Faits:
A. A.a Par acte d'avancement d'hoirie, instrumenté par le notaire B.Y._ le 19 octobre 1984, X._ est devenu propriétaire de la parcelle n° 2080, ainsi que de la moitié de la parcelle contiguë n° 2092, à Vercorin. Par acte du 24 mars 1990, instrumenté par le même notaire, X._ a transféré la moitié de ses parts à sa soeur. De leur côté, les époux Y._ sont copropriétaires par moitié chacun de la parcelle n° 2081 et d'un demi de la parcelle n° 2092. Cette dernière sert d'accès aux fonds des quatre propriétaires.
A.b En mai 1984, B.Y._ a fait planter 12 sapins, à l'ouest et au sud-ouest de la parcelle n° 2092, sans requérir l'autorisation des copropriétaires.
Le 8 février 1999, X._ a, sans succès, demandé aux époux Y._ de limiter la hauteur des sapins plantés à l'extrémité sud-ouest de l'immeuble n° 2092. A cette époque, les époux Y._ ont ouvert action contre X._ et sa soeur en suppression d'un muret et de plantations sur ladite parcelle. Les relations entre les copropriétaires se sont depuis lors dégradées.
En 2003, X._ a pris l'initiative d'accomplir lui-même les travaux qu'il avait en vain requis quatre ans plus tôt, les arbres en question réduisant l'ensoleillement de son fonds. Il a donc contacté un entrepreneur qui a procédé, le 17 novembre 2003, au rabattage des arbres sis à l'extrémité ouest de la parcelle n° 2092.
A.c Le 11 décembre 2003, les époux Y._ ont déposé plainte et se sont constitués parties civiles. Le 1er juin 2004, sur la base d'un rapport d'expertise privée, ils ont chiffré à 15'000 fr. le dommage consécutif à la coupe des arbres.
B. B.a Par ordonnance du 29 décembre 2004, le Juge d'instruction du Valais central a condamné X._, pour dommages à la propriété et violation de domicile, à 1'000 fr. d'amende et l'a astreint à verser aux époux Y._ 15'000 fr., avec intérêts à 5 % dès le 17 novembre 2003.
Par jugement du 10 novembre 2006, le Juge du district de Sierre, statuant sur opposition, a condamné X._, pour dommages à la propriété, à 1'000 fr. d'amende et à verser aux parties civiles un montant de 14'496 fr., avec intérêts à 5 % dès le 17 novembre 2003.
B.b X._ a interjeté appel contre ce jugement. Dans ce cadre, il a requis une inspection des lieux et une expertise relative à la santé actuelle des arbres, leur hauteur, densité et repousse. Ces moyens ont été rejetés par décision présidentielle du 24 janvier 2008.
Par jugement du 8 mai 2008, la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a admis partiellement l'appel de X._ en ce sens qu'elle l'a condamné, pour dommages à la propriété, à une peine pécuniaire de 3 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 213 fr., tout en le mettant au bénéfice du sursis. Elle l'a également condamné à verser aux époux Y._ la somme de 14'496 fr., avec intérêts à 5 % dès le 17 novembre 2003.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme du jugement cantonal en ce sens qu'il est acquitté et les prétentions civiles des intimés rejetées, subsidiairement renvoyées au juge civil. Il requiert également l'effet suspensif.
Les époux Y._ concluent au rejet du recours. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son jugement.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière pénale est recevable contre les décisions finales (<ref-law>) et contre les décisions partielles (<ref-law>). En vertu de l'<ref-law>, il est également recevable contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation, de telles décisions ne pouvant plus être attaquées ultérieurement. Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément ne peuvent faire l'objet d'un recours, selon l'<ref-law>, que si elles peuvent causer un préjudice irréparable ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Si le recours n'est pas recevable au regard de ces conditions ou s'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci (<ref-law>). Partant, le recours est recevable en tant qu'il porte sur la décision présidentielle du 24 janvier 2008 et le jugement du 8 mai 2008 (cf. supra consid. B.b).
1.2 Le recours peut être exercé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (<ref-law>). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1); de plus, il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
1.3 Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (<ref-law>). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes ou établies en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Cette partie ne peut toutefois pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; elle doit plutôt indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable; une critique qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-ruling> consid. 1.4.3).
1.4 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3). Dès lors, dans la mesure où le recourant produit des pièces nouvelles, celles-ci sont irrecevables.
2. Les faits reprochés au recourant ont été commis avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions de la partie générale du CP. Les autorités cantonales, qui ont statué postérieurement à cette date, devaient donc examiner si, en vertu du principe de la lex mitior (<ref-law>), le nouveau droit n'était pas plus favorable au recourant. A juste titre, elles ont appliqué la nouvelle loi, la peine pécuniaire pouvant être assortie du sursis total ou partiel, contrairement à l'amende (<ref-ruling> consid. 7.2.4).
3. Invoquant les art. 32 aCP et 687 CC, le recourant se prévaut de son droit d'ébranchage.
3.1 Celui qui a endommagé, détruit ou mis hors d'usage une chose appartenant à autrui (<ref-law>) peut invoquer, comme fait justificatif, l'exercice d'un droit (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3a). En effet, quiconque agit comme la loi l'ordonne ou l'autorise se comporte de manière licite, même si l'acte est punissable en vertu du présent code ou d'une autre loi (<ref-law>).
L'<ref-law> confère à tout propriétaire le droit de couper et de garder les branches et racines qui avancent sur son fonds, si elles lui portent préjudice et si, après réclamation, le voisin ne les enlève pas dans un délai convenable. Cette disposition ne s'applique que si le tronc de l'arbre en question se trouve entièrement sur le sol voisin; s'il se situe sur la limite des deux parcelles, ce sont alors les règles sur la copropriété qui prévalent (H. REY, Basler Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht, Zivilgesetzbuch II, art. 687/688 n° 3). Cette norme octroie deux facultés, soit celles d'ébrancher et de cueillir des fruits (P-H STEINAUER, Les droits réels, Tome II, 3ème éd., n° 1831).
3.2 En l'occurrence, le recourant ne peut se prévaloir de l'<ref-law> pour justifier les dommages causés. En effet, d'une part, il est copropriétaire avec les intimés des arbres en question, de sorte que ce sont les <ref-law> qui s'appliquent. D'autre part, il a manifestement excédé les actes autorisés par l'<ref-law>, puisqu'il n'a pas procédé à un ébranchage, soit à une coupe des branches, mais à l'écimage des arbres, leur ôtant ainsi la moitié de leur ramure.
Pour le reste, conformément à l'appréciation des autorités précédentes (cf. arrêt de la Cour pénale II consid. 7 p. 8 ss; jugement du Juge I du district de Sierre consid. 3 p. 9), le recourant ne peut davantage se prévaloir de l'<ref-law>, dès lors que l'écimage des arbres, dans la proportion décrite ci-dessus, ne peut être considéré comme un acte d'administration courante au sens de cette disposition. Ce raisonnement n'est d'ailleurs plus contesté devant l'autorité de céans.
4. Se prévalant de l'art. 20 aCP, le recourant affirme qu'il ne pouvait pas se rendre compte de l'illicéité de son acte.
4.1 Aux termes de l'<ref-law>, quiconque ne sait ni ne peut savoir au moment d'agir que son comportement est illicite n'agit pas de manière coupable. Le juge atténue la peine si l'erreur était évitable.
Déterminer ce que l'auteur d'une infraction a su, cru, voulu ou accepté et, en particulier, l'existence d'une erreur relève de l'établissement des faits (<ref-ruling> consid. 2d). La connaissance ou la prise de conscience par l'auteur du caractère illicite de son comportement relève donc du fait.
