Fatti:
A. Tramite il proprio datore di lavoro, P._ SA, M._ è stata assicurata presso Helsana Assicurazioni SA (in seguito: Helsana) per un'indennità giornaliera per perdita di guadagno in caso di malattia. Il 30 settembre 2011 P._ SA ha sciolto il rapporto di lavoro che la legava all'interessata con effetto al 31 ottobre 2011. M._ è quindi stata dichiarata (totalmente) inabile al lavoro dal 6 ottobre 2011 a seguito di una malattia (depressione post partum, episodio depressivo F32.2) che si è protratta fino al 30 giugno 2012. Non avendo l'assicurata comprovato l'esistenza di un ulteriore danno dopo il 31 marzo 2012, data alla quale il licenziamento sarebbe diventato effettivo in virtù delle speciali disposizioni a protezione dei lavoratori, Helsana ha stabilito che dal 1° aprile al 30 giugno 2012 (fine dell'incapacità lavorativa) le indennità di malattia sarebbero state corrisposte in base a quanto l'assicurata avrebbe potuto percepire (50% del salario) in Italia secondo il trattamento speciale previsto per i lavoratori frontalieri italiani in Svizzera caduti in disoccupazione (decisione 5 luglio 2012 e decisione su opposizione 27 luglio 2012).
B. M._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino al quale ha chiesto in sostanza di annullare la decisione su opposizione e di riconoscerle indennità giornaliere piene dal 1° aprile al 30 giugno 2012. Con risposta di causa Helsana ha proposto di accogliere parzialmente il ricorso nel senso di attribuire a controparte piene indennità giornaliere fino al 30 aprile 2012, data alla quale è stata corretta l'effettività del licenziamento in ragione del periodo di protezione di cui all'<ref-law>. Per il resto ha chiesto di confermare il proprio provvedimento. Per pronuncia del 23 novembre 2012 la Corte cantonale ha integralmente accolto il ricorso, annullando la decisione su opposizione e riconoscendo all'assicurata piene indennità giornaliere, da calcolare in base all'ultimo salario percepito prima dell'inizio del caso di assicurazione, anche per i mesi di maggio e giugno 2012. Il giudice di prime cure pure ha attribuito all'assicurata fr. 1'200.- a titolo di ripetibili.
C. Helsana ha interposto ricorso al Tribunale federale al quale, protestate spese e ripetibili, domanda in sostanza di riformare il giudizio cantonale e di riconoscere all'assicurata per il periodo 1° maggio - 30 giugno 2012 indennità giornaliere di malattia ridotte in base al trattamento speciale di disoccupazione (50% del salario) stabilito dall'art. 3 cpv. 2 della legge italiana n. 147 del 5 giugno 1997 in favore dei lavoratori frontalieri italiani in Svizzera rimasti disoccupati a seguito della cessazione del rapporto di lavoro.
M._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica non si è determinato.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è in sostanza il quesito se l'assicuratore malattia ricorrente debba versare all'assicurata indennità piene per perdita di guadagno a dipendenza della (incontestata) inabilità lavorativa per malattia anche per i mesi di maggio e giugno 2012, come ha ritenuto il primo giudice, o se invece possa limitarle nella misura corrispondente a quanto l'opponente avrebbe percepito a titolo di indennità di disoccupazione.
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, in linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62), e a condizione che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
3. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha già esposto le norme del diritto svizzero - applicabile al caso di specie (cfr. RAMI 2006 n. KV 380 pag. 341, K 64/05, consid. 1; Edgar Imhof, FZA/EFTA-Übereinkommen und soziale Sicherheit, in Jusletter del 23 ottobre 2006, note 29 e 134) - e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, enunciando in particolare i presupposti del diritto all'indennità giornaliera in caso di malattia (<ref-law>). A tale esposizione può di massima essere fatto riferimento e prestata adesione. Giova nondimeno ribadire che nell'assicurazione d'indennità giornaliera secondo la LAMal la persona assicurata deve dimostrare una perdita di guadagno causata dall'evento assicurato. La perdita di guadagno è stabilita per il periodo di incapacità lavorativa per il quale sono chieste le indennità giornaliere. Il suo accertamento dipende segnatamente dal guadagno che la persona assicurata avrebbe realizzato se non fosse diventata inabile al lavoro (cfr. sentenza 9C_311/2010 del 2 agosto 2010 consid. 1.1).
4. 4.1 Il Tribunale federale delle assicurazioni ha già avuto modo di stabilire in SVR 1998 KV n. 4 pag. 9 consid. 2b - sotto l'egida della LAMaI, ma enunciando principi che rimangono validi anche sotto la LAMal (<ref-ruling> consid. 2a pag. 152) - che subisce in particolare una perdita di guadagno il dipendente, nei cui confronti non è (ancora) stato pronunciato il licenziamento ("in ungekündigter Stellung"), che diventa incapace al lavoro a causa di malattia e che non percepisce più il salario dal datore di lavoro. In questi casi, se la persona assicurata perde (in seguito) il proprio posto a causa dell'incapacità di lavoro, la perdita di guadagno consiste (anche dopo il termine di disdetta) nella perdita di salario. In simile evenienza vale infatti la presunzione che detta persona non avrebbe perso l'occupazione se non fosse diventata inabile al lavoro (Gebhard Eugster, Vergleich der Krankentaggeldversicherung nach KVG und nach VVG [in seguito: Vergleich], in: Adrian von Kaenel [ed.], Krankentaggeldversicherung: Arbeits- und versicherungsrechtliche Aspekte, Zurigo 2007, pag. 80; inoltre Eugster, Bundesgesetz über die Krankenversicherung, 2010, pag. 500).
4.2 La situazione si presenta invece diversamente se il datore di lavoro pronuncia il licenziamento prima che il lavoratore diventa inabile al lavoro per malattia. In tale evenienza la predetta presunzione non si giustifica più. Il lavoratore perderebbe in ogni caso la propria occupazione, a prescindere dalla successiva incapacità lavorativa, la quale in questo modo non assurge più a causa primaria per la perdita di salario dopo la scadenza contrattuale. Al pari del lavoratore disoccupato avente di principio diritto a indennità di disoccupazione ma che a causa della malattia risulta temporaneamente non collocabile e che pertanto non può riscuotere tali indennità (v. <ref-ruling>), la persona diventata inabile al lavoro dopo avere ricevuto (o espresso lei stessa) il licenziamento subisce ugualmente una perdita di guadagno a carico dell'assicurazione d'indennità giornaliera in caso di malattia. Tuttavia - in entrambe le situazioni - la perdita di guadagno indennizzabile corrisponde (al termine della scadenza contrattuale e sempre che la copertura assicurativa lo preveda) alla perdita dell'indennità di disoccupazione (sul coordinamento tra assicurazione malattia e assicurazione disoccupazione nello specifico contesto cfr. <ref-law> e <ref-law>; <ref-ruling> segg.; RAMI 1998 no. KV 43 pag. 420 consid. 3a con riferimenti). È riservato il caso in cui la persona interessata è comunque in grado di dimostrare che senza l'inabilità al lavoro avrebbe trovato con ogni verosimiglianza un posto nuovo, concretamente definito (cfr. sentenza citata 9C_311/2010 consid. 1.2 in fine, 9C_332/2007 del 29 maggio 2008 consid. 2.2 in fine e RJAM 1983 n. K 526 pag. 81).
4.3 Dalla situazione appena descritta in cui la persona assicurata vanta di principio il diritto a indennità di disoccupazione ma a causa della malattia non è (temporaneamente) collocabile e non le può riscuotere va infine distinta quella del disoccupato che non può invece neppure rivendicare siffatto diritto, vuoi perché esso si è esaurito o perché la persona interessata non adempie le condizioni relative alla durata contributiva (RAMI 1998 no. KV 43 pag. 420 consid. 3b; cfr. pure sentenza K 121/06 del 16 agosto 2007 consid. 2). In questa ipotesi, l'interessato che diventa inabile al lavoro non può di principio neppure rivendicare, per la mancata perdita di un reddito sostitutivo, il diritto a indennità giornaliere di malattia, a meno che non fornisca la prova che senza la malattia avrebbe iniziato a lavorare in un posto ben definito (cfr. Eugster, Vergleich, pag. 80 seg. con i rigerimenti alla giurisprudenza in materia). In quest'ultimo caso la perdita di guadagno consisterebbe nella perdita di salario.
5. 5.1 La Corte cantonale ha accertato che la nascita del terzo figlio (nel maggio 2011) al termine di una gravidanza difficile, l'assenza di aiuti, le assenze dal lavoro, l'insorgenza di disturbi del sonno, di stati d'ansia e di stanchezza avrebbero condizionato la sua qualità di vita e sarebbero culminate con il licenziamento da lei ritenuto ingiusto e inaspettato. Secondo il giudice di prime cure, inoltre, l'assicurata era già ammalata a partire dal mese di giugno 2012 (recte: 2011), ma nonostante ciò - e malgrado alcuni periodi di assenza dal lavoro - avrebbe proseguito l'attività lavorativa e il licenziamento avrebbe determinato la sua volontà a prendersi cura della sua salute. In tali circostanze - applicando la giurisprudenza sviluppata per i casi esposti sopra al consid. 4.3 -, ha sostenuto che senza la malattia l'assicurata avrebbe continuato la sua attività lavorativa come nel periodo precedente, mentre l'assicuratore non avrebbe fornito la (contro)prova che l'interessata avrebbe rinunciato a nuova occupazione e sarebbe rimasta in disoccupazione. Egli ha poi rilevato che l'interessata, non più presente sul posto di lavoro dal 6 ottobre 2011 e malata dal precedente giugno 2011, aveva diritto a ricevere indennità giornaliere piene - sulla base dell'ultimo salario percepito prima dell'inizio del caso di assicurazione, conformemente all'art. 6.1 CGA - per perdita di guadagno anche dopo la fine del contratto di lavoro avvenuta il 30 aprile 2012 e ciò sino al suo ristabilimento avvenuto con effetto al 1° luglio 2012. Sempre secondo il giudice cantonale, la perdita di guadagno sarebbe dimostrata dal fatto che, con tutta verosimiglianza, senza la malattia, l'assicurata non avrebbe perso il lavoro che aveva ormai da una ventina d'anni (1991).
5.2 L'assicuratore ricorrente, oltre a lamentare un accertamento arbitrario dei fatti per il motivo che il primo giudice avrebbe ammesso l'esistenza di una malattia inabilitante già prima del 6 ottobre 2011, evidenzia l'importanza di operare una distinzione giuridica fra la situazione - come quella in esame - di un assicurato abile al lavoro al momento della ricezione della disdetta del contratto di lavoro, il quale sa di doversi attivare poiché da una determinata data non sarà più alle dipendenze del datore di lavoro, e quella del lavoratore che invece riceve la disdetta in piena inabilità lavorativa, e dal quale non si può esigere che si attivi per cercare un nuovo impiego.
6. 6.1 Anzitutto occorre premettere che la situazione in esame non va valutata, come ha invece ritenuto il giudice cantonale, alla luce delle condizioni poste al consid. 4.3 poiché, per quanto pacificamente ammesso da tutte le parti in causa, l'opponente avrebbe potuto rivendicare le indennità di disoccupazione specialmente previste dall'ordinamento applicabile in materia in favore dei lavoratori frontaliere italiani in Svizzera rimasti disoccupati a seguito della cessazione del rapporto di lavoro. In effetti, come evocato dalla stessa autorità giudiziaria di primo grado, l'art. 3 cpv. 2 della legge italiana n. 147 del 5 giugno 1997 stabilisce il trattamento speciale nella misura non superiore al 50 per cento del salario lordo medio annuo sottoposto a contribuzione, comprensivo di eventuali indennità per malattia e infortunio, con esclusione degli assegni per il nucleo familiare, percepito in Svizzera nell'anno precedente lo stato di disoccupazione.
6.2 Va poi sottolineato che l'incapacità lavorativa a causa di malattia è stata attestata per la prima volta il 6 ottobre 2011. Non è vero, come contesta Helsana, che il giudice di prime cure avrebbe ammesso una inabilità lavorativa già nel giugno 2011, avendo egli fatto risalire a tale epoca unicamente l'insorgenza della malattia. È nondimeno importante ricordare che, in mancanza di riscontro oggettivo in tal senso, questa incapacità non può essere fatta retroagire a un periodo precedente al 6 ottobre 2011. Alla luce di tali considerazioni appare però evidente che la fattispecie si identifica con la casistica esposta al consid. 4.2 e non con quella descritta al consid. 4.1. L'opponente non ha manifestamente perso il proprio posto di lavoro a causa dell'incapacità di lavoro, che è subentrata solo successivamente. Né tale incapacità è intervenuta in un momento in cui non era (ancora) stato pronunciato il licenziamento ("in ungekündigter Stellung"), l'interruzione del rapporto di lavoro essendo già stata notificata all'interessata in precedenza, e più precisamente il 30 settembre 2011. Ciò significa che, secondo le regole suesposte, l'assicurata poteva di principio soltanto fare valere la perdita di guadagno corrispondente all'indennità di disoccupazione (ammessa da controparte), a meno che non fosse stata in grado di dimostrare che, senza l'inabilità per malattia, avrebbe trovato, tra il 1° maggio e il 30 giugno 2012, con ogni verosimiglianza un posto nuovo concretamente definito. Nel qual caso ella avrebbe potuto rivendicare quale perdita di guadagno la relativa perdita di salario. Cosa che però il primo giudice - che è partito da altre (erronee) premesse - non ha rilevato né risulta altrimenti dagli atti.
6.3 A titolo meramente abbondanziale si osserva inoltre che anche la conclusione del primo giudice secondo cui senza la malattia - depressione post partum - l'assicurata non avrebbe perso il lavoro che aveva ormai da una ventina d'anni, oltre a essere tratta da premesse non calzanti alla fattispecie in esame, appare in realtà contraddetta dagli atti. Salta in effetti agli occhi che l'assicurata medesima aveva riferito il 18 aprile 2012 al perito dott.ssa G._ che le molte assenze dal posto di lavoro accumulate durante la difficile gravidanza (ante partum, quindi) avrebbero probabilmente condizionato il suo licenziamento al rientro dal congedo di maternità (perizia, pag. 3, "Lamentele soggettive"). Questa affermazione rende più che dubbia la correlazione tra la depressione post partum (che in ogni caso, lo si ripete, è diventata inabilitante solo dopo il 6 ottobre 2011) e la perdita del lavoro provocata dal licenziamento espresso il 30 settembre 2011.
6.4 Infine, la correttezza della soluzione qui proposta risulta (indirettamente) dimostrata anche dalla <ref-ruling> che presenta ampie analogie con la fattispecie qui in esame. In quell'occasione si era trattato di accertare la perdita di guadagno di un assicurato che, già affetto da disturbi cardiovascolari e da una diminuzione dell'acuità visiva, aveva rassegnato (il 27 gennaio 1975 per la fine dello stesso mese, trovandosi egli ancora nel periodo di prova) le proprie dimissioni al datore di lavoro perché la sua vista non gli permetteva di svolgere adeguatamente le mansioni affidategli. Il giorno dopo (28 gennaio) l'interessato si ammalò e divenne inabile al lavoro fino al 2 marzo 1975. Dopo che l'ufficio cantonale del lavoro lo aveva ritenuto non collocabile per il periodo 1° febbraio - 2 marzo 1975, l'assicurazione d'indennità giornaliere per perdita di guadagno in caso di malattia gli riconobbe unicamente il minimo previsto dagli statuti adducendo che anche qualora non si fosse ammalato egli non avrebbe comunque trovato lavoro e non avrebbe guadagnato nulla. Ora, in quell'ambito il Tribunale federale delle assicurazioni, dopo avere accertato che l'interessato non poteva essere ritenuto persona senza attività luvcrativa, rilevò l'esistenza di una perdita di guadagno costituita dalla perdita delle indennità di disoccupazione (e non del salario precedente).
6.5 In considerazione di quanto precede, l'assicuratore ricorrente dovrà corrispondere all'opponente, per il periodo in lite 1° maggio - 30 giugno 2012, indennità giornaliere di malattia in base alla perdita di guadagno dimostrata, corrispondente al 50% del salario lordo medio annuo sottoposto a contribuzione percepito in Svizzera nell'anno precedente lo stato di disoccupazione. Ne segue che il ricorso merita di essere accolto. Di conseguenza, la pronuncia cantonale, non conforme alle regole giurisprudenziali in materia e quindi contraria al diritto federale, dev'essere riformata nel senso che M._ ha diritto a indennità giornaliere piene fino al 30 aprile 2012, dopodiché, per i mesi di maggio e giugno 2012, devono esserle riconosciute indennità nella misura limitata indicata.
7. Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico dell'opponente (<ref-law>). Per contro la ricorrente non ha diritto a ripetibili (<ref-law>; cfr. sentenza citata 9C_311/2010 consid. 6).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto. La sentenza del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 23 novembre 2012 e la decisione su opposizione di Helsana Assicurazioni SA del 27 luglio 2012 sono annullate nel senso che l'opponente ha diritto a indennità giornaliere di malattia piene fino al 30 aprile 2012 e a indennità giornaliere di malattia ridotte dal 1° maggio al 30 giugno 2012 nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'opponente.
3. Non si assegnano ripetibili.
4. La causa viene rinviata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino per nuova decisione sulle spese ripetibili nella procedura precedente.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.