Faits:
A. Par jugement du 21 octobre 2005, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a condamné X._, pour lésions corporelles simples, lésions corporelles simples de peu de gravité, appropriation illégitime, vol par métier, dommages à la propriété, utilisation frauduleuse d'un ordinateur, contrainte, tentative de contrainte, violation de domicile, violence ou menace contre les fonctionnaires, dénonciation calomnieuse, infractions à la LCR, délit contre la LArm, contraventions à la LTP, à la LStup et à la LACP, à une peine de 3 ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive subie, et à une amende de 200 fr. La fin de l'exécution de cette peine aurait dû intervenir le 7 avril 2008.
X._ a exécuté sa peine dans divers établissements. Sa libération conditionnelle ayant été refusée par décision du 10 janvier 2007, il a cependant bénéficié dès le 23 avril 2007 d'un régime de travail externe qui a toutefois été révoqué le 29 novembre suivant. Du 26 octobre au 4 novembre 2007, il a séjourné à l'unité psychiatrique du HUG à Genève, avant d'être réincarcéré.
B. Le 30 novembre 2007, le Service de l'application des sanctions pénales et des prisons (ci-après: SASPP) a requis du Tribunal un changement de sanction pour X._, celui-ci devant faire l'objet d'un traitement à long terme en application de l'<ref-law>.
Dans son rapport du 25 janvier 2008, le Dr Y._, expert mandaté par le Tribunal, a préconisé à l'encontre de X._ une mesure institutionnelle à long terme au sens de l'<ref-law>, dans un premier temps dans un milieu fermé tel que l'Etablissement de la Sapinière, puis dans un second temps, et en cas d'évolution favorable, dans une institution spécialisée pour adultes.
C. Par jugement du 13 mars 2008, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a prononcé une mesure institutionnelle au sens de l'<ref-law> à l'encontre de X._ et suspendu l'exécution du solde de la peine privative de liberté.
Par arrêt du 6 mai 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours de X._.
D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 59 et 61 CP, il conclut principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'un placement dans un établissement pour jeunes adultes au sens de l'<ref-law> est prononcé à son encontre. Il requiert également l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recourant reproche aux autorités cantonales d'avoir prononcé la mesure visée par l'<ref-law> plutôt que celle prévue par l'<ref-law>.
1.1 Selon l'<ref-law>, une mesure doit être ordonnée: si une peine seule ne peut écarter le danger que l'auteur commette d'autres infractions (let. a); si l'auteur a besoin d'un traitement ou que la sécurité publique l'exige et (let. b) si les conditions prévues aux art. 59 à 61, 63 ou 64 sont remplies (let. c). Le prononcé d'une mesure suppose que l'atteinte aux droits de la personnalité qui en résulte pour l'auteur ne soit pas disproportionnée au regard de la vraisemblance qu'il commette de nouvelles infractions et de leur gravité (al. 2). Pour ordonner une des mesures prévues aux art. 59 à 61, 63 et 64 ou en cas de changement de sanction au sens de l'art. 65, le juge se fonde sur une expertise. Celle-ci se détermine (al. 3): sur la nécessité et les chances de succès d'un traitement (let. a); sur la vraisemblance que l'auteur commette d'autres infractions et sur la nature de celles-ci (let. b); sur les possibilités de faire exécuter la mesure (let. c). Si l'auteur a commis une infraction au sens de l'art. 64, al. 1, l'expertise doit être réalisée par un expert qui n'a pas traité l'auteur ni ne s'en est occupé d'une quelconque manière (al. 4).
1.1.1 Aux termes de l'<ref-law>, lorsque l'auteur souffre d'un grave trouble mental, le juge peut ordonner un traitement institutionnel aux conditions suivantes: l'auteur a commis un crime ou un délit en relation avec ce trouble (let. a); il est à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec ce trouble (let. b). Le traitement institutionnel s'effectue dans un établissement psychiatrique approprié ou dans un établissement d'exécution des mesures (al. 2). Le traitement s'effectue dans un établissement fermé tant qu'il y a lieu de craindre que l'auteur ne s'enfuie ou ne commette de nouvelles infractions. Il peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'art. 76, al. 2, dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié (al. 3). La privation de liberté entraînée par le traitement institutionnel ne peut en règle générale excéder cinq ans. Si les conditions d'une libération conditionnelle ne sont pas réunies après cinq ans et qu'il est à prévoir que le maintien de la mesure détournera l'auteur de nouveaux crimes ou de nouveaux délits en relation avec son trouble mental, le juge peut, à la requête de l'autorité d'exécution, ordonner la prolongation de cinq ans au plus à chaque fois (al. 4).
Ainsi, plusieurs conditions doivent être réalisées pour qu'une telle mesure puisse être prononcée: l'auteur doit souffrir d'un grave trouble mental; il doit avoir commis un crime ou un délit en relation avec ce trouble; le traitement doit être susceptible de le détourner de nouvelles infractions en relation avec ce trouble.
1.1.2 L'<ref-law> prévoit que si l'auteur avait moins de 25 ans au moment de l'infraction et qu'il souffre de graves troubles du développement de la personnalité, le juge peut ordonner son placement dans un établissement pour jeunes adultes aux conditions suivantes: l'auteur a commis un crime ou un délit en relation avec ces troubles (let. a); il est à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec ces troubles (let. b). Les établissements pour jeunes adultes doivent être séparés des autres établissements prévus par le présent code (al. 2). Le placement doit favoriser l'aptitude de l'auteur à vivre de façon responsable et sans commettre d'infractions. Il doit notamment lui permettre d'acquérir une formation ou un perfectionnement (al. 3). La privation de liberté entraînée par l'exécution de la mesure ne peut excéder quatre ans. En cas de réintégration à la suite de la libération conditionnelle, elle ne peut excéder six ans au total. La mesure doit être levée au plus tard lorsque l'auteur atteint l'âge de 30 ans (al. 4).
Ainsi, plusieurs conditions doivent être réalisées pour qu'une telle mesure puisse être prononcée: l'auteur doit être âgé de 18 à 25 ans au moment de la commission de l'infraction; il doit souffrir de graves troubles du développement de la personnalité; l'infraction commise doit être en lien avec ces troubles; la mesure paraît propre à prévenir la récidive, en particulier parce que le jeune adulte semble accessible à un traitement socio-pédagogique et thérapeutique.
1.1.2.1 Cette mesure est ordonnée principalement en raison de l'état personnel du jeune adulte délinquant et de sa capacité à recevoir un soutien socio-pédagogique et thérapeutique pouvant influencer favorablement le développement de sa personnalité (FF 1999 1887; <ref-ruling> consid. 2b p. 354 s.). Un tel placement doit par conséquent être réservé aux jeunes adultes qui peuvent encore être largement influencés dans leur développement et qui apparaissent accessibles à cette éducation. Moins l'intéressé semble encore malléable, moins cette mesure peut entrer en considération. En outre, les carences du développement pertinentes sous l'angle pénal doivent pouvoir être comblées par l'éducation, en tout cas dans la mesure où ce moyen permet de prévenir une future délinquance (<ref-ruling> consid. 6b p. 240; <ref-ruling> consid. 4c p. 122; <ref-ruling> consid. 2b et d p. 354 ss). Le placement implique une disposition minimale à coopérer, le jeune adulte devant présenter un minimum de motivation (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4c/dd p. 123 s; cf. M. HEER, op cit, n° 42 et 43).
1.1.2.2 Par ailleurs, les auteurs dangereux n'ont pas leur place dans un établissement pour jeunes adultes. D'abord, la dangerosité parle en défaveur de l'efficacité de la mesure. En outre, de tels délinquants peuvent mettre en cause la sécurité de ces établissements, qui ont une mission limitée à l'éducation et qui n'ont pas à assumer en première ligne des problèmes de sécurité. Enfin, les auteurs dangereux risquent d'exercer une influence négative sur les autres internés. La dangerosité doit être déterminée par un pronostic, notamment en fonction du type de délit et de la manière dont il a été commis. Des actes de violence passibles d'une peine élevée constituent en tout cas un indice de dangerosité. Toutefois, ce qui est décisif, c'est la dangerosité de l'auteur, mais non celle de l'acte (cf. <ref-ruling> consid. 6b p. 240 s.; cf. M. HEER, op cit, art. 61 n° 32 à 34).
1.1.2.3 En résumé, le placement dans un établissement pour jeunes adultes est fondé sur des considérations tirées du droit pénal des mineurs et ne visent donc que les auteurs qui peuvent encore être classés, d'après leur structure de personnalité et leur manière d'agir, dans le large cercle de la délinquance adolescente. Dans ce cadre, les critères essentiels permettant de prononcer ce placement sont les carences dans le développement caractériel, l'éducabilité, la prévention de la délinquance et l'absence de dangerosité (cf. <ref-ruling> consid. 6b p. 241).
Si les conditions de l'<ref-law> sont remplies, le juge est tenu d'ordonner ce placement (cf. <ref-ruling> consid. 6b p. 241).
1.2 En l'espèce, la dangerosité du recourant ainsi que son absence de motivation à coopérer excluent le prononcé d'une mesure au sens de l'<ref-law>.
En effet, selon l'expert, qui préconise une mesure institutionnelle à long terme au sens de l'<ref-law>, l'intéressé présente un trouble de la personnalité émotionnellement labile à traits impulsifs et antisociaux ainsi que des troubles mentaux et du comportement liés à l'utilisation de substances psycho-actives multiples. Ces deux troubles correspondent à un trouble grave de la personnalité, prédisposant l'individu à répéter des schémas addictifs et antisociaux de façon durable. Le risque de récidive est particulièrement élevé en présence de toute ouverture, même partielle, du cadre de surveillance. L'expert souligne qu'aucune évolution significative n'a pu être constatée au cours des divers séjours institutionnels et périodes de détention malgré l'intervention de nombreux spécialistes et l'application de traitements psychotropes appropriés, les troubles constatés chez l'expertisé le prédisposant à répéter des schémas cognitifs et comportementaux de type antisocial en l'absence d'un encadrement sécurisé. Le SASPP considère également qu'il serait dangereux de le libérer au regard du risque de récidive qu'il présente. Par ailleurs, selon les constatations cantonales, le recourant, multirécidiviste, refuse de collaborer et nie avoir besoin d'aide. Il défie l'autorité, usant de violence en cas de conflits. Il n'a pas pris conscience de la gravité et de l'illicéité de ses actes. Le repentir qu'il a exprimé n'est guère crédible au regard de sa réaction de violence en séance du 13 mars 2008 et de sa nouvelle mise en prévention pour brigandages qualifiés commis en été 2008. Son comportement est mauvais même en détention.
Au regard de l'ensemble de ces éléments, les autorités cantonales n'ont pas violé le droit fédéral en considérant que les conditions d'application de l'<ref-law> n'étaient pas réalisées dans le cas particulier.
2. Le recours est donc rejeté. Comme ses conclusions étaient dénuées de chance de succès, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (<ref-law> a contrario) et supporter les frais de justice (<ref-law>). Ceux-ci seront réduits pour tenir compte de la situation financière de l'intéressé.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 26 août 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani