Sachverhalt:
A. Das kantonale Strafgericht Schwyz sprach X._ mit Urteil vom 26. Juni 2008 von der Anklage der Urkundenfälschung und des Betrugs frei. Dagegen legten die Staatsanwaltschaft Schwyz und A._ Berufung ein.
Das Kantonsgericht Schwyz hiess die Berufungen teilweise gut, erklärte X._ der Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> sowie des Betrugs im Sinne von <ref-law> schuldig und verurteilte ihn in Anwendung von <ref-law> und als Zusatzstrafe zu verschiedenen Vorstrafen zu einer bedingt vollziehbaren Geldstrafe von 140 Tagessätzen zu Fr. 50.- sowie einer Busse von Fr. 1'200.-.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 2. April 2009 beantragt X._, ihn freizusprechen, eventualiter das Verfahren zur Neubeurteilung und Beweisergänzung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Dem Urteil des Kantonsgerichts liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Der Vater des Beschwerdeführers, A._, führte bis ins Jahr 1995 eine Bäckerei/Konditorei in Brunnen, zu welcher im Verlaufe der Zeit auch der Betrieb eines Cafés hinzukam. Der Beschwerdeführer übernahm den Betrieb im Jahre 1996. Hierzu mietete er zusammen mit seiner Ehefrau die Räumlichkeiten von seinem Vater, bevor sie ihm das Grundstück im April 2007 abkauften.
Anfang 1998 nahm der Beschwerdeführer mit der B._AG Kontakt auf bezüglich der Gewährung eines zinslosen Bierdarlehens. Diese sandte ihm am 21. Januar 1998 eine Offerte und später die Vertragsunterlagen bestehend aus einer Vereinbarung inklusive Beilagen und einem Darlehensvertrag zu. Als Vertragsparteien waren die B._AG und die solidarisch haftenden Kunden "A._" und "X._" aufgeführt. Die Verträge sahen vor, dass die B._AG ein zinsloses Darlehen von Fr. 35'000.- gewährt und Ausschankmöbel leihweise zur Verfügung stellt. Die Kunden verpflichteten sich zur Abnahme von bestimmten Vertragsprodukten aus dem Sortiment der B._ - C._ Holding AG gegen entsprechend vereinbarte Vergütung. Die Unterschrift "X._" stammt unbestrittenermassen vom Beschwerdeführer. Die Unterschrift "A._" wurde als Fälschung identifiziert. Das Kantonsgericht kam zum Schluss, der Beschwerdeführer habe den Schriftzug "A._" selber zu Papier gebracht, da sein Vater nach Prüfung der Unterlagen seine Unterschrift verweigert habe. Das Darlehen über Fr. 35'000.- wurde nach Erhalt der unterzeichneten Verträge durch die B._AG an den Beschwerdeführer ausbezahlt. A._ teilte der B._AG mit Schreiben vom 23. August 1999 mit, er habe mit ihr zu keinem Zeitpunkt, weder mündlich noch schriftlich einen Vertrag irgendwelcher Art abgeschlossen und wies darauf hin, dass seine angebliche Unterschrift als solidarisch Haftender eindeutig eine Fälschung sei. Er erstattete am 14. Januar 2006 Anzeige gegen seinen Sohn, da er aufgrund der gefälschten Unterschrift von der B._AG seit längerer Zeit Rechnungen und Mahnungen erhielt.
1.2 Die Vorinstanz stützt den Schuldspruch auf das Schriftgutachten der Kriminaltechnischen Abteilung der Kantonspolizei Zürich. Danach stammt die Unterschrift "A._" auf den Verträgen mit der B._AG mit hoher Wahrscheinlichkeit nicht von A._, was gemäss den Erläuterungen des Gutachters bedeutet, dass durch die Verwendung flüssiger Schreibmittel in den Vergleichsunterschriften methodisch bedingte Einschränkungen zu berücksichtigen sind, die jedoch keine Zweifel an der Richtigkeit der Schlussfolgerung begründen. Mit Bezug auf die Urheberschaft der gefälschten Unterschrift stellte der Gutachter im beurteilten Namenszug "A._" einen hohen Komplex an Übereinstimmungen und nur geringe Abweichungen mit der Schreibweise des Beschwerdeführers fest. Die geringen Abweichungen, welche gemäss dem Gutachter zufällig oder durch die besondere Schreibsituation entstanden sein können, seien erklärbar und würden nicht gegen eine Urheberschaft des Beschwerdeführers sprechen. Den festgestellten Übereinstimmungen sei Werthaltigkeit im identitätsbejahenden Sinne beizumessen. Die Untersuchungsresultate würden dafür sprechen, dass die gefälschte Unterschrift vom Beschwerdeführer stamme.
Das Kantonsgericht argumentiert zudem, der Beschwerdeführer habe der B._AG am 11. März 1998 eine Kopie des Mietvertrages vom 1. November 1996 zwischen ihm und seinem Vater zugesandt. Bei diesem Mietvertrag sei einerseits ein Unterschied zu der von A._ normalerweise verwendeten Unterschrift augenfällig, da der Vorname ausgeschrieben wurde und die Anfangsmajuskel "A" abweichend gestaltet sei, andererseits stimme sie mit den allgemeinen und besonderen Schriftmerkmalen der daneben stehenden Unterschrift des Beschwerdeführers praktisch überein. Auch A._ habe an der zweitinstanzlichen Gerichtsverhandlung bemerkt, es handle sich hierbei nicht um seine Unterschrift. Die vom Beschwerdeführer als mögliche Erklärung vorgebrachte Gichterkrankung seines Vaters sei von diesem bestritten worden und vermöchte überdies die unterschiedlichen Unterschriften nicht zu erklären. Mit Einsendung der Mietvertragskopie durch den Beschwerdeführer scheide die Möglichkeit aus, dass eine Drittperson diese ohne Wissen des Beschwerdeführers mit praktisch derselben unechten Unterschrift wie auf dem Darlehensvertrag hätte versehen haben können, womit auch an der Urheberschaft der Darlehensunterschrift keine relevanten Zweifel mehr verbleiben würden. Der Beschwerdeführer habe der Darlehensgeberin kein echtes Mietvertragsexemplar übermitteln können, da die Gefahr bestanden hätte, dass diese die Diskrepanz zwischen den Unterschriften bemerkt hätte. Auch die damalige Interessenlage spreche für eine Fälschung der Unterschrift durch den Beschwerdeführer. Dieser habe Geld für Investitionen gebraucht. Ein Interesse von A._ am Einreichen gefälschter Unterlagen sei hingegen nicht ersichtlich.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>, vgl. auch <ref-law>). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.4.1).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn die Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offenkundigen Versehen beruht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 2b, mit Hinweisen).
1.4 Gutachten unterliegen, wie jedes andere Beweismittel, der freien richterlichen Beweiswürdigung. In Fachfragen darf das Gericht nicht ohne triftige Gründe vom Gutachten abweichen. Umgekehrt kann das Abstellen auf nicht schlüssige Gutachten gegen das Verbot der willkürlichen Beweiswürdigung (<ref-law>) verstossen. Dies ist namentlich der Fall, wenn gewichtige, zuverlässig begründete Tatsachen oder Indizien die Überzeugungskraft des Gutachtens ernstlich erschüttern (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 4).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt Willkür bei der Beweiswürdigung. Er macht geltend, das Schriftgutachten bzw. der bloss laienhafte Vergleich der Unterschriften durch die Vorinstanz liesse den Schluss nicht zu, dass er der Urheber der Unterschriften auf dem Darlehensvertrag und dem Mietvertrag vom 1. November 1996 sei. Er sei mit seinem Vater seit 1995 in ständigem Streit. Dieser habe absichtlich eine verstellte Unterschrift angefertigt oder durch einen Dritten erstellen lassen. Damit habe sein Vater erreichen wollen, dass er als dessen Mieter Geld für die Bezahlung der ausstehenden Mietzinse erhalte. Gleichzeitig habe A._ durch die falsche Unterschrift seine eigene Haftung ausschliessen und Druck auf ihn ausüben können.
Diese bereits vor der Vorinstanz vorgebrachte These ist insgesamt wenig glaubhaft und nicht geeignet, die vorinstanzliche Beweiswürdigung als offensichtlich unhaltbar erscheinen zu lassen.
2.2 Es ist nicht zu beanstanden, dass sich die Vorinstanz auf das schlüssige Schriftgutachten stützt. Danach ist unwahrscheinlich, dass die gefälschte Unterschrift von A._ stammt. Hingegen wurde ein hoher Komplex an Übereinstimmungen und nur geringe Abweichungen mit der Schreibweise des Beschwerdeführers festgestellt. Dass es A._ gelungen sein könnte, seine Unterschrift so zu fälschen, dass sie spezifische Merkmale nicht seiner eigenen Handschrift, sondern der seines Sohnes aufweist, erscheint unwahrscheinlich. Nicht unhaltbar ist die Feststellung, auch die Unterschrift auf dem Mietvertrag vom 1. November 1996 sei vom Beschwerdeführer gefälscht worden. Ist die Fälschung, wie vorliegend, augenscheinlich, ist die Einholung eines Schriftgutachtens nicht erforderlich.
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers stellt die sinngemässe Aussage der Vorinstanz, für eine Fälschung der Unterschrift durch einen Dritten würden keine Anhaltspunkte vorliegen, keine unzulässige Beweislastumkehr dar. Die Vorinstanz bringt damit zum Ausdruck, dass die Behauptung des Beschwerdeführers, die Unterschrift könnte von einem Dritten gefälscht worden sein, haltlos ist.
Wurde die Unterschrift von A._ gefälscht, so kam zwischen diesem und der B._AG kein gültiger Darlehensvertrag zustande. Durch die Fälschung der Unterschrift geschädigt bzw. in ihren Vermögensinteressen gefährdet war demnach in erster Linie die B._AG, welche auf A._ nicht als solidarisch haftenden Schuldner zurückgreifen kann. Diese hätte daher ein Interesse an der Strafverfolgung gehabt. Der Umstand, dass A._ erst acht Jahre nach der Fälschung seiner Unterschrift Strafanzeige gegen seinen Sohn erhob, spricht entgegen den Ausführungen in der Beschwerde, nicht für die Vorbringen des Beschwerdeführers.
Die vorinstanzliche Beweiswürdigung ist nicht willkürlich.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer sieht seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Das Argument des Mietvertrages vom 1. November 1996 und des Begleitschreibens vom 11. März 1998 sei erst zweitinstanzlich ins Spiel gebracht worden. Er sei zwar aufgefordert worden, das Original des Mietvertrages einzureichen. Dass die Vorinstanz für einen Schuldspruch auf die in der Anklageschrift nicht erwähnte Kopie des Mietvertrages abstellen wird, mit der Begründung, die Unterschrift von A._ auf diesem Dokument sei ebenfalls gefälscht, sei nicht zu erwarten gewesen.
3.2 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Der Grundsatz besagt, dass einer gerichtlichen Entscheidung nur Tatsachen und Beweismittel zugrunde gelegt werden dürfen, die den Betroffenen eröffnet wurden und zu denen sie sich äussern konnten (<ref-ruling> E. 6; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2b, je mit Hinweisen). Für die Beachtung des rechtlichen Gehörs ist grundsätzlich nicht erforderlich, dass die Vorinstanz bereits vor der Ausfällung des Urteils zur Würdigung der Beweise Stellung bezieht und ihre rechtlichen Argumente darlegt (Urteil des Bundesgerichts 6B_999/2008 vom 10. Juni 2009 E. 3.3).
3.3 Das Kantonsgericht befragte die Parteien an der Hauptverhandlung zum Mietvertrag vom 1. November 1996. Die Staatsanwaltschaft plädierte anschliessend zur Frage der gefälschten Unterschrift auf dem Mietvertrag, wies auf die Ähnlichkeiten des Schriftzugs "A._" mit der Unterschrift des Beschwerdeführers sowie der gefälschten Unterschrift in den Verträgen mit der B._AG hin und machte geltend, die Unterschriften würden alle vom Beschwerdeführer stammen. Der Verteidiger des Beschwerdeführers nahm in seinem Parteivortrag dazu Stellung. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe sowohl im Untersuchungsverfahren als auch im erstinstanzlichen Verfahren vor dem Strafgericht den Beizug diverser Gerichtsakten betreffend Streitigkeiten zwischen ihm und seinem Vater beantragt. Zudem habe er die Einvernahme von D._ als Zeuge verlangt sowie eine Ergänzung des Schriftgutachtens. Die Anträge seien, teilweise mit Verweis auf die Gerichtsnotorietät der zu beweisenden Tatsachen, abgewiesen worden. Da vor dem Kantonsgericht ein Schuldspruch erfolgt sei, hätten die Beweisergänzungsanträge vorgängig erneut geprüft werden müssen.
4.2 Die Parteien haben gestützt auf <ref-law> Anspruch darauf, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen und Vorbringen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind. Ein Verzicht auf die Abnahme von weiteren Beweisen ist zulässig, wenn sich das Gericht auf Grund der bereits erhobenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass die abgelehnten Beweisanträge nichts an seiner Überzeugung zu ändern vermögen (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> nicht publ. E. 2.1, mit Hinweisen).
4.3 Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers hielt an der Verhandlung vor dem Kantonsgericht vom 18. November 2008 an seinen Beweisergänzungsanträgen fest. Das Kantonsgericht beriet gemäss dem Verhandlungsprotokoll gleichentags über die Beweisanträge, wies sie implizit ab und entschied in der Sache.
4.3 Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers hielt an der Verhandlung vor dem Kantonsgericht vom 18. November 2008 an seinen Beweisergänzungsanträgen fest. Das Kantonsgericht beriet gemäss dem Verhandlungsprotokoll gleichentags über die Beweisanträge, wies sie implizit ab und entschied in der Sache.
4.4 4.4.1 Der Beschwerdeführer argumentiert, es treffe nicht zu, dass das Verhältnis der Parteien im Jahre 1998 noch ungetrübt gewesen sei. Seine Aussage an der Hauptverhandlung vor dem Strafgericht, er sei damals mit seinem Vater noch gut ausgekommen, sei irrtümlich erfolgt. Auch sein Vater habe ausgesagt, er habe versucht, ihm die Wohnung zu kündigen.
Selbst wenn A._ gegen seinen Sohn bereits vor 1998 berechtigte oder unberechtigte Ansprüche aus dem Mietverhältnis geltend gemacht hätte, kann daraus nichts zugunsten der Behauptung des Beschwerdeführers, sein Vater habe den Darlehensvertrag absichtlich nicht mit seiner üblichen Unterschrift unterzeichnet bzw. die Unterschrift von einem Dritten fälschen lassen, abgeleitet werden. Die Edition der Verfahrensakten beim Bezirksgericht Schwyz war daher nicht erforderlich.
4.4.2 Mit Bezug auf die beantragte Zeugeneinvernahme von D._ bringt der Beschwerdeführer vor, A._ habe diesem gegenüber das fragliche Darlehen mehrmals als "sein Darlehen" bezeichnet, was dafür spreche, dass dieser durchaus Kenntnis von der Existenz des Darlehensvertrages hatte.
Der Vater des Beschwerdeführers bezeichnete das Darlehen auch in seinem Schreiben vom 27. Februar 2004 an die B._AG, in welchem er diese aufforderte, ihm eine Kopie "seines Darlehensvertrages" zuzustellen, als sein Darlehen. Er begründete dies damit, dass man ihm vorwerfe, einen Darlehensvertrag unterschrieben zu haben, was hingegen nicht zutreffe. Im Übrigen ist nicht bestritten, dass das Darlehen an den Beschwerdeführer und nicht an dessen Vater ausbezahlt wurde, welcher daraus keinen finanziellen Nutzen zog. Unbestritten ist auch, dass der Vater Kenntnis vom Darlehensvertrag hatte, da er Abrechnungen erhielt und die B._AG bereits am 23. August 1999 über die Fälschung seiner Unterschrift informierte. D._ war anlässlich der Vertragsverhandlungen nicht zugegen. Seine Zeugenaussage kann daher nichts zur Klärung des Sachverhalts beitragen.
4.4.3 Im Schriftgutachten vom 20. August 2007 wurde für die Prüfung der Urheberschaft des Beschwerdeführers lediglich der Namenszug "A._" schriftanalytisch untersucht. Bezüglich der Majuskel "E" der gefälschten Unterschrift "A._" konnte keine Beurteilung vorgenommen werden, da einerseits keine der Vergleichsunterschriften des Beschwerdeführers auf "A._" lautete und andererseits die vom Beschwerdeführer bei der Polizei am 20. November 2006 erstellte Handschriftenprobe unnatürlich wirkte und daher für eine vergleichende Untersuchung nicht geeignet war.
Der Gutachter und die Vorinstanz haben berechtigterweise den Verdacht geäussert, der Beschwerdeführer habe seine Handschrift für die Schriftenprobe bei der Polizei absichtlich verstellt, womit er einen Vergleich zwischen der Majuskel "E" und seiner Handschrift verunmöglicht hat. Wie im Schriftgutachten erwähnt, ist die Urheberschaftsprüfung von gefälschten Unterschriften insofern problematisch, als ein schlüssiger Nachweis davon abhängt, ob die Fälschung schreibspezifisch Merkmale aus der Handschrift des Fälschers enthält. Flossen handschriftenspezifische Merkmale in die gefälschte Unterschrift ein, kann mit anderen Worten ein schlüssiger Nachweis der Täterschaft erbracht werden. Umgekehrt würde das vom Beschwerdeführer beantragte Ergänzungsgutachten betreffend die Majuskel "E", selbst wenn der Gutachter zum Schluss kommen sollte, die gefälschte Majuskel "E" entspreche nicht der üblichen Handschrift des Beschwerdeführers, nicht gegen dessen Täterschaft sprechen.
4.4.4 Das Kantonsgericht durfte die Beweisergänzungsanträge des Beschwerdeführers ohne Willkür in antizipierter Beweiswürdigung abweisen.
5. Die Beschwerde war aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist daher abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld