Sachverhalt:
A. A.a Der 1942 geborene B._ schloss als Geschäftsführer der X._ GmbH am 15. Januar 1996 mit der Sammelstiftung BVG der ELVIA Leben Schweizerische Lebensversicherungs-Gesellschaft (heute: Sammelstiftung BVG der Allianz Suisse Lebensversicherungs-Gesellschaft [nachfolgend: Sammelstiftung]) einen Anschlussvertrag zur Durchführung der beruflichen Vorsorge ab 1. Oktober 1995.
Am 20. April 1996 erlitt B._ einen Unfall. In der Folge richtete ihm die Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft aus der obligatorischen Unfallversicherung und aus einer betrieblichen UVG-Zusatzversicherung bis 31. März 2005 Taggelder aus. Bei einem Invaliditätsgrad von 100 % bezog er ab 1. April 1997 eine ganze Rente der Invalidenversicherung sowie ab 1. April 2005 eine Komplementärrente der Unfallversicherung.
A.b Mit Entscheid vom 31. Dezember 2007 verpflichtete das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Sammelstiftung" dem Versicherten ab 20. Februar 2001 eine auf einem Invaliditätsgrad von 100 % basierende Invalidenrente der obligatorischen beruflichen Vorsorge auszurichten. Das Bundesgericht änderte den vorgenannten kantonalen Entscheid mit Urteil vom 23. Juli 2008 (9C_115+134/2008) insofern ab, als es ergänzte, dass die zugesprochene Invalidenrente unter dem Vorbehalt einer Überentschädigung stehe und dass ab dem Jahre 1997 bis zum Rücktrittsalter des Versicherten die gesetzlichen Altersgutschriften auf einem koordinierten Lohn mit Obergrenze von Fr. 69'840.- zu berücksichtigen seien.
B. Am 18. März 2009 liess B._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich (erneut) Klage erheben mit folgenden Rechtsbegehren:
1. Es sei die Beklagte zu verpflichten, dem Kläger Invalidenrentenleistungen nach BVG basierend auf einem koordinierten Lohn von Fr. 69'840.- im Jahre 1997 für die Zeitperiode von Februar 2001 bis und mit September 2007 zuzusprechen, ohne dass auf den Rentenbetreffnissen eine Kürzung wegen Überentschädigung vorzunehmen sei.
2. Es sei die Beklagte zu verpflichten, die nachzuzahlenden Invalidenrentenbetreffnisse mit Wirkung ab jeweiligem Fälligkeitstag mit 5 % p.a. zu verzinsen, frühestens ab Datum der ersten Klage vom 20. Februar 2006. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Beklagten.
In der Klageantwort vom 29. Mai 2009 schloss die Sammelstiftung auf Abweisung der Klage. In Replik und Duplik hielten die Parteien an ihren Rechtsbegehren fest.
Mit Entscheid vom 16. Oktober 2010 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Klage ab, soweit es darauf eintrat.
C. B._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, wobei er die Aufhebung des Entscheides vom 16. Oktober 2010 verlangt und die im vorinstanzlichen Verfahren gestellten Anträge wiederholt.
Die Sammelstiftung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. 2.1 Zu beurteilen sind ausschliesslich Leistungen der obligatorischen beruflichen Vorsorge. Das kantonale Gericht hat bereits im Entscheid vom 31. Dezember 2007 zutreffend festgehalten, dass kein Anspruch auf überobligatorische Leistungen besteht, weil solche gemäss Ziff. 3.2.1 Abs. 3 des Vorsorgereglements der Sammelstiftung ausgeschlossen sind, wenn - was vorliegend unbestritten ist - der Versicherungsfall auf einen Unfall zurückzuführen ist.
2.2 Das Bundesgericht hat mit Urteil vom 23. Juli 2008 die vom kantonalen Gericht festgelegte grundsätzliche Leistungspflicht der Sammelstiftung bestätigt, gleichzeitig aber festgehalten, dass die zugesprochene Invalidenrente unter dem Vorbehalt einer Überentschädigung steht.
3. 3.1 Im vorliegenden Verfahren ist somit einzig strittig, ob eine Überentschädigung besteht und demzufolge die Rentenleistungen der Vorsorgeeinrichtung zu kürzen sind.
3.2 Der Bundesrat erlässt laut Art. 34a Abs. 1 BVG Vorschriften zur Verhinderung ungerechtfertigter Vorteile des Versicherten oder seiner Hinterlassenen beim Zusammentreffen mehrerer Leistungen. Gestützt darauf bestimmt Art. 24 Abs. 1 BVV 2, dass die Vorsorgeeinrichtung die Hinterlassenen- und Invalidenleistungen kürzen kann, soweit sie zusammen mit anderen anrechenbaren Einkünften 90 Prozent des mutmasslich entgangenen Verdienstes übersteigen. Als anrechenbare Einkünfte gelten Leistungen gleicher Art und Zweckbestimmung, die der anspruchsberechtigten Person aufgrund des schädigenden Ereignisses ausgerichtet werden, wie Renten oder Kapitalleistungen mit ihrem Rentenumwandlungswert in- und ausländischer Sozialversicherungen und Vorsorgeeinrichtungen, mit Ausnahme von Hilflosenentschädigungen, Abfindungen und ähnlichen Leistungen. Bezügern von Invalidenleistungen wird überdies das weiterhin erzielte oder zumutbarerweise noch erzielbare Erwerbs- oder Ersatzeinkommen angerechnet (Art. 24 Abs. 2 BVV 2).
3.3 Kantonales Gericht und Beschwerdegegnerin gelangen unter Anrechnung der Leistungen der Eidgenössischen Invalidenversicherung (IV), der Unfallversicherung und eines von der Arbeitgeberin des Versicherten - der X._ GmbH - ausbezahlten Lohnes zum Ergebnis, dass eine Überentschädigung bestehe, weshalb die Rentenleistungen aus der beruflichen Vorsorge in den Jahren 2001 bis 2003 zu kürzen und in den Jahren 2005 bis 2007 abzulehnen seien.
3.4 Der Beschwerdeführer ist demgegenüber der Auffassung, der von der X._ GmbH ausbezahlte Lohn sei bei der Überentschädigungsberechnung nicht oder nur zu einem kleinen Teil anzurechnen, weil es sich dabei im Wesentlichen um weitergeleitete Leistungen des Unfallversicherers gehandelt habe. Die UVG-Leistungen (bis 2005 Taggelder, dann Renten) seien in Anwendung von <ref-law> der Arbeitgeberfirma ausbezahlt und von dieser dem Beschwerdeführer als Lohn ausgerichtet worden (Beschwerde Ziff. 10). Der Beschwerdeführer lässt im Weiteren rügen, das Reglement der Beschwerdegegnerin sei eine untaugliche Grundlage für die Anrechnung eines Erwerbseinkommens (Beschwerde Ziff. 13).
3.5 Das Vorsorgereglement der Sammelstiftung BVG der ELVIA Leben vom 24. Oktober 1995 sieht vor, dass Hinterlassenen- und Invaliditätsleistungen gekürzt werden, wenn sie mit "von Gesetzes wegen anrechenbaren anderen Einkünften zusammentreffen" und soweit sie mit diesen 90 % des mutmasslich entgangenen Verdienstes übersteigen (Ziff. 3.2.4 des Reglements). Gemäss Art. 24 Abs. 2 BVV 2 ist Bezügern von Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge unter anderem das weiterhin erzielte Erwerbseinkommen bei der Überentschädigungsberechnung anzurechnen. Die Reglementsbestimmung bedeutet demzufolge, dass die in Art. 24 Abs. 2 BVV 2 aufgeführten Einkünfte zu berücksichtigen sind, mithin auch das erzielte Erwerbseinkommen. Der Verweis auf "die von Gesetzes wegen anrechenbaren anderen Einkünfte" ist eine klare und auch sinnvolle Regelungstechnik. Mit dem kantonalen Gericht ist die Bestimmung dabei so auszulegen, dass der Verweis nicht nur die (formelle) Gesetzesnorm von Art. 34a BVG, sondern auch die darauf fussende Verordnungsbestimmung von Art. 24 BVV 2 einbezieht. Entgegen der Meinung des Beschwerdeführers würde es nicht genügen, in der Reglementsbestimmung über die Überentschädigung nur das Erwerbseinkommen zu erwähnen; ohne Verweis auf das Gesetz müssten vielmehr alle in Art. 24 Abs. 2 BVV 2 angeführten Einkünfte genannt werden. Der Rüge des Beschwerdeführers, das Reglement enthalte ein unklare und unverständliche Regelung, ist höchstens insofern beizupflichten, als es in der Tat für eine im Umgang mit Versicherungsbedingungen wenig erfahrenen und mit der gesetzlichen Regelung wenig vertrauten Leserschaft nicht einfach ist, die einschlägigen Bestimmungen in Gesetz oder Verordnung zu finden. Weil es im vorliegenden Fall im Wesentlichen nur um eine einzelne Bestimmung geht, wäre ein Hinweis - beispielsweise die Erwähnung in einer Klammer - auf diese einschlägige Verordnungsbestimmung an sich wünschbar. Dies würde zur besseren Lesbarkeit und Verständlichkeit der Reglementsbestimmung beitragen, ändert aber nichts daran, dass sie auch in der vorliegenden Form eine genügende und hinreichend klare Grundlage für eine Überentschädigungskürzung darstellt.
3.5 Das Vorsorgereglement der Sammelstiftung BVG der ELVIA Leben vom 24. Oktober 1995 sieht vor, dass Hinterlassenen- und Invaliditätsleistungen gekürzt werden, wenn sie mit "von Gesetzes wegen anrechenbaren anderen Einkünften zusammentreffen" und soweit sie mit diesen 90 % des mutmasslich entgangenen Verdienstes übersteigen (Ziff. 3.2.4 des Reglements). Gemäss Art. 24 Abs. 2 BVV 2 ist Bezügern von Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge unter anderem das weiterhin erzielte Erwerbseinkommen bei der Überentschädigungsberechnung anzurechnen. Die Reglementsbestimmung bedeutet demzufolge, dass die in Art. 24 Abs. 2 BVV 2 aufgeführten Einkünfte zu berücksichtigen sind, mithin auch das erzielte Erwerbseinkommen. Der Verweis auf "die von Gesetzes wegen anrechenbaren anderen Einkünfte" ist eine klare und auch sinnvolle Regelungstechnik. Mit dem kantonalen Gericht ist die Bestimmung dabei so auszulegen, dass der Verweis nicht nur die (formelle) Gesetzesnorm von Art. 34a BVG, sondern auch die darauf fussende Verordnungsbestimmung von Art. 24 BVV 2 einbezieht. Entgegen der Meinung des Beschwerdeführers würde es nicht genügen, in der Reglementsbestimmung über die Überentschädigung nur das Erwerbseinkommen zu erwähnen; ohne Verweis auf das Gesetz müssten vielmehr alle in Art. 24 Abs. 2 BVV 2 angeführten Einkünfte genannt werden. Der Rüge des Beschwerdeführers, das Reglement enthalte ein unklare und unverständliche Regelung, ist höchstens insofern beizupflichten, als es in der Tat für eine im Umgang mit Versicherungsbedingungen wenig erfahrenen und mit der gesetzlichen Regelung wenig vertrauten Leserschaft nicht einfach ist, die einschlägigen Bestimmungen in Gesetz oder Verordnung zu finden. Weil es im vorliegenden Fall im Wesentlichen nur um eine einzelne Bestimmung geht, wäre ein Hinweis - beispielsweise die Erwähnung in einer Klammer - auf diese einschlägige Verordnungsbestimmung an sich wünschbar. Dies würde zur besseren Lesbarkeit und Verständlichkeit der Reglementsbestimmung beitragen, ändert aber nichts daran, dass sie auch in der vorliegenden Form eine genügende und hinreichend klare Grundlage für eine Überentschädigungskürzung darstellt.
3.6 3.6.1 Das kantonale Gericht hat in tatsächlicher Hinsicht in für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen Weise festgestellt, dass die Leistungen der Unfallversicherung in den Jahren 2001 bis 2007 deutlich über den von der X._ GmbH ausgerichteten Lohnzahlungen lagen, ja diese in gewissen Jahren sogar um mehr als das Doppelte überstiegen. Es hat daraus gefolgert, dass es sich bei den fraglichen Lohnzahlungen nicht um bloss Weiterleitung von Unfallversicherungsleistungen handeln könne (Entscheid S. 5). Diese Einschätzung erweist sich auch im Lichte der Darlegungen des Beschwerdeführers, welcher sich auf den Standpunkt stellt, bei den Lohnzahlungen handle es sich bis auf wenige Tausend Franken jeweils um weitergeleitete Leistungen der Unfallversicherung, nicht als offensichtlich unrichtig. Aus der vom Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren eingereichten Zusammenstellung über seine Einkünfte in den Jahren 2002 bis 2007, welche von der von der Beschwerdegegnerin erstellten Aufstellung nur insoweit differiert als für das Jahr 2002 ein handschriftlich korrigiertes Salär von Fr. 34'000.- statt der ursprünglich eingesetzten Fr. 30'000.- angegeben wird, ergibt sich, dass während des Bezuges von Taggeldleistungen der Unfallversicherung das ausbezahlte Salär jeweils um ca. 25 % unter den UV-Taggeldern lag (im Jahre 2002 etwas weniger); als dem Versicherten ab dem Jahre 2005 eine UV-Rente ausgerichtet wurde, machte das ausbezahlte Salär noch knapp die Hälfte der UV-Rentenleistungen aus. Bemerkenswert ist dabei die Tatsache, dass die höheren UV-Leistungen nicht zu einer Anhebung des Salärs führten, was gegen die Annahme spricht, es seien jeweils lediglich UV-Leistungen weitergeleitet worden.
3.6.2 Den Akten lässt sich im Weiteren entnehmen, dass sich für die ausgerichteten Lohnzahlungen eine von den UVG-Leistungen unabhängige Begründung finden lässt bzw. eine solche sogar eindeutig im Vordergrund steht. In der massgeblichen Zeitperiode war der Beschwerdeführer nämlich nicht vollständig arbeitsunfähig. Gemäss dem Gutachten der Klinik Y._ vom 27. Februar 2004 bestand in seinem Beruf als Sicherheitsberater eine 30%ige Restarbeitsfähigkeit. Während der im vorliegenden Verfahren interessierenden Periode entwickelte die X._ GmbH, in welcher der Beschwerdeführer Mehrheitsgesellschafter und einziger und einzelzeichnungsberechtigter Gesellschafter war, eine gewisse, wenn auch beschränkte Geschäftstätigkeit. Den vom Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren und nun auch - gleichlautend - im bundesgerichtlichen Verfahren eingereichten (unvollständigen) Bilanzen und Erfolgsrechnungen der X._ GmbH für die Jahre 2001, 2004 und 2006 lässt sich unter Berücksichtigung der jeweils ausgewiesenen Zahlen der Vorjahre entnehmen, dass neben den Leistungen der Unfallversicherung auch sogenannte "Dienstleistungserträge" eingingen, welche 2001 Fr. 32'910.50, 2003 Fr. 15'447.10, 2004 Fr. 12'760.30, 2005 Fr. 3'384.10 und 2006 Fr. 13'349.45 (Angaben zum Jahr 2002 fehlen) betrugen. Auch wenn diese Erträge im Laufe der Jahre tendenziell rückläufig waren und tiefer als die ausbezahlten Saläre (Fr. 32'000.- im Jahre 2001, Fr. 34'000.- [?] im Jahre 2002 und Fr. 30'000.- in den Folgejahren) ausfielen, spricht doch vieles dafür, dass das ausbezahlte Salär in Abgeltung der vom Beschwerdeführer offenbar weiterhin für die X._ GmbH erbrachten Arbeitsleistungen erfolgten. Diese Vermutung wird dadurch erhärtet, dass das 2001 ausbezahlte und in der Folge nur noch unwesentlich veränderte Salär in jenem Jahr in etwa dem Ertrag aus den Dienstleistungen entsprach. Zum gleichen Schluss führt auch die Überlegung, dass der ausbezahlte Lohn von Fr. 30'000.- berechnet auf einem vom Versicherten ohne Unfall mutmasslich erzielten Jahresverdienst von etwas über Fr. 100'000.- (vgl. dazu die Berechnung der UVG-Rente, bei welcher von einem versicherten Verdienst im Jahre 2005 von Fr. 106'800.- ausgegangen wird) in etwa dem aus medizinischer Sicht noch zumutbaren Arbeitspensum von 30 % entspricht. Insgesamt kann also mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass es sich bei dem von der X._ GmbH ausbezahlten Salär von Fr. 30'000.- um eine Entschädigung für erbrachte Arbeitsleistungen und nicht einfach um eine Weiterleitung von UVG-Leistungen handelte. Die tatsächliche Feststellung des kantonalen Gerichts, es bestehe kein relevanter Zusammenhang zwischen UVG-Leistungen und Lohnzahlungen der X._ GmbH bleibt daher für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>).
3.6.2 Den Akten lässt sich im Weiteren entnehmen, dass sich für die ausgerichteten Lohnzahlungen eine von den UVG-Leistungen unabhängige Begründung finden lässt bzw. eine solche sogar eindeutig im Vordergrund steht. In der massgeblichen Zeitperiode war der Beschwerdeführer nämlich nicht vollständig arbeitsunfähig. Gemäss dem Gutachten der Klinik Y._ vom 27. Februar 2004 bestand in seinem Beruf als Sicherheitsberater eine 30%ige Restarbeitsfähigkeit. Während der im vorliegenden Verfahren interessierenden Periode entwickelte die X._ GmbH, in welcher der Beschwerdeführer Mehrheitsgesellschafter und einziger und einzelzeichnungsberechtigter Gesellschafter war, eine gewisse, wenn auch beschränkte Geschäftstätigkeit. Den vom Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren und nun auch - gleichlautend - im bundesgerichtlichen Verfahren eingereichten (unvollständigen) Bilanzen und Erfolgsrechnungen der X._ GmbH für die Jahre 2001, 2004 und 2006 lässt sich unter Berücksichtigung der jeweils ausgewiesenen Zahlen der Vorjahre entnehmen, dass neben den Leistungen der Unfallversicherung auch sogenannte "Dienstleistungserträge" eingingen, welche 2001 Fr. 32'910.50, 2003 Fr. 15'447.10, 2004 Fr. 12'760.30, 2005 Fr. 3'384.10 und 2006 Fr. 13'349.45 (Angaben zum Jahr 2002 fehlen) betrugen. Auch wenn diese Erträge im Laufe der Jahre tendenziell rückläufig waren und tiefer als die ausbezahlten Saläre (Fr. 32'000.- im Jahre 2001, Fr. 34'000.- [?] im Jahre 2002 und Fr. 30'000.- in den Folgejahren) ausfielen, spricht doch vieles dafür, dass das ausbezahlte Salär in Abgeltung der vom Beschwerdeführer offenbar weiterhin für die X._ GmbH erbrachten Arbeitsleistungen erfolgten. Diese Vermutung wird dadurch erhärtet, dass das 2001 ausbezahlte und in der Folge nur noch unwesentlich veränderte Salär in jenem Jahr in etwa dem Ertrag aus den Dienstleistungen entsprach. Zum gleichen Schluss führt auch die Überlegung, dass der ausbezahlte Lohn von Fr. 30'000.- berechnet auf einem vom Versicherten ohne Unfall mutmasslich erzielten Jahresverdienst von etwas über Fr. 100'000.- (vgl. dazu die Berechnung der UVG-Rente, bei welcher von einem versicherten Verdienst im Jahre 2005 von Fr. 106'800.- ausgegangen wird) in etwa dem aus medizinischer Sicht noch zumutbaren Arbeitspensum von 30 % entspricht. Insgesamt kann also mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass es sich bei dem von der X._ GmbH ausbezahlten Salär von Fr. 30'000.- um eine Entschädigung für erbrachte Arbeitsleistungen und nicht einfach um eine Weiterleitung von UVG-Leistungen handelte. Die tatsächliche Feststellung des kantonalen Gerichts, es bestehe kein relevanter Zusammenhang zwischen UVG-Leistungen und Lohnzahlungen der X._ GmbH bleibt daher für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>).
3.7 3.7.1 In rechtlicher Hinsicht beruft sich der Beschwerdeführer auf <ref-law> und macht geltend, die Leistungen der Unfallversicherung seien der X._ GmbH als seiner Arbeitgeberin ausbezahlt worden und kämen dieser zu; sie könnten deshalb bei einer die versicherte Person betreffenden Überentschädigungsberechnung nicht berücksichtigt werden.
3.7.2 Gemäss der angerufenen Gesetzesbestimmung, welche im Bereich der obligatorischen beruflichen Vorsorge nicht anwendbar ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl., Art. 2 N. 22), kommen Taggelder und ähnliche Entschädigungen in dem Ausmass dem Arbeitgeber zu, als er der versicherten Person trotz der Taggeldberechtigung Lohn zahlt. In Ergänzung zu dieser Regel werden die obligatorischen Unfallversicherer in <ref-law> ermächtigt, die Auszahlung der Taggelder dem Arbeitgeber zu übertragen. Mit dieser Regelung hat der Gesetzgeber eine gesetzliche Grundlage für die Drittauszahlung von Taggeldern an die Arbeitgeber statt an den Versicherten geschaffen, diese aber masslich auf das Ausmass der Lohnzahlung der Arbeitgeber beschränkt. Die Bestimmung von <ref-law> knüpft damit an die Lohnfortzahlungspflicht des Arbeitgebers bei unverschuldeter Verhinderung des Arbeitnehmers an der Arbeitsleistung (<ref-law>) an, die von Gesetzes wegen während einer von der Dauer des Arbeitsverhältnisses abhängigen beschränkten Zeit (<ref-law>) oder während einer individual-, normal- oder gesamtarbeitsvertraglich vereinbarten längeren Zeitdauer (<ref-law>) besteht. Im Umfang der vom Arbeitgeber tatsächlich geleisteten Lohnfortzahlungen stehen ihm die für die versicherte Arbeitsunfähigkeit geschuldeten Taggeldleistungen zu. <ref-law> beinhaltet daher eine Subrogation (Legalzession) des Taggeldanspruches vom Versicherten auf den Arbeitgeber in dem Umfange, als dieser Lohnfortzahlungen für die versicherte Arbeitsunfähigkeit leistet (in <ref-ruling> nicht publizierte E. 2.3 des Urteils U 266/06 vom 28. Dezember 2006).
3.7.3 Mit dem kantonalen Gericht ist festzustellen, dass der Beschwerdeführer aus <ref-law> nichts zu seinen Gunsten ableiten kann. Diese Bestimmung setzt voraus, dass die Arbeitgeberin Lohnzahlungen für die versicherte Arbeitsunfähigkeit, für welche Taggelder ausgerichtet werden, erbringt. Diese Konstellation ist im vorliegenden Fall nicht gegeben. Es ist vielmehr - wie dargelegt - davon auszugehen, dass die Lohnzahlungen in Abgeltung der trotz Unfallfolgen noch möglichen und auch tatsächlich erbrachten Arbeitsleistungen erfolgten (vgl. oben E. 3.6). Im Übrigen ist anzumerken, dass der Arbeitgeberin Taggelder und ähnliche Entschädigungen gemäss <ref-law> nur in dem Ausmass zukommen, als sie trotz der Taggeldzahlung der versicherten Person Lohn zahlt. Im vorliegenden Fall hat die Arbeitgeberin nur einen kleinen Teil, nämlich ca. 30 % des vollen Lohnes (vgl. oben E. 3.6.2), ausbezahlt. Sie hätte also nur einen entsprechend kleinen Teil der UVG-Leistungen zu Gute, wobei ohnehin höchst fraglich ist, ob diese Bestimmung auch bei der Ausrichtung von Renten zum Zuge kommen kann. Die Arbeitgeberin hat aber die vollen Leistungen der Unfallversicherung einvernahmt. Der (grössere) überschiessende Teil würde deshalb in jedem Fall dem Beschwerdeführer zustehen. - Die Entgegennahme der UVG-Leistungen durch die Arbeitgeberin erfolgte im vorliegenden Fall nicht in Anwendung von <ref-law> im Hinblick auf die fortlaufende Lohnzahlung; es liegt keine Drittauszahlung von Taggeldern an die Arbeitgeberin vor.
3.7.4 Soweit der Beschwerdeführer schliesslich geltend macht, die Entgegennahme der UVG-Leistungen durch die Arbeitgeberin könne auch auf einer entsprechenden Bevollmächtigung durch den Beschwerdeführer beruhen (Beschwerde Ziff. 11), ist ihm entgegenzuhalten, dass die UVG-Leistungen bei Annahme einer solchen Konstellation dem Beschwerdeführer zustehen würden und ihm bei der Überentschädigungsberechnung anzurechnen wären. An der gleichzeitigen Berücksichtigung des Erwerbseinkommens würde dies nichts ändern. Anders würde es sich höchstens dann verhalten, wenn der Beschwerdeführer nachzuweisen vermöchte, dass es sich bei dem ausbezahlten Salär um weitergeleitete UVG-Leistungen handeln würde. Wie dargelegt (oben E. 3.6), ist dieser Nachweis aber nicht erbracht. Schliesslich wurden diese Zahlungen in den Erfolgsrechnungen der X._ GmbH als Lohnzahlungen verbucht und gegenüber der Sozialversicherung verabgabt (vgl. Erfolgsrechnung 2006).
3.7.5 Die Tatsache, dass die UVG-Leistungen durch die Arbeitgeberin vereinnahmt wurden, ändert also nichts daran, dass diese Leistungen dem Beschwerdeführer zustehen und deshalb ebenso wie das Erwerbseinkommen und die Leistungen der Invalidenversicherung vollumfänglich in die Überentschädigungsberechnung einzubeziehen sind.
4. 4.1 Wie der Beschwerdeführer an sich zutreffend ausführt, hat die Beschwerdegegnerin mit Schreiben vom 16. September 2005 anerkannt, dass für die Zeit ab dem 1. April 2005 keine Überentschädigung vorliegt. Das kantonale Gericht hat dazu bereits in seinem Entscheid vom 31. Dezember 2007 festgehalten, dass dies nicht bedeute, der Anspruch des Versicherten auf die zugesagte Rente stehe unwiderruflich fest; wenn es einer Vorsorgeeinrichtung gemäss Art. 35a BVG offenstehe, zu Unrecht bezogene Leistungen zurückzufordern, müsse es ihr umso mehr erlaubt sein, auch auf Leistungsversprechen zurückzukommen, wenn diese auf unrichtigen Tatsachenvorstellungen basieren. Dieser Entscheid wurde vom Bundesgericht mit Urteil vom 23. Juli 2008 im Wesentlichen bestätigt; die Frage der Anerkennung wurde in jenem bundesgerichtlichen Verfahren zwar nicht aufgeworfen. Die vom kantonalen Gericht vertretene Auffassung erweist sich aber als begründet. Der Beschwerdeführer kann aus der Anerkennung nichts zu seinen Gunsten ableiten. Die Nichtbehandlung dieses Vorbringens durch das kantonale Gericht stellt im Übrigen weder einen schwerwiegenden Verfahrensfehler noch eine ernstliche Verletzung der Begründungspflicht dar, hat das kantonale Gericht diese Frage in seinem ersten Entscheid doch bereits geprüft und das Ergebnis der Prüfung auch begründet.
4.2 Nicht zu beanstanden ist schliesslich, dass die Beschwerdegegnerin bei der Berechnung der Überentschädigung das Bruttoeinkommen berücksichtigt hat. Wie das kantonale Gericht und die Beschwerdegegnerin dazu richtig festhalten, wird auch der mutmasslich entgangene Verdienst als massgebliche Bezugsgrösse aufgrund von Bruttowerten ermittelt (vgl. ISABELLE VETTER-SCHREIBER, Kommentar Berufliche Vorsorge, Zürich 2009, N. 26 f. zu Art. 24 BVV 2).
4.3 Weil die Beschwerde und damit die Klage ohnehin abzuweisen sind, erübrigen sich Erwägungen zur Frage, ob auf das Klagebegehren, mit welchem Leistungen "ab Februar 2001" verlangt werden, hätte eingetreten werden müssen oder ob erst Leistungen ab dem 20. Februar 2001 zur Diskussion stehen konnten.
5. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Dezember 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Nussbaumer