Fatti:
A.
Nell'ambito del progetto della nuova linea ferroviaria transalpina concernente l'asse del San Gottardo, il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) ha approvato il 13 febbraio 2003 i piani relativi alla gestione del materiale riguardante la zona del portale di Bodio della galleria di base. Il progetto contemplava in particolare la formazione di un deposito intermedio per il materiale grezzo denominato "Pollegio 1".
B.
A._ è proprietario del fondo part. www di Pollegio, situato nelle vicinanze del cantiere e su cui sorge una casa di abitazione. In seguito all'avvio dei lavori e dopo essersi rivolto a più riprese ad AlpTransit San Gottardo SA (AlpTransit) per lamentarsi dei disagi causati dai lavori, con istanza del 24 luglio 2003 ha chiesto alla Commissione federale di stima (CFS) l'apertura di una procedura espropriativa e ha notificato una pretesa di indennità di fr. 700'000.--, oltre interessi.
C.
Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, a dipendenza delle aumentate esigenze di deposito di materiale, nel 2004 l'impresa ferroviaria ha sottoposto per approvazione all'autorità federale la modifica di progetto "Deposito intermedio Pollegio 2", che prevedeva la realizzazione di un'ulteriore area di stoccaggio di 215'000 t sui fondi part. xxx, yyy e zzz di Pollegio. A._ si è opposto al progetto di pubblicazione, notificando pretese per le immissioni eccessive provocate dal nuovo deposito. Con decisione del 7 marzo 2006, il DATEC ha approvato i piani, imponendo ad AlpTransit una serie di oneri.
D.
Dopo ulteriori atti e dopo avere ammesso con decisione parziale del 14 giugno 2010 la tempestività delle pretese notificate il 24 luglio 2003, con decisione del 28 giugno 2011 la CFS ha riconosciuto ad A._ un'indennità di fr. 62'801.--, oltre interessi, per le immissioni eccessive provocate dal cantiere di Bodio sul fondo part. www di Pollegio dal 1° ottobre 2002 al 31 dicembre 2010. Gli ha inoltre riconosciuto un indennizzo di fr. 9'652.-- per le future immissioni eccessive per il periodo dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2012.
E.
Con sentenza del 23 maggio 2013, la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF) ha respinto un ricorso presentato da AlpTransit contro la decisione della CFS, confermando sia il carattere eccessivo delle immissioni, e quindi il riconoscimento di principio di un'indennità, sia l'ammontare di quest'ultima.
F.
AlpTransit impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di riformarla nel senso di negare al proprietario un'indennità espropriativa. In via subordinata, chiede che l'ammontare dell'indennità sia stabilito dal Tribunale federale secondo il suo libero apprezzamento, rispettivamente che la causa sia rinviata all'istanza inferiore per un nuovo giudizio. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 8 cpv. 1, 9 e 29 cpv. 2 Cost.
G.
Il TAF comunica di rinunciare a presentare osservazioni. Pure la CFS comunica di non presentare una risposta, osservando nondimeno, con riferimento alla censura di violazione del principio della parità di trattamento, che in materia di immissioni di cantiere confronti con altri casi sarebbero problematici. L'opponente chiede di respingere il gravame e di confermare la sentenza impugnata.

Diritto:
1.
Contro una decisione del TAF in materia di espropriazione è data, in virtù dell'<ref-law> (RS 711), la via del ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale ai sensi degli art. 82 segg. LTF. Il gravame è tempestivo (<ref-law>) e la ricorrente è legittimata a ricorrere (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>).
2.
2.1. Secondo la ricorrente, il TAF avrebbe violato il suo diritto di essere sentita, poiché, riguardo all'esistenza di immissioni eccessive, si sarebbe limitato ad elencare i criteri di valutazione esposti in <ref-ruling> ed a riportare il contenuto della decisione della CFS, omettendo tuttavia di operare una propria sussunzione, in particolare spiegando le ragioni per cui le prove agli atti permettevano di ritenere adempiute le condizioni dell'<ref-law> e della relativa giurisprudenza. La ricorrente rimprovera al TAF di non essersi confrontato con le argomentazioni da lei sollevate e di avere ripreso acriticamente la valutazione della CFS riguardo alla situazione esistente prima dell'apertura del cantiere. Gli addebita inoltre di non essere entrato nel merito delle contestazioni relative alle differenze del caso in esame rispetto a quello oggetto della <ref-ruling>.
2.2. Il diritto di essere sentito, sancito dall'<ref-law>, esige che l'autorità si confronti con le censure dell'interessato e le esamini seriamente, dando atto di questo esame nella sua decisione. La garanzia impone quindi all'autorità di motivare il suo giudizio. La motivazione è sufficiente quando l'interessato possa afferrare la portata della decisione ed impugnarla con cognizione di causa. L'autorità deve quindi almeno succintamente esporre le argomentazioni su cui si è fondata; non occorre invece che esamini espressamente ogni allegazione in fatto e in diritto sollevata, potendosi limitare ai punti rilevanti per il giudizio (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 5.2).
2.3. La precedente istanza ha esposto la giurisprudenza del Tribunale federale in materia di espropriazione dei diritti di vicinato relativamente alle immissioni eccessive dei cantieri ed ha indicato i motivi per cui ha ritenuto la decisione della CFS conforme al diritto. Il TAF ha in particolare rilevato che occorreva tenere conto della durata importante del cantiere (oltre 10 anni), della situazione del comparto, con la predominanza di vento da nord, che favoriva il trasporto della polvere, della distanza ridotta (circa 100-150 m) dell'abitazione dell'espropriato dal cantiere e dai depositi di materiale. Ha inoltre tenuto conto dei frequenti passaggi degli autocarri per il trasporto di materiale presso la rotonda situata nelle vicinanze, della documentazione fotografica, da cui risultavano nuvole di polvere incompatibili con la zona residenziale, nonché dei rapporti sulle concentrazioni di polveri grossolane e fini, che attestavano superamenti dei rispettivi valori limite giornalieri. I precedenti giudici hanno esplicitamente richiamato la citata sentenza di questa Corte relativa al cantiere di Faido-Polmengo (<ref-ruling>) ed hanno rilevato che la CFS aveva rettamente seguito i criteri esposti in quel giudizio sia riguardo alla valutazione delle immissioni sia per quanto concerne il calcolo dell'indennità. In tali circostanze, il TAF si è quindi espresso sui punti rilevanti per il giudizio, esponendo i motivi per cui ha ritenuto eccessive le immissioni provenienti dal cantiere AlpTransit di Pollegio. Il fatto che abbia sostanzialmente ripreso, confermandole, le argomentazioni della CFS non costituisce di per sé una violazione del diritto di essere sentito della ricorrente. È infatti determinante che il TAF si sia pronunciato sugli aspetti rilevanti sotto il profilo del diritto espropriativo e che la ricorrente abbia potuto afferrare la portata della decisione. Ciò si è senz'altro realizzato in concreto, ove si consideri che la ricorrente ha contestato in questa sede la sentenza del TAF sotto più aspetti.
3.
3.1. La ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nell'apprezzamento delle prove, ritenendo errata la constatazione secondo cui il fondo dell'espropriato era precedentemente situato in una zona "tranquilla". Rimprovera poi al TAF di non avere considerato che, seppur esteso su diversi chilometri e di notevoli dimensioni, solo una piccola parte del cantiere interesserebbe il comparto in cui è ubicata l'abitazione dell'opponente. Sostiene altresì che i precedenti giudici non avrebbero tenuto conto delle diverse fasi di attività e di sviluppo del cantiere sull'arco della sua durata complessiva: in particolare, le emissioni sarebbero state intense soprattutto nella fase iniziale di installazione del cantiere, tra gli anni 1999 e 2002, mentre il periodo successivo sarebbe stato caratterizzato da un'attività regolare di trasporto e di deposito di materiale costantemente monitorata. La ricorrente adduce che il TAF avrebbe trascurato che il vento da nord è una circostanza abituale in quella località ed avrebbe comunque comportato una propagazione di polvere, anche per il fatto che il fondo dell'opponente è ubicato nelle immediate vicinanze di un comparto agricolo, dell'autostrada e della ferrovia. A suo dire, sempre con riferimento alla presenza di polvere, l'istanza inferiore avrebbe anche omesso di considerare l'impatto delle cave situate qualche chilometro più a sud. Secondo la ricorrente, il TAF avrebbe poi dato un'importanza eccessiva sia alle fotografie prodotte dall'espropriato, che attesterebbero semplicemente una presenza momentanea di polvere, sia ai rapporti ambientali, che comprenderebbero l'intero settore di Biasca, compreso quindi il deposito della "Buzza" qui non in discussione, e dimostrerebbero solo superamenti episodici dei valori limite relativi alle polveri. Né sarebbe stata considerata la struttura del cantiere e l'ubicazione dei singoli punti di rilevamento delle polveri. La ricorrente sostiene inoltre che la perizia della SUPSI sull'impatto ambientale delle emissioni di PM10 prodotte dal cantiere non sarebbe stata valutata correttamente, giacché risulterebbe che oltre la metà dei superamenti dei relativi valori limite sarebbe riconducibile alla situazione generale delle polveri fini nel Cantone Ticino. Adduce infine che il numero di viaggi giornalieri per il trasporto di materiale (da 30 a 50 viaggi al giorno con punte fino a 100) sarebbe unicamente una stima eseguita dai suoi ingegneri progettisti, mentre il numero effettivo dei trasporti non sarebbe stato dimostrato dall'espropriato.
3.2. Dopo l'entrata in vigore della LTF, il 1° gennaio 2007, il libero esame delle decisioni della CFS spetta al TAF. In materia di espropriazione federale il Tribunale federale statuisce ora quale seconda istanza di ricorso ed il suo potere di esame è di principio limitato al controllo dell'applicazione del diritto (<ref-law>). In virtù degli art. 97 e 105 LTF, l'accertamento dei fatti è vagliato dal Tribunale federale unicamente sotto il profilo dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 6.1). Per essere manifestamente inesatto, e quindi arbitrario, l'accertamento deve risultare chiaramente insostenibile, in evidente contrasto con la fattispecie, fondato su una svista manifesta o contraddire in modo urtante il sentimento di giustizia e di equità (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3.1, 8 consid. 2.1 e rinvii). Il Tribunale federale dà inoltre prova di riserbo quando sono in discussione questioni tecniche per le quali la CFS, composta di membri specializzati (<ref-law>), dispone di conoscenze specifiche (<ref-ruling> consid. 3.1 e 6.4).
3.3. La ricorrente critica il giudizio impugnato esponendo semplicemente una sua diversa opinione, tendente in sostanza a sminuire gli effetti causati dal cantiere ed i pregiudizi alla proprietà dell'opponente. Con tali argomentazioni, di natura in gran parte appellatoria, non dimostra tuttavia l'arbitrio degli accertamenti e delle valutazioni alla base della sentenza del TAF. Per motivare l'arbitrio non basta infatti criticare semplicemente la decisione impugnata contrapponendole una versione propria, ma occorre dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove sono manifestamente insostenibili, si trovano in chiaro contrasto con la fattispecie, si fondano su una svista manifesta o contraddicono in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 7.1 e rinvii). Nella misura in cui non adempie le esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF il gravame è di conseguenza inammissibile. Limitandosi in particolare ad addurre che la zona in cui si trova il fondo dell'opponente non avrebbe potuto essere definita "tranquilla" prima dell'apertura del cantiere, siccome sarebbe ubicata vicino alla strada cantonale, all'autostrada, alla linea ferroviaria e ad un'azienda agricola, la ricorrente non censura d'arbitrio l'accertamento, vincolante per il Tribunale federale (<ref-law>), secondo cui il fondo è comunque inserito in una zona residenziale.
D'altra parte, contrariamente a quanto sostiene la ricorrente, il TAF non si è fondato soltanto sulle notevoli dimensioni del cantiere e sulla sua lunga durata, ma ha tenuto conto degli effetti concreti sulla proprietà dell'opponente. Si è in particolare pure basato sui riscontri oggettivi riguardo alle polveri grossolane e fini rilevate, sulla situazione e le caratteristiche dei luoghi e delle installazioni e sulla frequenza dei passaggi di autoveicoli pesanti adibiti al trasporto del materiale. Laddove la ricorrente rimprovera al TAF di non avere considerato che le emissioni del cantiere sarebbero state più intense nella fase di installazione tra il 1999 e il 2002, disattende che le pretese oggetto della procedura in esame riguardano il periodo dal 1° ottobre 2002 al 31 dicembre 2012.
La ricorrente sostiene che il TAF avrebbe omesso di considerare che il vento da nord è un fenomeno abituale nella zona interessata, così come la presenza costante di polvere proveniente dai terreni agricoli e dalle cave situate più a sud. È tuttavia in modo scevro di arbitrio che la precedente istanza ha ricondotto al cantiere un aumento della polvere favorita anche dalle raffiche di vento da nord. Il Tribunale federale ha infatti già avuto modo di precisare che l'incremento delle immissioni moleste per effetto del vento e del tempo secco deve essere ricollegato all'esercizio del cantiere (<ref-ruling> consid. 5.2). A prescindere dalla presenza ordinaria di polvere proveniente da altre fonti, si può sostenibilmente ritenere che l'attività di trasporto, deposito e gestione del materiale di scavo dell'impresa ferroviaria, per la sua intensità ed ampiezza su un periodo rilevante (10 anni), ha comunque provocato un aumento non trascurabile delle immissioni di polvere rispetto al carico ordinario. Contrariamente a quanto sembra sostenere la ricorrente, il TAF non si è d'altra parte fondato solo su alcune fotografie che illustrano la presenza di polvere in determinati momenti, ma ha eseguito una valutazione complessiva della fattispecie, tenendo conto in particolare dei rapporti del generalista ambientale. Sulla base di questi rapporti, il TAF ha rettamente accertato un considerevole carico di polveri grossolane riconducibili al cantiere, nonostante i pochi superamenti del valore limite d'immissione di 200 mg/m2 al giorno (cfr. allegato 7 OIAt). Certo, tali rapporti si estendono all'intero comparto di Biasca, ma specificano i singoli punti di misurazione ed indicano quindi in modo esplicito anche i risultati dei rilevamenti effettuati a Pollegio, nei pressi del fondo dell'espropriato.
Le precedenti istanze neppure hanno valutato in modo arbitrario la perizia della SUPSI sull'impatto ambientale delle emissioni di PM10 prodotte dal cantiere. La CFS ha infatti riconosciuto che, alla luce della giurisprudenza relativa al cantiere di Faido-Polmengo (cfr. <ref-ruling> consid. 5.3), i superamenti del valore limite giornaliero rilevati andavano relativizzati. Ha nondimeno accertato, in modo conforme agli atti, che gli esperti hanno rilevato maggiori concentrazioni di polveri fini a Pollegio, verosimilmente riconducibili ai trasporti del materiale (cfr. perizia, pag. 6 e 23). Nell'ambito di una valutazione complessiva delle immissioni provocate dal cantiere è quindi in modo sostenibile che le precedenti istanze hanno tenuto conto anche di un incremento delle concentrazioni di polveri fini, ove si consideri che i valori rilevati a Pollegio sono stati mediamente superiori rispetto a quelli misurati nei vicini Comuni di Biasca e Bodio.
La ricorrente riconosce poi che il TAF ha correttamente rilevato che la frequenza dei trasporti di materiale mediante veicoli pesanti sulla vicina rotonda è stata stimata dall'impresa ferroviaria stessa in 30-50 passaggi giornalieri, con punte fino a 100. Ribadisce che si tratta tuttavia di una semplice stima volta a garantire la completezza dei piani di pubblicazione e sostiene che, in mancanza di specifici accertamenti sul numero effettivo dei trasporti, sarebbe arbitrario fondarsi su tali dati per valutare la natura eccessiva delle immissioni. A torto. Premesso che i dati esposti dal TAF corrispondono a quelli indicati dalla ricorrente medesima e sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>), pur trattandosi di una stima non è manifestamente insostenibile richiamarli con riferimento all'ubicazione dell'abitazione interessata, situata nei pressi della rotonda di accesso al cantiere, alla quantità di polveri grossolane rilevate e all'ampiezza del deposito. Anche volendo fare astrazione dalle punte massime indicate, gli effetti sul fondo dell'opponente del traffico legato al cantiere, e segnatamente al trasporto di materiale, non possono certamente essere ritenuti trascurabili, ove solo si considerino la sua durata e le sue dimensioni.
Nelle esposte circostanze, le critiche ricorsuali, per quanto ammissibili, risultano infondate.
4.
4.1. La ricorrente lamenta una disparità di trattamento rispetto al caso concernente il cantiere di Faido-Polmengo oggetto della sentenza pubblicata in <ref-ruling>. Rileva che in concreto è stata riconosciuta all'espropriato una diminuzione del reddito del 20 % per i primi cinque anni (recte: sette anni e tre mesi) e del 10 % per i tre anni successivi di durata del cantiere, mentre nel giudizio citato il Tribunale federale aveva stabilito una diminuzione di 1/3 in presenza di più fonti d'immissione. Chiede che nella fattispecie la diminuzione del reddito sia ulteriormente ridotta tenendo conto delle minori immissioni del cantiere di Pollegio rispetto a quelle di Faido-Polmengo e della migliore ubicazione della particella dell'espropriato rispetto allo stesso.
4.2. Il principio della parità di trattamento, disciplinato dall'<ref-law>, impone di trattare in modo identico ciò che è simile e in modo diverso ciò che non lo è (cfr. <ref-ruling> consid. 3.6 e rinvii). In materia espropriativa, il principio esige segnatamente che non ci siano differenze di trattamento ingiustificate tra gli espropriati. L'applicazione ad ogni espropriato delle stesse regole d'indennizzo dovrebbe di massima assicurare il rispetto di questo principio. L'indennità è comunque fissata sulla base del danno nel singolo caso e dipende quindi dalla situazione particolare di ogni espropriato. Rimane al riguardo determinante il rispetto del principio della piena indennità (cfr. Raphaël Eggs, Les "autres préjudices" de l'expropriation, 2013, n. 273 e 274).
La ricorrente fonda essenzialmente la censura sulle minori fonti di immissione del cantiere di Pollegio rispetto a quello di Faido-Polmengo e sull'ubicazione più favorevole della particella dell'opponente per rapporto all'impianto. Il citato caso di Faido-Polmengo concerneva, oltre a disagi provocati dalle polveri, pure rumori e vibrazioni. Come per Pollegio, anche a Faido-Polmengo la fonte di maggior disturbo era comunque costituita dalla polvere grossolana, ritenuto che il cantiere era essenzialmente incentrato sulla gestione, la lavorazione e il trasporto del materiale di estrazione della galleria (cfr. <ref-ruling> consid. 5.3). In ogni caso è determinante che nella fattispecie la CFS abbia riconosciuto all'espropriato il risarcimento del danno subito sulla base della situazione concreta, applicando i criteri stabiliti dal Tribunale federale in materia di indennità per immissioni eccessive provocate dai cantieri. Alla CFS, nella cui composizione figuravano membri con conoscenze specifiche, spettava inoltre un margine di apprezzamento sulla questione, tecnica, relativa alla diminuzione di reddito. Le percentuali di riduzione del 20 %, rispettivamente del 10 %, ritenute nella fattispecie, sono del resto inferiori in misura significativa rispetto a quanto stabilito da questa Corte nel citato caso del cantiere di Faido-Polmengo e considerano quindi che la proprietà dell'opponente si trova in una situazione tutto sommato più favorevole sotto il profilo delle immissioni. Nelle esposte circostanze, non vi sono quindi motivi per ritenere abusiva la percentuale di diminuzione del reddito stabilita dalla CFS, che si è rettamente basata sui criteri stabiliti dal Tribunale federale. Peraltro, limitandosi ad invocare una pretesa disparità di trattamento, la ricorrente non si confronta con i valori considerati dalle istanze inferiori e con l'ammontare dell'indennità concretamente fissata.
5.
La ricorrente sostiene infine che all'espropriato non dovrebbero essere riconosciuti né un indennizzo per la pulizia supplementare dell'immobile, ubicato in una situazione già sfavorevole per quanto concerne la presenza di immissioni, né interessi sull'indennità espropriativa, avendo l'espropriato potuto comunque utilizzare l'immobile come in assenza delle immissioni eccessive.
A torto. Invocando genericamente la situazione già sfavorevole della proprietà, la ricorrente trascura i fatti accertati dall'istanza inferiore, vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>), che attestano un aumento significativo della polvere riconducibile all'esercizio del cantiere. Quanto alla richiesta di non riconoscere interessi sull'indennità espropriativa, invero semplicemente accennata in questa sede e non addotta nel ricorso dinanzi al TAF, la giurisprudenza richiamata dalla ricorrente (<ref-ruling> consid. 11.4; <ref-ruling> consid. 3a) concerne in sostanza il caso in cui non è pregiudicata la continuazione di un'utilizzazione agricola di fondi ancora inedificati. In concreto, per contro, la proprietà è edificata e le immissioni eccessive pregiudicano, per una durata rilevante, la qualità abitativa dell'edificio, esistente prima dell'avvio del cantiere: questo pregiudizio dell'utilizzazione sotto il profilo qualitativo deve essere compensato mediante il versamento di interessi giusta l'art. 76 cpv. 5 terza frase LEspr (<ref-ruling> consid. 21 pag. 94; <ref-ruling> consid. 6.5.1).
6.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente che, pur essendo incaricata di un compito di diritto pubblico, aveva un interesse pecuniario nella causa (<ref-law> in relazione con l'art. 66 cpv. 1 e 4 LTF e con l'<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà al patrocinatore dell'opponente un'indennità di fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione alla ricorrente, al patrocinatore dell'opponente, alla Commissione federale di stima del 13° Circondario e alla Corte I del Tribunale amministrativo federale.