Faits:
A. Le 29 mai 2001, Helsana Assurances SA (ci-après: Helsana) écrivit à son assuré X._ qu'elle entendait désormais restreindre la prise en charge d'un traitement de psychothérapie à une séance par semaine, contre deux jusqu'alors. Cette décision a été contestée par l'assuré.
Le 13 septembre 2001, le Dr A._, médecin-conseil d'Helsana, s'est adressé au Dr B._, médecin psychiatre et consultant externe, également médecin-conseil, en lui remettant le dossier de l'assuré afin d'obtenir son avis au sujet de l'indication, du nombre de séances et de la durée des traitements; des cas de ce genre étaient fréquents à Genève, et il convenait d'obtenir une ligne générale. Le dossier de l'assuré a été transmis une seconde fois, vraisemblablement le 15 octobre 2001, le médecin-conseil désirant savoir quelle serait l'issue possible en cas de recours. Le Dr B._ a rendu deux rapports, les 27 septembre et 24 octobre 2001, estimant qu'il n'y avait pas de raison de dépasser le cadre des prestations prévues à l'<ref-law>; l'avis d'un psychiatre francophone devait toutefois être requis.
Le 30 octobre 2001, le Dr A._ a également transmis - dans une mesure contestée - des données concernant l'assuré au Dr C._, chef du Service des médecins-conseils d'Helsana.
Le 14 janvier 2003, X._ demanda à Helsana de constater l'illicéité des transmissions de son dossier au Dr B._, et de détruire les rapports rendus par celui-ci. L'assureur s'y opposa formellement le 14 février 2003.
B. Par acte du 17 mars 2003, X._, a saisi la Commission fédérale de la protection des données (ci-après: la commission) en lui demandant de constater le caractère illicite des transmissions de son dossier aux Dr B._ et C._, et d'ordonner la destruction des rapports du Dr B._. Selon lui, seul un médecin-conseil pouvait avoir accès à son dossier.
Par jugement du 3 juin, la commission a partiellement admis le recours: la transmission du dossier au Dr C._ était illicite (ch. 1 du dispositif), car elle équivalait à une transmission à l'assureur, ce que la loi n'autorisait pas; cela pourrait remettre en cause l'indépendance des médecins-conseils envers l'assureur. Les échanges entre médecins-conseils et le chef de leur service devaient rester à un niveau de généralité, sans que cela n'exige la divulgation du dossier médical de certains assurés. Le recours a été rejeté pour le surplus (ch. 2): la transmission du dossier au Dr B._ était licite, car ce dernier pouvait être assimilé à un auxiliaire du médecin-conseil, appelé à se prononcer non seulement sur des questions générales mais aussi sur le cas d'un assuré présentant des difficultés particulières. Exiger un tri préalable ou une anonymisation du dossier n'était pas possible. Les frais ont été mis pour les deux tiers - soit 1300 fr. - à la charge du recourant (ch. 3), et une indemnité de dépens réduite de 700 fr. lui a été allouée (ch. 4).
C. X._ forme un recours de droit administratif contre ce jugement; il reprend ses conclusions en constatation du caractère illicite des transmissions de dossier au Dr B._; il demande la destruction de ses deux rapports. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à la commission afin qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants.
Helsana forme elle aussi un recours de droit administratif; elle demande l'annulation du ch. 1 du dispositif du jugement attaqué (illicéité de la transmission du dossier au Dr B._), et des ch. 3 et 4, en ce sens que les frais de jugement sont mis entièrement à la charge du recourant et qu'une indemnité de dépens est allouée à Helsana.
La commission renonce à prendre position sur chacun des recours, et se réfère aux considérants de son jugement. Chaque partie conclut au rejet du recours de sa partie adverse. Après un second échange d'écritures, les parties ont maintenu leurs conclusions.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Les recours sont formés contre un même jugement. Bien que les questions posées soient différentes, le cadre juridique est identique puisqu'il s'agit chaque fois de juger de l'admissibilité de la transmission de données personnelles du recourant, dans le premier cas à un médecin expert, dans le second au chef du service des médecins-conseils de l'assureur. Les recours peuvent par conséquent être joints afin qu'à l'instar du jugement de première instance, il soit statué par un même arrêt.
1.1 Selon l'art. 97 OJ en relation avec l'<ref-law>, la voie du recours de droit administratif est ouverte contre les décisions fondées sur le droit public fédéral - ou qui auraient dû l'être - à condition qu'elles émanent des autorités énumérées à l'art. 98 OJ et pour autant qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ ou dans la législation spéciale ne soit réalisée (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 3/4; <ref-ruling> consid. 1 p. 52; <ref-ruling> consid. 1a p. 173).
1.2 Conformément à l'art. 98 let. e OJ, le recours de droit administratif est ouvert contre les décisions rendues par la Commission fédérale de la protection des données en application de l'art. 33 al. 1 let. d LPD. Le recourant X._ a la qualité de personne concernée (<ref-law>), et son assureur celle d'organe fédéral responsable (art. 3 let. h LPD; <ref-ruling> consid. 1a p. 536 et 3c p. 540). L'un et l'autre ont qualité, au sens de l'art. 103 let. a OJ, pour recourir contre le jugement attaqué.
1.3 Les conclusions de nature constatatoire, prévues à l'<ref-law>, sont admissibles dans le cadre du recours de droit administratif pour autant qu'elles répondent à un intérêt légitime et ne se limitent pas à des questions théoriques; il faut en outre que l'intéressé ne puisse pas obtenir satisfaction par le biais de conclusions en annulation (<ref-ruling> consid. 2c p. 303 et les arrêts cités).
La LPD permet à toute personne disposant d'un intérêt légitime d'exiger de l'organe fédéral qu'il constate le caractère illicite du traitement (art. 25 al. 1 let. c). La commission a ainsi admis la recevabilité des conclusions en constatation du caractère illicite des transmissions du dossier médical. Rien ne s'oppose dès lors à ce que le recourant reprenne ses conclusions dans son recours de droit administratif.
Le recourant conclut aussi à la destruction des rapports du Dr B._. Cette conclusion est uniquement motivée par le fait que ce spécialiste se serait vu illégalement remettre le dossier médical. Il n'est pas prétendu qu'il contiendrait des erreurs matérielles qui nécessiteraient une rectification fondée sur l'<ref-law>, ou que la rédaction des rapports litigieux serait assimilable aux "effets d'un traitement illicite" au sens de l'<ref-law>. La recevabilité de cette conclusion peut demeurer indécise car, comme on le verra, elle repose sur une prémisse - l'illicéité de la transmission de données - qui apparaît erronée.
1.4 Lorsque les questions de protection des données se posent dans les rapports d'un assuré avec sa caisse-maladie, indépendamment de toute prétention découlant du droit des assurances sociales, la cause est du ressort du Tribunal fédéral, et non du Tribunal fédéral des assurances (<ref-ruling> consid. 1a p. 222; <ref-ruling> consid. 1b p. 536 et les arrêts cités). En l'occurrence, il existe une procédure sur le fond, relative à une prise en charge par l'assureur des frais de psychothérapie. Toutefois, les questions posées par les deux recours sont limitées à la transmission du dossier médical, et peuvent être résolues indépendamment du fond.
Recours de X._
2. Le recourant persiste à considérer comme illicites les transmissions de son dossier par le Dr A._ au Dr B._. Il relève qu'un médecin traitant n'aurait pas le droit de consulter de cette manière un confrère spécialisé à l'insu de son patient, et qu'il devrait en aller de même pour le médecin-conseil. Le recourant estime que le Dr A._ n'aurait pas choisi en toute indépendance le consultant externe, puisque le Dr B._ avait été mandaté par l'assureur pour donner des avis en matière de psychiatrie. Le système des art. 13 Cst. et 321 CP permettrait à toute personne de décider elle-même de l'accès aux données qui la concernent; le principe de transparence, ainsi que les art. 4, 8 et 9 LDP supposeraient le consentement du patient, ou à tout le moins une information avant toute transmission de données. La solution consacrée par la commission serait ainsi arbitraire, et violerait les art. 13 Cst. et 8 CEDH. Le recourant se plaint de ce que la liste des médecins-conseils n'ait pas encore été publiée; il estime aussi qu'une liste de médecins consultants spécialisés et agréés devrait être établie.
2.1 Le recourant ne conteste plus que le médecin-conseil, dans le cadre de sa mission, peut requérir l'avis d'un autre médecin spécialisé, appelé à se prononcer sur une question nécessitant des connaissances particulières. En effet, le contrôle du caractère économique et de la qualité des prestations (<ref-law>) ne peut parfois se faire sans le recours à un spécialiste. Par ailleurs, les contestations des parties quant à la publication de la liste des médecins-conseils, et à la manière dont le choix du Dr B._ s'est opéré, sont sans rapport direct avec la question de la protection des données, et n'ont pas à être examinées dans ce cadre. Le recourant admet implicitement que la remise de son dossier médical était bien nécessaire afin de permettre au consultant de donner son avis. La base légale formelle pour une telle transmission est l'<ref-law>, qui prévoit expressément qu'un organe peut traiter ou "faire traiter" des données personnelles, y compris des données sensibles. Cette expression recouvre notamment la transmission de données personnelles dans le cadre d'une mission d'expertise (FF 2000 p. 227; Eugster/Luginbühl, Datenschutz in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung, in: Datenschutz im Gesundheitswesen, Zurich 2001 p. 73-146, 81). En réplique, le recourant estime que les art. 42 al. 5 et 57 al. 7 LAMal empêcheraient toute transmission de données autres que celles qui y sont expressément mentionnées. Tel n'est pas le sens de ces dispositions: la première permet au fournisseur de prestations de ne donner des indications d'ordre médical qu'au médecin-conseil; elle constitue une exception au principe de l'obligation de renseigner de l'art. 42 al. 3 et 4 LAMal, et concernent les relations entre prestataires et assureurs. Quant à l'<ref-law>, il concerne la transmission de données à l'assureur. On ne saurait donc déduire de ces dispositions une interdiction faite au médecin-conseil de transmettre des données à un tiers.
L'existence d'une base légale formelle dispense d'examiner si la commission pouvait, comme elle l'a fait également, fonder la transmission litigieuse sur la convention passée le 14 décembre 2001 entre Santésuisse et la Fédération des médecins suisses, relative aux médecins-conseils (laquelle prévoit notamment à son art. 6 le recours à des auxiliaires, tenus au secret professionnel du médecin), ou sur la directive en matière de protection des données édictée par Santésuisse.
2.2 Le recourant ne conteste pas non plus les considérations de la commission en rapport avec le principe de la proportionnalité. Selon le jugement attaqué, la transmission de l'intégralité du dossier était nécessaire afin de s'assurer que le spécialiste dispose des éléments nécessaires pour se prononcer valablement; on ne saurait exiger du non-spécialiste qu'il opère un tri préalable, au risque d'influencer l'avis du spécialiste. On ne pouvait non plus exiger un travail disproportionné d'anonymisation, lequel n'empêcherait au demeurant pas des recoupements d'informations.
En définitive, la seule question encore litigieuse à ce stade est de savoir si la transmission du dossier devait être soumise au consentement préalable de l'assuré, ou devait à tout le moins faire l'objet d'une information à ce dernier.
2.3 L'assureur-maladie ayant la qualité d'organe fédéral au sens de l'<ref-law>, il en va de même du médecin-conseil. La transmission des données personnelles est régie à la fois par cette loi et par la LAMal; hormis l'obligation générale de garder le secret posée à son art. 33, la loi fédérale du 6 octobre 2000 sur la partie générale du droit des assurances sociales (LPGA; RS 830.1) ne règle pas ce problème.
Selon l'art. 3 let. e LPD, la communication de données personnelles, soit le fait de les rendre accessibles en les transmettant (let. f) constitue un traitement au sens des <ref-law>. Un tel traitement nécessite une base légale (<ref-law>). Un dossier médical renfermant des informations sur la santé d'un patient contient en outre des données sensibles au sens de l'art. 3 let. c ch. 3 LPD, de sorte qu'une base légale formelle est nécessaire (<ref-law>). S'agissant de communication, les exceptions à cette exigence sont mentionnées à l'art. 19 al. 1 let. a à d. Il s'agit notamment du besoin absolu du destinataire pour accomplir la tâche (let. a), du consentement de la personne concernée (let. b), ou de l'opposition abusive de ce dernier (let. d).
Les art. 84 et 84a LAMal, entrés en vigueur le 1er janvier 2001, constituent la base légale formelle exigée par l'<ref-law> en matière de traitement et de communication des données. L'<ref-law> prévoit que les organes chargés de l'application de la loi ou d'en surveiller l'exécution "sont habilités à traiter et à faire traiter les données personnelles, y compris les données sensibles et les profils de la personnalité, qui leur sont nécessaires pour accomplir les tâches que leur assigne cette loi, notamment pour: établir le droit aux prestations, les calculer, les allouer et les coordonner avec celles d'autres assurances sociales [let. c]". Intitulé "communication de données", l'<ref-law> prévoit que, "dans la mesure où aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose, les organes chargés d'appliquer la présente loi ou d'en contrôler l'application peuvent communiquer des données, en dérogation à l'<ref-law>: à d'autres organes chargés d'appliquer la présente loi ou d'en contrôler l'exécution, lorsqu'elles sont nécessaires à l'accomplissement des tâches que leur assigne la présente loi" (let. a).
Le statut des médecins-conseils est défini à l'<ref-law>. Il s'agit de praticiens désignés par les assureurs ou leur fédération, chargés de donner leur avis à l'assureur sur des questions médicales ainsi que sur des questions relatives à la rémunération et à l'application des tarifs. Ils examinent en particulier si les conditions d'une prise en charge d'une prestation sont remplies (al. 4). Les médecins-conseils évaluent les cas en toute indépendance. Ni l'assureur, ni le fournisseur de prestations, ni leurs fédérations ne peuvent leur donner de directives (al. 5).
2.4 L'institution du médecin-conseil a pour but essentiel de garantir les droits de la personnalité des assurés à l'égard des assureurs (OFAS, Protection de la personnalité dans l'assurance-maladie et accidents sociale et privée, rapport d'une commission d'experts instituée par le DFI et le DFJP, mars 2001 p.106). La loi réglemente ainsi de manière restrictive la transmission de données entre le médecin-conseil et l'assureur (art. 42 al. 5 et 57 al. 7 LAMal), le médecin conseil ayant pour fonction de sélectionner les informations à destination de l'assureur (rapport OFAS, p. 93 ss). En revanche, la loi permet au médecin-conseil de transmettre des données à un médecin tiers; la protection des données est assurée dans ce cas, d'une part en raison du secret professionnel auquel est soumis le médecin tiers lui même, d'autre part en raison du fait que le médecin-conseil est responsable de la protection des données qu'il fait ainsi traiter (<ref-law>, <ref-law>). Selon l'<ref-law>, le médecin- conseil examine le cas en toute indépendance; la décision de recourir à l'avis d'un spécialise lui appartient, et il est libre dans le choix du consultant. Il doit pouvoir adresser à ce dernier toutes les données propres à la résolution de la question posée, sans que ni l'assureur, ni le fournisseur de prestation, ni même l'assuré n'aient à donner leur consentement à ce genre de démarches. En l'occurrence, le fait que le Dr A._ se soit adressé à un praticien qui est lui-même médecin-conseil, constitue une garantie supplémentaire.
2.5 Dans la systématique de l'<ref-law>, le consentement de l'intéressé n'est pas nécessaire lorsqu'il existe une base légale formelle pour le traitement de données sensibles. Le médecin-conseil reste toutefois obligé, en vertu du principe de la proportionnalité, de s'en tenir aux données nécessaires au but poursuivi, dans le respect des droits de la personnalité de l'assuré (cf. <ref-law> et, par analogie, art. 57 al. 7 in fine LAMal).
A défaut d'un droit d'opposition de la part de l'assuré, un devoir d'information préalable relatif à la transmission des données ne s'impose pas non plus. A ce sujet, le droit d'accès consacré à l'<ref-law> constitue une garantie suffisante (<ref-ruling>). En outre, dans la mesure où la consultation du médecin spécialisé a pour cadre une procédure à l'issue de laquelle une décision formelle devra être prise concernant la prise en charge ou non de certaines prestations, l'information aura lieu dans ce cadre où la consultation du dossier est également garantie; l'assuré pourra faire valoir tous ses griefs à l'encontre du médecin consulté, tant en ce qui concerne sa personne (dans l'optique d'une éventuelle récusation) que du contenu de son avis. Si celui-ci est fondé sur des données inexactes, l'intéressé peut aussi faire valoir, après-coup, son droit de rectification. Ces garanties apparaissent suffisantes dans la mesure où, compte tenu du statut du destinataire des données, il n'y a pas à craindre que celles-ci parviennent à d'autres personnes.
C'est par conséquent à tort que le recourant entend faire valoir un droit systématique d'être préalablement renseigné sur la transmission, par le médecin-conseil, de son dossier à un médecin expert. Il peut certes arriver qu'en raison de circonstances particulières (données particulièrement sensibles, liens possibles entre l'assuré et l'expert), le médecin-conseil puisse être tenu de fournir une telle information, afin de permettre à l'intéressé de s'exprimer au sujet du choix de l'expert, ou des données à lui transmettre; en l'occurrence, le recourant ne démontre pas qu'il existerait des données nécessitant une protection particulière, ou que l'identité du destinataire appelait une information préalable.
2.6 Le recourant invoque en vain l'art. 9 Cst., ainsi que les dispositions constitutionnelles et conventionnelles relatives à la protection de la sphère privée; les garanties qui en découlent ne vont pas plus loin que les droits consacrés dans la législation spécifique.
Il s'ensuit que le recours de droit administratif doit être rejeté, sous suite de frais et dépens.
Recours d'Helsana Assurances SA
3. La commission a estimé que le Dr C._ n'était pas lui-même médecin-conseil. Responsable du service des médecins-conseils de l'assureur, il était un organe de ce dernier. La remise du dossier équivalait à une remise à l'assureur, ce pour quoi il n'existait aucune base légale. L'indépendance du médecin-conseil pouvait d'ailleurs s'en trouver mise en cause. Le dialogue médical entre médecin-conseil et responsable du service devait donc rester au niveau des généralités, sans échange de données au sujet des assurés.
3.1 Selon la recourante, il n'y aurait pas eu de transmission de données concernant le recourant, mais seulement des entretiens oraux, en particulier téléphoniques où le cas du recourant aurait été évoqué, avec d'autres. Le dossier médical n'aurait jamais été transmis, exception faite d'un "mémo" du 30 octobre 2001 sur lequel ne figure aucune information d'ordre médical. Le Dr C._ serait lui-même médecin-conseil, depuis 1995 auprès de la recourante. Ces deux éléments de fait, méconnus par la commission, ressortaient d'une prise de position du Dr C._, produite le 11 juin 2003 en annexe aux déterminations de la recourante. En cas de doute sur la qualité de médecin-conseil du Dr C._, il suffisait de l'interroger personnellement. La recourante propose, à titre de moyen de preuve, l'audition des Dr A._ et C._. Elle explique ensuite le fonctionnement des services régionaux de médecin-conseil, soumis au service central dirigé par le Dr C._. Ce service central, astreint au devoir de garder le secret conformément à l'<ref-law>, serait indépendant: il serait séparé géographiquement et structurellement des locaux de l'assureur; toute rémunération à la prestation serait exclue. Le chef du service des médecins-conseils aurait la faculté d'émettre des recommandations dans des cas complexes, mais celles-ci ne seraient pas contraignantes. En définitive, le chef du service des médecins-conseils serait lui-même garant de la confidentialité instaurée à l'<ref-law>. Enfin, la recourante estime que la commission aurait omis de rechercher si les informations par hypothèse transmises au Dr C._, pouvaient être nécessaires au sens de cette disposition.
3.2 L'intimé conteste les affirmations de la recourante quant aux documents qui auraient été échangés entre les Dr A._ et C._: la transmission de documents aurait été admise devant l'instance précédente; un échange verbal constituerait de toute façon déjà une transmission de données. L'intimé relève également que le représentant d'Helsana aurait affirmé, devant la commission, que le Dr C._ n'était pas médecin-conseil. La commission n'aurait donc pas arbitrairement établi les faits sur ces points, et l'intimé propose, en cas d'administration de preuves devant le Tribunal fédéral, l'audition du responsable du service juridique entendu devant la commission. Les pièces produites par le recourant confirmeraient la position dirigeante du Dr C._ au sein de l'assurance. Le recourant met aussi en doute la possibilité d'organiser le médecin-conseil sous la forme d'un service.
4. Selon l'art. 105 al. 2 OJ, lorsque le recours de droit administratif est dirigé contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés, à moins qu'ils ne soient manifestement inexacts ou incomplets, ou qu'ils aient été établis au mépris d'une règle essentielle de procédure. Selon l'<ref-law>, l'autorité intimée est une commission au sens des art. 71a à 71c PA. Or, les commissions de recours et d'arbitrage instituées par ces dispositions sont des autorités judiciaires: bien que nommés par le Conseil fédéral (<ref-law>), les juges de ces autorités sont indépendants et ne sont soumis qu'à la loi; ils ne peuvent faire partie de l'administration fédérale (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 2a p. 475; <ref-ruling> consid. 2b p. 363). Par conséquent, devant le Tribunal fédéral, les faits ne peuvent être revus qu'aux conditions de l'art. 105 al. 2 OJ. Par ailleurs il n'est en principe pas possible de faire valoir des constatations de fait ou des moyens de preuve nouveaux. Seules sont admissibles dans ce cas les preuves que l'instance inférieure aurait dû retenir d'office et dont le défaut d'administration constitue une violation des règles essentielles de procédure (<ref-ruling>).
4.1 Le jugement attaqué retient, dans sa partie en fait, que le Dr A._ aurait "également soumis le dossier du recourant au Dr C._ le 30 octobre 2001", et que ce dernier n'aurait pas le statut de médecin-conseil, étant encore précisé que ces faits n'étaient pas contestés. A l'audience du 11 mars 2004, Helsana avait déclaré que le Dr C._ était salarié et que sa fonction était de former, de soutenir et de "coacher" les médecins-conseils ou encore de coordonner leurs activités. En droit, la commission a encore considéré que le Dr C._ était un organe de l'assureur.
4.2 Dans sa détermination du 11 juin 2003, Helsana relevait que le Dr C._ avait été "mis au courant du dossier"; elle n'a pas contesté que des données avaient été effectivement transmises à ce médecin, sans que l'on sache exactement de quelles données il s'agissait. Un représentant de la recourante a été entendu au cours de l'audience du 11 mars 2004; le procès-verbal de cette audience ne contient malheureusement pas les déclarations des parties. Toutefois, faute pour la recourante d'avoir contesté les affirmations de l'assuré quant à la transmission de son dossier médical, on ne saurait reprocher à la commission d'avoir établi les faits de manière manifestement inexacte en tenant pour établie une telle transmission, quand bien même sa teneur et ses modalités n'ont pas pu être précisément définies. Les arguments avancés dans le recours de droit administratif ne permettent pas non plus d'arriver à une telle conclusion.
4.3 En revanche, les questions relatives à la fonction et au rôle du Dr C._ n'ont à l'évidence pas été élucidées de manière satisfaisante par l'autorité intimée.
En effet, même si cela ne ressort pas clairement du dossier de première instance - ni des explications fournies dans ce cadre par le Dr C._ lui-même -, la recourante soutient que le Dr C._ est bien médecin-conseil auprès d'elle depuis 1995, et chef du service des médecins-conseils depuis le 1er avril 1998. Les pièces produites à l'appui de ces affirmations permettent de penser que la décision attaquée repose sur une donnée de fait manifestement erronée.
4.4 La commission a par ailleurs considéré que le service des médecins-conseils était rattaché à l'administration de la caisse; le Dr C._ devrait être considéré comme le chef d'un service de l'assureur. A ce sujet, la recourante produit une prise de position du Dr C._, datée du 1er septembre 2004 et accompagnée de son contrat d'engagement auprès d'Helsana, d'une description de sa fonction, d'un organigramme du service des médecins-conseils d'Helsana ainsi que d'une définition des relations entre médecins-conseils central et régionaux. Il en résulte que le service du médecin-conseil est directement soumis à la direction/clientèle privée de la caisse, au même titre que les services de développement des produits, du contrôle de qualité et du service juridique. Il ne dépend pas, en particulier, des services marketing ou des prestations, situés hiérarchiquement à un niveau inférieur. Le service du médecin-conseil est lui aussi constitué de manière hiérarchique, avec à sa tête le Dr C._, auquel sont adjoints deux médecins-conseils au siège principal; lui sont soumis les différents médecins-conseils locaux. Selon les explications du Dr C._, les médecins-conseils sont indépendants dans leurs jugements et ne reçoivent de directive ni de l'assureur, ni des fournisseurs de prestations. Le chef du service met à disposition des directives sur la base desquelles les médecins-conseils locaux se prononcent dans les cas particuliers. Le chef du service est chargé de l'engagement et de la formation des médecins-conseils; il forme les assistants dans la tenue des archives au sens de l'<ref-law>, et assure la coordination entre les médecins-conseils locaux. La protection des données figure également dans son cahier des charges.
4.5 Contrairement à ce que soutient l'intimé, s'agissant d'une caisse travaillant sur l'ensemble du territoire suisse, rien n'interdit par principe que les médecins-conseils de l'assureur soient constitués en un service, pour autant que ce dernier satisfasse lui-même aux exigences légales. En particulier, ce service doit être doté des locaux et de l'infrastructure nécessaires pour garantir son indépendance à l'égard de l'assureur; l'organisation doit être conçue de telle manière que les données du service en question puissent demeurer confidentielles à l'égard du reste de l'entreprise et des tiers; cela suppose un raccordement téléphonique distinct, ainsi qu'un système informatique séparé de celui de la caisse, ou tout au moins sécurisé à l'égard de celle-ci (OFAS, op. cit. p. 96); tout accès aux archives, sous forme de papier ou de données informatiques, doit être impossible pour l'administration de l'assurance (op. cit. p. 99), de telle manière que le service du médecin-conseil demeure maître de toute transmission (cf. également la Convention relative aux médecins-conseils conclue entre Santésuisse et la Fédération des médecins suisses). Du point de vue organisationnel, le service du médecin-conseil ne doit pas être soumis à un service chargé de décider des prestations, ou chargé du marketing (op. cit. p. 107).
4.5.1 Sur le vu des indications fournies par la recourante, le service du médecin-conseil ne peut pas sans autre être assimilé à un organe ordinaire de l'assureur: l'ensemble du service peut être intégré à l'entreprise, mais d'une manière qui doit garantir son indépendance, au regard de l'<ref-law>, en particulier son al. 7 qui fixe l'étendue des transmissions de données à l'assureur. Il convient donc de s'assurer qu'il existe entre le service du médecin-conseil et l'administration de la caisse un cloisonnement suffisant, selon les principes rappelés ci-dessus. Si tel devait être le cas, on ne saurait prétendre qu'une donnée communiquée au chef du service des médecins-conseils équivaudrait à une transmission à l'assureur. Le chef des médecins-conseils peut être appelé à conseiller l'un d'entre eux, à sa demande, par exemple dans des cas complexes ou lorsqu'il s'agit d'instaurer une pratique uniforme. Cela peut avoir lieu dans le cadre d'entretiens informels, sans remise de pièces, et il serait vain de vouloir soumettre de tels échanges à des règles trop strictes de confidentialité. L'essentiel est, comme on l'a vu, que les renseignements auxquels le chef des médecins-conseils peut avoir accès, doivent rester dans le cadre du service.
Force est d'admettre qu'aucune administration des preuves n'a eu lieu sur ce point en instance inférieure. Le Tribunal fédéral ne saurait pour sa part statuer sur la base des seules indications fournies par l'assureur, sans violer le droit d'être entendu de l'intimé.
4.6 Le recours d'Helsana doit par conséquent être admis pour ce motif, et la cause renvoyée à la commission pour nouvelle décision sur ce point, après une instruction complète. Il appartiendra à la commission de tenir compte du statut du Dr C._, et d'établir en premier lieu si la structure du service du médecin-conseil de l'intimée permet de prévenir tout flux incontrôlé de données à destination de l'assureur. Les éventuelles dépositions de témoins devront faire l'objet d'un procès-verbal détaillé.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours formé par X._ est rejeté. Celui d'Helsana SA est admis; le ch. 1 du dispositif du jugement attaqué est annulé, de même que les ch. 3 et 4. Il appartiendra, le cas échéant, à la commission de statuer à nouveau sur les frais et dépens, suivant l'issue de la cause.
Conformément à l'art. 156 al. 1 OJ, un émolument judiciaire global est mis à la charge du recourant, respectivement de l'intimé X._ pour les deux affaires. Helsana SA, qui obtient gain de cause dans les deux procédures, a droit à des dépens, à la charge de sa partie adverse. L'indemnité, fixée elle aussi globalement pour les deux procédures, doit être réduite car le jugement attaqué aurait dans doute été différent si Helsana SA s'était d'emblée expliquée de manière claire et complète sur l'organisation de ses propres services.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de X._ est rejeté.
2. Le recours d'Helsana Assurances SA est admis; les ch. 1, 3 et 4 du jugement attaqué sont annulés et la cause est renvoyée à la commission pour nouvelle décision.
3. Un émolument judiciaire global de 3000 fr. est mis à la charge de X._.
4. Une indemnité globale de dépens de 2000 fr. est allouée à Helsana SA, à la charge de X._.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Commission fédérale de la protection des données.
Lausanne, le 9 mai 2005
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: