Sachverhalt:
A. Die Stockwerkeigentümergemeinschaft X._ setzt sich aus 35 Stockwerkeigentümern zusammen, welchen das Grundstück L._-GBB-xxx gehört. Darauf befindet sich das im Jahr 1972 erstellte Gebäude M._weg yyy und zzz mit zwei Eingängen. Zwischen den Stockwerkeigentümern besteht Uneinigkeit über die Notwendigkeit anstehender Sanierungsmassnahmen (Dach, Aufzüge, Heizung, Wärmedämmung).
Anlässlich der Stockwerkeigentümerversammlung vom 30. September 2011 trat der Verwalter der Gemeinschaft zurück. Die an der Versammlung neu gewählte Verwalterin zog ihr Angebot später zurück, so dass die Gemeinschaft ohne Verwalter dastand.
B. Am 16. Dezember 2011 reichten die rubrizierten Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Brig, Östlich-Raron und Goms ein Gesuch um gerichtliche Ernennung des Verwalters und der Verwaltungsdelegation ein. Rechtsanwalt Marco Eyer reichte am 16. Januar 2012 für 28 der 31 beklagten Stockwerkeigentümer eine Stellungnahme ein, in welcher er um Gutheissung des Gesuches zur Ernennung des Verwalters ersuchte.
Am 24. März 2012 stellten die Beschwerdeführer gegen die instruierende Richterin ein Ausstandsbegehren, worauf ein anderer Richter mit dem Verfahren betraut wurde. Dieser ernannte mit Entscheid vom 19. April 2012 Q._, Y._-Treuhand, als Verwalter der Stockwerkeigentümergemeinschaft X._ und wies das weitergehende Gesuch ab.
Gegen diesen Entscheid erhoben die rubrizierten Beschwerdeführer am 1. Mai 2012 beim Kantonsgericht Wallis Berufung mit dem Begehren um dessen Aufhebung und neuer Entscheidfindung. Sie machten eine Gehörsverletzung geltend, indem sie zur vorgesehenen Verwalterwahl nicht angehört worden seien, was umso schwerer wiege, als davon auszugehen sei, dass der Verwalter auf Vorschlag der Gegenseite eingesetzt worden sei. Zudem fehle ihm die erforderliche Kompetenz und Unabhängigkeit, da er der Schwager einer gegnerischen Stockwerkeigentümerin sei. Schliesslich sei Art. 30 des Stockwerkeigentümer-Reglementes verletzt, weil keine Mitglieder für die Verwaltungsdelegation bezeichnet worden seien.
Mit Urteil vom 21. September 2012 wies das Kantonsgericht Wallis die Berufung ab.
C. Die rubrizierten Beschwerdeführer erhoben gegen dieses Urteil am 31. Oktober 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit dem Begehren um dessen Aufhebung und gerichtlicher Ernennung eines unabhängigen und neutralen Verwalters, eventualiter um Rückweisung zur Ernennung eines unabhängigen und neutralen Verwalters. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer Zivilsache (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
Sachenrechtliche Streitigkeiten sind grundsätzlich vermögensrechtlicher Natur, was beispielsweise auch im Zusammenhang mit Stockwerkeigentümerbeschlüssen gilt (<ref-ruling>). Die Beschwerdeführer anerkennen denn auch ausdrücklich, dass die gerichtliche Ernennung des Verwalters eine Streitsache mit Vermögenswert betrifft. Das Kantonsgericht ist von einem Streitwert von Fr. 16'500.-- ausgegangen mit der Überlegung, gemäss Art. 27 des StWE-Reglementes werde der Verwalter für eine Amtsdauer von drei Jahren gewählt und die jährlichen Kosten beliefen sich gemäss der Offerte des Verwalters vom 27. März 2012 auf rund Fr. 5'500.--. Demgegenüber machen die Beschwerdeführer geltend, dieser Betrag sei im Sinn von <ref-law> zu kapitalisieren. In der Tat finden sich Entscheide, wo bei zeitlich unbefristeter Ernennung eines Verwalters das kapitalisierte jährliche Honorar als Streitwert angenommen wurde (z.B. Urteile 5C.27/2003 vom 22. Mai 2003 E. 1; 5C.243/2004 vom 2. März 2005 E. 1), freilich ohne dies näher zu begründen. Eine Vertiefung der Frage, ob die in <ref-law> für periodische Nutzungen und Leistungen vorgesehene Regelung im Zusammenhang mit der Ernennung oder Abberufung eines Verwalters vom Grundsatz her angebracht ist, braucht vorliegend nicht näher erörtert zu werden. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen geht es um eine Amtsperiode gemäss Reglement von drei Jahren. Zumal der richterlich ernannte Verwalter vor Ablauf dieser Periode im Grundsatz nicht abgewählt werden kann (vgl. <ref-law>), ist die vorinstanzliche Sichtweise, das dreifache Jahreshonorar als Streitwert anzunehmen, naheliegend (vgl. z.B. Urteil 8C_220/2010 vom 18. Oktober 2010 E. 1.2; in Mietsachen sodann <ref-ruling> E. 1.1 S. 390; Urteil 4A_273/2012 vom 30. Oktober 2012 E. 1.2.2) und verdient jedenfalls gegenüber einer Kapitalisierung im Sinn von <ref-law> den Vorzug. Mithin ist auch für das bundesgerichtliche Verfahren von einem Streitwert von Fr. 16'500.-- auszugehen (<ref-law>), womit der für die Beschwerde in Zivilsachen notwendige Mindeststreitwert von Fr. 30'000.-- gemäss <ref-law> nicht erreicht ist.
Die Beschwerdeführer behaupten subsidiär, es liege eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung vor (<ref-law>). Zur Begründung führen sie an, dass die Frage der Unabhängigkeit des Verwalters noch nie höchstrichterlich geklärt worden sei, aber davon auszugehen sei, dass vor unteren Instanzen viele gleichartige Fälle zu beurteilen seien. Sie spielen damit auf die Rechtsprechung an, wonach mit Blick auf die Schaffung von Rechtssicherheit ein allgemeines Interesse an der höchstrichterlichen Klärung einer umstrittenen Frage bestehen kann (<ref-ruling> E. 2.4 S. 649; <ref-ruling> E. 1.3 S. 4). Wie die nachfolgende E. 2 zeigt, gibt es aber publizierte Rechtsprechung zur richterlichen Abberufung des Verwalters, welche auch für die richterliche Einsetzung gilt. Sodann ist eine weitere Voraussetzung für die Bejahung einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, dass sie infolge der Streitwertgrenze vom Bundesgericht kaum je im Zusammenhang mit einem anderen Fall geklärt werden könnte (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 271). Diese Voraussetzung ist vorliegend ebenfalls nicht erfüllt, zumal die Beschwerdeführer selbst anführen, es gebe zahlreiche gleich gelagerte Fälle.
Soweit die Beschwerde in Zivilsachen nicht gegeben ist, greift die subsidiäre Verfassungsbeschwerde (<ref-law>). Mit ihr können jedoch einzig Verfassungsverletzungen gerügt werden (<ref-law>), wofür das strenge Rügeprinzip gilt (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. 117 BGG). Die Beschwerdeführer rügen diesbezüglich eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und des Willkürverbots.
2. Gemäss <ref-law> kann jeder Stockwerkeigentümer die Ernennung des Verwalters durch das Gericht verlangen, falls dessen Bestellung durch die Versammlung der Stockwerkeigentümer nicht zustande kommt.
Die Wahl von Delegierten wird nicht mehr verlangt. Ebenso wenig werden die Vorwürfe wiederholt, der Verwalter sei unqualifiziert und die Gegenpartei habe diesen vorgeschlagen. Das Kantonsgericht hat zum letzten Punkt ausgeführt, dass am 22. März 2012 vier als geeignet erscheinende Treuhandbüros angeschrieben worden seien und drei Büros die Übernahme des Verwaltermandates abgelehnt hätten, während einzig der schliesslich bestimmte Verwalter dem Gericht eine Offerte eingereicht habe.
Streitgegenstand bildet somit - nebst einer Gehörsrüge (dazu E. 3) - einzig die Frage, ob der gerichtlich ernannte Verwalter "befangen" ist und aus diesem Grund in willkürlicher Weise ernannt wurde.
2.1 Die Kernerwägung des Kantonsgerichts ging dahin, dass auch ein Stockwerkeigentümer als Verwalter gewählt werden könne und deshalb umso mehr ein Verwandter bzw. Verschwägerter eines Stockwerkeigentümers wählbar sei. Sodann hat es befunden, eine "Befangenheit" des Verwalters ergebe sich auch nicht daraus, dass das Schreiben der Beschwerdeführerin B._ vom 26. April 2012, in welchem sie den Verwalter aufgefordert habe, sein Verwandtschaftsverhältnis zur Stockwerkeigentümerin I._ darzulegen, unbeantwortet geblieben sei.
2.2 Die Beschwerdeführer machen eine willkürliche Anwendung von <ref-law> geltend. Der Verwalter habe von Gesetzes wegen wichtige Aufgaben und nehme zumindest bei grösseren Gemeinschaften faktisch eine zentrale Stellung ein. Im vorliegenden Fall sei es so, dass sich innerhalb der Stockwerkeigentümergemeinschaft zwei zerstrittene Lager gegenüber stünden. Wenn der Verwalter mit einer Person der einen Seite verschwägert sei, so lägen Abhängigkeiten, Rücksichtnahmen und Einflussmöglichkeiten in der Natur der Sache. Schwägerschaft zähle denn auch zu den typischen Fallgruppen, in welchen Befangenheit angenommen werde, wie etwa bei <ref-law>. Es fehle gegenüber dem ernannten Verwalter an der nötigen Vertrauensbasis und die kantonalen Gerichte hätten deshalb einseitig Partei ergriffen und willkürlich entschieden.
2.3 Der Verwalter ist das von der Stockwerkeigentümergemeinschaft gewählte oder vom Richter eingesetzte "Organ" der Stockwerkeigentümergemeinschaft (<ref-law>), welches die Versammlung der Stockwerkeigentümer einberuft und leitet (<ref-law>), generell eine ausführende Funktion hat (vgl. <ref-law>) und die Stockwerkeigentümergemeinschaft gegen aussen vertritt (<ref-law>). Der Verwalter kann sowohl ein Stockwerkeigentümer als auch ein Dritter sein (WERMELINGER, in: Zürcher Kommentar, N. 21 zu <ref-law>).
Weil der Verwalter nicht ein Mittler zwischen zwei Parteien, sondern das ausführende und vertretende Organ der Gemeinschaft ist, gilt für ihn nicht eine Befangenheitsregelung, wie sie typischerweise für Richter und richterliche Gehilfen (namentlich Gutachter) zur Anwendung kommt. Vielmehr wird der Verwalter der Stockwerkeigentümergemeinschaft durch Mehrheitsbeschluss der Stockwerkeigentümer gewählt (vgl. Art. 712q Abs. 1 und Art. 712m Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Auch die Abberufung des Verwalters erfolgt durch Mehrheitsbeschluss (Art. 712r Abs. 1 und Art. 712m Abs. 2 i.V.m. <ref-law> ZGB). Lehnt allerdings die Versammlung der Stockwerkeigentümer die Abberufung unter Missachtung wichtiger Gründe ab, kann jeder einzelne Stockwerkeigentümer die gerichtliche Abberufung verlangen (<ref-law>).
Wichtige Gründe im Sinn dieser Bestimmung liegen nach der Rechtsprechung vor, wenn einem Stockwerkeigentümer die Fortsetzung des Verwaltungsverhältnisses nach Treu und Glauben nicht mehr zugemutet werden kann, weil das diesem Rechtsverhältnis immanente Vertrauensverhältnis fehlt bzw. zerstört worden ist (<ref-ruling> E. 2a S. 178; <ref-ruling> E. 3a S. 536). Dies ist namentlich dann gegeben, wenn der Verwalter seinen Aufgaben nicht nachkommt, die ihm anvertrauten Gelder unsorgfältig verwaltet, sich eigenmächtig über Beschlüsse der Stockwerkeigentümerversammlung hinwegsetzt, die Stockwerkeigentümer schikaniert oder beschimpft, unerlaubterweise Hilfspersonen oder Substituten beizieht oder sich eines unehrenhaften Verhaltens schuldig macht, während leichte Verstösse gegen die Verpflichtungen des Verwalters keine wichtigen Gründe für die Abberufung darstellen (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 536), ausser sie erfolgen wiederholt (<ref-ruling> E. 2c/dd S. 181). Was die vorliegend interessierende Konstellation anbelangt, können nach der Lehre schwerwiegende und permanente Meinungsverschiedenheiten zwischen Stockwerkeigentümern und dem Verwalter einen wichtigen Grund für die Abberufung darstellen (WERMELINGER, a.a.O., N. 51 zu <ref-law>). Die gravierenden (Interessen-)Konflikte müssen aber in konkreter Weise bestehen; die bloss abstrakte Gefahr genügt nicht (WERMELINGER, a.a.O., N. 51 zu <ref-law>). Im Übrigen ist eine objektivierte Betrachtungsweise, nicht das subjektive Empfinden der klagenden Stockwerkeigentümer massgeblich (WERMELINGER, a.a.O., N. 49 zu <ref-law>).
Die gleichen Kriterien, wie sie für die richterliche Absetzung des Verwalters gelten, kommen auch für dessen richterliche Ernennung zum Tragen. Insbesondere können Befangenheitsregelungen, wie sie für den Richter und seine Gehilfen gelten, nach dem eingangs Gesagten keine Anwendung finden (vgl. auch <ref-ruling> E. 2b S. 198).
2.4 Abgesehen davon, dass die Nichtbeantwortung des in E. 2.1 erwähnten Schreibens keine Pflichtverletzung im vorerwähnten Sinn darstellt, wäre dieser Sachverhalt auch nicht geeignet, eine willkürliche Einsetzung des Verwalters darzutun, weil er sich zeitlich nach dem erstinstanzlichen Entscheid ereignet hat. Im Übrigen bringen die Beschwerdeführer nur abstrakte Befürchtungen vor, für die nicht die geringsten Anhaltspunkte genannt werden. Anzumerken bleibt, dass der Hauptstreitpunkt (Durchführung von Sanierungsarbeiten) ohnehin in die Entscheidkompetenz der Stockwerkeigentümer und nicht in diejenige des Verwalters fällt (vgl. 712g Abs. 1 i.V.m. Art. 647c oder Art. 647d ZGB).
Inwiefern die kantonalen Gerichte vor dem geschilderten Hintergrund in Willkür verfallen sein sollen, wenn sie Q._ zum Verwalter der Stockwerkeigentümergemeinschaft X._ ernannt haben, ist nicht im Ansatz ersichtlich.
3. Die Beschwerdeführer rügen ferner eine Gehörsverletzung, weil das Kantonsgericht an einer Stelle ausgeführt habe, dass der ernannte Verwalter angeblich Schwager der Stockwerkeigentümerin I._ sei, und es folglich dem Beweisantrag, das Verwandtschaftsverhältnis im Einzelnen abzuklären, nicht nachgekommen sei.
Abgesehen davon, dass das Vorbringen nach dem in E. 2 Gesagten an der Sache vorbeigeht, ist in erster Linie die antizipierte Beweiswürdigung betroffen, für welche das Willkürverbot als verletzt zu rügen wäre; erst wenn die antizipierte Beweiswürdigung nicht vor dem Willkürverbot standhielte - was vorliegend mangels Rügen nicht zu prüfen ist -, stellt sich die Frage des rechtlichen Gehörs (<ref-ruling> E. 3 S. 157).
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht einzutreten und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde abzuweisen ist, soweit auf diese eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind folglich den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenseite ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit auf diese einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Wallis, I. zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Februar 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli