Faits:
A. A.a Au cours de l'année 2000, les A._ SA , de siège social à B._, ont planifié la construction d'un accès hivernal à la chambre des vannes du barrage W._. Cet accès consistait en la pose d'un tube en acier ondulé (sur une distance d'environ 200 mètres), enterré et permettant le passage des employés des A._ SA.
Les travaux ont été confiés à l'entreprise de construction Y._.
A.b X._, spécialisée dans les constructions métalliques, a oeuvré en qualité de sous-traitante d'Y._.
Le 20 juin 2001, X._ a adressé aux A._ SA, à titre confidentiel, une offre pour un montant de 123'500 fr., TVA non comprise, pour la construction métallique. Le 23 juillet 2001, elle présentait à Y._ une offre modifiée (no 10'987/01), réduite à 99'301 fr.55, qui a été confirmée le 17 août 2001. Y._ a contresigné la confirmation de l'offre. Le 22 août suivant, des modifications ont encore été apportées à la confirmation. Ainsi, Y._ précisait à X._ que « la livraison, le transport et le montage étaient à votre charge (mise à disposition par notre entreprise d'une aide de 12 jours), le déchargement et la pose des parties de l'ouvrage en métal incombe à notre entreprise et non comme mentionné sous point 4 de vos conditions générales (transport) et ceci pour le prix de fr. 92'297 fr.70 HT. De plus le point 8 des conditions générales concernant la réception et le contrôle de l'intégralité de la marchandise n'est pas de notre ressort ».
A.c Le 28 septembre 2001, X._ a adressé à Y._ une facture de 99'301 fr.55. Le 23 novembre 2001, celle-là recevait à son tour de celui-ci une facture de 11'313 fr.60 pour l'exécution, en béton, du raccordement des tubes d'acier - fournis par X._ - aux ouvrages existants; il était précisé que la facture serait compensée avec une partie de celle de X._.
B. B.a X._ a ouvert action contre Y._, afin d'obtenir le solde du paiement de la prestation fournie, conformément à ce qui avait été convenu.
Après modification de ses conclusions initiales sur le seul montant du taux d'intérêt, X._ a conclu à la condamnation de la partie adverse à lui payer le montant de 13'101 fr.55, avec intérêts à 9% dès le 28 octobre 2001. A ce montant s'ajoutaient « les frais de retard et divers », à concurrence de 1'331 francs.
Y._ a conclu, pour sa part, au rejet de la demande, avec suite de frais et dépens.
En cours de procédure, les parties ont renoncé à faire administrer une expertise et arrêté à 13'100 fr. la valeur des travaux effectués par Y._ et celle des travaux non exécutés par X._ du fait de « l'abandon de la solution des raccordements métalliques prévus ». Ce montant correspond au solde réclamé par X._ à l'appui de son action en justice.
B.b Par jugement rendu le 24 février 2009, le Tribunal cantonal valaisan a rejeté la demande de X._.
Le Juge de la Cour civile I du Tribunal cantonal a retenu que les parties ont, d'un commun accord, renoncé à certaines prestations que devait fournir initialement X._: il s'agit du raccord métallique entre le tube que X._ a livré et les ouvrages existants. Ce raccord a finalement été réalisé - en béton - par le maître d'oeuvre. L'autorité cantonale a ensuite posé qu'une prestation à laquelle les parties ont renoncé en cours de chantier ne saurait être facturée et relevé que, dans le cas d'espèce, rien au dossier ne permet de retenir que la modification convenue a été intégrée, d'un point de vue des répercussions financières, dans l'offre de X._ voire, par la suite, dans sa facture du 28 septembre 2001. Elle en a conclu que la demanderesse avait échoué à démontrer le bien-fondé de la créance invoquée.
C. La demanderesse exerce un recours constitutionnel subsidiaire. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits, dans l'appréciation des preuves, dans l'application des <ref-law> et 18 CO et une violation du droit d'être entendue par le non-respect de l'obligation de motiver, la demanderesse conclut à l'admission du recours et réitère les conclusions prises devant l'autorité valaisanne, en fixant le taux des intérêts à 5%, et non plus à 9%.
Le défendeur propose l'irrecevabilité du recours, subsidiairement le rejet.
L'autorité cantonale ne formule aucune observation et se réfère aux considérants de son jugement.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dans le cas d'espèce, la valeur litigieuse n'atteint pas le minimum légal de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF) et la cause ne correspond à aucun des cas de dispense prévus par la loi (<ref-law>). Dès lors, seul entre en ligne de compte le recours constitutionnel subsidiaire, au sens des <ref-law>, dont les conditions apparaissent remplies en l'espèce. En effet, le recours, interjeté par la partie demanderesse qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>), est dirigé contre une décision finale (art. 117 et 90 al. 1 LTF) rendue par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 114 et 75 LTF). Déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prévues par la loi (<ref-law>), le recours constitutionnel subsidiaire est donc en principe recevable.
1.2 Le recours constitutionnel ne peut être exercé que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne se saisit que des griefs soulevés et motivés de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il doit statuer sur la base des faits constatés dans la décision attaquée; il ne peut rectifier ou compléter que les constatations de fait auxquelles l'autorité précédente est parvenue en violation des droits constitutionnels (<ref-law>).
2. La recourante se plaint tout d'abord d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'appréciation des preuves.
2.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.2 2.2.1 Le Tribunal cantonal a retenu qu'initialement le raccord entre le tube à fournir par la recourante et les ouvrages existants devait être métallique, qu'il était clair, pour la direction des travaux, le maître d'oeuvre et l'entreprise de construction, qu'il serait posé par la recourante, que ce point a cependant été modifié lors d'une discussion qui s'est tenue en cours de chantier, en présence et avec l'accord du représentant de la recourante: le raccord métallique a été remplacé par un raccord en béton, à réaliser par l'intimé. L'autorité cantonale s'est fondée sur les dépositions concordantes des témoins C._, directeur des travaux, D._, représentant du maître d'oeuvre, et E._, fils de l'intimé, après avoir constaté qu'elle ne pouvait rien déduire du contenu - relativement sommaire - des postes 330 et 331 de l'offre de la recourante.
La recourante conteste cette appréciation des preuves et le fait qu'il était initialement prévu entre les parties que les raccords devaient être exécutés par elle-même. Elle soutient que les témoignages susmentionnés émanent de deux employés des A._ SA (maître d'oeuvre lié à l'intimé) et d'un employé de l'intimé (qui est son fils) et qu'ils sont en contradiction avec le contrat écrit, plus particulièrement avec le descriptif des postes 330 et 331 de son offre. Au regard de ces éléments, le jugement attaqué serait insoutenable ou manifestement injuste.
Les témoignages pris en considération par l'autorité cantonale sont pertinents, dès lors qu'ils décrivent l'accord passé entre les parties et les modifications apportées à cet accord. Le fait que l'intimé était contractuellement lié aux A._ SA ne signifie pas encore, comme semble le soutenir la recourante, que le témoignage des employés des A._ SA était dénué de force probante. La recourante ne tente du reste pas le début d'une démonstration allant dans ce sens. En outre, la mention « déplacement dans la fouille non-compris », contenue au poste 331 de l'offre de la recourante, n'apporte aucune précision sur le raccord litigieux et n'est donc pas à même de taxer d'arbitraire la constatation s'y rapportant. Il s'ensuit que l'autorité cantonale pouvait, de manière soutenable, privilégier le contenu de dépositions précises et concordantes de trois témoins, au détriment du contenu lacunaire de l'offre présentée par la recourante, ce en dépit du fait qu'un des témoins est le fils de l'intimé, et arrêter que les parties avaient initialement convenu que la recourante poserait un raccord métallique.
C'est donc en pure perte que la recourante prétend qu'aucun raccordement des constructions/tubes métalliques à un ouvrage en béton n'était prévu dans le contrat à sa charge, voire encore qu'il n'était pas prévu initialement que la recourante poserait un raccord métallique.
2.2.2 L'autorité cantonale a ensuite posé que le dossier, en particulier les offres de la recourante (no 10'897 et no 10'897/01), ne permet pas de préciser si les parties ont adapté leurs offres respectives à la modification du type de raccord - soit au remplacement du raccord métallique par un raccord en béton -, ni, le cas échéant, de quelle manière.
La recourante critique ce point de fait, en soutenant, pour toute argumentation, que les parties n'avaient pas à adapter leurs offres respectives pour tenir compte d'une modification relative aux raccordements, dès lors que dans son offre initiale les raccordements n'étaient pas prévus. Elle en déduit que le prix convenu dans l'offre ne pouvait que correspondre aux prestations effectivement fournies.
Il a été jugé au considérant précédent que l'autorité cantonale n'a pas fait preuve d'arbitraire en ayant retenu qu'il était initialement convenu entre les parties que la recourante poserait un raccord métallique. Dès lors, la recourante ne saurait valablement fonder l'entier de son argumentation sur l'absence de tout accord passé entre les parties au sujet d'un raccordement initial.
En outre, en affirmant que « si on ne peut pas établir l'existence d'un rapport [entre les modifications contractuelles opérées en cours de chantier et la baisse de l'offre de X._, communiquée à Y._ le 23 juillet 2001], on ne peut pas non plus établir la non-existence de ce rapport » et qu'ainsi un doute subsiste, la recourante semble perdre de vue que l'autorité cantonale a posé qu'aucune adaptation du contrat aux modifications convenues n'a été établie et qu'il lui appartenait de critiquer ce point de fait sous l'angle de l'arbitraire - ce qu'elle n'a même pas tenté d'entreprendre.
Par conséquent, la recourante échoue à démontrer l'arbitraire dans la constatation incriminée.
3. La recourante dénonce ensuite une violation arbitraire de l'<ref-law>. De son point de vue, le Tribunal cantonal aurait violé cette disposition en tenant pour exact le fait qu'il était initialement prévu entre les parties que les raccordements devaient être faits par la recourante et en ayant constaté que le bien-fondé de la créance invoquée n'a pas été démontré à satisfaction.
Dans sa critique, la recourante remet en cause des faits, qui ont été définitivement constatés. Par conséquent, le moyen pris d'une violation de l'<ref-law>, dont l'application arbitraire n'est aucunement démontrée, est sans consistance, l'<ref-law> ne régissant pas l'appréciation des preuves et les constatations de fait qui en découlent (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 226; <ref-ruling> consid. 2.6 p. 24 s.).
Dans le corps de son argumentation, la recourante évoque l'art. 8 de ses conditions générales de vente et de livraison, en affirmant que l'autorité cantonale en aurait fait une application arbitraire. A défaut d'une motivation suffisante, le moyen n'est pas recevable (cf. <ref-law>).
4. La recourante dénonce aussi une violation arbitraire de l'<ref-law>.
Elle soutient en substance que la lettre du contrat était tout à fait claire s'agissant de l'absence de toute obligation de raccordement lui incombant et que, partant, l'autorité cantonale n'avait pas à se livrer à une interprétation du contrat. Subsidiairement, elle prétend que l'autorité cantonale aurait dû procéder à une interprétation objective et non pas, comme elle l'a fait, à une interprétation subjective.
Le moyen doit être écarté dans son ensemble.
Après avoir relevé qu'il est difficile de déterminer ce qu'englobent exactement les postes 330 et 331, et plus précisément de savoir si le montage porte aussi sur le raccordement litigieux - métallique -, l'autorité cantonale a souverainement constaté, à la suite d'une appréciation des preuves à disposition - exempte de tout reproche (cf. considérant 2.2.1) -, qu'il était initialement prévu entre les parties que la recourante poserait un raccord métallique. On ne saurait donc suivre la recourante, lorsqu'elle affirme, au début de son grief, que les termes du contrat sont parfaitement limpides et que, partant, « toute interprétation du contrat était superflue ».
Dès lors que la réelle et commune intention des parties a, sur la question du raccordement litigieux, été souverainement déterminée, de façon définitive, par l'autorité cantonale, il n'y avait pas lieu de faire application de la théorie de la confiance ancrée à l'<ref-law>. Cela étant, on ne voit pas en quoi l'autorité cantonale aurait violé, de manière insoutenable, la disposition en question. Aucune démonstration allant dans ce sens n'est du reste entreprise, la recourante construisant l'essentiel de son grief sur une nouvelle critique de l'appréciation des preuves opérée par l'autorité cantonale.
5. En dernier lieu, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Selon elle, le fait que l'autorité cantonale n'a pas recouru à la deuxième phase d'interprétation constitue une violation de l'obligation de motiver.
Le droit d'être entendu prévu à l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment l'obligation pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Il suffit cependant que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445).
Comme on vient de le voir, il ressort clairement du jugement entrepris que l'autorité cantonale a établi la réelle et commune intention des parties, en constatant que celles-ci avaient initialement prévu que la recourante poserait un raccord métallique, et que, par conséquent, le principe de la confiance n'a pas été mis en oeuvre. La recourante l'a d'ailleurs parfaitement compris, puisqu'elle a été en mesure, à l'appui du précédent grief, de reprocher à l'autorité cantonale de s'être contentée d'une interprétation subjective.
Cela étant, il n'y a pas l'ombre d'une violation du droit à obtenir une décision motivée.
6. En définitive, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
7. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 9 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin