Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene Z._ war als Hilfsheizungsmonteur bei Firma S._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er sich am 2. April 1995 beim Fussballspielen am linken Knie verletzte. Am 6. Mai 1996 fiel er zudem bei der Montage eines Rohrs von einer Leiter und verletzte sich am rechten Knie. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieser beiden Ereignisse. Der Versicherte konnte zunächst seine angestammte Tätigkeit wieder vollumfänglich aufnehmen. Am 2. April 2004 meldete er jedoch der Anstalt einen Rückfall zu diesen Unfällen. Die SUVA anerkannte die Kausalität der geklagten Beschwerden und erbrachte weitere Leistungen. Für die verbleibenden Folgen der Ereignisse sprach sie dem Versicherten mit Verfügung vom 20. Oktober 2005 und Einspracheentscheid vom 25. Juli 2006 ab 1. Juli 2005 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 29 % sowie eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 25 % zu. Auf Beschwerde des Versicherten hin hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. Februar 2008 diesen Einspracheentscheid auf und wies die Sache zu weiteren Abklärungen an die SUVA zurück.
Die SUVA holte daraufhin bei Dr. med. E._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, eine Expertise ein (Gutachten vom 30. Oktober 2009). Daraufhin sprach sie dem Versicherten mit Verfügung vom 1. April 2010 abermals ab 1. Juli 2005 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 29 % zu; anerkannte aber gleichzeitig eine Integritätseinbusse von 30 %. Im Einspracheverfahren reichte der Versicherte das von der IV-Stelle des Kantons Aargau bei der MEDAS, Spital X._, eingeholte interdisziplinäre Gutachten vom 15. September 2010 ein. Daraufhin erhöhte die SUVA mit Einspracheentscheid vom 16. Februar 2011 den der Rente zugrunde liegende Invaliditätsgrad auf 39 % und wies weitergehende Begehren des Versicherten ab.
B. Die von Z._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 3. November 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt Z._, ihm sei unter Anpassung des Einsprache- und Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides eine Rente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 57 % - eventuell von 44 % - zuzusprechen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig ist, ob dem Beschwerdeführer eine höhere als die zugesprochene 39%ige Invalidenrente der Unfallversicherung zusteht. Nicht länger zum Streitgegenstand gehört demgegenüber die Höhe der Integritätsentschädigung.
3. 3.1 Ist der Versicherte infolge des Unfalles zu mindestens 10 Prozent invalid, so hat er gemäss <ref-law> Anspruch auf eine Invalidenrente. Invalidität ist nach <ref-law> die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit. <ref-law> definiert die Erwerbsunfähigkeit als den durch Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit verursachte und nach zumutbarer Behandlung und Eingliederung verbleibende ganze oder teilweise Verlust der Erwerbsmöglichkeiten auf dem in Betracht kommenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt.
3.2 Es steht fest und ist unbestritten, dass der Versicherte als Folge der beiden Unfälle nicht länger in der Lage ist, seiner angestammten Tätigkeit als Hilfsheizungsmonteur nachzugehen. Unterschiedliche Stellungnahmen liegen demgegenüber bezüglich der verbleibenden Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit vor: Während Dr. med. E._ in seinem Gutachten vom 30. Oktober 2009 davon ausgeht, der Versicherte könne in einer leidensangepassten Tätigkeit vollzeitlich erwerbstätig sein, postulieren die Experten der MEDAS, Spital X._, in ihrem Gutachten vom 15. September 2010 eine Arbeitsfähigkeit von sechs Stunden pro Tag. Die SUVA bestimmte in ihrer Verfügung vom 1. April 2010 den Invaliditätsgrad zunächst ausgehend von der Einschätzung des Dr. med. E._, bemass ihn - nach Vorliegen des zweiten Gutachtens - im Einspracheentscheid vom 16. Februar 2011 aufgrund des Mittelwertes der beiden Gutachten, mithin auf einer Erwerbsfähigkeit von 86 % in einer angepassten Tätigkeit basierend. Die Vorinstanz bestätigte daraufhin den Einspracheentscheid der SUVA.
3.3 Im Sozialversicherungsprozess hat das Gericht seinen Entscheid auf jenen Sachverhalt zu stützen, welchen es für den wahrscheinlichsten hält. Aus allen geltend gemachten und vorstellbaren Fakten hat es diejenigen auszuwählen, welche ihm als die wahrscheinlichsten erscheinen (<ref-ruling> E. 2 S. 195). Liegen zwei sich widersprechende, beweiswertige Gutachten zur Arbeitsfähigkeit vor, so kann demgemäss nicht bloss auf deren Mittelwert abgestellt werden. Das Gericht hat die aufgelegten Expertisen vielmehr zu würdigen und auf jene abzustellen, welche es für überzeugender hält. Sollte auf dem Wege der Beweiswürdigung der Gutachten kein Sachverhalt wahrscheinlicher als der andere erscheinen, so hat das Gericht ein Obergutachten einzuholen. Von einem solchen könnte nur dann abgesehen werden, wenn durch dieses keine bessere Erkenntnis der Sachlage mehr zu erwarten wäre. Diesfalls wäre über die Streitsache gemäss den Regeln zur Beweislastverteilung zu entscheiden (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 264).
3.4 Wie das kantonale Gericht zutreffend erwogen hat, entspricht sowohl das Gutachten des Dr. med. E._ vom 30. Oktober 2009 als auch jenes der MEDAS, Spital X._, vom 15. September 2010 den Anforderungen der Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Keines der beiden Gutachten erscheint überzeugender als das andere. Weshalb indessen von weiteren Abklärungen, insbesondere von der Einholung eines Obergutachtens kein Erkenntnisgewinn mehr zu erwarten wäre, ist nicht ersichtlich und wird von der Vorinstanz auch nicht begründet. Der kantonale Gerichtsentscheid ist demgemäss aufzuheben und die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese nach Einholung eines Obergutachtens über die Beschwerde des Versicherten gegen den Einspracheentscheid der SUVA neu entscheide. Da nur die versicherte Person gegen den kantonalen Gerichtsentscheid Beschwerde erhoben hat, wird die Vorinstanz hiebei <ref-law> zu beachten haben, wonach die versicherte Person nicht schlechter als durch den aufgehobenen kantonalen Gerichtsentscheid gestellt werden darf (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 320).
4. Die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht oder an den Versicherungsträger zur erneuten Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt praxisgemäss (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235 mit Hinweisen) für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als volles Obsiegen im Sinne von Art. 86 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie überhaupt beantragt, oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder Eventualantrag gestellt wird. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 3. November 2011 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. März 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer