Faits:
A. En 2001, l'établissement "X._" (ci-après: X._) est entré en contact avec Y._, qui détenait le capital-actions de A._ SA.
Au terme de négociations, les parties ont signé, le 17 avril 2002, un contrat dont l'objet était l'achat du capital-actions après transfert préalable des activités hors V._ de A._ SA. Le prix convenu a été arrêté à 7'083'000 fr., payable à raison de 740'000 fr. à la signature du contrat à titre d'acompte et consigné sur un compte de séquestre, de 2'667'000 fr. à la date du closing, de 3'076'000 fr. correspondant au total des passifs et d'un montant variable de 600'000 fr. au maximum en fonction du chiffre d'affaires 2002.
L'art. 5 al. 3 let. f du contrat disposait que le vendeur garantissait que "la société n'a pas d'autres passifs que ceux figurant sur le bilan de l'annexe 1 ou en pied du même bilan, ni d'autres engagements conditionnels (tels que ceux pouvant figurer à l'annexe de l'<ref-law>, ou ceux qui ont été conclu en 2001 et n'ont pas encore été enregistrés dans ses comptes 2001); cependant, les éventuels passifs qui n'apparaîtraient que postérieurement au 31 mai 2002 seront pris en charge par l'acheteur, même s'ils se rapportent à l'exercice 2001, pour autant que le vendeur n'en ai pas intentionnellement caché l'existence à l'acheteur". En outre, à teneur de l'art. 5 al. 3 let. g, Y._ s'est engagé à ce que la situation financière de la société entre le 31 décembre 2001 et la date du closing ne soit pas sensiblement modifiée par des variations autres que celles dues à l'exploitation courante ou à des événements échappant à son contrôle. Y._ a également garanti que A._ SA était seule propriétaire des équipements et autres actifs d'exploitation nécessaires à ses activités selon liste en annexe (annexe 13), qui mentionnait toutefois expressément que deux groupes de trois multiplexeurs dûment référencés étaient des appareils en prêt. Par ailleurs, il résultait de l'art. qu'entre la signature du contrat et la date du closing, aucun engagement financier ne devait être pris pour un montant supérieur à 5'000 fr. sans l'accord écrit de X._. Aux termes de l'art. 8, Y._ a confirmé qu'il indemniserait X._ de tout dommage que celui-ci pourrait subir, directement ou indirectement au travers de A._ SA, résultant d'une inexécution contractuelle ou de l'inexactitude de l'une ou l'autre des garanties qu'il avait fournies, ce à concurrence du montant de 740'000 fr. au plus, correspondant au montant consigné, X._ disposant de douze mois à compter de la date du closing pour faire appel à cette garantie.
Le closing de l'opération a eu lieu le 24 mai 2002, avec effet rétroactif au 1er janvier 2002, X._ reprenant donc A._ SA avec une valeur pour les actifs et passifs à cette dernière date.
Le 24 janvier 2002, Y._ avait commandé deux multiplexeurs ... auprès de la société B._, pour remplacer six équipement que celle-ci lui prêtait alors et qu'elle aurait dû louer à l'avenir. Courant mars 2002, Y._ avait fait mention de cette commande à C._, directeur du service V._ de X._, qui lui aurait alors dit sinon de l'annuler, du moins de la mettre en attente, ce que celui-là a contesté. Les appareils ... avaient été livrés et installés entre le 26 avril et le 21 mai 2002. A._ SA, sous sa nouvelle raison sociale A.V._ SA, a payé la facture de B._ du 21 mai 2002 relative aux multiplexeurs en deux fois, les 4 décembre 2002 et 30 janvier 2003, pour un montant qui s'est finalement élevé à 391'964 francs.
Le 5 mai 2004, X._ a fait notifier à Y._ un commandement de payer portant notamment sur la somme de 391'964 fr. avec intérêt à 5 % dès le 31 janvier 2003, auquel le poursuivi a fait opposition.
Malgré des avances concédées par X._ sous forme de prêt d'actionnaire postposé au 31 janvier 2002 pour éviter que la société ne tombe sous le coup de l'<ref-law>, A._ SA a été dissoute par décision de l'assemblée générale du 17 juin 2004.
B. Le 7 octobre 2004, X._ a assigné Y._ en paiement notamment de la somme de 391'964 fr. avec intérêt à 5 % dès le 31 janvier 2003.
Par jugement du 24 mai 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné Y._ à payer à X._ la somme de 391'964 fr. avec intérêt à 5 % dès le 31 janvier 2003. En bref, il a considéré que le prix d'acquisition des appareils ... constituait un dommage pour X._, quand bien même la valeur de A._ SA n'en serait pas affectée, car il avait dû débourser cette somme en plus du prix d'acquisition des actions alors qu'il fallait admettre, au vu des critères ayant présidé à la fixation du prix de vente, que l'acheteur aurait déduit de ce prix, comme il l'avait fait pour les dettes de leasing, le montant de cet investissement; X._ était conscient de la nécessité de consentir à terme des investissements importants, mais il pensait pouvoir les échelonner dans le temps et surtout les faire supporter par A._ SA et non lui-même.
Statuant sur appel de Y._ et appel incident de X._ par arrêt du 14 mars 2008, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement du 24 mai 2007 et, statuant à nouveau, en particulier annulé la condamnation de Y._ à payer à X._ la somme de 391'964 fr. avec intérêt à 5 % dès le 31 janvier 2003. En substance, elle a considéré que la valeur intrinsèque de l'entreprise acquise par le biais de la maîtrise des actions, qui étaient l'objet de la vente, n'avait pas été diminuée par la transaction relative aux appareils ..., et l'acquéreur n'avait donc subi aucun dommage de ce seul fait; X._ avait certes été amené à débourser directement, ou indirectement par l'intermédiaire de A._ SA à laquelle il disait avoir avancé les fonds, un montant supérieur au prix convenu, puisqu'il avait fallu régler la facture des appareils ...; il n'avait toutefois allégué aucune circonstance faisant apparaître que l'investissement dans les appareils ... lui aurait causé un dommage, se limitant à plaider que s'il avait su qu'il fallait investir pour maintenir le réseau en exploitation, il aurait conclu le contrat à un prix réduit du montant de la dépense contestée; le remplacement ultérieur du matériel d'exploitation ne pouvait pas servir d'argument à X._ pour baisser le prix, puisque cette situation, qui lui était connue, ne l'avait pas incité à le faire précédemment; il n'était nullement certain et il n'avait pas été démontré que X._ ait pu négocier avec Y._ un prix réduit de 390'000 fr.; le remplacement immédiat des équipements en prêt s'imposait puisque le prêteur B._ en avait demandé la restitution, à moins de conclure un bail au loyer mensuel de 15'000 fr.; en établissant que X._ aurait lui-même fait l'acquisition des appareils ... s'il ne l'avait pas déjà fait lui-même ou que, informé de la commande desdits appareils, X._ l'aurait ratifiée, Y._ avait démontré que la violation contractuelle qui lui était reprochée était demeurée sans conséquence sur le dommage; en effet, les équipements en prêt devaient être remplacés impérativement et l'achat des appareils ... représentait la meilleure solution sur les plans technique et financier; en outre, X._ avait effectivement été informé début 2002 de la commande, dont elle avait eu la confirmation écrite la veille de la signature du contrat, et n'avait pas protesté contre cette acquisition, ce qu'elle aurait encore pu faire jusqu'à la date du closing, un mois plus tard; son attitude pouvait ainsi être assimilée à une ratification de la commande.
C. X._ (le recourant) interjette un recours en matière civile, subsidiairement un recours constitutionnel subsidiaire, au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à la réforme de l'arrêt du 14 mars 2008 en ce sens que Y._ est condamné à lui payer notamment la somme de 391'964 fr. avec intérêt à 5 % dès le 31 janvier 2003, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué est au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, avec suite de frais et dépens. Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. Interjeté par le recourant qui a succombé dans ses conclusions condamnatoires (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai, compte tenu des féries (art. 45 al. 1, 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF), et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
La voie du recours en matière civile étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (<ref-law>), étant précisé que le droit fédéral dont la violation peut être invoquée dans le cadre d'un recours en matière civile (<ref-law>) comprend le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.3). Cela étant, le grief d'application arbitraire du droit fédéral, recevable dans un recours constitutionnel subsidiaire où seuls les griefs d'ordre constitutionnel sont recevables (<ref-law>), ne l'est par contre pas dans un recours en matière civile. Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral examine librement l'application du droit fédéral et cette cognition ne peut pas être restreinte en limitant le contrôle de l'application des lois fédérales à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 383). Par conséquent, il n'y a pas lieu d'examiner l'argumentation subsidiaire fondée sur l'arbitraire que le recourant développe en complément de ses griefs de violation du droit fédéral.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), que le recours ne peut critiquer que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Dans la mesure où l'argumentation du recourant repose sur des faits qui divergent de ceux constatés dans la décision attaquée, elle n'est donc pas recevable.
Le Tribunal fédéral n'est lié ni par les moyens invoqués par les parties ni par l'argumentation juridique retenue par la juridiction cantonale; il peut dès lors admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par la partie recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104).
2. Le recourant reproche aux juges cantonaux d'avoir méconnu la notion juridique de dommage à plusieurs égards, étant précisé que le principe même de la violation par l'intimé de ses obligations contractuelles n'est plus contesté devant le Tribunal de céans. Premièrement, la cour cantonale n'aurait pas comparé la situation réelle avec la situation hypothétique dans laquelle il se serait trouvé si l'événement dommageable ne s'était pas produit, à savoir si l'intimé n'avait pas procédé à l'achat des appareils ...; ce faisant, elle aurait procédé à une confusion entre le dommage propre qu'il avait subi en sa qualité d'acheteur des actions de A._ SA et le dommage indirect découlant du fait que l'objet ultime de son achat, A._ SA, avait subi une diminution de valeur; enfin, elle aurait considéré à tort que le simple fait de devoir débourser 400'000 fr. en plus du prix d'achat convenu n'était pas à lui seul constitutif d'un dommage.
2.1 Selon la jurisprudence, le dommage réside dans la diminution involontaire de la fortune nette; il correspond à la différence entre le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant que ce même patrimoine aurait si l'événement dommageable ne s'était pas produit. Il peut se présenter sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 471). Dire s'il y a eu dommage et quelle en est la quotité est une question de fait, qui lie en principe le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 et 2 LTF); en revanche, celui-ci, qui applique le droit d'office (<ref-law>), peut examiner si la notion juridique de dommage a été méconnue (cf. <ref-ruling> consid. 6.2 p. 576).
Il résulte de l'<ref-law>, dont l'<ref-law> - applicable en matière de responsabilité contractuelle par le renvoi de l'<ref-law> - n'est qu'une reprise, que le lésé doit prouver le dommage. Il lui appartient d'établir non seulement l'existence mais encore le montant du préjudice (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 222).
2.2 En l'occurrence, il ressort des faits retenus par les précédents juges que le remplacement immédiat des équipements en prêt s'imposait puisque B._ en avait demandé la restitution, à moins de conclure un bail au loyer mensuel de 15'000 fr. Dans ce contexte, A._ SA a décidé d'acheter de nouveaux appareils ..., décision économiquement raisonnable selon une constatation de la cour cantonale dont le recourant ne prétend pas qu'elle serait arbitraire. Il apparaît ainsi que, suite à cet achat fait à des conditions correctes, les dettes de A._ SA ont augmenté mais, dans une même mesure, également ses actifs. Ledit achat n'a donc pas diminué la valeur globale de A._ SA ni, par conséquent, celle du paquet d'actions acquises par le recourant, ce dont il résulte que celui-ci n'a pas subi de dommage du fait de l'achat des appareils .... Le recourant l'admet d'ailleurs explicitement dans son recours, lorsqu'il expose qu'il n'a jamais prétendu avoir subi un préjudice indirect découlant du fait que l'objet ultime de son achat, la société, avait subi une diminution de valeur.
Par la suite, le recourant a certes payé ou financé le paiement de la facture pour les appareils ..., en sus du prix des actions, étant précisé que le détail des opérations n'est pas clair, ce qui importe toutefois peu. En effet, soit le recourant a accordé un crédit à A._ SA qui a ensuite réglé la facture, auquel cas la dette de A._ SA envers B._ s'est éteinte, la société ayant toutefois en contrepartie une nouvelle dette équivalente en remboursement de prêt envers le recourant; dans cette hypothèse, la situation patrimoniale de A._ SA n'a pas changé, ni celle du recourant qui a déboursé l'argent, mais acquis une créance correspondante. Soit le recourant a lui-même directement payé la facture, auquel cas il a soit été subrogé au vendeur et a donc acquis une créance envers A._ SA, soit il n'y a pas eu de subrogation et la dette de A._ SA s'est éteinte; mais dans ce dernier cas, l'extinction de la dette sans avoir à verser de contrepartie a augmenté d'autant la valeur de A._ SA et donc celle des actions en main du recourant, actionnaire unique. Ainsi, dans toutes les hypothèses, le recourant n'a en fin de compte subi aucun dommage ensuite du paiement des appareils ....
En définitive, l'on ne voit donc pas que la cour cantonale ait méconnu la notion juridique de dommage.
3. Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir commis arbitraire en rejetant l'argumentation selon laquelle s'il avait été informé avant la conclusion du contrat de ventes d'actions qu'il aurait dû payer une facture de l'ordre de 400'000 fr. pour du matériel nouveau, il aurait déduit ce passif du prix d'achat, sans tenir compte de l'actif correspondant.
Dans son écriture, le recourant explique qu'il avait acheté A._ SA essentiellement pour acquérir son portefeuille de clients et que vu ce but, il n'entendait pas que la société achète de nouveaux appareils. S'il en était ainsi, l'achat des machines allait certes à l'encontre de la stratégie que le recourant envisageait de poursuivre avec sa filiale. Cela ne diminuait toutefois pas la valeur objective des actions achetées et n'était donc pas constitutif d'un dommage, quand bien même cela n'augmentait pas le portefeuille de clients qui importait principalement au recourant. L'ignorance de l'achat aurait éventuellement pu être constitutive d'un vice du consentement. Mais comme le recourant l'admet lui-même dans son recours, il a été informé de la commande des machines avant la conclusion du contrat de vente des actions de A._ SA, étant précisé que la cour cantonale a en outre constaté que le recourant savait qu'il lui serait nécessaire de renouveler les équipements et que le remplacement ultérieur du matériel d'exploitation ne pouvait donc lui servir d'argument pour baisser le prix, puisque cette situation, qui lui était connue, ne l'avait pas incité à le faire précédemment. ll pourrait également y avoir eu vice du consentement si l'intimé avait, avant la vente des actions, pris l'engagement, sans le tenir par la suite, d'annuler l'achat des machines. La question peut toutefois demeurer indécise, dès lors qu'un tel vice n'a pas été invoqué dans le délai légal (cf. <ref-law>).
4. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé le droit fédéral en retenant qu'il n'était nullement certain qu'il ait pu négocier avec l'intimé un prix réduit du coût des appareils .... S'il est possible que le recourant aurait essayé de négocier un prix d'achat des actions plus bas s'il avait su qu'il devrait verser de l'argent pour le paiement des machines, dès lors qu'il était essentiellement intéressé par le portefeuille de clients, rien ne permet de retenir que l'intimé aurait accepté. A cet égard, l'on ne voit quoi qu'en dise le recourant pas que la cour cantonale, qui a considéré que l'hypothèse en question était "certes envisageable mais elle n'était pas certaine et n'a pas été démontrée", aurait violé l'<ref-law> et les principes y relatifs, dès lors que, comme précédemment exposé, la preuve du dommage incombe à celui qui s'en prévaut (cf. consid. 2.1).
5. Le recourant reproche enfin à la cour cantonale d'avoir violé le droit fédéral en faisant référence au principe du consentement hypothétique, voire du comportement de substitution licite, ainsi qu'au procédé consistant à imputer les avantages qu'il aurait prétendument recueillis. Les considérations y relatives ayant été développées à titre subsidiaire, pour le cas où l'existence d'un dommage aurait été retenue, ce qui n'est en définitive pas le cas, il n'y a pas lieu d'entrer en matière.
6. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
7. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al.1 et art. 68 al.1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière civile est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Une indemnité de 8'000 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 septembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz