Faits:
A. A.a Y._ exploite, en raison individuelle, à Genève, une entreprise active dans la conception et la réalisation d'intérieurs, ainsi que dans le commerce de meubles et de fournitures s'y rapportant. « Atelier ..., Y._ » est la raison de commerce de l'entreprise.
X._ est inscrite au Registre du commerce du canton de Genève en qualité de titulaire de la raison individuelle « X._ - Restauratrice ». Cette entreprise a pour but l'exploitation des restaurants genevois « A._ », « B._ » et « C._ ».
A.b En 2001, à la demande de X._, Y._ a élaboré un projet de restaurant mexicain à l'enseigne de « C._ ». Le projet a été retenu par le centre commercial D._ dans le cadre de ses travaux d'agrandissement, entrepris sous la direction du bureau d'architectes E._ SA.
Après l'élaboration, le 7 novembre 2001, d'un premier « devis général estimatif provisoire », qui prévoyait un budget total de 975'000 fr., Y._ a présenté, le 7 décembre 2001, un autre devis, qui prenait en compte un budget de 792'000 francs. Parallèlement au devis, Y._ a transmis à X._ un contrat d'honoraires pour les prestations d'architecture d'intérieur (VSI-ASAI), accompagné des réglementations tarifaires pour le règlement d'honoraires relatifs aux prestations d'architecture d'intérieur.
X._ n'a pas réagi au devis du 7 décembre 2001 ni à l'envoi du contrat d'honoraires. Elle s'est acquittée de quatre demandes d'acomptes de 7'000 fr. chacune, lesquelles demandes précisaient que les acomptes étaient « à valoir sur accord honoraires architecte d'intérieur » ou « à valoir sur décompte honoraires ».
En février 2002, X._ a formulé des critiques à l'encontre du travail effectué par Y._.
L'inauguration du restaurant « C._ » a eu lieu le 5 mars 2002.
A.c Par courriers recommandés des 5 et 26 mars 2002, X._ a résilié le contrat confié à Y._. Elle lui reprochait d'avoir violé ses obligations de soin et de diligence dans l'accomplissement de son mandat et lui demandait, notamment, de lui faire parvenir dans les dix jours la facture totale de ses honoraires et frais, sous déduction des acomptes versés.
La note finale d'honoraires a été adressée à X._, le 29 décembre 2004. Elle s'élevait à 96'400 fr., après déduction des acomptes versés (28'000 fr.) et d'un montant de 14'018 fr. correspondant à 50% de la part d'honoraires pour les travaux et achats effectués en personne par X._.
La facture n'a pas été acquittée.
B. Le 15 août 2005, Y._ a ouvert action, à Genève, contre X._ en vue d'obtenir le paiement de 96'400 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 1er avril 2002. Par jugement du 14 juin 2007, le Tribunal de première instance a condamné la défenderesse à payer au demandeur la somme de 96'400 fr., avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2005.
Statuant sur appel de la défenderesse, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 18 janvier 2008, confirmé le jugement de première instance.
La cour cantonale a tenu pour établi que le demandeur a agi avec le soin requis par le projet pour lequel il a été mandaté et qu'il avait ainsi en principe droit à l'entier de ses honoraires. Sur la question de la quotité des honoraires, les juges ont fait application du principe de la confiance et ont estimé, au regard des circonstances du cas d'espèce, que les parties avaient adopté dans leur contrat le règlement d'honoraires pour les prestations d'architecture d'intérieur VSI-ASAI.
C. La défenderesse exerce un recours en matière civile. Elle invite le Tribunal fédéral à annuler l'arrêt cantonal et, statuant à nouveau, à renvoyer la cause aux précédents juges afin qu'ils statuent dans le sens des considérants. A titre subsidiaire, elle demande à être acheminée à prouver par toute voie de droit utile les faits exposés dans le recours.
Le demandeur propose à la Cour de céans de déclarer le recours irrecevable et, subsidiairement, mal fondé. Quant à l'autorité cantonale, elle se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 francs (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1). Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. Dans le recours en matière civile, le recourant ne doit pas se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais il doit également prendre des conclusions sur le fond du litige. Il n'est fait exception à cette règle que lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait de toute manière pas en mesure de statuer lui-même sur le fond et devrait renvoyer la cause à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités; Bernard Corboz, Introduction à la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, in: SJ 2006 II 319 ss, p. 329 s.).
Dans le cas d'espèce, si le recours est admis, la cause devra être renvoyée à l'instance cantonale pour qu'elle détermine si les honoraires du mandataire correspondent objectivement à la valeur des services rendus et fixe, le cas échéant, le montant des honoraires encore dus. Dès lors, les conclusions cassatoires de la recourante sont recevables.
3. Il a été arrêté que le contrat qui régit les relations entre les parties est un contrat de mandat, au sens de l'<ref-law>. La qualification juridique de ce contrat n'est pas remise en cause.
4. La recourante conteste que la rémunération du mandataire soit fondée sur le contrat d'honoraires pour les prestations d'architecture d'intérieur de l'Association Suisse des Architectes d'intérieur (VSI-ASAI). De son point de vue, la Cour de justice a fait usage, à tort, de l'<ref-law>, s'agissant de l'applicabilité des tarifs VSI-ASAI au contrat de mandat conclu entre les parties.
4.1 Aux termes de l'<ref-law>, une rémunération est due au mandataire si la convention ou l'usage lui en assure une. La convention de rémunération peut être expresse ou tacite (<ref-law>); elle peut intervenir soit au moment de la conclusion du contrat, soit postérieurement (arrêt 4C.380/2006 du 6 mars 2007, consid. 8.2.2; Pierre Tercier, Les contrats spéciaux, 3e éd. 2003, n. 4774, p. 687). Il incombe au mandataire qui réclame une rémunération de prouver les circonstances permettant de constater l'existence d'un accord des parties. La convention de rémunération concerne tant le principe de rémunération que le montant de cette rémunération, lequel montant peut être fixé par référence à des tarifs (Rolf H. Weber, Commentaire zurichois, n. 36 et 38 ad <ref-law>).
Pour déterminer si une convention de rémunération a été passée par actes concluants, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, en procédant à l'interprétation dite subjective, dont le résultat relève des constatations de fait (cf. <ref-ruling> consid. 2.2.1; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4.1). S'il ne parvient pas à déterminer cette volonté réelle ou s'il constate que les volontés réelles de chaque partie divergent, le juge recherchera quel sens les parties pouvaient et devaient donner, selon les règles de la bonne foi, à leurs manifestations de volonté réciproques; il s'agit de l'interprétation dite objective (<ref-ruling> précité; <ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1). L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral examine librement. Pour ce faire, il doit cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait (<ref-ruling> consid. 3.3).
4.2 Dans le cas d'espèce, la cour cantonale a procédé à l'interprétation objective des manifestations de volonté. Elle a considéré que tant par le silence de la recourante, au sens de l'<ref-law>, qu'en vertu du principe de la confiance, il était acquis que les parties avaient adopté dans leur contrat le règlement d'honoraires de la VSI-ASAI. Sur le vu de ce résultat, la juridiction cantonale a relevé qu'il n'était pas nécessaire de se référer à l'usage et donc de trancher la question de savoir si les honoraires réclamés correspondent objectivement aux services rendus et s'ils leur sont proportionnés.
D'emblée, il convient de constater que la recourante ne critique pas l'application faite par la cour cantonale du principe de la confiance. Aucune violation de l'<ref-law> n'est dénoncée et, encore moins, démontrée. De manière appellatoire, la recourante prétend que l'usage du terme « d'honoraires », utilisé notamment dans une demande d'acomptes, ne signifie pas encore que le mandataire soit tacitement autorisé à se prévaloir d'un tarif professionnel et, a fortiori, des normes en vigueur dans cette profession; le fait que ces demandes de provision aient été honorées par la recourante ne saurait non plus justifier cette thèse. La recourante ajoute encore qu'aucun acte concluant ne saurait remplacer la signature de l'un ou de l'autre des cocontractants. Une telle démonstration est insuffisante à démontrer une quelconque violation du droit fédéral. Ce constat s'impose d'autant plus que la recourante passe sous silence le défaut de réaction de sa part à la réception de l'envoi du tarif VSI-ASAI, annexé au contrat d'honoraires, lors même que cette circonstance constitue un des éléments pris en considération par la cour dans l'examen des manifestations de volonté des parties. En axant principalement son argumentation sur le libellé des demandes de provision et sur le paiement des acomptes, la recourante perd manifestement de vue que l'offre de fixer la rémunération du mandataire est en l'occurrence liée à l'envoi du contrat de rémunération, qui se réfère expressément au tarif, et non pas au seul envoi de la demande d'acomptes.
Par ailleurs, à supposer le grief recevable, il serait de toute manière infondé.
Les parties au contrat se connaissaient et avaient eu l'occasion de travailler ensemble, avant de collaborer sur le projet du restaurant « C._ » du centre D._. Dans le cadre de ce projet, la recourante a reçu de l'intimé le contrat d'honoraires pour les prestations d'architecture d'intérieur élaboré par l'Association Suisse des Architectes d'intérieur parallèlement au « devis général estimatif mis à jour », qui faisait état d'un coût estimé à 792'000 francs. Le contrat d'honoraires prévoyait que le montant des honoraires de l'architecte se calculait selon un pourcentage du coût total des travaux; il mentionnait précisément le pourcentage appliqué et le montant des coûts pris en compte dans le calcul, tout en faisant état d'un facteur de complexité relative au projet, arrêté à 1.2. Le contrat d'honoraires était en outre accompagné du règlement d'honoraires pour les prestations d'architecture d'intérieur. Après leur réception, la recourante n'a pas exprimé son refus d'appliquer les réglementations tarifaires de la VSI-ASAI, ni émis de contestation à ce sujet. Aucune critique n'a été formulée s'agissant du mode de rémunération présenté par l'intimé, avant l'ouverture de la procédure devant le Tribunal de première instance. Ce n'est en effet que devant cette autorité que la recourante a mentionné son opposition au tarif appliqué par l'intimé, estimant que les 28'000 fr. d'acomptes versés couvraient la totalité de sa rémunération. Dans l'intervalle, elle s'est néanmoins acquittée de quatre acomptes de 7'000 fr. chacun et a même, en mars 2002 - soit postérieurement aux reproches formulés à l'encontre du mandataire -, demandé à celui-ci de lui faire parvenir la facture totale de ses frais et honoraires, sous déduction des acomptes versés.
Le comportement adopté par la recourante dans les circonstances relatées ci-dessus plaide en faveur de la conclusion tacite d'une convention d'honoraires. En envoyant le « devis général estimatif mis à jour » du 7 décembre 2001, qui indiquait précisément le coût estimatif des travaux, et le contrat d'honoraires pour les prestations d'architecture, accompagné de ses réglementations tarifaires, l'architecte a formulé une offre claire: il a proposé ses services moyennant des honoraires qui seraient calculés selon le tarif. La recourante n'a pas protesté, mais elle a au contraire accepté les prestations fournies par l'architecte et payé les acomptes demandés. La cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en interprétant ce comportement comme une acceptation de l'offre faite par l'architecte.
Il résulte de cet examen que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 5'500 fr., à payer à l'intimé, à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 29 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Crittin