Sachverhalt:
A. Z._ versuchte am 28. November 2002, im Zustand völliger Unzurechnungsfähigkeit, mit einem Messer einen Polizeibeamten zu töten. Am 12. Juni 2004 wurde er deswegen vom Obergericht des Kantons Zürich letztinstanzlich mit einer stationären Massnahme belegt. Im Mai 2005 wurde er bedingt entlassen. Ein Jahr später wurde die Entlassung widerrufen. Am 23. August 2007 ordnete Oberrichter A._, gestützt auf ein neues psychiatrisches Gutachten, Sicherheitshaft gegen Z._ an, welche in der Folge nicht vollzogen wurde.
Am 1. September 2007 wurde Z._ von der Stadtpolizei Uster zwangsweise in die Psychiatrische Klinik M._ eingeliefert, wobei die Amtsärztin B._, welche die Fürsorgerische Freiheitsentziehung (FFE) anordnete, von einer Fremdgefährdung ausging. Am 3. September 2007 stellte Z._ ein Entlassungsgesuch. Der zuständige Einzelrichter am Bezirksgericht N._, X._, setzte die Hauptverhandlung auf den 7. September 2007 an und bestellte bei Dr. Y._ ein psychiatrisches Gutachten. Z._ wurde, insbesondere gestützt auf dieses an der Hauptverhandlung vorgetragene Gutachten, am 7. September aus der FFE entlassen.
Am 16. September 2007 erstach Z._ in P._ den Taxichauffeur C._.
B. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich hegte den Verdacht, verschiedene mit Z._ beruflich befasste Beamte und Richter seien durch strafrechtlich relevantes Fehlverhalten dafür verantwortlich, dass sich dieser am 16. September 2007 auf freiem Fuss befand, und hätten sich daher möglicherweise der fahrlässigen Tötung schuldig gemacht. Sie tätigte entsprechende Vorabklärungen und beantragte am 15. Januar 2008 der Anklagekammer des Zürcher Obergerichts, gegen verschiedene Personen, darunter Dr. Y._, eine Strafuntersuchung zu eröffnen.
Die Anklagekammer kam in ihrem Entscheid vom 29. Februar 2008 zum Schluss, Dr. Y._ sei kein Beamter im Sinne von Art. 110 Abs. 3 StGB und trat auf das Gesuch, gegen ihn eine Strafuntersuchung zu eröffnen, nicht ein.
Gegen diesen Beschluss der Anklagekammer rekurrierten die Staatsanwaltschaft IV, die Mutter des Opfers und ihr Lebenspartner sowie Dr. Y._. Die II. Zivilkammer des Obergerichts trat am 11. August 2008 auf den Rekurs der Geschädigten nicht ein, hiess aber den Rekurs der Staatsanwaltschaft gut und eröffnete gegen Dr. Y._ eine Strafuntersuchung.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt Dr. Y._, den Entscheid der Zivilkammer, gegen ihn eine Strafuntersuchung zu eröffnen, aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, oder eventualiter diesen Entscheid aufzuheben und reformatorisch zu entscheiden, gegen ihn keine Strafuntersuchung zu eröffnen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach § 22 Abs. 1 Ziff. 1 i.V.m. Abs. 5 der Zürcher Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 (StPO) ist auf eine Strafanzeige nicht einzutreten und kein Strafverfahren zu eröffnen, wenn kein Anfangsverdacht für ein strafbares Verhalten vorliegt. Darüber befindet nach § 22 Abs. 5 StPO in der Regel die Untersuchungsbehörde. Steht hingegen die Eröffnung einer Strafuntersuchung oder das Nichteintreten auf eine Strafanzeige gegen einen Beamten in Frage, der im Zusammenhang mit seiner amtlichen Tätigkeit einer strafbaren Handlung verdächtigt wird, entscheidet darüber die Anklagekammer des Obergerichts (§ 22 Abs. 6 StPO). Da kantonale Beamte (anders als Oberrichter A._, vgl. 6B_413/2008) keine Strafverfolgungsprivilegien geniessen, dürfen dabei ausschliesslich straf- bzw. strafprozessrechtliche Gesichtspunkte berücksichtigt werden. Der einzige Unterschied zu "gewöhnlichen" Verfahren besteht darin, dass ein Gericht, nicht die normalerweise zuständige Untersuchungsbehörde darüber entscheidet, ob eine Strafuntersuchung zu eröffnen sei oder nicht. Damit ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig.
1.2 Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab, sondern ordnet im Gegenteil die Eröffnung eines Strafverfahrens gegen ihn an. Es handelt sich somit nicht um einen End-, sondern um einen Zwischenentscheid. Als solcher ist er nach Art. 93 Abs. 1 BGG nur anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 4) bewirken könnte (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.3 Die Durchführung eines Strafverfahrens begründet keinen Nachteil rechtlicher Natur, der mit einem für den Angeschuldigten günstigen Entscheid nicht behoben werden könnte. Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> E. 4 seine jahrzehntealte, konstante Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling>; 63 I 313 E. 2) ausdrücklich ins neue Recht überführt. Seither haben sich weder die Sach- noch die Rechtslage in einer Weise verändert, die zu einer erneuten Überprüfung dieser Praxis Anlass geben könnte.
1.4 Fraglich kann daher nur sein, ob auf die Beschwerde nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG eingetreten werden kann.
1.4.1 Die Regelung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG stammt aus dem Zivilprozessrecht (Art. 50 Abs. 1 OG) und wurde zwecks "willkommener" Rechtsvereinheitlichung in die Einheitsbeschwerde übernommen (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4333 f.). Sie ist auf Zivilprozesse zugeschnitten und soll die Parteien vor unnötig hohen Kosten bewahren. So kann es durchaus sinnvoll sein, zunächst über den Bestand einer Zivilforderung zu befinden, um umfangreiche und teure Beweiserhebungen zum Quantitativ vorerst zu vermeiden. Wird die Forderung im Grundsatz anerkannt, liegt ein Zwischenentscheid vor, dessen Anfechtung Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG aus prozessökonomischen Gründen zulässt. Dies ist indessen nur sinnvoll, weil die Parteien über den Verfahrensgegenstand frei verfügen und vom Prozess nach diesem Zwischenentscheid Abstand nehmen können, um sich etwa über die Höhe der Forderung vergleichsweise zu einigen.
1.4.2 Im Strafprozess, der dem Legalitätsprinzip unterworfen ist, stellt Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG hingegen einen Fremdkörper dar. Besteht ein hinreichender Tatverdacht und sind die Prozessvoraussetzungen gegeben, muss das Strafverfahren ungeachtet zu erwartender hoher Kosten durchgeführt werden. Zwar würde die Gutheissung einer Beschwerde gegen die Eröffnung eines Strafverfahrens dessen Durchführung unterbinden und damit Kosten sparen. Allerdings trägt die Kosten eines ungerechtfertigten Strafverfahrens ohnehin der Staat, nicht der unzulässigerweise in ein solches Verfahren einbezogene Angeschuldigte. Da für ihn selber durch die fehlerhafte Eröffnung eines Strafverfahrens gegen ihn somit keine Kosten anfallen, ist er nicht legitimiert, diese zwecks Kostenvermeidung im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG anzufechten. Dies gilt in gleicher Weise auch für die Anfechtung weiterer Zwischenentscheide, die das Strafverfahren weiterführen, wie Überweisungs- und Anklagezulassungsbeschlüsse.
1.4.3 Dazu kommt, dass Strafprozesse beförderlich geführt werden müssen. Sie unterliegen dem verfassungs- und konventionsrechtlichen Beschleunigungsgebot (dazu <ref-ruling> E. 8 S. 170, 130 IV 54 E. 3.3 mit Hinweisen). Damit ist schlechterdings nicht vereinbar, dass verfahrensleitende Zwischenentscheide im Strafverfahren nach Massgabe von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG anfechtbar sind. Jeder von ihnen kann, wenn er auf Weiterführung des Strafverfahrens lautet, unter Umständen grosse Kosten verursachen, die bei einer Einstellung des Verfahrens nicht anfielen, und müsste daher vom Bundesgericht auf Beschwerde materiell geprüft werden. Könnte der Angeschuldigte mit dem Argument der Kostenvermeidung alle diese Eröffnungs-, Überweisungs- und Anklagezulassungsbeschlüsse anfechten, hätte er es in der Hand, durch Anhäufung von Rechtsmitteln die Strafjustiz faktisch lahmzulegen oder sie zumindest in unhaltbarer Weise zu behindern. Das Bundesgericht hat daher wiederholt erkannt, Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG müsse bei Strafverfahren besonders restriktiv angewandt werden, um zu verhindern, dass solche Zwischenentscheide anfechtbar würden (<ref-ruling> E. 3.2; Entscheide 6B_382/2008 vom 5. August 2008 E. 2.2.1; 6B_261/2007 vom 4. September 2007 E. 1.2; 6B_23/2007 vom 2. April 2007 E. 1.2.1). Dies gilt umso mehr, als die Kantone nach dem Ablauf der Übergangsfrist von Art. 130 Abs. 1 BGG verpflichtet wären, gegen diese Entscheide ein kantonales Rechtsmittel zu gewährleisten (Art. 80 Abs. 2 BGG), womit alle diese Zwischenentscheide einer zweistufigen Überprüfung zugänglich wären. Folgerichtig sind nach der Schweizerischen Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (BBl 2007 6977 ff.), die allerdings noch nicht in Kraft steht, derartige Zwischenentscheide nicht anfechtbar: Entscheid über die Einleitung des Vorverfahrens (Art. 300 Abs. 2), Entscheid über die Eröffnung der Untersuchung (Art. 309 Abs. 3), die Mitteilung des Abschlusses der Untersuchung (Art. 318 Abs. 3) und die Anklageerhebung (Art. 324 Abs. 2).
2. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Der Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi