Sachverhalt:
A. Der 1948 geborene E._ war zuletzt ab 2. November 1992 als Hauswart und Mitarbeiter in der Werkstätte bei der Firma M._ AG tätig. Diese Stelle versah er seit dem 7. Januar 2005 in einem Pensum von 50 %. Nach der von Seiten der Arbeitgeberin auf den 31. Dezember 2006 erfolgten Kündigung ging er keiner Erwerbstätigkeit mehr nach. Der Versicherte, der am 21. März 1989 einen Unfall erlitten hatte, bezog von 1990 bis 1993 eine Invalidenrente der Invalidenversicherung. Seit 1. November 1992 richtet ihm die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) eine Invalidenrente auf Grund einer Erwerbsunfähigkeit von 20 % aus.
Am 5. Mai 2006 meldete sich E._ zufolge Verschlechterung seines Gesundheitszustandes bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse sowie nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich den Anspruch auf eine Invalidenrente, da der Invaliditätsgrad nur 36 % betrage (Verfügung vom 9. Mai 2008).
B. In Gutheissung der Beschwerde des E._ hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Verfügung vom 9. Mai 2008 auf und sprach dem Versicherten mit Wirkung ab 1. Januar 2006 eine Viertelsrente zu (Entscheid vom 31. Dezember 2009).
C. Die IV-Stelle des Kantons Zürich führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid vom 31. Dezember 2009 sei aufzuheben.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Umstritten und zu prüfen ist der Rentenanspruch des Beschwerdegegners. Die Vorinstanz hat die hiefür massgebenden Bestimmungen und Grundsätze einschliesslich der Rechtsprechung zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat durch Einkommensvergleich (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) einen Invaliditätsgrad von 45 % ermittelt, was Anspruch auf eine Viertelsrente gibt (<ref-law>). Dabei hat es das - unbestritten gebliebene - hypothetische Einkommen ohne Invalidität (Valideneinkommen) in Einklang mit der Beschwerdeführerin - unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung 2004 bis 2006 - auf Fr. 86'145.- festgesetzt. Das Invalideneinkommen berechnete die Vorinstanz anhand der Tabellen gemäss der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik. Als massgebend erachtete das Gericht - entgegen der Auffassung der Beschwerde führenden IV-Stelle - nicht die Tabelle TA1, Immobilienwesen, Anforderungsniveau 3, sondern das Total aller Branchen, Anforderungsniveau 4, was angesichts des Zumutbarkeitsprofils sowie der bisherigen Tätigkeit und Qualifikation des Versicherten - im Gegensatz zu dem, was die IV-Stelle in der letztinstanzlichen Beschwerde anzunehmen scheint - gerechtfertigt ist. Aus diesem Einkommen von Fr. 59'197.- ermittelte die Vorinstanz unter Berücksichtigung der wöchentlichen Arbeitszeit von 41,7 Stunden und nach Vornahme eines leidensbedingten Abzugs von 20 % ein Invalideneinkommen von Fr. 47'358.-.
3.2 Die Beschwerde führende IV-Stelle rügt zur Hauptsache einzig, der vom kantonalen Gericht vorgenommene leidensbedingte Abzug von 20 % sei nicht gerechtfertigt. Die von der Vorinstanz dabei berücksichtigten Gesichtspunkte, d.h. die Anforderungen an die leidensangepasste Tätigkeit, das fortgeschrittene Alter und die lange Betriebszugehörigkeit, vermöchten die Höhe des Abzuges nicht zu begründen; vielmehr erscheine ein Abzug von 10 % als durchaus angemessen.
3.3 Die Frage nach der Höhe des im vorliegenden Fall angezeigten Abzuges betrifft nach der Rechtsprechung eine typische Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 in fine S. 399; Urteil 9C_973/2008 vom 19. Januar 2009 E. 3). Ermessensmissbrauch ist gegeben, wenn eine Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür oder rechtsungleicher Behandlung, das Gebot von Treu und Glauben sowie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt (<ref-ruling> E. 2 S. 152 mit Hinweisen). Ermessensüberschreitung liegt dagegen vor, wenn eine Behörde Ermessen walten lässt, wo ihr das Gesetz keines einräumt, oder wo sie statt von zwei zulässigen Lösungen eine dritte wählt. In diesem Zusammenhang ist auch die Ermessensunterschreitung bedeutsam, die darin besteht, dass die entscheidende Behörde sich als gebunden betrachtet, obschon sie nach Gesetz berechtigt wäre, nach Ermessen zu handeln, oder dass sie auf Ermessensausübung ganz oder teilweise von vornherein verzichtet (<ref-ruling> E. 2 S. 310). Eine willkürliche und damit missbräuchliche Ermessensausübung liegt nach der Rechtsprechung vor, wenn ein Entscheid eine Norm oder einen klaren und unumstrittenen Rechtsgrundsatz offensichtlich schwer verletzt, sich mit sachlichen Gründen schlechthin nicht vertreten lässt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft; willkürliche Rechtsanwendung liegt nicht schon vor, wenn eine andere Lösung in Betracht fällt oder sogar vorzuziehen wäre (<ref-ruling> E. 2 S. 61; vgl. auch SVR 2006 ALV Nr. 15 S. 51 E. 4.3 [C 223/05] und BVG Nr. 26 S. 98 E. 11.1.2 [B 15/05], je mit Hinweisen).
3.4 Diese Voraussetzungen für eine letztinstanzliche Korrektur rechtsfehlerhafter Ermessensbetätigung durch das kantonale Gericht sind hier nicht erfüllt. Zwar wendet die IV-Stelle in der Beschwerde ein, dass sich das fortgeschrittene Alter im Bereich der Hilfsarbeiten auf dem hypothetischen ausgeglichenen Arbeitsmarkt grundsätzlich ebenso wenig zwingend lohnsenkend auswirkt wie die lange Betriebszugehörigkeit, was an sich zutrifft. Indessen unterliegen doch die an die leidensangepassten Tätigkeiten zu stellenden Anforderungen beim Versicherten diversen Einschränkungen, wie sich namentlich aus dem von Beschwerdeführerin und Vorinstanz zu Recht als massgebend erachteten Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 10. Oktober 2007 ergibt. Wenn die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid gestützt hierauf (vgl. E. 4.1 f. und 5.3 in fine) den Abzug vom Tabellenlohn gesamthaft auf 20 % festgelegt hat, so kann ihr kein ermessensmissbräuchliches Handeln vorgeworfen werden (vgl. dazu vorstehende E. 3.3). Es muss daher bei der im Übrigen unbestritten gebliebenen Rentenzusprechung gemäss vorinstanzlichem Entscheid sein Bewenden haben.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Batz