Sachverhalt:
A. Die Gemeinde Unterlunkhofen legte vom 9. August bis 7. September 1999 den revidierten Bauzonen- und Kulturlandplan sowie eine neue Bau- und Nutzungsordnung öffentlich auf. Die letzte Revision dieser Unterlagen war vom Grossen Rat des Kantons Aargau am 22. September 1987 genehmigt worden. Eine gegen die aktuelle Revision erhobene Einsprache der Erbengemeinschaft B.X._ als Eigentümerin der Parzelle Nr. 431 wurde vom Gemeinderat am 18. Oktober 1999 abgewiesen.
Am 23. Juni 2000 beschloss die Einwohnergemeindeversammlung Unterlunkhofen den revidierten Bauzonen- und Kulturlandplan sowie die revidierte Bau- und Nutzungsordnung.
B. Eine dagegen gerichtete Beschwerde der Erbengemeinschaft X._ wies der Regierungsrat des Kantons Aargau am 14. März 2001 ab.
In der Folge nahm der Grosse Rat gewisse Gebiete im Kulturlandplan von der Genehmigung aus, die im noch rechtskräftigen Zonenplan von 1986 als Wohnzone W2 ausgeschieden waren, im neuen Bauzonenplan aber nicht mehr enthalten sein sollten. Der Grosse Rat ersuchte die zuständigen kommunalen und kantonalen Organe, diese Flächen der Bauzone zuzuweisen. Im Übrigen genehmigte er die revidierte Planung.
Die Erbengemeinschaft X._ verzichtete auf die Ergreifung eines Rechtsmittels.
C. Mit Urteil vom 1. November 2002 hiess das Verwaltungsgericht eine Beschwerde von Grundeigentümern teilweise gut; es hob den Genehmigungsbeschluss des Grossen Rats vom 21. August 2001 aus formellen Gründen auf, soweit er die Zonierung des Gebiets "Mühlegg" betraf, und wies die Sache an die Gemeinde zurück mit der Anweisung, über die Zonenplanung "Mühlegg" unter Einhaltung der Ausstandsvorschriften neu zu beschliessen (vgl. dazu das Urteil des Bundesgerichts 1P.316/2003 vom 14. Oktober 2003, publ. in ZBl 106/2005 S. 634).
D. Der Gemeinderat Unterlunkhofen legte hierauf einen Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg" vom 22. März bis 20. April 2004 öffentlich auf. Dagegen erhob u.a. wiederum die Erbengemeinschaft des B.X._ Einsprache, welche der Gemeinderat am 1. Juni 2004 abwies.
Am 11. Juni 2004 beschloss die Gemeindeversammlung Unterlunkhofen den Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg", wobei gegenüber der öffentlichen Auflage keine Änderungen erfolgten. Dagegen erhob die Erbengemeinschaft X._ Beschwerde beim Regierungsrat. Sie verlangte im Wesentlichen für ihre Parzelle Nr. 431 eine integrale Zuweisung zur Wohnzone Hang. Ein allfälliger Grüngürtel entlang der Kantonsstrasse solle zudem entlang ihrem Grundstück die Breite von 4 m nicht übersteigen. Eventualiter stellte sie den Antrag, im Falle einer Nichtzuweisung zur Bauzone sei ihr wegen eines enteignungsähnlichen Eingriffs eine Entschädigung von Fr. 1'010'000.-- zu bezahlen.
Nach Abschluss der Erbteilung wurde A.X._ zur Alleineigentümerin der Parzelle Nr. 431.
E. Der Regierungsrat wies die Beschwerde am 30. August 2006 ab, woraufhin der Grosse Rat am 16. Januar 2007 den Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg" genehmigte.
A.X._ gelangte dagegen ans kantonale Verwaltungsgericht. Im Wesentlichen stellte sie gleichlautende Anträge wie vor dem Regierungsrat, einzig von einer genauen Bezifferung der Entschädigungsforderung sah sie ab.
Mit Urteil vom 23. Dezember 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde ab.
F. A.X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. Januar 2009, es seien die Beschlüsse der Einwohnergemeinde Unterlunkhofen vom 11. Juni 2004 und des Grossen Rates des Kantons Aargau vom 16. Januar 2007 betreffen Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg" in Bezug auf die Parzelle Nr. 431 aufzuheben. Die genannte Parzelle sei integral der Wohnzone Hang (WH) zuzuweisen, bzw. die zuständigen Instanzen seien anzuweisen, dementsprechend zu entscheiden. Weiter fordert die Beschwerdeführerin wie schon im kantonalen Verfahren, ein allfälliger Grüngürtel entlang der Kantonsstrasse solle entlang ihrer Parzelle die Breite von 4 m nicht überschreiten. In prozessualer Hinsicht beantragt sie u.a. einen Augenschein. Eventualiter stellt sie Antrag, der Gemeinde keine Parteientschädigung zuzusprechen für den Fall, dass die Beschwerde wider Erwarten abgewiesen oder durch Nichteintreten erledigt werden sollte.
Die Gemeinde Unterlunkhofen schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Desgleichen beantragt das Departement Bau, Verkehr und Umwelt namens des Regierungsrats des Kantons Aargau, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Verwaltungsgericht verzichtet unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung.
In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (<ref-law>). Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.2 Die Beschwerdeführerin als Grundeigentümerin, deren Parzelle der Nichtbauzone zugewiesen wurde, ist ohne Weiteres zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss <ref-law> siehe <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (dazu E. 1.3 hiernach) grundsätzlich einzutreten ist.
1.3 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem oder kommunalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.4 Der rechtlich relevante Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten, weshalb auf den anbegehrten Augenschein verzichtet werden kann.
1.5 Nicht einzutreten ist auf das Begehren der Beschwerdeführerin, die Beschlüsse der Gemeinde vom 11. Juni 2004 und des Grossen Rates vom 16. Januar 2007 seien aufzuheben. Diese sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
1.6 Soweit die Beschwerdeführerin mit ihrem Antrag nach Entschädigung (Ziff. 1.4 ihrer Beschwerde) sinngemäss eine Enteignungsforderung geltend machen will, ist sie damit nicht zu hören. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist einzig die Rechtmässigkeit der Ortsplanung. Damit allenfalls verbundene finanzielle Einbussen sind nicht zu beurteilen.
2. Die Beschwerdeführerin wehrt sich dagegen, dass ihre Parzelle Nr. 431, die gemäss der früheren Planung in der Bauzone 2. Etappe lag, neu der Landwirtschaftszone zugeteilt wird.
Vorab ist festzustellen, dass die Beschwerde über weite Teilen den Begründungsanforderungen nicht zu genügen vermag, da nicht dargetan wird, welche Bestimmungen des Bundes- oder des kantonalen Rechts verletzt sein sollen. Auch stellt die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht Vermutungen an, ohne nachzuweisen, dass damit tatsächlich Rechtsverletzungen einhergehen würden. Sie setzt sich kaum mit den Erwägungen des angefochtenen Urteils auseinander, sondern schildert stattdessen ihre eigene Rechtsauffassung. Für eine rechtsgenügliche Begründung im Sinne von <ref-law> reicht dies nicht aus.
3.1 3.1.1 Sinngemäss macht die Beschwerdeführerin zunächst einen Verstoss gegen Treu und Glauben geltend, da ihre Parzelle bis anhin stets als Bauland behandelt worden sei. Dafür bringt sie insbesondere die Güterregulierung aus dem Jahr 2000 an sowie den Umstand, dass der Gemeinderat nie auf die Aufforderung vom 26. April 1993 reagiert habe, einen Überbauungsplan für das Gebiet "Mühlegg/Rebberg" auszuarbeiten. Dies wertet sie als qualifiziertes Schweigen. Auch hätten sich die Zahlungen im Rahmen der Erbteilung im Jahr 2005 an der Baulandqualität des Grundstücks orientiert.
3.1.2 Nach der Rechtsprechung kann der Vorgeschichte einer Nutzungsplanfestsetzung ein solches Gewicht zukommen, dass sich daraus die begründete Erwartung einer Einweisung von Land in eine Bauzone ergibt (<ref-ruling> E. 6.1 S. 228 f. mit zahlreichen Hinweisen). Namentlich die Erschliessungsplanung oder durchgeführte Baulandumlegungen vermögen das Vertrauen zu wecken, davon erfasstes Land werde im neu zu erlassenden Zonenplan der Bauzone zugewiesen. Auch wenn keine konkreten Zusicherungen vorliegen, die nach dem Grundsatz von Treu und Glauben eine Pflicht zur Einzonung begründen, kann sich eine solche aus den der Nutzungsplanung vorangehenden besonderen Umständen herleiten (<ref-ruling> E. 5a S. 159). Die Vorgeschichte und der Vertrauensschutz verleihen einem Grundeigentümer - gleich wie eine vollständige Erschliessung - keinen unbedingten Anspruch auf Zuteilung seiner Parzelle zu einer RPG-konformen Bauzone (<ref-ruling> E. 4c/aa S. 136 f.; <ref-ruling> E. 6.1 S. 228 f.). Die bundesgerichtliche Rechtsprechung anerkennt, dass die Verwirklichung der Raumplanungsgrundsätze Vorrang vor der Beständigkeit eines altrechtlichen Plans hat (<ref-ruling> E. 5c S. 160). Wesentlich ist zunächst, ob die Vorgeschichte eine Abfolge von Ereignissen umfasst, die auf die Einzonung des Gebietes ausgerichtet war (<ref-ruling> E. 3f/dd S. 361). Die Berufung auf Vertrauensschutzinteressen setzt weiter voraus, dass keine Kollision zum Interesse an der richtigen Durchsetzung des objektiven Rechts - hier einer RPG-konformen Nutzungsplanung - absehbar war (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 228; <ref-ruling> E. 6 S. 439; <ref-ruling> E. 3d S. 236).
3.1.3 Das Verwaltungsgericht hat unter Bezugnahme auf diese Rechtsprechung treffend in Erwägung gezogen, die erwähnte Landumlegung habe auf dem Zonenplan des Jahres 1986 beruht, welcher nicht RPG-konform gewesen sei (dazu auch Urteil 1P.578/2005 des Bundesgerichts vom 17. Februar 2006), und die Güterregulierung sei nie durch die zuständigen Behörden überprüft oder genehmigt worden. Zudem habe die Beschwerdeführerin nie geltend gemacht, gestützt auf das Ergebnis der Güterregulierung irgendwelche Dispositionen getätigt zu haben. Das angesprochene Schreiben der Erbengemeinschaft vom 26. April 1993 sei als Vertrauensgrundlage ungeeignet, da es nach Darstellung der Beschwerdeführerin unbeantwortet geblieben sei. Die Untätigkeit einer Behörde vermöge keine Vertrauensgrundlage zu begründen. Diesen Ausführungen ist nichts beizufügen, zumal die Beschwerdeführerin in ihrer Rechtsschrift auch nicht darauf eingeht. Aus den internen Vereinbarungen im Rahmen der Erbteilung kann die Beschwerdeführerin keinen Anspruch auf Zuteilung ihres Grundstücks zur Bauzone ableiten.
3.1.3 Das Verwaltungsgericht hat unter Bezugnahme auf diese Rechtsprechung treffend in Erwägung gezogen, die erwähnte Landumlegung habe auf dem Zonenplan des Jahres 1986 beruht, welcher nicht RPG-konform gewesen sei (dazu auch Urteil 1P.578/2005 des Bundesgerichts vom 17. Februar 2006), und die Güterregulierung sei nie durch die zuständigen Behörden überprüft oder genehmigt worden. Zudem habe die Beschwerdeführerin nie geltend gemacht, gestützt auf das Ergebnis der Güterregulierung irgendwelche Dispositionen getätigt zu haben. Das angesprochene Schreiben der Erbengemeinschaft vom 26. April 1993 sei als Vertrauensgrundlage ungeeignet, da es nach Darstellung der Beschwerdeführerin unbeantwortet geblieben sei. Die Untätigkeit einer Behörde vermöge keine Vertrauensgrundlage zu begründen. Diesen Ausführungen ist nichts beizufügen, zumal die Beschwerdeführerin in ihrer Rechtsschrift auch nicht darauf eingeht. Aus den internen Vereinbarungen im Rahmen der Erbteilung kann die Beschwerdeführerin keinen Anspruch auf Zuteilung ihres Grundstücks zur Bauzone ableiten.
3.2 3.2.1 Weiter erhebt die Beschwerdeführerin verschiedentlich den Vorwurf von Befangenheit der Behörden, bleibt aber auch in diesem Zusammenhang sehr vage und bietet keine konkreten Hinweise auf rechtswidriges Verhalten. Sie wirft einerseits dem Gemeinderat vor, seine Haltung der Presse bekannt gegeben zu haben, bevor er die Einwendungen der Einsprecher gehört und dazu Beschluss gefasst habe. Andererseits hat sie den Eindruck, die Planungskommission habe sich im Gebiet "Mühlegg" von den persönlichen Interessen des früheren Gemeindeammanns und Planungskommissionspräsidenten leiten lassen.
3.2.2 Das Verwaltungsgericht hat sich auch mit diesen Vorhalten eingehend auseinandergesetzt, ohne dass die Beschwerdeführerin nun dartun würde, inwiefern diese Würdigung eine Rechtsverletzung darstellen würde. Was die Involvierung des früheren Gemeindeammanns und Planungskommissionspräsidenten in das Verfahren anbelangt, ist auf das in diesem Zusammenhang ergangene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 1. November 2002 hinzuweisen, welches vom Bundesgericht mit Urteil 1P.316/2003 vom 14. Oktober 2003 (publ. in ZB1 06/2005 S. 634) bestätigt wurde. Damals war das Verwaltungsgericht zum Schluss gekommen, der Gemeindeammann habe seine Ausstandspflicht verletzt. Anhaltspunkte, dass es in der Folge wiederum zu verfahrensrechtlichen Unregelmässigkeiten gekommen wäre, die den Anschein von Befangenheit erwecken könnten, liegen keine vor. Die Beschwerdeführerin stellt lediglich Vermutungen auf, ohne diese zu belegen. Insgesamt kann auf die Erwägungen 1.2.1, 1.2.2, 1.2.3 und 3.3 des angefochtenen Urteils verwiesen werden.
3.3 Unzutreffend sind die von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang vorgebrachten Unterstellungen gegenüber dem ehemaligen Gemeindeammann und den kommunalen Behörden, welche sie aus der von ihr zitierten Diplomarbeit (DANIEL BAUMGARTNER, Rückzonungen, Haushälterische Bodennutzung in Theorie und Praxis, Zürich 2005) ableitet. Es fehlen sachliche Anhaltspunkte für unrechtmässige Absprachen zwischen der Gemeinde und den kantonalen Rekursinstanzen gänzlich. Selbstredend findet bei einer Nutzungsplanung eine enge Zusammenarbeit mit den kantonalen Fachstellen statt, nehmen doch diese auch die Vorprüfung der kommunalen Vorschläge vor. Einzig aufgrund dieser gegenseitigen Konsultationen unbelegte Verdächtigungen zu äussern, geht nicht an.
3.3 Unzutreffend sind die von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang vorgebrachten Unterstellungen gegenüber dem ehemaligen Gemeindeammann und den kommunalen Behörden, welche sie aus der von ihr zitierten Diplomarbeit (DANIEL BAUMGARTNER, Rückzonungen, Haushälterische Bodennutzung in Theorie und Praxis, Zürich 2005) ableitet. Es fehlen sachliche Anhaltspunkte für unrechtmässige Absprachen zwischen der Gemeinde und den kantonalen Rekursinstanzen gänzlich. Selbstredend findet bei einer Nutzungsplanung eine enge Zusammenarbeit mit den kantonalen Fachstellen statt, nehmen doch diese auch die Vorprüfung der kommunalen Vorschläge vor. Einzig aufgrund dieser gegenseitigen Konsultationen unbelegte Verdächtigungen zu äussern, geht nicht an.
3.4 3.4.1 Sodann erscheint der Beschwerdeführerin die Verfahrensdauer als zu lang. Sie rügt eine Verletzung von <ref-law>. So führt sie aus, die beim Regierungsrat am 4. August 2004 eingereichte Beschwerde sei am 30. August 2006, nach der Erbteilung, entschieden worden. Diese Behandlungsfrist habe dazu geführt, dass erhebliche Mittel aufgrund des ausstehenden Entscheids disponiert worden seien.
3.4.2 Wiederum bleibt die Beschwerdeführerin in ihren Vorhalten offen und unbestimmt. Sie schreibt, sie bezweifle, dass diese Behandlungsfrist <ref-law> zu genügen vermöge. Dies reicht nicht, um eine Verfassungsverletzung darzutun. Auch zeigt sie nicht auf, welche Mittel aus welchem Grund wegen der Verfahrensverzögerung aufgewendet wurden. Das angefochtene Urteil skizziert den Verfahrensablauf nochmals detailliert (E. 3.3). Es weist darauf hin, dass das Verhalten des Regierungsrats in der Untätigkeit des instruierenden BVU von Oktober 2004 bis Ende Januar 2006 begründet lag. Dieses wiederum konnte die Vorlage dem Grossen Rat erst nach Erledigung sämtlicher Beschwerdeverfahren zur Genehmigung unterbreiten. Das Verwaltungsgericht nennt sämtliche damals noch hängige Verfahren und erwähnt, dass die Beschwerdeführerin erst nach der Erbteilung mit Eingabe vom 23. Januar 2006 um beförderliche Behandlung der Beschwerde gebeten hatte, gleichzeitig um einen zweiten Schriftenwechsel ersucht und am 17. Februar 2006 ihre Stellungnahme eingereicht hatte. Die Beschwerdeführerin nimmt keinen Bezug zu diesen Erwägungen. Ein Verstoss gegen <ref-law> ist nicht erkennbar.
3.4.2 Wiederum bleibt die Beschwerdeführerin in ihren Vorhalten offen und unbestimmt. Sie schreibt, sie bezweifle, dass diese Behandlungsfrist <ref-law> zu genügen vermöge. Dies reicht nicht, um eine Verfassungsverletzung darzutun. Auch zeigt sie nicht auf, welche Mittel aus welchem Grund wegen der Verfahrensverzögerung aufgewendet wurden. Das angefochtene Urteil skizziert den Verfahrensablauf nochmals detailliert (E. 3.3). Es weist darauf hin, dass das Verhalten des Regierungsrats in der Untätigkeit des instruierenden BVU von Oktober 2004 bis Ende Januar 2006 begründet lag. Dieses wiederum konnte die Vorlage dem Grossen Rat erst nach Erledigung sämtlicher Beschwerdeverfahren zur Genehmigung unterbreiten. Das Verwaltungsgericht nennt sämtliche damals noch hängige Verfahren und erwähnt, dass die Beschwerdeführerin erst nach der Erbteilung mit Eingabe vom 23. Januar 2006 um beförderliche Behandlung der Beschwerde gebeten hatte, gleichzeitig um einen zweiten Schriftenwechsel ersucht und am 17. Februar 2006 ihre Stellungnahme eingereicht hatte. Die Beschwerdeführerin nimmt keinen Bezug zu diesen Erwägungen. Ein Verstoss gegen <ref-law> ist nicht erkennbar.
3.5 3.5.1 Mit Blick auf die bisherige Planung, welche ihre Parzelle der Bauzone 2. Etappe zugewiesen hatte, macht die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Gleichbehandlungsgebots im Sinne von <ref-law> geltend. In diesem Zusammenhang erhebt sie erneut den Vorwurf, die Planungskommission habe gewisse private Interessen des ehemaligen Gemeindeammanns bevorzugt behandelt. Die Gemeinde habe insbesondere die Mängel nicht behoben, welche im Vorprüfungsbericht des BVU moniert worden seien.
3.5.2 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kommt dem Grundsatz rechtsgleicher Behandlung im Planungsrecht nur eine abgeschwächte Bedeutung zu. Verfassungsrechtlich genügt, dass die Plananordnung sachlich vertretbar, d.h. nicht willkürlich ist. Das Gebot der Rechtsgleichheit fällt insoweit mit dem Willkürverbot zusammen (<ref-ruling> E. 5a S. 288;). Ein Entscheid verletzt das Rechtsgleichheitsgebot, wenn er rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den tatsächlichen Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder Unterscheidungen unterlässt, die sich aufgrund der Verhältnisse aufdrängen, wenn also Gleiches nicht nach Massgabe seiner Gleichheit gleich und Ungleiches nicht nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Vorausgesetzt ist, dass sich die ungerechtfertigte Gleich- bzw. Ungleichbehandlung auf eine wesentliche Tatsache bezieht (<ref-ruling> E. 4.2 S. 399 mit Hinweisen).
3.5.3 Das Verwaltungsgericht hat mit Blick auf diese Rechtsprechung den bisherigen Planungsverlauf aufgezeichnet (S. 11 ff. des angefochtenen Urteils), weshalb die Parzelle Nr. 416 anders behandelt wurde als das Grundstück der Beschwerdeführerin (S. 18 ff.) und ist zum Schluss gelangt, es läge keine Verletzung von <ref-law> vor. Das Verwaltungsgericht gesteht der Beschwerdeführerin zu, dass das BVU im ersten Vorprüfungsbericht vom 11. Januar 1999 empfohlen hatte, die Bauzone noch weiter zu reduzieren, wobei das Gebiet "Mühlegg" im Vordergrund stehe. Diesem Anliegen sei die Gemeinde jedoch teilweise nachgekommen, weshalb das BVU im definitiven Vorprüfungsbericht vom 14. Juni 1999 keine diesbezüglichen Vorbehalte mehr angebracht habe. Im Vorprüfungsbericht vom 5. März 2004 habe das BVU denn auch auf denjenigen vom 14. Juni 1999 verwiesen. Die Vorlage, die der Gemeindepräsident am 11. Juni 2004 präsentiert habe, sei somit nicht vom Vorprüfungsbericht vom 5. März 2004 abgewichen, weshalb auch keine diesbezügliche Information der Bevölkerung nötig gewesen sei.
Als Grund, weshalb die Parzelle Nr. 416 nicht der Landwirtschaftszone zugeschlagen wurde, nennt die Vorinstanz unter anderem den Umstand, dass sich die Parzelle der Beschwerdeführerin im Bereich des Trenngürtels zwischen Ober- und Unterlunkhofen befinde und die Tatsache, dass unmittelbar angrenzend an die Parzellen eine Landschaft von kantonaler Bedeutung als Zwischenergebnis in den Richtplan aufgenommen worden ist (dazu sogleich E. 3.5 hiernach). Die Beschwerde lässt eine Auseinandersetzung mit den von der Vorinstanz angebrachten Argumenten weitgehend vermissen. Die Beschwerdeführerin legt nochmals ihre Sicht der Dinge dar, ohne damit aufzuzeigen, weshalb der angefochtene Entscheid stossend sein sollte. Zudem führt sie selber weitere Parzellen auf, welche vorher ganz oder zumindest teilweise in der Bauzone 2. Etappe lagen und neu der Landwirtschaftszone zugeteilt werden.
3.5.4 Hinzu kommt, dass das Bundesgericht bereits festgestellt hat, dass es sich beim Bauland von Unterlunkhofen in der 2. Etappe um Nichtbaugebiet handelt, was die Beschwerdeführerin zu verkennen scheint (Urteil 1P.578/2005 vom 17. Februar 2006, E. 3.5). Art. 15 RPG vermittelt wie <ref-law> grundsätzlich keinen Anspruch auf Einzonung von Land in die Bauzone. Auch lässt sich daraus nicht das Recht ableiten, dass Land im Rahmen einer revidierten Nutzungsplanung in der Bauzone verbleibt (<ref-ruling> E. 3e S. 300 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kann aber der Umstand, dass das Land, das im massgebenden Zeitpunkt von einem gewässerschutzrechtskonformen Generellen Kanalisationsprojekt (GPK) erfasst wurde, groberschlossen ist und der Eigentümer für die Erschliessung erhebliche Kosten aufgewendet hat, Grund zur Annahme sein, dass der Eigentümer mit einer Einzonung hat rechnen dürfen und deshalb durch die Nichteinzonung enteignungsähnlich getroffen worden ist (<ref-ruling> E. 6a S. 333, 455 E. 4a S. 457). Immerhin sind auch in einem solchen Fall alle rechtlichen und tatsächlichen Gegebenheiten zu würdigen, wobei in erster Linie auf die rechtliche Ausgangslage abzustellen ist und zum Beispiel die Notwendigkeit einer Quartierplanung die Annahme verbietet, der Grundeigentümer hätte ein für sich allein betrachtet erschlossenes Grundstück in naher Zukunft aus eigener Kraft überbauen können (<ref-ruling> E. 4c S. 458 f. sowie E. 5c und d S. 460 f.). Dass vorliegend ein Einzonungsgebot betanden hätte, ist nicht ersichtlich, zumal das Verwaltungsgericht in E. 2.3.1 festhält, die Lage der Parzelle am Siedlungsrand und damit ausserhalb des weitgehend überbauten Siedlungsgebiets sei unbestritten. Ein Blick auf den Zonenplan bestätigt diese Einschätzung. Aus eigener Kraft hätte die Beschwerdeführerin das Grundstück zudem nicht überbauen können, weil dazu vorgängig eine Nutzungsplanänderung nötig gewesen wäre (vgl. Urteil 1P.578/2005 des Bundesgerichts vom 17. Februar 2006 E. 3.3).
3.5.5 Was die unbelegten Vorwürfe gegen die Planungskommission anbelangt, kann auf E. 3.2.2 hiervor verwiesen werden. Unter Berücksichtigung des planerischen Ermessens der Gemeinde ist eine Verletzung von <ref-law> zu verneinen.
3.5.5 Was die unbelegten Vorwürfe gegen die Planungskommission anbelangt, kann auf E. 3.2.2 hiervor verwiesen werden. Unter Berücksichtigung des planerischen Ermessens der Gemeinde ist eine Verletzung von <ref-law> zu verneinen.
3.6 3.6.1 Die Beschwerdeführerin bemängelt des Weitern, dass die Gemeinde ihren planerischen Entscheid vor allem mit dem Siedlungstrenngürtel zwischen Unter- und Oberlunkhofen begründet habe, während ein solcher im Richtplan nicht vorgesehen sei. Dies habe offenbar auch die Vorinstanz bemerkt; sie habe aber in Erwägung gezogen, es sei im Interesse des Kantons, das Gebiet zwischen den beiden Gemeinden zu trennen, weshalb es im Richtplan einer Landschaft von kantonaler Bedeutung zugewiesen worden sei. Dabei habe das Verwaltungsgericht übersehen, dass alle Parzellen im Planungsgebiet "Mühlegg" dieser Landschaft von kantonaler Bedeutung angehörten.
3.6.2 Das Verwaltungsgericht hat sich bereits im Urteil vom 26. Juni 2003 zur Frage eines Trennungsgürtels zwischen den beiden Gemeinden geäussert. Damals hat es in Erwägung gezogen, dass für die Nutzungsplanung ein Richtplaninteresse an einem Siedlungstrenngürtel nicht belegt sei. Hingegen sei unmittelbar angrenzend an die Parzellen eine Landschaft von kantonaler Bedeutung als Zwischenergebnis im Richtplan aufgenommen worden. Das Gebiet gehöre ausserdem zu den im Richtplan festgesetzten Beitrags- und Aufwertungsgebieten mit einem Vernetzungskorridor zwischen der Reussebene und dem Albisgebiet. Diese übergeordneten Interessen seien zu berücksichtigen und stünden einer Zuweisung zu einer Bauzone entgegen. Im angefochtenen Entscheid hält das Verwaltungsgericht an dieser Einschätzung fest und führt ergänzend aus, die Parzelle Nr. 431 befinde sich unmittelbar angrenzend an die Grün- und Bauzone WH, indessen im Siedlungstrenngürtel an zentraler Lage und an dessen schmalster Stelle zur Gemeindegrenze und zum Baugebiet der Nachbargemeinde. Eine weitere Einschränkung sei mit den Interessen der Natur- und Landschaftsschutzes nicht mehr zu vereinbaren, zumal der Siedungstrennung zwischen Ober- und Unterlunkhofen auch eine Naherholungsfunktion zukomme. Es habe bereits im Urteil vom 26. Juni 2003 auf die planerische Bedeutung des im Richtplan festgesetzten Vernetzungskorridors hingewiesen. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, für einen Wildkorridor fehle eine Grundlage, stosse ins Leere. Für die Funktion und die Erhaltung der Siedlungstrennung auf dem Gemeindegebiet von Unterlunkhofen sei auch die Ausdehnung der Bauzone in Oberlunkhofen nicht relevant. Im Bauzonenplan sei die nördlich angrenzende Parzelle Nr. 430 teilweise einer Grünzone zugewiesen und zur Erhaltung der Siedlungstrennung eine Landschaftsschutzzone festgesetzt worden, die lediglich ca. 25 m vom Grundstück der Beschwerdeführerin entfernt sei. Die Lage der umstrittenen Parzelle am Hang und im Trennungsbereich sowie im Nahbereich der Landschaftsschutzzone sei ein sachlicher, planerischer Grund für eine Zuweisung des Grundstücks zur Nichtbauzone.
3.6.3 Im Verfahren vor Bundesgericht hat das BVU zuhanden des Regierungsrats zu dieser Problematik Stellung genommen. Es widerspricht dem Verwaltungsgericht in einem Punkt und hält fest, das Gebiet zwischen Ober- und Unterlunkhofen liege weder in einem Aufwertungs- und Beitragsgebiet, noch verlaufe der im Richtplan vermerkte Vernetzungskorridor durch diese Lücke. Nichtsdestotrotz sei die Siedlungslücke zwischen den beiden Gemeinden von besonderem Wert. Es habe ein bewaldetes Bachtobel in der unmittelbaren Nähe und östlich der Lücke einen auch für die Fauna wichtigen Baumgarten. Bäche seien Leitlinien für Wildtiere. Der gesamte Ort sei für diese attraktiv. Der Rehbestand werde von der Fachabteilung Wald, Sektion Jagd und Fischerei, denn auch als sehr gut bezeichnet. Dass nicht nur die Wildtierkorridore (zwischen Oberlunkhofen und Jonen, nördlich von Oberwil sowie östlich von Lieli), sondern auch die Passage zwischen Ober- und Unterlunkhofen als Durchgang benutzt werde, bestätige der zuständige Jagdaufseher. Das Fallwild (Füchse, Dachse, Rehe), das Opfer des Verkehrs werde, zeige dies. Dass dennoch nicht diese Passage, sondern diejenigen weiter südlich und nördlich als Wildtierkorridore erfasst seien, liege daran, dass die anderen Durchgänge breiter seien. Je grösser die Siedlungslücke sei, desto grösser sei auch die Chance, dass sie die Tiere als Durchgang benützten. Im Richtplan sei der Durchgangsbereich als Landschaft von kantonaler Bedeutung erfasst. Der Kanton habe damit zum Ausdruck gebracht, dass die Freihaltung des Gebiets von hochrangigem Interesse sei. Der Richtplan mit seinem Massstab von 1:50'000 sei allerdings von einer gewissen Unschärfe. Die Abgrenzung im Einzelnen obliege der Gemeinde. Sie habe darauf geachtet, dass die beiden Siedlungen getrennt blieben. Der nun beibehaltene Durchgang habe eine siedlungsgestalterische Bedeutung mit entsprechendem Erholungswert für die betroffene Bevölkerung und stelle gleichzeitig auch eine biologische Vernetzung sicher. Die Einzonung der Parzelle Nr. 431 würde diese Passage nach Auffassung des BVU verengen und gewichtigen öffentlichen Interessen widersprechen.
3.6.4 Selbst wenn die umstrittene Parzelle nicht im Vernetzungskorridor liegt, wird aus den zitierten Ausführungen deutlich, wie gross das öffentliche Interesse an der Siedlungstrennung zwischen den beiden Gemeinden ist. Sowohl die Vorinstanz wie das BVU heben den Landschaftsschutz hervor, dessen Stellenwert auch im Richtplan Niederschlag gefunden hat, indem das Gebiet dort als Landschaft von kantonaler Bedeutung erfasst wird. Es ist darum insbesondere mit Blick auf die Planungshoheit der Gemeinde nicht zu beanstanden, wenn diese das öffentliche Interesse an einer klaren Freihaltung des Durchgangs zwischen Ober- und Unterlunkhofen stärker gewichtet hat als das private Interesse der Beschwerdeführerin. Unterstrichen wird dies auch durch die Festlegung der Landschaftsschutzzone und der Grünzone in unmittelbarer Nähe der Parzelle Nr. 431.
3.6.5 Aus dem Hinweis auf die Planung in Oberlunkhofen kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die Planung der Nachbargemeinde ist für die Beurteilung, ob diejenige von Unterlunkhofen rechtmässig ist, nicht relevant.
3.6.5 Aus dem Hinweis auf die Planung in Oberlunkhofen kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die Planung der Nachbargemeinde ist für die Beurteilung, ob diejenige von Unterlunkhofen rechtmässig ist, nicht relevant.
3.7 3.7.1 Sodann wirft die Beschwerdeführerin den Behörden vor, die seit dem Jahr 1999 massgeblichen Veränderungen bei der neuen Beurteilung der Planung "Mühlegg" nicht berücksichtigt zu haben. Im Rahmen der Gemeindeversammlung vom 26. Mai 2004 sei dem Gemeinderat aufgezeigt worden, dass das kantonale Planungsziel für das Jahr 2013, nämlich eine Einwohnerzahl von 1'300, bereits im damaligen Zeitpunkt mit rund 1'280 fast erreicht sei. Zudem sei der Steuersatz von 112 % auf 84 % gesunken, und die angekündigten Investitionen seien abgeschlossen worden, ohne dass diese eine negative Auswirkung auf den Steuerfuss gehabt hätten.
3.7.2 Auch diesem Vorbringen hat sich das Verwaltungsgericht ausführlich gewidmet (E. 2.3.2 des angefochtenen Urteils). Wiederum verweist es auf sein Urteil vom 26. Juni 2003, in welchem es den Beschluss der Gemeindeversammlung Unterlunkhofen vom 23. Juni 2000 auf die Rechtmässigkeit gemäss Art. 15 lit. b RPG zu prüfen gehabt habe. Damals habe es festgestellt, dass die Einwohnerzahl 1999 bei 1'136 Einwohnern gelegen hatte. Ende 2003, also kurz vor dem heute umstrittenen Beschluss der Gemeindeversammlung vom 11. Juni 2004, habe die Einwohnerzahl 1'275 betragen. Ende 1999 hätte die Gemeinde über eine unbebaute Fläche an Wohn- und Mischzonen von 9.3 ha verfügt. Für die massgebende Planungsperiode bis 2014 seien die kantonalen Behörden von einem Wachstum auf 1'410 Einwohner ausgegangen. Demgegenüber habe die Gemeinde ihre Prognose auf 1'630 bis 1'650 Einwohner ausgerichtet. Das Verwaltungsgericht habe dies aber bei seinen Berechnungen berücksichtigt und sei zum Schluss gelangt, dass die 9.3 ha an unüberbauten Wohn- und Mischzonen bei einer Einwohnerdichte von 60 Einwohnern/ha für ein Wachstum von 558 Einwohnern und bei einer Dichte von 49 Einwohnern/ha für eine Kapazität von 456 Einwohnern ausreichen würden, um das im Planungsleitbild angestrebte massvolle Wachstum von 33 Einwohnern pro Jahr (15 Jahre x 33 Einwohner/Jahr + 1'136 Einwohner [im Jahr 1999] =1'631 Einwohner im Jahr 2014) zu gewährleisten. Dabei habe es die mögliche Verdichtung aufgrund der erhöhten Ausnützungsziffer in sämtlichen Wohnzonen ausser Acht gelassen. Gestützt auf diese Grundlagen sei es am 26. Juni 2003 zum Ergebnis gelangt, dass das ausgeschiedene Baugebiet und das angestrebte Bevölkerungswachstum gemäss Art. 15 lit. b RPG in der Nutzungplanung 2000 keinen zusätzlichen Landbedarf erfordere. Daran habe sich aufgrund der Neuauflage "Mühlegg" nichts geändert. Zutreffend sei, dass die kantonale Prognose bis ins Jahr 2017 offenbar an die kommunale angepasst worden sei. Nachdem das Verwaltungsgericht aber schon bei seiner Berechnung im Jahr 2003 auf die kommunalen Zahlen abgestellt habe, ergebe sich keine Änderung. Vor dem Hintergrund, dass solchen Prognosen ohnehin immer eine gewisse Unschärfe immanent sei, könne die ausgeschiedene Bauzone für die Bevölkerungsentwicklung in der massgebenden Planungsphase bis 2014 jedenfalls auch für eine Einwohnerzahl von 1'650 als ausreichend betrachtet werden. Die von der Beschwerdeführerin erwähnten weiteren Veränderungen könnten allenfalls Anlass für eine Revision der Nutzungsplanung im Sinn von Art. 21 RPG geben. Die Nichtberücksichtigung im Nutzungsplanverfahren 2000, deren Bestandteil die Neuauflage "Mühlegg" ist, könne aber nicht beanstandet werden.
3.7.3 Diese Erwägungen überzeugen, zumal die neuerliche Planung lediglich aufgrund eines Formfehlers nötig war und nicht das Gesamtgebiet, sondern nur einen Teil der umfassenden Gemeindeplanung betraf. Die Beschwerdeführerin setzt sich damit nicht auseinander, sondern beharrt auf ihrem Standpunkt, ohne eine Rechtswidrigkeit darzutun. Selbst wenn die Einzonung ihrer Parzelle flächenmässig nicht ins Gewicht fallen würde, ändert dies nichts daran, dass die Gemeinde das öffentliche Interesse an einer Freihaltung des fraglichen Gebietes höher gewichten durfte als das private Interesse der Beschwerdeführerin. Ein Vergleich mit anderen Gemeinden ist unbehelflich.
3.8 Nach § 25 Satz 3 des Gesetzes über Raumplanung, Umweltschutz und Bauwesen vom 19. Januar 1993 (BauG/AG; SAR 713.100) orientiert der Gemeinderat das zuständige Organ über die von ihm vorgeschlagenen Abweichungen vom Vorprüfungsbericht und begründet sie. Die Beschwerdeführerin rügt, dass dies unterblieben sei. Schon in E. 3.4.3 wurde unter Zitierung des vorinstanzlichen Entscheids aufgezeigt, dass die Vorlage vom 11. Juni 2004 nicht vom Vorprüfungsbericht vom 5. März 2004 und damit auch nicht vom Vorprüfungsbericht vom 14. Juni 1999 abwich. In letzterem hatte der Kanton keine Beanstandungen mehr an der kommunalen Planung zum Gebiet "Mühlegg" angebracht. Eine Information der Bevölkerung im Sinn von § 25 BauG/AG erübrigte sich darum.
3.9 Insgesamt vermag die Beschwerde den Begründungsanforderungen von <ref-law> und <ref-law> kaum zu genügen, da eine Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Urteil weitgehend ausbleibt. Die Erwägungen des Verwaltungsgerichts erscheinen demgegenüber als nachvollziehbar und detailliert begründet. Die vorinstanzliche Beurteilung der kommunalen Planung für das Gebiet "Mühlegg" ist weder aus bundes- noch aus verfassungsrechtlicher Sicht zu beanstanden.
4. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Einwohnergemeinde Unterlunkhofen, dem Regierungsrat, dem Grossen Rat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer