Sachverhalt:
A. X._ wurde am 12. Mai 2005 festgenommen und befindet sich seither in Haft, seit dem 29. Februar 2008 im vorzeitigen Strafvollzug. Gemäss Anklageschrift der Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich vom 31. August 2006 werden ihm Betäubungsmitteldelikte und Vergehen gegen das Waffengesetz vorgeworfen.
B. Mit Urteil und Beschluss des Bezirksgerichts Zürich vom 14. März 2007 wurde X._ der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3, 4 und 5 in Verbindung mit <ref-law> sowie der Widerhandlung gegen das Waffengesetz im Sinne von Art. 33 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit <ref-law> und <ref-law> sowie der Widerhandlung gegen die Waffenverordnung im Sinne von <ref-law> schuldig gesprochen. Das Bezirksgericht verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von acht Jahren, widerrief den bedingten Strafvollzug einer Vorstrafe und erklärte diese für vollziehbar.
C. X._ legte mit Eingabe vom 16. März 2007 Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich ein. Im Anschluss an die Berufungsverhandlung vom 24. September 2007 setzte die erkennende Kammer den Entscheid zwecks Ergänzung der Untersuchung durch die Anklagebehörde aus. Namentlich sollte die Auskunftsperson A._, die anlässlich der Konfrontation vom 12. Dezember 2005 die Aussagen zur angeblichen Verwicklung des Angeklagten in den Drogenhandel verweigert hatte, erneut (diesmal als Zeuge) befragt bzw. mit dem Angeklagten konfrontiert werden. Mit Eingaben vom 26./ 27. November 2007 teilte die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich nach entsprechenden Abklärungen mit, dass eine Zeugeneinvernahme A._s zufolge Landesabwesenheit in absehbarer Zeit nicht stattfinden könne, weshalb das Urteil aufgrund der im Recht liegenden Akten zu fällen sei, was das Obergericht denn auch tat. Mit Urteil vom 29. Januar 2008 stellte es die Rechtskraft des erstinstanzlichen Urteils hinsichtlich des Schuldspruchs wegen Widerhandlung gegen das Waffengesetz fest. Es sprach X._ gemäss den Anklageziffern I.1, I.2, I.3 (bezüglich einer Menge von 396.9 Gramm Heroin) und I.4 schuldig der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3, 4 und 5 in Verbindung mit Ziff. 2 lit. a und b BetmG. Hingegen sprach es ihn vom Vorwurf des Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz gemäss Anklageziffer I.3 (bezüglich der 396.9 Gramm übersteigenden Menge Heroin) frei. Es bestrafte X._ mit 7 Jahren, 11 Monaten und 9 Tagen Freiheitsstrafe, unter Anrechnung von 993 Tagen Untersuchungs- und Sicherheitshaft, widerrief den bedingten Vollzug der Vorstrafe und erklärte diese für vollziehbar.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur neuen Beurteilung. Gleichzeitig ersucht er um Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug sowie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
E. Das Obergericht hat mit Eingabe vom 8. September 2008 auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich ersucht in ihrer Vernehmlassung vom 23. September 2008 um Bestätigung des obergerichtlichen Urteils.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer ficht einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid an (Art. 80 Abs. 1, 90, 95 BGG). Als Verurteilter ist er zur Beschwerde legitimiert (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 1 BGG). Diese ist form- und fristgerecht erhoben worden (Art. 42, 100 Abs. 1 BGG).
2. Gemäss Anklageschrift Ziffer I.1 (Vorgang Kick 8 und 10) wird dem Beschwerdeführer vorgeworfen, im Zeitraum von ca. Mitte Mai 2004 bis 18. August 2004 total mindestens ca. 17 kg Heroin zum Preis von jeweils ca. Fr. 32'000.-- pro Kilogramm an seinen Hauptdrogenabnehmer B._ (recte: C._, genannt D._) geliefert zu haben (Abs. 1). In diesen 17 Kilogramm soll eine Lieferung Heroin enthalten sein, welche der Beschwerdeführer am 22. Juli 2004 vorerst in Luzern im Umfang von acht Kilogramm übernommen, sodann gestreckt und schliesslich gleichentags sieben Kilogramm davon an seinen Drogenabnehmer D._ weitergegeben habe (Abs. 2-4). Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang zunächst eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK sowie Art. 29 Abs. 2 und <ref-law>. Er beanstandet, das Obergericht habe die ihm unter Anklageziffer I.1 vorgeworfenen Sachverhalte ganz überwiegend anhand der ihn belastenden Aussagen von A._ erstellt, obschon dieser anlässlich der Konfrontation vom 12. Dezember 2005 die Aussagen verweigert bzw. Ergänzungsfragen nicht beantwortet habe (Beschwerde, S. 9 ff., insbesondere S. 14 ff.). Darüberhinaus sei die Begründung im angefochtenen Urteil zum angeblichen Konnex zwischen den beiden Sachverhaltsabschnitten gemäss Anklageziffern I.1 Abs. 1 und I.1 Abs. 2-4 willkürlich und verletze das rechtliche Gehör (Beschwerde, S. 22 ff.).
2.1 Nach Auffassung des Obergerichts beruhen die gegen den Beschwerdeführer erhobenen Vorwürfe des Betäubungsmittelhandels gemäss Anklageziffer I.1. auf verwertbaren Beweismitteln. So könne hinsichtlich der dem Beschwerdeführer angelasteten Übernahme von 8 kg Heroin in Luzern vom 22. Juli 2004 mit anschliessender Weitergabe an den Drogenabnehmer D._ (Anklageziffer I.1 Abs. 2-4) aus der Gesamtheit der verschiedenen Beweismittel und Indizien auf den vollen Beweis der Täterschaft des Angeklagten im Sinne des angeklagten Sachverhalts geschlossen werden (vgl. angefochtenes Urteil, S. 44). Wenn aber davon auszugehen sei, dass bezüglich der Übernahme von 8 kg Heroin die Aussagen von A._ zwar ein wich-tiges, aber weder das alleinige noch das entscheidende Beweismittel bildeten, könnten diese Aussagen, welche durch die Erkenntnisse der Telefonkontrolle gestützt würden und daher glaubhaft seien, angesichts des engen Konnexes zwischen den beiden Sachverhaltsteilen auch als Beweismittel zur Erstellung des Vorwurfs der Lieferung von total mindestens ca 17 kg Heroin herangezogen werden (Anklageziffer I.1 Abs. 1). Abgesehen davon müsse von einer faktischen Unmöglichkeit ausgegangen werden, A._ noch einmal einzuvernehmen, was ohnehin zur Verwertbarkeit seiner Aussagen führe. Im Übrigen dürfe nicht ausser Acht gelassen werden, dass auf A._ zufolge seiner glaubhaften Aussagen von Seiten des Umfelds des Beschwerdeführers Druck ausgeübt worden sei, was dazu geführt habe, dass er in der direkten Konfrontation mit dem Beschwerdeführer keine Aussagen mehr habe machen wollen (vgl. angefochtenes Urteil, S. 40 f.).
2.2 Der in Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK garantierte Anspruch des Angeschuldigten, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Entsprechend sind Beschwerden wie die hier zu beurteilende unter dem Blickwinkel beider Bestimmungen zu prüfen. Mit der Garantie von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK soll ausgeschlossen werden, dass ein Strafurteil auf Aussagen von Zeugen abgestützt wird, ohne dass dem Beschuldigten wenigstens einmal angemessene und hinreichende Gelegenheit gegeben wurde, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Zeugen zu stellen. Der Beschuldigte muss namentlich in der Lage sein, die Glaubhaftigkeit einer Aussage zu prüfen und den Beweiswert in kontradiktorischer Weise auf die Probe und in Frage stellen zu können ("face to face confrontation"). Dieser Anspruch wird als Konkretisierung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) auch durch <ref-law> gewährleistet. Ziel der genannten Normen ist die Wahrung der Waffengleichheit und die Gewährung eines fairen Verfahrens (vgl. zum Ganzen 131 I 476 E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 6c/cc; siehe auch <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2). Das kann entweder zum Zeitpunkt erfolgen, zu dem der Belastungszeuge seine Aussage macht, oder auch in einem späteren Verfahrensstadium (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 6b mit Hinweisen).
Der Begriff des Zeugen ist entsprechend der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte autonom und ohne formelle Bindung an das nationale Recht auszulegen. Als Aussagen von Zeugen gelten all jene, die formell zugelassen sind, dem Gericht zur Kenntnis kommen und von ihm verwendet werden können. Auch in der Voruntersuchung gemachte Aussagen vor Polizeiorganen werden als Zeugenaussagen betrachtet (BGE <ref-ruling> E. 6a mit Hinweisen).
Aussagen von Zeugen und Auskunftspersonen dürfen demnach in der Regel nur nach erfolgter Konfrontation zum Nachteil eines Angeschuldigten verwertet werden. Dem Anspruch, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, kommt insofern grundsätzlich absoluter Charakter zu. Nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) kann auf eine Konfrontation des Angeklagten mit dem Belastungszeugen oder auf die Einräumung der Gelegenheit zu ergänzender Befragung des Zeugen allerdings unter besonderen Umständen verzichtet werden (ausführlich <ref-ruling> E. 5b S. 285 mit Hinweisen). So hat der Gerichtshof, und mit ihm auch das Bundesgericht, die fehlende Befragung - vorausgesetzt, die Behörden haben sich sorgfältig darum bemüht, dem Beschuldigten eine solche zu ermöglichen - unbeanstandet gelassen, wenn der Zeuge berechtigterweise das Zeugnis verweigerte, der Zeuge trotz angemessener Nachforschungen unauffindbar blieb oder verstorben war. Allerdings ist in solchen Fällen gestützt auf Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. d EMRK erforderlich, dass der Beschuldigte dazu hinreichend Stellung nehmen kann, die Aussagen sorgfältig geprüft werden und ein Schuldspruch nicht alleine darauf abgestützt wird, d.h. dem streitigen Zeugnis nicht ausschlaggebende Bedeutung zukommen bzw. es nicht den einzigen oder einen wesentlichen Beweis darstellen darf (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5b; vgl. auch EGMR, Urteil i.S. Haas vs. Germany vom 17. November 2005, Application no. 73047/01, publiziert in NStZ 2007, S. 103 ff., 104, sowie Urteil i.S. Lucà vs. Italy vom 27. Mai 2001, Application no. 33354/96, insbesondere Rz. 39 und 40 , CEDH 2001-II, besprochen in AJP 2003, S. 97; siehe auch Walter Gollwitzer, MRK und IPBPR, Berlin 2005, Rz.227, S. 411).
Aussagen von Zeugen und Auskunftspersonen dürfen demnach in der Regel nur nach erfolgter Konfrontation zum Nachteil eines Angeschuldigten verwertet werden. Dem Anspruch, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, kommt insofern grundsätzlich absoluter Charakter zu. Nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) kann auf eine Konfrontation des Angeklagten mit dem Belastungszeugen oder auf die Einräumung der Gelegenheit zu ergänzender Befragung des Zeugen allerdings unter besonderen Umständen verzichtet werden (ausführlich <ref-ruling> E. 5b S. 285 mit Hinweisen). So hat der Gerichtshof, und mit ihm auch das Bundesgericht, die fehlende Befragung - vorausgesetzt, die Behörden haben sich sorgfältig darum bemüht, dem Beschuldigten eine solche zu ermöglichen - unbeanstandet gelassen, wenn der Zeuge berechtigterweise das Zeugnis verweigerte, der Zeuge trotz angemessener Nachforschungen unauffindbar blieb oder verstorben war. Allerdings ist in solchen Fällen gestützt auf Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. d EMRK erforderlich, dass der Beschuldigte dazu hinreichend Stellung nehmen kann, die Aussagen sorgfältig geprüft werden und ein Schuldspruch nicht alleine darauf abgestützt wird, d.h. dem streitigen Zeugnis nicht ausschlaggebende Bedeutung zukommen bzw. es nicht den einzigen oder einen wesentlichen Beweis darstellen darf (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5b; vgl. auch EGMR, Urteil i.S. Haas vs. Germany vom 17. November 2005, Application no. 73047/01, publiziert in NStZ 2007, S. 103 ff., 104, sowie Urteil i.S. Lucà vs. Italy vom 27. Mai 2001, Application no. 33354/96, insbesondere Rz. 39 und 40 , CEDH 2001-II, besprochen in AJP 2003, S. 97; siehe auch Walter Gollwitzer, MRK und IPBPR, Berlin 2005, Rz.227, S. 411).
2.3 2.3.1 Vorliegend steht einerseits fest, dass der Beschwerdeführer den ihn belastenden A._ nie hat befragen können. Anlässlich der Konfrontationseinvernahme vom 12. Dezember 2005 wurde dieser auf sein Recht gemäss § 149b Abs. 1 StPO/ZH hingewiesen, dass er die Aussage ohne Angabe von Gründen verweigern könne, was er in der Folge denn auch tat, soweit es um Fragen bzw. Sachverhalte betreffend die angeblichen Verwicklungen des Beschwerdeführers in den Drogenhandel ging. Am 12. Februar 2007 wurde A._ vom Bezirksgericht Zürich rechtskräftig verurteilt. Seither bzw. seit längerer Zeit befindet er sich nicht mehr in der Schweiz, sondern mutmasslich in Mazedonien. Eine erneute Einvernahme A._ als Zeuge bzw. eine Konfrontation mit dem Beschwerdeführer scheiterte an der faktischen Unmöglichkeit, jenen innert angemessener Zeit beizubringen. Vor diesem Hintergrund kann den Behörden jedenfalls nicht vorgeworfen werden, sich nicht gewissenhaft genug darum bemüht zu haben, dem Beschwerdeführer eine Befragung im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 und 3 lit. d EMRK zu ermöglichen. Letzterer macht solches im Verfahren vor Bundesgericht denn auch nicht geltend.
2.3.2 Andererseits ist klarzustellen, dass entgegen der im angefochtenen Urteil angedeuteten Auffassung (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 17 und 25) nicht davon ausgegangen werden kann, der Beschwerdeführer habe auf sein Recht, Ergänzungsfragen zu stellen, verzichtet. Wie bereits ausgeführt wurde, berief sich der als Auskunftsperson zu befragende A._ anlässlich der Konfrontation am 12. Dezember 2005 auf sein Aussageverweigerungsrecht gemäss § 149b Abs. 1 StPO/ZH und beantwortete die Fragen des untersuchenden Staatsanwaltes zu drogenrelevanten Sachverhalten in Bezug auf den Beschwerdeführer nicht (kantonale Akten, Urkunde 19/3, S. 2 f.: "Das kann ich nicht sagen" bzw. "Ich verweigere die Aussage"). Ebenso wenig gab A._ Antwort auf die seitens der Verteidigung anlässlich der Konfrontationseinvernahme gestellte Ergänzungsfrage (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 16; kantonale Akten, Urkunde 19/3, S. 3). Unter diesen Umständen wäre die Stellung von weiteren Ergänzungsfragen nach zutreffender Meinung des Beschwerdeführers (vgl. Beschwerdeschrift, S. 10 ff. mit Hinweis auf die Rechtsprechung des Kassationsgerichts des Kantons Zürich in ZR 98 (1999) N. 63, S. 304) ein offensichtlich nutzloses Unterfangen gewesen und konnte damit unterbleiben.
2.3.3 Verweigert - wie im zu beurteilenden Fall - die Auskunftsperson berechtigterweise die Aussagen bzw. die Beantwortung von Ergän-zungsfragen, so verhält es sich im Ergebnis nicht anders, als wenn sie gar nicht erschienen bzw. erreichbar wäre. Der Fall der Aussageverweigerung ist folglich demjenigen der Unerreichbarkeit der Auskunftsperson gleichzustellen, soweit die Behörden sich angemessen und gewissenhaft darum bemüht bzw. das Erforderliche unternommen haben, um die Auskunftsperson zur Aussage zu veranlassen, d.h. diese vorgeladen bzw. vorgeführt haben (siehe dazu auch Stefan Trechsel, Human rights in criminal proceedings, Oxford 2005, S. 314/315 mit Hinweis auf das Urteil des EGMR i.S. Lucà vs. Italy). In einem solchen Fall kann zwar auch ohne (nachträgliche) Konfrontation mit dem Angeschuldigten auf die früher gemachten belastenden Aussagen des Zeugen bzw. der Auskunftsperson zurückgegriffen werden. Die Verurteilung des Beschuldigten darf jedoch nicht ausschliesslich oder wesentlich ("solely or to a decisive extent") auf ein solches Zeugnis gestützt werden (vorstehend E. 2.2 in fine mit Hinweisen).
2.4 Die Vorinstanz hat die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz erkennbar auf die belastenden Aussagen der Auskunftsperson A._ gestützt. Sie stellt aber nicht nur alleine auf dieses Beweismittel ab, sondern verwertet insbesondere auch die Gesprächsaufzeichnungen aus der angeordneten Telefonkontrolle. Auch wenn die abgehörten Gespräche im Zeitraum vom 14. bis und mit 22. Juli 2004 (vgl. kantonale Akten 5/.1.1 Beilagen 1-80) an sich einen unverfänglichen Inhalt aufweisen, lässt sich die Erkenntnis der Vorinstanz, wo-nach mit Hilfe von Deckwörtern ("acht gute Freunde", "acht Brote [....] ganz unberührt", "diese Mädchen" etc.) über die Übernahme einer Lieferung von 8 kg Heroin in Luzern verhandelt wurde, sachlich willkürfrei vertreten (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 42 ff. mit Verweis auf das erstinstanzliche Urteil, S. 35 ff.). Dass der Beschwerdeführer am entsprechenden Datum denn auch in der Tat mit seinem Jeep Cherokee nach Luzern gefahren ist und sich dort aufgehalten hat, kann sodann aufgrund des Wahrnehmungsberichts des Kantonspolizei Zürich vom 5. Mai 2006 mit der Vorinstanz als erstellt betrachtet werden (vgl. kantonale Akten, Urkunde 21/3). Ebenso lässt sich aus den weiteren Telefonprotokollen ohne Willkür ableiten, dass das am 22. Juli 2004 in Luzern übernommene Heroin (bzw. zumindest Teile davon) für den Hauptdrogenabnehmer des Beschwerdeführers, also für "D._", bestimmt war (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 44, mit Verweis auf das erstinstanzliche Urteil, S. 37 und 38, wo die entsprechenden Telefongespräche bzw. SMS mit Angabe der Antennenstandorte wiedergegeben werden). Mithin kann nicht ernsthaft in Abrede gestellt werden, dass bereits diese Beweise bzw. Indizien einen ganz schwerwiegenden Tatverdacht wegen Heroinhandels im massgeblichen Kilobereich im Sinne des Anklagesachverhalts I.1 begründen, wenn sie nicht ohnehin eine entsprechende Verurteilung des Beschwerdeführers zu tragen vermöchten, dies namentlich auch in Anbetracht der sorgfältigen Beweiserhebung und der überzeugende Analyse der Telefonprotokolle durch die erste Instanz, auf welche im angefochtenen Urteil verwiesen wird (angefochtenes Urteil, S. 42 ff. mit Verweis auf das erstinstanzliche Urteil).
Zu diesen aus der Telefonkontrolle und der Polizeibeobachtung gewonnenen Erkenntnissen treten die Aussagen von A._, welche die Vorinstanz nach den Grundsätzen der Aussagenanalyse auf ihre Glaubhaftigkeit überprüft und nach sorgfältiger Würdigung für wahr befunden hat (vgl. angefochtenes Urteil, S. 37 und 39 f. mit Verweis auf das erstinstanzliche Urteil, S. 46 ff. sowie S. 30 ff.), hinzu. Dieser hat aus eigener Wahrnehmung den in seiner Wohnung vorgenommenen Heroinhandel zwischen dem Beschwerdeführer und "D._" geschildert. Als Beweismittel geben seine Schilderungen insbesondere Aufschluss über die Tatmodalitäten (Zeitraum, Menge und Qualität des gelieferten Stoffes) des bereits anhand der Auswertung der Telefongespräche weitgehend erstellbaren Heroinhandels durch den Beschwerdeführer im Kilobereich. Damit sind die fraglichen Aussagen A._s zwar in Bezug auf die Modalitäten des besagten Handels ein durchaus wichtiges Beweismittel - davon geht auch die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid aus -, sie sind aber nicht ausschlaggebend für die Erstellung des Anklagesachverhalts und damit auch nicht für den Schuldspruch wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Mit anderen Worten führen sie bezüglich des zu erstellenden Anklagesachverhalts nicht zu einer eigentlichen Tatausweitung des bereits mit anderen Beweismitteln gewonnenen Beweisergebnisses - was letztlich denn auch der Schuldspruch und die konkret ausgefällte Strafe zeigen - , sondern festigen dieses nur in Bezug auf die Einzelheiten der Aus- und Durchführung der Tat. Insofern sind die fraglichen Aussagen von A._ entgegen dem in der Beschwerde vertretenen Standpunkt weder das einzige noch das ausschlaggebende Beweismittel zur Erstellung des Anklagesachverhalts, und zwar weder hinsichtlich des Teilvorwurfs betreffend die Übernahme von 8 kg Heroin in Luzern mit Weitergabe bzw. Verkauf von rund 7 kg Heroin an den Hauptdrogenabnehmer "D._" gegen Ende Juli 2004 (Anklagesachverhalt I. Abs. 2-4), noch in Bezug auf den Gesamtvorwurf, insgesamt mindestens ca. 17 kg Heroin von Mitte Mai 2004 bis 18. August 2004 an "D._" geliefert bzw. verkauft zu haben (Anklagesachverhalt I.1 Abs.1). Unter diesen Umständen kann aber jedenfalls nicht gesagt werden, dass der Beschwerdeführer wegen der Beeinträchtigung seines Fragerechts insgesamt kein faires Verfahren hatte, zumal in diesem Zusammenhang - wie die Vorinstanz zu Recht festhält - auch zu berücksichtigen ist, dass A._ die Aussagen anlässlich der Konfrontation vom 12. Dezember 2005 offensichtlich aus Angst vor Repressalien verweigerte. Das angefochtene Urteil verletzt insofern kein Bundesrecht. Die Beschwerde ist deshalb in diesem Punkt als unbegründet abzuweisen.
2.5 Ebenso wenig dringt der Beschwerdeführer durch, soweit er der Vorinstanz eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs wegen unzureichender Begründung des angefochtenen Entscheids vorwirft (vgl. Beschwerdeschrift, S. 22). Wie die Vorinstanz nach dem Gesagten in Bezug auf die Übernahme von 8 kg Heroin in Luzern mit Weitergabe von 7 kg an "D._" nämlich zu Recht erwogen hat, decken sich die Aussagen von A._ mit dem Verhalten des Beschwerdeführers, wie es sich aus der Telefonkontrolle ergibt. Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz aber ohne Willkür die in der Beschwerde vertretene Auffassung, es gebe keine Schnittstelle zwischen dem "Luzerner-Vorfall" und den Vorwürfen A._s, verneinen und die Einwände der Verteidigung, wonach die von A._ behauptete Lieferung von 7 kg Heroin Ende Juli 2004 mit dem Heroin aus Luzern angesichts der Ungereimtheiten hinsichtlich Art und Qualität der beiden Heroinlieferungen nichts zu tun haben könne, integral verwerfen dürfen (vgl. angefochtenes Urteil, S. 45 mit Verweis auf die kantonalen Akten, Plädoyernotizen, Urk. 87 S. 14). Dass der Beschwerdeführer den vorinstanzlichen Entscheid deswegen nicht sachgerecht und in Kenntnis seiner vollen Tragweite hätte anfechten können, ist nicht ersichtlich und wird so selbst vom Beschwerdeführer nicht geltend gemacht. Von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs kann daher in diesem Zusammenhang nicht gesprochen werden. Schliesslich verfällt die Vorinstanz entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers auch nicht in Willkür, wenn sie einen engen Konnex zwischen den beiden Sachverhaltsabschnitten (Gesamtlieferung von 17 kg an "D._" [Anklageziffer I.1 Abs. 1], Übernahme von 8 kg Heroin in Luzern mit Weitergabe von 7 kg an "D._" [Anklageziffer I.1 Abs. 2-4] annimmt, zumal sie sich hierfür auf sachlich haltbare Gründe stützen kann (Übereinstimmung von Deliktsperiode und Tatbeteiligten).
2.6 Ebenfalls kein Erfolg ist der Beschwerde beschieden, soweit der Beschwerdeführer in Bezug auf Anklageziffer I.1 Abs. 5, wonach der Beschwerdeführer den Rest des am 22. Juli 2004 übernommenen Heroins, teils unter Mithilfe von E._, verschiedenen nicht bekannten Personen in der Schweiz zum Kauf angeboten haben soll, eine Verletzung des Anklageprinzips im Sinne von Art. 6 Abs. 3 lit. a EMKR und <ref-law> rügt (Beschwerdeschrift, S. 25 ff.). Denn der beanstandete Vorhalt genügt den verfassungsrechtlichen Anforderungen an die sich aus dem Anklagegrundsatz ergebende Informationsfunktion (vgl. <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling>). Danach muss die Anklageschrift die Person des Angeklagten sowie die ihm zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise umschreiben, dass die Vorwürfe im objektiven und subjektiven Bereich genügend konkretisiert sind. Diese Voraussetzungen sind hier erfüllt. So geht aus dem beanstandeten Absatz 5 der Anklageziffer I.1 nicht nur der Deliktszeitraum hervor, der sich vom 22. Juli 2004 bis zum 18. August 2004 erstreckt, sondern auch die Art und Menge des Betäubungsmittels. Ebenfalls wird das dem Beschwerdeführer vorgeworfene Verhalten hinlänglich klar umschrieben, auch wenn im Einzelnen nicht dargelegt wird, wem konkret er Heroin zum Kauf angeboten hat. Allein dieser Umstand, dass dem Beschwerdeführer kein konkretes Geschäft mit einer bestimmten Person vorgeworfen wird, verletzt den Anklagegrundsatz indessen nicht. Der Beschwerdeführer wusste entgegen seiner Auffassung aber somit auch in Bezug auf Anklageziffer I.1 Abs. 5 mit hinreichender Klarheit, was ihm vorgeworfen wurde, und er hätte sich gegen diesen Vorwurf entsprechend zur Wehr setzen können. Abgesehen davon ist er mit der Vorinstanz abschliessend darauf hinzuweisen, dass der beanstandete Absatz im Ergebnis sowieso nur der Verdeutlichung dient, was mit dem vom Beschwerdeführer übernommenen Heroin in der Folge geschah (angefochtenes Urteil, S. 12 f.).
3. Die Beschwerde ist vollumfänglich abzuweisen. Damit wird das Gesuch um Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug gegenstandslos; mangels Zuständigkeit hätte darauf aber ohnehin nicht eingetreten werden können.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer grundsätzlich kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches gutzuheissen ist, da seine Bedürftigkeit ausgewiesen ist und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos erschien (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Petar Hrovat, wird mit Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint