Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 13. März 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 6. Juli 2007, stellte die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) ihre Leistungen ein, welche sie Z._ (geboren 1975) in Zusammenhang mit einem Unfall vom 12. März 2006 erbrachte.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden trat auf die am 10. September 2007 dagegen erhobene Beschwerde infolge verspäteter Einreichung mit Entscheid vom 18. September 2007 nicht ein.
C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und das Versicherungsgericht zu verpflichten, auf die Beschwerde vom 10. September 2007 einzutreten. Das kantonale Gericht und die SUVA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen den kantonalen Nichteintretensentscheid. Das Bundesgericht hat daher zu prüfen, ob die Vorinstanz zu Recht auf das bei ihr erhobene Rechtsmittel nicht eingetreten ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 76 mit Hinweis). Strittig ist somit nicht die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 561 sowie Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 38 und 46 zu Art. 105), weshalb die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden kann, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>); im Übrigen ist das Bundesgericht an die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung gebunden (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen und ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. Streitig ist, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Beschwerde vom 10. September 2007 mangels Verspätung nicht eingetreten ist.
3. 3.1 Auf dem Gebiet der obligatorischen Krankenpflege- und Unfallversicherung, der Militär- sowie der Arbeitslosenversicherung bleiben die bei Inkrafttreten des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts vom 6. Oktober 2000 (ATSG) gültig gewesenen, positiven oder negativen kantonalen Regelungen zur Rechtspflege während der Übergangsfrist von <ref-law> oder bis zur vorzeitigen Anpassung an das ATSG auf das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren anwendbar (<ref-ruling>).
3.2 Wie der Beschwerdeführer richtig darlegt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht mit <ref-ruling> entschieden, dass das UVG die Anwendung kantonaler Fristenstillstandsbestimmungen nicht ausschliesst. So war es auch vor Inkrafttreten des ATSG den Kantonen anheimgestellt, ob sie für das erstinstanzliche Verfahren überhaupt Gerichtsferien vorsehen wollten oder nicht (BGE 131 325 E. 4.1 in fine S. 327 mit Hinweis). Unzutreffend ist hingegen die Annahme des Beschwerdeführers, <ref-law> regle die strittige Frage abschliessend. Diese Norm ist insofern abschliessend, als sie die Dauer der Beschwerdefrist bestimmt. Damit ist jedoch noch nichts zu deren Beginn und Ablauf gesagt. Diese richten sich hier - mangels Anpassung an den ATSG - nach kantonalem Recht (E. 3.1). Angesichts der Publikation von zahlreichen höchstrichterlichen Urteilen zu dieser Frage (<ref-ruling>, 132 V 361, 131 V 314 und 325) gilt diese Rechtsprechung, insbesondere bei berufsmässiger Rechtsvertretung, als bekannt.
3.3 Art. 59 des Gesetzes über die Organisation und das Verfahren der Gerichte vom 28. April 1968 (261.1; Gerichtsgesetz; GerG) lautet wie folgt:
Die Zeit vom 15. Juli bis 31. August und vom 22. Dezember bis 6. Januar sowie sieben Tage vor und nach Ostern gelten für alle Gerichte als Gerichtsferien.
Während den Gerichtsferien werden keine Gerichtssitzungen mit Parteiverhandlungen abgehalten, mit Ausnahme:
1. der Fälle, in denen das beschleunigte Verfahren durchzuführen ist, wo es sich um die Beurteilung Verhafteter handelt oder wo ein nicht leicht zu ersetzender Schaden bevorsteht;
2. der Verfahren des Kantonsgerichtspräsidenten in dringenden Fälle;
3. der Friedensrichterverfahren.
Während den Gerichtsferien stehen unter dem Vorbehalt von Abs. 2 gesetzlich oder richterlich bestimmte Fristen still.
Diese Vorschrift gilt nicht in Strafsachen sowie in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen.
§ 13 Abs. 1 der Verordnung über die Sozialversicherungsrechtspflege vom 18. November 1983 (264.1; SVRPV) besagt:
Soweit in dieser Verordnung nichts anderes bestimmt wird, sind die Vorschriften der Zivilprozessordnung über das beschleunigte Verfahren sinngemäss anwendbar.
3.4 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ist das GerG auch ohne Verweis in der SVRPV oder im Gesetz über den Zivilprozess vom 20. Oktober 1999 (262.1; Zivilprozessordnung; ZPO) im Sozialversicherungsverfahren anwendbar (vgl. zu § 13 SVRPV Ruf, Staats- und Verwaltungsrechtspflege im Kanton Nidwalden, Diss. BE, Hergiswil 1990, S. 4). Denn beim Gerichtsgesetz handelt es sich um ein Grundgesetz für sämtliche Gerichtsbarkeiten im Kanton Nidwalden (Friedensrichter, Kantonsgericht, Obergericht, Verwaltungsgericht; Zivil-, Straf- und Verwaltungsgerichtsbarkeit; vgl. auch Odermatt, Grundzüge der Gerichtsorganisation und der Zivilrechtspflege im Kanton Nidwalden, Diss. ZH, Luzern 1971, S. 50 f.). Seine Normen sind somit direkt anwendbar, sofern das kantonale Verfahrensrecht massgebend ist und kein Spezialerlass explizit eine Ausnahme vorsieht.
Vorliegend ist kantonales Verfahrensrecht für die Bestimmung des Fristenlaufs massgebend (E. 3.2). Weder die SVRPV noch die gestützt auf § 13 SVRPV sinngemäss anwendbare ZPO kennen bezüglich des Fristenlaufs eine ausdrücklich erwähnte Ausnahme. Demzufolge gelangt das Gerichtsgesetz, welches den Fristenlauf sowie die Gerichtsferien umfassend regelt, zur Anwendung.
3.5 Da die SVRPV bezüglich der Gerichtsferien keine Regelung enthält, sind im Sozialversicherungsgerichtsverfahren gestützt auf § 13 Abs. 1 SPRPV die Normen im Rahmen des beschleunigten Verfahrens nach Art. 203 f. ZPO massgebend. Beim beschleunigten Verfahren stehen jedoch gemäss Art. 59 Abs. 2 Ziff. 1 und Abs. 3 GerG gesetzlich und richterlich bestimmte Fristen nicht still. Die Vorinstanz ist demnach zu Recht auf die Beschwerde vom 10. September 2007 infolge Verspätung nicht eingetreten.
3.6 Schliesslich vermag der Versicherte auch nichts aus der Berufung auf den Vertrauensschutz bzw. auf eine angeblich amtliche Auskunft zu seinen Gunsten abzuleiten (<ref-ruling> E. 6.1 S. 636 mit Hinweisen). Denn erstens stellt der zitierte Artikel (Senn, Gerichtsferien im Sozialversicherungsrecht, AJP 1996 S. 307 ff.) keine amtliche Auskunft dar, da weder Verfasser noch Herausgeber in einer amtlichen Funktion tätig waren. Zweitens scheitert die Berufung auf den Vertrauensschutz auch daran, dass die Auskunft nicht auf einen konkreten Fall bezogen, sondern allgemein erfolgte. Überdies ist in diesem Artikel auch auf die vorliegend massgebliche Bestimmung von Art. 59 GerG hingewiesen worden.
Es bleibt daher festzuhalten, dass die Berufung auf den Vertrauensschutz nichts an der Massgeblichkeit von <ref-law> ändert (<ref-ruling> E. 4.4.6 S. 104) und auch die Berufung auf Sinn und Zweck der Norm im hier strittigen Zusammenhang untauglich ist (<ref-ruling> E. 4.3 S. 327).
4. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Juni 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold