Faits:
A. B._, née en 1937, est au bénéfice de prestations complémentaires depuis 1999 (décisions du 9 mars 2001). Le 14 juillet 2004, elle a demandé un réexamen de son droit. L'Office cantonal des personnes âgées (ci-après: l'OCPA) a statué sur sa requête par trois décisions du 13 avril 2005, contre lesquelles l'assurée a formé opposition en alléguant qu'il n'avait pas été tenu compte du fait qu'elle habitait l'immeuble dont elle est propriétaire.
Par décisions du 5 octobre 2007, l'OCPA a admis partiellement l'opposition de B._ en recalculant son droit aux prestations complémentaires sur la base d'un loyer correspondant à la valeur locative brute de l'immeuble habité. Suivant l'indication des voies de droit donnée par l'administration, l'assurée s'est opposée à ces décisions le 4 novembre suivant, en invoquant le fait que la valeur locative à prendre en compte était la valeur locative valable pour l'impôt cantonal et non pas celle de l'impôt fédéral direct. De plus, le montant retenu au titre de la fortune immobilière était contesté.
B. Par courrier du 26 juin 2008, le Service des prestations complémentaires (ci-après: le SPC; anciennement l'OCPA) a transmis l'affaire au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales comme objet de sa compétence. Celui-ci a, par jugement du 12 mars 2009, admis le recours pour la période postérieure au 1er juillet 2004, annulé les décisions du 5 octobre 2007 et renvoyé l'affaire à l'administration pour recalculer les prestations dues à B._. L'autorité cantonale a retenu que la valeur locative déterminante était celle de l'impôt cantonal et non celle valable pour l'impôt fédéral direct.
C. Le SPC interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation.
L'assurée conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés par le recourant, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut le rejeter en adoptant une argumentation différente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140).
1.2 Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
2. En instance fédérale, le litige porte uniquement sur la question de savoir si, pour calculer le revenu déterminant, le produit de la fortune immobilière résultant de l'occupation d'un appartement par le propriétaire correspond à la valeur locative avec abattement retenue pour l'imposition cantonale ou à la valeur locative brute.
3. La loi fédérale du 6 octobre 2006 sur les prestations complémentaires à l'AVS et à l'AI (LPC; RS 831.30) est entrée en vigueur le 1er janvier 2008. Elle abroge et remplace la loi fédérale du 19 mars 1965 sur les prestations complémentaires à l'AVS et à l'AI (aLPC). L'ancienne loi est applicable en l'espèce puisque la présente procédure porte sur les prestations pour la période allant du 1er juillet 2004 au 31 décembre 2006 ainsi que dès le 1er janvier 2007, la décision pour 2007 n'ayant qu'une portée limitée à l'année en cause (<ref-ruling> consid. 3 p. 40 s.; ATFA 1969 p. 246 consid. 2; Meyer-Blaser, Die Anpassung von Ergänzungsleistungen wegen Sachverhaltsveränderungen in: Revision von Dauerleistungen in der Sozialversicherung, Schweizerisches Institut für Verwaltungskurse, St-Gall 1999, p.33).
4. Aux termes de l'art. 3c al. 1 let. b aLPC, les revenus déterminants comprennent, entre autres éléments, le produit de la fortune immobilière. Selon l'art. 12 al. 1 de l'ordonnance du 15 janvier 1971 sur les prestations complémentaires à l'AVS et à l'AI (OPC-AVS/AI; RS 831.301), la valeur locative du logement occupé par le propriétaire ou l'usufruitier ainsi que le revenu provenant de la sous-location sont estimés selon les critères de la législation sur l'impôt cantonal direct du canton de domicile. En l'absence de tels critères, ceux relatifs à l'impôt fédéral direct sont déterminants (<ref-law>).
L'art. 7 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) prescrit d'imposer la valeur locative. S'agissant de la détermination de celle-ci, la LHID ne pose pas d'exigences allant au-delà des limites fixées par les normes constitutionnelles, en particulier par le principe d'égalité de traitement entre les propriétaires et les locataires. Les cantons disposent ainsi d'une certaine marge de man?uvre dans la fixation de la valeur locative qui ne saurait toutefois, dans chaque cas particulier, être inférieure à 60% des loyers du marché (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 381).
5. 5.1 L'art. 7 al. 2 de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP-IV; RSG D 3 14) prévoit que «la valeur locative est déterminée en tenant compte des conditions locales. Le loyer théorique des villas et des appartements en copropriété par étages occupés par leur propriétaire est fixé en fonction notamment de la surface habitable, du nombre de pièces, de l'aménagement, de la vétusté, de l'ancienneté, des nuisances éventuelles et de la situation du logement». La valeur locative d'un logement occupé par son propriétaire correspond à la somme que celui-ci devrait verser pour louer un bien de même nature ou encore au montant qu'il pourrait obtenir en louant son immeuble à un tiers («www.ge.ch/impots/article/
afc/classement/particuliersoumisadeclaration», consulté le 3 juillet 2009).
Sur la base de ces critères, l'administration fiscale genevoise a fixé la valeur locative brute de la maison occupée par l'intimée à 14'760 francs.
5.2 Selon l'art. 7 al. 2, troisième phrase, LIPP-IV, le loyer théorique est pondéré par la durée d'occupation continue de l'immeuble conformément au barème applicable en matière d'évaluation des immeubles situés dans le canton. Sur cette base, le fisc genevois précise que la valeur locative pour l'impôt cantonal et communal fait l'objet d'un abattement de 4% par année d'occupation continue par le même propriétaire ou usufruitier jusqu'à concurrence de 40% («www.ge.ch/
impots/article/afc/classement/particuliersoumisadeclaration», consulté le 3 juillet 2009).
Il a ainsi retenu un taux d'abattement de 40% et a fixé la valeur locative valable pour les impôts cantonaux et communaux à 8'856 francs.
6. En l'espèce, il y a lieu de constater qu'en soi, l'abattement maximum possible selon l'art 7 al. 2, troisième phrase, LIPP-IV ne contrevient pas aux règles fixées par le Tribunal fédéral en vue de maintenir l'égalité de traitement entre les propriétaires et les locataires (cf. consid. 4 in fine).
7. Reste à examiner si le fait de prendre en compte une valeur locative incluant un abattement de 4% par année d'occupation de l'appartement, avec un maximum de 40%, est admissible.
Comme déjà mentionné (cf. consid. 4 et 5), le droit régissant le domaine des prestations complémentaires renvoie, sur certains points particuliers, au droit applicable en matière fiscale. L'abattement en fonction de la durée continue d'occupation prévu par la législation genevoise est certes un élément essentiel du droit fiscal dans le sens où il permet notamment de décourager les transactions à but purement spéculatif. Cependant, le renvoi à des notions spécifiques appartenant à un autre domaine du droit ne saurait impliquer nécessairement l'application de tous les principes développés dans le cadre de la notion de référence dans la mesure où lesdits principes pourraient être contraires au but recherché. Ainsi, selon l'art. 112a de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), le but des prestations complémentaires est de venir en aide aux personnes âgées ou invalides qui ne peuvent pas couvrir leurs besoins vitaux. Or, dans ce contexte, on ne voit pas en quoi l'application de l'abattement mentionné permettrait d'atteindre l'objectif poursuivi. Au contraire, la manière de voir de la juridiction cantonale reviendrait à influencer artificiellement le cercle des bénéficiaires de prestations complémentaires puisque, pour une situation financière identique, la seule durée continue d'occupation d'un logement par son propriétaire pourrait déterminer l'octroi ou le refus de prestations, ce qui est totalement étranger à la nécessité de couvrir les besoins vitaux des personnes âgées ou invalides et, au demeurant, serait contraire au principe d'égalité de traitement.
Il résulte de ce qui précède que le SPC a à juste titre pris en compte la valeur locative brute pour calculer les revenus déterminants de l'intimée. Le recours doit donc être admis et le jugement cantonal annulé.
8. Le recourant obtient gain de cause. La procédure étant onéreuse, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimée qui succombe (art. 66 al. 1, première phrase, LTF en corrélation avec l'art. 65 al. 2 et 3 let. b LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement du Tribunal cantonal genevois des assurances sociales du 12 mars 2009 est annulé.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 30 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Cretton