Sachverhalt:
A.
Mit Eingabe vom 30. Januar 2006 meldeten die in Nürensdorf wohnhaften A.A._ und B.A._, C.D._ und D.D._, E.E._ und F.E._, H.G._, J.J._ und K.J._ sowie L._ bei der Flughafen Zürich AG enteignungsrechtliche Entschädigungsforderungen an. Sie beantragten, ihnen sei eine volle Entschädigung für den Minderwert ihrer Liegenschaften aufgrund der übermässigen Lärmeinwirkungen des Flughafens Zürich auszurichten. Dabei stützten sie sich sowohl auf die Enteignung nachbarrechtlicher Abwehrrechte (nicht vorhersehbare, übermässige Immissionen) als auch auf den direkten Überflug ihrer Grundstücke.
B.
Am 17. Dezember 2007 wies die Eidgenössische Schätzungskommission Kreis 10 (nachfolgend: ESchK) die Entschädigungsforderungen zahlreicher Enteigneter - darunter auch E.E._ und F.E._ - ab, soweit diese ihr Grundeigentum nach dem 1. Januar 1961 erworben hatten (Dispositiv-Ziffer 2), und stellte fest, die Anflüge über das Gemeindegebiet von Nürensdorf seien nicht als Überflüge "stricto sensu" zu qualifizieren (Dispositiv-Ziffer 3). Am 3. April 2008 fällte die ESchK einen gleichlautenden Entscheid, der unter anderen A.A._ und B.A._, C.D._ und D.D._, H.G._, J.J._ und K.J._ sowie L._ betraf.
C.
Dagegen führten (unter anderen) die genannten Grundeigentümer mit Eingaben vom 23. April und vom 6. Mai 2008 Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragten in erster Linie, der Schätzungsentscheid sei aufzuheben und es sei die Unvorhersehbarkeit der Ostanflüge festzustellen; eventualiter sei der Schätzungsentscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht vereinigte die Verfahren aus den Gemeinden Bassersdorf, Elgg, Illnau-Effretikon, Kloten, Kyburg, Lindau, Nürensdorf, Turbenthal, Weisslingen, Winterthur und Zell. Mit Urteil A-923/2008 vom 26. Mai 2009 hiess es die Beschwerden zur Nichtvorhersehbarkeit der Lärmimmissionen gut. Es hob die vorinstanzlichen Entscheide in diesem Punkt auf und wies die Sache an die ESchK zurück, mit der Anordnung, für die Frage der Vorhersehbarkeit den 23. Mai 2000 als Stichdatum zu berücksichtigen (Dispositiv-Ziffer 3).
Auf die Beschwerden betreffend direkten Überflug trat es zum Teil nicht ein (Dispositiv-Ziffer 5.1); ein weiterer Teil wurde abgewiesen (Dispositiv-Ziffern 5.2 und 5.3). Ein letzter Teil der Beschwerden wurde gutgeheissen, die Schätzungsentscheide vom 17. Dezember 2007, 3. und 18. April 2008 betreffend Kloten und Nürensdorf aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die ESchK zurückgewiesen (Dispositiv-Ziffer 5.4 und 5.5). Die Beschwerden von E.E._ und F.E._, A.A._ und B.A._, C.D._ und D.D._, H.G._, J.J._ und K.J._ sowie L._ wurden in Dispositiv-Ziffer 5 (betreffend direkte Überflüge) nicht erwähnt.
D.
Gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts erhob die Flughafen Zürich AG Beschwerde ans Bundesgericht. Mit Urteil 1C_284/2009 vom 8. Juni 2010 (teilweise publiziert in <ref-ruling>) hob das Bundesgericht Dispositiv-Ziffer 3 auf. Es hielt fest, dass massgeblicher Stichtag für die Vorhersehbarkeit der Lärmimmissionen der 1. Januar 1961 sei.
Die Enteigneten, auf deren Rügen zum direkten Überflug das Bundesverwaltungsgericht (in Dispositiv-Ziffer 5.1) nicht eingetreten war, erhoben ebenfalls Beschwerde ans Bundesgericht. Mit Urteil 1C_286/ 2009 vom 13. Januar 2010 (teilweise publiziert in <ref-ruling>) hiess das Bundesgericht die Beschwerde gut, hob Dispositiv-Ziffer 5.1 auf und ergänzte Dispositiv-Ziffern 5.4 und 5.5 (Gutheissung und Rückweisung) in dem Sinne, dass auch über die Entschädigungsansprüche dieser Beteiligten von der ESchK neu zu entscheiden sei.
E.
E.E._ und F.E._, A.A._ und B.A._, C.D._ und D.D._, H.G._, J.J._ und K.J._ sowie L._ gelangten nicht mit Beschwerde ans Bundesgericht.
Am 8. April 2013 teilte die Flughafen Zürich AG der ESchK mit, sie gehe davon aus, dass die Verfahren über Entschädigungsforderungen aufgrund direkter Überflüge für die vorgenannten Grundeigentümer aufgrund der zwischenzeitlich ergangenen Urteile nicht mehr pendent seien.
Die Grundeigentümer beantragten gleichentags, für mindestens eines der betroffenen Grundstücke sei ein volles Schätzungsverfahren bezüglich Enteignungsentschädigung aufgrund direkter Überflüge durchzuführen. Anstelle der verstorbenen H.G._ traten G.G._ und I._ ins Verfahren ein.
Mit Zwischenbeschluss vom 21. Januar 2014 stellte die ESchK fest, dass in Bezug auf die im Rubrum erwähnten Enteigneten keine abgeurteilte Sache (res iudicata) vorliege; es sei deshalb für mindestens eine Person ein Schätzungsverfahren durchzuführen, um den Entschädigungsanspruch aufgrund direkter Überflüge zu prüfen.
F.
Gegen diesen Zwischenbeschluss erhob die Flughafen Zürich AG Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess die Beschwerde am 21. Januar 2015 gut. Es hob den Zwischenbeschluss der ESchK auf und stellte fest, dass über die von den Beschwerdegegnern geltend gemachten enteignungsrechtlichen Entschädigungsforderungen bereits rechtskräftig entschieden worden sei.
G.
Dagegen erhoben A.A._ und B.A._, C.D._ und D.D._, E.E._ und F.E._, G.G._ und I._ sowie J.J._ und K.J._ (nachfolgend: die Beschwerdeführer) am 26. Februar 2015 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, unter Bestätigung des Zwischenbeschlusses der ESchK vom 21. Januar 2014. Es sei festzustellen, dass die von ihnen geltend gemachten enteignungsrechtlichen Entschädigungsforderungen nicht rechtskräftig entschieden und deren Verfahren fortzusetzen seien.
H.
Die Flughafen Zürich AG (nachfolgend: die Beschwerdegegnerin) beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen und der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts zu bestätigen. Dementsprechend sei festzustellen, dass mit Bezug auf die von den Beschwerdeführern geltend gemachten enteignungsrechtlichen Entschädigungsforderungen wegen direkten Überflügen bereits rechtskräftig entschieden worden sei.
I.
Im weiteren Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Anträgen und Standpunkten fest.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>), der festhält, dass über die streitigen Entschädigungsansprüche aus direktem Überflug bereits rechtskräftig entschieden sei. Damit wird das vor ESchK eingeleitete Schätzungsverfahren beendet, d.h. es handelt sich um einen Endentscheid (<ref-law>). Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht grundsätzlich offen. Die vorinstanzlich unterlegenen Beschwerdeführer sind zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2.
Das Bundesverwaltungsgericht hielt im angefochtenen Entscheid vom 21. Januar 2015 fest, dass die Anspruchsgrundlage des direkten Überflugs im Urteil A-1923/2008 nur für diejenigen Beschwerden behandelt worden sei, in denen die Thematik explizit gerügt worden war. Für alle anderen Beschwerden - namentlich auch diejenigen der Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens - sei davon ausgegangen worden, sie hätten den Entscheid der ESchK unter diesem Gesichtspunkt nicht angefochten. Dies erkläre, weshalb ihre Beschwerde in diesem Punkt nicht gutgeheissen und nicht an die Vorinstanz zurückgewiesen worden sei. Sowohl aus Disp.-Ziff. 5 als auch aus den entsprechenden Erwägungen ergebe sich klar, dass die Beschwerdegegner nicht Teil der Grundeigentümer bildeten, deren Beschwerden in puncto Direktüberflug gutgeheissen und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen wurden. Für sie sei es damit bei Disp.-Ziff. 3 der Schätzungsentscheide vom 17. Dezember 2007 und 3. April 2008 geblieben, die insoweit in Rechtskraft erwachsen seien. Mit Bezug auf die direkten Überflüge liege somit eine abgeurteilte Sache vor. Allfällige Verfahrensfehler der Schätzungskommission und des Bundesverwaltungsgerichts hätten mit Beschwerde ans Bundesgericht geltend gemacht werden müssen.
3.
Die Beschwerdeführer machen dagegen geltend, sie hätten 2008 vor Bundesverwaltungsgericht die vollumfängliche Aufhebung der Schätzungsentscheide und (im Eventualantrag) die Rückweisung der Sache an die ESchK verlangt; damit hätten sie auch die negativen Entscheide zum direkten Überflug angefochten, auch wenn sich die Beschwerdebegründung auf die Frage der Unvorhersehbarkeit konzentriert habe. Massgebend für den Streitgegenstand seien die Anträge und nicht ihre Begründung (<ref-ruling> E. 5.2 S. 175; ALFRED KÖLZ/ ISABELLE HÄNER/MARTIN BERTSCHI, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3. Aufl., Rz. 689). Das Bundesverwaltungsgericht habe ihren Antrag zum direkten Überflug nicht behandelt: Die Beschwerdeführer seien weder im Rubrum noch im Dispositiv des Urteils A-1923/2008 erwähnt worden, weshalb für sie unklar gewesen sei, ob und inwiefern sie vom Urteil betroffen seien. Jedenfalls hätten sie darauf vertrauen dürfen, dass auch ihnen die Aufhebung der Schätzungsentscheide zum direkten Überflug und die Rückweisung der Sache zu neuem Entscheid an die ESchK in Dispositiv-Ziff. 5.5 zugute kommen werde. Ihnen könne deshalb nicht vorgeworfen werden, das Urteil A-1923/2008 nicht angefochten zu haben.
Sowohl dem Bundesverwaltungsgericht als auch der Schätzungskommission seien Fehler unterlaufen: Die ESchK habe in ihrem Zwischenentscheid vom 21. Januar 2014 (E. 2.7 S. 8) ausdrücklich anerkannt, dass ihre Entscheide zum direkten Überflug von 2007/2008 auf gravierenden Gehörsverletzungen beruhten. Auch das Bundesverwaltungsgericht sei im angefochtenen Entscheid (E. 3.7.2) davon ausgegangen, dass es den damaligen Antrag der Beschwerdeführer zum Direktüberflug unbehandelt gelassen habe. Nach Auffassung der Beschwerdeführer sind diese Fehler Folge des ungenügenden kollektiven Rechtsschutzes in der Schweiz (mit Hinweis auf den Bericht des Bundesrats vom 3. Juli 2013, Kollektiver Rechtsschutz in der Schweiz - Bestandesaufnahme und Handlungsmöglichkeiten, VPB 2013.7 S. 61 ff.). Die Verantwortung für Verfahrensfehler in derartigen Massenverfahren dürfe nicht von der Verfahrensleitung auf die Parteien verschoben werden, indem von diesen verlangt werde, Entscheide wegen Fehlern anzufechten, die von ihnen nicht oder erst nachträglich erkannt werden könnten (z.B. vorenthaltene Akten, unterbliebener Einbezug ins Verfahren). Es obliege den rechtsanwendenden Behörden, Klarheit zu schaffen (mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 8b S. 238 ff.).
Die Beschwerdeführer rügen in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>; Art. 6 EMRK), widersprüchliches Verhalten und eine Verletzung des Vertrauensschutzes (Art. 9 und Art. 5 Abs. 3 BV), eine formelle Rechtsverweigerung, überspitzten Formalismus und Willkür sowie eine Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips und des Erfordernisses des öffentlichen Interesses (<ref-law>). Ausserdem berufen sie sich auf die Untersuchungsmaxime (<ref-law>).
4.
Die Beschwerdegegnerin macht dagegen geltend, Antrag und Begründung der Beschwerden vom 23. April und 6. Mai 2008 hätten sich ausschliesslich auf die Frage der Vorhersehbarkeit der Ostanflüge bezogen. Weder in der Beschwerdeschrift noch in der Replik seien Rügen zum direkten Überflug erhoben worden. Die Entscheide der Schätzungskommission zu den direkten Überflügen seien somit nicht angefochten worden und folglich in Rechtskraft erwachsen. Die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführer habe denn auch in einem Informationsblatt vom 19. Mai 2005 auf die geringen Erfolgsaussichten für Entschädigungen aus direktem Überflug hingewiesen, wenn der Überflug in einer Höhe von über 150 m erfolge; in Nürensdorf betrage die Überflugshöhe bekanntlich rund 250 m.
Die Beschwerdegegnerin weist darauf hin, dass die für die Überflugsituation entscheidwesentlichen Akten der Schätzungskommission im Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht eingesehen werden konnten (vgl. dazu Urteil <ref-ruling> E. 4.4 S. 174). Es sei den Beschwerdeführern selbst zuzuschreiben, wenn sie von dieser Möglichkeit keinen Gebrauch gemacht und die Gehörsverletzungen deshalb nicht gerügt hätten.
5.
5.1. Zunächst ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführer im Rubrum des Urteils A-1923/2008 figurieren: Sie werden zwar nicht namentlich genannt, wohl aber als Mitbeteiligte unter Nr. 23 (M.M._ und N.M._ und 338 Mitbeteiligte [A-2631/2008]) und Nr. 28 (O.O._ und P.O._ und 62 Mitbeteiligte [A-2959/ 2008]) erwähnt (vgl. dazu Zwischenentscheid der ESchK vom 21. Januar 2014 Sachverhalt lit. D). Insofern war klar, dass sie vom bundesverwaltungsgerichtlichen Urteil A-1923/2008 erfasst wurden. Dies ist denn auch unstreitig für Dispositiv-Ziff. 3 (Nichtvorherrsehbarkeit der Ostanflüge).
5.2. Streitig ist lediglich die Tragweite von Disp.-Ziff. 5. Dieser lautet:
5. Soweit die Schätzungskommission Kreis 10 die Entschädigungsforderungen wegen direktem Überflug abgewiesen hat,
5.1 wird auf die Beschwerden der Beteiligten 3, 7, 10, 20, 22, 33, 39, 43, 47, 49, 50 und 77 der Beschwerdeführenden 13 sowie der Beteiligten 3 der Beschwerdeführenden 30 nicht eingetreten;
5.2 werden die Beschwerden der Beschwerdeführenden 8 und 22 abgewiesen;
5.3 werden die Beschwerden der Beteiligten der Gruppe 2 der Beschwerdeführenden 12 abgewiesen, soweit sie für Entschädigungsansprüche wegen Überflug im Sinne ihrer Ausführungen einen erweiterten Überflugskorridor geltend machen;
5.4 werden die Beschwerden der Beschwerdeführenden 10 und 15, der Beteiligten der Gruppe 1 der Beschwerdeführenden 12, der Beteiligten der Gruppe 2 der Beschwerdeführenden 12 soweit weitergehend, der Beteiligten 2 bis 5 der Beschwerdeführenden 24, des Beteiligten 68 der Beschwerdeführenden 13, der Beteiligten 9 der Beschwerdeführenden 25 sowie der Beteiligten 1 und 2 der Beschwerdeführenden 30 gutgeheissen, jene der Beteiligten der Gruppen 1 und 2 der Beschwerdeführenden 12 und der Beteiligten 2 bis 5 der Beschwerdeführenden 24 soweit darauf eingetreten werden kann.
5.5 Die Teilentscheide Kloten vom 17. Dezember 2007 und Nürensdorf vom 17. Dezember 2007, 3. und 18. April 2008 werden entsprechend aufgehoben und die Sache wird zur Neubeurteilung im Sinne der Urteilserwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
5.3. Die Aufhebung in Disp.Ziff. 5.5 bezieht sich klar ("entsprechend") auf die Gutheissung der Beschwerden der in Ziff. 5.4 erwähnten Parteien, zu denen die Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens nicht gehören. Dies wird durch die Erwägungen des Urteils A_1923/ 2008 bestätigt, wonach die Teilentscheide Nürensdorf und Kloten betreffend direkten Überflug nur für die dort genannten Beschwerdeführenden aufgehoben würden (E. 9.5), mit der Folge, dass das Verfahren grundsätzlich nur für jene Enteigneten fortzusetzen sei, für die nach dem vorliegenden Urteil das Verfahren noch hängig bzw. nicht abgeschlossen sei (E. 11). Auch in E. 10 ("Ergebnis") hielt das Bundesverwaltungsgericht fest, dass die Teilentscheide Kloten und Nürendorf zum direkten Überflug wegen Verletzung der Begründungspflicht (nur) "bezogen auf die vor Bundesverwaltungsgericht in diesem Punkt beschwerdeführenden Grundeigentümer aufzuheben und [...] an die Vorinstanz zurückzuweisen" seien, d.h. den in E. 9.5 und Disp.-Ziff. 5.4 genannten Personen.
5.4. Die Beschwerdeführer wurden allerdings auch in Disp.-Ziff. 5.1 (Nichteintreten) und 5.2 und 5.3 (Abweisung) nicht genannt. Das Bundesverwaltungsgericht ging somit offensichtlich davon aus, dass sie die Entscheide zum direkten Überflug nicht angefochten hatten.
Dies wird durch E. 2 bestätigt: Das Bundesverwaltungsgericht hielt fest, dass nur ein Teil der Beschwerdeführer die Abweisung der Entschädigungsansprüche unter dem Titel des direkten Überflugs angefochten hätten (E. 2.2.2); auf die erstmals in der Replik erhobenen Rügen zu dieser Frage trat es nicht ein (E. 2.2.3; dies betrifft die in Disp.-Ziff. 5.1 genannten Beteiligten). Die Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens, die weder in der Beschwerdeschrift noch in der Replik Rügen zur Überflugsproblematik erhoben hatten, wurden nicht erwähnt, d.h. das Bundesverwaltungsgericht ging (zu Recht oder zu Unrecht) davon aus, sie hätten in diesem Punkt nicht Beschwerde geführt.
5.5. Unter diesen Umständen durften die anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer nicht darauf vertrauen, dass sie von Disp.-Ziff. 5.5 des Urteils A-1923/2008 miterfasst seien und die ESchK nochmals neu über ihre Entschädigungsansprüche aus direktem Überflug entscheiden würde. Vielmehr war aus Dispositiv und Begründung des Entscheids klar, dass das Bundesverwaltungsgericht davon ausging, sie hätten Disp.-Ziff. 3 der Schätzungsentscheide betreffend Nürensdorf nicht angefochten, so dass der erstinstanzliche Entscheid ihnen gegenüber verbindlich geworden sei.
Sofern die Beschwerdeführer damit nicht einverstanden waren, hätten sie nicht untätig bleiben dürfen, sondern Beschwerde an das Bundesgericht führen müssen. Dies gilt selbst dann, wenn man davon ausgeht, das Bundesverwaltungsgericht habe einen Antrag (und nicht lediglich eine Begründung) nicht behandelt und damit einen Revisionsgrund gesetzt (Art. 45 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [VGG; SR 173.32] i.V.m. <ref-law>; zur Unterscheidung von Antrag und Begründung vgl. Urteile 4F_1/2007 vom 13. März 2007 E. 5 und 2F_20/2012 vom 25. September 2012 E. 2.1; je mit Hinweisen), da auch ein solcher Mangel grundsätzlich mit Beschwerde ans Bundesgericht geltend gemacht werden muss (Art. 46 VGG).
5.6. Wird kein Rechtsmittel erhoben, bleibt es insoweit beim erstinstanzlichen Entscheid (hier: Abweisung der Entschädigungsansprüche aus direktem Überflug in Disp.-Ziff. 3 der Schätzungsentscheide 2007/ 2008), gleich wie bei der Nichtanfechtung eines Nichteintretensentscheids.
6.
Den Beschwerdeführern ist einzuräumen, dass die Beurteilung der zahlreichen enteignungsrechtlichen Ansprüchen rund um den Flughafen Zürich hohe Anforderungen an die zuständigen Behörden, Rechtsvertreter und Parteien stellt. Den damit verbundenen Schwierigkeiten muss z.T. durch eine flexible Handhabung des Prozessrechts Rechnung getragen werden. Die geltenden Verfahrensordnungen enthalten aber durchaus Rechtsbehelfe, die es den Parteien ermöglichen, sich noch nachträglich auf Verfahrensmängel zu berufen, die sie nicht sofort erkennen konnten. Insbesondere besteht die Möglichkeit, bei unverschuldeter Fristversäumnis Wiederherstellung zu verlangen (<ref-law>; <ref-law>) und ein Revisionsgesuch einzureichen, wenn nachträglich erhebliche Tatsachen oder Beweismittel aufgefunden werden (Art. 45 VGG i.V.m. <ref-law>).
Vorliegend hatte sich die ESchK in ihren Entscheiden zum direkten Überflug auf eine Darstellung der Flughafen Zürich AG gestützt, deren Eingang den Enteigneten nicht angezeigt worden war. Da die Darstellung in den Entscheiden der ESchK nicht erwähnt wurde, konnte der Mangel frühestens im Verfahren A-1923/2008 vor Bundesverwaltungsgericht entdeckt und gerügt werden. Möglicherweise erfuhren die Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens erst zu einem späteren Zeitpunkt davon, sei es mit dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 26. Mai 2009 (vgl. vorne, Sachverhalt lit. C), sei es durch das bundesgerichtliche Urteil vom 13. Januar 2010 (<ref-ruling> E. 4.4 S. 174; vgl. Sachverhalt lit. D hiervor). Aber auch im Nachgang zu diesen Verfahren blieben sie untätig.
7.
Zu prüfen ist noch der Einwand der Beschwerdeführer, es liege keine materielle Rechtskraft vor, weshalb ihnen der Einwand der res iudicata nicht entgegengehalten werden könne.
7.1. Sie machen geltend, die zivilprozessuale materielle Rechtskraft könne nicht auf das Verwaltungsrecht übertragen werden, weil auch formell rechtskräftige Verfügungen in Wiedererwägung gezogen oder widerrufen werden könnten; es entspreche gerade der Eigenart des öffentlichen Rechts, dass ein Verwaltungsakt, der dem Gesetz nicht oder nicht mehr entspreche, nicht unabänderlich sei (<ref-ruling> E. 4 S. 343). In diesem Sinne würden verwaltungsrechtliche Verfügungen grundsätzlich nicht materiell rechtskräftig (Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., 2010, Rz. 992 ff.).
7.2. Dies trifft im allgemeinen für erstinstanzliche Verfügungen zu, nicht aber für Beschwerdeentscheide: Diese können nach Eintritt der formellen Rechtskraft nur noch im Verfahren der Revision abgeändert werden (<ref-law>; Art. 45 f. VGG; <ref-law>), weshalb sie auch materiell rechtskräftig werden (Kölz/Häner/Bertschi, a.a.O. Rz. 1191 f.).
Das Bundesverwaltungsgericht wies in seinem Urteil A-1923/2008 (E. 11 S. 57 oben) darauf hin, dass die Parteien, welche die Schätzungsentscheide nicht oder nur teilweise angefochten hatten, gegebenenfalls deren Widerruf bzw. die Wiedererwägung verlangen könnten.
Tatsächlich handelt es sich bei den Schätzungsentscheiden von 2007/ 2008, in denen über die Entschädigungsansprüche der Beschwerdeführer aus direktem Überflug entschieden wurde, um erstinstanzliche Entscheide. Allerdings ergingen sie in einem besonderen Verfahren durch eine richterliche Instanz (Schätzungskommission). Art. 75 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (EntG; SR 711) bestimmt, dass ein Entscheid der Schätzungskommission, der nicht mit Beschwerde angefochten wird, die Wirkung eines rechtskräftigen Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts hat, und den gleichen Rechtsmitteln unterliegt wie ein solcher Entscheid (Fassung vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Januar 2007; zuvor waren Schätzungsentscheide bundesgerichtlichen Urteilen gleichgestellt). Dies hat zur Folge, dass Schätzungsentscheide wie Urteile des Bundesverwaltungsgerichts materiell rechtskräftig werden. Sie können daher nicht wie Verfügungen in Wiedererwägung gezogen werden, sondern unterliegen nur der Erläuterung und der Revision (Heinz Hess/Heinreich Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Bd. 1, Bern, 1986, N. 2 zu Art. 75 EntG).
8.
Unter diesen Umständen verletzt es nicht Bundesrecht, den Beschwerdeführern den Einwand der res iudicata entgegenzuhalten. Die Beschwerde ist daher kostenpflichtig (<ref-law>) abzuweisen.
Fraglich ist, ob die Beschwerdegegnerin Anspruch auf eine Parteientschädigung hat.
In <ref-ruling> E. 14.2.2 S. 118 warf das Bundesgericht die Frage auf, ob die Flughafen Zürich AG als eine mit öffentlichen Aufgaben betraute Organisation i.S.v. Art. 66 Abs. 4 und <ref-law> zu qualifizieren sei. Die damals offengelassene Frage ist zu bejahen:
Art. 36a des Bundesgesetzes über die Luftfahrt vom 21. Dezember 1948 (Luftfahrtgesetz, LFG; SR 748.0) differenziert zwischen einfachen Flugplätzen und Flughäfen. Letztere dienen dem öffentlichen Verkehr und bedürfen einer Betriebskonzession (Abs. 1). Diese verleiht das Recht, einen Flughafen gewerbsmässig zu betreiben und insbesondere Gebühren zu erheben, auferlegt der Konzessionärin aber auch die Pflicht, den Flughafen (unter Vorbehalt der im Betriebsreglement festgelegten Einschränkungen) für alle Luftfahrzeuge im nationalen und internationalen Verkehr zur Verfügung zu stellen, einen ordnungsgemässen, sicheren Betrieb zu gewährleisten und für die dafür erforderliche Infrastruktur zu sorgen (Abs. 2). Diese Regelung auferlegt den Flughafenbetreibern öffentliche Aufgaben, ähnlich denjenigen der SBB im Eisenbahnverkehr (vgl. <ref-ruling> E. 8 S. 62; in <ref-ruling> nicht publizierte E. 10 mit Hinweisen). Sie sind daher - unabhängig von ihrer Rechtsform als spezialgesetzliche Aktiengesellschaft (vgl. Zürcher Flughafengesetz vom 12. Juli 1999 [LS 748.1]) oder als Anstalt des öffentlichen Rechts (vgl. Genfer Flughafengesetz [RS/GE H3 25]) als mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Organisationen zu qualifizieren.
Da es vorliegend um Entschädigungsansprüche geht, die mit dem Flughafenbetrieb zusammenhängen (direkter Überflug), obsiegt die Beschwerdegegnerin in ihrem amtlichen Wirkungskreis. Sie hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Schätzungskommission Kreis 10 und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2015
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber