Sachverhalt:
A. Am 15. Dezember 2009 erteilte der Gemeinderat Zell der Y._ die Bewilligung für die Erweiterung der Kiesgrube Ruefswil, Zell. Dagegen erhob die X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Dieses trat am 30. November 2010 wegen versäumter Beschwerdefrist auf die Beschwerde nicht ein.
B. Am 24. Juni 2011 stellte die X._ beim Gemeinderat Zell das Gesuch, die Bauarbeiten der Y._ an der nie bewilligten Betriebsstrasse und Pneuwaschanlage seien unverzüglich einzustellen.
Mit Schreiben vom 12. Juli 2011 antwortete der Gemeinderat Zell, dass diese Anlagen Gegenstand der Baubewilligung vom 15. Dezember 2009 gewesen seien. Es bestehe kein Anlass, auf die rechtskräftige Baubewilligung zurückzukommen und diese in Wiedererwägung zu ziehen.
C. Dagegen erhob die X._ am 24. Juli 2011 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Sie beantragte zunächst den Erlass einer Baueinstellungsverfügung. Im Lauf des Verfahrens änderte sie ihre Anträge dahin, der Y._ sei die Nutzung der zwischenzeitlich fertiggestellten Betriebsstrasse und der Pneuwaschanlage bis zu deren rechtskräftigen Bewilligung unter Strafandrohung zu verbieten und sie sei zur Durchführung eines nachträglichen Baubewilligungsverfahrens zu verpflichten; zudem sei ihr aufzuerlegen, alle Bauteile zu entfernen, welche nicht nachträglich bewilligt werden könnten. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde am 24. November 2011 ab.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ (im Folgenden: Beschwerdeführerin) am 28. Dezember 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, die Y._ sei zur Einreichung eines nachträglichen Baugesuchs für die Zufahrtsstrasse und die Pneuwaschanlage zu verpflichten bzw. das Verfahren sei zur Durchführung dieses Verfahrens an den Gemeinderat Zell zurückzuweisen; der angefochtene Entscheid sei insoweit aufzuheben, als dieser Antrag abgewiesen worden sei. Eventualiter sei die Sache zu erneuter Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
E. Die Y._ (im Folgenden: die Beschwerdegegnerin) und der Gemeinderat Zell beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden könne.
Im weiteren Schriftenwechsel halten die Beteiligten an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Vor Bundesgericht ist nur noch streitig, ob für die Betriebsstrasse und die Pneuwaschanlage der Kiesgrube Ruefswil ein nachträgliches Baubewilligungsgesuch durchgeführt werden muss. Dies wurde vom Verwaltungsgericht verneint. Damit liegt ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid vor, der das Verfahren abschliesst und deshalb als Endentscheid i.S.v. <ref-law> zu qualifizieren ist. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie sei als Mieterin der Werkstrasse, die unmittelbar an die grubeninterne Betriebsstrasse und die Pneuwaschanlage anschliesse (Parzelle Nr. 930), zur Beschwerde berechtigt: Da sie für den Unterhalt und die Reinigung des Mietobjekts verantwortlich sei, habe sie ein Interesse daran, dass die strittigen Bauten in einem Baubewilligungsverfahren auf ihre Übereinstimmung mit Bundes- und kantonalem Recht überprüft würden.
Die Beschwerdegegnerin wirft der Beschwerdeführerin rechtsmissbräuchliches Verhalten vor: Ihr gehe es einzig darum, die Belieferung der regionalen Kieswerke mit Wandkies aus der Grube der Beschwerdegegnerin zu verhindern und diese zu schädigen.
Wie es sich damit verhält kann offenbleiben, wenn die Beschwerde ohnehin abzuweisen ist (unten E. 3) oder aus einem anderen Grund darauf nicht einzutreten ist (unten E. 4).
2. Es ist unstreitig, dass die Betriebsstrasse und die Pneuwaschanlage baubewilligungspflichtig sind i.S.v. Art. 22 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (RPG; SR 700); fraglich ist lediglich, ob sie bereits in der Baubewilligung vom 15. Dezember 2009 für die Erweiterung der Kiesgrube Ruefswil bewilligt worden sind oder nicht. Streitig sind somit Inhalt und Umfang einer kommunalen Baubewilligung gemäss Art. 22 RPG. Dies ist grundsätzlich (sofern sich keine spezifischen Fragen des Bundesverwaltungsrechts stellen) nur unter dem Blickwinkel des Verfassungsrechts, namentlich des Willkürverbots (<ref-law>), zu prüfen.
Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht - wird vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen geprüft, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Es erscheint fraglich, ob die Beschwerdeschrift diese Anforderungen erfüllt. Auch diese Frage kann offen bleiben, wie im Folgenden darzulegen ist.
3. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, die Betriebsstrasse wie auch die Pneuwaschanlage hätten unzweideutig Gegenstand der Bewilligung gebildet. Es verwies hierfür auf den Technischen Bericht vom November 2007 und die Betriebspläne, die sämtlich öffentlich aufgelegt und im Rahmen der Baubewilligung als verbindlich bezeichnet worden seien. Darin sei die Betriebsstrasse samt Pneuwaschanlage vorgesehen gewesen. Zu beiden Anlagen habe auch die Dienststelle Umwelt und Energie (UWE) im Rahmen ihrer Beurteilung des Umweltverträglichkeitsberichts vom 19. Januar 2009 Stellung genommen: Unter Ziff. 6.3 ("Grundwasser, Einrichtungen und Betrieb", S. 7 unten) habe sie darauf hingewiesen, dass aus der Pneuwaschanlage, je nach Art der Anlage, Abwasser anfallen könne; die allfällige Ableitung dieses Abwassers sei vor Baubeginn mit dem UWE abzusprechen. Unter Ziff. 6.5 ("Luft", S. 9) habe sie verlangt, dass u.a. die Zufahrten so zu gestalten und zu unterhalten seien, dass Staubimmissionen möglichst gering bleiben. Diese Forderungen seien in die Auflagen und Bedingungen der Baubewilligung vom 15. Dezember 2009 aufgenommen worden (Ziff. 4.20 und 4.29). In Auflage Ziff. 4.21 sei die Beschwerdegegnerin zudem verpflichtet worden, die Betriebsstrasse ausserhalb der Betriebszeiten für Unberechtigte abzusperren. Das Verwaltungsgericht wies darauf hin, dass die Kiesabbaubewilligung nur mit der erforderlichen Erschliessung und mit einer Pneuwaschanlage für die aus der Kiesgrube fahrenden Lastwagen habe erteilt werden dürfen; für ein mehrstufiges Bewilligungsverfahren, wie es der Beschwerdeführerin vorschwebe, bleibe deshalb kein Raum.
3.1 Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, der Technische Bericht erwähne zwar die streitigen Anlagen als Baumassnahmen der ersten Etappe, enthalte aber keine weiteren Angaben. Es handle sich somit lediglich um eine allgemeine Absichtserklärung. Auch in den vom Verwaltungsgericht genannten Plänen figurierten Betriebsstrasse und Waschanlage nur in allgemeinster Art und Weise, als Hilfsmittel für die Übersicht, ohne Einzelheiten über die genaue Lage und Ausdehnung der Strasse und ihre Beschaffenheit (z.B. Kofferung, Belag). Ebenso fehlten Angaben zur Ausführung der Waschanlage (z.B. Entwässerung, Wasseranschluss). Die Pläne könnten daher keine Grundlage für ein Baugesuchsverfahren darstellen, das Art. 22 RPG entspreche. Gleiches gelte für die Ausführungen des UWE: Die Formulierung "allfällige Ableitung" zeige deutlich, dass es noch nicht um die Prüfung eines konkreten Baugesuchs gegangen sei, sondern lediglich um die präventive Verhinderung eines ungesetzlichen Ableitens von Abwasser. Schliesslich sei im Plan zur Gestaltung der Sekundärlandschaft vom 30. November 2007 anstelle der heutigen Zufahrtsstrasse in weiten Teilen ein bleibender Bewirtschaftungsweg vorgesehen, welcher allerdings bedeutend schmaler werden solle. Das Strassenprojekt hätte zumindest verbindliche Angaben darüber enthalten müssen, welche Teile wie lange Bestand haben sollen und welche Teile unter Einhaltung von welchen Umweltschutzvorschriften zurückgebaut werden.
Insgesamt habe daher anhand der Gesuchsunterlagen keine Prüfung vorgenommen werden können, die den Anforderungen von Art. 22 RPG entsprochen und den Rechtsschutz nach Art. 33 RPG garantiert hätte. Durch das fehlende Baubewilligungsverfahren werde auch das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt (<ref-law>) und sie werde um ein faires Verfahren gebracht (<ref-law>).
3.2 Wie das Verwaltungsgericht zutreffend festgestellt hat, sind die Betriebsstrasse und die Pneuwaschanlage in den genehmigten Plänen vorgesehen; aus diesen ergeben sich insbesondere die Lage der Anlagen. Aufgrund des Kartenmassstabs lässt sich auch die Breite der Strasse ermitteln. Markiert sind zudem Höhenpunkte und Neigungswinkel (3 %). Die Anlagen sind im Technischen Bericht (S. 14 und 15) als Massnahmen der ersten Bauetappe erwähnt. Zudem beziehen sich gewisse Auflagen speziell auf die Betriebsstrasse und die Pneuwaschanlage. Daraus durfte das Verwaltungsgericht willkürfrei schliessen, dass beide Elemente mit Baubewilligung vom 15. Dezember 2009 bewilligt worden sind. Es gibt in der Baubewilligung und den Baugesuchsunterlagen keinerlei Hinweis dafür, dass diese Elemente einem nachträglichen Bewilligungsverfahren vorbehalten worden wären; dies wäre auch unzulässig gewesen, wie das Verwaltungsgericht zu Recht festgehalten hat.
Unter diesen Umständen hätte die Beschwerdeführerin die Möglichkeit gehabt, die mangelnde Bestimmtheit der Baupläne bzw. der Baubewilligung und ihrer Auflagen hinsichtlich der Betriebsstrasse und der Pneuwaschanlage mit Einsprache oder Beschwerde gegen die Baubewilligung vom 15. Dezember 2009 zu beanstanden. Insoweit liegt deshalb keine Verletzung von Art. 33 RPG oder von <ref-law> vor.
Nachdem die Baubewilligung rechtskräftig geworden ist, kann im vorliegenden Verfahren nur noch geprüft werden, ob ein derart schwerwiegender und offenkundiger Mangel vorliegt, dass die Bewilligung als nichtig zu betrachten wäre. Dies ist klarerweise zu verneinen und wird auch von der Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in der Hauptsache abzuweisen.
4. Eventualiter macht die Beschwerdeführerin geltend, die Ausführung der Betriebsstrasse mit einem Schwarzbelag entspreche nicht der Baubewilligung.
4.1 Sie argumentiert, dass nach der Planlegende die graue Farbe für geteerte Strassen vorbehalten sei, während die Betriebsstrasse in den Betriebsplänen braun eingezeichnet sei. Gemäss Auflage Ziff. 4.17 dürften für den Bau und Unterhalt von Pisten nur natürliche Stein- und Felsmaterialien verwendet werden. Der Hartbelag ergebe sich auch nicht zwingend aus der Auflage Ziff. 4.29, da Staubbekämpfungsmassnahmen ohne Hartbeläge durchgeführt werden könnten, z.B. mit gezielter Berieselung oder mit rücksichtsvoller Anordnung der Anlagen. Insofern bedürfe es für die Abweichung von den bewilligten Plänen eines nachträglichen Baugesuchs.
4.2 Die Beschwerdegegnerin wendet ein, Auflage Ziff. 4.17 beziehe sich nur auf die Pisten im Bereich des eigentlichen Abbaus bzw. der Auffüllung. Dagegen sei die Zufahrts-/Betriebsstrasse gemäss Auflage Ziff. 4.29 so zu gestalten und zu unterhalten, dass Staubemissionen möglichst gering bleiben. Eine Pneuwaschanlage mit anschliessender asphaltierter Strasse sei die wirkungsvollste Einrichtung zur Reduktion von Staub sowie zur Vermeidung von Schmutzablagerungen auf den Folgegrundstücken und sei in allen grösseren Gruben des Luzerner Hinterlandes üblich.
4.3 Auch das Verwaltungsgericht ging im angefochtenen Entscheid (E. 3f S. 8 oben) davon aus, dass die möglichst staubfreie und damit befestigte Ausführung der Betriebsstrasse Inhalt der Auflagen und Bedingungen der kommunalen Baubewilligung gewesen sei.
4.4 Wie es sich damit verhält, kann offenbleiben: Es ist nämlich nicht ersichtlich, welches praktische Interesse die Beschwerdeführerin daran haben könnte, dass die grubeninterne Betriebsstrasse nicht asphaltiert wird: Als Mieterin der an die Betriebsstrasse anschliessenden Werkstrasse hat sie ein Interesse daran, dass die aus dem Abbauareal ausfahrenden Lastwagen die Werkstrasse nicht verschmutzen und verstauben. Diesem Ziel dient die Asphaltierung der Zufahrtsstrasse. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, weshalb die von ihr vorgeschlagenen alternativen Mittel hierfür besser geeignet seien; dies ist auch nicht ersichtlich: Die Berieselung könnte zwar die Staubentwicklung, nicht aber die Verschmutzung der Werkstrasse (durch an den Rädern der Lastwagen anhaftenden Schmutz) verhindern. Eine andere (rücksichtsvollere) Anordnung der Anlagen kann nach deren rechtskräftiger Bewilligung nicht mehr verlangt werden.
Unter diesen Umständen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, soweit ein nachträgliches Bewilligungsverfahren für die Asphaltierung der Zufahrtsstrasse verlangt wird.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Zell und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Die Gerichtsschreiberin: Gerber