Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens, hat sich ergeben:
A.- Die Stiftung X._ (im Folgenden abgekürzt: die Stiftung) mit Sitz in E._ wurde im Jahre 1984 von B._ gegründet. A._ gehörte dem Stiftungsrat als Präsident, B._ als Mitglied und Aktuar an, beide mit Einzelunterschrift. Die Stiftung verfügte zunächst über keine eigenen Grundstücke und führte ihren Therapiebetrieb in drei Liegenschaften in W._, E._ und O._, die im Eigentum der von B._ beherrschten Y._ AG standen. In den Jahren 1991, 1992 und 1994 erwarb die Stiftung von der Y._ AG die drei bisher gemieteten Liegenschaften in E._, W._ und O._. Nachdem gegen die Leitung der Stiftung der Vorwurf finanzieller Unregelmässigkeiten erhoben worden war, setzte die kantonale Behörde einen kommissarischen Stiftungsrat ein, der am 28. Februar und 31. März 1995 Bericht erstattete. Aufgrund dieser Berichte wurde im August 1995 gegen B._ und A._ eine Strafuntersuchung wegen Verdachts ungetreuer Geschäftsbesorgung und Veruntreuung eröffnet. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau stellte das Strafverfahren mit Verfügung vom 4. März 1999 ein. Hinsichtlich der Kosten verfügte sie Folgendes:
"2. Die Kosten im Betrage von Fr. 313'192. -- werden gestützt auf § 139 Abs. 1 bis 3 StPO wie folgt verteilt:
a) Die Kosten der Gutachten KPMG betr. Kaufpreise und Mietzinsgestaltung der Liegenschaften E._, W._ und O._ von Fr. 265'260. 15 gehen je zur Hälfte zu Lasten der Beschuldigten unter solidarischer Haftbarkeit (je Fr. 132'630. 10 bzw. 132'630. 05).
b) Die Kosten der Abklärungen KPMG betr. Lohn bezüge D._/R. _ von Fr. 7'211. 10 gehen je zur Hälfte zu Lasten der Beschuldigten unter solidarischer Haftbarkeit (je Fr. 3'605. 55).
c) Die Kosten KPMG betr. Bezüge und Projekthonorare B._ von Fr. 24'319. 25 gehen zur Hälfte mit Fr. 12'159. 60 zu Lasten von B._; die andere Hälfte trägt der Kanton.
d)Die übrigen Verfahrenskosten von Fr. 15'840. -- gehen zur Hälfte mit Fr. 7'920. --zu Lasten B._, zu 1/4 mit Fr. 3'960. --zu Lasten A._; das restliche Viertel trägt der Kanton.
e)Die Gefangenschaftskosten von Fr. 141.50 gehen zu Lasten von B._.
f) Die Kosten KTD für Unterschriftenprüfung von Fr. 420. -- gehen zu Lasten des Staates. "
B.- Mit einer an das Obergericht des Kantons Aargau gerichteten Beschwerde stellte B._ das Begehren, es seien die Ziffern 2a bis 2e der Einstellungsverfügung vom 4. März 1999 aufzuheben und die ihm auferlegten Kosten der Strafuntersuchung im Betrag von Fr. 156'456. 75 auf die Staatskasse zu nehmen. Das Obergericht entschied am 1. Juni 1999 wie folgt:
"1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden Dispositiv Ziff. 2. a und b der angefochtenen Einstellungsverfügung vom 4. März 1999 aufgehoben.
Soweit mit der Beschwerde mehr oder anderes verlangt wird, ist sie abgewiesen.
2. Die obergerichtlichen Verfahrenskosten, bestehend aus einer Staatsgebühr von Fr. 1'000. -- sowie der Kanzleigebühr und den Auslagen von Fr. 155. --, zusammen Fr. 1'155. --, werden zu 1/5 mit Fr. 231. -- dem Beschwerdeführer auferlegt und im Übrigen auf die Staatskasse genommen.
3. Dem Beschwerdeführer werden die richterlich genehmigten Parteikosten für das Beschwerdeverfahren zu 4/5 mit Fr. 6'382. 55 ersetzt. "
C.- B._ reichte gegen diesen Entscheid staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht ein. Er beantragt, der Entscheid des Aargauer Obergerichts vom 1. Juni 1999 sei mit Bezug auf die Ziffern 1 Abs. 2, 2 und 3 aufzuheben und die Sache sei zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen.
D.- Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen.
E.- Das Obergericht entschied am 20. September 1999, sein Entscheid vom 1. Juni 1999 werde "von Amtes wegen mit der Feststellung amtlicher Verteidigung des Beschwerdeführers durch seine Anwältin in Dispositiv-Ziff. 3 aufgehoben und durch folgende Bestimmung berichtigt:
3. a) Die Obergerichtskasse wird angewiesen, der amtlichen Verteidigerin des Beschwerdeführers dessen obergerichtliche Parteikosten im richterlich festgesetzten Betrag von Fr. 7'978. 20 zu vergüten.
b) Der gemäss Verfahrensausgang vom Beschwerdeführer zu tragende Parteikostenanteil von einem Fünftel dieses Parteikostenersatzes im Betrag von Fr. 1'595. 65 ist vom Beschwerdeführer zurückzubezahlen. "

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Seit 1. Januar 2000 ist nicht mehr die alte Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874 (aBV), sondern die neue Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) in Kraft (AS 1999 2555).
2.- Gemäss § 139 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau (StPO) trägt in der Regel der Staat die Kosten der eingestellten Untersuchung. Die Staatsanwaltschaft kann sie jedoch ganz oder teilweise dem Beschuldigten auferlegen, wenn er durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen die Untersuchung verschuldet oder ihre Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Der Beschwerdeführer macht geltend, es verstosse gegen Art. 6 Ziff. 2 EMRK (Grundsatz der Unschuldsvermutung) und gegen Art. 4 aBV (Willkürverbot), dass ihm Kosten des eingestellten Strafverfahrens überbunden worden seien.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung, wenn dem Angeschuldigten in der Begründung des Entscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> ff.).
Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung des Grundsatzes der Unschuldsvermutung mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob der Text des Kostenentscheids direkt oder indirekt den Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld enthält. Nur auf Willkür hin untersucht es dagegen, ob der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und durch dieses Benehmen das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Es geht insoweit nicht mehr um den Schutzbereich von Art. 6 Ziff. 2 EMRK, welche Bestimmung den guten Ruf des Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf schützen will, ihn treffe trotz Freispruch oder Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden demgegenüber durch die kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben, und in diesem Bereich greift ausschliesslich <ref-law> Platz, wonach die betreffenden Gesetzesbestimmungen nicht willkürlich angewendet werden dürfen (BGE <ref-ruling> E. 2f, zu Art. 4 aBV, mit Hinweisen).
3.- a) Die dem Beschwerdeführer in der Einstellungsverfügung vom 4. März 1999 auferlegten Kosten entstanden in einem Verfahren, das gegen den Beschwerdeführer und A._ wegen Verdachts ungetreuer Geschäftsbesorgung und Veruntreuung eingeleitet worden war. Die Staatsanwaltschaft führte in der Einstellungsverfügung aus, es habe sich gezeigt, dass B._ sowohl bei den Liegenschaftskäufen der Stiftung als auch bei diversen anderen Geschäften in mannigfacher Form die eigenen Interessen denjenigen der Stiftung vorgezogen habe.
b) Hinsichtlich der einzelnen Kostenpositionen ist der Einstellungsverfügung Folgendes zu entnehmen:
aa) Die Kosten im Betrag von Fr. 265'260. 15 für die Gutachten betreffend Kaufpreise und Mietzinsgestaltung in Bezug auf die Liegenschaften E._, W._ und O._ wurden dem Beschwerdeführer und A._ je zur Hälfte auferlegt.
bb) Die Kosten von Fr. 7'211. 10 für den Bericht zur Frage, ob sich R._ und D._ selber Lohnerhöhungen verschafft hätten, wurden dem Beschwerdeführer und A._ ebenfalls je zur Hälfte überbunden.
cc) Die Kosten in der Höhe von Fr. 24'319. 25 für die Abklärungen über die Bezüge und Projekthonorare des Beschwerdeführers wurden diesem zur Hälfte auferlegt; die andere Hälfte übernahm der Kanton.
dd) Die übrigen Verfahrenskosten (d.h. die Kosten für Telefonkontrollen sowie Zeugengelder und Auslagen) im Betrag von Fr. 15'840. -- wurden zur Hälfte (Fr. 7'920. --) dem Beschwerdeführer und zu einem Viertel (Fr. 3'960. --) A._ auferlegt; der Rest wurde vom Staat übernommen.
ee) Die Gefangenschaftskosten von Fr. 141. 50 wurden dem Beschwerdeführer überbunden.
4.- Das Obergericht stützte sich bei der Auslegung des <ref-law> auf seine in AGVE 1990 Nrn. 29 und 30 S. 102 und S. 107 publizierte Rechtsprechung. Es hielt fest, ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen im Sinne dieser Vorschrift sei "ein für das Strafverfahren ursächliches, in einer pflichtwidrigen Unvorsichtigkeit bestehendes haftpflichtrechtlich qualifiziertes Fehlverhalten des Beschuldigten, das für diesen voraussehbarermassen das eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen konnte". Ein solches Verhalten liege jedenfalls dann vor, wenn es die Grenzen strafrechtlicher Belanglosigkeit überschreite und ohne Rechtfertigungsgrund (<ref-law>) einen Straftatbestand oder einzelne seiner Merkmale objektiv erfülle, auch wenn namentlich mangels Vollständigkeit der objektiven Tatbestandserfüllung oder einer subjektiven Tatbestandsvoraussetzung oder wegen eingetretener Verjährung keine Anklage erhoben werde.
Bei der Anwendung des <ref-law> auf den vorliegenden Fall gelangte das Obergericht - im Gegensatz zur Staatsanwaltschaft - zum Schluss, die Kosten der Gutachten über die Liegenschaften (E. 3b/aa) und über die Lohnbezüge D._/R. _ (E. 3b/bb) könnten den Beschuldigten nicht auferlegt werden. Es hob deshalb die Ziffern 2a und 2b des Dispositivs der Einstellungsverfügung auf. In den anderen Punkten schützte es den Kostenentscheid der Staatsanwaltschaft.
5.- Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, es habe bei der Auslegung und Anwendung des <ref-law> gegen die Unschuldsvermutung und gegen das Willkürverbot verstossen.
a) Nach der erwähnten Rechtsprechung des Bundesgerichts setzt die Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens voraus, dass der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen hat (BGE <ref-ruling> ff.). Das Obergericht ging auf diese Voraussetzungen nicht ein. Es stützte sich auf seine eigene Praxis (AGVE 1990 Nrn. 29 und 30 S. 102 und S. 107), die mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht im Einklang steht. Wie im Urteil BGE <ref-ruling> betont wird, muss der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise eine Verhaltensnorm verletzt haben; es geht um ein Verschulden im Sinne des Zivilrechts, d.h. um ein Verhalten, das von dem unter den gegebenen Verhältnissen als angebracht geltenden Durchschnittsverhalten abweicht (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 169/170). Demgegenüber scheint das Obergericht vom Verschuldensbegriff im Sinne des Strafrechts auszugehen, indem es von "pflichtwidriger Unvorsichtigkeit" spricht und damit die in <ref-law> enthaltene Definition des Begriffs der Fahrlässigkeit verwendet. Dies ist mit der Garantie der Unschuldsvermutung nicht vereinbar, schützt diese doch den Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf, ihn treffe trotz Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Im Weiteren ist nach der Auffassung des Obergerichts ein Verhalten dann verwerflich oder leichtfertig im Sinne von <ref-law>, wenn es "ohne Rechtfertigungsgrund (<ref-law>)" einen Straftatbestand oder einzelne seiner Merkmale objektiv erfülle; ausserdem müsse das Verhalten "für den Beschuldigten voraussehbarermassen" das eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen. Diese Umschreibung entspricht den im Urteil BGE <ref-ruling> ff. aufgestellten Kriterien nicht und ist sachlich nicht vertretbar.
Die Auslegung der Vorschrift von <ref-law>, wie sie vom Obergericht vorgenommen wird, verletzt demnach sowohl den Grundsatz der Unschuldsvermutung als auch das Willkürverbot.
b) Was die Anwendung der genannten Vorschrift auf den vorliegenden Fall angeht, so macht der Beschwerdeführer geltend, im angefochtenen Entscheid werde nicht gesagt, gegen welche Normen er mit seinen Handlungen verstossen haben solle.
aa) Das Obergericht führte in seinem Entscheid (E. 2a Abs. 1 S. 7) aus, charakteristisch für das hier in Frage stehende Untersuchungsverfahren sei die Stellung des Beschwerdeführers als Stifter und Geschäftsleiter der Stiftung und als Eigentümer oder Eigentümervertreter der von der Stiftung gemieteten und später käuflich erworbenen Liegenschaften in E._, W._ und O._. Die Problematik dieser Doppelstellung sei akzentuiert worden "durch die wechselnden Anstellungsbedingungen mit Tätigkeit im Angestelltenverhältnis und vorübergehender Tätigkeit als selbständiger Projektleiter sowie einem Gemisch aus beidem". Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung liege eine Doppelvertretung vor, wenn ein Vertreter, der von zwei Personen bevollmächtigt worden sei, zwischen diesen beiden ein Geschäft abschliesse, indem er sowohl als Vertreter des einen als auch des andern handle, und es würden dafür dieselben Grundsätze gelten wie für das Selbstkontrahieren. Danach sei die Doppelvertretung wegen der vorhandenen Interessenkollision grundsätzlich unzulässig und nur dann statthaft, wenn die Gefahr der Benachteiligung eines oder beider Vertretenen grundsätzlich ausgeschlossen sei, "sofern sie - wie hier - weder ausdrücklich noch stillschweigend gestattet" sei. Entstehe einem Vertretenen aus einem derartigen Doppelvertretungsgeschäft ein Schaden, so bestehe eine zivilrechtliche Ersatzpflicht des Doppelvertreters.
Aus diesen Ausführungen ist nicht klar ersichtlich, ob das Obergericht dem Beschwerdeführer tatsächlich einen Verstoss gegen das Verbot der Doppelvertretung zur Last legt. Selbst wenn die Frage zu bejahen wäre, liesse sich den obergerichtlichen Erwägungen jedoch nicht entnehmen, inwiefern der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise dieses Verbot klar verletzt hätte.
bb) Im Weiteren wird im angefochtenen Entscheid (E. 2a Abs. 2 S. 8) erklärt, es sei unbestritten, dass der Beschwerdeführer den Schätzer C._ zur Korrektur des Schätzungsberichts im einseitigen Interesse der von ihm beherrschten Y._ AG oder in seinem eigenen Interesse veranlasst habe. Sodann hätten die Ermittlungen ergeben, dass der Beschwerdeführer während der Dauer seiner selbständigen Tätigkeit als Projektleiter mit Pauschalhonorar weiterhin ein Geschäftsfahrzeug beansprucht und zusätzlich zu den Pauschalspesen namhafte Spesen nach Aufwand bezogen habe. Zudem habe seine Ehefrau Benzin über die ihm von der Stiftung zur Verfügung gestellte Benzinkarte bezogen und private Einkäufe bei Cash & Carry auf Rechnung der Stiftung getätigt. Ferner hätte Unklarheit über die Abrechnung der Telefonautomateneinnahmen, die Anschaffung eines Kaffeeautomaten, Honorarabrechnungen des Beschwerdeführers über die Z._ Consulting AG und über Lohnauszahlungen ohne eindeutigen Stiftungsratsentscheid bestanden. Aus diesen Feststellungen geht nicht hervor, inwiefern der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen hätte.
cc) Das Obergericht schützte die Verfügung der Staatsanwaltschaft, soweit diese dem Beschwerdeführer die Hälfte der Kosten betreffend Bezüge und Projekthonorare (Ziff. 2c der Einstellungsverfügung) und die Hälfte der übrigen Verfahrenskosten (Ziff. 2d der Einstellungsverfügung) auferlegt hatte. Es führte in diesem Zusammenhang aus, aufgrund des Berichts des kommissarischen Stiftungsrates vom 28. Februar 1995 hätten über die Privatbezüge des Beschwerdeführers erhebliche Unklarheiten bestanden, die mittels Buchhaltungsanalyse einer vertieften Abklärung bedurft hätten und für welche Kosten der Beschwerdeführer wegen seiner Funktion als Geschäftsleiter haftbar zu erklären sei. Wegen der Unübersichtlichkeit der Verhältnisse resultiere für den Beschwerdeführer auch keine Entlastung aus dem Umstand, dass die Geschäfte ganz oder teilweise jeweils vom Stiftungsrat genehmigt worden seien, da dieser "offenbar weitgehend unter seiner Bestimmung" gestanden habe und zudem nur der Beschwerdeführer und der Stiftungsratspräsident A._ über eine Einzelzeichnungsberechtigung verfügt hätten. Mit Bezug auf diese Kosten sei die angefochtene Einstellungsverfügung daher zu bestätigen. Dasselbe gelte für die übrigen Verfahrenskosten, da die Geschäftsführung des Beschwerdeführers mit unübersichtlicher Interessen- und Aktenlage voraussehbarermassen die Eröffnung eines Strafverfahrens nach sich gezogen habe, was auch aus den Berichten des kommissarischen Stiftungsrates deutlich werde.
Auch in diesen Punkten wird nicht ausgeführt, inwiefern der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen habe.
Die Begründung, mit der das Obergericht die Ziffern 2c und 2d des Dispositivs der Einstellungsverfügung geschützt hat, hält demnach vor dem Willkürverbot und vor dem Grundsatz der Unschuldsvermutung nicht stand.
6.- Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist ein mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochtener Entscheid erst dann aufzuheben, wenn er im Ergebnis gegen die Verfassung oder gegen die EMRK verstösst, nicht schon dann, wenn sich die Begründung als verfassungs- oder konventionswidrig erweist. Das Bundesgericht hat somit die Möglichkeit, die Motive des umstrittenen Entscheids zu ersetzen (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 5). Von dieser Möglichkeit ist indessen nur dann Gebrauch zu machen, wenn der massgebliche Sachverhalt aus den Akten hinreichend ersichtlich ist und die rechtliche Situation als klar erscheint (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 1b).
In der staatsrechtlichen Beschwerde wird vorgebracht, aktenwidrig und falsch sei die Darstellung des Obergerichts, der Beschwerdeführer habe in unzulässiger Doppelvertretung Kaufverträge über die Liegenschaften abgeschlossen. Selbst wenn der Beschwerdeführer in Doppelvertretung gehandelt hätte, wäre diese nicht unzulässig gewesen, weil der Stiftungsrat alle drei Liegenschaftskäufe in der Weise beschlossen habe, wie sie in der Folge stipuliert worden seien. Unzutreffend sei sodann die Feststellung, der Beschwerdeführer sei zeitweise nicht in einem Anstellungsverhältnis zur Stiftung gestanden. Als unhaltbar wird ferner die Annahme bezeichnet, der Stiftungsrat habe "unter der Bestimmung des Beschwerdeführers" gestanden.
Ob diese Rügen zutreffen, kann nicht beurteilt werden, da der massgebliche Sachverhalt aus den Akten nicht hinreichend ersichtlich ist. Auch die rechtliche Situation erscheint nicht als klar. Unter diesen Umständen muss der angefochtene Entscheid aufgehoben werden, soweit er die Abweisung der Beschwerde betrifft (Ziff. 1 Abs. 2 des Dispositivs). Das Obergericht wird abzuklären haben, ob der Beschwerdeführer mit den Handlungen, die es ihm zur Last legt, in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst habe. Dabei hat es auch die in der Beschwerde vom 23. März 1999 erhobenen Einwände zu prüfen, wonach dem Beschwerdeführer unter den Ziffern 2c und 2d der Einstellungsverfügung in unzulässiger Weise Kosten für Untersuchungshandlungen auferlegt worden seien, welche die Behörde aus Übereifer, aufgrund unrichtiger Beurteilung der Rechtslage oder vorschnell angeordnet habe.
7.- Die Aufhebung des Sachentscheids mit Bezug auf Ziff. 1 Abs. 2 des Dispositivs hat zur Folge, dass auch der Entscheid über die Gerichts- und Parteikosten (Ziff. 2 und 3 des Dispositivs) aufzuheben ist. Es erübrigt sich daher grundsätzlich, die gegen die Kostenregelung erhobenen Rügen zu prüfen. Eine Ausnahme gilt für den Vorwurf des Beschwerdeführers, das Obergericht habe § 9 des aargauischen Dekretes über die Entschädigung der Anwälte vom 10. November 1987 (Anwaltstarif; im Folgenden abgekürzt: AnwT) willkürlich ausgelegt. Diese Rüge ist aus prozessökonomischen Gründen bereits jetzt zu behandeln.
Gemäss § 9 AnwT bemisst sich das Honorar des Anwaltes in Strafsachen nach dem angemessenen Zeitaufwand, wobei der Stundenansatz nach Bedeutung und Schwierigkeit des Falles Fr. 170. -- bis Fr. 225. -- beträgt. Im angefochtenen Entscheid wird ausgeführt, nach der Rechtsprechung der Beschwerdekammer in Strafsachen werde "ein Stundenansatz von Fr. 200. -- gewährt und im Quervergleich für Beschwerdefälle ein durchschnittlicher Zeitaufwand zwischen drei und sechs Stunden, d.h. ein Honorar von Fr. 600. -- bis Fr. 1'200. -- als angemessen erachtet"; dies werde deshalb so gehandhabt, weil im Beschwerdeverfahren nicht der Straffall in seiner Schwierigkeit und Bedeutung als solcher, sondern stets nur eine einzelne Verfügung einer Strafverfolgungsbehörde anfechtbar und zu überprüfen sei. Ein höheres Honorar sei nur dann gerechtfertigt und zuzulassen, wenn der Fall wegen besonderer Schwierigkeit oder eines überdurchschnittlich grossen Aktenumfangs für den Anwalt ausserordentlich zeitaufwendig gewesen sei.
Der Anwaltstarif sieht, wie der Beschwerdeführer mit Grund festhält, in Strafsachen keine Differenzierung zwischen dem Aufwand der Verteidigung im erstinstanzlichen Verfahren und demjenigen im Rechtsmittelverfahren vor. Im Gegensatz zur Bemessung des Honorars in Zivil- und Verwaltungssachen, wo der Anwaltstarif zwischen dem erstinstanzlichen Verfahren (§§ 3-7) und dem Rechtsmittelverfahren (§ 8) unterscheidet, wird bei der Bemessung des Honorars in Strafsachen eine solche Unterscheidung nicht gemacht. Dies bedeutet, dass in Strafsachen das Honorar des Anwalts für alle Verfahren, mithin auch für jene vor der Beschwerdekammer des Obergerichts, nach den Regeln von § 9 AnwT zu bemessen ist. Die vom Obergericht vorgenommene Differenzierung lässt sich daher nicht vertreten. Ob sich dies bei der Bemessung der Anwaltsentschädigung im vorliegenden Fall ausgewirkt hat und der dem Beschwerdeführer zugesprochene Betrag vor dem Willkürverbot standhält, ist hier nicht zu prüfen, da der angefochtene Entscheid in diesem Punkt aufgehoben wird und das Obergericht über die Kosten- und Entschädigungsfolgen erneut zu befinden hat.
8.- Nach dem Gesagten ist die staatsrechtliche Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid mit Bezug auf Ziff. 1 Abs. 2, Ziff. 2 und Ziff. 3 des Dispositivs aufzuheben.
Gemäss Art. 156 Abs. 2 OG sind keine Kosten zu erheben. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 1. Juni 1999 mit Bezug auf Ziff. 1 Abs. 2, Ziff. 2 und Ziff. 3 des Dispositivs aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 3. Juli 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: