Sachverhalt:
A. A.a Die Y._ AG (Beschwerdegegnerin; vormals YA._) hat die X._ AG (Beschwerdeführerin), ein im Immobilienbereich tätiges Unternehmen, seit Jahren namentlich in Steuerfragen beraten.
Mit Vertrag vom 21. Dezember 2001 verkaufte die Beschwerdeführerin fünf Stockwerkeigentumseinheiten und einen Miteigentumsanteil am Einkaufszentrum "Tivoli" in Spreitenbach zum Preis von Fr. 22'500'000.-- an ihre zu 100% beherrschte Tochtergesellschaft "XZ._ AG", welche sie im selben Jahr erworben hatte.
Aufgrund dieses Verkaufs resultierte in der Erfolgsrechnung der Beschwerdeführerin für das Jahr 2001 ein Reingewinn von Fr. 11'927'915.--. In der Meinung, dass die im System der zweijährigen Vergangenheitsbemessung geltenden Verrechnungsmöglichkeiten Anwendung fänden, verrechnete die Beschwerdeführerin in der Steuererklärung für das Jahr 2001 den Reingewinn mit einem Verlustvortrag von Fr. 12'169'671.-- aus den acht vorangegangenen Geschäftsjahren 1993 bis 2000. Damit wäre nach Auffassung der Beschwerdeführerin für das Steuerjahr 2001 keine direkte Bundessteuer auf dem Gewinn abzurechnen gewesen.
A.b Mit dem am 1. Januar 1995 in Kraft getretenen Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) erfolgte indessen ein Wechsel zur Gegenwartsbesteuerung. Die Verlustverrechnungsregeln wurden dabei insofern geändert, als nur noch die Verluste aus den sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden konnten.
Da das DBG keine Übergangsbestimmungen zur Verlustverrechnung enthält, blieb bis Mai 2001 unklar, von welcher Verlustvortragsperiode nach dem Systemwechsel auszugehen war. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hielt in ihrem Kreisschreiben Nr. 4 vom 26. November 1992 auf S. 4 zwar fest, dass für die neurechtliche Berechnung die Verluste aus sieben Vorjahren nach den Grundsätzen des neuen Berechnungssystems zu berücksichtigen seien. Nachdem das Kreisschreiben in der Lehre aber kritisiert wurde, gelangte die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesslich zur Auffassung, dass das neue Recht die Verlustergebnisse der vor dem 1. Januar 1995 abgeschlossenen Geschäftsjahre "erbe": Die Verluste aus acht Vorjahren sollten bei der Berechnung nach altem Recht berücksichtigt werden können. Sofern dabei ein Verlust verbleibe, der noch nicht verrechnet werden konnte, könne dieser auch im System der Gegenwartsbesteuerung berücksichtigt werden. Mit Urteil 2A.532/1998 vom 17. Mai 2001 stellte sich das Bundesgericht jedoch gegen diese Praxis und schloss sich der ursprünglich von der Eidgenössischen Steuerverwaltung im Kreisschreiben Nr. 4 vertretenen Rechtsauffassung an. Es entschied u.a., dass das neue Recht so zur Anwendung gelange, wie wenn es schon vor 1995 gegolten hätte. Dies hatte zur Folge, dass der Reingewinn nach neurechtlicher Veranlagung ab 1995 nur noch mit Verlusten aus den sieben vorangegangenen Geschäftsjahren verrechnet werden konnte.
A.c Mit Schreiben vom 13. August 2001 nahm die Beschwerdegegnerin mit Blick auf die geplante Veräusserung der genannten Liegenschaften an die Tochtergesellschaft "XZ._ AG" Stellung zu diesem Urteil. Sie hielt dafür, dass die Rechtsprechung des Bundesgerichts keinen Einfluss auf die Möglichkeit habe, die Verluste aus den acht Vorjahren zu verrechnen. Dabei handelte es sich - wie die Beschwerdegegnerin im Nachhinein eingesteht - um eine Fehleinschätzung.
Entsprechend der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liess die Steuerverwaltung bei der Beschwerdeführerin in der Folge nur die Verrechnung mit den Verlustvorträgen aus den Jahren 1994 bis 2000 in der Höhe von Fr. 6'273'741.-- zu und unterbreitete einen Einschätzungsvorschlag, der für das Jahr 2001 von einem Reingewinn von Fr. 5'741'926.-- ausging. Die Beschwerdegegnerin riet der Beschwerdeführerin, diese Veranlagung zu akzeptieren. Gemäss provisorischer Steuerrechnung 2001 vom 31. Januar 2003 hatte die Beschwerdeführerin somit bei einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 5'654'174.-- einen Steuerbetrag von Fr. 480'604.80 zu bezahlen. Der aufgrund bewilligter Ratenzahlung geschuldete Verzugszins belief sich nach ihren Angaben auf Fr. 21'483.98, womit ihr insgesamt eine unerwartete Steuerlast von Fr. 502'088.80 entstanden sei. Diese stelle einen Schaden dar.
A.d Die Beschwerdeführerin wurde auch an ihrem Nebensteuerdomizil in Bern zum Satz von Fr. 5'741'900.-- besteuert. Für den im Steuerjahr 2001 erzielten Ertrag von Fr. 481'600.-- wurde ein Steuerbetrag von Fr. 83'741.85 rechtskräftig veranlagt. Hätte der Verlustvortrag aus dem Jahr 1993 verrechnet werden können, so hätte der satzbestimmende Gewinn auch im Kanton Bern Fr. 0.-- betragen, womit nur die Kapitalsteuer von insgesamt Fr. 1'576.55 zu entrichten gewesen wäre. Durch die Besteuerung zum höheren Satz resultierte somit eine steuerliche Mehrbelastung von Fr. 82'165.30.
A.e Schliesslich musste eine Tochtergesellschaft der Beschwerdeführerin im Kanton Genf einen um Fr. 21'244.-- zu hoch ausgefallenen Betrag als Liegenschaftssteuer entrichten, weil die Beschwerdegegnerin nicht bemerkt hatte, dass der besteuerte Liegenschaftsertrag aus einem verlängerten Geschäftsjahr von 15 Monaten resultierte und nicht auf 12 Monate umgerechnet worden war. Die Steuerrechnung wurde erst an die Beschwerdeführerin weitergeleitet, als kein Rechtsmittel mehr erhoben werden konnte. Ihren Schadenersatzanspruch trat die Tochtergesellschaft in der Folge an die Beschwerdeführerin ab.
B. B.a Am 7. September 2004 reichte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein mit dem Begehren, die Beschwerdegegnerin sei zur Zahlung von Fr. 605'498.10 zu verpflichten. Mit Urteil vom 4. April 2008 hiess das Handelsgericht die Klage teilweise gut und verurteilte die Beschwerdegegnerin zur Zahlung des bei der Genfer Liegenschaftssteuer angefallenen Mehrbetrags von Fr. 21'244.-- (Ziff. 1 Absatz 1), zur Tragung von 19/20 der Verfahrenskosten (Ziff. 3) und zur Zahlung einer Parteientschädigung (Ziff. 4). Im Mehrbetrag wies es die Klage ab (Ziff. 1 Absatz 2).
B.b Dagegen erhob die Beschwerdeführerin beim Kassationsgericht des Kantons Zürich Nichtigkeitsbeschwerde und beantragte, es seien die Dispositiv-Ziff. 1 Absatz 2, Ziff. 3 und 4 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Mit Zirkulationsbeschluss vom 13. Februar 2009 wies das Kassationsgericht die Beschwerde ab, soweit es auf sie eintrat, und verurteilte die Beschwerdeführerin zur Tragung der Verfahrenskosten (Ziff. 3) und zur Zahlung einer Parteientschädigung (Ziff. 4).
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 23. März 2009 gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts sowie gegen das Urteil des Handelsgerichts beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihr einen Betrag von Fr. 584'254.10 zu bezahlen, eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen. Insoweit das Handelsgericht die Klage guthiess, ficht die Beschwerdeführerin das Urteil nicht an. Sinngemäss verlangt sie damit die Aufhebung der Dispositiv-Ziff. 1 Absatz 2, Ziff. 3 und 4 des Urteils des Handelsgerichts und der Dispositiv-Ziff. 3 und 4 des Zirkulationsbeschlusses des Kassationsgerichts.
Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht des Kantons Zürich und das Kassationsgericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegenstand des Verfahrens bildet eine Zivilsache (<ref-law>). Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht vollständig geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde in Zivilsachen ist nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin verlangt neben der Aufhebung des Zirkulationsbeschlusses des Kassationsgerichts zusätzlich die Aufhebung des Urteils des Handelsgerichts. Da sie Rügen vorbringt, welche das Kassationsgericht nicht oder mit engerer Kognition als das Bundesgericht geprüft hat, ficht sie zu Recht das Urteil des Handelsgerichts mit an (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 269).
Bezüglich Rügen der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist indessen zu beachten, dass diese vor Kassationsgericht vorgebracht werden können (<ref-law>/ZH; <ref-ruling> E. 3.4 S. 587 f.). Damit stellt das Urteil des Handelsgerichts insoweit keinen kantonal letztinstanzlichen Entscheid dar, als geltend gemacht wird, das Handelsgericht habe den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzt. Eine entsprechende Rüge hätte gegen den Entscheid des Kassationsgerichts vorgebracht werden müssen. Soweit die Beschwerdeführerin dagegen die Verletzung von einfachem Bundesrecht rügt, ist das Urteil des Handelsgerichts ein letztinstanzlicher Entscheid.
2. Im Rahmen ihrer Beschwerde gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts des Kantons Zürich beantragt die Beschwerdeführerin lediglich die Neuverteilung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung. Da das Kassationsgericht die Nichtigkeitsbeschwerde abgewiesen hat, soweit es darauf eingetreten ist, und die Beschwerdeführerin dagegen keine Rügen in der Sache vorbringt, besteht kein Anlass zur Neuverteilung. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
3. Dem Handelsgericht wirft die Beschwerdeführerin vor, <ref-law> sowie <ref-law> verletzt zu haben, indem es zu hohe Anforderungen an die Substanziierung des Schadenseintritts gestellt habe.
3.1 Schaden ist nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts die ungewollte Verminderung des Reinvermögens. Er kann in einer Verminderung der Aktiven, einer Vermehrung der Passiven oder in entgangenem Gewinn bestehen und entspricht der Differenz zwischen dem gegenwärtigen Vermögensstand und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 323 f.; <ref-ruling> E. 2.1, je mit Hinweisen).
3.2 In tatsächlicher Hinsicht hat die Geschädigte den Zustand ihres Vermögens sowie den hypothetischen höheren Vermögensstand ohne schädigendes Ereignis zu behaupten und zu beweisen. Dies bedeutet indessen nicht, dass sie die Behauptungslast für sämtliche Umstände trifft, die für die Bestimmung des Schadens massgeblich sein können. Vielmehr sind ihre Behauptungen hinreichend substanziiert, wenn sie unter der Annahme, sie seien bewiesen, einen Sachverhalt ergeben, den das Gericht den entsprechenden Gesetzesnormen zuordnen und gestützt darauf die Forderung zusprechen kann (vgl. C. JÜRGEN BRÖNNIMANN, Die Behauptungs- und Substanzierungslast im schweizerischen Zivilprozessrecht, 1989, S. 137).
Wie weit die Tatsachen, aus denen sich der hypothetisch höhere Vermögensstand ergibt, inhaltlich zu substanziieren sind, hängt weiter vom prozessualen Verhalten der Gegenpartei ab. Tatsachenbehauptungen müssen so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2). Bestreitet der Prozessgegner das an sich schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserheblichen Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann (<ref-ruling> E. 2 S. 368; <ref-ruling> E. 3 S. 341). Stellt der kantonale Richter jedoch überhöhte Anforderungen an die Substanziierungslast, indem er detailliertere Tatsachenbehauptungen verlangt als für die rechtliche Beurteilung des anspruchsbegründenden Sachverhalts nötig, verletzt er Bundesrecht und namentlich <ref-law> (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2c; C. JÜRGEN BRÖNNIMANN, a.a.O., S. 171).
3.3 Die Beschwerdeführerin behauptete vor Handelsgericht, sie hätte zwei Möglichkeiten zur Vermeidung des Schadens gehabt, die sie bei zutreffender Aufklärung über das Risiko des Verfalls ihres Verlustvortrages von 1993 hätte ausführen können: Zum einen hätte sie die "XZ._ AG" bereits im Jahr 2000 erwerben und ihr im selben Jahr die Liegenschaften verkaufen können; zum anderen hätte sie im Jahr 2000 eine neue Tochtergesellschaft gründen und dieser die Liegenschaften ebenfalls im selben Jahr verkaufen können. In beiden Fällen hätte die Möglichkeit bestanden, den Gewinn noch mit dem Verlustvortrag aus dem Jahr 1993 zu verrechnen und so das Anfallen einer Steuer zu verhindern.
Nach Auffassung der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin ihre Behauptung, sie hätte die "XZ._ AG" schon im Jahre 2000 erworben, wenn sie rechtzeitig auf die rechtlich unsichere Situation bezüglich der Verrechnungsfähigkeit des Verlustvortrags 1993 hingewiesen worden wäre, jedoch nicht hinreichend substanziiert. Sie habe nicht dargelegt, wer die Verkäufer der Z._ AG gewesen wären, welcher Preis schon im Jahr 2000 für die Aktien ausgehandelt, sowie wann und mit wem diese Verhandlungen geführt worden seien. Auch bezüglich der Variante der Gründung einer Tochtergesellschaft würden konkrete Angaben fehlen, so insbesondere die Höhe des Aktienkapitals, der Zweck der Gesellschaft, die Finanzierung des Kaufpreises und der betriebswirtschaftliche Hintergrund einer solchen Transaktion.
3.4 Wenn das Handelsgericht von der Beschwerdeführerin verlangt, die reale Situation im Zusammenhang mit dem vorgezogenen Erwerb der Z._ AG im Jahr 2000 konkret zu schildern, verletzt sie kein Bundesrecht. Denn es geht hier um eine Gestaltungsmöglichkeit, über welche die Beschwerdeführerin ohne weiteres in der Lage ist, konkrete Angaben zu liefern. Wenn die Beschwerdegegnerin nicht weiss, von wem die Gesellschaft erworben wurde, kann sie auch nicht substanziiert anführen, dass die Verkäuferschaft im Jahre 2000 noch nicht zu einem Verkauf bereit gewesen oder dass z.B. ein Organwechsel bei der Verkäuferschaft stattgefunden und die im Vorjahr Verantwortlichen einem Verkauf nicht zugestimmt hätten. Indem die Vorinstanz von der Beschwerdeführerin konkrete Angaben zur Ausgestaltung des vorgezogenen Erwerbs verlangte, hat sie einen bundesrechtskonformen Massstab an die Substanziierung des Schadens gelegt.
Anders verhält es sich demgegenüber bezüglich der Variante der Gründung einer Tochtergesellschaft zum Erwerb der Liegenschaften. Hier muss genügen, dass die Beschwerdeführerin behauptet und beweist, sie hätte bei sorgfältiger Beratung durch die Beschwerdegegnerin die konkrete Möglichkeit gehabt, zu diesem Zeitpunkt eine Tochtergesellschaft zu gründen, und diese Möglichkeit voraussichtlich auch genutzt. Aus der Behauptung der Beschwerdeführerin wird denn auch hinreichend klar, dass die neue Gesellschaft so ausgestaltet worden wäre, dass sie sowohl den angestrebten betriebswirtschaftlichen Zweck wie auch jenen der Steuerersparnis hätte erfüllen können. Wenn das Handelsgericht die Beschwerdeführerin wegen mangelnder Substanziierung des Schadens daran hindert, den Beweis anzutreten, verletzt es Bundesrecht. Insoweit ist das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und zur Durchführung eines Beweisverfahrens sowie neuer Entscheidung zurückzuweisen. Das Handelsgericht wird dabei abzuklären haben, welche Kosten mit der Gründung der Tochtergesellschaft verbunden gewesen wären, und ob sich die betriebswirtschaftlichen Zwecke und die Steuerersparnis unter diesen Umständen hätten erreichen lassen.
4. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, das Handelsgericht habe den Schadensbegriff verkannt, indem es angenommen habe, ihr Schaden sei nicht durch die unerwartet hohe Steuerbelastung anlässlich der Liegenschaftsveräusserung im Dezember 2001 entstanden, sondern bereits am 1. Januar 2001 durch den Verfall der Möglichkeit, Verlustvorträge aus dem Jahr 1993 zu verrechnen.
4.1 Die Beschwerdeführerin machte vor der Vorinstanz eventualiter geltend, dass die Beschwerdegegnerin spätestens aufgrund der Falschauskunft im Zusammenhang mit dem erwähnten Bundesgerichtsentscheid vom 17. Mai 2001 ihre Vertragspflichten verletzt habe. In diesem Zeitpunkt hätte die Beschwerdeführerin den Verkauf der Liegenschaften zwar nicht mehr vorziehen, aber nach wie vor auf den Verkauf als solchen verzichten und so den Steueranfall verhindern können.
Das Handelsgericht kam zum Schluss, dass bei Verzicht auf den Verkauf der Liegenschaften kein Schaden entstanden wäre. Ein Verlustvortrag, der mit dem Reingewinn verrechnet werden kann, stelle ein wirtschaftlich nutzbares Gut im Wert der damit erzielbaren Steuerersparnis dar. Wirtschaftlich hätte die Beschwerdeführerin aber mit dem blossen Verlust der steuerlichen Nutzung des Verlustvortrags ohne gleichzeitiges Erzielen eines Gewinnes aus Liegenschaftsverkauf die gleiche Einbusse erlitten, wie wenn ein erzielter Gewinn durch die nun tatsächlich anfallende Steuer gemindert werde. Der Beschwerdeführerin wäre deshalb nur dann ein Schaden entstanden, wenn sie wegen der fehlerhaften Interpretation des Bundesgerichtsentscheides versäumt hätte, die zu verkaufenden Liegenschaften auf andere Weise so steueroptimiert zu veräussern, dass sie ohne Belastung durch die direkte Bundessteuer den gleichen Gewinn hätte realisieren können. Eine solche Lösung zeige sie indessen nicht auf.
4.2 Das Handelsgericht geht zu Recht davon aus, dass das Verrechnungspotential des Verlustvortrags in jedem Fall am 1. Januar 2001 entfallen wäre. Ob dieses jedoch ein wirtschaftlich nutzbares Gut - eine Art "Aktivum" - darstellt, kann offen bleiben. Entscheidend ist nach der Differenzhypothese vielmehr, ob das Vermögen der Beschwerdeführerin bei (hypothetischem) Verzicht auf den Verkauf der Liegenschaften grösser wäre als im Falle einer Veräusserung. Dabei kann grundsätzlich davon ausgegangen werden, dass der realisierte Preis für die Liegenschaften deren Verkehrswert im Veräusserungszeitpunkt entspricht. Auf Seiten der Aktiven würde sich damit bei hypothetischem Verzicht auf den Verkauf gegenüber der tatsächlichen Vermögenssituation der Beschwerdeführerin betragsmässig nichts ändern. Wenn dagegen bei Verzicht auf den Verkauf weniger Passiven angefallen wären als im Falle des Verkaufs, läge ein Schaden vor. Dies wäre der Fall, wenn die der Beschwerdeführerin aufgrund des Verkaufs der Liegenschaften tatsächlich angefallenen Steuern höher sind als jene Steuern, die während der massgebenden Steuerperiode bei einem Verzicht auf den Verkauf angefallen wären.
4.3 In tatsächlicher Hinsicht hielt das Handelsgericht fest, dass die Steueroptimierung beim Verkauf der Liegenschaften an die Z._ AG ein wichtiger, aber nicht einziger Zweck gewesen, sondern dass es auch darum gegangen sei, aus betriebswirtschaftlichen Gründen eine Holdingstruktur zu errichten. Dazu hätten alle Liegenschaften eines Kantons in einer kantonalen Gesellschaft gebündelt werden sollen, um neben den steuerlichen auch administrative Vorteile und Kosteneinsparungen zu erzielen. Ob die Beschwerdeführerin trotz der betriebswirtschaftlichen Hintergründe einzig aus steuerlichen Gründen auf den Verkauf verzichtet hätte, wenn sie von der Beschwerdegegnerin zutreffend aufgeklärt worden wäre, geht aus den Feststellungen des Handelsgerichts nicht hervor. Damit fehlen dem Bundesgericht die tatsächlichen Grundlagen für einen reformatorischen Entscheid, weshalb die Sache auch in diesem Punkt an das Handelsgericht zur Ergänzung des Sachverhalts und neuem Entscheid zurückzuweisen ist. Die Vorinstanz wird Feststellungen darüber zu treffen haben, ob die Beschwerdeführerin, obwohl sie die beschriebene Konzernstruktur im Auge hatte, bei korrekter Beratung durch die Beschwerdegegnerin die Liegenschaft während der massgebenden Steuerperiode behalten hätte und welche Steuerlast diesfalls angefallen wäre.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit sie sich gegen das Urteil des Kassationsgerichts richtet, und teilweise gutzuheissen, soweit sie sich gegen das Urteil des Handelsgerichts richtet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten anteilsmässig zu verlegen (<ref-law>). Die zur Hauptsache unterlegene Beschwerdegegnerin schuldet der Beschwerdeführerin eine herabgesetzte Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde gegen das Urteil des Kassationsgerichts des Kantons Zürich vom 13. Februar 2009 wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 4. April 2008 wird teilweise gutgeheissen und Dispositiv-Ziff. 1 Absatz 2, Ziff. 3 und 4 dieses Urteils werden aufgehoben. Die Sache wird zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an das Handelsgericht zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden zu einem Drittel der Beschwerdeführerin und zu zwei Dritteln der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kassationsgericht des Kantons Zürich und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Oktober 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Hurni