Sachverhalt:
A. Die Mitglieder der Erbengemeinschaft A._ (im Folgenden: Erbengemeinschaft) sind Eigentümer der in der Gemeinde Orpund gelegenen Parzellen Nrn. 167 und 168. Diese Parzellen werden teilweise für den Bau eines Abschnitts der Nationalstrasse N5 benötigt. Das Ausführungsprojekt wurde im Jahr 2002 erstmals öffentlich aufgelegt und vom Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) im Jahr 2004 genehmigt. Die Plangenehmigung wurde erfolgreich angefochten und das Ausführungsprojekt wurde mit einer gerichtlich angeordneten Anpassung erneut aufgelegt und im Jahr 2007 vom UVEK genehmigt. Diese Genehmigung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft.
Am 1. Februar 2008 stellte der Kanton Bern bei der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, (im Folgenden: ESchK) ein Gesuch um Einleitung des Enteignungsverfahrens sowie um Gewährung der vorzeitigen Besitzeinweisung. Am 6. März 2008 wurde eine Einigungsverhandlung durchgeführt. Gleichentags ermächtigte die ESchK den Kanton Bern, von den beiden Parzellen im Umfang der vom UVEK genehmigten Landerwerbspläne vorzeitig Besitz zu ergreifen; ausserdem verfügte sie die Leistung einer Abschlagszahlung von Fr. 180'000.-- an die Erbengemeinschaft. Am 22. Oktober 2009 fand die Schätzungsverhandlung statt. Während in mehreren Punkten eine Einigung erzielt werden konnte, blieb insbesondere strittig, ob für die Enteignung von Teilen der beiden Parzellen der Verkehrswert von Bauland oder von Landwirtschaftsland zu entschädigen sei.
Mit Entscheid vom 10. September 2010 verfügte die ESchK die Eigentumsübertragung bezüglich der betroffenen Teilflächen der Parzellen Nrn. 167 und 168 auf den Kanton Bern und legte die Entschädigungssummen fest. Diesbezüglich erwog die ESchK, es gebe keinen Anlass, für die Bestimmung der Entschädigung vom Verkehrswert im Zeitpunkt der Einigungsverhandlung abzuweichen, denn die beiden Parzellen wären auch ohne das Nationalstrassenprojekt der Landwirtschaftszone zugeteilt worden. Es sei deshalb der Verkehrswert für Landwirtschaftsland zu entschädigen.
Gegen diesen Entscheid erhoben die Mitglieder der Erbengemeinschaft am 14. Oktober 2010 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragten im Wesentlichen, es sei für die Bestimmung der Entschädigung auf den Verkehrswert von Bauland in einer Industriezone abzustellen. Es stehe fest, dass die rechtliche Situation der beiden Parzellen ohne die Planung der Nationalstrasse im Zeitpunkt der Einigungsverhandlung eine andere gewesen wäre. Massgebender Zeitpunkt für die Festsetzung der Entschädigung müsse das Jahr 1975 sein, als das generelle Projekt erstmals öffentlich aufgelegt worden sei. Damals hätten sich die beiden Parzellen in einer Bauzone befunden.
Mit Urteil vom 5. April 2011 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Die Gerichtskosten auferlegte es dem Kanton Bern und verpflichtete diesen, den Mitgliedern der Erbengemeinschaft eine Parteientschädigung auszurichten.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 23. Mai 2011 beantragen die Mitglieder der Erbengemeinschaft im Wesentlichen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei im Hauptpunkt aufzuheben. Zudem sei der Kanton Bern zu verpflichten, ihnen eine auf dem Verkehrswert basierende Entschädigung zu bezahlen. In prozessualer Hinsicht beantragen die Mitglieder der Erbengemeinschaft, es sei ein Augenschein und ein Parteiverhör durchzuführen.
Das Bundesverwaltungsgericht und das ebenfalls zur Stellungnahme eingeladene Bundesamt für Raumentwicklung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die ESchK und der Kanton Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Stellungnahme dazu im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>) stützt sich in erster Linie auf das Bundesgesetz über die Enteignung (EntG; SR 711) und betrifft demzufolge eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Es handelt sich um einen Endentscheid i.S.v. <ref-law>. Die Beschwerdeführer, deren Entschädigungsbegehren nicht vollumfänglich entsprochen wurde, sind durch den angefochtenen Entscheid in besonderem Masse berührt. Sie sind zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law>). Auf ihre Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Der rechtserhebliche Sachverhalt geht aus den Akten hinreichend hervor. Auf die Durchführung eines Augenscheins kann daher verzichtet werden, ebenso auf ein Parteiverhör.
2. Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
3. 3.1 Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von Art. 19bis Abs. 1 EntG (SR 711). Sie verweisen in diesem Zusammenhang auch auf die Eigentumsgarantie (<ref-law>), jedoch ohne daraus für die vorliegende Sache weitergehende Ansprüche abzuleiten. Die von ihnen vorgetragenen Rügen sind deshalb im Licht von Art. 19bis Abs. 1 EntG zu beurteilen.
Nach Art. 19bis Abs. 1 EntG ist für die Frage, welche rechtliche und tatsächliche Situation der Bewertung des enteigneten Bodens zugrunde zu legen ist, in der Regel auf das Datum der Einigungsverhandlung abzustellen. Von einer anderen als der in diesem Zeitpunkt geltenden Rechts- und Sachlage darf und muss aber ausgegangen werden, wenn feststeht oder mit hoher Wahrscheinlichkeit anzunehmen ist, dass die Situation des fraglichen Grundstücks zur Zeit der Einigungsverhandlung ohne die Enteignung eine andere gewesen wäre. Vorwirkungen des Werks, die sich in planerischer Hinsicht niederschlagen, haben wie andere werkbedingte Vor- und Nachteile bei der Ermittlung des Verkehrswerts ausser Acht zu bleiben (Art. 20 Abs. 3 EntG; <ref-ruling> E. 5 S. 474; <ref-ruling> E. 5b S. 25 f.; Urteile 1P.659/2006 vom 22. Januar 2007 E. 4.3; 1E.13/2004 vom 8. Februar 2005 E. 4.1, in: ZBl 107/2006 S. 439; 1E.11/2003 vom 22. April 2004 E. 5.2; 1E.4/2002 vom 21. Oktober 2002 E. 2.2; je mit Hinweisen).
Die beiden Parzellen der Beschwerdeführer befanden sich zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung vom 6. März 2008 in der Landwirtschaftszone. Die Beschwerdeführer sind jedoch der Ansicht, es sei nicht auf diesen Zeitpunkt abzustellen. Sie machen geltend, ohne den Bau der Nationalstrasse N5 bzw. die darauf zurückzuführende Enteignung würden die beiden Parzellen nicht in der Landwirtschaftszone, sondern in der Bauzone liegen. Sie begründen dies mit der raumplanerischen Entwicklung im betreffenden Gebiet, welche sie in verschiedener Hinsicht anders deuten als die Vorinstanz.
Soweit es für die Beurteilung der Kritik der Beschwerdeführer am angefochtenen Entscheid bedeutsam ist, ist im Folgenden die Chronologie der entsprechenden planerischen Massnahmen nachzuzeichnen, wie sie sich aus dem angefochtenen Entscheid und den Akten ergibt. Anschliessend ist auf die Vorbringen der Beschwerdeführer einzugehen.
3.2 Die beiden Parzellen gehören zu einem in der westlichen Peripherie der Gemeinde Orpund gelegenen Gebiet, das westlich und nördlich an die Ausläufer des Bieler Quartiers Mett angrenzt. Gemäss der vom Regierungsrat des Kantons Bern am 23. Januar 1968 genehmigten baurechtlichen Grundordnung war die nördlich der Hauptstrasse gelegene Parzelle Nr. 167 im Wesentlichen der Wohnzone 3, die südlich dieser Strasse gelegene Parzelle Nr. 168 teils der Wohnzone 4, teils der Wohn- und Gewerbezone zugeteilt. Im Zonenplan war der ungefähre Verlauf der Nationalstrasse N5 bereits eingezeichnet. Danach waren die beiden Parzellen vom künftigen Strassenverlauf betroffen.
Im Jahr 1975 wurde das generelle Projekt für den N5-Anschluss Orpund öffentlich aufgelegt.
Im revidierten Zonenplan der Gemeinde Orpund von 1977 wurde die Parzelle Nr. 168 mit Ausnahme eines schmalen Streifens am östlichen Rand, der für die N5 vorgesehen war, der Industriezone 2 zugeteilt. Der kleinere südliche Teil der Parzelle Nr. 167 (durchschnitten von einem Streifen für die N5) wurde der Industriezone 1, der grössere nördliche Teil (ebenfalls durchschnitten von einem Streifen für die N5) dem übrigen Gemeindegebiet zugeteilt. Die Parzelle Nr. 168 und der südliche Teil der Parzelle Nr. 167 bildeten Bestandteil einer von der Hauptstrasse und von der geplanten N5 kreuzweise durchschnittenen Industriezone. Diese "Industriezone West" grenzte im Norden an einen bis zur Stadtgrenze Biel reichenden Streifen mit vorwiegend landwirtschaftlichem Charakter.
Die Baudirektion des Kantons Bern genehmigte den revidierten Zonenplan mit Beschluss vom 17. September 1981, klammerte jedoch die Industriezone West von der Genehmigung aus. Mit Beschluss vom 4. Oktober 1982 genehmigte sie nachträglich auch die Industriezone West, jedoch nur hinsichtlich gewisser westlich der projektierten N5 gelegener, südlich an die Hauptstrasse angrenzender Parzellen.
Mit Beschluss vom 29. Mai 1986 erliess die Baudirektion für das Gebiet der Gemeinde Orpund mehrere Planungszonen zum Schutze des Kulturlands. Diese umfassten auch die Parzelle Nr. 168 und teilweise die Parzelle Nr. 167.
Im Jahr 1989 revidierte die Gemeinde Orpund ihren Zonenplan erneut und wies die Parzellen Nrn. 167 und 168 der Landwirtschaftszone zu. Die beiden Parzellen bilden seither mit weiteren nördlich und südlich der Hauptstrasse gelegenen, der Landwirtschaftszone zugewiesenen Parzellen einen Streifen, der das übrige Gemeindegebiet Orpunds von der verkleinerten Industriezone West sowie vom Bieler Quartier Mett trennt. Mit Beschluss vom 16. Oktober 1990 genehmigte die Baudirektion, soweit hier wesentlich, den revidierten Zonenplan zusammen mit dem ebenfalls 1989 von der Gemeinde Orpund erlassenen Verkehrsrichtplan. Die Einsprache der Beschwerdeführer, die verlangt hatten, die Parzellen Nrn. 167 und 168 müssten gemäss dem bisherigen Zonenplan in der Bauzone verbleiben, wies die Baudirektion ab.
Im Jahr 1994 wurde das generelle Projekt der N5 Biel-Brügg- moos-Biel Ost öffentlich aufgelegt. Gemäss dem Projekt sollte der vorgesehene Tunnel die Parzelle Nr. 167 und die Autobahnauffahrt des Anschlusses Orpund die Parzelle Nr. 168 in Anspruch nehmen. Der Bundesrat genehmigte das generelle Projekt 1997 bzw. 1999.
3.3 Die Beschwerdeführer bringen eine Reihe von Argumenten vor, die zeigen sollen, dass eine Entschädigung basierend auf dem Verkehrswert für Industrieland geschuldet ist. Sie machen geltend, massgebend seien die Folgen des 1975 wirksam gewordenen Enteignungsbanns (dazu E. 3.4 hiernach). Zudem hätten sie mit der Migros einen Kaufvorvertrag abgeschlossen, der nur wegen der N5 nicht zu einem definitiven Kaufvertrag geführt habe (dazu E. 3.5 hiernach). Auch bezüglich des Zonenplans 1977 und der Genehmigungsbeschlüsse der Baudirektion von 1981 und 1982 sind sie der Ansicht, diese seien durch das Nationalstrassenprojekt bedingt gewesen (dazu E. 3.6 und 3.7 hiernach). Dasselbe machen sie hinsichtlich der Zonenplanrevision von 1989/1990 geltend, als die Parzellen Nr. 167 und 168 der Landwirtschaftszone zugewiesen wurden (dazu E. 3.8 hiernach). Schliesslich rügen sie eine Ungleichbehandlung gegenüber benachbarten Parzellen und den Umstand, dass sie eine der beiden Parzellen über lange Zeit als Bauland versteuert hätten. Auch habe die Zuweisung zur Landwirtschaftszone anlässlich der Revision von 1989/1990 Art. 16 Abs. 1 lit. a RPG (SR 700) widersprochen (dazu E. 3.9 hiernach).
3.4 Zur Behauptung der Beschwerdeführer, es seien vorliegend die Folgen des 1975 eingetreten Enteignungsbanns zu beurteilen, wird im angefochtenen Entscheid unter Verweis auf <ref-ruling> E. 7c S. 24 Folgendes ausgeführt: Soweit sich die Beschwerdeführer auf den Enteignungsbann beriefen, erweise sich dies von vornherein als unbehelflich, da dieser nicht bereits mit der öffentlichen Auflage des generellen Projekts, sondern erst mit der Auflage des Ausführungsprojekts eingetreten sei. Zu diesem Zeitpunkt seien die beiden Parzellen indes bereits seit längerer Zeit der Landwirtschaftszone zugewiesen gewesen.
Auf diese Erwägungen des Bundesverwaltungsgerichts gehen die Beschwerdeführer mit keinem Wort ein. Auf ihre Beschwerde ist insofern nicht einzutreten (<ref-law>).
3.5 Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, sie hätten am 20. Juni 1969 mit der Migros einen Kaufvorvertrag über einen Anteil von 7'040 m2 an der Parzelle Nr. 167 abgeschlossen. Die Migros habe im westlichen Gebiet von Orpund ein Einkaufszentrum bauen wollen. Nachdem die im Zonenplan von 1977 eingetragene Autobahn die Fläche der Parzelle Nr. 167, welche in der Industriezone verblieben war, in zwei Hälften geteilt habe, sei die Migros aber vom Vorvertrag zurückgetreten. Sie habe jedoch gemäss Schreiben vom 5. März 1980 immer noch denjenigen Teil der Parzelle erwerben wollen, welcher in der Industriezone lag, im Süden an eine ihr bereits gehörende Parzelle anschloss und im Osten durch die geplante Autobahn begrenzt wurde. Einzig die Linienführung der N5 habe sie somit am Abschluss des definitiven Kaufvertrags gehindert. Daraus gehe hervor, dass im Jahr 1975 der Tatbestand der materiellen Enteignung erfüllt worden sei.
Das Bundesverwaltungsgericht legte dar, es sei nicht davon auszugehen, dass die Migros ihr Bauvorhaben ohne das Nationalstrassenprojekt bereits 1975 realisiert hätte. Zudem habe die Baudirektion in ihrem Beschluss vom 13. August 1987 festgestellt, dass die Parzelle Nr. 167 nicht hinreichend erschlossen sei. Die Chronologie der Ereignisse zeige, dass die Migros nicht wegen der bestehenden Unsicherheit über die Nationalstrasse vom Kaufvorvertrag zurückgetreten sei, sondern weil der revidierte Zonenplan aus dem Jahr 1977 den grösseren Teil der Parzelle Nr. 167 dem übrigen Gemeindegebiet zugeteilt habe.
Die Beschwerdeführer bezeichnen diese Ausführungen als nicht haltbar. Der Kaufvorvertrag habe nur denjenigen Teil der Parzelle Nr. 167 betroffen, welcher in der Industriezone verblieben sei.
Im von den Beschwerdeführern zu den Akten gegebenen Brief vom 26. Oktober 1979 legte die Migros dar, sie sei nicht mehr bereit, das Grundstück zu erwerben, denn sie habe feststellen müssen, dass sich dieses zum grössten Teil nicht mehr in der Bauzone, sondern in der Zone "übriges Gemeindegebiet" befinde. Mit Schreiben vom 5. März 1980 bot sie den Beschwerdeführern im Sinne eines Vergleichsvorschlags an, jenen Teil der Parzelle Nr. 167 zu kaufen, der weiterhin in der Bauzone (der Industriezone I) verbleibe. Vor diesem Hintergrund ist die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz, wonach die Migros vom Kaufvorvertrag zurückgetreten ist, weil der Zonenplan von 1977 den grösseren Teil der Parzelle Nr. 167 dem übrigen Gemeindegebiet zugeteilt habe, nicht zu beanstanden (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Ob und inwiefern dieser Zonenplan durch das Nationalstrassenprojekt bedingt war, ist im Folgenden zu prüfen.
3.6 Im Zonenplan von 1977 wurde die nördlich der Hauptstrasse gelegene frühere Bauzone verkleinert und namentlich der grössere nördliche Teil der Parzelle Nr. 167 dem übrigen Gemeindegebiet zugewiesen. Gemäss dem Zonenplan waren sowohl der nördliche als auch der südliche Teil vom hypothetischen Verlauf der künftigen N5 betroffen. Das Bundesverwaltungsgericht leitete aus diesem Umstand ab, dass für die Zuteilung des nördlichen Teils zum übrigen Gemeindegebiet der hypothetische Verlauf der N5 nicht entscheidend gewesen war. Wäre dies der Fall gewesen, so hätte es sich nämlich aufgedrängt, auch den südlichen Teil dieses Grundstücks bzw. alle vom künftigen Verlauf der N5 möglicherweise betroffenen Parzellen dem übrigen Gemeindegebiet zuzuweisen. Dies sei aber nicht geschehen. Es liege daher nahe, dass dem Verlauf der künftigen N5 bei der Zuteilung des nördlichen Teils der Parzelle Nr. 167 bzw. der Verkleinerung des nördlich der Hauptstrasse gelegenen Baugebiets keine massgebliche Bedeutung zugekommen sei.
Die Beschwerdeführer argumentieren, mit dieser Begründung sei gerade nachgewiesen, dass der südliche Teil der Parzelle Nr. 167 und die ganze Parzelle Nr. 168 mit hoher Wahrscheinlichkeit in der Bauzone verblieben wären. Es sei somit mindestens für diese Teilflächen eine Entschädigung gemäss dem Wert von Industriebauland geschuldet.
Wie die Beschwerdeführer dazu kommen, aus den zitierten Erwägungen diesen Umkehrschluss zu ziehen, ist nicht nachvollziehbar. Die Ausführungen des Bundesverwaltungsgerichts beziehen sich offensichtlich einzig auf die Frage, ob für die Zuteilung des nördlichen Teils der Parzelle Nr. 167 zum übrigen Gemeindegebiet der mögliche Verlauf der N5 entscheidend gewesen war. Dies hat es mit einer nachvollziehbaren Begründung verneint.
3.7 Die Beschwerdeführer sehen einen weiteren Beweis für ihre Position im Beschluss der Baudirektion vom 17. September 1981, worin die Industriezone West vom Genehmigungsverfahren ausgeklammert wurde. Sie weisen auf Erwägung 2.4 des Beschlusses hin, der folgenden Wortlaut hat: "Die an die Gemeinde Biel angrenzende Industriezone ist aus diesem Genehmigungsverfahren auszuklammern, unter gleichzeitiger Aufrechterhaltung der überlagernden Schutzzone I dBB, bis das endgültige Trassée der N5 feststeht. Zudem wird die Gemeinde Orpund angewiesen, die nötige Koordination mit der Nachbargemeinde Biel herzustellen, um die Zonenvorschriften im grenznachbarlichen Bereich gegenseitig abzustimmen. Insbesondere ist dabei das Ausscheiden eines Trenngürtels (Grünfläche) in Erwägung zu ziehen." Aus Sicht der Beschwerdeführer geht aus dieser Formulierung hervor, dass die N5 in der Planung entscheidend gewesen war. Der Trenngürtel sei lediglich eine Empfehlung gewesen und erscheine als blosser Vorwand. Dafür spreche auch der Beschluss der Baudirektion vom 4. Oktober 1982, in welchem die zuvor von der Genehmigung ausgenommene Industriezone hinsichtlich jener Parzellen genehmigt worden sei, welche nach dem neusten Stand der Autobahnplanung durch das zukünftige Trassee nicht tangiert worden wäre.
Das Bundesverwaltungsgericht erwog, aus dem Beschluss der Baudirektion vom 17. September 1981 könne nicht der Schluss gezogen werden, die Weisung an die Gemeinde Orpund bezüglich der Koordination der Zonenplanung mit der Stadt Biel und der Ausscheidung eines Trenngürtels habe keine Rolle gespielt. Das bereits früher errichtete provisorische Schutzgebiet betreffend die Industriezone West sowie dessen Aufrechterhaltung im Genehmigungsbeschluss sprächen vielmehr dafür, dass der Baudirektion die Ausscheidung eines Trenngürtels bzw. die Erhaltung einer Grünfläche zwischen den beiden Ortschaften ein eigenständiges Anliegen gewesen sei. Sie habe denn im Jahre 1986 hinsichtlich der Industriezone West auch die beiden Planungszonen zum Schutze des Kulturlands erlassen, welche sie bezüglich der damit verfolgten landwirtschaftlichen Interessen auch für den Fall für gerechtfertigt gehalten habe, dass das Gebiet von der N5 betroffen sein sollte. Dass sie in ihrem Beschluss vom 4. Oktober 1982 die Genehmigung der Industriezone West hinsichtlich verschiedener Parzellen einzig damit begründet habe, diese würden durch ein künftiges Autobahntrassee nicht tangiert, führe zu keinem anderen Resultat. Dieser Beschluss habe einzig westlich der projektierten N5 gelegene Parzellen betroffen und die Ausscheidung eines Trenngürtels bzw. die Erhaltung einer Grünfläche gemäss den Erwägungen der Baudirektion nicht in Frage gestellt. Die Erwähnung dieses Anliegens im Beschluss sei entsprechend gar nicht erforderlich gewesen.
Aus den erwähnten Beschlüssen der Baudirektion geht hervor, dass der Verlauf der künftigen Autobahn für die Planung im betroffenen Gebiet offensichtlich eine Rolle spielte. Dies ist im Ergebnis jedoch nicht entscheidend. Entscheidend ist, ob sich die beiden Parzellen der Beschwerdeführer zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung mit Sicherheit oder hoher Wahrscheinlichkeit nur wegen der Enteignung in der Landwirtschaftszone befanden (vgl. E. 3.1 hiervor). Solches lässt sich aus dem Umstand, dass die Baudirektion 1981 die Industriezone West vom Genehmigungsverfahren ausgeklammerte und 1982 diese hinsichtlich einer bestimmten Anzahl von Parzellen doch noch genehmigte, nicht schliessen. Dies ergibt sich vor allem daraus, dass die Baudirektion in ihrem Beschluss vom 17. September 1981 die Gemeinde Orpund anwies, für die nötige Koordination mit der Nachbargemeinde Biel zu sorgen und dabei ausdrücklich das Ausscheiden eines Trenngürtels (einer Grünfläche) nahelegte. Wie bereits das Bundesverwaltungsgericht feststellte, war demnach die Ausscheidung eines Trenngürtels bzw. die Erhaltung einer Grünfläche zwischen den beiden Ortschaften ein vom Nationalstrassenbau unabhängiges Anliegen. Dies ist entscheidend. Da dieses Unterfangen durch die Genehmigung der Industriezone West hinsichtlich verschiedener Parzellen von vornherein nicht als tangiert erschien, überrascht es zudem nicht, dass es die Baudirektion in ihrem Beschluss vom 4. Oktober 1982 nicht erwähnte.
3.8 Im Rahmen der Zonenplanrevision von 1989/1990 wurden die beiden Parzellen Nrn. 167 und 168 der Landwirtschaftszone zugewiesen. Die Beschwerdeführer sind auch hier der Ansicht, dass die Festlegung des Trassees der N5 bestimmend war. Sie zitieren den Erläuterungsbericht zur Ortsplanungsrevision, wo ausgeführt wird, dass die Industriezone West seit mehr als zwanzig Jahren eingezont sei und die Zone bisher nicht habe überbaut werden können, da die Linienführung und der Grundsatzentscheid über den Bau der N5 nicht gefällt sei und das Gebiet zusätzlich mit einer Planungszone "FFF" belegt worden sei. Weiter verweisen sie auf die im Erläuterungsbericht formulierten Ziele, wozu die Dimensionierung, Etappierung und Erschliessung der Industriezone westlich der projektierten Nationalstrassenvariante gehört. Instruktiv sei auch der Genehmigungsbeschluss der Baudirektion vom 16. Oktober 1990. Darin werde ausgeführt, dass die Industriezone in Orpund eindeutig überdimensioniert gewesen sei und demzufolge verschiedene Auszonungen, vor allem im Bereich der N5 vorgenommen werden müssten. Gleichzeitig sei dem Beschluss aber zu entnehmen, dass andere Parzellen in diesem Bereich neu in die Industriezone eingezont worden seien. Mit diesem widersprüchlichen Verhalten sei nochmals nachgewiesen, dass der wahre Grund der Rückzonung die Linienführung der N5 gewesen sei.
Die Vorinstanz führte aus, die Baudirektion habe in ihrem Genehmigungsbeschluss vom 16. Oktober 1990 nachvollziehbar erläutert, wieso sie die Verhinderung eines nahtlosen Übergangs zwischen den Baugebieten von Biel und Orpund als erforderlich und wichtig erachte. Sie verweise zudem auf den regionalen Richtplan, der den Erhalt einer Grünfläche in diesem Bereich verlange. Ihre Ausführungen erschienen ausserdem als Fortführung der bisherigen planungsrechtlichen Vorkehrungen für das Gebiet. Die angeführten siedlungsplanerischen Gründe seien daher nicht als vorgeschoben zu qualifizieren.
Es wurde bereits dargelegt, dass für die Beschlüsse der Baudirektion vom 17. September 1981 und 4. Oktober 1982 hinsichtlich der Industriezone West die Nationalstrasse ein zentraler, aber eben nicht der einzige Grund war. Dass dies im kommunalen Erläuterungsbericht zur Ortsplanungsrevision anders dargestellt wird, ist nicht massgebend. Der Beschluss vom 16. Oktober 1990 liegt mit der dargelegten Interpretation der beiden früheren Beschlüsse auf einer Linie. Darin führt die Baudirektion unter Hinweis auf den regionalen Richtplan aus, dass ein Grüngürtel von entscheidender Bedeutung sei, weil ansonsten keine klare Trennung zwischen dem Baugebiet der Stadt Biel und jenem der Gemeinde Orpund bestehe. Es solle nicht der Eindruck entstehen, die Stadt Biel wachse endlos in die Landschaft hinaus. Zudem würde der Verbleib der betreffenden Grundstücke in der Bauzone diese in rechtswidriger Weise vergrössern, weil die Industriezone den Bedarf der nächsten 15 Jahre schon abdecke (Art. 15 RPG). Diese Argumente sind sachlich und nachvollziehbar und können nicht als blosser Vorwand abgetan werden. Die Beschwerdeführer bestreiten denn auch weder, dass die Ausscheidung eines Trenngürtels einem öffentlichen Interesse entspricht (siehe dazu <ref-ruling> E. 3a S. 251) noch, dass die Industriezone unter Hinzunahme der Parzellen Nrn. 167 und 168 überdimensioniert gewesen wäre.
Zur angeblich widersprüchlichen Argumentation der Baudirektion im Zusammenhang mit der Dimensionierung der Industriezone West hielt das Bundesverwaltungsgericht Folgendes fest: Zwar sei richtig, dass die Baudirektion in ihrem Genehmigungsentscheid vom 16. Oktober 1990 auf die Zuteilung dreier Parzellen zu dieser Zone verweise. Bei diesen handle es sich indes um Parzellen, deren Zuteilung zur Industriezone West bereits im Zonenplan von 1977 vorgesehen gewesen und 1982 von der Baudirektion genehmigt worden sei. Sie seien somit nicht neu in die Industriezone aufgenommen, sondern in dieser belassen worden. Mit diesen Ausführungen im angefochtenen Entscheid setzen sich die Beschwerdeführer nicht auseinander, sie beschränken sich darauf, den Vorwurf der Widersprüchlichkeit erneut zu erheben. Darauf ist nicht einzutreten (<ref-law>).
3.9 Die Beschwerdeführer bringen drei weitere Argumente vor. Sie machen geltend, dass die Parzelle Nr. 168 noch im Jahre 1987 als Bauland versteuert worden sei. Zudem widerspreche die Zuweisung der Parzellen zur Landwirtschaftszone Art. 16 Abs. 1 lit. a RPG, denn eine landwirtschaftliche Nutzung sei nicht möglich gewesen. Und schliesslich weisen sie darauf hin, dass zwei Nachbarparzellen mit Beschluss der Baudirektion vom 13. August 1987 aus der Planungszone zum Schutz des Kulturlands entlassen worden seien. Weshalb diese Ungleichbehandlung verfügt worden sei, könne heute nicht geklärt werden.
Weder die behauptete Ungleichbehandlung noch die Versteuerung der beiden Parzellen der Beschwerdeführer betreffen die vorliegend zu beurteilende Frage der Vorwirkungen des Werks. Dasselbe gilt für die angeblich rechtswidrige Festlegung der Landwirtschaftszone. Der Zonenplan von 1989 ist zudem in Rechtskraft erwachsen und kann nicht im vorliegenden Verfahren erneut angefochten werden.
3.10 Die Beschwerdeführer haben mit ihrer Kritik nicht aufgezeigt, dass die Vorinstanz zu Unrecht mit hoher Wahrscheinlichkeit ausschloss, dass die Zuweisung zur Landwirtschaftszone ohne das Nationalstrassenprojekt nicht erfolgt wäre. Die Rüge der Verletzung von Art. 19bis Abs. 1 RPG erweist sich deshalb als unbegründet, soweit die Beschwerdeführer ihre diesbezügliche Kritik überhaupt hinreichend substanziiert haben.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Kostenfolgen im bundesgerichtlichen Verfahren richten sich nach dem Bundesgerichtsgesetz (Art. 116 Abs. 3 EntG). Danach werden die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Ausnahmsweise, wenn es die Umstände rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben (<ref-law>; Urteil 1C_284/2009 vom 8. Juni 2010 E. 13.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Vorliegend besteht kein Grund, von der in <ref-law> vorgesehenen Regel abzuweichen. Die Gerichtskosten sind folglich von den Beschwerdeführern zu tragen. Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>; Urteil 1C_27/2009 vom 17. September 2009 E. 6).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kanton Bern, Tiefbauamt, der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold