wird festgestellt und in Erwägung gezogen:
1.- X._, Jahrgang 1965, und Y._, Jahrgang 1964, heirateten am .. .... 1994 und wurden Eltern der Kinder A._, geboren am .. .... 1995, und B._, geboren am .. ... 1997. Ende August 1999 meldete Y._ die Ehescheidungsklage an, der sich X._ im Grundsatz nicht widersetzte.
Im Rahmen vorsorglicher Massnahmen während des Scheidungsverfahrens ist der persönliche Verkehr von Y._ mit den beiden Kindern strittig. Die Parteien einigten sich zunächst auf ein Besuchsrecht am ersten und dritten Samstag des Monats von 12.00 Uhr bis 17.00 Uhr.
Diese Regelung wurde gerichtlich in ein begleitetes Besuchsrecht an einem Sonntag im Monat von 11.00 Uhr bis 17.00 Uhr geändert, nachdem X._ gegen Y._ Strafanzeige wegen Verdachts sexueller Übergriffe auf die Tochter eingereicht hatte. Gestützt auf deren polizeiliche Befragung vom 30. März 2000 und das Gutachten des Kinder- und Jugendpsychiatrischen Dienstes (KJPD) des Kantons Zürich vom 13. September 2000 änderte der Präsident des Bezirksgerichts Kulm den Massnahmenentscheid und berechtigte Y._, die Kinder unbegleitet zu besuchen oder zu sich auf Besuch zu nehmen, und zwar am ersten Samstag im Monat von 09.00 Uhr bis 19.00 Uhr; ein weitergehendes Besuchsrecht wie auch das beantragte Ferienrecht von einem Monat im Jahr wurden abgelehnt (Dispositiv-Ziffer 1 des Urteils vom 23. November 2000). Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde, der sich Y._ anschloss, wies das Obergericht (5. Zivilkammer) des Kantons Aargau ab (Urteil vom 2. Juli 2001).
Mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Verletzung von Art. 9 (Schutz vor Willkür), Art. 10 Abs. 2 (Recht auf persönliche Freiheit) und <ref-law> (Schutz der Kinder und Jugendlichen) beantragt X._ in der Sache die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils und zum Verfahren die Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Während das Obergericht auf eine Stellungnahme verzichtet hat, schliesst Y._ auf Abweisung des Gesuchs um aufschiebende Wirkung und der Beschwerde, soweit auf diese einzutreten sei. Der staatsrechtlichen Beschwerde ist die aufschiebende Wirkung gewährt worden (Präsidialverfügung vom 3. September 2001). Mit Eingabe vom 12. September 2001 hat X._ das - im Rahmen ihrer erneuten Strafanzeige gegen Y._ aufgenommene - Protokoll der Befragung des Kindes A._ vom 14. August 2001 nachgereicht.
2.- Gegen das obergerichtliche Beschwerdeurteil über vorsorgliche Massnahmen während des Scheidungsverfahrens ist die staatsrechtliche Beschwerde zulässig (Art. 84 und Art. 86 OG; <ref-ruling> E. 1 S. 263). Die (private) Gegenpartei im kantonalen Verfahren kann - entgegen dessen Bestreitung - als "Beschwerdegegner" bezeichnet werden (vgl. nur Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde,
2. A. Bern 1994, S. 221; Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Zürich 1992, N. 143 S. 201 f.).
Die Beschwerdeführerin hält das angefochtene Urteil für willkürlich (<ref-law>) und deswegen auch als das Recht auf persönliche Freiheit (<ref-law>) und den Anspruch auf besonderen Schutz der Unversehrtheit (<ref-law>) verletzend. Inwiefern die behauptete Einschränkung der beiden Grundrechte die Voraussetzungen von <ref-law> nicht erfülle, erläutert die Beschwerdeführerin indessen mit keinem Wort und genügt insoweit den gesetzlichen Anforderungen an die Begründung einer staatsrechtlichen Beschwerde nicht (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 2 S. 249). Im Rahmen ihrer Rüge willkürlicher Beweiswürdigung wendet die Beschwerdeführerin sodann mehrfach ein, das Obergericht habe sich über aktenkundige und von ihr aufgezeigte Ergebnisse des Beweisverfahrens ohne Begründung hinweggesetzt und/oder sich damit nicht auseinandergesetzt.
Der sinngemäss erhobene Vorwurf ungenügender Prüfung und Begründung (<ref-law>) deckt sich hier mit dem Begriff der Willkür, die in der Beweiswürdigung namentlich dann zu bejahen sein kann, wenn der Sachrichter einseitig auf einzelne Beweismittel abstellt und sich mit gegenteiligen überhaupt nicht befasst (Messmer/Imboden, a.a.O, Anm. 43 auf S. 213; zu diesem Willkürbegriff seither: <ref-ruling> E. 1b S. 30). Auf die Eingabe ist ausschliesslich als Willkürbeschwerde einzutreten.
Die Beschwerdeführerin stützt einen Teil ihrer Rügen auf Erzählungen des Kindes A._ vom 5. Juli 2001 und belegt diese Aussagen mit dem nachträglich aufgenommenen Protokoll der Befragung des Kindes vom 14. August 2001 durch die Kantonspolizei. Sie hält diese Noven für zulässig, weil zu deren Vortrag gerade die Begründung des angefochtenen Urteils Anlass gegeben habe. Sie spricht damit eine an sich mögliche Ausnahme vom grundsätzlichen Novenverbot bei Willkürbeschwerden an, übersieht aber, dass ausnahmsweise zulässige neue Vorbringen sich in jedem Fall nur auf Tatsachen und Beweismittel beziehen dürfen, die im Zeitpunkt des letzten kantonalen Entscheids bereits vorhanden gewesen sind; diese Voraussetzung ist mit Bezug auf das angefochtene Urteil vom 2. Juli 2001 nicht erfüllt (vgl. nur Messmer/ Imboden, a.a.O, N. 158 S. 227 f.; Kälin, a.a.O., S. 369 f.).
Die Entwicklung des Sachverhalts nach dem Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids ist erst bei den nachfolgenden Entscheiden im vorliegenden Sachzusammenhang zu berücksichtigen.
Mit diesem zusätzlichen Vorbehalt kann auf die staatsrechtliche Beschwerde eingetreten werden.
3.- Die Aussagen seiner Tochter belasten den Beschwerdegegner.
Sie soll - teils spontan gegenüber der Mutter, teils auf deren Frage hin - Handlungen des Beschwerdegegners geschildert haben, die als sexuelle Übergriffe verstanden werden können. Die erste polizeiliche Befragung des Kindes hat allerdings keine Hinweise in dieser Richtung erbracht.
Die Beschwerdeführerin erblickt Willkür darin, dass das Obergericht die Aussagen ihrer Tochter nicht für glaubhaft gehalten hat. Zu Unrecht habe das Obergericht diesbezüglich einfach auf die gutachterlichen Schlussfolgerungen abgestellt und auf eine selbstständige Würdigung der Aussagen - namentlich unter Berücksichtigung der Begleitumstände der polizeilichen Befragung ihrer Tochter -verzichtet.
a) Ob eine Aussage im Prozess glaubhaft ist, hat im Grundsatz das Gericht zu entscheiden, doch kann die Beurteilung der Glaubhaftigkeit von Aussagen aus Gründen, die in der Person des Aussagenden liegen (z.B. Krankheit, Alter u.a.m.), spezifische Fachkenntnis erfordern, so dass ein Gutachter beigezogen werden muss (<ref-ruling> E. 1c S. 31/32); gerade beim Verdacht sexueller Übergriffe auf Kinder wird sich die Einholung eines Gutachtens in der Regel als unumgänglich erweisen (<ref-ruling> E. 3d S. 408). Gehört die Beurteilung der Glaubhaftigkeit von Kinderaussagen zum Auftrag des Gutachters, hat das Gericht dessen Schlüsse kritisch zu prüfen und bei der Würdigung der Aussagen und der übrigen Beweisergebnisse mitzuberücksichtigen (<ref-ruling> E. 1c S. 32), aber letztlich nicht seinerseits zu tun, was es mangels Fachkenntnis dem Sachverständigen aufgetragen hat (vgl. etwa Hug, Glaubhaftigkeitsgutachten bei Sexualdelikten gegenüber Kindern, ZStR 118/2000 S. 19 ff., S. 43 f.). Nach teilweise abweichender Auffassung soll das Gericht bei der inhaltlichen Überprüfung von Glaubhaftigkeitsgutachten - im Gegensatz zu anderen Gerichtsgutachten - frei sein und an dessen Stelle eine eigenständige Beweiswürdigung vornehmen dürfen (z.B. Möller/Maier, Grenzen und Möglichkeiten von Glaubwürdigkeitsbegutachtungen im Strafprozess, SJZ 96/2000 S. 249 ff., S. 254 f. Ziffer 4). Bei diesem Meinungsstand ist es jedenfalls nicht willkürlich, dass das Obergericht die Aussagen des Kindes und die Begleitumstände, unter denen sie erfolgt sind, nicht selber, sondern diesbezüglich nur das Ergebnis des Gutachtens gewürdigt hat (<ref-law>; zuletzt: <ref-ruling> E. 3b a.E. S. 234).
b) In Beantwortung der gestellten Fragen heisst es im Gutachten, die gegenüber der Kindsmutter gemachte Aussage von A._ "erfolgte nach mehrmaligem Nachfragen, was klar den Charakter einer Suggestion hatte" (S. 37 Ziffer 2.1).
Ferner wird im Gutachten auf das "Besuchsrechtssyndrom" verwiesen (S. 38 Ziffer 3.1), mit dem die kindliche Psyche den Loyalitätskonflikt zu vermindern versucht, in dem sich die Kinder durch die negative Einstellung (scil. des einen) gegenüber dem anderen Elternteil befinden; sie übernehmen die jeweilige Haltung des Elternteils, bei dem sie sich gerade befinden und reagieren mit psychosomatischen Beschwerden und der Ablehnung des anstehenden Kontaktes zum anderen Elternteil (S. 36, letzter Absatz). Diese gutachterliche Stellungnahme ficht die Beschwerdeführerin nicht an; sie behauptet, ihre Tochter habe auch spontan - vor und nach der Begutachtung - den Beschwerdegegner belastende Aussagen gemacht.
c) Muss auf Grund der vermittelten und unangefochtenen Fachkenntnis davon ausgegangen werden, dass das Kind die Sicht der Beschwerdeführerin übernimmt und sich der (negativen) Einstellung der Beschwerdeführerin zum Beschwerdegegner entsprechend verhält, erscheint die Annahme nicht als willkürlich, dass es sich - selbst spontan - auch so äussert, wie es der - von ihm erspürten - Erwartungshaltung der Beschwerdeführerin entspricht. Im Ergebnis ist es deshalb vertretbar, den Beweiswert der Aussagen des Kindes insofern zu verneinen, als darauf allein nicht abgestellt werden darf. Diese Auffassung des Obergerichts (E. 3d S. 11 des angefochtenen Urteils) ist nicht zu beanstanden, und auf die Begleitumstände der polizeilichen Befragung kommt es nicht an, wenn jede Aussage des Kindes - wegen "Suggestion" und "Besuchsrechtssyndrom" - willkürfrei als für sich allein nicht beweistauglich betrachtet werden durfte. Unerheblich wird damit, ob die - an sich nachvollziehbare - obergerichtliche Zusatzbegründung dem Willkürverbot standhält (E. 3d S. 10 f. des angefochtenen Urteils). Willkür hat sich (auch) bei der Beweiswürdigung auf den Entscheid im Ergebnis zu beziehen und nicht bloss auf die Begründung (zuletzt: <ref-ruling> E. 2a S. 41).
4.- Gestützt auf das Gutachten des KJPD hat das Obergericht festgestellt, dass der Verdacht sexueller Übergriffe des Beschwerdegegners auf seine Tochter in keiner Weise habe erhärtet werden können. Es ist deshalb davon ausgegangen, eine begleitete oder drittüberwachte Besuchsrechtsausübung sei nicht angezeigt und ein unbegleitetes Besuchsrecht anzuordnen (E. 3d S. 9 f. des angefochtenen Urteils). Abgesehen von entsprechenden Äusserungen des Kindes, die sie bereits als schlüssig bezeichnet, wendet die Beschwerdeführerin ein, es bestünden konkrete Anhaltspunkte für eine Gefahr sexueller Übergriffe: Zum einen liessen (nicht berücksichtigte) Aussagen von Dritten in den beiden hängigen Strafverfahren gegen den Beschwerdegegner bei ihm pädophile Anlagen vermuten, und zum anderen werde im Gutachten des KJPD selbst zumindest als "vorstellbar" erwähnt, dass der Beschwerdegegner derartige Neigungen unbewusst ausgelebt haben könnte.
a) Das Obergericht hat die rechtlichen Gesichtspunkte, die für die Regelung des persönlichen Verkehrs wesentlich sind, richtig zusammengefasst; darauf kann verwiesen werden (E. 3a S. 5 ff. des angefochtenen Urteils).
Hervorzuheben ist lediglich, dass - wie Verweigerung oder Entzug nach <ref-law> - auch die Anordnung eines begleiteten Besuchsrechts konkreter Anhaltspunkte für die Gefährdung des Kindeswohls bedarf; eine bloss abstrakte Gefahr einer möglichen ungünstigen Beeinflussung des Kindes reicht nicht aus, um den persönlichen Verkehr nur in begleiteter Form ausüben zu lassen (<ref-ruling> E. 3c S. 408).
Ergänzt werden muss in verfahrensrechtlicher Hinsicht, dass es um die Regelung des persönlichen Verkehrs als vorsorgliche Massnahme während des Scheidungsverfahrens geht (<ref-law>). Die konkreten Anhaltspunkte für die Gefährdung des Kindeswohls müssen glaubhaft gemacht werden, d.h. es braucht nicht die volle Überzeugung des Gerichts vom Vorhandensein der entsprechenden Tatsachen herbeigeführt zu werden, sondern es genügt, wenn eine gewisse Wahrscheinlichkeit dafür spricht, auch wenn das Gericht noch mit der Möglichkeit rechnet, dass sie sich nicht verwirklicht haben könnten (<ref-ruling> E. 3 S. 377 und 378 E. 3b S. 381; vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 398).
b) Die Beschwerdeführerin verweist darauf, dass gegen den Beschwerdegegner zwei Strafverfahren wegen sexueller Handlungen mit Kindern hängig sind. Das eine Strafverfahren steht vor dem Hintergrund, dass der Beschwerdegegner eine Nichte der Beschwerdeführerin im Jahre 1993 unsittlich berührt haben soll, als diese Nichte (Jahrgang 1985) zwischen den Beschwerdeparteien im gleichen Bett übernachtete; dieser zumindest bezüglich der Verschuldensfrage bestrittene Vorfall ist in den Strafakten erwähnt und wird durch die Aussage der Nichte gemäss dem - vom Beschwerdegegner eingereichten - Einvernahmeprotokoll belegt (act. 10/8 S. 6). Das zweite Strafverfahren betrifft einen sexuellen Übergriff aus dem Jahre 1990 in einem Jugendlager, an dem der Beschwerdegegner zur Verstärkung des Leiterteams teilnahm; dieser offenbar bestrittene Sachverhalt ist in den Strafakten durch die schriftliche Erklärung des Leiterteams verurkundet und wird durch die Aussage einer Lagerleiterin gemäss dem - von der Beschwerdeführerin und vom Beschwerdegegner eingereichten - Einvernahmeprotokoll belegt (act. 3/1 und 10/7 S. 3 f.
im bundesgerichtlichen Verfahren). Willkürliche Beweiswürdigung erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass das Obergericht diese - im Verfahren beigezogenen Strafakten - überhaupt nicht berücksichtigt habe.
Soweit der Beschwerdegegner einwenden will, die Unschuldsvermutung verbiete ein Abstellen auf die Strafakten, kann ihm nicht beigepflichtet werden. Selbst ein rechtskräftiger Freispruch oder die Einstellung des Strafverfahrens hinderte das Zivilgericht von Bundesrechts wegen nicht, die Ergebnisse der Strafuntersuchung frei zu würdigen, es sei denn, das kantonale Recht sehe die Verbindlichkeit des Strafurteils, insbesondere was die Feststellung der Tat und deren Widerrechtlichkeit anbetrifft, für das Zivilgericht ausdrücklich vor (<ref-ruling> E. 3 S. 410). Inwiefern eine solche Bindung nach aargauischem Recht besteht und das Zivilverfahren bis zum Abschluss des Strafverfahrens auszusetzen gewesen wäre, weist der Beschwerdegegner nicht nach (vgl. dazu Brehm, Berner Kommentar, N. 25 zu <ref-law>).
Begründet ist hingegen der Einwand des Beschwerdegegners, die beiden - auch strafrechtlich zu klärenden - Vorfälle seien dem begutachtenden KJPD bekannt gewesen. Zwar erfolgten die Einvernahmen durch die Bezirksanwaltschaft, deren Protokolle die Parteien eingereicht haben, am 17. Oktober 2000 (act. 10/8) bzw. am 8. November 2000 (act. 3/1 und 10/7) und konnten bei der Erstattung des Gutachtens vom 13. September 2000 folglich nicht berücksichtigt werden. Das Gutachten basiert jedoch auf den Strafakten der Kantonspolizei, in denen die beiden Sachverhalte bereits verzeichnet sind. Die angeblichen Übergriffe werden in die gutachterliche Beurteilung des Beschwerdegegners einbezogen (ab S. 32 ff., S. 33 f.). Die Beschwerdeführerin verweist darauf ebenfalls.
Unter diesen Umständen kann es nicht als willkürlich erscheinen, dass das Obergericht nur das Gutachten und nicht auch die Strafakten selbstständig gewürdigt hat (E. 3a hiervor).
c) Das Obergericht hat die gutachterliche Beurteilung als fundiert betrachtet und keinen Grund gesehen, auf die Schlussfolgerung nicht abzustellen, in der Untersuchung lägen keine Hinweise dafür vor, dass allenfalls die Kinder sexuellen Übergriffen oder Misshandlungen ausgesetzt sind oder waren (E. 3d S. 10 des angefochtenen Urteils). Für willkürlich hält die Beschwerdeführerin, dass das Obergericht sich ohne weitere Begründung über die selbst dem Gutachten entnehmbaren Erkenntnisse hinweggesetzt habe, "die ganz allgemein auf eine pädophile Neigung des Beschwerdegegners schliessen und darüber hinaus den Verdacht erhärten, dass er sich auch gegenüber der eigenen Tochter strafbar verhält"; eine konkrete Gefährdung des Kindeswohls hätte deshalb nicht verneint werden dürfen (S. 6 f. der Beschwerdeschrift).
aa) Das Bundesgericht räumt dem Sachgericht bei der Beweiswürdigung einen weiten Ermessensspielraum ein (<ref-ruling> S. 9; <ref-ruling> E. 4b S. 40). Willkür kann vorliegen, wenn das Sachgericht ein Gutachten für schlüssig hält, obgleich triftige Gründe für ein Abweichen vom gutachterlichen Standpunkt bestanden hätten, oder wenn es umgekehrt ohne triftige Gründe von einem Gutachten abweicht (<ref-ruling> E. 1c S. 146 f.; <ref-ruling> E. 3b/aa).
Nebst den verfahrensmässigen Garantien (z.B. der Unbefangenheit des Gutachters: <ref-ruling> E. 3f/bb S. 81; <ref-ruling> E. 3d) hat ein Gutachten insbesondere den Kriterien der Vollständigkeit und Schlüssigkeit zu genügen. Äussere Mängel können darin bestehen, dass im Gutachten weder die ihm zugrunde liegenden Tatsachen vollständig wiedergegeben noch die Schlussfolgerungen begründet werden, dass der Gutachter die unterbreiteten Fragen falsch aufgefasst hat oder prozessual von unzutreffenden Prämissen ausgegangen ist. Inhaltlich kann das Sachgericht ein Gutachten mangels eigener Fachkunde nur eingeschränkt überprüfen. Immerhin muss ein Gutachten schlüssig sein, d.h. die Schlussfolgerungen des Gutachters müssen nach den Gesetzen der Logik anhand der Begründung überzeugend und widerspruchsfrei nachvollzogen werden können; das Sachgericht hat sich zu vergewissern, ob die Darlegungen des Gutachters als plausibel erscheinen oder ob dessen Gedankengänge und Untersuchungen zusammenhanglos, unklar oder lückenhaft sind (vgl. etwa Bühler, Die Beweiswürdigung, in: Der Beweis im Zivilprozess, Bern 2000, S. 71 ff., S. 81 ff.; Guldener, Beweiswürdigung und Beweislast nach schweizerischem Zivilprozessrecht, Zürich 1955, S. 9 f.; Nonn, Die Beweiswürdigung im Zivilprozess, Diss. Basel 1996, S. 99 und S. 186 ff., mit Nachweisen).
bb) Wie die Beschwerdeführerin selber darlegt, sind die von ihr geschilderten Vorfälle, die zu Strafuntersuchungen Anlass gegeben haben, im Gutachten ausdrücklich erwähnt. Dem Gutachten lässt sich - zumindest in den Grundzügen - entnehmen, um welche Vorwürfe es geht. Der angebliche sexuelle Übergriff des Beschwerdegegners auf die Nichte der Beschwerdeführerin aus dem Jahre 1993 wird als "bestritten" festgehalten (S. 34). Diesbezüglich ist einzuräumen, dass der Beschwerdegegner nicht die Glaubhaftigkeit der Aussage der Nichte bestritten hat, sondern seine Schuld bzw. die Behauptung, er habe bewusst und in sexueller Absicht gehandelt (vgl. S. 10 f. Ziffern 40-43 der kantonspolizeilichen Einvernahme des Beschwerdegegners vom 2. Mai 2000). Näher befasst hat sich der KJPD mit dem anderen Vorfall aus dem Jahre 1990 und auf Grund der Persönlichkeitsstruktur des Beschwerdegegners offenbar nicht ausgeschlossen, dass sich die damaligen Ereignisse im Jugendlager tatsächlich zugetragen haben könnten (S. 33). Der KJPD hat somit die von der Beschwerdeführerin genannten Sachverhalte - wenn auch nur sehr summarisch - wiedergegeben. Unter dem Blickwinkel der Willkür kann das Gutachten nicht als unvollständig bezeichnet werden.
cc) Was die Schlüssigkeit des Gutachtens anbetrifft, könnten - wie die Beschwerdeführerin hervorhebt - gewisse Bedenken bestehen. Zum einen wird die Frage nach Hinweisen auf sexuelle Übergriffe zwar klar verneint. Der KJPD begründet diese Schlussfolgerung jedoch lediglich mit den fehlenden direkten oder indirekten Hinweisen der Kinder auf entsprechende Handlungen und mit der fehlenden Glaubhaftigkeit der Aussage der gemeinsamen Tochter der Parteien (S. 37 Ziffer 2.1); auf die angeblichen sexuellen Übergriffe des Beschwerdegegners, die der KJPD im einen Fall zumindest als vorstellbar bezeichnet, nimmt er in Beantwortung der entscheidenden Frage nicht mehr ausdrücklich Bezug. Insoweit wird durch das Gutachten nicht mit letzter Klarheit begründet, was den Schluss erlauben soll, der Verdacht sexueller Übergriffe des Beschwerdegegners auf seine Tochter habe in keiner Weise erhärtet werden können. Zum anderen wird im Gutachten mit Nachdruck festgehalten, dass der Beschwerdegegner sogar in der Lage wäre, das Sorgerecht zu übernehmen, und dass ihm ein unbegleitetes Besuchsrecht von vierzehntäglichen Wochenenden und ein Ferienrecht von einem Monat im Jahr einzuräumen sei (S. 39 Ziffern 4.1 und 6). Auch dieser Empfehlung fehlt es in gewissem Ausmass an Begründung, zumal sich der KJPD weder klar bejahend noch klar verneinend zur Frage der pädophilen Neigung äussert; diesbezüglich bleibt der KJPD etwas vage (vgl. S. 38 Ziffer 2.2) und erklärt frühere, von Dritten bezeugte Übergriffe bloss für "vorstellbar" (S. 33).
Insgesamt ist der Beschwerdeführerin darin beizupflichten, dass der KJPD die beiden Vorkommnisse - die bereits recht weit zurückliegenden sexuellen Übergriffe gegenüber Dritten - einlässlicher hätte würdigen und deutlicher hätte sagen können und sollen, weshalb er dennoch ein Besuchs- und Ferienrecht des Beschwerdegegners gegenüber seinen Kindern ohne jede Auflage befürworte.
Trotz der erwähnten Bedenken erscheint die obergerichtliche Auffassung, das Gutachten sei schlüssig, indessen nicht als unhaltbar: Einerseits hat der KJPD die von der Beschwerdeführerin genannten Anhaltspunkte für eine konkrete Gefährdung des Kindeswohls in seine Beurteilung einbezogen und in Kenntnis davon die Antwort auf die Gutachterfragen erteilt. Seine mehrfach abgegebene Schlussfolgerung, die eigenen Kinder des Beschwerdegegners seien sexuell durch diesen nicht gefährdet, ist andererseits derart entschieden, dass das Gegenteil unter dem Blickwinkel der Willkür als objektiv nicht glaubhaft gemacht angesehen und ein erheblich eingeschränktes Besuchsrecht von einem Tag im Monat für die Dauer des Verfahrens eingeräumt werden durfte. Damit ist nicht entschieden, wie es sich verhält, wo - anders als im Massnahmenverfahren (E. 4a soeben) - volle Überzeugung des Sachgerichts davon notwendig ist, dass konkrete Anhaltspunkte für die Gefährdung des Kindeswohls nicht vorhanden sind.
5.- Die staatsrechtliche Beschwerde muss aus den dargelegten Gründen erfolglos bleiben. Die Beschwerdeführerin wird damit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (5. Zivilkammer) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 1. November 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: