Sachverhalt:
A.
Am 19./21. August 1996 schlossen A._ und B._ (Kläger, Beschwerdeführer) mit der C2._ AG, der Rechtsvorgängerin der C._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin), einen Werkvertrag zur Erstellung eines Mehrfamilien-Wohnhauses an der Strasse U._ in Zürich. Nach dem Bezug des Wohnhauses rügten die Kläger gegenüber der Beklagten diverse Mängel. Mit Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 15. März 2011 (nachfolgend: Kostenvorschussurteil) wurde die Beklagte verpflichtet, den Klägern einen Vorschuss von Fr. 242'740.-- (inklusive 7,6 % MwSt) an die mutmasslichen Kosten der Sanierung der Mängel am Haus der Kläger zu leisten, wobei der Kostenvorschuss zur Finanzierung einerseits einzeln aufgezählter Arbeiten mit den nötigen Folge-/Begleitarbeiten (lit. a-e), entsprechend den angegebenen Kostenanteilen für die einzelnen Mängelsachverhalte, und andererseits zur Begleichung verschiedener einzeln aufgezählter Kosten (Möbelauslagerung, Transport und Einlagerung; Ersatzlogis; Spezialversicherung) dienen müsse (Disp. Ziff. 1). Die Kläger wurden verpflichtet, den Vorschuss ausschliesslich für die Finanzierung der in Ziffer 1 angeführten Nachbesserung zu verwenden und diese innert 18 Monaten vorzunehmen. Bei Säumnis sei der Vorschuss der Beklagten, verzinst zu 5 %, vollumfänglich zurückzuerstatten. Bei Nichtsanierung bestimmter Positionen sei der dafür eingesetzte Kostenanteil (verzinst) zurückzuerstatten (Disp. Ziff. 2). Die Kläger wurden weiter verpflichtet, spätestens 30 Tage nach Ablauf der Frist gemäss Ziffer 2 gegenüber der Beklagten über die Kosten der Nachbesserung abzurechnen und ihr einen allfälligen Überschuss zurückzuerstatten (Disp. Ziff. 3). Im Mehrbetrag wurde die Klage abgewiesen (Disp. Ziff. 4). Die Widerklage wurde ebenfalls abgewiesen (Disp. Ziff. 5).
B.
Mit Klage vom 19. Juli 2013 beantragten die Kläger dem Handelsgericht des Kantons Zürich, die Beklagte sei zu verpflichten, ihnen Fr. 40'344.35 nebst Zins und Kosten zu bezahlen, und der von der Beklagten erhobene Rechtsvorschlag in diesem Umfang aufzuheben. Zur Begründung brachten sie vor, die tatsächlichen Kosten der durchgeführten Ersatzvornahme zur Beseitigung der Mängel an ihrem Haus hätten um Fr. 40'344.35 den von der Beklagten geleisteten Kostenvorschuss überschritten und seien daher von der Beklagten zu ersetzen.
Mit Urteil vom 12. November 2014 wies das Handelsgericht die Klage ab, unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Kläger.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht im Wesentlichen, das Urteil des Handelsgerichts sei aufzuheben und ihre Klage gutzuheissen. Die Beschwerdegegnerin trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Das Handelsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte besteht kein Streitwerterfordernis (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 69). Auf die Beschwerde ist - unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Rügen - einzutreten.
2.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 15 f.). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen und erheblich sind (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Soweit sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen).
3.
3.1. Die Vorinstanz erwog, nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 418) habe der Besteller nach durchgeführter Ersatznachbesserung über die Kosten abzurechnen und dem Unternehmer einen allfälligen Überschuss zurückzuerstatten. Eine allfällige Nachforderung sei ausgeschlossen, wenn über den Umfang der Nachbesserungsarbeiten "im Detail bereits entschieden" worden sei und insofern eine "res iudicata" vorliege. Entsprechend prüfte sie, ob im Kostenvorschussurteil im Sinn dieser Rechtsprechung über den Umfang der Nachbesserungsarbeiten im Detail bereits entschieden wurde. Sie bejahte dies, denn aus den Erwägungen ergebe sich, dass sie sich mit den einzelnen Positionen " im Detail " [Hervorhebung durch die Vorinstanz] befasste, gar ein Beweisverfahren durchgeführt und mehrere Gutachten - darunter ein ökonomisches - eingeholt wurden, die Klage im Mehrbetrag abgewiesen wurde, die Parteien sich dazu äussern konnten, beim Vorschuss eine Reserve (20 %) eingerechnet wurde und eine Rückzahlungspflicht für den nicht beanspruchten Teil der Bevorschussung, jedoch umgekehrt keine Nachzahlungspflicht bei allfälliger Überschreitung des bevorschussten Betrages festgehalten wurde.
3.2. Eine abgeurteilte Sache liegt vor, wenn der streitige Anspruch mit einem schon rechtskräftig beurteilten inhaltlich identisch ist. Die Identität von prozessualen Ansprüchen wird nach den Klageanträgen und dem behaupteten Lebenssachverhalt, d.h. dem Tatsachenfundament, auf das sich die Klagebegehren stützen, beurteilt (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 131 mit Hinweisen). Die Rechtskraftwirkung tritt nur soweit ein, als über den geltend gemachten Anspruch entschieden worden ist. Inwieweit dies der Fall ist, ergibt die Auslegung des Urteils, zu welcher dessen ganzer Inhalt heranzuziehen ist. Zwar erwächst der Entscheid nur in jener Form in Rechtskraft, wie er im Urteilsdispositiv zum Ausdruck kommt (<ref-ruling> E. 2a S. 18; Urteil des Bundesgerichts 4C.233/2000 vom 15. November 2000 E. 3a; Max Kummer, Das Klagerecht und die materielle Rechtskraft im schweizerischen Recht, 1954, S. 113), doch ergibt sich dessen Tragweite vielfach erst aus einem Beizug der Urteilserwägungen. Insoweit können dieselben präjudizielle Bedeutung erlangen. Lediglich im Übrigen haben die tatsächlichen Feststellungen und die rechtlichen Erwägungen eines Entscheids in einer anderen Streitsache keine bindende Wirkung (so <ref-ruling> E. 2a S. 18 f.).
3.3. Der Anspruch auf Ersatzvornahme (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>) ist eine Modifikation des ursprünglichen Erfüllungsanspruchs auf Leistung, beziehungsweise Nachbesserung durch den Unternehmer selber. Der daraus fliessende Anspruch des Bestellers auf Kostenersatz ist daher ein Aufwendungs- und kein Schadenersatz (<ref-ruling> E. 7a/aa S. 233; Urteil des Bundesgerichts 4A_556/2011 vom 20. Januar 2012 E. 2.4; Peter Gauch, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, S. 649 f. Rz. 1714 und S. 685 Rz. 1825; a.A. [Schadenersatz] Theodor Bühler, Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 1998, N. 150 zu <ref-law>; François Chaix, in: Commentaire romand, Code des obligations I, 2. Aufl. 2012, N. 53 zu <ref-law>). Der Kostenvorschuss ist daher ein vorweggenommener Aufwendungsersatz für die Kosten der Ersatzvornahme und somit eine weitere Änderung des ursprünglichen Erfüllungsanspruchs (Alfred Koller, Mängelbeseitigung durch Ersatzvornahme, in: Haftung für Werkmängel, St. Galler Baurechtstagung 1998, Koller [Hrsg.], S. 1 ff., 19; Martha Niquille-Eberle, Probleme rund um die Ersatzvornahme, insbesondere die Bevorschussung der Kosten, in: Neue und alte Fragen zum privaten Baurecht, St. Galler Baurechtstagung 2004, Koller [Hrsg.], S. 63 ff., 77 Rz. 22; Gauch, a.a.O., S. 682 Rz. 1818).
Schreitet der Besteller zur Ersatzvornahme ohne Vorschuss, wozu er auch ohne richterliche Ermächtigung befugt ist (<ref-ruling> E. 3 S. 55 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 276 mit Hinweis; a.A. Gauch, a.a.O., S. 683 Rz. 1819 ff.) muss er nach getätigter Mängelbeseitigung im Rückerstattungsprozess gegen den Unternehmer sowohl den grundsätzlichen Anspruch auf Ersatzvornahme wie die Berechtigung des konkret getätigten Aufwands nachweisen. Klagt er aber zuerst auf Leistung eines Vorschusses und kommt es nach der Mängelbeseitigung zum Streit über die Kostenabrechnung, umfassen Vorschussprozess und Abrechnungsprozess in zwei Schritten denselben Inhalt, der im Rückerstattungsprozess in einem Schritt erfolgt. Daraus folgt, dass die Hauptfrage des Vorschussprozesses, das Bestehen des Anspruchs auf Ersatzvornahme und damit des Vorschussanspruchs, im Abrechnungsprozess nicht mehr in Frage gestellt werden kann (Niquille-Eberle, a.a.O., S. 95 f. Rz. 57). Die Höhe der Kosten ist dagegen nur insoweit Gegenstand des Vorschussprozesses, als darin in Bezug auf den Lebenssachverhalt, auf den sich das Vorschussbegehren stützt, definitiv über die Höhe des Vorschusses entschieden wird. Bezüglich der Höhe der tatsächlichen Kosten, die in diesem Zeitpunkt noch gar nicht aufgelaufen sind und für die am Ende Ersatz geschuldet ist, entfaltet das Urteil keine Rechtskraft (vgl. das analoge Problem bei der Ersatzvornahme nach <ref-law>). Daran ändert sich nichts, wenn die Abschätzung der mutmasslichen Kosten nicht auf blossen Offerten etc., sondern wie vorliegend auf Gutachten beruhte. Vorschüsse sind Akonto-Zahlungen, die definitionsgemäss unter dem Vorbehalt definitiver Kostenliquidierung geleistet werden. Das Kostenvorschussurteil schliesst demzufolge im Abrechnungsprozess weder die Rückforderung eines zu hohen Kostenvorschusses durch den Unternehmer noch die Nachforderung der noch nicht gedeckten Kosten durch den Besteller aus (ebenso: Niquille-Eberle, a.a.O., S. 98 Rz. 62; Roger Brändli, Die Nachbesserung im Werkvertrag, 2007, S. 302 Rz. 936; Jürg Niklaus, Das Recht auf Ersatzvornahme gemäss <ref-law>, 1999, S. 133 Rz. 3.47. Vgl. aber Alfred Koller, Berner Kommentar, 1998, N. 581 zu <ref-law> und Gauch, a.a.O., S. 682 Rz. 1818, die beide nur die Rückerstattung des Überschusses erwähnen). Entgegen der Vorinstanz ist daher kein massgebliches Kriterium, dass im Kostenvorschussurteil lediglich eine Rückzahlungspflicht der Besteller für den nicht beanspruchten Teil der Bevorschussung festgehalten wurde, jedoch nicht umgekehrt eine Nachzahlungspflicht der Unternehmerin. Ebensowenig ist von Bedeutung, dass beim Vorschuss eine Reserve einberechnet wurde. Dass es zulässig ist, eine Reserve im Rahmen der Schätzung zu berücksichtigen, hängt vielmehr damit zusammen, dass mit dem Kostenvorschussurteil rechtskräftig über den Anspruch auf Vorschuss entschieden und daher gestützt auf den bereits beurteilten Lebenssachverhalt eine erneute Einforderung eines weiteren Kostenvorschusses ausgeschlossen ist ( NIQUILLE-EBERLE, a.a.O., S. 98 f. Rz. 63 f.; BRÄNDLI, a.a.O., S. 300 f. Rz. 933; a.A.: K OLLER, Berner Kommentar, a.a.O., N. 580 zu <ref-law> mit Hinweis auf deutsche Lehre und Rechtsprechung; NIKLAUS, a.a.O., S. 132 f. Rz. 3.44).
Die Vorinstanz begründete die von ihr angenommene Bindungswirkung des Kostenvorschussurteils vor allem damit, dass sie sich mit den einzelnen Positionen "im Detail befasst " habe. Sie stützt sich dabei auf die Formulierung in <ref-ruling> E. 4.2.2, dass "eine Nachforderung ausgeschlossen " sei, "wenn wie im vorliegenden Fall über den Umfang der Nachbesserungsarbeiten im Detail bereits entschieden wurde und insofern eine 'res iudicata' vorliegt". Diese Formulierung ist in der Tat missverständlich. Im Sachverhalt von <ref-ruling> war die Unternehmerin gemäss Werkvertrag verpflichtet, das Dach einer Industriehalle auf eine bestimmte Art zu beschichten, nämlich mit dem Produkt "F._". Das Dach erwies sich in der Folge als nicht dicht; eine Nachbesserung mit dem vertraglichen Produkt "F._" war aber nicht mehr möglich. Umstritten war vor allem, ob die Bestellerin berechtigt war, die Reparaturen durch einen Dritten mit dem Produkt "G._" durchführen zu lassen und dafür einen Kostenvorschuss zu verlangen. Das Bundesgericht stellte fest, dass die Bestellerin einen Nachbesserungsanspruch auf eine Neubeschichtung mit (dem erheblich teureren) Produkt "G._" habe. Der rechtskräftig beurteilte Anspruch auf Ersatzvornahme beinhaltete also bereits die (umstrittene) Art der Sanierung. Mit der zitierten Formulierung wurde klargestellt, dass die Methode der Sanierung bei der Abrechnung der Kosten nicht mehr in Frage gestellt werden kann (ebenso: NIQUILLE-EBERLE, a.a.O., S. 96 ff. Rz. 60 ff. mit Hinweis auf entsprechende deutsche Lehre; BRÄNDLI, a.a.O., S. 301 Rz. 934). Beruht die Schätzung des Kostenvorschusses sodann auf detaillierten Abklärungen, z.B. einem entsprechenden Gutachten, begründet dies wie erwähnt zwar keine Bindungswirkung, jedoch können sich daraus erhöhte Substanziierungsanforderungen ergeben hinsichtlich der Begründung der Abweichung vom vorgeschossenen Betrag.
Die Vorinstanz ging somit zu Unrecht davon aus, eine Nachforderung sei zufolge Rechtskraft des Vorschussurteils grundsätzlich ausgeschlossen.
4.
4.1. In einer Eventualbegründung ordnete die Vorinstanz die von den Beschwerdeführern geltend gemachten Kosten/Rechnungen den fünf im Kostenvorschussurteil, Disp. Ziffer 1, aufgeführten Mängelsachverhalten und den jeweiligen Kostenanteilen zu. Insgesamt ergaben sich daraus von den Beschwerdeführern geltend gemachte Kosten von Fr. 224'585.40. Sie stellte sodann fest, vom unter dem Titel "Möbelauslagerung, Transporte und Einlagerung" unter Disp. Ziffer 1 lit. f zugesprochenen Kostenvorschuss von Fr. 67'200.-- hätten die Beschwerdeführer lediglich Fr. 2'592.00 für den Umzug verbraucht. Die Kostenvorschüsse von Fr. 10'000.-- für ein Ersatzlogis (Disp. Ziff. 1 lit. g) und von Fr. 960.-- für eine Spezialversicherung (Disp. Ziff. 1 lit. h) hätten sie sodann überhaupt nicht beansprucht. Andererseits machten die Beschwerdeführer aber insgesamte Reinigungskosten und Zügelarbeiten von Fr. 8'216.05 und Bauleitungskosten von Fr. 50'282.90 geltend. Für Bauleitungskosten und Reinigungskosten seien aber im Kostenvorschussurteil nicht separate Vorschüsse gesprochen worden. Vielmehr seien diese im (ökonomischen) Gutachten E._ den einzelnen fünf Sanierungspositionen zugeordnet worden. Sie seien daher bereits bei den einzelnen Mängelsachverhalten berücksichtigt, weshalb sie die Beschwerdeführer nicht als Zusatzpositionen geltend machen könnten.
Dieser Begründung kann nicht gefolgt werden, denn sie impliziert - was oben widerlegt wurde -, dass höhere Kosten als jene gemäss Berechnung des Kostenvorschusses nicht gefordert werden können.
4.2. Die Vorinstanz begründete sodann, dass die Klage auch abzuweisen sei, weil die Beschwerdeführer ihre Forderung ungenügend substanziiert hätten.
4.2.1. Sie hätten für Bauleitung und Reinigung lediglich einen insgesamten Betrag gefordert und diesen nicht - wie im Kostenvorschussurteil - auf die einzelnen Sanierungsarbeiten aufgegliedert. Es sei aber nicht Aufgabe des Gerichts herauszuschälen, welche Teilbeträge an Bauleitungs- und Reinigungskosten auf die einzelnen Mängelsachverhalte entfielen, um so beurteilen zu können, ob, in welchem Ausmass und weshalb die Sanierungskosten pro Position überschritten wurden. Schliesslich sei auch zu bemerken, dass die Beschwerdeführer den einberechneten Betrag von Fr. 67'200.-- für Möbelauslagerung/Transporte/Einlagerung nicht beansprucht hätten, weshalb sich die Reserve zusätzlich um diesen Betrag erhöht habe.
4.2.2. Bei den bemängelten Reinigungskosten handelt es sich gemäss den Feststellungen der Vorinstanz um eine einzige Rechnung über Fr. 5'624.05, bei den Bauleitungskosten um sieben Rechnungen der Firma D._ im Zeitraum zwischen dem 23. Januar 2012 und dem 4. Dezember 2012. Es ist nicht ersichtlich, weshalb es für die Beurteilung der Angemessenheit dieser Kosten notwendig ist, die Rechnungen auf die einzelnen fünf Sanierungspositionen aufzuteilen, zumal das Gutachten E._ bei den einzelnen Positionen auch nur einen Pauschalbetrag schätzte. Die Beschwerdeführerin macht zu Recht geltend, die Baureinigung werde realistischerweise nicht nach jeder Sanierung einer einzelnen Mangelposition, sondern - auch aus Kostengründen - erst nach Abschluss der gesamten Ersatzvornahme durchgeführt. Ebenso bestehe eine wesentliche Aufgabe der Bauleitung - wiederum aus Kostengründen - in der möglichst sinnvollen Koordination der einzelnen Sanierungsarbeiten, weshalb eine exakte Zuordnung der Bauleitungstätigkeit zu einzelnen Positionen realitätsfremd sei.
Im Hinblick auf eine genügende Substanziierung ist vielmehr von Bedeutung, ob die Beschwerdeführer substanziiert erklären, weshalb der Aufwand viel grösser ist als gemäss den Schätzungen im Gutachten E._. Dass die Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren prozesskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt hätten, ist dem angefochtenen Urteil nicht zu entnehmen. Das Bundesgericht ist wie erwähnt (vgl. E. 2 hiervor) auch an Feststellungen der Vorinstanz über den Prozesssachverhalt gebunden. Die Beschwerdeführer müssten somit dartun, inwiefern die Vorinstanz entsprechende substanziierte Vorbringen in ihren kantonalen Rechtsschriften willkürlich übergangen hat. Diesbezüglich fehlt es aber an rechtsgenüglichen Rügen. Die Beschwerdeführer führen lediglich aus, sie hätten die Aufwendungen angesichts der in der Klageschrift aufgeführten Rechnungen und Zahlungsbelege einwandfrei und lückenlos substanziiert und belegt. Ein solcher pauschaler Verweis auf eine Rechtsschrift genügt nicht (vgl. E. 2 hiervor ). Darauf kann nicht eingetreten werden.
5.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer unter solidarischer Haftbarkeit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdeführern auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer haben unter solidarischer Haftbarkeit die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juni 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Luczak