Sachverhalt:
A. Die 1948 geborene G._ war bei der Firma B._ AG als Fliessbandarbeiterin tätig und damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 21. März 2006 an ihrem Arbeitsplatz in gebückter Stellung von einem herunterfallenden Fenster am oberen Rücken getroffen wurde. Die Versicherung anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese jedoch mit Verfügung vom 12. Dezember 2007 per 31. Dezember 2007 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien. Mit Verfügung vom 30. Juni 2008 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Thurgau rückwirkend ab 1. März 2007 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu. Nachdem die SUVA das Einspracheverfahren auf Ersuchen von G._ hin bis nach Beendigung eines erneuten stationären Aufenthaltes in der Klinik V._ und bis zum Vorliegen des entsprechenden Berichts (vom 28. März 2008) sistiert hatte, wies sie die gegen die Verfügung vom 12. Dezember 2007 geführte Einsprache ab (Einspracheentscheid vom 15. September 2008).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 18. März 2009 nicht rechtsgenüglich ab.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, unter Aufhebung des Einsprache- und vorinstanzlichen Entscheids sei die SUVA zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen zu erbringen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. .4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Im kantonalen Entscheid werden die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (Art. 6 Abs. 1 UVG) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden generell (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 u. 3.2 S. 181), sowie bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6 S. 138 ff.; ferner <ref-ruling> und 119 V 335) und Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der HWS ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle im Speziellen (<ref-ruling>; <ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Darauf - wie auch auf die Erwägungen zu dem im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 1 S. 338; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) - wird verwiesen.
3. 3.1 Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der Unfallversicherung für die über den 31. Dezember 2007 anhaltend geklagten Beschwerden (in Form eines chronischen zervikothorakovertebralen Syndroms bei Status nach Nacken-/BWS Kontusion am 21. März 2006, zervikothorakaler Dysfunktion, interscapulärer Dysfunktion, muskulärer Dysbalance und Dekonditionierung und leichten degenerativen Veränderungen der HWS und BWS sowie einer psychosozialen Belastungssituation [Austrittsbericht der Klinik S._ vom 14. November 2006]).
3.2 Im Lichte der fachärztlichen Beurteilungen kann ohne Weiteres davon ausgegangen werden, dass keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen bestehen, die die persistierenden Beschwerden zu erklären vermöchten (vgl. Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008 E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Somit ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen dem Ereignis vom 21. März 2006 und den geklagten Beschwerden speziell zu prüfen. Offenbleiben kann dabei, ob diese nach den Kriterien von <ref-ruling> oder nach denjenigen der sog. "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130) zu beurteilen ist, wie dies die Beschwerdeführerin verlangt, da - wie nachstehende Beurteilung zeigt - die Adäquanz auch bei Anwendung der für die Versicherte günstigeren Kriterien zu verneinen ist. Aufgrund der fehlenden Adäquanz braucht zudem die Frage, ob die geklagten Beschwerden natürlich kausal durch das Unfallereignis verursacht sind, nicht näher geprüft zu werden (vgl. Urteil 8C_698/2008 vom 27. Januar 2009 E. 3). Der in diesem Zusammenhang erhobene Vorwurf der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe sich in Verletzung des rechtlichen Gehörs mit ihrem Vorbringen hinsichtlich des von der SUVA in ihrem Einspracheentscheid nicht berücksichtigten, jedoch entscheidwesentlichen Austrittsberichts der Klinik V._ vom 28. März 2008, nicht rechtsgenüglich auseinandergsetzt, ist insoweit unbegründet.
4. Für die Adäquanzbeurteilung ist an das (objektiv erfassbare) Unfallereignis anzuknüpfen, wobei zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte bzw. indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere in gehäufter Weise gegeben sein (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. mit Hinweisen).
4.1 Das kantonale Gericht hat den Unfall vom 21. März 2006 den mittelschweren Unfällen zugeordnet. Die Versicherte macht unter Verweis auf das Gewicht des Fensters, welches überdies unzureichend festgestellt worden sei, einen schweren Unfall geltend.
4.2 Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin befinden sich genügend Angaben über den Unfallhergang in den Akten, sodass das kantonale Gericht auch nicht den Untersuchungsgrundsatz (Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.) verletzt hat, indem es von weiteren diesbezüglichen Sachverhaltsabklärungen, insbesondere der Bestimmung des exakten Gewichts des Fensters, absah. Nach Lage der Akten ereignete sich der Unfall vom 21. März 2006 wie folgt: Die Versicherte stand in gebückter Körperhaltung zwischen dem Förderband und dem geöffneten, ca. 70-90 kg (vgl. Fotodokumentation der SUVA) schweren Fenster, als dieses plötzlich aus der oberen Angel riss und seitlich Richtung Förderband hinunterfiel, wo es mit dem Rahmen aufprallte und dann seitlich mit der Glasscheibe gegen die Versicherte fiel. Gemäss eigenen Angaben zufolge hatte die Beschwerdeführerin sofort nach dem Ereignis überhaupt keine Beschwerden, sodass sie sich auch nicht in ärztliche Behandlung begeben wollte. Da die Arbeitgeberin offenbar darauf bestand, fand gleichentags eine medizinische Untersuchung statt, wobei eine leichte HWS-Distorsion und eine Schädelkontusion occipital sowie eine Rückenkontusion der Brustwirbelsäule diagnostiziert wurde (Artzeugnis der Praxis X._ Frau Dr. med. E._ vom 19. Mai 2006). Erst im Verlauf der nächsten Nacht traten die ersten Beschwerden im oberen Rücken-/Nackenbereich auf, was zu Schmerzen und Bewegungseinschränkungen führte.
4.3 Aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs, namentlich der zu berücksichtigenden Gewalteinwirkung auf die Versicherte, fällt dabei eine Zuordnung zu den schwereren Unfällen im mittleren Bereich oder gar zu den schweren Unfällen, ausser Betracht. Der Vorfall vom 21. März 2006 ist als mittelschweres Ereignis im mittleren Bereich zu qualifizieren. Eine solche Einstufung ergibt sich auch im Vergleich mit der höchstrichterlichen Beurteilung in den folgenden, ähnlich gelagerten Fällen: Urteile 8C_957/2008 vom 1. Mai 2009 (eine von einer Windböe erfasste "Hollywoodschaukel" fiel von einer Dachterrasse auf die Versicherte); 8C_810/2008 vom 26. Februar 2009 (ein Giesser wurde bei Reinigungsarbeiten der Giessanlage von einem Schienenstück aus Stahl am Kopf getroffen und stürzte anschliessend auf die Giessanlage); 8C_591/2007 vom 14. Mai 2008 (ein Tunnelbaumineur wurde von einem herunterfallenden Stück nassen Betons getroffen); U 175/02 vom 21. August 2002 (ein Stapel Paletten stürzte auf eine Magazinerin nieder); U 251/00 vom 28. April 2000 (mehrere an eine Hauswand angelehnte Bodenbretter fielen von rund 1,7 m Höhe herunter und trafen den Versicherten); U 309/97 vom 8.März 1999 (ein Maurer wurde von einer herunterfallenden, rund 70 kg schweren Aluminium-Schaltafel an Kopf und Schulter getroffen); U 287/98 vom 15. Oktober 1999 (ein 150 kg schweres Stahlrohr fiel auf den behelmten Kopf eines Arbeiters); U 124/98 vom 15. September 1998 (Einsturz einer rund drei Meter hohen Giebelmauer, die den Versicherten an Rücken und Hinterkopf traf); U 38/89 vom 13. November 1989 (auf einen Bauhandlanger kippten acht schwere Schalungselemente mit einer Länge von 2,5 m, einer Breite von 2 m und einem Durchmesser von 10 cm; Befreiung unter Zuhilfenahme eines Krans).
4.4 Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien erfüllt wären (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. mit Hinweis auf BGE <ref-ruling> E. 6 S. 366 ff.).
4.5 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ereignete sich der Unfall weder unter besonders dramatischen Begleitumständen, noch ist er - objektiv betrachtet - von besonderer Eindrücklichkeit. Daran ändert nichts, dass sie vom Herunterfallen des Fensters in gebückter Haltung überrascht und ohne den Unfallhergang zu realisieren, vom Fenster seitlich am oberen Rücken getroffen wurde (vgl. Urteil 8C_957/2008 vom 1. Mai 2009 E. 4.3.2).
4.6 Neu gefasst wurde in <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128 das Kriterium der ärztlichen Behandlung. Nunmehr ist zu seiner Bejahung erforderlich, dass nach dem Unfall fortgesetzt eine spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Das Kriterium ist objektiv zu beurteilen und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens der versicherten Person (Urteil 8C_970/2008 vom 30. April 2009 E. 5.4). In den Akten fehlen Hinweise darauf, dass spezifische, für die Versicherte belastende, Therapiemassnahmen durchgeführt worden wären. In der Beschwerde wird dies auch nicht näher begründet.
4.7 Nicht gegeben sind die Kriterien der ärztlichen Fehlbehandlung sowie des schwierigen Heilungsverlaufs oder erheblicher Komplikationen. Es müssten hiefür besondere Gründe gegeben sein, die die Heilung beeinträchtigt haben (vgl. SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5, U 479/05; Urteil 8C_803/2007 vom 3. September 2008 E. 3.4.1). Solche Gründe sind weder geltend gemacht noch aus den Akten ersichtlich. Dass Beschwerden trotz medizinischer Behandlung anhalten, genügt nicht (Urteile 8C_691/2007 vom 1. September 2008 E. 2.3.3; 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1 mit Hinweis).
4.8 Unter der Annahme, dass die Versicherte eine leichte HWS-Distorsion erlitten hat (Arztzeugnis X._ Praxis, Frau Dr. med. E._ vom 19. Mai 2006), genügt die Diagnose einer HWS-Distorsion oder einer anderen, adäquanzrechtlich gleich zu behandelnden Verletzung für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.). Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der dafür typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06, E. 5.3; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04, E. 5.2.3 mit Hinweisen). Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06, E. 5.3; RKUV 2003 Nr. U 489 S. 357, U 193/01, E. 4.3 mit Hinweisen). Auch erhebliche Verletzungen, welche sich die versicherte Person neben dem Schleudertrauma, der äquivalenten Verletzung der HWS oder dem Schädel-Hirntrauma beim Unfall zugezogen hat, können bedeutsam sein (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.). Solche Umstände liegen hier - entgegen den Einwänden in der Beschwerde - nicht vor. Aus den Akten ergibt sich nicht, dass die beim Unfall eingenommene gebückte Körperhaltung zu Komplikationen geführt hätte, noch erlitt die Beschwerdeführerin erhebliche Verletzungen.
4.9 Was schliesslich die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, gilt festzustellen, dass, selbst wenn diese bejaht werden könnten, sie jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben wären. Damit hat das kantonale Gericht die Adäquanz zwischen den persistierenden Beschwerden und dem Unfall vom 21. März 2006 zu Recht verneint.
5. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla