Sachverhalt:
A. A.a Der 1968 geborene J._ arbeitete vom 1. Juli 2002 bis 31. Mai 2004 als Elektromonteur bei der Firma E._ AG. Zudem war er bei der Baugenossenschaft A._ im Rahmen eines Nebenerwerbs zusammen mit seiner Ehefrau seit 1. Oktober 2001 als Hauswart angestellt; ab 1. Januar 2005 übte nur noch die Ehefrau diese Tätigkeit aus. Am 20. Dezember 2003 erlitt der Versicherte bei einer Auffahrkollision eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS). Am 21. September 2004 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Zur Abklärung der Verhältnisse holte die IV-Stelle des Kantons Zürich diverse Arztberichte sowie die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) ein. Ab 1. Mai 2006 absolvierte der Versicherte in einer Firma ein sechsmonatiges Wiedereingliederungsprogramm. Mit Verfügungen vom 11. Februar 2008 sprach ihm die IV-Stelle ab 1. Dezember 2004 bis 31. März 2006 eine ganze Invalidenrente (Invaliditätsgrad 100 %) und ab 1. April bis 31. Mai 2006 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 50 %) zu. Mit Verfügungen vom 24. April 2008 sprach sie ihm ab 1. Juni 2006 bis 31. Januar 2007 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 50 %) zu.
A.b Mit Verfügung vom 19. Oktober 2006 stellte die SUVA als obligatorischer Unfallversicherer die dem Versicherten gewährten Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld) per sofort ein, da kein objektivierbarer organischer Gesundheitsschaden vorliege und der adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 20. Dezember 2003 und den anhaltenden Beschwerden des Versicherten zu verneinen sei; es bestehe kein Anspruch auf Invalidenrente und/oder Integritätsentschädigung. Mit Verfügung vom 15. Dezember 2006 reduzierte sie die Taggeldleistungen ab 1. Januar 2006 von 100 % auf 50 % und stellte sie ab 1. März 2006 gänzlich ein. Gegen die Verfügungen vom 19. Oktober und 15. Dezember 2006 erhob der Versicherte Einsprache. Sein Krankenversicherer erhob gegen Erstere Einsprache, zog sie aber in der Folge zurück. Mit Entscheid vom 6. August 2007 wies die SUVA die Einsprache gegen die Verfügung vom 19. Oktober 2006 ab; in teilweiser Gutheissung der Einsprache gegen die Verfügung vom 15. Dezember 2006 sprach sie dem Versicherten ab 1. März bis 19. Oktober 2006 weiterhin halbe Taggeldleistungen zu und stellte sie danach ein. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das kantonale Gericht in dem Sinne teilweise gut, als es den Einspracheentscheid dahingehend aufhob und feststellte, der Versicherte habe vom 1. Januar bis 31. März 2006 Anspruch auf Taggelder bei 100%iger und vom 1. April bis 19. Oktober 2006 bei 50%iger Arbeitsunfähigkeit. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 6. Februar 2009). Dies ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_357/2009.
B. Die gegen die Verfügungen der IV-Stelle vom 11. Februar und 24. April 2008 eingereichten Beschwerden wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab, nachdem es am 26. November 2008 die beiden Verfahren vereinigt und den Versicherten auf eine mögliche reformatio in peius hingewiesen hatte. Es hob die Verfügungen auf, soweit ihm damit über den 31. Januar 2006 hinaus eine Rente zugesprochen wurde (Entscheid vom 6. Februar 2009).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm auch ab 1. Februar 2006 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 40 % zuzusprechen; die IV-Stelle sei anzuhalten, in Koordination mit der SUVA ein verwaltungsunabhängiges polydisziplinäres Gutachten über seinen Gesundheitszustand einzuholen und danach die Rentenfrage neu zu prüfen. Er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; nicht publ. E. 1.1 des Urteils BGE 8C_784/2008 vom 11. September 2009). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dies ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>).
1.2 Die aufgrund medizinischer Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit ist Entscheidung über eine Tatfrage. Bei der Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen aufgrund allgemeiner Lebenserfahrung geht es um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Zu den Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 lit. a BGG gehört die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen, die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.) sowie die Missachtung der Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Die konkrete Beweiswürdigung betrifft Tatfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>; Urteile 8C_447/2009 vom 30. Oktober 2009 E. 1 und 8C_561/2009 vom 17. September 2009 E. 2).
2. Die Verfügungen der IV-Stelle datieren vom 11. Februar und 24. April 2008. Umstritten und zu prüfen ist, ob der Versicherte ab 1. Februar 2006 bis zum massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220) weiterhin Anspruch auf eine Invalidenrente hat. Gemäss den allgemeinen intertemporalrechtlichen Regeln betreffend die im Zeitpunkt des Inkrafttretens der geänderten Normen noch nicht rechtskräftig festgelegten Leistungen sind für die Zeit bis 31. Dezember 2007 die damals geltenden Bestimmungen und ab 1. Januar 2008 die neuen Normen der in Kraft getretenen Änderungen des ATSG und des IVG vom 6. Oktober 2006 sowie der IVV vom 28. September 2007 (5. IV-Revision) anzuwenden. Die Vorinstanz hat mithin zu Unrecht erwogen, die Bestimmungen der 5. IV-Revision seien in casu nicht anwendbar.
3. 3.1 Zutreffend dargelegt hat die Vorinstanz hingegen die im Rahmen der 5. IV-Revision unverändert gebliebenen Grundlagen über die Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG), die Erwerbsunfähigkeit (bis 31. Dezember 2007 Art. 7 ATSG, seit 1. Januar 2008 Art. 7 Abs. 1 ATSG), die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG; Art. 4 Abs. 1 IVG), die Invaliditätsbemessung von erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG; bis 31. Dezember 2007 Art. 28 Abs. 2 IVG, seit 1. Januar 2008 Art. 28a Abs. 1 IVG; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (bis 31. Dezember 2007 Art. 28 Abs. 1 IVG, seit 1. Januar 2008 Art. 28 Abs. 2 IVG) sowie die Rentenrevision (Art. 17 ATSG; Art. 88a Abs. 1 IVV; <ref-ruling>, 130 V 343 E. 3.5 S. 349). Richtig wiedergegeben hat sie auch die Rechtsprechung über den invalidisierenden Charakter psychischer Gesundheitsschäden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f., 130 V 396 ff., 352 ff.), die Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4 S. 224) und des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.2.1 und 4.2.3 S. 475 und 481), die Aufgabe des Arztes bei der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99) sowie den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. E. 5.1). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Zutreffend dargelegt hat die Vorinstanz hingegen die im Rahmen der 5. IV-Revision unverändert gebliebenen Grundlagen über die Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG), die Erwerbsunfähigkeit (bis 31. Dezember 2007 Art. 7 ATSG, seit 1. Januar 2008 Art. 7 Abs. 1 ATSG), die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG; Art. 4 Abs. 1 IVG), die Invaliditätsbemessung von erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG; bis 31. Dezember 2007 Art. 28 Abs. 2 IVG, seit 1. Januar 2008 Art. 28a Abs. 1 IVG; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (bis 31. Dezember 2007 Art. 28 Abs. 1 IVG, seit 1. Januar 2008 Art. 28 Abs. 2 IVG) sowie die Rentenrevision (Art. 17 ATSG; Art. 88a Abs. 1 IVV; <ref-ruling>, 130 V 343 E. 3.5 S. 349). Richtig wiedergegeben hat sie auch die Rechtsprechung über den invalidisierenden Charakter psychischer Gesundheitsschäden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f., 130 V 396 ff., 352 ff.), die Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4 S. 224) und des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.2.1 und 4.2.3 S. 475 und 481), die Aufgabe des Arztes bei der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99) sowie den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. E. 5.1). Darauf wird verwiesen.
3.2 3.2.1 Nach dem seit 1. Januar 2008 in Kraft stehenden Art. 7 Abs. 2 ATSG sind für die Beurteilung des Vorliegens einer Erwerbsunfähigkeit ausschliesslich die Folgen der gesundheitlichen Beeinträchtigung zu berücksichtigen. Eine Erwerbsunfähigkeit liegt zudem nur vor, wenn sie aus objektiver Sicht nicht überwindbar ist (vgl. <ref-ruling>).
3.2.2 Eine bei einem Unfall erlittene Verletzung im Bereich von HWS und Kopf kann auch ohne organisch nachweisbare (d.h. objektivierbare) Funktionsausfälle zu länger dauernden, die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit beeinträchtigenden Beschwerden führen. Derartige Verletzungen sind durch ein komplexes und vielschichtiges Beschwerdebild mit eng ineinander verwobenen, einer Differenzierung kaum zugänglichen Beschwerden physischer und psychischer Natur gekennzeichnet (<ref-ruling> E. 7.1 S. 118). Diese mit Bezug auf die obligatorische Unfallversicherung entwickelten Grundsätze sind auch für die Invalidenversicherung massgebend. Auch hier kann eine spezifische HWS-Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle mit dem für derartige Verletzungen typischen, komplexen und vielschichtigen Beschwerdebild die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit beeinträchtigen. Vom Fehlen organisch nachweisbarer Befunde kann mithin in diesem Rahmen nicht ohne weiteres direkt auf - überwindbare - psychische Beschwerden geschlossen werden (Urteil 8C_437/2008 vom 30. Juli 2009 E. 6.3).
3.2.3 Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt werden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich auf breiter Basis anerkannt sind (<ref-ruling> f. E. 5.1, 109 E. 9 S. 122; SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105 E. 2.1 [8C_413/2008]).
4. 4.1 Das Spital X._, wo der Versicherte nach dem Unfall vom 20. Dezember 2003 notfallmässig weilte, stellte im Bericht vom 16. Januar 2004 als Hauptdiagnose ein HWS-Distorsionstrauma, als Nebendiagnose Refluxbeschwerden. Röntgen: HWS ap und seitlich: partielle Keilwirbelbildung C5-6, fragliche Retrolisthesie C3. CT Schädel: keine AP für intercerebrale Blutung oder Fraktur. CT HWS: keine AP für frische oder ossäre Läsion, degenerative Veränderungen.
4.2 Dr. med. H._, Rheumatologie und Innere Medizin FMH Sonographie am Bewegungsapparat, stellte im Bericht vom 3. März 20004 folgende Diagnosen: Chronisch tendenziell eher progredientes zerviko-thorako-spondylogenes Syndrom bei Status nach HWS-Distorsionstrauma am 20. Dezember 2003, degenerativen Veränderungen der Wirbelsäule mit funktionellem Blockwirbel C5/C6, Osteochondrose, Spondylose C6/C7 sowie Spondylarthrose C7/Th1, Anterolisthesis von C4 gegenüber C3, Streckhaltung der unteren HWS. Der Versicherte leide unter neuartigen zervikozephalen und zervikothorakalen Rückenbeschwerden, die ihn andauernd und belastungskorreliert seit der Kollision vom 20. Dezember 2003 plagten. Radiologisch könnten vorerwähnte, im Verhältnis zum Alter stark ausgeprägte degenerative Veränderungen sowie die funktionelle Blockwirbelbildung C5/C6 gefunden werden. Aufgrund des bisherigen sehr harzigen Heilungsverlaufs einerseits und der doch auch radiologisch fassbaren ausgeprägten Befunde andererseits wolle er den Versicherten zur intensiven stationären Therapie sowie auch Durchführung eines MRI und bei besserer HWS-Beweglichkeit von Funktionsaufnahmen an das Spital X._ überweisen. Sicher gelte es Weichteilverletzungen und eine Segmentinstabilität besser auszuschliessen.
4.3 Vom 15. März bis 2. April 2004 war der Versicherte im Spital X._, Rheumaklinik und Institut für Physiotherapie mit Poliklinik, hospitalisiert, das im Bericht vom 5. April 2004 folgende Diagnosen stellte: 1. Chronisches zervikozephales Syndrom bei Status nach HWS-Distorsionstrauma am 20. Dezember 2003; ausgeprägten Triggerpunkten und myofaszialem Irritationssyndrom; Verdacht auf leichtes, sensibles C8 Ausfallsyndrom links/Ulnarisneuropathie links; Blockwirbel C5/C6, Anterolisthesis C3/4 und C4/5, leichter ossärer Einengung des Neuroforamens C6/C7 bei dorsalen Spondylophyten rechts; ausgeprägter neurovegetativer Begleitsymptomatik (Schwindel, Nausea, gestörter Schlafarchitektur); subjektiv kognitiven Defiziten. 2. Anpassungsstörung mit längerer depressiver Reaktion, DD: posttraumatische Belastungsstörung. Konventionell radiologisch hätten sich einerseits ein Blockwirbel C5/C6, andererseits eine Anterolisthesis C3/4 und C4/5 sowie eine leichte ossäre Einengung des Neuroforamens C6/C7 rechts gezeigt. Im MRI habe keine direkte Nervenwurzelkompression festgestellt werden können. Die neurologische Untersuchung habe keine Anhaltspunkte für eine zervikale Myelopathie oder radikuläre motorische Ausfallmuster ergeben. Aufgrund des Zustandsbildes sei keine Elektrodiagnostik vorgenommen worden. Empfohlen werde eine HWS-spezialisierte, interdisziplinäre stationäre Therapie inklusive neuropsychologische Beurteilung. Die Arbeitsunfähigkeit betrage vom 15. März bis 30. April 2004 100 %, danach gemäss nachbehandelnden Ärzten.
4.4 Vom 23. Juni bis 27. Juli 2004 weilte der Versicherte in der Rehaklinik Y._. Die Dres. med. G._, Assistenzärztin, und U._, Fachärztin für Physikalische Medizin und Rehabilitation, stellten im Austrittsbericht vom 26. Juli 2004 folgende Diagnosen: A. HWS-Distorsion (Unfall vom 20. Dezember 2003); 1. zervikozephales Schmerzsyndrom (myofaszial) mit ausgeprägter neurovegetativer Begleitsymptomatik, 2. Abklingende Anpassungsstörung (ICD-10: F43.21). B. Verdacht auf Ulnarisneuropathie links. Bei Austritt bestehe 100%ige Arbeitsunfähigkeit.
4.5 Vom 7. September bis 26. Oktober 2005 hielt sich der Versicherte erneut in der Rehaklinik Y._ auf, wo er neurologisch, psychosomatisch, neuropsychologisch, rheumatologisch und neurootologisch abgeklärt wurde. Im Austrittsbericht vom 31. Oktober 2005 wurde eine HWS-Distorsion (Unfall vom 20. Dezember 2003) diagnostiziert. Aktuelle Probleme seien 1. Leichte depressive Episode mit somatischen Symptomen (ICD-10: F32.01), 2. Myofasziales zervikozephales Schmerzsyndrom mit Angabe von diffuser neurovegetativer Begleitsymptomatik, 3. Verminderte psychophysische Belastbarkeit bei im Vordergrund stehender Schmerzsymptomatik und leichter depressiver Episode, 4. Tinnitus, Schwindel (bei nur diskreten Hinweisen auf eine zervikogene Störung). Das Ausmass der demonstrierten physischen Einschränkungen lasse sich mit den geringfügigen objektivierbaren pathologischen Befunden der klinischen Untersuchung und bildgebenden Abklärungen sowie der Diagnose aus somatischer Sicht nicht erklären. Die Beurteilung der Zumutbarkeit stütze sich deshalb primär wesentlich auf medizinisch-theoretische Überlegungen, ergänzt durch die Beobachtungen bei den Leistungstests und im Behandlungsprogramm. Aus unfallmechanischer Sicht seien leichte bis mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ganztags zumutbar. Eine weitergehende Einschränkung der Belastbarkeit lasse sich medizinisch-theoretisch nicht begründen. Durch den psychischen Störungsanteil allein sei die Arbeitsfähigkeit nicht wesentlich eingeschränkt. Von weiteren medizinischen Massnahmen sei mit keiner namhaften Besserung des Zustandes zu rechnen. Im Bericht vom 6. Oktober 2006 ergänzte der neurootologische Abklärer, ein objektivierbares organisches Substrat sei nicht gegeben.
4.6 Im Bericht vom 19. Januar 2007 diagnostizierte Frau Dr. med. S._, Fachärztin für Allgemeine Medizin FMH, eine HWS-Distorsion nach Unfall vom 20. Dezember 2003 mit partieller Keilwirbelbildung C5, C6 und fraglicher Retrolisthesis C3; chronisches myofasziales zervikozephales Schmerzsyndrom mit diffuser neurovegetativer Begleitsymptomatik; Verdacht auf posttraumatische Belastungsstörung; Schwindel, Tinnitus, verminderte Konzentrationsfähigkeit, Vergesslichkeit, Nausea, gestörte Schlafarchitektur. Die letzte Untersuchung habe am 10. Januar 2007 stattgefunden. Ein sechsmonatiges Wiedereingliederungsprogramm ab 1. Mai 2006 in einer Firma habe vom Versicherten zu 40 bis 50 % ausgeführt werden können mit zunehmenden Kopfschmerzen. Im angestammten Beruf als Elektromechaniker sei der Versicherte zu 100 % arbeitsunfähig. Für leichte bis mittelschwere Tätigkeiten mit wechselnder Belastung sei er zu 50 % arbeitsfähig. Im Bericht vom 11. Oktober 2007 gab Frau Dr. med. S._ an, der Gesundheitszustand des Versicherten sei unverändert; es bestünden durchaus Schwankungen in der Ausprägung der einzelnen Symptome. In den Zeugnissen vom 27. Juni und 29. August 2008 attestierte Frau Dr. med. S._ ab 1. Januar bis 31. Mai 2007 eine 100%ige, ab 1. Juni bis 30. September 2007 eine 50%ige und ab 1. Juli bis 31. Oktober 2008 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit.
4.7 Der Psychiater Dr. med. C._ diagnostizierte in der Meldung an den Vertrauensarzt des Krankenversicherers vom 2. August 2007 beim Versicherten Angst und depressive Störung.
4.8 Die Psychiatrie Z._, wo der Versicherte vom 9. Juni bis 11. Juli 2008 hospitalisiert war, diagnostizierte im Austrittsbericht vom 24. Juli 2008 eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), eine leichte bis mittelgradige depressive Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10: F32.11), Tinnitus beidseitig, Vitiligo an Fingern beider Hände.
4.9 Dr. phil. W._, bei dem der Versicherte in psychotherapeutischer Behandlung war, diagnostizierte im Bericht vom 5. Januar 2009 Tinnitus, Schleudertrauma, chronisches Schmerzsyndrom, Depression. Im Bericht vom 19. Januar 2009 gab er an, in Absprache mit seinem Praxispartner Dr. med. C._ sei der Versicherte seit Behandlungsbeginn am 25. Mai 2007 zu 100 % arbeitsunfähig.
5. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, es könne nach wie vor auf das im interdisziplinären Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 festgehaltene Zumutbarkeitsprofil abgestellt werden. Danach seien dem Versicherten leichte bis mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ganztags zumutbar (E. 4.5 hievor). Auf die Berichte der Frau Dr. med. S._ vom 19. Januar und 11. Oktober 2007 sowie ihre Zeugnisse vom 27. Juni 2007 und 29. August 2008 (E. 4.6 hievor) könne nicht abgestellt werden. Bis zum Verfügungserlass am 24. April 2008 sei keine Verschlechterung des physischen Gesundheitszustandes festzustellen. Auch wenn der Versicherte seit 25. Mai 2007 bei Dr. phil. W._ in psychotherapeutischer Behandlung sei, könne daraus nicht auf eine Verschlechterung des psychischen Gesundheitszustandes geschlossen werden, da dieser keine neuen Diagnosen nenne und seine Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit im Bericht vom 19. Januar 2009 (E. 4.9) keineswegs begründet sei. Aus den Diagnosen und Feststellungen im Bericht der Psychiatrie Z._ vom 24. Juli 2008 (E. 4.8 hievor) könne nicht auf eine Arbeitsunfähigkeit geschlossen werden, da weder eine relevante psychische Komorbidität noch weitere Umstände vorlägen, welche die Schmerzbewältigung behinderten. Auf die rein subjektiven Angaben des Versicherten könne nicht abgestellt werden. Daher sei nicht davon auszugehen, dass bei ihm eine psychische Beeinträchtigung von Krankheitswert vorliege.
6. 6.1 Im unfallversicherungsrechtlichen Verfahren hat das Bundesgericht mit heutigem Urteil (8C_357/2009) entschieden, dass bei Fallabschluss der Unfallversicherung am 19. Oktober 2006 keine organisch objektiv ausgewiesenen Folgen des Unfalls vom 20. Dezember 2003 überwiegend wahrscheinlich erstellt waren. Diesbezüglich kann auf die Erwägung 7 jenes Urteils verwiesen werden. Es hat auch vorliegend Geltung.
6.2 Der Versicherte macht geltend, er leide an den Folgen des am 20. Dezember 2003 erlittenen HWS-Distorsionstraumas und an psychischen Beschwerden, weswegen er vollständig arbeitsunfähig sei.
Bei der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit des Versicherten besteht zwischen dem Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 (E. 4.5 hievor) und dem Bericht der Frau Dr. med. S._ vom 19. Januar 2007 bzw. ihren Zeugnissen vom 27. Juni 2007 und 29. August 2008 (E. 4.6 hievor) eine erhebliche Diskrepanz. Es kann zwar nicht allein auf die Einschätzung der Frau Dr. med. S._ abgestellt werden, da Hausärzte bzw. behandelnde Ärzte aufgrund ihrer auftragsrechtlichen Vertrauensstellung in Zweifelsfällen eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353; Urteil 8C_276/2009 vom 2. November 2009 E. 6.3.1). Indessen vermögen die Angaben der Frau Dr. med. S._ den von der Vorinstanz als massgeblich erachteten Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 erheblich in Zweifel zu ziehen, da die Arbeits(un)fähigkeit bis zum Verfügungszeitpunkt am 24. April 2008 zu ermitteln ist (vgl. E. 2 hievor). Der Bericht der Rehaklinik Y._ stellt mithin in zeitlicher Hinsicht keine rechtsgenügliche Beurteilungsgrundlage dar. Zudem betraf er in erster Linie den unfallbedingten Gesundheitsschaden, während die Invalidenversicherung als finale Versicherung im Unterschied zur Unfallversicherung sämtliche Leiden unabhängig von ihrer Ursache zu berücksichtigen hat (Urteil 9C_7/2008 vom 18. September 2008 E. 5).
Bezüglich der Berichte des Psychiaters Dr. med. C._ vom 2. August 2007 und der Psychiatrie Z._ vom 24. Juli 2008 (E. 4.7 f. hievor) ist festzuhalten, dass darin keine Angaben zur Arbeits(un)fähigkeit des Versicherten enthalten sind. Die ärztlichen Stellungnahmen zum psychischen Gesundheitszustand und zu dem aus medizinischer Sicht (objektiv) vorhandenen Leistungspotential bilden aber unabdingbare Grundlage für die Beurteilung der Rechtsfrage, ob und gegebenenfalls inwieweit einer versicherten Person unter Aufbietung allen guten Willens die Überwindung ihrer Schmerzen und die Verwertung ihrer verbliebenen Arbeitskraft zumutbar ist (<ref-ruling> S. 355 f. E. 2.2.4 f.; Urteil I 542/05 vom 17. November 2006 E. 5.2.2).
Auf die Berichte des Dr. phil. W._ vom 5. und 19. Januar 2009 (E. 4.9 hievor) kann ebenfalls nicht abgestellt werden, zumal sie keinerlei Begründung für die angegebene 100%ige Arbeitsunfähigkeit enthalten.
6.3 Nach dem Gesagten ist die Aktenlage widersprüchlich und unklar. Eine Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD; Art. 49 IVV) hat die IV-Stelle nicht eingeholt, obwohl dies unter den gegebenen Umständen erforderlich gewesen wäre.
Indem die Vorinstanz abschliessend auf den Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 abstellte, hat sie unter den gegebenen Umständen den Sachverhalt unvollständig festgestellt und den Untersuchungsgrundsatz verletzt, was vom Bundesgericht als Rechtsverletzung zu berücksichtigen ist (E. 1.2 hievor; Urteil 8C_447/2009 E. 3.5). Die Sache ist demnach an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie eine medizinische Begutachtung - vorzugsweise in der hierfür spezialisierten Abklärungsstelle der Invalidenversicherung (MEDAS) - anordne und danach über den Rentenanspruch neu verfüge.
7. In erwerblicher Hinsicht (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399) ist das vorinstanzlich ermittelte Valideneinkommen von Fr. 71'841.- für das Jahr 2004 bzw. von Fr. 72'599.- für das Jahr 2005 unbestritten, weshalb es damit sein Bewenden hat. Über das zu veranschlagende Invalideneinkommen kann erst nach rechtsgenüglicher Ermittlung der Arbeits(un)fähigkeit des Versicherten befunden werden (vgl. Urteil 8C_653/2009 vom 28. Oktober 2009 E. 6).
8. Die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zu neuem Entscheid mit noch offenem Ausgang gilt bei der Auferlegung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung als volles Obsiegen des Versicherten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 6.1 S. 235; Urteil 8C_561/2009 vom 17. September 2009 E. 6). Sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 6. Februar 2009 sowie die Verfügungen der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 11. Februar und 24. April 2008 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Dezember 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar