Sachverhalt:
A. K._ (geb. 1951) arbeitete bis Ende des Jahres 2000 bei der Z._ AG; dadurch war er bei der Pensionskasse Z._ vorsorgeversichert. Auf den 1. Januar 2001 trat er im Rahmen der Abspaltung einer Geschäftseinheit zur Firma Y._ AG (heute: X._ AG) und damit zu deren Pensionskasse über.
Auf den 1. Februar 2011 wurde K._ vorzeitig pensioniert. Im Hinblick darauf teilte ihm die Pensionskasse der X._ AG am 17. Januar 2011 mit, neben einer Altersrente in Höhe von Fr. 3739.- werde ab Februar 2011 bis zur Vollendung des 65. Altersjahrs eine Zusatzrente von Fr. 1000.- monatlich ausgerichtet.
B. Nachdem K._ gegenüber der Vorsorgeeinrichtung erfolglos den Standpunkt vertreten hatte, es stehe ihm eine höhere Zusatzrente zu, erhob er beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt Klage mit den Rechtsbegehren, die Vorsorgeeinrichtung sei zu verurteilen, ihm die reglementarische Zusatzrente in der Höhe von Fr. 1500.- statt Fr. 1000.- auszuzahlen. Hinsichtlich der bereits ausbezahlten Renten seien Nachzahlungen von je Fr. 500.- nebst Zins zu 5 Prozent seit jeweiliger Fälligkeit zu entrichten.
Das kantonale Gericht sprach K._ mit Wirkung ab Februar 2011 für die Dauer von fünf Jahren eine um Fr. 500.- erhöhte reglementarische Zusatzrente nebst Zins von 5 Prozent auf den nachzuzahlenden monatlichen Betreffnissen ab jeweiliger Fälligkeit zu (Entscheid vom 21. November 2011).
C. Die Pensionskasse der X._ AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
K._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft indessen - unter Beachtung der Begründungspflicht in Beschwerdeverfahren (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) - grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese letztinstanzlich nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. 2.1 Der Beschwerdegegner hat Jahrgang 1951. Das seit Januar 2010 gültige Vorsorgereglement der Pensionskasse der X._ AG (nachfolgend: Reglement 2010) sieht in seinen Übergangsbestimmungen für Mitglieder mit Jahrgang 1951 und älter, welche per 1. Januar 2001 aus der Pensionskasse Z._ übernommen worden sind, eine im normalen oder frühzeitigen Pensionsalter zahlbare Altersrente in mindestens dem Betrag vor, wie er im ab dem 1. Januar 2001 wirksamen Reglement der Pensionskasse Z._ vorgesehen gewesen wäre. Dieselbe Regelung gilt für die Leistungen im Todes- oder Invaliditätsfall sowie für die (allfällige) Überbrückungsrente (bis zum Einsetzen einer AHV-Altersrente). Im Übrigen haben die in den Geltungsbereich der Übergangsbestimmung fallenden Versicherten bei Frühpensionierung Anspruch auf eine Zusatzrente (zur Altersrente der beruflichen Vorsorge bis zum Erreichen des ordentlichen AHV-Rentenalters) gemäss dem Reglement der Z._, wobei die Höhe der vollen Zusatzrente für Mitglieder mit Jahrgang 1951 jährlich Fr. 12'000.- beträgt (Art. 51 Ziff. 1 und 2). Damit weicht das Reglement 2010 vom erwähnten Reglement der Z._ sowie von den eigenen Vorgängerreglementen 2003 und 2007 unter anderem insoweit ab, als in diesen für alle aus der Pensionskasse Z._ übergetretenen Versicherten noch eine jährliche Zusatzrente von Fr. 18'000.- stipuliert wurde. In den Reglementen der Vorsorgeeinrichtung der X._ AG 2003 (Art. 45) und 2007 (Art. 51) wurde in den Übergangsbestimmungen betreffend diejenigen Mitglieder, die per Ende 2000 der Pensionskasse Z._ angeschlossen waren, auf das damalige Reglement der Z._ verwiesen. Die Reglemente 2003 und 2007 enthielten zudem Änderungsklauseln, welche wohlerworbene Rechte und die Übergangsbestimmungen von der Abänderbarkeit ausnahmen (Art. 43 resp. Art. 49).
2.2 Das kantonale Gericht gab dem klägerischen Begehren statt. Es erwog, dem Kläger sei nach den Reglementen 2003 und 2007 eine Zusatzrente in der im Reglement der Pensionskasse Z._ von 2001 vorgesehenen Mindesthöhe von Fr. 18'000.- zugesichert gewesen. Die Aufhebung von Besitzstandspositionen ehemaliger Z._-Mitarbeiter folge der im Bericht eines Unternehmensberaters ausgesprochenen Empfehlung, die vorhandene Unterdeckung mit strukturellen Massnahmen anzugehen. Diese wirtschaftlichen Gründe rechtfertigten die Änderung in Art. 51 Ziff. 2 des Reglements 2010 indessen nicht. Die in den Übergangsbestimmungen der Reglemente 2003 und 2007 enthaltenen Zusicherungen betreffend Zusatzrenten führten zu wohlerworbenen Rechten, weil sich die Reglemente diesbezüglich selber für unabänderlich erklärt hätten. Die Beklagte verteidige die strittige Reglementsänderung unter Berufung auf die Clausula rebus sic stantibus. Doch erscheine das Beharren des Klägers auf dem vormals zugesicherten Leistungsumfang auch angesichts des aus der Unterdeckung (infolge von Kurseinbrüchen am Kapitalmarkt) sich ergebenden Sanierungsbedarfs nicht als rechtsmissbräuchlich. Das Argument der Beklagten, die Entwertung von Anlagen am Kapitalmarkt sei im erlebten Ausmass nicht vorhersehbar gewesen, begründe ebenfalls nicht die Heranziehung der Clausula rebus sic stantibus.
2.3 Es ist unbestritten, dass die fragliche Zusatzrente der weitergehenden Vorsorge angehört. Ebenso ist unbestritten, dass sie sowohl im Bestand als auch in der Höhe qualifiziert zugesichert war. Zu prüfen ist, ob die beschwerdeführende Vorsorgeeinrichtung die Zusatzrente in dem auf Januar 2010 geänderten Reglement trotzdem herabsetzen durfte.
3. Die berufliche Vorsorge beruht auf dem Kapitaldeckungsverfahren; eine Vorsorgeeinrichtung kann daher nicht (auf Dauer) Leistungen erbringen, die mit dem vorhandenen Kapital nicht finanzierbar sind (<ref-ruling> E. 10.5 S. 401). Die Vorsorgeeinrichtungen müssen jederzeit Sicherheit dafür bieten, dass sie die übernommenen Verpflichtungen erfüllen können (Art. 65 Abs. 1 BVG). Bei Unterdeckung sind sie daher verpflichtet, Sanierungsmassnahmen zu treffen (Art. 65d Abs. 1 BVG). Eine Unterdeckung besteht, wenn das verfügbare Vorsorgevermögen das versicherungstechnisch notwendige Vorsorgekapital nicht deckt (vgl. Art. 44 Abs. 1 BVV 2).
Massnahmen zur Behebung einer Unterdeckung müssen auf einer reglementarischen Grundlage beruhen und der besonderen Situation der Vorsorgeeinrichtung, insbesondere den Vermögens- und Verpflichtungsstrukturen wie den Vorsorgeplänen und der Struktur und der zu erwartenden Entwicklung des Bestandes der Versicherten sowie der Rentnerinnen und Rentner Rechnung tragen. Sie müssen verhältnismässig, dem Grad der Unterdeckung angemessen und Teil eines ausgewogenen Gesamtkonzeptes sein. Sie müssen zudem geeignet sein, die Unterdeckung innerhalb einer angemessenen Frist zu beheben (Art. 65d Abs. 2 BVG).
4. Die Rechtsbeziehungen zwischen versichertem Arbeitnehmer und privater Vorsorgeeinrichtung werden im Bereich der weitergehenden beruflichen Vorsorge durch den Vorsorgevertrag geregelt. Auf diesen von der Lehre und Rechtsprechung den Innominatverträgen sui generis zugeordneten Vertrag ist der Allgemeine Teil des Obligationenrechts anwendbar (Art. 1-183 OR). Reglement oder Statuten stellen den vorformulierten Inhalt des Vorsorgevertrages dar, vergleichbar Allgemeinen Vertrags- oder Versicherungsbedingungen, denen sich der Versicherte konkludent, durch Antritt des Arbeitsverhältnisses und unwidersprochen gebliebene Entgegennahme von Versicherungsausweis und Vorsorgereglement, unterzieht. Bei der Anwendung von statutarischen und reglementarischen Bestimmungen im weitergehenden Vorsorgebereich ist zu berücksichtigen, dass die Vorsorgeeinrichtungen in der Ausgestaltung der Leistungen und deren Finanzierung grundsätzlich autonom sind (Art. 49 BVG). Dabei haben sie jedoch das Gebot der Rechtsgleichheit, das Willkürverbot und das Verhältnismässigkeitsprinzip zu beachten. Die Rechte der Versicherten dürfen nur soweit beschränkt werden, als dies für die sachgerechte Durchführung des Vorsorgeverhältnisses erforderlich ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 227 mit Hinweisen; vgl. unten E. 6.1).
Das Reglement einer Vorsorgeeinrichtung kann im weitergehenden Bereich nur dann einseitig, ohne Einverständnis des Destinatärs, abgeändert werden, wenn sie sich diese Möglichkeit in einer Klausel vorbehält, die vom Destinatär bei Abschluss des Vorsorgevertrags ausdrücklich oder stillschweigend gebilligt worden ist. Eine Änderung von Statuten oder Reglement ist grundsätzlich zulässig, soweit die neue Regelung mit dem Gesetz vereinbar und nicht willkürlich ist, nicht zu einer ungleichen Behandlung der versicherten Personen führt sowie deren wohlerworbene Rechte nicht beeinträchtigt (<ref-ruling> E. 6.1 S. 109 mit Hinweisen).
5. Die beschwerdeführende Vorsorgeeinrichtung nimmt an, mit der Unterdeckung sei eine nicht voraussehbare Äquivalenzstörung eingetreten. Damit sei (in Anwendung der Clausula rebus sic stantibus) die Voraussetzung für eine einseitige Anpassung der einschlägigen reglementarischen Bestimmungen gegen den Willen des Versicherten gegeben.
5.1 Eine vertragliche Vereinbarung kann gegen den Willen einer Partei angepasst werden, wenn infolge einer - im Zeitpunkt des Vertragsschlusses - unvorhersehbaren und unvermeidbaren grundlegenden und ausserordentlichen Veränderung der Umstände eine gravierende Störung der Äquivalenz von Leistung und Gegenleistung eintritt (<ref-ruling> E. 2.4 S. 9; <ref-ruling> E. 5b S. 304), so dass ein Beharren des Gläubigers auf seinem Vertragsanspruch "geradezu eine wucherische Ausbeutung des Missverhältnisses und damit einen offenbaren Rechtsmissbrauch darstellt, der nach <ref-law> keinen Rechtsschutz findet" (<ref-ruling> S. 348).
5.2 Der Beschwerdegegner macht zu Recht geltend, dass die zivilrechtliche Clausula rebus sic stantibus nicht zum Tragen kommt, weil die Veränderung der Verhältnisse seit dem Vertragsschluss (hier die Begründung des reglementarischen Vorsorgeverhältnisses) nicht unvorhersehbar war. Die Beschwerdeführerin bringt vor, bei Stipulierung der reglementarisch zugesicherten strittigen Leistung sei das Ausmass der Kurseinbrüche in den Anlagemärkten, wie sie im Verlauf des letzten Jahrzehnts eingetreten seien, unvorstellbar gewesen. Wohl zeigen Statistiken, dass nach periodisch auftretenden Krisen an den Finanzmärkten regelmässig Phasen der Erholung und des Aufschwungs folgten (vgl. etwa J.P. Morgan Asset Management, Guide to the Markets, 4Q 2011, S. 15). Doch kam es auch schon in der Vergangenheit wiederholt vor, dass es längere Zeit dauerte, bis die Börsen nur schon wieder dasjenige Niveau erreicht hatten, auf welchem sie sich vor den Rückschlägen befunden hatten. So verhielten sich beispielsweise die Börsen während der Weltwirtschaftskrise der beginnenden Dreissigerjahre und auch in den Kriegs- und Nachkriegsjahren bis 1948 äusserst unstet. Auch während der Ölkrise in den Jahren 1972 bis 1985 durchliefen die Märkte eine lange Phase der Baisse und Stagnation. Dies zeigt, dass die Finanzkrisen der vergangenen Jahre im historischen Vergleich keinesfalls einzigartig sind. Unbestreitbar ist, dass die wiederholten Erschütterungen der Märkte das finanzielle Fundament der beruflichen Vorsorge schwächten. Das Ausmass der Wertschwankungen in den letzten Jahren erscheint jedoch nicht derart aussergewöhnlich und singulär, dass es schlicht nicht erwartet werden konnte. Die finanziellen Schwierigkeiten (Unterdeckungen) der Pensionskassen folgen ausserdem nicht nur aus dem Verlauf der Anlagemärkte; grossen Einfluss auf den Deckungsgrad hat auch die in den Grenzen von Gesetz und Verordnung (Art. 71 Abs. 1 BVG, Art. 49 ff. BVV 2) gewählte Anlagestrategie. Die - auf Ausnahmefälle zu beschränkende - Voraussetzung der Nichtvorhersehbarkeit einer Äquivalenzstörung ist daher nicht gegeben.
6. Die weitergehende berufliche Vorsorge hat insofern eine hybride Rechtsnatur, als sie grundsätzlich privatrechtlich geregelt ist, indes auch sozialversicherungsrechtlichen (das heisst öffentlich-rechtlichen) Prinzipien untersteht (vgl. dazu Kaspar Saner, Das Vorsorgeverhältnis in der obligatorischen und weitergehenden beruflichen Vorsorge, 2012, S. 61 ff., 80 ff.).
6.1 Wohlerworbene Rechte (vgl. oben E. 2.3) sind nicht absolut geschützt. Sie dürfen durch die Gesetzgebung eingeschränkt oder aufgehoben werden, wenn ein besonderes, wichtiges (öffentliches) Interesse es erfordert und die Massnahme verhältnismässig ist (Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, S. 225 Rz. 1008 f.). Auf die vorliegende Konstellation übertragen heisst dies, dass der Beschwerdegegner die fragliche (neue) Reglementsbestimmung - tiefere Zusatzrente - hinnehmen muss, wenn übergeordnete Ziele, wie beispielsweise das finanzielle Gleichgewicht der Vorsorgeeinrichtung (Art. 65 Abs. 1 BVG), deren Sicherstellung dauernde Aufgabe des Stiftungsrates und bei Unterdeckung eine vordringliche Massnahme ist (Weisungen des Bundesrats über Massnahmen zur Behebung von Unterdeckungen in der beruflichen Vorsorge vom 27. Oktober 2004, BBl 2004 6789 Ziff. 21), oder das Gleichbehandlungsgebot (<ref-law>) dies eindeutig erfordern, der konkrete Eingriff angemessen und innert nützlicher Frist wirksam ist (vgl. SVR 2008 BVG Nr. 15 S. 59, B 126/06 E. 4.2).
6.1 Wohlerworbene Rechte (vgl. oben E. 2.3) sind nicht absolut geschützt. Sie dürfen durch die Gesetzgebung eingeschränkt oder aufgehoben werden, wenn ein besonderes, wichtiges (öffentliches) Interesse es erfordert und die Massnahme verhältnismässig ist (Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, S. 225 Rz. 1008 f.). Auf die vorliegende Konstellation übertragen heisst dies, dass der Beschwerdegegner die fragliche (neue) Reglementsbestimmung - tiefere Zusatzrente - hinnehmen muss, wenn übergeordnete Ziele, wie beispielsweise das finanzielle Gleichgewicht der Vorsorgeeinrichtung (Art. 65 Abs. 1 BVG), deren Sicherstellung dauernde Aufgabe des Stiftungsrates und bei Unterdeckung eine vordringliche Massnahme ist (Weisungen des Bundesrats über Massnahmen zur Behebung von Unterdeckungen in der beruflichen Vorsorge vom 27. Oktober 2004, BBl 2004 6789 Ziff. 21), oder das Gleichbehandlungsgebot (<ref-law>) dies eindeutig erfordern, der konkrete Eingriff angemessen und innert nützlicher Frist wirksam ist (vgl. SVR 2008 BVG Nr. 15 S. 59, B 126/06 E. 4.2).
6.2 6.2.1 Für den Fall einer Aufrechterhaltung des in den Übergangsbestimmungen der früheren Reglemente zugesicherten Besitzstandes, des Weiteren unter der Annahme, dass sich alle (nach übereinstimmender Annahme der Parteien noch rund 50) begünstigten (die revidierte Übergangsbestimmung nicht anerkennenden) Ex-Z._-Mitarbeiter mit Alter 60 vorzeitig pensionieren lassen, sowie bei Vornahme entsprechender Rückstellungen betrug der Deckungsgrad nach einer von der Vorsorgeeinrichtung eingeholten Expertenberechnung per Ende 2008 noch 68 % (Sanierungskonzept der Unternehmensberatung M._ SA vom 8. Dezember 2009). Gemäss einer nicht substantiiert bestrittenen weiteren Berechnung, deren Grundlagen zudem nicht in Zweifel gezogen werden, beläuft sich der diesbezüglich erwartete Aufwand für die Jahre 2011 bis 2029 (die letzten der rund 50 Mitarbeiter erreichen das 60. Altersjahr) auf über 11 Mio. Franken, was 45 % der versicherten Löhne der rund 50 Mitarbeiter entspricht (Berechnungsblatt der M._ SA vom 8. März 2011). Das Defizit ist somit erheblich und insbesondere zu einem bedeutenden Teil ein strukturelles (das heisst nicht anlagewertbedingtes).
Der Auffassung des Beschwerdegegners, wonach die mit der beanstandeten Reglementsänderung einzusparende Summe hinsichtlich der Zusatzrente jeder der in Frage stehenden 50 Personen nur Fr. 30'000.- (fünf Jahre zu Fr. 6000.-) betrage, kann nicht gefolgt werden. Diese Betrachtungsweise lässt nur schon ausser Acht, dass es den aktiven Mitarbeitern überlassen bliebe, auch das Deckungskapital für die vorzeitig Pensionierten bis Alter 65 aufzubauen. Im Sanierungskonzept der Beschwerdeführerin (vgl. Art. 41a Abs. 2 BVV 2) wird nachvollziehbar dargelegt, dass die nicht oder nur beschränkt über die Vermögenserträge finanzierbaren Zusatzkosten zu einem Finanzierungsdefizit führen, dass erzielte Vermögenserträge "einseitig für die Gruppe Ex-Z._ verwendet werden" sowie dass eine Weiterführung des Besitzstandes zusätzliche Beiträge von mindestens 15 % der versicherten Löhne bedingen würde, die nur teilweise über Kapitalerträge finanziert werden könnten (vgl. zum Ganzen das im Bericht der M._ SA vom 8. Dezember 2009 dargestellte Sanierungskonzept der Beschwerdeführerin).
6.2.2 Damit gelingt der Beschwerdeführerin der grundsätzliche Nachweis, dass das finanzielle Gleichgewicht der Vorsorgeeinrichtung bei einer Weiterführung der vor 2010 gültig gewesenen Übergangsbestimmungen ernsthaft gefährdet wäre. Einem strukturellen Defizit im hier gegebenen Ausmass lässt sich nicht allein mittels konventioneller Sanierungs- und Zusatzbeiträge begegnen. Weitergehende Anpassungen waren unabdingbar, um die finanzielle Sicherheit der Vorsorgeeinrichtung innert nützlicher Frist wiederherzustellen. Insoweit begründen die Umstände die Rechtmässigkeit der beanstandeten Reglementsänderung, zumal es sich hier um eine Problematik handelt, die "hausgemacht" und anhaltend ist. Anders als im Urteil B 126/06 (oben E. 6.1 in fine) kann der Vorsorgeeinrichtung nicht zugemutet werden, eine "ungleiche" Reglementsbestimmung bis zu deren "bitteren Ende" im Jahr 2029 aufrechtzuerhalten.
6.2.3 Der Beschwerdegegner lässt das Vorbringen der Vorsorgeeinrichtung nicht gelten, sie sei im Falle der Verpflichtung, die bisher vorgesehenen Leistungen bei vorzeitiger Pensionierung zu erbringen, realistischerweise nicht mehr sanierungsfähig. Die Beschwerdeführerin übersehe, dass die Zusatzkosten für die "unverbrüchlich zugesagten Leistungen an die Ex-Z._ -Mitarbeitenden reglementarisch der Arbeitgeberin auferlegt" würden. Seien die zugesicherten Leistungen nicht voll finanziert worden, so werde die Arbeitgeberin somit für den Fehlbetrag leistungspflichtig. Der Beschwerdegegner verweist dafür auf die frühere Übergangsbestimmung für Versicherte aus der Pensionskasse der Z._, wonach die Arbeitnehmerbeiträge für diese Destinatärsgruppe auf 5 % des versicherten Jahreslohnes limitiert waren und die Arbeitgeberbeiträge entsprechend erhöht wurden (Art. 45 Abs. 4 des Reglements 2003 resp. Art. 51 Abs. 4 des Reglements 2007). Diese Übergangsbestimmung erfasste ihrem Wortlaut nach indes nur die ordentlichen Vorsorgebeiträge der Arbeitnehmer, die nach Art. 9 des Reglements 2003 resp. Art. 10 des Reglements 2007 altersabhängig zwischen 4 und 7 % betrugen. Da nicht ersichtlich ist, weshalb der Wortlaut nicht dem wahren Geltungsbereich der Übergangsbestimmung entsprechen sollte, bietet die vom Beschwerdegegner angeführte frühere Bestimmung von vornherein keine Grundlage, um die in der Vorsorgeeinrichtung anfallenden Mehrkosten zur Behebung der strukturellen Unterdeckung der Arbeitgeberin aufzuerlegen. Im Übrigen erbrachte die X._ AG als Arbeitgeberin (nebst ihrer Beteiligung an paritätisch erhobenen Sanierungsbeiträgen) anfangs 2010 eine zusätzliche Sanierungsleistung von 3,5 Mio. Fr. à fonds perdu.
6.2.4 Bei der strittigen Herabsetzung der Zusatzrente handelt es sich also um einen grundlegenden und unverzichtbaren Sanierungsbeitrag (zur Subsidiarität: Peter, a.a.O., S. 792). Sie zeitigt offensichtlich sofort (ab Inkrafttreten [Januar] des Reglements 2010) Wirkung. Die Kürzung der Zusatzrente von Fr. 18'000.- auf Fr. 12'000.-, womit der Beschwerdegegner sich im hier zu beurteilenden Fall konfrontiert sieht, ist zweifellos auch in quantitativer Hinsicht angemessen (vgl. oben E. 6.2.1). Die jüngeren Ex-Z._-Mitarbeiter (Jahrgänge 1952 und jünger) stehen Massnahmen gegenüber, die tiefgreifender sind. Diesbezüglich ist anzufügen, dass es denn auch sie sind, die den Zusatzaufwand von 11 Mio. Franken, wie er von der Beschwerdeführerin dargelegt wird, hauptsächlich "verursachen". Dies macht nicht nur einschneidendere Massnahmen erforderlich, sondern vermag auch - aus sachlichen Gründen - eine grössere Betroffenheit zu rechtfertigen.
6.3 Die Rechtmässigkeit der strittigen Vorkehr ist auch durch das Gebot der Gleichbehandlung gemäss Art. 1f BVV 2 begründet.
6.3.1 Die vor Inkrafttreten des Reglements 2010 geltenden Regelungen führen zu einer deutlichen Schlechterstellung der nicht aus der Pensionskasse Z._ übernommenen Arbeitnehmer; diese hätten, wie dargelegt (E. 6.2.1), eine überproportionale Last zur Behebung der Unterdeckung zu tragen. Dieses Ungleichgewicht akzentuiert sich mit Blick auf die allgemeinen Entwicklungen der Leistungsgrundlagen in der beruflichen Vorsorge: So sinkt der BVG-Mindestzinssatz seit dem Jahr 2008 kontinuierlich (vgl. Art. 12 BVV 2), ohne dass ein Ende dieser Entwicklung absehbar wäre. Ebenso ist die Lohnentwicklung seit 2009 rückläufig (vgl. www.statistik.admin.ch, Stichwort: Lohnentwicklung). Angesichts dieser Rahmenbedingungen wäre es in hohem Masse stossend, wenn nicht alle Destinatäre gleichermassen zu einer gesunden Vorsorgeeinrichtung beitragen müssten, vielmehr ein Teilkollektiv von einem Sanierungskonzept übermässig profitieren würde. Selbst ein wohlerworbenes Recht kann unter bestimmten Umständen in eine unzulässige Ungleichbehandlung umschlagen. Dies ist wie vorliegend der Fall, wenn eine grundlegende Verschlechterung der Finanzierungsbasis dazu führt, dass eine andere Gruppe desselben Versichertenkollektivs im Ergebnis massgeblich zur Finanzierung von Privilegien beitragen muss, die ihr selber nicht zugutekommen. Dies gilt erst recht, wenn die Sonderrechte eine namhafte strukturelle Ursache einer Unterdeckung darstellen, welche die Altersguthaben des nicht privilegierten Teilkollektivs tangiert.
6.3.2 Die vorstehenden Erwägungen gehen - entsprechend den Annahmen, die dem Sanierungskonzept der Beschwerdeführerin zugrundeliegen - davon aus, dass der Aufwand, wie er bei Aufrechterhaltung der ursprünglichen Übergangsbestimmungen verbleiben würde, vom Versichertenkollektiv insgesamt getragen wird. Für den Fall, dass die Sanierungsmassnahmen vor einer gerichtlichen Überprüfung nicht standhalten sollten, beabsichtigte die Beschwerdeführerin hingegen, die Sanierungsbeiträge im Umfang der durch die Übergangsregelung verursachten Unterdeckung gegebenenfalls den rund 50 aktiven Ex-Z._-Versicherten zu überbinden, die sich dem revidierten Reglement nicht unterzogen hatten. Aus einem Schreiben der Beschwerdeführerin an alle aktiven Versicherten vom Mai 2011 geht hervor, dass in diesem Fall (entsprechend dem bis zur Frühpensionierung des letzten jener Mitarbeiter erwarteten Aufwand; vgl. oben E. 6.2.1) der Sanierungsbeitragsanteil der betreffenden Arbeitnehmer an sich 22,5 % ihrer versicherten Lohnsumme betragen würde; der Stiftungsrat habe - für die Eventualität eines aus Sicht der Vorsorgeeinrichtung ungünstigen Gerichtsentscheids - beschlossen, diesen als unzumutbar erachteten Beitrag gegebenenfalls auf insgesamt 12 % (das heisst 6%ige Lohnabzüge) zu beschränken.
Auch unter dergestalt veränderten Vorzeichen wäre ein Verzicht auf die strittige Sanierungsmassnahme mit der Gleichbehandlung der Destinatäre nicht zu vereinbaren. Bei einer Finanzierung der Altersleistungserhöhung durch dieses engere Kollektiv (vgl. Christian Wenger, Probleme rund um die vorzeitige Pensionierung in der beruflichen Vorsorge, 2009, S. 143 ff.) ergäben sich ebenfalls erhebliche Ungleichgewichte zwischen den noch längere Zeit aktiven und den - wie der Beschwerdegegner - bereits frühpensionierten Destinatären. Damit würde das Prinzip der Opfersymmetrie verletzt (vgl. Peter, a.a.O., S. 793); nur aktive Versicherte hätten fortan die unterdeckungsbedingt hohen Sonderprämien zu tragen.
6.4 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Aufrechterhaltung der ursprünglichen Übergangsbestimmung für die beschwerdeführende Vorsorgeeinrichtung insgesamt eine weit in die Zukunft reichende, ausserordentliche Belastung darstellen würde (E. 6.2.1 und 6.2.2). Obgleich nach vertragsrechtlichen Massstäben keine unvorhersehbare Äquivalenzstörung gegeben ist (E. 5.2) und sich der Beschwerdegegner aus öffentlich-rechtlicher Sicht auf ein wohlerworbenes Recht berufen kann, rechtfertigen die Art und das Ausmass der Unterdeckung sowie die zeitliche Perspektive die strittige einseitige Reglementsänderung (vgl. E. 4). Ausschlaggebend ist vor allem, dass die Vorkehr auch dem Gebot der Gleichbehandlung der Destinatäre gehorcht (E. 6.3) und, gesamthaft betrachtet, dem Prinzip der Verhältnismässigkeit entspricht. Nicht im vorliegenden Verfahren zu klären ist die Frage, ob dem Beschwerdegegner aus den getroffenen Vereinbarungen und den Zusicherungen der X._ AG allenfalls Ansprüche erwachsen können.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten werden entsprechend dem Ausgang des Verfahrens dem Beschwerdegegner auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 21. November 2011 aufgehoben. Die Klage des Beschwerdegegners wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Juli 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Traub