Sachverhalt:
A. M._, geboren 1975, bezog ab 1. Januar 2004 Taggelder der Arbeitslosenversicherung und war in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 24. August 2004 war sie als Mitfahrerin auf dem Rücksitz eines Autos unterwegs, als sich eine Auffahrkollision ereignete. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Am 4. Juni 2005 war sie erneut in einen Auffahrunfall verwickelt, dessen Folgen innert Tagen abklangen. Mit Verfügung vom 16. März 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 20. Juli 2007, stellte die SUVA ihre Leistungen per 30. April 2007 ein.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde sowie das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 14. September 2009 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien ihr die gesetzlichen Leistungen nach UVG, insbesondere Taggelder und Heilbehandlungen, zuzusprechen und die unentgeltliche Verbeiständung für das kantonale Verfahren zu bewilligen. Zusätzlich ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Versicherte rügt, die Frage des adäquaten Kausalzusammenhangs sei nicht gesondert zu prüfen, da sie an organischen Beschwerden leide und somit der natürliche und der adäquate Kausalzusammenhang identisch seien. Dabei stützt sie sich auf das Ergebnis einer funktionellen Magnetresonanztomographie (nachfolgend: fMRT). Dem kann mit der Vorinstanz nicht gefolgt werden. Ein fMRT stellt nach dem aktuellen Stand der medizinischen Wissenschaft kein geeignetes Beweismittel zur Beurteilung der Unfallkausalität von Beschwerden nach HWS-Traumen dar (<ref-ruling> E. 5 S. 233). Folglich ist der Kausalzusammenhang nach einer speziellen Adäquanzformel zu prüfen.
1.2 Die Vorinstanz hat den adäquaten Kausalzusammenhang nach der Rechtsprechung von <ref-ruling> geprüft, obwohl sie darauf verwies, dass das Bundesgericht diese Rechtsprechung mit <ref-ruling> präzisiert hat. Eine neue Praxis ist grundsätzlich sofort anwendbar (vgl. Urteil 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008, E. 4.2). Die Frage, ob die Vorinstanz in Zusammenhang mit der neuen Rechtsprechung nicht hätte der Versicherten das rechtliche Gehör gewähren und die Prüfung der Adäquanz nach <ref-ruling> vornehmen müssen, kann offen gelassen werden, da der adäquate Kausalzusammenhang vorliegend sowohl nach der bisherigen als auch nach der neuen präzisierten Rechtsprechung zu verneinen ist.
1.3 Entgegen der Ansicht der Versicherten ist der Auffahrunfall vom 24. August 2004 grundsätzlich als mittelschwer an der Grenze zu den leichten Fällen zu bezeichnen (RKUV 2005 UV Nr. 549 S. 236 E. 5.1.2, U 380/04). Es sind keine Umstände ersichtlich, welche ein Abweichen von diesem Grundsatz rechtfertigen würden. Daran ändert auch das Ergebnis der unfallanalytischen resp. biomechanischen Abklärung (Delta-v) nichts, da dieses nur ein Indiz unter mehreren ist (RKUV 2003 UV Nr. 489 S. 357 E. 3.2, U 193/01). Entgegen der Ansicht der Versicherten erlitt das Unfallauto auch keinen Totalschaden im Sinne sich überaus schwer auswirkender Kräfte, sondern es entstand lediglich Sachschaden am Fahrzeugheck (Verformung von Stossfängerabdeckung, Heckblech und -klappe bei intakten Seitenwänden), was in der Unfallanalyse vom 2. Februar 2005 als "ökonomischer Totalschaden" gewertet wurde (vgl. die darin enthaltenen Polizeiphotos sowie den Polizeirapport vom 2. September 2004; vgl. auch Urteil 8C_747/2009 vom 2. Dezember 2009, E. 6.1).
1.4 Bezüglich der Beurteilung der Kriterien nach der Rechtsprechung von <ref-ruling> hat die Vorinstanz überzeugend dargelegt, weshalb lediglich die Kriterien der Dauerbeschwerden sowie von Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit - beide in nicht besonders ausgeprägter Weise - zu bejahen sind, worauf verwiesen wird (<ref-law>). Zu Recht hielt sie fest, beim Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit gelte ein objektiver Massstab, wohingegen die Versicherte in ihrer Beschwerde rein subjektive Argumente vorbringt. Zudem ist das Ergebnis einer biomechanischen Beurteilung diesbezüglich nicht massgebend, sondern bei der Unfallschwere zu berücksichtigen. Bei den Kriterien der Schwere oder besonderen Art der Verletzung sowie des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblichen Komplikationen verkennt die Versicherte, dass bei beiden besondere Umstände vorliegen müssen. Mit der Vorinstanz ist jedoch festzuhalten, dass diese hier nicht gegeben sind, da sich die Einschränkungen der Versicherten im Rahmen des Üblichen nach einem Schleudertrauma der Halswirbelsäule bewegen. Ebenfalls richtig ist, dass es beim Kriterium der ärztlichen Behandlung an einer kontinuierlichen, planmässigen Behandlung fehlt und vornehmlich durchgeführte Physio- sowie medikamentöse Therapie dieses Kriterium nicht zu erfüllen vermögen; daran ändern auch der dreiwöchige Rehabilitationsaufenthalt sowie die Psychotherapie nichts. Somit liegen die Kriterien weder gehäuft noch eines besonders ausgeprägt vor. Bei einer Prüfung der Kriterien nach <ref-ruling> wäre infolge der Neuformulierung der bis anhin eine Zeitkomponente enthaltenden Kriterien nur jenes der erheblichen Beschwerden zu bejahen. Hingegen ist das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen mangels jeglicher Bemühungen um eine wenigstens teilzeitliche Ausübung der angestammten oder einer angepassten Tätigkeit trotz zumutbarer Arbeitsfähigkeit (vgl. ABI-Gutachten vom 7. April 2008 sowie SIVM-Gutachten vom 22. Juni 2009) zu verneinen und bei der fortgesetzten spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung fehlt es an einer die Versicherte über das in diesen Fällen übliche Mass hinaus belastenden ärztlichen Behandlung.
2. 2.1 Die Versicherte macht eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend, da die Vorinstanz die für die Abweisung ihres Gesuches um unentgeltliche Verbeiständung angerufene Aussichtslosigkeit nicht näher begründet habe.
2.2 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in ihrer Rechtslage betroffenen Person auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich die betroffene Person über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
2.3 Der Versicherten ist zuzustimmen, dass die Vorinstanz keinerlei Begründung dafür angibt, weshalb nach ihrer Ansicht die Beschwerde als aussichtslos zu bezeichnen ist. Die Tatsache, dass die Beschwerde abgewiesen wurde, reicht für sich allein nicht als Begründung der Aussichtslosigkeit; diese ist vielmehr wenigstens summarisch zu begründen (vgl. Urteil 2P.126/2006 vom 14. August 2006, E. 4). Da es nicht Aufgabe des Bundesgerichts ist, nach Gründen für die vorinstanzliche Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege zu suchen, ist der kantonale Entscheid in diesem Punkt aufzuheben und die Sache zu erneutem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. Das Gesuch der Versicherten um unentgeltliche Rechtspflege ist bezüglich der formellen Rüge (Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör) infolge Obsiegens obsolet. Bezüglich der materiellen Vorbringen ist es infolge Aussichtslosigkeit (die erhobenen Rügen vermögen den vorinstanzlichen Entscheid angesichts dessen Begründung nicht ernsthaft in Zweifel zu ziehen) abzuweisen.
4. In der Hauptsache sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin als unterliegende Partei aufzuerlegen (<ref-law>). Entsprechend seinem Ausgang sind im Beschwerdeverfahren um die unentgeltliche Verbeiständung für das vorinstanzliche Verfahren keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen (vgl. Urteil 8C_662/2009 vom 9. Dezember 2009 E. 8 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 14. September 2009 wird aufgehoben, soweit damit die unentgeltliche Rechtspflege für das kantonale Verfahren abgewiesen wird. Die Sache wird zum erneuten Entscheid über das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold