Fatti:
A.
Il 23 settembre 2012 ha avuto luogo la votazione cantonale inerente, tra l'altro, al decreto legislativo concernente lo stanziamento di un credito di fr. 2'500'000.-- per la progettazione definitiva delle opere relative al semisvincolo N2 e del relativo posteggio d'attestamento a Bellinzona. Con decisione del 3 ottobre 2012, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ne ha proclamato i risultati. A favore del credito si sono espressi 42'181 votanti, contro 40'834.
B.
Avverso questa decisione, l'8 ottobre 2012 A._ ha inoltrato un ricorso al Gran Consiglio, chiedendo di annullare la votazione e di ripeterla, facendo valere che la campagna in favore del "sì al semisvincolo" sarebbe stata finanziata in maniera occulta con denaro pubblico. L'11 ottobre seguente, l'insorgente unitamente a dieci litisconsorti e al Comitato "No al finanziamento occulto delle campagne politiche con soldi pubblici", ha presentato un analogo ricorso al Gran Consiglio e uno al Tribunale cantonale amministrativo.
C.
Con giudizio del 2 novembre 2012 la Corte cantonale, ritenuta la propria incompetenza, ha dichiarato irricevibile l'ultimo ricorso. Anche il Parlamento, dopo aver proceduto a uno scambio di scritti, nell'ambito del quale sono risultati versamenti alla campagna pubblicitaria del sì da parte di alcuni Comuni e della Commissione regionale dei trasporti del Bellinzonese (CRTB) per un importo di fr. 97'900.--, con decisione del 28 gennaio 2013 ha accertato la propria incompetenza e ha dichiarato irricevibili i due ricorsi sottopostigli. Li ha quindi trasmessi d'ufficio al Tribunale federale (cause 1C_153/2013 e 1C_154/2013).
D.
Contro queste due decisioni A._ e gli undici litisconsorti hanno presentato un ricorso al Tribunale federale. Con sentenza del 21 febbraio 2014, il Tribunale federale l'ha accolto in quanto ammissibile (causa 1C_187/2013) e annullato la decisione del Gran Consiglio, rinviandogli al senso dei considerandi le cause 1C_153/2013 e 1C_154/2013 (RtiD II-2014 n. 1 pag. 3).
E.
Con decisione del 5 maggio 2014 il Parlamento cantonale ha dichiarato irricevibili i ricorsi dell'8 e 11 ottobre 2012 e li ha trasmessi, per competenza, al Tribunale cantonale amministrativo. Contro questa decisione A._ e litisconsorti hanno inoltrato sia un gravame alla Corte cantonale sia un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale (causa 1C_255/2014).
Con decreto del 27 giugno 2014 il Presidente della I Corte di diritto pubblico ha conferito effetto sospensivo al gravame e ha sospeso la procedura fino all'emanazione del giudizio della Corte cantonale.
F.
Il 1° ottobre 2014 il Tribunale cantonale amministrativo, dopo un doppio scambio di scritti con il Parlamento, il Governo, la CRTB, l'ente regionale e i Municipi interessati, ha dichiarato irricevibile sia il ricorso individuale 8 ottobre 2012 di A._ sia quello dell'11 ottobre 2012 presentato con i litisconsorti, come pure quello da loro inoltrato il 23 maggio 2014 contro la nuova decisione granconsiliare del 5 maggio 2014.
Il 9 ottobre 2014 la procedura nella causa 1C_255/2014 è stata pertanto riattivata. La Corte cantonale rinvia ai motivi contenuti nella propria sentenza, mentre il Governo e il Parlamento chiedono di respingere il gravame.
G.
Anche avverso la sentenza 1° ottobre 2014 della Corte cantonale, A._ e i litisconsorti hanno presentato un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale (causa 1C_521/2014). Chiedono di congiungere le procedure e, come nell'altro gravame, di accordare l'effetto sospensivo all'impugnativa; in via principale, postulano di rinviare gli atti al Gran Consiglio, affinché esamini il ricorso nel merito, subordinatamente di trasmetterli al Consiglio di Stato, in via ancor più subordinata di ordinare la ripetizione della votazione cantonale.
Con decreto presidenziale del 2 dicembre 2014 anche a questo ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo.
La Corte cantonale si riconferma nella decisione impugnata. Con scritto del 21 gennaio 2015 il Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, rinuncia a presentare osservazioni e si rimette al giudizio del Tribunale federale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. I due ricorsi, tempestivi e fondati su motivazioni analoghe, concernono la medesima vertenza, segnatamente la validità della votazione e in particolare la questione della competenza a esaminarla a livello cantonale. Si giustifica quindi, come richiesto dai ricorrenti, di trattarli congiuntamente e di statuire sugli stessi con un unico giudizio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>).
1.3. Come noto alle parti, in concreto l'<ref-law>, relativo alla composizione a cinque giudici della Corte, non è applicabile (sentenza 1C_187/2013, citata, consid. 1.3).
1.4. Con decreto dell'11 novembre 2014 A._ è stato invitato a produrre, entro il 26 novembre seguente, le procure degli undici litisconsorti che non hanno firmato il gravame, con l'avvertenza che in caso di inosservanza l'atto scritto non sarebbe stato preso in considerazione (art. 40 cpv. 2 e 42 cpv. 5 LTF). A sua richiesta, il termine è stato prorogato fino al 5 dicembre 2014. Neppure entro tale termine sono state prodotte le procure di E._, F._, I._ e J._. In quanto presentato a loro nome, il ricorso è pertanto inammissibile.
1.5. Con il ricorso secondo l'art. 82 lett. c LTF si può far valere la violazione dei diritti politici, specificamente in materia cantonale (<ref-law>). In concreto, sebbene formalmente sia impugnata la decisione di proclamazione dei risultati della votazione, materialmente è censurata un'influenza illecita sul suo esito, al dire dei ricorrenti falsato da un finanziamento occulto della campagna referendaria da parte di autorità comunali ed enti pubblici: il ricorso è quindi diretto in sostanza contro atti preliminari della votazione.
1.6. Conformemente all'art. 95 lett. a, c, e d LTF, nel ricorso per violazione di diritti politici si può far valere la lesione del diritto federale, dei diritti costituzionali cantonali, come pure delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari. Il Tribunale federale esamina liberamente queste censure (<ref-ruling> consid. 1.5 e rinvii).
1.7. Come noto ai ricorrenti (vedi sentenza 1C_187/2013, citata, consid. 1.7), le esigenze di motivazione previste per i ricorsi al Tribunale federale valgono anche per i gravami secondo l'art. 82 lett. c LTF. Giusta l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, occorre quindi spiegare perché l'atto impugnato viola il diritto. Questa Corte non è pertanto tenuta a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 309). Inoltre, quando è invocata la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale secondo l'<ref-law>, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 232; <ref-ruling> consid. 1.4). Come si vedrà, i due ricorsi sono fondati su censure per lo più analoghe, che riprendono in parte testualmente quelle già sollevate nei precedenti gravami, senza confrontarsi tuttavia compiutamente con i diversi e differenti argomenti posti a fondamento delle nuove decisioni. In tale misura essi disattendono le esigenze di motivazione appena citate.
2.
2.1. Nel giudizio del 1° ottobre 2014, Il Tribunale cantonale amministrativo si è pronunciato sul ricorso sottopostogli dai ricorrenti contro la decisione 5 maggio 2014 del Gran Consiglio. L'ha dichiarato irricevibile poiché secondo l'art. 166a della legge sull'esercizio dei diritti politici del 7 ottobre 1998 (LEDP), salvo diversa disposizione, le decisioni su ricorso del Parlamento sono definitive. Ne ha concluso che i ricorrenti, come hanno fatto, dovrebbero pertanto impugnarla direttamente dinanzi al Tribunale federale.
2.2. I ricorrenti, contravvenendo al loro obbligo di motivazione (<ref-law>), non criticano questa conclusione. Del resto, riproponendo le censure già presentate nel loro precedente gravame relative all'applicazione dell'<ref-law> e 29a Cost., essi parrebbero misconoscere che il Tribunale federale si è già espresso al riguardo, stabilendo che spetta alle autorità cantonali esaminare il ricorso nel merito (sentenza 1C_187/2013, citata, consid. 3).
3.
3.1. I ricorrenti ravvisano un diniego di giustizia poiché il Gran Consiglio, visti i noti dubbi sulla competenza, prima di adottare l'impugnata decisione non ha proceduto a uno scambio di opinioni con il Consiglio di Stato e avrebbe lasciato aperta la questione della competenza (art. 3-5 della previgente legge di procedura per le cause amministrative del 19 aprile 1966 e art. 5-7 della legge sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013, LPAmm).
3.2. Le critiche non reggono. Il Parlamento cantonale, in seguito alla sentenza di rinvio 1C_187/2013 del Tribunale federale, ha infatti approfondito la questione, decisiva, dell'applicabilità dell'art. 163 LEDP, negando la propria competenza a esprimersi al riguardo: ritenendo che spetta alla Corte cantonale esaminare nel merito le censure ricorsuali, le ha quindi trasmesso i gravami. Non si è pertanto in presenza dell'asserito diniego di giustizia e comunque non di una decisione insostenibile e per questo motivo arbitraria (cfr. al riguardo sentenza 2P.35/2003 del 5 novembre 2003 consid. 6.3-6.5, in: RtiD I-2004 n. 11). La conclusione del Legislativo cantonale è del resto corretta, ricordato che, come già precisato nella sentenza 1C_187/2013, i ricorsi sono diretti in sostanza contro atti preliminari o preparatori della votazione ai sensi dell'art. 163 LEDP (consid. 1.5, 3.2, 4.3 e 4.5), essendo palese che non è contestato l'accertamento del risultato della votazione. I ricorrenti misconoscono poi, come ancora si vedrà, che la Corte cantonale, ritenutasi incompetente a esaminare il ricorso di A._ sulla base dell'art. 164 LEDP (quello dei litisconsorti essendo già stato vagliato), in applicazione dell'art. 163 LEDP l'ha dichiarato inammissibile, non per incompetenza, ma poiché tardivo. Non si è quindi in presenza del preteso diniego di giustizia.
4.
4.1. I ricorrenti, riprendendo le loro precedenti motivazioni, insistono sul fatto che gli asseriti finanziamenti illeciti sarebbero stati scoperti dopo l'inizio delle operazioni di voto, motivo per cui sarebbero impugnabili soltanto con un ricorso giusta l'art. 164 LEDP: secondo questa norma, i ricorsi contro le decisioni dell'ufficio cantonale di accertamento devono essere inoltrati al Gran Consiglio (cpv. 1).
4.2. In seguito alla sentenza 1C_187/2013, il Gran Consiglio ha riesaminato la questione della propria competenza, negandola in considerazione dell'inapplicabilità dell'art. 164 cpv. 1 LEDP, poiché le critiche ricorsuali, come già rilevato dal Tribunale federale, da un profilo sostanziale non riguardano la proclamazione dei risultati della votazione cantonale, bensì atti materiali asseritamente compiuti durante la fase preparatoria della stessa. Ne ha dedotto che le censure non concernono materialmente l'operato del Consiglio di Stato quale ufficio cantonale di accertamento ai sensi degli art. 51 e 52 LEDP, visto che i gravami non riguardano assolutamente il conteggio dei voti e l'esattezza dei risultati proclamati dal Governo.
A mente del Parlamento, non essendo contestato l'agire del Consiglio di Stato, nemmeno sarebbe applicabile l'art. 163 cpv. 2 LEDP relativo ai ricorsi contro atti governativi nella procedura preparatoria. Trattandosi infatti di un asserito finanziamento occulto, determinante sarebbe l'art. 163 cpv. 1 LEDP, secondo cui contro ogni atto del Municipio o del Sindaco nella procedura preparatoria delle votazioni può essere interposto ricorso al Tribunale cantonale amministrativo. Alla luce dei materiali legislativi, tale norma si applicherebbe anche alle votazioni cantonali e il rimedio in questione sarebbe pure dato riguardo a censure addotte dopo le operazioni di voto, purché presentate tempestivamente entro il termine di tre giorni previsto dal capoverso 4. Il Parlamento non ha approfondito ulteriori quesiti relativi all'applicazione di detta norma, accennando nondimeno in particolare a quello della tempestività dei ricorsi sotto il profilo dell'art. 163 cpv. 4 LEDP, questioni che dovevano essere risolte dalla Corte cantonale.
4.3. I ricorrenti non si confrontano, se non in maniera generica e quindi lesiva delle esigenze di motivazione dell'<ref-law>, con queste argomentazioni. Si diffondono infatti nell'addurre un eventuale teorico diniego di giustizia da parte del Gran Consiglio nell'ipotesi, poi non realizzata, in cui la Corte cantonale avesse nuovamente negato la propria competenza. Del resto, essi si limitano a sostenere che in concreto sarebbe dato soltanto il ricorso al Gran Consiglio secondo l'art. 164 LEDP, poiché i pretesi atti illeciti sono sì stati commessi prima della votazione, nel quadro della procedura preparatoria che va dalla convocazione delle assemblee alla chiusura delle operazioni di voto (art. 163 cpv. 3 LEDP), ma sarebbero stati scoperti soltanto dopo. Con questo assunto chiaramente non dimostrano l'insostenibilità e quindi l'arbitrarietà della decisione del Gran Consiglio (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 205). Riprendendo gli argomenti di merito sollevati nelle loro impugnative del 2012, i ricorrenti non dimostrano affatto perché i motivi posti a fondamento dell'accertata incompetenza del Parlamento, peraltro pertinenti e fondati su quelli illustrati dal Tribunale federale, comporterebbero un'interpretazione della citata norma lesiva dei diritti politici garantiti dall'<ref-law>
5.
5.1. I ricorrenti si diffondono su un preteso accertamento inesatto dei fatti, segnatamente riguardo al finanziamento della campagna del sì al semisvincolo da parte di enti pubblici. Chiedono pertanto l'annullamento della votazione, perché influenzata illecitamente da finanziamenti pubblici occulti.
5.2. Con questa argomentazione essi disattendono tuttavia che oggetto del litigio riguardo alla decisione del Parlamento è soltanto la questione della competenza. Nella decisione impugnata esso non si è infatti più pronunciato sugli importi e sull'eventuale influenza dei versamenti litigiosi sull'esito della votazione. Ora, quando un'autorità emette, come in concreto, una decisione d'irricevibilità e non si pronuncia sul merito del ricorso, avverso un tale giudizio sono ammissibili soltanto le conclusioni ricorsuali tendenti all'annullamento e al rinvio della causa: sono per converso inammissibili le conclusioni di merito, le quali presuppongono che l'autorità precedente abbia vagliato nel merito il ricorso. In effetti, se annulla una decisione d'irricevibilità, il Tribunale federale non statuisce nel merito, ma rinvia la causa all'autorità cantonale affinché il cittadino non sia privato di un grado di giurisdizione (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 48; <ref-ruling> consid. 3 e 4).
5.3. Come rilevato nella precedente citata sentenza, e ricordato che il Tribunale federale ordina soltanto eccezionalmente l'assunzione dinanzi ad esso di mezzi di prova (<ref-ruling> consid. 2), è del resto manifesto che, contrariamente all'assunto ricorsuale, tenuto conto del potere di esame limitato di cui dispone (cfr. <ref-law>), non gli spetta procedere quale prima e unica istanza a un'istruzione approfondita e completa della causa e assumere i necessari mezzi di prova atti ad accertare o a confutare i pretesi versamenti illeciti (cfr. <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 12). Esso infatti valuta solo se l'accertamento dei fatti compiuto dall'autorità cantonale sia stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione di regole processuali essenziali, o se le prove da essa assunte siano state apprezzate in maniera arbitraria (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 560; <ref-ruling> consid. 1.2.2).
Ne segue che, nella minima misura in cui è ammissibile, il ricorso presentato contro la decisione del Gran Consiglio (causa 1C_255/2014) dev'essere respinto.
6.
6.1. Nel giudizio del 1° ottobre 2014 (causa 1C_521/2014) il Tribunale cantonale amministrativo, prima di vagliare i ricorsi trasmessigli dal Gran Consiglio, ha riesaminato la propria competenza. Ha dapprima stabilito che questa trasmissione poteva creare litispendenza dinanzi ad esso soltanto limitatamente al ricorso 8 ottobre 2012 inoltrato da A._, sul quale non si è mai pronunciato. Ciò poiché il gravame dell'11 ottobre 2012 proposto con gli undici litisconsorti era già stato deciso con sentenza del 2 novembre 2012, impugnata tardivamente dai ricorrenti dinanzi al Tribunale federale (sentenza 1C_187/2013, citata, consid. 2.2) e quindi cresciuta in giudicato, per cui non potrebbe essere esaminato una seconda volta (al riguardo cfr. nondimeno <ref-ruling> consid. 1.2; sentenza 1C_203/2008 del 12 marzo 2009 consid. 3.5, in: RtiD II-2009 n. 7 pag. 27). A titolo abbondanziale, ha poi ribadito i motivi e le conclusioni poste a fondamento del suo precedente giudizio.
6.2. I ricorrenti, contravvenendo ulteriormente al loro obbligo di motivazione (<ref-law>), non criticano queste due motivazioni. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, i ricorrenti sono tenuti, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121). Il litigio può pertanto vertere unicamente sul ricorso dell'8 ottobre 2012.
6.3. I giudici cantonali non hanno ritenuto decisiva la tesi del Parlamento cantonale, secondo cui il ricorso, sebbene formalmente presentato contro la proclamazione dei risultati della votazione, in realtà è rivolto contro un asserito finanziamento occulto della campagna precedente la votazione e che pertanto si è in presenza di atti materiali compiuti dai Municipi durante la fase preparatoria della stessa. Per il Tribunale cantonale amministrativo, formalmente il ricorso è diretto contro la decisione governativa della proclamazione dei risultati dello scrutinio, fatto che sarebbe sufficiente per attribuire al Gran Consiglio la competenza giurisdizionale in applicazione dell'art. 164 cpv. 1 LEDP. Al suo dire, la competenza ricorsuale si determinerebbe infatti unicamente, sotto lo stretto profilo formale, sulla base dell'autorità inferiore che ha adottato la decisione litigiosa e non su quella delle censure sollevate. Ne ha dedotto che il Parlamento, quale autorità adita, anche nell'ipotesi in cui le critiche fossero state pertinenti, avrebbe soltanto potuto dichiarare il ricorso inammissibile, ma non accertare la propria incompetenza e trasmettere d'ufficio l'incarto all'autorità ritenuta competente a pronunciarsi sulle stesse.
I ricorrenti non si confrontano con questa argomentazione, invero non del tutto ovvia. Ciò non è comunque decisivo, ritenuto che la Corte cantonale, procedendo dapprima a uno scambio di scritti e dichiarando poi il gravame inammissibile poiché tardivo, ha nondimeno, rettamente, ammesso la propria competenza sulla base dell'art. 163 LEDP. Ha aggiunto, in maniera apodittica, che per contestare l'esito di una votazione il rimedio di diritto esperibile a norma della LEDP sarebbe il ricorso contro la proclamazione dei risultati da parte dell'Ufficio cantonale di accertamento, con il quale potrebbero essere fatte valere tutte le irregolarità suscettibili di comportare l'annullamento dello scrutinio. Ne ha dedotto la propria incompetenza sulla base dell'art. 164 cpv. 1 LEDP. I ricorrenti non contestano questa tesi. La questione non dev'essere esaminata oltre.
6.4. Il Tribunale cantonale amministrativo ha infatti ammesso, a ragione, con più argomentazioni, la propria competenza sulla base dell'art. 163 LEDP. Al riguardo ha lasciato aperta la questione di sapere se l'impugnabilità dell'operato dei Municipi si limiti ad atti di natura esecutiva tendenti a un corretto svolgimento della procedura di votazione o vi rientrino anche quelli, come i pretesi finanziamenti occulti, che potrebbero influenzarne l'esito, purché compiuti tra la convocazione delle assemblee e la chiusura delle operazioni di voto. Ha ritenuto che, nell'ipotesi in cui i versamenti litigiosi rientrerebbero tra gli atti preparatori della votazione ai sensi dell'art. 163 cpv. 1 LEDP e in particolare quelli effettuati da diversi Municipi del Bellinzonese, già accertati nella decisione 28 gennaio 2013 del Gran Consiglio, essi sono censurabili dinanzi ad essa.
Al riguardo ha tuttavia stabilito che decisiva sarebbe la circostanza che il ricorrente, presentando il ricorso soltanto l'8 ottobre 2012 e non entro il 26 settembre precedente, l'avrebbe inoltrato tardivamente. Ciò poiché il termine ricorsuale di tre giorni, a contare da quello in cui fu compiuto l'atto che si intende impugnare (art. 163 cpv. 4 LEDP) non decorrerebbe dal giorno della conoscenza dell'atto, ma da quello in cui lo stesso è stato compiuto. Ne ha dedotto che il termine decadrebbe il quarto giorno dopo il compimento dell'atto, ma in ogni caso definitivamente quattro giorni dopo la chiusura delle operazioni di voto, ovvero il mercoledì successivo alla domenica della votazione, rilevando a sostegno di questa tesi che la procedura preparatoria termina con la chiusura delle operazioni di voto (art. 163 cpv. 3 in relazione con l'art. 27 cpv. 5 LEDP).
6.4.1. La Corte cantonale non si è quindi confrontata con la questione, rettamente sollevata ma lasciata aperta dal Parlamento nella sua decisione del 28 gennaio 2013, di sapere se i versamenti litigiosi fossero effettivamente noti al ricorrente già prima del voto, visto ch'egli asserisce d'averne avuto conoscenza soltanto il 5 e in particolare il 9 ottobre 2012 dai mass media e sebbene, sempre al suo dire, già all'inizio di agosto del 2012 si poteva supporre, dalle dimensioni imponenti della campagna pubblicitaria, che vi fossero investimenti di diverse decine di migliaia di franchi.
6.4.2. Dinanzi al Tribunale federale i ricorrenti di per sé non contestano la tesi dei giudici cantonali, secondo cui la decorrenza del termine di ricorso di tre giorni dell'art. 163 cpv. 4 LEDP inizierebbe dal compimento dell'atto, e non dalla sua scoperta, e neppure che in ogni caso terminerebbe alla chiusura delle operazioni di voto; nemmeno essi fanno valere che questa conclusione violerebbe i diritti politici garantiti dall'<ref-law> (un termine di tre giorni è di per sé conforme al diritto, <ref-ruling> consid. 3; sentenza 1C_577/2013 del 2 ottobre 2013 consid. 2 e 3, in: ZBl 115/2014 pag. 512; cfr. anche l'art. 77 cpv. 2 della legge federale sui diritti politici [RS 161.1], che prevede una limitazione dell'impugnazione al più tardi al terzo giorno dopo la pubblicazione dei risultati).
Certo, contrariamente agli altri ricorsi, nel gravame dell'8 ottobre 2012 il ricorrente non si esprime espressamente sul quesito di un'eventuale revisione. Ciò non toglie che l'autorità adita, tenuta ad applicare d'ufficio il diritto (art. 31 LPAmm), deve esaminare la propria competenza (art. 5 LPAmm) e se del caso la tempestività del gravame (art. 14 cpv. 1 LPAmm). Nel ricorso presentato al Tribunale federale contro la decisione della Corte cantonale i ricorrenti fanno valere un diniego di giustizia, poiché essa non si è pronunciata sulla loro domanda di revisione che, qualora fosse stata trattata, avrebbe impedito di dichiarare irricevibile il gravame. In sede di osservazioni, la Corte cantonale non si esprime al riguardo.
6.4.3. In concreto occorre rilevare che in sostanza l'oggetto del litigio è la questione delle pretese irregolarità della procedura di voto, segnatamente relativa ai citati versamenti asseritamente occulti, scoperti al dire del ricorrente solo in un secondo tempo. Ora, anche in assenza di una norma cantonale che preveda espressamente la possibilità di una revisione o di un riesame dell'esito di una votazione, il Tribunale federale aveva già stabilito che occorreva applicare il principio dedotto dal previgente <ref-law>, secondo cui l'autorità cantonale deve esaminare nel merito una domanda di riesame, se il richiedente invoca fatti e mezzi di prova rilevanti ch'egli non conosceva o che, come nel caso di specie, non gli era stato possibile far valere, nella procedura di votazione, nel termine ricorsuale ad essa successivo (<ref-ruling>). Sarebbe infatti urtante e insostenibile che irregolarità o addirittura pesanti manipolazioni di votazioni o elezioni, che ne hanno influenzato il risultato, non potrebbero più essere esaminate soltanto poiché i relativi fatti o mezzi di prova sono stati scoperti solo dopo la scadenza del termine di ricorso (<ref-ruling> consid. 3b pag. 153) : ciò equivarrebbe a una violazione del diritto di voto (sentenza 1P.280/1999 del 7 dicembre 1999 consid. 1a, in: Pra 2000 n. 23 pag. 123).
Sulla problematica delle irregolarità della procedura di voto scoperte solo successivamente e sul diritto costituzionale alla revisione o al riesame dedotto dall'<ref-law>, il Tribunale federale, con riferimento non solo alle cause concernenti il diritto di voto sul piano federale ma pure su quello cantonale, si è compiutamente espresso anche nella <ref-ruling> (consid. 4.3 pag. 72 seg. con riferimenti pure alla dottrina; sentenza 1C_641/2013 del 24 marzo 2014 consid. 3.2.2; Gerold Steinmann, in: Die schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, 3aed., 2014, n. 28 in fine ad art. 34, pag. 790). Chiaramente, deve trattarsi di fatti rilevanti e illeciti, che hanno influito in maniera pesante sull'esito della votazione: deve inoltre trattarsi di fatti che sussistevano al momento della votazione, ma a suo tempo ancora sconosciuti (cosiddette nuove allegazioni improprie; <ref-ruling> consid. 4.5 pag. 75 seg. e rinvii; <ref-ruling> consid. 3e pag. 155; sul finanziamento di una campagna di votazione con fondi pubblici da parte di un comitato privato cfr. <ref-ruling> consid. 6a pag. 442 e sentenza 1C_187/2013, citata, consid. 5.2; cfr. da ultimo <ref-ruling> consid. 9 pag. 351).
6.4.4. In concreto è manifesto che il termine per presentare la domanda di revisione, implicitamente contenuta nel ricorso e peraltro nota ai giudici cantonali, poiché già espressamente sollevata nell'ambito della precedente procedura dinanzi al Tribunale federale, per cui la sua mancata trattazione costituirebbe un formalismo eccessivo, è rispettato. La votazione ha avuto luogo il 23 settembre 2012, il 3 ottobre seguente sono stati proclamati i risultati, il 5 ottobre il ricorrente avrebbe avuto conoscenza dai mass media dei versamenti litigiosi e l'8 ottobre 2012 egli ha inoltrato ricorso al Gran Consiglio (cfr. <ref-ruling> consid. 3d pag. 154). Del resto, l'obbligo di impugnare immediatamente un atto preparatorio s'impone soltanto quando risulti in modo chiaro che l'atto contestato è suscettibile, obiettivamente, d'influenzare il corretto svolgimento del voto (<ref-ruling> consid. 2b pag. 418). Giova infine rilevare che la Corte cantonale, come il Gran Consiglio prima, ha istruito, per lo meno in parte, la causa, procedendo pure a uno scambio di allegati, motivo per cui dovrebbe verosimilmente già disporre delle basi fattuali per il nuovo giudizio. Nelle descritte circostanze la Corte cantonale non poteva pertanto ignorare la citata pubblicata giurisprudenza e non esaminare il ricorso nel merito.
7.
7.1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso del 23 maggio 2014 (causa 1C_255/2014) è respinto, mentre quello del 30 ottobre 2014 (causa 1C_521/2014), in quanto ammissibile, dev'essere accolto e la decisione del 1° ottobre 2014 del Tribunale cantonale amministrativo annullata. La causa è rinviata alla Corte cantonale, affinché si pronunci nel merito del gravame.
7.2. Le spese nella causa 1C_255/2014 sono poste a carico dei ricorrenti (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1). Non si attribuiscono ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>). Non si prelevano spese nella causa 1C_521/2014 (<ref-law>) : i ricorrenti hanno rinunciato a chiedere ripetibili e non ne avrebbero comunque avuto il diritto, visto che non si sono avvalsi dell'assistenza di un legale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Le cause 1C_255/2014 e 1C_521/2014 sono congiunte.
2.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso del 23 maggio 2014 (causa 1C_255/2014) è respinto. In quanto ammissibile, quello del 30 ottobre 2014 (causa 1C_521/2014) è accolto e la decisione del 1° ottobre 2014 del Tribunale cantonale amministrativo è annullata. La causa gli è rinviata affinché proceda all'esame di merito del ricorso dell'8 ottobre 2012.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- nella causa 1C_255/2014 sono poste a carico dei ricorrenti. Non si attribuiscono ripetibili della sede federale.
4.
Comunicazione ai ricorrenti, al Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e, per conoscenza, al patrocinatore della CRTB e di alcuni Comuni interessati.