Faits:
A. Par ordonnance du 1er octobre 2007, la Juge d'instruction 7 e.o. du Service régional de juges d'instruction I et le Procureur 3 du Ministère public I du Jura bernois-Seeland ont rendu une ordonnance de non-lieu dans la procédure dirigée contre Y._ et Z._.
Dans le délai de recours, X._, partie plaignante, a adressé au Service régional de juges d'instruction de Bienne, à l'attention de la Chambre d'accusation, un exemplaire de l'ordonnance de non-lieu à laquelle étaient jointes des copies de la décision d'assistance judiciaire gratuite, d'une attestation de Solidarité femmes région biennoise, du jugement de divorce du 24 septembre 1997, de son attestation d'entrée en force du 24 septembre 1997 et d'un certificat médical ainsi que deux photos.
B. Par décision du 20 novembre 2007, la Chambre d'accusation de la Cour suprême du canton de Berne a déclaré le simple envoi de pièces fait par X._ sans déclaration de sa part irrecevable s'il constituait un recours. Elle a mis les frais à la charge du canton de Berne.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cette dernière décision concluant à son annulation et au renvoi de la cause à la Chambre d'accusation. Elle demande également à être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.

Considérant en droit:
1. Rendue en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), la décision attaquée, qui met fin à la procédure (<ref-law>), peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (<ref-law>).
La recourante est représentante légale de son fils, prétendument victime d'actes d'ordre sexuel. La décision de non-lieu peut avoir des effets sur les prétentions civiles qu'elle aurait pu formuler. Sans examiner plus avant ce point, on doit de toute manière reconnaître la qualité pour recourir à la recourante qui n'invoque que la violation de droits de procédure équivalant à un déni de justice formel contre la décision d'irrecevabilité cantonale (cf. <ref-ruling> consid. 2.3).
Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), qui englobe les droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que le recourant ne démontre que ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (FF 2001 p. 4135), ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne sanctionne une violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>); les exigences de motivation de l'acte de recours correspondent à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (FF 2001 p. 4142).
2. Faisant application de l'<ref-law>/BE, qui dispose que le recours doit être déposé par écrit et motivé dans un délai de dix jours dès la notification de la décision, l'autorité cantonale a déclaré irrecevable le courrier de la recourante, qui ne contenait pas de déclaration ni de mémoire de recours et duquel elle n'a pas pu déduire de manifestation de volonté explicite de celle-ci de remettre en cause l'ordonnance de non-lieu.
La recourante prétend tout d'abord avoir joint aux pièces qu'elle a envoyées à l'autorité cantonale un recours rédigé, qu'elle produit dans la présente procédure, et prétend dès lors que la cour cantonale aurait commis un déni de justice formel en n'entrant pas en matière sur son recours. Elle prétend également qu'en ne lui offrant pas la possibilité de présenter sa version des faits, en ne requérant pas des moyens de preuve pour l'établir et en attendant plusieurs mois avant de l'informer que son courrier ne contenait aucune déclaration de recours, l'autorité cantonale serait tombée dans l'arbitraire, aurait commis un déni de justice, aurait violé son droit d'être entendue et aurait agi contrairement aux règles de la bonne foi.
Il ressort des faits constatés par la cour cantonale, sur la base desquels l'autorité de céans doit statuer à moins qu'ils n'aient été établis de manière inexacte ou en violation du droit (art. 105 al. 1 et 2 LTF), que le courrier de la recourante ne contenait que des annexes et que le mémoire du 15 octobre 2007 n'y figurait pas. La recourante ne prétend pas que les faits auraient été constatés de manière arbitraire. Elle se contente d'alléguer qu'elle a produit son recours, de demander l'audition de témoins et de présenter deux déclarations, de telle sorte que son grief ne répond pas aux exigences de motivation rappelées ci-dessus et qu'il n'y a pas lieu en principe de l'examiner.
Au demeurant, les attestations produites ne sont aucunement de nature à remettre en cause les faits constatés dans la mesure où leurs auteurs ne peuvent pas dire ce que contenait l'enveloppe envoyée par la recourante. Il en serait de même du témoignage de l'amie colombienne de la recourante, qui a par ailleurs refusé de lui fournir une attestation car ces dames se sont brouillées depuis lors. En effet, un tel témoignage ne pourrait guère faire apparaître comme insoutenables les faits constatés compte tenu des liens unissant le témoin à la recourante. Il n'en irait pas autrement d'un éventuel témoignage du greffe du juge d'instruction auquel la recourante avait adressé son courrier car on voit mal comment ce greffe se souviendrait du contenu d'une enveloppe postée en octobre dernier et comment un tel témoignage permettrait de qualifier d'arbitraires les faits constatés.
La décision de non-lieu a été notifiée le 4 octobre 2007 à la recourante, qui a déposé sa lettre à l'intention de l'autorité cantonale le 15 octobre 2007, soit le dernier jour du délai de recours de dix jours prévu par le droit cantonal (<ref-law>/BE). Elle ne contenait ni conclusions ni motivation. Ce « recours » ne répondait pas aux exigences de forme cantonales. Or, si une autorité cantonale refuse d'entrer en matière sur un tel recours en application des règles de procédure cantonale, un déni de justice n'entre plus en ligne de compte.
La recourante ayant posté sa lettre le dernier jour du délai cantonal, on ne saurait reprocher à la cour cantonale de ne pas lui avoir retourné l'acte pour le compléter dans le délai de recours, puisque cela n'était plus possible.
De même, l'autorité attaquée n'a pas davantage porté atteinte au droit d'être entendue de la recourante en ne lui permettant pas de compléter son recours. La procédure cantonale n'offre pas une telle possibilité et la recourante ne le prétend pas. Il n'est par ailleurs ni formaliste à l'excès ni contraire à la bonne foi de n'octroyer la possibilité de compléter le recours que si celui-ci contient un début de motivation. Cette condition est au demeurant conforme à la pratique du Tribunal fédéral développée en application de l'art. 90 OJ puis de l'<ref-law>. Toute autre interprétation aurait pour effet de prolonger le délai de recours légal, au gré du recourant, ce qui n'est pas admissible (voir <ref-ruling> consid. 3d p. 131).
Enfin, s'il n'est pas nécessaire du point de vue de l'art. 29 al. 2 Cst. d'accorder systématiquement au plaideur qui a déposé un recours non motivé un bref délai pour remédier à son omission, la sanction de l'irrecevabilité serait excessive si l'intéressé s'était trouvé sans sa faute dans l'impossibilité d'agir à temps, même en l'absence de norme cantonale sur ce point (<ref-ruling> consid. 5d p. 265; <ref-ruling> consid. 3c). Une telle situation n'est toutefois ni alléguée par la recourante ni établie dans le cas d'espèce.
3. La décision attaquée ne portant pas atteinte aux droits constitutionnels de la recourante, le recours ne peut qu'être rejeté. Comme il était d'emblée dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée et les frais de la procédure mis à la charge de la recourante en tenant compte de sa situation financière. Il n'est pas alloué d'indemnité à l'intimé qui n'est pas intervenu dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation de la Cour suprême du canton de Berne.
Lausanne, le 15 avril 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Paquier-Boinay