Fatti:
A. Il 18 giugno 2003, il Consiglio comunale di X._ ha adottato il piano generale di smaltimento delle acque (PGS), autorizzando il Municipio a prelevare contributi di costruzione. Il PGS è stato approvato dal Dipartimento del territorio del Canton Ticino con risoluzione del 2 aprile 2004. Dopo di che, il Municipio di X._ ha dato avvio alla procedura per l'imposizione dei contributi provvisori di costruzione degli impianti di canalizzazione e di depurazione delle acque, in virtù dell'art. 96 segg. della legge ticinese del 2 aprile 1975 d'applicazione alla legge federale contro l'inquinamento delle acque dell'8 ottobre 1971 (LALIA; RL/TI 9.1.1.2).
B. A._SA è proprietaria della part. yyy di X._. Per questo mappale, il Municipio ha fissato l'ammontare dei contributi di costruzione a fr. 147'142.75.
Con decisione del 4 aprile 2006, l'esecutivo comunale ha respinto il reclamo interposto contro il prelievo. Tale atto è stato confermato dal Tribunale di espropriazione del Canton Ticino il 31 luglio 2009.
C. L'11 settembre 2009, la A._SA ha inoltrato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con il quale chiede l'annullamento della sentenza del 31 luglio 2009 e della precedente decisione su reclamo, in subordine seguito dal rinvio degli atti al Tribunale di espropriazione del Canton Ticino per nuova decisione.
Chiamato ad esprimersi, quest'ultimo si è riconfermato nei motivi del giudizio impugnato. Da parte sua, il Comune di X._ ha chiesto che il ricorso venga respinto.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3 con rinvii).
2. Diretto contro una decisione finale (<ref-law>), il ricorso concerne una causa di diritto pubblico che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>. Esso è inoltre stato presentato in tempo utile (<ref-law>) dalla destinataria della pronuncia contestata, la quale ha senz'altro un interesse degno di protezione al suo annullamento (<ref-law>).
La decisione impugnata, prolata dopo la scadenza del termine di cui all'<ref-law> (sentenza 2C_35/2009 del 13 febbraio 2009 consid. 1), è stata resa da un'autorità designata quale ultima istanza cantonale secondo norme cantonali autonome (art. 96 segg. LALIA; sentenza 2P.285/2006 del 21 marzo 2007 consid. 2.1). Non essendo espressamente riconosciuta una facoltà di ricorso in base al diritto federale (art. 86 cpv. 2 seconda frase LTF), per poter dichiarare di massima ammissibile l'impugnativa occorre quindi che questa autorità abbia carattere di tribunale superiore (art. 86 cpv. 2 prima frase LTF; sentenza 1C_154/2010 del 18 marzo 2010 consid. 2.1).
3. Il Tribunale federale si è già più volte confrontato con l'<ref-law> (cfr. in particolare <ref-ruling>; sentenze 2C_390/2009 del 14 gennaio 2010 e 2C_360/2009 del 23 giugno 2009), stabilendo quanto segue.
In ambito di diritto pubblico, entrano in considerazione quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale sia i tribunali cantonali amministrativi di ultima istanza, sia autorità giudiziarie specializzate indipendenti dall'amministrazione; una doppia possibilità di ricorso non è necessaria e neppure occorre che un unico tribunale sia competente per tutte le materie che in tale ambito rientrano.
Il riconoscimento del carattere "superiore" di un tribunale è subordinato al fatto che esso abbia giurisdizione su tutto il territorio cantonale e non sia sottoposto a nessun'altra autorità giudiziaria. In questo contesto, non è solo determinante che l'istanza giudiziaria in questione decida quale ultima istanza cantonale nell'ambito considerato, bensì che un ricorso ad un'istanza cantonale superiore contro una sua decisione sia escluso in tutti gli ambiti che le competono.
La questione a sapere se l'indipendenza gerarchica difetti già quando un'autorità giudiziaria specializzata è sottoposta alla vigilanza di un altro Tribunale cantonale è stata per contro lasciata aperta.
4. Nella fattispecie, l'art. 104 LALIA prescrive che le decisioni emesse su reclamo dai Municipi sono impugnabili davanti al Tribunale di espropriazione; in difetto di una norma specifica che lo preveda, il ricorso al Tribunale cantonale amministrativo non è invece dato (art. 60 cpv. 1 della legge cantonale di procedura per le cause amministrative del 19 aprile 1966 [LPamm; RL/TI 3.3.1.1]).
Ciò non vale però in ogni ambito di competenza del Tribunale di espropriazione. Segnatamente in base alla legge cantonale di espropriazione dell'8 marzo 1971 (LEspr; RL/TI 7.3.1.1) - che pure ne prevede l'organizzazione e il funzionamento e ne sottopone la vigilanza al Tribunale d'appello (art. 35 segg. e 68 LEspr) -, contro le sue decisioni in materia d'espropriazione la via del ricorso al Tribunale cantonale amministrativo è infatti aperta (<ref-law>).
Essendo concepito come tribunale che giudica quale ultima istanza cantonale solo in determinati settori di sua competenza (cfr. Messaggio del Consiglio di Stato n. 5994 del 13 novembre 2007 concernente la legge sulla revisione della giurisdizione amministrativa [p.to II] e Messaggio del Consiglio di Stato n. 4869 del 17 marzo 1999 concernente l'unificazione dei Tribunali di espropriazione [p.to I. 2]), il Tribunale di espropriazione non può quindi essere considerato un tribunale superiore ai sensi dell'<ref-law>.
5. Per quanto precede, il ricorso dev'essere dichiarato inammissibile e la causa inviata al Tribunale d'appello - della cui Sezione di diritto pubblico fa parte anche il Tribunale cantonale amministrativo -, quale istanza superiore di ricorso rispettivamente quale autorità di vigilanza del Tribunale di espropriazione medesimo. Esso, eventualmente in collaborazione con il Consiglio di Stato, dovrà prevedere una regolamentazione provvisoria, in attesa che venga proceduto agli adattamenti legislativi necessari. In questo contesto, una copia del presente giudizio viene inviata per conoscenza anche al Consiglio di Stato del Canton Ticino (<ref-ruling> consid. 6 pag. 102 seg.; sentenze 2C_390/2009 del 14 gennaio 2010 consid. 4 e 2C_360/2009 del 23 giugno 2009 consid. 2.3).
6. Non vengono prelevate spese (<ref-law>). Avendo il ricorrente concluso all'ammissibilità dell'impugnativa, neppure si assegnano ripetibili (<ref-law>; DTF 2C_99/2009 del 14 dicembre 2009 consid. 3).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. La causa è trasmessa al Tribunale d'appello del Canton Ticino, affinché se ne occupi ai sensi dei considerandi.
3. Non si prelevano spese e non si assegnano ripetibili.
4. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Comune di X._, al Tribunale di espropriazione, al Tribunale d'appello nonché al Consiglio di Stato del Canton Ticino.