Sachverhalt:
A. A.a Mit Verfügung vom 17. Oktober 2002 sprach die IV-Stelle des Kantons Zug der 1968 geborenen B._ mit Wirkung ab 1. Dezember 1998 eine ganze Invalidenrente zu.
A.b Im August 2005 leitete die IV-Stelle ein Revisionsverfahren zur Überprüfung des Rentenanspruchs ein. Nach einer Haushaltsabklärung am 4. April 2006 und nach Einholung eines interdisziplinären Gutachtens bei der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 28. Juni 2007 reduzierte die IV-Stelle die bisher ausgerichtete ganze Invalidenrente mit Verfügung vom 13. Juni 2008 per 1. August 2008 auf eine Viertelsrente.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zug mit Entscheid vom 12. November 2009 ab.
C. Mit Beschwerde lässt B._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung einer ganzen Rente der Invalidenversicherung über den 31. Juli 2008 hinaus beantragen. Eventualiter sei die Sache zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Ändert sich der Invaliditätsgrad einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers erheblich, so wird die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben (Art. 17 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 2 ATSG und Art. 1 Abs. 1 IVG). Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie die Voraussetzungen der Revision bejahte und damit die Reduktion der ganzen Invalidenrente auf eine Viertelsrente bestätigte.
3.1 Das kantonale Gericht begründete die Reduktion der Invalidenrente in seinem Entscheid vom 12. November 2009 mit einer Änderung der Verhältnisse seit Erlass der ursprünglichen Verfügung im Oktober 2002. Die Änderung beruhe zum einen auf einer Statusänderung mit einer Reduktion der ausserhäuslichen Erwerbstätigkeit von 80 % auf 60 % wegen der Geburt eines dritten Kindes. Zum anderen habe sich die Einschränkung im Haushalt von 66.5 % auf 19 % reduziert. Die Veränderungen seien im Abklärungsbericht vom 4. April 2006 festgehalten worden. Diesem komme Beweiswert zu. Aus dem Bericht des behandelnden Psychiaters Dr. med. N._ vom 5. April 2008 könne nichts Gegenteiliges abgeleitet werden und die inhaltliche Kritik am Haushaltsabklärungsbericht erweise sich als unbegründet.
3.2 In Bezug auf die Statusänderung hielt der Haushaltsabklärungsbericht vom 4. April 2006 fest, nach der Geburt ihres dritten Kindes hätte die Beschwerdeführerin bei voller Gesundheit ihr Arbeitspensum vorübergehend reduziert. Ihr kleiner Sohn brauche sie stark. Ausserdem sei es recht streng gewesen, jeden Abend zwischen 16.00 und 22.00 Uhr zu arbeiten und am nächsten Tag wieder für die Familie da zu sein.
Die Beschwerdeführerin bestreitet erstmals im vorinstanzlichen Beschwerdeverfahren und auch in der Beschwerde vor Bundesgericht, die Aussage gemacht zu haben "es sei streng, immer zwischen 16.00 und 22.00 Uhr zu arbeiten". Nicht zu beanstanden ist allerdings, dass das kantonale Gericht in Würdigung der Umstände dennoch auf die Angaben im Haushaltsabklärungsbericht abstellte. Es liegen keine Anhaltpunkte vor, wonach im Haushaltsabklärungsbericht bewusst oder unbewusst falsche Angaben gemacht wurden. Die Würdigung des kantonalen Gerichts entspricht auch dem Umstand, dass die im Rahmen des Haushaltsabklärungsberichts gemachten Aussagen, praxisgemäss stärker zu gewichten sind als spätere, anderslautende Erklärungen, welche von Überlegungen sozialversicherungsrechtlicher Natur beeinflusst sein können (Urteil 8C_352/2008 vom 9. Oktober 2008 E. 3.2.2 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 47). Die Beschwerdeführerin bestreitet zudem nicht ihre Aussage im Haushaltsabklärungsbericht, dass der kleine Sohn sie stark brauche. Bei der Beurteilung des Umfangs der Erwerbstätigkeit im Gesundheitsfall sind die finanzielle Notwendigkeit, eine Erwerbstätigkeit wieder aufzunehmen oder auszudehnen, Erziehungs- und Betreuungsaufgaben gegenüber Kindern, das Alter, die beruflichen Fähigkeiten, die Ausbildung sowie die persönlichen Neigungen und Begabungen zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 396; <ref-ruling> E. 2c S. 150; je mit Hinweisen). Wenn die Vorinstanz das Alter des im März 2004 geborenen dritten Kindes und die gute berufliche Stellung des Ehemannes, der als Maschinenbauingenieur und Programmierer ein gutes Einkommen erzielt, mitberücksichtigte und unter diesen Umständen von einer immer noch erheblichen Erwerbstätigkeit der Beschwerdeführerin von 60 % im Gesundheitsfall ausging, so erweist sich dies nicht als bundesrechtswidrig.
3.3 Die Beschwerdeführerin macht mit Verweis auf den Bericht des behandelnden Psychiaters Dr. med. N._ vom 5. April 2008 geltend, zum Zeitpunkt der Haushaltsabklärung am 4. April 2006 habe sie sich in einem Hoch befunden, welches auf eine bipolare Störung zurückzuführen sei, während sie schon kurze Zeit später wieder depressiv und kaum in der Lage gewesen sei, den Haushalt zu besorgen. Die Einschätzung sei daher massiv verfälscht worden. Bei Vorliegen psychischer Störungen komme der ärztlichen Einschätzung der Behinderung im Aufgabenbereich in der Regel grösseres Gewicht zu.
Im psychiatrischen Fachbereich wurde die Beschwerdeführerin im Rahmen des interdisziplinären Gutachtens der MEDAS vom 28. Juni 2007 umfassend abgeklärt. Der psychiatrische Gutachter diagnostizierte eine bipolare affektive Störung (ICD-10 F31.3), gegenwärtig leichte depressive Episode und bescheinigte aus psychiatrischer Sicht eine Arbeitsfähigkeit von 4.25 Stunden pro Arbeitstag an fünf Tagen pro Woche. Er gab an, über die Jahre sei es zu einer schwankenden Minderung der Arbeitsfähigkeit gekommen. Grundsätzlich habe die Minderung der Arbeitsfähigkeit zwischen 50 % bei Vorliegen einer leichten depressiven Symptomatik, wie sie zum Begutachtungszeitpunkt gegeben war, und 100 % bei Vorliegen einer ausgeprägten depressiven oder einer manischen Symptomatik gelegen. Die bisherigen fachärztlich-psychiatrischen Berichte hätten jedoch keine derartig schwere depressive Symptomatik anhaltend unter Ausserachtlassung krankheitsfremder Faktoren für den gesamten Zeitraum beschrieben. Zumindest für den Zeitraum seit Beginn 2006, als der behandelnde Psychiater eine Aufhellung der Stimmung beschrieben habe, sei von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit auszugehen, wiederum unter der Einschränkung, dass während der beschriebenen manischen Episode keine Arbeitsfähigkeit über zumindest mehrere Wochen bis Monate gegeben war.
Die Angaben von Dr. med. N._, wonach die Beschwerdeführerin schon kurze Zeit nach der Haushaltsabklärung wieder depressiv und kaum mehr in der Lage gewesen sei, den Haushalt zu besorgen, widersprechen somit der fachärztlich-psychiatrischen Beurteilung im MEDAS-Gutachten, dass sich der Gesundheitszustand seither grundsätzlich nicht verschlimmert hat. Die Beurteilung der MEDAS-Gutachter wird zudem durch die von ihnen erhobenen aktuellen Aktivitäten des täglichen Lebens der Beschwerdeführerin bestätigt. Die dabei beschriebene Haushaltstätigkeit, steht in Übereinstimmung mit den Angaben im Haushaltsabklärungsbericht vom 4. April 2006. Die Gutachter hielten fest, die Beschwerdeführerin mache morgens Frühstück für die Kinder, erstelle einen detaillierten Einkaufszettel für den Ehemann und gehe selber auf dem Bauernhof in der Nähe Frischprodukte einkaufen. Sie könne gut kochen und mache beispielsweise Sarma und Krautwickel selber. Mit dem Sohn gehe sie auf den Spielplatz spielen und manchmal komme eine Freundin zu Besuch, mit der sie Kaffee trinke.
Während das MEDAS-Gutachten auf die früheren Berichte des behandelnde Psychiaters Dr. med. N._ einging, setzt sich dieser in seinem Bericht vom 5. April 2008 nicht mit den Angaben im MEDAS-Gutachten auseinander und begründet den Widerspruch zwischen seiner Einschätzung und den Angaben im MEDAS-Gutachten nicht. In Übereinstimmung mit der Rechtsprechung steht auch die Mitberücksichtigung der Hilfe des Ehemannes und insbesondere der zum Zeitpunkt der Haushaltsabklärung inzwischen 14 und 12 Jahre alten Töchter der Beschwerdeführerin. Im Rahmen der Schadensminderungspflicht erweist sich deren Mithilfe im Haushalt als zumutbar (<ref-ruling> E. 4.2 S. 509 f.). Indem die Vorinstanz die Reduktion der Einschränkung im Haushaltsbereich von 64 % auf 19 % bestätigte, beging sie daher keine Bundesrechtsverletzung.
3.4 Die Einschränkung der Beschwerdeführerin im erwerblichen Bereich im Umfang von 55 % ist unbestritten. Der von der Vorinstanz ermittelte Invaliditätsgrad von 41 %, welcher einen Anspruch auf eine Viertelsrente begründet, ist daher nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist demgemäss abzuweisen.
4. Dem Prozessausgang entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG) zu tragen und der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Ausgleichskasse des Kantons Zug schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Mai 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner