Sachverhalt:
A. Am 30. Oktober 2007 verfügte die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern, der eine Freiheitsstrafe von 2 Jahren und 9 Monaten verbüssende X._ werde rückwirkend per 20. August 2007 bedingt aus der Strafanstalt Bostadel entlassen, unter Auferlegung einer Probezeit von einem Jahr. Diese beginne am 5. November 2007 und daure bis zum 4. November 2008. Der Strafrest betrage 6 Monate und 19 Tage. Sie stellte ihn für die Probezeit unter Bewährungshilfe und erteilte ihm die Weisung, die Anordnungen der kantonalen Bewährungshilfe zu befolgen.
Mit "Zwischenbericht mit Antrag auf Verwarnung" vom 23. April 2008 teilte die zuständige Bewährungshelferin der Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug mit, X._ habe zwei Termine nicht wahrgenommen, seine Situation entwickle sich zunehmend in die falsche Richtung. Es müsse schnell und effizient reagiert werden, da die Rückfallgefahr im Moment hoch zu sein scheine.
Gestützt auf diesen Zwischenbericht beantragte die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug am 28. April 2008 dem Obergericht des Kantons Bern, die Rückversetzung von X._ nach <ref-law> zu prüfen.
B. Die 2. Strafkammer setzte X._ durch Publikation im Amtsblatt vom 21. Mai 2008 Frist an, sich zu seiner Rückversetzung in den Strafvollzug zu äussern. Nach deren unbenutztem Ablauf ordnete sie die Durchführung des schriftlichen Verfahrens an und lud den Generalprokurator zur Vernehmlassung ein. Dieser beantragte mit Vernehmlassung vom 24. Juni 2008, X._ in den Strafvollzug zurückzuversetzen.
Am 1. Juli 2008 ordnete das Obergericht die Rückversetzung von X._ in den Strafvollzug und den Vollzug der Reststrafe von 6 Monaten und 19 Tagen an.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen obergerichtlichen Beschluss aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen, oder eventuell auf eine Rückversetzung des Beschwerdeführers in den Strafvollzug zu verzichten und höchstens Massnahmen im Sinne von <ref-law> anzuordnen.
Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt in formeller Hinsicht eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör, da ihm das Obergericht die Aufforderung zur Stellungnahme nicht bzw. nicht rechtsgültig zugestellt und ihn dadurch um die Teilnahme am Rückversetzungsverfahren gebracht habe.
1.1 Falls der Beschwerdeführer mangels korrekter Zustellung von dem gegen ihn laufenden Rückversetzungsverfahren keine Kenntnis hatte und deswegen seine Parteirechte nicht ausüben konnte, liegt darin jedenfalls eine Verletzung seines in <ref-law> verankerten verfassungsmässigen Anspruchs auf rechtliches Gehör. Ob der angefochtene Entscheid diesfalls nichtig wäre, wie das Bundesgericht in dieser Konstellation auch schon angenommen hat (<ref-ruling>), kann offen bleiben, da ihn der Beschwerdeführer rechtzeitig angefochten hat.
1.2 Die Eröffnung und Zustellung von "Beschlüssen, Urteilen und Anordnungen" ist in den Art. 87 ff. des Gesetzes über das Strafverfahren des Kantons Bern vom 15. März 1995 (StrV) geregelt. Nach Art. 88 Abs. 1 und 2 StrV erfolgt die Zustellung in der Regel per Post, oder, wenn es zweckmässig erscheint, durch die Polizei. Ist der Adressat nicht anwesend, ist die Mitteilung gegen Quittung einem Angehörigen oder Familiengenossen zu übergeben (Abs. 3). Die Zustellung gilt auch dann als erfolgt, wenn sie der Adressat verhindert (Abs. 4). Nach Art. 90 StrV hat die verfahrensbeteiligte Person zudem das Recht, ein Zustelldomizil in der Untersuchungsregion zu bezeichnen. Ist eine für ein Strafverfahren benötigte Person unbekannten Aufenthaltes, kann sie zu dessen Ermittlung polizeilich ausgeschrieben werden (Art. 91 StrV). Nach Art. 92 Abs. 1 StrV erfolgt die Zustellung durch einmalige Veröffentlichung im Amtsblatt, "sofern verfahrensabschliessende Beschlüsse und Entscheide sowie Vorladungen zu gerichtlichen Verhandlungen im Haupt- oder Rechtsmittelverfahren den Parteien oder allenfalls anderen Beteiligten auf ordentlichem Weg nicht zugestellt werden können".
1.3 Die Strafvollzugsbehörden verfügten über eine Zustelladresse des Beschwerdeführers bei seiner Mutter. Die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug stellte ihm ihre Verfügung vom 30. Oktober 2007 über die bedingte Entlassung ebenso dorthin zu wie die Bewährungshelferin ihren Zwischenbericht mit Antrag auf Verwarnung vom 23. April 2008. In den Akten finden sich keine Hinweise, dass Zustellungen an diese Adresse je gescheitert wären, und der Beschwerdeführer hat sie gegenüber den Strafvollzugsbehörden nie abgemeldet. Aus dem erwähnten Zwischenbericht der Bewährungshelferin lässt sich ebenfalls nicht ableiten, dass der Beschwerdeführer diese Zustelladresse aufgegeben hätte. Daraus ergibt sich nur, dass er zwischen dem 23. März und dem 20. April 2008 nicht bei seiner Mutter wohnte, aber immerhin sporadisch den Kontakt mit ihr aufrechterhielt.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die zuständigen Strafvollzugsbehörden über eine Zustelladresse verfügten, welche das Obergericht leicht den Akten hätte entnehmen können. Damit waren die Voraussetzungen von Art. 92 StrV für die Zustellung von Gerichtsurkunden an den Beschwerdeführer auf dem Wege der Publikation im Amtsblatt offensichtlich nicht gegeben. Das Obergericht wäre verpflichtet gewesen, ihm Gerichtsurkunden an diese Adresse zuzustellen. Diese Zustellung wäre rechtsgültig gewesen, auch wenn er die Post bei seiner Mutter nicht abgeholt hätte (Art. 88 Abs. 4 StrV). Da die fehlerhafte Zustellung im Ergebnis dazu führte, dass der Beschwerdeführer im Rückversetzungsverfahren seine Parteirechte nicht wahrnehmen konnte, ist der angefochtene Entscheid ohne weiteres wegen Verletzung von <ref-law> aufzuheben. Die Rüge ist begründet.
2. Der angefochtene Entscheid ist somit aus diesem formellen Grund aufzuheben, ohne dass er inhaltlich zu prüfen wäre. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>), und der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Beschluss des Obergerichts des Kantons Bern vom 1. Juli 2008 aufgehoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Bern hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi