Sachverhalt:
Mit Verfügung vom 5. April 2007 lehnte die IV-Stelle des Kantons Zürich nach medizinischen und beruflichen Abklärungen, insbesondere nach Einholen eines Gutachtens des medizinischen Zentrums X._ vom 22. November 2006, das Gesuch der E._ um Ausrichtung einer Invalidenrente nach Ermittlung eines Invaliditätsgrades von 3 % im erwerblichen Bereich ab.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 12. August 2008 ab.
E._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zwecks Einholung eines medizinischen Gutachtens und Vornahme eines neuen, darauf gestützten Einkommensvergleichs an die IV-Stelle zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung des medizinischen Dossiers, insbesondere gestützt auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 22. November 2006, festgehalten, dass eine durch somatische Befunde erklärbare dauerhafte Einschränkung der funktionellen Leistungsfähigkeit nur im Umfange von höchstens 30 % in der Tätigkeit als Service-Angestellte und von höchstens 20 % in einer angepassten leichteren Tätigkeit bestehe und dass die darüber hinausgehende Limitierung der Beschwerdeführerin auf einer willentlich überwindbaren somatoformen Schmerzstörung beruhe.
2.2 Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz sind nicht mangelhaft im Sinne von <ref-law>. Namentlich hat das kantonale Gericht eingehend begründet, weshalb die von der Rechtsprechung im Zusammenhang mit der somatoformen Schmerzstörung formulierten Erheblichkeitskriterien nach Zumutbarkeitsgesichtspunkten nicht zur Anerkennung einer zusätzlichen Arbeitsunfähigkeit führten und weshalb hinsichtlich der Beurteilung der Arbeitsunfähigkeit nicht auf die Einschätzung der Rehaklinik Y._ und des Hausarztes abgestellt werden könne. Diese Schlussfolgerung ist nach der Aktenlage nicht offensichtlich unrichtig, noch ist darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu erblicken. Da keine erheblichen Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der bisher getroffenen Tatsachenfeststellung bestehen (vgl. Urteil 8C_364/2007 vom 19. November 2007, E. 3.2), hat das kantonale Gericht zu Recht von Beweisweiterungen abgesehen. Das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 22. November 2006 entspricht den Anforderungen der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis). Es berücksichtigt die geklagten Leiden, stützt sich auf die Vorakten, insbesondere den Austrittsbericht der Rehaklinik Y._ vom 22. August 2006, leuchtet in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge ein und enthält eine nachvollziehbare Begründung der Schlussfolgerungen, warum seitens der ärztlichen Sachverständigen keine höheren Einschränkungen der Arbeitsfähigkeit attestiert wurden. Von einer willkürlichen Beweiswürdigung durch die Vorinstanz kann deshalb nicht gesprochen werden. Eine Beweiswürdigung ist nicht bereits willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (<ref-ruling> E. 2b S. 56). Das trifft hier auch deswegen nicht zu, weil der rheumatologische Untersucher anlässlich der Begutachtungssituation im medizinischen Zentrum X._ eindeutige Inkonsistenzen im Verhalten feststellte, was bei der Beurteilung der invalidisierenden Wirkung somatoformer Schmerzstörungen zu berücksichtigen ist (<ref-ruling>). Die Vorbringen in der Beschwerde vermögen daher am kantonalen Entscheid nichts zu ändern.
3. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Februar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer