Sachverhalt:
A. X._ liess am 5. Februar 2009 durch Rechtsanwalt Stephan Bernard eine Strafanzeige gegen drei Beamte der Stadtpolizei Zürich wegen einfacher Körperverletzung, allenfalls Tätlichkeiten, und Amtsmissbrauchs einreichen. Nach seiner Darstellung war er am 21. Januar 2009 auf dem Polizeiposten Wollishofen nach der turbulent verlaufenen Befragung seiner Ehefrau zu ihrer erleichterten Einbürgerung von einem Beamten festgehalten und von einem anderen geschlagen worden.
Am 16. Februar 2009 stellte X._ beim Büro für amtliche Mandate des Bezirksgerichts Zürich das Gesuch, Rechtsanwalt Bernard per 5. Februar 2009 zu seinem unentgeltlichen Geschädigtenvertreter zu ernennen.
Am 2. Februar 2010 eröffnete die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich die Strafuntersuchung gegen zwei der drei verzeigten Polizisten.
Am 8. Februar 2010 bestellte der stellvertretende Präsident des Bezirksgerichts Zürich Rechtsanwalt Bernard rückwirkend ab Eröffnung der Strafuntersuchung vom 2. Februar 2010 zum unentgeltlichen Rechtsvertreter von X._. Soweit das Gesuch das Vorverfahren betraf, leitete er es an die nach seiner Auffassung dafür zuständige Anklagekammer weiter.
Die Präsidentin der Anklagekammer trat am 11. Februar 2010 "auf das Gesuch von Rechtsanwalt lic. iur. Stephan Bernard vom 16. Februar 2009 um Bestellung als unentgeltlicher Rechtsbeistand von X._ ab 5. Februar 2009 bis zur Eröffnung der Strafuntersuchung am 2. Februar 2010" nicht ein. Zur Begründung führte sie an, nach § 10 Abs. 5 i.V.m. § 13 Abs. 2 der Zürcher Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 (StPO) sei das Gesuch des Geschädigten um Beigabe eines unentgeltlichen Rechtsvertreters grundsätzlich dem Präsidenten des Bezirksgerichts zu übermitteln. Lediglich in den Fällen, über die das Geschworenen- oder das Obergericht in erster Instanz zu urteilen hätten, sei die Präsidentin der Anklagekammer für die Beigebung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands zuständig. Die von X._ zur Anzeige gebrachten Vorfälle fielen nicht in die erstinstanzliche Zuständigkeit des Geschworenen- oder des Obergerichts, weshalb sie für die Beurteilung dieses Gesuchs nicht zuständig sei. Selbst wenn indessen auf das Gesuch einzutreten wäre, wäre es abzuweisen, da die Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsvertreters die Eröffnung eines Strafverfahrens voraussetze und für das Vorverfahren daher ausser Betracht falle.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid der Präsidentin der Anklagekammer aufzuheben und ihm einen unentgeltlichen Rechtsvertreter in der Person von Rechtsanwalt Stephan Bernard für den Zeitraum vom 5. Februar 2009 bis zum 2. Februar 2010 beizugeben, oder eventuell die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Das Bezirksgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Die Präsidentin der Anklagekammer verzichtet auf Stellungnahme.
X._ hält in seiner Replik an an der Beschwerde fest. Das Obergericht verzichtet auf eine Stellungnahme dazu. Das Bezirksgericht hält an seiner Auffassung fest.

Erwägungen:
1. Mit dem angefochtenen Entscheid ist die Präsidentin der Anklagekammer auf das Gesuch des Beschwerdeführers nicht eingetreten, Rechtsanwalt Stephan Bernard für das Vorverfahren, welches zum Entscheid vom 2. Februar 2010 über die (teilweise) Eröffnung eines Strafverfahrens gegen die verzeigten Beamten führte, als unentgeltlichen Rechtsvertreter einzusetzen. Dieses Verfahren um Bestellung eines unentgeltlichen Vertreters ist damit abgeschlossen, es liegt ein Endentscheid im Sinn von <ref-law> vor. Auch wenn die Entscheidung über die Eröffnung eines Strafverfahrens gegen Beamte nicht wie üblich durch die Untersuchungsbehörde, sondern durch die Anklagekammer zu treffen ist (§ 20 Abs. 4 und 6 StPO), so sind dabei, anders als bei Ermächtigungsverfahren gegen Magistraten (<ref-ruling> E. 1), ausschliesslich strafrechtliche Kriterien massgebend (Entscheid des Bundesgerichts 6B_786/2008 vom 12. Mai 2009 E. 1). Es handelt sich somit um eine Strafsache, gegen die die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (<ref-law>). Der Beschwerdeführer war Partei des vorinstanzlichen Verfahrens und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an einem Entscheid über das von ihm gestellte Gesuch; er ist damit beschwerdebefugt (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, gemäss <ref-ruling> E. 1.2.5 habe, wer in vertretbarer Weise behaupte, von der Polizei misshandelt worden zu sein, nach <ref-law> und Art. 3 EMRK Anspruch auf eine amtliche Untersuchung des Vorfalls und einen wirksamen Zugang zum Untersuchungsverfahren. Dazu gehöre auch die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege, wenn die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt seien. Der angefochtene Entscheid verletze diese verfassungs- und konventionsrechtlichen Verfahrensgarantien.
Welche Verfahrensrechte die verfassungs- und konventionsrechtlichen Garantien dem Beschwerdeführer im Einzelnen einräumen, braucht hier nicht abschliessend beurteilt zu werden. Aus dem vom Beschwerdeführer angeführten Bundesgerichtsentscheid ergibt sich jedenfalls, dass ihm das Recht zusteht, als Geschädigter am Strafverfahren gegen die verzeigten Beamten teilzunehmen. Dieses Recht bezieht sich auch auf das Vorverfahren, in welchem entschieden wird, ob überhaupt ein (formelles) Strafverfahren zu eröffnen sei. War aber der Beschwerdeführer berechtigt, im Vorverfahren Verfahrensrechte auszuüben, so war im Gegenzug die zuständige Behörde verfassungs- und konventionsrechtlich verpflichtet, sein ausdrücklich auch dafür gestelltes Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung entgegenzunehmen und materiell zu behandeln.
Das vom Beschwerdeführer dem Büro für amtliche Mandate des Bezirksgerichts Zürich eingereichte Gesuch wurde, soweit es das Vorverfahren betraf, zuständigkeitshalber der Präsidentin der Anklagekammer überwiesen. Dieses Vorgehen steht im Einklang mit § 194 des Zürcher Gerichtsverfassungsgesetzes vom 13. Juni 1976 (GVG), wonach Eingaben, die aus Irrtum bei einer unrichtigen zürcherischen Gerichts- oder Verwaltungsstelle eingehen, von Amtes wegen an die zuständige Stelle weiterzuleiten sind. Die Präsidentin der Anklagekammer teilte allerdings die Auffassung des stellvertretenden Bezirksgerichtspräsidenten über ihre Zuständigkeit nicht und trat auf das Gesuch mangels Zuständigkeit nicht ein. Diesfalls wäre sie nach § 194 Abs. 2 GVG verpflichtet gewesen, das Gesuch an die zuständige Stelle weiterzuleiten. Indem sie dies unterliess und sich darauf beschränkte, ihre Zuständigkeit zu verneinen, beging sie klarerweise eine nach <ref-law> verpönte formelle Rechtsverweigerung, weil sie mit diesem Vorgehen den Anspruch des Beschwerdeführers auf eine materielle Behandlung seines Gesuchs vereitelte. Sie erwog zwar in einem obiter dictum, es sei in der Sache ohnehin unbegründet. Das ändert indessen nichts daran, dass der Beschwerdeführer Anspruch darauf hat, dass sein Gesuch von der zuständigen kantonalen Behörde behandelt wird und sich nicht damit begnügen muss, dass es von einem erklärtermassen unzuständigen Gericht als unbegründet bezeichnet wird. Da es primär Sache der mit ihrem Verfahrensrecht besser als das Bundesgericht vertrauten kantonalen Behörden ist, über ihre Zuständigkeiten zu befinden und allfällige (negative) Kompetenzkonflikte zu lösen, führt dies ohne Weiteres zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids und zur Rückweisung der Sache an die Vorinstanz.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Hingegen hat der unterliegende Kanton Zürich dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid der Präsidentin der Anklagekammer vom 11. Februar 2010 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksgericht Zürich, und dem Obergericht des Kantons Zürich, Präsidentin der Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi