Faits :
A. X._, directeur adjoint de la banque Z._ SA, qui vit séparé de son épouse Y._, détective privé, est opposé à cette dernière dans une procédure de divorce très conflictuelle, notamment sur le droit de garde de leur enfant, qui souffre d'une grave maladie.
En été 2005, l'American Express ainsi que l'armurier B._ ont envoyé, à son ancienne adresse, des relevés de carte et de comptes. Y._ a ouvert ces plis et en a envoyé des copies à tous les membres de la direction générale et du conseil d'administration de la banque Z._, à leurs adresses, privée et professionnelle, par courrier confidentiel et anonyme. Elle a admis avoir posté ces documents sur le conseil d'amis, afin que son mari se sente gêné vis-à-vis de sa direction. Elle a regretté son geste. X._ a pris connaissance de ces faits lorsqu'il a été convoqué par son directeur, le 6 avril 2006. Il a alors déposé plainte contre son épouse pour violation des secrets privés.
B. Par décision du 24 octobre 2006, le Procureur général du canton de Genève a classé l'affaire, faute de prévention suffisante et par gain de paix. Par ordonnance du 17 janvier 2007, la Chambre d'accusation genevoise a rejeté le recours de X._ et confirmé la décision entreprise.
C. Le plaignant dépose un recours en matière pénale. Fondant sa légitimation active sur les <ref-law> et 55a al. 4 CP, il invoque une violation des art. 48, 55a et 179 CP et conclut à l'annulation de l'ordonnance précitée.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Comme la décision attaquée a été rendue après l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral (LTF), le recours est régi par le nouveau droit (<ref-law>).
1.2 Dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours est à cet égard recevable puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2. Le plaignant fonde tout d'abord sa qualité pour recourir sur l'art. 81 al. 1 let. b in initio LTF. Il explique que le caractère exemplatif de la liste des personnes habilitées à recourir, énoncée sous cette disposition, confère désormais aux lésés simples, qui n'entrent pas dans la définition de victimes au sens de l'<ref-law>, la qualité pour agir dans la mesure où ils peuvent faire la preuve de leur intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (cf. infra consid. 2.3). Il se prévaut également de son statut de victime au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, compte tenu de l'atteinte psychique subie, et invoque l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF, en faisant valoir que son droit de porter plainte serait en jeu (cf. infra consid. 2.4). Enfin, il se réfère à l'<ref-law> (cf. infra consid. 2.5).
2.1 Aux termes de l'<ref-law> a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire, et (let. a) a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, soit en particulier (let. b): l'accusé (ch. 1), le représentant légal de l'accusé (ch. 2), l'accusateur public (ch. 3), l'accusateur privé, si, conformément au droit cantonal, il a soutenu l'accusation sans l'intervention de l'accusateur public (ch. 4), la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5), le plaignant, pour autant que la contestation porte sur le droit de porter plainte (ch. 6).
2.2 La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. D'après la jurisprudence, il n'y a lieu de déroger au sens littéral d'un texte clair par voie d'interprétation que lorsque des raisons objectives permettent de penser que ce texte ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause. De tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi. Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales. Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme; en particulier, il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 178; V 57 consid. 6.1 p. 61; <ref-ruling> consid. 3.3.5 p. 237; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 315 s.).
Il est de plus communément admis que les méthodes usuelles d'interprétation des branches du droit valent sans autre dans le domaine de la procédure pénale, pour laquelle les restrictions apportées quant à l'interprétation des lois pénales de fond ne s'imposent pas. Il y a donc lieu de procéder à l'interprétation de l'<ref-law> en s'inspirant du pluralisme pragmatique dégagé par la jurisprudence pour discerner le sens véritable de la norme applicable (cf. Gérard Piquerez, Traité de procédure pénale suisse, 2ème éd., Zurich 2006, p. 53 s.).
2.3 L'<ref-law> donne une définition générale de la qualité pour recourir en matière pénale. La liste de la let. b énumère les cas ordinaires où la condition de l'intérêt juridique à recourir est en principe réalisée. Elle n'est toutefois pas exhaustive et toute personne peut désormais faire valoir qu'elle dispose d'un intérêt juridique à l'annulation de la décision attaquée (FF 2001 p. 4115 s.). Un intérêt général ou de fait reste cependant insuffisant. Or, il est admis que l'action pénale appartient exclusivement à l'Etat; elle est instituée dans l'intérêt public et ne profite qu'indirectement au simple lésé, qui, en règle générale, n'a qu'un intérêt de fait à obtenir que cette action soit effectivement mise en oeuvre. Un intérêt juridiquement protégé, propre à conférer la qualité pour recourir, est reconnu seulement à la victime d'une atteinte à l'intégrité corporelle, sexuelle ou psychique, au sens de l'<ref-law>, lorsque la décision entreprise peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 458; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 219 s.).
Ainsi, selon le texte légal, le lésé n'a en principe pas la qualité pour recourir sur le fond contre une décision relative à la conduite de l'action pénale. Il y a toutefois lieu d'examiner si cette conclusion correspond à la volonté du législateur.
2.3.1 Sous l'ancien droit, la qualité pour se pourvoir en nullité du lésé a connu diverses solutions. Dès 1934, seuls l'accusé, l'accusateur public et, dans certains cas, le plaignant ainsi que l'accusateur privé avaient cette faculté (<ref-ruling> consid. 1a p. 155). Dès 1993, le lésé était légitimé à se pourvoir en nullité s'il était déjà partie à la procédure auparavant et dans la mesure où la sentence pouvait avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (<ref-ruling> consid. 1c p. 341; FF 1990 II 947). A partir du 1er janvier 2001, le simple lésé ne possédait plus la légitimation active, celle-ci étant désormais réservée aux seules personnes susceptibles d'invoquer le besoin de protection prévue par la LAVI (<ref-ruling> consid. 1 p. 207; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 235 s.; FF 1999 IX 8863 s.).
Dans ce sens, le législateur a relevé que la qualité pour recourir avait été conçue de manière très étendue. Or, aucun argument ne militait en faveur d'une conception aussi large, qui donnait notamment à des tiers, qui avaient subi des préjudices des suites d'une infraction, sans toutefois être des victimes au sens de la LAVI, la possibilité de se pourvoir en nullité. Aussi, il convenait de réserver la légitimation active à la victime et à ses proches, ce qui permettait également d'uniformiser la qualité pour recourir dans les procédures connexes de pourvoi en nullité et de recours de droit public (FF 1999 IX 8863 s.). Cependant, le législateur a également admis que certains tiers devaient être légitimés à recourir, à savoir ceux qui étaient touchés dans leurs droits par une confiscation ou par la publication d'un jugement (FF 1999 IX 8873; <ref-ruling>).
Dans le cadre de la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, le législateur a donné une définition générale de la qualité pour recourir en matière pénale, précisant que celle-ci ne s'écartait pas substantiellement du régime prévalant jusqu'alors. Il a confirmé que la victime disposait d'un intérêt juridique si la décision attaquée pouvait avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles, mais aussi lorsqu'elle faisait valoir un droit que lui accordait la LAVI et dont la violation n'influençait pas le jugement de ses conclusions civiles. Il a également relevé le caractère exemplatif de la liste de l'<ref-law>, précisant que toute personne pouvait faire valoir qu'elle disposait d'un intérêt juridique à l'annulation de la décision attaquée, comme par exemple les héritiers de l'accusé (FF 2001 p. 4116).
2.3.2 Se référant à la rédaction de l'<ref-law> d'après le système de la clause générale, assortie d'une liste non exhaustive d'exemples, un auteur en souligne la maladresse, susceptible d'induire en erreur les destinataires de la norme (Niklaus Schmid, Die Strafrechtsbeschwerde nach dem Bundesgesetz über das Bundesgericht - eine erste Auslegeordnung, in RPS 2006, p. 179; cf. Martin Schubarth, Die Einheitsbeschwerde in Strafsachen - Flop oder Ei des Columbus ? in RPS 2002, p. 66 à 69). Selon cet avis, la clause générale exprime essentiellement l'obligation de vérifier, pour chacun des six exemples mentionnés, si la condition matérielle de l'existence d'un intérêt juridiquement protégé est réalisée (Niklaus Schmid, op cit, p. 180), sans pour autant étendre la légitimation active à d'autres intéressés que ceux qui en bénéficiaient déjà en application de l'art. 270 PPF, en particulier les personnes visées par une mesure de contrainte, une confiscation ou encore la publication d'un jugement (Niklaus Schmid, op cit, p. 187).
Cet auteur relève encore que le simple lésé, soit celui qui n'a pas la qualité d'accusateur privé au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 4 LTF, ni celle de victime au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, a une légitimation très restreinte en matière pénale. Il explique, en bref, que le lésé n'est pas habilité pour recourir sur le fond contre une décision relative à la conduite de l'action pénale, celle-ci relevant exclusivement de la compétence de l'Etat. Il peut seulement se plaindre, le cas échéant, d'une violation de ses droits de partie à la procédure qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou le droit constitutionnel, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (Niklaus Schmid, op cit, p. 186; ATF <ref-ruling> consid. 1.1 p. 219 s; <ref-ruling> consid. 2 p.159 s.)
Pareillement, d'autres auteurs soulignent la parenté entre les art. 270 PPF et 81 al. 1 let. b LTF, en citant le caractère exemplatif de la liste contenue dans cette dernière disposition et en relevant qu'au nombre des titulaires de la légitimation active non mentionnés devaient être assimilées les personnes qui étaient autrefois énoncées dans l'art. 270 PPF, ainsi que celles qui avaient été légitimées par une décision jurisprudentielle (cf. Felix Bänziger, Der Beschwerdegang in Strafsachen, in Die Reorganisation der Bundesrechtspflege-Neuerungen und Auswirkungen in der Praxis, Saint-Gall 2006, p. 91; Nicolas von Werdt, Bundesgerichtsgesetz, p. 293 n° 6 à 8; Peter Karlen, Das neue Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2006, p. 47; Felix Bommer, Ausgewählte Fragen der Strafrechtspflege nach Bundesgerichtsgesetz, in BTJT 2006 p. 173 s.). En aucun cas, ces auteurs ne citent les lésés simples. Ceci peut s'expliquer par le fait que la question a été réglée de manière approfondie à l'occasion de la réforme du 23 juin 2000, en vigueur depuis le 1er janvier 2001, et qu'il n'était par conséquent pas nécessaire de la reprendre dans le message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001.
De leur côté, d'autres commentateurs tirent de l'abandon du système de la liste exhaustive des bénéficiaires de la qualité pour recourir l'extension de cette dernière aux lésés simples (Marc Thommen/Hans Wiprächtiger, Die Beschwerden in Strafsachen, in PJA 2006, p. 655 s.; Karl Spühler/Annette Dolge/Dominik Vock, Bundesgerichtsgesetz, Kurzkommentar, Zurich 2006, p. 147 s.; Yvan Jeanneret/Robert Roth, Le recours en matière pénale, in Les recours au Tribunal fédéral, p. 121). Pour certains, cette approche permettrait de se dégager de la jurisprudence compliquée et restrictive quant à la notion de victime et de l'examen des effets de la décision attaquée sur le jugement des prétentions civiles de cette dernière (Marc Thommen/Hans Wiprächtiger, op cit, p. 655 s.). D'autres constatent une absurdité dans la mesure où le lésé disposerait d'un accès plus large au recours que la victime, à laquelle l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF impose la démonstration des effets du jugement pénal sur ses prétentions civiles, et proposent, face à cette ambiguïté de la loi, d'appliquer au lésé, par analogie, l'exigence de l'effet sur les prétentions civiles, au titre de concrétisation de l'intérêt juridique requis par la clause générale (Yvan Jeanneret/Robert Roth, op cit, p. 121).
2.3.3 Il résulte de l'examen des travaux préparatoires et de ces diverses opinions doctrinales que le nouveau droit s'inscrit dans la continuité de l'ancien et que l'élargissement de la qualité pour recourir ne saurait procéder du seul caractère exemplatif de l'énumération non exhaustive de l'<ref-law>. Il n'y a en conséquence pas lieu de modifier le système introduit le 23 juin 2000, avant que la question ne soit éventuellement revue par le législateur dans le cadre des travaux préparatoires de la nouvelle procédure pénale fédérale. Le principe de la sécurité du droit impose d'interpréter l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF dans le sens de l'art. 270 PPF, tel qu'il avait été modifié en 2000, jusqu'à ce que le législateur confirme ou infirme cette définition de la qualité pour recourir, lors de l'adoption des normes de procédure pénale fédérale.
Dans ces conditions, le recourant n'est pas habilité à saisir l'autorité de céans en se fondant sur sa position de lésé.
2.4 Pour le reste, le recours n'est pas davantage recevable sous l'angle des art. 81 al. 1 let. b ch. 5 et 6 LTF.
2.4.1 Le recourant affirme avoir été victime d'une violation de son domaine secret au sens de l'<ref-law>. S'agissant d'une infraction qui n'est pas dirigée contre la vie et l'intégrité corporelle, la qualité de victime au sens de l'<ref-law> ne pourrait lui être reconnue que s'il avait été directement atteint dans son intégrité physique ou psychique (<ref-ruling> consid. 2a p. 190). L'intéressé soutient avoir subi une atteinte morale considérable, compte tenu de sa réputation qui aurait pu être été irrémédiablement entachée auprès de ses supérieurs et de sa carrière qui aurait pu être handicapée au vu des actes imprévisibles de son épouse. Ce faisant, le recourant invoque des faits nouveaux, ce qu'il n'est pas habilité à faire dans un recours en matière pénale (<ref-law>). En l'occurrence, il n'a pas été constaté en fait qu'il a été atteint dans son intégrité psychique, de sorte qu'il ne peut être considéré comme une victime LAVI.
2.4.2 Le recourant soutient que les autorités genevoises ont démontré leur volonté de classer systématiquement les infractions de gravité moyenne entre époux, mettant ainsi à néant le droit de porter plainte du lésé. En l'espèce, la Chambre pénale a classé la procédure pour des motifs d'opportunité, relevant qu'il y avait lieu de tenir compte du contexte particulièrement difficile dans lequel évoluaient les parties, et de restaurer une certaine sérénité entre les époux, ceux-ci devant veiller, avant tout, au bien de leur fils, plutôt que de persister à assouvir des rancoeurs personnelles, d'autant que l'intimée avait dit regretter son geste. Compte tenu de cette argumentation, le recourant ne peut faire valoir aucun moyen tiré de la violation des art. 30 à 33 CP, les autorités concernées ayant reçu et statué sur sa plainte.
2.5 Enfin, le recourant ne saurait fonder sa qualité pour recourir sur l'<ref-law>, cette disposition réglant la suspension de la procédure relative à un certain nombre d'infractions bien déterminées, au nombre desquelles ne figure pas l'<ref-law>.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours est irrecevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Procureur général du canton de Genève et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 5 juillet 2007
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: