Reduktion der Pflegeplätze, hat sich ergeben:
A.- H.F._ betreibt seit dem Jahre 1978 in X._ eine Kinderkrippe. Die Kinder der Beschwerdeführer 1, nämlich die Beschwerdeführer 2, besuchen zur Zeit diese Kinderkrippe. Am 12. September 2000 begrenzte die Vormundschaftsbehörde X._ das zulässige Platzangebot auf 12 Kinder und machte der Kinderkrippe F._ weitere Auflagen.
Gegen diese Verfügung erhoben sowohl die Eltern als auch die Kinder Rekurs beim Bezirksrat Meilen. Am 3. Oktober 2000 stellte der Bezirksrat fest, die Kinder seien wegen ihres Alters nicht prozessfähig. An ihre Stelle träten deshalb die Eltern. Am 1. März 2001 beschloss der Bezirksrat, auf die Beschwerde der Eltern werde nicht eingetreten, weil diese zur Beschwerde nicht legitimiert seien. Er wies zudem darauf hin, dass H.F._ ihrerseits Beschwerde erhoben habe und ihre Rechte im Verfahren uneingeschränkt geltend machen könne und dies auch tue. Dieses Verfahren wurde am 22. März 2001 sistiert.
Auf den Rekurs der Kinder vom 19. März 2001 trat die II. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Zürich am 4. April 2001 nicht ein, weil dieser verspätet sei; denjenigen der Eltern wies das Gericht gleichentags ab. Zur Begründung führte es an, die Vorinstanz habe die Legitimation mit Recht verneint.
B.- Mit Eingabe vom 7. Mai 2001 haben sowohl die Eltern, als auch die Kinder Verwaltungsgerichtsbeschwerde und staatsrechtliche Beschwerde erhoben. Sie verlangen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach Art. 97 Abs. 1 OG beurteilt das Bundesgericht letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG). Als Verfügung gelten nach dieser Bestimmung Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und unter anderem die Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten zum Gegenstand haben (<ref-law>) oder aber das Bestehen, Nichtbestehen oder den Umfang von Rechten oder Pflichten feststellen (<ref-law>).
a) Die vorliegende Streitsache beschlägt den Bereich der Pflegekinderaufsicht gemäss <ref-law>. Nach dieser Bestimmung bedarf, wer Pflegekinder aufnimmt, einer Bewilligung der Vormundschaftsbehörde (Abs. 1). Der Bundesrat hat zudem Ausführungsvorschriften zu erlassen (Abs. 2). Dieser Aufgabe ist er mit der Verordnung vom 19. Oktober 1977 über die Aufnahme von Pflegekindern (PAVO; SR 211. 222.338) nachgekommen.
Nach <ref-law> bedarf insbesondere der Betrieb von Einrichtungen einer Bewilligung, die dazu bestimmt sind, mehrere Kinder unter zwölf Jahren regelmässig tagsüber zur Betreuung aufzunehmen (Kinderkrippen, Kinderhorte und dergleichen). Die Anforderungen an das Bewilligungsgesuch und die Voraussetzungen der Bewilligung sind in den Art. 14 und 15 PAVO geregelt. Der Regierungsrat des Kantons Zürich hat gestützt auf die Art. 1 und 13 ff. PAVO am 6. Mai 1998 zudem die Verordnung über die Bewilligung von Kinder- und Jugendheimen, Kinderkrippen und Kinderhorten erlassen und in § 2 Abs. 3 die Erziehungsdirektion beauftragt, über die Bewilligungsvoraussetzungen und den Betrieb von Kinderkrippen und Kinderhorten ergänzende Richtlinien zu erlassen. Die Erziehungsdirektion des Kantons Zürich hat am 30. Juni 1998 die sog. Richtlinien über die Bewilligung von Kinderkrippen erlassen.
b) Obwohl die Pflegekinderaufsicht ihre grundsätzliche Regelung im Rahmen des Bundeszivilrechts erfahren hat, handelt es sich bei den einschlägigen Bestimmungen und den gestützt darauf ergangenen Ausführungsvorschriften in materieller Hinsicht um öffentliches Recht. Die Rechtsprechung hat überdies erkannt, dass Verfügungen betreffend die Bewilligung zur Aufnahme von Pflegekindern von der Ausschlussbestimmung gemäss Art. 100 lit. g OG nicht erfasst werden und somit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht unterliegen (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling>). Auch die vorliegende Streitsache betrifft zumindest mittelbar die Voraussetzungen der Erteilung oder des Entzugs der behördlichen Bewilligung gemäss <ref-law>. Deshalb ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde grundsätzlich zulässig.
c) Die angefochtene Verfügung stützt sich jedoch zumindest teilweise auch auf kantonales Recht. Trotz dieses Umstandes steht indessen einem Eintreten auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nichts entgegen, da diese in ihrem Sachbereich und kraft Sachzusammenhangs auch die Funktion der staatsrechtlichen Beschwerde übernimmt. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher das zulässige Rechtsmittel.
2.-a) Das Obergericht ist auf den Rekurs der Kinder nicht eingetreten, weil dieser verspätet war. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde fehlen Ausführungen darüber, weshalb dieser Nichteintretensentscheid zu Unrecht erfolgt sein soll.
Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Kinder kann mangels hinreichender Begründung nicht eingetreten werden (Art. 108 Abs. 2 OG).
b) Den Rekurs der Eltern hat das Obergericht gleichentags abgewiesen mit der Begründung, die Vorinstanz habe die Legitimation der Eltern zur Beschwerdeführung mit Recht verneint. Gegenstand des Verwaltungsgerichtsverfahrens ist demnach ausschliesslich die verfahrensrechtliche Frage, ob das Obergericht den Nichteintretensentscheid seiner Vorinstanz schützen durfte. Die Eltern sind zur Erhebung dieser formellen Rüge befugt. Sie haben ein schutzwürdiges Interesse an der Prüfung der Frage, ob die kantonalen Behörden einen materiellen Entscheid verweigern durften (Art. 103 lit. a OG).
3.-a) Gemäss <ref-law> kann gegen die Handlungen des Vormunds der Bevormundete, der urteilsfähig ist, sowie jedermann, der ein Interesse hat, bei der Vormundschaftsbehörde Beschwerde führen. Im vorliegenden Fall ist nicht eine Handlung des Vormunds Gegenstand des erstinstanzlichen Verfahrens, sondern ein Entscheid der Vormundschaftsbehörde, so dass <ref-law> nicht zur Anwendung gelangt.
b) Gegen die Beschlüsse der Vormundschaftsbehörde kann binnen zehn Tagen nach deren Mitteilung bei der Aufsichtsbehörde Beschwerde geführt werden. Die Beschwerdelegitimation bestimmt sich auch in diesem Fall nach Bundesrecht (Thomas Geiser, Basler Kommentar, N. 26 zu <ref-law>).
Das bedeutet, dass jedermann Beschwerde führen kann, der ein Interesse hat. Im vorliegenden Fall ist nicht ein nach Vormundschaftsrecht Betreuter Adressat der erstinstanzlichen Verfügung. Entsprechend sind nicht unbesehen die von der Lehre und Rechtsprechung entwickelten Grundsätze zur Beschwerdelegitimation anwendbar, wonach in erster Linie das Mündel bzw. die verbeiständete oder verbeiratete oder von einem Entscheid über eine FFE betroffene Person beschwerdebefugt ist und Dritte, sofern sie Mündelinteressen oder auch eigene Rechte oder Interessen mit ihrem Eingreifen wahrnehmen wollen (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 3; <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 2 S. 174; Hans Michael Riemer, Grundriss des Vormundschaftsrechts, Bern 1997, S. 95; Thomas Geiser, a.a.O., N. 26 ff. zu <ref-law> ; Deschenaux/Steinauer, Personnes physiques et tutelle, 4. Auflage Bern 2001, N. 1013 ff.).
c) Vielmehr ist ein öffentlichrechtliches Bewilligungsverfahren für eine Kinderkrippe hängig. Partei in diesem Verfahren ist die Bewilligungsnehmerin H.F._. Sie ist ohne weiteres befugt, gegen die Bewilligungsverweigerung oder gegen Auflagen und Bedingungen Beschwerde zu führen. Sie hat dies auch getan. Das von ihr anhängig gemachte Beschwerdeverfahren ist aber bis zum Abschluss des vorliegenden Verfahrens sistiert worden. Demgegenüber sind die Eltern der die Krippe besuchenden Kinder am Bewilligungsverfahren nicht beteiligt.
Sie sind Dritte. Es ist bei dieser Ausgangslage naheliegend, die Frage, ob Dritten ein hinreichendes Interesse an der selbständigen Beschwerdeführung zuerkannt werden kann, in diesem öffentlichrechtlichen Bereich nach den Grundsätzen zu beurteilen, welche für die Legitimation zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde gelten. Dies verlangt das Gebot der Harmonisierung bundesrechtlicher Vorschriften, zumal das OG jünger ist als das ZGB und zudem vermieden werden sollte, dass die Legitimationsvoraussetzungen vor den oberen Instanzen weiter sind als vor den unteren Instanzen.
d) Nach Art. 103 lit. a OG ist zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde berechtigt, wer durch die angefochtene Verfügung berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat. Die Rechtsprechung betrachtet als schutzwürdiges Interesse im Sinne von Art. 103 lit. a OG jedes praktische oder rechtliche Interesse, welches eine von einer Verfügung betroffene Person an deren Änderung oder Aufhebung geltend machen kann. Das schutzwürdige Interesse besteht somit im praktischen Nutzen, den die Gutheissung der Beschwerde dem Verfügungsadressaten verschaffen würde, oder - anders ausgedrückt - im Umstand, einen Nachteil wirtschaftlicher, ideeller, materieller oder anderweitiger Natur zu vermeiden, welchen die angefochtene Verfügung mit sich bringen würde. Das rechtliche oder auch bloss tatsächliche Interesse braucht somit mit dem Interesse, das durch die vom Beschwerdeführer als verletzt bezeichnete Norm geschützt wird, nicht übereinzustimmen. Immerhin wird verlangt, dass der Beschwerdeführer durch die angefochtene Verfügung stärker als jedermann betroffen sei und in einer besonderen, beachtenswerten, nahen Beziehung zur Streitsache stehe (<ref-ruling> E. 5a, 310 E. 3b S. 316; <ref-ruling> E. 2).
e) Die Eltern stehen in einem privatrechtlichen Verhältnis zur Kinderkrippe. Sie haben ihre Kinder aufgrund einer individuellen Vereinbarung der Krippe anvertraut. Sie sind mit der Betreuung zufrieden und möchten vermeiden, dass die Beschränkung der Kinderzahl für Einzelne zum Verlust des Krippenplatzes führt. Dies ist aber die zwingende Folge einer Reduktion. Weil nach dieser Massnahme mehr Angestellte pro Kind zur Verfügung stehen, werden die übrig bleibenden Krippenplätze teurer. Da es sich um die einzige Krippe am Ort handelt, haben die Eltern auch nicht beliebig die Möglichkeit, die Kinder anderweitig zu platzieren. Es kann bei dieser Sachlage nicht gesagt werden, die Eltern seien durch die angefochtene Verfügung nicht berührt und hätten kein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung.
Dieses Interesse ist auch nicht virtuell, wie die Vorinstanzen meinen. Vielmehr trifft die Beschränkung der Platzzahl alle Eltern von Kindern, welche die Krippe gegenwärtig besuchen und in Zukunft weiterhin besuchen wollen, indem sie durch den Vollzug des angefochtenen Beschlusses entweder den Krippenplatz verlieren oder dieser verteuert wird. Der Entscheid der kantonalen Behörden, auf die Beschwerde der Eltern nicht einzutreten, bzw. die Beschwerde gegen den Nichteintretensentscheid abzuweisen, verletzt daher Bundesrecht und ist aufzuheben.
4.-Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Beschwerde wird als Verwaltungsgerichtsbeschwerde entgegengenommen.
2.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf eingetreten werden kann; der Beschluss des Obergerichts (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich vom 4. April 2001 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.
4.- Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
5.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich und dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 6. August 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: