B 101343 Jas, hat sich ergeben:
A.- Die niederländischen Behörden ermitteln gegen den niederländisch-schweizerischen Doppelbürger S._ und weitere Personen wegen Teilnahme an einer kriminellen Vereinigung, Urkundenfälschung, Betrugs, qualifizierter Unterschlagung, Privatbestechung und Ausnützens der Kenntnis vertraulicher Tatsachen. Gegen S._ und weitere Personen wurde auch im Kanton Zürich ein Untersuchungsverfahren wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung eröffnet.
Die niederländischen Behörden verdächtigen S._, aufgrund von Absprachen mit verschiedenen Personen, die als Effektenhändler bei internationalen Finanzinstituten oder institutionellen Anlegern tätig waren - darunter die ehemaligen Mitarbeiter der SBG bzw. der UBS AG Y._und X._ - Effektentransaktionen manipuliert zu haben, so dass er (bzw. die von ihm beherrschten juristischen Personen) praktisch ausschliesslich Gewinne erzielt hätten.
B.-Mit Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 ("Schweiz I") ersuchte der Untersuchungsrichter am Arrondissementsgericht Amsterdam, F. Salomon, um Ermittlungen u.a. bei der UBS-Zürich über die von ihr mit S._ bzw.
der von ihm geleiteten Firma A._ abgeschlossenen Transaktionen; ausserdem wurde um Bankermittlungen hinsichtlich des auf die Firma B._Ltd. lautenden Kontos Nr. _ bei der ehemaligen Schweizerischen Volksbank, Filiale Zürich-Wiedikon (inzwischen: Credit Suisse First Boston), gebeten.
C.-Nach summarischer Prüfung des Rechtshilfeersuchens leitete es das BAP an die Bezirksanwaltschaft IV für den Kanton Zürich (im Folgenden: Bezirksanwaltschaft) weiter und bestimmte den Kanton Zürich als Leitkanton.
D.-In der Folge erliess die Bezirksanwaltschaft verschiedene Eintretensverfügungen, mit denen sie die notwendigen Vollzugsmassnahmen anordnete.
U.a. verpflichtete sie mit "Eintretensverfügung Nr. 1 - Req. Schweiz I" vom 9. April 1999 die UBS AG in Zürich, sämtliche Dokumente hinsichtlich Effekten- und anderen finanziellen Transaktionen zwischen S._ bzw.
der A._ und der UBS AG einzureichen und gewisse Fragen zur Tätigkeit von X._ bei der UBS schriftlich zu beantworten. Ferner wurde die UBS aufgefordert, ein Dossier - inkl. allfälliger Tonbandaufnahmen von Gesprächen zwischen S._ und X._ -, welches anlässlich einer internen Untersuchung im Zusammenhang mit möglichen Veruntreuungen mit Effektentransaktionen zwischen S._ und X._ erstellt worden sei, der Bezirksanwaltschaft in Fotokopie ohne Abdeckungen einzureichen. Diese Verfügung wurde auch X._ schriftlich eröffnet.
Mit der gleichentags erlassenen "Eintretensverfügung Nr. 2 - Req. Schweiz I" ordnete die Bezirksanwaltschaft die Edition von Bankunterlagen bezüglich Konto Nr. _ der B._Ltd. bei der Credit Suisse First Boston in Zürich als Rechtsnachfolgerin der Schweizerischen Volksbank in Zürich-Wiedikon an. Mit Schreiben vom 5. Mai 1999 reichte die Credit Suisse die Bankunterlagen hinsichtlich des auf die B._Ltd. lautenden Kontos bei der Bezirksanwaltschaft ein.
E.- Mit undatiertem, am 25. Mai 1999 vom BAP an die Bezirksanwaltschaft weitergeleiteten Ergänzungsersuchen ("Schweiz IV") beantragte der Untersuchungsrichter am Arrondissementsgericht Amsterdam, auch X._ als beteiligte Person in den Ermittlungen gegen S._ zu betrachten, bei ihm eine Hausdurchsuchung vorzunehmen und ihn als Zeuge/Verdächtiger einzuvernehmen. Mit "Eintretensverfügung Nr. 5 - Req Schweiz IV" vom 26. Mai 1999 ordnete die Bezirksanwaltschaft die Durchführung einer Hausdurchsuchung bei X._ sowie seine Einvernahme als Angeschuldigter an. Die Hausdurchsuchung fand am 1. Juni 1999 am Wohnort des X._ sowie an seinem Arbeitsplatz in Zürich statt, wobei er die Siegelung eines Teils der Unterlagen verlangte.
F.-Am 15. September 1999 erliess die Bezirksanwaltschaft hinsichtlich X._ und der B._Ltd. eine gemeinsame Schlussverfügung, wobei X._ als Vertreter der B._Ltd. aufgeführt wurde. Darin bewilligte sie die Herausgabe der Bankunterlagen der B._Ltd. und der Akten betreffend Hausdurchsuchungen und Sicherstellungen bei X._ sowie der Protokolle der Einvernahmen X._ an die ersuchende Behörde. Nachdem der Rechtsvertreter von X._ mitgeteilt hatte, dass weder er noch X._ die Firma B._Ltd. vertreten, erliess die Bezirksanwaltschaft am 21. September 1999 eine neue Schlussverfügung gegenüber der B._Ltd.
G.- Gegen die Schlussverfügung vom 15. September 1999 rekurrierte X._ an das Obergericht des Kantons Zürich. Dieses hiess den Rekurs am 10. Februar 2000 in einem Nebenpunkt gut (betreffend Berechnung der Akteneinsichtsgebühr) und wies ihn im Übrigen ab, soweit darauf einzutreten sei.
H.-Hiergegen erhob X._ am 22. März 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Er beantragt:
1. Der Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts
des Kantons Zürich vom 10. Februar 2000 sei mit
Ausnahme der Aufhebung der Verfügung der Bezirksanwaltschaft
IV für den Kanton Zürich vom 24. September
1999 (Akteneinsichtsgebühren) aufzuheben.
Gleichzeitig sei auch die Schlussverfügung der
Bezirksanwaltschaft IV für den Kanton Zürich vom 15. September 1999 aufzuheben und es sei die verlangte
Rechtshilfe an die Niederlande zu verweigern.
2. Eventualiter sei der Beschluss der Vorinstanz insoweit
aufzuheben, als damit die Weiterleitung der
bei der Hausdurchsuchung im Büro bzw. am Arbeitsplatz
des Beschwerdeführers sichergestellten Unterlagen
bewilligt wurde.
I.-Das BAP beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Bezirksanwaltschaft, die Staatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
J.-Mit Verfügung des Instruktionsrichters vom 31. Mai 2000 wurden dem Beschwerdeführer Kopien des am 5. Februar 1999 dem BAP übermittelten Rechtshilfeersuchens i.S.
S._ und T._ ("Schweiz III") samt Beilagen zugestellt und ihm Gelegenheit gegeben, hierzu Stellung zu nehmen. Mit Schreiben vom 14. Juni 2000 hielt der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) Der angefochtene Entscheid ist eine Verfügung einer letztinstanzlichen kantonalen Behörde, mit der das Rechtshilfeverfahren abgeschlossen wird. Er unterliegt zusammen mit den vorangehenden Zwischenverfügungen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht (Art. 80f Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSG; SR 351. 1]). Der Beschwerdeführer wurde durch die bei ihm durchgeführte Hausdurchsuchung und seine Einvernahme persönlich und direkt von den Rechtshilfemassnahmen betroffen (vgl. Art. 9a lit. b der Verordnung vom 24. Februar 1982 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSV; SR 351. 11]); er ist insoweit zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit einzutreten.
b) Die Rechtshilfe zwischen der Schweiz und den Niederlanden richtet sich in erster Linie nach dem Europäischen Übereinkommen über die Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. April 1959 (EUeR, SR 0.351. 1). Zusätzlich kann das Europäische Übereinkommen über Geldwäscherei sowie Ermittlung, Beschlagnahme und Einziehung von Erträgen aus Straftaten vom 8. November 1990 (GwUe; SR 0.311. 53) zur Anwendung kommen, das von der Schweiz und den Niederlanden ratifiziert worden ist. Das Landesrecht ist nur subsidiär anwendbar, wenn eine staatsvertragliche Regelung fehlt oder lückenhaft ist oder wenn das nationale Recht geringere Anforderungen an die Rechtshilfe stellt und deshalb nach dem Günstigkeitsprinzip zur Anwendung gelangt (<ref-ruling> E. 2 S. 142, 485 E. 3b S. 487).
c) Das Bundesgericht prüft die bei ihm erhobenen Rügen grundsätzlich mit freier Kognition; es ist aber nicht verpflichtet, nach weiteren der Rechtshilfe allenfalls entgegenstehenden Gründen zu forschen, die aus der Beschwerde nicht hervorgehen (<ref-ruling> E. 3 S. 586). Nachdem als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden hat, ist das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhalts gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
In Rechtshilfesachen ist allerdings ganz allgemein vom Sachverhalt auszugehen, wie er im Rechtshilfegesuch und in dessen Ergänzungen bzw. Beilagen geschildert wird, es sei denn, diese Darstellung sei offensichtlich unrichtig, lückenhaft oder widersprüchlich (<ref-ruling> E. 4b S. 425 f. mit Hinweis, 115 Ib 68 E. 3b/bb S. 78 mit Hinweisen).
2.-Der Beschwerdeführer rügt zunächst, die Bezirksanwaltschaft habe ihm zu Unrecht nur beschränkte Akteneinsicht gewährt und damit seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
a) Gemäss <ref-law> können die Berechtigten am Verfahren teilnehmen und Einsicht in die Akten nehmen, "soweit dies für die Wahrung ihrer Interessen notwendig ist". Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers bedeutet dies nicht, dass alle teilnahmeberechtigten Personen Anspruch auf Einblick in die vollständigen Rechtshilfeakten hätten: Das Akteneinsichtsrecht ist vielmehr bereits nach Abs. 1 (unabhängig vom Vorliegen besonderer Geheimhaltungsgründe nach Abs. 2) in dem Sinne beschränkt, dass jeder berechtigten Person nur die sie betreffenden Unterlagen und Beweismittel zur Einsicht vorzulegen sind (Botschaft des Bundesrates vom 29. März 1995 betreffend die Änderung des Rechtshilfegesetzes, BBl 1995 III S. 28). Entscheidend ist dabei, ob die Unterlagen für die Wahrung ihrer Interessen notwendig sind. Dabei ist in erster Linie auf das Rechtsschutzinteresse im Rechtshilfeverfahren abzustellen und nicht etwa auf das Interesse des Beschuldigten auf Einsichtnahme in sämtliches gegen ihn vorliegendes Belastungsmaterial:
Berechtigter i.S.v. <ref-law> ist nur, wer auch beschwerdeberechtigt ist, d.h. wer persönlich und direkt von einer Rechtshilfemassnahme betroffen ist; dies ist in Art. 9 Abs. 1 i.V.m. Art. 16 Abs. 1 des Bundesgesetzes zum Staatsvertrag mit den Vereinigten Staaten von Amerika über gegenseitige Rechtshilfe in Strafsachen vom 3. Oktober 1975 (BG-RVUS, SR 351. 93) in der revidierten Fassung des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1996 ausdrücklich geregelt und gilt in gleicher Weise für <ref-law> (vgl. Botschaft vom 29. März 1995, BBl 1995 III S. 36 zu <ref-law>); der im ersuchenden Staat Beschuldigte, der sich nicht selbst einer Zwangsmassnahme im Rechtshilfeverfahren unterziehen muss, ist nicht zur Beschwerde legitimiert und hat daher auch kein Akteneinsichtsrecht.
In aller Regel genügt es daher, dem Beteiligten Einsicht nur in diejenigen Unterlagen zu geben, die ihn unmittelbar betreffen. Eine weitergehende Gewährung der Akteneinsicht ist nur erforderlich, wenn diese Unterlagen für sich alleine nicht genügen, um die Zulässigkeit des Rechtshilfeersuchens und dessen Vollzugs gegenüber dem Gesuchsteller zu beurteilen. So kann die Heranziehung von Unterlagen, die nicht direkt den Gesuchsteller betreffen, notwendig sein, wenn darin wesentliche Angaben z.B. zum Sachverhalt oder zum Stand des ausländischen Strafverfahrens enthalten sind, die auch für das Verfahren gegenüber dem Gesuchsteller von Bedeutung sind oder sein könnten.
b) Dem Beschwerdeführer wurde von der Bezirksanwaltschaft Einsicht in die im Schreiben vom 21. September 1999 aufgeführten Unterlagen gewährt, d.h. im Wesentlichen in das Rechtshilfeersuchen "Schweiz IV" vom 25. Mai 1999 und dessen Beilagen, der dazugehörigen Eintretensverfügung Nr. 5 - Req Schweiz IV vom 26. Mai 1999, die Akten über die beim Beschwerdeführer durchgeführte Hausdurchsuchung und die dabei sichergestellten Unterlagen, die Akten des Siegelungsverfahrens, die Akten über die Einvernahmen von X._, über dessen Vertretung sowie die Akten der gescheiterten Einigungsverhandlungen. Schon zuvor, am 4. Juni 1999, war dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers die deutsche Übersetzung des Rechtshilfeersuchens "Schweiz I" vom 8. Dezember 1998 übergeben worden. Damit wurden dem Beschwerdeführer alle ihn betreffenden Unterlagen gezeigt, die für das Rekurs- und das vorliegende Beschwerdeverfahren wesentlich sind.
c) Allerdings hat das Obergericht in seinen Erwägungen zur Strafbarkeit auch das am 5. Februar 1999 dem BAP übermittelte Rechtshilfeersuchen i.S. S._ und T._ ("Schweiz III") herangezogen, das dem Beschwerdeführer nicht bekannt war. In dieses Rechtshilfeersuchen hätte dem Beschwerdeführer somit zumindest im obergerichtlichen Verfahren Einsicht gewährt werden müssen. Dieses Versäumnis führt jedoch nicht zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids: Vielmehr kann eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und des Akteneinsichtsrechts im vorinstanzlichen Verfahren im Verwaltungsgerichtsverfahren vor Bundesgericht geheilt werden, in dem die Rechtshilfevoraussetzungen mit freier Kognition zu prüfen sind (<ref-ruling> E. 2d S. 138 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 120 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 87 mit Hinweisen). Nachdem dem Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren Einsicht in das III. Ergänzungsersuchen und in dessen Beilagen gewährt worden ist und er die Möglichkeit hatte, sich hierzu zu äussern, ist der Mangel geheilt worden.
Dagegen ist nicht ersichtlich, inwiefern die Einsichtnahme in die zur Vollziehung des Rechtshilfeersuchens "Schweiz III" erlassenen Eintretens- und Schlussverfügungen zur Wahrung der Interessen des Beschwerdeführers notwendig ist. Diese Verfügungen betreffen Rechtshilfemassnahmen gegenüber anderen Personen und spielen für die Beurteilung der vom Beschwerdeführer angefochtenen Massnahmen keine Rolle.
d) Der Beschwerdeführer ist darüber hinaus der Auffassung, er sei auch durch das erste Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 und die Eintretensverfügung "Nr. 1 - Req Schweiz I" vom 9. April 1999 betroffen und habe deshalb Anspruch auf alle damit zusammenhängenden Unterlagen: Gemäss Ziff. 4 - 6 der Eintretensverfügung Nr. 1 sei ein Zeuge der UBS einvernommen worden, der Angaben über ihn gemacht habe; zudem seien zahlreiche Unterlagen seiner früheren Arbeitgeberin ediert worden, die sich mit ihm befassten, darunter auch Tonbandkassetten.
aa) Unmittelbar betroffen von diesen Rechtshilfemassnahmen sind an sich nur der von der Bezirksanwaltschaft einvernommene Zeuge und die UBS als Inhaberin der einverlangten Unterlagen. Das gilt auch dann, wenn diese Unterlagen (bzw. das Einvernahmeprotokoll) Informationen über den Beschwerdeführer enthalten. Unmittelbar betroffen wäre der Beschwerdeführer nur, soweit seine Kontounterlagen ediert worden oder mittels Zeugeneinvernahme eruiert worden wären (vgl. <ref-ruling> E. 2b und c S. 182 f.). Gegenstand der erhobenen Unterlagen und der Zeugeneinvernahme waren aber nicht Konten des Beschwerdeführers, sondern Transaktionen der UBS mit S._ bzw. der A._. Die Auffassung der Bezirksanwaltschaft, der Beschwerdeführer sei hinsichtlich dieser Massnahmen nicht beschwerdeberechtigt und habe insoweit auch kein Akteneinsichtsrecht, ist daher grundsätzlich zutreffend.
bb) Etwas anderes könnte jedoch hinsichtlich allfälliger Aufzeichnungen von Telefongesprächen zwischen dem Beschwerdeführer und S._ gelten: Hätte die Bezirksanwaltschaft selbst eine Telefonüberwachung veranlasst, wäre der Beschwerdeführer hiervon unmittelbar betroffen. Es erscheint deshalb fragwürdig, dessen Betroffenheit zu verneinen, wenn seine Arbeitgeberin Telefongespräche am Arbeitsplatz aufnimmt und diese den Ermittlungsbehörden als Beweismittel zur Verfügung stellt.
cc) Die Frage kann jedoch im vorliegenden Verfahren offen bleiben: Gegenstand des Rekurs- und des Beschwerdeverfahrens ist nur die Schlussverfügung vom 15. September 1999 und die dieser vorangegangenen Zwischenverfügungen, namentlich die Eintretensverfügung "Nr. 5 - Req Schweiz IV". Diese Verfügungen betreffen nur die Hausdurchsuchung, die Beschlagnahme von Unterlagen beim Beschwerdeführer sowie seine Einvernahmen, nicht aber die Tonbandaufzeichnungen der UBS.
Hinsichtlich dieser Rechtshilfemassnahmen ist dem Beschwerdeführer gegenüber keine Schlussverfügung erlassen worden.
Sie könnten höchstens dann Prozessthema des bundesgerichtlichen Verfahrens sein, wenn der Beschwerdeführer zuvor beim Obergericht Rekurs wegen Rechtsverweigerung mit dem Antrag erhoben hätte, es sei ihm gegenüber eine Schlussverfügung auch hinsichtlich der bei der UBS erhobenen Tonbandaufzeichnungen zu erlassen. Diesen Antrag hat er jedoch im Rekursverfahren nicht gestellt, obwohl ihm sowohl das Rechtshilfegesuch vom 8. Dezember 1998 als auch die Eintretensverfügung "Nr. 1 - Req Schweiz I" bekannt waren. Dann aber ist diese Frage (Anspruch auf Erlass einer Schlussverfügung nach vorheriger Akteneinsicht) auch nicht Thema des bundesgerichtlichen Verfahrens. Weist die vom Beschwerdeführer gerügte Verweigerung der Akteneinsicht in die von der UBS edierten Unterlagen somit keinen Zusammenhang mit dem vorliegenden Verfahren auf, stellt eine allfällige Verletzung des Akteneinsichtsrechts hinsichtlich der UBS-Akten auch keinen Grund dar, die vorliegend angefochtene Schlussverfügung aufzuheben.
e) Nach dem Gesagten liegt im vorliegenden Verfahren keine Verletzung des Akteneinsichtsrechts vor.
3.-Der Beschwerdeführer erhebt zahlreiche Rügen im Zusammenhang mit der beidseitigen Strafbarkeit (Vorbehalt der Schweiz gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. a EUeR i.V.m. <ref-law>) und deren Begründung in der Schlussverfügung und im angefochtenen Entscheid:
a) Zunächst macht er geltend, die Schlussverfügung der Bezirksanwaltschaft vom 15. September 1999 sei ungenügend begründet, weil sie die beidseitige Strafbarkeit bejahe, ohne auch nur ansatzweise festzuhalten, weshalb und aufgrund welcher Rechtshilfeunterlagen sie welche Straftatbestände des schweizerischen Rechts als erfüllt ansieht; unzulässig sei auch der Verweis der Schlussverfügung auf das Ursprungs-Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 ("Schweiz I").
Diese Vorwürfe sind weitgehend unbegründet: Die Schlussverfügung enthält einen Sachverhalt, der sich - wie im letzten Satz von Abschnitt I ausdrücklich gesagt wird - auf das Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 stützt.
Diese Bezugnahme auf das Grundersuchen ist - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - zulässig und geboten, da das Ergänzungsersuchen "Schweiz IV" zwar umfangreiche Beilagen, aber keinen eigenständigen Sachverhalt enthält. Die deutsche Übersetzung dieses Ersuchens wurde dem Beschwerdeführer am 4. Juni 1999 übergeben, mithin vor Erlass der Schlussverfügung.
Allerdings ist die Begründung der Schlussverfügung hinsichtlich der Strafbarkeit nach schweizerischem Recht sehr kurz; die angeblich erfüllten Straftatbestände werden nur im Betreff des Rubrums genannt. Die Bezirksanwaltschaft hatte allerdings schon in ihrer Eintretensverfügung "Nr. 5 - Req Schweiz IV" vom 26. Mai 1999 festgehalten, dass die dem Angeschuldigten vorgeworfenen Delikte prima facie unter die Straftatbestände der ungetreuen Geschäftsbesorgung, eventuell der Veruntreuung bzw. der Anstiftung hierzu und der Unkundenfälschung zu subsumieren seien. Ob dies der Begründungspflicht genügte, kann jedoch offenbleiben, weil deren allfällige Verletzung durch den Rekursentscheid des Obergerichts geheilt worden wäre: Dieser legt ausführlich dar, weshalb der objektive Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung gemäss <ref-law> und der Anstiftung hierzu gegeben sei.
b) Der Beschwerdeführer macht allerdings geltend, die vom Obergericht nachgeschobene Begründung stütze sich nicht auf den gemäss Schlussverfügung massgebenden Sachverhalt des Rechtshilfeersuchens vom 8. Dezember 1998. Es sei überhaupt nicht nachvollziehbar, auf welche niederländischen Unterlagen die Sachverhaltsdarstellung des Obergerichts zurückgehe. Die Urkundenhinweise im angefochtenen Entscheid seien unpräzise, so z.B. der Verweis auf Urkunde 5/30, die einen ganzen Bundesordner umfasse. Zudem werde die Strafbarkeit am Beispiel des Effektenhändlers T._ und dessen Arbeitgeberin, der Credit Suisse First Boston, geprüft, die in den dem Beschwerdeführer bekannten Rechtshilfeersuchen und Verfügungen nicht erwähnt würden.
aa) In der Tat hat sich das Obergericht nicht ausschliesslich auf das den Beschwerdeführer betreffende Rechtshilfeersuchen ("Schweiz IV") i.V.m. dem Grundersuchen vom 8. Dezember 1998 gestützt, sondern hat eine Zusammenschau aller ihm vorliegenden Rechtshilfeersuchen und deren Beilagen vorgenommen. Hiergegen ist an sich nichts einzuwenden:
In einem umfangreichen Rechtshilfeverfahren wie dem vorliegenden, in dem der ersuchende Staat mehrere Ergänzungsgesuche stellt, lässt sich der vollständige Sachverhalt oft nur unter Rückgriff auf das zuerst gestellte Rechtshilfeersuchen (Grundgesuch) oder aber unter Einbezug nachträglich übermittelter, ergänzender Auskünfte des ersuchenden Staates erstellen. Soweit diese ergänzenden Auskünfte für die rechtliche Beurteilung (z.B. der beidseitigen Strafbarkeit) wesentlich sind, müssen sie von der ersuchten Behörde berücksichtigt werden; enthalten sie nicht wesentliche, aber doch nützliche Zusatzinformationen, dürfen sie jedenfalls von der ersuchten Behörde herangezogen werden.
Voraussetzung ist allerdings, dass den Verfahrensbeteiligten Gelegenheit gegeben wird, die Unterlagen einzusehen und dazu Stellung zu nehmen (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 138). Dies ist, wie bereits oben (E. 2c) dargelegt wurde, hinsichtlich des Rechtshilfeersuchens "Schweiz III" i.S. T._ versäumt worden; diese Verletzung des rechtlichen Gehörs konnte jedoch im bundesgerichtlichen Verfahren geheilt werden.
bb) Soweit der Beschwerdeführer rügt, es sei nicht erkennbar, auf welche Unterlagen das Obergericht sich gestützt habe, ist ihm nicht zu folgen. Der angefochtene Entscheid enthält zum Teil Verweise auf die Rechtshilfeakten, die eine Überprüfung ermöglichen; z.T. ergibt sich der Bezug durch die beteiligten Personen (z.B. T._/ Credit Suisse: Ergänzungsersuchen "Schweiz III"). Das vom Obergericht erwähnte zweite Beispiel für die Vorgehensweise von S._ und Konsorten durch Ausnützen der Bandbreite zwischen Brief- und Geldkurs (S. 10 f. des angefochtenen Entscheids) ist schon im Grundersuchen vom 8. Dezember 1998 enthalten (S. 7 f. der deutschen Übersetzung). Dabei spielt es keine Rolle, dass sich dieses Beispiel auf die Aussage des Zeugen Z._ über Geschäfte von S._ im Zeitraum 1985/1986 stützt: Zum einen geht das Rechtshilfegesuch vom 8. Dezember 1998 davon aus, dass dieses System bis einschliesslich Oktober 1997 von S._ und Konsorten verwendet worden sei; zum anderen stünde ein allfälliger Eintritt der absoluten Verjährung nach schweizerischem Recht der Rechtshilfe an die Niederlande gemäss EUeR nicht entgegen (vgl. Bundesgerichtsentscheide i.S. D. vom 3. März 1992, SJ 1992 397, E. 3 und i.S. T. vom 11. Januar 1995, Rep. 1994 127 281, E. 3e).
Schwierigkeiten bereitet daher allenfalls die Zuordnung des ersten Beispiels (S. 8-10 des angefochtenen Entscheids), das sich in einer Beilage des Ergänzungsersuchens "Schweiz IV", dem Übersichtsprotokoll des niederländischen Steuerauskunfts- und Fahndungsdiensts FIOD ("Fiscale Innlichtingen- en Opsporingdienst") vom 20. Januar 1999 im Kapitel "Modus Operandie" (act. 5/30. 20 S. 58) befindet, wie der Beschwerdeführer jedoch selbst vermutet hat (vgl. S. 14 Ziff. 7.5.1. der Beschwerdeschrift). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers handelt es sich hierbei nicht um ein rein fiktives Beispiel, sondern um die Erläuterung des vermutlichen Verlaufs einer am 24. September 1997 erfolgten und buchhalterisch belegten Transaktion, die allerdings beispielhaft für viele weitere Transaktionen steht, die nach gleichem Muster abgewickelt worden sein sollen.
c) In der Sache macht der Beschwerdeführer geltend, die Sachverhaltsschilderung des im vorliegenden Verfahren massgebenden Rechtshilfeersuchens erfülle keinen Straftatbestand nach schweizerischem Recht, so dass es an der beidseitigen Strafbarkeit fehle; insbesondere seien die für eine Strafbarkeit nach <ref-law> (ungetreue Geschäftsbesorgung) notwendigen Tatbestandsmerkmale des pflichtwidrigen Verhaltens und des Schadens nicht dargelegt.
aa) Das Obergericht hat ausführlich dargelegt, welche Manipulationen S._ und seinen Komplizen nach den Rechtshilfeersuchen vorgeworfen werden (vgl. angefochtener Entscheid S. 7-11); es ist zum Ergebnis gekommen, die beteiligten Effektenhändler hätten hierdurch den objektiven Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung nach schweizerischem Strafrecht erfüllt: Sie seien mit der Verwaltung von Vermögenswerten ihrer Arbeitgeberin bzw. deren Kunden betraut gewesen und hätten somit zu dem in <ref-law> umschriebenen Täterkreis gehört. In ihrer Funktion als Geschäftsführer hätten sie ihre arbeitsvertraglich begründeten Pflichten verletzt, indem sie gegen eine finanzielle Beteiligung unzulässige, nicht im Interesse ihrer Arbeitgeberin liegende Absprachen mit S._ getroffen hätten, die es den an den Geschäften Beteiligten (S._ und den von ihm beherrschten juristischen Personen) ermöglicht habe, Gewinne zu erzielen, die bei korrektem Vorgehen der Arbeitgeberin des Effektenhändlers bzw. deren Kunden zugute gekommen wären. Hierdurch sei den Banken oder Finanzinstituten bzw. deren Kunden ein Schaden in Form der Nichtvermehrung von Aktiven entstanden, weil ihnen hinreichend konkretisierte, von den Tarnfirmen S._ effektiv realisierte Gewinne entgangen seien.
bb) Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers enthält schon das Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 einen ausdrücklichen Hinweis auf einen Schaden der Banken und Finanzinstitute, für welche die mit S._ verbundenen Effektenhändler tätig waren: Es geht davon aus, dass die ehemaligen UBS-Angestellten X._ und Y._ gegen Bezahlung von S._ zum Nachteil der UBS gehandelt hätten (vgl. S. 9 der deutschen Übersetzung). Diese Annahme wird im bereits genannten Übersichtsprotokoll des FIOD vom 20. Januar 1999 (act. 5/30. 20 S. 58; Beilage zum Rechtshilfeersuchen "Schweiz IV") bestätigt: Darin wird ein Beispiel für den vermutlichen Verlauf einer Effektentransaktion geschildert und erklärt, der Gewinn von S._ (bzw. seiner Tarnfirmen) bei steigenden Kursen gehe im Grunde zu Lasten des Endkäufers; dieser trage auch den Verlust bei ungünstiger Entwicklung des Tageskurses, da er die Effekten zu einem zu hohen Kurs (dem höheren Kurs des Vormittags statt dem niedrigeren Kurs am Nachmittag) kaufe.
Hinzuweisen ist auch auf die detaillierten Ausführungen des Rechtshilfeersuchens vom 8. Dezember 1998 zur vermuteten Auszahlung von Gewinnbeteiligungen bzw. "Bestechungsgeldern" an die UBS-Angestellten X._ und Y._: Waren diese arbeitsvertraglich zur Ablieferung derartiger Zahlungen verpflichtet, besteht ein Schaden der Bank bereits in Höhe der jeweiligen Zahlungen (unveröffentlichter Entscheid i.S. A. vom 9. Mai 1995, E. 2b); ansonsten besteht zumindest die Vermutung, dass der in die eigene Tasche geflossene Gewinn zu Lasten der Arbeitgeberin UBS bzw. deren Kunden ging (vgl. dazu unveröffentlichter Entscheid i.S. F. vom 6. Mai 1997, E. 4c [1A. 27/1993]).
Damit wird - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - sowohl im angefochtenen Entscheid als auch in den niederländischen Rechtshilfeersuchen und ihren Beilagen ein pflichtwidriges Handeln und ein Schaden (im Sinne eines entgangenen Gewinns) dargetan.
cc) Zwar trifft es zu, dass die UBS AG in ihrer internen Untersuchung über die mit der A._ und S._ getätigten "Warrant"-Geschäfte in den Jahren 1992-1997 keine Unregelmässigkeiten nachweisen konnte. Das Memorandum der UBS AG zählt aber eine ganze Reihe von Merkmalen der untersuchten Transaktionen auf, die ungewöhnlich sind und geeignet sein könnten, den Verdacht der niederländischen Ermittlungsbehörden zu stützen: So seien z.B. alle an A._ verkauften Warrants von der UBS zurückgekauft worden; nach Durchführung der internen Untersuchung sei der Umfang des Handels des kontrollierten Händlers mit A._ stark zurückgegangen; die mit A._ vereinbarten Preise seien für diese vorteilhaft gewesen, wenn sie auch in Anbetracht des grossen Auftragsvolumens noch innerhalb der Toleranzschwelle gelegen hätten; die von A._ erzielten Gewinne seien bedeutsam gewesen und hätten in keinem vernünftigen Verhältnis zu den im gleichen Zeitraum erzielten Verlusten gestanden. Dieses Ergebnis der internen Untersuchung erscheint durchaus plausibel, wenn man berücksichtigt, dass S._ und die mit ihm verbundenen Effektenhändler unter Ausnützung der Kursbandbreiten und unter Verwendung sehr geringer Gewinnspannen (bei erheblichen Auftragsvolumen) gehandelt haben sollen; das Ermittlungsprotokoll des FIOD vom 20. Januar 1999 (S. 58) beurteilt deshalb das Risiko, bei diesem System entdeckt zu werden, als minimal und meint, es sei fast ausgeschlossen, ohne Erklärung eines direkt Beteiligten dahinter zu kommen.
Es wird daher Sache der niederländischen Behörden sein, unter Einbezug der Ergebnisse der internen Untersuchung der UBS und der Vorbringen des Beschwerdeführers darüber zu entscheiden, ob hinreichende Beweise für ein pflichtwidriges Verhalten und einen dadurch entstandenen Schaden vorliegen.
dd) Schliesslich ist - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - auch eine Anstiftungshandlung von S._ dargetan: Gemäss Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 sollen der Beschwerdeführer und Y._, die beide Angestellte der SBG (später: UBS AG) waren, Gelder von S._ erhalten haben; die niederländischen Behörden vermuten, dass es sich hierbei um "Bestechungsgelder" gehandelt habe, d.h. um eine Gegenleistung für pflichtwidrige Handlungen der Bankangestellten zum Nachteil der SBG/UBS.
Die Verabredung oder Inaussichtstellung derartiger Zahlungen ist eine klassische Anstiftungshandlung. Im Rechtshilfegesuch wird zwar nicht der (noch unbekannte) Zeitpunkt und Ort der Vereinbarung genannt, wohl aber werden die einzelnen Überweisungen, nach Betrag und Datum aufgeschlüsselt, dargelegt.
d) Nach dem Gesagten hat das Obergericht seiner rechtlichen Beurteilung zu Recht den in den Rechtshilfeersuchen geschilderten Sachverhalt zugrunde gelegt und angenommen, dieser erfülle die objektiven Tatbestandsmerkmale der ungetreuen Geschäftsführung nach <ref-law> bzw.
einer Anstiftung hierzu.
4.-Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die Bezirksanwaltschaft hätte auch ihm gegenüber eine neue Schlussverfügung erlassen müssen, nachdem er mitgeteilt habe, nicht zur Vertretung der B._Ltd. berechtigt zu sein. Das Vorgehen der Bezirksanwaltschaft berge die Gefahr, dass bei Abweisung seiner Beschwerde sämtliche in der Schlussverfügung vom 15. September 1999 genannten Unterlagen - einschliessliche derjenigen der B._Ltd. - an die Niederlande übermittelt würden, selbst wenn die Beschwerde der B._ gegen die ihr zugestellte neue Schlussverfügung gutgeheissen werden sollte. Zudem führe die weiter bestehende, gemeinsame Schlussverfügung vom 15. September 1999 zu einer rechtswidrigen Unklarheit, weil sich aus ihr nicht ersehen lasse, welche Akten zum Verfahren des Beschwerdeführers und welche zum Verfahren der B._ gehören. Die Vorinstanz habe sich mit diesen Argumenten nicht ausreichend auseinandergesetzt und dem Beschwerdeführer insoweit das rechtliche Gehör verweigert.
Soweit der Beschwerdeführer mit dieser Rüge die Interessen der B._Ltd. wahrnimmt, ist er hierzu nicht legitimiert (<ref-law>). Er kann daher nur rügen, die Vorgehensweise der Bezirksanwaltschaft führe auch für ihn zu einer rechtswidrigen Unklarheit über den Gegenstand der Schlussverfügung. Diese Rüge hat das Obergericht behandelt (vgl. S. 16/17 des angefochtenen Entscheids, Ziff. 3.3.) und hat zu Recht entschieden, dass es für den Rekurrenten ausreichend klar sei, welche Rechtshilfemassnahmen ihn selbst betreffen. Damit liegt weder eine Verletzung des rechtlichen Gehörs noch der rechtsstaatlichen Gebote der Rechtsklarheit und Bestimmheit vor.
5.- Schliesslich rügt der Beschwerdeführer, die Durchsuchung seiner Büroräume sei vom Rechtshilfeersuchen nicht umfasst gewesen; hierfür verweist er auf die vom Arrondissementsgericht Amsterdam erteilte Genehmigung zur Hausdurchsuchung, die nur das Grundstück an seinem Wohnorte nenne.
Die Durchsuchung seiner Büroräume sei im Rechtshilfeverfahren auch nie angeordnet worden: Sowohl die Eintretensverfügung Nr. 5 vom 26. Mai 1999 als auch der Hausdurchsuchungsbefehl vom 26. Mai 1999 beziehen sich nur auf die Privatwohnung des Beschwerdeführers. Es sei unerfindlich, wie das Obergericht aus dem Durchsuchungsprotokoll ableiten könne, er sei mit der Durchsuchung der Büroräume einverstanden gewesen:
Seine Unterschrift unter das Protokoll bestätige nur, dass er Kenntnis von der Sicherstellung und den gesetzlichen Bestimmungen erhalten habe. Die in seinem Büro rechtswidrig sichergestellten Unterlagen dürften den niederländischen Behörden daher nicht herausgegeben werden.
a) Das Obergericht nahm an, das am 25. Mai 1999 weitergeleitete Ergänzungsersuchen ("Schweiz IV") habe die Durchsuchung aller Räumlichkeiten umfasst, in denen sich der Beschwerdeführer üblicherweise aufhält und wo für die niederländische Untersuchung relevante Dokumente zu erwarten seien. Damit habe es nicht nur die eigentlichen Wohnräume, sondern auch den Arbeitsplatz des Beschwerdeführers mit gemeint, zumal dort ebenso relevante Dokumente zu vermuten waren wie in den privaten Räumlichkeiten.
Diese Argumentation überzeugt: Wie der Vergleich z.B. mit dem ersten Rechtshilfeersuchen vom 8. Dezember 1998 zeigt, verwenden die niederländischen Behörden den Begriff "Hausdurchsuchung" nicht nur für die Durchsuchung privater Räumlichkeiten, sondern z.B. auch für Durchsuchungen bei Banken oder Vermögensverwaltungen, d.h. von Geschäfts- und Büroräumen.
Es trifft allerdings zu, dass der Genehmigungsbeschluss des Arrondissementsgerichts Amsterdam unvollständig ist, weil er nur die Wohnadresse des Beschwerdeführers nennt. Dies spielt aber keine Rolle, weil Art. 14 EUeR die formellen Anforderungen an ein Rechtshilfegesuch abschliessend regelt und - im Gegensatz zu <ref-law> i.V.m. <ref-law> - keine Bescheinigung über die Zulässigkeit der Zwangsmassnahmen nach dem Recht des ersuchenden Staates verlangt (unveröffentlichter Entscheid i.S. W. vom 18. April 1996 E. 2; Robert Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, Bern 1999, Rz. 164 S. 122).
b) Innerstaatlich ist - insoweit ist dem Beschwerdeführer zuzustimmen - die Durchsuchung seines Arbeitsplatzes in Zürich nicht formell verfügt worden. Das vom Beschwerdeführer unterschriebene Hausdurchsuchungsprotokoll der Kantonspolizei Zürich vom 1. Juni 1999 enthält jedoch den Vermerk, X._ sei "mit der Durchsuchung seines Arbeitsplatzes einverstanden" gewesen. Daraus durfte das Obergericht ohne Willkür schliessen, der Beschwerdeführer habe dieser Durchsuchung zugestimmt und somit auf eine vorgängige formelle Ausdehnung des Hausdurchsuchungsbefehls verzichtet.
6.-Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei den Kostenfolgen ist einerseits zu berücksichtigen, dass das Obergericht durch einen Verfahrensfehler zur Beschwerde Anlass gegeben hat; andererseits aber hat sich der Beschwerdeführer nicht auf einen Rückweisungsantrag beschränkt, sondern einen Sachentscheid des Bundesgerichts verlangt.
Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten zu reduzieren (Art. 156 Abs. 1 und 3 OG). Dagegen steht dem Beschwerdeführer keine Parteientschädigung zu, da er in der Sache unterliegt (Art. 159 OG; vgl. zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil i.S. G. vom 22. Mai 2000, E. 5).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die reduzierte Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bezirksanwaltschaft IV für den Kanton Zürich, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, sowie dem Bundesamt für Justiz, Abteilung internationale Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 18. Juli 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTSDas präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin: