Faits:
A. A.a X._, né le 24 octobre 1970, et dame X._, née le 13 septembre 1965, se sont mariés le 2 août 1991. Deux enfants sont issus de cette union: A._, né le 1er juillet 1993, et B._, né le 15 février 1996.
A.b Les époux se sont séparés au mois de décembre 2007. Par décision sur mesures protectrices de l'union conjugale du 19 février 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a, entre autres points, autorisé les époux à se constituer des domiciles séparés, attribué à la mère la garde des deux enfants, réservé au père un large droit de visite, donné acte à l'époux de son engagement à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 2'400 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille dès le 1er mars 2008, et attribué à l'épouse la jouissance du domicile.
B. B.a Par requête du 18 septembre 2008, l'époux a sollicité de nouvelles mesures protectrices de l'union conjugale; il souhaitait obtenir une réduction de sa contribution d'entretien et offrait de verser désormais 1'700 fr. par mois dès le 1er août 2008.
Par décision du 19 février 2009, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné l'époux à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, 1'800 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille, avec effet rétroactif au 1er octobre 2008.
B.b Statuant sur appel de l'époux, qui concluait à ce que la contribution d'entretien soit abaissée à 1'450 fr. par mois, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement par arrêt du 19 juin 2009.
C. L'époux interjette le 17 juillet 2009 un recours en matière civile contre cet arrêt, concluant à ce qu'il soit annulé et à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement à verser par mois et d'avance à son épouse, une pension alimentaire de 1'450 fr. par mois, rétroactivement au 18 septembre 2008, sous déduction des montants déjà versés; il soutient que la décision attaquée est choquante et viole le principe d'égalité de traitement. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.
L'épouse n'a pas été invitée à répondre.

Considérant en droit:
1. 1.1 La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law>. Elle est finale selon l'<ref-law>, car elle tranche définitivement, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et ses effets accessoires (<ref-ruling> consid. 4 p. 395 et les références citées). Le recours a pour objet une décision rendue dans une affaire pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF). II a par ailleurs été déposé dans le délai légal (art. 46 al. 2 et 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
1.2 Comme l'acte attaqué porte sur des mesures provisionnelles (<ref-ruling> consid. 5 p. 396, 585 consid. 3.3 p. 587), seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (<ref-law>), c'est-à-dire expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), les exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 3. p. 399/400). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 p. 352).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels par l'autorité cantonale. Les art. 95 et 97, ainsi que l'<ref-law> ne s'appliquent donc pas directement puisqu'ils ne sont pas des droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 588). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision.
2. La cour cantonale a retenu que le recourant avait réalisé un revenu mensuel de 4'907 fr. 90 durant les trois derniers mois de l'année 2008, puis de 5'165 fr. dès le mois de janvier 2009. Ses charges comprennent ses primes d'assurance-maladie de base (340 fr. 20) et complémentaire (30 fr. 40), son assurance-ménage (15 fr. 40), ses impôts (180 fr. 80), ses frais de transport (70 fr.) ainsi que l'entretien courant d'une personne vivant seule (1'100 fr.), à savoir 1'736 fr. 80 au total jusqu'à la fin du mois d'avril 2009, puis 3'236 fr. 80 avec l'ajout de son loyer (excessif), de 1'500 fr., dès le mois de mai 2009. Il en résulte un disponible de 3'171 fr. 10 du mois d'octobre au mois de décembre 2008, de 3'428 fr. 20 du mois de janvier au mois d'avril 2009 et de 1'928 fr. 20 dès le mois de mai 2009.
L'intimée perçoit un revenu de 2'692 fr. 25, alors que ses charges s'élèvent à 4'663 fr. 20; son déficit atteint 1'970 fr. 95 et le montant des allocations familiales, de 536 fr. par mois, outre qu'il doit servir en priorité aux enfants, ne lui permet pas d'équilibrer son budget. Selon la cour cantonale, il en irait de même si l'on admettait, comme le soutient le recourant, que le fils aîné du couple n'a plus de frais de transport et que l'on réduise le poste frais de l'intimée à 105 fr. au lieu des 300 fr. retenus par le premier juge, auquel cas le déficit perdurerait à hauteur de 1'775 fr. 95. La contribution d'entretien arrêtée en première instance à 1'800 fr. permet à peine à l'intimée de parvenir au point d'équilibre, alors qu'elle n'entame nullement le minimum vital du recourant. Toujours selon la cour cantonale, même en considérant, ainsi que cela a été fait ci-dessus, un loyer de 1'500 fr. par mois pour un trois pièces, ce qui paraît excessif, le recourant arrive encore à couvrir son minimum vital; dans ces circonstances, rien ne permet de s'écarter des conclusions du premier juge.
3. Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir confirmé la décision du premier juge, lequel avait procédé au calcul de la contribution d'entretien en faveur de la famille selon la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent à raison de trois quarts pour l'intimée qui a la garde des enfants et d'un quart pour le recourant, alors que, compte tenu des revenus et charges des parties jugées admissibles par les juges cantonaux, l'intimée bénéficie désormais d'un disponible mensuel de 550 fr. (revenu 2'692 fr. + allocations familiales 536 fr. + pension 1'800 fr. - charges [hors frais de transport de l'aîné des enfants, par 185 fr.] 4'478 fr.) alors qu'il lui resterait 128 fr. 20 seulement (revenu 5'165 fr. - charges 3'236 fr. 80 - pension 1'800 fr.). Selon le recourant, cette situation est choquante et heurte le principe d'égalité de traitement.
4. Le recourant n'invoque expressément la violation d'aucune disposition constitutionnelle.
4.1 Devrait-on retenir qu'il se plaint d'une violation de l'art. 8 Cst. et considérer que son grief est suffisamment motivé (cf. supra, consid. 1.2), celui-ci est mal fondé. En effet, selon la jurisprudence (arrêt 5P.103/2004 du 7 juillet 2004 consid. 1.2, in SJ 2005 I p. 30), la garantie constitutionnelle de l'égalité de traitement entre homme et femme s'adressant à l'État et ne produisant pas d'effet horizontal direct dans les relations entre personnes privées (<ref-ruling> consid. 2b p. 330/331 et les arrêts cités), le recourant ne peut s'en prévaloir à l'appui d'un recours dirigé contre une décision rendue dans une affaire opposant deux particuliers; il en va de même, en principe, de l'art. 8 al. 2 Cst.; les règles de droit civil doivent cependant être interprétées en tenant compte des exigences particulières qui résultent des droits fondamentaux (art. 35 al. 3 Cst.; cf. BERNHARD PULVER, L'interdiction de la discrimination, thèse Neuchâtel 2003, p. 164 n. 228 et p. 165 n. 229; JÖRG PAUL MÜLLER, Die Diskriminierungsverbote nach Art. 8 Abs. 2 der neuen BV, in Die neue Bundesverfassung, Berne 2000, p. 129 ch. VI let. b; RAINER J. SCHWEIZER, in Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, 2002, p. 111/112 n. 56 et 57 ad art. 8).
4.2 Si l'on admet que le recourant entend se plaindre d'une violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application de l'<ref-law>, son grief apparaît également infondé, à supposer que l'on considère qu'il est suffisamment motivé (cf. supra, consid. 1.2). Certes, comme le relève à juste titre l'intéressé, son disponible s'élève à 128 fr. 20, alors que celui de l'intimée atteint 550 fr., et l'on peut se demander si la cour cantonale a pris en considération dans son calcul les allocations familiales de 536 fr. Quoiqu'il en soit, ce résultat n'est pas arbitraire, dans la mesure où les juges précédents ont admis - sans que le recourant n'émette de critique à cet égard - que son loyer de 1'500 fr., pris en compte dans le calcul, est excessif. Au demeurant, il s'acquitte d'un tel montant depuis le 15 mai 2009 seulement, alors que la contribution d'entretien est fixée dès le 1er octobre 2008. En outre, le ménage de l'intimée compte les deux enfants du couple, âgés de 13 et 16 ans, alors que le recourant vit seul. Enfin, le minimum vital de celui-ci est préservé.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les conclusions du recourant étant manifestement vouées à l'échec, le bénéfice de l'assistance judiciaire lui sera refusé (<ref-law>) et les frais judiciaires mis à sa charge (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 18 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Hohl Aguet