Sachverhalt:
A. Vor der Strafkammer des Bundesstrafgerichts ist ein Strafverfahren hängig gegen Y._ und weitere Mitangeklagte wegen Unterstützung bzw. Beteiligung an einer kriminellen Organisation und Geldwäscherei. Rechtsanwalt X._ trat nach Einleitung des Ermittlungsverfahrens als privater Verteidiger von Y._ und Z._ auf.
B. Mit rechtskräftiger Verfügung vom 2. September 2004 liess die Bundesanwaltschaft (BA) den privaten Verteidiger wegen Interessenkollisionen nicht weiter zu. Mit ebenfalls in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 1. September 2004 ernannte die BA Rechtsanwalt A._ als amtlichen Verteidiger von Y._, nachdem dieser (trotz entsprechender Aufforderung der BA) keinen neuen erbetenen Privatverteidiger gemeldet hatte.
C. Mit Schreiben vom 18. bzw. 21. November 2008 ersuchte Rechtsanwalt X._ um Wiederzulassung als erbetener privater Verteidiger von Y._. Am 19. Dezember 2008 wies der Präsident der Strafkammer des Bundesstrafgerichts das Gesuch ab.
D. Gegen die Präsidialverfügung der Strafkammer vom 19. Dezember 2008 gelangten Rechtsanwalt X._ sowie Y._ mit Beschwerde vom 16. Januar 2009 an das Bundesgericht. Sie beantragen (in der Hauptsache) die Zulassung des Beschwerdeführers 1 als erbetener privater Verteidiger des Beschwerdeführers 2 im hängigen gerichtlichen Hauptverfahren.
Die BA und der Präsident der Strafkammer beantragen mit Stellungnahmen vom 5. bzw. 9. Februar 2009 je die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführer replizierten am 16. Februar 2009.

Erwägungen:
1. Strafprozessuale Zwischenentscheide der Strafkammer des Bundesstrafgerichts sind (unter den Voraussetzungen von Art. 92-94 BGG) grundsätzlich anfechtbar (<ref-law>). Dies gilt grundsätzlich auch für verfahrensleitende Entscheide des Präsidenten der Strafkammer (vgl. <ref-ruling>). Im Gegensatz zu <ref-law> (Entscheide der Beschwerdekammer) beschränkt das Gesetz die Anfechtbarkeit nicht auf Zwangsmassnahmenentscheide der Strafkammer.
1.1 Zu prüfen ist, ob die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind:
1.2 Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu <ref-law> (und schon zum altrechtlichen Art. 87 Abs. 2 OG) ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 45; <ref-ruling> E. 4 S. 141; 288 E. 3.1 S. 291; 335 E. 4 S. 338, je mit Hinweisen). Der blosse Umstand, dass es sich beim Offizialverteidiger nicht um den Wunsch- bzw. Vertrauensanwalt des Angeschuldigten handelt, schliesst eine wirksame und ausreichende Verteidigung nicht aus. Die Ablehnung eines Gesuches des Angeschuldigten um Auswechslung des Offizialverteidigers begründet daher grundsätzlich keinen nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil im Sinne des Gesetzes (<ref-ruling> E. 2b S. 211). Anders kann der Fall liegen, wenn der amtliche Verteidiger seine Pflichten erheblich vernachlässigt (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 50 ff.) oder wenn die Strafjustizbehörden gegen den Willen des Angeschuldigten und seines Offizialverteidigers dessen Abberufung anordnen (<ref-ruling> E. 4 S. 339).
1.3 Die Beschwerdeführer sehen einen Nachteil im Sinne von <ref-law> darin, dass der Beschwerdeführer 2 im hängigen Gerichtsverfahren nicht vom Anwalt seines Vertrauens verteidigt werde. Der Nachteil könne innert nützlicher Frist nicht behoben werden, da eine rückwirkende Korrektur nicht möglich wäre. Dies gelte auch im Hinblick auf eine allfällige neue Prüfung der prozessualen Rügen durch die Strafkammer des Bundesstrafgerichts.
1.4 Die Beschwerdeführer verlangen die forensische Zulassung des Beschwerdeführers 1 als privater Wahlverteidiger im hängigen Gerichtsverfahren. Der Beschwerdeführer 2 wird seit dem 1. September 2004 durch seinen amtlichen Verteidiger vertreten. Die Beschwerdeführer beantragen keine Abberufung des Offizialverteidigers (und keine Einsetzung des Beschwerdeführers 1 als neuer Offizialverteidiger). Ebenso wenig wird in der Beschwerdeschrift geltend gemacht, dass der amtliche Verteidiger seine Pflichten vernachlässigt hätte. Allerdings könnte durch die Nichtzulassung des Beschwerdeführers 1 als erbetener Verteidiger bewirkt werden, dass dem Beschwerdeführer 2 eine (ausschliessliche) Offizialverteidigung faktisch aufgedrängt bzw. die (zusätzliche) Interessenvertretung durch den gewünschten Privatverteidiger verunmöglicht würde. Dies könnte gegebenenfalls im Widerspruch stehen zum Anspruch des Angeklagten auf erbetene (privat finanzierte) Verteidigung durch den Anwalt seiner Wahl (vgl. Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK; Art. 14 Abs. 3 lit. d UNO-Pakt II; Art. 32 Abs. 2 Satz BV). Insofern kann hier ein drohender Nachteil im Sinne von <ref-law> bejaht werden.
1.5 Damit ist die Beschwerde grundsätzlich zulässig. Soweit die Beschwerdeführer allgemeine Beanstandungen gegen die Führung des Ermittlungs- und Voruntersuchungsverfahrens bzw. gegen die Anklageschrift erheben, die nicht Gegenstand des angefochtenen prozessleitenden Entscheides bilden, kann darauf nicht eingetreten werden.
1.6 Das vorliegende Urteil wird in der Sprache des angefochtenen Entscheides ausgefertigt (<ref-law>).
2. Im angefochtenen Entscheid wird die Nichtzulassung des Beschwerdeführers 1 als Wahlverteidiger des Beschwerdeführers 2 im Gerichtsverfahren wie folgt begründet: Es bestehe eine "latente Interessenkollision" im Sinne von <ref-law>. Schon im Verfahren, das zur Abberufung des Wahlverteidigers im Ermittlungsverfahren führte, sei dargelegt worden, dass der Beschwerdeführer 1 bereits (den unterdessen ebenfalls angeklagten) Z._ vertreten habe. Ein mit dem Beschwerdeführer 1 in Bürogemeinschaft tätiger Anwalt habe zudem einen weiteren Mitangeklagten vertreten. An diesen Interessenkollisionen habe sich seither nichts geändert; sie bestünden auch nach erfolgter Anklageerhebung bis zum rechtskräftigen Abschluss des Strafverfahrens weiter. Darüber hinaus trete der Beschwerdeführer 1 weiterhin als Rechtsvertreter von Drittbetroffenen auf, deren Interessen mit jenen des Beschwerdeführers 2 "nicht zwingend parallel" liefen.
3. In der Beschwerde wird (im wesentlichen zusammengefasst) Folgendes vorgebracht: Weder die Bundesanwaltschaft, noch die Strafkammer des Bundesstrafgerichtes (bzw. deren Präsidium) seien gesetzlich befugt, erbetene Privatverteidiger vom Verfahren auszuschliessen. Die Justizbehörden hätten vom Auftreten des Wahlverteidigers lediglich Kenntnis nehmen (und allenfalls die kantonale Anwaltsaufsichtsbehörde über einen eventuellen konkreten Interessenkonflikt informieren) dürfen. Die angeblichen Interessenkollisionen des Beschwerdeführers 1 seien ausserdem nur vorgeschoben. Offenbar gehe es den Bundesjustizbehörden darum, alle Tessiner Vertrauensanwälte der Beschuldigten vom Verfahren auszuschliessen. Zwar vertrete der Beschwerdeführer 1 von strafprozessualen Zwangsmassnahmen betroffene (nicht angeklagte) Dritte und habe er im gerichtspolizeilichen Ermittlungsverfahren sowohl den Beschwerdeführer 2 als auch den Mitbeschuldigten (und unterdessen ebenfalls angeklagten) Z._ verteidigt. Ein Teil der Verfahren, in denen er, der Beschwerdeführer 1, von Zwangsmassnahmen Betroffene vertrete, sei jedoch bereits abgeschlossen. Ausserdem sei kein Interessenkonflikt zwischen diesen Dritten und dem Beschwerdeführer 2 ersichtlich. Herrn Z._ vertrete er (seit seiner Abberufung vom 2. September 2004) nicht mehr. Die Beschwerdeführer rügen in diesem Zusammenhang insbesondere die Verletzung von Art. 27 i.V.m. <ref-law>, Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK, Art. 14 Abs. 3 UNO-Pakt II, Art. 32 Abs. 2 Satz BV, <ref-law> und Art. 35 BStP.
4. In ihrer Vernehmlassung vom 5. Februar 2009 legt die Vorinstanz dar, dass der Beschwerdeführer 1 mehrere von Beschlagnahmungen Betroffene vertreten habe bzw. weiterhin vertrete. Gegen die Ausübung dieser Privatmandate sei grundsätzlich nichts einzuwenden. Zwischen den Interessen des Beschwerdeführers 2 und den Rechtspositionen der drittbetroffenen Personen sei "bisher kein Interessenkonflikt zu erkennen" gewesen. Anders sehe es aus mit Hinblick auf den (unterdessen ebenfalls separat verteidigten) Mitangeklagten Z._. Im polizeilichen Ermittlungsverfahren habe der Beschwerdeführer 1 sowohl diesen Beschuldigten als auch den Beschwerdeführer 2 privat verteidigt. Mit rechtskräftiger Verfügung vom 2. September 2004 habe die Bundesanwaltschaft diese Doppelvertretung nicht weiter zugelassen. Beiden Angeklagten werde (im gleichen Sachzusammenhang) insbesondere Geldwäscherei zur Last gelegt. Laut Anklageschrift habe Z._ über mehrere Bankkonten, die er für diverse Firmen unterhalten habe, Gelder verbrecherischer Herkunft in den legalen Finanzkreislauf eingeschleust. In der Regel seien zunächst Bareinzahlungen erfolgt. Z._ habe den Beschwerdeführer 2 in der Folge beauftragt, Transaktionen auf Konten von Offshorefirmen zu veranlassen und die Gelder dann in den (legalen) Zigarettenhandel zu reinvestieren. Im Voruntersuchungsverfahren sei es zu Abweichungen gekommen zwischen den Sachdarstellungen der beiden Mitangeklagten. Es könne nicht ausgeschlossen werden, dass sie vor Gericht eine unterschiedliche Verteidigungsstrategie wählen könnten.
5. Wie schon aArt. 4 der früheren Bundesverfassung garantiert auch <ref-law> (analog Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK und Art. 14 Abs. 3 UNO-Pakt II) das Recht des Angeschuldigten, sich im Strafprozess durch einen Anwalt eigener Wahl verteidigen zu lassen. <ref-law> gewährleistet (namentlich den Anwälten) die freie Berufsausübung. Allerdings bleiben jeweils die strafprozessualen und berufsrechtlichen Vorschriften und Zulassungsvoraussetzungen vorbehalten (<ref-ruling> E. 3a S. 250 f. mit Hinweisen). Die Verteidigungsrechte eines Angeklagten finden überdies an den Parteirechten der übrigen Verfahrensbeteiligten eine Schranke.
5.1 Im gerichtspolizeilichen Ermittlungsverfahren ernennt die Bundesanwaltschaft, in der Voruntersuchung das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt den amtlichen Verteidiger (Art. 37 Abs. 1 BStP). Dieser behält seinen Auftrag in der Regel auch im weiteren Verfahren bei. Ausnahmsweise kann das Gerichtspräsidium einen anderen amtlichen Verteidiger ernennen, wenn besondere Gründe es rechtfertigen (Art. 37 Abs. 2 BStP). Der Beschuldigte hat das Recht, in jeder Lage des Verfahrens einen Verteidiger zu bestellen. Die Bundesanwaltschaft bzw. der Richter machen den Beschuldigten zu Beginn der ersten Vernehmung darauf aufmerksam (Art. 35 Abs. 1 BStP). Zur Hauptverhandlung kann der Präsident der Strafkammer des Bundesstrafgerichts ausnahmsweise zwei Verteidiger für einen Beschuldigten zulassen (Art. 35 Abs. 2 BStP). Als Verteidiger werden Rechtsanwältinnen und Rechtsanwälte zugelassen, die ihren Beruf in einem Kanton ausüben, und die Rechtslehrer an schweizerischen Hochschulen (Art. 35 Abs. 3 BStP). Für mehrere Beschuldigte kann ein gemeinschaftlicher Verteidiger bestellt werden, soweit dies mit der Aufgabe der Verteidigung vereinbar ist (Art. 36 Abs. 3 BStP).
5.2 Anwältinnen und Anwälte üben ihren Beruf unabhängig, in eigenem Namen und auf eigene Verantwortung aus (<ref-law>). Sie haben jeden Konflikt zwischen den Interessen ihrer Klientschaft und den Personen, mit denen sie geschäftlich oder privat in Beziehung stehen, zu vermeiden (<ref-law>). Sie unterstehen gegenüber jedermann dem Berufsgeheimnis über alles, was ihnen infolge ihres Berufes von ihrer Klientschaft anvertraut worden ist. Das Anwaltsgeheimnis gilt "zeitlich unbegrenzt", somit auch über die Beendigung eines Mandates hinaus (<ref-law>). Die Verletzung des Berufsgeheimnisses ist nach <ref-law> strafbar.
5.3 Vor der Hauptverhandlung erlässt das Präsidium der Strafkammer die notwendigen prozessleitenden Anordnungen betreffend Verteidigung (Art. 136 Abs. 2 i.V.m. Art. 35-36 BStP). Der zuständige Richter kann - gestützt auf das BGFA und das anwendbare Prozessrecht - insbesondere Verfügungen treffen über die Nichtzulassung von Parteivertretern im Strafverfahren wegen Interessenkollisionen (Urteil des Bundesgerichtes 1A.223/2002 vom 18. März 2003 E. 3.2; Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 3-4; zu den anwaltlichen Berufspflichten s. auch <ref-ruling> E. 3.4 S. 228; <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 157 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 276 f., je mit Hinweisen). Auch die künftige Schweizerische Strafprozessordnung verweist für Mehrfachvertretungen auf die "Schranken von Gesetz und Standesregeln" (Art. 127 Abs. 3 Eidg. StPO, BBl 2007 S. 7013).
5.4 Die Rüge, es bestehe keinerlei gesetzliche Grundlage für den angefochtenen prozessleitenden Entscheid, erweist sich als unbegründet.
5.5 Gemäss der Praxis des Bundesgerichtes besteht bei Mehrfach-Verteidigungsmandaten desselben Rechtsvertreters für verschiedene Mitangeschuldigte grundsätzlich ein Interessenkonflikt, der einen Verfahrensausschluss eines erbetenen privaten Verteidigers (gestützt auf das Anwaltsberufs- und Strafprozessrecht) rechtfertigen kann. Ein analoger Interessenkonflikt droht nach der Rechtsprechung, wenn ein Anwalt, der zuvor Rechtsvertreter einer anderen Prozesspartei war, ein Verteidigungsmandat übernimmt (Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 3c-d). Von besonderen Ausnahmefällen abgesehen, dürfen Anwältinnen und Anwälte keine Mehrfachverteidigungen von Mitangeschuldigten ausüben. Dies selbst dann nicht, wenn die Mandaten der Doppelvertretung zustimmen, oder wenn der Verteidiger beabsichtigt, für beide Angeschuldigten auf Freispruch zu plädieren (Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 3c, E. 4c/bb mit Hinweisen). Anwälten ist es aufgrund ihrer Geheimhaltungs- und Treuepflicht zudem verboten, im Interesse eines neuen Mandanten gegen einen ehemaligen Klienten zu plädieren, wenn zwischen dem damaligen und dem späteren Verfahren ein enger Sachzusammenhang besteht (Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 4c/aa mit Hinweisen). Bei seinem Entscheid über die Nichtzulassung bzw. Abberufung von Anwälten hat der verfahrensleitende Strafrichter entsprechenden Interessenkonflikten vorausschauend Rechnung zu tragen (Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 3c). Das Prozessieren gegen einen früheren Klienten ist schon untersagt, wenn auch nur die Möglichkeit besteht, dass Kenntnisse aus dem ehemaligen Mandatsverhältnis bewusst oder unbewusst verwendet werden könnten (vgl. Walter Fellmann, in: Fellmann/Zindell [Hrsg.], Kommentar zum Anwaltsgesetz [BGFA] Zürich 2005, Art. 12 N. 108). In diesem Zusammenhang können sich sowohl Eingriffe in das Recht des Angeschuldigten auf freie Verteidigerwahl (Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK) als zulässig erweisen, als auch Beschränkungen der Berufsfreiheit betroffener Anwälte (Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 4a mit Hinweisen und E. 4e-f).
5.6 In Pra 1998 Nr. 98 (E. 4c/aa-bb) erwog das Bundesgericht in diesem Zusammenhang insbesondere Folgendes:
"L'interdiction faite à l'avocat de plaider contre un ancien client, lorsque les deux causes sont liées par un lien de connexité étroit, et de ne pas représenter plusieurs parties dont les intérêts peuvent s'opposer, relève de l'obligation de délicatesse (cf. à propos de l'art. 19 al. 2 LPAv, Stéphane Spahr, Les règles de la profession d'avocat en droit valaisan, RVJ 1988 p. 403 ss, 420 et 425, ainsi que l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 février 1997, RVJ 1997 p. 246 consid. 6a). On peut aussi voir dans cette règle générale et incontestée l'expression du devoir de fidélité de l'avocat envers son client (Walter Fellmann/ Oliver Sidler, Standesregeln des Luzerner Anwaltsverbandes, Berne 1996, n. 2 ad art. 23; Martin Sterchi, Kommentar zum bernischen Fürsprecher-Gesetz, n. 7a ad art. 10, n. 1 ad art. 13; Felix Wolffers, Der Rechtsanwalt in der Schweiz, thèse Berne, 1986 p. 141/142; Guido Rieder, Der Fürsprecher und sein Auftraggeber und das Problem der armen Partei, in: Standesrechtlicher Lehrgang, Association des avocats bernois, Berne 1986, p. 116/117). L'interdiction de plaider contre son ancien client découle en outre du secret professionnel de l'avocat, qui perdure après la fin du mandat (arrêt non publié B. du 12 mars 1997 consid. 6a; Fellmann/Sidler, op. cit., n. 2 ad art. 25; Karl-Franz Späh, Aus der neueren Rechtsprechung der Aufsichtskommission über die Rechtsanwälte, RSJ 1995 p. 397 ss, relatant la jurisprudence de l'autorité de surveillance du canton de Zurich, évoque, à titre d'exemple de violation de la déontologie professionnelle à cet égard, le cas de l'avocat qui avait conseillé téléphoniquement une partie, contre rémunération, avant de défendre la partie adverse dans le procès, p. 401).
Lorsque le même avocat défend deux coaccusés dans le procès pénal, le risque d'un conflit d'intérêts surgit immanquablement: pour obtenir l'acquittement ou le prononcé d'une peine aussi légère que possible, chaque accusé peut être tenté de reporter la culpabilité sur l'autre; en pareil cas, il sera impossible à l'avocat, confronté à des intérêts contradictoires, d'assister efficacement l'un comme l'autre de ses clients; une telle situation justifie l'interdiction du double mandat (Wolffers, op. cit., p. 142; Rieder, op. cit., p. 116; Fellmann/Sidler, op. cit., n. 5d ad art. 23)."
5.7 Auch im Urteil 1A.223/2002 vom 18. März 2003 (E. 5.2-5.3) weist das Bundesgericht darauf hin, dass es sich beim Verbot, gegen die Interessen eines früheren Klienten für einen neuen Mandanten zu plädieren, um eine grundlegende anwaltliche Berufsregel handle, die sich aus dem Unabhängigkeitsgebot (<ref-law>) sowie der Treue- und Sorgfaltspflicht ergebe:
"L'interdiction de plaider en cas de conflit d'intérêts est une règle cardinale de la profession d'avocat, qui découle de l'obligation d'indépendance rappelée à l'art. 12 let. b LLCA (Vincenzo Amberg, Das Bundesgesetz über die Freizügigkeit der Anwältinnen und Anwälte, Revue de l'avocat, 3/2002 p. 11), de l'obligation de fidélité et du devoir de diligence de l'avocat (Franz Werro, Les conflits d'intérêts de l'avocat, in: Droit suisse des avocats, Berne, 1998 p. 231ss, 232). L'avocat a ainsi notamment le devoir d'éviter la double représentation (Werro, op. cit., p. 243-246), c'est-à-dire le cas où il serait amené à défendre les intérêts de deux parties à la fois, car l'opposition entre les intérêts des deux clients interdit en pareil cas à l'avocat de respecter pleinement son obligation de fidélité et son devoir de diligence (Jacques Matile, L'indépendance de l'avocat, in: L'avocat moderne, Mélanges publiés par l'ordre des avocats vaudois à l'occasion de son centenaire, Bâle, 1998, p. 207ss, 210; cf. par exemple, l'arrêt 1P.587/1997 précité). Cette règle est absolue en matière de représentation en justice; le consentement éventuel des parties n'y change rien (Werro, op. cit., p. 244). L'avocat qui s'aperçoit qu'en acceptant un deuxième mandat, il risque d'être pris dans un conflit d'intérêts, doit renoncer au deuxième mandat (Amberg, op. cit., p. 11; Werro, op. cit., p. 250). S'il accepte le deuxième mandat, il doit se défaire des deux mandats (Werro, op. cit., p. 250).
(...) Il n'est en effet pas déterminant, pour qu'un conflit d'intérêts au sens de l'art. 12 let. c LLCA surgisse, que deux parties opposées soient constituées, au sens du droit de procédure. Il suffit que dans une affaire quelconque, deux personnes (au moins) liées au même avocat aient maille à partir et se trouvent objectivement à poursuivre des intérêts opposés."
5.8 Mehrfach-Verteidigungsmandate desselben Rechtsvertreters für verschiedene Mitangeklagte sind nach der dargelegten Praxis und Lehre grundsätzlich unzulässig. Eine Mehrfachverteidigung könnte allenfalls (im Interesse der Verfahrenseffizienz) ausnahmsweise erlaubt sein, sofern die Mitangeschuldigten durchwegs identische und widerspruchsfreie Sachverhaltsdarstellungen geben und ihre Prozessinteressen nach den konkreten Umständen nicht divergieren (vgl. Fellmann, Kommentar BGFA, Art. 12 N. 107; Robert Hauser/Erhard Hartmann/Karl Schweri, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl., Basel 2005, § 40 Rz. 17, je mit weiteren Hinweisen auf die Praxis). Bei Mehrfachverteidigungen sind latente Interessenkollisionen oft anfänglich nicht erkennbar, weil sie sich erst im Verlaufe des Strafverfahrens herausbilden. Insbesondere kann ein Angeschuldigter dazu übergehen, einen Mitangeschuldigten zu belasten. Ist absehbar, dass entsprechende Differenzen und Interessenkollisionen auftauchen, ist eine Mehrfachverteidigung verboten (Fellmann, a.a.O., N. 107). Für den Bundesstrafprozess bestimmt das Gesetz denn auch ausdrücklich, dass Doppelvertretungen nur zulässig sind, soweit dies "mit der Aufgabe der Verteidigung vereinbar" erscheint (Art. 36 Abs. 3 BStP).
5.9 Dabei ist auch Interessenkonflikten Rechnung zu tragen, die aus früheren Mandaten und aus der gesetzlichen Nachwirkung des Anwaltsgeheimnisses bzw. der anwaltlichen Unabhängigkeits- und Treuepflicht resultieren (Art. 12 lit. b-c i.V.m. <ref-law>; Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 4c/aa; Urteil 1A.223/2002 vom 18. März 2003 E. 5.2, je mit Hinweisen). Vor diesem Hintergrund erscheint es durchaus problematisch, wenn ein ehemaliger Verteidiger eines Angeklagten in einem späteren Verfahrensstadium einen anderen Mitangeklagten anwaltlich vertreten will. Zurückhaltung drängt sich schon deshalb auf, weil vertrauliche Informationen, die der frühere Klient seinem Verteidiger unter dem Schutz des Anwaltsgeheimnisses anvertraut hat, später zum Nachteil dieses Mitangeklagten strafprozessual verwendet werden könnten, indem der Verteidiger die vertraulichen Informationen nun im Interesse seines neuen Mandanten einsetzt. Solchen Interessenkonflikten ist besonders Rechnung zu tragen, wenn gegenseitige Schuldzuweisungen bzw. divergierende Prozessstrategien unter Mitangeklagten (namentlich im Rahmen unterschiedlicher Beweisaussagen) vorliegen bzw. im weiteren Verfahren nicht ausgeschlossen werden können (Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 4c/bb mit Hinweisen; vgl. Fellmann, a.a.O., N. 107-108).
5.10 In der Beschwerde wird eingeräumt, dass der Beschwerdeführer 1 bereits den Mitangeklagten Z._ im Ermittlungsverfahren anwaltlich vertreten hat. Es besteht ein unmittelbarer enger Sachzusammenhang zwischen dem früheren und dem neu beanspruchten Verteidigungsmandat. Komplizierend kommt hinzu, dass der Beschwerdeführer 1 nach eigenen Angaben auch noch drei von konnexen Beschlagnahmungen betroffene Privatpersonen sowie eine Stiftung vertreten hat bzw. vertritt. Aufgrund der vorliegenden Akten sind die Erwägungen der Vorinstanz, wonach der Beschwerdeführer 2 und der Mitangeklagte Z._ im Ermittlungs- und Voruntersuchungsverfahren teilweise divergierend ausgesagt haben, nicht offensichtlich unrichtig (vgl. <ref-law>). Noch weniger erscheinen widersprüchliche Aussagen und konkurrierende Verteidigungsstandpunkte im gerichtlichen Hauptverfahren ausgeschlossen.
5.11 Bei Würdigung sämtlicher Umstände hält hier die Annahme eines Interessen- und Loyalitätskonfliktes vor dem Bundesrecht stand. Die Vorinstanz durfte der Gefahr Rechnung tragen, dass der Beschwerdeführer 1 seine vertraulich erhaltenen Kenntnisse aus der früheren anwaltlichen Interessenvertretung von Z._ zum Vorteil des Beschwerdeführers 2 und zum Nachteil der Interessen seines mitangeklagten ehemaligen Mandanten verwenden könnte. In diesem Zusammenhang rechtfertigt sich eine umsichtige (prospektive) Abwägung durch den verfahrensleitenden Präsidenten der Strafkammer (vgl. Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 3c).
Im vorliegenden Fall ist zudem mitzuberücksichtigen, dass der Beschwerdeführer 2 bereits (im Sinne von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK) durch einen Offizialverteidiger verbeiständet ist. Er macht nicht geltend, dieser komme seinen Pflichten nicht nach. Der Beschwerdeführer 2 verlangt vielmehr eine zusätzliche Privatverteidigung durch den Beschwerdeführer 1, obschon dieser bereits die Interessen eines Mitangeklagten anwaltlich vertreten hat und mehrere von Zwangsmassnahmen Betroffene vertreten hat bzw. vertritt. Der Beschwerdeführer 2 bestreitet auch die Darstellung der Vorinstanz nicht, wonach ihm die BA schon im polizeilichen Ermittlungsverfahren Gelegenheit gegeben habe, einen anderen erbetenen Privatverteidiger (als den Beschwerdeführer 1) zu bezeichnen, wovon der Beschwerdeführer 2 jedoch keinen Gebrauch gemacht habe. Das von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK gewährleistete Recht des Angeklagten auf Beizug eines nicht von Interessenkollisionen betroffenen Privatverteidigers seiner Wahl wird vom angefochtenen Entscheid nicht tangiert.
5.12 Die Beschwerdeführer berufen sich auf den Aufsatz eines Tessiner Anwaltes, der ebenfalls (wegen analogen Interessenkonflikten) vom Verfahren ausgeschlossen worden sei (Mario Postizzi, L'esclusione del difensore di fiducia dal procedimento penale, Rivista ticinese di diritto I-2005, S. 445 ff.). Soweit gestützt auf diese Publikation die Ansicht vertreten wird, der verfahrensleitende Richter dürfe drohenden Interessenkonflikten nicht "abstrakt" bzw. vorausschauend, sondern (wenn überhaupt) ausschliesslich ex post Rechnung tragen, widerspräche dies der dargelegten herrschenden Lehre und Praxis (vgl. oben, E. 5.3-5.9).
5.13 Nach dem Gesagten erscheint die Anwendung des Verfahrensrechtes (Art. 136 Abs. 2 BStP i.V.m. Art. 35-36 BStP und Art. 12 lit. b-c bzw. <ref-law>) durch die Vorinstanz bundesrechtskonform. Im Lichte der dargelegten Praxis ist hier auch kein unzulässiger Eingriff in die Verteidigungsrechte des Beschwerdeführers 2 bzw. in das Berufsausübungsrecht des Beschwerdeführers 1 (Art. 27 i.V.m. <ref-law>) ersichtlich (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 250 f.; Pra 1998 Nr. 98 S. 560 ff. E. 4a und 4e-f, je mit Hinweisen).
6. Die Beschwerde ist, soweit sie zulässig erscheint, abzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend, sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>) und ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>). Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde hinfällig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Schweizerischen Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Präsident der Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster