Sachverhalt:
A. Der 1954 geborene S._, als Arbeitsloser bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert, erlitt am 24. August 1996 mit dem Auto eine Frontalkollision, wobei er sich ein mittelschweres Schädel-Hirntrauma mit kleinen Kontusionsblutungen links frontal paramedian ohne Hirnödem und eine tiefe Rissquetschwunde frontal links sowie einen Abriss des Processus articularis des ersten Brustwirbelkörpers zuzog (Bericht der Klinik für Neurochirurgie des Spital X._ vom 9. September 1996). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Nach diversen Abklärungen, dem Beizug eines polydisziplinären Gutachtens der MEDAS (vom 20. August 1998), wo eine organische Hirnfunktionsstörung, eine posttraumatische Anpassungsstörung und ein chronisches cervicocephales und lumbales Schmerzsyndrom diagnostiziert wurde und aufgrund der in Nachachtung des Urteils des damaligen Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 29. September 1999 erfolgten Begutachtung in der Psychiatrischen Poliklinik des Universitätsspitals X._ (Gutachten vom 31. Juli 2000) gewährte die SUVA dem Versicherten mit Verfügung vom 17. November 2000 ab 1. November 2000 auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von 100 % eine ganze Komplementärrente.
Nach weiteren Abklärungen, insbesondere dem Beizug eines psychiatrisch-psychologischen Gutachtens der Frau Dr. phil. T._, Fachpsychologin für Psychotherapie FSP (vom 27. September 2004) sprach die SUVA dem Versicherten gestützt auf die psychiatrische Beurteilung des Dr. med. P._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, Abteilung Versicherungsmedizin (vom 2. März 2005), mit Verfügung vom 21. April 2005 eine Integritätsentschädigung für eine Integritätseinbusse von 40 % zu. Auf Einsprache hin hielt sie daran fest (Einspracheentscheid vom 30. Oktober 2006).
B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 11. September 2007 ab.
C. Der Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei eine Integritätsentschädigung von 80 % zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen allenfalls zur Erstellung eines Obergutachtens zurückzuweisen. Zudem wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Allerdings bleibt auch in diesen Fällen eine freie gerichtliche Ermessensprüfung im Sinne der Angemessenheitskontrolle, welche u.a. im Bereich der Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen nach UVG gemäss dem bis am 31. Dezember 2006 gültig gewesenen Art. 132 Abs. 1 lit. a OG letztinstanzlich zulässig war, mit Inkrafttreten des BGG zum 1. Januar 2007 nunmehr ausgeschlossen (Ulrich Meyer, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 30 zu Art. 105 BGG; Markus Schott, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 26 zu Art. 97 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist vorliegend, ob die Entschädigung der unbestrittenermassen dauernden erheblichen Schädigung der körperlichen und geistigen Integrität mit 40 % rechtmässig ist.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf eine Integritätsentschädigung (Art. 24 und 25 UVG; Art. 36 UVV), insbesondere infolge eines psychischen Leidens (<ref-ruling> und 209), und deren Ermittlung durch Anwendung der Skala in Anhang 3 zur UVV sowie der von der Medizinischen Abteilung der SUVA erarbeiteten Tabellen (sog. Feinraster; <ref-ruling> E. 1b und c S. 32 f., 209 E. 4a/cc S. 211; vgl. ferner RKUV 1998 Nr. U 296 S. 235 E. 2a, U 245/96, je mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Gleiches gilt für die Ausführungen zum Beweiswert und zur Würdigung medizinischer Berichte und Stellungnahmen (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweisen).
3.2 Zudem gilt zu beachten, dass die Beurteilung der einzelnen Integritätseinbussen den ärztlichen Sachverständigen obliegt. Dem Gericht ist es nicht möglich, die Beurteilung aufgrund der aktenkundigen Diagnosen selber vorzunehmen, da die Ausschöpfung des in den Tabellen offengelassenen Bemessungsspielraums entsprechende Fachkenntnisse voraussetzt (RKUV 1998 Nr. U 296 S. 239 E. 2d, U 245/96; vgl. auch Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts U 191/00 vom 13. Januar 2002, E. 2c, wonach es sich bei der Bestimmung des Schweregrades einer gesundheitlichen Beeinträchtigung um eine Tatfrage handelt, für deren Beantwortung Verwaltung und Gerichte auf fachärztliche Mithilfe angewiesen sind, da von einem medizinischen Laien eine zuverlässige Zuordnung nicht erwartet werden kann).
4. 4.1 Nach zutreffender Wiedergabe der umfassenden medizinischen Aktenlage hat die Vorinstanz erwogen, dass beim Beschwerdeführer ausgehend von einer mittelschweren psychischen Störung die zugesprochene Integritätsentschädigung von 40 % nicht zu beanstanden sei. Sie stützte sich dabei zu Recht auf das psychiatrische Gutachten des Dr. med. P._ (vom 2. März 2005), dem sie korrekterweise volle Beweiskraft beimass. Dieses Gutachten erfüllt alle rechtsprechungsgemässen Anforderungen an eine beweistaugliche und beweiskräftige medizinische Entscheidungsgrundlage (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Indizien, die gegen die Zuverlässigkeit dieses versicherungsinternen Aktengutachtens sprechen (RKUV 1993 Nr. U 167 S. 95; nicht publ. E. 5b des Urteils <ref-ruling>, veröffentlicht in RKUV 1988 Nr. U 56 S. 366; vgl. auch Urteile U 181/06 vom 21. Juni 2007, E. 2.3, und U 223/06 vom 8. Februar 2007, E. 5.1.2; <ref-ruling> E. 3b/ee S. 353 f. mit Hinweisen) sind nicht gegeben. Was der Beschwerdeführer dagegen einwendet überzeugt nicht. Insbesondere ist nicht nachvollziehbar, inwiefern der Psychiater Dr. med. P._ für die Schätzung des Gesamtschadens (Art. 36 Abs. 3 UVV ), bei dem der psychische Schaden den Schwerpunkt bildet, nicht zuständig sein soll, zumal ein zusätzlicher unfallbedingter Schaden am Bewegungsapparat, wie geltend gemacht wird, nicht ausgewiesen ist bzw. sich dafür auch kein Hinweis in den Akten finden lässt. Von ergänzenden medizinischen Abklärungen, wie beantragt, sind keine neuen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb davon in antizipierter Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162) abgesehen werden kann.
4.2 Wie die Vorinstanz richtig erwog, hätte die Einschätzung der Integritätseinbusse zwar wohl eher aufgrund der SUVA-Tabelle 8 (SUVA-Feinrastertabelle 8 bei psychischen Folgen von Hirnverletzungen) erfolgen sollen und nicht in Anwendung der allgemeineren SUVA-Tabelle 19 (bei psychischen Folgen von Unfällen), nachdem die psychischen Unfallfolgen überwiegend auf eine objektivierbare traumatische Hirnschädigung zurückzuführen sind und ein organisches Psychosyndrom nach Schädelhirntrauma diagnostiziert worden ist. Mit der Vorinstanz ändert dies im konkreten Fall jedoch nichts, da die jeweilige Definition der mittelschweren psychischen Störung und die entsprechenden Richtwerte in beiden Tabellen vergleichbar sind. Es kann auf die zutreffenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden. Was die Höhe des Integritätsschadens betrifft, wurde festgestellt, dass die zugesprochene Integritätsentschädigung von 40 % den festgelegten Richtwerten zwischen einer leichten bis mittelschweren und einer mittelschweren psychischen Störung entspreche, was nicht zu beanstanden sei. Dem ist grundsätzlich beizupflichten. Die Festlegung des Integritätsschadens bei 40 % innerhalb der Bandbreite der Richtwerte für mittelschwere psychische Störungen ist zwar eher tief, aber unter Berücksichtigung der gesamten Umstände (komplexes und multifaktoriell bedingtes Krankheitsbild, unfallfremde Faktoren) vertretbar. Eine rechtsfehlerhafte Handhabung des Ermessens (vgl. E. 1.2) ist nicht ersichtlich, zumal insbesondere die Einordnung von Nichtlisten- und kombinierten Fällen dem Arzt oder der Aerztin einen grossen Ermessensspielraum eröffnet. Mithin besteht vorliegend kein Anlass, in den Bemessungsspielraum der Verwaltung einzugreifen. Die Einwendungen des Beschwerdeführers, welche grösstenteils bereits im angefochtenen Entscheid zutreffend entkräftet wurden, vermögen nicht zu einem anderen Ergebnis zu führen. Insbesondere ist die geltend gemachte Integritätseinbusse für die Beeinträchtigung der psychischen Teilfunktionen wie Gedächtnis und Konzentrationsfähigkeit bereits durch die Einschätzung entsprechend der SUVA-Tabelle (19 bzw. 8) abgegolten. Zudem kann nicht von der Höhe des festgelegten Invaliditätsgrades auf eine entsprechend hohe Integritätsentschädigung geschlossen werden. Im Übrigen beurteilt sich die Schwere des Integritätsschadens allein nach dem medizinischen Befund; allfällige individuelle Besonderheiten der versicherten Person bleiben unberücksichtigt (<ref-ruling> E. 1, 113 V 221 E. 4b mit Hinweisen).
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Gesuch um unentgeltliche Prozessführung (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 5b S. 372 mit Hinweisen). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwalt Ilg, Zürich, für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1200.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. August 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter