Faits:
A. Le 3 juin 2011, l'Office fédéral de la police a transmis au Ministère public du canton de Genève une communication de soupçons de blanchiment d'argent émanant de la banque X._. Selon cette communication, les époux A._ et B._ étaient co-titulaires d'une relation bancaire depuis le 23 janvier 2009 qui avait été approvisionnée par trois apports en 2010, dont un chèque de USD 254'000.- provenant des Etats-Unis d'Amérique (ci-après: USA). Or, la presse avait relaté que A._, psychothérapeute, avait été arrêté en Argentine où il résidait, pour escroquerie à l'assurance-maladie: il aurait réclamé au gouvernement américain et à des compagnies d'assurance privées le remboursement de factures pour des prestations non effectuées.
Le Ministère public a requis de la banque X._ la transmission de la documentation relative au compte susmentionné, ainsi que la saisie des avoirs y afférents; le solde de ce compte au 9 juin 2011 s'élevait à USD 2'858'580.-. Il a également pris connaissance de documents bancaires concernant les comptes-joints ouverts par les époux auprès de quatre autres établissements suisses, successivement récipiendaires du patrimoine des précités entre 2003 et 2010.
Le 9 septembre 2011, A._ a requis la levée du blocage du compte ouvert auprès de la banque X._. Il soutenait pour l'essentiel que les fonds déposés provenaient de donations familiales ainsi que de ses activités d'auteur et de conférencier, à l'exclusion de sa pratique médicale. Il contestait les accusations portées contre lui aux USA. Cela étant, selon l'"Indictement" qui lui avait été notifié le 21 décembre 2010, il lui était reproché d'avoir détourné la somme de USD 530'000.- tout au plus ainsi que quelques frais mineurs à hauteur de USD 12'000.-, de sorte que le séquestre intégral de sa fortune auprès de cette banque était disproportionné. De plus, l'essentiel des avoirs avait été crédité avant la période couverte par la demande d'extradition et résultait de plus-values réalisées sur les marchés financiers. Une partie du solde du compte provenait du patrimoine de son épouse, en particulier de la vente d'une propriété réalisée en mars 2010; cette transaction était payable en deux fois: le premier versement en USD 254'249.- effectué par chèque tiré sur la banque X._ Miami le 7 juillet 2010 et le second paiement "sous forme d'un autre chèque".
Le 16 septembre 2011, le Ministère public a indiqué aux intéressés que les documents dont il disposait ne lui permettaient pas de confirmer l'origine licite de leur fortune; la presse avait par ailleurs fait état de remboursements indus de plus de USD 1 million pour des consultations à Hawaï. Le même jour, le Ministère public a décerné une commission rogatoire aux autorités hawaïennes visant à l'audition de A._ au sujet de l'origine des fonds crédités sur le compte-joint litigieux et leur utilisation. Celui-ci devait également s'exprimer sur les motifs économiques des deux chèques susmentionnés.
Le 21 octobre 2011, les époux ont à nouveau demandé au Procureur la levée partielle du séquestre opéré. Le 16 novembre 2011, ils ont renouvelé leur requête, laquelle a été jugée prématurée par le Ministère public le 17 novembre 2011, l'instruction devant recueillir plus d'information sur l'origine de l'argent.
Par arrêt du 3 janvier 2012, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours formulé par l'épouse contre la décision précitée. Elle a considéré que l'intéressée n'avait fourni aucun élément tangible permettant de faire le lien entre l'origine du patrimoine allégué (donations familiales, revenus issus de l'activité de son époux et leurs investissements et vente d'un terrain sis en Argentine) et les fonds déposés en Suisse en 2003. Dans ces circonstances, le Procureur restait habilité à garder sous main de la justice les avoirs saisis, ceux-ci étant susceptibles de receler des "producta sceleris". En outre, aucune pièce justificative n'était produite pour démontrer le soi-disant préjudice majeur subi par les époux. Enfin, il incombait au Procureur de circonscrire rapidement la quotité du préjudice estimé par les autorités de poursuite américaines.
Le 14 février 2012, les époux ont à nouveau sollicité la levée partielle du séquestre, demande renouvelée le 20 mars 2012. Par décision du 26 mars 2012, le Procureur a refusé de lever le séquestre pénal conservatoire au motif qu'aucun changement significatif des circonstances n'était intervenu depuis sa décision du 17 novembre 2011 confirmée par la Cour de justice.
B. Par arrêt du 8 juin 2012, la Cour de justice a rejeté le recours déposé par les époux contre la décision du Ministère public. Elle a considéré que les pièces produites ne permettaient pas d'établir la licéité des fonds saisis. Les recourants n'ayant pas encore pu être interrogés, il n'avait pas été possible de déterminer la quotité exacte des fonds pouvant provenir d'une activité criminelle; un doute sérieux existait toujours sur ce point, quand bien même le préjudice des autorités américaines n'apparaissait pas excéder USD 530'000.-. Enfin, les époux n'avaient pas produit de pièces justificatives probantes attestant qu'ils n'étaient plus en mesure de couvrir leur minimum vital.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, B._ et A._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice et d'ordonner la levée partielle du séquestre sur leur compte joint auprès de la banque X._, soit de limiter le séquestre à concurrence de USD 530'000.-. Ils se plaignent d'une violation de l'<ref-law> ainsi que des principes de la proportionnalité (art. 36 Cst.), de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.).
La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt. Le Ministère public s'en tient à sa décision et propose le rejet du recours. Les recourants persistent dans les termes et conclusions prises dans le recours.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué, qui confirme le maintien du séquestre provisoire, est une décision rendue en matière pénale au sens de l'<ref-law>. En tant que titulaires des avoirs saisis, les recourants peuvent se prévaloir d'un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de cette décision, de sorte qu'ils ont la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 282 s.; <ref-ruling> consid. 1a p. 148; <ref-ruling> consid. 1a p. 155 s.). La décision par laquelle le juge prononce, maintient ou refuse un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (<ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 1b p. 100 et les références). Cela étant, la jurisprudence admet que le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 101; voir également <ref-ruling> consid. 4 p. 141; <ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 4 p. 187 et les références). Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'<ref-law>, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. Les recourants se plaignent d'une violation de l'<ref-law>. Selon eux, il n'existerait pas d'indices sérieux permettant d'établir un lien entre les fonds séquestrés et le produit de l'activité illégale reprochée au recourant - susceptible d'avoir été blanchi en Suisse -, à tout le moins pour toute somme supérieure au montant de USD 530'000.-; les indices ne se seraient pas renforcés depuis le début de l'enquête, le Ministère public n'ayant recueilli aucun élément pertinent depuis plus d'une année. Ce grief se confond en substance avec ceux également tirés de la violation du principe de la proportionnalité, de la garantie de la propriété et de l'interdiction de l'arbitraire.
2.1 Le séquestre, comme mesure restreignant le droit de propriété, n'est compatible avec la Constitution que s'il repose sur une base légale, est justifié par un intérêt public suffisant et respecte le principe de la proportionnalité (art. 26 al. 1 Cst. en relation avec l'art. 36 al. 1 à 3 Cst.; cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 221, 2c p. 221/222). Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive; en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (<ref-ruling> consid. 3e p. 44/45; <ref-ruling> consid. 2a p. 353; <ref-ruling> consid. 2b p. 397 et les arrêts cités).
Le séquestre pénal contesté est fondé sur l'<ref-law>. Cette mesure conservatoire provisoire est destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. Elle est proportionnée lorsqu'elle porte sur des avoirs dont on peut admettre qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. <ref-law>), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 3a p. 99). Le séquestre conservatoire peut être maintenu tant que subsiste la probabilité d'une confiscation, l'intégralité des fonds devant demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part des fonds qui pourrait provenir d'une activité criminelle (arrêt 1B_175/2012 du 5 septembre 2012 consid. 4.1; arrêt 1P.405/1993 du 8 novembre 1993 consid. 3 publié in SJ 1994 p. 97; cf. également LEMBO/JULEN BERTHOD, in Commentaire romand CPP, 2011, n. 27 ad <ref-law>). Enfin, pour que le maintien du séquestre pendant une période prolongée se justifie, il importe que les présomptions se renforcent en cours d'enquête (<ref-ruling> consid. 4 p. 96; LEMBO/JULEN BERTHOD, op. cit., n. 26 ad <ref-law>).
2.2 Les recourants ne critiquent pas l'existence d'indices suffisants permettant de suspecter qu'une partie des valeurs patrimoniales saisies sur le compte litigieux puisse être le produit d'infractions. Ils limitent leur recours à la question de la levée partielle du séquestre et contestent le maintien du séquestre sur l'intégralité des avoirs déposés sur le compte litigieux.
En vertu du principe de la proportionnalité qui s'applique à tous les stades de la procédure, l'étendue du séquestre doit rester en rapport avec le produit de l'infraction poursuivie (<ref-ruling> consid. 6). En l'occurrence, la décision de séquestre du Ministère public du 7 juin 2011 se fonde sur des articles de presse relatant les soupçons pesant à l'encontre du recourant qui aurait obtenu des remboursements indus auprès de compagnies d'assurance-maladie pour des consultations à Hawaï. L'arrêt entrepris relève que la quotité exacte des fonds pouvant provenir d'une activité criminelle n'avait pas encore pu être déterminée; l'instance précédente précisait qu'un doute sérieux existait à ce sujet, quand bien même le préjudice des autorités américaines n'apparaissait pas excéder les USD 530'000.- (cf. consid. 2.3.1 de l'arrêt attaqué). Selon l'acte d'inculpation ("indictment") établi le 21 décembre 2010 par le Tribunal de district de l'Etat de Hawaï - document produit par les recourants et ayant été transmis aux autorités argentines dans le cadre de la demande d'extradition formulée par les USA -, il est reproché au recourant d'avoir facturé aux compagnies d'assurance environ un million de USD et d'avoir effectivement reçu plus de USD 530'000.- auxquels il n'avait pas entièrement droit. Ce document mentionne également le fait que le recourant aurait eu recours à la poste pour envoyer des factures pour un montant total de USD 9'600.-
La probabilité d'une confiscation pour un montant supérieur à USD 530'000.-, soit à celui figurant dans l'acte d'inculpation ne s'est pas renforcée depuis plus d'un an d'instruction, seul ce montant étant clairement allégué. Les autorités suisses et étrangères n'ont apporté aucun élément supplémentaire par rapport à ceux présents au début de l'enquête qui permettrait à ce stade de justifier le maintien du séquestre sur l'intégralité des avoirs des époux déposés sur le compte litigieux. En particulier, le Ministère public ne fournit aucune indication permettant de suspecter que les fonds potentiellement illicites seraient supérieurs au dommage allégué par les autorités américaines selon l'acte d'inculpation du 21 décembre 2010. Le maintien du séquestre sur l'intégralité des avoirs des époux s'avère dès lors disproportionné et doit être en partie levé, tout en garantissant néanmoins le paiement des éventuels frais de la procédure pénale (cf. 263 al.1 let. b CPP), comme l'admettent les recourants dans le recours.
Par conséquent, le séquestre doit être confirmé à hauteur de USD 600'000.-, montant en capital qui comprend les intérêts et les frais prévisibles de la procédure. Le recours est admis en ce sens que les avoirs dépassant le montant précité sont libérés. Dans ces circonstances, point n'est besoin d'examiner plus avant la critique des recourants quant à leur droit au minimum vital.
3. Le recours doit par conséquent être admis. L'arrêt entrepris est annulé et la cause est renvoyée au Ministère public pour nouvelle décision au sens des considérants. Les recourants obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat, de sorte qu'ils ont droit à des dépens, qui sont mis à la charge du canton de Genève. Ceux-ci comprendront également l'indemnité à laquelle les recourants ont droit pour la procédure cantonale (<ref-law>). Conformément à l'<ref-law>, il n'est pas perçu de frais judiciaires.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt entrepris est annulé. La cause est renvoyée au Ministère public pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Une indemnité de dépens de 4'500 fr. est allouée aux recourants pour les procédures devant le Tribunal fédéral et devant la Chambre pénale de recours de la Cour de justice, à la charge du canton de Genève.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Ministère public et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 30 octobre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn