Fatti:
A. Mediante decisione dell'11 gennaio 2010 l'allora Ufficio dell'assicurazione malattia del Cantone Ticino (UAM; ormai parzialmente integrato nell'Ufficio dei contributi dell'Istituto cantonale delle assicurazioni sociali) ha dichiarato irricevibile, in quanto tardivo, il reclamo presentato il 24 novembre 2009 (timbro postale) da P._, frontaliere italiano, contro la decisione con cui l'amministrazione l'aveva, con atto del 1° ottobre 2009, affiliato d'ufficio all'assicurazione obbligatoria svizzera contro le malattie per non avere esercitato per tempo, neppure nel termine supplementare di sanatoria concesso dalle autorità elvetiche, il suo diritto d'opzione in favore del sistema sanitario italiano.
B. Adito dall'interessato, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ne ha respinto il gravame per pronuncia del 13 aprile 2011. Accertata l'avvenuta intimazione, il 5 ottobre 2009, della decisione di affiliazione d'ufficio, i giudici cantonali hanno confermato la tardività del reclamo.
C. P._ ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale chiede di annullare il giudizio cantonale e con esso l'affiliazione d'ufficio all'assicurazione svizzera contro le malattie. In via subordinata domanda di rinviare la causa al Tribunale cantonale oppure all'amministrazione per nuova decisione.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. In via preliminare occorre precisare che nella procedura giudiziaria amministrativa la decisione determina l'oggetto della lite che può essere deferito a un tribunale per mezzo di ricorso. In caso di decisione di inammissibilità di un reclamo, l'autorità giudiziaria deve pertanto limitare il proprio esame alla questione se l'amministrazione ha, a ragione oppure a torto, dichiarato irricevibile il reclamo. Altre conclusioni di natura sostanziale non possono per contro essere sottoposte a verifica giudiziaria se non fanno parte dell'oggetto impugnato (cfr. <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1a). Nella fattispecie, l'unico oggetto del contendere è la tempestività del reclamo 24 novembre 2009. Di conseguenza, poiché esulano dall'oggetto impugnato e della lite, non possono essere esaminate le considerazioni e censure ricorsuali ribadite in questa sede in relazione all'esercizio del diritto di opzione - convenzionalmente garantito (ma anche vincolato a determinati termini e condizioni) dall'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea ed i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (ALC) - in favore del sistema santario italiano (sul tema cfr. <ref-ruling>). Nella misura in cui si sofferma sulle modalità di esercizio (tempestivo) del diritto di opzione, il ricorso si rivela dunque inammissibile.
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>) e vi si può scostare solo qualora questo accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e a condizione che l'eliminazione del vizio possa essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 2 LTF).
3. 3.1 Nella sua pronuncia, la Corte cantonale ha accertato in maniera vincolante - poiché la circostanza è confermata dagli atti ed è rimasta incontestata - che la decisione del 1° ottobre 2009 è stata recapitata al suo destinatario il 5 ottobre seguente. Questo accertamento è stato reso possibile in seguito a una verifica operata, su richiesta dell'Istituto cantonale delle assicurazioni sociali, dalle autorità postali italiane le quali hanno comunicato la data esatta di notifica della decisione. Per parte sua, P._ non ha contestato (neppure in questa sede) né la presa in consegna dell'atto in questione né tanto meno la sua data di notifica. Il ricorrente contesta nondimeno la legittimità del giudizio impugnato e fa valere una violazione della sovranità dello Stato italiano per il motivo che i primi giudici avrebbero confermato la tardività del reclamo senza tuttavia sanzionare l'irregolarità dell'intimazione, da parte dell'UAM, della decisione 1° ottobre 2009, la quale era sì avvenuta per mezzo di un invio raccomandato, ma senza modulo di avviso di ritorno come invece prescrive il diritto pubblico internazionale in materia. Ricordato lo scopo di questa modalità di trasmissione, i giudici di prime cure avevano per contro concluso che da tale mancanza l'interessato non poteva inferire alcun argomento per invalidare la decisione di tardività poiché l'amministrazione era comunque stata in grado di fornire la prova esatta dell'avvenuta ricezione e di determinarne con precisione la data.
3.2 Trattandosi di fattispecie internazionale, va ricordato che, per prassi costante, la notifica all'estero di un documento ufficiale, quale può ad esempio essere un atto giudiziario oppure una decisione amministrativa, costituisce un atto d'imperio che, salvo disposizione convenzionale contraria o consenso dello Stato nel quale la notifica va effettuata, deve avvenire per via diplomatica o consolare (<ref-ruling> consid. 3a pag. 50 con riferimenti), a meno che non riguardi una comunicazione di natura meramente informativa senza effetti giuridici che in tal caso può essere direttamente notificata per posta. Il mancato rispetto di questi principi comporta una violazione della sovranità dello Stato estero e, quindi, del diritto internazionale pubblico (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 305 con riferimenti).
Nell'ambito applicativo dell'ALC, l'art. 3 n. 3 del Regolamento (CEE) n. 574/72 del Consiglio, del 21 marzo 1972, che stabilisce le modalità di applicazione del Regolamento (CEE) n. 1408/71 relativo all'applicazione dei regimi di sicurezza sociale ai lavoratori subordinati, ai lavoratori autonomi e ai loro familiari che si spostano all'interno della Comunità (RS 0.831.109.268.11), dispone che le decisioni e altri documenti rilasciati da un'istituzione di uno Stato membro e destinati a persona che risiede o dimora nel territorio di un altro Stato membro possono essere notificati direttamente all'interessato per lettera raccomandata con ricevuta di ritorno. Tale disciplina mira ad eliminare alcuni ostacoli di natura tecnica ed amministrativa che potrebbero scoraggiare i lavoratori che intendono recarsi in altri Stati membri in cerca di un'occupazione. La notifica diretta da parte delle istituzioni della previdenza sociale agli interessati residenti in altri Stati membri, senza fare ricorso ad intermediario, cioè mediante il servizio postale, ha la funzione di semplificare le formalità amministrative e di accelerare lo svolgimento delle pratiche pur salvaguardando, con le forme previste, la certezza del diritto a favore degli interessati (sentenza della Corte di giustizia delle Comunità europee [CGCE] del 18 febbraio 1975 66/74 Farrauto, Racc. 1975 pag. 157 punto 4; sulla rilevanza della giurisprudenza della CGCE ai fini interpretativi dell'ALC cfr. l'art. 16 cpv. 2 ALC [v. <ref-ruling> consid. 4.3.2 pag. 631 con riferimenti]).
3.3 La modalità di notifica per lettera raccomandata con ricevuta di ritorno non ha solo la finalità di comunicare un atto al suo destinatario affinché questi ne prenda conoscenza, ma anche quella di determinare con certezza la data della comunicazione al fine di far decorrere il termine per il ricorso avverso tale atto. Permette, infine, al mittente di disporre, in caso di contestazione, di una prova che la lettera è stata recapitata al destinatario, giacché la ricevuta di ritorno è corredata della firma del destinatario stesso o della persona da questi incaricata e la cui identità, in linea di principio, è stata verificata dal dipendente che ha proceduto al recapito (conclusioni dell'avvocato generale Bot dell'8 maggio 2008 nella causa CGCE C-144/07 P, K-Swiss Inc., Racc. 2008, pag. I-7367, punto 57).
3.4 Ora, è palese che nel caso di specie quanto meno le finalità perseguite dall'art. 3 n. 3 del regolamento n. 574/72 a tutela degli interessi del destinatario si sono tutte realizzate. Non solo infatti con l'invio raccomandato, benché senza ricevuta di ritorno, l'interessato ha avuto modo di prendere conoscenza della decisione del 1° ottobre 2009. Grazie agli accertamenti condotti dall'amministrazione in collaborazione con le poste italiane è stato anche possibile determinare con certezza (e in maniera incontestata) la data della sua notifica e, indirettamente, del dies a quo per la decorrenza del termine di ricorso. Contrariamente a quanto lamentato con il ricorso, l'invio operato dall'UAM non ha violato in alcun modo la sovranità dell'Italia poiché, per quanto appena esposto al consid. 3.2, la regolamentazione comunitaria in materia riserva espressamente la possibilità di notifica postale diretta se essa - come si avvera in concreto - salvaguarda la certezza del diritto a favore degli interessati. Quanto alla ricevuta di ritorno, il ricorrente non può prevalersi a proprio vantaggio della sua mancanza poiché tale modalità risponde a un interesse del mittente e non del destinatario. Essa permette infatti al mittente di disporre, in caso di contestazione, di una prova che l'atto è stato recapitato al destinatario. Rispondendo a un interesse del mittente, nulla impedisce che egli possa notificare in altro modo validamente i suoi atti se gli interessi del destinatario e la sovranità dello Stato estero sono comunque - come nel caso di specie - preservati. Anche la giurisprudenza della CGCE riconosce del resto che qualora le disposizioni applicabili alla notifica di un atto non siano state (in parte) rispettate, ma il documento in questione sia comunque pervenuto al destinatario, l'autorità amministrativa ha la possibilità di produrre (altri) elementi di prova in merito alla data di tale ricezione (sentenza CGCE del 2 ottobre 2008 nella causa C-144/07 P, citata).
3.5 Ne discende che la valutazione con la quale la Corte cantonale ha ritenuto che la decisione 1° ottobre 2009 è stata validamente notificata il 5 ottobre seguente non procede né da un accertamento manifestamente inesatto o incompleto dei fatti determinanti, né da un'applicazione errata del diritto (inter)nazionale. In tali circostanze, il reclamo di P._, presentato il 24 novembre 2009, ossia 50 giorni dopo l'avvenuta notifica dell'atto, e quindi ben oltre il termine di 30 giorni previsto dall'ordinamento interno applicabile in materia (v. art. 76 legge cantonale di applicazione della LAMal del 26 giugno 1997 (LCAMal; RL/TI 6.4.6.1; cfr. pure <ref-ruling>), era effettivamente ampiamente tardivo.
4. Ne segue che il ricorso dev'essere respinto nei limiti della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico del ricorrente (<ref-law>). L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata con il ricorso.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.