A.- Par une loi du 5 octobre 1973 (loi n° 3289, recueil des lois cantonales 159/1973 p. 537 - ci-après: la loi du 5 octobre 1973), l'Etat de Genève a accordé aux Services Industriels de Genève (ci-après: les Services industriels) une concession ayant pour objet "l'utilisation de la force motrice hydraulique du Rhône, en vue de la production d'énergie électrique, par l'usine hydro-électrique sise à Verbois" (art. 2). La section concédée du Rhône s'étend au total sur environ 16 km, en amont et en aval de l'usine de Verbois (à partir de l'usine de la Coulouvrenière jusqu'à Vers-Cinge - art. 3). Selon l'art. 4 de cette loi, le débit maximum utilisable est fixé à 530 m3/sec. Quant à l'art. 5, il fixe les niveaux (cotes) de la retenue immédiatement en amont de l'usine hydro-électrique, en fonction des débits du Rhône. Les autres dispositions de cette loi se rapportent notamment aux ouvrages destinés à l'utilisation du droit d'eau concédé, aux mesures d'exploitation et de surveillance (art. 7 ss), ainsi qu'aux exigences pour la sauvegarde des intérêts publics et privés, ceux de la pêche en particulier (art. 17 ss). La durée de cette concession est de soixante ans (art. 31). Elle remplace des concessions antérieures, accordées alors à la Ville de Genève qui avait construit l'usine hydro-électrique de Verbois entre 1938 et 1944.
B.- Les Services industriels ont envisagé dès 1985 de rénover l'usine de Verbois en transformant les turbines existantes et en augmentant sa puissance. La transformation des turbines a d'abord été autorisée, par un arrêté du Conseil d'Etat du 26 février 1986; la décision sur l'augmentation de la puissance, nécessitant une modification de la concession, a été réservée. En effet, dans une telle usine (centrale au fil de l'eau, qui ne bénéficie pas d'un bassin d'accumulation), la production d'énergie est proportionnelle aux variations du débit du cours d'eau. En l'occurrence, le débit du Rhône peut être réglé dans une certaine mesure à la sortie du lac Léman (barrage du Pont de la Machine et, depuis quelques années, barrage du Seujet). Depuis le milieu des années 1970, soit avant la construction du barrage du Seujet, cette variation est organisée selon une "modulation simple": les débits sont maintenus au minimum durant la nuit, et par l'ouverture des vannes le matin, ils sont augmentés durant la journée, donnant ainsi un surplus de puissance aux moments des plus fortes charges du réseau électrique. Le projet des Services industriels consiste à introduire une "modulation double", rendue possible par la flexibilité de manoeuvre du barrage du Seujet: avec ce mode d'exploitation, combinant la "modulation simple" avec d'autres variations de débit au cours de la journée, on peut encore accroître plus sensiblement la production d'électricité aux heures de pointe. Ce projet nécessite l'augmentation du débit maximum utilisable, qui devrait passer de 530 m3/sec. (cf. art. 4 de la loi du 5 octobre 1973) à 630 m3/sec. La puissance de la centrale passerait ainsi de 82 à 98 MW.
Les Services industriels ont chargé le bureau Ecotec, à Genève, dirigé par Patrick Durand, d'établir un rapport d'impact en vue de la modification de la concession. Ce rapport, qui fait la synthèse de plusieurs rapports sectoriels, a été déposé en janvier 1991. Il analyse les effets de ce projet, en amont et en aval de Verbois, en tenant compte du nouveau "règlement du barrage de Verbois", - ou "consigne d'exploitation de la retenue" -, qui devrait être adopté. Cette nouvelle consigne consiste à créer un point de réglage de la retenue - endroit où le niveau de la rivière reste constant, quel que soit le débit - au point kilométrique (PK) 8.2, à proximité de la station d'épuration d'Aïre, soit environ 8 km avant le barrage; comparé au régime de la loi du 5 octobre 1973 (art. 5), ce nouveau règlement devrait amener une stabilisation nette des niveaux du Rhône entre le pont Butin (un peu avant le PK 8.2) et le barrage de Verbois. En résumé, le projet des Services Industriels aurait pour effet de modifier le régime hydraulique du Rhône d'une part à cause de cette nouvelle consigne d'exploitation et d'autre part à cause de la modification des modulations journalières. Sur cette base, les impacts analysés dans le rapport Ecotec de janvier 1991 sont de divers ordres: sur l'érosion des berges, sur la dynamique de sédimentation, sur les biocénoses - plantes aquatiques, zooplancton, macrofaune benthique, faune piscicole, reptiles et amphibiens, avifaune, mammifères -, sur la pêche, etc. Le rapport d'impact contient par ailleurs des propositions de "mesures de compensation et de restauration de l'écosystème" (aménagement de Sous-Cayla et des zones de sédimentation de la retenue de Verbois; entretien et aménagement des embouchures de nants et de ruisseaux se jetant dans la retenue de Verbois; autres mesures susceptibles d'améliorer les conditions de vie pour les poissons d'eau vive).
Le rapport d'impact aborde également la question des vidanges périodiques de la retenue de Verbois, qui sont effectuées normalement tous les trois ans au mois de juin; elles servent à préserver un chenal profond, libre de sédiments (alluvions), afin d'assurer la circulation des barges transportant les ordures ménagères de la ville de Genève à l'usine d'incinération des déchets des Cheneviers et surtout de permettre une exploitation hydroélectrique normale de la retenue (p. 12 du rapport d'impact). Ces vidanges, qui provoquent un abaissement considérable du niveau de l'eau et une augmentation des vitesses d'écoulement sur certains secteurs, ont un impact sur les biocénoses, notamment sur les poissons (p. 23 du rapport d'impact).
C.- Le 26 janvier 1992, les Services industriels ont formellement soumis à l'administration cantonale une requête en modification de la concession pour l'usine hydro-électrique de Verbois; cette requête était accompagnée du rapport d'impact.
Une procédure a été engagée en vue de la délivrance d'une autorisation spéciale fondée sur l'art. 24 de la loi fédérale du 14 décembre 1973 sur la pêche, pour les "interventions techniques" dans le cours d'eau liées au projet de modification de la concession. Le département cantonal de l'intérieur, de l'agriculture et des affaires régionales (actuellement: département de l'intérieur, de l'agriculture, de l'environnement et de l'énergie; ci-après: le département cantonal) a délivré cette autorisation le 12 novembre 1992, avec notamment les conditions suivantes:
"3.Réalisation, sur la base des propositions présentées par les SIG [Services Industriels de Genève] et à leur charge, de l'échelle à poissons au barrage de Verbois et des ouvrages de compensation à Cayla (7/10 à charge des SIG), à l'aval de la STEP d'Aïre, au Bois des Fonds, à Chèvres, au Bois de Planfonds, à l'amont du pont de Peney, à l'amont des Cheneviers, et à l'aval du barrage de Verbois rive gauche; certains accès seront maintenus ou aménagés pour les pêcheurs en fonction de la nature du site, notamment aux Bois de la Bâtie et Cayla. Entretien des embouchures des affluents situés dans l'emprise de la concession, selon proposition des SIG.
Les projets de détail seront soumis en temps voulu pour appréciation et remarques préalables au SFFPN [Service des forêts, de la faune et de la protection de la nature].
4. Les travaux d'entretien liés à l'exploitation concédée, tels que vidanges et dragages, seront soumis préalablement au SFFPN pour approbation et observations. "
Cette autorisation se référait à un préavis donné le 16 juin 1992 par la Commission cantonale de la pêche (organe institué par la loi cantonale sur lapêche), qui s'était prononcée sur les conditions à imposer aux Services industriels en relation avec la réalisation de leur projet.
D.- La Fédération genevoise des sociétés de pêche (FGSP) a recouru le 17 décembre 1992 auprès du Tribunal administratif cantonal en demandant l'annulation de l'autorisation délivrée le 12 novembre 1992 par le département cantonal. Invoquant la sauvegarde des milieux piscicoles et le caractère insuffisant, selon elle, des conditions fixées dans l'autorisation, cette organisation concluait subsidiairement à ce que d'autres mesures de compensation et de réaménagement soient imposées aux Services industriels.
Alors que le Tribunal administratif instruisait le recours, le département cantonal a complété le 16 août 1993 son autorisation spéciale du 12 novembre 1992. Ce complément expose dans le détail les conditions du ch. 3 de l'autorisation; il s'agit en substance des points suivants:
- Echelle à poissons au barrage de Verbois, rive gauche: un système permettant le franchissement du barrage pour les espèces de poissons peuplant le Rhône doit être installé;
- Revalorisation du site de Sous-Cayla, rive droite: lieu de frai et de grossissement pour les jeunes poissons; des frayères doivent être reconstituées dans le Rhône;
- Aval STEP d'Aïre, rive droite: renforcement des roselières et saulaies existantes, revitalisation de la berge, construction de digues filtrantes et remodelage de la berge;
- Bois des Fonds, rive gauche: protection et renforcement de la roselière existante, construction de protections végétales en bordure et curage du chenal existant de façon à créer des milieux favorables à la faune aquatique, notamment piscicole;
- Chèvres, rive droite: préservation et amélioration de la situation existante (roselière et saulaie), création d'épis et de digues filtrantes, approfondissement du chenal existant pour assurer et favoriser le milieu de la faune aquatique, notamment piscicole;
- Bois de Planfonds, rive gauche: création d'une roselière et d'une saulaie en cordon, approfondissement du bras nouvellement créé, réalisation éventuelle d'un seuil en aval pour retenir de l'eau lors des vidanges;
- Pont de Peney, rive droite: création de roselières et de saulaies, approfondissement du bras nouvellement créé et réalisation éventuelle d'un seuil en aval pour retenir de l'eau lors des vidanges;
- Amont Cheneviers, rive gauche: renforcement des bancs d'alluvions, ensuite évaluation de la faisabilité technique de l'aménagement en ruisseau piscicole du contre-canal de Tabary;
- Aval Verbois, rive gauche: aménagement de refuges pour créer des zones à l'abri du courant, permettant la stabilisation des différentes espèces de poissons;
- Cheminements pour les pêcheurs: dans la mesure du possible et pour autant que cela ne soit pas en contradiction avec les mesures de protection des poissons ou des sites, des cheminements et accès au Rhône seront réalisés dans les différents aménagements décrits; le cheminement existant sous le Bois de la Bâtie sera amélioré là où il risque d'être submergé périodiquement par la nouvelle modulation.
Le 13 septembre 1993, le département cantonal a déposé une nouvelle version de son complément à l'autorisation spéciale du 12 novembre 1992. Ce texte reprend les conditions de détail du complément du 16 août 1993, en les assortissant de commentaires, notamment au sujet des mesures supplémentaires qui avaient encore été demandées soit par la Fédération genevoise des sociétés de pêche soit par la Commission cantonale de la pêche.
E.- Le Tribunal administratif a ordonné certaines mesures d'instruction, notamment une inspection locale, le 30 septembre 1993. Les parties ont aussi pu s'exprimer par écrit. Dans une réplique du 15 février 1994, l'organisation recourante a en particulier critiqué le fait que Patrick Durand était intervenu à divers titres dans cette affaire: comme directeur du bureau Ecotec (et ainsi auteur du rapport d'impact), comme membre de la Commission cantonale de la pêche et comme expert régulier du département cantonal.
Le 3 mai 1994, le Tribunal administratif a admis la demande des parties tendant à une suspension de la procédure de recours. L'instruction a été suspendue durant quatre ans, jusqu'au 25 mai 1998. Le 1er septembre 1998, le Tribunal administratif a prononcé le retrait de l'effet suspensif qu'avait entraîné le dépôt du recours.
Pendant la suspension de la procédure, la Fédération genevoise des sociétés de pêche et les Services industriels ont tenté de mettre au point une "convention relative aux mesures piscicoles prévues dans le Rhône et les milieux annexes dans le contexte de la modification de la concession de l'usine hydroélectrique de Verbois". Cette démarche avait pour but la réalisation, par les Services industriels, d'aménagements et d'ouvrages énumérés dans un rapport établi en novembre 1994 par le bureau ECOTEC et intitulé "Mesures piscicoles prévues dans le Rhône et les milieux annexes". Ce rapport précisait que les propositions de mesures compensatoires ne concernaient pas seulement la modification de la concession de l'usine de Verbois, mais également les dragages effectués en aval de Verbois, la modification de la concession de l'usine de Chancy-Pougny (sur le Rhône également, mais à la frontière franco-suisse) et les impacts liés aux vidanges; des mesures supplémentaires, demandées soit par le département cantonal, soit par la Fédération genevoise des sociétés de pêche, étaient aussi prises en compte. La convention a été rédigée et paraphée par les représentants des parties au début de l'année 1997, mais elle n'a pas été signée.
F.- Dans l'intervalle, le Grand Conseil a adopté le 13 septembre 1996 la loi modifiant la loi sur la concession aux Services industriels de Genève de la force motrice hydraulique d'une section du Rhône pour l'exploitation d'une usine hydroélectrique dite de Verbois (3289), du 5 octobre 1973 (loi n° 7395; recueil des lois cantonales 182/1996 p. 511 - ci-après: la loi du 13 septembre 1996). Selon cette loi, la section concédée du Rhône s'étend désormais du pied de l'ouvrage du Seujet à Vers-Cinge (nouvel art. 3 al. 1) et le débit maximum utilisable est fixé à 630 m3/sec. (nouvel art. 4). Le nouvel art. 5 énonce les règles générales quant aux niveaux de la retenue et aux manoeuvres de l'ouvrage; il renvoie à un futur règlement d'application du Conseil d'Etat qui, selon le nouvel art. 11, doit fixer "les éléments nécessaires à l'application de la présente concession, entre autres les niveaux de la retenue en son point de réglage (PK 8.2, STEP d'Aïre, km 8.25), les vitesses de variations à l'amont de l'ouvrage, les ouvrages de minimalisation des impacts ainsi que le calendrier de leur réalisation". Le nouvel art. 7 al. 1 énumère les ouvrages (aménagements, constructions, installations) destinés à l'utilisation du droit d'eau concédé; en font notamment partie une passe à poissons sur la rive gauche (let. a ch. 5), des ouvrages de protection des berges contre l'érosion (let. d) ainsi que les ouvrages de minimalisation des impacts définis dans le règlement d'application (let. e). La loi du 13 septembre 1996 modifie encore d'autres articles de la loi du 5 octobre 1973 (mais pas l'art. 31, qui fixait la durée de la concession). Elle n'a pas été contestée après son adoption par le Grand Conseil et elle est entrée en vigueur le 9 novembre 1996.
Le règlement d'application prévu à l'art. 11 de la loi du 13 septembre 1996 a été adopté par le Conseil d'Etat le 24 février 1999 (et publié dans la Feuille d'avis officielle du 3 mars 1999). Conformément à l'art. 7 al. 1 let. e de la loi précitée, l'art. 1 al. 1 de ce règlement donne la liste des ouvrages de minimalisation des impacts; il s'agit des "zones" suivantes (délimitées par ailleurs sur un plan déposé au département cantonal):
- Sous-Cayla (rive droite du Rhône, km 5.2);
- Station d'épuration d'Aïre (rive droite du Rhône, km 8.5);
- Bois des Fonds (rive gauche du Rhône, km 10.5);
- Passerelle de Chèvres (rive droite du Rhône, km 11.6);
- Bois de Planfonds (rive gauche du Rhône, km 12.5);
- Pont de Peney (rive droite du Rhône, km 14.0);
- Bief de Tabary (rive gauche du Rhône, km 15.5);
- Aval Verbois (rive gauche du Rhône, km 17.3).
L'art. 1 al. 3 du règlement fixe le calendrier de réalisation de ces ouvrages (entre juin 1999 et juin 2003). Son art. 9 définit les caractéristiques de la passe à poissons à aménager en rive gauche du barrage. Les autres dispositions de ce règlement concernent notamment le niveau d'eau au point de réglage et le débit minimum restitué en aval de l'ouvrage de Verbois. Ce règlement d'application n'a pas été contesté.
G.- Le Tribunal administratif a statué sur le recours de la Fédération genevoise des sociétés de pêche par un arrêt rendu le 23 mars 1999. Il l'a partiellement admis au sens des considérants; il a en effet d'abord confirmé l'autorisation spéciale du 12 novembre 1992, avec ses compléments des 16 août et 13 septembre 1993, et il a ensuite ordonné aux Services industriels de réaliser deux autres mesures complémentaires:
- Sentier des Saules, site d'acclimatation: implantation de cages flottantes pour l'élevage des salmonidés (travaux prévus pour octobre 1999 d'une durée de quatre mois);
- Mur du Russe, frayères pour salmonidés: aménagement expérimental, réalisation en parallèle avec Sous-Cayla.
Le Tribunal administratif a examiné l'autorisation du département cantonal sous l'angle des art. 8 et 9 de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923. 0), entrée en vigueur le 1er janvier 1994, soit pendant la procédure cantonale de recours. Il a considéré, en substance, que les mesures énoncées dans l'autorisation et ses compléments, avec les deux mesures supplémentaires que l'on vient de mentionner - que les Services industriels, au cours de l'instruction, s'étaient déclarés prêts à réaliser -, étaient suffisantes; la pesée des intérêts, par le département cantonal, était correcte, car il s'était assuré que les mesures de minimalisation et de compensation projetées aboutiraient globalement sinon à éliminer tous les impacts de la double modulation, du moins à une amélioration de l'état du fleuve. Le Tribunal administratif s'est aussi prononcé sur la participation de Patrick Durand aux délibérations de la Commission cantonale de la pêche; il a retenu que ce dernier s'était abstenu lors de l'adoption du préavis concernant l'usine de Verbois et que, de toute manière, cette commission, n'ayant pas la compétence de rendre des décisions, n'était pas assimilée à une autorité administrative et que partant les règles de la loi cantonale sur la procédure administrative au sujet de la récusation ne s'y appliquaient pas.
Cet arrêt a été communiqué aux parties le 16 avril 1999.
H.- Agissant par la voie du recours de droit administratif, laFédérationgenevoisedessociétésdepêchedemandeauTribunalfédérald'annulerl'arrêtduTribunaladministratifdu23mars1999 et l'autorisation spéciale du département cantonal du 9 novembre 1992. Dans des conclusions subsidiaires, l'organisation recourante demande que la durée de cette autorisation soit limitée à dix, quinze ou vingt ans et qu'elle soit complétée par l'obligation, imposée aux Services industriels, d'exécuter la convention paraphée au mois de février 1997, soit de réaliser notamment les mesures suivantes:
- Mesures actives de prévention des impacts des vidanges triennales du barrage de Verbois;
- Constituer un fonds affecté spécifiquement à l'entretien des trois projets suivants:
a) site d'élevage/grossissement au sentier des Saules;
b) entretien du ruisseau des Eaux Froides de Dardagny;
c) Site d'élevage/grossissement du bief Tabary; ce fonds devant permettre aux experts mandatés par les Services industriels d'effectuer les prestations suivantes:
1) suivi biologique des mesures compensatoires;
2) conseil et formation des personnes assurant l'entretien des sites;
3) suivi de l'évolution des méthodes actives de préservation de la faune piscicole avant les vidanges triennales du barrage de Verbois;
- Mettre l'étang de Passeiry à la disposition des pêcheurs genevois;
- Créer les étangs refuges de la Touvière.
L'organisation recourante - association au sens des <ref-law> dont les buts statutaires sont la défense de la pêche pratiquée par les amateurs sportifs, la défense des cours d'eaux, de leurs berges et de l'équilibre biologique de la faune et de la flore qu'ils contiennent, ainsi que la lutte contre la pollution des eaux et pour le maintien du parcours naturel des rivières et de leur environnement - met d'abord en cause l'influence exercée par Patrick Durand sur la décision du département cantonal, selon elle au détriment des intérêts des pêcheurs et en violation des règles sur la récusation. Elle reproche ensuite au Tribunal administratif d'avoir refusé de prendre en considération les mesures supplémentaires qu'elle avait proposées, durant la suspension de la procédure de recours cantonale, dans le cadre des négociations avec les Services industriels et qui avaient été énoncées dans le texte de la convention préparée en 1997 (il s'agit des mesures citées dans les conclusions du recours de droit administratif). Elle insiste sur les effets des vidanges triennales de la retenue de Verbois, détruisant la faune piscicole du Rhône genevois, mais mentionne également les effets négatifs liés à la nouvelle concession en raison de l'augmentation de la vitesse du courant. En définitive, l'organisation recourante fait valoir qu'avec les conditions fixées dans l'autorisation spéciale litigieuse, et même avec les conditions complémentaires ordonnées par le Tribunal administratif, il n'a pas été suffisamment tenu compte des exigences de l'<ref-law> quant aux mesures à prendre pour de nouvelles installations d'utilisation des forces hydrauliques.
Les Services industriels et le département cantonal concluent au rejet du recours.
L'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage a été invité à se déterminer (cf. art. 110 al. 1, 2e phrase OJ). Ses observations, dont il ressort que le projet litigieux est conforme à la législation fédérale sur la pêche, ont été communiquées aux autres parties.
L'organisation recourante a pu répliquer; elle n'a modifié ni ses griefs ni ses conclusions.

Considérant en droit :
1.- a) La voie du recours de droit administratif (art. 97 ss OJ) est ouverte contre une décision, prise par une autorité cantonale de recours statuant en dernière instance (cf. art. 98 let. g OJ), relative à une autorisation fondée sur la loi fédérale sur la pêche (<ref-ruling> consid. p. 32; <ref-ruling> consid. 1a p. 184).
b) La jurisprudence a déjà admis en cette matière, à plusieurs reprises, la qualité pour recourir des associations d'importance cantonale à but idéal qui défendent les intérêts de la pêche, donc de leurs membres pratiquant cette activité, et partant la protection des rivières ou des milieux piscicoles. Comme la loi fédérale sur la pêche n'accorde directement aucun droit de recours à ces organisations (cf. art. 103 let. c OJ), le Tribunal fédéral leur a généralement reconnu la qualité pour recourir en vertu de l'art. 103 let. a OJ (quant aux conditions générales pour le recours des associations selon cette disposition, cf. <ref-ruling> consid. 2d/aa p. 46; <ref-ruling> consid. 1a p. 61; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 376; quant à la qualité pour recourir des associations cantonales de pêcheurs, cf. <ref-ruling> consid. 1b non publié; <ref-ruling> consid. 2 non publié; <ref-ruling> consid. 2 p. 161; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 1b non publié; arrêt non publié du 20 novembre 1985, Fédération fribourgeoise des sociétés de pêche, consid. 2b). Cette jurisprudence peut être appliquée à la Fédération genevoise des sociétés de pêche.
c) Les autres conditions de recevabilité du recours de droit administratif sont remplies et il y a lieu d'entrer en matière.
2.- Dans un premier moyen, la recourante fait valoir que Patrick Durand, membre de la Commission cantonale de la pêche, membre d'associations intéressées à la protection de la nature, entretenant des relations privilégiées avec le département cantonal et auteur du rapport d'impact, aurait "utilisé ses différentes casquettes" contre les intérêts de la pêche et des pêcheurs (ce reproche étant au reste formulé sans critique concrète des prises de position de l'intéressé). Aussi aurait-il dû se récuser lorsque la Commission cantonale de la pêche a examiné le projet des Services industriels pour la modification de l'ouvrage hydroélectrique de Verbois.
a) La Commission cantonale de la pêche est un organe chargé de donner des préavis au département cantonal lorsqu'il doit autoriser une intervention technique au sens de la loi fédérale sur la pêche (art. 53 al. 1 let. b de la loi cantonale sur la pêche du 22 janvier 1988, en vigueur jusqu'au 8 février 1995 [aLCPê]; art. 52 al. 1 let. c de l'actuelle loi cantonale sur la pêche, du 20 octobre 1994 [LCPê]). Ses membres sont désignés par le Grand Conseil et par le Conseil d'Etat; il s'agit notamment de représentants des partis politiques, des pêcheurs sportifs et des milieux de protection de la nature (art. 52 aLCPê, art. 51 LCPê).
Patrick Durand fait partie de cette commission. Selon l'arrêt attaqué, il se serait cependant abstenu lors du vote sur le préavis donné dans le cadre de la procédure d'autorisation litigieuse. Cette abstention ne ressort pas clairement des procès-verbaux des séances de la commission produits par la recourante, ni d'autres pièces du dossier; il apparaît néanmoins que Patrick Durand était présent lors de ces séances. Cela étant, la question de sa participation, ou de son abstention, lors des délibérations et des votes n'est pas décisive.
b) Le Tribunal administratif a considéré que la Commission cantonale de la pêche n'était pas une autorité administrative au sens de la loi cantonale sur la procédure administrative (LPA) et que par conséquent les règles de l'art. 15 al. 2 LPA sur la récusation des membres des autorités administratives ne s'y appliquaient pas. Cette interprétation du droit cantonal n'est pas arbitraire ni critiquable. Le champ d'application de la loi sur la procédure administrative est défini à son art. 1: elle concerne les procédures dans lesquelles des autorités administratives (et les juridictions administratives) prennent des décisions. Or la commission précitée n'est pas mentionnée dans la liste des autorités administratives cantonales et communales de l'art. 5 let. a à f LPA et, comme simple organe de préavis, elle n'est pas une institution investie du pouvoir de décision au sens de l'art. 5 let. g LPA.
c) Cela étant, dans le processus qui aboutit à la délivrance par le département cantonal d'une autorisation spéciale selon l'<ref-law>, la Commission cantonale de la pêche exerce nécessairement par ses préavis une certaine influence. On pourrait se demander si les membres de cette commission, notamment ceux qui y sont désignés en raison de leurs connaissances scientifiques et dont l'avis peut, pour cette raison, avoir un poids plus important, ne devraient pas être soumis à certaines règles en matière d'indépendance et d'impartialité, à l'instar par exemple des experts judiciaires qui fournissent un avis à la juridiction chargée de statuer (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 544); de telles règles pourraient alors le cas échéant découler directement du droit constitutionnel (soit, dans une procédure où un département cantonal statue, de l'art. 4 aCst. , en vigueur au moment où l'autorisation litigieuse a été donnée). Il n'y a cependant pas lieu d'examiner plus avant cette question.
En effet, en procédure administrative cantonale, le Tribunal fédéral a jugé récemment que les garanties de l'art. 4 aCst. en matière d'indépendance et d'impartialité n'étaient pas équivalentes à celles - plus strictes - des art. 6 par. 1 CEDH et 58 aCst. , applicables au tribunaux, et qu'une appréciation spécifique était nécessaire dans chaque situation particulière, prenant en considération les fonctions assumées par l'autorité concernée (<ref-ruling> consid. 3f p. 125; cf. également <ref-ruling> consid. 8a p. 218). Même en admettant l'existence de garanties constitutionnelles quant à l'indépendance et à l'impartialité des membres de la Commission cantonale de la pêche, l'appréciation spécifique prévue par la jurisprudence amènerait à la conclusion que Patrick Durand n'était pas juridiquement tenu de renoncer à participer aux séances consacrées au projet litigieux. En vertu de la loi, la commission comprenait à l'époque, sur seize membres, huit représentants des pêcheurs sportifs proposés par la Fédération genevoise des sociétés de pêche et un représentant des Services industriels (art. 52 al. 2 let. a et c aLCPê); pour le présent projet, les membres de la commission représentaient ainsi dans leur majorité des organisations directement intéressées. Cette situation a été manifestement voulue par le législateur cantonal et le département cantonal y était nécessairement attentif en évaluant la portée du préavis de la commission avant de rendre sa décision. Au reste, seule la participation d'un membre est mise en cause, sur la douzaine qui ont pris part aux séances consacrées en 1992 à la modification de l'ouvrage de Verbois; on ne voit pas en quoi son influence aurait pu être déterminante. Par ailleurs, cette personne, auteur du rapport d'impact, était certes un mandataire des Services industriels, mais cette relation contractuelle était particulière en raison des règles de la procédure d'étude d'impact. Le mandataire doit en effet non seulement se plier aux instructions du mandant, mais le cadre de son travail est aussi défini préalablement par l'administration dans le cahier des charges prévu à l'art. 8 de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814. 011); l'objet du mandat, dans ce contexte, implique une objectivité et un devoir de diligence particuliers (cf. Yves Nicole, L'étude d'impact dans le système fédéraliste suisse, thèse Lausanne 1992 p. 219 ss). Dans ces circonstances, le Tribunal administratif était fondé à ne tirer aucune conséquence juridique de l'intervention de Patrick Durand à deux titres (sa "double casquette", selon les termes de l'arrêt attaqué) dans la présente procédure.
Il n'y a pas lieu d'examiner, au surplus, la question de la péremption du droit de demander la récusation de l'intéressé, étant donné que l'organisation recourante, représentée à la Commission cantonale de la pêche, aurait déjà pu formuler ses reproches avant l'octroi de l'autorisation litigieuse (et ne pas attendre le délai de réplique en procédure cantonale de recours). Quoi qu'il en soit, ses griefs sur ce point doivent être écartés.
3.- La recourante se plaint d'une violation de l'<ref-law>, en se référant au contenu de l'autorisation spéciale délivrée par le département cantonal le 12 novembre 1992, complétée par ce même département les 16 août et 13 septembre 1993, puis complétée encore par le Tribunal administratif dans l'arrêt attaqué. Comme cette autorisation a été donnée en relation avec la modification de la concession pour l'exploitation de l'usine hydroélectrique de Verbois, il se justifie d'examiner préalablement les rapports entre les différents actes et décisions pris dans ce contexte, afin de définir plus précisément l'objet du recours de droit administratif.
a)aa) Les Services industriels exploitent l'usine de Verbois au bénéfice d'une concession, du 5 octobre 1973.
La loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques (LFH, RS 721. 80) contient certaines dispositions sur les concessions de droits d'eau, notamment quant à leur teneur et quant à la procédure (cf. <ref-law>), et elle prévoit qu'elles sont accordées par l'autorité compétente du canton dans le territoire duquel se trouve la section de cours d'eau à utiliser (<ref-law> - l'art. 38 al. 2 et 3 LFH prévoit une autre réglementation quand la section de cours d'eau emprunte le territoire de plusieurs cantons ou touche à la frontière nationale, mais ce n'est pas le cas de la concession de Verbois).
En droit cantonal genevois, les règles topiques figurent dans la loi cantonale sur les eaux, du 5 juillet 1961. Son art. 31 al. 1 dispose que pour les eaux cantonales (le Rhône et l'Arve, notamment - cf. art. 2 al. 2 de cette loi), les concessions sont octroyées par le Conseil d'Etat ou par le Grand Conseil; cette dernière autorité est compétente quand la durée de la concession est - comme dans le cas présent - supérieure à vingt-cinq ans (art. 44 de la loi sur les eaux; cf. également art. 16 de la loi du 24 juin 1961 sur le domaine public, par renvoi de l'art. 31 al. 1 de la loi sur les eaux). Auparavant, c'est au département cantonal que la demande de concession doit être adressée et c'est lui qui organise la consultation des autorités intéressées ainsi que l'enquête publique; il appartient cependant au Grand Conseil de statuer sur les oppositionsaumomentoùiloctroielaconcession(art. 42,43 et 44 al. 1 de la loi sur les eaux).
bb) L'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE) prévoit que la construction de nouvelles centrales de production d'énergie au fil de l'eau d'une puissance supérieure à 3 MW est soumise à une étude de l'impact sur l'environnement (<ref-law> en relation avec le ch. 21.3 de l'annexe OEIE). Il en va de même lors de la modification d'une installation existante de ce type - c'est le cas de l'usine de Verbois -, si elle consiste en une transformation ou un agrandissement considérables de l'installation, ou si elle change notablement son mode d'exploitation (<ref-law>). En l'espèce, les autorités cantonales ont estimé que l'augmentation de la puissance de l'usine de Verbois constituait un changement notable du mode d'exploitation; aussi une étude d'impact a-t-elle été ordonnée.
Selon le droit fédéral, l'étude d'impact doit parfois être effectuée par étapes, au cours de plusieurs procédures successives (<ref-law>). En vertu du ch. 21.3 de l'annexe OEIE, il en va en principe ainsi pour la construction (voire la modification) des centrales électriques précitées. La première étape a lieu lors de la procédure d'octroi de la concession et le droit fédéral laisse au droit cantonal le soin de déterminer la procédure décisive pour la seconde étape (celle où est donnée l'autorisation de construire la centrale et les ouvrages annexes, après l'octroi de la concession).
L'étude d'impact (ou la première étape de celle-ci) au moment de l'octroi de la concession a pour objet de permettre de déterminer si le projet répond aux prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement, c'est-à-dire à la loi sur la protection de l'environnement ainsi qu'aux dispositions concernant la protection de la nature, la protection du paysage, la protection des eaux, la sauvegarde des forêts, la chasse et la pêche (<ref-law>). L'autorité concédante se fonde sur les conclusions de l'étude d'impact pour statuer (art. 3 al. 2, 1e phrase OEIE). L'étude d'impact a été conçue comme un instrument de coordination (cf. Heribert Rausch, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, Zurich 1989, n. 3 ad <ref-law>), qui garantit la mise en oeuvre des principes généraux du droit fédéral quant à la concordance matérielle et formelle des décisions requises pour un projet déterminé (cf. notamment <ref-ruling> consid. 6d/aa p. 87 et la jurisprudence citée).
cc) Un problème particulier de coordination se pose pour les centrales hydroélectriques: outre une concession, la construction ou l'agrandissement d'une telle installation nécessite aussi, en vertu de la législation fédérale sur la pêche, une autorisation spéciale pour les interventions techniques sur les eaux, leur régime ou leur cours (art. 8 al. 1 et 3 let. a LFSP, disposition qui correspond à l'art. 24 de l'ancienne loi fédérale sur la pêche, du 14 décembre 1973). Dans le cas où l'utilisation des forces hydrauliques est liée à un prélèvement dans un cours d'eau à débit permanent, l'autorisation selon l'<ref-law> n'est plus requise, comme l'indique l'<ref-law>, car le respect des exigences matérielles des <ref-law> (cf. infra) est examiné dans le cadre de la procédure d'autorisation prévue à l'art. 29 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux - RS 814. 20; cf. <ref-ruling> consid. 4a/bb p. 22). Il n'y a cependant pas de prélèvement d'eau au sens de l'<ref-law> quand une retenue est mise en place pour une centrale de production d'énergie au fil de l'eau; c'est pourquoi, dans le cas de l'usine de Verbois, une autorisation selon l'<ref-law> est bel et bien nécessaire (cf. Message du Conseil fédéral concernant l'initiative populaire "pour la sauvegarde de nos eaux" et la révision de la loi fédérale sur la protection des eaux, FF 1987 II 1149).
L'autorisation selon l'<ref-law> a pour but la protection des biotopes servant de frayères aux poissons ou d'habitat à leur progéniture (cf. <ref-law>). Pour les nouvelles installations (titre de l'<ref-law>), l'<ref-law> exige des autorités compétentes qu'elles imposent, après une pesée des intérêts, "toutes les mesures propres à:
a. créer des conditions de vie favorables à la faune aquatique en fixant:
1. le débit minimal en cas de prélèvement d'eau,
2. la forme du profil d'écoulement,
3. la structure du lit et des berges,
4. le nombre et la nature des abris pour poissons,
5. la profondeur et la température de l'eau,
6. la vitesse du courant;
b. assurer la libre migration du poisson;
c. favoriser sa reproduction naturelle;
d. empêcher que les poissons et les écrevisses ne soient tués ou blessés par des constructions ou des machines. "
L'<ref-law> précise encore le cadre de l'appréciation ou de la pesée des intérêts: si, lors de l'examen du projet, on ne peut trouver aucune mesure pour éviter que les intérêts de la pêche (selon la définition de l'<ref-law>) ne soient gravement compromis, "la décision doit tenir compte de tous les intérêts en présence". Les exigences de l'<ref-law> doivent également être respectées lorsque des installations existantes sont agrandies ou remises en état (<ref-law>). Elles s'appliquent donc dans la procédure de modification de l'usine hydroélectrique de Verbois.
Selon la jurisprudence, la délivrance de l'autorisation spéciale selon la loi fédérale sur la pêche doit être coordonnée avec l'octroi (ou la modification) de la concession, dès lors qu'il faut procéder d'emblée à une pesée générale des intérêts, avant l'autorisation de construire ou les autres décisions nécessaires à la réalisation des ouvrages hydroélectriques (cf. <ref-ruling> consid. 4b/aa p. 22; <ref-ruling> consid. 6b p. 272; <ref-ruling> consid. 4c p. 190). L'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE) organise en quelque sorte cette coordination: son art. 21 al. 1 dispose que l'autorité compétente - celle qui délivre la concession (cf. <ref-law>) - communique à l'autorité concernée - celle qui se prononce sur l'autorisation spéciale selon l'<ref-law> - toutes les pièces utiles, lui demande de se prononcer et transmet son avis au service spécialisé de la protection de l'environnement. L'<ref-law> prévoit donc, à ce stade-là, un simple avis ou préavis de l'autorité chargée d'appliquer la législation sur la pêche, et non pas une décision au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1d). L'autorisation est en effet formellement délivrée ensuite, une fois l'étude d'impact achevée et donc sur la base de tous les éléments d'appréciation disponibles (cf. <ref-law>; cf. également art. 3 al. 2 in fine OEIE), l'autorité devant toutefois se tenir à son avis sauf si des éléments nouveaux viennent modifier les données sur lesquelles elle s'était fondée (<ref-law>).
b) Dans le cas particulier, l'objet de la contestation n'est pas la "décision finale", au sens des <ref-law>, dans la procédure de modification de l'usine de Verbois, puisque le seul acte attaqué devant le Tribunal administratif était une des autorisations spéciales mentionnées à l'<ref-law>. Cette "décision finale", soit l'octroi de la concession, revêt en vertu du droit cantonal genevois la forme d'une loi (loi du 13 septembre 1996, complétée par le règlement d'application du 24 février 1999; cf. supra, consid. 3a/aa-bb); c'est pourtant dans ce cadre que l'autorité compétente - le Grand Conseil - était censée déterminer si le projet répondait aux prescriptions sur la protection de l'environnement au sens large (<ref-law>).
L'organisation recourante aurait pu contester directement la modification de la concession et la pesée générale des intérêts - dont ceux de la pêche - effectuée à ce moment-là, à l'issue de l'étude d'impact; il ressort du dossier qu'elle y a renoncé. Une concession pour l'utilisation des forces hydrauliques peut en effet faire l'objet d'un recours au niveau fédéral, quelle que soit la forme à laquelle la soumet le droit cantonal. Jusqu'à la fin de l'année 1993, la voie du recours au Conseil fédéral était en principe ouverte; depuis le 1er janvier 1994, le recours de droit administratif au Tribunal fédéral est recevable (art. 99 al. 1 let. d et al. 2 let. a OJ; cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 21). Cela implique, en tout cas depuis le 15 février 1997, l'ouverture d'une voie de recours préalable auprès d'une autorité judiciaire cantonale (art. 98a al. 1 OJ; cf. notamment <ref-ruling> consid. 7 p. 236). En l'absence d'un recours dans le cas concret, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de contrôler la légalité des nouvelles dispositions de la concession modifiée en 1996.
Cela étant, les règles fédérales de procédure destinées à assurer la coordination entre la modification de la concession et l'octroi de l'autorisation selon l'<ref-law> (cf. supra, consid. 3a) n'ont pas été respectées dans le cas particulier. Avant l'adoption de la loi du 13 septembre 1996, le département cantonal aurait dû se borner à transmettre un avis en matière de protection des biotopes piscicoles et différer sa décision. Son autorisation pour les interventions techniques dans les cours d'eau aurait dû être délivrée non pas en 1992 ou 1993, mais après l'adoption de la loi modifiant la concession en 1996, pour constituer en quelque sorte un accessoire de cette "décision finale"; cette autorisation spéciale est en effet subordonnée à une appréciation positive du projet à l'issue de l'étude d'impact (art. 3 al. 2, 21 al. 2 OEIE; cf. supra, consid. 3a/cc). La jurisprudence a certes admis une décision anticipée sur une autorisation spéciale, avant la décision finale, dans une situation particulière: celle où l'autorité requise de délivrer l'autorisation spéciale peut dire d'emblée, au moment où elle est consultée, qu'elle refusera de statuer positivement; une décision négative préalable et directement attaquable, avant l'issue de l'étude d'impact, est alors concevable nonobstant la règle de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 6d/ee/ddd p. 94). Le département cantonal n'ayant en l'occurrence jamais évoqué un refus de l'autorisation prévue à l'<ref-law>, on ne se trouve pas dans cette hypothèse. Cette autorité a donc statué de manière anticipée et le Tribunal administratif a été saisi d'un recours sur une question accessoire avant que le principe de la modification de la concession ne soit décidé. La présente cause est néanmoins particulière à certains égards, de sorte que l'inobservation des règles formelles visant à assurer la coordination ne justifie pas, d'emblée et pour ce seul motif, une annulation de l'arrêt attaqué.
En effet, par le jeu des suspensions successives en instance cantonale de recours, l'arrêt attaqué a été rendu après l'adoption de la loi modifiant la concession; le Tribunal administratif a été en mesure de tenir compte de l'évolution du dossier dans la procédure décisive, notamment de données concernant la pêche postérieures aux dates auxquelles l'autorisation spéciale a été délivrée puis complétée (12 novembre 1992, 16 août et 13 septembre 1993). Au surplus, l'organisation recourante ne critique pas, devant le Tribunal fédéral, la façon dont les différentes procédures cantonales ont été menées et coordonnées. Si, dans les conclusions principales de son recours de droit administratif, elle demande l'annulation de l'autorisation spéciale du département cantonal, ce n'est pas parce qu'il aurait été illégal de permettre les interventions techniques dans les cours d'eau liées à la modification de la centrale hydroélectrique, ni pour le motif que l'une ou l'autre des clauses et conditions de cette autorisation violerait directement le droit fédéral, mais bien en raison de son caractère prétendument incomplet. En d'autres termes, la recourante reproche au Tribunal administratif de n'avoir pas imposé aux Services industriels des conditions supplémentaires, nécessaires selon elle pour une bonne application de l'<ref-law>. En cas d'admission du recours de droit administratif, la décision prise en dernière instance cantonale devrait donc être complétée plutôt qu'annulée, conformément aux conclusions subsidiaires de la recourante. Tel est en définitive l'enjeu de la procédure devant le Tribunal fédéral. Il convient dès lors d'examiner si le Tribunal administratif a écarté les différentes mesures complémentaires proposées par la recourante sur la base d'une pesée correcte des intérêts, en dépit de la coordination déficiente entre l'octroi de l'autorisation spéciale et la modification de la concession.
4.- La recourante fait grief au Tribunal administratif de n'avoir pas imposé diverses autres mesures qu'elle avait proposées dans le cadre des négociations engagées avec les Services industriels en vue de la conclusion d'une convention. Elle prétend que, sans ces mesures complémentaires, les exigences de l'<ref-law> ne seraient pas remplies; en d'autres termes, la juridiction cantonale aurait violé le droit fédéral (par un abus ou un excès du pouvoir d'appréciation - art. 104 let. a OJ) en considérant que les mesures ordonnées en définitive seraient globalement suffisantes par rapport aux inconvénients et aux nuisances inhérents à la mise en exploitation de la double modulation.
a) La recourante demande en premier lieu au Tribunal fédéral d'assortir l'autorisation spéciale selon l'<ref-law> d'une charge: "l'obligation de procéder à l'exécution de la convention paraphée au mois de février 1997". Elle énumère, dans les conclusions du recours de droit administratif, les mesures qui devraient être réalisées (cf. supra, let. H.).
Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de se prononcer, dans la présente procédure, sur le caractère exécutoire ou non de la convention, dont il est constant qu'elle n'a pas été signée par les parties (les Services industriels et l'organisation recourante) au terme de leurs pourparlers. Ce texte n'était pas censé engager l'autorité cantonale compétente pour octroyer une concession ou une autorisation spéciale, et il n'a manifestement la portée ni d'une décision, ni d'une assurance officielle concernant une décision à prendre. Aussi se bornera-t-on à examiner - compte tenu des griefs de la recourante - s'il était proposé, dans cette convention, des "mesures propres à créer des conditions de vie favorables à la faune aquatique", à "assurer la libre migration du poisson" ou à "favoriser sa reproduction naturelle" (cf. <ref-law>), et si le cas échéant la pesée des intérêts aurait justifié, sur la base de ces éléments, d'imposer des conditions supplémentaires à l'exploitant de l'usine de Verbois. Il faut cependant relever d'emblée que le projet de convention de 1997 se référait à toute une série de mesures décrites dans le rapport Ecotec de novembre 1994 intitulé "Mesures piscicoles prévues dans le Rhône et les milieux annexes". Ce rapport indique clairement qu'il est nécessaire de "considérer toutes ces mesures dans le contexte piscicole global du Rhône genevois" (p. 1); il ne se réfère donc pas uniquement à la modification de la concession pour la centrale de Verbois, mais aussi aux "autres dossiers en cours", dont celui concernant le renouvellement de la concession de la centrale de Chancy-Pougny (en aval de Verbois) et celui des mesures compensatoires pour le barrage du Seujet (p. 7 ss). Dans ce contexte, le Tribunal fédéral n'a en conséquence pas à réexaminer toutes les propositions de ce rapport ou de la convention qui y renvoie, ni à évaluer les avantages et les inconvénients de chacune des mesures décrites, car cela pourrait aller au-delà de l'objet du présent litige. Il faut se limiter au traitement des griefs énoncés suffisamment clairement et, à lire la motivation et les conclusions du recours de droit administratif, la contestation porte en définitive sur les quelques points suivants: la compensation des effets des vidanges régulières de la retenue de Verbois; la constitution d'un fonds destiné à l'entretien de trois projets (sentier des Saules, Eaux-Froides de Dardagny, bief Tabary) et à des travaux d'experts; la création ou la mise à disposition des pêcheurs de deux étangs (Passeiry, la Touvière).
Dans ce cadre, le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait du Tribunal administratif, à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes ou incomplètes (art. 104 let. b et 105 al. 2 OJ). Cela étant, le contrôle de la pesée des intérêts est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement, tout en s'imposant une certaine retenue au sujet de l'appréciation de questions techniques ou des circonstances locales (art. 104 let. a OJ; cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 652).
b) La recourante demande des mesures actives de prévention des dégâts dus aux vidanges régulières (triennales en principe) de la retenue de Verbois.
Ces vidanges ne sont pas une conséquence de la modification de la concession en 1996; elles étaient déjà effectuées auparavant et le rapport d'impact en mentionne les effets (ch. 3.18 notamment). Certaines des mesures imposées dans l'autorisation spéciale et reprises dans le règlement d'application de la concession ("ouvrages de minimalisation des impacts") ont sans doute un effet favorable pour compenser ou prévenir les dégâts liés aux vidanges, notamment par la création de diverses zones de refuge pour les poissons (aménagements de Chèvres, du Bois de Planfonds et de Peney, notamment). Il n'est cependant pas nécessaire d'examiner plus avant cette question dans le cadre de la procédure d'autorisation pour interventions techniques (<ref-law>) liée à la modification de la concession, car le droit fédéral prévoit une procédure d'autorisation cantonale spécifique pour cette opération: l'<ref-law> dispose en effet que l'exploitant d'un ouvrage hydroélectrique ne peut effectuer un curage ou une vidange qu'avec l'autorisation du canton; il doit veiller, dans toute la mesure du possible, à ne pas porter atteinte à la faune et à la flore dans la partie aval du cours d'eau (cf. aussi art. 42 de l'ordonnance sur la protection des eaux [OEaux; RS 814. 201]). La vidange représentant aussi une intervention technique dans le cours d'eau, une autorisation spéciale au sens de l'<ref-law> est en principe également requise à cette occasion (cf. <ref-ruling> consid. 4c p. 596). Au niveau cantonal, l'art. 10 al. 1 du règlement d'application de la concession, du 24 février 1999, prévoit que "les travaux d'entretien importants de la retenue, tels que vidanges ou dragages, sont soumis aux procédures d'autorisations nécessaires de l'Etat qui se réserve le droit d'imposer des mesures visant à réduire les impacts négatifs de ces travaux"; la mise en oeuvre de l'<ref-law> a donc été ainsi réservée lors de la modification de la concession.
A ce stade-ci, il n'y a aucun motif de considérer que les mesures de "minimalisation des impacts" à réaliser selon l'arrêt attaqué - et aussi selon la loi du 13 septembre 1996 et son règlement d'application, puisque ces actes imposent globalement la réalisation des mêmes aménagements -, combinées aux mesures qui seront prises lorsque les curages ou vidanges seront autorisés, seront insuffisantes au regard de l'<ref-law>. L'arrêt attaqué, avec le catalogue de mesures piscicoles qu'il a confirmé et complété, ne compromet en rien l'adoption d'autres mesures ponctuelles, qui seront étudiées en fonction des circonstances au moment des vidanges et qui ne nécessiteront pas toujours des ouvrages ou aménagements permanents. Dans ces conditions, le Tribunal administratif était fondé à renoncer à imposer des mesures supplémentaires, pour pallier spécialement les effets des vidanges, au stade de la modification de la concession.
c) La recourante demande au Tribunal fédéral d'ordonner la constitution d'un fonds affecté à l'entretien de trois sites - le site d'élevage/grossissement au sentier des Saules; le ruisseau des Eaux-Froides de Dardagny; le site d'élevage/grossissement du bief Tabary - et au financement des activités de suivi biologique et de formation par des experts.
Selon l'art. 18 al. 4 de la loi du 5 octobre 1973, le concessionnaire "exécute à ses frais tous les travaux et prend toutes les mesures (repeuplement en poissons y compris) que les autorités fédérale ou cantonales lui prescrivent" pour la protection de la pêche. Cette disposition n'a pas été modifiée par la loi du 13 septembre 1996. La réalisation effective des mesures énoncées dans l'autorisation spéciale litigieuse (divers ouvrages et aménagements déjà mentionnés, mais aussi l'"exécution de suivis biologiques pour déterminer l'impact de l'exploitation et des aménagements effectués", selon la condition n° 7 de l'autorisation du 12 novembre 1992) est ainsi suffisamment garantie. Le droit cantonal a en outre institué un fonds piscicole, affecté au financement de mesures d'aménagement piscicole (art. 26 ss LCPê); dans le cas présent, l'autorisation spéciale du 12 novembre 1992 prévoit le versement par les Services industriels d'une contribution annuelle à ce fonds (condition n° 5). On ne voit pas, dans ces circonstances, pourquoi un nouveau fonds devrait être constitué.
Par ailleurs, l'aménagement des sites d'élevage du sentier des Saules et du bief (contre-canal) de Tabary est évoqué dans l'autorisation spéciale, telle qu'elle a été complétée par le Tribunal administratif. Le règlement d'application de la concession mentionne également ces ouvrages de minimalisation des impacts. La recourante n'explique pas quelles autres dispositions auraient dû être prises pour ces deux sites.
L'aménagement du ruisseau des Eaux-Froides de Dardagny ne fait en revanche pas partie des mesures examinées dans la décision attaquée; il n'a pas été ordonné par le département cantonal et il n'est pas mentionné dans le règlement d'application de la concession. Il apparaît en effet que ce projet est considéré comme lié à la modification de la concession pour l'exploitation de l'usine hydroélectrique de Chancy-Pougny. Il en va de même de la création des étangs de la Touvière, également demandée dans le recours de droit administratif. Dans cette situation particulière, où plusieurs procédures concernant des ouvrages hydroélectriques distincts le long du même cours d'eau se déroulent parallèlement ou successivement, il faut certes tenter d'apprécier globalement les impacts et les mesures de compensation. Des instruments spécifiques, tel le programme cantonal de renaturation des cours d'eau et des rives que mentionne l'arrêt attaqué, peuvent favoriser cette approche globale. Ce n'est cependant pas la fonction de chaque autorisation délivrée sur la base de l'<ref-law>, en relation avec un projet concret, de mettre en oeuvre l'ensemble des mesures concevables pour la protection de la pêche dans un cours d'eau déterminé. En l'occurrence, le refus d'ordonner les aménagements du ruisseau des Eaux-Froides et des étangs de la Touvière est fondé avant tout sur des motifs formels, parce que ces mesures doivent faire l'objet d'une autre procédure; la décision attaquée n'est pas critiquable à cet égard.
d) La recourante propose encore une mesure: mettre l'étang de Passeiry, à Chancy, à la disposition des pêcheurs genevois. Selon elle, seuls des étangs annexes au Rhône pourraient servir de refuge et de sites de reproduction ou de croissance à la plupart des poissons, plus exposés en raison des vitesses élevées des courants avec les nouveaux débits de l'usine hydroélectrique de Verbois. Dans leur réponse au recours, les Services industriels contestent l'utilité d'une telle mesure, qui n'avait du reste pas été proposée dans le rapport d'impact; ils relèvent que cet étang est géographiquement séparé du cours du Rhône. Quant au département cantonal, il fait valoir que les prescriptions sur la protection des biotopes et du territoire agricole s'opposeraient à cet aménagement. Enfin, dans ses déterminations, l'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage conteste qu'il puisse s'agir là d'une mesure piscicole au sens de l'<ref-law>, dès lors que la mise à disposition de cet étang n'entraînerait aucune amélioration de la faune piscicole du Rhône ni de son habitat. Cet Office estime en outre que les mesures prévues - sans celle relative à l'étang de Passeiry - peuvent globalement être considérées comme suffisantes. La recourante n'a pas fourni d'arguments probants à l'encontre de cette appréciation. Le résultat de la pesée des intérêts au sujet de la proposition concernant l'étang de Passeiry est assez évident: il résulte de tous ces éléments que le Tribunal administratif pouvait, sans violer l'<ref-law>, renoncer à compléter dans ce sens la liste, déjà importante, des charges et conditions de l'autorisation litigieuse. Sur ce point, le recours de droit administratif est donc mal fondé.
5.- La recourante conclut encore à une limitation - à dix, quinze ou vingt ans - de la durée de l'autorisation spéciale litigieuse. Or cette autorisation n'est elle-même pas limitée dans le temps, contrairement à la concession. La contestation ne portant pas sur la loi du 13 septembre 1996 (cf. supra, consid. 3b), qui confirme implicitement la durée initiale de la concession (soixante ans, art. 31 de la loi du 5 octobre 1973, non modifié en 1996), le Tribunal fédéral n'a pas à examiner cette question. Cette dernière conclusion est donc mal fondée.
6.- Il s'ensuit que le recours de droit administratif, en tous points mal fondé, doit être rejeté. La recourante, qui succombe, doit payer l'émolument judiciaire (art. 153 al. 1, 153a al. 1 et 156 al. 1 OJ). Les Services industriels, établissement de droit public cantonal (art. 1 de la loi sur l'organisation des Services industriels de Genève), n'ont pas droit à des dépens; il en va de même du département cantonal (art. 159 al. 2 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours de droit administratif.
2. Met à la charge de la Fédération genevoise des sociétés de pêche un émolument judiciaire de 2'000 fr.
3. Dit qu'il n'est pas alloué de dépens.
4. Communique le présent arrêt en copie aux parties, au Tribunal administratif de la République et canton de
Genève et à l'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage.
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Lausanne, le 1er mai 2000
JIA/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,