1 Der vorliegende Streit dreht sich um eine auf <ref-law> gestützte Schadenersatzforderung, wonach der Träger dem Bund für Schäden haftet, die seine Kasse durch mangelhafte Erfüllung ihrer Aufgaben absichtlich oder fahrlässig verursacht. Damit betrifft der vorinstanzliche Entscheid eine in die Zuständigkeit des Bundesgerichts fallende Angelegenheit des öffentlichen Rechts im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.1 S. 140).
2.2 Im jüngst ergangenen BGE 8C_688/2008 vom 14. Januar 2009 hat das Bundesgericht entschieden, dass es sich bei der Trägerhaftung nach <ref-law> um eine vermögensrechtliche Angelegenheit auf dem Gebiet der Staatshaftung im Sinne von <ref-law> handelt, woran nichts ändert, dass ein Träger einer privaten Arbeitslosenkasse gegenüber dem Bund haftbar gemacht wird (eben zitiertes Urteil, E. 5). Damit ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.- beträgt oder wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>). Strittig ist lediglich ein Betrag von Fr. 10'000.- (vgl. <ref-law>), womit die vorausgesetzte Streitwertgrenze nicht erreicht ist. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, was auch nicht ersichtlich ist. Auf die Beschwerde ist demnach nicht einzutreten.
3. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.6 S. 639).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1100.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, der Arbeitslosenkasse Comedia und B._ schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Februar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla