Arrestprosequierung; Schuldanerkennung; Sittenwidrigkeit, hat sich ergeben:
A.- a) Die Beverly Overseas SA (Klägerin) wurde am 18. Mai 1993 mit Sitz auf den British Virgin Islands gegründet.
Die Privredna Banka Zagreb d.d. (Beklagte) ist das bedeutendste Bankinstitut Kroatiens mit Sitz in Zagreb.
b) Hintergrund des Streits bilden Waffengeschäfte aus dem Jahr 1992. Verkäuferin soll eine Intersystems Inc. , Beirut, Käuferin die Republik Kroatien gewesen sein, welche sich damals in kriegerischen Auseinandersetzungen mit serbentreuen Verbänden befand. Die Klägerin klagt als Zessionarin der Intersystems Inc.
c) Im Rahmen einer "Promissory Note" gab die Beklagte am 11. Mai 1992 ein Zahlungsversprechen ab, das wie folgt lautete (Originalfassung):
"We agree to full responsibility for the wording of the Promissory Note as follows:
Datei of issue: May 11, 1992
Date of Maturity: July 7 to December 30, 1992
For value received, we the undersigned appointed officers of Privredna banka Zagreb, d.d. hereby irrevocably and unconditionally without protest or notification promise to pay against this Promissory Note to the order of Bearer.
Bearer: INTERSYSTEMS INC. -code Z-1/FG-001 from May 8th, 1992 or holder thereof at maturity and one day from Date of issue on the sum of USD 26,100. 000.-- in lawful money with 8% annual interest rate on the balance.
Payments shell be made in six equal monthly instalments in am amount of USD 4,350. 000.-- and the interest shell be paid with the Last instalment.
The borrower maintains the right to pay the debt prior to the above mentioned date.
The terms and conditions of this Promissory Note will be governed and construed in accordance with the laws of Switzerland and additional thereto by the regulations of the International Chamber of Commerce in Paris and the United States Council of the International Chamber of Commerce Brochure "322" last revised edition. The present revision of the Uniform Rules for Collections, dated 1st January 1979, replaces I.C.C. Publication No. 254.
The failure of the holder thereof to exercise and declares that all acts, conditions, and things have happened precedent to the creation and issue of this Note and constitute this Note the valid obligation of the borrower in accordance with its terms have been done and performed. An additional thereto by the regulations of (Forme Majeure) and the International Chamber of Commerce in Paris, Franke, Brochure "400" last revised edition of all rights arising from the ownership of this Promissory Note that is freely transferable, assignable, and divisible. "
Unterzeichnet ist das Dokument unter dem Titel "Borrower:" durch Mr. Martin Katicic für die Beklagte sowie durch Jozo Martinovic, M.B.A., für die Republik Kroatien unterhalb des Zusatzes: "We agree and fully accept the commitments arising from this Promissory Note.. "
Das Original der "Promissory Note" trägt auf der Rückseite eine Erklärung im Sinne von <ref-law> betreffend Übertragung zum Inkasso an die Klägerin.
B.- a) Am 6. Juli 1995 liess die Klägerin die Beklagte über den Betrag von Fr. 29'806'200.-- nebst Zins zu 8% seit
12. Mai 1992 zuzüglich Verfahrens- und Arrestkosten betreiben.
Versuche zur Erlangung einer provisorischen Rechtsöffnung scheiterten.
b) Auf Antrag der Klägerin wurde am 26. Juli 1995 ein Arrest im Betrag von Fr. 400'000.-- angeordnet und am Folgetag durch das Betreibungsamt Zürich 1 beim damaligen Bankverein vollzogen.
c) Am 12. Juli 1996 reichte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Arrestprosequierungsklageein mit dem Begehren, die Beklagte zur Zahlung von Fr. 400'000.-- zuzüglich Zins zu 8% seit dem 12. Mai 1992 zu verurteilen sowie den in der Betreibung Nr. 95/2, 098 des Betreibungsamtes Zürich 1 erhobenen Rechtsvorschlag im Umfang von Fr. 400'000.-- nebst Fr. 1'623. 20 Arrest- und Fr. 444.-- Betreibungskosten aufzuheben.
d) Am 30. September 1996 erhöhte die Klägerin den Forderungsbetrag auf Fr. 463'000.-- und verkündete der Republik Kroatien den Streit. Am 19. November 1997 verkündete die Beklagte der Republik Kroatien ebenfalls den Streit. Im weiteren Schriftenwechsel erhöhte die Klägerin den Forderungsbetrag auf zuletzt US$ 9'222'213.-- nebst 8% Zins seit dem 12. Mai 1992.
e) Mit Urteil vom 5. April 2000 wies das Handelsgericht die Klage ab. Die Beklagte erhob gegen diesen Entscheid kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Diese richtet sich einzig gegen die Höhe der ihr in Ziffer 5 des handelsgerichtlichen Urteils zu Lasten der Klägerin zugesprochenen Prozessentschädigung von Fr. 130'000.--.
C.- Mit Berufung beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Klage gutzuheissen, eventuell die Streitsache zur Ergänzung des Sachverhalts und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.
D.- a) Mit Verfügung des Präsidenten des Kassationsgerichts des Kantons Zürich vom 17. Juli 2000 wurde die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde der Beklagten bis zum Entscheid über die vorliegende Berufung sistiert.
b) Auf Ersuchen der Beklagten vom 12. August 2000 wurde die Klägerin durch Präsidialverfügung vom 20. September 2000 zur Leistung von Fr. 60'000.-- zur Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung verpflichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Handelsgericht stellte fest, die "Promissory Note" enthalte unbestrittenermassen eine Willenserklärung der Parteien, das Verhältnis schweizerischem Recht zu unterstellen.
Damit sei für den Rechtsstreit aus diesem Papier zwischen der Klägerin und der Beklagten eine gültige Rechtswahl gemäss <ref-law> getroffen worden.
In seiner Entscheidung ging das Handelsgericht ohne Beweisführung vom Klagefundament und somit auch bezüglich des Grundverhältnisses zwischen der Republik Kroatien und der Rechtsvorgängerin der Klägerin, der Intersystems Inc. , vom schweizerischen Recht aus. Denn nach klägerischer - aber von der Beklagten bestrittenen - Behauptung sei durch den Austausch mündlich übereinstimmender Erklärungen auch bezüglich des Grundverhältnisses eine ausdrückliche Rechtswahl auf das schweizerische Recht getroffen worden. Das Handelsgericht erwog, auch ein allfälliges Anweisungsverhältnis wäre wegen des engsten Zusammenhangs zum schweizerischen Recht von der Rechtswahl der Parteien betroffen. Falls das Grundverhältnis jedoch nicht schweizerischem Recht unterstellt sein sollte, so wäre ein allfälliges Anweisungsakzept gemäss <ref-law> dennoch nach schweizerischem Recht zu beurteilen, da die Rechtswahl in der "Promissory Note" massgeblich den Verpflichtungswillen der Beklagten betrifft, welcher allein nach schweizerischem Recht zu beurteilen ist.
Welchem Recht dabei das Anweisungsverhältnis insgesamt untersteht, ist hier nicht massgeblich.
2.- Die Klägerin ist der Auffassung, dass es sich bei der strittigen "Promissory Note" um einen wegen der Ratenklausel nichtigen Eigenwechsel gemäss Art. 1098 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> handelt, der jedoch in eine akzeptierte Anweisung im Sinne von <ref-law> zu konvertieren sei. Dazu stellte das Handelsgericht lediglich fest, die von der Klägerin vorgetragene Konversionstheorie könne gute Gründe für sich in Anspruch nehmen. Wer als Bank ein Zahlungsversprechen abgebe, welches als unwiderruflich ("irrevocably") und unbedingt ("unconditionally") bezeichnet und ohne Protest ("without protest") oder Anzeige ("notification") erfolgen soll, also Klauseln benutze, die schon vom Wortlaut her einen uneingeschränkten Zahlungswillen ausdrückten, der müsse sich entgegenhalten lassen, er habe ein einrede-abstraktes Schuldversprechen abgegeben. Das Dokument enthalte zudem keinen Hinweis auf das Grundverhältnis und nenne keine spezifischen Pflichten der Begünstigten zur Einforderung des Geldes, sondern lege lediglich die Zahlung von sechs monatlichen Raten zwischen dem 7. Juli und dem 30. Dezember 1992 fest. Auch dies indiziere ein einrede-abstraktes Schuldversprechen. Das Handelsgericht liess die Frage aber letztlich offen, unter welches Rechtsgeschäft der Erklärungsgehalt dieses Zahlungsversprechens zu subsumieren ist.
Dies rügt die Klägerin als bundesrechtswidrig. Sie ist der Auffassung, der entsprechenden Erklärung der Beklagten könne richtigerweise nur die Bedeutung einer angenommenen Anweisung gemäss <ref-law> zukommen.
Da das Handelsgericht sich zu den Absichten der Parteien nicht geäussert hat, kann anhand objektiver Kriterien nicht entschieden werden, welches gültige Rechtsgeschäft an Stelle des formungültigen Eigenwechsels dem hypothetischen Willen der Parteien entsprochen hätte. Insbesondere liegen keine Feststellungen bezüglich der Frage vor, ob die Republik Kroatien die Beklagte zur Zahlung an die Intersystems Inc. ermächtigt hat.
3.- Ob der Erklärungsgehalt der "Promissory Note" einer beweisabstrakten Schuldanerkennung (<ref-law>), einer Bankgarantie, einem Schuldbeitritt oder einem Anweisungsakzept entspricht, kann offen bleiben. Da eine vorbehaltlos angenommene Anweisung bezüglich Abstraktionswirkung bzw. Nichtakzessorietät zur Grundschuld die stärkste Verpflichtungswirkung aller einseitigen Zahlungsverpflichtungen im schweizerischen Privatrecht nach sich zieht, ist vorerst im Sinne der für die Klägerin günstigsten Ausgangslage von einem Anweisungsverhältnis auszugehen. Danach wäre die "Promissory Note" das Anweisungsakzept im Rahmen eines Drei-Personen-Verhältnisses, wenn die heutige Klägerin mit ihrer Rechtsvorgängerin, der Intersystems Inc. , gleichgesetzt wird. Die Republik Kroatien steht bei dieser Ausgangslage mit der Intersystems Inc. in einem Kaufvertragsverhältnis, welches Waffen zum Gegenstand hat. Die Beklagte verspricht der Intersystems Inc. Ratenzahlungen in Form einer einseitigen empfangsbedürftigen Willenserklärung. Das Rechtsverhältnis zwischen der Beklagten und der Republik Kroatien wäre dabei als Girovertrag anzusehen, aufgrund dessen die Republik Kroatien die Beklagte zur Zahlung anwies.
a) Die Anweisung gemäss <ref-law> stellt eine Doppelermächtigung dar, an der drei Personen beteiligt sind.
Mittels Anweisung lässt der Anweisende durch den im eigenen Namen, aber für fremde Rechnung handelnden Angewiesenen seine eigene Zahlungsverpflichtung erfüllen (Dohm, Bankgarantien im internationalen Handel, Bern 1985, S. 64; Zobl, Die Bankgarantie im schweizerischen Recht, in: Wiegand (Hrsg.), Personalsicherheiten, Berner Bankrechtstag, Bd. 4 , Bern 1997, S. 28). Da sie weder den Zweck noch den Grund der Leistung nennt (<ref-ruling> E. 1b S. 240; <ref-ruling> E. 2), ist die Anweisung eine blosse Erfüllungshandlung. Ihr liegt damit Zahlungsfunktion zugrunde im Gegensatz zur Sicherungsfunktion der Garantie (<ref-ruling> E. 1b S. 240; Thomas Koller, Basler Kommentar, N 1 zu <ref-law>; Dohm, a.a.O., S. 64).
b) Grundsätzlich wird der Angewiesene durch die Anweisung nur ermächtigt, nicht auch verpflichtet, an den Anweisungsempfänger zu leisten. Gegenüber diesem entsteht eine Leistungspflicht erst durch eine entsprechende Annahmeerklärung des Angewiesenen. Eine gemäss <ref-law> vorbehaltlos angenommene Anweisung begründet ein neues, gegenüber dem Deckungs-, nach herrschender Auffassung aber auch gegenüber dem Valutaverhältnis grundsätzlich abstraktes Zahlungsversprechen (<ref-ruling> E. 3b S. 256 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling> E. 3a; Koller, a.a.O., N 6 zu <ref-law>; Guhl/Schnyder, Das Schweizerische Obligationenrecht,
9. Aufl. , Zürich 2000, § 54 Rz 8, S. 606 f.; von der Crone, Rechtliche Aspekte der direkten Zahlung mit elektronischer Überweisung (EFTPOS), Diss. Zürich 1988, S. 50). Dem Angewiesenen stehen gegenüber dem Anweisungsempfänger nur solche Einreden zu, die diesem gegenüber persönlich bestehen oder sich aus dem Inhalt der Anweisung ergeben (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 2). Zulässig sind nur Gültigkeitseinwendungen, die sich einzig gegen die Gültigkeit und somit den Inhalt des Zahlungsversprechens selbst wenden (Zobl, a.a.O., S. 39 f.; Canaris, Grosskommentar HGB,
10. Lieferung: Bankvertragsrecht, 1. Teil, 4. Aufl. 1988, Rz 1015 und 1019 f.). Der Gesetzgeber hat auf diese Weise mit <ref-law> dem Funktionsschutz der Anweisung - der Trennung der Anweisung von ihren parallel laufenden Kausalverhältnissen und somit dem Grundsatz der Nichtakzessorietät - zusätzlich Rechnung getragen (vgl. von der Crone, a.a.O., S. 51, mit Hinweisen).
4.- Für den Fall der Bejahung eines Anweisungsverhältnisses macht die Beklagte geltend, die Klägerin berufe sich rechtsmissbräuchlich auf den Ausschluss von Einreden aus dem Valutaverhältnis, da dieses wegen Verstosses gegen das vom UN-Sicherheitsrat erlassene Waffenembargo für das gesamte Gebiet des ehemaligen Jugoslawien absolut nichtig sei. Der Einwand des Rechtsmissbrauchs habe zur Folge, dass die Ungültigkeit des Valutaverhältnisses auf das Leistungsverhältnis durchschlage.
a) Bei der Frage, ob der gemäss <ref-law> entstandene Ausschluss für jegliche Einreden aus dem Valutaverhältnis absolut gilt oder ob und inwiefern er eine Einschränkung erfahren kann, ist zunächst auf den Normzweck von <ref-law> abzustellen. Dieser konkretisiert und verstärkt zunächst den Trennungsgrundsatz der Anweisung als Drei-Personen-Verhältnis, wonach überweisungsfremde Einreden ex iure tertii ausgeschlossen sein sollen. Zum anderen wird damit das Vertrauen des Anweisungsempfängers auf das unbedingte Zahlungsversprechen des Angewiesenen und schliesslich die Rechtssicherheit im internationalen Zahlungsverkehr geschützt.
Mit der Anweisung wird aber in aller Regel weder nach dem Willen des Anweisenden noch nach demjenigen des Anweisungsempfängers an Erfüllungsstatt geleistet, sondern erfüllungshalber (Guhl/Schnyder, a.a.O., § 54 Rz 6; Bühler, Sicherungsmittel im Zahlungsverkehr, Zürich 1997, S. 36; von der Crone, a.a.O., S. 59 f. mit Hinweisen). Aus diesem Grund ist die angenommene Anweisung noch nicht mit einer bereits erfolgten Zahlung gleichzusetzen. Zur ausschlaggebenden Zahlungsverpflichtung des Anweisenden aus dem Valutaverhältnis tritt der Angewiesene vielmehr vergleichbar einem Erfüllungsgehilfen hinzu. Daraus wird ersichtlich, dass die angewiesene Bank - anders als etwa bei der Honorierung eines Checks oder bei der Kontogutschrift - trotz der Trennung der Vertragsbeziehungen am Valutaverhältnis nicht völlig unbeteiligt ist (Canaris, a.a.O., Rz 1015 a.E.).
b) Der Einredeausschluss in <ref-law> gilt somit nicht absolut, sondern erfährt in besonders gelagerten Ausnahmefällen eine Einschränkung. Ein solcher Einbruch in das Prinzip des Einrede-Ausschlusses wird als Einwendungsdurchgriff sowohl vom Bundesgericht als auch einem Teil der Lehre über den Einwand des Rechtsmissbrauchs bejaht, wobei jeweils ein besonders schwerwiegender und offensichtlicher Rechtsmissbrauch vorausgesetzt wird (vgl. <ref-ruling> E. 4b; Bühler, a.a.O., S. 58 f.; Canaris, a.a.O., Rz 1015 f.).
c) Zu den massgeblichen strengen Voraussetzungen eines Einwendungsdurchgriffs gehört erstens die Schwere des Mangels im Valutaverhältnis wie in Fällen der Widerrechtlichkeit oder bei einem klaren Verstoss gegen die guten Sitten (<ref-ruling> E. 4b: betrügerische Machenschaften; Canaris, a.a.O., Rz 1015 f. und Bühler, a.a.O., S. 59 f.:
Finanzierung von verbotenem Waffen- oder Rauschgifthandel).
Zweitens muss der Mangel rechtlich offensichtlich sein (vgl.
nur Zobl, a.a.O., S. 44). Drittens muss der Angewiesene, der sich auf den Einwendungsdurchgriff beruft, den Mangel - zumindest bei weniger schweren Mängeln - sofort liquide beweisen können (Canaris, a.a.O., Rz 1016; Dohm, a.a.O., S. 112, 117). Massgeblicher Zeitpunkt für die Beurteilung dieser Voraussetzungen ist derjenige, in welchem der Anweisungsempfänger die Zahlung vom Angewiesenen fordert. So kommt ein Einwendungsdurchgriff in aller Regel nicht in Frage bei Einreden im engen Sinn aus dem Valutaverhältnis wie Stundung, Verjährung, Verrechnung etc. sowie bei der Geltendmachung von Willensmängeln oder Mängelrügen des Anweisenden. Hingegen schlagen Einwendungen wie Rechtswidrigkeit oder andere Nichtigkeit des Valutaverhältnisses auf das Leistungsverhältnis dann durch, wenn der Anweisungsempfänger weiss oder wissen muss, dass er offensichtlich keinen gültigen Anspruch aus dem Valutaverhältnis mehr besitzt, und zwar unter keinem vernünftiger- und redlicherweise in Betracht kommenden rechtlichen Aspekt (Bühler, a.a.O., S. 155; Dohm, a.a.O., S. 111 f.; Andres Büsser, Einreden und Einwendungen der Bank als Garantin gegenüber dem Zahlungsanspruch des Begünstigten, Diss. Freiburg i.Ue. 1997, S.375). Beruft sich der Anweisungsempfänger gleichwohl auf den Einrede-Ausschluss, handelt er rechtsmissbräuchlich.
5.- Somit ist zu prüfen, ob das Grundgeschäft zwischen der Republik Kroatien und der Intersystems Inc. einen derart schweren Mangel aufweist, dass die Klägerin den Zahlungsanspruch offensichtlich rechtsmissbräuchlich geltend macht.
a) Das Handelsgericht erachtete das Grundgeschäft über Waffenlieferungen auf der Grundlage der klägerischen Darstellung zutreffend nicht als nach schweizerischem Recht widerrechtlich. Das zur Zeit der angeblichen Waffenlieferungen geltende Kriegsmaterialgesetz (aKMG, AS 1973 I, S. 108 ff.) sah kein generelles Verbot vor. Da die von beiden Parteien behaupteten Verhaltensweisen mit Ausnahme einer allfälligen Rechtswahl die Schweiz nicht berührten, bestand keine Bewilligungspflicht nach aKMG, ebenso wenig nach geltendem Recht (KMG, SR 514. 51). Das UN-Embargo bezüglich Waffenlieferungen in das gesamte Gebiet des ehemaligen Jugoslawien in der Resolution des Sicherheitsrates 713 vom 25. September 1991 ist keine Verbotsnorm i.S.v. <ref-law>, da die Schweiz als Nichtmitglied der UNO rechtlich daran nicht gebunden ist.
b) Weiter prüfte das Handelsgericht die Nichtigkeit der Lieferung unter dem Aspekt der Sittenwidrigkeit und bejahte diese. Der aus dem Völkerrecht und dem Leitgedanken des KMG fliessende Grundsatz, es solle kein Kriegsmaterial in Gebiete geliefert werden, wo ein bewaffneter Konflikt besteht oder sonstwie gefährliche Spannungen herrschen, somit sein ernsthafter Einsatz mit hoher Wahrscheinlichkeit droht, müsse in den Wertekatalog der hiesigen guten Sitten aufgenommen werden, und zwar auch ohne Bezug des Materials oder der Beteiligten zur Schweiz. Die Lieferung von Waffen an eine Kriegspartei bzw. in eine Krisenregion gefährde unmittelbar höchste Güter, da Waffen im modernen Krieg überwiegend Zivilpersonen töteten und verletzten. Es könne dabei aus zivilrechtlicher Optik nicht angehen, an sich nebensächliche Aspekte wie den Herkunftsort von Waffen oder den Sitz des Vermittlers über die Zulässigkeit und sittliche Bewertung einer Kriegsmateriallieferung entscheiden zu lassen.
Die Grenze zwischen Erlaubtem und Sittenwidrigem sei vielmehr analog zur Bestimmung von Art. 11 Abs. 2 lit. a aKMG (heute <ref-law> i.V.m. <ref-law>) zu ziehen. In diesem Lichte habe das Grundgeschäft zwischen der Intersystems Inc.
und der Republik Kroatien einen sittenwidrigen Inhalt, und sei mit dem strittigen Sicherungsgeschäft ein unsittlicher Zweck verfolgt worden, so dass auch dieses nichtig sei. Daher sei die Geltendmachung des Zahlungsanspruchs der Klägerin rechtsmissbräuchlich, die Klage aus diesem Grund abzuweisen.
Die Klägerin ist hingegen der Auffassung, das Grundgeschäft sei nicht sittenwidrig.
c) Nach der Rechtsprechung liegt ein Verstoss gegen die guten Sitten im Sinne von <ref-law> vor, wenn ein Rechtsgeschäft gegen die herrschende Moral (<ref-ruling> E. 4a), d.h. gegen das allgemeine Anstandsgefühl aller billig und gerecht Denkenden, oder gegen die der Gesamtrechtsordnung immanenten ethischen Prinzipien und Wertmassstäbe verstösst (<ref-ruling> E. 2; vgl. Kramer, Berner Kommentar, N 174 zu Art. 19-20 OR; Huguenin Jacobs, Basler Kommentar, N 33 zu Art. 19/20 OR). Dabei ist zu unterscheiden, ob ein Verstoss gegen rechtsimmanente Wertmassstäbe oder gegen solche des Moralbegriffs aller billig und gerecht Denkenden vorliegt.
d) Geht es um Sittenwidrigkeit eines Rechtsgeschäfts wegen Verstosses gegen ausländisches zwingendes Recht, so wird in Anlehnung an BGE 76 II 33 ff. vorausgesetzt, dass es sich dabei um fundamentale Rechtsvorschriften handelt, deren Verletzung auch nach einheimischer Auffassung klar als sittenwidrig anzusehen ist. Das ist nur dann der Fall, wenn solche ausländischen Normen von dauerhaftem Charakter verletzt werden, die nach allgemeiner Anschauung aller Kulturstaaten von derartiger Tragweite sind, dass die Duldung ihrer Verletzung auch im Inland geeignet wäre, die öffentliche Ordnung zu stören (vgl. Kramer, a.a.O, N 162 zu Art. 19-20 OR). Die verletzte ausländische Vorschrift muss dem Schutz von Interessen des Individuums und der menschlichen Gemeinschaft dienen, die von fundamentaler und lebenswichtiger Bedeutung sind, oder es müssen Rechtsgüter in Frage stehen, die nach allgemeiner ethischer Auffassung schwerer wiegen als die Vertragsfreiheit, an der allein gemessen das betreffende Geschäft im Inland gültig wäre (BGE 76 II 33 E. 8; vgl. ferner <ref-ruling> E. 3).
e) Die Klägerin ist der Auffassung, es gebe keine dauerhafte Regel, wonach die Verwendung, die Herstellung und der Handel mit Kriegsmaterial für Spannungsgebiete generell und in jedem Fall dem allgemeinen Sittlichkeitsempfinden in der Schweiz widersprechen würde. Wie sie zu Recht vorbringt, ist bei der Beurteilung der Sittenwidrigkeit in der Regel in differenzierender Weise auf die konkreten Umstände des einzelnen Falls im Zeitpunkt des Vertragsschlusses abzustellen.
Das Wertungsurteil der Sittenwidrigkeit darf sich nicht auf eine pauschale und abstrakte Betrachtungsweise stützen. Wegen des Fehlens gesetzlicher und anderer klarer Abgrenzungkriterien im Bereich der guten Sitten und der öffentlichen Ordnung muss vielmehr präzise aufgezeigt werden, welche bedeutenden Werte und allgemein gültigen moralischen Grundsätze durch das entsprechende Rechtsgeschäft gefährdet oder verletzt werden. Nur so kann dem Gebot der Rechtssicherheit beim konkretisierungsbedürftigen Begriff der guten Sitten Genüge getan werden. Sittenwidrig können folglich nur Rechtsgeschäfte mit eindeutig schwerwiegenden Verstössen gegen die öffentliche Ordnung oder anerkannte und im Wandel der Zeit beständige Moralvorstellungen sein.
f) Ob ein generelles und allein auf das allgemeineschweizerische Sittlichkeitsempfinden und Anstandsgefühl aller billig und gerecht Denkenden abgestütztes Verbot von Kriegsmateriallieferungen in Krisenregionen besteht und in den Wertekatalog der schweizerischen guten Sitten aufzunehmen ist, mag zweifelhaft sein. Dieser Bereich der guten Sitten beschlägt vielmehr konkrete Verhaltensweisen des zwischenmenschlichen Zusammenlebens innerhalb der Gesellschaft.
Der Gebrauch von Waffen zur Verteidigung des eigenen Landes (Notwehr) oder zur Hilfe eines angegriffenen Landes (Notwehrhilfe) kann dagegen unter Umständen gerade eine sittliche Pflicht aller billig und gerecht Denkenden darstellen.
Danach kann durchaus die Auffassung gelten, dass andere als die im UN-Waffenembargo getroffenen Massnahmen oder dem neutralitätspolitisch bedingten KMG zu Grunde liegenden Zielsetzungen - unter bestimmten Umständen sogar eine Aufrüstung - dem hohen sittlichen Anspruch von Frieden und Freiheit auf lange Sicht besser gedient hätten. Eine sittliche Missbilligung des konkreten Waffengeschäfts ist somit nicht ohne zusätzliche qualifizierende Merkmale aufgrund einer rein schweizerischen ethisch-moralischen Betrachtungsweise begründbar.
Auch der Hinweis auf den Leitgedanken des Kriegsmaterialgesetzes vermag ein solches absolutes Verbot nicht zu begründen. Die Grundsätze und Zielsetzungen der schweizerischen Kriegsmaterialgesetzgebung beruhen neben wirtschaftlichen weitgehend auf politischen Ermessens- und Abgrenzungsfragen.
Eine möglichst restriktive Waffenexportpolitik der Schweiz dient dabei in erster Linie der Wahrung und Förderung von Sicherheit und Frieden, während auf der anderen Seite die Wahrung der schweizerischen Rüstungs- und Wirtschaftsinteressen gegenüber dem Ausland im Vordergrund stehen (Rhinow/Schmid/Biaggini, Öffentliches Wirtschaftsrecht, Basel 1998, § 32 Rz 13 f., S. 615). Das allgemeine Verbot der Ausfuhr von Kriegsmaterial in Gebiete, in denen ein bewaffneter Konflikt herrscht oder auszubrechen droht, ist zudem in erster Linie neutralitätspolitisch motiviert (Rhinow/Schmid/Biaggini, a.a.O., § 32 Rz 15). Gerade wegen dieser zum Teil gegenläufigen Interessen unterliegt die Kriegsmaterialausfuhr einer Bewilligungspflicht, welche im konkreten Fall unter Berücksichtigung der massgeblichen Interessen jeweils erteilt oder verweigert wird.
Im vorliegenden Rechtsstreit ist abgesehen von der Rechtswahl und des Gerichtsstands des Arrests kein Bezug zur Schweiz ersichtlich. Waffenlieferungen von fremden Staaten in einen anderen fremden Staat betreffen weder direkt die schweizerische öffentliche Ordnung noch allein die schweizerischen Moralvorstellungen. Die schweizerischen Gerichten haben zwar gleichwohl stets die schweizerische öffentliche Ordnung und die hiesigen Moralvorstellungen zu beachten (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 16). Bei weitgehend fehlendem Inlandbezug der sittlich zu bewertenden Vorgänge ist aber zusätzlich auf die universelle öffentliche Ordnung abzustellen.
In <ref-ruling> ff. wurde festgehalten, dass bei der Prüfung der Sittenwidrigkeit einer nach schweizerischem Recht zu beurteilenden letztwilligen Verfügung auf die in der Schweiz geltenden Moralbegriffe abzustellen ist und nicht auf solche religiöser Natur von ausländischen Staaten.
Im vorliegenden Fall ist es aber gerade umgekehrt. Mangels Inlandbezugs sind daher externe Wertungen von länderübergreifender Bedeutung mit zu berücksichtigen. Bei dem in der UN-Charta fest verankerten Grundsatz des Gewaltverzichts, der in den meisten nationalen Rechtsordnungen und insbesondere auch in der schweizerischen Kriegsmaterialpolitik seinen Niederschlag gefunden hat, handelt es sich um einen ethisch höchststehenden Wert, der allen Kulturstaaten gemeinsam ist. Waffen- oder Kriegsmateriallieferungen in Gebiete, in denen ein bewaffneter Konflikt herrscht oder auszubrechen droht, verstossen daher grundsätzlich gegen die universelle öffentliche Ordnung. Liegt diesem Grundsatz zudem - wie im vorliegenden Fall - ein vom Sicherheitsrat der Vereinten Nationen erlassenes weltweites Waffenembargo zu Grunde, so verstärkt und konkretisiert dies das Verbot. Im Rahmen der internationalen öffentlichen Ordnung besteht für die schweizerischen Gerichte mangels Inlandbezugs kein Grund, sich dem Gehalt dieses weltweit umfassenden Waffenembargos in autonomer Weise durch konkretisierende Rechtsanwendung zu entziehen. Das muss umso mehr gelten, wenn die schweizerische öffentliche Ordnung wie im konkreten Fall der internationalen entspricht. Da das UN-Waffenembargo für das gesamte Gebiet des ehemaligen Jugoslawien keine Ausnahme oder Differenzierung im Einzelfall vorsieht, ist umso weniger ersichtlich, warum dann einzelstaatliche Gerichte ohne jeglichen Inlandsbezug der Streitsache eine autonome Differenzierung dieses Waffenembargos vornehmen und somit die hier strittige Waffenlieferung an die Republik Kroatien vom Verbot ausnehmen sollten. Der von der Klägerin im konkreten Fall geforderten Berücksichtigung der Verteidigungssituation Kroatiens gegen Serbien als Angreifer sowie der Zulässigkeit der Notwehrhilfe aufgrund von Völkergewohnheitsrecht ist daher angesichts der universellen und ausnahmslosen Geltung des durch das Waffenembargo konkretisierten Verbots von Kriegsmateriallieferungen in Krisengebiete der Boden entzogen.
Der entsprechende Vorwurf der Klägerin, das Handelsgericht habe <ref-law> verletzt, wird damit gegenstandslos.
g) In Anwendung der oben (E. 4c) aufgeführten Grundsätze und unter Berücksichtigung der universellen sittlichen Bedeutung des derzeitigen Verbots der Kriegsmaterialausfuhr in das gesamte Gebiet des ehemaligen Jugoslawien ist von einer rechtlich evidenten Sittenwidrigkeit des Grundgeschäfts der Waffenlieferungen an die Republik Kroatien auszugehen.
Die Klägerin bzw. ihre Rechtsvorgängerin musste somit wissen, dass ihr keinerlei Ansprüche aus diesem gemäss <ref-law> absolut nichtigen Grundgeschäft zustanden, so dass die Voraussetzungen für einen Einwendungsdurchgriff vorliegen. Indem das Handelsgericht den Inhalt des Grundgeschäfts über Waffenkäufe als sittenwidrig und den Zahlungsanspruch der Klägerin gegenüber der Beklagten als ungültig qualifizierte, hat es im Ergebnis Bundesrecht nicht verletzt.
Die Berufung ist daher abzuweisen.
6.- Auf die weiteren Vorwürfe der Klägerin, der Sachverhalt sei über die obigen Feststellungen hinaus vom Handelsgericht lückenhaft bzw. unter Verletzung von <ref-law> festgestellt worden und demgemäss vom Bundesgericht zu ergänzen, ist nicht weiter einzugehen. Das Handelsgericht hat seiner Beurteilung den Sachverhalt und die Behauptungen der Klägerin zu Grunde gelegt. Mehr als die Berücksichtigung ihrer eigenen Sachverhaltsdarstellung kann die Klägerin nicht verlangen. Zur Frage eines allenfalls dolosen Verhaltens der Beklagten anlässlich der Ausstellung der "Promissory Note" erübrigt sich eine Beweisabnahme, da es sich ohnehin nicht um eine rechtserhebliche Tatsachenbehauptung handelt (vgl. unten E. 7; <ref-ruling> E. 2b S. 40 mit Hinweisen).
7.- Schliesslich ist der Vorwurf der Klägerin gegenstandslos, wonach das Handelsgericht bundesrechtswidrig entgegen dem Grundsatz iura novit curia die in der klägerischen Eventualbegründung behauptete dolose Absicht der Beklagten bei der Ausstellung eines bewusst nichtigen Eigenwechsels nicht unter dem Aspekt einer ausservertraglichen Haftung geprüft habe. Da das Zahlungsversprechen der Beklagten wegen Sittenwidrigkeit des Grundgeschäfts - und nicht wegen Formnichtigkeit - dahin fällt, wird die Frage einer absichtlich oder fahrlässig ausgestellten formnichtigen "Promissory Note" obsolet.
8.- Die Berufung ist abzuweisen und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 5. April 2000 zu bestätigen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die Klägerin die Gerichtsgebühr zu bezahlen und der Beklagten die Parteikosten zu ersetzen (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).
Die der Beklagten geschuldete Parteientschädigung ist zu Lasten der geleisteten Sicherheit aus der Bundesgerichtskasse zu vergüten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 5. April 2000 bestätigt.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 30'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 40'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 28. März 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: