Sachverhalt:
A. X._ wurde aufgrund eines internationalen Haftbefehls auf den Philippinen verhaftet. Am 6./7. November 2006 wurde er nach Zürich überführt, wo er von der Kantonspolizei Thurgau festgenommen und in das Bezirksgefängnis Frauenfeld überführt wurde.
B. Am 14. November 2006 wurde X._ in Untersuchungshaft versetzt. Der Haftrichter bejahte einen dringenden Tatverdacht hinsichtlich qualifizierten Diebstahls (Art. 139 Ziff. 2 und 3 StGB) und gewerbsmässigen Betrugs (<ref-law>) sowie Kollusions- und Fluchtgefahr. Seither wurde die Untersuchungshaft mehrfach erstreckt, zuletzt bis zum 5. September 2007.
Am 9. Februar 2007 wies das Bundesgericht eine staatsrechtliche Beschwerde gegen die Haftverlängerungsverfügung vom 22. Dezember 2006 ab, soweit es darauf eintrat (1P.47/2007).
C. Am 31. August 2007 beantragte das Kantonale Untersuchungsrichteramt Thurgau die Verlängerung der Untersuchungshaft bis zum 5. Dezember 2007. Dieser Antrag wurde X._ zusammen mit den neu eingereichten Akten in Kopie zugestellt und ihm eine Frist bis zum 6. September 2007 eingeräumt, um dazu Stellung zu nehmen. Gleichzeitig wurde die Untersuchungshaft einstweilen bis zum Entscheid über das Haftverlängerungsgesuch als zulässig erklärt. In einer 63-seitigen Eingabe vom 6. September 2007 verlangte X._ die Abweisung des Hafterstreckungsgesuchs und die Aufhebung der Untersuchungshaft; zudem stellte er zahlreiche Verfahrensanträge.
D. Am 5. Oktober 2007 hiess der Präsident der Anklagekammer des Kantons Thurgau das Hafterstreckungsgesuch gut und verlängerte die Untersuchungshaft bis zum 5. Dezember 2007. Er bejahte den dringenden Tatverdacht hinsichtlich gewerbs- und bandenmässig begangenen Diebstahls sowie gewerbsmässigen Betrugs und stellte fest, dass Flucht- und Kollusionsgefahr weiterhin gegeben seien.
E. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 7. November 2007 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und der Untersuchungshaft. Überdies stellt er zahlreiche Anträge auf Feststellung von Verfahrensmängeln und ersucht um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
F. Die Staatsanwaltschaft Thurgau und das Kantonale Untersuchungsrichteramt haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Präsident der Anklagekammer beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
G. In seiner Replik vom 26. November 2007 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest. Er beantragt zudem, die Anklagekammer sei anzuweisen, den Haft(verlängerungs)antrag des Untersuchungsrichters und seine Stellungnahme dazu einzureichen. Diese Unterlagen befinden sich jedoch bereits beim Bundesgericht, zusammen mit den übrigen Akten des Haftverlängerungsverfahrens.

Erwägungen:
1. Weil der angefochtene Entscheid nach dem Datum des Inkrafttretens des Bundesgesetzes über das Bundesgericht (BGG, SR 173.110), dem 1. Januar 2007 (AS 2006, 1242), ergangen ist, untersteht die Beschwerde dem neuen Recht (<ref-law>).
1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen, zu denen auch Haftentscheide gehören. Ein kantonales Rechtsmittel gegen den angefochtenen Entscheid steht nicht zur Verfügung (Art. 80 i.V.m. <ref-law>). Der Beschwerdeführer hat vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids, weshalb er zur Beschwerde befugt ist (<ref-law>). Die Beschwerde wurde fristgemäss erhoben, wie der Präsident der Anklagekammer in seiner Vernehmlassung zutreffend darlegt.
1.2 Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit der Beschwerdeführer die Unrechtmässigkeit seiner Verhaftung in den Philippinen, seiner Überstellung an die Schweiz und der anschliessenden Haftanordnung geltend macht. Diese Fragen waren Gegenstand der Haftanordnung vom 14. November 2006 sowie des Entscheids im Haftentlassungsverfahren vom 17. August 2007, und nicht des vorliegend angefochtenen Haftverlängerungsentscheids.
1.3 Das Eintreten auf zulässige Beschwerdegründe hängt weiter vom Erfüllen der Anforderungen an die Begründung der einzelnen Rügen ab (<ref-law>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung ist die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG weiterzuführen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen).
Im angefochtenen Urteil wird detailliert dargelegt, weshalb der dringende Tatverdacht wie auch die Haftgründe der Kollusions- und der Fluchtgefahr weiterhin gegeben seien. Der Beschwerdeführer setzt sich mit dieser Begründung nicht näher auseinander und legt nicht substantiiert dar, inwiefern sie in rechtlicher Hinsicht falsch bzw. in tatsächlicher Hinsicht willkürlich sei und das Grundrecht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 und Art. 31 BV) bzw. das Willkürverbot (<ref-law>) verletzt. Der blosse Hinweis darauf, es handle sich (hinsichtlich der Betrugsvorwürfe) um "alltagstypische, legale Handlungen" bzw. seine Täterschaft (hinsichtlich der Diebstahlsvorwürfe) sei nicht erstellt, genügt hierfür nicht. Auch seine pauschalen Vorwürfe gegen die Untersuchungsführung des Untersuchungsrichters genügen den Begründungsanforderungen nicht.
1.4 Einzutreten ist daher nur auf die genügend begründeten Rügen des Beschwerdeführers, namentlich zu angeblichen Verfahrensverletzungen.
2. Dieser macht zunächst geltend, sein Anspruch auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht sei verletzt worden, weil die Anklagekammer über seine Rügen zur Befangenheit des Haftrichters nicht entschieden habe.
In den Ziff. 84 ff. seiner Stellungnahme zum Haftverlängerungsgesuch hatte der Beschwerdeführer beantragt, der Präsident der Anklagekammer möge seine Unparteilichkeit und Unvoreingenommenheit von Amtes wegen prüfen. Er warf diesem vor, die Kollegialität zum Untersuchungsrichter höher zur werten als die Bindung an das Recht; streitige Fragen habe der Haftrichter stets zugunsten des Untersuchungsrichteramts und zulasten des Beschwerdeführers entschieden.
Im angefochtenen Entscheid wird dazu festgehalten, der Präsident der Anklagekammer besitze aufgrund von § 5 Abs. 3 i.V.m. § 113a der Thurgauer Strafprozessordnung vom 5. November 1991 (StPO/TG) die richterliche Unabhängigkeit als Haftrichter. Dieser Hinweis auf die gesetzlich garantierte Unabhängigkeit der Anklagekammer genügte, nachdem als Ausstandsgrund lediglich die angebliche "Kollegialität" zwischen Haftrichter und Untersuchungsrichteramt angeführt wurde. Die Tatsache allein, dass der Präsident der Anklagekammer frühere Haftentlassungsgesuche des Beschwerdeführers abgelehnt bzw. Haftverlängerungsgesuche des Untersuchungsrichters gutgeheissen hatte, ist für sich allein offensichtlich kein Umstand, der geeignet ist, den Anschein der Befangenheit zu erwecken. Insofern durfte der Präsident der Anklagekammer davon ausgehen, es liege kein zulässiges Ausstandsbegehren vor, und war nicht verpflichtet, ein Verfahren gemäss <ref-law>/TG einzuleiten.
3. Weiter rügt der Beschwerdeführer, das Gericht habe seine Fürsorgepflicht im Hinblick auf eine gehörige Verteidigung verletzt: Es habe ihm verunmöglicht, sich selbst zu verteidigen und seine Rechte wahrzunehmen. Zwar sei ihm zu Beginn der Untersuchungshaft ein Pflichtverteidiger beigegeben worden; diesen habe er aber nicht akzeptieren können. Ihm stehe das Recht zu, sich selbst zu verteidigen. Um ihm dies zu ermöglichen, müsse das Gericht ihn über seine Rechte orientieren und ihm Zugang zu allen relevanten Akten verschaffen. Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil ihm nicht Einsicht in alle haftrelevanten Akten gewährt worden sei.
3.1 In <ref-ruling> hat sich das Bundesgericht mit der Frage der notwendigen Verteidigung nach Thurgauer Strafprozessrecht sowie nach Verfassungs- und Konventionsrecht auseinandergesetzt. Es hielt fest, dass <ref-law>/TG eine notwendige Verteidigung (i.S. einer obligatorischen Verteidigung des Betroffenen, auch ohne entsprechendes Ersuchen bzw. gegen dessen Willen) nur für das gerichtliche Verfahren vorsieht, nicht aber für das Untersuchungsverfahren, und zwar unabhängig von der Dauer der Untersuchungshaft (E. 2.3 S. 354). Auch <ref-law>, Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK und Art. 14 Ziff. 3 lit. d UNO-Pakt verlangen keine notwendige Verteidigung; vielmehr steht es dem Betroffenen grundsätzlich frei, sich in den unterschiedlichen Stadien des Strafverfahrens selbst zu verteidigen oder ein Gesuch um Gewährung einer amtlichen Verteidigung zu stellen (E. 3.1-3.3 S. 355 ff.).
Aus dem in Art. 31 und 32 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK verankerten Anspruch auf ein faires Verfahren ergibt sich indes für den Richter die Pflicht, rechtsungewohnte, nicht anwaltlich vertretene Verfahrensbeteiligte über ihre prozessualen Rechte im Allgemeinen aufzuklären und sie insbesondere frühzeitig auf ihr Recht hinzuweisen, jederzeit einen Verteidiger beiziehen zu können (E. 4.1 und 4.2 S. 360 f.). Gemäss <ref-law> muss die angeklagte Person insbesondere die Möglichkeit haben, die ihr zustehenden Verteidigungsrechte tatsächlich, d.h. konkret und wirksam, wahrzunehmen. In diesem Sinne haben die mit der Strafverfolgung betrauten Behörden aufgrund ihrer Fürsorge- und Aufklärungspflicht für die Voraussetzungen eines fairen Strafverfahrens zu sorgen und allenfalls auch ohne entsprechendes Zutun des Betroffenen für eine hinreichende Rechtsvertretung zu sorgen. Dies kann es gebieten, dass einem Beschuldigten aufgrund der Verfassung auch ohne entsprechendes Ersuchen von Amtes wegen ein Rechtsvertreter beigegeben wird (E. 4.2 S. 361).
Im damaligen Fall verneinte das Bundesgericht eine Verletzung der Aufklärungs- und Fürsorgepflichten, weil die Behörden den Beschwerdeführer mehrmals auf sein Recht, einen Privatverteidiger beizuziehen oder einen amtlichen Rechtsvertreter zu bestellen, hingewiesen hatten, und in Anbetracht der konkreten Strafsache auch nicht mehr von ihnen verlangt werden konnte (E. 4.3 und 4.4 S. 361 ff.). Das Bundesgericht berücksichtigte in diesem Zusammenhang, dass sich die Strafsache als wenig komplex erwiesen habe und schon in einem frühen Stadium eine lediglich bedingt auszusprechende Freiheitsstrafe in Betracht gezogen worden sei; die Untersuchungshaft hatte knapp drei Monate gedauert.
3.2 Im vorliegenden Fall wurde dem Beschwerdeführer kurz nach seiner Verhaftung im November 2006 ein Rechtsanwalt als amtlicher Verteidiger beigegeben. Der Beschwerdeführer beantragte jedoch beim Bezirksgerichtspräsidium Arbon, dass der amtliche Verteidiger aus dem Amt zu entlassen sei und auch kein neuer amtlicher Verteidiger zu bestellen sei, weil er sich selbst verteidigen wolle.
Die Thurgauer Behörden betrachten Haftentlassungs- und -verlängerungsverfahren als gesonderte Verfahren, für die der Haftrichter jeweils einen separaten Offizialanwalt bestellt, wobei in der Regel der für das Untersuchungsverfahren bestellte Offizialanwalt bestätigt wird. Im vorliegenden Fall erachtete der Haftrichter dies jedoch nicht als notwendig, nachdem der Beschwerdeführer auf einen Offizialverteidiger im Untersuchungsverfahren verzichtet und auch keinen Antrag auf amtliche Verteidigung im Haftverlängerungsverfahren gestellt hatte.
Der Beschwerdeführer bestreitet diese Darstellung der Thurgauer Behörden nicht. Er macht auch nicht geltend, ihm hätte ein Anwalt bestellt werden müssen, sondern beharrt auf dem Recht, sich selbst verteidigen zu können. Er rügt eine Verletzung der Fürsorgepflicht nur insofern, als die Behörden ihn bei der Wahrnehmung seiner eigenen Verteidigung nicht genügend unterstützt hätten. Diese Position hatte er schon in seiner Stellungnahme vom 6. September 2007 vertreten.
Dennoch ist zu fragen, ob die Fürsorgepflicht des Gerichts es geboten hätte, dem Beschwerdeführer auch ohne einen Antrag einen amtlichen Verteidiger im Haftverlängerungsverfahren zu bestellen. Dies ist zu verneinen: Zwar ist die Sache relativ komplex (zahlreiche Deliktsvorwürfe, umfangreiche Akten) und die Haftdauer von rund einem Jahr beträchtlich. Die Eingaben des Beschwerdeführers im kantonalen Verfahren wie vor Bundesgericht zeigen jedoch, dass dieser über Rechtskenntnisse und Erfahrungen auf dem Gebiet des Haft- und Strafrechts verfügt und seine Interessen im vorliegenden Haftverlängerungsverfahren ausreichend wahrnehmen konnte. Nicht zu beurteilen ist im Rahmen des vorliegenden Verfahrens, ob dies auch für das Untersuchungsverfahren gilt.
3.3 Zu prüfen ist deshalb, ob die kantonalen Behörden ihre Fürsorge- und Aufklärungspflicht gegenüber dem nicht durch einen Anwalt vertretenen Beschwerdeführer verletzten, insbesondere durch Versagung der Akteneinsicht.
3.3.1 Damit sich der Angeschuldigte wirksam gegen die Anordnung von Untersuchungshaft wehren kann, hat er gestützt auf Art. 5 Ziff. 4 EMRK und Art. 29 Abs. 2 i.V.m. <ref-law> Anspruch darauf, in die wesentlichen Akten Einsicht zu nehmen (<ref-ruling> E. 5b S. 399; <ref-ruling> E. 4-6 S. 299 ff.). Dabei müssen nicht die gesamten Prozessakten offen gelegt werden, sondern nur diejenigen Akten, die für die Frage der Untersuchungshaft entscheidend sind und deren Kenntnis erforderlich ist, um die Annahmen der Behörden wirkungsvoll bestreiten zu können (BGE <ref-ruling> E. 5c S. 304; Entscheide des Europäischen Gerichtshofs vom 30. März 1989 i.S. Lamy c. Belgique, Série A Nr. 151 Ziff. 29, und vom 13. Februar 2001 i.S. Lietzow c. Allemagne, Recueil CourEDH 2001-I S. 371 ff., Ziff. 47).
3.3.2 Im angefochtenen Entscheid wird ausgeführt, dass dem Beschwerdeführer in den verschiedenen Hafterstreckungs- und -entlassungsverfahren stets Einsicht in sämtliche Akten gewährt worden sei, auf welche sich der Untersuchungsrichter berufen habe. Im Vorfeld des Haftentlassungs-/Hafterstreckungsentscheids vom 14. Juni 2007 seien ihm überdies rund 10 Bundesordner Akten unterbreitet worden. Ihm sei während 2 Tagen Gelegenheit gegeben worden, die Akten zu studieren, sich Notizen zu machen und von bestimmten Aktenstücken Fotokopien zu erstellen. In seiner Vernehmlassung weist der Haftrichter darauf hin, der Beschwerdeführer habe damals in der Haftverhandlung ausdrücklich bestätigt, dass er genügend Zeit gehabt habe, um in die Akten Einsicht zu nehmen.
Diese Darstellung wird durch die Akten bestätigt (vgl. insbesondere die am 18. Mai 2007 vom Beschwerdeführer mit der Bemerkung "Akteneinsicht beendet" unterschriebene Weisung für das Akteneinsichtsverfahren 2007 vom 16. Mai 2007 und Verfügung vom 31. August 2007, wonach das Haftverlängerungsgesuch des kantonalen Untersuchungsrichteramtes vom 31. August 2007 zusammen mit den vom Untersuchungsrichter eingereichten Akten an den Beschwerdeführer zur Stellungnahme übermittelt wurden).
3.3.3 Der Beschwerdeführer bestreitet denn auch nicht, dass ihm die dem Haftverlängerungsgesuch beiliegenden Akten übermittelt worden sind. Er ist vielmehr der Auffassung, diese (wie auch früher eingesehene) Akten seien nicht "relevant", weil sie keine Tatsachen und Beweismittel über das enthielten, was sich wirklich zugetragen habe und aus denen sich die Erfüllung eines Straftatbestands ergebe. Er vermutet, dass alle ihn entlastende Akten geheim gehalten würden.
Es gibt jedoch keine Anhaltspunkte für die Existenz entlastender Aktenstücke, die dem Beschwerdeführer vorenthalten worden wären. Die Frage, ob sich aus den vom Untersuchungsrichter vorgelegten und vom Beschwerdeführer eingesehenen Akten ein dringender Tatverdacht ergibt, ist keine Frage der Akteneinsicht, sondern der tatsächlichen und rechtlichen Würdigung der darin enthaltenen Beweismittel.
Damit erweist sich der Vorwurf der Verletzung des Akteneinsichtsrechts als unbegründet.
3.4 Nicht genügend substantiiert ist sodann der Vorwurf des Beschwerdeführers, die Behörden hätten ihn nicht genügend über seine Rechte aufgeklärt. Er legt nicht näher dar, auf welche Rechte er hätte aufmerksam gemacht werden müssen und inwiefern sich die fehlende Aufklärung auf den vorliegend angefochtenen Entscheid ausgewirkt haben soll.
3.5 Nach dem Gesagten haben die Behörden ihre Fürsorge- und Aufklärungspflicht gegenüber dem Beschwerdeführer nicht verletzt.
4. Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, seine Rügen hinsichtlich der Verhältnismässigkeit der Haft und der Verletzung des Beschleunigungsgebots seien im angefochtenen Entscheid nicht behandelt worden.
In seiner Eingabe vom 6. September 2007 (Ziff. 151 ff.) hatte der Beschwerdeführer geltend gemacht, das Ermittlungsverfahren gegen ihn sei schon vor viereinhalb Jahren eingeleitet worden; in der gesamten Zeit seien lediglich fünfzehn, weitgehend unbestrittene Diebstähle abgeklärt worden. Alle angeblichen Tatbestände, Personen, Firmen, etc. seien seit Jahren bekannt und die nötigen Untersuchungshandlungen hätten schon längst abgeschlossen werden können. Statt dessen habe sich der Sachbearbeiter anfangs März in die Ferien verabschiedet und sei erst Ende Juni 2007 zurückgekommen. In dieser Zeit seien keine Untersuchungshandlungen vorgenommen worden. Der Beschwerdeführer vertrat die Auffassung, er habe die Strafe grösstenteils schon absolviert, weil fünfzehn Einbruchdiebstähle i.d.R. mit 10-20 Monaten Freiheitsstrafe bestraft würden.
Der angefochtene Entscheid erwähnt zwar die Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebots im Sachverhalt (Ziff. 5 S. 6), äussert sich aber in den Erwägungen des Entscheids nicht dazu. Auch in der Vernehmlassung des Präsidenten der Anklagekammer finden sich keine Ausführungen zu diesem Punkt.
Die Verhältnismässigkeit der Haftdauer und die Einhaltung des Beschleunigungsgebots sind jedoch grundsätzlich bei jeder Haftverlängerung zu prüfen. Dies gilt erst recht, wenn die Haft - wie im vorliegenden Fall - schon bald ein Jahr gedauert hat und der Betroffene die Verletzung des Beschleunigungsgebots und eine übermässige Haftdauer rügt.
In diesem Punkt erweist sich die Beschwerde daher als begründet und ist gutzuheissen.
5. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen, soweit eine Verletzung des rechtlichen Gehörs hinsichtlich des Beschleunigungsgebots und der Verhältnismässigkeit der Haftdauer gerügt wird. Der angefochtene Entscheid ist daher aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an den Präsidenten der Anklagekammer zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen. Dies hat zur Folge, dass der Beschwerdeführer nicht aus der Haft zu entlassen ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>), weshalb das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gegenstandslos wird.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Präsidenten der Anklagekammer vom 5. Oktober 2007 aufgehoben; die Sache wird zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an den Präsidenten der Anklagekammer zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Präsidenten der Anklagekammer des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. November 2007
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber