Faits:
A. Par jugement rendu le 13 juin 2012, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a condamné X._, pour infraction et contravention à la LStup, faux dans les certificats, entrée et séjours illégaux en Suisse, infraction à la LArm, conduite sans permis de conduire, à une peine privative de liberté de cinq ans ainsi qu'à 500 fr. d'amende, peine de substitution de cinq jours. Cette autorité a également condamné deux autres prévenus.
B. Par arrêt du 25 janvier 2013, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé par X._.
En bref, il a été retenu que ce dernier avait participé à un trafic de stupéfiants. L'enquête a notamment permis de saisir environ 4.2 kilos d'héroïne et 400 grammes de cocaïne.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de dépens, à sa réforme en ce sens qu'une peine compatible avec le sursis partiel lui est infligée, la partie ferme à exécuter correspondant à celle déjà effectuée au jour du dépôt du recours. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5).
2. Le recourant invoque une violation des art. 47 et 48 CP.
2.1 Il conteste la peine infligée en soutenant que son état de toxicodépendance était tel que sa volonté délictueuse n'était pas libre de sorte que sa faute est nettement plus légère que celle retenue.
La cour cantonale a exposé que l'activité du recourant n'avait pas servi à financer sa propre consommation puisque par sa position, il pouvait librement puiser dans le stock de drogue. Son addiction ne pouvait à elle seule expliquer ses actes, la quantité trafiquée étant susceptible d'engendrer des gains supérieurs à ceux nécessaires pour financer une consommation personnelle. Il avait agi principalement par appât du gain facile et rapide (cf. arrêt attaqué, p. 13).
Toute l'argumentation du recourant repose sur un état de fait qui se distancie de celui retenu par la cour cantonale, qui a nié que l'activité criminelle du recourant ait été guidée par sa dépendance. Celui-ci expose librement différents éléments du dossier pour affirmer le contraire. Purement appellatoires, ses critiques factuelles sont irrecevables (cf. supra consid. 1 in fine). C'est ainsi de manière irrecevable qu'il invoque sa dépendance pour justifier une fausse application de l'<ref-law>. C'est également de manière irrecevable qu'il se prévaut de sa dépendance pour invoquer une détresse profonde au sens de l'<ref-law>.
2.2 Le recourant invoque avoir agi sous l'ascendant d'une personne dont il dépendait (<ref-law>) en relevant s'être trouvé dans un état de dépendance de la ou des personnes qui lui ont proposé d'occuper un appartement et d'assurer sa consommation personnelle et qu'il a agi à leur instigation. Ce faisant, le recourant se distancie également des faits retenus dans une argumentation appellatoire, laquelle est irrecevable. Il ne formule aucun grief recevable tiré de l'application de l'<ref-law>.
2.3 Déclarant avoir reconnu les faits lors de son audition par la police le 22 août 2011, le recourant invoque le repentir sincère (art. 48 let. d CP). Une fois encore, il méconnaît les règles de recevabilité du recours en matière pénale au Tribunal fédéral et se distancie dans une argumentation appellatoire des faits retenus. La cour cantonale a en effet exposé que la collaboration du recourant durant l'enquête n'avait pas été bonne dès lors qu'il était souvent revenu sur ses déclarations et n'avait fourni aucun élément sur ses comparses ou ses clients (cf. arrêt attaqué, p. 13). Sur cette base, un repentir sincère est exclu.
2.4 Le recourant se prévaut de son absence d'antécédents. Il perd de vue, alors même que la cour cantonale l'a déjà spécifié, que cet élément a un effet neutre et n'a pas à être apprécié dans un sens atténuant, sauf circonstance exceptionnelle, non réalisée ici (cf. <ref-ruling> consid. 2.6.4 p. 3).
2.5 Le recourant évoque les peines inférieures infligées à ses coprévenus.
Il est renvoyé à la jurisprudence en matière de fixation de la peine et d'égalité de traitement (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 193 ss; <ref-ruling> consid. 2b p. 244 ss; <ref-ruling> consid. 3a p. 144). Il ressort du jugement de première instance (p. 21 s.) que le recourant a agi sur plusieurs semaines et occupait un poste à responsabilité dans le réseau de trafiquants. Son coprévenu A._ a joué un rôle peu élevé dans la hiérarchie et son activité s'est déroulée sur une période relativement courte. Cette implication moindre dans le trafic justifie la peine sensiblement plus légère (trois ans et demi) qui lui a été infligée, indépendamment des autres aspects le distinguant du recourant, comme ses mauvais antécédents ou le fait qu'il n'est pas consommateur. Le recourant ne fait état d'aucun élément susceptible de fonder une inégalité de traitement. Quant à B._, son rôle dans le trafic n'a été que ponctuel et il se trouvait au bas de l'échelle hiérarchique. Cette situation explique la peine inférieure. Il n'y a pas d'inégalité de traitement.
2.6 Pour le reste, le recourant ne formule aucune autre critique recevable selon l'<ref-law> quant à la fixation de la peine. Au vu du concours d'infractions, du rôle du recourant dans le trafic de drogue, de l'importance et de la durée de celui-ci, la peine fixée à cinq ans ne viole pas le droit fédéral. Cela exclut tout sursis.
3. Le recours étant manifestement voué à l'échec, l'assistance judiciaire est refusée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 15 mai 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod