Faits:
A. Le 30 juin 2004, aux alentours de 16h30, les gendarmes cyclistes genevois A._ et B._, travaillant au sein de la Task Force Drogue, ont interpellé X._ et Y._ sur le trottoir à l'intersection de l'avenue de la Grenade et du quai Gustave-Ador, à Genève. A cette occasion, les gendarmes ont saisi sur X._ un sachet contenant 9 grammes de marijuana. Dans les jours qui ont suivi, la presse a fait état de cette interpellation sous les titres « Une fouille policière finit par un déshabillage en public » et « Dignité humaine bafouée ».
A.a Une procédure disciplinaire a été immédiatement ouverte à l'encontre des agents concernés. Le Procureur général a été saisi de deux plaintes émanant de X._ et Y._, ainsi que d'une dénonciation émanant d'un tiers, le dénommé Z._.
Dans sa plainte du 5 juillet 2004, X._ indiquait, en substance, qu'un des deux policiers lui avait demandé de se déshabiller, puis de baisser son pantalon ainsi que son slip. Le plaignant déclarait s'être trouvé nu dans la rue, avoir eu honte et pleuré. Le policier l'aurait ensuite retourné avec force contre le mur, puis poussé contre le grillage, ce qui lui aurait fait mal à l'épaule. La plainte indiquait encore que le policier lui avait fouillé les fesses, avait mis un gant de caoutchouc blanc, puis avait introduit son doigt dans son anus, en lui faisant mal.
A.b Le Procureur général a ordonné une enquête préliminaire le 8 juillet 2004, qui a débouché sur l'inculpation de A._ et B._ d'abus d'autorité (<ref-law>) pour avoir procédé à une fouille non conforme à la Loi genevoise sur la police du 26 octobre 1957 (LPol/GE; RS/GE F 1 05).
A.c En cours d'instruction, invité à s'expliquer sur le déroulement de la fouille intime, X._ a déclaré ne plus se souvenir de la teneur de sa plainte, écrite par un ami. Il a alors précisé qu'il n'y avait pas eu de toucher rectal. Au terme de l'instruction, qui a compris l'audition des plaignants, des intimés ainsi que de nombreux témoins, le Procureur général, tout en constatant une violation de l'art. 20 al. 3 LPol/GE, a classé la plainte de X._ par une ordonnance du 4 mai 2007.
B. L'intéressé a recouru contre cette ordonnance auprès de la Chambre d'accusation du Canton de Genève, concluant à son annulation. Il requérait la poursuite de la procédure pénale du chef d'abus d'autorité au sens de l'<ref-law> ainsi que la confirmation de l'ordonnance entreprise dans la mesure où elle constatait une violation de l'art. 20 al. 3 LPol/GE. Il demandait en outre l'allocation d'une indemnité d'un montant de 10'000 francs à titre de réparation morale et pour ses frais d'avocat, soit 5000 francs pour chacun de ces postes du dommage, et qu'il soit constaté que la fouille opérée violait l'art. 3 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'Homme en raison de son caractère inhumain et dégradant.
La Chambre d'accusation du canton de Genève a rejeté le recours de X._ le 26 septembre 2007. Elle a considéré, en bref, qu'il était établi que X._ et Y._ s'étaient trouvés quelques instants en caleçon, pantalon baissé, à tout le moins à mi-cuisse, et que des témoins, passant dans la rue, les avaient aperçus dans cette tenue, ce qui constituait une violation de l'art. 20 al. 3 LPol, constatée à juste titre par le Procureur général. Ce grief ne suffisait en revanche pas à fonder une prévention d'infraction à l'<ref-law>. Les policiers n'avaient en effet aucun dessein de se procurer un quelconque avantage illicite résultant de la fouille litigieuse et l'on ne pouvait non plus leur imputer une volonté délibérée de nuire. Il n'était, en particulier, pas démontré que les policiers auraient ordonné aux plaignants de baisser leurs pantalons, ce qui excluait que l'on puisse leur reprocher d'avoir usé de mesures vexatoires ou humiliantes. Dans ces conditions, l'interpellation du 30 juin 2004 n'atteignait pas non plus le degré d'indignité visé par l'art. 3 CEDH. En ce qui concerne la réparation du dommage lié à la violation de l'art. 20 al. 3 LPol, la Chambre d'accusation a considéré que la relation de causalité entre la fouille incriminée et la dépréciation de l'état de santé alléguée par X._ à l'appui de sa prétention à 5000 francs de réparation morale n'était pas évidente. Au surplus, X._ paraissait avoir lui-même dégrafé son pantalon, notamment afin de saisir le sachet de marijuana qu'il cachait et de le remettre à l'un des agents. Le Procureur général avait ainsi usé à bon escient de sa faculté de ne pas allouer l'indemnité équitable prévue par l'<ref-law>/GE. Il n'y avait pas lieu non plus au versement d'un montant de 5000 francs correspondant aux frais d'avocat de l'intéressé qui avait agi au bénéfice de l'assistance judiciaire.
C. X._ interjette concurremment un recours en matière de droit public ainsi qu'un recours constitutionnel contre cette ordonnance. Il souligne ne pas remettre en cause la question du classement de sa plainte. Il conclut en revanche, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'ordonnance entreprise en tant que cette dernière refuse de constater une violation de l'art. 3 CEDH et confirme le refus d'une indemnité équitable. Il demande en conséquence principalement que la violation soit constatée et l'indemnité allouée, subsidiairement que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant interjette principalement un recours en matière de droit public et subsidiairement un recours constitutionnel. Il présente ses moyens dans un seul mémoire, conformément à l'<ref-law>. Il convient d'examiner préalablement la recevabilité du recours en matière de droit public.
1.1 Les art. 114A et 114B CPP/GE instituent une procédure de contrôle des actes de la police qui revêt un caractère essentiellement administratif, tout en permettant la réparation du dommage. En première instance, le Procureur général intervient en qualité d'autorité de surveillance de la police (Gabriel Aubert, Les interventions de la police en droit genevois, publication du Département de justice et police du canton de Genève, 1985, p. 22). Ces dispositions réglementent de manière spécifique la responsabilité de l'Etat en raison d'actes des autorités de police notamment. Compte tenu de l'autorité compétente, du contexte dans lequel est rendue une telle décision et du but de cette procédure, la décision entreprise constitue une décision rendue dans une cause de droit public au sens de l'<ref-law> et n'entre dans aucune des catégories d'exceptions prévues par l'<ref-law>.
1.2 Dans les contestations pécuniaires, le recours est irrecevable, en matière de responsabilité étatique, si la valeur litigieuse est inférieure à 30'000 francs (<ref-law>). La valeur litigieuse est déterminée conformément aux <ref-law>, soit, en cas de recours contre une décision finale, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>). Les divers chefs de conclusion formés dans une affaire pécuniaire par la même partie ou des consorts sont additionnés, à moins qu'ils ne s'excluent (<ref-law>).
1.3 En l'espèce, les conclusions litigieuses devant l'autorité précédente portaient sur le classement de la plainte du recourant, d'une part, et, d'autre part, sur une prétention tendant au versement d'une somme de 10'000 francs à titre de réparation du dommage (5000 francs de frais d'avocat et de 5000 francs de tort moral) ainsi que sur la constatation d'une violation de l'art. 3 CEDH. Il s'ensuit que le litige n'avait pas exclusivement trait à des droits de nature patrimoniale, mais portait à la fois sur le sort de l'action pénale, sur des conclusions pécuniaires ainsi que sur la constatation d'une violation de la CEDH.
L'examen de la question du classement de la plainte du recourant relèverait du recours en matière pénale, cette notion comprenant toute décision fondée sur le droit pénal matériel ou sur le droit de procédure pénale, soit toute décision relative à la poursuite ou au jugement d'une infraction (FF 2001 p. 4111). Au surplus, non remise en cause, la question du classement n'est plus litigieuse en instance fédérale. Il n'y a donc pas lieu d'en tenir compte pour examiner la recevabilité du recours en matière de droit public, qui doit l'être exclusivement au regard des conclusions du recourant en réparation du dommage et en constatation d'une violation de la CEDH.
1.4 Lorsque, comme en l'espèce, le litige présente des aspects patrimoniaux et non patrimoniaux, il convient de déterminer lequel des intérêts, pécuniaire et idéal, du recourant prédomine. On peut se référer sur ce point à la pratique développée sous l'empire de l'art. 44 OJ (cf. Beat Rudin, Bundesgerichtsgesetz, Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], art. 51 n. 17 et la référence à <ref-ruling> consid. 1a; Hansjörg Seiler, Nicolas von Werdt, Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], art. 51 n. 5 ss et 14 ainsi que la référence à <ref-ruling> consid. 1, p. 413). Selon cette jurisprudence, lorsque le litige porte sur la constatation d'une atteinte aux droits de la personnalité et sur l'allocation d'une indemnité pour tort moral, il est de nature non pécuniaire (<ref-ruling> consid. 1 p. 413). On considérait en effet, dans ce cas, que la recevabilité du recours sur le sort de l'action pécuniaire était donnée indépendamment de la valeur litigieuse parce qu'il y avait attraction en faveur du recours sur le sort de l'action non pécuniaire, à condition que celle-ci soit litigieuse et n'apparaisse pas secondaire (v. Bernard Corboz, Le recours en réforme au Tribunal fédéral, in: SJ 2000 II 1 ss, p. 22; Jean-François Poudret, COJ II, n. 1.4 ad art. 44 OJ). Il n'y a pas de raison de s'écarter de ces principes sous l'empire du nouveau droit (dans le même sens: Güngerich: pour qui l'action n'a un caractère pécuniaire que si elle tend exclusivement à la réparation du dommage résultant de l'atteinte à la personnalité [op. cit., art. 51 n. 11]).
En l'espèce, les conclusions pécuniaires et non pécuniaires demeurent litigieuses et rien n'indique que ces dernières n'auraient qu'un caractère secondaire. En outre, dans la mesure où l'existence d'un acte illicite a déjà été reconnue par les autorités cantonales dans la violation d'une disposition de la LPol, il faut admettre que le recourant n'invoque pas la violation de l'art. 3 CEDH exclusivement comme condition de la réparation du dommage. Il s'ensuit que le recours en matière de droit public est recevable indépendamment du montant réclamé par le recourant à titre de réparation morale.
1.5 La Cour de droit pénal traite les recours en matière pénale ainsi que les recours en matière de droit public et les recours constitutionnels subsidiaires dans les domaines du droit pénal matériel (y compris l'exécution des peines et des mesures), de la procédure pénale (sauf les recours contre les décisions incidentes relevant de la procédure pénale) et des recours relevant de la procédure pénale contre des décisions finales (y compris les classements de la procédure) (<ref-law>). L'art. 30 al. 1 let. c RTF exclut par ailleurs expressément la compétence de la deuxième cour de droit public en matière de responsabilité de l'Etat, s'agissant des prétentions résultant des règles de procédure pénale en matière d'indemnisation. Il s'ensuit que la cour de droit pénal est compétente pour examiner le présent recours en matière de droit public.
1.6 La Chambre d'accusation a statué en dernière instance cantonale et la décision entreprise n'est pas fondée sur le droit public fédéral (art. 86 al. 1 let. d LTF en corrélation avec les <ref-law> et 5 PA). Le recourant a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et, prétendant à la réparation d'un dommage ainsi qu'à la constatation d'une violation de l'art. 3 CEDH qui lui ont été refusées par la cour cantonale, il est particulièrement atteint par la décision entreprise et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>).
1.7 Le recours en matière de droit public est recevable et le recourant à la qualité pour agir, ce qui exclut le recours constitutionnel (<ref-law>), qui est partant irrecevable.
2. 2.1 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est circonscrit par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral l'applique d'office (<ref-law>). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine en principe que les griefs invoqués. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'entre pas non plus en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
2.2 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 391, 249 consid. 1.2.2 p. 252) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable voire même préférable (<ref-ruling> consid. 2.1, p. 219; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.1). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
3. Le recourant s'en prend tout d'abord aux constatations de fait de la décision entreprise. Il soutient que l'appréciation de l'autorité cantonale selon laquelle il n'a pas été dénudé sur le bas du corps, son sexe exposé au vu de tout un chacun, violerait son droit d'être entendu, l'interdiction de l'arbitraire ainsi que son droit à l'administration équitable des preuves au sens de l'art. 29 ch. 1 Cst.
3.1 L'art. 29 al. 1 Cst. garantit à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Malgré une formulation lapidaire, cette disposition recouvre plusieurs garanties générales de procédure, parmi lesquelles le droit à un procès équitable (v. <ref-ruling> consid. 4.4 p. 103), celui d'être jugé par une autorité indépendante (<ref-ruling> consid. 2b, p. 198), le principe de célérité (v. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 45) ou encore l'interdiction du déni de justice formel. Faute de toute indication précise sur la garantie constitutionnelle effectivement invoquée qui serait déduite de cette disposition, le grief est irrecevable (<ref-law>). Le recourant n'indique pas non plus précisément en quoi son droit d'être entendu aurait été violé. Dans la mesure où il reproche à la cour cantonale d'avoir apprécié les déclarations du dénommé Z._ comme si elles émanaient d'une partie, alors que ce dernier était entendu comme témoin et où il se réfère à un droit à une « administration équitable des preuves », on peut, en revanche comprende que le recourant fait en réalité grief à la cour cantonale d'avoir arbitrairement apprécié celles-ci. On peut renvoyer sur ce point aux principes rappelés ci-dessus au consid. 2.2.
3.2 Il s'agissait, en l'espèce, de déterminer, dans le cadre de la procédure pénale ouverte contre deux agents de la police genevoise ainsi que dans le cadre de l'examen des prétentions en réparation élevées par le recourant, si les faits relatés par ce dernier dans sa plainte du 5 juillet 2004 (v. supra consid. A.a) et qu'il alléguait lui avoir causé un dommage étaient établis.
En ce qui concerne le déroulement de la fouille, la cour cantonale a tout d'abord exposé que le recourant et l'autre personne interpellée, avaient eux-mêmes confirmé, contrairement aux accusations formulées dans leurs plaintes respectives qu'il n'avait été procédé à aucun touché rectal. Les intéressés ne prétendaient pas non plus avoir été fouillés à même la peau, respectivement que les agents aient introduit leurs mains dans leurs sous-vêtements (arrêt entrepris, consid. 3.4, p. 15/20). Ces points de fait ne sont plus discutés en instance fédérale. Seule demeure litigieuse l'allégation du recourant, également relayée par le dénonciateur Z._, de s'être trouvé, à un moment donné, totalement dénudé sur le bas du corps, son sexe exposé au vu de tout un chacun.
3.2.1 Sur ce point précis, la cour cantonale a indiqué que le reproche invoqué par Z._ et X._, n'était conforté par aucun élément probant de la procédure. Elle a encore précisé que les déclarations de C._, qui avait confirmé avoir été au téléphone avec Z._ au moment des faits - ce dernier lui décrivant une fouille durant laquelle les parties génitales des personnes interpellées étaient visibles et lui ayant parlé de « pénis » que tout un chacun pouvait voir (arrêt entrepris, consid. C.k, p. 7/20) - ne prouvaient pas la véracité des déclarations de Z._. Quant aux propos rapportés par D._, ils avaient été tenus par une dame non identifiée. Ces dires paraissaient davantage procéder de commentaires, voire de rumeurs, distillés par le groupe de badauds qui semblait s'être formé à l'issue du contrôle, que d'un réel constat visuel. Enfin, Y._ avait précisé n'avoir jamais vu X._ avec son slip baissé (arrêt entrepris, consid. 3.4, p. 15/20).
3.2.2 Le recourant fait, en substance, grief à la cour cantonale, sous l'angle de l'arbitraire, d'avoir apprécié les déclarations de Z._ comme si ce dernier avait été partie à la procédure et non comme un témoignage. Il souligne dans ce contexte le qualificatif de « reproche » utilisé par la cour cantonale et objecte qu'à ses yeux les déclarations de ce témoin seraient confirmées par les témoignages des dénommés C._ et D._. Il précise également que si Y._ n'avait pas confirmé l'avoir vu slip baissé, c'est parce que ce dernier était face au mur et ne pouvait ainsi le voir.
3.2.3 Comme l'a relevé à juste titre la cour cantonale, le témoignage de C._ ne permet pas d'établir ce que le recourant a vu, mais tout au plus ce qu'il a déclaré à son interlocuteur. On ne saurait non plus faire grief à la cour cantonale de n'avoir pas attaché une importance particulière aux déclarations de D._, qui, de son propre aveu, n'a pas été témoin de la scène, mais s'est bornée à rapporter des ouï-dire, soit les propos d'une dame non-identifiée dont elle relève « qu'elle avait dû bien arroser son repas de vin blanc » (pv. aud. 07.12.04, p. 4). Pour le surplus, dans la mesure où le recourant tente d'argumenter sur la portée respective de ces témoignages et les raisons pour lesquels certains témoins n'auraient pu confirmer ses allégations, il ne fait qu'opposer sa propre appréciation à celle de l'autorité cantonale dans une discussion de nature appellatoire. Le grief est irrecevable dans cette mesure (v. supra consid. 2.1).
3.2.4 Parmi toutes les personnes entendues, un seul témoin direct des événements a confirmé la thèse du recourant selon laquelle il se serait retrouvé nu en public. Z._, qui a également déposé plainte pénale le 6 juillet 2004, a ainsi relaté avoir assisté à l'interpellation de X._ et Y._ par deux policiers, ces derniers faisant face aux interpellés. Un des africains était fouillé au corps, le pantalon et le slip parterre, son pénis à l'air libre, au vu de tout un chacun. Il avait ensuite été brutalement jeté en arrière contre le mur. Z._ était passé à côté des quatre personnes, sans savoir comment réagir. Il avait traversé la rue pour se rendre vers son auto garée le long du quai Gustave-Ador, prendre son téléphone portable et appeler son avocat. Revenant vers la scène incriminée, il avait vu le policier enfiler un gant de caoutchouc, la main en position de procéder à une fouille corporelle intime (prospection de l'anus). Les agents avaient ensuite tourné le dos aux deux africains qui pleuraient et protestaient, puis avaient repris leurs vélos. Lors de ses déclarations ultérieures, Z._ avait insisté sur le fait que la première image qu'il avait des événements était celle de X._, dont il voyait le pénis, ce dernier étant nu en-bas. Il avait aussi vu que Y._ avait le pantalon baissé et était en slip, en précisant qu'il ne s'agissait pas d'un sous-vêtement de type « boxer ». Selon son souvenir, les intéressés n'avaient pas leurs pantalons ou autre baissés sur leurs chevilles. Il n'avait pas vu le sachet de marijuana, ni observé de fouille intime, mais Y._ et X._ l'avaient évoquée par la suite. Z._ a ajouté n'avoir aucune autre image du déroulement de la scène, en raison de la perspective des lieux, du va-et-vient incessant de la rue, de ses propres mouvements et du fait qu'il était pris par sa conversation téléphonique.
A l'opposé de ce témoignage, E._ a indiqué qu'elle avait été surprise d'avoir vu les africains en chaussettes et en shorts, à tout le moins l'un des deux. Elle avait donc observé la scène un moment pour voir si les choses se passaient mal. Le contrôle, qui semblait toucher à sa fin, ne paraissait cependant pas agressif et aucun des protagonistes n'élevait la voix. F._ a déclaré quant à elle avoir vu deux gendarmes contrôler deux personnes de couleur. Les agents palpaient ces individus sur les habits. Une de ces deux personnes avait les pantalons baissés à mi-cuisses, portant un caleçon de type « boxer », mais elle n'avait pas vu sa peau. Elle ne se souvenait pas si l'autre individu avait les pantalons baissés. Le contrôle, normal, ne l'avait pas choquée et elle n'avait pas constaté d'attroupement de témoins.
Cela étant, la cour cantonale était confrontée à des témoignages contradictoires sur le déroulement exact des faits, la nudité du recourant en particulier. La cour cantonale a constaté qu'aucun des témoins n'avait observé l'exact déroulement de l'interpellation incriminée dans son ensemble (arrêt entrepris, consid. 3.4, p. 15/20) et le témoin Z._ - dont les déclarations ne sont pas exemptes de subjectivité, par exemple en ce qui concerne la finalité de l'usage du gant de caoutchouc - a du reste confirmé avoir été gêné dans ses observations en raison de la perspective des lieux, du va-et-vient incessant de la rue, de ses propres mouvements et du fait qu'il était pris par sa conversation téléphonique. Dans ces conditions, on ne saurait, sous l'angle de l'arbitraire, reprocher à la cour cantonale d'avoir opté pour une version plutôt qu'une autre, les témoignages de F._ et E._ confortant plutôt la version des faits des deux agents de police. Le grief est infondé.
3.2.5 La cour de céans n'a donc pas de motifs de s'écarter des constatations de fait de la décision entreprise, qui ne constate pas que le recourant se serait retrouvé nu dans la rue.
Dans la mesure où le recourant fonde exclusivement sa prétention à la constatation qu'il aurait subi un traitement inhumain ou dégradant sur ce point de fait, qui n'est pas établi, il n'y a pas lieu d'examiner plus avant la question de la violation de l'art. 3 CEDH. Seule demeure la question de la réparation en relation avec la violation des dispositions de la LPol/GE.
4. Conformément à l'art. 114A (plainte contre les interventions de la police) du Code de procédure pénale genevois du 29 septembre 1977, toute personne directement touchée notamment par une intervention de la police fondée sur les articles 16 à 22 de la loi sur la police, du 26 octobre 1957, peut se plaindre, par écrit, d'une violation de la loi auprès du procureur général (al. 1). Ce dernier donne connaissance de la plainte au chef de la police qui lui communique ses observations par écrit (al. 2). Il rend ensuite, en application de l'<ref-law>/GE, une décision succinctement motivée et notifiée aux parties (al. 1). Si une disposition de la loi a été violée, le procureur général le constate (al. 2). Il ordonne les mesures propres à assurer le respect de la loi (al. 3) et peut allouer une indemnité équitable en observant les limites fixées par l'article 379 (al. 4). Aux termes de cette dernière disposition, une indemnité peut être attribuée, sur demande, pour préjudice résultant de la détention ou d'autres actes de l'instruction, à l'accusé qui a bénéficié d'un non-lieu ou d'un acquittement dans la procédure de jugement ou après révision (al. 1). Le juge détermine l'indemnité dont le montant ne peut pas dépasser 10'000 francs. Si des circonstances particulières l'exigent, notamment en raison d'une détention prolongée, d'une instruction compliquée ou de l'ampleur des débats, l'autorité de jugement peut - dans les cas de détention - allouer à titre exceptionnel une indemnité supplémentaire. Le juge peut décider d'un autre mode de réparation du préjudice subi ou de tout autre appui nécessaire au requérant (al. 2). L'indemnité est à la charge de l'Etat (al. 3). Sur requête de l'accusé, l'ordonnance de non-lieu ou le jugement d'acquittement est publié dans la Feuille d'avis officielle, aux frais de l'Etat, et dans d'autres journaux s'il y a lieu (al. 4). L'indemnité peut être refusée ou réduite si la conduite répréhensible de l'accusé a provoqué ou entravé les opérations de l'instruction (al. 5). Si la poursuite a été provoquée par dol ou négligence grave du dénonciateur, du plaignant ou du lésé, ceux-ci peuvent être condamnés à rembourser, en tout ou partie, l'indemnité à l'Etat (al. 6). Est réservé le droit d'obtenir réparation civile du préjudice subi (al. 7).
4.1 Interprétant ces dispositions et compte tenu notamment du renvoi de l'art. 114B à l'<ref-law>/GE, la cour cantonale a jugé que les principes dégagés en matière de détention devaient trouver application mutatis mutandis pour déterminer le montant de l'indemnité éventuellement due en réparation du préjudice résultant d'autres actes d'instruction. Elle a notamment souligné dans ce contexte, outre les éléments relatifs au comportement du requérant justifiant une réduction ou un refus de l'indemnité, que selon les travaux parlementaires relatifs à l'<ref-law>/GE, le législateur n'avait pas voulu instituer le droit à une réparation complète du préjudice subi. L'évaluation équitable appartenait au juge, celui-ci disposant d'un large pouvoir d'appréciation. Il s'agissait en outre d'une faculté et non d'une obligation dans les limites de l'arbitraire (arrêt entrepris, consid. 4.1, p. 17/20).
En ce qui concerne X._ en particulier, il ressortait des documents produits que les difficultés pathologiques et psychologiques dont il souffre semblaient davantage liées aux motifs qui l'ont conduit à quitter la Guinée et au refus de sa demande d'asile en Suisse - situation dont les intéressés s'étaient d'ailleurs plaints aux policiers mis en cause à l'issue de leur interpellation - qu'au déroulement de cette dernière, même si ces circonstances ont pu raviver des souvenirs douloureux et accroître son mal-être. La relation de causalité entre la fouille incriminée et la dépréciation de l'état de santé du recourant n'apparaissait en conséquence pas évidente. Au surplus, à l'instar de Y._, le recourant paraissait avoir lui-même dégrafé son pantalon notamment aux fins de saisir le sachet de marijuana qu'il cachait dans son entrejambe et de le remettre à B._. Dans ces conditions, le Procureur général avait usé à juste titre de sa faculté de ne pas allouer au recourant d'indemnité équitable au sens de l'<ref-law>/GE (arrêt entrepris, consid. 4.3, p. 18/20 s.).
4.2 Le recourant conteste cette interprétation de l'<ref-law>/GE en tant qu'elle soumettrait aux mêmes conditions la réparation du dommage causé par un acte licite (une détention qui se révèle injustifiée a posteriori, situation visée par l'<ref-law>/GE) et celle causée par un acte illicite. Il relève que s'il n'existe aucune règle constitutionnelle imposant aux cantons l'obligation d'indemniser les personnes poursuivies ou détenues licitement mais à tort, suite à un acquittement ou à un non-lieu, tel n'est pas le cas pour la réparation du préjudice résultant d'une détention illicite, qui est imposée par l'art. 5 par. 5 CEDH. Il soutient que le droit à la réparation pour une atteinte illicite à la personnalité ne résultant pas d'une détention mais d'un autre acte illicite doit être déduit de la garantie constitutionnelle de l'égalité de traitement en soulignant que l'« obligation de réparer le dommage entier » consacrée par l'<ref-law>/GE constitue en outre une lex specialis de la Loi genevoise sur la responsabilité de l'Etat, qui prévoit la réparation de l'ensemble du dommage résultant pour des tiers d'actes illicites commis soit intentionnellement, soit par négligence ou imprudence par un fonctionnaire ou agent dans l'accomplissement de leur travail. Ainsi, selon le recourant, en statuant que le juge peut accorder une indemnité, le législateur n'avait pas voulu conférer au magistrat un pouvoir discrétionnaire, mais seulement un pouvoir limité, qui l'autorise à refuser les prestations à qui ne le mérite pas en raison d'une faute concomitante qui interromprait le lien de causalité adéquat.
4.3 Comme le relève à juste titre le recourant dans ses écritures, l'art. 5 par. 5 CEDH ne vise que la réparation du préjudice causé par une arrestation ou une détention illicite, soit contraire aux dispositions prévues par les autres paragraphes de cette règle conventionnelle (cf. <ref-ruling> consid. 5, p. 398). On ne saurait donc en déduire, de manière toute générale, un droit à une indemnisation du préjudice résultant d'autres actes illicites de l'Etat ou de ses agents.
4.4 L'égalité de traitement, consacrée par l'art. 8 Cst., implique que le juge traite de la même manière des situations semblables et de manière différente des situations dissemblables (<ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 114 et la jurisprudence citée). Il convient donc d'examiner si, comme le soutient le recourant, le principe d'égalité de traitement imposerait, dans la procédure de l'<ref-law>/GE, une indemnisation pleine et entière du préjudice résultant d'un acte illicite visé par cette disposition, par opposition à l'indemnisation équitable du préjudice dû à un acte licite instituée par l'<ref-law>/GE, qui constituerait un cas de figure différent.
4.4.1 Contrairement à ce que paraît penser le recourant, l'art. 379 auquel renvoie l'<ref-law>/GE ne vise pas exclusivement la réparation du dommage lié à la détention injustifiée quoique licite. Selon la pratique cantonale en effet, si l'indemnité prévue par l'<ref-law>/GE est indépendante d'un acte illicite (Grégoire Rey, Procédure pénale genevoise, Lausanne 2005, art. 379, n. 1.5 et les références citées), l'existence ou l'allégation d'un acte illicite n'empêche ni l'accès à cette procédure ni l'octroi de cette indemnité. Le prévenu acquitté peut en effet dans tous les cas se plaindre, le cas échéant, d'un acte illicite et réclamer une réparation intégrale devant la juridiction ordinairement compétente pour connaître des prétentions élevées contre le canton de Genève, même lorsqu'une indemnité lui a été refusée dans la procédure de l'<ref-law>/GE (Rey, ibidem; Dominique Poncet, Le nouveau code de procédure pénale genevois annoté, p. 461 s.; arrêt du Tribunal fédéral 1P.263/1997 publié in SJ 1998 p. 333, spéc. 336; arrêt non publié du Tribunal fédéral P. c. Procureur général du canton de Genève [1P.498/2001], du 29 novembre 2001). Cette conclusion découle de la réserve exprimée par l'<ref-law>/GE en faveur du droit d'obtenir réparation civile du préjudice subi. La réglementation genevoise se distingue sur ce point de celles de nombreux cantons qui connaissent également une réglementation spécifique de la responsabilité de l'Etat dans le domaine de la procédure pénale, notamment en matière de détention injustifiée voire illicite, mais dans lesquels, le plus souvent, ces réglementations spéciales excluent l'application des normes générales de responsabilité de l'Etat (Reto Feller, Das Prinzip der Einmaligkeit des Rechtsschutzes im Staatshaftungsrecht, Zurich/St-Gall 2007, p. 150 et les références citées en note 580). Elle s'apparente, en revanche à la réglementation du Code de procédure pénale vaudois, dont l'art. 163a consacre également, sous certaines conditions la prétention de l'inculpé ou de l'accusé libérés des fins de la poursuite pénale à une indemnité équitable (al. 1) qui peut être déduite devant le Tribunal d'accusation (al. 2), en réservant l'action civile tendant à l'obtention de plus amples dommages-intérêts selon les règles ordinaires en matière de responsabilité (al. 4).
4.4.2 Les art. 114A et 114B CPP/GE constituent, quant à eux, une procédure de contrôle des actes de la police qui revêt un caractère essentiellement administratif, tout en permettant la réparation du dommage. Le Procureur général intervient en qualité d'autorité de surveillance de la police (Gabriel Aubert, Les interventions de la police en droit genevois, publication du Département de justice et police du canton de Genève, 1985, p. 22). Cette procédure particulière n'a ainsi pas principalement pour but l'indemnisation du lésé, mais le contrôle par l'autorité de surveillance de la conformité des actes de la police à la législation cantonale et le constat de la violation de certaines dispositions de la loi, en permettant, en outre, l'octroi d'une indemnité équitable.
4.4.3 Contrairement à l'art. 379 al. 7, l'<ref-law>/GE ne réserve pas expressément le droit d'obtenir réparation du préjudice civil subi. Le renvoi de l'art. 114B al. 4 à l'<ref-law>/GE, paraît cependant être interprété de manière large en incluant cette réserve. Les autorités compétentes pour connaître des autres procédures (pénale, disciplinaire et civile) ne sont, en effet, pas liées par la décision du Procureur général (ou, sur recours, de la Chambre d'accusation) rendue en application de l'<ref-law>/GE (Aubert, op. cit., p. 23). Cette interprétation s'impose logiquement, si l'on considère que ce même renvoi inclut non seulement le plafonnement de la compétence du Ministère public en matière d'indemnisation à la somme de 10'000 francs (alors que l'on ne peut exclure que la violation des règles visées par l'art. 114A puisse causer un préjudice beaucoup plus important), mais également les principes rappelés par la cour cantonale, selon lesquels l'indemnité allouée n'est pas une réparation intégrale, mais une indemnisation équitable dont l'évaluation appartient au juge, qui dispose à cet effet d'un large pouvoir d'appréciation (cf. Rey, op. cit., art. 379, n. 1.5). Cette interprétation se conçoit en outre d'autant mieux si l'on considère que la procédure de l'art. 114B est essentiellement administrative et relève de la compétence du seul Procureur général. Elle n'offre donc pas les mêmes garanties, notamment d'indépendance, que la procédure à deux instances judiciaires prévue par les art. 379 et 380 CPP/GE. Ainsi compris, le système genevois paraît donc instituer, tant dans les cas visés par l'<ref-law>/GE que dans ceux appréhendés par les art. 114A et 114B, en plus de la procédure ordinaire permettant de mettre en oeuvre la responsabilité de l'Etat devant les instances et selon les règles de la procédure civiles (art. 7 de la Loi sur la responsabilité de l'Etat et des communes, du 24 février 1989; RS/GE A 2 40) une procédure simplifiée, administrative dans le cas de l'art. 114B, qui permet, d'une part, de soumettre à l'autorité de surveillance des prétentions en réparation du dommage et, d'autre part, à cette autorité, qui dispose d'un large pouvoir d'appréciation, de les allouer dans des limites relativement étroites ou de les refuser, sans préjuger du sort d'une éventuelle action au fond.
Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de juger, en examinant la procédure vaudoise similaire (v. supra consid. 4.4.1), qu'un tel concours de compétences entre une autorité spécialisée de la procédure pénale et l'autorité judiciaire appelée à trancher des litiges fondés sur les règles générales de responsabilité de l'Etat n'était pas exclu dans son principe. Il a précisé que la coexistence de ces deux voies de droit ne saurait cependant conférer à l'autorité spécialisée le pouvoir discrétionnaire d'éconduire l'auteur d'une requête ou de n'accorder qu'une simple avance sur l'indemnité requise au motif que le requérant peut agir devant les tribunaux civils, au risque de commettre un déni de justice formel, à tout le moins lorsque la cause ne pose pas de difficultés particulières. Il en va également de l'économie de la procédure (arrêt non publié A. du 23 décembre 1991 [1P.362/1991]).
4.4.4 Dans cette optique, le lésé victime d'un acte illicite des autorités de police genevoise ne peut donc, à l'issue de cette procédure déjà, invoquer en sa faveur l'existence d'une inégalité de traitement au seul motif qu'une indemnisation lui aurait été refusée en tout ou partie. Une telle inégalité ne pourrait, le cas échéant, résulter que d'une décision de l'autorité civile compétente en matière de responsabilité de l'Etat, appelée à statuer sur la réparation de l'intégralité du dommage.
Or, le recourant ne démontre pas, ni ne tente de démontrer, qu'une telle voie de droit, qui lui permettrait de faire examiner sa prétention en réparation du dommage indépendamment de la décision déjà obtenue ne lui serait pas ouverte. Il s'ensuit qu'il ne démontre pas à satisfaction de droit l'existence d'une violation du principe d'égalité qu'il invoque. Le grief est infondé.
4.5 Par surabondance, il convient de relever que le recourant ne remet pas en question l'exigence d'un lien de causalité entre la violation de la loi visée par l'<ref-law>/GE et le dommage qui peut être compensé par l'indemnité équitable prévue par l'al. 4 de cette même disposition. Il reproche, en revanche, à la cour cantonale d'avoir constaté, sous l'angle de la causalité naturelle, soit des faits, que ce rapport de causalité n'était « pas évident » en l'espèce.
4.5.1 Selon le certificat médical établi le 19 avril 2005 par le Département de médecine communautaire des Hôpitaux universitaires genevois, le recourant se plaignait de troubles du sommeil se traduisant par une peine à l'endormissement, des réveils fréquents en sursaut avec de très nombreux cauchemars durant lesquels il revivait l'interpellation policière. Il se sentait épuisé, n'avait aucune énergie pour faire quoi que ce soit. Il faisait état d'un retrait social, n'osait plus sortir, se sentait très nerveux et agressif. Chaque fois qu'il entendait quelque chose qui lui rappelait la police, il ressentait une peur intense et sursautait (plaintes subjectives). Quant à l'interpellation du 30 juin 2004, ce rapport indiquait simplement que « monsieur X._ aurait été molesté par la police le 30 juin vers 16h30 », sans fournir de détails sur cet incident. Ce rapport posait le diagnostic d'état de stress post traumatique (F43.1), d'épisode dépressif sévère sans syndrome psychotique (F32.2), de trouble anxieux généralisé (F41.1) et de syndrome de dépendance alcoolique (F10.2). Il concluait qu'à la suite des événements du 30 juin, les médecins consultés notaient l'apparition de symptômes évocateurs d'un syndrome de stress post traumatique et d'un état dépressif. Dans le cadre de sa demande d'asile consécutive à la fuite de son pays, motivée par des menaces de mort pesant sur sa personne, le patient se décrivait comme un peu déprimé depuis son arrivée en Suisse, sans répercussion importante sur son mode de fonctionnement. Cependant, le traumatisme subi le 30 juin avait agi comme facteur déclenchant de tout le processus psychopathologique précédemment décrit, avec répercussions majeures sur son mode de vie, associées à une grande détresse. Ce rapport indiquait encore qu'en plus du traitement antidépresseur prescrit, un suivi avait été organisé par le Dr G._, psychiatre.
Dans un rapport du 15 août 2006, ce dernier médecin indique, au titre des données anamnestiques, que le recourant expliquait avoir vécu très difficilement « autour de décembre 2004 » une interpellation de la police où il avait été mis nu et fouillé. Il l'avait vécue comme un viol. Depuis cet incident, il avait commencé à boire de manière massive et s'était progressivement désinséré socialement. X._ se plaignait de troubles du sommeil se traduisant par une peine à l'endormissement, des réveils fréquents en sursaut avec de très nombreux cauchemars. Il y avait un retrait social marqué et il se plaignait beaucoup de son inactivité. Il expliquait qu'avant ses problèmes avec la police, il travaillait dans un restaurant et était occupé tout le temps. Il disait avoir très souvent des ruminations dépressives et n'osait plus sortir, se sentant très nerveux et agressif. Quelques mois auparavant, il s'était plus enfoncé dans sa toxicomanie, débutant une consommation de cocaïne. Il expliquait s'enfermer chez lui car il avait beaucoup de difficulté à résister à la tentation de consommer de la cocaïne et se plaignait d'avoir perdu l'appétit et d'avoir peu de plaisir à manger. Selon le médecin consulté, X._ présentait une anhédonie assez marquée, des troubles du sommeil, une perte pondérale importante sur quelques mois et décrivait des réminiscences d'événements traumatisants qu'il avait vécus en Guinée. Ces réminiscences avaient été amplifiées à la suite de son arrestation par la police et ces deux événements se téléscopaient dans son esprit. Il avait fait plusieurs syndromes convulsifs à la suite d'épisode de sevrage à l'alcool qui l'avaient beaucoup marqué. Ce rapport posait le diagnostic d'état de stress post traumatique (F43.1), d'épisode dépressif sévère sans syndrome psychotique (F32.2), et de syndrome de dépendance alcoolique (F10.2) et à la cocaïne (F14.2).
4.5.2 On ne saurait faire grief à la cour cantonale d'avoir constaté arbitrairement, sur la base de ces deux appréciations médicales, que les difficultés pathologiques et psychologiques dont souffre le recourant semblaient d'avantage liés aux motifs qui l'ont conduit à quitter la Guinée et au refus de sa demande d'asile qu'au déroulement de l'interpellation litigieuse. Aucun de ces rapports ne décrit en effet clairement les circonstances de l'interpellation litigieuse dont il n'est fait état qu'au travers des déclarations du patient, dont tout porte à croire - la description de l'interpellation « vécue comme un viol » notamment et la mention qu'il avait été mis à nu - qu'elles devaient reprendre pour l'essentiel les allégations de sa plainte, ou tout au moins ses déclarations en procédure, selon lesquelles il se serait retrouvé nu dans la rue. Dans ces conditions, ces deux rapports ne permettent pas d'établir que les troubles dont souffre le recourant seraient en rapport de causalité naturelle avec les actes reprochés aux deux policiers, tels qu'ils ont pu être établis en l'espèce (v. supra consid. 3.2). Il s'ensuit que l'on ne saurait faire grief à la cour cantonale d'avoir refusé d'allouer au recourant une indemnité à titre de réparation morale pour les troubles psychologiques dont il souffre.
Ces mêmes motifs, qui sont pertinents, permettent par ailleurs de constater, même si le recourant n'élève aucun grief précis sur ce point (<ref-law>), que la cour cantonale est demeurée dans les limites de l'exercice du pouvoir d'appréciation tracées par la jurisprudence en relation avec l'interdiction du déni de justice et le principe d'économie de la procédure (v. supra consid. 4.4.3 deuxième paragraphe).
4.6 Pour le surplus, la décision entreprise constate l'existence d'une violation de la LPol/GE. Cette constatation constitue une forme de réparation qui apparaît adéquate en l'espèce, compte tenu de l'atteinte en définitive relativement modérée subie par le recourant à sa personnalité.
5. Le recourant succombe. Ses conclusions apparaissaient d'emblée dénuées de chances de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Il supporte les frais de la procédure (<ref-law>), qui peuvent être réduits pour tenir compte de sa situation financière, qui n'apparaît pas bonne.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel est irrecevable.
2. Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. L'assistance judiciaire est refusée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 14 avril 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Schneider Vallat