Sachverhalt:
A. A.a Am 1. Mai 2009 erwarb A._ (Käufer, Kläger, Beschwerdeführer) an einer von der X._ International GmbH (Verkäuferin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) durchgeführten Versteigerung einen Personenwagen Lancia. Der Kaufpreis betrug Fr. 40'000.-- zuzüglich 12 % Verkaufsprovision, insgesamt Fr. 44'800.--. Das Beweisverfahren hat ergeben, dass die Verkäuferin im Zeitpunkt der Versteigerung Eigentümerin des Lancias war.
Anlässlich der Auktion standen dem Käufer die Auktionsbedingungen zur Verfügung, die im Verkaufskatalog abgedruckt waren. Im Anschluss an die Versteigerung wurde dem Käufer eine Zuschlagsbestätigung ausgehändigt, worin er mit seiner Unterschrift die Auktionsbedingungen der Verkäuferin als bindend anerkannt hat.
A.b Mit E-Mail vom 8. Mai 2009 teilte die Y._ Ltd., die für die Verkäuferin die Zollabwicklungen macht, dem Käufer mit, dass sich der Lancia in temporärer Einfuhr in der Schweiz befinde und bei Wiedereinreise in die EU einfuhrsteuerpflichtig sei. In der Folge schaltete der Käufer einen Zollexperten ein und teilte der Verkäuferin mit E-Mail vom 7. August 2009 mit, dass Zoll und Steuern bei der Wiedereinfuhr des Fahrzeuges in die EU 29 % des Erwerbspreises zuzüglich Abwicklungskosten betrage, weshalb er die Rückabwicklung des Geschäfts sowie die Rücküberweisung des Kaufpreises wolle.
A.c Das Fahrzeug wurde vom Käufer bei der Verkäuferin nie abgeholt und befindet sich seit dem 12. Dezember 2011 in einer vom Käufer gemieteten Garage in I._.
B. B.a Am 2. Februar 2010 reichte der Käufer beim damaligen Gerichtskreis IX Schwarzenburg-Seftigen Klage gegen die Verkäuferin ein mit dem Begehren, diese sei zu verpflichten, ihm den Betrag von Fr. 44'800.-- nebst Zins seit dem 1. Oktober 2009 zu bezahlen. Die Verkäuferin verlangte widerklageweise, der Käufer sei zu verurteilen, ihr einen Betrag von Fr. 10'401.85 zuzüglich der seit der Klageeinreichung bis zur Urteilsfällung anfallenden Lagergebühr von Fr. 15.-- pro Tag zuzüglich MwSt und Zins seit wann rechtens zu bezahlen.
Mit Entscheid vom 31. August 2011 wies das Regionalgericht Bern-Mittelland die Klage ab und verurteilte den Kläger in teilweiser Gutheissung der Widerklage, der Beklagten einen Betrag von Fr. 3'486.25 nebst Zins zu 5 % seit dem 9. April 2010 sowie einen Betrag von Fr. 8'102.30 nebst 5 % Zins seit dem 20. Dezember 2010 zu bezahlen.
B.b Gegen dieses Urteil erhob der Kläger am 3. Oktober 2011 Berufung an das Obergericht des Kantons Bern. Die Beklagte erhob am 14. November 2011 Anschlussberufung.
Mit Entscheid vom 9. Mai 2012 wies auch das Obergericht die Klage ab und verurteilte den Kläger in teilweiser Gutheissung der Widerklage, der Beklagten einen Betrag von Fr. 3'486.25 nebst Zins zu 5 % seit dem 9. April 2010 sowie einen Betrag von Fr. 9'926.10 nebst Zins zu 5 % seit dem 8. Februar 2011 zu bezahlen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 9. Mai 2012 sei aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Weiter sei die Beklagte zu verpflichten, dem Kläger Fr. 100.-- pro angebrochenen Monat ab 1. Dezember 2011 bis drei Monate nach Abholung des streitgegenständlichen Fahrzeugs durch die Beklagte nebst Zins zu 5 % ab mittlerem Verfall zu bezahlen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Der Beschwerdeführer hat unaufgefordert eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der für die Beschwerde in Zivilsachen bei vermögensrechtlichen Angelegenheiten erforderliche Streitwert nach <ref-law> ist gegeben. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) - einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
1.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Neue Begehren sind vor Bundesgericht ausgeschlossen (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, die Beschwerdegegnerin habe das Kommissionsverhältnis anlässlich des Auktionskaufes lediglich vorgetäuscht, um neben dem Kaufpreis auch noch die Provision erhältlich zu machen. Die Beschwerdegegnerin habe verheimlicht, dass sie bereits seit 2006 Eigentümerin des Lancias gewesen sei. Aufgrund dieser Täuschung, seien beim Beschwerdeführer verschiedene Fehlvorstellungen hinsichtlich des Kaufgegenstandes entstanden, für welche er nicht einzustehen habe.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, erst nach Anhängigmachung der Klage am 2. Februar 2010 einen konkreten Hinweis darauf erhalten zu haben, dass die Beschwerdegegnerin den Lancia bereits im Jahre 2006 in die Schweiz eingeführt habe und damit bereits im Moment der Versteigerung Eigentümerin des Fahrzeuges gewesen sei. Demnach habe er erst anlässlich seines ersten Parteivortrags am 3. November 2010 eine absichtliche Täuschung geltend machen können, womit die gesetzliche Frist nach <ref-law> eingehalten worden sei. Die Feststellung der Vorinstanz, wonach er bereits am 20. Mai 2009 die tatsächlichen Eigentumsverhältnisse am Lancia erfahren habe, womit die Anfechtung des Vertrages wegen absichtlicher Täuschung am 3. November 2010 zu spät erfolgt sei, sei falsch. Aus der E-Mail an Herrn B._ vom 20. Mai 2009, aus welcher die Vorinstanz sein Wissen um die Eigentumsverhältnisse am Lancia im Moment der Auktion ableite, würden weder der angebliche Eigentümer hervorgehen, noch liessen sich weitere Rückschlüsse auf irgendeine bestimmbare Person ziehen.
3.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdeführer erst in seinem Parteivortrag vom 3. November 2010 vorgebracht habe, dass er von der Beschwerdegegnerin getäuscht worden sei. Die Jahresfrist zur Anfechtung des Vertrages mittels Täuschung sei in diesem Zeitpunkt jedoch bereits abgelaufen gewesen, da der Beschwerdeführer nach eigenen Angaben seit dem 20. Mai 2009 gewusst habe, dass die Beschwerdegegnerin bereits vor der Auktion Eigentümerin des Lancias gewesen sei. Damit habe sich der Beschwerdeführer für die Geltendmachung der Gewährleistung entschieden, womit er den Kaufvertrag genehmigt habe.
3.3 Es trifft zu, dass die E-Mail von Herrn B._ vom 20. Mai 2009, auf welche die Vorinstanz Bezug nimmt, nicht sehr klar ist, da Herr B._ vom Eigentümer des Lancias in einer dritten Person spricht ("Der Eigentümer des Autos ist bereits in der Schweiz und er hat aber das Fahrzeug nur temporär importiert"). Aus dem Antwortschreiben des Beschwerdeführers vom gleichen Tag ("Zum Zeitpunkt der Ersteigerung war für mich die temporäre Inbesitznahme durch die X._ International GmbH nicht bekannt"), geht jedoch klar hervor, dass der Beschwerdeführer verstanden hat, wie es um die tatsächlichen Eigentumsverhältnisse am Lancia steht bzw. dass es sich beim Eigentümer des Autos um die Beschwerdegegnerin handelt. Inwiefern die Vorinstanz bei der Würdigung dieser E-Mails in Willkür verfallen sein soll, ist nicht dargetan. Insbesondere kann dem Beschwerdeführer nicht gefolgt werden, wenn er vorbringt, dass sich seine E-Mail nicht zur Frage des Eigentums am Lancia äussere, nimmt er doch darin direkt Bezug auf die E-Mail von Herrn B._, aus welcher klar hervorgeht, dass der Eigentümer, somit die Beschwerdegegnerin, das Fahrzeug temporär in die Schweiz importiert hat. Nicht anders kann demnach seine Aussage anlässlich des Parteiverhörs gewertet werden ("Aus heutiger Sicht bin ich der Meinung, dass die Beklagte (Beschwerdegegnerin) Eigentümerin des Lancias gewesen ist. Dies insbesondere aufgrund einer E-Mail von Herrn B._"). Dass es sich beim Bezug auf die E-Mail von Herrn B._ um eine andere als die zuvor erwähnte vom 20. Mai 2009 handeln würde, bringt der Beschwerdeführer nicht vor. Demnach ist ohne Relevanz, dass der Beschwerdeführer ausgesagt hat, dass er "aus heutiger Sicht" die wahren Eigentumsverhältnisse verstehe, bezieht sich sein Wissensstand doch auf eine E-Mail vom 20. Mai 2009. Die Vorinstanz ist somit nicht in Willkür verfallen, wenn sie festgestellt hat, dass der Beschwerdeführer bereits ab dem 20. Mai 2009 wusste, dass die Beschwerdegegnerin im Auktionszeitpunkt Eigentümerin des Lancias war.
3.4 Der Beschwerdeführer bringt sodann im Eventualstandpunkt vor, dass selbst wenn davon auszugehen sei, dass er bereits am 20. Mai 2009 um die Täuschung durch die Beschwerdegegnerin wusste, dieses festgestellte Wissen nicht der Qualität des Wissens entsprochen habe, welches für die Geltendmachung einer Täuschung erforderlich gewesen wäre. Die Jahresfrist gemäss <ref-law> beginne erst mit der "sicheren Kenntnis" der Täuschung zu laufen. Eine solche ergebe sich aus der E-Mail von Herrn B._ vom 20. Mai 2009 nicht.
3.5 Die Anfechtungsfrist nach <ref-law> beginnt mit der Entdeckung der Täuschung zu laufen. Erforderlich ist die sichere Kenntnis, blosse Zweifel genügen nicht (<ref-ruling> E. 2a S. 105).
Die Vorinstanz hat nach dem Gesagten festgestellt, dass der Beschwerdeführer ab dem 20. Mai 2009 gewusst hat, dass die Beschwerdegegnerin vor der Auktion Eigentümerin des Lancias gewesen ist. Dass der Beschwerdeführer am 20. Mai 2009 bloss Zweifel an den wahren Eigentumsverhältnissen resp. an einer angeblichen Täuschung durch die Beschwerdegegnerin gehegt hätte, wurde nicht festgestellt und wird so vom Beschwerdeführer auch nicht vorgebracht.
3.6 Die Vorinstanz hat demnach willkürfrei festgestellt, dass der Beschwerdeführer bereits ab dem 20. Mai 2009 um die Eigentumsverhältnisse am Lancia wusste. Indem er erst in seinem Parteivortrag vom 3. November 2010 die absichtliche Täuschung vorgebracht hat, hat er den Kaufvertrag durch Geltendmachung der Gewährleistung in seiner Klageschrift genehmigt und im Übrigen die Frist zur Geltendmachung einer allfälligen absichtlichen Täuschung durch die Beschwerdegegnerin verwirkt.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bringt sodann vor, die Vorinstanz wende <ref-law> falsch an; die Vorinstanz unterliege der Annahme, die Regeln des Kommissionsvertrages fänden auch auf den vorliegenden Fall "tel quel" Anwendung, unbesehen der Tatsache, dass die Beschwerdegegnerin nur vorgegeben habe, als Kommissionärin für einen Kommittenten zu handeln, obschon in Tat und Wahrheit gar kein "anderer" vorhanden gewesen sei und es damit an einem essentialium des Kommissionsvertrages fehle. Die Beschwerdegegnerin verkaufe Fahrzeuge aus Eigenbestand und vereinnahme neben dem Kaufpreis auch noch eine Provision, womit sie ein Kommissionsverhältnis nur vorgaukle.
Aufgrund dieses getäuschten Dreiparteienvertrages mit der Konstellation Dritteinlieferer (Kommittent), Beschwerdegegnerin (Kommissionärin), Beschwerdeführer (Käufer) und des Fahrzeugbeschriebs habe er davon ausgehen dürfen, dass das Fahrzeug als sogenannte Rückware einfuhrumsatzsteuerbefreit unter Mitwirkung des Kommittenten in die EU zurückgeführt werden könne. Die Kostenlosigkeit der Überführung des Fahrzeuges sei demnach als zugesicherte Eigenschaft zu qualifizieren.
4.2 Gemäss Verkaufskatalog war der Lancia wie folgt beschrieben:
"Lancia ....
Die 1963 vorgestellte Lancia wurde sehr schnell im Rennsport eingesetzt. Mit Frontantrieb und leistungsstarkem 4 Zylinder Motor war das Coupé sehr konkurrenzfähig und bescherte Lancia viele Erfolge.
Chassis-Nr. xxx ... Sparco-Schalensitze, 4-Punkt-Gurte, Überrollbügel, Tripmaster, Zusatzscheinwerfer, Feuerlöschanlage, 90-Liter Tank, etc. Rennbereites Fahrzeug mit EU-Strassenzulassung in gutem Zustand, EU Fahrzeugpapiere, in der Schweiz nicht verzollt."
4.3 Bei Kommissionen zum Einkauf von Waren, die einen Marktpreis haben, ist die Kommissionärin, wenn der Kommittent nicht etwas anderes bestimmt hat, befugt, die Waren, die sie einkaufen soll, als Verkäuferin selbst zu liefern (<ref-law>). Teilt die Kommissionärin die Ausführung des Auftrages mit, ohne eine andere Person als Verkäufer zu nennen, so ist der Eintritt als Eigenhändlerin i.S.v. <ref-law> zu vermuten (<ref-law>). Diesfalls ist die Kommissionärin befugt, statt die Waren bei einem Dritten einzukaufen, diese selbst als Verkäuferin zu liefern (<ref-ruling> E. 3.5.1 S. 783).
4.4 Der Beschwerdeführer wusste im Moment der Versteigerung unbestrittenermassen nicht, wer der Verkäufer des Lancias war. Es ist weder ersichtlich noch dargetan, welches Interesse der Beschwerdeführer daran hätte haben können, dass ein anderer als die Beschwerdegegnerin der Verkäufer gewesen wäre. Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführer die Auktionsbedingungen kannte und bereit war, für den Lancia einen bestimmten Betrag zu bezahlen, wobei er "selbstverständlich" die Kommission mit eingerechnet hat. Damit ist festgestellt, dass der Beschwerdeführer den Preis des Lancias vor dem Kauf gekannt und diesen auch bezahlt hat, unabhängig davon, wer der Verkäufer des Lancias war. Die Möglichkeit, dass es sich beim Verkäufer um einen Deutschen gehandelt hätte und es damit möglicherweise zu einer Ersparnis von Zollabgaben oder Steuern hätte kommen können, ist demnach für den Kauf des Lancias in keiner Weise entscheidrelevant gewesen und stellt nichts weiters als eine reine Wunschvorstellung des Beschwerdeführers dar.
4.5 Gestützt auf diese Wunschvorstellung leitet denn der Beschwerdeführer aus dem Fahrzeugbeschrieb die "Zusicherung" ab, dass der Lancia kostenfrei nach Deutschland rückgeführt habe werden können. Es ist jedoch nicht ersichtlich, inwiefern dem Fahrzeugbeschrieb ("Fahrzeug mit EU-Strassenzulassung", "EU Fahrzeugpapiere" und "in der Schweiz nicht verzollt") nach Treu und Glauben hätte entnommen werden können, dass das Fahrzeug ohne weitere Kosten nach Deutschland hätte gebracht werden können. Wie die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat, weist die Formulierung im Fahrzeugbeschrieb nur darauf hin, dass der Käufer in der Schweiz für das Fahrzeug noch Einfuhrabgaben entrichten müsste. Nur weil ein Fahrzeug in der Schweiz noch nicht verzollt ist, bedeutet dies noch lange nicht, dass dieses woanders bzw. in Deutschland verzollt ist. Eine solche "Zusicherung" lässt sich aus dem Fahrzeugbeschrieb in keiner Weise ableiten.
4.6 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, dass auch die Formulierung "rennbereit" im Fahrzeugbeschrieb als zugesicherte Eigenschaft zu qualifizieren sei. Die Ausschreibung des Fahrzeuges lasse ohne weiteres den Schluss zu, dass es sich beim Fahrzeug um einen Rennwagen handle. Es sei gerichtsnotorisch, dass ein Rennwagen ein für den Automobilsport konstruiertes Kraftfahrzeug sei, und es sei ebenso gerichtsnotorisch, dass wenn ein solches Fahrzeug die Bezeichnung "Gr. 4" für Gruppe 4 trage, es sich um eine bestimmte Fahrzeugklasse im Automobilsport handle, welche durch die FIA reguliert werde. Der Beschwerdeführer habe demnach aus dem Fahrzeugbeschrieb schliessen dürfen, dass mit dem Lancia an FIA-Rennen teilgenommen werden könne. Ein anderer Sinn könne sich aus der Verwendung von "rennbereit" gar nicht ergeben. Entsprechend habe der Beschwerdeführer wegen Fehlens zugesicherter Eigenschaften Anspruch auf Wandelung des Kaufvertrages.
4.7 Auch dabei kann dem Beschwerdeführer nicht gefolgt werden. Es ist nicht ersichtlich, wie der Beschwerdeführer aus der Formulierung "rennbereit" eine ausdrückliche Zusicherung ableiten will. Die Vorinstanz hat im Sinne einer Vorbemerkung festgehalten, dass sich der Beschwerdeführer gemäss eigener Aussage mit Auktionen "auskenne" und bereits 15 historische Fahrzeuge gekauft habe. Daraus kann geschlossen werden, dass der Beschwerdeführer durchaus ein Autokenner ist und mit (historischen) Fahrzeugen vertraut ist. So kann denn auch vom Beschwerdeführer erwartet werden, dass wenn er ein Auto kauft, um mit diesem allem Anschein nach an Autorennen teilzunehmen, er sich mit der Renntauglichkeit dieses Autos auseinandersetzt. Dabei ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass er hätte wissen müssen, dass der Begriff "rennbereit" keine Qualifikation für die Teilnahme an Autorennen enthält, für welche eine Lizenz benötigt wird, und dass für eine Teilnahme an einem FIA-Rennen das Fahrzeug von der FIA homologiert sein müsste. Allein der Begriff "rennbereit" im Fahrzeugbeschrieb stellt keine dahingehende Zusicherung dar.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, die Auktionsbedingungen würden auf den vorliegenden Fall keine Anwendung finden, da die Beschwerdegegnerin nicht als Kommissionärin, sondern als einfache Verkäuferin gehandelt habe. Demnach habe Ziffer 6 der Auktionsbedingungen, wonach auf Fahrzeuge, die nicht fristgerecht abgeholt werden eine Lagergebühr von Fr. 15.-- pro Tag zu entrichten sei, keine Bedeutung. Die Lagergebühr sei damit nicht geschuldet. Selbst wenn von einer Anwendbarkeit der Auktionsbedingungen auszugehen sei, seien die Lagergebühren von Fr. 15.-- pro Tag ungewöhnlich hoch, was die Anmietung des Garagenplatzes in I._ durch den Beschwerdeführer belege, weshalb diese entsprechend zu kürzen seien.
5.2 Dabei verkennt der Beschwerdeführer, dass sehr wohl ein Kommissionsverhältnis durch Selbsteintritt vorliegt, womit die Auktionsbedingungen - die er unbestrittenermassen gekannt und mit Unterschrift anerkannt hat - Anwendung finden; damit hat der Beschwerdeführer gewusst, dass Lagerkosten anfallen, wenn er das Fahrzeug nach der Auktion nicht abholt. Weshalb nach Auffassung des Beschwerdeführers die Lagerkosten nur bei Bestehen eines deutschen Kommittenten bzw. bei Vorliegen eines "Dreiparteienverhältnisses", nicht jedoch bei Vorliegen eines "Zweiparteienverhältnisses" geschuldet sind, ist nicht nachvollziehbar.
Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, die Lagerkosten von Fr. 15.-- pro Tag gemäss den Auktionsbedingungen seien ungewöhnlich hoch, weshalb diese zu reduzieren seien, handelt es sich um ein neues Vorbringen (<ref-law>), weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
5.3 Alsdann macht der Beschwerdeführer geltend, indem die Vorinstanz die Beschwerdegegnerin nicht zur Übernahme der Kosten für die Anmietung der Garage in I._ durch den Beschwerdeführer verpflichte, verletze sie Bundesrecht. Er habe zur Kostenreduktion ab Mitte November 2011 in I._ für die Einstellung des Lancias eine Garage gemietet, für welche die Beschwerdegegnerin einzustehen habe.
5.4 Die Vorinstanz hat erwogen, dass offen gelassen werden könne, ob es sich bei den vom Beschwerdeführer in seiner Replik neu vorgebrachten Rechtsbegehren bezüglich der Garagenmiete um eine zulässige Klageänderung handle, da beide Rechtsbegehren abzuweisen seien. Das Rechtsbegehren 3 - wonach die Beschwerdegegnerin zu verpflichten sei, dem Beschwerdeführer seit Dezember 2011 pro Monat Fr. 100.-- für die Parkplatzmiete zu bezahlen - sei von vornherein abzuweisen, da der Kaufvertrag nicht mittels Wandelung aufgelöst worden sei. Bezüglich dem Rechtsbegehren 2 - wonach die Beschwerdegegnerin für die Monate November und Dezember zur Zahlung von Fr. 150.-- für die Parkplatzmiete zu verpflichten sei - sei darauf hinzuweisen, dass über eine allfällige Schadensminderungspflicht der Beschwerdegegnerin kein Beweis geführt worden und demnach unklar sei, ob diese die Überführung des Lancias nach I._ ungebührlich verzögert habe.
Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Insbesondere zeigt er nicht auf, dass seine neuen Begehren vor der Vorinstanz rechtzeitig vorgebracht worden wären, weshalb sich die Vorinstanz eingehend damit hätte auseinandersetzen sollen. So zeigt er auch nicht auf, weshalb das Rechtsbegehren 3 seiner Replik, auch bei nicht erfolgter Wandelung des Kaufvertrages hätte gutgeheissen werden sollen. Auf die Rüge ist nicht einzutreten, womit offen gelassen werden kann, ob es sich dabei um ein neues Begehren im Sinne von <ref-law> handelt.
6. 6.1 Schliesslich bringt der Beschwerdeführer vor, die Vorinstanz verletze Art. 2 und 3 des Gesetzes über den unlauteren Wettbewerb (UWG; SR 241) indem sie im Verhalten der Beschwerdegegnerin keine UWG-Tatbestände erfüllt sehe. Die Beschwerdegegnerin habe zu erkennen gegeben, dass es immer wieder vorkomme, dass sie Fahrzeuge aus Eigenbeständen versteigere, ohne dass das Auktionspublikum dies wisse. Indem die Beschwerdegegnerin vorgebe, sie verkaufe Fahrzeuge für Dritte, während sie tatsächlich eigene Fahrzeuge verkaufe, begünstige sie sich in ihrem Kampf um Kundschaft, da sie durch ihr täuschendes Verhalten zum einen der Gewährleistungspflicht eines Verkäufers entgehe und zum anderen bei einer Fahrzeugversteigerung ein Aufgeld von 12 % auf dem Zuschlagspreis erhältlich mache.
6.2 Dem Beschwerdeführer kann nicht gefolgt werden, dass eine UWG-Verletzung bestehen soll, indem die Beschwerdegegnerin Fahrzeuge aus Eigenbestand verkauft und dabei eine Provision vereinnahmt. Der Selbsteintritt des Kommissionärs ist gesetzlich geregelt und unter den Voraussetzungen von <ref-law> erlaubt. Es ist nicht ersichtlich, womit sich die Beschwerdegegnerin mit der Ausübung ihres Selbsteintrittsrechts im Wettbewerb bzw. in "ihrem Kampf um Kundschaft" begünstigen soll. Die Rüge der Verletzung von Art. 2 und Art. 3 UWG ist unbegründet.
7. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze