Faits:
A. X._ SA (ci-après: la Société) est une société anonyme ayant pour but toutes opérations et affaires financières, commerciales ou immobilières sur les marchés internationaux; l'achat, la vente, l'échange, la compensation et la représentation de toutes matières premières, marchandises et articles manufacturés de toute nature et de toute provenance, ainsi que le financement de ces opérations; la participation financière à toutes entreprises industrielles, commerciales ou financières.
Par décision du 27 janvier 2004, l'Administration fédérale des contributions a procédé à un rappel d'impôt anticipé de 324'100 fr. (35% de 926'000 fr.) pour les périodes fiscales 1994 à 1998, la société ayant fait figurer à tort des commissions versées à des tiers à l'étranger dans ses charges d'exploitation. Elle n'a en revanche pas ouvert de procédure en soustraction d'impôt anticipé.
B. Par décisions des 14 et 15 décembre 2004, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé pour les mêmes faits à un rappel d'impôt fédéral direct pour les années 1998 et 1999 d'un montant de 6'298 fr. 50 (plus intérêts de 1'364 fr. 40) et de 72'403 fr. (plus intérêts de 11'509 fr. 05) et fixé la reprise de l'impôt cantonal et communal pour l'année 1999 à 40'095 fr. 10 (plus intérêts de 6'586 fr. 75). Deux amendes pour soustraction fiscale par négligence à concurrence de la moitié des impôts soustraits ont été infligées à la Société, soit 39'350 fr. pour l'impôt fédéral direct de 1998 et 1999 et 20'047 fr. pour l'impôt cantonal et communal 1999.
La Société a interjeté une réclamation contre les décisions du 14 et du 15 décembre 2004. L'Administration fiscale cantonale a statué sur la réclamation et rendu deux décisions sur réclamation, notamment celle du 22 septembre 2005, par laquelle elle a rejeté la réclamation relative à l'impôt fédéral direct.
La Société a recouru contre la décision du 22 septembre 2005 auprès de la Commission cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle a conclu à son annulation. Durant la procédure, elle a modifié ses conclusions pour ne demander plus que l'annulation de l'amende de 39'350 fr. d'impôt fédéral direct. Par décision du 26 septembre 2007, la Commission cantonale a rejeté le recours. La Société a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, concluant à son annulation.
Le Tribunal administratif a entendu le directeur général de la Société, Z._. Ce dernier a décrit les opérations effectuées par la Société ainsi que ses relations d'affaires.
C. Par arrêt du 29 juillet 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours. En comptabilisant comme charges des rétrocessions d'honoraires à des personnes physiques différentes des sociétés avec lesquelles elle était en relation contractuelle, la Société avait indûment diminué son bénéfice imposable. Compte tenu de sa connaissance du monde des affaires en raison des opérations compliquées et particulières qu'elle mettait sur pied et de l'importance des sommes en jeu, la Société ne pouvait ignorer que le versement de commissions à des tiers ne constituait pas des charges justifiées par l'usage commercial. A tout le moins, elle avait fait preuve d'imprévoyance coupable en ne s'assurant pas du régime fiscal de pareilles commissions. L'absence de procédure de soustraction de l'impôt anticipé ne constituait pas une promesse de l'autorité fiscale de ne pas poursuivre la soustraction en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal. Les éléments objectifs et subjectifs de la soustraction fiscale étaient réalisés et le montant de l'amende n'apparaissait pas disproportionné eu égard à la faute commise par la société.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève et de dire que l'amende de 39'350 fr. est annulée. Elle conteste que soient réalisées les conditions objectives et subjectives de la soustraction ainsi que la quotité de l'amende.
Le Tribunal administratif et la Commission cantonale de l'impôt fédéral direct renoncent à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours.
E. Par courrier du 6 février 2009, le dispositif de l'arrêt rendu le 4 février 2009 par la IIe Cour de droit public en la présente cause a été adressé aux parties dans la teneur suivante:
E. Par courrier du 6 février 2009, le dispositif de l'arrêt rendu le 4 février 2009 par la IIe Cour de droit public en la présente cause a été adressé aux parties dans la teneur suivante:
"1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé en tant qu'il porte sur l'examen de la négligence et le montant de l'amende.
2. L'affaire est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Une indemnité de dépens de 3'500 fr. à charge de l'Administration fiscale du canton de Genève est allouée à la recourante.
5. [Communications: ...]"

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte pour violation de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11; cf. <ref-law>).
1.2 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 lettre a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2. D'après l'<ref-law>, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis: la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (RF 55/2000 p. 122, consid. 5 cc et les références citées)
3. La recourante soutient en premier lieu que les versements litigieux, comptabilisés comme charges d'exploitation, ne contreviennent pas au droit comptable, à tout le moins pas de manière flagrante. Elle conteste par conséquent avoir violé une obligation légale.
3.1 D'après l'<ref-law>, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Il s'ensuit que le bénéfice imposable est, sous réserve des règles correctrices prévues notamment par l'art. 58 al. 1 lettres b et c LIFD, celui qui ressort de la comptabilité commerciale, dont le contenu, pour autant qu'il soit conforme au droit commercial, est contraignant pour l'autorité fiscale en vertu du principe de l'autorité du bilan commercial, si bien qu'une soustraction est commise dès qu'il y a irrégularité dans la comptabilité. Il y a violation des règles de droit commercial prévues aux <ref-law> (ainsi qu'aux <ref-law> pour les sociétés anonymes), notamment du principe de sincérité de l'<ref-law>, lorsque la société comptabilise une charge étrangère à son activité (Robert Danon, Commentaire LIFD, Bâle 2008, n° 169 ad art. 57-58 LIFD, qui précise à ce sujet qu'il s'agit d'une violation "flagrante"; Henri Torrione, Les infractions fiscales en matière d'impôts directs et dans le domaine de l'impôt anticipé, des droits de timbre et de la TVA, in Les procédures en droit fiscal, OREF, 2e éd. 2005, p. 907 ss, p. 1015 ss).
3.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a constaté que la recourante a comptabilisé comme charges des rétrocessions d'honoraires à des personnes physiques différentes des sociétés avec lesquelles elle était en relation contractuelle. La recourante se borne à rappeler que les versements en cause avaient été effectués en faveur des personnes physiques qui représentaient les sociétés mandantes auxquelles elle avait fourni ses services, sans présenter d'autres éléments qui permettraient de juger du caractère commercialement justifié de tels versements.
Dans ces conditions, le Tribunal administratif pouvait juger, sans violer les art. 58 al. 1 lettre a et 175 LIFD, que la recourante avait violé une disposition de droit commercial qui interdit de comptabiliser à charge du compte d'exploitation des charges étrangères à l'activité de la société et constater que l'élément objectif d'une soustraction fiscale était réalisé. Mal fondé, ce grief est rejeté.
Pour le surplus, en comptabilisant dans le compte d'exploitation des charges étrangères à son activité, la recourante a indûment diminué sa charge fiscale. Les taxations d'impôt fédéral direct 1998 et 1999 sont entrées en force incomplètes, ce qu'elle ne conteste pas.
4. La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu à sa charge une imprévoyance coupable sans décrire la situation personnelle de ses organes, notamment de son directeur, dont il n'a par conséquent, selon elle, pas établi la négligence. Ce faisant, la recourante se plaint, au moins implicitement, d'une violation de l'<ref-law>. Dans la mesure où elle est d'avis que le Tribunal a violé les règles relatives à la preuve dont le fardeau incombait à l'Administration fiscale cantonale, son grief se confond avec celui de la violation des art. 175 et 181 LIFD.
4.1 D'après l'<ref-law>, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Cette disposition est seule applicable à l'exclusion des art. 102 s. CP (dans leur teneur depuis le 1er janvier 2007, pas applicables ici), lorsque, comme en l'espèce, il ne s'agit pas de sanctionner un crime ou un délit, mais uniquement une soustraction d'impôt fédéral direct. Il s'agit d'une disposition particulière au sens de l'<ref-law> (Roman Sieber, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, vol. I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), 2ème éd., Zurich 2008, n° 1 ad <ref-law>).
4.2 Contrairement à l'art. 130 al. 4 de l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct, qui imputait le comportement des organes à la personne morale (arrêt 2A.44/1992 du 30 septembre 1992 in Archives 62, p. 668 ss; arrêt A.76/1986 du 12 décembre 1986 in Archives 57, p. 277), la lettre de l'<ref-law> ne prévoit pas que la responsabilité pénale de la personne morale dépend d'une faute de ses organes. C'est ce qui ressort du Message du Conseil fédéral selon lequel "l'existence d'un acte contraire au droit doit suffire pour sanctionner la personne morale", dans le but d'éviter de devoir identifier parmi les nombreuses personnes qui agissent pour le compte de la personne morale celle qui a effectivement commis une faute (Message concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral; Message sur l'harmonisation fiscale, FF 1983 III 1 ss, p. 75 et 148). D'après le Message sur l'harmonisation fiscale, l'<ref-law> instituerait une responsabilité pénale objective de la personne morale.
L'interprétation qui résulte du Message sur l'harmonisation fiscale entre en conflit avec la présomption d'innocence garantie par l'art. 6 par. 2 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101) et par l'art. 32 al. 1 Cst., dont la personne morale peut se prévaloir (cf. Esther Tophinke, Das Grundrecht der Unschuldsvermutung, Berne 2000, p. 143 s.; L. Moreillon/J. Gauthier, La procédure applicable à la répression des infractions fiscales: procédure administrative ou procédure pénale, in RDAF 1999 II 41 ss n° 41 p. 54 s.; Roman Sieber, op. cit., n° 5 ad art. 181 et les références citées). Elle ne trouve en outre aucun appui dans la lettre de la disposition ni la systématique de la loi. En effet, pour définir l'infraction de soustraction ou de tentative de soustraction et sa sanction, l'<ref-law> renvoie à l'<ref-law>. Or, l'<ref-law> conditionne la responsabilité pénale du contribuable à l'existence d'une faute intentionnelle ou d'une négligence, par référence à l'<ref-law> (jusqu'au 31 décembre 2006, l'<ref-law>), tandis que l'alinéa 2 précise que le montant de l'amende est fonction de la faute commise et doit tenir compte des circonstances prévues par les <ref-law> (jusqu'au 31 décembre 2006, les art. 48 ch. 2, 63 et 64 CP) en application de l'<ref-law>. Du moment qu'aucune disposition de la loi sur l'impôt fédéral direct ne définit la faute - par hypothèse commise par une personne morale - comme une carence dans son organisation au sens de l'<ref-law> (dans sa version applicable depuis le 1er janvier 2007; cf. en outre sur ces questions: Diane Monti, op. cit., p. 198; Alain Macaluso, La responsabilité pénale des personnes morales et de l'entreprise, thèse Lausanne 2004, p. 61), la faute, dont le degré doit être pris en considération pour fixer l'amende, reste définie comme le reproche d'avoir manqué aux exigences morales du bien que ses facultés psychiques lui permettent de remplir (Alain Macaluso, op. cit., p. 60 s. et les références). Dans cette mesure, en tant qu'elle suppose des qualités psychiques dont sont dépourvues les personnes morales, la faute au sens des art. 175 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci.
Cette conclusion rejoint l'opinion de la doctrine majoritaire qui considère que l'imputation d'une contravention objective à la personne morale est contraire au principe de la culpabilité qui s'applique largement en droit fiscal (cf. Henri Torrione, op. cit., p. 907 ss, p. 1024; Diane Monti, Les contraventions en droit fiscal harmonisé, Thèse Lausanne 2001, p. 197; Sandra H. Lütolf, Strafbarkeit der juristischen Person, Thèse Zurich 1997, p. 230 s.; Roman Sieber, op cit., n° 5 ad <ref-law>; Pietro Sansonetti, Commentaire LIFD, Bâle 2008, n° 10 ad <ref-law>; F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 6 ad art. 181 et les références citées par ces auteurs; contra: Blumenstein/Locher, System des Steuerrechts, Zurich 2002, p. 368 s. et les références citées, qui admettent toutefois qu'il s'agit d'une brèche dans le système du droit pénal, p. 370).
4.3 La notion de négligence de l'<ref-law> est identique à celle de l'<ref-law> (dans sa version applicable depuis le 1er janvier 2008; F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 49 ad <ref-law>) ainsi qu'à celle de l'<ref-law> (dans sa version applicable jusqu'au 31 décembre 2007, dont la portée est semblable à l'ancienne version: arrêt 6B_227/2007 du 5 octobre 2007, consid. 5): commet un crime ou un délit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 60 et 61 ad <ref-law> et les références citées).
4.4 Selon l'<ref-law>, en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée. La fixation de l'amende infligée à la personne morale pour soustraction fiscale (<ref-law>) doit par conséquent obéir aux critères qui sont applicables au degré de la faute des organes tandis que la situation économique dont il faut tenir compte est celle de la personne morale au profit de laquelle la soustraction a eu lieu et non pas celles de ses organes (cf. arrêt 2A.44/1992 du 30 septembre 1992 in Archives 62, p. 668 consid. 3a).
4.5 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a jugé qu'en versant les montants litigieux à des personnes physiques, juridiquement distinctes des sociétés cocontractantes avec lesquelles elle était en relation contractuelle, la recourante ne pouvait ignorer, avec la connaissance qu'elle avait du monde des affaires, avoir versé des commissions à des tiers et non effectué une rétrocession d'honoraires. Ce faisant, le Tribunal administratif a directement imputé une négligence à la recourante, sans examiner la culpabilité de ses organes, autrement dit, sans examiner les circonstances personnelles relatives aux organes de la recourante dont dépend la qualification d'imprévoyance coupable. Il est vrai que le Tribunal administratif a entendu Z._, directeur général de la recourante depuis 1962, sur les aspects techniques des versements litigieux, mais il ne s'est pas intéressé aux circonstances personnelles de ce dernier ou d'autres organes de la recourante qui permettent d'établir, le cas échéant, une négligence. Dans ces conditions, le Tribunal administratif n'a pas non plus tenu compte du degré de faute des organes de la recourante dans la fixation de l'amende.
En imputant une négligence directement à la recourante et en fixant l'amende indépendamment du degré de faute des organes de la recourante, le Tribunal administratif a violé les art. 175 et 181 LIFD.
5. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, à l'annulation de l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève en tant qu'il porte sur l'examen de la négligence et le montant de l'amende et au renvoi de l'affaire au Tribunal administratif pour nouvelle décision au sens des considérants (<ref-law>).
Un émolument judiciaire est mis à la charge de l'Administration fiscale du canton de Genève, qui succombe et défend un intérêt patrimonial (art. 65 et 66 al. 2 LTF). L'Administration fiscale du canton de Genève versera une indemnité de partie à la recourante (<ref-law>).
6. D'après l'<ref-law>, si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
Le dispositif adressé aux parties le 6 février 2009 (cf. ci-dessus lettre E) est contradictoire en ce qu'il admet le recours et accorde une indemnité de dépens à la recourante, mais la condamne au paiement des frais de procédure. Il entre également en contradiction avec les motifs de l'arrêt (cf. consid. 5 ci-dessus). Il doit par conséquent être rectifié d'office en ce sens que les frais de la procédure sont mis à la charge de l'Administration fiscale du canton de Genève.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé en tant qu'il porte sur l'examen de la négligence et le montant de l'amende.
2. L'affaire est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'Administration fiscale du canton de Genève.
4. Une indemnité de dépens de 3'500 fr. à charge de l'Administration fiscale du canton de Genève est allouée à la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale genevoise, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, à la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 4 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey