Faits:
A. A.a Par jugement du 17 mars 2006, le Tribunal de police de Genève a condamné X._ pour infraction à l'art. 11f al. 1 de la loi fédérale encourageant la gymnastique et les sports (LGS; RS 415.0), faux dans les titres (art. 251 aCP), délit manqué d'escroquerie et escroquerie par métier (art. 22 et 146 aCP) à la peine de huit mois d'emprisonnement, cette peine étant complémentaire à celle de quatre mois d'emprisonnement avec sursis prononcée le 30 mai 2005 par le Procureur général de Genève pour escroquerie et infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants.
Les escroqueries reprochées à X._ se fondent sur le fait que ce dernier a, de 2001 au premier semestre 2003, agissant de concert avec le pharmacien A._, usé de divers stratagèmes pour se faire rembourser par des caisses d'assurances-maladie des produits dopants qui lui avait été prescrits à des fins de culturisme, et non thérapeutiques.
A l'initiative de A._, X._ a souscrit une assurance-maladie au nom d'une personne fictive, à savoir D._. Sur la base de certificats de complaisance rédigés par le médecin B._, le pharmacien A._ a fourni à X._ des produits anabolisants, puis a adressé les ordonnances et les factures à la coopérative professionnelle des pharmaciens suisses, puis à l'assurance-maladie, dans le but d'obtenir le remboursement de ces produits. L'assurance n'en a pas remboursé le prix (environ 170'000 fr.), car X._ avait omis de payer les primes de l'assurance à la suite d'une inadvertance. Pour ces faits, le Tribunal de police a retenu, à l'encontre de X._, le délit manqué d'escroquerie.
En outre, X._ a utilisé l'assurance de C._ pour obtenir des produits anabolisants et dopants. Le médecin B._ avait établi des ordonnances au nom de C._ et les avait remises à X._ qui s'était procuré ces substances anabolisantes et dopantes auprès du pharmacien A._. Celles-ci avaient été remboursées par l'assurance-maladie de C._ dans les limites du contrat. Pour ces faits, le Tribunal de police a condamné X._ pour escroquerie consommée.
A.b Statuant le 13 décembre 2006, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a admis partiellement l'appel de X._ et modifié le jugement de première instance en ce sens qu'elle l'a « libéré des fins de la poursuite pénale s'agissant de l'escroquerie par métier ». Pour le surplus, elle a confirmé le jugement du Tribunal de police.
A.c Statuant le 4 mai 2007 sur le pourvoi en nullité de X._, la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral l'a admis partiellement, en application de l'ancien art. 277 PPF, annulé l'arrêt cantonal du 13 décembre 2006 et renvoyé la cause à la cour cantonale, à charge pour celle-ci de se prononcer à nouveau sur la peine. En effet, à la lecture de l'arrêt cantonal, il était impossible de savoir pour quels faits le recourant avait été condamné et pour lesquels il avait été libéré, de sorte que la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral ne pouvait juger si la peine prononcée était adéquate (arrêt du 4 mai 2007 6S.23/2007).
B. B.a Saisie à nouveau de l'affaire à la suite de l'arrêt fédéral, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a, par arrêt du 3 mars 2008, confirmé l'arrêt du 13 décembre 2006, notamment du point de vue de la peine de huit mois d'emprisonnement et du sort des frais et dépens.
B.b X._ a recouru une nouvelle fois devant le Tribunal fédéral. Par arrêt du 7 août 2008, celui-ci a admis son recours en matière pénale, a annulé l'arrêt de la Chambre pénale du 3 mars 2008 et renvoyé la cause pour qu'il soit statué à nouveau sur la peine. En effet, l'infraction par métier étant punissable, selon l'ancien droit, de dix ans au plus ou de l'emprisonnement pour trois mois au moins, il incombait à la cour cantonale de mieux exposer sur quelles circonstances elle se fondait pour justifier le maintien de la peine à son niveau initial malgré l'abandon de cette infraction (arrêt du 7 août 2008 6B_291/2008).
C. Par arrêt du 23 février 2009, la Chambre pénale de la Cour de justice de Genève a confirmé l'arrêt du 3 mars 2008 et maintenu la peine de huit mois d'emprisonnement. En bref, elle a considéré que le premier juge n'avait pas tenu compte de manière adéquate de l'ensemble des critères de l'ancien <ref-law> et qu'il avait en conséquence fixé une peine trop clémente; celui-ci n'avait notamment pas pris suffisamment en considération le concours d'infractions, la gravité de la faute et les nombreux antécédents. Si, conformément au principe de l'interdiction in pejus, la Chambre pénale genevoise ne pouvait pas condamner le recourant à une peine plus lourde, elle était en revanche autorisée à maintenir la peine fixée en première instance malgré l'abandon de la circonstance aggravante du métier.
D. Contre ce dernier arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il soit prononcé en sa faveur une peine réduite et, à titre subsidiaire, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant s'en prend uniquement à la mesure de la peine qui lui a été infligée. Il reproche à la cour cantonale d'avoir maintenu la peine prononcée malgré l'abandon, en seconde instance, de l'infraction d'escroquerie par métier.
1. Le recourant s'en prend uniquement à la mesure de la peine qui lui a été infligée. Il reproche à la cour cantonale d'avoir maintenu la peine prononcée malgré l'abandon, en seconde instance, de l'infraction d'escroquerie par métier.
1.1 1.1.1 Selon l'art. 63 aCP, applicable en l'espèce (cf. arrêt du 7 août 2008 6B_291/2008 consid. 3), le juge doit fixer la peine d'après la culpabilité du délinquant, en tenant compte des mobiles, des antécédents et de la situation personnelle de ce dernier. Cette disposition confère au juge un large pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2a p. 152). La gravité de la faute constitue le critère essentiel de la fixation de la peine et il appartiendra au juge de l'évaluer en fonction de divers éléments pertinents (<ref-ruling> consid. 2a p. 72).
1.1.2 Suivant la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancien droit, le juge doit exposer dans sa décision les éléments essentiels relatifs à l'acte et à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse vérifier que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (<ref-ruling> consid. 2c p. 105 et les arrêts cités).
En particulier, si une part importante de l'accusation est abandonnée en seconde instance cantonale, l'autorité cantonale ne peut maintenir la peine inchangée sans le justifier dans sa motivation (Corboz, La motivation de la peine, RJB 131 (1995), p. 1 ss, 22; <ref-ruling> consid. 4 p. 397; <ref-ruling> consid. 1c/bb p. 21). Cette règle s'impose comme la conséquence du lien qui doit exister entre la motivation présentée et la peine infligée; elle tend aussi à ne pas rendre illusoire l'exercice des voies de recours. Sauf justification spéciale, on ne saurait admettre que la peine reste inchangée, quels que soient la qualification juridique des infractions ou les critères retenus dans la fixation de la peine.
En particulier, si une part importante de l'accusation est abandonnée en seconde instance cantonale, l'autorité cantonale ne peut maintenir la peine inchangée sans le justifier dans sa motivation (Corboz, La motivation de la peine, RJB 131 (1995), p. 1 ss, 22; <ref-ruling> consid. 4 p. 397; <ref-ruling> consid. 1c/bb p. 21). Cette règle s'impose comme la conséquence du lien qui doit exister entre la motivation présentée et la peine infligée; elle tend aussi à ne pas rendre illusoire l'exercice des voies de recours. Sauf justification spéciale, on ne saurait admettre que la peine reste inchangée, quels que soient la qualification juridique des infractions ou les critères retenus dans la fixation de la peine.
1.2 1.2.1 En l'espèce, la cour cantonale a rappelé les éléments pris en considération par le premier juge (durée des agissements délictueux; ampleur des escroqueries; ingéniosité; mobiles égoïstes, appât du gain et mépris de la santé d'autrui; récidive en cours d'enquête; antécédents judiciaires; bonne collaboration; écoulement du temps). Elle a ensuite expliqué que, compte tenu de ces éléments, la peine infligée au recourant par les premiers juges était trop clémente, ceux-ci n'ayant pas tenu suffisamment compte dans leur appréciation des nombreux antécédents, de la gravité de la faute et du concours d'infractions. En conséquence, elle a estimé qu'il ne convenait pas, à la suite de l'abandon de l'escroquerie qualifiée, de réduire encore la peine prononcée qui était déjà trop basse et a maintenu la peine infligée par les juges de première instance. Par cette motivation, la cour cantonale a exposé les motifs qui l'ont amenée à maintenir la peine de huit mois d'emprisonnement et a ainsi satisfait à son obligation de motivation.
1.2.2 Cela étant, il convient d'examiner si, au vu des circonstances, la peine de huit mois apparaît exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
En l'espèce, les agissements délictueux se sont déroulés sur une longue période, de près de deux ans, et ont porté sur une quantité importante de produits anabolisants. Avec ses deux comparses, le recourant a mis sur pied un système ingénieux. Il a agi par appât du gain, faisant preuve d'un grand mépris pour la santé d'autrui. Dans son recours, il conteste certes s'être enrichi personnellement dans le cadre de la revente des substances dopantes au motif que le produit de la vente était reversé au pharmacien. Cet argument tombe toutefois à faux, dès lors que le recourant a pu consommer gratuitement les produits. Par ailleurs, ce dernier n'a pas pris conscience de la gravité de ses actes, puisqu'il a réitéré ses agissements coupables alors qu'il faisait déjà l'objet d'une instruction pénale à raison des mêmes faits. Il a en outre de nombreux antécédents judiciaires pour avoir été condamné déjà à quatre reprises. Ceux-ci montrent un certain mépris du recourant face aux lois, même si les infractions sont de nature différente et ne relèvent pas de la grande criminalité. En sa faveur, on peut relever sa bonne collaboration au cours de l'enquête et le temps écoulé depuis la commission des infractions. Enfin, une comparaison avec la peine infligée au pharmacien paraît difficile, dès lors que les circonstances et les situations personnelles ne sont pas semblables.
Au vu de ce qui précède, la faute du recourant ne peut qu'être qualifiée de grave. La peine de huit mois d'emprisonnement n'apparaît donc pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à l'autorité cantonale.
2. Le recours doit être rejeté.
Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF), réduits à 800 fr. compte tenu de sa situation financière actuelle.
La demande d'effet suspensif est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 8 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin