Faits:
A. Dès le 2 décembre 1997, X._ a travaillé en qualité de consultant pour V.A._ SA, société avec siège à Genève poursuivant le but de fournir des services de consultants à la direction de sociétés, ainsi que de traiter des affaires de représentation générale et de courtage notamment en matière d'assurances.
Le capital social de V.A._ SA, déclarée en faillite le 19 septembre 2011, était constitué de 10'000 actions au porteur d'une valeur nominale de 10 fr. Y._ en était l'actionnaire majoritaire et l'administrateur.
X._ est devenu associé et actionnaire de la société le 1er mai 2001 en achetant 700 actions. Le 29 juin 2001, il a signé une Convention d'actionnaires (ci-après: la Convention) qui prévoit à son art. 26:
"Tout actionnaire-sortant s'engage à céder aux autres actionnaires les actions qu'il détient au jour de l'échéance de son contrat de travail, et ce pour le prix qui sera arrêté en application de la méthode figurant à l'annexe 3 de la présente convention. (...).
Le Conseil d'Administration de la société s'engage, dans un délai de huit jours à compter de l'échéance du contrat de travail ou de la cessation de l'activité de l'actionnaire-sortant, à solliciter du réviseur de V.A._ SA l'évaluation, en application de la méthode de calcul figurant à l'annexe 3, du prix de ses actions, étant précisé que le prix qui sera ainsi arrêté s'imposera au vendeur et à/aux acquéreur(s) sans recours possible.
Dans un délai de 30 jours à compter de la réception par V.A._ SA, ses actionnaires et/ou l'actionnaire sortant, de l'évaluation par le réviseur, l'actionnaire-sortant s'engage à mettre à la disposition des actionnaires ayant manifesté leur intention de faire usage de leur droit d'emption l'intégralité de ses actions contre l'engagement de ce(s) dernier(s) de payer le prix arrêté par le réviseur.
A défaut pour l'actionnaire-sortant de s'exécuter, il devra payer aux autres actionnaires ayant manifesté leur intention de faire usage de leur droit d'emption, au prorata des actions de V.A._ SA que ces derniers détiennent, une somme de Frs 100'000.- au titre de clause pénale.
Les actionnaires restant ayant manifesté leur intention de faire usage de leur droit d'emption pourront, en outre et cumulativement, agir contre l'actionnaire-sortant en exécution de son engagement de céder ses actions."
L'annexe 3 de la Convention décrit la méthode pour définir la valeur des sociétés non cotées en Suisse.
Le 11 mai 2007, X._ a démissionné de son poste de consultant, avec effet au 30 novembre 2007.
Par courrier du 26 juillet 2007, Y._ lui a rappelé son devoir de vendre les 700 actions, conformément à l'art. 26 de la Convention. Il indiquait que la société se portait acquéreuse des actions. Le prix de l'action, qui devait être calculé au 31 décembre 2006, serait approuvé le 28 août 2007 et versé à X._ le 31 août 2007; une éventuelle plus-value au 30 novembre 2007 pouvait être versée au plus tard le 31 décembre 2007.
Le 9 août 2007, X._ a décliné la proposition de V.A._ SA. Selon lui, la valeur des actions devait être évaluée au 30 novembre 2007; jusqu'à cette date, il restait propriétaire des 700 actions.
Le 21 septembre 2007, Y._ a exercé son droit d'emption sur les 700 actions de X._. Un chèque de 24'010 fr. était joint au courrier. Un bilan intermédiaire au 30 novembre 2007 allait être établi et la valeur des actions serait recalculée à cette même date, l'éventuelle différence en faveur de l'ex-employé étant versée au plus tard le 31 janvier 2008.
Le 9 octobre 2007, le conseil de X._ a retourné à Y._ le chèque et l'a sommé de restituer à son mandant le lot des 700 actions au porteur.
Le 23 octobre 2007, X._ a offert à Y._ de lui vendre ses actions pour la somme de 200'000 fr. correspondant, selon lui, à la valeur de l'entreprise sur le marché résultant de sa reprise imminente par une société américaine de la branche.
Le 31 octobre 2007, Y._ a décliné l'offre et précisé que les certificats d'actions n'avaient pas encore été émis.
Par courrier du 2 novembre 2007, X._ a reproché à l'administrateur d'avoir cherché à exercer de manière prématurée son droit d'emption. Il a réclamé l'original des certificats d'actions de V.A._ SA et V.B._ LTD du Royaume-Uni (filiale appartenant au même groupe que V.A._ SA).
Le 15 novembre 2007, Y._ a transmis à son ex-employé un certificat d'actions représentant les 700 actions au porteur.
Par courrier du 5 décembre 2007, l'administrateur a indiqué exercer son droit d'emption sur les actions.
Le 8 janvier 2008, il a mis en demeure X._ de mettre à disposition ses 700 actions, lui rappelant la clause pénale conventionnelle. Un chèque d'un montant de 7'441 fr. était annexé au courrier.
Le 12 février 2008, X._ a décliné l'offre, contestant le calcul établi au 30 novembre 2007. Au surplus, il reprochait à l'administrateur de chercher à diminuer artificiellement la valeur du titre de la société.
Le 15 février 2008, l'ex-employé a informé l'administrateur qu'il avait encaissé, à titre d'acompte, le chèque de 7'441 fr.
Le 21 août 2008, Y._ a revu les calculs de valorisation des actions et invité X._ à lui communiquer les coordonnées de son compte bancaire sur lequel la somme résiduelle de 14'585 fr. devait être versée. Cette proposition est restée sans suite.
B. Le 21 octobre 2008, Y._ a déposé une action en exécution et en paiement à l'encontre de son ex-employé devant le Tribunal de première instance de Genève, sollicitant la remise des 700 actions (incorporée dans le certificat d'actions) et le versement de 100'000 fr. à titre de peine conventionnelle.
Un jugement conforme a été rendu par défaut et X._ a relevé le défaut. Concluant au rejet de la demande, il a préalablement requis du juge une expertise afin d'évaluer la valeur au 31 décembre 2007 (recte: 30 novembre 2007) du certificat d'actions représentant les 700 actions au porteur de V.A._ SA.
Le Tribunal de première instance a entendu divers témoins qui ont confirmé que la méthode décrite dans l'annexe 3 de la Convention avait toujours été utilisée pour définir le prix des actions.
Par courrier du 13 novembre 2009 adressé au tribunal, l'organe de révision a corrigé plusieurs erreurs de calcul de son appréciation précédente et a fixé la valeur d'une action à 11 fr.93 au 30 novembre 2007. Dans ses calculs, le réviseur ne retient "aucun montant à titre de goodwill vu les résultats de la société".
Y._ a modifié ses conclusions pour requérir la condamnation de sa partie adverse à payer 100'000 fr. à titre de clause pénale moins 8'351 fr. (11 fr.93 x 700 actions).
Par jugement du 8 février 2011, le Tribunal de première instance de Genève a admis entièrement les conclusions prises par le demandeur et condamné le défendeur à une indemnité de procédure de 15'000 fr.
Appelant du jugement, le défendeur conteste le calcul du prix des actions, considérant notamment que la valeur du goodwill a été "négligée" par le premier juge et que les résultats comptables sont diminués par toute une série de provisions imposées sans raison par le demandeur. S'agissant de la clause pénale, il soutient que celle-ci ne lui est pas applicable; selon lui, il n'a commis aucune faute en ne remettant pas le certificat d'actions puisqu'il refusait de le remettre sur la base de l'estimation faite à l'époque par Y._ à 10 fr.63 l'action et que, précisément, à la fin de la procédure de première instance, le prix de l'action a été fixé plus haut, soit à 11 fr.93 l'action.
Par jugement du 11 mai 2012, la cour cantonale a confirmé que X._ devait remettre le certificat d'actions contre le paiement de 8'351 fr. Elle a par contre réduit le montant de la peine conventionnelle, condamnant X._ à verser à ce titre la somme de 25'000 fr. à Y._.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 11 mai 2012. Il conclut, principalement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt et au rejet de la demande, avec suite de frais et dépens. Le recourant invoque une violation de son droit à la preuve (<ref-law>, <ref-law>), de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), une appréciation arbitraire des preuves sur la question du cours de l'action (art. 9 Cst.) et la transgression de l'<ref-law>, ainsi que des art. 18, 160, 163 et 541 al. 1 CO.
L'intimé conclut au rejet du recours et à la confirmation de la décision cantonale.
Le recourant a transmis une réplique au Tribunal fédéral, que l'intimé estime irrecevable.
L'effet suspensif sollicité par le recourant a été accordé par ordonnance présidentielle du 16 juillet 2012.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc également être formé pour violation d'un droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 317 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 584; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389; <ref-ruling> consid. 1.4).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 187). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>). S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond ou renvoyer l'affaire à l'autorité précédente (<ref-law>).
2. Dans sa dernière écriture, l'intimé soutient que, le recourant ayant déjà eu la possibilité de s'exprimer sur l'ensemble des circonstances de fait et de droit de la cause, la voie de la réplique ne lui était pas ouverte.
Lorsqu'une prise de position ou une pièce nouvelle est versée au dossier, elle doit être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer. En relation avec une telle communication, le tribunal a la possibilité d'ordonner un second échange d'écritures, ce qu'il fait cependant exceptionnellement (cf. en ce sens <ref-law>) ou lorsque les circonstances le justifient (cf. <ref-law>). S'il y renonce, il doit néanmoins transmettre la prise de position ou pièce nouvelle à l'autre ou aux autres parties. Au vu de la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme, en particulier des récents arrêts Schaller-Bossert contre Suisse du 28 octobre 2010 § 39 ss et Ellès et autres contre Suisse du 16 décembre 2010 § 26 ss, la Conférence des Présidents du Tribunal fédéral a en effet décidé que, pour ses propres communications et afin de respecter le droit d'être entendu, le Tribunal fédéral transmettra, en précisant qu'un second échange d'écritures n'est pas ordonné, la prise de position ou pièce nouvelle pour information et impartira un délai pour le dépôt d'observations éventuelles (arrêts 4A_104/2011 du 27 septembre 2011 consid. 4; 5A_779/2010 du 1er avril 2011 consid. 2.2).
C'est dans ce cadre que le recourant a communiqué, dans le délai fixé, ses observations sur la réponse déposée par l'intimé et on ne saurait donc suivre ce dernier lorsqu'il prétend que l'écriture remise par sa partie averse doit être jugée irrecevable.
3. 3.1 Selon la cour cantonale, le recourant (vendeur) n'a pas agi de bonne foi en ne remettant pas le certificat d'actions après la sommation qu'il a reçue et "il ne pouvait faire valoir aucun droit pour ne pas s'exécuter".
On observe que l'autorité précédente, sans le dire expressément, a recherché si le recourant pouvait refuser de s'exécuter en se prévalant d'une exécution imparfaite de l'intimé (acheteur). Les principes juridiques sur lesquels elle se fonde ne résultent toutefois pas de l'arrêt entrepris. Il est utile d'y revenir pour la bonne compréhension de la cause.
L'art. 26 § 3 de la Convention prévoit que, "dans un délai de 30 jours à compter de la réception par V.A._ SA, ses actionnaires et/ou l'actionnaire sortant, de l'évaluation par le réviseur, l'actionnaire-sortant s'engage à mettre à la disposition des actionnaires ayant manifesté leur intention de faire usage de leur droit d'emption l'intégralité de ses actions contre l'engagement de ce(s) dernier(s) de payer le prix arrêté par le réviseur".
Les parties n'ont donc pas prévu une clause contractuelle qui dérogerait au mode d'exécution ancré à l'<ref-law>, mais elles ont intégré cette dernière règle dans leur convention.
L'<ref-law> accorde au débiteur (en l'occurrence le recourant) une exception dilatoire, qu'on appelle exception d'inexécution ou exceptio non adimpleti contractus, qui lui permet de retenir la prestation réclamée par le créancier (soit l'intimé) jusqu'à l'exécution ou l'offre d'exécution de la contre-prestation (128 V 224 consid. 2b p. 226; <ref-ruling> consid. 3a p. 200; <ref-ruling> consid. 2b p. 19).
Le recourant refuse de remettre les actions en alléguant que le prix du titre de V.A._ SA a été fixé par l'organe de révision de façon irrégulière, soit sur la base d'une estimation peu crédible (le cours retenu étant sous-évalué), en violation de la méthode d'évaluation convenue entre les parties. Il laisse entendre que l'intimé n'a pas offert un prix conforme au contrat et, partant, qu'il ne s'est pas exécuté parfaitement. Ainsi, lorsque le recourant s'est vu réclamer l'exécution, c'est bien en soulevant l'exception d'inexécution qu'il a refusé d'offrir sa prestation. Cela étant, le recourant soutient que la cour cantonale a violé son droit à la preuve (<ref-law>, <ref-law>) en ne lui permettant pas d'établir le prix de ses titres conformément à la méthode prévue dans la Convention; en refusant d'ordonner une expertise à ce sujet, l'autorité précédente aurait sombré dans l'arbitraire (art. 9 Cst.).
3.2 La question de l'expertise n'a de sens que si la Convention d'actionnaires, ainsi que le prétend le recourant, lui donnait la faculté de contester le prix fixé par le réviseur. Dans le cas contraire (soit si l'on admet que, selon la Convention, le prix arrêté par le réviseur s'imposait définitivement aux parties), une expertise s'avérerait inutile puisque l'intimé, qui a remis au recourant un chèque contenant ce prix, se serait, dans cette hypothèse, exécuté parfaitement.
Selon l'art. 26 § 2 de la Convention, "le Conseil d'Administration de la société s'engage, dans un délai de huit jours à compter de l'échéance du contrat de travail ou de la cessation de l'activité de l'actionnaire-sortant, à solliciter du réviseur de V.A._ SA l'évaluation, en application de la méthode de calcul figurant à l'annexe 3, du prix de ses actions, étant précisé que le prix qui sera ainsi arrêté s'imposera au vendeur et à/aux acquéreur(s) sans recours possible".
La volonté réelle des parties - question de fait - n'ayant pas été établie par la cour cantonale, il convient d'interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; le juge doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances; le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement (<ref-law>); pour trancher cette question de droit, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 413). Les circonstances déterminantes sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, à l'exclusion des événements postérieurs (<ref-ruling> consid. 2.2.1). L'interprétation doit également respecter la logique du contrat (arrêt 4A_219/2012 du 30 juillet 2012 consid. 2.6 et les arrêts cités).
En l'espèce, le prix est déterminé de manière indirecte (cf. sur cette manière de calculer le prix: GAUCH/SCHLUEP/SCHMID/REY/EMMENEGER, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, Band II, 9e éd. 2008, n. 2333 ss p. 46), sur la base de critères découlant de l'annexe 3 de la Convention, une tierce personne (un réviseur) étant tenue de procéder à l'évaluation. On ne saurait retenir que le prix arrêté par le réviseur, quel qu'il soit, s'imposait définitivement à l'acheteur et au vendeur, et qu'en l'espèce le vendeur doit se fier "aveuglément" à ce prix. Cela reviendrait à ignorer une partie importante de l'art. 26 § 2 de la Convention; cette clause prévoit en effet que la détermination du prix des actions du vendeur doit être effectuée par le réviseur "en application de la méthode de calcul figurant à l'annexe 3" et que c'est le "prix qui sera ainsi arrêté [qui] s'imposera au vendeur et à/aux acquéreur(s) sans recours possible". Il en résulte a contrario qu'un prix déterminé en violation de la Convention ne peut être imposé ni au vendeur ni à l'acheteur.
Il faut donc comprendre l'art. 26 § 3 de la Convention en ce sens que le vendeur s'engage à remettre ses actions à l'acheteur contre l'engagement de ce dernier de payer un prix (arrêté par le réviseur) calculé conformément à la méthode convenue entre les parties. Cela correspond d'ailleurs bien à l'engagement pris par l'actionnaire sortant à l'art. 26 § 1 de la Convention. Cette disposition prévoit d'emblée que celui-ci s'engage à céder aux autres actionnaires ses actions "pour le prix qui sera arrêté en application de la méthode de calcul figurant à l'annexe 3 de la présente convention et qui en fait partie intégrante". Le fait qu'une tierce personne intervienne pour effectuer le calcul n'y change rien, les parties, qui ont pris la peine de convenir d'une méthode précise d'évaluation, n'entendant certainement pas accepter un prix calculé en transgression de la méthode prévue.
Autrement dit, selon la volonté objective des parties, si l'acheteur se fonde sur un prix (fixé par le réviseur) irrégulier (car non conforme à la méthode convenue entre les parties), il n'a pas exécuté parfaitement sa prestation (soit l'obligation de payer le prix du certificat d'actions) et, en vertu de l'art. 26 § 3 de la Convention (qui reprend le mode d'exécution de l'<ref-law>), le vendeur peut alors soulever l'exception d'inexécution.
3.3 En vertu de l'<ref-law>, le débiteur a la charge d'invoquer l'absence d'exécution, mais la preuve de l'exécution (ou de l'offre d'exécution) incombe au créancier (arrêt 4A_252/2008 du 28 août 2008 publié in SJ 2009 I p. 63, consid. 2.2; ATF <ref-ruling> consid. 2b p. 19 s. et les références; 79 II 277 consid. 2 p. 279).
En l'espèce, la cour cantonale a jugé que l'intimé (le créancier) avait apporté la preuve de son exécution et que, partant, le recourant ne "ne pouvait faire valoir aucun droit pour ne pas s'exécuter".
Par l'expertise qu'il sollicitait, le recourant voulait démontrer que sa partie adverse ne s'était pas exécutée parfaitement et qu'il avait le droit de soulever l'exception d'inexécution. Il entendait ainsi apporter une contre-preuve (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 299; <ref-ruling> consid. 2.6 p. 24; HANS P. WALTER, in Berner Kommentar, 2012, no 66 ss ad <ref-law>).
On déduit de l'<ref-law>, disposition spéciale par rapport à l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 5A_620/2007 du 7 janvier 2010 consid. 6.1 publié in SJ 2010 I p. 568), un droit à la preuve et à la contre-preuve (<ref-ruling> consid. 4a). Pour qu'il y ait violation du droit à la preuve (ou à la contre-preuve), il faut que le recourant veuille prouver un fait pertinent, que la mesure probatoire sollicitée ait été régulièrement offerte, qu'elle soit adéquate et que le fait ne soit pas déjà prouvé ou qu'il ne soit pas déjà admis ou écarté à la suite d'une appréciation anticipée des preuves qui ne peut pas être taxée d'arbitraire (ATF <ref-ruling> consid. 2.6 p. 24 s. et les arrêts cités). Ainsi, le juge peut renoncer à administrer une preuve lorsque sa conviction est déjà formée sur la base des éléments apportés et qu'il peut admettre sans arbitraire qu'elle ne pourrait pas être ébranlée par le résultat de la mesure probatoire sollicitée (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
3.4 D'emblée, l'intimé conteste la régularité de l'offre de preuve proposée par le recourant, faisant valoir que celui-ci n'a "pas requis d'expertise judiciaire sur la question spécifique de la valeur du goodwill".
Cette opinion est erronée. L'offre de preuve doit certes être régulière, à savoir présentée en conformité de la procédure applicable (cf. <ref-ruling> consid. 7.1), comme l'exprime maintenant l'<ref-law>. Il ne ressort cependant pas de la décision entreprise que cette exigence aurait été méconnue dans le cas présent; il résulte de l'arrêt entrepris que le recourant a expressément requis le premier juge "d'ordonner l'ouverture d'une instruction sur expertise afin d'évaluer la valeur au 31 décembre 2007 [recte: novembre 2007] du certificat d'actions représentant 700 actions au porteur de V.A._ SA". Il n'importe à cet égard qu'il n'ait pas requis d'expertise judiciaire sur la question spécifique de la valeur du goodwill. Comme nous le verrons, le goodwill n'est pas le seul critère permettant de fixer la valeur de l'action (cf. infra consid. 3.6.3 la question des provisions), la formule signée par les parties indiquant que le goodwill constitue, avec le capital-actions, le compte PP reporté et les provisions, seulement l'un des critères applicables lors du calcul de la valeur intrinsèque de l'action. On ne pouvait raisonnablement imposer au recourant de désigner explicitement chacun de ces facteurs pour obtenir l'expertise sollicitée (cf. LEUENBERGER/UFFER-TOBLER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, n. 11.68 p. 315).
3.5 L'intimé a prouvé avoir remis un chèque contenant le montant de 7'441 fr. arrêté par le réviseur. Il résulte également des constatations cantonales que le recourant l'a déjà encaissé "à titre d'acompte".
La question de l'effet de l'acceptation, par le débiteur, d'une partie de la prestation due par le créancier est controversée. D'un côté, il est admis que l'exception d'inexécution permet au débiteur de retenir la prestation réclamée jusqu'à l'exécution (ou l'offre d'exécution) complète de la contre-prestation (VON TUHR/ESCHER, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrecht, Band II, 1974, p. 62). D'un autre côté, il est indiqué que l'exception d'inexécution est limitée à la partie de la contre-prestation qui n'a pas encore été exécutée (ROBERT SIMMEN, Die Einrede der nicht erfüllten Vertrags [art. 82], 1981, p. 70 s.).
Il n'y a toutefois pas lieu de se pencher sur cette controverse. Il a été constaté, en fait (<ref-law>), que le recourant ne disposait que d'un seul certificat d'actions et qu'il ne pouvait pas s'exécuter partiellement. On ne saurait donc, pour la seule raison qu'il a reçu l'acompte précité, lui reprocher d'avoir retenu l'entier de sa prestation (cf. SIMMEN, op. cit., p. 70 note de pied 124; MARIUS SCHRANER, Zürcher Kommentar, 3e éd. 2000, no 132 ad <ref-law>).
3.6 Il reste à déterminer si c'est à bon droit que la cour cantonale a refusé la contre-preuve.
3.6.1 L'autorité précédente affirme qu'elle "ne pouvait pas à l'évidence apporter sa propre appréciation sur la conclusion de l'organe de révision qui considère que la valeur du goodwill est nulle". Elle reconnaît ainsi que les juges ne disposent pas des connaissances leur permettant d'émettre un avis sur la valeur de l'action. En l'espèce, elle sous-entend toutefois qu'elle peut se dispenser de recourir à l'expertise, celle-ci étant inutile; selon l'autorité précédente, il n'y "avait aucune raison de modifier le calcul effectué par l'organe de révision". Elle retient en particulier que le réviseur "a suivi la méthode convenue à l'annexe 3 de la Convention d'actionnaires pour fixer la valeur des actions" (arrêt entrepris p. 12), que le recourant n'a "jamais remis en cause la méthode de calcul proposée dans la Convention d'actionnaires" (p. 11), et que l'intimé réservait "le versement d'une éventuelle plus-value en date du 30 novembre 2007" (p. 11). Elle souligne également qu'a posteriori et vu la faillite de la société quelques années plus tard, l'appréciation de la valeur nulle du goodwill, au 30 novembre 2007, ne paraît pas arbitraire (p. 9).
Reprenant chacun de ces points de fait, le recourant, dans une argumentation précise et en se référant aux pièces du dossier (sur l'exigence: arrêts 4A_39/2010 du 29 avril 2010 consid. 1.3; 4A_621/2009 du 25 février 2010 consid. 1.3), invoque l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
S'agissant de l'appréciation des preuves, la décision attaquée n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait une déduction insoutenable (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
3.6.2 On peut suivre le recourant lorsqu'il affirme que la constatation selon laquelle le réviseur a suivi la méthode décrite à l'annexe 3 est en contradiction manifeste avec les éléments contenus dans le dossier. Il résulte d'une part de l'annexe 3 que, pour déterminer la valeur des actions, le goodwill doit nécessairement correspondre à un multiple du capital-actions de la société V.A._ SA (pièce no 7 défendeur, p. 16). En ce sens, l'annexe 3 comprend également un document intitulé "Détermination de la valeur des actions de V._ Group Holding au 31.12.1998" qui mentionne "Good-Will (6 fois capital-actions) CHF 600'000.00". D'autre part, le réviseur a reconnu lui-même sans détour et à réitérées reprises que, pour calculer le goodwill, il s'est écarté de l'annexe 3 qui "indique un multiple du capital-actions; car pour [lui] cela n'est pas le goodwill" (témoin A._, procès-verbal d'enquêtes du 10 novembre 2009 p. 6 à 9).
Le réviseur n'affirme pas que c'est en appliquant la méthode prévue à l'annexe 3 qu'il aurait fixé un goodwill de valeur nulle, mais, de son propre aveu, il a abouti à ce résultat en s'écartant de la méthode convenue entre les parties. La cour cantonale ne pouvait dès lors retenir, sans sombrer dans l'arbitraire, que le réviseur avait appliqué cette méthode.
3.6.3 Lorsque l'autorité précédente affirme qu'elle n'avait aucune raison de modifier le calcul effectué par le réviseur, elle laisse entendre que la fiabilité de l'estimation n'était pas sujette à caution et que, partant, elle n'avait aucune raison d'ordonner à un expert de reprendre cette évaluation. Force est de constater que cette appréciation est également arbitraire. Premièrement, il ressort du dossier que le réviseur a insisté sur le fait qu'il avait besoin, pour calculer la valeur des actions, des bilans audités (témoin A._, procès-verbal d'enquêtes du 10 novembre 2009 p. 6). Or, pour calculer le prix des actions du recourant, le réviseur a reconnu n'avoir pas fait de bilan audité, mais simplement pris les chiffres tels qu'ils lui ont été présentés par le comptable de V.A._ SA, sans faire aucune vérification (témoin A._, procès-verbal d'enquêtes du 10 novembre 2009 p. 9).
Deuxièmement, il résulte des pièces du dossier que le bénéfice de la société a été déterminé avec une grande légèreté au 30 novembre 2007; ce constat n'est pas sans incidence puisque, selon la méthode convenue entre les parties, la valeur de rendement (qui représente un des critères permettant de calculer la valeur de l'action) est déterminée sur la base du bénéfice net (pièce no 7 défendeur p. 16). Le 30 novembre 2007, le bénéfice se montait, selon le comptable de la société, à 993 fr., alors qu'il ascendait à 100'000 fr. un mois plus tard, soit au 31 décembre 2007 (témoin B._, procès-verbal de suite d'enquêtes du 23 novembre 2009 p. 15). A cet égard, le comptable a admis avoir inscrit huit provisions dans l'état comptable de novembre 2007, ainsi que V.A._ SA lui avait demandé, sans faire une quelconque analyse critique des montants (témoin B._, procès-verbal de suite d'enquêtes du 23 novembre 2009 p. 15; pièce no 73 défendeur). Plusieurs de ces provisions ont été dissoutes un mois plus tard, lors du bouclement de l'exercice au 31 décembre 2007 (jugement du Tribunal de première instance p. 12). La valeur de l'action de la société était dès lors très basse au 30 novembre 2007 (11 fr.93), alors qu'elle était de 34 fr.59 au 31 décembre 2006 et de 27 fr.41 au 31 décembre 2007 (pièces nos 72, 74, 76 et 77). Une expertise était à l'évidence nécessaire afin d'apporter une certaine lumière sur les modifications de l'état comptable qui ont eu un impact indéniable sur les calculs du bénéfice opérés à la fin de l'année 2007.
Enfin, il ressort de l'arrêt entrepris (p. 11) que, lors de l'instruction, plusieurs erreurs de calculs commises par le réviseur ont été relevées et corrigées.
Cela étant, la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en retenant qu'il n'y avait pas lieu de modifier le calcul entrepris par l'organe de révision.
3.6.4 La cour cantonale semble accorder une importance particulière au fait que la société est tombée en faillite le 19 septembre 2011 (arrêt entrepris p. 2 et 9). On voit toutefois mal comment on pourrait arrêter avec pertinence le montant du goodwill en novembre 2007 en tirant un quelconque argument d'un dépôt de bilan survenu près de quatre ans plus tard. Le raisonnement est quoi qu'il en soi indéfendable, dès lors que la situation financière de l'entreprise ne peut être considérée comme durablement péjorée depuis novembre 2007 (date à laquelle la valeur de l'action était proche de sa valeur nominale, soit de 11 fr.93) puisque le prix d'une action était remonté à 27 fr.41 un mois plus tard, soit en décembre 2007.
La cour cantonale tire argument du fait que le recourant n'a "jamais remis en cause la méthode de calcul proposée dans la Convention d'actionnaires". On ne saurait reprocher, en soi, au recourant de ne pas avoir critiqué la méthode contenue dans une convention qu'il avait signée. Il faut donc comprendre l'affirmation de la cour cantonale en ce sens que le recourant n'aurait jamais réfuté la manière dont le réviseur a évalué le prix des actions de la société, sur la base de la méthode prévue dans la convention. Cette dernière affirmation est aussi contredite par les pièces au dossier. Il résulte en particulier du procès-verbal de l'assemblée générale des actionnaires de V.A._ SA (du 28 août 2007) que le recourant a rejeté l'évaluation du titre de la société pour l'exercice 2006 (pièce no 12 défendeur p. 3). Dans son courrier du 12 février 2008, par lequel il refusait la proposition de l'intimé, il a à nouveau contesté le calcul établi au 30 novembre 2007 (pièce no 55 défendeur).
Enfin, quand l'autorité cantonale précise que l'intimé s'est non seulement engagé à payer le prix fixé par le réviseur (lors de l'exercice de son droit d'achat du 8 janvier 2008), mais qu'il a également indiqué que d'éventuels ajustements seraient payés rapidement, elle semble sous-entendre que l'intimé aurait régulièrement offert d'exécuter sa propre prestation (le paiement du prix des actions), ce qui empêcherait le recourant de se prévaloir de l'exception d'inexécution. On ne constate toutefois aucun engagement dans ce sens de la part de l'intimé, le courrier du 8 janvier 2008 laissant au contraire entendre qu'il versait un montant de 7'441 fr. au titre de prix d'achat définitif (pièce no 43 défendeur p. 4). L'offre de payer une éventuelle plus-value résulte des courriers des 26 juillet et 21 septembre 2007 (arrêt entrepris p. 3 et 4). Cette offre n'a pas été reprise dans le courrier du 8 janvier 2008. Ce point de fait a ainsi été établi de manière arbitraire par la cour cantonale. Quant à la proposition du 21 août 2008 de l'intimé, elle repose sur ses propres calculs et ne reprend pas un prix qui aurait été arrêté par le réviseur conformément à la Convention. On ne saurait ainsi considérer que l'intimé s'est engagé à s'exécuter conformément au contrat.
Sur le vu des considérations qui précèdent, la cour cantonale ne pouvait, sans sombrer dans l'arbitraire, se fonder sur l'évaluation effectuée par l'organe de révision. Il apparaît que l'expertise était le moyen de preuve adéquat pour établir le prix de l'action conformément à la convention passée entre les parties.
Ainsi, c'est en appréciant les faits de manière arbitraire que la cour cantonale a écarté l'expertise pourtant sollicitée par le recourant. Sous le couvert d'une appréciation anticipée des preuves (arbitraire), l'autorité précédente a, en définitive, refusé d'ordonner une preuve portant sur un fait pertinent et, partant, transgressé l'<ref-law>.
Il s'ensuit que la cause doit être renvoyée à l'autorité précédente pour instruction complémentaire et nouvelle décision (<ref-law>).
4. 4.1 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé son droit à la preuve en refusant d'instruire la question du préjudice invoqué en relation avec la liquidation de V.B._ Limited (filiale anglaise appartenant au même groupe que la société V.A._ SA, dont le recourant détenait 900 actions). Il soutient que l'autorité précédente ne pouvait rejeter son offre de preuve, dès lors que celle-ci était pertinente pour déterminer les dommages-intérêts qu'il pouvait revendiquer dans le cadre de conclusions reconventionnelles ou opposer en compensation à la réclamation pécuniaire de sa partie adverse.
D'emblée, il faut observer que l'argument tombe à faux, le recourant n'ayant pris aucune conclusion reconventionnelle sur cette question, ni opposé une quelconque exception de compensation.
Quant au fait que les circonstances de la dissolution de V.B._ Limited "auraient pu avoir également une incidence sur l'examen de la condition de bonne foi de l'Intimé lors de l'exécution des accords litigieux", le recourant se borne à formuler une hypothèse, sans indiquer quelle allégation, en lien avec son refus de livrer les actions de la société V.A._ SA, il entendait démontrer par son offre de preuve. Il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur ce point.
4.2 Le recourant invoque également une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), la cour cantonale ayant pris en compte d'office la faillite de V.A._ SA après la clôture des débats et ayant omis de traiter certains faits et moyens pertinents pourtant soulevés en cours de procédure. La cause étant renvoyée à l'autorité précédente, il n'est pas utile d'entrer en matière sur ces griefs.
Vu l'issue de la cause, il n'y a pas lieu non plus d'examiner les autres dispositions de droit fédéral dont la violation est invoquée par le recourant. On relèvera en particulier que la question de l'application de la peine conventionnelle (<ref-law>; art. 26 § 4 de la Convention) ne se posera que si l'on parvient à la conclusion que le recourant ne pouvait se prévaloir de l'exception d'inexécution.
5. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens sont mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera au recourant une indemnité de 4'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 30 octobre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget