Sachverhalt:
A. Die im Jahre 1974 gegründete Vorsorgestiftung der X._ AG (im Folgenden: Vorsorgestiftung) erliess am 12. Juli 1999 eine neue Stiftungsurkunde, welche diejenige vom 7. November 1995 ersetzte, und verlegte im Jahre 1999 ihren Sitz nach H._. Mit Verfügung des Amtes für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht des Kantons Zug vom 14. Mai 2003 wurden die drei Stiftungsräte, darunter Rechtsanwalt lic. iur. S._ ihres Amtes enthoben und als kommissarische Verwalterin der Vorsorgestiftung Frau K._ eingesetzt. Mit Verfügung der Zentralschweizer BVG- und Stiftungsaufsicht vom 8. Februar 2006 wurde die Vorsorgestiftung in Liquidation versetzt und Frau K._ als Liquidatorin ernannt.
B. Am 3. Februar 2006 liess die Vorsorgestiftung Klage erheben mit dem Rechtsbegehren, der Beklagte sei zu verpflichten, ihr Fr. 489'462.- zuzüglich Zins von 5 % seit 10. Juli 2003 zu bezahlen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden führte einen doppelten Schriftenwechsel durch, verkündete O._ und U._ den Streit (Verfügungen vom 14. März 2006), verlangte von der Vorsorgestiftung die Edition zusätzlicher Akten und trat mit Entscheid vom 23. April 2007, zugestellt am 21. Februar 2008, auf die Klage nicht ein.
C. Die Vorsorgestiftung lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Rechtsanwalt S._ beantragt Abweisung der Klage, hat aber auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) hat keine Vernehmlassung erstattet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 2.5 S. 262, 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das von einer Vorsorgeeinrichtung reglementarisch oder statutarisch (unter Einschluss der Stiftungsurkunde) erlassene Berufsvorsorgerecht im engeren und weiteren Sinn stellt frei überprüfbares Bundesrecht dar, sofern es - wie nachstehend darzulegen im vorliegenden Fall von der Vorsorgestiftung - gestützt auf eine öffentlich-rechtliche Ermächtigung (vgl. Art. 50 BVG) erlassen worden ist (vgl. in <ref-ruling> nicht publ. E. 2 [B 113/03], 116 V 333 E. 2b S. 335; Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 10 zu Art. 106; Markus Schott, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 46 zu Art. 95; Hansjörg Seiler, in: Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N. 27 zu Art. 95).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmung von Art. 73 Abs. 1 Satz 1 BVG über die persönliche und die Rechtsprechung zur sachlichen Zuständigkeit der kantonalen Berufsvorsorgegerichte zutreffend wiedergegeben, wonach diese zur Beurteilung von Streitigkeiten zwischen "Anspruchsberechtigten" und nicht registrierten Personalfürsorgestiftungen zuständig sind, die im Bereich der Berufsvorsorge im engeren Sinn tätig sind. Darauf und auf <ref-ruling> E. 3.3.3 S. 85, 127 V 29 E. 3b S. 35 f. je mit Hinweisen kann verwiesen werden. Richtig festgehalten hat die Vorinstanz ferner, dass die kantonalen Berufsvorsorgegerichte nicht zuständig sind für Streitigkeiten mit sog. patronalen Wohlfahrtsstiftungen, welche reine Ermessensleistungen, das heisst keine rechtsverbindlichen Leistungen ausrichten und sich ohne Beiträge der Destinatäre finanzieren (vgl. auch Ulrich Meyer, Der Einfluss des BGG auf die Sozialrechtspflege, SZS 2007 S. 231 f.; Hans Michael Riemer, Die patronalen Wohlfahrtsfonds nach der 1. BVG-Revision, SZS 2007 S. 553 f.).
Zu ergänzen ist, dass die Zuständigkeitsbestimmung von Art. 73 Abs. 1 BVG gestützt auf <ref-law> und damit die persönliche und sachliche Zuständigkeit der kantonalen Berufsvorsorgegerichte auch für Streitigkeiten mit nicht registrierten Personalfürsorgestiftungen gegeben ist, wenn diese im Gebiet der beruflichen Vorsorge im engeren Sinn tätig sind, also ausserobligatorisch die Risiken Alter, Tod oder Invalidität versichern; und zwar auch dann, wenn sie sich ohne Beiträge der Destinatäre finanzieren (<ref-ruling> E. 1c S. 217; SZS 2001 S. 191 f. E. 1a, SZS 2000 S. 149, SZS 1999 S. 49 f. E. 3b).
3. 3.1 Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass in den Jahresrechnungen 1998 und 1999 der Vorsorgestiftung festgehalten worden sei, diese sei als patronaler Wohlfahrtsfonds konzipiert, hingegen ergäben sich daraus (und ebenso wenig aus den übrigen Akten) "keinerlei Hinweise auf Arbeitnehmerbeiträge". Im Anhang zu diesen beiden Jahresrechnungen sei festgehalten, dass die Vorsorgestiftung "keine direkte Vorsorge" betreibe und "keine Zusagen an Begünstigte" gemacht habe. In ihrer Korrespondenz habe die Vorsorgestiftung sich selbst als "patronale Vorsorgestiftung" bezeichnet. In Ziff. 2.1 der Stiftungsurkunde werde als Stiftungszweck u.a. die freiwillige berufliche Vorsorge genannt und die Vorsorgestiftung habe auch kein Reglement erlassen, weshalb keine reglementarischen "Leistungsverpflichtungen" bestünden. Schliesslich weise auch das Gesuch der Stifterfirma um Bezahlung der Löhne, somit als "à-fonds-perdu-Beiträge an die Destinatäre", auf eine patronale Wohlfahrtsstiftung hin.
3.2 Die Rechtsfrage, ob eine Personalfürsorgestiftung ein patronaler Wohlfahrtsfonds oder eine Vorsorgeeinrichtung im Sinne von Art. 73 Abs. 1 BVG ist, beurteilt sich nicht nach den dazu von den Stiftungsorganen oder den Revisoren in den Jahresrechnungen, Jahres- und Revisionsberichten oder korrespondenzweise abgegebenen Verlautbarungen, sondern nach dem reglementarisch oder statutarisch umschriebenen Stiftungszweck und der stiftungsrechtlich vorgesehenen Finanzierung der Stiftungsaufgaben. In der Stiftungsurkunde der Vorsorgestiftung vom 12. Juli 1999 lauten die entsprechenden Bestimmungen wie folgt:
"Art. 2 Zweck
1. Die Stiftung bezweckt die freiwillige berufliche Vorsorge für die Arbeitnehmer der Firma sowie für deren Angehörigen und Hinterlassenen gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Tod und Invalidität sowie in Notlagen wie bei Krankheit, Unfall, Invalidität oder Arbeitslosigkeit. .......
3. Der Stiftungsrat kann ein Reglement über die Leistungen erlassen, die Organisation, die Verwaltung und Finanzierung sowie über die Kontrolle der Stiftung. Er legt im Reglement das Verhältnis zu den Versicherten und zu den Anspruchsberechtigten fest. .......
Art. 3 Vermögen
3.1 Die Stifterfirma widmete der Stiftung ein Anfangsvermögen von Fr. 200'000.-.
Das Stiftungsvermögen wird geäufnet durch allfällige reglementarische Arbeitnehmerbeiträge, freiwillige Zuwendungen des Arbeitgebers und Dritter sowie durch allfällige Überschüsse aus Versicherungsverträgen und durch die Erträgnisse des Stiftungsvermögens.
3.2 Aus dem Stiftungsvermögen dürfen ausser zu Vorsorgezwecken keine Leistungen entrichtet werden, zu denen der Arbeitgeber rechtlich verpflichtet ist.
3.3 Das Stiftungsvermögen ist unter Beachtung der bundesrechtlichen Anlage- und Ausscheidungsvorschriften (<ref-law> in Verbindung mit Art. 49 ff. BVV2) nach anerkannten Grundsätzen zu verwalten.
Art. 6 Rechtsnachfolge, Aufhebung, Liquidation
.........................
.........................
.........................
6.5 Ein Rückfall von Stiftungsmitteln an die Firma oder deren Rechtsnachfolger sowie andere Verwendung als zu Zwecken der beruflichen Vorsorge ist ausgeschlossen."
Aus diesen statutarischen Bestimmungen geht unmissverständlich hervor, dass das Stiftungsvermögen u.a. durch reglementarische Arbeitnehmerbeiträge geäufnet wurde oder zumindest geäufnet werden konnte, dieses ausschliesslich zum Zwecke der Berufsvorsorge verwendet werden durfte sowie den Destinatären reglementarisch festgelegte, aus dem Stiftungsvermögen finanzierte, rechtsverbindliche Vorsorgeansprüche zustanden. Dass das hiefür statutarisch vorgesehene Reglement noch nicht erlassen und von den Arbeitnehmern der Stifterfirma die reglementarisch festzulegenden Beiträge noch nicht erhoben worden waren, ändert nichts daran, dass die Vorsorgestiftung jenes Wesensmerkmal aufwies, welches eine nicht registrierte Personalfürsorgestiftung im Sinne von <ref-law> von einem sog. patronalen Wohlfahrtsfonds unterscheidet: Rechtsansprüche der Destinatäre. Zusätzlich sind Finanzierungsbeiträge der Arbeitnehmer statutarisch vorgesehen, was für eine Personalfürsorgestiftung mit Versicherungscharakter typisch ist. Auch der statutarische Verweis auf <ref-law> und die Bestimmungen von Art. 49 ff. BVV2 im Zusammenhang mit der Vermögensverwaltung machen deutlich, dass die Vorsorgestiftung dem in Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 1 - 23 ZGB vorbehaltenen zwingenden Berufsvorsorgerecht unterstand, dessen Sinn und Zweck es u.a. ist, das Vorsorgevermögen und die Rechte der Versicherten auch im Verhältnis zur Stifterfirma zu schützen.
3.3 Entgegen der Rechtsauffassung der Vorinstanz handelt es sich somit bei der Beschwerdeführerin nicht um einen patronalen Wohlfahrtsfonds, sondern um eine nicht registrierte Personalvorsorgestiftung, deren Organe verantwortlichkeitsrechtlich nach Art. 52 BVG für Bestand und Erhalt des Stiftungsvermögens haften (<ref-law>). Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden ist zur Beurteilung der entsprechenden Klage sachlich zuständig (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 6 und 19 ZGB i.V.m. Art. 73 Abs. 1 lit. c BVG) und die Sache ist zu diesem Zweck an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4. Der unterliegende Beschwerdegegner trägt die Gerichtskosten (<ref-law>) und hat der Beschwerdeführerin - da es sich um einen Schadenersatzprozess nach Art. 52 BVG handelt - eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5b S. 133 f.).

erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 23. April 2007 aufgehoben und die Streitsache zur materiellen Beurteilung der Klage vom 3. Februar 2006 an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'842.95 (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Juli 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer