Sachverhalt:
A.
Die Eheleute A.A._ und B.A._ geb. B._ sind wohnhaft in U._/BE. Der Ehemann betätigte sich im hier interessierenden Zeitraum (Jahre 2001 und 2002) im Bereich der Personalvermittlung. Hierzu wirkte er als Geschäftsführer mit Einzelunterschrift, nicht aber Gesellschafter der C._ GmbH mit Sitz in V._/FR und Zweigniederlassung in W._/BE. Die Gesellschaft wurde am 30. November 2001 gegründet, wobei die Bücher rückwirkend per 1. Juli 2001 eröffnet wurden. Die Gründung erfolgte sacheinlageweise durch Übernahme von Aktiven und Verbindlichkeiten der Einzelunternehmung "D._". Aufgrund der Betriebsstätte ist die GmbH im Kanton Bern beschränkt steuerpflichtig. In den Jahren 2001 und 2002 verfügte die C._ GmbH über kein von einer Steuerverwaltung genehmigtes Spesenreglement.
Mit Entscheid vom 18. Februar 2014 hat der zuständige freiburgische Gerichtspräsident über die C._ GmbH den Konkurs eröffnet.
B.
Im Rahmen der Veranlagung des ersten Geschäftsjahrs der GmbH, einem Langjahr (1. Juli 2001 bis 31. Dezember 2002), anerkannte die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg einen Bruttolohn von A.A._ von Fr. 180'000.-- (2001: Fr. 60'000.--; 2002: Fr. 120'000.--) und Effektivspesen von rund Fr. 68'700.-- (2001: Fr. 19'966.--; 2002: Fr. 48'804.--). Demgegenüber beanstandete sie die zusätzlich beanspruchten Pauschalspesen von Fr. 83'000.-- (2001: Fr. 24'000.--; 2002: Fr. 59'000.--) und setzte diese auf Fr. 4'500.-- (2001: Fr. 1'500.--; 2002: Fr. 3'000.--) herab. Gemäss Veranlagungsanzeige vom 26. April 2004 rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg in der GmbH unverbuchte geldwerte Leistungen von insgesamt Fr. 121'132.-- auf. Dabei handelte es sich um den Privatanteil an den Pauschalspesen von A.A._ (Fr. 78'500.--), einen Privatanteil an den Autokosten (Fr. 2'500.--) und um Einkommens- und Vermögenssteuern der Eheleute A.-B._, die diese durch die GmbH hatten bezahlen lassen (Fr. 40'132.--). Die Steuerverwaltung des Kantons Bern schloss sich hinsichtlich der bernischen Betriebsstätte den vom Hauptsteuerdomizil getroffenen Aufrechnungen im Umfang von Fr. 121'132.-- an.
Die GmbH und deren Organe haben die Aufrechnungen anerkannt. Die Veranlagungsverfügungen 2001/2002 der beiden Kantone sind in Rechtskraft erwachsen.
C.
Die Eheleute A.-B._ haben in ihren Steuererklärungen der Jahre 2001 und 2002 die geldwerten Leistungen nicht deklariert. Aufgrund der fehlenden Deklaration ist das entsprechende Einkommen auch nicht in die Veranlagungsverfügungen 2001 und 2002 eingeflossen. Die geldwerten Leistungen fanden erstmals in der Steuererklärung 2003 Niederschlag, als die Eheleute eine Schuld ("zinsloses Darlehen") gegenüber der C._ GmbH im Umfang von Fr. 121'132.-- auswiesen.
D.
Mit Schreiben vom 8. September 2005 eröffnete die Steuerverwaltung des Kantons Bern gegenüber den Eheleuten A.-B._ ein Nachsteuer- und ein Strafsteuerverfahren. Sie schloss die beiden Verfahren mit zwei Verfügungen vom 19. Oktober 2007 ab. In der Nachsteuerverfügung rechnete sie die übersetzten Pauschalspesen (Fr. 78'500.--), den Privatanteil an den Autokosten (Fr. 2'500.--) und Steuern von noch Fr. 21'649.-- auf, insgesamt Fr. 102'649.--. Dies führte zu Nachsteuern von Fr. 44'007.45, nämlich der Kantons- und Gemeindesteuer des Kantons Bern von Fr. 29'102.50 und der direkten Bundessteuer von Fr. 14'904.95 (je inkl. Zins). Die Bussenverfügung lautete auf einen Betrag von Fr. 18'343.95 (Kantons- und Gemeindesteuern von Fr. 11'977.95, direkte Bundessteuer von Fr. 6'366.--), entsprechend einem Faktor von 0,5 des angepassten hinterzogenen Steuerbetrags.
E.
Mit zwei Einspracheverfügungen vom 6. Februar 2008 bestätigte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Nachsteuerverfügung und setzte sie die Steuerbusse geringfügig auf Fr. 18'181.45 herab (direkte Bundessteuer von nunmehr Fr. 6'203.50 bei unveränderter Kantons- und Gemeindesteuer von Fr. 11'977.95). Dagegen erhob A.A._ Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese sistierte das Nachsteuerverfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Strafsteuerverfahrens und wies alsdann die beiden Rechtsmittel, soweit die Steuerbussen betreffend, mit Entscheid vom 6. Dezember 2011 ab.
Eine dagegen erhobene Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies dieses mit Urteil vom 29. Januar 2014 ab.
F.
Mit Eingabe vom 28. Februar 2014 erhebt A.A._ (nachfolgend: der Steuerpflichtige) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, in Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids vom 29. Januar 2014 sei er vom Vorwurf der Steuerhinterziehung freizusprechen.
Das Verwaltungsgericht und die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Vernehmlassung. Der Steuerpflichtige repliziert.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil betrifft den Tatbestand der vollendeten Steuerhinterziehung im Sinne von Art. 175 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11), Art. 56 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR. 642.14) und Art. 217 des Steuergesetzes (des Kantons Bern) vom 21. Mai 2000 (BSG 661.11; nachfolgend: StG/BE). Es handelt sich um den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Gerichtsinstanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG i. V. m. <ref-law> und Art. 57bis Abs. 2 StHG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf das Rechtsmittel einzutreten ist.
1.2. Streitgegenstand ist einzig die Steuerbusse, nachdem gemäss den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) die Steuerrekurskommission das Nachsteuerverfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Strafsteuerverfahrens sistiert hat (vorne lit. E).
1.3. Die Vorinstanz hat betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern einerseits und die direkte Bundessteuer anderseits ein einziges Urteil gefällt, ohne im Dispositiv zwischen den beiden Steuerarten zu unterscheiden. Der Steuerpflichtige ficht dieses Urteil mit einer einzigen Beschwerdeeingabe an. Dies ist zulässig, sofern in der Beschwerde zwischen den beiden Steuerarten unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit diese angefochten sind und wie zu entscheiden ist, oder sofern die sich stellenden Fragen im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Steuerrecht gleich geregelt sind (Urteil 2C_164/2013 / 2C_165/2013 vom 28. März 2014 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262 f.). Auch die letztgenannte, materielle Voraussetzung ist hier erfüllt (<ref-law>, Art. 56 StHG, Art. 217 StG/BE).
2.
2.1. Die hier massgebende Tatbestandsvariante der vollendeten Steuerhinterziehung liegt objektiv vor, wenn die steuerpflichtige Person bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. Der subjektive Tatbestand setzt Vorsatz oder Fahrlässigkeit voraus (<ref-law>, Art. 56 Abs. 1 StHG, Art. 217 Abs. 1 lit. a StG/BE). Die Sanktion besteht in einer Busse. Diese beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden (<ref-law>, Art. 56 Abs. 1 StHG, Art. 217 Abs. 2 StG/BE).
2.2. In der Sache ist unbestritten, dass die GmbH dem Steuerpflichtigen, ihrem Geschäftsführer, im Jahr 2001 Pauschalspesen von Fr. 24'000.-- und im folgenden Jahr solche von Fr. 59'000.-- zukommen liess, dass sie im Jahre 2002 private Steuern der Eheleute im Betrag von Fr. 21'649.-- bezahlte, und dass diese Beträge in den privaten Steuererklärungen der Eheleute für die Jahre 2001 und 2002 nicht deklariert wurden, weshalb sie in den entsprechenden rechtskräftigen Veranlagungen unberücksichtigt geblieben sind (ausführlich zum Ganzen vorne lit. B und C).
2.3. Die Vorinstanz hat erwogen, die genannten Beträge seien dem Steuerpflichtigen in den Steuerperioden 2001 und 2002 zugeflossen bzw. realisiert worden. Dass der Steuerpflichtige die Leistungen später als unrechtmässig anerkannt und der GmbH zurückerstattet habe, ändere daran nichts, zumal im Jahresabschluss der GmbH per 31. Dezember 2002 kein entsprechender Rückforderungsanspruch verbucht worden sei. Ferner ist die Vorinstanz davon ausgegangen, der Umfang der von der GmbH getragenen privaten Steuern (Fr. 21'649.--) sei unbestritten. Sodann habe der Steuerpflichtige nicht belegen können, dass die streitigen Pauschalspesen geschäftsmässig begründet gewesen seien, zumal er zusätzlich zu den hohen Pauschalspesen auch auffallend hohe effektive Spesen bezogen habe. Die Spesenvergütungen seien daher im Umfang von Fr. 78'500.-- überhöht und stellten wie die privaten Steuern steuerbare Einkünfte dar. Die Nichtdeklaration dieser Einkünfte sei fahrlässig erfolgt, da dem Steuerpflichtigen bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit nicht habe entgehen können, dass die GmbH geldwerte Leistungen zu seinen Gunsten ohne Gegenleistung erbracht habe. Die Festlegung der Busse auf den Faktor 0,5 trage den persönlichen und finanziellen Verhältnissen des Steuerpflichtigen Rechnung und sei sicher nicht zu streng.
2.4. Der Steuerpflichtige bringt vor, der Tatbestand der Steuerhinterziehung sei weder in objektiver noch in subjektiver Hinsicht erfüllt. Nur unbedingte Leistungsansprüche könnten als realisiertes Einkommen betrachtet werden. Soweit die ihm von der GmbH erbrachten Leistungen geschäftsmässig nicht begründet gewesen seien, habe die GmbH über einen gesetzlichen Rückerstattungsanspruch verfügt. Sowohl die GmbH als auch er selber hätten diese Rückerstattungsforderung sofort anerkannt, nachdem die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg die Höhe der Pauschalspesen beanstandet hatte. Die Rückerstattung sei tatsächlich erbracht worden. Er, der Steuerpflichtige, habe daher kein Einkommen realisiert. Es sei zu keiner Steuerverkürzung gekommen. Er habe auch keine unrichtigen Angaben über die Höhe seiner Bezüge gemacht, sondern allenfalls die Höhe der ihm ausbezahlten Bezüge rechtlich unzutreffend als Pauschalspesen qualifiziert. Bei den privaten Steuern habe es sich um ein Versehen bei der Verbuchung gehandelt. Es liege demnach keine Pflichtverletzung vor. Schliesslich fehle es auch am subjektiven Tatbestand: Die Pauschalspesen seien in den streitigen Steuerperioden prozentual gemessen am Umsatz sogar tiefer gewesen als die in den Vorjahren von der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg (im Rahmen der Einzelunternehmung) anerkannten Pauschalspesen.
3.
3.1. Gemäss <ref-law>, Art. 7 Abs. 1 StHG und Art. 19 Abs. 1 StG/BE unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte. Auf diese Weise bringen die drei Erlasse im Bereich der Besteuerung des Einkommens natürlicher Personen das Konzept der Reinvermögenszugangstheorie ("théorie de l'accroissement du patrimoine" bzw. "imposition du revenu global net") zum Ausdruck (<ref-ruling> E. 2.1 S. 365). Als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit sind steuerbar alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlich-rechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen, geldwerte Vorteile aus Mitarbeiterbeteiligungen und andere geldwerte Vorteile (<ref-law>, Art. 7 Abs. 1 StHG, Art. 20 Abs. 1 StG/BE). Das steuerbare Einkommen bemisst sich im System der einjährigen Veranlagung für natürliche Personen nach den Einkünften in der Steuerperiode (Art. 41 i. V. m. <ref-law>, Art. 16 i. V. m. Art. 64 Abs. 1 StHG, Art. 70 Abs. 1 StG/BE).
3.2.
3.2.1. Von Arbeitsrechts wegen hat der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer alle durch die Ausführung der Arbeit notwendig entstehenden Auslagen zu ersetzen, bei Arbeit an auswärtigen Arbeitsorten auch die für den Unterhalt erforderlichen Aufwendungen (<ref-law>). Durch schriftliche Abrede, Normalarbeitsvertrag oder Gesamtarbeitsvertrag kann als Auslagenersatz eine feste Entschädigung, wie namentlich ein Taggeld oder eine pauschale Wochen- oder Monatsvergütung festgesetzt werden, durch die jedoch alle notwendig entstehenden Auslagen gedeckt werden müssen (<ref-law>).
3.2.2. Von Steuerrechts wegen gelten als Spesen die Auslagen, die Mitarbeitenden im Interesse des Arbeitgebers angefallen sind. Gemäss Ziff. 1.2 des allgemeinen Muster-Spesenreglements für Unternehmen (Kreisschreiben Nr. 25 der Schweizerischen Steuerkonferenz in der Fassung vom 18. Dezember 2009) fallen unter den steuerrechtlichen Spesenbegriff namentlich die Kosten für Fahrt, Verpflegung, Übernachtung und die "übrigen Kosten" (auch dazu Kreisschreiben Nr. 25 Ziff. 1.2). Damit bestehen Parallelen zum Begriff der Berufskosten (<ref-law>). Spesen werden grundsätzlich effektiv nach Spesenereignis und gegen Originalbeleg abgerechnet (Kreisschreiben Nr. 25 Ziff. 1.3). Ergänzend sieht das Kreisschreiben ein zusätzliches Muster-Spesenreglement für leitendes Personal vor. Dessen Ziff. 1 hält fest, dass das allgemeine Spesenreglement auch für das leitende Personal gelte, soweit das Zusatzreglement nicht davon abweiche. Unter dem Titel "Pauschalspesen" führt das Kreisschreiben Nr. 25 in Ziff. 3 dann aus:
"Den leitenden Angestellten erwachsen im Rahmen ihrer geschäftlichen Tätigkeit Auslagen für Repräsentation sowie Akquisition und Pflege von Kundenbeziehungen. Die Belege für diese Repräsentations- und Kleinauslagen (Bagatellspesen) sind teilweise nicht oder nur unter schwierigen Bedingungen zu beschaffen. Aus Gründen einer rationellen Abwicklung wird daher den leitenden Angestellten eine jährliche Pauschalentschädigung ausgerichtet.
Mit der Pauschalentschädigung sind sämtliche Kleinausgaben bis zur Höhe von Fr. 50.-- pro Ereignis abgegolten. Dabei gilt jede Ausgabe als einzelnes Ereignis. Verschiedene zeitlich gestaffelte Ausgaben können somit auch dann nicht zusammengezählt werden, wenn sie im Rahmen eines einzigen Geschäftsauftrages (beispielsweise anlässlich einer Geschäftsreise) anfallen (Kumulationsverbot). Empfänger von Pauschalspesen können diese Kleinausgaben bis Fr. 50.-- nicht effektiv geltend machen."
Typische Anwendungsfälle solcher Kleinausgaben sind Tram-, Bus- und Taxifahrten, Parkgebühren, Trinkgelder, Garderobengebühren, Geschäftsanrufe vom privaten Telefon aus, Kleiderreinigungen, Geschenke für Mitarbeitende, Zwischenverpflegungen, Getränke alleine oder mit Kunden (Erich Bosshard, Die steuerliche Behandlung von Spesenvergütungen im Lohnausweis und im Veranlagungsverfahren, in: StR 51/1996 S. 557, insb. 563). Pauschal entrichtete Spesenvergütungen dienen der Vereinfachung der Lohnadministration im Unternehmen, ebenso auch der Erleichterung der Veranlagungstätigkeit der Steuerverwaltung. Sie sind Ausdruck des Vertrauens, welches das Unternehmen den leitenden Angestellten im Bereich der Kleinausgaben entgegenbringt ("Vertrauensspesen").
3.2.3. Praxisgemäss gilt aber, dass reglementarische Pauschalspesen insoweit als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gelten, als sie über den ihnen zugedachten Zweck hinausgehen (Urteil 2C_326/2008 vom 23. September 2008 E. 4.1, in: RDAF 2008 II 519). Fehlt ein Spesenreglement, liegen also ausserreglementarische Pauschalspesen vor, sind auch solche Vergütungen als steuerbare Nebenleistungen des Arbeitgebers zu betrachten, soweit sie die effektiven Kosten übersteigen (Urteil 2A.82/1996 / 2A.83/1996 vom 8. Mai 1998 E. 3a). Dies ergibt sich aus dem Grundsatz, dass den Pauschalspesen, die weder auf einem genehmigten Spesenreglement beruhen noch nachgewiesenermassen geschäftsmässig begründet sind, die steuerliche Anerkennung zu versagen ist (Urteil 2C_30/2010 vom 19. Mai 2010 E. 3.2, in: RDAF 2011 II 53). Entsprechendes gilt auf Ebene der Unternehmung, insbesondere dann, wenn die spesenbeanspruchende Person der Gesellschaft nahe steht. Erweist sich die Spesenausrichtung als geschäftsmässig unbegründet, so dient die Zahlung einzig zur Bestreitung des privaten Lebensaufwandes des Aktionärs oder einer ihm nahestehenden Person. Derartige geldwerte Leistungen unter dem Vorwand von Repräsentationsspesen als Geschäftsaufwand zu verbuchen, geht nicht an (Urteil 2C_273/2013 / 2C_274/2013 vom 16. Juli 2013 E. 3.2 mit zahlreichen Hinweisen, in: StE 2013 B 93.5 Nr. 27; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 111 zu <ref-law>).
3.3.
3.3.1. Steuerrechtlich gilt Einkommen oder Ertrag als realisiert, sobald die steuerpflichtige Person Leistungen vereinnahmt oder zumindest einen festen Rechtsanspruch darauf erwirbt, über den sie tatsächlich verfügen kann ("Soll-Methode"; Urteil 2C_941/2012 / 2C_942/2012 vom 9. November 2013 E. 2.5, in: ASA 82 S. 375, StR 69/2014 S. 207; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, § 7 N. 12; Markus Reich, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 10 N. 51; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 18 zu <ref-law>). Dies gilt namentlich auch im Bereich geldwerter Leistungen (Urteil 2A.257/1991 vom 19. Juli 1993 E. 2; <ref-ruling> E. 2e S. 26) und des Einkommens aus unselbständiger Erwerbstätigkeit. Dieses wird in der Regel in derjenigen Periode realisiert, in der die unselbständig erwerbende Person ihre Arbeitsleistung erbringt. Die Lohnforderung entsteht fortlaufend mit der Erbringung der Arbeitsleistung, sie wird aber regelmässig erst am Ende jedes Monats fällig (<ref-law>; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 34 zu <ref-law>; Locher, DBG, I. Teil, N. 63 f. zu <ref-law>). Die Praxis stellt aus Gründen der Praktikabilität mitunter auf den Zeitpunkt der Auszahlung ab (Urteil 2C_144/2008 vom 12. November 2008 E. 2.1, in: StE 2009 B 22.1 Nr. 6, StR 64/2009 S. 386).
3.3.2. Der Vermögenszufluss ist ein faktischer Vorgang, der dann vorliegt, wenn die steuerpflichtige Person die wirtschaftliche Verfügungsmacht über die zugegangenen Vermögenswerte innehat (Urteil 2C_692/2013 / 2C_693/2013 vom 24. März 2014 E. 4.2 [Bonus-Rückzahlung], in: ASA 82 S. 740, StR 69/2014 S. 531). Ein Vermögenszufluss ist nicht einkommensbildend, wenn er mit einem korrelierenden Vermögensabgang einhergeht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 366; Markus Reich, Rückerstattung von übersetzten Boni und anderen Lohnzahlungen, in: ASA 80 S. 109, insb. 114; ders., in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, DBG, 2. Aufl. 2008, N. 22a zu <ref-law>). Dagegen lässt ein unbelasteter Vermögenszufluss die (Einkommens-) Steuerforderung ohne Weiteres entstehen. Diese ist grundsätzlich unabänderlich und kann an sich nicht durch blosse Rückabwicklung des steuerbegründenden Sachverhalts aus der Welt geschaffen werden. Entscheidend ist auch bei einer Einkunft aus unselbständiger Erwerbstätigkeit, ob der Vermögenszugang bereits im Zuflusszeitpunkt mit einem Vermögensabgang belastet ist und daher unsicher erscheint (Urteil 2C_692/2013 / 2C_693/2013 vom 24. März 2014 E. 4.2 [Bonus-Rückzahlung]). Ein Vermögensabgang liegt auch vor, wenn dem faktischen Vermögenszufluss eine entsprechende Verpflichtung zur Rückerstattung gegenübersteht. Voraussetzung ist aber, dass die Rückerstattungsverpflichtung tatsächlich eingefordert wird (Reich, DBG, N. 22a zu <ref-law>).
3.4.
3.4.1. Der Steuerpflichtige hat unbestritten in den Jahren 2001 und 2002 von seiner Arbeitgeberin die streitbetroffenen geldwerten Leistungen bezogen (vorne lit. B). Zwar verfügt eine GmbH grundsätzlich über einen gesetzlichen Anspruch auf Rückerstattung überhöhter Zahlungen, die sie an Gesellschafter oder Geschäftsführer ausgerichtet hat (<ref-law> in der ursprünglichen Fassung vom 18. Dezember 1936 bzw. <ref-law> in der heutigen Fassung vom 16. Dezember 2005 i. V. m. <ref-law> in der Fassung vom 4. Oktober 1991). Die AG oder GmbH ist allerdings nicht verpflichtet, diesen Anspruch auch tatsächlich geltend zu machen. Geht es um geldwerte Leistungen einer Gesellschaft an nahestehende Personen, ist notorisch, dass die Gesellschaften von einer Rückforderung häufig absehen. Wenn eine Gesellschaft keinen Rückerstattungsanspruch verbucht, macht dies deutlich, dass die begünstigte nahestehende Person mit der Geltendmachung eines solchen Anspruchs nicht rechnen muss (<ref-ruling> E. 4a S. 27 f.; Urteil 2A.108/2004 vom 31. August 2005 E. 3).
3.4.2. Auch im vorliegenden Fall hat die GmbH nach den unbestrittenen, für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) in der Schlussbilanz per 31. Dezember 2002 keinen Rückforderungsanspruch verbucht. Ebenso wenig macht der Steuerpflichtige geltend, er habe in seiner Steuererklärung für die Jahre 2001 und 2002 eine entsprechende Schuld deklariert. Den Akten ist immerhin zu entnehmen (<ref-law>), dass dies in der Steuererklärung 2003 geschehen ist, als die Eheleute eine Schuld ("zinsloses Darlehen") gegenüber der GmbH in Höhe von Fr. 121'132.-- deklarierten. Dies geschah aufgrund einer Intervention der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg, die auf der Rückerstattung des Betrags an die GmbH bestand. Hätte die Steuerverwaltung nicht interveniert, wäre die Rückerstattung nicht erfolgt. Der Wille der Beteiligten (GmbH und Steuerpflichtiger) war denn auch offensichtlich darauf ausgerichtet, dem Geschäftsführer mit Einzelunterschrift eine geldwerte Leistung zukommen zu lassen. Das entsprechende Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gilt damit als in den Jahren 2001 bzw. 2002 realisiert (vorne E. 3.3.1), woran die spätere Rückabwicklung nichts ändert (vorne E. 3.3.2). Wie aus den Umständen zu schliessen ist, hatte die Rückzahlung jedenfalls bis Ende 2003 noch nicht eingesetzt. Andernfalls hätten die Eheleute in der Steuererklärung 2003 keine ungeschmälerte Schuld von Fr. 121'132.-- ausweisen können (vorne lit. C).
3.4.3. Inwiefern sich etwaige - nach 2003 geleistete - Rückzahlungen steuerlich auszuwirken vermögen, ist nicht Sache des Steuerstrafverfahrens. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern wird dies, nach Aufhebung der Sistierung, im Nachsteuerverfahren zu klären haben. Es ist immerhin darauf hinzuweisen, dass zwischen der Konstellation im Urteil 2C_692/2013 / 2C_693/2013 vom 24. März 2014 (Bonus-Rückzahlung) und dem vorliegenden Fall insofern ein bedeutender Unterschied besteht, als die Auszahlung des Bonus auf Stufe der Gesellschaft und des Steuerpflichtigen korrekt als (steuerbares) Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit qualifiziert worden war. Vorliegend lässt sich dies nicht sagen, wollten Gesellschaft und Steuerpflichtiger die Leistung doch als steuerfrei behandelt wissen, wogegen sie in Wahrheit steuerbar ist.
3.5. Die Höhe der von der GmbH übernommenen privaten Steuern der Eheleute (Fr. 21'649.--) ist unbestritten.
3.6.
3.6.1. Was die Höhe der Pauschalspesen betrifft, hat die Vorinstanz erwogen, die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg habe die geschäftsmässig nicht begründeten Aufwendungen bei der GmbH auf Fr. 78'500.-- festgesetzt. Gleiches gilt im Übrigen für die Steuerverwaltung des Kantons Bern, welche die Betriebsstätte zu veranlagen hatte. Der Steuerpflichtige habe keinen detaillierten Nachweis der geschäftsmässigen Begründetheit erbracht, obwohl ihm dafür die Beweislast obliege. Die Bezüge seien daher in dieser Höhe steuerbar. Der Steuerpflichtige anerkennt, dass keine Belege zur Begründetheit der Spesen bestehen, macht aber geltend, im Steuerstrafverfahren obliege - anders als im Nachsteuerverfahren - die Beweislast nicht ihm, sondern der Steuerbehörde.
3.6.2. Die Normentheorie herrscht zwar im Veranlagungs-, Bezugs- und Nachsteuerverfahren, nicht jedoch im Steuerstrafverfahren. In Verdeutlichung des allgemeinen Grundsatzes von <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.2 S. 279), der auch im öffentlichen Recht gilt (<ref-ruling> E. 6.8.2 S. 486; <ref-ruling> E. 6 S. 222), trägt der Normentheorie zufolge die Steuerbehörde die Beweislast für die steuerbegründenden und -erhöhenden Tatsachen, wogegen die steuerpflichtige Person für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen beweisbelastet ist (<ref-ruling> E. 3.5 S. 252; ausführlich dazu Urteile 2C_715/2013 vom 13. Januar 2014 E. 2.3.3, in: ASA 82 S. 578, StR 69/2014 S. 290; 2C_353/2013 vom 23. Oktober 2013 E. 3.3, in: ASA 82 S. 369, StR 69/2014 S. 44). Die Verfahrensgarantien gemäss Art. 6 EMRK stehen dem nicht entgegen, handelt es sich doch um öffentlich-rechtliche Verpflichtungen, die als solche vom Anwendungsbereich ausgenommen sind (Urteil des EGMR Ferrazzini gegen Italien vom 12. Juli 2001 [44759/98] § 25 ff.).
Im Gegensatz zu den Veranlagungs- und Nachsteuerverfahren fällt das Strafverfahren betreffend die (vollendete oder versuchte) Steuerhinterziehung unter Art. 6 Ziff. 1 EMRK ("strafrechtliche Anklage"; <ref-ruling> E. 9.2 S. 74; <ref-ruling> E. 2.6.1 S. 51; <ref-ruling> E. 4b S. 264 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 281; <ref-ruling> E. 2e und 2f S. 316 ff.; Urteile des EGMR Chambaz gegen Schweiz vom 5. April 2012 [11663/04] § 36 ff., insb. 48; J.B. gegen Schweiz vom 3. Mai 2001 [31827/96] § 42 ff., insb. 50; A.P., M.P. und T.P. gegen Schweiz vom 29. August 1997 [19958/92] § 37 ff., insb. 43, unter Bezugnahme auf das Urteil Bendenoun gegen Frankreich vom 24. Februar 1994 [12547/86] § 44 ff., insb. 47; zum Ganzen Urteil 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 2.2, in: StR 67/2012 S. 759; ferner Urteil 2C_232/2011 vom 25. Oktober 2011 E. 2.2). Es gilt daher die Unschuldsvermutung (<ref-law>; Art. 6 Ziff. 2 EMRK; Urteil 2C_242/2013 vom 25. Oktober 2013 E. 3.1), zumal im Steuerstrafverfahren die steuerpflichtige Person auch keiner steuerrechtlichen Mitwirkungspflicht unterliegt (vgl. Urteil 2C_76/2009 vom 23. Juli 2009 E. 2.2). Auch im Steuerhinterziehungsverfahren ist es jedoch zulässig, die Höhe eines hinterzogenen Einkommensbestandteils zu schätzen (Urteil 2C_395/2011 vom 6. Dezember 2011 E. 3.2.2, in: RTiD 2012 I 802); sodann kann auch im Strafverfahren bei der Beweiswürdigung als ein Element unter mehreren berücksichtigt werden, dass die steuerpflichtige Person Klärungen nicht liefert, die sich aufdrängen (Urteil 2C_395/2011 vom 6. Dezember 2011 E. 3.1.2).
3.6.3. Im vorliegenden Fall steht fest, dass die Aufrechnung von Fr. 78'500.-- für die Jahre 2001/2002 in der GmbH und in der Betriebsstätte vom Steuerpflichtigen unbeanstandet geblieben ist. Die Veranlagungsverfügungen der beiden Kantone betreffend die GmbH sind denn auch in Rechtskraft getreten (vorne lit. B). Wie es sich auf Ebene des Steuerpflichtigen verhält, ist insofern formell noch offen, als das Nachsteuerverfahren sistiert ist. Der Steuerpflichtige hat freilich in der Steuererklärung 2003 eine Schuld gegenüber der GmbH von Fr. 121'132.-- ausgewiesen und diese als "zinsloses Darlehen" bezeichnet (vorne lit. C). Damit hat er die geldwerte Leistung von Fr. 121'132.-- zumindest faktisch anerkannt. Die - angefochtene - Nachsteuerverfügung des Kantons Bern vom 19. Oktober 2007 lautet betragsmässig noch auf Fr. 102'649.-- (vorne lit. D). So oder anders ist die geldwerte Leistung heute schon, auch wenn das Nachsteuerverfahren formell noch hängig ist, als realisiert zu betrachten (vorne E. 3.4). Unter den gegebenen Umständen kann und muss im Strafsteuerverfahren davon ausgegangen werden, dass geschäftsmässig unbegründete Zahlungen von Fr. 78'500.--, die als pauschaler Spesenersatz ausgewiesen wurden, richtigerweise als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit zu betrachten sind. Dieses Einkommen ist in den Steuererklärungen 2001 und 2002 der Eheleute nicht deklariert und damit verschwiegen worden.
3.6.4. Durch sein Verhalten hat der Steuerpflichtige bewirkt, dass die rechtskräftigen Veranlagungen 2001 und 2002 unvollständig sind, was den objektiven Tatbestand der vollendeten Steuerhinterziehung charakterisiert (<ref-law>, Art. 56 Abs. 1 StHG, Art. 217 Abs. 1 lit. a StG/BE; vorne E. 2.1). Dieser ist erfüllt.
3.7.
3.7.1. Zu prüfen bleibt der subjektive Tatbestand. Auch hierbei trägt die Behörde die Beweislast (Urteile 2C_242/2013 vom 25. Oktober 2013 E. 3.6; 2C_1022/2011 vom 22. Juni 2012 E. 6.1/6.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Hierzu ist etwas weiter auszuholen.
3.7.2. Die Vorinstanz hat den von der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg als geschäftsmässig unbegründet qualifizierten Betrag von Fr. 78'500.-- nicht etwa unbesehen übernommen, sondern zusätzlich erwogen, der Steuerpflichtige habe neben diesen Pauschalspesen auch auffallend hohe Effektivspesen von insgesamt rund Fr. 68'700.-- (vorne lit. B) geltend gemacht und bezogen. Er habe weder dargelegt, welche konkreten Unkosten mit den zusätzlichen pauschalen Spesenvergütungen hätten gedeckt werden sollen, noch substanzielle Anhaltspunkte dafür geliefert, inwieweit diese geschäftsmässig begründet gewesen wären. Diese Argumentation überzeugt und beruht auf einer willkürfreien Beweiswürdigung. Die Bezüge des Steuerpflichtigen sind in ihrem Gesamtrahmen zu würdigen. Ausgangspunkt bildet der Bruttolohn; er betrug im Langjahr 2001/2002 insgesamt Fr. 180'000.-- (vorne lit. B). Mit der Tätigkeit eines Geschäftsführers im Bereich der Personalvermittlung, der als solcher oft unterwegs ist und eine grosse Zahl von Einsatzbetrieben besucht und zahlreiche Arbeitssuchende trifft, sind zweifellos erhebliche geschäftlich bedingte Ausgaben verbunden. Die Branche ist als solche spesenintensiv. Die Steuerverwaltungen der Kantone Freiburg und Bern haben denn auch gegen die Effektivspesen von Fr. 68'700.-- nicht opponiert. Darüber hinaus beansprucht der Steuerpflichtige für das Langjahr indes pauschale (Repräsentations-) Spesen von Fr. 83'000.--. Diese zusätzlichen Bezüge sind unter verschiedenen Gesichtspunkten zu würdigen. Auch unter Berücksichtigung dessen, dass in den Jahren 2001 und 2002 (noch) kein schweizweit anerkanntes (Zusatz-) Spesenreglement bestand und insbesondere im konkreten Fall kein genehmigtes Spesenreglement vorlag, dürfen die reglementarischen Grundsätze dabei zumindest hilfsweise beigezogen werden.
3.7.3. Es ist allgemein notorisch, dass die steuerrechtliche Zulässigkeit von Pauschalspesen im Wesentlichen von der Spesengeneigtheit der betreffenden Branche, der Höhe des Bruttolohns, der Zusammensetzung des Salärs (fixe und variable Anteile, Geschäftswagen und Mitarbeiterbeteiligungsprogramme), der Anzahl zu führender Mitarbeitender, dem Anteil der Auswärtstätigkeit und der Grösse des Unternehmens abhängt. Vor allem ist auch zu berücksichtigen, dass der Zweck der (reglementarischen) Pauschalspesen darin liegt, dass die leitenden Angestellten nicht über sämtliche Kleinausgaben bis zur Höhe von Fr. 50.-- abzurechnen haben. Dem Institut der (reglementarischen) Pauschalspesen wohnt damit ein erheblicher verfahrensökonomischer Aspekt inne (vorne E. 3.2.3). Im vorliegenden ausserreglementarischen Umfeld besteht keine Begrenzung der "Kleinausgaben". Umso weniger ist ersichtlich, weshalb überhaupt namhafte, nicht ohnehin effektiv abgerechnete Auslagen anfallen sollten. Die Spesengeneigtheit der Branche (Personalvermittlung) spielt bereits bei der Beurteilung der Effektivspesen eine wesentliche Rolle. Sie nochmals für zusätzliche Pauschalspesen ins Feld zu führen, kann nicht angehen. Der Steuerpflichtige vermag die Spesenpolitik der von ihm geführten GmbH denn auch nicht plausibel zu begründen. Geht man davon aus, dass die (zu belegenden) Effektivspesen die Regel, die (unbelegten) Pauschalspesen höchstens eine geringfügige Ausnahme darstellen, bleibt unklar, weshalb die Pauschalspesen (Fr. 83'000.--) die Effektivspesen (Fr. 68'700.--) betragsmässig sogar noch erheblich übersteigen. Vergleicht man sodann die Pauschalspesen mit dem Bruttolohn, springt ins Auge, dass jene ein Ausmass von 46 Prozent erreichen. Dies geht weit über das Mass dessen hinaus, was in der Verwaltungs- und Gerichtspraxis als üblich bezeichnet werden darf.
3.7.4. Unerheblich ist, dass die kantonalen Steuerbehörden bis zur Gründung der GmbH eine grosszügigere Praxis verfolgt haben sollen, wie der Steuerpflichtige ausführt. Zum einen betraf dies ein anderes Rechts- und Steuersubjekt, zum andern vermag eine frühere Veranlagungspraxis für das streitbetroffene Hinterziehungsverfahren von vornherein keine schützenswerte Vertrauensposition zu begründen (Urteil 2C_196/2007 vom 16. Mai 2007 E. 3.2). Hinzu kommt die hemmende Wirkung des Legalitätsprinzips. Nach bundesgerichtlicher Praxis findet der Grundsatz von Treu und Glauben im Steuerrecht aufgrund des strengen Legalitätsprinzips ohnehin nur zurückhaltende Anwendung. Denkbar ist ein überwiegendes privates Interesse an Vertrauensschutz etwa im Bereich von Verfahrensfragen und materiellrechtlich dort, wo den Steuerpflichtigen gesetzlich ein gewisser Ermessensspielraum zusteht. Erforderlich wäre in diesem engen Bereich eine qualifizierende, einzelfallbezogene, ausdrücklich über eine konkrete Steuerperiode hinausreichende Auskunft der Amtsbehörde (<ref-ruling> E. 3.6.2 S. 193) oder Verfügung (<ref-ruling> E. 2.5.1 S. 72 f.), was hier nicht behauptet oder ersichtlich ist (Urteil 2C_95/2013 / 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 3.9, in: ASA 82 S. 227, StE 2013 B 22.2 Nr. 28, StR 68/2013 S. 810).
3.7.5. Dem Steuerpflichtigen wird Fahrlässigkeit vorgeworfen. Fahrlässig handelt, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (Art. 12 Abs. 3 i. V. m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3; Urteil 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 2.3, in: StR 67/2012 S. 759). Die steuerpflichtige Person ist verpflichtet, die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig auszufüllen und alles zu tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 124 Abs. 2 und Art. 126 Abs. 1 DBG; Art. 167 und 170 StG/BE; Urteil 2C_240/2014 / 2C_241/2014 vom 4. Juli 2014 E. 3.2.3). Sie muss namentlich ihr Einkommen vollständig angeben. Wer einen erheblichen Einkommensbestandteil nicht deklariert, obwohl dieser ihm bekannt sein muss, handelt grundsätzlich pflichtwidrig unvorsichtig (Urteile 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 4.2; 2A.182/2002 vom 25. April 2003 E. 4.5, in: ASA 73 S. 482, RDAF 2003 II 622, StE 2003 B 97.41 Nr. 15). Wer als Organ einer juristischen Person sich selber (als Privatperson) geldwerte Vorteile zukommen lässt, muss sich zudem bewusst sein, welche Konsequenzen das für ihn persönlich haben kann (Urteil 2A.583/2004 vom 21. April 2005 E. 4.2).
3.7.6. In Bezug auf die Pauschalspesen sprechen die Umstände eine deutliche Sprache. In absoluten wie relativen Zahlen, unter Würdigung der gesamten Umstände und insgesamt mit Blick auf die auffallend ungewöhnlich geübte Spesenpraxis konnte der Steuerpflichtige, der als Geschäftsführer mit Einzelunterschrift die Verhältnisse bestens kennen musste, zu keinem Zeitpunkt davon ausgehen, sein Verhalten entspreche demjenigen eines vorsichtigen, pflichtgemäss handelnden Organs. Er durfte denn auch nicht annehmen, die Nichtdeklaration der ganz offensichtlich übersetzten Pauschalspesen sei rechtens. Dass er vorbringt, er sei Laie und habe die unzutreffende rechtliche Qualifikation nicht erkennen können, ist unbehelflich.
3.7.7. Mit Recht hat die Vorinstanz damit auf unsorgfältiges und damit fahrlässiges Vorgehen im Sinne von <ref-law>, Art. 56 Abs. 1 StHG, Art. 217 Abs. 1 lit. a StG/BE geschlossen.
3.7.8. Auch in Bezug auf die von der GmbH übernommenen privaten Steuern der Eheleute kann fahrlässiges Verhalten nicht ernsthaft bestritten werden. Dass die Verbuchung irrtümlich durch den Treuhänder erfolgt sei, wie der Steuerpflichtige geltend macht, kann daran nichts ändern. Zum einen kann sich ein Steuerpflichtiger der Verantwortung für die Richtigkeit und Vollständigkeit der Angaben in der Steuererklärung nicht dadurch entziehen, dass er seine Steuerangelegenheiten durch einen vertraglichen Vertreter besorgen lässt (Urteil 2C_29/2011 vom 16. Juni 2011 E. 2.4). Fehlleistungen ihrer Vertretung oder ihrer Hilfspersonen muss die steuerpflichtige Person sich denn zurechnen lassen (Urteile 2C_222/2014 vom 10. März 2014 E. 2.4, in: ASA 82 S. 661; 2C_699/2012 vom 22. Oktober 2012 E. 3.2 und 3.4, in: Plädoyer 2013 S. 61, StR 68/2013 S. 53). Sodann und vor allem wird dem Steuerpflichtigen nicht vorgeworfen, dass die GmbH seine privaten Steuern übernommen hat, sondern, dass er diesen Einkommenszugang in seiner privaten Steuererklärung nicht deklariert hat. Dass die GmbH seine Steuern bezahlt hat, konnte seiner Aufmerksamkeit nicht entgehen.
3.7.9. Die Sanktion der Hinterziehung besteht in einer Busse. Diese beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden (<ref-law>, Art. 56 Abs. 1 StHG, Art. 217 Abs. 2 StG/BE). Wenn die Vorinstanz den Faktor von 0,5 billigt, hat sie jedenfalls keine überharte Sanktion ausgesprochen. Die Beschwerde erweist sich auch in dieser Hinsicht als unbegründet. Sie ist abzuweisen.
4.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Steuerpflichtigen aufzuerlegen (Art. 65, 66 Abs. 1 BGG). Der Kanton Bern obsiegt in seinem amtlichen Wirkungskreis, weshalb ihm keine Parteientschädigung zusteht (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher