Fatti:
A. La X._ SA, già Y._ SA, è una società con sede a Lugano posta in liquidazione il 13 dicembre 2001 e fino ad allora attiva nell'intermediazione di effetti mobiliari, in particolare in operazioni di forfaiting. Iscritta dal 1° gennaio 1995 nel registro dei contribuenti assoggettati all'imposta sul valore aggiunto (IVA), nel mese di marzo del 1998 la società è stata sottoposta ad un controllo da parte dell'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) in merito ai periodi fiscali dal 1° gennaio 1995 al 31 dicembre 1997. L'autorità ne ha in primo luogo concluso che la società era stata iscritta a torto, poiché la sua attività era costituita quasi integralmente da operazioni escluse dall'imposta. Per questo motivo, ha allestito un conto complementare (n. aaa) con cui ha avanzato una pretesa di fr. 21'030.--, più interessi, a rettifica della deduzione dell'imposta precedente. In secondo luogo, ha accertato che l'interessata aveva versato provvigioni e commissioni a terzi all'estero per fr. 6'567'301.--. Considerati tali pagamenti quale contropartita di prestazioni di servizi imponibili ottenute dall'estero, ha emesso un secondo conto complementare (n. bbb) per un credito di fr. 426'874.-- (6,5% di fr. 6'567'301.--), oltre ad interessi del 5% dal 30 dicembre 1996.
B. Con decisioni formali del 21 gennaio 2000 l'AFC ha confermato le riprese d'imposta indicate nei conti complementari. Contro la pronuncia concernente il conto di importo più consistente l'interessata ha interposto reclamo, respinto tuttavia il 6 gennaio 2005. Essa si è allora aggravata dinanzi alla Commissione federale di ricorso in materia di contribuzioni (CRC) che, con sentenza del 29 novembre 2006, ha però a sua volta respinto l'impugnativa e confermato la decisione di imposizione. Secondo tale autorità, la contribuente non era stata in grado di dimostrare, come le incombeva, che le prestazioni ottenute dall'estero costituivano prestazioni esenti da imposta. In particolare, il semplice fatto che forniva prestazioni esenti non comprovava ancora che acquisiva pure prestazioni esenti. Irrilevante era poi un accordo fiscale concluso nel 1981, che non fondava un diritto alla protezione della buona fede. Nessun vantaggio poteva infine venir tratto dai lunghi tempi procedurali, vista la passività dell'interessata.
C. Il 15 gennaio 2007 la X._ SA in liquidazione ha interposto un ricorso di diritto amministrativo dinanzi al Tribunale federale, con cui chiede di annullare la decisione della Commissione di ricorso e quindi il prelievo d'imposta di fr. 426'874.--. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi.
Chiamato ad esprimersi, il Tribunale amministrativo federale, subentrato alla Commissione di ricorso in materia di contribuzioni, ha rinunciato a determinarsi. Pure senza formulare osservazioni, l'Amministrazione federale delle contribuzioni propone invece di respingere il gravame.

Diritto:
1. 1.1 La sentenza impugnata è stata pronunciata prima dell'entrata in vigore, il 1° gennaio 2007, della legge federale sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110). Alla presente procedura resta pertanto ancora applicabile la - di per sé abrogata - legge federale del 16 dicembre 1943 sull'organizzazione giudiziaria (OG; cfr. art. 131 cpv. 1 e 132 cpv. 1 LTF).
1.2 Diretto contro una decisione finale resa da una commissione federale di ricorso (art. 98 lett. e OG) e fondata sul diritto pubblico federale, il tempestivo ricorso in esame è di massima ammissibile in virtù degli art. 97 segg. OG nonché dell'art. 54 cpv. 1 dell'ordinanza del 22 giugno 1994 concernente l'imposta sul valore aggiunto (OIVA; RU 1994 1464), rispettivamente dell'art. 66 cpv. 1 della legge federale del 2 settembre 1999 concernente l'imposta sul valore aggiunto (LIVA; RS 641.20 [nel tenore in vigore prima del 1° gennaio 2007; RU 2000 1331]).
1.3 Con il ricorso di diritto amministrativo possono essere censurati la violazione del diritto federale, che comprende anche l'eccesso e l'abuso del potere di apprezzamento (art. 104 lett. a OG), nonché l'accertamento inesatto o incompleto dei fatti rilevanti (art. 104 lett. b OG). Quando, come in concreto, la decisione impugnata emana da un'autorità giudiziaria, l'accertamento dei fatti da essa operato vincola tuttavia il Tribunale federale, salvo che questi risultino manifestamente inesatti o incompleti oppure siano stati appurati violando norme essenziali di procedura (art. 105 cpv. 2 OG). Nei casi in cui vige questa regola, la possibilità di allegare fatti nuovi o di prevalersi di nuovi mezzi di prova è alquanto ristretta. Di principio, ciò che la parte ricorrente non ha allegato dinanzi all'istanza inferiore o non risultava dagli atti allora noti non va preso in considerazione nemmeno nella procedura dinanzi al Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 1.2).
Con scritto del 28 febbraio 2007 la ricorrente ha espresso riserve sull'incarto prodotto dall'Amministrazione federale delle contribuzioni assieme alla risposta al gravame, sostenendo che conterrebbe documenti estranei al fascicolo processuale. In realtà, gli atti trasmessi al Tribunale federale corrispondono esattamente a quelli già prodotti dall'Amministrazione federale delle contribuzioni dinanzi alla Commissione di ricorso. In particolare, già in quella sede il dossier conteneva due brochures informative allestite dalla ricorrente all'indirizzo della clientela, utili per capire l'attività che svolgeva. L'interessata ne era del resto al corrente, visto che la risposta di causa dell'autorità di prime cure faceva riferimento a tali documenti. Agli atti del procedimento dinanzi al Tribunale federale non figurano pertanto nuovi mezzi di prova.
2. 2.1 L'ordinanza concernente l'imposta sul valore aggiunto, entrata in vigore il 1° gennaio 1995, è stata sostituita dalla legge omonima a partire dal 1° gennaio 2001. Secondo l'<ref-law> le disposizioni abrogate e le loro prescrizioni d'esecuzione rimangono tuttavia ancora applicabili, salvo eccezioni che non ricorrono nel caso di specie, a tutti i fatti e i rapporti di diritto sorti durante la loro validità. Riferita a periodi fiscali anteriori al 31 dicembre 1997, la controversia in esame va dunque valutata in base alla pregressa ordinanza.
2.2 Secondo tale normativa, all'imposta sul valore aggiunto svizzera soggiace tra l'altro l'ottenimento di prestazioni di servizi dall'estero a titolo oneroso, a condizione che non si tratti di operazioni espressamente escluse dall'imposta (art. 4 lett. d OIVA). In virtù dell'<ref-law>, soggetto fiscale è il destinatario con domicilio, sede o stabilimento d'impresa in Svizzera, il quale è tenuto ad imporre l'ottenimento delle prestazioni di servizi imponibili effettuate dall'estero se l'impiego o l'utilizzazione avviene in Svizzera e se egli è assoggettato all'imposta ai sensi dell'<ref-law>. All'<ref-law> è correlato l'art. 15 cpv. 2 lett. l OIVA, in base al quale le prestazioni di servizi imponibili effettuate a destinatari con sede sociale o domicilio all'estero sono esenti da imposta a condizione che l'impiego o l'utilizzazione avvenga all'estero.
In ambito di prestazioni di servizi transfrontaliere è pertanto di massima imponibile l'importazione, mentre non è tassata l'esportazione. Le disposizioni menzionate concretizzano quindi il principio dell'imposizione nel paese di destinazione, conforme alla natura dell'imposta sul valore aggiunto in quanto imposta generale sul consumo (<ref-ruling> consid. 3; sentenza 2A.400/2001 del 9 aprile 2002, in: RDAF 2002 II pag. 347, consid. 2.2).
2.3 Come osservato, quattro sono i requisiti a cui è subordinata l'imposizione di prestazioni di servizi dall'estero: (1) l'assoggettamento dal profilo soggettivo, (2) l'esistenza di una prestazione eseguita dall'estero, (3) il suo impiego o la sua utilizzazione in Svizzera e (4) la natura imponibile della prestazione stessa.
La prima condizione è adempita da chiunque ottiene prestazioni di servizi dall'estero per più di fr. 10'000.-- per anno civile. Nella misura in cui costui non è già contribuente ai sensi dell'art. 17 cpv. 1, ovvero non è in particolare egli stesso prestatore di servizi imponibili per almeno fr. 75'000.-- l'anno, l'assoggettamento è limitato a tali prestazioni (art. 18 prima e seconda frase OIVA).
Il secondo requisito, ossia l'ottenimento di prestazioni dall'estero, pone il problema della localizzazione delle prestazioni di servizi. Giusta l'<ref-law>, il luogo di tali prestazioni è il luogo in cui il prestatore ha la sede sociale o uno stabilimento d'impresa, a partire dai quali la prestazione di servizi viene effettuata o, in mancanza di tale sede o stabilimento d'impresa, il luogo del suo domicilio o dal quale esercita la sua attività. La norma consacra pertanto il principio del luogo del prestatore. La regola conosce alcune eccezioni, irrilevanti nella fattispecie (cfr. <ref-law>).
Quanto al terzo presupposto, si considera che il luogo di impiego o utilizzazione è, per le prestazioni di servizio dette immateriali, il luogo dove il destinatario ha la sua sede sociale o il suo domicilio (<ref-ruling> consid. 4.2). Rientrano tra l'altro nella categoria delle prestazioni di servizio dette immateriali le prestazioni fornite da consulenti, amministratori di patrimoni e uffici di incasso. Vi fanno inoltre parte prestazioni quali la cessione di informazioni, ad esempio la comunicazione contro remunerazione ("finder's fee") di nomi di potenziali clienti, e servizi di conduzione aziendale, pure remunerati ("management fees"), come l'assunzione di compiti amministrativi e la fornitura di consulenze in tema di pianificazione finanziaria, di marketing o di gestione informatica (<ref-ruling> consid. 4.2; Promemoria n. 13 dell'Amministrazione federale delle contribuzioni concernente l'esenzione dall'imposta di determinate prestazioni di servizi effettuate a destinatari all'estero o ottenute dall'estero, cifra 2c [nella versione del 31 gennaio 1997 e in quella precedente, più succinta, del 30 ottobre 1995]).
Da ultimo, occorre che il tipo di prestazione ottenuta non rientri in alcuna delle categorie di operazioni escluse dall'imposta ai sensi dell'<ref-law>. Le eccezioni indicate da tale norma si applicano infatti anche alle prestazioni di servizi fornite dall'estero verso la Svizzera (cfr., oltre agli art. 4 e 9 OIVA, sentenza 2A.43/2002 dell'8 gennaio 2003, in: RDAF 2003 II pag. 394, consid. 2.1). Di rilievo, per il caso in esame, potrebbe in particolare risultare l'<ref-law> che esclude dall'imposta una serie di operazioni nel settore del traffico monetario e dei capitali.
2.4 Il contribuente che utilizza le prestazioni di servizi imponibili ottenute dall'estero per effettuare a sua volta prestazioni di servizi imponibili può dedurre nel suo rendiconto l'imposta da lui dichiarata per le prestazioni ricevute (art. 29 cpv. 1 lett. b e cpv. 2 lett. b OIVA; sentenza 2A.400/2001 del 9 aprile 2002, in: RDAF 2002 II pag. 347, consid. 2.1). Tale diritto alla deduzione dell'imposta precedente non sussiste quindi se il contribuente effettua prestazioni di servizio che non sono imponibili in quanto escluse dall'imposta in virtù dell'<ref-law> (<ref-law>). Per contro se egli effettua prestazioni esenti dall'imposta ai sensi dell'<ref-law>, ad esempio poiché rivolte a destinatari all'estero ed utilizzate all'estero (art. 15 cpv. 2 lett. l OIVA), ha di principio diritto di dedurre l'imposta precedente (art. 15 cpv. 1 e 29 cpv. 3 OIVA). In tal caso, la deduzione è comunque ammissibile solo se le prestazioni effettuate all'estero sono prestazioni che sarebbero imponibili se fossero compiute in Svizzera (art. 13 e 29 cpv. 3 in fine OIVA; sentenza 2A.78/2002 del 30 luglio 2003, in: RDAF 2005 II pag. 574, consid. 4.3-4.6).
3. 3.1 Nel caso concreto, al proprio rapporto di revisione del 5 maggio 1998 l'ispettore dell'Amministrazione federale delle contribuzioni ha allegato un elenco di una quarantina di versamenti che l'insorgente avrebbe compiuto negli anni 1995-1997 a prestatori di servizi situati all'estero, per un importo ogni anno abbondantemente superiore a fr. 10'000.-- e nel complesso di fr. 6'567'301.--. L'elenco riportava la data, il conto bancario e l'importo dei pagamenti nonché una rubrica dal titolo "testo in contabilità" in cui figuravano le diciture "pag. commissioni" o "pag. provvigioni". La ricorrente non ha mai contestato, ma anzi ad esempio nel proprio gravame al Tribunale federale, incorrendo invero in una certa confusione tra la nozione di luogo di effettuazione della prestazione e luogo di utilizzazione della medesima, sottolinea essa stessa che tali versamenti si riferivano a servizi prestati dall'estero verso la Svizzera. Di conseguenza, era giustificato presumere l'adempimento delle condizioni stabilite dall'<ref-law> e ritenere quindi l'insorgente destinataria con sede in Svizzera di prestazioni di servizi imponibili di valore superiore a fr. 10'000.-- annui, effettuate dall'estero (luogo del prestatore) ed utilizzate in Svizzera (luogo del destinatario).
3.2 In queste circostanze, in base al consolidato principio secondo cui il fisco è tenuto a dimostrare l'esistenza di elementi che fondano o aumentano il carico impositivo, mentre è il contribuente ad avere l'onere della prova per i fatti che concorrono ad escludere o a ridurre il debito verso l'erario (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 4c/aa; sentenza 2A.438/2006 del 14 dicembre 2006, in: RDAT I-2007 n. 13t, consid. 3.2), incombeva alla ricorrente comprovare che le prestazioni ricevute erano escluse dall'imposta in virtù dell'<ref-law>. Sennonché, oltre alle rilevate indicazioni contenute nell'elenco allestito a seguito del controllo sul posto, nell'intero incarto processuale non figurano altre precisazioni, né tanto meno altri documenti, che permettano di comprendere la natura dei servizi forniti in cambio delle "commissioni" e delle "provvigioni". In particolare, l'insorgente accenna al fatto che i "finder's fees" vengono pagati nel contesto di operazioni di mediazione escluse dall'imposta, ma non fornisce alcun elemento probatorio, ad esempio fatture, giustificativi di pagamento o contratti, attestante che i suoi versamenti costituivano effettivamente dei "finder's fees". Non occorre quindi esaminare la fondatezza giuridica della tesi addotta.
3.3 La ricorrente sostiene che l'applicabilità dell'<ref-law> alle prestazioni da lei ricevute sarebbe dimostrata già dalla natura dei servizi che essa a sua volta offriva, i quali rientravano pressoché integralmente sotto tale norma.
Effettivamente, l'ispettore fiscale ha ritenuto che l'attività di "forfaiting" svolta dall'insorgente consisteva in operazioni escluse dall'imposta poiché riguardava l'incasso di assegni e cambiali, l'acquisto e la vendita di titoli o la mediazione di operazioni di sconto effetti. Inoltre la restante attività, quella cioè imponibile, rappresentava una minima parte del totale, come risulta dal rapporto tra la deduzione dell'imposta precedente esposta dalla contribuente (fr. 21'555.--) e quella ammessa nel conto complementare n. aaa (fr. 525.--). Come rilevato a ragione dall'istanza precedente, la conclusione dell'Amministrazione federale delle contribuzioni riguardo alle prestazioni fornite non prova tuttavia ancora che le prestazioni acquisite erano di identica natura. Non vi è infatti alcun automatismo tra le due categorie di operazioni. Lo stralcio dall'elenco dei contribuenti ex <ref-law> non esimeva pertanto la ricorrente dal dimostrare l'adempimento dei requisiti dell'<ref-law>, tenuto anche conto che le eccezioni all'assoggettamento devono essere interpretate restrittivamente, poiché di per sé contrarie al sistema di un'imposta generale sui consumi (<ref-ruling> consid. 6a, 193 consid. 5e; sentenza 2A.69/2006 del 31 agosto 2006, in: RtiD I-2007 n. 14t, consid. 4.1). Il tipo di attività svolto dall'insorgente non è comunque irrilevante, anche se comporta una conseguenza diversa da quella pretesa. Ne discende infatti l'impossibilità di dedurre l'imposta litigiosa a titolo di imposta precedente (cfr. consid. 2.4).
3.4 La ricorrente ritiene inoltre che la decisione impugnata derivi da un'applicazione anticipata dei principi sanciti dalla legge sull'imposta sul valore aggiunto, segnatamente dell'art. 14 cpv. 3 lett. h LIVA, il quale stabilisce che per operazioni bancarie, finanziarie o assicurative il luogo della prestazione di servizi è il luogo di sede del destinatario.
In realtà, già si è visto che l'imposizione controversa deriva da un'applicazione corretta dell'<ref-law>, segnatamente da una giusta interpretazione dei criteri del luogo della prestazione e del luogo della sua utilizzazione. È comunque pur vero che il passaggio dall'ordinanza alla legge ha comportato una modifica quanto al luogo di talune prestazioni di servizi. Tale modifica si inserisce tuttavia in un cambiamento nella messa in pratica del principio dell'imposizione nel paese di destinazione. Quest'ultima può infatti essere realizzata in due modi. Secondo il primo metodo, i beni e i servizi sono assoggettati all'imposta nel paese di origine, dove beneficiano però di un esonero propriamente detto; la loro esportazione dà infatti diritto alla deduzione dell'imposta precedente. Essi sono poi imposti nel paese di destinazione. L'altro metodo consiste nel definire il luogo dell'operazione imponibile in modo che la stessa sia sottoposta alla sovranità fiscale del paese di destinazione. L'operazione è allora soggetta all'imposta sul valore aggiunto solo in questo paese, che è parimenti quello dove la prestazione viene consumata; nel paese di origine può comunque venir dedotta l'imposta precedente (<ref-ruling> consid. 3). Il sistema dell'OIVA consacra il primo metodo (<ref-ruling> consid. 4.1): le prestazioni di servizio che un prestatore all'estero effettua a un destinatario con sede in Svizzera sono di principio localizzate all'estero, ma imposte in Svizzera in quanto paese di utilizzazione (art. 9 e 12 cpv. 1 OIVA). Per le prestazioni di servizio dette immateriali la LIVA applica invece il secondo metodo (<ref-ruling> consid. 5.1). Se effettuate dall'estero ad un destinatario in Svizzera, tali prestazioni sono infatti assoggettate all'IVA in Svizzera poiché localizzate nel nostro paese (art. 10 lett. a e 14 cpv. 3 LIVA). Nei due casi, il trattamento fiscale è comunque in definitiva solo metodologicamente diverso. È quindi errato ravvisare un'applicazione retroattiva della LIVA.
3.5 L'insorgente si appella pure al principio della buona fede (<ref-law>) in relazione ad un accordo concluso con l'Amministrazione federale delle contribuzioni nel 1981 in base al quale essa sarebbe stata tassata su un utile dello 0,5%, riconoscendole quindi spese pari al 99,5% dei ricavi, senza bisogno di alcun giustificativo.
Vincolata nella sua azione al principio di legalità, l'autorità di tassazione non può concludere un accordo fiscale con un contribuente per regolare una concreta fattispecie quanto all'esistenza, all'estensione o al modo di imposizione, a meno che simile contratto sia autorizzato dalla legge o perlomeno non sia espressamente escluso dalla stessa. La giurisprudenza ammette eccezioni a questa regola solo in circostanze del tutto particolari (cfr. <ref-ruling> consid. 1c; sentenza 2A.227/2006 del 10 ottobre 2006, in: RDAF 2006 II pag. 419, consid. 3.1; sentenza 2A.52/2003 del 23 gennaio 2004, in: ASA 74 pag. 737, consid. 4.2). Di conseguenza è già di per sé dubbio che l'accordo concluso nel 1981 fosse lecito e vincolante. Del resto, il testo del medesimo precisava che si trattava di un accordo di massima, suscettibile di venir riesaminato. In ogni caso, esso è stato stipulato con la divisione dell'Amministrazione federale delle contribuzioni competente in materia di imposta preventiva e poteva semmai riguardare il trattamento fiscale dal profilo di tale imposta nonché, eventualmente, dal profilo delle imposte dirette, a cui fa parimenti riferimento. La sua portata non può per contro essere estesa all'imposta sul valore aggiunto, che è stata introdotta diversi anni dopo, con l'entrata in vigore della relativa ordinanza il 1° gennaio 1995.
Benché non valido nell'ambito in esame, l'accordo potrebbe comunque assumere rilevanza nell'ottica del principio della buona fede (<ref-law>) che, a determinate condizioni, tutela l'affidamento riposto dal cittadino nelle assicurazioni ricevute da un'autorità, obbligando quest'ultima ad accordargli un vantaggio contrario alla regolamentazione in vigore. Tuttavia, affinché tale garanzia costituzionale possa trovare applicazione, occorre tra l'altro che non siano intervenuti mutamenti legislativi dopo il rilascio dell'informazione o dell'assicurazione (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 2c). Ora, come visto, l'accordo invocato è ben precedente al passaggio al regime dell'imposta sul valore aggiunto ed è quindi stato stipulato in un contesto legislativo del tutto differente. Già per questo motivo, nemmeno il principio della buona fede può quindi essere invocato con successo.
Di conseguenza, l'intesa raggiunta con l'autorità fiscale non comporta alcun alleggerimento delle esigenze di prova a cui doveva ottemperare l'insorgente.
3.6 Da ultimo, la ricorrente critica i tempi della procedura, considerato che il conto complementare all'origine della vertenza è stato allestito il 5 maggio 1998. In via subordinata, postula quindi che sia rinunciato al prelievo di interessi moratori al di là del termine entro il quale il litigio poteva essere ragionevolmente concluso.
Di principio, se l'autorità a cui è rimproverato un ritardo ha emanato il proprio giudizio, non sussiste più un interesse attuale alla constatazione di un diniego di giustizia formale. La relativa censura è quindi di massima inammissibile (<ref-ruling> consid. 1; sentenza 2P.139/2004 del 30 novembre 2004, riass. in: AJP 2005 pag. 345, consid. 3.3). A prescindere da questo aspetto, la critica andrebbe comunque respinta. In effetti, non risulta che l'insorgente abbia concretamente sollecitato l'autorità di prime cure ad evadere la pratica, né tanto meno che si sia aggravata per diniego di giustizia formale. In virtù del principio della buona fede processuale, essa non può quindi sollevare questa critica a posteriori, dopo la resa di pronunce a lei sfavorevoli (<ref-ruling> consid. 2b; sentenza 2P.198/2003 del 12 dicembre 2003, in: RDAF 2003 II pag. 640, consid. 5.2; sentenza 2A.588/2006 del 19 aprile 2007, consid. 2). D'altronde il pagamento degli interessi moratori non costituisce un aggravio ingiustificato, ma compensa semplicemente la libera disposizione della somma d'imposta dovuta, di cui la ricorrente ha potuto beneficiare durante questi anni.
4. In base alle considerazioni che precedono, il ricorso si avvera infondato e deve quindi essere respinto.
Soccombente, la ricorrente deve sopportare le spese processuali (art. 156 cpv. 1, 153 e 153a OG) e non ha diritto a ripetibili (art. 159 cpv. 1 OG), che non vengono d'altro canto assegnate neppure ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 10'000.-- è posta a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, all'Amministrazione federale delle contribuzioni, Divisione principale dell'imposta sul valore aggiunto, e al Tribunale amministrativo federale (per la Commissione federale di ricorso in materia di contribuzioni).