L'erreur sur l'illicéité ne saurait être admise lorsque l'auteur doutait lui-même ou aurait dû douter de l'illicéité de son comportement (<ref-ruling> consid. 5b) ou lorsqu'il savait qu'une réglementation juridique existe, mais qu'il a négligé de s'informer suffisamment à ce sujet (<ref-ruling> consid. 5b).
4.2 Dans la mesure où l'argumentation du recourant repose sur des éléments qui ne sont pas retenus dans l'arrêt attaqué, ses critiques sont irrecevables (cf. supra consid. 1.3). Tel est notamment le cas lorsqu'il se prévaut de la correspondance de l'ancien propriétaire de son chalet ou de certaines déclarations et actes de la partie adverse.
4.3 Selon les constatations cantonales qui lient l'autorité de céans (cf. supra consid. 1.3), les parties sont en litige depuis plusieurs années. Ainsi, le 8 février 1999, alors que les relations de voisinage étaient déjà tendues, le recourant a, sans succès, demandé aux intimés de limiter la hauteur des sapins plantés à l'extrémité sud-ouest de la parcelle n° 2092. A cette même époque, la partie adverse a ouvert action contre le recourant et sa soeur en suppression d'un muret et de plantations sur le même immeuble. Au terme de cette procédure, qui a duré jusqu'en juillet 2003, les frère et soeur X._ ont notamment été condamnés à arracher un thuya sur la parcelle litigieuse et à tailler une haie de thuyas sur leur terrain.
Au regard de ces éléments, on peut conclure que le recourant ne pouvait ignorer l'existence d'une réglementation juridique en matière de copropriété et qu'il a volontairement négligé de s'en informer. Dans ces conditions, il ne saurait se prévaloir d'une erreur sur le caractère illicite de son comportement. De plus, vu les conflits susmentionnés, le recourant ne saurait davantage invoquer une pratique coutumière ou un règlement oral entre copropriétaires les autorisant à tailler ou étêter les arbres gênants. La critique est donc infondée.
5. Le recourant conteste les prétentions civiles allouées aux intimés.
5.1 Les décisions sur les prétentions civiles qui doivent être jugées en même temps que la cause pénale peuvent être attaquées par un recours en matière pénale (cf. <ref-law>). Cependant, le recourant ne peut se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais doit, en principe, prendre des conclusions sur le fond du litige. Les conclusions portant sur une somme d'argent doivent être chiffrées; des conclusions non chiffrées ne suffisent que si la somme à allouer est d'emblée reconnaissable au regard de la motivation du recours ou de la décision attaquée. Il est fait exception à l'obligation de prendre des conclusions sur le fond uniquement lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait pas en situation de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 489 s.; <ref-ruling> consid. 6a et 8).
Tel est le cas en l'espèce, dès lors que l'arrêt attaqué ne contient pas les éléments de fait suffisants pour statuer sur le bien-fondé des prétentions civiles requises par les intimés.
Tel est le cas en l'espèce, dès lors que l'arrêt attaqué ne contient pas les éléments de fait suffisants pour statuer sur le bien-fondé des prétentions civiles requises par les intimés.
5.2 5.2.1 Relève du droit la question de savoir si le juge a, dans la décision attaquée, procédé à une appréciation juridique pertinente du dommage et calculé ledit dommage selon des principes juridiques concrets; en revanche, les constatations liées à l'existence et à l'étendue d'un dommage sont des questions de fait (<ref-ruling> consid. 3c).
5.2.2 La loi ne précise pas le moment auquel le dommage doit être déterminé. Selon la jurisprudence et une partie de la doctrine, le moment déterminant est, en principe, celui du jugement de dernière instance cantonale pouvant prendre en considération des faits nouveaux en vertu du droit de procédure cantonal (<ref-ruling> c. 3b; 77 II 152; B. CHAPPUIS, Le moment du dommage, 2007, n° 157 p. 75 s.; W. OTT/K. TENCHIO-KUZMIC, Der massgebende Zeitpunkt der Schadensberechnung im Delikts- und Vertragsrecht, in RDS 1998 I p. 184 ss; F. WERRO, commentaire romand, Code des obligations I, 2003, art. 42 n° 16). Ceci oblige le juge à prendre en considération les faits qui surviennent entre l'ouverture de l'action et le moment où il statue (B. CHAPPUIS, op cit, n° 158 p. 76; F. WERRO, op cit, art. 42 n° 16). Le Tribunal fédéral a toutefois posé des exceptions à ce principe, notamment en matière de fixation du dommage résultant d'une perte de soutien (<ref-ruling> consid. 5b) et en matière d'appréciation de la valeur du travail ménager (<ref-ruling> consid. 8.3). Certains auteurs s'interrogent également sur la pertinence du moment du jugement comme jour déterminant et proposent tantôt d'offrir un choix au créancier entre deux moments différents, tantôt de prendre le jour du fait générateur de responsabilité comme moment déterminant (sur ces questions: B. CHAPPUIS, op cit, n° 209 ss p. 100 ss et W. OTT/K. TENCHIO-KUZMIC, op cit, p. 188 ss).
5.2.3 Selon l'<ref-ruling> consid. 2.2, l'endommagement ou la destruction d'un arbre peut, selon les circonstances, influer ou non sur la valeur marchande du bien-fonds sur lequel il est planté. Toutefois, le préjudice peut exister sans égard à cette différence de valeur. Dans ce cas, il faut alors tenir compte de l'intérêt subjectif du propriétaire à ce que le fait générateur de responsabilité ne soit pas survenu, à savoir son intérêt au rétablissement de l'état antérieur. Ainsi, si ce dernier a un réel intérêt à ce que les arbres abattus ou endommagés fussent demeurés intacts, on ne peut nier l'existence d'un dommage pécuniaire. Celui-ci se calcule alors d'après les frais de replantation.
5.3 Dans un rapport du mois de mai 2004, un expert privé mandaté par les intimés a constaté que les arbres étêtés ne retrouveront jamais leur silhouette. Il a, dans un premier temps, estimé la valeur des huit sapins endommagés à 22'771 fr., après déduction d'une moins-value de 5'692 fr., en raison d'une part, d'un développement ne correspondant pas aux caractéristiques propres de l'espèce et, d'autre part, des conditions défavorables ou peu propices du milieu. Il a ensuite évalué la moins-value ornementale à la moitié du montant susmentionné, soit 11'385 fr. Il a enfin englobé dans les postes du dommage les frais de nettoyage et d'évacuation des déchets de taille (210 fr.) ainsi que les frais pour la taille d'équilibrage durant les années 2004 et 2005 (1'825 fr.).
Se basant sur ce rapport, la Cour cantonale a accordé aux intimés un montant de 13'420 fr., à titre d'atteinte à la valeur ornementale et de frais d'entretien, plus 1'076 fr. comme frais d'expertise. Elle a constaté que l'aspect esthétique n'avait pas été respecté lors de la coupe litigieuse, occasionnant une perte d'agrément pour les copropriétaires, que le dommage correspondait à l'intérêt des intimés à ce qu'une telle atteinte ne se fût jamais produite et enfin que le coût nécessaire au remplacement des huit sapins endommagés excédait le montant réclamé par les plaignants à titre d'atteinte à la valeur ornementale et de frais d'entretien.
5.4 Le recourant invoque un déni de justice, une violation de son droit d'être entendu et l'arbitraire. Il reproche à la Présidente de la Cour pénale de ne pas avoir procédé à une inspection des lieux, ni ordonné d'expertise sur la santé actuelle des arbres litigieux, leur hauteur, densité et repousse, alors que ces éléments sont essentiels pour l'appréciation du dommage. Il conteste la valeur de l'expertise sur laquelle s'est fondée l'autorité, relevant que les arbres n'ont pas subi tous les dommages probables émis par l'expert et que l'affirmation de ce dernier selon laquelle les sapins ne retrouveront jamais leur silhouette de l'espèce n'est pas confirmée par la réalité. Il estime que l'autorité de recours devait par conséquent clarifier la situation de fait concernant l'état actuel des objets endommagés.
5.4.1 Le droit de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision à rendre est une composante du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1). Il a pour corollaire que l'autorité doit en principe donner suite aux réquisitions de preuve présentées en temps utile et dans les formes prescrites. Il n'y a toutefois pas violation du droit à l'administration de preuves lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (<ref-ruling> consid. 5.3, p. 148; <ref-ruling> consid. 2.1).
5.4.2 Dans son mémoire cantonal, le recourant a requis une inspection des lieux et, dans le cadre du litige civil, une expertise relative à la santé actuelle des arbres, leur hauteur, densité et repousse. Dans son argumentation, il a contesté qu'un préjudice esthétique ait été définitivement infligé aux sapins et l'avis de l'expert selon lequel ceux-ci ne retrouveront jamais leur silhouette initiale.
Ces réquisitions de preuve ont été écartées par décision présidentielle du 24 janvier 2008. S'agissant de l'inspection des lieux, la juge a relevé que ce moyen n'avait pas été découvert depuis les débats, qu'il n'avait pas été requis lors de l'instruction, ni en première instance, ce qui tendait à infirmer son caractère essentiel, qu'une inspection avait déjà été effectuée dans le cadre de la procédure civile et que les divers plans et photographies déposés étaient propres à décrire clairement les lieux ainsi que les arbres litigieux. S'agissant de l'expertise relative aux arbres, elle a retenu que ce moyen n'avait pas été requis lors de l'instruction, ni de la première instance, ce qui tendait à infirmer son caractère essentiel, qu'en procédure, le recourant avait déjà déposé un rapport en relation avec l'état sanitaire des sapins, qu'à cet égard il ne démontrait pas précisément en quoi une expertise portant sur « la santé actuelle des arbres litigieux, leur hauteur, densité ou repousse », serait utile à la connaissance de la cause, que le dossier civil déposé était propre à compléter utilement le dossier pénal quant à certains faits de la cause, notamment quant à la situation des arbres litigieux et à leur état sanitaire et enfin que rien au dossier n'indiquait en quoi ce moyen serait utile à la défense de l'intéressé dans le cadre des dommages à la propriété dont il était accusé.
5.4.3 En procédure valaisanne, l'appel a un effet dévolutif complet et l'autorité de recours dispose d'un plein pouvoir d'examen, en faits et en droit, dans les limites des points contestés (arrêt attaqué p. 3; art. 189 CPP/VS). Dès lors, au vu des griefs soulevés par le recourant dans son mémoire cantonal et conformément à la jurisprudence exposée au consid. 5.2, il incombait à l'autorité précédente d'examiner, au moment où elle statuait, si les lésés avaient encore un intérêt subjectif à la remise en état antérieur, en tenant compte des faits survenus depuis la première expertise. Les juges cantonaux devaient par conséquent, par le biais de moyens jugés opportuns, analyser la repousse et la densité actuelles des arbres endommagés, soit leur état au moment du jugement cantonal rendu en 2008, la seule référence à une expertise datant de 2004 n'étant plus suffisante à ce propos.
Dans ces conditions, l'autorité précédente ne pouvait rejeter les réquisitions de preuve du recourant au seul motif que celles-ci ne constituaient pas des moyens déterminants ni essentiels pour la cause. Elle a ainsi violé le droit d'être entendu du recourant, de sorte que la décision précédente doit être annulée en ce qui concerne les prétentions civiles, les frais et dépens de la cause.
6. En conclusion, le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Vu l'issue de la procédure, les frais judiciaires seront mis pour deux tiers à la charge du recourant et pour un tiers à celle des intimés (<ref-law>). Les parties ont en outre droit à des dépens réduits dans la même proportion et compensés à concurrence du montant le plus faible (<ref-law>).
La cause étant tranchée, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis pour un tiers à la charge des intimés et pour deux tiers à la charge du recourant.
3. Le recourant doit verser aux intimés une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 19 novembre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani