Sachverhalt:
A. X._ führt an der A._ in Altdorf den Pub "B._". An Wochenenden hält er das Lokal bis um sechs Uhr morgens geöffnet. Nach verschiedenen Reklamationen und Anzeigen wegen Nachtruhestörung sprach die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Uri am 6. November 2009 gegen ihn eine Verwarnung mit Androhung des Patententzugs aus, verbunden mit Bedingungen und Auflagen. So werden mit Ziffer 1 der Verfügung die Betriebs- bzw. Öffnungszeiten des Pubs eingeschränkt; dem Betreiber wird untersagt, zwischen 03.00 Uhr und 06.00 Uhr das Lokal offen zu halten und dort Gäste zu bewirten. Eine Verwaltungsbeschwerde gegen diese Verfügung wies der Regierungsrat des Kantons Uri am 11. Mai 2010 ab. Die gegen den regierungsrätlichen Entscheid erhobene Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 27. August 2010 teilweise gut; die Verfügung der Volkswirtschaftsdirektion wurde mit Ziff. 2 des Entscheiddispositivs insoweit abgeändert, "als die Auflage in Ziff. 1 der Verfügung vom 6. November 2009 auf vier Monate ab Rechtskraft des vorliegenden Entscheids befristet wird". Im Übrigen wurde die Sache an die Volkswirtschaftsdirektion Uri zurückgewiesen, damit diese nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen neu verfüge (Ziff. 3 des Entscheiddispositivs); namentlich müsse abgeklärt werden, ob es wirklich (ausschliesslich oder zumindest mehrheitlich) die Gäste des "B._" seien, die den Lärm im fraglichen Quartier verursachten.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht, den erwähnten Entscheid des Obergerichts aufzuheben.
Die Volkswirtschaftsdirektion, die Justizdirektion (namens des Regierungsrates) und das Obergericht des Kantons Uri haben auf eine Stellungnahme verzichtet.
Das Bundesamt für Umwelt hat festgehalten, es könne keine Stellung nehmen, bevor die Ergebnisse der Abklärungen über die tatsächliche Lärmbelästigung am fraglichen Standort vorliegen.
C. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2010 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Der gestützt auf öffentliches Recht (Bundesgesetz vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz [USG; SR 814.01]; Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 [LSV; SR 814.41]; Urner Gastwirtschaftsgesetz vom 29. November 1998 [GWG/UR]; Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Altdorf vom 24. Oktober 1991) ergangene Entscheid der letzten kantonalen Instanz kann grundsätzlich mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden.
2. 2.1 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, es sei unbestritten, dass der nächtliche Lärmpegel in der A._ nicht unerheblich sei; die örtlichen Verhältnisse seien gerichtsnotorisch; ungenügend abgeklärt sei jedoch u.a. - und dies trotz Einsetzung der interdisziplinär zusammengesetzten Arbeitsgruppe "Lärm" -, ob die Lärmimmissionen tatsächlich nur bzw. mehrheitlich dem Pub des Beschwerdeführers zuzurechnen seien. Unklar sei, ob die Immissionen in der A._ nicht (mehrheitlich) durch die lediglich diese Gasse durchquerenden Personen verursacht und somit nicht bzw. nicht einzig dem Betrieb des Beschwerdeführers zugerechnet werden könnten; es sei gerichtsnotorisch, dass die A._ von den Nachtschwärmern schlechthin als Verbindung zwischen Rathaus- und Lehnplatz benützt werde; zudem sei darzulegen, wie sich die Lärmsituation vor Eröffnung des "B._" präsentiert habe und ob bzw. in welcher Weise gegen andere (benachbarte) Betreiber von Gaststätten vorgegangen worden sei. Die Sache sei deshalb zur Vornahme weiterer Abklärungen an die Volkswirtschaftsdirektion zurückzuweisen. Über den Antrag des Beschwerdeführers, den bei ihr angefochtenen Beschluss des Regierungsrates aufzuheben, hat die Vorinstanz nicht entschieden.
2.2 Der angefochtene Entscheid ist ein Rückweisungsentscheid, der allerdings für den Beschwerdeführer offensichtlich einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil (<ref-law>) bewirken kann, indem das Verbot der unteren kantonalen Instanzen, den Betrieb zwischen 03.00 Uhr und 06.00 Uhr offen zu halten und Gäste zu bewirten, nicht aufgehoben, sondern auf vier Monate nach Rechtskraft des angefochtenen Entscheides beschränkt wird. Das wäre für den Beschwerdeführer nicht nur mit finanziellen Einbussen verbunden - er generiert nach seinen eigenen Angaben in seinem von Anfang an auf das "frühmorgendliche Chillout" konzipierten Betrieb mindestens die Hälfte seines Umsatzes von 03.00 Uhr bis 06.00 Uhr -, sondern würde ihm auch die Ausübung seines Berufes verunmöglichen, da er unter diesen Umständen mangels genügender Rentabilität den Betrieb schliessen müsste (Beschwerde S. 15). Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt u.a. eine Verletzung des Willkürverbotes (<ref-law>), des Rechtsgleichheitsgebotes (<ref-law>), der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) sowie der Eigentumsgarantie (<ref-law>).
Die in Frage stehende, gestützt auf Art. 8 GWG/UR getroffene Anordnung erweist sich von vornherein als fragwürdig, da die Ermittlung der vom Lokal des Beschwerdeführers ausgehenden Lärmimmissionen gar nicht erfolgen kann, wenn dieser das Lokal in der fraglichen Zeit - in welcher der Beschwerdeführer nach seinen Angaben die Hälfte seines Gesamtumsatzes erwirtschaftet - geschlossen halten müsste.
Nachdem jedoch insbesondere nicht feststeht, ob die in Frage stehenden Lärmimmissionen überhaupt vom Betrieb des Beschwerdeführers ausgehen, fehlt es von vornherein an einer genügenden tatsächlichen und rechtlichen Grundlage, diesem im Interesse einer ungestörten Nachtruhe der Wohnbevölkerung eine Beschränkung der Öffnungszeiten aufzuerlegen, auch wenn diese zeitlich beschränkt erfolgt. Denn eine Verwarnung mit Auflagen gemäss Art. 8 Abs. 2 GWG/UR (angefochtenes Urteil E. 11) setzt die verbindliche Feststellung eines Verstosses gegen die im konkreten Fall anwendbaren Normen voraus. Daran gebricht es im vorliegenden Fall, womit sich die angefochtene Beschränkung der Öffnungszeiten nicht mit sachlichen Gründen rechtfertigen lässt und als willkürlich zu bezeichnen ist.
2.4 Die Beschwerde ist daher gutzuheissen und Ziffer 2, 4 und 5 des angefochtenen Entscheides sind aufzuheben.
3. Bei diesem Ausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Uri hat den Beschwerdeführer jedoch für das Verfahren vor Bundesgericht angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und Ziffer 2, 4 und 5 des angefochtenen Entscheides werden aufgehoben. Die Sache wird zum neuen Entscheid über die Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Der Kanton Uri hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Küng