Sachverhalt:
A. Das Handelsregisteramt des Kantons Aargau forderte A._ (Beschwerdeführer) am 28. August 2007 auf, seine Einzelfirma "Gemüsebau A._" bis am 16. September 2007 zur Eintragung im Handelsregister anzumelden. Der Beschwerdeführer machte Weigerungsgründe geltend.
Am 26. September 2007 überwies der Handelsregisterführer die Angelegenheit an die Justizabteilung des Departements Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI) als kantonale Aufsichtsbehörde (Beschwerdegegner). Der Beschwerdeführer weigerte sich weiterhin, die verlangte Anmeldung vorzunehmen. In der Folge erliess das DVI am 7. April 2008 eine Verfügung, in der es feststellte, dass A._, Gemüsebau, in B._, eintragungspflichtig sei, und in der es den Handelsregisterführer beauftragte, die Eintragung ins Handelsregister zu veranlassen.
Der Beschwerdeführer gelangte gegen diese Verfügung an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, welches die Beschwerde mit Urteil vom 3. November 2008 abwies.
B. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass keine Pflicht zum Eintrag ins Handelsregister bestehe.
Das DVI und das Verwaltungsgericht haben auf Stellungnahmen zur Beschwerde verzichtet, unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen öffentlich-rechtliche Entscheide, die in unmittelbarem Zusammenhang mit dem Zivilrecht stehen, so insbesondere gegen Entscheide über die Führung des Handelsregisters (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG), zu denen der angefochtene Entscheid über die Eintragungspflicht ins Handelsregister zu zählen ist.
1.1 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>). Dies gilt auch für Entscheide, die unter der Herrschaft des Ende 2006 ausser Kraft getretenen Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (aOG) unabhängig vom Streitwert mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden konnten, wie die letztinstanzlichen Entscheide über Verfügungen der kantonalen Aufsichtsbehörden betreffend das Handelsregister. Solche Entscheide können nunmehr nur noch mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden, wenn der von <ref-law> geforderte Streitwert erreicht wird (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 371).
Es stellt sich somit die Frage, ob die vorliegende Zivilsache als vermögensrechtlich zu qualifizieren ist. Massgebend ist dabei, ob der Rechtsgrund des Anspruchs letzten Endes im Vermögensrecht ruht, mit dem Begehren letztlich und überwiegend ein wirtschaftlicher Zweck verfolgt wird (<ref-ruling> E. 2c S. 531 mit Hinweisen). Der Antrag auf Feststellung, dass der Gemüsebaubetrieb des Beschwerdeführers nicht der Eintragungspflicht in das Handelsregister unterstehe, ist als vermögensrechtlicher Anspruch zu qualifizieren, da er mit einem vermögensrechtlichen Rechtsverhältnis eng verbunden ist und mit der Beschwerde letztlich ein wirtschaftlicher Zweck verfolgt wird.
Entgegen den gesetzlichen Vorschriften (<ref-law>) finden sich im angefochtenen Urteil keine Angaben zum Streitwert. Im vorliegenden Fall kann jedoch aufgrund der wirtschaftlichen Auswirkungen der Eintragung des Gemüsebaubetriebs in das Handelsregister ermessensweise davon ausgegangen werden, dass der Streitwert Fr. 30'000.-- übersteigt (<ref-law>).
1.2 Da die Eintretensvoraussetzungen im Übrigen erfüllt sind, ist auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde in Zivilsachen einzutreten.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig, mithin willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2.2) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten oder ergänzen will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4; <ref-ruling> E. 6.2).
Die Vorinstanz hielt fest, der Beschwerdeführer habe im Verfahren vor dem DVI wie auch im vorinstanzlichen Verfahren seiner Mitwirkungspflicht bei der Sachverhaltsermittlung nicht genügt, indem er keine der konkret geforderten Unterlagen eingereicht und sich auf allgemeine Aussagen über seinen Betrieb beschränkt habe, ohne diese näher zu begründen. Das DVI habe dieses Verhalten nach freiem Ermessen würdigen dürfen und es sei nicht zu beanstanden, dass es anderweitig, namentlich im Internet, Informationen über den Gemüsebaubetrieb zusammengetragen und seiner Verfügung zugrunde gelegt habe. Auch die Vorinstanz ging in der Folge von den so erhobenen tatsächlichen Feststellungen des DVI aus. Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, die dem angefochtenen Urteil zugrunde liegenden Tatsachenfeststellungen seien aus diesem Grund willkürlich oder unter einer anderweitigen Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> zustande gekommen. Er erhebt auch sonst keine Sachverhaltsrügen nach <ref-law>.
Soweit der Beschwerdeführer in seiner Beschwerdeschrift von den vorinstanzlichen Feststellungen abweicht oder diese ergänzt, kann er demnach nicht gehört werden. So namentlich wenn er geltend macht, sein Betrieb liege in der Landwirtschaftszone und sei daher der Landwirtschaft zuzuordnen, er pflanze seine Setzlinge in den Boden und übergebe das gehegte und gepflegte Gemüse erntereif in der vorgeschriebenen Sortimentierung und den vorgeschriebenen Gebinden dem Handel, es gebe in seinem Betrieb keine für Handelsunternehmungen charakteristische eigene Warenbezeichnung an den Gebinden und kein Marketing, die Rekrutierung seiner Arbeitskräfte erfolge nach bäuerlich-landwirtschaftlichem Arbeitsvertrag und dem Vertragsmuster des Bauernverbandes und auf seinem Betrieb würden die Kriterien der "bäuerlichen Buchführungspflicht" vollumfänglich eingehalten.
3. Der angefochtene Entscheid stützt sich auf <ref-law> und auf die dazu erlassenen Ausführungsbestimmungen in der eidgenössischen Handelsregisterverordnung (HRegV, SR 221.411). Am 1. Januar 2008 ist eine revidierte Fassung von <ref-law> vom 16. Dezember 2005 und eine totalrevidierte Fassung der Handelsregisterverordnung vom 17. Oktober 2007 in Kraft getreten (AS 2007 4791 ff., 4833 und 4851 ff.).
Nach Art. 180 der HRegV vom 17. Oktober 2007 richten sich Verfahren betreffend Eintragungen von Amtes wegen, die vor dem Inkrafttreten dieser Verordnung eingeleitet wurden, nach den Vorschriften des alten Rechts. Die Vorinstanz erwog, die vorliegende Streitsache sei in Anwendung dieser Bestimmung nach der HRegV vom 7. Juni 1937 (im Folgenden: aHRegV) zu beurteilen, da das Handelsregisteramt des Kantons Aargau das Eintragungsverfahren am 28. August 2007 eröffnet habe. Dies ist zutreffend und blieb unbestritten. Ohnehin wäre der vorliegende Fall nicht anders zu beurteilen, wenn er aufgrund der Bestimmung über die Eintragungspflicht in Art. 36 der neuen HRegV beurteilt würde, wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt (vgl. dazu auch MICHAEL GWELESSIANI, Praxiskommentar zur Handelsregisterverordnung, 2008, Art. 36 N. 139 ff.).
Zur Frage, ob die alte oder die neue Fassung von <ref-law> anwendbar sei, hat sich die Vorinstanz nicht geäussert. Die Frage kann auch vorliegend offenbleiben, da der Randtitel und der Text dieser Gesetzesbestimmung bei der Revision rein redaktionell umformuliert wurde und keine materielle Änderung erfolgte (Botschaft vom 19. Dezember 2001 zur Revision des Obligationenrechts [GmbH-Recht sowie Anpassungen im Aktien-, Genossenschafts-, Handelsregister- und Firmenrecht], BBl 2002 3148 ff., 3238).
4. Zur Eintragung ins Handelsregister ist nach Art. 934 Abs. 1 aOR verpflichtet, wer ein Handels-, ein Fabrikations- oder ein anderes nach kaufmännischer Art geführtes Gewerbe betreibt (gleich lautend: Art. 52 Abs. 1 aHRegV). Als Gewerbe ist eine selbständige, auf dauernden Erwerb gerichtete wirtschaftliche Tätigkeit zu betrachten (Art. 52 Abs. 3 aHRegV). Nach Art. 53 lit. C aHRegV gehören zu den andern, nach kaufmännischer Art geführten Gewerben diejenigen, die nicht Handelsgewerbe (nach lit. A) oder Fabrikationsgewerbe (nach lit. B) sind, jedoch nach Art und Umfang des Unternehmens einen kaufmännischen Betrieb und eine geordnete Buchführung erfordern. Wenn ihre jährliche Roheinnahme die Summe von 100'000 Franken nicht erreicht, sind sie von der Eintragungspflicht befreit (Art. 54 aHRegV). Die erwähnten Merkmale (kaufmännische Betriebsführung, geordnete Buchführung, Minimalroheinnahmen) müssen kumulativ erfüllt sein, was nach den Umständen des Einzelfalles zu beurteilen ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.3; Urteil 2A.210/1992 vom 26. November 1993 E. 3, ASA 64 S. 144 mit Hinweisen).
Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer mit seinem Gemüsebaubetrieb ein "anderes" Gewerbe im Sinne von Art. 52 Abs. 3 und Art. 53 lit. C aHRegV (d.h. ein anderes als ein Handels- oder Fabrikationsgewerbe) mit einem Fr. 100'000.-- übersteigenden jährlichen Umsatz (Roheinnahme) führt, und die Voraussetzungen seiner Eintragungspflicht insoweit bestehen. Der Streit dreht sich einzig um die Frage, ob es sich dabei um ein nach kaufmännischer Art geführtes und damit auch unter diesem Gesichtspunkt eintragungspflichtiges Gewerbe im Sinne von <ref-law> und von Art. 53 lit. C aHRegV handelt.
Die Vorinstanz erwog, die Eintragungspflicht in das Handelsregister hänge nicht an sich davon ab, ob ein Betrieb der Landwirtschaft (bzw. Urproduktion) zugeordnet werden könne. Entscheidend sei vielmehr, ob solche Betriebe die Kriterien von Art. 53 lit. C aHRegV erfüllten, d.h. nach Art und Umfang des Unternehmens einen kaufmännischen Betrieb und eine geordnete Buchführung erforderten. Ob dies der Fall sei, beurteilte die Vorinstanz aufgrund von verschiedenen Indizien, namentlich auch solcher, die bei Handwerksbetrieben oder bei freien Berufen auf eine kaufmännische Tätigkeit schliessen lassen.
Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, die Vorinstanz sei damit zu Unrecht von der bundesgerichtlichen Praxis (<ref-ruling>) abgewichen, indem sie entschieden habe, die Eintragungspflicht sei unabhängig davon zu beurteilen, ob ein Betrieb der Landwirtschaft zuzurechnen oder ob er ein Handelsbetrieb sei. Ein Hinweis dafür, dass sein Gemüsebaubetrieb der Urproduktion angehöre, sei die Unterstellung der Betriebe des produzierenden Gartenbaus per 1. Januar 1994 unter das Bundesgesetz vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht (BGBB; SR 211.412.11). Mithin seien solche Betriebe gleich zu behandeln wie herkömmliche Landwirtschaftsbetriebe. Auf dem Betrieb finde kein Handel von Gemüse statt, sondern ausschliesslich ein Verkauf von selbstangebauten Produkten an Grossabnehmer und im Hoflädeli, wie auf vielen Landwirtschaftsbetrieben auch.
5. 5.1 Es ist richtig, dass Betriebe der bodenabhängig produzierenden Urproduktion nach einer älteren Rechtsprechung von der Pflicht zur Eintragung in das Handelsregister ausgenommen waren. Immerhin hat das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 2 S. 418 f. ausgeführt, Betriebe der Urproduktion, insbesondere der Landwirtschaft, seien eintragungspflichtig, wenn sie mit einem Grosshandel der gewonnenen Erzeugnisse verbunden seien oder sonstwie nach kaufmännischer Art geführt würden und daher unter Art. 53 lit. C aHRegV fielen. Im gleichen Entscheid (E. 2 S. 419 f.) hielt es aber an seiner bisherigen Praxis fest (<ref-ruling> E. 2; 78 I 63 E. 3), nach der landwirtschaftliche Betriebe von der Eintragungspflicht ausgenommen seien, selbst wenn sie über eine "vorwiegend auf Selbstversorgung gerichtete Bauernwirtschaft" hinausgingen und von ihrer Grösse her nach kaufmännischen Grundsätzen geführt sowie buchhalterisch erfasst werden müssten und sie mit einem Grosshandel der gewonnenen Erzeugnisse verbunden seien, da die Anwendbarkeit des Handelsrechts für sie keinen Sinn habe (vgl. dazu auch JEAN-PIERRE LEU, Les conditions de l'obligation de tenir une comptabilité [Art. 957 CO], Der Schweizer Treuhänder 1974, S. 35 ff., 44; GOTTHARD STEINMANN, Zur Frage der Buchführungspflicht im Wehrsteuerrecht, insbesondere auch bei den sog. "anderen" kaufmännischen Gewerben, Steuer Revue 1979, S. 7 ff., 15).
Nach konstanter Rechtsprechung trifft es sodann auch zu, dass Gemüsebaubetriebe (Gemüsegärtnereien) als Gewerbe der Bodenkultur bzw. der landwirtschaftlichen Urproduktion der Landwirtschaft zugerechnet werden. Dies gilt selbst dann, wenn in einem solchen Betrieb besondere technische Einrichtungen wie Gewächshäuser oder ein Kühlhaus verwendet und in den Gewächshäusern teilweise nicht Freilandpflanzen kultiviert werden, die nicht Bestandteile des Bodens sind, soweit die Urproduktion vorherrschend bleibt (<ref-ruling> E. 3a; 78 I 63 E. 3 S. 68 f.; Urteil vom 12. September 1967 E. 3, ASA 37 S. 206 ff.). Nicht zur Landwirtschaft gerechnet werden hingegen Baumschulbetriebe und Handelsgärtnereien, mit denen eine markantere kaufmännische Tätigkeit verfolgt werde, indem ihre Erzeugnisse von Anfang an für einen Verkauf an eine breite Kundschaft bestimmt seien (<ref-ruling> E. 2 S. 419; <ref-ruling> E. 2 S. 80; vgl. dazu auch LEU, a.a.O., S. 44 f.). Die Frage der Gleichstellung von Gemüsebaubetrieben mit der Landwirtschaft wurde in nach <ref-ruling> ergangenen Urteilen des Bundesgerichts nicht mehr besprochen.
Hingegen hat das Bundesgericht in einem späteren Entscheid die Voraussetzungen einer Eintragungspflicht von Landwirtschaftsbetrieben in das Handelsregister in Anlehnung an verschiedene Lehrmeinungen teilweise neu umschrieben, ohne sich auf die bisherige Rechtsprechung zu beziehen (<ref-ruling> E. 2b S. 26). Danach bleiben Landwirtschaftsbetriebe (wie nach herkömmlicher Ansicht) im Allgemeinen ausserhalb des Handelsrechts und unterliegen daher der Buchführungspflicht nicht. Dieser Grundsatz gilt, wie im Entscheid weiter ausgeführt wird, allerdings nicht unbegrenzt. Ein Landwirtschaftsbetrieb (Urproduktion) stellt ein eintragungs- und damit buchführungspflichtiges Handelsgewerbe dar, wenn mit ihm ein Grosshandel der gewonnenen Produkte bzw. wenn er mit einer zusätzlichen Handelstätigkeit verbunden wird. Eine Eintragungspflicht besteht ausserdem, wenn der Landwirtschaftsbetrieb nur ein Nebengewerbe eines dem gleichen Inhaber gehörenden und seiner Natur nach eintragungspflichtigen (Haupt-)Gewerbes darstellt (vgl. Art. 56 aHRegV). Im konkreten Fall qualifizierte das Bundesgericht einen landwirtschaftlichen Betrieb, in dem Heu produziert wurde, als blossen Nebenbetrieb einer - unbestrittenermassen eintragungspflichtigen - Schweine-Grossmästerei und eines Heuhandels (<ref-ruling> E. 3c/d S. 27 f.). Damit wurde am Grundsatz, dass Landwirtschafts- und Gemüsebaubetriebe von der Eintragungspflicht befreit sind, festgehalten. Dagegen wurde damit die Rechtsprechung aufgegeben, wonach Landwirtschaftsbetriebe und die diesen gleichgestellten Gemüsebaubetriebe generell von der Eintragungspflicht ausgenommen seien, weil die Anwendbarkeit des Handelsrechts für diese - unabhängig von weiteren Umständen - keinen Sinn ergäbe.
Diese Rechtsprechung wurde in mehreren späteren Entscheiden bestätigt.
In einem Urteil aus dem Jahre 1998 hat das Bundesgericht einen Weinbaubetrieb als eintragungspflichtig erklärt, in dem der Verkauf an Private direkt aus dem Weinkeller eine untergeordnete Rolle spielte und ein eigentlicher Weingrosshandel betrieben wurde (nicht veröffentlichtes Urteil 2P.128/1997 vom 3. Dezember 1998 E. 4d und 5).
In einem Urteil aus dem Jahre 1991 (Urteil 2A.71/1991 vom 15. November 1991 E. 5a, ASA 61 S. 525) wurde zur grundsätzlichen Nichtunterstellung von Landwirtschaftsbetrieben unter die Eintragungspflicht bzw. die Buchführungspflicht (<ref-law>) erläutert, dass bei solchen wie bei den handwerklichen Betrieben kein allgemeines Interesse an deren Bekanntmachung und "Geschäftsführung" bestehe. Entscheidend seien vor allem die persönlichen Fähigkeiten des Betriebsinhabers. Zwar sei der Kapitaleinsatz zwecks Anschaffung lohnsparender Maschinen in der Landwirtschaft in neuerer Zeit immer erheblicher geworden. Demgegenüber seien die Lohnkosten in der Regel bescheiden. Der Landwirt vermöge daher den Überblick über seine finanziellen Verhältnisse zumeist auch ohne eigentliche Buchhaltung zu behalten, weshalb die sich mit der Eintragung im Handelsregister ergebende Pflicht zur Buchführung ebenfalls aus dieser Sicht keiner zwingenden Notwendigkeit entspreche. In diesem, wie auch in einem weiteren Urteil aus dem Jahre 1996, war für die schliesslich bejahte Eintragungspflicht bzw. Buchführungspflicht der zu beurteilenden Betriebe nicht in erster Linie der Umstand entscheidend, dass ein Grosshandel mit den gewonnenen Erzeugnissen getätigt wurde. Ausschlaggebend war eher, dass es sich dabei gar nicht um Gewerbe der Bodenkultur bzw. der landwirtschaftlichen Urproduktion und damit nicht um Landwirtschaftsbetriebe im herkömmlichen Sinn handelte, sondern um nach kaufmännischer Art geführte Grossbetriebe der Aufzucht und Mast von Tieren bzw. der Legehennenhaltung, bei denen die für die Urproduktion typische Tätigkeit der Gewinnung organischer Stoffe aus der Bodenbearbeitung weitgehend fehlte oder zumindest unbeachtlich war (Urteil vom 15. November 1991, a.a.O., E. 5 und 6; nicht veröffentlichtes Urteil 2A.262/1994 vom 8. Oktober 1996 E. 3 und 4).
5.2 Es ist demnach zunächst zu prüfen, ob der Betrieb des Beschwerdeführers einen Betrieb der bodenabhängig produzierenden Urproduktion darstellt. Wenn nicht, kommt die Regel der grundsätzlichen Befreiung von der Eintragungspflicht von vornherein nicht zum Tragen.
Die Vorinstanz hat festgehalten, die Produktion erfolge ausschliesslich in Gewächshäusern und seit 2001 werde ganz auf den Freilandanbau verzichtet. Sie hat indes keine Feststellungen darüber getroffen, ob im streitbetroffenen Betrieb vorwiegend bodenabhängig produziert wird, wie der Beschwerdeführer behauptet, und damit ein Betrieb der Urproduktion vorliegt. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts (Erwägung 5.1 vorne, 2. Absatz) kann allerdings bei einer Gemüsegärtnerei grundsätzlich davon ausgegangen werden, dass eine schwergewichtig bodenabhängige Produktion erfolgt.
5.3 Der streitbetroffene Betrieb fällt demnach unter die Regel der grundsätzlichen Befreiung von der Eintragungspflicht. Als Nächstes ist zu prüfen, ob er nach den Kriterien der dargestellten bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. Erwägung 5.1 vorne, namentlich <ref-ruling> E. 2b) dennoch im Handelsregister eingetragen werden muss.
Es liegen keine Anhaltspunkte dafür vor, dass der Gemüsebaubetrieb des Beschwerdeführers im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ein eintragungspflichtiges Gewerbe wäre, weil er bloss ein Nebengewerbe eines eintragungspflichtigen (Haupt-) Gewerbes darstellte oder weil er ein Betrieb der Urproduktion ist, der mit einer zusätzlichen Handelstätigkeit verbunden wäre.
Es stellt sich hingegen die Frage, ob eine Eintragungspflicht bejaht werden kann, weil mit den im Betrieb gewonnenen Erzeugnissen ein Grosshandel betrieben wird. Der Beschwerdeführer bestreitet dies, indem er geltend macht, es finde auf seinem Betrieb kein Handel von Gemüse statt. Er verkaufe ausschliesslich die selbstangebauten Produkte an Grossabnehmer und im Hoflädeli. Er mache damit das, was Dutzende von anderen Landwirten ebenfalls ausübten, indem sie neben der Belieferung von Grossabnehmern (Molkereien, Mühlen, Schlachthöfe etc.) auch noch einen Hofverkauf betrieben.
5.3.1 Das Bundesgericht hat in verschiedenen Entscheiden das Vorliegen eines Grosshandels in diesem Sinne bejaht, wobei es allerdings nie abstrakt festlegte, welches die massgeblichen Kriterien für die Annahme eines solchen seien. Im unveröffentlichten Urteil 2P.128/1997 vom 3. Dezember 1998 E. 5b hat es die Führung eines Grosshandels bei einem Weinbaubetrieb bejaht, der durch Verkäufe an verschiedene Wiederverkäufer und nur zu einem kleinen Anteil durch Verkäufe an Endverbraucher einen jährlichen Umsatz zwischen rund Fr. 328'000.-- und Fr. 682'000.-- erzielte (vgl. dazu auch Käfer, Berner Kommentar, N. 70 zu <ref-law>). Im Urteil 2A.262/1994 vom 8. Oktober 1996 E. 4c schloss das Bundesgericht bei einem Betrieb, der Viehhandel sowie Mast und Aufzucht von Tieren mit Jahresumsätzen von rund Fr. 2 Mio. betrieb, auf einen Grosshandel, wobei dies allerdings insoweit nicht entscheidwesentlich war, als die Fläche des Landwirtschaftsbetriebs keine ausreichende Futtergrundlage für die vielen Tiere gewährleistete und damit gar keine bodenabhängig produzierende Urproduktion vorlag; zu entscheiden war damit letztlich nur, ob das Unternehmen gemäss allgemeinen Kriterien nach Art und Umfang einen kaufmännischen Betrieb und eine geordnete Buchhaltung im Sinne von Art. 53 lit. C aHRegV erforderte. Desgleichen qualifizierte das Bundesgericht im Urteil 2A.71/1991 vom 15. November 1991 E. 5b und 6, ASA 61 S. 525 einen mit einer grossen Geflügelfarm und einer Schweinemästerei mit rund 100 Plätzen verbundenen Landwirtschaftsbetrieb zwar sinngemäss als Grosshandelsbetrieb. Für die Eintragungspflicht entscheidend war aber auch hier, dass die für das Vorliegen eines landwirtschaftlichen Betriebs massgebende Tätigkeit der Gewinnung organischer Stoffe durch Bodenbearbeitung weitgehend fehlte oder zumindest unbeachtlich war (E. 5a in fine und E. 6; vgl. dazu auch Käfer, a.a.O., N. 67 zu <ref-law>).
5.3.2 Die Vorinstanz hat in tatsächlicher Hinsicht festgehalten, der Gemüsebaubetrieb des Beschwerdeführers beschäftige rund 15 Arbeitnehmende und es werde ein stellvertretender Betriebsleiter gesucht. Gestützt darauf und aufgrund der Betriebsgrösse sei davon auszugehen, dass der Jahresumsatz über Fr. 100'000.-- liege. Weiter stehe fest, dass im Betrieb vorwiegend Tomaten, Gurken und Salate in sehr grossen Mengen produziert und in den Handel gebracht würden. Der Beschwerdeführer betreibe einen spezialisierten Gewächshausbau bzw. eine industrielle Grossproduktion von Gemüse und es sei nach dem Bau der neuen Produktionsanlage im Jahr 2005 auf eine kapitalintensive Unternehmung zu schliessen, weshalb der Betrieb auf eine stabile Produktion angewiesen sei und mit festen Abnehmern zusammenarbeite. Ständige Hauptabnehmerin sei die X._ und neben dem Gemüsebau existiere ein betriebseigener Verkaufsladen. Die Grösse des Betriebs und die intensive Nutzung der Produktionsfläche erforderten zweifellos eine straffe Betriebsorganisation. Der Beschwerdeführer räume denn auch selber ein, dass sein Betrieb eine geordnete Buchhaltung erfordere.
Die Vorinstanz hat damit zwar keine präzisen Feststellungen über den Jahresumsatz des streitbetroffenen Betriebes getroffen. Angesichts der Tatsache, dass der Betrieb 15 Arbeitnehmende beschäftigt und ein stellvertretender Betriebsleiter gesucht wird, kann aber ohne weiteres davon ausgegangen werden, dass der Jahresumsatz mehrere Hunderttausend Franken beträgt.
Eine Besonderheit des vorliegenden Betriebes gegenüber den von der dargestellten Rechtsprechung als Betreiber eines Grosshandels eingestuften Unternehmen liegt allerdings nach den vorinstanzlichen Feststellungen darin, dass die Produktion - abgesehen vom Verkauf an Private im eigenen Gemüseladen - an eine einzige wiederverkaufende Hauptabnehmerin, die X._, abgeliefert wird. Ob darin ein Grosshandel mit den im Betrieb gewonnenen Erzeugnissen im Sinne der Rechtsprechung gesehen werden kann, ist fraglich, kann indessen offen bleiben, da die Eintragungspflicht unabhängig davon zu bejahen ist.
5.4 Die Rechtsprechung, nach der Landwirtschaftsbetriebe und die diesen gleich gestellten Gemüsebaubetriebe von der Pflicht zur Eintragung in das Handelsregister, von den vorstehend dargestellten Ausnahmen abgesehen, befreit sind (vgl. Erwägung 5.1), ist historisch zu verstehen und gründet auf einem überholten Bild der Landwirtschaft als einer "eigentlichen (...) Bauernwirtschaft", die vorwiegend auf Selbstversorgung ausgerichtet ist (vgl. BGE 78 I 63 E. 3 S. 68), wenn sie auch auf Betriebe ausgedehnt wurde, bei denen die Selbstversorgung neben dem Verkauf der Erzeugnisse an Dritte nur noch eine untergeordnete Rolle spielte (KÜNG, Berner Kommentar, N. 54 zu <ref-law>; PATRY, Grundlagen des Handelsrechts, in Schweizerisches Privatrecht Band VIII/1, 1976, S. 80). Überdies ist sie auf Familienbetriebe ausgerichtet, die ohne oder mit wenigen fremden Arbeitskräften auskommen. Dieses Bild stimmt heute in vielen Fällen nicht mehr mit der Realität überein, in der die Landwirte oftmals als eigentliche Unternehmer agieren, deren Handeln sich nicht grundsätzlich von dem von anderen zur Eintragung verpflichteten Gewerbetreibenden unterscheidet, indem sie ihre Betriebe nach kaufmännischen Methoden führen, zunehmend über bedeutende und kostspielige technische Hilfsmittel verfügen und nicht nur einige Hilfskräfte, sondern eine grössere Zahl von Arbeitnehmern beschäftigen (vgl. dazu schon PATRY, a.a.O., S. 81 f.). Es rechtfertigt sich daher nicht mehr, Landwirtschafts- und Gemüsebaubetriebe nur nach einigen speziellen Kriterien (namentlich bei Vorliegen eines Grosshandels mit den Erzeugnissen) der Eintragungspflicht zu unterstellen, sondern die Eintragungspflicht wie bei anderen Betrieben, namentlichen solchen des Handwerks sowie Baumschulen oder Handelsgärtnereien, danach zu beurteilen, ob nach den gesamten Umständen des Einzelfalls ein bedeutendes Gewerbe vorliegt, das im Sinne von Art. 53 lit. C aHRegV nach Art und Umfang des Unternehmens einen kaufmännischen Betrieb und eine geordnete Buchführung erfordert (so auch BOSSARD, Zürcher Kommentar, N. 26 zu <ref-law>). Eine entsprechende Wendung hat die Rechtsprechung auch im Zusammenhang mit der Frage der Eintragungspflicht der Angehörigen von freien Berufen vollzogen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.2/4.3 S. 711 f. mit zahlreichen Hinweisen; KÜNG, a.a.O., N. 53 zu <ref-law>). Im Auge zu behalten ist dabei der Zweck des Handelsregisters, im Interesse der Geschäftstreibenden und des Publikums im Allgemeinen die kaufmännischen Betriebe und die sie berührenden, rechtserheblichen Tatsachen allgemein bekannt zu machen, sowie die Wirkungen des Eintrags, die, abgesehen von den an den Eintrag anknüpfenden Publizitätswirkungen, hauptsächlich in der Verschaffung des Firmenrechtes und Firmenschutzes bestehen sowie in der Konkurs- und Wechselbetreibungsfähigkeit und der Unterwerfung unter die Buchführungspflicht (BGE 75 I 74 E. 1 S. 78; ferner: <ref-ruling> E. 5 S. 129; <ref-ruling> E. 2a S. 322; vgl. auch die Umschreibung in Art. 1 der neuen HRegV).
Die wichtigsten Indizien dafür, dass ein "anderes Gewerbe" im Sinne von Art. 53 lit. C aHRegV nach Art und Umfang des Unternehmens einen kaufmännischen Betrieb und eine geordnete Buchführung erfordert, sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung unter Berücksichtigung des Zwecks des Handelsregisters die Unterhaltung von Geschäftsbeziehungen zu einem grösseren Kreis von Lieferanten und Kunden, die Beanspruchung und Gewährung von Kredit in erheblichem Ausmass sowie die Beschäftigung von Personal, insbesondere wenn dies in einem Ausmass erfolgt, dass der Betriebsinhaber die fachliche Arbeit nicht selbst besorgt und sich auf die kaufmännische und technische Oberleitung beschränkt (<ref-ruling> E. 2 S. 80; 75 I 74 E. 2 S. 80; Urteil 2A.61/1988 vom 17. Februar 1989 E. 2, ASA 60 S. 197; Urteil vom 12. September 1967 E. 3, ASA 37 S. 206 ff., 209; KÄFER, a.a.O., N. 64 ff. zu <ref-law>; BOSSARD, a.a.O., N. 20 zu <ref-law>; LEU, a.a.O., S. 45 f.; STEINMANN, a.a.O., S. 13; PATRY, a.a.O., S. 80; vgl. auch die Mitteilung des Eidgenössischen Amts für das Handelsregister vom 29. November 2001 an die kantonalen Handelsregisterbehörden, in REPRAX 2/2002 S. 40 f., nach der bei der Beschäftigung von Personal die Voraussetzungen von Art. 53 lit. C aHRegV regelmässig erfüllt seien).
Unter diesen Gesichtspunkten besteht kein Zweifel, dass der Gemüsebaubetrieb des Beschwerdeführers zum Eintrag in das Handelsregister verpflichtet ist. Es handelt sich dabei um einen Grossproduktionsbetrieb mit erheblichem Kapitalbedarf, der nicht nur rund 15 Angestellte beschäftigt, sondern darüber hinaus einen stellvertretenden Betriebsleiter sucht, und wegen seiner Grösse und Bedeutung klarerweise nach kaufmännischen Grundsätzen und mit einer straffen Organisation geführt werden muss. Der Beschwerdeführer behauptet nicht und es kann nicht davon ausgegangen werden, dass die Verkäufe an die X._ gegen Barzahlung erfolgen. Bei Verkauf auf Kredit ist indessen eine ordentliche Abrechnung nur mit einer auf Grund von Lieferscheinen geführten Buchhaltung möglich. Schon aus diesem Grund und für die Lohnabrechnung der Angestellten ist offensichtlich eine ordentliche Buchführung unerlässlich, was vom Beschwerdeführer denn auch eingeräumt wird. Die Vorinstanz hat somit kein Bundesrecht verletzt, indem sie die Eintragungspflicht dieses Betriebes bejahte.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer