Sachverhalt:
A. Am 24. Februar 1993 meldete sich der 1966 geborene S._ wegen Drogensucht (Heroin, Kokain, Haschisch), Hepatitis und Psoriasis an Kopf und Armen erstmals bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Umschulung auf eine neue Tätigkeit) an. Nach medizinischen und erwerblichen Abklärungen wies die IV-Kommission des Kantons Bern das Leistungsbegehren mangels Invalidität ab (Verfügung vom 13. Oktober 1993).
Mit Anmeldung vom 20. August 1999 ersuchte S._ die Invalidenversicherung erneut um Ausrichtung von Leistungen (Eingliederungsmassnahmen, Rente) und gab als Behinderung seine 13-jährige Polytoxikomanie, schwere psychische Persönlichkeitsstörungen (Borderline-Syndrom, Depression) und einen gesundheitlich schwer angeschlagenen bzw. kranken Zustand (Psoriasis, nur 15 % Sehfähigkeit auf dem rechten Auge, Hepatitis C) an. Die IV-Stelle führte wiederum erwerbliche Abklärungen durch, holte einen Bericht der Frau Prof. Dr. X._, Psychiatrische Klinik Y._, vom 22. November 2000 ein und liess den Versicherten durch Dr. med. A._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, begutachten (Untersuchung vom 12. Januar 2001; Gutachten vom 27. April 2001). Am 19. April 2001 wurde der Versicherte in die Psychiatrische Klinik B._ eingewiesen. Mit Vorbescheid vom 7. Juni 2001 stellte die IV-Stelle die Abweisung des Leistungsbegehrens in Aussicht, da sich seit der ersten Verfügung vom 13. Oktober 1993 keine erhebliche Veränderung ergeben habe. Am 18. Juni 2001 erliess sie eine dem Vorbescheid entsprechende Verfügung, hob diese allerdings am 12. Juli 2001 wiedererwägungsweise auf, da sie das Vorbescheidverfahren vorzeitig beendet habe. Nachdem der Versicherte gegen den Vorbescheid vom 7. Juni 2001 Einsprache erhoben hatte, veranlasste die IV-Stelle eine neuropsychologische Begutachtung im Institut C._, die am 30. November 2001 durch lic. phil. D._ durchgeführt wurde (Gutachten vom 16. Januar 2002) und für welche der sich inzwischen wegen Drogendelikten im Strafvollzug befindliche Versicherte Hafturlaub erhielt. Gegen den daraufhin erlassenen wiederum ablehnenden Vorbescheid vom 14. März 2002 liess der Versicherte erneut Einsprache erheben und einen Bericht des Dr. med. V._ vom 12. Juni 2002 auflegen, wo er sich seit 21. März 2002 in stationärer Behandlung befand. Mit Verfügung vom 29. Juli 2002 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren ab.
B. Beschwerdeweise liess S._ die Ausrichtung einer ganzen Rente rückwirkend ab 1. September 2001 beantragen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 23. Oktober 2003 in dem Sinne gut, als es die Verfügung vom 29. Juli 2002 aufhob und eine ganze Rente ab 1. September 2001 zusprach. Zudem leitete es die Akten an die IV-Stelle weiter zur Prüfung, ob ein Revisionsverfahren durchzuführen sei.
C. Die IV-Stelle erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides bezüglich der Ausrichtung einer ganzen Rente ab 1. September 2001.
S._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen; das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Mit Eingabe vom 16. Februar 2004 reicht die IV-Stelle eine ergänzende Stellungnahme ihres ärztlichen Dienstes (Dr. med. U._) vom 13. Februar 2004 zu den Akten.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, ist das am 1. Januar 2003 in Kraft getretene Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2000 im vorliegenden Fall - entgegen der Auffassung der IV-Stelle - nicht anwendbar, da nach dem massgebenden Zeitpunkt des Erlasses der streitigen Verfügung (hier: 29. Juli 2002) eingetretene Rechts- und Sachverhaltsänderungen vom Sozialversicherungsgericht nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> Erw. 1, 121 V 366 Erw. 1b).
Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (<ref-law>; <ref-ruling> Erw. 1b), insbesondere bei geistigen Gesundheitsschäden (<ref-ruling>; AHI 2000 S. 151 Erw. 2a; vgl. auch AHI 2001 S. 228 Erw. 2b mit Hinweisen und <ref-ruling> Erw. 4c in fine) und bei Drogensucht (SVR 2001 IV Nr. 3 S. 7 Erw. 2b mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 2; AHI 2001 S. 228 f. Erw. 2b in fine mit Hinweisen, 2002 S. 30 Erw. 2a mit Hinweisen) sowie zu den Voraussetzungen und zum Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 [in der bis 31. Dezember 2003 anwendbar gewesenen Fassung] und 1bis IVG [in Kraft gestanden bis Ende 2003]) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2. 2.1 Streitig und zu prüfen ist der Rentenanspruch des Beschwerdegegners.
Um den Invaliditätsgrad bemessen zu können, ist die Verwaltung (und im Beschwerdefall das Gericht) auf Unterlagen angewiesen, die ärztliche und gegebenenfalls auch andere Fachleute zur Verfügung zu stellen haben. Aufgabe des Arztes oder der Ärztin ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten die versicherte Person arbeitsunfähig ist. Im Weiteren sind die ärztlichen Auskünfte eine wichtige Grundlage für die Beurteilung der Frage, welche Arbeitsleistungen der Person noch zugemutet werden können (<ref-ruling> Erw. 4, 115 V 134 Erw. 2, 114 V 314 Erw. 3c, 105 V 158 Erw. 1).
Nach der Rechtsprechung ist für den Beweiswert eines Arztberichtes entscheidend, ob er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweis).
2.2 Die Vorinstanz erwog gestützt auf das neuropsychologische Gutachten des lic. phil. D._ vom 16. Januar 2002, der Beschwerdegegner sei seit längerem im Umfang von 25 % arbeitsunfähig. Nach Einschätzungen des Dr. med. V._ vom 12. Juni 2002 sowie aufgrund der Ausführungen des Dr. med. A._ im Gutachten vom 27. April 2001 sei mit überwiegender Wahrscheinlichkeit von einer seit 12. Juni 2001 infolge einer Hepatitis C-Erkrankung bestehenden vollständigen Arbeitsunfähigkeit auszugehen. Die einjährige Wartezeit sei demzufolge am 12. September 2001 abgelaufen, weshalb ab diesem Zeitpunkt Anspruch auf eine ganze IV-Rente bestehe.
Die IV-Stelle bringt vor, es lägen vordringlich zwei Elemente vor, welche allenfalls zu einer Reduktion der Arbeitsfähigkeit führen könnten, die jedoch beide invaliditätsfremd seien und daher keine Leistungen der Invalidenversicherung zu begründen vermöchten. Gemäss dem neuropsychologischen Gutachten sei die Arbeitsfähigkeit abhängig von der Drogenproblematik; die Drogensucht könne jedoch nicht als krankheitsbegründend bezeichnet werden, zumal sie schon seit vielen Jahren bestehe. Die Hepatitis C-Infektion bestehe seit 1989. Eine solche Erkrankung verlaufe meist symptomfrei und werde als Zufallsbefund entdeckt, eine Arbeitsunfähigkeit könne damit nicht begründet werden. Es fehlten Laborbefunde, welche die Schwere der Erkrankung belegen könnten. Zudem könne eine Hepatitis behandelt werden, wobei die Behandlung nicht zu einer Arbeitsunfähigkeit führe. Drogensüchtige würden aber wegen hoher Behandlungskosten, mangelnder Compliance und weil keine direkten Auswirkungen auf den Gesundheitszustand zu erwarten seien, kaum behandelt. Der Beschwerdegegner sei während seines Aufenthaltes in der Strafanstalt X._ nicht behandelt worden; erkennbare Symptome hätten somit kaum vorgelegen. Dem Bericht des Dr. med. V._ könnten weder Befunde noch anamnestisch erhobene Symptome entnommen werden, welche die Kausalität zwischen der Hepatitis C und einer Arbeitsunfähigkeit als wahrscheinlich erscheinen liessen oder auswiesen. Diese Vorbringen bekräftigte sie durch die mit ergänzender Stellungnahme eingereichten Ausführungen des Dr. med. U._ vom 13. Februar 2004.
Die IV-Stelle bringt vor, es lägen vordringlich zwei Elemente vor, welche allenfalls zu einer Reduktion der Arbeitsfähigkeit führen könnten, die jedoch beide invaliditätsfremd seien und daher keine Leistungen der Invalidenversicherung zu begründen vermöchten. Gemäss dem neuropsychologischen Gutachten sei die Arbeitsfähigkeit abhängig von der Drogenproblematik; die Drogensucht könne jedoch nicht als krankheitsbegründend bezeichnet werden, zumal sie schon seit vielen Jahren bestehe. Die Hepatitis C-Infektion bestehe seit 1989. Eine solche Erkrankung verlaufe meist symptomfrei und werde als Zufallsbefund entdeckt, eine Arbeitsunfähigkeit könne damit nicht begründet werden. Es fehlten Laborbefunde, welche die Schwere der Erkrankung belegen könnten. Zudem könne eine Hepatitis behandelt werden, wobei die Behandlung nicht zu einer Arbeitsunfähigkeit führe. Drogensüchtige würden aber wegen hoher Behandlungskosten, mangelnder Compliance und weil keine direkten Auswirkungen auf den Gesundheitszustand zu erwarten seien, kaum behandelt. Der Beschwerdegegner sei während seines Aufenthaltes in der Strafanstalt X._ nicht behandelt worden; erkennbare Symptome hätten somit kaum vorgelegen. Dem Bericht des Dr. med. V._ könnten weder Befunde noch anamnestisch erhobene Symptome entnommen werden, welche die Kausalität zwischen der Hepatitis C und einer Arbeitsunfähigkeit als wahrscheinlich erscheinen liessen oder auswiesen. Diese Vorbringen bekräftigte sie durch die mit ergänzender Stellungnahme eingereichten Ausführungen des Dr. med. U._ vom 13. Februar 2004.
2.3 2.3.1 In psychiatrischer Hinsicht wurde der Beschwerdegegner durch Frau Prof. Dr. med. X._ und durch Dr. med. A._ untersucht. In ihrem Bericht vom 22. November 2000 diagnostizierte Frau Prof. Dr. X._ seit Kindheit bestehende Stimmungsschwankungen, später Drogenkonsum (wahrscheinlich sekundär aufgepfropft auf phasenweise auftretende Depressionen), Verdacht auf Attention Deficit Disorder (ADD; früher infantiles POS), bestehend seit Kindheit. Seit 1994 bis auf Weiteres bestehe eine vollständige Arbeitsunfähigkeit. Dem Gutachten des Dr. med. A._ vom 27. April 2001 ist zu entnehmen, dass der Versicherte an einer rezidivierenden depressiven Störung, gegenwärtig leichte Episode (ICD-10: F 33.0), leidet. Die Depressionen hätten sich in jüngerer Zeit wieder zurückgebildet; der Versicherte leide vor allem an der schwierigen gesellschaftlichen Situation. Angesichts der verbesserten Depression sei die Arbeitsfähigkeit nicht nennenswert eingeschränkt; über den Einfluss eines eventuell vorhandenen ADD-Syndroms könne er sich nicht äussern. Es wäre zu begrüssen, wenn ein Somatiker hinsichtlich einer eventuellen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit durch die Hepatitis angefragt würde.
2.3.2 Anlässlich der durch lic. phil. D._ durchgeführten neuropsychologischen Begutachtung zeigte sich eine leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung (vor allem Gedächtnis- und Aufmerksamkeitsstörung) mulitfaktorieller Genese (ADD, psychische Faktoren, möglicherweise durch Drogenabusus bzw. dessen Konsequenzen bedingte hirnorganische Beeinträchtigung, nicht auszuschliessende Residuen eines 1986 erlittenen Schädel-Hirn-Traumas [SHT]). Nach seinen überzeugenden Ausführungen, auf welche abgestellt werden kann, besteht die neuropsychologische Störung überwiegend wahrscheinlich (<ref-ruling> Erw. 5b, 125 V 195 Erw. 2, je mit Hinweisen) seit Beginn des ersten beruflichen Ausbildungsversuchs und bewirkt, dass der Versicherte bei einer Arbeitszeit von 100 % lediglich eine Arbeitsleistung von 75 % erbringen kann. Lic. phil. D._ führte weiter aus, die Funktionsstörung sei auf verschiedene, sich wechselseitig beeinflussende und nicht klar zu trennende Faktoren zurückzuführen. So habe das ADD (eventuell auch das SHT) zu einer erhöhten Labilität und damit auch zu einer grösseren Drogengefährdung geführt, der Drogenabusus seinerseits erhöhe aber auch die gesundheitliche und soziale Gefährdung.
Ob die jahrelange Drogensucht zur neuropsychologischen Funktionsstörung geführt hat oder ob die Drogensucht Folge eines geistigen Gesundheitsschadens ist, braucht nicht weiter geprüft zu werden, da nach der Rechtsprechung (<ref-ruling> Erw. 2; AHI 1996 S. 303 Erw. 2a, S. 305 Erw. 1a und S. 309 Erw. 2a; ZAK 1992 S. 171 Erw. 2b mit weiteren Hinweisen; SVR 2001 IV Nr. 3 S. 7 Erw. 2b; vgl. auch Erw. 1 hievor) ein Drogenabusus im Rahmen der Invalidenversicherung sowohl dann ins Gewicht fällt, wenn er einen die Erwerbsfähigkeit beeinträchtigenden Gesundheitsschaden bewirkt, als auch wenn er Folge eines körperlichen oder geistigen Gesundheitsschadens ist.
2.3.3 In somatischer Hinsicht erkrankte der Versicherte unbestrittenerweise im Jahre 1989 an einer Hepatitis C-Infektion. Streitig ist, ob und allenfalls in welchem Ausmass diesem Leiden invalidisierende Wirkung zukommt. Die IV-Stelle liess die somatischen Beschwerden nicht abklären, sondern begnügte sich damit, das vom Versicherten eingereichte, an seine Rechtsvertreterin gerichtete Schreiben des Dr. med. V._ vom 12. Juni 2002 ihrem ärztlichen Dienst zur Beurteilung zu unterbreiten. Überdies reicht sie im vorliegenden Verfahren eine ergänzende Stellungnahme des Dr. med. U._ vom 13. Februar 2004 zu den Akten.
Eigene Untersuchungen bezüglich der Hepatitis-Infektion führte einzig Dr. med. V._ durch. Seine Ausführungen vermögen jedoch, wie nachfolgend gezeigt wird, nicht zu überzeugen. Dem Brief vom 12. Juni 2002 ist zu entnehmen, dass die Behandlung der Hepatitis-Erkrankung erst sehr kurze Zeit vor diesem Datum begonnen hat. In einem derart frühen Behandlungsstadium kann - worauf Dr. med. V._ selbst hinweist - noch keine verlässliche Prognose über den Therapieverlauf erfolgen. Es ist somit insbesondere nicht möglich zu beurteilen, ob die Hepatitis C-Infektion eine voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde Erwerbsunfähigkeit (<ref-law> [in der bis 31. Dezember 2002 anwendbar gewesenen Fassung]) bewirkt. Die ohne weitere Begründung, insbesondere ohne Erhebung von Laborbefunden und Bezeichnung konkreter Krankheitssymptome vorgenommene Einschätzung, eine vollständige Arbeitsunfähigkeit bestehe seit schätzungsweise einem halben bis einem Jahr und dauere mit Sicherheit noch bis zu dem für Frühling/Sommer 2003 geplanten Therapieabschluss an, ist nicht nachvollziehbar. Gerade in Anbetracht der sich aus der Natur der Sache ergebenden Beweisschwierigkeiten, insbesondere da nach heutigem medizinischen Wissensstand sich lediglich bei einem kleinen Prozentsatz der Hepatitis C-Infizierten ein akutes Krankheitsbild entwickelt - wobei selbst in diesen Fällen die akute Erkrankungsphase meist recht mild verläuft (Darai/Handermann/ Hinz/Sonntag (Hrsg.), Lexikon der Infektionskrankheiten des Menschen, 2. A., Berlin/Heidelberg 2003, S. 315 f.; Merkblatt für Hepatitis C-Betroffene, herausgegeben vom Robert Koch-Institut, Berlin, Stand Januar 2002) -, und weil im Rahmen der sozialversicherungsrechtlichen Leistungsprüfung rechtsprechungsgemäss verlangt werden muss, dass grundsätzlich (vorbehältlich bestimmter Fälle somatisch nicht begründbarer Schmerzsyndrome mit psychischen Befunden) fachärztlich schlüssig feststellbare und erklärbare Befunde vorliegen, andernfalls sich eine rechtsgleiche Beurteilung der Rentenansprüche nicht gewährleisten lässt (Urteil S. vom 5. März 2003, I 507/02), wäre die Erhebung von Laborparametern und die präzise Beschreibung allfälliger beim Versicherten aufgetretener Krankheitssymptome angezeigt gewesen. Auch Dr. med. U._ führt in seiner Stellungnahme vom 13. Februar 2004 aus, eine Hepatitis C-Erkrankung führe grundsätzlich nicht zu einer Invalidität; eine invalidisierende Müdigkeit als Folge einer Hepatitis C-Infektion sei aussergewöhnlich und verschwinde bei entsprechender Behandlung spätestens 24 Wochen nach Behandlungsbeginn. Selbst Dr. med. V._ weist im Übrigen auf die Notwendigkeit von Laboruntersuchungen hinsichtlich der Leberwertfunktionen für die Beurteilung von Leberkrankheiten hin. Entgegen den Erwägungen im angefochtenen Entscheid kann auch der Äusserung des Dr. med. A._, er würde den Beizug eines Somatikers hinsichtlich der Beurteilung allfälliger Auswirkungen des Hepatitis auf die Arbeitsfähigkeit begrüssen, nicht entnommen werden, dass bereits zum Zeitpunkt der Begutachtung im Januar 2002 ein akuter Hepatitis-Schub mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit vorgelegen hat. Zusammenfassend ist die Beurteilung des Dr. med. V._ nicht einleuchtend und seine Schlussfolgerungen sind nicht begründet, weshalb darauf nicht abgestellt werden kann; es fehlen insbesondere objektive Anhaltspunkte, die auf eine (teilweise oder vollständige) Arbeitsunfähigkeit und deren allfälligen Beginn schliessen lassen. Allerdings vermögen die allgemein gehaltenen und nicht auf eigenen Untersuchungen des Beschwerdegegners beruhenden Ausführungen des Dr. med. U._ ebenso wenig nachzuweisen, dass die Hepatitis-Infektion ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit geblieben ist. Aufgrund der vorliegenden Akten kann somit die Auswirkung der Hepatitis-Erkrankung auf die Arbeitsfähigkeit nicht abschliessend beurteilt werden. Es sind weitere Abklärungen in somatischer Hinsicht notwendig, etwa die Einholung eines Berichtes des Dr. med. T._, bei dem sich der Beschwerdegegner wegen seiner Hepatitis-Erkrankung in Behandlung befand. Die Sache ist daher an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie Schwere und Auswirkungen der Hepatitis-Infektion auf die Arbeitsfähigkeit abkläre und über den Rentenanspruch des Versicherten (gegebenenfalls unter Anwendung von <ref-law>) neu verfüge.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgericht des Kantons Bern vom 23. Oktober 2003 und die Verfügung vom 29. Juli 2002 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Bern zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 16. März 2004
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Die Präsidentin der III. Kammer: Die Gerichtsschreiberin: