Sachverhalt:
A. Der 1957 geborene G._ war seit 1995 bei der A._ AG als Hilfsglaser angestellt. Nach einem Verkehrsunfall am 27. Januar 2000 meldete er sich am 6. April 2001 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Luzern klärte den Sachverhalt ab und sprach ihm mit Verfügung vom 25. Juni 2002 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Rente zu. Im Juni 2007 leitete sie ein Revisionsverfahren ein. Das medizinische Abklärungszentrum X._ erstattete am 18. März 2008 ein von der SUVA in Auftrag gegebenes polydisziplinäres Gutachten, worauf die IV-Stelle mit Verfügung vom 15. Januar 2010 die Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 53 % auf eine halbe Rente herabsetzte.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 7. September 2011 gut, hob die Verfügung vom 15. Januar 2010 auf und sprach G._ weiterhin eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu.
C. Mit Beschwerde vom 4. Oktober 2011 beantragt die IV-Stelle die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Bestätigung ihrer Verfügung vom 15. Januar 2010. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Durchführung eines Gerichtsgutachtens zurückzuweisen. Ferner sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
G._ lässt die Abweisung der Beschwerde beantragen, sofern darauf eingetreten werden könne. Zudem sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
Eine unvollständige Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Nichtbeachtung des Untersuchungsgrundsatzes nach Art. 61 lit. c ATSG durch das kantonale Versicherungsgericht stellen eine Verletzung von Bundesrecht nach Art. 95 lit. a BGG dar (Urteil 9C_802/2008 vom 22. Dezember 2008 E. 1.1 mit Hinweisen).
Im Übrigen ist die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich, wenn sie nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Die konkrete Beweiswürdigung ist wie die darauf beruhende Sachverhaltsfeststellung ebenfalls nur unter diesem eingeschränkten Blickwinkel überprüfbar (Urteile 9C_801/2008 vom 6. Januar 2009 E. 2.2). Demgegenüber ist die richtige Anwendung der Beweiswürdigungsregeln durch das kantonale Versicherungsgericht nach Art. 61 lit. c ATSG eine Rechtsfrage und als solche im Rahmen der den Parteien obliegenden Begründungs- bzw. Rügepflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG und Art. 106 Abs. 2 BGG) frei zu prüfen (SVR 2009 IV Nr. 56 S. 174, 9C_323/2009 E. 3).
2. Streitig ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie - entgegen der Verfügung der Beschwerdeführerin vom 15. Januar 2010 - eine Rentenreduktion von einer ganzen auf eine halbe Invalidenrente ablehnte.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, entgegen der Auffassung der Vorinstanz habe sich Dr. med. W._ im polydisziplinären Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ vom 18. März 2008 ihres Erachtens nachvollziehbar und schlüssig zur Arbeitsfähigkeit des Versicherten geäussert. Auch der Regionale Ärztliche Dienst (RAD) habe am 30. Januar 2009 diese Einschätzung bestätigt, weshalb von einer Arbeitsfähigkeit von 50 % auszugehen sei. Es liege eine offensichtlich unrichtige Würdigung vor, wenn das kantonale Gericht entgegen der Aktenlage nicht auf die Einschätzungen des schlüssigen Gutachtens abstelle.
3.2 Die Vorinstanz legte begründet dar, dass zu den beiden Vergleichszeitpunkten (25. Juni 2002 und 15. Januar 2010) organische Beschwerden nicht objektiv ausgewiesen waren und dass die Voraussetzungen der Wiedererwägung im Sinne von Art. 53 Abs. 2 ATSG nicht erfüllt sind.
Im Vergleich zur ursprünglichen Rentenzusprache, bei der von einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % ausgegangen worden war, wurde im Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ vom 18. März 2008 aus psychiatrischer Sicht eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit von noch 50 % in allen Tätigkeiten bescheinigt. Die Gutachter des medizinischen Abklärungszentrums X._ diagnostizierten im Vergleich zu den früheren fachärztlichen Einschätzungen im psychiatrischen Bereich (anhaltende somatoforme Schmerzstörung mit begleitender leichter depressiver Störung) eine andere Diagnose (rezidivierende depressive Störung, gegenwärtig mittelschwere Episode, mit somatischem Syndrom und Somatisierungstendenzen). Die Vorinstanz führte aus, vor dem Hintergrund dieser neuen Diagnose bleibe fraglich, ob eine anspruchsrelevante Änderung im Sinn von Art. 17 Abs. 1 ATSG in Bezug auf die Arbeitsfähigkeit eingetreten sei. Weder die Arbeitsfähigkeit von noch 50 % an sich noch die Abweichung im Vergleich zu den früheren Beurteilungen werde im Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ begründet, worauf auch die SUVA verweise.
Auf die Ergänzungsfrage in Bezug auf die Begründung der Arbeitsunfähigkeit von 50 % im Vergleich zu den früheren Beurteilungen, antworteten die Gutachter des medizinischen Abklärungszentrums X._ am 28. November 2008, sie führten dies darauf zurück, dass sie bei der Bemessung der Arbeitsfähigkeit regressive, das heisse überwindbare Tendenzen nicht berücksichtigt hätten. Die Vorinstanz legte in einlässlicher Begründung dar, weshalb diese Antwort die Unterschiede zu den früheren medizinischen Beurteilungen nicht zu begründen vermag. Sie gab insbesondere an, aus dem Gutachten gehe nicht hervor, was unter diesem Hinweis zu verstehen sei. Im Bericht des Dr. med. K._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie des versicherungspsychiatrischen Dienstes der SUVA, vom 5. September 2006 seien die depressiven Verstimmungen im Vergleich zum "regressiven Verhaltensanteil" von untergeordneter Bedeutung beurteilt worden. Dennoch sei von einer höheren Arbeitsunfähigkeit von maximal 70 % ausgegangen worden. Inwiefern im Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ regressive, überwindbare Tendenzen konkret unberücksichtigt worden seien bzw. worin sich das Gutachten in diesem Zusammenhang namentlich vom Bericht von Dr. med. K._ unterscheide, bleibe ungeklärt.
Diese Feststellungen sind nicht offensichtlich unrichtig. Auch die Schlussfolgerungen der Vorinstanz, wonach die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit durch das medizinische Abklärungszentrum X._ angesichts der gesamten Aktenlage und entgegen der Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 30. Januar 2009 weder als begründet noch als schlüssig beurteilt werden könne und namentlich nicht ersichtlich sei, ob sich die Arbeitsfähigkeit im massgeblichen Vergleichszeitraum erheblich verändert bzw. verbessert habe, widerspricht daher nicht Bundesrecht.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, selbst wenn auf die Einschätzung von Dr. med. W._ vom medizinischen Abklärungszentrum X._ nicht abschliessend abgestellt werden könne, verletze die Vorinstanz Bundesrecht, wenn sie einerseits ausführe, nach der derzeitigen Aktenlage könne nicht abschliessend beurteilt werden, ob ein rechtsgenüglicher Revisionsgrund vorliege und andererseits den Anspruch des Versicherten auf eine ganze Invalidenrente bestätige.
4.2 Das Administrativverfahren vor der IV-Stelle wie auch der kantonale Sozialversicherungsprozess sind vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG). Danach haben IV-Stelle und Sozialversicherungsgericht den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen. Diese Untersuchungspflicht dauert so lange, bis über die für die Beurteilung des streitigen Anspruchs erforderlichen Tatsachen hinreichende Klarheit besteht. Der Untersuchungsgrundsatz weist enge Bezüge zum - auf Verwaltungs- und Gerichtsstufe ebenfalls in gleicher Weise geltenden - Prinzip der freien Beweiswürdigung auf. Führen die im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes von Amtes wegen vorzunehmenden Abklärungen den Versicherungsträger oder das Gericht bei umfassender, sorgfältiger, objektiver und inhaltsbezogener Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 4.1 S. 400) zur Überzeugung, ein bestimmter Sachverhalt sei als überwiegend wahrscheinlich (<ref-ruling> E. 5b S. 360) zu betrachten und es könnten weitere Beweismassnahmen an diesem feststehenden Ergebnis nichts mehr ändern, so liegt im Verzicht auf die Abnahme weiterer Beweise keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (antizipierte Beweiswürdigung; vgl. SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4 S. 28). Bleiben jedoch erhebliche Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der bisher getroffenen Tatsachenfeststellungen bestehen, ist weiter zu ermitteln, soweit von zusätzlichen Abklärungsmassnahmen noch neue wesentliche Erkenntnisse zu erwarten sind (Urteile 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.2 und I 86/07 vom 29. März 2007 E. 3).
4.3 Das kantonale Gericht gab nach Würdigung der medizinischen Unterlagen und insbesondere des psychiatrischen Teilgutachtens des medizinischen Abklärungszentrums X._ an, es bleibe fraglich, ob vor dem Hintergrund der neuen Diagnose durch Dr. med. W._ auch von einer anspruchsrelevanten Veränderung im Sinne von Art. 17 Abs. 1 ATSG ausgegangen werden könne. Die Ausführungen von Dr. med. W._ würden in verschiedener Hinsicht Fragen aufwerfen. Die Ergänzungsfrage hinsichtlich der Begründung der bescheinigten Arbeitsunfähigkeit von 50 % in jeglicher Tätigkeit hätten die Gutachter des medizinischen Abklärungszentrums X._ in ihrer ergänzenden Stellungnahme vom 28. November 2009 unbeantwortet gelassen. Die erforderliche Substanziierung betreffend Bemessung der Arbeitsunfähigkeit fehle nach wie vor. Insgesamt sei festzustellen, dass die Bemessung der Arbeitsunfähigkeit von 50 % durch das medizinische Abklärungszentrum X._ angesichts der gesamten Aktenlage und entgegen der Stellungnahme des RAD vom 30. Januar 2009 weder als begründet noch als schlüssig bezeichnet werden könne. Auf die diesbezügliche Einschätzung könne daher nicht abgestützt werden. Die Rentenrevision im Sinne von Art. 17 Abs. 1 ATSG komme daher allein gestützt auf die derzeit vorliegenden Arztberichte und Gutachten nicht in Frage.
4.4 Bei dieser Ausgangslage haben sowohl die Beschwerdeführerin als auch die Vorinstanz selber den Sachverhalt betreffend Arbeitsfähigkeit bzw. der Veränderung der Arbeitsfähigkeit seit der Rentenzusprache vom 25. Juni 2002 unvollständig festgestellt. Indem die Vorinstanz diese Umstände zwar ausdrücklich erkannte, jedoch keine weiteren Abklärungen anordnete, missachtete sie den Untersuchungsgrundsatz und verletzte damit Bundesrecht. Da die IV-Stelle bereits ein Gutachten eingeholt hat, rechtfertigt es sich, die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie zur Beantwortung der noch offenen Fragen ein medizinisches Gutachten anordne und danach über die Beschwerde neu entscheide (<ref-ruling> E. 4.4.1.4 S. 264 f.; vgl. auch Urteil 8C_82/2011 vom 9. Juni 2011 E. 5.4). Die Beschwerde ist somit teilweise gutzuheissen und die Sache an das kantonale Gericht zur Einholung eines Gerichtsgutachtens zurückzuweisen.
5. 5.1 Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdegegner auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
5.2 Der Beschwerdegegner ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Gemäss den von ihm eingereichten Belegen setzt sich das monatlich anrechenbare Einkommen aus dem Lohn der Ehefrau von Fr. 4'928.85 (Fr. 4'549.70 x 13/12), aus dem IV-Renteneinkommen des Beschwerdegegners von Fr. 802.-, aus nicht ausdrücklich aufgeführten, jedoch aus dem Kontoauszug vom 31. Dezember 2009, der Steuererklärung und Veranlagungsverfügung 2010, der Rentenbescheinigung vom 4. Januar 2011 und dem Kontoauszug vom 31. Januar 2012 ersichtlichen Rentenleistungen der SUVA von monatlich Fr. 2'317.85 sowie einem anrechenbaren Haushaltsbeitrag des Sohnes in der Höhe von Fr. 333.35 (1/3 des Nettolohnes des Sohnes von Fr. 1'000.-) zusammen. Damit ergibt sich ein anrechenbares Einkommen von insgesamt Fr. 8'382.05 pro Monat.
Beim prozessualen Notbedarf ist ein Grundbetrag von Fr. 2'300.- (Ehepaar: Fr. 1'700.-; 1992 geborener Sohn: Fr. 600.-) zu berücksichtigen. Zusätzlich wird ein prozessualer Bedürftigkeitszuschlag von 20 % (Fr. 460.-) auf diesen Grundbetrag gewährt. Bei den Wohnkosten sind Hypothekarzinsen in der Höhe von Fr. 1'443.75 zu berücksichtigen. Zusätzlich werden Kosten für die Gebäudeversicherung von Fr. 25.20 und für Heizöl von Fr. 125.- angerechnet. Nicht separat zu berücksichtigen sind dagegen Radio- und TV-Gebühren sowie freiwillige Versicherungen, wie Haftpflicht- und Hausratsversicherung. Beide Positionen sind im Grundbetrag bzw. im prozessualen Zuschlag mitberücksichtigt. Unter Berücksichtigung der Prämienverbilligungen von Fr. 1'524.- im Jahr 2011 belaufen sich die Prämien der obligatorischen Krankenversicherung auf Fr. 599.- pro Monat für die gesamte Familie. Fr. 550.- sind für die Kosten der Handelsschule des Sohnes anzurechnen. Bei den Auslagen für den Arbeitsweg bzw. das Auto der Ehefrau des Beschwerdegegners ist von den bei der Steuerveranlagung 2010 akzeptierten Kosten von Fr. 3'856.- im Jahr bzw. Fr. 321.35 pro Monat auszugehen. Schliesslich sind geltend gemachte Zahlungen von monatlich Fr. 410.- für laufende Steuern zu berücksichtigen. Dies ergibt einen prozessualen Notbedarf von insgesamt Fr. 6'234.30.
5.3 Aus der Gegenüberstellung des Einkommens von Fr. 8'382.05 und dem prozessualen Notbedarf von Fr. 6'234.30 resultiert ein Überschuss von Fr. 2'147.75. Dieser Betrag reicht aus, um innert nützlicher Frist die Gerichtskosten und das Anwaltshonorar zu begleichen (vgl. Urteil 8C_1074/2009 vom 2. Dezember 2010 E. 5.2). Die Bedürftigkeit des Beschwerdegegners ist nicht ausgewiesen, was zur Abweisung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege führt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 7. September 2011 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der AHV-Ausgleichskasse des Schreiner, Möbel- und Holzgewerbes und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 13. März 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Kathriner