Vu:
le recours en matière de droit public formé le 4 octobre 2012 par X._ SA contre un arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois du 5 septembre 2012 confirmant la décision municipale refusant l'autorisation de construire sollicitée par la recourante;
les observations de la Municipalité de Y._ et du Service du développement territorial vaudois;
la réplique de la recourante;
la lettre du 26 juin 2013 par laquelle le mandataire de la recourante déclare retirer le recours interjeté au motif que celle-ci a décidé de revoir le projet de construction ayant fait l'objet de l'arrêt cantonal précité.

Considérant:
que le juge instructeur statue comme juge unique sur la radiation du rôle des procédures achevées par un retrait (<ref-law>);
que celui qui retire un recours doit, en principe, être considéré comme une partie succombante, astreinte au paiement des frais de justice encourus jusque-là en application de la règle générale de l'<ref-law>;
qu'il n'existe aucun motif de déroger à cette règle en l'occurrence;
qu'au vu des actes d'instruction effectués jusqu'ici, des frais judiciaires réduits seront mis à la charge de la recourante (<ref-law>);
qu'il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Président ordonne:
1.
La cause est rayée du rôle par suite de retrait du recours.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
La présente ordonnance est communiquée au mandataire de la recourante, à la Municipalité de Y._, au Service du développement territorial du canton de Vaud et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 2 juillet 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn