Faits:
A. Par jugement du 30 mars 2011, le Juge de police de la Gruyère a acquitté A.X._ du chef d'accusation de dénonciation calomnieuse et l'a condamné pour lésions corporelles simples et menaces à un travail d'intérêt général de 240 heures, avec sursis pendant 4 ans. Il a ordonné un traitement ambulatoire accompagné d'une assistance de probation visant à mettre en place et veiller au suivi du traitement et une règle de conduite imposant à A.X._ de ne pas approcher ou importuner B.X._ et C.X._, le sursis étant subordonné au suivi du traitement et au respect de la règle de conduite.
B. Par arrêt du 29 mars 2012, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté l'appel formé par A.X._ et confirmé le jugement de première instance.
En bref, il ressort les éléments suivants de cet arrêt.
Le 21 avril 2009, A.X._ a déclaré à ses parents, B.X._ et C.X._, « les deux p'tits vieux, vous vous croyez forts, mais je vais vous écraser » alors que sa mère lui avait signifié qu'elle ne souhaitait plus s'occuper de sa lessive. Les parents en ont été effrayés.
Le 9 juillet 2009, A.X._ s'est rendu au domicile de ses parents où son père lui a ouvert la porte. Il a alors mis ce dernier à terre et l'a frappé avant de monter à l'étage où se trouvait sa mère qu'il a giflée à deux reprises puis poussée à terre. A la suite de ces faits, C.X._ a souffert de douleurs cervicales et dorsales et de divers égratignures. B.X._ a souffert de douleurs dorsales persistantes. Tous deux ont également déclaré qu'ils avaient vraiment eu peur pendant plusieurs mois après l'agression.
Dans le cadre de la procédure pénale, A.X._ a été soumis à une expertise psychiatrique qui a conclu que ce dernier souffrait d'un trouble de la personnalité mixte à traits dépendants et paranoïaques décompensé dans le cadre d'un trouble de l'adaptation avec perturbation mixte des émotions et des conduites. L'expert a notamment indiqué que A.X._ semblait avoir cristallisé un vécu persécutoire systématisé à l'égard de ses parents, ressentis comme seuls responsables de ses déboires affectifs. Il a souligné que le trouble dont celui-ci souffre a conditionné une perception erronée de la relation avec ses parents et de leurs intentions à son égard. Il a conclu qu'un traitement psychiatrique ambulatoire et par neuroleptiques et antidépresseurs est indiqué à long terme.
C. A.X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens qu'il est acquitté des chefs d'accusation de lésions corporelles simples et de menaces.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant reproche à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire et d'avoir violé le principe in dubio pro reo en retenant la version des intimés plutôt que la sienne. Il prétend ne pas avoir menacé ses parents et que ce sont eux qui l'ont agressé physiquement lors de sa venue à leur domicile.
1.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4, p. 313; sur la notion d'arbitraire, v. : <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5). Ce dernier reproche se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; 10 CPP; art. 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2a p. 88). L'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3, p. 105). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> c. 5.1 p. 356 et les références citées).
1.2 En tant que l'argumentation du recourant consiste, pour l'essentiel, à opposer une nouvelle fois sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale, elle est appellatoire, donc irrecevable.
S'agissant de l'appréciation de la crédibilité des parties, la cour cantonale a notamment relevé que la version des faits présentée par les intimés était concordante, crédible et n'avait pas varié. Elle était à mettre en relation avec l'important trouble psychique dont souffrait le recourant au moment des événements. En ce qui concerne les faits d'avril 2009, celui-ci, compte tenu de son ressenti pathologique envers ses parents, avait, après avoir pris connaissance de la volonté de sa mère de cesser de lui faire la lessive, été pris d'un débordement affectif et hétéroagressif qui l'avait amené à formuler des menaces envers eux. Quant aux événements de juillet, la cour cantonale a relevé que la version du recourant selon laquelle ses deux parents seraient venus lui ouvrir la porte et l'auraient violemment agressé à tour de rôle n'était pas crédible, compte tenu du fait que ceux-ci lui avaient enjoint à ne plus se rendre à leur domicile. Ils ne pouvaient ainsi préméditer sa venue et se préparer à l'agresser violemment à son arrivée. Se référant à l'expertise, la cour cantonale a souligné que le recourant était en proie, au moment des faits, à une perte de maîtrise à composante affective et pulsionnelle engendrée par un débordement psychoaffectif et hétéroagressif envers ses parents. La cour cantonale a enfin noté que les certificats médicaux faisaient état de blessures bien plus importantes chez les intimés que celles dont avait souffert le recourant ce qui abondait dans le sens d'une agression du recourant envers ses parents et non l'inverse, les blessures dont il avait souffert étant des blessures subies lorsque son père avait tenté de se défendre.
Contrairement à ce que semble penser le recourant, la cour cantonale ne s'est ainsi pas seulement fondée sur les déclarations des intimés, mais elle s'est appuyée sur un faisceau d'indices concordants pour le condamner. Les critiques du recourant sur le fait que la cour cantonale s'est basée, pour le décrédibiliser, sur son trouble psychique, dont il relève qu'il se manifeste de manière irrégulière, sont vaines. En effet, son trouble a un lien avec la relation parentale et, même s'il se manifeste comme il l'allègue de manière irrégulière, l'expert s'est prononcé sur son état au moment des événements. A cet égard, il a notamment constaté que la perception de la réalité du recourant était erronée au moment des faits, ce qui l'a par ailleurs amené à retenir une diminution moyenne de responsabilité. Quant aux certificats médicaux, au vu de la gravité plus importante des blessures subies par les intimés, il n'était pas insoutenable d'en déduire que c'était eux les victimes et que les marques constatées chez le recourant avaient été laissées lorsque l'intimé s'était défendu. Au vu de ce qui précède, les éléments sur lesquels la cour cantonale s'est fondée sont pertinents et il n'était pas arbitraire de retenir, sur la base de ceux-ci, la version des intimés plutôt que celle du recourant. Le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recourant estime que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en se fondant sur l'expertise psychiatrique pour ordonner un traitement ambulatoire au sens de l'<ref-law>, alors qu'il avait produit un certificat médical de sa psychiatre traitante plus récent qui concluait qu'un suivi psychiatrique n'était plus nécessaire.
2.1 Comme tous les autres moyens de preuve, les expertises sont soumises à la libre appréciation du juge. Celui-ci ne peut cependant pas s'écarter d'une expertise sans motifs pertinents. Il doit examiner, en se fondant sur les autres moyens de preuve administrés et sur les arguments des parties, si de sérieuses objections font obstacle au caractère probant des constatations de l'expertise. En se fondant sur une expertise non concluante, le juge peut tomber dans l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 547 s.).
Il n'est pas arbitraire de considérer comme plus objective l'opinion émise par des experts judiciaires choisis en toute indépendance par l'autorité dans le seul but de renseigner la justice plutôt que le médecin traitant qui a le souci d'éviter tout ce qui pourrait perturber son travail et qui souhaite s'abstenir de provoquer chez son patient un ressentiment qui rendrait sa mission plus difficile ou même impossible (<ref-ruling> consid. 4 p. 175).
2.2 Se référant à cette dernière jurisprudence, la cour cantonale a écarté l'attestation de la psychiatre traitante du recourant au bénéfice de l'expertise judiciaire. Elle a constaté que même si cette praticienne avait attesté que le recourant avait pris une distance émotionnelle avec le conflit qui l'opposait à ses parents et qu'il n'avait plus aucun ressenti envers ceux-ci, il avait tenu des propos durant l'audience de première instance qui témoignaient d'un ressentiment encore bien présent contre ses parents, en contradiction évidente avec le constat de la psychiatre. La cour cantonale a relevé qu'au surplus, aucune médiation n'avait été mise en place, malgré l'annonce d'une telle démarche pour le mois suivant dans le courrier de la psychiatre. Contrairement à ce que soutient le recourant, le fait que l'attestation de la psychiatre traitante est plus récente que l'expertise judiciaire n'est pas déterminant en l'espèce. En effet, l'expert indique, dans son rapport, que le traitement psychiatrique ambulatoire et par neuroleptiques et antidépresseurs est indiqué à long terme (P. 4029 dossier d'instruction cantonal). Il n'était ainsi pas arbitraire de considérer que l'avis de l'expert restait pertinent deux ans après le dépôt du rapport et ce malgré une attestation médicale plus récente établie par la psychiatre traitante, qui n'a pas la même indépendance que l'expert. Au vu de l'ensemble de ces éléments, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a donné la préférence à l'expertise judiciaire.
3. Le recourant critique le bien fondé du traitement ambulatoire (63 CP), de l'assistance de probation (93 CP) et de la règle de conduite (44 al. 2 CP).
Il se contente d'invoquer l'attestation médicale de sa psychiatre traitante pour prétendre que la mesure thérapeutique, l'assistance de probation et la règle de conduite imposées par l'autorité cantonale ne sont pas justifiées. Cette attestation ayant été écartée sans arbitraire par la cour cantonale, l'argument du recourant est vain. Il est renvoyé (cf. <ref-law>), pour le surplus, aux considérants de la cour cantonale, qui exposent de manière détaillée les dispositions légales applicables ainsi que la jurisprudence pertinente et dont les développements relatifs à la justification, en l'espèce, de la mesure, de l'assistance de probation et de la règle de conduite n'apparaissent pas critiquables.
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens au ministère public (<ref-law>), ni aux autres intimés qui n'ont pas été invités à procéder (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 17 juillet 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet