Faits:
A. D._ et E._ sont décédés, respectivement les 21 février et 6 août 2009, des suites d'une septicémie consécutive à une transfusion de plaquettes sanguines contaminées, effectuée le 18 février 2009 aux Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG). Dans le cadre d'une enquête diligentée pour fait grave, la Direction médicale des HUG a, le 20 février 2009, entendu plusieurs personnes, dont A._, médecin adjointe responsable du laboratoire d'immuno-hématologie transfusionnelle (LIHT).
Parallèlement, l'autorité de poursuite pénale a ouvert une instruction contre inconnu pour homicide par négligence visant à déterminer si une erreur médicale était intervenue le 18 février 2009 aux HUG. Les experts F._, G._ et H._ ont été désignés par l'autorité pour procéder à l'expertise des causes et circonstances de la mort des deux patients.
Par courrier du 13 septembre 2010 adressé par le Centre universitaire romand de médecine légale (CURML), A._ a été informée de la mission d'expertise ainsi que de l'identité des experts nommés; afin de réaliser leur mission, les experts convoquaient la prénommée à un entretien en présence de la Juge d'instruction et de la Police judiciaire. Le 24 septembre 2010, A._ a, par l'intermédiaire de son assurance de protection juridique, interpellé l'autorité pénale afin de "connaître son statut dans cette affaire" dans la mesure où elle devait être entendue par les experts précités sur les causes et les circonstances du décès de deux patients des HUG.
Le 3 novembre 2010, A._ a été entendue en qualité de témoin par le collège des experts susmentionnés, assisté d'un inspecteur de la Police judiciaire, dans les locaux du CURML. Se référant à la "séance du 3 novembre 2010", la prénommée a, par courriers des 8 et 11 novembre 2010, adressé à H._, Directeur du CURML, différents documents sollicités lors de son audition.
A._ a été convoquée par le Ministère public à une audience appointée le 23 septembre 2011 visant à sa mise en prévention et à la notification de ses droits; elle a fait défaut à cette audience sans être excusée ni être représentée. Le père de la recourante a indiqué aux autorités que celle-ci était partie sur un bateau environ deux ans à travers le monde et qu'elle ne rentrerait probablement pas en Suisse avant la fin de l'année 2012.
Le 10 février 2012, le conseil, nouvellement constitué, de A._ a indiqué au Ministère public que sa mandante serait en mesure de revenir pour une audition en avril 2012, laquelle a été fixée au 17. Cette séance a toutefois été annulée à la demande de A._, celle-ci ayant transmis un certificat médical daté du 13 mars 2012 indiquant son inaptitude à comparaître en justice.
Le 17 avril 2012, le Ministère public a ordonné un examen de l'état psychique de l'intéressée afin de déterminer son aptitude à prendre part à la procédure, étant précisé qu'il s'imposait de procéder à son audition en qualité de "prévenue". Par arrêt du 2 août 2012, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a admis sur recours la demande de récusation déposée par A._ à l'encontre de l'expert mandaté pour cette expertise.
B. Le 27 juillet 2012, A._ a adressé au Ministère public une demande de récusation des experts H._ et F._, le premier en raison de son appartenance aux HUG, le CURML étant rattaché à cette institution, le second en raison de liens personnels; elle sollicitait que leur rapport d'expertise soit retiré du dossier. Le 2 août 2012, le Ministère public a refusé de récuser les experts et d'écarter leur rapport d'expertise du dossier. En effet, le Dr H._, collaborateur des HUG, agissait dans cette procédure en qualité d'expert indépendant et non pas en sa qualité d'organe des HUG; le fait que l'expert F._ avait été le supérieur hiérarchique de l'intéressée entre 2003 et 2005 ne permettait pas de le rendre suspect de prévention, aucun élément n'étant apporté; enfin, par anticipation, le Ministère public relevait que pour les mêmes motifs que ceux invoqués pour le Dr H._, il n'y avait pas lieu de récuser la Dresse G._.
C. A._ a formé recours contre cette décision auprès de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice. Elle invoquait l'inaptitude des Drs H._ et G._ à revêtir la qualité d'expert dans la procédure dès lors qu'ils étaient tous les deux collaborateurs des HUG, se référant à l'arrêt 1B_488/2011 du Tribunal fédéral. Quant à l'expert F._, il était également rattaché au CURML, dans la mesure où il était apparu en 2011 comme membre du Comité pédagogique d'une formation organisée par celui-ci; de plus, la fin des rapports professionnels avec l'expert F._ avait été extrêmement difficile, la recourante s'étant sentie "harcelée" par son supérieur qui avait eu un comportement "agressif" et "déplacé" à son égard.
La Cour de justice a, par arrêt du 14 novembre 2012, rejeté la requête de récusation; celle-ci, formulée près de deux ans après que la recourante avait eu connaissance de la mission d'expertise et de l'identité des experts nommés, était manifestement tardive.
D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, d'ordonner la récusation des experts et d'écarter du dossier l'ensemble des rapports et actes de procédure réalisés avec le concours des experts. Elle se plaint d'une constatation incomplète et arbitraire des faits (<ref-law> et 9 Cst.) ainsi que des violations des <ref-law>, 5 al. 3 Cst. et 9 Cst., respectivement des <ref-law>, 56 let. f CPP, 29 Cst. et 30 Cst.
Le Tribunal cantonal s'est référé aux considérants de son arrêt. Le Ministère public et les intimés ont conclu au rejet du recours, aux termes de leurs déterminations respectives. La recourante s'est déterminée sur ces observations. Le Ministère public et les intimés ont déposés d'ultimes déterminations.

Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF RS 173.110), les décisions incidentes de dernière instance cantonale portant sur une demande de récusation d'un expert dans une cause pénale peuvent immédiatement faire l'objet d'un recours en matière pénale. La recourante, auteure de la demande de récusation rejetée, a qualité pour agir selon l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies.
2. Dans un premier grief, la recourante se plaint d'une constatation incomplète et arbitraire des faits pertinents.
2.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4.3).
2.2 La recourante fait tout d'abord valoir qu'elle était profondément atteinte dans sa santé psychique en 2010 déjà et que son état de santé affectait sa capacité de compréhension et de décision. Elle relève à cet égard que l'instance précédente a ordonné en 2012 la mise en ?uvre d'un examen de personne visant à déterminer son état de santé psychique. La recourante a certes mentionné dans l'état de fait de son recours cantonal que, au moment de son interrogatoire, elle se trouvait dans un état incompatible avec toute audition par les experts, en raison d'un état de dépression très sévère, traité par des médicaments très incisifs. Devant l'instance précédente, la recourante n'a toutefois produit aucun document attestant la véracité de ses dires, ni n'a prétendu que son état de santé l'aurait empêchée de formuler une demande de récusation. Son affirmation semble au demeurant contredite par le fait que, au même moment, elle a été en mesure de prendre contact avec son assurance de protection juridique afin de connaître son statut dans cette affaire; de plus, comme relevé par le Ministère public, les experts - médecins - auraient sans doute cessé d'interroger l'intéressée, le 3 novembre 2010, s'ils avaient constaté que son état était incompatible avec une audition. Enfin, il ne sera pas tenu compte du certificat médical du 8 janvier 2013 versé au dossier par la recourante au stade de la réplique devant le Tribunal fédéral. Il s'agit en effet d'un moyen de preuve nouveau irrecevable devant le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'y a dès lors pas lieu de compléter l'état de fait sur ce point.
2.3 La recourante soutient ensuite qu'elle n'était pas en mesure d'évaluer la problématique de la récusation avant juillet 2012; elle aurait en effet seulement à cette époque pris connaissance officiellement du mandat d'expertise. Cette affirmation est cependant contredite par l'intervention en septembre 2010 de l'assurance de protection juridique de la recourante auprès de la Juge d'instruction; ladite assurance intervenait à la suite du courrier daté du 13 septembre 2010 informant la recourante de l'identité des experts désignés par l'autorité de poursuite pénale pour effectuer l'expertise des causes et circonstances de la mort des deux patients.
2.4 Enfin, la recourante fait grief à l'instance précédente de taire le fait qu'elle n'a eu connaissance du lien entre la Dresse G._ et le CURML, soit avec les HUG, au plus tôt le 3 août 2012, date de la notification de la décision du Ministère public du 2 août 2012 refusant les récusations. La recourante se contente ici d'affirmer sa version des faits, sans se référer à aucune pièce du dossier. Cela étant, faute d'avoir une influence déterminante sur l'issue du litige (cf. consid. 3.3 infra), cette critique doit être écartée.
3. Invoquant une violation des <ref-law>, 5 al. 3 et 9 Cst., la recourante conteste le caractère tardif de la demande de récusation.
3.1 Conformément à l'<ref-law>, la récusation doit être demandée sans délai, dès que la partie a connaissance du motif de récusation. Celui qui omet de se plaindre immédiatement de la prévention d'un magistrat et laisse la procédure se dérouler sans intervenir agit contrairement à la bonne foi et voit son droit se périmer (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 4; <ref-ruling> consid. 4.3.1 et les références). Dès lors, même si la loi ne prévoit aucun délai particulier, il y a lieu d'admettre que la récusation doit être demandée aussitôt, c'est-à-dire dans les jours qui suivent la connaissance de la cause de récusation (arrêt 1B_203/2011 du 18 mai 2011 consid. 2.1).
3.2 En l'occurrence, par courrier du 13 septembre 2010, la recourante a été informée de la mission d'expertise et de l'identité des experts désignés par la juge d'instruction. Ce n'est toutefois que le 27 juillet 2012 qu'elle a formulé une demande de récusation à l'encontre de ces experts, soit près de deux ans plus tard. Elle connaissait pourtant déjà en 2010 les motifs de prévention dont elle se prévaut dans sa demande de récusation. En effet, elle avait connaissance de la prétendue inimitié manifestée à son égard par le Dr F._ entre 2003 et 2005. De même, elle n'ignorait pas les liens existants entre le Dr H._ et le CURML puisqu'il en était directeur et elle ne prétend pas avoir méconnu le rattachement de cette institution aux HUG; les liens qu'entretenait l'expert avec les HUG lui étaient alors déjà connus.
Force est cependant de constater que lorsqu'elle a pris connaissance du but de l'expertise, la recourante n'a émis aucune réserve quant au choix des experts, même lorsque son assurance de protection juridique a pris contact avec la magistrate en charge du dossier. L'intéressée n'a pas non plus formulé de remarque quant à un éventuel problème de partialité des experts lorsque ces derniers, assistés d'un inspecteur de police, ont procédé à son audition dans les locaux du CURML; la recourante n'a pas non plus réagi après son interrogatoire.
Contestant le caractère tardif de sa demande de récusation, la recourante fait valoir qu'elle n'était pas partie à la procédure durant la phase d'exécution de l'expertise et qu'elle n'aurait pas été informée de son droit de récuser les experts. Bien qu'elle n'ait pas été formellement entendue en qualité de prévenue le 3 novembre 2010, la recourante ne pouvait ignorer que la procédure pourrait aboutir à une mise en prévention formelle, compte tenu de sa fonction de responsable LIHT et du but de l'expertise. Cet examen ayant pour mission de déterminer si une erreur médicale était intervenue, l'intéressée ne pouvait méconnaître qu'elle était potentiellement impliquée et que son statut pourrait évoluer prochainement en fonction des résultats de l'expertise. La question de savoir si la recourante aurait déjà dû demander la récusation des experts au moment de son audition par la police peut en l'espèce rester indécise. En effet, elle devait, à tout le moins, se prévaloir de ses motifs de récusation lorsqu'elle a pris connaissance, par l'intermédiaire de son mandataire constitué en janvier 2012, de son statut de prévenue, à savoir au plus tard en avril 2012. Assistée de son mandataire, elle a d'ailleurs, le 19 avril 2012, formulé une demande de récusation à l'encontre de l'expert chargé par le Ministère public de procéder à un examen de son état psychique. Elle n'a toutefois formulé aucune demande de récusation à l'encontre des experts qui l'avaient auditionnée dans le cadre de l'expertise des causes et circonstances de la mort des deux patients. Par conséquent, en invoquant les motifs de récusation à l'encontre des experts H._, F._ et G._ seulement à la fin du mois de juillet 2012, la recourante pouvait être considérée par la cour cantonale comme agissant de manière contraire à la bonne foi.
3.3 La recourante ne saurait par ailleurs tirer argument du fait que "la procédure se trouve pratiquement au point mort"; cette situation a en effet pour origine, d'une part, le voyage autour du monde entrepris par la recourante, empêchant celle-ci de comparaître à l'audience appointée le 23 septembre 2011 devant la Procureure en vue de sa mise en prévention et, d'autre part, le report de l'audience fixée au 17 avril 2012 à la demande de la recourante en raison de son état de santé. Enfin, dans la mesure où elle n'a pas invoqué comme motif de récusation le rattachement du directeur du CURML aux HUG, elle ne saurait se prévaloir aujourd'hui de ce même motif pour récuser les deux autres experts F._ et G._. Dans ces circonstances, la Cour de justice pouvait, sans violer le droit fédéral, écarter la requête de récusation en raison de son caractère tardif.
4. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Enfin, les intimés, assistés d'un avocat, ont droit à des dépens pour leurs déterminations, à la charge de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 1'500 fr. est allouée aux intimés à titre de dépens, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 23 mai 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn