Sachverhalt:
A.
Die Y._ Treuhand AG (Beschwerdegegnerin) eröffnete am 26. Januar 1988 als Treuhänderin bzw. "Trustee" für den in Liechtenstein registrierten N._ Trust bei der Bank A._ (Suisse) SA ein Konto unter der Rubrik "N._ Trust". Sodann eröffnete sie am 25. November 2002 als Treuhänderin bzw. "Trustee" (nachfolgend Treuhänderin) für den in Liechtenstein registrierten M._ Trust bei derselben Bank ein Konto unter der Rubrik "M._ Trust". Im Jahre 2002 wurde die Bank A._ von der Bank B._ (Suisse) übernommen und letztere im Jahre 2003 in die Geschäftstätigkeit der X._ SA (Beschwerdeführerin) integriert.
Unbestrittenermassen ist seit dem 16. August 2007 nicht mehr die Beschwerdegegnerin Treuhänderin des N._ und des M._ Trusts, sondern die C._Trust reg. mit Sitz in D._ (nachfolgend C._). In Liechtenstein sind zwischen der Beschwerdegegnerin und der C._ einerseits und zwischen diesen beiden Treuhandunternehmen und den wirtschaftlich Berechtigten andererseits Verfahren hängig. Nach den Ausführungen der Beschwerdegegnerin sei es im Rahmen der Abrechnung zwischen ihr und den Berechtigten der Trusts zu Meinungsverschiedenheiten gekommen, die in Liechtenstein zu einem Rechtsstreit wegen ungedeckten Forderungen der Beschwerdegegnerin geführt hätten. Die Beschwerdeführerin verweigere der Beschwerdegegnerin die Herausgabe der bei ihr deponierten Vermögenswerte, seit sie von diesen Rechtsstreitigkeiten Kenntnis habe.
B.
Am 30. Januar 2013 gelangte die Beschwerdegegnerin mit Klage auf Rechtsschutz in klaren Fällen gemäss <ref-law> an den Einzelrichter am Handelsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragte u.a., die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, der Beschwerdegegnerin sämtliche Vermögenswerte herauszugeben, welche die Beschwerdeführerin für die Beschwerdegegnerin unter der Konto-/Depotnummer Nr. sss, Rubrik N._ Trust, bzw. welche die Beschwerdeführerin unter der Konto-/Depotnummer Nr. kkk, Rubrik M._ Trust, verwahrt, und die Kontoguthaben auszuzahlen.
Soweit das Handelsgericht auf die Klage eintrat, verpflichtete es die Beschwerdeführerin mit Urteil vom 31. Mai 2013, der Beschwerdegegnerin aus dem auf den Namen der Beschwerdegegnerin lautenden Portfolio-No. qqq die 97 Aktien der F._ S.A. (betr. N._ Trust) herauszugeben sowie aus dem auf den Namen der Beschwerdegegnerin lautenden Portfolio-No. ppp die 100 Aktien der G._ Inc., H._ (betr. M._ Trust).
C.
Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil vom 31. Mai 2013 sei insofern aufzuheben, als sie verpflichtet wurde, der Beschwerdegegnerin die 97 Aktien der F._ S.A. (betr. N._ Trust) sowie die 100 Aktien der G._ Inc., H._ (betr. M._ Trust) herauszugeben, und es sei auf die entsprechenden Klagebegehren der Beschwerdegegnerin nicht einzutreten.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 10. Oktober 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt.

Erwägungen:
1.
Das Handelsgericht hat als einzige kantonale Instanz im Sinne von <ref-law> einen verfahrensabschliessenden Entscheid gefällt. Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) grundsätzlich einzutreten.
2.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>; vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerde ist dabei hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.1/2.2; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 3).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit die Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies hat sie darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3, 396 E. 3.1 S. 399).
3.
Da die Beschwerdegegnerin ihren Sitz im Fürstentum Liechtenstein hat, liegt ein internationaler Sachverhalt vor und ist die Frage nach dem anwendbaren Recht von Amtes wegen zu prüfen (<ref-ruling> E. 2.1).
Nach den vorinstanzlichen Feststellungen haben die Parteien mit der Kontoeröffnung schweizerisches Recht für anwendbar erklärt, was im vorinstanzlichen Verfahren unbestritten blieb. Demnach ist auch vorliegend davon auszugehen, dass die Streitigkeit nach Schweizer Recht zu beurteilen ist, soweit vertragliche Ansprüche aus der streitbetroffenen Konto-/Depotbeziehung zu beurteilen sind (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1).
Soweit sich Fragen über die Rechtszuständigkeit und die Verwaltungsbefugnis am Trustvermögen stellen, ist indessen das anwendbare Recht nach dem Haager Übereinkommen vom 1. Juli 1985 über das auf Trusts anzuwendende Recht und über ihre Anerkennung (Haager Trust Übereinkommen, HTÜ; SR 0.221.371) zu bestimmen, soweit ein Trust im Sinne dieses Übereinkommens vorliegt (Art. 149a und 149c IPRG in Verbindung mit Art. 2 und Art. 8 Abs. 2 lit. d HTÜ). Lauten die Rechte in Bezug auf das Vermögen des Trusts nicht auf den Namen des Trustees oder auf den einer anderen Person in Vertretung des Trustees (Art. 2 Abs. 2 lit. b HTÜ), sondern hat der Trust eine eigene Persönlichkeit, wie z.B. der sog. Trust Reg bzw. das Treuhandunternehmen gem. Art. 932a des liechtensteinischen PGR, so findet das Gesellschaftsstatut im Sinne von <ref-law> Anwendung (Nedim Peter Vogt, in: Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 3. Aufl. 2013, N. 3 zu <ref-law>). Vorliegend herrscht mangels entsprechender Feststellungen keine Klarheit darüber, ob ein Trust vorliegt, auf den die Bestimmungen des HTÜ zur Anwendung kommen, oder eine organisierte Vermögenseinheit, die dem Gesellschaftsstatut unterworfen ist. Nach den Ausführungen der Vorinstanz ist allerdings davon auszugehen, dass - soweit das Gesellschaftsstatut anwendbar ist - die streitbetroffenen Trusts liechtensteinischem Recht unterstellt wurden bzw. nach liechtensteinischem Recht konstituiert sind (<ref-law>) bzw. - soweit das HTÜ zur Anwendung kommen sollte - dem liechtensteinischen Recht unterstellt wurden (Art. 6 HTÜ) oder nach den Kriterien von Art. 7 HTÜ dem liechtensteinischen Recht unterstehen. In allen Fällen ist von der Anwendbarkeit von liechtensteinischem Recht auszugehen.
4.
<ref-law> sieht unter dem Titel "Rechtsschutz in klaren Fällen" vor, dass das Gericht Rechtsschutz im summarischen (raschen) Verfahren gewährt, wenn zum einen der Sachverhalt unbestritten oder sofort beweisbar (lit. a) und zum anderen die Rechtslage klar ist (lit. b).
In Bezug auf die 97 Aktien der F._ S.A. (betr. N._ Trust) und die 100 Aktien der G._ Inc., H._ (betr. M._ Trust) ist die Voraussetzung des unbestrittenen Sachverhalts nach den vorinstanzlichen Feststellungen erfüllt, was die Beschwerdeführerin nicht in Frage stellt. Sie rügt aber, die Vorinstanz habe die Voraussetzung einer klaren Rechtslage zu Unrecht bejaht.
Eine klare Rechtslage im Sinne von <ref-law> ist gegeben, wenn sich die Rechtsfolge bei der Anwendung des Gesetzes unter Berücksichtigung der Lehre und Rechtsprechung ohne Weiteres ergibt und damit die Rechtsanwendung zu einem eindeutigen Ergebnis führt. Dagegen ist die Rechtslage in der Regel nicht klar, wenn die Anwendung einer Norm einen Ermessens- oder Billigkeitsentscheid des Gerichts mit wertender Berücksichtigung der gesamten Umstände erfordert (<ref-ruling> E. 2.1.2 S. 126 mit Hinweisen). Mit Rücksicht darauf, dass bei einer Gewährung des Rechtsschutzes nach <ref-law> ein definitives, der materiellen Rechtskraft fähiges Urteil ergeht (<ref-ruling> E. 5.1.1 S. 622 f.), sind an das Vorliegen einer klaren Rechtslage strenge Anforderungen zu stellen.
5.
Die Beschwerdegegnerin beansprucht die Herausgabe der Aktien gestützt auf die Verträge vom 26. Januar 1988 und vom 25. November 2002. Es handelt sich dabei um Kontoverträge, die mit einem Depotvertrag über ein offenes Depot verbunden sind, wobei der Bank an den deponierten Werten ein Pfandrecht eingeräumt wird. Die Vorinstanz qualifizierte die Vereinbarungen als gemischtes Vertragsverhältnis, auf das die Bestimmungen des Hinterlegungsvertrags und diejenigen des Auftrags anwendbar sind, wobei hinsichtlich des geltend gemachten Anspruchs auf Herausgabe der Aktien der Hinterlegungsvertrag im Vordergrund stehe. Dieser sei als regulärer Hinterlegungsvertrag im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Denn bei den Aktien der F._ S.A. handle es sich um ein nicht vertretbares Aktienpaket und damit um eine nicht vertretbare Sache. Bezüglich der Aktien der G._ Inc., H._, werde sodann von keiner Seite die Vereinbarung eines depositum irregulare behauptet und eine solche Vereinbarung ergebe sich auch nicht aus den eingereichten Vertragsdokumenten mit der Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin (<ref-law>). Diese Vertragsqualifikation und die Anwendung von Hinterlegungsvertragsrecht auf die strittige Frage nach der Pflicht zur Herausgabe der Aktienpakete erscheint als zutreffend (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 7.1.1 S. 531 f.) und wird von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet. Die Vorinstanz stellte im Übrigen fest, dass sich auf den beiden Konten und in den Depots neben den streitbetroffenen Aktienpaketen keine anderen Vermögenswerte mehr befänden und es ist unbestritten, dass die Konto-Beziehung bis auf die deponierten Aktienpakete liquidiert ist. Die Beschwerdeführerin macht auch nicht geltend, sie habe noch offene Forderungen aus der Geschäftsbeziehung.
In der Folge hielt die Vorinstanz gestützt auf Rechtsprechung und Lehre fest, dass der Hinterleger die hinterlegte Sache nach der zwingenden Bestimmung von <ref-law> jederzeit zurückfordern könne. Eine Ausnahme von der Restitutionspflicht liege nicht vor. Ein Retentionsrecht nach <ref-law> werde von der Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht. Wie sich der Aufbewahrer zu verhalten habe, wenn er sich konkurrierenden Restitutionsansprüchen ausgesetzt sehe, gehe aus <ref-law> hervor; danach führten Drittansprüche nur dann zur Aufhebung der Rückgabeverpflichtung an den Hinterleger, wenn (gegenüber ihm) gerichtlich Beschlag auf die Sache gelegt oder die Eigentumsklage gegen ihn (den Aufbewahrer) anhängig gemacht worden sei. Dies sei vorliegend, so die Vorinstanz, unbestrittenermassen nicht der Fall, so dass kein Kollisionsproblem im Sinne von <ref-law> gegeben sei. Weder der unbestrittene Einwand der Beschwerdeführerin, dass im Öffentlichkeitsregister von Liechtenstein seit dem 16. August 2007 nicht mehr die Beschwerdegegnerin, sondern die C._ als Trustee des N._ und des M._ Trusts eingetragen sei, noch ihre Hinweise auf Schreiben, aus denen hervorgehe, dass Dritte ihr gegenüber erklärten, an den streitgegenständlichen Aktien berechtigt zu sein, erwiesen sich im Lichte der zwingenden Natur von <ref-law> als relevant.
Sodann verneinte die Vorinstanz, dass die allgemein gehaltenen Befürchtungen der Beschwerdeführerin, bei Herausgabe der Aktien allenfalls von Dritten ins Recht gefasst zu werden, einen Einfluss auf ihre Restitutionspflicht hätten. Der Treuhänder könne extern gegenüber Dritten über eine Sache beliebig verfügen, da ihm eine sog. überschiessende Rechtsmacht zukomme. Der Vertragspartner des Treuhänders stehe nur mit diesem in einer Rechtsbeziehung, selbst wenn ihm bekannt sei, dass der Treuhänder für den Treugeber fiduziarisch handle. Ein solcher Vertragspartner brauche sich deshalb auch nicht um die Interessenlage des Treugebers zu kümmern. Vorliegend sei nicht ersichtlich, welche Ansprüche Dritte gegen die Beschwerdeführerin erheben könnten. Da in Bezug auf die Aktien ausser zwischen den Parteien keine vertraglichen Beziehungen bestünden, gebe es keine obligatorischen Ansprüche von Dritten. Gemäss Art. 919 Abs. 3 des liechtensteinischen Personen- und Gesellschaftsrechts (PGR) erwerbe der Trustee grundsätzlich Eigentum am Treugut und könne davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdegegnerin Eigentümerin der streitgegenständlichen Aktien sei. Damit entfielen auch dingliche Ansprüche von Dritten. Ohnehin würden solche an der Restitutionspflicht nichts ändern, da kein Ausnahmefall nach <ref-law> vorliege.
6.
Die Beschwerdeführerin rügt, dass die Vorinstanz den Restitutionsanspruch allein aus der "Tatsache" abgeleitet habe, dass der obligationenrechtliche Rückerstattungsanspruch des Hinterlegers einem dinglichen Anspruch eines Drittansprechers in jedem Fall vorgehe, solange letzterer die Sache weder gerichtlich mit Beschlag belegen lasse noch gegen den Aufbewahrer die Vindikationsklage anhängig gemacht habe. Diese eingeschränkte Betrachtungsweise des Sachverhalts, die den Wechsel des Trustee ausblende, verletze aus mehreren Gründen Bundesrecht.
6.1. Zunächst macht die Beschwerdeführerin geltend, die Beschwerdegegnerin sei unbestrittenermassen nicht mehr Trustee des N._ und des M._ Trusts und diese Tatsache habe unbestrittenermassen zu verschiedenen Gerichtsverfahren zwischen der Beschwerdegegnerin und der C._ einerseits und zwischen diesen beiden Treuhandunternehmen und den wirtschaftlich Berechtigten andererseits geführt. Wenn die Beschwerdegegnerin vorliegend dennoch die gerichtliche Herausgabe der Aktien verlange, sei dies rechtsmissbräuchlich, was von der Vorinstanz von Amtes wegen zu beachten gewesen wäre, nachdem ihr die tatsächlichen Voraussetzungen eines Rechtsmissbrauchs in der vom Prozessrecht vorgeschriebenen Weise vorgetragen worden seien. Da der Vorinstanz im Zusammenhang mit der Beurteilung des Rechtsmissbrauchsverbots ein grosses Ermessen zugekommen wäre, bestehe keine klare Rechtslage, weshalb sie mit ihrem gegenteiligen Entscheid <ref-law> i.V.m. <ref-law> sowie <ref-law> verletzt habe. Nach der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2.1.2) sei die Rechtslage in der Regel nicht klar, wenn die Anwendung einer Norm einen Ermessens- oder Billigkeitsentscheid des Gerichts mit wertender Berücksichtigung der gesamten Umstände erfordere, wie dies namentlich bei der Beurteilung von Treu und Glauben zutreffe.
Vorweg ist klarzustellen, dass die beispielhafte Erwähnung der Beurteilung von Treu und Glauben in <ref-ruling> E. 2.1.2 nicht so zu verstehen ist, dass ein klarer Fall in rechtlicher Hinsicht verneint werden muss, sobald von der Beklagtenseite eine missbräuchliche Rechtsausübung durch die Klägerschaft geltend gemacht wird oder aufgrund der vorgetragenen Tatsachen entfernt in Betracht gezogen werden könnte. Das Rechtsmissbrauchsverbot nach <ref-law> hindert den Ansprecher nur an der Rechtsausübung, wenn dieselbe nach den Umständen des Einzelfalls offenbar missbräuchlich erfolgt (<ref-ruling> E. 5.2, 401 E. 2.2). Ein klarer Fall ist somit unter dem Gesichtswinkel des Rechtsmissbrauchsverbots nur dann zu verneinen, wenn Umstände vorliegen, nach denen das Verhalten des Ansprechers offenkundigeinen Missbrauch darstellt, was namentlich der Fall ist, wenn dieses in eine der in Rechtsprechung und Lehre anerkannten Fallgruppen einzuordnen ist (vgl. <ref-ruling> E. 5.2).
Entsprechende Umstände wurden im angefochtenen Urteil nicht festgestellt und werden von der Beschwerdeführerin auch nicht mittels einer hinreichend begründeten Sachverhaltsrüge in das vorliegende Beschwerdeverfahren eingebracht (Erwägung 2 vorne). Dies gilt namentlich, soweit sie vorbringt, die Beschwerdegegnerin anerkenne, dass sie nicht mehr Berechtigte an den ins Depot bei der Beschwerdeführerin eingebrachten streitgegenständlichen Aktien sei, was überdies von der Beschwerdegegnerin bestritten wird. Im angefochtenen Urteil wird vielmehr festgehalten, dass die Beschwerdegegnerin den Standpunkt vertrete, dass sich die Konto- und Depotverhältnisse seit der Eröffnung nicht verändert hätten, weshalb die Beschwerdegegnerin alleinige Konto- und Depotinhaberin und deshalb an den hinterlegten Vermögenswerten allein verfügungsberechtigt sei. Allein die Umstände, dass die Beschwerdegegnerin heute nicht mehr Treuhänderin der beiden Trusts ist und in diesem Zusammenhang verschiedene Gerichtsverfahren hängig sind, vermögen das Herausgabebegehren klarerweise nicht als offenkundig missbräuchlich erscheinen zu lassen. Dies gilt auch, soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, es bestehe die Gefahr, dass die Beschwerdegegnerin über die streitgegenständlichen Aktien nach deren Herausgabe ohne Wissen der tatsächlich Berechtigten verfüge. Damit unterbreitet sie dem Bundesgericht blosse Spekulationen über ein möglicherweise beabsichtigtes treuwidriges Verhalten der Beschwerdegegnerin, ohne dafür die geringsten konkreten Anhaltspunkte zu nennen. In diesem Zusammenhang ist darauf hinzuweisen, dass die Beschwerdegegnerin die Beschwerdeführerin nach den vorinstanzlichen Feststellungen im August 2007 unter Hinweis auf ihr Retentionsrecht an den streitgegenständlichen Aktien darum ersucht hatte, diese beim Fürstlichen Landgericht Vaduz zu hinterlegen, worauf die Beschwerdegegnerin in der Beschwerdeantwort zu Recht hinweist, ohne dass die Beschwerdeführerin dies in einer Replik in Frage gestellt hätte. Es bestehen damit keine Umstände, nach denen die Vorinstanz einen klaren Fall wegen missbräuchlicher Rechtsausübung hätte verneinen müssen. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf angesichts der Sachverhaltsbindung des Bundesgerichts (Erwägung 2) überhaupt eingetreten werden kann.
6.2. Im Hintergrund der streitbetroffenen Konto-/Depotbeziehungen stehen zwei Treuhandverhältnisse, die liechtensteinischem Recht unterstehen. Die Beschwerdegegnerin eröffnete die Bankbeziehungen ausdrücklich als Treuhänderin von liechtensteinischen Trusts ("Y._ Treuhand AG als Treuhänder des N._ Trusts" bzw. "Y._ Treuhand AG as trustee of the M._ Trust").
Die Vorinstanz ging unter Verweis auf Rolf H. Weber (in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. I, 5. Aufl. 2011, N. 12 ff. zu <ref-law>) und <ref-ruling> E. 8 in Anlehnung an die in der Schweiz bekannte Rechtsfigur der fiduziarischen Treuhand davon aus, auch der Trustee nach liechtensteinischem Recht könne gegenüber Dritten über ein ihm als Treuhandgut überlassenes Recht bzw. eine Sache beliebig verfügen, da ihm eine gewollte Rechtsträgerschaft am Treugut eingeräumt sei, Einschränkungen in der Verfügungsmacht nach dem pactum fiduciae nur obligatorische Wirkung zwischen den Parteien des pactum hätten und dem Treuhänder danach eine überschiessende Rechtsmacht zukomme, der Vertragspartner desselben sich demnach nicht um die Interessenlage des Treugebers kümmern müsse.
Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, die Treuhänderschaft nach liechtensteinischem Recht erfahre eine gewisse Loslösung von der Person des Treugebers; die vertragliche Instruktionsbefugnis müsse gegenüber ihr nach den Treuhandurkunden der streitbetroffenen Trusts bestimmt werden, welche die Vorinstanz zu Unrecht nicht berücksichtigt habe und die allenfalls bei einem Wechsel des Trustee einen Übergang auch von obligatorischen Rechten vom bisherigen auf den neuen Trustee vorsehen könnten (unter Verweis auf Samuel Plachel, Der liechtensteinische Trust: eine Charakterisierung unter Besonderer Berücksichtigung der Rechtszuständigkeit am Treugut, AJP 2010 S. 617 ff., S. 618).
Zunächst ist festzuhalten, dass die Frage der Rechtszuständigkeit am Treugut nach liechtensteinischem Recht in der Literatur und in der liechtensteinischen Rechtsprechung kontrovers diskutiert wird, und zwar auch nach den von der Vorinstanz zitierten Autoren (vgl. Plachel, a.a.O., S. 619 ff.; Helene Rebholz, in: Schurr [Hrsg], Das neue liechtensteinische Stiftungsrecht, 2012, S. 211 f.; s. ferner: Harald Bösch, Die liechtensteinische Treuhänderschaft zwischen trust und Treuhand, 1995, S. 345 ff.). Insoweit ist nicht ohne weiteres klar, ob die Handlungen der Beschwerdegegnerin bei der Kontoeröffnung "as trustee" bzw. "als Treuhänder" der liechtensteinischen Trusts nicht als solche eines Organs bzw. Stellvertreters der Trusts zu verstehen sind, die zur Entstehung einer obligatorischen Rechtsbeziehung zwischen den Trusts und der Beschwerdeführerin geführt haben. Die Voraussetzungen, unter denen die Handlungen der Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin gegenüber als solche eines Stellvertreters zu verstehen sind, welche die Trusts berechtigten und verpflichteten, unterstehen dabei dem Rechts des Staates, in dem die Vertreterin, vorliegend die Beschwerdegegnerin ihre Niederlassung hat, mithin liechtensteinischem Recht (<ref-law>; vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.2.2; ferner <ref-ruling> E. 2.2).
Auch wenn das Handeln der Beschwerdegegnerin nicht direkt eine obligatorische Rechtsbeziehung zwischen den Trusts und der Beschwerdeführerin zum Entstehen brachte, sondern eine solche zwischen der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin selbst, steht nicht eindeutig fest, dass die Beschwerdegegnerin als ursprüngliche Vertragspartei der Konto-/Depotverträge heute noch immer Vertragspartnerin der Beschwerdeführerin ist und in dieser Eigenschaft nicht von der C._ abgelöst wurde. Denn es ist unklar, ob das liechtensteinische Recht über die Treuhand die Berechtigung des Treuhänders gleich regelt wie das schweizerische und danach nicht ausgeschlossen ist, dass trotz Rechtswahlklausel der Parteien auf das schweizerische Recht die Beschwerdegegnerin an den umstrittenen Konti nicht mehr berechtigt ist.
Demnach kann nicht von einer klaren Rechtslage im Sinne der vorstehend (Erwägung 4) erwähnten Rechtsprechung gesprochen werden. Vielmehr setzt die Beantwortung der Frage nach der Herausgabepflicht der Beschwerdeführerin eine eingehende Auseinandersetzung mit der Trusturkunde und dem liechtensteinischen Recht voraus. Die Vorinstanz hätte vorliegend eine klare Rechtslage im Sinne von <ref-law> verneinen und auf die Klage nicht eintreten müssen.
7.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde gutzuheissen, ohne dass auf die weiteren darin erhobenen Rügen eingegangen werden muss. Das angefochtene Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Mai 2013 ist aufzuheben, soweit damit die Herausgabe der streitgegenständlichen Aktien angeordnet wurde, und auf die Klage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Ferner ist das angefochtene Urteil im Kostenpunkt aufzuheben und die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an das Handelsgericht zurückzuweisen (Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und das angefochtene Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Mai 2013 wird aufgehoben, soweit damit die Beschwerdeführerin in Ziffer 2 und 3 verpflichtet wurde, der Beschwerdegegnerin aus dem auf den Namen der Beschwerdegegnerin lautenden Portfolio-No. qqq die 97 Aktien der F._ S.A. (betr. N._ Trust) herauszugeben sowie aus dem auf den Namen der Beschwerdegegnerin lautenden Portfolio-No. ppp die 100 Aktien der G._ Inc., H._ (betr. M._ Trust). Das angefochtene Urteil wird ferner in den Ziffern 5-7 betreffend Kosten- und Entschädigungsfolgen aufgehoben.
Auf die Klage der Beschwerdegegnerin wird nicht eingetreten.
Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an das Handelsgericht zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer