wird festgestellt und in Erwägung gezogen:
1.- Zur Deckung der direkten Bundessteuer für die Jahre 1987-1992 erliess die kantonale Steuerverwaltung (Verwaltung für die direkte Bundessteuer) am 19. Mai 1992 eine Sicherstellungsverfügung und Arrestbefehle gegen die Ehegatten Y._ und Z._. Die dagegen eingelegte Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Bundesgericht am 11. Juni 1993 ab (2A. 148/1992). In den Betreibungen auf Sicherstellung (Zahlungsbefehle vom 18. Juni 1993) wurden die je mit Arrest belegten Gegenstände verwertet und die Erlöse bei der Kantonalbank hinterlegt (Verfügungen vom 1. Juni 1994 und vom 7. März 1995). Über Y._ wurde am 4. Januar 1996 der Konkurs eröffnet. Gestützt auf definitive Veranlagungen vom 27./28. Mai 1997 leitete die Steuerverwaltung gegen Y._ Betreibung auf Verwertung des bei der Kantonalbank hinterlegten Geldbetrags ein. Z._ erhob Eigentumsansprache.
Auf Klage der Steuerverwaltung hin stellte das Bezirksgericht A._ fest, dass der geltend gemachte Eigentumsanspruch nicht bestehe (Urteil vom 22. Oktober 1999).
Gegen das bezirksgerichtliche Urteil legte Z._ Berufung beim Obergericht des Kantons Thurgau ein.
Nachdem ihr Frist zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 80'000.-- angesetzt worden war, stellte sie ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Der Präsident des Obergerichts wies das Gesuch ab und erneuerte die Kostenvorschussverfügung (Entscheid vom 15. September 2000).
Mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Verletzung von <ref-law> beantragt Z._ dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Präsidialentscheids. Für das Verfahren vor Bundesgericht ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Antragsgemäss ist der staatsrechtlichen Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden (Verfügung vom 7. Dezember 2000). Der Präsident des Obergerichts, der sich vorgängig dem Gesuch nicht widersetzt hat, schliesst in der Sache auf Abweisung.
2.- Wie die Beschwerdeführerin einleitend richtig hervorhebt, wird im angefochtenen Entscheid (E. 4a S. 4-7) die Frage ihrer Bedürftigkeit zwar erörtert, aber letztlich offen gelassen. Ihre Ausführungen dazu betreffen insoweit eine theoretische Frage, an deren Beantwortung kein aktuelles praktisches und wegen fehlender grundsätzlicher, über den konkreten Sachverhalt hinausreichender Bedeutung auch kein öffentliches Interesses besteht (Art. 88 OG; <ref-ruling> E. 4 S. 396). Die weiteren Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, wobei auf die formellen Anforderungen an die Beschwerdeschrift (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG) im Sachzusammenhang zurückzukommen sein wird.
3.- Strittig ist die Rechtsgrundlage für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege, der Inhalt der Anspruchsvoraussetzung "Aussichtslosigkeit" und die Bedeutung der Kognition des Bundesgerichts im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde.
a) Der aus Art. 4 aBV abgeleitete Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege und unentgeltlichen Rechtsbeistand ist heute in <ref-law> ausdrücklich verankert. Die Bestimmung nennt die von der Rechtsprechung entwickelten allgemeinen Voraussetzungen, ohne den Rechtsschutz über den bisher verfassungsrechtlich anerkannten Standard hinaus auszudehnen (vgl. Botschaft, BBl 1997 I 182; <ref-ruling> E. 3a S. 196). Einen weitergehenden Anspruch gibt der angerufene Art. 6 Ziffer 1 EMRK im Zivilprozess nach der Rechtsprechung nicht (<ref-ruling> E. 3); Gegenteiliges tut die Beschwerdeführerin nicht dar (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 2 S. 230; <ref-ruling> E. 6 S. 409). Den Begriff der Aussichtslosigkeit in <ref-law>/TG verwendet die kantonale Praxis gleich wie das Bundesgericht in seiner Verfassungsrechtsprechung (vgl. E. 3c S. 4 des angefochtenen Entscheids; Barbara Merz, Die Praxis zur thurgauischen Zivilprozessordnung, Bern 2000, N. 12a zu § 80). Der geltend gemachte Anspruch ist deshalb direkt und ausschliesslich gestützt auf <ref-law> zu prüfen (<ref-ruling> E. 2a S. 306).
b) Als aussichtslos sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Prozessbegehren anzusehen, bei denen die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder jene nur wenig geringer sind als diese.
Massgebend ist, ob eine Partei, die über die nötigen finanziellen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Überlegung zu einem Prozess entschliessen würde; eine Partei soll einen Prozess, den sie auf eigene Rechnung und Gefahr nicht führen würde, nicht deshalb anstrengen können, weil er sie nichts kostet (BGE 69 I 158 E. 2 S. 160; <ref-ruling> E. 2c S. 306; <ref-ruling> E. 4b S. 275). Die Prozesschancen sind in vorläufiger und summarischer Prüfung des Prozessstoffes abzuschätzen, wobei es im Rechtsmittelverfahren um die Erfolgsaussichten des Rechtsbehelfs geht (Haefliger, Alle Schweizer sind vor dem Gesetze gleich, Bern 1985, S. 167 f. Ziffer 6). Die Frage lautet, ob das Rechtsmittel offenbar prozessual unzulässig oder aussichtslos ist (BGE 60 I 179 E. 1 S. 182; 78 I 193 E. 2 S. 195). Dass der angefochtene Entscheid oder das vorinstanzliche Verfahren an einem Mangel leidet, genügt für die Bejahung der Erfolgsaussichten nicht; entscheidend ist allein, ob das Rechtsmittel voraussichtlich gutgeheissen werden muss (vgl. Poudret/Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, V, Bern 1992, N. 5 zu Art. 152 OG, S. 123; anders offenbar die von der Beschwerdeführerin angerufene Zürcher Praxis: Frank/Sträuli/Messmer, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3.A. Zürich 1997, N. 24 zu § 84 unter Verweis auf ZR 40/1941 Nr. 132 lit. b S. 339 f.).
c) Ob im Einzelfall genügende Erfolgsaussichten bestehen, beurteilt sich nach den Verhältnissen zur Zeit, in der das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt wird.
Dabei ist Rechtsfrage, welche Umstände bei der Beurteilung der Prozessaussichten in Betracht fallen und ob sie für oder gegen eine hinreichende Erfolgsaussicht sprechen, Tatfrage hingegen, ob und wieweit einzelne Tatumstände erstellt sind (<ref-ruling> E. 2c S. 307; Haefliger, a.a.O., S. 168 f.
Ziffer 7). Freie Kognition in rechtlicher Hinsicht bedeutet allerdings nicht, dass das Bundesgericht prüft, wie es entscheiden würde, wenn es selber über das Rechtsmittel zu befinden hätte (<ref-ruling> E. 3c S. 273; vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 46). Es ist vielmehr Sache der Beschwerdeführerin, dem Bundesgericht klar und detailliert darzulegen, inwiefern die Erfolgsaussichten ihrer Berufung durch den angefochtenen Entscheid verfassungswidrig verneint worden sein sollen; der Grundsatz der richterlichen Rechtsanwendung gilt im Bereich der Verfassungsbeschwerde nicht (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1c S. 76; <ref-ruling> E. 1c S. 73).
4.- Die Beschwerdeführerin wiederholt vor Bundesgericht ihre im kantonalen Verfahren geltend gemachten Berufungsgründe gegen die Zulässigkeit der Betreibung auf Pfandverwertung:
Die kantonale Steuerverwaltung habe den Arrest nicht rechtzeitig prosequiert, mit der Konkurseröffnung über den Betriebenen sei der Arrest dahingefallen und die Betreibung auf Pfandverwertung entbehre jeder Rechtsgrundlage und sei nichtig. Mit ihren Argumenten habe sich der Obergerichtspräsident zudem nicht auseinander gesetzt.
a) Die Abweisung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege muss begründet werden (Merz, N. 26 zu <ref-law>/TG). Der gerügte Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen die Behörde sich hat leiten lassen und auf die ihr Entscheid sich stützt, aber nicht, dass die Behörde sich ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinander setzt; sie darf sich vielmehr auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (zuletzt: <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 2b S. 102). Insoweit hat <ref-law> keine Neuerungen gebracht (<ref-ruling> E. 2a). Zu den wesentlichen Gesichtspunkten gehört die Frage der Nichtigkeit von Betreibungshandlungen, da der hängige Widerspruchsprozess mit der Aufhebung der ihm zugrundeliegenden Betreibung gegenstandslos wird (<ref-ruling> E. 1 S. 14). Der Richter im Widerspruchsprozess hat die Nichtigkeit indessen nur dann von Amtes wegen zu berücksichtigen und die materielle Prüfung der Widerspruchsklage ohne vorherige Begrüssung der Betreibungsbehörden abzulehnen, wenn die Nichtigkeit der Betreibung ausser Zweifel steht (<ref-ruling> E. 4b S. 119; <ref-ruling> E. 2a, a.E.).
b) Die kantonale Steuerverwaltung hat im Mai 1992 die Sicherstellung verfügt und gestützt darauf einen Arrest vollziehen lassen. Nach Abweisung einer Verwaltungsgerichtsbeschwerde durch das Bundesgericht hat die kantonale Steuerverwaltung den Arrest im Juni 1993 mittels Betreibung auf Sicherheitsleistung (a<ref-law>) prosequiert. Gestützt auf ein Gutachten machte die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren geltend, die Steuerverwaltung habe die Arrestprosequierungsfrist nicht eingehalten, weshalb der Arrest im Sinne von aArt. 278 Abs. 4 SchKG dahingefallen sei. Der Obergerichtspräsident hat sich mit den Erfolgsaussichten dieses Einwands und der Überzeugungskraft des Gutachtens eingehend befasst (E. 4b/cc S. 7 ff. des angefochtenen Entscheids). Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf, die Gutachtermeinung vor Bundesgericht in Zitatform zu wiederholen, ohne sich mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auch nur ansatzweise auseinander zu setzen. Auf ihr Vorbringen ist nicht einzutreten (E. 3c hiervor).
c) Der Obergerichtspräsident hat die Auswirkungen des über den Betriebenen eröffneten Konkurses geprüft und unter Hinweis auf <ref-law> festgehalten, der Erlös verwerteter Vermögensstücke werde unter die Pfändungsgläubiger verteilt und nur ein Überschuss falle in die Konkursmasse; die Vorinstanz betone ausserdem zutreffend, selbst für den Fall, dass die Auffassung der Berufungsklägerin richtig wäre, müsste in Anwendung von <ref-law> ein Nachkonkurs durchgeführt werden, womit der Verwertungserlös ebenfalls nicht der Berufungsklägerin zukommen würde (E. 4b/gg S. 11 f. des angefochtenen Entscheids). Indem der Obergerichtspräsident davon ausgegangen ist, das Verfahren sei korrekt durchgeführt worden, hat er - implizite - auch die behauptete Nichtigkeit der Betreibung auf Pfandverwertung verneint. Der angefochtene Entscheid genügt den Begründungsanforderungen im Sinne der verfassungsmässigen Minimalgarantie. Was die Beschwerdeführerin in der Sache dagegenhält, ist nicht stichhaltig:
aa) Die Betreibung auf Sicherheitsleistung wurde vor Eröffnung des Konkurses über den Schuldner erfolgreich beendet; im Juni 1994 hinterlegte das Betreibungsamt den Erlös aus der Verwertung der Arrestgegenstände bei der Kantonalbank (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2b S. 3). Es geht damit von vornherein nicht um "Arrestgegenstände", die in die Konkursmasse fallen (<ref-law>). Die hängige Betreibung auf Pfandverwertung betrifft die Forderung aus definitiv veranlagten Bundessteuern und nicht den Anspruch auf Sicherheitsleistung, der durch Betreibung auf Pfändung und damit auch nach Ansicht der Beschwerdeführerin auf dem richtigen Weg vollstreckt worden ist (unter Verweis auf Acocella, in: Kommentar zum SchKG, I, Basel 1998, N. 15 zu <ref-law>).
bb) Nach herrschender Lehre besitzt der Gläubiger am - dank erfolgreich durchgeführter Betreibung auf Sicherheitsleistung - hinterlegten Geld des Schuldners ein Pfandrecht oder ein diesem vergleichbares Recht und hat eine Betreibung auf Pfandverwertung einzuleiten, um die Auszahlung des hinterlegten Betrags zu erwirken (Gilliéron, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 3.A. Lausanne 1993, S. 38/39; Krauskopf, Wesen und Bedeutung der Betreibung auf Sicherheitsleistung in Lehre, Rechtsprechung und Praxis, BlSchK 42/ 1978 S. 161 ff., S. 167; vgl. auch <ref-ruling> E. 2b S. 3).
Die Behauptung der Beschwerdeführerin, die Steuerverwaltung habe nie ein Pfand besessen, trifft nicht zu, und im Konkurs des Schuldners geniesst die Steuerverwaltung als Gläubigerin die Vorzugsstellung gemäss <ref-law> (Zobl, Berner Kommentar, N. 1273 des Syst. Teils zum Fahrnispfand vor <ref-law>, mit weiteren Nachweisen).
cc) Es lässt sich zwar durchaus dem Gesetz entnehmen, dass mit der Konkurseröffnung grundsätzlich sämtliche in diesem Zeitpunkt bestehenden Schuldverpflichtungen des Konkursiten fällig werden (<ref-law>) und dass Betreibungen für Forderungen, die vor der Konkurseröffnung entstanden sind, während des Konkursverfahrens nicht eingeleitet werden können (<ref-law>). Es ist mit der Konkurseröffnung aber nicht jede Betreibung auf Pfandverwertung ausgeschlossen, wie die Beschwerdeführerin behauptet.
Denn die Betreibung auf Verwertung eines im Konkurs nicht liquidierten Pfandrechts soll nach den Kommentatoren selbst für eine Forderung zulässig sein, die vor der Konkurseröffnung entstand und im Konkurs ungemeldet blieb, soweit das Konkursamt davon Kenntnis hatte (Jaeger/Walder/Kull/Kottmann, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4.A. Zürich 1999, N. 3 zu <ref-law>). Nach deren eigenen Angaben hat die Steuerverwaltung dem Konkursamt am 19. Januar 1996 bestätigt, dass der hinterlegte Betrag für ihre Steuerforderung verpfändet sei (kläg. act. 21, S. 2 Abs. 3), und das Konkursamt hat das Verfahren alsdann offenbar ohne Einbezug von Forderung und hinterlegtem Geld durchgeführt. Die Beschwerdeführerin äussert sich zu diesen entscheidenden Fragen indessen nicht und vermag deshalb auch nicht substantiiert darzutun, inwiefern es die Verfassung verletzt, die Nichtigkeit der Betreibung auf Pfandverwertung im Rahmen des Widerspruchsprozesses zu verneinen (E. 3c hiervor).
5.- Die Beschwerdeführerin erneuert vor Bundesgericht ihren Einwand, auf die Klage hätte wegen mangelnder Vertretungsbefugnis des von der kantonalen Steuerverwaltung beauftragten Anwalts nicht eingetreten werden dürfen. Die Erfolgsaussichten ihrer Berufung wären daher zu bejahen gewesen.
Die im SchKG geregelte Zwangsvollstreckung gilt nicht nur für privatrechtliche, sondern auch für öffentlichrechtliche Geldforderungen, wie Bussen, Gebühren, Steuern oder andere Abgaben (<ref-ruling> E. 3 S. 2; Acocella, N. 7 zu <ref-law>). Parteien öffentlichrechtlicher Forderungen sind auf der einen Seite der Bürger und auf der anderen Seite der Staat, z.B. der Bund oder ein Kanton (vgl. Rigot, Le recouvrement forcé des créances de droit public selon le droit de poursuite pour dettes et la faillite, Diss. Lausanne 1991, S. 26 ff.). Die Forderung für die direkte Bundessteuer wird vom Bund erhoben (Art. 1) und unter dessen Aufsicht von den Kantonen veranlagt und bezogen (Art. 2 und Art. 160 DBG; Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, SR 642. 11). Steuergläubiger und zur rechtlichen Vollstreckung der Steuerforderung befugt ist der Kanton, in dessen Gebiet und durch dessen Organe die direkte Bundessteuer veranlagt wird (Blumenstein/ Locher, System des Steuerrechts, 5.A. Zürich 1995, S. 276; Lott, Die Besonderheiten in der Zwangsvollstreckung von eidgenössischen Steuerforderungen nach schweizerischem Betreibungsrecht, Diss. Zürich 1950, S. 21). Als Rechtsträger ist der Kanton - in Vertretung auch des Bundes - Partei, und aus der Sicht des Zivilprozessrechts kommt ihm damit auch Prozessfähigkeit zu, d.h. das Recht, den Prozess als Partei selbst oder durch selbst bestellte Vertreter zu führen (statt vieler: Vogel, Grundriss des Zivilprozessrechts, 6.A. Bern 1999, 5. Kapitel N. 12a und N. 16 f., S. 139 f.).
Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin hat die Bestellung eines Prozessvertreters mit der Delegation von Verwaltungsbefugnissen nichts zu tun. Der Prozessvertreter hat gegenüber Dritten weder die Stellung eines staatlichen Organs noch irgendwelche hoheitlichen Befugnisse, wie dies bei einem privaten Träger öffentlicher Aufgaben der Fall wäre (vgl. Grisel, Traité de droit administratif, I, Neuchâtel 1984, S. 297 ff., S. 301 Ziffer 3). Der Obergerichtspräsident hat diesem Einwand - soweit er vor Bundesgericht erneuert und geprüft worden ist - die Erfolgsaussichten zu Recht versagt (vgl. E. 4b/dd S. 9 f. des angefochtenen Entscheids).
6.- Zu den Erfolgsaussichten der Berufung in materieller Hinsicht hat der Obergerichtspräsident dargelegt, das Bezirksgericht führe zu Recht aus, dass der Parteirollenverteilung keine sonderliche Bedeutung zukomme, nachdem die Behauptungs- und Beweislast ohne weiteres die Berufungsklägerin treffe (E. 4b/ee S. 11). Zutreffend sei auch die Auffassung des Bezirksgerichts, dass die Eigentumsansprache zu spät erfolgt sei (E. 4b/ff S. 11). Weiter ist der Obergerichtspräsident auf die Eigentumsverhältnisse am Schliessfach eingegangen und hat auch den daherigen Einwand der Berufungsklägerin als aussichtslos bezeichnet (E. 4b/hh S. 12 des angefochtenen Entscheids). Ihre Rügen bezieht die Beschwerdeführerin auf die Behauptungs- und Beweislast und die Vermutungen aus Besitz, hingegen nicht auf ihre Verspätung mit der Eigentumsansprache.
Da sich die Verneinung der Erfolgsaussichten der Berufung mit der unangefochten gebliebenen Begründung allein halten lässt, kann auf die staatsrechtliche Beschwerde gegen die materielle Beurteilung der Eigentumsansprache insgesamt nicht eingetreten werden (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> Nr. 62; <ref-ruling> E. 2 S. 16).
7.- Die Beschwerdeführerin wird bei diesem Verfahrensausgang kosten-, aber nicht entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG). Ihr Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege muss wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abgewiesen werden. Die vorgebrachten Rügen sind mehrheitlich unzulässig, teils klar unbegründet, so dass von einer Beschwerdeführung mit Aussicht auf Erfolg von Beginn an nicht ausgegangen werden konnte (Art. 152 OG). Da der staatsrechtlichen Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden ist, muss die Frist zur Leistung des - der Höhe nach unangefochtenen - Kostenvorschusses neu angesetzt werden (Birchmeier, Bundesrechtspflege, Zürich 1950, N. 4c zu Art. 94 OG, S. 405).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.- Innert dreissig Tagen ab Zustellung dieses Urteilsdispositivs hat die Beschwerdeführerin für das kantonale Berufungsverfahren einen Kostenvorschuss von Fr. 80'000.-- an die Kasse des Obergerichts des Kantons Thurgau zu leisten (vgl. zu den Modalitäten die Verfügung vom 16. Dezember 1999); wird der Kostenvorschuss nicht rechtzeitig geleistet, kann auf die Berufung nicht eingetreten werden.
5.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Präsidenten des Obergerichts des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Februar 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: