Sachverhalt:
A. A.a S._, geboren 1971, hatte am 26. April 2004 einen Unfall erlitten. Beim Mutter/Kind (MuKi)-Turnen war ihr dreijähriger Sohn beim Herunterklettern auf der Sprossenwand ausgerutscht und der Mutter, welche ihn auffangen wollte, auf die rechte Schulter gefallen. Nachdem sie schon zuvor unter Nacken- und Kopfschmerzen (Migräne) gelitten hatte, indessen bis zur Geburt ihres Sohnes voll arbeitsfähig gewesen war, klagte sie nach dem Unfall unter anhaltenden Beschwerden, die auch nach umfangreichen Abklärungen und verschiedenen Rehabilitationsaufenthalten keine Linderung erfuhren. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) schloss den Fall per 30. November 2006 folgenlos ab. Ihr Einspracheentscheid vom 9. August 2007 wurde letztinstanzlich am 3. Februar 2009 bestätigt (Urteil 8C_792/2008). Dabei wurde festgehalten, dass die Vorinstanz aufgrund der medizinischen Akten nicht mit letzter Sicherheit habe beurteilen können, ob die Versicherte ein Schleuder- oder Schädel-Hirntrauma erlitten habe; indessen stehe zuverlässig fest, dass die Beschwerden organisch objektiv nicht ausgewiesen seien. Die für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzte Adäquanz wurde nach der sogenannten Schleudertrauma-Praxis gemäss <ref-ruling> geprüft und mit Verwaltung und Vorinstanz verneint.
A.b Die IV-Stelle Bern hatte den Anspruch auf Versicherungsleistungen zwischenzeitlich mit Verfügung vom 27. September 2007 ebenfalls abgelehnt; diese war vom Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 14. August 2008 bestätigt worden.

A.c Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 13. März 2009 gut und wies die Sache zu weiteren Abklärungen und zu neuer Verfügung über den Anspruch auf eine Invalidenrente an die IV-Stelle zurück (8C_793/2008). Es zog in Erwägung, dass die Ärzte der Gutachtenstelle X._, welche von der Beschwerdeführerin zur Abklärung der gesundheitlichen Folgen des am 26. April 2004 erlittenen Unfalls beauftragt worden waren, gemäss Gutachten vom 23. November 2006 Cervicocephalea, Cervicobrachialgien und ein Panvertebralsyndrom mit sekundärer Fibromyalgieentwicklung, neurovegetativer und neuropsychologischer sowie psychischer Störung diagnostiziert hatten, welche Leiden nach Auffassung der Gutachter zu einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit sowohl im angestammten Beruf als kaufmännische Angestellte als auch in einer leidensangepassten Tätigkeit führten. Dem sei das kantonale Gericht wegen mangelnder Schlüssigkeit des Gutachtens in entscheidwesentlichen Fragen zu Recht nicht gefolgt; indessen hätte ohne weitere Beweisvorkehren von der Einschätzung der Gutachter nicht abgewichen werden dürfen. Es sei ein neues Gutachten einzuholen zur Prüfung, ob und inwieweit die organischen Beschwerden zu einer Einschränkung in einer angepassten Tätigkeit führten, und zu klären, ob die nicht organischen, psychischen Störungen im Sinne der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 353) überwindbar seien.
A.d Die IV-Stelle Bern beauftragte in der Folge die Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS) Y._ mit der Begutachtung der Versicherten. Gestützt auf das orthopädische Gutachten vom 17. September 2009 mit neuropsychologischem Konsilium vom 10. Juni 2009 und psychiatrischem Teilgutachten vom 22. Juni 2009 lehnte die IV-Stelle Bern den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 26. Februar 2010 erneut ab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 7. April 2011 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihr eine "Rente auf der Basis von 100 %" zuzusprechen. Mit Eingabe vom 30. August 2011 lässt sie noch einmal Stellung nehmen, namentlich zum zwischenzeitlich ergangenen Urteil <ref-ruling> zur Einholung von Administrativ- und Gerichtsgutachten bei Medizinischen Abklärungsstellen (MEDAS).
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 67 f., 134 V 250 E. 1.2 S. 252, je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung der Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 315, 65 E. 1.3 S. 67 f., je mit Hinweisen). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 196 ff.). Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>).
1.2 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung, die gestützt darauf gestellte Diagnose, die ärztliche Stellungnahme zu dem noch vorhandenen Leistungsvermögen oder (bei psychischen Gesundheitsschäden) zur Verfügbarkeit von Ressourcen der versicherten Person sowie die aufgrund der medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit betreffen Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398), welche sich nach der dargelegten Regelung der Kognition einer Überprüfung durch das Bundesgericht weitgehend entziehen.
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), insbesondere auch bei Beeinträchtigungen der psychischen Gesundheit (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 353; <ref-ruling> E. 4c in fine S. 298), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01 E. 4b/cc) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Nach Würdigung der medizinischen Unterlagen, namentlich des Gutachtens der MEDAS Y._ vom 17. September 2009 sowie des von der Beschwerdeführerin eingereichten Verlaufsgutachtens des Dr. med. H._ vom 16. Februar 2010, welcher bei der Begutachtung mitgewirkt hatte, hat das kantonale Gericht dem Gutachten der MEDAS Y._ vollen Beweiswert zuerkannt, zumal sich in den Einschätzungen der genannten Gutachter hinsichtlich der Befunderhebung keine Widersprüche ergaben und das Gutachten die rechtsprechungsgemässen Anforderungen erfüllte. Es ist ihm zu entnehmen, dass die Röntgenuntersuchung der Halswirbelsäule ein altersentsprechend normales Bild ergab und weder degenerative noch posttraumatische Veränderungen zeigte. Orthopädisch manualdiagnostisch wurde eine eingeschränkte Beweglichkeit (Dysfunktion) festgestellt, was sich auch auf die Belastbarkeit auswirke, eine Erwerbstätigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit indessen vollumfänglich zulasse. Es wurde mit Blick auf die genannten Limitierungen eine leichte wechselbelastende Büro- oder andere Tätigkeit empfohlen, wobei eine besondere geistige Beanspruchung zu vermeiden sei, da die körperlichen Befunde der Halswirbelsäule Nacken- und Kopfschmerzen generierten. Die Vorinstanz hat weiter festgestellt, dass die Beschwerden auch im Übrigen organisch objektiv nicht ausgewiesen sind und aus psychiatrischer Sicht keine gesundheitlichen Beeinträchtigungen vorliegen.
4. Die Beschwerdeführerin rügt namentlich, dass sie durch eine MEDAS begutachtet worden sei, und begründet eingehend, weshalb die Einholung des MEDAS-Gutachtens und dessen Verwendung als Entscheidgrundlage auch im vorinstanzlichen Verfahren ihrer Auffassung nach unzulässig sei, wobei sie sich auf Art. 6 EMRK beruft. Sie macht sinngemäss im Wesentlichen geltend, sie sei mit der Untersuchung in der MEDAS nicht einverstanden gewesen und habe sich dazu auch nicht äussern können. Des Weiteren sei das Gutachten der MEDAS Y._ nicht schlüssig, sodass das kantonale Gericht ohne Mitwirkung eines Fachrichters darauf nicht hätte abstellen dürfen. Zu Unrecht habe die Vorinstanz kein Gerichtsgutachten eingeholt und auch keine öffentliche Verhandlung mit Befragung von Zeugen durchgeführt und ihr damit die eigene Beweisführung verweigert.
5. Für den Prozess vor dem kantonalen Versicherungsgericht bestimmt <ref-law>, dass das Verfahren in der Regel öffentlich ist. Es wird damit der von Art. 6 Ziff. 1 EMRK geforderten Öffentlichkeit des Verfahrens Rechnung getragen (Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 30 zu <ref-law>), welche im erstinstanzlichen Rechtsmittelverfahren zu gewährleisten ist (<ref-ruling> E. 3 S. 54 mit Hinweisen; in <ref-ruling> nicht publizierte E. 1.2 des Urteils C 13/05 vom 24. August 2005).
Das kantonale Gericht hat eine öffentliche Verhandlung durchgeführt und insoweit Art. 6 Ziff. 1 EMRK Rechnung getragen. Der Rechtsvertreter und die Versicherte haben an der Verhandlung teilgenommen.
Die Beschwerdeführerin rügt, dass sie sich nicht im Rahmen einer Parteibefragung zu den Gutachten habe äussern können, die Experten nicht habe befragen und auch keine eigenen Zeugen habe einvernehmen lassen können. Blosse Beweisabnahmeanträge, wie auch die Durchführung einer persönlichen Befragung, sind indessen von Art. 6 Ziff. 1 EMRK nicht erfasst (Urteil des EuGMR i.S. Hurter gegen die Schweiz vom 15. Dezember 2005, Nr. 53146/99, Ziff. 34; <ref-ruling> E. 5.2 S. 147).
In Prozessen über zivilrechtliche Ansprüche gewährleistet Art. 6 Ziff. 1 EMRK im Übrigen nicht generell, jedoch dann einen Anspruch auf persönliches Erscheinen oder persönliche Anhörung vor Gericht, wenn dies für die Entscheidung der Sache von unmittelbarer Bedeutung ist (<ref-ruling> E. 1b S. 493; SVR 2010 UV Nr. 3 S. 11, 8C_283/2009 E. 2.2.1 mit Hinweisen). Es wird beschwerdeweise nicht dargelegt, inwiefern die Anhörung der Versicherten von Bedeutung gewesen wäre, weshalb auch darauf nicht weiter einzugehen ist.
6. Das Bundesgericht hat sich unlängst in <ref-ruling> einlässlich zu den Begutachtungen durch die MEDAS geäussert. Die Beschwerdeführerin hat dazu Stellung genommen.
6.1 Das Bundesgericht hat erkannt, dass die Beschaffung medizinischer Entscheidungsgrundlagen durch externe Gutachtensinstitute wie die MEDAS in der schweizerischen Invalidenversicherung sowie deren Verwendung auch im Gerichtsverfahren an sich verfassungs- und konventionskonform ist.
Es wurde zunächst erneut bestätigt, dass die nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK vorausgesetzte Unabhängigkeit und Unparteilichkeit der betreffenden Gutachter gewährleistet sei (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 226), die Beweiserhebungen der Verwaltung im vorausgehenden nichtstreitigen Verfahren nicht als Parteihandlungen zu betrachten seien (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 226) und unter dem Gesichtspunkt der wirtschaftlichen Abhängigkeit nach ebenfalls gefestigter Rechtsprechung auch der regelmässige Beizug eines Gutachters oder einer Begutachtungsinstitution durch den Versicherungsträger, die Anzahl der beim selben Arzt in Auftrag gegebenen Gutachten und Berichte sowie das daraus resultierende Honorarvolumen für sich allein genommen nicht zum Ausstand führten (<ref-ruling> E. 1.3.3 S. 226 f.). Es wurde des Weiteren darauf verwiesen, dass praxisgemäss den im Rahmen des Verwaltungsverfahrens eingeholten Gutachten von externen Spezialärzten, welche aufgrund eingehender Beobachtungen und Untersuchungen sowie nach Einsicht in die Akten Bericht erstatten und bei der Erörterung der Befunde zu schlüssigen Ergebnissen gelangen, volle Beweiskraft zuzuerkennen ist, solange nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353). Der Anspruch auf Zugang zu einer unabhängigen gerichtlichen Instanz im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK, deren Überprüfungsbefugnis auch den Sachverhalt umfasst, erfordert nicht, dass anlässlich einer gerichtlichen Überprüfung in jedem Fall ein Gerichtsgutachten eingeholt wird (<ref-ruling> E. 1.4 S. 228).
6.2 Eingeräumt wurde indessen, die beiden sozialrechtlichen Abteilungen hätten die Entwicklungen im Bereich der IV-Begutachtungen in den letzten Jahren mit zunehmender Sorge verfolgt. Das Bundesgericht unterzog die Sach- und Rechtslage im Umfeld der MEDAS, auch im Lichte eines Rechtsgutachtens von Prof. Dr. iur. Jörg Paul Müller und Dr. iur. Johannes Reich vom 11. Februar 2010 zur Vereinbarkeit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur medizinischen Begutachtung durch Medizinische Abklärungsstellen betreffend Ansprüche auf Leistungen der Invalidenversicherung mit Art. 6 der Konvention vom 4. November 1950 zum Schutze der Menschenrechte und Grundfreiheiten, einer näheren Prüfung (<ref-ruling> E. 2 S. 228 ff.).
Das Bundesgericht hielt fest, dass aus dem Prinzip der Waffengleichheit stets über eine formale Gleichheit der prozessualen Rechtspositionen der Prozessparteien hinaus auch eine durch das Gericht zu verwirklichende materielle Gleichwertigkeit der Parteien im Sinne einer prozessualen Chancengleichheit abgeleitet wurde (<ref-ruling> E. 2.1.2 S. 229 ff., insb. E. 2.1.2.2). Es besteht Anspruch auf einen unabhängigen Experten, und dessen Verletzung führt zufolge seiner formellen Natur zum Ausschluss des Gutachtens als Beweismittel, unabhängig davon, wie es sich mit den materiellen Einwendungen verhält (<ref-ruling> E. 2.1.3 S. 231 f.).
Gemäss der Rechtsauffassung, wie sie in der gesetzlichen Ordnung über die Amtsermittlungspflicht des Sozialversicherungsträgers zum Ausdruck kommt, wird Beweis über sozialversicherungsrechtliche Ansprüche schwergewichtig auf der Stufe des Administrativverfahrens geführt, nicht im gerichtlichen Prozess. Hierin liegt eine Grundentscheidung des Gesetzgebers, deren Abänderung im formellen Gesetz vollzogen werden müsste. Sind formell einwandfreie und materiell schlüssige (das heisst beweistaugliche und beweiskräftige) medizinische Entscheidungsgrundlagen des Versicherungsträgers (Administrativgutachten) vorhanden, so besteht nach der Rechtsprechung kein Anspruch auf eine gerichtliche Expertise (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 232 f.). Das Gebot der Verfahrensfairness kann nicht allein durch den Umstand verletzt sein, dass gutachtliche und andere medizinische Erkenntnisse aus dem Administrativverfahren die wesentliche tatsachenbezogene Entscheidungsgrundlage für die gerichtliche Überprüfung des Verwaltungsaktes bilden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 236 f.). Das Bundesgericht hat sich im Weiteren zu den latenten Gefährdungen der Verfahrensgarantien, wie sie sich aus dem Ertragspotential der Tätigkeit der MEDAS zuhanden der Invalidenversicherung ergeben, geäussert (<ref-ruling> E. 2.4 S. 237 ff.) und die Notwendigkeit von Korrektiven geprüft (<ref-ruling> E. 2.5, 3 und 4 S. 240 ff.). Es hat schliesslich erkannt, dass die festgestellten Defizite durch die dargestellten Korrektive insgesamt ausgeglichen werden können und der Beizug von Administrativexpertisen der MEDAS und deren Verwendung auch im Beschwerdeverfahren in dieser Sicht nicht gegen die einschlägigen Verfahrensgarantien verstösst (<ref-ruling> E. 5 S. 266).
Nach altem Verfahrensstandard eingeholte Gutachten verlieren ihren Beweiswert auch mit Rücksicht auf die in <ref-ruling> erläuterten Korrektive nicht. Vielmehr ist im Rahmen einer gesamthaften Prüfung des Einzelfalls mit seinen spezifischen Gegebenheiten und den erhobenen Rügen entscheidend, ob das abschliessende Abstellen auf die vorhandenen Beweisgrundlagen im angefochtenen Entscheid vor Bundesrecht standhält (<ref-ruling> E. 6 S. 266).
Darauf ist im Einzelnen nachfolgend unter Berücksichtigung der Rügen der Beschwerdeführerin einzugehen.
7. 7.1 Beschwerdeweise wird insbesondere beanstandet, dass der IV-Stelle Parteistellung zukomme und dem von ihr eingeholten Gutachten zu Unrecht mehr Gewicht eingeräumt werde als ihren eigenen Beweismitteln.
Es ist hier auf die ausführlichen grundsätzlichen Darlegungen der Beschwerdeführerin im Einzelnen nicht einzugehen, hat sich doch das Bundesgericht im zitierten Entscheid eingehend zu den auch hier erhobenen Einwänden geäussert und sie an sich als berechtigt erachtet.
Im Wesentlichen wird indessen geltend gemacht, dass die in ihrem Fall angeordnete MEDAS-Begutachtung von vornherein unzulässig gewesen sei, womit sie jedoch nach den dargelegten Erwägungen nicht durchzudringen vermag.
7.2 So enthält Art. 6 Ziff. 1 EMRK namentlich keine Vorschrift über die Expertenauswahl (<ref-ruling> E. 1.4 S. 227). Im Hinblick auf die Ermittlung des medizinischen Sachverhalts sind die MEDAS gesetzlich vorgesehene Hilfsorgane der Invalidenversicherung (<ref-ruling> E. 2.3 S. 236). Selbst wenn ein Gerichtsgutachten einzuholen wäre (dazu unten E. 8, insb. 8.6), stünden die achtzehn MEDAS als zu beauftragende Sachverständige im Vordergrund, weil sie weitgehend den medizinischen Sachverstand repräsentieren, welcher zur interdisziplinären Begutachtung landesweit zur Verfügung steht (<ref-ruling> E. 4.4.1.5 S. 265).
Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, sie habe grundsätzlich nicht durch eine MEDAS abgeklärt werden wollen, ist somit auf ihr Anliegen nicht weiter einzugehen.
7.3 Die Beschwerdeführerin rügt weiter, dass sie bei der Begutachtung nicht habe mitwirken können.
Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> zunächst bezüglich der bisherigen Praxis dargelegt hat, funktioniert das sozialversicherungsrechtliche Abklärungsverfahren nach dem Grundsatz des Amtsbetriebs, was heisst, dass der Sozialversicherungsträger einen Versicherungsfall hoheitlich bearbeitet (vgl. <ref-law>) und mit dem Erlass einer materiellen Verfügung erledigt. Partizipatorische, auf präventive Mitwirkung im Rahmen der Gutachtensbestellung abzielende Verfahrensrechte stehen dabei in einem Spannungsverhältnis zum Gebot eines raschen und einfachen Verfahrens (<ref-law>). Anzustreben ist ein vernünftiges Verhältnis zwischen den Mitwirkungsrechten im Verwaltungsverfahren und dem Ziel einer raschen und korrekten Abklärung. Die versicherte Person kann sich im Rahmen des rechtlichen Gehörs zum Beweisergebnis äussern und erhebliche Beweisanträge vorbringen (<ref-ruling> E. 3.4.1.5 S. 250 f.).
Mehr als bisher ist indessen in Zukunft das Bestreben um eine einvernehmliche Gutachtenseinholung in den Vordergrund zu stellen, wobei gemäss <ref-ruling> unter Berücksichtigung der latent vorhandenen systemischen Gefährdungen nicht länger an der Rechtsprechung festgehalten werden kann, wonach für die Anordnung einer Expertise eine blosse Mitteilung genügt (<ref-ruling> E. 3.4.2.6 S. 256). Des Weiteren ist der versicherten Person - unter Aufgabe der bisherigen Rechtsprechung - ein Anspruch einzuräumen, sich vorgängig zu den Gutachterfragen zu äussern (<ref-ruling> E. 3.4.2.9 S. 258).
Wie dargelegt (oben E. 6.2 in fine) vermag das nach altem Verfahrensstand eingeholte Gutachten seinen Beweiswert indessen nicht ohne Weiteres zu verlieren. Diesbezüglich fällt hier auf und ist entscheidwesentlich, dass die Beschwerdeführerin nach Anordnung der MEDAS-Begutachtung durch die IV-Stelle zwar dagegen protestiert hat, jedoch weder formelle Ausstands- oder Ablehnungsgründe geltend gemacht (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 7.3 S. 383), noch sich im Nachhinein substantiiert und konkret zum Gutachten geäussert hat, indem namentlich Ergänzungsfragen gestellt worden wären. Die Beschwerdeführerin hat von den ihr schon damals zustehenden Mitwirkungsrechten keinen Gebrauch gemacht. Auch letztinstanzlich wird nicht dargelegt, inwiefern sie - abgesehen von ihrer grundsätzlichen Ablehnung der MEDAS Y._ - am Beweisergebnis hätte mitwirken wollen. Insbesondere legt die Beschwerdeführerin nicht dar, welche Fragen sie hätte stellen wollen und inwiefern diese für die medizinische Einschätzung relevant gewesen wären. Mit Blick auf die eingeschränkte Kognition des Bundesgerichts und mangels entsprechender konkreter Einwände im letztinstanzlichen Verfahren bestehen diesbezüglich keine Anhaltspunkte dafür, weshalb dem nach altem Verfahrensstand korrekt eingeholten MEDAS-Gutachten aus formellen Gründen kein Beweiswert zukommen sollte. Auf die Frage, ob die Vorinstanz ein Gerichtsgutachten hätte einholen müssen, ist später einzugehen (E. 8, insb. 8.6).
7.4 Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> wiederum bestätigt, dass kein Anspruch des Versicherten auf Begleitung durch eine Person seines Vertrauens, zum Beispiel den behandelnden Arzt, besteht; die Einwände der Gutachter gegen eine Anwesenheit jedwelcher Drittperson in der Untersuchung sind grundsätzlich berechtigt (<ref-ruling> E. 3.1.3.3 S. 244; <ref-ruling>; SVR 2008 IV Nr. 18 S. 55, I 42/06; Urteil I 991/06 vom 7. August 2007 E. 3.2).
7.5 Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> angemerkt, dass eine häufige Gutachtertätigkeit für eine Sozialversicherung und die damit einhergehende medizinische Erfahrung des Experten an sich bereits einer Qualitätssicherung entsprechen. In diesem Zusammenhang hat es erneut bestätigt, dass die Gutachter nicht zwingend über eine FMH-Ausbildung verfügen müssen; verlangt ist eine Fachausbildung, die auch im Ausland erworben sein kann (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 245 f.). Der diesbezügliche Einwand der Beschwerdeführerin (betreffend den orthopädischen Gutachter Dr. med. B._) ist daher unberechtigt. Im Übrigen beschränkt sich die Beschwerdeführerin auf den pauschalen sinngemässen Einwand, dass den Gutachtern der MEDAS Y._ die entsprechende Erfahrung fehle, was sie mit der ihrer Auffassung nach unzureichenden Kenntnis von den Anforderungen der vormaligen Arbeitsstelle begründen will. Damit ist indessen über die massgebliche medizinische Qualität des Gutachtens nichts gesagt. Im Übrigen ist auf den Einwand der mangelhaften Abklärung der Arbeitsbedingungen im angestammten Beruf später einzugehen (E. 8.3 u. 8.4).
7.6 Was den Einwand betrifft, dass kein Fachrichter beim angefochtenen Entscheid mitgewirkt habe und die Arbeitsfähigkeit daher nicht hinreichend habe ästimiert werden können, ist wiederum auf <ref-ruling> zu verweisen. Das Bundesgericht hat eingeräumt, dass die rechtsanwendenden Behörden faktische Festlegungen, die in medizinischen Administrativgutachten getroffen worden sind, mangels eigener Fachkenntnis oft nicht direkt überprüfen können. Eine Kontrolle ist im Wesentlichen nur möglich im Hinblick auf die Einhaltung formaler Erfordernisse und darauf, ob die gutachtlichen Folgerungen schlüssig begründet wurden (<ref-ruling> E. 3.4.2.4 S. 254). Auf die Schlüssigkeit ist nachfolgend (E. 8) einzugehen.
7.7 Zusammengefasst besteht keine Veranlassung, aus formellen Gründen auf das nach altem Verfahrensstand eingeholte MEDAS-Gutachten nicht abzustellen. Es sind mit Blick auf die erhobenen Rügen keine Anhaltspunkte dafür ersichtlich, dass die gemäss Urteil des Bundesgerichts vom 13. März 2009 (8C_793/2008) erforderliche weitergehende Abklärung zu einem anderen Beweisergebnis geführt hätte, wenn der Beschwerdeführerin die nach neuer Rechtsprechung zu gewährenden partizipatorischen, auf präventive Mitwirkung abzielenden Verfahrensrechte eingeräumt worden wären. Es ist später darauf einzugehen, ob dieses Ergebnis auch der im vorliegenden Fall vorzunehmenden gesamthaften Prüfung (E. 6.2 in fine) standzuhalten vermag (dazu E. 9).
8. Zu prüfen ist im Weiteren, ob das MEDAS-Gutachten materiell schlüssig ist.
8.1 Es wird diesbezüglich sinngemäss im Wesentlichen geltend gemacht, dass das von der IV-Stelle eingeholte Gutachten bei gleichen Befunden der Einschätzung der Privatgutachter widerspreche.
Dazu ist zunächst festzuhalten, dass das Bundesgericht in seinem Urteil vom 13. März 2009 das Gutachten der Gutachten-Stelle X._ als nicht schlüssig erachtet hat (8C_793/2008 E. 4, insb. 4.3.2).
Die Privatgutachter, welche mit der Abklärung der gesundheitlichen Folgen des am 26. April 2004 erlittenen Unfalls beauftragt worden waren, diagnostizierten Cervicocephalea, Cervicobrachialgien und ein Panvertebralsyndrom mit sekundärer Fibromyalgieentwicklung, neurovegetativer und neuropsychologischer sowie psychischer Störung. Nach Auffassung der Gutachter führten diese Leiden zu einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit sowohl im angestammten Beruf als kaufmännische Angestellte als auch in einer leidensangepassten Tätigkeit (Gutachten vom 23. November 2006).
Dem hatte das kantonale Gericht in seinem Entscheid vom 14. August 2008 angesichts der gestellten Diagnosen nicht folgen können, sei doch rechtsprechungsgemäss nicht allein auf die Schmerzangaben der Versicherten abzustellen, wenn diese durch damit korrelierende, fachärztlich schlüssig feststellbare Befunde nicht hinreichend erklärbar sind, und führten psychische Störungen nicht ohne Weiteres zu einer Invalidisierung. Das kantonale Gericht hatte in Abweichung von der Einschätzung der Privatgutachter angenommen, dass die Versicherte in ihrer Arbeitsfähigkeit nicht eingeschränkt sei, wobei auf weitere Beweisvorkehren verzichtet wurde. Das Bundesgericht hat in seinem Urteil vom 13. März 2009 dazu ausgeführt, es sei nicht ohne Weiteres nachvollziehbar und werde im Privatgutachten auch nicht näher begründet, weshalb die Beschwerdeführerin vollständig arbeitsunfähig sein soll. Es werde darin insbesondere nicht erläutert, weshalb eine angepasste Tätigkeit trotz der festgestellten organischen Beschwerden nicht möglich sein soll. Es fehle im Gutachten aber auch eine Antwort auf die Frage, ob die Beschwerdeführerin über die notwendigen Ressourcen zur Überwindung ihrer Schmerzen verfüge (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50). Insofern sei das Gutachten unvollständig. Die dargelegten medizinischen Fragen seien entscheidwesentlich; Verwaltung und Vorinstanz hätten sich indessen ohne Beizug des Fachwissens von Experten/Expertinnen nicht einfach über die Einschätzung der Gutachter hinwegsetzen dürfen (8C_793/2008 E. 4.3.2. u. 4.3.3).
Unter diesen Umständen lässt sich allein durch die von den Ärzten der Gutachtenstelle X._ abweichende Stellungnahme im MEDAS-Gutachten nicht begründen, weshalb darauf nicht abzustellen wäre. Auch ist der Einwand nicht berechtigt, dass dem Privatgutachten zum vornherein zu Unrecht weniger Gewicht beigemessen und damit das Prinzip der Waffengleichheit verletzt worden sei.
8.2 Es wird weiter geltend gemacht, dass das MEDAS-Gutachten nicht vollständig sei, weil den Ärzten die SUVA-Akten nicht zur Verfügung gestanden hätten. Gleichzeitig wird jedoch gerügt, dass die Vorinstanz bei der Beweiswürdigung auch kreisärztliche Berichte heranziehe, darauf jedoch nicht hätte abgestellt werden dürfen, da es sich um versicherungsinterne Stellungnahmen handelt. Mangels weitergehender, differenzierter Rügen ist auf die Einwände lediglich insoweit einzugehen, als anzumerken ist, dass den Gutachtern der MEDAS Y._ die fraglichen SUVA-Stellungnahmen gemäss ihrer Auflistung der Akten zur Verfügung standen und somit auch in ihre Einschätzung eingeflossen sind.
8.3 Die Einwände der Beschwerdeführerin betreffen im Weiteren die Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit durch die MEDAS, wobei insbesondere bemängelt wird, dass am vormaligen Arbeitsplatz keine Exploration durchgeführt worden sei. Entscheidwesentlich ist indessen die Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit; es besteht Übereinstimmung darin, dass der frühere Beruf als kaufmännische Angestellte bei der S._ (Order Manager, Back Office Voice; Fragebogen Arbeitgeber vom 9. Mai 2005), wo die Versicherte gemäss Schreiben der vormaligen Vorgesetzten vom 5. Juni 2009 an die MEDAS mit der kommerziellen Bearbeitung von Mietleitungen im Backoffice (Bestellungen, Mutationen, Kündigungen, Verrechnungen, Offerten, Korrespondenz mit internen und externen Grosskunden) beschäftigt war und dabei etwa 80 % der Arbeit am PC zu verrichten hatte, ihren Beschwerden nicht zuträglich ist.
8.4 Was die Schlüssigkeit des MEDAS-Gutachtens betrifft, wird beschwerdeweise, wie dargelegt und erörtert, im Wesentlichen eine Widersprüchlichkeit zur Stellungnahme der Gutachtenstelle X._ geltend gemacht und die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit durch die Gutachter der MEDAS Y._ gerügt.
Weitergehende Einwände finden sich diesbezüglich nicht. Die Beschwerdeführerin beruft sich - hinsichtlich des Verfahrens - wohl darauf, dass sie mit eigenen Zeugen und anderen Beweismitteln sowie durch die Befragung ihrer Person, wenn sie denn vom kantonalen Gericht zugelassen worden wären, am Beweisverfahren hätte mitwirken wollen, ohne indessen darzulegen, inwiefern sie damit am Beweisergebnis etwas hätte ändern wollen.
Entscheidwesentlich ist diesbezüglich, ob konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit des im Rahmen des Verwaltungsverfahrens eingeholten Gutachtens der versicherungsexternen Spezialärzte sprechen (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353); es handelt sich hier, anders als beschwerdeweise geltend gemacht wird, nicht etwa um einen versicherungsinternen Bericht eines Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD), der zur Verwaltung gehört (<ref-ruling> E. 3.4.2 in fine S. 260; zum Beweiswert versicherungsinterner Berichte: <ref-ruling> E. 4.3.2 u. 4.4 S. 469 f.). Zu berücksichtigen ist zudem die eingeschränkte Kognition des Bundesgerichts (oben E. 1). Mit Blick auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin finden sich nach dem Gesagten keine Anhaltspunkte für eine offensichtliche Unrichtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beziehungsweise eine diesbezügliche Rechtsverletzung. Es lässt sich damit nicht beanstanden, dass das kantonale Gericht das MEDAS-Gutachten als schlüssig erachtet hat. Damit ist auch die Rüge unbegründet, dass die Vorinstanz zu Unrecht in antizipierter Beweiswürdigung auf die Abnahme weiterer Beweise verzichtet habe (vgl. SVR 2010 UV Nr. 3 S. 11, 8C_283/2009 E. 2.2.2; SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27, I 362/99 E. 4b; zu Art. 4 Abs. 1 aBV ergangene, weiterhin geltende Rechtsprechung: <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162).
8.5 Beschwerdeweise wird der Vorwurf eines diskriminierenden Krankheitsbegriffs erneuert (vgl. schon Urteile 8C_792/2008 vom 3. Februar 2009 E. 6 und 8C_793/2008 vom 13. März 2009 E. 4.4).
Das Bundesgericht hat sich dazu bereits in SVR 2008 IV Nr. 62 S. 203, 9C_830/2007 E. 4.2, geäussert. Die 2004 begründete, gefestigte und vom Gesetzgeber ins positive Recht (<ref-law>, in Kraft seit 1. Januar 2008; <ref-ruling>) überführte Praxis des Bundesgerichts (vgl. <ref-ruling> und 396, <ref-ruling>) lässt sich durch die Vertretung einer weithin pauschalen Auffassung nicht ernsthaft in Frage stellen (Urteil 9C_1032/2010 vom 1. September 2011 E. 4.5).
Auch in <ref-ruling> hat das Bundesgericht wiederum zum Einwand des Diskriminierungsverbots (<ref-law>; Art. 14 in Verbindung mit Art. 6 EMRK) Stellung genommen. Der Umstand, dass die Rechtsprechung das Anwendungsfeld formeller Garantien hinsichtlich der Verfahren zur Abklärung der Voraussetzungen für Leistungen an behinderte Menschen eng gezogen hat, bedeutet offenkundig nicht, dass diese wegen dieses Merkmals bei der Rechtsanwendung ohne qualifizierte Rechtfertigung anders behandelt würden (<ref-ruling> E. 3.4.2.1 S. 252; vgl. zu den Merkmalen einer Diskriminierung - statt vieler - <ref-ruling> E. 7.1 S. 305).
8.6 Da das MEDAS-Gutachten nach den dargelegten Erwägungen hinsichtlich seiner Schlüssigkeit nicht zu beanstanden ist, besteht auch nach der neuen Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> kein Anspruch auf Einholung eines Gerichtsgutachtens (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 232 f. und 4.2 S. 259 f.).
9. Zusammengefasst vermag das nach altem Verfahrensstand eingeholte MEDAS-Gutachten sowohl in formeller Hinsicht als auch unter dem Gesichtspunkt der materiellen Schlüssigkeit standzuhalten.
Im Sinne einer abschliessenden Prüfung ist noch auf folgenden Punkt einzugehen. Es wird sinngemäss im Wesentlichen geltend gemacht, dass die Beschwerdeführerin sich einer Administrativ-Begutachtung habe unterziehen müssen, mit welcher sie nicht einverstanden gewesen sei und zu der sie sich nicht vorgängig habe äussern können, dass letzten Endes jedoch, als an deren Ergebnis ohnehin nichts mehr zu ändern gewesen sei, zu ihren Ungunsten darauf abgestellt worden sei. Es ist damit, wie in <ref-ruling> einlässlich erörtert, der präjudizierende Effekt eingetreten, ohne dass die Beschwerdeführerin an der medizinischen Entscheidgrundlage mitgewirkt hätte.
Es ist indessen an dieser Stelle erneut darauf hinzuweisen, dass anhand ihrer Vorbringen im gesamten Verfahren keine Anhaltspunkte dafür bestehen, welche Anliegen sie hätte einbringen wollen, zumal sie weder unmittelbar im Anschluss an die Begutachtung noch später je konkrete diesbezügliche Einwände erhoben und dargelegt hat, inwiefern gestützt darauf ein anderes Beweisergebnis hätte resultieren müssen.
Es ist denn des Weiteren auch auf das in <ref-ruling> genannte ernstzunehmende Risiko beziehungsweise die objektiv begründete Befürchtung einzugehen, dass die Gutachterstellen sich, jedenfalls in gutachtlichen Zweifels- und Ermessensbereichen, nicht allein von fachlichen Gesichtspunkten, sondern auch von (vermeintlichen) Erwartungen der Auftraggeberschaft leiten lassen könnten (<ref-ruling> E. 2.4.4 S. 240). Diesbezüglich ist hier festzuhalten, dass nach insoweit allseits übereinstimmender und unbestrittener Befunderhebung gemäss Röntgenuntersuchung der Halswirbelsäule ein altersentsprechend normaler Zustand besteht. Soweit gemäss Urteil des Bundesgerichts vom 13. März 2009 (8C_793/2008) die organischen Beschwerden beziehungsweise ihre Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit weiter abzuklären waren, findet sich dazu im MEDAS-Gutachten die schlüssige und beschwerdeweise auch nicht weiter beanstandete Einschätzung, dass orthopädisch manualdiagnostisch eine eingeschränkte Beweglichkeit (Dysfunktion) der Halswirbelsäule festzustellen sei, welche sich auch auf die Belastbarkeit auswirke, jedoch eine leidensangepasste Tätigkeit zulasse. Damit ist nunmehr, nach Beizug des entsprechenden Fachwissens, mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass es sich bei den von den Privatgutachtern erhobenen weitergehenden Befunden um einen pathogenetisch (ätiologisch) unklaren syndromalen Zustand handelt, der rechtsprechungsgemäss mit zumutbarer Willensanstrengung grundsätzlich zu überwinden ist, sofern nicht eine psychische Komorbidität oder weitere Umstände gegeben sind, welche die Schmerzbewältigung behindern (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 283 u. E. 3.3 S. 284; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 353; <ref-ruling> E. 5.3.2 S. 398 f.). Indessen bestehen nach der gemäss bundesgerichtlicher Anordnung im Urteil vom 13. März 2009 (8C_793/2008) zu ergänzenden fachärztlichen Abklärung keine Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdeführerin die notwendigen Ressourcen zur Überwindung ihrer Schmerzen fehlen würden, was beschwerdeweise ebenfalls nicht bestritten wird.
Es steht also fest, dass die subjektiv invalidisierenden Beschwerden der Versicherten weitestgehend nicht durch Befunde zu erklären sind, die sich mittels bildgebender Verfahren erheben liessen, sondern auf einen pathogenetisch (ätiologisch) unklaren syndromalen Zustand zurückzuführen sind. Unter diesen Umständen kann nicht gesagt werden, dass sich die Administrativ- und die Privatgutachter hinsichtlich ihrer (unterschiedlichen) Einschätzungen der Arbeitsfähigkeit in einem gutachtlichen Zweifels- und Ermessensbereich bewegt hätten. Vielmehr bestehen insofern die erörterten rechtsprechungsgemässen Vorgaben.
Abschliessend vermag somit der pauschale Einwand, dass es unter präventiver partizipatorischer Mitwirkung der Beschwerdeführerin zu einem anderen Gutachtensergebnis und damit zu einer Rentenzusprechung gekommen wäre, keinen Anlass zu einer von den dargelegten Erwägungen abweichenden Beurteilung zu geben.
10. Was die erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitsschadens betrifft, wird bei der Invaliditätsbemessung auf Seiten des Invalideneinkommens die Gewährung des höchstzulässigen Abzuges vom Tabellenlohn (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.) beantragt.
Die gesetzlichen und rechtsprechungsgemässen Regeln über die Durchführung des Einkommensvergleichs sind Rechtsfragen und als solche frei überprüfbar. Demgegenüber stellt sich die Feststellung der beiden hypothetischen Vergleichseinkommen als Tatfrage dar, soweit sie auf konkreter Beweiswürdigung beruht, hingegen als Rechtsfrage, soweit sich der Entscheid nach der allgemeinen Lebenserfahrung richtet. Letzteres betrifft etwa die Frage, ob Tabellenlöhne anwendbar sind, welches die massgebliche Tabelle ist und ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Leidensabzug vorzunehmen sei. Demgegenüber beschlägt der Umgang mit den Zahlen in der massgeblichen LSE-Tabelle Tatfragen. Schliesslich ist die Frage nach der Höhe des (im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten) Leidensabzuges eine typische Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
Die Beschwerdeführerin rügt, dass die Vorinstanz zu Unrecht auf einen leidensbedingten Abzug verzichtet habe. Der Einwand trifft indessen nicht zu, hat das kantonale Gericht doch auch unter Berücksichtigung einer Reduktion des Durchschnittslohnes gemäss Schweizerischer Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) um 10 % einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 34 % ermittelt. Weshalb anstelle des 10%igen ein Abzug von 25 % angezeigt gewesen wäre, wird nicht begründet, weshalb mit Blick auf die letztinstanzliche Kognition auf den Einwand nicht weiter einzugehen ist.
Im Übrigen wird der von der Vorinstanz vorgenommene Einkommensvergleich nicht beanstandet und gibt keinen Anlass zu Weiterungen.
11. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Es besteht bei diesem Verfahrensausgang kein Anspruch auf die beschwerdeweise beantragte Parteientschädigung für das vorinstanzliche Verfahren (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. September 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo