Sachverhalt:
A. Im September 2003 schloss die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) als Vermieterin mit A._ und B._ einen Mietvertrag über die Räumlichkeiten in der Liegenschaft C._strasse in Thun. Im Juni 2005 traten A._ und B._ den Mietvertrag an X._ (Beschwerdeführer) ab. Vom Zeitpunkt der Übernahme des Mietvertrags betrieb der Beschwerdeführer in den Mieträumlichkeiten den D._-Club und organisierte in diesem Rahmen Veranstaltungen. Am 15. August 2005 liess der Beschwerdeführer die E._ GmbH ins Handelsregister eintragen. Seit 2005 ist er deren einziger Gesellschafter. Im April 2006 und Januar 2007 schlossen die Beschwerdegegnerin und der Beschwerdeführer Zusatzvereinbarungen zum Mietvertrag.
Im Juni 2007 ereignete sich ein Brandfall im F._-Club, der unmittelbar an den D._-Club des Beschwerdeführers angrenzte. Der D._-Club selbst wurde durch diesen Brand ebenfalls in Mitleidenschaft gezogen (Geruchsimmissionen und Unterbruch der Stromversorgung). Anfangs Juli 2007 fand eine Begehung des Schadensplatzes statt. Der Schaden wurde nicht behoben. Bis auf zwei Abschlussfeste Ende 2007 fanden keine Veranstaltungen im D._-Club statt.
B. Im November 2009 reichte der Beschwerdeführer beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage ein und machte wegen Beeinträchtigung durch die Brandfolgen für die Zeit vom 1. September bis 31. Dezember 2007 einen Mangelfolgeschaden in Form von entgangenem Gewinn von mindestens Fr. 54'105.10 geltend. Das Handelsgericht gelangte zum Schluss, zur Zeit des Brandes habe nicht der Beschwerdeführer, sondern die E._ GmbH den D._-Club betrieben, weshalb der Schaden bei ihr und nicht beim Beschwerdeführer eingetreten sei. Eine allfällige Schadenersatzforderung sei auch nicht infolge Abtretung auf den Beschwerdeführer übergegangen. Dieser könne den Schaden weder gestützt auf die geltend gemachte Personalunion mit der E._ GmbH noch aufgrund eines Mietvertrags oder allfälligen Untermietvertrags bzw. einer allfälligen Gebrauchsleihe mit dieser in eigenem Namen geltend machen. Daher wies das Handelsgericht die Klage mit Urteil vom 12. Februar 2010 ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zur Sachverhaltsergänzung und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, dem Beschwerdeführer Fr. 54'105.10 nebst Zins zu bezahlen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und weist darauf hin, im April 2010 sei der Konkurs über die E._ GmbH eröffnet und im Juni 2010 mangels Aktiven eingestellt worden.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz erwog im Einzelnen, der Mietvertrag und die nachträglichen Zusätze seien zwischen den Prozessparteien abgeschlossen worden. Bis zur Eintragung der E._ GmbH habe der Beschwerdeführer den D._-Club betrieben. Seither habe dies der E._ GmbH oblegen. Somit sei der Schaden bei ihr und nicht beim Beschwerdeführer eingetreten. Mit Erklärung vom 18. November 2008 habe die E._ GmbH alle aus der Vertragsbeziehung mit der Beschwerdegegnerin allenfalls bestehenden Forderungen und Rechte vollumfänglich an den Beschwerdeführer abgetreten. Es seien jedoch lediglich allfällige mietvertragliche Ansprüche abgetreten worden, so dass der bei der E._ GmbH entstandene Schaden nicht von der Abtretung erfasst und eine allfällige Schadenersatzforderung nicht auf den Beschwerdeführer übergegangen sei. Zum Einwand des Beschwerdeführers, zwischen ihm und der E._ GmbH habe eine Personalunion bestanden, erwog die Vorinstanz, es wäre mit einem umgekehrten Durchgriff zu operieren, und es müsste der Nachweis erbracht werden, dass ein Abhängigkeitsverhältnis, Missbrauchstatbestände sowie das Vorschieben einer GmbH vorlägen. Dies werde von keiner Partei auch nur ansatzweise behauptet. Der Beschwerdeführer begnüge sich mit der Angabe der Personalunion, was für einen Durchgriff nicht ausreiche, so dass er auch unter diesem Aspekt den Schaden nicht in eigenem Namen geltend machen könne.
2. Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, er sei über die sogenannte Drittschadensliquidation berechtigt, den bei der E._ GmbH eingetretenen Schaden in eigenem Namen zu liquidieren. Indem die Vorinstanz ihm dieses Recht mit der Begründung aberkannt habe, der Schaden sei nicht bei ihm eingetreten, habe sie den Begriff der Drittschadensliquidation verkannt und Bundesrecht verletzt.
2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen zwar nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226). Art. 99 Abs. 1 BGG verbietet e contrario aber nicht, vor Bundesgericht eine neue rechtliche Argumentation vorzubringen, vorausgesetzt, dass dieser die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil zugrunde gelegt werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Selbst wenn die Ausführungen des Beschwerdeführers zur Drittschadensliquidation neu sein sollten, wie die Beschwerdegegnerin beanstandet, kann das Bundesgericht im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen die entsprechende Rüge einer Bundesrechtsverletzung prüfen, soweit sich diese auf die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid stützt. Trotz der Anwendung von Bundesrecht von Amtes wegen, prüft das Bundesgericht unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.1 S. 105; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550).
2.2 Die Vorinstanz stellte fest, ab Eintragung im Handelsregister habe die E._ GmbH den D._-Club betrieben und der Schaden sei bei ihr eingetreten. Diese Feststellungen sind für das Bundesgericht verbindlich (Art. 105 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer kann nur eine Berichtigung verlangen, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.3 Der Beschwerdeführer rügt die Annahme der Vorinstanz, er habe den Beweis für den Bestand eines Untermietvertrags oder einer Gebrauchsleihe zwischen ihm und der E._ GmbH nicht erbringen können, als "offenkundig unrichtig". Er macht geltend, die Vorinstanz hätte zwingend auf einen entsprechenden Vertragswillen (konkludenter Vertragsschluss) schliessen müssen, nachdem sie als erwiesen erachtet habe, dass der D._-Club durch die E._ GmbH betrieben worden sei. Selbst wenn man mit der Vorinstanz davon ausgehen wollte, ihm sei der Beweis des von ihm behaupteten Vertragswillens misslungen, hätte sie prüfen müssen, welchen Sinn der Beschwerdeführer und die E._ GmbH ihren gegenseitigen Äusserungen und dem Verhalten der jeweiligen Gegenseite unter den konkreten Umständen nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr hätten beimessen dürfen und müssen. Dabei hätte sich ergeben, dass die geduldete Gebrauchsüberlassung der Mieträumlichkeiten an die E._ GmbH und das Ausbleiben eines Widerspruchs gegen die Betriebsführung durch die GmbH nur den Schluss auf einen Geschäftswillen zulasse. Ein "vertragsloser" Zustand könne bei vernünftiger Betrachtungsweise angesichts der auf dem Spiel stehenden wirtschaftlichen Interessen ausgeschlossen werden. Wie die vertragliche Bindung zu qualifizieren sei, könne dahingestellt bleiben. Eine Haftung des Beschwerdeführers gegenüber der E._ GmbH entfalle mangels Verschuldens, weshalb es bei der eigentlichen Drittschadensliquidation bleibe, die erst recht immer dann zulässig sein müsse, wenn eine uneigentliche Drittschadensliquidation wie im zu beurteilenden Fall ausschliesslich am fehlenden Verschulden des Vertragsgläubigers scheitere.
2.4 Die Vorinstanz hielt fest, mangels rechtzeitiger Vorbringen des Beschwerdeführers (zweiter Parteivortrag) und mangels entsprechender Hinweise in den Akten sei es nicht möglich, über den Bestand eines Untermietvertrags Beweis zu führen. Die Miete sei notwendigerweise entgeltlich. Der Beschwerdeführer habe es unterlassen, einen entsprechenden Beweis zu erbringen. Zudem hätten weder Zeugen noch der Treuhänder des Beschwerdeführers Äusserungen gemacht, die einen Rückschluss auf ein allfälliges Entgelt zugelassen hätten. Somit habe der Beschwerdeführer den Beweis des Bestands eines Untermietvertrags nicht erbringen können und die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen.
2.5 Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, dass er das Bestehen eines Untermietvertrags zwischen sich und der E._ GmbH rechtzeitig vor der Vorinstanz behauptet hat. Vielmehr übt er appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts und will Ergänzungen bezüglich der tatsächlichen Feststellungen vornehmen, als ob dem Bundesgericht im Beschwerdeverfahren die freie Prüfung aller Tatfragen zukäme. Damit ist er nicht zu hören (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; je mit Hinweisen).
2.6 Das Bundesgericht hat in seiner bisherigen Rechtsprechung die Zulässigkeit der Drittschadensliquidation nicht anerkannt, sondern die Frage offen gelassen (vgl. Urteil 4C.310/2001 vom 2. Juli 2002 E. 2.1 und E. 2.2.4; Christian Armbrüster, Vertragliche Haftung für Drittschäden - quo vadis Helvetia?, in: Festschrift für Wolfang Wiegand, 2005, S. 73). In der schweizerischen Literatur wird die Drittschadensliquidation im Wesentlichen nur für die indirekte Stellvertretung bejaht (vgl. Gauch/Schluep/Emmenegger, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 9. Aufl. 2008, Rz. 2886 ff.; mit Hinweisen). Indem der Beschwerdeführer geltend macht, die Drittschadensliquidation müsse erst recht immer dann zulässig sein, wenn eine uneigentliche Drittschadensliquidation "ausschliesslich an einem fehlenden Verschulden" des Vertragsgläubigers scheitere, scheint er eine allgemeine Anwendung der Drittschadensliquidation zu befürworten. Auch soweit, namentlich in der deutschen Literatur und Rechtsprechung, eine Drittschadensliquidation als zulässig erachtet wird, besteht indessen Einigkeit, dass sie nur bei bestimmten Schadenskonstellationen zur Anwendung kommen kann wie namentlich bei Obhutsverhältnissen, bei der obligatorischen Gefahrentlastung und der indirekten Stellvertretung (vgl. die Hinweise bei GAUCH/SCHLUEP/EMMENEGGER, a.a.O, Rz. 2882 ff.; ROLF WEBER, Berner Kommentar, 2000, N. 300 ff. zu Art. 97 OR). Dass eine derartige Situation vorliegt, ist nicht festgestellt und der Beschwerdeführer zeigt auch nicht auf, dass er im kantonalen Verfahren unter Berufung auf die sogenannte Drittschadensliquidation rechtzeitig und prozesskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt hätte. Damit fällt eine diesbezügliche Ergänzung des Sachverhalts ausser Betracht. Somit erübrigt es sich, auf die in Deutschland diskutierten Fallgruppen der sogenannten Drittschadensliquidation näher einzugehen.
2.7 Traf den Beschwerdeführer keine Pflicht, den Schaden der E._ GmbH zu verhindern, ist nicht nachvollziehbar, weshalb diese vom durch den Beschwerdeführer abgeschlossenen Vertrag profitieren sollte, indem ihr Schaden über die vertragliche Haftung zwischen dem Beschwerdeführer und der Beschwerdegegnerin liquidiert werden könnte. Vielmehr organisierte die E._ GmbH diesfalls die Veranstaltungen auf eigenes Risiko. Würde dagegen der Beschwerdeführer der E._ GmbH haften, könnte er allenfalls die von ihm zu leistende Schadenersatzforderung seinerseits gegenüber der Beschwerdegegnerin geltend machen. Der Beschwerdeführer geht indessen selbst davon aus, dass seitens der E._ GmbH ihm gegenüber keine Ansprüche bestehen, weshalb die Frage nicht weiter behandelt werden muss.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Oktober 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann