Sachverhalt:
A. X._ wurde 1982 geboren und ist nigerianischer Staatsbürger. Er wurde am 16. Mai 2008 verhaftet und am 19. Mai 2008 mit Entscheid des Haftrichters des Haftgerichts III Bern-Mittelland wegen Widerhandlung gegen Art. 19 Ziff. 2 lit. a des Betäubungsmittelgesetzes vom 3. Oktober 1951 (BetmG; SR 812.121) in Untersuchungshaft versetzt. Am 23. Juni 2008 stellte X._ ein Haftentlassungsgesuch, das vom zuständigen Haftrichter am 4. Juli 2008 abgewiesen wurde. Am 26. September 2008 stellte er erneut ein Haftentlassungsgesuch. Dieses wurde von der Haftrichterin 2 des Haftgerichts III Bern-Mittelland mit Entscheid vom 13. Oktober 2008 abgewiesen.
B. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 13. Oktober 2008 erhob X._ Rekurs bei der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern. Er beantragte, er sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen, eventualiter sei eine angemessene Ersatzmassnahme zu verfügen. Das Obergericht wies den Rekurs mit Beschluss vom 4. November 2008 ab. Es erwog, neben dem dringenden Tatverdacht unter anderem 1 kg Kokaingemisch gekauft zu haben, seien bei X._ auch die Haftgründe der Flucht- und der Wiederholungsgefahr erfüllt. Die Anordnung von Ersatzmassnahmen komme nicht in Betracht.
C. Gegen den Entscheid des Obergerichts vom 4. November 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 26. November 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die unverzügliche Entlassung aus der Haft. Als Rügen macht er eine Verletzung von Bundes- und von Völkerrecht (Art. 95 lit. a und b BGG) sowie eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts nach <ref-law> geltend. Mit Eingabe vom 2. Dezember 2008 ersucht der Beschwerdeführer um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung.
D. Mit Entscheid des Untersuchungsrichteramts III Bern-Mittelland vom 27. November 2008, welchem der zuständige Prokurator der Staatsanwaltschaft am 2. Dezember 2008 zustimmte, wurde X._ an das Kreisgericht VIII Bern-Laupen zur Beurteilung überwiesen wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz, wegen Einführens, Erwerbens und Lagerns falschen Geldes sowie wegen In-Umlauf-Setzens von Falschgeld und Betrugs.
E. Der Prokurator der Staatsanwaltschaft III Bern-Mittelland beantragt in seiner Stellungnahme Abweisung der Beschwerde. Die Haftrichterin des Haftgerichts III Bern-Mittelland, die Untersuchungsrichterin des Untersuchungsrichteramts III Bern-Mittelland sowie die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern verzichten ausdrücklich auf eine Vernehmlassung. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit eine Replik einzureichen Gebrauch gemacht. Mit Eingabe vom 8. Dezember 2008 hält er an seinen bisherigen Ausführungen und Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Als Folge der gegen den Beschwerdeführer beim zuständigen Kreisgericht erhobenen Anklage wandelte sich die Untersuchungshaft gemäss den Bestimmungen des bernischen Prozessrechts (Art. 176 ff. des Gesetzes vom 15. März 1995 über das Strafverfahren [StrV; BSG 321.1]) in Sicherheitshaft um. Der angefochtene Entscheid, mit welchem das Gesuch des Beschwerdeführers um Entlassung aus der Untersuchungshaft abgewiesen wurde, ist damit gegenstandslos geworden. Da der Beschwerdeführer aber weiterhin in Haft bleibt, steht die Beschwerde gemäss bundesgerichtlicher Praxis dennoch zur Verfügung. Ein kantonales Rechtsmittel ist gegen den angefochtenen Entscheid nicht gegeben, weshalb die Beschwerde nach <ref-law> zulässig ist. Die übrigen Eintretenserfordernisse nach <ref-law> geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Nach bernischem Strafverfahrensrecht kann der Angeschuldigte in Untersuchungshaft versetzt werden, wenn er eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und zudem ein besonderer Haftgrund besteht wie z.B. Fluchtgefahr (Art. 176 Abs. 2 StrV). Nach Anklageerhebung vor Gericht kann unter analogen Voraussetzungen Sicherheitshaft angeordnet bzw. fortgesetzt werden (Art. 192 f. StrV). Fluchgefahr ist gegeben, wenn ernsthafte Gründe zur Annahme bestehen, die angeschuldigte bzw. angeklagte Person werde sich durch Flucht dem Strafverfahren oder einer zu erwartenden Sanktion entziehen (Art. 176 Abs. 2 Ziff. 1 StrV).
Die Sicherheitshaft muss als schwerwiegender Eingriff in das Grundrecht der persönlichen Freiheit auf einer klaren gesetzlichen Grundlage in einem Gesetz beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Die Anordnung von Sicherheitshaft wegen Fluchtgefahr ist verhältnismässig, wenn eine gewisse Wahrscheinlichkeit besteht, dass sich der Angeschuldigte, wenn er in Freiheit wäre, der Strafverfolgung und dem Vollzug der Strafe durch Flucht entziehen würde. Die Schwere der drohenden Strafe darf als ein Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden. Sie genügt jedoch für sich allein nicht, um den Haftgrund zu bejahen. Vielmehr müssen die konkreten Umstände des betreffenden Falles, insbesondere die gesamten Lebensverhältnisse des Angeschuldigten, in Betracht gezogen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 4a S. 70; je mit Hinweisen). Zu berücksichtigen sind beispielsweise die familiären und sozialen Bindungen des Häftlings, dessen berufliche, finanzielle und gesundheitliche Situation sowie Kontakte ins Ausland und Ähnliches.
Bei der Sicherheitshaft gilt - wie bei den übrigen Haftarten -, dass sie nur als ultima ratio angeordnet oder aufrechterhalten werden darf. Wo sie durch mildere Massnahmen (wie z.B. Schriftensperre oder Sicherheitsleistung) ersetzt werden kann, muss von der Anordnung oder Fortdauer der Haft abgesehen und an ihrer Stelle eine solche Ersatzmassnahme angeordnet werden (<ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 5 S. 213; <ref-ruling> E. 2c S. 271; je mit Hinweisen).
2.2 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrunds des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Angeschuldigter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen, die kantonalen Behörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (<ref-ruling> E. 3c S. 146). Auch die Prüfung der rechtlichen Qualifikation der vorgeworfenen Handlungen kann nur in derart eingeschränkter Weise erfolgen; andernfalls würde das Bundesgericht der Beurteilung durch die kantonale Strafjustiz vorgreifen.
2.2.1 Die Vorinstanz führt aus, es bestehe der dringende Tatverdacht, dass der Beschwerdeführer neben dem unbestrittenen Erwerb von 65,8 g Kokaingemisch auch 1 kg Kokaingemisch gekauft habe. Zur Begründung verweist sie weitgehend auf die Ausführungen der Untersuchungsrichterin im Antrag vom 29. September 2008 sowie auf diejenigen des Haftgerichts im Entscheid vom 13. Oktober 2008 und schliesst sich diesen an. Besonders hebt sie hervor, dass aufgrund der im Rahmen von Telefonkontrollen aufgezeichneten Gespräche erhebliche Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer insbesondere auch am Kauf von 1 kg Kokaingemisch beteiligt gewesen sei. Im Lauf der Untersuchungen hat sich der Tatverdacht derart erhärtet, dass das Untersuchungsrichteramt III Bern-Mittelland den Beschwerdeführer mit Zustimmung der zuständigen Staatsanwaltschaft an das Kreisgericht VIII Bern-Laupen zur Beurteilung überwiesen hat. Er wird vorab wegen mehrfach und mengenmässig qualifiziert begangenen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz angeklagt. Dem Beschwerdeführer wird vorgeworfen, er habe in der Zeit vom 1. bis 9. Mai 2008 in Bern und eventuell anderswo von einer unbekannten Person, eventuell von zwei Kurieren, 1 Kilogramm Kokaingemisch zum Preis von Fr. 45'000.-- gekauft und dieses an eine unbekannte Person weiterverkauft. Ausserdem habe er am 15. und 16. Mai 2008 im Hauptbahnhof Bern und evtl. im Zug auf der Linie Bern-Biel mit 65,8 g Kokaingemisch gehandelt.
2.2.2 Der Beschwerdeführer ist hinsichtlich des Vorwurfs des Handels mit 65,8 g Kokaingemisch geständig, bestreitet aber mit 1 kg Kokaingemisch gehandelt zu haben. Insbesondere bestreitet er, im massgeblichen Zeitraum über die überprüfte Rufnummer telefoniert zu haben, da er zu dieser Zeit noch nicht im Besitz des Telefons gewesen sei. Die Qualität der Aufzeichnung und die im Telefongespräch verwendete Sprache lasse zudem eine Zuordnung nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zu.
2.2.3 Das Bundesgericht hat vorliegend keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Es ist daher nicht seine Aufgabe, die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Bestreitungen im vorliegenden Zusammenhang eingehend zu prüfen. Massgebend ist hier, ob hinreichende Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen. Dies konnte von der Vorinstanz ohne Verfassungs- oder Konventionsverletzung bejaht werden, zumal gegen den Beschwerdeführer inzwischen aufgrund der bestehenden Verdachtsmomente Anklage erhoben worden ist und diese insbesondere auch den Vorwurf des Handels mit 1 kg Kokaingemisch mitumfasst.
2.2.3 Das Bundesgericht hat vorliegend keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Es ist daher nicht seine Aufgabe, die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Bestreitungen im vorliegenden Zusammenhang eingehend zu prüfen. Massgebend ist hier, ob hinreichende Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen. Dies konnte von der Vorinstanz ohne Verfassungs- oder Konventionsverletzung bejaht werden, zumal gegen den Beschwerdeführer inzwischen aufgrund der bestehenden Verdachtsmomente Anklage erhoben worden ist und diese insbesondere auch den Vorwurf des Handels mit 1 kg Kokaingemisch mitumfasst.
2.3 2.3.1 Zum Haftgrund der Fluchtgefahr führt die Vorinstanz aus, gestützt auf den dringenden Tatverdacht müsse der Beschwerdeführer mit einer zwei Jahre übersteigenden Freiheitsstrafe und deshalb zumindest mit einem teilweise unbedingten Vollzug rechnen. Angesichts der Schwere der drohenden Strafe sei ernsthaft zu befürchten, dass er sich bei Haftentlassung einer Bestrafung durch Flucht ins Ausland entziehen würde. Der Beschwerdeführer verfüge zudem über eine Jahresaufenthaltsbewilligung, deren er aufgrund des laufenden Strafverfahrens verlustig gehen könnte. Er habe keine Arbeit. Wohl lebe seine Frau in der Schweiz und sie hätten ein gemeinsames Kind. Es müsse aber bezweifelt werden, ob der Beschwerdeführer wegen seiner Familie an die Schweiz gebunden sei und ihn das auch in Anbetracht einer unbedingten Freiheitsstrafe davon abhalten würde aus der Schweiz zu fliehen. Dies umso mehr, als sich die Beziehung aufgrund des laufenden Verfahrens abgekühlt zu haben scheine. Der Beschwerdeführer verfüge zudem nach wie vor über intakte Beziehungen in sein Heimatland und diese Kontakte würden ihm eine konkrete Möglichkeit eröffnen, sich ins Ausland abzusetzen, um sich in der Schweiz der Freiheitsstrafe zu entziehen. Aufgrund dieser Sachlage müsse davon ausgegegangen werden, dass der Haftgrund der Fluchtgefahr weiterhin gegeben sei.
2.3.2 Der Beschwerdeführer hält den Ausführungen der Vorinstanz entgegen, er und seine Frau hätten ihren Lebensmittelpunkt schon seit längerer Zeit in der Schweiz bzw. in Bern. Er sei hier sozial verwurzelt und habe hier seine familiären und freundschaftlichen Bande. Im Gegensatz zum Ausland verfüge die Familie in der Schweiz über bessere berufliche, soziale und gesellschaftliche Perspektiven. Eine Flucht ins Ausland sei daher unwahrscheinlich.
2.3.3 Bei der Beurteilung der Fluchtgefahr fällt neben der empfindlichen Freiheitsstrafe, die der Beschwerdeführer bei einer Verurteilung zu gewärtigen hätte, vor allem ins Gewicht, dass er in der Schweiz keine Arbeit hat und ihm hier demnach eine entsprechende Verwurzelung fehlt. Eine Verurteilung mit einer Bestrafung in der zu erwartenden Grössenordnung dürfte zudem mit grosser Wahrscheinlichkeit den Widerruf der Aufenthaltsbewilligung nach sich ziehen. Das Bestehen von intakten Beziehungen in sein Heimatland bestreitet der Beschwerdeführer nicht. Er hat somit eine konkrete Möglichkeit, sich allenfalls mit Frau und Kind ins Ausland abzusetzen, um sich in der Schweiz der Freiheitsstrafe zu entziehen. Die Beurteilung der Vorinstanz, es bestehe weiterhin ernste Fluchtgefahr und die Fortsetzung der Haft sei daher erforderlich, ist somit nicht als verfassungs- oder konventionswidrig zu beanstanden.
2.4 Die Dauer der Untersuchungs- und Sicherheitshaft von knapp sieben Monaten steht noch nicht in grosser Nähe zur konkret zu erwartenden Strafe von mehr als zwei Jahren. Gegen den Beschwerdeführer ist zudem bereits Anklage beim zuständigen Kreisgericht erhoben worden, sodass mit einer baldigen Durchführung der Hauptverhandlung gerechnet werden kann. Die Fortsetzung der Haft erscheint daher auch nicht in zeitlicher Hinsicht als unverhältnismässig.
2.5 Hinsichtlich der Anordnung von Ersatzmassnahmen im Sinne von Art. 177 f. StrV bringt der Beschwerdeführer keine Rügen vor und es ist auch nicht ersichtlich, mit welchen milderen Massnahmen als der Aufrechterhaltung der Haft der Fluchtgefahr ausreichend begegnet werden könnte.
3. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG), ist dem Begehren stattzugeben. Es sind daher keine Gerichtskosten zu erheben und dem Rechtsvertreter ist eine angemessene Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Roger Lerf, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Haftgericht III Bern-Mittelland, dem Untersuchungsrichteramt III Bern-Mittelland, der Staatsanwaltschaft III Bern-Mittelland sowie dem Obergericht des Kantons Bern, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler