Fatti:
A.
Il 20 novembre 2012 il Comune di Bregaglia ha rilasciato a A.A._ e B.A._ la licenza edilizia xxx per la trasformazione di una stalla in edificio abitativo con annessa una nuova casa unifamiliare, sulla particella yyy, sita in zona di costruzione, respingendo nel contempo, per carenza di legittimazione, un'opposizione sollevata dall'associazione Helvetia Nostra. Adito da Helvetia Nostra, con giudizio del 15 gennaio 2013, il Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni, negata la legittimazione a ricorrere dell'insorgente, non è entrato nel merito del gravame, ponendo la tassa e le spese per complessivamente fr. 1014.-- a carico della ricorrente, senza assegnare ripetibili.
B.
Avverso questa decisione Helvetia Nostra presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullare la decisione impugnata e di rinviare la causa per nuovo giudizio alla Corte cantonale e, subordinatamente, di annullare la licenza edilizia rilasciata. Le richieste di concessione dell'effetto sospensivo e di sospendere la procedura sono state accolte con decreto presidenziale del 21 marzo 2013.
Nelle sentenze di principio del 22 maggio 2013, il Tribunale federale ha riconosciuto il diritto di ricorso a Helvetia Nostra (<ref-ruling>), nonché l'applicabilità diretta degli art. 75b e 197 cifra 9 Cost. a partire dall'11 marzo 2012 (<ref-ruling>).
C.
Con decreto del 5 luglio 2013 la procedura è stata riattivata e agli opponenti, al Comune e alla Corte cantonale è stata offerta la facoltà di esprimersi. Quest'ultima non si è pronunciata al riguardo. Con scritto del 13 agosto 2013, gli opponenti hanno comunicato al Tribunale federale di aver ritirato la domanda di costruzione e di rinunciare alla licenza edilizia, precisando, come il Comune, di non opporsi al prospettato stralcio della procedura. Riguardo alle spese rilevano che si tratta di un ricorso stereotipato; Helvetia Nostra propone di addossarle agli opponenti.

Diritto:
1.
1.1. Con il ritiro della domanda di costruzione e la rinuncia alla licenza edilizia, il ricorso presentato al Tribunale federale diventa senza oggetto. La stessa conclusione vale per le decisioni emanate dalle istanze precedenti. In siffatte circostanze, il Tribunale federale stralcia dal ruolo la causa e statuisce con motivazione sommaria sulle spese giudiziarie (<ref-law> in relazione all'<ref-law>).
1.2. Le spese della procedura sono pagate da chi le causa (art. 66 cpv. 1 e 3 LTF). Considerato l'esito della causa, le spese giudiziarie e le ripetibili sono poste a carico degli opponenti, che hanno ritirato la domanda di costruzione e in tal modo resa senza oggetto la procedura. Conformemente a quanto stabilito dagli art. 67 e 68 cpv. 5 LTF, occorre determinare pure le spese e le ripetibili del procedimento dinanzi all'istanza precedente, segnatamente alla Corte cantonale.
Poiché il ritiro del progetto ha avuto luogo nel primo stadio della procedura davanti al Tribunale federale, si giustifica ridurre la tassa di giustizia per la procedura federale all'importo di fr. 300.-- (<ref-law>). Le spese fissate nella decisione cantonale sono poste a carico degli opponenti.
1.3. La ricorrente non è patrocinata da un legale, per cui, secondo la prassi, non ha diritto a ripetibili.
La causa dev'essere infine rinviata all'autorità comunale, affinché possa, se del caso, statuire nuovamente sulle spese della procedura di rilascio della licenza edilizia e di opposizione.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso 1C_200/2013 è divenuto senza oggetto e la causa è stralciata dai ruoli. È accertato che la licenza edilizia xxx del 20 novembre 2012 è divenuta priva di oggetto, come pure la decisione cantonale resa su ricorso in tale ambito.
2.
Le spese giudiziarie della procedura federale, di fr. 300.--, come pure le spese della decisione cantonale, dell'importo di fr. 1014.--, sono poste a carico di A.A._ e B.A._.
3.
Non si assegnano ripetibili della sede federale.
4.
La causa è rinviata al Comune di Bregaglia per un'eventuale nuova decisione sulle spese della procedura di rilascio della licenza edilizia e sull'opposizione.
5.
Comunicazione alle parti, al Comune di Bregaglia e al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni, 5a Camera.