Faits:
A. Par contrat du 4 décembre 2006, X._ AG (ci-après: la bailleresse) a cédé à C._ Sàrl, A._ et B._ (ci-après: les locataires) l'usage d'une arcade de 71,86 m2 au rez-de-chaussée et d'un dépôt de 26,48 m2 en sous-sol de l'immeuble sis 1 rue ... à Genève, afin d'y installer un cabinet de soins esthétiques, de vente de produits naturels et de « relookage ». Le bail a été conclu pour une durée déterminée de cinq ans, allant du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2011, avec une option de renouvellement pour une nouvelle période de cinq ans. Le loyer annuel a été fixé à 39'600 fr., charges non comprises, indexable en fonction de l'évolution de l'indice officiel suisse des prix à la consommation. Le précédent locataire versait en dernier lieu, depuis le 1er décembre 2005, un loyer annuel de 38'400 fr., charges non comprises.
B. Par requête du 19 janvier 2007 adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers de Genève, les locataires ont contesté le loyer convenu. La tentative de conciliation n'ayant pas abouti, le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève a été saisi.
Les locataires ont fait entendre des témoins qui ont affirmé qu'ils avaient eu beaucoup de peine à trouver des locaux appropriés à leur activité commerciale, qu'ils avaient fait des recherches pendant environ une année et qu'ils avaient essuyé trois refus. Les locataires ont produit des statistiques officielles sur les loyers moyens et ils ont fait entendre le précédent locataire qui a déclaré que plusieurs commerçants lui avaient dit que son loyer était exagéré. Les locataires ont conclu à ce que le loyer annuel soit fixé à 25'872 fr., charges non comprises, à compter du 1er janvier 2007 et à ce que leur partie adverse soit condamnée à leur rembourser le trop-perçu.
La bailleresse a conclu principalement à l'irrecevabilité de la requête, subsidiairement à son rejet, le loyer convenu n'étant pas abusif.
Par jugement du 8 octobre 2008, le Tribunal des baux et loyers a fixé le loyer annuel à 29'172 fr. en se référant aux statistiques publiées par l'Office cantonal pour l'année 2007.
Saisie d'un appel interjeté par la bailleresse, la Cour de justice, par arrêt du 7 décembre 2009, a considéré que le tribunal avait admis à juste titre que les locataires s'étaient trouvés contraints de conclure le contrat en raison d'une situation de pénurie; elle a estimé en revanche que le tribunal ne pouvait pas fixer le loyer sur la base de statistiques imprécises, sans avoir donné préalablement aux parties l'occasion d'apporter leurs preuves à ce sujet, étant observé que le litige n'avait porté jusqu'alors que sur la possibilité de contester le loyer initial. La cause a ainsi été renvoyée au Tribunal des baux et loyers pour instruction complémentaire.
Sur requête du tribunal, la bailleresse a produit un acte authentique du 22 septembre 1959 d'où il ressort qu'elle a acquis l'immeuble à la suite d'une fusion par absorption d'une société immobilière dont elle était l'unique actionnaire. Elle a affirmé - sans l'établir - qu'elle était probablement propriétaire économique du bâtiment dès l'origine en précisant qu'il s'agissait d'une construction des années 1930. La bailleresse n'a pas produit de pièces permettant un calcul de rendement.
Le tribunal a procédé à un transport sur place, afin de constater l'état réel des locaux loués.
La bailleresse, qui conteste le résultat auquel conduit la statistique officielle, n'a pas produit d'éléments de comparaison en vue d'établir le loyer usuel. Après le transport sur place, la bailleresse n'a pas pris de conclusions motivées et a renoncé à plaider.
Statuant à nouveau le 19 octobre 2010, le Tribunal des baux et loyers, se référant à sa connaissance des locaux et aux statistiques disponibles, a fixé à nouveau le loyer annuel à 29'172 fr., charges non comprises, dès le 1er janvier 2007.
La bailleresse a appelé de ce jugement, soutenant que les conditions pour une contestation du loyer initial n'étaient pas remplies et, subsidiairement, que le loyer convenu (39'600 fr. par an) n'était pas abusif. Les locataires ont conclu au rejet de l'appel, c'est-à-dire à la confirmation d'un loyer annuel de 29'172 fr..
Par arrêt du 19 mars 2012, la Cour de justice, Chambre des baux et loyers, a rejeté l'appel.
C. La bailleresse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des <ref-law>, 270, 269, 269a CO, 11 OBLF, de l'ancien <ref-law>, de l'<ref-law> ainsi qu'une appréciation arbitraire des preuves, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et reprend ses conclusions sur le fond, demandant subsidiairement le renvoi de la cause à l'autorité cantonale.
Les locataires proposent le rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours étant dirigé contre une décision finale, la valeur litigieuse doit être déterminée d'après les dernières conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>). La divergence s'élevait en capital (<ref-law>) à 10'428 fr. par an, de sorte qu'il n'est pas douteux, pour un contrat conclu pour une durée de cinq ans, que la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. requise en matière de droit du bail par l'<ref-law> est atteinte, sans qu'il y ait à s'interroger sur la portée, sous l'angle de la valeur litigieuse, de l'option de prolongation pour une durée de cinq ans prévue dans le contrat.
Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions sur le montant du loyer qui lui est dû et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (<ref-law>), le recours est recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc être formé également pour violation d'un droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (<ref-law>). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 4 p. 317 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 589; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 187). La partie recourante qui se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves doit, en se référant si possible à des pièces du dossier, montrer de manière précise en quoi consiste l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 La recourante reproche à la cour cantonale de s'être considérée liée par sa décision incidente du 7 décembre 2009 sur la possibilité de contester le loyer initial, alors que la recourante n'avait aucune obligation de recourir au Tribunal fédéral contre cette décision en vertu de l'<ref-law>.
La bailleresse confond deux questions différentes. La première est de savoir si la Cour de justice, statuant le 19 mars 2012, était liée par sa décision incidente du 7 décembre 2009. La seconde est de savoir si le Tribunal fédéral, statuant présentement, peut revoir la décision en cause.
Sur la première question, il est évident que la cour cantonale n'est pas une autorité de recours contre ses propres décisions. Dès lors qu'elle avait tranché, par arrêt du 7 décembre 2009, la question des conditions pour contester le loyer initial, elle n'avait pas à y revenir dans son arrêt ultérieur du 19 mars 2012. Le grief est donc dépourvu de tout fondement.
Sur la seconde question, il résulte clairement de l'<ref-law> cité par la recourante que cette dernière peut, si elle y a encore intérêt, s'en prendre à la décision incidente du 7 décembre 2009 à l'occasion de son recours dirigé contre la décision finale du 19 mars 2012. La recourante ne s'y est d'ailleurs pas trompée, puisqu'elle discute dans son recours les conditions permettant à un locataire de contester le loyer initial.
2.2 Selon l'<ref-law>, le locataire peut contester le loyer initial dans trois hypothèses: s'il a été contraint de conclure le bail par nécessité personnelle ou familiale (art. 270 al. 1 let. a 1ère hypothèse CO), s'il a été contraint de conclure en raison de la situation sur le marché local du logement et des locaux commerciaux (art. 270 al. 1 let. a 2ème hypothèse CO) ou si le bailleur a sensiblement augmenté le loyer initial pour la même chose par rapport au précédent loyer (<ref-law>).
Les trois conditions sont alternatives, si bien qu'il suffit que l'une d'entre elles soit réalisée pour qu'il faille entrer en matière sur la demande de contestation du loyer initial (<ref-ruling> consid. 2 p. 84; arrêt 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.1). Il appartient au locataire de prouver que l'une de ces trois conditions est réalisée (arrêt 4C.169/2002 du 16 octobre 2002 consid. 2.1 et les références doctrinales).
S'agissant plus précisément de l'hypothèse d'une contrainte résultant de la pénurie - cas de figure invoqué en l'espèce -, il faut que les circonstances soient telles que l'on ne puisse attendre du locataire qu'il renonce à une occasion qui se présente, parce que la situation sur le marché local rendrait une renonciation de sa part déraisonnable (<ref-ruling> consid. 2 p. 84 s. et les références citées).
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir admis l'existence d'une pénurie, alors que cette situation n'a pas été constatée par le gouvernement cantonal sur la base d'une étude statistique sérieuse.
Elle se méprend toutefois sur le sens de la jurisprudence rendue à ce propos (<ref-ruling> consid. 2 p. 85; arrêt 4C.367/2001 du 12 mars 2002 consid. 3b/bb et dd, SJ 2002 I p. 589). En effet, le Tribunal fédéral a considéré que si une telle constatation cantonale existait, le locataire était dispensé d'apporter des preuves pour démontrer l'état de pénurie. En revanche, la jurisprudence n'a pas affirmé qu'en l'absence d'une telle constatation officielle, le locataire ne pouvait pas apporter la preuve d'une pénurie. D'ailleurs, la recourante n'a pas correctement saisi l'hypothèse d'une constatation officielle. Cette dernière ne se comprend qu'en relation avec l'<ref-law>. Cette disposition permet aux cantons - sans leur en faire l'obligation - de rendre obligatoire l'usage d'une formule officielle lors de la conclusion d'un nouveau bail en cas de pénurie de logements. La pénurie est donc la condition pour que le canton dispose d'une telle faculté. C'est la raison pour laquelle les cantons qui souhaitent introduire l'usage de la formule officielle doivent tout d'abord établir qu'il y a pénurie, ce qui constitue la condition leur ouvrant une telle possibilité. Cependant, la faculté ouverte par l'<ref-law> n'existe, selon le texte clair de cette disposition, qu'en matière de logements, et non pas pour les locaux commerciaux (<ref-ruling> consid. 3d p. 335). Pour les locaux commerciaux - comme c'est le cas en l'espèce -, le canton n'a aucune raison de constater officiellement l'existence d'une pénurie, puisque celle-ci ne lui ouvre pas la faculté prévue par l'<ref-law>. En conséquence, on ne peut rien déduire de l'absence d'une constatation par le gouvernement cantonal.
Le point de savoir s'il existe une pénurie est une question de fait. Les locataires ont fait entendre des témoins qui ont affirmé que ceux-là avaient cherché en vain des locaux appropriés pendant environ une année et qu'ils avaient essuyé trois refus. Sur cette base, la cour cantonale a déduit que les locataires se trouvaient contraints de conclure le contrat litigieux sous l'effet de la pénurie. La recourante ne démontre pas, par une argumentation précise, qu'il y aurait eu sur ce point arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. On ne voit pas ce qui permettrait de l'affirmer. Le Tribunal fédéral est donc lié par les constatations de fait cantonales (<ref-law>) et, sur cette base, la cour cantonale n'a pas fait une mauvaise application de l'<ref-law> en concluant que les locataires étaient en droit de contester le loyer initial.
2.3 Se référant, de manière un peu confuse, à l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), à l'<ref-law> et à l'ancien <ref-law>, la recourante évoque le problème de l'administration des preuves et du fardeau de la preuve.
Le locataire qui conteste le loyer initial doit apporter la preuve des faits permettant de constater le caractère abusif du loyer convenu; le bailleur doit cependant collaborer loyalement à l'administration des preuves et fournir les éléments qu'il est seul à détenir (arrêt 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 déjà cité, consid. 3.4.4; arrêt 4A_576/2008 du 19 février 2009 consid. 2.4).
En l'espèce, les locataires ont produit des statistiques officielles d'où il semble bien ressortir - les calculs ne sont pas contestés par la recourante - que le loyer convenu est excessif. Ils ont également fait entendre le précédent locataire à titre de témoin, lequel a affirmé que des commerçants voisins lui avaient déclaré que son loyer - très proche de celui convenu avec les nouveaux locataires - était exagéré. Ils ont donc apporté des éléments de preuve sérieux qui donnent à penser que le loyer est abusif. Face à cette situation, la recourante avait tout loisir d'apporter des contre-preuves en vue d'ébranler la conviction que les locataires s'efforçaient d'établir. La recourante n'a pas apporté des éléments qui permettraient un calcul de rendement. Dès lors qu'elle est seule à détenir de telles informations, c'était bien à elle qu'il incombait de les apporter. Peu importe qu'elle ait pu ou non le faire, il suffit de constater, sous l'angle du droit à la preuve, que la juridiction cantonale ne l'a pas empêchée de le faire. Quant à ébranler le résultat des données statistiques, il faut constater que la recourante n'a apporté aucun élément de comparaison en vue d'établir les loyers usuels. La recourante ne pouvait cependant pas ignorer, à la suite de l'arrêt de renvoi du 7 décembre 2009, que cette nouvelle procédure devant le Tribunal de première instance avait pour but de permettre aux parties d'apporter leurs moyens de preuve. Aucune relance de la part du tribunal n'était nécessaire. Si la recourante a choisi de ne rien apporter, elle doit en assumer les conséquences. Sous l'angle du droit à la preuve ou du fardeau de la preuve, la recourante ne peut pas reprocher à la cour cantonale d'avoir statué sur la base des éléments que les parties lui ont apportés ou qui résultent de statistiques publiées. Il n'y a donc pas trace, sous cet angle, d'une violation de l'art. 9 Cst., de l'<ref-law> ou de l'ancien <ref-law>.
2.4 Lorsqu'il doit fixer le loyer initial, le juge dispose d'une grande marge d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2b p. 64; arrêt 4C.274/1997 du 27 avril 1998 consid. 4a, SJ 1998 p. 718).
Il doit en principe se fonder sur un calcul de rendement ayant pour base le prix de revient de l'immeuble, sauf si celui-ci est manifestement surfait (arrêt 4C.285/2005 du 18 janvier 2006 consid. 2.4). En effet, le calcul de rendement a en principe la primauté sur toutes les autres méthodes de détermination du loyer non abusif (<ref-ruling> consid. 2b p. 312; arrêt 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.2).
En l'espèce, la recourante a établi qu'elle avait acquis l'immeuble en absorbant une société immobilière dont elle était l'actionnaire unique. Les documents produits ne permettent cependant pas de dégager un prix d'acquisition. La recourante a aussi soutenu - sans le prouver - qu'elle aurait été propriétaire économique de l'immeuble depuis la construction du bâtiment dans les années 1930. Elle n'a cependant apporté aucun élément de preuve qui permettrait, de déterminer un prix d'acquisition et de construction, de sorte que tout calcul de rendement, même en tenant compte d'une indexation, est ici impossible.
Lorsque - comme c'est le cas en l'espèce - l'immeuble a été construit ou acquis il y a plusieurs décennies, la jurisprudence a affirmé qu'il fallait préférer la détermination du loyer usuel à un calcul de rendement (arrêt 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.2; arrêt 4A_276/2011 du 11 octobre 2011 consid. 5.2.3; arrêt 4C.285/2005 du 18 janvier 2006 consid. 2.4; arrêt 4C.323/2001 du 9 avril 2002 consid. 3a, SJ 2002 I p. 434; cf. aussi: <ref-ruling> consid. 4a/bb p. 261).
Pour établir les loyers usuels, le juge doit disposer d'au moins cinq éléments de comparaison présentant des caractéristiques semblables (<ref-ruling> consid. 4a p. 319; arrêt 4C.323/2001 du 9 avril 2002 consid. 3b/aa, SJ 2002 I p. 434).
En l'espèce, aucun élément de comparaison n'a été apporté au juge, de sorte que celui-ci ne disposait pas des éléments nécessaires pour déterminer le loyer usuel selon la jurisprudence du Tribunal fédéral.
On se trouve donc en présence d'une carence de preuves, alors que le juge doit néanmoins statuer sous peine de commettre un déni de justice.
Les éléments de preuve apportés par les locataires sont suffisants pour établir le caractère abusif du loyer convenu, mais non pas pour fixer le loyer admissible.
Dans une telle situation, la recourante aurait voulu que la cour cantonale s'en tienne au loyer payé par le précédent locataire.
Certes, un ancien arrêt semble s'orienter vers cette règle (arrêt 4C.274/1997 du 27 avril 1998 consid. 4b/aa, SJ 1998 p. 718), mais un arrêt ultérieur ne s'en est tenu au précédent loyer qu'en observant que celui-ci était accepté par le nouveau locataire (arrêt 4A_576/2008 du 19 février 2009 consid. 2.4).
En l'espèce, le précédent locataire a déclaré, en tant que témoin, que des commerçants voisins lui avaient affirmé que son loyer était exagéré. Ce témoignage est corroboré par les statistiques officielles. On ne peut ainsi pas reprocher à la cour cantonale, compte tenu de son large pouvoir d'appréciation, d'avoir écarté le précédent loyer, dont il y avait des raisons sérieuses de penser qu'il était abusif.
Après avoir constaté sur place que les locaux loués ne présentaient aucune particularité, la juridiction cantonale a décidé de s'en tenir aux statistiques officielles.
Il est vrai, comme le relève la recourante, que les statistiques cantonales genevoises ne constituent pas une statistique au sens de l'<ref-law>, faute de données suffisamment différenciées (arrêt 4A_472/2007 du 11 mars 2008 consid. 2.4). La jurisprudence a cependant admis que l'on ne pouvait pas reprocher à une cour cantonale de s'être fondée, faute de mieux, sur de telles statistiques, alors qu'aucun autre moyen de preuve sérieux ne lui était apporté et que la partie recourante ne démontrait nullement que l'autorité cantonale avait abusé de son pouvoir d'appréciation ou abouti à un résultat insoutenable (arrêt 4A_3/2011 du 28 février 2011 consid. 5.2). Il n'y a pas lieu de s'écarter de cette jurisprudence. Comme la recourante prétendait que les statistiques officielles ne conduisaient pas à un résultat équitable, il lui appartenait, après avoir obtenu la réouverture de l'instruction, d'apporter des éléments qui permettent de le constater. On ne voit pas ce qui aurait empêché la recourante de citer des cas de comparaison. Il n'apparaît guère compatible avec le principe de la bonne foi que la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir statué sans bases sérieuses, alors qu'elle-même ne lui a apporté aucun élément à l'appui de sa contestation du résultat auquel aboutissent les statistiques officielles.
Il n'y a dès lors pas eu de violation des art. 269, 269a CO et 11 OBLF.
2.5 La recourante fait grief à la cour cantonale de s'être fondée sur la statistique de l'année 2007 (première année de bail) plutôt que sur celle de l'année 2006 (le contrat ayant été conclu le 4 décembre 2006).
L'argument n'emporte pas d'emblée la conviction. En effet, le juge ne devait pas supputer un accord des parties en fonction de documents qui auraient été à leur disposition au moment de la conclusion du contrat, mais il devait déterminer - l'acquisition de l'immeuble étant ancienne - le loyer usuel pour l'année 2007.
Quoi qu'il en soit, que le loyer usuel ait diminué entre l'année 2006 et l'année 2007 est une pure question de fait. La recourante ne prétend pas, avec précision, qu'elle aurait allégué cette diminution et qu'elle en aurait apporté la preuve; elle ne soutient pas davantage que cette réduction ressortirait à l'évidence du résultat de l'administration des preuves. Elle ne motive donc pas de manière suffisante un grief d'arbitraire dans l'établissement des faits (cf. ci-dessus consid. 1.3) et on ne voit pas pourquoi l'état de fait dressé par la cour cantonale devrait être qualifié d'arbitraire. En conséquence, le Tribunal fédéral doit raisonner sur la base des faits contenus dans l'arrêt attaqué (<ref-law>). L'argument présenté repose sur un fait qui n'a pas été constaté dans l'arrêt cantonal, ce qui exclut d'entrer en matière en raison de l'interdiction d'invoquer des faits nouveaux devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
3. Il suit de là que le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 28 août 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Ramelet