Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral fonde son arrêt sur les faits tels qu'ils ont été constatés par la dernière autorité cantonale, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il n'y ait lieu de rectifier d'office une inadvertance manifeste ou de compléter les constatations de l'autorité cantonale sur des points purement accessoires (art. 63 al. 2 et 64 al. 2 OJ applicables par analogie en vertu du renvoi de l'art. 81 de la même loi).
Le recourant fait valoir que l'état de fait retenu par l'autorité cantonale de surveillance est certes exact, mais incomplet en tant qu'il ne tient pas compte d'un allégué de la plainte (no 4) et d'une pièce (no 2) produite à l'appui de celle-ci, concernant le bilan de la société dont le certificat d'actions doit être évalué. Il s'agirait d'une inadvertance manifeste à corriger d'office.
Il y a inadvertance au sens de l'art. 63 al. 2 OJ lorsque l'autorité cantonale a ignoré, mal lu, transcrit inexactement ou incomplètement une pièce versée au dossier (<ref-ruling> consid. 1 p. 2, 115 II 399/400, 109 II 159 consid. 2b p. 162 et les arrêts cités).
Contrairement à ce qu'allègue le recourant, la décision attaquée mentionne bien, en son considérant 3 (p. 5/6), le bilan dont il est question dans la plainte. Elle considère toutefois que si un tel document est utile pour estimer la valeur d'une société et de ses actions, il n'est en aucun cas déterminant en soi et que, en l'espèce, une analyse détaillée des bilans, comptes de pertes et profits et autres documents comptables de la société, ainsi qu'une estimation de ses actifs et de ses dettes, constitueraient une entreprise à la fois particulièrement complexe, extraordinairement longue et entraînant des frais considérables, disproportionnés par rapport au résultat recherché. En bref, l'autorité cantonale n'a pas ignoré le bilan, mais elle a considéré inutile d'en faire l'examen. C'est là une question d'appréciation, qui relève du fond et non du fait. Il n'y a donc pas d'inadvertance manifeste au sens de l'art. 63 al. 2 OJ.
2.- Les autorités cantonales tranchent en principe définitivement les litiges qui ont trait à l'estimation des biens saisis. Le Tribunal fédéral ne peut être requis d'intervenir en cette matière qu'en cas d'abus ou d'excès du pouvoir d'appréciation, à savoir notamment lorsque l'autorité cantonale a retenu des critères inappropriés ou n'a pas tenu compte de circonstances pertinentes (<ref-ruling> consid. 1 et les références).
a) Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir omis de se prononcer sur la différence de 269'995'000 fr. entre la première et la seconde estimations de l'office; elle n'aurait avancé aucune raison justifiant de réduire l'estimation de 270'000'000 fr. à 5'000 fr., une telle réduction étant arbitraire en l'absence de toute motivation.
Ce grief est manifestement mal fondé. En effet, la décision attaquée retient expressément que la faible valeur à laquelle l'office a estimé le certificat d'actions litigieux provient du fait que les deux droits de superficie en cause, soit les principaux actifs de la société, objet de poursuites en réalisation de gage immobilier, vont être réalisés très prochainement et sont donc sur le point de sortir du patrimoine de la société.
b) Le recourant voit une application arbitraire de l'<ref-law> dans le fait que l'estimation litigieuse a été effectuée sans prise en considération du bilan. De son propre aveu, confirmé par la pièce 2 produite en instance cantonale, le total des actifs de la société s'élevait à 263'175'392 fr. 43 au 31 décembre 1999; les fonds étrangers se montant à 257'197'211 fr. 74 à la même date, la fortune nette de la société aurait représenté alors 6 millions de francs environ.
Attendu qu'elle dispose d'un pouvoir d'examen restreint en l'espèce et qu'elle est liée par les faits constatés dans la décision attaquée (art. 63 al. 2 et 81 OJ; supra, consid. 1), la Chambre de céans ne peut prendre en considération les éléments avancés par le recourant. Elle retient en revanche - comme constant et incontesté - que les principaux actifs de la société sont ses deux droits de superficie, récemment estimés à 270'000'000 fr. au total, et qu'ils sont sur le point de sortir de son patrimoine, donc du total des actifs dont se prévaut le recourant. Il est évident que l'office, à qui il appartient par son estimation d'orienter le poursuivant sur le résultat prévisible de la réalisation et de renseigner d'éventuels enchérisseurs (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1 p. 34), se devait de revenir sur sa première estimation du 31 janvier 2001, manifestement erronée du fait de la disparition à très brève échéance des deux actifs en question. L'ayant fait le 9 février 2001, soit dans le délai de plainte, il était habilité à agir de la sorte (<ref-ruling> consid. 1b p. 34; Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 256 ad art. 17; Flavio Cometta, in: Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, n. 60 ad art. 17).
c) Le bilan de la société n'étant pas déterminant en l'espèce, il n'y a pas lieu d'examiner ce qu'il en est de sa fiabilité, prétendument niée à tort par l'autorité cantonale selon le recourant.
d) Quant à l'argument du recourant selon lequel la décision attaquée reposerait sur une jurisprudence cantonale inapplicable en l'espèce, il tombe à faux dès lors déjà que l'autorité cantonale ne s'est pas fondée uniquement et prioritairement sur la jurisprudence en question.
3.- Faute d'établir l'existence d'un abus ou d'un excès de son pouvoir d'appréciation par l'autorité cantonale, le recours doit être rejeté.
La décision immédiate sur le fond rend sans objet la demande d'effet suspensif.

Par ces motifs,
la Chambre des poursuites et des faillites:
1. Rejette le recours dans la mesure où il est recevable.
2. Communique le présent arrêt en copie au mandataire du recourant, à Me Jean-Pierre Jacquemoud, avocat à Genève, pour Y._ Ltd, à l'Office des poursuites de Genève/Rive-Droite et à l'Autorité de surveillance des offices de poursuites et de faillites du canton de Genève.
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Lausanne, le 1er mai 2001 FYC/frs
Au nom de la
Chambre des poursuites et des faillites
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
La Présidente, Le Greffier,