Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die kantonale Rekurskommission hat die gesetzlichen Vorschriften über den Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (<ref-law>), den Ausschluss von Angehörigen des obersten betrieblichen Entscheidungsgremiums und deren Ehegatten von dieser Leistung (<ref-law>), die Pflicht der Verwaltung zur Rückforderung von zu Unrecht erbrachten Leistungen (<ref-law>) sowie die hiezu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling>) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.- Abgesehen von einem kleinen, nicht bestrittenen Betrag, der wegen eines Rechnungsfehlers zu Unrecht an E._ ausgerichtet worden ist, geht es vorliegend einzig um an A._ bezahlte Kurzarbeitsentschädigungen.
Dieser ist unbestrittenermassen Ehemann von S._, welche im Handelsregister seit 1994 zusammen mit R._ als Verwaltungsratsmitglied bzw. Betriebsinhaberin mit Einzelunterschrift eingetragen ist. Somit ist A._ mitarbeitender Ehegatte eines Mitglieds des höchsten betrieblichen Entscheidungsgremiums und daher nach dem klaren Wortlaut von <ref-law> vom Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung ausgeschlossen. Dieser Ausschluss ist absolut zu verstehen, ohne dass die Möglichkeit bestände, den betroffenen Personen unter bestimmten Voraussetzungen im Einzelfall Leistungen zu gewähren (<ref-ruling> Erw. 7a, 122 V 272 Erw. 3; Nussbaumer, Arbeitslosenversicherung, in SBVR S. 146 Rz 379 in fine). Es erübrigt sich daher, die Sache an die Verwaltung zurückzuweisen, damit sie genauer abkläre, welchen Einfluss A._ in der erwähnten Firma konkret ausgeübt hat. Denn entscheidend ist nicht dessen persönlicher Einfluss, sondern die Tatsache, dass er Ehegatte einer Person ist, der unzweifelhaft arbeitgeberähnliche Stellung zukommt. Insoweit ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des seco offensichtlich begründet (Art. 36a Abs. 1 lit. c OG).
3.- Zu prüfen bleibt, ob die Rückforderungsverfügung rechtzeitig ergangen ist.
a) Der Rückforderungsanspruch verjährt innert einem Jahr, nachdem die auszahlende Stelle davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber fünf Jahre nach Auszahlung der Leistung. Bei diesen Fristen handelt es sich um Verwirkungsfristen.
Unter dem Ausdruck "nachdem die auszahlende Stelle davon Kenntnis erhalten hat" ist der Zeitpunkt zu verstehen, in welchem die Verwaltung bei Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit hätte erkennen müssen, dass die Voraussetzungen für eine Rückerstattung bestehen (BGE 124 V 832 Erw. 1, 122 V 274 Erw. 5a). Im Zusammenhang mit der Rückforderung von zu Unrecht an Verwaltungsratsmitglieder ausbezahlten Kurzarbeitsentschädigungen hat die Rechtsprechung festgehalten, dass die Verwaltung sich die Publizitätswirkung des Handelsregisters und die Bekanntmachungen daraus im Schweizerischen Handelsamtsblatt entgegenhalten lassen muss (<ref-ruling> Erw. 2a, 122 V 276 Erw. 5b/aa).
b) Vorliegend ist A._ im Handelsregister als Revisionsstelle eingetragen, nicht jedoch als Verwaltungsratsmitglied.
Es fehlt jeglicher Hinweis darauf, dass er Ehemann der eingetragenen S._ ist. Auf Grund des Handelsregisterauszugs war daher nicht zu erkennen, dass A._ zu jenen Personen gehört, die keinen Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung haben. Die Firma macht wohl geltend, X._ sei ein Ort, in welchem man sich kenne, weshalb auch die Sachbearbeiter der Verwaltung genau gewusst hätten, dass A._ Ehemann von S._ sei.
Dies aber ist kein rechtsgenüglicher Grund, der Arbeitslosenkasse zu unterstellen, dass sie von Anfang an um die ehelichen Bande von A._ gewusst habe. Es fragt sich allenfalls, ob sich angesichts des Handelsregisterauszugs nicht nähere Abklärungen aufgedrängt hätten, da A._ den selben Familiennamen trägt wie die Betriebsinhaberin.
Indessen ist zu beachten, dass neben S._ noch R._ als Verwaltungsratsmitglied und Betriebsinhaber eingetragen ist. Es war daher nicht ohne weiteres klar, ob und gegebenenfalls welcher der beiden Herren Ehemann von S._ sei. Daher muss es damit sein Bewenden haben, dass der Fehler erst bei der Revision vom 1./2. Dezember 1999 entdeckt und die Rückerstattungsverfügung somit rechtzeitig erlassen wurde.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird
der Entscheid der Kantonalen Rekurskommission in
Sachen Arbeitslosigkeit des Kantons Wallis vom 20. Februar 2001 aufgehoben.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Rekurskommission in Sachen Arbeitslosigkeit, Sitten, der Arbeitslosenkasse der Gewerkschaft Bau & Industrie,
Zürich, und dem Kantonalen Arbeitsamt, Sitten,
zugestellt.
Luzern, 17. Dezember 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: