Faits:
A.
X._ a obtenu en décembre 2002 le Diplôme d'études supérieures en études du développement auprès de la Faculté des sciences économiques et sociales (ci-après: la faculté) de l'Université de Genève (ci-après: l'université) avant d'y entreprendre un doctorat. En 2008, alors qu'il travaillait encore à la rédaction de sa thèse de doctorat, l'intéressé s'est inscrit auprès de la faculté en vue d'obtenir un certificat complémentaire en géomatique (en abrégé: le CCG), expression issue de la contraction des termes "géographie" et "informatique" regroupant l'ensemble des outils et méthodes permettant d'acquérir, de représenter, d'analyser et d'intégrer des données géographiques.
Le 18 novembre 2008, le Professeur A._, directeur du programme du CCG, a indiqué à X._ que sa candidature avait été retenue par le comité scientifique du CCG (ci-après: le comité scientifique). Le 27 janvier 2009, le prénommé a informé la faculté de son impossibilité de préparer le CCG en 2009 et a demandé si son admission restait valable pour l'année académique 2009-2010. Il lui fut répondu qu'il devait à nouveau postuler pour la prochaine session, prévue pour janvier-février 2010, et qu'il appartenait au comité scientifique d'évaluer les dossiers de candidature chaque année.
Après avoir obtenu son doctorat en études du développement le 31 mars 2011 et avoir ainsi été exmatriculé de l'université, X._ a déposé le 29 août 2011 sa candidature au CCG pour l'année académique 2011-2012.
B.
Par décision du 24 octobre 2012, le doyen de la faculté (ci-après: le doyen) a informé X._ du refus de sa candidature, sur préavis du comité scientifique. Le même jour, X._ a fait opposition à cette décision. Le doyen a rejeté l'opposition le 21 mars 2012, après avoir recueilli l'avis de la Commission instaurée par le règlement relatif à la procédure d'opposition au sein de l'Université de Genève du 16 mars 2009 (RIO-UNIGE). Il a considéré que la candidature de X._ n'était pas prioritaire par rapport à celle de personnes en cours d'études, plus spécialement en cours de maîtrise, et que le nombre de demandes d'admission avait contraint le comité scientifique à adopter des règles de sélection draconiennes.
Saisie d'un recours dirigé contre la décision du doyen du 21 mars 2012, la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice), l'a rejeté, par arrêt du 30 octobre 2012. Elle a retenu, en substance, que la requête de X._ constituait une demande d'admission à de nouvelles études, que les candidats au CCG ne disposaient pas d'un droit à être sélectionnés, que le comité scientifique disposait d'un large pouvoir d'appréciation et que la préférence accordée aux étudiants en cours de formation, compte tenu du nombre de places limité, n'était pas entachée d'arbitraire.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 30 octobre 2012. Il dénonce l'établissement inexact et incomplet des faits et se plaint d'irrégularités de procédure, notamment au regard de son droit à la consultation du dossier, ainsi que d'application arbitraire du droit cantonal. Il a présenté, après le dépôt du recours, une demande d'assistance judiciaire, sous forme de dispense des frais judiciaires.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'université conclut au rejet du recours. Dans ses déterminations sur les prises de position des autres participants à la procédure, X._ a maintenu les conclusions formulées dans son recours.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 43; <ref-ruling> consid. 1 p. 103).
1.1. L'arrêt attaqué confirme le refus de la faculté d'admettre le recourant aux cours permettant l'obtention du CCG. Il revêt donc la qualité d'une décision finale (cf. <ref-law>) rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (cf. <ref-law>). Ce refus est fondé sur des critères de priorité à accorder aux candidats en fonction d'un nombre de places limité. Dans cette mesure, la décision litigieuse n'est pas en lien avec l'évaluation des capacités du recourant et ne tombe pas sous le coup de la clause d'irrecevabilité prévue à l'art. 83 let. t LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 231). La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.
1.2. Au surplus, le recours a été déposé en temps utile (cf. <ref-law>) par le destinataire de l'acte attaqué, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (cf. <ref-law>).
2.
Hormis les cas cités expressément à l'<ref-law> (non pertinents en l'espèce), le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. Il est seulement possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire (art. 9 Cst.) ou contraire à d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois les moyens tirés de la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise, conformément au principe de l'allégation déduit de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 316). De même, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (ATF <ref-ruling> consid. 3 p. 104; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322). Il appartient au recourant de démontrer la réalisation des conditions de l'<ref-law>, à savoir que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322; <ref-ruling> consid. 1a p. 254 s. et les arrêts cités).
3.
Le recourant soulève trois griefs de nature formelle qu'il convient d'examiner à titre préalable.
3.1. Il reproche en premier lieu au doyen d'avoir tardé à se prononcer sur son opposition, en violation des art. 33 al. 1 RIO-UNIGE et 52 de la loi genevoise sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA; RS/GE E 5 10), applicable en vertu de l'art. 43 al. 1 de la loi genevoise sur l'université du 13 juin 2008 (LU; RS/GE C 1 30) et qu'il est ainsi victime d'un déni de justice.
Si l'art. 43 al. 1 LU dispose effectivement que la LPA s'applique à l'université, l'alinéa 2 de cette disposition prévoit la mise en place d'une procédure d'opposition interne avant le recours à la Chambre administrative de la Cour de justice. C'est sur cette base qu'a été édicté le 16 mars 2009 le RIO-UNIGE. C'est donc ce règlement spécial - et non pas la LPA - qui régit le délai dans lequel l'autorité saisie d'une opposition doit se prononcer. Selon son art. 33 al. 1, l'autorité qui statue doit, en principe, rendre sa décision dans les trente jours dès la fin de l'instruction. Comme le relève l'arrêt de la Cour de justice du 30 octobre 2012, le doyen a sollicité à tort le préavis de la Commission instituée par le RIO-UNIGE, préavis qui lui a été transmis en mars 2012. Conformément à l'art. 27 RIO-UNIGE, applicable aux candidats à l'admission à l'université - c'était le cas du recourant, qui avait été exmatriculé à la suite de l'obtention de son doctorat - le préavis du comité scientifique était suffisant. Or, ce préavis a été émis le 24 décembre 2011, de sorte que la fin de l'instruction aurait dû intervenir à réception de ce préavis et la décision sur opposition trente jours plus tard. Cela étant, il convient de considérer, à l'instar de l'autorité précédente, que le délai de trente jours de l'art. 33 al. 1 RIO-UNIGE n'est qu'un délai d'ordre et non de péremption, comme le texte même de cette disposition l'indique (l'autorité "doit, en principe, rendre sa décision dans les 30 jours"). En outre, l'inobservation de ce délai non contraignant, consécutive à l'erreur du doyen dans le choix de la procédure d'instruction, n'a entraîné aucune conséquence préjudiciable pour le recourant. En particulier, celui-ci n'aurait pas pu suivre le cours de janvier-février 2012 s'il avait reçu la décision sur opposition à fin janvier 2012, puisqu'il n'aurait pas pu obtenir à temps une décision de la Cour de justice faisant suite au recours qu'il aurait interjeté à cette date.
C'est donc à tort que le recourant se plaint d'un déni de justice dont le doyen se serait rendu coupable.
3.2. Le recourant fait valoir également que son droit d'être entendu a été violé dans la mesure où il n'a pas eu accès au dossier de la cause avant de déposer son recours auprès de la Cour de justice.
3.2.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270 s.).
3.2.2. Il est établi que le recourant s'est adressé au doyen le 3 avril 2012 pour consulter le dossier. Il n'a, au demeurant, pas pris la précaution de réinterpeller le doyen à l'approche de l'échéance du délai de recours auprès de la Cour de justice. Le 24 avril 2012, la conseillère aux études de la faculté a pris contact avec lui pour organiser cette consultation à partir du 26 avril 2012. Dans sa réponse du même jour, le recourant a indiqué qu'il avait déposé son mémoire de recours le 20 avril 2012 et que cette consultation n'était donc plus utile. Dans le cadre de la procédure de recours devant la Cour de justice, le recourant a déposé le 1er juin 2012 un mémoire complémentaire dans lequel il a repris l'ensemble de ses griefs, y compris celui de violation de son droit d'être entendu. Or, il aurait pu avoir accès à son dossier dès le 26 avril 2012 et disposer ainsi d'un délai de plus d'un mois pour rédiger son mémoire complémentaire, après avoir consulté les documents dont il prétend n'avoir pas pu prendre connaissance.
C'est donc en vain que le recourant se plaint de la privation d'un droit qu'il n'a pas jugé opportun d'exercer.
3.3. Le recourant reproche enfin à la Cour de justice de ne s'être pas prononcée sur le grief tiré de l'erreur du doyen faisant état, dans sa décision sur opposition, de l'élimination du recourant de la faculté en lieu et place du refus de son admission au CCG. Ce reproche relève des exigences de motivation comme composante du droit d'être entendu.
3.3.1. Le droit d'être entendu comprend l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (<ref-ruling> consid. 2.6 p. 73; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88). Elle n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 236).
3.3.2. En l'espèce, il est patent que l'indication d'élimination du recourant de la faculté - alors que celui-ci était déjà exmatriculé de l'université - relevait d'une simple inadvertance de la part du doyen. Comme cela était dépourvu de toute incidence sur le sort de la cause, la Cour de justice n'était pas tenue d'en discuter longuement, même si elle aurait pu se prononcer brièvement sur le moyen soulevé. En tout état de cause, cette omission ne saurait entraîner l'annulation de l'arrêt entrepris.
4.
Sur le fond, le recourant dénonce une application arbitraire de l'art. 3 du règlement d'études du certificat complémentaire en géomatique édicté par la Faculté des sciences économiques et sociales (SES) et la Faculté des sciences, entré en vigueur le 1er septembre 2009 (ci-après: RECCG), dès lors que le critère de la priorité accordé à certains candidats, qui lui a été opposé, n'était pas mentionné dans ledit règlement.
4.1. Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
4.2. L'alinéa 1 de l'art. 3 RECCG prévoit que le candidat à l'admission au CCG doit être en possession d'un titre de baccalauréat universitaire ou d'un titre jugé équivalent. Il doit en outre remplir les conditions d'immatriculation en vigueur à l'université de Genève au moment de l'inscription. L'alinéa 2 dispose que l'admission se fait sur dossier. Le candidat à l'admission soumet un dossier comprenant le procès-verbal de ses études antérieures, ainsi qu'un document exposant sa motivation pour le certificat. Le doyen prononce la décision d'admission sur préavis du comité scientifique (al. 4).
Sous réserve des exigences liées à la possession d'un titre universitaire et à la réunion des conditions d'immatriculation, ces dispositions règlementaires confèrent un large pouvoir d'appréciation au doyen et au comité scientifique, compte tenu notamment du rôle de la motivation comme critère d'admission. Lorsque, comme c'était le cas du cours organisé en janvier-février 2012, le nombre de candidats excède le nombre de places disponibles, il incombe à l'autorité compétente de décider d'un critère de priorité propre à départager ceux qui remplissent les conditions formelles expressément mentionnées à l'art. 3 al. 1 RECCG. En l'espèce, le doyen, suivant en cela le préavis du comité scientifique, a estimé que la préférence devait être accordée aux requérants en cours d'études, spécialement en cours de maîtrise, qui disposaient d'un intérêt plus immédiat à la fréquentation du cours, plutôt qu'à des étudiants qui, à l'instar du recourant - titulaire d'un diplôme universitaire étranger ainsi que d'un diplôme d'études supérieures et d'un doctorat délivrés par l'université de Genève - bénéficiaient déjà d'une formation universitaire complète.
En procédant à un tel choix, le doyen n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation, n'a pas fait preuve d'arbitraire et n'a donc pas violé l'art. 3 RECCG.
Au demeurant, le recourant ne fait pas valoir que le refus qui lui a été opposé serait arbitraire en tant qu'il porterait une atteinte grave à l'art. 17 LU, disposition aux termes de laquelle, en cas de nécessité, lorsque le nombre de places l'exige, le Conseil d'Etat peut limiter, à la demande de l'université, par un arrêté valable pour une seule rentrée universitaire, l'accès aux études dans une unité principale d'enseignement et de recherche (1ère phrase). Conformément à l'<ref-law>, la question n'a donc pas à être examinée.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Le recours apparaissant d'emblée dénué de chances de succès, il n'y a pas lieu d'accorder le bénéfice de l'assistance judiciaire au recourant (cf. <ref-law> a contrario), lequel supportera en conséquence les frais judiciaires (cf. <ref-law>) qui seront fixés en fonction de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section.
Lausanne, le 10 juillet 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin