Faits:
A. La "FMH Fédération des médecins suisses", (...), "FMH Foederatio Medicorum Helveticorum", est une association médicale suisse.
X._, née en 1965, est titulaire d'un diplôme de docteur en médecine de l'Université "Cyrille et Méthode" de Skopje (République de Macédoine). Après avoir suivi différentes formations postgrades en médecine en Macédoine, elle a entrepris, dès le 1er octobre 1995, une formation postgrade spécifique en ophtalmologie à Skopje, Belgrade et Genève.
Le 14 août 2007, X._ a déposé auprès de la Commission des titres de la FMH (ci-après la Commission des titres) une demande visant à obtenir une attestation d'équivalence au titre de spécialiste en ophtalmologie. Par décision du 26 octobre 2007, la Commission des titres a considéré qu'une attestation d'équivalence ne pourrait être remise à X._ qu'au moment où elle attesterait de la réussite de l'examen de spécialiste en ophtalmologie.
L'opposition effectuée par X._ contre cette décision auprès de la Commission d'opposition pour les titres de formation postgraduée de la FMH (ci-après la Commission d'opposition) a été rejetée par décision du 20 mars 2008.
B. Par mémoire du 24 avril 2008, X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral. A l'appui de ses conclusions, elle a allégué que la décision attaquée se fondait sur une attestation de stage de l'Université de Skopje mentionnant des dates erronées. Elle a produit une nouvelle pièce et soutenait, sur la base de ce document, avoir terminé les 48 mois de formation requis le 31 octobre 1999 déjà, de sorte qu'en application des dispositions transitoires, elle remplissait les conditions d'octroi de l'attestation d'équivalence au titre de spécialiste en ophtalmologie sans avoir besoin de passer d'examen.
La procédure devant le Tribunal administratif fédéral a été suspendue afin d'attendre l'issue de deux procédures en reconsidération déposées auprès de la Commission d'opposition par X._. Ces demandes en reconsidération ayant été rejetées, le Tribunal administratif fédéral a statué sur le cas en date du 12 août 2010. Il a admis le recours de X._, annulé toutes les décisions de la Commission d'opposition et de la Commission des titres et invité cette dernière à délivrer l'attestation requise à X._.
C. Par acte en langue allemande du 23 septembre 2010, la FMH, Commission des titres, et la FMH, Commission d'opposition, ont déposé un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elles demandent l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 12 août 2010 et le refus de l'octroi du titre de spécialiste en ophtalmologie à X._, le tout sous suite de frais et dépens. A titre subsidiaire, elles requièrent le renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'acte de recours était accompagné notamment d'une procuration en faveur de Me Andreas Danzeisen émise par la FMH et signée par son président et son secrétaire général.
Par ordonnance du 7 octobre 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête de l'intimée tendant à ce que soit ordonnée la traduction du mémoire de recours. Par ordonnance du 22 octobre 2010, il a par ailleurs accordé l'effet suspensif au recours.
L'intimée a déposé sa réponse le 10 novembre 2010. Elle conclut à l'irrecevabilité du recours à la forme, et à son rejet au fond, sous suite de frais et dépens.
Par acte d'instruction du 10 janvier 2012, des informations complémentaires sur la pratique consistant à délivrer des attestations d'équivalence aux titres de formations postgrades ont été demandés à FMH, en sa qualité d'organisation responsable de filières de formation postgrade accréditées, à la Commission fédérale des professions médicales MEBEKO compétente pour reconnaître des titres postgrades étrangers, ainsi qu'à l'Office fédéral de la santé publique responsable de la surveillance en matière de professions de la santé, qui ont répondu dans le délai imparti. Ces courriers ont été transmis à l'intimée.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le présent recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>). L'arrêt attaqué porte par ailleurs sur l'application des normes de formation édictées par la FMH en sa qualité d'organisation responsable d'une filière de formation postgrade accréditée (cf. art. 20 de la loi fédérale du 23 juin 2006 sur les professions médicales universitaires [LPMéd; RS 811.11]). En raison de l'accréditation des programmes de formation postgrade et de la délivrance des titres correspondants par la Confédération (cf. art. 5 al. 2 et 4 LPMéd), ces normes de formation constituent du droit public fédéral (cf. pour l'ancienne loi fédérale du 19 décembre 1877 concernant l'exercice des professions de médecin, de pharmacien et de vétérinaire dans la Confédération suisse [RO 3 361]: arrêt 2A.558/2004 du 27 avril 2005 consid. 1.2). En outre, conformément à l'<ref-law>, la FMH en sa qualité d'organisation responsable d'une filière de formation postgrade accréditée rend des décisions en application de la loi fédérale sur la procédure administrative (RS 172.021). La présente cause relève par conséquent du droit public au sens de l'<ref-law>.
Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. Selon l'art. 83 let. t LTF plus particulièrement, le recours est exclu lorsque le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités est contesté. En revanche, lorsque, comme en l'espèce, il porte sur la question de savoir si, dans le cas particulier, un examen est nécessaire ou non, la voie du recours en matière de droit public est ouverte (cf. THOMAS HÄBERLI, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2011, n° 299 ad <ref-law>).
1.2 Le présent recours a été déposé par la Commission des titres et la Commission d'opposition de la FMH. Celles-ci allèguent qu'elles sont habilitées à recourir en application de l'<ref-law> parce qu'elles ont pris part à la procédure devant l'instance précédente et qu'elles ont un intérêt digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elles ajoutent qu'elles sont des organes de la FMH, une association qui remplit des tâches liées à l'exercice de la profession de médecin, mais également des tâches de droit public. La FMH étant statutairement tenue de veiller à la sauvegarde des intérêts de ses membres et ceux-ci étant touchés par la présente procédure de recours, les commissions précitées estiment qu'elles sont également habilitées à recourir à ce titre.
La capacité d'ester en justice (Prozessfähigkeit) est la faculté de mener soi-même le procès ou de désigner un mandataire qualifié pour le faire. Elle appartient à toute personne qui a la capacité d'être partie (Parteifähigkeit), c'est-à-dire à toute personne qui a la faculté de figurer en son propre nom comme partie dans un procès (cf. arrêt 2C_303/2010 du 24 octobre 2011, consid. 2.3). Bien que de nature procédurale, la capacité d'être partie et celle d'ester en justice sont régies par le droit de fond et constituent des préalables à l'examen de la qualité pour recourir régie par l'<ref-law> (cf. arrêt 5A_329/2009 du 9 septembre 2010 consid. 2.1; ALAIN WURZBURGER, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 6 ad <ref-law>; BERNHARD WALDMANN, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2011, n° 1 ad <ref-law>).
La FMH est une association au sens des <ref-law> et par conséquent une personne morale. A ce titre, et dès lors qu'elle dispose d'organes dûment habilités à la représenter, elle a la capacité d'être partie et d'ester en justice (cf. arrêt 4C.60/2007 du 28 juin 2007 consid. 1.2). Il n'en va en revanche pas de même en ce qui concerne sa Commission des titres et sa Commission d'opposition qui n'ont pas de personnalité juridique et ne possèdent par conséquent pas la capacité d'ester en justice en leur propre nom. Elles ne peuvent agir qu'en qualité d'organes représentant la FMH.
Conformément à la jurisprudence, une rectification dans la désignation des parties est possible lorsque tout risque de confusion est exclu (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 63). En l'espèce, c'est bien la FMH, qui dispose seule de la capacité d'ester en justice, qui est à l'origine de la présente procédure de recours et devrait figurer en lieu et place de la Commission des titres et de la Commission d'opposition telles qu'elles sont désignées dans le chapeau de l'arrêt attaqué. Il convient de relever en outre que l'une des procurations produites à l'appui du recours a été émise par la FMH et signée par son président et son secrétaire général. La Cour de céans rectifiera par conséquent la désignation des parties en remplaçant les deux commissions en cause par la FMH (cf. arrêt 2C_199/2010 du 12 avril 2011 consid. 3.1).
1.3 En vertu de l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). L'<ref-law> prévoit des droits de recours spéciaux en faveur des collectivités publiques, soit de leurs autorités (let. a à c) ou d'autres personnes et organisations auxquelles une loi fédérale accorde un droit de recours (let. d). En ce qui concerne la qualité pour recourir, les titulaires de tâches publiques organisés selon le droit privé, par exemple en la forme associative, sont traités de la même manière que les organes de l'État (cf. WALDMANN, op. cit., n° 41 ad <ref-law>).
Le droit de recours des autorités est visé en premier lieu par l'<ref-law>. Toutefois, dès lors que les conditions de cet alinéa ne sont pas remplies en l'espèce, il faut examiner si la FMH peut se baser sur l'<ref-law>. Selon la jurisprudence, une collectivité publique peut en particulier fonder sa qualité pour recourir sur l'<ref-law> lorsqu'elle est touchée dans ses prérogatives de puissance publique (in ihren hoheitlichen Befugnissen berührt) et qu'elle dispose d'un intérêt public propre digne de protection à l'annulation ou à la modification de l'acte attaqué. Lorsqu'il est porté atteinte à ses intérêts spécifiques, la collectivité publique peut ainsi se voir reconnaître la qualité pour recourir, pour autant qu'elle soit touchée de manière qualifiée (cf. arrêt 2C_931/2010 du 28 mars 2011 consid. 2.5). Un intérêt qualifié peut être admis lorsque la décision querellée est susceptible d'influencer un nombre important de décisions futures (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 15).
Les conditions posées par la jurisprudence pour admettre la qualité pour recourir d'une collectivité publique sont remplies en l'espèce. En effet, la FMH est chargée de la mise en vigueur et de l'application de la réglementation pour la formation postgrade (cf. <ref-law>; art. 3 let. a des Statuts de la FMH du 24 juin 1998, état au 27 mai 2010 [ci-après les Statuts]). L'arrêt attaqué porte sur la délivrance d'une attestation d'équivalence au titre de spécialiste en ophtalmologie, soit d'un titre délivré par la FMH en application de la législation fédérale (cf. <ref-law>), et impose des principes propres à influencer les futures décisions de la FMH. La FMH est ainsi touchée de manière qualifiée par l'arrêt attaqué qui porte atteinte à ses intérêts spécifiques. Au vu de ce qui précède, la qualité pour recourir doit être reconnue à la FMH en application de l'<ref-law> au titre d'organisation chargée de tâches de droit public.
2. 2.1 Selon l'<ref-law>, toute conclusion nouvelle est irrecevable. L'intimée fait valoir que, dès lors que la recourante conclut au refus de lui octroyer le titre de médecin spécialiste en ophtalmologie alors que devant les instances précédentes l'objet du litige concernait la délivrance d'une attestation d'équivalence au titre de spécialiste en ophtalmologie, son recours serait irrecevable.
Jusqu'au Tribunal administratif fédéral, la procédure portait sur la question de savoir si l'intimée était en droit d'obtenir une attestation d'équivalence au titre de spécialiste FMH en ophtalmologie et si elle devait, pour obtenir cette équivalence, réussir l'examen de spécialiste ou seulement s'y présenter ou si elle pouvait l'obtenir sans devoir ni réussir cet examen ni y participer. Dans son acte de recours, la FMH conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce que le titre de spécialiste en ophtalmologie soit refusé à l'intimée. En apparence, ces conclusions ne portent pas sur l'objet litigieux devant les instances précédentes. Cependant, hormis la condition d'être titulaire du diplôme fédéral de médecin ou d'un diplôme étranger jugé équivalent (cf. art. 15 let. a de la Réglementation pour la formation postgraduée du 21 juin 2000 [ci-après RFP-2000]), les conditions pour l'attribution du titre et celles pour l'attestation d'équivalence au titre sont les mêmes puisqu'il s'agit de déterminer si les exigences du programme de formation sont réalisées (cf. art. 15 let. b RFP-2000). La question de savoir quelles sont ces conditions et si elles sont remplies a par ailleurs constitué l'objet du litige devant toutes les instances précédentes. Ce serait donc faire preuve de formalisme excessif que de considérer les conclusions prises par la recourante comme irrecevables, ce d'autant plus que la recourante a également formulé des conclusions purement cassatoires sur lesquelles il convient d'entrer en matière (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 414 s.). L'objet du litige porte toutefois exclusivement sur le point de savoir si l'intimée est en droit d'obtenir une attestation d'équivalence au titre de spécialiste FMH en ophtalmologie.
2.2 Selon l'état de fait déterminant figurant dans l'arrêt attaqué, l'intimée n'est titulaire ni du diplôme fédéral de médecin ni d'un diplôme étranger jugé équivalent qui lui permettrait d'exercer la profession de médecin à titre indépendant et d'obtenir la délivrance d'un titre de spécialiste en ophtalmologie. La reconnaissance indirecte de son diplôme de médecin qu'elle a obtenu le 8 décembre 2010, est un fait nouveau dont le Tribunal fédéral ne peut pas tenir compte (<ref-law>). L'attestation d'équivalence qu'elle sollicite n'est cependant pas sans intérêt. En effet, bien que la réglementation légale ne le prévoie pas, la pratique admet la délivrance d'attestations d'équivalence aux titulaires de diplômes étrangers non reconnus en Suisse. Selon les explications fournies par la FMH, la Commission fédérale des professions médicales MEBEKO et l'Office fédéral de la santé publique, de telles attestations permettent à la personne concernée d'apporter la preuve qu'elle satisfait aux conditions d'obtention du titre postgrade, du point de vue de la durée et du contenu de la formation effectuée, ainsi que de la réussite d'un ou de plusieurs éventuels examens de spécialiste. Sur le plan professionnel, l'obtention d'une telle attestation d'équivalence donne à un éventuel employeur l'assurance que les connaissances, les compétences et les aptitudes requises par le programme de formation postgrade sont atteintes. Ces attestations permettent en outre aux personnes étrangères concernées d'apporter, dans leur pays d'origine, la preuve d'une formation postgrade effectuée en Suisse. Dès lors que la FMH avait pour pratique de décerner de telles attestations d'équivalence, le fait que l'intimée ne possédait pas de titre de médecin FMH ou de titre équivalent, ne rend pas la présente procédure sans intérêt.
3. La recourante se plaint tout d'abord d'une violation de son droit d'être entendue dès lors que la question de l'application de l'art. 17 al. 4 RFP-2000 et la légalité des dispositions transitoires du Programme de formation postgraduée du 1er janvier 2001 (ci-après PFP-2001) n'auraient pas été examinées au cours de la procédure. Le Tribunal administratif fédéral aurait ainsi fondé sa décision sur un point qui n'avait joué aucun rôle précédemment et sur lequel la recourante n'aurait jamais eu l'occasion de se déterminer.
3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique. Le droit d'être entendu porte avant tout sur les questions de fait. Les parties doivent éventuellement aussi être entendues sur les questions de droit lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les intéressés (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.).
3.2 En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a relevé que sur les périodes de formation postgrade effectuées par l'intimée, dont la durée d'ensemble excédait le minimum requis pour obtenir l'attestation d'équivalence, seule était litigieuse la durée du stage réalisé à la Clinique de maladies des yeux de l'Université de Skopje. Après examen des pièces produites, il a retenu que ce stage avait duré neuf et non douze mois, du 1er octobre 1995 au 30 juin 1996. Le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'intimée avait terminé l'ensemble de sa formation postgraduée de 48 mois le 31 janvier 2000, soit trois mois plus tard qu'allégué par l'intimée, qui entendait s'en prévaloir pour échapper à l'application de la règle de l'art. 7.2 PFP-2001 exigeant que toute personne n'ayant pas terminé sa formation postgrade au 31 décembre 1999 fournisse une attestation de participation à l'examen de spécialiste. Après avoir relevé que l'art. 7.2 PFP-2001 dérogeait de manière inacceptable à l'art. 17 al. 4 RFP-2000, le Tribunal administratif fédéral a appliqué le RFP-2000 et l'art. 7.1 PFP-2001. L'intimée ayant terminé sa formation avant le 31 décembre 2001, elle pouvait, selon l'arrêt attaqué, obtenir l'attestation d'équivalence au titre de spécialiste FMH en ophtalmologie selon les anciennes prescriptions et ne devait ni attester de sa participation à l'examen de spécialiste ni le réussir.
Le Tribunal administratif fédéral a ainsi fondé son argumentation sur les dispositions transitoires du RFP-2000 et du PFP-2001 en leur donnant une interprétation qui n'avait pas été envisagée par la recourante et ses instances décisionnelles. Mais ces instances connaissaient ces dispositions et les ont elles-mêmes appliquées, tout en procédant à une lecture différente de celle du Tribunal administratif fédéral. On peut donc douter qu'il y ait eu violation du droit d'être entendu. Point n'est cependant besoin de trancher cette question. En effet, en ce qui concerne le droit fédéral, le Tribunal fédéral applique le droit d'office et avec une pleine cognition (<ref-law>), de sorte que les parties peuvent faire valoir l'ensemble de leurs arguments juridiques, ce dont la recourante ne s'est d'ailleurs pas privée. S'il devait y avoir eu violation du droit d'être entendu en relation avec l'application du droit fédéral, celle-ci serait par conséquent réparée devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 71 ss; arrêt 2D_7/2008 du 1er juillet 2008 consid. 3.2).
4. Dans l'hypothèse où le Tribunal fédéral envisagerait de lui appliquer l'art. 7.2 PFP-2001 se rapportant aux personnes qui n'ont pas terminé leur formation au 31 décembre 1999, disposition que l'instance précédente a considéré comme inapplicable en l'espèce, l'intimée, qui avait la position de recourante devant le Tribunal administratif fédéral, fait grief à cette instance d'avoir établi les faits de manière incomplète et en violation du droit fédéral applicable.
4.1 Lorsqu'une partie a obtenu gain de cause devant l'instance précédente en raison d'une constatation inexacte des faits ou d'une application erronée du droit, elle a la possibilité, en tant qu'intimée, de critiquer l'arrêt attaqué et, dans les limites de ce qui lui a été accordé par l'instance précédente, de faire valoir ses griefs propres (cf. THOMAS GEISER/FELIX UHLMANN, Prozessieren vor Bundesgericht, 2011, n° 1.182; indirectement aussi arrêt 4A_211/2008 du 3 juillet 2008 consid. 2 i. f.). Tel étant le cas en l'espèce s'agissant de l'art. 7.2 PFP-2001 (cf. infra consid. 6), il convient d'examiner ce grief.
4.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), à savoir arbitrairement (<ref-ruling> consid. 7.4 p. 230). Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. Il ne suffit pas que la motivation de la décision critiquée soit insoutenable; encore faut-il que celle-ci se révèle arbitraire dans son résultat. En outre, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'autorité intimée serait concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
4.3 En se référant à divers documents, l'intimée estime avoir démontré que son stage en ophtalmologie effectué auprès de la Faculté de médecine de Skopje s'était déroulé du 1er octobre 1995 au 30 septembre 1996, soit sur une durée de douze mois, alors que le Tribunal administratif fédéral et les instances précédentes ont retenu une période de stage plus courte se terminant le 30 juin 1996 et renoncé à ordonner les preuves sollicitées par l'intimée. Or, si l'on prend en compte douze mois de stage à la Faculté de médecine de Skopje, il faudra en déduire que l'intimée a terminé sa formation postgrade le 31 octobre 1999, alors que si ce stage n'est pris en considération qu'à raison de neuf mois, la période de juillet à septembre 1996 pour laquelle l'intimée ne peut alors présenter aucune attestation de stage, ne saurait être prise en considération. Compte tenu de l'ensemble des stages pouvant être pris en compte, la formation postgrade de 48 mois de l'intimée s'est alors achevée le 31 janvier 2000. Ces dates influencent le sort de l'intimée dans la mesure où l'art. 7.2 PFP-2001 introduit des exigences spécifiques supplémentaires pour les personnes qui n'ont pas terminé leur formation le 31 décembre 1999.
Le Tribunal administratif fédéral relève que l'intimée a produit six attestations relatives au stage effectué auprès de la Faculté de médecine de Skopje. Deux de ces certificats ne font que confirmer le contenu d'un autre certificat. Les quatre autres documents ont été émis par la même personne à des dates différentes et attestent de trois durées de stage différentes. Dans ces conditions, on ne saurait faire grief d'arbitraire au Tribunal administratif fédéral lorsque, après avoir analysé leur validité respective, il arrive à la conclusion que c'est le tout premier certificat produit en procédure qui est déterminant.
Par ailleurs, en ce qui concerne la décision du Tribunal administratif fédéral de renoncer à procéder à de nouvelles mesures d'instruction en relation avec la durée du stage effectué à Skopje, elle ne saurait être qualifiée d'arbitraire non plus. En effet, entendre des témoins sur des faits comme la date exacte de la fin d'un stage qui a eu lieu en 1996 ne saurait avoir de force probante supérieure aux certificats de stage établis à l'époque des faits ou quelques années plus tard. Lorsque le Tribunal administratif fédéral constate qu'au vu de l'ensemble des circonstances, une audition ne permettrait guère de fournir des éclaircissements supplémentaires, il procède à une appréciation anticipée des preuves qui ne saurait être qualifiée d'insoutenable.
Le grief de l'intimée relatif à l'appréciation des preuves doit par conséquent être rejeté. Partant, la Cour de céans se fondera sur la fin de la formation de l'intimée ressortant de l'arrêt attaqué, soit le 31 janvier 2000.
5. 5.1 Compte tenu du temps écoulé depuis la fin de cette formation, à savoir le 31 janvier 2000, et compte tenu des modifications législatives et réglementaires intervenues, il convient d'examiner en premier lieu sous l'empire de quel droit applicable la présente affaire doit être tranchée. En effet, la période de formation litigieuse, de même que le dépôt de la demande, se situent encore sous l'empire de loi fédérale du 19 décembre 1877 concernant l'exercice des professions de médecin, de pharmacien et de vétérinaire dans la Confédération suisse (RO 3 361) et de l'ordonnance du 17 octobre 2001 sur la formation postgrade et la reconnaissance des diplômes et des titres postgrades des professions médicales (RO 2002 1189). La décision rendue par la Commission des titres en première instance est quant à elle datée du 26 octobre 2007, soit après l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 23 juin 2006 sur les professions médicales universitaires (LPMéd; RS 811.11) et de l'ordonnance du 27 juin 2007 concernant les diplômes, la formation universitaire, la formation postgrade et l'exercice des professions médicales universitaires (OPMéd; RS 811.112.0). Par ailleurs, la période de formation en cause s'est déroulée sous l'empire de la Réglementation pour la formation postgraduée du 10 décembre 1992 alors que la demande relative à l'attestation d'équivalence a été déposée lorsque s'appliquait la RFP-2000 dans sa version du 19 mai 2006, une nouvelle révision étant intervenue le 6 décembre 2007, au moment où la cause était pendante auprès de la Commission d'opposition. Enfin, en ce qui concerne le programme de formation pour le titre de spécialiste en ophtalmologie, la formation en cause a eu lieu sous l'empire du programme de formation de novembre 1985 et la demande visant à obtenir l'attestation d'équivalence a été déposée alors que s'appliquait le PFP-2001.
5.2 Lorsqu'une personne demande à l'État une autorisation ou un avantage, le droit déterminant est le droit en vigueur au moment ou l'autorité statue en première instance (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 137; arrêt 2A.335/1995 du 21 juin 1996 consid. 3d). Ce principe vaut également si la situation juridique a été créée par un fait antérieur au changement législatif (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 101 s.; PIERRE MOOR, Droit administratif, vol. 1, 2è éd. 1994, p. 173; ULRICH HÀFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6è éd. 2010, n° 341).
La présente affaire doit ainsi être examinée en appliquant les règles en vigueur le 26 octobre 2007, au moment de la décision rendue en première instance par la Commission des titres, à savoir la LPMéd, l'OPMéd, la RFP-2000 dans sa version du 19 mai 2006, ainsi que le PFP-2001 dans sa version du 29 mars 2007.
6. 6.1 La LPMéd règle la formation, la formation postgrade et l'exercice des professions médicales universitaires dans la Confédération. Selon l'<ref-law>, la formation universitaire fournit les fondements nécessaires à l'exercice de la profession médicale choisie. Un diplôme fédéral correspond à chaque profession médicale universitaire (<ref-law>). Pour pouvoir exercer à titre indépendant, les médecins doivent, outre le diplôme fédéral de médecin, posséder un titre de formation postgrade suisse ou reconnu (<ref-law>).
La formation postgrade est réglée, organisée et exécutée par la FMH sur mandat de la Confédération. Pour chaque titre de formation postgrade, il existe un programme détaillé qui en définit la durée et les exigences dans le cadre prévu par la LPMéd et l'OPMéd. La formation postgrade est accomplie dans des établissements reconnus et se termine par un examen de spécialiste. Sont admis à l'examen de spécialiste uniquement les médecins titulaires d'un diplôme de médecin suisse ou d'un diplôme étranger reconnu (art. 15 let. a RFP-2000).
Est reconnu le diplôme ou le titre postgrade étranger dont l'équivalence avec un diplôme ou un titre postgrade fédéral est établie dans un traité sur la reconnaissance réciproque des diplômes conclu avec l'État concerné (art. 15 al. 1 et 21 al. 1 LPMéd). Un diplôme ou un titre postgrade étranger reconnu déploie en Suisse les mêmes effets qu'un diplôme ou un titre postgrade fédéral (art. 15 al. 2 et 21 al. 2 LPMéd). A l'heure actuelle, sont reconnus les diplômes délivrés par des États membres de l'Union européenne et de l'Association européenne de libre échange AELE (<ref-law>). Les titulaires d'un diplôme ou d'un titre postgrade délivré par un État avec lequel la Suisse n'a pas conclu d'accord de reconnaissance mutuelle ne peuvent exercer leur profession à titre indépendant qu'à des conditions très restrictives (cf. <ref-law> et <ref-law>).
En l'espèce, l'intimée n'est pas au bénéfice d'un diplôme fédéral de médecin ou d'un diplôme étranger jugé équivalent (cf. supra consid. 2.2). Seule la question de la délivrance d'une attestation d'équivalence au titre de spécialiste se pose par conséquent. Afin de pouvoir prétendre à l'attestation d'équivalence au titre de spécialiste en ophtalmologie, l'intimée doit remplir les conditions spécifiques à la formation qui donneraient droit au titre FMH de spécialiste en ophtalmologie.
6.2 L'art. 17 al. 4 RFP-2000 prévoit que, lors de la révision d'un programme de formation, les candidats terminant leur formation postgraduée selon l'ancien programme dans les trois ans après l'entrée en vigueur du nouveau programme peuvent solliciter le titre selon les anciennes dispositions.
De son côté, le PFP-2001 contient deux dispositions transitoires qui ont la teneur suivante:
"7.1 Tout candidat terminant sa formation postgraduée selon l'ancien programme de formation d'ici le 31 décembre 2001, peut obtenir le titre de spécialiste selon les anciennes prescriptions de novembre 1985.
7.2 Demeure réservée la disposition suivante concernant l'examen de spécialiste: Tout candidat n'ayant pas encore terminé sa formation postgraduée au 31 décembre 1999 doit fournir une attestation de sa participation à l'examen de spécialiste pour obtenir le titre de spécialiste en ophtalmologie."
Il s'avère que l'art. 17 al. 4 RFP-2000, d'une part, et les art. 7.1 et 7.2 PFP-2001, d'autre part, contiennent des dispositions contradictoires. En effet, l'art. 17 al. 4 RFP-2000 prévoit un délai transitoire de trois ans dans tous les cas où un nouveau programme de formation est mis en vigueur. Le PFP-2001 est entré en vigueur le 1er janvier 2001, de sorte que le délai transitoire selon l'art. 17 al. 4 RFP-2000 peut arriver à échéance le 31 décembre 2003 au plus tôt. Or, il s'avère que l'art. 7.1 PFP-2001 réduit ce délai à une année après l'entrée en vigueur du programme de formation en vue de l'obtention du titre de spécialiste en ophtalmologie, soit en l'espèce le 31 décembre 2001. L'art. 7.2 PFP-2001, de son côté, est encore plus contraignant puisqu'il prévoit que le délai transitoire est échu une année avant l'entrée en vigueur du PFP-2001, soit le 31 décembre 1999 et que les candidats n'ayant pas terminé leur formation à cette date doivent attester de leur participation à l'examen de spécialiste en ophtalmologie.
6.3 En présence de règles de droit contradictoires de rangs différents et en vertu du principe de la hiérarchie des normes, l'interprète est tenu de se conformer à la règle supérieure et, partant, de faire abstraction de la règle inférieure (cf. <ref-ruling> consid. 8a p. 123). Or, en l'espèce, le RFP-2000 et le PFP-2001 ont été tous deux promulgués par le Comité central de la FMH, le PFP-2001 ayant au surplus été approuvé par le Département fédéral de l'intérieur le 31 mai 2007. Placés au même niveau de la hiérarchie des normes, ils doivent donc être interprétés de manière coordonnée (cf. arrêt 1P.177/1992 du 15 juin 1992 consid. 4a).
En présence de normes de rang égal et de contenu contradictoire, il convient de donner la préférence à la norme spéciale par rapport à la norme générale (principe de la lex specialis; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 225 s.), et à la norme plus récente par rapport à la norme plus ancienne (principe de la lex posterior; cf. YVO HANGARTNER, in Ehrenzeller, St. Galler Kommentar zur schweizerischen Bundesverfassung, 2è éd. 2008, n° 27 ad art. 5 Cst.; ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6è éd. 2010, n° 220).
6.4 La recourante allègue que l'art. 17 al. 4 RFP-2000 ne s'appliquerait qu'aux révisions des programmes de formation introduisant de nouvelles exigences et non à la question de l'examen de spécialiste, qui obéirait à des dispositions et règles transitoires particulières. L'art. 70 RFP-2000, dans sa version du 19 mai 2006, serait ainsi une lex specialis prenant le pas sur la règle générale de l'art. 17 al. 4 RFP-2000. Elle ajoute enfin que, dans tous les domaines de spécialisation, la Commission des titres s'est toujours tenue à la règle selon laquelle, pour porter le titre de spécialiste ou obtenir une attestation d'équivalence, il faut participer à l'examen, sans que cela n'ait jamais été contesté.
Point n'est besoin d'examiner la pertinence de cette argumentation de la recourante. En effet, en vertu des principes évoqués, l'art. 7.2 PFP-2001 s'applique en l'espèce: cette disposition est postérieure à l'art. 17 al. 4 RFP-2000. En outre, le PFP-2001 constitue une norme spéciale, applicable à la formation postgrade en ophtalmologie, par rapport au RFP-2000, applicable à toutes les formations postgrades.
L'intimée ayant terminé sa formation le 31 janvier 2000, soit après le délai échu le 31 décembre 1999, elle doit donc remplir les conditions de l'art. 7.2 PFP-2001. Pour pouvoir prétendre à obtenir une attestation d'équivalence, elle doit ainsi attester de sa participation à l'examen de spécialiste en ophtalmologie. C'est donc à tort que le Tribunal administratif fédéral a admis qu'elle pouvait obtenir l'attestation d'équivalence sans se présenter à cet examen.
Le recours doit par conséquent être admis et l'arrêt querellé annulé. L'attestation d'équivalence au titre de spécialiste en ophtalmologie demandée par l'intimée lui sera remise si elle fournit une attestation de participation à l'examen de spécialiste.
7. Succombant, l'intimée doit supporter les frais judiciaires (art. 66 aI. 1 LTF). La recourante agissant en qualité d'organisation chargée de tâches de droit public dans la présente procédure (cf. supra consid. 1.3), elle ne peut prétendre à des dépens (<ref-law>).
Enfin, la cause sera renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour fixer à nouveau les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 12 août 2010 est annulé.
2. L'attestation d'équivalence au titre de spécialiste en ophtalmologie demandée par l'intimée lui sera remise si elle fournit une attestation de participation à l'examen de spécialiste.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 2'000.-, sont mis à la charge de l'intimée.
4. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant lui.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour II, et au Département fédéral de l'intérieur.
Lausanne, le 23 février 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti