Sachverhalt:
A. B._ (geboren 1946) ist gelernter Landschaftsgärtner. Er war seit der Gründung im Jahr 1988 als Leiter der Firma G._ AG tätig und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (nachfolgend: Mobiliar) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 9. Juni 2000 vertrat er sich den rechten Fuss. Die Mobiliar erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Infolge andauernder Beschwerden musste B._ sich verschiedenen Eingriffen unterziehen. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen sprach ihm am 27. November 2003 ab 1. Dezember 2001 eine halbe und ab 1. März 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Nach verschiedenen medizinischen Abklärungen verfügte die Mobiliar am 30. Oktober 2007 eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 15 % und verneinte mangels einer Erwerbseinbusse den Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung. Mit Einspracheentscheid vom 7. März 2008 bestätigte die Mobiliar ihre Verfügung vom 30. Oktober 2007. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 21. April 2009 gut und wies die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheids zur Abklärung im Sinne der Erwägungen sowie neuer Verfügung über den Anspruch auf eine Invalidenrente an die Mobiliar zurück. Die Mobiliar erhob Beschwerde beim Bundesgericht, welches in teilweiser Gutheissung den kantonalen Entscheid aufhob und die Sache an die Vorinstanz zurückwies, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Beschwerde von B._ erneut entscheide (Urteil 8C_449/2009 vom 19. November 2009).
B. Mit Entscheid vom 13. Januar 2010 hiess das Versicherungsgericht die Beschwerde von B._ in dem Sinne teilweise gut, als es ihm unter Aufhebung des Einspracheentscheids vom 7. März 2008 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 45 % zusprach und die Sache zur Festsetzung der Komplementärrente an die Mobiliar überwies.
C. Die Mobiliar führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und der Anspruch auf eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 0 % abzuweisen. Eventualiter sei eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 13 % zuzusprechen und die Sache zur Festsetzung der Komplementärrente an die Mobiliar zu überweisen.
B._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit Urteil 8C_449/2009 vom 19. November 2009 hat das Bundesgericht entschieden, dass <ref-law> hier nicht anwendbar ist (E. 4) und die Ermittlung des Invaliditätsgrades entgegen der vorinstanzlichen Auffassung nicht im Rahmen der ausserordentlichen Methode erfolgt (E. 5.3). Weiter hat das Bundesgericht festgestellt, dass das Valideneinkommen gestützt auf das vor dem Unfall tatsächlich realisierte Einkommen ermittelt wird (E. 5.3.2) und beim Invalideneinkommen noch zu prüfen sei, ob dem Versicherten ein Berufswechsel zumutbar sei oder nicht (E. 5.3.3).
Die Vorinstanz gelangte in ihrem Entscheid vom 13. Januar 2010 zum Schluss, ein Berufswechsel sei dem Versicherten angesichts seines Alters und seiner gesundheitlichen Einschränkungen nicht mehr zumutbar (E. 2.2). In der Folge ermittelte sie, ausgehend von einer unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit von 30 % (E. 3) sowie gestützt auf die Tabelle TA1, Gartenbau, Anforderungsniveau 1+2, Lohnstrukturerhebung 2006 des Bundesamtes für Statistik (E. 5.1) und unter Berücksichtigung eines leidensbedingten Abzugs von 10 % (E. 4), einen Invaliditätsgrad von 45 % (E. 5.1) und wies die Sache an die Mobiliar zurück, damit diese die Komplementärrente berechne (E. 5.2).
Vor Bundesgericht bestreitet die Mobiliar die unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit von 30 %, die Massgeblichkeit der Tabelle TA1 sowie die Zulässigkeit eines leidensbedingten Abzugs von 10 %.
2. 2.1 Massgebend für die Beurteilung der rein unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit sind die Berichte des Dr. med. S._, Facharzt für Orthopädie, vom 29. März 2005 und vom 22. Februar 2006 sowie das Gutachten des Dr. med. M._, Facharzt für Chirurgie, vom 19./25. August 2005 (vgl. Urteil 8C_449/2009 vom 19. November 2009, E. 5.3.3).
Dr. med. S._ hielt am 22. Februar 2006 fest, ab 1. Oktober 2002 bestehe seitens des Sprunggelenkes rechts eine Arbeitsfähigkeit von 75 %; eine Steigerung im Rahmen der Tätigkeit als Landschaftsgärtner sei nicht zu erwarten. Auf Grund der Gonarthrose links sei der Versicherte vom 14. April bis 3. Mai 2003 voll arbeitsunfähig gewesen; ab 5. Mai 2003 habe er seine Arbeit zu 25 % wieder aufgenommen, die Arbeitsfähigkeit könne seitens des linken Knies nicht mehr gesteigert werden. Am 22. Februar 2006 konstatierte Dr. med. S._, für körperlich belastende Tätigkeiten bestehe volle Arbeitsunfähigkeit, für leichtere Tätigkeiten wie Bauführung eine Arbeitsfähigkeit von 20 %; eine Unterscheidung in krankheits- und unfallbedingte Einschränkungen nahm er nicht vor. Dr. med. M._ kam in seinem Gutachten vom 19./25. August 2005 zum Schluss, die Situation sei bezüglich des OSG in den letzten zwei Jahren stabil und die Arbeitsunfähigkeit gleich geblieben. Von der insgesamt 69%igen IV-Rente gehe gut die Hälfte nicht zu Lasten der Unfallfolgen im rechten Fussbereich. Die arthritischen und degenerativen Beschwerden im Handgelenk und den beiden Kniegelenken seien nicht zu vernachlässigen, so dass die Hälfte der zugesprochenen Invalidität diesen Krankheiten anzulasten sei. Die Arbeitsunfähigkeit infolge des rechten Fusses betrage wie bis anhin 30 %. Eine zu 50-60 % sitzende Tätigkeit mit zwischendurch Stehen und Gehen sei zumutbar, doch angesichts der Vorbildung eher schwierig. Die Einschränkungen als Gärtner gingen zu gleichen Teilen zu Lasten der Krankheit und der Unfallfolgen. Eine Bürotätigkeit sei dem Versicherten als "Freiluftmenschen" nicht zumutbar.
Es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz gestützt auf diese ärztlichen Einschätzungen die rein unfallbedingten Einschränkungen im Rahmen der Invaliditätsbemessung mit einer Arbeitsunfähigkeit von 30 % berücksichtigte. Was die Mobiliar dagegen vorbringt vermag nicht zu überzeugen. Namentlich kann gestützt auf die Angaben des Dr. med. S._ vom 29. März 2005 im Zeitpunkt des Rentenbeginns nicht von einer rein unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit von 25 % resp. einer vollen Arbeitsfähigkeit für adaptierte Tätigkeiten ausgegangen werden, da ein Berufswechsel nicht zumutbar war.
2.2 Die Vorinstanz hat praxisgemäss für die Ermittlung des Invalideneinkommens auf die Werte der Tabelle TA1 abgestellt. Die Mobiliar wendet ein, die LSE sei zwischenzeitlich verfeinert worden und es sei, da der Gartenbau wie einige andere Wirtschaftszweige durch den öffentlichen Sektor dominiert werde, nicht auf die Tabelle TA1 abzustellen, welche sich auf den privaten Wirtschaftssektor beschränke.
Der Beschwerdeführer ist unbestrittenermassen im angestammten Betrieb am besten eingegliedert. Somit ist für die Bestimmung des Invalideneinkommens nicht eine Tabelle anwendbar, welche auch die Gartenbaustellen im öffentlichen Bereich berücksichtigt. Soweit die Mobiliar geltend macht, die Tabelle TA1 sei auf Gärtnerangestellte ohne Verantwortung zugeschnitten, kann ihr nicht gefolgt werden, da die Tabelle TA1 ebenfalls Werte für anspruchsvolle Tätigkeiten im Gartenbau (Anforderungsniveau 1+2) kennt, bei welchen auch Führungsfunktionen mitberücksichtigt werden. Weitere Gründe, weshalb anstelle der für die konkret zumutbare Gartenbautätigkeit vorhandene Tabelle auf jene für "produktionsnahe Tätigkeiten" ausgewichen werden müsste, bringt sie nicht vor. Die Vorinstanz hat damit zu Recht dem Invalideneinkommen die Werte der TA1 zugrunde gelegt.
2.3 Schliesslich macht die Mobiliar geltend, dass kein leidensbedingter Abzug gerechtfertigt sei. Selbst wenn ein solcher angebracht wäre, sei nicht auf die Tabelle TA1 in Verbindung mit Tabelle 2* abzustellen, da erstere nur den privaten Sektor erfasse, Tabelle 2* hingegen den privaten und öffentlichen Sektor.
Was die grundsätzliche Zulässigkeit eines leidensbedingten Abzugs betrifft, bringt die Mobiliar zu Recht vor, dass es widersprüchlich ist, bei der Festsetzung des Einkommens auf Grund der konkreten Situation (Weiterbeschäftigung im angestammten Betrieb) die Massgeblichkeit der Tabelle TA1 mit den Ansätzen für den privaten Sektor zu begründen, bei der Prüfung eines leidensbedingten Abzugs jedoch mit den auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt reduzierten Löhnen für teilzeiterwerbstätige Männer zu argumentieren. Der Versicherte muss sich infolge seiner Weiterbeschäftigung im angestammten Betrieb nicht auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt behaupten und mit einem niedrigeren Lohn rechnen. Weitere Gründe für die Gewährung eines Abzugs hat die Vorinstanz nicht angeführt und es ergeben sich auch keine Anhaltspunkte dafür aus den Akten. Nach dem Gesagten rechtfertigt sich kein leidensbedingter Abzug und die Frage nach der diesbezüglich massgebenden Tabelle kann offen gelassen werden. Demzufolge beträgt das Invalideneinkommen Fr. 46'018.-, was bei einem Valideneinkommen von Fr. 75'407.- einen Invaliditätsgrad von 39 % ergibt.
3. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Gerichtskosten werden den Parteien anteilsmässig auferlegt (<ref-law>). Der teilweise obsiegende Versicherte hat Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 13. Januar 2010 wird insoweit abgeändert, als der massgebliche Invaliditätsgrad 39 % beträgt. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 600.- und dem Beschwerdegegner Fr. 150.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'200.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Mai 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold