Markenrecht; UWG, hat sich ergeben:
A.-Die Volkswagen AG (Klägerin 1) und die Audi AG (Klägerin 2) vertreiben ihre Fahrzeuge in der Schweiz über die Generalimporteurin AMAG Automobil- und Motoren AG, welche ihrerseits Händlern den Status einer offiziellen AMAG-Vertretung verleiht. Einen entsprechenden Vertrag schloss die AMAG mit der Garage X._ AG (Beklagte) im Februar 1965. Diesen Vertrag kündigte sie auf den 31. Dezember 1996.
Die Beklagte betreibt ihren Garagenbetrieb weiterhin für Fahrzeuge der Marken VW und Audi. Sie entfernte nach Beendigung des Vertrages mit der AMAG vertragsgemäss die offizielle Beschilderung, liess jedoch durch die Firma Y._ AG eine neue Leuchtreklame fertigen, die sie auf dem Dach ihres Garagebetriebes montieren liess.
B.-Die Klägerinnen stellten beim Handelsgericht des Kantons Zürich folgende Rechtsbegehren:
"1. Es sei der Beklagten zu verbieten, die Zeichen
"VW" und "Audi" im Geschäftsverkehr, insbesondere
zur Kennzeichnung ihres Geschäftslokals, als Bestandteil
der Geschäftsbezeichnung, auf Firmenschilder,
Briefpapier, auf Service-Stempel, in der Werbung,
in Nachschlagverzeichnissen, elektronischen
Verzeichnissen oder sonstwie zu gebrauchen;
2. Es sei die Beklagte zu verpflichten, sämtliche
zur Kennzeichnung ihres Geschäftslokals dienenden
Schilder () mit der Aufschrift ""VW"/"Audi" Spezialist"
bzw. ""VW"/"Audi"" gemäss den Abbildungen in
Beilage 20 zu entfernen und sämtliche Drucksachen
wie Broschüren, Briefschaften, Service-Stempel, Werbematerial
usw. , auf welchen die Zeichen "VW" und
"AUDI" angebracht sind, zu vernichten;
3. Es sei das Verbot und Gebot gemäss Ziffer 1 und
Ziffer 2vorstehend mit der Androhung der Bestrafung
der Organe der Beklagten mit Haft oder Busse wegen
Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung im Sinne
von <ref-law> zu verbinden.. "
Zur Begründung ihrer Begehren beriefen sich die Klägerinnen namentlich auf ihre diversen, international hinterlegten Wort- und Wort-/Bildmarken "VW" und "AUDI".
C.-Das Handelsgericht wies die Klage mit Urteil vom 29. März 2001 ab.
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies eine dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde der Klägerinnen am 22. September 2001 ab, soweit es darauf eintrat.
D.-Die Klägerinnen haben eidgenössische Berufung eingereicht mit den Anträgen, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 29. März 2001 aufzuheben und ihre Klage sei vollumfänglich gutzuheissen, eventuell sei die Sache zur Durchführung des Beweisverfahrens und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Die Klägerinnen beantragen eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur weiteren Abklärung des Sachverhalts. Sie sehen eine Verletzung von <ref-law> darin, dass das Handelsgericht zu ihren Vorbringen über die ungenügenden Fachkenntnisse von nicht mehr autorisierten Händlern trotz Beweisanerbieten kein Beweisverfahren durchgeführt habe. <ref-law> verleiht der beweisbelasteten Partei im Bereich des Bundesprivatrechts für rechtserhebliche Sachvorbringen einen bundesrechtlichen Anspruch auf Beweisführung.
Dieser besteht allerdings nur unter der Voraussetzung, dass die Beweisanträge im kantonalen Verfahren form- und fristgerecht gestellt worden sind (<ref-ruling> E. 3c S. 223). Die Klägerinnen weisen selbst darauf hin, dass die Vorinstanz ihre Beweisanträge als verspätet bezeichnet und aus diesem Grunde unbeachtet gelassen hat. Im Berufungsverfahren können - von hier nicht geltend gemachten Ausnahmen abgesehen - aber weder die entsprechenden Feststellungen zum prozessualen Verhalten der Klägerinnen noch die Auslegung kantonaler Verfahrensnormen überprüft werden (Art. 43 und Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Die Klägerinnen haben nach den verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil (die erfolglos beim kantonalen Kassationsgericht angefochten worden sind) ihre Beweisanträge im kantonalen Verfahren nicht form- und fristgerecht gestellt. Auf den Eventualantrag ist nicht einzutreten, weshalb dahingestellt bleiben kann, ob die entsprechenden Sachvorbringen rechtserheblich wären. Soweit die Klägerinnen ihre Rüge der Verletzung von <ref-law> und <ref-law> überdies auf ihre Behauptung stützen, die Beklagte sei nicht in der Lage, zur Sicherheit der Konsumenten genügende Serviceleistungen zu erbringen, kann auf die Rügen mangels entsprechender Feststellungen der Vorinstanz ebenfalls nicht eingetreten werden.
2.-Die Klägerinnen rügen, die Vorinstanz habe eine Verletzung ihrer Markenrechte sowie ein unlauteres Verhalten der Beklagten zu Unrecht verneint. Sie berufen sich auf Art. 3 des Bundesgesetzes vom 28. August 1992 über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben (Markenschutzgesetz, MSchG; SR 232. 11), auf Art. 3 lit. d des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 1986 über den unlauteren Wettbewerb (UWG; SR 241) sowie insbesondere auf <ref-law>.
a) <ref-law> schliesst jüngere Zeichen vom Markenschutz aus, wenn sie einer älteren Marke derart ähnlich sind, dass sich daraus eine Verwechslungsgefahr ergibt.
Die Gefahr der Verwechslung bedeutet, dass ein Kennzeichen in seinem Schutzbereich durch gleiche oder ähnliche Zeichen in seiner Funktion der Individualisierung bestimmter Personen oder Gegenstände gefährdet wird. Dabei können schlechter berechtigte, gleiche oder ähnliche Zeichen Fehlzurechnungen derart verursachen, dass die Adressaten die gekennzeichneten Gegenstände (unmittelbar) für jene halten, die mit den besser berechtigten Zeichen individualisiert werden. Ferner können die schlechter berechtigten Zeichen eine mittelbare Verwechslungsgefahr schaffen, indem die Adressaten die Zeichen zwar auseinander zu halten vermögen, aber falsche Zusammenhänge vermuten (<ref-ruling> E. 2a S. 165 f.). Eine Verwechslungsgefahr und damit auch eine Verletzung des Prioritätsrechts gemäss <ref-law> entfällt dagegen, wenn Kennzeichen der Individualisierung von Waren oder Dienstleistungen dienen, die vom Markenberechtigten oder mit seinem Einverständnis in Verkehr gebracht worden sind. Soweit die Kennzeichen Originalprodukte individualisieren, entfällt die Gefahr von Fehlzurechnungen von vornherein.
Da die Beklagte im vorliegenden Fall unbestritten Waren zum Verkauf anbietet und für Reparaturen an Fahrzeugen wirbt, die mit dem Einverständnis der Klägerinnen als Originalmarkenprodukte in Verkehr gesetzt worden sind, besteht insofern keine Gefahr von Verwechslungen. Der Streit der Parteien dreht sich vielmehr um den Gebrauch der klägerischen Marken im Zusammenhang mit der Werbung für die eigene Geschäftstätigkeit der Beklagten, namentlich um die Leuchtreklame und die Anpreisung der Beklagten als "Spezialist".
b) Nach <ref-law> kann der Markeninhaber anderen verbieten, ein Zeichen zu gebrauchen, das nach Artikel 3 Abs. 1 vom Markenschutz ausgeschlossen ist, so insbesondere das Zeichen auf Geschäftspapieren, in der Werbung oder sonstwie im geschäftlichen Verkehr zu gebrauchen.
aa) Verwendet ein Geschäftsinhaber die fremde Marke für sein Angebot an Original-Markenartikeln oder zur Werbung für Reparatur- und Servicearbeiten, die Originalmarkenartikel zum Gegenstand haben, so verletzt er das Markenrecht nicht, wenn seine Werbung sich deutlich auf seine eigenen Angebote bezieht. Angaben zur Beschreibung eigener Warenangebote oder Dienstleistungen darf vielmehr jedermann verwenden, auch wenn davon Marken Dritter berührt werden (<ref-ruling> E. 3b S. 325 mit Hinweis; vgl. auch Urteil 4C.354/1999 vom 12. Januar 2000, publ. in: sic! 4/2000 S.
310 ff. als "Chanel IV", E. 2a und b). Diesen Grundsatz stellen die Klägerinnen zwar nicht ausdrücklich in Frage.
Sie machen auch zu Recht nicht geltend, der Beklagten könne verwehrt werden, ihre Reparatur- und Serviceleistungen speziell für Fahrzeuge der klägerischen Marken zu erbringen und auch ihre Wiederverkaufstätigkeit besonders auf Gebrauchtwagen der klägerischen Marken auszurichten. Sie sehen indessen im Schutz des Werbeauftritts der Beklagten durch die Vorinstanz einen Widerspruch zum klaren Wortlaut von <ref-law> und vertreten die Ansicht, es werde damit eine neue Schranke des Markenrechts und eine Art unentgeltlicher Zwangslizenz eingeführt.
bb) Die Marke dient der Individualisierung der Produkte eines Unternehmens und deren Abgrenzung gegenüber Konkurrenzprodukten.
Allfällige weitere wirtschaftliche Funktionen wie Werbung, Profilierung oder Kommunikation der Markeninhaber im Wettbewerb geniessen keinen selbständigen Schutz (<ref-ruling> E. 5f S. 479; Botschaft des Bundesrates vom 21. November 1990 zu einem Bundesgesetz über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben, BBl 1991 I 19; Marbach, Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, Bd. III, Kennzeichenrecht, S. 5 f.; vgl. auch David, Basler Kommentar, Markenschutzgesetz, Muster- und Modellgesetz,
2. Aufl. , N 7 zu <ref-law>). Die Markeninhaber können den Weiterverkäufern oder Dienstleistern ihrer Markenprodukte daher weder vorschreiben, wie sie mit diesen umzugehen haben noch welche Werbemassnahmen sie treffen dürfen (Urteil 4C.354/1999 vom 12. Januar 2000 ["Chanel IV"], a.a.O., E. 2b; Marbach, a.a.O., S. 202; David, a.a.O., N 16 zu <ref-law>). Allerdings bleibt den Markenberechtigten die allgemeine Bewerbung der Marke, die ohne Bezug auf ein bestimmtes Warensortiment oder konkrete Dienstleistungen dem Ansehen und dem Ruf der Marke beim Publikum im Allgemeinen gilt, vorbehalten (<ref-ruling> E. 3a; Urteil 4C.354/1999 vom 12. Januar 2000 ["Chanel IV"], a.a.O., E. 2b; David, a.a.O., N 7 zu Art. 1, N 23 zu Art. 13). Auch findet die Werbung mit einer Drittmarke ihre Grenze dort, wo beim Publikum der unzutreffende Eindruck einer besonderen Beziehung des mit der Marke werbenden Anbieters zum Markeninhaber erweckt wird. Eine derartige Täuschung der Adressaten ist unbesehen darum rechtswidrig, ob darin eine Berühmung an (der Nutzungsberechtigung) der Marke und damit ein Verstoss gegen den Markenschutz zu sehen wäre oder auch unter dem geltenden MSchG ein unlauteres Verhalten und damit ein Verstoss gegen das UWG vorliegt (vgl. <ref-ruling> E. 4 S.
60 f.; Urteil 4C.354/1999 vom 12. Januar 2000 ["Chanel IV"], a.a.O., E. 2c; David, a.a.O., Vorbem. zum 1. Titel N 3).
cc) Die Vorinstanz hat diese Grundsätze bundesrechtskonform angewendet, indem sie davon ausging, dass der Gebrauch einer Drittmarke in der Werbung jedenfalls rechtmässig ist, solange er klar auf die eigenen Leistungen bezogen bleibt und das Publikum nicht über die Verhältnisse des Werbenden zum Markeninhaber getäuscht wird. Diese Abwägung der Interessen der Markenrechtsinhaber einerseits und nicht am Kennzeichen berechtigter Wettbewerber mit Originalmarkenprodukten anderseits entspricht im Ergebnis derjenigen des EuGH in Auslegung des einschlägigen Rechts der EU (vgl. dessen Urteil vom 23. Februar 1999 i.S. BMW c. Deenik, Rs.
C-63/97, auszugsweise publ. in: sic! 2/1999 S. 183).
c) Ob die Adressaten bestimmte Anpreisungen auf die konkrete Geschäftstätigkeit für mit Drittmarken gekennzeichnete Originalprodukte beziehen oder ob sie diese der Marke als solcher bzw. dem Markeninhaber zurechnen, beurteilt sich nach dem Gesamteindruck, den sie beim Publikum erwecken (Urteil 4C.354/1999 vom 12. Januar 2000 ["Chanel IV"], a.a.O., E. 2d). Die Vorinstanz hat in dieser Hinsicht zutreffend geprüft, wie das Publikum die Werbung der Beklagten versteht.
aa) Die umstrittene Leuchtreklame ist nach den Feststellungen der Vorinstanz augenfällig auf dem Dach des Garagenbetriebs der Beklagten montiert und hat die Form eines hochgestellten Rechtecks. Auf dem hellen Hintergrund der Reklamefläche sind drei gleich grosse, farbige, abgerundete Rechtecke parallel übereinander angeordnet. Das obere Rechteck ist dunkelblau gehalten und trägt in gleicher Farbe weissumrandet das Zeichen "VW", das mittlere Rechteck ist rot und enthält in gleichfarbiger, weissumrandeter Schrift das Zeichen "Audi" und das untere Rechteck ist hellblau und trägt den gelben Schriftzug "Spezialist". Die Klägerinnen beanstanden insofern die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz nicht.
bb)Die Beklagte bietet ihre Dienste besonders für Fahrzeuge der klägerischen Marken an, weshalb ihr erlaubt sein muss, zu diesem Zweck die klägerischen Zeichen zu gebrauchen.
Die Vorinstanz hat festgestellt, dass das Anbringen einer Leuchtreklame auf dem Garagendach dem branchenüblichen Werbeverhalten entspricht und von den Adressaten als Hinweis auf den Garagenbetrieb und dessen Leistungen - nicht darüber hinaus als Bewerbung der Marken - verstanden wird, zumal die Beklagte das Logo der klägerischen Zeichen nicht gebraucht. Das verwendete Schriftbild kann nach den Feststellungen der Vorinstanz als nüchtern bezeichnet werden und grenzt sich sowohl von der prägnanten "Audi"-Schreibweise wie von den übereinander stehenden Buchstaben "V" und "W" ab. Ob diese Abgrenzung zur Klarstellung des Gegenstands der Werbung erforderlich ist oder der Bezug ausschliesslich auf die Tätigkeit der Beklagten auch auf andere Weise klar herausgehoben werden könnte, sei dahingestellt. Die klägerischen Marken werden jedenfalls in der Weise gebraucht, dass die Adressaten diese Werbung als Anpreisung des eigenen Angebots der Beklagten verstehen. Der Eindruck einer nicht (mehr) vorhandenen Vertragsbeziehung zwischen dieser und den Markeninhaberinnen wird nicht erweckt. Insbesondere weist der Ausdruck "Spezialist" nicht auf eine besondere Vertragsbeziehung zu den Klägerinnen als Markenberechtigte hin. Die Klägerinnen bringen denn auch für ein derartiges Verständnis des Publikums nichts vor.
cc)Aufgrund der Feststellungen der Vorinstanz kann nicht angenommen werden, die Beklagte habe den Eindruck erweckt, sie würde statt für ihre eigene Geschäftstätigkeit für die Marken der Klägerinnen werben oder täusche das Publikum über ein nicht vorhandenes Verhältnis zu den Klägerinnen als Markeninhaberinnen. Die Vorinstanz hat eine Täuschung der Adressaten über den Gegenstand der Werbung bundesrechtskonform verneint. Inwiefern im Übrigen für die vorliegend umstrittenen Fragen das Firmenrecht den Klägerinnen gegenüber der Beklagten mehr Rechte verschaffen sollte als Markenrecht und UWG, ist nicht ersichtlich und lässt sich der Berufung der Klägerinnen nicht entnehmen.
3.-Die Berufung ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und das angefochtene Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 29. März 2001 ist zu bestätigen. Diesem Verfahrensausgang entsprechend ist die Gerichtsgebühr den Klägerinnen unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG). Sie haben der Beklagten überdies eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 und 5 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 29. März 2001 wird bestätigt.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 9'000.-- wird den Klägerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.-Die Klägerinnen haben die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 30. Januar 2002
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: