Sachverhalt:
A. Der 1950 geborene W._ ist diplomierter Ingenieur FH Versorgungstechnik von Beruf. Seit November 2001 arbeitete er bei der Firma X._ AG. Am 12. Juli 2004 reduzierte er das Arbeitspensum aus gesundheitlichen Gründen auf 50 %. Am 10. November 2005 meldete sich W._ unter Hinweis auf eine psychische Erschöpfung und verschiedene somatische Leiden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Gestützt auf die getroffenen Abklärungen sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Aargau nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 7. März 2007 rückwirkend ab 1. Februar 2006 eine halbe Invalidenrente zu. Auf den 30. April 2007 kündigte die Firma X._ AG das Anstellungsverhältnis.
B. Die von W._ mit dem Rechtsbegehren um Zusprechung einer ganzen an Stelle der halben Invalidenrente eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau ab (Entscheid vom 12. August 2008).
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der angefochtenen Verfügung sei ihm an Stelle der halben mindestens eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Umfang des Invalidenrentenanspruchs (<ref-law>), die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) sowie die Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer an Stelle der ihm mit Wirkung ab 1. Februar 2006 zugesprochenen halben eine Dreiviertels- oder eine ganze Rente der Invalidenversicherung beanspruchen kann.
3.1 In medizinischer Hinsicht stellte das Versicherungsgericht gestützt auf die Berichte des Rheumatologen Dr. med. J._ vom 15. August 2006 und des Psychiaters Dr. med. L._, Ambulatorium Klinik Y._ vom 2. Oktober 2006 fest, dass der Beschwerdeführer in der bisherigen Tätigkeit als Projektleiter noch hälftig arbeitsfähig sei; dabei bestehe jedoch eine Leistungseinschränkung bei der Bewältigung komplexer Aufgaben. Bei einer angepassten anderen Tätigkeit (z.B. im Bürobereich) bestehe ebenfalls eine Arbeitsfähigkeit von 50 %, dies indessen ohne zusätzliche Verminderung der Leistungsfähigkeit. Zumutbar wären nach Angaben der Berufsberatung eine Tätigkeit im Verkauf von Heizsystemen oder Wärmepumpen oder eine Stelle in einer Fachberatung für Behörden in Energie- und Umweltfragen. Von diesen im Rahmen von Art. 97 Abs. 1 sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG verbindlichen Feststellungen ist auszugehen.
3.2 Die Vorinstanz setzte das hypothetische Einkommen ohne Invalidität (Valideneinkommen) nach Anpassung des 2005 ausgewiesenen Einkommens an den Nominallohnindex für das Jahr 2006 auf Fr. 94'897.- fest. Für die Ermittlung des Invalideneinkommens ging das kantonale Gericht gestützt auf die Schweizerische Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik 2006 (LSE) vom Durchschnittslohn eines gelernten Sachbearbeiters im Bereich Energie- und Wasserversorgung (Anforderungsniveau 3) in der Höhe von Fr. 3'333.- (50 % des monatlichen Bruttolohnes von Fr. 6'666.-) aus. Nach Aufrechnung auf die durchschnittliche betriebsübliche Arbeitszeit von 41,7 Stunden in der Woche resultierte ein hypothetisches Invalideneinkommen von Fr. 3'474.65 im Monat (Fr. 41'696.- im Jahr). Verglichen mit dem Valideneinkommen von Fr. 94'897.- ergab sich ein Invaliditätsgrad von 56 %.
3.3 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe das Invalideneinkommen anhand der falschen Tabellenwerte festgelegt. Sodann habe das kantonale Gericht es zu Unrecht unterlassen, einen leidensbedingten Abzug zu berücksichtigen.
3.3 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe das Invalideneinkommen anhand der falschen Tabellenwerte festgelegt. Sodann habe das kantonale Gericht es zu Unrecht unterlassen, einen leidensbedingten Abzug zu berücksichtigen.
3.4 3.4.1 Soweit der Versicherte vorbringt, die von der Vorinstanz als massgebend erachtete Tabelle TA1, Ziffern 40 und 41, Ernergie- und Wasserversorgung, sei nicht anwendbar, kann ihm nicht beigepflichtet werden. Nachdem aus ärztlicher und berufsberaterischer Sicht eben gerade Arbeiten im Bereich Energie als zumutbar erachtet werden und der Beschwerdeführer dazu auch auf Grund seines Berufs als diplomierter Ingenieur FH Versorgungstechnik in der Lage ist, besteht kein Grund, den Durchschnittslohn im gesamten privaten Sektor heranzuziehen. Dass die Vorinstanz den Durchschnittslohn gemäss Anforderungsniveau 3 (Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt) als Invalideneinkommen berücksichtigt hat, ist ebenfalls nicht zu beanstanden. Das vom Beschwerdeführer als einschlägig erachtete Anforderungsniveau 4 betrifft den Durchschnittslohn für einfache und repetitive Arbeiten, die keine Berufausbildung voraussetzen. Weshalb dem Versicherten, der über einen Fachhochschulabschluss als Ingenieur verfügt, nur noch derartige Hilfsarbeiten mit geringen intellektuellen Anforderungen zumutbar sein sollen, vermag nicht einzuleuchten.
3.4.2 Der seitens des Beschwerdeführers geltend gemachte Leidensabzug im Sinne von <ref-ruling> E. 5a S. 78 soll rechtsprechungsgemäss dann erfolgen, wenn im Einzelfall Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Versicherte wegen eines oder mehrerer der massgebenden Merkmale seine Restarbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann (<ref-ruling> E. 5b/aa S. 79). Wie die Vorinstanz richtig erkannt hat, sind im vorliegenden Fall keine stichhaltigen Argumente erkennbar, welche für eine unter dem Durchschnitt liegende Verwertbarkeit der verbliebenen Arbeitsfähigkeit sprechen würden. Namentlich trägt ein Teilzeitpensum von 50 %, wie es aus ärztlicher Sicht als zumutbar erachtet wird, den gesundheitlichen Einschränkungen, die sich insbesondere auch in Stressanfälligkeit und eingeschränkter Belastbarkeit manifestieren, hinreichend Rechnung, wenn eine Erwerbsarbeit ohne übermässig belastende Faktoren ausgeübt wird. Dass der Versicherte im massgebenden Jahr 2006 56-jährig war, rechtfertigt so wenig wie das Teilzeitpensum einen Abzug vom Tabellenlohn. Anders als Hilfsarbeiter, die aus gesundheitlichen Gründen keine körperliche Schwerarbeit mehr verrichten können und deswegen Minderverdienste in Kauf nehmen müssen, steht dem Beschwerdeführer auf Grund seiner Ausbildung und seiner langjährigen Berufserfahrung eine breite Palette an Beschäftigungsmöglichkeiten in der Energiebranche offen. Mit einer derartigen Tätigkeit vermöchte er im Rahmen eines Pensums von 50 % Erwerbseinkünfte in der Höhe von über 40 % des Valideneinkommens von Fr. 94'896.-, entsprechend mehr als Fr. 37'958.- im Jahr, zu erzielen. Der angefochtene Entscheid, mit welchem der Anspruch des Versicherten auf eine halbe Invalidenrente gemäss Verfügung der IV-Stelle vom 7. März 2007 bestätigt wurde, ist nach den vorstehenden Erwägungen rechtskonform, woran die weiteren Einwendungen in der Beschwerde nichts ändern.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer