Sachverhalt:
A.
Gemäss einer Untersuchung der Eidgenössischen Zollverwaltung bezogen die B._ AG, F._, die C._ AG, G._ (infolge Konkurs am 8. November 2010 im Handelsregister gelöscht) und die D._ AG, H._, in den Jahren 2006 bis 2008 von einer in Mailand ansässigen Lieferantin frisches Obst und Gemüse, welches teilweise falsch oder gar nicht zur Zollbehandlung angemeldet worden war. Ein wesentlicher Teil dieser Sendungen wurde vom Transport- und Logistikunternehmen A._ AG, E._, von Italien zu den genannten Warenempfängerinnen in die Schweiz verbracht. Eine gegen die A._ AG eröffnete Strafuntersuchung wurde am 5. März 2010 eingestellt.
Am 19. März 2010 erliess die Zollkreisdirektion Schaffhausen zwei Nachforderungsverfügungen gegen die A._ AG im Betrag von Fr. 945'052.95 (betreffend die Lieferungen an die B._ AG) und von Fr. 115'762.40 (betreffend die Lieferungen an die C._ AG) für Zoll und Einfuhrsteuer inkl. Verzugszins. Aus demselben Rechtsgrund forderte die Zollkreisdirektion Lugano von der A._ AG am 18. März 2010 Fr. 39'107.85 (betreffend die Lieferungen an die D._ AG) zurück.
B.
Die Oberzolldirektion wies die Beschwerden der A._ AG gegen die Verfügungen der Zollkreisdirektion Schaffhausen (betreffend die Lieferungen an die B._ AG und die C._ AG) am 25. Oktober 2011 ab. Die Beschwerde gegen die Verfügung der Zollkreisdirektion Lugano (betreffend die Lieferungen an die D._ SA) hiess die Oberzolldirektion am 15. Mai 2012 teilweise gut, indem sie die Einfuhrabgaben um Fr. 655.90 und die Verzugszinsen um Fr. 53.15 reduzierte.
Die A._ AG focht die drei (separat eröffneten) Entscheide der Oberzolldirektion am 30. November 2011 beim Bundesverwaltungsgericht an. Dieses vereinigte die Verfahren und wies die Beschwerden mit Urteil vom 15. Januar 2013 ab.
C.
Die A._ AG erhebt am 21. Februar 2013 Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, das angefochtene Urteil aufzuheben und auf eine Abgabennachforderung zu verzichten.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die Oberzolldirektion schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die A._ AG lässt sich mit Replik vom 8. Mai 2013 vernehmen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil betrifft Nachforderungen von Zollabgaben und Einfuhrsteuern gestützt auf das Verwaltungsstrafrecht des Bundes in Verbindung mit der Zoll- und Mehrwertsteuergesetzgebung. Dies ist eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts, welche gemäss <ref-law> der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterliegt; eine sachliche Ausnahme im Sinn von <ref-law> liegt nicht vor. Das angefochtene Urteil ist ein Endentscheid im Sinn von <ref-law>, und das Bundesverwaltungsgericht ist eine Vorinstanz des Bundesgerichts (<ref-law>). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit zulässig.
1.2. Die Beschwerdeführerin hat am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen. Als Adressatin des angefochtenen Urteils ist sie besonders berührt und hat an dessen Aufhebung oder Änderung ein schutzwürdiges Interesse. Sie ist gemäss <ref-law> zur Beschwerdeführung legitimiert.
1.3. Auf die im Übrigen frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> beruht (<ref-law>).
3.
Vorab sind die intertemporalrechtlich anwendbaren Rechtsgrundlagen darzulegen.
3.1. Am 1. Mai 2007 sind das Zollgesetz vom 18. März 2005 (ZG; SR 631.0) und die Zollverordnung vom 1. November 2006 (ZV; SR 631.01) in Kraft getreten. Der vorliegende Fall betrifft Einfuhren aus den Jahren 2006 bis 2008. Die Beurteilung der entsprechenden Sachverhalte richtet sich demnach bei Einfuhren vor dem 1. Mai 2007 nach dem Bundesgesetz vom 1. Oktober 1925 über das Zollwesen (aZG; AS 42 287) und der Vollziehungsverordnung vom 10. Juli 1926 zum aZG (aZV; AS 42 339); für Einfuhren nach dem 1. Mai 2007 ist die aktuelle Zollgesetzgebung massgeblich.
3.2. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG; SR 641.20) in Kraft getreten. Gemäss <ref-law> gilt für Einfuhren von Gegenständen, bei denen die Einfuhrsteuerschuld vor Inkrafttreten des MWSTG entstanden ist, das bisherige Recht, also das Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (aMWSTG, AS 2000 1300) und die Verordnung vom 29. März 2000 zum aMWSTG (aMWSTGV, AS 2000 1347). Gemäss Art. 78 Abs. 1 aMWSTG entsteht der Steueranspruch zur gleichen Zeit wie die Zollzahlungspflicht; diese entsteht, falls die Zollanmeldung unterlassen worden ist, im Zeitpunkt, in dem die Waren über die Zollgrenze verbracht werden (Art. 11 Abs. 2 aZG bzw. Art. 69 Bst. c ZG). Im vorliegenden Fall, der Einfuhren in den Jahren 2006 bis 2008 betrifft, kommen daher in materieller Hinsicht die Bestimmungen des aMWSTG sowie der dazugehörigen aMWSTGV zur Anwendung.
4.
Streitgegenstand bildet die Frage, ob die Vorinstanz die Beschwerdeentscheide der Oberzolldirektion vom 25. Oktober 2011 und vom 15. Mai 2012 zu Recht bestätigt hat.
4.1. Die Vorinstanz begründet die Rechtsmässigkeit der Nachbezugsforderungen folgendermassen: Gemäss Art. 12 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0) seien Abgaben, die infolge einer Widerhandlung gegen die Verwaltungsgesetzgebung des Bundes zu Unrecht nicht erhoben worden seien, ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer Person nachzuentrichten. Nach Art. 12 Abs. 2 VStrR sei zur Nachleistung verpflichtet, wer in den Genuss eines unrechtmässigen Vorteils gelangt sei, insbesondere der zur Zahlung der Abgabe Verpflichtete. Die Beschwerdeführerin sei dem Kreis der Zollzahlungspflichtigen bzw. Zollschuldner gemäss Art. 13 und Art. 9 aZG bzw. <ref-law> zuzurechnen. Diese würden rechtsprechungsgemäss selbst dann solidarisch haften, wenn sie nichts von der falschen Deklaration gewusst hätten. Die zollzahlungspflichtigen Personen seien daher gemäss Art. 12 Abs. 2 VStrR leistungspflichtig.
4.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit und des Gleichbehandlungsgebots. Zudem macht sie geltend, die Forderung wäre, wenn sie bestehen würde, grösstenteils verjährt. In Bezug auf die Verjährung habe die Vorinstanz ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
5.
Zunächst ist die formelle Rüge der Gehörsverletzung zu behandeln (<ref-ruling> E. 5.1 S. 237).
5.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe die Verjährung der Leistungspflicht mit einer unzureichenden Begründung verneint. Ohne auf die in der Beschwerde vorgebrachte Argumentation einzugehen oder auf Lehre und Rechtsprechung hinzuweisen, behaupte die Vorinstanz, es komme nicht auf die subjektive Strafbarkeit an. Damit habe sie ihre Begründungspflicht verletzt.
5.2. Der Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> besagt, dass die Behörde die Vorbringen der betroffenen Person auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich die betroffene Person über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 84; <ref-ruling> E. 5.2 S. 236 mit Hinweisen).
Mit Blick auf diese Grundsätze kann von einer Verletzung der Begründungspflicht nicht gesprochen werden. Die Vorinstanz hat in konziser Weise dargelegt, warum ihrer Auffassung nach Art. 12 Abs. 4 VStrR, welcher auf die Strafverfolgungs- und -vollstreckungsfristen verweist, auf die in Art. 12 Abs. 1 VStrR genannten Widerhandlungen Anwendung findet. Die Erwägung, dass die längere strafrechtliche Verjährungsfrist auch dann gilt, wenn - wie hier - keine Strafbarkeit vorliegt, ist damit rechtsgenüglich begründet. Auf dieser Basis durfte die Vorinstanz auch auf eine Auseinandersetzung mit der Lehre und Rechtsprechung zur Verjährung zivilrechtlicher Ansprüche im Sinn von <ref-law> verzichten, zumal sie dieses Vorgehen mit einem Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung begründete.
6.
6.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihre Qualifikation als Zollschuldnerin gemäss <ref-law> stelle eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit dar. Im Gegensatz zu den Ausführungen der Vorinstanz habe das Haftungsrisiko der Beschwerdeführerin eine prohibitive Wirkung: Werde der Frachtführer als Zollschuldner im Sinn des Gesetzes betrachtet, trage er im Ergebnis das Risiko für die Bonität seines Auftraggebers. Dieses Risiko sei nicht kalkulierbar und stehe in keinem angemessenen Verhältnis zum Transportentgelt. Der Entscheid, wonach der Frachtführer solidarisch für die Zollschuld hafte, bedeute, dass er jede Deklaration auf ihre Übereinstimmung mit dem effektiven Transportgut überprüfen müsste. Die Kosten dafür seien zu hoch, ebenso eine Versicherung, welche das Risiko der Haftung decken würde. Im vorliegenden Fall sei sie - die Beschwerdeführerin - ohne eigenes Verschulden mit Nachforderungen von insgesamt Fr. 989'517.50 (ohne Zinsen) konfrontiert. Faktisch werde ihr somit durch die solidarische Haftung die Ausübung ihres Gewerbes verunmöglicht. Die Subsumierung des Frachtführers unter den Begriff des Zollschuldners verstosse daher gegen die Wirtschaftsfreiheit. Indem die Vorinstanz die Einbringlichkeit der Zollforderung anführe, mache sie fiskalische Interessen geltend; diese aber vermöchten einen Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit grundsätzlich nicht zu rechtfertigen. Zudem habe die Vorinstanz eine Verhältnismässigkeitsprüfung unterlassen.
6.2. Gemäss <ref-law> sind Bundesgesetze für das Bundesgericht massgeblich, was allerdings deren Überprüfung auf ihre Verfassungsmässigkeit nicht ausschliesst (<ref-ruling> E. 3.2 S. 70 mit Hinweisen). Bundesgesetze sind verfassungskonform auszulegen, sofern der klare Wortlaut oder der Sinn der betreffenden Gesetzesbestimmungen nicht etwas anderes gebietet (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 132). Kann deren Sinn zweifelsfrei ermittelt werden, bindet die bundesgesetzliche Norm das Bundesgericht auch dann, wenn sie der Verfassung widerspricht (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 133). Dennoch kann es sich rechtfertigen, vorfrageweise die Verfassungswidrigkeit eines Bundesgesetzes zu prüfen; wird eine solche festgestellt, kann das Bundesgericht den Gesetzgeber lediglich einladen, die fragliche Bestimmung zu ändern (<ref-ruling> E. 3.5.1 S. 130). Freilich besteht nicht in jedem Fall Veranlassung, die bundesgesetzliche Regelung auf ihre Vereinbarkeit mit übergeordnetem Recht zu prüfen; vielmehr hängt es von den Umständen des Einzelfalls ab, ob sich dies rechtfertigt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 70 f.). Im Rahmen einer abstrakten Normenkontrolle ist dafür entscheidend, ob ein genügendes allgemeines Interesse an der Feststellung einer allfälligen Verfassungswidrigkeit besteht (Urteil 2C_62/2008 vom 25. September 2009 E. 3.1).
6.3. Gemäss Art. 13 Abs. 1 aZG in Verbindung mit Art. 9 Abs. 1 aZG ist zollzahlungspflichtig, "wer eine Ware über die Grenze bringt". Diese Regel wurde in <ref-law> übernommen, wonach Zollschuldnerin oder Zollschuldner die Person ist, "die Waren über die Zollgrenze bringt oder bringen lässt". Der Wortlaut meint zweifellos die Frachtführenden, was auch aus der Botschaft vom 15. Dezember 2003 zu einem neuen Zollgesetz (BBl 2004 567 Ziff. 2.3.1) hervorgeht. Nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz führen nicht nur die grammatikalische und die teleologische, sondern auch die historische Auslegung zum Ergebnis, dass der Frachtführer zollzahlungspflichtig bzw. Zollschuldner ist (zum Bestreben des Gesetzgebers, die Einbringlichkeit der Zollforderung zu garantieren, vgl. MICHAEL BEUSCH, in: Kocher/Clavadetscher [Hrsg.], Zollgesetz [ZG], Stämpflis Handkommentar SHK, 2009, N. 4 zu <ref-law>). Es besteht somit kein Raum für eine Auslegung, wonach die Warenführenden vom Tatbestand der betreffenden Normen nicht erfasst wären. Die Beschwerdeführerin ist daher Zollzahlungspflichtige bzw. Zollschuldnerin im Sinn von Art. 13 Abs. 1 aZG in Verbindung mit Art. 9 Abs. 1 aZG bzw. <ref-law>.
6.4. Bei diesem Zwischenergebnis kann sich mit Blick auf das hier einschlägige Anwendungsgebot nach <ref-law> (vgl. E. 6.2) nur noch fragen, ob eine Überprüfung der betreffenden Normen auf ihre Vereinbarkeit mit <ref-law> angezeigt ist.
Die Vorinstanz hat in ihrem Urteil eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit verneint, ja sogar offengelassen, ob deren Schutzbereich durch die streitigen Nachbezugsverfügungen überhaupt berührt wird. Sie begründet dies damit, sie sei einerseits an den Wortlaut von Art. 13 Abs. 1 aZG in Verbindung mit Art. 9 Abs. 1 aZG bzw. von <ref-law> gebunden, andererseits könnte ein allfälliger Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit nach den Regeln von <ref-law> gerechtfertigt werden, was hier wohl der Fall wäre.
Bundesrechtliche Normen können im Anwendungsfall unter bestimmten Voraussetzungen auf ihre Verfassungsmässigkeit überprüft werden (vgl. E. 6.2). Im vorliegenden Fall drängt sich eine Erörterung der Frage, ob die gesetzliche Qualifizierung des Frachtführers als Zollschuldner und seine daraus abgeleitete solidarische Haftung vor der Wirtschaftsfreiheit standhält, nicht auf. Der Gesetzgeber hat das Haftungsrisiko des Waren- bzw. Frachtführers bewusst in Kauf genommen und diese Entscheidung anlässlich der Totalrevision des Zollgesetzes bestätigt, indem er die entsprechende Regelung aus dem aZG übernommen hat (vgl. auch die Botschaft vom 15. Dezember 2003 über ein neues Zollgesetz, BBl 2004 567 Ziff. 2.3.1). Das öffentliche Interesse an der Einbringlichkeit der Zollschuld wird höher gewichtet als eine allenfalls prohibitive Wirkung der solidarischen Haftung des Frachtführers (zur Verfassungswidrigkeit kantonaler Gewerbesteuern infolge prohibitiver Wirkung vgl. <ref-ruling> E. 6b S. 110). Ein allgemeines, einen wesentlichen Teil der Bevölkerung betreffendes Interesse an der Feststellung der Verfassungsmässigkeit bzw. Verfassungswidrigkeit besteht nicht, weshalb auf eine Überprüfung der Vereinbarkeit der hier einschlägigen zollrechtlichen Normen mit <ref-law> verzichtet wird.
7.
7.1. Die Beschwerdeführerin moniert, die Ungleichbehandlung von Personen, welche unter <ref-law> fallen würden und solchen, welche sich nicht von der solidarischen Haftung befreien könnten, verstosse gegen das Gleichbehandlungsgebot. Es werde nicht bestritten, dass die Ungleichbehandlung auf einer klaren Gesetzesgrundlage beruhe. Dennoch bestehe kein sachlicher Grund, warum Personen, die gewerbsmässig Zollanmeldungen vornehmen würden (Spediteure), von der Zollhaftung ausgenommen würden, während Frachtführer solidarisch haften würden.
7.2. In der Lehre wird eingeräumt, dass die Privilegierung von Speditionsfirmen gegenüber Warenführenden, die im Alltag oft nicht genau wissen würden, welche Güter geladen seien, unter Rechtsgleichheitsgesichtspunkten nicht unproblematisch sei ( BEUSCH, a.a.O., N. 20 zu <ref-law>; REMO ARPAGAUS, Schweizerisches Zollrecht, 2007, Rz. 425). Die Haftungsbeschränkung bzw. der Haftungsausschluss für Zollschuldnerinnen und Zollschuldner, welche Zollanmeldungen gewerbsmässig ausstellen, wurde mit <ref-law> neu eingeführt. Der Gesetzgeber hat die Ungleichbehandlung gegenüber den in <ref-law> genannten Personen bewusst in Kauf genommen (Botschaft vom 15. Dezember 2003 über ein neues Zollgesetz, BBl 2004 567 Ziff. 2.3.1). Die Vorinstanz weist zu Recht darauf hin, dass diese Ungleichbehandlung in Anwendung von <ref-law> hingenommen werden muss. Die Beschwerdeführerin unterliegt somit der solidarischen Haftung gemäss Art. 13 Abs. 1 aZG bzw. <ref-law>.
8.
8.1. Die vorstehenden Erwägungen führen zum Ergebnis, dass die Beschwerdeführerin Zollschuldnerin im Sinn der anwendbaren Gesetzesbestimmungen ist und als solche gemäss Art. 13 Abs. 1 aZG bzw. <ref-law> solidarisch mit den übrigen Zollschuldnern haftet. Daraus ergibt sich gestützt auf Art. 75 aMWSTG in Verbindung mit Art. 72 und 73 aMWSTG auch die Pflicht zur Bezahlung der Einfuhrsteuer.
8.2. Die Vorinstanz hat die Rechtsgrundlagen betreffend Widerhandlungen gegen das aZG bzw. das ZG und gegen das aMWSTG sowie die daraus abgeleitete Anwendbarkeit des VStrR korrekt dargelegt, so dass darauf verwiesen werden kann.
Gemäss Art. 12 Abs. 1 lit. a VStrR ist eine Abgabe, die infolge einer Widerhandlung gegen die Verwaltungsgesetzgebung des Bundes zu Unrecht nicht erhoben worden ist, ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person nachzuentrichten. Nach Art. 12 Abs. 2 VStrR ist u.a. leistungspflichtig, wer in den Genuss des unrechtmässigen Vorteils gelangt ist, insbesondere der zur Zahlung der Abgabe Verpflichtete. Bezogen auf den vorliegenden Fall setzt die Nachzahlungspflicht eine Widerhandlung gegen die Zoll- bzw. Mehrwertsteuergesetzgebung voraus; nicht erforderlich ist hingegen, dass die abgabepflichtige Person im Sinn von Art. 12 Abs. 2 VStrR ein Verschulden trifft oder dass gegen sie eine Strafverfolgung eingeleitet wird (<ref-ruling> E. 3.4.3 S. 391; Urteil 2C_366/2007 vom 3. April 2008 E. 5; BGE 106 1b 218 E. 2c S. 221). Damit steht fest, dass die Beschwerdeführerin zur Nachzahlung der von der Oberzolldirektion auferlegten Zoll- und Mehrwertsteuerabgaben verpflichtet ist.
8.3. Die Beschwerdeführerin bringt im Sinn einer Eventualbegründung vor, selbst wenn die Voraussetzungen für eine Abgabennachforderung gegeben wären, wären die Forderungen grösstenteils bereits verjährt. Art. 12 Abs. 4 VStrR komme nur gegenüber derjenigen Person zur Anwendung, welche selbst eine Straftat verwirklicht habe. Nachdem die Strafuntersuchung gegen sie - die Beschwerdeführerin - eingestellt worden sei, gelte die (längere) strafrechtliche Verjährungsfrist nach Art. 12 Abs. 4 VStrR nicht.
Gemäss Art. 12 Abs. 4 VStrR verjähren Leistungs- und Rückleistungspflicht nicht, solange die Strafverfolgung und Strafvollstreckung nicht verjährt sind. Entgegen dem Vorbringen der Beschwerdeführerin lässt die systematische Stellung dieser Bestimmung den Schluss zu, dass die Regel sich auf sämtliche Forderungen im Sinn von Art. 12 Abs. 1 VStrR bezieht: Art. 12 Abs. 1 VStrR nennt den Rechtsgrund der Leistungspflicht; Art. 12 Abs. 4 VStrR nimmt im Wortlaut darauf Bezug und statuiert die Verjährungsfrist für die entsprechenden Fälle. Eine Differenzierung in dem Sinn, dass die längere strafrechtliche Verjährungsfrist nur bei Strafbarkeit der leistungspflichtigen Person gelten soll, kann dem Gesetzestext nicht entnommen werden.
Es ist daher korrekt, wenn die Vorinstanz unter Hinweis auf <ref-ruling> E. 2.1 erwogen hat, die Verjährungsfrist betrage im vorliegenden Fall (qualifizierte Übertretung nach Art. 11 Abs. 2 VStrR: Hinterziehung oder Gefährdung von Abgaben) sieben Jahre und diese Frist sei zu keinem Zeitpunkt abgelaufen. Die Vorinstanz hat demnach den Eintritt der Verjährung zu Recht verneint.
9.
Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde als unbegründet abzuweisen ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Genner