Sachverhalt:
A. Nachdem in den gegen die Schuldner S._ und T._ gerichteten Betreibungen auf Grundpfandverwertung Nrn. 1 und 2 des Betreibungs- und Konkursamtes Berner Oberland, Dienststelle Thun, nunmehr Dienststelle Oberland West, nachfolgend Betreibungsamt genannt, der am 22. Januar 2009 erfolgte Zuschlag an S._ (vgl. dazu Urteil Nr. 5A_226/2009 vom 27. Mai 2009) infolge Zahlungsverzuges aufgehoben werden musste, beauftragte das Betreibungsamt die Z._ GmbH am 21. September 2009 mit der Aktualisierung der vom 8. August 2007 datierenden Verkehrswertschätzung der Grundstücke A._-GBB-5411, -5413, -5414, -5415, -1513, -5412, -3119-6, -5297-13, -5297-14 und -5297-23.
B. Mit Schreiben vom 22. Oktober 2009 verlangte X._ vom Betreibungsamt den Widerruf des Schätzungsauftrages und die Einsetzung eines unabhängigen und unbefangenen Sachverständigen mit der Begründung, Z._, Gesellschafter und Vorsitzender der beauftragten GmbH, pflege intensive geschäftliche Kontakte mit Y._, Präsident und Direktor der Y._ AG, namentlich sei er mit diesem an einer Baugesellschaft beteiligt und sie hätten gemeinsame Überbauungsprojekte; die in Auftrag gegebenen Schätzungen seien auffallend tief vorgenommen worden und Y._ habe an der Steigerung vom 22. Januar 2009 teilgenommen, sich mithin für den Erwerb der Grundstücke interessiert, was Z._ als befangen erscheinen lasse.
Das Betreibungsamt leitete die Eingabe an das Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, nachfolgend Aufsichtsbehörde genannt, weiter mit der Bemerkung, Z._ erstelle seit längerer Zeit Gutachten im Auftrag des Betreibungsamtes und diese seien stets professionell, neutral und unabhängig erfolgt. Die Aufsichtsbehörde nahm die Eingabe im Einverständnis mit X._ als Beschwerde entgegen und wies sie mit Entscheid vom 13. Januar 2010 ab mit der Begründung, gemäss BGE 44 III 147 sei das Selbstkontrahierungsverbot gemäss <ref-law> nicht verletzt, wenn ein Liegenschaftsschätzer die von ihm geschätzten Grundstücke selbst erwerbe; umso weniger könne Befangenheit im Sinn von <ref-law> vorliegen, wenn lediglich ein Erwerb durch einen potentiellen Drittbieter vage in Aussicht stehe. Die behauptete wirtschaftliche Verflechtung zwischen Z._ und Y._ könne vor diesem Hintergrund offen gelassen werden.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 1. Februar 2010 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung, um Widerruf des erteilten Schätzungsauftrages und Einsetzung eines unabhängigen und unbefangenen Sachverständigen, eventuell um Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Sachverhaltsergänzung und Neubeurteilung. Mit Präsidialverfügung vom 18. Februar 2010 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. In seiner Vernehmlassung vom 2. März 2010 verlangt das Betreibungsamt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Aufsichtsbehörde hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Entscheide der oberen oder einzigen kantonalen Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen streitwertunabhängig der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c und Art. 75 Abs. 1 BGG). Soweit sie Ausstandsbegehren betreffen, sind sie unter Verwirkungsfolge umgehend anzufechten (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen erweist sich mithin als zulässig.
Mit ihr kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), zu welchem nach der Begriffsbestimmung auch das Verfassungsrecht gehört. In der Beschwerdebegründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (<ref-law>), wobei das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591). Soweit die Vorbringen des Beschwerdeführers den Begründungsanforderungen nicht genügen, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Unbeachtlich sind sodann blosse Verweise auf die Akten oder vor anderen Instanzen eingereichte Rechtsschriften (vgl. <ref-ruling> E. 1d S. 201), wie dies beispielsweise auf S. 8 oben der Beschwerde der Fall ist.
2. Der Beschwerdeführer bringt vor, Z._ habe die Grundstücke krass zu tief geschätzt; so sei das auf Fr. 47'000.-- geschätzte Grundstück Nr. 5414 an der Versteigerung vom 22. Januar 2009 für Fr. 390'000.-- zugeschlagen worden und das auf Fr. 198'000.-- geschätzte Grundstück Nr. 5412 für Fr. 610'000.-- (Rz. 12). Auf Nachfrage hin habe Z._ zugeben müssen, dass er mit dem Steigerungsteilnehmer Y._ intensive geschäftliche Kontakte pflege (Rz. 13). Die Anwesenheit von Y._ an der Versteigerung vom 22. Januar 2009 belege, dass dieser die zu tief geschätzten Grundstücke habe erwerben wollen (Rz. 15 und 26). Z._ sei deshalb als Gutachter befangen, was dadurch bekräftigt werde bzw. insofern als zugestanden gelten müsse, als er sich vorinstanzlich nicht habe vernehmen lassen (Rz 29). Er stehe in einem Loyalitätskonflikt, weil er bei der neuen Schätzung den massiv höheren Verkaufswerten Rechnung tragen müsse, aber andererseits seinem langjährigen Geschäftsfreund Y._ verpflichtet sei, der die Grundstücke bereits an der Steigerung vom 22. Januar 2009 habe kaufen wollen (Rz. 42). Weil die beiden eine gemeinsame Baugesellschaft hätten, müsse darüber hinaus sogar von einem Eigeninteresse von Z._ ausgegangen werden; es liege nämlich nahe, dass Y._ in einem ersten Schritt die zu tief geschätzten Grundstücke erwerbe und diese in einem zweiten Schritt in die gemeinsame Baugesellschaft eingebracht würden (Rz. 43).
Das Betreibungsamt hat in seiner Vernehmlassung, welche dem Beschwerdeführer mit allen Beilagen übermacht worden ist, darauf hingewiesen, dass die seinerzeitige Schätzung aller Grundstücke dem Beschwerdeführer zugestellt worden sei und dieser gegen die Schätzung der Grundstücke Nrn. 1513 und 5412 Beschwerde eingereicht, diese aber wieder zurückgezogen habe, nachdem die von der Aufsichtsbehörde bei U._, Architekt, in Auftrag gegebene Schätzung sogar zu tieferen Schätzpreisen geführt habe (Fr. 155'000.-- statt Fr. 175'000.-- für das Grundstück Nr. 1513 und Fr. 175'000.-- statt Fr. 198'000.-- für das Grundstück Nr. 5412). An der Steigerung vom 22. Januar 2009 sei Y._ zwar anwesend gewesen, er habe aber kein einziges Angebot gemacht, wie das Steigerungsprotokoll zeige. Es hätten fast ausschliesslich S._ und V._ geboten. Letzterer sei mit dem Beschwerdeführer gekommen und die beiden hätten während dem Bieten auch miteinander kommuniziert. Zwischen den beiden Schuldnern (S._ und Beschwerdeführer) seien Emotionen im Spiel gewesen, welche die Preise in die Höhe gedrückt hätten.
3. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Begründungspflicht als Teilgehalt des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Die Aufsichtsbehörde sei nicht auf seine Vorbringen eingegangen, welche klar belegten, dass keine ernsthaften Zweifel an der Befangenheit von Z._ bestünden; vielmehr habe sie die Frage der geschäftlichen Verflechtung zwischen Z._ und Y._ offen gelassen.
Die Begründung eines Entscheides muss so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Es ist jedoch nicht nötig, dass sich die Behörde mit jeder tatsächlichen Behauptung und mit jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236; <ref-ruling> E. 3.3 S. 455; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88).
Die Aufsichtsbehörde hat in nachvollziehbarer Weise begründet, weshalb sie die kantonale Eingabe abgewiesen hat, und sie hat angesichts ihrer anderweitigen Erwägungen befunden, die Frage der personellen Verflechtung sei gar nicht entscheidrelevant, weshalb sie auch nicht näher abgeklärt werden müsse. Was diesen letzten Punkt anbelangt, steht nicht die Begründungspflicht zur Diskussion, sondern geht es um die Frage, ob die Aufsichtsbehörde verpflichtet gewesen wäre, entsprechende Beweise abzunehmen und/oder zu würdigen (dazu E. 4). Was die übrige Entscheidbegründung anbelangt, dokumentiert der Beschwerdeführer mit seiner ausführlichen Beschwerde selbst, dass er ohne weiteres in der Lage war, den Entscheid der Aufsichtsbehörde sachgerecht anzufechten. Die Rüge ist demnach unbegründet, soweit sie sich als zulässig erweist.
4. Was die behaupteten geschäftlichen Beziehungen zwischen Z._ und Y._ anbelangt, rügt der Beschwerdeführer - wie soeben angesprochen - eine Vereitelung des Anspruches auf Beweis durch verweigerte Beweisabnahme (<ref-law>), eine Verletzung der Untersuchungsmaxime (<ref-law>) sowie eine willkürlich unterlassene Beweiswürdigung (<ref-law>).
Wie die weiteren Ausführungen in E. 5 zeigen werden, waren betreffende Sachverhaltsfeststellungen für die rechtliche Beurteilung der Befangenheit des Gutachters entbehrlich und mangelt es den Rügen dementsprechend an Entscheidrelevanz.
5. In der Sache selbst wirft der Beschwerdeführer der Aufsichtsbehörde vor, Art. 29 Abs. 1 und 30 Abs. 1 BV sowie <ref-law> verletzt zu haben.
5.1 Auf Verfassungsstufe ist in <ref-law> einzig der unabhängige und unparteiische Richter garantiert; die Garantie auf einen unabhängigen und unparteiischen Gerichtsgutachter wird formell aus dem Anspruch auf ein faires Verfahren gemäss <ref-law> hergeleitet, wobei sich die beiden Garantien inhaltlich weitgehend decken (vgl. die Übersicht zu dieser Rechtsprechung im Urteil 6B_299/2007, E. 5.1.1). Vorliegend spielen solche Unterscheidungen keine Rolle, weil die verfassungsmässigen Garantien auf Gesetzesstufe konkretisiert sind: Die Ausstandspflicht von Beamten und Angestellten der Betreibungs- und Konkursämter ist in <ref-law> im Einzelnen geregelt, wobei unter den "Angestellten" im Sinn dieser Bestimmung auch alle Hilfspersonen zu verstehen sind, die nicht in einem eigentlichen Angestelltenverhältnis amten, wie namentlich Gutachter (MÖCKLI, in: Kurzkommentar SchKG, N. 3 zu <ref-law>). Eine Ausstandspflicht im Sinn dieser Bestimmung ergibt sich zunächst bei Amtshandlungen in eigener Sache (Ziff. 1), sodann in Sachen des Ehegatten oder naher Verwandter (Ziff. 2 und 3) und schliesslich in allen Sachen, in denen aus anderen Gründen eine Befangenheit gegeben sein könnte (Ziff. 4).
5.2 Befangenheit im Sinn der Generalklausel von <ref-law> ist anzunehmen, wenn Umstände vorliegen, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit eines Sachverständigen zu erwecken. Es braucht nicht nachgewiesen zu werden, dass dieser tatsächlich befangen ist. Es genügt vielmehr, wenn Umstände vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit objektiv zu begründen vermögen (<ref-ruling> E. 3a S. 123; <ref-ruling> E. 4a S. 544 f.). Nicht jede irgendwie geartete Beziehung zwischen dem Experten und den Parteien bzw. der zu beurteilenden Frage begründet für sich allein den Verdacht der Befangenheit (<ref-ruling> E. 3 S. 230). So ergibt sich eine solche beispielsweise nicht bereits daraus, dass ein Experte im gleichen Institut arbeitet wie ein Kollege, dessen Meinungsäusserung zu beurteilen ist, ansonsten in vielen Fällen überhaupt kein geeigneter Experte gefunden werden könnte (BGE <ref-ruling> E. 4b S. 545). Mit Bezug auf wirtschaftliche Beziehungen zu einem Verfahrensbeteiligten wird in der Lehre ein Abhängigkeitsverhältnis und damit ein besonderes Näheverhältnis oder aber ein Konkurrenzverhältnis zu einer Partei verlangt (vgl. KIENER, Die Unabhängigkeit von Gerichtssachverständigen, in: SJZ 2006, S. 500 ff. m.w.H.).
5.3 Was die vorliegend interessierende Konstellation anbelangt, steht von vornherein kein Näheverhältnis zu einer Verfahrenspartei zur Debatte: Die öffentliche Steigerung im Sinn von Art. 125 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> richtet sich definitionsgemäss an jedermann und der Kreis der möglichen Teilnehmer ist entsprechend offen. Die blosse Anwesenheit an einer Steigerung - unbestrittenermassen hat Y._ gemäss Steigerungsprotokoll kein einziges Angebot gemacht - begründet noch keine Verfahrensbeteiligung.
Ob und inwiefern der Anschein von Befangenheit im Sinn der Generalklausel gemäss <ref-law> auch bei einem Näheverhältnis zu einem Teilnehmer an der Steigerung, der nach dem Gesagten kein Verfahrensbeteiligter ist, gegeben sein könnte, braucht nicht abschliessend beurteilt zu werden, weil vorliegend ohnehin keine objektiven Anhaltspunkte für eine Befangenheit des Experten bestehen: Die vom Beschwerdeführer erhobene Behauptung, Z._ sei mit Bezug auf die zu schätzenden Liegenschaften befangen, basiert auf der Tatsachenbehauptung, dieser habe in seinem Gutachten vom 8. August 2007 krass zu tiefe Schätzwerte eingesetzt, um einer ihm geschäftlich verbundenen Person vorteilhafte Bedingungen zum Grundstückserwerb zu verschaffen. Diese "Tatsache" wird in der Beschwerde in Eigenregie eingeführt, denn sie ist im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt. Zur Begründung macht der Beschwerdeführer einerseits geltend, aufgrund der Anwesenheit von Y._ an der Steigerung vom 22. Januar 2009 ergebe sich dessen Absicht zum Kauf der Liegenschaften als tatsächliche Vermutung. Sodann leitet der Beschwerdeführer aus den an der Steigerung erzielten Zuschlagspreisen ab, dass die Schätzwerte im Gutachten bewusst zu tief angesetzt worden seien. Mit Bezug auf die erste Tatsachenannahme (angebliche Kaufabsicht) übergeht der Beschwerdeführer, dass Y._ an der Steigerung vom 22. Januar 2009 und damit zu einem Zeitpunkt, an welchem er nicht wissen konnte, dass die Grundstücke infolge ausgebliebener Zahlung noch einmal zur Versteigerung gelangen würden, gemäss Steigerungsprotokoll kein einziges Angebot gemacht hat. Was die zweite Tatsachenannahme der angeblich bewusst zu tief angesetzten Schätzpreise anbelangt, macht der Beschwerdeführer nicht etwa geltend, der Experte habe im Gutachten vom 8. August 2007 gegen anerkannte Regeln der Liegenschaftsbewertung verstossen; vielmehr beruft er sich einzig auf das Ergebnis der Steigerung. Erfahrungsgemäss kann aber der tatsächliche Zuschlagspreis stark von der Schätzung abweichen; Gegenstände können erheblich "unter ihrem Wert" weggehen, Steigerungsteilnehmer können sich aber auch weit über den Marktpreis hinaus hochbieten. Aus dem Zuschlagspreis allein kann deshalb nicht unbedingt auf die Qualität einer Schätzung und schon gar nicht auf Befangenheit eines Schätzers rückgeschlossen werden. Diesbezüglich fällt vorliegend die vom Beschwerdeführer unterschlagene Tatsache ins Gewicht, dass das von der Aufsichtsbehörde für die Grundstücke Nrn. 1513 und 5412 in Auftrag gegebene Zweitgutachten sogar tiefere Schätzpreise ergeben hat. Für bewusst zu tief angesetzte Schätzpreise und ein unlauteres Zusammenwirken zwischen Y._ und Z._ bestehen nach den Feststellungen der Aufsichtsbehörde keine Anhaltspunkte und somit auch keine Anzeichen für die behauptete Befangenheit von Z._. Insbesondere ergibt sich ein Anschein von Befangenheit auch nicht aus der blossen Tatsache von Geschäftsbeziehungen, stehen doch Liegenschaftsschätzer naturgemäss in geschäftlicher Verbindung mit anderen Akteuren der Liegenschaftsbranche; wäre diese Tatsache für sich genommen bereits ein Befangenheitsgrund, dürften generell keine mit den örtlichen Verhältnissen vertraute Experten mehr mit der betreibungsamtlichen Liegenschaftsschätzung betraut werden, sondern nur noch solche aus weit entfernten Gegenden. Bestehen aber nach dem Gesagten keine objektiven Anhaltspunkte für eine Befangenheit von Z._, ist den weiteren Ausführungen in der Beschwerde von vornherein der Boden entzogen und kann die eingangs aufgeworfene Frage, ob gegebenenfalls auch bei einem Näheverhältnis zu einem Nichtverfahrensbeteiligten Befangenheit angenommen werden könnte, offen bleiben. Nur der Vollständigkeit halber sei deshalb mit Bezug auf ein Näheverhältnis zwischen Liegenschaftsschätzer und Teilnehmer an einer Steigerung auch zu bedenken gegeben, dass der vom Betreibungsamt beauftragte Gutachter keinerlei Einfluss darauf hat, ob eine ihm bekannte oder mit ihm wirtschaftlich verbundene Person an der Steigerung teilnehmen wird.
5.4 Was schliesslich das angebliche Eigeninteresse von Z._ bzw. den Ausstandsgrund von <ref-law> anbelangt, versteigt sich der Beschwerdeführer zur Aussage, es liege nahe, dass Y._ in einem ersten Schritt die zu tief geschätzten Grundstücke erwerbe und diese in einem zweiten Schritt in eine gemeinsame Baugesellschaft eingebracht würden. Für diese Behauptung werden nicht die geringsten Anhaltspunkte genannt, geschweige denn eine willkürliche bzw. willkürlich unterlassene Sachverhaltsfeststellung auch nur ansatzweise substanziiert. Darauf ist nicht einzutreten.
6. Nachdem die Beschwerde bereits aufgrund der vorstehenden Erwägungen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann, war die Aufsichtsbehörde, wie bereits in E. 4 festgestellt, nicht gehalten, tatsächliche Abklärungen zu Art und Umfang der Geschäftsbeziehungen zwischen Z._ und Y._ zu treffen, weshalb die entsprechenden Rügen ins Leere stossen.
Angesichts des Verfahrensausgangs sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Obsiegenden Gemeinwesen werden in der Regel keine Parteientschädigungen für ihre Aufwendungen, vorliegend das Verfassen einer Vernehmlassung, zugesprochen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli