Sachverhalt:
A. Im Rahmen einer Teiländerung des Bauzonen- und Kulturlandplans beschloss die Gemeinde Merenschwand am 24. Juni 2002, gestützt auf ein Grobkonzept, welches u.a. eine Schulhauserweiterung mit Aussensportanlagen sowie einer Erweiterung der Turnhalle vorsah, eine Einzonung von 73 a für öffentliche Bauten und Anlagen. Diese Teiländerung wurde am 25. September 2002 vom Regierungsrat des Kantons Aargau genehmigt.
B. Vom 7. März bis 5. April 2006 lagen verschiedene Änderungen am Bauzonen- und Kulturlandplan mit Ergänzung der Bau- und Nutzungsordnung (BNO) der Gemeinde Merenschwand vom 24. Juni 1996/ 28. Oktober 1997 öffentlich auf. U.a. war eine Erweiterung der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen (OeBA) um 43 a im Schulbereich vorgesehen (Teiländerung "Schulareal"). Grund dafür war das Anliegen des im Jahre 2003 gegründeten Fussballclubs, ein den Normen des schweizerischen Fussballverbands entsprechendes Spielfeld zu erhalten, um darauf auch die Meisterschaften der Junioren-Spielklassen A-C austragen zu können. Dagegen erhoben X._, Y._ und die Z._ AG, Merenschwand, Einsprache. Der Gemeinderat wies diese mit Beschluss vom 8. Juni 2006 ab.
C. Am 26. Juni 2006 lehnte die Gemeindeversammlung Merenschwand die Teiländerung "Schulareal" ab. Dagegen wurde das Referendum ergriffen, was dazu führte, dass die Teiländerung in der Urnenabstimmung vom 24. September 2006 doch noch angenommen wurde.
D. Gegen den abweisenden Beschluss des Gemeinderats vom 8. Juni 2006 sowie den Beschluss der Einwohnergemeinde Merenschwand vom 24. September 2006 gelangten die unterlegenen Einsprecher an den Regierungsrat. Der Regierungsrat wies die Beschwerde am 29. August 2007 ab und genehmigte gleichentags die Teiländerung "Schulareal".
X._, Y._ und die Z._ AG reichten hierauf Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht ein mit dem Antrag, die Entscheide des Regierungsrats vom 29. August 2007, den Beschluss des Gemeinderats vom 8. Juni 2006 und den Beschluss der Einwohnergemeinde vom 24. September 2006 aufzuheben. Weiter forderten sie u.a., den entsprechenden Landstreifen in der Landwirtschaftszone zu belassen.
Mit Urteil vom 15. September 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
E. In ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. Januar 2009 beantragen X._, Y._ und die Z._ AG dem Bundesgericht die vollumfängliche Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils vom 15. September 2008. Im Weiteren seien die Entscheide des Regierungsrats vom 29. August 2007, der Beschluss des Gemeinderats vom 8. Juni 2006 und der Beschluss der Einwohnergemeinde vom 24. September 2006 aufzuheben, soweit davon die Erweiterung der OeBA-Zone betroffen sei. Der entsprechende Landstreifen sei in der Landwirtschaftszone zu belassen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig ersuchen die Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die Gemeinde Merenschwand und der Regierungsrat des Kantons Aargau schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht auf eine Stellungnahme verzichtet.
Mit Verfügung vom 5. Februar 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Die Beschwerdeführer halten replizierend sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (<ref-law>). Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.2 Die Beschwerdeführer als Grundeigentümer der Parzellen Nrn. 1137 und 523, welche in unmittelbarer Nachbarschaft zur streitbetroffenen Einzonung liegen, sind zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss <ref-law> siehe <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (dazu E. 1.3 hiernach) grundsätzlich einzutreten ist.
1.3 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem oder kommunalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführerin die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann sie nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (E. 1.3 hiervor). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.5 Nicht einzutreten ist auf das Begehren der Beschwerdeführer, die dem angefochtenen Urteil zugrunde liegenden Beschlüsse des Regierungsrats, des Gemeinderats und der Einwohnergemeinde seien aufzuheben. Diese sind durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführer machen vorab geltend, der Grundsatz der Planbeständigkeit (Art. 21 Abs. 2 RPG) sei verletzt, weil die Zone OeBA erst im Jahr 2002 erweitert worden war.
2.1 Nach Art. 21 Abs. 2 RPG werden Nutzungspläne überprüft und nötigenfalls angepasst, wenn sich die Verhältnisse wesentlich geändert haben. Ein Zonenplan kann seinen Zweck nur erfüllen, wenn er eine gewisse Beständigkeit aufweist (<ref-ruling> E. 2b S. 231 mit Hinweisen). Andererseits sind Pläne revidierbar, da dem Grundeigentümer kein Anspruch auf dauernden Verbleib seines Landes in derselben Zone zukommt und Planung und Wirklichkeit bei Bedarf in Übereinstimmung gebracht werden müssen (<ref-ruling> E. 3a S. 182 f.). Für die Frage, ob die Veränderung der Verhältnisse erheblich ist und damit ein öffentliches Interesse an einer Planänderung besteht, bedarf es einer Interessenabwägung unter Berücksichtigung u.a. der Geltungsdauer des anzupassenden Zonenplans, seines Inhalts, des Ausmasses der beabsichtigten Änderung und deren Begründung (vgl. 132 II 408 E. 4.2 S. 413 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 733). Je neuer ein Zonenplan ist, umso mehr darf mit seiner Beständigkeit gerechnet werden, und je einschneidender sich die beabsichtigte Änderung auswirkt, umso gewichtiger müssen die Gründe sein, die für die Planänderung sprechen (<ref-ruling> E. 2c S. 233; <ref-ruling> E. 5a S. 455).
2.2 Das Verwaltungsgericht hat sich mit dieser Problematik auseinandergesetzt und mit Blick auf die erst im Jahre 2002 erfolgte Zonenplanänderung in Erwägung gezogen, das Bedürfnis nach einem grösseren Fussballplatz sei erst später, nämlich mit der Gründung des Fussballclubs und dessen Entwicklung entstanden. Zudem gibt es zu bedenken, dass die Planungsmassnahme lediglich eine Fläche von 4'250 m2 (25 m x 170 m) betreffe und die bestehende OeBA nur in geringfügigem Umfang erweitere (E. 2.5 des angefochtenen Urteils). Die strittige Einzonung stelle bloss eine Arrondierung der Schulsportanlage dar und solle nicht die Erstellung einer neuen Spielwiese, sondern die Vergrösserung der bestehenden ermöglichen. Die Erweiterung der OeBA am Siedlungsrand sei aus raumplanerischer Sicht zweckmässig, insbesondere weil dies wesentlich weniger Fläche beanspruche, als wenn andernorts ein zweites Spielfeld errichtet würde (E. 3.2.2). Weiter führt die Vorinstanz aus, das Rasenspielfeld werde ohnehin in die Nähe der Liegenschaften der Beschwerdeführer verlegt. Neu sei einzig, dass infolge des vergrösserten Spielfelds Meisterschaften der Junioren C durchgeführt würden, weshalb der Nachbarschaft keine wesentlichen neuen Einwirkungen erwachsen würden (E. 2.5). Selbst wenn der Fussballclub in Zukunft auf ein weiteres Spielfeld angewiesen sein sollte, entfiele das Interesse am jetzt erweiterten Platz nach Auffassung des Verwaltungsgerichts nicht. Im Übrigen sei nicht zu erwarten, dass das Spielfeld infolge Koordinationsschwierigkeiten mit den Aktivitäten anderer Vereine dem Fussballclub doch nicht zur Verfügung stehen würde. Solche Schwierigkeiten seien nur bei der Belegung der Turnhalle, nicht bei derjenigen des Rasenspielfelds aufgetreten. Weitere Abklärungen dazu seien nicht nötig (E. 3.2.3.2).
2.3 Die Beschwerdeführer bestreiten nicht, dass das Bedürfnis nach der Vergrösserung des Spielfeldes erst mit der Gründung des Fussballclubs im Jahr 2003 und somit nach der letzten Zonenplanänderung entstanden ist. Auch stellen sie nicht in Abrede, dass nur mit der geplanten Spielflächenerweiterung ein den Normen des schweizerischen Fussballverbands entsprechendes Spielfeld eingerichtet werden kann, ohne welches die Meisterschaftsspiele der höheren Spielklassen (A-C) nicht durchführbar sind. Was sie gegen die Argumentation des Verwaltungsgerichts vorbringen, überzeugt darum nicht. Insbesondere ist der Vorwurf der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsdarstellung unbegründet, weil nicht überprüft worden sei, ob das mit der Erweiterung anvisierte Ziel überhaupt erreicht werden könne. Zwar besteht ein Koordinationsbedarf, wenn mehrere Vereine sich für die Benutzung der Spielfläche interessieren. Indes ist nicht einzusehen und wurde von den Beschwerdeführern auch nicht rechtsgenüglich dargetan, inwieweit das Verwaltungsgericht gehalten gewesen wäre, weitere Abklärungen zu treffen. Es weist im angefochtenen Entscheid darauf hin, dass die spezifische Nutzung - Trainingseinheiten und Meisterschaften - abends und am Wochenende stattfinde, weshalb kaum Friktionen mit der Schule auftreten dürften; die Nutzungen würden zu unterschiedlichen Zeiten erfolgen. Selbst wenn auf längere Sicht nicht auszuschliessen ist, dass das Schulareal auch mit der umstrittenen Erweiterung den Bedürfnissen einmal nicht mehr gerecht werden dürfte, hat dies nicht automatisch zur Folge, dass die heutige Anpassung schon in absehbarer Zeit nicht mehr genügen würde. Sollte die von den Beschwerdeführern skizzierte Entwicklung - welche derzeit hauptsächlich auf reinen Vermutungen basiert - Tatsache werden und es zu einer Überbelegung des Spielfelds kommen, wäre dannzumal planerisch zu reagieren, wiederum unter Beachtung von Art. 21 Abs. 2 RPG und der massgeblichen Planungsgrundsätze. Der Bedarf anderer Organisationen, den erweiterten Spielplatz zu benützen, entfiele damit nicht einfach. Heute ist ein Bedürfnis ausgewiesen, dem im jetzigen Zeitpunkt mit der umstrittenen Erweiterung Genüge getan werden kann. Auf die von den Beschwerdeführern befürchteten zusätzlichen Immissionen ist noch einzugehen (E. 3.3 ff. hiernach).
2.4 In einem Zwischenergebnis kann festgehalten werden, dass es sich um eine Planänderung von untergeordneter Bedeutung handelt. Mit ihrer Argumentation bestreiten die Beschwerdeführer letztlich die Zweckmässigkeit der Planung, zeigen aber keine Rechtswidrigkeit auf.
3. Die Beschwerdeführer rügen insbesondere die aus ihrer Sicht mangelhaft vorgenommene Interessenabwägung, dies im Zusammenhang mit Art. 21 Abs. 2 und Art. 3 RPG. Sie bezweifeln, dass die Möglichkeit, auf der Schulanlage Meisterschaftsspiele der A-C-Junioren austragen zu können, als öffentliches Interesse zu gelten habe. Die sportliche Betätigung der Jugend werde durch das Beibehalten der bisherigen Ausmasse der Sportanlagen nicht in Frage gestellt. Die Möglichkeit, an der Meisterschaft teilzunehmen, erscheine eher als privates denn als öffentliches Interesse.
3.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Dazu gehören grundsätzlich alle Bestimmungen des RPG, einschliesslich der Planungsgrundsätze nach Art. 3 RPG. Allerdings handelt es sich bei den Planungszielen und -grundsätzen des RPG nicht um Konditionalnormen, die bei Vorliegen der tatbeständlichen Voraussetzungen zu bestimmten Rechtsfolgen führen, sondern um finale Rechtssätze, die von der Planungsbehörde erwogen werden müssen und insbesondere den Massstab für die zu beachtenden öffentlichen Interessen abgeben (JAGMETTI, aBV-Kommentar, Art. 22quater Rz. 114). Es handelt sich somit um Entscheidungskriterien und Zielvorgaben, die keine absolute Geltung beanspruchen, sondern im Rahmen der Interessenabwägung mit und gegen andere, möglicherweise widersprechende Planungsgrundsätze und anderswo gesetzlich fixierte Zielvorschriften abgewogen werden müssen (<ref-ruling> E. 4b S. 307; Urteil 1C_145/2008 des Bundesgerichts vom 3. Juli 2008, E. 2.1 mit Hinweisen auf die Literatur). Beruht die Planung auf einer umfassenden, den Anforderungen von <ref-law> entsprechenden Abwägung der massgeblichen öffentlichen und privaten Interessen, so ist sie auch dann rechtmässig, wenn gewissen - in der Abwägung unterliegenden - Planungsgrundsätzen nicht Rechnung getragen wird (Urteil 1A.194/2006 des Bundesgerichts vom 14. März 2007 E. 7.2, publ. in URP 2007 S. 509 und ZBl 109/2008 S. 284). Insofern ist fraglich, ob die Verletzung einzelner Planungsgrundsätze überhaupt isoliert gerügt werden kann. Die Frage kann jedoch offen bleiben, wenn sich ergibt, dass die angefochtene Planung den Grundsätzen gemäss Art. 3 Abs. 3 lit. a und b RPG entspricht.
3.2 Die Beschwerdeführer ziehen zu Recht nicht in Zweifel, dass die sportliche Betätigung allgemein und der Jugend im Besonderen im öffentlichen Interesse liegt (dazu auch das Urteil 1C_169/2008 des Bundesgerichts vom 5. Dezember 2008 E. 11.4.1). Fussball gehört zu den namentlich von der Jugend bevorzugten Sportarten. Irrelevant für das öffentliche Interesse daran ist, dass die Spiele von einem privaten Verein initiiert und organisiert werden. Nach den unbestrittenen Feststellungen im angefochtenen Entscheid verfügt der im Jahre 2003 gegründete FC Merenschwand ausschliesslich über Juniorenmannschaften der Klassen F-C. Zur Zeit würden 130 Kinder betreut. Auf dem jetzigen Rasenfeld könnten nur die Junioren der Kategorien F-D uneingeschränkt spielen, während die C-Junioren einzig ihre Trainings dort absolvierten. Sie seien gezwungen, ihre Meisterschaftsspiele auswärts auszutragen. Bereits heute wird demnach auf dem fraglichen Feld mit Begeisterung Fussball gespielt. Die Beschwerdeführer bringen keine ernsthaften Gründe vor, die das öffentliche Interesse an einer gesteigerten Attraktivität und Intensivierung des Sports widerlegen könnten. Eine solche geht aber mit der Austragung von Meisterschaftsspielen der Kategorien A-C einher. Die Vorinstanz ist darum zu Recht von einem ausgewiesenen öffentlichen Interesse an der Spielplatzerweiterung ausgegangen.
3.3 Dem stehen die privaten Interessen der Beschwerdeführer gegenüber. Letztere befürchten insbesondere eine Steigerung der Immissionen (Licht und Lärm) und werfen dem Verwaltungsgericht vor, diesbezüglich eine Überprüfung unterlassen zu haben. In diesem Zusammenhang machen sie auch eine Verletzung von Art. 3 Abs. 3 lit. b RPG geltend. Der Umstand, dass bereits im Jahr 2002 eine Interessenabwägung stattgefunden habe, entbinde die Behörden nicht davon, diese mit Blick auf die mit der Erweiterung zu erwartenden Immissionen zu wiederholen, zumal auf dem den Grundstücken der Beschwerdeführer Wohnbauten inskünftig auch Wohnbauten auf mindestens drei Geschossen bewilligungsfähig wären. Mit den zu erwartenden Immissionen habe sich bislang niemand auseinander gesetzt. Diese Bedenken seien aber schon jetzt zu hören, nicht erst im Baubewilligungsverfahren.
3.4 Gemäss Art. 3 Abs. 3 lit. b RPG sollen Wohngebiete vor schädlichen oder lästigen Einwirkungen wie namentlich Lärm möglichst verschont bleiben. Die Grundstücke der Beschwerdeführer liegen in der Wohn- und Gewerbezone 3. Weshalb von besonderer Relevanz sein sollte, dass dort künftig auch Wohnbauten von mindestens drei Wohngeschossen erstellt werden können, legen die Beschwerdeführer nicht dar und haben sie vor Verwaltungsgericht nicht thematisiert (<ref-law>), weshalb darauf nicht einzutreten ist. Selbst wenn dem so wäre, wäre der Einwand unbehelflich:
Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführer hat sich das Verwaltungsgericht mit der Immissionsproblematik befasst. Es zieht in E. 4.1 in Erwägung, zu berücksichtigen seien nicht die Immissionen, welche sich aus der Verlegung des Rasenspielfelds ergeben würden, sondern diejenigen, welche aufgrund der Vergrösserung des Spielfelds bzw. der Durchführung der Meisterschaftsspiele zu erwarten seien. Dabei sei in Übereinstimmung mit dem Regierungsrat erfahrungsgemäss davon auszugehen, dass sich der Lärm bei Meisterschaftsspielen dieser Spielklassen in Grenzen halten werde. Insbesondere sei beim Juniorenfussball - abgesehen von Eltern und Bekannten - kaum mit nennenswertem Publikumsaufmarsch zu rechnen. In Bezug auf die Lichtimmissionen sei zu berücksichtigen, dass die bereits bestehende Beleuchtung ohnehin versetzt werde. Der Regierungsrat hat in seiner Vernehmlassung ans Bundesgericht nochmals präzisiert, dass es sich bei Mannschaftsspielen nicht um einen Spielbetrieb mit hunderten oder gar tausenden von Zuschauern handle, weshalb auch nicht mit planerisch relevanten Immissionen zu rechnen sei.
3.5 Die Beschwerdeführer setzen sich mit diesen Argumentationen weder in der Beschwerde noch in der Duplik auseinander, wie dies jedoch <ref-law> verlangen würde. Sie bringen allgemein gehaltene Vorbehalte zur Immissionsproblematik vor und erschöpfen sich in appellatorischer Kritik. Aufgrund der schlüssigen Ausführungen des Verwaltungsgerichts und der Ergänzungen durch den Regierungsrat ist demnach nicht zu sehen, inwiefern die privaten Interessen der Beschwerdeführer das ausgewiesene öffentliche Interesse überwiegen sollten.
4. Insgesamt stellt die von den Beschwerdeführern beanstandete Einzonung keine Verletzung von Art. 21 Abs. 2 RPG oder Art. 3 RPG dar: Mit dem nach der letzten massgeblichen Planung gegründeten FC Merenschwand und der offensichtlich grossen Nachfrage bei der Jugend haben sich die Verhältnisse erheblich geändert, da neu ein Bedürfnis besteht, Meisterschaftsspiele für sämtliche Kategorien vor Ort durchführen zu können. Die dazu nötige Platzvergrösserung fällt flächenmässig nur gering ins Gewicht und scheint am Siedlungsrand, angrenzend ans bestehende Schulareal zweckmässig, zumal auf diese Weise verhindert werden kann, dass anderweitig eine wesentlich grössere Fläche für ein zweites, den Richtlinien entsprechendes Spielfeld beansprucht werden muss. Das öffentliche Interesse daran, auch den Junioren der Kategorie C die Möglichkeit zur Durchführung der Meisterschaftsspiele zu ermöglichen, überwiegt die privaten Interessen der Beschwerdeführer. Eine umfassende Beurteilung hat im Rahmen der letzten Planung stattgefunden, und erheblich gesteigerte Immissionen sind nicht zu erwarten.
5. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend haben die Beschwerdeführer für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzukommen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Gemeinde Merenschwand, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Aemisegger Scherrer