Faits:
A.
La société A._ est propriétaire de trois immeubles d'habitation sis aux 21, 23 et 25 rue de Lausanne, à Genève.
Le 19 septembre 2008, le département cantonal des constructions et des technologies de l'information, devenu entretemps le département de l'urbanisme (ci-après: le département), a délivré trois autorisations de construire concernant les immeubles précités. Elles faisaient suite à un constat d'infraction à la loi pour des travaux réalisés sans autorisation dans sept appartements des immeubles sis aux 23 et 25 rue de Lausanne et visaient à rétablir une situation conforme au droit.
Le 23 juin 2010, l'intéressée a déposé une demande d'autorisation de construire complémentaire aux trois autorisations susmentionnées. Elle portait sur la rénovation des façades et de la toiture ainsi que sur l'aménagement des combles des trois immeubles précités.
B.
Par courrier du 31 août 2010, le département a informé la requérante que les travaux projetés de rénovation des façades étaient assujettis à la loi cantonale du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (ci-après: la LDTR). Le plan financier pour l'aménagement des combles ne respectait pas le montant des loyers à la pièce fixé dans l'autorisation de construire délivrée en septembre 2008. Le département sollicitait l'état locatif nominatif complet de l'immeuble.
Dans sa réponse du 14 septembre 2010, la requérante a contesté l'assujettissement à la LDTR des travaux concernant l'immeuble sis au 23 rue de Lausanne. Elle a par ailleurs expliqué que le plan financier initial avait été modifié lors du dépôt de la demande complémentaire en autorisation de construire car les montants des loyers par pièce figurant sur l'autorisation délivrée étaient peu clairs.
Le 29 août 2011, le département a confirmé l'assujettissement à la LDTR des travaux projetés sur les immeubles sis aux 21, 23 et 25 rue de Lausanne. Les trois demandes d'autorisation de construire ont par ailleurs été préavisées positivement par l'ensemble des services, sous réserves ou conditions.
Par décisions du 23 décembre 2011, le département a octroyé les trois autorisations de construire relatives aux immeubles sis aux 21, 23 et 25 rue de Lausanne, en l'assortissant de conditions. S'agissant de l'immeuble 23 rue de Lausanne, face au refus du mandataire de produire un état locatif actualisé et dans la nécessité de délivrer l'autorisation de construire afin que la rénovation des immeubles soit effectuée promptement, l'état locatif visé était celui déposé dans l'autorisation initiale (autorisation de construire DD 101'269/2-4).
C.
A._ a recouru contre les trois autorisations de construire précitées auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI). S'agissant de l'immeuble sis au 23, rue de Lausanne, elle concluait à une modification des loyers figurant dans l'état locatif avant travaux enregistré le 18 juin 2008 et à ce que cette modification soit appliquée aux loyers des logements existants après travaux. Elle produisait à cet effet trois contrats de bail datés des 16 mai 2009, 29 juin 2009 et 28 janvier 2011.
Après avoir procédé à un transport sur place et tenu une audience en présence des parties, le TAPI a rejeté les trois recours par jugements du 8 octobre 2012. Il a notamment estimé que le département s'était à juste titre fondé sur l'état locatif du 18 juin 2008 pour calculer les loyers après travaux, vu qu'aucune autre information ne lui avait été communiquée (jugement JTAPI/1240/2012).
Par arrêt du 1er octobre 2013, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a joint les recours interjetés par A._ contre les jugements du TAPI; elle a notamment rejeté le recours dirigé contre la décision JTAPI/1240/ 2012 et a confirmé ce jugement ainsi que l'autorisation de construire DD 101'269/2-4.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 1er octobre 2013 en tant qu'il confirme le jugement du TAPI JTAPI/ 1240/2012. Elle conclut également à l'annulation du chiffre 8 de l'autorisation de construire DD 101'269/2-4, disposant que les loyers après travaux seront ceux figurant dans l'état locatif du 18 juin 2008, et demande au Tribunal fédéral de constater que les loyers ont été valablement modifiés et augmentés par rapport à l'état locatif de 2008. Subsidiairement, la recourante conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué en tant qu'il confirme le jugement du TAPI JTAPI/1240/2012 et au renvoi de la cause à la Cour de justice afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une violation arbitraire du droit cantonal.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1.
Dirigé contre une décision rendue en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante, qui a pris part à la procédure devant la Cour de justice, est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui fixe les loyers après travaux sur la base de l'état locatif de 2008. Elle a donc la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
2.
La recourante se plaint d'une application arbitraire du droit cantonal.
Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.; <ref-ruling> consid de 1.4.2 p. 254 et les références). Le recourant doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. En outre, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
3.
Selon la recourante, la Cour de justice a appliqué arbitrairement les art. 22 et 24 de la loi cantonale du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (ci-après: la LPA/GE).
L'art. 22 LPA/GE prévoit que les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits dans les procédures qu'elles introduisent elles-mêmes, dans celles où elles y prennent des conclusions indépendantes ainsi que dans les autres cas prévus par la loi.
Aux termes de l'art. 24 LPA/GE, l'autorité peut inviter les parties à la renseigner, notamment en produisant les pièces en leur possession ou à se prononcer sur les faits constatés ou allégués et leur fixer un délai à cet effet (al. 1). L'autorité apprécie librement l'attitude d'une partie qui refuse de produire une pièce ou d'indiquer où celle-ci se trouve. Elle peut ainsi le cas échéant déclarer irrecevables les conclusions des parties qui refusent de produire les pièces et autres renseignements indispensables pour que l'autorité puisse prendre sa décision (al. 2).
3.1. En l'espèce, la recourante n'a jamais transmis au département, malgré les requêtes répétées de celui-ci, un état locatif à jour pour les différents immeubles dont elle est propriétaire; elle estimait en effet - à tort - que les travaux entrepris n'étaient pas soumis à la LDTR. Dans son autorisation du 23 décembre 2011, le département s'est dès lors basé, pour fixer les loyers après travaux de l'immeuble 23, sur l'état locatif déposé dans l'autorisation initiale, le 18 juin 2008.
A l'appui de son recours devant le TAPI, la recourante a produit trois contrats de bail, concernant les locataires B._, C._ et D._; ces contrats, conclus entre le 16 mai 2009 et le 28 janvier 2011, prévoyaient une hausse sensible des loyers. La recourante concluait donc, pour ces appartements, à ce que les loyers de référence avant travaux soient ceux en vigueur à la date du 23 décembre 2011.
Le TAPI a toutefois constaté, dans son jugement du 8 octobre 2012, qu'aucune information n'avait été transmise au département dans le cadre de l'instruction de la demande d'autorisation de construire autre que l'état locatif du 18 juin 2008 concernant le montant des loyers des appartements avant travaux; c'était dès lors à juste titre que le département s'était fondé sur cet état locatif pour calculer les loyers après travaux. Le TAPI relevait par ailleurs qu'aucune indication n'avait été fournie dans le cadre de la procédure validant les montants de loyers plus élevés, soit dépassant le niveau des loyers répondant aux besoins prépondérants de la population (cf. art. 11 al. 3 LDTR).
La Cour de justice a partagé l'avis du TAPI sur ce point et jugé que le département n'avait pas violé l'art. 24 LPA/GE. Partant, elle a rejeté la demande de la recourante tendant à la prise en compte des contrats de bail produits devant le TAPI.
3.2. La recourante fait valoir que la Cour de justice ne pouvait ignorer les contrats de bail précités sans commettre une violation arbitraire des art. 22 et 24 LPA/GE. Dans la mesure où ces contrats permettaient d'actualiser l'état locatif de l'immeuble avant travaux, la Cour de justice devait les prendre en compte, au vu de son pouvoir d'examen et de son devoir de contrôler la bonne application du droit.
Dans le canton de Genève, la juridiction administrative connaît un double degré de juridiction, à savoir le Tribunal administratif de première instance (art. 111-114 LOJ/GE) et la chambre administrative de la Cour de justice (art. 131-132 LOJ/GE). Le pouvoir d'examen de ces autorités de recours est réglé à l'art. 61 LPA/GE, à teneur duquel le recours peut, en particulier, être formé pour constatation inexacte des faits pertinents (al. 1 let. b). Il appartient ainsi à l'autorité de recours, dans le cadre des conclusions prises, d'appliquer la maxime inquisitoriale pour établir les faits (art. 20 LPA/GE; Moor/Poltier, Droit administratif, volume II, 3 ème édition 2011, p. 293 et 820; Moser/Beusch/ Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2 ème édition 2013, n. 1.49 et 4.52). L'art. 68 LPA/GE permet en outre au recourant, sauf exception prévue par la loi, d'invoquer des faits et des moyens de preuve nouveaux qui ne l'ont pas été dans les précédentes procédures.
En l'espèce, dès la saisine du TAPI, la recourante a joint à son recours les trois contrats de bail modifiant l'état locatif de 2008 retenu par le Département. Disposant d'un plein pouvoir d'examen en fait, cette juridiction devait tenir compte de ces pièces, régulièrement produites dans la procédure de recours. En considérant que la recourante avait refusé de produire les pièces utiles à l'issue de la procédure, la cour cantonale a arrêté son analyse juridique de l'art. 24 LPA/GE au comportement de la recourante auprès du Département, alors que celle-ci a modifié sa position procédurale devant les instances judiciaires. Dans ces conditions, la cour cantonale a violé les dispositions précitées de procédure: en tant qu'elle a fondé sa décision sur un état de fait incomplet et contraire aux pièces du dossier, elle est parvenue à un résultat arbitraire.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis sur ce point et la cause renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle complète l'instruction, notamment par la prise en compte des pièces produites par la recourante auprès du TAPI.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il rejette le recours du 15 novembre 2012 (cause A/206/2012) et confirme le jugement du TAPI JTAPI/1240/2012 ainsi que l'autorisation de construire DD 101'269/2-4. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires (<ref-law>). Le canton de Genève devra s'acquitter d'une indemnité de dépens allouée à la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis. L'arrêt de la Cour de justice du 1er octobre 2013 est annulé en tant qu'il rejette le recours du 15 novembre 2012 (cause A/206/2012) et la cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève, et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 9 avril 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard