Sachverhalt:
A. Die am ... Februar 1996 im Handelsregister eingetragene Firma X._ GmbH war bis Ende 2001 der Ausgleichskasse Promea angeschlossen. Für ausstehende Beitragsforderungen in Höhe von Fr. 18'457.70 stellte das Betreibungsamt Y._ der Ausgleichskasse am ... Juli 2002 einen definitiven Pfändungsverlustschein aus. Am ... Oktober 2002 wurde über die Firma X._ GmbH der Konkurs eröffnet, das Verfahren mangels Aktiven am ... Januar 2003 aber wieder eingestellt.
Mit Verfügung vom 20. September 2004 verpflichtete die Ausgleichskasse S._, einziger einzelzeichnungsberechtigter Gesellschafter und Geschäftsführer der konkursiten Firma mit einer Stammeinlage von Fr. 20'000.-, zur Bezahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 34'610.60 für entgangene paritätische Sozialversicherungsbeiträge. Mit Einspracheentscheid vom 2. Februar 2005 reduzierte sie die Schadenersatzforderung auf Fr. 25'294.90.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 18. August 2009 teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer, der Ausgleichskasse Schadenersatz in Höhe von Fr. 6837.20 zu bezahlen.
C. S._ führt mit Eingabe vom 25. Oktober 2009 und durch seinen Rechtsvertreter mit Eingabe vom 28. Oktober 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Versicherungsgerichts, soweit dieses ihn zu Schadenersatzzahlungen verpflichte, sei aufzuheben und es sei ihm eine Parteientschädigung zuzusprechen.
Die Ausgleichskasse Promea schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. Streitig ist einzig, ob die vorinstanzlich der Ausgleichskasse zugesprochene Schadenersatzsumme im Teilbetrag von Fr. 6837.20 ebenfalls verjährt ist.
2.1 Das kantonale Gericht stellte in tatsächlicher Hinsicht fest, dass sich der am ... Juli 2002 der Ausgleichskasse zugestellte definitive Pfändungsverlustschein nicht auf den gesamten Schaden, sondern nur auf die Schlussabrechnung für Lohnbeiträge der Abrechnungsperiode 2001 in Höhe von Fr. 18'457.70 beziehe. Für die beiden übrigen Forderungen von Fr. 2020.75 und Fr. 4816.45 sei daher die Verjährungsfrist nicht mit der Zustellung des Pfändungsverlustscheins am ... Juli 2002 ausgelöst worden, sondern erst mit der Publikation der Einstellung des Konkurses mangels Aktiven vom ... Januar 2003 im Schweizerischen Handelsamtsblatt. Somit sei der Schadenersatzanspruch im Umfang von Fr. 6837.20, welcher sich ausschliesslich auf bundesrechtliche Sozialversicherungsbeiträge beziehe, bei Erlass der Schadenersatzverfügung am 20. September 2004 noch nicht verjährt gewesen. Ein Pfändungsverlustschein für einen einzelnen Schadensposten vermöge keinen Schadenseintritt für andere Schadensposten zu begründen. Ebensowenig werde dadurch die Verjährungsfrist eines anderen Schadenspostens ausgelöst. Es komme auch vor, dass - auch bei Vorliegen von Pfändungsverlustscheinen - spätere Betreibungen für andere Beitragsforderungen wieder erfolgreich seien. Die Ausgleichskasse müsse alle tatsächlichen Umstände über die Existenz, die Beschaffenheit und die wesentlichen Merkmale des Schadens kennen und in der Lage sein, die Höhe der Forderung zu beziffern (Hinweis auf das Urteil H 105/05 des Eidg. Versicherungsgerichts vom 19. Januar 2006, E. 4.1 mit Hinweisen).
2.2 Der Beschwerdeführer stellt sich auf den Standpunkt, die Ausgleichskasse hätte unter Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit erkennen müssen, dass ihre gesamten offenen Forderungen gegenüber der Firma nicht mehr einbringlich gewesen seien. Einerseits sei ihr am ... Juli 2002 der Pfändungsverlustschein zugestellt worden, andererseits sei am ... Oktober 2002 über die Firma der Konkurs eröffnet worden, welcher am ... Januar 2003 mangels Aktiven eingestellt worden sei. Es habe für die Ausgleichskasse genügend Anhaltspunkte gegeben, sodass sie mit der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit hätte erkennen müssen, dass die Beiträge nicht mehr eingefordert werden könnten. Diese Anhaltspunkte seien für die Ausgleichskasse allesamt im Jahr 2002 erkennbar gewesen. Aus diesem Grund habe die einjährige Verwirkungsfrist für den gesamten Forderungsbetrag im Jahr 2002 zu laufen begonnen, weshalb der Schadenersatzanspruch verwirkt sei. Für die letztinstanzlich zur Diskussion stehenden Schadenspositionen von Fr. 2020.75 und Fr. 4816.45 stelle das kantonale Gericht auf den Zeitpunkt der Einstellung des Konkursverfahrens am ... Januar 2003 ab. Dieses Vorgehen sei willkürlich, da für die Ausgleichskasse bereits rund ein halbes Jahr früher ersichtlich gewesen sei, dass die Forderung nicht mehr eingefordert werden könne.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer legt seiner Argumentation die einjährige Verwirkungsfrist des <ref-law>, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2002, zu Grunde. Das kantonale Gericht hat jedoch zutreffend erwogen, dass intertemporalrechtlich der seit 1. Januar 2003 in Kraft stehende <ref-law> zur Anwendung gelangt. Danach verjährt der Schadenersatzanspruch zwei Jahre, nachdem die zuständige Ausgleichskasse vom Schaden Kenntnis erhalten hat, jedenfalls fünf Jahre nach Eintritt des Schadens (Satz 1). Diese Fristen können unterbrochen werden (Satz 2). Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> entschieden hat, ist <ref-law> auch anwendbar, wenn der Schadenersatzanspruch - wie hier - vor dem 1. Januar 2003 entstanden und in diesem Zeitpunkt nach alt<ref-law> noch nicht verwirkt ist. Dabei ist die unter dem alten Recht abgelaufene Zeit an die zweijährige Verjährungsfrist anzurechnen. Im vorliegenden Fall hatte die Ausgleichskasse auch nach der Auffassung des Beschwerdeführers frühestens mit dem Eingang des definitiven Pfändungsverlustscheins am ... Juli 2002 Kenntnis des Schadens. Da somit die einjährige Verwirkungsfrist des alt<ref-law> beim Wechsel zur neuen Rechtslage am 1. Januar 2003 noch nicht abgelaufen war, wird sie durch die zweijährige Verjährungsfrist des <ref-law> abgelöst.
3.2 Streitig ist letztlich, ob die Ausgleichskasse mit Eingang des definitiven Pfändungsverlustscheins am ... Juli 2002 auch für die beiden Schadenspositionen im Betrag von Fr. 2020.75 und Fr. 4816.45 die fristauslösende Kenntnis hatte. Dies kann jedoch zum Vornherein lediglich für den Betrag von Fr. 2020.75 in Frage kommen. Die dieser Schadenersatzsumme zugrunde liegende Beitragsforderung von Fr. 1907.10 machte die Ausgleichskasse mit Verfügung vom 8. Juli 2002, also vor Ausstellung des Pfändungsverlustscheins, geltend. Die andere noch strittige Schadensposition von Fr. 4816.45 beruht auf der Nachtragsverfügung vom 22. November 2002. Diese Beitragsforderung resultierte aus der gestützt auf <ref-law> infolge des Verbandsaustritts am 18. November 2002 vorgenommenen Schlusskontrolle. Erst auf Grund dieser Arbeitgeberrevision erhielt die Ausgleichskasse zunächst einmal überhaupt Kenntnis von den geschuldeten Beiträgen (Urteile H 74/05 vom 8. November 2005, E. 4.2, und H 30/02 vom 3. März 2003, E. 3.2, des Eidg. Versicherungsgerichts). Frühestens in diesem Zeitpunkt könnte auch der Eintritt des Schadens und die Kenntnis des Schadens liegen. Bei Erlass der Schadenersatzverfügung vom 20. September 2004 war daher in Bezug auf den Betrag von Fr. 4816.45 die zweijährige Verjährungsfrist noch nicht abgelaufen.
3.2 Streitig ist letztlich, ob die Ausgleichskasse mit Eingang des definitiven Pfändungsverlustscheins am ... Juli 2002 auch für die beiden Schadenspositionen im Betrag von Fr. 2020.75 und Fr. 4816.45 die fristauslösende Kenntnis hatte. Dies kann jedoch zum Vornherein lediglich für den Betrag von Fr. 2020.75 in Frage kommen. Die dieser Schadenersatzsumme zugrunde liegende Beitragsforderung von Fr. 1907.10 machte die Ausgleichskasse mit Verfügung vom 8. Juli 2002, also vor Ausstellung des Pfändungsverlustscheins, geltend. Die andere noch strittige Schadensposition von Fr. 4816.45 beruht auf der Nachtragsverfügung vom 22. November 2002. Diese Beitragsforderung resultierte aus der gestützt auf <ref-law> infolge des Verbandsaustritts am 18. November 2002 vorgenommenen Schlusskontrolle. Erst auf Grund dieser Arbeitgeberrevision erhielt die Ausgleichskasse zunächst einmal überhaupt Kenntnis von den geschuldeten Beiträgen (Urteile H 74/05 vom 8. November 2005, E. 4.2, und H 30/02 vom 3. März 2003, E. 3.2, des Eidg. Versicherungsgerichts). Frühestens in diesem Zeitpunkt könnte auch der Eintritt des Schadens und die Kenntnis des Schadens liegen. Bei Erlass der Schadenersatzverfügung vom 20. September 2004 war daher in Bezug auf den Betrag von Fr. 4816.45 die zweijährige Verjährungsfrist noch nicht abgelaufen.
3.3 3.3.1 Der Erlass einer Schadenersatzverfügung setzt voraus, dass die Ausgleichskasse Kenntnis vom Eintritt eines Schadens hat und ihr die Ersatzpflichtigen bekannt sind (ZAK 1991 S. 128 unten mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung gilt der Schaden als eingetreten, sobald anzunehmen ist, dass die geschuldeten Beiträge aus rechtlichen oder tatsächlichen Gründen nicht mehr erhoben werden können (<ref-ruling> E. 2.2, 126 V 444 Erw. 3a, 121 III 384 Erw. 3b/bb, 388 Erw. 3a, 113 V 257 f., je mit Hinweisen). Dies trifft dann zu, wenn die Beiträge im Sinne von <ref-law> verwirkt sind oder wenn sie wegen Zahlungsunfähigkeit des beitragspflichtigen Arbeitgebers nicht mehr im ordentlichen Verfahren nach <ref-law> erhoben werden können (<ref-ruling> Erw. 5b mit Hinweisen). Dieser Sachverhalt liegt u.a. vor, wenn die Beiträge gemäss <ref-law> auf dem Wege der Betreibung eingefordert werden und das Betreibungsverfahren zu einem definitiven Verlustschein führt (ZAK 1990 S. 288 Erw. 3b/cc) oder wenn das Konkursverfahren mangels Aktiven eingestellt wird (ZAK 1990 S. 289 Erw. 4b).
3.3.2 Wie das Eidg. Versicherungsgericht im Urteil H 34/01 vom 17. August 2001 (E. 3b) entschieden hat, entsteht der Schaden grundsätzlich erst in Bezug auf die Beitragsausstände, die dem mit dem definitiven Pfändungsverlustschein verurkundeten Betrag zugrunde liegen. Bezüglich weiterer Beitragsforderungen habe sich ein für den Schadenseintritt massgeblicher Sachverhalt noch nicht verwirklicht. Wie auch bei den übrigen Regelzeitpunkten kann ausnahmsweise von diesem Zeitpunkt abgewichen werden (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts vom 2. Juli 2004, H 162/03, E. 5.2; Thomas Nussbaumer, Das Schadenersatzverfahren nach <ref-law>, in: Aktuelle Fragen aus dem Beitragsrecht der AHV, St. Gallen 1998, S. 109; Marco Reichmuth, Die Haftung des Arbeitgebers und seiner Organe nach <ref-law>, Diss. Freiburg 2008, Rz. 364 S. 89). Da im vorliegenden Fall die der strittigen Schadensposition zugrunde liegende Beitragsforderung lediglich Fr. 1907.10 ausmachte, ist die Auffassung des kantonalen Gerichts nicht bundesrechtswidrig, wenn es für den Schadenseintritt und die Schadenskenntnis auf den Regelzeitpunkt der Einstellung des Konkursverfahrens am ... Januar 2003 abstellte. Es ist durchaus möglich, dass die Ausgleichskasse den geringen Betrag bei betreibungsrechtlicher Durchsetzung hätte erhältlich machen können. Die Beschwerde ist daher unbegründet.
4. Bei diesem Verfahrensausgang ist der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Januar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer