Sachverhalt:
A. A._ und B._ (Beschwerdeführer) schlossen am 25. März 2000, vertreten durch ihren Vater, mit C._ (Beschwerdegegner) einen Vertrag über Architekturleistungen für die Realisierung einer Überbauung auf einer ihnen gehörenden Parzelle. Für die Leistungen des Architekten vereinbarten die Parteien die Geltung von Ziff. 4 der SIA-Norm 102. Die anderen in der SIA-Norm 102 enthaltenen Bestimmungen, insbesondere jene bezüglich des Honorars, wurden demgegenüber nicht Vertragsbestandteil. Bei Vertragsschluss lagen das entsprechende Baugesuch und die Baugesuchspläne vor. Nach Unterzeichnung des Vertrages wurden Abänderungen am ursprünglichen Projekt vorgenommen und von der Gemeinde bewilligt. Der Beschwerdegegner sorgte dafür, dass die Unternehmer diverse Garantiearbeiten ausführten, und stellte am 30. Juli 2004 die Bauabrechnung zu. Als Honorar für die im Vertrag umschriebenen Architekturleistungen hatten die Parteien einen Saldobetrag von Fr. 190'000.-- zuzüglich Fr. 3'000.-- für Plankopien vereinbart. Je Fr. 63'000.-- waren bei Baubeginn und nach erstelltem Rohbau geschuldet. Diese Beträge und Fr. 1'500.-- für Plankopien haben die Beschwerdeführer beglichen. Fr. 45'000.-- waren nach der Schlussabrechnung und Fr. 19'000.-- nach der zu leistenden Garantiearbeit zu zahlen. Die Zahlung dieser Beträge verweigerten die Beschwerdeführer, da nicht alle Garantiearbeiten ausgeführt worden seien und eine Schlussabrechnung fehle. Am 16. Oktober 2006 kündigte der Beschwerdegegner das Vertragsverhältnis.
B. Der Beschwerdegegner erhob Klage und verlangte vor dem Kantonsgericht des Kantons Wallis, nachdem er im Verlaufe des Verfahrens seine Begehren reduziert hatte, von den Beschwerdeführern, unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 80'066.-- nebst Zins, entsprechend einem Honorar von Fr. 14'566.-- für Zusatzleistungen und dem Restanteil der im Vertrag vereinbarten Pauschale von Fr. 65'500.--. Das Kantonsgericht erachtete gestützt auf ein Gutachten die Mehrforderung für Zusatzleistungen als ausgewiesen. Es ging davon aus, mit der Kündigung des Vertrages sei die Restforderung gemäss dem geschlossenen Vertrag fällig geworden, soweit der Beschwerdegegner die entsprechenden Leistungen bereits erbracht habe. Es erachtete indessen die Bauabrechnung vom 30. Juni 2004 samt Begleitschreiben und Beilagen als unvollständig. Ferner sei bezüglich der Garantiearbeiten nur eine Teilleistung erbracht worden. Gestützt auf Ziff. 4.5 der SIA-Norm 102 entfalle auf die Teilleistung Schlussabrechnung 2 % und auf die Teilleistung Mängelbehebung 1 % des vereinbarten Honorars. Vor diesem Hintergrund hielt das Kantonsgericht einen Abzug von 2 % des vereinbarten Pauschalhonorars (beziehungsweise Fr. 3'800.--) für angemessen. Die von den Beschwerdeführern zur Verrechnung gestellten Schadenersatzforderungen seien demgegenüber nicht hinreichend substanziiert. Daher sprach es dem Beschwerdegegner Fr. 76'266.-- nebst Zins zu.
C. Die Beschwerdeführer beantragen dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde sinngemäss, die Klage bezüglich der Fr. 14'566.-- für Zusatzleistungen abzuweisen, das verbleibende Architektenhonorar von Fr. 50'934.-- um Fr. 32'300.-- herabzusetzen und festzustellen, dass der Verrechnungsanspruch, den die Beschwerdeführer im Zusammenhang mit mangelhaften Dachterrassen geltend machen, genügend substanziiert sei. In diesem letzten Punkt sei die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Dem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 16. Juni 2009 statt. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das Kantonsgericht weist darauf hin, die Beschwerdeführer seien von ihrem in Geschäftsangelegenheiten äusserst versierten Vater vertreten gewesen, und verzichtet im Übrigen unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf Gegenbemerkungen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer erheben einen Teil ihrer Rügen unter dem Titel "Beschwerde in Zivilsachen" und einen Teil unter dem Titel "subsidiäre Verfassungsbeschwerde". Da die Beschwerde in Zivilsachen zulässig ist, steht die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht zur Verfügung (Art. 113 BGG), sodass nicht darauf einzutreten ist. Da die in einer subsidiären Verfassungsbeschwerde zulässigen Rügen auch in der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden können (Art. 116 und Art. 95 lit. a BGG), schadet die falsche Bezeichnung den Beschwerdeführern nicht und sind ihre Vorbringen in diesem Rahmen zu prüfen.
2. Da neue Begehren vor Bundesgericht nicht zulässig sind (Art. 99 Abs. 2 BGG), erscheint das erstmals vor Bundesgericht erhobene Feststellungsbegehren problematisch. Es ist indes davon auszugehen, dass die Beschwerdeführer darin lediglich die Vorgaben umschreiben, nach welchen die Vorinstanz nach der in diesem Punkt beantragten Rückweisung vorzugehen hätte. Da diese bei Gutheissung der Beschwerde ohnehin notwendig würde, um die Schadenersatzforderung materiell zu prüfen, genügt diesbezüglich der Rückweisungsantrag den vom Bundesgericht gestellten Anforderungen (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen) und sind die Begehren in diesem Sinne entgegenzunehmen.
3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.1 S. 105; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550). Die Beschwerdeführer beanstanden vor Bundesgericht nur die Höhe des dem Beschwerdegegner zugesprochenen Honorars und die Tatsache, dass der von ihnen wegen falscher Konstruktionswahl/Sanierung der Dachterrassen geltend gemachte Schadenersatzanspruch als unzureichend substanziiert angesehen wurde. Vor Bundesgericht sind daher nur diese Punkte zu überprüfen.
3.1 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von Art. 106 Abs. 2 BGG zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
3.2 Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4339 Ziff. 4.1.4.3; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 485 f. mit Hinweisen). Neue Vorbringen sind nur zulässig, soweit erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG), was wiederum näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226; <ref-ruling> E. 3 S. 395).
4. Die Beschwerdeführer weisen zunächst darauf hin, die Parteien hätten im Architekturvertrag Folgendes vereinbart: "Für die Architekturleistung wird per Saldo inklusive MWST ein Honorar von CHF 190'000.-- vereinbart ...". Die Beschwerdeführer hätten sich demnach ausdrücklich auf einen maximalen Pauschalbetrag verpflichten wollen. Die Saldoklausel lasse keinen anderen Schluss zu. Entsprechend habe der Beschwerdegegner nie ein Zusatzhonorar verlangt, was er nach Eingabe des Baubewilligungsgesuches hätte tun müssen, damit die Bauherren hätten intervenieren können. Zumindest hätte der Beschwerdegegner die Mehrkosten abmahnen müssen. Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, diverse Wohnungskäufer hätten ihre Wohnungen im Rohbau gekauft und selbst Leistungen in Auftrag gegeben. Mangels brauchbarer Schlussabrechnung könne indessen keine Zuordnung erfolgen.
4.1 Wird in einem Vertrag ein Pauschalpreis vereinbart, gilt dieser für die im Vertrag vereinbarten Leistungen. Ob dazu auch durch Projektanpassungen bedingte Mehrleistungen gehören, hängt davon ab, was die Parteien vereinbart haben. Aus der Saldoklausel allein kann nicht geschlossen werden, auch die Kosten für eine Projektänderung seien inbegriffen. Woraus sich ergeben sollte, dass sich der Pauschalpreis nicht nur auf die Leistungen für das ursprüngliche Projekt bezieht, sondern auch auf Mehrleistungen für Projektänderungen, legen die Beschwerdeführer nicht dar. Insoweit genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 BGG).
4.2 Die Vorinstanz hat den Umfang der Zusatzleistungen anhand eines Gutachtens in Würdigung der Beweise festgesetzt. Die Beschwerdeführer setzen dem ihre eigene Auffassung entgegen, indem sie beispielsweise behaupten, die Mehrkubatur, auf welche sich das Gutachten zur Festsetzung des Honorars für die Zusatzleistungen stütze, sei hauptsächlich auf Bestellungsänderungen der Käufer zurückzuführen. Dies hat die Vorinstanz indessen nicht festgestellt und die Beschwerdeführer erheben keine hinreichend begründete Rüge, die eine Ergänzung des Sachverhalts erlauben würde (vgl. E. 3 hiervor). Die Vorbringen der Beschwerdeführer erweisen sich somit als appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung, die nicht zu hören ist.
5. Die Vorinstanz hat die Honoraransprüche gemäss der ursprünglichen Vereinbarung um 2 % gekürzt, da der Beschwerdegegner seine Leistung nicht vollumfänglich erbracht hat.
5.1 Die Höhe dieses Abzuges ist nach Auffassung der Beschwerdeführer zu gering. Da der Beschwerdegegner weder die Garantiearbeiten erledigt noch eine brauchbare Schlussabrechnung vorgelegt habe, müsste die Kürzung gestützt auf die Leistungstabelle und die Prozentwerte der SIA-Norm 102 Ziff. 4.5, auf welche die Vorinstanz abgestellt hatte, 3 % betragen (2 % für die Schlussabrechnung und 1 % für die Leistung der Garantiearbeiten). Die Vorinstanz hat indessen festgestellt, der Beschwerdegegner habe dafür gesorgt, dass die Unternehmer diverse Garantiearbeiten ausführten, und eine, wenn auch unzulängliche, Abrechnung vorgelegt. Wenn die Vorinstanz dem Rechnung trägt, indem sie insgesamt nur einen Abzug von 2 % statt 3 % vornimmt, ist dies nicht zu beanstanden.
5.2 Die Beschwerdeführer weisen darauf hin, zu den Aufgaben des Beschwerdegegners habe auch die Bauleitung gehört. Sie wollen aus der Unzulänglichkeit der Schlussabrechnung und dem Expertengutachten ableiten, der Beschwerdegegner sei auch seinen Aufgaben bezüglich der Bauleitung, welche gemäss Ziff. 4.4. der SIA Norm 102 mit 27 % veranschlagt sei, nur unvollständig nachgekommen. Mit Blick darauf erscheine eine zusätzliche Kürzung von 14 % angemessen. Mit ihrer Argumentation übersehen die Beschwerdeführer, dass zur Ermittlung der Kürzung zunächst festzustellen ist, in welchem Umfang der Beschwerdegegner seine Leistungen tatsächlich erbracht hat. Erst danach ist zu beurteilen, wie sich dies auf die Honorarforderung auswirkt. Dass der Beschwerdegegner keine detaillierte Abrechnung erstellt hat, bedeutet nicht zwingend, dass er seinen Pflichten zur Bauleitung nur teilweise nachgekommen ist. Die Beschwerdeführer verweisen auf die Expertisen und ziehen aus den darin enthaltenen Feststellungen vom Ergebnis der Vorinstanz abweichende Schlussfolgerungen. Derartige appellatorische Kritik genügt aber nicht, um den angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht als offensichtlich unzutreffend auszuweisen oder die Ergänzungsbedürftigkeit der tatsächlichen Feststellungen aufzuzeigen. Gestützt auf die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid ist der Umfang der Kürzung demgegenüber nicht zu beanstanden.
6. Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz den von den Beschwerdeführern zur Verrechnung gestellten Anspruch bezüglich der Terassenkonstruktion zu Recht als nicht hinreichend substanziiert zurückgewiesen hat.
6.1 Ob ein bundesrechtlicher Anspruch durch die Sachvorbringen einer Partei ausreichend substanziiert ist, beurteilt sich nicht nach kantonalem Prozessrecht, sondern nach materiellem Bundesrecht (<ref-ruling> E. 3.3 S. 162; <ref-ruling> E. 2b S. 368 mit Hinweisen); dem kantonalen Recht bleibt dagegen grundsätzlich vorbehalten, die Anforderungen festzulegen, denen eine Behauptung in formeller Hinsicht zu genügen hat (<ref-ruling> E. 2 und 3 S. 339 f.).
6.2 Die Beschwerdeführer zeigen mit Aktenhinweisen auf, dass sie die mangelhafte Ausführung der Dachterrassen zum Prozessthema gemacht haben. Es sei nicht klar, wo die mangelnde Substanziierung gelegen haben sollte. Diesbezüglich rügen die Beschwerdeführer auch eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und werfen der Vorinstanz vor, in Willkür verfallen zu sein.
6.3 Die Vorinstanz ging zu Recht davon aus, nicht jeder Baumangel sei zwangsläufig auf einen Fehler des Architekten zurückzuführen. Sie hielt fest, der Vater der Beschwerdeführer habe die Ausführung der Flachdachabdeckung mit Kies und Waschbeton bestellt. Gemäss Gutachten gehe aus den Akten hervor, dass der Beschwerdegegner wiederholt darauf hingewiesen habe, entgegen seiner Planungsabsicht sei die gewählte Konstruktion der Dachterrassen von der Bauherrschaft so gewollt. Vor diesem Hintergrund wird deutlich, dass die Beschwerdeführer bezüglich der Dachterrassen nach Auffassung der Vorinstanz nicht hinreichend substanziiert haben, inwiefern aus dem Mangel an sich auf eine mangelhafte Vertragserfüllung zu schliessen ist. Aus ihren Vorbringen im kantonalen Verfahren, welche die Beschwerdeführer mit Aktenhinweisen in der Beschwerde wiedergeben und kommentieren, lässt sich erkennen, dass sie den Beschwerdegegner für die Mängel der Dachterrassen verantwortlich machen. Woraus sich diese Verantwortung ergibt oder weshalb die vorhandenen Mängel für sich allein zwingend auf eine Pflichtverletzung des Beschwerdegegners schliessen lassen sollten, lässt sich den zitierten Passagen aber nicht entnehmen, sondern wird vielmehr implizit vorausgesetzt. Damit ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den Schadenersatzanspruch bezüglich der dafür notwendigen Vertragsverletzung für nicht hinreichend substanziiert erachtete. Von Willkür oder einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör kann ebenfalls keine Rede sein.
7. Die Beschwerde in Zivilsachen erweist sich insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.

Das Bundesgericht erkennt:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit (intern je zur Hälfte) den Beschwerdeführern auferlegt.
4. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit (intern je zur Hälfte) mit insgesamt Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und der Kantonsgericht des Kantons Wallis, I. Zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak