Sachverhalt:
A. Am 7. August 2007, um 13.05 Uhr, kam es auf einer Baustelle für einen Neubau von zwei Mehrfamilienhäusern in Kilchberg zu einem Bauunfall mit tödlichem Ausgang. D._, Hilfsarbeiter der E._AG, war zusammen mit seinem Vorgesetzten, C._, mit dem Ausbau von Stahlträgern beschäftigt, welche zwecks Baugrubenabsicherung angebracht worden waren. Die Stahlträger waren tags zuvor teilweise angeschnitten worden, um sie anschliessend mit einem Kran zu heben und ganz abzutrennen. Während C._ sich entfernte, um den Kran zu besorgen, blieb D._ zurück. Er begab sich in der Folge aus ungeklärten Gründen in die sich unter den Stahlträgern befindende, rund drei Meter tiefe Baugrube. Dort wurde er von einem herabstürzenden Stahlträger tödlich getroffen.
B. Die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis eröffnete gegen den Geschäftsführer der E._AG, A._, gegen den Bauführer besagter Firma, B._, und gegen den zusammen mit dem Verunfallten auf der Baustelle tätigen Bauarbeiter, C._, eine Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Tötung.
Mit Einstellungsverfügung vom 5. Dezember 2008 stellte die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis die Untersuchung ein.
Den von den Eltern des Verstorbenen, X._ und Y._, erhobenen Rekurs wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Sitzungsbeschluss vom 16. Juni 2009 ab.
C. X._ und Y._ führen Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 16. Juni 2009 sei aufzuheben, und die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis sei anzuweisen, gegen A._, B._ und C._ Anklage zu erheben, eventuell unter vorgängiger Ergänzung der Untersuchung.
D. Das Obergericht des Kantons Zürich und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Als Eltern des verstorbenen Opfers sind die Beschwerdeführenden zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG i.V.m. Art. 1 Abs. 1 und 2 OHG).
1.2 Unter welchen Voraussetzungen ein Strafverfahren eingestellt werden darf und wann Anklage zu erheben ist, ergibt sich primär aus dem kantonalen Verfahrensrecht, wobei das Bundesgericht allfällige Verletzungen kantonalen Prozessrechts lediglich auf Willkür überprüft.
Gemäss § 39 StPO/ZH erlässt der Staatsanwalt eine begründete Einstellungsverfügung, wenn er nach durchgeführter Untersuchung keine Anklage erheben will. Er unterbreitet diese Verfügung mit den Akten dem Leitenden Staatsanwalt zur Genehmigung.
Eine Verfahrenseinstellung kann erfolgen, wenn es nach durchgeführter Untersuchung an einem hinreichenden Tatverdacht fehlt bzw. das Vorliegen eines Straftatbestands nicht genügend dargetan ist, so dass eine Verurteilung in der Hauptverhandlung nicht zu erwarten ist. Die Beurteilung der Prozessaussichten steht im pflichtgemässen Ermessen der Staatsanwaltschaft, wobei der Grundsatz "in dubio pro duriore" gilt, wonach im Zweifel Anklage zu erheben ist. Dies gründet auf der Überlegung, dass bei nicht eindeutiger Beweislage der Entscheid über einen Vorwurf nicht von den Untersuchungs- oder Anklagebehörden, sondern von den für die materielle Beurteilung zuständigen Gerichten getroffen werden soll (vgl. Urteil 6B_915/2008 vom 6. April 2009 E. 3.1).
1.3 Die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis hat die Untersuchung mit der Begründung eingestellt, die Aussagen des Beschwerdegegners 3 seien zwar widersprüchlich (vgl. Einstellungsverfügung S. 3); seine Behauptung, er habe den Verunfallten bei der Aufnahme der Arbeiten darauf hingewiesen, nicht in die Baugrube zu steigen, könne jedoch nicht widerlegt werden. D._ sei dabei gewesen, als am Tag vor dem Unfall zur Vorbereitung der Entfernung der Stahlträger deren Verschweissung angesägt worden sei. Er habe folglich um die Tatsache gewusst, dass die sichernden Verbindungen nicht mehr zur Gänze bestanden. Unter diesen Umständen sei schlicht nicht nachvollziehbar, weshalb er sich in die Baugrube begeben habe. Dieses nicht voraussehbare Verhalten des Opfers bilde die unmittelbarste Unfallursache, weshalb eine Verurteilung der Beschwerdegegner 1 - 3 nicht zu erwarten und die Untersuchung daher einzustellen sei (vgl. Einstellungsverfügung S. 8).
Die Vorinstanz hat die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft geschützt und in ihrem Sitzungsbeschluss ergänzend hervorgehoben, das ausser jeder Erwartung liegende Fehlverhalten des Verunfallten habe den Kausalzusammenhang zwischen einem allenfalls pflichtwidrigen Verhalten der Beschwerdegegner 1 - 3 und dem eingetretenen Erfolg unterbrochen, weshalb es nicht darauf ankommen könne, den Beschwerdegegnern 1 - 3 eine Sorgfaltspflichtverletzung nachzuweisen. Dementsprechend erübrigten sich auch weitere Abklärungen und Befragungen angeblicher Unfallzeugen (angefochtener Beschluss S. 4 f.). Der Fachbericht der SUVA als Unfallversicherer könne an dieser Einschätzung nichts Entscheidendes ändern, da der Bericht "nicht auf einem nach den strengen Regeln des Strafprozessrechts beruhenden Nachweis eines auf seine Strafbarkeit hin zu überprüfenden Sachverhalts" basiere (angefochtener Beschluss S. 5 f.).
1.4 Die Beschwerdeführenden bringen vor, die Aussagen des Beschwerdegegners 3 seien widersprüchlich, zeigten aber zumindest auf, dass ihm ein Gefahrenbewusstsein gefehlt habe, weshalb er ohnehin nicht in der Lage gewesen sei, ihren Sohn über die bestehenden Gefahren zu orientieren (Beschwerde S. 7 f.). Wie im Bericht der SUVA ausgeführt werde, liege die Hauptursache des Unfalls darin, dass die Stahlträger nicht gesichert worden seien. Eine sorgfältige Vorgehensweise beim Ausbau der Stahlträger hätte mithin den Unfall verhindert. Ein allfälliges Verschulden des Opfers, selbst wenn es dasjenige der Beschwerdegegner 1 - 3 übersteigen sollte, führe nicht zu einer Unterbrechung des adäquaten Kausalzusammenhangs. Jedenfalls aber sei diese Abgrenzung der Verantwortungsbereiche von einem Gericht vorzunehmen (Beschwerde S. 9 f.).
Im Übrigen habe sich die Vorinstanz nicht hinreichend mit ihren Argumenten auseinandergesetzt und dadurch ihren Anspruch auf rechtliches Gehör missachtet. Willkürlich sei schliesslich der Verzicht der Vorinstanz auf die Befragung eines mutmasslichen Augenzeugen (Beschwerde S. 10 f.).
Im Übrigen habe sich die Vorinstanz nicht hinreichend mit ihren Argumenten auseinandergesetzt und dadurch ihren Anspruch auf rechtliches Gehör missachtet. Willkürlich sei schliesslich der Verzicht der Vorinstanz auf die Befragung eines mutmasslichen Augenzeugen (Beschwerde S. 10 f.).
1.5 1.5.1 Nach <ref-law> wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer fahrlässig den Tod eines Menschen verursacht.
Gemäss <ref-law> handelt fahrlässig, wer die Folgen seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt (Satz 1). Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (Satz 2).
Wo besondere Normen ein bestimmtes Verhalten gebieten, bestimmt sich das Mass der zu beachtenden Sorgfalt in erster Linie nach diesen Vorschriften (vgl. <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E 2). Vorliegend kann auf die Bestimmungen zurückgegriffen werden, die der Unfallverhütung und der Sicherheit auf Baustellen dienen. Einschlägig sind insoweit die Verordnung über die Unfallverhütung (VUV; SR 832.30) und die Verordnung über die Sicherheit und den Gesundheitsschutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer bei Bauarbeiten (Bauarbeitenverordnung, BauAV; SR 832.311.141).
1.5.2 Eine Sorgfaltspflichtverletzung ist anzunehmen, wenn der Täter eine Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte voraussehen bzw. erkennen können und müssen. Erkennbar bzw. voraussehbar ist die Gefahr des Erfolgseintritts für den Täter nach dem Massstab der Adäquanz, wenn sein Verhalten geeignet ist, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Die Vorhersehbarkeit der zu beurteilenden Ursache für den Erfolg ist nur zu verneinen, wenn ganz aussergewöhnliche Umstände, wie das Mitverschulden eines Dritten oder Material- oder Konstruktionsfehler, als Mitursache hinzutreten, mit denen schlechthin nicht gerechnet werden musste und die derart schwer wiegen, dass sie als wahrscheinlichste Ursache des Erfolgs erscheinen (<ref-ruling> E. 7.3; <ref-ruling> E. 3.2; je mit Hinweisen).
Das Verhalten des Geschädigten oder eines Dritten vermag im Normalfall den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen Schaden und Verhalten des Schädigers nicht zu beseitigen, selbst wenn das Verschulden des Geschädigten oder des Dritten dasjenige des Schädigers übersteigt. Auch wenn neben die erste Ursache andere treten und die Erstursache in den Hintergrund drängen, bleibt sie adäquat kausal, solange sie im Rahmen des Geschehens noch als erheblich zu betrachten ist, solange nicht eine Zusatzursache derart ausserhalb des normalen Geschehens liegt, derart unsinnig ist, dass damit nicht zu rechnen war. Entscheidend ist die Intensität der beiden Kausalzusammenhänge. Erscheint der eine bei wertender Betrachtung als derart intensiv, dass er den andern gleichsam verdrängt und als unbedeutend erscheinen lässt, wird eine sogenannte Unterbrechung des andern angenommen (<ref-ruling> E. 4b mit Hinweisen).
Das Verhalten des Geschädigten oder eines Dritten vermag im Normalfall den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen Schaden und Verhalten des Schädigers nicht zu beseitigen, selbst wenn das Verschulden des Geschädigten oder des Dritten dasjenige des Schädigers übersteigt. Auch wenn neben die erste Ursache andere treten und die Erstursache in den Hintergrund drängen, bleibt sie adäquat kausal, solange sie im Rahmen des Geschehens noch als erheblich zu betrachten ist, solange nicht eine Zusatzursache derart ausserhalb des normalen Geschehens liegt, derart unsinnig ist, dass damit nicht zu rechnen war. Entscheidend ist die Intensität der beiden Kausalzusammenhänge. Erscheint der eine bei wertender Betrachtung als derart intensiv, dass er den andern gleichsam verdrängt und als unbedeutend erscheinen lässt, wird eine sogenannte Unterbrechung des andern angenommen (<ref-ruling> E. 4b mit Hinweisen).
1.6 1.6.1 Die SUVA kam in ihrem Unfallrapport unter Bezugnahme auf die VUV und die BauAV zusammenfassend zum Schluss, die Stahlträger seien unsachgemäss und durch nicht genügend qualifiziertes und nicht ausreichend überwachtes Personal ausgebaut worden. Insbesondere sei bereits am Vortag des Unfalls durch die Abtrennung der Verbindungseisen und die ungenügende Absicherung der Stahlträger vor dem Ausbau ein gefährlicher Zustand geschaffen worden (vgl. Unfallrapport der SUVA vom 17. Oktober 2007, vorinstanzliche Akten act. 7/9/1; siehe ferner den ergänzenden Bericht der SUVA vom 20. Februar 2008, vorinstanzliche Akten act. 7/9/4 insb. S. 3). Aufgrund dieses Fachberichts bestehen demnach gewichtige Indizien für ein pflichtwidriges Verhalten der Beschwerdegegner 1 - 3.
Des Weiteren ist aufgrund der widersprüchlichen Aussagen des Beschwerdegegners 3 (vgl. vorinstanzliche Akten act. 7/2 S. 2 und act. 7/10/8 S. 8) zumindest zweifelhaft, ob ein Gericht zum Ergebnis käme, dessen Angabe, er habe D._ vor den Unfallgefahren gewarnt, sei glaubhaft oder jedenfalls unwiderlegbar.
1.6.2 Bei dieser Sachlage sind die folgenden Schlüsse zu ziehen: Einerseits wären nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens allfällige Sorgfaltspflichtverletzungen der Beschwerdegegner 1 - 3, für welche es nach dem Gesagten zumindest konkrete Hinweise gibt, geeignet gewesen, einen Erfolg von der Art des eingetretenen herbeizuführen oder zu begünstigen. Andererseits führt ein Selbstverschulden des Opfers nur ganz ausnahmsweise zu einer Unterbrechung des Kausalzusammenhangs, zumal das Strafrecht keine Schuldkompensation kennt. Insoweit bestehen, wie dargelegt, gewisse Zweifel, ob D._ hinreichend über die Unfallgefahren aufgeklärt worden war. Zu bedenken ist weiter, dass sich der ungesicherte Stahlträger ohne weiteres Zutun des Opfers gelöst hat und heruntergefallen ist. Es ist daher zumindest fraglich, ob ein derart aussergewöhnliches Fehlverhalten des Verunfallten vorliegt, welches allfällige Pflichtwidrigkeiten der Beschwerdegegner 1 - 3 so in den Hintergrund drängt, dass die Adäquanz zu verneinen ist.
Gestützt auf die Maxime "in dubio pro duriore" ist diese Frage dem Sachgericht zu unterbreiten. Die Einstellung der Untersuchung ist mit anderen Worten nicht haltbar, weshalb die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Sitzungsbeschluss aufzuheben sind. Bei diesem Ergebnis erübrigt sich ein Eingehen auf die weiteren von den Beschwerdeführenden erhobenen Rügen.
2. Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat (<ref-law>). Vorliegend besteht kein Anlass, die Sache unter Umgehung der Vorinstanz direkt an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen. Vielmehr bleibt es der Vorinstanz überlassen, die nach kantonalem Recht notwendigen Anordnungen zu treffen (vgl. insoweit auch Urteil 6B_646/2007 vom 24. April 2008 E. 6, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Die bundesgerichtlichen Kosten von insgesamt Fr. 2'000.-- sind zur Hälfte anteilsmässig von den unterliegenden Beschwerdegegnern 1 - 3 zu tragen (<ref-law>), während dem Kanton Zürich keine Kosten auferlegt werden können (<ref-law>). Dieser und - wiederum anteilsmässig - die Beschwerdegegner 1 - 3 haben den Beschwerdeführenden deren Parteikosten je zur Hälfte zu ersetzen (<ref-law>). Die beantragte Entschädigung von Fr. 2'180.-- erscheint angemessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Sitzungsbeschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 16. Juni 2009 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdegegnern 1 - 3 zu je einem Drittel auferlegt (Fr. 333.30).
3. Den Beschwerdeführenden wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'180.-- zugesprochen, welche zur Hälfte vom Kanton Zürich (Fr. 1'090.--) und zu je einem Sechstel von den Beschwerdegegnern 1 - 3 (Fr. 363.30) zu bezahlen ist.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner