Sachverhalt:
A. X._ wurde am 10. September 2008 in die Psychiatrische Universitätsklinik Y._ eingewiesen. Am 17. Oktober 2008 liess sie durch Rechtsanwalt Adriano Marti ein zweites Entlassungsgesuch stellen, welches der Einzelrichter in Zivilsachen des Bezirkes Y._ am 22. Oktober 2008 guthiess. Dabei sprach er X._ eine Prozessentschädigung von Fr. 2'104.-- zu (Anwaltshonorar von Fr. 2'000.-- plus Spesen).
Dagegen hat X._ Rekurs eingelegt und eine Parteientschädigung von Fr. 3'312.-- verlangt. Mit Beschluss vom 27. November 2008 wies das Obergericht des Kantons Zürich den Rekurs ab.
B. Gegen den Beschluss des Obergerichts hat X._ am 20. Januar 2009 eine Beschwerde erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung und um Festsetzung der Prozessentschädigung auf Fr. 3'312.--. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet, der Einzelrichter des Bezirksgerichts Zürich schliesst in seiner Vernehmlassung vom 30. Januar 2009 auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin reicht eine "Beschwerde" ein, ohne zu sagen, ob sie Beschwerde in Zivilsachen oder subsidiäre Verfassungsbeschwerde erheben will; ihr Verweis auf Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG in Ziff. 1 ihrer Eingabe lässt aber sinngemäss darauf schliessen, dass sie eine Beschwerde in Zivilsachen meint.
Angefochten ist die kantonal letztinstanzliche (<ref-law> i.V.m. <ref-law>/ZH) Festsetzung der Anwaltsgebühr im Rahmen eines Endentscheides (<ref-law>). Die Festsetzung der Entschädigung stellt einen Nebenpunkt dar, der grundsätzlich mit dem für die Hauptsache zulässigen Rechtsmittel angefochten werden kann; wird jedoch die Hauptsache nicht angefochten, sondern bildet einzig die Entschädigung des Rechtsanwalts den Gegenstand des Rechtsmittels, handelt es sich stets um eine vermögensrechtliche Streitigkeit und bildet die Entschädigung bzw. der strittige Teil der Entschädigung den Streitwert (Urteil 5D_175/2008, E. 1.1). Der zitierte Entscheid, dem im Übrigen ebenfalls ein fürsorgerischer Freiheitsentzug zugrunde lag, betraf die Honorarfestsetzung bei einem amtlichen Anwalt, muss aber umso mehr für das private Vertretungsverhältnis gelten.
Der für die Beschwerde in Zivilsachen notwendige Streitwert von Fr. 30'000.-- gemäss <ref-law> ist offensichtlich nicht erreicht, weshalb die Beschwerde in Zivilsachen nicht gegeben und die Eingabe der Beschwerdeführerin als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen ist (<ref-law>).
2. Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Die Beschwerde genügt diesen Anforderungen in keiner Hinsicht: Unzulässig ist die blosse Wiederholung von Vorbringen kantonaler Rechtsschriften (Urteile 1A.292/1997, E. 6; 4A_288/2008, E. 1.3); dies betrifft die Ziff. 2.1 - 2.3, die eine wortwörtliche Wiederholung der Ziff. 2.1 - 2.3 der kantonalen Eingabe sind. Auf diese Ausführungen, die keinen Bezug auf den angefochtenen Entscheid nehmen, ist somit nicht einzutreten. In Ziff. 2.4 beantragt die Beschwerdeführerin eine abstrakte Normenkontrolle hinsichtlich § 9 GebV; sie beschränkt sich dabei aber auf die blosse Behauptung, diese Bestimmung verstosse gegen die Grundsätze von § 2 und § 3 Abs. 5 GebV sowie gegen <ref-law> und Art. 5 Abs. 5 EMRK, ohne auch nur im Ansatz darzutun, inwiefern dies der Fall sein soll. Der Rüge mangelt es somit an einer Begründung. Falsch und damit von vornherein untauglich ist sodann die Behauptung in Ziff. 2.5, in Eheprozessen betrage die Grundgebühr Fr. 16'000.--; vielmehr beträgt sie zwischen Fr. 1'400.-- und Fr. 16'000.-- (§ 3 Abs. 5 i.V.m. § 4 Abs. 1 GebV). Ebenso wenig ist Willkür darzutun mit dem Verweis auf die Strafverfahren, umso weniger als der für die betreffenden Verfahren vor dem Einzelrichter des Bezirksgerichts gültige Gebührenrahmen von Fr. 600.-- bis 8'000.-- (§ 10 Abs. 1 lit. a GebV) eingehalten wäre. Insbesondere aber setzt sich die Beschwerdeführerin nicht im Ansatz mit der Kernerwägung des Obergerichts auseinander, die Gebührenverordnung sehe für FFE-Verfahren einen eigenen Kostenrahmen vor und dieser betrage Fr. 100.-- bis Fr. 2'000.-- (§ 9 GebV). Die Rüge bleibt deshalb unsubstanziiert. Vor dem Hintergrund dieses Gebührenrahmens gegenstandslos und ohnehin rein appellatorischer Natur sind schliesslich die Ausführungen in Ziff. 3. Die Beschwerdebegründung erweist sich somit als insgesamt unsubstanziiert.
Noch aus einem anderen Grund könnte auf die Beschwerde nicht eingetreten werden: Die Beschwerdeführerin macht zur Hauptsache eine willkürliche Anwendung der kantonalen Gebührenverordnung geltend. Im Zusammenhang mit Willkürrügen genügt es jedoch nicht, wenn der angefochtene Entscheid sich einzig in der Begründung als unhaltbar erweisen würde; vielmehr rechtfertigt sich eine Aufhebung erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4 S. 58; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153). Dass dies vorliegend der Fall wäre, tut die Beschwerdeführerin nicht dar, müsste sie doch aufzeigen, inwiefern das zugesprochene Honorar von Fr. 2'000.-- ausserhalb jeden vernünftigen Verhältnisses zum gebotenen Aufwand für die anwaltliche Vertretung stünde oder in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstiesse (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 134), und müsste sie sich in diesem Zusammenhang auch mit der zentralen Erwägung des Obergerichts auseinandersetzen, die Verhandlung habe gerade mal eine Stunde gedauert, der Aktenumfang sei bescheiden und der Aufwand des Vertreters habe abgesehen vom Aktenstudium im Verfassen eines einseitigen Entlassungsgesuchs sowie einer kurzen mündlichen Stellungnahme anlässlich der Hauptverhandlung bestanden.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Eingabe der Beschwerdeführerin als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen ist und darauf mangels genügender Begründung nicht eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind somit der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmende Eingabe vom 20. Januar 2009 wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli