Sachverhalt:
A. Die 1980 geborene K._ ist Mutter dreier Kinder (geboren 2003, 2006 und 2007) und war zuletzt bei der Firma A._ AG in einem Umfang von 55 % erwerbstätig. Am 31. März 2008 meldete sie sich zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Im Wesentlichen gestützt auf zwei polydisziplinäre Gutachten des Instituts X._, vom 14. Februar 2011 und vom 15. Mai 2012 sowie eine Haushaltsabklärung vom 7. Mai 2009 verneinte die IV-Stelle Schwyz mit Verfügung vom 9. Juli 2012 einen Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung (Invaliditätsgrad 6 %).
B. Die von K._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 12. De-zember 2012 ab.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und im Wesentlichen beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt sie ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 67 f., 134 V 250 E. 1.2 S. 252, je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung der Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 315, 65 E. 1.3 S. 67 f., je mit Hinweisen).
1.2 Der aufgrund medizinischer Untersuchungen gerichtlich festgestellte Gesundheitszustand und die damit einhergehende Arbeitsfähigkeit betreffen eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Rechtsverletzungen sind demgegenüber die unvollständige Feststellung rechtserheblicher Tatsachen sowie die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG) und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. E. 5.1 mit Hinweis). Die Rüge einer rechtsfehlerhaften Sachverhaltsfeststellung darf sich grundsätzlich nicht darauf beschränken, den bestrittenen Feststellungen des kantonalen Gerichts den nach eigener Auffassung richtigen Sachverhalt gegenüberzustellen oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern. Vielmehr ist hinreichend genau anzugeben, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen rechtswidrig oder mit einem klaren Mangel behaftet sind. Eine diesen Anforderungen nicht genügende (appellatorische) Kritik ist unzulässig (Urteil 9C_569/2008 vom 1. Oktober 2008 E. 1.2 mit Hinweisen). Die konkrete Beweiswürdigung ist wie die darauf beruhende Sachverhaltsfeststellung ebenfalls nur unter diesem eingeschränkten Blickwinkel überprüfbar (Urteil 8C_4/2013 vom 16. April 2013 E.1.2 mit Hinweisen).
2. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Derartige Umstände können namentlich in formellrechtlichen Mängeln des angefochtenen Entscheids liegen, mit denen die Partei nicht rechnete und nach Treu und Glauben nicht zu rechnen brauchte, oder darin, dass die Vorinstanz materiell in einer Weise urteilt, dass bestimmte Sachumstände neu und erstmals rechtserheblich werden. Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass im Sinne von <ref-law> für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können (Urteil 9C_920/2008 vom 16. April 2009 E. 2.3, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2009 BVG Nr. 30 S. 109). Das Einbringen von Tatsachen oder Beweismitteln, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereignet haben oder entstanden sind (sog. echte Noven), ist vor Bundesgericht unzulässig (Urteil 8C_407/2012 vom 18. Juli 2012 E. 2.1 mit Hinweis).
Es ist nicht ersichtlich und wird nicht näher dargelegt (vgl. Urteil 9C_786/2009 vom 24. Februar 2010 E. 1.2), inwiefern diese Voraussetzung hier mit Blick auf die im Verfahren vor Bundesgericht neu aufgelegten Berichte des Dr. med. S._, Chefarzt Chirurgie am Spital B._, vom 5. Februar 2013 und der Dr. med. M._, Oberärztin Schmerztherapie am Spital C._, vom 4. Februar 2013 gegeben sind. Sie stellen echte Nova dar, welche im vorliegenden Verfahren unbeachtlich sind.
3. Dem letztinstanzlich gestellten Antrag folgend ist vor Bundesgericht streitig, ob der Sachverhalt genügend abgeklärt ist.
Die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) und bei teilerwerbstätigen Versicherten nach der gemischten Methode (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.3 S. 486 f., 504 E. 3.3 S. 507 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 395 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 150) sowie zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.) wurden im angefochtenen Entscheid zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat eine einlässliche Würdigung der fachärztlichen Unterlagen, insbesondere auch des polydisziplinären Gutachtens des Instituts X._ vom 14. Februar 2011 und des Verlaufsgutachtens vom 15. Mai 2012 vorgenommen. Dabei gelangte es zum Schluss, diesen sei voller Beweiswert zuzumessen. Sie seien schlüssig und nachvollziehbar, weshalb kein Anlass bestehe, weitere Abklärungen vorzunehmen. Die weiteren medizinischen Unterlagen, im Speziellen die Berichte der Dr. med. T._ vom 16. Juni 2011 und vom 18. Juli 2012, enthielten weder eine Diagnose noch eine Begründung für die attestierte Arbeitsfähigkeit. Auch die Berichte des Dr. med. V._ vom 19. August 2011 und vom 20. Juli 2012 - welche sich mit der Einschränkung in der Haushaltsführung befassten - enthielten keine Diagnose, weshalb die Vorinstanz den genannten Berichten keine Beweiskraft zumass. Die Versicherte sei für körperlich leichte, adaptierte Tätigkeiten zu 80 % arbeitsfähig. Gemäss dem ebenfalls voll beweiskräftigen Abklärungsbericht der IV-Stelle vom 15. Juni 2009 betrage die Einschränkung im Haushalt 13 %. Bei einer hypothetischen Erwerbstätigkeit von 55 % und einer entsprechenden Betätigung im Haushalt von 45 % - wovon abzuweichen kein Anlass bestehe - betrage der Invaliditätsgrad 6 %, weshalb kein Anspruch auf eine Invalidenrente bestehe. Auch wenn man von der attestierten medizinisch-theoretischen Behinderung in der häuslichen Tätigkeit von 20 % ausgehe, ändere das am ablehnenden Resultat nichts.
4.2 Die Tatsachenfeststellungen des kantonalen Gerichts, namentlich die aus den medizinischen Akten gewonnene Erkenntnis, wonach eine Arbeits- und Leistungsfähigkeit in einer körperlich angepassten Tätigkeit von 80 % besteht, ist im letztinstanzlichen Prozess grundsätzlich verbindlich. Im Rahmen der eingeschränkten Sachverhaltskontrolle (<ref-law>) ist es nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die schon im vorinstanzlichen Verfahren im Recht gelegenen medizinischen Berichte neu zu würdigen und die rechtsfehlerfreie Sachverhaltsfeststellung des kantonalen Gerichts hinsichtlich der medizinisch begründeten Einschränkung des Leistungsvermögens und des Ausmasses der trotz gesundheitlicher Einschränkungen verbleibenden Arbeitsfähigkeit zu korrigieren.
4.3 Daran ändern auch die Einwände der Beschwerdeführerin nichts. Sie legt mit keinem Wort dar, inwiefern die erstinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen offensichtlich unrichtig seien oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhten. Sie beschränkt sich auf eine Kritik der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung bezüglich des hypothetischen Pensums einer ausserhäuslichen Tätigkeit im Rahmen der Anwendung der gemischten Methode, der Einschränkung in der Haushaltsführung und der Würdigung der verschiedenen Arztberichte und Gutachten. Die Vorbringen, die sich mit den Gutachten des Instituts X._ und damit mit der vorinstanzlichen Beweiswürdigung befassen, sind daher als unzulässige appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht weiter zu beachten. Sie sind jedenfalls nicht geeignet, eine Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG als erstellt oder die vorinstanzliche Feststellung des Sachverhalts als mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG erscheinen zu lassen. Die Vorinstanz hat konkret und detailliert begründet, weshalb sie auf die Angaben der Gutachter des Instituts X._ und nicht auf diejenigen der behandelnden Ärzte abgestellt hat, und sich damit bereits mit den auch letztinstanzlich vorgebrachten Einwänden auseinandergesetzt. Ebenso hat sie begründet festgestellt, dass von weiteren Abklärungen in Form eines Obergutachtens keine entscheidrelevanten neuen Erkenntnisse zu erwarten seien. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern diese Feststellung bundesrechtswidrig sein sollte und begründet insbesondere nicht, weshalb der Untersuchungsgrundsatz verletzt worden sein soll.
5. Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> - ohne Durchführung des Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung - erledigt wird.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abgewiesen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Mai 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer