Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner) war alleiniger Verwaltungsrat der Y._ AG mit Sitz in D._. Der im Handelsregister aufgeführte Zweck der Gesellschaft lautete auf Erbringung von Dienstleistungen im Bereich der Baubranche. Am 26. November 2004 wurde über die Y._ AG der Konkurs eröffnet.
Der unangefochten gebliebene Kollokationsplan des Konkursamtes Nidwalden beinhaltet Forderungen in der Höhe von Fr. 25'096'995.70. Die in Deutschland ansässige X._ Versicherungs-AG (Beschwerdeführerin) wurde mit einer Forderung von Fr. 24'980'955.18 kolloziert. Sie liess sich von der Konkursverwaltung mit Verfügung vom 10. Oktober 2005 die Schaden- und Verantwortlichkeitsansprüche gegenüber allen mit der Verwaltung, Geschäftsführung oder Kontrolle betrauten Personen abtreten.
B. Die Beschwerdeführerin reichte am 13. Juni 2006 gegen den Beschwerdegegner beim Kantonsgericht Nidwalden eine aktienrechtliche Verantwortlichkeitsklage ein. Sie belangte ihn, unter Nachklagevorbehalt, auf Bezahlung von EUR 2'000'000.--. Zur Begründung führte sie aus, die Klage behandle einen zivilrechtlichen Teilaspekt eines grösseren Betrugsfalls im Zusammenhang mit einer Grundstücksüberfinanzierung. Es gehe vorliegend ausschliesslich um die zivilrechtliche Verantwortlichkeit des einzigen Verwaltungsrats der von B._ und C._ zu betrügerischen Machenschaften verwendeten schweizerischen Y._ AG. Hintergrund sei die Finanzierung bzw. der Erwerb eines Klinikkomplexes in E._. Mit Urteil vom 23. Mai 2007 bejahte das Kantonsgericht Nidwalden, Zivilabteilung, Grosse Kammer II, das Vorliegen einer Pflichtverletzung des Beschwerdegegners, wies die Verantwortlichkeitsklage jedoch infolge fehlenden Nachweises bzw. fehlender Substantiierung des Schadens ab.
Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Appellation beim Obergericht des Kantons Nidwalden. Sie beantragte, das Urteil des Kantonsgerichts vom 23. Mai 2007 aufzuheben und den Beschwerdegegner zu verpflichten, ihr EUR 2'000'000.-- zu bezahlen. Vom Nachklagevorbehalt sei Vormerk zu nehmen. Mit Urteil vom 29. September 2008 wies das Obergericht die Appellation ab. Es kam zum Schluss, dass es bereits an einer durch den Beschwerdegegner begangenen Pflichtverletzung fehle.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts vom 29. September 2008 aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Eventuell sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner begehrt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert übersteigt die Grenze von Fr. 30'000.-- nach <ref-law> bei Weitem. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung der erhobenen Rügen (<ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 8.1 S. 153).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f.).
2.2 Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 5.4 S. 148; je mit Hinweisen).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40).
2.3 Vorliegend stellt die Beschwerdeführerin ihren rechtlichen Ausführungen eine eigene Sachverhaltsdarstellung voran. Soweit sie dabei über den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt hinausgeht, ohne rechtsgenügende Sachverhaltsrügen zu erheben, ist sie damit nicht zu hören. Ferner sind die Verweise der Beschwerdeführerin auf Ausführungen in ihren Eingaben im kantonalen Verfahren unbeachtlich, hat doch die Begründung der Beschwerde in der Eingabe selbst enthalten zu sein (vgl. <ref-ruling> E. 1d; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 4a S. 30).
3. Die vorliegende Streitigkeit betrifft aufgrund des Sitzes der Beschwerdeführerin in Deutschland ein internationales Privatrechtsverhältnis. Daher ist das anwendbare Recht von Amtes wegen zu prüfen (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2b). Die Vorinstanz und die Parteien gehen zutreffend von der Anwendung schweizerischen Rechts aus, da sich die Verantwortlichkeitsklage gegen den Beschwerdegegner als alleiniger Verwaltungsrat der Y._ AG, einer nach schweizerischem Recht organisierten Gesellschaft, richtet (vgl. Art. 154 i.V.m. <ref-law>).
4. Vorliegend ist streitig, ob sich der Beschwerdegegner als alleiniger Verwaltungsrat der konkursiten Y._ AG nach <ref-law> verantwortlich gemacht hat. Unbestritten ist demgegenüber, dass B._ und C._ im Zusammenhang mit dem Erwerb der Kurklinik E._ für die Y._ AG gehandelt haben. Ebenso ist unbestritten, dass die Handlungen der beiden betrügerisch gewesen sind.
Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die Vorinstanz habe eine Sorgfaltspflichtverletzung des Beschwerdegegners zu Unrecht verneint. Sie rügt eine Verletzung von Art. 716a, 717, 754 und 55 OR. Zudem erhebt sie mehrere Sachverhaltsrügen und macht eventualiter eine Verletzung der Beweisregeln (<ref-law>), des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) und des Willkürverbots (<ref-law>) geltend.
5. Das Kantonsgericht bejahte eine Pflichtverletzung des Beschwerdegegners. Es erwog, der Beschwerdegegner habe die Geschäftsführung der Y._ AG an B._ und C._ delegiert, ohne dass die dafür erforderlichen formellen Voraussetzungen gegeben gewesen seien. Zwar habe die Y._ AG über eine Delegationsermächtigung in den Statuten verfügt, jedoch sei kein Organisationsreglement vorgelegen. Die unbefugte Delegation habe daher keine haftungsbeschränkende Wirkung entfaltet und dem Beschwerdegegner stehe der Exkulpationsbeweis gemäss <ref-law> nicht zur Verfügung.
Die Vorinstanz folgte dieser Auffassung nicht und verneinte eine Pflichtverletzung. Sie führte insbesondere aus, bei der Generalvollmacht vom 23. Juni 2003 des Beschwerdegegners an B._ handle es sich nicht um eine integrale Delegation der Geschäftsführung, sondern um eine auf den Erwerb der Kurklinik E._ beschränkte Vollmacht. Die Einräumung der Vollmacht an C._ sei gleich zu beurteilen. Da vorliegend von einer befugten Aufgabendelegation an Hilfspersonen auszugehen sei, stehe dem Beschwerdegegner der Entlastungsbeweis nach der Bestimmung von <ref-law> zu, die in allgemeiner Weise regle, was in <ref-law> eine aktienrechtliche Normierung erfahren habe. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass der Beschwerdegegner die Sorgfalt in der Auswahl, in der Instruktion und in der Überwachung eingehalten habe. Auch die Pflicht zur zweckmässigen Organisation des Betriebes habe er nicht verletzt.
6. Die Beschwerdeführerin bringt vor, es habe sich bei der Beauftragung von B._ und C._ durch den Beschwerdegegner bezüglich des Kaufs (und der damit zusammenhängenden Geschäfte) des Klinikkomplexes um eine Delegation organtypischer Aufgaben gehandelt. Demzufolge hätten die Voraussetzungen von <ref-law> vorliegen müssen. Da kein Organisationsreglement erlassen worden sei, habe der Beschwerdegegner eine Pflichtwidrigkeit durch die Nichtbeachtung der formellen Voraussetzungen von <ref-law> begangen. Zudem handle es sich um eine unbefugte Delegation im Sinne von <ref-law>. Die Handlungen von B._ und C._ würden somit dem Beschwerdegegner ohne die Möglichkeit eines Exkulpationsbeweises nach <ref-law> zugerechnet.
6.1 Nach <ref-law> sind die Mitglieder des Verwaltungsrats und alle mit der Geschäftsführung oder mit der Liquidation befassten Personen sowohl der Gesellschaft als den einzelnen Aktionären und Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich, den sie durch absichtliche oder fahrlässige Verletzung ihrer Pflichten verursachen. Wer die Erfüllung einer Aufgabe befugterweise einem anderen Organ überträgt, haftet nach <ref-law> für den von diesem verursachten Schaden, sofern er nicht nachweist, dass er bei der Auswahl, Unterrichtung und Überwachung die nach den Umständen gebotene Sorgfalt angewendet hat.
Art. 716 Abs. 2 und Art. 718 OR auferlegen dem Verwaltungsrat die Geschäftsführung und Vertretung der Aktiengesellschaft: Der Verwaltungsrat vertritt die Gesellschaft nach aussen (<ref-law>). Er kann die Vertretung einem oder mehreren Mitgliedern (Delegierte) oder Dritten (Direktoren) übertragen (<ref-law>). Der Verwaltungsrat kann zudem Prokuristen und andere Bevollmächtigte ernennen (<ref-law>). Von Gesetzes wegen bedarf es zur Übertragung der Vertretung weder einer statutarischen Grundlage noch eines Organisationsreglements. Nach <ref-law> führt der Verwaltungsrat die Geschäfte der Gesellschaft, soweit er die Geschäftsführung nicht übertragen hat. <ref-law> beinhaltet als materielle Beschränkung einer Delegation eine Liste unübertragbarer Aufgaben, während die formellen Voraussetzungen einer befugten Übertragung in <ref-law> verankert sind. Die Statuten können nach <ref-law> den Verwaltungsrat ermächtigen, die Geschäftsführung nach Massgabe eines Organisationsreglements ganz oder zum Teil an einzelne Mitglieder oder an Dritte zu übertragen. Werden Geschäftsführungsaufgaben übertragen und fehlt es an einem Organisationsreglement, so handelt es sich um eine unbefugte Delegation. Als Konsequenz einer unbefugten Delegation der Geschäftsführung können sich die delegierenden Verwaltungsratsmitglieder nicht auf die Haftungsbeschränkung berufen und es steht ihnen der Sorgfaltsbeweis nach <ref-law> nicht offen (Urteil 4A_501/2007 vom 22. Februar 2008 E. 3.2.2 f.).
6.2 Unbestrittenermassen bestand vorliegend gemäss Statuten die Möglichkeit einer Delegation von Geschäftsführungsaufgaben, während ein Organisationsreglement indessen nicht erlassen wurde. Im Folgenden gilt es daher abzuklären, ob der Beschwerdegegner - wie von der Beschwerdeführerin behauptet - die Geschäftsführung im Sinne von <ref-law> an B._ und C._ übertragen hat.
6.2 Unbestrittenermassen bestand vorliegend gemäss Statuten die Möglichkeit einer Delegation von Geschäftsführungsaufgaben, während ein Organisationsreglement indessen nicht erlassen wurde. Im Folgenden gilt es daher abzuklären, ob der Beschwerdegegner - wie von der Beschwerdeführerin behauptet - die Geschäftsführung im Sinne von <ref-law> an B._ und C._ übertragen hat.
6.3 6.3.1 Der Begriff "Geschäftsführung" ist gesetzlich nicht definiert. Die Lehre versteht unter der Geschäftsführung im weiteren Sinn sämtliche auf die Verfolgung des Gesellschaftszwecks gerichteten Tätigkeiten (Hans Berweger, Die Prüfung der Geschäftsführung durch die Kontrollstelle im schweizerischen Aktienrecht, Diss. Basel 1980, S. 21; Meier-Hayoz/Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 10. Aufl. 2007, § 2 N. 112; Bernhard Schulthess, Funktionen der Verwaltung einer Aktiengesellschaft, Diss. Zürich 1967, S. 70; Michael Wegmüller, Die Ausgestaltung der Führungs- und Aufsichtsaufgaben des schweizerischen Verwaltungsrates, Diss. Bern 2008, S. 6 und 92). Sie beinhaltet die gesamte Willensbildung, Willensbetätigung und Willensverwirklichung im Namen der Aktiengesellschaft (Schulthess, a.a.O., S. 70; Wegmüller, a.a.O., S. 6). Einerseits umfasst sie Vorgänge tatsächlicher Art wie Produktion, Ausführung der Korrespondenz oder Organisation des Produktverkaufs und andererseits Vorgänge rechtlicher Art wie den Abschluss von Rechtsgeschäften, z.B. im Zusammenhang mit Einkauf, Verkauf, Anstellung von Personal oder Miete von Geschäftslokalitäten (Berweger, a.a.O., S. 21; Meier-Hayoz/Forstmoser, a.a.O., § 2 N. 112; Wegmüller, a.a.O., S. 6 f.).
Die Geschäftsführung im weiteren Sinn weist sowohl eine interne als auch eine externe Seite auf (Berweger, a.a.O., S. 21; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 30 N. 77). Die interne Seite, die Geschäftsführung im engeren Sinn, betrifft die gesellschaftsinternen Funktionen und somit die Stellung der Geschäftsführer und die Auswirkungen ihrer Tätigkeit im Verhältnis zur Gesellschaft. Sie beinhaltet diejenigen Elemente, die im Innenverhältnis der Gesellschaft wirken. Materiell geht es allgemein formuliert um die Teilnahme an der Willensbildung und um schöpferische, sachliche und organisatorische Massnahmen (Rolf H. Weber, in: Schweizerisches Privatrecht, Bd. II/4, Juristische Personen, 1998, S. 148; Wegmüller, a.a.O., S. 7; vgl. auch Meier-Hayoz/Forstmoser, a.a.O., § 2 N. 113 f.). Die externe Seite der Geschäftsführung im weiteren Sinn, die Vertretung, betrifft die gesellschaftsexternen Aufgaben der Geschäftsführer und somit die Auswirkungen ihrer Tätigkeit im Verhältnis zu Dritten (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 30 N. 77; Meier-Hayoz/Forstmoser, a.a.O., § 2 N. 113 und 115; Wegmüller, a.a.O., S. 7).
6.3.2 Unter dem Begriff der Geschäftsführung nach <ref-law> ist nicht die Geschäftsführung im weiteren Sinn zu verstehen, sondern die Geschäftsführung im engeren Sinn, das heisst die interne Leitung der Gesellschaft (von Büren/Stoffel/Weber, Grundriss des Aktienrechts, 2. Aufl. 2007, S. 132; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 30 N. 78; Katja Roth Pellanda, Organisation des Verwaltungsrates, Diss. Zürich 2007, S. 229; Wegmüller, a.a.O., S. 92 f.; a.A. Meier-Hayoz/Forstmoser, a.a.O., § 2 N. 116; wohl auch Watter/Roth Pellanda, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3. Aufl. 2008, N. 9 zu <ref-law>). Die dem Verwaltungsrat auferlegte Geschäftsführung im Sinne von <ref-law> beinhaltet damit sämtliche Elemente, die im Innenverhältnis der Gesellschaft wirken (Wegmüller, a.a.O., S. 93), wie etwa die Organisation von Produktion und Vertrieb, die Finanzplanung, die Führung der Geschäftsbücher, die Leitung des Personals oder die Festlegung der Ziele für Forschung und Entwicklung (von Büren/Stoffel/Weber, a.a.O., S. 132). Demgegenüber ist die externe Seite der Geschäftsführung im weiteren Sinn, die Vertretung, separat in <ref-law> geregelt.
6.4 Die vom Beschwerdegegner ausgestellte "Vollmacht mit Substitutionsbefugnis" vom 23. Juni 2003 lautet wie folgt:
"Der Generalbevollmächtigte ist berechtigt, vor Behörden und Privaten die erforderlichen Erklärungen und Unterschriften abzugeben, Verträge abzuschliessen, sie öffentlich beurkunden zu lassen und zur Eintragung im Grundbuch anzumelden, Vergleiche einzugehen, Gelder und andere Werte anzulegen und in Empfang zu nehmen und dafür rechtsgültig zu quittieren, überhaupt alle Angelegenheiten mit den Kompetenzen eines Generalbevollmächtigten zu erledigen.
Der Bevollmächtigte kann in seinem Namen und auf seine Verantwortung die Ausübung der Befugnisse aus dieser Vollmacht einem Stellvertreter übertragen.
Die Vollmachtgeberin anerkennt hiermit alle Handlungen und Erklärungen seines Bevollmächtigten oder seines Vertreters als für sie unbedingt rechtsverbindlich."
6.5 Die Vorinstanz erwog, die vom Beschwerdegegner an B._ erteilte Generalvollmacht lasse - entgegen der Auffassung des Kantonsgerichts - nicht den Schluss zu, dass damit die Geschäftsführung integral übertragen worden sei. Aus den Umständen ergebe sich vielmehr, dass die Formulierung "Generalvollmacht" einzig zum Zweck erfolgt sei, alle möglichen Vertragsfälle im Zusammenhang mit dem Klinikkauf abzudecken (Finanzierung, Kauf, Versicherung, Schatzung, Bankverkehr, Behördenkontakte, etc.). Es habe sich um eine auf den Erwerb der Kurklinik E._ beschränkte Vollmacht gehandelt und nicht um eine integrale Delegation der Geschäftsführung.
Weiter hielt die Vorinstanz fest, dass die von B._ im Zusammenhang mit der Angelegenheit E._ ausgeübten Tätigkeiten auch nicht Handlungen betroffen hätten, die gemeinhin den Gesellschaftsorganen vorbehalten seien. Vielmehr habe die subordinierte Führung der Geschäfte (Kauf und Finanzierung der Klinikanlage) im Vordergrund gestanden und nicht deren Leitung. Dem Betrieb habe sich B._ nicht angenommen. Sobald die Kurklinik gekauft worden sei, habe der Beschwerdegegner die Geschäfte geführt. Der Beschwerdegegner sei es auch gewesen, der die für den Betrieb notwendigen Überlegungen und Konzeptionen angestellt habe. Damit stehe fest, dass B._ keine eigentlichen Geschäftsführungsaufgaben übertragen worden seien, er somit keine organtypischen Aufgaben wahrgenommen habe und ihm auch kein (faktischer) Organstatus zugekommen sei. Dasselbe gelte für die Einräumung der Vollmacht an C._.
6.6 Der Vorinstanz ist zuzustimmen, dass mit der Erteilung der Vollmacht vom 23. Juni 2003 keine Geschäftsführung im Sinne von <ref-law> übertragen wurde. Nicht die interne Seite der Geschäftsführung, die Geschäftsführung im engeren Sinn, wurde delegiert, sondern die externe Seite der Geschäftsführung, die Vertretung. Daran vermag auch die von der Beschwerdeführerin ins Feld geführte Spezialvollmacht für den Klinikkauf nichts zu ändern. Wenn die Beschwerdeführerin ausführt, unter Geschäftsführung würden sämtliche auf die Verfolgung des Gesellschaftszwecks gerichteten Tätigkeiten verstanden und die Generalvollmachten würden dazu berechtigen, sämtliche Angelegenheiten der Y._ AG vorzunehmen, verkennt sie, dass unter der Geschäftsführung im Sinne von <ref-law> gerade nicht die Geschäftsführung im weiteren Sinn zu verstehen ist (vgl. Erwägung 6.3.1 f.). Ebenso ist ihr Vorbringen unbehelflich, wonach selbst bei Annahme, dass die Generalvollmacht lediglich alle möglichen Vertragsfälle im Zusammenhang mit dem Klinikkauf abdecken solle, Geschäftsführungsbefugnisse übertragen worden seien, da der praktisch einzige Zweck der Gesellschaft in der Abwicklung dieses Kaufes bestanden habe. Denn wie die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht festhielt, legte der Beschwerdegegner die Strategie fest, während B._ und C._ lediglich die Abwicklung des Kaufs innerhalb der Vorgaben des Beschwerdegegners zu tätigen hatten. Dem vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt ist schliesslich kein Hinweis darauf zu entnehmen, dass B._ oder C._ auf eine andere Art und Weise als im Zusammenhang mit der entsprechenden Vollmacht für die Y._ AG tätig geworden wären und die interne Leitung der Gesellschaft wahrgenommen hätten.
Somit wurden vorliegend keine Geschäftsführungsaufgaben im Sinne von <ref-law> übertragen. Dies hat zur Folge, dass es weder einer statutarischen Ermächtigung noch eines Organisationsreglements bedurfte. Der Beschwerdegegner hat somit nicht - wie von der Beschwerdeführerin behauptet - eine Pflichtwidrigkeit durch Nichtbeachtung der formellen Voraussetzungen von <ref-law> begangen.
7. Als Eventualbegründung bringt die Beschwerdeführerin vor, dass bei der Delegation von nichtorgantypischen Aufgaben die Entlastungsgründe von <ref-law> bzw. <ref-law> nicht angerufen werden können. Dem Beschwerdegegner komme keine Entlastungsmöglichkeit zu und er hafte daher aus Art. 754 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>.
Ob dem Beschwerdegegner vorliegend der Entlastungsbeweis nach <ref-law> bzw. <ref-law> zusteht oder nicht, kann offen bleiben. Selbst wenn ihm der Entlastungsbeweis abzusprechen wäre und er somit - wie die Beschwerdeführerin geltend macht - der Verantwortlichkeit nach Art. 754 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> unterstehen würde, wäre er nicht haftbar. Denn in der Übertragung der Vertretungsbefugnis kann eine korrekte Ausübung der Aufgabe des Beschwerdegegners erblickt werden, ist es dem Verwaltungsrat doch gestattet und kann es ihm im Sinne einer sorgfältigen Aufgabenerfüllung sogar geboten sein, auch nichtorgantypische Aufgaben zu übertragen (Harald Bärtschi, Verantwortlichkeit im Aktienrecht, Diss. Zürich 2001, S. 255; Forstmoser, Organisation und Organisationsreglement nach neuem Aktienrecht, 1992, S. 31 und 38; Roth Pellanda, a.a.O., S. 360). Der Beschwerdegegner war vorliegend befugt, B._ und C._ mit der Vertretung der Abwicklung der Kaufverträge zu bevollmächtigen (<ref-law>). Wie die Vorinstanz detailliert und mit überzeugender Begründung ausführte, hat der Beschwerdegegner dabei die gebotene Sorgfalt bei der Auswahl, Unterrichtung und Überwachung angewendet. Er ist daher sorgfältig vorgegangen (<ref-law>).
Die Beschwerdeführerin bringt gegen die Beurteilung der Vorinstanz betreffend die Anwendung der gebotenen Sorgfalt lediglich Sachverhaltsrügen vor, mit denen sie aber keine unrichtige Feststellung des Sachverhalts zu begründen vermag. Vielmehr erschöpfen sich ihre Ausführungen in appellatorischer Kritik (vgl. Erwägung 2). Sie ist damit nicht zu hören. Ebenso kann sie keine unrichtige Sachverhaltsfeststellung nachweisen, wenn sie vorbringt, die Vorinstanz habe zu Unrecht das Verhalten von C._ nicht geprüft. Sie zeigt nicht auf, inwiefern sich das Verhalten von C._ von demjenigen von B._ unterschieden hätte und die Vorinstanz gestützt darauf zu einer anderen Schlussfolgerung hätte kommen sollen.
Demnach hält die Beurteilung der Vorinstanz im Ergebnis stand, wonach dem Beschwerdegegner aus dem Beizug von B._ und C._ keine Pflichtverletzung vorzuwerfen ist.
8. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, die Vorinstanz habe zu Unrecht nicht berücksichtigt, dass eine Sorgfaltspflichtverletzung und ein Übernahmeverschulden im Umstand der zahlreichen Verwaltungsratsmandate zu erblicken sei, die der Beschwerdegegner im relevanten Zeitraum ausgeübt habe.
8.1 Wer mangels Zeit oder genügender Fachkenntnisse seine Verwaltungsratspflichten nicht sorgfältig erfüllen kann, hat auf einen Verwaltungsratssitz zu verzichten (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 411). Mangelt es einem Verwaltungsratsmitglied an genügend Zeit für die seriöse Ausübung aller von ihm übernommenen Verwaltungsratsmandaten und schadet dies dem Unternehmen, kann sich das Verwaltungsratsmitglied verantwortlich machen (MISCHA KISSLING, Der Mehrfachverwaltungsrat, Diss. Zürich 2006, S. 14 N. 27, S. 76 N. 195).
8.2 Der Beschwerdegegner bestreitet in der Vernehmlassung die Vielzahl seiner Verwaltungsratsmandate nicht. Er bringt jedoch vor, aufgrund seiner Ausbildung und Berufserfahrung sei er jederzeit in der Lage gewesen, die zum grössten Teil inaktiven Gesellschaften zu verwalten und die aktiven Gesellschaften soweit nötig zu führen. Aus dem vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt geht diesbezüglich nichts hervor.
Die Tatsache der gleichzeitigen Ausübung zahlreicher Verwaltungsratsmandate stellt zwar ein Indiz dar, dass der Beschwerdegegner zu wenig Zeit für die Ausübung seines Verwaltungsratsmandats bei der Y._ AG gehabt haben könnte. Allein daraus kann aber keine Sorgfaltspflichtwidrigkeit des Beschwerdegegners abgeleitet werden, zumal die Beschwerdeführerin keine näheren Umstände darlegt, die darauf schliessen lassen würden, dass der Beschwerdegegner tatsächlich zu wenig Zeit hatte. Insbesondere tut sie nicht dar, welcher Art die übrigen Verwaltungsratsmandate waren, wie der Beschwerdegegner sonst zeitlich ausgelastet war und inwiefern sich der behauptete Zeitmangel konkret auf die Aufgabenerfüllung des Beschwerdegegners bei der Y._ AG ausgewirkt haben soll. So genügt es nicht, wenn sie lediglich pauschal ausführt, der Beschwerdegegner hätte sich bei einer geringeren Anzahl von Verwaltungsratsmandaten besser den Geschäften der Y._ AG widmen und seinen Pflichten als Verwaltungsrat nachkommen können.
9. Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, der Beschwerdegegner habe sich in Verletzung von Art. 716a Abs. 1 Ziff. 1, 2, 3 und 5 OR nicht um die Oberleitung, die Festlegung einer Organisationsstruktur, die Finanzverantwortung und die Oberaufsicht gekümmert. Sie rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung von <ref-law>. Trotz all ihrer Behauptungen in den kantonalen Rechtsschriften und Anerkennungen des Beschwerdegegners sei die Vorinstanz ohne Begründung zum Schluss gekommen, dass es der Beschwerdegegner gewesen sei, der die für den Betrieb notwendigen Überlegungen und Konzeptionen angestellt, das Rechnungswesen, die Finanzkontrolle, die Planung, den Jahresabschluss sowie die Vorbereitung der Jahresversammlung besorgt und schliesslich auch den Richter gemäss <ref-law> benachrichtigt habe.
Mit ihren zahlreichen Hinweisen auf die kantonalen Rechtsschriften beider Parteien vermag die Beschwerdeführerin keine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz aufzuzeigen. Die Vorinstanz hat den Sachverhalt nicht willkürlich festgestellt (vgl. Erwägung 2). Einzig betreffend die Benachrichtigung des Richters trifft es zu, dass es nicht der Beschwerdegegner war, der den Richter angerufen hat. Der Beschwerdegegner räumt in der Vernehmlassung selber ein, er habe den Konkursrichter nicht benachrichtigt, sondern sein Amt als Verwaltungsrat niedergelegt. Dies deshalb, weil er die betroffene Aktiengesellschaft nicht als überschuldet, sondern lediglich als illiquide betrachtet habe.
Wenn begründete Besorgnis einer Überschuldung besteht, muss nach <ref-law> eine Zwischenbilanz erstellt und diese einem zugelassenen Revisor zur Prüfung vorgelegt werden. Ergibt sich aus der Zwischenbilanz, dass die Forderungen der Gesellschaftsgläubiger weder zu Fortführungs- noch zu Veräusserungswerten gedeckt sind, so hat der Verwaltungsrat den Richter zu benachrichtigen, sofern nicht Gesellschaftsgläubiger im Ausmass dieser Unterdeckung im Rang hinter alle anderen Gesellschaftsgläubiger zurücktreten. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> im vorliegenden Fall vorgelegen wären. Allein aus der Tatsache, dass es nicht der Beschwerdegegner war, der den Richter benachrichtigte, kann noch nicht auf eine Pflichtverletzung des Beschwerdegegners geschlossen werden.
Zusammenfassend ergibt sich somit, dass keine Verletzung von <ref-law> ausgewiesen ist.
10. Die Beschwerdeführerin macht zudem geltend, der Beschwerdegegner habe sorgfaltswidrig gehandelt, da er von den beiden Kaufverträgen Kenntnis gehabt und die Darlehensauszahlung nicht verhindert habe. Die Feststellung der Vorinstanz, wonach der Beschwerdegegner nur von einem Kaufvertrag Kenntnis gehabt habe, sei offensichtlich unrichtig.
Auch mit dieser Sachverhaltsrüge vermag die Beschwerdeführerin nicht durchzudringen, sofern diese überhaupt als rechtsgenüglich begründet betrachtet werden kann. Mit den von ihr angeführten Indizien, die zwangsläufig dazu führen müssten, dass der Beschwerdegegner von beiden Verträgen Kenntnis gehabt habe, gelingt es der Beschwerdeführerin nicht, eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung darzutun. Sie schildert mit ihren Ausführungen vielmehr ihre eigene Sicht der Dinge und legt dar, wie die Beweismittel ihrer Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung vermag sie damit jedoch nicht aufzuzeigen (vgl. Erwägung 2).
Inwiefern ein von der Beschwerdeführerin behauptetes Übernahmeverschulden des Beschwerdegegners vorliegen sollte, für den Fall, dass dieser über die Transaktionen nicht im Bilde gewesen sein sollte, ist nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführerin zeigt dies denn auch nicht näher auf, indem sie lediglich vorbringt, die entsprechende Unkenntnis begründe seine Unfähigkeit, Zusammenhänge und offensichtliche Gegebenheiten erkennen zu können.
11. Weiter erblickt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law> in der Erwägung der Vorinstanz, dass der Beschwerdegegner mit Hilfe von Mietverträgen versucht habe, die Sache doch noch auf den richtigen Weg zu bringen.
Mit dieser Rüge ist die Beschwerdeführerin nicht zu hören, da sie ihrer Begründung einen in unzulässiger Weise erweiterten Sachverhalt zu Grunde legt, ohne entsprechende rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben.
12. Für den Fall, dass das Bundesgericht zum Schluss kommen sollte, der Sachverhalt sei aufgrund von bestrittenen Äusserungen des Beschwerdegegners nicht genügend erstellt, um eine allfällige Verletzung der Sorgfaltspflichten beurteilen zu können, macht die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Rechts auf Beweis (<ref-law>), des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) und des Willkürverbots (<ref-law>) geltend.
Da das Bundesgericht in der Lage war, eine Verletzung der Sorgfaltspflichten aufgrund des durch die Vorinstanz festgestellten Sachverhalts zu beurteilen, entbehren diese Rügen von vornherein der Grundlage.
13. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass der Beschwerdegegner mangels Pflichtwidrigkeit nicht nach <ref-law> zur Verantwortung gezogen werden kann. Es erübrigt sich somit, auf die Ausführungen der Beschwerdeführerin zum Schaden, Kausalzusammenhang und Verschulden einzugehen.
Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 22'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer