Sachverhalt:
A. Der 1945 geborene S._ war als Unternehmensberater für die I._ AG bei der AXA Versicherungen AG (nachfolgend AXA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 15. Juni 2006 auf seinem Boot, nach einem Fehltritt in eine offene Luke, stürzte. Der anderntags konsultierte Hausarzt, Dr. med. M._, stellte die Diagnosen einer Schnittwunde an der rechten Hand und einer HWS-Distorsion. Die AXA richtete Taggeld aus und gewährte Heilbehandlung. Eine wegen anhaltender Kopf- und Nackenschmerzen am 29. September 2006 durchgeführte MRI-Untersuchung zeigte eine rechtslaterale Bandscheibenprotrusion mit neuroforaminaler Einengung und vor allem einer Affektion der Nervenwurzel C4 rechts. Der Versicherte unterzog sich verschiedenen Behandlungen am Spital W._ und einer stationären Behandlung an der Klinik Z._. Die AXA liess S._ an der Klinik C._ von Prof. Dr. med. R._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, und Dr. med. K._, Chefärztin Rheumatologie und Rehabilitation, polydisziplinär begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 25. Juni 2008 stellte die Unfallversicherung mit Verfügung vom 13. November 2008 ihre Leistungen rückwirkend auf den 16. März 2007 mit der Begründung ein, die gesundheitlichen Beeinträchtigungen seien nicht mehr auf das versicherte Ereignis zurückzuführen. Sie verzichtete ausdrücklich darauf, die seit diesem Datum ausgerichteten Leistungen zurückzufordern. Daran hielt die AXA auch auf Einsprache hin fest und begründete ihren Entscheid darüber hinaus damit, es bestehe auch kein adäquater Kausalzusammenhang zwischen den geklagten Beschwerden und dem Unfall (Entscheid vom 25. September 2009).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher auch ein bidisziplinäres Gutachten des Dr. med. U._, Facharzt für Neurologie, und des Dr. med. H._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 19. September 2009 eingereicht wurde, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Mai 2011 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und des Einspracheentscheides seien ihm die gesetzlichen Leistungen über den 1. Juli 2008 hinaus zu gewähren. In prozessualer Hinsicht ersucht er um eine parteiöffentliche Verhandlung mit einer Parteibefragung und der Befragung seiner Ehefrau als Zeugin. Im weiteren sei ihm die Gelegenheit zu einer Replik einzuräumen.
Die AXA schliesst auf Abweisung der Beschwerde; das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) mit Antrag, Begründung und Angabe der Beweismittel (<ref-law>) einzureichen. Ein zweiter Schriftenwechsel findet nur ausnahmsweise auf Anordnung des Gerichts statt (<ref-law>). Die Rechtsprechung hat darüber hinaus aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK und <ref-law> ein Recht auf Replik abgeleitet, das aber nur darin besteht, sich zu den von der Gegenpartei eingereichten Stellungnahmen zu äussern (<ref-ruling> E. 4.3 S. 102 f.). Davon hat der Beschwerdeführer keinen Gebrauch gemacht.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer ersucht um eine parteiöffentliche Verhandlung gemäss Art. 6 EMRK mit einer Parteibefragung und der Befragung seiner Ehefrau als Zeugin. Er begründet sein Gesuch einzig damit, das kantonale Gericht habe in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes nicht alle zur Verfügung stehenden Beweismittel ausgeschöpft, um den tatsächlichen Unfallhergang zu verifizieren. Dies sei nur mittels Parteibefragung und Zeugeneinvernahme möglich.
3.2 Das Verfahren der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 58 Abs. 2 und Art. 102 BGG regelmässig schriftlich, eine Verhandlung findet nicht statt (Urteil 8C_711/2010 vom 14. Januar 2011 E. ). Die Durchführung einer mündlichen Parteiverhandlung gemäss <ref-law> ist grundsätzlich dem Ermessen des Abteilungspräsidenten anheim gestellt. Der Antrag auf Abnahme bestimmter Beweismittel stellt keinen Grund dar, ausnahmsweise letztinstanzlich eine Verhandlung durchzuführen. Der Versicherte hat seinen Standpunkt in den Rechtsschriften ausführlich dargetan. Es ist daher nicht ersichtlich, inwiefern sich ausnahmsweise eine öffentliche Parteiverhandlung im Sinne von <ref-law> aufdrängen würde. Die beantragte Parteiverhandlung ist deshalb gestützt auf <ref-law> nicht durchzuführen.
3.3 Nach Art. 6 Ziff. 1 Satz 1 EMRK hat jede Person ein Recht darauf, dass über Streitigkeiten in Bezug auf ihre zivilrechtlichen Ansprüche und Verpflichtungen oder über eine gegen sie erhobene strafrechtliche Anklage von einem unabhängigen und unparteiischen, auf Gesetz beruhenden Gericht in einem fairen Verfahren, öffentlich und innerhalb angemessener Frist verhandelt wird. Vorliegend sind zivilrechtliche Ansprüche im Sinne dieser Norm streitig (<ref-ruling> E. 2a S. 50). Gemäss diesem Leiturteil hat das kantonale Gericht, dem es primär obliegt, die Öffentlichkeit der Verhandlung zu gewährleisten (E. 3 S. 54), bei Vorliegen eines klaren und unmissverständlichen Parteiantrags grundsätzlich eine öffentliche Verhandlung durchzuführen (E. 3a und 3b S. 55 f.). Ein während des ordentlichen Schriftenwechsels gestellter Antrag ist grundsätzlich rechtzeitig (<ref-ruling>). Dem aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK abgeleiteten Anspruch auf deren Abhaltung ist Genüge getan, wenn die Recht suchende Person mindestens vor einer Instanz in einer öffentlichen Verhandlung gehört wird (Urteil 8C_504/2010 vom 2. Februar 2011 E. 1.2 und 2.2). Der Grundsatz der Öffentlichkeit bezieht sich sowohl auf die Parteiöffentlichkeit als auch auf die Publikums- und Presseöffentlichkeit. Er beinhaltet keinen Anspruch darauf, dass bestimmte Beweismittel öffentlich und in Anwesenheit der Parteien abgenommen werden. Die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung setzt daher im Sozialversicherungsprozess einen - im erstinstanzlichen Verfahren zu stellenden - Parteiantrag voraus, aus dem klar und unmissverständlich hervorgehen muss, dass eine konventionskonforme Verhandlung mit Publikums- und Presseanwesenheit durchgeführt werden soll. Wird lediglich eine persönliche Anhörung oder Befragung, ein Parteiverhör, eine Zeugeneinvernahme oder die Durchführung eines Augenscheins verlangt, darf das Gericht daraus schliessen, dass es dem Antragsteller um die Abnahme bestimmter Beweismittel und nicht um die Durchführung einer Verhandlung mit Publikums- und Presseanwesenheit geht (<ref-ruling> E. 3a S. 55; SVR 2009 IV Nr. 22 S. 62 E. 1.2 [9C_599/2008]; Urteil 8C_138/2011 vom 21. Juni 2011 E. 2).
Ein entsprechender Antrag wurde vor dem kantonalen Gericht nicht gestellt. Ein Anspruch auf Durchführung einer Verhandlung mit Zeugeneinvernahme vor Bundesgericht besteht damit auch auf Grund der Bestimmungen der EMRK nicht (zur rechtgenüglichen Sachverhaltsfeststellung siehe nachfolgend E. 5).
4. Zu prüfen ist, ob dem Beschwerdeführer aus dem Unfall vom 15. Juni 2006 über den 30. Juni 2008 hinaus Leistungen der Unfallversicherung zustehen.
Das kantonale Gericht hat namentlich die zu beachtenden kausal- und beweisrechtlichen Grundsätze zutreffend dargelegt. Hervorzuheben ist, dass die Leistungspflicht des Unfallversicherers einen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden voraussetzt (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181). Dabei spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt. Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier bedarf es einer besonderen Adäquanzbeurteilung. Dabei ist vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Gemäss der für psychische Fehlentwicklungen nach Unfall erarbeiteten sog. Psycho-Praxis (<ref-ruling>) werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft, während nach der bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen anwendbaren sog. Schleudertrauma-Praxis auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen).
5. Umstritten ist zunächst, ob der Sachverhalt hinsichtlich des Unfallhergangs und der aus dem Ereignis herrührenden Gesundheitsschäden genügend abgeklärt ist.
5.1 Das kantonale Gericht konstatierte, dass sich die zwei bidisziplinären Gutachten der Klinik C._ einerseits und der Dres. med. U._ und H._ andererseits vor allem hinsichtlich des ihrer Beurteilung zugrunde gelegten und für die Einschätzung der Unfallfolgen erheblichen Unfallablaufs sowie dem Auftreten der ersten Beschwerden unterscheiden. Nach ausführlicher Würdigung der echtzeitlichen Akten gelangte die Vorinstanz zur Erkenntnis, die Aktenlage hinsichtlich des Ablaufs sowie der unmittelbaren Folgen und Beeinträchtigungen erweise sich zwar nicht als sehr ausführlich, erlaube hingegen die Feststellung, dass sie den Annahmen, welche die Gutachter der Klinik C._ getroffen hätten, entspreche. Dies im Gegensatz zur Darstellung der Sachlage im Parteigutachten U._/H._, wo das Unfallereignis mit einer erheblichen Dramatik beschrieben werde, welche in den echtzeitlichen Akten keine Stütze finde.
5.2 Der Beschwerdeführer schliesst aus diesen Ausführungen, der rechtserhebliche Sachverhalt sei bisher noch zu wenig abgeklärt, weshalb in Anwendung des Untersuchungsgrundsatzes seine Ehefrau als Zeugin zu befragen sei.
Inwiefern die Ehefrau nach so langer Zeit genauere Angaben über den Geschehensablauf machen könnte als sie gegenüber dem erstbehandelnden Hausarzt und den Ärzten am Spital W._ geschildert wurden, ist nicht nachvollziehbar, dies insbesondere in Anbetracht der Tatsache, dass sie den Sturz des Beschwerdeführers nach eigenen Angaben gar nicht beobachtet hatte. Mit dem kantonalen Gericht ist in antizipierter Beweiswürdigung von einer entsprechenden Einvernahme abzusehen, da davon keine neuen Erkenntnisse zu erwarten sind. Dasselbe gilt hinsichtlich der beantragten weiteren Begutachtung. Den Gutachtern der Klinik C._ wurde ein Schreiben des beschwerdeführerischen Rechtsvertreters vom 11. September 2008 zur Stellungnahme unterbreitet, worin dieser - wie in der Beschwerde - darlegt, warum seines Erachtens der Sachverhalt, wie er dem Gutachten vom 25. Juni 2008 zu Grunde liegt, nicht den Tatsachen entspreche. Mit Stellungnahme vom 24. Oktober 2008 haben die Dres. med. R._ und K._ in einleuchtender und gestützt auf die Akten widerspruchsfreier Weise dargelegt, worauf ihre Annahmen beruhen. In eindrücklicher Art haben sie zusammengefasst, wie sich die Darstellung des Beschwerdeführers im Verlaufe der Zeit immer wieder geändert hat. So wurde ein Kopfanprall zuerst verneint, später wurde ein solcher geschildert. Das kantonale Gericht hat sich zu Recht darauf gestützt. Der Sachverhalt ist genügend abgeklärt.
6. 6.1 Damit ist für die vorliegende Beurteilung entscheidend, dass das Sturzereignis vom 15. Juni 2006 zu einer schmerzhaften Symptomauslösung an einer degenerativ vorgeschädigten Halswirbelsäule (HWS) in Form von Nacken- und Kopfschmerzen (zervikocephales und zervikospondylogenes Schmerzsyndrom) führte. Gemäss ersten Aussagen des Beschwerdeführers (vgl. Anamnese im Bericht des Kantonsspitals Winterthur vom 27. Dezember 2006) und ausweislich der ersten ärztlichen Diagnosen (Dr. med. M._, Untersuchung vom 16. Juni 2006: HWS-Distorsion; Spital W._, Schreiben vom 28. November 2006: Status nach HWS-Beschleunigungstrauma am 15. Juni 2006) fand kein Kopfanprall statt. Eine eigentliche strukturelle unfallkausale Schädigung an der Halswirbelsäule wurde nicht nachgewiesen. Im Gutachten vom 25. Juni 2008 wird ausgeführt, der Unfallmechanismus erscheine nicht als geeignet, HWS-Strukturen zu belasten und auf dieser Grundlage strukturelle Verletzungen mit Symptomen eines HWS-Distorsionstraumas zu verursachen und zu chronifizieren. Die geklagten somatischen Beschwerden korrespondierten hingegen gut mit den klinischen und radiologischen Befunden, welche auf einen nachweisbaren Vorzustand (degenerative Schädigung der HWS) zurückzuführen sind. Im Zeitpunkt der tatsächlichen Leistungseinstellung am 1. Juli 2008 sei der Status quo sine hinsichtlich der somatischen Beschwerden erreicht gewesen und es resultiere daraus keine Arbeitsunfähigkeit.
6.2 Daneben leidet der Beschwerdeführer an einer chronischen mittelschweren bis schweren depressiven Störung gemäss ICD-10 F33.1/ F33.2; differenzialdiagnostisch an einer Anpassungsstörung primär mit Depression, welche zu einer vollen Arbeitsunfähigkeit führt. Während die Gutachter selbst einen ursächlichen Zusammenhang zwischen Unfall und psychischem Gesundheitsschaden verneinen, hält das kantonale Gericht einen solchen für teilweise gegeben. Die Frage nach der natürlichen Kausalität kann indessen offen bleiben, falls der adäquate Kausalzusammenhang zu verneinen ist.
7. Während die Vorinstanz die Adäquanz in Anlehnung an die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> für psychische Gesundheitsschäden prüfte, bringt der Beschwerdeführer vor, er leide an einem typischen Beschwerdebild einer HWS-Distorsion, womit die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> Anwendung finde.
Der erstbehandelnde Arzt hatte den Beschwerdeführer bereits am Folgetag nach dem Unfall untersucht und eine HWS-Distorsion diagnostizert. Wie ausgeführt (E. 6.1) stellten auch die Ärzte am Spital W._ und an der Klinik Z._ die Diagnose einer HWS-Distorsion. In diesem Sinne sind die Ausführungen im Gutachten der Klinik C._ vom 25. Juni 2008 unpräzis, da dort in der Beurteilung davon ausgegangen wird, die Nackenschmerzen seien erst drei Tage nach dem Unfall aufgetreten (S. 28), was gemäss Gutachten gegen eine relevante HWS-Verletzung spreche. Für die Anwendbarkeit der sogenannten "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling>) ist rechtsprechungsgemäss ausschlaggebend, ob sich innert der Latenzzeit von 24 bis 72 Stunden - also innert dreier Tage - zumindest HWS- oder Nackenbeschwerden manifestieren (SVR 2007 UV Nr. 23 S. 75, U 215/05 E. 5). Daran hat auch nach der jüngsten Präzisierung dieser Praxis (<ref-ruling>) nichts geändert (Urteil 8C_1021/2009 vom 3. November 2010 E. 5.2 mit Hinweisen). Daher spricht selbst dann, wenn sich die entsprechenden Beschwerden erst drei Tage nach dem Ereignis manifestiert haben sollten, nichts dagegen, von einer HWS-Verletzung auszugehen und die entsprechende Rechtsprechung anzuwenden.
Im Gutachten der Klinik C._ wird zusammenfassend ausgeführt, der Unfallmechanismus erscheine nicht geeignet, HWS-Strukturen zu belasten und auf dieser Grundlage strukturelle Verletzungen entstehen zu lassen. Beim juristischen Entscheid, ob bei der Adäquanzbeurteilung die sogenannte "Psychopraxis" oder die "Schleudertraumapraxis" Anwendung findet, ist diese medizinische Feststellung ohne Belang. Die Rechtsprechung über den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen anhaltenden Beschwerden und einer initial nachgewiesenen HWS-Distorsion gemäss <ref-ruling> basiert ausdrücklich auf der Grundlage, dass eigentliche strukturelle Verletzungen im Bereiche der Halswirbelsäule nicht nachgewiesen werden können. Andernfalls ginge es um objektivierbare somatische Befunde und die Adäquanzprüfung würde sich erübrigen. Damit kann die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhanges vorliegend nach der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> erfolgen.
8. Die Vorinstanz hat den Unfall nach dem augenfälligen Geschehensablauf auf Grund der Aktenlage in den Bereich der mittelschweren an der Grenze zu einem leichten Unfall eingeteilt.
8.1 Aus den ersten Angaben des Beschwerdeführers geht hervor, dass er sich ans andere Ende seines Bootes begeben wollte und dabei in eine offene Luke trat, die er für geschlossen hielt. Er zog sich dabei Schürfungen am Schienbein und eine offenbar stark blutende Schnittwunde an der Hand zu. Er ist nicht in die Luke gestürzt. Bei einem derartigen Misstritt (ohne Herunterfallen aus einer gewissen Distanz) erscheint die Annahme eines mittleren Vorfalles an der Grenze zu den leichten Unfällen als wohlwollend, fällt doch auch die Qualifikation als leichter Unfall, bei welchem eine Adäquanzprüfung ganz entfallen würde, in Betracht. Entsprechend wurde ein Sturz mit Schenkelhalsbruch bei Eisregen (Urteil [des Eidg. Versicherungsgerichts] U 145/02 vom 2. Dezember 2002 E. 3.2) oder ein solcher auf Glatteis mit einem Bizepssehnen-Abriss am Oberarm (Urteil 8C_218/2009 vom 19. Mai 2009) als leichter Unfall bewertet. Die Adäquanz des Kausalzusammenhangs ist vorliegend somit so oder so nur zu bejahen, wenn mehrere der zu berücksichtigenden Kriterien oder eines in ausgeprägter Weise erfüllt sind (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 mit Hinweisen).
8.2 Der Unfall hat sich weder unter besonders dramatischen Begleitumständen abgespielt, noch war er von besonderer Eindrücklichkeit. Das wird auch vom Beschwerdeführer nicht behauptet. Die Parteien sind sich auch darin einig, dass keine ärztliche Fehlbehandlung vorliegt. Ebenso wenig ist der Heilungsverlauf als schwierig anzusehen, noch kam es zu erheblichen Komplikationen. Der Umstand, dass es zu einem protrahierten Verlauf mit anhaltenden Beschwerden gekommen ist, kann noch nicht als schwieriger Heilungsverlauf gewertet werden, da bei einer kurzfristig erfolgten Heilung gar keine weiteren Versicherungsleistungen mehr zu Diskussion stehen würde und sich eine Kausalitätsbeurteilung erübrigte. Auch die Verletzungen, welche sich der Beschwerdeführer beim Unfall zugezogen hat, sind entgegen seiner Darstellung weder als besonders schwer noch als von besonderer Art zu qualifizieren. Eine fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung musste der Beschwerdeführer nicht über sich ergehen lassen. Regelmässige Behandlungen am Spital W._ mit zwei Injektionen in die Halswirbelsäule und regelmässige Physiotherapie sowie der einmalige stationäre Aufenthalt in der Klinik Z._, welcher frühzeitig abgebrochen wurde, sind weder besonders belastend, noch geht eine entsprechende Behandlung über das bei HWS-Distorsionen übliche Mass hinaus.
Das Kriterium der erheblichen Beschwerden ist aufgrund der glaubhaften Schmerzen und der Beeinträchtigung, welche der Versicherte durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt, in der einfachen Form zu bejahen. Betreffend erheblicher Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen kann letztlich offen gelassen werden, ob dieses Kriterium erfüllt ist. Einerseits ist ausgewiesen, dass der Beschwerdeführer sich bereits kurz nach dem Unfall regelmässig an seinem Arbeitsplatz einfand und sich bemühte, Leistung zu erbringen. Die ursprüngliche Tätigkeit als Dozent in zahlreichen Seminaren konnte er hingegen nicht mehr ausüben, womit eine hohe Arbeitsunfähigkeit belegt ist. Indessen muss er sich vorwerfen lassen, dass er das von der Versicherung angebotene Brain-join-Trainingsprogramm nicht wahrgenommen und auch in der Klinik Z._ keine Ausdauer bewiesen hat. Damit ist fraglich, ob ihm ausgewiesene Anstrengungen zur Wiedererlangung der Arbeitsfähigkeit attestiert werden können. Dies ist wie dargestellt jedoch nicht von Belang, da auch bei Bejahung dieses Kriteriums höchstens zwei und keines in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind.
Damit steht fest, dass die Unfallversicherung ihre Leistungen zu Recht auf den 1. Juli 2008 mangels adäquaten Kausalzusammenhangs eingestellt hat.
9. Die Kosten des Verfahrens sind vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. November 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer