Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Mit Verfügung vom 11. Februar 2009 nahm die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug eine vom Beschwerdegegner verlangte Strafuntersuchung gegen die Beschwerdeführerin betreffend Hehlerei nicht an die Hand. Die Vorinstanz hiess im angefochtenen Entscheid eine dagegen gerichtete kantonale Beschwerde des Beschwerdegegners gut. Sie hob die Nichtanhandnahmeverfügung auf und wies die Staatsanwaltschaft an, eine Strafuntersuchung gegen die Beschwerdeführerin bzw. deren verantwortliche Personen zu eröffnen. Dagegen wendet sich die Beschwerdeführerin mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht.
Die Beschwerde ans Bundesgericht ist zulässig gegen Entscheide, die das kantonale Verfahren abschliessen (<ref-law>). Diese Voraussetzung ist im vorliegenden Fall klarerweise nicht erfüllt. Dass einer der Ausnahmefälle von <ref-law> gegeben wäre, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend (zu den Begründungsanforderungen Urteil 5A_472/2007 vom 12. November 2007, E. 2.3). Dies springt auch nicht in die Augen, da die Frage, ob sich die Beschwerdeführerin strafbar gemacht haben könnte, im kantonalen Verfahren umstritten war.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung auszurichten, weil er im Verfahren vor Bundesgericht keine Umtriebe hatte.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, Strafrechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn