Sachverhalt:
A. Am 11. April 2007 verweigerte die Baukommission Rüschlikon der X._ AG die Baubewilligung für zwei Plakatwerbeträger auf dem Grundstück Kat.-Nr. 4603 (neu 5587) beim Kreisel Wachtstrasse/Eggstrasse mangels genügender Einordnung im Sinn von § 238 Abs. 1 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG). Gleichzeitig eröffnete sie die Verweigerung der strassenverkehrsrechtlichen Bewilligung wegen Beeinträchtigung der Verkehrssicherheit, welche der Sicherheitsvorstand der Gemeinde am 15. März 2007 ausgesprochen hatte.
B. Gegen beide Verfügungen rekurrierte die X._ AG. Die Baurekurskommission II des Kantons Zürich vereinigte die Rekurse und hiess sie unter Aufhebung der Bewilligungsverweigerungen gut; die kommunalen Behörden wurden eingeladen, die Bewilligung zu erteilen, sofern das Bauvorhaben auch im Übrigen den einschlägigen Vorschriften entspreche.
C. Dagegen gelangte die Gemeinde Rüschlikon mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 13. Februar 2008 gut, soweit sie nicht wegen Gegenstandslosigkeit abgeschrieben wurde. Das Verwaltungsgericht hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und stellte die Bauverweigerung der Baukommission vom 11. April 2007 wieder her.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ AG am 25. März 2008 Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Plakatstellen bewilligungsfähig seien. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
E. Das Verwaltungsgericht und die Baukommission Rüschlikon beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Auch die Baurekurskommission schliesst auf Beschwerdeabweisung.
F. In zwei Repliken vom 30. Mai 2008 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>). Vorbehältlich genügend begründeter und zulässiger Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, die Baukommission habe die Bauverweigerung wegen mangelnder Einordnung der Plakatträger aus sachlich richtigen und unter ästhetischen Gesichtspunkten nachvollziehbaren Überlegungen verweigert. Die Baurekurskommission habe deshalb durch die Aufhebung der Bauverweigerung unzulässigerweise in den Beurteilungsspielraum der Gemeinde eingegriffen. Erweise sich somit die Bauverweigerung gestützt auf § 238 Abs. 1 PBG als gerechtfertigt, könne offen bleiben, ob die Bewilligung auch aus Gründen der Verkehrssicherheit hätte verweigert werden dürfen.
Offen liess das Verwaltungsgericht auch, ob am geplanten Standort, der gemäss der Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Rüschlikon vom 22. Juni 2000 nicht in einer Bauzone, sondern in einem Strassen- und Waldgebiet liege, überhaupt eine Reklameanlage bewilligt werden dürfe.
3. Die Beschwerdeführerin rügt, die Abweisung des Baugesuchs beruhe auf einer willkürlichen Anwendung von § 238 Abs. 1 PBG (<ref-law>) und verletze ihre Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>).
3.1 Die Nichtbewilligung der beantragten Plakatstellen berührt die Beschwerdeführerin als Plakatgesellschaft in ihrer Wirtschaftsfreiheit. Diese kann unter den in <ref-law> genannten Voraussetzungen eingeschränkt werden. Handelt es sich - wie im vorliegenden Fall - um einen leichten Eingriff, so genügt als gesetzliche Grundlage ein Gesetz im materiellen Sinn oder eine Generalklausel (<ref-ruling> E. 4 S. 339), deren Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft (<ref-ruling> E. 14.2 S. 362). Im Folgenden ist daher zu prüfen, ob § 238 PBG im angefochtenen Entscheid willkürlich angewendet wurde.
3.2 Das Verwaltungsgericht folgte der Argumentation der städtischen Baukommission. Diese hatte zur Begründung der Bauabweisung ausgeführt, beim nordwestlich an den Kreisel anstossenden Wald handle es sich um ein durchwegs intaktes Naherholungsgebiet. Die zwei Plakatstellen sollten direkt vor diesem "Waldeingang" errichtet werden. Die Werbeanlagen bildeten an dieser exponierten Lage einen dominanten Blickfang und einen Fremdkörper in Bezug auf das grüne Landschaftsbild. Die Werbeträger stünden solitär und domininerten in ihrer Erscheinung ein ganzes Erholungsgebiet. Zudem habe die Gemeinde Rüschlikon den Kreisel mit aufwändigen und kostspieligen Massnahmen grün gestaltet und aufgewertet. Es sei deshalb für einen neutralen Beobachter schwer verständlich, wenn vor Waldgebieten Plakatwerbeträger errichtet würden.
3.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass die Plakatwerbeträger direkt am Waldeingang zu stehen kommen: Die Parzelle 5587 diene keineswegs als Waldeingang; vielmehr seien die Bäume offensichtlich zur Verschönerung der Strassen und der Kreuzung Wachtstrasse/Eggstrasse bestimmt. Das Naherholungsgebiet und damit der Wald begönnen erst hinter diesem Stück Land, das durch ein Strässchen abgetrennt sei.
Der fragliche Landstreifen ist mit Bäumen bestanden; er bildet insofern den Übergang zwischen dem begrünten Kreisel und dem angrenzenden Wald und erscheint, vom Verkehrskreisel aus gesehen, optisch als Waldrand, wie die in den Bauakten liegenden Fotos und die Aufnahmen vom Augenschein belegen. Die Plakatträger sollen am Rande des Fussgängerweges erstellt werden, der zum Naherholungsgebiet führt; auch insofern erscheint die Qualifikation als "Waldeingang" nicht willkürlich. Jedenfalls aber gehört der Wald zur landschaftlichen Umgebung der zu beurteilenden Plakatträger. Er ist daher nach § 238 Abs. 1 PBG zu berücksichtigen, gleichgültig, ob er schon auf der Bauparzelle beginnt oder erst jenseits des Strässchens. Insofern ist der Einwand der Beschwerdeführerin nicht geeignet, eine willkürliche Anwendung von § 238 Abs. 1 PBG zu belegen.
3.4 Die Beschwerdeführerin rügt auch die Begründung als willkürlich, wonach ein neutraler Beobachter nicht verstehen könne, weshalb vor Waldgebieten solche Plakatstellen errichtet würden, wenn Kreisel mit aufwändigen und kostspieligen Massnahmen grün gestaltet und aufgewertet worden seien: Der neutrale und damit objektive Beobachter sei kaum geneigt, Wald mit Kreiseln zu vergleichen.
Aus dem Zusammenhang ergibt sich jedoch, dass nicht irgend ein Waldstück gemeint ist, sondern dasjenige am Kreisel Wachtstrasse/ Eggstrasse, den die Gemeinde mit grossem Aufwand gestaltet und begrünt hat. Für einen neutralen Beobachter kann es durchaus als Widerspruch empfunden werden, wenn die Stadt viel Geld für die Begrünung eines Kreisels ausgibt, damit sich dieser möglichst gut in die vom Wald geprägte Landschaft einpasst, und anschliessend die Aufstellung grossflächiger Plakatstellen bewilligt, die als Fremdkörper in Bezug auf das grüne Landschaftsbild in Erscheinung treten.
3.5 Nach dem Gesagten liegt weder eine Verletzung des Willkürverbots noch der Wirtschaftsfreiheit vor.
4. Weiter rügt die Beschwerdeführerin, das Verwaltungsgericht habe eigene Ermessensüberlegungen angestellt, obwohl es nur die Rechtsfrage zu beantworten hatte, ob die Baurekurskommission willkürlich in den Beurteilungsspielraum der Baukommission eingegriffen habe. Das Verwaltungsgericht habe somit seine Kognition überschritten. Insbesondere habe es eigene Überlegungen zum Waldrand als landschaftliche Umgebung und zur Zonenzugehörigkeit des Standorts gemacht. Das Verwaltungsgericht habe sich mit den Argumenten der Baurekurskommission nicht auseinandergesetzt, sondern diese summarisch als offenkundig nicht geeignet und nicht nachvollziehbar bezeichnet. Dies sei umso stossender, als das Verwaltungsgericht - im Gegensatz zur Baurekurskommission - keinen Augenschein durchgeführt, sondern sich lediglich auf die Akten gestützt habe.
4.1 Nach ständiger Praxis der Zürcher Baurekurskommissionen und des Verwaltungsgerichts steht der kommunalen Baubehörde bei der Anwendung von § 238 PBG ein besonderer Ermessensspielraum zu, der im Rechtsmittelverfahren zu beachten ist. Trotz ihrer grundsätzlich umfassenden Kognition hat sich die Baurekurskommission deshalb bei der Überprüfung solcher Entscheide Zurückhaltung aufzuerlegen: Ist der Einordnungsentscheid einer kommunalen Baubehörde nachvollziehbar, das heisst, beruht er auf einer vertretbaren Würdigung der massgebenden Sachumstände, so hat die Baurekurskommission diesen zu respektieren und darf das Ermessen der kommunalen Behörde nicht durch ihr eigenes ersetzen (Entscheid 1P.678/2004 vom 21. Juni 2005 E. 3, publ. in ZBl 107/2006 S. 430; vgl. auch Entscheid 1C_19/2008 vom 27. Mai 2008 E. 5.3, der ebenfalls die Parteien des vorliegenden Verfahrens betraf).
Das Verwaltungsgericht ist seinerseits auf eine Sachverhalts- und Rechtskontrolle beschränkt (§§ 50 f. des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 [VRG]). Dazu gehörte im vorliegenden Fall auch die Prüfung der Frage, ob die Rekursinstanz unzulässigerweise in den Beurteilungsspielraum der Gemeindebehörde eingegriffen hatte. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kann es diese Rechtsfrage frei prüfen und ist insofern nicht auf eine Willkürprüfung beschränkt.
4.2 Das Verwaltungsgericht prüfte, ob die Begründung der kommunalen Baukommission aufgrund der Akten als sachlich richtig und unter ästhetischen Gesichtspunkten als nachvollziehbar erscheine. Es bejahte dies und hob deshalb den Rekursentscheid wegen Verletzung der Gemeindeautonomie auf. Zu dieser Prüfung war es nach dem eben Gesagten berechtigt und verpflichtet.
Das Verwaltungsgericht setzte sich - wenn auch summarisch - mit dem Argument der Baurekurskommission auseinander, wonach die Reklameanlage als Teil des Kreisels bzw. der Verkehrsanlage erscheine. Es erachtete diese Begründung als ungenügend, weil § 238 Abs. 1 PBG ausdrücklich die befriedigende Gesamtwirkung der Baute auch "in ihrem Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung" verlange, zu welcher der Waldrand offenkundig gehöre. Diese Begründung hält sich im Rahmen der - auf eine Rechtskontrolle beschränkten - Kognition des Verwaltungsgerichts und lässt keine Willkür erkennen.
Das Verwaltungsgericht liess die Frage offen, ob Plakatstellen an der vorgesehenen Stelle, ausserhalb der Bauzone, überhaupt bewilligungsfähig seien. Die Zonenkonformität ist eine Rechtsfrage, die vom Verwaltungsgericht von Amtes geprüft werden kann (Kölz/Bosshart/ Röhl, VRG-Kommentar, 2. Aufl., § 50 N 4). Im Übrigen war die Frage von der Gemeinde in ihrer Beschwerdeschrift an das Verwaltungsgericht aufgeworfen worden.
4.2.1 Nach dem Gesagten hat das Verwaltungsgericht keine eigenen Ermessensüberlegungen angestellt, sondern hat sich auf eine Rechtskontrolle beschränkt.
4.3 Die Beschwerdeführerin hatte im verwaltungsgerichtlichen Verfahren keinen Augenschein beantragt. Insofern stand es im Ermessen des Verwaltungsgerichts, ob es einen solchen durchführen wollte oder nicht. Angesichts der in den Akten liegenden Fotos und Pläne durfte es ohne Willkür davon ausgehen, dass ein Augenschein nicht erforderlich sei.
5. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots (<ref-law>), weil die Gemeinde Rüschlikon Plakatwerbeträger an vergleichbaren begrünten Kreiseln, auch entlang von Waldrändern, bewilligt habe.
Es ist bereits fraglich, ob auf diese Rüge eingetreten werden kann, weil die Beschwerdeführerin (vor Bundesgericht) erstmals in ihrer Replik auf das Vergleichsobjekt an der Eggstrasse verwiesen hat. Die Frage kann jedoch offen bleiben, weil sich die Rüge als unbegründet erweist.
Der Kreisel Eggstrasse/Spitteleggweg stösst zwar im Westen ebenfalls an ein Waldgebiet; auf der anderen Seiten befindet sich jedoch eine Autobahnbrücke und ein Gewerbegebiet, während im vorliegenden Fall der Kreisel am Ortseingang Rüschlikons liegt, in der Nähe eines Wohngebiets. Der Kreisel Eggstrasse/Spitteleggweg liegt innerhalb der Gewerbezone, während sich der vorliegend streitige Standort ausserhalb der Bauzone in einem Waldgebiet befindet. Insofern weisen beide Standorte wesentliche Unterschiede in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht auf, die eine unterschiedliche Behandlung rechtfertigen.
Im Übrigen könnte die Beschwerdeführerin aus einer allfällig rechtswidrigen Erteilung der Bewilligung für die Plakatstelle am Kreisel Eggstrasse/Spitteleggweg keinen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht ableiten
6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Die Gemeinde Rüschlikon, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>; vgl. zur Veröffentlichung bestimmter Entscheid 1C_82/2008 vom 28. Mai 2008 E. 7).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Rüschlikon, der Baurekurskommission II und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juli 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber