hat sich ergeben:
A.- M._ ist Eigentümer der an der Badenerstrasse 141/Köchlistrasse 30 gelegenen Grundstücke Kat. -Nrn. 5850 und 5891 in Zürich 4 - Aussersihl. Die Liegenschaften sind mit einem fünfgeschossigen Geschäftshaus sowie einem eingeschossigen Anbau überbaut; sowohl gegen die Badenerstrasse wie auch gegen die Köchlistrasse hin befindet sich zwischen Gebäude und Trottoir ein asphaltierter Vorplatz.
Im Rahmen eines Umbauvorhabens stellte der Verein "Scientology Kirche Zürich" (nachfolgend kurz: Verein) als Mieter der Liegenschaft ein Gesuch um Bewilligung von sieben Parkplätzen auf dem gegen die Köchlistrasse hin gelegenen Vorplatzareal. Mit Verfügung vom 19. Dezember 1997 verweigerte die Bausektion des Zürcher Stadtrats die nachgesuchte Erlaubnis und wies den Verein an, dieses Terrain mit baulichen Massnahmen vor missbräuchlicher Parkierung zu schützen. Am 4. September 1998 wies die Baurekurskommission I des Kantons Zürich eine gegen diese Anordnung gerichtete Beschwerde M._s ab.
B.- Mit Urteil vom 7. Juli 1999 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine Beschwerde M._s gegen diesen Entscheid ab, soweit es darauf eintrat. Es befand, die nachgesuchten Parkplätze seien nie bewilligt worden und die Anzahl sowie die Lage der bestandesgeschützten oberirdischen Abstellplätze sei durch einen früheren Beschluss der Bausektion II des Stadtrats von Zürich rechtskräftig festgelegt worden und könne nicht mehr neu aufgerollt werden. Im Übrigen unterscheide sich die bisherige Nutzung der Fläche als Umschlags- und Abstellplatz grundlegend von einer Parkplatznutzung. Da das Parkieren auf dem interessierenden Areal also unzulässig sei, könne auch die Verpflichtung nicht beanstandet werden, diese Fläche mit baulichen Massnahmen vor missbräuchlichem Parkieren zu schützen. Sodann trat das Verwaltungsgericht auf das Begehren nicht ein, wonach die Vorplatzfläche weiterhin als Umschlags- und Abstellfläche für Autos zum Betrieb einer Werkstatt solle genutzt werden können; dies mit der Begründung, derzeit müsse nicht entschieden werden, ob und inwiefern ein künftiger Werkstattbetrieb wieder über diese Fläche solle verfügen können.
Noch vor dem Urteil des Verwaltungsgerichts vom 7. Juli 1999 war das Mietverhältnis zwischen M._ und dem Verein im gegenseitigen Einverständnis aufgelöst worden.
C.- Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 7. Juli 1999 führt M._ mit Eingabe vom 16. September 1999 staatsrechtliche Beschwerde. Er macht eine Verletzung der Eigentumsgarantie sowie des Rechtsgleichheitsgebots und des Willkürverbots geltend. Auf die Anträge sowie auf die Beschwerdebegründung wird in den nachstehenden Erwägungen näher eingegangen, soweit dies für den Prozessausgang von Bedeutung ist.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Bausektion der Stadt Zürich beantragen die Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid, gegen den die staatsrechtliche Beschwerde zulässig ist (Art. 84 Abs. 1 lit. a OG, Art. 86 und 87 OG). Als Eigentümer der Grundstücke Kat. -Nrn. 5850 und 5891 ist der Beschwerdeführer in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und zur staatsrechtlichen Beschwerde befugt (Art. 88 OG).
b) Die Stadt Zürich beantragt, auf die staatsrechtliche Beschwerde sei unter anderem deshalb nicht einzutreten, weil die Eingabe mangelhaft begründet sei.
Nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG muss die Beschwerdeschrift die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darstellung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (qualifiziertes Rügeprinzip; <ref-ruling> E. 1c mit Hinweisen sowie Walter
Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl. , Bern 1994, S. 364 ff.).
aa) Der Beschwerdeführer beantragt in seiner staatsrechtlichen Beschwerde die Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts, "soweit als die Beschwerde abgewiesen wurde - es solle wenigstens die ... Fläche unter dem Vordach vor der Werkstatt an der Köchlistr. 30 ... als Umschlags- und Abstellfläche für Autos zum Betrieb einer Werkstatt genutzt werden können - wegen Verletzung von Art. 22ter und Art. 4 aBV (Bundesverfassung vom 29. Mai 1874) im Sinne der nachfolgenden Ausführungen ... ".
Dieser Antrag ist insofern ungenau, als das Verwaltungsgericht das Begehren, es sei die Nutzung des Vorplatzes als Umschlags- und Abstellfläche zu erlauben, nicht abgewiesen hat, sondern darauf gar nicht eingetreten ist, weil es das Vorliegen eines hinreichenden Rechtsschutzinteresses des Beschwerdeführers verneint hat (vgl. E. 4 [am Ende] des angefochtenen Entscheids sowie das Urteilsdispositiv).
Trotz dieser unklaren Formulierung der Rechtsbegehren geht aus der Begründung der staatsrechtlichen Beschwerde eindeutig hervor, dass der Beschwerdeführer den angefochtenen Entscheid insoweit nicht in Frage stellt, als das Verwaltungsgericht auf das Rechtsmittel eingetreten ist und das Vorhandensein von bereits früher bewilligten Parkplätzen verneint hat. Der Beschwerdeführer erläutert in seiner Eingabe einzig, weshalb er aufgrund der Besitzstandsgarantie (mithin auch ohne Bewilligung) berechtigt sei, die interessierende Fläche gegen die Köchlistrasse hin wie bisher zu nutzen oder auch eine Nutzungsänderung vorzunehmen, soweit damit keine erhebliche Belastung der Umgebung verbunden sei. Aus dieser Argumentationsweise ergibt sich, dass der Beschwerdeführer vor Bundesgericht bloss noch die Erlaubnis zur Nutzung des betreffenden Areals als Umschlags- und Abstellfläche erreichen will; er ficht das Urteil des Verwaltungsgerichts mithin nur in jenem Punkt an, in welchem das Gericht eine materielle Beurteilung verweigert und einen Nichteintretensentscheid gefällt hat.
bb) Ist ein Nichteintretensentscheid angefochten, obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, weshalb die Behörde auf das Rechtsmittel hätte eintreten müssen. Die angerufene Beschwerdeinstanz hat dementsprechend einzig zu prüfen, ob der Forumsverschluss zu Recht erfolgt ist oder nicht. Die Frage, wie der dem Verfahren zugrunde liegende Rechtsstreit in der Sache zu beurteilen wäre, ist nicht Prozessthema.
Den so umschriebenen Anforderungen genügt die staatsrechtliche Beschwerde vom 16. September 1999 nicht. Wie in der oben stehenden E. 1b/aa dargelegt, äussert sich die Beschwerdeschrift ausschliesslich zur (materiellen) Frage, ob M._ die Nutzung des Vorplatzareals als Umschlags- und Abstellfläche zu erlauben sei oder nicht. Da das Verwaltungsgericht in diesem Punkt aber einen Nichteintretensentscheid gefällt hat, hätte der Beschwerdeführer aufzeigen müssen, inwiefern die Weigerung der letzten kantonalen Instanz, seine diesbezüglichen Vorbringen materiell zu überprüfen, eine Verletzung seiner verfassungsmässigen Rechte darstellt. Zu diesem Punkt finden sich in der Beschwerde indessen keine Ausführungen. Die Eingabe erfüllt daher die Anforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG nicht, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
c) Im Übrigen müsste die Beschwerde abgewiesen werden, wenn darauf eingetreten werden könnte. Da das Verwaltungsgericht in Anwendung von kantonalem Verfahrensrecht auf die Beschwerde (teilweise) nicht eingetreten ist, hätte der Beschwerdeführer dartun müssen, dass das Gericht die massgeblichen Normen des kantonalen Rechts willkürlich angewandt hat (vgl. <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 1b, je mit Hinweisen). Davon kann jedoch keine Rede sein. Gemäss § 70 i.V.m. § 21 lit. a des Zürcher Gesetzes vom 24. Mai 1959 über den Rechtsschutz in Verwaltungssachen (VRG) ist zum Rekurs berechtigt, wer durch die angefochtene Anordnung berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Änderung oder Aufhebung hat. Nach der Praxis des Ver- waltungsgerichts und auch des Bundesgerichts muss das Rechtsschutzinteresse - von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen - aktuell sein, während ein bloss virtuelles, zukünftiges Interesse zur Begründung der Rechtsmittellegitimation nicht genügt (vgl. statt vieler Kölz/Bosshart/ Röhl, VRG, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl. , Zürich 1999, N. 25 f. zu § 21). Aufgrund der Akten ist nicht ersichtlich, weshalb die Zulässigkeit einer Nutzung des Vorplatzes an der Köchlistrasse 30 als Umschlags- und Abstellfläche nicht zu einem späteren Zeitpunkt beurteilt werden könnte, namentlich im Rahmen eines Bauprojekts, das eine entsprechende Vorplatznutzung erfordert. Das Verwaltungsgericht konnte daher ohne Willkür davon ausgehen, dass der Beschwerdeführer kein aktuelles Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung dieser Frage besass, weshalb der Nichteintretensentscheid nicht zu beanstanden ist.
2.- Es ergibt sich zusammenfassend, dass auf die vorliegende Beschwerde nicht eingetreten werden kann. Bei diesem Prozessausgang hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000. -- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bausektion der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 13. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: