Faits:
A. B.X._ exploitait des kiosques et exerçait une activité de grossiste en produits pour kiosques. En 1967, il a constitué la société D._ SA, avec quatre autres actionnaires. Ayant 63 actions, il détenait une participation de 7% dans cette société dont il est devenu administrateur. Il est mort en 1989 et son activité commerciale a été reprise par ses deux fils, A.X._ et C.X._, qui ont par ailleurs hérité des actions susmentionnées. Par contrat du 12 juin 2002, A.X._ et C.X._ ont vendu ces actions pour le prix global de 270'900 fr.
Du 20 au 22 juin 2007, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a procédé à une expertise portant sur les comptes relatifs aux activités de A.X._ pour les années 2003 à 2005. Dans le projet de rapport qu'il a établi et envoyé électroniquement le 13 novembre 2007, l'expert a considéré que les actions susmentionnées faisaient partie de la fortune commerciale des frères X._ et proposé de soumettre le bénéfice en capital provenant de leur vente à l'impôt sur le revenu à titre de revenu extraordinaire pour l'année 2002 (imposition 2003A). A.X._ a fait part de ses observations sur ce projet le 8 janvier 2008. Le rapport d'expertise définitif a été établi le 21 février 2008.
Le 25 mars 2008, la Commission d'impôt de district pour la commune de Sion (ci-après: la Commission d'impôt de district) a procédé à la taxation de A.X._ sur la base des propositions de l'expert et fixé le revenu extraordinaire imposable du contribuable pour l'année 2002 à 115'000 fr. Le 6 juin 2008, elle a rejeté la réclamation de l'intéressé contre cette décision.
B. Par décision du 25 février 2009, notifiée le 27 avril 2009, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de A.X._ contre la décision de la Commission d'impôt de district du 6 juin 2008.
C. Le 27 mai 2009, A.X._ a déposé au Tribunal fédéral un recours en matière de droit public à l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours du 25 février 2009. Il conclut, sous suite de frais (pour les procédures fédérale et cantonale) et dépens, à l'annulation de la décision attaquée. En outre, il demande à l'Autorité de céans, principalement, de dire "que la période fiscale 2002 durant laquelle les actions D._ SA ont été aliénées est atteinte par la prescription du droit de taxer" et, subsidiairement, de constater que les actions de D._ SA qu'il a aliénées appartenaient à sa fortune privée. Il requiert aussi le renvoi du dossier à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Commission cantonale de recours, le Service cantonal et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais.

Considérant en droit:
I. Procédure
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 96).
1.1 La décision attaquée concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal portant, pour la période fiscale 2002, sur un revenu extraordinaire au sens des art. 218 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 247 ss de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (ci-après: LF/VS; RSVS 642.1). Comme il s'agit dans les deux cas de droit public, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>, aucune des exceptions de l'<ref-law> n'étant réalisée. Les lois fiscales applicables confirment cette voie de droit: pour l'impôt fédéral direct à l'<ref-law> et pour les impôts cantonal et communal à l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors que le recours concerne un revenu extraordinaire imposable d'une personne physique, soit une matière harmonisée figurant au titre 2 de la LHID.
1.2 Lorsque, comme en l'espèce, les questions juridiques à trancher (prescription du droit de procéder à la taxation et taxation d'un revenu extraordinaire) sont réglées de la même façon en droit fédéral qu'en droit cantonal (cf. consid. 3.1, 4.1 et 5, ci-dessous), on peut admettre que l'autorité cantonale de dernière instance rende une seule et même décision qui ne fasse pas de distinction dans son dispositif entre les deux catégories d'impôts, à condition toutefois que les considérants ne laissent planer aucun doute sur le fait que la décision vaut aussi bien pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). Une telle décision peut ensuite logiquement être portée devant le Tribunal fédéral dans un seul recours, pour autant que la motivation s'en prenne clairement tant à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonal et communal (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s., précisant la jurisprudence développée à l'<ref-ruling> consid. 8.3 p. 511). Le présent recours remplit ces exigences.
1.3 Au surplus, déposé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire dont les décisions peuvent faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal fédéral (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; <ref-law>; <ref-law>) et émanant du destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (<ref-law>), le recours est en principe recevable.
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sans être lié par les motifs de l'autorité précédente ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 519 et la jurisprudence citée). Il convient cependant de réserver les exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. Sans cela, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254 s.; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288). Par ailleurs, l'<ref-law> dispose qu'aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
Le recourant produit pour la première fois devant le Tribunal fédéral des lettres de D._ SA des 2 octobre 2007 et 3 juillet 2008, sans expliquer avoir été dans l'impossibilité de les déposer devant le Tribunal cantonal. Ces pièces et l'argumentation qu'elles étayent sont irrecevables au regard de l'<ref-law>.
II. Impôt fédéral direct
3. Le recourant prétend que le droit de procéder à la taxation litigieuse était déjà prescrit, le 25 mars 2008, lorsque le Service cantonal lui a notifié le bordereau litigieux.
3.1 Selon l'<ref-law>, le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale, sous réserve des art. 152 et 184 LIFD non applicables en l'espèce. En outre, l'<ref-law> indique qu'un nouveau délai de prescription commence à courir notamment lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt (let. a).
Dans un arrêt du 26 novembre 1999, le Tribunal fédéral a précisé que tous les actes officiels tendant à la fixation de la prétention fiscale et portés à la connaissance du contribuable pouvaient interrompre la prescription, aussi bien au sens de l'ancienne législation que de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2c p. 3). A titre d'exemples, il a mentionné l'envoi de la formule de déclaration d'impôt, la sommation pour la remise de ladite déclaration, l'annonce ou l'accomplissement d'un contrôle des livres (<ref-ruling> consid. 2c p. 3); il a même ajouté qu'on pouvait y inclure des communications officielles qui n'annoncent qu'une taxation ultérieure et dont le but se limite précisément à interrompre le cours de la prescription (<ref-ruling> consid. 2f p. 4 s.). Le Tribunal fédéral a aussi indiqué que des actes ne revêtant pas la forme écrite, comme une télécopie, étaient admis en tant qu'actes interruptifs de prescription, dès lors que la loi n'exigeait pas la forme écrite (arrêt 2A.546/2001 du 1er mai 2002 consid. 3d et 3e, in RDAF 2002 II p. 392).
D'après l'<ref-law>, les cantons sont libres, en dérogation à l'<ref-law>, de fixer pour l'imposition dans le temps une période fiscale annuelle correspondant à une année civile; dans ce cas, ils prendront comme base de calcul cette même année civile, les dispositions transitoires figurant aux art. 208 à 220 LIFD étant alors applicables. Comme tous les cantons (cf. Marc Bugnon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 1 ad <ref-law>), le canton du Valais a fait usage de cette possibilité. Ainsi, l'art. 247 al. 1 LF/VS dispose que les revenus extraordinaires réalisés durant les années 2001 et 2002 ou lors d'un exercice clos au cours de cette période sont soumis à un impôt annuel entier, au taux applicable à ces seuls revenus, pour l'année fiscale où ils ont été acquis. Cette réglementation correspond à ce qu'exige l'<ref-law> (cf. Marc Bugnon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 13 ad <ref-law>). L'art. 247 al. 2 LF/VS précise que sont en particulier considérés comme revenus extraordinaires les prestations en capital, les revenus non périodiques de fortune et les revenus extraordinaires provenant d'une activité lucrative indépendante.
Il en découle que, comme le revenu extraordinaire en cause ici se rapporte à l'année 2002, le délai de prescription de cinq ans de l'<ref-law> a commencé à courir le 1er janvier 2003. Il s'est donc éteint le 31 décembre 2007 à moins d'avoir été interrompu entre temps.
3.2 Par courriel du 13 novembre 2007, le Service cantonal a envoyé à la représentante du recourant un document, sur papier à en-tête de son Inspectorat fiscal, intitulé "RAPPORT D'EXPERTISE Projet du 13.11.2007" concernant le recourant et son frère, qui sont associés. Ce projet avait trait à l'expertise effectuée du 20 au 22 juin 2007 et concernait les exercices 2003 à 2005. Il consacrait le ch. 2.1 au "Bénéfice en capital lors de la vente des actions D._ SA" qu'il fixait à 115'048 fr. et qualifiait de fortune commerciale, en précisant qu'il devait être imposé selon l'art. 247 LF/VS; il était indiqué que cette qualification était contestée par le contribuable. Le ch. 8 du projet, intitulé "Récapitulation des reprises", mentionnait pour 2002, sous la rubrique "Revenu extraordinaire art. 247", un montant de 254'250 fr. dont il fallait déduire 24'154 fr. à titre de "Provision AVS personnelle" pour arriver au total de 230'096 fr., soit 115'048 fr. par associé. La Commission cantonale de recours a considéré que ce document avait interrompu la prescription.
3.2.1 Le recourant conteste que le projet de rapport d'expertise du 13 novembre 2007 ait pu interrompre la prescription parce qu'il n'émane pas de la Commission d'impôt de district.
Aux termes de l'art. 218 al. 1 LF/VS dans sa teneur en vigueur en 2008 (moment déterminant), les autorités de taxation sont, pour l'impôt sur le revenu, la fortune et l'impôt foncier des personnes physiques, les commissions d'impôt de district ou d'arrondissement qui se composent de trois membres, soit un fonctionnaire du Service cantonal qui fonctionne comme président, un délégué du district désigné par le conseil de district et un représentant de la commune intéressée. Cette disposition précise notamment que lesdites commissions peuvent s'adjoindre des experts.
Le projet de rapport d'expertise du 13 novembre 2007 a été établi, sur papier de l'Inspectorat fiscal du Service cantonal, par l'expert chargé du contrôle, soit par un fonctionnaire, ce qu'admet le recourant. De même qu'une autorité judiciaire peut charger un des juges la composant de procéder à l'instruction d'une cause, ainsi la Commission d'impôt de district peut déléguer à l'un de ses membres, en l'occurrence au Service cantonal, la tâche de recueillir les renseignements qui permettront d'aboutir à la taxation du contribuable. Le projet de rapport d'expertise litigieux comprend tous les éléments nécessaires pour taxer le revenu extraordinaire résultant de la vente des actions de D._ SA qui étaient en mains du recourant. Il constitue donc une communication officielle manifestant la volonté de l'autorité fiscale de procéder au recouvrement de la créance d'impôt. Au demeurant, le fait que ce projet ait été transmis par courriel, soit sans signature manuscrite, n'a pas d'importance dès lors que le contribuable pouvait reconnaître clairement cette volonté et que la forme écrite n'était pas une exigence légale.
3.2.2 Le recourant fait également valoir que le projet de rapport d'expertise du 13 novembre 2007 porte sur les exercices 2003 à 2005, de sorte qu'il ne viserait pas expressément la période correspondant à la brèche fiscale valaisanne, soit 2001/2002, période pour laquelle des éventuels revenus extraordinaires pourraient être imposés.
Pour la première période fiscale suivant la brèche fiscale valaisanne qui, selon le recourant lui-même, couvre les années 2001 et 2002, les revenus extraordinaires réalisés durant ces deux années sont soumis à un impôt annuel entier pour l'année fiscale où ils ont été acquis, les charges en rapport immédiat avec l'acquisition des revenus extraordinaires pouvant être déduites (cf. art. 218 al. 1 et 2 LIFD). Dans ses observations du 25 août 2009, la Commission cantonale de recours a expliqué que, dans le canton du Valais, la taxation 2003 pouvait concerner deux impositions, ce qui ressortait implicitement de la décision attaquée (cf. intitulé et ch. 5 p. 2 de ladite décision). Il y avait, d'une part, la taxation 2003A portant sur les revenus extraordinaires réalisés en 2001 et 2002 et, d'autre part, la taxation 2003B concernant l'imposition ordinaire pour l'année 2003. Le projet de rapport d'expertise litigieux mentionne le bénéfice en capital réalisé sur la vente des 63 actions de D._ SA; il en déduit l'"AVS personnelle calculée" et arrive à un bénéfice en capital de 115'048 fr. à imposer chez le recourant. En outre, il ressort sans ambiguïté de la récapitulation des reprises, faisant l'objet du ch. 8 dudit projet, que ce bénéfice a été réalisé en 2002. Compte tenu des particularités de la taxation 2003 dans le canton du Valais qui a passé cette année-là à la taxation annuelle postnumerando, il est compréhensible que ledit bénéfice figure dans un projet de rapport d'expertise portant officiellement sur les exercices 2003 à 2005, mais traitant aussi clairement des revenus extraordinaires tombant dans la brèche de calcul de l'année 2002.
3.2.3 Ainsi, les critiques du recourant ne sont pas fondées. Au regard de la jurisprudence rappelée ci-dessus (consid. 3.1), force est d'admettre que le projet de rapport d'expertise du 13 novembre 2007 a interrompu la prescription.
4. Le recourant fait valoir que les actions de D._ SA aliénées en 2002 faisaient partie de sa fortune privée, de sorte que le gain en capital qu'il a réalisé grâce à leur vente doit être exonéré d'impôt, en application de l'<ref-law>. Il reproche implicitement à la Commission cantonale de recours d'avoir considéré que lesdites actions étaient des éléments de sa fortune commerciale et confirmé l'imposition du produit de leur vente en tant que bénéfice en capital, selon l'<ref-law>.
4. Le recourant fait valoir que les actions de D._ SA aliénées en 2002 faisaient partie de sa fortune privée, de sorte que le gain en capital qu'il a réalisé grâce à leur vente doit être exonéré d'impôt, en application de l'<ref-law>. Il reproche implicitement à la Commission cantonale de recours d'avoir considéré que lesdites actions étaient des éléments de sa fortune commerciale et confirmé l'imposition du produit de leur vente en tant que bénéfice en capital, selon l'<ref-law>.
4.1 4.1.1 D'après l'<ref-law>, les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée ne sont pas imposables. En revanche, l'<ref-law> prescrit que tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Il précise que la fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante.
4.1.2 Selon la jurisprudence (cf. notamment arrêt 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2), le point de savoir si l'on a affaire à un gain privé en capital (non imposable sur le revenu) ou à un bénéfice commercial en capital provenant de l'exercice d'une activité lucrative indépendante (imposable sur le revenu) dépend des circonstances concrètes du cas. La notion d'activité lucrative indépendante s'interprète largement (cf. <ref-ruling> consid. 5e p. 122 s.; arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.2, in RDAF 2007 II p. 299; Yves Noël, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 14 ad <ref-law>), de sorte que seuls sont considérés comme des gains privés en capital exonérés d'impôt ceux qui sont obtenus par un particulier de manière fortuite ou dans le cadre de la simple administration de sa fortune privée (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 448 ss; <ref-ruling> consid. 2a p. 81). Dès que l'activité du contribuable excède ce cadre relativement étroit et est orientée dans son ensemble vers l'obtention d'un revenu, l'intéressé est réputé exercer une activité lucrative indépendante dont les bénéfices en capital sont imposables. Une telle qualification peut se justifier, selon les cas, même en l'absence d'une activité reconnaissable pour les tiers et/ou organisée sur le modèle d'une entreprise commerciale (<ref-ruling> consid. 5a p. 452 s.) et même si l'activité n'est exercée que de manière accessoire ou temporaire (cf. <ref-ruling> consid. 5b p. 121), voire occasionnelle (cf. arrêts 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2 et 2A.66/2002 du 17 septembre 2002 consid. 2.1, in Archives 73 p. 308). Les éléments patrimoniaux utilisés pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante sont pour leur part considérés comme des actifs commerciaux (cf. <ref-ruling> consid. 6c/bb p. 126 s.). En outre, le Tribunal fédéral a souligné que les actifs de la fortune commerciale du commerçant d'immeubles ou de titres demeurent commerciaux malgré l'écoulement du temps (cf. arrêt 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 5.4). Enfin, l'appartenance d'un bien à la fortune commerciale ou privée n'est pas modifiée par une dévolution successorale. Les actifs de la fortune commerciale du de cujus demeurent commerciaux auprès de ses héritiers. Ces derniers peuvent décider de les affecter à la fortune commerciale de leur propre activité indépendante ou de les conserver en leur qualité de biens commerciaux même s'ils n'exercent pas eux-mêmes une activité indépendante; ils peuvent également choisir de les transférer dans leur fortune privée par une déclaration expresse de volonté à l'adresse du fisc (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.4, in RDAF 2007 II p. 299; cf. aussi Danielle Yersin, La distinction entre l'activité indépendante et la gestion de la fortune privée, dans le domaine immobilier, Archives 67 p. 114; Martin Arnold, Geschäfts- und Privatvermögen im schweizerischen Einkommenssteuerrecht, Archives 75 p. 283 s.) ou encore les aliéner. Ce n'est qu'au moment où ils décident du transfert dans la fortune privée ou de l'aliénation que le bénéfice en capital en provenant constitue un revenu imposable au sens de l'<ref-law>. Ce système d'imposition permet aux héritiers de décider du moment de l'imposition du bénéfice en capital (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.4, in RDAF 2007 II p. 299).
4.1.2 Selon la jurisprudence (cf. notamment arrêt 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2), le point de savoir si l'on a affaire à un gain privé en capital (non imposable sur le revenu) ou à un bénéfice commercial en capital provenant de l'exercice d'une activité lucrative indépendante (imposable sur le revenu) dépend des circonstances concrètes du cas. La notion d'activité lucrative indépendante s'interprète largement (cf. <ref-ruling> consid. 5e p. 122 s.; arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.2, in RDAF 2007 II p. 299; Yves Noël, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 14 ad <ref-law>), de sorte que seuls sont considérés comme des gains privés en capital exonérés d'impôt ceux qui sont obtenus par un particulier de manière fortuite ou dans le cadre de la simple administration de sa fortune privée (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 448 ss; <ref-ruling> consid. 2a p. 81). Dès que l'activité du contribuable excède ce cadre relativement étroit et est orientée dans son ensemble vers l'obtention d'un revenu, l'intéressé est réputé exercer une activité lucrative indépendante dont les bénéfices en capital sont imposables. Une telle qualification peut se justifier, selon les cas, même en l'absence d'une activité reconnaissable pour les tiers et/ou organisée sur le modèle d'une entreprise commerciale (<ref-ruling> consid. 5a p. 452 s.) et même si l'activité n'est exercée que de manière accessoire ou temporaire (cf. <ref-ruling> consid. 5b p. 121), voire occasionnelle (cf. arrêts 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2 et 2A.66/2002 du 17 septembre 2002 consid. 2.1, in Archives 73 p. 308). Les éléments patrimoniaux utilisés pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante sont pour leur part considérés comme des actifs commerciaux (cf. <ref-ruling> consid. 6c/bb p. 126 s.). En outre, le Tribunal fédéral a souligné que les actifs de la fortune commerciale du commerçant d'immeubles ou de titres demeurent commerciaux malgré l'écoulement du temps (cf. arrêt 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 5.4). Enfin, l'appartenance d'un bien à la fortune commerciale ou privée n'est pas modifiée par une dévolution successorale. Les actifs de la fortune commerciale du de cujus demeurent commerciaux auprès de ses héritiers. Ces derniers peuvent décider de les affecter à la fortune commerciale de leur propre activité indépendante ou de les conserver en leur qualité de biens commerciaux même s'ils n'exercent pas eux-mêmes une activité indépendante; ils peuvent également choisir de les transférer dans leur fortune privée par une déclaration expresse de volonté à l'adresse du fisc (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.4, in RDAF 2007 II p. 299; cf. aussi Danielle Yersin, La distinction entre l'activité indépendante et la gestion de la fortune privée, dans le domaine immobilier, Archives 67 p. 114; Martin Arnold, Geschäfts- und Privatvermögen im schweizerischen Einkommenssteuerrecht, Archives 75 p. 283 s.) ou encore les aliéner. Ce n'est qu'au moment où ils décident du transfert dans la fortune privée ou de l'aliénation que le bénéfice en capital en provenant constitue un revenu imposable au sens de l'<ref-law>. Ce système d'imposition permet aux héritiers de décider du moment de l'imposition du bénéfice en capital (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.4, in RDAF 2007 II p. 299).
4.2 4.2.1 En l'espèce, selon les constatations cantonales, le père du recourant exploitait des kiosques et exerçait une activité de grossiste en produits pour kiosques. Il a décidé en 1967 de cesser d'exercer individuellement cette dernière activité et a créé avec quatre personnes une société anonyme pour poursuivre son activité de grossiste à travers ladite société, c'est-à-dire D._ SA, comme l'admet le recourant. La constitution de cette société devait permettre à ses fondateurs de rationaliser les coûts et d'avoir une taille suffisante pour être un grossiste reconnu comme tel par le cartel des fabricants de tabac. D._ SA devait fonctionner comme une centrale d'achat. Pour arriver à ses fins, le père du recourant a acquis une participation de 7% dans la nouvelle société; il a ainsi acheté 63 actions de D._ SA payées grâce à la vente à ladite société du stock de tabac afférent à son activité de grossiste en tabac. Il est également devenu administrateur de D._ SA.
En continuant son activité de grossiste en tabac par l'intermédiaire de D._ SA, le père du recourant visait à favoriser, voire assurer, son activité d'exploitant de kiosques. L'acquisition des 63 actions précitées poursuivait donc un but commercial en relation avec l'activité lucrative indépendante de B.X._, de sorte que lesdites actions sont entrées dans sa fortune commerciale.
4.2.2 Le recourant ne peut être suivi lorsqu'il conteste le caractère commercial des actions de D._ SA détenues par son père. Il fait valoir que l'activité de gestion des kiosques est restée la même avant la prise de participation dans D._ SA, durant la possession d'actions de ladite société et après leur vente et qu'il n'y a pas eu de changement du point de vue économique. Ainsi, la création de D._ SA, notamment grâce à une participation de 7% dans cette société, a permis au père du recourant d'approvisionner les kiosques qu'il exploitait aux mêmes conditions que lorsqu'il exerçait l'activité de grossiste à titre individuel, alors qu'il craignait de ne plus faire le poids face au cartel des fabricants de tabac. Par conséquent, même si cette démarche n'a pas permis d'augmenter les résultats commerciaux de l'entreprise de B.X._, elle a pu lui donner une nouvelle impulsion (cf. arrêt 2A.431/2000 du 9 avril 2001 consid. 5b, in RDAF 2001 II p. 16). La volonté du père du recourant et des autres cofondateurs de D._ SA d'utiliser cette société comme une centrale d'achat démontre au demeurant une corrélation étroite entre la création de D._ SA et l'exploitation des kiosques. Les actions en cause ont donc été utilisées pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante et doivent être considérées comme des actifs commerciaux.
Le recourant fait valoir qu'il n'a pas pu influer sur les décisions prises par D._ SA, en raison de sa faible participation dans le capital de la société, dont il n'a jamais été administrateur, contrairement à son frère qui disposait d'un pouvoir de signature collective à deux. Ce faisant, il perd de vue qu'il a acquis les actions litigieuses de D._ SA par héritage. Or, comme on l'a vu (consid. 4.2.1), les 63 actions précitées de D._ SA faisaient partie de la fortune commerciale de son père. Que le fils en ait hérité la moitié ne modifie pas cette qualification. Le fait que les relations commerciales entre D._ SA et l'entreprise du recourant ne soient plus actuellement d'une intensité particulière n'y change rien.
Au surplus, il n'est pas déterminant que B.X._, comme ses fils d'ailleurs, ait déclaré sa participation dans D._ SA dans l'état des titres, soit en tant que fortune privée, et que les autorités fiscales n'aient pas réagi (cf. arrêt 2A.431/2000 du 9 avril 2001 consid. 5c, in RDAF 2001 II p. 16). En effet, on ne saurait y voir une déclaration expresse de volonté du contribuable à l'adresse du fisc valant transfert dans la fortune privée (cf. arrêt 2A.431/2000 du 9 avril 2001 consid. 5c, in RDAF 2001 II p. 16; voir aussi arrêt 2A.62/1997 du 3 mai 1999 consid. 2b, in Archives 69 p. 793).
4.2.3 Pour conclure et en dépit des objections du recourant, les 63 actions de D._ SA acquises par son père apparaissent comme des éléments patrimoniaux utilisés pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante, soit des actifs commerciaux. Comme l'appartenance d'un bien à la fortune commerciale n'est pas modifiée par une dévolution successorale, les actions de D._ SA héritées par le recourant ont fait partie de sa fortune commerciale jusqu'à leur aliénation. Ainsi, au moment où le recourant a vendu lesdites actions, il a réalisé un bénéfice en capital imposable conformément à l'<ref-law>.
III. Impôts cantonal et communal
5. 5.1 L'art. 129 LF/VS traite de la prescription du droit de taxer. Son premier alinéa correspond à l'<ref-law>. Quant à l'art. 129 al. 3 let. a LF/VS, il est identique à l'<ref-law>. Par conséquent, ce qui a été dit ci-dessus (cf. consid. 3) à propos de la prescription du droit de procéder à la taxation en matière d'impôt fédéral direct est aussi valable au sujet de la prescription du droit de procéder à la taxation en matière d'impôts cantonal et communal. Il convient donc de s'y référer.
5.2 Pour ce qui est du fond du litige, les art. 12 al. 3 (et non pas 16 al. 2) et 14 al. 2 LF/VS correspondent aux art. 16 al. 3 et 18 al. 2 LIFD respectivement. En conséquence, le raisonnement développé au consid. 4 est applicable par analogie en matière d'impôts cantonal et communal. Il y a donc lieu de s'y rapporter.
IV. Frais et dépens
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué à la représentante du recourant, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 16 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Dupraz