Fatti :
A.- Fallita la procedura di conciliazione prescritta dalla legge, il 21 gennaio 1997 32 Casse malati, rappresentate dalla Federazione cantonale ticinese degli assicuratori malattia (FTAM) e quest'ultima dall'avv. Mario Molo, hanno inoltrato al Tribunale arbitrale in materia di assicurazione contro le malattie e gli infortuni una petizione con la quale hanno chiesto l'accertamento della violazione, da parte del dott. B._, medico generalista FMH, del precetto del trattamento economico nell'anno 1993 e, di conseguenza, la condanna di quest'ultimo alla restituzione di fr. 5623. 83.
Assistito dall'avv. Arnaldo Bolla, l'interessato si è integralmente opposto alla domanda attorea eccependone innanzitutto la tardività e contestando la capacità della FTAM di rappresentare le Casse. Pur non censurando la validità del metodo statistico in quanto tale, ha inoltre postulato il riesame delle medie - alla base della determinazione dei valori statistici - indicate dalle attrici, le stesse a suo avviso non tenendo conto del fatto che egli effettuava prestazioni sia come generalista che come specialista.
Il presidente del Tribunale arbitrale ha respinto l'eccezione di intempestività con decreto 13 marzo 1997. Mediante una decisione incidentale del 23 aprile seguente ha invece disatteso l'istanza di ricusa dell'arbitro designato dalle Casse proposta dal convenuto con atti del 12 febbraio e 3 marzo precedenti. In una lettera del 4 settembre successivo le attrici hanno ciò nondimeno comunicato di aver sostituito l'arbitro contestato.
Terminati lo scambio degli allegati e l'istruttoria, per giudizio 29 gennaio 1999 l'autorità arbitrale ha parzialmente accolto la petizione, condannando il dott. B._ a restituire l'importo di fr. 4200. -. I primi giudici non hanno ritenuto opportuno rivedere i dati statistici, perché il convenuto si era limitato ad una contestazione generica, misconoscendo il valore probante che la giurisprudenza ha riconosciuto al metodo statistico. Pure respinta è stata la tesi secondo cui si sarebbe dovuto tener conto delle sue diverse funzioni di generalista e di collaboratore ortopedico. Quale fattore di riduzione della somma da restituire i primi giudici hanno per contro considerato la differenza dell'età media dei pazienti del convenuto per raffronto a quella del suo gruppo d'appartenenza.
B.- Il dott. B._, sempre assistito dal suo legale, insorge al Tribunale federale delle assicurazioni con ricorso di diritto amministrativo per violazione degli art. 23 LAMI e 89 LAMal e con ricorso di diritto pubblico per diniego di giustizia contrario alla Costituzione chiedendo l'annullamento della pronunzia cantonale e il conseguente rinvio degli atti al primo giudice per complemento d'istruttoria e nuovo giudizio. Dei motivi invocati si dirà, per quanto necessario, nel proseguio.
Nella loro risposta, le Casse, tramite il loro patrocinatore, postulano la reiezione del ricorso di diritto amministrativo e la declaratoria di irricevibilità di quello di diritto pubblico, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.

Diritto :
1.- La presente vertenza concerne il controllo dell'economicità delle cure prestate da un medico e non già l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative. Il Tribunale federale delle assicurazioni deve pertanto limitarsi ad esaminare se il contestato giudizio abbia violato il diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere d'apprezzamento, oppure se l'accertamento dei fatti operato dal Tribunale arbitrale sia manifestamente inesatto, incompleto od avvenuto violando norme essenziali di procedura (art. 132 OG in relazione con gli art. 104 lett. a e b e 105 cpv. 2 OG; cfr. <ref-ruling> consid. 1).
In questi limiti, questa Corte procede ad un esame d'ufficio (<ref-ruling> consid. 1 in fine), senza essere vincolata dai motivi invocati dalle parti (art. 114 cpv. 1 in relazione con l'art. 132 OG), potendo altresì ammettere o respingere un gravame indipendentemente dalle censure ricorsuali addotte o dalle ragioni considerate dalla prima istanza (<ref-ruling> consid. 1b, 442 consid. 1a e rinvii).
2.- Malgrado dal 1° gennaio 1996 sia entrata in vigore la nuova Legge federale sull'assicurazione malattie (LAMal), nella fattispecie torna applicabile il diritto previgente (LAMI), e meglio in virtù del principio giurisprudenziale secondo il quale trova applicazione il disciplinamento legale in vigore al momento in cui si è realizzata la fattispecie giuridicamente rilevante (cfr. <ref-ruling> consid. 1; RAMI 1999 n. K 994 pag. 321 consid. 2), in concreto l'attività professionale dell'insorgente nell'anno 1993.
3.- Il dott. B._ ha presentato, oltre ad un ricorso di diritto amministrativo, uno di diritto pubblico, con il quale censura l'accertamento dei fatti e la valutazione delle prove operati dalla prima istanza, avvenuti a suo avviso in violazione del suo diritto di essere sentito garantito costituzionalmente.
Ora, l'art. 104 lett. a OG dispone che con il ricorso di diritto amministrativo il ricorrente può far valere la violazione del diritto federale, quindi anche dei diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 3 e sentenze ivi citate). Al proposito, per la giurisprudenza il ricorso di diritto amministrativo può assumere funzione di ricorso di diritto pubblico quando è proposto contro violazioni di diritto costituzionale commesse dall'autorità cantonale in materie sottoposte al controllo giurisdizionale dell'autorità federale agente quale giudice amministrativo (<ref-ruling> consid. 3 e sentenze ivi citate). È quindi nell'ambito del ricorso di diritto amministrativo che deve essere esaminata la violazione di diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 1b, 132 consid. 1a, 112 Ia 358 consid. 4a, 110 Ib 257, 110 V 363 consid. 1c, 108 Ib 73 consid. 1a, 104 Ib 120 seg. ; Forster, Staatsrechtliche Beschwerde, in: Geiser/Münch, Prozessieren vor Bundesgericht, 2a ed., Basilea 1998, pag. 68, n. 2.23, con riferimenti; Grisel, Traité de droit administratif, vol. II, pag. 908 seg. ; Auer, La juridiction constitutionnelle en Suisse, pag. 122 no. 212; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2a ed., pag. 92 segg. e 235).
Nella specie, oggetto del contendere è l'applicazione dell'art. 23 LAMI e, quindi, un tema di diritto federale. Di conseguenza, in ossequio ai principi esposti e a quello della sussidiarietà assoluta (cfr. l'art. 84 cpv. 2 OG), il ricorso di diritto pubblico si rivela inammissibile, la pretesa violazione potendo in effetti essere sottoposta a questa Corte mediante ricorso di diritto amministrativo.
4.- Nella querelata pronunzia la precedente istanza ha già compiutamente indicato l'ordinamento legale e giurisprudenziale attinente all'oggetto materiale della lite, ossia il controllo dell'economicità dei trattamenti medici giusta l'art. 23 LAMI. Ha segnatamente illustrato contenuti e presupposti del metodo statistico quale mezzo di prova di polipragmasia riconosciuto dalla giurisprudenza (cfr. <ref-ruling> consid. 4a-d e riferimenti; SVR 1995 KV n. 40 pag. 125; RAMI 1999 n. K 994 pag. 322 consid. 4 e 1988 n. K 761 pag. 92; sentenze 23 gennaio 1998 in re M., K 129/95, 11 luglio 1996 in re C., K 39/95 - riassunta in CAMS Actuel 1996 n. 9 pag. 138 -, 14 dicembre 1995 in re W., K 45/95, 29 ottobre 1993 in re S., K 101/92).
A questa esposizione può essere prestata adesione, non senza ribadire che il Tribunale federale delle assicurazioni non ha motivo di rivedere la sua giurisprudenza relativa al metodo statistico.
5.- a) Il ricorrente contesta il giudizio arbitrale rimproverando innanzitutto ai primi giudici di aver violato il suo diritto di essere sentito per aver rifiutato l'assunzione di prove giuridicamente rilevanti (testi e riesame dei dati statistici) che avrebbero dimostrato l'economicità del suo operato. Ritiene inoltre che il metodo statistico usato dalle Casse non tenga conto della doppia natura delle sue prestazioni - di tipo generico e specialistico - e che quelle di natura ortopedica non possano essere valutate nella statistica del gruppo 50 riferito alla specializzazione FMH in medicina generale.
b) Le Casse contestano le allegazioni ricorsuali asserendo che le cure eseguite dal ricorrente non avrebbero valenza specialistica, ma rientrerebbero nell'ambito di quelle praticate da qualsiasi medico appartenente al gruppo 50. Comunque sia, rilevano che le prestazioni ortopediche sarebbero state fatturate in conformità alle tariffe che stabiliscono identici parametri sia per lo specialista che per il medico generico. Osservano inoltre che le prestazioni ortopediche avrebbero dovuto semmai contribuire ad abbassare la sua media e non ad aumentarla, se si considera che la media dei medici specializzati in ortopedia era stata, per l'anno in questione, inferiore a quella dei generalisti. Di conseguenza, a loro avviso il sorpasso anche di due soli punti, dal già elevato indice fissato a 150, non potrebbe essere considerato esiguo e tale da giustificare una perizia analitica.
6.- Il ricorrente lamenta in primo luogo il mancato allestimento di una perizia analitica, fatto questo che a suo dire sarebbe costitutivo di una violazione del diritto di essere sentito. Orbene, siffatta censura non concerne l'art. 4 vCost. , ora <ref-law> , bensì l'applicazione del diritto federale ex art. 23 LAMI e sarà vagliata al consid. 8 che segue.
7.- A mente del dott. B._ integrerebbe una violazione del diritto di essere sentito anche la mancata assunzione, in prima istanza, delle prove offerte per dimostrare la sua collaborazione con il dott. D._ e, quindi, le sue prestazioni specialistiche ortopediche. Ritiene quindi imprescindibile un rinvio degli atti al Tribunale arbitrale perchè sani tali omissioni.
a)Per costante giurisprudenza, dal diritto di essere sentito deve in particolare essere dedotto il diritto per l'interessato di esprimersi prima della resa di una decisione sfavorevole nei suoi confronti, quello di fornire prove circa i fatti suscettibili di influire sul provvedimento, quello di poter prendere visione dell'incarto, quello di partecipare all'assunzione delle prove, di prenderne conoscenza e di determinarsi al riguardo (<ref-ruling> consid. 2a/aa, 124 V 181 consid. 1a, 375 consid. 3b e sentenze ivi citate).
D'altra parte, se gli accertamenti svolti d'ufficio permettono all'amministrazione o al giudice, che si sono fondati su un apprezzamento diligente delle prove, di giungere alla convinzione che certi fatti presentino una verosimiglianza preponderante, e che ulteriori misure probatorie non potrebbero modificare questo apprezzamento, è superfluo assumere altre prove (apprezzamento anticipato delle prove; Kieser, Das Verwaltungsverfahren in der Sozialversicherung, pag. 212 n. 450; Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2a ed., pag. 39 n. 111 e pag. 117 n. 320; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2a ed., pag. 274; cfr. anche <ref-ruling> consid. 4a, 122 III 223 consid. 3c, 120 Ib 229 consid. 2b, 119 V 344 consid. 3c e riferimenti). In tal caso non sussiste una violazione del diritto costituzionale di essere sentito (<ref-ruling> consid. 4b, 122 V 162 consid. 1d e sentenza ivi citata).
Va pure ricordato che nell'ambito dell'accertamento dei fatti e della valutazione delle prove il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento. Per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti o un'asserita valutazione arbitraria delle prove non è sufficiente che il ricorrente critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Egli deve bensì dimostrare perché l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove da lui criticati sarebbero manifestamente insostenibili o in chiaro contrasto con la situazione di fatto, si fondino su una svista manifesta o contraddicano in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 3a, 124 IV 88 consid. 2a, 123 I 5 consid. 4a, 122 I 66 consid. 3a, 121 I 114 consid. 3a e riferimenti).
Giova infine rilevare che l'accertamento dei fatti ad opera del Tribunale arbitrale vincola, ai sensi dell'art. 105 cpv. 2 OG, il Tribunale federale delle assicurazioni, a meno che questi risultino manifestamente inesatti o incompleti oppure siano stati accertati violando norme essenziali di procedura (cfr. consid. 1).
b) Nella fattispecie, benché con formulazione ambigua, traspare dalle argomentazioni della pronunzia querelata che il Tribunale arbitrale ha di fatto operato un apprezzamento anticipato delle prove nel senso che non ha reputato opportuno indagare per verificare l'addotta collaborazione dell'interessato con il dott. D._, tale circostanza essendo nella sua sostanza ammessa sia dai primi giudici - anche se implicitamente e con modalità non sempre evidenti - che dalle Casse malati. Non è quindi controverso che il dott. B._ abbia effettuato controlli post operatori in ambito ortopedico, pur non essendo specialista FMH in ortopedia. La censura ricorsuale è quindi inconferente e il chiesto rinvio superfluo.
8.- Nel merito, per quanto attiene al rifiuto di riesaminare la correttezza dei dati statistici, il ricorrente, benché affermi di non opporsi alla validità in sé del metodo statistico, sostiene che lo stesso non terrebbe conto della duplice natura (generica e specialistica) delle prestazioni da lui effettuate.
a) Ora, dagli accertamenti di fatto esperiti in sede arbitrale - cui questa Corte è di principio vincolata ai sensi dell'art. 105 cpv. 2 OG (cfr. consid. 1) - emerge che l'insorgente è classificato nel gruppo 50 (medicina generale con radiologia) e che dalle statistiche del Concordato delle casse malati svizzere riferite al 1993 e ai 137 medici operanti in Ticino censiti in tale gruppo, con 119'627 pazienti e un incasso globale di fr. 44'567'661. -, risulta un costo medio per paziente di fr. 372. 56. La soglia dell'indice 150 si situa a fr. 558. 83. Quanto al dott. B._, nel medesimo anno con 615 pazienti e un incasso di fr. 349'306. -, ha fatto registrare un costo medio per paziente di fr. 567. 98, cifra che corrisponde ad un indice di 152 ed è pertanto inequivocabilmente superiore all'indicato limite.
b) Orbene, per i motivi già ampiamente esposti nel giudizio querelato - che questa Corte può far propri - nella specie non vi è ragione per mettere in discussione la correttezza delle medie statistiche applicate dalle Casse, rilevato come l'interessato si sia limitato ad una generica contestazione delle stesse omettendo di revocarne in dubbio la bontà con elementi probanti o almeno concreti indizi. Stante poi l'esistenza di sufficiente materiale di paragone, correttamente l'istanza arbitrale ha negato la necessità di esperire una perizia analitica e applicato il metodo statistico (sentenza 18 novembre 1992 in re H., K 11/92; cfr. anche RAMI 1987 n. K 749 pag. 349 consid. 4 e contrario).
La legittimità di quest'ultimo non può del resto che essere confermata, dovendosi altresì ribadire che il risultato elevato ottenuto da un medico, in applicazione di tale metodo, non costituisce soltanto un indizio, bensì un mezzo di prova di polipragmasia (cfr. RAMI 1988 n. K 761 pag. 92; cfr. anche <ref-ruling> consid. 4). Quanto all'indice 150, fissato in concreto quale soglia di antieconomicità e riconosciuto dalla prassi cantonale, può ancora essere ritenuto compatibile con la giurisprudenza di questa Corte e rientrante nell'ambito del potere d'apprezzamento dell'istanza arbitrale, ove peraltro si ricordi che lo stesso si basa su un accordo elaborato tra fornitori di prestazioni e assicuratori e permette di tenere conto delle imperfezioni e delle insufficienze del metodo statistico come anche delle peculiarità del caso particolare (cfr. RAMI 1999 n. K 994 pag. 322 consid. 4 e 5; sentenza 29 ottobre 1993 in re S., K 101/92).
Ne discende che a ragione il Tribunale cantonale, rilevato il non indifferente superamento, da parte dell'insorgente, della media di categoria, ne ha ammesso la violazione del precetto dell'economicità del trattamento, ricordando pertinentemente che anche nell'ambito dell'art. 23 LAMI non occorre la prova piena, bensì soltanto quella secondo il criterio della probabilità preponderante, caratteristico del settore delle assicurazioni sociali (<ref-ruling> consid. 2, 119 V 9 consid. 3c/aa).
c) A simili conclusioni non può mutare la tesi del dott. B._ per il quale i costi elevati sarebbero da ricondurre al fatto di avere molti pazienti che necessitano cure ortopediche, circostanza questa che giustificherebbe di scindere la sua attività e di prendere in conto separatamente le prestazioni generiche e quelle specialistiche ai fini di allestire due medie distinte.
Innanzitutto, l'auspicata separazione secondo il tipo di trattamento offerto non è proponibile quando si consideri che la classificazione per gruppi alla base delle statistiche del Concordato è operata secondo la formazione specialistica FMH e non secondo l'oggetto puntuale delle prestazioni. Ma a prescindere da ciò, va rilevato che anche nell'ipotesi in cui si volessero estrapolare i dati riferiti alle prestazioni di natura ortopedica la censura di polipragmasia sarebbe ancora più evidente. Infatti, dai dati statistici riferiti ai 12 medici censiti in Ticino nel gruppo 14/64 (chirurgia ortopedica) per il 1993, con 8354 pazienti e un incasso globale di fr. 1'843'538. -, emerge un costo medio per paziente di fr. 220. 68 e la soglia dell'indice 150 passerebbe pertanto da fr. 558. 83 dei medici generalisti a fr. 331. 02.
d) Quanto infine alla commisurazione dell'importo da restituire, accertato un superamento della soglia dell'indice 150 di due punti, i primi giudici hanno comunque apportato una riduzione del 25 % sulla pretesa attorea di fr. 5623. 83, fissandola a fr. 4200. - in considerazione dell'età media più elevata dei pazienti del ricorrente (49, 7 anni) per raffronto a quella degli altri medici facenti parte del gruppo 50 (43, 6 anni). Siffatta decurtazione, che la pronunzia arbitrale ha peraltro espressamente riservato alle particolarità del caso di specie, rientra nel potere di apprezzamento di cui gode la prima istanza e non può pertanto essere censurata (sentenza 18 ottobre 1999 in re K., K 152/98). Pure pertinentemente il giudizio querelato ha escluso l'esistenza nella fattispecie di ulteriori "circostanze particolari" che potessero giustificare la differenza di costo o un'eventuale ulteriore riduzione dell'ammontare da rimettere.
Ne consegue la reiezione del gravame.
9.- Non trattandosi in concreto di una lite avente per oggetto l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, la procedura non è gratuita (art. 134 OG e contrario). Le spese processuali seguono la soccombenza, per cui devono essere poste a carico del dott. B._, il quale verserà alle opponenti, assistite da un legale indipendente, fr. 1000. - in solido a titolo di indennità di parte in sede federale (art. 156 e 159 in relazione con l'art. 135 OG; <ref-ruling> consid. 6b).

Per questi motivi, il Tribunale federale delle assicurazioni
pronuncia :
I.Il ricorso di diritto amministrativo è respinto.
II.Le spese giudiziarie, per un importo complessivo di fr. 1000. -, sono poste a carico del ricorrente e saranno compensate con le garanzie prestate da quest'ultimo.
III. Il ricorrente verserà alle Casse in solido la somma di fr. 1000. - a titolo di indennità di parte per la procedura federale.
IV.La presente sentenza sarà intimata alle parti, al Tribunale arbitrale in materia di assicurazione contro le malattie e gli infortuni, Bellinzona, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.