Sachverhalt:
A. X._ verpachtete per 1. Oktober 2001 sein landwirtschaftliches Gewerbe "A._"/AG für eine Dauer von 20 Jahren (sog. Fixpacht) an Y. und Z._. Der gestützt auf ein Ertragswertschätzungsgutachten vom 11. Juli 1999 (von E._, Kant. Schätzer) vereinbarte jährliche Pachtzins von Fr. 46'400.-- wurde am 4. Oktober 2001 vom Finanzdepartement des Kantons Aargau, Abteilung Landwirtschaft, bewilligt.
Auf Gesuch der Pächter legte die Abteilung Landwirtschaft mit Verfügung vom 14. November 2005 den höchstzulässigen Pachtzins für das Pachtobjekt ab dem 1. Oktober 2005 neu auf Fr. 39'000.-- fest. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde des Verpächters erhöhte die landwirtschaftliche Rekurskommission des Kantons Aargau den ab 1. Oktober 2005 höchstzulässigen Pachtzins auf Fr. 40'000.--.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. Oktober 2007 beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil der landwirtschaftlichen Rekurskommission vom 16. August 2007 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei der Pachtzins auf Fr. 46'000.-- festzusetzen.
Y. und Z._, die landwirtschaftliche Rekurskommission und die Abteilung Landwirtschaft des Kantons Aargau beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Das Bundesamt für Landwirtschaft schliesst sinngemäss ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene, in Anwendung des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1985 über die landwirtschaftliche Pacht (LPG; SR 221.213.2) bzw. der Verordnung vom 11. Februar 1987 über die Bemessung des landwirtschaftlichen Pachtzinses (Pachtzinsverordnung [PZV]; SR 221.213.221) ergangene letztinstanzliche kantonale Entscheid kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden; ein Ausschlussgrund liegt nicht vor (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 83 lit. s BGG; BBl 2001 4416; Benno Studer/Eduard Hofer, Das landwirtschaftliche Pachtrecht, 2. Aufl., Brugg 2007, N. 920 zu Art. 50 LPG). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet die massgeblichen Normen des Bundesverwaltungsrechts von Amtes wegen und ohne Beschränkung seiner Kognition an. Dies schliesst indessen nicht aus, dass es sich bei der Beurteilung von ausgesprochenen Fachfragen eine gewisse Zurückhaltung auferlegt. Im Rahmen des sogenannten "technischen Ermessens" gesteht es Vorinstanzen mit besonderem Fachwissen bei der Prüfung des Einzelfalls und bei der Anwendung von unbestimmten Rechtsbegriffen einen gewissen Beurteilungsspielraum zu, soweit die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte geprüft und die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend vorgenommen wurden (vgl. <ref-ruling> E. 2.3, mit Hinweisen; Urteil 2A.327/2006 vom 22. Februar 2007 E. 3.2).
Dies gilt regelmässig, wenn die Rechtsanwendung technische Probleme oder Fachfragen betrifft, zu deren Beantwortung und Gewichtung die verfügende Behörde aufgrund ihres Spezialwissens besser geeignet ist, oder wenn sich Auslegungsfragen stellen, welche die Verwaltungsbehörde aufgrund ihrer örtlichen, sachlichen oder persönlichen Nähe sachgerechter zu beurteilen vermag als das Bundesgericht. Handelt es sich - wie im vorliegenden Fall - um eine verwaltungsunabhängige Spezialinstanz, der sich Fachfragen technischer und ökonomischer Natur stellen, deren Beantwortung Kenntnisse im landwirtschaftlichen Pachtrecht und insbesondere betriebswirtschaftliche Kenntnisse im Bereich der Landwirtschaft voraussetzt, übt das Bundesgericht deren Praxis gegenüber eine gewisse Zurückhaltung und stellt im Zweifel nicht seine eigene Einschätzung an die Stelle jener der für die kohärente Konkretisierung und Anwendung des Gesetzes primär verantwortlichen Fachinstanz. Im vorliegenden Fall ist zusätzlich zu beachten, dass die anwendbaren Schätzungsnormen bereits dem Schätzer notwendigerweise einen Ermessensspielraum überlassen (Benno Studer/Eduard Hofer, a.a.O., N 856).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung von "Art. 29 Abs. 2 BV (Rechtliches Gehör, unvollständige Sachverhaltsfeststellung, Nichtbeachtung eines korrekt gestellten Beweisantrages)". Diese erblickt er im Wesentlichen darin, dass die Vorinstanz entgegen seinem Antrag keine unabhängige Expertise zur Bestimmung des Ertragswertes und des Pachtzinses angeordnet habe.
2.2 Der Gehörsanspruch umfasst den Anspruch des Betroffenen auf ernsthafte Prüfung und Berücksichtigung der von ihm angebotenen Beweise - soweit diese geeignet sind, den Entscheid zu beeinflussen - sowie auf Begründung des Entscheides (<ref-ruling> E. 2.2, mit Hinweisen). Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es auf Grund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3, mit Hinweisen).
2.2.1 Nachdem am 1. Februar 2004 neue Berechnungsgrundlagen in Kraft getreten waren (insb. Herabsetzung der Verzinsung des Ertragswertes von Gewerben von 3,94 % auf 3 % [vgl. dazu Benno Studer/Eduard Hofer, a.a.O., N. 782 f.], die zu einer Absenkung der Gewerbepachtzinse führte [Cornel Gmür/Martin Goldenberger, Die Schätzung des landwirtschaftlichen Ertragswertes, Revision 2004, in: BlAR 2004, S. 16 f.]), beauftragten die Pächter B._, W._ Treuhand, mit der Erstellung eines Gutachtens. Gemäss dessen Ertragswertschätzung vom 26. Januar 2005 betrugen der landwirtschaftliche Ertragswert (ohne Pächterinvestitionen) Fr. 471'737.-- und der Pachtzins Fr. 39'307.--. Gestützt auf dieses Gutachten verlangten sie am 8. März 2005 unter Berufung auf Art. 10 und 11 LPG die Herabsetzung des Pachtzinses auf Fr. 38'008.--.
2.2.2 Der Verpächter seinerseits liess von C._ ebenfalls den landwirtschaftlichen Ertragswert schätzen und den Pachtzins berechnen. Dessen Gutachten vom 12. Juli 2005 ergab (ohne Investitionen des Pächters) einen Ertragswert von Fr. 550'586.--, einen Mietwert von Fr. 34'169.-- und einen Pachtzins von Fr. 45'561.--.
Mit seiner Beschwerde an die Vorinstanz reichte der Verpächter eine neue Berechnung von C._ vom 9. Dezember 2005 ein, welche einen Ertragswert von Fr. 589'294.--, einen Mietwert von Fr. 34'360.-- sowie einen Pachtzins von Fr. 46'885.50 ausweist.
2.2.3 In den Akten befindet sich sodann eine Schätzung des Kantonalen Steueramtes, Sektion Grundstückschätzungen (D._, Kant. Schätzer), vom 8. Juli 2005, wonach der Steuerwert des in Frage stehenden Landwirtschaftsbetriebes ab Steuerperiode 2003 Fr. 638'700.-- und der Eigenmietwert Fr. 5'273.-- beträgt.
2.3 Die Abteilung Landwirtschaft teilte den Beteiligten am 4. August 2005 mit, es lägen ihm diese drei Schätzungen vor. Am 12. August 2005 nahm sie auf dem Betrieb mit allen Beteiligten und Schätzern zur Klärung des Sachverhaltes einen Augenschein vor. Dabei sollten die Abweichungen in den Gutachten der beiden Parteien geklärt werden. Gestützt auf das Ergebnis dieses Augenscheins sowie die beigezogenen Gutachten nahm die Abteilung Landwirtschaft, als für die Bewilligung des Pachtzinses für Gewerbe zuständige Fachbehörde, zulässigerweise (Benno Studer/Eduard Hofer, a.a.O., N 801) in Anwendung der Pachtzinsverordnung und der nach dieser massgebenden Schätzungsanleitung eine eigene Pachtzinsberechnung vor; diese ergab einen Pachtzins von Fr. 40'500.-- (Pachtzins Fr. 38'008.-- zuzüglich Vorteile der Pächterschaft von Fr. 2'476.--). Auf Grund einer weiteren Anhörung auf dem Betrieb am 7. Oktober 2005 legte die Abteilung Landwirtschaft mit Verfügung vom 14. November 2005 den Pachtzins schliesslich auf rund Fr. 39'000.-- fest.
2.4 Soweit der Beschwerdeführer zu rügen scheint, die erste Instanz habe bei der W._ Treuhand ein Gutachten erstellen lassen, ist dies aktenwidrig. Der Einwand dürfte auf eine insoweit etwas missverständliche Formulierung des erstinstanzlichen Entscheides ("Das durch uns angeforderte Gutachten") zurückzuführen sein.
2.5 Unter dem Gesichtspunkt des rechtlichen Gehörs ist eine Behörde im Rahmen der ihr obliegenden Abklärung des Sachverhaltes und der Entscheidvorbereitung gehalten, verwaltungsexternes Fachwissen einzubeziehen, soweit dies nötig ist (unveröffentlichte E. 3b/bb von <ref-ruling>).
Bei der Vorinstanz handelt es sich um ein Fachgericht, dessen mitwirkende vier Mitglieder vom Präsidenten aus der Zahl der gewählten Mitglieder gemäss ihrer Eignung für den zur beurteilenden Fall bezeichnet worden sind (§ 40 des kantonalen Gesetzes über die Erhaltung und Förderung der Landwirtschaft [Landwirtschaftsgesetz/AG]). Aus der Begründung ergibt sich, dass das Gericht die vorhandenen Schätzungen anhand der Schätzungsanleitung und gestützt auf die vor Ort gewonnenen Eindrücke eingehend würdigte und dabei in einigen Punkten zu abweichenden Schlüssen kam. Die Vorinstanz führte insbesondere auf dem landwirtschaftlichen Gewerbe unter Mitwirkung der beiden Schätzer und von zwei Fachleuten der Abteilung Landwirtschaft eine "Augenscheinsverhandlung" durch. Angesichts der damit seitens des Gerichts sowie der übrigen Beteiligten an dieser Verhandlung vertretenen Sachkunde und der vorliegenden ausführlichen Schätzungen durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung auf die Einholung eines weiteren Gutachtens verzichten.
2.6 Nach Art. 97 Abs. 1 BGG kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.6.1 Was den Zukauf von Land (Parzelle Nr. 4277) durch den Verpächter anbelangt, so ist dies erst am 15. Juni 2006 und somit nach dem massgebenden Zeitpunkt für die Neufestsetzung des Pachtzinses, d.h. dem 1. Oktober 2005, geschehen. Diese Tatsache war daher bei der Berechnung auf das erwähnte Datum nicht zu berücksichtigen.
2.6.2 Auch in der beanstandeten Nichtbeachtung des Gutachtens E._, das dem Pachtvertrag zu Grunde lag, liegt keine Verletzung von Bundesrecht, nachdem die massgebenden Berechnungsgrundlagen für die Schätzung am 1. Februar 2004 geändert haben. Der Beschwerdeführer zeigt denn auch nicht auf, aus welchen Gründen welche Teile dieses Gutachtens von Bundesrechts wegen dennoch - trotz veränderter Grundlagen - hätten berücksichtigt werden müssen.
2.6.3 In Bezug auf die Nichtberücksichtigung der seines Erachtens nach wie vor in seinem Eigentum stehenden "Bestandteile der Siloanlage wie Silorohre, Zyklon usw." legt der Beschwerdeführer weder dar, weshalb diese nicht Bestandteile der Entnahmefräse bilden noch inwieweit sich diese Tatsache auf das Ergebnis der Schätzung auswirken müsste. Zudem belegt er die Eigentumsverhältnisse nicht. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
2.6.4 Der Vorwurf der unvollständigen Sachverhaltsfeststellung erweist sich daher als unbegründet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt sodann eine Verletzung von Art. 10 und 11 LPG.
3.2 Der Pachtzins unterliegt der Kontrolle und darf das zulässige Mass nicht übersteigen. Der Bundesrat setzt die Sätze für die Verzinsung des Ertragswerts und die Abgeltung der Verpächterlasten fest und bestimmt den Zuschlag für die allgemeinen Vorteile (vgl. Art. 36 ff. LPG).
3.2.1 Gestützt auf diese Bestimmungen erliess der Bundesrat die Pachtzinsverordnung. Nach dieser (Art. 2) setzt sich der höchstzulässige Pachtzins für landwirtschaftliche Gewerbe zusammen aus der Verzinsung des Ertragswertes (3 % [Art. 3]) und der Abgeltung der Verpächterlasten (85 % des Mietwertes der Gebäude [Art. 4]).
Nach Art. 1 Abs. 2 der Pachtzinsverordnung bestimmen sich Ertragswert, Mietwert, Normalbedarf an Wohnraum, bereinigte Bodenpunktzahl und Gesamtnutzungsdauer nach der Verordnung vom 4. Oktober 1993 über das bäuerliche Bodenrecht (VBB; SR 211.412.110), welche in Anhang 1 eine Anleitung für die Schätzung des landwirtschaftlichen Ertragswertes enthält, deren Normen und Ansätze für die Schätzungsbehörden und Schätzungsexperten verbindlich sind (Art. 2 VBB).
3.2.2 Gemäss Art. 10 LPG (Marginale: "Pachtzinsanpassung im Allgemeinen") kann jede Partei die Anpassung des vereinbarten Pachtzinses auf das folgende Pachtjahr verlangen, wenn der Bundesrat die Ansätze für die Bemessung des zulässigen Pachtzinses ändert.
Nach Art. 11 LPG (Marginale: "Pachtzinsanpassung bei Änderung des Ertragswerts") kann jede Partei eine Neufestsetzung des Ertragswertes und die Anpassung des Pachtzinses auf Beginn des folgenden Pachtjahres verlangen, wenn der Wert des verpachteten Gewerbes u.a. infolge Vergrösserung der Fläche oder Neu-/Umbauten dauernd verändert wird; dies gilt auch, wenn die allgemeinen Grundlagen für die Schätzung des Ertragswerts ändern.
3.2.3 Am 1. Februar 2004 traten Änderungen (vom 26. November 2003) der Pachtzinsverordnung (namentlich neue Ansätze für die Bemessung des Pachtzinses) und der Verordnung über das bäuerliche Bodenrecht sowie eine neue, überarbeitete Schätzungsanleitung in Kraft. Diese bestanden insbesondere in einer Anpassung des Ertragswertes an das Wertniveau, einer neuen Werteverteilung (Boden/Wohnhaus/Ökonomiegebäude) sowie der Einführung neuer Schätzungsmethoden (vgl. dazu Cornel Gmür/Martin Goldenberger, a.a.O., S. 10 ff.).
Es liegt auf der Hand, dass damit die gesetzlichen Voraussetzungen für eine Anpassung des zulässigen Pachtzinses sowohl gemäss Art. 10 als auch Art. 11 LPG erfüllt waren. Dies wird auch vom Beschwerdeführer nicht bestritten.
3.2.4 Der Beschwerdeführer beanstandet indessen in diesem Zusammenhang, die Vorinstanzen hätten beide eine "vertragsmodifizierende" Anpassung vorgenommen, indem sie entgegen dem gemäss den rein rechnerischen Änderungen der Berechnungsgrundlagen auf Fr. 45'370.-- festzusetzenden Pachtzins einen solchen von rund Fr. 40'000.-- festgesetzt hätten. Dies überschreite den Rahmen des Zulässigen und verstosse gegen Treu und Glauben (Art. 9 BV).
Soweit der Beschwerdeführer davon ausgeht, die Art. 10 und 11 LPG würden einzig eine rein rechnerische Anpassung erlauben, kann ihm nicht gefolgt werden. Eine derart enge Auslegung der beiden Bestimmungen ergibt sich nicht aus dem Wortlaut. Auch der von ihm angeführten Literatur lässt sich keine solche Einschränkung entnehmen (vgl. Benno Studer/Eduard Hofer, a.a.O., N 276). Davon, dass grundsätzlich vom selben Miet- und Ertragswert auszugehen sei, kann nicht die Rede sein, wenn der Ertragswert - wie im vorliegenden Fall - aufgrund neuer Grundlagen bzw. Methoden anders zu berechnen ist.
Die Vorinstanz hat eingehend dargelegt, wie sie den Mietwert und den Ertragswert berechnet hat (angefochtenes Urteil E. 3). Mit dieser Begründung setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Insbesondere legt er nicht dar, inwiefern die entsprechenden Berechnungen und Ausführungen nicht den anwendbaren Schätzungsgrundlagen entsprechen oder die Vorinstanz das ihr zustehende Ermessen überschritten hat. Aus dem angefochtenen Urteil und den Akten ist vielmehr ersichtlich, dass die Vorinstanz die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend getroffen hat; sie nimmt denn auch verschiedentlich auf die vorliegenden gutachterlichen Berechnungen Bezug und legt diese nach entsprechender Würdigung der eigenen Schätzung zu Grunde. Die vom Beschwerdeführer eingereichte Berechnung (Beschwerdebeilage 8), die vom früheren Miet- und Ertragswert (gemäss Schätzung E._ aus dem Jahr 1999) ausgehend lediglich andere Prozentwerte anwendet, ist nicht geeignet, die schlüssige Schätzung der Vorinstanz zu widerlegen.
Eine "Überschreitung des zulässigen Herabsetzungs-Rahmens" bzw. eine Verletzung von Bundesrecht wird vom Beschwerdeführer nicht hinreichend dargelegt. Insbesondere erklärt er nicht, worin im Einzelnen "vertragsmodifizierende" Änderungen erblickt werden könnten, die über eine blosse Anpassung an die geänderten Grundlagen hinausgehen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe nicht berücksichtigt, dass die Pächter die zum Pachtgegenstand gehörende Wohnung an einen Angestellten vermietet hätten.
4.2 Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, mit der Behauptung, der Pächter bewohne entgegen dem Pachtvertrag die Wohnung nicht selber, sondern habe diese einem Angestellten vermietet, werfe der Beschwerdeführer den Pächtern eine Schlechterfüllung des Pachtvertrages vor. Ob bzw. wie die Parteien ihren vertraglichen Pflichten nachkommen, sei indessen nicht zu prüfen; solche Forderungen seien gemäss Art. 48 LPG in einem separaten Verfahren vor dem Zivilrichter geltend zu machen.
Diese Auffassung verletzt kein Bundesrecht (vgl. dazu auch Benno Studer/Eduard Hofer, a.a.O., N 899 f.).
4.3 Unter diesen Umständen ist auch die im Zusammenhang mit den nicht berücksichtigten Mieteinnahmen des Pächters aus Fremdvermietung gerügte Gehörsverletzung (Nichteinholen des Mietvertrages für die Pächterwohnung) unbegründet, da dieses Mietverhältnis nicht von der Vorinstanz zu überprüfen war.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer erblickt eine weitere Bundesrechtsverletzung in der Nichtanwendung von Art. 14 der Pachtzinsverordnung durch die Vorinstanz. Insbesondere hätte die Vorinstanz in analoger Anwendung von Art. 41 LPG und Art. 13 der Pachtzinsverordnung einen Zuschlag von 15 % auf dem gesamten Pachtzins gewähren müssen.
5.2 Der Einwand ist unbegründet. Das streitige Pachtverhältnis ist eine fest auf 20 Jahre abgeschlossene sogenannte Fixpacht. Artikel 41 LPG und Art. 13 der Pachtzinsverordnung dürften nach ihrem klaren Wortlaut wohl nur auf Pachtverhältnisse anwendbar sein, deren Erstpachtdauer abgelaufen ist und bei denen anschliessend eine Verlängerung vertraglich vereinbart wird (Benno Studer/Eduard Hofer, a.a.O., N 844 und 846). Die Frage muss hier aber nicht entschieden werden, denn der Zuschlag kann schon deshalb nicht gemacht werden, weil im hier massgebenden Zeitpunkt (1. Oktober 2005) nicht einmal die Mindestpachtdauer von neun Jahren abgelaufen war. Unter diesen Umständen kann sich auch aus Art. 14 der Pachtzinsverordnung kein Anspruch auf einen Zuschlag ergeben; besondere sachliche Verhältnisse und ein unbilliges Ergebnis, die dies ausnahmsweise rechtfertigen könnten, liegen nicht vor.
6. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und den Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Departement Finanzen und Ressourcen des Kantons Aargau, Abteilung Landwirtschaft, der Landwirtschaftlichen Rekurskommission des Kantons Aargau und dem Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng