Sachverhalt:
A. Y._ wurde am 30. Juli 2010 in den Geschäftsräumen der "Parfümerie Z._" in Winterthur eines Ladendiebstahls verdächtigt. Nach Beizug der Stadtpolizei Winterthur erwies sich dieser Verdacht als unbegründet. Hingegen ergab sich, dass die X._ Genossenschaft am 16. Mai 2010 gegen Y._ ein Hausverbot für sämtliche X._-Verkaufsstellen ausgesprochen hatte. Unter Hinweis auf das entsprechende Hausverbot liess die X._ Genossenschaft gegen Y._ am 2. August 2010 Strafantrag wegen Hausfriedensbruchs (<ref-law>) stellen. In der Befragung durch die Stadtpolizei Winterthur vom 18. September 2010 machte Y._ geltend, sie habe nicht gewusst, dass die "Parfümerie Z._" der X._ Genossenschaft gehöre; sie hätte den Laden sonst nicht betreten.
B. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland stellte die Strafuntersuchung wegen Hausfriedensbruchs mit Verfügung vom 13. Dezember 2010 mit der Begründung ein, es fehle an einem vorsätzlichen Handeln und damit am subjektiven Tatbestand.
Gegen diese Einstellungsverfügung erhob die X._ Genossenschaft Rekurs ans Obergericht des Kantons Zürich. Mit Beschluss vom 16. März 2011 wies das Obergericht den Rekurs ab.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 9. Mai 2011 beantragt die X._ Genossenschaft insbesondere, den Beschluss des Obergerichts vom 16. März 2011 aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, das Strafverfahren gegen Y._ fortzuführen.
Die Staatsanwaltschaft stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Obergericht verzichtet auf eine Stellungnahme. Y._ hat sich nicht vernehmen lassen. Die Eingaben wurden der Beschwerdeführerin zur Kenntnisnahme zugestellt.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Einstellungsbeschluss erging am 13. Dezember 2010 nach der bis Ende 2010 in Kraft stehenden Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH). Am 1. Januar 2011 trat die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (StPO; SR 312.0) in Kraft, welche die kantonalen Strafprozessordnungen ablöst. Nach der einschlägigen Übergangsbestimmung von <ref-law> ist auf Rechtsmittel gegen vor dem 1. Januar 2011 gefällte Entscheide das bisherige Recht anwendbar. Das Obergericht beurteilte den Rekurs am 16. März 2011 daher zu Recht nach den Bestimmungen der StPO/ZH, welche auch für die vorliegende Beschwerde massgebend sind (<ref-law>). Gemäss der StPO/ZH steht kein kantonales Rechtsmittel zur Verfügung. Es liegt ein Endentscheid im Sinne von Art. 80 Abs. 1 und Art. 90 BGG vor.
1.2 Die Beschwerdelegitimation beurteilt sich nach <ref-law>. Diese Bestimmung ist mit Wirkung ab 1. Januar 2011 teilweise geändert worden. Gemäss der Übergangsbestimmung von <ref-law> ist das Datum des angefochtenen Entscheids massgebend. Dieser ist am 16. März 2011 ergangen, weshalb vorliegend die ab dem 1. Januar 2011 geltende Fassung von <ref-law> Anwendung findet.
Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat, insbesondere die Privatklägerschaft, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (lit. b Ziff. 5).
Richtet sich die Beschwerde gegen einen den Einstellungsbeschluss bestätigenden Gerichtsentscheid, ist es nicht notwendig, dass die Privatklägerschaft bis zu diesem Zeitpunkt im Strafverfahren bereits Zivilforderungen geltend gemacht hat. Allerdings trifft sie gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG eine Begründungspflicht, das heisst, die Privatklägerschaft hat - sofern dies nicht offensichtlich ist - in ihrer Beschwerde darzulegen, inwiefern sich der angefochtene Entscheid auf eine konkrete Zivilforderung auswirken kann (vgl. Urteile des Bundesgerichts 1B_156/2011 vom 8. April 2011 E. 3; 1B_119/2011 vom 20. April 2011 E. 1.2; je mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 1a S. 187).
1.3 Vorliegend ist die Legitimation der Beschwerdeführerin zu verneinen. Entgegen ihrer Auffassung genügt es nach dem Gesagten nicht, dass sie, wie sie in der Beschwerde behauptet, "als direkt geschädigte Inhaberin des Hausrechts ein evidentes rechtlich geschütztes bzw. zu schützendes Interesse an der Durchsetzung der von ihr ausgesprochenen Hausverbote" hat. Erforderlich ist vielmehr, dass sich die Einstellung des Strafverfahrens auf ihre Zivilansprüche auswirken könnte. Dies ist nicht der Fall. Die Beschwerdeführerin hat beim Stellen des Strafantrags am 2. August 2010 auf dem Strafantragsformular folgende Angaben gemacht: "X._ Genossenschaft, handelnd durch Herr A._ (gemäss Vollmacht), bestätigt, dass sie über die Möglichkeit der Privatklage hingewiesen wurde und verzichtet ausdrücklich und unwiderruflich darauf, als Privatklägerin gegen oben erwähnte Person/gegen unbekannte Täterschaft (UT) im Verfahren Parteirechte auszuüben." Demzufolge ist ausgeschlossen, dass sich der angefochtene Entscheid, wie von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG vorausgesetzt, auf die Beurteilung von Zivilansprüchen der Beschwerdeführerin auswirken kann.
1.4 Ist die Beschwerdeführerin in der Sache selbst nicht zur Beschwerde legitimiert, so kann sie lediglich die Verletzung von Rechten rügen, die ihr als am Verfahren beteiligte Partei nach dem massgebenden Prozessrecht oder unmittelbar aufgrund der BV oder der EMRK zustehen (<ref-ruling> E. 1.9 S. 40 mit Hinweisen). Das nach <ref-law> erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Zulässig sind dementsprechend Rügen formeller Natur, die von der Prüfung der Sache selber getrennt werden können. Nicht zu hören sind Rügen, die im Ergebnis auf eine materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielen (133 I 185 E. 6.2 S. 198 ff.).
Die Beschwerdeführerin rügt eine systematische Rechtsverweigerung durch die verschiedenen zürcherischen Staatsanwaltschaften, da diese sämtliche gleich gelagerten Strafverfahren mit der gleichlautenden Begründung eingestellt hätten. Die Beschwerdeführerin substanziiert diese Behauptung jedoch nicht und nennt insbesondere keine Mehrzahl konkreter vergleichbarer Fälle, in welchen ebenfalls eine Einstellung erfolgt wäre. Mangels hinreichender Begründung ist auf die Beschwerde daher auch in diesem Punkt nicht einzutreten.
2. Infolge ihres Unterliegens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Der nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin, welche im Verfahren vor Bundesgericht keine Vernehmlassung eingereicht hat, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juni 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Stohner