A.- Le 30 septembre 1999, la République fédérale du Nigeria (ci-après: la République fédérale) a annoncé à l'Office fédéral de la justice qu'elle envisageait de demander l'entraide judiciaire à la Suisse pour les besoins de l'enquête ouverte au Nigeria à l'encontre des parents et des proches de feu C._, Président de la République fédérale du 17 novembre 1993 à son décès le 8 juin 1998. Les personnes poursuivies le sont pour détournement de fonds publics.
B.- Le 28 octobre 1999, le Procureur général du canton de Genève, se fondant sur des communications faites en application de la LBA, a, dans le même complexe de faits, ordonné l'ouverture d'une information pénale des chefs d'organisation criminelle (art. 260ter CP) et de blanchiment d'argent (art. 305bis CP). Cette procédure a été désignée sous la rubrique P/12983/99.
Le 24 novembre 1999, la République fédérale a déposé auprès du Procureur général une plainte pénale notamment pour abus de confiance, escroquerie, extorsion, gestion déloyale, recel, participation à une organisation criminelle et blanchiment d'argent contre D._, épouse de C._, A._, fils de C._, E._, ancien conseiller de C._, ainsi que contre F._ et B._, hommes d'affaires et amis de C._. La République fédérale a demandé à pouvoir se constituer partie civile à la procédure. Le Procureur général a ordonné l'ouverture d'une information pénale. Cette procédure, désignée sous la rubrique P/14457/99, a été jointe à la procédure P/12983/99, le 29 novembre 1999.
Le 3 décembre 1999, le Juge d'instruction X._ a admis la République fédérale comme partie civile à la procédure P/12983/99, ainsi qu'aux procédures connexes, désignées par les rubriques P/4849/99, P/9146/99, P/10749/99, P/11890/99, P/12524/99, P/12824/99, P/12859/99, P/13340/99 et P/13808/99.
Le 22 décembre 1999, le Juge d'instruction a joint toutes les procédures connexes à la procédure principale P/12983/99.
Le 20 décembre 1999, la République fédérale a présenté à l'Office fédéral une demande formelle d'entraide judiciaire, pour les besoins de l'enquête conduite par la "Special Fraud Unit" de la police nigériane contre des parents et des proches de feu C._. Les faits évoqués dans la demande d'entraide sont identiques à ceux appuyant la plainte du 24 novembre 1999.
Le 20 janvier 2000, l'Office fédéral a rendu une décision d'entrée en matière et délégué l'exécution de la demande au Juge X._. Cette procédure a été désignée sous la rubrique CP/286/99.
Le 26 avril 2000, le Juge X._ a inculpé B._ de participation à une organisation criminelle, de blanchiment d'argent, d'escroquerie, de gestion déloyale, subsidiairement de gestion déloyale des intérêts publics, délits qui auraient été commis dans la gestion de la Banque centrale du Nigeria.
Du 22 au 27 mai 2000, le Juge X._ s'est rendu à Lagos. Il était accompagné, pendant ce séjour, de la Greffière Y._, des inspecteurs G._ et H._, de la brigade financière de la Sûreté genevoise, ainsi que de I._, analyste financier des juges d'instruction. Le 24 mai 2000, le Juge X._ a signifié à A._, détenu dans la prison de haute sécurité de Kirikiri à Lagos, son inculpation pour les mêmes charges et les mêmes faits que ceux retenus à l'encontre de B._. Selon le rapport établi le 6 juin 2000 par les inspecteurs H._ et G._, le Juge X._ a été invité, le matin du 23 mai 2000, à partager le petit déjeuner du Président de la République fédérale. Il a en outre eu l'occasion de s'entretenir avec plusieurs agents du gouvernement nigérian, chargés de l'affaire à l'origine de la procédure pénale, en présence des mandataires genevois de la République fédérale.
Le Juge X._ s'est rendu une deuxième fois au Nigeria, en septembre 2000, pour l'exécution d'une demande d'entraide adressée à la République fédérale. Des quittances figurant au dossier, il ressort que le Juge X._ a offert des couteaux de poche (dits "couteaux suisses"), ainsi que du chocolat, aux personnages officiels nigérians rencontrés lors de ce séjour. Une partie des frais du Juge X._ et de ses accompagnateurs ont été pris en charge par les autorités de la République fédérale.
A raison de ces faits, A._ a demandé la récusation du Juge X._. Il a fondé sa requête sur l'art. 91 LOJ gen. , qui prévoit notamment la récusation du juge lorsque celui-ci a conseillé une partie (let. a), manifesté intempestivement son avis (let. e), accepté un repas chez l'une des parties ou aux frais de celle-ci (let. f) ou reçu des présents de l'une des parties (let. g). Le fait que le Juge X._ ait offert des cadeaux aux autorités nigérianes tombait, selon A._, sous le coup de l'art. 92 LOJ gen. , à teneur duquel les tribunaux peuvent décider si d'autres causes sont assez graves pour justifier la récusation.
B._ a formé séparément une demande semblable.
Ultérieurement, A._ et B._ ont étendu conjointement leurs requêtes à la Greffière Y._, par identité de motifs.
Par deux décisions séparées du 7 février 2001, le Collège des Juges d'instruction a déclaré irrecevables les requêtes concernant le Juge X._, parce que tardives selon l'art. 97 let. a LOJ gen. , tout en relevant que, supposées recevables, les demandes auraient dû être admises au regard de l'art. 91 let. f LOJ gen.
Le 14 février 2001, le Juge X._ a fait part à la Présidente du Collège des Juges d'instruction de sa décision de se dessaisir des procédures P/12983/99 et CP/286/99, afin d'éviter des manoeuvres dilatoires et d'assurer la sérénité et la célérité de la procédure.
Le 19 février 2001, le Collège des Juges d'instruction a déclaré irrecevable la demande concernant la Greffière Y._, sans autre remarque sur le fond.
Le 21 février 2001, A._ et B._ ont demandé au Juge X._ de se récuser spontanément selon l'art. 94 LOJ gen. , sur le vu de la décision du 7 février 2001.
Le 22 février 2001, la Présidente du Collège des Juges d'instruction a admis la demande présentée le 14 février 2001 par le Juge X._, conformément à l'art. 47 al. 2 LOJ gen. Après avoir elle-même repris temporairement la charge d'instruire la procédure, elle a confié cette mission au Juge d'instruction Z._, le 14 mars 2001.
C.- Les 16 et 29 mars 2001, agissant chacun séparément par la voie du recours de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler les décisions des 7 et 19 février 2001. A._ requiert en outre des mesures probatoires au sens de l'art. 95 OJ et la suspension de la cause concernant la Greffière Y._ jusqu'à droit connu sur celle concernant le Juge X._.
B._ prend en outre des conclusions tendant au renvoi de l'affaire au Collège des Juges d'instruction pour nouvelle décision au sens des considérants. Les recourants invoquent les art. 5 al. 3, 9 et 29 al. 2 Cst. , ainsi que les art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH.
Le Collège des Juges d'instruction conclut à l'irrecevabilité des recours concernant la récusation du Juge X._. Celui-ci conclut à l'irrecevabilité des recours le concernant, subsidiairement à leur rejet.
Invités à se déterminer à ce sujet, les recourants ont maintenu leurs conclusions.
Dans les causes concernant la récusation de la Greffière Y._, le Collège des Juges d'instruction se réfère à sa prise de position relative à la récusation du Juge X._. La Greffière Y._ a produit des observations.
D.- Par ordonnance du 3 mai 2001, le Président de la Ie Cour de droit public a rejeté la demande de suspension présentée par A._.
E.- Le Juge X._ a démissionné de la magistrature avec effet au 31 juillet 2001.

Considérant en droit :
1.- Il convient de joindre les quatre recours, dirigés contre des décisions séparées rendues par la même autorité dans le même complexe de faits, et de statuer par un seul arrêt (<ref-ruling> consid. 1 p. 394).
2.- Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2a p. 42; <ref-ruling> consid. 1 p. 83, 207 consid. 1 p. 209, 257 consid. 1a p. 258, et les arrêts cités). Il n'est pas lié par les conclusions des parties, ni par les moyens qu'elles ont - ou n'ont pas - fait valoir à ce sujet (<ref-ruling> consid. 1 p. 65, et les arrêts cités).
a) Malgré leur caractère incident, les décisions relatives à la récusation peuvent, pour des motifs d'économie de la procédure, être attaquées par la voie du recours de droit public sans qu'il soit nécessaire d'examiner si elles entraînent un dommage irréparable pour le justiciable (<ref-ruling> consid. 1b/bb p. 259/260).
b) Hormis des exceptions non réalisées en l'espèce, le recours de droit public n'a qu'un effet cassatoire (art. 90 al. 1 let. b OJ; <ref-ruling> consid. 2c in fine p. 5; <ref-ruling> consid. 1c p. 216/217; <ref-ruling> consid. 1b p. 536, et les arrêts cités). Les conclusions de B._ sont irrecevables dans la mesure où elles tendent au renvoi de la cause au Collège des Juges d'instruction pour nouvelle décision au sens des considérants.
c) Le recours de droit public exige un intérêt actuel et pratique à l'annulation de la décision attaquée, respectivement à l'examen des griefs soulevés (art. 88 OJ; <ref-ruling> consid. 2b p. 42; <ref-ruling> consid. 1a p. 166; <ref-ruling> consid. 3c p. 53, 488 consid. 1a p. 490 et les arrêts cités). L'intérêt au recours doit encore exister au moment où statue le Tribunal fédéral, lequel se prononce sur des questions concrètes et non théoriques (<ref-ruling> consid. 2b p. 42; <ref-ruling> consid. 4a p. 397; <ref-ruling> consid. 5b p. 97; <ref-ruling> consid. 1a p. 166; <ref-ruling> consid. 1a p. 490). Que les recourants se plaignent notamment, comme en l'espèce, d'un déni de justice formel, n'y change rien (ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 167). L'intérêt actuel nécessaire fait défaut en particulier lorsque l'acte de l'autorité a été exécuté ou est devenu sans objet (ATF <ref-ruling> consid. 5b p. 97; <ref-ruling> consid. 1a p. 166; <ref-ruling> consid. 1a p. 152/153; <ref-ruling>).
Il convient ici de distinguer les recours dirigés contre le Juge X._ de ceux ayant trait à la Greffière Y._.
aa) L'intérêt actuel et pratique au recours relatif à la récusation disparaît lorsque le juge d'instruction visé par la requête a clos la procédure préparatoire (arrêt non publié S. du 7 avril 2000, consid. 2a). Découle du droit à la récusation celui d'obtenir que toute décision ou tout acte de procédure susceptible d'influer sur la décision, pris par un juge d'instruction récusé, ou avec la participation d'un tel magistrat, soient écartés de la procédure (<ref-ruling> consid. 3a p. 16/17). Dans une affaire P. concernant la récusation d'un juge d'instruction genevois, le Tribunal fédéral avait laissé indécise, au regard de cette jurisprudence, la question de savoir si le recours formé contre le rejet de la demande de récusation d'un juge d'instruction, après que celui-ci ait transmis la procédure au Procureur général selon l'art. 185 CPP gen. (ordonnance dite de "soit-communiqué"), avait conservé son objet. Le Tribunal fédéral avait considéré que P. pourrait obtenir gain de cause par le truchement des recours cantonaux formés contre la décision de soit-communiqué; par économie de procédure, il avait néanmoins examiné le recours au fond, pour le rejeter (arrêt non publié P. du 5 octobre 1999). Dans la présente cause, la situation de fait est différente. Le Juge X._ s'est dessaisi de la procédure bien avant de la clore; le Juge Z._ a été désigné pour le remplacer; le Juge X._ a décidé de quitter la magistrature avec effet au 31 juillet 2001. Il suit de là que les recourants sont libres de proposer au Juge Z._ toutes les mesures qu'ils estimeraient nécessaires pour corriger les vices dont la procédure serait affectée en raison de la prévention supposée du Juge X._ à leur égard.
Pour le cas où leurs demandes seraient rejetées, les recourants disposeraient de la voie du recours à la Chambre d'accusation selon l'art. 190 CPP gen. Au demeurant, les recourants n'indiquent pas en quoi les motifs de récusation allégués auraient influé de quelque manière que ce soit sur une procédure qui a consisté, pour l'essentiel, à saisir des comptes et des documents bancaires et à procéder à des auditions (relativement peu nombreuses au demeurant) en relation avec la documentation recueillie. De même, en l'absence de norme cantonale réglant expressément ce point (contrairement à l'état de fait de l'<ref-ruling>), les recourants n'indiquent pas quels actes et décisions, susceptibles d'influer sur la décision finale, auraient dû être annulés ou refaits si le Juge X._ avait dû se récuser. Enfin, doit être écarté tout risque lié à une influence occulte que le Juge X._ pourrait exercer sur la procédure, en raison de ses rapports de collégialité avec le Juge Z._. Outre que cet argument se résume à un procès d'intention, il est annihilé par les faits. La procédure a pris une ampleur considérable.
Elle comprend plusieurs dizaines de classeurs rassemblant les documents saisis. Selon ce qu'indiquent les recourants eux-mêmes, plusieurs demandes d'entraide adressées à l'étranger sont en cours d'exécution. Il est ainsi vraisemblable que la procédure se prolongera au-delà du 31 juillet 2001, date à laquelle le Juge X._ aura quitté ses fonctions. Ainsi, contrairement à l'affaire P., aucun motif tiré de l'économie de la procédure ne commande d'entrer en matière sur les recours relatifs à la récusation du Juge X._.
bb) Les recours concernant la Greffière Y._ appellent une clarification préalable.
Dans le canton de Genève, suivant la tradition française, les greffiers sont des commis administratifs des juges; ils effectuent essentiellement des travaux d'archivage, tiennent les procès-verbaux et veillent à l'expédition des arrêts, ordonnances et décisions. Chaque juridiction est assistée d'un greffier en chef (art. 112 LOJ gen.), désigné comme "greffier de juridiction". Les greffiers ne disposent pas d'une formation juridique, à l'exception des greffiers-juristes, lesquels participent à l'élaboration des projets d'arrêts, assistent les juges dans leurs tâches juridictionnelles et, selon les cas, participent à la délibération du tribunal avec voix consultative. Si l'art. 101 let. d LOJ gen. prévoit que les règles relatives à la récusation des juges sont applicables aux greffiers des tribunaux, par analogie, il convient de souligner que lors de la révision partielle de la LOJ gen. , du 5 novembre 1993, le Grand Conseil s'est posé la question de savoir si la disposition relative à la récusation des greffiers devait être maintenue. Il a répondu par l'affirmative en raison, essentiellement, du développement du rôle des greffiers-juristes; il convenait dès lors que les greffiers restent récusables dans les mêmes conditions que les juges "lorsqu'ils sont amenés à exercer une activité juridictionnelle". En revanche, lorsque les greffiers sont subordonnés au juge, la récusation "ne devrait intervenir que dans des circonstances exceptionnelles" (Mémorial des séances du Grand Conseil, 1993, p. 7191 ss, 7203/7204).
En l'espèce, Y._, comme greffière en charge exclusivement de la gestion administrative du cabinet du Juge X._, n'exerce aucune activité juridictionnelle, même déléguée. On peut dès lors se poser la question de savoir si les dispositions relatives à la récusation des juges lui sont applicables par analogie ou s'il faut plutôt considérer, à la lumière des travaux préparatoires, que tel n'est pas le cas.
Il n'est cependant pas nécessaire de trancher ce point, non évoqué dans la procédure cantonale, car les recourants n'ont allégué aucun motif particulier de récusation à l'encontre de la Greffière Y._. Ils se sont contentés de lui adresser, par identité de motifs, les reproches soulevés à l'encontre du Juge X._, sans chercher à démontrer, de quelque manière que ce soit, en quoi et comment la Greffière Y._ aurait pu, par elle-même, influer sur le cours de la procédure dirigée exclusivement par le Juge X._ et sur laquelle elle n'avait aucun pouvoir de décision. Les recourants ne disposant pas d'un intérêt actuel et pratique à recourir contre les décisions concernant le Juge X._, selon ce qui vient d'être exposé, ils n'ont pas, à plus forte raison, un tel intérêt à remettre en cause, pour les mêmes motifs, les décisions ayant trait à la Greffière Y._.
Que celle-ci puisse continuer à participer à la procédure sous les ordres du Juge Z._ ne constitue pas un motif d'admettre que, pour ce qui la concerne, les recours auraient conservé un intérêt actuel et pratique. On pourrait même se demander s'il ne serait pas abusif, de la part des recourants, à vouloir s'opposer à ce que la Greffière Y._ prête son concours à la maîtrise administrative d'un dossier d'une ampleur particulière.
Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière.
d) Supposés recevables, les recours n'auraient pu porter que sur le point de savoir si le Collège des Juges d'instruction a violé la Constitution en déclarant les requêtes de récusation irrecevables, pour les motifs indiqués dans les décisions attaquées. Tout ce que les recourants évoquent au fond serait ainsi de toute manière hors de propos.
aa) Le Collège des Juges d'instruction a déclaré les requêtes irrecevables au regard de l'art. 97 let. a LOJ gen.
Cette disposition est libellée comme suit:
"Dans tous les cas, la demande est non recevable
s'il a été procédé devant le juge, postérieurement
à la connaissance acquise par les parties des faits
sur lesquels elles fondent la récusation".
En l'espèce, l'autorité cantonale a retenu que le rapport du 6 juin 2000, relatant les faits à raison desquels les récusations avaient été demandées, avait été mis dès le 14 juin 2000 à la disposition des recourants, autorisés à consulter sans entraves ni restrictions le dossier de la procédure.
Les demandes formées les 23 janvier et 1er février 2001 étaient tardives, partant irrecevables. Les recourants contestent cette appréciation, qu'ils tiennent pour arbitraire.
bb) Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; à cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3a p. 170; <ref-ruling> consid. 3a p. 15, 166 consid. 2a p. 168; <ref-ruling> consid. 4b p. 134, et les arrêts cités). Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre interprétation de la loi soit possible, ou même préférable (<ref-ruling> consid. 5 p. 250/251; <ref-ruling> consid. 3a p. 373; <ref-ruling> consid. 2a p. 499; <ref-ruling> consid. 3a p. 326/327).
cc) Les recourants, s'appuyant sur le texte légal, font valoir que le critère déterminant pour l'application de l'art. 97 let. a LOJ gen. , soit celui de la "connaissance acquise", doit être compris comme le moment à partir duquel la partie qui demande la récusation a effectivement eu connaissance des faits qu'elle invoque, et non pas celui à partir duquel elle aurait pu (ou dû) s'apercevoir du motif de récusation.
Cette conception, reposant sur une interprétation littérale restrictive de l'art. 97 let. a LOJ gen. , n'empêche toutefois pas que l'on puisse lire cette disposition comme le Collège des Juges d'instruction, dont l'interprétation répond en outre de manière optimale au but de la loi. Selon la jurisprudence en effet, le grief tiré de la prévention du juge doit être soulevé aussitôt que possible. Celui qui omet de dénoncer immédiatement un tel vice et laisse le procès se dérouler sans intervenir, agit contrairement à la bonne foi et voit se périmer son droit de se plaindre ultérieurement de la violation qu'il allègue (<ref-ruling> consid. 3c p. 253/254; <ref-ruling> consid. 3 p. 229; <ref-ruling> consid. 2c/aa p. 24; <ref-ruling> consid. 3a p. 284, et les arrêts cités). Le Collège des Juges d'instruction pouvait dès lors, sans arbitraire, opposer aux recourants leur passivité à réagir au rapport du 6 juin 2000. Les explications qu'ils donnent au sujet de la révélation tardive de l'existence d'une autre partie de la procédure contenant le rapport du 6 juin 2000, ne change rien au fait - non contredit - que cette pièce avait déjà été versée au dossier de la procédure, à un stade antérieur de celle-ci. Pour le surplus, le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de dire qu'un délai de quatre mois est excessif au regard de l'art. 97 let. a LOJ gen. (arrêt non publié W. du 15 mai 1987).
3.- Les recours sont ainsi irrecevables. Supposés recevables, ils auraient dû être rejetés, dans la mesure de leur recevabilité. Les frais en incombent aux recourants (art. 156 OJ). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 159 OJ). Eu égard à l'issue de la cause, la demande de mesures probatoires a perdu son objet.

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Joint les procédures 1P.215/2001, 1P.216/2001, 1P.242/2001 et 1P.243/2001.
2. Rejette les recours dans la mesure et en tant qu'ils sont recevables.
3. Met, pour l'ensemble des procédures, un émolument judiciaire de 4000 fr. à la charge de A._ et de 4000 fr. à la charge de B._.
4. Dit qu'il n'est pas alloué de dépens.
5. Communique le présent arrêt en copie aux parties et au Collège des juges d'instruction du canton de Genève.
_
Lausanne, le 21 mai 2001 ZIR/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président, Le Greffier,