Fatti:
A. L'11 agosto 2005 una banca con sede a Lugano ha segnalato al Ministero pubblico del Cantone Ticino sospetti di reato in relazione con attività ed operazioni finanziarie svolte da F._, D._Ltd e A._SA. Assunte le informazioni preliminari, il Procuratore pubblico (PP) ha decretato il 7 dicembre 2005 il non luogo a procedere.
B. Su segnalazione della Commissione Nazionale (italiana) per le Società e la Borsa (Consob), la Commissione federale delle banche (CFB) ha avviato un procedimento contro la persona e le società citate, ordinando, con decisione superprovvisionale del 23 maggio 2006, il blocco dei loro averi e nominando due incaricati dell'inchiesta giusta l'art. 23quater della legge federale sulle banche e le casse di risparmio (Legge sulle banche [LBCR]; RS 952.0). Con un'ulteriore decisione superprovvisionale del 7 giugno 2006, i provvedimenti sono stati estesi ad ulteriori società coinvolte, tra le quali G._SA.
C. Nel mese di luglio 2006 la CFB ha comunicato i propri accertamenti al PP, che ha aperto un ulteriore procedimento penale contro F._ e altre persone, disponendo altresì, il 26 luglio 2006, il sequestro degli averi depositati sulle relazioni intestate a G._SA. Con decisione del 23 agosto 2006, la CFB ha accertato la violazione della legge sulle banche e l'improbabilità di un risanamento, dichiarando il fallimento di G._SA e delle altre società coinvolte e ordinandone la liquidazione.
D. Con istanza del 21 febbraio 2007 la CFB, in rappresentanza della G._SA, ha chiesto al PP di revocare il sequestro di due conti correnti postali intestati alla società, il primo con un saldo attivo di fr. 650'981.15 e il secondo con un saldo di EUR 0.--. Secondo l'istante, in sostanza il provvedimento non sarebbe più giustificato in seguito alla dichiarazione del fallimento. Con decisione del 16 marzo 2007 il PP ha accolto l'istanza di dissequestro limitatamente al conto con un saldo di EUR 0.-- e non l'ha ammessa per il resto. Il Giudice dell'istruzione e dell'arresto ha sostanzialmente respinto, con decisione del 19 giugno 2007, un reclamo presentato della CFB contro il rifiuto del PP di dissequestrare il conto corrente con saldo attivo.
E. Adita dalla reclamante, la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ne ha respinto il ricorso con sentenza del 4 febbraio 2008. Ha ammesso l'esistenza di seri indizi di reato ed ha ritenuto attendibile e fondata la provenienza illecita dei fondi sequestrati.
F. La G._SA, rappresentata dalla CFB, impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di accogliere l'istanza di dissequestro. Fa valere la violazione della garanzia della proprietà e l'applicazione arbitraria degli art. 70 e 71 CP. Reputa inoltre il provvedimento del sequestro lesivo del principio della proporzionalità in considerazione dell'apertura della procedura fallimentare e del tempo trascorso dall'inizio dell'inchiesta.
G. La Corte cantonale e il Procuratore pubblico si rimettono al giudizio del Tribunale federale. Il Giudice dell'istruzione e dell'arresto chiede la conferma della sua decisione e di quella impugnata.

Diritto:
1. 1.1 La sentenza impugnata, che conferma sostanzialmente il sequestro ordinato dal PP, è una decisione resa in materia penale secondo l'art. 78 cpv. 1 LTF ed è quindi di principio impugnabile con un ricorso in materia penale. Essa non pone fine al procedimento penale e non è stata pronunciata nel contesto di una procedura specifica di cui potrebbe rappresentare la conclusione. Di massima, costituisce quindi una decisione incidentale, che può essere impugnata se può causare un pregiudizio irreparabile (cfr. art. 93 cpv. 1 lett. a LTF). Al riguardo, il Tribunale federale ha già ammesso che da una misura cautelare quale il sequestro o, come in concreto, il rifiuto di revocarlo, scaturisce un danno da considerarsi irreparabile per l'interessato, visto ch'egli viene privato della possibilità di disporre liberamente dei suoi beni per la durata del provvedimento (<ref-ruling> consid. 1 e riferimenti; sentenza 6B_218/2007 del 23 agosto 2007, consid. 2.4). In tale circostanza, la ricorrente, quale massa fallimentare rappresentata dal liquidatore agente secondo le disposizioni della LBCR, che ha partecipato alla procedura dinanzi all'autorità inferiore (art. 81 cpv. 1 lett. a LTF) ha quindi un interesse giuridicamente protetto all'annullamento della decisione impugnata (art. 81 cpv. 1 lett. b LTF) ed è legittimata a ricorrere (cfr. <ref-ruling> consid. 1.3; sentenza 1B_54/2007 del 17 luglio 2007, consid. 1). Tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione di ultima istanza cantonale (art. 284 cpv. 1 lett. a CPP/TI in relazione con l'art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia penale è di principio ammissibile (cfr. sentenze 1B_157/2007 del 25 ottobre 2007, consid. 1-1.2 e 1B_54/2007 citata, consid. 1).
Il Tribunale federale ha invero avuto modo di stabilire che una decisione di parziale dissuggellamento di dati elettronici sequestrati presso un terzo non accusato concludeva nei suoi confronti la procedura e costituiva quindi, per il detentore, una decisione parziale, ossia con effetti di carattere finale (cfr. sentenza 1B_206/2007 del 7 gennaio 2008, consid. 3). La questione non deve tuttavia essere ulteriormente approfondita essendo il gravame comunque ammissibile anche sotto questo profilo.
1.2 Trattandosi di un ricorso diretto contro una decisione in materia di misure cautelari, giusta l'art. 98 LTF la ricorrente può fare valere soltanto la violazione di diritti costituzionali. La censura di violazione della garanzia della proprietà (art. 26 cpv. 1 Cost.) è quindi proponibile. Per contro, laddove è invocata la violazione degli art. 70 e 71 CP, la censura si confonde con la pretesa lesione del divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost.) e deve essere motivata secondo le esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF, in modo corrispondente alla prassi in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4.2 e 1.4.3). La ricorrente non può quindi limitarsi a prospettare una soluzione diversa, eventualmente sostenibile o addirittura preferibile, ma deve addurre per quali ragioni il giudizio impugnato sarebbe manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesivo di una norma o di un chiaro principio giuridico o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità (cfr., sulla nozione di arbitrio, <ref-ruling> consid. 2.1, 57 consid. 2, 129 I 8 consid. 2.1, 128 I 273 consid. 2.1 e rinvii). Ciò vale, in particolare, anche riguardo all'accertamento dei fatti, ritenuto che il Tribunale federale statuisce sulla base dei fatti accertati dall'autorità precedente (cfr. art. 105 cpv. 1 LTF), che sono quindi di principio vincolanti a meno che siano inficiati da lacune o errori manifesti o siano stati accertati in modo arbitrario (art. 97 cpv. 1 e art. 105 cpv. 2 LTF).
2. 2.1 La ricorrente adduce che, mancando le tracce documentali ("paper trail") relative ai trasferimenti degli averi fino all'origine del reato, la confisca non sarebbe possibile e il mantenimento del sequestro non sarebbe quindi più giustificato.
2.2 Secondo l'art. 161 cpv. 1 CPP/TI, il magistrato deve ordinare il sequestro di tutti gli oggetti che possono avere importanza per l'istruzione del processo come mezzi di prova oppure che possono essere confiscati o devoluti allo Stato. Sono da sequestrare segnatamente gli oggetti, il denaro o altri valori di cui l'indiziato o accusato è entrato in possesso con il reato o il relativo ricavo (cpv. 2 lett. a), come pure gli oggetti e i valori presumibilmente soggetti alla confisca o alla devoluzione allo Stato giusta gli art. 69-72 CP (cpv. 2 lett. b). Il sequestro costituisce un'ingerenza nella garanzia della proprietà (art. 26 Cost.) e deve quindi fondarsi su una base legale, essere giustificato dall'interesse pubblico e rispettare il principio di proporzionalità (art. 36 cpv. 1 a 3 Cost.; <ref-ruling> consid. 3.1.3, 120 Ia 120 consid. 1b).
Giusta l'art. 70 CP il giudice ordina la confisca dei valori patrimoniali che costituiscono il prodotto di un reato o erano destinati a determinare o a ricompensare l'autore di un reato, a meno che debbano essere restituiti alla persona lesa allo scopo di ripristinare la situazione legale (cpv. 1). La confisca non può essere ordinata se un terzo ha acquisito i valori patrimoniali ignorando i fatti che l'avrebbero giustificata, nella misura in cui abbia fornito una controprestazione adeguata o la confisca costituisca nei suoi confronti una misura eccessivamente severa (cpv. 2). Secondo l'art. 71 cpv. 1 CP, se i valori patrimoniali sottostanti alla confisca non sono più reperibili, il giudice ordina in favore dello Stato un risarcimento equivalente; nei confronti di terzi, tuttavia, il risarcimento può essere ordinato soltanto per quanto non sia escluso giusta l'art. 70 cpv. 2 CP. Ai sensi dell'art. 71 cpv. 3 CP, in vista dell'esecuzione del risarcimento, l'autorità inquirente può sottoporre a sequestro valori patrimoniali dell'interessato. Il sequestro non fonda alcuna pretesa privilegiata in favore dello Stato nell'ambito dell'esecuzione forzata.
2.3 Il sequestro confiscatorio, ordinato dal PP essenzialmente in applicazione dell'art. 161 CPP/TI, è una misura provvisionale da prendere rapidamente, destinata a permettere l'esecuzione di una misura di confisca che potrebbe essere pronunciata dal giudice di merito in applicazione degli art. 69 segg. CP. Il sequestro non anticipa la decisione sulla confisca e non pregiudica i rapporti di proprietà sui valori patrimoniali interessati (<ref-ruling> consid. 1c, 120 IV 365 consid. 1c). Di principio soggiacciono alla confisca tutti i vantaggi economici che possano essere calcolati e che siano stati conseguiti direttamente o indirettamente mediante il reato (<ref-ruling> consid. 1d). Il fallimento aperto nei confronti del beneficiario del provento di reato o di suoi surrogati non si oppone a un sequestro confiscatorio, se tali valori siano ancora chiaramente determinabili all'interno della massa fallimentare. Solo in mancanza della possibilità di un'identificazione è escluso, dopo l'apertura del fallimento, un sequestro di valori patrimoniali appartenenti alla massa fallimentare destinato ad assicurare un risarcimento compensativo (<ref-ruling> consid. 3d/dd e 3e).
2.4 La ricorrente non lamenta un'applicazione arbitraria dell'art. 161 CPP/TI, ma sostiene essenzialmente che non sarebbero dati i presupposti per un'eventuale confisca. Si confronta in particolare con alcuni importi all'origine della somma confluita per finire sul conto oggetto del sequestro, sostenendo al riguardo che la provenienza dell'importo di fr. 59'331.25, derivante da due versamenti in contanti e dall'incasso di un assegno, sarebbe ancora ignota a distanza di due anni dell'avvio delle indagini. Un ulteriore importo corrispondente a EUR 327'424.57, proverrebbe da un conto della D._Ltd con riferimento al quale la traccia documentale non sarebbe più ricostruibile. Con questa argomentazione la ricorrente non sostanzia l'arbitrio negli accertamenti della CRP concernenti la ricostruzione della provenienza degli importi di fr. 500'000.-- (corrispondenti ai citati EUR 327'424.57) e di fr. 300'000.-- versati a H._SA prima del loro (parziale) trasferimento alla ricorrente. Essa disattende d'altra parte che sui conti della D._Ltd sono confluiti essenzialmente rilevanti importi raccolti da clienti in relazione a previsti investimenti in realtà non effettuati, sicché non è per il momento possibile escludere che anche l'importo di EUR 327'424.57, proveniente appunto da D._Ltd, vada fatto risalire (perlomeno in parte) all'attività illecita oggetto dell'inchiesta. Questa Corte ha peraltro confermato il provvedimento cautelare nell'ambito delle cause connesse 1B_66/2008 e 1B_67/2008 con riferimento ai conti della D._Ltd e di tutte le altre società coinvolte (cfr. decisione del 16 giugno 2008 nelle cause citate). Quanto alla somma di fr. 59'331.25, la CRP ha riconosciuto che allo stadio attuale dell'inchiesta, essa non era attribuibile a clienti della G._SA. Senza abusare del suo potere di apprezzamento ha nondimeno ritenuto, considerati le modalità dei versamenti (per contanti e mediante l'incasso di un assegno) e l'analogo modo di operare di F._ nel contesto delle altre società, che pure tale somma poteva essere di provenienza illecita, la questione dovendo ancora essere approfondita nel seguito dell'inchiesta. Come si è visto, la procedura del sequestro verte infatti unicamente su un provvedimento processuale di natura cautelare e non riguarda ancora una confisca definitiva secondo l'art. 70 CP, i cui requisiti non devono quindi essere esaminati nel dettaglio in questa fase processuale (cfr. art. 350 CPP/TI; sentenza 1P.467/1998 del 22 dicembre 1998, consid. 3 e 5, parzialmente pubblicata in: RDAT I-1999, n. 57, pag. 202 segg.). All'autorità incaricata del sequestro non spetta pertanto risolvere questioni giuridiche complesse, pronunciare misure definitive e determinare i diritti di terzi sui beni colpiti (<ref-ruling> consid. 4, 122 IV 91 consid. 4, 120 IV 365 consid. 1c, 103 Ia 8 consid. 1c).
2.5 La ricorrente nega l'esistenza di indizi di reato con riferimento alle operazioni svolte sul suo conto, che non sarebbe stato utilizzato per finanziare le altre società, segnatamente la A._SA. Ritiene irrilevanti, ai fini dell'esame della sua specifica situazione, le malversazioni sulle relazioni delle altre società da parte del principale accusato, che sarebbe per contro stato intenzionato a rimborsare mediante gli investimenti previsti il prestito obbligazionario di G._SA. Sostiene, che una deduzione contraria violerebbe il principio "in dubio pro reo" e che non spetterebbe all'autorità penale esaminare se gli indagati fossero in grado di rimborsare il prestito agli investitori.
Nell'ambito della procedura del sequestro non occorre anticipare l'esame di merito mediante un'esauriente ponderazione delle circostanze a carico o a discolpa degli accusati e intraprendere una valutazione completa dei mezzi probatori. Basta invece che l'Autorità cantonale possa ammettere con motivi sostenibili l'esistenza di sufficienti, concreti indizi di reato (<ref-ruling> consid. 4). Ora, la CRP ha puntualmente addotto le ragioni per cui i fondi raccolti dagli investitori nel contesto di G._SA risultavano di provenienza illecita (cfr. sentenza impugnata, consid. 9). Ha segnatamente addotto che il capitale azionario della ricorrente, di fr. 1'000'0000.--, era liberato soltanto nella misura del 20 %, facendo capo a fondi distratti da un'altra società e dai suoi investitori, e che per la parte rimanente non poteva essere liberato, in mancanza di capitali propri di F._, se non eventualmente con ulteriori malversazioni. La G._SA nasceva come scatola vuota, destinata a raccogliere liquidità presso ignari clienti emettendo "obbligazioni" sulla base di indicazioni almeno in parte inveritiere. Essa risultava pure indebitata, essendosi riconosciuta debitrice di fr. 550'000.-- nei confronti di F._, in relazione alla cessione di un diritto di compera poi non esercitato. La Corte cantonale ha inoltre accertato che i promotori finanziari competenti per la vendita delle "obbligazioni" della ricorrente non sapevano se alla scadenza la società fosse stata in grado di adempiere gli impegni presi. La CRP si è pure riferita all'operazione immobiliare perseguita dalla ricorrente ed oggetto del citato diritto di compera, manifestando al riguardo perplessità per il tasso di interesse prospettato agli investitori, almeno doppio rispetto a quello ipotecario corrente, e ravvisando contraddizioni nelle spiegazioni addotte al proposito da F._ (cfr. sentenza impugnata, consid. 9.4). Ora, la ricorrente non dimostra l'arbitrio di questi accertamenti e delle relative deduzioni da parte della Corte cantonale, ma presenta censure generali riguardanti essenzialmente la colpevolezza dell'accusato principale, che sarà tuttavia oggetto, se del caso, di un giudizio di merito. È comunque in modo senz'altro sostenibile che la CRP poteva, sulla base della fattispecie esposta, ammettere l'esistenza di sufficienti indizi di reato.
2.6 La ricorrente critica poi il calcolo della CRP riguardo alla proporzione tra i beni provenienti dagli obbligazionisti, qualora fossero considerati di origine lecita, e quelli d'altra fonte, di origine illecita. La censura, generica, non deve essere vagliata oltre, trattandosi in concreto di un calcolo eseguito dalla Corte cantonale soltanto nell'ipotesi in cui si volesse considerare come di origine lecita l'importo di fr. 119'398.05 versato alla ricorrente dai clienti obbligazionisti (cfr. decisione impugnata, consid. 8.5). In realtà, la CRP ha ritenuto che anche il denaro degli investitori, probabilmente vittime di truffa o di amministrazione infedele, dovesse essere considerato provento di reato (cfr. decisione impugnata, consid. 9). La ricorrente era quindi tenuta a dimostrare che pure questa motivazione violerebbe il diritto (<ref-ruling> consid. 6.3).
2.7 Poiché nelle esposte circostanze e in questa fase del procedimento la probabilità di una confisca dei valori patrimoniali depositati sul conto della ricorrente non può essere esclusa, il mantenimento della misura provvisionale risulta giustificato. Nemmeno l'apertura del fallimento nei confronti della ricorrente (art. 33 segg. LBCR), del resto successiva al provvedimento ordinato dal PP, osta al sequestro. Come visto, un simile provvedimento può infatti colpire anche valori patrimoniali di una massa fallimentare nella misura in cui siano destinati a garantire la confisca di valori originali o surrogati connessi con il reato (<ref-ruling> consid. 3d/dd). Pur tenendo conto del tempo trascorso, il fatto che il provvedimento cautelare litigioso possa comportare un prolungamento della liquidazione del fallimento non comporta la violazione del principio della proporzionalità. Spetterà comunque al magistrato inquirente, sulla base delle risultanze che saranno acquisite nel prosieguo dell'inchiesta, verificare ulteriormente se permanga la probabilità di una confisca e se si giustifichi quindi il mantenimento del sequestro, eventualmente in misura parziale (<ref-ruling> consid. 3.1.3).
3. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere respinto. Vista la natura della controversia, si giustifica di non prelevare spese processuali (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione alla rappresentante della ricorrente, al Ministero pubblico, al Giudice dell'istruzione e dell'arresto e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.