Faits:
A. Dès le début de 1999, X._ est entré au service de A._ SA en qualité de dessinateur technique. Le salaire mensuel brut était fixé à 5'500 fr., payable treize fois par an. Le contrat souscrit le 16 décembre 1998 prévoyait l'application de la convention collective de travail des industries horlogères et microtechniques suisses. Le lieu de travail se trouvait à uuu.
X._ a successivement travaillé dans plusieurs départements de l'entreprise à uuu. Au printemps de 2004, il s'est chargé de travailler en sus, à son domicile, sur un projet dit « module ... » et l'employeuse lui a versé en contrepartie, en décembre 2004, une rémunération supplémentaire au montant de 6'000 francs.
Le lieu de travail a plus tard été déplacé à vvv, puis X._ a conclu un nouveau contrat de travail avec une autre société du groupe A._ SA, B._ SA, ayant effet dès le 1er janvier 2007. Il travaillait désormais en qualité de constructeur en horlogerie, à vvv et au service de cette société, et son salaire mensuel brut s'élevait à 7'500 fr., treize fois par an. Les clauses concernant l'application de la convention collective étaient identiques à celles du contrat initial.
B._ SA a licencié X._ le 27 novembre 2008 avec effet au 28 février 2009. Le travailleur était dispensé de fournir son activité pendant la durée restante du contrat. Au moment de ce congé, l'employeuse versait un salaire mensuel brut de 7'750 fr. et une « participation maladie » au montant de 250 francs. X._ a fait part de son opposition au congé qu'il tenait pour abusif.
B. Le 26 novembre 2009, X._ a ouvert action contre A._ SA et B._ SA devant le Tribunal de prud'hommes du canton de Genève. Cette première défenderesse devait être condamnée à payer 14'000 fr. à titre de solde de rémunération pour le travail à domicile. L'autre défenderesse devait être condamnée à payer diverses sommes au total de 79'848 fr.40, notamment à titre de rémunération d'heures de travail supplémentaires, compensation de vacances non prises en nature et indemnité pour licenciement abusif. Elle devait aussi être condamnée à remettre une montre du modèle ... neuve et en parfait état de marche, ainsi qu'un certificat de travail. Les sommes réclamées devaient porter intérêts au taux de 5% par an dès diverses dates.
Un accord fut trouvé au sujet du certificat de travail; pour le surplus, les défenderesses ont conclu au rejet de l'action ou à l'irrecevabilité de la demande.
Après audition de divers témoins, le tribunal s'est prononcé le 20 juillet 2010. Il a rejeté l'action intentée à A._ SA. Il a partiellement accueilli celle intentée à B._ SA et il a condamné cette partie à payer 5'206 fr.20 à titre de rémunération d'heures supplémentaires et compensation de vacances non prises, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 1er juin 2009.
La Chambre des prud'hommes de la Cour de justice a statué le 10 janvier 2012 sur l'appel du demandeur. Celui-ci persistait dans ses conclusions initiales et les défenderesses concluaient au rejet de l'appel. La Cour a condamné A._ SA à payer le montant de 14'000 fr. réclamé pour solde de rémunération du travail à domicile, avec intérêts dès le 1er janvier 2005. Elle a condamné B._ SA à payer 811 fr.20 pour rémunération d'heures de travail supplémentaires, 5'322 fr.80 pour compensation de vacances non prises et 17'095 fr., soit deux mois de salaire, à titre d'indemnité pour licenciement abusif. Ces trois sommes portent intérêts dès le 31 mai 2009.
C. Agissant conjointement par la voie du recours en matière civile, les défenderesses requièrent le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Cour de justice en ce sens que B._ SA (recte: A._ SA) ne doive aucun complément de rémunération pour le travail à domicile et que B._ SA ne doive aucune indemnité pour licenciement abusif; à titre subsidiaire, elles demandent que cette indemnité soit réduite au montant de 2'849 fr.10.
Le demandeur conclut au rejet du recours, dans la mesure où celui-ci est recevable.

Considérant en droit:
1. Les conclusions des défenderesses relatives au complément de rémunération pour le travail à domicile comportent une erreur de plume immédiatement apparente quant à la partie débitrice; en tant qu'une équivoque subsiste, l'erreur doit être rectifiée d'après la motivation relative aux conclusions concernées (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 136; <ref-ruling> consid. 1 p. 127). Contrairement à l'opinion du demandeur, cette erreur n'entraîne pas l'irrecevabilité du recours sur la prétention en cause.
2. Dans les affaires pécuniaires concernant le droit du travail, le recours en matière civile est recevable à condition que la valeur litigieuse s'élève à 15'000 fr. au moins (art. 74 al. 1 let. a LTF). Cette valeur est déterminée d'après les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF). Pour le calcul de la valeur litigieuse, les divers chefs de conclusions formés par ou contre des consorts sont additionnés, à moins qu'ils ne s'excluent (art. 52 LTF). Selon la jurisprudence, les conclusions doivent avoir été effectivement réunies en instance cantonale et être l'objet d'une décision unique intervenue dans la même procédure. Il faut en outre que les demandeurs ou les défendeurs aient qualité de consorts aux termes de l'art. 24 al. 2 let. b PCF (<ref-ruling> consid. 6a p. 70). Selon cette dernière disposition, plusieurs personnes peuvent agir comme demanderesses ou être recherchées comme défenderesses dans la même demande si le litige porte sur des prétentions de même nature, reposant sur une cause matérielle et juridique essentiellement de même nature.
En l'occurrence, le complément de rémunération pour le travail à domicile et l'indemnité pour licenciement abusif se rapportent aux mêmes rapports de travail, nonobstant la substitution d'employeuse convenue dès le 1er janvier 2007, de sorte que les conditions précitées doivent être tenues pour satisfaites. Il en résulte que la valeur litigieuse minimale est atteinte aussi pour le complément de rémunération au montant de 14'000 fr. que A._ SA conteste devoir payer.
3. Pour le surplus, le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF) et susceptible du recours en matière civile (art. 72 al. 1 LTF). Ses auteurs ont pris part à l'instance précédente et succombé dans leurs conclusions (art. 76 al. 1 LTF). Le mémoire de recours a été introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et il satisfait aux exigences légales (art. 42 al. 1 à 3 LTF).
Le recours est ouvert pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (art. 106 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254), et il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF); les allégations de fait et les moyens de preuve nouveaux sont en principe irrecevables (art. 99 al. 1 LTF). Le tribunal peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires aux termes de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 252), ou établies en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
4. Il est constant que les défenderesses se sont l'une après l'autre liées au demandeur par un contrat de travail aux termes de l'art. 319 CO. En confiant au demandeur un travail à domicile distinct de l'activité habituellement fournie dans les locaux de l'entreprise, au printemps de 2004, A._ SA s'est au surplus liée par un contrat de travail à domicile selon l'art. 351 CO.
5. La contestation porte notamment sur la rétribution de ce travail à domicile.
En règle générale, selon l'art. 322 al. 1 CO, l'employeur doit verser au travailleur le salaire convenu, usuel ou fixé par un contrat-type ou une convention collective de travail. Dans le contrat de travail à domicile, l'art. 351a al. 1 et 2 CO impose à l'employeur d'indiquer le salaire par écrit avant d'attribuer le travail (al. 1); à défaut d'indication écrite avant la remise du travail, les conditions usuelles sont applicables (al. 2).
Selon les défenderesses, pour le travail à domicile de 2004, A._ SA a promis un montant de 6'000 fr. que celle-ci a effectivement versé; selon le demandeur, un montant de 20'000 fr. avait été convenu et l'employeuse restait donc débitrice de 14'000 francs.
La Cour de justice n'a pas constaté l'existence d'une convention ou d'un autre document écrit, antérieur à la remise du travail, prévoyant une rémunération de 20'000 francs. Elle n'a pas non plus établi la nature ni l'ampleur du travail confié, ni en quoi devait consister le produit à livrer par le demandeur conformément à l'art. 352 al. 1 CO, ni quel produit ce travailleur a effectivement livré, ni quelles sont, à supposer qu'elles existent, les conditions usuelles spécifiquement applicables à un travail du genre concerné. D'après quelques éléments qui ressortent de la décision attaquée, on peut seulement présumer que le demandeur s'est chargé d'un travail en rapport avec la conception ou le développement d'un mécanisme d'horlogerie.
La Cour fonde son jugement sur l'un des témoignages recueillis par le Tribunal de prud'hommes. Elle rapporte cette déclaration comme suit: « Il aurait fallu payer un montant de l'ordre de 30'000 à 35'000 fr. pour le développement du module sur lequel [le demandeur] a travaillé. » La Cour en déduit que le montant de 20'000 fr. réclamé par ce dernier est « parfaitement crédible ». Or, le témoignage ne fait état ni d'une convention écrite relative au salaire, conclue par avance entre les parties, ni d'un travail concrètement accompli par le demandeur et valant 20'000 fr. d'après des conditions usuelles. Sans plus de précisions, l'appréciation même chiffrée d'un témoin, relative aux frais que l'employeuse aurait encourus si elle avait fait accomplir autrement la mission concernée, ne permet pas de condamner A._ SA à verser un complément de rémunération sur la base des art. 322 al. 1 ou 351a CO. Sur ce chef de la décision attaquée, le recours se révèle fondé et doit être admis.
6. La contestation porte également sur l'indemnité pour licenciement abusif correspondant à deux mois de salaire.
6.1 La résiliation ordinaire du contrat de travail est abusive lorsqu'elle intervient dans l'une des situations énumérées à l'art. 336 al. 1 CO, lesquelles se rapportent aux motifs de la partie qui résilie. Cette disposition restreint, pour chaque cocontractant, le droit de mettre unilatéralement fin au contrat (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 514/515; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 118; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 539 in medio). L'énumération de l'art. 336 al. 1 CO n'est d'ailleurs pas exhaustive et un abus du droit de résiliation peut se révéler aussi dans d'autres situations qui apparaissent comparables, par leur gravité, aux hypothèses expressément visées <ref-ruling> ibidem; <ref-ruling> consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 4 p. 537).
Lorsque l'une des parties a résilié abusivement le contrat, l'art. 336a al. 1 et 2 CO autorise l'autre partie à réclamer une indemnité dont le juge fixe librement le montant en tenant compte de toutes les circonstances; cette indemnité ne peut toutefois pas excéder l'équivalent de six mois de salaire.
6.2 A l'appui de ses prétentions, le demandeur soutenait que B._ SA l'a licencié parce qu'il avait pris part à une demi-matinée de grève au mois de juin 2008. La Cour de justice a au contraire acquis la conviction que cet épisode ne se trouvait pas à l'origine du congé et que l'employeuse s'est effectivement séparée du demandeur pour le motif avancé par elle, soit en raison de difficultés économiques qui ont entraîné l'abandon du projet commercial et industriel auquel ce collaborateur était affecté. Ce point de fait n'est plus contesté devant le Tribunal fédéral.
Subsidiairement, le demandeur faisait grief à l'employeuse de n'avoir pas respecté les art. 6.6 et 6.7 de la convention collective, qui se lisent comme suit:
Art. 6.6 Reclassements internes
1 Avant de procéder à un licenciement pour raison économique, l'employeur offrira aux travailleurs en cause toutes les possibilités de se réadapter à d'autres emplois disponibles ou à de nouveaux postes de travail de qualification équivalente prévus dans l'entreprise.
2 ...
Art. 6.7 Reclassements externes
1 Les parties contractantes s'efforceront, dans toute la mesure du possible, de procurer aux travailleurs licenciés des emplois à des conditions correspondantes et situés dans la région.
2 Elles s'efforceront d'organiser si nécessaire, dans les régions horlogères, éventuellement avec les pouvoirs publics:
- des cours de réadaptation professionnelle et d'initiation aux nouvelles techniques industrielles de nature à favoriser le reclassement de la main-d'oeuvre;
- un service de placement paritaire.
La Cour de justice constate que les défenderesses n'ont rien tenté en vue du reclassement du demandeur et elle relève que l'un des cadres du groupe, entendu en qualité de témoin, n'était pas informé de l'obligation de reclasser ce travailleur. Elle en conclut que les clauses précitées de la convention ont été violées et elle juge que la situation était suffisamment grave pour être comparée aux cas de licenciement abusifs visés par l'art. 336 CO. En conséquence, elle alloue au demandeur une indemnité qu'elle évalue à deux mois de salaire.
6.3 Les défenderesses font valoir que B._ SA, à la différence de A._ SA, n'est pas membre d'une organisation patronale partie à la convention collective de travail et qu'elle n'est donc pas liée par cette convention. Cette objection est inopérante en tant que par une clause expresse du contrat individuel du demandeur, celui-ci et sa nouvelle employeuse ont convenu d'intégrer la convention à ce contrat. La Cour de justice n'a pas constaté le libellé exact de la clause d'intégration et les défenderesses tentent donc vainement d'en discuter la portée.
Pour le surplus, celles-ci contestent avoir violé les art. 6.6 et 6.7 de la convention collective.
6.4 L'art. 6.6 de la convention concerne les reclassements à l'intérieur de l'entreprise où survient un licenciement pour raisons économiques. Cette règle suppose qu'il y existe « d'autres emplois disponibles » ou que l'employeur prévoie la création de « nouveaux postes de travail de qualification équivalente ».
La Cour de justice n'a opéré aucune constatation de fait qui correspondrait à l'une ou à l'autre de ces prémisses. Elle a seulement établi que l'abandon du projet commercial auquel le demandeur était affecté a entraîné le licenciement de « deux à quatre personnes » et qu'un collaborateur en sus de ce nombre a été réengagé, c'est-à-dire reclassé, par A._ SA. Selon les témoins dont la Cour a pris les déclarations en considération pour élucider le motif du congé, le poste reçu par ledit collaborateur ne pouvait guère être attribué au demandeur en raison des compétences qui y étaient requises, et par ailleurs, il n'existait aucun poste où le demandeur pût être reclassé.
Au motif que le groupe A._ SA comptait près d'un millier de travailleurs en Suisse, la Cour juge « peu vraisemblable que même moyennant des mesures de reclassement, les [défenderesses] n'aient pas été en mesure de formuler la moindre proposition de reclassement [au demandeur] ». A elle seule, cette appréciation très superficielle ne suffit pas à mettre en évidence une violation de l'art. 6.6 de la convention.
A la différence de cette disposition-ci, l'art. 6.7 du même texte, au libellé différent, n'impose pas d'obligations à « l'employeur » mais aux « parties contractantes ». Cela signifie que dans le système de la convention collective, l'art. 6.7 n'appartient pas aux clauses dites normatives (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 284) visant la conclusion, l'objet et la fin des contrats individuels de travail selon l'art. 356 al. 1 CO, mais à celles destinées à obliger exclusivement les organisations d'employeurs et de travailleurs qui ont conclu la convention, selon l'art. 356 al. 2 et 3 CO. Bien que la convention soit intégrée au contrat individuel du demandeur, celui-ci n'a pas pu croire de bonne foi, selon le principe de la confiance qui régit l'interprétation des manifestations de volontés entre cocontractants (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 412; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 681), que dans l'éventualité d'un licenciement économique, son employeuse s'obligeait à lui chercher une possibilité de reclassement aussi à l'extérieur de l'entreprise et du groupe.
Il s'ensuit que contrairement au jugement de la Cour, B._ SA n'a pas violé les art. 6.6 et 6.7 de la convention. Il est donc d'emblée exclu que le licenciement du demandeur puisse être jugé abusif en raison d'une violation de ces clauses contractuelles.
6.5 En tant que, comme en l'espèce, un accord spécifique des parties soumet la résiliation du contrat individuel de travail à des conditions ou modalités particulières, il semble que l'éventuelle violation de ces conditions ou modalités doive soit entraîner l'invalidité du congé, soit engager la responsabilité contractuelle de la partie en faute; il est en revanche douteux que la partie lésée puisse se prévaloir d'un licenciement abusif selon l'art. 336 CO. En d'autres termes, il est douteux que l'accord des parties puisse créer des cas supplémentaires de licenciement abusif. Il n'est pas toutefois nécessaire de discuter cette question car les défenderesses ne doivent de toute manière aucune indemnité à leur adverse partie et leur recours doit être admis sur ce point également.
7. La rémunération d'heures de travail supplémentaires et la compensation de vacances non prises ne sont plus litigieuses en instance fédérale, de sorte que les montants alloués par la Cour de justice doivent être confirmés.
A titre de partie qui succombe, le demandeur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral et les dépens auxquels les défenderesses peuvent prétendre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt de la Cour de justice est réformé en ce sens que l'action intentée à A._ SA est rejetée et que B._ SA doit payer au demandeur 811 fr.20 pour rémunération d'heures de travail supplémentaires et 5'322 fr.80 pour compensation de vacances non prises, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 31 mai 2009.
2. Le demandeur acquittera un émolument judiciaire de 2'000 francs.
3. Le demandeur versera une indemnité de 2'500 fr. aux défenderesses, créancières solidaires, à titre de dépens.
4. La cause est renvoyée à la Cour de justice pour statuer à nouveau sur les frais de l'appel.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 3 juillet 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Klett
Le greffier: Thélin