Sachverhalt:
A. Der 1941 geborene S._ war Lagerist bei der Firma W._ AG und bei den Winterthur Versicherungen, heute AXA Versicherungen AG (nachfolgend AXA), obligatorisch unfallversichert. Am 23. September 2003 stürzte er von einer Leiter und erlitt eine Kniedistorsion rechts mit 2-tägiger Blockade. Die im Spital X._ erfolgte Kernspintomographie dieses Knies vom 10. November 2003 ergab Folgendes: medialbetonte Gonarthrose mit Signalstörungen und Usuren vor allem im femoralen Knorpelanteil sowie Geröllzysten im medialen Femurocondylus sowie eine fortgeschrittene femoro-pattellar-Arthrose vor allem lateral mit ausgeprägter Geröllzystenbildung in der lateralen patellären Gelenksfacette und deutlicher Knorpeldegeneration sowohl patellär als auch femoral; im Bereich der dorsalen Basis des medialen Meniskus myxoid-zystoide Degeneration sowie insgesamt Volumenminderung des medialen Meniskus (Status nach Meniskusglättung?); 1,5 cm grosser freier Gelenkkörper in der dorsalen Fossa intercondylaris unmittelbar dem lateralen Femurcondylus anliegend; kleinvolumiger Gelenkserguss. Die AXA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Prof. Dr. med. G._, FMH Facharzt für orthopädische Chirurgie, Chefarzt, Klinik für orthopädische Chirurgie, Spital X._, führte am 7. Januar 2004 eine arthroskopische Spülung und ein Débridement am rechten Knie durch, wobei er femoropatelläre und vorwiegend mediale Knorpelschäden diagnostizierte.
Mit Verfügung vom 7. Februar 2006 und Einspracheentscheid vom 7. August 2006 stellte die AXA die Leistungen wegen Erreichens des Status quo sine ab 1. Juli 2004 ein. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache an die AXA zurück, damit sie im Sinne der Erwägungen die erforderlichen Abklärungen tätige und hernach über ihre Leistungspflicht erneut verfüge (Entscheid vom 31. Januar 2008). Am 12. November 2008 nahm Prof. Dr. med. G._ ein arthroskopisches Débridement und Ausspülen der Kalziumoxokristalle am rechten Knie vor. Die AXA holte ein Gutachten des PD Dr. med. K._, Spezialarzt für Chirurgie FMH, vom 18. November 2009 ein. Hierzu nahm Prof. Dr. med. G._ am 1. Dezember 2009 Stellung. Mit Verfügung vom 18. Januar 2010 stellte die AXA die Leistungen mangels natürlicher Unfallkausalität der Kniebeschwerden rechts ab 1. Juli 2004 ein. Der Versicherte und sein Krankenversicherer erhoben Einsprache. Letzterer zog sie zurück. Die Einsprache des Ersteren wies die AXA mit Entscheid vom 4. März 2010 ab.
B. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob die Vorinstanz den Einspracheentscheid auf und stellte fest, der Versicherte habe ab 1. Juli 2004 weiter Anspruch auf die gesetzlichen Leistungen aus der Unfallversicherung (Entscheid vom 29. Februar 2012).
C. Mit Beschwerde beantragt die AXA, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei zu erkennen, dass im Zeitpunkt der Leistungseinstellung per 1. Juli 2004 keine Leistungspflicht der Unfallversicherung mehr bestanden habe; eventuell sei die Sache für weitere medizinische Abklärungen betreffend die Folgen des Unfalls vom 23. September 2003 und eine Neubeurteilung der Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen; der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Der Versicherte schliesst auf Abweisung der Beschwerde und des Gesuchs um deren aufschiebende Wirkung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Grundlagen über den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.), den Wegfall unfallbedingter Ursachen eines Gesundheitsschadens bei Erreichen des Status quo sine vel ante und die diesbezüglich beim Unfallversicherer liegende Beweislast (SVR 2011 UV Nr. 4 S. 12 E. 3.2 [8C_901/2009]) sowie den Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Leistungseinstellung der AXA betreffend die Knieproblematik rechts ab 1. Juli 2004 zu Recht erfolgte.
3.1 Prof. Dr. med. G._ führte im Bericht vom 4. November 2005 aus, bei der Arthroskopie vom 7. Januar 2004 hätten sich neben der massiven Synovialitis vor allem grössere Knorpelausbrüche im Bereich der Trochlea, und zwar zentral und lateral, mit blank liegenden Knochen gefunden. Das Ganze sei nicht als reine Usur erschienen, sondern habe scharfe kantige Abbrüche im Knorpelbereich aufgewiesen. Auch an der gegenüberliegenden Patella hätten sich Knorpelschäden gefunden. Im Bereich des medialen Kompartiments hätten ein verdünnter Knorpel, aber keine Meniskusläsion lateral, ebenso intakte Verhältnisse lateral, bestanden. Es sei versucht worden, die Ränder der Knorpelausbrüche etwas zu glätten. Etwa 1 1/2 Jahre nach dieser Arthroskopie sei eine Verschlechterung eingetreten. Die Knorpelausbrüche im femoro-patellaren Gelenk dürften überwiegend wahrscheinlich auf das erhebliche Distorsionstrauma mit Patella-Subluxation zurückzuführen sein. In der Stellungnahme vom 1. Dezember 2009 zum Gutachten des PD Dr. med. K._ vom 18. November 2009 (E. 3.2 hienach) legte Prof. Dr. med. G._ dar, die vorbestehenden arthrotischen Veränderungen am rechten Knie habe er immer als solche bezeichnet. Beim Unfall vom 23. September 2003 müsse es zusätzlich zu einem frischen Ausbruch mindestens eines Knorpelfragments aus der Trochlea gekommen sein. Die mögliche Entstehung sei dabei eine Subluxation der Patella. Nach seiner Erfahrung gebe es reine Knorpelausbrüche ohne jede Einblutung ins Gelenk. Ein Knorpelausbruch habe eine solche Einblutung nur dann zu Folge, wenn gleichzeitig ein zugehöriges Knochenstück ausbreche, was hier nicht geschehen sei. Im weiteren Verlauf habe sich ein Corpus liberum entwickelt, das in der Magnetresonanz habe dargestellt werden können. Dies sei auch ein Hinweis, dass es zum Knorpelausbruch gekommen sei, woraus sich dieser Corpus liberum gebildet habe. Diese Möglichkeit werde vom Gutachter nicht einmal in Betracht gezogen. Danach habe sich vor allem die Femoropatellaarthrose akzentuiert. Bei der letzten Arthroskopie (vom 12. November 2008) habe nur noch Knochen-Knochen-Kontakt zwischen Patella und Trochlea mit breitflächigem Abrieb bestanden. Die Hydroxyappatit-Einlagerung in Knorpel- und Schleimhautzotten sei in solchen Fällen eher auf den Abrieb als auf eine Erkrankung zurückzuführen. Der Unfall habe überwiegend wahrscheinlich durchaus richtungsweisenden Charakter gehabt.
3.2 PD Dr. med. K._ führte im Gutachten vom 18. November 2009 aus, es sei nicht völlig auszuschliessen, dass beim Distorsionstrauma vom 23. September 2003 ein osteochondrales Fragment ausgesprengt worden sei und zu den Blockaden geführt habe. Nur sei dieses Fragment bei der Arthroskopie vom 7. Januar 2004 nicht identifiziert worden; in deren Rahmen habe Prof. Dr. med. G._ die Scharfkantigkeit der Knorpelausbrüche nicht erwähnt. Wenn er am 4. November 2005 ausführe, sie hätten damals scharfe Kanten aufgewiesen, könne dem nicht gefolgt werden. Das Ausspülen kleiner Knorpelflocken vermöge die mechanische Knieblockade nicht zu erklären. Plausibel werde diese z.B. schmerzbedingt, im Zusammenhang mit der massiven Synovialitis, wie sie bei der Arthroskopie beschrieben worden sei. Aktenmässig bestünden keine Hinweise auf eine objektivierte Akutverletzung, wie z.B. ein Hämarthros (Gelenkeinblutung), wie er im Rahmen der postulierten, bis auf den Knochen reichenden Knorpelausbrüche zu erwarten gewesen wäre. Die von Prof. Dr. med. G._ beschriebenen Knorpelausbrüche aus der Trochlea auf das Ereignis vom 23. September 2003 zurückzuführen sei spekulativ, auch wenn vermerkt werde, der Versicherte habe über ein "Krachen" im Gelenk mit anschliessenden Gelenkblockaden berichtet. Was das "Krachen" anbelange, habe er ihm spontan keine entsprechenden Angaben gemacht. Als er ihn gezielt danach gefragt habe, habe er gemeint, es sei ihm vorgekommen, als ob etwas im Gelenk gerissen sei. An einen lauten "Knall" möge er sich nicht erinnern. Der Versicherte gebe an, die Knieblockaden seien nach dem Unfall ebenso unvermittelt aufgetreten, wie sie nach der obigen Arthroskopie verschwunden seien. Ob die Gelenkblockaden in einem ursächlichen Zusammenhang mit dem dokumentierten Corpus liberum im hinteren Gelenkanteil interkondylär gestanden hätten, sei ebenso ungewiss wie der Zeitpunkt und die Entstehungsursache des Gelenkkörpers. Dieser könne ohne Weiteres schon während Jahren in beschriebener Lokalisation vorgelegen haben, ohne symptomatisch zu sein. Die Ursache der Gelenkblockaden bleibe somit unklar. Die Kniearthroskopie vom 12. November 2008 habe überraschend eine Chondrokalzinose gezeigt. Sollte es sich tatsächlich um eine solche gehandelt haben - entsprechende mikroskopische Untersuchungen seien nicht aktenkundig -, müsse von einem Stoffwechselgeschehen ausgegangen werden. Die Möglichkeit, dass die Kristallarthropathie - wie Prof. Dr. med. G._ vermerke - vom femoropatellären Knochenabrieb stammen könnte, entspreche nicht medizinischer Alltagserfahrung. In aller Regel sei die Kalkgicht nicht eine Unfallfolge, sondern eine Krankheit. Die Kniedistorsion vom 23. September 2003 habe zu keinen Knie-Binnenläsionen geführt, die überwiegend wahrscheinlich als "akut-traumatisch" entstanden einzustufen seien. Sie habe nicht zu einer richtunggebenden, sondern zu einer vorübergehenden Verschlimmerung des Vorzustandes geführt. Es sei von einer unspezifischen Traumatisierung eines gonarthrotischen Vorzustandes auszugehen, weshalb der Status quo sine innerhalb von mehreren Wochen, allerlängstens von sechs Monaten erreicht worden sei. Er könne sich vorbehaltslos der Beurteilung der beratenden Ärzte der AXA - Dres. med. C._, Spezialarzt für Orthopädische Chirurgie FMH, und H._, Spezialarzt FMH Chirurgie - anschliessen, wonach der Status quo sine Ende Juni 2004 eingetreten sei.
4. 4.1 Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, die unmittelbar nach dem Unfall vom 23. September 2003 aufgetretene Knieblockade sei unbestritten. Damit sei die Argumentation des PD Dr. med. K._, diese sei auf durch die Synovialitis ausgelöste Schmerzen zurückzuführen, entkräftet; denn Schmerzen aufgrund eines entzündlichen Prozesses nähmen in der Regel langsam und über einen Zeitraum zu. Es bestehe kein Anlass, am Befund des Prof. Dr. med. G._ zu zweifeln, auch wenn er die scharfen kantigen Abbrüche erst am 4. November 2005 beschrieben habe. Auch seine Darstellung, das im MRI festgestellte Corpus liberum mit einem Durchmesser von 1,5 cm sei gerade das von PD Dr. med. K._ "vermisste" Fragment, erscheine nachvollziehbar. Gleiches gelte für seine Einschätzung, das Vorliegen eines Hämarthros sei bei einen Knorpelabriss nicht zwingend notwendig. PD Dr. med. K._ habe für seine Aussagen, es sei ungewiss, ob der freie Gelenkkörper in einem ursächlichen Zusammenhang mit den Gelenksblockaden gestanden habe, bzw. dieser könne schon während Jahren am beschriebenen Ort vorgelegen haben, keine nähere Begründung geliefert. Weiter habe er die von den Ärzten Dres. med. C._ und H._ vertretene Argumentation nicht erklärend ausgeführt, sondern sich ihrer Meinung lediglich angeschlossen. Eine Begründung für die Leistungsterminierung per Ende Juni 2004 fehle. PD Dr. med. K._ habe sich darauf verlegt, die Aussagen des Versicherten und die Feststellungen des behandelnden Arztes mittels Indizien - auch in nichtmedizinischer Hinsicht - zu entkräften. Dies, zusammen mit der Schilderung des Versicherten vom 15. November 2009, PD Dr. med. K._ habe bei der Begutachtung versucht, ihn von weiteren Ansprüchen gegenüber der Unfallversicherung abzubringen, lasse auch Zweifel an seiner Unabhängigkeit aufkommen. Diese Frage könne aber offen blieben, da auf sein Gutachten ohnehin nicht abgestellt werden könne. Der Unfall vom 23. September 2003 habe überwiegend wahrscheinlich einen Knorpelabriss am rechten Knie zur Folge gehabt. Damit werde die von Prof. Dr. med. G._ angeführte Akzentuierung der Femoropatellaarthrose ohne Weiteres nachvollziehbar. Die degenerative Gonarthrose könne bei einer durch den Abbruch ausgedünnten Knorpelschicht schneller zu deren kompletten Abtragung und damit möglicherweise auch schneller zu den bei der Arthroskopie vom 12. November 2008 vorgefundenen Verhältnissen führen. Damit stelle der genannte Knorpelschaden durch Ausriss eines Fragments eine richtungweisende Verschlechterung des gonarthrotisch vorgeschädigten Knies dar. Der Status quo sine habe sich am 30. Juni 2004 überwiegend wahrscheinlich nicht eingestellt.
4. 4.1 Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, die unmittelbar nach dem Unfall vom 23. September 2003 aufgetretene Knieblockade sei unbestritten. Damit sei die Argumentation des PD Dr. med. K._, diese sei auf durch die Synovialitis ausgelöste Schmerzen zurückzuführen, entkräftet; denn Schmerzen aufgrund eines entzündlichen Prozesses nähmen in der Regel langsam und über einen Zeitraum zu. Es bestehe kein Anlass, am Befund des Prof. Dr. med. G._ zu zweifeln, auch wenn er die scharfen kantigen Abbrüche erst am 4. November 2005 beschrieben habe. Auch seine Darstellung, das im MRI festgestellte Corpus liberum mit einem Durchmesser von 1,5 cm sei gerade das von PD Dr. med. K._ "vermisste" Fragment, erscheine nachvollziehbar. Gleiches gelte für seine Einschätzung, das Vorliegen eines Hämarthros sei bei einen Knorpelabriss nicht zwingend notwendig. PD Dr. med. K._ habe für seine Aussagen, es sei ungewiss, ob der freie Gelenkkörper in einem ursächlichen Zusammenhang mit den Gelenksblockaden gestanden habe, bzw. dieser könne schon während Jahren am beschriebenen Ort vorgelegen haben, keine nähere Begründung geliefert. Weiter habe er die von den Ärzten Dres. med. C._ und H._ vertretene Argumentation nicht erklärend ausgeführt, sondern sich ihrer Meinung lediglich angeschlossen. Eine Begründung für die Leistungsterminierung per Ende Juni 2004 fehle. PD Dr. med. K._ habe sich darauf verlegt, die Aussagen des Versicherten und die Feststellungen des behandelnden Arztes mittels Indizien - auch in nichtmedizinischer Hinsicht - zu entkräften. Dies, zusammen mit der Schilderung des Versicherten vom 15. November 2009, PD Dr. med. K._ habe bei der Begutachtung versucht, ihn von weiteren Ansprüchen gegenüber der Unfallversicherung abzubringen, lasse auch Zweifel an seiner Unabhängigkeit aufkommen. Diese Frage könne aber offen blieben, da auf sein Gutachten ohnehin nicht abgestellt werden könne. Der Unfall vom 23. September 2003 habe überwiegend wahrscheinlich einen Knorpelabriss am rechten Knie zur Folge gehabt. Damit werde die von Prof. Dr. med. G._ angeführte Akzentuierung der Femoropatellaarthrose ohne Weiteres nachvollziehbar. Die degenerative Gonarthrose könne bei einer durch den Abbruch ausgedünnten Knorpelschicht schneller zu deren kompletten Abtragung und damit möglicherweise auch schneller zu den bei der Arthroskopie vom 12. November 2008 vorgefundenen Verhältnissen führen. Damit stelle der genannte Knorpelschaden durch Ausriss eines Fragments eine richtungweisende Verschlechterung des gonarthrotisch vorgeschädigten Knies dar. Der Status quo sine habe sich am 30. Juni 2004 überwiegend wahrscheinlich nicht eingestellt.
4.2 4.2.1 Die Berichte des Prof. Dr. med. G._ vom 4. November 2005 und 1. Dezember 2009, in denen er sich zur Unfallkausalität der Kniebeschwerden rechts äussert, vermögen schon deshalb nicht gegen das Administrativgutachten des PD Dr. med. K._ vom 18. November 2009 durchzudringen, weil sie nicht die formalen und inhaltlichen Merkmale eines Gutachtens aufweisen. Der erstgenannte Bericht dient lediglich der Beantwortung der Fragen des Rechtsvertreters des Versicherten; der zweitgenante Bericht beinhaltet eine zu Handen des Letzteren erstellte 1 1/2-seitige Stellungnahme zum Gutachten des PD Dr. med. K._ (zum Beweiswert von Arztberichten im Allgemeinen vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 232; siehe auch Urteil 8C_278/2011 vom 26. Juli 2011 E. 5.3 und 5.7). Zudem ist zu beachten, dass behandelnde Ärzte mitunter im Hinblick auf ihre auftragsrechtliche Vertrauensstellung in Zweifelsfällen eher zugunsten ihrer Patienten aussagen, weshalb ihre Berichte mit Vorbehalt zu würdigen sind (<ref-ruling> E. 4.5. S. 470).
4.2.2 Der Vorinstanz ist indessen insofern beizupflichten, als die Berichte des Prof. Dr. med. G._ erhebliche Zweifel an der Beweiswertigkeit des Gutachtens des PD Dr. med. K._ sowie der Aktenstellungnahmen der Dres. med. C._ vom 28. Juni 2005 bzw. 10. Januar 2006 und H._ vom 6. Juli 2006 wecken (zur Würdigung von Berichten versicherungsinterner Ärzte vgl. <ref-ruling>).
Die Einwände der AXA vermögen an diesem Ergebnis nichts zu ändern. Nichts zu ihren Gunsten ableiten kann sie insbesondere aus dem Kurzbericht des Prof. Dr. med. G._ vom 12. Juli 2004, worin er ausführte, am rechten Knie bestünden Schmerzen vor allem dorsal in der Kniekehle, die nicht richtig zugeordnet werden könnten; es handle sich sicher um eine globale Gonarthrose, die schlussendlich dann einmal eine prothetische Versorgung brauchen werde. Denn dieser Bericht enthält keine nähere Begründung und insbesondere keine Stellungnahme zur Unfallkausalität der Knieproblematik.
Die Dres. med. C._ und H._ gingen in ihren Aktenstellungnahmen vom Erreichen des Status quo sine per Ende Juni 2004 aus, da keine wesentlichen Binnenverletzungen bzw. eindeutigen morphologischen Schädigungen als Folge des Unfalls vom 23. September 2003 vorlägen. Diese Stellungnahmen sind indessen schon deshalb nicht einschlägig, weil sie vor der Arthroskopie vom 12. November 2008 erstattet wurden, aus deren Ergebnis Prof Dr. med. G._ und PD Dr. med. K._ ebenfalls divergierende Schlüsse betreffend die Unfallkausalität der Knieproblematik rechts ziehen (zum Beweiswert von Aktenberichten siehe RKUV 1993 Nr. U 167 S. 95 E. 5d).
Unbehelflich ist das Argument der AXA, nach der Arthroskopie vom 7. Januar 2004 sei der Versicherte wieder arbeitsfähig gewesen, weshalb die Leistungseinstellung per 1. Juli 2004 plausibel sei. Zwar trifft es zu, dass er ab 15. Februar 2004 voll arbeitsfähig war. Im Gutachten des PD Dr. med. K._ vom 18. November 2009 wurde indessen ausgeführt, nach dieser Arthroskopie hätten die Beschwerden während rund 1 1/2 Jahren deutlich abgenommen, ehe sie tendenziell wieder zugenommen hätten. Demnach war der Versicherte am rechten Knie nicht beschwerdefrei, was auch die AXA einräumt.
Insgesamt ist die Aktenlage unklar und widersprüchlich. Unter den beteiligten Ärzten bestehen umstrittene Fragen, die das Gericht nicht durch freie Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c in fine ATSG) zu Gunsten der einen oder anderen fachlichen Betrachtungsweise entscheiden kann. Da die AXA bereits ein Gutachten eingeholt hat, ist es gerechtfertigt, die Sache entsprechend dem Eventualantrag der Beschwerdeführerin an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie ein medizinisches Gutachten anordne und danach über die Beschwerde neu entscheide (vgl. auch Urteil 8C_ 632/2011 vom 2. Dezember 2011 E. 5.2).
5. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde wird mit heutigem Urteil gegenstandslos.
6. Der unterliegende Versicherte trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 6.1 S. 235). Der AXA steht keine Parteientschädigung zu (<ref-law>; SVR 2009 UV Nr. 11 S. 45 E. 11 [8C_606/2007]).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Februar 2012 wird aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der AXA vom 24. März 2010 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. August 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Jancar