Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) und die X._ GmbH (Beschwerdegegnerin) unterzeichneten am 18. Oktober 2000 einen "Anstellungsvertrag". Der Beschwerdeführer nahm seine Arbeit als Werkzeugschärfer bei der Beschwerdegegnerin am 20. November 2000 auf. Hinsichtlich der Entlöhnung vereinbarten die Parteien in Ziffer 15 des Arbeitsvertrages Folgendes:
"Der Arbeitgeber bezahlt dem Angestellten ein Monatssalär von
Fixlohn Fr. 5'500.-- brutto (Nov 00 - April 01)
zahlbar spätestens am Ende jeden Monats, in der Regel am 27. des Monats.
Das monatliche Salär wird ab 1.5.2001 umgestellt auf Basis: Fixlohn zuzüglich 5 % Umsatzprovision".
Die Beschwerdegegnerin bezahlte dem Beschwerdeführer zunächst einen monatlichen Bruttolohn von Fr. 5'500.-- ohne Umsatzprovision, und zwar in Abweichung der getroffenen Vereinbarung nicht nur bis April 2001, sondern bis Ende Juni 2001. Ab Juli 2001 erhielt der Beschwerdeführer einen monatlichen Fixlohn von Fr. 4'300.-- bzw. ab Mai 2002 Fr. 4'347.30 zuzüglich einer Provision von 5 % auf dem Schärfeumsatz.
Am 30. April 2004 vereinbarten die Parteien ein befristetes, vom 1. September 2004 bis 31. August 2005 dauerndes Anstellungsverhältnis mit einer einmonatigen Kündigungsfrist. Die Parteien vereinbarten einen monatlichen Lohn von "Fr. 5'300.-- brutto (keine Umsatzprovision mehr)". Die Beschwerdegegnerin kündigte das Arbeitsverhältnis per 31. März 2005.
B. Am 31. März 2005 erhob der Beschwerdeführer beim Arbeitsgericht Lenzburg Klage und beantragte im Wesentlichen, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm ausstehenden Lohn in der Höhe von Fr. 44'696.-- vom 30. April 2001 bis 31. August 2004 sowie Fr. 2'637.15 vom 1. September 2004 bis 30. März 2005, je zuzüglich 5 % Zins zu bezahlen.
Mit Urteil vom 12. Juli 2006 hiess das Arbeitsgericht Lenzburg die Klage im Umfang von Fr. 44'133.60 gut (Umsatzprovision von je Fr. 1'200.-- brutto für die Monate Mai und Juni 2001 plus 38 x Fixlohndifferenz von Fr. 1'200.-- brutto plus 38 x Anteil am 13. Monatslohn abzüglich Sozialversicherungsprämien) für den Zeitraum vom 1. Mai 2001 bis 31. August 2004 nebst 5 % Verzugszins seit 1. Mai 2003. Es stellte fest, dass keine tatsächliche Willensübereinstimmung hinsichtlich der Höhe des Lohns bzw. eines tieferen Fixlohns als Fr. 5'500.-- bestehe; der Fixlohn ab 1. Mai 2001 hätte von der Beschwerdegegnerin im Arbeitsvertrag beziffert werden müssen. Der unklare Wortlaut des Arbeitsvertrages, der in guten Treuen eine Auslegung des Fixlohns von Fr. 5'500.-- zuzüglich Provision zulasse, sei gemäss Unklarheitsregel zu Lasten der Beschwerdegegnerin als Verfasserin auszulegen.
C. In Gutheissung der Appellation der Beschwerdegegnerin hob das Obergericht des Kantons Aargau das Urteil des Arbeitsgerichts Lenzburg mit Entscheid vom 19. Februar 2008 auf. Es stellte keinen übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen hinsichtlich der Höhe des Fixlohns ab Mai 2001 fest und kam nach Auslegung des Anstellungsvertrages gemäss Vertrauensprinzip zum Schluss, dass die Parteien bei Unterzeichnung des Arbeitsvertrages vom 18. Oktober 2000 für die Zeit ab Mai 2001 keine Lohnabrede getroffen hätten; eine ausdrückliche oder konkludente nachträgliche Einigung der Parteien bestehe ebenfalls nicht. Das Obergericht schloss die Vertragslücke, indem es die dem Beschwerdeführer ausbezahlten Lohnbetreffnisse als üblichen Lohn nach <ref-law> erachtete; eine Lohnnachzahlung falle daher ausser Betracht.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 24. April 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 19. Februar 2008 sei aufzuheben, das Urteil des Arbeitsgerichts Lenzburg sei zu bestätigen und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, dem Beschwerdeführer Fr. 44'133.60 nebst Zins zu 5 % seit 1. Mai 2003 zu bezahlen. Der Beschwerdeführer beantragt zudem, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, nebst der Übernahme der Verfahrenskosten vor Arbeitsgericht, 3/4 seiner richterlich genehmigten Parteikosten vor Arbeitsgericht zu ersetzen; sodann seien die Verfahrenskosten sowie die Parteientschädigung des vorinstanzlichen Verfahrens der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die vorliegende Beschwerde hat einen Entscheid in Zivilsachen zum Gegenstand (<ref-law>). Sie betrifft eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert von mehr als Fr. 15'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Die Vorinstanz hat als letzte kantonale Instanz endgültig entschieden (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>) ist daher unter Vorbehalt zulässiger Rügen (<ref-law>) und gehöriger Begründung (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) einzutreten.
Soweit mit der Beschwerde der Kostenentscheid des Arbeitsgerichts angefochten wird, ist darauf von vornherein nicht einzutreten, da es sich dabei nicht um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid im Sinne von <ref-law> handelt.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2.2 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss demzufolge substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich dabei nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466).
2.3 Die Vorinstanz erachtete den Nachweis dafür, dass die Beschwerdegegnerin beim Abschluss des Anstellungsvertrages vom tatsächlichen Willen getragen war, dem Beschwerdeführer ab Mai 2001 einen Fixlohn von (unveränderten) Fr. 5'500.-- zuzüglich einer Umsatzprovision von 5 % zu bezahlen, als nicht erbracht. Der Beschwerdeführer bezeichnet diese Würdigung als unrichtig und macht geltend, in Absatz 2 der Vertragsklausel werde auf den in Absatz 1 definierten Fixlohn von Fr. 5'500.-- verwiesen, so dass dieser nicht mehr beziffert werden müsse. Damit beschränkt sich der Beschwerdeführer darauf, seine eigene Interpretation der Vertragsklausel darzulegen, ohne sich mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen und aufzuzeigen, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz hinsichtlich des tatsächlichen Parteiwillens offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> sein sollen. Entsprechendes gilt sowohl für die Ausführungen des Beschwerdeführers, wonach die Aussagen des versierten Geschäftsmannes, Herrn B._, belegen würden, dass die Beschwerdegegnerin eigenmächtig gehandelt habe als auch für die Darlegungen, dass der Anstellungsvertrag von Herrn B._ aufgesetzt worden sei, der gewusst habe, dass eine spätere Lohnreduktion vertraglich festgelegt werden müsse und seinen Willen angeblich nachträglich geändert habe. Auf die Rüge der unrichtigen Feststellung des Sachverhalts ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer rügt sodann die Auslegung des Arbeitsvertrages nach dem Vertrauensprinzip durch die Vorinstanz.
Nach dem Vertrauensprinzip sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Willenserklärungen der Parteien so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4.1 S. 611; <ref-ruling> E. 3f S. 255, je mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 4.1 S. 611 mit Hinweisen), wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-ruling> E. 2.4 S. 707 mit Hinweisen).
3.1 Die Vorinstanz erwog zunächst, dass Ziffer 15 des Arbeitsvertrages in einem zweiten Absatz ausdrücklich von einer "Umstellung" des Lohns auf eine neue Basis spreche, was der vom Beschwerdeführer geltend gemachten Interpretation entgegenstehe. Es könne sodann nicht angenommen werden, dass die Beschwerdegegnerin bereit gewesen wäre, dem Beschwerdeführer einen Bruttolohn von über Fr. 6'600.-- zu zahlen und ihm dies in Aussicht gestellt habe, zumal er für die Tätigkeit als Werkzeugschärfer keine Berufsausbildung und -erfahrung mitgebracht habe, sondern habe angelernt werden müssen. Ferner habe der Beschwerdeführer an seiner früheren Stelle zwischen Fr. 5'500.-- und 5'700.-- monatlich verdient. Somit habe der Beschwerdeführer als vernünftiger Vertragspartner nicht darauf schliessen dürfen, dass die Beschwerdegegnerin ihm ein Lohnversprechen in der Höhe von Fr. 5'500.-- fix zuzüglich einer Umsatzprovision von 5 % (entsprechend durchschnittlich rund Fr. 1'100.--) gemacht habe.
3.2 Der Beschwerdeführer führt zu Unrecht aus, der Wortlaut der Vertragsbestimmung sei klar und die Umstände liessen kein Abweichen vom Wortlaut zu. Die Vorinstanz ist zu Recht von einem unklaren Wortlaut von Ziffer 15 des Arbeitsvertrages ausgegangen, da in einem separaten Absatz von einer Umstellung des Fixlohns auf eine neue Basis die Rede ist. Zum Auslegungsergebnis, wonach der Beschwerdeführer als vernünftiger Vertragspartner nicht darauf habe schliessen dürfen, die Beschwerdegegnerin habe ihm in Ziffer 15 des Arbeitsvertrages für die Zeit ab Mai 2001 ein Lohnversprechen in der Höhe von Fr. 5'500.-- fix zuzüglich einer Umsatzprovision von 5 % gemacht, gelangte die Vorinstanz nach ausführlicher Prüfung der gesamten Umstände des Vertragsabschlusses. Es entspricht überdies einem allgemeinen Erfahrungsgrundsatz, dass bei Vereinbarung eines Lohns mit Umsatzbeteiligung zunächst ein höherer Fixlohn ohne Provision ausbezahlt wird, dieser jedoch gesenkt wird, sobald eine Beteiligung am Umsatz besteht. Mit der entsprechenden Auslegung hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt. Der Beschwerdeführer legt zudem nicht dar, inwiefern die Vorinstanz die Grundsätze der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip verletzt haben soll.
4. Unbehelflich ist schliesslich die Berufung des Beschwerdeführers auf die sogenannte Unklarheitsregel, da diese nur greift, wenn die übrigen Auslegungsmittel versagen und sie im Bereich der vorgeformten Verträge ihr eigentliches Anwendungsgebiet findet (<ref-ruling> E. 2c/bb S. 44; <ref-ruling> E. 2d S. 124; <ref-ruling> E. 5 S. 292). Beide Voraussetzungen sind vorliegend nicht gegeben. Insbesondere gelangte die Vorinstanz zum klaren Ergebnis, dass die Parteien bei Unterzeichnung des Arbeitsvertrages für die Zeit ab Mai 2001 keine Lohnabrede getroffen hätten. Der Ansicht des Beschwerdeführers, es bestehe keine Lücke, kann nicht gefolgt werden. Die Art der von der Vorinstanz vorgenommenen Vertragsergänzung beanstandet er im Übrigen nicht.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Entsprechend besteht auch kein Anlass, den Entscheid über die Kosten und Parteientschädigung im vorangegangenen Verfahren abzuändern (vgl. Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG). Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Feldmann