Sachverhalt:
A. A.a X._ (Auftraggeberin, Beklagte, Beschwerdeführerin) beauftragte die Y._ GmbH (Beauftragte, Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit der Erbringung von Architekturleistungen für den Bau ihres Einfamilienhauses in Spiez.
A.b Die Beauftragte erstellte am 15. März 2007 eine erste Kostenschätzung für den Bau: "Total Investitionskosten" Fr. 1'557'623.--, "Anteil Baukosten" Fr. 911'279.--, Gebäudegrundfläche 100 m2, Rauminhalt 939 m3, Kubikmeterpreis Fr. 750.--/m3. Am 4. Juli 2007 erfolgte eine zweite Kostenschätzung: "Total Investitionskosten" Fr. 1'556'168.--, "Anteil Baukosten" Fr. 960'342.--, Gebäudegrundfläche neu 90 m2, Rauminhalt neu 1'002 m3, Kubikmeterpreis unverändert Fr. 750.--/m3.
Daraufhin unterzeichneten die Parteien am 10. Juli / 14. September 2007 einen ersten Honorarvertrag für "voraussichtliches Honorar und Spesen" für Leistungen bis und mit Baueingabe in der Höhe von Fr. 49'853.-- (inkl. MwSt.), basierend auf einem anhand der aufwandbestimmenden Baukosten von Fr. 638'000.-- ermittelten durchschnittlichen Zeitaufwand von 349 Stunden. Am 26. Januar / 17. Februar 2008 unterzeichneten die Parteien einen zweiten Honorarvertrag, welcher den ersten Honorarvertrag ersetzte. Darin wurde ein voraussichtliches Honorar in der Höhe von Fr. 149'700.-- vereinbart, basierend auf einem Zeitaufwand von nunmehr 1'074 Stunden, bei gleichbleibenden aufwandbestimmenden Baukosten von Fr. 638'000.--.
Am 12. März 2008 erstellte die Beauftragte eine dritte Kostenschätzung (nachfolgend: Schockofferte): "Total Investitionskosten" Fr. 1'712'214.--, "Anteil Baukosten" Fr. 1'116'388.--, Gebäudegrundfläche unverändert 90 m2, Rauminhalt unverändert 1'002 m3, Kubikmeterpreis neu Fr. 989.--/m3. Diese Kostenschätzung wurde am 5. April 2008 revidiert: "Total Investitionskosten" von Fr. 1'616'787.--, "Anteil Baukosten" Fr. 1'020'961.--, Gebäudegrundfläche unverändert 90 m2, Rauminhalt unverändert 1'002 m3, Kubikmeterpreis neu Fr. 881.--/m3.
A.c Mit Schreiben vom 28. April 2008 teilte die Auftraggeberin der Beauftragten mit, dass ihr Vertrauen erloschen ist und bat sie um "Kenntnisnahme der Vertragsauflösung mit allen Folgen, rückwirkend ab 26. Januar 2008".
B. B.a Am 29. April 2009 reichte die Beauftragte beim Regionalgericht Oberland Klage gegen die Auftraggeberin ein mit dem Begehren, die Auftraggeberin sei zu verurteilen, ihr einen Betrag von Fr. 51'178.-- nebst 5 % Zins seit dem 17. Juni 2008 zu bezahlen und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon in diesem Umfang aufzuheben.
Mit Entscheid vom 21. November 2011 hiess das Regionalgericht Oberland die Klage teilweise gut und verurteilte die Beklagte, der Klägerin Fr. 46'093.90 nebst 5 % Zins seit dem 17. Juni 2008 zu bezahlen und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon in diesem Umfang.
B.b Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 19. Juni 2012 verurteilte das Obergericht die Beklagte, der Klägerin Fr. 46'093.90 nebst 5 % Zins seit dem 18. Juni 2008 zu bezahlen und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon in diesem Umfang.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. Juni 2012 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Sodann sei die Klägerin anzuweisen, die Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon zurückzuziehen. Eventuell sei der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. Juni 2012 aufzuheben und die Sache zwecks Sachverhaltsergänzung/-klärung mittels Ergänzungsfragen an den Erstgutachter und/oder mittels Obergutachten zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Klägerin beantragt, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. Juni 2012 zu bestätigen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 46'093.90, womit die erforderliche Streitwertgrenze erreicht ist (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>), andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die Beschwerdeführerin soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbstständigen alternativen Begründungen, so ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt; denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbstständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 560).
Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53 mit Hinweisen). Es obliegt der Beschwerdeführerin namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1 S. 143; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399).
2.2 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f.). Wird Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht. Die beschwerdeführende Partei hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen habe (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.3 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin über weite Strecken. Ihre Ausführungen erschöpfen sich weitgehend in appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid. Die Beschwerdeführerin begnügt sich damit, den Ablauf der Ereignisse aus ihrer eigenen Sicht darzulegen, wobei sie in verschiedenen Punkten von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht oder diese gar erweitert, ohne rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben. So ergänzt die Beschwerdeführerin den von der Vorinstanz unter dem Titel "unbestrittener Sachverhalt" festgestellten Sachverhalt in beliebiger Weise und fügt der Zusammenfassung der Vorinstanz unter dem Titel "Rügen der Berufungsklägerin und Vorbringen der Berufungsbeklagten" weitere Elemente hinzu. Sie setzt sich zu grossen Teilen nicht hinreichend oder gar nicht mit dem angefochtenen Entscheid auseinander und tut nicht dar, inwiefern die Vorinstanz mit ihrem Entscheid Bundesrecht verletzt haben oder in Willkür verfallen sein soll. Damit ist die Beschwerdeführerin nicht zu hören.
Auf die Rügen der Beschwerdeführerin ist deshalb nur insoweit einzugehen, als eine klare, zulässige Rüge erhoben oder zumindest erkennbar ist.
3. 3.1 Dem angefochtenen Entscheid ist zu entnehmen, dass die Beschwerdeführerin der Vorinstanz zusammen mit ihrer Berufung 19 Beilagen eingereicht hat. Die Vorinstanz hat erwogen, dass, soweit es sich bei den eingereichten Dokumenten um Unterlagen handle, die sich bereits in den Akten befinden, sich eine erneute Aufnahme als unnötig erweise. Soweit es sich jedoch um Dokumente handle, welche gemäss der Beschwerdeführerin "zum Nachweis des Sachverhaltes hinzu gekommen" seien, hätten diese als unentschuldigt verspätet vorgebrachte unechte Noven zu gelten und seien deshalb zurückzuweisen.
3.2 Die Beschwerdeführerin reicht auch dem Bundesgericht zusammen mit ihrer Beschwerde sechs Beilagen ein. Aus ihren Vorbringen geht hervor, dass es sich dabei teilweise um die gleichen Beilagen handelt, die von der Vorinstanz zurückgewiesen wurden oder sich bereits in den Akten befinden. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass die Vorinstanz bei der teilweisen Rückweisung der eingereichten Beilagen <ref-law> verletzt hätte, was auch nicht ersichtlich ist. Sie begnügt sich mit der pauschalen Behauptung, die vor der Vorinstanz eingereichten Beilagen hätten sich in der "Bananenschachtel" befunden, welche die Beschwerdegegnerin dem erstinstanzlichen Gericht eingereicht habe, weshalb es sich nicht um Noven handeln würde. Die Beschwerdeführerin unterlässt es jedoch zu präzisieren, welche Dokumente sich in der sogenannten "Bananenschachtel" befunden haben und ob es sich dabei um die gleichen Beweisstücke handelt, welche die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht erneut vorbringt. Auf die von der Vorinstanz zurückgewiesenen Beweisstücke kann demnach auch im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zurückgegriffen werden.
Unbeachtlich sind sodann auch die von der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht neu eingereichten Dokumente (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin tut keineswegs dar, weshalb sie diese nicht bereits vor den Vorinstanzen hätte vorbringen können, noch tut sie dar, dass erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gegeben habe.
Insoweit die Beschwerdeführerin sich für die Begründung ihrer Rügen auf diese unbeachtlichen Beweisstücke abstützt, ist sie nicht zu hören.
4. Vor der Vorinstanz war streitig, ob die Beschwerdeführerin für die geltend gemachte Honorarforderung der Beschwerdegegnerin, für Architekturleistungen bis zur vorzeitigen Beendigung des Vertrages, aufzukommen hat. Dabei hat die Vorinstanz geprüft, ob die Beschwerdegegnerin ihre vertraglich geschuldete Leistung gehörig erbracht hat und ob der in Rechnung gestellte zeitliche Aufwand angemessen war.
Die Vorinstanz hat erwogen, dass sich die finanziellen Folgen der vorzeitigen Beendigung des Honorarvertrages nach den auftragsrechtlichen Regeln richten, womit die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin das Entgelt für die nachweislich vertragskonform erbrachten Leistungen schulde. Bezüglich der Frage, ob die Leistungen der Beschwerdegegnerin vertragskonform erbracht wurden und ob der in Rechnung gestellte Stundenaufwand tatsächlich erfolgt sei, hat die Vorinstanz, wie bereits das erstinstanzliche Gericht, auf das von den Parteien beantragte gerichtliche Gutachten vom 30. Juli 2010 bzw. das Ergänzungsgutachten vom 19. November 2010 abgestellt. Unter Würdigung dieser Gutachten hielt es die Vorinstanz als erwiesen, dass der von der Beschwerdegegnerin in Rechnung gestellte Stundenaufwand sowie die geltend gemachten Spesen tatsächlich angefallen seien, diese im Zusammenhang mit der Leistungserbringung standen und die Leistungen vertragskonform erbracht wurden, womit die Beschwerdegegnerin Anspruch auf Vergütung ihrer Leistungen habe.
5. Die Beschwerdeführerin rügt das vorinstanzliche Urteil in zweierlei Hinsicht. Einerseits macht sie geltend, sie habe sich bei der Unterzeichnung der zweiten Honorarvereinbarung vom 26. Januar / 17. Februar 2008 in einem Irrtum befunden, weshalb der Vertrag nicht gültig zustande gekommen sei, und sie von der Beschwerdegegnerin zurückverlangen könne, worum sie bis zum 28. April 2008 bereichert wurde. Andererseits macht sie geltend, dass die Vorinstanz die Gutachten falsch gewürdigt habe und die von der Beschwerdegegnerin bis zum 28. April 2008 erbrachten Leistungen nicht vertragskonform erbracht wurden, womit kein oder nur ein reduziertes Honorar geschuldet sei.
5. Die Beschwerdeführerin rügt das vorinstanzliche Urteil in zweierlei Hinsicht. Einerseits macht sie geltend, sie habe sich bei der Unterzeichnung der zweiten Honorarvereinbarung vom 26. Januar / 17. Februar 2008 in einem Irrtum befunden, weshalb der Vertrag nicht gültig zustande gekommen sei, und sie von der Beschwerdegegnerin zurückverlangen könne, worum sie bis zum 28. April 2008 bereichert wurde. Andererseits macht sie geltend, dass die Vorinstanz die Gutachten falsch gewürdigt habe und die von der Beschwerdegegnerin bis zum 28. April 2008 erbrachten Leistungen nicht vertragskonform erbracht wurden, womit kein oder nur ein reduziertes Honorar geschuldet sei.
5.1 5.1.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie müsse sich eine verspätete Geltendmachung des Willensmangels, so wie dies die Vorinstanz behaupte, nicht vorhalten lassen. Das erstinstanzliche Gericht habe es unterlassen, seiner richterlichen Fragepflicht nachzugehen, weshalb die Geltendmachung des Irrtums im Berufungsverfahren nicht zu spät erfolgt sei. Es sei klar, dass sie den zweiten Honorarvertrag niemals unterschrieben hätte, wenn sie um die rund 50 % höheren Baukosten in der Schockofferte gewusst hätte.
Im Übrigen seien alle Bedingungen für einen Grundlagenirrtum erfüllt, insbesondere sei im zu beurteilenden Fall auch ein Irrtum über einen künftigen Sachverhalt zugelassen.
5.1.2 Die Vorinstanz hat erwogen, dass eine Wirkung ex tunc der Beendigung des Honorarvertrages per 17. Februar 2008 nur im Falle einer erfolgreichen Anfechtung des Vertrages wegen Willensmängel in Frage komme. Soweit ersichtlich habe die Beschwerdeführerin einen solchen jedoch vor dem erstinstanzlichen Gericht nicht geltend gemacht, weshalb sie sich im Berufungsverfahren nicht mehr darauf berufen könne (<ref-law>).
Im Sinne einer selbstständigen Eventualbegründung führte die Vorinstanz sodann aus, dass selbst wenn diese Tatsachenbehauptung bzw. die Berufung auf den Grundlagenirrtum im Berufungsverfahren noch zu hören wäre, könne die Beschwerdeführerin nichts für sich ableiten; der Irrtum betreffe einen künftigen Sachverhalt, welchen die Beschwerdeführerin nicht als sicher habe annehmen dürfen. Die Parteien hätten betreffend den Baukosten nie ein Kostendach vereinbart; beide Honorarverträge hätten auf einer Schätzung beruht, welche sinngemäss gerade nicht sicher und verbindlich gewesen seien. Deshalb habe die Beschwerdeführerin nicht davon ausgehen dürfen, dass sich die Baukosten nicht mehr ändern werden.
5.1.3 Ob und in welchem Umfang sich eine Partei im Zeitpunkt ihrer Willensäusserung in einem Irrtum befunden hat, betrifft eine Tatfrage (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.3.1 S. 650). Neue Tatsachen dürfen im Berufungsverfahren nur noch unter den Voraussetzungen von <ref-law> vorgebracht werden. Inwiefern die Vorinstanz diese Bestimmung verletzt haben soll, indem sie wegen Verspätung nicht mehr auf das Vorbringen der Beschwerdeführerin betreffend das Vorliegen eines Irrtums eingetreten ist, tut die Beschwerdeführerin nicht dar. Ebenso wenig tut die Beschwerdeführerin dar, weshalb sie sich nicht bereits im erstinstanzlichen Verfahren auf einen Irrtum hat berufen können. Die Beschwerdeführerin bringt einzig vor, dass das erstinstanzliche Gericht seine richterliche Fragepflicht verletzt habe, indem sie nicht auf einen Irrtum hingewiesen worden sei. Das erstinstanzliche Urteil kann aber nicht Anfechtungsobjekt der Beschwerde in Zivilsachen sein (<ref-law>), womit eine solche Rüge zu spät erfolgt. Abgesehen davon, verkennt die Beschwerdeführerin, dass die richterliche Fragepflicht nicht dazu dient, die Parteien auf den urteilsrelevanten Sachverhalt hinzuweisen. Auf die Rüge der Beschwerdeführerin kann nicht eingetreten werden.
Damit erübrigt es sich, auf die gegen die Eventualbegründung gerichtete Rüge der Beschwerdeführerin bezüglich des Vorliegens eines Grundlagenirrtums einzugehen, da die Hauptbegründung der Vorinstanz bundesrechtlich nicht zu beanstanden ist. Ohnehin wäre auch einer solchen Rüge kein Erfolg beschieden gewesen. Die Beschwerdeführerin führt aus, dass sie bei Vertragsschluss der zweiten Honorarvereinbarung davon habe ausgehen dürfen, dass die Gebäudekosten maximal Fr. 660'000.-- betragen würden. Es sei jedem ökonomisch denkenden Menschen klar, dass sie bei Kenntnis der zu erwartenden massiv erhöhten Baukosten in der Schockofferte die zweite Honorarvereinbarung nicht unterschrieben hätte.
Für eine erfolgreiche Berufung auf einen Grundlagenirrtum bleibt indes unerlässliche Voraussetzung, dass es sich dabei um einen Irrtum über eine objektiv wesentliche Vertragsgrundlage und nicht bloss um eine auf Hoffnung gegründete spekulative Erwartung gehandelt hat (<ref-ruling> E. 2c S. 300). Diese Voraussetzung ist vorliegend nicht gegeben. Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass die Parteien betreffend die Baukosten nie ein Kostendach vereinbart haben und die Baukosten beim Abschluss des Honorarvertrages nur auf einer Schätzung beruht haben. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag die vorinstanzliche Feststellung nicht als willkürlich erscheinen zu lassen, zumal es ja bereits aus den verschiedenen Kostenofferten der Beschwerdegegnerin hervorgeht, dass es sich dabei bloss um Kostenschätzungen gehandelt hat. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung wird sodann für die Bejahung eines Grundlagenirrtums über einen künftigen Sachverhalt auch verlangt, dass die Gegenpartei nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr hätte erkennen müssen, dass die Sicherheit des Eintrittes des zukünftigen Ereignisses für die andere Partei Vertragsvoraussetzung war (<ref-ruling> E. 2b S. 300; vgl. auch Urteil 4C.34/2000 vom 24. April 2001 E. 3c, nicht publ. in: <ref-ruling>). Dass diese Voraussetzung auch gegeben wäre, tut die Beschwerdeführerin nicht dar.
5.1.4 Die Vorinstanz hat demnach keine Bundesrechtsverletzung begangen, indem sie erwogen hat, dass der Vertrag von der Beschwerdeführerin nur ex nunc per 28. April 2008 aufgelöst werden konnte.
5.1.4 Die Vorinstanz hat demnach keine Bundesrechtsverletzung begangen, indem sie erwogen hat, dass der Vertrag von der Beschwerdeführerin nur ex nunc per 28. April 2008 aufgelöst werden konnte.
5.2 5.2.1 Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, die Vorinstanz habe die Gutachten vom 30. Juli bzw. 19. November 2010 willkürlich gewürdigt.
5.2.2 Die Beschwerdeführerin bringt dabei als erstes vor, die Vorinstanz habe viele ihrer Vorbringen im vorinstanzlichen Verfahren nicht zur Kenntnis genommen und dadurch die Gutachten falsch gewürdigt, "Zusammenhänge nicht erkannt und deplatzierte Vorwürfe an die Beschwerdeführerin gerichtet". Dazu reicht die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht ein unter "Anhang 1" betiteltes Dokument ein, worin sie die vom Obergericht übergangenen, und nicht in die Würdigung einbezogenen Schwerpunkte aufgelistet hat. Sie macht dabei wohl sinngemäss eine Gehörsrüge geltend, unterlässt es jedoch darzutun, inwiefern sich die Vorinstanz mit allen ihren Parteivorbringen hätte auseinandersetzen müssen; sie begnügt sich mit einer stichwortartigen Auflistung ihrer vorinstanzlichen Vorbringen, womit sie den Begründungsanforderungen an eine Gehörsrüge offensichtlich nicht zu genügen vermag (zu den Begründungsanforderungen vgl. E. 2.1).
5.2.3 Die Vorinstanz beurteilte das Gutachten vom 30. Juli 2010 bzw. das Ergänzungsgutachten vom 19. November 2010 als vollständig, nachvollziehbar und schlüssig.
Der Vorwurf, der Gutachter habe grosse Differenzen übersehen, sei verfehlt. Der Gutachter habe durchaus erkannt, dass beim Wechsel der Kubatur-Berechnungsmethode von der SIA-Norm 416 zu der SIA-Norm 116 auch der Kennwert pro m3 hätte angepasst werden müssen, da die m3-Preise bei der Berechnung nach der SIA-Norm 416 um ca. 10-15 % höher anzusetzen seien als bei der Berechnung nach SIA 116. Die Schockofferte liege zwar über dieser Limite, in der revidierten Kostenschätzung vom 5. April 2008 seien die Kosten jedoch wieder innerhalb der akzeptierbaren Toleranz zu liegen gekommen. Letztlich sei der in der Kostenschätzung vom 4. Juli 2007 angegebene Kubikmeterpreis von Fr. 750.-- irrelevant. Vertrauens- bzw. Vergleichsgrundlage seien nämlich die in der zweiten Kostenschätzung genannten Baukosten von Fr. 960'000.-- gewesen. Im Wissen darum seien die Honorarverträge abgeschlossen worden; gemäss Art. 4.31 SIA-Norm 102, die im zweiten Honorarvertrag als (subsidiär) anwendbar erklärt wurde, habe der Genauigkeitsgrad von Kostenschätzungen mangels anderer Vereinbarung +/- 15 % zu betragen, diese seien mit der revidierten Kostenschätzung vom 5. April 2008 nicht überschritten, womit nicht behauptet werden könne, dass die Beschwerdegegnerin unsorgfältig gearbeitet habe.
Es bestehe somit kein Anlass, an den Schlussfolgerungen des Experten zur Angemessenheit des verrechneten Stundenaufwandes und damit zur tatsächlichen Erbringung der verrechneten Leistungen durch die Beschwerdegegnerin zu zweifeln.
5.2.4 Die Beschwerdeführerin macht in verschiedener Hinsicht geltend, der Experte habe bei der Ausarbeitung der richterlichen Gutachten wichtige Elemente nicht berücksichtigt, weshalb auch die Entscheidbegründung der Vorinstanz lückenhaft und demnach willkürlich sei.
Die Beschwerdeführerin geht abermals davon aus, dass sie als Vertrags- und Vertrauensgrundlagen habe annehmen dürfen, dass sich die Baukosten auf Fr. 660'000.-- belaufen und der Kubikmeterpreis Fr. 750.-- betragen würde. Die Schockofferte weiche jedoch grundlegend davon ab, zumal auch die Grundfläche mit 90,1 m2 angegeben werde anstelle der baubewilligten 80,8 m2. Ausgehend davon, dass die Grundfläche erwiesenermassen gemäss dem bewilligten Bauprojekt nur noch 80,8 m2 betragen habe, hätten die ausgewiesenen Baukosten und das Gebäudevolumen in der Schockofferte verglichen mit den Kostenschätzungen vom 4. und 10. Juli 2007 (in denen noch mit einer Grundfläche von 90,1 m2 habe gerechnet werden dürfen) entsprechend tiefer ausfallen sollen. Dies habe der Gutachter übersehen, ebenso die Vorinstanz. So habe die Beschwerdegegnerin auch mit dem Wechsel der Volumenberechnungsart keine Minderung beim Kubikmeterpreis vorgenommen. Ausgehend von einer Volumenberechnung nach SIA 416 und einem vereinbarten Kubikmeterpreis von Fr. 750.-- in den ersten beiden Kostenschätzungen, hätte bei einem Wechsel auf SIA 116 in der Schockofferte ebenso auf einen dazugehörigen Kubikmeterpreis gewechselt werden sollen, welcher rund 10-15 % kleiner sein sollte als der vorherige. Es sei daher nicht nachvollziehbar, weshalb sich weder der Gutachter noch die Vorinstanz am immensen Kubikmeterpreis von Fr. 989.-- in der Schockofferte gestossen hätten. Damit sei erwiesen, dass der Gutachter grosse Differenzen übersehen habe; sowohl die Baukosten, als auch der Kubikmeterpreis der Schockofferte und der revidierten Kostenschätzung vom 5. April 2008 würden den SIA-Toleranzbereich von 10 % um ein Vielfaches übersteigen.
So sei auch die Stundenberechnung der Beschwerdegegnerin falsch. Die Geschäftsverbindung der Parteien sei bereits vor der Ausschreibungsphase beendet worden, womit die für diese Phase vom Gutachter bestimmten 215 Stunden um 50 % zu kürzen seien. Dies ergebe einen Aufwand von ca. 107 Stunden, den man als realistischen Vergleichswert habe heranziehen dürfen. Vergleiche man nun die Rechnung der Beschwerdegegnerin mit dem vergleichbaren Stundenaufwand gemäss Gutachter, so ergebe sich eine nicht zu erklärende Divergenz von 287 Stunden. Es sei völlig unverständlich, weshalb der Gutachter zum Schluss kam, dass die Berechnung des Honorars korrekt und branchenüblich erfolgt sei. Die Gutachten erweisen sich auch in diesem Punkt als nicht schlüssig.
5.2.5 Die Beschwerdeführerin vermag mit ihren Vorbringen die vorinstanzliche Beweiswürdigung nicht als willkürlich auszuweisen.
Sowohl aus den Gutachten als auch aus dem angefochtenen Entscheid geht hervor, dass der Gutachter die von der Beschwerdeführerin aufgeworfenen Divergenzen betreffend der Gebäudefläche, dem Gebäudevolumen und der Kubatur-Angabe durchaus erkannt hat. Die Beschwerdeführerin bringt keine ernsthaften Einwände gegen die Schlüssigkeit der gutachterlichen Darlegung vor, dies nicht zuletzt deshalb, weil sie durchwegs davon ausgeht, dass sie sich darauf habe verlassen dürfen, dass die Baukosten Fr. 660'000.-- nicht übersteigen und der Kubikmeterpreis gestützt auf die ersten beiden Kostenschätzungen Fr. 750.-- betragen werde. Diese Annahme findet jedoch in den vorinstanzlichen Feststellungen keine Stütze.
Schliesslich kann die Beschwerdeführerin auch aus ihrem Vorbringen bezüglich des ihrer Ansicht nach überhöhten Stundenaufwandes in der Ausschreibungsphase nichts für sich ableiten. Dies ganz abgesehen davon, dass dieses Vorbringen im bundesgerichtlichen Verfahren neu ist. Die Beschwerdeführerin bringt zwar vor, sie habe bereits im Berufungsverfahren darauf hingewiesen, dass der Rechnungsbetrag für die Zeit vom 13. Januar 2008 bis zum 19. Mai 2008 394,25 Stunden betragen habe. Dabei kann ihr jedoch nicht gefolgt werden; daraus geht insbesondere nicht hervor, dass sie bereits vor der Vorinstanz vorgebracht hätte, dass die Stundenberechnung der Beschwerdegegnerin für die Ausschreibungsphase überhöht gewesen wäre. Unabhängig davon hat der Gutachter festgehalten, dass die von der Beschwerdegegnerin vorgenommenen Buchungen auf einzelne Projektierungsphasen dem gängigen Standard entsprechen und pro Phase nicht überdurchschnittlich viel Zeit aufgewendet worden sei. Der Gutachter hat auch ausdrücklich darauf hingewiesen, dass eine nachträgliche Überprüfung auf die Richtigkeit der von der Beschwerdegegnerin geführten Stundenaufwände nicht möglich sei; es könne bloss abgeschätzt werden, ob diese verhältnismässig seien. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz in Willkür verfallen sein soll, indem sie die Gutachten auch in diesem Punkt als schlüssig erachtet hat.
5.2.6 Die Beschwerdeführerin vermag die Überzeugungskraft der Gutachten nicht zu erschüttern. Die Vorinstanz durfte demnach die Gutachten, ohne in Willkür zu verfallen, als schlüssig erachten.
6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. November 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze