Sachverhalt:
A. Die Prozessparteien sind Ärzte für Allgemeine Medizin. Am 27. November 1999 schlossen sie einen Zusammenarbeitsvertrag, gemäss welchem B._ (Beschwerdegegner) ab dem 1. Februar 2000 in der von A._ (Beschwerdeführer) betriebenen Praxis auf eigene Rechnung tätig sein sollte gegen Ablieferung eines Umsatzanteils. Dem Beschwerdeführer oblag die Praxisadministration und die Geschäftsführung. Ab Ende Oktober 2000 verschlechterte sich das Verhältnis unter den Vertragspartnern. Am 11. Januar 2001 sprach der Beschwerdeführer eine mündliche Kündigung des Zusammenarbeitsvertrags aus, welche er am 15. Januar 2001 schriftlich bestätigte.
B. Am 12. April 2002 klagte der Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Zürich auf Zahlung von Fr. 177'806.05 nebst Zins, im Wesentlichen als Ersatz für den aus der unbegründeten fristlosen Kündigung entstandenen Schaden. Das Bezirksgericht schützte die Klage am 24. August 2006 im Umfang von Fr. 142'672.80 nebst Zins und wies sie im Übrigen ab. Auf Berufung des Beschwerdeführers merkte das Obergericht des Kantons Zürich am 18. Juli 2007 zunächst vor, dass das Urteil des Bezirksgerichts insoweit in Rechtskraft erwachsen sei, als damit die Klage abgewiesen worden sei (Dispositiv Ziff. 1). Im Übrigen wurde das Urteil des Bezirksgerichts aufgehoben und die Sache "zur Ergänzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen und zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen" (Dispositiv Ziff. 2). Das Obergericht gab dem Bezirksgericht ferner auf, die betraglich festgesetzten Kosten des Berufungsverfahrens mit dem Endentscheid zu regeln (Dispositiv Ziff. 3 und 4). Wie das Bezirksgericht kam auch das Obergericht zum Ergebnis, die fristlose Auflösung des Gesellschaftsvertrages sei nicht gerechtfertigt gewesen. Die Rückweisung erfolgte zur Vornahme bestimmter Beweiserhebungen zum Umfang des Schadens, welche das Obergericht für unerlässlich hielt. Mit Zirkulationsbeschluss vom 24. Juli 2008 wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich die Nichtigkeitsbeschwerde des Beschwerdeführers ab, soweit es darauf eintrat.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung von Ziffer 2 des Dispositivs des obergerichtlichen Entscheides. Eventuell sei dieser aufzuheben, "das Vorliegen eines wichtigen Grundes zu bejahen, die Berufung von A._ an das Obergericht des Kantons Zürich somit gutzuheissen". Mit Präsidialverfügung vom 16. Oktober 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt. Der Beschwerdegegner beantragt, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sei diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 521 mit Hinweis).
1.1 Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab, sondern hebt das erstinstanzliche Urteil, soweit es nicht bereits in Rechtskraft erwachsen ist, auf und weist die Sache unter bestimmten Vorgaben in materieller und verfahrensrechtlicher Hinsicht zu weiteren Beweiserhebungen und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Er erweist sich damit als Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen).
1.2 Da es sich nicht um einen Zwischenentscheid über die Zuständigkeit oder über Ausstandsbegehren handelt, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn eine der folgenden Voraussetzungen erfüllt ist: Erstens, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Diese Voraussetzung ist vorliegend offensichtlich nicht gegeben und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht geltend gemacht. Zweitens, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Diese Voraussetzung übernimmt die Vorschrift von Art. 50 OG (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4334 Ziff. 4.1.4.1). Die diesbezügliche Rechtsprechung behält demnach Geltung. Danach bildet die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahmebestimmung, die restriktiv auszulegen ist. Dies umso mehr, als die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Zwischenentscheid nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft nach freiem Ermessen, ob die Voraussetzung von <ref-law> erfüllt ist. Auf eine Beschwerde ist von vornherein nicht einzutreten, wenn der Beschwerdeführer überhaupt nicht dartut, weshalb die Voraussetzung erfüllt sei und die Eintretensfrage schlechthin ignoriert (<ref-ruling> E. 1a S. 92; Urteil des Bundesgerichts 4A_35/2007 vom 2. Mai 2007 E. 2).
1.3 Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, wegen der Bindung des erstinstanzlichen Gerichts an den Rückweisungsentscheid des Obergerichts handle es sich dabei um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann in der Tat in bestimmten Ausnahmefällen ein Rückweisungsentscheid als Endentscheid angefochten werden. Voraussetzung ist aber jedenfalls, dass die Rückweisung allein der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen). Dies ist hier nicht der Fall. Das Obergericht hat lediglich einzelne Posten, aus denen sich die eingeklagte Summe ergibt, abschliessend beurteilt, und bezüglich der übrigen die Durchführung eines Beweisverfahrens angeordnet, so dass es nicht nur um die rechnerische Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten geht. Zufolge der irrigen Qualifikation des angefochtenen Entscheides als Endentscheid im Sinne von <ref-law> äussert sich der Beschwerdeführer mit keinem Wort zum Vorliegen der Eintretensvoraussetzungen, die für die Zulässigkeit der Anfechtung eines Zwischenentscheides erfüllt sein müssen. Auf die Beschwerde kann daher nicht eingetreten werden.
2. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 67 Abs. 2 BGG). Dem relativ geringen Aufwand des Gerichts kann bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr Rechnung getragen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak