Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ am 17. Juni 2009 anklagegemäss der mehrfachen qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren (unter Anrechnung von drei Tagen erstandener Untersuchungshaft), bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von zwei Jahren.
B. X._ erhob gegen diesen Entscheid Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich. Dieses sprach ihn mit Urteil vom 27. Januar 2010 vom Vorwurf der mehrfachen qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung frei und sprach ihm eine Prozessentschädigung im Umfang von Fr. 21'520.-- sowie eine Genugtuung von Fr. 900.-- zuzüglich Zins für die erlittene Untersuchungshaft zu.
C. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich erhebt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Sie beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 27. Januar 2010 sei aufzuheben, und die Sache sei zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung. X._ beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne, unter Zusprechung einer angemessenen Entschädigung.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
Der Beschwerdegegner X._ liess als Angestellter der ACH._ AG (nachfolgend ACH._) im Range eines stellvertretenden Direktors, später als Direktor und als Mitglied der Direktion mit der Funktion Teamleiter Osteuropa, zwischen Dezember 2004 und Juni 2006 elf Kommissionszahlungen im Gesamtbetrag von Fr. 1'463'532.50, welche der London-Branch der A._ (nachfolgend ALN._) im Zusammenhang mit der Platzierung ihrer strukturierten Finanzprodukte bei den Endabnehmern ausgezahlt hatte, unberechtigt und zu seiner eigenen Bereicherung auf Konten überweisen, die ihm persönlich zugerechnet werden konnten, statt diese den tatsächlich Berechtigten zukommen zu lassen. Die Zweigniederlassung Zürich der A._ (nachfolgend AZN._) diente dabei als Überweisungsstelle für die Kommissionszahlungen gemäss Zahlungsvorgaben des Beschwerdegegners. Die Vorinstanz führt aus, dass die tatsächlich Berechtigten mutmasslich die Endkunden der ACH._ seien.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin erwähnt, in der anklagerelevanten Zeit sei ohne Zweifel die gesamte Struktur der ACH._ darauf ausgerichtet gewesen, dass Kommissionen für die Platzierung strukturierter Produkte von Kunden der ACH._ Erträge der ACH._ gewesen seien und ihr entsprechend zugestanden hätten. Die Annahme der Vorinstanz, die inkriminierten Kommissionen seien den Endkunden zugestanden, sei willkürlich und falsch. Dies zeigten die Aussagen der damaligen Mitangeschuldigten B._ und C._, die als leitende Verantwortliche der AZN._ die Kommissionszahlungen der in Frage stehenden Geschäfte auf die vom Beschwerdegegner angegebenen Offshore-Konten überwiesen hätten sowie die bundesgerichtliche Rechtsprechung (<ref-ruling>). Die Aussagen von B._ und C._ seien zudem nicht besonders verlässlich, zumal diese aufgrund eines gegen sie laufenden Strafverfahrens ein Verteidigungsinteresse gehabt hätten und auch nicht mehr sicher gewesen seien, um welche Art von Fee-Zahlungen es sich gehandelt habe. Es sei daher willkürlich, aus deren Aussagen den Schluss zu ziehen, nicht die ACH._, sondern die Endkunden seien an den elf inkriminierten Kommissionszahlungen berechtigt gewesen. Das erwähnte Bundesgerichtsurteil sei schon deshalb zu relativieren, weil es kurz vor der zweitletzten Transaktion ergangen sei und daher den Sachverhalt nicht beeinflusst habe. Soweit die Vorinstanz hiervon ausgehe, sei dies willkürlich.
2.2 Die Vorinstanz führt aus, die Mitarbeiter der AZN._, B._ und C._, seien klar davon ausgegangen, dass die Zahlungen auf Konten der Kunden des Beschwerdegegners respektive der ACH._ gehen würden. C._ habe ausgesagt, er hätte die Zahlungen nicht veranlasst, wenn er gewusst hätte, dass diese an den Berschwerdegegner persönlich gehen würden. Er habe angenommen, bei den Firmen D._, E._ und F._, auf deren Konten die Zahlungen geflossen seien, handle es sich um Firmen von Kunden des Beschwerdegegners. B._ habe in der Untersuchung ausgesagt, die "arranger fees" seien den Endkunden versprochen worden. Diese würden über die vom Beschwerdegegner bezeichneten Offshore-Firmen D._, E._ und F._ bezahlt, hinter denen die Kunden des Beschwerdegegners stünden, was dieser mehrfach bestätigt habe. Die Vorinstanz erachtet es als erstellt, dass der Beschwerdegegner die AZN._-Angestellten B._ und C._ wahrheitswidrig informierte, die Zahlungen an die Kunden der ACH._ und nicht an ihn persönlich zu leisten.
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
2.4 Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre. Andernfalls kann ein Sachverhalt, der von dem im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 2.4).
2.5 Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (Urteil 6B_209/ 2010 vom 2. Dezember 2010 E. 5.3.3; <ref-ruling> E. 4b). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen im dargelegten Sinn missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem die freie Prüfung aller Tat- und Rechtsfragen zukäme (Urteil 6B_209/2010 vom 2. Dezember 2010 E. 5.3.3 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2b).
2.6 Die Beweiswürdigung der Vorinstanz ist nicht als schlechterdings unhaltbar zu bezeichnen, auch wenn einige ihrer Überlegungen fraglich sind. Zutreffend macht die Beschwerdeführerin zum Beispiel geltend, es sei nicht Sache von B._ und C._ gewesen, wie der Beschwerdegegner die Angelegenheiten einerseits mit der ACH._ und andererseits mit den Endkunden zu regeln hatte. Zutreffend ist ebenfalls, dass die von B._ und C._ vertretene AZN._ lediglich als Überweisungsstelle der Zahlungen der ALN._ fungiert hatte und die beiden sich mit den Hintergründen einer Zahlung nicht zu befassen hatten (Beschwerde, S. 5). Schliesslich haben die beiden Zeugen im Rahmen der internen Untersuchung tatsächlich ausgesagt, dass die beanstandeten elf Transaktionen "Fee-Zahlungen" an Endkunden oder Asset-Manager gewesen sein könnten. Der blossen Mutmassung der beiden Zeugen hat die Vorinstanz insofern Rechnung getragen, als sie als tatsächlich Berechtigte der Kommissionen bloss mutmasslich die vom Beschwerdegegner betreuten Endkunden bezeichnete. Ebensowenig ersichtlich ist, inwiefern die Vorinstanz festgestellt hätte, das Bundesgerichtsurteil (vgl. <ref-ruling>) habe den vorliegenden Sachverhalt beeinflusst. Die Vorinstanz erwähnt das Urteil lediglich zur Bestätigung, dass die Endkunden der ACH._ als mögliche Berechtigte anzusehen seien und dies aufgrund des durchgeführten Beweisergebnisses im vorliegenden Fall zutreffend sei (angefochtenes Urteil, S. 14 f.).
2.7 Insgesamt können diese Vorbringen die von der Vorinstanz vorgenommene Sachverhaltsfeststellung im Sinne von <ref-law> nicht in Frage stellen, weshalb sie für das Bundesgericht verbindlich ist (<ref-law>).
3.1 3.1.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die rechtliche Auffassung der Vorinstanz, nur der Endkunde der ACH._ sei durch das Verhalten des Beschwerdegegners unmittelbar geschädigt worden, während die ACH._ selber lediglich einen zivilrechtlichen Schaden erlitten habe. Die Untersuchung hätte daher gemäss Vorinstanz unter dem Gesichtspunkt der Veruntreuung zum Nachteil der Endkunden geführt werden müssen. Diese Ansicht verletze Bundesrecht, zumal das Verhältnis des Kunden zu einem externen Vermögensverwalter nicht denselben Regeln unterliege wie dasjenige des Kunden zur Bank. Der externe Vermögensverwalter habe aufgrund seines Auftragsverhältnisses die Regeln über den Auftrag zu beachten. So unterliege etwa alles, was er einnehme, der Herausgabepflicht gemäss <ref-law>. Interessenkonflikte entstünden, wenn er von einem Dritten für seine Tätigkeit honoriert werde. Dies lasse sich dadurch lösen, dass er verpflichtet werde, diese Dritthonorare dem Auftraggeber herauszugeben. Einer Bank würden die Vermittlungskommissionen jedoch wie das Einkommen an Zinsdifferenzen selber zufallen. Aus <ref-ruling>, der sich den Pflichten des externen Vermögensverwalters widme, liessen sich keine Pflichten ableiten, dass Vermittlungskommissionen, die eine Bank einnehme, dem Geldgeber abzuliefern seien. Zu unterscheiden sei zwischen Retrozessionen und den Bestandespflegekommissionen. Die im vorliegenden Fall ausbezahlten Vermittlungskommissionen stellten Bestandespflegekommissionen dar und stünden der ACH._ zu.
3.1.2 Im Sinne eines Eventualstandpunktes macht die Beschwerdeführerin geltend, dass ein Freispruch des Beschwerdegegners auch bundesrechtswidrig wäre, wenn die Endkunden (und nicht die ACH._ gemäss Hauptstandpunkt) an den Geldern aus Kommission berechtigt wären. Der Beschwerdegegner sei gehalten gewesen, durch seine Kundenberatungstätigkeit für die ACH._ Einkommen zu generieren. <ref-law> habe er nicht nur dadurch verletzen können, auf der Grundlage des Kundenportefeuilles keine Erträge zu erwirtschaften, sondern auch durch den vorsätzlichen Entzug von Vermögenswerten der ACH._, die Verpflichtungen abdeckten, die sie gegenüber den Kunden gehabt habe. Es sei daher bundesrechtswidrig, von einem indirekten Schaden bei der ACH._ auszugehen. Die Haftpflicht der ACH._ gegenüber ihren Kunden sei die unmittelbare Folge, dass der Beschwerdegegner der ACH._ gegenüber seine Geschäftsführerpflichten gemäss <ref-law> verletzt habe, weshalb ein direkter Schaden vorliege.
3.2 Die Vorinstanz verneint die Tatbestandsmässigkeit von <ref-law>. Der Beschwerdegegner habe die Kunden der ACH._ geschädigt, indem er diesen die ihnen als Rabatt zustehenden Kommissionen vorenthalten und diese zur eigenen Bereicherung eingenommen habe. Den ACH._-Kunden sei dadurch ein obligatorischer (rein zivilrechtlicher) Anspruch gegen die ACH._ auf Restitution des durch den Beschwerdegegner als Bankangestellten verursachten Schadens entstanden. Eine direkte Schädigung der ACH._ liege im Gegensatz zu den Kunden der ACH._ nicht vor. Die Vorinstanz verneinte zudem eine relevante Pflichtverletzung gegenüber der ACH._, da die Kommissionszahlungen den Kunden der ACH._ zugedacht gewesen seien, weshalb aus der Nichtweitergabe dieser Gelder keine strafrechtlich relevante Treuepflicht abgeleitet werden könne (angefochtenes Urteil, S. 20 f.). Schliesslich habe der Beschwerdegegner in Bezug auf das Vermögen der ACH._ nicht die verlangte Geschäftsführerstellung aufgewiesen. <ref-law> sei daher in mehrfacher Hinsicht nicht erfüllt (angefochtenes Urteil, S. 20 f.).
3.2 Die Vorinstanz verneint die Tatbestandsmässigkeit von <ref-law>. Der Beschwerdegegner habe die Kunden der ACH._ geschädigt, indem er diesen die ihnen als Rabatt zustehenden Kommissionen vorenthalten und diese zur eigenen Bereicherung eingenommen habe. Den ACH._-Kunden sei dadurch ein obligatorischer (rein zivilrechtlicher) Anspruch gegen die ACH._ auf Restitution des durch den Beschwerdegegner als Bankangestellten verursachten Schadens entstanden. Eine direkte Schädigung der ACH._ liege im Gegensatz zu den Kunden der ACH._ nicht vor. Die Vorinstanz verneinte zudem eine relevante Pflichtverletzung gegenüber der ACH._, da die Kommissionszahlungen den Kunden der ACH._ zugedacht gewesen seien, weshalb aus der Nichtweitergabe dieser Gelder keine strafrechtlich relevante Treuepflicht abgeleitet werden könne (angefochtenes Urteil, S. 20 f.). Schliesslich habe der Beschwerdegegner in Bezug auf das Vermögen der ACH._ nicht die verlangte Geschäftsführerstellung aufgewiesen. <ref-law> sei daher in mehrfacher Hinsicht nicht erfüllt (angefochtenes Urteil, S. 20 f.).
3.3 3.3.1 Nach dem sogenannten Treuebruchtatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung (<ref-law>) wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer aufgrund des Gesetzes oder eines Rechtsgeschäfts damit betraut ist, Vermögen eines andern zu verwalten oder eine solche Vermögensverwaltung zu beaufsichtigen, und dabei unter Verletzung seiner Pflichten bewirkt oder zulässt, dass der andere am Vermögen geschädigt wird. Handelt der Täter in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, kann auf Freiheitsstrafe von einem Jahr bis zu fünf Jahren erkannt werden (<ref-law>). Täter kann sein, wer in tatsächlicher oder formell selbstständiger und verantwortlicher Stellung im Interesse eines andern für einen nicht unerheblichen Vermögenskomplex zu sorgen hat. Nach herrschender Lehre und Praxis ist der Tatbestand des Treuebruchs namentlich auf selbstständige Geschäftsführer (sowie auf operationell leitende Organe) von juristischen Personen bzw. Kapitalgesellschaften anwendbar, unter Einschluss derjenigen, die unter Benutzung von Strohmännern die tatsächliche Leitung innehaben oder die sich als Strohmänner benutzen lassen (Urteil des Bundesgerichts 6B_66/2008 vom 9. Mai 2008 E. 6.3.2 mit Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung).
3.3.2 Die Pflichtwahrnehmung bezüglich fremder Interessen muss den typischen und wesentlichen Inhalt des Rechtsverhältnisses bilden, und die verwalteten Vermögensinteressen müssen von einigem Gewicht sein. Der Inhalt der Treuepflicht des Geschäftsbesorgers ergibt sich aus dem jeweiligen Grundverhältnis und ist im Einzelfall näher zu konkretisieren. Massgebliche Basis sind insbesondere gesetzliche und vertragliche Bestimmungen, aber auch Statuten, Reglemente oder Beschlüsse der Generalversammlung, der Gesellschaftszweck oder branchenspezifische Usanzen. Die Treuepflicht der Organe von Gesellschaften besteht grundsätzlich gegenüber der Gesellschaft und nicht gegenüber den Aktionären, wobei es in erster Linie um Treuepflichten in Bezug auf das Vermögen als ganzes und nur sekundär um einzelne Handlungspflichten geht (Urteil des Bundesgerichts, a.a.O., E. 6.3.3).
3.3.3 Ein Vermögensschaden ist gegeben bei tatsächlicher Schädigung durch Verminderung der Aktiven, Vermehrung der Passiven, Nichtverminderung der Passiven oder Nichtvermehrung der Aktiven sowie, wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert vermindert ist. Unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten vermindert ist das Vermögen, wenn der Gefährdung im Rahmen einer sorgfältigen Bilanzierung durch Wertberichtigung oder Rückstellung Rechnung getragen werden muss (<ref-ruling> E. 3.1). Zwischen der Verletzung der Treuepflicht und dem Vermögensschaden muss ein Kausalzusammenhang bestehen. Tätigkeiten, die sich im Rahmen einer ordnungsgemässen Geschäftsführung bewegen, sind nicht tatbestandsmässig, auch wenn geschäftliche Dispositionen vielfach mit Verlustrisiken verbunden sind. Strafbar ist einzig das Eingehen von Risiken, die ein umsichtiger Geschäftsführer in derselben Situation nicht eingehen würde. In subjektiver Hinsicht genügt Eventualvorsatz. Dieser muss sich auf Tatmittel, Erfolg und Kausalzusammenhang richten. Als Qualifikationsgrund tritt in <ref-law> das Handeln unter Bereicherungsabsicht hinzu (Urteil des Bundesgerichts 6B_66/2008 vom 9. Mai 2008 E. 6.3.4 und 6.3.5 mit Hinweisen auf Literatur und Rechtsprechung).
3.3.3 Ein Vermögensschaden ist gegeben bei tatsächlicher Schädigung durch Verminderung der Aktiven, Vermehrung der Passiven, Nichtverminderung der Passiven oder Nichtvermehrung der Aktiven sowie, wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert vermindert ist. Unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten vermindert ist das Vermögen, wenn der Gefährdung im Rahmen einer sorgfältigen Bilanzierung durch Wertberichtigung oder Rückstellung Rechnung getragen werden muss (<ref-ruling> E. 3.1). Zwischen der Verletzung der Treuepflicht und dem Vermögensschaden muss ein Kausalzusammenhang bestehen. Tätigkeiten, die sich im Rahmen einer ordnungsgemässen Geschäftsführung bewegen, sind nicht tatbestandsmässig, auch wenn geschäftliche Dispositionen vielfach mit Verlustrisiken verbunden sind. Strafbar ist einzig das Eingehen von Risiken, die ein umsichtiger Geschäftsführer in derselben Situation nicht eingehen würde. In subjektiver Hinsicht genügt Eventualvorsatz. Dieser muss sich auf Tatmittel, Erfolg und Kausalzusammenhang richten. Als Qualifikationsgrund tritt in <ref-law> das Handeln unter Bereicherungsabsicht hinzu (Urteil des Bundesgerichts 6B_66/2008 vom 9. Mai 2008 E. 6.3.4 und 6.3.5 mit Hinweisen auf Literatur und Rechtsprechung).
3.4 3.4.1 Zu analysieren sind vorab die objektiven Tatbestandselemente der ungetreuen Geschäftsbesorgung gemäss <ref-law>. Diese bestehen erstens in der Vermögensverwaltung (bzw. in der hier nicht einschlägigen Aufsicht darüber) für eine vom Vermögensverwalter verschiedene Person. Diese Person wird, zweitens, infolge Verletzung der Pflichten des Vermögensverwalters (im Sinne von Schutzpflichten zur Wahrung der Vermögensinteressen) in ihrem Vermögen geschädigt, indem, drittens, der Vermögensverwalter eine Schädigung bewirkt oder eine solche zulässt.
3.4.2 Nach den verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz verwaltete der Beschwerdegegner Gelder der Kunden der ACH._ und zahlte diesen Kunden verschiedene Gelder aus Retrozessionen nicht aus, um sie stattdessen auf eigene Konten zu überweisen. Diese Vermögensverwaltungsaufgabe, aus der die hier relevanten Kommissionszahlungen herrührten, bestand somit - entgegen der Auffassung der Vorinstanz und in Übereinstimmung mit der Beschwerdeführerin - gegenüber der ACH._ und nicht unmittelbar gegenüber den Endkunden der ACH._. Der Beschwerdegegner verwaltete die Gelder als Geschäftsführer im Sinne von <ref-law> nämlich nicht als externer Vermögensverwalter, sondern im Rahmen seiner (leitenden) Anstellung als Vizedirektor, Direktor sowie als Direktionsmitglied bei der ACH._. Seine Tätigkeit gemäss Pflichtenheft hat laut Vorinstanz die Vermittlung konzerneigener Produkte der ALN._ für die Kunden der ACH._ umfasst, wofür er von der ACH._ arbeitsrechtlich mit einem Grundlohn sowie erfolgsabhängig mit Bonuszahlungen entlöhnt wurde (angefochtenes Urteil, S. 15 f.). Das Tatbestandselement der Vermögensverwaltung für eine vom Vermögensverwalter verschiedene Person, nämlich der ACH._, ist daher zu bejahen.
3.4.3 Zu prüfen ist im Weiteren eine allfällige Verletzung der Pflichten des Beschwerdegegners als Vermögensverwalter. Das Bundesgericht hat in ständiger Praxis festgehalten, dass in der Verletzung der vertraglich vereinbarten Herausgabepflicht angenommener Gelder allein noch keine strafwürdige ungetreue Geschäftsführung liegt. Der Tatbestand von <ref-law> ist nur erfüllt, wenn der Empfänger - vorliegend der Beschwerdegegner - durch die Zahlung von Provisionen oder Schmiergeldern zu einem Verhalten verleitet wird, das sich gegen die Vermögensinteressen des Geschäftsherrn - vorliegend die ACH._ - richtet und sich daher schädigend auswirkt (vgl. zuletzt <ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Mit anderen Worten wird die Schwelle zur Strafbarkeit erst erreicht, wenn der Beschwerdegegner durch die Zahlung dazu verleitet wurde, nachteilige Verwaltungsentscheide zu treffen, die bei der ACH._ zu einem Schaden geführt haben.
3.4.4 Aus dem schriftlichen Arbeitsvertrag sowie gestützt auf <ref-law> ergibt sich, dass der Beschwerdegegner als zu 100 % angestellter Bankmitarbeiter ohne spezielle Bewilligung der ACH._ keinen Nebenerwerb generieren durfte (HD 1/02010 ff. der Vorakten). Sämtliche Zahlungen, welche in banktechnischer Hinsicht über ihn abgewickelt und die durch ihn verwaltet wurden oder in seinen Herrschaftsbereich gelangten, hatte er grundsätzlich der ACH._ zuzuführen sowie Rechenschaft darüber abzulegen, und zwar ungeachtet, welcher Rechtsgrund den entsprechenden Zahlungsflüssen zugrunde lag. Er hatte keine Bewilligung zur Entgegennahme von Nebenerwerb (erstinstanzliches Urteil, S. 18). Der Beschwerdegegner ist also klarerweise als interner Vermögensverwalter zu bezeichnen. <ref-ruling>, der entschied, dass die vereinnahmten Retrozessionen der Ablieferungspflicht unterlägen und den Kunden herauszugeben seien, betrifft demgegenüber einen unabhängigen, externen Vermögensverwalter (vgl. etwa Marc Engler, Retrozessionen aus strafrechtlicher Perspektive, ungetreue Geschäftsbesorgung, Privatbestechung, Veruntreuung, Betrug, Der Schweizer Treuhänder 2010 S. 137 f.; Monika Roth, Das Dreiecksverhältnis Kunde-Bank-Vermögensverwalter, St. Gallen 2007 S. 27 ff.; Monika Roth, Retrozessionen und Interessenkonflikte - wenn der Berater in Tat und Wahrheit ein Verkäufer ist, ZBJV 146 2010 S. 522 f.; Susan Emmenegger, Anlagekosten: Retrozessionen im Lichte der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, in: Anlagerecht, Basel 2007 S. 69 ff.). Als Retrozession wird die Tatsache bezeichnet, dass eine Bank, gestützt auf eine entsprechende Vereinbarung, einem Dritten (insbesondere einem mit der Bank zusammenarbeitenden unabhängigen Vermögensverwalter) einen Anteil der von der Bank vereinnahmten Kommissionen des Kunden weitergibt. Der unabhängige Vermögensverwalter erhält von der Depotbank eine Rückvergütung für die von ihm an eine bestimmte Bank vermittelten und betreuten Mandate (Raphael Jaeger und Thomas Hautle, Retrozessionen vs. Bestandespflegekommissionen im Vermögensverwaltungsgeschäft, Anwaltsrevue 2008 S. 438 ff.).
3.4.5 Im Unterschied zu Retrozessionen sind sog. Bestandespflegekommissionen vom erwähnten Bundesgerichtsentscheid (<ref-ruling>) nicht betroffen. Viele Fondsanbieter (wie zum Beispiel vorliegend die strukturierten Produkte der ALN._) delegieren den Vertrieb ihrer Produkte an sog. Vertriebsträger. Im klassischen Fall übernehmen vornehmlich Universal- oder Vermögensverwaltungs-Banken diese Funktion (vorliegend die ACH._). Zwischen der Depotbank (der ACH._) und dem Produktanbieter (der ALN._) besteht ein Vertriebsvertrag. Der Kunde schliesst mit der Depotbank den üblichen Konto-Depotvertrag und allenfalls einen Vermögensverwaltungs- oder Anlageberatungsvertrag ab. Keine vertragliche Beziehung hingegen besteht zwischen dem Kunden und dem Produktanbieter. Im Unterschied zu den Retrozessionen erhält die Depotbank für den Vertrieb von Produkten eine Bestandespflegekommission oder Vertriebsentschädigung vom Produktanbieter, also vorliegend die Bank ACH._ (bei welcher der Beschwerdegegner angestellt war) von der ALN._ (JAEGER/HAUTLE, a.a.O. S. 440). Es besteht keine rechtlich relevante Verknüpfung zwischen dem Auftrag des Kunden zum Kauf von Fondsanteilen (vorliegend von strukturierten Produkten) und den eingenommenen Vertriebsentschädigungen der Bank. Dies ist auch die ausschlaggebende Unterscheidung zu den Retrozessionen, welche unabhängige Vermögensverwalter von den Banken kassieren. Bestandespflegekommissionen werden der Depotbank nicht aufgrund des Auftragsverhältnisses zwischen Kunde und Depotbank bezahlt, sondern für Dienstleistungen (vorliegend strukturierte Produkte), die gegenüber dem Produktanbieter (ALN._) erbracht werden (JAEGER/HAUTLE, a.a.O., S. 440 und dortige Abbildung 2 gemäss Quelle Wegelin).
3.4.6 Daraus geht klar hervor, dass die elf Kommissionszahlungen der ALN._ im Zusammenhang mit der Platzierung ihrer strukturierten Produkte der ACH._ zustanden. Indem der Beschwerdegegner die ihm von der ALN._ entrichteten Vertriebsentschädigungen nicht seiner Arbeitgeberin zukommen liess, sondern sich selbst zuführte, verstiess er gegen seine arbeitsrechtliche Treuepflicht und richtete sich damit gegen die Vermögensinteressen des Geschäftsherrn (der ACH._), welche dadurch eine Nichtvermehrung der Aktiven hinnehmen musste. Der Beschwerdegegner hat durch sein Verhalten entgegen der Auffassung der Vorinstanz die ACH._ direkt geschädigt. Die Vorinstanz hat Bundesrecht verletzt, als sie den Beschwerdegegner vom Vorwurf der mehrfachen qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung im Sinne von <ref-law> freigesprochen hat.
4. Die Beschwerde ist damit gutzuheissen, das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 27. Januar 2010 aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz (auch insbesondere zur Behandlung des subjektiven Tatbestandes) zurückzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind dem Beschwerdegegner die Verfahrenskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 27. Januar 2010 wird aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Dem Beschwerdegegner werden Verfahrenskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller