Sachverhalt:
A. X._ befindet sich seit dem 21. Februar 2011 in Untersuchungs- und Sicherheitshaft bzw. im vorzeitigen Strafvollzug.
Am 3. Februar 2012 sprach ihn das Bezirksstrafgericht des Saanebezirks Freiburg des Verbrechens gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von sechseinhalb Jahren.
Dagegen legten sowohl X._ als auch die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg Berufung ein.
B. Am 12. März 2013 ersuchte X._ um Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug. Der Vizepräsident des Strafappellationshofes des Kantonsgerichts Freiburg trat am 15. März 2013 auf das Gesuch nicht ein; im Eventualstandpunkt erwog er, das Gesuch müsste abgewiesen werden, soweit darauf einzutreten wäre.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, das Urteil des Strafappellationshofes aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Strafappellationshof und die Staatsanwaltschaft haben auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> gegeben.
Die Vorinstanz hat als einzige kantonale Instanz entschieden (Art. 233 i.V.m. <ref-law>). Die Beschwerde ist somit nach <ref-law> zulässig.
Der Beschwerdeführer ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde berechtigt.
Soweit die Vorinstanz auf das Gesuch nicht eingetreten ist, besteht sein Rechtsschutzinteresse darin, dass sie im Fall eines Obsiegens auf das Rechtsmittel eintreten müsste (<ref-ruling> E. 3 S. 250 f.; Urteil 1P.75/2000 vom 7. Juni 2000 E. 1, in: EuGRZ 2001 S. 132; je mit Hinweisen).
Soweit sie das Gesuch im Eventualstandpunkt materiell abweist, handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der für den Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken kann.
Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt zunächst, die Vorinstanz habe ihre Zuständigkeit zur Behandlung seines Entlassungsgesuchs aus dem vorzeitigen Strafvollzug zu Unrecht verneint; der Nichteintretensentscheid verletze <ref-law>, <ref-law> und Art. 5 Ziff. 4 EMRK.
2.1 Ob die Vorinstanz zur Behandlung des Entlassungsbegehrens aus dem vorzeitigen Strafvollzug zuständig ist, beantwortet sich nach <ref-law>. Demnach entscheidet während des Berufungsverfahrens die Verfahrensleitung des Berufungsgerichts über Haftentlassungsgesuche.
Diese Bestimmung gilt nach zutreffender Auffassung auch für Gesuche um Entlassung aus vorzeitigem Sanktionsvollzug (vgl. MARC FORSTER, in: Basler Kommentar, StPO, 2011, N. 1 zu Art. 233). <ref-law> beschränkt die Zuständigkeit des Berufungsgerichts nicht auf die Behandlung von Entlassungsbegehren aus der Sicherheitshaft, sondern spricht allgemein von Haftentlassungsgesuchen. Darunter fallen nach dem Zweck der Bestimmung auch Gesuche um Entlassung aus vorzeitigem Straf- und Massnahmenvollzug. <ref-law> hat zum Ziel, den Betroffenen vor ungerechtfertigter Freiheitsentziehung zu schützen (vgl. insoweit <ref-ruling> E. 6.4 S. 199 zur Anwendung von Haftregeln auf den vorzeitigen Sanktionsvollzug). Da sich die Freiheitsentziehung auch im vorzeitigen Vollzug nicht auf ein rechtskräftiges Strafurteil stützt, ist sie gegen den Willen des Betroffenen nur so lange gerechtfertigt, als die Haftvoraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> E. 1d S. 80; FRANZ RIKLIN, StPO Kommentar, 2010, N.1 zu Art. 236). Über die Rechtmässigkeit der Freiheitsentziehung hat nach <ref-law> und Art. 5 Ziff. 4 EMRK - auch im vorzeitigen Sanktionsvollzug - eine gerichtliche Behörde zu befinden (<ref-ruling> E. 2 S. 275; <ref-ruling> E. 3a S. 174; je mit Hinweisen; HANS VEST, in: Kommentar BV, 2. Aufl. 2008, N. 33, 35 und 36 zu Art. 31). Der Anspruch auf gerichtliche Haftprüfung ist von Bundesrechts wegen dann gewährleistet, wenn die Verfahrensleitung des Berufungsgerichts nach <ref-law> neben der Entlassung aus der Sicherheitshaft auch über jene aus dem vorzeitigen Sanktionsvollzug entscheidet.
2.2 Die Vorinstanz wäre demnach gestützt auf <ref-law> zur Behandlung des Entlassungsgesuchs zuständig gewesen. Ihr Nichteintretensentscheid verletzt Bundesrecht. Die Rüge des Beschwerdeführers ist daher begründet.
3. Es bleibt zu prüfen, ob der Eventualstandpunkt der Vorinstanz, wonach das Gesuch, soweit darauf einzutreten wäre, abgewiesen werden müsste, vor Bundesrecht standhält (vgl. <ref-ruling> E. 5a/bb S. 11 f. mit Hinweisen).
Insoweit beanstandet der Beschwerdeführer in formeller Hinsicht, die Vorinstanz habe ihm die Stellungnahme der Staatsanwaltschaft zu seinem Entlassungsgesuch nicht zugestellt. Damit habe sie sein Recht auf Replik verletzt.
3.1 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Dieser umfasst auch das Recht, von den beim Gericht eingereichten Stellungnahmen Kenntnis zu erhalten und sich dazu äussern zu können (sog. Replikrecht). Die Verfahrensbeteiligten haben Anspruch auf Zustellung von Vernehmlassungen, unabhängig davon, ob diese neue und erhebliche Gesichtspunkte enthalten. Das Gericht muss vor Erlass seines Entscheids eingegangene Stellungnahmen den Beteiligten zustellen, damit sie sich darüber schlüssig werden können, ob sie sich dazu äussern wollen oder nicht (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 197; <ref-ruling> E. 4.3 ff. S. 102 ff.; je mit Hinweisen; Urteil 1B_608/2011 vom 10. November 2011 E. 2.4).
3.2 Die Akten enthalten keinen Beleg dafür, dass die Vorinstanz dem Beschwerdeführer die Stellungnahme der Staatsanwaltschaft zugestellt hätte. Die Vernehmlassung ist beim Strafappellationshof am 15. März 2013 eingegangen, das heisst am Tag des Entscheids. Eine rechtzeitige Zustellung an den Beschwerdeführer mit der Möglichkeit, sich dazu zu äussern, war unter diesen Umständen nicht möglich.
Die Vorinstanz hat damit das Replikrecht des Beschwerdeführers verletzt. Soweit sie das Entlassungsgesuch im Eventualstandpunkt materiell abweist, hat sie in Verletzung von <ref-law> entschieden. Die Beschwerde ist auch in dieser Hinsicht begründet.
4. Sie ist danach gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen sowie zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen (<ref-law>; Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Freiburg hat den anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Vizepräsidenten des Strafappellationshofes des Kantonsgerichts Freiburg vom 15. März 2013 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an diesen zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Freiburg hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Geisser