Fatti:
A.
A._ (1976), cittadino del Mali, ha presentato una prima domanda d'asilo in Svizzera nel 2012, la quale è stata respinta il 5 aprile 2013 dall'allora Ufficio federale della migrazione (diventato poi la Segreteria di Stato della migrazione SEM), con una decisione di non entrata in materia. Una seconda domanda, depositata dopo che A._ ha cercato invano di ottenere l'asilo in Germania nel 2013, è stata ugualmente evasa con una decisione di non entrata in materia il 24 gennaio 2014. Del suo allontanamento è stato incaricato il Cantone Ticino.
Durante il suo soggiorno in Svizzera A._ è stato condannato a più riprese per infrazione e contravvenzione alla LStup (RS 812.121) e per infrazione alla LStr (RS 142.20). Arrestato, è stato detenuto per 221 giorni nel Canton Ginevra, fino al 1° luglio 2015. Interrogato dalla Polizia cantonale ticinese il 2 luglio seguente, egli ha dichiarato di non volere rientrare in Mali e di non disporre dei necessari documenti per poterlo fare.
Il medesimo giorno la Sezione della popolazione del Dipartimento ticinese delle istituzioni ha disposto la carcerazione in vista di rinvio coatto di A._ per la durata di sei mesi sulla base dell'art. 76 cpv. 1 lett. b LStr combinato con gli art. 75 cpv. 1 lett. g e 76 cpv. 1 lett. b n. 3 e n. 4 LStr. Ritenendo legale e adeguata la detenzione e dopo avere sentito l'interessato, il sostituto del Giudice delle misure coercitive l'ha confermata con decisione del 2 luglio 2015.
B.
Adito tempestivamente da A._ il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino ne ha respinto il gravame con sentenza del 12 agosto 2015. Dopo avere a sua volta constatato la legalità e l'adeguatezza del provvedimento litigioso, la Corte cantonale ha evaso negativamente la richiesta dell'insorgente di essere rinviato in Spagna in virtù del regolamento di Dublino ("Regolamento (UE) n. 604/2013" del 26 giugno 2013 che stabilisce i criteri e i meccanismi di determinazione dello Stato membro competente per l'esame di una domanda di protezione internazionale presentata in uno degli Stati membri da un cittadino di un paese terzo o da un apolide [rifusione]; di seguito Regolamento UE 604/2013 del 26 giugno 2013), primo paese in cui avrebbe chiesto l'asilo. Dalle ricerche effettuate nel sistema Eurodac (database che permette ai paesi dell'Unione europea, tra l'altro, confrontando le impronte digitali, di sapere se un richiedente asilo o un cittadino straniero, che si trova illegalmente sul territorio di un paese dell'UE, ha già presentato una domanda in un altro paese dell'UE) risultava infatti che egli non aveva depositato una prima domanda d'asilo in Spagna, segnatamente alle Isole Canarie. La sua istanza volta ad essere scarcerato per esservi trasferito non poteva pertanto essere accolta.
C.
Il 10 settembre 2015 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso, con cui chiede l'annullamento della pronuncia querelata. Contesta la legalità della sua detenzione, adduce che le autorità cantonali non avrebbero effettuato le necessarie ricerche nel sistema Eurodac interpellando le autorità spagnole ed afferma che in virtù del regolamento di Dublino dev'essere trasferito in Spagna: rinviarlo pertanto in Mali disattenderebbe l'<ref-law>
Invitati a determinarsi, la Sezione della popolazione e il Sostituto del Giudice delle misure coercitive non si sono espressi, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si è limitato a riconfermarsi nella motivazione e nelle conclusioni della sentenza impugnata. Da parte sua la Segreteria di Stato della migrazione SEM si è allineata al contenuto della citata sentenza.
D.
Con replica dell'8 ottobre 2015, il ricorrente ha ribadito i propri argomenti.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 44; <ref-ruling> consid. 1 pag. 369; <ref-ruling> consid. 1 pag. 475; <ref-ruling> consid. 1 pag. 372).
1.1. Il ricorrente ha omesso di precisare per quale via di diritto intendeva procedere. Tale imprecisione non gli nuoce se il suo allegato adempie le esigenze formali del tipo di ricorso effettivamente esperibile (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 382; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 302 con rinvii).
1.2. In materia di misure coercitive la via ordinaria è quella del ricorso in materia di diritto pubblico (sentenza 2C_620/2015 del 31 luglio 2015 consid. 1.1 e rinvii). Il presente gravame, esperito in tempo utile (<ref-law>) da una persona tuttora in detenzione e quindi legittimata ad agire (<ref-law>), è pertanto ammissibile come ricorso di diritto pubblico.
1.3. Nella propria replica il ricorrente solleva nuove critiche, segnatamente fa valere l'applicazione arbitraria dell'art. 106 della legge del 26 giugno 1998 sull'asilo (LAsi; RS 142.31) nonché la disattenzione dell'<ref-law> e del Regolamento UE 604/2013 del 26 giugno 2013 con riferimento all'esecuzione del proprio rinvio dalla Svizzera in seguito alla reiezione delle sue domande di asilo. Sennonché detti argomenti esulano dalla procedura in esame e sono pertanto inammissibili.
2.
2.1. Nei considerandi dell'impugnata sentenza, il Tribunale amministrativo cantonale ha correttamente esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la carcerazione in vista di rinvio coatto, motivo per cui a tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione (cfr. sentenza cantonale consid. 2 pag. 3 seg.).
2.2.
2.2.1. Adducendo che non ha mai trafficato droga, contrariamente a quanto le autorità cantonali e federale implicate vorrebbero fare credere, il ricorrente contesta che siano dati i motivi per porlo in carcerazione in virtù dell'art. 75 cpv. 1 lett. b, c, g o h LStr. Tale argomentazione si rivela manifestamente infondata, visti i fatti accertati nel giudizio impugnato, che vincolano anche il Tribunale federale (<ref-law>).

2.2.2. In effetti, come emerge dal giudizio querelato nonché dall'inserto di causa, il ricorrente è entrato in Svizzera sprovvisto di documenti di legittimazione. Dopo essersi visto respingere le sue due domande di asilo mediante due decisioni di non entrata in materia, egli ha continuato a risiedere illegalmente nel nostro Paese, venendovi condannato cinque volte per reati e contravvenzioni in materia di stupefacenti (consumo) e di legislazione sugli stranieri: per questi motivi ha dovuto pure espiare una pena detentiva. Interrogato dalla polizia ticinese egli ha poi dichiarato di non volere rientrare nel proprio paese di origine e di non essere intenzionato a collaborare con le autorità ai fini del suo rimpatrio. Dichiarazioni che ha reiterato dinanzi al Sostituto del Giudice delle misure coercitive. Ora, detti fatti ricadono indubbiamente sotto il campo di applicazione dell'art. 76 cpv. 1 lett. b LStr combinato con gli art. 75 cpv. 1 lett. g e 76 cpv. 1 lett. b n. 3 e n. 4 LStr. Osservato poi che, come rilevato nella sentenza impugnata e peraltro non contestato dal diretto interessato, il suo allontanamento non appare inattuabile per motivi giuridici o effettivi (art. 80 cpv. 6 lett. a LStr a contrario), è pertanto a giusto titolo che la Corte cantonale ha convalidato la decisione di carcerazione pronunciata nei confronti del ricorrente la quale, allo stato attuale del procedimento, appare proporzionata (art. 96 LStr). Infine, niente indica che le autorità non ottempereranno al loro dovere di celerità (art. 76 cpv. 4 LStr).
3.
Il ricorrente sostiene di avere depositato una prima domanda di asilo in Spagna, segnatamente alle Isole Canarie, motivo per cui in virtù del regolamento Dublino dovrebbe essere rinviato verso questo paese e non in Mali. La critica è inconferente. Come rilevato nella pronuncia cantonale e dalla Segreteria di Stato della migrazione SEM nella propria risposta e come per di più confermato da vari documenti figuranti agli atti, le ricerche eseguite nel sistema Eurodac indicano che l'interessato ha depositato tre domande d'asilo, due in Svizzera (nel 2012 e nel 2014) e una in Germania (nel 2013) : niente invece risulta per quanto concerne la Spagna. Dato poi che il sistema Eurodac è basato sul confronto delle impronte digitali, il fatto che il ricorrente abbia fornito nei diversi paesi dati d'identificazione differenti (cioè diverse date di nascita) non è atto a dimostrare che le ricerche effettuate erano insufficienti. Al riguardo va aggiunto che il documento trasmesso dal ricorrente con la propria replica, redatto in spagnolo e concernente la sua iscrizione presso il controllo degli abitanti del Comune di X._, in Andalusia - quand'anche si volesse considerare che è ammissibile (cfr. <ref-law>) non dimostra che ha chiesto l'asilo in detto Paese, solo che risiedeva in detto Comune. Anche su questo punto il ricorso si dimostra infondato e come tale va respinto.
4.
Da quel che precede discende che il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, è infondato e, come tale, va respinto.
5.
Viste le particolarità della fattispecie, si rinuncia a prelevare spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 seconda frase LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Comunicazione al ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Sostituto del Giudice delle misure coercitive e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché alla Segreteria di Stato della migrazione SEM.