unentgeltlichen Nutzungsrechts), hat sich ergeben:
A.- X._ (geb. 1918) übertrug am 21. Februar 1998 das Einfamilienhaus Grundstück Nr. 2732 in Kriens mit Beginn von Nutzen und Schaden ab 1. März 1998 schenkungsweise seiner Tochter. Gleichentags schloss die Tochter mit ihren Eltern einen Vertrag über die Vermietung dieser Liegenschaft zu einem indexierten Jahresmietzins von Fr. 10'000.-- mit Mietantritt am 1. März 1998. Dieser Mietvertrag wurde im Grundbuch vorgemerkt und sieht insbesondere ein lebenslängliches Mietrecht zu Gunsten von Ehepaar X._ (letztere geb. 1922) vor. Aufgrund der Grundstücksübertragung korrigierte die Veranlagungsbehörde mit Zwischenveranlagung für die Bezugszeit vom 1. März bis
31. Dezember 1998 das steuerbare Einkommen und Vermögen von Ehepaar X._. Dabei setzte sie unter anderem die Position "Mietwert der eigenen Liegenschaft" auf Null. Die Zwischenveranlagung ist in Rechtskraft erwachsen.
Für die Steuerperiode 1999/2000 setzte die Veranlagungsbehörde das steuerbare Einkommen auf Fr. 64'100.-- (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. auf Fr. 72'300.-- (direkte Bundessteuer) fest. Dabei rechnete sie bei Ehepaar X._ die Differenz zwischen dem Eigenmietwert der Liegenschaft von Fr. 13'650.-- (75% von Fr. 18'200.--) und dem vereinbarten Jahresmietzins von Fr. 10'000.--, also Fr. 3'650.--, als Einkommen aus Nutzungsrechten auf.
B.- Die hiegegen erhobene Einsprache von Ehepaar X._ blieb erfolglos. Die Steuerpflichtigen erhoben dagegen Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Dieses hiess die Beschwerde betreffend die (vorliegend strittige) direkte Bundessteuer gut, hob den Einspracheentscheid der Steuerkommission des Kreises 2A vom 21. März 2000 auf und setzte das steuerbare Einkommen für die Jahre 1999/2000 auf Fr. 68'700.-- fest (Jahressteuer Fr. 1'049.--).
C.- Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 2. April 2001 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Eingabe vom 16. Mai 2001 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht erhoben. Sie stellt den Antrag, das steuerbare Reineinkommen für das Ehepaar X._ für die direkte Bundessteuer 1999/2000 auf Fr. 72'300.-- festzulegen.
D.- Das Ehepaar X._ sowie das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Steuerkommission des Kreises 2A hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist nach Art. 103 lit. b OG praxisgemäss zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer legitimiert.
b) Die Beschwerde ist unter Berücksichtigung der Ostergerichtsferien fristgemäss (Art. 34 Abs. 1 lit. a OG).
c) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nach Art. 104 lit. a und b OG die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde von Amtes wegen an, ohne an die Begründung der Parteibegehren gebunden zu sein (vgl. Art. 114 Abs. 1 OG). Es kann daher den Entscheid mit Erwägungen aufrecht erhalten, die von denen im angefochtenen Entscheid abweichen, oder eine Beschwerde aus anderen als den darin geltend gemachten Gründen gutheissen (<ref-ruling> E. 4a S. 117; <ref-ruling> E. 1b S. 477; <ref-ruling> E. 2c S. 275/276). An die Sachverhaltsfeststellung ist das Bundesgericht gebunden, wenn - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- a) Strittig ist die Besteuerung eines Betrages von Fr. 3'650.--, um den der steuerlich massgebliche Eigenmietwert (von Fr. 13'650.--) den vereinbarten Mietzins (von Fr. 10'000.--) übersteigt. Als Besteuerungsgrundlage kommt hiefür zunächst Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG in Frage, wonach als Ertrag aus unbeweglichem Vermögen insbesondere der Mietwert von Liegenschaften oder Liegenschaftsteilen steuerbar ist, die dem Steuerpflichtigen aufgrund von Eigentum oder eines unentgeltlichen Nutzungsrechts für den Eigengebrauch zur Verfügung stehen. Steuerbar - und zwar zu 60 Prozent - sind sodann nach Art. 22 Abs. 3 DBG (in der bis Ende 2000 gültigen Fassung) auch Einkünfte aus Leibrenten und andere wiederkehrende Einkünfte aus Wohnrecht, Nutzniessung oder Verpfründung, wenn die Leistungen, auf denen der Anspruch beruht, ausschliesslich vom Steuerpflichtigen erbracht worden sind bzw. von Angehörigen oder - bei Erbgang, Vermächtnis oder Schenkung - von Dritten.
b) Das Verwaltungsgericht ist der Auffassung, der Gesetzgeber gehe beim Begriff des Wohnrechts in Art. 22 Abs. 3 DBG (in der bis Ende 2000 gültigen Fassung) vom spezifisch zivilrechtlichen Verständnis aus; vorliegend sei zivilrechtlich nicht ein Wohnrecht, sondern ein obligatorisches Nutzungsrecht an der verschenkten Liegenschaft vereinbart worden. Gestützt auf Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG ergebe sich, dass die Pflichtigen vorliegend keinen Eigenmietwert zu versteuern hätten, da sie die Liegenschaft aufgrund eines Mietvertrages und damit aufgrund eines entgeltlichen Nutzungsrechtes bewohnten.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung erblickt die Grundlage für die Besteuerung des Betrages von Fr. 3'650.-- in Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG. Es handle sich bei dieser Bestimmung um eine Norm mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten, weshalb die Steuerbehörden nicht strikte an die zivilrechtliche Gestaltung gebunden seien, die der Pflichtige gewählt habe, sondern den Sachverhalt rechtlich entsprechend seinem wirtschaftlichen Gehalt zu würdigen hätten. Vorliegend dürfe nicht von einem schlichten Mietvertrag ausgegangen werden. Die Liegenschaft sei unter Vormerkung eines Vorkaufsrechts und eines Mietvertrages zugunsten der Pflichtigen geschenkt worden. Ausserdem sei vereinbart worden, dass bauliche Veränderungen des Schenkungsobjektes beidseitiger Zustimmung bedürften; zudem sei der Preis für die Rückübernahme des Schenkungsobjektes im Rahmen des Vorkaufsrechts auf den Betrag der zum Schenkungszeitpunkt auf dem Objekt lastenden und von der Beschenkten übernommenen Hypotheken festgelegt worden (Fr. 100'000.--). Es liege somit eine Kombination von Verträgen vor, die in ihrer Gesamtwirkung zum gleichen Resultat wie eine Schenkung unter Vorbehalt eines Wohnrechts führe. Dagegen sprächen auch die im Mietvertrag festgeschriebenen Kündigungs- und Auflösungsmöglichkeiten nicht. Durch Verzichtsvertrag zwischen den Berechtigten und dem Eigentümer könne die Nutzniessung jederzeit beendigt werden; dieser Vertrag sei nicht formgebunden.
c) Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG bildet die Grundlage für die Besteuerung des Eigenmietwerts. Erforderlich hiefür ist, dass dem Pflichtigen eine Liegenschaft oder ein Liegenschaftsteil aufgrund von Eigentum oder eines unentgeltlichen Nutzungsrechts für den Eigengebrauch zur Verfügung steht.
Der deutsche und der französische Wortlaut deuten auf eine Norm mit wirtschaftlichem Anknüpfungspunkt hin.
Verwendet wurden nicht die üblichen zivilrechtlichen Begriffe ("Nutzniessung" bzw. "usufruit"), sondern allgemeinere Umschreibungen ("Nutzungsrecht" bzw. "droit de jouissance").
Auch der Sinn und Zweck der Vorschrift über die Anrechnung des Nutzungswertes einer Liegenschaft, die durch den Eigentümer oder Nutzungsberechtigten selbst bewohnt bzw.
genutzt wird, lassen auf eine wirtschaftliche Betrachtungsweise schliessen. Einerseits stellt der Nutzungswert einer selbst genutzten Wohnung bei solchen Personen Naturaleinkommen dar, weil er ihre wirtschaftliche Leistungsfähigkeit erhöht. Andererseits geht es darum, den wirtschaftlichen Vorteil auszugleichen, den der Eigentümer gegenüber dem Mieter geniesst, weil er Hypothekarschulden und Unterhaltskosten für die Liegenschaft zum Abzug bringen kann (Art. 32 Abs. 1 und Art. 33 Abs. 1 lit. a DBG), der Mieter aber nicht berechtigt ist, die Miete von seinen Einkünften abzusetzen (vgl. Art. 34 DBG). Damit soll die steuerliche Benachteiligung des Mieters im Vergleich zum Eigentümer einer selbst genutzten Wohnung oder zu Personen in vergleichbarer Position verhindert werden (ASA 67 S. 709 E. 2b S. 713; <ref-ruling> E. 1 S. 10; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 20 zu Art. 21 DBG, je mit weiteren Verweisungen).
Bereits unter der Herrschaft des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer Wehrsteuer (WStB) bzw. einer direkten Bundessteuer (BdBSt), dessen Art. 21 Abs. 1 lit. b in Deutsch und Französisch enger formuliert war ("Nutzniessung" bzw. "usufruit") als die heute geltende Regelung, sind Bundesgerichtspraxis und Lehre in der interessierenden Frage einer zivilrechtlich-wirtschaftlichen Betrachtungsweise gefolgt (ASA 48 S. 478 E. 3 und 4 S. 480 ff.; Ernst Känzig, Wehrsteuer (Direkte Bundessteuer), I. Teil,
2. Aufl. 1982, N. 86 f. zu Art. 21 Abs. 1 lit. b WStB).
Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG knüpft an die frühere Umschreibung an (ASA 67 S. 709 E. 2a S. 713; <ref-ruling> E. 1 S. 10), weshalb sich seine Anwendung unter Einbezug der wirtschaftlichen Aspekte auch unter diesem Blickwinkel rechtfertigt.
Demnach ist der Mietwert nicht nur bei Eigentümern und dinglich Nutzungsberechtigten, sondern auch bei Inhabern von vergleichbaren obligatorischen Nutzungsrechten als steuerbares Einkommen aus unbeweglichem Vermögen zu betrachten (ebenso Bernhard Zwahlen, in Zweifel/Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2000, N. 22 zu Art. 21 DBG; abweichend dagegen Locher, a.a.O., N. 25 und 30 zu Art. 21 DBG; Markus Oehrli, Die gemischte Schenkung im Steuerrecht, Diss. Zürich 2000, S. 148 f.).
Die Beschwerdegegner haben zwar mit ihrer Tochter ausdrücklich einen Mietvertrag abgeschlossen. Sie bezahlen auch einen (indexgebundenen) Mietzins von jährlich Fr. 10'000.-- (Ziff. 3 des Mietvertrages). Indessen haben sie zusätzlich vereinbart, dass ihnen am Schenkungsobjekt ein lebenslängliches Mietrecht zusteht, das im Grundbuch vorzumerken ist (Ziff. 5 des Schenkungvertrages und Ziff. 2 und 6 des Mietvertrages). Bauliche Veränderungen bedürfen ihrer Zustimmung (Ziff. 6 des Schenkungsvertrages). Dem Schenker und Beschwerdegegner X._ steht zudem ein während zehn Jahren vorzumerkendes Vorkaufsrecht am Schenkungsobjekt zu, wobei der Kaufpreis auf die im Zeitpunkt der Schenkung bestehende Hypothekarbelastung begrenzt ist (Ziff. 7 des Schenkungsvertrages). Ein Kündigungsrecht haben laut Ziff. 7 des Mietvertrages nur die Beschwerdegegner.
Der Mietzins entspricht sodann weitgehend den Hypothekarzinsen und den weiteren mit dem Grundeigentum verbundenen Lasten. Bei dieser Sachlage macht die Beschwerdeführerin zu Recht geltend, dass nicht ein schlichter Mietvertrag, sondern vielmehr eine Kombination von Verträgen vorliegt, die in ihrer Gesamtwirkung zum gleichen Resultat führt wie eine Schenkung unter Rückbehalt des Wohnrechts. Die Beschwerdegegner sind zwar nur realobligatorisch berechtigt und verpflichtet.
Wirtschaftlich betrachtet und auch hinsichtlich der rechtlichen Absicherung entspricht ihre Stellung jedoch weitgehend derjenigen des aus einem (dinglichen) Wohnrecht Berechtigten (vgl. Art. 776 ff. ZGB); sie ist vergleichbar mit derjenigen des Nutzniessers aus einer sog. Vorbehaltsnutzung an einer Liegenschaft (zum Begriff Martin Steiner, in Zweifel/Athanas, a.a.O., N. 26 zu Art. 22 DBG). Nach dem Ausgeführten haben sich die Beschwerdegegner daher ein Nutzungsrecht für den Eigengebrauch im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG einräumen lassen.
Das Bundesgericht hat bereits in anderem Zusammenhang entschieden, dass die Vorbehaltsnutzung als unentgeltlich begründet zu betrachten ist (E. 3c/bb des Urteils vom 9. Juni 2000, in NStP 54/2000 S. 69; E. 3 c/bb des Urteils vom 9. Februar 2000, in StE 2000 B 26.26 Nr. 3).
Es hat dargelegt, dass der Schenker mit der Übereignung der Liegenschaft unter Vorbehalt der Nutzungsberechtigung den vollen Nutzen an der Liegenschaft ohne weiteren Kapitaleinsatz behält. Seine wirtschaftliche Leistungsfähigkeit hat sich nicht verändert, da er kein Nutzungsrecht mit entsprechendem Kapitalaufwand von einem Dritten erworben hat.
Daran ist festzuhalten. Gewiss bezahlen die Beschwerdegegner jährliche Mietzinse von Fr. 10'000.--. Damit gelten sie jedoch - wie ausgeführt - im Wesentlichen bloss die der neuen Eigentümerin überbundenen Hypothekarzinse und weiteren Lasten ab. Von einer marktgerechten Entschädigung für die zurückbehaltene Nutzungsberechtigung kann jedenfalls keine Rede sein.
d) Es ergibt sich somit, dass die Beschwerdeführerin zu Recht die Aufrechnung des Differenzbetrages zwischen Eigenmietwert und Mietzins (d.h. dem Betrag zur Abgeltung von überbundenen Schuldzinsen und Unterhaltskosten) verlangt. Insofern haben die Beschwerdegegner steuerbaren Ertrag aus unbeweglichem Vermögen erzielt (Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG). Aus welchen Gründen sie die Liegenschaft unter Vorbehalt der Nutzung schenkungsweise auf ihre Tochter übertragen haben, spielt keine Rolle und braucht nicht weiter erörtert zu werden. Da der zu beurteilende Sachverhalt unter Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG fällt, ist auch nicht zu untersuchen, ob die Voraussetzungen zur Annahme einer Steuerumgehung vorliegen (vgl. dazu ASA 63 S. 218 E. 4 S. 225; ASA 64 S. 80 E. 3b S. 81 f.) und die einkommenssteuerliche Erfassung des interessierenden Betrages unter diesem Gesichtswinkel ebenfalls geboten wäre (ASA 58 S. 600 E. 2b S. 604). Da vorliegend eine gesetzliche Basis zur Besteuerung besteht, können die Beschwerdegegner schliesslich keine analoge Behandlung zum Fall beanspruchen, der in <ref-ruling> beurteilt worden ist. Die Beschwerdeführerin ist jedoch darauf hinzuweisen, dass nicht jede allfällige Differenz zwischen Eigenmietwert und finanzieller Abgeltung an den Eigentümer eine Aufrechnung unter dem Titel von Art. 21 Abs. 1 lit. b DBG rechtfertigt. Die steuerliche Erfassung ist nur am Platz, wenn - wie hier - ein bedeutender Differenzbetrag resultiert.
3.- Die Vorinstanz hat die Frage der steuerlichen Aufrechnung unter dem Gesichtswinkel von Art. 22 Abs. 3 DBG (in der bis Ende 2000 gültigen Fassung) geprüft, wonach wiederkehrende Einkünfte aus entgeltlich eingeräumten Wohnrechten und Nutzniessungen nur zu 60 Prozent steuerbar sind.
Wie in Erwägung 2c hiervor ausgeführt worden ist, kann in Fällen wie dem vorliegenden jedoch nicht von einem entgeltlich erworbenen Nutzungsrecht gesprochen werden. Die aus dem Nutzungsrecht Verpflichtete hat für ihre Verpflichtung keine entsprechende Gegenleistung erhalten (vgl. bereits zitiertes Urteil in NStP 54/2000 S. 69 E. 3; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 8 zu Art. 22 DBG). Der auf 60 Prozent reduzierte Besteuerungsanteil gründet auf der Überlegung, dass bloss die Zins- bzw. Ertragskomponente, nicht aber die Kapitalrückzahlungskomponente besteuert werden soll (vgl. erwähntes Urteil in NStP 54/2000 S. 69 E. 3a; Agner/Jung/ Steinmann, a.a.O., N. 4 ff. zu Art. 22 DBG; Steiner, a.a.O., N. 24 i.V.m. N. 18 ff. zu Art. 22 DBG). Er kann demzufolge nur zur Anwendung gelangen, wenn der Steuerpflichtige das Nutzungsrecht mit entsprechendem Kapitalaufwand erworben hat. Da die Beschwerdegegner ihrer Tochter keine derartige Leistung erbracht haben bzw. erbringen, ist eine reduzierte Besteuerung nicht gerechtfertigt (erwähntes Urteil in NStP 54/2000 S. 69 E. 3 und 4; Agner/Jung/Steinmann, a.a.O., N. 10 zu Art. 22 DBG; Steiner, a.a.O., N. 26 zu Art. 22 DBG; anderer Meinung Locher, a.a.O., N. 27 zu Art. 21 DBG).
4.- a) Nach dem Ausgeführten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und das steuerbare Einkommen der Beschwerdegegner für die Bundessteuerperiode 1999/2000 auf Fr. 72'300.-- festzusetzen.
b) Gemäss dem Ausgang des Verfahrens werden die unterliegenden Beschwerdegegner kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 und 7 i.V.m. Art. 153 und Art. 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und die Ziffern 1, 3 und 4 des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 2. April 2001 werden aufgehoben.
Das steuerbare Einkommen der Beschwerdegegner für die Bundessteuerperiode 1999/2000 wird auf Fr. 72'300.-- festgesetzt.
2.- Die Akten gehen zurück an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zur Regelung der Kosten und Parteientschädigungen vor den kantonalen Behörden.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- wird den Beschwerdegegnern unter Solidarhaft auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern (Abgaberechtliche Abteilung) und der Steuerkommission des Kreises 2A Luzern schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 31. Januar 2002
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: