Fatti:
A. Sia il Comune di Valcolla sia C.A._, B.A._ ed A.A._ inoltrarono un reclamo contro la misurazione catastale effettuata in tale Comune. Fallito l'esperimento di conciliazione entrambi i reclami vennero demandati ad un perito unico, che li respinse con decisione 30 ottobre 2006.
B. Con 2 "ricorsi" 23 novembre 2006 - allestiti senza l'ausilio di un difensore professionista - C.A._, B.A._ ed A.A._ hanno convenuto in giudizio innanzi al Pretore di Lugano, sezione 2, il Comune di Valcolla, postulando fra l'altro "un congruo risarcimento per il tempo fatto perdere, le spese notarili che fino ad oggi ammontano già a fr. 60'000.--".
Il 14 marzo 2007 il Pretore ha citato le parti all'udienza preliminare prevista il 23 aprile seguente. Il 18 aprile 2007 ha accolto la richiesta di sospendere le cause formulata 4 giorni prima dagli attori e motivata con la malattia di uno di loro. Il 21 settembre 2007 gli attori hanno chiesto al Pretore di presentare le sue scuse per non averli avvisati della predetta decisione di sospensione, "obbligando così tre persone (anziane) a presenziare inutilmente presso i suoi uffici" e di versare loro un risarcimento.
Le procedure sono state riattivate il 1° luglio 2008, ad istanza del patrocinatore degli attori, e nell'udienza preliminare del 21 agosto 2008 il Pretore ha disposto la congiunzione delle cause.
C. Il 26 agosto 2008 C.A._, B.A._ ed A.A._ hanno chiesto la ricusa del Pretore, adducendo segnatamente che nell'ultima udienza menzionata questi si sarebbe rivolto ad A.A._ dicendogli: "lei in questa causa è già soccombente". La domanda di ricusa è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino con decisione del 7 aprile 2009. La Corte cantonale, dopo aver ritenuto che gli istanti non avevano reso verosimile alcun elemento che giustificasse la loro richiesta, ha indicato che il Pretore ha riconosciuto di essersi espresso sulla soccombenza degli attori, limitando tuttavia la sua esternazione alla domanda risarcitoria di fr. 60'000.--, per la quale essi non avevano notificato alcuna prova per quantificare e provare l'asserito danno. I Giudici cantonali hanno ritenuto che tale affermazione era dettata da un apprezzamento sommario dell'incarto e che essa non denotava prevenzione. Del resto gli stessi istanti, nelle osservazioni presentate in occasione dell'udienza indetta nell'ambito della procedura di ricusa, avrebbero compreso la palese infondatezza della pretesa risarcitoria di fr. 60'000.--, ritenendo già evaso questo aspetto della causa.
D. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 19 maggio 2009 C.A._, B.A._ ed A.A._ postulano l'annullamento della decisione della Corte di appello e la sua riforma nel senso che sia dichiarata la ricusa del Pretore. Narrati e completati i fatti, i ricorrenti ribadiscono che l'ordinanza di sospensione sarebbe stata consegnata loro il 23 aprile 2007 brevi manu in Pretura poco prima dell'udienza annullata, in violazione delle norme del CPC ticinese concernenti la notifica. Essi affermano poi che durante l'udienza del 21 agosto 2008 il Pretore avrebbe detto ad A.A._: "io lo so che razza persone siete! faccia ben attenzione nel continuare a presentare allegati visto che lei in questa causa è già soccombente". I ricorrenti rimproverano pure alla Corte cantonale un accertamento arbitrario dei fatti per quanto attiene all'ammontare del risarcimento chiesto per l'inutile trasferta. Sostengono inoltre che la domanda di risarcimento di fr. 60'000.-- non era più oggetto del contendere, atteso che il Pretore avrebbe già respinto tale richiesta, e che la Corte di appello sarebbe caduta nell'arbitrio ritenendo invece che essa sarebbe stata confermata nelle osservazioni presentate all'udienza 21 agosto 2008. Altrettanto arbitraria sarebbe poi la considerazione contenuta nel giudizio impugnato secondo cui il Pretore si sarebbe mostrato comprensivo e paziente fino all'udienza preliminare. I ricorrenti terminano il loro rimedio invocando una violazione dell'<ref-law> e asseverando che il Pretore dev'essere ricusato in ragione della dichiarazione sulla loro soccombenza e perché egli, contrariamente a quanto fatto con l'avvocato di controparte, non li avrebbe preliminarmente informati della sospensione della procedura.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1. Il giudizio impugnato è una decisione incidentale su una domanda di ricusazione, che non può più essere impugnata ulteriormente (<ref-law>). Una decisione incidentale può essere contestata per la medesima via ricorsuale della decisione finale (sentenza 5A_710/2008 del 12 gennaio 2009 consid. 1.2). Nella fattispecie le cause principali devono essere definite di natura pecuniaria, attenendo a questioni di proprietà fondiaria. Tuttavia né i ricorrenti, né l'autorità cantonale si esprimono sul valore litigioso di tali procedure. Poiché nel loro ricorso sussidiario in materia costituzionale i ricorrenti si prevalgono unicamente di una violazione dell'<ref-law> e del divieto dell'arbitrio, non merita in concreto maggiore disamina la questione a sapere se, a causa del valore di lite delle cause principali, sarebbe invece stata aperta la via del ricorso in materia civile. Il tempestivo (art. 46 cpv. 1 lett. a in relazione con l'<ref-law>) rimedio si rivela quindi in linea di principio ammissibile.
2. Con un ricorso sussidiario in materia costituzionale può essere censurata la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti costituzionali soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (<ref-law> a cui rinvia l'<ref-law>). Ciò significa che il ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che modo sarebbero stati violati diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 1.2, con rinvii).
Nella fattispecie i ricorrenti non sostengono che norme di diritto cantonale sulla ricusa di magistrati siano state applicate in modo arbitrario, ma si limitano ad invocare una violazione dell'<ref-law>
3. Giusta l'<ref-law> nelle cause giudiziarie ognuno ha diritto d'essere giudicato da un tribunale fondato sulla legge, competente nel merito, indipendente e imparziale. La garanzia del diritto a un giudice imparziale vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarla della necessaria oggettività, a favore o a pregiudizio di una parte; al giudice sottoposto a simili influenze verrebbe meno la qualità di "giusto mediatore" (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.1, con rinvii; <ref-ruling> consid. 3a). La giurisprudenza riconosce una violazione di questa garanzia quando nel caso concreto, alla luce di tutte le circostanze di fatto e procedurali, sussistono elementi che fanno dubitare dell'imparzialità del giudice. Tali elementi possono risiedere nel comportamento di quest'ultimo. Sebbene la semplice affermazione della parzialità basata sui sentimenti soggettivi di una parte non sia sufficiente per fondare un dubbio legittimo, non occorre che il giudice sia effettivamente prevenuto: bastano circostanze concrete idonee a suscitare l'apparenza di una prevenzione e a far sorgere un rischio di parzialità, per giustificare la sua ricusazione (DTF <ref-ruling> consid. 2.1, con rinvii).
3.1 Giova innanzi tutto rilevare che non occorre esaminare, perché del tutto ininfluente ai fini del presente giudizio, l'argomentazione con cui i ricorrenti affermano che sarebbe arbitrario ritenere - come invece fatto dalla decisione impugnata - che il risarcimento danni di fr. 300.-- chiesto per l'inutile trasferta in Pretura non costituiva l'indennità complessivamente domandata, ma era da intendersi pro capite. Infatti la richiesta di un risarcimento per una vana trasferta rivolta ad un magistrato non è manifestamente idonea a dimostrarne la prevenzione. Altrettanto irrilevanti sono le critiche ricorsuali dirette contro l'accertamento dei giudici cantonali secondo cui il Pretore aveva dimostrato comprensione e pazienza nei confronti degli attori fino all'udienza preliminare: una siffatta circostanza non è un motivo che permette di escludere una successiva prevenzione del giudice di prime cure.
3.2 Secondo i ricorrenti la prevenzione del Pretore risulterebbe già dal fatto che l'ordinanza 18 aprile 2007, con cui era stata accolta la loro domanda di sospensione delle cause, non sarebbe loro - contrariamente a quanto sarebbe invece avvenuto per il patrocinatore di controparte - stata comunicata per posta, ma consegnata seduta stante nella Pretura il giorno medesimo dell'udienza annullata. Tale modo di procedere li avrebbe segnatamente costretti a spostarsi inutilmente fino al Tribunale.
Ora, solo errori particolarmente gravi o ripetuti, che devono essere considerati delle violazioni gravi di doveri e denotano l'intenzione di nuocere, possono avere per conseguenza la ricusazione (<ref-ruling> consid. 3e pag. 124; <ref-ruling> consid. 3a pag. 138). Quand'anche si volesse ritenere - come affermato nel gravame - che la notifica ai qui ricorrenti fosse avvenuta in maniera irrituale, un siffatto errore non assurgerebbe a motivo di revisione (EGLI/KURZ, La garantie du juge indépendant et impartial dans la jurisprudence récente, in Recueil de jurisprudence neuchâteloise 1990, pag. 23 seg. n. 3). Appare poi del tutto inverosimile e priva di qualsiasi riscontro oggettivo la congettura secondo cui la pretesa notifica irrituale sarebbe avvenuta con l'intenzione di nuocere ai qui ricorrenti, scomodandoli invano. Del resto, anche i non specificati inconvenienti patiti dai ricorrenti per l'inutile trasferta non possono essere stati gravi, ricordato che essi abitano nel medesimo distretto in cui ha sede la Pretura. La censura appare pretestuosa.
3.3 I ricorrenti sostengono pure che il Pretore risulterebbe parziale perché avrebbe dichiarato in occasione dell'udienza preliminare che i qui ricorrenti sono già soccombenti. Essi non ritengono credibile l'affermazione del giudice di prime cure, secondo cui tale esternazione era chiaramente limitata alla domanda di risarcimento danni di fr. 60'000.-- per la quale non è stata notificata alcuna prova per quantificare il danno: essi affermano che tale richiesta di risarcimento sarebbe già stata respinta dal Pretore con decreto dell'11 aprile 2007, motivo per cui egli non avrebbe avuto alcun motivo per pronunciarsi su tale "aspetto della lite già ampiamente deciso".
3.3.1 Nella fattispecie occorre preliminarmente osservare che dal decreto dell'11 aprile 2007 non risulta affatto la reiezione della domanda di risarcimento di fr. 60'000.-- nei confronti del Comune convenuto in causa, né essa può essere dedotta dal decreto del 13 dicembre 2006, in cui il Pretore si era limitato ad indicare che né il geometra né il perito avevano qualità di parte nella causa, motivo per cui nei confronti di quest'ultimi non poteva essere presa in considerazione una richiesta di risarcimento danni. Inoltre, dalla lettura dell'allegato che ha dato inizio all'incarto della Pretura n. OA.2006.777 non emerge - come paiono adesso sottintendere i ricorrenti - che la richiesta di risarcimento non fosse diretta - anche - contro il Comune. Ne discende che, contrariamente a quanto affermato dai ricorrenti, dagli atti non risultava che tale aspetto della lite fosse già stato deciso nei confronti del Comune convenuto in causa. In queste circostanze l'argomentazione ricorsuale, secondo cui il Pretore non poteva essersi espresso unicamente su tale domanda di risarcimento perché già decisa, si rivela infondata ed è quindi del tutto inidonea a dimostrare che il giudice di prime cure si sarebbe invece pronunciato sulla soccombenza dei ricorrenti per quanto concerne l'intera causa. Si può tuttavia prendere atto che, come già indicato innanzi al Tribunale di appello, i ricorrenti hanno abbandonato la richiesta di risarcimento danni in discussione. Infine, nemmeno l'affermazione ricorsuale secondo cui l'avvocato di controparte non avrebbe "formalmente contestato il fatto che una terza persona presente all'udienza avrebbe potuto interpretare l'esternazione dell'On. Pretore come parzialità" è sufficiente per rimproverare all'autorità cantonale un apprezzamento arbitrario dei fatti.
3.3.2 In linea di principio non può essere considerato un motivo di prevenzione il fatto che un giudice si esprima in udienza, sulla base degli atti, sulle conclusioni di una parte (EGLI/KURZ, op. cit., pag. 22). In concreto tuttavia la questione non merita maggiore disamina. Infatti, ritenuto che risulta unicamente che il Pretore si è espresso in merito alla soccombenza dei ricorrenti su una domanda che essi hanno oramai abbandonato (supra consid. 3.3.1), non si vede, né i ricorrenti spiegano, per quale motivo essi potrebbero oggettivamente avere l'impressione che il Pretore non possa giudicare in modo sereno ed imparziale il resto della causa. Ne segue che pure questa censura si rivela, in quanto ammissibile, infondata.
4. Da quanto precede discende che il ricorso risulta, nella misura in cui si appalesa ammissibile, infondato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti in solido.
3. Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.