Fatti:
A. Il 12 dicembre 2008 B._ ha chiesto al Municipio di Lumino il permesso di costruire sul suo fondo uno stabile di tre appartamenti. Alla domanda, pubblicata soltanto il 5 maggio 2009, si è opposto il vicino A._. Preso atto dello spostamento della termopompa in un vano posto all'interno del progettato edificio, l'autorità cantonale competente ha preavvisato favorevolmente il rilascio della licenza edilizia. Il 14 settembre 2009 il Municipio l'ha concessa sottoponendola a determinate condizioni.
B. Adito dall'opponente, con decisione del 21 aprile 2010 il Consiglio di Stato l'ha confermata. Con giudizio del 1° dicembre 2010, il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino ha annullato sia la decisione governativa sia la licenza edilizia e rinviato gli atti ai Servizi generali del Dipartimento del territorio, affinché proceda a determinate verifiche ed emani un nuovo avviso all'attenzione del Municipio, che dovrà pronunciarsi nuovamente sulla domanda di costruzione.
C. Avverso questa pronunzia A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di concedere effetto sospensivo al gravame e di annullare sia la decisione impugnata sia quella governativa.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale vaglia d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale emanata in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 cpv. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.3 Secondo l'<ref-law>, il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Giusta l'<ref-law>, il ricorso è inoltre ricevibile contro le decisioni parziali, vale a dire che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a), o che pongono fine al procedimento solo per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'<ref-law>, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è per contro ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF). Queste condizioni di ammissibilità, il cui adempimento deve di principio essere dimostrato dal ricorrente (<ref-ruling> consid. 1.2 in fine), mirano a sgravare il Tribunale federale, che deve di massima esprimersi con un'unica decisione sull'oggetto del litigio (<ref-ruling> consid. 1.3.2; <ref-ruling> consid. 4).
2. 2.1 Al considerando n. 8.1, la Corte cantonale, in accoglimento parziale del ricorso del vicino, ha annullato la licenza edilizia e la decisione governativa che la confermava, poiché lesive delle norme del regolamento cantonale del 16 settembre 2008 sull'utilizzazione dell'energia (RUEn), che ha abrogato il decreto esecutivo sui provvedimenti di risparmio energetico nell'edilizia, riservando, a titolo transitorio, l'applicazione sino al 31 dicembre 2008, delle prescrizioni tecniche e delle procedure vigenti a quel momento. Ha quindi rinviato gli atti ai Servizi generali del Dipartimento del territorio, affinché spieghi perché le immissioni foniche della termopompa rispetterebbero i valori di pianificazione prescritti dall'allegato 6 all'OIF, verifichi la conformità dell'intervento per rapporto alle prescrizioni del RUEn, chiedendo se del caso il completamento della domanda di costruzione, dia al vicino la facoltà di prendere posizione sulle risultanze della verifica ed emani un nuovo avviso all'attenzione del municipio, che si pronuncerà nuovamente sulla domanda di costruzione.
2.2 Il ricorrente afferma, in maniera del tutto generica e manifestamente a torto, che si sarebbe in presenza di una decisione finale ai sensi dell'<ref-law>. In effetti, il giudizio impugnato costituisce, come si evince chiaramente dal suo dispositivo, una decisione di rinvio, che invita il Dipartimento cantonale a effettuare determinate verifiche e il Municipio a riesaminare la domanda di costruzione. Esso non pone quindi fine al procedimento, poiché lascia aperto il quesito del rilascio definito, se del caso a determinate condizioni, della licenza edilizia, né configura una decisione parziale giusta l'<ref-law> (al riguardo vedi <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4.1.2 e 4.1.3; sentenza 1C_396/2009 del 9 febbraio 2010 consid. 1.2, in RtiD 2010 II pag. 93). In effetti, in concreto, la Corte cantonale non ha statuito a titolo definitivo su talune domande giudicabili a titolo indipendente, bensì su determinate censure concernenti l'unico oggetto del litigio, costituito segnatamente dal rilascio del permesso di costruzione (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2). Non si giustifica quindi di esaminare ora, anche per l'assenza del necessario interesse pratico e attuale (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2), le critiche ricorsuali di merito, ritenuto che il Tribunale federale potrebbe essere chiamato a esprimersi non una, ma più volte sul contestato progetto. La decisione impugnata costituisce pertanto una decisione incidentale, impugnabile solo alle condizioni poste dall'<ref-law> (DTF <ref-ruling> consid. 4.2 e 4.3).
2.2.1 In effetti, il ricorrente non adduce di subire un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law>. Certo, egli rileva che se la decisione impugnabile parrebbe essergli favorevole, essa limiterebbe nondimeno i suoi diritti di difesa, in particolare riguardo all'applicazione delle norme vigenti fino al 2008. L'assunto non regge, ritenuto ch'egli, come peraltro rilevato nel giudizio impugnato, potrà far valere i suoi diritti nel quadro della nuova procedura (vedi <ref-law>) e ricordato che un pregiudizio irreparabile non è ravvisabile nel semplice prolungamento della procedura o nell'aumento dei costi collegati alla causa (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 5.2.1 e 5.2.2).
2.2.2 Né si è chiaramente in presenza, e il ricorrente non lo sostiene, della condizione prevista dall'<ref-law>, ritenuto che le nuove valutazioni e l'eventuale completazione o modifica della domanda di costruzione manifestamente non comportano, per il ricorrente, una procedura istruttoria defatigante o dispendiosa (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.2.3-1.2.4).
3. 3.1 Il ricorso dev'essere quindi dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).
3.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda d'effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Lumino, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.