Sachverhalt:
A. B._, geboren 1925, ist bei der Atupri Krankenkasse (nachfolgend Atupri) krankenversichert. Seit einigen Jahren bezieht B._ Hauspflegeleistungen der Spitex. Mit Bedarfsmeldeformular vom 21./22. Dezember 2010 ersuchte die Spitex die Atupri, welche bereits bis dahin für die Spitexleistungen aufgekommen war, um Kostengutsprache für Leistungen im Zeitraum 1. Dezember 2010 bis 31. Mai 2011 (Total aller Pflegeleistungen pro Quartal: 106 Stunden 56 Minuten). Am 4. März 2011 verfügte die Atupri die Kostenübernahme für 72 Stunden pro Quartal ab 1. Dezember 2010 bis 31. Mai 2011; eine Übernahme der Kosten für die zusätzlichen Stunden lehnte sie ab. Hiegegen liess B._ Einsprache erheben. Nach Eingang einer weiteren Bedarfsmeldung vom 10./17. Mai 2011 betreffend den Zeitraum 1. Juni bis 30. November 2011 (Total aller Pflegeleistungen pro Quartal: 96 Stunden 13 Minuten) und Mitteilung der Atupri, sie nehme eine Kürzung analog der Kostengutsprache vom 20. Januar 2011 vor, dehnte die Krankenkasse auf entsprechendes Ersuchen der B._ die Einsprache auf die Periode vom 1. Juni bis 30. November 2011 aus. Mit Entscheid vom 29. Juni 2011 wies sie die Einsprachen ab.
B. In Gutheissung der hiegegen von B._ erhobenen Beschwerde hob das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 16. März 2012 den Einspracheentscheid auf und verpflichtete die Atupri, B._ im Zeitraum 1. Dezember 2010 bis 31. Mai 2011 Pflegeleistungen im Umfang von 201 Stunden bzw. 192,26 Stunden vom 1. Juni bis 30. November 2011 zu vergüten.
C. Die Atupri führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihr Einspracheentscheid zu bestätigen.
B._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei; die Atupri nimmt hiezu am 17. Juli 2012 Stellung. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Nach <ref-law> übernimmt die obligatorische Krankenpflegeversicherung die Kosten für die Leistungen gemäss den Art. 25-31 nach Massgabe der in den Art. 32-34 KVG festgelegten Voraussetzungen. Die Leistungen umfassen u.a. Untersuchungen, Behandlungen und Pflegemassnahmen, die ambulant, bei Hausbesuchen, stationär, teilstationär in einem Pflegeheim durch Personen durchgeführt werden, die auf Anordnung oder im Auftrag eines Arztes oder einer Ärztin Leistungen erbringen (Art. 25 Abs. 2 lit. a Ziff. 3 KVG). Der Leistungsbereich wird in <ref-law> näher umschrieben.
Seit 1. Januar 1998 besteht keine zeitliche Einschränkung mehr für die Pflegeleistungen; die Tarife werden nach Art und Schwierigkeit der notwendigen Leistungen abgestuft (vgl. Art. 7a Krankenpflege-Leistungsverordnung [KLV] in der seit 1. Januar 2011 geltenden Fassung). Ebenfalls auf den 1. Januar 1998 wurde mit Art. 8a eine Bestimmung über das Kontroll- und Schlichtungsverfahren bei Krankenpflege zu Hause in die KLV eingefügt. Nach Absatz 3 dieser Norm dient das Verfahren der Überprüfung der Bedarfsabklärung sowie der Kontrolle von Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit der Leistungen. Die ärztlichen Aufträge oder Anordnungen sind zu überprüfen, wenn voraussichtlich mehr als 60 Stunden pro Quartal benötigt werden; bei voraussichtlich weniger als 60 Stunden pro Quartal sind systematische Stichproben vorzunehmen (vgl. <ref-ruling> E. 1a und b S. 336).
3. Streitig ist die Kostenübernahme von Hauspflegeleistungen nach <ref-law> in der Zeit vom 1. Dezember 2010 bis 30. November 2011.
3.1 Die Vorinstanz erwog, der Zeitbedarf für Massnahmen der Grundpflege sei von einer Fachperson in Kenntnis der örtlichen und räumlichen Verhältnisse sowie der aus den medizinischen Diagnosen resultierenden Beeinträchtigungen und Behinderungen detailliert abgeklärt worden. Der geltend gemachte Zeitaufwand sei - mit Ausnahme der unbestritten falschen Doppelberücksichtigung von täglicher Teil- und wöchentlicher Ganzkörperwäsche - schlüssig und nachvollziehbar, weshalb für das Gericht kein Anlass bestehe, in das Ermessen der Leistungserbringerin einzugreifen. Die generellen und offensichtlich ohne hinreichende Kenntnis der konkreten Pflegesituation abgegebenen Einwände des vertrauensärztlichen Dienstes der Krankenversicherung vermöchten daran nichts zu ändern. Was den für die Medikamentenverabreichung benötigten Zeitaufwand betreffe, erklärten die Gedächtnisprobleme der Versicherten sowie die notwendige "Überzeugungsarbeit" den veranschlagten Zeitaufwand von 10 Minuten täglich (für das orale Verabreichen) sowie von 10 Minuten wöchentlich (für das Richten der Medikamente) ohne Weiteres. Zwischen 1. Dezember 2010 und 31. Mai 2011 sei somit ein Zeitaufwand von insgesamt 100,5 Stunden pro Quartal ausgewiesen (3 Stunden für Massnahmen der Abklärung und Beratung; 30 Stunden für Massnahmen der Untersuchung und Behandlung; 67,5 Stunden für Massnahmen der Grundpflege). Für den Zeitraum 1. Juni bis 30. November 2011 sei ebenfalls auf den durch die Pflegefachperson ermittelten und ärztlich bestätigten Aufwand (insgesamt 96,13 Stunden pro Quartal) abzustellen. Die Versicherte mache zwar einen höheren Aufwand geltend, indes fehle eine entsprechende Begründung und es fände sich auch in den Akten nichts, was auf solchen Mehraufwand hindeute.
3.2 Die Beschwerde führende Versicherung rügt zunächst, das kantonale Gericht habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt, sowohl was die Grundpflege betreffe als auch bezüglich der Untersuchungs- und Behandlungsmassnahmen. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung stelle auf das Ermessen der Leistungserbringerin ab und setze deren Rolle gleich mit den Abklärungen der - rechtsstaatlichen Grundsätzen und gesetzlichen Vorgaben verpflichteten - Fachpersonen der Invalidenversicherung. Eine Gleichstellung verbiete sich aber, weil die Spitex als Leistungserbringerin ein wirtschaftliches Interesse habe, möglichst viele Leistungen zulasten der Sozialversicherung zu erbringen. Der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht (<ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law>), da die Prüfung durch den Vertrauensarzt ausser Acht gelassen bzw. dessen Rolle verkannt und das Wirtschaftlichkeitsgebot verletzt werde. Die Wirtschaftlichkeitsprüfung habe ergeben, dass unter dem Titel der Grundpflege 17 1⁄2 Stunden angebracht seien (gegenüber 24,52 Stunden, welche die Vorinstanz zugesprochen habe).
4. 4.1 Der Ansicht der Beschwerdeführerin, die Leistungserbringerin hätte ein eigenes Interesse, (zu) viele Leistungen zu erbringen, kann grundsätzlich nicht gefolgt werden. Welche Massnahmen in zeitlicher Hinsicht wie auch in Bezug auf Form und Inhalt angebracht sind, steht im pflichtgemässen Ermessen der Leitung des Spitex-Vereins und des für die Anordnung der Leistungen zuständigen Arztes (Urteil K 156/04 vom 21. Juni 2006 E. 4.1.2). Diese Bedarfsabklärung ist in der Regel massgebend für die Kostenübernahme der Krankenversicherung und nur im Hinblick auf die abschliessende Aufzählung gemäss Art. 7 bis 7b KLV überprüfbar. Bei der Beurteilung des konkreten Bedarfs kommt den zuständigen Personen ein gewisser Spielraum zu, in welchen namentlich dann nur zurückhaltend einzugreifen ist, wenn es sich beim Leistungen anordnenden Arzt um den Hausarzt der versicherten Person handelt, der jederzeit über deren Gesundheitszustand im Bilde ist (Urteile 9C_597/2007 vom 19. Dezember 2007 E. 5.2 und K 161/00 vom 25. Mai 2001 E. 4b). Darüber hinaus gilt die gesetzliche Vermutung, dass ärztlich verordnete Leistungen im Sinne von <ref-law> wirksam, zweckmässig und wirtschaftlich sind (<ref-ruling> E. 4 S. 174). Demgegenüber sieht <ref-law> zwar vor, dass im Rahmen des Kontroll- und Schlichtungsverfahrens der Vertrauensarzt oder die Vertrauensärztin die ärztlichen Aufträge oder Anordnungen überprüfen können, wenn voraussichtlich mehr als 60 Stunden pro Quartal benötigt werden (E. 2 hievor); indes kann daraus nicht abgeleitet werden, dass der Einschätzung des Vertrauensarztes generell Vorrang zu kommt. Die vertrauensärztliche Einschätzung ist in der Regel nicht geeignet, die Anordnung des mit den gesundheitlichen Verhältnissen der versicherten Person vertrauten (Haus-) Arztes in Frage zu stellen, wenn sie ohne vorgängige persönliche Begutachtung erfolgte und lediglich auf Erfahrungswerten beruht (vgl. Urteil K 161/00 vom 25. Mai 2001 E. 4b), wie dies auf die vom Vertrauensarzt der Beschwerdeführerin (Dr. med. K._, Innere Medizin FMH) geprüften Stellungnahmen der Pflegefachfrau W._ vom 23. Februar sowie vom 21. und 22. Juni 2011 zutrifft. Wenn die Vorinstanz den - mit Ausnahme des offensichtlichen Fehlers bezüglich der Überschneidung von wöchentlicher Ganzkörper- und täglicher Teilkörperpflege - nachvollziehbar begründeten und auf Abklärungen an Ort und Stelle beruhenden und hausärztlich bestätigten Bedarfsmeldungen der Spitex höheren Beweiswert zumass als den Aktenbeurteilungen des vertrauensärztlichen Dienstes der Beschwerdeführerin, ist dies nicht Bundesrechtswidrig (E. 1).
4.2 Das Abstellen auf die Bedarfsabklärung der Spitex und die Anordnungen des Hausarztes verletzt insbesondere auch hinsichtlich der beschwerdeweise gerügten Punkte der Medikamenteneinnahme (10 Minuten täglich bzw. 15 Stunden pro Quartal) und der Wundpflege (Behandlung des offenen Beins [ulcus cruris] von dreimal wöchentlich 20 Minuten bzw. 15 Stunden pro Quartal) Bundesrecht nicht. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach das Schlucken eines Medikamentes nicht länger als "einen Bruchteil einer Minute" beanspruche und die Wundbehandlung auf vier Stunden monatlich zu kürzen sei, vermögen zu keiner anderen Beurteilung zu führen. Namentlich kann daraus nichts abgeleitet werden, dass das Bedarfsabklärungs-Instrumentarium der Spitex (RAI; Resident Assessment Instrument) nach Darstellung der Beschwerdeführerin für die Medikamentenabgabe in Heimen lediglich sechs Minuten veranschlagt. Dabei handelt es sich nur um eine aufgrund von Erhebungen errechnete Durchschnittszahl bzw. um eine für die Gerichte unverbindliche Empfehlung ohne normativen Charakter. Diese kann bei der Entscheidfindung berücksichtigt werden, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulässt (Urteil 9C_702/2010 vom 21. Dezember 2010 E. 4.2.3 mit Hinweisen auf <ref-ruling> E. 4.3.3 S. 177 und 124 V 351 E. 2e S. 354). So verhält es sich hier aber nicht, zumal in der hausärztlich bestätigten Bedarfsabklärung der Spitex nachvollziehbar begründet wird, weshalb für die Medikamentenabgabe zehn Minuten benötigt werden.
4.3 Hingegen ist der Beschwerdeführerin darin Recht zu geben, dass <ref-law> in der bis 31. Dezember 2011 gültig gewesenen Fassung das wöchentliche Richten von Medikamenten, obwohl notwendige Voraussetzung für das einzig leistungspflichtig gewesene Verabreichen von Medikamenten, keine von der Krankenversicherung zu übernehmende behandlungspflegerische Massnahme war (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 177 f.). Zwar wurde Art. 7 Abs. 2 lit. b Ziff. 7 KLV inzwischen mit Blick darauf geändert, dass das korrekte Richten der Medikamente namentlich für Patientinnen und Patienten, welche mehrere Medikamente gleichzeitig einnehmen müssen oder für Personen mit Risiken für Fehleinnahmen und Verwechslungen (beispielsweise bei Verwirrtheit oder [beginnender] Demenz) integraler Teil der medizinischen Leistungen mit potenziell erheblichen Implikationen für die Pflegequalität ist (vgl. Stellungnahme des Bundesrates vom 25. Mai 2011 zur Motion 11.3212 von Nationalrätin Heim vom 17. März 2011). Die am 1. Januar 2012 in Kraft getretene neue Bestimmung, wonach nebst der Verabreichung von Medikamenten nunmehr auch die Vorbereitungshandlungen sowie die Dokumentation zur Behandlungspflege gehören, ist indes auf die hier streitigen Ansprüche noch nicht anwendbar. Dass einzelne Kassen bereits unter dem alten Recht die Kosten für entsprechende Vorbereitungshandlungen übernahmen, wie dies die Beschwerdegegnerin darlegt, vermag zu keiner anderen Einschätzung zu führen. Damit ist die Beschwerde insoweit begründet, als im angefochtenen Entscheid - für die streitige Anspruchsperiode (E. 3 a.A.) - zu Unrecht auch der wöchentliche Aufwand von zehn Minuten bzw. einer Stunde pro Monat für das Richten der Medikamente geschützt wurde. Der von der Krankenkasse zu übernehmende Aufwand für Behandlungspflege reduziert sich somit um sechs Stunden pro Halbjahr. Die Beschwerdeführerin hat für die Zeit vom 1. Dezember 2010 bis 31. Mai 2011 Spitexleistungen von 195 Stunden sowie vom 1. Juni bis 30. November 2011 von 186,26 Stunden zu vergüten.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 und <ref-law>). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten von Fr. 500.- im Umfang von Fr. 400.- der Beschwerdeführerin und von Fr. 100.- der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin zudem für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG), welche auf pauschal Fr. 1'000.-- festgesetzt wird.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 16. März 2012 und der Einspracheentscheid der Atupri Krankenkasse vom 29. Juni 2011 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass die Beschwerdeführerin Anspruch auf Vergütung von Pflegeleistungen im Umfang von 195 Stunden für die Zeit vom 1. Dezember 2010 bis 31. Mai 2011 sowie von 186,26 Stunden vom 1. Juni bis 30. November 2022 hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 400.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 100.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1000.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Oktober 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle