Sachverhalt:
A.
Die Gemeindeversammlung der Einwohnergemeinde Saanen beschloss am 11. März 2011 eine Revision ihrer Ortsplanung. Diese betrifft insbesondere die Schaffung von neuen Wohnzonen für Ortsansässige und neuen Gewerbezonen sowie Anpassungen im Bereich der touristischen Infrastrukturen und Hotelzonen. Verschiedene Vorhaben wurden von der Revision getrennt und sollen mit einer separaten Vorlage beschlossen werden, darunter die Planungen für die Orthopädische Privatklinik Schönried und den Campus für die Privatschule Le Rosey in Schönried sowie eine Regelung zur Zweitwohnungsbeschränkung. Am 10. Januar 2012 beschloss der Gemeinderat zusätzliche Änderungen des Baureglements (GBR).
Das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) genehmigte die neuen Vorschriften und Pläne am 16. Februar 2012. Die gegen die Ortsplanungsrevision und die Änderungen gerichteten Einsprachen - darunter zwei der Helvetia Nostra - wies es ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Gegen die Genehmigungsverfügung des AGR führte Helvetia Nostra am 14. März 2012 Beschwerde bei der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK). Diese gab den von Zonenplanänderungen betroffenen Grundeigentümerinnen und Grundeigentümern Gelegenheit, sich am Verfahren zu beteiligen.
Am 19. Februar 2013 fällte die JGK einen Teilentscheid und wies folgende Begehren ab, soweit sie darauf eintrat:
- Erstellung eines vollständigen Naturschutzinventars und dessen Integration in den Zonenplan,
- Neuformulierung von Art. 42 GBR betreffend Bauabstand zum Wald,
- Ergänzung von Art. 5 GBR mit einem Bewilligungsverbot für Zweitwohnungen sowie Streichung von Art. 16 Ziff. 2 GBR betreffend hotelmässig bewirtschafteter Wohnungen,
- Streichung der Ein- bzw. Umzonung im Gebiet Kählen,
- Streichung der Umzonung des Grundstücks des Le Rosey-Instituts in Gstaad in die Dorfbauzone,
ö- Ergänzung des Zonenplans Schönried mit Grenzen für grössere Bauvorhaben bzw. Rückzonung von in der Bauzone gelegenen, mangels Erschliessung nicht überbaubarer Parzellen in Schönried und Saanenmöser,
- Einwand gegen die separaten Planerlassverfahren für einen Campus des Le Rosey-Instituts und eine Orthopädische Privatklinik in Schönried.
Hinsichtlich der Einzonungen in den Gebieten Wispile, Zone mit Planungspflicht (ZPP) B3A Alpenblick sowie Hindere Büel trennte die JGK das Verfahren ab. Das Verfahren betreffend die ZPP B3A Alpenblick und die Einzonung Hindere Büel schrieb die JGK am 8. Juli 2013 als gegenstandslos geworden ab, nachdem die Beschwerdeführerin die Beschwerde in diesen Punkten zurückgezogen hatte. Mit Entscheid vom 29. April 2014 wurde die Einzonung Wispile nicht genehmigt.
C.
Gegen den Teilentscheid vom 19. Februar 2013 erhob Helvetia Nostra am 14. März 2013 Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Verwaltungsgericht Bern wies die Beschwerde am 12. Februar 2014 ab, soweit es darauf eintrat.
D.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat Helvetia Nostra am 13. März 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben.
Sie beantragt, das verwaltungsgerichtliche Urteil und die vorinstanzlichen Entscheide der JGK, des AGR und der Gemeinde Saanen seien aufzuheben. Die Einwohnergemeinde Saanen sei anzuweisen, ohne Verzug zur gesamten Neuüberprüfung der Bauzonen für Wohnnutzung zu schreiten und zudem die angefochtene Zonenplanung wie folgt abzuändern:
- Neu sei ein vollständiges Naturschutzinventar für die ganze Gemeinde Saanen zu erstellen und in den Gemeindezonenplan zu integrieren.
- Art. 42 GBR sei wie folgt zu formulieren:
"Art. 42 Bauabstand vom Wald und von Feldgehölzen
1. Der Waldabstand richtet sich nach den Vorschriften der eidgenössischen und kantonalen Waldgesetzgebung.
2. Der Bauabstand von Feldgehölzen, Hecken, Waldrändern, Baumgruppen und markanten Einzelbäumen ist dem Bauabstand vom Wald gleichgestellt.
3. Die Entfernung von Feldgehölzen, Hecken, Waldrändern, Baumgruppen und markanten Einzelbäumen bedarf einer Bewilligung des Amts für Natur.
4. Das Gesuch um die Bewilligung des Amts für Natur ist im Anzeiger von Saanen und im Amtsblatt unter Angabe der betroffenen Parzellennummer und des Standorts unter Ansetzung der Frist für die Einsichtnahme der Gesuchunterlagen und für die Einsprache zu veröffentlichen."
- Neu sei zu Art. 5 GBR folgende Bestimmung einzufügen: "Der Bau von Zweitwohnungen wird nicht bewilligt."
- Art. 16 Ziffer 2 GBR (betr. hotelmässig bewirtschaftete Wohnungen) sei ersatzlos zu streichen.
- Die Umzonung der Parzellen Nrn. 4971, 4972, 5246, 5060, 5418, 5411, 5412 und Neueinzonung der Grundstücke Nrn. 178, 1694.02 und 3374 im Gebiete Kählen in Gstaad (Zonenplan 4) sei zu streichen.
- Sämtliche Bauzonenzuweisungen in Saanenmöser und Schönried (Zonenpläne Nrn. 1 und 2) seien zu streichen, insbesondere die Bauzonenzuweisung der Parzelle 584 in Saanenmöser.
- Die Einzonung der Rosey-Grundstücke (Nrn. 419, 2346, 2980, 3049 und 4851) in die Dorfkernzone sei zu streichen. Diese Grundstücke seien in eine Zone mit Planungspflicht einzuweisen.
Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Instruktion und zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt die Beschwerdeführerin den Beizug der Vorakten zu dieser und zu früheren Zonenplanrevisionen und Projekten sowie die Edition sämtlicher Fach- und Amtsberichte des Amts für Natur, des Naturschutzinspektorats, der Kommission zur Pflege der Orts- und Landschaftsbilder (OLK) sowie sämtliche Akten des AGR betreffend die Gemeinde Saanen, ab dem Jahr 1990. Die Gemeinde sei aufzufordern, detaillierte Berichte zu erstellen über die Baureserven in der rechtsgültig definierten Bauzone, über die Eigentümer der in der Nichtbauzone befindlichen Häuser und Wohnungen, deren Wohnsitz und die in den letzten zehn Jahren für diese Häuser und Wohnungen erteilten Baubewilligungen, sowie über die öV-Erschliessung sämtlicher vorgesehener Neueinzonungen und der noch nicht überbauten Parzellen der rechtsgültig genehmigten Bauzone, unter Angabe der genauen Fläche und deren EGK (Elementkostengliederung). Schliesslich seien Fachberichte der Bundesämter für Raumentwicklung (ARE) und für Umwelt (BAFU) anzufordern.
E.
Das Verwaltungsgericht und die Einwohnergemeinde Saanen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die JGK schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
F.
Mit Eingabe vom 26. Juni 2014 weist die Beschwerdeführerin darauf hin, dass die JGK auf Beschwerde der Grundeigentümerin eine weitere Grundfläche von 941 m2 in die Bauzone überführt habe, und beantragt den Beizug der diesbezüglichen Akten.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die Revision der Ortsplanung Saanen. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht grundsätzlich offen (Art. 82, 86 Abs. 1 lit. d BGG).
1.1. Die Beschwerdeführerin ist als beschwerdebefugte Organisation im Bereich des Natur- und Heimatschutzes nach <ref-law> (vgl. Anhang der Verordnung vom 27. Juni 1990 über die Bezeichnung der im Bereich des Umweltschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes beschwerdeberechtigten Organisationen; VBO; SR 814.076) zur Beschwerde gegen Verfügungen befugt, die in Erfüllung einer Bundesaufgabe im Sinne von <ref-law> und <ref-law> ergehen (ständige Rechtsprechung; vgl. zuletzt <ref-ruling> E. 3 S. 273 mit Hinweis). Dazu können auch Nutzungspläne gehören, soweit sie (ganz oder teilweise) konkrete bundesrechtliche Gesichtspunkte regeln oder regeln sollten (vgl. Art 12c Abs. 3 und 4 NHG; <ref-ruling> E. 10.2 S. 276 mit Hinweisen). Inwieweit dies der Fall ist, ist für jedes Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin separat zu prüfen.
1.2. Soweit die Vorinstanzen auf die Anträge der Beschwerdeführerin nicht eingetreten sind, ist diese - unabhängig von ihrer Legitimation in der Sache - zur Beschwerde nach <ref-law> befugt. Allerdings beschränkt sich der Streitgegenstand vor Bundesgericht auf die Eintretensfrage. Erweist sich die Beschwerde als begründet, so ist die Sache zu materieller Beurteilung an eine der Vorinstanzen zurückzuweisen. Soweit die Beschwerdeführerin einen Sachentscheid des Bundesgerichts auch zu den Anträgen verlangt, auf welche die Vorinstanzen nicht eingetreten sind, kann darauf nicht eingetreten werden.
Dies gilt auch, soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die JGK habe unzulässigerweise einen Teilentscheid gefällt. Auch insoweit führt eine allfällige Beschwerdegutheissung lediglich zur Aufhebung des angefochtenen Teilentscheids und zur Rückweisung der Sache an die zuständige Instanz, um gesamthaft über die Sache zu entscheiden.
1.3. Nicht einzutreten ist schliesslich auf die Beschwerde, soweit darin neue Begehren gestellt werden (vgl. <ref-law>).
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>).
2.1. Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Ob die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen genügt, ist im jeweiligen Sachzusammenhang zu prüfen.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die Beschwerdeführerin begründet nicht, inwiefern ihr Antrag betreffend den Beizug zahlreicher Vorakten, Fach- und Amtsberichte nach <ref-law> zulässig ist. Wie im Folgenden darzulegen sein wird, sind diese Unterlagen auch nicht entscheiderheblich, zumal die meisten Anträge vom Bundesgericht ohnehin nicht materiell zu beurteilen sind (vgl. oben E. 1). Gleiches gilt für den mit Eingabe vom 26. Juni 2014 beantragten Aktenbeizug, der eine vorliegend nicht zu überprüfende Zonierung betrifft.
3.
Die Beschwerdeführerin beantragt zunächst, es sei ein vollständiges Naturschutzinventar für die ganze Gemeinde Saanen zu erstellen und in den Gemeindezonenplan zu integrieren.
3.1. Der Schutz und der Unterhalt von Biotopen von regionaler und lokaler Bedeutung ist eine den Kantonen in <ref-law> übertragene Bundesaufgabe (<ref-ruling> E. 2.2 S. 223 mit Hinweis). Die Verbandsbeschwerde nach <ref-law> steht daher auch gegen Nutzungspläne offen, soweit geltend gemacht wird, dass den Anforderungen des Biotopschutzes nicht genügend Rechnung getragen worden sei (Urteile 1A.40/1998 vom 21. Januar 1999 E. 1, in: URP 1999 S. 251; Pra 1999 Nr 130 S. 703; 1A.143/2006 vom 20. Dezember 2006 E. 2.2; 1A.197/1991 vom 4. Oktober 1993 E. 2d).
3.2. Das Verwaltungsgericht hat dargelegt, dass die Berner Gemeinden im Rahmen der Ortsplanung über die Unterschutzstellung von Biotopen von lokaler Bedeutung entscheiden. Gemäss Art. 9 Abs. 1 und 2 des kantonalen Naturschutzgesetzes vom 15. September 1992 (NSchG; BSG 426.11) können sie Inventare über schutzwürdige Gebiete und Objekte von lokaler Bedeutung erstellen; dies sei jedoch nicht zwingend und daher auch nicht notwendiger Bestandteil der Nutzungsplanung. Art. 10 des Berner Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG; BSG 721.0) bzw. Art. 10d BauG betreffe den Ortsbild- und Landschaftsschutz sowie die Denkmalpflege, nicht aber den Naturschutz.
Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Erwägungen nicht genügend auseinander (vgl. oben E. 2.1). Im folgenden ist daher lediglich zu prüfen, ob sich eine entsprechende Pflicht aus Bundesrecht ableiten lässt.
3.3. Gemäss <ref-law> sorgen die Kantone für den Schutz und Unterhalt der Biotope von regionaler und lokaler Bedeutung. Grundsätzlich ist es den Kantonen überlassen, mit welchen Instrumenten sie diesem Auftrag nachkommen (Urteil des Bundesgerichts 1A.143/2006 vom 20. Dezember 2006 E. 4.2; KARIN SIDI-ALI, La protection des biotopes en droit suisse, Diss. Lausanne 2008, S. 162 f.). Art. 17 Abs. 1 lit. d RPG sieht zwar im Grundsatz vor, dass Lebensräume für schutzwürdige Tiere und Pflanzen einer Schutzzone zuzuweisen sind (Abs.1); statt dessen kann das kantonale Recht aber auch andere geeignete Massnahmen vorsehen (Abs. 2). Die wichtigsten Massnahmen sind in <ref-law> in nicht abschliessender Form ("insbesondere") aufgezählt. Mindestens muss der Kanton ein zweckmässiges Feststellungsverfahren vorsehen, mit dem möglichen Beeinträchtigungen schützenswerter Biotope sowie Verletzungen der Artenschutzbestimmungen vorgebeugt werden kann (<ref-law>). Insofern lässt sich dem Bundesrecht kein Auftrag entnehmen, im Zusammenhang mit der Zonenplanung ein förmliches Naturschutz- oder Lebensrauminventar zu erstellen.
Allerdings muss den Anforderungen des Biotopschutzes und des ökologischen Ausgleichs (Art. 18b Abs. 1 und 2 NHG; Art. 14 f. NHV) in der Zonenplanung materiell Rechnung getragen werden. Dies setzt voraus, dass die auf dem Gemeindegebiet vorhandenen schutzwürdigen Biotope (i.S.v. <ref-law>), ihre räumliche Ausdehnung und ihre Bedeutung (vgl. Art. 14 Abs. 6 S. 2 NHV) bekannt sind. Die hierfür notwendigen Erhebungen stellen notwendige Grundlagen der Ortsplanung dar. Fehlen sie oder sind sie unvollständig oder ungenügend, so kann dies zur Folge haben, dass die raumplanerische Interessenabwägung und die darauf beruhende Nutzungsplanung fehlerhaft ist und (ganz oder teilweise) aufgehoben bzw. überarbeitet werden muss.
3.4. Das Verwaltungsgericht hat festgestellt, dass die Gemeinde Saanen über ein Natur- und Landschaftsinventar verfügt, das 1994 erarbeitet und im Rahmen der Vorprüfung der vorliegend streitigen Ortsplanungsrevision aktualisiert und angepasst worden ist. Damit kann der Gemeinde nicht vorgeworfen werden, sie habe keinerlei Abklärungen vorgenommen bzw. sich für die Zonenplanung auf veraltete Unterlagen abgestützt. Unter diesen Umständen durfte sich die Beschwerdeführerin nicht damit begnügen, das Fehlen eines Naturschutzinventars (bzw. entsprechender Abklärungen) zu rügen, sondern hätte näher darlegen müssen, inwiefern die Zonenplanung auf unvollständigen oder ungenügenden Grundlagen beruht. Da sie dies nicht getan hat, ist es nicht zu beanstanden, dass die JGK auf die Beschwerde in diesem Punkt nicht eingetreten ist und dies vom Verwaltungsgericht geschützt wurde.
Unter diesen Umständen erübrigt es sich, den von der Beschwerdeführerin beantragten Bericht des ARE und des BAFU zur Frage einzuholen, wie andere Gemeinden in der Schweiz den Naturschutz in ihre Nutzungspläne integrieren.
3.5. Soweit die Beschwerdeführerin rügt, dass Feldgehölze, Hecken und Ufervegetation im Zonenplan nicht eingetragen worden sind, kann auf die Erwägungen des Verwaltungsgerichts (E. 4.6) verwiesen werden, die aus Sicht des Bundesrechts nicht zu beanstanden sind.
4.
Die Beschwerdeführerin beanstandet weiter, dass Art. 42 GBR Bundes- und kantonalem Recht widerspreche und schlägt eine alternative Formulierung vor (vgl. oben, Abschnitt D); insbesondere sei ein Bauabstand für Feldgehölze, Hecken, Waldränder, Baumgruppen und markante Einzelbäume einzuführen und auf die Notwendigkeit einer Bewilligung des Amts für Natur für ihre Entfernung hinzuweisen.
4.1. Art. 42 GBR lautet:
Art. 42 Bauabstand vom Wald
1. Der Waldabstand richtet sich nach dem kantonalen Waldgesetz.
2. Sind in einer genehmigten Überbauungsordnung Waldabstandslinien auf einem abweichenden Abstand festgelegt, gehen diese dem allgemeinen Waldabstand nach Abs. 1 vor.
3. Bestockungen ausserhalb verbindlich verfügter Waldgrenzen (verbindliche Waldfeststellung nach <ref-law>) sind nicht Wald gemäss <ref-law> und bedürfen zu ihrer Entfernung keiner Rodungsbewilligung.
Diese Bestimmung bezieht sich nicht auf konkrete Bestockungen, sondern enthält generell-abstrakte Regelungen. Sie weist somit normativen Charakter auf, auch wenn sie im Zusammenhang mit der angefochtenen Nutzungsplanung beschlossen und vom AGR genehmigt wurde. <ref-law> setzt als Anfechtungsobjekt der Verbandsbeschwerde eine "Verfügung" voraus. Diese Formulierung ist enger als "Entscheid" (<ref-law>) oder "Akt" (so <ref-law> für die Behördenbeschwerde) und schliesst eine abstrakte Normenkontrolle aus (vgl. Urteil 1C_544/2012 vom 5. Mai 2014 E. 1.3.1 mit Hinweisen zur Entstehungsgeschichte). Dies bedeutet nicht, dass die beanstandete Norm der rechtlichen Kontrolle auf Dauer entzogen ist, vielmehr kann sie jederzeit im Zusammenhang mit einem konkreten Anwendungsakt vorfrageweise überprüft werden (erwähntes Urteil, E. 1.3.2).
Auf die diesbezügliche Rüge ist daher mangels Beschwerdebefugnis nicht einzutreten.
4.2. Die in diesem Zusammenhang erhobene Rüge der Rechtsverweigerung ist unbegründet: Das Verwaltungsgericht hat sich mit den zu Art. 42 GBR erhobenen Rügen der Beschwerdeführerin auseinandergesetzt und dargelegt, weshalb diese Bestimmung seines Erachtens rechtens und die von der Beschwerdeführerin verlangten Ergänzungen unnötig seien (E. 5.3 des angefochtenen Entscheids). Es begründete auch, weshalb die beantragten Stellungnahmen zum Waldabstand und zum Schutz von Hecken und Gehölzen des kantonalen Amts für Wald (KAWA) und der Abteilung Naturförderung (ANF) nicht entscheiderheblich seien und daher auf deren Einholung verzichtet werden könne. Diese Begründung ist mangels Legitimation der Beschwerdeführerin in der Sache im bundesgerichtlichen Verfahren nicht weiter zu prüfen.
5.
Die Beschwerdeführerin stellt sodann verschiedene Anträge im Zusammenhang mit der Beschränkung der Zahl von Zweitwohnungen gemäss <ref-law>.
5.1. Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> (E. 11 S. 276 ff.) entschieden, dass die Plafonierung des Zweitwohnungsbaus gemäss <ref-law> eine Bundesaufgabe darstellt, die der Schonung der Natur und Landschaft dient. Baubewilligungen können daher wegen Verletzung von <ref-law> und seiner Ausführungsbestimmungen mit Beschwerde gemäss <ref-law> angefochten werden. Gleiches muss für Nutzungsplanungen gelten, soweit gerügt wird, dass eine konkrete Festsetzung den bundesrechtlichen Vorgaben zum Zweitwohnungsbau widerspricht.
5.2. Die Beschwerdeführerin beantragt die Einführung eines generell-abstrakten Bewilligungsverbots für Zweitwohnungen in Art. 5 GBR. Dabei handelt es sich nicht um eine konkrete, verfügungsgleiche Festsetzung, sondern um eine normative Bestimmung. Schon aus diesem Grund kann sie nicht Gegenstand der Beschwerde nach <ref-law> sein (vgl. oben E. 4.1). Im Übrigen haben die Vorinstanzen überzeugend dargelegt, dass es einer derartigen kommunalen Bestimmung nicht bedarf, soweit sich ein Verbot der Bewilligung von Zweitwohnungen bereits unmittelbar aus Bundesrecht ergibt (Art. 75b i.V.m. <ref-law>; ZweitwohnungsV), und ein weitergehendes Verbot von Zweitwohnungen von Bundesrechts wegen zwar möglich, aber nicht zwingend geboten sei (zu den Vorgaben des kantonalen Richtplans vgl. unten E. 6.2).
5.3. Die Beschwerdeführerin verlangt ferner die Streichung von Art. 16 Ziff. 2 GBR. Diese definiert die Hotelzone (HT). Ziff. 2 lautet:
"Es dürfen zusätzlich hotelmässig bewirtschaftete Wohnungen erstellt werden. Der Anteil der Bruttogeschossfläche der hotelmässig bewirtschafteten Wohnungen darf nicht mehr als 40% der gesamten Bruttogeschossfläche der Hotelanlage betragen. Der Gemeinderat erlässt Ausführungsbestimmungen über die hotelmässige Bewirtschaftung".
Es handelt sich um eine generell-abstrakte Umschreibung der Zonenkonformität von hotelmässig bewirtschafteten Wohnungen in der Hotelzone, die allerdings im Zusammenhang mit einer konkreten planerischen Festsetzung (Hotelzone) steht, weshalb sich die Frage stellt, ob insoweit eine Verfügung i.S.v. <ref-law> vorliegt. Die Frage kann offenbleiben, wenn sich die Bestimmung bundesrechtskonform auslegen lässt.
Die Vorinstanzen haben zutreffend festgehalten, dass ein konkretes Bauvorhaben nur bewilligt werden kann, wenn es die bundesrechtlichen Vorgaben zum Zweitwohnungsbau erfüllt; kumulativ müssen zudem die Anforderungen des kantonalen und kommunalen Rechts, insbesondere zur Zonenkonformität, erfüllt sein. Im vorliegenden Fall ist die Bestimmung daher als zusätzliche Einschränkung zu verstehen: Selbst wenn eine hotelmässig bewirtschaftete Wohnung bundesrechtlich zulässig sein sollte (was vorliegend nicht zu prüfen ist), wäre sie in der Hotelzone von Saanen nur in dem von Art. 16 Ziff. 2 GBR festgelegten Umfang (max. 40 % der BGF) zulässig.
6.
Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, <ref-law> wie auch Art. 8 RPG i.V.m. dem kantonalen Richtplan gebiete eine Redimensionierung der Bauzonen von Saanen. Dies ergebe sich auch aus der in der Volksabstimmung vom 3. März 2013 angenommenen RPG-Revision vom 15. Juni 2012. Das Verwaltungsgericht sei zu Unrecht davon ausgegangen, dass dies nicht im Rahmen der vorliegenden Ortsplanungsrevision, sondern erst in einem künftigen, separaten Verfahren zu prüfen sei. In diesem Zusammenhang rügt sie sinngemäss eine Rechtsverweigerung, weil das Verwaltungsgericht auf dieses Rechtsbegehren nicht eingetreten sei, obwohl die JGK in ihrem Entscheid (E. 4.4.6) die Vereinbarkeit der Ortsplanungsrevision mit übergeordnetem Recht und Plänen betreffend die Zweitwohnungsproblematik ausdrücklich bejaht und damit materiell behandelt habe.
6.1. Das Verwaltungsgericht räumte ein, dass im Hinblick auf die Zweitwohnungsproblematik Handlungsbedarf bestehe und insbesondere auch eine Überprüfung der Wohnbaureserven geboten sei; dies sei aber Gegenstand eines gesonderten Verfahrens im Nachgang zur vorliegend zu prüfenden Ortsplanungsrevision (vgl. E. 3.4.2 und E. 6.3 des angefochtenen Entscheids). Die Beschwerdeführerin habe vor der JGK die Bauzonengrösse nicht thematisiert, und es sei nicht Aufgabe des Verwaltungsgerichts, die gesamte Planung von Amtes wegen zu überprüfen (E. 7.1 S. 22 oben).
Tatsächlich hatte die Beschwerdeführerin weder in ihrer Einsprache noch in ihrer Beschwerdeschrift an die JGK die Dimensionierung der Bauzone der Gemeinde Saanen in Frage gestellt und deren gesamthafte Überprüfung beantragt, sondern lediglich einzelne Bauzonenzuweisungen gerügt (vgl. unten, E. 6). Dies bestätigt sie selbst, wenn sie darlegt, erstmals in ihrer Replik vor JGK Ausführungen zur Unvereinbarkeit der Bauzonenerweiterungen mit <ref-law> gemacht zu haben (Beschwerdeschrift S. 23).
6.2. Dementsprechend hat die JGK in ihrem Teilentscheid vom 19. Februar 2013 die Bauzonengrösse insgesamt nicht überprüft. Die von der Beschwerdeführerin zitierte Aussage in E. 4.4.6 bezieht sich in erster Linie auf die Anträge zum GBR (oben E. 5).
Materiell prüfte die JGK immerhin (in E. 4.4.4), ob die Gemeinde Saanen verpflichtet gewesen wäre, Massnahmen zur Sicherstellung eines ausgewogenen Verhältnisses von Zweitwohnungen zu treffen (gemäss aArt. 8 Abs. 2 und 3 RPG in der am 1. Juli 2011 in Kraft getretenen Fassung [AS 2011 2913] und dem Massnahmeblatt D_06 des kantonalen Richtplans vom 8. Juni 2011 [vom UVEK genehmigt am 6. Dezember 2012]). Sie verneinte dies, weil die Ortsplanungsrevision am 11. März 2011 und somit noch vor Inkrafttreten dieses Massnahmenblatts beschlossen worden sei; überdies lasse der Richtplan den Gemeinden Zeit bis 2014, um die erforderlichen Massnahmen zu treffen. Dies wurde vom Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid (E. 6.3) bestätigt. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanzen nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern diese bundesrechtswidrig seien.
6.3. Die Beschwerdeführerin beruft sich in erster Linie auf <ref-law>, der aber im Zeitpunkt der streitigen Ortsplanungsrevision (11. März 2011) und des Genehmigungsentscheids des AGR (16. Februar 2012) noch nicht in Kraft war und im Übrigen auch keine unmittelbar anwendbaren Vorgaben zur Bauzonengrösse enthält.
Aus dem Urteil <ref-ruling> ergibt sich nichts anderes. Dort entschied das Bundesgericht, dass das Inkrafttreten von <ref-law> in Tourismusgemeinden mit einem hohen Anteil an Zweitwohnungen zu einem erheblichen Rückgang des Baulandbedarfs und deshalb zu einem Anspruch auf Überprüfung und gegebenenfalls auf Anpassung der bestehenden Zonenordnung gemäss Art. 21 Abs. 2 RPG führen könne (<ref-ruling> E. 4.3 S. 30 f.). Dieser Anspruch richtet sich jedoch gegen die Planungsbehörde, d.h. die Gemeinde; diese muss hierfür u.U. eine Zonenplanrevision einleiten. Wie sich aus den vorinstanzlichen Entscheiden ergibt, ist dies in Saanen bereits vorgesehen, insbesondere zur Umsetzung der Vorgaben des kantonalen Richtplans zu Zweitwohnungen. In diesem Zusammenhang wird die Beschwerdeführerin ihre Anträge auf gesamthafte Überprüfung der Bauzonen von Saanen einbringen können.
6.4. Die von der Beschwerdeführerin ebenfalls angerufenen Bestimmungen des revidierten Raumplanungsrechts vom 15. Juni 2012 sind erst am 1. Mai 2014 in Kraft getreten. Art. 38a RPG verpflichtet die Kantone, ihre Richtpläne innert fünf Jahren an die Anforderungen der Artikel 8 und 8a Absatz 1 RPG anzupassen (Abs. 1); bis zur Genehmigung dieser Richtplananpassung durch den Bundesrat darf im betreffenden Kanton die Fläche der rechtskräftig ausgeschiedenen Bauzonen insgesamt nicht vergrössert werden (Abs. 2). Wie sich aus <ref-law> ergibt, ist diese Bestimmung - im Sinne eines sofort anwendbaren Verschlechterungsverbots - grundsätzlich auch auf hängige Beschwerdeverfahren anwendbar. Eine Gegenausnahme gilt jedoch wenn - wie im vorliegenden Fall - die Beschwerde weder zu einer Überprüfung von Einzonungen noch zu einer materiellen Teilkorrektur des Genehmigungsentscheids führt (vgl. unten E. 7 und 8.1).
7.
Im Folgenden ist noch zu prüfen, ob das Verwaltungsgericht eine Rechtsverweigerung beging, indem es auf Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit konkreten Ein- und Umzonungen nicht eingetreten ist bzw. Nichteintretensentscheide seiner Vorinstanzen geschützt hat.
7.1. Auf die Rügen in Bezug auf die Einzonungen im Gebiet Kählen, die Umzonung der Parzellen der Le Rosey AG von der Dorfkernzone in eine Zone mit Planungspflicht sowie die Abtrennung der Projekte des Le Rosey-Instituts und der Orthopädischen Privatklinik in Schönried von der Ortsplanungsrevision trat das Verwaltungsgericht nicht ein, weil die Beschwerdeführerin ausschliesslich in der Sache argumentiere und sich mit keinem Wort dazu äussere, inwiefern das AGR bzw. die JGK zu Unrecht auf diese Rügen nicht eingetreten seien. Ihre materiellen Ausführungen genügten als Begründung nicht, da Streitgegenstand nur das Nichteintreten sei.
Die Beschwerdeführerin rügt dies als willkürlich; sie legt aber nicht dar, inwiefern sie vor Verwaltungsgericht die Prozessentscheide der JGK (bzw. deren Bestätigung des Nichteintretens des AGR) hinreichend gerügt hat und belegt dies nicht mit Hinweisen auf ihre Beschwerdeschrift ans Verwaltungsgericht. Ihre Zitate aus den Einsprachen an die Gemeinde, den Eingaben an das AGR und der Replik vor JGK sind dazu von vornherein nicht geeignet, ebenso wenig wie die Hinweise auf die Verfügung der JGK vom 5. Juni 2012 zur Teilrechtskraft.
7.2. Auf die Begehren um Begrenzung von grösseren Bauvorhaben in Schönried und die Rückzonung von Parzellen in Schönried und Saanenmöser war bereits das AGR nicht eingetreten. Die JGK bestätigte das Nichteintreten des AGR, weil der Einsprache nicht habe entnommen werden können, welche in der Bauzone gelegenen Parzellen der Landwirtschaftszone zuzuweisen seien.
Das Verwaltungsgericht schützte dieses Vorgehen: Auch wenn von der Beschwerdeführerin nicht verlangt werde, dass sie die Parzellen im Einzelnen nenne, sei es ihr doch zumutbar, örtlich einzugrenzen, wo ihrer Auffassung nach die Zoneneinteilung überprüft werden müsse, und aus welchen Gründen.
Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, es sei genügend gewesen, die Bauzonenerweiterung als solche zu rügen. In der Begründung ihrer Einsprache hatte sie sich allerdings nicht gegen Einzonungen, d.h. Bauzonenerweiterungen, gewendet, sondern Baubegrenzungen bzw. Rückzonungen verlangt. Die Auffassung der Vorinstanzen, dass ein derartiger Antrag substanziiert und örtlich eingegrenzt werden müsse, ist von Bundesrechts wegen nicht zu beanstanden.
8.
Streitig ist schliesslich, ob die JGK befugt war, vorweg, in Form eines Teilentscheids, über gewisse Rechtsbegehren zu entscheiden, unter Abtrennung der Beschwerde gegen die Einzonungen in den Gebieten Wispile, ZPP B3A Alpenblick sowie Hindere Büel.
Der Beschwerdeführerin ist einzuräumen, dass Teilentscheide über Zonenplanfestsetzungen mit dem raumplanerischen Grundsatz der gesamthaften Interessenabwägung in Konflikt geraten und eine gesamthafte Prüfung insbesondere der Bauzonengrösse vereiteln können. Im vorliegenden Fall ist jedoch keine Verletzung dieser Rechtsgrundsätze und Vorgaben ersichtlich:
8.1. Soweit die JGK mit Teilentscheid vom 19. Februar 2013 auf verschiedene Anträge zu Ein- und Umzonungen nicht eingetreten ist, hatte sie die Zonierung nicht materiell zu beurteilen; die sich stellenden Eintretensfragen konnten unabhängig vom Ausgang der abgetrennten Einzonungsverfahren (insbes. im Gebiet Wispile) geprüft werden.
8.2. In den abgetrennten Verfahren wurde ausschliesslich die Einzonung Wispile materiell beurteilt; die übrigen Verfahren wurden durch Beschwerderücknahme gegenstandslos. Die Einzonung Wispile wurde nicht genehmigt, im Übrigen aus Gründen, die keinen Zusammenhang mit den vorliegend streitigen Ein- und Umzonungen aufweisen (ungenügende Erschliessung mit öffentlichem Verkehr, Gründe des Ortsbild- und Landschaftsschutzes, periphere Lage; vgl. den in den Akten liegenden Entscheid der JGK vom 29. April 2014). Die Bauzone wurde daher im Gebiet Wispile nicht vergrössert. Dieser Entscheid ist zwischenzeitlich rechtskräftig geworden.
Der vom Verwaltungsgericht formulierte Vorbehalt (in E. 3.4.1), für den Fall, dass die JGK im Verfahren betreffend die Einzonung Wispile zum Schluss kommen sollte, dass die Gemeinde insgesamt zu viel Wohnbauland ausgeschieden habe, ist gegenstandslos geworden. Es kann daher dahingestellt bleiben, ob er (wie die Beschwerdeführerin meint) ins Dispositiv hätte aufgenommen werden müssen.
9.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>) und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Einwohnergemeinde Saanen, der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber