Sachverhalt:
A. A.a Der 1970 geborene M._ war bis 30. April 2003 Chauffeur bei der Firma X._ AG. Danach war er arbeitslos und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 17. Juni 2004 war er auf der Autobahn in eine Auffahrkollision involviert. Das Spital Z._ diagnostizierte eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der Lendenwirbelsäule (LWS). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Sie holte diverse Arztberichte, eine biomechanische Kurzbeurteilung (Triage) der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik vom 31. Januar 2005 und ein polydisziplinäres (internistisches, rheumatologisches, neurologisches und psychiatrisches) Gutachten der Academy Y._, Universitätsspital B._, vom 2. Juli 2007 ein. Hierin wurden folgende Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt: Chronisches zervikovertebrales bis zervikozephales Schmerzsyndrom (ICD-10 M54.2/M53.0) bei/mit Status nach HWS-Distorsion am 17. Juni 2004; kleiner medianer bis mediolateraler Diskushernie rechts bei degenerativen Bandscheibenveränderungen, ohne Einengung des Spinalkanals, ohne Nervenwurzelkompression; pseudoradikulärer Schmerzausstrahlung ohne sensomotorisches radikuläres Reiz- oder Ausfallsyndrom; Wirbelsäulenfehlhaltung und muskulärer Dysbalance. Ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit seien eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10 F45.4) und eine leichte depressive Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F32.01). Mit Verfügung vom 27. August 2007 stellte die SUVA die Leistungen per 31. August 2007 ein. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie ab. Es bestünden keine organisch objektivierbaren Unfallfolgen. Die adäquate Kausalität zwischen dem Unfall und den anhaltenden Beschwerden sei nach der Praxis für psychische Unfallfolgen zu verneinen (Entscheid vom 27. Februar 2008).
A.b Mit Verfügung vom 28. Oktober 2008 verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich den Rentenanspruch des Versicherten. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. November 2009 ab. Dies ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_65/2010.
B. Die gegen den Einspracheentscheid der SUVA vom 27. Februar 2008 erhobene Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 27. November 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm die UVG-Leistungen aus dem Unfall vom 17. Juni 2004 über den 31. August 2007 hinaus zu gewähren; die Sache sei zur Durchführung eines polydisziplinären Gutachtens, zur Bestätigung des adäquaten Kausalzusammenhangs und zur Festlegung der Rente und Integritätsentschädigung an die SUVA zurückzuweisen.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit (BAG) verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Am 15. Juli 2010 schickte das Bundesgericht der SUVA und dem BAG die im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren abgegebenen Vernehmlassungen des BSV vom 4. Juni 2010 (samt Schreiben der Academy Y._ vom 25. Mai 2010) und des Versicherten vom 16. Juni 2010 zur Stellungnahme. Die SUVA schliesst sich mit Eingabe vom 23. Juli 2010 den Ausführungen des BSV an; das BAG verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und die entsprechende Rechtsprechung zutreffend dargelegt, worauf verwiesen wird. Weiter hat sie im Wesentlichen erwogen, aufgrund der medizinischen Akten - unter anderem des Gutachtens der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 - lägen keine objektivierbaren organischen Unfallfolgen vor. Der Unfall vom 17. Juni 2004 sei für die über den 31. August 2007 hinaus persistierenden somatischen und psychischen Beschwerden zumindest teilursächlich gewesen. Die psychische Symptomatik sei nicht im Rahmen des typischen Beschwerdebildes einer HWS-Distorsion, sondern als selbstständige sekundäre Gesundheitsschädigung in Form der anhaltenden somatoformen Schmerzstörung zu betrachten, weshalb die Adäquanzprüfung nicht nach der Schleudertraumapraxis (<ref-ruling>), sondern nach der Rechtsprechung für psychische Unfallfolgen (<ref-ruling>) zu erfolgen habe. Der obige Unfall sei als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Ereignissen zu qualifizieren. Die adäquate Kausalität zu den anhaltenden Beschwerden sei zu verneinen; keines der Adäquanzkriterien sei erfüllt bzw. dasjenige der körperlichen Dauerschmerzen zumindest nicht besonders ausgeprägt.
2.2 Der Versicherte machte - wie schon vorinstanzlich - beschwerdeweise in formeller Hinsicht geltend, die bei der Begutachtung der Academy Y._ mitwirkenden Arztpersonen K._ und O._ verfügten über keinen spezialärztlichen Titel. Bei ihnen und beim Arzt med. pract. G._ liege zudem eine Doktor-Titelanmassung vor. Frau W._ verfüge weder über einen Dr.- noch einen lic.phil. (Psychologie)-Titel; in der Liste der vom Fachverband SVNP enthaltenen neuropsychologischen Fachpersonen sei sie nicht erwähnt. Dem Gutachten der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 könne somit kein Beweiswert beigemessen werden. Die Vorinstanz hat zu diesen Einwänden gegen das Gutachten der Academy Y._ weder im angefochtenen Entscheid noch letztinstanzlich Stellung genommen.
2.3 Am 15. März 2010 forderte das Bundesgericht im parallel laufenden Verfahren 8C_65/2010 das Bundesamt für Sozialversicherungen auf, eine Vernehmlassung insbesondere zur Frage der formellen Voraussetzungen an Gutachten einzureichen. Dieses legte mit seiner Vernehmlassung vom 4. Juni 2010 eine Stellungnahme der Academy Y._ vom 25. Mai 2010 betreffend Qualifikation der am Gutachten vom 2. Juli 2007 beteiligten Ärztinnen und Ärzte sowie weiteren Sachverständigen auf. Die Einreichung dieser Stellungnahme der Academy Y._ ist zulässig, da der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling>). Die SUVA schloss sich den Ausführungen des BSV an, während das BAG keine Stellungnahme abgab.
Das BSV brachte vor, das unberechtigte Führen eines akademischen Titels könne nicht angehen. Es stelle sich jedoch die Frage, ob die alleinige Tatsache, dass eine begutachtende Person in einem Gutachten unberechtigt als "Dr. med." bezeichnet werde, dazu führen könne und solle, dem Gutachten jeglichen Beweiswert abzuerkennen. Diese apodiktische Betrachtungsweise wäre unverhältnismässig, nicht zuletzt auch mit Blick auf die Rechtsprechung, die bei anderen formellen Voraussetzungen einer Begutachtung, wie etwa dessen Unterzeichnung, auch nicht den ganzen Beweiswert in Frage stelle. Es seien einerseits ökonomische Gründe (Kosten für ein neuerliches Gutachten) ins Feld zu führen; anderseits sei es auch eine Frage des raschen Verfahrens und der Auswirkungen auf die versicherte Person (eine zusätzliche Begutachtung bedeute für sie eine weitere Wartezeit von einigen Monaten mit ungewisser Ausgangslage und je nach Krankheitsbild auch eine unter Umständen unnötige zusätzliche Belastung durch eine weitere Begutachtung). In diesem Sinne sei die fälschliche Aufführung des Titels "Dr. med." bei zweien der begutachtenden Ärzte zwar ohne Weiteres zu berichtigen (und die Academy Y._ stehe hier auch im Wort zukünftiger Besserung). Dies dürfe jedoch die Frage des Beweiswerts des Gutachtens nicht beschlagen, weil med. pract. G._ ohne Weiteres über die notwendigen fachärztlichen Kenntnisse verfüge und med. pract. O._ unter der Supervision des Dr. med. I._, Facharzt Psychiatrie, gestanden habe.
2.4 In der Stellungnahme vom 16. Juni 2010 wandte der Versicherte ein, die Ärzte G._ und O._ hätten unberechtigt einen Doktortitel geführt. Frau Dr. med. K._ besitze keinen FMH-Facharzttitel in Neurologie. Der Arzt O._ und die neuropsychologische Gutachterin Frau W._ befänden sich noch in Ausbildung.
3. 3.1 Zur Beurteilung sozialversicherungsrechtlicher Leistungsansprüche bedarf es verlässlicher medizinischer Entscheidgrundlagen (<ref-ruling> f. E. 5.1). Der Beweiswert einer spezialärztlichen Expertise hängt davon ab, ob die begutachtende Person über die entsprechende Fachausbildung verfügt. Ihre fachliche Qualifikation spielt für die richterliche Würdigung einer Expertise eine erhebliche Rolle. Bezüglich der medizinischen Stichhaltigkeit eines Gutachtens müssen sich Verwaltung und Gerichte auf die Fachkenntnisse der Expertin oder des Experten verlassen können. Deshalb ist für die Eignung einer Ärztin oder eines Arztes als Gutachtensperson in einer bestimmten medizinischen Disziplin ein entsprechender, dem Nachweis der erforderlichen Fachkenntnisse dienender spezialärztlicher Titel der berichtenden oder zumindest der den Bericht visierenden Arztperson vorausgesetzt. Hingegen ist der FMH-Facharzttitel nicht Bedingung. Die Titelanmassung stellt den Beweiswert eines medizinischen Gutachtens erheblich in Frage (Urteile 8C_83/2010 vom 22. März 2010 E. 3.2.3 und 9C_53/2009 vom 29. Mai 2009 E. 4.2).
3.2 Das Gutachten der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 wurde von Dr. med. R._, Innere Medizin FMH, fallführender Oberarzt, unterzeichnet. Er gab an, der Versicherte sei internistisch durch ihn, rheumatologisch durch Dr. med. G._, neurologisch durch Dr. med. K._ und psychiatrisch durch Dr. med. O._ untersucht worden.
Gemäss der Stellungnahme der Academy Y._ vom 25. Mai 2010 haben die Teilgutachter med. pract. G._, Facharzt für Innere Medizin und Rheumatologie, Oberarzt, sowie med. pract. O._, Assistenzarzt (der laut der Academy Y._ Facharzt in Psychiatrie ist), das rheumatologische bzw. psychiatrische Teilgutachten zu Unrecht mit dem Titel "Dr. med." unterzeichnet. Die neurologische Teilgutachterin Frau Dr. med. K._, Assistenzärztin, befand sich im Begutachtungszeitpunkt auf dem Weg zum Facharzttitel Neurologie. Die neuropsychologische Teilgutachterin Frau W._, Master of Science in Psychology, war in fortgeschrittener Ausbildung zur Fachpsychologin in Neuropsychologie.
Das psychiatrische Teilgutachten des med. pract. O._ vom 31. Januar 2007 wurde von der Psychiaterin Frau Prof. Dr. med. E._, Chefärztin psychiatrische Poliklinik, und vom Psychiater Dr. med. I._, Oberarzt, mitunterzeichnet. Das neurologische Teilgutachten der Frau Dr. med. K._ vom 31. Januar 2007 wurde vom Neurologen Dr. med. C._, Oberarzt Neurologie, mitunterschrieben. Das neuropsychologische Teilgutachten wurde von Frau dipl. psych. P._, Fachpsychologin für Neuropsychologie, mitunterzeichnet. Laut den Ausführungen der Academy Y._ vom 25. Mai 2010 lag die entsprechende Fachverantwortung bei Frau Prof. Dr. med. E._ und Dr. med. I._, bei Dr. med. C._ und bei Frau dipl. psych. P._; med. pract. G._ trug die Fachverantwortung für das rheumatologische Teilgutachten vom 18. Januar 2007 und unterschrieb es allein.
Vorliegend geht es um die Beurteilung der Folgen eines HWS-Distorsionstraumas. Diesbezüglich ist eine umfassende interdisziplinäre Begutachtung durchzuführen, die durch mit diesen Verletzungsarten besonders vertraute Spezialärzte zu erfolgen und den allgemein gültigen Anforderungen an beweiskräftige medizinische Berichte und Gutachten zu entsprechen hat (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 f., 231 f. E. 5.1). Das Ergebnis dieser Begutachtung ist relevant für die Beurteilung eines Teils der Adäquanzkriterien, sei es nach der Schleudertraumapraxis oder nach der Praxis für psychische Unfallfolgen. Das neurologische und neuropsychologische Teilgutachten sind grundsätzlich nicht zu beanstanden, da sie von Gutachtenspersonen mit entsprechenden Fachtiteln mitunterzeichnet wurden. Indessen wird der Beweiswert des Gutachtens der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 dadurch entscheidend herabgesetzt, dass die rheumatologische und psychiatrische Untersuchung jeweils durch Ärzte, die sich den Doktortitel anmassten, vorgenommen wurde (vgl. E. 3.1 hievor). Zudem waren an den Untersuchungen weitere Personen beteiligt, die ihre Fachausbildung noch nicht abgeschlossen hatten. Unter diesen Umständen kann auf das Gutachten der Academy Y._ insgesamt nicht abgestellt werden. Hieran ändert nichts, dass das psychiatrische Teilgutachten durch Arztpersonen mit entsprechenden Fachausbildungen mitunterzeichnet wurde. Im Übrigen ist von einer ärztlichen Begutachtungsstelle nach IVG zu erwarten, dass sie vollständige und wahre Angaben über den Stand der Ausbildung ihrer Mitarbeiter macht.
3.3 In den Akten befinden sich ansonsten keine Berichte, aus denen sich der unfallbedingte Gesundheitsschaden sowie die damit allenfalls einhergehende Behandlungsbedürftigkeit, Arbeitsunfähigkeit und Integritätseinbusse des Versicherten beim Fallabschluss per 31. August 2007 bzw. Erlass des Einspracheentscheides am 27. Februar 2008 (<ref-ruling> E. 1 S. 169) rechtsgenüglich beurteilen lassen: Frau Dr. med. B._, FMH für Arbeitsmedizin und Psychosomatik, gab im Gutachten vom 5. August 2005 an, in jeder mittelschweren Arbeit, die nicht unter akutem Zeitdruck und Stress ausgeführt werden müsse, bestehe 60%ige Arbeitsfähigkeit an 6-8 Stunden pro Tag mit vermehrten Pausen bzw. bei erhöhter Langsamkeit. Eine Steigerung auf 100 % sei möglich und anzustreben. Bevor nicht ein gut begleiteter Belastungsaufbau erfolgt sei, könne eine Arbeitsunfähigkeit in keiner Weise beurteilt werden. Das Spital L._ legte im Bericht vom 22. Mai 2006 dar, der Beurteilung der Frau Dr. med. B._ könne man sich anschliessen; sie sei allerdings sehr theoretisch. Aufgrund der aktuellen Performance sei eine Arbeitsfähigkeit in der freien Wirtschaft - zumindest vorerst - nicht denkbar. Im Bericht der beruflichen Abklärungsstelle (BEFAS) vom 13. März 2008 wurde ausgeführt, aufgrund der gezeigten generellen Belastungsintoleranz und der bis anhin anzunehmenden Therapieresistenz ohne Beeinflussungsmöglichkeit von Schmerzverhalten und psychovegetativer Symptomatik erscheine eine behinderungsadaptierte berufliche Wiedereingliederung aktuell nicht erfolgreich umsetzbar. Die behandelnde Psychiaterin Frau Dr. med. A._ führte im Bericht vom 27. Mai 2008 aus, ab 1. Juni 2008 sei der Versicherte in der angestammten Tätigkeit zu 30 % und in behinderungsangepasster Tätigkeit halbtags arbeitsfähig; dann sei die Arbeitsfähigkeit zu steigern. In welchem Umfang der Versicherte schliesslich arbeitsfähig sei, gab sie nicht an.
3.4 Nach dem Gesagten ist die Sache an die SUVA zurückzuweisen, damit sie eine den Anforderungen genügende polydisziplinäre Abklärung vornehmen lasse und anschliessend über den Leistungsanspruch neu verfüge.
4. Im Hinblick auf die Adäquanzprüfung ist hinsichtlich der Aspekte, die nicht vom Ergebnis der zusätzlichen medizinischen Abklärung abhängen, Folgendes festzuhalten:
4.1 Die Unfallschwere ist im Rahmen einer objektivierten Betrachtungsweise auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen. Nicht relevant sind die Kriterien, welche bei der Prüfung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen Beachtung finden; dies gilt etwa für die - ein eigenes Kriterium bildenden - Verletzungen, welche sich die versicherte Person zuzog, aber auch für - unter dem Gesichtspunkt der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls zu prüfende - äussere Umstände, wie eine allfällige Dunkelheit im Unfallzeitpunkt oder Verletzungs- resp. gar Todesfolgen, die der Unfall für andere Personen nach sich zog (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1 [U 2/07]; Urteil 8C_595/2009 vom 15. November 2009 E. 7.1). Der Unfall vom 17. Juni 2004 ereignete sich wie folgt: Auf der Autobahn bemerkte eine Autolenkerin nicht, dass die vor ihr stehenden Fahrzeuge die Geschwindigkeit reduziert hatten. Um eine Auffahrkollision zu vermeiden, wich sie auf den rechten Fahrstreifen aus. Dabei kollidierte sie zuerst seitlich mit einem anderen Personenwagen und schliesslich seitlich mit dem vom Beschwerdeführer gelenkten Auto. Gemäss der Beurteilung der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik vom 14. Dezember 2006 dürfte die durch die Kollision bedinge Geschwindigkeitsänderung (delta-v) des Autos des Beschwerdeführers knapp inner- oder oberhalb eines Bereichs von 10 bis 15 km/h gelegen haben. Die Vorinstanz hat dieses Ereignis zu Recht als mittelschwer, im Grenzbereich zu den leichten Unfällen liegend qualifiziert (vgl. auch Urteil 8C_44/2010 vom 27. Mai 2010 Sachverhalt lit. A und E. 3.1, das einen Unfall auf der Autobahn mit ähnlichem Ablauf und delta-v betraf). Die bildmässig dokumentierten Schäden am Auto des Versicherten vermögen hieran nichts zu ändern.
Im von ihm angerufenen Urteil 8C_633/2007 vom 7. Mai 2008 hatte das Bundesgericht in Bezug auf den Geschehensablauf zwar auch einen vergleichbaren Sachverhalt beurteilt; die freigesetzten Kräfte auf die Körper der Fahrzeuginsassen waren in jenem Fall aber ungleich wuchtiger, wie aus der E. 6.2.2 ohne Weiteres ersichtlich ist.
4.2 Ob besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls vorliegen, beurteilt sich objektiv und nicht auf Grund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls des Versicherten (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207 E. 3b/cc). Der nachfolgende Heilungsprozess ist diesbezüglich nicht relevant (Urteil 8C_595/2009 E. 8.1). Beim Unfall vom 17. Juni 2004 liegen nicht Umstände vor, welche die Bejahung einer besonderen Dramatik oder besonderen Eindrücklichkeit der Begleitumstände rechtfertigen, zumal ausser dem Beschwerdeführer niemand verletzt wurde. Aus dem Umstand, dass sich der Unfall auf der Autobahn ereignete, kann er nichts zu seinen Gunsten ableiten. Entgegen seiner Auffassung kann im Lichte der Rechtsprechung nicht generell gesagt werden, Auffahrunfälle auf Autobahnen seien besonders dramatisch oder eindrücklich (vgl. Urteile 8C_44/2010 E. 3.2.1 und 3.2.4 sowie 8C_31/2008 vom 2. Juli 2008 Sachverhalt lit. A und E. 5.2.1). Aus den von ihm angerufenen Urteilen kann der Versicherte nichts zu seinen Gunsten ableiten: Im Urteil 8C_129/2009 vom 15. September 2009 wurde zu dem hier in Frage stehenden Kriterium nicht Stellung genommen. Im Urteil 8C_633/2007 E. 6.3 wurde es nicht im Einzelnen überprüft und bloss erwogen, eine gewisse Eindrücklichkeit sei dem Ereignis nicht abzusprechen; hievon abgesehen war jenes Ereignis ungleich eindrücklicher bzw. dramatischer als das hier streitige, ging es doch um einen Unfall bei Nacht auf der Autobahn mit einer Vielzahl von Unfallopfern und Rettungskräften, wobei der Ehemann der versicherten Person so schwer verletzt wurde, dass sie zunächst fürchtete, er habe nicht überlebt. Dem Urteil 8C_257/2008 vom 4. September 2008 - worin das Kriterium bejaht wurde - lag folgender Sachverhalt zugrunde: Der Versicherte ist in einem Autobahntunnel bei voller Fahrt mit einem Lastwagen kollidiert und ins Schleudern geraten, wobei er mehrmals mit der Tunnelwand zusammenstiess (E. 3.3.3); auch jenes Ereignis ist mit dem vorliegenden nicht vergleichbar. In casu ist das Kriterium insgesamt nicht erfüllt, wie die Vorinstanz richtig erkannt hat.
5. Die Rückweisung der Sache an die SUVA zu neuem Entscheid mit noch offenem Ausgang (E. 3.5 hievor) gilt für die Auferlegung der Gerichtskosten und Parteientschädigung als volles Obsiegen des Versicherten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 6.1 S. 235).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 27. November 2009 und der Einspracheentscheid der SUVA vom 27. Februar 2008 aufgehoben werden und die Sache an die SUVA zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. September 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar