Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) schloss am 21. März 2005 mit A._ (Beschwerdegegner) einen Werkvertrag über eine Pellets-Heizungsanlage ab. Neben den Werkvertragsleistungen hat der Beschwerdegegner weitere Arbeiten für die Beschwerdeführerin erbracht. Die jeweiligen Regierapporte wurden von einem Aussendienstmitarbeiter der Beschwerdeführerin, der gemäss Handelsregistereintrag kollektiv zu zweien zeichnungsberechtigt ist, unterzeichnet. Die Beschwerdeführerin weigerte sich, für die Positionen "Sanierung Umnutzung alte Heizungsanlage" (Fr. 36'048.10), "Behebung Kurzschluss" (Fr. 7'031.45) und "Zusatzarbeiten neue Heizungsanlage" (Fr. 4'265.--) zu bezahlen.
B. Der Beschwerdegegner gelangte an das Kreisgericht Werdenberg-Sargans und verlangte von der Beschwerdeführerin insgesamt Fr. 47'344.55 nebst Zins und die definitive Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts im Betrag von Fr. 4'265.--. Das Kreisgericht hiess die Klage bezüglich der Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts sowie der Posten "Behebung Kurzschluss" und "Zusatzarbeiten neue Heizungsanlage" (insgesamt Fr. 11'296.45) nebst Zins gut. Auf Berufung des Beschwerdegegners erkannte das Kantonsgericht St. Gallen, mangels Anschlussberufung sei das Urteil, soweit die Klage gutgeheissen wurde, in Rechtskraft erwachsen. Es hielt darüber hinaus die Forderung betreffend "Sanierung Umnutzung alte Heizungsanlage" (Fr. 36'048.10) für ausgewiesen und sprach dem Beschwerdegegner insgesamt Fr. 47'344.55 nebst Zins zu.
C. Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin sowohl kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen als auch Beschwerde in Zivilsachen, wobei das Verfahren vor Bundesgericht antragsgemäss bis zum Entscheid des Kassationsgerichts sistiert wurde. Dieses wies die Nichtigkeitsbeschwerde am 10. September 2008 ab, soweit es darauf eintrat. Dem Bundesgericht hatte die Beschwerdeführerin beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an dieses zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, während das Kantonsgericht darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeschrift enthält keinen materiellen Antrag, wie er nach <ref-law> erforderlich ist. Ob die Voraussetzungen, unter denen ein blosser Rückweisungsantrag genügt (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen), erfüllt sind, braucht nicht vertieft behandelt zu werden, da die Beschwerde ohnehin zum Scheitern verurteilt ist.
1.1 Nach <ref-law> beginnt die Beschwerdefrist, wenn der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts mit einem Rechtsmittel, das nicht alle Rügen nach den Artikeln 95-98 zulässt, bei einer zusätzlichen kantonalen Gerichtsinstanz angefochten worden ist, erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz. Die Beschwerde gegen das Urteil des Obergerichts erfolgte mithin rechtzeitig. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde aber nur zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen). Da die Beschwerdeführerin das Urteil des Kassationsgerichts nicht angefochten hat, kann das Bundesgericht nur Beanstandungen prüfen, welche dem Kassationsgericht nicht unterbreitet werden konnten. Da tatsächliche Feststellungen, die dem Inhalt der Akten offensichtlich widersprechen oder sonst willkürlich sind, einen Nichtigkeitsgrund darstellen (Art. 239 Abs. 1 lit. b des Zivilprozessgesetzes vom 20. Dezember 1990, ZPO/SG, sGS 961.2), kann das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht nicht überprüfen und ist auf Rügen der offensichtlich unrichtigen und damit willkürlichen Feststellung des Sachverhalts (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG) nicht einzutreten.
1.2 Im Nachgang zu ihren Willkürrügen betreffend tatsächliche Feststellungen beanstandet die Beschwerdeführerin allerdings jeweils, der angefochtene Entscheid verletze <ref-law>. Die Verletzung von Bundesrecht kann dem Kassationsgericht, wenn die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist, nicht unterbreitet werden, weshalb das Bundesgericht entsprechende Beanstandungen zu prüfen hat. <ref-law> gibt der beweispflichtigen Partei in allen bundesrechtlichen Zivilstreitigkeiten einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht. Die allgemeine Beweisvorschrift ist daher insbesondere verletzt, wenn der kantonale Richter Behauptungen einer Partei unbekümmert darum, dass sie von der Gegenpartei bestritten worden sind, als richtig hinnimmt, oder über rechtserhebliche Tatsachen überhaupt nicht Beweis führen lässt (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299). <ref-law> wird auch verletzt, wenn der Richter taugliche und formgültig beantragte Beweise zu rechtserheblichen Tatsachen nicht abnimmt, obwohl er die Sachvorbringen dazu weder als erstellt noch als widerlegt erachtet. Wo der Richter dagegen in Würdigung von Beweisen zur Überzeugung gelangt, eine Tatsachenbehauptung sei bewiesen oder widerlegt, ist die Beweislastverteilung gegenstandslos und liegt Beweiswürdigung vor, die bundesrechtlich nicht geregelt ist, auch nicht durch <ref-law>. Diese Bestimmung schreibt dem Richter nicht vor, mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären und wie das Ergebnis zu würdigen ist. Bundesrechtlich ist auch eine antizipierte Beweiswürdigung nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f.; <ref-ruling> E. 2d S. 25; <ref-ruling> E. 3c S. 223). Mithin gibt <ref-law> keinen Anspruch auf Weiterungen eines erfolgreichen Beweisverfahrens, weil die Bestimmung stets an den Begriff und die Folgen der Beweislosigkeit anknüpft. Dies verkennt die Beschwerdeführerin, wenn sie eine Verletzung von <ref-law> rügt, weil die Vorinstanz in Würdigung der Gegebenheiten zur Überzeugung gelangt, eine Tatsache sei erstellt, ohne alle von der Beschwerdeführerin für die gegenteilige Auffassung beantragten Beweismittel abzunehmen. Dabei handelt es sich um Beweiswürdigung, welche von <ref-law> nicht erfasst wird. Die aufgrund dieser Beweiswürdigung getroffenen tatsächlichen Feststellungen kann das Bundesgericht nicht überprüfen. Damit ist auch diesbezüglich nicht auf die Beschwerde einzutreten.
1.3 Soweit die Beschwerdeführerin den angefochtenen Entscheid in Punkten beanstandet, die nicht Gegenstand der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde bilden konnten, sind ihre Vorbringen mit Blick auf die Ausschöpfung des Instanzenzuges grundsätzlich zulässig. Die Beschwerdeführerin legt ihren Ausführungen indessen ihren eigenen von den Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu Grunde. Darauf kann das Bundesgericht nicht abstellen, so dass die Vorbringen an der Sache vorbeigehen und nicht darzulegen vermögen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzen soll. Daher erscheint die Beschwerde insgesamt als nicht hinreichend begründet (<ref-law>).
1.3.1 Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin neben dem Vertrag mit dem Beschwerdegegner einen Vertrag mit einem Drittunternehmen abschloss, welches Arbeiten im Zusammenhang mit den Kühl- und Tiefkühlanlagen ausführen sollte. Das Kantonsgericht kam in Würdigung der Beweise für das Bundesgericht verbindlich zum Schluss, dass dabei die bestehende Grundwasserinstallation demontiert werden sollte, wobei diese Arbeiten nicht im Pauschalpreis eingeschlossen waren, sondern in Regie verrechnet werden sollten. Diese Arbeiten sind nach den Feststellungen des Kantonsgerichts schliesslich vom Beschwerdegegner erbracht worden und nicht vom Drittunternehmen, welches nur den Pauschalbetrag fakturiert hat.
1.3.2 Die Behauptungen, der Beschwerdegegner sei bösgläubig gewesen und die strittigen Arbeiten hätten nicht zu den Aufgaben des Drittunternehmens gehört oder seien Teil des Werkvertrags betreffend die Pellets-Heizungsanlage gewesen, lassen sich demgegenüber auf keine Tatsachenfeststellungen des Kantons- und des Kassationsgerichts stützen, so dass den darauf aufbauenden Argumenten der Beschwerdeführerin die Grundlage entzogen ist. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, inwiefern die Annahme, der Beschwerdegegner habe davon ausgehen dürfen, der Aussendienstmitarbeiter sei zur Übertragung der Arbeiten auf ihn berechtigt, gestützt auf die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid Recht verletzt. Damit genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht.
1.3.3 Steht in tatsächlicher Hinsicht fest, dass der Beschwerdegegner von der Beschwerdeführerin gewünschte Arbeiten verrichtet hat, für deren Bezahlung sie nicht von anderer Seite in Anspruch genommen wird, müsste die Beschwerdeführerin zudem substantiiert darlegen, dass und inwiefern es für sie wesentlich war, mit wem der Vertrag betreffend die Demontagearbeiten geschlossen wurde. Ansonsten erscheint die Berufung auf die angeblich fehlende Auftragserteilung als schikanös und nicht schützenswert. Auch diesbezüglich finden sich in der Beschwerde keine hinreichenden Ausführungen.
2. Die Beschwerde erweist sich insgesamt als nicht hinreichend begründet, weshalb nicht darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak