Art. 6 Ziff. 2 EMRK (Entschädigungen - Strafverfahren), hat sich ergeben:
A.- Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt liess X._, den sie des Trickdiebstahls verdächtigte, am 25. Juni 1999 durch die Neuenburger Kantonspolizei verhaften.
Bei der anschliessenden Durchsuchung seiner Wohnung in Le Locle stellte die Polizei 12'110 DM sicher.
Am 9. Juli 1999 wurde X._ aus der Untersuchungshaft entlassen. Am 14. Juli 1999 meldete die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt dem Bundesamt für Flüchtlingswesen (BFF) nach Artikel 21a Abs. 4 AsylG, dass sie X._ 12'110 DM abgenommen habe und überwies diesen Betrag in der Folge dem Bundesamt. Am 17. August 1999 wurde das Strafverfahren an das Statthalteramt Arlesheim abgetreten.
Am 21. März 2001 stellte die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft das Verfahren gegen X._ ein.
B.- X._ verlangte von der Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft eine Entschädigung für seine Anwaltskosten von Fr. 11'654. 90, Schadenersatz in Höhe von Fr. 10'177. 90 (= 12'110 DM) zuzüglich Zins sowie eine Entschädigung für anderweitige Nachteile und Genugtuung von Fr. 6'080.--. Ausserdem beantragte er, sämtliche erkennungsdienstlichen Erhebungen seien in Gegenwart seiner Verteidigerin zu vernichten, es sei ihm ein Unschuldszeugnis auszustellen und es seien alle Behörden, die über das Strafverfahren informiert worden seien, in geeigneter Form von seiner Unschuld in Kenntnis zu setzen.
Mit Verfügung vom 20. Juni 2000 sprach die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft X._ eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 2'221. 30 zu und wies die darüber hinausgehenden Forderungen und die weiteren Anträge ab, soweit sie darauf eintrat.
Das Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft erhöhte mit Präsidialbeschluss vom 27. September 2000 (zugestellt am 22. Februar 2001) die Parteientschädigung auf Fr. 4'000.-- und wies die Beschwerde von X._ in den übrigen Punkten im Sinne der Erwägungen ab, soweit es darauf eintrat. Ausserdem sprach es Advokatin Y._ für das Beschwerdeverfahren eine pauschale Parteientschädigung von Fr. 300.-- zu.
C.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 26. März 2001 wegen Verletzung des Rechtsgleichheitsgebotes (Art. 8 Abs. 1 BV), des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV), der Unschuldsvermutung (Art. 6 Ziff. 2 EMRK) und des Anspruchs auf volle Entschädigung für ungerechtfertigte Haft (Art. 5 Abs. 5 EMRK) sowie Willkür (Art. 9 BV) beantragen X._ und Y._, den Entscheid des Verfahrensgerichts vom 27. September 2001 aufzuheben. X._ ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung durch Advokatin Y._.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft verzichtet auf Vernehmlassung. Das Verfahrensgericht beantragt, die Beschwerde in allen Teilen abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Beim angefochtenen Entscheid des Verfahrensgerichts handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 OG). Der Beschwerdeführer ist befugt, sich gegen die Reduktion seiner Schadenersatzforderungen zur Wehr zu setzen, ebenso wie die Beschwerdeführerin gegen die Herabsetzung der von ihr für ihre Bemühungen als amtliche Verteidigerin im Beschwerdeverfahren vor dem Verfahrensgericht geforderten Honoraransprüche (Art. 88 OG).
Sie machen die Verletzung von verfassungs- und konventionsmässigen Rechten geltend (Art. 84 Abs. 1 lit. a OG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte staatsrechtliche Beschwerde ist daher, unter dem Vorbehalt gehörig begründeter Rügen (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1c), einzutreten.
2.- a) Das Verfahrensgericht kommt im angefochtenen Entscheid (E. 3 S. 22 ff.) zum Schluss, der Beschwerdeführer habe weder die Einleitung des gegen ihn angehobenen Strafverfahrens zu vertreten, noch habe er dessen Durchführung erschwert. Er habe daher nach § 33 der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Landschaft vom 1. November 1999 (StPO) Anspruch auf den Ersatz der wesentlichen Umtriebe, die ihm aus dem Strafverfahren erwachsen seien. Zwar sei dieses als rechtlich einfach anzusehen. Allerdings habe die Beschlagnahme der 12'110 DM und deren Weiterleitung ans BFF den Fall erschwert, und eine Verurteilung hätte für den Beschwerdeführer und seine Familie schwerwiegende Konsequenzen - die Wegweisung aus der Schweiz - haben können. Die Staatsanwaltschaft habe ihm daher zu Recht eine Parteientschädigung zugesprochen.
Zu prüfen sei bloss deren Höhe.
Unter den Voraussetzungen von § 33 Abs. 1 StPO treffe den Staat in der Regel eine volle Entschädigungspflicht sowie gegebenenfalls eine Pflicht zur Leistung von Genugtuung. Davon könne nur unter den (hier nicht gegebenen) Voraussetzungen von § 33 Abs. 3 StPO abgewichen werden. Zu entschädigen seien jedoch nur Schäden, die kausal von den Strafverfolgungsorganen des Kantons Basel-Landschaft verursacht worden seien. Schadenersatz für Zwangsmassnahmen, die vor der Übernahme des Verfahrens durch den Kanton Basel-Landschaft angeordnet und abgeschlossen worden seien, schulde dieser hingegen nicht.
b) Aufgrund dieser Erwägungen lehnte das Verfahrensgericht die Forderung nach Rückgabe der 12'110 DM bzw.
nach Ersatz des Geldwertes ab, da die Beschlagnahme des Betrages und dessen Weiterleitung ans BFF vor der Übernahme des Verfahrens durch den Kanton Basel-Landschaft erfolgt sei. Aus dem gleichen Grund lehnte es die Forderung nach einer Haftentschädigung ab, wobei es in diesem Zusammenhang beifügte, der Umstand, dass der Kanton Basel-Stadt die Zusprechung einer Haftentschädigung abgelehnt habe mit der Begründung, die basel-städtische Strafprozessordnung sehe dies nur für Fälle vor, in denen die Behörden des Kantons Basel-Stadt das Verfahren eingestellt hätten, vermöge daran nichts zu ändern. Die Präsidentin des Verfahrensgerichts, Schaub, habe zwar mit der Verteidigerin des Beschwerdeführers telefonisch über dieses Thema gesprochen; nach der Erinnerung der Gerichtspräsidentin habe sie dabei aber nicht definitiv zugesagt, dass der Kanton Basel-Landschaft eine Haftentschädigung zusprechen werde, sondern nur, dass sie diese Forderung einmal beim Verfahrensgericht anmelden könne, welches dann über deren Zulässigkeit und Höhe entscheiden werde. Aufgrund dieses Telefongespräches habe sich die Verteidigerin des Beschwerdeführers nicht dergestalt in Sicherheit wiegen dürfen, dass sie von der Weiterverfolgung der Haftentschädigungsansprüche gegen den Kanton Basel-Stadt habe absehen dürfen. Mangels Zuständigkeit trat das Verfahrensgericht in diesen beiden Punkten auf die Beschwerde nicht ein.
c) In Bezug auf die Parteientschädigung führt das Verfahrensgericht aus, die von der Verteidigerin im Zusammenhang mit den beschlagnahmten Geldern und der Ausgrenzungsverfügung geltend gemachten Aufwendungen stünden nicht im Konnex mit dem von den Behörden des Kantons Basel-Landschaft geführten Strafverfahren und seien daher nicht oder jedenfalls nicht von ihm zu entschädigen. Die Verteidigerin habe mit 38,78 Stunden zudem einen der Sache nicht angemessenen Aufwand betrieben; dem Verfahrensgericht scheine ein pauschales Honorar von Fr. 3'077. 25, entsprechend 17,1 Stunden à Fr. 180.--, als angemessen. Ein Zuschlag für Besprechungen in einer Fremdsprache und für Arbeit ausserhalb der normalen Bürozeit stehe ausser Diskussion. Zu berücksichtigen sei weiter, dass dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Verteidigung durch die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt zugesprochen worden sei, während ein entsprechendes Gesuch bei den zuständigen Behörden des Kantons Basel-Landschaft nicht gestellt worden sei; erst für das Beschwerdeverfahren habe die Verteidigerin ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt. Angesichts dieser Umstände sei die Zusprechung eines pauschalen Honorars angemessen.
Was die Spesen angehe, sei die Forderung für die Reparatur des Personenwagens der Verteidigerin, welcher während einer Besprechung mit ihrem Klienten beschädigt worden sein soll, unbegründet. Bei Auslagen von Fr. 300.-- als Kostenvorschuss für einen Rekurs an die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt sei nicht ersichtlich, inwiefern die Ergreifung dieses Rechtsmittels angezeigt und notwendig gewesen sei. Die Gebühr von Fr. 100.-- für die Betreibung des BFF stehe nicht im konnexen Zusammenhang mit dem Strafverfahren.
Die von der Staatsanwaltschaft zugestandenen Auslagen von Fr. 1'141.-- für Kopien, Telefonate und Porti erschienen dem Verfahrensgericht angemessen. Insgesamt sei dem Beschwerdeführer daher eine Parteientschädigung von pauschal Fr. 4'000.-- zuzusprechen.
3.- Der Beschwerdeführer verlangte von den kantonalen Vorinstanzen die Rückgabe (bzw. den Ersatz des Gegenwertes) der von der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt beschlagnahmten und anschliessend dem BFF überwiesenen 12'110 DM sowie eine Haftentschädigung. Das Verfahrensgericht ist darauf "mangels Zuständigkeit" nicht eingetreten, d.h. es hat diese Forderungen im Ergebnis mangels Passivlegitimation des Kantons Basel-Landschaft abgewiesen (oben E. 2b). In der staatsrechtlichen Beschwerde beklagt er sich zwar bei der Darstellung des Sachverhaltes darüber, dass seinen Forderungen nicht entsprochen wurde. Er macht aber nicht oder jedenfalls nicht in einer den gesetzlichen Anforderungen genügenden Weise geltend, dass er durch das "Nichteintreten" auf diese Forderungen bzw. deren Abweisung wegen fehlender Passivlegitimation des Kantons Basel-Landschaft in seinen verfassungsmässigen Rechten verletzt worden sei. Auf die staatsrechtliche Beschwerde kann daher insoweit nicht eingetreten werden.
4.- Der Beschwerdeführer rügt als willkürlich, dass das Verfahrensgericht die Parteientschädigung pauschal und unhaltbar tief angesetzt habe mit der Begründung, es sei im Kanton Basel-Landschaft kein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt worden.
a) Willkürlich ist ein Entscheid, der mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft.
Dabei genügt es nicht, dass die Begründung unhaltbar ist, der Entscheid muss sich vielmehr im Ergebnis als willkürlich erweisen (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3a; 129 E. 5b; <ref-ruling> E. 3a je mit Hinweisen).
b) Im Streit liegt die Entschädigung des Beschwerdeführers für die Strafverfolgung, die sich im Nachhinein als ungerechtfertigt erwiesen hat. Nach § 33 Abs. 1 StPO hat er grundsätzlich Anspruch auf "eine angemessene Entschädigung für ungerechtfertigte Haft, für Anwaltskosten sowie für anderweitige Nachteile". Aus den oben in E. 3 dargelegten Gründen steht eine Entschädigung des Beschwerdeführers für die durch die im Kanton Basel-Stadt angeordneten Zwangsmassnahmen - Haft und Beschlagnahme - hier nicht zur Diskussion.
Hingegen hat der Kanton Basel-Landschaft den Beschwerdeführer nach § 33 StPO für die übrigen durch das Verfahren erlittenen Nachteile - namentlich die Anwaltskosten - zu entschädigen, wobei das Verfahrensgericht davon ausgeht, dass darunter auch diejenigen Nachteile fallen, die vor der Übernahme der Strafverfolgung durch den Kanton Basel-Landschaft entstanden sind.
Die Strafverfolgungsbehörden des Kantons Basel-Landschaft anerkennen, dass der Beschwerdeführer während des ganzen Verfahrens rechtskundigen Beistand benötigte. Damit sind dem Beschwerdeführer grundsätzlich die gesamten Kosten zu ersetzen, die ihm von seiner frei gewählten Anwältin für seine Verteidigung in Rechnung gestellt wurden. Eine Kürzung kommt nur in Frage für sachfremde und übermässige Aufwendungen oder überhöhte Honorarforderungen, die nach den schadenersatzrechtlichen Regeln wegen mangelnder Adäquanz nicht dem Strafverfahren angelastet werden können und damit nach § 33 StPO nicht zu entschädigen sind.
c) Das Verfahrensgericht hat den vom Beschwerdeführer geltend gemachten Aufwand massiv gekürzt. Einen Teil der in Rechnung gestellten 55 Stunden hat es als sachfremd, die verbleibenden 38,78 Stunden als übermässig beurteilt und den angemessenen, zu entschädigenden Aufwand im Ergebnis ohne weitere Begründung pauschal festgelegt. Es sieht sich zur pauschalen Festsetzung des angemessenen Verteidigeraufwandes insbesondere berechtigt, weil die unentgeltliche Rechtspflege im Kanton Basel-Stadt vor der Übergabe des Verfahrens bewilligt worden sei und im Kanton Basel-Landschaft kein solches Gesuch gestellt worden sei.
Die Beschwerdeführer rügen dies zu Recht als willkürlich.
Die Argumentation des Verfahrensgerichts geht an der Sache vorbei, hatte es doch keineswegs eine Honorarforderung der Beschwerdeführerin für ihre Aufwendungen als amtliche Verteidigerin zu beurteilen, sondern die Schadenersatzforderung des Beschwerdeführers für die durch das eingestellte Verfahren verursachten Anwaltskosten, die aus seiner Honorarschuld gegenüber seiner Rechtsvertreterin für ihre Tätigkeit als frei gewählte Verteidigerin bestehen (anders nur für das Beschwerdeverfahren vor Verfahrensgericht, vgl. hinten E. 4d). Der Beschwerdeführer hat seine Forderung mit den Anwaltsrechnungen detailliert ausgewiesen und damit substanziiert.
Unter diesen Umständen war das Verfahrensgericht unter dem Gesichtspunkt der aus Art. 29 Abs. 2 BV abgeleiteten Begründungspflicht verpflichtet, sich mit den geltend gemachten Schadenpositionen konkret auseinander zu setzen und wenigstens kurz darzulegen, aus welchen Gründen es einzelne von ihnen nicht oder nur teilweise als nach § 33 StPO zu ersetzenden Schaden anerkennen wollte (zur Begründungspflicht:
BGE 122 IV 8 E. 2c; <ref-ruling> E. 2c zu Art. 4 aBV).
Das Verfahrensgericht hat daher seine Begründungspflicht verletzt, indem es den zu ersetzenden Aufwand der Verteidigerin ohne nähere Begründung pauschal festsetzte, die Gehörsverweigerungsrüge ist begründet.
d) Da es nicht Aufgabe des Bundesgerichts sein kann, sich im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde als erste Instanz konkret mit dem vom Beschwerdeführer geltend gemachten Aufwand auseinander zu setzen, führt die Gutheissung der Gehörsverweigerungsrüge zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids, ohne dass die weiteren, materiellen Willkürrügen zu prüfen wären. Daraus folgt ohne weiteres, dass das Verfahrensgericht bei seinem neuen Entscheid auch die Parteientschädigung an die Beschwerdeführerin für ihre Bemühungen als amtliche Verteidigerin im Beschwerdeverfahren vor dem Verfahrensgericht neu wird festlegen müssen. Darüber ist daher im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren nicht zu befinden.
e) Aus prozessökonomischen Gründen sei immerhin auf folgende Punkte hingewiesen:
Die Sicherstellung der beim Beschwerdeführer gefundenen Gelder erfolgte offensichtlich mittels einer strafprozessualen Beschlagnahme. Die Bemühungen der Rechtsvertreterin um deren Rückerstattung bzw. um die Aufhebung dieser strafprozessualen Zwangsmassnahme gehörten daher jedenfalls bis zu dem Zeitpunkt zu ihrer Aufgabe als Strafverteidigerin, als feststand, dass die Gelder nicht mehr unter strafprozessualem, sondern asylrechtlichem Beschlag standen. Ob allerdings die Betreibung des BFF vom 27. September 1999 durch die Beschwerdeführerin angezeigt war, nachdem der Beschwerdeführer bereits am 14. Juli 1999 von der Überweisung der Gelder ans BFF unterrichtet worden war, erscheint mehr als fraglich; die Weigerung, die Betreibungskosten von Fr. 100.-- als notwendigen Verteidigungsaufwand anzuerkennen, ist jedenfalls verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden.
Falls die Beschwerdeführerin wegen der gegen den Beschwerdeführer getroffenen Wegweisungsmassnahmen effektiv gezwungen war, notwendige Besprechungen ausserkantonal durchzuführen, hat sie grundsätzlich Anspruch auf Ersatz der entstandenen Reisekosten; dass die dabei angeblich an ihrem Auto entstandenen Schäden nach schadenersatzrechtlichen Grundsätzen nicht ersetzbar sind, ist offensichtlich und bedarf keiner weiteren Erörterungen. Dass die Beschwerdeführerin mit dem Beschwerdeführer in französischer Sprache verkehrte, hat allenfalls einen geringfügig erhöhten Zeitaufwand für die Besprechungen mit ihrem Klienten zur Folge; eine separate Entschädigung für Übersetzungskosten lässt sich daraus verfassungsrechtlich nicht ableiten.
5.- Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Ausgangsgemäss sind dem Kanton Basel-Landschaft, der vermögenswerte Interessen verfolgte, die Kosten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG). Ausserdem hat er den Beschwerdeführern eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 OG), womit das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos wird.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft vom 27. September 2000 aufgehoben.
2.- Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Basel-Landschaft auferlegt.
3.- Der Kanton Basel-Landschaft hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern sowie der Staatsanwaltschaft und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Juni 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: