Fatti:
A. Nei mesi di novembre/dicembre del 1994 il Consiglio comunale di Gordola ha adottato una revisione generale del piano regolatore, entrata in vigore il 27 febbraio 1996 con l'approvazione del Consiglio di Stato del Cantone Ticino. Nell'aprile del 2000 l'organo legislativo comunale ha adottato una variante sulla quale il Consiglio di Stato si è pronunciato con decisione del 28 gennaio 2003, riveduta in seguito, su ricorso del Comune, dal Tribunale cantonale della pianificazione del territorio.
La revisione generale e la variante del piano regolatore hanno comportato delle diminuzioni delle aree agricole. Pertanto, con decisione del 23 febbraio 2005, il Consiglio di Stato, dopo avere dato al Municipio la possibilità di esprimersi al proposito, ha imposto al Comune un contributo pecuniario sostitutivo di fr. 270'760.--.
B. Contro la risoluzione governativa il Comune ha adito il Tribunale della pianificazione del territorio (TPT) che, con sentenza del 30 settembre 2005, ha parzialmente accolto il ricorso, riducendo il contributo a fr. 265'471.15. Nei considerandi del giudizio, la Corte cantonale ha nondimeno confermato il principio dell'obbligo contributivo a carico del Comune.
C. Il Comune di Gordola impugna questa sentenza davanti al Tribunale federale mediante un ricorso di diritto pubblico del 9 novembre 2005, con il quale chiede, oltre alla concessione dell'effetto sospensivo, l'annullamento delle decisioni cantonali di prima e seconda istanza. Invoca l'autonomia comunale, il diritto di essere sentito, i principi della non retroattività delle leggi, della sicurezza del diritto e della buona fede, nonché il divieto dell'arbitrio.
D. La Corte cantonale, con risposta del 12 dicembre 2005, ha preso posizione sulla censura di violazione del diritto di essere sentito e ha rinviato per il resto alla propria motivazione. Il Consiglio di Stato, con scritto del 6 dicembre 2005, si riconferma nella sua risoluzione, fatta salva la riduzione del contributo stabilita nel giudizio impugnato. Il ricorrente ha replicato il 21 dicembre 2005, esprimendosi in particolare sulla risposta del TPT.
E. Al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo con decreto presidenziale del 6 dicembre 2005.

Diritto:
1. 1.1 Il ricorso di diritto pubblico tende innanzitutto a proteggere l'individuo da una violazione dei suoi diritti costituzionali compiuta dall'autorità (art. 84 cpv. 1 lett. a OG). Tali diritti sono di principio riconosciuti solo ai privati, mentre le collettività pubbliche, in quanto detentrici del pubblico potere, non possono di massima invocarli né, quindi, impugnare con un ricorso di diritto pubblico una decisione che le concerne in quanto autorità (<ref-ruling> consid. 1.3.1, 125 I 173 consid. 1b pag. 175).
La giurisprudenza riconosce tuttavia, eccezionalmente, la legittimazione a ricorrere secondo l'art. 88 OG alle corporazioni di diritto pubblico quando siano colpite da un atto d'imperio in condizioni di parità con altri soggetti, segnatamente quando intervengano sul piano del diritto privato o siano colpite in modo analogo a un privato cittadino, per esempio quali proprietarie di beni appartenenti al patrimonio finanziario o amministrativo. La legittimazione a ricorrere è inoltre riconosciuta al Comune quando sia leso nella sua autonomia come detentore del pubblico potere o invochi una violazione della sua esistenza o del suo territorio garantiti dal diritto cantonale (<ref-ruling> consid. 1.3.1, 131 I 91 consid. 1, 129 I 410 consid. 1.1).
1.1 Il Comune di Gordola, quale ente pianificante tenuto a compensare la diminuzione della superficie agricola, è toccato nella sua veste di detentore del pubblico potere ed è quindi legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 88 OG per censurare una violazione della sua autonomia. Trattandosi di una contestazione amministrativa, il Municipio può introdurre il ricorso in nome del Comune anche in assenza dell'autorizzazione espressa del Consiglio comunale (<ref-ruling> consid. 2, 103 Ia 468 consid. 1; cfr. anche l'art. 42 cpv. 2 in relazione con l'art. 13 cpv. 1 lett. l della legge organica comunale, del 10 marzo 1987). Sotto i citati profili, il ricorso è pertanto ricevibile. Sapere se, nel campo specifico, il Comune disponga effettivamente di autonomia è una questione di merito che viene esaminata appresso (cfr. <ref-ruling> consid. 1.1 e rinvii).
La giurisprudenza riconosce tuttavia, eccezionalmente, la legittimazione a ricorrere secondo l'art. 88 OG alle corporazioni di diritto pubblico quando siano colpite da un atto d'imperio in condizioni di parità con altri soggetti, segnatamente quando intervengano sul piano del diritto privato o siano colpite in modo analogo a un privato cittadino, per esempio quali proprietarie di beni appartenenti al patrimonio finanziario o amministrativo. La legittimazione a ricorrere è inoltre riconosciuta al Comune quando sia leso nella sua autonomia come detentore del pubblico potere o invochi una violazione della sua esistenza o del suo territorio garantiti dal diritto cantonale (<ref-ruling> consid. 1.3.1, 131 I 91 consid. 1, 129 I 410 consid. 1.1).
1.1 Il Comune di Gordola, quale ente pianificante tenuto a compensare la diminuzione della superficie agricola, è toccato nella sua veste di detentore del pubblico potere ed è quindi legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 88 OG per censurare una violazione della sua autonomia. Trattandosi di una contestazione amministrativa, il Municipio può introdurre il ricorso in nome del Comune anche in assenza dell'autorizzazione espressa del Consiglio comunale (<ref-ruling> consid. 2, 103 Ia 468 consid. 1; cfr. anche l'art. 42 cpv. 2 in relazione con l'art. 13 cpv. 1 lett. l della legge organica comunale, del 10 marzo 1987). Sotto i citati profili, il ricorso è pertanto ricevibile. Sapere se, nel campo specifico, il Comune disponga effettivamente di autonomia è una questione di merito che viene esaminata appresso (cfr. <ref-ruling> consid. 1.1 e rinvii).
2. L'atto di ricorso, circostanziato nella motivazione delle diverse violazioni dei diritti costituzionali, è piuttosto scarno sul tema preliminare e essenziale dell'autonomia. Il ricorrente menziona gli <ref-law>, 16 Cost./TI e 24 della legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990 (LALPT) per affermare che il diritto ticinese lascia ai Comuni autonomia in materia di polizia delle costruzioni e di pianificazione locale. Sostiene poi che quest'autonomia sarebbe stata lesa dall'imposizione dei contributi litigiosi, senza informazione preventiva e dopo tanti anni, in un momento nel quale le scelte pianificatorie erano ormai state fatte.
2.1 L'<ref-law> garantisce l'autonomia comunale nella misura prevista dal diritto cantonale. Il Comune beneficia pertanto di autonomia tutelabile in quelle materie che la legislazione cantonale non disciplina in modo esaustivo, ma lascia in tutto o in parte al relativo ordinamento comunale, conferendogli una notevole libertà di decisione (<ref-ruling> consid. 4.4.1, 129 I 313 consid. 5.2 e rinvii). La sfera di autonomia protetta può riferirsi sia alla facoltà di emanare o attuare le proprie disposizioni comunali sia al margine di apprezzamento che il Comune dispone nell'applicazione di norme del diritto superiore. Tale protezione non presuppone che vi sia autonomia in un intero ambito di competenze, essendo sufficiente che l'autonomia sussista nel settore specifico litigioso (<ref-ruling> consid. 2.1, 128 I 3 consid. 2a e rinvii).
2.2 L'art. 16 cpv. 2 Cost./TI dichiara i Comuni ticinesi autonomi nei limiti della costituzione e delle leggi. In materia di pianificazione del territorio essi hanno potere decisionale e margini di apprezzamento ampi, che rientrano, secondo la giurisprudenza, nell'autonomia tutelabile (<ref-ruling> consid. 2, sentenza 1P.252/2000 del 15 dicembre 2000 consid. 2c/bb, in: RDAT II-2001, n. 1, pag. 3 segg.). L'affermazione in questo senso contenuta nel ricorso è quindi corretta nel suo principio. Il Comune ricorrente omette tuttavia di considerare che la controversia non riguarda il suo diritto generale di pianificare, bensì le conseguenze della pianificazione concreta ch'esso ha effettuato nell'esercizio delle sue facoltà autonome. La vertenza concerne, più precisamente, l'obbligo di compensare la diminuzione dell'area agricola del territorio comunale. È quindi in questo settore specifico che deve essere esaminato se il Comune è autonomo.
2.3 La questione è retta dalla legge cantonale sulla conservazione del territorio agricolo, del 19 dicembre 1989 (LTAgr). La diminuzione delle aree agricole secondo l'art. 68 cpv. 1 lett. a LALPT - in breve: i terreni idonei alla coltivazione, all'orticoltura e all'avvicendamento colturale - deve essere compensata dall'ente pianificante (art. 8). La compensazione è per principio reale e deve quindi essere effettuata con aree di pari estensione e qualità, subordinatamente con altre aree idonee all'agricoltura (art. 9). Qualora ciò non fosse possibile, è dovuto un contributo pecuniario sostitutivo oscillante da un minimo di venti a un massimo di cento volte il valore di reddito agricolo determinato secondo la legge federale sul diritto fondiario rurale, del 4 ottobre 1991 (art. 10 e 12). Il prelievo del contributo pecuniario sostitutivo e la gestione del fondo cantonale alimentato dai proventi di tale contributo sono disciplinati per regolamento dal Consiglio di Stato (art. 13). L'ente pianificante che versa contributi compensativi ha un diritto di regresso verso i proprietari (art. 11).
Il regolamento della LTAgr, del 9 giugno 1998, attribuisce al Consiglio di Stato la competenza di stabilire la compensazione nell'ambito della decisione di approvazione della sottrazione del terreno agricolo (art. 1 e 2 del regolamento). Il contributo pecuniario sostitutivo è calcolato moltiplicando il valore di reddito, determinato dalla Sezione dell'agricoltura, per un coefficiente che varia in funzione del valore medio dei terreni edificabili del Comune; esso è però ridotto del 15% per i Comuni finanziariamente medi e del 30% per quelli deboli (art. 2 e 3 del regolamento). I contribuenti hanno diritto alla restituzione senza interessi qualora eseguissero opere di compensazione reale entro tre anni dalla decisione d'imposizione (art. 4 del regolamento).
2.4 La legislazione cantonale appena riassunta regola nel dettaglio sia i presupposti e le modalità della compensazione sia il calcolo dei contributi pecuniari sostitutivi; essa attribuisce al Consiglio di Stato la competenza di stabilirli e d'imporli ai Comuni. Le disposizioni cantonali disciplinano quindi la materia in modo esaustivo e non lasciano ai Comuni nessuno spazio normativo né decisionale. In effetti, come è rilevato anche nella sentenza impugnata, già la LTAgr, entrata in vigore il 23 febbraio 1990, stabilisce le condizioni materiali dell'imposizione, definisce i limiti minimi e massimi del contributo e attribuisce il potere decisionale all'autorità competente per l'approvazione del piano di utilizzazione (art. 13 cpv. 1), ossia, trattandosi del piano regolatore, al Consiglio di Stato (art. 37 cpv. 1 LALPT); quest'ultima circostanza è peraltro ammessa dal ricorrente. Poco importa quindi, in questo contesto, che il regolamento sia entrato in vigore soltanto il 16 giugno 1998, quando una prima parte di terreni di Gordola era già stata sottratta all'agricoltura con la revisione generale del piano regolatore approvata dal Governo il 27 febbraio 1996.
Se ne deve concludere che il Comune ticinese, pur essendo di principio autonomo in materia di pianificazione del territorio, non lo è nel settore della compensazione per la diminuzione dell'area agricola. Che l'onere contributivo possa in qualche modo orientare o persino condizionare le scelte delle autorità comunali quanto ai terreni da destinare all'agricoltura, restringe semmai la sfera autonoma del Comune nell'ambito della pianificazione, ma non fonda autonomia laddove il diritto cantonale non ne conferisce.
2.5 L'assenza di autonomia nel campo specifico litigioso comporta la reiezione del ricorso e rende superfluo l'esame delle ulteriori censure formali e di merito, le quali, senza una stretta connessione con la violazione dell'autonomia, non possono essere invocate a titolo indipendente (cfr. <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 319 e rinvii). Questa conseguenza è certo severa per il Comune di Gordola, ma deriva dalla natura particolare del ricorso di diritto pubblico che - destinato, come s'è detto all'inizio, a tutelare il cittadino da una violazione dei suoi diritti costituzionali compiuta dall'ente pubblico - è rivolto contro l'ente pubblico stesso (cfr. <ref-ruling> consid. 1.5; Auer/Malinverni/Hottelier, Droit constitutionnel suisse, Berna 2000, vol. I, pag. 696, n. 1944).
3. Ne segue che il ricorso deve essere respinto. La tassa di giustizia segue la soccombenza ed è quindi posta a carico del ricorrente, che, pur avendo agito nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali, aveva un interesse pecuniario evidente (art. 156 cpv. 1 e 2 OG). Non si assegnano ripetibili alle autorità resistenti.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 3'000.-- è posta a carico del ricorrente.
3. Non si assegnano indennità a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Consiglio di Stato e al Tribunale della pianificazione del territorio del Cantone Ticino.