Faits:
A. Le 26 mai 2002, X._ a commencé à travailler comme serveuse pour Y._, qui exploitait le restaurant B._ à C._. Dès le premier jour, Y._ s'est livré à des attouchements, consistant à l'embrasser sur la bouche ou lui toucher la poitrine de son coude ou de son stylo. X._ ne lui a pas fait de remarque de désapprobation. Elle restait sans réaction, pensant qu'il comprendrait qu'il n'avait rien à attendre d'elle.
Après avoir travaillé tard sur requête de Y._ et devant faire l'ouverture du restaurant le lendemain matin, X._ a demandé à louer une chambre à l'hôtel dans la nuit du 1er au 2 juin 2002. Y._ y est venu à plusieurs reprises en peu de temps. La première fois il a participé au branchement d'un téléviseur. Les trois fois suivantes, il a toqué, X._ lui a ouvert. Il est entré sans y être invité, lui a présenté le prétexte qui l'amenait là, lui faisant des allusions d'ordre sexuelle et, les deux fois suivantes, lui proposant clairement d'avoir une relation sexuelle. A chaque fois, X._ l'a éconduit avec ménagement et il est reparti sans faire de difficulté. La deuxième fois, elle lui a de plus déclaré qu'elle devait faire l'ouverture du restaurant le matin, qu'il était tard et qu'elle voulait dormir. La troisième fois, elle lui a demandé de la laisser tranquille. Lors de l'une de ces occasions, X._ lui a également dit que ses pensées allaient à son frère qui était entre la vie et la mort.
Y._ a toutefois toqué une nouvelle fois. X._ lui a ouvert. Il était uniquement habillé d'un peignoir. Elle a d'emblée pensé qu'il allait passer à l'acte sexuel. Elle était tétanisée. Elle s'est assise sur le lit et lui a dit de la laisser tranquille ou l'a supplié "de la laisser une fois pour toutes". Y._ est toutefois entré. Il n'a pas dit un mot, a défait la ceinture de son peignoir, se retrouvant nu devant X._. Il l'a allongée sur le lit en lui mettant la main sur la bouche. Elle a dès ce moment fermé les yeux et les jambes, gardant les bras écartés mais les poings fermés de chaque côté du lit. Y._ a continué, remontant sa robe et lui caressant la poitrine de ses mains. Il lui a écarté les jambes avec les siennes. Il l'a finalement pénétrée avant de repartir immédiatement après l'acte, sans qu'aucune parole n'ait été échangée.
X._ a continué pendant plusieurs jours à travailler. Y._ se comportait comme si de rien n'était, continuant notamment ses attouchements. Quelques jours plus tard, X._ a eu un malaise et a été mise en arrêt maladie. Un état dépressif grave a été diagnostiqué depuis. Elle n'a plus jamais pu travailler. X._ a déposé plainte contre Y._ le 4 avril 2007 et s'est constituée partie civile.
Par jugement du 31 août 2010, le Tribunal correctionnel du canton du Jura a libéré Y._ de la prévention de viol. Il lui a alloué une indemnité pour tort moral et une indemnité de partie et a condamné X._ à lui payer des dépens.
B. Par arrêt du 8 mars 2011, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien, sur appel de Y._, de X._ et du Ministère public cantonal, a confirmé cette sentence.
En bref, cette autorité a retenu les faits exposés ci-avant. Elle a considéré que Y._ avait pu commettre l'acte sexuel sans qu'il apparaisse qu'il ait usé de contrainte. Elle a également estimé que la passivité et l'obéissance apparente de X._ face aux actes de Y._ avaient permis à ce dernier de croire, finalement, à l'existence d'une relation sexuelle consentie. Il n'y avait dès lors pas intention, même par dol éventuel, de viol.
C. X._ et D._, Procureur du canton du Jura, forment chacune un recours en matière pénale. Elles concluent à l'annulation de l'arrêt du 8 mars 2011 et au renvoi de la cause pour nouveau jugement. X._ sollicite à titre subsidiaire la condamnation de Y._ pour viol. Elle requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué a été rendu le 8 mars 2011. Conformément à l'art. 132 al. 1 LTF, la qualité pour recourir s'examine au regard de l'art. 81 LTF, dans sa teneur en vigueur dès le 1er janvier 2011. Selon cette disposition, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, soit en particulier l'accusateur public (art. 81 al. 1 let. b ch. 3 LTF) et la partie plaignante si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF).
1.1 L'accusateur public visé par l'art. 81 al. 1 let. b ch. 3 LTF est la personne ou l'autorité qui est chargée, en qualité de partie, de défendre l'intérêt public devant le juge pénal cantonal de dernière instance (<ref-ruling> consid. 1 p. 143). Aux termes de l'art. 14 let. b et c de la loi jurassienne d'introduction du Code de procédure pénale suisse du 16 juin 2010 (LiCPP; RSJU 312.1), entrée en vigueur le 1er janvier 2011, chaque procureur a qualité pour interjeter appel et saisir le Tribunal fédéral. Le procureur, qui agit en l'occurrence comme représentant du Ministère public jurassien, a donc qualité pour former un recours en matière pénale.
1.2 La recourante est partie plaignante au procès. Elle a pris devant l'autorité précédente des conclusions en paiement, conclusions qui ont été rejetées. Elle a donc qualité pour recourir en vertu de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF.
2. Les deux recours, dirigés contre la même décision, concernent le même complexe de faits et portent dans une large mesure sur les mêmes questions de droit. Il se justifie de les joindre et de statuer par un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
3. Dans un grief de nature formelle, qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint d'une motivation insuffisante voire absente, violant son droit d'être entendue.
3.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 137 1C_398/2010 du 5 avril 2011 consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, in RDAF 2009 II p. 434).
3.2 La recourante estime que l'autorité cantonale n'a pas suffisamment motivé les raisons qui l'ont conduit à nier l'existence de pressions psychiques sur la recourante. Ce grief est infondé, l'autorité précédente ayant expliqué, de manière suffisante, pour quel motif elle estimait que de telles pressions, de l'intensité exigée par l'art. 190 CP, faisaient défaut (arrêt, ch. 5.4.2 à 5.4.4). Cette autorité a également exposé pour quelle raison la qualité d'employé ne créait pas à elle seule un climat de pression psychologique constitutif de contrainte au sens de l'art. 190 CP (arrêt, ch. 5.4.2 et 5.4.4).
3.3 La recourante soutient que l'autorité cantonale a violé son droit d'être entendue en omettant de mettre cet élément de subordination en lien avec "d'autres facteurs psychologiques, développés ci-après, et les circonstances concrètes du cas".
Le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation d'un droit fondamental que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 2.8 p. 494 et arrêts cités).
En l'espèce, faute pour la recourante d'expliciter précisément quels autres éléments n'auraient pas été mis en parallèle avec le rapport de travail existant entre les parties, son grief est irrecevable. Au demeurant, l'autorité précédente a examiné l'existence d'une contrainte en tenant compte, d'une part, de chaque élément invoqué et, d'autre part, de la situation d'ensemble (arrêt, ch. 5.4 p. 54 s.). Le grief, eût-il été recevable, aurait été infondé.
3.4 La recourante reproche également à l'autorité précédente de n'avoir pas exposé pour quelles raisons elle s'était écartée de la chronologie des faits indiquée par la recourante, notamment lorsqu'elle avait déclaré que l'intimé lui avait mis la main sur la bouche pour la coucher sur le lit.
3.4.1 L'autorité précédente a retenu comme "établi" (arrêt, par. 5 ligne 3 p. 51) que l'intimé avait allongé la recourante sur le lit en lui mettant sa main sur sa bouche (arrêt, par. 3. ch. 5.1 p. 51). On comprend, de manière suffisante, qu'elle s'est fondée sur les premières déclarations de la recourante et non sur celles faites lors de l'audience du Tribunal correctionnel où cette dernière a indiqué "il m'a mis la main sur la bouche. C'était agressif, hideux. C'est comme ça qu'il m'a couchée sur le lit".
Plus loin, l'autorité précédente a toutefois indiqué "qu'après avoir allongé la plaignante qui s'était déjà assise sur le bord du lit, le prévenu lui a mis la main sur la bouche" (arrêt, par. 2 ch. 5.2.1 p. 53). Ce fait semble en contradiction avec celui exposé ci-dessus. On comprend toutefois que l'autorité cantonale n'est revenue sur ce point que pour examiner si, comme l'avait affirmé la recourante à l'audience du Tribunal correctionnel, l'intimé avait maintenu sa main sur la bouche de la recourante durant tout le rapport, ce qu'elle a nié, au vu des déclarations initiales de la recourante (arrêt, par. 2 ch. 5.2.1, p. 53). Le fait d'indiquer dans ce dernier paragraphe que l'intimé aurait mis sa main sur la bouche de la recourante après l'avoir allongée apparaît ainsi être une inadvertance, ce dernier fait n'étant d'ailleurs pas repris par l'autorité précédente dans l'examen des conditions posées par l'art. 190 CP. Partant, le grief de violation du droit d'être entendu est infondé.
3.4.2 La recourante n'explicite pas sur quel autre point l'autorité précédente se serait écartée, sans motivation suffisante, de la chronologie des faits indiquée par la recourante. Son grief de violation du droit d'être entendu est donc pour le surplus irrecevable.
3.5 La recourante fait grief à l'autorité cantonale de ne pas s'être prononcée sur la violence dont aurait fait preuve l'intimé lorsqu'il l'a déshabillée. Ce faisant, elle reproche en réalité à l'autorité précédente, sous couvert d'une violation du droit d'être entendu, d'avoir fait preuve d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves, en ne retenant pas cet élément. Elle n'explicite toutefois pas en quoi cette appréciation serait insoutenable, si bien que son grief est irrecevable (cf. infra consid. 4.5).
3.6 Enfin, la recourante reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas expliqué pour quels motifs elle avait retenu en faveur de l'intimé l'erreur sur les faits.
L'autorité précédente a estimé que l'intimé pouvait, au vu des faits établis, croire à l'existence d'une relation sexuelle consentie, en ce sens que la recourante avait fini par céder à ses avances (arrêt, ch. 5.5.10 p. 58). Dans la mesure où la recourante ne voulait pas avoir une relation sexuelle avec l'intimé, on comprend que la cour cantonale ait mentionné une erreur de fait de la part de ce dernier. A nouveau, le raisonnement suivi, même succinct, est compréhensible, ce qui suffit à exclure une violation du droit d'être entendu.
4. La recourante et le Ministère public critiquent les faits retenus par l'arrêt entrepris.
4.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Le recourant ne peut ainsi critiquer ces faits que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La violation peut consister en un état de fait incomplet, car l'autorité précédente viole le droit matériel en n'établissant pas tous les faits pertinents pour l'application de celui-ci. L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables. Il appartient au recourant de démontrer le caractère arbitraire par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62 et arrêts cités).
4.2 La recourante estime que l'autorité précédente est tombée dans l'arbitraire en retenant que l'intimé n'avait jamais fait état de son statut d'employeur. Pour toute motivation, elle se borne à contester ce fait, ce alors même qu'elle a reconnu qu'il n'avait pas fait état de ce statut lors de la nuit incriminée (arrêt, ch. 5.2 p. 52). Son grief est irrecevable.
4.3 La recourante critique également l'appréciation de l'autorité précédente qui a nié, sur la base de ses déclarations, que l'intimé ait utilisé une force notable pour écarter ses jambes (arrêt, ch. 5.5.5 p. 57). Le seul fait que la recourante ait fermé les jambes ou encore qu'elle était de corpulence moins importante que l'intimé ne permet pas de rendre insoutenable cette appréciation. On ne saurait également déduire, comme le soutient la recourante, que du fait de sa volonté de ne pas subir l'acte sexuel, elle aurait utilisé "toutes ses forces" pour résister à l'intimé.
4.4 La recourante s'en prend ensuite à l'appréciation faite par l'autorité précédente de ce dont l'intimé était conscient.
4.4.1 Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève des constatations de faits, qui lient la cour de céans, à moins qu'elles n'aient été établies de façon manifestement inexacte. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception du dol éventuel et si elle l'a correctement appliquée au vu des éléments retenus (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 156).
4.4.2 En l'espèce, l'autorité précédente a considéré qu'aucun fait objectif recueilli ne permettait d'établir que l'intimé savait que la recourante ressentait de la crainte à son égard. Elle a également considéré qu'au vu du comportement de la recourante, l'intimé avait pu croire qu'elle acceptait finalement d'entretenir une relation sexuelle furtive avec lui. Il n'était partant pas conscient de l'absence de consentement de la recourante, respectivement cette absence de consentement n'était pas reconnaissable par lui.
4.4.3 A l'encontre de cette appréciation, la recourante invoque que l'autorité précédente, qui a retenu qu'elle n'avait plus prononcé une parole après que l'intimé ait ouvert son peignoir, a manifestement oublié qu'elle lui avait demandé de la laisser tranquille. Ce grief est infondé, dans la mesure où cette requête, d'après les faits établis, n'est pas intervenue après qu'il eut enlevé son peignoir mais avant.
La recourante s'en prend également à l'appréciation de l'autorité précédente selon laquelle le fait pour l'intimé d'avoir écarté les jambes de la recourante ne permettait pas raisonnablement de conclure qu'il ait dû se rendre compte de l'absence de consentement de cette dernière. Dans le cas particulier, la recourante, alors qu'elle était allongée, aurait pu exprimer clairement son refus à l'intimé, par la voix, mais également par les gestes, en tentant notamment de le repousser de ses mains qui étaient libres. Elle est toutefois restée silencieuse et immobile. Au vu de ce comportement, il n'était pas insoutenable de considérer que le seul fait pour l'intimé d'écarter les jambes de la recourante, sans force notable, aurait dû lui faire comprendre qu'elle ne voulait pas avoir une relation sexuelle et qu'il la contraignait.
Pour le surplus, la recourante se borne à contester l'appréciation des faits par l'autorité précédente, en invoquant des faits qui ont eux-mêmes été écartés. Dans la mesure où elle n'établit pas que ces derniers faits auraient dû, sous peine d'arbitraire, être considérés comme établis, le grief qu'elle tente d'en tirer ne peut qu'être rejeté.
4.5 La recourante et le Ministère public invoquent encore de nombreux faits ne résultant pas de l'arrêt entrepris, ce sans motivation conforme à l'art. 106 al. 2 LTF. La cour de céans ne peut dès lors en tenir compte.
5. Les recourants dénoncent une violation de l'art. 190 CP. Ils considèrent que les éléments constitutifs de cette infraction seraient réalisés, en particulier l'élément de contrainte et celui de l'intention. L'autorité précédente aurait en outre fait une fausse application de l'art. 13 CP.
5.1 Aux termes de l'art. 190 al. 1 CP, se rend coupable de viol celui qui, notamment en usant de menace ou de violence, en exerçant sur sa victime des pressions d'ordre psychique ou en la mettant hors d'état de résister, aura contraint une personne de sexe féminin à subir l'acte sexuel.
5.2 Le viol est un délit de violence, qui suppose en règle générale une agression physique. Il en résulte que toute pression, tout comportement conduisant à un acte sexuel non souhaité, ne saurait être qualifié de contrainte. L'art. 190 CP, comme l'art. 189 CP (contrainte sexuelle), ne protège des atteintes à la libre détermination en matière sexuelle que pour autant que l'auteur surmonte ou déjoue la résistance que l'on pouvait raisonnablement attendre de la victime (<ref-ruling> consid. 4 p. 52; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 170). L'infraction visée par l'art. 190 CP exige donc non seulement qu'une personne subisse l'acte sexuel alors qu'elle ne le veut pas, mais également qu'elle le subisse du fait d'une contrainte exercée par l'auteur. A défaut d'une telle contrainte, de l'intensité exigée par la loi et la jurisprudence, et même si la victime ne souhaitait pas entretenir une relation sexuelle, il n'y a pas viol.
5.2.1 L'auteur use de menace lorsque, par ses paroles ou son comportement, il fait volontairement redouter à la victime la survenance d'un préjudice sérieux pour l'amener à céder.
5.2.2 Il fait usage de violence lorsqu'il emploie volontairement la force physique sur la victime afin de la faire céder. Selon les circonstances, un emploi limité de la force peut suffire. Tel n'est toutefois pas le cas, lorsque dans la situation d'espèce la victime pouvait y résister et l'on pouvait l'attendre d'elle (arrêts 6B_912/2009 du 22 février 2010 consid. 2.1.2; 6B_267/2007 du 3 décembre 2007 consid. 6.3). Sa soumission doit être compréhensible (arrêts 6B_267/2007 du 3 décembre 2007 consid. 6.3; 6P.74/2004 du 14 décembre 2004 consid. 9.1).
5.2.3 La mise hors d'état de résister englobe les cas où l'auteur, pour parvenir à ses fins, rend la victime inconsciente, ce qui le dispense de recourir à la menace ou à la violence pour agir sans le consentement de la victime (<ref-ruling> consid. 2b p. 100).
5.2.4 Les pressions d'ordre psychique visent quant à elles les cas où l'auteur provoque chez la victime des effets d'ordre psychique, tels que la surprise, la frayeur ou le sentiment d'une situation sans espoir, propres à la faire céder (<ref-ruling> consid. 3a/bb p. 111; <ref-ruling> consid. 2b p. 100). En cas de pressions d'ordre psychique, il n'est toutefois pas nécessaire que la victime ait été mise hors d'état de résister. La pression exercée doit néanmoins revêtir une intensité particulière, comparable à celle d'un acte de violence ou d'une menace (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 55). Au vu des circonstances du cas et de la situation personnelle de la victime, on ne doit pas pouvoir attendre d'elle de résistance, ni compter sur une telle résistance, de sorte que l'auteur peut parvenir à son but sans avoir à utiliser de violence ou de menace (ATF <ref-ruling> consid. 3.1 p. 170 s. et références citées). Constituent ainsi une pression psychique suffisante des comportements laissant craindre des actes de violence à l'encontre de la victime ou de tiers, notamment des menaces de violence contre des proches, ou, dans des relations de couple, des situations d'intimidation, de tyrannie permanente ou de perpétuelle psycho-terreur (ATF <ref-ruling> consid. 3.1 p. 171). Peuvent éventuellement également entrer en ligne une situation d'infériorité physique et de dépendance sociale et émotionnelle ou un harcèlement continu (<ref-ruling> consid. 3b p. 129 s. et références citées).
Lorsque l'auteur et la victime sont liés par une relation de pouvoir, privée ou sociale, il ne suffit pas que l'auteur l'exploite pour admettre une pression psychologique au sens de l'art. 190 al. 1 CP. Il doit encore créer concrètement une situation de contrainte. Cela ne signifie cependant pas que l'auteur doive faire renaître cette situation de la même manière lors de chacun des actes subséquents. Il suffit, lorsque la victime résiste dans la mesure de ses possibilités, que l'auteur actualise alors sa pression pour qu'il puisse être admis que chacun des actes sexuels n'a pu être commis qu'en raison de cette violence structurelle réactualisée (<ref-ruling> consid. 4 p. 53; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 111 s.).
5.2.5 Pour déterminer si l'on se trouve en présence d'une contrainte sexuelle, il faut procéder à une appréciation globale des circonstances concrètes déterminantes. Une appréciation individualisée est nécessaire, laquelle doit reposer sur des éléments suffisamment typiques. La mesure de l'influence qui doit avoir été exercée sur la victime pour qu'il y ait pression d'ordre psychique n'est pas aisément déterminable, de sorte qu'il y a lieu de se montrer prudent dans l'application des dispositions réprimant le viol (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 99). Des adultes en possession de leurs facultés mentales doivent être en mesure d'opposer une résistance plus forte que des enfants (ATF <ref-ruling> consid. 3.1 p. 171).
5.3 La recourante a travaillé pour l'intimé dès le 26 mai 2002. Dès ce jour, il s'est livré sur elle à des attouchements. Faute d'élément, on ne peut toutefois admettre ici qu'il aurait pour ce faire créé une situation de contrainte, qu'il n'aurait plus eu qu'à réactualiser par la suite. La recourante, en outre, aurait pu s'opposer aux agissements. Âgée de 39 ans et déclarant n'être pas fragilisée au moment des faits, on pouvait attendre d'elle qu'elle résiste, lui dise expressément de cesser ses agissements ou le repousse physiquement. Cela est d'autant plus vrai qu'elle ne travaillait que depuis quelques jours pour l'intimé, n'avait pas besoin de ce travail et déclarait pouvoir facilement en retrouver un autre. La création à ce moment là d'une violence structurelle ne peut dès lors être retenue.
5.4 Reste à examiner si au vu de ces éléments et de la manière dont s'est déroulée la nuit du 1er au 2 juin 2002, on doit considérer que l'intimé aurait surmonté ou déjoué la résistance que l'on pouvait raisonnablement attendre de la recourante.
5.4.1 La nuit incriminée, l'intimé a à trois reprises proposé à la recourante d'avoir une relation sexuelle. A chaque fois, la recourante l'a éconduit et l'intimé a obtempéré, quittant la chambre de la recourante. Il n'a à aucune reprise menacé la recourante, fait état de son statut d'employeur ou brusqué physiquement la recourante. Il était tard, celle-ci était fatiguée et préoccupée par son frère lorsque l'intimé, qui le savait, est revenu une nouvelle fois, nu sous son peignoir, afin à nouveau de tenter d'avoir avec elle une relation sexuelle. La recourante a certes supplié l'intimé, lorsqu'elle l'a vu en peignoir, de la laisser tranquille. Elle venait toutefois de lui ouvrir la porte, qui était fermée à clef, alors qu'elle savait que c'était lui qui toquait. Le voyant en peignoir, elle s'est assise sur le lit. L'intimé n'a ainsi pas eu à utiliser la force pour entrer dans sa chambre ou la mettre sur le lit. L'arrêt entrepris ne permet pas non plus de retenir qu'il aurait fait preuve de violence pour l'allonger. Il ne l'a pas non plus menacé. Il ne lui a à aucun moment tenu les mains. Il n'a mis sa main sur la bouche de la recourante qu'un instant. Enfin, s'il a écarté les jambes de la recourante, qu'elle avait initialement fermées, l'état de fait déterminant ne permet pas de retenir qu'il aurait utilisé pour ce faire une force constitutive de violence, une force à laquelle elle ne pouvait résister.
Au vu de ces circonstances, on pouvait attendre de la recourante, âgée de 39 ans, qu'elle tente de s'opposer au projet clair de l'intimé, reconnu comme tel par elle, plus que par la seule requête, une fois assise sur le lit, de la laisser tranquille. Elle aurait ainsi pu lui demander de sortir, lui dire sans ambiguïté qu'elle refusait d'entretenir avec lui une relation sexuelle, le repousser physiquement, se débattre, sortir de la chambre ou encore crier, l'épouse de l'intimé dormant au même étage. Les circonstances ne permettent ainsi pas de retenir qu'il aurait, pour faire subir à la recourante l'acte sexuel, exercé une contrainte notable ou eu sur la recourante une influence d'une intensité semblable à un acte de violence ou une menace, rendant compréhensible sa soumission. Il ressort d'ailleurs de la procédure que la recourante elle-même ne comprend pas pourquoi elle n'a pas réagi, pourquoi cette fois-là elle a baissé les bras (arrêt, par. 2 p. 14; par. 1 p. 32; par. 1 p. 35).
5.4.2 Un climat de terreur, tel que constaté dans l'<ref-ruling> cité par la recourante, ne peut être ici retenu faute d'élément. La présente cause se distingue également de celle visée par l'arrêt 6B_593/2007 du 11 décembre 2007. En effet, dans cette dernière affaire, la victime vivait dans un climat d'angoisse permanent. Son mari, dont elle vivait séparée, avait proféré des menaces de mort contre elle et son fils et lui avait fait subir l'acte sexuel alors que ce dernier était dans la chambre voisine.
5.5 Par ailleurs, sur le plan subjectif, le viol exige l'intention. L'auteur doit savoir que la victime n'est pas consentante ou, du moins, en accepter l'éventualité, et il doit vouloir ou, à tout le moins, accepter qu'elle soit contrainte par le moyen qu'il met en oeuvre ou la situation qu'il exploite (CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3e éd., 2010, n. 11 ad art. 190).
En l'espèce, l'autorité précédente a retenu qu'il n'était pas établi que l'intimé était conscient ou devait reconnaître l'absence de consentement de la recourante. Elle a de la sorte tranché des points de fait (cf. supra, consid. 4.4.1). Au vu de ceux-ci, dont le caractère arbitraire n'a pas été démontré (cf. supra consid. 4.4), l'autorité précédente pouvait sans violer le droit fédéral considérer que l'intimé n'avait pas agi intentionnellement, même par dol éventuel, au sens de l'art. 190 CP.
5.6 Il est incontestable que la recourante, dans son for intérieur, ne voulait pas avoir une relation sexuelle avec l'intimé et qu'elle l'a subie. Il résulte toutefois de ce qui précède que les éléments constitutifs exigés par l'art. 190 CP ne sont pas tous réunis, si bien que l'intimé ne peut être reconnu coupable de viol.
6. En conclusion, les recours doivent être rejetés dans la mesure de leur recevabilité. La recourante a demandé le bénéfice de l'assistance judiciaire et les conditions en sont réalisées (art. 64 al. 1 LTF). Par conséquent, il y a lieu de la dispenser des frais judiciaires et d'allouer une indemnité à son mandataire, désigné comme avocat d'office (art. 64 al. 2 LTF). Le Ministère public ne supportera pas non plus de frais judiciaire (art. 66 al. 4 LTF). L'intimé, qui n'a pas été amené à se déterminer, n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours 6B_311/2011 et 6B_380/2011 sont joints.
2. Les recours 6B_311/2011 et 6B_380/2011 sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3. La demande d'assistance judiciaire de la recourante est admise.
4. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5. Me Martine Lang, avocate à Porrentruy, est désignée comme avocate d'office de la recourante et une indemnité de 3'000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, supportée par la caisse du Tribunal fédéral.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 19 juillet 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Mathys Cherpillod