Verwahrung (<ref-law>)(Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau [1. Strafkammer] vom 7. September 2000 [ST. 2000. 00402]), hat sich ergeben:
A.- X._ ist seit 1983 regelmässig unter anderem wegen strafbarer Handlungen gegen die sexuelle Integrität zu Gefängnisstrafen verurteilt worden (1983 zu 10 Monaten, 1986 zu 12 Monaten, 1989 zu 15 Monaten, 1991 und 1992 zu je 4 Monaten, 1994 zu 10 Monaten, 1996 zu 6 Monaten und 1997 zu 7 Monaten). Meist handelte es sich um Exhibitionismus, wobei er einmal auch ein kleines Mädchen ausgegriffen hatte (Urteil des Bezirksgerichts Brugg S. 30).
Aus der Anklageschrift vom 4. August 1998 ergibt sich im Wesentlichen: Nach seiner Entlassung aus dem Strafvollzug Anfang November 1997 zog X._ bei einer ihm bekannten alleinerziehenden Mutter zweier Knaben (Jahrgang 1988 und 1991) als Untermieter ein und übernahm während der Abwesenheit der Mutter Betreuungsfunktionen.
Während der Abwesenheit der Mutter kam es mehrmals zu Vorfällen, bei denen X._ und der jüngere Knabe sich gegenseitig betasteten und das Geschlechtsteil manuell und oral rieben, wobei er sich am Schluss bis zum Samenerguss befriedigte. Einen Vorfall beobachtete der ältere Knabe teilweise. X._ versuchte auch, mit dem jüngeren Knaben den Analverkehr zu vollziehen, was er aber abbrach, als sich der Knabe über Schmerzen beklagte. Er bewahrte ferner in der Wohnung pornografische Literatur, ein Kartenspiel und Videofilme so auf, dass die Knaben Zugang hatten (Anklageziff. II/a und b).
X._ wandte sich zwischen dem 1. November 1997 und dem 13. Februar 1998 telefonisch mit pornographischen Äusserungen an mehrere Frauen (II/c). Er schrieb vor dem 29. Januar 1998 in einem Gebäude an fünf Orten seine Telefonnummer auf, mit einem pornographischen Text und der Aufforderung, "ruft mich an, für Mädchen von 7 - 19 Jahren" (II/d). Er zeigte am 19. Januar 1998 drei 1985 geborenen Mädchen aus sexuellen Motiven durch Öffnen seiner Jacke seinen nur mit einem Büstenhalter bekleideten Oberkörper (II/e, Abs. 1). Er hatte sich einem dieser Mädchen bereits in einem früheren Zeitpunkt in sexueller Absicht präsentiert, so dass es sein Geschlechtsteil gesehen hatte (II/e, Abs. 2).
B.- Das Bezirksgericht Brugg sprach X._ am 21. September 1999 in einem Anklagepunkt der versuchten sexuellen Handlungen mit Kindern sowie der sexuellen Belästigung frei (Dispositiv Ziff. 1). Es erkannte ihn schuldig der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern, des Exhibitionismus, des mehrfachen Zugänglichmachens von Pornografie an eine Person unter sechzehn Jahren, des mehrfachen Missbrauchs des Telefons und der mehrfachen Sachbeschädigung (Ziff. 2a). Es bestrafte ihn mit 5 Jahren Zuchthaus, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 110 Tagen vom 13. Februar 1998 bis 3. Juni 1998 (Ziff. 2b), schob den Vollzug der Freiheitsstrafe auf und ordnete die Verwahrung im Sinne von <ref-law> an (Ziff. 2c).
C.- Das Obergericht des Kantons Aargau hob im Berufungsverfahren am 7. September 2000 in teilweiser Gutheissung der Berufung von X._ sowie von Amtes wegen das Urteil des Kreisgerichts in den Ziff. 1, 2a und 2b sowie 6c (Parteikosten) auf und sprach ihn im Anklagepunkt der versuchten sexuellen Handlungen mit Kindern (II/d) sowie der sexuellen Belästigung (II/e, Abs. 1) von Schuld und Strafe frei und stellte das Strafverfahren wegen mehrfacher Sachbeschädigung (II/d) zufolge Eintritts der absoluten Verjährung ein (Dispositiv 1a/1a und b). Es erkannte ihn schuldig der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern, des Exhibitionismus, des mehrfachen Zugänglichmachens von Pornografie an eine Person unter sechzehn Jahren sowie des mehrfachen Missbrauchs des Telefons und bestrafte ihn mit 4 Jahren Zuchthaus, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 586 Tagen vom 13. Februar 1998 bis
21. September 1999 (Dispositiv 1a/2a und b). Im Übrigen (mit der erwähnten Ausnahme von Dispositiv 1a/6c) wies es die Berufung ab, soweit es darauf eintrat (Dispositiv 1b). Es rechnete für das Berufungsverfahren zusätzlich 188 Tage Untersuchungshaft vom 21. September 1999 bis
20. Januar 2000 und vom 4. Juli 2000 bis 7. September 2000 an (Dispositiv 2; die Untersuchungshaft für das zwischenzeitliche Strafverfahren [unten E. 2c] vom 20. Januar 2000 bis 3. Juli 2000 wurde nicht angerechnet).
Die Berufungen der Zivilkläger wies es ab (Dispositiv 3).
D.- X._ erhebt Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts in Ziff. 1b (soweit die Verwahrung betreffend) und Ziff. 2 (soweit die Untersuchungshaft nicht vollständig angerechnet worden sei) aufzuheben, die Sache zu neuer Entscheidung (Verzicht auf Verwahrung und vollständige Anrechnung der Untersuchungshaft) an die Vorinstanz zurückzuweisen und ihm die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.
E.- Das Obergericht des Kantons Aargau verzichtet auf Gegenbemerkungen. Die Staatsanwaltschaft liess sich nicht vernehmen. Die Beschwerdegegner beantragen, die Nichtigkeitsbeschwerde vollumfänglich abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Vorinstanz begründet die Anordnung der Verwahrung gemäss <ref-law> folgendermassen:
Der Beschwerdeführer leide unter einer schweren Persönlichkeitsstörung mit asozialen Zügen, Beziehungsschwäche, Verwahrlosung und unbeherrschter Triebhaftigkeit vorwiegend im sexuellen Bereich, welche trotz zahlreicher therapeutischer Anstrengungen keine Heilung erfahren, sondern sich noch verschlimmert habe. Eine weitere Behandlung werde wegen der so beschriebenen Therapieresistenz als sinnlos eingestuft (angefochtenes Urteil S. 18). Dem Vorbringen des Beschwerdeführers, er wäre bereit, sich einer Massnahme, wie sie der Vollzugsleiter der Strafanstalt Wauwylermoos vorschlage, zu unterziehen, könne nicht gefolgt werden. Er gefährde die persönliche und sexuelle Entwicklung von Knaben und Mädchen in einer erheblichen Weise. Die Rückfallgefahr sei nach dem Gesagten evident. Die bisherigen Freiheitsstrafen und Massnahmen seien allesamt fehlgeschlagen.
Der Schutz der Kinder rechtfertige eine Verwahrung (angefochtenes Urteil S. 19). Der Hergang der Ereignisse zeige, dass der Beschwerdeführer Gelegenheiten, welche sich ihm böten, hemmungs- und rücksichtslos ausnütze.
Entgegen der Verteidigung sei deshalb für die Zukunft nicht bloss mit weiteren exhibitionistischen Handlungen, sondern durchaus mit schweren Vergehen an Kindern zu rechnen (angefochtenes Urteil S. 18). Die Vorinstanz führt bei der Strafzumessung aus, es dürfe nicht ausser Acht bleiben, dass es sich bei den Missbrauchshandlungen mit dem jüngeren Knaben zum ersten Mal um Vorfälle mit direktem Einbezug eines Kindes in die sexuellen Handlungen gehandelt habe, während bislang zahlreiche exhibitionistische Handlungen im Vordergrund seiner sexuellen Delinquenz gestanden hätten (angefochtenes Urteil S. 16 f.).
b) Der Beschwerdeführer begründet seine Nichtigkeitsbeschwerde vor allem mit dem Hinweis auf frühere Verurteilungen, die zum weitaus grössten Teil wegen Exhibitionismus erfolgt seien. Es bestehe bei ihm im sexuellen Bereich eine ausgeprägte Störung mit Krankheitswert.
Deshalb sei die Zurechnungsfähigkeit als in mittelschwerem Grade reduziert erachtet worden. In einzelnen Fällen sei er wegen sexueller Handlungen mit Kindern verurteilt worden. Diese rechtliche Subsumtion habe sich aber deshalb ergeben, weil er entweder vor Kindern exhibitioniert oder weil er ihnen Sexhefte oder Ähnliches gezeigt habe. Darin habe sich seine pädophile Neigung erschöpft. Hingegen sei es nie zu einer Verurteilung gekommen, weil er Kinder berührt oder sonstwie in weitergehender Weise in seine sexuellen Wünsche mit einbezogen hätte. Insbesondere habe er sich nie mit Gewalt oder Zwang verbundene sexuelle Übergriffe gegenüber Kindern zu Schulden kommen lassen.
Der sexuelle Übergriff auf den jüngeren Knaben stehe in seiner Intensität einmalig dar. Dieser Ansicht sei auch die Vorinstanz. Dass es überhaupt so weit habe kommen können, sei auf unglaubliche Rahmenbedingungen zurückzuführen. Die Kindsmutter habe ihm nämlich eine Bleibe in ihrer Wohnung angeboten, obwohl sie über seine Veranlagung bestens informiert gewesen sei. Es sei nicht ihr die Schuld zuzuweisen, doch könne es nicht angehen, ihn vollumfänglich für das Scheitern verantwortlich zu machen, weil er seine Sexualität nicht unter Kontrolle gehalten habe. Die Besonderheit dieser Verhältnisse habe die Vorinstanz nicht gewürdigt. Dieser Übergriff sei als isoliertes Ereignis zu betrachten. Es dürften daraus keine allgemeinen Schlüsse in Bezug auf ihn und seine Entwicklung gezogen werden. Namentlich dürfe daraus keine Tendenz hin zu gewalttätiger Sexualdelinquenz abgeleitet werden. Es gebe dafür keine Hinweise.
Die Verwahrung sei als ultima ratio nur mit äusserster Zurückhaltung anzuwenden. Zwar sei realistischerweise davon auszugehen, dass er auch in Zukunft zu exhibitionistischen Handlungen neigen werde. Dabei handle es sich aber um relative Bagatelldelikte. Das Schutzbedürfnis der Gesellschaft vermöge eine Verwah- rung nicht zu rechtfertigen. Sie sei unverhältnismässig.
(Der Beschwerdeführer beruft sich dazu auf <ref-ruling> E. 5b/aa und <ref-ruling> E. 2c/bb [Beschwerde S. 5]; diese Erwägungen betreffen indes <ref-law>).
c) Die Beschwerdegegner führen in der Vernehmlassung aus, der Beschwerdeführer habe sich nicht verändert und im Gegenteil seine Delinquenz intensiviert, obwohl alle möglichen Heilungsversuche unternommen worden seien. Er zeige sich uneinsichtig, suche sein Verschulden zu verkleinern und schwärze die Kindsmutter an. Der Schutz der Kinder stelle eines der höchsten Rechtsgüter dar. Die Verwahrung sei zu bestätigen.
d) Erfordert der Geisteszustand des Täters, der eine vom Gesetz mit Zuchthaus oder Gefängnis bedrohte Tat begangen hat, die damit im Zusammenhang steht, ärztliche Behandlung oder besondere Pflege und ist anzunehmen, dadurch lasse sich die Gefahr weiterer mit Strafe bedrohter Taten verhindern oder vermindern, so kann der Richter Einweisung in eine Heil- oder Pflegeanstalt anordnen.
Er kann ambulante Behandlung anordnen, sofern der Täter für Dritte nicht gefährlich ist. Gefährdet der Täter infolge seines Geisteszustandes die öffentliche Sicherheit in schwer wiegender Weise, so wird vom Richter seine Verwahrung angeordnet, wenn diese Massnahme notwendig ist, um ihn vor weiterer Gefährdung anderer abzuhalten. Die Verwahrung wird in einer geeigneten Anstalt vollzogen (Art. 43 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 StGB).
Eine Verwahrung kommt nur bei Gefährlichkeit in Betracht. Die Frage einer sozialen Gefährlichkeit stellt alle Entscheidungsträger bekanntermassen vor Schwierigkeiten.
Eine Sozialgefährlichkeit lässt sich nicht unmittelbar aus der Anlasstat erschliessen. Unter dem Titel von <ref-law> entscheidet nicht die Gefährlichkeit der Tat, sondern die Gefährlichkeit des Geisteszustandes über die Rechtsfolge. Diese bedarf einer vertieften Abklärung, weshalb der Richter seinen Entscheid auf Grund von Gutachten trifft (<ref-law>). Die schwer wiegende Gefährdung bezieht sich nicht nur auf Nähe und Ausmass der Gefahr, sondern auch auf Art beziehungsweise Bedeutung des gefährdeten Rechtsgutes, so dass bei der Gefährdung hochwertiger Rechtsgüter wie Leib und Leben an Nähe und Ausmass der Gefahr weniger hohe Anforderungen zu stellen sind als bei der Gefährdung weniger bedeutender Rechtsgüter. Die Verwahrung im Sinne von <ref-law> ist angesichts der Schwere dieses Eingriffs in die persönliche Freiheit des Betroffenen ultima ratio (vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb; <ref-ruling>, 100; unveröffentlichter Entscheid des Kassationshofs vom 29. Januar 2000 in Sachen H. gegen Generalprokurator des Kantons Bern [BGE 6S.768/1999]).
Die bisherigen Sexualstraftaten des Beschwerdeführers, bei denen zahlreiche exhibitionistische Handlungen im Vordergrund standen (oben E. 1a), führten angesichts des nicht beträchtlichen Ausmasses der Gefahr zu Recht nicht zu einer Verwahrung im Sinne von <ref-law>. Entscheidend ist die Frage, ob die heute zu beurteilenden Taten insbesondere gegen den jüngeren Knaben einmalig sind oder den Höhepunkt einer ständigen Aggravation darstellen. Die Vorinstanz geht von der zweiten Möglichkeit aus, begründet diese Auffassung aber nicht. Sie führt einzig aus, es sei für die Zukunft nicht bloss mit weiteren exhibitionistischen Handlungen, sondern mit schweren Vergehen an Kindern zu rechnen (angefochtenes Urteil S. 18). Wenn sie ausführt, die Rückfallgefahr sei "nach dem Gesagten evident" (angefochtenes Urteil S. 19), so geht daraus nicht hervor, ob es sich um die Gefahr eines Rückfalls bloss in exhibitionistische Handlungen - die nicht zu einer Verwahrung führen können - oder in schwerere Straftaten handelt.
Auch das psychiatrische Zusatz-Gutachten vom 25. Mai 1999 (kantonale Akten, act. 116 ff.) weicht dieser Fragestellung aus. Ohne spezifische Abklärungen getroffen zu haben, geht es pauschalisierend und subjektiv gefärbt davon aus, früher habe "man" den Eindruck gehabt, dass seine sexuellen Handlungen ausschliesslich auf Mädchen ausgerichtet gewesen seien, heutzutage würden "wir" wissen, dass der Beschwerdeführer sich auch in gleichgeschlechtlicher Richtung auf Knaben einlasse, wenngleich der Beobachter nicht den Eindruck gewinne, dass der Beschwerdeführer vorwiegend homosexuell veranlagt wäre. Er sei wohl zum grössten Teil in heterosexueller Hinsicht disponiert, doch sei sein Sexualverhalten dermassen infantil und dermassen überschiessend, dass er sich in vollkommen unkritischer Art und Weise nun auch auf Knaben einlasse, wenn sich ihm die Gelegenheit dazu biete, seinen Sexualtrieb befriedigen zu können (Gutachten S. 10; act. 125). Wenn der Gutachter weiter ausführt, das Sexualverhalten des Beschwerdeführers sei überhaupt nicht eingedämmt, sondern sogar zunehmend, insbesondere weil er sich nun mit einem sechsjährigen Knaben auf einen zumindest versuchten Analverkehr eingelassen habe (Gutachten a.a.O.), hätte er diese Annahme belegen müssen, zumal der Gutachter davon ausgeht, dass eine Aggressivität unverändert nicht zum Ausdruck kommt und dass keine sadistischen Inhalte vorliegen (Gutachten S. 7; act. 122).
Zusammenfassend gibt die Vorinstanz auf die Frage keine Auskunft, ob sich die Straftaten des Beschwerdeführers gegenüber dem jüngeren Knaben als einmalig oder als Höhepunkt einer stetigen Verschlimmerung des sexuellen Krankheitsbildes darstellen. Es ist dem Kassationshof deshalb nicht möglich, die Frage einer schwerwiegenden Gefährdung der öffentlichen Sicherheit im Sinne von <ref-law> abschliessend zu entscheiden. Die Nichtigkeitsbeschwerde ist deshalb gutzuheissen, das angefochtene Urteil in diesem Punkt im Sinne von Art. 277 BStP aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2.- a) Die Vorinstanz führt zur Anrechnung der Untersuchungshaft aus, der Beschwerdeführer befinde sich seit dem 13. Februar 1998 in Untersuchungshaft und seit dem 4. Juni 1998 im vorzeitigen Strafvollzug. Vom 20. Januar 2000 bis 4. Juli 2000 sei er durch das Bezirksamt Lenzburg für das neue Strafverfahren inhaftiert worden. Seit dem 4. Juli 2000 befinde er sich wieder im vorzeitigen Strafvollzug. Bis zum erstinstanzlichen Urteil seien ihm demnach 586 Tage (13. Februar 1998 bis
21. September 1999), bis zum zweitinstanzlichen Urteil 188 Tage (21. September 1999 bis 20. Januar 2000 und
4. Juli 2000 bis 7. September 2000) Untersuchungshaft anzurechnen. Die Vorinstanz habe fälschlicherweise die Untersuchungshaft nur bis zum vorzeitigen Strafantritt angerechnet. Dies sei zu korrigieren. Die vom 20. Januar bis 3. Juli 2000 ausgestandene Untersuchungshaft sei dem Beschwerdeführer im neuen Strafverfahren anzurechnen (angefochtenes Urteil S. 23).
b) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Versetzung in Untersuchungshaft aus einer bereits laufenden Untersuchungshaft heraus sei ebenso ungewöhnlich wie unnötig.
Diese Andersdeklaration der Untersuchungshaft sei ihm im neuen Verfahren nie eröffnet worden, so dass er nicht veranlasst gewesen sei, sich dagegen zu wehren.
Das Statthalteramt Willisau habe das neue Verfahren vom Bezirksamt Lenzburg übernommen und wolle von einer Bestrafung Umgang nehmen. Unter diesen Umständen würden 165 Tage Untersuchungshaft im Ergebnis überhaupt nicht angerechnet. Richtigerweise sei die gesamte Untersuchungshaft von der Verhaftung am 13. Februar 1998 bis zur Berufungsverhandlung vor Obergericht an die aktuelle Strafe anzurechnen (Beschwerde S. 6/7).
c) Der Beschwerdeführer macht damit sinngemäss eine Verletzung von <ref-law> geltend. Beim zwischenzeitlichen Verfahren geht es um den Vorwurf obszöner Telefonate aus der Vollzugsanstalt. Die Vorinstanz hat diese Haft möglicherweise deshalb nicht angerechnet, weil einer Anrechnung der Grundsatz der Identität der Tat (<ref-ruling> E. 2) entgegengestanden hätte (vgl.
dazu auch Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch,
2. Auflage, Zürich 1997, Art. 69 N 15). Dies kann indes dazu führen, dass bei einer Einstellung des neuen Verfahrens eine Untersuchungshaft überhaupt nicht mehr angerechnet werden könnte. Die Haftentschädigung ist nur subsidiärer Natur. Es sollte daher eine gesetzliche Lösung gewählt werden, die die Anrechnung von jeder Untersuchungshaft gestattet, für welche der Beschul- digte noch nicht entschädigt wurde (Schubarth, Anrechnung von Untersuchungshaft auf eine ausgesprochene Strafe oder Entschädigung für ungerechtfertigte Untersuchungshaft?, ZStrR 116/1998 S. 112 f.).
Indessen kann offen bleiben, ob <ref-law> verletzt worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 2, 269 E. 4).
In der Neubeurteilung wird die Vorinstanz nämlich grundsätzlich in Berücksichtigung des zwischenzeitlichen Strafverfahrens eine Zusatzstrafe auszufällen haben (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1). Dabei ist die Strafe so zu bestimmen, als wenn die mehreren strafbaren Handlungen gleichzeitig beurteilt worden wären (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2d/cc). Der Richter muss daher die tatsächliche Untersuchungshaft anrechnen.
Art. 68 Ziff. 2 in Verbindung mit <ref-law> bilden dazu die gesetzliche Grundlage. Vorliegend ist diese Anrechnung aufgrund der Verfahrensidentität möglich (vgl. nicht veröffentlichter Entscheid des Kassationshofs in Sachen V. gegen Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 10. November 1994 [BGE 6S.104/1994]). Das Gleiche gilt grundsätzlich bei einer Einstellung des zwischenzeitlichen Strafverfahrens bzw. bei einem Verzicht auf eine Zusatzstrafe.
3.- Die Nichtigkeitsbeschwerde ist gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sind keine Kosten zu erheben.
Der Vertreter des Beschwerdeführers und die Vertreterin der Opfer sind für das Verfahren vor Bundesgericht aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.
4.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gegenstandslos geworden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau (1. Strafkammer) vom 7. September 2000 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Jürg Raidt, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'500.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
4.- Der Vertreterin der Opfer, Rechtsanwältin Doris Leuthard, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht (1. Strafkammer) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 20. Dezember 2000
Im Namen des Kassationshofes des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: