Faits:
A. G._ travaillait depuis le 20 janvier 2003 en qualité de plâtrier à temps complet. Le 5 août 2005, il a heurté son talon droit contre l'angle d'un trottoir après avoir trébuché en descendant d'un bus. Dès cette date, il a été en incapacité totale de travailler. Le cas a été pris en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accident (CNA), qui a servi ses prestations jusqu'au 18 mars 2007 (décision de la CNA du 23 février 2007). Cette décision se fondait sur l'avis du médecin-conseil de la CNA, selon lequel il y avait lieu, plus d'un ans après une contusion au talon sans lésion organique établie et en l'absence d'un diagnostic médical clair, de considérer l'assuré comme pleinement capable de travailler (cf. rapport du docteur L._, du 23 janvier 2007). L'intéressé s'étant annoncé auprès de l'assurance-invalidité le 30 novembre 2006, l'Office AI du canton de Genève (ci-après: l'OAI) lui a alloué une rente entière d'invalidité du 1er août 2006 au 30 juin 2007, fondée sur une incapacité de travail totale dans toute activité (décision du 7 août 2007).
B. Le 31 août 2007, l'assuré a recouru contre cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève en concluant à la réouverture de son dossier et à la mise en oeuvre d'une expertise médicale ainsi qu'à la saisie du service de réadaptation de l'AI.
Dans le cadre de la procédure cantonale, un rapport du docteur B._ (spécialiste FMH en médecine interne et rhumatologie), du 3 juin 2007, a été versé au dossier. Ce médecin y faisait état d'une importante callosité plantaire et d'une petite enflure sur la partie interne du talon droit. Au vu des douleurs de l'assuré, en l'absence d'une quelconque pathologie, ce médecin a posé l'hypothèse d'une atteinte de la sensibilité dans le cadre d'une polyneuropathie. Il a ainsi préconisé un examen complémentaire sur les plans neurologique et dermatologique. Le tribunal cantonal a encore recueilli l'avis de la doctoresse D._ (spécialiste FMH en chirurgie orthopédique), laquelle suivait l'assuré depuis le 3 août 2007. Dans un rapport du 21 décembre 2007 répondant à certaines questions posées par le tribunal, celle-ci a posé le diagnostic de talalgie à droite sur contusions du calcanéum. Elle a indiqué que l'assuré avait pu reprendre son activité de plâtrier à 50 % le 13 novembre 2007, compte tenu de certaines limitations (absence de port de charges, possibilité de s'asseoir régulièrement, pas de marche en terrain irrégulier ni sur une échelle). Dans la mesure où l'examen clinique était quasi normal, elle préconisait une reprise du travail à 100 % dans les semaines suivant son examen. Dans un rapport du 8 avril 2008, le docteur A._ (spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et traumatologie de l'appareil moteur et médecine du sport), qui avait suivi l'assuré en 2005, a confirmé l'avis de la doctoresse D._ selon laquelle l'assuré pouvait reprendre une activité professionnelle à 100 %. Il a confirmé l'opportunité d'une appréciation neurologique et dermatologique. Dans un rapport du 2 juin 2008, le docteur Y._ (spécialiste FMH en neurologie) a exclu toute anomalie ainsi que toute incapacité de travail d'un point de vue purement neurologique. Selon lui, la capacité de travail de l'assuré dépendait des constatations orthopédiques. Dans un rapport du 5 juin 2008, le docteur I._ (spécialiste FMH en dermatologie) a confirmé l'absence de toute cause dermatologique à l'affection au talon droit de l'assuré. Le 15 juillet 2008, le docteur N._ (médecin généraliste à la Permanence X._), que l'assuré avait consulté en urgence le 8 mai 2008 en raison de fortes douleurs au talon, a indiqué à la demande du tribunal cantonal que l'assuré présentait un fascia plantaire et un éperon calcanéen. Selon lui, l'activité de plâtrier n'était plus exigible mais l'assuré pouvait exercer une activité en position assise à 100 %.
Par jugement du 8 septembre 2008, le tribunal cantonal a partiellement admis le recours déposé par l'assuré, en ce sens qu'il a annulé la décision de l'OAI du 7 août 2007 dans la mesure où elle supprimait la rente d'invalidité au 30 juin 2007. Il a renvoyé la cause à l'administration pour nouvelle décision au sens des considérants.
C. G._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande principalement l'annulation. Il conclut à la constatation qu'il n'est pas capable de travailler à 100 % dans son métier de plâtrier, à ce qu'une expertise médicale soit mise en oeuvre, à l'établissement de son degré d'incapacité de travail, à ce que l'OAI prenne des mesures d'ordre professionnel à son égard et à la condamnation de l'OAI à lui allouer une rente d'invalidité selon le degré d'incapacité de travail établi par le Tribunal fédéral. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'intimé pour nouvelle décision dans le sens des considérants de l'arrêt du Tribunal fédéral. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Il statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte (<ref-law>).
2. Le jugement entrepris expose de manière exacte et complète les règles légales et les principes jurisprudentiels applicables au présent cas. Il suffit d'y renvoyer.
3. Le Tribunal des assurances a constaté que les docteurs L._, A._, D._, M._ et I._ avaient reconnu le recourant totalement incapable de travailler du 5 août 2005 au 12 novembre 2007 - d'abord en lien avec l'accident puis en lien avec une maladie dès le 18 mars 2007 - puis à 50 % dès le 13 novembre 2007. Dans les semaines suivantes, soit à une date qu'il y avait raisonnablement lieu de fixer au 21 janvier 2008 (délai de quatre semaines), le recourant avait été considéré apte à travailler à 100 % dans sa profession habituelle de plâtrier tant par la doctoresse D._ que par le docteur A._ puis par le docteur B._, selon la décision du 6 février 2008. Seul le docteur N._ avait estimé que l'incapacité de travail du recourant était totale dans l'activité de plâtrier tout en l'estimant nulle dans une activité en position assise. Cette estimation, non motivée, n'était cependant pas à même de remettre en cause l'avis concordant des autres médecins. Aussi convenait-il d'admettre que le recourant avait subi une incapacité de travail totale du 5 août 2005 au 12 novembre 2007, puis de 50 % du 13 novembre 2007 au 20 janvier 2008 et qu'il avait recouvert une capacité de travail totale dès le 21 janvier 2008.
4. Le recourant reproche à la juridiction cantonale d'avoir procédé à une constatation manifestement inexacte des faits pertinents, consécutive à une mauvaise appréciation des preuves. En substance, il fait grief au tribunal cantonal d'avoir retenu que tous les médecins étaient d'avis qu'il pouvait reprendre son activité à 100 % dès le 21 janvier 2008, sauf le docteur N._, dont l'avis contraire n'était pas motivé. Or, le docteur I._ avait considéré qu'aucune profession adaptée ne pouvait être recommandée au recourant. Quant à la doctoresse D._, elle avait déclaré le 21 décembre 2007 qu'il pouvait exercer son activité de plâtrier à 50 % dès le 13 novembre 2007 mais sans port de charges, avec la possibilité de s'asseoir régulièrement, sans marche en terrain irrégulier ni sur une échelle. Elle a ajouté qu'elle ne voyait pas pourquoi il ne pouvait pas être remis au travail à 100 % dans les semaines à venir. Dans un rapport du 26 juin 2008, la doctoresse D._ était revenue sur son appréciation de la capacité de travail du recourant, estimant que celui-ci n'était pas en mesure d'augmenter son taux d'activité à 100 %.
5. Les critiques adressées à l'encontre de l'appréciation des premiers juges sont justifiées. Dans son rapport du 21 décembre 2007, la doctoresse D._ a certes indiqué qu'elle ne voyait pas pourquoi on ne pouvait pas remettre le recourant au travail à 100 % dans les semaines à venir mais elle est revenue sur son pronostic dans un rapport ultérieur, du 26 juin 2008, où elle constate que le recourant n'est pas à même de reprendre l'activité de plâtrier à plein temps. Quant au docteur A._, il n'a fait que répondre «oui» à la question du tribunal «Etes-vous d'accord avec l'appréciation médicale de la doctoresse D._ (du 21 décembre 2007), en particulier avec l'indication selon laquelle G._ pourrait reprendre une activité professionnelle à 100 %?». De plus, ce médecin n'avait plus revu le recourant depuis 2005. En retenant que l'avis précité du docteur A._ était probant - alors qu'il est dénué de motivation - mais que celui du docteur N._ ne l'était pas car non motivé, les premiers juges ont procédé à une appréciation arbitraire des preuves. Les premiers juges ont également retenu que le recourant avait été reconnu apte à travailler à 100 % dans son ancienne profession par le docteur B._. Contrairement à ce qu'expose le jugement entrepris, le docteur B._ n'a pas considéré que le recourant pouvait travailler à 100 % dans son activité de plâtrier. Dans le seul rapport du docteur B._ se trouvant au dossier (du 3 juin 2007), ce dernier indiquait que dans l'attente des résultats ensuite de nouveaux examens sur les plans neurologique et dermatologique, l'arrêt de travail était justifié. Dès lors, l'affirmation des premiers juges selon laquelle le docteur B._ aurait considéré le recourant comme apte à travailler à plein temps dans son activité de plâtrier apparaît manifestement inexacte, voire insoutenable. Faute de constatations de la juridiction cantonale quant aux conséquences de l'atteinte au talon droit sur la capacité de travail du recourant à partir du 13 novembre 2007, on ignore donc dans quelle mesure celle-ci est diminuée. Le dossier ne contient au demeurant aucune évaluation médicale suffisante sur ce point. Dans ces circonstances, la juridiction cantonale ne pouvait retenir que le recourant était à même de reprendre son activité de plâtrier à 100 % dès le 21 janvier 2008. En cela, le tribunal cantonal a établi les faits de manière manifestement inexacte. On ignore également, faute de constatations à ce sujet, si une autre activité que celle de plâtrier eût été exigible de la part du recourant. A cet égard, on s'étonne que mis à part le docteur N._, aucun médecin ne se soit prononcé sur l'exigibilité d'une activité en position assise, laquelle eût vraisemblablement eu pour effet, au vu de la symptomatologie essentiellement douloureuse du recourant, de ménager son talon et, par conséquent, d'améliorer sa capacité de travail.
Au vu de ce qui précède, il convient d'admettre le recours et de renvoyer la cause à l'intimé pour qu'il examine la capacité de travail du recourant, au besoin en complétant l'instruction sur le plan médical, non seulement dans son activité de plâtrier mais également dans une activité mieux adaptée à son affection au talon droit, puis rende une nouvelle décision.
6. Le recourant, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens à charge de l'intimé (<ref-law>). Partant, sa requête d'assistance judiciaire est sans objet. L'intimé qui succombe supportera les frais de la procédure fédérale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales du 8 septembre 2008 est annulé et la cause est renvoyée audit office pour qu'il rende une nouvelle décision conformément aux considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera au recourant la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. La présente ordonnance est communiquée aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 26 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz