Baute in der Landwirtschaftszone, hat sich ergeben:
A.- B._ führt in Churwalden unter biologischen Gesichtspunkten einen Landwirtschaftsbetrieb, auf dem er insbesondere Schafe hält. Er wohnt bei seinen Eltern. Wegen einer starken Sehbehinderung besitzt er keinen Führerausweis. Die verschiedenen Parzellen seines Betriebs liegen weit auseinander. Vier davon befinden sich in Salez, 100 bis 300 Höhenmeter oberhalb von Churwalden. B._ ist dort Eigentümer der 13'600 m2 fassenden Parzelle Nr. 891, auf der sich ein Schafstall befindet. Neben diesem Stall, in 1,1 km Wegdistanz von der Bauzone und 120 Höhenmeter über Churwalden gelegen, wünschte er eine landwirtschaftliche Dauerwohnbaute mit 94,4 m2 Bruttogeschossfläche zu errichten. Auf der 50 bis 100 Höhenmeter darüber gelegenen Parzelle Nr. 886, die er von seinem Vater und seinem Cousin gepachtet hat, befinden sich ein weiterer Stall und eine Maiensässhütte.
Das Baugesuch für seine Dauerwohnbaute in der Landwirtschaftszone leitete die Gemeinde Churwalden mit dem Antrag, ihm zu entsprechen, an das Departement des Innern und der Volkswirtschaft des Kantons Graubünden weiter. Dieses versagte mit Verfügung vom 20. April 1999 seine Zustimmung, weil die geplante Wohnbaute weder zonenkonform noch standortgebunden sei. Dagegen erhob B._ Rekurs an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses hiess den Rekurs mit Urteil vom 8. Juli 1999 gut, weil die geplante Baute zonenkonform sei.
B.-Gegen das verwaltungsgerichtliche Urteil erhebt die Regierung des Kantons Graubünden Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, es aufzuheben und die Verfügung des Departements zu bestätigen. Sie rügt, verschiedene Sachverhaltsfeststellungen seien offensichtlich unrichtig. Sinngemäss macht sie geltend, angesichts des wahren Sachverhalts sei der landwirtschaftliche Betrieb weder existenzsichernd, noch sei eine Wohnbaute ausserhalb der Bauzone für das Bewirtschaften des Betriebs notwendig. Daher verletze es Bundesrecht, diese Baute zu bewilligen.
B._ beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt, diese abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Churwalden lässt sich nicht vernehmen.
Das Bundesamt für Raumplanung führt in seiner Stellungnahme aus, vieles spreche dafür, die Beschwerde gutzuheissen. Es verzichte aber darauf, einen Antrag zu stellen, da nicht ausgeschlossen sei, dass sich ein Sachverhalt ergebe, der von demjenigen abweiche, den es annehme.
Die Verfahrensbeteiligten haben Gelegenheit erhalten, zur Vernehmlassung des Bundesamts Stellung zu nehmen. Dabei hält B._ an seinem Antrag fest und legt unter anderem ein Betriebskonzept vor.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach Art. 34 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700) können Entscheide letzter kantonaler Instanzen über Bewilligungen im Sinne von Art. 24 RPG beim Bundesgericht mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden. Der Anwendungsbereich von Art. 24 Abs. 1 RPG hängt von der Beurteilung der Zonenkonformität im Sinne von Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG ab. Daher kann mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde auch gerügt werden, eine Baute sei in bundesrechtswidriger Bejahung der Zonenkonformität in der Landwirtschaftszone gemäss Art. 16 und 22 RPG bewilligt worden (<ref-ruling> E. 1a S. 501 f.; <ref-ruling> E. 1a S. 337 f.).
b) Mit dem angefochtenen Entscheid wurde noch keine Baubewilligung erteilt, sondern lediglich über die Zonenkonformität des Bauvorhabens in der Landwirtschaftszone entschieden. Nach der Rechtsprechung kann ein solcher Teilentscheid mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (<ref-ruling> E. 1b S. 50).
c) Nach Art. 34 Abs. 2 RPG in Verbindung mit Art. 103 lit. c OG steht das Beschwerderecht gegen Verfügungen über Bewilligungen nach Art. 24 RPG auch den Kantonen zu. Im Kanton Graubünden ist dafür die Regierung zuständig (vgl. Art. 5 Abs. 2 der Raumplanungsverordnung für den Kanton Graubünden vom 26. November 1986 [KRVO; BR 801. 110]).
d) Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
e) Das Bundesgericht ist an die Feststellungen des Verwaltungsgerichts gebunden, soweit dieses den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
Wenn der Sachverhalt unvollständig festgestellt worden sein sollte, kann die Sache zu dessen Feststellung und zu darauf gestützter neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen werden (Art. 114 Abs. 2 OG). Daher kann auf den beantragten Augenschein verzichtet werden.
2.- a) Wohngebäude sind in der Landwirtschaftszone nach Art. 16 RPG zonenkonform, wenn sie hinsichtlich Standort und Ausgestaltung in einer unmittelbaren funktionellen Beziehung zum Landwirtschaftsbetrieb stehen und im Hinblick auf die bodenabhängige Nutzung des Landes als unentbehrlich erscheinen. Bei Landwirtschaftsbetrieben stimmt der Begriff der Zonenkonformität im Sinne von Art. 16 Abs. 1 RPG im Wesentlichen mit demjenigen der Standortgebundenheit gemäss Art. 24 Abs. 1 RPG überein.
Wohnraum für eine landwirtschaftliche Nutzung kann nur dann bewilligt werden, wenn der geplante Standort der Wohnbaute in der Landwirtschaftszone für den Betrieb notwendig ist. Dies ist der Fall, wenn für dessen ordnungsgemässes, zonenkonformes Bewirtschaften ein längeres Verweilen am betreffenden Ort erforderlich ist und dieser von der nächstgelegenen Wohnzone weit entfernt liegt. Die Distanz zur nächstgelegenen Wohnzone bzw. die Zumutbarkeit eines Standortes in der Wohnzone stellt gemäss konstanter Rechtsprechung ein eigenständiges Kriterium für die Beurteilung der Zonenkonformität bzw. der Standortgebundenheit in der Landwirtschaftszone dar (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 508 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 69, 307 E. 3b S. 310 f., je mit Hinweisen). Ob eine betriebliche Notwendigkeit besteht, ausserhalb der Bauzonen Wohnsitz zu nehmen, ist in jedem einzelnen Fall nach objektiven Kriterien aufgrund einer gesamthaften, mehr an qualitativen denn an quantitativen Faktoren anknüpfenden Betrachtungsweise zu beurteilen. Auf subjektive Vorstellungen und Wünsche des Einzelnen kann es ebenso wenig ankommen wie auf die persönliche Zweckmässigkeit und Bequemlichkeit. Vielmehr muss die Notwendigkeit der Baute objektiv begründet sein, wobei nach allgemeiner Erfahrung auf die örtlichen Verhältnisse, die Grösse der Parzellen und deren Nutzung abzustellen ist. Der geplante Bau ist zu bewilligen, wenn diese Kriterien seinen Standort in der Landwirtschaftszone gegenüber Standorten innerhalb der Bauzone als erheblich vorteilhafter erscheinen lassen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 509). Sind diese Voraussetzungen nicht gegeben, so fehlt es am erforderlichen sachlichen Bezug des Bauvorhabens zur landwirtschaftlichen Produktion (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3b und 5 S. 310 ff. mit Hinweisen).
Auch wenn sie für einen Betrieb notwendig ist, ist eine Wohnbaute in der Landwirtschaftszone im Weiteren nur dann zu bewilligen, wenn der Betrieb existenzfähig ist. Bei der Beurteilung, ob dies der Fall ist, kann, soweit er mit den Zielsetzungen der Raumplanung vereinbar ist, Art. 7 Abs. 1 des Bundesgesetzes über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991 (BGBB; SR 211. 412.11) berücksichtigt werden, wonach der Betrieb mindestens die halbe Arbeitskraft einer bäuerlichen Familie beanspruchen muss (vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 313 mit Hinweisen).
Schliesslich dürfen keine überwiegenden öffentlichen Interessen gegen die Errichtung der geplanten Baute sprechen (<ref-ruling> E. 3a S. 162; <ref-ruling> E. 3b S. 311, je mit Hinweisen).
b) Das Verwaltungsgericht ist zum Schluss gekommen, der Betrieb des privaten Beschwerdegegners sei auf ein Wohngebäude ausserhalb der Bauzone angewiesen, existenzfähig, und keine überwiegenden öffentlichen Interessen sprächen gegen die geplante Wohnbaute.
Im Folgenden ist zu prüfen, ob die tatsächlichen Feststellungen, auf die das Verwaltungsgericht seinen Entscheid stützte, wie die Regierung geltend macht, offensichtlich unrichtig oder unvollständig sind. Die Regierung rügt zwar auch, der Sachverhalt sei unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden. In der Beschwerde wird aber nicht dargelegt und es ist auch nicht ersichtlich, gegen welche Verfahrensbestimmungen das Verwaltungsgericht verstossen haben soll.
Wenn bestimmte Tatsachen offensichtlich unrichtig oder unvollständig festgestellt wurden, kann dies nur zur Gutheissung der Beschwerde führen, soweit diese für die Beurteilung der Standortgebundenheit der geplanten Wohnbaute nach den angeführten bundesrechtlichen Anforderungen entscheidrelevant sind.
Ob die kantonalen Behörden Bundesrecht verletzt haben, überprüft das Bundesgericht umfassend, doch belässt es ihnen bei der Anwendung unbestimmter Gesetzesbegriffe einen gewissen Beurteilungsspielraum, insbesondere soweit örtliche, technische oder persönliche Verhältnisse zu würdigen sind (<ref-ruling> E. 2 S. 265 mit Hinweisen).
3.- Mit verschiedenen Beanstandungen an den Sachverhaltsfeststellungen des Verwaltungsgerichts wendet sich die Regierung gegen die Notwendigkeit der vom Beschwerdegegner geplanten Wohnbaute für dessen Landwirtschaftsbetrieb.
a) Zunächst bringt die Regierung vor, die Angabe des Verwaltungsgerichts, dass sich die beiden Stallgebäude in Salez im Eigentum des Beschwerdegegners befänden, sei offensichtlich unrichtig. Dies trifft zu, da der Beschwerdegegner das obere von beiden auch nach seinen eigenen Angaben bloss von seinem Vater und seinem Cousin gepachtet hat. Entscheidend für die Beurteilung des Betriebs und der Notwendigkeit der geplanten Wohnbaute ist jedoch, dass der Beschwerdegegner beide Ställe unbestrittenermassen für seinen Betrieb nutzen kann. Deshalb ist das Versehen des Verwaltungsgerichts in Bezug auf die Eigentumsverhältnisse für den angefochtenen Entscheid ohne Bedeutung.
b) Die Regierung führt aus, das Verwaltungsgericht habe übersehen, dass der Beschwerdegegner auf Salez heute schon über Wohnraum verfüge, und zwar über die Maiensässhütte auf der Parzelle Nr. 886, die er gepachtet habe. Das Verwaltungsgericht erwähnt diese Hütte, deren Existenz sich aus den Akten ergibt, tatsächlich nicht. Es fragt sich somit, ob diese Hütte, wie die Regierung meint, den geplanten Wohnbau nicht mehr als notwendig erscheinen lässt. Der Beschwerdegegner wendet ein, er könne die betreffende Maiensässhütte nicht nutzen, da diese von seinem Vater und seinem Cousin gebraucht würde. Dieser Einwand ist unbeachtlich. Wenn ein Verpächter einem Pächter mit Pachtland verbundenen Wohnraum vorenthält, kann dies dem Pächter keinen Anspruch auf Erstellung neuen Wohnraums geben (vgl. unveröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts vom 24. Juni 1997 i.S. R. E. 2b). Entscheidend ist hingegen, dass sich die Parteien einig sind, dass es sich bei der genannten Maiensässhütte nur um Temporärwohnraum handelt. Der Beschwerdegegner gibt an, dessen Geschossfläche betrage 48 m2. Im vorliegenden Verfahren geht es entgegen der Auffassung der Regierung nicht darum, ob der Beschwerdegegner eine Temporärwohngelegenheit während der Ausfütterungszeit in Salez hat, sondern um eine Dauerwohnbaute.
c) Die Regierung führt weiter aus, das Verwaltungsgericht habe fälschlicherweise angenommen, die geplante Baute befinde sich in unmittelbarer Nähe der beiden vom Beschwerdegegner benutzten Ställe. In Wirklichkeit solle diese neben dem kleineren, unteren Stall errichtet werden, aber 50 Höhenmeter und 600 Strassenmeter unterhalb des oberen grösseren Stalls. Die Darstellung der Regierung ist zutreffend. Auf Grund der klaren bei den Akten befindlichen Pläne und des verwaltungsgerichtlichen Augenscheins kann aus der kritisierten missverständlichen Ortsbeschreibung des Verwaltungsgerichts jedoch nicht geschlossen werden, dieses sei in seinem Entscheid von einem falschen Sachverhalt ausgegangen. Es fragt sich hingegen, ob die Wohnbaute, wie die Regierung vorbringt, aus betrieblichen Gründen eher beim oberen Stall errichtet werden muss und daher keine Notwendigkeit für einen Neubau beim unteren Stall besteht. Der obere Stall ist offenbar grösser, wobei der Beschwerdegegner vorbringt, er könne nur die Hälfte davon nutzen. Dass mit Pachtland verbundener Wohnraum bei der Beurteilung, ob eine neue Wohnbaute betriebsnotwendig ist, berücksichtigt werden muss (vgl. vorne E. 3b), bedeutet jedoch nicht, dass auch potentieller, auf gepachtetem Landwirtschaftsland errichtbarer Wohnraum berücksichtigt werden müsste. Der Beschwerdegegner kann auf einem Grundstück, das er bloss gepachtet hat, nicht bauen. Daher kann ihn die Existenz einer umbaufähigen Baute auf dem Pachtland nicht daran hindern, auf seinem eigenen Land den für seinen Betrieb notwendigen Wohnraum zu errichten. Dazu kommt, dass im vorliegenden Fall der von der Regierung vorgeschlagene Standort weiter vom Dorf und von den übrigen Betriebsflächen entfernt ist, als der vom Beschwerdegegner gewünschte.
d) Das Verwaltungsgericht kommt zum Schluss, eine Wohnbaute in der Landwirtschaftszone von Salez sei für den Betrieb des Beschwerdegegners notwendig, weil es ihm nicht zuzumuten sei, seinen Betrieb von einer Wohnzone aus zu führen. Diesen Schluss stützt das Verwaltungsgericht in erster Linie auf die von der Regierung als bundesrechtswidrig kritisierte Feststellung, die biologische Schafhaltung erfordere einen täglich mehrfachen Freilauf. Dies mache eine dauernde Anwesenheit des Beschwerdegegners bei seinen Schafen notwendig. Jedenfalls könne diesem nicht zugemutet werden, die Wegstrecke von 1,1 km und 120 Höhenmetern vom Dorf Churwalden mehrmals täglich zurückzulegen.
aa) Zunächst ist festzuhalten, dass bei der Beurteilung der Betriebsnotwendigkeit der geplanten Baute die starke Sehbehinderung des Beschwerdegegners nicht berücksichtigt werden kann. Diese ist zwar weder ein subjektiver Gesichtspunkt, noch ist eine Gefahr des Missbrauchs gegeben. Es handelt sich um einen objektiven Faktor, der jedoch mit dem jetzigen Betriebsinhaber und nicht mit dem Betrieb zusammenhängt. Wenn der Betrieb verkauft oder vererbt wird, wäre eine gestützt auf diesen Umstand bewilligte Wohnbaute nicht mehr betriebsnotwendig, würde aber trotzdem fortbestehen. Angesichts des grossen öffentlichen Interesses an der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet und an der Verhinderung von Wohnbauten in der Landwirtschaftszone, die von der Landwirtschaft objektiv nicht benötigt werden, sind strenge objektive Massstäbe an die Voraussetzung der Betriebsnotwendigkeit zu stellen (<ref-ruling> E. 3a S. 135). Wenn die persönlichen Verhältnisse des jeweiligen Betriebsinhabers Bauten in der Landwirtschaftszone rechtfertigen könnten, würde diese über die Jahrzehnte hinweg mit zahlreichen Gebäuden überbaut, die für die Landwirtschaft nicht notwendig sind und den Zweck der Zone vereiteln. So hat das Bundesgericht entschieden, dass eine Wohnbaute in der Landwirtschaftszone nicht dadurch gerechtfertigt werden könne, dass sich der Ehegatte des Bewirtschafters gleichzeitig um den Betrieb und um Kleinkinder kümmern müsse (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 312). Kleinkinder hängen ebenso wie eine Sehschwäche mit der Person des Bewirtschafters zusammen und nicht mit seinem Betrieb. Auch wenn der Beschwerdegegner dies verständlicherweise als hart empfinden muss, kann seine Sehbehinderung daher nicht berücksichtigt werden. Im Übrigen ist auch nicht ersichtlich, warum es für einen schwer sehbehinderten Landwirt vorteilhafter wäre, einsam und weitab vom Dorf zu wohnen, als im Ort.
bb) Das Bundesgericht hat wiederholt entschieden, dass die Haltung und Überwachung einer Schafherde grundsätzlich keine Unterkunft bedinge, und es hat sich dabei auch auf die Praxis des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden gestützt (<ref-ruling> E. 3 S. 134 ff.; Entscheide des Bundesgerichts vom 3. August 1982 i.S. E., ZBl 83/1982 S. 554 E. 5b S. 557 und vom 31. Oktober 1975, BVR 1976 S. 17 E. 3e S. 23 f.). Es fragt sich, ob das Verwaltungsgericht von dieser Praxis wegen der Besonderheiten der biologischen Schafhaltung abweichen durfte.
Bei der Beurteilung, ob ein Wohnbau in der Landwirtschaftszone zonenkonform und notwendig ist, kann den Eigenheiten des biologischen Landbaus so weit Rechnung getragen werden, als die sich daraus ergebenden besonderen Bedürfnisse betrieblich bedingt sind und nicht bloss auf subjektiven Vorstellungen und Wünschen des Bewirtschafters beruhen (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 68 ff.). Weder der angefochtene Entscheid noch die kantonalen Akten geben jedoch Aufschluss darüber, warum ein besonders umweltschonendes oder tiergerechtes Halten von Schafen eine dauernde oder mehrmals tägliche Anwesenheit des Halters erfordern würde. Ohne nähere Abklärung ist dies auch nicht ersichtlich. Zu Recht weisen die Regierung und das Bundesamt darauf hin, dass sich dies nicht aus den bundesrechtlichen Anforderungen an eine besonders tierfreundliche Haltung ergebe. Nach Ziff. 2.1 lit. b) des Anhangs 1 zur Verordnung vom 7. Dezember 1998 des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements über den regelmässigen Auslauf von Nutztieren im Freien (RAUS-Verordnung; SR 910. 132.5) erhält ein Betrieb Bundesbeiträge für besonders tierfreundliche Haltung, wenn auf ihm gehaltene Schafe während der Winterfütterungsperiode an mindestens 13 Tagen pro Monat Auslauf erhalten. Zwar definiert diese Bestimmung nicht auch ausdrücklich, was unter biologischer Schafhaltung zu verstehen ist, und schliesst nicht aus, dass ein Betrieb Schafen auch täglichen Auslauf gewähren könne. Ebenso wenig ergibt sich aus ihr, ob die Tiere auch während 13 Tagen im Freien belassen werden können. Von einer Verletzung von Bundesrecht durch die verwaltungsgerichtliche Feststellung kann keine Rede sein. Immerhin widerspricht die genannte Bestimmung auch nicht der bekannten Tatsache, dass Schafe auch und gerade bei artgerechter Behandlung anspruchslose, selbständige und anpassungsfähige Tiere sind, die keiner intensiven Pflege bedürfen und über längere Zeit unbewacht im Freien belassen werden können (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 136; Christoph A. Bandli, Bauen ausserhalb der Bauzonen, 1989, S. 170-172; vgl. auch Brockhaus Enzyklopädie, 20. Auflage, 1996, Band 19, S. 217). Wenn das Verwaltungsgericht von anderen Annahme ausgegangen ist und im Falle biologischer Schafhaltung von seiner genannten Praxis zur Notwendigkeit von Wohnbauten zur Schafhaltung abweichen wollte, hätte es dies ausführlich begründen und womöglich Gutachter beiziehen müssen.
Das Verwaltungsgericht hat die Wohnbaute bewilligt, ohne sich auf ein klares Betriebskonzept des Beschwerdegegners zu stützen, das die vorerwähnte und andere Fragen aus der Sicht des Beschwerdegegners beantwortet hätte. Ein solches
Konzept hätte es verlangen müssen. Vor Bundesgericht legt der Beschwerdegegner zwar seiner Stellungnahme zur
Vernehmlassung des Bundesamtes ein Betriebskonzept bei. Es ist jedoch nicht am Bundesgericht, dieses zu beurteilen.
Vielmehr muss das Verwaltungsgericht entscheiden, ob es sich bei der angeblichen Notwendigkeit einer dauernden oder zumindest mehrmals täglichen Anwesenheit des Beschwerdegegners bei seinen Schafen um subjektive Vorstellungen handelt, die unbeachtlich sind, oder um objektive Anforderungen einer biologischen Schafhaltung. Die Feststellung des Sachverhalts durch das Verwaltungsgericht ist in diesem wesentlichen
Punkt offensichtlich unvollständig und erlaubt dem Bundesgericht nicht zu entscheiden, ob das angefochtene Urteil Bundesrecht verletzt. Die Sache ist daher zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
cc) Es fragt sich, ob die geplante Baute auch dann betriebsnotwendig ist, wenn die Anwesenheit des Beschwerdegegners zwar nicht ständig, aber doch mehrmals täglich notwendig sein sollte. Das Verwaltungsgericht nimmt dies in seinem Eventualstandpunkt an, da dem Beschwerdegegner nicht zugemutet werden könne, mehrmals täglich und im Winter eine Wegstrecke von 1,1 km und 120 Höhenmetern zu Fuss zu bewältigen. Die Regierung und das Bundesamt halten dies hingegen für zumutbar und sie verweisen auf einen unveröffentlichten Entscheid des Bundesgerichts vom 9. Februar 1996 i.S. B., in dem entschieden wurde, dass genau diese Wegstrecke einem Bündner Bergbauern zumutbar sei (vgl. auch <ref-ruling> E. 2b S. 268).
Im vorliegenden Fall wäre jedoch zu berücksichtigen, dass der Beschwerdegegner nicht nur wie in jenem 120 Höhenmeter auf 1,1 km zum unteren Stall zurücklegen, sondern dann auch noch 50 Höhenmeter und 600 m Wegstrecke zum oberen Stall überwinden müsste, um zu seinen restlichen Tieren zu gelangen.
Auch wenn eine Anwesenheit des Beschwerdegegners bei seinen Tieren mehrmals täglich notwendig sein sollte, ist für die Beurteilung der Zumutbarkeit einer Betriebsführung von der Bauzone aus jedoch entscheidend, während welcher Periode des Jahres die Tiere in Salez sein sollen und können. Im genannten unveröffentlichten Entscheid i.S. B. wurde vom betroffenen Landwirt nur erwartet, diese Wegstrecke während der Ausfütterungsperiode von drei Monaten zurückzulegen. Der Beschwerdegegner möchte hingegen seinen Betriebsmittelpunkt ganzjährig in Salez haben und dort offenbar auch seine Schafe während der meisten Zeit halten. Diesbezüglich fehlen jedoch ebenfalls genügende Angaben des Beschwerdegegners und Erwägungen des Verwaltungsgerichts darüber, ob dieses Betriebskonzept realistisch ist. So ist insbesondere unklar, ob die Schafe weiterhin während gewisser Perioden im Dorf gehalten werden müssten, wie lange sie allenfalls auf Alpweiden wären und ob der Beschwerdegegner auch sein auf von Salez entfernten Parzellen gewonnenes Heu in den beiden Ställen in Salez aufbewahren könnte. Die Regierung rügt, entgegen der impliziten Annahme des Verwaltungsgerichts könnten die vom Beschwerdegegner gehaltenen Schafe gar nicht alle in den beiden Ställen in Salez untergebracht werden. Heute würden sie in den Wintermonaten mehrheitlich im Dorf gehalten. Anlässlich des verwaltungsgerichtlichen Augenscheins machte der Vertreter des kantonalen Landwirtschaftsamts geltend, der Beschwerdegegner müsste, wenn er in Salez wohnen würde, jeweils ins Dorf gehen, um seine im dortigen Stall untergebrachten Tiere zu pflegen. Dem widersprach der Beschwerdegegner, indem er ausführte, er könne 22 Schafe im unteren und 38 Tiere im oberen Stall in Salez unterbringen. Im angefochtenen Urteil fehlen die notwendigen Feststellungen dazu.
dd) Nur gestützt auf Feststellungen zu den vorgenannten Fragen kann entschieden werden, während welches Zeitraums sich der Beschwerdegegner wie oft täglich nach Salez begeben müsste, wenn er in der Bauzone wohnen würde, und ob ihm dies zuzumuten ist. Gestützt auf solche Feststellungen könnte dann auch beurteilt werden, ob eine Betriebsführung von Salez aus wirklich objektiv vorteilhafter wäre, oder nicht gar, wie Regierung und Bundesamt geltend machen, zu weiteren Arbeitswegen führen würde. Auch insoweit hat das Verwaltungsgericht den Sachverhalt somit offensichtlich unvollständig festgestellt, weshalb die Sache zur Vornahme der notwendigen Tatsachenfeststellungen zurückzuweisen ist.
ee) Schliesslich weist das Verwaltungsgericht auf die von Wölfen und Luchsen ausgehenden Gefahren hin, die eine verstärkte Beaufsichtigung erfordern würden. Selbst wenn auch im Kanton Graubünden künftig mit Wölfen und Luchsen zu rechnen wäre, ist jedoch weder aus dem angefochtenen Urteil noch aus den Vorbringen des Beschwerdegegners ersichtlich, wie letzterer seine auf der oberen Parzelle in Salez weidenden oder im grösseren Stall untergebrachten Schafe dadurch schützen könnte, dass er 50 Höhenmeter tiefer wohnt. Wenn dieses Argument die Notwendigkeit einer Wohnbaute in Salez begründen soll, wären auch dazu genauere Feststellungen notwendig.
4.- Obwohl die Sache an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen ist, rechtfertigt es sich aus prozessökonomischen Gründen, im Folgenden auf die Kritik der Regierung an verschiedenen Feststellungen einzugehen, aus denen das Verwaltungsgericht schliesst, der Betrieb des Beschwerdegegners sei existenzfähig.
a) Zunächst bringt die Regierung vor, im angefochtenen Entscheid würden als Betriebsfläche 15,2 ha statt der vom kantonalen Departement anlässlich des Augenscheins belegten 12,2 ha angenommen. Es sei auch nicht ersichtlich, wie das Verwaltungsgericht einen Schafbestand von 90-110 Schafen annehmen könne, statt wie das Departement gestützt auf Angaben des Landwirtschaftsamts von 58 Schafen (entsprechend 9.77 Grossvieheinheiten) auszugehen.
aa) Das Ausmass der bewirtschafteten Fläche und die Anzahl anzurechnender Schafe waren schon im kantonalen Verfahren umstritten. Zur bewirtschafteten Fläche gibt das Verwaltungsgericht die Angaben der beiden Parteien wieder. Es geht dann gemäss den Angaben des Beschwerdegegners von einer bewirtschafteten Fläche von 15,2 ha aus. Die Differenz zur Berechnung des Departements des Innern und der Volkswirtschaft erklärt es - wie dieses selbst in seinem Entscheid vom 20. April 1999 - mit ökologischen Ausgleichsflächen und Weiden, die das Verwaltungsgericht offenbar mitzählt, für die der Beschwerdegegner aber keine Flächenbeiträge erhält. Eine solche Mitberücksichtigung mag auch erklären, warum einerseits das kantonale Landwirtschaftsamt in seiner Aktennotiz vom 3. März 1999 sogar auf eine Gesamtfläche von 15,33 ha kommt, der Beschwerdegegner selbst hingegen auch vor Bundesgericht das Land, für das er Flächenbeiträge erhalte, mit 13,62 ha beziffert. Angesichts dieser Erklärung, die auch mit den Angaben des Departements vereinbar ist, sind die Feststellungen des Verwaltungsgerichts zur bewirtschafteten Fläche nicht offensichtlich unrichtig.
Zur Anzahl der gehaltenen Schafe geht das Verwaltungsgericht von 90 Schafen im Sommer und 110 Schafen im Winter aus. Es erklärt aber nicht das Verhältnis dieser Zahlen zu den 58 Schafen, die das Amt für Landwirtschaft in 9,77 Grossvieheinheiten umgerechnet hat. Der Unterschied mag darauf beruhen, dass Jungtiere, wie auch die Regierung zu Recht vorbringt, nicht zur Berechnung der Grossvieheinheiten herangezogen werden dürfen (vgl. Anhang zu Art. 27 der landwirtschaftlichen Begriffsverordnung vom 7. Dezember 1998; SR 910. 91). In diese Richtung weist auch die Angabe des Beschwerdegegners vor Bundesgericht, er habe am 4. Mai 1999 52 Schafe gehalten, wobei sich der Bestand durch später geborene Lämmer auf bis zu 100 vermehren könne.
Die Tatsachenfeststellungen im angefochtenen Entscheid mögen zwar insoweit unvollständig sein, als nicht aus diesem hervorgeht, gestützt auf welche Anzahl Schafe und welche Betriebsfläche das Verwaltungsgericht mittels welcher Berechnung zum Schluss kommt, der Betrieb des Beschwerdegegners sei existenzfähig. Diese Unklarheit ist jedoch nicht entscheidwesentlich. Das Verwaltungsgericht geht davon aus, dass der Beschwerdegegner mehr als die 58 Schafe halte und mehr als die 12.26 ha bewirtschafte, auf die das Departement abstellte. Selbst auf Grund seiner eigenen Annahmen hält das Departement in seinem Entscheid vom 20. April 1999 die Anforderung an einen existenzfähigen Betrieb von 21'000 Arbeitskraftstunden im Jahr für "erfahrungsgemäss nur knapp erfüllt". Daraus zu schliessen, wie das Verwaltungsgericht dies tut, die Anforderung sei erfüllt, ist jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig. Dies entspricht auch der Statistik der Eidgenössischen Forschungsanstalt für Betriebswirtschaft und Landtechnik (Hauptbericht 1993, wiedergegeben bei Eduard Hofer, in: Das bäuerliche Bodenrecht, Kommentar zum Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991, 1995, Art. 7 N. 56), wonach Betriebe in der Bergzone pro 210 Arbeitstage eine Fläche von durchschnittlich 7,07-8, 24 ha bewirtschaften können. Die vom Verwaltungsgericht aus seiner Feststellung gezogenen rechtlichen Schlüsse sind auch nicht zu beanstanden, da es entsprechend <ref-ruling> E. 5e S. 314 weitere Faktoren berücksichtigte, bevor es die Zonenkonformität der geplanten Baute bejahte.
bb) Das Bundesamt kritisiert in seiner Stellungnahme, das Verwaltungsgericht hätte bei der Beurteilung der Existenzfähigkeit des Betriebs verschiedene Flächen nicht anrechnen dürfen. Zunächst dürften die Arbeitskraftstunden für die Bewirtschaftung der 2,8 ha umfassenden Parzelle Nr. 886 nicht berücksichtigt werden, da sich auf dieser eine Maiensässhütte mit Wohnmöglichkeit befinde. Diese werde zwar dem Beschwerdegegner nicht zur Verfügung gestellt. Die Weigerung, zu Landwirtschaftsland gehörenden Wohnraum mit jenem zusammen zu verpachten, könne jedoch nach bundesgerichtlicher Praxis keinen Anspruch auf neuen Wohnraum begründen (vgl. vorne E. 3b). Daraus kann nicht geschlossen werden, dass einzelne verstreute Pachtflächen bei der Beurteilung, ob ein Betrieb existenzfähig ist, nicht mitgezählt werden, wenn sich auf ihnen auch Wohngebäude befinden, die nicht mitverpachtet werden. Wenn der Betrieb existenzfähig ist, muss vielmehr bei der Prüfung, ob eine neue Wohnbaute in der Landwirtschaftszone für seine Bewirtschaftung notwendig ist, berücksichtigt werden, ob nicht eine bestehende, auf einer betrieblichen Fläche stehende Wohnbaute das Bedürfnis nach Wohnraum des Gesamtbetriebs befriedigen könnte.
Das Bundesamt schlägt vor, auch Pachtland von 2,5-3 ha nicht zu berücksichtigen, weil es einer kirchlichen Stiftung gehöre, welche die Pacht alle sechs Jahre neu ausschreiben müsse. Auch wenn er den Zuschlag nicht wieder erhalten sollte, könnte der Beschwerdegegner jedoch eine richterliche Erstreckung der Pacht von drei bis sechs Jahren erreichen, die ihm sehr wahrscheinlich gewährt würde, wenn sein Betrieb ansonsten nicht mehr existenzfähig wäre (vgl. Art. 26 Abs. 2 und 27 des Bundesgesetzes über die landwirtschaftliche Pacht vom 4. Oktober 1985 [LPG; SR 221. 213.2]. Weiterhin kann berücksichtigt werden, dass es keine Anhaltspunkte dafür gibt, dass die kirchliche Stiftung die Pacht dem Beschwerdegegner, auch angesichts seiner besonderen persönlichen Verhältnisse, nicht wieder zuschlagen würde. Schliesslich führt das Verwaltungsgericht aus, jedenfalls könne der Beschwerdegegner notfalls anderes Land dazupachten, da in der betreffenden Region genügend Pachtland vorhanden sei. Hiergegen wendet das Bundesamt ein, auf dem eventuell dazugepachteten Land könne sich auch ein Wohngebäude befinden, womit der Anspruch auf eine neue Wohnbaute hinfällig würde. Dieser Einwand ist hingegen nicht stichhaltig, da einzelne landwirtschaftliche Flächen bekanntermassen leichter auf dem Pachtmarkt zu finden sind als solche mit dazugehörigen Wohngebäuden. Im vorliegenden Fall konnte das Verwaltungsgericht somit alle vom Beschwerdegegner hinzugepachteten FlächenbeiderBeurteilung, ob sein Betrieb existenz fähig ist, mitberücksichtigen.
b) Die Regierung kritisiert im Weiteren, das Verwaltungsgericht habe das landwirtschaftliche Einkommen des Beschwerdegegners offensichtlich unrichtig berechnet.
aa) Zunächst bestreitet sie die Existenz von Einnahmen von Fr. 10'000. -- aus Metzgerei und Verkauf. Diese in der Erfolgsrechnung erscheinenden Einnahmen liegen jedoch ebenfalls der Steuererklärung 1999-2000 des Beschwerdegegners zu Grunde. In dieser erklärt er seine tatsächlichen Einkünfte in den Jahren 1997 und 1998. Deshalb kann es sich dabei offensichtlich nicht, wie die Regierung meint, bloss um ein künftiges, erhofftes Einkommen handeln.
bb) Der weitere Einwand der Regierung, das Verwaltungsgericht habe den Bruttoertrag des Betriebs von Fr. 48'000. -- als Einkommen aus Landwirtschaft angesehen, statt davon zuerst den Betriebsaufwand abzuziehen, ist gerechtfertigt und die entsprechende Feststellung des Verwaltungsgerichts offensichtlich unrichtig. Fr. 48'000. -- können die Existenz des Beschwerdegegners (bzw. einer Betriebsleiterfamilie) offensichtlich nicht überwiegend sicherstellen, wenn der Aufwand für die Erwirtschaftung dieses Ertrags nach der Erfolgsrechnung von 1998 Fr. 36'546. 90 betrug und nach derselben Rechnung nur ein Nettoertrag von Fr. 16'098. 15 resultierte. Das Verwaltungsgericht durfte daher nur annehmen, der Betrieb des Beschwerdegegners sei existenzfähig, wenn seine Eventualerwägung zutrifft, dass es bei der Beurteilung, ob ein existenzfähiger Betrieb vorliege, einzig auf den Arbeitsaufwand ankomme und das daraus resultierende Einkommen keine Rolle spiele.
Zugunsten seiner Auffassung führt das Verwaltungsgericht an, der Bundesrat habe in <ref-law> für die Definition eines landwirtschaftlichen Gewerbes auch darauf abstellen wollen, ob dieses mindestens die Erwirtschaftung der Hälfte des Einkommens einer bäuerlichen Durchschnittsfamilie ermögliche. Diese zur benötigten Arbeitskraft kumulative Anforderung hat das Parlament gerade im Hinblick auf das im Berggebiet unterdurchschnittliche Einkommen pro Arbeitstag gestrichen (vgl. Botschaft zum BGBB, BBl 1988 III 1111; AB 1990 S S. 218-223; AB 1991 N S. 107; Eduard Hofer, in: Das bäuerliche Bodenrecht, Kommentar zum Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991, 1995, Art. 7 N. 45). Bodenrechtliche und raumplanungsrechtliche Verfahren sind zu koordinieren (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 180), und im Raumplanungsrecht ist die bodenrechtliche Begriffsumschreibung des landwirtschaftlichen Gewerbes zu berücksichtigen (vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 313). Daher rechtfertigt es sich, Betriebe, welche der Gesetzgeber durch das Bodenrecht schützen wollte, die Zonenkonformität nicht bloss deshalb abzusprechen, weil sie eine Anforderung nicht erfüllen, auf die der Gesetzgeber im Bodenrecht ausdrücklich verzichten wollte. Raumplanungs- wie Bodenrecht haben zum Ziel, dass auch in Berggebieten nachhaltige Landwirtschaft betrieben werden kann, obwohl das dortige Land dafür weniger geeignet ist, dessen Nutzung daher aufwendiger und weniger ertragreich ist (vgl. Art. 16 Abs. 1 lit. b RPG). Da ein öffentliches Interesse an der Nutzung dieses Landes besteht, müssen dafür notwendige Wohnbauten auch dann bewilligt werden, wenn der Ertrag des Betriebs der Bewirtschafterfamilie nicht die Hälfte des benötigten Einkommens verschafft, solange diese mehr als die Hälfte ihrer Arbeitskraft in den Betrieb investiert (vgl. auch Peter Markus Keller, Neubauten in der Landwirtschaftszone, 1987, S. 88 ff.; Valérie Scheuchzer, La construction agricole en zone agricole, 1992, S. 104 f.). Dass der Beschwerdegegner den Rest seines Einkommens aus einer IV-Rente bezieht, spielt keine Rolle, da in der Landwirtschaftszone auch Wohnraum für teilinvalide Mitarbeiter zulässig ist (Heinz Aemisegger, Rechtsprobleme der landwirtschaftlichen Nutzung, in: Rechtsfragen der Nutzungsordnung in der Raumplanung, 1986, S. 53).
c) Im Ergebnis ist somit die Annahme des Verwaltungsgerichts nicht zu beanstanden, dass der Betrieb des Beschwerdegegners ein zonenkonformer Betrieb sei, für den in der Landwirtschaftszone Wohnraum erstellt werden dürfe, wenn dies für dessen Bewirtschaftung notwendig sei. 5.- Die Regierung macht schliesslich geltend, überwiegende raumplanerische Interessen stünden in jedem Fall der geplanten Baute entgegen. Diese stünde zunächst nur 140 m von einer Erhaltungszone entfernt. Das Verwaltungsgericht und der Beschwerdegegner wenden zu Recht ein, der Erhaltungszonen reglementierende Art. 58 des Baugesetzes der Gemeinde Churwalden vom 24. Juni 1998 könne nicht dahingehend verstanden werden, dass er auch die Bautätigkeit ausserhalb einer solchen Zone verhindere. Ausserdem hat das Verwaltungsgericht auf Grund seines Augenscheins festgestellt, dass die geplante Baute deutlich von der Erhaltungszone getrennt erscheine und kaum als landschaftlich störender Fremdkörper wahrgenommen werden könne. Die Regierung bringt nichts vor, was diese Feststellung als offensichtlich unrichtig erscheinen liesse. Die Regierung befürchtet weiterhin, dass die geplante Baute weitere Baugesuche zur Folge haben werde und den Erschliessungsdruck in Salez erhöhen würde. Auch weitere Bauten müssten jedoch betriebsnotwendig sein. Wenn sie es wären, wären sie nicht unerwünscht, sondern zonenkonform. Auch kann der Beschwerdegegner in einem künftigen Verfahren auf sein Vorbringen behaftet werden, er bedürfe keiner zusätzlicher Ställe, sondern könne alle seine Tiere in den bestehenden beiden Ställen unterbringen. Da die Gemeinde im Zusammenhang mit dem umstrittenen Baugesuch ausdrücklich festgehalten hat, dass kein Anspruch auf eine Erschliessung bestünde, ist nicht ersichtlich, warum eine Baubewilligung den Erschliessungsdruck erhöhen würde.
6.- Zusammenfassend ist die Beschwerde entsprechend dem Eventualbegehren der Beschwerdeführerin gutzuheissen. Die Streitsache ist an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen, damit es die Tatsachen feststellt, die ihm erlauben zu beurteilen, ob die vom Beschwerdegegner betriebene biologische Schafhaltung objektiv dessen dauernde oder mehrmals tägliche Anwesenheit bei seinen Schafen bedingt. Auch wenn dies der Fall ist, muss auf Grund eines vollständigen Betriebskonzepts des Beschwerdegegners entschieden werden, ob eine ganzjährige und auf den gesamten Betrieb bezogene Betrachtung der vom Beschwerdegegner zurückzulegenden Arbeitswege einen Wohnbau in Salez als erheblich vorteilhafter erscheinen lassen als einen solchen in der Bauzone. Nur wenn dies der Fall ist, kann die geplante Baute als betriebsnotwendige bewilligt werden. Bei einem solchen Ergebnis kann das Verwaltungsgericht auch sicherstellen, dass geeignete Auflagen und Bedingungen, wie etwa ein Abparzellierungsverbot in die Baubewilligung aufgenommen werden, die Missbräuche verhindern (<ref-ruling> E. 5g S. 316 mit Hinweis). Eine in diesem engen Rahmen und unter den im vorliegenden Entscheid umschriebenen Voraussetzungen erteilte Bewilligung hätte nicht die von Regierung und Bundesamt befürchtete Präjudizwirkung.
Da die Regierung mit ihrem Hauptbegehren und den meisten ihrer Rügen unterliegt, rechtfertigt es sich, keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 156 Abs. 1, 2 und 3 OG). Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (Art. 159 Abs. 1, 2 und 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 8. Juli 1999 wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Churwalden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden (Kammer 4) sowie dem Bundesamt für Raumplanung schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 11. April 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: