Sachverhalt:
A. K._ (geb. 1957) war seit 1997 bei der Schweizerischen Rückversicherungs-Gesellschaft (kurz: Swiss Re) tätig und bei der Pensionskasse Swiss Re (nachfolgend: Pensionskasse) berufsvorsorgeversichert. Diese stellte auf den 1. Januar 2007 vom Leistungsprimat auf einen neuen Vorsorgeplan mit Beitragsprimat um. Übergangsrechtlich wurde den Aktivversicherten ein Zuschuss zum Altersguthaben gewährt mit dem Ziel, die gleich hohe Alterspension mit Alter 60 zu erreichen wie gemäss altem Statut. Dabei sieht Art. 1415 Ziff. 3 des ab 1. Januar 2007 gültigen Reglements einen gestaffelten Rückbehalt des Zuschusses bei einem Austritt bis 31. Dezember 2011 vor.
Ende 2008 kündigte die Swiss Re das Arbeitsverhältnis mit K._ wegen Umstrukturierung auf Ende November 2009. In der Folge reduzierte die Pensionskasse seine Austrittsleistung um 60 % des am 1. Januar 2007 gewährten Zuschusses (Austrittsabrechnung per 30. November 2009).
B. Am 19. April 2010 reichte K._ Klage beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ein und beantragte, die Pensionskasse sei zu verurteilen, ihm die volle, ungekürzte Freizügigkeitsleistung unter Einrechnung der vollen Zusatzgutschrift vom 1. Januar 2007 auszurichten und den in Abzug gebrachten Betrag von Fr. 164'614.80 nebst 5 % Zins seit 1. Dezember 2009 auszuzahlen.
Mit Entscheid vom 12. Juni 2012 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Klage gut. Es verpflichtete die Pensionskasse, K._ den bei der Austrittsleistung in Abzug gebrachten Rückbehalt von Fr. 164'614.80 nachzubezahlen, wobei der Betrag ab 1. Dezember 2009 im Sinne der Erwägungen zu verzinsen sei.
C. Dagegen führt die Pensionskasse Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid vom 12. Juni 2012 sei aufzuheben und die Klage vom 19. April 2010 vollumfänglich abzuweisen. Ferner sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
K._ stellt in seiner Vernehmlassung Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme.
D. Mit Verfügung vom 25. September 2012 erkannte die Instruktionsrichterin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dies ist von der ein Novum einbringenden Partei näher darzulegen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), was die Beschwerdeführerin unterlassen hat. Das von ihr neu beigebrachte Beweismittel (provisorische Berechnung des Altersguthabens per 1. Januar 2007, datiert vom 1. September 2006) ist daher unzulässig und bleibt vor Bundesgericht unbeachtet (Urteil 9C_406/2011 vom 9. Juli 2012 E. 3 mit weiteren Hinweisen, publ. in: SVR 2012 IV Nr. 53 S. 191).
2. Streitig und zu prüfen ist zunächst, inwieweit Art. 1415 Ziff. 3 des Pensionskassenreglements (in der ab 1. Januar 2007 gültigen Fassung) gegen den Gleichbehandlungsgrundsatz verstösst, indem er nicht zwischen freiwilligem und unfreiwilligem Austritt unterscheidet. Die Vorinstanz hat einen entsprechenden Verstoss bejaht und dem Kläger - als unfreiwillig aus der Pensionskasse Austretendem - einen Anspruch auf die ungekürzte Austrittsleistung zugestanden.
2.1 Gemäss Art. 1f BVV2 ist der Grundsatz der Gleichbehandlung eingehalten, wenn für alle Versicherten eines Kollektivs die gleichen reglementarischen Bedingungen im Vorsorgeplan gelten.
2.2 Versicherte, die per 1. Januar 2007 eine gemäss einem reglementarisch festgelegten Schlüssel berechnete Punktzahl von 49 oder mehr erreichten, erhielten einen nach Punktzahl abgestuften Zuschuss. Die Punktzahl errechnete sich dabei wie folgt: tatsächliches Alter (auf Monate genau) per 31. Dezember 2006 plus 1/3 der Jahre und Monate der tatsächlichen Zugehörigkeit zur Pensionskasse (Art. 1415 Ziff. 2 Reglement).
Art. 1415 Ziff. 3 der Schluss- und Übergangsbestimmungen des Reglements trägt den Titel "Rückbehalt des Zuschusses bei Austritt bis zum 31.12.2011". Danach reduziert sich die Austrittsleistung (Art. 911) bei einem Austritt bis Ende 2011 gemäss aufgeführter Tabelle. Diese sieht eine linear abnehmende Reduktion des Zuschusses vor, der den Aktivversicherten am 1. Januar 2007 gewährt wurde, mit Stichtag jeweils per Jahresende, beginnend am 31. Dezember 2007 (Reduktion um 100 %) und endend am 31. Dezember 2011 (Reduktion um 20 %). Der entsprechend zurückbehaltene Teil des Zuschusses wird dem Beitragsreservekonto des Arbeitgebers (Art. 510 Ziff. 4) gutgeschrieben. Erfolgt der Austritt ab dem 1. Januar 2012 wird die Austrittsleistung nicht mehr reduziert.
2.3 Es steht für das Bundesgericht verbindlich fest (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 BGG), dass die Pensionskasse bei der Umstellung vom Leistungs- auf das Beitragsprimat keine Teil- oder Gesamtliquidation durchgeführt hat sowie keine freien Mittel auswies. Gleiches gilt für die vorinstanzliche Feststellung, dass die Swiss Re für die besagte Umstellung 100 Mio. Fr. zur Verfügung stellte und daraus (auch) der Zuschuss zum Altersguthaben finanziert wurde.
2.3 Es steht für das Bundesgericht verbindlich fest (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 BGG), dass die Pensionskasse bei der Umstellung vom Leistungs- auf das Beitragsprimat keine Teil- oder Gesamtliquidation durchgeführt hat sowie keine freien Mittel auswies. Gleiches gilt für die vorinstanzliche Feststellung, dass die Swiss Re für die besagte Umstellung 100 Mio. Fr. zur Verfügung stellte und daraus (auch) der Zuschuss zum Altersguthaben finanziert wurde.
2.4 2.4.1 Es ist nicht selten, dass die Arbeitgeberfirma bei einem ausserordentlichen Finanzierungsbedarf der Vorsorgeeinrichtung freiwillig einen Sonderbeitrag leistet. Zu denken ist an einen einmaligen Sanierungszuschuss, den der Arbeitgeber zusätzlich zu den reglementarisch vorgesehenen Sanierungsbeiträgen erbringt, oder an die Erklärung, wonach er in einem definierten Umfang für die Dauer der Unterdeckung auf die Verwendung der - vorgängig geäufneten - Arbeitgeberbeitragsreserve (vgl. <ref-law>) verzichtet (KURT C. SCHWEIZER, Die arbeitgeberseitige Finanzierung der beruflichen Vorsorge, Eine Auseinandersetzung mit vertraglichen Grundlagen der Personalvorsorge, in: Hans-Ulrich Stauffer [Hrsg.], Berufliche Vorsorge im Wandel der Zeit, Festschrift "25 Jahre BVG", 2009, S. 191). Eine solche freiwillige Arbeitgeberleistung stellt auch die hier zur Diskussion stehende Finanzierung des übergangsrechtlichen Zuschusses zum Altersguthaben dar (JACQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, Attributions volontaires de prévoyance de l'employeur: fiscalité et cotisations AVS/AI, SZS 2009 S. 426 ff., 435 f. Ziff. 21). Die dazu erforderlichen Mittel stammen direkt von der Arbeitgeberfirma (vgl. E. 2.3). Dabei handelt es sich um eine besondere Beitragsleistung, die einerseits einem im Voraus bezeichneten Versichertenkreis zufliesst und anderseits der Erfüllung eines vorbestimmten Vorsorgeziels dient. Der Zuschuss bezweckt, dass vor allem die älteren und langjährigen Aktivversicherten (vgl. E. 2.2 Abs. 1) im neuen Pensionsplan bei Erreichen des Alters 60 die gleiche Pension erhalten wie gemäss bisherigem Plan. Mit anderen Worten geht es hier um die Verteilung gebundener und nicht freier Mittel, insbesondere nicht um diejenigen einer Finanzierungsstiftung (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.1.1 in fine S. 349). Wohl wurde die Einlage nicht direkt von der Arbeitgeberin individuell übertragen. Indes hat sie nicht die Vorsorgeverbesserung aller Vorsorgenehmer zum Inhalt, wie es die freien Mittel haben. Diese sind eine gesamt-kollektive Grösse und gehören allen Destinatären (Arbeitnehmer, Rentner, Invalide und Ehemalige; <ref-ruling> E. 3.3 S. 308).
Anzumerken bleibt, dass der Beschwerdegegner richtig vorträgt, dass auch freie Mittel durch Arbeitgebereinlagen gebildet werden können. Er schweigt sich aber darüber aus, ob das Rückstellungsreglement der Beschwerdeführerin (Art. 48e BVV 2) solches - zumindest im hier fraglichen Zeitraum - überhaupt zuliess (in demjenigen gültig ab 31. Dezember 2011 jedenfalls nicht vorgesehen [Art. 11; http://www.pensionskasse-swissre.ch/downloads]).
2.4.2 Die - unabhängig von einer Teil- oder Gesamtliquidation - für die Verteilung von freien Stiftungsmitteln herrschenden Rechtsgrundsätze, welche erfordern, dass die unfreiwillig aus der Vorsorgeeinrichtung ausscheidenden Versicherten nicht gleich behandelt werden wie die freiwillig Ausgeschiedenen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.2 und E. 4.2.3 S. 611), finden somit von vornherein keine Anwendung. Im gleichen Sinn verbleibt kein Raum für die Annahme einer übergangsrechtlichen Regelungslücke. Der vorinstanzliche Entscheid, der ausschliesslich darauf aufbaut, verletzt diesbezüglich Bundesrecht.
2.5 Art. 1415 Ziff. 3 des Reglements sieht vor, dass alle Versicherten, die am 1. Januar 2007 einen Zuschuss erhalten haben und bis zum 31. Dezember 2011 aus der Pensionskasse austreten, eine Reduktion auf dem Zuschussteil der Austrittsleistung zu gewärtigen haben. Das Reglement nennt die Kriterien und Modalitäten ausdrücklich und präzise (vgl. E. 2.2 Abs. 2). Aus diesen erhellt, dass eine Kategorie von Vorsorgenehmern nach identischen Bedingungen behandelt wird. Entlassene Versicherte wie der Beschwerdegegner werden nicht von einer Partizipation ausgeschlossen, sondern unterliegen wie die übrigen Austretenden der gleichen Leistungskürzung pro rata temporis. Diese Schlechterstellung (gegenüber den verbleibenden Aktivversicherten) ist im Arbeitsverhältnis begründet und daher objektiv motiviert. Es trifft nicht zu, dass der Arbeitgeber es in der Hand hat, seine Einlage rückgängig zu machen. Zum einen kann ein Arbeitsverhältnis auch seitens des Arbeitnehmers beendet werden. Zum andern erhält der Arbeitgeber den Rückbehalt nicht zurück. Vielmehr wird dieser seinem Beitragsreservekonto gutgeschrieben (vgl. E. 3.1 nachfolgend).
Nachdem der Zuschuss darauf ausgerichtet ist, bei einer allfälligen Pensionierung in der beschwerde führenden Pensionskasse die Alterspension mit Alter 60, wie sie vor dem 1. Januar 2007 im Leistungsprimat versichert war, zu garantieren (vgl. E. 2.4.1), ist auch die zeitliche Limitierung des Rückbehalts als sachgerecht zu bezeichnen. Es sollen vor allem diejenigen Versicherten ungeschmälert in den Genuss des Zuschusses kommen, die von der neuen Lösung langfristig betroffen sind.
2.6 Zusammengefasst steht fest, dass der Beschwerdegegner unter dem Titel des Gleichbehandlungsgebots keinen Anspruch auf die ungekürzte Austrittsleistung hat.
3. Nach <ref-law> entscheidet das Bundesgericht in der Sache selbst oder weist diese an eine untere Instanz zurück, wenn es die Beschwerde gutheisst. Das Bundesgericht entscheidet mithin nicht nur kassatorisch, sondern kann den Streitpunkt auch reformatorisch neu regeln. Die vorliegende Sach- und Rechtslage lässt eine solche direkte Beurteilung zu, da die übrigen Einwände des Beschwerdegegners unbegründet sind:
3.1 Insoweit der Beschwerdegegner die jährlichen Kürzungsschritte in der Höhe von 20 % als willkürlich bezeichnet, weil ihm die 11 Monate des Jahres 2009, während denen das Arbeitsverhältnis noch bestanden habe, nicht angerechnet worden seien, lässt er ausser Acht, dass Art. 1415 Ziff. 3 des Reglements nur vom zeitanteiligen Rückbehalt des reinen Zuschusses handelt (am 1. Januar 2007 gewährter Zuschuss: Fr. 274'358.-; zurückbehaltener Zuschuss Ende November 2009: 60 % von Fr. 274'358.- = Fr. 164'614.80). Die Verzinsung des Altersguthabens - auch auf dem Zuschuss - verblieb beim Beschwerdegegner und zwar auf den Tag der Beendigung des Arbeitsverhältnisses genau (Art. 911 des Reglements). Dieses Vorgehen führt - entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners - nicht zu einem Mutationsgewinn. Von Willkür kann daher keine Rede sein. Ebenso ist es rechtens, dass der zurückbehaltene Teil des Zuschusses dem Beitragsreservekonto des Arbeitgebers gutgeschrieben wird, da er aus eigenen Mitteln des Arbeitgebers stammt (vgl. E. 2.3; Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Bd. 4, 2009, S. 213 oben; vgl. auch CARL HELBLING, Personalvorsorge und BVG, 8. Aufl. 2006, S. 192, wonach es zulässig ist, bei frühzeitigem Ausscheiden den gänzlichen Austrittsgewinn zurückzubehalten und der Arbeitgeberbeitragsreserve gutzuschreiben).
3.2 Selbst wenn man im Umstand, dass zu keinem Zeitpunkt auf Art. 1415 Ziff. 3 des Reglements resp. den Rückbehalt des Zuschusses bei vorzeitigem Ausscheiden aus der Pensionskasse hingewiesen wurde, die Verletzung einer aus Treu und Glauben hergeleiteten Auskunfts- oder Informationspflicht erblicken wollte, könnte der Beschwerdegegner daraus nichts für sich ableiten. Der Vertrauensschutz setzt nämlich voraus, dass der Private infolge der fehlenden oder unzutreffenden Auskunft eine nachteilige, nicht wieder rückgängig zu machende Disposition getroffen hat (<ref-ruling> E. 2.5.1 S. 72 f.; <ref-ruling> E. 3.6.2 S. 193). Daran fehlt es hier. Der Beschwerdegegner macht nicht geltend, im Nichtwissen um die fragliche Reglementsbestimmung irgendwelche Vorkehren getroffen oder unterlassen zu haben.
3.3 Aus dem Gesetz ergibt sich kein wertmässiger Anspruch auf bestimmte Arbeitgeberbeiträge, weshalb das Recht auf die Freizügigkeitsleistung, soweit sie mit Arbeitgeberbeiträgen finanziert wurde, lediglich in ihrem Bestand gesetzlich garantiert ist. Der genaue Umfang ist reglementarisch festzulegen und wird nur dann zum wohlerworbenen Recht, wenn die bestehende Skala gemäss Reglement unabänderlich ist (<ref-ruling> E. 5b S. 227 unten). Dies ist in concreto nicht der Fall. Es können keinerlei Anhaltspunkte für eine besonders qualifizierte Zusicherung ausgemacht werden. Der Beschwerdegegner legt denn auch Gegenteiliges nicht näher dar.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Juni 2012 wird aufgehoben. Die Klage des Beschwerdegegners wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Januar 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Die Gerichtsschreiberin: Keel Baumann