Sachverhalt:
A. Am 24. Mai 2007 unterschrieb A._ (Beschwerdeführer) ein mit "Forderungsabtretung Y._ vom 16.04.2007" betiteltes Schreiben an die X._ AG (Beschwerdegegnerin). In diesem Schreiben steht wörtlich:
"[A]uftragsgemäss teile ich Ihnen mit und bestätigte Ihnen in meiner Eigenschaft als Rechtsanwalt und Urkundsperson, dass ich unwiderruflich beauftragt und angewiesen bin, den Betrag in Höhe von EUR 500.000,00 bis spätestens 20.07.2007 namens und im Auftrag der Y._ GmbH an Sie ohne Abzug zu zahlen. Ferner bestätige ich Ihnen, dass mir diese Mittel zur Verfügung stehen und ich somit in der Lage bin, diese Anweisung fristgerecht zu erfüllen. Ich bitte um Mitteilung Ihrer Bankverbindung."
Mit Zahlungsbefehl vom 3. April 2008 liess die Beschwerdegegnerin den Beschwerdeführer für den Betrag von Fr. 789'350.-- nebst Zins zu 5% seit 21. Juli 2007 betreiben. Der Beschwerdeführer erhob Rechtsvorschlag. Mit Entscheid vom 12. Juni 2008 erteilte der Einzelrichter Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden für den genannten Betrag die provisorische Rechtsöffnung.
B. Am 7. Juli 2008 reichte der Beschwerdeführer beim Kantonsgericht Nidwalden Aberkennungsklage gegen die Beschwerdegegnerin ein. Er beantragte, es sei festzustellen, dass die im Betreibungsverfahren Nr. 2081283 vor dem Betreibungsamt Nidwalden mit Zahlungsbefehl vom 3. April 2008 in Betreibung gesetzte Forderung im Betrag von Fr. 789'350 zuzüglich Zinsen nicht bestehe. Ferner seien der Entscheid über die Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung des Einzelrichters in Schuldbetreibung und Konkurs ER Nr. 100 08 81 vom 12. Juni 2008 sowie die Betreibung Nr. 2081283 vor dem Betreibungsamt Nidwalden aufzuheben. Am 13. Mai 2009 wies das Kantonsgericht die Klage ab.
Dagegen appellierte der Beschwerdeführer an das Obergericht des Kantons Nidwalden und beantragte, es sei festzustellen, dass die in Betreibung gesetzte Forderung von Fr. 789'350.-- nebst Zinsen nicht bestehe. Sowohl der Rechtsöffnungsentscheid als auch die Betreibung seien aufzuheben. Mit Entscheid vom 29. März 2012 wies das Obergericht die Appellation ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, in vollumfänglicher Aufhebung des Entscheids des Obergerichts vom 29. März 2012 sei festzustellen, dass die im Betreibungsverfahren Nr. 2081283 vor dem Betreibungsamt Nidwalden mit Zahlungsbefehl vom 3. April 2008 in Betreibung gesetzte Forderung im Betrag von Fr. 789'350 zuzüglich Zinsen nicht bestehe. Ferner seien der Entscheid über die Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung des Einzelrichters in Schuldbetreibung und Konkurs ER Nr. 100 08 81 vom 12. Juni 2008 sowie die Betreibung Nr. 2081283 vor dem Betreibungsamt Nidwalden aufzuheben. Eventualiter sei das Verfahren zur Durchführung der beantragten Beweismassnahmen an das Kantonsgericht Nidwalden zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden könne. Die Vorinstanz verzichtete unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung.
Der Beschwerdeführer reichte eine Replik ein, worauf die Beschwerdegegnerin auf eine weitere Stellungnahme verzichtete.
D. Mit Präsidialverfügung vom 30. November 2012 wurde das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung gutgeheissen. In der Folge leistete der Beschwerdeführer der Bundesgerichtskasse den verfügten Betrag von Fr. 12'000.--.
Mit Eingabe vom 28. Dezember 2012 beantragte der Beschwerdeführer, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zu erteilen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 i.V.m. Art. 90 BGG) in einer Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG). Die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (vgl. Art. 76 Abs. 1 BGG), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG), und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 BGG). Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1).
Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen, und der blosse Verweis auf Ausführungen in andern Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1). Demnach müssen ergänzende Hinweise des Beschwerdeführers auf seine Eingaben im kantonalen Verfahren (z.B. Beschwerde Rz. 4) unbeachtet bleiben.
1.3 Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (Art. 42 Abs. 1 BGG). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf der Beschwerdeführer die Replik nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4). Die Replik ist nur zu Darlegungen zu verwenden, zu denen die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten Anlass geben (vgl. <ref-ruling> E. 2.2). Soweit der Beschwerdeführer dies missachtet und seine Replik für Verbesserungen bzw. Ergänzungen der Beschwerde verwendet, können seine Ausführungen nicht berücksichtigt werden.
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Soweit er den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
Mit Blick auf diese Grundsätze kann auf die eigene frei gehaltene Sachverhaltsdarstellung des Beschwerdeführers in den Randziffern 5-16 der Beschwerdeschrift nicht abgestellt werden.
1.5 Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2, 467 E. 3.1). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn vom Sachrichter gezogene Schlüsse nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2b). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche grundlos ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b).
1.6 Wie zu zeigen sein wird, missachtet der Beschwerdeführer diese Grundsätze über weite Strecken. Er trägt im Wesentlichen unzulässige appellatorische Kritik vor, mit der er nicht gehört werden kann.
2. 2.1 Durch die Anweisung wird der Angewiesene ermächtigt, Geld, Wertpapiere oder andere vertretbare Sachen auf Rechnung des Anweisenden an den Anweisungsempfänger zu leisten, und dieser, die Leistung von jenem in eigenem Namen zu erheben (Art. 466 OR). Die Anweisung gemäss Art. 466 OR stellt eine Doppelermächtigung dar, an der drei Personen beteiligt sind: der Anweisende, der Angewiesene und der Anweisungsempfänger (dazu <ref-ruling> E. 1b). Der Angewiesene, der dem Anweisungsempfänger die Annahme ohne Vorbehalt erklärt, wird ihm zur Zahlung verpflichtet und kann ihm nur solche Einreden entgegensetzen, die sich aus ihrem persönlichen Verhältnisse oder aus dem Inhalte der Anweisung selbst ergeben, nicht aber solche aus seinem Verhältnisse zum Anweisenden (Art. 468 Abs. 1 OR).
Grundsätzlich wird der Angewiesene durch die Anweisung nur ermächtigt, nicht auch verpflichtet, an den Anweisungsempfänger zu leisten. Gegenüber diesem entsteht eine Leistungspflicht erst durch eine entsprechende Annahmeerklärung des Angewiesenen. Eine gemäss Art. 468 Abs. 1 OR vorbehaltlos angenommene Anweisung begründet ein neues, gegenüber dem Deckungs- und dem Valutaverhältnis grundsätzlich abstraktes Zahlungsversprechen. Dem Angewiesenen stehen gegenüber dem Anweisungsempfänger nur solche Einreden zu, die diesem gegenüber persönlich bestehen oder sich aus dem Inhalt der Anweisung ergeben (<ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 2e S. 557; <ref-ruling> E. 3b). Die vorbehaltlose Annahmeerklärung schafft einen eigenständigen Rechtsgrund für die Leistungspflicht des Angewiesenen und lässt ein abstraktes Forderungsrecht des Anweisungsempfängers gegen den Angewiesenen entstehen.
Die Annahme der Anweisung ist eine an den Anweisungsempfänger gerichtete Willenserklärung des Angewiesenen. Sie ist formfrei und kann ausdrücklich oder auch konkludent erfolgen. Damit auf eine konkludente Annahme geschlossen werden kann, muss der Anweisungsempfänger aufgrund der Willensäusserung des Angewiesenen in guten Treuen davon ausgehen dürfen, dass dieser die Absicht hat, sich ihm gegenüber zu verpflichten (<ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 2e/bb).
2.2 Die Vorinstanz hielt fest, im Zentrum der Auseinandersetzung stehe das Schreiben des Beschwerdeführers (Angewiesener) an die Beschwerdegegnerin (Anweisungsempfängerin) vom 24. Mai 2007. Sie qualifizierte dieses Schreiben aufgrund seines klaren Wortlautes in Übereinstimmung mit der Erstinstanz als ausdrückliche und vorbehaltlose Annahme der Anweisung im Sinne von Art. 468 Abs. 1 OR. Entsprechend ging sie davon aus, dass der Beschwerdeführer, der keine persönlichen Einreden oder Einwendungen aus dem Inhalt der Anweisung selbst substanziiert geltend mache, gegenüber der Beschwerdegegnerin verpflichtet sei, die Forderung zu begleichen. Darauf stützte sie die Abweisung der Aberkennungsklage.
3. Der Beschwerdeführer rügt, "[d]ie Sachverhaltsfeststellungen und die Beweiswürdigung der Vorinstanz" seien offensichtlich falsch bzw. unhaltbar. In dieser allgemeinen, nicht näher konkretisierten Form kann auf die Rüge nicht eingetreten werden.
3.1 Konkret beanstandet der Beschwerdeführer einzig die Feststellung der Vorinstanz, wonach er grundsätzlich nicht bestreite, dass es sich vorliegend um einen Fall der Anweisung handle. Der Beschwerdeführer hält diese Feststellung für "falsch". Die Vorinstanz stütze sich dafür lediglich unkritisch auf das Schreiben vom 24. Mai 2007. Mit dieser Ausführung substanziiert er nicht hinlänglich, weshalb die (die geäusserte Rechtsauffassung des Beschwerdeführers betreffende) Feststellung offensichtlich unrichtig sein soll. Ebenso fehlen Ausführungen dazu, weshalb dieser Umstand für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein soll (vgl. Erwägung 1.4). Eine Korrektur der Sachverhaltsdarstellung fällt daher insofern ausser Betracht.
3.2 Die Vorinstanz gelangte zum Schluss, dass dem Beschwerdeführer der Nachweis nicht gelungen sei, dass die Beschwerdegegnerin über die wirtschaftlichen Hintergründe (der Erklärung) orientiert gewesen sei. Der Beschwerdeführer verfehlt mit seinen dagegen gerichteten Ausführungen die Begründungsanforderungen an eine Kritik der Beweiswürdigung. Er verweist das Bundesgericht lediglich auf einzelne Aktenstücke, so die Antwortbeilagen 4-6, aus denen sich seiner Meinung nach ergeben soll, dass die Beschwerdegegnerin vom "wahren" Inhalt der Erklärung vom 24. Mai 2007 und von der Funktion des Beschwerdeführers bestens Kenntnis gehabt haben soll. Der Sinn, den die Vorinstanz dem Schreiben vom 24. Mai 2007 beimesse, sei lebensfremd. Dafür fänden sich in den Akten keine Anhaltspunkte. Indem der Beschwerdeführer lediglich seine Sicht der Dinge darlegt, vermag er die Beweiswürdigung der Vorinstanz in diesem Punkt nicht umzustossen (vgl. Erwägung 1.5).
3.3 Sodann wirft er der Vorinstanz vor, den am 3. August 2007 zwischen der Beschwerdegegnerin und der Z._ AG geschlossenen Vertrag ausser Acht gelassen zu haben. Er belegt jedoch nicht mit präzisen Aktenhinweisen, dass er diesen Vertrag vor der Vorinstanz rechtzeitig als Beweismittel angerufen hätte und welche prozesskonform aufgestellten Behauptungen er damit habe beweisen wollen. Sein Vorwurf, die Vorinstanz habe diesen Vertrag nicht berücksichtigt, geht daher ins Leere (vgl. Erwägung 1.4).
3.4 Die Rüge offensichtlich unrichtiger Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung ist insgesamt ungenügend begründet und erlaubt dem Bundesgericht kein Abweichen von der Sachverhaltsbindung oder ein Eingreifen in die vorinstanzliche Beweiswürdigung. Es ist demnach durchwegs vom Sachverhalt auszugehen, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat.
4. Im Weiteren wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz vor, die Rechtslage verkannt zu haben.
4.1 Die Vorinstanz führte aus, der Beschwerdeführer habe mit dem Schreiben vom 24. Mai 2007 ausdrücklich eine vorbehaltlose Annahme (der Anweisung) erklärt. Auch habe er ausdrücklich bestätigt, dass ihm die Mittel zur Verfügung stehen würden und er somit in der Lage sei, diese Anweisung fristgerecht zu erfüllen. Der Wortlaut des Schreibens sei klar und unmissverständlich. Die Beschwerdegegnerin habe in guten Treuen davon ausgehen dürfen, dass der Beschwerdeführer über das Geld verfüge und die Anweisung wie im Schreiben dargestellt ablaufen würde. Jede vernünftig und sorgfältig handelnde Person - so die Vorinstanz - hätte das Schreiben gleichermassen verstanden.
Dem hält der Beschwerdeführer entgegen, "[a]ufgrund des Sachverhalts und der vorliegenden Beweismittel" stehe fest, dass die Beschwerdegegnerin "die Funktion des Beschwerdeführers in jeder Hinsicht" gekannt und insbesondere gewusst habe, dass diesem keine "Garanten- bzw. Versicherungsstellung" zukomme. Wie "beweismässig erstellt", habe die Beschwerdegegnerin das im Schreiben vom 24. Mai 2007 Erklärte sehr wohl richtig verstanden. Dieses Verständnis habe sie auch manifestiert, indem sie erst knapp ein Jahr später die bestrittene Forderung in Betreibung gesetzt habe, was ein venire contra factum proprium darstelle. Die Vorinstanz habe dies verkannt und sich nicht im Ansatz damit auseinander gesetzt.
Wiederum muss dem Beschwerdeführer vorgehalten werden, nicht rechtsgenüglich zu begründen, worin eine Bundesrechtsverletzung bestehen soll. Er stützt seine Argumentation auf den angeblich erwiesenen Umstand, dass die Beschwerdegegnerin um seine "Funktion" gewusst habe. Diese Behauptung hielt die Vorinstanz aber gerade für nicht belegt, ohne dass der Beschwerdeführer die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz umzustossen vermocht hätte (vgl. Erwägung 3). Der Beschwerdeführer kann daher aus diesem Umstand nichts für seinen Standpunkt ableiten. Demgegenüber setzt er sich nicht sachdienlich mit der streitentscheidenden Erwägung der Vorinstanz auseinander, wonach das Schreiben nach Treu und Glauben als vorbehaltlose Annahmeerklärung zu verstehen war, und er zeigt namentlich nicht im Einzelnen auf, aufgrund welcher konkreten Umstände dies nicht zutreffen soll.
Soweit er mit seinem Hinweis auf ein venire contra factum proprium geltend machen will, die Vorinstanz habe sich nicht mit der Frage eines Rechtsmissbrauchs auseinandergesetzt, so trifft dies nicht zu. Die Vorinstanz schloss vielmehr, dem Beschwerdeführer sei es auch nicht gelungen, einen offensichtlichen Rechtsmissbrauch nachzuweisen. Dafür fehlten Anhaltspunkte. Inwiefern die Vorinstanz mit dieser Würdigung Bundesrecht verletzt haben soll, ist nicht ersichtlich. Jedenfalls kann allein aufgrund des Umstands, dass die Beschwerdegegnerin ihre Forderung nicht sofort, sondern erst nach einigen Monaten in Betreibung setzte, nicht auf einen offenbaren Rechtsmissbrauch geschlossen werden.
4.2 Sodann meint der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe verkannt, dass er sowohl einen Erklärungsirrtum als auch einen Grundlagenirrtum substanziiert und nachgewiesen habe.
Die Vorinstanz hat sich mit der Frage der Irrtumsanfechtung auseinandergesetzt, indessen verneint, dass ein Irrtum genügend begründet und substanziiert worden sei. Der Beschwerdeführer widerspricht dem, rekapituliert aber seinerseits lediglich den Sachverhalt aus eigener Sicht und zieht daraus eigene rechtliche Schlüsse. Damit vermag er bereits nicht rechtsgenüglich darzutun, dass die Vorinstanz in bundesrechtswidriger Weise zu hohe Anforderungen an die Substanziierungspflicht gestellt hätte.
Ohnehin erwog die Vorinstanz aber eventualiter, ein Irrtum über die eigene Leistungsfähigkeit, wie er hier im Grunde geltend gemacht werde, berechtige nie zur Anfechtung, da sich sonst der Schuldner seiner Verpflichtung nachträglich entziehen könnte. Aus denselben Gründen vermöge auch der vorgebrachte Irrtum über die Solidität und Leistungsfähigkeit der Q._ (bei welcher der fragliche Betrag gemäss dem Beschwerdeführer hätte hinterlegt sein sollen) keinen Irrtum im Sinne von Art. 23 ff. OR zu begründen. Darüber - so die Vorinstanz - hätte sich der Beschwerdeführer als qualifiziert rechtskundige Person (Rechtsanwalt und damals noch Urkundsperson) vor der Unterzeichnung eines unwiderruflichen und vorbehaltlosen Zahlungsversprechens erkundigen sollen. Als solche habe er die Bedeutung und Tragweite seiner schriftlichen Erklärung erkennen müssen. Wenn ein Rechtsanwalt gegenüber einem Dritten ein bedingungs- und vorbehaltloses Zahlungsversprechen abgebe und unzutreffenderweise die Verfügungsmacht über Vermögenswerte bestätige, obwohl er genau wisse, dass er (noch) nicht darüber verfüge, habe er die entsprechenden Konsequenzen selber zu tragen. Sie verneinte mit anderen Worten das Vorliegen eines wesentlichen Irrtums, der die Annahmeerklärung für den Beschwerdeführer unverbindlich gemacht hätte.
Mit diesen Erwägungen setzt sich der Beschwerdeführer in keiner Weise auseinander. Er gibt lediglich wörtlich zwei Passagen aus seiner Appellation wieder. Einmal mehr verfehlt er damit die Begründungsanforderungen und kann deshalb nicht gehört werden (vgl. Erwägung 1.2). Wenn er schliesslich darauf insistiert, sich über die Leistungsfähigkeit und den Leistungswillen der Q._ geirrt zu haben, so vermag er dadurch, wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat, keinen für das Verhältnis zur Beschwerdegegnerin als Anweisungsempfängerin wesentlichen Grundlagenirrtum aufzuzeigen (vgl. Erwägung 2.1).
5. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung seines Gehörsanspruchs.
5.1 Der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) fliessende Anspruch auf Abnahme und Würdigung rechtzeitig und formrichtig angebotener Beweismittel (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 242; <ref-ruling> E. 4a mit Hinweisen) schliesst eine vorweggenommene Beweiswürdigung nicht aus, verbietet dem Gericht also nicht, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder Tauglichkeit abzusprechen oder auf die Abnahme von Beweisen zu verzichten, wenn das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (<ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429).
5.2 Der Beschwerdeführer moniert, die Vorinstanz habe keinen einzigen der von ihm beantragten Zeugen angehört. Die vorliegende Streitigkeit betreffe eine komplexe Transaktion rund um den Darlehensvertrag mit einer Mehrzahl Beteiligter. Die Hintergründe, Überlegungen, Anliegen, Auflagen, Befürchtungen und Erwartungen der Beteiligten seien "innere Tatsachen", zu denen die Zeugen und Parteien hätten befragt werden müssen. Zudem habe er die Edition des Bewirtschaftungsvertrags Y._/Q._ sowie jene des Darlehensvertrags Y._/X._beantragt. Auch hieraus seien "rechtserhebliche Tatsachenerkenntnisse" zu erwarten. Die Edition sei vom Bundesgericht nachzuholen bzw. eventuell nach Rückweisung an die erste Instanz durchzuführen.
5.3 Der Beschwerdeführer erhob die gleichlautende Kritik vor der Vorinstanz. Diese erwog dazu, die Sach- und Rechtslage sei derart klar, dass die Erstinstanz das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers nicht verletzt, sondern zu Recht implizit in antizipierter Beweiswürdigung auf die Einvernahme von Zeugen und auf ein eingehendes Parteiverhör sowie auf die Edition von Verträgen und Korrespondenzen verzichtet habe. Die Einvernahmen und Editionen - so die Vorinstanz - hätten am Ergebnis der Beweiswürdigung nichts zu ändern vermocht. Die beantragte Edition sei zudem sinnlos, weil der Beschwerdeführer selber in Besitz des Bewirtschaftungs- und Tresormietvertrags sei.
5.4 Der Beschwerdeführer hält dem nichts Einschlägiges entgegen, das eine Verletzung des Gehörsanspruchs begründen könnte. Namentlich zeigt er nicht auf, inwiefern die antizipierte Beweiswürdigung auf Willkür beruhte, und er unterlässt es auch, auszuführen, welche "inneren Tatsachen" und "Kenntnisse" inwiefern das Ergebnis des Entscheids zu ändern vermöchten. Die Rüge einer Gehörsverletzung dringt daher nicht durch.
5.5 Die Vorinstanz führte sodann mit Bezug auf die im Appellationsverfahren beantragten Beweismassnahmen aus, der Beschwerdeführer habe trotz wiederholter Aufforderung den Darlehensvertrag und weitere Schriftstücke nicht eingereicht. Das Versäumnis gehe zu seinen Lasten. Zu den Beilagen 3 bis 6 und den im Appellationsverfahren neu offerierten Zeugen komme hinzu, dass diese neuen Beweismittel nach Art. 242 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Nidwalden über den Zivilprozess vom 20. Oktober 1999 (ZPO/NW) unzulässig seien, weil der Beschwerdeführer genügend Gelegenheit gehabt hätte, schon im erstinstanzlichen Verfahren diese Beweismittel anzurufen.
Der Beschwerdeführer rügt diesbezüglich eine Verletzung von Art. 242 Abs. 1 ZPO/NW. Auf die Rüge ist nicht einzutreten, da weder behauptet geschweige denn auch nur im Ansatz begründet wird, weshalb die Vorinstanz diese kantonale Prozessvorschrift willkürlich angewendet haben soll (vgl. <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 3 S. 351).
6. 6.1 Nach dem Gesagten kann auf die Beschwerde grösstenteils nicht eingetreten werden. Im Übrigen erweist sie sich als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
6.2 Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch des Beschwerdeführers um Erteilung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen. Diese Entschädigung wird aus der an die Gerichtskasse bezahlten Sicherheitsleistung ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz