Interfactor Agreement; Abtretung, hat sich ergeben:
A.- Im Jahre 1996 vereinbarte die Kuoni Reisen AG (Beklagte) mit der griechischen Fluggesellschaft Venus Airlines S.A. (fortan Venus), dass ihr Venus im Laufe des Jahres 1996 in verschiedenen Charterflügen Sitzplätze gegen Entgelt zur Verfügung stellen würde. Venus ihrerseits traf ein Factoring-Agreement mit der griechischen Ethnofact S.A.
(fortan Ethnofact). Ethnofact wiederum trat die Forderungen der Venus gegenüber der Beklagten aus den Charterflügen im Rahmen eines Interfactor Agreements an die Banque Sofirec (Klägerin) ab. Im Oktober 1996 gab Venus ihre Geschäftstätigkeit wegen Insolvenz auf.
B.- Mit Teilklage vom 12. Januar 1998 belangte die Klägerin die Beklagte unter Nachklagevorbehalt auf Zahlung von Fr. 1'000'000.--. Die Beklagte widersetzte sich dem Klagebegehren, indem sie sowohl Bestand als auch Fälligkeit der Forderung bestritt sowie Tilgung mittels Zahlung und Verrechnung geltend machte. Mit Urteil vom 21. Januar 2000 hiess das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage gut und merkte den Nachklagevorbehalt vor. Eine gegen dieses Urteil gerichtete kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 18. September 2000 ab, soweit es darauf eintrat.
C.-Die Beklagte hat gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 21. Januar 2000 eidgenössische Berufung eingelegt. Darin beantragt sie dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Klage abzuweisen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) aa) Gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. c OG muss in der Berufungsschrift dargelegt werden, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Dabei ist unerlässlich, dass die Berufung auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingeht. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen der Vorinstanz vorgebracht werden, genügen diesen Anforderungen nicht (<ref-ruling> E. 3 S. 748/9 mit Hinweisen). Unbeachtlich sind überdies blosse Verweise auf die Akten; inwiefern das angefochtene Urteil Bundesrecht verletzt, ist in der Berufungsschrift selbst darzulegen (<ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 1 S. 78 mit Hinweis).
bb) Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, sie beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustandegekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das Sachgericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm entscheidwesentliche Behauptungen und Beweisanerbieten dazu prozesskonform unterbreitet worden waren (Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 3 S. 372, 193 E. 1e S. 205; <ref-ruling> E. 2 S. 111; <ref-ruling> E. 2a S. 485/6). Werden solche Ausnahmen geltend gemacht, hat die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG). Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, welche über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und damit als unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Eine blosse Kritik an der Beweiswürdigung des Sachrichters ist, soweit nicht Vorschriften des Bundesrechts in Frage stehen, von der Berufung ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 2b S. 12; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 2a S. 485/6 mit Hinweisen).
b) Auf die Berufung ist im Folgenden nur insoweit einzutreten, als sie den dargestellten Anforderungen entspricht.
Dies ist namentlich nicht der Fall für die einleitenden Ausführungen zur Vereinbarung zwischen der Beklagten und Venus sowie für die Zusammenfassung des Vertragsinhaltes, da die diesbezüglichen Darlegungen weder auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingehen noch die grundsätzliche Bindung des Bundesgerichts an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt sowie das grundsätzliche Novenverbot beachten. Soweit die Beklagte zudem zur Begründung ihres Standpunktes auf Tatsachen verweist, welche im angefochtenen Urteil keine Stütze finden, kann auf die Berufung ebenfalls nicht eingetreten werden.
2.- a) Vor Bundesgericht wird nicht mehr in Frage gestellt, dass auf die vorliegende Streitsache schweizerisches Recht anzuwenden ist. Die Vorinstanz hielt überdies fest, es sei unbestritten, dass Venus der Ethnofact und diese später der Klägerin Forderungen der Venus gegenüber der Beklagten gemäss vier spezifizierten Rechnungen gültig abgetreten habe. Die Beklagte rügt diesbezüglich, sie habe die Folgezession der Ethnofact an die Klägerin in der Klageantwort ausdrücklich bestritten.
b) Soweit die Beklagte sinngemäss ein offensichtliches Versehen der Vorinstanz im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG geltend macht, ist ihre Rüge unbegründet. Ein offensichtliches Versehen liegt nämlich nur vor, wenn die Vorinstanz eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig, d.h.
nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht mit ihrem wirklichen Wortlaut wahrgenommen hat (<ref-ruling> E. 2b S. 162; <ref-ruling> E. 3b S. 74). Erforderlich ist, dass ein Aktenstück unbeachtet geblieben ist, dessen Berücksichtigung oder Mitberücksichtigung die Feststellung als blanken Irrtum ausweist.
Die von der Beklagten als Beleg für ihre Bestreitung der Folgezession angeführte Stelle der Klageantwort behandelt die Frage, ob der von der Beklagten abgegebene Verrechnungsverzicht nur gegenüber der Ethnofact oder auch gegenüber der Klägerin gelte (vgl. dazu unten E. 4); eine ausdrückliche Bestreitung der Abtretung von der Ethnofact an die Klägerin ist dieser Aktenstelle entgegen den Ausführungen der Beklagten nicht zu entnehmen. Damit ist die Annahme eines offensichtlichen Versehens ausgeschlossen. Soweit den Vorbringen der Beklagten zudem die Annahme zugrunde liegt, die Vorinstanz sei von einer ausdrücklichen Anerkennung der Folgezession ausgegangen, gehen diese bereits deshalb ins Leere, weil das angefochtene Urteil eine entsprechende Erwägung nicht enthält.
3.- Das Handelsgericht kam gestützt auf die Würdigung der vorliegenden Beweise zum Schluss, es stehe fest, dass Venus für die Beklagte Leistungen in mindestens dem Umfang erbracht habe, wie sie in den der Abtretung an die Klägerin zugrunde liegenden Rechnungen zum Ausdruck gelangten. Die Vorinstanz erachtete den Bestand der abgetretenen Forderungen deshalb als ausgewiesen.
a) Die Beklagte macht geltend, die von Venus abgetretenen Forderungen hätten dieser gar nicht zugestanden, weshalb diese auch nicht hätten abgetreten werden können.
Sie begründet ihre Auffassung im Ergebnis damit, dass die Beklagte gewisse Leistungen direkt an Lieferanten von Venus erbracht habe und diese Direktzahlungen von dem Venus zustehenden Bruttopreis abzuziehen seien; Venus habe deshalb lediglich Anspruch auf den Saldo nach diesen Abzügen. Die Erwägung im angefochtenen Urteil, wonach die Beklagte in keiner Weise ausführe, welches die übrigen Preisbildungsfaktoren seien und wie schliesslich die Nettoforderung der Venus zu errechnen wäre, sei aktenwidrig, da die Duplik entsprechende Darlegungen enthalte.
b) Die Beklagte führte an der von ihr zitierten Stelle der Duplik im Wesentlichen aus, aufgrund der vorbestehenden Geschäftsverbindung zwischen ihr und Venus habe sie bei Venus per 1. April 1996 über ein Guthaben von über Fr. 8 Mio verfügt. Die im vorliegenden Verfahren relevanten Rechnungen beziehen sich indessen auf Leistungen zwischen dem 16. August 1996 und dem 15. Oktober 1996, weshalb nicht ersichtlich ist, inwiefern die von der Beklagten angeführte und sich auf einen anderen Zeitraum beziehende Aktenstelle einen Einfluss auf die hier in Frage stehende Preisbildung haben sollte; davon ist an der angegebenen Stelle im Übrigen überhaupt nicht die Rede. Die Rüge der Aktenwidrigkeit erweist sich daher als unbegründet.
c) Damit hat das Bundesgericht im Berufungsverfahren entsprechend den Erwägungen im angefochtenen Urteil davon auszugehen, dass die Beklagte im kantonalen Verfahren keine Faktoren substanziiert geltend machte, welche bei der Berechnung der Venus zustehenden Nettoforderung vom Bruttopreis in Abzug gebracht werden müssten. Soweit die Beklagte dies im Berufungsverfahren nachholen will, gelten ihre Vorbringen als neu und damit als unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Nachdem die Beklagte in der Berufung anerkennt, dass Venus die den fraglichen vier Rechnungen zugrunde liegenden Leistungen erbracht hat, ist demnach der Schluss der Vorinstanz, dass der Bestand der strittigen Forderungen ausgewiesen sei, bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Wie die Vorinstanz zutreffend darlegte, stand einer Abtretung dieser Forderungen grundsätzlich nichts im Wege.
4.- Es ist unbestritten, dass die Beklagte gegenüber Ethnofact mit Schreiben vom 20. Juni 1996 mit folgender Erklärung auf die Einrede der Verrechnung verzichtete:
"Having in mind that Ethnofact S.A. will be providing
export factoring services to Venus Airlines
S.A., we hereby declare that we waive our right of
compensation, offset and netting between moneys
owed to us by Venus Airlines S.A. for whatever
reason and credits originated by invoices issued by
Venus Airlines S.A. to us and assigned to Ethnofact
S.A. by Venus Airlines S.A. and made payable to
Ethnofact S.A."
Bezüglich der Tragweite dieses Verrechnungsverzichts bringt die Beklagte vor, dieser sei von gewissen Bedingungen abhängig und gelte nur gegenüber der Ethnofact, weshalb sich die Klägerin nicht darauf berufen könne.
a) aa) Gemäss <ref-law> kann der Schuldner auf die Verrechnung zum Voraus Verzicht leisten. Nach bewährter Rechtsprechung kommt der Verzicht durch zwei übereinstimmende gegenseitige Willensäusserungen zustande, die ausdrücklich oder stillschweigend erfolgen können (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2b S. 33; <ref-ruling> E. 2 S. 26; <ref-ruling> E. 1 S. 397; <ref-ruling>). Die Erklärungen sind - sofern wie hier ein übereinstimmender wirklicher Wille unbewiesen bleibt - aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 2a S. 120 mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Vertragsauslegung im Berufungsverfahren als Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 2a/aa S. 436/7, 263 E. 4a S. 266, je mit Hinweisen), wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände des Vertragsschlusses sowie das Wissen und Wollen der Vertragsschliessenden grundsätzlich gebunden ist (Art. 63 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 2a/aa S. 436; <ref-ruling> E. 3a S. 168; <ref-ruling> E. 2a S. 418 mit Hinweisen).
bb) Nach <ref-law> kann der Schuldner Einreden, die der Forderung des Abtretenden entgegenstehen, auch gegen den Erwerber geltend machen, wenn sie schon zu der Zeit vorhanden waren, als er von der Abtretung Kenntnis erhielt. Diese Bestimmung ist nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht zwingender Natur (<ref-ruling> E. 1b S. 215/6) und steht damit weder einem Verrechnungsverzicht gegenüber dem Zedenten noch gegenüber dem Zessionar entgegen (Gauch/Schluep/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, 7. Aufl. , Rz. 3609).
cc) Ob ein Verrechnungsverzicht an die Person des Erklärungsempfängers gebunden ist, bestimmt sich wiederum durch Auslegung. Dient der Verrechnungsverzicht der Vergrösserung der Verkehrsfähigkeit einer Forderung (vgl. Oser/Schönenberger, Zürcher Kommentar, N. 1 zu <ref-law>), spricht dies dafür, dass er auch gegenüber einem dem Erklärungsempfänger nachfolgenden Forderungserwerber gilt. In der Literatur wird denn auch die Auffassung vertreten, ein Verrechnungsverzicht sei mangels besonderer Umstände nicht an die Person des Gläubigers geknüpft (Aepli, Zürcher Kommentar, N. 54 zu <ref-law>; vgl. auch Staudinger/Busche,
13. Bearbeitung, N. 38 zu § 406 BGB; Palandt/Heinrichs,
56. Aufl. , N. 6 zu § 406 BGB).
b) Die Beklagte macht geltend, sie habe den Verrechnungsverzicht nur vor dem Hintergrund ihres eigenen Verständnisses der Vereinbarung mit Venus (vgl. oben E. 3a) und unter der Bedingung abgegeben, dass Venus eine mit ihr abgeschlossene Abzahlungsvereinbarung einhalte; darüber sei Ethnofact orientiert gewesen. Wie bereits ausgeführt wurde, ist im vorliegenden Verfahren jedoch entgegen der Auffassung der Beklagten nicht ihr Verständnis der Abrede mit Venus massgebend, sondern davon auszugehen, dass der Bestand der abgetretenen Forderungen ausgewiesen ist (vgl. oben E. 3c).
Zudem lässt sich dem angefochtenen Urteil nicht entnehmen, dass Ethnofact über eine allenfalls zwischen der Beklagten und Venus abgeschlossene Abzahlungsvereinbarung - ob eine solche vorlag, liess die Vorinstanz offen - orientiert war.
Der Rüge der Beklagten fehlt damit auch das tatsächliche Fundament. Soweit sie in diesem Zusammenhang überdies einwendet, die Vorinstanz habe bei der Ermittlung des Sachverhaltes ihren Beweisführungsanspruch gemäss <ref-law> verletzt, legt sie nicht konkret dar, welche von ihr frist- und formgerecht angebotenen Beweise das Sachgericht hätte abnehmen sollen. Damit genügt ihre Rüge der Verletzung von <ref-law> den Begründungsanforderungen nicht, weshalb darauf nicht einzutreten ist (Poudret, COJ II, N. 1.5.2.3 zu Art. 55 OG).
c) Bezüglich der Interessenlage und des Zwecks des Verrechnungsverzichts hielt die Vorinstanz fest, der Beklagten sei die Erhaltung der Liquidität der Venus zum damaligen Zeitpunkt ein besonderes Anliegen gewesen; der Verzicht auf die Verrechnung habe deshalb dazu gedient, Venus liquide Mittel zu sichern. Die Beklagte sei bei Abgabe der Verzichtserklärung davon ausgegangen, dass Ethnofact der Venus die abgetretenen Forderungen bevorschussen würde. Nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil übernahm die Klägerin nach dem Erwerb der strittigen Forderungen die gleiche Funktion, wie sie vorher Ethnofact inne hatte, wobei die Stellung der Beklagten durch die Folgezession an die Klägerin in keiner Weise verschlechtert wurde.
Wie die Vorinstanz zutreffend darlegte, musste die Beklagte bei dieser Sachlage nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass der von ihr gegenüber Ethnofact abgegebene Verrechnungsverzicht auch gegenüber der Klägerin als Erwerberin der abgetretenen Forderungen gelten würde, zumal diese die Erreichung des von den Parteien mit dem Verrechnungsverzicht anvisierten Zweckes - Vorfinanzierung und Erhaltung der Liquidität der Venus - ermöglichte und der Beklagten dadurch keine Nachteile erwuchsen. Nachdem die Vorinstanz keine Umstände feststellte, welche den Verrechnungsverzicht als an die Ethnofact gebunden erscheinen lassen, kann sich somit auch die Klägerin auf den zwischen der Beklagten und Ethnofact abgeschlossenen Verrechnungsverzicht berufen.
d) Die von der Beklagten gegen diese Auslegung nach dem Vertrauensprinzip angeführten Argumente vermögen nicht zu überzeugen. Namentlich folgt aus der Tatsache, dass sich auch die Klägerin auf den Verrechnungsverzicht berufen kann, entgegen den beklagtischen Ausführungen nicht zwingend, dass im Falle einer Rückzession an Venus auch diese daraus Rechte ableiten könnte; davon geht auch die Klägerin nicht aus. Zudem wäre eine Ausdehnung der Wirkungen des Verrechnungsverzichts auf Venus nicht offensichtlich absurd, wie dies die Beklagte geltend macht, denn gerade mittels eines auch gegenüber Venus geltenden Verrechnungsverzichts hätte die Verkehrsfähigkeit der in Frage stehenden Forderungen erhöht und damit die Beschaffung von liquiden Mitteln erleichtert werden können. Die Vorinstanz ist im Übrigen nicht, wie die Beklagte anführt, von einer gesetzlichen Vermutung ausgegangen, sondern hat vielmehr die von der Beklagten abgegebene Verrechnungsverzichtserklärung bundesrechtskonform ausgelegt.
Soweit die Beklagte im Übrigen auch in dieser Hinsicht eine Verletzung ihres aus <ref-law> fliessenden Beweisführungsanspruchs geltend macht, ist ihre Rüge nicht genügend substanziiert (vgl. oben E. 4b), weshalb darauf nicht einzutreten ist.
5.- Die Beklagte behauptete im kantonalen Verfahren, vor der Notifikation der Abtretung diverse Zahlungen vorgenommen und damit die strittigen Forderungen zumindest teilweise getilgt zu haben. Die Vorinstanz würdigte die widersprüchliche Aktenlage und liess schliesslich offen, inwiefern die Zahlungen der Beklagten von den hier strittigen Forderungen in Abzug zu bringen seien. Zur Begründung hielt sie fest, dass die Beklagte von den Forderungen von gesamthaft mindestens Fr. 4'000'000.-- lediglich Fr. 2'377'619. 70 durch effektive Zahlungen getilgt hätte, selbst wenn sämtliche erfolgten Zahlungen auf die abgetretenen Forderungen anzurechnen wären. Damit verbleibe in jedem Fall ein den Teilklagebetrag übersteigendes Restguthaben der Klägerin.
Die Beklagte ficht die diesbezüglichen vorinstanzlichen Erwägungen unter Hinweis auf ihr Verständnis der Vereinbarung mit Venus sowie auf den zwischen ihr und Venus abgeschlossenen Zahlungsplan an. Sie verkennt damit, dass im vorliegenden Verfahren weder das ihrem Standpunkt entsprechende Verständnis der Vereinbarung mit Venus massgebend (vgl. oben E. 3c) noch der Abschluss der angeführten Abzahlungsvereinbarung erwiesen ist (vgl. oben E. 4b). Damit ist ihre Rüge von vornherein unbegründet.
6.-a) Im kantonalen Verfahren stellte sich die Beklagte auf den Standpunkt, sie habe Gegenforderungen gegen Venus mit deren Ansprüchen verrechnet, weshalb die vorliegend in Frage stehenden Forderungen untergegangen seien. Die Vorinstanz hielt dazu fest, der Verrechnungsverzicht der Beklagten datiere vom 20. Juni 1996, womit ab diesem Zeitpunkt eine Verrechnung von vornherein ausgeschlossen sei. Eine Verrechnung vor dem 20. Juni 1996 habe indessen nicht stattgefunden, weshalb die klägerische Forderung ausgewiesen sei.
Die Beklagte wendet dagegen ein, sie habe auf die Verrechnung verzichtet nur "for credits ... assigned to Ethnofact S.A. by Venus Airlines". Voraussetzung dafür, dass der Verrechnungsverzicht in Kraft trete, sei somit eine bestehende und zedierte Forderung. Sie habe damit erst dann auf die Verrechnung verzichtet, wenn die Zession erfolgt und ihr auch notifiziert worden sei. Aus diesem Grund sei es bundesrechtswidrig, wenn die Vorinstanz annehme, sie hätte nach dem 20. Juni 1996 nicht mehr verrechnen können.
b) Inwiefern einer Verrechnung der Beklagten der am 20. Juni 1996 abgeschlossene Verrechnungsverzicht entgegenstand, ist wiederum eine Frage von dessen Auslegung. Dabei ist entgegen der Auffassung, welche die Beklagte zu vertreten scheint, bereits aufgrund des Gesetzeswortlauts davon auszugehen, dass die Wirksamkeit eines Verrechnungsverzichtes das Bestehen einer Forderung nicht voraussetzt, der Verzicht vielmehr auch zum Voraus abgegeben werden kann (<ref-law>; Aepli, Zürcher Kommentar, N. 38 zu <ref-law>; Peter, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Das Handelsgericht stellte aufgrund des Wortlautes der Erklärung vom 20. Juni 1996 fest, dass die Beklagte den Verrechnungsverzicht im Hinblick auf das (künftige) Factoring-Agreement zwischen Venus und Ethnofact abgegeben habe. Da das Factoringgeschäft im Kern in einer Zession besteht (vgl. statt vieler Schluep/Amstutz, Basler Kommentar, N. 113 der Einleitung vor <ref-law>; Guhl/Koller, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl. , S. 266 Rz. 6; Müller-Chen, Internationales Factoring, BJM 1999 S. 181) musste die Beklagte als global tätige Unternehmung damit rechnen, dass Venus ihre gegen die Beklagte bestehenden Forderungen gegen Entgelt an Ethnofact abgetreten hat oder abtreten würde. Sie musste sich überdies bewusst sein, dass der Bestand dieser Forderungen nicht durch Verrechnung gefährdet werden durfte, denn nur damit konnte das von der Beklagten und Ethnofact mit dem Verrechnungsverzicht angestrebte Ziel - die Sicherung liquider Mittel für Venus (vgl. oben E. 4c) - erreicht werden.
Mit dem von der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellten Zweck des Verrechnungsverzichts nicht vereinbar ist dagegen die nun von der Beklagten vertretene Interpretation. Diese hätte im Ergebnis nämlich zur Folge, dass es der Beklagten trotz vertraglichem Verzicht auf die Verrechnung weitgehend freigestanden hätte, Forderungen der Venus verrechnungsweise zu tilgen. Dies hätte die Verkehrsfähigkeit der Venus zustehenden Forderungen gegenüber der Beklagten beeinträchtigt und deshalb die Beschaffung liquider Mittel über das Factoring erschwert oder gar verunmöglicht. Das von der Beklagten vertretene Auslegungsergebnis würde damit den Zweck des zwischen ihr und Ethnofact abgeschlossenen Verrechnungsverzichts unterlaufen, weshalb es im Rahmen der objektivierten Auslegung abzulehnen ist (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 425). Die Vorinstanz hat daher kein Bundesrecht verletzt, wenn sie eine Verrechnung der Beklagten nach Erklärung des Verrechnungsverzichts als ausgeschlossen bezeichnete.
7.-Damit erweisen sich die von der Beklagten vorgebrachten Rügen als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Die Berufung ist deshalb abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 21. Januar 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 13'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 11. Januar 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: