Sachverhalt:
A. Der Strafgerichtspräsident Basel-Stadt verurteilte X._ am 28. Juni 2007 wegen fahrlässiger Tötung zu einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen à 140 Franken, einer Busse von 500 Franken und zur Bezahlung einer Genugtuung von 50'000 Franken an A.Y._. Er hielt für erwiesen, dass X._ am 30. Januar 2006 in Basel in pflichtwidriger Weise einen Unfall verursacht hatte, bei dem B.Y._ getötet wurde.
Auf Appellation von X._ hin senkte der Appellationsgerichtsausschuss des Kantons Basel-Stadt den Tagessatz auf 60 Franken und bestätigte im Übrigen das erstinstanzliche Urteil vollumfänglich.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, dieses Urteil des Appellationsgerichts aufzuheben und ihn freizusprechen oder eventuell die Sache an das Appellationsgericht zurückzuweisen mit der Auflage, einen Augenschein durchzuführen und ein Unfallgutachten erstellen zu lassen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der äussere Ablauf des Unfallgeschehens ist insoweit unbestritten, als der Beschwerdeführer am 30. Januar 2006, um 07:15 Uhr, mit seinem Lastwagen "Scania" in Basel die Zufahrtsstrasse vom SBB-Areal in Richtung Zentralstellwerk hinauffuhr, an der Verzweigung Bauhinweglein/ Münchensteinerstrasse, wo für ihn eine Stoppstrasse signalisiert ist, kurz anhielt und nach rechts in die Münchensteinerstrasse abbog. Dabei übersah er die mit eingeschalteter Beleuchtung von links auf der Münchensteinerstrasse herannahende Velofahrerin B.Y._ und erfasste sie mit der Lastwagenfront. Sie wurde in der Folge vom rechten Vorderrad und von den linken Hinterrädern überfahren und dadurch so schwer verletzt, dass sie noch auf der Unfallstelle starb.
1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die kantonalen Gerichte - das Appellationsgericht verweist in verschiedenen Punkten auf die erste Instanz - seien willkürlich davon ausgegangen, dass er die herannahende Velofahrerin hätte sehen können und dass diese den Fahrradstreifen benützt habe. Nicht einzutreten ist auf die Rüge insoweit, als sich der Beschwerdeführer darauf beschränkt, seine Sicht der Dinge darzutun und keine konkreten Willkürrügen gegen die appellationsgerichtliche Beweiswürdigung erhebt.
1.1.1 Aus der Dokumentation der Unfallstelle der Kantonspolizei ergibt sich, dass der Beschwerdeführer vom Haltebalken aus, an dem er nach seinen eigenen, unwiderlegten Ausführungen 1 - 2 Sekunden angehalten hatte, freie Sicht nach links in die Münchensteinerstrasse hatte und sowohl die für den motorisierten Verkehr bestimmte Fahrbahn als auch den Fahrradstreifen mindestens 14 m weit - in dieser Distanz befindet sich eine die Sicht einschränkende Tramhaltestelle - unbehindert einsehen konnte. Die entsprechenden Feststellungen der kantonalen Gerichte sind nicht nur willkürfrei, sondern offensichtlich zutreffend. Dies entspricht im Übrigen auch der eigenen Einschätzung des Beschwerdeführers. Als anfänglich noch nicht geklärt war, woher die Velofahrerin gekommen war, hat er ausgeschlossen, dass sie auf der Münchensteinerstrasse in Richtung Münchensteinerbrücke unterwegs gewesen sein könnte, da er sie sonst hätte sehen müssen.
1.1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei nicht erstellt, dass die Velofahrerin den Fahrradstreifen benützt habe. Es sei bekannt, dass an dieser Stelle viele Velofahrer ihre Route nach dem Kurvenverlauf ausrichten und dementsprechend nicht auf dem Fahrradstreifen, sondern links davon fahren würden. Es könne damit nicht ausgeschlossen werden, dass die Velofahrerin verkehrswidrig aus einer Richtung gekommen sei, aus der er nicht mit Velos habe rechnen müssen.
Der Augenzeuge C._ hat gegenüber der Polizei ausgesagt, die Velofahrerin sei auf dem Fahrradstreifen gefahren. Die ersten Kratzspuren des Velos auf dem Boden befinden sich rund zwei Meter ausserhalb des Fahrradstreifens. Nach der Einschätzung des Strafgerichtspräsidenten ergibt sich aus der "Unfalldynamik" und der Aussage von D._, wonach die Velofahrerin einen Moment lang regelrecht an der Lastwagenfront "geklebt" habe, dass diese nach dem Aufprall zunächst weggeschoben wurde, bevor sie unter das Vorderrad geriet. Auch wenn nicht ganz klar wird, ob sich diese Aussage von D._ auf die Zeit vor oder nach dem Aufprall bezieht, lässt sich aus dem Spurenbild und der Aussage von C._ jedenfalls willkürfrei schliessen, dass die Velofahrerin entweder auf dem Fahrradstreifen oder jedenfalls unmittelbar links davon gefahren ist, als sie vom Lastwagen des Beschwerdeführers erfasst wurde.
1.1.3 Damit ist der Anklagesachverhalt willkürfrei erstellt. Das Appellationsgericht konnte unter diesen Umständen die Einholung eines Unfallgutachtens und die Durchführung eines Augenscheins ohne Verfassungsverletzung ablehnen.
1.2 Die Ausführungen des Beschwerdeführers zur rechtlichen Würdigung gehen schon deshalb weitgehend an der Sache vorbei, weil sie sich nicht auf den vom Appellationsgericht willkürfrei festgestellten Sachverhalt beziehen, sondern auf seine eigene Darstellung des Unfallgeschehens. Die Kritik an der rechtlichen Würdigung ist im Übrigen auch unbegründet:
Nach der zutreffenden Auffassung der kantonalen Gerichte hat der vortrittsbelastete Beschwerdeführer beim Rechtsabbiegen in die Münchensteinerstrasse aus pflichtwidriger Unaufmerksamkeit die vortrittsberechtigte Velofahrerin übersehen und sie überfahren. Selbst wenn sie, was keineswegs erstellt ist, nicht auf dem Radstreifen, sondern leicht links davon auf der für den motorisierten Verkehr bestimmten Fahrbahn gefahren wäre, würde sich daran nichts ändern, da sie gegenüber dem Beschwerdeführer auch dort vortrittsberechtigt gewesen wäre und von ihm bei pflichtgemässer Sorgfalt hätte bemerkt werden müssen. Die kantonalen Gerichte haben keineswegs Bundesrecht verletzt, indem sie diese pflichtwidrige Unaufmerksamkeit als fahrlässiges Verhalten beurteilten, welches in adäquat kausaler Weise zum Tod von B.Y._ führte. Seine Verurteilung wegen fahrlässiger Tötung im Sinne von <ref-law> ist nicht zu beanstanden.
2. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von F. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi