Sachverhalt:
A. A.a Die 1977 geborene B._ leidet seit Geburt an einer schweren Behinderung. Sie wurde auf die Volljährigkeit hin gestützt auf <ref-law> entmündigt und es wurde die elterliche Gewalt im Sinne von <ref-law> verlängert. B._ wohnt bei ihren Eltern. Ab 1. August 1995 bezog sie eine ganze Invalidenrente sowie Ergänzungsleistungen. Nachdem B._ im Mai 1996 ein Vermögen geerbt hatte, wurden der Leistungsanspruch neu berechnet und zufolge eines Einnahmenüberschusses die Ergänzungsleistungen eingestellt. Die dagegen erhobene Beschwerde wies die damals zuständige AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Dezember 1997 ab. Auf eine erneute Anmeldung im Februar 2004 hin verneinte die EL-Stelle mit Verfügung vom 30. September 2005 und Einspracheentscheid vom 13. Januar 2006 den Anspruch auf Ergänzungsleistungen.
A.b B._ meldete sich im Februar 2007 wieder zum Bezug von Ergänzungsleistungen an. Das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau sprach ihr mit Verfügung vom 23. März 2007 ab 1. Februar 2007 eine monatliche Ergänzungsleistung von Fr. 372.- zu, wobei es bei der Berechnung per 1. Januar 2007 einen Vermögensverzicht von Fr. 87'147.- berücksichtigte. Dagegen erhob B._ Einsprache. Mit Verfügung vom 20. Dezember 2007 setzte das Amt für AHV und IV den Ergänzungsleistungsanspruch ab 1. Januar 2008 - wiederum unter Anrechnung eines Vermögensverzichts - auf Fr. 425.- pro Monat fest. Auch dagegen erhob B._ Einsprache. Mit Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008 wies das Amt für AHV und IV beide Einsprachen ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher B._ die Zusprechung der gesetzlich geschuldeten Leistungen beantragen liess, hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. August 2008 teilweise gut, soweit darauf eingetreten wurde. Es hob den Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008 auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an das Amt für AHV und IV zurück zur Neuberechnung des EL-Anspruchs ab Februar 2007 und ab Januar 2008.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheids sowie des Einspracheentscheids seien der Beschwerdeführerin für das Jahr 2007 (Februar bis Dezember) Ergänzungsleistungen von Fr. 863.- pro Monat auszurichten, unter Anrechnung der bereits geleisteten Ergänzungsleistungen. Für die Berechnung der Ergänzungsleistungen für das Jahr 2008 (Januar bis Dezember) sei die Streitsache zur Berechnung und Neuverfügung an das Amt für AHV und IV zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Amt für AHV und IV sowie das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide, das heisst gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f.). Anders verhält es sich nur, wenn der unteren Instanz, an welche zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung bloss noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, 9C_684/2007 E. 1.1; dazu nicht veröff. E. 1 des zur Publikation in BGE 135 X bestimmten Urteils 9C_876/2008 vom 14. April 2009).
1.2 Die Abgrenzung zwischen Teil- und Zwischenentscheid erfolgt auf der Ebene des Streitgegenstandes: Massgebend ist, ob der Entscheid ein Begehren behandelt, das unabhängig von anderen beurteilt werden kann (<ref-law>), das heisst auch Gegenstand eines selbständigen Verfahrens hätte bilden können (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4332 Ziff. 4.1.4.1); solche Entscheide sind (anders als die Zwischenentscheide) selbständig der materiellen Rechtskraft zugänglich (<ref-ruling> E. 4a S. 194; Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 6 zu Art. 91 und N. 2 zu <ref-law>).
1.3 Mit Verfügung vom 23. März 2007 wurde der EL-Anspruch der Beschwerdeführerin für die Zeit ab 1. Februar 2007 festgesetzt, mit Verfügung vom 20. Dezember 2007 derjenige für die Zeit ab 1. Januar 2008. Gegen beide Verfügungen wurde Einsprache erhoben, wobei die Verfahren im Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008 vereinigt und die beiden Einsprachen abgewiesen wurden. Die dagegen erhobene Beschwerde hat die Vorinstanz teilweise gutgeheissen, den Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008 aufgehoben und die Sache an das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau zurückgewiesen zur Neuberechnung des EL-Anspruchs ab Februar 2007 und ab Januar 2008. Für die Zeit ab Februar 2007 hat das kantonale Gericht die Höhe des Verzichtsvermögens festgesetzt und die Sache lediglich zur Berechnung der Ergänzungsleistungen an das Amt für AHV und IV zurückgewiesen, wohingegen die Rückweisung für die Zeit ab 1. Januar 2008 der Ermittlung des Barvermögens und der anschliessenden Neuberechnung der Ergänzungsleistungen dient.
1.4 Beim Anspruch auf Ergänzungsleistungen in verschiedenen Jahren ist rechtsprechungsgemäss - im Gegensatz zu den Invalidenrentenverhältnissen - nicht von einem einheitlichen Rechtsverhältnis als Dauerverhältnis auszugehen, da in Anbetracht der formell-gesetzlichen Ausgestaltung eine Verfügung über Ergänzungsleistungen in zeitlicher Hinsicht Rechtsbeständigkeit nur für ein Kalenderjahr entfalten kann und die Grundlagen zur Berechnung der Ergänzungsleistungen demzufolge von Jahr zu Jahr neu festgelegt werden können (<ref-ruling>; vgl. auch Urteil 8C_94/2007 vom 15. April 2008 E. 3 und 4). Die Perioden 1. Februar bis 31. Dezember 2007 und ab 1. Januar 2008 können demzufolge unabhängig voneinander betrachtet werden.
1.5 Die Periode ab 1. Januar 2008 gestützt auf die Verfügung vom 20. Dezember 2007 ist nicht zu beurteilen, da die Beschwerdeführerin diesbezüglich mit der Rückweisung einverstanden ist.
1.6 Was die Periode 1. Februar bis 31. Dezember 2007 gestützt auf die Verfügung vom 23. März 2007 anbelangt, hat die Vorinstanz die Höhe des Verzichtsvermögens festgelegt und die Sache zur Neuberechnung der Ergänzungsleistungen an das Amt für AHV und IV zurückgewiesen. Die Rückweisung dient nur noch der frankenmässigen Berechnung der Ergänzungsleistungen. Da es sich dabei lediglich um eine rechnerische Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten handelt, bei welcher kein Entscheidungsspielraum verbleibt, liegt ein anfechtbarer (Teil-)Endentscheid vor. Auf die Beschwerde gegen die Rückweisung zur Neuberechnung der Ergänzungsleistung ab 1. Februar bis 31. Dezember 2007 ist daher einzutreten (Art. 90 und 91 lit. a BGG).
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2.2 Die Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung haben durch das am 1. Januar 2008 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 6. Oktober 2006 über die Schaffung von Erlassen zur Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen (AS 2007 5779) eine umfassende Neuregelung erfahren. Weil in zeitlicher Hinsicht grundsätzlich diejenigen materiellen Rechtssätze massgebend sind, welche bei der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes Geltung haben, und weil ferner das Sozialversicherungsgericht grundsätzlich auf den bis zum Zeitpunkt des Einspracheentscheids (hier: 29. Januar 2008) eingetretenen Sachverhalt abstellt (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen), richtet sich der Anspruch auf Ergänzungsleistungen in der zu beurteilenden Periode 1. Februar bis 31. Dezember 2007 nach den bis Ende 2007 gültig gewesenen Bestimmungen.
3. 3.1 Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf Ergänzungsleistungen für die Zeit ab 1. Februar bis 31. Dezember 2007 und dabei namentlich die Frage des anrechenbaren Verzichtsvermögens.
3.2 Das kantonale Gericht hat die für den Anspruch auf Ergänzungsleistungen geltenden Voraussetzungen (Art. 2 ELG in der hier anwendbaren bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) und die hier relevanten Berechnungsregeln (Art. 3a-3c ELG in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die vorinstanzlichen Ausführungen zur Anrechenbarkeit von Einkünften und Vermögenswerten, auf die verzichtet worden ist (Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung), und zur Rechtsprechung bezüglich der Frage, unter welchen Umständen eine Verzichtshandlung im Sinne dieser Bestimmung vorliegt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 332, 123 V 35 E. 1 S. 37, 121 V 204 E. 4a S. 205, 120 V 182). Darauf wird verwiesen.
3.3 Die Festsetzung der anrechenbaren Einnahmen, wozu auch die Festsetzung des Verzichtsvermögens gehört, stellt - soweit sie auf der Würdigung konkreter Umstände beruht - eine Tatfrage dar, welche lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbar ist (vgl. E. 2.1 hievor).
4. Das Amt für AHV und IV legte der Berechnung der Ergänzungsleistungen für das Jahr 2007 gemäss Verfügung vom 23. März 2007 und Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008 einen Vermögensverzicht von Fr. 87'147.- zugrunde, welcher sich aus Verzicht auf Nachlassvermögen (exkl. Liegenschaft) im Jahr 1996, Vermögensverzicht betreffend Liegenschaft im Jahr 1997 sowie unbelegtem Vermögensrückgang zusammensetzt. Das kantonale Gericht reduzierte das per 1. Januar 2007 anrechenbare Verzichtsvermögen auf Fr. 84'151.50. Die Beschwerdeführerin macht geltend, per 1. Januar 2007 sei ihr kein Einkommen in Form von Vermögensverzicht anzurechnen.
5. Die erste Verzichtshandlung im Jahr 1996 basiert auf der Aufteilung des Nachlasses exkl. Liegenschaft der im Mai 1996 verstorbenen Erblasserin unter Berücksichtigung der Erbschaftssteuer. Die Vorinstanz korrigierte das daraus hervorgehende Verzichtsvermögen, welches das Amt für AHV und IV mit Fr. 6'263.- beziffert hatte, auf Fr. 6'254.70. Die Berechnung des kantonalen Gerichts sowie der daraus resultierende Betrag werden von der Beschwerdeführerin ausdrücklich anerkannt, weshalb darauf nicht näher einzugehen ist.
6. Streitig und zu prüfen ist die Höhe des Verzichtsvermögens aus dem Jahr 1997, welches sich aus dem Ausscheiden der Beschwerdeführerin und ihrer Geschwister aus der Erbengemeinschaft bezüglich Liegenschaft ergab, dabei namentlich die Frage, zu welchem Wert die Liegenschaft anzurechnen ist.
6.1 Die Vorinstanz ging gestützt auf <ref-law> vom Verkehrswert der Liegenschaft 1997 in der Höhe von Fr. 976'000.- aus, zog die Hypothek von Fr. 410'000.- ab, was einen Nettoliegenschaftswert von Fr. 566'000.- und einen Anteil der Beschwerdeführerin (3/9) von Fr. 188'667.- ergab. Nach Abzug des Betrages von Fr. 46'331.-, welchen die Beschwerdeführerin effektiv erhalten habe, ermittelte das kantonale Gericht einen Vermögensverzicht von Fr. 142'336.-.
6.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, gestützt auf die im Zeitpunkt der Entäusserung des Grundstücks im Jahr 1997 anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen, namentlich Art. 17 ELV in der bis Ende 1998 gültig gewesenen Fassung, sei das anrechenbare Vermögen nach den Grundsätzen der Gesetzgebung über die direkte kantonale Steuer für die Bewertung des Vermögens im Wohnsitzkanton zu bewerten (Art. 17 Abs. 1 ELV), wohingegen der Verkehrswert lediglich massgebend sei, wenn Grundstücke dem EL-Bezüger nicht zu eigenen Wohnzwecken dienten (Art. 17 Abs. 4 ELV). Unter Berufung auf <ref-ruling>, in welchem das Eidgenössische Versicherungsgericht den Steuerwert als massgebend erachtete bei Vermögensverzicht anlässlich einer Erbteilung gegen Einräumung einer Nutzniessung, macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe die Liegenschaft 1997 zusammen mit ihren Eltern und Geschwistern bewohnt und tue dies nach wie vor. Der Steuerwert habe 1997 Fr. 549'000.- betragen, was unter Abzug der Passiven einen Nettoliegenschaftswert von Fr. 131'266.- ergebe. Die Beschwerdeführerin habe einen Anspruch auf 3/9 dieses Wertes, was Fr. 43'755.35 entspreche; bei Anrechnung von 3/8 gemäss Liquidations- und Teilungsvertrag wären es Fr. 49'224.75. Nach Abzug des effektiv erhaltenen Betrages von Fr. 46'333.35 resultiere somit kein, bzw. höchstens ein Vermögensverzicht von Fr. 2'891.40. Eventualiter beruft sich die Beschwerdeführerin darauf, dass bei grundsätzlichem Abstellen auf den Verkehrswert dieser dann nicht zur Anwendung komme, wenn der betreffende Kanton anstelle des Verkehrswertes den für die interkantonale Steuerausscheidung massgebenden Repartitionswert anwende. Das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau stelle praxisgemäss auf das Mittel zwischen Steuerwert (1997: Fr. 549'000.-) und Gebäudeversicherungswert (1997: Fr. 1'065'000.-) der Liegenschaft ab, was einen Mittelwert von Fr. 807'000.- und nach Abzug der Hypothek einen Nettowert von Fr. 397'000.- ergebe. Bei einem Anspruch von 3/9 beliefe sich das Verzichtsvermögen nach Abzug des effektiv erhaltenen Betrages auf Fr. 85'999.-
6.3 Zu beurteilen sind Ergänzungsleistungen für das Jahr 2007, die relevante Veräusserungshandlung fand 1997 statt. Zu prüfen ist daher vorweg, ob Art. 17 ELV, namentlich Art. 17 Abs. 1 bzw. 4, in der bis 31. Dezember 1998 gültig gewesenen Fassung, oder aber Art. 17 ELV in der seit 1. Januar 1999 geltenden Fassung und dabei namentlich der neue Abs. 5 zur Anwendung gelangt.
6.3.1 Zur Beurteilung der Frage, ob ein Vermögensverzicht, bzw. ob eine adäquate Gegenleistung für das verzichtete Vermögen vorliegt, ist auf das Verhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung zur Zeit der Entäusserung abzustellen. Bei der Entäusserung einer Liegenschaft im Jahr 1997 ist somit grundsätzlich von dem nach Art. 17 ELV ermittelten Liegenschaftswert auszugehen. Gemäss Art. 17 ELV in seiner seit 1992 und bis Ende 1998 gültigen Fassung, sind für die Bewertung des Vermögens primär die Grundsätze der Gesetzgebung über die direkte kantonale Steuer anwendbar (Art. 17 Abs. 1 ELV). Für Grundstücke ist demnach in der Regel der kantonale Steuerwert massgebend. Der Verkehrswert ist einzig dann massgeblich, wenn das Grundstück der leistungsansprechenden oder einer in der EL-Berechnung eingeschlossenen Person nicht zu eigenen Wohnzwecken dient (Art. 17 Abs. 4 ELV). Seit dem 1. Januar 1999 ist demgegenüber bei der entgeltlichen oder unentgeltlichen Entäusserung eines Grundstückes für die Prüfung, ob ein Vermögensverzicht im Sinne von Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG vorliegt, der Verkehrswert massgebend (Art. 17 Abs. 5 ELV), wobei die Kantone anstelle des Verkehrswertes einheitlich den für die internationale Steuerausscheidung massgebenden Repartitionswert anwenden können (Art. 17 Abs. 6 ELV).
6.3.2 Rechtsprechungsgemäss ist für die Bewertung von Verzichtsvermögen für einen Ergänzungsleistungsanspruch ab 1999 Art. 17 ELV in der seit 1. Januar 1999 geltenden Fassung auch auf Verzichtstatbestände anwendbar, die sich vor dem Inkrafttreten dieser Bestimmung verwirklicht haben. Es handelt sich dabei um eine zulässige, sogenannte unechte Rückwirkung (ex nunc et pro futuro) auf einen Sachverhalt, der sich zwar vor Inkrafttreten dieser Neufassungen verwirklicht hat, sich aber auch danach noch auswirkt, indem sich unter Herrschaft des neuen Rechts die Frage der Bewertung des Verzichtsvermögens stellt (Urteil P 80/99 vom 16. Februar 2001 E. 2c; vgl. auch <ref-ruling> E. 4b S. 184, 114 V 150 E. 2 S. 151, je mit Hinweisen auf Rechtsprechung und Lehre).
6.3.3 Ist somit für den vorliegend zu beurteilenden Sachverhalt rechtsprechungsgemäss Art. 17 Abs. 5 ELV im Sinne einer unechten Rückwirkung anwendbar, muss auf die Frage der Abgrenzung zwischen Art. 17 Abs. 1 und 4 ELV nicht näher eingegangen werden.
6.3.4 Gemäss Art. 17 Abs. 5 ELV ist bei der entgeltlichen oder unentgeltlichen Entäusserung eines Grundstücks für die Prüfung, ob ein Vermögensverzicht im Sinne von Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG vorliegt, grundsätzlich der Verkehrswert massgebend. Dieser gelangt nicht zur Anwendung, wenn von Gesetzes wegen ein Rechtsanspruch auf den Erwerb zu einem tieferen Wert besteht. Nach der Rechtsprechung ist unter dem Verkehrswert der Verkaufswert (Marktpreis) zu verstehen, den eine Liegenschaft im normalen Geschäftsverkehr besitzt (<ref-ruling>, SVR 1998 EL Nr. 5 S. 9, je mit Hinweisen; vgl. auch die Erläuterungen des BSV zur ELV-Revision vom 16. September 1998, in: AHI 1998 S. 273 f.). Weil der so ermittelte Verkehrswert eine konkrete und aktuelle Liegenschaftsschätzung voraussetzt, ist diese Bewertungsmethode für die Ermittlung des EL-Anspruchs nicht praktikabel. Der EL-rechtliche Verkehrswert hat sich daher soweit möglich und sinnvoll auf geeignete anderweitige Schätzungswerte zu stützen (SVR 1998 EL Nr. 5 S. 9 E. 6a; vgl. auch Art. 17 Abs. 6 ELV, wonach die Kantone anstelle des Verkehrswertes den für die interkantonale Steuerausscheidung massgebenden Repartitionswert anwenden können). Das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau stellt praxisgemäss auf das Mittel zwischen dem Steuerwert und dem Gebäudeversicherungswert der Liegenschaft ab. Diese Berechnungsweise hat das Eidgenössische Versicherungsgericht mehrfach als sachgerecht bezeichnet mit der Feststellung, dass sie im Hinblick darauf, dass der Verkehrswert meist deutlich über dem Steuerwert liegt und der Versicherungswert den Verkehrswert häufig übersteigt, in der Regel zu angemessenen Ergebnissen führt (vgl. Urteile P 49/05 vom 9. Juni 2006, P 50/00 vom 8. Februar 2001 und P 1/02 vom 9. September 2002). Dies ist vorliegend der Fall. Indem die Vorinstanz der Ermittlung des Verzichtsvermögens hinsichtlich des Ergänzungsleistungsanspruchs für das Jahr 2007 gestützt auf die erbrechtlichen Bestimmungen, namentlich <ref-law>, den Verkehrswert und nicht den im Kanton Thurgau gestützt auf die massgebenden Bestimmungen des ELG und der ELV praxisgemäss verwendeten Mittelwert zwischen Gebäudeversicherungswert und Steuerwert als Annäherungswert für den Verkehrswert der Liegenschaft zugrunde gelegt hat, liegt eine Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> vor, welche auch im Rahmen der eingeschränkten Kognition zu berücksichtigen ist (vgl. E. 2.1 hievor).
6.3.5 Wie die Beschwerdeführerin zur Begründung ihres Eventualstandpunktes vorbringt, betrug der Steuerwert der Liegenschaft im Jahr 1997 Fr. 549'000.- und der Gebäudeversicherungswert Fr. 1'065'000.-, was einen Mittelwert von Fr. 807'000.- ergibt. Nach Abzug der Hypothek von Fr. 410'000.- verbleibt ein Nettowert von Fr. 397'000.-, sodass der bei einem Anspruch von 3/9 auf die Beschwerdeführerin entfallende Wert Fr. 132'333.35 ausmacht. Die Differenz zum effektiv erhaltenen Betrag von Fr. 46'333.35 und somit der diesbezügliche Vermögensverzicht beträgt Fr. 85'999.-, wovon auch das Amt für AHV und IV ausgegangen war (vgl. Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008).
7. 7.1 Was schliesslich die dritte Verzichtshandlung anbelangt, hat das Amt für AHV und IV einen unbelegten Vermögensverbrauch in der Zeit ab 1. Januar 1999 bis 1. Januar 2004 mitberücksichtigt. Es ging davon aus, das Vermögen der Beschwerdeführerin habe per 1. Januar 1999 Fr. 362'379.- und per 1. Januar 2004 Fr. 86'439.- betragen, was eine Differenz von Fr. 275'940.- ergebe. Unter Berücksichtigung von anerkannten Ausgaben in diesen fünf Jahren in der Höhe von Fr. 317'556.50 und Einnahmen von Fr. 112'764.- aus IV-Rentenleistungen und Hilflosenentschädigung verbleibe eine Differenz von Fr. 71'147.50, welche ab 1. Januar 2004 als Verzichtsvermögen anzurechnen sei.
7.2 Die Vorinstanz hat anhand der Steuerunterlagen festgestellt, dass das Vermögen der Beschwerdeführerin nicht per 1. Januar 1999 sondern per 1. Januar 1997 Fr. 362'379.- betragen hat. Per 1. Januar 1999 war ein Vermögen von Fr. 267'077.- deklariert. Das kantonale Gericht hat die Vermögensentwicklung dementsprechend für die Zeit ab 1. Januar 1997 bis 1. Januar 2004 berücksichtigt. Von der Differenz von Fr. 275'940.- hat es die vom Amt für AHV und IV anerkannten und von der Beschwerdeführerin akzeptierten Ausgaben von durchschnittlich Fr. 40'958.50 pro Jahr, in sieben Jahren somit Fr. 286'709.50, abgezogen und den aus dem Liegenschaftsverkauf im Jahr 1997 erhaltenen Betrag von Fr. 46'331.- hinzugerechnet, was einen nicht belegten Verbrauch von Fr. 35'561.50 ergab.
7.3 Die Beschwerdeführerin bestätigt die erwähnten Vermögensstände und die Berechnung der Vorinstanz. Sie macht jedoch geltend, das Amt für AHV und IV habe die Vermögensentwicklung erst ab 1. Januar 1999 berücksichtigen wollen.
7.4 Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung ist - wie die Beschwerdeführerin selber einräumt - richtig, dies abgesehen von der im Rahmen der eingeschränkten Kognition nicht zu berücksichtigenden Differenz in der Höhe von Fr. 2.35 zwischen dem im Jahr 1997 effektiv erhaltenen Betrag von Fr. 46'333.35 und dem von der Vorinstanz diesbezüglich berücksichtigten Betrag von Fr. 46'331.-. Mit der Feststellung, das Amt für AHV und IV habe das Vermögen von Fr. 362'379.- fälschlicherweise per 1. Januar 1999 statt per 1. Januar 1997 eingesetzt, der entsprechenden Ausdehnung der zu berücksichtigenden Periode und der daraus resultierenden Korrektur der Vermögensentwicklung hat das kantonale Gericht keine Rechtsverletzung begangen. Der als nicht belegter Verbrauch mit Fr. 35'561.50 bezifferte Vermögensverzicht ist somit für das Bundesgericht verbindlich.
8. Zusammenfassend beträgt das gesamte Verzichtsvermögen Fr. 127'815.20 (Vermögensverzicht 1996 Fr. 6'254.70; Vermögensverzicht 1997 Fr. 85'999.-; Vermögensverzicht 1. Januar 1997 bis 1. Januar 2004 Fr. 35'561.50). Wie das kantonale Gericht dargelegt hat, ist dieses gestützt auf Art. 17a ELV jährlich um Fr. 10'000.- zu vermindern, wobei der Wert des Vermögens im Zeitpunkt des Verzichts unverändert auf den 1. Januar des folgenden Jahres zu übertragen und dann jeweils nach einem Jahr zu vermindern ist. Mit der Vorinstanz sind somit zehn Amortisationen zu berücksichtigen, was per 1. Januar 2007 ein anrechenbares Verzichtsvermögen von Fr. 27'815.20 ergibt. Das Amt für AHV und IV wird den Ergänzungsleistungsanspruch ab 1. Februar bis 31. Dezember 2007 unter Berücksichtigung dieses Verzichtsvermögens neu zu berechnen haben.
9. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Dem Prozessausgang entsprechend gehen die Gerichtskosten zu Lasten des Beschwerdegegners (<ref-law>) und ist dieser gegenüber der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin entschädigungspflichtig (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 27. August 2008 und der Einspracheentscheid des Amtes für AHV und IV des Kantons Thurgau vom 29. Januar 2008 aufgehoben werden und die Sache ans Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau zurückgewiesen wird, damit es den Ergänzungsleistungsanspruch für das Jahr 2007 im Sinne der Erwägungen ermittle und darüber neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch