Sachverhalt:
A. Die B._ AG veräusserte per 31. Mai 2000 ihre Division C._ an das Unternehmen D._; der schweizerische Teil der Division C._ wurde in die E._ AG eingebracht. Auf das gleiche Datum verliessen 734 aktive Versicherte die PK A._, wovon 721 (ausmachend 12,8 % aller Versicherten der PK A._) in die PK X._ übertraten. Der Stiftungsrat der PK A._ beschloss am 20. August 2001 einen Teilliquidations-Verteilungsplan, wonach aus freien Mitteln für die in die PK X._ übertretenden Versicherten 17,66 % des Totals der Austrittsleistungen, ausmachend Fr. 25'378'200.-, kollektiv auf die PK X._ zu übertragen waren. Die Aufsichtsbehörde genehmigte diesen Stiftungsratsbeschluss am 10. Januar 2002. Die entsprechende Verfügung wurde auf Beschwerde (u.a. seitens der PK X._) letztinstanzlich mit Urteil des Bundesgerichts vom 9. Juni 2005 (<ref-ruling>) bestätigt. Am 23. Juni 2005 überwies die PK A._ den Betrag von Fr. 25'378'200.- an die PK X._.
B. Am 6. September 2005 erhob die PK X._ Klage gegen die PK A._ mit dem Begehren, diese habe ihr Fr. 4'613'896.- nebst Verzugszins zu 5 % ab 1. September 2005 zu bezahlen. Sie begründete die Klage damit, die PK A._ schulde ihr für die Zeit vom 1. Juni 2000 bis 23. Juni 2005 Zins auf dem Anteil an den freien Mitteln. Mit Replik vom 26. Februar 2008 anerkannte sie eine Gegenforderung von Fr. 151'047.- Das angerufene Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt wies die Klage (sowie eine letztinstanzlich nicht mehr umstrittene Widerklage) mit Entscheid vom 13. November 2008 ab.
C. Die PK X._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die PK A._ zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 4'462'849.- nebst Verzugszins zu 5 % ab 6. September 2005 zu bezahlen.
Die PK A._ beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf Vernehmlassung.
D. Am 30. Juni 2009 hat die II. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts eine publikumsöffentliche Beratung durchgeführt.

Erwägungen:
1. Streitig ist einzig die Rechtsfrage, ob auf dem Anteil an den freien Mitteln, der im Rahmen der Teilliquidation von der Beschwerdegegnerin an die Beschwerdeführerin übertragen wurde, für die Zeit zwischen dem Austritt der Versicherten (31. Mai 2000) und dem Zahlungstermin (23. Juni 2005) Zins zu bezahlen sei.
2. 2.1 Die Vorinstanz hat erwogen, der Anspruch auf freie Mittel entstehe im Rahmen einer Teilliquidation erst mit der rechtskräftigen Genehmigung des Verteilungsplanes, vorliegend mit dem Urteil des Bundesgerichts vom 9. Juni 2005. Vorher könne der Verteilungsplan nicht vollzogen werden und bestehe keine erfüllbare Forderung mit Bezug auf die freien Mittel, so dass auch kein Verzugszins geschuldet sein könne. Ein Anspruch auf (Verzugs-)Zins ab Austrittsdatum bestehe nur für das Deckungskapital bzw. die Austrittsleistungen, die aber von den freien Mitteln zu unterscheiden seien. Daher gelte dafür auch die Verzinsungspflicht gemäss Art. 2 Abs. 3 FZG nicht.
2.2 Die Beschwerdeführerin beruft sich auf Art. 2 Abs. 3 FZG. Sie macht geltend, zur Austrittsleistung im Sinne dieser Bestimmung gehöre auch der Anteil an den freien Mitteln, falls darauf ein Anspruch bestehe. Auch wenn man annähme, diese gehörten nicht zur Austrittsleistung, bestehe kein Grund, die freien Mittel bezüglich der Verzinsung anders zu behandeln als die Austrittsleistung. Dass der Betrag der zu überweisenden freien Mittel erst mit der rechtskräftigen Genehmigung des Verteilungsplans feststehe, ändere nichts daran, dass ein Anspruch auf die freien Mittel bestehe, der mit dem Stichtag fällig werde. Zudem sei jedenfalls der Betrag von Fr. 25'378'200.- im Beschwerdeverfahren gegen den Teilungsplan nicht umstritten gewesen und hätte so oder so geleistet werden müssen.
2.3 Die Beschwerdeführerin macht gegenüber der Beschwerdegegnerin eine Forderung geltend, was einer (formellgesetzlichen; <ref-law>) Rechtsgrundlage bedarf. Es ist zu prüfen, ob eine solche Rechtsgrundlage besteht.
3. 3.1 Nach Art. 2 Abs. 3 FZG wird die Austrittsleistung fällig mit dem Austritt aus der Vorsorgeeinrichtung (Satz 1). Ab diesem Zeitpunkt ist sie nach Art. 15 Abs. 2 BVG zu verzinsen (Satz 2).
Die Austrittsleistung im Sinne des Gesetzes meint die gesetzlich und reglementarisch berechnete Leistung (Art. 2 Abs. 2 und Art. 15 ff. FZG), auf welche jeder Versicherte im Freizügigkeits-, Barauszahlungs- oder Scheidungsfall (Art. 2 Abs. 1 und Art. 5 FZG; <ref-law>) einen unbedingten individuellen Rechtsanspruch hat. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin kann der Anteil an den freien Mitteln, auf den gemäss Art. 23 FZG bei Teil- und Gesamtliquidation ein Anspruch besteht, nicht als Teil der Austrittsleistung betrachtet werden. Der Anteil an den freien Mitteln besteht gemäss Art. 23 Abs. 1 FZG (in der vor und nach dem 1. Januar 2005 gültig gewesenen bzw. geltenden Fassung) "neben" dem Anspruch auf die Austrittsleistung (frz. "s'ajoute au droit à la prestation de sortie", ital. "al diritto alla prestazione d'uscita si aggiunge"). Schon diese Wortverwendung zeigt, dass es sich bei der Austrittsleistung im Sinne des Gesetzes und beim Anteil an den freien Mitteln um unterschiedliche Leistungen handelt. Zu Unrecht beruft sich die Beschwerdeführerin auf Art. 53d BVG (in der ab 1. Januar 2005 in Kraft stehenden Fassung) und argumentiert, wenn gemäss dieser Bestimmung der Fehlbetrag von der Austrittsleistung abgezogen werden dürfe, müssten auch Überschüsse bzw. freie Mittel zur Austrittsleistung dazugerechnet werden. Denn der Fehlbetrag ergibt sich per definitionem daraus, dass die Aktiven kleiner sind als die Austrittsleistungen, und muss daher von diesem Ausgangswert errechnet werden. Daraus folgt keineswegs, dass auch ein Überschuss als Teil der Austrittsleistung zu betrachten ist.
3.2 Die streitige Verzinsung kann sich daher nicht auf Art. 2 Abs. 3 FZG stützen. Zu prüfen ist, ob dafür andere Rechtsgrundlagen in Frage kommen.
4. 4.1 Im Privatrecht gilt eine generelle Verzugszinspflicht, sobald der Schuldner in Verzug ist (<ref-law>). Analog zum Privatrecht gilt im Verwaltungsrecht als allgemeiner Rechtsgrundsatz, dass der Schuldner Verzugszinsen zu bezahlen hat, wenn er mit der Zahlung in Verzug ist, sofern das Gesetz nichts anderes vorsieht (<ref-ruling> E. 4b S. 258 f.; ASA 68 S. 518, 2A.137/1998 E. 3a; Urteil 2C_546/2008 vom 29. Januar 2009 E. 3.2; Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl. 2006, S. 162 f.). Im Sozialversicherungsrecht hat allerdings vor dem Inkrafttreten des ATSG die Rechtsprechung eine Verzugszinspflicht grundsätzlich verneint, wenn sie nicht gesetzlich vorgesehen war (<ref-ruling>, 101 V 114 E. 3 S. 117 f.; Überblick über die Rechtsprechung in RKUV 2006 Nr. KV 356 S. 40, K 40/05 E. 4.1). Mit der Bestimmung des <ref-law> (welche im Bereich der beruflichen Vorsorge nicht gilt) ist für bestimmte Fälle eine Verzugszinspflicht statuiert worden. Die Rechtsprechung hat daraus geschlossen, dass in den anderen, im Gesetz nicht genannten Fällen, keine Verzugszinspflicht besteht (RKUV 2006 Nr. KV 356 S. 40, K 40/05 E. 4.3).
4.2 Im Bereich der beruflichen Vorsorge hat das Eidg. Versicherungsgericht vor dem Inkrafttreten des FZG entschieden, dass das BVG in Bezug auf die Frage des Verzugszinses bei verspäteter Übertragung von Freizügigkeitsleistungen nichts vorsehe; wegen der vertraglichen Natur des Vorsorgeverhältnisses sei bei Verzug ein Verzugszins gemäss Reglement oder - bei öffentlich-rechtlichen Kassen - der darauf anwendbaren Rechtsgrundlage, subsidiär gemäss <ref-law> geschuldet (<ref-ruling> E. 4a S. 133 f., 117 V 349, 116 V 106 E. 4d S. 112, 115 V 27 E. 8c S. 37). <ref-law> wurde mangels reglementarischer Regelung auch angewendet für die Verzinsung des bei einer Kündigung des Anschlussvertrags von der bisherigen auf die neue Vorsorgeeinrichtung zu überweisenden Deckungskapitals (<ref-ruling> E. 5e S. 389 f.; <ref-ruling> E. 9.2 S. 543 f. [wo die Frage ebenfalls noch nach der vor Inkrafttreten des FZG geltenden Rechtslage zu beurteilen war, E. 4.1 S. 534 f.]).
4.3 Eine Verzugszinspflicht setzt Verzug des Schuldners voraus. Im Privatrecht liegt Verzug vor, wenn die Forderung fällig und gemahnt ist oder sich ein bestimmter Verfalltag aus Verabredung oder Kündigung ergibt (<ref-law>). Bei öffentlich-rechtlichen Forderungen beginnt mangels spezialgesetzlicher Regelung die Verzugszinspflicht mit der gehörigen Geltendmachung eines fälligen Anspruchs (<ref-ruling> E. 3 S. 389; Urteil 2P.383/1995 vom 21. Oktober 1996 E. 4c/bb; Imboden/Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Bd. I, 6. Aufl. 1986, Nr. 31.B.IV S. 189, und Rhinow/Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, 1990, Nr. 31.B.IV S. 93; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4. Aufl. 1991, S. 167 f.) oder - auch ohne Mahnung - mit einem gesetzlichen Zahlungstermin (BGE <ref-ruling> E. 9.2 S. 543 f.; <ref-ruling> E. 5e/bb S. 389 f.; Urteil 2C_546/2008 E. 3.2; B 106/03 vom 26. August 2004 E. 4.2 [mit Zusammenfassung in SZS 2005 S. 169]). In jedem Fall ist eine individualisierbare und einklagbare Forderung vorausgesetzt. Daran fehlt es hier: Die Versicherten haben grundsätzlich keinen Rechtsanspruch auf die freien Mittel. Nur im Falle einer Teil- oder Gesamtliquidation (und in besonderen Fällen auch ausserhalb einer solchen, vgl. <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 611) haben die Austretenden einen grundsätzlichen Anspruch auf freie Mittel (Art. 23 FZG). Dieser stellt aber vorerst bloss eine Anwartschaft dar, deren Konkretisierung von verschiedenen Unwägbarkeiten abhängt. Zunächst müssen am massgeblichen Stichtag freie Mittel vorhanden sein; schon deren Feststellung enthält einen gewissen Ermessensspielraum (Urteil 2A.749/2006 vom 9. August 2007 E. 4.1). Auch soweit freie Mittel vorhanden sind, besteht kein unbedingter Anspruch auf einen im Voraus feststehenden Anteil, sondern es ist ein Verteilungsplan zu erstellen, wobei den Stiftungsorganen innerhalb bestimmter Schranken ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht. Zwar ist die Vorsorgeeinrichtung an das Rechtsgleichheitsgebot gebunden, doch lässt dessen Konkretisierung einen Spielraum in der Frage, wie die einzelnen betroffenen Versichertengruppen zu behandeln sind (vgl. dazu BGE <ref-ruling> E. 5 S. 536 ff.; SVR 2009 BVG Nr. 24 S. 87, 9C_101/2008 E. 6.1). Zudem kann der Anspruch den austretenden Versicherten individuell oder kollektiv zugesprochen werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 7 S. 539 ff.). Nach der hier noch massgebenden ursprünglichen Fassung von Art. 23 FZG (in Kraft bis 31. Dezember 2004) ist bei einer Teilliquidation in jedem Fall eine behördliche Genehmigung des Verteilplanes erforderlich. Erst mit der rechtskräftigen Genehmigung wandelt sich die bisherige Anwartschaft auf freie Mittel in individualisierbare Rechtsansprüche um (SVR 2006 BVG Nr. 33 S. 127, B 86/05 E. 2; 2005 BVG Nr. 19 S. 63, B 41/03 E. 6.3; Urteil B 68/01 vom 30. November 2001 E. 3a; SZS 1995 S. 373, B 41/94 E. 3a). Vorher kann weder der einzelne Versicherte noch die neue Pensionskasse einen einklagbaren Anspruch auf einen Anteil an den freien Mitteln geltend machen und besteht daher auch kein Anspruch auf Verzugszins (Isabelle Vetter-Schreiber, BVG, 2009, N. 31 zu Art. 53d BVG; Jacques-André Schneider, Fonds libres et liquidations de caisses de pensions, SZS 2001 451 ff., S. 473; Gemischte Kommission der Treuhand-Kammer und der Schweizerischen Aktuarvereinigung, Leitfaden zur Teilliquidation, 2001, S. 26).
5. 5.1 Der Anspruch der Austretenden auf freie Mittel beruht auf Art. 23 FZG. In dieser Bestimmung ist im Unterschied zu Art. 2 Abs. 3 FZG eine Verzinsung nicht vorgesehen. Eine solche könnte nur angenommen werden, wenn Art. 23 FZG diesbezüglich eine (echte) Lücke aufweist. Eine solche liegt vor, wenn sich eine Regelung als unvollständig erweist, weil sie jede Antwort auf die sich stellende Rechtsfrage schuldig bleibt; hat der Gesetzgeber eine Rechtsfrage nicht übersehen, sondern stillschweigend - im negativen Sinn - mitentschieden (qualifiziertes Schweigen), bleibt kein Raum für richterliche Lückenfüllung (<ref-ruling> E. 5.2 S. 134 f., 182 E. 4.1 S. 185). Gibt das Gesetz eine Antwort, die aber nicht befriedigt, liegt grundsätzlich eine unechte Lücke vor, die auszufüllen dem Richter verwehrt ist (<ref-ruling> E. 3.5 S. 568). Anders verhält es sich nur, wenn die vom Gesetz gegebene Antwort als sachlich unhaltbar angesehen werden muss bzw. auf einem offensichtlichen Versehen des Gesetzgebers, einer gesetzgeberischen Inkongruenz oder einer planwidrigen Unvollständigkeit beruht (<ref-ruling> E. 5.2 S. 134 f. und E. 7.2 S. 136 f.; <ref-ruling> E. 5.1 S. 478).
5.2 Damit ist zu prüfen, ob es als sachlich unhaltbar betrachtet werden muss, dass der Gesetzgeber in Art. 23 FZG eine Verzinsungspflicht der freien Mittel nicht vorgesehen hat.
5.3 Die Beschwerdeführerin vertritt den Standpunkt, der Anteil an freien Mitteln sei bezüglich Verzinsung gleich zu behandeln wie die Austrittsleistung, indem für beide der Grundsatz der durchgehenden Verzinsung der Vorsorgeguthaben gelten müsse.
5.3.1 Mit der Regelung von Art. 2 Abs. 3 FZG, wonach die Austrittsleistung ab Austritt zu verzinsen ist, bezweckte der Gesetzgeber, eine Schmälerung des Vorsorgeschutzes bei Stellenwechsel zu vermeiden (Botschaft zu einem Bundesgesetz über die Freizügigkeit in der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 26. Februar 1992, BBl 1992 III 533 ff., S. 572 f.). Gestützt auf den darin zum Ausdruck kommenden Grundsatz der durchgehenden Verzinsung der Vorsorgeguthaben bejahte das Eidg. Versicherungsgericht auch eine Verzinsung der gemäss <ref-law> bzw. Art. 22 FZG im Scheidungsfall zu teilenden Austrittsleistung ab dem massgebenden Stichtag der Teilung zum Zinssatz gemäss Art. 12 BVV 2 oder einem allfälligen höheren reglementarischen Zinssatz (<ref-ruling> E. 3 S. 255 ff. und E. 4.1 S. 257). Nach Ablauf einer Zahlungsfrist von 30 Tagen ab Rechtskraft des Scheidungsurteils (im Falle von <ref-law>) bzw. des Urteils des Vorsorgegerichts (im Falle von <ref-law>) wurde zudem eine Verzugszinspflicht zum Zinssatz gemäss Art. 7 FZV angenommen (ebd. E. 4.2 und 5 S. 257 f.; ebenso Urteil B 94/02 vom 8. April 2003 E. 3.2 und 4). Eine Verzugszinspflicht zum Satz gemäss Art. 7 FZV besteht sodann im Falle der Rückerstattung einer Freizügigkeitsleistung (Urteil B 55/01 vom 16. Oktober 2002 E. 3.3).
5.3.2 Gemeinsam ist all diesen Entscheiden, dass eine Verzinsung für die Austritts- bzw. Freizügigkeitsleistungen zur Diskussion stand (ebenso in <ref-ruling> E. 8.2 S. 148). Demgegenüber besteht keine Pflicht, Arbeitgeberbeitragsreserven zu verzinsen, die gemäss Urteil der Beschwerdeinstanz von der früheren auf eine neue Vorsorgeeinrichtung zu überweisen sind; eine Zinspflicht ergibt sich nicht aus Art. 15 BVG, der nur für die obligatorischen Altersguthaben gilt, aber auch nicht aus <ref-law>, da die Forderung erst mit dem rechtskräftigen Entscheid fällig wird, die bisherige Vorsorgeeinrichtung mithin vorher nicht im Verzug ist (Urteil 2A.707/2005 vom 6. Juni 2006 E. 4). In E. 5 des Urteils B 5/07 vom 19. September 2007 (nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2008 BVG Nr. 13 S. 52) hat das Bundesgericht in einem Fall, in welchem einem unfreiwillig Ausgeschiedenen ausserhalb einer Teilliquidation ein Anspruch auf aus freien Mitteln zugeteilten sog. "transition benefits" zugesprochen wurde, einen Verzugszins nach <ref-law> zugesprochen ab dem mittleren Fälligkeitstermin; es handelte sich dabei um Leistungen, die aufgrund einer reglementarischen Bestimmung im Rahmen einer Umstellung vom Leistungs- auf das Beitragsprimat während einer gewissen Periode den Versicherten monatlich auf deren Altersguthaben gutgeschrieben wurden, mithin um einen reglementarischen Anspruch auf Erhöhung des individuellen Altersguthabens, nicht um eine kollektive Übertragung freier Mittel. Im Urteil 9C_381/2007 vom 23. September 2008 E. 3.3 wurde ein Zins gemäss Art. 7 FZV zugesprochen ab Austritt aus der Firma auf einer gemäss Reglement zu erbringenden "individuellen Rückstellung" für vorzeitige Pensionierung; auch hier war massgebend, dass es sich um einen reglementarischen Anspruch handelte.
5.3.3 In Bezug auf die hier zu beurteilende Übertragung eines Anteils an freien Mitteln hatte das Bundesgericht die Frage der Verzinsung noch nicht zu beantworten. Auch in BGE <ref-ruling> wurde die Zinspflicht nur in Bezug auf eine Nachzahlung von Teilen des Deckungskapitals (ebd. E. 8 und 9 S. 541 ff.) bejaht, während in Bezug auf den Anteil an freien Mitteln schon die Hauptforderung auf kollektive Übertragung abgelehnt wurde (ebd. E. 6 und 7 S. 538 ff.), so dass sich insoweit die Frage einer Verzinsung nicht stellte.
5.3.4 Die in Art. 2 Abs. 3 FZG vorgeschriebene Verzinsung der Austrittsleistung rechtfertigt sich aus der Überlegung, dass die Vorsorgeguthaben der Versicherten durchgehend zu verzinsen sind (vgl. etwa <ref-ruling> E. 3.2 S. 256). Die im Rahmen einer Teilliquidation verteilten freien Mittel dienen ebenfalls der Vorsorge und weisen insoweit Parallelen auf zu den Austrittsleistungen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sind aber Austrittsleistung und freie Mittel nicht ohne weiteres vergleichbar: Die Austrittsleistung kann aufgrund von Gesetz und Reglement jederzeit auch im Quantitativ genau festgesetzt werden (Art. 2 Abs. 2 und Art. 24 FZG). Jeder Versicherte hat auf diesen Betrag im Freizügigkeitsfall einen individuellen und (unter Vorbehalt einer allfälligen Kürzung bei Unterdeckung, Art. 53d Abs. 3 BVG und Art. 19 Satz 2 FZG) unbedingten Anspruch (Art. 2 Abs. 1 FZG). Die Höhe der Austrittsleistungen hängt nicht von einem Teilungsplan ab, sondern errechnet sich unabhängig davon. Dass im Einzelfall die Höhe der Leistung umstritten sein und Gegenstand eines Prozesses bilden kann, ändert daran nichts. In Bezug auf die freien Mittel verhält es sich anders: Diese bestehen nur, soweit die Aktiven einer Vorsorgeeinrichtung die Passiven (wozu hauptsächlich die Austrittsleistungen gehören) übersteigen, und ein Rechtsanspruch darauf existiert nur, wenn ein rechtskräftiger Teilungsplan dies vorsieht (vorne E. 4.3). Es ist denn auch ohne weiteres möglich, dass sich zwischen dem Stichtag der Teilliquidation und der rechtskräftigen Genehmigung des Verteilplanes die Vermögensverhältnisse wesentlich geändert haben und unter Umständen die freien Mittel kleiner sind als am Stichtag. Eine solche Reduktion kann nach der hier noch massgebenden Regelung nicht zu einer Schmälerung des im Teilungsplan festgelegten Anspruchs führen (SVR 2006 BVG Nr. 33 S. 127, B 86/05 E. 2.2 und 3.2; siehe aber heute Art. 27g Abs. 2 BVV2). Es wäre unbillig, wenn dann die abgebende Vorsorgeeinrichtung zusätzlich noch Zins zu bezahlen hätte. Hinzu kommt, dass die freien Mittel per definitionem überobligatorische Ansprüche darstellen, bei denen von Gesetzes wegen überhaupt keine Verzinsungspflicht vorgeschrieben ist (Art. 15 BVG e contrario). Es kann daher nicht als sachlich unhaltbar betrachtet werden, wenn das Gesetz die Austrittsleistung und die freien Mittel hinsichtlich der Verzinsung unterschiedlich behandelt.
5.4 Daran ändert auch nichts, wenn die Beschwerdeführerin vorbringt, jedenfalls der Betrag von Fr. 25'378'200.- sei nicht bestritten gewesen (was die Beschwerdegegnerin übrigens bestreitet). Da das Bundesverwaltungsgericht (bzw. vorher die Beschwerdekommission) als Rechtsmittelinstanz eine Verfügung auch zu Ungunsten der beschwerdeführenden Partei ändern kann (<ref-law>), steht jedenfalls bis zu seinem Entscheid der zu leistende Betrag auch in dem von den Parteien nicht bestrittenen Umfang nicht fest. Sodann kann auch das Bundesgericht einen Teilungsplan wegen Rechtswidrigkeit vollständig aufheben und zur Überarbeitung zurückweisen, so dass nicht gesagt werden kann, der fragliche Beitrag stehe fest, sobald er nicht angefochten ist. Es ist zwar verständlich, wenn die Beschwerdeführerin kritisiert, bei einer Verneinung der Verzinsungspflicht werde sie gewissermassen dafür bestraft, dass sie von ihrem Recht Gebrauch gemacht habe, den Verteilungsplan anzufechten. Es ist indessen nicht aussergewöhnlich, dass durch die lange Dauer von Rechtsmittelverfahren Nachteile entstehen, welche letztlich nicht ausgeglichen werden.
6. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Verfahrenskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BVG) und der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 28'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 15'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juni 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Keel Baumann