Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1a p. 42; <ref-ruling> consid. 1 p. 83 et les arrêts cités).
a) aa) Selon l'art. 97 al. 1 OJ, le recours de droit administratif est recevable contre des décisions au sens de l'<ref-law> (RS 172. 021) qui ont été rendues par l'une des autorités énumérées à l'art. 98 OJ, pour autant qu'aucun des motifs d'exclusion mentionnés aux art. 99 à 102 OJ ou dans une législation spéciale ne soit réalisé. Constitue une décision au sens de l'<ref-law> celle qui est fondée sur le droit fédéral ou qui aurait dû l'être. Il en va de même de celle qui se fonde sur des dispositions cantonales d'exécution du droit fédéral, dénuées toutefois de toute portée indépendante, ou lorsque l'application de la norme de droit cantonal autonome (ou indépendant) se trouve dans un rapport suffisamment étroit avec une question de droit administratif fédéral (<ref-ruling> consid. 1a p. 173 et jurisprudence citée).
La voie du recours de droit public est ouverte contre des décisions fondées uniquement sur le droit cantonal et ne présentant aucun rapport de connexité avec le droit fédéral.
Elle l'est aussi contre une décision fondée sur du droit cantonal qui réalise une législation-cadre (ou de principe) fédérale pour violation du principe de la force dérogatoire (ou de la primauté) du droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 4; <ref-ruling> consid. 1 et 2 p. 315 ss; <ref-ruling> consid. 2b p. 266 s.).
bb) Selon l'<ref-law>, les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral, lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres deuxième à cinquième et sixième chapitre premier de cette loi. Le législateur fédéral a ainsi considéré qu'il se justifiait d'ouvrir sans ambiguïté la voie du recours de droit administratif contre des décisions fondées sur le droit fiscal cantonal dans les matières en cause en raison de son étroite connexité avec le droit fédéral, malgré le caractère de législation de principe que celui-ci pouvait revêtir à divers égards. En effet, il importait non seulement que les cantons légifèrent de manière conforme au droit fédéral mais aussi qu'ils appliquent leurs lois cantonales harmonisées conformément au droit fédéral, ce qui peut être revu librement par le Tribunal fédéral (cf. BO 1986 CE 600 ss; BO 1989 CN 1989 89; BO 1989 CE 589; BO 1990 CN 452; Message du Conseil fédéral du 25 mai 1983 sur l'harmonisation fiscale, in FF 1983 III 1, p. 154 ss ad art. 70; Message du Conseil fédéral du 24 mars 1976 concernant le nouveau régime constitutionnel des finances et des impôts de la Confédération, in FF 1976 I 1392, p. 1497).
cc) La recourante se plaint de la non-conformité de l'art. 9 al. 3 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (ci-après: LIPM ou loi cantonale) à l'<ref-law>: seule serait compétente pour accorder, refuser ou révoquer une exonération, non pas le Conseil d'Etat, mais l'autorité de taxation dont la décision pourrait être portée devant une autorité judiciaire. Il ne fait pas de doute en l'espèce que la décision cantonale attaquée porte sur l'une des matières mentionnées à l'<ref-law>. La voie du recours de droit administratif est dès lors ouverte (cf. Adrian Kneubühler, Durchsetzung der Steuerharmonisierung, in Archives 69 p. 209 ss, p. 226 ss; ThomasMeister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, thèse St-Gall 1994, p. 300; Ulrich Cavelti, Die Durchsetzung der Steuerharmonisierungsgrundsätze, insbesondere die Rechtsmittel an das Bundesgericht nach Art. 73 StHG, in Archives 62 p. 355 ss, p. 359 ss). La question de savoir si la loi fédérale d'harmonisation règle, ou non, de manière exhaustive et contraignante la matière et si la décision attaquée est, dans l'affirmative, conforme aux dispositions de la loi fédérale d'harmonisation, relève du fond.
b) Le présent recours de droit administratif (cause 2A.161/2001), qui ne tombe sous aucun des motifs d'exclusion des art. 99 à 102 OJ et remplit également les conditions des art. 103 ss OJ, a été déposé contre une décision rendue le 21 février 2001, soit après l'échéance du délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale d'harmonisation le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de cette loi. Il concerne l'imposition - respectivement l'exonération - de la recourante dès 2001. Il est donc recevable (<ref-ruling> consid. 2 p. 591 ss; <ref-ruling> consid. 1a p. 148 a contrario).
c) Conformément à l'art. 84 al. 2 OJ, le recours de droit public n'est recevable que si la prétendue violation ne peut être soumise par une action ou par un autre moyen de droit quelconque au Tribunal fédéral ou à une autre autorité fédérale. Dès lors que la voie du recours de droit administratif est ouverte à l'encontre des décisions cantonales de dernière instance selon l'<ref-law>, le recours de droit public déposé par la recourante (cause 2P.90/2001) est irrecevable.
2.- a) Selon l'art. 104 OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (let-tre a), ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, sous réserve de l'art. 105 al. 2 OJ (lettre b). Il peut l'être également pour inopportunité, en particulier de décisions de première instance relatives à la fixation de contributions publiques (lettre c chiffre 1). Il est douteux toutefois que ce dernier motif puisse être invoqué car, bien que la décision attaquée, de première instance, soit relative à la fixation de contributions publiques, le législateur fédéral n'a manifestement pas voulu, en adoptant l'<ref-law>, instituer un recours plus large en matière d'impôts cantonaux que d'impôt fédéral direct pour lequel le droit fédéral ne prévoit pas le grief d'inopportunité (art. 104 lettre c ch. 3 OJ) (sur la volonté du législateur, cf. Ulrich Cavelti, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bâle 1997 [ci-après abrégé: Kommentar StHG], n. 5 ad art. 73). La question n'a toutefois pas à être définitivement tranchée au cas particulier, vu l'issue du recours.
b) Lorsque, comme en l'espèce, le recours n'est pas dirigé contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral revoit d'office les constatations de fait (art. 105 al. 1 OJ).
Sur le plan juridique, il revoit également d'office l'application du droit fédéral qui englobe les droits constitutionnels.
Il n'est pas lié par les motifs invoqués par les parties ni, en matière de contributions publiques, par leurs conclusions (art. 114 al. 1 OJ). Le Tribunal fédéral peut ainsi vérifier avec un libre pouvoir d'examen la conformité du droit cantonal - et de son application - à la loi fédérale d'harmonisation (Cavelti, Kommentar StHG, n. 11 ad art. 73).
Cela n'exclut toutefois pas que, dans la mesure où le droit cantonal applicable n'aurait pas de rapport suffisamment étroit avec le droit fédéral, c'est-à-dire s'il ne portait pas sur des matières réglées impérativement dans les titres deuxième à cinquième et sixième chapitre 1er LHID, les griefs dirigés le cas échéant à son encontre soient examinés sous l'angle de l'arbitraire, comme dans le cadre d'un recours de droit public (cf. <ref-ruling> consid. 1c p. 174).
3.- a) L'<ref-law> définit en particulier les personnes morales exonérées de l'impôt (collectivités publiques suisses et leurs établissements [lettres a, b, c], institutions et caisses d'assurances [lettres d et e], personnes morales poursuivant des buts de service public, de pure utilité publique ou cultuel [lettres f et g], États étrangers [lettre h]) et l'étendue de l'exonération. La disposition précitée ne comprend en revanche aucune norme concernant la procédure à suivre ou désignant l'autorité compétente en matière d'exonération. Par ailleurs, le titre cinquième de la loi fédérale d'harmonisation détermine dans ses grandes lignes la procédure, notamment les procédures de taxation (<ref-law>) et de réclamation (<ref-law>) qui sont dans la compétence de l'autorité de taxation, ainsi que la procédure de recours (<ref-law>) devant une commission de recours indépendante des autorités fiscales, le cas échéant devant une seconde instance cantonale supérieure indépendante de l'administration, à condition que le droit cantonal le prévoie.
Pour sa part, la loi cantonale règle les cas d'exonération de l'impôt à son art. 9 al. 1 et 2 selon la même systématique que l'<ref-law>. L'al. 3 de la disposition cantonale précitée prévoit que "le Conseil d'Etat statue sur l'exonération des personnes morales visées à l'alinéa 1, lettres d à h. Sa décision est définitive".
b) La recourante soutient que, dans le silence de l'<ref-law>, les dispositions du titre cinquième sur la procédure doivent s'appliquer: la décision d'exonération devrait être prise, non par le Conseil d'Etat à titre définitif, mais par une autorité de taxation, ce qui ouvrirait la voie d'un recours judiciaire. Selon l'autorité intimée, en l'absence de réglementation expresse dans la loi fédérale d'harmonisation, le canton conserve son autonomie fiscale et peut régler librement la procédure d'exonération; cela serait aussi conforme au principe de subsidiarité qui gouverne cette loi.
Il s'agit dès lors de déterminer si la procédure d'exonération de l'impôt cantonal est soumise à la loi fédérale d'harmonisation ou si au contraire le législateur cantonal a conservé en cette matière une certaine liberté.
L'étendue de l'autonomie dont le législateur cantonal dispose dans le cadre de la loi fédérale d'harmonisation, singulièrement pour réglementer un domaine fiscal particulier, se détermine sur la base des méthodes et critères d'interprétation généralement applicables (cf. Rapport du groupe d'experts Cagianut sur l'harmonisation fiscale, in Publications de la Chambre fiduciaire, 1994, vol. 128 [ci-après abrégé: Rapport Cagianut], p. 73 s.; Markus Reich, Kommentar StHG, n. 26 ad art. 1; Jean-Marc Rivier, La relation entre le droit fédéral et le droit cantonal en matière d'impôts directs: harmonisation et uniformisation, in Problèmes actuels de droit fiscal, Mélanges en l'honneur du Professeur Raoul Oberson, Bâle 1995, p. 157 ss, p. 158).
4.- Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu d'après sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit de sa relation avec d'autres dispositions légales, de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, de l'esprit de la règle, des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique) (cf.
ATF 125 II 192 consid. 3a p. 196, 183 consid. 4 p. 185, 177 consid. 3 p. 179; RDAF 1998 II p. 148 consid. 2c p. 151).
En l'espèce, ni la lettre de la loi ni les travaux préparatoires ne donnent d'indications sur la procédure à observer pour l'application de l'<ref-law>. A cet égard, le silence de la loi fédérale d'harmonisation ne saurait, à lui seul, être compris comme conférant une marge d'autonomie aux cantons (contra: Marco Greter, Kommentar StHG, n. 2 ad art. 23), en particulier lorsqu'il concerne un point relevant d'un domaine dont l'harmonisation est expressément prévue par la Constitution, tel que la procédure (cf.
art. 129 al. 2 Cst. , art. 42quinquies al. 2 aCst.). Il faut dans ce cas aussi rechercher le sens véritable de la disposition en cause.
5.- a) L'<ref-law> figure au titre troisième (Imposition des personnes morales) de la loi fédérale d'harmonisation, à son chapitre premier intitulé "Assujettissement à l'impôt". Après avoir fixé les conditions positives de l'assujettissement (art. 20 à 22 LHID), ce chapitre indique à l'art. 23 les exceptions à l'assujettissement subjectif. Son alinéa 1 définit de manière exhaustive et impérative les motifs et l'étendue des exonérations prévues. Il ne réserve la compétence du législateur cantonal qu'aux fins de définir les établissements cantonaux (lettre b) ainsi que les collectivités territoriales du canton (autres que les communes et les paroisses) et leurs établissements au bénéfice d'une exonération (Rapport Cagianut, p. 92; Marco Greter, Kommentar StHG, n. 1 ad art. 23; Message précité sur l'harmonisation fiscale, p. 115 ss ad art. 26).
A cet égard, les exonérations de l'<ref-law> diffèrent de celles prévues aux alinéas 2 et 3 de cette disposition qui n'ont pas de caractère impératif. En effet, les cantons peuvent exonérer en tout ou en partie les entreprises de transport concessionnaires (al. 2) ou accorder, par voie législative, des allégements fiscaux à des entreprises nouvellement créées (al. 3). Le législateur fédéral a tenu compte ici de la variété des situations qui peuvent se présenter ainsi que des intérêts de politique économique des cantons (Message précité sur l'harmonisation fiscale, ad art. 26 p. 116; Marco Greter, Kommentar StHG, n. 42 à 44 ad art. 23).
b) Les cas d'exonération de l'<ref-law> correspondent à ceux précédemment prévus dans les lois cantonales et dans l'Arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD), abrogé le 1er janvier 1995 (art. 201 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD]; RS 642. 11), ainsi qu'aux cas d'exonération figurant à l'<ref-law> (cf. Jacques-André Reymond, L'assujettissement des personnes morales, in Archives 61 p. 345 ss, p. 352). Les personnes morales qui remplissent les conditions pour être exonérées le sont ex lege; elles ont un droit à l'exonération sans qu'un acte administratif constitutif ne soit nécessaire.
Si l'exonération n'est que partielle - par exemple parce que l'entier du bénéfice et du capital d'une personne morale n'est pas affecté exclusivement et irrévocablement au but justifiant l'exonération (art. 21 lettres f et g LHID) -, son étendue sera déterminée dans le cadre de la taxation. L'autorité compétente doit s'assurer à chaque période fiscale que l'intéressé remplit encore les conditions d'exonération (Marco Greter, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), vol. I/2a, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bâle 2000 [ci-après abrégé: Kommentar DBG], n. 1 et 2 ad art. 56; du même auteur, Kommentar StHG, n. 2 ad art. 23).
c) Les exonérations de l'<ref-law>, telles qu'elles y sont définies, s'imposent aux cantons. Leur nature n'est pas sans influencer l'aménagement de la procédure. Les cantons ne sauraient instaurer une procédure en contradiction avec leurs caractéristiques. En particulier, le fait que la personne morale intéressée ait un droit à l'exonération, si elle en remplit les conditions, confère à la décision qui lui reconnaît ou lui dénie ce droit un caractère essentiellement juridique - et non politique - même si l'autorité d'application de la loi jouit d'un pouvoir d'appréciation relativement étendu en raison du caractère indéterminé de certains des motifs d'exonération (par exemple: but de service public ou de pure utilité publique, but cultuel).
Qu'il s'agisse d'une décision préjudicielle prise avant le début de la procédure de taxation ou que l'exonération (en particulier partielle) soit décidée dans le cadre de la procédure et de la décision de taxation (cf. Marco Greter, Kommentar StHG, n. 2 ad art. 23; du même auteur, Kommentar DBG, n. 2 ad art. 56; Thomas Meister, op. cit. , p. 129), elle ne saurait être soustraite aux garanties procédurales prévues au titre cinquième de la loi fédérale d'harmonisation. Ainsi, la décision d'exonération, comme celle de taxation, doit pouvoir faire l'objet d'une réclamation auprès de l'autorité qui l'a rendue (<ref-law>), puis d'un recours auprès d'une autorité judiciaire cantonale, soit une commission de recours indépendante et/ou un tribunal administratif (art. 50 al. 1 et 3 LHID).
d) Le titre cinquième de la loi fédérale d'harmonisation concernant la procédure ne contient aucune prescription sur l'organisation des autorités fiscales cantonales. En particulier, il ne définit pas comment doit être composée et organisée l'autorité de taxation. Dès lors, rien n'exclut que l'autorité compétente pour les exonérations soit distincte de l'autorité chargée des travaux et décisions de taxation stricto sensu (il pourra par exemple s'agir d'une autorité centralisée ou spécialisée, ou même d'un département ou d'un exécutif cantonal), pour autant que ses décisions puissent faire l'objet des contrôles administratif et judiciaire prévus aux art. 48 et 50 LHID, et que les procédures d'exonération et de taxation soient correctement coordonnées.
e) En conséquence, une interprétation systématique de l'art. 23 al. 1 et du titre cinquième de la loi fédérale d'harmonisation conduit à exclure qu'une décision d'exonération ne puisse être prise par le Conseil d'Etat à titre définitif.
Cette conclusion apparaît d'autant plus justifiée que l'art. 98a OJ impose aux cantons d'instituer des autorités judiciaires statuant en dernière instance dans la mesure où leurs décisions peuvent directement faire l'objet d'un recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral, ce qui est le cas en l'espèce en vertu de l'<ref-law>.
6.- a) L'harmonisation fiscale vise un ajustement réciproque des impôts directs de la Confédération et des cantons, une plus grande transparence du système fiscal suisse et une simplification de la taxation, tout en ménageant le plus possible l'autonomie - en particulier financière - des cantons (Rapport Cagianut, p. 73; Markus Reich, Kommentar StHG, n. 29 ad Vorbemerkungen zu Art. 1/2). Elle ne doit pas conduire à une uniformisation des systèmes fiscaux, mais à leur coordination sur la base du principe de subsidiarité (art. 46 al. 2 Cst.). Toutefois, dans les domaines où il n'existe pas ou plus de besoin de régime cantonal différent, il se justifie d'admettre une harmonisation plus poussée sur la base du droit fédéral, même si cela ne ressort pas clairement de la lettre de la loi. En effet, le champ d'autonomie cantonale doit avoir une fonction claire et déterminée et n'est pas un but en soi (Markus Reich, Kommentar StHG, n. 34 et 39 ad art. 1; Jean-Marc Rivier, op. cit. , p. 166 ss).
b) L'autorité intimée n'indique aucun motif justifiant le maintien de la compétence exclusive du Conseil d'Etat en matière d'exonération selon l'art. 9 LIPM, si ce n'est la marge de manoeuvre que lui laisserait la loi fédérale d'harmonisation. En particulier elle n'invoque pas, à bon droit, de raison pratique justifiant cette procédure cantonale.
De surcroît, il existe déjà une procédure différente concernant les exonérations de l'impôt fédéral direct, où la décision est prise par l'autorité administrative. Ainsi, l'interprétation que l'autorité intimée fait de l'<ref-law> aboutit uniquement à désharmoniser les procédures d'exonération en matière d'impôts cantonal et fédéral et à diminuer, si ce n'est supprimer, la protection judiciaire de la recourante au niveau cantonal. Il est vrai que le Tribunal fédéral avait admis la constitutionnalité de cette solution dans l'arrêt 2P.393/1997 du 14 janvier 1999. Il avait toutefois mis en doute la validité d'une telle solution après l'expiration du délai d'adaptation des législations cantonales fixé à l'<ref-law>. Au surplus, les instances judiciaires cantonales - en particulier la double instance - ont aussi pour but d'alléger les charges supplémentaires du Tribunal fédéral résultant de l'introduction d'un recours de droit administratif élargi en lieu et place du recours de droit public (Message précité sur l'harmonisation fiscale, ad art. 54 p. 144).
c) Dès lors, d'un point de vue téléologique également, l'art. 9 al. 3 LIPM est contraire à la réglementation de la loi d'harmonisation.
7.- a) En conséquence, il y a lieu d'admettre le recours de droit administratif sans que les autres griefs de la recourante ne doivent être examinés. La décision attaquée est annulée et l'affaire est renvoyée à l'autorité intimée (<ref-law>). Il lui appartiendra d'examiner si elle doit édicter des dispositions provisoires dans l'attente de la modification ou de l'abrogation de l'art. 9 al. 3 LIPM ou si elle peut d'emblée transmettre la cause à une instance judiciaire compétente, telle que le Tribunal administratif (cf.
<ref-law>; sur la portée de cette disposition, voir Adrian Kneubühler, op. cit. , p. 241 ss).
Le recours de droit public est irrecevable.
b) (frais et dépens)
Lausanne, le 6 novembre 2001