Fatti:
A.
A._, nato nel 1945, ha conseguito la licenza di condurre veicoli a motore della categoria B nel 1963 e risiede a X._, in via W._. Nel 2002 è stato oggetto di un ammonimento per eccesso di velocità e nel 2006 gli è stata revocata la licenza di condurre per tre mesi, sempre per eccesso di velocità.
B.
Il 24 aprile 2009, alle ore 00.31, egli ha circolato con la sua autovettura in territorio di Y._, in via Z._, in direzione di X._, alla velocità di 104 km/h, accertata mediante un apparecchio radar, laddove vige un limite di 50 km/h.
C.
Con decreto di accusa del 22 giugno 2009 il Procuratore pubblico ha ritenuto A._ colpevole di grave infrazione alle norme della circolazione (art. 90 cifra 2 LCStr), per avere gravemente violato le stesse cagionando un serio pericolo per la sicurezza altrui circolando alla velocità di 104 km/h, malgrado il limite vigente di 50 km/h. Statuendo sull'opposizione dell'accusato, con sentenza del 16 marzo 2010 il Giudice della Pretura penale lo ha riconosciuto colpevole soltanto di contravvenzione alle norme della circolazione (art. 90 cifra 1 LCStr), per avere circolato alla velocità di 104 km/h, malgrado dovesse legittimamente ritenere che sulla tratta in cui è stato eseguito il rilevamento radar vigesse un limite di velocità di 80 km/h. L'accusato è stato condannato alla multa di fr. 1'500.-- e la sentenza, di cui non è stata chiesta la motivazione scritta, è cresciuta in giudicato incontestata.
D.
Preso atto del giudizio penale e raccolte le osservazioni dell'interessato, con decisione del 22 luglio 2010 la Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni ha revocato a A._ la licenza di condurre veicoli a motore per la durata di 12 mesi, ravvisando un'infrazione grave delle prescrizioni della circolazione stradale. Questa decisione è stata confermata il 16 novembre 2010 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso del conducente.
E.
Con sentenza dell'11 ottobre 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso di A._ contro la risoluzione governativa. Ha confermato l'adempimento di un'infrazione grave ai sensi dell'<ref-law> ed ha ritenuto la durata della revoca rispettosa del principio della proporzionalità, corrispondendo, tenuto conto della precedente infrazione grave commessa dal conducente nel 2006, al minimo previsto dalla legge.
F.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla. In via subordinata, chiede che la durata della revoca sia limitata a tre mesi.
G.
La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. La Sezione della circolazione e l'Ufficio federale delle strade chiedono di respingere il gravame.

Diritto:
1.
La via del ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 segg. LTF è di principio aperta contro le decisioni prese in ultima istanza cantonale riguardo ai provvedimenti amministrativi di revoca della licenza di condurre. La legittimazione del ricorrente è pacifica (<ref-law>). Interposto tempestivamente contro una decisione di ultima istanza cantonale, non suscettibile d'impugnazione dinanzi al Tribunale amministrativo federale, il ricorso è ammissibile sotto il profilo degli art. 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
2.
2.1. Il ricorrente lamenta una violazione del suo diritto di essere sentito, adducendo che l'autorità amministrativa avrebbe richiamato nel contesto del provvedimento di revoca la decisione del Dipartimento del territorio, che aveva istituito il limite di velocità di 50 km/h sul tratto in questione senza che gli sia mai stata data possibilità di esprimersi al riguardo.
2.2. Questa censura deve essere esaminata prioritariamente, poiché il diritto di essere sentito ha natura formale e la sua lesione comporta di regola l'annullamento della decisione impugnata, indipendentemente dalla fondatezza del gravame nel merito (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.2 e rinvii). Il diritto di essere sentito i mpone di massima all'autorità che inserisce nell'incarto nuovi atti, di cui intende prevalersi ai fini del giudizio, di avvisare le parti e di concedere loro la possibilità di esprimersi al proposito (<ref-ruling> consid. 2b e rinvii).
Nella decisione del 22 luglio 2010 di revoca della licenza di condurre, la Sezione della circolazione ha richiamato la risoluzione del 29 maggio 2001 del Dipartimento del territorio concernente l'introduzione del limite generale di velocità di 50 km/h e del divieto di sorpasso sul tratto in questione. Il ricorrente si è potuto esprimere al riguardo nella procedura ricorsuale dinanzi al Consiglio di Stato, che ha statuito liberamente sulle questioni di fatto e di diritto (cfr. art. 56 della legge cantonale di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966). Contro la decisione governativa egli ha inoltre successivamente adito la Corte cantonale, che si è pronunciata liberamente sull'applicazione del diritto. Un'eventuale violazione del diritto di essere sentito del ricorrente da parte della Sezione della circolazione, per non avergli concesso la possibilità di esprimersi preventivamente sulla decisione dipartimentale, avrebbe quindi potuto essere sanata dinanzi alle istanze di ricorso cantonali. Sollevata per la prima volta in questa sede, la censura è inammissibile in applicazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2).
3.
3.1. Il ricorrente critica il fatto che l'autorità amministrativa abbia in concreto riconosciuto un'infrazione grave, scostandosi dal giudizio della Pretura penale che lo ha condannato semplicemente per violazione dell'art. 90 cifra 1 LCStr. Sostiene che non potrebbe essergli rimproverato di non avere chiesto la motivazione scritta della sentenza penale, essendo comunque determinante il fatto che il giudice penale conosceva meglio i fatti, giacché aveva interrogato l'imputato al dibattimento e disponeva di una perizia di parte sulla conformità della segnaletica stradale nel tratto oggetto dell'eccesso di velocità.
3.2. L'autorità amministrativa competente a ordinare la revoca della licenza di condurre deve di principio attenersi agli accertamenti di fatto contenuti in una decisione penale cresciuta in giudicato. Essa può scostarsene solo se può fondare la sua decisione su accertamenti di fatto sconosciuti al giudice penale o da lui non presi in considerazione, se assume nuove prove il cui apprezzamento conduce a un risultato diverso o se l'apprezzamento delle prove compiuto dal giudice penale è in netto contrasto con i fatti accertati o infine se il giudice penale non ha chiarito tutte le questioni di diritto, in particolare quelle che riguardano la violazione delle norme della circolazione (<ref-ruling> consid. 1c/aa; <ref-ruling> consid. 3c/aa; sentenza 1C_29/2007 del 27 agosto 2007 consid. 3). L'autorità amministrativa e la Corte cantonale possono nondimeno procedere autonomamente a una valutazione giuridica diversa dei fatti e valutare diversamente le questioni giuridiche, segnatamente l'apprezzamento del pericolo e la colpa ai sensi degli art. 16 segg. LCStr (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 3.1; 1C_224/2010 del 6 ottobre 2010 consid. 4.2).
3.3. La Corte cantonale ha accertato che alle ore 00.31 del 24 aprile 2009 il ricorrente ha circolato in territorio di Y._, in via Z._, in direzione di X._, alla velocità di 104 km/h (dedotto il margine di tolleranza), laddove vigono una limitazione di 50 km/h e l'inibizione delle manovre di sorpasso. Ha rilevato che il limite di velocità era noto al ricorrente, il quale risiede a pochi metri di distanza dal tratto stradale in questione, che percorre almeno otto volte al giorno. Al riguardo la Corte cantonale ha richiamato in particolare le osservazioni del ricorrente all'Ufficio giuridico della Sezione della circolazione del 18 giugno 2009 e il verbale d'interrogatorio di polizia del 24 aprile 2009, da cui risulta ch'egli ha riconosciuto di conoscere il limite di velocità, giustificando l'eccesso con una sua disattenzione nelle immediate vicinanze del proprio domicilio. I citati accertamenti non sono contestati in questa sede, né tantomeno censurati di arbitrio. Essi sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>).
Certo, il giudice penale ha sentito il ricorrente al dibattimento e ha acquisito agli atti una perizia di parte sull'adeguatezza della segnaletica. La sentenza penale non è tuttavia fornita di motivazione scritta, non richiesta dalle parti, sicché non è dato di vedere in che misura tali elementi di prova sarebbero stati di rilievo ed avrebbero permesso di relativizzare gli esposti decisivi accertamenti, fondati su constatazioni agli atti. Sulla base dei fatti accertati, il Tribunale cantonale amministrativo, che non era legato alla valutazione giuridica dell'autorità penale, a ragione ha quindi ritenuto grave la colpa del ricorrente. In effetti, secondo la giurisprudenza, un superamento di 25 km/h o più della velocità massima di 50 km/h consentita nelle località costituisce oggettivamente un caso grave, a prescindere dalle circostanze concrete, quali per esempio le condizioni favorevoli del traffico o la buona reputazione del conducente quale automobilista (<ref-ruling> consid. 3). Quando, come in concreto, l'eccesso di velocità è oggettivamente grave, sotto il profilo soggettivo si è di principio confrontati perlomeno con una negligenza grave, a meno che non sia data una situazione eccezionale, segnatamente qualora sulla base di motivi ragionevoli il conducente poteva ritenere di trovarsi all'esterno della località (<ref-ruling> consid. 1f). Sulla scorta degli esposti accertamenti, una simile situazione eccezionale non è seriamente ravvisabile nella fattispecie, né è addotta dal ricorrente nel gravame in esame. La Corte cantonale ha quindi rettamente ritenuto che, circolando di notte a 104 km/h ove vige un limite di 50 km/h, egli ha violato gravemente le norme della circolazione e si è assunto il rischio di mettere in serio pericolo la sicurezza altrui, incorrendo di conseguenza in un'infrazione grave ai sensi dell'<ref-law>.
4.
4.1. Il ricorrente lamenta una violazione del principio della celerità, reputando eccessiva la durata della procedura amministrativa di oltre quattro anni tra l'infrazione e l'emanazione del presente giudizio. Chiede che la durata della revoca non superi quella di tre mesi, già eseguita.
4.2. Secondo l'art. 16 cpv. 3 seconda frase LCStr, la durata minima della revoca non può essere ridotta. Ciò vale anche nel caso di una violazione del diritto di essere giudicato entro un termine ragionevole secondo gli <ref-law> e 6 n. 1 CEDU (<ref-ruling> consid. 2.2). In una simile circostanza, qualora la violazione sia grave e non possa essere considerata in altra maniera, ci si può tutt'al più chiedere se sia possibile rinunciare eccezionalmente ad adottare una misura (<ref-ruling> consid. 2.3).
L'esame della durata del procedimento sotto il profilo degli <ref-law> e 6 n. 1 CEDU non è soggetta a regole rigide, ma deve essere valutata in ogni singolo caso, sulla base delle circostanze concrete. L'obbligo di pronunciarsi entro una scadenza ragionevole impone all'autorità competente di statuire entro un limite che risulti giustificato dalla natura del litigio e dall'insieme delle circostanze del caso. Devono in particolare essere considerati l'ampiezza e le difficoltà della causa, il modo con il quale è stata trattata dall'autorità, l'interesse delle parti e il loro comportamento nella procedura (<ref-ruling> consid. 3.3.3; <ref-ruling> consid. 3.1, 312 consid. 5.2). In relazione a una procedura di revoca della licenza di condurre, questa Corte ha statuito su una fattispecie in cui tra l'infrazione e la decisione finale del Tribunale federale sul provvedimento di revoca erano trascorsi sei anni e due mesi, durata che poteva di per sé sollevare perplessità (cfr. sentenza 1C_486/2011 del 19 marzo 2012). Ha nondimeno rilevato che il solo procedimento penale aveva necessitato circa tre anni e dieci mesi, periodo che non entrava tuttavia in considerazione per valutare la durata della procedura amministrativa, non avendo il conducente lamentato una violazione del principio della celerità in sede penale. Ha poi rilevato che, dalla sua ripresa dopo la fine del procedimento penale fino alla sua conclusione, il procedimento amministrativo era durato circa due anni e quattro mesi: ognuna delle tre istanze di ricorso aveva impiegato in media sette mesi e mezzo per l'evasione del rispettivo gravame. Il Tribunale federale ha considerato usuale questo termine, negando una violazione del principio della celerità (cfr. sentenza 1C_486/2011, citata, consid. 2.3).
4.3. In concreto, il procedimento penale è terminato con la sentenza del 16 marzo 2010 del Giudice della Pretura penale, notificata il 31 marzo 2010 alla Sezione della circolazione. Quest'ultima ha ripreso il procedimento amministrativo emanando il provvedimento di revoca il 22 luglio 2010, dopo poco meno di quattro mesi dalla notifica del giudizio penale. Il Consiglio di Stato ha statuito il 16 novembre 2010 sul ricorso del 27 luglio 2010 del ricorrente, vale a dire pure entro un termine inferiore a quattro mesi. Il Tribunale cantonale amministrativo si è pronunciato l'11 ottobre 2012 sul ricorso del 3 dicembre 2010 contro la risoluzione governativa, dopo quindi oltre un anno e dieci mesi dall'inoltro del gravame. Certo, quest'ultimo termine appare rilevante, ove si consideri che la causa non era complessa. Il ricorrente non critica tuttavia specificatamente la durata di questa fase ricorsuale, limitandosi a rilevare, in generale, che dal momento dell'infrazione sono trascorsi oltre quattro anni. Disattende però che deve innanzitutto essere valutata la durata del procedimento amministrativo, il quale, riavviato dopo la conclusione di quello penale, nell'aprile del 2010, è durato complessivamente circa tre anni e tre mesi. Quand'anche si volesse ritenere criticabile il ritardo nella procedura di ricorso dinanzi alla Corte cantonale, la violazione del principio di celerità non sarebbe così grave da permettere di rinunciare in via eccezionale all'adozione della misura. La revoca della licenza di condurre per una durata di dodici mesi corrisponde in concreto al minimo legale giusta l'art. 16c cpv. 2 lett. c LCStr e non può essere ridotta, non avendo il tempo sin qui trascorso privato la misura del suo scopo educativo (cfr. <ref-ruling> consid. 2.3).
5.
Il ricorrente critica infine il fatto che la Corte cantonale, richiamando l'ammonimento del 2002, abbia ritenuto "quantomeno discutibile" la sua reputazione quale conducente. In concreto, la durata della revoca corrisponde al minimo previsto dall'art. 16 cpv. 2 lett. c LCStr e tiene conto solo del precedente del 2006. L'ammonimento del 2002 non ha avuto alcuna incidenza sulla misura, sicché la censura non deve essere esaminata oltre.
6.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle strade.