Sachverhalt:
A. Die 1960 geborene N._ meldete sich am 18. September 2006 bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau (nachfolgend: IV-Stelle) unter Hinweis auf einen am 9. November 2003 erlittenen Unfall mit Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) zum Leistungsbezug an und beantragte eine Rente. Im Zuge der medizinischen Abklärungen holte die IV-Stelle unter anderem ein Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ ein (Gutachten vom 14. Februar 2008). Am 3. Februar 2009 teilte die IV-Stelle der Versicherten mit, es sei eine weitere Begutachtung durch die MEDAS notwendig. Daraufhin antwortete die Versicherte, sie stehe für eine weitere Begutachtung nicht zur Verfügung, da eine solche auf die Einholung einer unzulässigen "second opinion" hinauslaufe. Mit als "Zwischenverfügung" bezeichnetem und mit einer Rechtsmittelbelehrung versehenem Entscheid vom 11. März 2009 hielt die IV-Stelle an der Begutachtung fest, da kein formeller Ausstands- oder Ablehnungsgrund vorliege.
B. Die von N._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 17. Juni 2009 ab, soweit es auf sie eintrat.
C. Mit Beschwerde beantragt N._, es sei unter Aufhebung der Zwischenverfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin nicht berechtigt sei, ein neuerliches interdisziplinäres Gutachten erstellen zu lassen, eventualiter, es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin allfällige weitere Erhebungen ohne die nochmalige Durchführung von neurologischen und psychiatrischen Abklärungen zu tätigen habe, subeventualiter seien die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens selbst bei Unterliegen in der Sache der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Ebenfalls zulässig ist nach <ref-law> die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren. Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist von hier nicht interessierenden Ausnahmen in Anwendung von <ref-law> die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Damit ein Entscheid der letzten kantonalen Instanz als Endentscheid im Sinne von <ref-law> qualifiziert werden kann, muss er das Verfahren vor der ersten Instanz abschliessen (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BBl 2001 4202, Kap. 4.1.4.1 S. 4332; Bernard Corboz, in: Commentaire de la LTF, 2009, N. 9 zu <ref-law>). Befindet das kantonale Gericht über einen Zwischenentscheid einer unteren Instanz, so stellt der Rechtsmittelentscheid regelmässig ebenfalls einen Zwischenentscheid dar: Mit einem solchen Entscheid wird nicht über ein Rechtsverhältnis endgültig entschieden, sondern nur über einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid (<ref-ruling> E. 4.1.3 S. 481, Urteil 9C_740/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 1). Anders ist lediglich dann zu entscheiden, wenn durch den Entscheid der letzten kantonalen Instanz ein Zwischenentscheid der ersten Instanz umgestossen und das Verfahren vor erster Instanz damit abgeschlossen wird.
1.3 Mit dem Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 17. Juni 2009 wurde das Verfahren vor der IV-Stelle desselben Kantones um Zusprechung oder Verweigerung von Leistungen der Invalidenversicherung nicht abgeschlossen; der vorinstanzliche Entscheid ist mithin als Zwischenentscheid zu qualifizieren.
2. Die Beschwerdeführerin bringt keine Ausstandsgründe gegen die Gutachtensperson vor; somit ist nicht in Anwendung von <ref-law> auf die Beschwerde einzutreten.
3. 3.1 Da eine Gutheissung der Beschwerde nicht sofort zu einem Endentscheid in der Sache (mithin über den Rentenanspruch der Versicherten) führen würde (vgl. <ref-law>), wäre auf die Beschwerde nur einzutreten, wenn dieser Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>).
3.2 In seinem Urteil vom 8. Februar 2006 hat das Eidg. Versicherungsgericht erwogen, die Anordnung einer Begutachtung stelle keine anfechtbare Zwischenverfügung dar (<ref-ruling> E. 5 S. 100 ff.). Selbständig anfechtbar sind nach dieser Rechtsprechung jedoch Zwischenverfügungen über formelle Ausstandsgründe (<ref-ruling> E. 6.3 S. 107). Zwischenverfügungen über andere Fragen der Begutachtung sind hingegen bereits vor dem kantonalen Gericht nur dann anfechtbar, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-ruling> E. 6.1 S. 106). In der Regel keinen solchen Nachteil bewirken können Zwischenverfügungen über Einwände, welche Fragen der Beweiswürdigung betreffen und daher beim Endentscheid in der Sache noch berücksichtigt werden können. Dazu gehören rechtsprechungsgemäss die Fragen, aus welcher medizinischen Fachrichtung ein Gutachten einzuholen ist, ob ein behandelnder Arzt als Gutachter eingesetzt werden kann, ob die vorgesehene Gutachtensperson die notwendigen Fachkenntnisse besitzt oder ob der Sachverhalt bereits hinreichend abgeklärt ist (<ref-ruling> E. 6.5 S. 108 f.).
3.3 Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, eine weitere Begutachtung laufe auf die unzulässige Einholung einer "second opinion" hinaus. Abgesehen davon, dass die Einholung eines entbehrlichen Zweitgutachtens eine unzulässige Verfahrensverzögerung darstellen kann (vgl. die Urteile 8C_622/2009 vom 3. Dezember 2009 und I 671/00 vom 21. August 2001 E. 5a), erkannte das Bundesgericht in seinem Urteil U 571/06 vom 29. Mai 2007, dass die versicherte Person nicht verpflichtet ist, sich einer weiteren Begutachtung zu unterziehen, wenn der Sachverhalt bereits hinreichend geklärt ist; die Weigerung, sich der Zweitbegutachtung zu unterziehen, gereichte der versicherten Person nicht zum Nachteil, da das Gericht die Entbehrlichkeit der weiteren Begutachtung feststellte (SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111, U 571/06 E. 4). Die Verfahrensgrundsätze des ATSG verleihen dem Versicherungsträger gemäss dieser Rechtsprechung nicht das Recht, eine "second opinion" zum bereits in einem Gutachten festgestellten Sachverhalt einzuholen, wenn ihm dieser nicht gefällt. Es war indessen nicht die Absicht des Bundesgerichts, durch das in einem Beschwerdeverfahren gegen einen Endentscheid ergangene Urteil vom 29. Mai 2007 die in <ref-ruling> aufgezeigte Verfahrensordnung zu ändern. In diesem neueren Entscheid wurde lediglich festgehalten, dass sich eine versicherte Person einer weiteren Begutachtung nicht zu unterziehen braucht, wenn der Sachverhalt bereits hinreichend abgeklärt ist und die Einholung einer weiteren Expertise auf eine unzulässige "second opinion"-Begutachtung hinauslaufen würde. Aus diesem Urteil folgt indessen noch nicht, dass dann, wenn die versicherte Person behauptet, eine weitere Expertise sei unnötig, der Versicherungsträger über die Notwendigkeit der neuerlichen Begutachtung mittels anfechtbarer Zwischenverfügung entscheiden müsste. Durch die zusätzliche Begutachtung erleidet die versicherte Person keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil: Zusätzliche Abklärungen durch eine kompetente und unparteiische Fachperson - was eine Voraussetzung einer Gutachtensanordnung nach <ref-law> ist - können zwar der Klärung des massgeblichen Sachverhaltes dienen, nicht jedoch zu einer Verdunkelung desselben führen. Vorliegend nicht zu entscheiden ist die Frage, ob dann, wenn der Versicherungsträger unzulässigerweise ein weiteres Gutachten eingeholt hat und in der Folge zwei gleichermassen beweiskräftige Gutachten, welche indessen zu unterschiedlichen Ergebnissen gelangen, vorliegen, auf das erste Gutachten abzustellen ist oder ob das Gericht in einem solchen Fall - im Beschwerdeverfahren gegen den Endentscheid - ein gerichtliches Obergutachten anzuordnen hat.
3.4 Hat der Versicherungsträger sein Festhalten an der Begutachtung nicht in Form einer anfechtbaren Verfügung zu erlassen, weil die versicherte Person durch eine solche Anordnung keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erleidet, ist mangels eines solchen Nachteils auch nicht auf die Beschwerde gegen einen diesbezüglichen Entscheid des kantonalen Gerichts einzutreten.
4. Das kantonale Gericht hat in seinem Entscheid offengelassen, ob die "Zwischenverfügung" der IV-Stelle allenfalls als Entscheid im Sinne von <ref-law> anzusehen wäre, da die Beschwerde diesfalls abzuweisen wäre.
4.1 Gemäss dem am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen <ref-law> kann, wer ein schutzwürdiges Interesse hat, von der Behörde, die für Handlungen zuständig ist, welche sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und Rechte oder Pflichten berühren, verlangen, dass sie: widerrechtliche Handlungen unterlässt, einstellt oder widerruft (<ref-law>); die Folgen widerrechtlicher Handlungen beseitigt (<ref-law>); oder die Widerrechtlichkeit von Handlungen feststellt (<ref-law>). Die Behörde entscheidet in Anwendung von <ref-law> durch Verfügung.
4.2 In der Lehre wird teilweise die Ansicht vertreten, die versicherte Person könne, wenn bei genügender Beweislage ein weiteres Gutachten eingeholt werden soll, gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> eine anfechtbare Verfügung über die Rechtmässigkeit des Realaktes einholen (Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 13 zu <ref-law>; vgl. auch Ulrich Meyer, Die Sozialrechtspflege unter dem Bundesgerichtsgesetz, in: Strassenverkehrsrechts-Tagung, 2008, S. 149 ff.; anderer Ansicht: Hansjörg Seiler, Rechtsfragen des Einspracheverfahrens in der Sozialversicherung [<ref-law>], in: Sozialversicherungsrechtstagung 2007, S. 65 ff., S. 79; URS MÜLLER, Das Verwaltungsverfahren in der Invalidenversicherung, 2010, N. 2266 ff.). Sinn und Zweck von <ref-law> ist es, das Rechtsschutzdefizit, welches vor der Revision der Bundesrechtspflege im Bereich des tatsächlichen Verwaltungshandelns bestand (vgl. Markus Müller, Rechtschutz gegen Verwaltungsakte, in: Neue Bundesrechtspflege, 2007, S. 313 ff., 314; MARIANNE TSCHOPP-CHRISTEN, Rechtsschutz gegenüber Realakten des Bundes [Artikel 25a VwVG], 2009, S. 83; je mit weiteren Hinweisen), zu verkleinern. Dieser neue Artikel räumt der betroffenen Person das Recht auf ein eigenständiges, nachgeschaltetes Verwaltungsverfahren ein, das in eine Verfügung über den beanstandeten Realakt und entsprechend in ein Verwaltungsverhältnis mündet (MARIANNE TSCHOPP-CHRISTEN, a.a.O., S. 88; Markus Müller, a.a.O., S. 344).
4.3 <ref-law> sieht vor, dass eine Verfügung nur bei einem schutzwürdigen Interesse der gesuchstellenden Person zu erlassen ist (vgl. auch Urteil 2C_175/2009 vom 13. Juli 2009 E. 2.2). Ein solches ist indessen dann zu verneinen, wenn der Person der Rechtsschutz gegenüber dem Realakt zu einem späteren Zeitpunkt offensteht, es sei denn, dass ihr aufgrund der hinausgeschobenen Eröffnung des Rechtsweges ein unzumutbarer Nachteil drohe (MARIANNE TSCHOPP-CHRISTEN, a.a.O., S. 130 mit weiteren Hinweisen). Es ist somit nicht Sinn und Zweck von <ref-law>, den Rechtsweg gegen Zwischenverfügungen in einem Verfahren, welche mangels eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils nicht angefochten werden können, zu öffnen (vgl. Beatrice Weber-Dürler, in: Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], 2008, N. 31 zu <ref-law>). Es wäre inkonsequent, den nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Anfechtung der Anordnung zu verneinen und gleichzeitig ein schutzwürdiges Interesse am Erlass einer Verfügung im Sinne von <ref-law> zu bejahen.
4.4 Die Versicherte hat sich somit gegenüber der IV-Stelle zu Recht nicht auf <ref-law> berufen; die IV-Stelle hat ihrerseits folgerichtig diesen Artikel in ihrer "Zwischenverfügung" nicht erwähnt. Damit besteht entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen kein Grund, diese Zwischenverfügung als Entscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Die Rechtslage bei Gutachtensanordnungen im Sozialversicherungsrecht wurde durch das Inkrafttreten von <ref-law> nicht geändert; auf die Beschwerde ist folglich auch unter diesem Titel nicht einzutreten.
5. Die Beschwerdeführerin beantragt zudem, die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens seien im Falle eines Nicht-Eintretens der IV-Stelle aufzuerlegen und diese sei zu verpflichten, ihr eine Parteientschädigung auszurichten. Sie begründet dies damit, dass sie sich aufgrund der Rechtsmittelbelehrung unter der "Zwischenverfügung" vom 11. März 2009 veranlasst sehen musste, bereits gegen diese Beschwerde zu erheben. Rechtsprechungsgemäss stellt die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen eines kantonalen Zwischenentscheides auch dann einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> dar, wenn der nicht wieder gutzumachende Nachteil zu verneinen und daher auf entsprechende Beschwerden nicht einzutreten ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 647; Urteil 9C_567/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 2.2). Somit ist auch diesbezüglich nicht auf die Beschwerde einzutreten.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer