Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 27. September 1999 sprach die IV-Stelle Basel-Stadt dem 1951 geborenen A._ bei einem Invaliditätsgrad von 70 % eine ganze Invalidenrente zu. Sie stützte sich dabei auf das polydisziplinäre Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 16. Februar 1999 (Diagnose: anhaltende somatoforme Schmerzstörung, zervikobrachiales und lumbales Schmerzsyndrom).
Im Rahmen einer Rentenrevision beauftragte die IV-Stelle die Medizinische Poliklinik des Spitals Y._ mit der Erstellung einer Expertise (Rheumatologie und Psychosomatik). Das Gutachten vom 26. September 2005 bestätigt u.a. die Diagnose einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung, wobei das Ausmass der Symptomatik in einer dem Leiden angepassten Beschäftigung eine Arbeitsfähigkeit von 70 % erlaube. Die IV-Stelle ermittelte in der Folge einen Invaliditätsgrad von 41 % und reduzierte mit Wirkung ab 1. Mai 2006 die ganze auf eine Viertelsrente (Verfügung vom 20. März 2006). Die erhobene Einsprache wies die Verwaltung mit Entscheid vom 11. Mai 2007 ab.
B. Die von A._ dagegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 18. Juni 2008 gut, wobei es in den Erwägungen den Einspracheentscheid vom 11. Mai 2007 aufhob und dem Versicherten die ganze Invalidenrente über den 30. April 2006 hinaus zusprach.
C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids.
Die IV-Stelle schliesst sich den Anträgen des BSV an. Kantonales Gericht und Versicherter äussern sich in abweisendem Sinne. Die Pensionskasse Basel-Stadt verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat <ref-law> sowie die dazu ergangene Rechtsprechung, woraus sich die Voraussetzungen für eine Rentenrevision ergeben, richtig erwähnt. Weiter enthält der angefochtene Entscheid die Bestimmungen und Grundsätze über die Anpassung von Dauerrechtsverhältnissen auf dem Wege der Wiedererwägung (<ref-law>). Darauf kann verwiesen werden. Zutreffend dargelegt hat die Vorinstanz zudem, dass es Aufgabe des Arztes ist, den Gesundheitszustand zu beurteilen und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person Stellung zu nehmen (<ref-ruling> E. 4 S. 261). Dem Entscheid vom 18. Juni 2008 können sodann die Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten entnommen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 352; Urteil 9C_55/2008 vom 26. Mai 2008 E. 4.2). Zu ergänzen ist, dass formell rechtskräftige Verfügungen und Einspracheentscheide in Revision gezogen werden müssen, wenn die versicherte Person oder der Versicherungsträger nach deren Erlass erhebliche neue Tatsachen entdeckt oder Beweismittel auffindet, deren Beibringung zuvor nicht möglich war (prozessuale Revision; <ref-law>).
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Analoges gilt auch für die Frage, ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem revisionsrechtlich relevanten Sinne verändert hat (Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4). Die konkrete Beweiswürdigung stellt eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 2.2).
3. Strittig und zu prüfen ist, ob das kantonale Sozialversicherungsgericht zu Recht die von der Verwaltung ab 1. Mai 2006 verfügte Herabsetzung der ganzen auf eine Viertelsrente aufgehoben hat.
4. 4.1 Zur Bestimmung der am 27. September 1999 zugesprochenen ganzen Invalidenrente stützte sich die Verwaltung auf das polydisziplinäre Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 16. Februar 1999, wonach der Versicherte hauptsächlich an einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung leide und die Arbeitsfähigkeit in jeder Tätigkeit nicht über 30 % hinausgehe. Die auf 1. Mai 2006 erfolgte Rentenreduktion basiert auf der Expertise des Spitals Y._ vom 26. September 2005, welche zwar die somatoforme Schmerzstörung bestätigt, indes dem Rentenbezüger nunmehr eine leidensangepasste Beschäftigung im Pensum von 70 % zumutet.
4.2 Das vorinstanzliche Gericht verneinte nach Würdigung der Akten - insbesondere des Gutachtens des Spitals Y._ vom 26. September 2005 - den Nachweis einer leistungsbeeinflussenden Verbesserung des Gesundheitszustandes. Es erwog, die Diagnose von 1999 decke sich mit jener von heute und eine Verbesserung des psychosomatischen Befundes anzunehmen, überzeuge nicht. Der Verwaltung misslinge der Beweis einer Zustandsänderung mit Einfluss auf die Leistungsfähigkeit. Auszugehen sei von einer anderen Beurteilung eines im Wesentlichen gleichen Sachverhaltes. Weder beruht die konkrete Beweiswürdigung auf offensichtlich unrichtigen Feststellungen, noch lässt sich ein Verstoss gegen den Untersuchungsgrundsatz oder die Beweiswürdigungsregeln erkennen (<ref-law>; <ref-law>). Nicht beanstanden lassen sich ferner die Feststellungen zur Diagnose und Leistungsfähigkeit (E. 2.2 hievor). Das Beschwerde führende BSV schliesst sich insofern der vorinstanzlichen Einschätzung an. Für die Beurteilung der Beschwerde ist damit von einer gegenüber der seinerzeitigen Leistungszusprache aus medizinischer Sicht im Wesentlichen gleichen Situation auszugehen. Geänderte erwerbliche Verhältnisse stellte das vorinstanzliche Gericht ebenfalls nicht fest. Die Voraussetzungen für eine Rentenrevision gemäss <ref-law> sind damit nicht erfüllt. Die Entscheide von Vorinstanz und Verwaltung sind auch nicht unter dem Gesichtswinkel der prozessualen Revision ergangen, welche die Entdeckung erheblicher neuer Tatsachen oder Beweismittel, deren Beibringung zuvor nicht möglich war, vorausgesetzt hätte (<ref-law>). Sodann wird von keiner Seite geltend gemacht, die ursprüngliche Rentenzusprache sei zweifellos unrichtig im Sinne von <ref-law>, wobei die Rechtsprechung zur somatoformen Schmerzstörung (<ref-ruling>) für sich allein keinen Anlass für eine wiedererwägungsweise Abänderung der Rentenverfügung geben kann (Urteil I 138/07 vom 25. Juni 2007, in: SVR 2008 IV Nr. 5 S. 12 E. 4). Zu prüfen bleibt daher einzig eine Anpassung der formell rechtskräftigen Verfügung vom 27. September 1999 unter dem Gesichtswinkel einer zwischenzeitlich mit <ref-ruling> eingetretenen Änderung der Rechtsprechung. Nicht zu prüfen sind die Auswirkungen der am 1. Januar 2008 im Rahmen der 5. IV-Revision in Kraft getretenen Neuerungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) einschliesslich der damit verbundenen Modifikationen anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG). Diese sind hier intertemporalrechtlich nicht anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220).
5. 5.1 Nach der Rechtsprechung zum Sozialversicherungsrecht sind ursprünglich fehlerfreie Verfügungen über Dauerleistungen unter Vorbehalt anders lautender Übergangsbestimmungen sowie allfälliger wohlerworbener Rechte grundsätzlich an Änderungen der Rechtslage anzupassen, welche aus einem Eingriff des Gesetzgebers resultieren (<ref-ruling> E. 4a S. 161 f.). Demgegenüber bildet eine geänderte Gerichts- oder Verwaltungspraxis im Prinzip keinen Anlass, um in eine laufende, auf einer formell rechtskräftigen Verfügung beruhende Dauerleistung einzugreifen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 202; <ref-ruling> E. 4a S. 162; <ref-ruling> E. 3c S. 132; <ref-ruling> E. 3b S. 413; <ref-ruling> E. 4a/dd S. 314; <ref-ruling> E. 2b S. 372 f.; Urteil 9C_439/2007 vom 28. Februar 2008, E. 3.2 am Ende). Sie kann aber ausnahmsweise zur Abänderung einer rechtskräftigen Verfügung (mit Wirkung für die Zukunft) führen, wenn die neue Praxis in einem solchen Masse allgemeine Verbreitung erfährt, dass ihre Nichtbefolgung als Verstoss gegen das Gleichheitsgebot erschiene, insbesondere wenn die alte Praxis nur in Bezug auf eine einzige versicherte Person oder eine geringe Zahl von Versicherten beibehalten würde (<ref-ruling> E. 1.2 S. 202; <ref-ruling> E. 4a S. 162; <ref-ruling> E. 3c S. 132; <ref-ruling> E. 3b S. 413; <ref-ruling> E. 4a/dd S. 314; <ref-ruling> E. 3c S. 394; Urteil C 222/99 vom 23. Oktober 2000, in: SVR 2001 ALV Nr. 4 S. 10 E. 3b). Ein solches Vorgehen drängt sich namentlich dann auf, wenn das Festhalten an der ursprünglichen Verfügung aus Sicht der neuen Rechtspraxis schlechterdings nicht mehr vertretbar ist und diese eine so allgemeine Verbreitung findet, dass ihre Nichtbeachtung in einem einzelnen Fall als dessen stossende Privilegierung (oder Diskriminierung) und als Verletzung des Gleichbehandlungsgebots erscheint (Urteil I 382/94 vom 22. Juni 1995, in: SVR 1995 IV Nr. 60 S. 171 E. 4a S. 173).
5.2 Die Vorinstanz hat auf diese Grundsätze Bezug genommen und erwogen, die geänderte oder präzisierte Rechtsprechung zur somatoformen Schmerzstörung habe eine derartige Verbreitung erfahren, dass es unter Rechtsgleichheitsaspekten stossend wäre, wenn jemand aufgrund eines Beschwerdebildes, das als somatoforme Schmerzstörung gekennzeichnet sei, allein deshalb eine Rente weiter beziehe, weil eine solche in einem früheren Zeitpunkt zugesprochen worden sei. Allerdings sei bei der Herabsetzung einmal zugesprochener Rentenleistungen eine sorgfältige Güterabwägung vorzunehmen. Diese führe im konkreten Fall dazu, dass dem Versicherten eine Wiedereingliederung ins Berufsleben nicht mehr zumutbar sei. Das Beschwerde führende Amt bringt demgegenüber vor, eine Anpassung laufender Renten an die neue Rechtsprechung sei generell vorzunehmen; eine zusätzliche Güterabwägung im Einzelfall habe nicht zu erfolgen.
5.3 In dem zur Publikation vorgesehenen BGE 8C_502/2007 vom 26. März 2009 erkannte das Bundesgericht, es müsse der durch das Spannungsverhältnis zwischen Gesetzmässigkeit und Vertrauen auf die Weitergewährung einmal zugesprochener staatlicher Leistungen entstehende Konflikt auf dem Weg einer wertenden Abwägung der betroffenen Interessen gelöst werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4b S. 316). Da eine Rechtsprechungsänderung im Sozialversicherungsrecht oft eine Vielzahl von Fällen beschlage, welche in Bezug auf die konkreten Anspruchsvoraussetzungen grundsätzlich gleich gelagert seien - so das Urteil weiter - komme dem Gebot rechtsgleicher Behandlung der von einer allfälligen Rentenanpassung betroffenen Personen erhebliches Gewicht zu. Dieser Gesichtspunkt spreche dagegen, in jedem einzelnen Fall die konkreten, individuellen Auswirkungen einer Anpassung heranzuziehen. Die sozialversicherungsrechtliche Ausgangslage verlange vielmehr eine einheitliche Lösung für alle betroffenen Personen. Zur Begründung einer Anpassung müssten zusätzlich zur allgemeinen Verbreitung der neuen Praxis qualifizierende Elemente gegeben sein, welche deren Nichtanwendung auf laufende Leistungen unter dem Aspekt der Rechtsgleichheit als stossend erscheinen liessen. Ein derartiges Element liege vor, wenn die frühere Praxis nur noch auf einige wenige Personen Anwendung finde, so dass diese als privilegiert (oder diskriminiert) erscheinen würden, sowie wenn sich die damalige Leistungszusprechung aus der Sicht der neuen Praxis schlechterdings nicht mehr vertreten lasse. Diese Praxis entspreche im Ergebnis weitgehend jener der öffentlichrechtlichen Abteilungen des Bundesgerichtes, welche einen Eingriff in ein Dauerverhältnis aufgrund einer Praxisänderung nur zulässt, wenn besonders wichtige öffentliche Interessen betroffen sind (<ref-ruling> E. 7a S. 314; <ref-ruling> E. 1a/aa; <ref-ruling> E. 2b S. 256; <ref-ruling> E. 3b S. 244). Gestützt auf diese Grundsätze kam das Bundesgericht zum Ergebnis, dass die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> keinen hinreichenden Anlass bilde, um unter dem Titel der Anpassung an eine geänderte Gerichtspraxis auf Renten zurückzukommen, welche zu einem früheren Zeitpunkt mittels formell rechtskräftiger Verfügung zugesprochen wurden (zitiertes Urteil vom 26. März 2009, E. 7.3).
5.4 Nach dem Gesagten kann auch in der hier zu beurteilenden Sache die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> nicht Grundlage einer Reduktion der im Jahr 1999 zugesprochenen ganzen auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung sein. Die vom Beschwerde führenden Amt aufgeworfene Frage der Güterabwägung im Einzelfall stellt sich daher von vornherein nicht. Der angefochtene Entscheid ist im Ergebnis richtig.
6. Dem Verfahrensausgang und Aufwand entsprechend hat der Beschwerdegegner Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>), womit sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos ist. Gerichtskosten werden nicht erhoben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und der Ausgleichskasse Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin