Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach <ref-law> werden die Versicherungsleistungen, soweit das Gesetz nichts anderes bestimmt, bei Berufsunfällen, Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten gewährt (Abs. 1); der Bundesrat kann Körperschädigungen, die den Folgen eines Unfalls ähnlich sind, in die Versicherung einbeziehen (Abs. 2).
Gemäss <ref-law> sind die dort abschliessend aufgezählten Körperschädigungen den Unfällen gleichgestellt, auch wenn keine ungewöhnliche äussere Einwirkung erfolgt. Zu den unfallähnlichen Körperschädigungen gehören nach lit c. der Bestimmung die Meniskusrisse. Rechtsprechung und Doktrin haben aus dem bis Ende 1997 gültig gewesenen und auf den vorliegenden Fall anwendbaren Wortlaut von <ref-law> geschlossen, dass die in Art. 9 Abs. 2 lit. b-h UVV genannten Läsionen auch dann eine unfallähnliche Körperschädigung darstellen können, wenn sie ganz oder teilweise auf einer Krankheits- oder Degenerationserscheinung beruhen. Allerdings kann eine ausschliesslich aufgrund eines pathologischen Prozesses erfolgte Läsion nicht als unfallähnliche Schädigung anerkannt werden. Aus dem Erfordernis, dass ausser dem ungewöhnlichen äusseren Faktor die übrigen Begriffsmerkmale erfüllt sein müssen, folgt, dass auch bei einer auf Krankheits- oder Abnützungserscheinungen beruhenden Läsion eine plötzliche schädigende Einwirkung als Auslösungsfaktor eintreten muss. Fehlt es an einem solchen unmittelbaren Geschehen und ist die Verletzung vielmehr wiederholten, im täglichen Leben erfolgten Mikrotraumata zuzuschreiben, die die allmähliche Abnützung und schliesslich das Ausmass einer behandlungsbedürftigen Schädigung bewirken, liegt kein Unfall sondern eine Krankheit vor (RKUV 1988 U 57 S. 372 mit Hinweisen).
b) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vertritt die SUVA die Auffassung, bei der am 17. November 1995 operierten Meniskusläsion habe es sich um einen krankhaften Vorzustand gehandelt und es bestehe für die durch das Unfallereignis vom Februar 1996 verursachte Verschlimmerung ab dem 1. Januar 1998 keine Leistungspflicht mehr, weil der Gesundheitsschaden ausschliesslich auf unfallfremde Ursachen zurückzuführen sei. Aus den Akten geht indessen hervor, dass die SUVA die Meniskusläsion vom Oktober 1995 gemäss einer Mitteilung an das Regionalspital R._ vom 13. Januar 1997 als unfallähnliche Körperschädigung im Sinne von <ref-law> anerkannt hatte und laut Einspracheentscheid vom 24. März 1998 für diesen Schadenfall aufgekommen war. Die SUVA macht nicht geltend, diese Feststellungen seien unzutreffend oder die Leistungen seien zu Unrecht erbracht worden. Die im Februar 1996 erlittene neue Läsion stand sodann in einem engen zeitlichen und sachlichen Zusammenhang mit der unfallähnlichen Schädigung vom Oktober 1995. Die SUVA räumt denn auch ein, dass es im Anschluss an die Meniskusresektion vom November 1995 nie zu einer Beschwerdefreiheit gekommen ist. Die Beurteilung der streitigen Leistungspflicht lässt sich daher nicht auf die Frage beschränken, ob die durch das neue Unfallereignis bewirkte Verschlimmerung des Gesundheitsschadens bei Erlass der Verfügung bzw. des Einspracheentscheids behoben war. Vielmehr ist zu prüfen, ob die ab dem 1. Januar 1998 geklagten Beschwerden und die daraus allenfalls resultierende Behandlungsbedürftigkeit und Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit noch mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf die Läsionen vom Oktober 1995 und Februar 1996 zurückzuführen sind.
2.- a) Am 23. Oktober 1996 meldete Dr. med. A._, welcher sowohl die Meniskusresektion vom 17. November 1995 als auch die Nachresektion vom 28. August 1996 vorgenommen hatte, der SUVA, das Kniegelenk bereite nach wie vor grosse Probleme und sei diffus leicht verdickt. Der Versicherte klage über heftige antero-mediale Kniegelenksbeschwerden, eine unveränderte Druckdolenz, einen Oppressionsschmerz bei der Beugung mit deutlich eingeschränkter Beugefähigkeit sowie an Streckschmerzen mit stechenden vorderen Knieschmerzen. Nach dem arthroskopischen Befund und der zweimaligen Meniskusresektion sei dieser Zustand "eigentlich nicht so recht zu erklären", es sei denn, es läge eine beträchtliche Algodystrophie-Komponente vor. Nachdem der Versicherte seit bald einem Jahr nicht mehr arbeite, sei abzuklären, ob nicht psychosomatische Probleme am heutigen Beschwerdebild mitverantwortlich seien. Wegen der bestehenden Infrapatellaris-Problematik überwies Dr. med. A._ den Versicherten an Dr. med. C._ zur Beurteilung. Auch diese Untersuchung ergab keine eindeutigen Befunde, worauf der Versicherte zur stationären und psychosomatischen Abklärung in die Klinik B._ eingewiesen wurde. In deren Bericht vom 25. März 1997 wird ausgeführt, der Zustand am rechten Knie sei unbefriedigend. Die Funktion sei wesentlich beeinträchtigt durch Belastungsschmerzen im medialen Kompartiment und im Bereich des Streckapparates. Die Kniegelenksextension sei passiv voll möglich, aktiv werde sie schmerzbedingt vermieden. Der Versicherte weise ein pathologisches Gangbild auf, indem er den Fuss nicht mit der Ferse, sondern dem Vorfuss aufsetze, um das Knie leicht gebeugt halten zu können. Die Knieflexion sei schmerzbedingt eingeschränkt. Die klinischen Meniskusteste seien verdächtig auf eine Läsion medial; das MRI habe jedoch nur intrameniskale degenerative Veränderungen ergeben, sodass keine Indikation für eine nochmalige Operation bestehe. Der Bandapparat sei seitlich stabil, das vordere Kreuzband etwas locker, jedoch mit hartem Anschlag. Der Versicherte könne nicht lange Zeit gehen, insbesondere nicht bei Gefälle und unebenem Gelände, nicht wiederholt Treppen steigen und nicht auf Leitern arbeiten; er könne keine Lasten heben und tragen; Knien und Kauern sei nicht möglich. Ab 1. April 1997 bestehe eine Arbeitsunfähigkeit von 75 % (halbtägiger Arbeitseinsatz mit halber Leistung). Im Bericht zum psychosomatischen Konsilium vom 17. März 1997 stellt Psychiater Dr. med. R._ einen unauffälligen psychopathologischen Befund fest und verneint die Frage nach tieferliegenden psychosomatischen Problemen, bezeichnet es allerdings als auffällig, dass der Versicherte unter der fachgerechten Physiotherapie plötzlich sehr starke Rückenbeschwerden angebe. Anlässlich der kreisärztlichen Untersuchung vom 11. September 1997 fand Dr. med. K._ ein völlig reizloses, ergussfreies Kniegelenk ohne eigentliche Meniskuszeichen. Es bestehe jedoch eine ausgeprägte Druckdolenz über dem antero-medialen Tibiakopf im Bereich des Pes anserinus und über der distalen Sehne des Musculus semitendinosus. Der Bandapparat sei stabil. Funktionell bestehe aber eine Bewegungseinschränkung, wobei vor allem das Extensionsdefizit von heute 20° sehr störend sei und das Gangbild mit fehlender Abrollbewegung bedinge. Insgesamt bestehe eine Diskrepanz zwischen den angegebenen Beschwerden und dem heutigen Untersuchungsbefund, bei welchem, abgesehen von der Bewegungseinschränkung, im Vordergrund eine Tendinose im Bereich des Pes anserinus stehe. Inwieweit das Extensionsdefizit kapsulär bedingt sei, sei schwierig zu beurteilen. Die Physiotherapie sei zu intensivieren und der Versicherte bei einer Arbeitsfähigkeit von 50 % ab 12. September 1997 so rasch als möglich wieder in den Arbeitsprozess einzugliedern. Kreisarzt Dr. med. W._ gelangte am 26. November 1997 zum Schluss, das Knie sei ausdiagnostiziert und austherapiert. Zwar bestehe nach wie vor ein schlecht bewegliches rechtes Kniegelenk mit gestörtem Gangbild und Fehlhaltung der Wirbelsäule. Für die angegebenen Beschwerden finde sich aber kein Substrat, soweit das Gelenk überhaupt zugänglich sei. Es sei eben doch eine Fehlverarbeitung der bisherigen Eingriffe und Beschwerden zu vermuten, zumal auch die sozioökonomischen Umstände für eine Chronifizierung sprächen. Am 2. Dezember 1997 teilte der behandelnde Arzt Dr. med. M._ der SUVA mit, der Versicherte habe einen Arbeitsversuch wegen starker Schmerzen abbrechen müssen. Das rechte Knie sei leicht verdickt und es bestehe ein Streckausfall von 40°, während die Flexion bis 100° möglich sei. Er wisse nicht, wie der Patient weiter zu behandeln sei.
b) Im vorinstanzlichen Beschwerdeverfahren legten die Parteien weitere Arztberichte auf. In einer Stellungnahme zuhanden des Rechtsvertreters des Versicherten vom 12. April 1998 stellt der behandelnde Arzt Dr. med. M._ fest, aus klinischer Sicht sei nicht auszuschliessen, dass im medialen Bereich des rechten Kniegelenks eine relevante Meniskusverletzung vorhanden sei. Am medialen Kniegelenkspalt bestehe nach wie vor eine erhebliche Druckdolenz, vor allem im hinteren Abschnitt, sodass eine Verletzung des Hinterhornteils des medialen Meniskus vorliegen könnte. Es sei nur schwer vorstellbar, dass die bestehenden Beschwerden allein durch eine Fehlbelastung des Beines und einen damit verbundenen fehlerhaften Abrollmechanismus beim Gehakt bedingt seien. Es sollte ein unabhängiger Facharzt für Orthopädie dazu Stellung nehmen und darüber entscheiden, ob nicht doch ein arthroskopischer Eingriff sinnvoll wäre. Die SUVA reichte Berichte von Dr. med. D._, Facharzt für Orthopädische Chirurgie, vom 5. und 20. Mai sowie 29. Juli 1999 ein. Daraus geht hervor, dass eine erneute MRI-Untersuchung keine Läsion im rechten Kniegelenk und insbesondere keine Rissbildung im medialen Restmeniskus ergab; auch waren keine Zeichen einer Knochennekrose oder eines Marködems festzustellen. Dagegen zeigte die durchgeführte Szintigraphie einen vermehrten Knochenumbau im Tibiakopf rechts sowie im lateralen Femurcondylus und im Tibiaplateau links, sodass der Verdacht auf eine Überlastung des medialen Kompartimentes nach medialer Meniskektomie geäussert wurde. Des weitern wird die Beugekontraktur am rechten Knie als nach wie vor unerklärlich bezeichnet und von der an sich in Betracht zu ziehenden nochmaligen Arthroskopie abgeraten. Schliesslich ergab eine von Dr. med. D._ veranlasste MRT-Untersuchung der Lendenwirbelsäule keine wesentlichen pathologischen Befunde.
Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde reicht die SUVA eine Beurteilung des Sachverhalts durch Dr. med. S._, Ärzteteam Unfallmedizin, vom 22. Mai 2000 ein, worin die Auffassung vertreten wird, die bestehenden Beschwerden seien auf vorbestandene degenerative Veränderungen und nicht auf eine traumatische Ursache zurückzuführen. Angesichts der wiederholten und umfangreichen Untersuchungen sei nicht ersichtlich, welche weiteren Abklärungen vorzunehmen seien.
3.- a) Für die Annahme der SUVA, die ab 1. Januar 1998 bestehenden Beschwerden und die daraus resultierenden Beeinträchtigungen seien ausschliesslich auf degenerative Veränderungen zurückzuführen, ergibt sich aus den vorhandenen medizinischen Akten keine hinreichende Grundlage. Im Arthroskopiebericht vom 17. November 1995 werden zwar degenerative Veränderungen am Hinterhorn des Meniskus erwähnt. Von keinem der beteiligten Ärzte wird jedoch die Auffassung vertreten, sie seien für die Meniskusläsion vom Oktober 1995 und die in der Folge weiterbestehenden Beschwerden ursächlich. Auch hinsichtlich der Meniskusläsion vom Februar 1996 fehlen ärztliche Stellungnahmen, die sich für eine ausschliesslich oder überwiegend degenerative Ursache dieser Schädigung und der damit verbundenen Beschwerden aussprechen. Die von der Klinik B._ veranlasste MRIUntersuchung im Kantonsspital X._ vom 28. Februar 1997 zeigte Veränderungen am Hinterhorn des medialen Meniskus, welche mit einer Degeneration vereinbar sein könnten. Zu einem entsprechenden eindeutigen Befund ist indessen auch die Klinik B._ nicht gelangt. Eine Dreiphasenszintigraphie der Kniegelenke vom 8. Oktober 1997 und eine MRI-Untersuchung vom 28. Oktober 1997 zeigten lediglich geringe degenerative Veränderungen. Im Übrigen wird in den Arztberichten wiederholt und ausdrücklich festgestellt, die Beschwerden seien organisch nicht zu erklären, was bedeutet, dass sich das bestehende Beschwerdebild auch nicht überwiegend auf degenerative Veränderungen zurückführen liess. Der Auffassung der SUVA, wonach die ab 1. Januar 1998 geklagten Beschwerden und die daraus allfällig resultierende Arbeitsunfähigkeit allein durch einen degenerativen Prozess bedingt seien, kann aufgrund der Akten daher nicht gefolgt werden.
Nach den Arztberichten leidet der Beschwerdegegner an einer schmerzbedingten Beweglichkeitseinschränkung im Kniegelenk, welche zu einer Gangstörung geführt hat. Trotz wiederholter eingehender Untersuchungen konnten hiefür keine organischen Ursachen gefunden werden. Wie die Vorinstanz zu Recht feststellt, bleiben diesbezüglich allerdings noch Fragen offen. Im Bericht an die SUVA vom 23. Oktober 1996 hat Dr. med. A._ als Ursache der bestehenden Beschwerden eine Algodystrophie in Betracht gezogen und in einem weiteren Bericht an den behandelnden Arzt die Verdachtsdiagnose einer Infrapatellaris-Irritation sowie die Differenzialdiagnose eines Plica-medialis-Syndroms gestellt. Anlässlich einer neurologischen Abklärung durch Dr. med. C._ konnten diese Diagnosen nicht bestätigt werden; nach Auffassung dieses Arztes waren die Beschwerden eher einer Tendoperiostose zuzuschreiben. Weitere Abklärungen unterblieben in der Folge. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde führt die SUVA gestützt auf die Stellungnahme des Ärzteteams Unfallmedizin (Dr. med. S._) aus, für die Annahme einer Tendoperiostose fehle es an harten Befunden wie einer lokalen Druckschmerzhaftigkeit im Bereich des Pes anserinus; allerhöchstens habe der Beschwerdegegner über diffuse Druckdolenzen medial und/oder ventral geklagt, ohne dass die untersuchenden Ärzte eine Tendoperiostose in Erwägung gezogen oder gar die entsprechende Diagnose durch objektive Befunde hätten nachweisen können. Dem kann aufgrund der Akten nur insoweit gefolgt werden, als die Diagnose einer Tendoperiostose von keinem Arzt bestätigt wurde. In seinem Bericht vom 11. September 1997 hielt Kreisarzt Dr. med. K._ aber ausdrücklich fest, dass seit der Untersuchung durch Dr. med. C._ der Verdacht auf eine Tendoperiostose im Raum stehe, was nicht anders verstanden werden kann, als dass auch der Kreisarzt eine solche Diagnose zumindest nicht ausschloss. Dazu kommt, dass im kreisärztlichen Bericht eine ausgeprägte Druckdolenz im Bereich des Pes anserinus erwähnt wird und schon die Klinik B._ eine Schädigung in diesem Bereich festgestellt hatte. Die Aussage in der Stellungnahme von Dr. med. S._, wonach es an einem lokalen Befund am Pes anserinus fehle, erweist sich damit als aktenwidrig. Was die in Erwägung gezogene Algodystrophie betrifft, führt die SUVA aus, eine solche habe mit den wiederholt durchgeführten MRI-Untersuchungen und Skelettszintigraphien mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen werden können. Aus den medizinischen Akten ergeben sich indessen keine Anhaltspunkte dafür, dass die Verdachtsdiagnose einer Algodystrophie Gegenstand besonderer Untersuchungen gebildet hätte. Es wird jedenfalls in keinem der vorhandenen Arztberichte zu diesem Punkt Stellung genommen. Schliesslich wurde von Kreisarzt-Stellvertreter Dr. med. K._ eine kapsuläre Ursache für das bestehende Extensionsdefizit im Kniegelenk zur Diskussion gestellt, was ebenfalls nicht näher abgeklärt wurde. Es bleibt damit offen, ob die bestehenden Beschwerden und Beeinträchtigungen nicht doch eine in Zusammenhang mit den versicherten unfallähnlichen Körperschädigungen stehende Ursache haben. Die Vorinstanz hat die Sache daher zu Recht an die SUVA zurückgewiesen, damit sie den Sachverhalt näher abkläre und hierauf über den Leistungsanspruch für die Zeit ab 1. Januar 1998 neu verfüge.
b) Zu ergänzenden Abklärungen besteht auch in psychischer Hinsicht Anlass. Die Untersuchung in der Klinik B._ vom 17. März 1997 führte zwar zur Feststellung, dass eine psychosomatische Problematik nach dem heutigen Kenntnisstand verneint werden müsse. Im kreisärztlichen Bericht vom 26. November 1997 wird unter Hinweis darauf, dass für das schlecht bewegliche rechte Knie, das gestörte Gangbild und die Fehlhaltung der Wirbelsäule kein organisches Substrat gefunden werden könne, indessen die Auffassung vertreten, es sei eben doch eine Fehlverarbeitung der bisherigen Eingriffe und Beschwerden zu vermuten, wofür auch die sozioökonomischen Umstände sprächen. Die vom Kreisarzt geäusserte Vermutung blieb in der Folge unabgeklärt, obschon die Klinik B._ angesichts der neu aufgetretenen Rückenbeschwerden auf eine mögliche Symptomausweitung hingewiesen hatte. Die SUVA wird im Rahmen der von der Vorinstanz angeordneten Neubeurteilung daher auch den psychischen Gesundheitszustand des Beschwerdegegners näher abzuklären haben.
4.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die SUVA dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 Abs. 2 OG). Das Begehren um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung (Art. 152 Abs. 2 OG) erweist sich damit als gegenstandslos.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die SUVA wird verpflichtet, dem Beschwerdegegner für
das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungs-
gericht eine Parteientschädigung von Fr. 1500.- zu
bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungs-
gericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 13. Dezember 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: