Sachverhalt:
A. S._, geboren 1963, liess Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich vom 12. September 2011 einreichen und unter Aufhebung des Einspracheentscheids die Zusprechung der gesetzlichen Leistungen beantragen. Das Gericht veranlasste den Schriftenwechsel und liess durch die IV-Stelle des Kantons Zürich weitere Unterlagen edieren. Mit Eingabe vom 21. Mai 2012 liess S._ den Ausstand von A.B._, welcher als Gerichtsschreiber die jeweiligen Instruktionsmassnahmen unterzeichnet hatte, beantragen.
B. Mit Entscheid vom 17. August 2012 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich das Ausstandsbegehren ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Begehren, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass Gerichtsschreiber A.B._ in den Ausstand zu treten habe.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren, gegen welchen die Beschwerde zulässig ist (<ref-law>). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Hier muss die Beschwerdeschrift die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 lit. a und b BGG prüft das Bundesgericht grundsätzlich frei, einschliesslich die Frage, ob die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts zu einer Bundesrechtswidrigkeit führt. Im Übrigen prüft das Bundesgericht die Handhabung kantonalen Rechts - vorbehältlich der in Art. 95 lit. c und d BGG genannten Fälle - bloss auf Willkür hin (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f.). Mit freier Kognition beurteilt es indessen die Frage, ob die als vertretbar erkannte Auslegung des kantonalen Prozessrechts mit den Garantien der <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK vereinbar ist.
Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Nach der Rechtsprechung ist eine Entscheidung willkürlich, wenn sie eine Norm oder einen klaren und unumstrittenen Rechtsgrundsatz offensichtlich schwer verletzt, sich mit sachlichen Gründen schlechthin nicht vertreten lässt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Willkürliche Rechtsanwendung liegt zudem nicht schon vor, wenn eine andere Lösung vertretbar oder sogar vorzuziehen wäre (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153 mit Hinweisen).
3. Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht (<ref-law>; § 12 lit. a des Gesetzes des Kantons Zürich vom 7. März 1993 über das Sozialversicherungsgericht [GSVGer; 212.81] in Verbindung mit § 5a des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 [VRG; 175.2]; <ref-ruling> E. 4.2 S. 21; <ref-ruling> E. 1.1 S. 25; <ref-ruling> E. 3.4 S. 116; <ref-ruling> E. 2a S. 84, je mit Hinweisen), welcher auch auf die Tätigkeit der Gerichtsschreiber Anwendung findet (<ref-ruling> E. 4c S. 262; <ref-ruling> E. 3 S. 84; <ref-ruling> E. 4c S. 317; <ref-ruling> E. 7 S. 227, je mit Hinweisen; § 9 Abs. 4 GSVGer), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Der Versicherte rügt, Gerichtsschreiber A.B._ sei befangen, da er von C.D._, welche als Juristin im Rechtsdienst der Arbeitslosenkasse in die Sache involviert sei, in der Korrespondenz mit "lieber A._" angesprochen werde. Es sei nicht problematisch, wenn sich Angehörige der Verwaltung und der Justiz duzten, sofern sie sich im Privaten treffen würden. Im Rahmen ihrer amtlichen Funktion erheische es jedoch der Respekt vor den Parteien, dass sie sich einer förmlichen Ansprache bedienten. Auch gebe das Gericht so zu verstehen, dass es zwischen dem privaten Verkehr und der amtlichen Tätigkeit zu unterscheiden wisse.
Sinngemäss macht der Versicherte geltend, es bestehe zwischen dem eingesetzten Gerichtsschreiber und der seitens der Verwaltung agierenden Juristin ein persönliches Verhältnis, welches den Gerichtsschreiber objektiv betrachtet als befangen erscheinen lasse. Nach der Rechtsprechung reicht es für die objektive Begründung des Anscheins von Befangenheit nicht aus, dass sich die am Verfahren Beteiligten duzen; im Einzelfall müssen vielmehr weitere Elemente gegeben sein, die objektiv nachvollziehbare Zweifel an der Unbefangenheit aufkommen lassen (Urteil 2C_665/2010 vom 24. Mai 2011 E. 2.1; vgl. auch Urteil 1B_303/2008 vom 25. März 2009 E. 2.2 sowie Isabelle Häner, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl., 2011, N. 16 zu <ref-law> mit Hinweisen). Die Möglichkeit kollegialer Gefühle erweckt in der Regel noch nicht den Anschein der Befangenheit (<ref-ruling> E. 6.4.4 S. 8 mit Hinweis).
Dem Rechtsvertreter des Versicherten wurde nach Erhebung des Ausstandsbegehrens dargelegt, dass C.D._ bis Ende Mai 2011 als Gerichtsschreiberin am Sozialversicherungsgericht tätig gewesen und somit ehemalige Arbeitskollegin von A.B._ sei; eine weitergehende, private Beziehung liege nicht vor. Es sind keine Anhaltspunkte ersichtlich - und werden vom Versicherten auch nicht geltend gemacht - wonach zwischen A.B._ und C.D._ eine Beziehung besteht, die über ein Verhältnis ehemaliger Arbeitskollegen hinausgeht. Unter diesen Umständen ist kein objektiver Anschein von Befangenheit gegeben und die Vorinstanz hat das Ausstandsbegehren zu Recht abgewiesen. Daran ändert auch der Hinweis des Versicherten auf <ref-ruling> nichts; denn bei der von ihm angerufenen Erwägung 2.1.2.2 geht es nicht um die Unbefangenheit von Gerichtspersonen, sondern um den Grundsatz der Waffengleichheit und dessen Umsetzung im Rahmen der Bestellung von (medizinischen) Sachverständigen durch die Verwaltung, so dass der Versicherte daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten kann.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) und der Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Januar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold