Fatti:
A. Il 18 dicembre 2007 la A._Sagl, società attiva tra l'altro nel campo della gestione di prodotti pubblicitari, ha presentato al Municipio di Sant'Antonino una domanda di costruzione a posteriori per lo stazionamento di due rimorchi pubblicitari mobili sui fondi part. n. 230 e 232 di Sant'Antonino, situati fuori della zona edificabile. Gli impianti, esposti a lato della strada cantonale che conduce a Cadenazzo, sono costituiti da un telaio in metallo di circa 3 per 4 metri, su cui sono fissati i teli con i messaggi pubblicitari, installato su un carrello mobile munito di targhe d'immatricolazione.
I Servizi generali del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino si sono opposti alla domanda, ritenendo non adempiute le condizioni per il rilascio di un'autorizzazione eccezionale. Preso atto di tale preavviso negativo, con risoluzione del 19 febbraio 2008 il Municipio di Sant'Antonino ha negato il rilascio della licenza edilizia in sanatoria. Questa decisione è stata confermata il 9 luglio 2008 dal Consiglio di Stato su ricorso dell'istante.
B. Con sentenza del 7 gennaio 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso presentato dall'istante contro la risoluzione governativa. La Corte cantonale ha in particolare negato che gli impianti in questione potessero beneficiare di un'autorizzazione eccezionale, non essendo adempiuto il requisito dell'ubicazione vincolata.
C. La A._Sagl impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rilasciarle l'autorizzazione richiesta. In via subordinata postula il rinvio degli atti al Consiglio di Stato per una nuova decisione nel senso dei considerandi. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 2, 5, 8, 9, 27, 29 e 96 Cost..
D. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di Sant'Antonino richiama il preavviso negativo vincolante espresso dall'autorità cantonale.
Con decreto presidenziale del 27 marzo 2009 è stato conferito l'effetto sospensivo al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha sostanzialmente negato il rilascio di un'autorizzazione eccezionale giusta l'art. 24 LPT, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF, nonché in virtù dell'art. 34 cpv. 1 LPT. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF), semplicemente accennato nel titolo del gravame, è di conseguenza inammissibile.
1.2 La ricorrente ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (<ref-law>). Quale istante nella procedura edilizia è direttamente toccata dalla decisione impugnata, che le nega la possibilità di installare gli impianti pubblicitari in oggetto ed ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF). La sua legittimazione a ricorrere è pertanto data.
1.3 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Inoltre, quando, come in concreto, è invocata la violazione di diritti costituzionali del cittadino, a norma dell'<ref-law> il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi precedentemente in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4.2, 133 III 393 consid. 6).
Nella misura in cui la ricorrente si limita ad elencare una serie di norme e principi costituzionali, sollevando dubbi sulla decisione impugnata, senza però spiegare in che consiste la violazione, il gravame non adempie le citate esigenze di motivazione ed è quindi inammissibile. Gli art. 2 e 96 Cost. accennati dalla ricorrente non rientrano peraltro nel capitolo dei diritti fondamentali (art. 7 segg. Cost.) e stabiliscono essenzialmente degli scopi che l'ente pubblico è tenuto a perseguire: la ricorrente non può quindi di massima prevalersene come se le garantissero dei diritti costituzionali (cfr. sentenza 2P.134/2003 del 6 settembre 2004, consid. 5.2, in: RDAF 2005 I pag. 182 segg.).
2. 2.1 La ricorrente sostiene che le installazioni pubblicitarie non sarebbero assimilabili a una costruzione e non necessiterebbero quindi di una licenza edilizia, trattandosi semplicemente di rimorchi mobili, di dimensioni contenute, dislocabili in qualsiasi momento.
2.2 Questa opinione non può essere seguita. Edifici o impianti ai sensi dell'art. 22 cpv. 1 LPT (e quindi dell'art. 24 LPT) sono quelle installazioni artificiali, durature, legate al suolo in modo relativamente saldo e atte ad influire sulle concezioni inerenti all'ordinamento delle utilizzazioni, sia che modifichino considerevolmente l'aspetto esterno dei fondi, sia che gravino le opere di urbanizzazione, sia che risultino pregiudizievoli per l'ambiente. La giurisprudenza al riguardo ha avuto modo di precisare che nella nozione di edificio o impianto rientrano anche le costruzioni mobiliari utilizzate stabilmente per un periodo di tempo non irrilevante (<ref-ruling> consid. 3; sentenza 1A.196/2003 del 10 febbraio 2004 consid. 3.1, in: RtiD II-2004 pag. 70 segg. e rispettivi riferimenti). La circostanza secondo cui i rimorchi possono essere rimossi facilmente non è quindi di per sé decisiva. Le installazioni pubblicitarie litigiose, di dimensioni significative, sono infatti collocate in loco per un periodo durevole e incidono sull'aspetto e sull'utilizzazione dei fondi interessati, situati fuori della zona edificabile. Costituiscono quindi impianti ai sensi della LPT, sicché la Corte cantonale li ha a ragione assoggettati al rilascio della licenza edilizia. L'obbligo di autorizzazione previsto dal diritto federale costituisce un'esigenza minima che non lascia spazio a esigenze meno restrittive da parte del diritto cantonale, la cui portata non deve pertanto essere esaminata in questa sede (cfr. sentenza 1A.202/2003 del 17 febbraio 2004 consid. 3.1, in: ZBl 107/2006 pag. 323 segg.).
3. 3.1 Poiché i fondi oggetto della domanda di costruzione sono situati fuori della zona edificabile, l'autorizzazione a costruire può essere rilasciata soltanto se sono adempiute le condizioni, cumulative (<ref-ruling> consid. 4), poste dall'art. 24 LPT, vale a dire se la destinazione dell'impianto esige un'ubicazione fuori della zona edificabile (lett. a) e se non vi si oppongono interessi preponderanti (lett. b). Criticando la decisione impugnata, la ricorrente ritiene in sostanza adempiuto il primo requisito, adducendo che l'ubicazione degli impianti sarebbe strettamente legata alla loro funzione pubblicitaria, la quale imporrebbe una collocazione chiaramente visibile. Rileva che le sentenze richiamate dalla precedente istanza non riguardano specificatamente degli impianti pubblicitari e sostiene che la decisione impugnata vieterebbe in sostanza la realizzazione di ogni impianto pubblicitario fuori delle zone edificabili, vanificando di fatto la portata della legge ticinese sugli impianti pubblicitari, del 26 febbraio 2007, che prevede esplicitamente una simile possibilità.
3.2 La nozione di ubicazione vincolata secondo l'art. 24 lett. a LPT ha carattere oggettivo e alla realizzazione di tale presupposto la giurisprudenza pone esigenze severe. Occorre infatti che sia necessario costruire l'edificio o l'impianto fuori della zona a cui normalmente apparterrebbe per motivi tecnici o inerenti al suo esercizio o per la natura del terreno; il vincolo può anche essere negativo, imposto cioè dall'esclusione di ogni altra ubicazione, ma motivi puramente finanziari, personali o di comodità non sono sufficienti (<ref-ruling> consid. 3.1, 124 II 252 consid. 4a).
3.3 La Corte cantonale ha rilevato che gli impianti litigiosi servono a pubblicizzare imprese commerciali o prodotti siti altrove, che non hanno alcuna relazione con il luogo in cui sono ubicati. Questi accertamenti sono conformi agli atti e d'altra parte la ricorrente non li censura d'arbitrio. Limitandosi a richiamare la sua attività nel settore pubblicitario, che imporrebbe per simili impianti un'ubicazione tale da permetterne la visibilità, essa disattende che non si tratta al riguardo di motivi tecnici legati alla natura specifica di quei terreni ubicati fuori della zona edificabile, ma di ragioni essenzialmente commerciali ed economiche. Simili impianti possono infatti sorgere anche altrove, in una zona riservata all'edificazione, fatto comunque salvo il rispetto delle disposizioni in materia di pubblicità stradale (cfr. 1C_205/2008 del 27 ottobre 2008 consid. 2.3 e 2.6; FEDDERSEN/BERGER/SIGRIST/PERREGAUX DU PASQUIER, L'affichage: une chance de requalification des espaces publics, in: VLP-ASPAN Territoire & Environnement 2001, pag. 18 segg., in particolare pag. 21). Non vi sono per contro necessità oggettive per cui debbano essere installate proprio sui fondi part. n. 230 e 232 di Sant'Antonino, fuori dalla zona edificabile.
Il preesistente utilizzo quale parcheggio della superficie occupata dall'impianto sulla particella n. 230 non è d'altra parte determinante per statuire sulla fattispecie, decisiva essendo l'ubicazione del fondo fuori dal comparto edificabile. La Corte cantonale non ha quindi violato il diritto di essere sentito della ricorrente rinunciando ad eseguire un sopralluogo al fine di accertare l'accennata circostanza, che risulta peraltro già dagli atti della domanda di costruzione. Né i giudici cantonali hanno citato a torto le sentenze pubblicate in <ref-ruling> e in <ref-ruling>: pur non riguardando impianti pubblicitari, tali giudizi sono pertinenti poiché espongono la nozione di ubicazione vincolata.
3.4 Contrariamente all'opinione della ricorrente, negando agli impianti in esame l'adempimento del requisito dell'ubicazione vincolata, la Corte cantonale non ha affermato che in nessun caso un impianto pubblicitario potrebbe sorgere fuori della zona edificabile. La questione è peraltro teorica e non spetta quindi al Tribunale federale statuirvi in questa sede (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2), bastando qui rilevare che, nel caso in esame, l'art. 24 lett. a LPT è stato applicato correttamente. Il presente litigio concerne d'altra parte una procedura di natura edilizia, volta all'ottenimento di un permesso di costruzione, e non verte su un'autorizzazione ai sensi della citata legge ticinese sugli impianti pubblicitari.
3.5 Poiché in concreto l'autorizzazione eccezionale non può essere rilasciata già per il mancato adempimento del requisito dell'ubicazione vincolata (art. 24 lett. a LPT), non occorre esaminare se all'installazione degli impianti litigiosi si oppongano anche interessi preponderanti (art. 24 lett. b LPT).
4. 4.1 La ricorrente richiama la libertà economica e il principio della parità di trattamento, lamentando una disuguaglianza di trattamento rispetto ad un impianto analogo, installato da un concorrente circa 200 m più a nord, su un fondo pure situato fuori della zona edificabile, a lato della medesima strada cantonale.
4.2 In concreto, il diniego dell'autorizzazione è fondato su una corretta applicazione dell'art. 24 LPT ed è ampiamente giustificato sotto il profilo della pianificazione territoriale. L'eventuale limitazione della libertà economica che ne deriva per la ricorrente è quindi di principio conforme alla Costituzione. Il fatto che un provvedimento pianificatorio abbia un'incidenza sull'attività economica non è infatti di per sé contrario all'<ref-law>, nella misura in cui le limitazioni siano, come in concreto, giustificate da necessità di una pianificazione territoriale conforme agli scopi dell'<ref-law> e che non privino di qualsiasi contenuto la libertà di commercio e di industria. (<ref-ruling> consid. 3.3, 109 Ia 264 consid. 4; sentenza 1C_323/2007 del 15 febbraio 2008 consid. 5.2, in: RtiD II-2008 pag. 235 segg.).
D'altra parte, nella misura in cui l'impianto situato nelle vicinanze fosse analogo a quelli in esame e dovesse parimenti sorgere fuori della zona edificabile, pure la sua situazione sarebbe illegale. In un simile caso, tuttavia, le condizioni poste dalla giurisprudenza per ammettere eccezionalmente una parità di trattamento nell'illegalità non sarebbero comunque realizzate (cfr. <ref-ruling> consid. 3a, 125 II 152 consid. 5 pag. 166, 123 II 248 consid. 3c, 122 II 446 consid. 4a). In effetti, premesso che una prassi costante contraria alla legge non è seriamente addotta dalla ricorrente, gli interessi pubblici a una corretta applicazione di una disposizione centrale del diritto federale quale è l'art. 24 LPT prevarrebbero su un'eventuale parità di trattamento nell'illegalità (<ref-ruling> consid. 4 e rinvii).
5. Ne segue che il ricorso in materia di diritto pubblico deve essere respinto in quanto ammissibile, mentre il ricorso sussidiario in materia costituzionale deve essere dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia di diritto pubblico è respinto.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4. Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.