Sachverhalt:
A. Die X._ Ltd. (Beschwerdegegnerin) ersuchte am 8. März 2005 um die Registrierung folgender dreidimensionaler Form als Marke:
Sie beanspruchte diese Form für Verpackungsbehälter aus Kunststoff der internationalen Klasse 20.
Gestützt auf Art. 2 lit. a des Bundesgesetzes über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben vom 28. August 1992 (Markenschutzgesetz, MSchG; SR 232.11) beanstandete das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE) am 18. April 2005 das Eintragungsgesuch mit der Begründung, das hinterlegte dreidimensionale Zeichen stelle Gemeingut dar. Mit Stellungnahme vom 5. Januar 2006 hielt die Beschwerdegegnerin am Eintragungsgesuch fest.
B. Mit Verfügung vom 6. April 2006 wies das IGE das Eintragungsgesuch Nr. 1._/2005 für die dreidimensionale Marke "Verpackungsbehälter" der Klasse 20 zurück. Zur Begründung führte das IGE im Wesentlichen aus, damit eine Form als Marke wahrgenommen werde, müsse sie vom Abnehmer als betrieblicher Herkunftshinweis verstanden werden, was praxisgemäss anhand eines Vergleichs mit den Waren- und Verpackungsgestaltungen des beanspruchten Produktbereichs festzustellen sei. Dabei gälten desto mehr Gestaltungsvarianten als banal, je grösser die Formenvielfalt im entsprechenden Bereich sei. Da vorliegend die Form für "Verpackungsbehälter aus Kunststoff" beansprucht werde, sei von einem breiten Abnehmerkreis auszugehen. Die beigelegte Internetrecherche zeige, dass im beanspruchten Warenbereich zahlreiche Ausgestaltungen pyramidenförmiger und runder Verpackungsformen angetroffen würden, wobei die Unterschiede rein dekorativer Natur seien und allenfalls als produktidentifizierend, nicht aber als betrieblicher Herkunftshinweis für die Verpackung wahrgenommen würden. Die beanspruchte Trapezform erscheine nicht als unüblich oder unerwartet, denn die abgeschrägten Kanten und seitlichen Einbuchtungen wichen nicht von den gebräuchlichen, in der Internetrecherche enthaltenen Formen ab und die Einbuchtungen an den Ecken sowie die leichte Ausbuchtung der oberen Seite würden, ähnlich wie der halbmondförmige Verschluss und die dort ersichtlichen Einkerbungen, als rein dekorativ oder funktional bedingt wahrgenommen.
C. Mit Entscheid vom 21. Dezember 2006 hiess die Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum die Beschwerde der Gesuchstellerin gut, hob die Verfügung des IGE vom 6. April 2006 auf und wies das IGE an, die Formmarke gemäss dem Gesuch Nr. 1._/2005 in das Markenregister einzutragen. Die Rekurskommission erwog, bei der Beurteilung der Eintragungsfähigkeit nach <ref-law> sei massgebend, ob die beanspruchte Form derart von banalen geometrischen Grundformen abweiche, dass der Gemeingutcharakter verloren gehe. Bei der beanspruchten Formmarke handle es sich um eine trapezartige Form von einer gewissen Tiefe, die seitliche Einbuchtungen aufweise und an den Rändern derart zusammengehalten werde, dass ein flacher Rahmen um die Form ersichtlich sei. Der untere Rand der Form weise eine halbmondförmige Ausgestaltung auf und enthalte auf der Vorderseite einen Pfeil, der die Drehrichtung zum Öffnen der Verpackung anzeige und daher in seiner Funktion als Verschluss wahrgenommen werde. Die Internetrecherche erachtete die Rekurskommission als unerheblich für die Beurteilung der Schutzfähigkeit dieser Form als Marke. Einerseits stellte sie in Frage, ob daraus für die Schweiz etwas abgeleitet werden könne, anderseits hielt sie nur für massgeblich, ob sich die Form durch unterscheidungskräftige Merkmale von einfachen, banalen Formen unterscheide. Insofern kam sie für die umstrittene Form zum Schluss, diese unterscheide sich durch die seitlichen Einbuchtungen und die abgerundete Ober- und Unterseite sowie die flache Umrahmung wesentlich von der primitiven geometrischen Grundform des Trapezes.
D. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 30. Januar 2007 stellt das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement den Antrag, der Entscheid der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum vom 21. Dezember 2006 sei aufzuheben und das Markeneintragungsgesuch Nr. 1._/2005 vollumfänglich zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Stellungnahme, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen.
Das Verwaltungsgericht des Bundes hat die Verfahrensakten eingereicht und auf Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006, 1205, 1243). Gleichzeitig ist das Bundesgesetz über das Bundesverwaltungsgericht vom 17. Juni 2005 (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG; SR 173.32) in Kraft gesetzt worden.
1.1 <ref-law>, der die Beschwerde an die eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum regelte, ist gemäss Ziffer 21 der Schlussbestimmungen VGG aufgehoben worden. Die Rekurskommission existiert seither nicht mehr. Nach Art. 53 Abs. 2 VGG übernimmt das Bundesverwaltungsgericht, sofern es zuständig ist, die Beurteilung der beim Inkrafttreten des Gesetzes bei eidgenössischen Rekurskommissionen hängigen Rechtsmittel. Da neu das Bundesverwaltungsgericht zur Beurteilung von Beschwerden gegen Verfügungen des IGE zuständig ist, hat dieses Gericht im vorliegenden Beschwerdeverfahren statt der aufgelösten Rekurskommission die Stellung der Vorinstanz erworben.
1.2 Nach <ref-law> ist dieses Gesetz auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist. Da der angefochtene Entscheid am 21. Dezember 2006 ergangen ist, richtet sich das vorliegende Beschwerdeverfahren noch nach dem OG.
1.3 Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement ist als in der Sache zuständiges Departement gemäss Art. 103 lit. b OG zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert (<ref-ruling> E. 2.2 S. 499).
2. Die Feststellung des Sachverhalts bindet das Bundesgericht, wenn wie hier eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG). Neue tatsächliche Behauptungen und Beweismittel sind grundsätzlich nur soweit zulässig, als sie die Vorinstanz von Amtes wegen hätte erheben müssen und deren Nichterheben eine Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften darstellt (<ref-ruling> E. 1 S. 456 f.). Dagegen prüft das Bundesgericht auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde frei, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt oder ihr Ermessen überschritten oder missbraucht hat (Art. 104 lit. a OG).
Die Vorinstanz hat die der erstinstanzlichen Verfügung vom 6. April 2006 beiliegende Internetrecherche über Verpackungsformen nicht inhaltlich gewürdigt. Sie hat zwar in Frage gestellt, ob alle diese Formen auch auf dem schweizerischen Markt anzutreffen seien, hat aber tatsächlich nicht festgestellt, dass es Formvarianten gebe, die in der Schweiz nicht bekannt sind. Sie hat vielmehr dafür gehalten, die auf dem Markt bekannten Formen für Kunststoffverpackungen seien unerheblich für die Schutzwürdigkeit der umstrittenen Form als dreidimensionale Marke für die beanspruchten Verpackungen. Sie hat die im Internet ermittelten, existierenden Formen für Verpackungen aus rechtlichen Gründen unberücksichtigt gelassen. Sie hat damit - entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin - keine für das Bundesgericht unter Vorbehalt der Mängel nach Art. 105 Abs. 2 OG verbindlichen Feststellungen getroffen.
3. Vom Markenschutz absolut ausgeschlossen sind nach <ref-law> Zeichen, die Gemeingut sind, sofern sie sich nicht als Marke für die Waren oder Dienstleistungen durchgesetzt haben, für die sie beansprucht werden.
3.1 Zum Gemeingut im Sinne von <ref-law> gehören nach der üblichen Einteilung neben hier nicht zur Diskussion stehenden Freizeichen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 116 ff.) und Herkunftsangaben (<ref-ruling> E. 2.1 S. 458) die elementaren Zeichen (<ref-ruling> E. 4.3 S. 128) sowie beschreibende Angaben (EUGEN MARBACH, Markenrecht, in SIWR Bd. III S. 33 ff; LUCAS DAVID, Basler Kommentar, 2. Aufl. 1999, N. 5 zu <ref-law>; CHRISTOPH WILLI, MSchG, Kommentar zum schweizerischen Markenrecht, N. 34 zu <ref-law>). Mit Bezug auf Formen gelten insbesondere als Gemeingut einfache geometrische Grundelemente (<ref-ruling> E. 4.1 S. 127) sowie Formen, die weder in ihren Elementen noch in ihrer Kombination vom Erwarteten und Gewohnten abweichen und daher mangels Originalität im Gedächtnis der Abnehmer nicht haften bleiben (<ref-ruling> E. 4.1 S. 524 f. mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 4A.8/2004 vom 24. März 2005, E. 4, publ. in: sic! 9/2005, S. 646).
3.2 Die Vorinstanz hat als entscheidend erachtet, ob sich die hier umstrittene Form massgeblich von banalen geometrischen Grundformen unterscheide. Insofern ist sie zum Schluss gelangt, diese Form unterscheide sich durch die seitlichen Einbuchtungen und die abgerundete Ober- und Unterseite sowie die flache Umrahmung wesentlich von der primitiven geometrischen Grundform des Trapezes. Sie hat damit verneint, dass sich die beanspruchte dreidimensionale Form in einem elementaren, an sich freihaltebedürftigen Zeichen erschöpfe. Die Rekurskommission hat jedoch nicht geprüft, ob der umstrittenen Form aus anderen Gründen die Eignung zur Identifikation der beanspruchten Waren fehlt. Ob aber ein Zeichen als individualisierendes Kennzeichen verstanden wird und insofern auf ein bestimmtes Produkt und dessen Hersteller hinweist, kann ohne Bezug zur beanspruchten Ware oder Dienstleistung nicht beurteilt werden. Denn nach der Legaldefinition von <ref-law> ist die Marke ein Zeichen, das geeignet ist, Waren oder Dienstleistungen eines Unternehmens von solchen anderer Unternehmen zu unterscheiden.
3.3 Die Gemeinfreiheit von Formen ist insbesondere danach zu beurteilen, ob im beanspruchten Waren- oder Dienstleistungsbereich ähnliche Formen bekannt sind, von denen sich die beanspruchte Form nicht durch ihre Originalität abhebt. Dabei ist - entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin - nach konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung die Originalität der Abweichungen im Vergleich zu den bisher im beanspruchten Warensegment üblichen Formen zu bestimmen, wenn zu beurteilen ist, ob ein bestimmtes Gestaltungsmittel als Herkunftshinweis im Sinne des Markenrechts verstanden werde (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 525 für Quader als Bauelement; Urteil 4A.8/2006 vom 23. Mai 2006, E. 2.2 für die Abschrägung der Längskanten im Vergleich zu den üblichen Quaderformen der Zigarettenverpackungen, publ. in: sic! 9/2005 S. 646; Urteil 4A.8/2004 vom 24. März 2005, E. 4.2 für stilisierten Zahnpastastrang im Vergleich zu üblichen farbigen Zahnpasten; Urteil 4A.4/2003 vom 24. Februar 2004, E. 2.2 nicht publ. in <ref-ruling>, aber publ. in: sic! 7/8/2004 S. 569 für zinnenförmige Gestaltung der Scharnierverbindung bei Uhrenbändern). Die Vorinstanz hat nur einen Teil gemeinfreier Zeichen berücksichtigt, wenn sie sich auf die Prüfung beschränkte, ob sich die als Marke beanspruchte Form in elementaren Formen erschöpfe. Sie hat zu Unrecht unterlassen zu prüfen, ob die Form in Bezug auf die beanspruchten Waren gemeinfreien Charakter hat, weil sie von den im beanspruchten Warenbereich bekannten Formen nicht derart abweicht, dass sie durch ihre Originalität auffällt.
4. Die Marke soll die gekennzeichnete Ware individualisieren und die Abnehmer dadurch in die Lage setzen, ein einmal geschätztes Produkt in der Menge des Angebots wiederzufinden (<ref-ruling> E. 1 S. 383 f. mit Hinweis). Von dieser Kernaufgabe der Marke ist nicht nur bei der Beurteilung der Verwechslungsgefahr auszugehen, sondern schon bei der Eintragungsfähigkeit des Zeichens als Marke. Die Kennzeichnungskraft des Zeichens ist Voraussetzung für den Schutz als Marke. Dabei beurteilt sich nach dem Gesamteindruck, den das Zeichen bei den massgebenden Adressaten hinterlässt, ob es geeignet ist, das gekennzeichnete Produkt von denjenigen anderer Unternehmen zu unterscheiden (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich als Rechtsfrage frei, wie der massgebende Adressatenkreis für die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen abzugrenzen ist und wie die Adressaten aufgrund der erwarteten Aufmerksamkeit das Zeichen wahrnehmen (<ref-ruling> E. 2 S. 97; vgl. auch EUGEN MARBACH, Die Verkehrskreise im Markenrecht, sic! 1/2007 S. 3/11).
4.1 Konsumgüter des alltäglichen Bedarfs richten sich regelmässig an die Endverbraucher in der Schweiz, an deren Aufmerksamkeit keine übertriebene Anforderungen gestellt werden dürfen (<ref-ruling> E. 4b S. 317). Die vorliegend umstrittene Form wird in allgemeiner Weise für Verpackungsbehälter aus Kunststoff beansprucht. Entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin ist davon auszugehen, dass Abnehmer der beanspruchten Verpackung nicht nur Grossverteiler und andere Wettbewerber sind, sondern dass in der beanspruchten Form verpackte Waren auch in den Detailverkauf gelangen können. Massgebend für die Wahrnehmung und Interpretation der beanspruchten Form der Verpackung ist der Verkehrskreis der Endverbraucher in der Schweiz. Dabei ist zu beachten, dass Verpackungen in der Regel der Ware angepasst werden, die sie enthalten, so dass die Verpackung geradezu der Beschaffenheit der Ware selbst zugerechnet wird (<ref-ruling> E. 2a S. 246; vgl. auch Urteil 4A.8/2006 vom 23. Mai 2006, E. 2.3, publ. in: sic! 10/2006 S. 666). In der massgebenden Wahrnehmung der Endverbraucher wird zudem selbst dann eine eigenständige Form der Verpackung mit den verpackten Waren selbst identifiziert, wenn diese eine eigene Form und Konsistenz aufweisen, auf welche die Form der Verpackung nicht angepasst ist, wie dies z.B. für Verpackungen von Schokolade-Plätzchen zutrifft (vgl. etwa <ref-ruling>; Urteil 4P.222/2006 vom 21. Dezember 2006). Dass die in einer Verpackung enthaltene Ware mit der Verpackung selbst regelmässig gleichgesetzt wird, ergibt sich etwa auch aus Art. 18 des Bundesgesetzes vom 9. Oktober 1992 über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände (Lebensmittelgesetz, LMG; SR 817.0), wonach nicht nur die angepriesene Beschaffenheit sowie alle anderen Angaben über die Lebensmittel den Tatsachen entsprechen müssen (Abs. 1), sondern auch die Verpackung der Lebensmittel den Konsumenten nicht täuschen darf (Abs. 2). Schliesslich werden Gegenstände ohne eigene Konsistenz wie Flüssigkeiten oder Granulate ausschliesslich aufgrund der Verpackung wahrgenommen, in denen sie enthalten sind (<ref-ruling> E. 2a S. 246; vgl. auch Urteil 4C.169/2004 vom 8. September 2004, publ. in: sic! 3/2005 S. 221).
4.2 Die im vorliegenden Fall für Verpackungsbehälter aus Kunststoff beanspruchte Form enthält keine Einschränkung nach Art der Waren, die darin verpackt werden. In der Form des Verpackungsbehälters können Flüssigkeiten aller Art oder andere inkonsistente Waren ebenso enthalten sein wie selbständig geformte und allenfalls ihrerseits (z.B. in Papier) verpackte Gegenstände, welche der trapezähnlichen Formgebung des beanspruchten Kunststoffbehälters entsprechen mögen oder auch nicht. Es ist unter diesen Umständen davon auszugehen, dass die beanspruchte Form des Kunststoffbehälters für nahezu sämtliche Waren als Verpackung in Frage kommt und dass in der Wahrnehmung der Konsumenten die Verpackungsform nicht auf die Kennzeichnung bestimmter Warenkategorien eingeschränkt ist. Mit dem IGE und dem beschwerdeführenden Departement ist davon auszugehen, dass damit auch sämtliche auf dem schweizerischen Markt bekannten Verpackungsformen für die Beurteilung massgebend sind, ob die Adressaten die Form des beanspruchten Kunststoffbehälters als Kennzeichen wahrnehmen, welches ihnen ermöglicht, das einmal geschätzte Produkt in der Menge des Angebots wiederzufinden.
4.3 Die Beschwerdegegnerin bestreitet zu Unrecht die Vielfalt gängiger Formen für Verpackungen. Gerade weil der Produktetyp "Verpackungen" für beliebige Waren die von der Beschwerdegegnerin beschriebenen Funktionen des Schutzes der verpackten Produkte, der Gewährleistung der Haltbarkeit, der Ermöglichung eines raumeffizienten Transportes, einer platzsparenden Lagerung oder auch eines praktischen und einfachen Konsums der verpackten Produkte erfüllen kann, ist die Formenvielfalt auf diesem Sektor notorisch. Die Bandbreite der auf dem Markt angebotenen vielfältigen Formen der Verpackung, in deren Rahmen sich die beanspruchte trapezähnliche Form bewegt, lässt sich durch die - offenbar ursprünglich durch die Beschwerdegegnerin ins Recht gelegte - Internetrecherche illustrieren.
4.4 Die Beschwerdegegnerin hält dafür, die Internetrecherche widerspreche der Schutzwürdigkeit der von ihr beanspruchten Form für Verpackungsbehälter nicht, weil darin keine gleiche oder ähnliche Form für Verpackungsprodukte zu entdecken sei. Sie verkennt damit den Schluss, der aus der Recherche gezogen werden kann. Aufgrund der Formenvielfalt des Produktetyps "Verpackungen" für beliebige Waren wird die von der Beschwerdegegnerin beanspruchte Form nämlich in der Wahrnehmung der Adressaten nicht als unerwartet oder originell wahrgenommen. Der umstrittenen Form fehlt die Kennzeichnungskraft nicht deswegen, weil sie sich in elementaren Zeichen-Elementen erschöpfen würde, sondern weil sie sich für die beanspruchten Waren - Verpackungsbehälter aus Kunststoff - nicht durch Formelemente auszeichnet, die von den bekannten Formen für Verpackungen derart abweicht, dass sie im Gedächtnis der Abnehmer durch ihre Originalität haften bliebe. Der Beschwerdegegnerin kann insofern auch nicht gefolgt werden, wenn sie behauptet, die beanspruchte Form sei unter funktionalen Gesichtspunkten nachteilig und erscheine deshalb als unerwartet. Da die verpackten Waren quasi beliebige Formen aufweisen können, ist durchaus nicht ausgeschlossen, dass diese in der beanspruchten Form auch funktionsgerecht verpackt sein können. Das kommt etwa bei Gegenständen ohne eigene Konsistenz in Betracht. Entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin sind auch die seitlichen Einbuchtungen am zulaufenden Ende der Form durchaus als funktional erwartet zu qualifizieren, da die einzelnen Verpackungen damit im Regal nacheinander an Schienen aufgehängt und auf diese Weise gelagert oder präsentiert werden können.
4.5 Die Beurteilung des IGE und des beschwerdeführenden Departements, dass die beanspruchte Form angesichts des Variantenreichtums der auf dem Markt anzutreffenden Formen von Verpackungen nicht als originell und unerwartet auffällt, ist nach dem Gesagten zutreffend. Die beanspruchte Form ist für Verpackungsbehälter aus Kunststoff daher gemäss <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen.
5. Aus den genannten Gründen ist die Beschwerde gutzuheissen, der angefochtene Entscheid der eidgenössischen Rekurskommission ist aufzuheben und das Markeneintragungsgesuch Nr. 1._/2005 zurückzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang ist eine Gerichtsgebühr zu erheben und der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Der Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum vom 21. Dezember 2006 wird aufgehoben und das Markeneintragungsgesuch Nr. 1._/2005 "Verpackungsbehälter" (3D) wird zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. April 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: