Faits:
A. A la suite d'un acte de vente notarié du 4 septembre 2001, la société X._ SA est devenue propriétaire, par l'inscription au registre foncier à la date du *** 2001, de la parcelle n° *** de la commune de A._, d'une surface de 2'652 m2, comprenant un bâtiment principal, trois annexes et un jardin d'hiver. Les locaux sis sur cette parcelle abritaient notamment le restaurant "B._".
Le 19 octobre 2001, X._ SA, agissant par sa propriétaire économique C._, a signé une proposition d'assurance, adressée à la compagnie devenue aujourd'hui Y._ Assurances SA en vue d'obtenir une couverture multirisque pour les bâtiments, couvrant notamment le risque d'incendie et de dégâts d'eau. A la question de savoir s'il y avait un toit plat, la proposition contient une réponse négative. Celle-ci avait été inscrite sur la proposition par l'employé de l'assurance, D._, en suivant la réponse orale que lui avait donnée E._, courtier en assurances mandaté par C._.
Le 14 novembre 2001, Y._ Assurances SA a confirmé par écrit l'acceptation de la proposition d'assurance. La police d'assurance a été signée, pour Y._ Assurances SA, par son agent général F._, père de l'employé D._.
Le précédent contrat d'assurance bâtiment, conclu avec G._, avait été résilié par lettre du 12 septembre 2001 et la compagnie d'assurance aurait accepté la résiliation oralement avec effet au 1er octobre 2001.
Le 10 janvier 2002 vers 23h15, le bâtiment abritant le restaurant "B._" a été partiellement détruit par un incendie intentionnel dont l'auteur est resté inconnu.
Le 4 mars 2003, Y._ Assurances SA a reçu une copie du contrat d'assurance bâtiment qui avait été conclu par G._. A la lecture de ce document, elle a appris qu'il y avait un toit plat.
Par courrier du 13 mars 2003, Y._ Assurances SA a invoqué une réticence pour le motif que le toit plat n'avait pas été mentionné et elle s'est déclarée non liée par le contrat conclu avec X._ SA, considérant par ailleurs qu'il y avait double assurance.
X._ SA a répondu que la question du toit plat ne concernait que le risque de dégâts d'eau, et non pas le risque d'incendie qui s'est réalisé; quant au contrat conclu avec G._, il avait été résilié.
Il a été établi qu'au moins l'une des annexes, la véranda, est couverte par un toit plat.
B. Se basant sur le contrat d'assurance et invoquant le préjudice que lui avait causé l'incendie, X._ SA a déposé au greffe du Tribunal de première instance de Genève, le 24 décembre 2003, une demande en paiement dirigée contre Y._ Assurances SA, réclamant à cette dernière la somme de 5'000'000 fr. avec intérêts à 6% l'an dès le 10 janvier 2002.
Invoquant la réticence et la double assurance, Y._ Assurances SA a conclu au déboutement.
Par jugement du 30 mai 2008, le Tribunal de première instance a admis partiellement la demande.
Saisie d'un appel et d'un appel incident (dans lequel X._ SA a réduit sa demande à 2'589'906 fr.30 et 64'087 fr.01 avec intérêts), la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève, par arrêt du 16 octobre 2009, a annulé le jugement attaqué et débouté X._ SA de toutes ses conclusions avec suite de frais et dépens, admettant que l'assureur n'était pas lié par le contrat en raison de la réticence.
C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 16 octobre 2009. Invoquant une constatation arbitraire des faits et une violation des art. 4, 6 et 8 ch. 3 et 4 LCA, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué avec suite de frais et dépens et à la condamnation de sa partie adverse, avec mainlevée définitive, à lui payer les montants de 2'589'906 fr.30 et 64'087 fr.01, les deux sommes étant dues avec intérêts à 5% à compter du 13 mars 2003; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale.
L'intimée a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4 et 6.2). Encore faut-il que la rectification demandée soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
En l'espèce, la recourante soutient que la cour cantonale a retenu arbitrairement qu'elle avait admis que l'assureur ignorait l'existence d'un toit plat avant la réception, le 4 mars 2003, de la police d'assurance de l'assureur précédent du bâtiment. En réalité, elle tire prétexte d'une rédaction défectueuse de l'arrêt cantonal. La recourante n'a jamais contesté que l'intimée ait reçu, le 4 mars 2003, une copie de la police conclue avec le précédent assureur et que ce document permettait de constater qu'il y avait un toit plat. La cour cantonale a aussi admis les faits invoqués par la recourante, à savoir que l'agent général et son fils également employé de l'assurance, fréquentaient parfois le restaurant; elle a traité cette question au consid. 4.6.3 et rejeté les déductions que la recourante entendait en tirer; savoir quelles sont les conséquences sous l'angle de l'art. 8 ch. 3 et 4 LCA que l'on peut tirer de l'état de fait retenu est une question de droit et non pas de fait. Dès lors que la cour cantonale a admis que l'agent général et son fils fréquentaient parfois le restaurant, l'argument juridique soulevé par la recourante doit être examiné par le Tribunal fédéral et déterminer plus précisément ce que la recourante a ou non valablement contesté en procédure cantonale apparaît impropre à influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 La question litigieuse est de savoir si l'intimée s'est valablement départie du contrat d'assurance pour cause de réticence en application de l'art. 6 de la Loi fédérale du 2 août 1908 sur le contrat d'assurance (LCA; RS 221.229.1).
2.2 Il convient préalablement de déterminer quelle est la teneur de l'<ref-law> applicable au cas d'espèce, puisque cette disposition a été modifiée par une loi fédérale du 17 décembre 2004, entrée en vigueur le 1er janvier 2006 (RO 2005 5250).
La disposition transitoire contenue à l'<ref-law> renvoie à l'art. 882 aCO, qui a été remplacé par l'art. 1 al. 1 du Titre final du Code civil le 1er janvier 1912 (cf. Rolf Nebel, Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, 2001, n°s 1 et 3 ad. <ref-law>). L'art. 1 al. 1 du Titre final instaure le principe de la non-rétroactivité des lois (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 230). Il s'ensuit que le contrat d'assurance litigieux, qui a été conclu en novembre 2001, est soumis à l'<ref-law> dans sa teneur antérieure au 1er janvier 2006 (cf. arrêt 4A_261/2008 du 1er octobre 2008 consid. 3.1).
Selon la teneur de l'art. 6 aLCA qu'il faut appliquer en l'espèce (FF 1908 II 125), "si celui qui devait faire la déclaration a, lors de la conclusion du contrat, omis de déclarer ou inexactement déclaré un fait important qu'il connaissait ou devait connaître (réticence), l'assureur n'est pas lié par le contrat, à condition qu'il s'en soit départi dans les quatre semaines à partir du moment où il a eu connaissance de la réticence".
Cette disposition permet donc à l'assureur, en cas de réticence, de résoudre le contrat (avec effet rétroactif) et de refuser ses prestations pour un sinistre déjà survenu, même si celui-ci est sans rapport avec le fait qui constitue l'objet de la réticence (<ref-ruling> consid. 3a p. 391 s.; <ref-ruling> consid. 3c p. 64; <ref-ruling> consid. 4 p. 352; arrêt 5C.262/2006 du 28 mai 2008 publié in SJ 2008 I p. 400 consid. 4.2). Cette règle ayant souvent été considérée comme trop sévère, le législateur a décidé de la modifier en proposant d'introduire un droit de résiliation (sans effet rétroactif) et de ne permettre à l'assureur de se libérer de l'obligation de verser sa prestation pour un sinistre déjà survenu que si le fait qui a été l'objet de la réticence a influé sur la survenance ou l'étendue du sinistre (Message du 9 mai 2003 concernant une loi sur la surveillance des entreprises d'assurance et la modification de la loi fédérale sur le contrat d'assurance, FF 2003 3370 ch. 1.2.5.2.1). La nouvelle teneur de l'<ref-law> n'est cependant entrée en vigueur que le 1er janvier 2006 (RO 2005 5250); elle n'est donc pas applicable en l'espèce. Il a déjà été jugé, au sujet de cette disposition, qu'il n'y avait rien d'abusif à s'en tenir à l'ancien texte pour les cas antérieurs à la modification législative, quand bien même celui-ci a été considéré comme insatisfaisant (arrêt 4A_285/2009 du 22 octobre 2009 consid. 4.4). Une solution contraire reviendrait à donner effet rétroactif au nouveau droit, en violant la disposition transitoire applicable.
La recourante ne peut donc tirer aucun argument du fait que l'objet de la réticence (l'existence d'un toit plat) n'a exercé aucune influence sur la survenance et l'étendue du sinistre qui est survenu (un incendie).
2.3 Selon l'<ref-law>, le proposant doit déclarer par écrit à l'assureur, suivant un questionnaire ou en réponse à toute autre question écrite, tous les faits qui sont importants pour l'appréciation du risque, tels qu'ils lui sont ou doivent lui être connus lors de la conclusion du contrat (al. 1); sont importants tous les faits de nature à influer sur la détermination de l'assureur de conclure le contrat ou de le conclure aux conditions convenues (al. 2); sont réputés importants les faits au sujet desquels l'assureur a posé par écrit des questions précises, non équivoques (al. 3).
Que l'assureur ait posé une question précise - comme c'est le cas en l'espèce - permet seulement de présumer, selon l'<ref-law>, que le fait était important; cette présomption peut cependant être renversée par l'assuré en prouvant que, s'il avait répondu de manière exacte et complète, l'assureur aurait néanmoins conclu le contrat aux mêmes conditions (<ref-ruling> consid. 2 p. 336; <ref-ruling> consid. 4e p. 82; <ref-ruling> consid. 5 p. 352).
En l'espèce, l'assureur a posé une question écrite, précise et non équivoque, demandant s'il y avait ou non un toit plat. Les preuves administrées ont montré que cette question est importante pour apprécier le risque de dégâts d'eau et qu'elle influe sur le montant de la prime, de sorte que l'assureur n'aurait pas accepté de conclure le contrat aux mêmes conditions s'il avait su qu'il y avait un toit plat. Ainsi, la recourante n'est pas parvenue à renverser la présomption découlant de l'<ref-law> et il faut conclure que l'existence ou non d'un toit plat était un fait important au sens de l'<ref-law>, propre à permettre à l'assureur de se départir du contrat en application de l'art. 6 aLCA, applicable en l'espèce.
Il a été constaté en fait - d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>) - que la question relative à l'existence d'un toit plat a reçu une réponse négative, alors même qu'il y a un toit plat au moins sur l'une des annexes, la véranda. On se trouve donc en présence d'une réponse inexacte sur un fait important.
2.4 Il faut ensuite se demander si le proposant "connaissait ou devait connaître" la vérité (cf. <ref-law> et art. 6 aLCA). Le proposant doit se demander sérieusement s'il existe un fait qui tombe sous le coup des questions de l'assureur; il doit déclarer, outre les faits qui lui sont connus sans autre réflexion, ceux qui ne peuvent pas lui échapper s'il réfléchit sérieusement aux questions posées (<ref-ruling> consid. 2b p. 337; <ref-ruling> consid. 1c p. 341). Il n'est pas nécessaire, pour qu'il y ait réticence permettant de se départir du contrat, que le preneur d'assurance ait commis une faute (ATF <ref-ruling> consid. 3c p. 63).
Dès lors que l'assureur demandait s'il y avait un toit plat, le proposant devait être attentif à la question et déployer la diligence objectivement commandée par les circonstances pour l'élucider. Il faut relever que la question était simple et ne portait pas sur un défaut ou un trouble de la santé qui serait plus ou moins difficile à déceler; l'organe, l'employé ou le mandataire de la recourante pouvait sans difficulté se rendre sur place pour déterminer s'il y avait ou non un toit plat. S'il constatait que le toit plat était de peu d'importance par rapport à l'ensemble des toitures, il devait en parler à l'assureur et non pas se taire. L'existence d'un toit plat n'est pas un fait que le proposant ne pouvait pas connaître en déployant la diligence commandée par les circonstances. Il a donc été conclu à juste titre qu'il s'agissait d'un fait que le proposant connaissait ou devait connaître.
2.5 L'<ref-law> prévoit diverses hypothèses où le contrat doit être maintenu malgré la réticence. La recourante invoque expressément l'art. 8 ch. 3 et 4 LCA qui prévoit que l'assureur ne peut pas se départir du contrat s'il connaissait ou devait connaître le fait qui n'a pas été déclaré ou qui a été déclaré de manière inexacte.
La formule "connaissait ou devait connaître" figurant à l'art. 8 ch. 3 et 4 LCA montre que l'assureur assume le devoir d'examiner de manière attentive et critique les réponses données aux questions qu'il a posées. On ne saurait cependant inverser les rôles. Il n'appartient pas à l'assureur de se renseigner et de rechercher par lui-même les réponses aux questions qu'il a posées (<ref-ruling> consid. 3c/cc p. 396); il n'a pas davantage à vérifier par tous les moyens à sa disposition les réponses qui lui sont données (<ref-ruling> consid. 4 p. 350).
En l'espèce, la recourante invoque la connaissance des lieux qu'avait son courtier en assurance. Dès lors qu'il s'agit de son propre mandataire, on ne voit pas comment sa connaissance des lieux pourrait être imputée à l'assureur.
La recourante invoque également la connaissance des lieux qu'avait le fils de l'agent général, également employé de la compagnie d'assurance. Il est cependant douteux que les connaissances d'un simple agent démarcheur ou négociateur puissent être imputées à l'assureur (sur cette question: cf. <ref-ruling> consid. 6; 73 II 53 s. consid. 3; 68 II 333).
Quoi qu'il en soit, la recourante fait seulement valoir que l'agent général de l'assurance et son fils sont venus occasionnellement manger dans le restaurant qui se trouve sur la parcelle. Aucun représentant de l'assurance n'est par contre venu sur place pour examiner l'état du bâtiment avant de conclure le contrat. Celui qui se rend simplement dans un restaurant pour y manger n'attache normalement pas d'importance particulière à l'architecture des bâtiments et il n'y est d'ailleurs pas tenu. La recourante insiste elle-même sur le fait que l'impression générale qui se dégage est celle d'un toit à deux pans qui couvre le bâtiment principal. Dès lors, on peut parfaitement comprendre que les personnes citées n'aient pas remarqué le toit à fond plat ou qu'elles ne s'en soient pas souvenues au moment de la proposition d'assurance. En conséquence, la cour cantonale n'a pas apprécié arbitrairement les preuves ni violé l'art. 8 ch. 3 et 4 LCA en admettant que l'existence d'un toit plat n'est pas un fait que l'assureur connaissait ou aurait dû connaître.
2.6 Il reste à examiner si l'assureur s'est départi du contrat dans le délai fixé par l'art. 6 aLCA.
Le délai de quatre semaines ne commence à courir qu'à partir du moment où l'assureur a une connaissance effective, certaine et complète de la réticence; peut importe à partir de quel moment il aurait pu en avoir connaissance (<ref-ruling> consid. 3a p. 339 s.).
En l'espèce, la cour cantonale a constaté en fait - d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>) - que l'assureur a eu connaissance de la réticence après avoir reçu, le 4 mars 2003, la précédente police d'assurance qui mentionnait un toit plat. Il a manifesté la volonté de se départir du contrat par courrier du 13 mars 2003, de sorte qu'il a agi en temps utile. De ce point de vue également on ne voit aucune trace d'une violation de l'art. 6 aLCA.
La recourante soutient certes que l'assureur avait connaissance de la situation déjà avant la conclusion du contrat, mais elle se réfère à nouveau au fait que l'agent général et son fils venaient de temps en temps manger au restaurant; cet argument a été rejeté au sujet de l'art. 8 ch. 3 et 4 LCA et il n'y a pas lieu d'y revenir ici.
3. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être entièrement rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 18'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 20'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 1er février 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget