Sachverhalt:
A. Die Milchgenossenschaft X._ (Genossenschaft) hat die Förderung der Milchproduktion und -verwertung in der Region Ostschweiz zum Zweck. Für die Käseproduktion sind das Einzelunternehmen Y._ sowie die Y._ AG zuständig. Der Käsehandel wird über die Y._ GmbH abgewickelt. AY._ war bis zum 8. Juli 2008 als Mitglied der Genossenschaft im Handelsregister des Kantons St. Gallen eingetragen.
Am 4. November 2005 und 22. August 2006 ersuchte die am 1. Mai 2006 aus der Milchkontingentierung entlassene Genossenschaft gestützt auf die Verordnung über den Ausstieg aus der Milchkontingentierung das Bundesamt für Landwirtschaft erfolglos um Bewilligung einer Mehrmenge von 12 Mio. kg Milch für das Milchjahr 2006/07. Einem weiteren Gesuch wurde im Umfang von 8 Mio. kg Milch unter Auflagen - Verarbeitung der Mehrmengenmilch zu Grosslochhartkäse und Vermarktung unter der Bezeichnung "Y._ Switzerland" - entsprochen.
Anlässlich einer Kontrolle in der Y._ AG kritisierte das Bundesamt die mangelhaften Produktespezifikationen auf den Lieferscheinen, welche eine Sortenzuteilung der Käse verunmögliche, sowie die Abweichung der Käsebezeichnungen auf Rechnungen von den Lieferscheinen. Beanstandet wurden auch Korrekturen auf Zolldokumenten und die Verwendung von Verpackungsfolien für Grosslochkäse mit dem unerlaubten Aufdruck "Emmentaler". Eine am 7. Mai 2007 durchgeführte Nachkontrolle scheiterte an der mangelhaften Mitwirkung der Genossenschaft.
Am 9. Mai 2007 teilte die Oberzolldirektion dem Bundesamt mit, beim Zollamt Chiasso Strada seien verschiedene Ausfuhrsendungen "Emmentaler" verzollt worden. Die Exporteurin, die Y._ GmbH, habe die Ausfuhr als "Hartkäse vollfett" (TSM Nr. 994) und nicht als Emmentaler (TSM Nr. 991) deklariert, obschon die Ware Etiketten mit dem Hinweis "Emmentaler" trugen.
Am 8. August 2007 verfügte das Bundesamt die Aufhebung der bewilligten Mehrmenge von 8 Mio. kg für das Jahr 2006/07 und auferlegte der Genossenschaft als Verwaltungsmassnahme eine Ordnungsbusse von Fr. 575'000.--. Des Weiteren wurde die Genossenschaft von der Berechtigung ausgeschlossen, für die Milchjahre 2007/08 und 2008/09 ein Gesuch um eine Mehrmenge zu stellen.
Dagegen gelangte die Genossenschaft an das Bundesverwaltungsgericht, welches ihre Beschwerde in Bezug auf den Ausschluss von der Gesuchsberechtigung und die Gebühr von Fr. 1'000.-- guthiess; der Entzug der Mehrmenge für das Milchjahr 2006/07 und die Verwaltungsmassnahme wurden hingegen bestätigt.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Milchgenossenschaft X._ dem Bundesgericht - neben der Aufhebung der Verfügung des Bundesamtes für Landwirtschaft vom 8. August 2007 - das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 15. Oktober 2008 insoweit aufzuheben, als sie verpflichtet werde, eine Ordnungsbusse von Fr. 575'000.-- zu bezahlen, und soweit ihr Verfahrenskosten auferlegt worden seien.
Das Bundesamt für Landwirtschaft beantragt, die Beschwerde abzuweisen, falls darauf eingetreten werde.
Das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
C. Mit Verfügung vom 16. Dezember 2008 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Das Bundesamt für Landwirtschaft geht davon aus, dass die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 83 lit. s Ziff. 1 BGG unzulässig ist, da es sich beim angefochtenen Urteil um einen Entscheid auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend die Milchkontingentierung bzw. um einen Entscheid im Zusammenhang mit dem Ausstieg aus der Milchkontingentierung handle.
Diese Vernehmlassung wurde der Beschwerdeführerin zur Kenntnisnahme zugestellt. Sie hat dazu keine Bemerkungen angebracht (zu ihrem Recht, unaufgefordert eine Replik einzureichen vgl. <ref-ruling> E. 2.2).
2. 2.1 Nach Art. 36a (Marginale "Aufhebung der Milchkontingentierung") Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG; SR 910.1) blieben die Art. 30-36 LwG, d.h. die Bestimmungen über die Milchkontingentierung, bis am 30. April 2009 anwendbar. Der Bundesrat konnte jedoch Produzenten, die Mitglied einer Organisation nach Art. 8 LwG oder zusammen mit einem bedeutenden regionalen Milchverwerter in einer Organisation zusammengeschlossen waren, bereits frühestens auf den 1. Mai 2006 von der Milchkontingentierung ausnehmen, wenn die Organisation:
a) eine Mengenregelung auf Stufe der Milchproduktion beschlossen hatte;
b) Sanktionen für den Fall festgelegt hatte, dass die individuell vereinbarten Mengen überschritten wurden; und
c) Gewähr dafür bestand, dass das Wachstum der produzierten Milchmenge nicht grösser war als jenes des Mengenbedarfs der hergestellten Produkte.
Von dieser Ermächtigung hat der Bundesrat gestützt auf Art. 177 LwG Gebrauch gemacht und in der Verordnung vom 10. November 2004 über den Ausstieg aus der Milchkontingentierung (VAMK, SR 916.350.4) die Einzelheiten geregelt. Neben der Basismenge (Art. 6 VAMK) kann die Organisation mit Zustimmung des Bundesamtes für Landwirtschaft eine zusätzliche Milchmenge (Mehrmenge) vermarkten; die Zustimmung wird für ein Milchjahr erteilt, wenn der entsprechende Bedarf ausgewiesen wird (Art. 12 VAMK). Verstösse gegen die Bestimmungen der Verordnung werden mit Verwaltungsmassnahmen geahndet (Art. 21 Abs. 2 VAMK).
2.2 In Anwendung von Art. 12 VAMK hat das Bundesamt für Landwirtschaft der Beschwerdeführerin - eine Produzenten-Milchverwerter-Organisation im Sinne von Art. 5 VAMK - am 18. September 2006 für das Milchjahr 2006/07 eine Mehrmenge von 8 Mio. kg Milch bewilligt; dies mit dem Hinweis, dass die bewilligte Mehrmenge als aufgehoben gelte, wenn die dafür gestellten Bedingungen nicht oder nur teilweise eingehalten würden. Die Verfügung steht damit in unmittelbarem Zusammenhang mit der Milchkontingentierung.
2.3 Mit der Verfügung vom 8. August 2007 hob das Bundesamt für Landwirtschaft wegen Missachtung der mit der Bewilligung verbundenen Bedingungen - gestützt auf Art. 169 LwG ("Allgemeine Verwaltungsmassnahmen") - die Bewilligung der Mehrmenge für das Milchjahr 2006/07 auf und auferlegte der Beschwerdeführerin (neben dem Ausschluss von der Mehrmengengesuchsberechtigung für zwei Milchjahre) eine "Ordnungsbusse" von Fr. 575'000.-- (Art. 169 lit. h LwG in der bis zum 1. Januar 2008 gültigen Fassung; AS 2003 4230); nach dieser Bestimmung (heute im Wesentlichen entsprechend Art. 169 Abs. 2 LwG, wobei nun nur noch von "Betrag" die Rede ist und nicht mehr von Ordnungsbusse) konnte als Verwaltungsmassnahme eine Ordnungsbusse bis zu einem Betrag verfügt werden, der höchstens dem Erlös der zu Unrecht vermarkteten Produkte oder der zu Unrecht bezogenen Beträge oder der falsch gemeldeten Berechnungsgrundlagen entsprach. Das Bundesamt legte der Ordnungsbusse einen Ansatz von 10 Rappen pro Kilogramm unrechtmässig vermarkteter Milch zu Grunde.
Ein Widerruf der bewilligten Mehrmenge wegen Nichteinhaltung der mit der Bewilligung verbundenen Auflagen ist ebenfalls eine Massnahme im Zusammenhang mit der Milchkontingentierung. Zu prüfen ist hingegen, ob es sich bei der im selben Zusammenhang verfügten Verwaltungsmassnahme der "Ordnungsbusse" ebenfalls um eine Verfügung betreffend die Milchkontingentierung im Sinne von Art. 83 lit. s BGG handelt.
2.4 In der Lehre wird die Auffassung vertreten, dass der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. s Ziff. 1 BGG die gestützt auf die Art. 30 ff. LwG ergangenen Entscheide erfasst (Hansjörg Seiler und andere, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 100 zu Art. 83 BGG) bzw. sämtliche Entscheide, welche die Milchkontingentierung betreffen, einschliesslich derjenigen im Zusammenhang mit dem Ausstieg aus der Milchkontingentierung (Thomas Häberli, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 290 zu Art. 83 BGG; Alain Wurzburger, in: Commentaire de la LTF [Loi sur le Tribunal fédéral], 2009, N. 154 zu Art. 83 BGG: ".... vise toutes les décisions prises selon les art. 30 à 36b Lagr ..."). Nicht von der Ausnahmebestimmung erfasst werden somit im Bereich der Milchwirtschaft lediglich noch die Instrumente zur Stützung des Milchmarktes (Art. 38-42 LwG; vgl. Thomas Häberli, a.a.O., N. 291; Alain Wurzburger, a.a.O.).
Die finanzielle Sanktion, die bei unrechtmässig vermarkteter Milch auszusprechen ist, muss das Verhältnismässigkeitsprinzip wahren. Sie hat deshalb die Art und Schwere des Verstosses mit zu berücksichtigen. Ihre Überprüfung setzt somit die Anwendung von Bestimmungen voraus, die von Art. 83 lit. s BGG erfasst werden. Aus diesem Grund rechtfertigt es sich, den Beschwerdeausschluss auch auf die verfügte "Ordnungsbusse" zu erstrecken.
Diese weite Auslegung des Ausschlussgrundes von Art. 83 lit. s BGG rechtfertigt sich dadurch, dass es bei der Milchkontingentierung um komplexe politische und fachtechnische Sachverhalte geht (vgl. dazu Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, Rz. 2910; Matthias Suter, Der neue Rechtsschutz in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vor dem Bundesgericht, Diss. St. Gallen, 2007, S. 189); sie findet ihre Stütze ausserdem in der Entwicklung der einschlägigen Rechtsgrundlagen, wie die nachfolgenden Ausführungen belegen.
3. 3.1 Die Milchwirtschaftsbeschlüsse 1977 vom 7. Oktober 1977 (MWB 1977; AS 1979 257) und 1988 vom 16. Dezember 1988 (MWB 1988; AS 1989 504 ff.; vgl. zur Entwicklung der Milchkontingentierung: Yves Donzallaz, Traité de droit agraire suisse: droit public et droit privé, Bd. 1, 2004, S. 369 bis 425) sahen als Verwaltungsmassnahmen vor, dass die Abteilung für Landwirtschaft bzw. das Bundesamt für Landwirtschaft unrechtmässig erworbene Vermögensvorteile zurückfordert; ihre Verfügungen unterlagen letztlich der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht (Art. 24 bzw. Art. 28 Abs. 1).
Gegen "Verfügungen im Zusammenhang mit der Milchkontingentierung" war die "Verwaltungsgerichtsbeschwerde ausgeschlossen (Ergänzung zu Art. 100 BSt. m OG)" (Art. 33 MWB 1988).
3.2 Mit Änderung vom 18. März 1994 fasste der Gesetzgeber Art. 28 Abs. 1 MWB 1988 neu, indem - zwar wie bis anhin - das Bundesamt unrechtmässig erworbene Vermögensvorteile zurückforderte und dessen Verfügung der Beschwerde an die Rekurskommission EVD unterlag. Diese entschied nun aber endgültig, "wenn die Rückforderung mit der Milchkontingentierung zusammenhängt" (BBl 1994 329). In der Botschaft des Bundesrates wird unter dem Titel "Modifikation bei den Verwaltungsmassnahmen (Art. 28 Abs. 1)" dazu erläutert, auch Abgaben, die im Zusammenhang mit der Milchkontingentierung entstünden und nicht bezahlt würden - namentlich erwähnt wurde Art. 3, in welcher Bestimmung die Abgabe für Kontingentsüberschreitungen geregelt war -, bildeten unrechtmässige Vermögensvorteile. Die neu geschaffenen eidgenössischen Rekurskommissionen würden endgültig entscheiden, sofern die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht unzulässig sei. Gegen Verfügungen im Zusammenhang mit der Milchkontingentierung sei "ganz allgemein die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ausgeschlossen", weshalb Art. 28 Abs. 1 entsprechend anzupassen sei (BBl 1993 630).
Diese Regelung trat zwar nicht in Kraft, weil die Änderungsvorlage wegen der zugleich beschlossenen Möglichkeit der Übertragung von Milchkontingenten (ohne Auflagen für ökologische Bewirtschaftung und artgerechte Tierhaltung) in der Volksabstimmung vom 12. März 1995 verworfen wurde. Die von keiner Seite bestrittene Ergänzung von Art. 28 Abs. 1 MWB 1988 zeigt aber die klare Absicht des damaligen Gesetzgebers, alle Entscheide, die mit der Milchkontingentierung im weiten Sinne zusammenhängen, von der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht auszunehmen; insbesondere wurde auch die Rückforderung von unrechtmässigen Vermögensvorteilen nach Art. 28 MWB 1988 erfasst, sofern diese mit der Milchkontingentierung zusammenhing.
3.3 Mit dem Inkrafttreten des Landwirtschaftsgesetzes am 1. Januar 1999 wurde der Milchwirtschaftsbeschluss 1988 aufgehoben bzw. die noch notwendigen materiellen Bestimmungen in das neue Gesetz eingegliedert, wobei die Bestimmungen über den Rechtsschutz, Verwaltungsmassnahmen und Strafbestimmungen sowie die Schlussbestimmungen keine wesentlichen materiellen Änderungen erfuhren (BBl 1996 39). Es wurden nur die nötigen Verfahrensbestimmungen über den Rechtsschutz aufgenommen, soweit dies als Ergänzung zur Bundesgesetzgebung über die Verwaltungsrechtspflege erforderlich war. Die Durchsetzung der Gebote und Verbote sollte in erster Linie mittels Verwaltungsmassnahmen erfolgen (BBl 1996 276). Der separate Rechtsweg für die Milchkontingentierung wurde damit ebenfalls beibehalten: Erstinstanzliche Verfügungen über die weitergeführte Milchkontingentierung als produktionsbeschränkende Massnahme (Art. 30 - 36b LwG) unterlagen weiterhin der Beschwerde an eine regionale Rekurskommission, deren Entscheide an die Rekurskommission EVD weitergezogen werden konnten (Art. 164 LwG; BBl 1996 277). Geändert wurde auch der Wortlaut von Art. 100 Abs. 1 lit. m Ziff. 2 OG, wonach die Verwaltungsgerichtsbeschwerde auf dem Gebiet der Landwirtschaft auch unzulässig war gegen "Verfügungen über die Milchkontingentierung" (BBl 1996 385); diese Änderung wurde in der Botschaft nicht begründet, weshalb angesichts der vorstehend erwähnten Grundsatzerklärung davon auszugehen ist, dass damit keine inhaltliche Änderung beabsichtigt war.
3.4 Entscheidend ist indessen im vorliegenden Fall, dass die angefochtene Verfügung des Bundesamtes für Landwirtschaft gestützt auf Art. 169 lit. h LwG (in der damals noch gültigen Fassung) ergangen ist. Diese Bestimmung war im Entwurf des Bundesrates zur Teilrevision des Landwirtschaftsgesetzes im Zusammenhang mit der Aufhebung der Milchkontingentierung noch nicht vorgesehen (BBl 2002 4880); sie wurde erst im Laufe der parlamentarischen Beratung - diskussionslos - eingefügt; begründet wurde sie damit, dass sie eine Folgebestimmung zu Art. 36b LwG sei (AB 2002 S 1259). Der neue Art. 36a LwG regelt die Rahmenbedingungen für die Aufhebung der Milchkontingentierung. Das Parlament nahm in Ergänzung dazu den in der Vorlage noch nicht vorgesehenen Art. 36b LwG auf; dieser enthielt die für die Folgezeit (bis 2012) als erforderlich erachteten Begleitmassnahmen; für die nach Art. 36a LwG von der Milchkontingentierung befreiten Produzenten galten sie schon ab 1. Mai 2006, für die übrigen ab der Aufhebung der Kontingentierung am 30. April 2009. Zu ihrer Durchsetzung wurde Art. 169 lit. h LwG eingefügt (AB 2002 S 1233).
3.5 Nach dem bisher Ausgeführten ist das angefochtene Urteil der Vorinstanz ein Entscheid betreffend die Milchkontingentierung, gegen den gemäss Art. 83 lit. s Ziff. 1 BGG die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig ist.
4. Aus diesen Gründen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Wie die unzutreffende Rechtsmittelbelehrung bestätigt, war die Rechtslage unklar. Es rechtfertigt sich daher, für das Verfahren vor Bundesgericht keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG). Als unterliegender Partei kann der Beschwerdeführerin keine Parteientschädigung zugesprochen werden (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng