Sachverhalt:
A. Die im Jahr 1971 geschlossene Ehe von X._ (geb. 1947) und Y._ (geb. 1949), aus welcher zwei heute erwachsene Söhne hervorgingen, wurde mit Urteil des Bezirksgerichts Z._ vom 19. September 1995 geschieden. Gemäss genehmigter Scheidungskonvention schuldet Y._ seiner früheren Frau eine Rente gemäss aArt. 152 ZGB von Fr. 2'000.-- bis zu deren Eintritt ins AHV-Alter und danach von Fr. 800.--. X._ wurde verpflichtet, einen allfälligen IV-Rentenanspruch abzuklären. Für den Fall einer Rentenzusprache sollte sich der Unterhaltsbeitrag von Fr. 2'000.-- um die Hälfte der IV-Rente reduzieren.
B. Zufolge teilweiser Invalidität reichte Y._ am 25. März 2008 eine Abänderungsklage ein. Mit Urteil vom 4. Mai 2011 anerkannte das Kreisgericht Z._ eine wesentliche Veränderung der Verhältnisse und modifizierte die Rente dahingehend, dass sie ab April 2008 monatlich Fr. 400.-- betrage.
Auf Berufung von X._ hin änderte das Kantonsgericht St. Gallen die Rente mit Urteil vom 4. Oktober 2012 dahingehend ab, dass sie ab April 2008 bis Juni 2014 Fr. 600.-- und ab Juli 2014 Fr. 400.-- betrage.
C. Gegen dieses Urteil hat X._ am 8. November 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Abänderung der Rente dahingehend, dass sie ab 1. April [offensichtlich gemeint 2008] auf Fr. 800.-- festzusetzen sei. Mit Gesuch vom 9. November 2012 verlangt sie ausserdem die unentgeltliche Rechtspflege. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist das kantonal letztinstanzliche Urteil in einer Zivilsache mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert; diesbezüglich steht die Beschwerde in Zivilsachen offen (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. a, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Soweit indes auch das Urteil des Kreisgerichtes direkt kritisiert wird, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
Mit Bezug auf die Ausführungen der oberen kantonalen Instanz sind in rechtlicher Hinsicht alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig und das Bundesgericht wendet in diesem Bereich das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), was heisst, dass es behauptete Rechtsverletzungen (<ref-law>) mit freier Kognition prüft.
Dagegen ist das Bundesgericht an den vom Kantonsgericht festgestellten Sachverhalt grundsätzlich gebunden (<ref-law>). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, er sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Ausserdem muss in der Beschwerde aufgezeigt werden, inwiefern die Behebung der vorerwähnten Mängel für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22). Für all diese Elemente gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 255). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Lage aus Sicht der Beschwerdeführerin darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2. Das Kantonsgericht hat in tatsächlicher Hinsicht festgestellt, dass die Parteien im Zeitpunkt der Scheidung über Einnahmen von Fr. 5'700.-- verfügten (Ehemann Fr. 5'200.--, Ehefrau Fr. 500.--). Angesichts des anfänglichen Unterhaltsbeitrages von Fr. 2'000.-- habe die Beschwerdeführerin über Fr. 2'500.-- und der Beschwerdegegner über Fr. 3'200.-- verfügt. Teuerungsbedingt belaufe sich letzterer Betrag heute auf Fr. 3'600.--, was den tatsächlichen heutigen Kosten des Beschwerdegegners (Grundbetrag Fr. 1'050.--, Steuern Fr. 340.--, Krankenkasse Fr. 315.--, Franchise Fr. 85.--, Versicherungen Fr. 50.--, Wohnkosten Fr. 900.--, Mobilitätskosten Fr. 250.--, Beiträge für Nicherwerbstätige Fr. 40.--) zuzüglich des Zuschlages von 20 % entspreche. Hingegen habe sich das Einkommen des Ehemannes zufolge Invalidität verschlechtert. Ab Juli 2008 bzw. Januar 2009 betrage sein Einkommen Fr. 4'200.-- (IV Rente Fr. 2'061.--, BVG-Rente Fr. 1'636.--, Vermögensertrag/-verzehr Fr. 500.--). Mit seinem Eintritt ins AHV-Alter verringere sich das Einkommen ab Juli 2014 auf Fr. 4'000.-- (AHV-Rente Fr. 2'060.--, BVG-Rente Fr. 1'570.--, Vermögensertrag Fr. 370.--).
In rechtlicher Hinsicht hat das Kantonsgericht erwogen, dass bei altrechtlichen Bedürftigkeitsrenten gemäss aArt. 152 ZGB dem Unterhaltsschuldner jeweils der um 20 % erweiterte Notbedarf belassen worden sei. Die Abänderung der Bedürftigkeitsrente bemesse sich gemäss <ref-law> nach aArt. 153 ZGB. Unbestrittenermassen stelle die Invalidität des Ehemannes einen Abänderungsgrund dar. Sodann sei ihm weiterhin das um 20 % erweiterte Existenzminimum zu belassen, welches Fr. 3'600.-- betrage. Mithin ergebe sich ein für die Rente zur Verfügung stehender Überschuss von Fr. 600.-- für die Zeit bis Juni 2014 und von Fr. 400.-- ab Juli 2014.
3. Die Beschwerdeführerin bringt bunt durcheinandergemischt eine Kette von Berechnungen, Darlegungen zum eigenen Einkommen, Kritik an verschiedenen Sachverhaltsfeststellungen (insb. Wohnkosten, Vermögensertrag und Mobilitätskosten des Beschwerdegegners) sowie rechtliche Hinweise vor. Damit vermag sie den in E. 1 dargelegten Begründungsanforderungen über weite Strecken nicht zu genügen: In der Beschwerdebegründung wäre strikt zwischen Sachverhaltsrügen und rechtlichen Ausführungen zu unterscheiden, weil das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden ist (<ref-law>) und diesbezüglich mit substanziierten Vorbringen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung zu rügen ist.
Was den Sachverhalt anbelangt, bleibt es weitgehend bei appellatorischen Ausführungen, auf welche nicht eingetreten werden kann. Eine Willkürrüge erhebt die Beschwerdeführerin einzig mit Bezug auf die Wohnkosten des Beschwerdegegners, die sie als überhöht und unbelegt rügt. Diesbezüglich hat das Kantonsgericht befunden, dass vor dem Hintergrund des Fr. 15'540.-- betragenden Mietwertes der Wohnung und ausgehend von den Hypothekarzinsen, Heizungskosten, öffentlichen Abgaben sowie Unterhaltskosten der vom Beschwerdegegner geltend gemachte monatliche Betrag von Fr. 1'800.-- für die im Eigentum von dessen Partnerin stehende 31⁄2-Zimmer-Wohnung nicht überrissen erscheine. Die Beschwerdeführerin verweist zur Begründung ihrer Rüge auf ein (in ihren Worten "zufällig aus dem Internet herausgegriffenes") Inserat vom 20. Oktober 2012, wonach in der betreffenden Gemeinde eine 31⁄2-Zimmer-Wohnung für Fr. 1'030.-- angeboten wurde. Damit ist keine Willkür darzutun, sagt doch ein einzelnes Inserat nichts über das allgemeine Mietzinsniveau und noch viel weniger etwas über die konkreten Kosten für die tatsächlich bewohnte Einheit aus. Was sodann den steuerrechtlichen Mietwert für die fragliche Wohnung anbelangt, so wurde dieser, wie die Beschwerdeführerin selbst festhält, vor acht Jahren festgelegt; im Übrigen dürfte er tendenziell unter dem effektiven Marktwert liegen. Jedenfalls lässt sich mit dem blossen Verweis auf diesen Wert keine Willkür dartun. Schon gar keine Willkür lässt sich aufzeigen mit einer angeblichen Nachfrage bei der Behörde, die ergeben habe, dass der Mietwert der Wohnung aufgrund einer Nachschätzung im Jahr 2010 wegen Alterung sogar auf Fr. 14'940.-- gesunken sei; für diese Behauptung werden keine Belege vorgebracht und im Übrigen wäre das Vorbringen ohnehin neu im Sinn von <ref-law>. Aus den gleichen Gründen vermag die Beschwerdeführerin keine Willkür darzutun mit dem Vorbringen, sie erinnere sich, dass die Partnerin des Beschwerdegegners die fragliche Wohnung früher einmal in einer Lokalzeitung für Fr. 1'350.-- ausgeschrieben habe. Was schliesslich den Nachweis der effektiven Zahlung der im Bedarf des Beschwerdegegners berücksichtigten Fr. 900.-- an die Partnerin anbelangt, so wäre deren Verzicht auf den hälftigen Beitrag an die Wohnkosten als Schenkung zu qualifizieren, die im Verhältnis zwischen dem Beschwerdegegner und der Beschwerdeführerin ohne Folgen bliebe. Jedenfalls ist es nicht unhaltbar und damit nicht willkürlich, wenn beim Beschwerdegegner ein Betrag von Fr. 900.-- für Wohnkosten berücksichtigt worden ist.
Als genügend substanziiert kann ferner das Vorbringen gelten, es stelle ein offensichtliches Versehen dar, wenn das Kantonsgericht die Kosten der Haushaltsversicherung ausschliesslich dem Beschwerdegegner angerechnet und auch für die Zeit nach Erreichen des AHV-Alters einen AHV-Beitrag berücksichtigt habe. Angesichts der Kleinstbeträge ist aber nicht dargetan, inwiefern dies einen entscheidenden Einfluss auf die Neufestsetzung des Unterhaltsbetrages hat, bei dessen Bestimmung dem Kantonsgericht ein Ermessen zukommt (<ref-law>). Im Übrigen hat das Kantonsgericht im Sinn einer Alternativerwägung festgehalten, dass das heutige Existenzminimum teuerungsbereinigt demjenigen im Scheidungszeitpunkt entspreche. Diese Erwägung, die letztlich nichts anderes als die Feststellung enthält, dass ausgabeseitig unter dem Strich keine Änderungen eingetreten sind, bleibt in der Beschwerde unangefochten.
Mit Bezug auf die Sachverhaltsfeststellungen wird somit nirgends das Willkürverbot angerufen, weshalb die Beschwerde insofern unsubstanziiert bleibt. Gleichzeitig wird mangels tauglicher Willkürrügen das Vorbringen gegenstandslos, das Kantonsgericht habe gegen <ref-law> und <ref-law> verstossen, denn die Frage der Beweislastverteilung stellt sich nicht mehr, sobald die Vorinstanz aufgrund einer Beweiswürdigung zu bestimmten tatsächlichen Schlüssen gelangt ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 602; <ref-ruling> E. 2.1 S. 649; <ref-ruling> E. 3.4 S. 634). Dies gilt nicht nur für Einzeltatsachen bei der Sachverhaltsfeststellung, sondern auch mit Bezug auf die tatbeständlichen Voraussetzungen für eine wesentliche Veränderung im Sinn von aArt. 153 ZGB (dazu E. 4). In dieser Hinsicht hat das Kantonsgericht nicht nur für den Zeitpunkt der Invalidisierung, sondern auch für die Zeit nach Erreichen des AHV-Alters eine Einkommenseinbusse festgestellt, indem zufolge Invalidität weniger Alterskapital habe angespart werden können und deshalb die BVG-Rente des Beschwerdegegners tiefer ausfalle.
4. Aufgrund der vorstehenden Erwägung ist für die Rechtsanwendung von den Sachverhaltsfeststellungen auszugehen, wie sie vom Kantonsgericht festgestellt und in E. 2 aufgeführt sind. Zur Debatte steht eine altrechtliche Bedürftigkeitsrente nach aArt. 152 ZGB, deren Abänderung sich gemäss der Übergangsbestimmung von <ref-law> nach aArt. 153 Abs. 2 ZGB richtet.
Gemäss dieser Bestimmung ist eine Herabsetzung oder Aufhebung der Bedürftigkeitsrente u.a. dann möglich, wenn die Vermögensverhältnisse des Pflichtigen der Höhe der Rente nicht mehr entsprechen. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung muss die Veränderung unvorhersehbar, dauerhaft und wesentlich sein (<ref-ruling> E. 5a E. 3 S. 217; <ref-ruling> E. 3a S. 232), wobei die Unvorhersehbarkeit in dem Sinn zu verstehen ist, dass neue Ereignisse eingetreten sind, welche bei der Rentenfestsetzung nicht berücksichtigt wurden (<ref-ruling> E. 11.1.1 S. 292). Dass die Invalidität bzw. die sich daraus ergebende Einkommenseinbusse des Beschwerdegegners dauerhaft ist und bei der Scheidung keine Berücksichtigung fand, wurde im kantonalen Prozess nicht speziell thematisiert, weil dies offensichtlich war. Was das Tatbestandselement der Wesentlichkeit anbelangt, so wird diese von der Beschwerdeführerin ebenfalls nicht angezweifelt. Die Verminderung der Leistungsfähigkeit ist angesichts der bundesgerichtlichen Rechtsprechung denn auch offensichtlich, zumal nicht so sehr die Quote des Einkommensrückganges, sondern vielmehr die Veränderung des Verhältnisses der frei verfügbaren Mittel zentral ist (Urteil 5C.197/2003 vom 30. April 2004 E. 3.3). Gemäss den kantonsgerichtlichen Feststellungen wurden der Beschwerdeführerin bei der Scheidung sämtliche frei verfügbaren Mittel des Beschwerdegegners zugesprochen, nämlich der gesamte seinen um 20 % erweiterten Notbedarf übersteigende Betrag. Somit greift die zufolge Invalidität eingetretene Einkommenseinbusse unmittelbar in den erweiterten Bedarf des Beschwerdegegners ein; überdies würde sie auch vom Prozentsatz her längst das erreichen, was das Bundesgericht den kantonalen Instanzen im Rahmen ihrer Ermessensausübung zugesteht (vgl. Urteil 5C.197/2003 vom 30. April 2004 E. 3.3).
Gemäss konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung zu aArt. 152 ZGB wurde dem Unterhaltsschuldner grundsätzlich der um 20 % erweiterter Notbedarf belassen (<ref-ruling> E. 1c S. 51). Die Beschwerdeführerin scheint dies anzuerkennen (Beschwerde S. 6 unten und S. 15), aber mit ihren diffusen Ausführungen sinngemäss geltend zu machen, dass die Rente im Verhältnis der Einkommenseinbusse anzupassen und mithin dem Beschwerdeführer nicht mehr der gesamte erweiterte Notbedarf zu belassen sei (Beschwerde S. 11 unten). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist aber eine Rente nicht einfach mit dem betreffenden Quotienten der Einkommenseinbusse herabzusetzen, sondern kommt es in erster Linie auf das Verhältnis der frei verfügbaren Mittel an. Dem Schuldner ist aber bei der Bedürftigkeitsrente, soweit es nicht um bloss vorübergehende Eingriffe geht, auch nach Eintritt des Abänderungstatbestandes grundsätzlich der um 20 % erweiterte Notbedarf zu belassen (vgl. Urteil 5C.91/2003 vom 27. Mai 2005 E. 3). Dies bedeutet letztlich, dass in knappen Fällen wie dem vorliegenden die Einkommenseinbusse voll auf den Rentenbetrag durchschlägt.
Soweit die Beschwerdeführerin einen Verstoss gegen <ref-law> rügt und geltend macht, der Beschwerdeführer habe im Zusammenhang mit den Mobilitätskosten gar keinen Zuschlag von 20 % verlangt, ist festzuhalten, dass sich die Dispositionsmaxime auf die Rechtsbegehren bezieht und der Beschwerdegegner die vollumfängliche Aufhebung der Bedürftigkeitsrente gefordert hat. Abgesehen davon wurde nach der zitierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur altrechtlichen Bedürftigkeitsrente der Zuschlag von 20 % immer auf dem gesamten Notbedarf und nicht nur auf dem Grundbetrag und/oder einzelnen Positionen des Existenzminimums gewährt.
Nach dem Gesagten ist im Rahmen der Beschwerdebegründung nicht ersichtlich, inwiefern das Kantonsgericht gegen Bundesrecht verstossen haben soll.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss die Beschwerde als von Anfang an aussichtslos betrachtet werden, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (<ref-law>) und das entsprechende Gesuch abzuweisen ist. Immerhin rechtfertigen es die Umstände, von der Erhebung von Gerichtskosten abzusehen (<ref-law>). Der Gegenseite ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli