Sachverhalt:
A. Nach dem Rapport der Stadtpolizei Zürich vom 20. Oktober 2009 spielte sich am 29. September 2009, um ca. 08:15 Uhr, Folgendes ab:
X._ bog am Steuer seines Personenwagens aus der Tiefgarage des Gebäudes B._ auf die Seefeldstrasse ein, wobei er wegen Bauarbeiten ca. 20 m dem Trottoir entlang fahren musste, bis er auf die Fahrbahn der Seefeldstrasse wechseln konnte. Danach habe er massiv beschleunigt und sei mit quietschenden Reifen um Arbeiter und einen Strassengraben herumgekurvt. Kurz danach habe er am Rotlicht bei der Verzeigung Höschgasse anhalten müssen. Als ihn die Arbeiter wegen seiner Fahrweise zur Rede stellen wollten, habe er sich bedroht gefühlt und habe, nach dem Wechsel der Ampel auf "Grün", wiederum massiv beschleunigt ("Kavaliersstart") und dabei dem sich auf dem Fussgängerstreifen befindenden A._ den Vortritt abgeschnitten.
Gestützt auf diesen Sachverhalt verurteilte das Stadtrichteramt der Stadt Zürich X._ am 15. Januar 2010
"wegen Nichtanpassens der Geschwindigkeit an die Strassenverhältnisse als Lenker des Personenwagens Porsche ZH xxxxxx, auf der Seefeldstrasse in Zürich 8, Fahrtrichtung Zollikerstrasse, wo Bauarbeiter auf der Baustelle beschäftigt waren;
ferner wegen Nichtgewährens des Vortritts gegenüber einem Passanten auf dem Fussgängerstreifen, unmittelbar nach dem Abbiegen bei der Lichtsignalanlage Höhe Verzweigung Seefeldstrasse/Höschgasse in Zürich 8;
zudem wegen Verursachens von vermeidbarem Lärm, indem der Verzeigte auf der Seefeldstrasse an der genannten Kreuzung sein Fahrzeug dermassen beschleunigte, dass die Reifen quietschten, am 29. September 2009, um 08.15 Uhr;"
in Anwendung von Art. 90 Ziff. 1 SVG zu einer Busse von Fr. 400.--. Der Strafbefehl blieb unangefochten.
B. Am 16. September 2010 teilte das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich X._ mit, dass es wegen des Vorfalls vom 29. September 2009 ein Administrativverfahren einleite.
Am 1. November 2010 entzog das Strassenverkehrsamt X._ den Führerausweis wegen mittelschwerer Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften im Sinn von Art. 16b Abs. 1 lit. a SVG und Art. 16b Abs. 2 lit. a SVG für einen Monat.
Am 4. November 2011 wies die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich den Rekurs von X._ gegen den Führerausweisentzug ab.
Am 19. März 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen diesen Rekursentscheid ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben, oder es eventuell aufzuheben und die Sache zur Feststellung des Sachverhalts und neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuschicken oder ihn subeventuell zu verwarnen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zukommen zu lassen.
D. Am 6. Juni 2012 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
E. Das Strassenverkehrsamt, das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragen, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. BGG offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (Art. 83 BGG). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss Art. 16a SVG begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss Art. 16b SVG begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von Art. 90 Ziff. 1 SVG als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (Art. 16 Abs. 3 SVG).
2.2 Ein Strafurteil vermag die Verwaltungsbehörde grundsätzlich nicht zu binden. Allerdings gebietet der Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung, widersprüchliche Entscheide im Rahmen des Möglichen zu vermeiden, weshalb die Verwaltungsbehörde beim Entscheid über die Massnahme von den tatsächlichen Feststellungen des Strafrichters nur abweichen darf, wenn sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafrichter unbekannt waren, wenn sie zusätzliche Beweise erhebt oder wenn der Strafrichter bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht alle Rechtsfragen abgeklärt, namentlich die Verletzung bestimmter Verkehrsregeln übersehen hat. In der rechtlichen Würdigung des Sachverhalts - namentlich auch des Verschuldens - ist die Verwaltungsbehörde demgegenüber frei, ausser die rechtliche Qualifikation hängt stark von der Würdigung von Tatsachen ab, die der Strafrichter besser kennt, etwa weil er den Beschuldigten persönlich einvernommen hat (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> nicht publ. E. 3a; <ref-ruling> E. 1c/aa und bb).
3. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines rechtlichen Gehörs. Das Verwaltungsgericht sei davon ausgegangen, dass ihm die Sicherheitsdirektion die Rekursvernehmlassung des Strassenverkehrsamts vom 7. Januar 2011 nicht zugestellt und dadurch sein rechtliches Gehör verletzt habe. Es sei jedoch zu Unrecht zur Auffassung gelangt, diese Gehörsverletzung sei im verwaltungsgerichtlichen Verfahren geheilt worden.
3.1 Die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör führt in der Regel ohne Weiteres zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen). Wiegt die Verletzung indessen nicht besonders schwer, so kann sie im Verfahren vor einer Rechtsmittelinstanz mit freier Kognition hinsichtlich Sachverhalt und Rechtslage ausnahmsweise geheilt werden, soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu einer unnötigen Verfahrensverzögerung führen würde, die mit dem Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (BGE a.a.O. E. 2.3.2 S. 197 f. mit Hinweisen).
3.2 Das Verwaltungsgericht führt im angefochtenen Entscheid (E. 2 S. 4) aus, die Gehörsverletzung wiege nicht schwer, da die betreffende Rekursvernehmlassung des Strassenverkehrsamts im Vergleich zu seiner Entzugsverfügung lediglich zwei ergänzende Bemerkungen bzw. Wiederholungen enthalte. Nachdem es diese dem Beschwerdeführer zur nachträglichen Stellungnahme zugestellt habe, könne sie als geheilt betrachtet werden, da es in dieser keine Ermessensfragen aufwerfenden Streitsache über die gleiche Kognition verfüge wie die Vorinstanz.
3.3 In seiner umstrittenen Rekursvernehmlassung brachte das Strassenverkehrsamt keine neuen wesentlichen Gesichtspunkte ein, die geeignet gewesen wären, das Verfahren massgebend zu beeinflussen. Auch wenn die apodiktische Feststellung des Verwaltungsgerichts, im vorliegenden Verfahren würden sich keine Ermessensfragen stellen - bei deren Beantwortung seine Kognition nach den §§ 20 und 50 des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 enger wäre als diejenige der Sicherheitsdirektion, was eine Heilung ausschlösse -, in dieser absoluten Form nicht zutreffen mag, so beziehen sich die beiden Bemerkungen in der umstrittenen Rekursvernehmlassung jedenfalls auf Sachverhalts- und Rechts-, nicht aber auf Ermessensfragen. Es ist weder dargetan noch ersichtlich, dass dem Beschwerdeführer aus dem Umstand, dass er sich erst im verwaltungsgerichtlichen Verfahren zur Rekursvernehmlassung des Strassenverkehrsamts äussern konnte, ein Nachteil erwachsen wäre. Das Verwaltungsgericht konnte somit die Gehörsverletzung der Sicherheitsdirektion ohne Verfassungsverletzung heilen.
4. Der Beschwerdeführer wirft dem Verwaltungsgericht vor, den Sachverhalt unrichtig festgestellt haben. Es sei davon ausgegangen, dem Stadtrichter sei bekannt gewesen, dass er sich von den auf ihn zustürmenden Bauarbeitern bedroht gefühlt und sich dem drohenden Angriff durch einen Blitzstart entzogen habe, auch wenn der Strafverfügung vom 15. Januar 2010 dazu nichts zu entnehmen sei. Da die Strafverfügung keine Begründung enthalte, lasse sich gerade nicht beurteilen, ob der Stadtrichter das Vorliegen einer Notstandssituation bzw. einer Putativnotstandssituation geprüft habe.
Der Einwand ist unbegründet. Dem Stadtrichter war nach der Sachverhaltsdarstellung im Polizeirapport (vorn A. S. 2) durchaus bekannt, dass sich der Beschwerdeführer in der zweiten Phase des Vorfalls, in der er nach dem Wechsel der Ampel von "Rot" auf "Grün" stark beschleunigte und den Vortritt eines Fussgängers missachtete, bedroht gefühlt haben will. Er schloss indessen offensichtlich aus, dass sich der Beschwerdeführer in einer Notstandssituation befand oder irrtümlich davon ausging, sich in einer solchen zu befinden. Das ergibt sich klarerweise daraus, dass sich die Strafverfügung nicht auf die einschlägigen Bestimmungen über den Notstand - Art. 17 f. StGB - stützt. Zudem wäre auch die Höhe der Busse mit der Annahme von Notstand kaum vereinbar. Indem der Beschwerdeführer die Strafverfügung in Rechtskraft erwachsen liess, hat er somit auch akzeptiert, sich nicht in einer Notstandssituation befunden zu haben. Darauf kann er im Verwaltungsverfahren nicht mehr zurückkommen und behaupten, bei einer willkürfreien Feststellung des Sachverhalts müsste ihm zugebilligt werden, sich in einer echten oder irrtümlich in einer vermeintlichen Notstandssituation befunden zu haben.
5. Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe Bundesrecht verletzt, indem es von einer mittelschweren anstatt einer leichten Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften ausgegangen sei. Ein Augenschein hätte gezeigt, dass die Ampel für den Fussgänger auf "Rot" gestanden habe, als er losgefahren sei. Damit habe er diesen nicht ernsthaft gefährdet, und es sei nur von einer leichten Verkehrsregelverletzung auszugehen. Selbst wenn der Fussgänger die Strasse bei "Grün" betreten hätte, wäre aber höchstens von einer leichten Gefährdung auszugehen, da der Abstand zwischen ihm und seinem Fahrzeug 2 m betragen habe. Die Ausführungen des Verwaltungsgerichts, an seiner Beurteilung des Vorfalls als mittelschwere Verletzung der Verkehrsvorschriften würde sich auch bei Annahme eines Putativnotstands nichts ändern, seien falsch. Bei Annahme von Putativnotstand sei der Täter nach seiner Vorstellung zu beurteilen, was nicht nur zur Reduktion des Verschuldens, sondern zur Rechtfertigung der zur Diskussion stehenden Rechtsverletzung und damit Verzicht auf einen Entzug führen müsste.
Der Stadtrichter ist aufgrund des Polizeirapports davon ausgegangen, dass die Lichtsignalanlage für den Beschwerdeführer und A._ gleichzeitig auf "Grün" schaltete, dass indessen der nach links abbiegende Beschwerdeführer wegen des gelb blinkenden Warnlichts gegenüber dem die Fahrbahn auf dem Fussgängerstreifen überquerenden Fussgänger vortrittsbelastet war und diesem den Vortritt abschnitt. Der Beschwerdeführer hat die entsprechende Verurteilung (Art. 33 Abs. 1 und 2 SVG, Art. 6 Abs. 1 [recte: Abs. 2] VRV) akzeptiert und kann nun im Verwaltungsverfahren nicht mit Erfolg vorbringen, er sei vortrittsberechtigt gewesen, weil der Fussgänger den Fussgängerstreifen bei "Rot" betreten habe. Keiner weiteren Ausführungen bedarf, dass derjenige, der als vortrittsbelasteter Automobilist einen Fussgängerstreifen überfährt, ohne sich zu vergewissern, ob sich Fussgänger bereits darauf befinden oder Anstalten machen, ihn zu betreten, eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt. Das Verwaltungsgericht hat den Vorfall daher zu Recht als mittelschwere Widerhandlung im Sinn von Art. 16b Abs. 1 lit. a SVG eingestuft.
Es kann daher offen bleiben, ob die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zum Putativnotstand zutreffen, da nach dem Gesagten (vorn E. 4) davon auszugehen ist, dass ein solcher nicht vorlag.
Ist somit das Verwaltungsgericht zu Recht von einer mittelschweren Widerhandlung ausgegangen, beträgt die gesetzliche Mindestentzugsdauer 1 Monat.
6. Die Beschwerde ist unbegründet und damit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich, Bereich Administrativmassnahmen, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, Einzelrichter, und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi