Faits:
A. Par jugement du 17 février 2012, le juge pénal du Tribunal de première instance du canton du Jura a reconnu X._ coupable d'infractions à la LCR pour avoir en qualité de cycliste utilisé un cycle dépourvu d'un signe distinctif (1) et modifié sa direction de marche sans égard aux véhicules qui suivaient (2). Il l'a en conséquence condamné à une amende de 290 fr. ainsi qu'au paiement des frais judiciaires et a fixé à 2 jours la peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif.
B. Par jugement du 2 novembre 2012, la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura a constaté que le jugement du 17 février 2012 était entré en force s'agissant de la première infraction susmentionnée. Elle a pour le surplus rendu un dispositif confirmant la condamnation pour la seconde infraction.
En substance, cette autorité a retenu que X._ circulait le dimanche 25 septembre 2011, peu après midi, au guidon de son vélo à Muriaux sur une route cantonale à forte densité de trafic, dont la vitesse était limitée à 80 km/h. Il faisait beau et la route était sèche. A un moment donné, après avoir aperçu derrière lui deux motocyclistes qui se suivaient en file indienne, celui directement derrière lui se trouvant sur la moitié gauche de la chaussée, X._ a manifesté son intention d'obliquer à gauche en tendant le bras dans cette direction. Son signe était bref. X._ ne s'est pas retourné après l'avoir fait. Il s'est au contraire immédiatement et progressivement déplacé sur la gauche. Alors qu'il arrivait au début de la zone de présélection, il a entendu un crissement de pneu, s'est détourné, et a remarqué une moto. Il était alors en ligne droite par rapport à sa ligne de direction et a été percuté à l'arrière de son cycle par le motard qui le suivait directement.
L'autorité précédente a considéré que X._ ne s'était pas conformé aux devoirs de prudence qui lui étaient imposés par la situation et avait violé l'<ref-law> en modifiant sa direction de marche sans égard aux véhicules qui le suivaient. Elle l'a ainsi condamné en application de l'<ref-law>.
C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral et conclut sous suite de frais et dépens à l'annulation du jugement du 2 novembre 2012.

Considérant en droit:
1. Le recourant conteste uniquement avoir commis la seconde infraction à la LCR. Il invoque une constatation manifestement inexacte des faits et une violation de la présomption d'innocence garantie par les art. 10 al. 1 et 3 CPP, 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH.
1.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> c. 5.1 p. 356; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.). Ce dernier reproche se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; 10 CPP; art. 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 7 p. 82). Comme principe présidant à l'appréciation des preuves, la présomption d'innocence est violée si le juge du fond se déclare convaincu de faits défavorables à l'accusé sur lesquels, compte tenu des éléments de preuve qui lui sont soumis, il aurait au contraire dû, objectivement, éprouver des doutes (<ref-ruling> consid. 7 p. 82).
Le Tribunal fédéral n'examine le moyen fondé sur la violation d'un droit constitutionnel ou conventionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 69). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> c. 5.1 p. 356).
1.2 Le recourant estime que le caractère immédiat de son déplacement à gauche après le signe de bras effectué aurait été retenu en violation du principe in dubio pro reo. Il soutient que ce principe imposait de ne retenir que ses déclarations, à l'exclusion des témoignages des motocyclistes impliqués. Ce faisant, le recourant donne au principe in dubio pro reo une portée qu'il n'a pas. Invoquant uniquement que le fait contesté ne reposerait pas sur ses déclarations durant l'enquête, il échoue à en démontrer le caractère arbitraire. Son grief doit dès lors être rejeté.
1.3 Pour le surplus, le recourant se borne à contester les faits constatés par l'autorité cantonale (notamment la brièveté du signe effectué, la distance insuffisante pour effectuer la man?uvre sans danger, son emplacement lors du choc) et invoquer des faits qui n'ont pas été retenus (en particulier un comportement inattentif du motard) dans une démarche purement appellatoire et donc irrecevable.
2. Aux termes de l'<ref-law>, le conducteur qui veut modifier sa direction de marche, par exemple pour obliquer, dépasser, se mettre en ordre de présélection ou passer d'une voie à l'autre, est tenu d'avoir égard aux usagers de la route qui viennent en sens inverse ainsi qu'aux véhicules qui le suivent. Sur la base des faits retenus, dont le recourant ne démontre pas l'arbitraire, la cour cantonale pouvait considérer que le recourant avait violé cette disposition en effectuant un bref signe de la main avant de se déporter immédiatement sur la gauche de la voie sans vérifier que les motards le suivant l'avaient vu et qu'il pouvait effectuer cette man?uvre sans danger. Dans ces conditions, le recourant ne peut invoquer le principe de la confiance, qui permet au conducteur de compter que les autres usagers respecteront leurs devoirs de prudence, dès lors déjà que l'application de ce principe présuppose que le conducteur se comporte lui-même correctement (sur ce principe, cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 87 s.). La condamnation contestée, reposant sur l'<ref-law>, est ainsi fondée.
3. Le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant supporte les frais de la cause (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 9 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod