Sachverhalt:
A. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Thurgau entzog X._ am 27. September 2007 den Fahrzeugausweis und die Kontrollschilder TG ... für den Personenwagen Rover 623, Stamm-Nr. ... Diese Verfügung wurde damit begründet, dass das Fahrzeug für den Betrieb mit Bioethanol E85 umgebaut worden sei und für das dabei verwendete Zusatzsteuergerät nach einer Fahrzeugprüfung keine Zulassung erteilt werden könne. Es liege kein Nachweis vor, dass die massgebenden Abgas- und Geräuschvorschriften beim Betrieb mit Bioethanol E85 eingehalten würden und das umgerüstete Auto verkehrssicher sei.
Gegen diese Verfügung gelangte X._ an die kantonale Rekurskommission für Strassenverkehrssachen, welche seinen Rekurs mit Entscheid vom 17. Dezember 2007 abwies und die Verfügung des Strassenverkehrsamts bestätigte.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 6. März 2008 beantragt X._, der Entscheid der Rekurskommission sei aufzuheben.
Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das kantonale Strassenverkehrsamt hat sich nicht vernehmen lassen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) stimmt in seiner Stellungnahme dem angefochtenen Entscheid im Ergebnis zu, ohne einen Antrag zum Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens zu stellen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft den Entzug des Fahrzeugausweises und der Kontrollschilder für ein Motorfahrzeug. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten der letzten kantonalen Instanz (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die Ausnahme der Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs gemäss Art. 83 lit. o BGG betrifft Typengenehmigungen im Sinne von Art. 12 SVG und erstreckt sich nicht auf den vorliegenden Entzug des Fahrzeugausweises und der Kontrollschilder, welcher gestützt auf eine Fahrzeugprüfung im Sinne von Art. 13 Abs. 3 SVG verfügt wurde (vgl. THOMAS HÄBERLI, Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, 2008, N. 241 zu Art. 83 BGG). Es liegt auch keine der übrigen Ausnahmen gemäss Art. 83 BGG vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist deshalb grundsätzlich gegeben.
1.2 Rechtsschriften haben nach Art. 42 Abs. 1 BGG unter anderem die Begehren und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Damit obliegt es dem Beschwerdeführer, die behaupteten Rechtsverletzungen zu nennen und diese Rügen zu begründen (allgemeine Rüge- und Begründungspflicht; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
Die vorliegende Beschwerde entspricht den gesetzlichen Begründungsanforderungen nur teilweise. Der Beschwerdeführer legt in seiner Beschwerde nicht dar, auf welche rechtliche Grundlage er seine Beschwerde stützt. Er trägt im Wesentlichen appellatorische Kritik am Verhalten und der Beurteilung der kantonalen Behörden vor. Auf die Beschwerde kann somit nicht eingetreten werden, soweit sie den Begründungsanforderungen nicht entspricht und darin keine hinreichende Auseinandersetzung mit den Erwägungen der Vorinstanz stattfindet.
2. Aus den Akten ergibt sich, dass das eingebaute Zusatzsteuergerät den Betrieb des Fahrzeugs wahlweise mit Benzin, Ethanol E 85 oder einem Gemisch dieser beiden Treibstoffe ermöglicht. Da Ethanol gegenüber Benzin einen um rund 33 % geringeren Heizwert aufweist, soll für den Betrieb des Fahrzeugs mit Ethanol die in den Motor eingespritzte Treibstoffmenge erhöht werden, um dieselbe Motorleistung wie im Benzinbetrieb zu erreichen. Das Zusatzsteuergerät verfügt über einen Schalter mit zwei Stellungen. Die Stellung "B, E00-E49" ist vorgesehen für den Betrieb mit Benzin mit geringen Anteilen Ethanol, während die Schalterstellung "E50-E85" für Ethanolbetrieb mit geringen Anteilen Benzin zur Verfügung steht. Das Fahrzeug weist nur einen Treibstofftank auf, in welchem sowohl Ethanol als auch Benzin oder ein Gemisch der beiden Treibstoffe enthalten sein können.
Nach den Ausführungen des ASTRA als Fachbehörde des Bundes kann sich beim Betanken des Fahrzeugs entweder mit Benzin oder Ethanolgemisch (E 85) jedes beliebige Gemisch dieser beiden Treibstoffsorten im Tank einstellen. Das jeweils im Tank vorhandene bzw. vermeintliche Treibstoffgemisch müsse jeweils manuell durch Betätigen des erwähnten Schalters eingestellt werden. Die Vorinstanz hat das eingebaute Zusatzsteuergerät als melde- und prüfpflichtigen Vorgang in Sinne von Art. 34 Abs. 2 der Verordnung über die technischen Anforderungen an Strassenfahrzeuge vom 19. Juni 1995 (VTS, SR 741.41) bezeichnet. Diese Melde- und Prüfungspflicht wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten. Eine gutachterliche Stellungnahme des Dynamic Test Centers (DTC) in 2537 Vauffelin kommt zum Schluss, dass das Zusatzsteuergerät in der Schalterstellung "B, E00-E49" das Motormanagement nicht beeinflusst, was auch vom ASTRA bestätigt wird. In der genannten Stellungnahme nicht beurteilt wurde indessen, wie sich die Schalterstellung "E50-E85" im Betrieb mit den entsprechenden Ethanol-Benzin-Gemischen auswirkt, und insbesondere, ob das Fahrzeug in dieser Schalterstellung die massgebenden Abgas- und Geräuschvorschriften weiter einhält. Ein solcher Nachweis muss jedoch in Anwendung von Art. 34 Abs. 2 lit. c VTS vor der Weiterverwendung des Fahrzeugs mit dem Zusatzsteuergerät erbracht werden.
Der Beschwerdeführer ist nach den Akten nicht in der Lage, den vorgeschriebenen Nachweis für die Schalterstellung "E50-E85" zu erbringen. Er hält dafür, ihm müsse gestattet werden, das Fahrzeug in der Schalterstellung "B, E00-E49" zu betreiben, da in dieser Schalterstellung die klassische Betriebsart nicht verändert werde. Die Vorinstanz hält dem entgegen, dass mit lediglich zwei Handbewegungen am Schalter im Fahrgastraum des Fahrzeugs auf den Betrieb mit Ethanol E85 umgestellt werden könnte, womit der gesetzeskonforme Betrieb nicht mehr gewährleistet wäre. Eine Kontrolle und Überwachung des gesetzeskonformen Betriebs wäre für die Behörden praktisch unmöglich oder mit einem grossen Aufwand verbunden. Andererseits könne das Zusatzsteuergerät vom Beschwerdeführer mit geringem Aufwand ausgebaut werden. Der Betrieb des Fahrzeugs mit eingebautem Zusatzsteuergerät erweise sich somit als unrechtmässig.
Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die Argumentation der Vorinstanz entkräften würde und deren Rechtsanwendung als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
3. Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt und der Rekurskommission für Strassenverkehrssachen des Kantons Thurgau sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag