Faits:
A. X._ Sàrl (ci-après: la société) est une société à responsabilité limitée inscrite au registre du commerce du Canton de Fribourg, active dans le domaine de la construction. A._ en est l'associé-gérant avec signature individuelle. En date du 2 novembre 2010, les inspecteurs du Service de l'emploi du canton de Vaud ont procédé à un contrôle sur le chantier du bâtiment "ECA", à Yverdon-les-Bains, sur lequel était active la société. A cette occasion, le Service de l'emploi a constaté la présence de B._, originaire du Kosovo, qui ne bénéficiait d'aucune autorisation de travail et s'était légitimé au moyen d'un document établi à un autre nom. Le rapport d'inspection contient notamment les lignes suivantes:
B. "A notre arrivée sur le chantier précité, nous interpellons 4 travailleurs, sur le même étage mon collègue interpelle un 5ème travailleur caché derrière une palette d'isolation, ce dernier a déclaré qu'il travaillait pour l'entreprise X._. Nous les identifions comme étant:
- [...]
- Travailleur 05 M. B._ (alias C._, fausse identité donnée, voir "à savoir") (infraction au droit des étrangers et aux assurances sociales) [...]
A savoir: le travailleur 05 s'est légitimé avec le seul document qu'il avait sur lui, une ancienne carte d'assurance maladie plus valable. Parlant mal le français, il n'a pas pu nous dire quel permis il avait pour la Suisse. Il a juste donné un nom, prénom et une date de naissance qui correspondaient à la carte d'assurance. Le nom qu'il a fourni correspond à une personne possédant un permis d'établissement C du canton de Genève. Ayant un gros doute sur l'identité du travailleur et la police étant sur le chantier suite au contrôle d'une autre entreprise, ils ont transité le travailleur 05 au poste pour identification. Après plus d'une heure d'enquête et divers téléphones pour avoir la confirmation que le travailleur nous avait donné la bonne identité, nous avons pu contacter l'ancien employeur de M. C._. M. D._, technicien de cette entreprise qui se trouvait dans la région au moment de notre appel, nous a dit qu'il pouvait nous rejoindre au poste de police vers 11h45 pour identifier M. C._.
M. A._ associé/gérant de l'entreprise X._ Gmbh est arrivé au moment où l'on quittait le chantier, nous lui avons expliqué la situation, ce dernier s'est montré très énervé et très désagréable, il n'a plus voulu parler en français et en allemand a contesté tout les faits et n'a plus voulu discuter.
Comme convenu, à 12h00 M. D._ technicien de l'entreprise E._ SA nous a rejoints au poste de police municipal d'Yverdon. En voyant le travailleur, il nous a immédiatement informés que la personne présente au poste n'est pas M. C._ et qu'il ne le connaissait pas. Pour preuve, le lendemain, l'entreprise m'a transmis une copie de la pièce d'identité du vrai C._ (voir sous travailleur 05).
La suite de l'affaire concernant le travailleur 05 a été reprise par l'inspectrice Mme F._ de la Police de Sûreté Vaudoise, cette dernière me dit que le travailleur soutien son identité et qu'il n'est pas reconnu aux empreintes, une enquête plus approfondie sera faite selon la décision de la juge. Si sa véritable identité n'est pas retrouvée, le travailleur sera enregistré sous le nom de M. C._. Pour terminer elle prendra contact avec l'employeur M. A._ pour l'aviser des faits et l'informer qu'il est considéré comme l'employeur. Le jeudi 4 novembre, l'inspectrice Mme F._ de la Police de Sûreté Vaudoise m'a transmis l'identité réelle du travailleur, soit M. B._. Pour conclure, et suite à la première déclaration de l'employé 05 son employeur est, jusqu'à preuve du contraire, l'entreprise X._ Gmbh."
C. Invitée par le Service de l'emploi à se déterminer à ce sujet par lettre du 30 novembre 2010, la société a fait valoir, par correspondance du 7 décembre 2010, n'avoir jamais employé le dénommé B._.
Le 14 décembre 2010, le Service de l'emploi a indiqué à la société qu'il ressortait de l'instruction du dossier que B._ aurait été employé sans autorisation et lui a imparti un délai pour se déterminer sur ces faits. Le 20 décembre 2010, la société a nié avoir jamais employé l'intéressé.
D. Par décision du 19 janvier 2011, le Service de l'emploi a sommé X._ Sàrl de respecter les procédures applicables en cas d'engagement de main d'?uvre étrangère, dit que toute demande d'admission de travailleurs étrangers par elle formulée serait rejetée pour une durée de trois mois, mis à sa charge un émolument administratif de 500 fr. et a indiqué la dénoncer aux autorités pénales.
E. Par décision du 19 janvier 2011 également, le Service de l'emploi a mis à la charge de X._ Sàrl les frais du contrôle s'élevant à 1'375 fr., correspondant au temps consacré au contrôle (13 h 45 à 100 fr. l'heure). Il ressort de la décision que, lors de l'instruction du dossier, des infractions au droit des étrangers ainsi qu'au droit des assurances sociales ont été constatées.
F. Par acte du 18 février 2011, X._ Sàrl a recouru, par l'intermédiaire de son conseil, contre ces décisions en concluant à leur annulation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Ces causes ont été enregistrées sous référence PE.2010.0056 concernant la première décision précitée et sous
référence GE.2011.0032 pour la décision relative aux frais de contrôle. Les deux recours ont été rejetés.
G. X._ Sàrl forme, dans une même écriture, un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre les deux arrêts rendus le 14 juin 2012 par le Tribunal cantonal. Outre l'effet suspensif, il requiert en substance l'annulation des arrêts du Tribunal cantonal et celles du Service de l'emploi du 19 janvier 2011, le tout sous suite de frais et dépens. Le Service de l'emploi a conclu au rejet du recours alors que le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer.
Le 20 septembre 2012, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif aux recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui sont déposés devant lui (<ref-ruling> consid. 1 p. 472, 436 consid. 1 p. 438 et les arrêts cités).
1.1 Conformément à l'<ref-law>, la recourante qui a formé contre chacune des décisions entreprises un recours ordinaire et un recours constitutionnel subsidiaire les a intégrés en un seul mémoire. La matière n'étant pas de celles excluant le recours en matière de droit public (<ref-law>), les griefs soulevés seront examinés en application des normes régissant ce recours, à l'exclusion de celles relatives au recours constitutionnel subsidiaire. Ce dernier est donc irrecevable.
1.2 Les recours dans les causes 2C_778/2012 et 2C_779/2012 sont dirigés contre des décisions formellement distinctes mais concernant les mêmes parties, reposant sur le même complexe de faits et soulevant des questions juridiques identiques. Pour des raisons d'économie de procédure, il convient dès lors de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF; <ref-ruling>).
1.3 Eu égard à l'effet dévolutif du recours au Tribunal cantonal, les conclusions relatives à l'annulation des décisions du Service de l'emploi sont irrecevables.
1.4 Pour le reste, interjetés en temps utile et dans les formes requises par la destinataire des arrêts, contre des décisions finales prises en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire supérieure, les recours en matière de droit public, sont en principe recevables au regard des art. 42 et 82 ss LTF.
2. Aux termes de l'art. 91 al. 1 de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr, RS 142.20), avant d'engager un étranger, l'employeur doit s'assurer qu'il est autorisé à exercer une activité lucrative en Suisse en examinant son titre de séjour ou en se renseignant auprès des autorités compétentes. Le non respect de cette obligation expose l'employeur à la sanction prévue par l'art. 122 LEtr. Les arrêts attaqués ont tenu pour établi que la recourante était l'employeur de B._.
3. La recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue en ce que le Tribunal cantonal a refusé d'administrer les moyens de preuve proposés tout en retenant à sa charge une présomption de fait. Il convient d'examiner en premier lieu ce grief d'ordre formel (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 390).
3.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 282).
3.2 Une présomption de fait (ou présomption naturelle) sert à faciliter la preuve, mais n'aboutit nullement à un renversement du fardeau de la preuve (<ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 2b et les références citées). Une présomption de fait est réfragable en ce sens que la partie adverse peut apporter la contre-preuve du fait présumé. La contre-preuve n'a pas à convaincre le juge, mais doit affaiblir la preuve principale en semant le doute dans l'esprit du juge (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 88 s.; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 326). Le juge cantonal enfreint tant la règle générale de l'<ref-law>, applicable également en droit public, que la garantie du droit d'être entendu de l'art. 29 al. 2 Cst. s'il tient pour exactes les allégations non prouvées d'une partie, nonobstant leur contestation par la partie adverse, ou s'il refuse toute administration de preuve sur des faits pertinents en droit. Ces règles sont également violées par le juge qui refuse à la partie libérée du fardeau de la preuve le droit de rapporter une contre-preuve concrète, quand bien même il s'est fondé uniquement sur l'expérience générale de la vie, sur une présomption de fait ou sur des indices pour conclure à l'existence du fait allégué par la partie chargée du fardeau de la preuve (<ref-ruling> en relation avec l'<ref-law>).
3.3 Le Tribunal cantonal s'est fondé sur les arguments de fait du Service de l'emploi pour justifier la sanction de l'art. 122 LEtr. Selon le procès-verbal de l'inspection menée par le Service de l'emploi, B._, tout en se prévalant d'une fausse identité, a en premier lieu déclaré travailler pour le compte de la recourante. Il se trouvait sur le même étage que quatre employés de celle-ci, qui ?uvraient pour son compte, et il s'était dissimulé derrière une "palette d'isolation". Pour le Tribunal cantonal, "on discerne mal quelle autre conclusion que celle tirée par l'autorité intimée pourrait être conforme au cours ordinaire des choses et à l'expérience générale de la vie, soit que le travailleur en cause déployait une activité pour le compte de la recourante. En effet, il est difficile d'imaginer, comme le fait valoir la recourante, pourquoi B._ se serait comporté de la manière décrite dans le rapport s'il avait travaillé pour une autre entreprise ou, par hypothèse, n'aurait eu aucun lien avec elle". Le Tribunal cantonal estime que "la nature des infractions impose de procéder par une appréciation des indices, lorsque ceux-ci sont sans équivoque, comme en l'espèce". Selon lui, il existerait alors une présomption de fait que l'administré devrait renverser, en raison, non seulement de son devoir de collaborer à l'établissement des faits, mais encore de son propre intérêt.
3.4 D'une manière générale, il est douteux que la seule présence d'un employé sur un chantier occupant plusieurs entreprises permette de présumer que celui-ci travaille pour une entreprise précise, même s'il peut en aller différemment en fonction des circonstances d'espèce. Savoir si plusieurs entreprises ?uvrent à la réalisation d'un même ouvrage au moment du contrôle constitue dès lors une circonstance importante qu'il n'est pas possible d'ignorer lors de l'établissement des faits. Il s'ensuit que la simple présence de B._ là où des employés de la recourante travaillaient est insuffisante pour présumer que celui-ci était employé par elle. Enfin, les mensonges réitérés de B._ sur son identité réduisent la force probante des déclarations de ce dernier selon lesquelles il aurait travaillé pour la recourante, quand bien même cette dernière s'est déjà rendue coupable à de multiples reprises de violations du droit des étrangers pour des faits similaires.
3.5 En procédure cantonale, la recourante a formellement offert le témoignage des ouvriers qui travaillaient pour elle sur le chantier contrôlé afin d'établir que B._ n'était pas l'un des leurs. Elle a également requis que soit établie la liste des entreprises travaillant en même temps qu'elle sur le chantier. En refusant de manière anticipée de tels moyens au motif qu'ils n'étaient pas susceptibles de modifier le résultat de l'administration des preuves, le Tribunal cantonal est tombé dans l'arbitraire du moment que la simple présence de B._ là où des employés de la recourante travaillaient était insuffisante pour présumer que celui-ci était employé par elle.
L'instance précédente devait par conséquent faire administrer les preuves requises par la recourante, y compris le témoignage des ouvriers. Elle ne pouvait d'emblée refuser les témoignages offerts au motif qu'il s'agissait des employés de la recourante. Il n'est en effet pas contesté que le témoignage constitue un moyen de preuve en procédure administrative, certes subsidiaire, mais que le justiciable a le droit de faire administrer en particulier lorsqu'il ne dispose pas d'autres moyen pour établir les faits. Au même titre qu'en procédure civile ou pénale, les témoins peuvent, le cas échéant, être interrogés sous la menace des graves sanctions pénales attachées au faux témoignage par l'<ref-law>, applicable par renvoi de l'<ref-law> à la procédure devant les tribunaux administratifs et devant les autorités et fonctionnaires de l'administration ayant qualité pour recevoir des témoignages (voir CORBOZ, 2e éd., ch. 9 ad <ref-law>; TRECHSEL ET ALII, Schweizerisches Strafgesetzbuch, ch. 1 ad <ref-law>). La force probante des déclarations ainsi recueillies doit ensuite être appréciée en fonction de leur contenu (cf. ég. KIENER/RÜTSCHE/KUHN, Öffentliches Verfahrensrecht, Zurich 2012, ch. 748 p. 175).
3.6 En résumé, le Tribunal cantonal ne pouvait tout à la fois retenir une présomption de fait contre la recourante, mettre à sa charge la preuve du fait négatif consistant à établir qu'elle n'était pas l'employeur de B._ et la priver de tout moyen de preuve pour établir sa situation réelle. Ce faisant, le Tribunal cantonal a violé le droit d'être entendu de la recourante en ce qu'il confère le droit de faire administrer des preuves pertinentes et prohibe l'arbitraire dans l'appréciation anticipée des preuves. Ces vices ne peuvent pas être guéris devant le Tribunal fédéral. Les recours sont par conséquent admis pour ce motif, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission des recours en matière de droit public et à l'annulation des arrêts attaqués. Les causes sont renvoyées au Tribunal cantonal pour nouvelles décisions au sens des considérants. Il n'est pas perçu de frais pour la procédure devant le Tribunal fédéral (<ref-law>). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, la recourante a droit à des dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_778/2012 et 2C_779/2012 sont jointes.
2. Les recours en matière de droit public sont admis dans la mesure où ils sont recevables. Les arrêts rendus le 14 juin 2012 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud sont annulés et les causes renvoyées au Tribunal cantonal pour nouvelles décisions au sens des considérants.
3. Les recours constitutionnels subsidiaires sont irrecevables.
4. Il n'est pas perçu de frais de justice.
5. Une indemnité de dépens, arrêtée à 3'000 fr., est allouée à la recourante à la charge du canton de Vaud.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service de l'emploi et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 19 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey