Sachverhalt:
A. B._, geboren 1956, hatte sich am 4. Juli 2006 bei einer Auffahrkollision ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule zugezogen. Mit Verfügung vom 11. November 2010 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Zürich gestützt auf das vom Unfallversicherer eingeholte Gutachten des Zentrums X._ vom 13. Juli 2009 (mit psychiatrischer sowie neurologisch-neuropsychologischer Abklärung durch das Institut Y._) mit Wirkung ab dem 1. Mai 2008 eine halbe, bis zum 30. September 2008 befristete Invalidenrente zu, welche das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 31. Mai 2012 bestätigte.
B. Am 31. August 2012 beantragte B._ unter Hinweis auf einen neuen Arztbericht die Revision des Entscheides vom 31. Mai 2012. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies das Gesuch mit Beschluss vom 26. September 2012 ab, soweit darauf eingetreten wurde.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Beschlusses sei der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Mai 2012 in Revision zu ziehen und es seien ihm die gesetzlichen Versicherungsleistungen zuzusprechen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist (<ref-law>) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar.
Mit Blick auf die so umschriebene Kognition ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt, einschliesslich einer offensichtlich unrichtigen oder sonst wie unter Verletzung von Bundesrecht erfolgten Tatsachenfeststellung. Dabei ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und E. 4 S. 397 ff.).
2. Gemäss <ref-law> muss die Revision von Entscheiden wegen Entdeckung neuer Tatsachen oder Beweismittel oder wegen Einwirkung durch Verbrechen oder Vergehen im Verfahren vor dem kantonalen Versicherungsgericht gewährleistet sein.
3. Der Beschwerdeführer berief sich zur Begründung seines Revisionsbegehrens auf den Bericht über eine wegen chronischer Cephalgien durchgeführte MRI-Untersuchung des Schädels (Neurocranium) vom 9. August 2012. Sie zeigte multiple Läsionen im Marklager und im Bereich des Crus cerebri sowie eine leichte allgemeine Volumenminderung im Grosshirn. Diese Veränderungen waren gemäss Einschätzung des Radiologen durch eine diffuse axonale Schädigung, differentialdiagnostisch durch demyelisierende Prozesse oder mikrovaskuläre Läsionen zu erklären.
4. Nach Auffassung des kantonalen Gerichts handelt es sich dabei nicht um eine neue Tatsache. Bereits im Beschwerdeverfahren habe der Gesuchsteller geltend gemacht, dass er (unter anderem) an einer traumatischen Hirnschädigung leide; eine solche Verletzung sei gestützt auf das Gutachten des Zentrums X._ jedoch auszuschliessen gewesen. Der neu aufgelegte ärztliche Bericht sei nicht geeignet, den Entscheid vom 31. Mai 2012 in Frage zu stellen, weil aus der Stellungnahme nicht hervorgehe, dass die erörterten Befunde überwiegend wahrscheinlich bereits im massgeblichen Zeitpunkt des Verfügungserlasses vorgelegen hätten.
5. Gemäss neurologisch-neuropsychologischer Einschätzung der Frau Dr. med. W._ (Gutachten des Instituts Y._ vom 3. Januar 2009) fanden sich bei subjektiver Einschränkung der Aufmerksamkeits- und Gedächtnisleistungen seit dem Unfallereignis aktuell unter Berücksichtigung eines prämorbid mittleren Leistungsprofils durchwegs unauffällige Befunde. Insbesondere bestanden keine Hinweise auf eine kortikale oder subkortikale Funktionsstörung beziehungsweise für eine hirnorganisch bedingte Leistungseinschränkung. Ebenso ergebe sich kein Anhalt für eine im Rahmen des Unfalls erlittene traumatische Hirnschädigung entsprechend den aktuellen Konsensuskriterien für die Feststellung einer substantiellen beziehungsweise strukturellen Hirnschädigung der diesbezüglichen massgeblichen Begutachtungsleitlinien. Die subjektiven neurokognitiven Beschwerden seien hinreichend durch die chronifizierte Schmerzsymptomatik und Müdigkeits-assoziierte Interferenzen erklärbar. Eine durch das Unfallereignis bedingte dauernde oder erhebliche Schädigung der körperlichen oder geistigen Integrität lasse sich nicht ableiten. Ihrer Auffassung nach unklar blieben die vom Versicherten beschriebenen präsynkopalen Zustände, die einerseits beim Stehen sowie beim Gehen ausgeprägt seien und subjektiv mit einer Gangunsicherheit und Gangabweichung einhergingen, anderseits auch beim Essen in sitzender und weniger in stehender Körperposition verspürt würden. Phänomenologie und Verlauf der Symptomatik würden gegen epileptische Anfälle sprechen. Aus neurologischer Sicht wurde zum Ausschluss einer vaskulär-enzephalopathischen Komponente bei vaskulärem Risikoprofil (insbesondere arterielle Hypertonie) eine Bildgebung des Kopfes empfohlen; ein direkter Zusammenhang der präsynkopalen Zustände oder der Entwicklung der arteriellen Hypertonie mit dem Unfallereignis liess sich indessen nicht ableiten. Gemäss dem von PD Dr. med. K._, MSc, FMH Physikalische Medizin und Rehabilitation/Rheumatologie, Dr. med. I._, FMH Innere Medizin/Rheumatologie, sowie Frau F._, Physiotherapeutin, verfassten Gutachten des Zentrums X._ blieben die geschilderten, nach Angaben des Versicherten im Vordergrund stehenden Ohnmachtszustände ätiologisch unklar. Auch eine intern-medizinische Ursache könne die Symptomatik kaum erklären. Die Resultate der in einer Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit durchgeführten Belastbarkeitstests waren für die Beurteilung nach Auffassung der Gutachter wegen Selbstlimitierung nur teilweise verwertbar. Insbesondere aufgrund der Annahme, dass sich der Versicherte keine traumatische Hirnverletzung zugezogen habe, wurden weiterhin anhaltende Unfallfolgen ausgeschlossen.
6. 6.1 Auch wenn, wie hier, im Hauptverfahren (im vorliegenden Fall vor dem kantonalen Gericht) gestützt auf umfassende medizinische Unterlagen keine Hinweise auf die geltend gemachten organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen bestanden hatten, erachtete das Eidgenössische Versicherungsgericht (seit 1. Januar 2007: I. und II. sozialrechtliche Abteilungen des Bundesgerichts) anlässlich von späteren (MRI-) Untersuchungen entdeckte pathologische Veränderungen als geeignet, die tatbeständliche Grundlage des Urteils im Hauptverfahren zu verändern (Urteil U 189/02 vom 24. Dezember 2002). Das Gericht hat daher die Aufnahme eines Revisionsverfahrens zugelassen und es ordnete diesbezügliche weitere Abklärungen an (vgl. auch die nicht Verletzungen der Halswirbelsäule betreffenden Fälle RKUV 1991 Nr. K 855 S. 15 und Urteil U 395/04 vom 12. September 2006; Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 22 zu <ref-law>).
6.2 Gemäss den dargelegten gutachtlichen Erörterungen war eine hirnorganisch durch den Unfall bedingte Leistungseinschränkung nicht ausgewiesen. Für eine allfällige Revision entscheidwesentlich ist jedoch die Frage, ob die Neurologin zu einer anderen Auffassung gelangt wäre, wenn ihr die Befunde der erst später erfolgten MRI-Untersuchung des Schädels vorgelegen hätten. Hinsichtlich der hier streitigen Ansprüche aus der Invalidenversicherung ist des Weiteren massgeblich, dass der Beschwerdeführer bereits anlässlich der Untersuchungen durch die Ärzte des Zentrums X._ über Ohnmachtszustände klagte. Da nach Auffassung der vom Unfallversicherer beigezogenen Experten keine Hinweise dafür bestanden, dass diese Beschwerden unfallbedingt wären, bestand diesbezüglich kein weiterer Abklärungsbedarf. Es ist nicht auszuschliessen, dass die nunmehr in der MRI-Untersuchung erhobenen Befunde im Zusammenhang mit den schon damals geklagten Beschwerden stehen.
6.3 Diese für die streitige Revision ausschlaggebenden Fragen liessen sich ohne ärztliches Fachwissen nicht beurteilen und die Einholung entsprechender Stellungnahmen wäre deshalb unabdingbar gewesen. Da sich das kantonale Gericht im angefochtenen Entscheid nicht auf schlüssige medizinische Unterlagen stützen konnte, liegt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes vor (Art. 43 Abs. 1, <ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 195; <ref-ruling> E. 1a S. 158).
6.4 Zu Recht hegte das kantonale Gericht zwar Bedenken, ob der am 9. August 2012 entdeckte Befund bereits zum Zeitpunkt des allenfalls zu revidierenden vorinstanzlichen Entscheides vom 31. Mai 2012 bestanden hat; nur unter dieser Voraussetzung wäre eine Revision allenfalls gerechtfertigt (vgl. dazu Sabine Spross, in: Zünd/Pfiffner Rauber [Hrsg.], Kommentar zum Gesetz über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, 2. Aufl. 2009, N. 6 zu § 29 GSVGer). Über die Zulässigkeit des (unechten) Novums wird jedoch erst gestützt auf die noch vorzunehmenden Abklärungen zu befinden sein.
6.5 Zusammengefasst ist dem Gesuch auf Einleitung eines Revisionsverfahrens stattzugeben und die Sache ist zu weiteren Abklärungen und zu neuem Entscheid über das Revisionsgesuch an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Beschluss des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2012 wird aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über das Revisionsgesuch neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. Mai 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo