Fatti:
A. La A._SA è titolare dell'autorizzazione a gestire il motel B._ di X._, situato a lato della strada cantonale, nella zona a carattere turistico del piano regolatore, che l'art. 34 delle norme di attuazione (NAPR) attribuisce esclusivamente a uno sfruttamento turistico-alberghiero.
B. Nel 2007 e nel 2008 il distaccamento speciale della Polizia cantonale preposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani ha effettuato quattro controlli presso detto motel, accertando ch'era frequentato solo da giovani donne, non accompagnate, originarie di luoghi noti per la provenienza di prostitute. Alcune ragazze, straniere, erano state denunciate per l'esercizio non autorizzato della prostituzione, mentre altre si erano annunciate per svolgerla regolarmente nel motel, pubblicizzato su Internet come sito a luci rosse. Il 12 febbraio 2009 il Municipio ha ordinato alla proprietaria, alla A._SA e al gerente di sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione e di ripristinarne l'uso a scopo alberghiero, conformemente alla destinazione approvata con le licenze edilizie rilasciate tra il 1965 e il 1981. La decisione è stata dichiarata immediatamente esecutiva e a un eventuale ricorso è stato tolto preventivamente l'effetto sospensivo. Contro la decisione municipale la A._SA è insorta al Consiglio di Stato.
C. Il 6 luglio 2009 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione (SPI), ritenendo che con la decisione municipale sarebbero decadute le condizioni giustificanti la gestione del motel, ha revocato alla A._SA l'autorizzazione, ordinandone la chiusura immediata mediante l'apposizione di sigilli. La A._SA ha impugnato anche questa decisione dinanzi al Governo cantonale, chiedendo anche in questa causa la restituzione dell'effetto sospensivo al gravame.
D. Con decisione del 30 giugno, rispettivamente del 24 luglio 2009, il Presidente del Consiglio di Stato ha respinto le domande di conferimento dell'effetto sospensivo ai ricorsi. La A._SA ha impugnato le decisioni governative davanti al Tribunale cantonale amministrativo, che con giudizio del 7 settembre 2009 ha respinto il gravame diretto contro l'ordine municipale (dispositivo n. 1.1) e accolto quello diretto contro la decisione della SPI.
E. Avverso questo giudizio la A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla limitatamente al dispositivo n. 1.1 e di concedere l'effetto sospensivo al gravame diretto contro l'ordine municipale.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Il ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, tempestivo (<ref-law>) e diretto contro una decisione resa da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF) in ambito edilizio (<ref-ruling> consid. 1.1), sotto questi aspetti, è ammissibile. La legittimazione della ricorrente è pacifica (<ref-law>).
1.3 Le decisioni sull'effetto sospensivo costituiscono decisioni in materia di misure cautelari. La ricorrente può far valere pertanto solo la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Essa deve quindi dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che modo siffatti diritti sarebbero stati lesi (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 6).
1.4 Riservati i casi dell'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale o comunale non costituisce di per sé un motivo di ricorso, ma può configurare una violazione del diritto federale ai sensi dell'<ref-law>, segnatamente qualora disattenda il divieto dell'arbitrio ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3). Chiamato a esaminare l'applicazione di una norma del diritto cantonale o comunale sotto il profilo dell'arbitrio, il Tribunale federale si scosta quindi dalla soluzione ritenuta dall'ultima istanza cantonale solo se appaia manifestamente insostenibile, in palese contraddizione con la situazione effettiva, non sorretta da ragioni oggettive e lesiva di un diritto certo. Non basta, inoltre, che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 4.1), ciò che spetta al ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2).
2. 2.1 La decisione con la quale l'autorità accorda o nega l'effetto sospensivo a un ricorso diretto contro il rilascio di una licenza edilizia è una decisione incidentale, come a ragione rilevato dalla ricorrente (<ref-ruling> consid. 3.1). Eccettuati i casi disciplinati dall'<ref-law>, il ricorso contro siffatte decisioni, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF). L'adempimento di quest'ultima condizione non è addotto dalla ricorrente né esso è ravvisabile in concreto (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.2.3-1.2.4 e rinvii).
2.1.1 La ricorrente adduce asseriti pregiudizi irreparabili di natura fattuale, nel senso di non più doversi confrontare con gravi perdite economiche dovute sia agli interventi della polizia cantonale sia alla posa dei sigilli, e di natura giuridica, nel senso di voler preservare la sua sopravvivenza economica, evitando il fallimento.
2.1.2 Certo, l'<ref-law> riprende la regola dell'art. 87 cpv. 2 OG applicabile in materia di ricorso di diritto pubblico (Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001, FF 2001 pag. 3890). Secondo la giurisprudenza relativa all'art. 87 cpv. 2 OG, un pregiudizio era irreparabile quando era suscettibile di provocare un danno di natura giuridica che una decisione favorevole nel merito non avrebbe permesso di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale (<ref-ruling> consid. 1 pag. 59). Per contro, nell'ambito del ricorso di diritto amministrativo, l'impugnazione di una decisione incidentale o pregiudiziale non richiedeva l'esistenza di un siffatto danno (art. 45 vPA in relazione con gli art. 97 OG e 5 PA; cfr. <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 153).
2.1.3 Il Tribunale federale si è già espresso al riguardo in una causa analoga, nota al patrocinatore della ricorrente (sentenza 1C_449/2008 del 17 ottobre 2008 consid. 2.3-2.5). Recentemente, esso ha stabilito, con riferimento alla sicurezza del diritto, che in materia edilizia si può essere in presenza di un pregiudizio irreparabile secondo l'<ref-law>, quando non si tratti semplicemente di evitare un prolungamento o un aumento dei costi della procedura, se è dato un altro interesse degno di protezione, anche di natura economica, per quanto il ricorso sottoposto al giudizio del Tribunale federale debba essere respinto nel merito (<ref-ruling> consid. 1.3.4 pag. 36 con numerosi riferimenti pure alla dottrina). La questione, per i motivi che seguono, non dev'essere esaminata oltre.
2.2 In effetti, la ricorrente confonde che i pregiudizi economici da essa addotti, non derivano in primo luogo dal mancato conferimento dell'effetto sospensivo alla decisione municipale, bensì, se del caso, dall'ordine della SPI di chiusura immediata del motel. Questa procedura, sulla quale si diffonde la ricorrente, esula però manifestamente dall'oggetto del litigio. Per di più, essa parrebbe scordare che al riguardo il suo ricorso è stato accolto dalla Corte cantonale.
Per dar seguito all'ordine municipale, la ricorrente non deve infatti adottare alcun altro provvedimento all'infuori di quelli necessari per impedire nel motel l'esercizio della prostituzione. L'ordine municipale non le impedisce infatti di continuare ad esercitarvi le attività turistico-alberghiere autorizzate. Ne segue che l'asserita violazione della libertà economica (<ref-law>), motivata con gli argomenti che l'attività del motel non avrebbe suscitato alcuna lamentela e che la misura municipale ne comporterebbe il fallimento, è infondata.
3. 3.1 La Corte cantonale ha stabilito che l'ingiunzione municipale ha chiaramente carattere cautelare. Ha poi ricordato che, secondo l'art. 21 cpv. 4 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966, le decisioni provvisionali sono immediatamente esecutive, per cui nemmeno era necessario togliere l'effetto sospensivo a un eventuale ricorso. In tale ambito, la prevalenza dell'interesse pubblico all'immediata esecutività delle misure provvisionali sul contrapposto interesse di chi ne è gravato, è infatti presunta per legge. L'interessato può nondimeno chiedere al presidente dell'autorità di ricorso di concedere l'effetto sospensivo, ma ciò, hanno rilevato i giudici cantonali, entra in considerazione soltanto in casi eccezionali, perché tale misura equivale in sostanza all'accoglimento nel merito dell'impugnativa. Essi hanno poi stabilito che in materia edilizia l'ordine di cessare immediatamente l'utilizzazione non autorizzata di un edificio può essere paragonato all'ordine di sospendere i lavori eseguiti senza o in contrasto con la licenza edilizia ai sensi dell'art. 42 della legge edilizia cantonale del 13 marzo 1991 (LE); l'ordine di adeguare l'uso di un'opera edilizia alla destinazione prevista dalla licenza accordata può, oltre a ciò, costituire anche un provvedimento di ripristino giusta l'art. 43 LE.
3.2 Al riguardo la ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe applicato in maniera arbitraria sia l'art. 42, sul quale si fonda l'ordine municipale di natura cautelare, sia l'art. 43 LE, pure richiamato in detto provvedimento. Essa asserisce che, accennando anche a quest'ultima norma, il Municipio avrebbe a priori escluso il rilascio di una licenza in sanatoria, per cui si sarebbe in presenza di un ordine di ripristino che non beneficerebbe, per legge, dell'esecutività immediata. Al riguardo essa si limita tuttavia a sostenere, in maniera del tutto generica e quindi inammissibile, che, contrariamente alla tesi dei giudici cantonali, non si sarebbe in presenza di una decisione cautelare, per cui spetterebbe all'autorità dimostrare un interesse pubblico preponderante che giustifichi il diniego dell'effetto sospensivo: a suo dire questa ponderazione degli interessi non sarebbe stata effettuata.
3.3 Sempre in tale ambito, la ricorrente fa pure valere una lesione dell'<ref-law>, poiché la definizione della natura giuridica della decisione municipale quale provvedimento cautelare (art. 42 LE), e non di ripristino (art. 43 LE), comporterebbe un potere cognitivo differente nella valutazione dei mezzi di prova, ciò che avrebbe comportato una lesione del suo diritto di essere sentita. Come noto al suo patrocinatore, la criticata soluzione, che di massima dev'essere esaminata nel quadro del ricorso di merito, non è comunque arbitraria (sentenza 1C_90/2009 del 15 giugno 2009 consid. 2.2-2.3)
3.4 L'assunto ricorsuale non reggerebbe comunque. In effetti, la ricorrente non contesta, se non in maniera del tutto generica e appellatoria, gli accertamenti di fatto e le considerazioni giuridiche poste a fondamento del giudizio impugnato. La Corte cantonale ha infatti condiviso la tesi del Presidente del Consiglio di Stato, secondo la quale durante la procedura ricorsuale l'interesse generale all'immediata esecutività della decisione municipale prevale su quello della ricorrente a esercitare nel motel un'attività (la prostituzione), anche solo a titolo accessorio, mai autorizzata, manifestamente estranea a quella dell'esercizio pubblico.
3.4.1 Questa conclusione non è affatto insostenibile e quindi arbitraria. Al riguardo, ammesso che parte della clientela del motel è composta di sole donne, la ricorrente sostiene semplicemente che una "bella fetta" di clienti sarebbe composta di operai e lavoratori di ditte che hanno la loro sede nel Comune e da persone in transito. Essa medesima riconosce tuttavia che nel motel la prostituzione, pubblicizzata pure su un sito Internet, veniva esercitata per lo meno a titolo accessorio: i predetti accertamenti fattuali sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3; <ref-ruling> consid. 1.4 e 6.2).
3.4.2 Ne segue che, anche nel quadro dell'adozione di misure provvisionali, non è addirittura insostenibile e quindi arbitrario negare l'effetto sospensivo alla decisione municipale che vieta l'esercizio di una siffatta attività non autorizzata. Le questioni dell'ammissibilità di tale attività nella zona turistico-alberghiera o di un eventuale rilascio di una licenza edilizia in sanatoria in presenza di un cambiamento di utilizzazione, attengono al merito della causa e contrariamente all'assunto ricorsuale non devono essere compiutamente esaminate né pregiudicate nell'ambito dell'adozione di misure provvisionali. Del resto, la ricorrente si limita a criticare, sempre in maniera generica, l'attribuzione dei due fondi ove è situato il motel alla zona turistico-alberghiera, ciò che ne pregiudicherebbe le attività ammissibili, accennando che l'immobile si trova in una zona isolata, circondato da edifici a carattere commerciale e industriale. Ora, la questione dell'attribuzione alla citata zona esula chiaramente dall'oggetto del litigio, rientrando semmai nel quadro di un riesame del piano regolatore ai sensi dell'art. 21 cpv. 2 LPT.
4. 4.1 La Corte cantonale ha rilevato che la natura del provvedimento municipale è incerta nella misura in cui ordina di ripristinare l'utilizzazione alberghiera autorizzata, poiché non potrebbe essere escluso che il Municipio abbia a priori negato la possibilità di rilasciare una licenza in sanatoria. La questione è però stata rettamente lasciata aperta, poiché oggetto del litigio è soltanto il richiesto ripristino dell'effetto sospensivo.
4.2 La criticata decisione rispetta pure il principio di proporzionalità, poiché vieta per la durata della procedura ricorsuale soltanto un'attività non autorizzata, palesemente estranea a quella definita per un albergo. In tale ambito, l'implicito accenno ricorsuale a un'eventuale violazione del principio della parità di trattamento, poiché nei confronti di altre non meglio precisate strutture alberghiere non sarebbero state adottate analoghe misure, è chiaramente inammissibile per carenza di motivazione (<ref-law>).
4.3 La ricorrente si dilunga poi su una domanda di accertamento, ancora pendente dinanzi al Consiglio di Stato, presentata contro le modalità dell'esecuzione forzata dell'ordine municipale. Anche questa questione esula manifestamente dall'oggetto del litigio.
4.4 Infine, la ricorrente ravvisa una lesione del suo diritto di essere sentita e della sua facoltà di far assumere ulteriori mezzi di prova, segnatamente di esperire un sopralluogo, per accertare l'effettiva attività svolta nel motel. È chiaro che eventuali mezzi di prova, se ritenuti determinanti, potranno semmai essere assunti nel quadro dell'esame di merito del ricorso (cfr. sentenza 1C_449/2008, citata, consid. 4.1).
5. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LPT).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di X._, al Presidente del Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.