Sachverhalt:
A. A.a Y._ ist hälftiger Miteigentümer der Liegenschaft A._-Gbbl. 3419. Zugunsten dieser Parzelle und zulasten der südöstlich gelegenen Parzelle A._-Gbbl. 2356 wurde im Grundbuch eine als "Bau- und Anpflanzungsverbot" bezeichnete Dienstbarkeit eingetragen. Die Parzelle 2356 sowie die östlich daran anschliessende Parzelle 2355 wurden am 28. Juni 2007 von der X._ AG erworben. In der Folge wurden beide Parzellen vereinigt. Die neu gebildete Parzelle trägt die Nummer 2355, auf welcher die erwähnte Dienstbarkeit eingetragen ist. Die X._ AG erhielt am 13. März 2008 die Baubewilligung für drei auf Gbbl. Nr. 2355 geplante Mehrfamilienhäuser (Häuser A, B und C). Das auf der Fläche der ursprünglichen Parzelle 2356 geplante Haus A befindet sich im Bau. Es umfasst die Stockwerkeinheiten 2355-2, 2355-3 und 2355-4.
A.b Vor dem Gericht des Gerichtskreises XI Interlaken-Oberhasli ist zwischen den Parteien ein Verfahren betreffend Feststellung des Umfangs der eingangs erwähnten Dienstbarkeit hängig.
A.c Mit Eingabe vom 6. April 2009 beantragte Y._ bei der a.o. Gerichtspräsidentin 3 des Gesichtskreises XI Interlaken-Oberhasli (nachfolgend: die Gerichtspräsidentin), der X._ AG sei unter Strafandrohung gemäss <ref-law>/BE zu verbieten, über die Stockwerkeinheiten A._-Gbbl. Nrn. 2355-2, 2355-3, 2355-4 zu verfügen (1); der Grundbuchverwalter des Kreisgrundbuchamtes XI Interlaken-Oberhasli sei anzuweisen, auf den Grundstückblättern der Stockwerkeinheiten A._-Gbbl. Nrn. 2355-2, 2355-3, 2355-4 gemäss <ref-law> folgende vorläufige Eintragung vorzumerken: "Bau und Anpflanzungsverbot zugunsten A._-Gbbl. Nr. 3419 gemäss Errichtungsakt vom 26.6.1953 V3030, analog Eintragung auf dem Stammgrundstück 2355" (2).
B. Mit Entscheid vom 11. Juni 2009 verbot die Gerichtspräsidentin der X._ AG bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Erledigung in der Hauptsache unter Androhung der Straffolgen von <ref-law>, über die Stockwerkeinheiten A._-Gbbl. Nrn. 2355-2, 2355-3, 2355-4 zu verfügen (Ziff. 1). Im Übrigen wurde das Gesuch abgewiesen, soweit darauf einzutreten war (Ziff. 2). Y._ wurde aufgefordert, bis zum 10. Juli 2009 eine Sicherheitsleistung von Fr. 200'000.-- auf das Postkonto des Gesichtskreises XI Interlaken-Oberhasli zu leisten, mit dem Hinweis, dass die Verfügungsbeschränkung dahin falle, wenn die Sicherheit nicht fristgerecht geleistet werde (Ziff. 3).
C. Die X._ AG gelangt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. Juli 2009 an das Bundesgericht. Sie beantragt, Ziff. 1 der Verfügung der Gerichtspräsidentin vom 11. Juni 2009 aufzuheben und das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei; eventuell sei Ziff. 3 der Verfügung bezüglich der Höhe der Sicherheitsleistung aufzuheben und die Sache zur ergänzenden Sachverhaltsfeststellung und Neufestsetzung der Sicherheitsleistung an die Gerichtspräsidentin zurückzuweisen; eventuell sei die Sicherheitsleistung auf Fr. 448'260.-- festzusetzen.
Die Gerichtspräsidentin hat sich am 21. September 2009 vernehmen lassen, ohne einen Antrag zu stellen. Y._ beantragt in seiner Vernehmlassung vom 1. Oktober 2009, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist die Verfügung der Gerichtspräsidentin betreffend den Erlass von vorsorglichen Massnahmen für die Dauer des Hauptprozesses, die auf kantonaler Ebene mit keinem Rechtsmittel an eine andere kantonale Instanz weitergezogen werden kann (vgl. GEORG LEUCH UND ANDERE, Kommentar zur Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl. 2000, N. 1c zu Art. 314 und N. 2b zu <ref-law>). Dass es sich bei dieser Instanz nicht um ein oberes Gericht im Sinn von <ref-law> handelt, schadet nicht, zumal die Kantone erst auf den Zeitpunkt des Inkrafttretens der schweizerischen Zivilprozessordnung eine Rechtsmittelinstanz einzuführen haben (<ref-law>). Es liegt somit ein letztinstanzlicher Entscheid vor (<ref-law>).
1.2 Verfügungen über einstweilige Anordnungen, die nur für die Dauer des Hauptverfahrens ausgelegt sind, gelten als Zwischenentscheide im Sinn von <ref-law>, die für die Betroffenen entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 87). Der Rechtsweg der Zwischenentscheide folgt jenem der Hauptsache. Dabei handelt es sich um eine Klage betreffend Feststellung des Umfangs einer Dienstbarkeit und damit um eine Zivilsache im Sinn von <ref-law>. Es liegt im Weiteren eine vermögensrechtliche Angelegenheit vor (vgl. Urteil C.444/1986 vom 17. Februar 1987 E. 1), deren Streitwert nach den überzeugenden Darlegungen des Beschwerdeführers den Betrag von Fr. 30'000.-- bei Weitem übersteigt (<ref-law>). Ist die Beschwerde in Zivilsachen gegen den Entscheid in der Hauptsache zulässig, kann sie auch gegen den vorgenannten Zwischenentscheid ergriffen werden.
1.3 Angefochten ist ein Entscheid betreffend vorsorgliche Massnahmen, der einzig wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte überprüft werden kann (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet dabei das Recht nicht von Amtes wegen an, sondern prüft die Verletzung verfassungsmässiger Rechte nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und hinreichend begründet worden ist (<ref-law>). Es gilt das Rügeprinzip entsprechend der bisherigen Praxis zur staatsrechtlichen Beschwerde. In der Beschwerdeschrift ist deshalb anzuführen, welches verfassungsmässige Recht verletzt sein soll und kurz darzulegen, worin die behauptete Verletzung besteht (<ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 3.2 S. 88).
1.3 Angefochten ist ein Entscheid betreffend vorsorgliche Massnahmen, der einzig wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte überprüft werden kann (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet dabei das Recht nicht von Amtes wegen an, sondern prüft die Verletzung verfassungsmässiger Rechte nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und hinreichend begründet worden ist (<ref-law>). Es gilt das Rügeprinzip entsprechend der bisherigen Praxis zur staatsrechtlichen Beschwerde. In der Beschwerdeschrift ist deshalb anzuführen, welches verfassungsmässige Recht verletzt sein soll und kurz darzulegen, worin die behauptete Verletzung besteht (<ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 3.2 S. 88).
1.4 1.4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, in E. 6 eines früheren Entscheides vom 24. Februar 2009, der gemäss E. 12 des nunmehr angefochtenen Entscheides der Gerichtspräsidentin vom 11. Juni 2009 auch für das Massnahmeverfahren gelte, werde festgestellt, dass alle Stockwerkeinheiten, also nicht nur die Einheiten 2355-2, 2355-3, 2355-4, sondern auch die Einheiten der geplanten Häuser B und C ihr gehörten. Das treffe offensichtlich nicht zu. Die Beschwerdeführerin habe in jenem Verfahren, welches zum Entscheid vom 24. Februar 2009 geführt habe, obsiegt und daher keine Veranlassung gehabt, die falsche Tatsachenfeststellung als willkürlich anzufechten. Dies hole sie nunmehr im vorliegenden Verfahren nach, da die Feststellung mit den Grundbuchauszügen offensichtlich im Widerspruch stehe und die unrichtige Feststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sei.
1.4.2 Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass sie dieses Vorbringen im kantonalen Verfahren der vorsorglichen Massnahme Z 09 235 ordnungsgemäss vorgetragen hat, obwohl dieses Sachverhaltselement für die Frage der Sachlegitimation (Passivlegitimation) von Bedeutung ist und daher Veranlassung bestand, es vorzubringen. Im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren gilt es damit als neu und unzulässig (<ref-law>). Auf die in diesem Zusammenhang erhobene Rüge ist nicht einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, das im kantonalen Prozessrecht vorgesehene Verbot der Veräusserung des Streitgegenstandes widerspreche <ref-law>. Mangels entsprechender Rüge ist somit vorliegend nicht zu prüfen, ob die angeordnete Massnahme des kantonalen Prozessrechts dem Vorrang des Bundesrechts widerspricht (<ref-law>).
3. Nach <ref-law>/BE kann der Richter auf Gesuch eines Beteiligten als vorsorgliche Massnahme eine einstweilige Verfügung treffen, sofern ihm glaubhaft gemacht wird, dass sich die Massnahme zur Verhinderung einer wesentlichen Veränderung oder einer Veräusserung des Streitgegenstandes nach Einreichung der Klage rechtfertigt.
3. Nach <ref-law>/BE kann der Richter auf Gesuch eines Beteiligten als vorsorgliche Massnahme eine einstweilige Verfügung treffen, sofern ihm glaubhaft gemacht wird, dass sich die Massnahme zur Verhinderung einer wesentlichen Veränderung oder einer Veräusserung des Streitgegenstandes nach Einreichung der Klage rechtfertigt.
3.1 3.1.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, Streitgegenstand im Sinn von Art. 161 Abs. 3 und <ref-law>/BE sei das unmittelbare Streitobjekt, bei dinglichen Klagen also die Sache, die Gegenstand der Klage sei. Artikel 326 Ziff. 1 ZPO/BE setze voraus, dass die vorsorgliche Massnahme unmittelbar den gleichen Streitgegenstand betreffe wie der angehobene Hauptprozess. Gegenstand des Hauptprozesses bildeten Inhalt und Umfang einer Dienstbarkeit zulasten des Grundstücks der Beschwerdeführerin und damit die Dienstbarkeit, während es bei der vorsorglichen Massnahme um das Eigentum an den einzelnen Stockwerkeinheiten der Beschwerdeführerin gehe. Die Gerichtspräsidentin habe in willkürlicher Weise den Prozess um den Inhalt einer Dienstbarkeit mit einem Prozess um das Eigentum des belasteten Grundstücks gleichgesetzt und gestützt auf diese Auffassung willkürlich die Verfügungsbeschränkung als vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law> angeordnet.
Der Beschwerdegegner macht im Wesentlichen geltend, mit dem Gesuch um einstweilige Verfügung werde nicht um das Eigentum gestritten. Im Hauptprozess gehe es nicht nur um den Inhalt der Dienstbarkeit, sondern ebenso um die Wiederherstellung des dienstbarkeitskonformen Zustandes. Die Dienstbarkeit als Streitgegenstand sei unmittelbar und untrennbar mit dem belasteten Grundstück verbunden und umgekehrt.
3.1.2 Die Rüge erweist sich als unbegründet. Nach der einschlägigen Lehre ist Gegenstand der einstweiligen Verfügung nach <ref-law>/BE das unmittelbare Streitobjekt, d.h. eine Sache als Gegenstand einer dinglichen, insbesondere der Eigentums-, Besitzes- und der Teilungsklage (LEUCH UND ANDERE, a.a.O., N. 6b zu <ref-law>). Dabei macht der Ausdruck "insbesondere" deutlich, dass es sich bei den aufgeführten Beispielen von Klagen nicht um eine abschliessende Aufzählung handelt. Im vorliegenden Fall ist das Grundstück 2355 und damit auch der Teil, auf dem das Haus A mit seinen drei Stockwerkeinheiten erstellt wird, Gegenstand einer Klage auf Feststellung von Inhalt und Umfang einer darauf lastenden Dienstbarkeit und der Wiederherstellung des ursprünglichen Zustands (hängiger Hauptprozess). Überdies ist es, was die Stockwerkeinheiten 2355-2, 2355-3 und 2355-4 anbelangt, Gegenstand der vorsorglichen Massnahme. Im Lichte der zitierten Lehre erweist es sich demzufolge nicht als willkürlich, die Identität des Streitgegenstandes in beiden Verfahren im Sinn von <ref-law> zu bejahen.
3.1.2 Die Rüge erweist sich als unbegründet. Nach der einschlägigen Lehre ist Gegenstand der einstweiligen Verfügung nach <ref-law>/BE das unmittelbare Streitobjekt, d.h. eine Sache als Gegenstand einer dinglichen, insbesondere der Eigentums-, Besitzes- und der Teilungsklage (LEUCH UND ANDERE, a.a.O., N. 6b zu <ref-law>). Dabei macht der Ausdruck "insbesondere" deutlich, dass es sich bei den aufgeführten Beispielen von Klagen nicht um eine abschliessende Aufzählung handelt. Im vorliegenden Fall ist das Grundstück 2355 und damit auch der Teil, auf dem das Haus A mit seinen drei Stockwerkeinheiten erstellt wird, Gegenstand einer Klage auf Feststellung von Inhalt und Umfang einer darauf lastenden Dienstbarkeit und der Wiederherstellung des ursprünglichen Zustands (hängiger Hauptprozess). Überdies ist es, was die Stockwerkeinheiten 2355-2, 2355-3 und 2355-4 anbelangt, Gegenstand der vorsorglichen Massnahme. Im Lichte der zitierten Lehre erweist es sich demzufolge nicht als willkürlich, die Identität des Streitgegenstandes in beiden Verfahren im Sinn von <ref-law> zu bejahen.
3.2 3.2.1 Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, nach Auffassung der Gerichtspräsidentin drohe eine Veräusserung des Streitgegenstandes. Den weiteren Ausführungen der Gerichtspräsidentin zufolge bezwecke <ref-law>/BE die Sicherstellung einer künftigen Vollstreckung des Urteils in der Sache und wolle verhindern, dass der Rechtsstreit nach erfolgter Veräusserung des Streitgegenstandes als gegenstandslos abgeschrieben werden müsse. Entgegen der im angefochtenen Entscheid vertretenen Meinung führe die Veräusserung des Streitgegenstandes indes nicht zur Gegenstandslosigkeit des Verfahrens. Einem allfälligen Käufer sei es vielmehr gestützt auf <ref-law> freigestellt, in den Prozess einzutreten. Tue er dies nicht, werde der Hauptprozess zwischen der Beschwerdeführerin und dem Beschwerdegegner weitergeführt, wobei das Urteil auf richterliche Feststellung einer Dienstbarkeit auch für den späteren Erwerber der Liegenschaft gelte und gegen ihn vollstreckt werden könne. Die Anordnung der besagten Verfügungsbeschränkung erweise sich auch aus diesen Gründen als willkürlich. Unhaltbar sei in diesem Zusammenhang ferner die Annahme der Gerichtspräsidentin, die natürliche Publizität der im Entstehen befindlichen oder bereits fertiggestellten Baute auf Parzelle Nr. 2355 (Haus A) berge die Gefahr der fehlenden Vollstreckbarkeit eines zugunsten des Beschwerdegegners lautenden Urteils gegen den Dritterwerber. Damit habe die Gerichtspräsidentin die klare Norm von <ref-law> übersehen, wonach Tatsachen, welche bereits vor Urteilsfällung bestanden haben, keinesfalls die Vollstreckung hemmen oder gar verhindern können.
Der Beschwerdegegner stellt sich auf den Standpunkt, im vorliegenden Fall sei fraglich, ob der Rechtsnachfolger einer Wohnung des Hauses A überhaupt verpflichtet wäre, anstelle des Veräusserers in den Prozess einzutreten. Zudem sei ein gutgläubiger Erwerb durch den Dritten nicht ganz ausgeschlossen.
3.2.2 Mit ihren Ausführungen spricht die Beschwerdeführerin den Fall an, in dem der Streitgegenstand während des hängigen Hauptprozesses veräussert wird. Die Rechtsnachfolge im Prozess ist in den Art. 40 und 41 ZPO/BE geregelt: Während <ref-law>/BE die Rechtsnachfolge infolge Erbganges zum Gegenstand hat, betrifft <ref-law>/BE die "anderen Fälle", also auch den Fall der Veräusserung des Streitgegenstandes während des Prozesses. Diesbezüglich sieht <ref-law>/BE vor, dass die Gegenpartei auch bei Nachweis der Rechtsnachfolge erst dann verpflichtet ist, den Wechsel der Partei anzunehmen, wenn ihr Sicherheit geleistet wird, dass dem Urteil im Haupt- und Nebenpunkt stattgetan werde. Nach der einschlägigen Lehre erfolgt der Eintritt des Rechtsnachfolgers durch einfache Erklärung an das Gericht und die Gegenpartei, durch welche der eintretende sich als Einzelrechtsnachfolger legitimiert (LEUCH UND ANDERE, a.a.O., N. 1c zu <ref-law>).
Dem Beschwerdegegner ist insofern beizupflichten, dass ein Eintritt des allfälligen Dritterwerbers in den Hauptprozess keinesfalls gewiss ist, zumal sich aus <ref-law> keine entsprechende Verpflichtung ergibt. Tritt der Erwerber des Streitgegenstandes nicht in den Prozess ein, fallen nach der kantonalen Praxis Sachlegitimation und Prozessführungsbefugnis auseinander. Die den Streitgegenstand veräussernde Partei behält ihre Parteistellung im Verfahren. Da ihr bei dieser Konstellation einzig die Prozessführungsbefugnis zusteht, liegt nach Auffassung der einschlägigen Lehre zur Zivilprozessordnung des Kantons Bern eine Prozessstandschaft vor. Im Falle der materiell-rechtlichen Rechtsnachfolge in dingliche Rechte ist zu beachten, dass sich der (nicht in den Prozess eingetretene) Dritte, der für den fraglichen Rechtserwerb den Schutz des guten Glaubens geniesst, die Rechtskraftwirkungen eines ihm zum Nachteil gereichenden Urteils nicht entgegenhalten lassen muss. Das Urteil aber, das gegenüber dem Beklagten den Inhalt einer auf seinem Grundstück lastenden, im Grundbuch eingetragenen Dienstbarkeit feststellt (z.B. die richterliche Feststellung, dass es sich bei der als Wegrecht im Grundbuch eingetragenen Dienstbarkeit um ein Fahr- und nicht, wie vom Beklagten behauptet, bloss um ein Fusswegrecht handelt), gilt auch gegenüber dem späteren Erwerber der entsprechenden Parzelle (Leuch und Andere, a.a.O., N 12 d cc zu <ref-law>/BE).
3.2.3 Den guten Glauben des Dritterwerbers spricht die Gerichtspräsidentin an, indem sie auf die trotz des im Grundbuch eingetragenen Bauverbots teilweise bzw. ganz erstellte Baute auf dem Grundstück Nr. 2355 hinweist. Im vorliegenden Fall hat der Beschwerdegegner durch einen Mailwechsel belegt, dass die Beschwerdeführerin potentielle Käufer des mit der Dienstbarkeit belasteten Grundstücks nicht über den hängigen Rechtsstreit betreffend die Dienstbarkeit informiert. Was den guten Glauben eines allfälligen Dritterwerbers anbelangt, ist von Bedeutung, dass auf Parzelle 2355 ein Bau- und Anpflanzungsverbot zugunsten von Parz. 3419 (Grundstück des Beschwerdegegners) im Grundbuch eingetragen ist, welche Dienstbarkeit sich der Erwerber des Grundstücks bzw. einer Stockwerkeinheit entgegenhalten lassen muss. Auf der anderen Seite gilt es darauf hinzuweisen, dass das Haus A auf dem Teil der ursprünglichen Parzelle 2356 ungeachtet der besagten Dienstbarkeit bereits im Bau befindlich bzw. bereits erstellt ist. Ob ein Urteil über die Feststellung des Umfangs einer auf dem Grundstück lastenden Dienstbarkeit und die allenfalls damit verbundene Verpflichtung, die erstellte Baute wieder abzureissen, auch gegenüber dem Erwerber gelten, der das Grundstück bzw. eine Stockwerkeinheit angesichts des bereits begonnenen bzw. fertiggestellten Baus und in Unkenntnis über den Rechtsstreit erworben hat, ist daher fraglich und kann insbesondere im Rahmen einer vorsorglichen Massnahme nicht abschliessend beurteilt werden. Damit ist zurzeit nicht sichergestellt, dass der Beschwerdegegner das zum Nachteil der ursprünglichen Eigentümerin des belasteten Grundstücks erstrittene Urteil dem Rechtsnachfolger entgegenhalten und vollstrecken lassen kann. Im Lichte dieser Überlegungen kann dem Beschwerdegegner das rechtliche Interesse an einer Verfügungsbeschränkung für die Dauer des hängigen Prozesses in der Sache nicht abgesprochen werden, wie die Beschwerdeführerin meint. Der Vorwurf der willkürlichen Anwendung von <ref-law>/BE bzw. von <ref-law>/BE erweist sich als unbegründet.
3.3 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die Anordnung der Verfügungsbeschränkung mit dem Wortlaut und der Auslegung von <ref-law>/BE zu vereinbaren ist und ohne Willkür angenommen werden kann, an ihrer Anordnung bestehe ein rechtliches Interesse.
4. 4.1 Wird das Gesuch bei dem für die Hauptsache zuständigen Gericht eingereicht und ist der Hauptprozess hängig, so ist der Instruktionsrichter für die Beurteilung des Gesuchs zuständig (<ref-law>/BE).
4.2 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, der Instruktionsrichter sei zur Behandlung des Gesuchs dann sachlich nicht zuständig, wenn das Gesuch ausserhalb des Streitgegenstandes des Hauptprozesses liege. Der Beschwerdegegner verweist in diesem Zusammenhang im Wesentlichen auf das begründete vorinstanzliche Urteil und schliesst sich dessen Auffassung an.
Dass ohne Willkür angenommen darf, das Gesuch um einstweilige Verfügung liege nicht ausserhalb des Streitgegenstandes des Hauptprozesses, ist in E. 3.1 ausführlich dargelegt worden. Darauf kann verwiesen werden. Auf den hängigen Hauptprozess wurde bereits hingewiesen. Die Bejahung der sachlichen Zuständigkeit der Gerichtspräsidentin ist demzufolge nicht willkürlich. Auf weitere Ausführungen zur Rüge kann verzichtet werden.
5. 5.1 Die Gerichtspräsidentin hat die vom Beschwerdegegner geschuldete Sicherheitsleistung gemäss <ref-law> auf Fr. 200'000.-- festgesetzt und hat dazu erwogen, der Beschwerdeführerin werde mit der Anordnung verboten, bis zum Entscheid in der Sache selbst über die Stockwerkeinheiten Nrn. 2355-2, 2355-3, 2355-4 zu verfügen. Es sei deshalb der Verspätungsschaden zu berechnen, welcher sich nach dem Zins orientiere, den die Beschwerdeführerin infolge ausgebliebener Nutzung des Kapitals nicht erzielen könne. Die Wohnungen mitsamt den Parkplätzen im Haus A wiesen gemäss Angaben der Beschwerdeführerin einen Wert von Fr. 7.471 Mio. auf. Im vorliegenden Fall könne nicht auf einen Zinsfuss von 5% abgestellt werden, welcher im heutigen wirtschaftlichen Umfeld nicht erreicht werden dürfte. Auszugehen sei vielmehr von einem Zinsfuss von 2.5%. Bei einer angenommenen Prozessdauer von drei Jahren für alle drei Instanzen ergebe sich ein Schaden von Fr. 560'325.--, woran sich die Beschwerdeführerin im Sinne einer Schadenminderungspflicht die Einnahmen aus der Vermietung der Liegenschaft von durchschnittlich Fr. 10'000.-- (für drei Wohnungen des Hauses A) pro Jahr anrechnen lassen müsse, welcher Betrag sich mit Blick auf die Preisklasse der Neubauwohnungen und deren Lage rechtfertige. Damit bleibe eine Differenz von Fr. 200'000.--. Da die Betriebskosten über die Nebenkosten gedeckt seien, würden beide Posten ebensowenig berücksichtigt wie die Wertverminderung.
5.2 Die Beschwerdeführerin bringt dagegen im Wesentlichen vor, die Gerichtspräsidentin gehe von einem Mietzins von Fr. 3'333.-- pro Wohnung aus, was willkürlich sei, da sie diese Annahme auf keine festgestellten Tatsachen stützen könne. Ferner beanstandet sie als willkürlich, dass die Wertverluste nicht berücksichtigt worden sind.
Der Beschwerdegegner bestreitet die Vorbringen der Beschwerdeführerin. Er weist darauf hin, dass angesichts der wirtschaftlichen Lage ohnehin nicht alle drei Wohnungen innert kürzester Zeit verkauft werden können, und unterstreicht das der Gerichtspräsidentin bei der Festsetzung der Sicherheit zustehende Ermessen.
5.3 Mit ihren Ausführungen vermag die Beschwerdeführerin den Begründungsanforderungen (E. 1.3) nicht zu genügen. Die Gerichtspräsidentin hat die Lage und die Preisklasse für die Ermittlung des Mietzinses berücksichtigt. Der Beschwerdeführer legt nicht den Begründungsanforderungen entsprechend dar, inwiefern dies willkürlich sein könnte, sondern beschränkt sich auf eine gegenteilige Behauptung von Tatsachen; auf diese appellatorische Kritik ist nicht einzutreten. Sodann ist die Gerichtspräsidentin für die Festsetzung der Sicherheitsleistung vom Zins für die ausgebliebene Nutzung des Kapitals ausgegangen. Inwiefern es willkürlich sein könnte, die Sicherheitsleistung auf diese Weise zu ermitteln und die Wertverminderung sowie die Betriebskosten auszuklammern, wird nicht den Begründungsanforderungen entsprechend erörtert. Insgesamt erweist sich die Kritik an der Höhe der festgesetzten Sicherheitsleistung als ungenügend begründet. Darauf ist nicht einzutreten.
6. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>) und hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Gerichtskreis XI Gerichtspräsident 3 schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden