Sachverhalt:
A. Der Serbe X._ (Jg. 1971) reiste 1987 in die Schweiz ein und lebt sei 1997 in Widnau. Er ist mit der Mazedonierin Y._ (Jg. 1971) verheiratet. Das Paar hat gemeinsame Kinder.
X._ und Y._ stellten am 16. März 2009 bei der Gemeinde Widnau ein Gesuch um Einbürgerung. Nach der ehelichen Trennung der Beiden wurden deren Gesuche getrennt behandelt.
Mit Verfügung vom 18. August 2010 wurde X._ mit einer Busse von Fr. 500.-- bestraft, weil er 17. Mai 2010 seinen Lieferwagen überladen und die Ladung ungenügend gesichert hatte.
Am 23. Oktober 2010 führte der Einbürgerungsrat ein Einbürgerungsgespräch mit X._.
Mit Verfügung vom 3. November 2010 wurde X._ mit Fr. 350.-- gebüsst, weil er am 17. September 2010 innerorts 68 km/h statt der erlaubten 50 km/h gefahren war.
Am 11. November 2010 teilte der Einbürgerungsrat X._ mit, das Einbürgerungsgespräch sei positiv verlaufen.
B. Am 1. April 2011 wies der Einbürgerungsrat von Widnau die Anmeldung um Einbürgerung von X._ "aufgrund der beiden Bussenverfügungen vom 7. Juni 2010 und vom 24. September 2010" ab. Er räumte X._ zudem die Möglichkeit ein, ab, dem 4. November 2015 ein erneutes Gesuch um Einbürgerung zu stellen, sofern er sich während fünf Jahren seit der letzten Bussenverfügung keine weiteren Verfehlungen mehr zu Schulde kommen lasse.
Am 24. Oktober 2011 wies das Departement des Innern des Kantons St. Gallen den Rekurs von X._ gegen diese Verfügung des Einbürgerungsrats ab.
Am 31. Mai 2012 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung im Sinne der Erwägungen gut und hob diese und die Verfügung des Einbürgerungsrats vom 1. April 2011 auf. Es wies die Angelegenheit zur Durchführung des Auflage- und Einspracheverfahrens an die Politische Gemeinde Widnau zurück.
C. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt die Politische Gemeinde Widnau, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben.
D. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung unter Verweis auf seinen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Das Departement des Innern beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. X._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen und die Politische Gemeinde Widnau anzuweisen, ihn einzubürgern.

Erwägungen:
1. 1.1 Beschwerden gegen letztinstanzliche Verfügungen der Kantone in Einbürgerungsangelegenheiten richten sich nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (Art. 51 Abs. 1 des Bürgerrechtsgesetzes vom 29. September 1952, BüG; SR 141.0). Zur Beschwerde berechtigt sind auch die betroffenen Kantone und Gemeinden (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegen Entscheide über die ordentliche Einbürgerung ausgeschlossen (Art. 82, Art. 83 lit. b BGG). Eine andere ordentliche Beschwerde fällt nicht in Betracht. Damit ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Sinne der <ref-law> im Grundsatz gegeben. Der Entscheid der Vorinstanz kann mit keinem kantonalen Rechtsmittel angefochten werden und ist daher kantonal letztinstanzlich (Art. 114 i.V.m. <ref-law>).
1.3 Anfechtbar sind Endentscheide (Art. 117 i.V.m. <ref-law>), Zwischenentscheide nach Art. 117 i.V.m. Art. 93 Abs. 1 lit. a und b BGG nur, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 4) bewirken könnten oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Es ist Sache der Beschwerdeführerin, in der Beschwerde darzutun, dass diese Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, sofern es nicht offensichtlich ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2; <ref-ruling> E. 1.1).
1.3.1 Der angefochtene Entscheid weist die Sache zur Durchführung des Auflage- und Einspracheverfahrens an den Einbürgerungsrat zurück und schliesst das Verfahren damit nicht ab. Rückweisungsentscheide sind in der Regel Zwischenentscheide. Enthalten sie allerdings verbindliche Vorgaben, die der Vorinstanz keinen wesentlichen Entscheidungsspielraum mehr belassen und sie auf den reinen Nachvollzug des oberinstanzlich Angeordneten beschränken, werden sie von der Rechtsprechung als Endentscheide behandelt (<ref-ruling> E. 1.3; Urteil 2C_638/2010 vom 19. März 2012, E. 1.1). Das setzt allerdings voraus, dass es sich beim neuen Entscheid der unteren Instanz, den sie nach den Vorgaben des Rückweisungsentscheids fällen muss, um einen (verfahrensabschliessenden) Endentscheid, nicht um einen (verfahrensfördernden) Zwischenentscheid handelt. Ansonsten liesse sich der Hauptzweck von <ref-law> - zu gewährleisten, dass sich das Bundesgericht nach Möglichkeit nur einmal mit der gleichen Streitsache beschäftigen soll (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1.3.2) - in diesen Fällen nicht erreichen.
1.3.2 Nach Art. 104 der Verfassung des Kantons St. Gallen (KV; vom 10. Juni 2001 in der Fassung gemäss III. Nachtrag vom 17. Mai 2009) und Art. 2 lit. a des kantonalen Bürgerrechtsgesetzes (vom 3. August 2010, in Kraft seit dem 1. Januar 2011, wobei die formellen Bestimmungen nach der unbestrittenen Auffassung des Verwaltungsgerichts auf das vorliegende Verfahren anwendbar sind) beschliesst der Einbürgerungsrat über die Erteilung des Gemeinde- und des Ortsbürgerrechts. Ein positiver Einbürgerungsentscheid des Einbürgerungsrates ist allerdings insofern nur vorläufiger Natur, als ihn jeder Stimmberechtigte durch die blosse Einreichung einer begründeten Einsprache zu Fall bringen kann, womit die Sache in die Zuständigkeit der Bürgerversammlung übergeht (Art. 104 Abs. 3 KV, Art. 24 Abs. 1 und 3 BüG).
Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid die Verfügung des Einbürgerungsrats vom 1. April 2011 aufgehoben und diesen angewiesen, der Einbürgerung (unter dem Vorbehalt allfälliger neuer tatsächlicher oder rechtlicher Gesichtspunkte) zuzustimmen und das Auflage- und Einspracheverfahren durchzuführen. Damit wird das Einbürgerungsverfahren fortgesetzt; dessen weiteres Schicksal liegt nunmehr zunächst in den Händen der Stimmberechtigten von Widnau, die entweder den vom Einbürgerungsrat nach den Vorgaben des Verwaltungsgerichts zu erlassenden positiven Einbürgerungsentscheid akzeptieren können, indem sie von ihrem Einspracherecht keinen Gebrauch machen. Oder aber sie bringen ihn durch Erhebung einer Einsprache zu Fall und befinden alsdann in eigener Zuständigkeit über die Einbürgerung. Da der angefochtene Rückweisungsentscheid formell nur den Einbürgerungsrat bindet, sind die Stimmberechtigten bei ihrem Einbürgerungsentscheid frei, d.h. einzig an die massgebenden Verfassungs- und Gesetzesbestimmungen gebunden. Unter diesen Umständen schliesst der vom Einbürgerungsrat nach den Vorgaben des angefochtenen Verwaltungsgerichtsurteils zu erlassende Entscheid das Einbürgerungsverfahren nicht ab. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, womit nach dem Gesagten auch der Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts als solcher gilt. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, und das liegt auch keineswegs auf der Hand. Auf die Beschwerde ist somit wegen Verletzung der Begründungspflicht nicht einzutreten.
1.3.3 Das schadet der Beschwerdeführerin insofern nicht, als die Eintretensvoraussetzungen ohnehin nicht erfüllt wären. Ein Eintreten aus prozessökonomischen Gründen nach <ref-law> rechtfertigt sich nicht, schon weil es bei einer vorläufigen summarischen Prüfung der Prozessaussichten nicht nahe liegt, die Beschwerde gutzuheissen und es damit zweifelhaft erscheint, ob mit einer materiellen Behandlung der Beschwerde Zeit und Kosten eingespart werden könnten. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinn von <ref-law> könnte allenfalls im Umstand gesehen werden, dass der Einbürgerungsrat gegen seine Überzeugung einen neuen Entscheid fällen muss (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 3.3). Dies muss allerdings in der vorliegenden Konstellation hingenommen werden, ansonsten das Bundesgericht bei Ausschöpfung des Rechtsmittelzugs gezwungen wäre, sich mit dieser Einbürgerungsangelegenheit zweimal zu befassen, wobei die Beurteilung jedes Mal auch materielle Aspekte umfassen würde.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Hingegen hat die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Departement des Innern des Kantons St. Gallen und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi