Sachverhalt:
A. B._ (geboren 1964) war vom 1. Oktober 1990 bis 31. März 1995 als Saisonnier im Weinbau erwerbstätig. Vom 1. April 1995 bis 30. November 1996 arbeitete er in einem Baugeschäft. Vom 1. Dezember 1996 bis Ende April 1997 bezog er Arbeitslosentaggelder. Ab 1. Juni 1997 war er als Hilfsarbeiter bei der I._ AG tätig und im Rahmen der beruflichen Vorsorge bei der Pensionskasse der ALU Menziken-Gruppe (seit 4. April 2006 Pensionskasse Profaro; nachfolgend: Pensionskasse) vorsorgeversichert.
In den Jahren 1994 bis 1998 musste er sich mehreren operativen Eingriffen im Abdominalbereich unterziehen. Ab 3. Dezember 1997 war er zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Am 20. Januar 1998 löste die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis auf Ende März 1998 auf. Am 24. Februar 1999 meldete sich B._ zum Bezug von Leistungen bei der Invalidenversicherung an. Mit Verfügung vom 19. Februar 2003 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Aargau ab 1. März 1999 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 59% eine halbe Invalidenrente zu, welche mit Einspracheentscheid vom 26. August 2003 und mit Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 14. Januar 2004 ohne Einbezug der Pensionskasse ins Verfahren bestätigt wurde.
Im Dezember 2003 ersuchte B._ seine Pensionskasse um Ausrichtung von Invalidenleistungen. Dieses Ersuchen lehnte die Pensionskasse ab.
B. Am 7. März 2005 liess B._ Klage gegen die Pensionskasse einreichen mit dem Antrag, es sei diese zur Leistung der gesetzlich geschuldeten Invaliditätsrente zu verpflichten. Mit Entscheid vom 31. Oktober 2006 hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau die Klage gut und verpflichtete die Pensionskasse, B._ ab 1. März 1999 eine auf einem Invaliditätsgrad von 59 % basierende Invalidenrente der beruflichen Vorsorge auszurichten, zuzüglich Verzugszins von 5 % für die bis zum 7. März 2005 geschuldeten Rentenbetreffnisse und für die restlichen ab dem jeweiligen Fälligkeitsdatum.
C. Die Pensionskasse lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Klage vollumfänglich abzuweisen.
B._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf eingetreten wird, schliessen unter Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. 2.1 Anspruch auf Invalidenleistungen haben gemäss Art. 23 BVG (in der bis Ende Dezember 2004 gültig gewesenen und hier anwendbaren Fassung) Personen, die im Sinne der Invalidenversicherung zu mindestens 50 % invalid sind und bei Eintritt der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, versichert waren. Nach Art. 23 BVG versichertes Ereignis ist einzig der Eintritt der relevanten Arbeitsunfähigkeit, unabhängig davon, in welchem Zeitpunkt und in welchem Masse daraus ein Anspruch auf Invalidenleistungen entsteht. Die Versicherteneigenschaft muss nur bei Eintritt der Arbeitsunfähigkeit gegeben sein, dagegen nicht notwendigerweise auch im Zeitpunkt des Eintritts oder der Verschlimmerung der Invalidität. Diese wörtliche Auslegung steht in Einklang mit Sinn und Zweck der Bestimmung, nämlich denjenigen Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmern Versicherungsschutz angedeihen zu lassen, welche nach einer längeren Krankheit aus dem Arbeitsverhältnis ausscheiden und erst später invalid werden. Für eine einmal aus - während der Versicherungsdauer aufgetretene - Arbeitsunfähigkeit geschuldete Invalidenleistung bleibt die Vorsorgeeinrichtung somit leistungspflichtig, selbst wenn sich nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses der Invaliditätsgrad ändert. Entsprechend bildet denn auch der Wegfall der Versicherteneigenschaft keinen Erlöschungsgrund (Art. 26 Abs. 3 BVG e contrario; <ref-ruling> E. 1a, 120 V 112 E. 2c/aa und bb S. 117 f., 118 V 45 E. 5; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 275; SZS 2004 S. 446, B 40/01; SZS 2003 S. 507 f., B 1/02 und 509 f., B 23/01).
2.2 Die Leistungspflicht einer Vorsorgeeinrichtung für eine erst nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses eingetretene oder verschlimmerte Invalidität setzt voraus, dass zwischen relevanter Arbeitsunfähigkeit (zu diesem Begriff siehe SZS 2003 S. 521) und nachfolgender Invalidität ein enger sachlicher und zeitlicher Zusammenhang besteht. Der sachliche Zusammenhang ist zu bejahen, wenn der der Invalidität zu Grunde liegende Gesundheitsschaden im Wesentlichen derselbe ist, der zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat (<ref-ruling> f. E. 1c, 120 V 117 f. E. 2c/aa und bb mit Hinweisen). Die Annahme eines engen zeitlichen Zusammenhangs setzt voraus, dass die versicherte Person nach Eintritt der Arbeitsunfähigkeit nicht während längerer Zeit wieder arbeitsfähig wurde (<ref-ruling> E. 1c mit Hinweisen)
2.3 Rechtsprechungsgemäss sind die Vorsorgeeinrichtungen im Bereich der gesetzlichen Mindestvorsorge (Art. 6 BVG) an die Feststellungen der IV-Organe, insbesondere auch hinsichtlich des Eintritts der invalidisierenden Arbeitsunfähigkeit (Eröffnung der Wartezeit; <ref-law> in Verbindung mit Art. 26 Abs. 1 BVG), gebunden, sofern sie vom gleichen Invaliditätsbegriff wie die Invalidenversicherung ausgehen und soweit die invalidenversicherungsrechtliche Betrachtungsweise aufgrund einer gesamthaften Prüfung der Akten nicht als offensichtlich unhaltbar erscheint (<ref-ruling> E. 1 in fine und 2a, mit Hinweisen; SVR 2003 BVG Nr. 8 S. 23 E. 2.1). Hingegen entfällt eine Bindungswirkung, wenn die Vorsorgeeinrichtung - wie hier - nicht spätestens im Vorbescheidverfahren (<ref-law> in der vom 1. Juli 1987 bis 31. Dezember 2002 in Kraft gestandenen Fassung; AS 1987 456 und AS 2000 3721) und - nach dessen Ersetzung durch das Einspracheverfahren ab 1. Januar 2003 (<ref-law>) - angelegentlich der Verfügungseröffnung in das IV-Verfahren einbezogen wird (<ref-ruling> ff.; vgl. auch <ref-ruling> f. E. 3.1, mit Hinweisen).
3. Streitig ist, ob die relevante Arbeitsunfähigkeit während der Dauer der Zugehörigkeit zur Pensionskasse vom 1. Juni 1997 bis 30. April 1998 (inklusive einmonatige Nachdeckungsfrist des Art. 10 Abs. 3 BVG) eingetreten ist.
3.1 Der Beschwerdegegner musste sich in den Jahren 1994 bis 1998 mehreren operativen Eingriffen im Abdominalbereich (Leistenbruchoperationen, Revision der Leisten, Harnröhreneingriffe etc.) unterziehen. Am 1. Juni 1997 nahm er die Tätigkeit bei der I._ AG als Metallarbeiter auf. Am 4. Dezember 1997 erfolgte eine Leistenrevision beidseits, weshalb er seit 3. Dezember 1997 zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben war. Am 20. Januar 1998 löste die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis auf den 31. März 1998 auf. In der Folge war der Beschwerdegegner nicht mehr erwerbstätig.
3.2 Das kantonale Gericht ist gestützt auf das Gutachten vom 5. Februar 2001 und das Nachgutachten vom 20. August 2002 der Klinik B._ davon ausgegangen, der Beschwerdegegner sei nicht aus somatischer Sicht, sondern aus psychischen Gründen teilweise erwerbsunfähig. Der sachliche Zusammenhang zwischen Arbeitsunfähigkeit und Invalidität sei unbestritten. Der zeitliche Zusammenhang sei ebenfalls gegeben, da der Beschwerdegegner seit Ende 1997 in wesentlichem Ausmass arbeitsunfähig sei.
3.2 Das kantonale Gericht ist gestützt auf das Gutachten vom 5. Februar 2001 und das Nachgutachten vom 20. August 2002 der Klinik B._ davon ausgegangen, der Beschwerdegegner sei nicht aus somatischer Sicht, sondern aus psychischen Gründen teilweise erwerbsunfähig. Der sachliche Zusammenhang zwischen Arbeitsunfähigkeit und Invalidität sei unbestritten. Der zeitliche Zusammenhang sei ebenfalls gegeben, da der Beschwerdegegner seit Ende 1997 in wesentlichem Ausmass arbeitsunfähig sei.
3.3 3.3.1 Die Klinik B._, wo sich der Beschwerdegegner vom 30. Oktober bis 3. November 2000 auf der psychosomatischen Abteilung zur stationären Abklärung aufhielt, diagnostiziert im Gutachten vom 5. Februar 2001 chronische Leistenschmerzen beidseits nach mehrfachen operativen Eingriffen im Inguinalbereich beidseits, Urogenital- und Analbereich mit ausgeprägter Symptomausweitung (ICD10 F54/R10.3) und ein leichtes Thorakolumbovertebralsyndrom (ICD10 M54.9). Medizinisch-theoretisch sei ihm eine leichte, wechselbelastete, überwiegend sitzende Arbeit ganztags zu 80 % zumutbar. Wegen invalidenversicherungsrechtlich nicht relevanten sozialen Faktoren (ausgeprägte Selbstlimitierung) sei es unwahrscheinlich, dass er die medizinisch-theoretische Arbeitsfähigkeit ausschöpfen werde. Beim Beschwerdegegner liege eine ausgesprochene Symptomausweitung mit Selbstlimitierung vor, indem er alle Aktivitäten weit vor Erreichen seiner Leistungsgrenze abbreche. Diese Symptomatik werde mit dem Begriff der Symptomausweitung umschrieben. Sie werde in den meisten Fällen und überwiegend durch soziale Risikofaktoren begünstigt (Emigration, mangelhafte berufliche Integration in der Schweiz, Scheidung nach zweijähriger Ehe im Jahr 1996) und sei nicht Ausdruck eines Krankheitsgeschehens im invalidenversicherungsrechtlichen Sinne. Es sei ihm medizinisch-theoretisch eine 80%ige Arbeitsfähigkeit für leichte bis mittelschwere Arbeiten zumutbar. Im Nachgutachten vom 20. August 2002 hielt die Klinik B._ fest, zusammenfassend lägen aus psychosomatischer Sicht erhebliche krankheitsfremde Faktoren vor (sexuelle Problematik, Selbstwertproblematik, Eheproblematik, Stellenverlust), die zur Entwicklung einer Schmerzverarbeitungsstörung nach der Leistenhernienoperation 1994 beigetragen hätten. Beim Beschwerdegegner sei es zweifellos sehr schwierig, psychosoziale und soziokulturelle Belastungssituationen und Krankheitssymptome voneinander abzugrenzen, insbesondere da er ein ausschliesslich körperorientiertes Krankheitskonzept habe und ausschliesslich lokal, vor allem durch Operationen behandelt worden sei, während den psychosozialen Belastungen (sexuelle Problematik, Ehekonflikt, Scheidungssituation) keine Beachtung geschenkt worden sei. Es sei anzunehmen, dass die ausschliesslich am Ort der Schmerzhaftigkeit und überwiegend durch chirurgische Eingriffe erfolgte Behandlung zur Chronifizierung und Fixierung beigetragen habe, die mittlerweile erfolgt sei. Dieser krankheitsbedingte Anteil der Arbeitsunfähigkeit sei im Gutachten vom 5. Februar 2001 mit 20 % eingeschätzt worden. Wenn bei der Beurteilung mehr Gewicht darauf gelegt werde, dass die Folgen der diversen Eingriffe, das ausschliesslich körperorientierte Krankheitskonzept des Patienten bestätigt und verfestigt hätten, könnte die krankheitsbedingte Arbeitsunfähigkeit höher, z.B. 40 % oder 50 % eingeschätzt werden, sodass medizinisch-theoretisch eine Restarbeitsfähigkeit von 50 % bis 60 % (halbtags) für leichte Arbeit bestehe. Wegen der oben beschriebenen psychosozialen Faktoren sei es jedoch unwahrscheinlich, dass der Versicherte die medizinisch-theoretische Arbeitsfähigkeit realisieren werde. Als weiterer invaliditätsfremder Grund sei diesbezüglich zu benennen, dass er beruflich ausser in der Landwirtschaft, wo er bis 1994 gearbeitet habe, nie sozialisiert gewesen und im Baugewerbe insgesamt nur 1 1⁄2 Jahre und in der Metallindustrie nur sechs Monate tätig gewesen sei.
3.3.2 Im Bericht vom 29. Juli 1998 an den Hausarzt Dr. med. H._ erklärte das Spital X._, Rheumatologie und Institut für physikalische Therapie, den Beschwerdegegner aus rheumatologischer Sicht für eine geeignete Tätigkeit voll arbeitsfähig mit dem Vermerk, er solle sich beim Arbeitsamt melden. Der Psychiatrische Dienst des Kantons Z._ führt im Bericht vom 4. Dezember 1998 an den Hausarzt aus, beim Beschwerdegegner habe keine psychiatrische Diagnose eruiert werden können. Er sei psychopathologisch unauffällig. Am 16. März 1999 hält Dr. med. H._ fest, der Beschwerdegegner arbeite seit dem 18. März 1998 nicht mehr. Eine bleibende Arbeitsunfähigkeit habe nie attestiert werden können. Er arbeite einfach nicht. In psychiatrischer Hinsicht liege noch keine relevante Diagnose vor. Es bestehe Verdacht auf Münchhausensyndrom und Konversionsneurose. Im Bericht vom 6. März 2002 gelangt der Psychiatrische Dienst zur Beurteilung, der Beschwerdegegner leide seit Jahren unter stärksten Schmerzen, welche als Konsequenz einige Bauchoperationen zur Folge hatten. Nach wie vor habe er ein auf Somatik ausgerichtetes Krankheitsbild und ohne Einsicht, dass es sich um eine psychische Erkrankung handeln könnte. Die Befunde seien mit einer mittelgradigen depressiven Episode mit somatischen Symptomen vereinbar (ICD-10 F32.11). Eine medikamentöse Behandlung der Depression werde empfohlen. Im Weiteren sprächen die Befunde und der Verlauf für eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4). Der Beschwerdegegner sei darüber informiert worden, dass er mit den Schmerzen leben lernen müsse und dass ein nochmaliger Arbeitsversuch gemacht werden sollte, womit auch der Hausarzt voll einverstanden sei. Die Stiftung A._, wo der Beschwerdegegner vom 17. September bis 21. Dezember 2001 eine Abklärung in der geschützten Werkstätte absolvierte, hält im Bericht vom 20. Dezember 2001 fest, während der effektiven Präsenzzeit, sei seine Arbeitsleistung gemessen an einer Normalleistung von 100 % bei 30 % einzustufen. Er weise einen sehr hohen Anteil entschuldigter, krankheitsbedingter Absenzen auf. Seine gesundheitliche Verfassung mache eine Wiedereingliederung zum jetzigen Zeitpunkt unmöglich. Auch ein allfälliges Arbeitstraining würde zu einer Überforderung führen. Um die Fähigkeiten und das effektive Leistungsvermögen weiter abzuklären und/oder zu trainieren, sollte sich die gesundheitliche Situation drastisch verbessern.
4. 4.1 Invalidität ist die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Die Invalidität kann Folge von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall sein (<ref-law>). Krankheit ist jede Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit, die nicht Folge eines Unfalles ist und die eine medizinische Untersuchung oder Behandlung erfordert oder eine Arbeitsunfähigkeit zur Folge hat (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Nicht als Folgen eines psychischen Gesundheitsschadens und damit invalidenversicherungsrechtlich nicht als relevant gelten Einschränkungen der Erwerbsfähigkeit, welche die versicherte Person bei Aufbietung allen guten Willens, die verbleibende Leistungsfähigkeit zu verwerten, abwenden könnte; das Mass des Forderbaren wird dabei weitgehend objektiv bestimmt (<ref-ruling>; AHI 2001 S. 228 E. 2b mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4c in fine).
Grundlage für die Bemessung der Invalidität bildet die trotz gesundheitlicher Beeinträchtigung noch bestehende Arbeitsfähigkeit im versicherten Tätigkeitsbereich. Die Annahme eines psychischen Gesundheitsschadens im Sinne von <ref-law> sowie Art. 3 Abs. 1 und Art. 6 ATSG im Besonderen setzt grundsätzlich eine lege artis auf die Vorgaben eines anerkannten Klassifikationssystems abgestützte psychiatrische Diagnose voraus (vgl. <ref-ruling>). Eine solche Diagnose ist eine rechtlich notwendige, aber nicht hinreichende Bedingung für einen invalidisierenden Gesundheitsschaden (<ref-ruling> E. 3.4 S. 69). Entscheidend ist, ob und inwiefern, allenfalls bei geeigneter therapeutischer Behandlung, von der versicherten Person trotz des Leidens willensmässig erwartet werden kann zu arbeiten (<ref-ruling> E. 5a S. 299). Diese Frage beurteilt sich nach einem weitgehend objektivierten Massstab unter Ausschluss von Einschränkungen der Leistungsfähigkeit, die auf aggravatorisches Verhalten zurückzuführen sind (<ref-ruling> E. 2.2.3 und 2.2.4 S. 353 ff.; <ref-ruling> E. 4b/cc S. 297 f. in fine). Umstände, welche die Verwertung der verbleibenden Arbeitskraft auf dem Arbeitsmarkt als unzumutbar erscheinen lassen, sind die erhebliche Schwere, Intensität, Ausprägung und Dauer des psychischen Leidens, chronische körperliche Begleiterkrankungen mit mehrjährigem Krankheitsverlauf bei unveränderter oder progredienter Symptomatik ohne längerfristige Remission, sozialer Rückzug, ein verfestigter, therapeutisch nicht mehr angehbarer innerseelischer Verlauf einer an sich missglückten, psychisch aber entlastenden Konfliktbewältigung, unbefriedigende Behandlungsergebnisse trotz konsequent durchgeführter ambulanter und/oder stationärer Behandlungsbemühungen (auch mit unterschiedlichem therapeutischem Ansatz) und gescheiterte Rehabilitationsmassnahmen bei vorhandener Motivation und Eigenanstrengung der versicherten Person (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 71, 130 V 352 E 2.2.3 S. 353 ff.). Je mehr dieser Kriterien zutreffen und je ausgeprägter sich die entsprechenden Befunde darstellen, desto eher sind - ausnahmsweise - die Voraussetzungen für eine zumutbare Willensanstrengung zu verneinen (Meyer-Blaser, Der Rechtsbegriff der Arbeitsunfähigkeit und seine Bedeutung in der Sozialversicherung, in: Schmerz und Arbeitsunfähigkeit, St. Gallen 2003, S. 77).
4.2 Auszugehen ist davon, dass der sachliche Zusammenhang nur zu bejahen ist, wenn der der Invalidität zugrunde liegende Gesundheitsschaden im Wesentlichen derselbe ist, der während des Versicherungsverhältnisses zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat (vgl. <ref-ruling> f. E. 1c, 120 V 117 f. E. 2c/aa und bb mit Hinweisen). Dabei ist mit dem kantonalen Gericht eine relevante Arbeitsunfähigkeit aus somatischer Sicht aufgrund der verschiedenen medizinischen Unterlagen nicht erstellt. Zu prüfen ist somit im Folgenden, ob das zur Ausrichtung einer halben Invalidenrente der Invalidenversicherung ab 1. März 1999 führende psychische Leiden bereits während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses mit der Beschwerdeführerin, somit in der Zeit vom 1. Juni 1997 bis Ende April 1998, aufgetreten und zu einer relevanten Arbeitsunfähigkeit in dieser Zeitspanne (vgl. dazu SZS 2003 S. 521, <ref-ruling> oben) geführt hat. Aus den angeführten ärztlichen Gutachten und Berichte (E. 3.3 hievor) ergibt sich für die hier zu beurteilende Zeitspanne keine psychiatrische Diagnose und keine relevante Arbeitsunfähigkeit aus psychischer Sicht. Die Klinik B._ nimmt im Gutachten vom 5. Februar 2001, also fast drei Jahre nach Ende des Vorsorgeverhältnisses, eine Einschränkung von 20 % für leichte bis mittelschwere Arbeiten an, ohne indessen die Diagnose eines psychiatrischen Leidens im engeren Sinne, einer mittelschweren bis schweren Depression, Psychose oder Suchtkrankheit zu stellen, sondern es ist von einer ausgesprochenen Symptomausweitung mit Selbstlimitierung die Rede. Die Psychiatrischen Dienste des Kantons Z._ haben gemäss Bericht vom 4. Dezember 1998 zu diesem Zeitpunkt keine psychiatrische Diagnose eruieren können. Aufgrund der gesamten Aktenlage ist für die Zeit bis Ende April 1998 das Vorliegen einer psychischen Erkrankung mit Krankheitswert und einer damit verbundenen Arbeitsunfähigkeit von mindestens 20 % nicht erstellt. In somatischer Hinsicht ist aufgrund der Aktenlage ebenfalls keine wesentliche Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit in einer zumutbaren Tätigkeit ausgewiesen. Die Gutachten und die Arztberichte, welche sich mit dem psychischen Leiden auseinandersetzen, beruhen auf Untersuchungen, die mehrere Jahre nach dem Ende des Vorsorgeverhältnisses stattgefunden haben. Der sachliche und zeitliche Zusammenhang zwischen der mit einer halben IV-Invalidenrente abgegoltenen Arbeitsunfähigkeit und dem bis 30. April 1998 (vgl. Art. 10 Abs. 3 BVG) dauernden Vorsorgeverhältnis mit der Beschwerdeführerin ist nach dem Gesagten zu verneinen.
5. 5.1 Das Verfahren ist kostenfrei (Art. 134 OG). Insoweit ist das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung gegenstandslos. Hingegen kann dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Bundesgericht die unentgeltliche Verbeiständung gewährt werden (Art. 152 in Verbindung mit Art. 135 OG), da die Bedürftigkeit aktenkundig ist und die Vertretung geboten war (<ref-ruling> E. 4a und 372 E. 5b, je mit Hinweisen). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.
5.2 Obsiegende Einrichtungen der beruflichen Vorsorge haben praxisgemäss keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-ruling>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 31. Oktober 2006 aufgehoben und die Klage des B._ vom 7. März 2005 abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwalt Stefan Galligani für das Verfahren vor Bundesgericht aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 4. September 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
i.V.