Sachverhalt:
A. D._ erwarb zwischen dem 14. Februar 2004 und dem 11. April 2004 von einem Mitangeschuldigten in verschieden grossen Portionen bis maximal 30 Gramm insgesamt ca. 1 kg Kokain mittlerer Qualität. Im gleichen Zeitraum verkaufte er davon zwischen 700 und 800 Gramm in Kleinstmengen von 0,3 bis 0,5 Gramm zu einem Preis zwischen Fr. 20.-- und Fr. 30.-- je Portion an unzählige Abnehmer. Den Rest des bezogenen Kokains, d.h. ca. 200 bis 300 Gramm, konsumierte er alleine oder gemeinsam mit Kollegen.
B. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte D._ am 24. Januar 2006 wegen Widerhandlung gegen Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 in Verbindung mit <ref-law> sowie mehrfacher Übertretung von <ref-law> zu 2 Jahren Gefängnis
Auf Berufung des Verurteilten bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich am 13. September 2006 das erstinstanzliche Urteil. Der am Betäubungsmittelhandel beteiligte Mitangeschuldigte, der ca. 2 kg Kokain umgesetzt hatte, war in einem separaten Verfahren am 9. November 2005 vom Bezirksgericht Zürich zu einer Zuchthausstrafe von 2 1/2 Jahren und einer unbedingten Landesverweisung von 5 Jahren verurteilt worden.
C. D._ erhebt staatsrechtliche Beschwerde und eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde. Mit beiden Rechtsmitteln beantragt er, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das angefochtene Urteil ist vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG; SR 173.110) am 1. Januar 2007 ergangen. Auf die Rechtsmittel dagegen ist noch das bisherige Verfahrensrecht anwendbar (<ref-law>, e contrario), hier somit diejenigen der staatsrechtlichen Beschwerde nach Art. 84 ff. OG und der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde nach Art. 268 ff. BStP.
I. Staatsrechtliche Beschwerde
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, seine Strafe von 2 Jahren Gefängnis sei im Vergleich mit der Strafe für den Mitangeschuldigten von 2 1/2 Jahren Gefängnis angesichts der unterschiedlichen Tatbeiträge viel zu hoch. Das Obergericht erachte das Strafmass für den Beschwerdeführer als angemessen, dasjenige für den Mitangeschuldigten jedoch als klar zu tief, und anerkenne ein gewisses Missverhältnis zwischen den beiden Strafen. Doch genüge es nicht, dass das Gesetz in einem Fall schlecht angewendet worden sei, um das Recht auf Gleichbehandlung im Unrecht zu fordern.
Diese Begründung sei mangelhaft und der Beschwerdeführer werde nicht gleich und gerecht behandelt, weshalb Art. 29 Abs. 1 und 2 BV, eventuell auch <ref-law> verletzt sei.
2.2 Die staatsrechtliche Beschwerde ist nur zulässig, wenn die behauptete Rechtsverletzung nicht sonstwie durch Klage oder Rechtsmittel beim Bundesgericht oder einer anderen Bundesbehörde gerügt werden kann (Art. 84 Abs. 2 OG). Mit seinen Ausführungen in der staatsrechtlichen Beschwerde - die sich weitgehend mit denjenigen der Nichtigkeitsbeschwerde decken - kritisiert der Beschwerdeführer die vorinstanzliche Strafzumessung. Damit macht er eine Verletzungen von Bundesrecht geltend (<ref-law>), was mit Nichtigkeitsbeschwerde vorzubringen ist (Art. 269 Abs. 1 BStP). Auf die staatsrechtliche Beschwerde ist deshalb nicht einzutreten.
II. Eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde
3. Am 1. Januar 2007 ist der revidierte Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches in Kraft getreten. Die neuen Bestimmungen sind hier aber noch nicht von Bedeutung, da das Bundesgericht im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde nur prüft, ob das kantonale Gericht das eidgenössische Recht richtig angewendet habe (Art. 269 Abs. 1 BStP), mithin das Recht, welches im Zeitpunkt der Ausfällung des angefochtenen Urteils noch gegolten hat (<ref-ruling> E. 5.3 S. 51 f., mit Hinweisen).
4. 4.1 Nach Auffassung der Vorinstanz wäre für den Mitangeschuldigten eine Strafe von ca. 42 Monaten angemessen gewesen. Die Verteidigung habe richtig erkannt, dass die Strafe des Beschwerdeführers in einem gewissen Missverhältnis zu jener des Mitangeschuldigten stehe. Dies könne aber nicht dazu führen, dass seine Strafe entsprechend reduziert werde, um ein "richtiges" Verhältnis wieder herzustellen. Es genüge nicht, dass das Gesetz in einem Fall (vorliegend beim Mitangeschuldigten) schlecht angewendet worden ist, um das Recht auf Gleichbehandlung im Unrecht zu fordern.
4.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, es sei nicht nachvollziehbar, warum die Vorinstanz nicht die einzig richtige Konsequenz gezogen und als Ausgleich der festgestellten Ungerechtigkeit die Strafe des Beschwerdeführers nicht reduziert habe. Damit habe sie ihr Ermessen überschritten, was eine Verletzung von Bundesrecht darstelle. Die Rechtssicherheit verlange, dass gerade bei der Strafzumessung ein Höchstmass an Gleichheit gewährleistet sei. Dies habe zur Folge, dass das Obergericht beim vorliegenden Strafmassvergleich nicht mehr nach freiem Ermessen entscheiden könne, sondern an das rechtskräftige Urteil des Mitangeschuldigten gebunden sei.
4.3 Das Strafmass ist nach <ref-law> individuell nach dem Verschulden eines Täters im Rahmen des richterlichen Ermessens festzusetzen. Der Grundsatz der Individualisierung und der weite Ermessensspielraum des Sachrichters bei der Strafzumessung führen notwendigerweise zu einer gewissen Ungleichheit. Unterschiedliche Gewichtungen der massgebenden Faktoren sind zudem Folge der Unabhängigkeit des Richters, der weiten Strafrahmen, der freien Beweiswürdigung sowie des erheblichen Ermessens des Sachrichters. In dieser Hinsicht ist zu beachten, dass selbst gleich oder ähnlich gelagerte Fälle sich durchwegs massgeblich in zumessungsrelevanten Punkten unterscheiden können. Eine aus diesen Gründen resultierende Ungleichheit in der Zumessung der Strafe reicht für sich allein nicht aus, um auf einen Missbrauch des Ermessens schliessen zu können.
4.4 Es ist unbestritten, dass namentlich aufgrund der längeren Deliktsdauer und der grösseren Menge der umgesetzten Betäubungsmittel für den Mitangeschuldigten eine höhere Strafe als für den Beschwerdeführer auszufällen war. Wenn die Differenz "lediglich" ein halbes Jahr ausmacht, so mag dies als gering erscheinen; angesichts des weiten Ermessensspielraums ist sie jedoch bundesrechtlich noch nicht zu beanstanden. Immerhin wurde der Mitangeschuldigte mit einer Zuchthausstrafe belegt, wogegen die Vorinstanz den Beschwerdeführer bloss zu Gefängnis verurteilte. Hinzu kommt, dass das Bezirksgericht Zürich für den Mitangeschuldigten eine fünfjährige unbedingte Landesverweisung aussprach, was teilweise eine zusätzliche (Neben-)Strafe darstellt. Auch wenn die Vorinstanz selbst von einem gewissen Missverhältnis spricht, bedeutet dies nicht, dass die Differenz der beiden Strafen schlechterdings unvertretbar wäre und die Vorinstanz deshalb ihr Ermessen missbraucht hätte, indem sie für den Beschwerdeführer eine Strafe von 2 Jahren Gefängnis festsetzte. Das vorinstanzliche Strafmass verletzt somit kein Bundesrecht.
4.5 Aus diesen Erwägungen ist die Nichtigkeitsbeschwerde abzuweisen. Auf die von der Vorinstanz angetönte und in der Beschwerde gerügte Gleich- bzw. Ungleichbehandlung im Unrecht (<ref-ruling>; <ref-ruling>) muss damit nicht eingegangen werden.
III. Kosten
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 278 Abs. 1 BStP). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gemäss Art. 152 OG kann für die Nichtigkeitsbeschwerde bewilligt werden, da er den angefochtenen Entscheid mit vertretbaren Argumenten in Frage gestellt hat (vgl. <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen) und überdies von der Bedürftigkeit des Beschwerdeführers auszugehen ist. Ihm sind deshalb keine Kosten aufzuerlegen. Seiner Vertreterin ist aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung auszurichten. Die staatsrechtliche Beschwerde war dagegen von vornherein aussichtslos, weshalb das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege insoweit abzuweisen ist. Mit Rücksicht auf die schlechten finanziellen Verhältnisse des Beschwerdeführers ist eine reduzierte Gerichtsgebühr festzusetzen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird teilweise gutgeheissen.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 800.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Die Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers wird für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
6. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Januar 2007
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: