Sachverhalt:
A. A._ (geb. 1969) ist die Mutter dreier Kinder, E._ (geb. 1992), B._ (geb. 1996) und C._ (geb. 2004). Bereits im Jahre 2004 wurde für alle Kinder eine Erziehungsbeistandschaft nach <ref-law> errichtet. Mit Beschluss der Vormundschaftsbehörde F._ vom 18. November 2008 wurde der Mutter die Obhut über die Tochter E._ entzogen. In Würdigung mehrerer Beistandschaftsberichte eines Gutachtens der Kantonalen Erziehungsberatung, besonderer Vorkommnisse sowie nach Anhörung von A._ entschied die Vormundschaftsbehörde F._, der Mutter die Obhut über ihre beiden Kinder B._ und C._ zu entziehen und die beiden Kinder in einem Jugendheim unterzubringen. Sodann beauftragte sie den Beistand, das Besuchs- und Ferienrecht gegenüber den Eltern in Absprache mit der Institution zu regeln (Präsidialbeschluss vom 15. Juli 2009).
B. Dem von A._ gegen diesen Präsidialbeschluss ergriffenen Rechtsmittel war kein Erfolg beschieden; die Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehung des Kantons Bern wies deren Rekurs vollumfänglich ab. Das Urteilsdispositiv wurde am 7. August 2009 mündlich und schriftlich eröffnet; die schriftliche Begründung datiert vom 12. August 2009. Grundlage dieses Urteils waren nebst den Vorakten zwei neuere Polizeiberichte und eine Befragung des B._ am 7. August 2009; A._ konnte sich an der Rekursverhandlung äussern.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 8. August 2009 gelangt A._ (nachfolgend Beschwerdeführerin) an das Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des Entscheids der kantonalen Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehung vom 7. August 2009, die Wiedererteilung der Obhut über den Sohn B._ und die Tochter C._ sowie die Aufhebung der Massnahme gemäss <ref-law>; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Verfügung vom 25. August 2009 hat die Präsidentin der II. Zivilrechtliche Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Zur Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG), mit dem in einem vormundschaftlichen Verfahren ein Obhutsentzug und eine Einweisung in ein Kinderheim verfügt wurden. Als sorgeberechtigte Mutter ist diese zur Beschwerde befugt. Somit erweist sich die bereits vor Fristbeginn und damit rechtzeitig (<ref-ruling> E. 2 S. 286) ergriffene Beschwerde in Zivilsachen dem Grundsatze nach als zulässig.
1.2 Nach den Erwägungen des angefochtenen Entscheids ist der Beschwerdeführerin die elterliche Obhut entzogen und sind die Kinder in ein Heim eingewiesen worden, weil bei einer solchen Institution eine spätere Rückkehr der Kinder zur Mutter eher möglich sei. Damit sollen die angeordneten Massnahmen letztlich vorübergehender Natur sein. Indessen ergibt sich nichts, was darauf schliessen liesse, dass es sich um vorsorgliche Massnahme im Sinne von <ref-law> handeln würde.
1.3 Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Unter diese fallen auch verfassungsmässige Rechte des Bundes (<ref-ruling> E. 1 S. 203).
Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidgründen vorgebracht werden, genügen nicht (<ref-ruling> E. 3 S. 749; Urteil 5A_92/2008 vom 25. Juni 2008, E. 2.3). Ebenso wenig genügt, wenn der Beschwerdeführer in der Beschwerdeschrift bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigt (vgl. <ref-ruling> E. 2.3) oder wenn er im Wesentlichen einfach das Gegenteil von dem behauptet, was die Vorinstanz erwogen hat (Urteil 5A_90/2009 vom 24. August 2009, E. 3.2). Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - geltend gemacht wird (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen muss die Beschwerdeschrift die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. 2.1 Im angefochtenen Entscheid wird in der Hauptsache ausgeführt (E. 2 S. 9/10), wenn B._ und C._ bei der Beschwerdeführerin verblieben, sei zumindest ihre schulische Entwicklung gefährdet, da die Mutter sie nicht genügend unterstützen könne. Die sozialpädagogische Familienhilfe, von welcher sie zwei Jahre lang unterstützt worden sei, betrachte sie als Einmischung. Zudem sei sie nicht fähig, in auswegslosen Situationen Hilfe zu holen. In diesem Zusammenhang sei beispielsweise darauf hinzuweisen, dass die Beschwerdeführerin die fristlose Kündigung ihrer Wohnung aufgrund der Ferienabwesenheit ihrer Anwältin nicht angefochten bzw. überhaupt nicht darauf reagiert habe. Die Beschwerdeführerin selber wäre auch auf Hilfe angewiesen. Allerdings sehe sie dies nicht ein, da sie sich nicht mit ihren Problemen und denjenigen ihrer Familie auseinandersetze. Aus diesem Grund komme die Rekurskommission zum Schluss, die Kinder jetzt zu platzieren und der Beschwerdeführerin Zeit zu geben, die Wohnsituation zu klären, sich psychiatrische Hilfe zu besorgen und sich ein soziales Netz und eine Tagesstruktur aufzubauen, damit sie bei späteren Vorfällen wisse, woher sie Hilfe bekommen könne. Seit Oktober 2008 seien mildere Massnahmen geprüft worden, allerdings sei keine erfolgreich gewesen. Mittlerweile könne die Gefährdung der Kinder nicht mehr anders als mittels Obhutsentzug abgewendet werden.
Die Vorinstanz fährt fort, eine Platzierung von B._ und C._ im Kinder- und Jugendheim G._ in H._ erscheine als ideale Lösung, da es sich hier um eine eher offene Institution handle, in welcher die Kinder betreut und entsprechend gefördert würden, andererseits aber auch den Kontakt zu ihrer Mutter nicht verlören, da sie jedes Wochenende sowie die Ferien bei ihr verbringen könnten. Bei einer solchen Institution werde eine spätere Rückkehr der Kinder zur Mutter eher möglich werden.
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt u.a. die Verletzung von <ref-law> wegen fehlender Anhörung der Tochter C._. Es rechtfertigt sich, diese Rüge in Analogie zur Rechtsprechung, wonach eine Missachtung des rechtlichen Gehörs wegen dessen formellen Natur vorab zu prüfen ist, vorweg zu behandeln.
2.3 Gemäss <ref-law> ist ein Kind vor dem Erlass von Kindesschutzmassnahmen in geeigneter Weise durch die vormundschaftliche Behörde oder durch eine beauftragte Drittperson persönlich anzuhören, soweit nicht sein Alter oder andere wichtige Gründe dagegen sprechen. Diese Norm statuiert nicht nur ein Recht des Kindes auf, sondern auch eine Pflicht der Behörden zur Anhörung, und die Anhörung des Kindes ist nicht allein Ausfluss seiner Persönlichkeit, sondern sie dient auch zur Klärung des Sachverhalts. Was den Ausschlussgrund des Alters anbelangt, hat das Bundesgericht im Sinn einer Richtlinie festgehalten, dass eine Pflicht zur Anhörung (erst) ab dem vollendeten sechsten Altersjahr besteht (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 557). Je nach den konkreten Umständen könnte auch die Anhörung eines etwas jüngeren Kindes in Frage kommen, etwa wenn von mehreren Geschwistern das jüngste kurz vor dem genannten Schwellenalter steht.
2.4 In den vorinstanzlichen Erwägungen finden sich keine Ausführungen zur Anhörung von C._. Diese wurde gar nicht erst thematisiert, denn offensichtlich gingen sowohl das Obergericht als auch die Beschwerdeführerin - sie hat vor keiner der bisherigen Instanzen auch nur sinngemäss einen entsprechenden Antrag gestellt - davon aus, C._ sei hierfür zu jung.
2.5 Die am 8. November 2004 geborene C._ hat das sechste Altersjahr noch nicht vollendet; sie erreicht das von der Rechtsprechung definierte Schwellenalter nicht. Zudem gibt die Beschwerdeführerin keine Gründe an, weshalb C._ trotzdem hätte angehört werden müssen. Das Obergericht hat deshalb kein Bundesrecht verletzt, wenn es die Frage der Kindesanhörung nicht thematisierte und auf eine Anhörung von C._ verzichtete.
3. Mit Bezug auf den Sohn B._ rügt die Beschwerdeführerin die Verletzung von Art. 307 und 310 ZGB, indem das Obergericht eine weitergehende Massnahme getroffen habe, als es für das Wohl des Kindes erforderlich gewesen wäre. Dabei bezieht sie sich ausschliesslich auf das Gutachten vom 29. Oktober 2008, den Bericht der Amtsvormundschaft vom 15. Januar 2009 sowie auf die Aussagen des B._ anlässlich seiner Anhörung. Mit den Erwägungen des Obergerichts, das sich vor allem auf die neuesten Entwicklungen abstützt, namentlich feststellt, dass die bisher getroffenen, milderen Massnahmen nicht erfolgreich waren und der Beschwerdeführerin Zeit geben will, die Wohnsituation zu klären, sich psychiatrische Hilfe zu besorgen und sich ein soziales Netz und eine Tagesstruktur aufzubauen, setzt sich die Beschwerdeführerin dagegen nicht auseinander.
Das Erfordernis der Auseinandersetzung mit den Erwägungen der Vorinstanz (E. 1.3) ist gerade dort von besonderer Bedeutung, wenn die Vorinstanz - wie hier und namentlich mit Bezug auf die Würdigung des Sachverhalts - über ein erhebliches Ermessen verfügt. Wohl überprüft das Bundesgericht Ermessensentscheide kantonaler Instanzen an sich frei. Es übt aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Rechtsprechung und Lehre anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn sie Gesichtspunkte berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätte spielen dürfen, oder wenn Umstände nicht in Betracht gezogen worden sind, die hätten beachtet werden müssen. Das Bundesgericht greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 4 S. 432; s. auch Urteil 5A_726/2008 vom 19. Dezember 2008, E. 3.2).
Die Beschwerdeschrift enthält keine Ausführungen, inwiefern das Obergericht mit seinen Erwägungen das ihm zustehende Ermessen missbraucht oder überschritten haben soll. Die Rüge ist ungenügend begründet, weshalb nicht auf sie eingetreten werden kann (s. E. 1.3).
4. 4.1 Soweit die Tochter C._ betreffend, rügt die Beschwerdeführerin ebenfalls Unangemessenheit der getroffenen Massnahmen; im Gutachten vom 29. Oktober 2008 werde keine Gefährdung von C._ dargetan. Sodann erachtet sie die Erstellung eines neuen Gutachtens als angezeigt und rügt damit sinngemäss die Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>).
4.2 Im Bereich des Kindesschutzes, wo die uneingeschränkte Untersuchungsmaxime gilt, kann die zuständige Behörde nach eigenem Ermessen Beweise erheben und von sich aus Berichte einholen, auch wenn das im kantonalen Verfahrensrecht nicht ausdrücklich vorgesehen ist; massgebend ist in erster Linie das Wohl des Kindes (<ref-ruling> E. 4a S. 55; vgl. auch 128 III 411 E. 3.2.1 S. 413 und 131 III 553 E. 1.1). Auch wenn Fragen rund um den persönlichen Verkehr zwischen einem Elternteil und seinem Kind zu beantworten sind, liegt es deshalb im pflichtgemässen Ermessen des Gerichts, ob ein kinderpsychiatrisches oder kinderpsychologisches Gutachten einzuholen ist. Kann der massgebliche Sachverhalt auf andere Weise abgeklärt werden, so erweist sich der Verzicht auf die Anordnung eines Gutachtens nicht als bundesrechtswidrig. Die Geltung der Untersuchungsmaxime schliesst eine willkürfreie antizipierte Beweiswürdigung nicht aus (<ref-ruling> E. 2b S. 201).
4.3 Das Obergericht hat den Antrag der Beschwerdeführerin auf Erstellung eines neuen Gutachtens geprüft und mit der Begründung verworfen, es sei kein Grund ersichtlich, weshalb bereits so kurz nach dem Gutachten vom 29. Oktober 2008 wieder ein neues Gutachten angefertigt werden solle. Immerhin hielt der Gutachter fest, es bestünden erhebliche Zweifel, ob die Beschwerdeführerin das Kindeswohl von C._ wahrnehmen könne. Aus kinderpsychologischer Sicht sei es zwar verfrüht, Mutter und Kind zu trennen, sobald sich aber das Kindeswohl verschlechtere, sei die Platzierung in einer Pflegefamilie zu erwägen.
4.4 Die Beschwerdeführerin gibt keine Gründe an, weshalb das fragliche Gutachten keine Grundlage mehr für den obergerichtlichen Entscheid sein kann. Ebenso wenig legt sie dar, inwiefern das Obergericht mit seiner tatsächlichen Feststellung, wonach sich die Verhältnisse verschlechtert und die bisher angeordneten Massnahmen keine Remedur geschaffen hätten, in Willkür verfallen sein könnte. Hinsichtlich der Angemessenheit der getroffenen Massnahmen gilt das zum Sohn B._ Ausgeführte (s. E. 3 oben).
Die Beschwerdeführerin unterlässt es, sich mit den Erwägungen des Obergerichts auseinanderzusetzen, weshalb auch in diesem Punkt nicht auf die Beschwerde eingetreten werden kann.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Damit wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Als öffentlich-rechtliche Organisation, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis handelt, ist die Beschwerdegegnerin nicht entschädigungsberechtigt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. September 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Schett