Sachverhalt:
A. Die am 26. August 1997 geborene M._ leidet seit Geburt an einer Makrocephalie mit Mittellinien-Fehlbildung und hochgradiger Innenohrschwerhörigkeit beidseits. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau sprach ihr ab 1. Februar 2001 einen Pflegebeitrag bei einer Hilflosigkeit mittleren Grades zu (Verfügung vom 5. Juli 2001). Aufgrund einer Anspruchsüberprüfung gewährte sie ihr ab 1. Januar 2004 eine Hilflosenentschädigung wegen mittlerer Hilflosigkeit (Verfügung vom 18. Mai 2004). Im Rahmen eines Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle einen Abklärungsbericht an Ort und Stelle vom 19. Dezember 2007 ein, der mit Frau A._, der Lehrerin der Versicherten, Heilpädagogisches Zentrum, besprochen worden sei. Mit Verfügung vom 14. April 2008 stellte die IV-Stelle fest, die Versicherte habe Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung bei leichter Hilflosigkeit. Letztere erhob hiegegen Beschwerde, womit sie einen Bericht ihrer Lehrerin Frau A._ vom 8. Mai 2008 auflegte. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess diese mit unangefochten in Rechtskraft erwachsenem Entscheid vom 26. November 2008 in dem Sinne gut, als es die Verfügung aufhob und die Sache zu weiteren Abklärungen und anschliessender Neuverfügung an die IV-Stelle zurückwies. Nach weiteren Abklärungen verfügte die IV-Stelle am 5. Juni 2009 erneut, die Versicherte habe Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung bei leichter Hilflosigkeit; die Reduktion erfolge auf Ende des Monats, der dem Verfügungsdatum folge.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 18. November 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt die Versicherte die Aufhebung des kantonalen Entscheides und die Ausrichtung einer Hilflosenent-schädigung mittleren Grades; eventuell sei die Sache zur Vornahme ergänzender Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (nicht publ. E. 1.1 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2010 UV Nr. 2 S. 7 [8C_784/2008]). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2009 IV Nr. 52 S. 161 [8C_763/2008]).
Rechtsfrage ist die richtige Auslegung und Anwendung des Rechtsbegriffs der Hilflosigkeit, die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG sowie der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232) und Abklärungsberichten an Ort und Stelle (<ref-law>; <ref-ruling> E. 11.1.1 S. 468). Die auf einen Abklärungsbericht gestützten Feststellungen über Einschränkungen in bestimmten Lebensverrichtungen sind - analog zu den medizinischen Angaben über gesundheitliche Beeinträchtigungen bzw. über das noch vorhandene funktionelle Leistungsvermögen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398 f.) - Sachverhaltsfeststellungen. Die konkrete Beweiswürdigung betrifft eine Tatfrage (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>; Urteil 8C_310/2009 vom 24. August 2009 E. 4.1).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die Grundlagen über die Hilflosigkeit (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 454), den Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung und die Unterscheidung dreier Hilflosigkeitsgrade (Art. 42 Abs. 1 und 2, <ref-law>; <ref-law>), die massgebenden sechs alltäglichen Lebensverrichtungen (Ankleiden, Auskleiden; Aufstehen, Absitzen, Abliegen; Essen; Körperpflege; Verrichtung der Notdurft; Fortbewegung [im oder ausser Haus], Kontaktaufnahme; <ref-ruling> E. 7.2 S. 463) zutreffend dargelegt. Richtig ist auch, dass bei Minderjährigen nur der Mehrbedarf an Hilfeleistung und persönlicher Überwachung im Vergleich zu nicht behinderten Minderjährigen gleichen Alters zu berücksichtigen ist (<ref-law>) und dass mittelschwere Hilflosigkeit nach <ref-law> eine Hilfsbedürftigkeit in mindestens vier alltäglichen Lebensverrichtungen voraussetzt (<ref-ruling> E. 3b S. 90; Urteil 8C_912/2008 vom 5. März 2009 E. 3.2.1). Darauf wird verwiesen.
2.2 Zu ergänzen ist, dass sich die Revision der Hilflosenent-schädigung nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> richtet (Urteil 8C_912/2008 E. 3.1).
Die Praxis differenziert zwischen direkter und indirekter Dritthilfe, welche sich - anders als die in <ref-law> verwendeten Begriffe "Pflege" und "Überwachung" - auf die alltäglichen Lebensverrichtungen beziehen. Die benötigte Hilfe kann nicht nur in direkter Dritthilfe, sondern auch bloss in Form einer Überwachung der versicherten Person bei Vornahme der relevanten Lebensverrichtungen bestehen, indem etwa die Drittperson sie auffordert, eine Lebensverrichtung vorzunehmen, die sie wegen ihres psychischen Zustandes ohne besondere Aufforderung nicht vornehmen würde (indirekte Dritthilfe; <ref-ruling> E. 7.2 S. 463). Bei Lebensverrichtungen, die mehrere Teilfunktionen umfassen, wird nicht verlangt, dass die versicherte Person bei der Mehrzahl dieser Teilfunktionen fremder Hilfe bedarf; vielmehr ist bloss erforderlich, dass sie bei einer dieser Teilfunktionen regelmässig in erheblicher Weise auf direkte oder indirekte Dritthilfe angewiesen ist (<ref-ruling> E. 3c S. 91). Gelegentliche Zwischenfälle der Hilfsbedürftigkeit können nicht zur Annahme einer Notwendigkeit regelmässiger Dritthilfe führen. Die Hilfe ist erst dann regelmässig, wenn sie die versicherte Person täglich oder eventuell (nicht voraussehbar) täglich benötigt (ZAK 1986 S. 484 E. 3c; Urteil 8C_912/2008 E. 3.2.2).
Für die Bestimmung der Hilflosigkeit Minderjähriger dienen die im Anhang III des Kreisschreibens über Invalidität und Hilflosigkeit in der Invalidenversicherung (KSIH) enthaltenen Richtlinien zur Bemessung der massgebenden Hilflosigkeit bei Minderjährigen (Rz. 8086 KSIH; SVR 2009 IV Nr. 30 S. 85 E. 4.2.1 [9C_431/2008]; Urteil 8C_158/2008 vom 15. Oktober 2008 E. 5.2.2; zur Bedeutung von Verwaltungsweisungen für das Gericht vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 258).
3. Mit Verfügung vom 18. Mai 2004 sprach die IV-Stelle der Versicherten eine Hilflosenentschädigung für mittelschwere Hilflosigkeit zu, da sie in fünf alltäglichen Lebensverrichtungen (An-/Auskleiden, Essen, Körper-pflege, Verrichtung der Notdurft und Fortbewegung) in erheblicher Weise auf die Hilfe Dritter angewiesen sei.
Im Rahmen des angefochtenen Entscheides ist unbestritten, dass die Versicherte weiterhin in den drei alltäglichen Lebensverrichtungen An-/Auskleiden, Körperpflege sowie Fortbewegung regelmässig und erheblich hilfsbedürftig ist. Umstritten und zu prüfen ist, ob sie zusätzlich in den zwei alltäglichen Lebensverrichtungen Essen und Notdurft regelmässig in erheblicher Weise auf Dritthilfe angewiesen ist.
4. 4.1 Frau A._, die Lehrerin der Versicherten, legte im Bericht vom 8. Mai 2008 dar, sie brauche Unterstützung beim Schneiden mit Messer und Gabel. Sie könne nur weiche Nahrung selbstständig schneiden. Sie brauche Anleitung, wie sie dabei die Gabel und in welcher Hand sie das Messer beim Schneiden halten müsse. Sie müsse beim Schneiden von grösseren und härteren Esswaren von einer erwachsenen Person geführt werden (Führen ihrer Hände). Sie brauche Anleitung, wie und womit sie die Speiseresten am Schluss auf dem Teller zusammennehmen könne. In der Schule gehe die Versicherte sehr wenig zur Toilette. Sie verrichte den Stuhlgang offensichtlich zu Hause; sie (die Lehrerin) habe dies in der Schule noch nie erlebt. Die Versicherte löse in der Schule offensichtlich nur Wasser. Sie brauche Hinweise und Kontrollen beim Richten der Kleider nach dem Toilettengang (Leibchen in die Hose stossen, Hose richtig schliessen) sowie Kontrolle, damit sie nach dem Gang zur Toilette die Hände wasche.
Nach dem vorinstanzlichen Rückweisungsentscheid vom 26. Novem-ber 2008 führte Frau A._ gegenüber der IV-Stelle aus, ihre Angaben vom Mai 2008 seien immer noch aktuell. Die Versicherte müsse beim Essen betreut werden, da sie immer wieder vom Tisch aufstehen wolle. Sie begleite die Versicherte nicht auf die Toilette, kontrolliere aber, ob sie sich wieder ordentlich angekleidet habe (T-Shirt in Hose etc.; vgl. E-Mail der IV-Stelle vom 27. Februar 2009). In einer weiteren Stellungnahme betreffend Notdurftverrichtung gab Frau A._ der IV-Stelle an, nach dem Toilettengang müsse eine absolute Kontrolle vorhanden sein. Sie müsse die Versicherte immer wieder darauf aufmerksam machen, die Kleider zu ordnen. Wenn sie hohe Schuhe trage, müsse sie ihr diese binden. Bei komplizierten Reissverschlüssen oder komplizierten Knöpfen etc. sei ebenfalls aktive Hilfe nötig, dies aber auch nicht jeden Tag. Wie häufig, ob und wann aktive Hilfe nötig sei, könne sie nicht beantworten. Dies könne täglich oder auch nur einmal im Monat sein (vgl. Aktennotiz der IV-Stelle vom 19. Mai 2009).
4.2 Dr. med. B._, Leitender Arzt, Neuropädiatrie, Spital C._, legte im Bericht vom 3. Februar 2009 dar, der Umgang der Versicherten mit dem Messer sei noch unbeholfen, sodass beim Schneiden Hilfestellungen erforderlich seien. Allerdings sei ein Schneiden von weichen Speiseanteilen durchaus zumutbar. Schöpfen und das Einschenken von Getränken gingen über eine übliche Unterstützung nicht hinaus. Bei der Toilette sei lediglich eine gewisse Überwachung ohne aktive Hilfe erforderlich. Dasselbe gelte für das Anziehen (Richten der Kleider, Kontrolle von Verschlüssen etc.).
5. Die Vorinstanz hat erwogen, der Bericht des Dr. med. B._ vom 3. Februar 2009 erscheine schlüssig und nachvollziehbar. Ein unbeholfener Umgang mit dem Messer begründe noch keine Hilfsbedürftigkeit im Sinne des Gesetzes. Auch bei einem Kind ohne gesundheitliche Schädigung sei zudem zwischendurch eine Hilfestellung notwendig, und es sei vorliegend nicht davon auszugehen, dass die Hilfestellung täglich oder überwiegend zu erfolgen hätte, was sich auch aus den Angaben im Abklärungsbericht an Ort und Stelle vom 19. Dezember 2007 ergebe. Die Ermahnung, sich nicht vom Tisch zu erheben, spreche ebensowenig für Hilfsbedürftigkeit. Bezüglich der Notdurftverrichtung sei im letztgenannten Abklärungsbericht festgehalten worden, dass seit Sommer 2007 keine Hilfe mehr notwendig sei, was Dr. med. B._ bestätige. Zwar sei das Ordnen der Kleider bei der Notdurftverrichtung eine zu berücksichtigende Teilfunktion, doch sei vorliegend im Regelfall nur noch eine Kontrolle ohne aktive Hilfe nötig, was keine Hilflosigkeit in diesem Bereich begründe.
6. 6.1 Bezüglich des Essens bringt die Versicherte im Wesentlichen vor, gemäss Bericht des Dr. med. B._ brauche sie beim Schneiden Hilfestellung und sei ihr nur das Schneiden weicher Speisen zumutbar. Laut Angaben der Lehrerin Frau A._ brauche sie Unterstützung beim Schneiden mit Messer und Gabel und sei es ihr unmöglich, grössere und härtere Esswaren (z.B. Fleisch) selbstständig zu zerschneiden. Nur weiche Nahrung könne sie selbstständig zerschneiden; aber auch hiebei müsse sie regelmässig angeleitet werden, wie sie die Gabel und in welcher Hand sie das Messer halten müsse. Zudem brauche sie regelmässig Anleitung, wie und womit sie die Speisereste auf dem Teller zusammennehmen könne. Müssten bei Kindern in ihrem Alter härtere Speisen noch zerkleinert werden, sei eine Hilflosigkeit ausgewiesen. Nicht notwendig sei, dass sie täglich Fleisch zerkleinern müsse. Es reiche aus, dass solche Dritthilfe beansprucht werden müsste, wenn täglich Fleisch gegessen würde. Es gehe nicht nur um das Zerkleinern von Fleisch, sondern allgemein von härteren und grösseren Speiseanteilen, worunter bestimmte Gemüse, Brot, Früchte, Pizza etc. fielen. Beim Essen sei sie somit hilfsbedürftig im Sinne des Gesetzes.
6.2 Beim Essen ist die Dritthilfe unter anderem erheblich, wenn die versicherte Person zwar selber essen, die Speisen aber nicht zerkleinern kann (<ref-ruling> E. 3c S. 91). Gemäss Anhang III zum KSIH isst ein Kind mit 8 Jahren selbstständig und kann härtere Speisen zerkleinern.
Die Versicherte wurde am 26. August 1997 geboren und war mithin im massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses am 5. Juni 2009 (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220) knapp 12 Jahre alt. Aufgrund der Akten steht fest, dass sie beim Essen zum Zerschneiden harter Speisen auf direkte Dritthilfe angewiesen ist. Solche Speisen werden nicht täglich gegessen. Es ist überdies voraussehbar, wann sie zu Tisch kommen. Damit ist die Versicherte nur gelegentlich und im Vergleich mit nicht behinderten Minderjährigen gleichen Alters nicht erheblich auf Dritthilfe angewiesen. Nicht gefolgt werden kann ihrem Argument, es reiche auch, dass solche Dritthilfe beansprucht werden müsste, wenn täglich solche Speisen gegessen würden. Zu keinem anderen Ergebnis führt die von Frau A._ angeführte Tatsache, dass die Versicherte Anleitung benötigt, wie und womit sie die Speiseresten am Schluss auf dem Teller zusammennehmen kann. Gleiches gilt für den von Frau A._ genannten Umstand, sie müsse betreut werden, da sie immer wieder vom Tisch aufstehen wolle, zumal sich die Versicherte hierauf nicht beruft. Beim Essen ist mithin eine Hilfsbedürftigkeit im Rechtssinne zu verneinen.
7. 7.1 Bezüglich der Notdurftverrichtung bringt die Versicherte im Wesentlichen vor, bei ihren Eltern habe die IV-Stelle keine weiteren Abklärungen mehr getätigt, obwohl nur diese hierüber Auskunft geben könnten. Es sei belegt, dass sie den Stuhlgang zu Hause verrichte und in der Schule nur Wasser löse. Nach dem Stuhlgang müsse sie regelmässig gereinigt und müssten wie in der Schule ihre Kleider geordnet werden. Wenn sie allein zu Hause sei und auf die Toilette gehe, seien ihre Unterhosen danach verdreckt und die Kleider nicht richtig angezogen. Die Eltern müssten sie dann regelmässig anhalten, die Unterhosen zu wechseln. Selbstständig und auf eigene Initiative hin würde sie die verschmutzten Unterhosen nicht wechseln. Gemäss dem Bericht des Dr. med. B._ brauche sie beim Toilettengang eine gewisse Überwachung. Gemäss dem Bericht der Lehrerin Frau A._ benötige sie nach dem Toilettengang Hinweise und Kontrolle beim Richten der Kleider. Dies müsse als regelmässige indirekte Dritthilfe anerkannt werden. Bei der Notdurftverrichtung liege somit Hilfsbedürftigkeit im Sinne des Gesetzes vor.
7. 7.1 Bezüglich der Notdurftverrichtung bringt die Versicherte im Wesentlichen vor, bei ihren Eltern habe die IV-Stelle keine weiteren Abklärungen mehr getätigt, obwohl nur diese hierüber Auskunft geben könnten. Es sei belegt, dass sie den Stuhlgang zu Hause verrichte und in der Schule nur Wasser löse. Nach dem Stuhlgang müsse sie regelmässig gereinigt und müssten wie in der Schule ihre Kleider geordnet werden. Wenn sie allein zu Hause sei und auf die Toilette gehe, seien ihre Unterhosen danach verdreckt und die Kleider nicht richtig angezogen. Die Eltern müssten sie dann regelmässig anhalten, die Unterhosen zu wechseln. Selbstständig und auf eigene Initiative hin würde sie die verschmutzten Unterhosen nicht wechseln. Gemäss dem Bericht des Dr. med. B._ brauche sie beim Toilettengang eine gewisse Überwachung. Gemäss dem Bericht der Lehrerin Frau A._ benötige sie nach dem Toilettengang Hinweise und Kontrolle beim Richten der Kleider. Dies müsse als regelmässige indirekte Dritthilfe anerkannt werden. Bei der Notdurftverrichtung liege somit Hilfsbedürftigkeit im Sinne des Gesetzes vor.
7.2 7.2.1 Die nötige Hilfe beim Ordnen der Kleider oder bei der Reinigung im Zusammenhang mit der Notdurftverrichtung ist ungeachtet der Lebensverrichtungen An-/Auskleiden und Körperpflege bei der Notdurftverrichtung zu berücksichtigen (<ref-ruling>; Urteile I 652/06 vom 25. Juli 2007 E. 9.5.1 und I 466/05 vom 13. Dezember 2005 E. 5.2). Auch eine nur kurze, regelmässige Nachkontrolle gilt als erheblich, da sie eine notwendige Teilfunktion der Lebensverrichtung "Notdurft" darstellt (<ref-ruling> E. 6b S. 94). Gemäss Anhang III zum KSIH kann sich ein Kind im Rahmen der Notdurftverrichtung mit 6 Jahren selber reinigen.
7.2.2 Bei der Notdurftverrichtung ist die Versicherte nach den Feststellungen der Vorinstanz (E. 1) nur beim Ordnen bzw. Zurechtmachen der Kleider (z.B. Leibchen in die Hose stecken, Hose richtig schliessen, Kontrolle von Verschlüssen) auf Dritthilfe angewiesen. Dass sie - wie beschwerdeweise vorgebracht wird - danach auch regelmässig im Intimbereich gereinigt werden müsse, kann nicht angenommen werden, da dies weder von Dr. med. B._ noch von der Lehrerin Frau A._ festgestellt wurde (E. 4 hievor). Hieran ändert nichts, dass Letztere im Bericht vom 8. Mai 2008 ausführte, in der Schule löse die Versicherte nur Wasser. Insgesamt besteht im Bereich der Notdurftverrichtung im Vergleich zu nicht behinderten Minderjährigen gleichen Alters keine regelmässige und erhebliche Hilfsbedürftigkeit im Rechtssinne. Zu keinem anderen Ergebnis führt der von Frau A._ angeführte Umstand, dass die Versicherte Kontrolle braucht, damit sie nach dem Gang zur Toilette die Hände wäscht.
8. Da von weiteren Abklärungen keine entscheidrelevanten neuen Erkenntnisse zu erwarten sind, ist darauf zu verzichten; dies verstösst weder gegen den Untersuchungsgrundsatz noch gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> 5.3 S. 148; Urteil 8C_40/2010 vom 5. März 2010 E. 5.3.5).
9. Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar