Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich eröffnete Ende 2003 im Zuge des Zusammenbruchs der X._-Gruppe gegen die Gebrüder B.X._ und A.X._ eine Strafuntersuchung wegen Betrugs, Urkundenfälschung und weiterer Straftaten. Sie warf den Beschuldigten unter anderem vor, sie seien in den Jahren 1998 bis 2002 an der Erstellung inhaltlich unwahrer beziehungsweise geschönter Jahresrechnungen der Gesellschaften der X._-Gruppe beteiligt gewesen und hätten die Jahresabschlüsse verschiedenen Banken vorgelegt, die dadurch zur Aufrechterhaltung bestehender und Gewährung neuer Kredite verleitet worden seien.
B.
Am 16. Dezember 2010 erhob die Staatsanwaltschaft gegen B.X._ Anklage wegen gewerbsmässigen Betrugs, Urkundenfälschung sowie Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung.
Das Bezirksgericht Winterthur sprach B.X._ mit Urteil vom 22. März 2012 des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen Urkundenfälschung und der mehrfachen Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von acht Jahren. Mit ergänzendem Urteil vom 9. Mai 2012 entschied das Bezirksgericht über die von der Staatsanwaltschaft sichergestellten und gesperrten Gegenstände und Vermögenswerte.
Gegen dieses Urteil erhoben B.X._ und weitere Personen Berufung.
C.
C.a. Am 16. Dezember 2010, also zeitgleich mit der Erhebung der Anklage gegen B.X._, stellte die Staatsanwaltschaft die Untersuchung gegen A.X._ ein. Sie auferlegte ihm die Untersuchungskosten anteilsmässig zu einem Viertel sowie die Kosten seiner amtlichen Verteidigung und verweigerte ihm die Zahlung einer Umtriebsentschädigung respektive Genugtuung. Sie entschied über die Herausgabe beziehungsweise Verwendung verschiedener Vermögenswerte. In Bezug auf fünf Inhaberschuldbriefe, die im Haus von A.X._ sichergestellt worden waren, ordnete sie die Beschlagnahme zuhanden der gegen B.X._ geführten Strafuntersuchung an.
A.X._ stellte ein Begehren um gerichtliche Beurteilung.
C.b. Mit Verfügung vom 9. Mai 2012 bestätigte der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirkes Winterthur im Wesentlichen die Verfügung der Staatsanwaltschaft betreffend die Auferlegung eines Teils der Untersuchungskosten und der Kosten der amtlichen Verteidigung, die Verweigerung einer Entschädigung sowie die Beschlagnahme von fünf Inhaberschuldbriefen zuhanden des Strafverfahrens gegen B.X._.
C.c. Das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, wies die von A.X._ erhobene Beschwerde mit Beschluss vom 17. Januar 2013 ab, soweit es darauf eintrat.
D.
A.X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er stellt die Anträge, in Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses seien ihm keine Untersuchungskosten aufzuerlegen, die Kosten der amtlichen Verteidigung auf die Staatskasse zu nehmen und ihm eine Genugtuung/Entschädigung aus der Staatskasse zu zahlen. Zudem beantragt er die Herausgabe von drei näher bezeichneten Inhaberschuldbriefen.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer macht wie im kantonalen Beschwerdeverfahren geltend, dass der Richter, welcher die Verfügung vom 9. Mai 2012 erliess, zufolge Vorbefassung befangen gewesen sei und dass dessen Verfügung, mit welcher die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 16. Dezember 2010 betreffend Kostenauflage und Verweigerung einer Entschädigung im Wesentlichen bestätigt wurde, Bundesrecht verletze.
Nach der zutreffenden und im Übrigen unbestrittenen Auffassung der Vorinstanz ist für die Beurteilung dieser Fragen nicht die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene eidgenössische Strafprozessordnung, sondern die Zürcher Strafprozessordnung anwendbar, da die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft, mit welcher dem Beschwerdeführer Kosten auferlegt und eine Entschädigung verweigert wurden, am 16. Dezember 2010 und damit vor dem Inkrafttreten der eidgenössischen Strafprozessordnung erlassen wurde (siehe Art. 455 in Verbindung mit <ref-law>; Urteil 6B_169/2012 vom 25. Juni 2012 E. 2 mit Hinweisen).
2.
2.1. Die Verfügung vom 9. Mai 2012 in Sachen des Beschwerdeführers betreffend Kostenauflage und Verweigerung einer Entschädigung wurde von Bezirksrichter A._ erlassen. Dieser hatte zusammen mit zwei weiteren Richtern auch am Urteil des Bezirksgerichts vom 22. März 2012 mitgewirkt, durch welches der Bruder des Beschwerdeführers, B.X._, wegen gewerbsmässigen Betrugs, mehrfacher Urkundenfälschung und weiterer Delikte zu einer Freiheitsstrafe von acht Jahren verurteilt worden war.
Der Beschwerdeführer machte erstmals in seiner Beschwerde vom 8. Juli 2012 gegen die Verfügung vom 9. Mai 2012 geltend, dass Bezirksrichter A._ zufolge Vorbefassung befangen gewesen sei. Die Vorinstanz erachtete dieses Vorbringen als verspätet und trat daher nicht darauf ein.
2.2. Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter entschieden wird. Voreingenommenheit und Befangenheit werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Letzteres betrifft vor allem Konstellationen einer Vorbefassung des Richters. Bei der Beurteilung solcher Umstände ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken. Es ist nicht erforderlich, dass der Richter tatsächlich befangen ist (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1, je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung muss der Ablehnungsgrund unverzüglich nach dessen Kenntnisnahme geltend gemacht werden; andernfalls ist der Anspruch verwirkt (<ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 4.3.1, je mit Hinweisen; siehe nun auch <ref-law>: "ohne Verzug"). Der Ausstand ist mithin so früh wie möglich, d.h. in den nächsten Tagen nach Kenntnisnahme, zu verlangen. Ein Ablehnungsgesuch, das beispielsweise erst nach zwei Wochen gestellt wird, ist klarerweise verspätet (Urteil 1B_499/2012 vom 7. November 2012 E. 2.3 mit Hinweisen).
2.3. Das Urteil des Bezirksgerichts vom 22. März 2012 in der Strafsache B.X._ wurde auch dem Beschwerdeführer als Verfahrensbeteiligten im Dispositiv zugestellt. Der Beschwerdeführer beziehungsweise sein Rechtsvertreter erhielt es am 26. März 2012. Dem Dispositiv konnte entnommen werden, dass am Urteil unter anderen Bezirksrichter A._ mitgewirkt hatte.
Bezirksrichter A._ war auch mit dem Verfahren befasst, in welchem zu prüfen war, ob die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 16. Dezember 2010, durch welche dem Beschwerdeführer trotz Einstellung des Verfahrens Kosten auferlegt und eine Entschädigung verweigert wurden, rechtmässig ist. Bezirksrichter A._ erliess in diesem Verfahren mehrere prozessleitende Verfügungen, die auch dem Beschwerdeführer zugestellt wurden. Diesem war daher klar, dass der gleiche Richter auch den Endentscheid betreffend Kosten und Entschädigungen fällen würde. Wenn der Beschwerdeführer der Auffassung war, dass Bezirksrichter A._ bei der Beurteilung dieser Fragen befangen sei, da er am Strafurteil vom 22. März 2012 in Sachen B.X._ mitgewirkt hatte, hätte er in den Tagen nach der Entgegennahme dieses Strafurteils am 26. März 2012 ein Ausstandsbegehren stellen müssen. Dies unterliess er. Erst in seiner Beschwerde vom 8. Juni 2012 gegen die Verfügung des Bezirksrichters A._ vom 9. Mai 2012, durch welche die Kostenauflage und die Verweigerung einer Entschädigung im Wesentlichen bestätigt wurden, mithin erst rund sechs Wochen nach Entgegennahme des Strafurteils in Sachen B.X._, rügte er die Befangenheit des Richters. Dies war offensichtlich klar verspätet.
Was der Beschwerdeführer dazu vorbringt (Beschwerde S. 10), ist unbegründet. Es geht nicht darum, ob er die Mitwirkung von Bezirksrichter A._ am Strafurteil in Sachen B.X._ hätte verhindern können und müssen. Vielmehr geht es darum, ob der Richter zufolge seiner Mitwirkung am Strafurteil vom 22. März 2012 in Sachen B.X._ im Verfahren gegen den Beschwerdeführer betreffend Kostenauflage und Verweigerung einer Entschädigung befangen war. Um dies einschätzen zu können, war es entgegen den nicht näher begründeten Andeutungen in der Beschwerde nicht erforderlich, den Entscheid von Bezirksrichter A._ in Sachen des Beschwerdeführers und die Begründung dieses Entscheids abzuwarten. Im Verfahren gegen den Beschwerdeführer ging es im Wesentlichen um denselben Sachverhalt wie im Strafverfahren gegen B.X._, nämlich um den Vorwurf, dass unrichtige Jahresabschlüsse erstellt und den Banken vorgelegt worden seien. Dies war dem Beschwerdeführer schon am 16. Dezember 2010 klar, als das Verfahren gegen ihn unter Kostenauflage eingestellt wurde, da er zwar - im Unterschied zu seinem Bruder B.X._, gegen den gleichentags Anklage erhoben wurde - an der Erstellung der Jahresabschlüsse und deren Vorlage an die Banken nicht beteiligt war, die Jahresabschlüsse aber laut Einstellungsverfügung in Verletzung seiner Pflichten als Verwaltungsratsmitglied nicht geprüft hatte.
3.
3.1.
3.1.1. Gemäss § 42 Abs. 1 aStPO/ZH, der vorliegend zur Anwendung gelangt, werden bei Verfahrenseinstellung die Kosten ganz oder teilweise dem Beschuldigten auferlegt, wenn dieser die Untersuchung durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen verursacht oder die Durchführung der Untersuchung erschwert hat. Nach der Rechtsprechung ist es mit dem Grundsatz der Unschuldsvermutung (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 2 EMRK) vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2; Urteil 1P.805/2006 vom 14. September 2007, E. 4.2, in: Pra 2008 Nr. 34 S. 335; Urteil 6B_835/2009 vom 21. Dezember 2009 E. 1.2). Die Kostenauflage darf sich in tatsächlicher Hinsicht nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen (<ref-ruling> E. 2a; Urteil 1B_180/2012 vom 24. Mai 2012 E. 2.2). Zwischen dem zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten und den durch die Untersuchung entstandenen Kosten muss ein Kausalzusammenhang bestehen (BGE <ref-ruling> E. 2; Urteil 6B_835/2009 vom 21. Dezember 2009 E. 1.2). Das Gericht muss die Kostenauflage begründen. Es hat darzulegen, inwiefern die beschuldigte Person durch ihr Handeln in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen hat (Urteil 1P.164/2002 vom 25. Juni 2002 in: Pra 2002 Nr. 203 S. 1067).
3.1.2. Der Einzelrichter verwies in seiner Verfügung vom 9. Mai 2012 in Sachen des Beschwerdeführers mehrfach auf die "Ergebnisse aus dem Strafverfahren gegen B.X._". Jenes Strafverfahren habe ergeben, dass die Jahresabschlüsse 1998 bis 2002 inhaltlich unwahr sind und dass die Revisionsgesellschaft der Gesellschaften der X._-Gruppe nicht unabhängig war.
Die Feststellungen des Bezirksgerichts im Urteil vom 22. März 2012 in Sachen B.X._ werden sowohl vom Beschwerdeführer wie auch von B.X._ bestritten, und Letzterer hat gegen das Urteil des Bezirksgerichts Berufung mit dem Antrag auf vollumfänglichen Freispruch erhoben. Ob unter diesen Umständen die Kostenauflage zu Lasten des Beschwerdeführers auf Feststellungen im Urteil des Bezirksgerichts vom 22. März 2012 in Sachen B.X._ gestützt werden darf, lässt die Vorinstanz offen. Denn schon aus den Aussagen des Beschwerdeführers ergebe sich nach der zutreffenden Eventualbegründung der ersten Instanz ein Verhalten, welches eine Kostenauflage rechtfertige.
3.2.
3.2.1. Der Beschwerdeführer war Mitglied des Verwaltungsrats verschiedener Gesellschaften der X._-Gruppe und Mitglied der Konzernleitung. Er räumte in seinen Einvernahmen ein, er habe regelmässig diverse Dokumente, unter anderen Jahresrechnungen sowie Abtretungs- und Schuldübernahmeverträge, schnell unterzeichnet, ohne sie studiert und ihren Sinn erkannt zu haben. Er habe angenommen, dass die Geschäftsberichte und die Jahresabschlüsse stimmen würden. Daher habe er sie unterzeichnet, ohne sich mit deren Inhalt auseinandergesetzt zu haben.
Die Vorinstanz und die erste Instanz sind übereinstimmend der Auffassung, dass der Beschwerdeführer durch dieses Verhalten klar gegen aktienrechtliche Bestimmungen verstiess, welche die unübertragbaren und unentziehbaren Aufgaben des Verwaltungsrats regeln, im Besonderen gegen Art. 716a Abs. 1 Ziff. 3, 5 und 6 OR (angefochtener Beschluss S. 14, erstinstanzliche Verfügung S. 20 f.). Gemäss diesen Bestimmungen gehören zu den unübertragbaren und unentziehbaren Aufgaben des Verwaltungsrats die Ausgestaltung des Rechnungswesens, der Finanzkontrolle sowie der Finanzplanung, sofern diese für die Führung der Gesellschaft notwendig ist (<ref-law>); die Oberaufsicht über die mit der Geschäftsführung betrauten Personen, namentlich im Hinblick auf die Befolgung der Gesetze, Statuten, Reglemente und Weisungen (<ref-law>); die Erstellung des Geschäftsberichtes sowie die Vorbereitung der Generalversammlung und die Ausführung ihrer Beschlüsse (<ref-law>).
3.2.2. Der Beschwerdeführer wendet ein, dass die in <ref-law> aufgelisteten unübertragbaren und unentziehbaren Aufgaben dem Verwaltungsrat als Körper obliegen. Es sei daher durchaus möglich, dass sich das eine Verwaltungsratsmitglied mit den finanziellen Fragen, ein anderes Verwaltungsratsmitglied mit den geschäftlichen Problemen des Unternehmens befasse. Eine solche Aufgabenteilung liege in der Natur der Sache und bilde gerade den Vorteil eines Gremiums, in welchem Personen mit verschiedenen Ausbildungen, Kenntnissen und Erfahrungen Einsitz haben. Vorliegend könne jedenfalls nicht gesagt werden, der Verwaltungsrat als Gremium habe seine Aufgaben nicht erfüllt. Sein Vater, "C.X._, habe die geschäftlichen Abläufe im Detail gekannt. Sein Bruder, B.X._, habe zweifellos die Fähigkeit gehabt, die Jahresrechnungen analytisch durchzugehen. Bei dieser Konstellation des Verwaltungsrats habe er, der Beschwerdeführer, davon ausgehen können, die Jahresrechnungen seien sorgfältig erstellt worden und korrekt gewesen (Beschwerde S. 12 f.).
3.2.3. Eine Arbeitsteilung unter den einzelnen Verwaltungsratsmitgliedern nach Massgabe ihrer Kenntnisse, Fähigkeiten, Erfahrungen etc. ist sinnvoll und kann unter dem Gesichtspunkt der Sorgfaltspflicht (<ref-law>) geboten sein (siehe PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 13 N. 576; HANS CASPAR VON DER CRONE, Arbeitsteilung im Verwaltungsrat, in: Charlotte M. Baer (Hrsg.), Verwaltungsrat und Geschäftsleitung, 2006, S. 79 ff., 89; URS BERTSCHINGER, Arbeitsteilung und aktienrechtliche Verantwortlichkeit, 1999, Rz. 230, KATJA ROTH PELLANDA, Organisation des Verwaltungsrates, Diss. Zürich 2007, Rz. 538 ff.). Laut Botschaft können die unübertragbaren Aufgaben innerhalb des Verwaltungsrats nicht aufgeteilt werden. Die Beschlüsse im Bereich der unübertragbaren Aufgaben müssen von allen Verwaltungsräten getragen werden (Botschaft des Bundesrates vom 23. Februar 1983 über die Revision des Aktienrechts, BBl 1983 II 745 ff., 923 f. zu <ref-law>).
Jedes Mitglied des Verwaltungsrats muss in der Lage sein, eine Bilanz, eine Erfolgsrechnung und den Bericht der Kontrollstelle zu verstehen und daraus Schlüsse zu ziehen ( PETER BÖCKLI, a.a.O., § 13 N. 39). Es muss sich, auch wenn es nicht beispielsweise dem Finanzausschuss angehört, um die finanziellen Belange der Aktiengesellschaft kümmern und sich über die Finanzlage der Gesellschaft nicht nur beim Jahresabschluss, sondern auch während des Geschäftsjahres auf dem Laufenden halten ( PETER BÖCKLI, a.a.O., § 13 N. 568). Ein Verwaltungsratsmitglied kann sich der Erfüllung solcher Aufgaben nicht mit dem Argument entledigen, dass andere Verwaltungsratsmitglieder, welchen er vertraut, diese Aufgaben wahrnehmen. Ein solches Verhalten verstösst auch gegen <ref-law>, wonach die Mitglieder des Verwaltungsrats ihre Aufgaben mit aller Sorgfalt erfüllen müssen. Unerheblich ist in diesem Zusammenhang, ob die Jahresrechnung, die ein Verwaltungsratsmitglied pflichtwidrig nicht studiert, unrichtig ist und ob das Verwaltungsratsmitglied dies beim gebotenen sorgfältigen Studium hätte erkennen können.
3.2.4. Indem der Beschwerdeführer als Mitglied des Verwaltungsrats in den Jahren 1998 bis 2002 die Geschäftsberichte einschliesslich der Jahresrechnungen unterzeichnete, ohne sie aufmerksam gelesen zu haben, verstiess er klar gegen zivilrechtliche Normen, namentlich Art. 716a Abs. 1 Ziff. 6 und <ref-law>. Er handelte auch schuldhaft. In Anbetracht der gesetzlichen Regelung betreffend die Aufgaben des Verwaltungsrats ist jedem verständigen Menschen klar, dass ein Mitglied des Verwaltungsrats Jahresrechnungen nicht unterzeichnen darf, ohne diese studiert (und verstanden) zu haben.
Die Vorinstanz durfte das Verhalten des Beschwerdeführers ohne Willkür als ein leichtfertiges Benehmen im Sinne von § 42 Abs. 1 aStPO/ZH qualifizieren.
3.3.
3.3.1. Die Vorinstanz erkennt in Übereinstimmung mit der ersten Instanz im Weiteren, dass die Revisionsstelle der Gesellschaften der X._-Gruppe nicht unabhängig war. Sie stützt diese Erkenntnis auf die Aussagen des Beschwerdeführers betreffend die freundschaftlichen Beziehungen zwischen dessen Vater und dem Revisor. Letzterer habe regelmässig an den Besprechungen der Konzernleitung teilgenommen, die X._-Gruppe in Rechts- und Steuerfragen beraten und bei der Erstellung der Jahresabschlüsse eine aktive Rolle übernommen. Die Rechnungen für die Jahre 1993 bis 2003 sowie diverse Geschäftsberichte für verschiedene X._-Gesellschaften und die Jahresrechnungen der Konzerngesellschaft seien vom Büro des Revisors erstellt worden, der die graue Eminenz gewesen sei (Urteil S. 15 ff.).
Nach der Ansicht der Vorinstanz kann bei dieser unbestrittenen Sachlage von einer Unabhängigkeit der Revisionsstelle klarerweise keine Rede sein. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer vor, er habe es als Verwaltungsratsmitglied versäumt, die Jahresabschlüsse einer unabhängigen Revisionsstelle vorzulegen, und er habe es als Aktionär versäumt, eine unabhängige Revisionsstelle einzusetzen. Dadurch habe er gegen Art. 728 Abs. 2 beziehungsweise Art. 727e in Verbindung mit Art. 727c Abs. 1 und Art. 727d Abs. 1 und Abs. 3 aOR (in der Fassung vor der Revision durch Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005) verstossen.
3.3.2. Gemäss Art. 727c Abs. 1 Satz 1 aOR (in der Fassung vor der Revision durch Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005) müssen die Revisoren vom Verwaltungsrat und von einem Aktionär, der über die Stimmenmehrheit verfügt, unabhängig sein. Ist die Revisionsstelle eine Handelsgesellschaft oder eine Genossenschaft, gilt das Erfordernis der Unabhängigkeit sowohl für diese als auch für alle Personen, welche die Prüfung durchführen (Art. 727d Abs. 1 und 3 aOR). Die Generalversammlung kann einen Revisor jederzeit abberufen. Ausserdem kann ein Aktionär oder ein Gläubiger durch Klage gegen die Gesellschaft die Abberufung eines Revisors verlangen, der die Voraussetzungen für das Amt nicht erfüllt (Art. 727e Abs. 3 aOR). Die Revisionsstelle prüft, ob die Buchführung und die Jahresrechnung sowie der Antrag über die Verwendung des Bilanzgewinnes Gesetz und Statuten entsprechen (Art. 728 Abs. 1 aOR). Der Verwaltungsrat übergibt der Revisionsstelle alle erforderlichen Unterlagen und erteilt ihr die benötigten Auskünfte, auf Verlangen auch schriftlich (Art. 728 Abs. 2 aOR).
Unabhängigkeit im Sinne von Art. 727c aOR bedeutet unter anderem, dass keine engen persönlichen oder geschäftlichen Beziehungen zwischen dem Revisor und Mitgliedern des Verwaltungsrats bestehen (siehe ROLF WATTER, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 2. Aufl. 2002, <ref-law> N. 5). Der Revisor muss nicht nur tatsächlich unabhängig sein, sondern er muss auch gegen aussen als unabhängig erscheinen (<ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen).
3.3.3. Der Beschwerdeführer wendet ein, nach dem damals geltenden Recht seien die Anforderungen an die Revisionsstelle nicht so streng gewesen wie gemäss <ref-law> in der seit 1. Januar 2008 geltenden Fassung. Nach dem früheren Recht sei es in der Schweiz nicht selten gewesen, dass die Revisionsstelle den Status eines Partners und Beraters des Verwaltungsrats innegehabt habe. Bis heute stehe nicht fest, dass der Revisor widerrechtlich gehandelt hätte. Die Jahresrechnungen hätten auch anderen Kontrollen, z.B. von Seiten der Steuerbehörden und der AHV, standgehalten. Er habe nicht daran zweifeln müssen, dass der Revisor seine Aufgaben mit unabhängigem Blick und sorgfältig erfülle (Beschwerde S. 13 f.).
3.3.4. In Anbetracht der festgestellten Sachlage war die Revisionsstelle nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz klarerweise nicht unabhängig im Sinne des damals geltenden Rechts. Dessen war sich der Beschwerdeführer nach der willkürfreien Feststellung der Vorinstanz bewusst. Er wäre als Mitglied des Verwaltungsrats verpflichtet gewesen, dafür zu sorgen, dass die Buchführung und die Jahresrechnung einer Revisionsstelle übergeben werden, die unabhängig ist. Indem er dies unterliess, handelte er pflichtwidrig.
3.4. Die Vorinstanz begründet wie schon die erste Instanz ausführlich, dass und inwiefern zwischen dem normwidrigen Verhalten des Beschwerdeführers und der Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen ihn ein Kausalzusammenhang besteht (angefochtener Beschluss S. 18 f., erstinstanzliche Verfügung S. 24 f.).
Der Beschwerdeführer macht dazu einzig geltend, er habe nie eine aktive Rolle gespielt, wenn es darum gegangen sei, neue Kredite zu erlangen oder bestehende Kredite aufrechtzuerhalten. Daher sei zu Unrecht auch gegen ihn eine Strafuntersuchung eingeleitet worden (Beschwerde S. 14).
Mit diesem Einwand legt der Beschwerdeführer nicht rechtsgenügend dar, inwiefern und weshalb die Ausführungen der Vorinstanz zum Kausalzusammenhang Recht verletzen. Die Strafuntersuchung wurde im Jahr 2003 eröffnet, weil der Verdacht auf Unregelmässigkeiten und Falschbeurkundungen unter anderem im Zusammenhang mit den Jahresabschlüssen bestand, der dadurch genährt wurde, dass die Revisionsstelle nicht als unabhängig erschien. Der Verdacht auf Urkundenfälschung und Betrug durch Erstellen unwahrer Jahresabschlüsse und deren Einreichung bei Banken richtete sich zu Recht auch gegen den Beschwerdeführer, da dieser als Mitglied des Verwaltungsrats, wie sein Bruder B.X._, gemäss den gesetzlichen Bestimmungen dafür zu sorgen hatte, dass die Jahresrechnungen den gesetzlichen Vorschriften entsprachen und von einer unabhängigen Kontrollstelle überprüft wurden. Zwar ergab sich im Verlauf der Untersuchung, dass der Beschwerdeführer nicht wesentlich zum Zustandekommen der unwahren Jahresabschlüsse beigetragen und auch nichts mit deren Einreichung bei den Banken zu tun hatte, weshalb das Strafverfahren gegen ihn schliesslich mit Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 16. Dezember 2010 eingestellt wurde. Dies ändert jedoch nichts daran, dass auch gegen den Beschwerdeführer ein die Einleitung der Untersuchung rechtfertigender Verdacht bestand, der sich aus den Unregelmässigkeiten in den Jahresabschlüssen und der Mitverantwortung des Beschwerdeführers für die Erstellung der Jahresrechnungen ergab.
4.
4.1. Im Rahmen der Hausdurchsuchung am Wohnort des Beschwerdeführers am 21. April 2004 wurden unter anderem fünf Inhaberschuldbriefe sichergestellt. Die Staatsanwaltschaft ordnete in der Einstellungsverfügung vom 16. Dezember 2010 in Sachen des Beschwerdeführers an, dass diese Papiere gestützt auf §§ 83 ff. und 96 ff. aStPO/ZH zuhanden des gegen B.X._ geführten Strafverfahrens beschlagnahmt werden, da sie im Zusammenhang mit der Untersuchung gegen B.X._ unter anderem wegen Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung stünden. Über die Einziehung oder Herausgabe dieser Papiere werde im gerichtlichen Verfahren gegen B.X._ zu entscheiden sein (Dispositiv Ziff. 11 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft). Der Einzelrichter bestätigte die Verfügung der Staatsanwaltschaft in diesem Punkt (Dispositiv Ziff. 4 der Verfügung des Einzelrichters vom 9. Mai 2012). Die Vorinstanz wies die Beschwerde auch in diesem Punkt ab.
4.2. Der Beschwerdeführer macht wie im kantonalen Verfahren geltend, er sei der Besitzer der in seinem Hause sichergestellten Inhaberschuldbriefe gewesen. Daher sei sein Eigentum daran zu vermuten. Es sei deshalb unzulässig, ihm die Klägerrolle für die Herausgabe der Inhaberschuldbriefe zuzuweisen.
Der Einwand ist unbegründet. Die vom Beschwerdeführer behauptete Vermutung des Eigentums zufolge Besitzes hindert eine Beschlagnahme im Hinblick auf eine allfällige Einziehung nicht. In Strafverfahren werden zwecks allfälliger Einziehung nicht selten Vermögenswerte beschlagnahmt, die sich im Besitz eines Dritten befinden, der nicht Beschuldigter ist. Zwei der fünf Inhaberschuldbriefe lasten auf einer Liegenschaft, welche Tatobjekt der dem Beschuldigten B.X._ vorgeworfenen Gläubigerbenachteiligung ist. Die übrigen drei Inhaberschuldbriefe lasten auf einer Liegenschaft, die im Eigentum einer Aktiengesellschaft steht, deren Aktien Tatobjekt der dem Beschuldigten B.X._ vorgeworfenen Gläubigerschädigung sind. Bei dieser Sachlage kann eine Einziehung der Inhaberschuldbriefe im Strafverfahren gegen B.X._ in Betracht kommen. Im Hinblick auf eine allfällige Einziehung wurden die sichergestellten Inhaberschuldbriefe zu Recht im Strafverfahren gegen B.X._ beschlagnahmt. Der Richter in jenem Verfahren hat darüber zu entscheiden, ob die Inhaberschuldbriefe einzuziehen oder ob sie an diese oder jene Person herauszugeben sind. Dem Beschwerdeführer kommt in jenem Verfahren als Einziehungsbetroffener die Stellung eines Verfahrensbeteiligten zu. Er konnte seine Rechte im erstinstanzlichen Strafverfahren gegen B.X._ ausüben. Das Bezirksgericht entschied in der Strafsache B.X._ mit ergänzendem Urteil vom 9. Mai 2012, dass die Inhaberschuldbriefe zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes der Konkursmasse C.X._ AG beziehungsweise der Konkursmasse B.X._ auszuhändigen sind. Der Beschwerdeführer erhob gegen dieses Urteil Berufung und kann somit im Strafverfahren gegen B.X._ weiterhin seinen angeblichen Anspruch auf Aushändigung der Inhaberschuldbriefe geltend machen.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Näf