Sachverhalt:
A.
Die Abwasserentsorgung im Kanton Uri obliegt seit dem 1. Januar 2010 der kantonalen öffentlich-rechtlichen Körperschaft "Abwasser Uri", entsprechend der Regelung im kantonalen Umweltgesetz (KUG, Gesetzessammlung 40.7011) und der kantonalen Umweltverordnung (KUV; Gesetzessammlung 40.7015). Zu diesem Zweck übernimmt die Abwasser Uri die kommunalen Abwasseranlagen.
In Bezug auf die Übernahme der Abwasseranlagen in Altdorf konnte zwischen der Einwohnergemeinde Altdorf und der Abwasser Uri keine umfassende Einigung erzielt werden. Es blieb ungeklärt, ob Grund und Boden der Abwasseranlagen Bestandteil der Sachübernahme sei und zu welchen finanziellen Bedingungen.
Auf Ersuchen der Abwasser Uri entschied der Regierungsrat des Kantons Uri am 24. April 2012, dass die Einwohnergemeinde Altdorf der Abwasser Uri Grund und Boden soweit abzutreten habe, als dies für den längerfristigen Betrieb der Abwasserreinigungsanlage benötigt werde. Es sei indes ein limitiertes Vorkaufsrecht zugunsten der Einwohnergemeinde Altdorf bzw. eine Vertragsklausel vorzusehen, die die Abwasser Uri zur Rückübereignung des abgetretenen Grundstücks verpflichte, wenn dieses nicht mehr der Abwasserreinigung diene.
Die Einwohnergemeinde Altdorf gelangte mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Obergericht des Kantons Uri und verlangte im Wesentlichen, sie sei zu verpflichten, den für den längerfristigen Betrieb der Abwasserreinigungsanlage benötigten Grund und Boden der Abwasser Uri im Baurecht gegen einen marktüblichen Baurechtszins zu überlassen. Die Verwaltungsrechtliche Abteilung des Obergerichts wies die Beschwerde am 11. Januar 2013 ab.
B.
Gegen diesen Entscheid des Obergerichts hat die Einwohnergemeinde Altdorf beim Bundesgericht am 13. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie ersucht um Aufhebung des Obergerichtsurteils und Feststellung der Verpflichtung im Sinne des vor Obergericht gestellten Antrages. Sie rügt Verletzungen der Gemeindeautonomie und des Willkürverbots.
Der Regierungsrat verweist in seiner Vernehmlassung auf seinen Entscheid vom 24. April 2012 und beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Abwasser Uri schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt BAFU hält fest, dass das eidgenössischen Gewässerschutzrecht in Bezug auf die Eigentumsverhältnisse an Grund und Boden für die Kantone keine Vorgaben enthalte. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihren Anträgen fest.
C.
Mit Verfügung vom 19. März 2013 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Dem vorliegenden Verfahren liegt eine Klage der Abwasser Uri zugrunde, mit der diese den Regierungsrat im Sinne von Art. 30 KUV ersuchte, über die umstrittenen Vertragselemente zu verfügen. Der Entscheid des Regierungsrates bildete Gegenstand des Urteils des Obergerichts. Dieses stellt einen Entscheid im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG dar und kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law> beim Bundesgericht angefochten werden. Es liegt kein Ausschlussgrund nach <ref-law> vor. Die Beschwerdefrist nach <ref-law> ist eingehalten.
1.2. Die Beschwerdeführerin rügt Verletzungen des Willkürverbots gemäss <ref-law> und der Gemeindeautonomie im Sinne von <ref-law>. Für ihre Beschwerdelegitimation beruft sie sich auf die allgemeine Legitimationsbestimmung von <ref-law>. Zudem stützt sie sich sinngemäss auf <ref-law>, wonach Gemeinden zur Rüge der Verletzung ihrer Autonomie befugt sind. Mit Blick auf den Streitgegenstand kann offen bleiben bzw. ist im Rahmen der materiellen Erwägungen zu prüfen, inwieweit die Beschwerdeführerin durch den angefochtenen Entscheid ähnlich einer Privatperson in ihren Vermögensverhältnissen betroffen oder aber in ihren hoheitlichen Befugnissen berührt und in ihrer Autonomie verletzt ist. Dessen ungeachtet ist die Legitimation der Beschwerdeführerin für die vorliegende Angelegenheit zu bejahen.
1.3. Demnach kann grundsätzlich auf die Beschwerde eingetreten werden. Vorbehalten sind die Anforderungen an die Begründungspflicht.
2.
Die Beschwerdeführerin macht vorab eine Verletzung ihrer Autonomie geltend. Sie führt aus, dass sie nach dem alten Gewässerschutzgesetz die mit dem Bau und Betreib von Abwasseranlagen zusammenhängenden Aufgaben wahrnahm und hierin Autonomie genoss. Mit dem neuen Umweltgesetz und der dazugehörigen Verordnung werde in unzulässiger Weise in ihre Autonomie eingegriffen.
Nach der Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale (oder eidgenössische) Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Der Schutz der Gemeindeautonomie setzt eine solche nicht in einem ganzen Aufgabengebiet, sondern lediglich im streitigen Bereich voraus. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (<ref-ruling> E. 5.2 S. 244 f.; <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 398, 265 E. 2.1 S. 269; <ref-ruling> E. 2.2 S. 241 f.; je mit Hinweisen). Ob Autonomie in diesem Sinne tatsächlich besteht oder im konkreten Fall verletzt wurde, bildet eine Frage der inhaltlichen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 f.; <ref-ruling> E. 1.1 S. 412; Urteil 5C_2/2009 vom 5. November 2009 E. 3.1; je mit Hinweisen).
Mit dem neuen Umweltgesetz und der Umweltverordnung sind die Aufgaben der Abwasserentsorgung gänzlich auf die Abwasser Uri übertragen worden (Art. 20, 26 und 28 f. KUG). Hierfür übernimmt sie von den Gemeinden die bestehenden Abwasseranlagen und die damit im Zusammenhang stehenden Güter (Art. 24 Abs. 1 KUG). Die hoheitlichen Befugnisse der Gemeinden sind damit im Bereich der Abwasserentsorgung auf die Abwasser Uri übergegangen. Damit hat die Gemeinde Altdorf durch die kantonale Gesetzgebung auf diesem Gebiet ihre Autonomie verloren und kann keine Verletzung ihrer Autonomie mehr rügen. In Anbetracht der eingehenden Regelung der Sachübernahme und der Beiträge aus der Spezialfinanzierung (Art. 24 und 24a KUG) im Umweltgesetz kann auch in Bezug auf die Art und Weise der Übertragung der Abwasseranlagen nicht mehr von einem relativ erheblichen Entscheidungsspielraum gesprochen werden. Daran vermag der Umstand nichts zu ändern, dass es in Bezug auf die Übernahme bzw. Übergabe von Grund und Boden an einer ausdrücklichen Regelung und Grundlage fehlt (siehe E. 3). Es ist der Beschwerdeführerin versagt, mit der Rüge betreffend die Verletzung der Gemeindeautonomie den Erlass des Umweltgesetzes im konkreten Fall vorfrageweise auf die Verfassungsmässigkeit hin überprüfen zu lassen. Damit erweist sich die Autonomiebeschwerde von vornherein als unbegründet.
Mit der Regelung des Regierungsrats und dem angefochtenen Urteil wird die Beschwerdeführerin unter gewissen Auflagen zur Abgabe von Grund und Boden verpflichtet, der mit der Abwasseranlage zusammenhängt. Damit wird in die Vermögensverhältnisse der Gemeinde Altdorf eingegriffen. Diese kann sich daher dagegen zur Wehr setzen und geltend machen, es fehle für die vollständige Sachübernahme inklusive Grund und Boden an einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage. Die Beschwerdeführerin macht insoweit in zulässiger Weise eine Verletzung von <ref-law> geltend.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law> und macht geltend, es fehle für die ihr auferlegte Verpflichtung, über die Abwasseranlagen hinaus auch den entsprechenden Grund und Boden an die Abwasser Uri abzutreten, an einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage. Zudem sei diese Lösung nicht sachgerecht.
3.1. Das angefochtene Urteil des Obergerichts geht davon aus, dass mangels einer ausdrücklichen gesetzlichen öffentlich-rechtlichen Regelung die Abwasseranlagen mit samt dem entsprechenden Grund und Boden sachenrechtlich eine Einheit bilden; daraus sei zu schliessen, dass mit den Abwasseranlagen auch Grund und Boden an die Abwasser Uri abzutreten sei. Dem liegt letztlich die Auffassung zugrunde, der Umstand, dass das Umweltgesetz die Frage nicht ausdrücklich ordne, stelle ein qualifiziertes Schweigen dar.
Die Beschwerdeführerin erachtet diese Annahme eines qualifizierten Schweigens als willkürlich; sie verweist hierfür auf die Entstehungsgeschichte des Umweltgesetzes. Der Regierungsrat seinerseits hat in seinem Entscheid einlässlich begründet, dass sich weder im Umweltgesetz und der Umweltverordnung noch in den Materialien irgend welche Hinweise finden, was mit den Grundstücken zu geschehen habe, die untrennbar mit Abwasseranlagen verbunden sind. Die Problematik sei bei der Vorbereitung des Regelwerks nie thematisiert worden. Indessen hätte es einer Regelung bedurft, über die Abwasseranlagen hinaus auch das Schicksal des entsprechenden Grund und Bodens zu ordnen. Bei dieser Sachlage sei ein qualifiziertes Schweigen auszuschliessen und eine sog. echte Lücke anzunehmen.
Das Obergericht begründet nicht näher, weshalb es in dieser Hinsicht von der Meinung des Regierungsrats abweicht und ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers annimmt. Es geht zwar davon aus, dass die umstrittene Frage im Umweltgesetz nicht geregelt ist, nimmt indes ohne weitere Begründung an, dass darin ein qualifiziertes Schweigen zum Ausdruck kommt und daher letztlich das Bundeszivilrecht zur Anwendung kommt. Aufgrund der Ausführungen des Regierungsrates lässt sich diese Auffassung indes nicht halten. Die Materialien lassen nach dem Regierungsratsentscheid nichts Derartiges erkennen. Die eingehende Regelung der Sachübernahme und der Beiträge aus der Spezialfinanzierung in Art. 24 und 24a KUG weist darauf hin, dass der Gesetzgeber eine abschliessende Ordnung beabsichtigte. Ferner kann aus Art. 24 Abs. 2 KUG nichts für die vorliegende Frage abgeleitet werden; es ergibt sich daraus lediglich eine Pflicht zu einem entsprechenden Eintrag im Grundbuch. Bei dieser Sachlage lässt sich die Auffassung des Obergerichts nicht mit sachlichen Gründen halten. Entgegen der Ansicht des Obergerichts und in Übereinstimmung mit dem Regierungsrat ist jedoch davon auszugehen, dass das Umweltgesetz in Bezug auf die umstrittene Frage eine echte Lücke aufweist. Eine solche wird nach der Rechtsprechung angenommen, wenn der Gesetzgeber etwas zu regeln unterlassen hat, was er hätte regeln sollen, und dem Gesetz diesbezüglich weder nach seinem Wortlaut noch nach dem durch Auslegung ermittelten Inhalt eine Vorschrift entnommen werden kann. Echte Lücken dürfen im Zuge der Rechtsanwendung gefüllt werden (<ref-ruling> E. 4.2 S. 3, mit Hinweis).
3.2. Für die Lückenfüllung hinsichtlich der Frage, ob über die Abwasseranlagen hinaus auch der entsprechende Grund und Boden abzutreten ist, ist von <ref-law> auszugehen. Wie auch das Obergericht grundsätzlich annahm, unterstehen nach <ref-law> die öffentlichen Sachen der Herrschaft des Staates. Die Kantone sind demnach befugt, das Regime darüber zu ordnen. Davon hat der Kanton Uri mit dem Erlass des Umweltgesetzes hinsichtlich der Abwasseranlagen Gebrauch gemacht. Soweit das Umweltgesetz, wie dargetan, eine echte Lücke aufweist, ist die Regelung anlässlich der Rechtsanwendung zu ergänzen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin, ist der Kanton dabei nicht gehalten, einzig auf das Bundeszivilrecht mit den sachenrechtlichen Bestimmungen über Grund und Boden einerseits und die Aufbauten andererseits abzustellen. Es lässt sich mit guten Gründen vertreten, die lückenhafte Regelung im Umweltgesetz entsprechend öffentlich-rechtlich zu ergänzen. Insoweit erweist sich die Rüge der fehlenden gesetzlichen Grundlage als unbegründet.
3.3. Damit ist die Lösung von Obergericht und Regierungsrat einerseits derjenigen der Beschwerdeführerin andererseits gegenüberzustellen.
3.3.1. Der Regierungsrat hat in seinem Entscheid die Gründe dargelegt, die dafür sprechen, dass mit den Abwasseranlagen auch Grund und Boden an die Abwasser Uri übergehen soll. Auszugehen sei davon, dass die Abwasser Uri ihre Aufgabe effizient und kostengünstig soll ausführen können. Hierfür bedürfe sie einer auf lange Zeit angelegten Ausgestaltung der Rechtsverhältnisse. Dies erfordere, dass auch Grund und Boden übertragen werde. Im Falle von grösseren baulichen Bauten an den bestehenden Abwasseranlagen oder eigentlichen Erneuerungen werde auch der Grund betroffen. Damit werde der Abwasser Uri eine effiziente Aufgabenerfüllung ermöglicht. Die unmittelbare Herrschaft über den Boden, auf dem sich die Abwasseranlage befindet, liege zweifelsfrei im öffentlichen Interesse und diene der Abwasser Uri zur Erfüllung ihrer gesetzlich umschriebenen Aufgabe.
Der Regierungsrat hat das Interesse der Gemeinde am Erhalt ihres Eigentums nicht unberücksichtigt gelassen. Er hat die Möglichkeit der Errichtung eines Baurechts über die Abwasseranlage zugunsten der Abwasser Uri erwogen. Das Interesse der Gemeinde an dieser Lösung hat der Regierungsrat indes als gering eingestuft. Er führte aus, der entsprechende Grund und Boden stelle Verwaltungsvermögen dar und liege in der Zone für öffentliche Bauten. Damit stelle der Boden auch langfristig gesehen kein realisierbares Aktivum dar. Die Zweckbestimmung des entsprechenden Grundstücks liege einzig in der Besorgung einer öffentlichen Aufgabe, die nunmehr der Abwasser Uri übertragen sei. Damit sei die faktische Verfügungsmacht der Beschwerdeführerin über das Grundstück auch im Falle der Konstituierung eines Baurechts von geringer Bedeutung.
3.3.2. Demgegenüber macht die Beschwerdeführerin geltend, der Übertrag von Grund und Boden an die Abwasser Uri sei keineswegs erforderlich für den Betrieb der Abwasseranlagen. Der Regierungsrat habe nicht die Notwendigkeit, sondern lediglich die blosse Zweckmässigkeit einer Regelung mit Übertrag von Grund und Boden darlegen können. Vielmehr genüge die Einräumung eines Baurechts; das Gegenteil sei nicht dargetan. Damit erweise sich der angefochtene Entscheid als unverhältnismässig und damit als willkürlich im Sinne von <ref-law>. Es zeige sich denn auch, dass in andern Bereichen das Einräumen eines Baurechts ausreicht; so sei heute die Green Power Uri AG Baurechtsberechtigte für die Erstellung und den Betrieb einer Kompogasanlage. Zudem werde übersehen, dass mit zunehmender Bodenknappheit das Baurecht an Bedeutung gewonnen habe und dass der Boden gerade in Altdorf zu einem sehr knappen Gut geworden ist. An dieser Betrachtung ändere auch der Umstand nichts, dass der Regierungsrat ein limitiertes Vorkaufsrecht oder eine entsprechende vertragliche Regelung einer Rückübereignung zugunsten der Gemeinde vorgesehen hat.
3.3.3. Im Hinblick auf einen langfristigen Betrieb der Abwasseranlagen durch die Abwasser Uri und auf früher oder später notwendige Erneuerungen und allfällige Erweiterungen der Abwasseranlagen erweist sich eine Übernahme nicht als bloss komfortable, sondern als gebotene Lösung. Die Verfügbarkeit der Beschwerdeführerin über den betroffenen Boden ist für den Fall der Eigentumsübergangs wie auch bei der Einräumung eines Baurechts gleichermassen eingeschränkt; der Boden lässt sich auf lange Sicht nicht als Aktivum realisieren. Deshalb kommt den Vorbringen, Baurechte würden immer wichtiger und der Boden sei in Altdorf zu einem sehr knappen Gut geworden, kein Gewicht zu. Es ist nicht ersichtlich und wird nicht dargetan, inwiefern das der Green Power Uri AG eingeräumte Baurecht mit der vorliegenden Situation vergleichbar ist. Schliesslich ist es mit dem Ziel der Regelung im Umweltgesetz, dass die Abwasser Uri ihre Aufgabe effizient und kostengünstig soll ausführen können, schwer vereinbar, wenn sie für den Betrieb der Anlage einen zusätzlichen Baurechtszins zu entrichten hätte. Dem Umweltgesetz kann denn auch nicht entnommen werden, dass über die Entschädigung für die Abwasseranlagen gemäss Art. 24 und Art. 24 a KUG weitere Entschädigungen an die Gemeinden zu leisten wären. Ferner darf berücksichtigt werden, dass im Dispositiv des Regierungsratsentscheids ausdrücklich angeordnet ist, es sei zugunsten der Beschwerdeführerin ein limitiertes Vorkaufsrecht oder eine entsprechende Vertragsregelung zur Rückübereignung vorzusehen. Eine solche Klausel garantiert der Beschwerdeführerin, dass sie auf lange Sicht das Eigentum wieder erlangen kann, soweit der entsprechende Boden dereinst für die Zwecke der Abwasserreinigung nicht mehr benötigt wird. Damit kommt die Regelung den langfristigen Eigentumsinteressen der Beschwerdeführerin entgegen. Schliesslich hat der Regierungsrat in seinem Entscheid ausgeführt (Ziff. 6.3 a.E.) und im Dispositiv festgehalten, dass sich der Eigentumsübergang auf die Abwasser Uri auf das Erforderliche beschränken müsse; ist die für die Abwasser Uri benötigte Fläche kleiner als die ausgeschiedene, sei eine entsprechende Abparzellierung vorzunehmen.
In Anbetracht all dieser Sachumstände kann die vom Regierungsrat angeordnete und vom Obergericht geschützte Ordnung, wonach die Beschwerdeführerin den für den längerfristigen Betrieb der Abwasserreinigung benötigte Grund und Boden unter den im Einzelnen umschriebenen Bedingungen an die Abwasser Uri abzutreten habe, nicht als qualifiziert unverhältnismässig und daher nicht als geradezu unhaltbar im Sinne des Willkürverbots nach <ref-law> bezeichnet werden. Damit erweist sich die Beschwerde im Hauptpunkt als unbegründet.
3.4. Schliesslich erachtet die Beschwerdeführerin die analoge Anwendung von Art. 24 Abs. 3 lit. a und b KUG zur Ermittlung des Übernahmewerts als unangemessen, unverhältnismässig und willkürlich. Sie übersieht mit ihrer Kritik, dass der Regierungsrat mit Ziff. 4 seines Dispositivs nur eine analoge Anwendung der genannten Kriterien auf den Grund und Boden verlangt hat. Die Beschwerdeführerin vermag nicht in einer den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise darzulegen, inwiefern die im Umweltgesetz umschriebenen Anhaltspunkte nicht sinngemäss auf den abzutretenden Grund und Boden angewendet werden könnten oder zu unhaltbaren Ergebnissen führen würden. Es ist gerade die bloss analoge Anwendung, die auf die Unterschiede zwischen den Abwasseranlagen, die aus unterschiedlichen Gründen an Wert verlieren, und dem Grund und Boden, der grundsätzlich keiner Entwertung unterliegt, Rücksicht nimmt. Als Ausgangspunkt dieser Anordnung gilt, dass für ein abzutretendes Grundstück eine Entschädigung geschuldet ist (Entscheid des Regierungsrats, E. 7.1). Der Regierungsrat führte aus, dass der in Art. 24 Abs. 3 KUG für Abwasseranlagen vorgesehene Abzug für Grundstücke nicht gelte. Weiter sei zu berücksichtigen, dass die Gemeinden die Liegenschaften, die sie für die Abwasseranlagen benötigten, aus den vereinnahmten Abwassergebühren finanziert hatten.
Bei dieser Sachlage kann die dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegende Regelung gemäss Ziff. 4 im Dispositiv des regierungsrätlichen Entscheids nicht als unhaltbar und damit verfassungswidrig bezeichnet werden. Damit erweist sich die Beschwerde auch in dieser Hinsicht als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten nach <ref-law> der Beschwerdeführerin aufzuerlegen, da sie mit ihrer Beschwerde Vermögensinteressen geltend gemacht hat. Eine Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerin entfällt nach <ref-law>.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Regierungsrat und dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. November 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner