Art. 4 aBV (Staats- und Gemeindesteuern 1990), hat sich ergeben:
Das Kantonale Steueramt Zürich nahm am 2. Oktober 1992 die Steuereinschätzung des Detailhandelsunternehmens X._ AG für die Steuerjahre 1989 bis 1991 vor. Gestützt auf die Resultate einer Bücherrevision der Geschäftsjahre 1988 bis 1990 rechnete es dabei sowohl auf den Reingewinn gemäss Erfolgsrechnung als auch auf das bilanzierte Eigenkapital verschiedene Beträge auf (vgl. § 45 Abs. 1 des Zürcher Gesetzes vom 8. Juli 1951 über die direkten Steuern [aStG/ZH; in Kraft bis Ende 1998]).
Eine gegen den Einschätzungsentscheid für das Steuerjahr 1991 gerichtete Einsprache der X._ AG hiess die Steuerkommission Zürich teilweise gut und setzte den im Kanton Zürich steuerbaren Ertrag auf Fr. _. -- fest. Die Einsprachen betreffend die Steuerjahre 1989 und 1990, für welche der in Zürich steuerbare Ertrag auf Fr. _. -- bzw. Fr. _. -- bestimmt worden war, wies sie ab (Entscheid vom 1. Februar 1994). Hiergegen beschwerte sich die X._ AG bei der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich, wobei einzig noch die geschäftsmässige Begründetheit des Aufwands für verschiedene Volksbegehren streitig war, welche die X._ AG unterstützt hatte (Rekurs vom 31. März 1994). Die Rekurskommission anerkannte, dass die entsprechenden Auslagen dem Grundsatz nach abziehbar seien; sie erwog jedoch, einen grossen Teil des geltend gemachten Aufwands habe die Steuerpflichtige nicht hinreichend belegen können. Sie hiess den Rekurs am 26. September 1996 teilweise gut und bestimmte die steuerbaren Erträge neu auf Fr. _. -- (1989), Fr. _. -- (1990) und Fr. _. -- (1991). Den Entscheid der Steuerrekurskommission fochten sowohl die X._ AG (bezüglich der Steuerjahre 1990 und 1991) als auch das Kantonale Steueramt Zürich (bezüglich der Steuerjahre 1989 und 1990) beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Dieses wies die Beschwerde der X._ AG ab, weil es der Steuerpflichtigen nicht gelungen sei, Belege für den zusätzlich geltend gemachten Aufwand (Fr. _. --) beizubringen bzw. einen Bezug zwischen den belegten Ausgaben und den politischen Aktionen nachzuweisen (Fr. _. --). Die Beschwerde des Kantons Zürich hiess das Verwaltungsgericht insofern (teilweise) gut, als es "die Sache zur ergänzenden Untersuchung und zum Neuentscheid bezüglich der Steuerjahre 1989/90" an die Rekurskommission zurückwies. Für die Beurteilung der geschäftsmässigen Begründetheit der umstrittenen Ausgaben erachtete es als entscheidend, ob "das Kriterium der Werbewirksamkeit des Auftritts für die [steuer-]pflichtige Unternehmung" erfüllt sei. Deshalb verpflichtete es die Vorinstanz, zusätzlich abzuklären, ob den Ausgaben, welche als Aufwand anerkannt worden waren, tatsächlich "Werbecharakter" zukomme. Dies betraf Aufwendungen in der Höhe von Fr. _. -- für die kantonale Volksinitiative "Wertpapiersparer" (ZH), Druck- und Portokosten für die Unterstützung der eidgenössischen "Kleinbauerninitiative" (Fr. _. --) und Fr. _. -- für das Referendum gegen den Rebbaubeschluss (Entscheid vom 27. August 1997; vgl. unten E. 2).
Hiergegen hat die X._ AG am 2. Oktober 1997 staatsrechtliche Beschwerde (Verfahren 2P.333/1997) beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, den Verwaltungsgerichtsentscheid vom 27. August 1997 aufzuheben und die Sache zur neuen Veranlagung der Steuerjahre 1989 und 1990 sowie zur Neuregelung der Kostenfolgen an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Zur Begründung macht sie in verschiedener Hinsicht Verletzungen von Art. 4 aBV geltend.
Am 29. September 1998 fällte die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich aufgrund der Rückweisung einen neuen Entscheid, mit welchem sie die Beschwerde der X._ AG (erneut) teilweise guthiess und die steuerbaren Erträge auf Fr. _. -- (1989) bzw. Fr. _. -- (1990) festsetzte. Gestützt hierauf erliess das Steueramt der Stadt Zürich am 15. Januar 1999 neue Steuerrechnungen für die Steuerjahre 1989 und 1990. Hiergegen beschwerte sich die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
Zugleich hat sie am 11. Februar 1999 staatsrechtliche Beschwerde (Verfahren 2P.54/1999) beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, "das angefochtene Erkenntnis" (gemeint ist der Rekursentscheid vom 29. September 1998) aufzuheben und die Sache zur neuen Veranlagung der Steuerjahre 1989, 1990 und 1991 sowie zur Neuregelung der Kostenfolgen an die Rekurskommission zurückzuweisen.
Am 1. September 1999 entschied das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich im zweiten Rechtsgang über die Steuereinschätzung der X._ AG. Es hiess die Beschwerde insofern (teilweise) gut, als es den für das Jahr 1989 im Kanton Zürich steuerbaren Ertrag auf Fr. _. -- festsetzte; im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
Auch diesen Entscheid hat die X._ AG mit staatsrechtlicher Beschwerde (Verfahren 2P.304/1999) beim Bundesgericht angefochten.
Das Bundesgericht weist die staatsrechtliche Beschwerde ab, soweit es auf sie eintritt und soweit sie nicht durch Rückzug erledigt sind.

Aus den Erwägungen:
2.- Gemäss § 45 Abs. 1 lit. b aStG/ZH zählen zum steuerbaren Ertrag einer juristischen Person - neben dem Saldo der Gewinn- und Verlustrechnung (lit. a) - auch die dieser belasteten, geschäftsmässig nicht begründeten Aufwendungen, wie freiwillige Zuwendungen an Dritte, offene und verdeckte Gewinnausschüttungen, Einzahlungen auf das Gesellschaftskapital aus Mitteln der Gesellschaft, Einlagen in Reserven und geschäftsmässig nicht begründete Abschreibungen. Die Beschwerdeführerin hat in den Geschäftsjahren 1988 bis 1990 zur Unterstützung von verschiedenen Volksbegehren (kantonale Volksinitiative "Wertpapiersparer" [ZH], Referendum gegen den Rebbaubeschluss und eidgenössische "Kleinbauerninitiative") grössere Mittel aufgewendet. Im Zuge des Rechtsstreits um die Steuereinschätzung der Beschwerdeführerin hat das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich Grundsätze für die Abzugsfähigkeit solcher Ausgaben formuliert:
a) Geschäftsmässig begründet im Sinne von § 45 Abs. 1 lit. b aStG/ZH - und mithin vom steuerbaren Ertrag abziehbar - seien Aufwendungen, wenn sie "im Interesse des Unternehmungsziels" getätigt würden. Dies treffe insbesondere auf Auslagen für Werbung zu, welche die Marktposition bestimmter Produkte oder des ganzen Unternehmens zu stärken trachte. In diesem Sinne dienten auch Sponsorbeiträge für kulturelle, soziale oder sportliche Veranstaltungen der Pflege des öffentlichen Ansehens, vorausgesetzt sie würden nicht als "freiwillige Leistungen" gemacht (d.h. ohne es öffentlich kundzugeben). Deshalb seien Sponsorbeiträge - innerhalb eines betriebswirtschaftlich vertretbaren Rahmens - als geschäftsmässig begründet anzuerkennen, wenn das Unternehmen damit einen Werbezweck verfolge.
Die dargestellten Grundsätze hat das Verwaltungsgericht auf den Bereich des Sponsoring von "politischen Aktionen" übertragen: Als (ohne weiteres) von der Steuer absetzbar bezeichnete es Sponsorbeiträge, welche der "Abwehr eines unmittelbar gegen das Unternehmen gerichteten Angriffs" dienten. Zu differenzieren sei indessen bezüglich Aktionen, welche nicht nur eine "Verteidigung" der geschäftlichen Lage des Unternehmens, sondern - darüber hinausgehend - eine Verbesserung der Wettbewerbsposition anstrebten. Für solche Fälle betrachtete das Verwaltungsgericht als entscheidend, ob die Sponsorbeiträge für das steuerpflichtige Unternehmen eine Werbewirkung zu entfalten vermögen. Steuerabzüge lässt es deshalb nur zu, wenn die Unternehmung - zur Unterstützung der "politischen Aktion" - auf die gleiche Art und Weise öffentlich auftritt, wie sie dies im allgemeinen in der Werbung zu tun pflegt. Das bekannte "werbemässige Erscheinungsbild" müsse unmittelbar mit dem politischen Anliegen in Verbindung gebracht werde (vgl. zum Ganzen: Wolfgang Maute, Sponsorbeiträge aus steuerlicher Sicht, in: Schweizer Treuhänder 62/1988 S. 281 ff.).
b) Die Beschwerdeführerin macht geltend, die kantonalen Behörden hätten § 45 Abs. 1 lit. b aStG/ZH willkürlich angewendet. Gegen das Willkürverbot von Art. 4 aBV (vgl. auch Art. 9 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 [BV]) verstösst ein Entscheid dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Ein Entscheid ist nicht schon dann willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 5, mit Hinweisen).
Was die Beschwerdeführerin gegen die Praxis des Verwaltungsgerichts im Allgemeinen vorbringt, ist nicht stichhaltig; es kann keine Rede davon sein, dass das "Kriterium der Werbewirksamkeit", wie es von den kantonalen Gerichtsbehörden angewandt wird, das Willkürverbot verletzt. Deshalb kann offen bleiben, ob die Beschwerden insoweit den Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG zu genügen vermögen (vgl. E. 1e/aa): Wenn ein Unternehmen politische Anliegen fördern will, die ausserhalb einer blossen Abwehr von "Angriffen" auf seine unmittelbaren Geschäftsinteressen liegen, darf von ihm grundsätzlich verlangt werden, dass es sich dafür öffentlich engagiert. Es verstösst nicht gegen Art. 4 aBV, einen Steuerabzug für Sponsorbeiträge, welche (erst) mittel- oder längerfristig zu einer Verbesserung der Wettbewerbsposition führen können, nur dann zuzulassen, wenn das sponsernde Unternehmen werbewirksam auftritt. Diese Voraussetzung erlaubt, auf taugliche Art und Weise über die steuerliche Behandlung entsprechender Ausgaben zu entscheiden; sie bietet Gewähr, dass einzig Aufwendungen absetzbar sind, die tatsächlich im Interesse der steuerpflichtigen Unternehmung erfolgen und nicht (bloss) den persönlichen politischen Anliegen des dahinter stehenden Inhabers - bzw. des Haupt- oder Alleinaktionärs - als Privatperson dienen. Ansonsten könnten Unternehmer steuerfreie Privatentnahmen für politische Zwecke tätigen; dies würde unter anderem auch dem Rechtsgleichheitsgebot (Art. 4 aBV; vgl. auch <ref-law>) widersprechen, da andere Personen den Aufwand, welcher ihnen für die Unterstützung politischer Anliegen erwächst, nicht vom steuerbaren Einkommen abziehen können.
3.- a) In den angefochtenen Entscheiden haben Steuerrekurskommission und Verwaltungsgericht Aufwendungen von Fr. _. --, welche die Beschwerdeführerin zur Unterstützung des Referendums gegen den Rebbaubeschluss getätigt hat, nicht als geschäftsmässig begründet anerkannt: Die Beschwerdeführerin habe es zu vermeiden gesucht, von ihren Kunden unmittelbar mit dem Referendum in Verbindung gebracht zu werden, und ihr Engagement auf Massnahmen im Hintergrund beschränkt. Ihrem Verhalten komme kein Werbecharakter zu, weshalb die fraglichen Ausgaben nicht zum Abzug zuzulassen seien. Soweit in diesem Zusammenhang die vom Verwaltungsgericht formulierten allgemeinen Grundsätze als verfassungswidrig beanstandet werden, kann auf das Gesagte verwiesen werden (vgl. oben E. 2b).
b) Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, mit der Unterstützung des Referendums habe sie kein politisches Sponsoring betrieben, sondern direkt wirtschaftliche Ziele verfolgt. Sie habe eine Liberalisierung der Weinimporte angestrebt, weil davon eine Stärkung ihrer Wettbewerbsposition zu erwarten gewesen sei. Bei diesen Gegebenheiten hätten die Steuerrekurskommission und das Verwaltungsgericht annehmen müssen, sie habe im (unmittelbaren) Interesse ihrer Unternehmensziele gehandelt, womit - gemäss der kantonalen Praxis - die geschäftsmässige Begründetheit der streitigen Aufwendungen erstellt wäre. Es verletze das Willkürverbot, wenn überdies ein werbewirksamer öffentlicher Auftritt verlangt werde.
Zwar weist die Beschwerdeführerin zu Recht darauf hin, dass sie als Grossverteilerin ein Interesse an der Aufhebung der Einfuhrkontingente für Wein hatte, wie sie im von ihr bekämpften Bundesbeschluss vom 23. Juni 1989 über den Rebbau (BBl 1989 II 937) noch vorgesehen waren. Allerdings kannte das damals geltende Recht bereits eine Kontingentierung der Importe; bei der Einfuhrbeschränkung handelte es sich mithin nicht um einen (gesetzgeberischen) "Angriff" auf den geschäftlichen Spielraum der Beschwerdeführerin. Vielmehr hätte die angestrebte Änderung des Systems dieser die Chance geboten, ihre Wettbewerbsposition zu verbessern. Von ihr durfte demnach im Rahmen der Praxis, welche das Zürcher Verwaltungsgericht zur geschäftsmässigen Begründetheit des Aufwands für "politische Aktionen" entwickelt hat, ein Auftritt mit Werbecharakter verlangt werden. Nachdem unbestritten ist, dass sich die Beschwerdeführerin nicht öffentlich hinter die Referendumsbestrebungen gestellt hat, konnten die kantonalen Instanzen ohne Willkür jene Mittel, welche die Beschwerdeführerin für die Unterstützung des Referendums gegen den Rebbaubeschluss aufgewendet hat, als nicht geschäftsmässig begründeten Aufwand betrachten.
c) Zwischen den Unternehmenszielen der Beschwerdeführerin und dem unterstützten Referendum besteht kein direkter Zusammenhang, zumal eine Ablehnung des Rebbaubeschlusses durch das Stimmvolk die Einfuhrkontingente nicht beseitigen konnte und auch keine Gewissheit bestand, dass eine andere Regelung als die bekämpfte für die Beschwerdeführerin günstiger sein würde. Es kann deshalb dahingestellt bleiben, wie zu entscheiden wäre, wenn die "politische Aktion" einem unmittelbaren unternehmerischen Vorteil der Beschwerdeführerin gedient hätte.
Lausanne, 1. Mai 2000