Faits:
A. A._, né en 1965, de nationalité italienne, et C._, née en 1976, de nationalité portugaise, ont fait ménage commun entre 2001 et juillet 2004.
Ils ont un fils, B._, né en 2005 à Genève et reconnu par son père le 18 avril suivant.
A._ et C._ ont repris la vie commune entre février 2007 et novembre 2008, époque à laquelle ils se sont définitivement séparés.
A._ dispose d'un droit de visite d'un week-end sur deux, du vendredi à la sortie de l'école au lundi matin à la reprise des cours. Depuis le mois de mars 2009, il verse sur le compte bancaire de la mère de l'enfant la somme mensuelle de 450 fr., montant qu'il a lui-même arrêté pour l'entretien de son fils.
B. B.a Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance le 22 décembre 2009, B._, représenté par sa mère, a formé une demande d'aliments à l'encontre de son père, concluant à ce que ce dernier soit condamné à lui verser, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, avec effet rétroactif au 1er décembre 2008, la somme de 1'250 fr. jusqu'à l'âge de 10 ans, 1'500 fr. de 10 à 15 ans et 1'800 fr. de 15 ans à la majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et suivies, avec clause d'indexation.
Le 10 février 2011, le Tribunal de première instance a condamné A._ à verser en mains de C._, allocations familiales non comprises, une contribution d'entretien en faveur de B._ d'un montant de 450 fr. par mois à compter du 1er décembre 2008 et jusqu'à l'âge de 13 ans révolus et de 500 fr. par mois de 13 ans à la majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et suivies, mais au maximum jusqu'à 25 ans, sous déduction des montants déjà versés par l'intéressé.
B.b Statuant sur appel de l'enfant, la Cour de justice a augmenté le montant de la contribution d'entretien à 1'250 fr. par mois dès le 1er décembre 2009 jusqu'aux 12 ans révolus de l'enfant, puis à 1'500 fr. de 12 ans à sa majorité, voire au-delà en cas d'études ou de formation professionnelle régulièrement suivies, sous déduction d'un montant de 15'750 fr.
C. Agissant le 2 avril 2012 par la voie du recours en matière civile, A._ conclut principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'il soit condamné à payer une contribution d'entretien d'un montant identique à celui fixé par le premier juge; subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.).
Invités à se déterminer, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimé conclut au rejet du recours, sollicitant également le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D. La Présidente de la Cour de céans a refusé d'octroyer au recours le bénéfice de l'effet suspensif par ordonnance du 3 avril 2012.

Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et justifiant d'un intérêt digne de protection à la modification ou à l'annulation de la décision attaquée (<ref-law>). L'arrêt entrepris, rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance statuant sur recours (<ref-law>), est une décision finale (<ref-law>). Dès lors que le litige soumis au Tribunal fédéral porte exclusivement sur la contribution d'entretien due à un enfant mineur, le recours a pour objet une affaire pécuniaire, dont la valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. est atteinte (art. 51 al. 1 let. a et 4; <ref-law>). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués et le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 3.1).
3. L'essentiel du litige se concentre sur le revenu réalisé par le recourant en tant que coiffeur indépendant, revenu dont dépend le montant de la contribution d'entretien en faveur de l'intimé.
3.1 Pour déterminer le revenu du recourant, la Cour de justice s'est fondée sur le bénéfice net généré entre 2008 et 2010 par le salon de coiffure de l'intéressé; elle y a ajouté les prélèvements privés opérés par le recourant durant la même période pour finalement obtenir une moyenne mensuelle de 7'319 fr. par mois. Constatant en outre qu'en contradiction avec le revenu qu'il alléguait, le recourant menait grand train, procédant à de nombreuses dépenses dépassant les frais courants (achats réguliers dans des magasins de luxe, de jouets et d'appareils technologiques), les juges cantonaux ont établi une moyenne de ses différentes dépenses mensuelles entre 2009 et 2011, à savoir 1'201 fr. 55, montant auquel ils ont encore ajouté les coûts liés à l'assurance-vie du recourant - 206 fr. par mois - ainsi qu'à ses voyages et frais de voiture - 500 fr. par mois -. Additionnant ces différents postes, l'autorité cantonale a finalement imputé à l'intéressé un salaire mensuel net de 9'226 fr. 55, pour des charges de 3'536 fr. 30. Son solde disponible de 5'690 fr. 25 par mois lui permettait ainsi de s'acquitter de la contribution réclamée, la mère fournissant quant à elle d'importantes prestations en nature.
3.2 Le recourant soutient que le raisonnement cantonal serait arbitraire dès lors qu'il violerait les principes jurisprudentiels relatifs à la détermination du revenu d'un indépendant. Ainsi qu'en avait attesté son comptable en cours de procédure, son salaire mensuel net se chiffrait à 3'654 fr. 78 entre 2008 et 2010; les prélèvements privés qu'il avait effectués ne constituaient pas du revenu et ne pouvaient en aucun cas être additionnés au montant de son bénéfice net, sauf à comptabiliser à double le bénéfice réalisé en exploitant son salon de coiffure. A supposer de surcroît que son chiffre d'affaires ne soit pas crédible et que celui-ci corresponde au total des montants crédités sur son compte durant les années comptables 2008-2010, le recourant établit, calculs à l'appui, que son revenu mensuel net moyen se chiffrerait alors à 6'038 fr. 78, soit un revenu bien inférieur à celui retenu par la cour cantonale et cela sans même tenir compte des charges supplémentaires engendrées par l'augmentation de la TVA, laquelle serait fonction du chiffre d'affaires.
L'intimé souligne essentiellement l'absence de transparence de la comptabilité du recourant et soutient en substance que la procédure aurait mis en évidence un certain nombre d'éléments (voyages, véhicules, importantes économies) démontrant que les revenus réels de son père seraient supérieurs à ceux allégués. C'était ainsi à juste titre que la cour cantonale avait condamné celui-ci à s'acquitter en sa faveur d'une contribution d'entretien mensuelle de 1'250 fr. jusqu'à ses douze ans, puis de 1'500 fr. au-delà.
4. 4.1 Le revenu d'un indépendant est constitué par son bénéfice net, à savoir la différence entre les produits et les charges. En cas de revenus fluctuants, pour obtenir un résultat fiable, il convient de tenir compte, en général, du bénéfice net moyen réalisé durant plusieurs années (arrêts 5A_246/2009 du 22 mars 2010 consid. 3.1 publié in: FamPra.ch 2010 678 et les références; 5A_687/2011 du 17 avril 2012 consid. 5.1.1): plus les fluctuations de revenus sont importantes et les données fournies par l'intéressé incertaines, plus la période de comparaison doit être longue (arrêt 5A_246/2009 précité consid. 3.1 et la référence).
4.2 Lorsque les allégations sur le montant des revenus ne sont pas vraisemblables et que les pièces produites ne sont pas convaincantes - par exemple lorsque les comptes de résultat manquent -, les prélèvements privés constituent un indice permettant de déterminer le train de vie de l'intéressé, cet élément pouvant alors servir de référence pour fixer la contribution due (arrêt 5A_246/2009 précité consid. 3.1). Pour subvenir à ses besoins courants, un indépendant opère en effet généralement des prélèvements privés réguliers en cours d'exercice, anticipant ainsi le bénéfice net de l'exercice qui résulte des comptes établis à la fin de celui-ci.
Des prélèvements inférieurs au bénéfice net entraînent toutefois la constitution de réserves, tandis que des prélèvements supérieurs impliquent la dissolution de réserves. Il s'ensuit que l'on ne peut retenir que les revenus de l'intéressé ont baissé lorsqu'il a opéré des prélèvements privés inférieurs au bénéfice net de l'exercice; l'on ne saurait davantage affirmer que ses revenus n'ont pas baissé entre deux exercices de référence simplement parce que, indépendamment des bénéfices réalisés, les prélèvements privés sont comparables (arrêt 5P.330/2006 du 12 mars 2007 consid. 3.3).
4.3 La détermination du revenu d'un indépendant peut en conséquence se faire en référence soit au bénéfice net, soit aux prélèvements privés, ces deux critères étant toutefois exclusifs l'un de l'autre: l'on ne peut ainsi conclure que le revenu d'un indépendant est constitué de son bénéfice net, additionné à ses prélèvements privés.
4.3 La détermination du revenu d'un indépendant peut en conséquence se faire en référence soit au bénéfice net, soit aux prélèvements privés, ces deux critères étant toutefois exclusifs l'un de l'autre: l'on ne peut ainsi conclure que le revenu d'un indépendant est constitué de son bénéfice net, additionné à ses prélèvements privés.
4.4 4.4.1 Vu les principes sus-exposés, la motivation cantonale est à l'évidence inexacte. La juridiction ne pouvait additionner le montant des bénéfices déclarés du recourant à celui de ses prélèvements: ce faisant, elle comptabilise en effet doublement les bénéfices réalisés par l'intéressé en exploitant son salon de coiffure. Le raisonnement cantonal est d'autant plus erroné que, pour arrêter le revenu mensuel du recourant, la juridiction ajoute à la moyenne des bénéfices et prélèvements réalisés entre 2008 et 2010, les dépenses non indispensables, voire somptuaires que l'intéressé a opérées sur une période distincte, à savoir 2009 à 2011.
4.4.2 Si la réflexion cantonale permettant d'établir le revenu du recourant est erronée, force est néanmoins d'admettre que la situation financière de celui-ci ne coïncide pas avec celle qu'il allègue. Il est en effet difficilement compréhensible qu'avec un salaire prétendu de 3'660 fr. (montant arrondi) pour des charges totalisant un montant de 3'540 fr. (montant arrondi retenu par la cour cantonale et non contesté par l'intéressé), le recourant propose de lui-même de verser mensuellement à son fils une somme de 450 fr. De même, le recourant n'explique pas de manière crédible comment il dispose d'un compte auprès de X._ dont le solde s'élevait à plus de 80'000 fr. au 31 décembre 2010 et à près de 60'000 fr. au 1er décembre 2012 : à supposer, comme il le prétend, que cette somme corresponde au montant d'un prêt octroyé par ses parents, montant qu'il aurait utilisé, puis été en mesure d'économiser et de replacer sur son compte, le recourant n'établit pas de façon vraisemblable les raisons pour lesquelles il ne restitue pas la somme prêtée, manifestement à sa disposition, mais paraît au contraire l'utiliser pour l'achat et la revente d'actions. Le recourant ne conteste pas non plus effectuer d'importantes dépenses excédant les frais courants, voire somptuaires (bijoux, jouets, appareils technologiques notamment) que le revenu invoqué ne lui permet à l'évidence pas d'assumer. En admettant enfin que ses parents lui apportent régulièrement un soutien financier, celui-ci n'a néanmoins jamais été précisément chiffré et a essentiellement été allégué en relation avec le paiement de vacances à l'étranger ou le règlement d'arriérés de loyers.
Bien que les allégations du recourant sur le montant de ses revenus ne soient pas vraisemblables, l'on ne peut en l'espèce se référer uniquement à ses prélèvements privés, ceux-ci ne permettant pas en effet de justifier à eux seuls son train de vie, dès lors qu'ils sont généralement légèrement inférieurs ou supérieurs au bénéfice allégué.
4.4.3 Selon l'arrêt attaqué, le recourant dispose de deux comptes de garantie de loyer et d'un compte épargne pour son fils, de même que de deux comptes pour son salon de coiffure. A l'exception du compte X._, sur lequel se trouve le montant équivalant à la somme prétendument prêtée par ses parents, le recourant n'a indiqué aucun compte privé. Il paraît ainsi ne faire aucune distinction entre ses comptabilités professionnelle et privée. Il ressort également de l'arrêt attaqué que les montants crédités sur les comptes de son entreprise sont nettement supérieurs au chiffre d'affaires allégué, sans qu'il n'ait été en mesure de l'expliquer. Alors qu'en 2008, l'intéressé invoque un chiffre d'affaires de 96'025 fr., les comptes de son salon ont été crédités de 113'547 fr. 65; en 2009, le recourant allègue un chiffre d'affaires de 152'467 fr. alors que les comptes de son entreprise ont été crédités de 184'066 fr. 89; en 2010, c'est un montant de 184'302 fr. 49 qui a été crédité sur ces comptes alors que le recourant invoque un chiffre d'affaires de 147'577 fr. Il est par ailleurs établi par le comptable de l'intéressé et non contesté par celui-ci qu'en tant que coiffeur, il n'a pas l'obligation de disposer d'une caisse enregistreuse, les chiffres fournis au comptable l'étant ainsi sans aucune pièce à l'appui, à l'exception des charges.
4.4.4 L'ensemble de ces éléments permet de conclure que le recourant ne déclare manifestement pas l'intégralité de son chiffre d'affaires et que sa comptabilité ne fait ainsi pas état de son bénéfice réel. Dès lors que les montants crédités sur les comptes du salon de coiffure ressortent des faits cantonaux et sont admis par le recourant lui-même, il y a lieu de se fonder sur ces derniers pour déterminer le revenu réel de l'intéressé. En tant que les charges de l'entreprise ne font l'objet d'aucune contestation, le revenu du recourant se détermine en ajoutant au bénéfice allégué la différence entre le chiffre d'affaires révisé - soit le total des montants crédités - et le chiffre d'affaires allégué. Cette méthode, proposée par l'intéressé lui-même, conduit à un revenu moyen de 6'038 fr. sur les années 2008 à 2010.
5. Dès lors que le montant du revenu du recourant retenu par la Cour de céans diffère de celui que lui a imputé la cour cantonale, il se justifie de procéder à un nouveau calcul de la contribution d'entretien en faveur de l'intimé.
5.1 En l'espèce, la cour cantonale s'est référée à différents éléments pour fixer la pension réclamée par l'intimé: après avoir arrêté les besoins de l'enfant à 725 fr. (allocations familiales incluses), elle s'est ensuite référée aux chiffres établis par les «Recommandations pour la fixation des contributions d'entretien des enfants» éditées par l'Office de la jeunesse du canton de Zurich (tabelles zurichoises), pour finalement arrêter le montant de la pension en équité, en tenant compte des importantes prestations en nature fournies par la mère de l'intimé, le recourant n'exerçant qu'un droit de visite restreint.
5.2 Dans ces circonstances, le Tribunal de céans n'est pas en mesure de vérifier si la contribution fixée par la cour cantonale pour l'entretien de l'intimé est conforme au droit fédéral. Il y a donc lieu d'admettre le recours, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle statue à nouveau après avoir complété ses motifs sur les points suivants:
En premier lieu, il appartiendra aux juges cantonaux d'arrêter les besoins de l'enfant, montant qui n'est pas clairement établi par la décision querellée dès lors que celle-ci se réfère tour à tour aux tabelles zurichoises et aux besoins concrets de l'intéressé, sans toutefois préciser le montant sur lequel elle se fonde réellement. Le montant des allocations familiales devra en être déduit.
Il conviendra ensuite que la cour cantonale détermine la capacité contributive des parents en tenant compte de leurs charges et de leurs revenus respectifs.
La juridiction devra alors, dans un troisième temps, répartir la charge de l'enfant en fonction des capacités financières de chacun de ses parents, tout en précisant encore dans quelle mesure elle tient compte de l'importance particulière des prestations en nature effectuées par la mère, fait qui n'est pas remis en cause par le recourant.
Il appartiendra enfin au tribunal cantonal de déduire du montant de la contribution d'entretien ainsi fixée le montant correspondant aux sommes versées par le recourant à compter du 1er décembre 2009, en tant que les parties ne contestent pas que c'est à compter de cette dernière date que la pension est due.
6. En définitive, le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. La requête d'assistance judiciaire de l'intimé est admise (<ref-law>). Les frais judiciaires sont répartis par moitié entre les parties et les dépens compensés, le recourant n'ayant obtenu gain de cause que sur un point et le montant de la contribution due devant être recalculé (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
2. La requête d'assistance judiciaire de l'intimé est admise et Me Antje Beck Mansour est désignée comme avocate d'office.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis pour moitié à la charge du recourant et pour moitié à la charge de l'intimé, la part des frais de justice de ce dernier étant provisoirement supportée par la Caisse du Tribunal fédéral.
4. Les dépens sont compensés.
5. La Caisse du Tribunal fédéral versera au mandataire de l'intimé une indemnité de 1'250 fr. à titre d'honoraires d'avocat d'office.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 14 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso