Erwägungen:
1. Auf Antrag der Staatsanwaltschaft II Emmental-Oberaargau vom 11. Mai 2009 versetzte das Haftgericht II Emmental-Oberaargau X._ mit Entscheid vom 15. Mai 2009 wegen Wiederholungsgefahr in Sicherheitshaft. X._ wird der sexuellen Handlungen mit Kind und des mehrfachen Exhibitionismus verdächtigt.
2. X._ führt mit Eingabe vom 16. Mai 2009 (Postaufgabe 20. Mai 2009) Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid des Haftgerichts II Emmental-Oberaargau. Das Bundesgericht forderte X._ mit Verfügung vom 22. Mai 2009 auf, den angefochtenen Entscheid beim Bundesgericht einzureichen; gleichzeitig verwies es ihn auf die gesetzlichen Form- und Fristerfordernisse einer Beschwerde ans Bundesgericht. In der Folge ging am 2. Juni 2009 der angefochtene Entscheid beim Bundesgericht ein.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. <ref-law> nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer nennt keinen zulässigen Beschwerdegrund und legt nicht dar, inwiefern das Haftgericht II Emmental-Oberaargau Recht im Sinne von <ref-law> verletzt haben sollte, als es dem Antrag der Staatsanwaltschaft II entsprach und wegen Wiederholungsgefahr Sicherheitshaft verfügte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von <ref-law> ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der a.o. Gerichtspräsidentin 5 des Gerichtskreises V Burgdorf-Fraubrunnen, der Staatsanwaltschaft II Emmental-Oberaargau und dem Haftgericht II Emmental-Oberaargau, Haftrichter 1, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli