Sachverhalt:
A. Am 25. Mai 2005 beschlossen die Verwaltungsräte der Schweizerischen Bundesbahnen SBB (SBB; Beschwerdeführerin) und der Wasserkraftwerk Etzelwerk AG (EWAG), eine 100%-ige Tochtergesellschaft der SBB, die EWAG gemäss <ref-law> mittels Absorptionsfusion in die SBB zu integrieren.
Am 16. Juni 2005 meldete die SBB die Fusion mit der EWAG beim Handelsregisteramt Bern-Mittelland zur Eintragung an. Dieses trug die eingereichte Anmeldung am 17. Juni 2005 unter der Nr. 2831 in das Tagebuch ein. Das Eidgenössische Amt für das Handelsregister (EHRA) suspendierte jedoch diese Eintragung.
Daraufhin ersuchte die Beschwerdeführerin das EHRA um Genehmigung der Eintragung und für den Fall der Abweisung um Erlass einer beschwerdefähigen Verfügung.
B. Mit Verfügung vom 23. Dezember 2005 verweigerte das EHRA der Tagebucheintragung Nr. 2831 des Handelsregisteramtes Bern-Mittelland vom 17. Juni 2005 die Genehmigung. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, die SBB sei ein Institut des öffentlichen Rechts im Sinne von Art. 2 lit. d Fusionsgesetz und falle somit in den Anwendungsbereich von Art. 99 ff. des genannten Erlasses. Gemäss diesen Bestimmungen sei die Absorptionsfusion einer Aktiengesellschaft des Privatrechts durch ein Institut des öffentlichen Rechts nicht zulässig und demnach nicht eintragungsfähig.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde, die Verfügung des EHRA vom 23. Dezember 2005 aufzuheben. Das EHRA sei anzuweisen, die Eintragung der Fusion zwischen den Schweizerischen Bundesbahnen SBB und der Etzelwerk AG in das Handelsregister Bern-Mittelland (Tagebuch-Nr. 2831) zu genehmigen.
Das EHRA schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Gegen Verfügungen des EHRA kann Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben werden (Art. 98 lit. c zweiter Teilsatz OG; Art. 5 der Handelsregisterverordnung vom 7. Juni 1937 [HRegV; SR 221.411]). Die Beschwerdeführerin ist durch die angefochtene Verfügung, mit der die von ihr beantragte Eintragung nicht genehmigt wurde, berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung. Sie ist demnach zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG).
Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen eine Verfügung des EHRA kann gerügt werden: die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens (Art. 104 lit. a OG) und - da es sich beim ERHA nicht um eine richterliche Behörde handelt - die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 104 lit. b OG). Die Beschwerdeführerin rügt in vierfacher Hinsicht eine Verletzung von Bundesrecht (dazu nachfolgende Erwägungen 2-5) und beruft sich damit auf zulässige Beschwerdegründe.
Nachdem auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Zunächst wirft die Beschwerdeführerin dem EHRA vor, <ref-law> verletzt zu haben, indem es davon ausging, es komme ihm die Befugnis zur Prüfung der Fusion unter dem Blickwinkel von Art. 99 des Bundesgesetzes vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (Fusionsgesetz, FusG) zu.
2.1 Nach <ref-law> und <ref-law> hat der Registerführer zu prüfen, ob die gesetzlichen Voraussetzungen für die Eintragung erfüllt sind. Diese Bestimmungen schliessen eine Prüfung der Begründetheit der verlangten Eintragung nicht aus. Grundprinzip ist die Gesetzmässigkeit der Eintragung (<ref-ruling> E. 2a S. 371).
Nach der Rechtsprechung prüft der Registerführer zuerst die registerrechtlichen formellen Voraussetzungen, das heisst die Einhaltung der Normen, welche unmittelbar die Führung des Handelsregisters betreffen. In dieser Hinsicht verfügt er über eine umfassende Prüfungbefugnis. Wo nicht Registerrecht, sondern materielles Recht in Frage steht, ist die Prüfungsbefugnis des Registerführers indessen beschränkt. Nach <ref-law> und <ref-law> prüft er bei der Eintragung juristischer Personen insbesondere, ob die Statuten keinen zwingenden Vorschriften widersprechen und den vom Gesetz verlangten Inhalt aufweisen. Er hat bloss auf die Einhaltung jener zwingenden Gesetzesbestimmungen zu achten, die im öffentlichen Interesse oder zum Schutze Dritter aufgestellt worden sind, während die Betroffenen zur Durchsetzung von Vorschriften, die dem dispositiven Recht angehören oder nur private Interessen berühren, den Zivilrichter anzurufen haben. Da die Abgrenzung im Einzelfall schwierig sein kann, ist die Eintragung nur dann abzulehnen, wenn sie offensichtlich und unzweideutig dem Recht widerspricht, nicht dagegen, falls sie auf einer ebenfalls denkbaren Gesetzesauslegung beruht, deren Beurteilung dem Richter überlassen bleiben muss (<ref-ruling> E. 3b S. 21; <ref-ruling> E. 2a S. 371; <ref-ruling> E. 1 S. 188).
2.2 In <ref-ruling>, in dem es um die Umwandlung einer Gesellschaft mit beschränkter Haftung in eine Aktiengesellschaft ging, hielt das Bundesgericht fest, die Operation, deren Eintrag in das Register verlangt werde, sei geeignet, die Interessen Dritter zu tangieren und zwingende oder im öffentlichen Interesse erlassene Bestimmungen über die Grundstruktur der verschiedenen streitigen Rechtsformen zu verletzen. Es könne daher nicht angehen, es einem hypothetischen Dritten oder einem Minderheitsgesellschafter zu überlassen, die neue von der juristischen Person angenommene Rechtsform anzufechten. So wenig der Registerführer eine Gesellschaft, deren Rechtsform vom Gesetz nicht vorgesehen sei, ins Handelsregister eintragen könne, so wenig könne er eine Gesellschaftsumwandlung eintragen, indem er sich mit der Feststellung begnüge, dass die Operation nicht offensichtlich und unzweideutig dem Recht widerspreche. Die Eintragung setze voraus, dass die verlangte Umwandlung vom Gesetz ausdrücklich oder nach Auslegung erlaubt sei. In diesem Punkt könnten sich der Registerführer, die kantonale Aufsichtsbehörde und das Bundesgericht auf eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde hin nicht nur auf eine denkbare Auslegung stützen, sondern müssten mit freier Kognition prüfen, ob die Umwandlung auf einer korrekten Auslegung des Gesetzes beruhe (E. 3c des zitierten Urteils).
2.3 Das Bundesgericht bejahte mithin die freie Prüfungsbefugnis des Registerführers, wenn es darum geht, die Rechtmässigkeit einer verlangten Eintragung von gesetzlich nicht vorgesehenen Rechtsformen oder gesetzlich nicht vorgesehenen Umwandlungen zu beurteilen.
Vorliegend geht es um die Frage, ob ein Institut des öffentlichen Rechts (sofern die Beschwerdeführerin als solches zu betrachten ist) eine private Aktiengesellschaft durch Absorptionsfusion übernehmen kann. Ein solcher Vorgang wird vom Fusionsgesetz nicht vorgesehen und birgt, wie das EHRA in seiner Verfügung zutreffend aufzeigt, je nach Ausgestaltung des öffentlich-rechtlichen Instituts die Gefahr der Beeinträchtigung der Interessen von Dritten, insbesondere von Minderheitsaktionären, die der Fusion nicht zugestimmt haben und Anteile einer öffentlich-rechtlichen Gesellschaft erhalten, die sich in mancher Hinsicht von Aktien einer privatrechtlichen AG unterscheiden. Betroffen ist somit das Interesse an der korrekten, präjudiziell bedeutsamen Anwendung des Fusionsgesetzes in einem grundlegenden Punkt, nämlich an der Einhaltung des darin im Interesse der Rechtssicherheit und Transparenz und damit im öffentlichen Interesse bzw. im Interesse Dritter statuierten Numerus clausus zulässiger Umstrukturierungen (vgl. dazu die bundesrätliche Botschaft vom 13. Juni 2000 zum Fusionsgesetz, BBl 2000 4337 ff., S. 4354, 4481; Matthias Kuster, Basler Kommentar, N. 6 zu <ref-law>). Die volle Prüfungsbefugnis des Registerführers bzw. des EHRA und nunmehr des Bundesgerichts ist diesbezüglich zu bejahen.
3. Weiter rügt die Beschwerdeführerin, das EHRA habe zu Unrecht angenommen, sie sei ein "Institut des öffentlichen Rechts" im Sinn von <ref-law> und nicht eine "Kapitalgesellschaft" im Sinn von <ref-law>, womit es die genannten Bestimmungen verletzt habe.
3.1 Das Fusionsgesetz als privatrechtlicher Erlass regelt Strukturanpassungstatbestände bei Instituten des öffentlichen Rechts nicht umfassend, sondern legt die privatrechtlichen Voraussetzungen fest, unter denen Institute des öffentlichen Rechts mit privatrechtlichen Rechtsträgern fusionieren, sich in privatrechtliche Rechtsträger umwandeln oder sich an Vermögensübertragungen beteiligen können (<ref-law>; Thomas Weibel, Zürcher Kommentar, N. 13 zu <ref-law>).
Diese Voraussetzungen regeln die Art. 99 bis 101 FusG. Für den Fall, dass dem Institut des öffentlichen Rechts - wie in casu - die Rolle des übernehmenden Rechtsträgers zukommt, sieht <ref-law> einzig die Übernahme des Vermögens von anderen Rechtsträgern oder Teilen davon vor. Die Übernahme einer privatrechtlichen Gesellschaft durch Absorptionsfusion - wie sie im vorliegenden Fall zur Diskussion steht - ist hingegen nicht vorgesehen. Von daher ist zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin als "Institut des öffentlichen Rechts" zu gelten hat.
3.2 Nach der Legaldefinition von <ref-law> gelten als "Kapitalgesellschaften" Aktiengesellschaften, Kommanditaktiengesellschaften und Gesellschaften mit beschränkter Haftung. Nach lit. d gelten als "Institute des öffentlichen Rechts" im Handelsregister eingetragene, organisatorisch verselbständigte Einrichtungen des öffentlichen Rechts des Bundes, der Kantone und der Gemeinden, unabhängig davon, ob sie als juristische Person ausgestaltet sind oder nicht.
Die Botschaft zum Fusionsgesetz (a.a.O., S. 4389) führt zu <ref-law> aus:
"Da weder das Gesetz noch die Lehre eine einheitliche Terminologie für die Rechtsformen des öffentlichen Rechts verwendet, muss das Fusionsgesetz bestimmen, welche von ihnen von seinem Geltungsbereich erfasst sind. Die Legaldefinition in Buchstabe d wurde absichtlich sehr weit gehalten. Sie umfasst die Gesamtheit der Institute des öffentlichen Rechts des Bundes, der Kantone und der Gemeinden, unabhängig davon ob es sich um eine Personenvereinigung (Körperschaft) oder um ein Zweckvermögen (Anstalt) handelt."
Diese Ausführungen bringen klar zum Ausdruck, dass von einer sehr weit gefassten Begriffsbestimmung des Instituts des öffentlichen Rechts auszugehen ist. Dies wird auch in der Literatur bestätigt, wo dargelegt wird, die Legaldefinition sei breit gehalten und umfasse die Gesamtheit der öffentlich-rechtlichen Einrichtungen des Bundes, der Kantone und der Gemeinden, vorausgesetzt, dass sie im Handelsregister eingetragen und organisatorisch verselbständigt sind (Lukas Morscher, Basler Kommentar, N. 14 zu <ref-law>; Reto T. Schumacher, Die Vermögensübertragung nach dem Fusionsgesetz, Zürich/Basel/Genf 2005, S. 220; Lukas Glanzmann, Umstrukturierungen, Bern 2006, S. 10). Entscheidendes Kriterium ist die organisatorische Verselbständigung und damit verbunden die Eintragung im Handelsregister (Roland von Büren, Fusion, Umwandlung und Vermögensübertragung unter Beteiligung von Instituten des öffentlichen Rechts, SZW 2004 S. 178).
Die genannten Voraussetzungen (Eintragung im Handelsregister, organisatorische Verselbständigung) sind bei der Beschwerdeführerin zweifelsohne erfüllt.
3.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet jedoch die öffentlich-rechtliche Natur ihrer Rechtsform.
Nach Art. 2 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1998 über die Schweizerischen Bundesbahnen (SBBG; SR 742.31) ist die Beschwerdeführerin eine "spezialgesetzliche Aktiengesellschaft".
Diese Rechtsform kann nicht einfach mit derjenigen der privatrechtlichen Aktiengesellschaft gleichgesetzt werden, auch wenn die Regelung ihrer Organisation an jene der privatrechtlichen Aktiengesellschaft angelehnt ist. Als spezialgesetzliche Aktiengesellschaft beruht die Beschwerdeführerin auf einer öffentlich-rechtlichen Rechtsgrundlage und erhält ihre Rechtspersönlichkeit kraft Gesetzes (<ref-law>). Das SBBG regelt die Errichtung, den Zweck und die Organisation der SBB (<ref-law>). Ihre Kernaufgabe beschlägt Dienstleistungen im öffentlichen Verkehr (<ref-law>). Sie ist mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraut (<ref-ruling> E. 8 S. 62). Der Bund hält grundsätzlich das Aktienkapital (<ref-law>) und übt über die Festlegung der Leistungsvereinbarung und des Zahlungsrahmens (<ref-law>) massgebenden Einfluss aus. Das Personal ist grundsätzlich öffentlich-rechtlich angestellt (<ref-law>).
Auch geniesst die Beschwerdeführerin in gewissem Ausmass Steuerbefreiung (<ref-law>). Dass sie grundsätzlich der Bundessteuer unterworfen ist, berücksichtigt, dass sie teilweise in Konkurrenz zu anderen konzessionierten Transportunternehmen am Markt teilnimmt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.4 S. 101 ff.), was aber nicht heisst, dass sie deswegen als privatrechtlicher Rechtsträger zu betrachten ist.
Die Befugnis zum Abschluss privatrechtlicher Verträge (namentlich im Transportbereich) berührt das rechtsgeschäftliche Handeln der Beschwerdeführerin, hebt aber die öffentlich-rechtliche Prägung ihrer Rechtsform nicht auf.
Ebenso wenig ändert der Verweis auf die sinngemässe Geltung der Vorschriften des OR über die Aktiengesellschaft (<ref-law>) etwas an der öffentlich-rechtlichen Natur der SBB. Aufgrund dieses Verweises sind die entsprechenden Bestimmungen des OR bloss als subsidiäres eidgenössisches öffentliches Recht anzuwenden (von Büren, a.a.O., S. 180; Meier-Hayoz/Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 9. Aufl., Bern 2004, S. 11 Rz. 27; Martin Wernli, Basler Kommentar, N. 6 zu <ref-law>; Stefan Vogel, Der Staat als Marktteilnehmer, Diss. Zürich 2000, S. 54; vgl. auch <ref-ruling> S. 356). Das SBBG stellt wichtige Sondervorschriften auf, die von der Regelung nach <ref-law> abweichen und namentlich die Befugnisse der Organe betreffen (vgl. insbesondere Art. 6: Bundesrat, nicht GV [Art. 626 Ziff. 3 und 4 und <ref-law>], bestimmt die Höhe des Aktienkapitals sowie Art, Nennwert und Anzahl der Beteiligungspapiere; Art. 7 Abs. 2: Bundesrat, nicht GV [Art. 650 Abs. 2 Ziff. 8, Art. 704 Abs. 1 Ziff. 6 OR], beschliesst über Zeichnung von Aktien durch Dritte; Art. 17 f.: Bundesrat, nicht GV [<ref-law>], genehmigt Rechnung und regelt die Gewinnverwendung; Art. 19: Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation [UVEK] erlässt Ausführungsvorschriften über die Rechnungslegung). Entgegen der Beschwerdeführerin kann daher nicht gesagt werden, die SBB unterstehe praktisch vollständig dem Recht der privatrechtlichen Aktiengesellschaft, und die Abweichungen seien nur geringfügig.
Wie das EHRA zutreffend ausführt, hat sich der Gesetzgeber bewusst für die Rechtsform einer spezialgesetzlichen Aktiengesellschaft des öffentlichen Rechts entschieden. Er hat die Organisation der Beschwerdeführerin als privatrechtliche Aktiengesellschaft im Sinne von <ref-law> in Betracht gezogen, jedoch ausdrücklich verworfen (Botschaft des Bundesrates vom 13. November 1996 zur Bahnreform, BBl 1997 I 909 ff., S. 944). Die gewählte Rechtsform wird vielmehr klar dem öffentlichen Recht zugeordnet (Botschaft, a.a.O., S. 944 und 958).
Der französische Wortlaut von <ref-law> bezeichnet die SBB ausdrücklich als "société anonyme de droit public". In diesem Lichte ist - entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin - klar, dass <ref-law>, wonach "die Aktiengesellschaft" im Handelsregister eingetragen wird, lediglich eine verkürzte Bezeichnung verwendet, nicht aber die Konstituierung der Beschwerdeführerin als privatrechtliche Aktiengesellschaft festlegen will.
Das Bundesgericht betrachtete die SBB als eine "mit öffentlichrechtlichen Aufgaben betraute Organisation" im Sinne von Art. 159 Abs. 2 OG (<ref-ruling> E. 8 S. 62).
Auch die Lehre spricht sich überwiegend für die öffentlich-rechtliche Rechtsnatur der Beschwerdeführerin aus (von Büren, a.a.O., S. 180 Fn. 22; Rolf Weber/Judith Bischof, Umstrukturierung und Privatisierung von Instituten des öffentlichen Rechts, Zürich/Basel/Genf 2002, S. 39; Meier-Hayoz/Forstmoser, a.a.O., S. 10; Wagner Pfeifer/Gelzer, Zürcher Kommentar, N. 7 Bem. vor Art. 99-101 FusG; Stefan Vogel, Die spezialgesetzliche Aktiengesellschaft, ZBl 104/2003 S. 418 ff., 420; Derselbe, Diss., a.a.O., S. 53 f. m.w.H.; vgl. auch Tschannen/Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Aufl., Bern 2005, S. 70; Kuster, a.a.O., N. 12 zu <ref-law> und Vogel/Heiz/Behnisch, Fusionsgesetz, Kommentar, Zürich 2005, N. 6 zu <ref-law>. Demgegenüber versteht Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich 2004, S. 35, Rz. 59, die Organisationsform der spezialgesetzlichen Aktiengesellschaft als "essenziell privatrechtlich", wobei er konkret für die SBB durchaus auf die Abweichungen von der Regelung des OR hinweist [S. 38 Rz. 68]).
Das EHRA hat daher Art. 2 lit. c und d FusG nicht verletzt, indem es die Beschwerdeführerin als Institut des öffentlichen Rechts qualifizierte. Die Beschwerdeführerin fällt nach dem Ausgeführten klar unter den weit gefassten Begriff desselben. Wie das EHRA in der angefochtenen Verfügung zutreffend ausführt, ergibt sich sodann schon daraus, dass die Botschaft zum Fusionsgesetz (a.a.O., S. 4389, Fn. 38) bei der Erläuterung des Begriffs der Kapitalgesellschaft im Sinne von <ref-law> ausschliesslich auf privatrechtliche Literatur verweist, dass nur privatrechtliche Aktiengesellschaften unter diesen Begriff fallen, nicht dagegen spezialgesetzliche Aktiengesellschaften des öffentlichen Rechts. Die beliebig einzelfallbezogene Ausgestaltung von solchen Gesellschaften lässt deren Gleichsetzung mit privatrechtlichen Aktiengesellschaften nicht zu. Dies widerspräche der Grundordnung der privatrechtlichen Gesellschaftsformen, die auf einem Numerus clausus der Formen und den Grundsätzen des Formenzwangs und der Formenfixierung beruht (vgl. Meier-Hayoz/Forstmoser, a.a.O., S. 277).
4. Eventualiter - für den Fall, dass die Beschwerdeführerin als Institut des öffentlichen Rechts qualifiziert werde - rügt sie eine Verletzung von <ref-law>. Diese Bestimmung verweise auf die Vorschriften des OR, namentlich jene über die Aktiengesellschaft. Zu diesen Vorschriften hätten zur Zeit des Inkrafttretens des SBBG auch die damaligen Art. 748 und 749 aOR gezählt. Bei <ref-law> handle es sich um eine dynamische, nicht um eine statische Verweisung. Werde eine Bestimmung, die im OR über das Aktienrecht aufgestellt war, durch eine neue Bestimmung über dieselbe Materie ersetzt, so solle diese - und nicht die inzwischen aufgehobene - angewendet werden. Nachdem die einschlägigen Bestimmungen zur Fusion (Art. 748 f. aOR) gestrichen und durch die entsprechenden Bestimmungen des FusG ersetzt worden seien, seien folglich nunmehr die entsprechenden neuen Bestimmungen auf die Fusion der SBB anzuwenden. Dies seien die <ref-law> und nicht etwa die <ref-law>, denn die Verweisung in <ref-law> betreffe nicht das Fusionsgesetz als Ganzes, sondern ausschliesslich jene Normen des Fusionsgesetzes, welche die Fusion von Aktiengesellschaften regelten und damit in der Nachfolge der Art. 748 ff. aOR stünden. Damit werde die Zulässigkeit der vorliegend streitigen Fusion durch <ref-law> geregelt, der in der direkten Nachfolge von Art. 748 aOR stehe. Der Gesetzgeber habe nicht die bisher bestehenden Fusionsmöglichkeiten der SBB beschneiden wollen, ansonsten er dies im FusG oder durch eine Änderung des SBBG hätte zum Ausdruck bringen müssen.
4.1 Nach <ref-law> gelten für die SBB sinngemäss die Vorschriften des Obligationenrechts über die Aktiengesellschaft, soweit das SBBG keine abweichenden Bestimmungen vorsieht.
Mit einer Verweisung verzichtet der an sich zuständige Rechtsetzer auf eine eigene Regelung unter Bezugnahme auf eine andere, bereits bestehende Norm. Während bei der statischen (oder starren) Verweisung auf eine bestimmte Fassung der Verweisregelung verwiesen wird, kommt bei der dynamischen Verweisung die jeweils geltende Fassung der Verweisregelung zur Anwendung (vgl. Bundesamt für Justiz, Gesetzgebungsleitfaden, 2. Aufl., Bern 2002, S. 347 f.).
Wie die Beschwerdeführerin zutreffend ausführt, handelt es sich bei <ref-law> um eine dynamische Verweisung. Es wird ergänzend auf die Regeln des Obligationenrechts über die Aktiengesellschaft in deren jeweils geltenden Fassung verwiesen.
4.2 Im Zeitpunkt des Inkrafttretens des SBBG am 1. Januar 1999 (AS 1998 S. 2853) galten die Art. 748 f. aOR, welche die Fusion einer Aktiengesellschaft mit einer anderen Aktiengesellschaft erlaubten. Spezielle Vorschriften für Institute des öffentlichen Rechts bestanden nicht. Kraft der Verweisung von <ref-law> konnte die Beschwerdeführerin somit gestützt auf Art. 748 f. aOR insbesondere andere Aktiengesellschaften im Verfahren der Fusion absorbieren, was sie - wie die Beschwerdeführerin ausführt - im Jahre 2003 mit der Absorption der BLI Bahnhof Luzern Immobilien AG auch getan hat.
Mit dem Inkrafttreten des Fusionsgesetzes am 1. Juli 2004 (AS 2004 S. 2617, 2654) wurden die Art. 748 f. aOR aufgehoben. Damit läuft die Verweisung von <ref-law> auf die Regeln des Obligationenrechts über die Aktiengesellschaft insofern leer. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin treten nicht einfach nur die <ref-law> über die Fusion von Gesellschaften an die Stelle der Art. 748 f. aOR. Das Fusionsgesetz regelt die Strukturanpassungstatbestände, die bisher verstreut und nur unvollständig normiert waren, nunmehr umfassend (Weibel, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>). Massgebend ist demnach diese umfassende Neuordnung. Soweit sie für Institute des öffentlichen Rechts Sonderregeln aufstellt, sind diese zu beachten. Der hier zur Diskussion stehende Vorgang, mithin die Absorptionsfusion eines privaten Rechtsträgers durch ein Institut des öffentlichen Rechts, liegt ausserhalb des Anwendungsbereichs der <ref-law> (Andreas C. Albrecht, Zürcher Kommentar, N. 5 zu <ref-law>; Botschaft zum FusG, a.a.O., S. 4481).
Das EHRA hat demnach <ref-law> nicht verletzt, indem es die beantragte Eintragung nicht genehmigte.
5. Subeventualiter macht die Beschwerdeführerin geltend, aus <ref-law> könne kein Verbot von Absorptionsfusionen durch die SBB abgeleitet werden. Werde die Anwendung der <ref-law> auf die Absorptionsfusion der SBB mit der EWAG abgelehnt, so sei von einer planwidrigen Unvollständigkeit des Gesetzes auszugehen. Es sei die klare Absicht des Gesetzgebers gewesen, neue Möglichkeiten zu schaffen, nicht aber bestehende aufzuheben.
5.1 Eine Lücke im Gesetz liegt vor, wenn sich eine Regelung als unvollständig erweist, weil sie jede Antwort auf eine sich stellende Rechtsfrage schuldig bleibt oder eine Antwort gibt, die aber als sachlich unhaltbar angesehen werden muss (zum Begriff der Gesetzeslücke bzw. der planwidrigen Unvollständigkeit des Gesetzes vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 567 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 42; <ref-ruling> E. 6a S. 255; <ref-ruling> E. 1d/aa S. 225 f.; Häfelin/Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Aufl., Zürich 1998, S. 47 Rz. 200). Hat der Gesetzgeber eine Rechtsfrage nicht übersehen, sondern stillschweigend - im negativen Sinn - mitentschieden (qualifiziertes Schweigen), ist kein Platz für richterliche Lückenfüllung (Häfelin/Müller, a.a.O, S. 46 Rz. 192; Häfelin/Haller, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 6. Aufl., Zürich 2005, S. 44 Rz. 143).
5.2 Im vorliegenden Kontext geht die Berufung der Beschwerdeführerin auf eine Gesetzeslücke bzw. eine planwidrige Unvollständigkeit des Gesetzes von vornherein fehl. Es trifft wohl zu, dass der Gesetzgeber mit dem Fusionsgesetz die Möglichkeiten für Umstrukturierungsvorgänge erweitern wollte. In der Botschaft zum FusG (a.a.O., BBl 2000 S. 4354) wird das Ziel des unterbreiteten Gesetzes wie folgt umschrieben:
"In der Zeit eines raschen wirtschaftlichen Wandels will der Entwurf zum Fusionsgesetz mit der Schaffung neuer privatrechtlicher Optionen eine grössere Beweglichkeit in der rechtlichen Organisation von Unternehmen, Vereinen und Stiftungen ermöglichen. Er soll Lücken des geltenden Rechts schliessen und durch klare gesetzliche Grundlagen für die Anpassung der rechtlichen Unternehmensstrukturen die erforderliche Rechtssicherheit und Transparenz gewährleisten. Die neuen Vorschriften erweitern in beachtlicher Weise die Handlungsmöglichkeiten und erleichtern die Anpassung der Rechtsformen der Unternehmen an veränderte Bedürfnisse, ohne die Interessen der Gläubigerinnen und Gläubiger, der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer sowie der Personen mit Minderheitsbeteiligungen zu vernachlässigen. Der Entwurf sieht weiter auch dringend benötigte gesetzliche Grundlagen für die Überführung öffentlich-rechtlicher Institute in privatrechtliche Rechtsformen vor."
Hingegen blieb der umgekehrte Vorgang in der abschliessenden Regelung der privatrechtlich zulässigen Strukturanpassungen bewusst ausgeklammert (Wagner Pfeifer/Gelzer, a.a.O., N. 2 Bem. vor Art. 99-101 FusG). Die Botschaft führt dazu aus (a.a.O., BBl 2000 S. 4481):
"Der umgekehrte Vorgang der Übernahme eines privatrechtlichen Rechtsträgers durch ein Institut des öffentlichen Rechts und die Umwandlung eines privatrechtlichen Rechtsträgers in ein Institut des öffentlichen Rechts (Verstaatlichung) liegt ausserhalb des Regelungsbereichs des vorliegenden Entwurfs (ebenso die Fusion zwischen öffentlich-rechtlichen Rechtsträgern). Was die Vornahme des (rein privatrechtlichen) Rechtsübergangs betrifft, steht jedoch für alle diese Vorhaben die Vermögensübertragung zur Verfügung.
Auch für Institute des öffentlichen Rechts gilt grundsätzlich der Numerus clausus sowohl für die Wahl einer Rechtsform des Privatrechts als auch bezüglich der Form der Strukturänderung (Fusion, Umwandlung und Vermögensübertragung). Zur Wahrung der Transparenz und der Rechtssicherheit müssen die angestrebte Rechtsform und die Form der Strukturänderung grundsätzlich den Vorgaben des Obligationenrechts und dieses Gesetzes entsprechen. Können diese Vorgaben nicht erfüllt werden, steht es dem Bund und den Kantonen offen, durch spezialgesetzliche öffentlich-rechtliche Regelungen Umstrukturierungen innerhalb des Rahmens des öffentlichen Rechts vorzunehmen. Entsprechende Rechtsformen und Vorgänge unterstehen dem vorliegenden privatrechtlichen Gesetz nicht."
Nachdem die vorliegend strittigen Vorgänge nicht Regelungsgegenstand des Fusionsgesetzes bilden und - angesichts der vom Gesetzgeber beanspruchten Verfassungsgrundlage zur Gesetzgebung auf dem Gebiet des Zivilrechts (<ref-law>) - auch nicht bilden konnten, entfällt die Annahme einer Gesetzeslücke von vornherein. Dass der Beschwerdeführerin als Institut des öffentlichen Rechts die Übernahme einer privatrechtlichen Aktiengesellschaft durch Absorptionsfusion verwehrt ist, rührt nicht aus einer planwidrigen Unvollständigkeit des Fusionsgesetzes, sondern folgt aus der öffentlich-rechtlichen Rechtsnatur der Organisationsform der Beschwerdeführerin.
6. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang gehen die Gerichtskosten zulasten der Beschwerdeführerin (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung zugunsten des EHRA ist nicht zu sprechen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Eidg. Amt für das Handelsregister schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. April 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: