Erwägungen:
1. Die Ehegatten X._ erhoben mit Eingabe vom 31. Januar 2009 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der Verwaltungskommission des Obergerichts des Kantons Aargau vom 26. November 2008. Die Beschwerdeführer wurden mit Verfügung vom 10. Februar 2009 aufgefordert, bis spätestens am 25. Februar 2009 einen Kostenvorschuss von Fr. 2'000.-- einzuzahlen. Auf Gesuch vom 25. Februar 2009 hin wurde den Beschwerdeführern diese Frist bis zum 16. März 2009 erstreckt. Da der Kostenvorschuss bis dahin nicht eingegangen war, wurde den Beschwerdeführern mit neuer Verfügung vom 25. März 2009 eine nicht erstreckbare Nachfrist zur Vorschussleistung bis zum 3. April 2009 angesetzt; unter Hinweis auf <ref-law> wurden sie darauf aufmerksam gemacht, dass das Bundesgericht bei Säumnis auf das Rechtsmittel nicht eintreten würde. In der Folge ging beim Bundesgericht innert Frist kein Kostenvorschuss ein.
2. Die Partei, die das Bundesgericht anruft, hat einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Gerichtskosten zu leisten (<ref-law>). Gemäss <ref-law> setzt ihr der Instruktionsrichter bzw. der Abteilungspräsident (vgl. <ref-law>) eine angemessene Frist zur Leistung des Vorschusses und bei deren unbenütztem Ablauf eine Nachfrist, wobei das Bundesgericht auf die Eingabe nicht eintritt, wenn der Vorschuss auch innert der Nachfrist nicht geleistet wird.
Vorliegend haben die Beschwerdeführer den Vorschuss innert der Nachfrist nicht bezahlt. Auf die Beschwerde ist somit, wie in der Verfügung vom 25. März 2009 für den Säumnisfall angedroht, gestützt auf <ref-law> im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
3. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern und dem Obergerichts des Kantons Aargau, Verwaltungskommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli