Faits:
A. A.a B._, née en 1945, travaillait comme cuisinière à mi-temps. En incapacité totale de travail depuis le 21 mai 2002, elle a déposé une demande de prestations AI tendant à l'octroi d'une rente, le 8 juillet 2003.
Procédant à l'instruction du cas, l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI) a recueilli l'avis du docteur E._, médecin traitant, lequel a posé le diagnostic de fibromyalgie et d'état dépressif, traités par AINS et antidépresseurs. Pour lui, l'activité de cuisinière n'était plus exigible. Il ne s'est pas prononcé sur la possibilité pour sa patiente d'exercer une autre activité. Le docteur G._, rhumatologue, a diagnostiqué une fibromyalgie depuis 1999, un status post-déchirure de la coiffe des rotateurs en 1996, un status post-fracture traumatologique des malléoles avec arthrose débutante de la cheville droite en 1997, une possible polyarthrite rhumatoïde débutante, une rhizarthrose bilatérale et un état anxio-dépressif. L'activité de cuisinière n'était plus exigible mais un autre emploi adapté (en tant que caissière ou dans la manutention légère) était possible avec une diminution de rendement de 50% (rapports des 29 avril et 6 mai 2004). L'office AI a confié une expertise psychiatrique à la doctoresse L._, psychiatre, qui a diagnostiqué un épisode dépressif moyen (F 32.1) et une fibromyalgie, excluant l'exercice de la profession de cuisinière et de toute autre activité (cf. rapport du 22 juin 2005). Appréciant le cas sur la base de l'avis du docteur G._ et de l'expertise de la doctoresse L._, le docteur M._ du SMR a, dans un rapport du 7 septembre 2005, admis les diagnostics retenus par les deux médecins mais a nié un caractère invalidant à la fibromyalgie. Il a uniquement reconnu un caractère invalidant aux limitations fonctionnelles somatiques objectives. Il s'est rallié à l'avis du docteur G._, fixant l'incapacité de travail à 50% dans une activité adaptée.
L'office AI a admis pour B._ un statut mixte, soit 50% d'activité professionnelle et 50% d'activité ménagère. Une enquête économique sur le ménage a conclu que l'incapacité de l'assurée dans le ménage était de 25,5% pour une activité ménagère à 100% (cf. rapport d'enquête du 14 décembre 2005). Une aide du mari au ménage a été prise en compte.
Sur la base de ces éléments, l'office AI a procédé à une comparaison des revenus qui a conduit à une invalidité de 23,3% pour l'activité professionnelle à 50% (50% x 46,6%), à laquelle il a ajouté 12,75% pour l'activité ménagère à mi-temps (50% x 25,5%). Au total, il a retenu un taux d'invalidité de 36,05%, arrondi à 36% (cf. décision du 15 décembre 2005). Statuant sur l'opposition, l'office AI l'a rejetée par décision du 4 mai 2006.
Par jugement du 5 septembre 2006, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a admis le recours formé par B._ contre la décision sur opposition du 4 mai 2006 et a renvoyé le dossier à l'office AI pour nouvelle instruction. Il a considéré que l'évaluation de l'invalidité avait été faite de façon erronée. Pour lui, il n'était pas possible de calculer le taux d'invalidité professionnelle faute de connaître les activités adaptées aux troubles de B._. De plus, le taux d'invalidité ménagère retenu dans l'enquête n'était pas établi de façon suffisamment probante.
A.b Reprenant le dossier, l'office AI a fait procéder à une nouvelle enquête économique sur le ménage qui a abouti à un taux d'incapacité de 29% pour une activité ménagère à 100%, y compris une participation modérée du mari aux tâches ménagères (cf. rapport d'enquête du 21 novembre 2006). S'agissant de l'activité professionnelle encore exigible, il a interpelé son service de la réadaptation professionnelle, qui a confirmé que B._ n'était pas motivée pour suivre une mesure d'orientation professionnelle permettant d'évaluer plus précisément les activités adaptées. Toutefois, il a estimé qu'une activité à 50% en qualité de téléphoniste, réceptionniste ou contrôleuse de qualité dans l'industrie légère serait adaptée aux limitations fonctionnelles de l'assurée (cf. note interne du 11 décembre 2006).
Par projet de décision du 12 décembre 2006, l'office AI a refusé à B._ toute rente, en se fondant sur un taux d'invalidité total de 38% (23,5% d'invalidité professionnelle et 14,5% d'invalidité ménagère). Ce refus a été confirmé par décision du 29 janvier 2006 (recte: 2007).
B. Appelé à statuer sur recours de B._, le Tribunal cantonal a procédé à l'audition de l'enquêtrice, qui a confirmé ses estimations en précisant que le poste «divers», fixé à 5%, avait peut-être été sous-évalué et qu'un taux de 10% aurait pu être retenu. Sur la base de ces déclarations, le Tribunal cantonal a recalculé le degré d'empêchement à accomplir les tâches ménagères et est arrivé à 33% pour une activité totale de 100%. Par ailleurs, il a confirmé le taux d'invalidité professionnelle. Dans son jugement du 22 janvier 2008, il a ainsi fixé le taux total d'invalidité à 40% et, en conséquence, a octroyé à l'assurée un quart de rente.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation et l'octroi d'une rente entière dès le 1er mai 2003, subsidiairement, le renvoi du dossier au Tribunal cantonal pour complément d'instruction, le tout sous suite des frais et dépens.
L'office AI conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente ; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140).
2. Sur le plan formel, la recourante fait grief à l'autorité cantonale d'avoir commis un déni de justice en rendant l'arrêt querellé sans exiger que l'intimé n'ait préalablement procédé aux actes d'instruction exigés par l'arrêt du 5 septembre 2006, en particulier quant à la détermination des activités encore exigibles de la part de la recourante.
2.1 Commet un déni de justice formel, l'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis, alors qu'elle devrait le faire (<ref-ruling> consid. 2a p. 142 et les arrêts cités).
2.2 L'arrêt attaqué n'omet pas de statuer sur le grief de la recourante, ni ne refuse d'entrer en matière sur ce grief (cf. consid. 8 du jugement attaqué). De fait, le grief de la recourante revient en réalité à critiquer l'appréciation des preuves faite par la juridiction cantonale.
Par son arrêt du 5 septembre 2006, le Tribunal cantonal a annulé la décision sur opposition du 4 mai 2006, par laquelle l'intimé avait refusé d'octroyer une rente d'invalidité à la recourante et renvoyé la cause à l'administration "pour instruction et nouvelle décision au sens des considérants". Dans ses considérants, la juridiction cantonale a indiqué ignorer quelles activités étaient adaptées aux troubles de la recourante et quel avait été le revenu d'invalide retenu. Il n'a cependant pas précisé en quoi devait consister l'instruction complémentaire. Se conformant aux instructions données par l'autorité cantonale, l'office AI a interpellé à nouveau son service de la réadaptation professionnelle. Celui-ci a indiqué qu'une évaluation n'avait pas pu être faite car l'assurée ne s'était pas montrée motivée ou intéressée à suivre une mesure d'orientation professionnelle. Il a toutefois conclu que sur une base médico-théorique, une activité à 50% en tant que téléphoniste, réceptionniste ou contrôleuse de qualité dans l'industrie légère serait possible. La recourante ne conteste pas le fait qu'elle n'était pas disposée à suivre un stage d'observation professionnelle. Elle doit donc se laisser opposer le résultat de l'appréciation des preuves menée par la juridiction cantonale en l'état du dossier.
3. La recourante reproche encore à la juridiction cantonale d'avoir violé son droit d'être entendue en ne précisant pas les motifs qui l'ont conduite à se fonder sur l'enquête ménagère telle qu'établie par l'enquêtrice dans son rapport et lors de son audition, alors que la recourante en avait contesté certains aspects dans sa détermination finale du 20 décembre 2007 à laquelle l'arrêt cantonal ne fait même pas référence.
Ce grief n'a pas besoin d'être examiné plus avant dans la mesure où le jugement attaqué doit être annulé sur ce point (consid. 6).
4. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
En ce qui concerne plus particulièrement l'évaluation de l'invalidité, les principes relatifs au pouvoir d'examen développés dans l'<ref-ruling> (en relation avec l'art. 132 OJ dans sa version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006) continuent à s'appliquer pour distinguer les constatations de fait de l'autorité précédente (qui lient en principe le Tribunal fédéral) de l'application qu'elle fait du droit (question qui peut être examinée librement en instance fédérale). Conformément à ces principes, les constatations de l'autorité cantonale de recours sur l'atteinte à la santé, la capacité de travail de l'assuré et l'exigibilité relèvent d'une question de fait et ne peuvent être contrôlées que sous un angle restreint. Dans la mesure cependant où il en va de l'évaluation de l'exigibilité d'une activité professionnelle au regard de l'expérience générale de la vie, il s'agit d'une question de droit qui peut être examinée librement en instance fédérale ; il en va ainsi des conclusions tirées de l'expérience médicale, comme par exemple, la présomption que les troubles somatoformes douloureux ou un autre syndrome semblable dont l'étiologie est incertaine et leurs effets peuvent être surmontés par un effort de volonté raisonnablement exigible (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 398 s. et les arrêts cités p. 399).
5. 5.1 Les atteintes à la santé psychique peuvent, comme les atteintes physiques, entraîner une invalidité au sens de l'<ref-law> en liaison avec l'<ref-law>. On ne considère pas comme des conséquences d'un état psychique maladif, donc pas comme des affections à prendre en charge par l'assurance-invalidité, les diminutions de la capacité de gain que l'assuré pourrait empêcher en faisant preuve de bonne volonté; la mesure de ce qui est exigible doit être déterminée aussi objectivement que possible (<ref-ruling>; VSI 2001 p. 223 consid. 2b et les références; cf. aussi <ref-ruling> consid. 4c p. 298).
5.2 Dans les cas de troubles somatoformes douloureux, il existe une présomption selon laquelle cette atteinte à la santé ou ses effets peuvent être surmontés par un effort de volonté raisonnablement exigible. La jurisprudence a étendu cette présomption notamment au diagnostic de fibromyalgie (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 71). Le caractère non exigible de la réintégration dans le processus de travail peut résulter de facteurs déterminés qui, par leur intensité et leur constance, rendent la personne incapable de fournir cet effort de volonté. Dans un tel cas, en effet, l'assuré ne dispose pas des ressources nécessaires pour vaincre ses douleurs. La question de savoir si ces circonstances exceptionnelles sont réunies doit être tranchée de cas en cas à la lumière de différents critères. On retiendra, au premier plan, la présence d'une comorbidité psychiatrique importante par sa gravité, son acuité et sa durée. Peut constituer une telle comorbidité un état dépressif majeur (voir en matière de troubles somatoformes douloureux <ref-ruling> consid. 3.3.1 in fine p. 358). Parmi les autres critères déterminants, doivent être considérés comme pertinents un processus maladif s'étendant sur plusieurs années sans rémission durable (symptomatologie inchangée ou progressive), des affections corporelles chroniques, une perte d'intégration sociale dans toutes les manifestations de la vie et l'échec de traitements ambulatoires ou stationnaires conformes aux règles de l'art (même avec différents types de traitement), cela en dépit de l'attitude coopérative de la personne assurée. En présence d'une comorbidité psychiatrique, il sera également tenu compte de l'existence d'un état psychique cristallisé résultant d'un processus défectueux de résolution du conflit, mais apportant un soulagement du point de vue psychique (profit primaire tiré de la maladie, fuite dans la maladie). Enfin, on conclura à l'absence d'une atteinte à la santé ouvrant le droit aux prestations d'assurance, si les limitations liées à l'exercice d'une activité résultent d'une exagération des symptômes ou d'une constellation semblable (par exemple une discordance entre les douleurs décrites et le comportement observé, l'allégation d'intenses douleurs dont les caractéristiques demeurent vagues, l'absence de demande de soins, de grandes divergences entre les informations fournies par le patient et celles ressortant de l'anamnèse, le fait que des plaintes très démonstratives laissent insensible l'expert, ainsi que l'allégation de lourds handicaps malgré un environnement psychosocial intact) (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 71).
5.3 Les juges cantonaux ont admis l'existence d'atteintes somatiques excluant toute activité de la recourante en qualité de cuisinière. En revanche, ces affections permettaient l'exercice à 50% d'une activité adaptée. Ils ont également admis que la recourante souffrait de fibromyalgie.
5.4 Il y a lieu de déterminer, à la lumière des critères dégagés par la jurisprudence et des faits retenus par la juridiction cantonale, si la recourante était en mesure de fournir, au moment de la décision litigieuse, l'effort de volonté raisonnablement exigible en vue de surmonter les effets de ses douleurs.
L'autorité cantonale a nié l'existence d'une comorbidité psychiatrique et a considéré l'état anxio-dépressif diagnostiqué par le docteur E._ comme une manifestation réactive à la fibromyalgie.
La recourante a estimé qu'il y avait lieu de retenir une comorbidité psychiatrique en raison des atteintes somatiques objectives et invalidantes, d'une résistance des affections aux traitements et d'une composante anxieuse très marquée. Pour cela, elle s'appuie sur les avis du docteur E._, qui a diagnostiqué un état anxio-dépressif, et de la doctoresse L._, qui a relevé la présence d'un état dépressif moyen à composante anxieuse très marquée occasionnant une fatigabilité importante, un trouble de la concentration, une labilité de l'humeur et une hypersensibilité aux critiques pouvant poser des problèmes au niveau des contacts interpersonnels.
Ces éléments médicaux, par ailleurs pris en compte par l'autorité cantonale, ne permettent pas de conclure à l'existence d'une comorbidité psychiatrique importante par sa gravité, son acuité et sa durée au sens de la jurisprudence. En effet, il ressort de l'historique de la maladie de la recourante que les troubles psychiques sont postérieurs aux douleurs et sont liés à celles-ci. De plus, aucun élément médical ne permet d'établir qu'une pathologie psychique soit présente chez la recourante de façon telle que celle-ci ne puisse plus exercer aucune activité adaptée.
L'autorité cantonale a nié que les autres critères retenus pour admettre le caractère invalidant de la fibromyalgie fussent donnés. Si elle a admis l'existence d'affections corporelles chroniques, elle a nié une perte d'intégration sociale, un état psychique cristallisé et l'échec des traitements conformes aux règles de l'art.
L'existence d'affections corporelles chroniques est de nature à limiter les activités physiques et ont été prises en compte par une incapacité de travail à 50%. Par contre, rien au dossier n'indique que ces affections sont à l'origine d'un état dépressif tel qu'il annihile tout effort de volonté raisonnablement exigible. De plus, comme l'a retenu l'autorité cantonale, l'assurée n'a pas subi de pertes d'intégration sociale dans toutes les manifestations de sa vie et elle bénéficie d'une vie familiale plutôt harmonieuse. Enfin, contrairement à ce qu'allègue la recourante, rien ne permet de constater que son état psychique est cristallisé et que les traitements ont échoué. En effet, le docteur G._ envisage un changement de médication dont il pense qu'il peut améliorer les symptômes. De plus, la doctoresse L._ se borne à préciser que les traitements introduits sont restés sans effet jusqu'au jour de l'expertise, toutefois sans contrôle de la compliance.
D'un point de vue juridique, ces éléments ne permettent pas de retenir que le syndrome de fibromyalgie se manifestait, au moment de la décision attaquée, avec une sévérité telle qu'objectivement, la recourante ne pouvait pas mettre en valeur sa capacité résiduelle de travail.
Les autres paramètres du calcul de l'invalidité n'étant pas contestés, il y a lieu d'admettre, à l'instar de l'autorité cantonale, que le taux d'invalidité dans l'activité professionnelle est de 47%. Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
6. 6.1 En ce qui concerne l'incapacité d'accomplir les travaux habituels, l'enquête ménagère effectuée au domicile de l'assuré selon les critères posés par l'OFAS (ch. 3090 ss de la Circulaire concernant l'invalidité et l'impotence de l'assurance-invalidité, CIIAI, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007) constitue en règle générale une base appropriée et suffisante pour évaluer les empêchements dans ce domaine. Pour déterminer la valeur probante d'un tel rapport d'enquête, il est essentiel qu'il ait été élaboré par une personne qualifiée qui a connaissance de la situation locale et spatiale, ainsi que des empêchements et handicaps résultant des diagnostics médicaux. Il s'agit en outre de tenir compte des indications de l'assuré et de consigner les opinions divergentes des participants. Enfin le contenu doit être plausible, motivé et rédigé de façon suffisamment détaillée en ce qui concerne les diverses limitations et correspondre aux indications relevées sur place (arrêt 9C_313/2007 du 8 janvier 2008 consid. 4.1). De plus, le total des activités ménagères doit toujours se monter à 100% (VSI 1997 p. 298).
6.2 Il ressort de la motivation sommaire de l'autorité cantonale que celle-ci s'est fondée sur l'enquête ménagère. L'autorité cantonale a confirmé la pondération retenue pour tous les postes à l'exception du poste «divers» pour lequel elle a admis 10% au lieu des 5% fixés dans l'enquête. Cette modification est intervenue suite à l'audition de l'enquêtrice. Ainsi, le degré d'empêchement ménager est passé de 29% à 33%.
6.3 La recourante considère que l'autorité cantonale a retenu de façon arbitraire que le taux d'invalidité ménagère global était de 50% alors qu'elle ne peut plus exécuter les tâches lourdes et ne peut que partiellement remplir les tâches légères. La recourante reproche encore à l'autorité cantonale d'avoir retenu, d'une manière qui choque le sentiment de la justice et de l'équité, une participation du mari aux tâches ménagères variant entre 10 et 30% selon le type d'activités, alors que celui-ci est absent près de douze heures par jour pour raisons professionnelles. Enfin, la recourante allègue que le mode de calcul du taux de participation du mari pratiqué par l'enquêtrice est fondamentalement erroné et manifestement arbitraire car il doit être rapporté à 100%, ce qui donne un taux d'occupation du mari aux tâches ménagères de 60%.
6.3 La recourante considère que l'autorité cantonale a retenu de façon arbitraire que le taux d'invalidité ménagère global était de 50% alors qu'elle ne peut plus exécuter les tâches lourdes et ne peut que partiellement remplir les tâches légères. La recourante reproche encore à l'autorité cantonale d'avoir retenu, d'une manière qui choque le sentiment de la justice et de l'équité, une participation du mari aux tâches ménagères variant entre 10 et 30% selon le type d'activités, alors que celui-ci est absent près de douze heures par jour pour raisons professionnelles. Enfin, la recourante allègue que le mode de calcul du taux de participation du mari pratiqué par l'enquêtrice est fondamentalement erroné et manifestement arbitraire car il doit être rapporté à 100%, ce qui donne un taux d'occupation du mari aux tâches ménagères de 60%.
6.4 6.4.1 S'agissant d'apprécier le taux global d'invalidité ménagère, l'argumentation de la recourante est basée sur un calcul dépourvu de fondements, qui ne permet en aucun cas d'admettre que le taux d'invalidité ménagère retenu par les juges cantonaux de façon à lier l'autorité de céans, serait manifestement erroné. En effet, il correspond également au taux d'incapacité de travail médicalement établi.
6.4.2 L'autorité cantonale s'est fondée implicitement sur l'enquête ménagère et sur l'audition de l'enquêtrice pour déterminer le taux de participation du mari. En l'absence de motivation explicite, il n'est pas possible de connaître avec précision tous les travaux ménagers mis à la charge du mari et donc de déterminer s'ils doivent être considérés comme admissibles pour lui compte tenu de la situation professionnelle et familiale.
De plus, les juges cantonaux ont fait passer la pondération du champ d'activité «divers» (point 6.7) de 5 à 10% apparemment sans réduire un ou plusieurs autres postes. On arrive ainsi à un taux d'activité total de 105%, ce qui n'est pas admissible.
Il n'est dès lors pas possible de se déterminer sur les critiques formulées par la recourante. L'affaire doit donc être renvoyée à l'autorité cantonale qui devra fixer avec précision le taux d'invalidité ménagère, au besoin avec la collaboration de l'enquêtrice ménagère. Il s'agira notamment de déterminer le nombre d'heures pendant lesquelles le mari de la recourante est absent du domicile pour des raisons professionnelles uniquement et de quantifier le temps dévolu aux activités ménagères mises à sa charge au titre de l'aide exigible, en tenant compte des seuls empêchements de la recourante découlant d'une atteinte à la santé incapacitante.
7. Le recours est admis et le dossier retourné aux premiers juges pour nouveau jugement et éventuels compléments d'instruction.
8. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être supportés par l'intimé qui succombe (<ref-law>). La recourante qui obtient gain de cause a droit à une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 22 janvier 2008 est annulée, la cause étant renvoyée audit tribunal pour complément d'instruction au sens des considérants et nouveau jugement.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante la somme de 2800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 18 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz