OZD 632. 2-110 - B 117542, hat sich ergeben:
A.- Die Staatsanwaltschaft Freiburg i.Br. führt gegen B._ und weitere Personen ein Strafverfahren wegen des Verdachts der Steuerhinterziehung und der Beihilfe hierzu.
Die Beschuldigten werden verdächtigt, bei der Einfuhr von Pferden in die Europäische Gemeinschaft, insbesondere in die Bundesrepublik Deutschland, den Zollbehörden unwahre oder gefälschte Rechnungen mit zu niedrigen Transaktionspreisen vorgelegt zu haben, um möglichst niedrige Einfuhrabgaben zu bezahlen. Am 2. September 1999 ersuchte die Staatsanwaltschaft Freiburg i.Br. (Zweigstelle Lörrach) das Bundesamt für Polizeiwesen um die Gewährung von Rechtshilfe.
Im Rechtshilfeersuchen wird u.a. die Durchführung einer Hausdurchsuchung in den Geschäftsräumen der Reithalle sowie der Wohnung von X._ und die Teilnahme von deutschen Zollfahndungsbeamten bei einem Teil der erbetenen Durchsuchungen und Vernehmungen beantragt.
B.- Nach summarischer Prüfung des Ersuchens kam das Bundesamt zum Ergebnis, das Ersuchen entspreche den Formerfordernissen des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. April 1959 (EUeR; SR 0.351. 1) und des mit Deutschland am 13. November 1969 abgeschlossenen Vertrags zur Ergänzung dieses Überein- kommens (Zusatzvertrag; SR 0.351. 913.61). Das BAP übertrug die Durchführung des Rechtshilfeersuchens der Eidgenössischen Zollverwaltung, die nach schweizerischem Recht für die Verfolgung von Fällen des Abgabebetrugs zuständig ist (Art. 79 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSG; SR 351. 1]).
C.- Am 5. Mai 2000 erliess die Oberzolldirektion eine Eintretensverfügung gegenüber X._. Darin wurde dem Rechtshilfebegehren entsprochen und die Teilnahme von deutschen Beamten an den Rechtshilfemassnahmen bewilligt. Die Direktion des I. Zollkreises wurde mit dem Vollzug beauftragt.
D.- Am 7. Februar 2001 fand die Durchsuchung des Reitstalles sowie des Wohnhauses von X._ statt. Sie wurde von zwei schweizerischen Zollbeamten im Beisein eines deutschen Zollfahndungsbeamten durchgeführt. Da X._ abwesend war, wurden der Durchsuchungsbefehl vom 5. Februar 2001 und die Eintretensverfügung seinem Angestellten A._ eröffnet. Dieser informierte X._ telefonisch, auch über die Anwesenheit eines deutschen Beamten.
X._ erklärte sich mit der Durchsuchung im Beisein von A._ einverstanden. Die Zollbeamten beschlagnahmten Bankbelege und diverse Ordner mit Geschäftskorrespondenz.
Die Buchhaltungsunterlagen 1995-1999 sowie zwei Ordner mit Bankbelegen aus dem Jahr 2000 wurden nach telefonischer Rücksprache mit X._ im Büro seines Treuhänders in Zofingen abgeholt.
E.- Am 19. Februar 2001 erhob X._ gegen die Eintretensverfügung der Oberzolldirektion Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht mit folgenden Anträgen:
1. Es sei festzustellen, dass es unzulässig war, dem
anwesenden deutschen Beamten anlässlich der Hausdurchsuchung
beim Beschwerdeführer Gelegenheit zur
eingehenden Sichtung der Akten und zur Anfertigung
von Notizen über Geschäftsgeheimnisse des Beschwerdeführers
zu geben, bevor von der zuständigen Behörde
über Gewährung und Umfang der Rechtshilfe
entschieden ist;
2. Es sei die ersuchende Behörde einzuladen, die vom
anwesenden deutschen Beamten nach schweizerischem
Verfahrensrecht rechtswidrig erlangten Informationen
im hängigen und in künftigen Straf- und Verwaltungsverfahren
(insbesondere in Steuerverfahren)
nicht zu Beweis- oder Ermittlungszwecken zu verwenden
und die anlässlich der Hausdurchsuchung vom 7. Februar 2001 erstellten Notizen des anwesenden
deutschen Beamten den Schweizer Behörden herauszugeben;
3. Es sei anzuordnen, dass im Falle einer allfälligen
Rechtshilfeleistung ein Spezialitätsvorbehalt angebracht
wird, der folgenden Wortlaut enthält:
"Die anlässlich der Hausdurchsuchung bei Herrn
X._ vom 7. Februar 2001 durch den anwesenden
deutschen Beamten gewonnenen Erkenntnisse und gemachten
Notizen wurden aus schweizerischer Sicht
unrechtmässig gewonnen und dürfen in keinem Straf- oder Verwaltungsverfahren, ungeachtet ob sich
dieses Verfahren gegen Herrn X._ oder einen
anderen Angeschuldigten oder einen Dritten richtet,
verwendet werden - gleichgültig, ob zu Beweis- oder
Ermittlungszwecken - oder Dritten zu Kenntnis gebracht
oder zugänglich gemacht werden.. "
4. Die generelle Bewilligung zur Teilnahme deutscher
Beamten an den Rechtshilfemassnahmen und damit
Ziff. 2 der Eintretensverfügung sei aufzuheben und
die vollziehende Behörde anzuweisen, über die Zulassung
deutscher Behörden zu einzelnen Rechtshilfemassnahmen
jeweils bei Anordnung dieser Massnahme
zu entscheiden.
F.- Die Eidgenössische Oberzolldirektion beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Das Bundesamt für Justiz, Abteilung internationale Rechtshilfe, schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
G.- In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest und beantragt zusätzlich, es sei dem Antrag 4 der Verwaltungsgerichtsbeschwerde (betreffend genereller Bewilligung zur Teilnahme deutscher Beamten) aufschiebende Wirkung zu erteilen.
H.- In ihrer Stellungnahme vom 16. Mai 2001 beantragt die Oberzolldirektion, das Gesuch um aufschiebende Wirkung sei als gegenstandslos zu erklären bzw. abzuweisen. Zur Begründung, weshalb das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung obsolet geworden sei, bringt die Oberzolldirektion neue Tatsachen vor und gibt Zusicherungen zum weiteren Verlauf des Rechtshilfeverfahrens ab. Diese neuen Vorbringen können nur bei der Beurteilung des Antrags auf aufschiebende Wirkung berücksichtigt werden, nicht aber beim Entscheid in der Hauptsache, d.h. bei der Beurteilung der Beschwerdeanträge 1-4: In der Hauptsache wurde der Schriftenwechsel mit der Replik vom 30. April 2001 abgeschlossen; der Oberzolldirektion wurde kein Duplikrecht eingeräumt, sondern lediglich die Möglichkeit, zum Verfahrensantrag auf Gewährung der aufschiebenden Wirkung (Beschwerdeantrag 5) Stellung zu nehmen. Aus diesem Grunde erübrigt es sich, dem Beschwerdeführer Gelegenheit zur Stellungnahme zu den neuen Vorbringen der Oberzolldirektion zu gewähren.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) Angefochten ist eine Eintretensverfügung der Oberzolldirektion, mit der dem Rechtshilfebegehren entsprochen und die Teilnahme von deutschen Beamten an den Rechtshilfemassnahmen bewilligt wird. Es handelt sich so- mit um eine Zwischenverfügung der ausführenden Bundesbehörde, welche das innerstaatliche Rechtshilfeverfahren weder ganz noch teilweise abschliesst. Eine derartige Zwischenverfügung kann nur ausnahmsweise selbständig angefochten werden, wenn sie einen unmittelbaren und nicht wieder gutzumachenden Nachteil gemäss <ref-law> bewirkt (<ref-law>). Ein solcher Nachteil kann durch die Anwesenheit von Personen bewirkt werden, die am ausländischen Prozess beteiligt sind (<ref-law>).
Die blosse Anwesenheit ausländischer Beamten an einer Rechtshilfehandlung hat für den Betroffenen in der Regel noch keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge (vgl. Botschaft des Bundesrates betreffend die Änderung des Rechtshilfegesetzes vom 29. März 1995, BBl 1995 III 30). Ein solcher ist hingegen dann zu bejahen, wenn die Gefahr besteht, dass den ausländischen Behörden durch die Teilnahme ihrer Beamten an den Vollzugshandlungen Tatsachen aus dem Geheimbereich zugänglich gemacht werden, bevor über die Gewährung oder den Umfang der Rechtshilfe entschieden worden ist (vgl. <ref-law>; unveröffentlichter Bundesgerichtsentscheid i.S. B. gegen OZD vom 23. Juni 2000 E. 2b). Diese Gefahr ist zu verneinen, wenn die schweizerischen Behörden die nach den Umständen geeigneten Vorkehrungen treffen, um eine vorzeitige Verwendung von Informationen im ausländischen Strafverfahren zu verhindern (vgl. Robert Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, Bern 1999, Nr. 233).
b) Im vorliegenden Fall nahm ein deutscher Zollfahndungsbeamter an der Durchsuchung teil. Ihm wurden diejenigen Unterlagen vorgelegt, deren Beweiswert für das deutsche Verfahren nicht klar war, d.h. er entschied in Zweifelsfällen, ob ein Beleg beschlagnahmt werden musste oder nicht. Bei dieser Vorgehensweise bestand die Gefahr, dass dem deutschen Beamten Tatsachen aus dem Geheimbereich vorzeitig bekannt wurden. Dies gilt auch dann, wenn ihm, wie die Oberzolldirektion in ihrer Vernehmlassung geltend macht, nur Geschäftskorrespondenz und keine Bankbelege oder Buchhaltungsunterlagen vorgelegt worden sind. Soweit ersichtlich, hat die Oberzolldirektion bzw. die mit dem Vollzug beauftragte Zollkreisdirektion keine Vorkehrungen getroffen, um eine vorzeitige Verwendung von Informationen im ausländischen Verfahren zu verhindern: Dem deutschen Zollfahndungsbeamten wurde erlaubt, bei der Durchsuchung Notizen zu machen und er musste sich nicht verpflichten, allfällige Erkenntnisse bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Schlussverfügung im deutschen Verfahren nicht zu verwenden; jedenfalls findet sich in den Akten keine entsprechende Verpflichtungserklärung.
Damit ist an sich die Gefahr eines unmittelbaren und nicht wieder gutzumachenden Nachteils zu bejahen, der die selbständige Anfechtung der Eintretensverfügung rechtfertigen würde.
c) Fraglich ist allerdings, ob noch ein aktuelles Rechtsschutzbedürfnis an der Anfechtung der Eintretensverfügung besteht, nachdem die Hausdurchsuchung bereits unter Teilnahme eines deutschen Beamten vollzogen worden ist.
Dispositiv-Ziff. 2 der Eintretensverfügung bewilligt die Teilnahme von deutschen Beamten an "den Rechtshilfemassnahmen", beschränkt sich also nicht auf die Hausdurchsuchung.
Den Erwägungen lässt sich entnehmen, dass zu den beantragten Rechtshilfemassnahmen die Hausdurchsuchung, die Sicherstellung und Beschlagnahme von Unterlagen, deren Übersendung an die deutschen Strafverfolgungsbehörden sowie die Einvernahme des Beschwerdeführers gehören. Die Eintretensverfügung bejaht generell die Eignung der Teilnahme deutscher Beamten zur Unterstützung der Rechtshilfemassnahmen, ohne zwischen den einzelnen Massnahmen zu differenzieren.
Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers macht denn auch geltend, es sei beabsichtigt, Vertreter der deutschen Behörden zur Sichtung der Akten beizuziehen; dieser Behauptung hat die Oberzolldirektion in ihrer Vernehmlassung nicht widersprochen. Die neuen Vorbringen in der Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebenden Wirkung vom 16. Mai 2001 können nach dem oben Gesagten (Abschnitt H) nicht berücksichtigt werden. Gerade bei der Sichtung der beschlagnahmten Unterlagen besteht die Gefahr, dass Tatsachen aus dem Geheimbereich den teilnehmenden deutschen Beamten zugänglich gemacht werden. Damit besteht weiterhin ein aktuelles Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Verfügungsteils.
d) Nach dem Gesagten ist auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (<ref-law>) des legitimierten Beschwerdeführers (<ref-law>; Art. 9a der Verordnung vom 24. Februar 1982 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSV; SR 351. 11]) einzutreten, soweit damit die Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 2 der Eintretensverfügung beantragt wird (Beschwerdeantrag 4).
2.- a) Gemäss <ref-law> kann die Anwesenheit von Personen, die am ausländischen Prozess beteiligt sind, an Rechtshilfehandlungen gestattet werden, wenn sie die Ausführung des Ersuchens oder die Strafverfolgung im Ausland erheblich erleichtert. Auch Art. III des Zusatzvertrags sieht die Anwesenheit ausländischer Personen und Beamte an Rechtshilfehandlungen ausdrücklich vor. Die Anwesenheit ausländischer Beamter darf jedoch nicht zur Folge haben, dass ihnen Tatsachen aus dem Geheimbereich zugänglich gemacht werden, bevor die zuständige Behörde über die Gewährung und den Umfang der Rechtshilfe entschieden hat (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 5b S. 52 f. zu Art. III Zusatzvertrag).
b) Im vorliegenden Fall wurde die Teilnahme deutscher Zollfahndungsbeamten generell bewilligt, ohne näher zu begründen, weshalb deren Anwesenheit bei allen Rechtshilfemassnahmen gegenüber dem Beschwerdeführer notwendig sei.
Insbesondere die Teilnahme deutscher Beamten an der Sichtung und Ausscheidung der Unterlagen - die grundsätzlich Aufgabe der schweizerischen Rechtshilfebehörde ist (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 196 f.) - hätte im vorliegenden Fall begründet werden müssen: Zum einen ist eine grobe Sichtung der Unterlagen bereits anlässlich der Hausdurchsuchung unter Mitwirkung eines deutschen Zollfahndungsbeamten erfolgt; zum anderen ergibt sich der Gegenstand der deutschen Strafuntersuchung aus den Beilagen zum Rechtshilfeersuchen, die detailliert die verdächtigen Transaktionen aufführen, unter Angabe von Pferdenamen, Anmelder, Empfänger, Tag der Einfuhr und Zollstelle. Es erscheint daher nicht von vornherein ausgeschlossen, dass die ausführende Behörde die Ausscheidung der herauszugebenden Unterlagen selbst, ohne Mitwirkung deutscher Beamten, vornehmen kann.
c) Sollte die Anwesenheit deutscher Zollbeamter an einzelnen oder an allen weiteren Rechtshilfehandlungen notwendig sein, müssten jedenfalls die notwendigen Vorkehrungen getroffen werden um zu verhindern, dass Informationen aus dem Geheimbereich vorzeitig zugänglich gemacht werden (<ref-law>; vgl. oben, E. 1a). Den deutschen Beamten darf daher nicht ohne weiteres Einsicht in die zu sichtenden Akten gewährt werden, sondern es ist grundsätzlich anhand von Fragen zu klären, welche Unterlagen für das Strafverfahren im ersuchenden Staat von Belang sein können.
Es ist sicherzustellen, dass die ausländischen Beamten keine Aufzeichnungen über die Erhebungen oder die Einvernahme in der Schweiz tätigen und ihnen bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Schlussverfügung keine Kopien der beschlagnahmten Akten herausgegeben werden. Schliesslich ist die Teilnahme deutscher Beamten nur unter dem Vorbehalt zuzulassen, dass sie allfällige Erkenntnisse, die sie durch ihre Teilnahme an den Rechtshilfehandlungen gewonnen haben, bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Schlussverfügung im deutschen Verfahren nicht verwenden dürfen. Diese Vorkehrungen sind bei der Hausdurchsuchung nicht getroffen worden.
Zwar hat die Oberzolldirektion in ihrer Vernehmlassung ausgeführt, <ref-law> werde bei der Ausführung der restlichen Rechtshilfemassnahmen betreffend den Beschwerdeführer "weiterhin" zu beachten sein; diese sehr pauschale Zusicherung bietet jedoch angesichts der bisherigen Vorgehensweise keine ausreichende Gewähr für die Wahrung des Geheimnisschutzes.
d) Nach dem Gesagtem erweist sich Beschwerdeantrag 4 als begründet. Dispositiv-Ziff. 2 der Eintretensverfügung ist daher aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Oberzolldirektion zurückzuweisen. Diese hat die Möglichkeit, die Teilnahme ausländischer Beamten an den noch ausstehenden Rechtshilfehandlungen erneut - ganz oder teilweise - zu bewilligen, sofern sie die Notwendigkeit dieser Massnahme näher begründet und konkrete Vorkehrungen zur Wahrung von <ref-law> trifft. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers wäre eine derartige Anordnung vom Rechtshilfegesuch vom 2. September 1999 gedeckt, das Rechtshilfemassnahmen gegen eine Vielzahl von Personen enthält und "insbesondere" die Teilnahme deutscher Beamten an den Durchsuchungen und Vernehmungen beim Beschwerdeführer beantragt.
Es wird Aufgabe der Oberzolldirektion sein zu prüfen, inwieweit dieser Antrag noch aktuell oder durch das Schreiben der Staatsanwaltschaft Freiburg i.Br. vom 5. April 2001 gegenstandslos geworden ist.
e) Der Antrag, der Beschwerde insoweit aufschiebende Wirkung zu gewähren, wird mit dem vorliegenden Sachentscheid hinfällig.
3.- Auf die übrigen Beschwerdeanträge kann dagegen nicht eingetreten werden:
a) Zum einen beantragt der Beschwerdeführer die Feststellung, dass es unzulässig war, dem anwesenden deutschen Beamten anlässlich der Hausdurchsuchung Gelegenheit zur eingehenden Sichtung der Akten und zur Anfertigung von Notizen über Geschäftsgeheimnisse des Beschwerdeführers zu geben, bevor von der zuständigen Behörde über Gewährung und Umfang der Rechtshilfe entschieden worden ist (Beschwerdeantrag 1).
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer ein schutzwürdiges Feststellungsinteresse hat, nachdem auf seine Beschwerde gegen Dispositiv-Ziff. 2 der Eintretensverfügung eingetreten und diese gutgeheissen wird.
Auch wenn Gegenstand der Prüfung die Bewilligung als solche ist, sind Art und Weise der Durchführung der Hausdurchsuchung bei der Prüfung zu berücksichtigen, ob die Oberzolldirektion die gemäss <ref-law> gebotenen Vorkehrungen getroffen hat (vgl. oben 1b und 2c). Die Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 2 der Eintretensverfügung beinhaltet somit implizit auch die Feststellung, dass die Teilnahme des deutschen Beamten an der Hausdurchsuchung unter den konkreten Umständen rechtswidrig war.
b) Ferner beantragt der Beschwerdeführer, die ersuchende Behörde sei einzuladen, die vom anwesenden deutschen Beamten erlangten Informationen im hängigen und in künftigen Straf- und Verwaltungsverfahren (insbesondere in Steuerverfahren) nicht zu Beweis- oder Ermittlungszwecken zu verwenden und die anlässlich der Hausdurchsuchung vom 7. Februar 2001 erstellten Notizen des anwesenden deutschen Beamten den Schweizer Behörden herauszugeben (Beschwerdeantrag 2); im Falle einer allfälligen Rechtshilfeleistung sei ein entsprechender Spezialitätsvorbehalt anzubringen (Beschwerdeantrag 3).
aa) Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts führt die verfrühte Übermittlung von Unterlagen oder Informationen aus dem Geheimbereich nicht zur Versagung der Rechtshilfe, da es mit den völkerrechtlichen Verpflichtun- gen der Schweiz unvereinbar wäre, dem ersuchenden Staat eine materiell zulässige Rechtshilfe endgültig zu verwei- gern (unveröffentlichte Bundesgerichtsentscheide i.S. A.
vom 16. Dezember 1998 E. 4b und i.S. A. vom 18. Juli 2000 E. 8b). Erweist sich die Rechtshilfe vollumfänglich - auch hinsichtlich der vorzeitig übermittelten Informationen - als zulässig, so ist der Verfahrensfehler geheilt und es besteht kein Handlungsbedarf mehr (unveröffentlichter Bundesgerichtsentscheid i.S. C.T. vom 12. Februar 2001 E. 2c). Sollte dagegen die Rechtshilfe nicht oder nur teilweise bewilligt werden, müsste der ersuchende Staat in der Schlussverfügung eingeladen werden, die nach schweizerischem Verfahrensrecht rechtswidrig erlangten Informationen in hängigen und in künftigen Straf- und Verwaltungsverfahren nicht zu Beweiszwecken zu verwenden (unveröffentlichter Entscheid i.S. I.
vom 8. Mai 2000 E. 7). Hierüber ist bei Erlass der Schlussverfügung zu entscheiden. Der Beschwerdeführer, dem zuvor das rechtliche Gehör gewährt werden muss, kann dahingehende Anträge stellen und diese gegebenenfalls gerichtlich durchsetzen.
Dagegen kann über diesen Antrag im vorliegenden, nur die Eintretensverfügung betreffenden Verfahren nicht entschieden werden.
bb) Für den Zeitraum bis zum Ergehen der Schlussverfügung sind in der Regel keine positiven Anordnungen im bundesgerichtlichen Verfahren zu treffen. Aus völkerrechtlicher Sicht erscheint es problematisch, dem ersuchenden Staat, dessen Beamten im Einverständnis des ersuchten Staates vorbehaltslos an Rechtshilfehandlungen teilnehmen durften, nachträglich Einschränkungen aufzuerlegen; jedenfalls sollte dies nur zurückhaltend geschehen, wenn Gewissheit darüber besteht, dass die gewonnenen Erkenntnisse nicht übermittelt werden dürfen. In aller Regel muss daher die Schlussverfügung abgewartet werden. Im vorliegenden Fall kommt hinzu, dass sich die ersuchende Behörde bereits im Rechtshilfeersuchen verpflichtet hat, die Ergebnisse des Rechtshilfeverfahrens ausschliesslich für die Zwecke des strafrechtlichen Ermittlungsverfahrens und keinesfalls für Zwecke des steuerlichen Nacherhebungsverfahrens zu verwenden.
Somit ist zumindest eine Verwendung der erlangten Erkenntnisse für das Steuerverwaltungsverfahren ausgeschlossen, auch für den Zeitraum bis zum Ergehen der Schlussverfügung.
4.- Nach dem Gesagten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Dispositiv-Ziff.
2 der angefochtenen Verfügung ist aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid über die im Rechtshilfeersuchen vom 2. September 1999 beantragte Teilnahme deutscher Zollfahndungsbeamten an weiteren Rechtshilfehandlungen gegenüber dem Beschwerdeführer an die Oberzolldirektion zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist dem Beschwerdeführer eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen und eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Dispositiv-Ziff. 2 der Eintretensverfügung der Oberzolldirektion vom 5. Mai 2000 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Oberzolldirektion zurückgewiesen.
2.- Dem Beschwerdeführer wird eine reduzierte Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.- auferlegt.
3.-Die Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Oberzolldirektion und dem Bundesamt für Justiz, Abteilung internationale Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. Mai 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: