Sachverhalt:
A. Der 1951 geborene R._ war als Gipser der Firma F._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er sich am 11. April 2006 bei einem Fehltritt am linken Fussgelenk verletzte. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 22. Juni 2007 und Einspracheentscheid vom 9. Oktober 2007 sprach die SUVA dem Versicherten ab 1. April 2007 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 24 % und eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 10 % zu.
B. R._ erhob hiegegen am 8. November 2007 Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich. Am 25. November 2008 teilte der Versicherte dem kantonalen Gericht mit, am 2. Dezember 2008 werde nach Rücksprache mit der SUVA im linken Fuss eine Schraube operativ entfernt. Mit Entscheid vom 29. März 2009 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde des Versicherten ab.
C. Mit Beschwerde beantragt R._, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihm weiterhin ein halbes Taggeld, eventuell mindestens eine halbe Rente auszurichten.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob dem Beschwerdeführer nach dem 1. April 2007 höhere als die zugesprochenen Leistungen der Unfallversicherung zustehen.
3. Für die richterliche Beurteilung sind grundsätzlich die tatsächlichen Verhältnisse zur Zeit des Erlasses des strittigen Einspracheentscheids massgebend (<ref-ruling> E. 1a S. 248). Tatsachen, die sich erst später verwirklichen, sind insoweit zu berücksichtigen, als sie mit dem Streitgegenstand in engem Sachzusammenhang stehen und geeignet sind, die Beurteilung im Zeitpunkt des Erlasses des Einspracheentscheides zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 1b S. 366; RKUV 2001 Nr. U 419 S 101, U 170/00 E. 2). Der angefochtene Einspracheentscheid datiert vom 9. Oktober 2007. Somit ist vorliegend nicht zu beurteilen, ob die am 2. Dezember 2008 durchgeführte Operation als Rückfall oder Spätfolge des Unfalles zu betrachten ist und ob allenfalls aus diesem Grund ab Herbst 2008 höhere als die mit Verfügung vom 22. Juni 2007 zugesprochenen Leistungen geschuldet sind.
4. 4.1 Kann von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr erwartet werden, so hat der Versicherungsträger den Fall grundsätzlich gestützt auf <ref-law> unter Einstellung von Heilbehandlung und Taggeld sowie Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung abzuschliessen. Die Möglichkeit einer namhaften Besserung ist prognostisch und nicht auf Grund retrospektiver Feststellungen zu beurteilen (Urteil 8C_590/2008 vom 3. Dezember 2008 E. 4.2 mit weiteren Hinweisen). Steht in diesem Zeitpunkt der Entscheid der Invalidenversicherung über berufliche Eingliederungsmassnamen noch aus, so ist der Anspruch auf eine Übergangsrente im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> zu prüfen.
4.2 Die Beschwerdegegnerin ging davon aus, dass nach dem 1. April 2007 keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr zu erwarten war. Diese Annahme ist zumindest aus prognostischer Sicht nicht zu beanstanden, äusserten sich doch die Ärzte der Klinik X._, am 27. März 2007 negativ zur Indikation einer weiteren operativen Therapie. Am 3. Juli 2007 bestätigten diese noch einmal ausdrücklich, eine weitergehende Therapie erscheine zur Zeit nicht möglich. Daraus folgt, dass nach dem 1. April 2007 kein Taggeld mehr geschuldet war; insoweit der Beschwerdeführer die weitere Ausrichtung des Taggeldes verlangt, ist die Beschwerde abzuweisen.
4.3 Die IV-Stelle des Kantons Zürich meldete der Beschwerdegegnerin am 12. März 2007, der Versicherte habe sich zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung angemeldet. Aus den Akten ist indessen nicht ersichtlich, welche Vorkehren die IV bezüglich des Beschwerdeführers getroffen hat. Somit kann nicht entschieden werden, ob die Zusprache einer Invalidenrente der Unfallversicherung ab 1. April 2007 korrekt war, oder ob und allenfalls wie lange der Versicherte zunächst noch Anspruch auf eine Übergangsrente im Sinne von <ref-law> gehabt hätte. Die SUVA wird, ehe sie erneut über die Sache entscheiden kann (vgl. auch nachstehende E. 4.4) durch Beizug der IV-Akten zu klären haben, welche Leistungsart für welche Zeitspanne geschuldet war.
4.4 Es steht fest und ist unbestritten, dass aufgrund des unfallbedingten Gesundheitsschaden eine Wiedereingliederung des Beschwerdeführers in die bisherige Tätigkeit als Gipser aussichtslos wäre. In den Akten finden sich jedoch widersprüchliche Äusserungen medizinischer Fachpersonen bezüglich der theoretischen Arbeitsfähigkeit in einer optimal angepassten Tätigkeit: Während der SUVA-Kreisarzt Dr. med. O._, FMH für Orthopädische Chirurgie, in seinem Bericht über die ärztliche Abschlussuntersuchung vom 7. Dezember 2006 von einer vollen Arbeitsfähigkeit ausgeht, postuliert Dr. med. J._, FMH für Orthopädische Chirurgie, in seinem Privatgutachten vom 9. Juli 2007 ein Pensum von knapp 50 %. Die behandelnden Ärzte der Klinik X._, schlossen sich in ihrem Bericht vom 22. Januar 2007 zunächst der Beurteilung des Kreisarztes an, empfahlen dann aber am 3. Juli 2007 aufgrund des unklaren Schmerzbildes eine unabhängige Beurteilung der verbleibenden Erwerbsfähigkeit. Rechtsprechungsgemäss ist eine unabhängige Begutachtung zu veranlassen, wenn auch nur geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der kreisärztlichen Feststellungen bestehen (BGE 8C_216/2009 E. 4.4; <ref-ruling> E. 1d S. 162). Entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen kann dem Privatgutachten des Dr. med. J._ nicht entnommen werden, dass sich der Experte bei der Einschätzung der Restarbeitsfähigkeit vorwiegend auf die subjektiven Angaben des Beschwerdeführers gestützt hat. Insofern aus der Stellung dieses Arztes als Parteigutachter auf eine solche Vorgehensweise geschlossen wurde, verstösst dies gegen den Grundsatz, wonach der Umstand allein, dass diese ärztliche Stellungnahme von einer Partei eingeholt und in das Verfahren eingebracht wurde, noch keine Zweifel an ihrem Beweiswert rechtfertigt (<ref-ruling> E. 3b/dd S. 353). Ein Abstellen des Privatgutachters auf die subjektiven Angaben des Versicherten ist zwar nicht auszuschliessen; es bedarf jedoch zur Klärung dieser Frage und damit auch der Frage nach der verbliebenen Restarbeitsfähigkeit einer unabhängigen Begutachtung. Dies gilt umso mehr, als sich auch die Ärzte der X._ klar für die Notwendigkeit einer solchen ausgesprochen haben. Einzig aufgrund der vorliegenden Akten können die bestehenden Zweifel über die Höhe des in einer angepassten Tätigkeit zumutbaren Pensums nicht ausgeräumt werden.
4.5 Bei dieser Ausgangslage ist die Beschwerde gutzuheissen, Einsprache- und kantonaler Gerichtsentscheid sind aufzuheben und die Sache ist an die SUVA zurückzuweisen, damit diese über den Leistungsanspruch ab 1. April 2007 neu verfüge. Die Anstalt wird zunächst die Akten der IV-Stelle beizuziehen haben, damit entschieden werden kann, welche Rentenart geschuldet ist (E. 4.3 hievor). Sollte sich in den IV-Akten kein der Rechtsprechung entsprechendes Gutachten versicherungsexterner medizinischer Fachpersonen befinden, welches die Frage nach dem zumutbaren Pensum in einer angepassten Tätigkeit nachvollziehbar und schlüssig beantwortet, wird die SUVA zudem eine solche versicherungsexterne Begutachtung nachzuholen haben.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Diese hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. März 2009 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 9. Oktober 2007 werden aufgehoben. Die Sache wird an die SUVA zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Rentenanspruch neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Leuzinger Holzer