Faits:
A. H._ a travaillé pour l'entreprise X._ Sàrl du 1er juillet 2004 au 31 mars 2007. Son épouse en est associée-gérante, avec signature individuelle, et détient une part sociale de 19'000 fr. Sa fille est par ailleurs associée, avec une part sociale de 1'000 fr. Le siège de la société est à l'adresse privée du couple.
Le 19 avril 2007, H._ s'est annoncé comme demandeur d'emploi à l'Office de l'emploi du canton de Genève. Il a par la suite présenté une demande d'indemnités journalières de chômage, en indiquant avoir été licencié pour des raisons de restructuration de X._ Sàrl; ni son épouse ni lui-même n'avaient de participation financière dans la société. Il a produit à l'appui de sa demande une attestation de X._ Sàrl confirmant son activité salariée, pour un montant de 2'000 fr. par mois, en qualité de responsable d'une épicerie. La société a également attesté que ni l'assuré, ni son épouse, n'avaient de participation financière à l'entreprise.
Après consultation du registre du commerce, la Caisse cantonale genevoise de chômage (ci-après : la Caisse) a refusé l'octroi d'indemnités journalières de chômage à H._, au motif que la perte d'emploi n'était pas suffisamment contrôlable, en raison de l'activité dirigeante exercée par son épouse au sein de X._ Sàrl (décision du 18 juin 2007). La Caisse a maintenu son refus de prester par décision sur opposition du 22 octobre 2007, en considérant que X._ Sàrl pouvait reprendre à tout moment son activité dans l'un des domaines constituant son but commercial, à savoir toute «activité dans le domaine de l'épicerie et la vente de produits alimentaires et de boissons alcoolisées ou autres».
B. H._ a recouru contre cette dernière décision, en exposant que l'épicerie exploitée par X._ Sàrl à la rue Y._, à Z._, avait définitivement fermé le 31 mars 2007 et que le contrat de bail des locaux commerciaux avait été résilié.
Par jugement du 15 mai 2008, le Tribunal des assurances sociales du canton de Genève a annulé la décision sur opposition du 22 octobre 2007 et renvoyé la cause à la Caisse pour qu'elle alloue les indemnités journalières demandées.
C. Le Secrétariat d'Etat à l'économie interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. A titre préalable, il a requis l'octroi de l'effet suspensif au recours. L'intimé a conclu au rejet du recours. La Caisse en a proposé l'admission.
Par ordonnance du 19 septembre 2008, le Tribunal fédéral a octroyé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Le litige porte sur le droit de l'intimé à des indemnités journalières de chômage, plus précisément sur le point de savoir s'il faut nier ce droit en raison de la fonction exercée par son épouse au sein de X._ Sàrl.
2. 2.1 Les travailleurs dont la durée normale du travail est réduite ou l'activité suspendue ont droit à l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail lorsqu'ils remplissent les conditions décrites aux lettres a à d de l'<ref-law>. Une réduction de l'horaire de travail peut consister non seulement en une réduction de la durée quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle du travail, mais aussi en une cessation d'activité pour une certaine période, sans résiliation des rapports de travail (<ref-ruling> consid. 7b/bb p. 237). N'ont pas droit à l'indemnité en question les travailleurs dont la réduction de l'horaire de travail ne peut pas être déterminée ou dont l'horaire n'est pas suffisamment contrôlable (<ref-law>), de même que les personnes qui fixent les décisions que prend l'employeur - ou peuvent les influencer considérablement -, en qualité d'associé, de membre d'un organe dirigeant de l'entreprise ou encore de détenteur d'une participation financière de l'entreprise; il en va de même des conjoints de ces personnes, qui sont occupés dans l'entreprise (art. 31 al. 3 let. b et c LACI).
2.2 La jurisprudence considère, par ailleurs, qu'un travailleur qui jouit d'une situation comparable à celle d'un employeur - ou son conjoint -, n'a pas droit à l'indemnité de chômage (<ref-law>) lorsque, bien que licencié formellement par une entreprise, il continue à fixer les décisions de l'employeur ou à influencer celles-ci de manière déterminante. Dans le cas contraire, en effet, on détournerait par le biais des dispositions sur l'indemnité de chômage la réglementation en matière d'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail, en particulier l'art. 31 al. 3 let. c LACI. Dans ce sens il existe un étroit parallélisme entre le droit à l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail et le droit à l'indemnité journalière de chômage (<ref-ruling> cité).
3. 3.1 En l'occurrence, l'épouse de l'intimé détient l'essentiel des parts sociales de X._ Sàrl, dont elle est associée-gérante. L'intimé se trouve donc, par son intermédiaire, en position d'influencer de manière déterminante les décisions de son dernier employeur, de sorte qu'il ne peut en principe pas prétendre d'indemnités journalières de chômage. Les premiers juges ont toutefois constaté que l'épicerie exploitée par X._ Sàrl avait été fermée et le bail commercial résilié. On pouvait donc considérer que l'assuré avait définitivement quitté l'entreprise en raison de la fermeture de celle-ci. Une reprise de son activité et son réengagement par X._ Sàrl impliquerait la constitution d'un stock et la location de locaux, ce qui nécessiterait un certain délai. Il n'y avait donc pas, dans le cas particulier, de difficulté à contrôler le chômage de l'assuré et le risque concret d'abus n'était pas suffisant pour nier le droit aux prestations.
3.2 Lorsque le salarié qui se trouve dans une position assimilable à celle d'un employeur quitte définitivement l'entreprise en raison de la fermeture de celle-ci, il n'y a pas de risque que les conditions posées par l'art. 31 al. 3 let. c LACI soient contournées. Il en va de même si l'entreprise continue d'exister, mais que l'assuré rompt définitivement tout lien avec elle après la résiliation des rapports de travail. Dans un cas comme dans l'autre, il peut en principe prétendre des indemnités journalières de chômage. Toutefois, la jurisprudence est stricte; elle exclut de considérer qu'un assuré a définitivement quitté son ancienne entreprise en raison de la fermeture de celle-ci tant qu'elle n'est pas entrée en liquidation (cf. arrêts C 355/00 du 28 mars 2001, in DTA 2001 p. 218, et C 37/02 du 22 novembre 2002), voire, selon les circonstances, pendant la durée de la procédure de liquidation (arrêts C 180/06 du 16 avril 2007 consid. 3.4, in SVR 2007 AlV no 21 p. 69, C 267/04 du 3 avril 2006, in DTA 2007 p. 115, et C 373/00 du 19 mars 2002, in DTA 2002 p. 183). En l'occurrence, X._ Sàrl a, certes, cessé d'exploiter l'épicerie de la rue Z._, mais n'est pas inscrite « en liquidation » au registre du commerce. Une reprise de ses activités dans des délais relativement brefs n'est donc pas exclue et ne serait pas aisée à vérifier par la Caisse, malgré la nécessité de reconstituer un stock et de trouver de nouveau locaux, ou de reprendre une épicerie existant déjà. La jurisprudence exposée ci-avant exclut, dans un tel cas de figure, d'assimiler l'intéressé à un assuré qui aurait définitivement quitté l'entreprise qui l'employait, en raison de la fermeture de celle-ci.
4. L'intimé fait valoir que son droit à l'indemnité n'aurait pas été nié s'il avait vécu en concubinage avec l'associée-gérante de X._ Sàrl; il demande à être traité de la même manière que s'il n'avait pas été marié. La jurisprudence a toutefois déjà rejeté, dans un même contexte, le grief de violation du droit à l'égalité de traitement (arrêt C 193/04 du 7 décembre 2004 consid. 4, in DTA 2005 p. 130). Il convient par conséquent d'y renvoyer l'intimé.
5. Bien qu'il obtienne gain de cause, le recourant n'a pas droit aux dépens qu'il prétend. Il se justifie par ailleurs de renoncer à percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 1, deuxième phrase, LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision du Tribunal des assurances sociales du canton de Genève du 15 mai 2008 est annulée.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal des assurances sociales du canton de Genève.
Lucerne, le 21 janvier 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: Le Greffier:
Leuzinger Métral