A.- Le 18 janvier 1982, X._ SA a engagé L._, qu'elle a nommé fondé de pouvoir en 1987. Elle l'a licencié le 20 mars 2000, alors qu'il était en incapacité de travail pour des raisons médicales depuis le 17 mars 2000.
Le 19 avril 2000, le travailleur congédié a déposé une action en conciliation auprès du Conseil de prud'hommes, pour faire constater la nullité du congé et, en conséquence, demander la condamnation de l'employeur à lui verser le salaire pour la période courant du 20 mars 2000 à la fin des rapports de travail. A l'audience de conciliation du 24 mai 2000, les parties ont passé la transaction suivante:
"1. Les parties constatent que M. L._ est toujours
en incapacité de travail pour une durée indéterminée
depuis le 17 mars 2000. Elles prennent acte
que le congé du 20 mars 2000 est inefficace. Le
contrat de travail prendra fin 3 mois après la fin
de l'incapacité de travail et à la fin d'un mois
mais au plus tard le 31 décembre 2000 conformément
aux 180 jours de protection de l'art. 336c let. b
CO et des 3 mois de délai de résiliation ordinaire
de l'art. 335c al. 1 CO.
X._ SA annonce l'incapacité de travail de M.
L._ à l'assurance perte de gain de l'entreprise
dès le 20 mars 2000 et s'engage à respecter
les formalités en cas de passage à l'assurance individuelle.
M. L._ remettra régulièrement les certificats
médicaux d'incapacité de travail à X._
médicaux d'incapacité de travail à X._
SA. 2. X._ SA reconnaît que M. L._ quitte
l'entreprise au terme ordinaire du délai de résiliation.
Il n'y a pas de justes motifs de résiliation
du contrat de travail.
Durant la période de résiliation, M. L._ est
dispensé d'effectuer son travail dans l'entreprise.
Il prend acte qu'il a déjà été payé pendant le délai
de résiliation selon décompte du 24 mars 2000,
ce montant lui est acquis au titre du délai de
congé. Il reste un solde de vacances par 3'000 fr.
brut qui lui seront payés en plus. Ce montant sera
versé dans les 10 jours.
3. Moyennant ce qui précède, les parties n'ont plus
aucune revendication à faire valoir l'une contre
l'autre au titre de l'exécution du contrat de travail.
4. La procédure est gratuite et les dépens sont compensés.
5. Moyennant ce qui précède, les parties se déclarent
hors procédure devant le Conseil de prud'hommes du
district de Delémont.. "
B.- Le 30 novembre 2000, le travailleur a ouvert action contre son ancien employeur devant le Conseil de prud'hommes de Porrentruy. Ses dernières conclusions tendaient au paiement de "telle somme à dire de justice supérieure à 8'000 fr." correspondant au décompte d'indemnités de perte de gain pour les mois d'avril, mai et juin 2000, intérêts en sus.
Soulevant l'exception de chose jugée, la défenderesse a conclu à l'irrecevabilité de la demande.
Par jugement du 23 août 2001, le Conseil de prud'hommes a déclaré celle-ci irrecevable, vu l'autorité de chose jugée attachée à la transaction du 24 mai 2000.
Statuant le 28 novembre 2001 sur appel du travailleur, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté l'appel et confirmé le jugement entrepris. Retenant que le litige divisant les mêmes parties portait sur les mêmes faits, desquels étaient déduites des prétentions identiques, la cour cantonale a considéré comme bien fondée l'exception de chose jugée.
C.- Le travailleur interjette un recours en réforme au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 28 novembre 2001. Il conclut à la production, par son adverse partie, des décomptes d'indemnités de perte de gain pour les mois d'avril, mai et juin 2000, et à la condamnation de celle-ci à lui payer la somme de 26'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 25 novembre 2000, subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision.
L'employeur propose le déboutement du recourant, et en conséquence la confirmation de la décision cantonale.
La Cour civile se réfère à son arrêt. Elle conclut au rejet du recours en réforme dans la mesure de sa recevabilité.

Considérant en droit :
1.- Le recourant concluait, devant la Cour civile, au paiement d'une somme à déterminer, supérieure à 8'000 fr., et estimée par lui-même à 25'754 fr.70, de sorte que la valeur litigieuse minimale permettant le recours en réforme est atteinte (art. 46 OJ).
Pour autant que les prétentions déduites en justice relèvent du droit fédéral, ce qui est le cas en l'espèce s'agissant d'un litige portant sur la résiliation d'un contrat de travail, au sens des art. 335c al. 1 et 336c al. 1 let. b CO, l'autorité de la chose jugée, c'est-à-dire la question de l'identité des prétentions, appartient au domaine du droit matériel fédéral. Cette question peut donc faire l'objet d'un recours en réforme au Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 2 et l'arrêt cité, p. 18).
Interjeté pour le reste dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.
2.- La transaction judiciaire est un acte consensuel, destiné à mettre fin à un litige moyennant des concessions réciproques. Par essence, elle tend à régler le sort d'une contestation pendante; elle a donc vocation à régir le passé et ne se préoccupe, en principe, pas du développement futur des relations entre les antagonistes. Le Tribunal doit, en général, seulement prendre connaissance de la transaction passée entre les parties et constater la fin de la procédure, sans avoir à vérifier si les termes de la transaction sont équitables. Le juge ne peut écarter la déclaration par laquelle il est mis fin au procès que si elle est manifestement illicite, par exemple en cas de lésion d'une partie, ce qui les oblige à poursuivre la procédure sur l'objet du litige ou à s'arranger d'une autre manière. Le juge peut toutefois examiner si la transaction est claire et complète, et contribuer à sa correction en cas de lacunes (<ref-ruling> consid. 3b p. 12 et les références).
La forme de la transaction judiciaire est déterminée par le droit cantonal. Ce dernier peut expressément prévoir que la transaction équivaut à un jugement entré en force de chose jugée, de sorte qu'elle peut être exécutée de la même manière et représente un titre de mainlevée définitive (cf.
art. 150 al. 1 et 390 al. 3 du Code de procédure civile de la République et Canton du Jura, du 9 novembre 1978; <ref-ruling> consid. 3c p. 13 et les références). En vertu de l'art. 80 al. 2 chiffre 1 LP, les transactions qui portent sur des sommes d'argent ou la constitution de sûretés et qui sont passées en justice sont assimilées aux jugements exécutoires.
(Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 46 ad art. 80, p. 1227).
Il ne s'agit toutefois, en l'espèce, pas de statuer sur le point de savoir si la transaction du 24 mai 2000 est un titre de mainlevée définitive, mais si elle est revêtue de l'autorité de la chose jugée, ce en vertu du droit matériel fédéral. C'est en effet ce dernier qui décide quand l'intérêt juridique à l'introduction d'une action fait défaut, et cet intérêt fait défaut lorsqu'il y a eu sur le même objet une transaction (Hohl, Procédure civile, tome 1, n. 1361 p. 255 et les références).
3.- Il y a chose jugée lorsque la prétention litigieuse a déjà fait l'objet d'une décision passée en force.
C'est le cas lorsque, dans l'un et l'autre procès, les parties ont soumis au juge la même prétention en se fondant sur les mêmes faits (<ref-ruling> consid. 2a). En principe, seul le jugement au fond jouit de l'autorité de la chose jugée.
Cela suppose que le premier tribunal saisi ait dit le droit sur la base des allégations de fait des parties, c'est-à-dire qu'il ait jugé du fondement matériel de leurs prétentions. Le jugement au fond jouit de l'autorité de la chose jugée dans la mesure seulement où il a statué sur la prétention déduite en justice. Ne participent pas de l'autorité de la chose jugée les constatations de fait dudit jugement ni ses considérants de droit, mais uniquement son dispositif (<ref-ruling> consid. 3b p. 13, 241 consid. 1; <ref-ruling> consid 2a; <ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 3b), encore qu'il faille parfois recourir aux motifs pour déterminer la portée exacte du dispositif (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2a).
Le juge doit interpréter objectivement les conclusions prises dans le premier procès, conformément aux principes généraux et selon les règles de la bonne foi (<ref-ruling> consid. 2a). Il ne saurait y avoir identité d'objet entre deux procédures et, partant, chose jugée sur ce point si, dans le premier procès, l'objet du litige n'a pas été jugé au fond, et cela même si le premier juge en a discuté certains éléments dans ses motifs. Pour dire s'il y a ou non chose jugée, il faut comparer la prétention invoquée dans la seconde procédure avec le contenu objectif du jugement rendu dans le premier procès (Piguet, L'exception de chose jugée spécialement en procédure civile vaudoise, thèse Lausanne 1956, p. 62; Domenig, Die Verhütung widersprechender Zivilurteile, insbesondere durch den Gerichtsstand des Sachzusammenhangs, thèse Zurich 1954, p. 47/48).
4.- En l'espèce, les deux procédures successives ont opposé les mêmes parties, concernant le même contrat de travail qui les liait. Le demandeur soutient cependant qu'il n'y a pas identité d'objet entre ces deux procédures, parce que les prétentions n'étaient pas identiques, s'agissant dans le premier cas de conclusions constatatoires en nullité de la résiliation du contrat de travail, et dans le second, d'une action en paiement d'une somme d'argent supérieure à 8'000 fr., à déterminer par la cour cantonale. De même, les états de fait étaient différents; dans le premier litige, la créance de l'employé n'était pas encore exigible, de sorte que la survenance de son exigibilité après le 24 mai 2000 constituait un fait nouveau permettant de nier l'identité d'objets entre les deux procédures.
Ce raisonnement ne convainc pas. En particulier, la différence des conclusions prises successivement n'est pas déterminante dans la mesure où, dans la transaction du 24 mai 2000, les parties ont fixé leur position non seulement sur l'annulation du congé donné au cours de la période de protection, mais également sur les conséquences de cette situation.
Ainsi, les parties ont décidé, sous l'égide du juge, de l'échéance du contrat de travail en application de l'art. 335c al. 1 CO, en l'absence de justes motifs de résiliation, soit à l'issue d'un délai de trois mois pour la fin d'un mois, et ceci après la fin de l'incapacité de travail, mais au plus tard au 31 décembre 2000. Il était également précisé que le travailleur avait "déjà été payé pendant le délai de résiliation selon décompte du 24 mars 2000", sous réserve d'un solde de vacances fixé par les parties et payable dans les dix jours. Il en résulte que dans cette procédure, les parties se sont prononcées sur la fin des rapports obligationnels réciproques découlant du contrat de travail, s'agissant d'un congé ordinaire dont le délai de résiliation était désormais respecté, avec toutes les conséquences pécuniaires que cela impliquait. Elles l'ont d'ailleurs expressément mentionné dans la transaction judiciaire du 24 mai 2000, en stipulant qu'elles n'avaient plus de revendications à faire valoir l'une contre l'autre au titre de l'exécution du contrat de travail, ce qui mettait un terme à la première procédure pendante devant le Conseil de prud'hommes du district de Delémont. Le seul élément indéterminé - et par nature indéterminable - consistait dans la durée de l'incapacité de travail, et par voie de conséquence dans celle des prestations de l'assurance perte de gains de l'entreprise, à partir du 20 mars 2000. Ainsi, en prévoyant cette dénonciation à l'assurance, conformément aux termes de la transaction judiciaire (chiffre 1, § 2), il a été fait droit à la même prétention que celle invoquée dans la deuxième procédure, soit le paiement des indemnités de perte de gain pour les mois d'avril, mai et juin 2000.
La survenance de l'exigibilité de la créance entre la première et la seconde procédure ne revêt pas l'importance que lui attribue le recourant. En effet, sa nature, son étendue, et la période au cours de laquelle la créance deviendrait exigible étaient connues lors de la transaction judiciaire du 24 mai 2000 et ont expressément été prises en considération dans ce document (chiffre 1, § 1). Dans ces conditions, même si l'exigibilité de la créance est un fait nouveau (Hohl, op. cit. , n. 1307 p. 246), il ne s'agit pas, dans le cas particulier, d'une circonstance propre à remettre en cause l'identité d'objet des deux procédures.
5.- La Cour civile cantonale n'a ainsi pas violé le droit fédéral en admettant que la transaction judiciaire du 24 mai 2000 était revêtue de l'autorité de la chose jugée, ce qui entraînait l'irrecevabilité de la deuxième demande introduite le 30 novembre 2000 devant le Conseil de prud'hommes du Tribunal de première instance de Porrentruy.
6.- La valeur litigieuse de la présente cause étant inférieure à 30'000 fr., la procédure est gratuite en application de l'art. 343 al. 3 CO. Cette disposition ne dispense pas la partie qui succombe de verser à la partie adverse une indemnité à titre de dépens (<ref-ruling> consid. 5c, p. 42).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours et confirme le jugement attaqué;
2. Dit que le recourant versera à l'intimée une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens;
3. Communique le présent arrêt en copie aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
_
Lausanne, le 4 avril 2002 ECH
Au nom de la Ie Cour civile
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le président, La greffière,