Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 5. Juli 2011 verneinte die IV-Stelle des Kantons Aargau einen Anspruch der M._ (geboren 1954) auf eine Invalidenrente.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 15. Mai 2012 ab unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese den Sachverhalt entsprechend den Ausführungen in der Beschwerde abkläre. Ferner seien ihr die gesetzlich geschuldeten Leistungen, insbesondere eine Invalidenrente, zuzusprechen. Schliesslich beantragt sie die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf Rüge hin oder von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law> und <ref-law>). Das Vorliegen dieser Voraussetzungen hat die Beschwerde führende Person genau darzulegen. Dazu genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern (<ref-ruling> E. 5.1 S. 356; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.2 [nicht publ. in: <ref-ruling>]).
Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 44). Es liegt noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erschiene (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_967/2008 vom 5. Januar 2009 E. 5.1). Diese Grundsätze gelten auch in Bezug auf die konkrete Beweiswürdigung (Urteile 9C_999/2010 vom 14. Februar 2011 E. 1 und 9C_735/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 3; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.1).
1.2 Einem ärztlichen Bericht kommt Beweiswert zu, wenn er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt und in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, wenn die Beschreibung der medizinischen Situation und Zusammenhänge einleuchtet und die Schlussfolgerungen begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Der Arzt muss über die notwendigen fachlichen Qualifikationen verfügen (Urteil 9C_736/2009 vom 26. Januar 2010 E. 2.1). Untersuchungsberichte regionaler ärztlicher Dienste können, sofern sie diesen Anforderungen genügen, einen vergleichbaren Beweiswert wie ein Gutachten haben (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 219; <ref-ruling> E. 3.3.2 S. 257; Urteil 9C_999/2010 vom 14. Februar 2011 E. 5.1.2).
1.3 Dem Sachgericht steht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 2.4 mit Hinweisen S. 5). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis S. 246).
2. 2.1 Das kantonale Gericht stellte in Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere gestützt auf die Gutachten des Medizinischen Zentrums X._ vom 22. August 2008 und der MEDAS vom 30. April/8. Juni 2010, fest, dass die Beschwerdeführerin in ihrer bisherigen Tätigkeit als Praxisassistentin/Arztsekretärin und jeder anderen Verweistätigkeit zu 100 % arbeitsfähig sei. Weder in somatischer noch in psychiatrischer Hinsicht liege ein die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigender Gesundheitsschaden vor. Bei der Beschwerdeführerin liege auch kein neurologisches Korrelat vor, welches ihre Schmerzen hinreichend erklären könnte. Es fehle an Anhaltspunkten für die Notwendigkeit einer zusätzlichen neurologischen Begutachtung. Auch was den psychischen Gesundheitszustand anbelange, erwiesen sich weitere Abklärungen als entbehrlich, da der entscheidwesentliche Sachverhalt aus den Akten mit genügender Klarheit hervorgehe.
2.2 Im Lichte der eingangs erwähnten Beweisregeln und Grundsätze zur Beweiswürdigung ist die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung und die entsprechende Beweiswürdigung nicht mangelhaft im Sinne von <ref-law>. Namentlich hat das kantonale Gericht eingehend begründet, weshalb es in rheumatologisch-orthopädischer Hinsicht auf das Gutachten des Medizinischen Zentrums X._ vom 22. August 2008 und in psychiatrischer Hinsicht auf das Gutachten der MEDAS vom 30. April/8. Juni 2010 abgestellt hat und eine zusätzliche neurologische und psychiatrische Abklärung nicht als erforderlich erachtet. Die entsprechenden Feststellungen und Schlussfolgerungen sind nach der Aktenlage nicht offensichtlich unrichtig, noch ist darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine willkürliche Beweiswürdigung zu erblicken.
2.3 Die Beschwerdeführerin legt nicht in rechtsgenüglicher Weise dar (vgl. E. 1.3 hievor), inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich oder sonst wie Bundesrecht verletzen sollte. Zum einen liegt eine Verletzung der in <ref-ruling> E. 9.2 S. 123 umschriebenen Abklärungspflichten nicht vor, zum anderen hat das kantonale Gericht das Gutachten der MEDAS vom 30. April/8. Juni 2010 zu Recht als beweiskräftig erachtet und die Ungenauigkeiten, namentlich in Bezug auf die behandelnde Psychiaterin, gewürdigt.
3. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Sie sind vorläufig auf die Gerichtskasse zu nehmen, da die Voraussetzungen für die Gewährung der beantragten unentgeltlichen Rechtspflege (fehlende Aussichtslosigkeit des Rechtsmittels, Bedürftigkeit des Gesuchstellers, Notwendigkeit der anwaltlichen Vertretung [Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372]) erfüllt sind. Ferner wird ihrem Rechtsvertreter eine Entschädigung aus der Gerichtskasse ausgerichtet (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin wird indessen auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach sie als Begünstigte der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Markus Zimmermann, Baden, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Dezember 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Nussbaumer