Sachverhalt:
A. A.a Die A._-Gruppe, bestehend aus der A._ AG, der B._ AG und der C._ AG (nachmalige D._ AG), ist in der L._branche tätig. Alle drei Gesellschaften waren mit einem Kapital von Fr. 50'000.-- ausgestattet, aufgeteilt in je 50 Namenaktien à Fr. 1'000.--. Die Aktien der beiden Betriebsgesellschaften (A._ AG und B._ AG) befanden sich im Herbst 1991 zu 38 % bzw. 46 % im Besitz von X._, dem heutigen Beschwerdeführer, und zu 12 % bzw. 4 % im Besitz seiner fünf Kinder. Y._, der Bruder von X._, hielt je 42 %, sein Sohn je 8 % der Aktien der beiden Gesellschaften. Die C._ AG wiederum war die 100-prozentige Tochtergesellschaft der A._ AG.
Im Hinblick auf den Auskauf von Y._ und dessen Sohn, die sich aus dem Geschäft zurückziehen wollten, und die weitere Nachfolgeplanung wurde im Jahre 1991 beschlossen, die C._ AG, welche keine massgebliche Tätigkeit mehr ausübte, als Holdinggesellschaft einzusetzen. Die Beteiligung an der C._ AG wurde aus der A._ AG herausgelöst und die Aktien zu je einem Sechstel auf X._ und dessen fünf Kinder übertragen.
Am 23. Dezember 1991 verkauften Y._ und sein Sohn ihre Aktienpakete von zusammen 50 % an der A._ AG und an der B._ AG an X._. Der Kaufpreis betrug Fr._. X._ besass damit 44 Aktien der A._ AG und 48 Aktien der B._ AG. Seine Kinder verfügten über sechs Aktien der A._ AG und zwei Aktien der B._ AG.
Ende Dezember 1991 brachte X._ seine Beteiligung an der A._ AG (44 Aktien) und an der B._ AG (48 Aktien) zum Anrechnungswert von Fr. 106'000.-- pro Aktie in die C._ AG ein. Dafür wurde ihm eine Darlehensforderung von Fr._ in der gleichen Höhe gegenüber der C._ AG gutgeschrieben ("KK X._"). Die Beteiligungen wurde bei der Käufergesellschaft in der Höhe des Kaufpreises aktiviert.
Seit Juni 1992 firmiert die C._ AG als D._ AG.
A.b Im Rahmen der Veranlagung der Eheleute M. und N. X._ für die direkte Bundessteuer 1993/94 erfasste die Steuerverwaltung Basel-Stadt aus der Einbringung der Beteiligung in die C._ AG einen Transponierungsgewinn von Fr._ (Veranlagungsverfügung vom 3. April 1997, Rektifikat 1). Diesen errechnete sie aus der Differenz zwischen dem Einbringungswert (Fr._) und dem Einstandspreis der Aktien von Fr._. Mit Einspracheentscheid vom 20. Oktober 1997 und Rektifikat 2 vom 5. November 1997 setzte sie den Transponierungsgewinn auf Fr._ fest, indem sie vom Einbringungspreis (Fr._) den Nominalwert der eingebrachten Aktien (Fr. 92'000.--) in Abzug brachte (reformatio in peius).
B. Gegen den Einspracheentscheid vom 20. Oktober 1997 erhoben M. und N. X._ Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt. Diese führte verschiedene Instruktionsmassnahmen durch. An ihrer Sitzung vom 27. Juni 2002 wies die Steuerrekurskommission die Beschwerde ab. Sie wandte auf den Fall der Erbenholding die Transponierungstheorie an. Das schriftlich begründete Urteil wurde den Beschwerdeführern (nach rund 41⁄2 Jahren) am 28. Dezember 2006 zugestellt.
C. Mit rechtzeitiger Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 2. Februar 2007 beantragen M. und N. X._ im Hauptantrag, der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 27. Juni 2002, der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt vom 20. Oktober 1997 und die Veranlagungsverfügung für die direkte Bundessteuer seien infolge Verjährung aufzuheben. Eventualiter sei auf die Aufrechnung eines Transponierungsgewinns zu verzichten.
Die Steuerverwaltung Basel-Stadt, die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde.
Da die Eidgenössische Steuerverwaltung in ihrer Vernehmlassung die Auffassung vertrat, dass der vorliegende Fall einer Erbenholding nach den Regeln über die indirekte Teilliquidation zu beurteilen sei (s. auch Urteil 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004, ASA 73 S. 402), wurde den Beschwerdeführern Gelegenheit zu einer weiteren Stellungnahme eingeräumt. Mit Eingabe vom 28. Dezember 2007 hielten die Beschwerdeführer an den gestellten Rechtsbegehren fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 trat das BGG in Kraft. Da der angefochtene Entscheid vor diesem Datum erging, findet auf das Verfahren noch das Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 BGG).
1.2 Der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt ist ein auf Steuerrecht des Bundes gestütztes letztinstanzliches Urteil, das mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 97 Abs. 1, 98 lit. g OG in Verbindung mit Art. 146 DBG [SR 642.11], bzw. Art. 112 Abs. 1 des Bundesratsbeschlusses über die Erhebung einer direkten Bundessteuer vom 9. Dezember 1940, BdBSt). Die sich nach der Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen, wenn - wie im Kanton Basel-Stadt - für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher kantonaler Instanzenzug besteht (vgl. <ref-ruling> ff.), kommt im vorliegenden Fall nicht zur Anwendung, da die hier in Frage stehende Steuerperiode 1993/94 in die Frist von acht Jahren fällt, die den Kantonen gemäss Art. 72 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) zur Anpassung ihrer Gesetzgebungen offen stand. Die unter Beachtung der Form (Art. 108 OG) und Frist (Art. 106 OG) eingereichte Beschwerde ist zulässig.
Unzulässig sind einzig die Beschwerdebegehren um Aufhebung der Veranlagungsverfügungen und des Einspracheentscheides. Diese Verfügungen sind durch das Urteil der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt ersetzt worden (sog. Devolutiveffekt). Sie gelten aber als inhaltlich mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführer machen vorab geltend, die Steuern der Jahre 1993 und 1994 seien verjährt. Nach ihrer Ansicht trat die Verjährung im vorinstanzlichen Verfahren ein. Die Verjährungseinrede ist vorab zu prüfen.
2.1 Das DBG, welches am 1. Januar 1995 in Kraft getretenen ist, hat den BdBSt aufgehoben (Art. 201 DBG). Für die am 1. Januar 1995 noch nicht oder nicht rechtskräftig veranlagten Steuern früherer Jahre gelten indessen die materiell-rechtlichen Bestimmungen des BdBSt weiter. Die hier streitigen Steuerforderungen sind daher noch nach den Vorschriften des BdBSt zu beurteilen.
Das gilt auch für die Frage der Verjährung. Bei der Verjährung handelt es sich um ein materiell-rechtliches Institut, das den Bestand der Steuerforderung direkt betrifft, weshalb sich die Frage der Verjährung nach dem für die Steuerforderung geltenden Recht bestimmt. Im DBG sind zwar die Bestimmungen über die Verjährung systematisch im Fünften Teil beim Verfahrensrecht eingereiht (vgl. Art. 120 f. DBG). Sie sind nach der Rechtsprechung dennoch als materiell-rechtliche Bestimmungen zu behandeln (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
2.2 Gemäss Art. 128 BdBSt, der auf die direkte Bundessteuer der Jahre 1993 und 1994 Anwendung findet, verjähren Steuerforderungen in fünf Jahren. Die Verjährung beginnt mit der Fälligkeit der Forderung. Ihr Lauf wird durch jede Einforderungshandlung unterbrochen. Unter den Begriff der Einforderungshandlung, welche im Sinne von Art. 128 BdBSt die Verjährung unterbrechen, fallen nicht nur die eigentlichen Steuerbezugshandlungen, sondern alle auf Feststellung des Steueranspruchs gerichteten Amtshandlungen, die dem Steuerpflichtigen zur Kenntnis gebracht werden (<ref-ruling> E. 2b S. 93; jetzt ausdrücklich Art. 120 Abs. 3 lit. a DBG). Auch Amtshandlungen im Verlaufe von Einsprache-, Rekurs- und Beschwerdeverfahren gehören dazu (<ref-ruling> E. 5 S. 176).
2.3 Die Beschwerdeführer anerkennen, dass die Verjährungsfrist durch den Einspracheentscheid der Steuerverwaltung vom 20. Oktober 1997 unterbrochen worden ist mit der Folge, dass die Verjährungsfrist von fünf Jahren neu zu laufen begonnen hat (Art. 128 BdBSt).
In den Jahren 2001 und 2002 nahm die Vorinstanz im Zusammenhang mit dem hängigen Beschwerdeverfahren eine Reihe von Handlungen vor: Mit Verfügung vom 27. Dezember 2001 forderte sie diverse Unterlagen bei den Steuerpflichtigen ein. Am 28. Januar 2002 bewilligte sie den Beschwerdeführern ein Fristverlängerungsgesuch. Mit Schreiben vom 5. März 2002 orientierte die Vorinstanz die Beschwerdeführer über das weitere Vorgehen, und am 16. April 2002 übermittelte sie den Beschwerdeführern die Stellungnahme der kantonalen Steuerverwaltung. Ferner stellte sie den Beschwerdeführern am 27. Juni 2002 das Entscheiddispositiv des hier angefochtenen Entscheides zu.
Alle diese Amtshandlungen erfolgten - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer - im Zusammenhang mit der Feststellung und Festsetzung der Steuerforderung. Sie hatten folglich verjährungsunterbrechende Wirkung. Daraus erhellt, dass anfangs 2007 die Verjährungsfrist noch lief. Am 3. Januar 2007 wurde dem Anwalt der Beschwerdeführer das Urteil bezüglich der direkten Bundessteuer 1993/94 eröffnet. Das war eine weitere verjährungsunterbrechende Handlung, mit welcher die Verjährungsfrist neu zu laufen begonnen hat. Im heutigen Zeitpunkt ist die Verjährung nach Art. 128 BdBSt nicht eingetreten.
2.4 Eine absolute Verjährung für die Veranlagung kennt der BdBSt - im Gegensatz zum DBG (vgl. Art. 120 f.) - nicht. Nach ständiger Rechtsprechung handelt es sich nicht um eine Lücke, sondern um ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers (<ref-ruling> E. 3; Urteil 2P.92/2005 vom 30. Januar 2006 E. 4.2, in: StR 61/2006 S. 523). Übergangsrechtlich trägt die bundesgerichtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts den unterschiedlichen Verjährungsordnungen insofern Rechnung, als sie eine Verjährungsfrist nach dem DBG, die ab dem Zeitpunkt des Inkrafttretens des DBG am 1. Januar 1995 zu laufen beginnt, auch für die altrechtlichen Forderungen bejaht (vgl. die zitierten Urteile sowie <ref-ruling> E. 7 S. 192). Da das Recht, die Steuer zu veranlagen, gemäss Art. 120 Abs. 4 DBG in maximal 15 Jahren, der Steuerbezug gemäss Art. 121 Abs. 3 DBG in maximal 10 Jahren verjährt, tritt die Veranlagungsverjährung für altrechtliche Steuerforderungen spätestens im Jahre 2010 und die Bezugsverjährung spätestens im Jahre 2020 ein (<ref-ruling> E. 3 in fine). Die vorliegend streitigen Steuern der Jahre 1993 und 1994 sind daher auch nicht absolut verjährt.
3. Der Gesetzgeber hat mit dem Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über dringende Anpassungen bei der Unternehmungsbesteuerung (AS 2006 4883) die indirekte Teilliquidation einer gesetzlichen Regelung zugeführt und eine beschränkte Rückwirkung angeordnet. Bisher waren die steuerlichen Folgen der indirekten Teilliquidation (wie auch der Transponierung) gesetzlich nicht ausdrücklich geregelt. Die Praxis leitete sie aus dem wirtschaftlichen Gehalt der zugrunde liegenden Steuernormen (Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG, Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt) ab. Der neue Art. 20a DBG, in Kraft seit 1. Januar 2007, beschränkt die mit der indirekten Teilliquidation erfassbaren Beteiligungserträge auf die handelsrechtlich ausschüttungsfähige Substanz. Anlass zu dieser Regelung gab insbesondere ein Urteil des Bundesgerichts aus dem Jahre 2004 (Urteil 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004, in: ASA 73 S. 402). Der Gesetzgeber sah Handlungsbedarf, nachdem das Bundesgerichts seine Praxis ausgeweitet und eine indirekte Teilliquidation auch dann angenommen hatte, wenn der Kaufpreis für die veräusserte Beteiligung aus laufenden oder künftigen Gewinnen der übernommenen Gesellschaft finanziert wurde.
Zudem ordnete der Gesetzgeber im neuen Art. 205b DBG insofern eine beschränkte Rückwirkung an, als Art. 20a Abs. 1 lit. a DBG auch für die in den Steuerjahren 2001 - 2006 erzielten Erträge gilt, soweit sie noch nicht rechtskräftig veranlagt worden sind. Eine weitergehende Rückwirkung lehnte der Gesetzgeber jedoch ab. Altrechtliche Fälle (Steuerjahre vor dem 1. Januar 2001) richten sich noch nach dem BdBSt bzw. (ab 1. Januar 1995) nach dem DBG in der damals gültigen Fassung. Auch der Vorschlag des Nationalrats, "bereits rechtskräftige Veranlagungen für im gleichen Zeitraum (d.h. ab 2001) erzielte Erträge ... auf Begehren des Steuerpflichtigen aufzuheben", fand im Ständerat keine Mehrheit. Im Ständerat wurde zudem betont, dass es sich um eine beschränkte Rückwirkung handelt in dem Sinne, dass die Rechtsprechung, auf welche das Urteil des Bundesgerichts des Jahrs 2004 sich stützt, damit nicht rückgängig gemacht wird (AB 2006 S. 538 ff.).
Im vorliegenden Fall geht es um die Steuerjahre 1993/94. Er ist somit nach der alten Praxis zu entscheiden. Die neue Regelung ist nicht anwendbar. Das bedeutet nicht, dass die damalige Praxis unbesehen zu übernehmen wäre. Aufgabe der Rechtsprechung ist auch, in übergangsrechtlichen Situationen eine möglichst gleiche Behandlung der Steuerpflichtigen herbeizuführen.
4. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid vom 27. Juni 2002 den vorliegenden Fall unter dem Gesichtswinkel der Transponierung geprüft. Sie stützte sich auf das damals geltende Rundschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 14. Juli 1997 über die Einbringung von Beteiligungen in eine von den Erben beherrschte Gesellschaft (Erbenholding). Das Rundschreiben sah vor, dass die Übertragung von Beteiligungsrechten aus dem Privat- in das Geschäftsvermögen einer Holdinggesellschaft, deren Beteiligungsrechte durch die Nachkommen gehalten werden, als Transponierung zu behandeln ist. In einem Urteil vom 11. Juni 2004 (Urteil 2A.331/2003 in: ASA 73 S. 402) hat das Bundesgericht diese Verwaltungspraxis indessen nicht bestätigt und festgehalten, dass die Übertragung von Beteiligungsrechten aus dem Privatvermögen auf eine Holdinggesellschaft, die von Nachkommen gehalten wird, unter dem Aspekt der indirekten Teilliquidation zu prüfen sei. In der Tat stellt der Verkauf einer Beteiligung durch den Alleinaktionär an eine Erbenholding nicht bloss eine Vermögensumschichtung (Transponierung) oder ein Verkauf an sich selbst dar. Der Mittelzufluss geht nicht auf das Halten, sondern auf den Verkauf der Beteiligung zurück. Es rechtfertigt sich deshalb nicht, diese Konstellation unter dem Gesichtswinkel der Transponierung zu prüfen (ASA 73 S. 402 E. 3).
So auch im vorliegenden Fall. Wie die Beschwerdeführer und die Eidgenössische Steuerverwaltung übereinstimmend dargelegt haben, kam dem Beschwerdeführer keine beherrschende Stellung gegenüber der D._ AG (vormalige C._ AG) zu, nachdem diese Beteiligung im Dezember 1991 aus der A._ AG herausgelöst und die D._ AG als Erbenholding verselbständigt worden war. Seine Beteiligung an der Holdinggesellschaft beschränkte sich auf einen Sechstel; die übrigen fünf Sechstel wurden von seinen Nachkommen gehalten. Dass der Beschwerdeführer seine Beteiligungen an der A._ AG und an der B._ AG an die D._ AG verkauft hatte und weiterhin Darlehens-Gläubiger der D._ AG war, reicht nicht aus um anzunehmen, sein Einfluss auf diese Gesellschaft gehe auf das Halten einer Beteiligung zurück. Hierfür genügen auch die engen verwandtschaftlichen Beziehungen zwischen dem Beschwerdeführer und den weiteren Beteiligten an der Erbenholding nicht, weil es sich rechtlich und wirtschaftlich um unterschiedliche Subjekte handelt (vgl. ASA 73 S. 402 E. 3.5).
Der Verkauf der Beteiligungen des Beschwerdeführers an den beiden Betriebsgesellschaften an die neue Holdinggesellschaft stellt daher nicht bloss eine Vermögensumschichtung (Transponierung) dar. Die Transponierungstheorie ist hier nicht anwendbar. Zu prüfen ist der Verkauf der Beteiligungen unter dem Gesichtswinkel der indirekten Teilliquidation.
5. 5.1 Gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. c des hier noch massgebenden BdBSt fällt in die Steuerberechnung "jedes Einkommen aus beweglichem Vermögen, namentlich Zinsen, Renten und Gewinnanteile aus Guthaben und Beteiligungen aller Art sowie besondere Entgelte oder geldwerte Vorteile, die neben diesen Einkünften oder an deren Stelle gewährt werden". Als Gewinnanteile aus Beteiligungen gelten nach dieser Vorschrift "alle durch Zahlung, Überweisung, Gutschrift, Verrechnung oder auf andere Weise bewirkten geldwerten Leistungen der Gesellschaft oder Genossenschaft an die Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte, die keine Rückzahlung der bestehenden Kapitalanteile darstellen".
Demgegenüber bilden Kapitalgewinne nur dann steuerbares Einkommen, wenn sie im Betriebe einer zur Führung kaufmännischer Bücher verpflichteten Unternehmung bei der Veräusserung oder Verwertung von Vermögensstücken erzielt werden (Art. 21 Abs. 1 lit. d BdBSt) oder aus einer auf den Erwerb gerichteten Tätigkeit stammen (Art. 21 Abs. 1 lit. a BdBSt). Gewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen unterliegen der direkten Bundessteuer nicht, wie sich durch Umkehrschluss ergibt (<ref-ruling> E. 2a; so jetzt ausdrücklich Art. 16 Abs. 3 DBG).
5.2 Werden Beteiligungsrechte zu einem über dem Nennwert liegenden Verkaufspreis von einer Privatperson auf eine andere Privatperson übertragen, so bleibt die Differenz zwischen dem Nennwert und dem höheren, im Verkaufspreis zum Ausdruck kommenden inneren Wert der Beteiligung als latentes Steuersubstrat erhalten. Die Steuerlast besteht auf den Reserven der Gesellschaft weiterhin, weshalb für den Verkäufer ein steuerfreier Kapitalgewinn vorliegt (Art. 21 Abs. 1 lit. d BdBSt a contrario). Das gilt in der Regel auch dann, wenn sich der private Käufer die Mittel für den Kaufpreis von der übernommenen Gesellschaft ausschütten lässt, weil er sämtliche Ausschüttungen versteuern muss, die keine Rückzahlung bestehender Kapitalanteile darstellen (<ref-ruling> E. 2f in fine; Urteil 2A.471/2005 vom 10. November 2006, E. 4.2, StE 2007 B 24.4 Nr. 75; Markus Reich, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2a, Basel 2000, N. 84 zu Art. 20 DBG).
Wechseln hingegen Beteiligungsrechte vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen einer Personenunternehmung oder einer juristischen Person, so wird das Nennwertprinzip durch das Buchwertprinzip abgelöst. Wird der Kaufpreis direkt oder indirekt aus Mitteln der übernommenen Gesellschaft finanziert und werden sie der Gesellschaft nicht mehr zugeführt, sinkt der innere Wert der Gesellschaft und damit der Beteiligung: statt dass der private Verkäufer der Aktien vorgängig selbst der Gesellschaft Mittel entnimmt, werden diese an die Käuferin übertragen. Von der Käuferin fliessen sie dem Aktionär zivilrechtlich in Form eines Kaufpreises zu, der sich im Hinblick auf die Teilentleerung der veräusserten Gesellschaft als übersetzt erweist. Die Gesellschaft wird dadurch teilweise liquidiert: Formell verdeckt als Veräusserungserlös fliessen - wenn auch nur indirekt über die Käuferin - wirtschaftlich Gesellschaftsmittel an den Verkäufer der Aktien. Eine solche Ausschüttung der Gesellschaft ist nach Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt vom Aktionär als geldwerte Leistung aus seinem Beteiligungsrecht zu versteuern, soweit sie nicht eine Rückzahlung der bestehenden Kapitalanteile darstellt (<ref-ruling> E. 2d S. 253 f.; Urteil 2A.555/1996 vom 23. April 1999, in: ASA 69 S. 642 E. 2a; je mit Hinweisen). Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt ist eine Steuernorm mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten, weshalb die Steuerbehörden nicht strikte an die zivilrechtliche Gestaltung von Rechtsgeschäften gebunden sind, sondern den Sachverhalt rechtlich entsprechend seinem wirtschaftlichen Gehalt zu würdigen haben (<ref-ruling> E. 3b S. 241, 249 E. 2b S. 252; Urteil 2A.555/1996 vom 23. April 1999, in: ASA 69 S. 642 E. 2a; je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung zum BdBSt müssen drei Voraussetzungen kumulativ erfüllt sein, damit bei Aktienveräusserungen an Dritte Einkommen aus indirekter Teilliquidation vorliegt (Urteil 2A.555/1996 vom 23. April 1999, in: ASA 69 S. 642 E. 2c, mit Hinweisen):
- Die Beteiligungsrechte müssen aus dem Privatvermögen des Ver- äusserers in das Geschäftsvermögen eines Käufers überführt wer- den, für den das Buchwertprinzip gilt.
- Bei der übernommenen Gesellschaft muss durch eine Mittelentnah- me eine Substanzverminderung eintreten oder zumindest eingeleitet werden.
- Verkäufer und Käufer müssen durch gemeinsames Zusammenwir- ken die Entnahme der Mittel eingeleitet haben.
5.3 Unter der Herrschaft des DBG wurde die zum BdBSt entwickelte Praxis übernommen. Sie wurde insofern weiterentwickelt, als eine indirekte Teilliquidation nicht nur dann angenommen wurde, wenn die Käufergesellschaft zur Finanzierung des Kaufpreises auf vorhandene Mittel der übertragenen Gesellschaft griff, sondern auch dann, wenn zur Finanzierung des Kaufpreises erst noch zu erwirtschaftende (künftige) Gewinne herangezogen werden müssen.
Im Urteil 2A.474/2000 vom 22. Oktober 2001 wurde der Kaufpreis u.a. durch ein Bankdarlehen finanziert, welches mit Werten der veräusserten Gesellschaft gesichert war (Verpfändung sämtlicher Aktien der übertragenen Gesellschaft). Angesichts der äusserst schmalen Kapitalbasis der Käuferin, konnte sie das Darlehen ohne die von der übernommenen Gesellschaft erwirtschafteten Gewinne nicht amortisieren. Dass die Käufergesellschaft hierfür auf die laufenden und künftigen Gewinne greifen musste, stand der Besteuerung nicht entgegen (Urteil 2A.474/2000 vom 22. Oktober 2001 E. 4b, in: ASA 72 S. 218 = RDAF 2002 II p. 498).
Gleich entschied das Bundesgericht im Falle einer Erbenholding, welche für die Begleichung eines Teils des Kaufpreises dem Verkäufer ein Darlehen gewährte. Danach liegt eine indirekte Teilliquidation nicht nur dann vor, wenn der Kaufpreis oder die Rückzahlung des Darlehens aus den bereits erwirtschafteten Mitteln der übernommenen Gesellschaft finanziert wird, sondern auch dann, wenn die Finanzierung mit Gewinnen der übernommenen Gesellschaft erfolgt. Entscheidend war, ob für die Bezahlung des Kaufpreises (bzw. für die Rückzahlung des Darlehens des Veräusserers) auf Mittel der übernommenen Gesellschaft gegriffen wird, und nicht, ob diese Mittel bereits verfügbar sind oder wann der Rückgriff erfolgt (Urteil 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004 E. 4.5, in: ASA 73 S. 402 = RDAF 2004 II p. 360).
Eine indirekte Teilliquidation nahm das Bundesgericht auch in einem Fall an, in dem die Käufergesellschaft das zur Kaufpreiszahlung aufgenommene Darlehen - aus damaliger Sicht - nur aus zukünftigen Erträgen der erworbenen Gesellschaft bestreiten konnte (Urteil 2A.471/ 2005 vom 10. November 2006, E. 4.11 ff., in: StE 2007 B 24.4 Nr. 75).
5.4 Dieser Rechtsprechung, die den Tatbestand der indirekten Teilliquidation auf die von der übertragenen Gesellschaft noch zu erwirtschafteten Gewinne ausweitete, erwuchs in der Doktrin vehemente Kritik (vgl. u.a. Reich/Waldburger, Rechtsprechung im Jahre 2004, FStR 2005 S. 226 f.; Dieselben, Rechtsprechung im Jahr 2006, FStR 2007 S. 229 ff.; Urs R. Behnisch, Gibt es den steuerfreien Kapitalgewinn bei einer Beteiligungsveräusserung noch?, Jusletter 20. September 2004; Philipp Betschart, Grenzenlose indirekte Teilliquidation, ST 2004 S. 874 ff.; Buchser/Jau, Methodische Überlegungen zur indirekten Teilliquidation, ASA 74 S. 133 ff.; Marco Duss, Indirekte Teilliquidation und Vertrauensschutz: Das Tagebuch der Marie A., ST 2007 S. 409 ff.; Harold Grüninger, Steuerrechtliche Entwicklungen, SZW 2005 S. 34 ff.; Gurtner/Giger, Unzulässige Erbenholdingbesteuerung - massive Ausweitung der indirekten Teilliquidationstheorie, StR 2004 S. 661 ff.; Lutz/Honold, Indirekte Teilliquidation - Ist wirklich Hopfen und Malz verloren?, FStR 2005 S. 147 ff.).
Die Rede ist von einem eigentlichen Systemwechsel (Lutz/Honold, a.a.O., S. 147). Praktisch habe das Bundesgericht eine Beteiligungsgewinnsteuer eingeführt, die auf steuersystematischen Erwägungen beruhe, nämlich dem Wegfall der latenten Ausschüttungslast auf den künftig zu erarbeitenden Gewinnen (Behnisch, a.a.O., Rz. 7). Auf diese Weise werde der Begriff des steuerbaren Vermögensertrags zu Lasten des steuerfreien privaten Kapitalgewinns überdehnt. Nach Art. 21 Abs. 1 lit. c DBG dürften die in der veräusserten Gesellschaft enthaltenen ausschüttbaren Mittel nicht unbeachtet bleiben (Betschart, a.a.O., S. 875; s. auch Buchser/Jau, a.a.O., S. 140). Kritisiert wurde auch die Auffassung des Bundesgerichts, wonach durch Ausschüttung laufender Gewinne der übertragenen Gesellschaft sich das Steuersubstrat vermindere. Bei der Ausschüttung laufender, ordentlicher Gewinne sei (anders als im Falle einer Substanzdividende bzw. Substanzentnahme) gerade keine Abschreibung der Beteiligung notwendig und würden sich die Reserven der Käuferin vergrössern (Reich/Waldburger, 2004, a.a.O., S. 226; Lutz/Honold, a.a.O., S. 148).
5.5 Diese Kritik - und das wirtschaftspolitische Anliegen, die Unternehmensnachfolge zu begünstigen - haben den Gesetzgeber bewogen, tätig zu werden und mit dem Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über dringliche Anpassungen bei der Unternehmensbesteuerung die indirekte Teilliquidation zu regeln (s. auch oben E. 3). Der neue Art. 20a Abs. 1 lit. a DBG bestimmt:
"Als Ertrag aus beweglichem Vermögen im Sinne von Artikel 20 Absatz 1 Buchstabe c gilt auch: a. der Erlös aus dem Verkauf einer Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft aus dem Privatvermögen in das Geschäftsvermögen einer anderen natürlichen oder einer juristischen Person, soweit innert fünf Jahren nach dem Verkauf, unter Mitwirkung des Verkäufers, nicht betriebsnotwendige Substanz ausgeschüttet wird, die im Zeitpunkt des Verkaufs bereits vorhanden und handelsrechtlich ausschüttungsfähig war ...".
Das Anliegen des Gesetzgebers war, dass bestimmten Steuerfolgen, wie sie sich aus der neueren Rechtsprechung des Bundesgerichts ergaben, Einhalt geboten und die Rechtssicherheit bei der Abgrenzung zwischen privatem Kapitalgewinn und steuerbarem Vermögensertrag wieder hergestellt wird. Das neue Konzept, das bei der Veräusserung von Beteiligungsrechten eine anteilsmässige Erfassung der im Unternehmen gespeicherten ausschüttbaren Aktiven ermöglicht, soll denn auch auf eigentliche Fälle des Systemwechsels beschränkt bleiben (Botschaft vom 22. Juni 2005 zum Unternehmenssteuerreformgesetz II, BBl 2005 4804 Ziff. 2.6.2). Art. 20a Abs. 1 lit. a DBG begrenzt demgemäss die Besteuerung auf die nicht betriebsnotwendige, im Zeitpunkt des Verkaufs bereits vorhandene ausschüttungsfähige Substanz, wie aus dem Wortlaut hervorgeht (vgl. Robert Danon, Vente et transmission de sociétés de capitaux en droit fiscal suisse, in: Mélanges en l'honneur de Roland Ruedin, 2006, p. 415 f.). Die eine Besteuerung auslösende Entnahme von Gesellschaftsmitteln ist zudem auf fünf Jahre ab dem Verkauf befristet. Der Besteuerung von noch zu erwirtschaftenden (künftigen) Gewinnen der übertragenen Gesellschaft hat der Gesetzgeber durch die Begrenzung auf die im Zeitpunkt des Verkaufs bereits vorhandene ausschüttungsfähige Substanz eine klare Absage erteilt (Yves Noël, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 3 zu Art. 20a DBG; Danon, a.a.O., 415 f.; Jürg Altdorfer, Die indirekte Teilliquidation gesetzlich geregelt, ST 2007 S. 104 f.; Brauchli Rohrer/Bussmann/Marbach, Verkauf von Beteiligungsrechten aus dem Privat- in das Geschäftsvermögen eines Dritten (indirekte Teilliquidation), in: FStR 2008 S. 56).
Der Gesetzgeber hat andererseits den Besteuerungstatbestand in dem Sinne "objektiviert", dass die Prüfung der finanziellen Situation der Käufergesellschaft entfällt und das Zusammenwirken von Verkäufer und Käufer (s. oben E. 5.2 in fine) nicht mehr erforderlich ist (Noël, a.a.O., N. 1 zu Art. 20a DBG;). Die Botschaft (a.a.O., S. 4804 Ziff. 2.6.3) sieht denn auch darin einen eigentlichen Systemwechsel von der indirekten Teilliquidation zur Ersatzdividende.
5.6 Angesichts des neuen Art. 20a Abs. 1 DBG stellt sich die Frage, wie altrechtliche Fälle übergangsrechtlich angemessen behandelt werden können. Der Gesetzgeber hat zwar in Art. 205b DBG eine Rückwirkung der neuen Regelung auf die noch nicht entschiedenen Fälle angeordnet, diese Rückwirkung aber auf die Erträge ab dem Steuerjahr 2001 beschränkt, weil rückwirkende Gesetzesänderungen an sich problematisch sind. Auf Steuersachverhalte, die sich bis zum Steuerjahr 2001 verwirklicht haben, ist daher noch die alte Bundesgerichtspraxis anwendbar. Fraglich ist jedoch, ob auf diese Fälle die frühere Praxis des Bundesgerichts zum BdBSt Anwendung finden soll oder ob für solche Fälle auf die neuere strengere Praxis abzustellen sei, wie sie namentlich mit den Urteilen 2A.474/2000 vom 22. Oktober 2001 E. 4b (ASA 72 S. 218) und 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004 (ASA 73 S. 402) eingeleitet bzw. bestätigt wurde (oben E. 5.3).
Wie sich zeigt, hat der Gesetzgeber mit dem neuen Art. 20a Abs. 1 lit. a DBG mindestens teilweise an Grundsätze angeknüpft, die nach der Rechtsprechung zur indirekten Teilliquidation bereits unter der Herrschaft des BdBSt zur Anwendung kamen. Danach musste eine Substanzentleerung der übertragenen Gesellschaft tatsächlich stattgefunden haben (typischerweise in Form einer Substanzdividende, vgl. Urteil A.170/1983 vom 19. Dezember 1984 E. 4b, in: ASA 54 S. 211 = RDAF 1986 p. 379; Urteil 2A.118/1993 vom 13. Februar 1995 E. 5b, in: ASA 64 S. 401). Die Substanzentnahme musste zudem innerhalb angemessener Zeit erfolgen. Diese Befristung stützte sich auf Meinungsäusserungen in der Doktrin, wonach die Besteuerung der bis zur Veräusserung erwirtschafteten Substanz innert kurzer Zeit (maximal fünf Jahre) erfolgen soll; wo kein Substanzentzug gegeben war, lag auch keine indirekte Teilliquidation vor (vgl. Locher, a.a.O., N. 108 zu Art. 20 DBG S. 491; Felix Richner, Die Erbenholding im Steuerrecht, ZStP 1998, S. 9; Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N. 124 zu Art. 20 DBG; Gurtner, a.a.O., ASA 67 S. 348 f. mit Hinweis auf eine Stellungnahme der EStV; Danon, a.a.O., S. 416; a.A. Buchser/Jan, a.a.O., ASA 74 S. 136).
Andererseits hat der Gesetzgeber mit der Novelle der Besteuerung der noch zu erwirtschaftenden Gewinne eine klare Absage erteilt. Das alles darf übergangsrechtlich nicht unbeachtet bleiben. Pflicht des Richters ist es, auch im Übergangsrecht die Steuerpflichtigen möglichst rechtsgleich zu behandeln (vgl. oben E. 3). Dem Gebot der Rechtsgleichheit liefe es jedoch zuwider, altrechtliche Fälle noch nach der neueren, strengeren Praxis des Bundesgerichts (ab dem Jahre 2001) zu beurteilen, obschon der Gesetzgeber in der Zwischenzeit die Besteuerung der indirekten Teilliquidation wesentlich eingeschränkt und sogar eine Rückwirkung bis ins Jahr 2001 angeordnet hat. Die Anwendung der strengeren Praxis ist hier schon deshalb nicht angezeigt, weil bis zum Jahre 2000 (und teilweise noch im Jahre 2001) die "gemässigte" ältere Praxis des Bundesgerichts galt. Anlass für den Gesetzgeber zum Handeln gab nicht die Praxis bis zum Jahre 2000, sondern die im Jahre 2001 eingeleitete Rechtsprechung des Bundesgerichts. Es besteht daher kein Grund, übergangsrechtlich die neuere Praxis des Bundesgerichts anzuwenden. Das würde die Rechtsgleichheit im Gegenteil noch zusätzlich beeinträchtigen, weil noch mehr Fälle nach einem vom Gesetzgeber abgelehnten Steuerregime beurteilt werden müssten. Dafür besteht keine Notwendigkeit.
Die Frage ist somit dahingehend zu entscheiden, dass auf Fälle von indirekter Teilliquidation, die sich bis zum Jahre 2000 verwirklicht haben und die noch nicht entschieden sind, die damals (bis im Jahre 2000) geltende Gerichts- und Verwaltungspraxis anzuwenden ist. Für noch nicht rechtskräftige Veranlagungen der Steuerjahre 2001 - 2006 findet ohnehin das neue (mildere) Recht rückwirkend Anwendung (Art. 205b DBG).
6. Im vorliegenden Fall brachte der Beschwerdeführer seine im Privatvermögen gehaltenen Beteiligungen an der A._ AG (44 Aktien) und an der B._ AG (48 Aktien) in die D._ AG ein. Es wurde ihm hierfür in der Höhe des Kaufpreises (Fr._) eine Darlehensforderung in der gleichen Höhe gegenüber der D._ AG gutgeschrieben. Mit der Einbringung der Beteiligung vom Privatvermögen des Verkäufers in die Käufergesellschaft wäre das (erste) Kriterium des Systemwechsels (vgl. oben E. 5.2 in fine) erfüllt.
Die Rückzahlung des Darlehens für den Kaufpreis erfolgt durch die D._ AG. Diese verfügte vor der Übernahme der Beteiligungen über keine nennenswerten Aktiven. Sie wies bisher keine Aktivitäten auf und wurde neu als Holdinggesellschaft für die A._ AG und die B._ AG eingesetzt. Wie die Eidgenössische Steuerverwaltung zu Recht darlegt, wird sie sich die Mittel aus den beiden Beteiligungen (Betriebsgesellschaften) verschaffen müssen. Bei den übernommenen Gesellschaften kommt es damit zu einer Entnahme von Gesellschaftsmitteln. Die kantonale Steuerverwaltung und die Eidgenössische Steuerverwaltung halten übereinstimmend fest, dass die Käuferin die Rückzahlung des Darlehens aus gegenwärtigen und zukünftigen Gewinnen wird finanzieren müssen. Das spricht dagegen, dass im Zeitpunkt des Verkaufs Substanz vorhanden war, welche die Betriebsgesellschaften nicht benötigten und ausschütten konnten. Dazu kommt, dass innert kurzer Zeit nach der Übertragung der Aktien es auch zu keiner Substanzentnahme zum Zweck der Darlehensrückzahlung kam. Vielmehr besteht das Darlehen noch heute (nach über 15 Jahren) in unveränderter Höhe. Bei dieser Sachlage kann nicht gesagt werden, dass im Sinne des zweiten Kriteriums (oben E. 5.2 in fine) für das Vorliegen einer indirekten Teilliquidation bei der übernommenen Gesellschaft "eine Substanzverminderung eingetreten oder zumindest eingeleitet" worden ist.
Fehlt es bereits an diesem Merkmal für die Annahme einer indirekten Teilliquidation, kann offen bleiben, ob der Beschwerdeführer im Hinblick auf die Umstrukturierung im Sinne des dritten Kriteriums massgeblich mit der Käufergesellschaft zusammenwirkte und ob die Vorinstanz diesbezüglich den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG), wie die Beschwerdeführer rügen.
7. Eine Besteuerung aus Transponierung oder indirekter Teilliquidation ist im vorliegenden Fall nach dem Gesagten abzulehnen. In diesem Sinn ist die Beschwerde begründet und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Sache ist an die Steuerverwaltung Basel-Stadt zurückzuweisen, damit sie die Veranlagung neu vornimmt. Diese ist noch nicht verjährt (oben E. 2).
Da der Kanton Basel-Stadt unterliegt und es sich um seine Vermögensinteressen handelt, hat er die Verfahrenskosten zu tragen (Art. 153, 153a und 156 Abs. 1 und 2, a contrario, OG). Er hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG). Über die Kosten und Entschädigung im kantonalen Verfahren hat die Vorinstanz neu zu befinden (Art. 157, 159 Abs. 6 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 27. Juni 2002 aufgehoben und die Sache zu neuer Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt und zur Neuverlegung der Kosten im kantonalen Verfahren an die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 16'000.-- werden dem Kanton Basel-Stadt auferlegt.
3. Der Kanton Basel-Stadt hat den Beschwerdeführern als Solidargläubigern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 18'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Dezember 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann