Faits:
A. X._ est un ressortissant du Nigeria.
Le 10 septembre 2009, le Service de la population et des migrants du canton de Fribourg (ci-après le Service cantonal) a ordonné sa mise en détention en vue du renvoi pour une durée de trois mois. Il ressort de cette décision que X._ est entré illégalement en Suisse le 9 juin 2008 et a déposé une demande d'asile le même jour, qui a été frappée d'une décision de non-entrée en matière entrée en force. Le 11 décembre 2008, il a été interpellé par la police cantonale fribourgeoise et placé en détention pour les besoins d'une instruction pénale ouverte contre lui. Le 21 juillet 2009, il a été condamné par le Tribunal pénal de la Sarine à une peine privative de liberté de dix-huit mois, dont neuf mois ferme, pour crime et contravention à la législation fédérale sur les stupéfiants. Le 21 août 2009, il a déclaré qu'il refusait de retourner dans son pays d'origine.
Le 14 septembre 2009, le Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a constaté la légalité et l'adéquation de la détention en vue du renvoi prononcée le 10 septembre 2009.
Le 11 décembre 2009, le Tribunal cantonal a prolongé la détention en vue du renvoi pour une durée de six mois. La demande de levée de la détention déposée par X._ a été rejetée le 27 avril 2010.
B. Le 7 juin 2010, le Service cantonal a demandé au Tribunal cantonal de prolonger la détention en vue du renvoi de X._ pour une durée de neuf mois. Par décision du 10 juin 2010, le Président-remplaçant de la Ie Cour administrative du Tribunal cantonal a donné son accord à une telle prolongation. Il a relevé que les motifs ayant justifié la mise en détention du détenu étaient toujours d'actualité et que la légalité de la détention n'était pas remise en cause. S'agissant de l'argument du détenu découlant de la suspension des vols spéciaux, il a retenu en substance qu'il ne s'agissait pas d'un événement permettant d'en conclure que l'exécution de la mesure d'éloignement ne pourrait pas s'effectuer dans le délai maximum de dix-huit mois fixé dans la loi et que l'on ne pouvait affirmer qu'un renvoi forcé vers le Nigeria serait impossible dans le délai de détention restant.
C. Contre cette décision, X._ interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Il conclut à l'admission du recours, à l'annulation de la décision attaquée et à la levée de sa détention, sous suite de frais et dépens. Il forme également une demande d'assistance judiciaire.

Le Tribunal cantonal a formulé des observations, indiquant qu'il ne faisait aucun doute que le renvoi forcé litigieux pourrait être réalisé dans le délai prolongé et qu'à cet égard, le Tribunal fédéral devait prendre en compte l'évolution de la situation depuis l'arrêt attaqué, qui s'était clarifiée. A titre subsidiaire, le Président remplaçant considère qu'il y a lieu, par substitution de motifs, de transformer la détention en vue du renvoi en une détention pour insoumission. Il conclut ainsi au rejet du recours, subsidiairement à la transformation de la détention en vue du renvoi en une détention pour insoumission.
Le Service cantonal relève que les circonstances se sont modifiées, car l'Office fédéral des migrations (ci-après: l'Office fédéral) a indiqué, le 21 mai 2010, que l'organisation des vols spéciaux allait reprendre, son Directeur devant se rendre au Nigeria aux environs de la mi-juillet afin d'aborder la problématique des renvois sous contrainte. L'autorité cantonale conclut aussi, à titre subsidiaire, à la transformation de la détention en vue du renvoi en détention pour insoumission en raison du comportement du recourant.
Bien qu'il ait été invité à se déterminer, l'Office fédéral n'a présenté aucune observation.
Faisant usage de la possibilité offerte de prendre position sur les réponses, X._ a maintenu ses conclusions. Il a ajouté qu'il s'opposait à la transformation de la détention en vue de renvoi en une détention pour insoumission.
Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public (<ref-law>) est en principe ouverte à l'encontre des décisions cantonales en matière de mesures de contrainte (arrêt 2C_10/2009 du 5 février 2009, consid. 2 non publié à l'<ref-ruling>). Dirigé contre une telle décision émanant d'une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), le présent recours a été déposé par un ressortissant étranger encore en détention en application de la prolongation litigieuse, de sorte que sa qualité pour recourir doit être admise (<ref-law>). Devant le Tribunal fédéral, le monopole des avocats est limité aux matières civile et pénale (<ref-law>); la représentation est donc libre en matière de droit public. Partant, le recourant peut se faire représenter par un avocat-stagiaire dans la présente procédure. Interjeté dans le délai prévu par la loi (cf. <ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), le recours est par conséquent recevable.
2. La mise en détention du recourant en vue de son renvoi date du 10 septembre 2009. Elle a été prise sur la base de l'art. 76 de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr, RS 142.20), applicable en vertu de l'art. 126 al. 1 LEtr. Selon la décision attaquée, le Tribunal cantonal a donné son accord à une prolongation de neuf mois de la détention en vue du renvoi, en relevant que les motifs à son origine, à savoir l'existence d'une décision de non-entrée en matière sur la demande d'asile, une condamnation pour crime, le refus de collaborer de l'intéressé et le risque de le voir disparaître dans la clandestinité, étaient toujours réalisés. Sur la base de ces éléments, il convient d'admettre que le recourant remplit les conditions pour une détention en vue du renvoi prévues à l'art. 76 al. 1 let. b LEtr, ce qu'il ne conteste du reste nullement.
3. Encore faut-il se demander si le maintien en détention du recourant est toujours justifié. A cet égard, le recourant invoque l'arbitraire dans l'établissement des faits, en reprochant tout d'abord au Tribunal cantonal d'avoir prolongé sa détention alors qu'il ne disposait pas d'éléments concrets permettant d'en déduire que son renvoi pourrait être exécuté dans un délai prévisible.
3.1 Selon l'art. 80 al. 6 let. a LEtr., la détention est levée (respectivement la prolongation est refusée) lorsque le motif de la détention n'existe plus ou que l'exécution du renvoi ou de l'expulsion s'avère impossible pour des raisons juridiques ou matérielles. La jurisprudence a récemment rappelé que ces raisons doivent être importantes ("triftige Gründe") et que l'exécution du renvoi doit être qualifiée d'impossible lorsque le rapatriement est pratiquement exclu, même si l'identité et la nationalité de l'étranger sont connues et que les papiers voulus peuvent être obtenus (arrêts 2C_386/2010 du 1er juin 2010 consid. 4 et 2C_473/2010 du 25 juin 2010 consid. 4.1 et les références). Dans ces deux arrêts, le Tribunal fédéral a considéré que la suppression des vols spéciaux par l'Office fédéral le 18 mars 2010 à la suite d'un décès rendait l'exécution des renvois impossible en l'absence d'indication précise et concrète sur la reprise des vols dans un délai prévisible (cf. arrêts précités 2C_386/2010 consid. 5 et 2C_473/2010 consid. 4.2). Il a également précisé que le communiqué de presse de l'Office fédéral du 21 mai 2010, mentionnant uniquement qu'il avait été décidé que l'organisation des vols spéciaux devrait reprendre progressivement, ne constituait pas une déclaration suffisamment précise à cet égard (arrêt 2C_386/2010 précité consid. 6).
3.2 En l'espèce, la décision attaquée ne fait état d'aucun indice permettant d'en déduire une reprise des vols spéciaux à destination du Nigeria dans un délai prévisible. Le juge cantonal relève au contraire que la situation a évolué, dès lors que la suspension générale des vols spéciaux qui avait été ordonnée dans un premier temps a été levée pour toutes les destinations à l'exception du Nigeria (décision entreprise p. 3). Il ressort du reste du procès-verbal de l'audience qui s'est tenue devant le juge cantonal le 10 juin 2010, audience à laquelle se réfère la décision attaquée, que la représentante du Service cantonal avait déclaré que les vols pour le Nigeria restaient suspendus et qu'aucune information n'était disponible sur leur reprise.
En l'absence d'indice concret de reprise des vols à destination de ce pays, le Tribunal cantonal ne pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, admettre qu'un renvoi du recourant restait possible dans le délai de prolongation de la détention. Au moment du prononcé de la décision entreprise, l'exécution du renvoi était ainsi frappée d'une impossibilité, de sorte que la détention n'aurait pas dû être prolongée en vertu de l'art. 80 al. 6 let. a LEtr.
3.3 Le juge cantonal soutient que la situation a changé depuis le moment où il a rendu la décision entreprise. Partant, la Cour de céans, si elle aboutissait à la conclusion que, le 10 juin 2010, le renvoi était impossible, devrait tenir compte du fait que, dans l'intervalle, la détention était devenue légale.
Un tel raisonnement n'est pas conforme à l'<ref-law>, qui prévoit qu'aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral à moins de résulter de la décision attaquée. Cette disposition se justifie, dès lors que le Tribunal fédéral n'est pas un juge du fait, mais est chargé de contrôler que l'autorité précédente a appliqué correctement le droit au moment où elle a statué. Or, cet objectif ne pourrait être atteint s'il fallait prendre en considération les modifications des circonstances intervenues depuis le prononcé de la décision entreprise et, le cas échéant, confirmer une décision à l'origine illicite. On ne voit pas qu'il y ait lieu de faire exception à ce principe au motif que le litige concerne une détention.
Au demeurant, la procédure devant le Tribunal fédéral n'a fait état d'aucune modification des circonstances. Ainsi l'Office fédéral, qui aurait pu donner des informations concrètes sur la reprise des vols spéciaux à destination du Nigeria, a renoncé à se prononcer. Quant au Service cantonal, il ne fait que se fonder sur la communication de l'Office fédéral du 21 mai 2010, dont le Tribunal fédéral a indiqué qu'elle n'était pas pertinente (cf. supra consid. 3.1 in fine) et mentionner un voyage du directeur de l'Office fédéral au Nigeria "vers la mi-juillet", sans que l'on puisse rien en déduire de précis sur la reprise des vols.
4. 4.1 Reste à examiner si, comme le soutient à titre subsidiaire le juge cantonal, il y aurait lieu de transformer, par substitution de motifs, la détention en vue du renvoi en une détention pour insoumission au sens de l'art. 78 LEtr.
4.2 Le Tribunal fédéral, qui applique le droit d'office (<ref-law>), n'est pas lié par les motifs de l'autorité précédente et peut donc rejeter un recours en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 252; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). La substitution de motifs ne peut toutefois porter que sur la motivation juridique de la décision entreprise; le Tribunal fédéral ne saurait par ce biais modifier l'objet de la contestation (cf. sur cette notion <ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 426) ou aller au-delà des conclusions des parties (cf. <ref-law>). En outre, comme le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il ne peut opérer de substitution de motifs qu'à la condition que les seuls faits constatés dans la décision entreprise appellent une autre qualification juridique.
4.2 Le Tribunal fédéral, qui applique le droit d'office (<ref-law>), n'est pas lié par les motifs de l'autorité précédente et peut donc rejeter un recours en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 252; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). La substitution de motifs ne peut toutefois porter que sur la motivation juridique de la décision entreprise; le Tribunal fédéral ne saurait par ce biais modifier l'objet de la contestation (cf. sur cette notion <ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 426) ou aller au-delà des conclusions des parties (cf. <ref-law>). En outre, comme le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il ne peut opérer de substitution de motifs qu'à la condition que les seuls faits constatés dans la décision entreprise appellent une autre qualification juridique.
4.3 4.3.1 Le but de la détention pour insoumission est de pousser un étranger tenu de quitter la Suisse à changer de comportement, lorsque, à l'échéance du délai de départ, l'exécution de la décision de renvoi entrée en force ne peut être assurée sans la coopération de l'étranger malgré les efforts des autorités (cf. art. 78 LEtr; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 107). La détention pour insoumission apparaît comme une ultima ratio, dans la mesure où il n'existe plus d'autres mesures permettant d'aboutir à ce que l'étranger présent illégalement en Suisse puisse être renvoyé dans son pays. Selon la jurisprudence, elle doit en tous les cas respecter le principe de la proportionnalité et suppose d'examiner l'ensemble des circonstances pour déterminer si elle paraît appropriée et nécessaire (cf. <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 107; <ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 204; <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 97). Le refus explicite de collaborer de la personne concernée, bien qu'il s'agisse d'un indice important, ne constitue qu'un des éléments à prendre en considération dans cette appréciation (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 108; <ref-ruling> consid. 2.2.4 p. 205 s.).
En l'espèce, la décision entreprise n'envisage que la détention en vue du renvoi; elle ne contient dès lors pas les éléments de fait permettant de statuer sur le caractère approprié et nécessaire d'une détention pour insoumission. Le juge cantonal n'invoque du reste à l'appui de cette détention que le refus du recourant de respecter la décision de renvoi, ce qui n'est pas suffisant en regard de la jurisprudence précitée, qui exige l'examen de l'ensemble des circonstances. Les faits constatés par le Tribunal cantonal ne permettent donc pas de substituer à la détention en vue du renvoi une détention pour insoumission.
4.3.2 Par ailleurs, il ne faut pas perdre de vue que les objectifs de la détention en vue du renvoi ne sont pas les mêmes que ceux de la détention pour insoumission. Alors que la première tend à permettre l'exécution du renvoi, en évitant que l'étranger disparaisse (cf. art. 76 LEtr), la seconde vise à obtenir un changement de comportement chez l'intéressé et ne se justifie que si sa détention en vue du renvoi n'est plus possible (cf. art. 78 LEtr; pour plus de détails, cf. Thomas Hugi Yar, Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht, Ausländerrecht, Bâle 2009, § 10 p. 460 et 481). Ces deux détentions trouvent du reste une base différente dans la CEDH : la détention en vue du renvoi est assimilée à une détention régulière d'une personne contre laquelle une procédure d'expulsion ou d'extradition est en cours au sens de l'art. 5 par. 1 let. f CEDH, tandis que la détention pour insoumission est conçue comme une mesure tendant à garantir l'exécution d'une obligation prescrite par la loi selon l'art. 5 par. 1 let. b CEDH dans ce contexte (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 107; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 99). En outre, la jurisprudence a souligné les particularités de la détention pour insoumission lors de l'examen du droit à l'assistance d'un avocat (ATF <ref-ruling> consid. 4 p. 101 s.). Il s'agit donc de deux procédure de détention de nature différente.
En conséquence, le Tribunal fédéral ne peut, sans modifier l'objet de la contestation, changer la qualification juridique de la détention à la base de la décision attaquée en considérant qu'il ne s'agit pas d'une détention en vue du renvoi au sens de l'art. 76 LEtr, mais d'une décision pour insoumission en application de l'art. 78 LEtr.
4.4 Il s'ensuit que la voie subsidiaire de la substitution de motifs proposée par le juge cantonal ne peut être suivie.
Si les autorités cantonales devaient estimer que les conditions d'une détention pour insoumission sont réalisées, il leur appartiendra de rendre une nouvelle décision en ce sens. Le cas échéant, elles veilleront notamment à contrôler que le renvoi n'est pas possible malgré les efforts déployés par les autorités pour en assurer l'exécution (subsidiarité de la détention pour insoumission par rapport à la détention pour renvoi).
5. Dans ces circonstances, le recours doit être admis, ce qui entraîne l'annulation de la décision rendue le 10 juin 2010 et le prononcé de la libération immédiate du recourant.
Compte tenu de l'issue du litige, il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires (<ref-law>). Le canton de Fribourg supportera les dépens alloués au recourant, qui obtient gain de cause (cf. <ref-law>). Dans cette mesure, la demande d'assistance judiciaire devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. La décision attaquée est annulée.
3. Le recourant est immédiatement libéré.
4. La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
5. Le canton de Fribourg versera au recourant une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la population et des migrants et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Présidence de la Ie cour administrative, Président-remplaçant, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 19 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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