Sachverhalt:
A. Die 1962 geborene G._ ist seit 1989 als Pflegehelferin im Spital X._ tätig und bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 9. Oktober 2003 wurde die Versicherte von einer Lifttüre eingeklemmt. Dr. med. R._, Innere Medizin FMH, welcher von G._ wegen anhaltender Schmerzen am 5. April 2004 aufgesucht wurde, stellte die Diagnose eines Rotatorenmanschettenrisses an der rechten Schulter. Er attestierte während eines Monates eine volle, danach eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit und behandelte die Beschwerden vorerst mittels Physiotherapie und Schmerzmedikation. Ab Juni 2004 übernahm der Chefarzt Orthopädie am Spital X._, Dr. med. H._, die Behandlung der Versicherten. Dieser stellte mit Bericht vom 1. Februar 2005 die Diagnose einer Bursitis subacromialis rechts mit Tendinopathie der Supraspinatussehne sowie einer mässiggradigen AC-Gelenksarthrose rechts; am 13. Juli 2005 nahm der Arzt eine arthroskopische Akromionplastik, Bursektomie und AC-Resektion vor. Im Herbst 2005 traten auch an der linken Schulter Beschwerden auf. Dr. med. H._ stellte hier die Diagnose eines subakromialen Impingements (Bericht vom 18. Oktober 2005). Auf Grund der anhaltenden Beschwerden liess die Zürich G._ am 28. Juni 2006 durch Dr. med. L._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie, begutachten. Dieser stellte in seiner Expertise vom 22. August 2006 die Diagnosen eines posttraumatischen Impingement-Syndroms rechts bei degenerativ veränderter Supraspinatus-Sehne und begleitender AC-Arthrose rechts, einem Status nach arthroskopischer vorderer Acromioplastik und AC-Resektion rechts sowie einem subacromialen Impingement-Syndrom links. Mit Verfügung vom 22. Januar 2007 stellte die Zürich ihre Leistungen auf den 31. Januar 2007 ein, da ihres Erachtens zwischen dem Unfall vom 9. Oktober 2003 und den anhaltenden Beschwerden nur noch möglicherweise ein natürlicher Kausalzusammenhang bestehe. Nachdem die Unfallversicherung noch einen Aktenbericht ihres beratenden Arztes, Dr. med. T._, Facharzt FMH für Chirurgie, vom 25. Juni 2007, eingeholt hatte, hielt sie mit Einspracheentscheid vom 29. August 2007 an ihrer Verfügung fest.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 6. Mai 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt G._ beantragen, es sei ihr ab Februar 2007 eine Invalidenrente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 33 % auszurichten.
Die Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht beurteilt indessen grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
1.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nach <ref-law>, welche Bestimmung es auch in Verfahren um Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfall- und Militärversicherung zu berücksichtigen gilt (<ref-ruling> E. 3 S. 196 ff.), nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Letzteres trifft in Bezug auf die von der Versicherten mit Beschwerde an das Bundesgericht erstmals ins Verfahren eingebrachten medizinischen Dokumente und Unterlagen (Bilder und deren Beschreibung einer Arthrosonographie beider Schultern vom 8. Januar 2008; Bericht über ein MRI vom 10. Januar 2008 des PD Dr. med. S._ vom medizinisch-radiodiagnostischen Institut der Klinik Y._; Resultat eines Neuropad-Tests vom 10. Januar 2008 und Bericht einer polydisziplinären Untersuchung an der interdisziplinären Schmerzsprechstunde des Spitals A._ vom 9. Januar 2008) nicht zu, weshalb sie unbeachtet bleiben müssen.
2. Im kantonalen Entscheid werden die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law>) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 u. 3.2 S. 181), zutreffend dargelegt. Gleiches gilt zu dem im Sozialversicherungsrecht bei der Beantwortung von Tatfragen üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 1c S. 160 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Seit dem Unfall vom 9. Oktober 2003, dessen Folgen allein als im vorliegenden Zusammenhang versicherte Gesundheitsschädigung anzusehen sind, leidet die Beschwerdeführerin in erster Linie an die Alltagsverrichtungen stark behindernden Schmerzen im rechten Schultergelenk. Einigkeit herrscht darüber, dass die Beschwerden an der linken Schulter rein degenerativer Natur sind und vorliegend nicht zur Diskussion stehen. Fraglich ist, ob der Unfall mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zumindest noch eine Teilursache (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4b S. 360) der im Zeitpunkt der Leistungseinstellung per Ende Januar 2007 geklagten Symptomatik darstellt oder ob konkurrierende Faktoren - insbesondere die unbestritten vorhandenen degenerativen Veränderungen an der Supraspinatussehne und die begleitende AC-Arthrose - eine derart dominante Stellung einnehmen, dass dem versicherten Ereignis keine tatsächliche kausale Bedeutung mehr beigemessen werden kann. Von letzterem gehen die verfügende Unfallversicherung und das kantonale Gericht aus.
3.2 Verschlimmert der Unfall einen krankhaften Vorzustand oder lässt er ihn überhaupt erst manifest werden, entfällt die Leistungspflicht des Unfallversicherers erst, wenn der Unfall nicht mehr die natürliche (und adäquate) Ursache des Gesundheitsschadens darstellt, wenn dieser also nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht. Dies trifft dann zu, wenn entweder der (krankhafte) Gesundheitszustand, wie er unmittelbar vor dem Unfall bestanden hat (Status quo ante), oder aber derjenige Zustand, wie er sich nach dem schicksalsmässigen Verlauf eines krankhaften Vorzustandes auch ohne Unfall früher oder später eingestellt hätte (Status quo sine), erreicht ist. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalles genügt nicht. Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht beim Versicherten, sondern beim Unfallversicherer (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9, 8C_354/2007 E. 2.2, RKUV 2000 Nr. U 363 S. 46 E. 2, 1994 Nr. U 206 S. 328 f. E. 3b, 1992 Nr. U 142 S. 75 f. E. 4b, je mit Hinweisen; Urteil des EVG U 135/05 vom 7. Juli 2005, E. 3.2 mit Hinweisen).
4. 4.1 Gemäss angefochtenem Entscheid hat der Unfall vom 9. Oktober 2003 nur zu einer vorübergehenden Verschlimmerung des aufgrund der degenerativen Veränderungen bestehenden Vorzustandes geführt. Die bestehenden Beschwerden seien spätestens sechs Monate nach dem Unfall und damit auch im Zeitpunkt der Leistungseinstellung per 31. Januar 2007 nicht mehr auf diesen zurückzuführen. Die Vorinstanz stützt sich dabei zwar auf das Gutachten des Dr. med. L._ vom 22. August 2006, in der Argumentation folgt sie hingegen insbesondere den Ausführungen des Dr. med. T._ vom 25. Juni 2007.
4.2 Soweit die Zürich in ihrer Vernehmlassung im letztinstanzlichen Verfahren sinngemäss argumentiert, es sei gar nie eine unfallkausale Pathologie erkennbar gewesen, und damit das Unfallereignis überhaupt in Frage stellt, vermag diese Haltung nicht zu überzeugen, ging doch die Unfallversicherung noch im Einspracheentscheid selber von der Richtigkeit der Angaben der Versicherten aus. Aus dem Umstand, dass diese nicht unmittelbar oder kurze Zeit nach dem Unfallereignis vom Oktober 2003, sondern erst im April 2004 wegen den seit jenem Zeitpunkt bestehenden erheblichen Beschwerden (Schmerzen und Einschränkungen in der Funktion) einen Arzt aufsuchte, kann nicht auf das Fehlen einer durch den Unfall ausgelösten Schädigung geschlossen werden. Die verschiedenen medizinischen Berichte nehmen alle auf das Ereignis Bezug. Anlässlich des arthroskopischen Eingriffs vom 13. Juli 2005 wurde die Diagnose einer "traumatischen Bursitis subacromialis re" gestellt und auch Dr. med. T._ hat in seiner Notiz vom 8. Juni 2005 noch die Vermutung angestellt, der Unfall habe zu einer richtungsgebenden Veränderung im Bereiche der vorgeschädigten Rotatorenmanschette geführt. Erst in seinem Bericht vom 25. Juni 2007, welcher von der Zürich im Hinblick auf die Formulierung des Einspracheentscheides in Auftrag gegeben worden ist, stellt dieser Arzt in Zweifel, ob überhaupt ein Unfallereignis stattgefunden habe. Die Zürich hat es indessen unterlassen, diesen Aspekt eingehend abzuklären. So hat sie weder mit Mitarbeitern noch Vorgesetzten der Beschwerdeführerin über eventuelle Beobachtungen im Zeitraum zwischen Oktober 2003 und April 2004 gesprochen, noch dem Hausarzt nähere Fragen über seine Feststellungen bei der Erstkonsultation gestellt. Da sich die Unfallversicherung indessen weder in ihrer Verfügung vom 22. Januar 2007 noch im Einspracheentscheid vom 29. August 2007 ausdrücklich auf den Standpunkt stellt, ihre Leistungspflicht habe richtigerweise gar nie bestanden, weil gar kein entsprechender Unfall stattgefunden habe, ist auch letztinstanzlich nicht weiter auf diese Argumentation einzugehen.
5. Es bleibt daher bei der Prüfung der in Erwägung 3 dargelegten Problematik über den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den ab Februar 2007 anhaltenden Beschwerden und dem Unfall im Herbst 2003. Grundlage bildet dabei das Gutachten des Dr. med. L._ vom 22. August 2006. Dieses beruht auf einer eingehenden Untersuchung, berücksichtigt die geklagten Beschwerden, ist in Kenntnis der Vorakten abgegeben worden und leuchtet in seiner Beurteilung der medizinischen Situation ein (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 352). Bezüglich des natürlichen Kausalzusammenhanges führt Dr. L._ aus, die am 9. Oktober 2003 erlittene Traumatisierung der rechten Schulter sei auslösend für die noch bestehenden gesundheitlichen Beeinträchtigungen gewesen, womit dieses Ereignis als teilkausal qualifiziert werden müsse. Eigentliche Widersprüche finden sich entgegen den Ausführungen im angefochtenen Entscheid im genannten Gutachten nicht. So beziehen sich die Feststellungen, wonach in Würdigung der Unfallfolgen eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit im Beruf als Pflegerin während drei Monaten sowie eine solche von 50 % in den folgenden Monaten anzunehmen sei, und ein halbes Jahr nach der Traumatisierung wieder eine volle Arbeitsfähigkeit gegeben sein müsste, nach den Formulierungen im Gutachten (Seite 8) eindeutig auf die theoretische Annahme "einer intakten, vorbestehend nicht degenerativ veränderten Rotatorenmanschette ohne begleitende acromiale Konsolenbildung und ohne AC-Arthrose". Das Gleiche gilt für die Aussage, bezüglich der Unfallfolgen allein sei die Beschwerdeführerin in ihrer körperlichen oder geistigen Integrität nicht beeinträchtigt. Diese Abstraktion ist im Bereiche der sozialen Unfallversicherung irrelevant. Es ist auf eine weite Bandbreite von Versicherten abzustellen (<ref-ruling> E. 4b S. 135), welche insbesondere auch Individuen mit einer krankheitsbedingten oder degenerativen Vorschädigung umfasst. Wie bereits dargelegt, hat der Gutachter die Frage nach dem natürlichen Kausalzusammenhang eindeutig beantwortet. Der von ihm gefundene Zustand sei durch das traumatische Ereignis vom 9. Oktober 2003 ausgelöst worden und seither, weil ein degenerativer Vorzustand vorliege, chronifiziert. Die Ausführungen des Dr. med. T._ vermögen diese eindeutige und überzeugende medizinische Sachverhaltsdarstellung nicht zu entkräften.
Hingegen wird im Gutachten vom 22. August 2006 die Frage, ob bei der rechten Schulter der Beschwerdeführerin (bereits) ein Status quo sine oder quo ante vorliege, beziehungsweise, ob aus ärztlicher Sicht eine Aussage darüber gemacht werden kann, zu welchem Zeitpunkt allenfalls ein solcher anzunehmen sein wird, nicht beantwortet. Dr. med. L._ beschränkt sich auf Ausführungen zum hypothetischen Zustand ohne krankhafte degenerative Veränderungen. Damit ist aber die entscheidende Frage immer noch offen. Die Sache ist daher an die Unfallversicherung zurückzuweisen, welche erneut abzuklären haben wird, ob der Unfall vom 9. Oktober 2003 für den Gesundheitszustand der rechten Schulter der Beschwerdeführerin noch kausal ist.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 6. Mai 2009 und der Einspracheentscheid der Zürich Versicherungs-Gesellschaft vom 29. August 2007 aufgehoben werden und die Sache an die Zürich Versicherungs-Gesellschaft zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über ihre Leistungspflicht ab Februar 2007 neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer