Sachverhalt:
A.
B._ (Arbeitnehmerin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) war von Januar 1988 bis ins Jahr 2009 als Personalfachfrau zunächst bei der C._ in den USA und dann, nach deren Übernahme, durch die A._ AG (Arbeitgeberin, Beklagte, Beschwerdeführerin) in der Schweiz angestellt. Am 19. September 2008 kündigte die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis mit der Arbeitnehmerin im Rahmen einer Umorganisation (HR Realignment 2008) per 31. März 2009. Dagegen erhob die Arbeitnehmerin Einsprache und machte Nichtigkeit der Kündigung wegen Krankheit im Sinne von <ref-law> geltend. Zum Zeitpunkt der Kündigung war die Arbeitnehmerin bereits seitens der Arbeitgeberin freigestellt, arbeitete aber ihrer Darstellung nach weiterhin teilzeitlich von zu Hause aus, obwohl sie zu dieser Zeit teilweise arbeitsunfähig war.
In der Folge kam es zu Diskussionen und Verhandlungen zwischen den Parteien zur Frage der Gültigkeit der Kündigung. Für den Fall einer gerichtlichen Feststellung der Nichtigkeit wiederholte die Arbeitgeberin die Kündigung vorsorglich per 31. Oktober 2009. A m 19./25. Mai 2009 schlossen die Parteien eine Auflösungsvereinbarung. Darin wurde unter dem Titel "Termination of employment" festgehalten, dass sich die Parteien darüber einigen, das Arbeitsverhältnis zwischen ihnen per 31. Mai 2009 zu beenden. Ferner wurde vereinbart, dass die Arbeitnehmerin unter dem Titel "Salary"einen Lohn von je Fr. 40'000.-- einschliesslich 13. Monatslohn pro rata und Bonus 2009 pro rata für die Monate April und Mai 2009 erhalte, und es wurden die Pensions-, SUVA- und weitere Nebenansprüche der Arbeitnehmerin geregelt. Unter Ziffer 6 der Vereinbarung wurde festgehalten: "After execution of this agreement all claims against A._ are fully settled" (nachfolgend: Saldoklausel).
B.
B.a. Am 30. November 2009 leitete die Arbeitnehmerin ein Schlichtungsverfahren vor der kantonalen Schlichtungsstelle für Diskriminierungsfragen betreffend "Lohndiskriminierung, Anspruch auf Abgangsentschädigung"ein. Es kam keine Einigung zustande. Mit Klage vom 19. Juli 2010 stellte die Arbeitnehmerin "nach Gleichstellungsgesetz" folgende Rechtsbegehren:
"1. Die Beklagte sei zu verurteilen, der Klägerin eine Abgangsentschädigung in der Höhe von total CHF 330'916.-- (entsprechend 11 Monatslöhnen, einschliesslich pro rata 13. Monatsgehalt) zuzüglich 5 % Verzugszins ab 1. Juni 2009 zu bezahlen.
2. Es sei festzustellen, dass das Arbeitsverhältnis mit der Beklagten erst per 31. Oktober 2009 rechtsgültig aufgelöst worden sei. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin die durch die vorzeitige Beendigung entstandenen Nachteile von total CHF 95'993.-- zuzüglich 5 % Zins ab 30. November 2009 zu bezahlen.
3. Schliesslich sei die Beklagte zu verpflichten, der Klägerin die Kosten für notwendige Rechtsberatung von CHF 4'875.-- nebst Zins zu 5 % ab 30. November 2009 und CHF 19'596.-- zuzüglich Zins ab Klageeinreichung zu bezahlen, alles unter o/e Kostenfolge."
Mit Entscheid vom 7. November 2012 hiess das Zivilgericht des Kantons Basel-Stadt die Klage im Umfang von Fr. 294'452.-- sowie im Umfang von Fr. 4'875.-- je zuzüglich Zins gut. Die weitergehenden Klagebegehren wies es ab.
B.b. Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Berufung an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Mit Entscheid vom 26. März 2014 hiess dieses die Berufung im Umfang von Fr. 86'176.40 gut. Entsprechend verurteilte es die Beklagte, der Klägerin Fr. 208'276.60 nebst Zins zu 5 % seit 1. Juni 2009 sowie Fr. 4'875.-- nebst Zins zu 5 % seit 30. November 2009 zu bezahlen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Appellationsgerichts Basel-Stadt vom 26. März 2014 sei aufzuheben, soweit damit die Berufung der Beklagten abgewiesen und sie zur Zahlung von Fr. 208'0276.60 sowie Fr. 4'875.-- je nebst Zins an die Klägerin verurteilt wurde. Die Klage sei vollumfänglich abzuweisen. Sodann seien sämtliche ordentliche und ausserordentlichen Kosten des Verfahrens in allen drei Instanzen der Klägerin aufzuerlegen.
Die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Beschwerdeführerin reichte unaufgefordert eine Replik ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die Begründungspflicht der Beschwerdeführerin (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Die Beschwerdeführerin soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Eine Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Ausserdem hat sie mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 2 S. 90; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
2.
Streitig ist nach wie vor, ob die Beschwerdegegnerin Anspruch auf Ausrichtung einer Abgangsentschädigung hat. Diesen Anspruch stützt sie auf die Verletzung des Diskriminierungsverbots im Sinne des Gleichstellungsgesetzes (GlG; SR 151.1). Sie macht geltend, im Alter von knapp 52 Jahren im Rahmen der Reorganisation HR Realignment 2008 entlassen worden zu sein, ohne Abfindung, wie diese männliche Angestellte in ähnlichen Fällen erhielten. Der Sozialplan HR Realignment, mit Ausschluss jeder Abfindung nach Dienstalter, sei eine Ausnahme von der übrigen Praxis der Beschwerdeführerin gewesen, für die es keine Gründe gebe und die spezifisch die Beschwerdegegnerin mit über 20 Dienstjahren benachteiligt habe.
2.1. Beide Vorinstanzen kamen zum Schluss, dass der Beschwerdegegnerin aus diskriminierungsrechtlichen Gesichtspunkten eine Abgangsentschädigung zustehe: Sie erwogen, der Begriff des Lohnes bzw. der "Entlöhnung" gemäss <ref-law> sei weit auszulegen, womit auch einer Abgangsentschädigung Lohncharakter im Sinne des Gleichstellungsgesetzes zukomme. Entsprechend habe die Beschwerdegegnerin ihre Ansprüche gestützt auf <ref-law> geltend machen können. Die Beschwerdegegnerin habe glaubhaft gemacht, dass die Beschwerdeführerin bei früheren Umorganisationen (vor dem HR Realignment 2008) Abfindungen an männliche Mitarbeiter mit vergleichbar hohem Lohn und damit grundsätzlich vergleichbarer Leistung ausgerichtet habe. Entsprechendes ergebe sich aus dem Sozialplan "call to action" vom 7. Juni 2001. Auch die späteren Sozialpläne "operational excellence" vom Dezember 2010 und die per 1. Juni 2009 in Kraft gesetzte Regelung (betreffend Genentech-Restrukturierung) hätten Abgangsentschädigungen nach der Anzahl der Dienstjahre vorgesehen. Dass innerhalb des HR Realignment 2008 die Mitarbeiter gleich behandelt worden seien, sei nicht von Bedeutung. Der Beschwerdeführerin gelinge der Gegenbeweis der Nicht-Diskriminierung nicht. Hierfür müsste sie die Geschäftsnotwendigkeit und die Verhältnismässigkeit einer Ungleichbehandlung des HR Realignment 2008 (welches im Übrigen mehrheitlich Frauen erfasst habe) gegenüber den andern Restrukturierungen beweisen können. Im Ergebnis habe die Beschwerdegegnerin in ihrer konkreten Stellung als einzige vom HR Realignment 2008 betroffene Kaderperson mit sehr langer Dienstzeit keine Gleichbehandlung erfahren und sei vom HR Realignment 2008 singulär und besonders schwer betroffen worden.
2.2. Gestützt darauf kam die erste Instanz zum Ergebnis, dass die Beschwerdegegnerin mit der Saldoklausel in der Vereinbarung vom 19./25. Mai 2009 nicht rechtsgültig auf zwingende Ansprüche im Sinne von <ref-law> verzichtet habe. Die Vereinbarung der Parteien vom 19./25. Mai 2009 nehme nirgends Bezug auf die Ansprüche der Beschwerdegegnerin auf eine Abgangsentschädigung. Es werde ihr unter diesem Titel auch nichts zugesprochen. Sie nahm somit an, die Frage der Abgangsentschädigung sei gar nicht Gegenstand des Vergleichs gewesen. Selbst wenn dem aber so wäre, sei nicht ersichtlich, geschweige denn nachgewiesen, inwiefern die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin eine Gegenleistung für ihren Verzicht erbracht hätte. Sollte die Vereinbarung bzw. die Saldoklausel somit auch einen Verzicht der Beschwerdegegnerin auf ihre gleichstellungsrechtlichen Ansprüche beinhalten, sei sie insofern als nichtig (Teilnichtigkeit) zu erachten.
2.3. Anders als die erste Instanz kam die Vorinstanz zum Ergebnis, dass <ref-law> nicht anwendbar sei. Im Moment der Vereinbarung der Parteien, im Mai 2009, sei das Arbeitsverhältnis per 31. März 2009 bereits beendet gewesen und der Pensionskassenaustritt erfolgt. Auf Wunsch der Beschwerdegegnerin sei mit der Vereinbarung das Arbeitsverhältnis wieder "in Kraft gesetzt" worden, was für sie insbesondere bezüglich späterem Pensionskassen-Austritt, Erstreckung der Fristen für die Optionsauslösung oder bezüglich Andauern der Unfallversicherung von Vorteil gewesen sei. Dies ändere jedoch nichts daran, dass sich die Beschwerdegegnerin im Zeitpunkt der Vereinbarung nicht mehr in der typischen Situation des gekündigten Arbeitnehmers befunden habe, der sich noch während der Dauer des Arbeitsverhältnisses oder kurz nach dessen Auflösung mit der Abrechnung des Arbeitgebers konfrontiert sehe und dann unter Umständen vorschnell auf ihm zustehende Forderungen verzichte. Entsprechend könne die Saldoerklärung nicht unter Berufung auf <ref-law> für ungültig erachtet werden. Eine jede nach Ablauf der Frist von <ref-law> abgegebene Saldoerklärung sei jedoch auslegungsbedürftig, könne einem Dissens unterliegen und wegen Willensmängeln angefochten werden. Entsprechend prüfte die Vorinstanz den Inhalt der Saldoklausel und ob diese anfechtbar sei:
2.3.1. Aus dem Wortlaut der Vereinbarung vom 19./25. Mai 2009 gehe nicht hervor, unter welchem Titel ("Lohn wegen ungültiger Kündigung" oder "Abfindung") die dort enthaltenen Leistungen bezahlt worden seien, habe die Beschwerdegegnerin doch einerseits (und zuallererst) eine Abfindung in Monatslöhnen gefordert und andererseits zu einem späteren Zeitpunkt die Ungültigkeit der Kündigung wegen Krankheit ins Feld geführt. Beide Rechtstitel für einen Anspruch der Beschwerdegegnerin seien von der Beschwerdeführerin bestritten worden. Diese habe in der Korrespondenz zwar als Begründung für die zwei zusätzlichen Monatslöhne angegeben, dass dies das Maximum einer (von ihr bestrittenen) Leistung wegen Kündigung in der Sperrfrist wäre. Doch dies bedeute nicht, "dass sie damit nicht sämtliche Leistungen habe aus der Welt schaffen wollen und dies für die Beschwerdegegnerin erkennbar war".
2.3.2. Dies schliesse nicht aus - so die Vorinstanz weiter -, dass sich die Beschwerdegegnerin hinsichtlich der Durchsetzbarkeit ihrer Ansprüche auf eine Abgangsentschädigung in einem wesentlichen Irrtum befunden habe: Die Beschwerdegegnerin sei - "nicht zuletzt aufgrund der klaren, ihr gegenüber konstant demonstrierten Haltung der Beschwerdeführerin, Abfindungen in ihrem und vergleichbaren Fällen generell nicht (mehr) zu bezahlen" - der Meinung gewesen, dass sie diesbezüglich wenig Chancen habe; dies insbesondere auch aufgrund des Arguments der Beschwerdeführerin, einen Systemwechsel vollziehen zu wollen. Entsprechend sei im Moment des Abschlusses der Vereinbarung mit der Saldoklausel "die Frage, ob der Berufungsbeklagten rechtlich tatsächlich keine Abfindung zustand, nicht mehr offen" gewesen. Die Beschwerdegegnerin habe sich daher über den Umstand geirrt, dass die Beschwerdeführerin gerade keinen Systemwechsel vollzogen habe. Die Beschwerdeführerin, welche diesen Irrtum mit ihrem Verhalten "konstelliert" habe, habe nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr gewusst, dass die Frage der Abfindung für die Beschwerdegegnerin einen neuralgischen Punkt betroffen habe und dass dieser für die Beschwerdegegnerin wesentlich war.
2.3.3. Schliesslich kam die Vorinstanz zum Schluss, dass nicht nur die Saldoklausel, sondern die ganze Vereinbarung vom 19./25. Mai 2009 ungültig sei. Die Beschwerdegegnerin habe nicht bewiesen, dass sie im Jahre 2008 tatsächlich arbeitsunfähig gewesen sei, womit nicht gesagt werden könne, dass die Kündigung vom 19. September 2008 während der Sperrfrist ausgesprochen wurde. Entsprechend habe die Beschwerdeführerin mit der Nachzahlung von zwei Monatslöhnen eine Leistung erbracht, die unter diesem Titel nicht geschuldet gewesen wäre. Die Zahlung der zwei Monatslöhne hätte aber zur Abgeltung sämtlicher Ansprüche dienen sollen; dies stelle jedoch keinen ausgewogenen Vergleich dar, weshalb die ganze Vereinbarung ungültig sei.
3.
Nach <ref-law> ist ein Verzicht des Arbeitnehmers auf Forderungen, die sich aus zwingenden Gesetzesbestimmungen ergeben, nichtig, wenn er während des Arbeitsverhältnisses oder während eines Monats nach dessen Beendigung erfolgt. Diese Bestimmung will den sich in einem Abhängigkeitsverhältnis befindlichen, sozial schwächeren Arbeitnehmer davor schützen, dass er während oder kurz nach Ablauf des Arbeitsverhältnisses aus Furcht vor nachteiligen Folgen Verzichtserklärungen abgibt (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 41). Massgebend für Beginn und Ende des Schutzes des Arbeitnehmers ist somit dessen Abhängigkeitsverhältnis, dessen Unterordnung (Subordination) unter die Arbeitgeberin und damit die tatsächliche Beendigung des Arbeitsverhältnisses (Urteil 4C.390/2005 vom 2. Mai 2006 E. 2; bestätigt mit Urteil 4A_25/2014 vom 7. April 2014 E. 6.1).
Vorliegend war das Arbeitsverhältnis (spätestens) am 31. März 2009 tatsächlich beendet, was von der Beschwerdegegnerin auch nicht bestritten wird. Ihre Einwände beziehen sich auf die (behauptete) rechtliche Verlängerung des Vertragsverhältnisses durch die Vereinbarung vom 19./25. Mai 2009 und verkennen damit die Rechtslage offensichtlich. Die Vorinstanz ging zu Recht davon aus, dass <ref-law> nicht anwendbar ist.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 24 Abs. 1 Ziff. 4 sowie Art. 24 Abs. 2 OR und macht geltend, die Saldovereinbarung der Parteien vom 19./25. Mai 2009 sei abschliessend und gültig.
4.1. Ein Vertrag ist für denjenigen unverbindlich, der sich beim Abschluss in einem wesentlichen Irrtum befunden hat (<ref-law>). Wesentlich ist ein Irrtum namentlich, wenn er einen bestimmten Sachverhalt betraf, der vom Irrenden nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr als eine notwendige Grundlage des Vertrages betrachtet wurde (Grundlagenirrtum, <ref-law>).
4.2. Eine Saldoklausel beinhaltet einen Vergleich. Mit dem Vergleichsvertrag legen die beteiligten Parteien einen Streit oder eine Ungewissheit über ein Rechtsverhältnis mit gegenseitigen Zugeständnissen bei. Auf den aussergerichtlichen Vergleich sind die Regeln über die Willensmängel anwendbar, sofern sie nicht seiner besonderen Natur widersprechen. Als nach <ref-law> relevante Sachverhalte kommen folglich nur solche Umstände in Betracht, die von beiden Parteien oder von der einen für die andere erkennbar dem Vergleich als feststehende Tatsachen zu Grunde gelegt worden sind. Betrifft der Irrtum demgegenüber einen zweifelhaften Punkt, der gerade verglichen und nach dem Willen der Parteien dadurch endgültig geregelt sein sollte (sog. caput controversum ), so ist die Irrtumsanfechtung ausgeschlossen; andernfalls würden eben diese Fragen wieder aufgerollt, derentwegen die Beteiligten den Vergleich geschlossen haben (<ref-ruling> E. 1.2 S. 51 f. mit Hinweisen; Urteil 4A_25/2014 vom 7. April 2014 E. 5).
Nachdem wie dargelegt <ref-law> nicht anwendbar ist, ist von diesen Grundsätzen bei der Beurteilung der Saldoklausel in der Vereinbarung vom 19./25. Mai 2009 auszugehen.
4.3. Vorerst ist zu prüfen, ob Abgangsentschädigungen von der Vereinbarung erfasst werden; also welches der Gegenstand bzw. Umfang der Saldoklausel ist. Die diesbezüglichen Ausführungen der Vorinstanz (vorne E. 2.3.1) sind nicht klar; sie scheint die Frage offen lassen zu wollen. Die Beschwerdeführerin bringt unter Hinweis auf ihre früheren Rechtsschriften zutreffend vor, die Vorinstanz habe nicht gewürdigt, dass die Beschwerdegegnerin im Vorfeld der Vereinbarung vom 19./25. Mai 2009 stets eine Abgangsentschädigung gefordert habe: So teilte die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin bereits mit Schreiben vom 2. September 2008 mit, die "severence terms", wie diese im Schreiben vom 5. März 2008 angegeben wurden, seien für sie nicht akzeptabel. Dabei berief sie sich gleichzeitig auf die behauptete historische Praxis der Beschwerdeführerin auf Ausrichtung einer Abgangsentschädigung und machte geltend, dass auch im Rahmen früherer Sozialpläne (insbesondere im Rahmen des "call to action") Abgangsentschädigungen ausgerichtet wurden, weshalb ihr auch eine Abgangsentschädigung zustehe. Diese historische Praxis bestritt die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 12. September 2008 und hielt fest, dass das HR Realignment 2008 nicht mit anderen Sozialplänen vergleichbar sei und im Rahmen des HR Realignments 2008 keine Abgangsentschädigungen ausbezahlt werden. Erst nach diesem Schriftenwechsel reichte die Beschwerdegegnerin ein Arztzeugnis ein und machte die Nichtigkeit der Kündigung geltend, da innerhalb der Sperrfrist ausgesprochen. Mit Schreiben vom 26. März 2009, nunmehr in Vertretung ihrer Rechtsbeiständin, kam die Beschwerdegegnerin nochmals auf die von ihr geltend gemachte Abgangsentschädigung zurück und machte geltend, einen Anspruch darauf zu haben, mit männlichen Entlassenen in vergleichbarer Funktion, denen eine Abfindung im Verhältnis zur Anzahl ihrer Dienstjahre ausbezahlt wurde, gleichgestellt zu werden.
Obwohl die Vorinstanz auf diese Korrespondenzen verweist, trägt sie diesem Umstand keine Rechnung. In Kenntnis dieser möglichen und umstrittenen Anspruchsgrundlagen schlossen die Parteien die Vereinbarung vom 19./25. Mai 2009 mit der darin enthaltenen Saldoklausel. Abfindungsansprüche waren daher ohne Zweifel Gegenstand dieser Regelung bzw. die Beschwerdegegnerin musste nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass damit alle bisher umstrittenen Ansprüche erfasst wurden.
Im Hinblick auf das soeben Ausgeführte ist auch nicht nachvollziehbar, wie der von der Beschwerdegegnerin behauptete Dissens zu begründen wäre. Die Beschwerdegegnerin führte dies auch nicht näher aus, sodass schon fraglich ist, ob überhaupt eine genügende Rüge vorliegt.
4.4. Wie dargelegt (vgl. E. 2.3.2) unterlag die Beschwerdegegnerin nach Auffassung der Vorinstanz einem Grundlagenirrtum hinsichtlich der Durchsetzbarkeit ihrer Ansprüche. Dieser Irrtum sei hervorgerufen worden durch die von der Beschwerdeführerin kommunizierte Haltung, einen Systemwechsel vorzunehmen und künftig keine Abgangsentschädigungen mehr zu bezahlen.
Beim Fassen eines Vergleichs lässt sich eine Partei durch die Einschätzung einerseits der Tatsachenlage und andererseits der Rechtslage leiten. Sowohl tatsächliche wie rechtliche Umstände kommen daher im Hinblick auf eine Irrtumsanfechtung in Betracht (<ref-ruling> E. 3 S. 63 mit Hinweisen; Gauch/Schluep/Schmid, Schweizerisches Obligationenrecht Bd. I, 10. Aufl. 2014, Rz. 939; Eugen Bucher, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, 2. Aufl. 1988, S. 414 Fn. 68 unter Hinweis auf die insofern gleiche Rechtslage nach § 779 BGB; Peter Marburger, in: J. von Staudingers Kommentar zum Bürgerlichen Gesetzbuch, 2009, N. 71 zu § 779 BGB). Auf die von der Rechtsprechung getroffene Unterscheidung, wonach ein Irrtum über die Rechtslage dann unwesentlich ist, wenn er nur die Rechtsfolgen der getroffenen Vereinbarung betrifft (<ref-ruling> E. 3 S. 63 mit Hinweis; zustimmend: Wolfgang Wiegand, in: ZbJV 130, 1994, S. 275. Kritisch zur deutschen Rechtsprechung, welche § 779 BGB ebenfalls nicht anwendet, wenn der Rechtsirrtum eine sog. reine Rechtsfrage betrifft: Peter Marburger, a.a.O., N. 71 zu § 779 BGB), braucht hier nicht weiter eingegangen zu werden. Der von der Vorinstanz bejahte Irrtum über die Durchsetzbarkeit betrifft die rechtlichen Umstände hinsichtlich des Vertragsabschlusses selber und nicht dessen Rechtsfolgen.
Ein Irrtum über die Durchsetzbarkeit ist indessen zu verneinen. Die Beschwerdegegnerin begründet ihren Anspruch damit, dass die Nicht-Ausrichtung einer Abfindung den Anspruch auf Lohngleichheit verletzt. Bereits im Schreiben ihrer Rechtsvertreterin vom 26. März 2009 berief sich diese darauf, dass die Beschwerdegegnerin gleichgestellt werde mit männlichen Entlassenen in vergleichbarer Funktion. In ihrem noch selber verfassten Schreiben an die Beschwerdeführerin vom 2. September 2008 führte die Beschwerdegegnerin aus, sie verzichte auf die Nennung von Namen vergleichbarer männlicher Kollegen, die Abfindungen erhalten hätten, jedoch verfüge sie über eine entsprechende Liste. Die Vorinstanz prüfte denn auch im Hinblick auf die Glaubhaftmachung der Diskriminierung die Entschädigungen bei drei Männern - Dr. D._, Prof. Dr. E._ und F._ -, die alle vor der Beschwerdegegnerin entlassen worden waren und auf die sich diese berufen hatte. Gestützt auf den Vergleich mit diesen drei Männern erachtete die Vorinstanz die Diskriminierung als glaubhaft gemacht. Es ist nicht ersichtlich, wie sich die Beschwerdegegnerin unter diesen Umständen über die Durchsetzbarkeit ihres Diskriminierungsanspruchs hätte irren können. Ob die Beschwerdeführerin bei späteren Restrukturierungen Abgangsentschädigungen zahlte bzw. zahlen wollte, ändert nichts daran.
5.
Mit ihrer Argumentation, sie sei einem Irrtum unterlegen, weil die Beschwerdeführerin ihr gegenüber stets die Haltung vertreten habe, nun generell keine Abgangsentschädigungen mehr zu bezahlen, obwohl sie nahezu zeitgleich mit dem Sozialplan betreffend die Genentech-Restrukturierung eine Abgangsentschädigungsregelung vorgesehen habe (vgl. E. 2.3.2 hiervor), macht die Beschwerdegegnerin vielmehr eine Täuschung (<ref-law>) geltend, auf welche sie sich denn auch beruft. Für Täuschung genügt ein Motivirrtum, weil entscheidend die äussere Verursachung ist, die den Vertragsabschlusswillen des Getäuschten bestimmt hat (Bruno Schmidlin, in: Berner Kommentar, Obligationenrecht, N. 134 zu <ref-law>).
5.1. Der Tatbestand der absichtlichen Täuschung setzt einerseits voraus, dass der Vertragspartner - durch positives Verhalten oder durch Schweigen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 166; <ref-ruling> E. 3a S. 434) - absichtlich getäuscht wurde; für die Täuschungsabsicht genügt Eventualvorsatz, hingegen nicht Fahrlässigkeit (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 532; 53 II 143 E. 1a S. 150). Absicht bedeutet, dass der Täuschende weiss, dass er beim Vertragsgegner einen Irrtum hervorruft oder unterhält und dass er diesen so - und sei es auch nur mit Eventualvorsatz - zum Vertragsabschluss verleiten will (<ref-ruling> E. 3b S. 169; Gauch/Schluep/Schmid, a.a.O., Rz. 864). Andererseits ist erforderlich, dass der Vertragspartner durch die Täuschung zum Vertragsabschluss verleitet wurde. Der durch die Täuschung hervorgerufene Irrtum muss somit kausal für den Abschluss des Vertrages gewesen sein (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 532; <ref-ruling> E. 4.1 S. 166). An diesem Täuschungserfolg gebricht es, wenn der Getäuschte den Vertrag auch ohne Täuschung geschlossen hätte (<ref-ruling> E. 6.3 S. 326).
Die Beweislast (<ref-law>) für die Voraussetzungen der absichtlichen Täuschung trägt der Getäuschte. Insbesondere hat er den kausalen Einfluss der Täuschungshandlung auf den Vertragsschluss nachzuweisen (<ref-ruling> E. 6.3 S. 327). Mit dem Nachweis der Täuschungshandlung wird indessen das Vorliegen eines solchen Kausalzusammenhangs vermutet. Dem Täuschenden steht dann der Gegenbeweis offen, dass der Getäuschte den Vertrag auch ohne die Täuschung abgeschlossen hätte (Bruno Schmidlin, a.a.O., N. 162 zu <ref-law>).
5.2. Die Vorinstanz hat das Vorliegen der Voraussetzungen von <ref-law> nicht geprüft, weil sie (zu Unrecht) bereits den Grundlagenirrtum bejahte. Das Bundesgericht kann das Recht zwar von Amtes wegen anwenden. Voraussetzung ist jedoch, dass das angefochtene Urteil den massgeblichen Sachverhalt dazu enthält, andernfalls dieser von der Vorinstanz zu ergänzen ist (vgl. Ulrich Meyer/Johanna Dormann, Basler Kommentar BGG, 2. Aufl. 2011, N. 14 zu <ref-law>). Die Sache ist daher zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dabei wird sie zu prüfen haben, ob die Beschwerdegegnerin die Voraussetzungen einer Täuschung nachgewiesen hat.
6.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 65 Abs. 4 lit. b, Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 26. März 2014 aufgehoben, und die Sache wird zur Neubeurteilung an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Februar 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Reitze