Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin wendet sich dagegen, dass die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich die Strafuntersuchung gegen die Bank A._ wegen Veruntreuung bzw. Gehilfenschaft dazu eingestellt hat und auf eine Strafanzeige gegen weitere elf Personen wegen Veruntreuung und Betrug nicht eingetreten ist und dass im angefochtenen Entscheid ein dagegen gerichteter Rekurs abgewiesen wurde. Die Beschwerdeführerin ist indessen nicht Privatstrafklägerin im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG und auch nicht Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG. Als (blosse) Geschädigte, die nicht Opfer ist, ist sie zur vorliegenden Beschwerde grundsätzlich nicht legitimiert (<ref-ruling>), es sei denn, es wird die Verletzung solcher Verfahrensgarantien gerügt, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt (<ref-ruling> E. 1.1). Insoweit genügen die Ausführungen der Beschwerdeführerin, welche sinngemäss zwar eine Verletzung des Rechts auf ein unabhängiges und faires Verfahren rügt, nicht aber substantiiert darlegt, inwiefern dieses Recht verletzt sein sollte (Beschwerde S. 6), den strengen Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht. Auf die Beschwerde ist daher im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill