Fatti:
A. A.a A._ e B._ hanno contratto matrimonio a Londra il 23 agosto 1993. Dall'unione sono nati C._ e D._. I coniugi vivono separati dal dicembre 2003.
A.b Il 15 settembre 2006 A._ ha introdotto avanti al Pretore del Distretto di Lugano azione unilaterale di divorzio, formulando diverse conclusioni in punto all'attribuzione dell'abitazione coniugale, alla liquidazione del regime dei beni e degli averi previdenziali, ai contributi alimentari per sé e per i figli, infine all'attribuzione di questi ultimi. Contestualmente ha postulato l'adozione di provvedimenti cautelari. Tre giorni più tardi ha chiesto la sospensione della procedura in vista di una possibile soluzione amichevole. Il Pretore ha riattivato la causa il 21 giugno 2007.
A.c In data 19 dicembre 2007 i coniugi hanno sottoscritto una "convenzione sulle conseguenze accessorie al divorzio"; A._ ne ha informato il Pretore il 25 gennaio successivo. Ma B._ ha revocato il proprio accordo il 4 febbraio 2008. In occasione dell'udienza 28 maggio 2008 per la discussione cautelare, A._ ha prodotto copia della citata convenzione. Il Pretore ha in seguito impartito al marito un ultimo termine per inoltrare la risposta di causa: nel suo allegato 25 agosto 2008, B._ ha postulato a sua volta lo scioglimento del matrimonio e ha formulato le proprie conclusioni sugli effetti accessori. A seguito di ciò, il Pretore ha trattato la causa quale azione di divorzio su richiesta comune con accordo parziale. Il 21 ottobre 2008 ha sentito i coniugi, i quali dopo lo scadere del termine bimestrale di riflessione hanno confermato la loro volontà di divorziare e di demandare al giudice la definizione delle conseguenze del divorzio. Le parti hanno presentato in data 10 rispettivamente 12 marzo 2009 il rispettivo memoriale conclusivo, ciascuno ribadendo in sostanza le proprie domande; un'udienza sui punti contestati è stata tenuta il 29 maggio 2009.
A.d Il successivo 24 giugno 2009, A._ ha inoltrato al Pretore un'istanza per ottenere l'omologazione della precitata convenzione 19 dicembre 2007. B._ con osservazioni 28 luglio 2009 ha chiesto di respingere la richiesta della moglie; ha motivato la propria presa di posizione con la rinuncia delle parti per atti concludenti a chiederne l'omologazione, con la malafede della moglie e l'inadeguatezza della convenzione stessa. Discusse le - immutate - posizioni delle parti all'udienza 31 agosto 2009, il Pretore ha respinto l'istanza di omologazione con "decreto" 16 febbraio 2010, ponendo a carico di A._ le spese giudiziarie e le ripetibili a favore del marito.
B. Con allegato 1° marzo 2010 A._ ha appellato contro il citato "decreto" ribadendo la propria istanza di omologazione e chiedendo la concessione dell'assistenza giudiziaria. Il Pretore ha conferito l'effetto sospensivo al gravame. Con la sentenza qui impugnata, il Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto l'appello nella misura della sua ricevibilità, respinto la domanda di assistenza giudiziaria e posto tassa e spese di giustizia a carico di A._.
C. In data 29 settembre 2011 A._ (qui di seguito: ricorrente) ha inoltrato al Tribunale federale un ricorso in materia civile e un ricorso sussidiario in materia costituzionale contro la decisione cantonale, postulandone l'annullamento e la contestuale omologazione della convenzione 19 dicembre 2007. Con decreto 4 ottobre 2011 la Giudice presidente della Corte adita ha respinto la domanda di adozione di misure cautelari presentata dalla ricorrente. Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo con decreto 25 ottobre 2011.
Non sono state chieste determinazioni nel merito. Con scritto 27 aprile 2012 l'avv. Sergio Schiuchetti ha comunicato di essere subentrato all'avv. X._ nel patrocinio della ricorrente.

Diritto:
1. 1.1 La vertenza concerne l'omologazione di una convenzione sugli effetti accessori del divorzio, avente per oggetto questioni di natura pecuniaria e di natura ideale quale l'affidamento dei figli ed il diritto di visita del padre. Conformemente alla giurisprudenza si tratta pertanto di una vertenza civile ai sensi dell'art. 72 cpv. 1 LTF di natura globalmente non pecuniaria, come rettamente constatato dal Tribunale di appello (art. 112 cpv. 1 lett. d LTF; consid. 7 pag. 8). La Corte cantonale ha statuito su appello quale ultima istanza cantonale (art. 75 cpv. 1 e 2 LTF). Il ricorso è stato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) introdotto dalla parte soccombente in ultima istanza cantonale, pertanto particolarmente toccata dalla decisione ed a beneficio di un interesse degno di protezione a che quest'ultima sia annullata o modificata (art. 76 cpv. 1 LTF).
Data la proponibilità del ricorso in materia civile, il ricorso sussidiario in materia costituzionale si appalesa di primo acchito inammissibile (art. 113 LTF).
1.2 Usualmente le parti si premurano di inoltrare al giudice del divorzio una convenzione volta a regolamentare le conseguenze accessorie del divorzio stesso, ed in tale funzione a sostituire la decisione autoritativa del giudice. Se il giudice accetta di esaminare una tale convenzione in base ai criteri applicabili nelle varie circostanze (abrogati art. 140 segg. CC; ora art. 279 seg., 282, 285 lett. c e 288 cpv. 1 CPC [RS 272]), egli emana una decisione di merito, finale ai sensi dell'art. 90 LTF (v. ad es. sentenze 5A_599/2007 del 2 ottobre 2008 consid. 2; 5A_56/2010 del 2 giugno 2010 consid. 1 e consid. 2.2 riferito all'esistenza stessa di una convenzione, in FamPra.ch 2010 pag. 696). Nel caso presente, invece, il Pretore ha considerato di non potere esaminare la convenzione nel merito, non avendo i coniugi congiuntamente postulato di ratificarla, anzi avendo essi sostanzialmente chiesto di non ratificarla. Ciò porta a concludere - concordemente con il Tribunale di appello, la cui posizione è espressamente condivisa dalla ricorrente - che la decisione impugnata è di natura incidentale ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 LTF.
2. Il ricorso in materia civile contro decisioni incidentali notificate separatamente è ammissibile se esse possono causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF) oppure se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF).
2.1 È irreparabile unicamente quel pregiudizio che nemmeno una decisione favorevole nel merito riesce a cancellare completamente. Tale pregiudizio deve inoltre essere di natura giuridica; un inconveniente meramente sostanziale, consistente ad esempio in un aumento della durata della procedura e dei relativi costi, è insufficiente (<ref-ruling> consid. 6 con rinvii; <ref-ruling> consid. 1.2.1 con rinvii). È compito del ricorrente - pena l'inammissibilità del gravame - spiegare in dettaglio perché ed in quale misura siano soddisfatte le condizioni di ammissibilità del ricorso fondato sull'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, a meno che queste non facciano di primo acchito alcun dubbio (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.3.1).
Nel caso di specie, la ricorrente afferma apoditticamente che la decisione impugnata può causare un pregiudizio irreparabile, rinviando all'art. 93 LTF. Non spende tuttavia una sola parola per spiegare la sua affermazione. Né si può dire, nel caso concreto, che il pregiudizio irreparabile appaia senz'altro alla sola lettura degli atti: l'unica evidente conseguenza del rifiuto dell'omologazione della convenzione introdotta dalla ricorrente è che il procedimento di divorzio dovrà continuare. Da ciò deriva al più un aumento della durata e dei costi legati al procedimento stesso, ma nessun ulteriore pregiudizio.
Privo di adeguata motivazione, il ricorso non dimostra l'adempimento del requisito del pregiudizio irreparabile causato dalla decisione incidentale avversata; né un tale pregiudizio appare evidente alla lettura degli atti.
2.2 Quanto all'ammissibilità del ricorso in ragione del fatto che il suo accoglimento comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF), sia constatato semplicemente che la ricorrente non vi si riferisce del tutto, benché la giurisprudenza esiga che anche questa condizione per l'ammissibilità del gravame sia dettagliatamente allegata e dimostrata (sentenza 4A_48/2010 del 9 luglio 2010 consid. 1.3.2 con rimando alle già citate DTF <ref-ruling> consid. 1.2 e <ref-ruling> consid. 2.3.1 e 2.4.2).
A titolo puramente abbondanziale sia comunque constatato che quest'esigenza non sarebbe soddisfatta nel caso concreto. Il Tribunale di appello non ha esaminato l'adeguatezza della convenzione, né l'ha fatto in precedenza il Pretore (v. supra consid. 1.2). In tali circostanze, anche un'eventuale ammissione del presente ricorso in materia civile non potrebbe evitare un rinvio della causa alle istanze cantonali per nuova decisione. Né è escluso che queste dovrebbero svolgere una seppur minima procedura probatoria, non foss'altro poiché la convenzione tratta anche di questioni sottratte al potere di disposizione delle parti, come quelle legate all'attribuzione dei figli ed al diritto di visita. Non è dunque possibile ammettere che l'accoglimento del presente ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF).
3. Ne discende che pure il ricorso in materia civile va dichiarato integralmente inammissibile, con conseguenza di tassa e spese a carico della ricorrente soccombente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non sono dovute ripetibili, l'opponente non essendo stato invitato ad esprimersi sul merito ed avendo egli postulato senza successo la reiezione dell'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.