Faits:
A. P._ travaillait depuis le 1er janvier 1994 pour le compte de l'entreprise X._ en qualité de trieuse de fruits, lorsqu'elle a déposé, le 3 septembre 2003, une demande de prestations de l'assurance-invalidité pour adultes en vue de l'obtention d'une rente, en raison de maladies rhumatismales.
Au cours de l'instruction diligentée par l'Office cantonal AI du Valais (ci-après : l'office AI), P._ a été soumise à une expertise auprès de la Clinique Y._. Celle-ci, dans son rapport du 2 février 2006 établi par les docteurs E._, spécialiste en médecine interne, I._, rhumatologue et L._, psychiatre, a diagnostiqué avec répercussion sur la capacité de travail, une arthrite psoriasique, des rachialgies dorsales de localisations vertébrales multiples, des lombalgies sur spondylarthrose et discopathies L4-L5 et L5-S1, ainsi qu'un épisode dépressif moyen avec syndrome somatique. Pour les experts, la capacité de travail dans le triage des fruits était nulle et la capacité résiduelle n'excédait pas 30 % même dans une activité adaptée. Ils ont retenu les limitations fonctionnelles suivantes : position alternée (assis - debout), pas de position penchée de la tête et du dos, pas de travail en hauteur et en déséquilibre, pas de mouvements contraignants en flexion et en torsion du tronc, pas de mouvements des épaules en position haute, pas de ports de charges de plus de 5 kg, un horaire de travail de 30 %, pas de marches sur des longues distances ou en terrain accidenté, pas de travaux lourds, activité à domicile sans contrainte de temps ni de rendement et enfin prise en compte d'un enraidissement matinal. Dans son rapport final du 6 avril 2006, le docteur N._, médecin au SMR Z._, s'est rallié aux conclusions de l'expertise de la Clinique Y._.
P._ a été opérée d'un hallux valgus à droite, le 10 mai 2006, pour lequel elle a été en traitement auprès du docteur O._ jusqu'au 14 août 2006. Durant cette période, elle a été en incapacité totale de travail.
Par projet d'acceptation de rente du 18 décembre 2006, l'office AI a retenu que, sans invalidité, P._ aurait exercé une activité professionnelle à 84 % et une activité ménagère à 16 %. Il a ainsi appliqué la méthode mixte d'évaluation. Il a admis, sur la base du rapport d'expertise de la Clinique Y._, une capacité de travail de 30 % dans une activité adaptée et a conclu à un taux d'invalidité dans l'activité professionnelle de 50 % en retenant un salaire valide basé sur la moyenne des heures travaillées en 1999 et 2000 à un taux horaire de 13 fr. 30 (valeur 2003) et un salaire d'invalide fondé sur les données ressortant de l'Enquête suisse sur la structure des salaires de l'Office fédéral de la statistique (ESS). Pour l'invalidité ménagère, l'office AI s'est fondé sur un rapport d'enquête ménagère du 26 mai 2004, qui arrive à un taux d'empêchement de 13 %. Il a ainsi fixé le taux d'invalidité globale à 44 % soit 42 % d'invalidité professionnelle (84 % de taux d'occupation avec 50 % de taux d'invalidité) et 2 % d'invalidité ménagère (occupation à 16 % et empêchement à 13 %). Ainsi, en tenant compte d'une aggravation de l'état de santé en raison de l'opération du hallux valgus, qui a occasionné une incapacité totale de travail, l'office AI a proposé d'octroyer un quart de rente du 1er juillet 2003 (échéance du délai d'attente d'un an dont le départ a été fixé au 26 juillet 2002) au 31 juillet 2006, puis une rente entière du 1er août 2006 au 30 novembre 2006, et à nouveau un quart de rente depuis le 1er décembre 2006.
Suite à la détermination de l'assurée, l'office AI a réexaminé le cas et a confirmé le taux de capacité de travail de 30 % dans une activité adaptée. Il a par contre augmenté le salaire horaire déterminant le salaire valide en raison de l'existence d'une gratification qui n'avait pas été prise en compte dans le premier calcul. Il a de ce fait porté le taux d'invalidité professionnelle à 45 %. Concernant le taux d'empêchement ménager, il a retenu 14 % au lieu de 13 % en se fondant sur une nouvelle enquête ménagère réalisée le 22 septembre 2006. Ainsi, l'office AI a décidé de l'octroi d'un quart de rente du 1er juillet 2003 au 31 juillet 2006, d'une rente entière du 1er août 2006 au 30 novembre 2006 et d'un quart de rente dès le 1er décembre 2006 (décisions du 31 juillet 2007).
B. P._ a déféré ces décisions au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais, qui, par jugement du 22 avril 2008, a octroyé une demi-rente en lieu et place d'un quart de rente, en tenant compte du fait que l'office AI avait calculé le taux d'occupation moyen sans inclure les vacances. Les juges cantonaux ont retenu un taux d'invalidité professionnelle de 58 % et ménagère de 1 %. Ils ont en conséquence admis partiellement le recours sur ce point et l'ont rejeté pour le surplus.
C. P._ interjette un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel contre ce jugement, dont elle demande l'annulation, sous suite de dépens. Elle conclut à l'octroi d'une rente entière dès le mois d'août 2002.
L'office AI conclut au rejet des recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours étant recevable comme recours en matière de droit public (<ref-law>), le recours constitutionnel subsidiaire est en l'espèce exclu (<ref-law>).
2. 2.1 Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente ; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
3. Le jugement entrepris expose correctement les règles légales et la jurisprudence pertinente sur les différentes méthodes d'évaluation de l'invalidité (méthode de la comparaison des revenus [cf. <ref-ruling> consid. 3.4 p. 348], méthode spécifique [cf. <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 99] et méthode mixte [cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 394 ss]) et les conditions conduisant à l'application de l'une ou l'autre d'entre elles. Il suffit d'y renvoyer.
4. 4.1 Le point de savoir à quel taux d'activité la personne assurée travaillerait sans atteinte à la santé est une question de fait, dans la mesure où il s'agit d'une appréciation concrète des circonstances et non pas de l'application de conséquences générales tirées exclusivement de l'expérience générale de la vie. Les constatations y relatives de la juridiction cantonale lient donc le Tribunal fédéral, pour autant qu'elles ne soient ni manifestement inexactes, ni ne reposent sur une violation du droit au sens de l'<ref-law> (art. 97 al.1 et art. 105 al.1 et 2 LTF ; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 507; arrêts 9C_301/2007 du 28 septembre 2007 consid. 3.1 et I 693/06 du 20 décembre 2006, consid. 4.1 ; cf. aussi <ref-ruling> consid. 3.3 p.399). La violation du droit peut consister en un état de fait incomplet, car l'autorité précédente viole le droit matériel en n'établissant pas tous les faits pertinents pour l'application de celui-ci (Alain Wurzburger, Présentation générale et système du recours, in : La nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, Lausanne 2007, p. 20 sv.). L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore que le juge a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (<ref-ruling> consid. 4b p.40, 118 Ia 28 consid. 1b p.30).
La réponse à la question de savoir à quel taux d'activité la personne assurée travaillerait sans atteinte à la santé dépend de l'ensemble des circonstances personnelles, familiales, sociales, financières et professionnelles (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 396). Cette évaluation doit également prendre en considération la volonté hypothétique de l'assuré qui, en tant que fait interne, ne peut faire l'objet d'une administration directe de la preuve et doit en règle générale être déduite d'indices extérieurs (arrêt I 693/06 du 20 décembre 2006, consid. 4.1).
4.2 Les juges cantonaux ont pris en compte tous les salaires annuels de la recourante depuis son début d'activité pour le compte de X._, le 1er janvier 1994, et en ont déduit que la recourante n'avait exercé une activité à plein temps qu'en 1999. Ainsi, se basant sur la moyenne des heures travaillées dans les années 1999 et 2000, telle que retenue par l'office AI, ils ont admis un taux d'activité professionnelle de 91 % et partant ont appliqué la méthode mixte.
4.3 La recourante conteste l'application de cette méthode, estimant qu'il y a lieu de lui appliquer la méthode ordinaire de la comparaison des revenus. Elle considère en effet que, si elle n'avait pas été atteinte dans sa santé, elle aurait travaillé à 100 %. A ce sujet, la recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé le droit fédéral en n'administrant pas les compléments de preuve qu'elle avait requis en procédure, à savoir sa propre audition et celle de son employeur, qui auraient permis d'établir qu'elle aurait travaillé à plein temps. Elle invoque en particulier le fait qu'elle était déjà atteinte dans sa santé durant les années de référence 1999 et 2000.
4.4 En l'espèce, la recourante ne conteste pas que son taux d'activité était inférieur à 100 % avant 1999, comme cela a été retenu par l'autorité cantonale. Elle estime toutefois qu'en 1999 elle a travaillé à plein temps, ce qui est admis dans le jugement cantonal, et qu'elle aurait continué à travailler à 100 % ultérieurement sans atteinte à sa santé. En retenant les années 1999 et 2000 pour son calcul, l'office AI s'est fondé sur les deux dernières années durant lesquelles aucune incapacité de travail n'a été reconnue à la recourante. En effet, la première incapacité de travail établie au dossier a été admise par le docteur R._ dès le 3 mai 2001 (certificat du 19 novembre 2003). Ces éléments démontrent que la recourante était peut-être déjà atteinte dans sa santé durant les années de référence, mais que ces atteintes n'avaient pas eu d'influence sur sa capacité de travail. L'employeur a précisé, dans son attestation du 28 novembre 2003, que la recourante était engagée en qualité d'auxiliaire à raison de 150 heures par mois en moyenne annuelle.
En présence de ces divers éléments, l'autorité cantonale pouvait par une appréciation anticipée des preuves, renoncer à administrer les compléments de preuve requis sans violer le droit d'être entendu de la recourante. En effet, l'employeur avait déjà pris position dans le questionnaire du 28 novembre 2003. Quant à la volonté de la recourante, telle qu'elle était sensée ressortir de ses déclarations, elle doit pouvoir se déduire d'indices extérieurs faute de pouvoir faire l'objet d'une administration directe. Or, force est de constater avec l'autorité cantonale qu'en 2000, alors que la recourante n'avait encore subi aucune incapacité de travail médicalement attestée, elle avait déjà réduit son taux d'activité. Il ressort de ces éléments que la recourante n'a pas établi que les juges cantonaux avaient retenu un taux d'activité professionnelle de 91 % de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Il y a dès lors lieu d'admettre, sur la base des faits retenus par l'autorité cantonale qui lient le Tribunal fédéral, l'application de la méthode mixte et un taux d'activité professionnelle de 91 %.
5. 5.1 Pour déterminer le taux d'invalidité professionnelle, l'autorité cantonale s'est fondée sur les conclusions des experts de la Clinique Y._, qui admettent que la capacité résiduelle de travail de la recourante n'excède pas 30 %, cette appréciation ayant été confirmée par le docteur N._, du SMR (rapport du 6 avril 2006). Pour sa part, la recourante estime que sa capacité résiduelle de travail est de 17 %, en se fondant sur le texte de l'expertise qui précise "la capacité résiduelle de travail n'excède pas 3 heures par jour, avec un rendement diminué de moitié, ce qui correspond à un taux résiduel de capacité de travail n'excédant pas 30 %". Cette différence d'appréciation n'a pas échappé à l'intimé qui, dans un mandat au SMR du 10 avril 2007, relève que les chiffres relatifs à la capacité de travail ne sont pas très clairs et pose la question de l'opportunité de reinterpeller les experts sur ce point. Dans sa réponse du 12 avril 2007, le docteur N._ estime qu'on est clairement en présence d'une capacité de travail de 30 %. Ses conclusions sont fondées sur les limitations fonctionnelles et les conclusions retenues par l'expertise elle-même.
5.2 S'agissant d'apprécier la capacité résiduelle de travail, force est de constater qu'on est en présence d'éléments chiffrés qui ne sont pas concordants. En précisant que la capacité résiduelle de travail n'excédait pas 3 heures par jour avec un rendement réduit de moitié, les experts ne pouvaient pas en conclure sans autre explication que celle-ci était de 30 %. Quant au docteur N._, il expose qu'elle est "clairement" de 30 % sans donner d'explications.
Dans ces conditions, il y a lieu d'admettre que l'autorité cantonale a retenu de manière insoutenable que la capacité résiduelle de travail de la recourante était de 30 %. Il convient dès lors d'annuler le jugement entrepris et les décisions de l'intimé, la cause devant être renvoyée à ce dernier pour qu'il fasse préciser aux experts le taux de capacité de travail de façon à supprimer toute contradiction.
6. Compte tenu de l'annulation du jugement entrepris, il n'y a plus lieu de se prononcer sur les autres arguments de la recourante concernant l'évaluation de l'invalidité dans la mesure où la comparaison des revenus avant et après invalidité ainsi que l'existence d'une activité résiduelle non exigible dépendent du taux d'incapacité de travail qui sera retenu. Quant à l'argument selon lequel le montant de 30'871 fr., retenu par les premiers juges comme revenu sans invalidité en 2003, serait largement en dessous des salaires moyens ressortant des statistiques ESS, l'office tiendra compte de la jurisprudence en la matière (cf. <ref-ruling>).
7. 7.1 D'après la jurisprudence, la législation applicable en cas de changement de règles de droit reste celle qui était en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui a des conséquences juridiques (<ref-ruling> consid. 1 p. 467, 126 V 163 consid. 4b p. 166), les faits sur lesquels le Tribunal fédéral peut être amené à se prononcer dans le cadre d'une procédure de recours étant par ailleurs ceux qui se sont produits jusqu'au moment de la décision administrative litigieuse (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 220). L'<ref-law> a été modifié dans le cadre de la 5ème révision de la LAI et est entré en vigueur le 1er janvier 2008. Compte tenu de la date des décisions administratives litigieuses, cette modification n'est pas applicable en l'espèce.
L'<ref-law>, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007, prévoyait que le droit à la rente prenait naissance au plus tôt à la date à partir de laquelle l'assuré a présenté, en moyenne, une incapacité de travail de 40 % au moins pendant une année sans interruption notable.
7.2 L'intimé a fait partir le droit à la rente depuis le 1er juillet 2003, admettant que les ennuis de santé de la recourante avaient justifié des incapacités de travail variant entre 50 et 100 % dès le 26 juillet 2002. Cette manière de voir a été confirmée par le jugement cantonal. En revanche, la recourante demande qu'un droit à la rente lui soit reconnu depuis le 1er août 2002, car elle considère que son incapacité de gain était en moyenne de 57 % depuis juillet 2001.
S'agissant de l'incapacité de travail de la recourante dans l'année qui a précédé le 1er août 2002, il faut retenir qu'elle a été de 100 % du 31 août au 7 octobre 2001, de 50 % du 8 octobre au 4 novembre 2001 et de nouveau de 100 % depuis le 26 juillet 2002, soit 43 jours à 100 % et 28 jours à 50 %. L'addition de ces incapacités de travail ne représente manifestement pas une moyenne d'au moins 40 %. En l'espèce, il y a dès lors lieu de partir de l'incapacité de travail qui a débuté le 26 juillet 2002 et qui a perduré durant plus d'une année à des taux variant entre 50 et 100 %. En conséquence, c'est à juste titre que l'intimé a fait naître le droit à la rente au 1er juillet 2003.
8. Le dossier est retourné à l'intimé pour compléter l'expertise de façon à établir la capacité résiduelle de travail de la recourante, ce qui signifie, pour l'essentiel, une admission de son recours.
9. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être supportés par l'intimé qui succombe (<ref-law>). La recourante qui obtient gain de cause, a droit à une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais et les deux décisions du 31 juillet 2007 de l'office AI sont annulés, le dossier étant renvoyé à ce dernier pour qu'il statue à nouveau au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr, sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante la somme de 2'800 fr. (y compris la taxe sur la valeur ajoutée) à titre de dépens pour la dernière instance.
4. La cause est renvoyée à la juridiction cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 5 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Scartazzini