Fatti:
A. lI 15 maggio 2008, la A._SA ha chiesto all'Organo di accreditamento e di garanzia della qualità delle istituzioni universitarie svizzere l'accreditamento di singoli cicli di studio da lei proposti. Il 30 giugno 2008, tale organo ha comunicato alla A._SA di non potere trattare la sua domanda, non avendo essa stessa ancora ottenuto, in qualità di istituzione, un accreditamento. Preso atto della risposta ricevuta, l'8 agosto 2008 la A._SA ha allora chiesto alla Conferenza universitaria svizzera l'emanazione di una decisione formale.
Con decisione del 22 ottobre 2008, la Conferenza universitaria svizzera ha respinto la richiesta di accreditamento formulata, ribadendo che, giusta l'art. 5 cpv. 1 lett. a delle direttive del 28 giugno 2007 della Confederazione universitaria svizzera per l'accreditamento nel settore universitario in Svizzera (Direttive per l'accreditamento; RS 414.205.3), l'accreditamento di singoli cicli di studio può essere domandato unicamente da istituzioni che sono a loro volta già state accreditate o riconosciute.
B. La decisione della Conferenza universitaria svizzera è stata confermata su ricorso, dapprima dall'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera, il 25 gennaio 2011, quindi dal Tribunale amministrativo federale, con sentenza del 7 febbraio 2012.
Davanti a tutte le istanze adite, la A._SA ha senza successo sostenuto che l'art. 5 cpv. 1 lett. a delle Direttive per l'accreditamento sia in contrasto con gli art. 6 e 7 della legge federale dell'8 ottobre 1999 sull'aiuto alle università e la cooperazione nel settore universitario (legge sull'aiuto alle università, LAU; RS 414.20) e inoltre con gli art. 6 e 7 della Convenzione del 14 dicembre 2000 tra la Confederazione e i Cantoni universitari sulla cooperazione nel settore universitario (RS 414.205), da cui occorrerebbe dedurre la facoltà di chiedere alternativamente l'accreditamento di un istituto in quanto tale oppure di suoi singoli cicli di studio, e sia perciò inapplicabile.
C. La sentenza del Tribunale amministrativo federale è stata impugnata davanti al Tribunale federale con ricorso in materia di diritto pubblico del 28 marzo 2012, chiedendone l'annullamento. La A._SA (ricorrente) domanda nel contempo l'annullamento delle decisioni emesse dall'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera e da quest'ultima e il rinvio dell'incarto alla Conferenza universitaria svizzera, affinché decida in merito alla richiesta di accreditamento dei cicli di studio che le è stata a suo tempo indirizzata.
Nella sostanza, ritiene che il giudizio sia a vario titolo lesivo del diritto costituzionale e convenzionale. Anche in questa sede, fa inoltre valere l'incompatibilità delle direttive applicate con il diritto federale di rango superiore.
Invitato a pronunciarsi, il Tribunale amministrativo federale si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni del proprio giudizio, formulando osservazioni di cui verrà detto, per quanto necessario, più oltre. Ad esso hanno fatto rinvio anche l'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera e la Conferenza universitaria medesima.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43).
1.1 Diretto contro una decisione finale resa dal Tribunale amministrativo federale (art. 86 cpv. 1 lett. a e 90 LTF), il ricorso concerne una causa di diritto pubblico (<ref-law>) che non ricade sotto nessuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>.
1.2 Presentato in tempo utile (<ref-law>) dalla destinataria della pronuncia contestata, con interesse al suo annullamento (<ref-law>), il ricorso è pertanto di massima ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico (al riguardo, cfr. del resto anche la sentenza 2C_219/2011 del 23 marzo 2011).
1.3 In ragione dell'effetto devolutivo dei ricorsi interposti, con la sua impugnativa la ricorrente è però legittimata a formulare conclusioni riguardanti solo l'annullamento o la riforma della sentenza del Tribunale amministrativo federale. Per quanto direttamente volte all'annullamento delle decisioni emesse dall'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera e da quest'ultima, le conclusioni tratte nel ricorso sono quindi inammissibili (<ref-ruling> consid. 1.4 pag. 144).
2. 2.1 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può essere fatta valere, tra l'altro, la violazione del diritto federale, che comprende i diritti fondamentali (<ref-law>). Di principio, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>); esso non è vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. Ciò nondimeno, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto di ricorso deve contenere le conclusioni della parte ricorrente ed i motivi su cui queste si fondano; indicandoli, occorre quindi anche spiegare - confrontandosi con le motivazioni in esso contenute - perché l'atto impugnato leda il diritto e su quali punti è contestato (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 245 seg.; <ref-ruling> consid. 1.4 pag. 287 seg.).
Esigenze più severe valgono inoltre in relazione alla violazione di diritti fondamentali; il Tribunale federale tratta infatti simili critiche unicamente se sono state motivate in modo chiaro, circostanziato ed esaustivo (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.2 pag. 254).
2.2 Nella fattispecie specifica, una motivazione sufficientemente precisa del ricorso è ravvisabile solo in parte. Nella misura in cui i requisiti esposti sono manifestamente disattesi - in particolare, per quei tratti in cui il ricorrente si richiama agli art. 8 e 9 Cost. rispettivamente alla Convenzione del 4 novembre 1950 per la salvaguardia dei diritti dell'uomo e delle libertà fondamentali (CEDU; RS 0.101), asserendone di fatto semplicemente la lesione - il gravame va di conseguenza considerato inammissibile anche per questo motivo.
3. L'impugnativa rimprovera innanzitutto al Tribunale amministrativo federale di avere violato il diritto di essere sentita della ricorrente. La sentenza impugnata ometterebbe infatti di affrontare tutte le argomentazioni da lei sollevate.
3.1 Il diritto di essere sentiti ancorato nell'<ref-law> comprende più aspetti. Tra questi, anche il diritto ad una motivazione sufficiente, cui l'insorgente si richiama. Esso non impone tuttavia di esporre e discutere tutti i fatti, i mezzi di prova e le censure formulati; è infatti sufficiente che dalla decisione impugnata emergano in maniera chiara i motivi su cui l'autorità fonda il suo ragionamento (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 236 seg.; <ref-ruling> consid. 2b pag. 102 seg.; <ref-ruling> consid. 4 pag. 86).
3.2 Sennonché l'aspetto del diritto di essere sentiti richiamato non risulta nella fattispecie violato. La motivazione contenuta nel giudizio impugnato permette in effetti manifestamente di comprendere i motivi che hanno condotto il Tribunale amministrativo federale a confermare la decisione dell'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera: tant'è che la pronuncia del Tribunale amministrativo federale è stata in seguito impugnata con un ricorso in cui tali motivi vengono elencati in modo puntuale (sentenza 2C_484/2008 del 9 gennaio 2009 consid. 2.1 non pubblicata in <ref-ruling>). In relazione alla censura sollevata, di natura formale, l'impugnativa è pertanto infondata.
4. Nel merito, il ricorso solleva la questione a sapere se la Conferenza universitaria svizzera avesse davvero la facoltà di emanare un disposto come l'art. 5 cpv. 1 lett. a delle direttive per l'accreditamento, che prevede che l'accreditamento di singoli cicli di studio può essere domandato solo da istituzioni che sono a loro volta già state accreditate o riconosciute.
4.1 Così come già fatto dall'istanza arbitrale, il Tribunale amministrativo federale risponde affermativamente al quesito posto.
4.1.1 Nel suo giudizio, l'autorità inferiore osserva dapprima che la procedura specifica e i criteri qualitativi per l'accreditamento non vengono definiti né dalla legge federale sull'aiuto alle università, né dal Concordato intercantonale del 9 dicembre 1999 sul coordinamento universitario, né dalla Convenzione del 14 dicembre 2000 sulla cooperazione nel settore universitario, che ne demandano la regolamentazione alla Conferenza universitaria stessa.
4.1.2 Riconosciuto alla Conferenza universitaria svizzera un ampio margine di apprezzamento in materia, considera quindi che la decisione di subordinare il riconoscimento di singoli cicli di studio al preventivo accreditamento o riconoscimento dell'istituzione che li offre sia solo il risultato di un legittimo uso della facoltà di apprezzamento concessale: non da ultimo, attraverso l'emanazione di vere e proprie norme che regolano la materia.
4.1.3 Rispondendo alle precise critiche della ricorrente, non vede infine un limite a tale facoltà neppure negli art. 6 e 7 della legge federale sull'aiuto alle università rispettivamente negli art. 6 e 7 della Convenzione sulla cooperazione nel settore universitario, secondo i quali la Conferenza universitaria è competente per riconoscere "istituti o cicli di studio". Con riferimento a queste norme, ammette in effetti la possibilità di optare tra riconoscimento di istituzioni o cicli di studio da un punto di vista procedurale, ma non trae dal riconoscimento di tale possibilità nessuna limitazione di carattere materiale.
4.2 La ricorrente concorda di principio sul fatto che la Conferenza universitaria svizzera disponga di un ampio margine di manovra nel stabilire criteri di qualità in ambito di insegnamento e ricerca e nemmeno davvero contesta che essa possa emanare disposizioni in materia.
Come davanti alle istanze precedenti, ritiene però che queste competenze trovino un limite nel diritto di rango superiore, ovvero negli art. 6 e 7 della legge federale sull'aiuto alle università, quindi negli art. 6 e 7 della Convenzione sulla cooperazione nel settore universitario, che riprendono a loro volta i contenuti di quanto già previsto nella legge federale. Sostenendo che l'art. 5 cpv. 1 lett. a delle direttive per l'accreditamento sia in contrasto con il chiaro testo di tali norme, che prevedono tutte la possibilità di scelta tra accreditazione di "istituti o cicli di studio", ritiene perciò che esso non possa essere applicato.
5. 5.1 La facoltà di Confederazione e Cantoni di concludere accordi in materia di scuole universitarie e di delegare parte delle loro rispettive competenze in tale ambito ad organi comuni è prevista dall'<ref-law> A livello federale, essa è ripresa nella legge sull'aiuto alle università (art. 5 segg. LAU). I Cantoni regolano invece la questione nel Concordato intercantonale del 9 dicembre 1999 sul coordinamento universitario (art. 4).
Proprio di tale facoltà è espressione la già più volte citata Convenzione sulla cooperazione nel settore universitario, con cui Confederazione e Cantoni hanno istituito la Conferenza universitaria Svizzera e hanno conferito alla stessa una serie di competenze, in parte di natura legislativa (art. 4-6 della Convenzione; BERNHARD EHRENZELLER/KONRAD SAHLFELD, in: Ehrenzeller e altri [editori], St. Galler Kommentar, 2a ed., 2008, n. 36 segg. ad <ref-law>).
5.2 Per quanto riguarda la Confederazione, la delegazione di competenze che le sono proprie ad un organo comune, per mezzo di una convenzione come quella conclusa tra Confederazione e Cantoni, ha però dei limiti ben precisi.
Sempre secondo l'<ref-law> le competenze che possono essere delegate a tali organi sono infatti definite dalla legge ovvero, al momento attuale, dalla già citata legge federale sull'aiuto alle università (Rapporto del 23 giugno 2005 della Commissione della scienza, dell'educazione e della cultura del Consiglio nazionale concernente un articolo costituzionale sull'istruzione, FF 2005 4893 segg. n. 6.2.4).
5.3 Di seguito, nell'ottica descritta devono quindi essere esaminate anche le censure di merito formulate dalla ricorrente. Nell'impugnativa, essa sostiene infatti che l'art. 5 delle Direttive per l'accreditamento in vigore, che subordina il riconoscimento di cicli di studio al preventivo accredito o riconoscimento dell'istituzione che li offre, contrasti con il diritto di rango superiore e segnatamente con gli art. 6 e 7 LAU.
6. L'insorgente fonda la sua critica su una lettura degli art 6 cpv. 1 e 7 cpv. 2 LAU che l'autorità inferiore non ha condiviso. Come davanti alle istanze precedenti, considera infatti che dal chiaro testo di queste norme - ripreso poi negli art. 6 e 7 della Convenzione sulla cooperazione nel settore universitario - occorra dedurre una possibilità di scelta tra accreditazione di istituzioni e di cicli di studio, che non può essere limitata nemmeno dall'introduzione di un criterio di carattere qualitativo come quello qui in discussione.
6.1 La legge s'interpreta esaminandone dapprima il testo (interpretazione letterale). Quando una norma non è assolutamente chiara, si presta a più interpretazioni o se vi sono motivi fondati per ritenere che la lettera non riproduca il senso vero della disposizione, occorre tuttavia delinearne la portata tenendo conto del suo senso e scopo (interpretazione teleologica), della relazione con altri disposti (interpretazione sistematica) e dei lavori preparatori (interpretazione storica). Applicando tali metodi, il Tribunale federale non ne privilegia uno in particolare, preferendo ispirarsi a un pluralismo interpretativo (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 236; <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 311; <ref-ruling> consid. 3.5 pag. 567); nel caso siano possibili più interpretazioni, esso opta inoltre per quella che corrisponde al meglio alle prescrizioni di rango costituzionale (<ref-ruling> consid. 3 pag. 154 con rinvii).
6.2 Nella fattispecie, i testi delle norme cui la ricorrente si richiama appaiono avvalorare la versione da essa sostenuta solo a prima vista. Un loro esame più attento deve in effetti condurre a confermare la lettura che ne ha dato l'istanza inferiore: che ammette, come del resto risulta anche dall'art. 2 delle Direttive sull'accreditamento, la possibilità di optare tra riconoscimento di istituzioni o cicli di studio da un punto di vista procedurale, ma che non trae dal riconoscimento di tale possibilità nessuna limitazione di carattere materiale e conferma, di conseguenza, anche la legalità del criterio litigioso.
6.2.1 L'art. 6 cpv. 1 lett. d LAU, ripreso alla lettera nell'art. 6 cpv. 1 lett. d della Convenzione di cooperazione conclusa successivamente, prescrive che la Convenzione di cooperazione che Confederazione e Cantoni universitari avevano la facoltà di sottoscrivere poteva dichiarare la Conferenza universitaria svizzera competente: (a) nella versione in italiano, "per riconoscere istituti o cicli di studio"; (b) nella versione in tedesco, "für die Anerkennung von Institutionen oder Studiengängen"; (c) nella versione in francese "pour reconnaître des institutions ou des filières d'études".
Incluso nelle disposizioni di natura organizzativa contenute nella legge federale sull'aiuto alle università (art. 5 segg. LAU), l'art. 6 cpv. 1 lett. d LAU si limita però ad indicare - in conformità al titolo che porta, che pure fa parte del testo (ULRICH HÄFELIN/WALTER HALLER/HELEN KELLER, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 8a ed. 2012, n. 94) - che tra le competenze delegabili alla Conferenza universitaria svizzera ricade anche il riconoscimento di "istituti o cicli di studio", senza fornire nessuna ulteriore precisazione di natura sostanziale che potrebbe in qualche misura porre dei limiti all'esercizio di tale competenza.
6.2.2 Vincoli sostanziali in relazione con la competenza della Conferenza universitaria svizzera di riconoscere "istituzioni o cicli di studio" non risultano nel contempo nemmeno dall'art. 7 cpv. 2 lett. b LAU.
Sempre parte delle disposizioni di natura organizzativa, anche questa norma, che definisce i compiti dell'Organo di accreditamento e di garanzia della qualità nel settore universitario, stabilisce infatti solo che detto organo è incaricato di formulare proposte, a destinazione della Conferenza universitaria svizzera: (a) nella versione in italiano, "per attuare a livello nazionale una procedura che consenta di accreditare le istituzioni che intendono ottenere l'accreditamento per se stesse oppure per taluni dei loro cicli di studio"; (b) nella versione in tedesco, "für ein gesamtschweizerisches Verfahren der Akkreditierung für die Institutionen (...), die für sich eine solche für einzelne ihrer Studiengängen oder insgesamt beantragen"; (c) nella versione in francese, "en vue de mettre en place à l'échelle nationale une procédure permettant d'agréer les institutions qui souhaitent obtenir l'accréditation soit pour elles-mêmes, soit pour certaines de leurs filières d'études".
6.3 Confermata già dal testo delle norme in questione, la conclusione secondo cui gli art. 6 e 7 LAU garantiscono il diritto al riconoscimento di "istituzioni o cicli di studio" da un punto di vista procedurale ma non pongono in questo ambito nessuna limitazione di carattere sostanziale, non contrasta nemmeno con i materiali legislativi relativi alla legge sull'aiuto alle università.
6.3.1 Presentando le disposizioni di carattere organizzativo contenute nel disegno di legge, il Consiglio federale rileva certo anch'esso che la Conferenza universitaria svizzera avrebbe dovuto in futuro avere la facoltà di decidere se riconoscere (accreditare) "istituti o cicli di studio".
Da un punto di vista materiale, sottolinea però espressamente che tale riconoscimento avrebbe potuto essere deciso, sulla base di una valutazione effettuata dall'istituto di garanzia della qualità nel ruolo di istanza tecnica, solo una volta soddisfatte le condizioni qualitative per la designazione di "istituto universitario" o di "ciclo di studi di livello universitario" (Messaggio del 25 novembre 1998 sulla promozione della formazione, della ricerca e della tecnologia negli anni 2000-2003, FF 1999 I 243 n. 215 ad art. 6 e 7).
6.3.2 Nella sua sostanza, la concezione prevista dal disegno di legge non è inoltre stata messa in discussione neppure nel prosieguo dell'iter legislativo.
Anche in Parlamento, la facoltà di procedere all'accreditazione di istituti o singoli cicli di studio è stata infatti confermata, ma chiaramente subordinata al rispetto di criteri di qualità. Occupandosi in particolare del testo dell'art. 7 LAU, le Camere federali hanno inoltre esplicitamente precisato che la conformità a tali criteri doveva essere attestata da un Organo indipendente, all'attenzione della Conferenza universitaria svizzera, sulla base di direttive della Conferenza medesima (Bollettino ufficiale dell'Assemblea federale 1999, Consiglio degli Stati, pag. 310 e 334, per altro citato anche dalla ricorrente nell'impugnativa).
6.4 Neppure risulta infine che occorra distanziarsi dalla decisione presa dal Tribunale amministrativo federale per altri specifici motivi.
6.4.1 Ben al contrario. In ottica costituzionale, occorre infatti rilevare che l'introduzione del criterio litigioso da parte della Conferenza universitaria svizzera si inserisce in modo chiaro nel quadro previsto dall'<ref-law>, secondo cui la Confederazione e i Cantoni provvedono insieme al coordinamento, nonché a garantire che sia assicurata la qualità nel settore delle scuole universitarie (Rapporto del 23 giugno 2005 della Commissione della scienza, dell'educazione e della cultura del Consiglio nazionale concernente un articolo costituzionale sull'istruzione, FF 2005 4893 segg. n. 6.2.4).
6.4.2 La sostenibilità della scelta di subordinare il riconoscimento di singoli cicli di studio al preventivo accreditamento o riconoscimento dell'istituzione che li offre è confermata d'altra parte dalle stesse tendenze legislative in materia e segnatamente dai contenuti della legge sulla promozione e sul coordinamento del settore universitario svizzero, già adottata dalle Camere federali il 30 settembre 2011 (FF 2011 6629), ma che entrerà in vigore probabilmente solo nel corso del 2014 (Rapporto esplicativo della Segreteria di Stato per l'educazione e la ricerca del 2 luglio 2012 concernente la Convenzione tra la Confederazione e i Cantoni sulla cooperazione nel settore universitario, consultato all'indirizzo www.hfkg.admin.ch).
In effetti, il criterio del preventivo accreditamento istituzionale, qui litigioso, è espressamente previsto anche dall'art. 28 di questa nuova normativa, destinata a sostituire sia la legge federale sull'aiuto alle università che la legge federale del 6 ottobre 1995 sulle scuole universitarie professionali (LSUP; RS 414.71), che prevede oggi anch'essa un sistema di accreditazione sul modello di quello della legge federale sull'aiuto alle università (art. 17a LSUP; Messaggio del 5 dicembre 2003 concernente la modifica della legge federale sulle scuole universitarie professionali, FF 2003 pag. 113 segg. n. 1.2.4 e 2.3).
6.4.3 Proprio dai materiali di questa nuova legge, risulta nel contempo che l'opzione di porre maggiore rilievo sull'accreditamento istituzionale - quale mezzo per verificare il rispetto degli standard di qualità, in conformità all'<ref-law> - permette di perseguire molteplici scopi, ovvero:
conferire alle scuole universitarie e alle loro prestazioni una maggiore visibilità a livello nazionale e internazionale;
servire quale strumento decisionale e di orientamento per studenti, rappresentanti delle scuole universitarie, politici, mondo del lavoro e società;
contribuire a sostenere il profilo delle scuole universitarie così come a migliorare il riconoscimento internazionale e la comparabilità dei titoli di studio ai sensi del processo di Bologna (Messaggio del 29 maggio 2009 concernente la legge federale sull'aiuto alle scuole universitarie e sul coordinamento nel settore universitario svizzero, FF 2009 3925 segg. n. 2.5.5 e allegato 2, in cui è pure presentata una panoramica in materia di accreditamento istituzionale e garanzia della qualità nel settore universitario, concernente i maggiori Paesi europei).
6.5 Per quanto precede, anche la censura con cui la ricorrente fa valere l'incompatibilità dell'art. 5 cpv. 1 lett. a delle direttive per l'accreditamento della Conferenza universitaria svizzera con il diritto di rango superiore dev'essere considerata infondata.
Introdotto a garanzia della qualità in materia di insegnamento e ricerca, il criterio contenuto nell'art. 5 cpv. 1 lett. a delle direttive per l'accreditamento non contrasta in effetti affatto con il sistema voluto dal legislatore federale.
7. Nella misura in cui risulta ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Conferenza universitaria svizzera, all'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera e al Tribunale amministrativo federale, Corte II.