Sachverhalt:
A. Am 28. August 2009 stellte Z._ beim Betreibungsamt Weesen gegen X._ für Fr. 104'500.-- nebst Zinsen ein Betreibungsbegehren, in welchem er festhielt, dass es sich um eine Betreibung am Spezialdomizil nach <ref-law> handle. Nach rechtshilfeweiser Zustellung des Zahlungsbefehls am Wohnsitz des Schuldners in Liechtenstein erhob dieser Rechtsvorschlag, worauf der Gläubiger ein Rechtsöffnungsverfahren anstrengte. Am 17. November 2009 beantragte er die provisorische Pfändung. Nach diversen verschiedenen Auseinandersetzungen vollzog das Betreibungsamt schliesslich am 7. April 2011 in Anwesenheit des Schuldners die Pfändung und pfändete den Liquidationsanteil (Gesellschaftsanteil) des Schuldners am Baukonsortium W._, welches mit dem Kanton Wallis einen Werkvertrag abgeschlossen hatte, im Betrag von Fr. 140'000.--. Am 15. Juli 2011 bestätigte der Schuldner den Erhalt der Pfändungsurkunde. Am 21. Mai 2012 stellte der Gläubiger das Verwertungsbegehren. Am 22. Mai 2012 erfolgte die entsprechende Mitteilung an den Schuldner. Als der Kanton Wallis den geforderten Betrag nicht überwies, beantragte das Betreibungsamt dem Kreisgericht See-Gaster am 6. Juli 2012 die Durchführung der bei Verwertung eines Anteilsrechts an Gemeinschaftsvermögen notwendigen Einigungsverhandlung.
B. Mit Beschwerde vom 20. Juli 2012 machte der Schuldner eine fehlende Zustellung des Verwertungsbegehrens und der Pfändungsurkunde sowie Unzuständigkeit des Betreibungsamtes Weesen geltend. Das Kreisgericht See-Gaster wies die Beschwerde mit Entscheid vom 14. September 2012 ab, soweit es darauf eintrat. Mit eingehenden Erwägungen kam es zum Schluss, dass die Parteien kein Spezialdomizil im Sinn von <ref-law> vereinbart hätten und der Schuldner bereits während des ganzen Betreibungsverfahrens Wohnsitz in Liechtenstein gehabt habe. In rechtlicher Hinsicht erwog es, dass im Unterschied zur Zustellung des Zahlungsbefehls eine vom örtlich unzuständigen Betreibungsamt vollzogene Pfändung grundsätzlich nichtig sei, ausser bei Auslandwohnsitz, weil diesfalls keine Drittinteressen betroffen seien. Sodann stellte es fest, dass die Beschwerdefrist gegen die Vornahme der Pfändung abgelaufen sei.
Dagegen erhob der Schuldner am 21. September 2012 beim Kantonsgericht St. Gallen als obere kantonale Aufsichtsbehörde eine Beschwerde. Weil er inzwischen nicht mehr anwaltlich vertreten war, wurde er rechtshilfeweise zur Bezeichnung eines Zustelldomizils in der Schweiz aufgefordert. Nachdem er innert bezeichneter Frist kein Zustelldomizil bezeichnet hatte, wurden ihm die eingegangenen Stellungnahmen rechtshilfeweise zugestellt und er wurde dabei ausdrücklich darauf hingewiesen, dass weitere Mitteilungen im amtlichen Publikationsorgan eröffnet würden. Mit Entscheid vom 11. Dezember 2012 wies das Kantonsgericht die Beschwerde mit weitestgehend identischer Begründung ab und es publizierte den Entscheid am 24. Dezember 2012 im Amtsblatt des Kantons St. Gallen.
C. Mit Beschwerde vom 11. Januar 2013 verlangt der Schuldner die Feststellung, dass die am 4. September 2009 in Gang gesetzte Betreibung und sämtliche Betreibungshandlungen des Betreibungsamtes Weesen nichtig seien, eventualiter seien sie aufzuheben. Auf entsprechende Aufforderung hin bezeichnete der Beschwerdeführer ein Zustelldomizil in der Schweiz und reichte ein von ihm selbst unterzeichnetes Exemplar der Beschwerde nach. Mit Präsidialverfügung vom 12. Februar 2013 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt, es wurden aber die kantonalen Akten beigezogen.

Erwägungen:
1. Gegen Entscheide der oberen Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen steht streitwertunabhängig die Beschwerde in Zivilsachen offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c und <ref-law>). Die vorliegende Eingabe ist innert Frist erfolgt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer gibt bekannt, zufolge amtlicher Publikation die obergerichtliche Entscheidbegründung nicht zu kennen, weshalb er die Ausführungen in der kantonalen Beschwerde wiederhole. Insofern stellt sich die Frage, ob auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, weil sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den konkreten Erwägungen des oberinstanzlichen Entscheides auseinandersetzen muss (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Vorliegend verhält es sich so, dass die Begründungslinie der unteren und der oberen Aufsichtsbehörde weitestgehend identisch ist; insofern erscheint die Beschwerdegründung, obwohl sie sich eigentlich auf den erstinstanzlichen Entscheid bezieht, dennoch als topisch, weshalb darauf einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, in der Schweiz bestehe kein Spezialdomizil und er habe während des ganzen Verfahrens in Liechtenstein Wohnsitz gehabt. Die Zuständigkeitsordnung müsse eingehalten werden und gemäss <ref-law> sei die Nichtigkeit einer Verfügung von Amtes wegen festzustellen, und zwar unabhängig von Beschwerdefristen. Das Argument, durch die Pfändung seien keine Drittinteressen betroffen, gehe fehl, weil nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung bereits die Möglichkeit der Beeinträchtigung von Drittinteressen genüge, um eine nicht am Wohnsitz erlassene Pfändungsankündigung nichtig zu machen. Vorliegend sei es gerade nicht so, dass keine potenziellen Gläubiger vorhanden seien, denn seine Konsortialpartner wie auch der Kanton Wallis seien im Zusammenhang mit dem noch nicht abgeschlossenen Tunnelbauvorhaben wie auch der künftigen Liquidation der einfachen Gesellschaft potenzielle Gläubiger, die sich gemäss <ref-law> auf einen schweizerischen Betreibungsort berufen könnten, weil das Konsortium und damit auch er in der Schweiz eine Geschäftsniederlassung besitze. Deshalb seien sowohl der Zahlungsbefehl als auch die Pfändungsankündigung und der Pfändungsvollzug nichtig.
3. Keine Nichtigkeit ist gegeben, wenn ein örtlich unzuständiges Betreibungsamt den Zahlungsbefehl ausgestellt hat; dieser Akt ist zwar anfechtbar, aber die Beschwerdeführung muss fristgerecht erfolgen (<ref-ruling> E. 2 S. 92; Urteil 7B.100/2003 vom 18. Juli 2003 E. 1.2).
Zu unterscheiden ist im Zusammenhang mit der Pfändungsankündigung bzw. dem Pfändungsvollzug: Im Binnenverhältnis ist die Pfändung durch ein örtlich unzuständiges Amt grundsätzlich nichtig, weil die Interessen von Drittgläubigern betroffen sind, die sich der Pfändung gemäss Art. 110 oder 111 SchKG anschliessen können; solche Drittinteressen bestehen nicht, wo der Schuldner im Ausland wohnt und dort betrieben werden müsste, weil die Anschlussrechte anderer Gläubiger bei einer Pfändung im Ausland ausser Betracht fallen (<ref-ruling> E. 1 S. 61 m.w.H.; Urteil 7B.165/2002 vom 5. November 2002 E. 3.1 a.E.). Genau dies trifft vorliegend zu: der Beschwerdeführer hat Wohnsitz in Liechtenstein.
Soweit der Beschwerdeführer behauptet, potenzielle Gläubiger mit möglichen zukünftigen Forderungen zu haben, die ihn trotz Auslandwohnsitzes in der Schweiz betreiben könnten, so beschlägt dies den Sachverhalt. Diesbezüglich fehlt es an entsprechenden Feststellungen im angefochtenen Entscheid, die für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (<ref-law>), und der Beschwerdeführer bringt diesbezüglich auch keine Sachverhaltsrügen vor (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), weshalb sich die Behauptung als neu und damit als unzulässig erweist (<ref-law>). Abgesehen davon täte dieser Sachverhalt, selbst wenn er zuträfe bzw. festgestellt wäre, nichts zur Sache. Soweit die Pfändung aufgrund des dortigen Wohnsitzes in Liechtenstein hätte stattfinden müssen, würden die Anschlussrechte anderer Gläubiger gemäss der vorstehend zitierten Rechtsprechung ausser Betracht fallen, weshalb keine Drittinteressen tangiert sind.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Für die Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung ist keine Entschädigung geschuldet, weil sich der Beschwerdegegner nicht hat vertreten lassen und mit Präsidialverfügung vom 12. Februar 2013 entgegen dessen Antrag entschieden worden ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt Weesen und dem Kantonsgericht St. Gallen, obere kantonale Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli