Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft hat gegen X._ und weitere Personen Anklage wegen Beteiligung bzw. Unterstützung einer kriminellen Organisation (<ref-law>) und (eventuell) Geldwäscherei in einem schweren Fall (Art. 305bis Ziff. 1 und 2 lit. a und c StGB) erhoben. Die Hauptverhandlung vor der Strafkammer des Bundesstrafgerichts in Bellinzona beginnt am 1. April 2009.
B. Mit Schreiben vom 4. Februar 2009 stellte der Verteidiger von X._ verschiedene Verfahrensanträge. Unter anderem beantragte er, seinem Mandanten sei für die gesamte Hauptverhandlung eine Simultanübersetzung Deutsch/Italienisch zu gewährleisten und die Anklageschrift dürfe erst nach dem Entscheid über Vorfragen und Rekusationen an der Verhandlung vom 1./2. April 2009 an die Presse ausgehändigt werden.
Am 10. Februar 2009 erliess der Präsident der Strafkammer eine prozessleitende Verfügung. Darin wies er den Antrag auf Simultanübersetzung der Hauptverhandlung ab (Disp.-Ziff. 1). Den Antrag, die Anklageschrift vor der Eröffnung der Hauptverhandlung nicht oder nur in begrenztem Umfang an die Presse auszuhändigen, hiess er insoweit gut, als lediglich die Seiten 1-4 und 205-233 vor der Eröffnung der Hauptverhandlung an die akkreditierte Presse herauszugeben seien (Disp.-Ziff. 5).
C. Dagegen erhob X._ am 11. März 2009 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, Ziff. 1 und Ziff. 5 der prozessleitenden Verfügung vom 10. Februar 2009 seien aufzuheben. Die Anklageschrift vom 26. September 2008 sei erst nach dem Entscheid über Vorfragen und Rekusationen der Presse auszuhändigen. Sofern als Verfahrenssprache nicht italienisch festgelegt werde (dies ist Gegenstand des Parallelverfahrens 1B_70/2009), sei ihm eine Simultanübersetzung in der Hauptverhandlung zu gewährleisten.
X._ hat ebenfalls am 11. März 2009 Beschwerde gegen die verfahrensleitende Verfügung des Präsidenten der Strafkammer vom 18. Februar 2009 erhoben, in der Deutsch als Verfahrenssprache festgelegt wurde. Aufgrund des engen sachlichen und prozessualen Zusammenhangs mit der vorliegenden Beschwerde beantragt er die Vereinigung beider Verfahren.
Mit separater Eingabe vom 11. März 2009 ersucht der Beschwerdeführer um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung in beiden Verfahren.
D. Der Präsident der Strafkammer und die Bundesanwaltschaft beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen.
E. In seiner Replik vom 23. März 2009 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.
F. Mit Verfügung vom 20. März 2009 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung und um Anordnung vorsorglicher Massnahmen abgewiesen.

Erwägungen:
1. Prozessleitende Verfügungen des Präsidenten der Strafkammer des Bundesstrafgerichts sind Zwischenentscheide des Bundesstrafgerichts, gegen welche die Beschwerde in Strafsachen offensteht, sofern die allgemeinen Voraussetzungen gemäss Art. 92 f. BGG erfüllt sind (zur Publikation bestimmter Entscheid 1B_7/2009 vom 16. März 2009 E. 1). <ref-law> bezieht sich nur auf Entscheide der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts und ist deshalb auf den vorliegenden Fall nicht anwendbar.
Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>; nur diese Bestimmung kommt vorliegend in Betracht). Für die Beschwerde in Strafsachen ist dabei ein Nachteil rechtlicher Natur erforderlich (<ref-ruling> E. 2.1 S. 45 mit Hinweisen), der auch durch einen dem Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nicht (vollständig) wieder gutgemacht werden kann.
1.1 Soweit der Beschwerdeführer sich gegen die Ablehnung der Simultanübersetzung der gesamten Hauptverhandlung wendet, ist kein derartiger Nachteil ersichtlich (so schon Entscheid 1P.76/2002 vom 14. Februar 2002 betreffend die staatsrechtlichen Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid, mit dem die Übersetzung gewisser Unterlagen in die Sprache des Angeklagten abgelehnt worden war).
Es wird Sache der Verfahrensleitung sein, durch geeignete Massnahmen dafür zu sorgen, dass die Angeklagten, die verschiedene Sprachen sprechen, der Verhandlung ausreichend folgen und ihre Verfahrensrechte wahren können. Dies wurde in der angefochtenen Verfügung (E. 2) auch ausdrücklich zugesagt. Im Falle eines Freispruchs des Beschwerdeführers ist nicht ersichtlich, welcher Nachteil ihm aufgrund der fehlenden Simultanübersetzung verbleiben sollte. Im Falle eines für ihn ungünstigen Verfahrensausgangs kann der Beschwerdeführer gegebenenfalls den Endentscheid mit der Begründung anfechten, aufgrund der fehlenden Simultanübersetzung sei er nicht in den Genuss eines fairen Verfahrens gekommen.
Auf den Antrag betreffend Simultanübersetzung ist daher nicht einzutreten. Damit entfällt der Konnex zum Beschwerdeverfahren 1B_70/2009, weshalb auf eine Vereinigung beider Verfahren zu verzichten ist.
1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Veröffentlichung der Anklageschrift komme einer öffentlichen Vorverurteilung gleich und würde seinen Ruf bis an sein Lebensende ruinieren. Über die Zulassung der Anklageschrift entscheide das Gesamtgericht erst zu Beginn der Hauptverhandlung am 1./2. April 2009. Die Angeklagten hätten die Rückweisung der Anklageschrift zur Verbesserung beantragt. Würde diese schon vorher (ganz oder teilweise) an die Presse ausgehändigt und veröffentlicht, so bedeute dies eine schwerwiegende Verletzung der Persönlichkeitsrechte des Beschwerdeführers, die auch durch einen für ihn günstigen Endentscheid nicht wieder gutgemacht werden könnte.
Die Frage des nicht wieder gutzumachenden Nachteils kann jedoch - ebenso wie die Frage, ob noch ein aktuelles Interesse an der Beschwerdeführung besteht - offen bleiben, wenn die Beschwerde in diesem Punkt abzuweisen ist.
2. Der Beschwerdeführer hält es für eine schwerwiegende Verletzung seiner Persönlichkeitsrechte, eine Anklageschrift zu veröffentlichen, bevor definitiv über die Zuständigkeit des Gerichts und die Zulässigkeit der Anklageschrift entschieden worden sei.
Dem Informationsinteresse der Öffentlichkeit und der Medien sei bereits mit einem Communiqué der Bundesanwaltschaft vom 6. Oktober 2008 Rechnung getragen worden, das in zahlreichen Printmedien und der Tagesschau des Schweizer Fernsehens vom 6. Oktober 2008 wiedergegeben worden sei. Auch das Bundesstrafgericht weise auf seiner Homepage auf den Prozess hin und liefere zugleich eine Zusammenfassung des Verfahrensgegenstands. Damit sei der Verhandlungsgegenstand bereits bestens bekannt, weshalb kein Bedürfnis bestehe, den Medien Teile der Anklageschrift schon vor dem 1./2. April 2009 auszuhändigen.
Die beabsichtigte (teilweise) Aushändigung der Anklageschrift in der heutigen Fassung und zum jetzigen Zeitpunkt werde den Beschwerdeführer in breiter Öffentlichkeit vorverurteilen, werde doch für den Laien überzeugend dargestellt, dass die Angeklagten mit der süditalienischen Mafia kooperiert hätten, wobei deren Schuld als bereits erwiesen dargestellt werde. Die zu erwartende einseitige Berichterstattung in der Presse und die Reaktionen der Bevölkerung würden einen indirekten Druck auf das Gericht erzeugen und einen Freispruch illusorisch machen. Dies verletzte die Unschuldsvermutung (<ref-law>; Art. 6 EMRK).
2.1 Der Präsident der Strafkammer hat den Antrag des Beschwerdeführers teilweise gutgeheissen und angeordnet, dass nur ein Teil der Anklageschrift der akkreditierten Presse auszuhändigen sei. Er ging davon aus, dass eine vollständige Herausgabe vor dem gerichtlichen Zulassungsentscheid durch das Informationsrecht der Öffentlichkeit nicht gefordert sei. Die Zustellung des von ihm freigegebenen Teils der Rechtsschrift an die akkreditierte Presse sei dagegen Teil der Öffentlichkeit der Verhandlung. Eine weitere inhaltliche Zensur würde dem Prinzip der Justizkontrolle durch die Öffentlichkeit widersprechen. Die Frage, wie weit die Namen nicht öffentlich zu nennen seien, sei nicht eine solche des Gerichts, sondern der ethischen Grundsätze der Presse.
2.2 Gerichtsverhandlungen in Strafsachen sind grundsätzlich öffentlich (Art. 6 Ziff. 1 EMRK; <ref-law>). Für den Bürger soll ersichtlich sein, wie der Richter die ihm vom jeweiligen Wahlkörper übertragene Verantwortung wahrnimmt, und der Grundsatz der publikumsöffentlichen Verhandlung dient ganz allgemein einer transparenten Justiztätigkeit und Rechtsfindung. Da nicht jedermann jederzeit an beliebigen Gerichtsverhandlungen teilnehmen kann, übernehmen die Medien mit ihrer Gerichtsberichterstattung insofern eine wichtige Brückenfunktion, als sie die richterliche Tätigkeit einem grösseren Publikum zugänglich machen. Die Gerichtsberichterstattung dient damit einer verlängerten bzw. mittelbaren Gerichtsöffentlichkeit, und in diesem Sinn besteht an ihr ein erhebliches öffentliches Interesse (<ref-ruling> E. 3.2 S. 532).
Dem Informationsinteresse der Allgemeinheit steht allerdings das Schutzinteresse der Prozessbeteiligten gegenüber. Namentlich im Strafprozess kann die detaillierte Ausbreitung der persönlichen Verhältnisse in die Privat- oder gar Geheimsphäre des Angeschuldigten eingreifen (<ref-ruling> E. 3 S. 532 mit Hinweis). Schon die Tatsache, dass eine Person in den Medien einer schweren Straftat wie der Beteiligung an einer kriminellen Organisation verdächtigt wird bzw. über die Anklageerhebung gegen sie berichtet wird, kann für diese schwerwiegende Konsequenzen haben.
Der Richter muss daher das Interesse des Betroffenen auf Schutz seiner Persönlichkeit sorgfältig gegen dasjenige der Presse an der Erfüllung des Informationsauftrags, insbesondere des Wächteramts, abwägen. Bei diesem Vorgang steht dem Richter ein gewisses Ermessen zu. Eingriffe in die Persönlichkeitsrechte dürfen stets nur so weit reichen, als ein Informationsbedürfnis der Öffentlichkeit besteht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 644; Entscheid 1C_258/2008 vom 20. November 2008 E. 5).
2.3 Im vorliegenden Fall wird den Angeklagten neben Geldwäscherei die Beteiligung an kriminellen Organisationen im Zusammenhang mit illegalem Zigarettenhandel vorgeworfen. Die diesbezüglichen Ermittlungen und Verhaftungen im Tessin und in Italien sorgten für Schlagzeilen in der Presse und führten zu Anfragen und Interpellationen im Parlament und einer Pressemitteilung des Eidgenössischen Finanzdepartements. Auch aufgrund der langen Dauer und des Umfangs des Untersuchungsverfahrens sowie der zahlreichen in diesem Zusammenhang geführten Rechtshilfeverfahren handelt es sich um einen bedeutenden Fall, weshalb das Informationsinteresse der Öffentlichkeit als gross einzuschätzen ist.
2.4 Es entspricht der Praxis des Bundesstrafgerichts, den akkreditierten Journalisten die Anklageschrift jeweils einige Tage vor Verhandlungsbeginn abzugeben (Art. 9 Abs. 1 lit. a des Reglements über die Grundsätze der Information und die Akkreditierung für die Gerichtsberichterstattung am Bundesstrafgericht vom 29. August 2006; SR 173.711.33 [im Folgenden: Reglement]). Dies ermöglicht es den Journalisten, sich seriös auf die Hauptverhandlung vorzubereiten und dieser sachgerecht zu folgen. Das erscheint vor allem in komplexen Fällen wie dem vorliegenden, mit einem umfangreichen Anklagesachverhalt und einer Vielzahl von beteiligten Personen und Gesellschaften, sinnvoll.
2.5 Allerdings ist zu berücksichtigen, dass über die Zulässigkeit der Anklageschrift vom Gesamtgericht noch nicht entschieden worden ist. Dieser Umstand wurde vom Präsidenten der Strafkammer berücksichtigt und führte dazu, dass nur 33 Seiten der 233 Seiten umfassenden Anklageschrift freigegeben wurden.
Die zur Abgabe an die Presse freigegebenen Teile umfassen:
S. 1-4: Rubrum;
S. 205-227: Zusammenfassung der Tathandlungen der Angeklagten;
S. 228 f.: Beweismittel und Beschlagnahme;
S. 229: Sicherheiten;
230: Kosten und Auslagen;
231 ff.: Mitteilungen, Unterschriften, etc.
Von den freigegebenen Seiten der Anklageschrift befassen sich (abgesehen vom Rubrum und den Mitteilungen) nur drei (S. 221-223) mit dem Beschwerdeführer. Darin werden die ihm vorgeworfenen Tathandlungen knapp zusammengefasst und unter die anwendbaren Gesetzesbestimmungen subsumiert. Aus Formulierung und Kontext ist klar, dass es sich um eine Anklage handelt, die erst noch bewiesen werden muss; eine Vorverurteilung des Beschwerdeführers ist nicht ersichtlich.
Nicht an die Presse abgegeben werden somit diejenigen Passagen der Anklageschrift, die von den Verteidigern der Mitangeklagten Y._ und Z._ vom 14. und 17. Oktober 2008 als strafprozessual unzulässig beanstandet worden waren, namentlich die angeblich ausschweifenden einleitenden Ausführungen der Anklageschrift zu den kriminellen Organisationen (Anklageschrift S. 13 ff.) und die nach Auffassung der Verteidigung unnötig wertende Anklageübersicht (Anklageschrift S. 5 ff.). Die übrigen Beanstandungen der Angeklagten betreffen formelle Mängel der Anklageschrift sowie der Aktenordnung (Paginierung, Verweise auf die Beilagen, etc.). Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht dargelegt, inwiefern diese Mängel sein Persönlichkeitsrecht verletzen könnten.
Damit beschränkt sich die Abgabe an die Presse auf das Minimum dessen, das nötig ist, um den Prozessgegenstand korrekt zu erfassen. Die auf der Homepage des Bundesstrafgerichts bzw. im Pressecommunique der Bundesanwaltschaft geschilderten Informationen sind sehr allgemein gefasst und können daher die Kenntnis des genauen Anklagesachverhalts nicht ersetzen.
2.6 Die (teilweise) Abgabe des Anklagesachverhalts erfolgt nur an die akkreditierten Journalisten, die Gewähr für die Beachtung der in Art. 10 des Reglements enthaltenen Grundsätze der Gerichtsberichterstattung bieten (Art. 5 Abs. 1 Reglement). Art. 10 Abs. 2 Reglement legt insbesondere fest, dass Namen nur genannt werden dürfen, wenn sie vom Bundesstrafgericht freigegeben werden oder die Betroffenen damit einverstanden sind. Insofern ist - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - keine einseitige, die Angeklagten vorverurteilende Berichterstattung in der Presse vorprogrammiert.
2.7 Zusammenfassend ist daher davon auszugehen, dass der Strafkammerpräsident sein Ermessen fehlerfrei ausgeübt hat, indem er die Abgabe zum Schutz des Persönlichkeitsrechts des Beschwerdeführers auf das für die Information der Öffentlichkeit Nötigste beschränkte.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer hat um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Die Beschwerde, die von seinem amtlichen Verteidiger im Bundesstrafverfahren erhoben wurde, war zumindest hinsichtlich der Anklageschrift nicht von vornherein aussichtslos. Dem Gesuch ist daher zu entsprechen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Peter von Ins, Bern, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Präsident der Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber