Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens, hat sich ergeben:
A.- Die Stiftung X._ (im Folgenden abgekürzt: die Stiftung) mit Sitz in E._ wurde im Jahre 1984 von B._ gegründet. A._ gehörte dem Stiftungsrat als Präsident, B._ als Mitglied und Aktuar an, beide mit Einzelunterschrift. Die Stiftung verfügte zunächst über keine eigenen Grundstücke und führte ihren Therapiebetrieb in drei Liegenschaften in W._, E._ und O._, die im Eigentum der von B._ beherrschten Y._ AG standen. In den Jahren 1991, 1992 und 1994 erwarb die Stiftung von der Y._ AG die drei bisher gemieteten Liegenschaften in E._, W._ und O._. Nachdem gegen die Leitung der Stiftung der Vorwurf finanzieller Unregelmässigkeiten erhoben worden war, setzte die kantonale Behörde einen kommissarischen Stiftungsrat ein, der am 28. Februar und 31. März 1995 Bericht erstattete. Aufgrund dieser Berichte wurde im August 1995 gegen B._ und A._ eine Strafuntersuchung wegen Verdachts ungetreuer Geschäftsbesorgung und Veruntreuung eröffnet. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau stellte das Strafverfahren mit Verfügung vom 4. März 1999 ein. Hinsichtlich der Kosten verfügte sie Folgendes:
"2. Die Kosten im Betrage von Fr. 313'192. -- werden gestützt auf § 139 Abs. 1 bis 3 StPO wie folgt verteilt:
a) Die Kosten der Gutachten KPMG betr. Kauf-
preise und Mietzinsgestaltung der Liegenschaften
E._, W._ und O._
von Fr. 265'260. 15 gehen je zur Hälfte zu
Lasten der Beschuldigten unter solidarischer
Haftbarkeit (je Fr. 132'630. 10 bzw. Fr. 132'630. 05).
b) Die Kosten der Abklärungen KPMG betr. Lohn
bezüge D._/R. _ von Fr. 7'211. 10
gehenje zur Hälfte zu Lasten der Beschuldigten
unter solidarischer Haftbarkeit (je Fr. 3'605. 55).
c) Die Kosten KPMG betr. Bezüge und Projekt-
honorareB. _vonFr. 24'319. 25
gehenzurHälftemitFr. 12'159. 60 zu Lasten
vonB. _; die andere Hälfte trägt der Kanton.
d) Die übrigen Verfahrenskosten von Fr. 15'840. --
gehen zur Hälfte mit Fr. 7'920. -- zu Lasten
B._, zu 1/4 mit Fr. 3'960. -- zu Lasten
A._; das restliche Viertel trägt der Kanton.
e)DieGefangenschaftskostenvonFr. 141.50 gehen zu Lasten von B._.
f)DieKostenKTDfürUnterschriftenprüfungvon Fr. 420. -- gehen zu Lasten des Staates. "
B.- Mit einer an das Obergericht des Kantons Aargau gerichteten Beschwerde stellte A._ das Begehren, es seien die Ziffern 2a, 2b und 2d der Einstellungsverfügung vom 4. März 1999 aufzuheben und die gesamten, ihm überbundenen Kosten der Strafuntersuchung auf die Staatskasse zu nehmen. Das Obergericht entschied am 1. Juni 1999 wie folgt:
"1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden
Dispositiv Ziff. 2. a und b der angefochtenen
Einstellungsverfügung vom 4. März 1999 aufgehoben.
Soweit mit der Beschwerde mehr oder anderes
verlangt wird, ist sie abgewiesen.
2. Die obergerichtlichen Verfahrenskosten, bestehend
aus einer Staatsgebühr von Fr. 1'000. --
sowie der Kanzleigebühr und den Auslagen von
Fr. 145. --, zusammen Fr. 1'145. --, werden zu 1/5
mit Fr. 229. -- dem Beschwerdeführer auferlegt
und im Übrigen auf die Staatskasse genommen.
3. Dem Beschwerdeführer werden die richterlich genehmigten
Parteikosten für das Beschwerdeverfahren
zu 4/5 mit Fr. 6'484. 40 ersetzt. "
C.- A._ reichte gegen diesen Entscheid staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht ein. Er beantragt, der Entscheid des Aargauer Obergerichts vom 1. Juni 1999 sei mit Bezug auf die Ziffern 1 (2. Absatz), 2 und 3 aufzuheben und die Sache sei zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen.
D.- Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Seit 1. Januar 2000 ist nicht mehr die alte Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874 (aBV), sondern die neue Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) in Kraft (AS 1999 2555).
2.- Gemäss § 139 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau (StPO) trägt in der Regel der Staat die Kosten der eingestellten Untersuchung. Die Staatsanwaltschaft kann sie jedoch ganz oder teilweise dem Beschuldigten auferlegen, wenn er durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen die Untersuchung verschuldet oder ihre Durchführung erschwert hat (§ 139 Abs. 3 StPO). Der Beschwerdeführer macht geltend, es verstosse gegen Art. 6 Ziff. 2 EMRK (Grundsatz der Unschuldsvermutung) und gegen Art. 4 aBV (Willkürverbot), dass ihm Kosten des eingestellten Strafverfahrens überbunden worden seien.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung, wenn dem Angeschuldigten in der Begründung des Entscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus Art. 41 OR ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> ff.).
Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung des Grundsatzes der Unschuldsvermutung mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob der Text des Kostenentscheids direkt oder indirekt den Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld enthält. Nur auf Willkür hin untersucht es dagegen, ob der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und durch dieses Benehmen das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Es geht insoweit nicht mehr um den Schutzbereich von Art. 6 Ziff. 2 EMRK, welche Bestimmung den guten Ruf des Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf schützen will, ihn treffe trotz Freispruch oder Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden demgegenüber durch die kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben, und in diesem Bereich greift ausschliesslich Art. 9 BV Platz, wonach die betreffenden Gesetzesbestimmungen nicht willkürlich angewendet werden dürfen (BGE <ref-ruling> E. 2f, zu Art. 4 aBV, mit Hinweisen).
3.- a) Die dem Beschwerdeführer in der Einstellungsverfügung vom 4. März 1999 auferlegten Kosten entstanden in einem Verfahren, das gegen den Beschwerdeführer und B._ wegen Verdachts ungetreuer Geschäftsbesorgung und Veruntreuung eingeleitet worden war. Die Staatsanwaltschaft führte in der Einstellungsverfügung aus, es habe sich gezeigt, dass insbesondere B._ sowohl bei den Liegenschaftskäufen der Stiftung als auch bei diversen anderen Geschäften in mannigfacher Form die eigenen Interessen denjenigen der Stiftung vorgezogen habe. Der Beschwerdeführer habe dies in seiner Funktion als Stiftungsratspräsident, vor allem im Bereich Liegenschaften, nicht unterbunden, sondern er habe mitgewirkt, die Eigeninteressen von B._ zu fördern, zu Ungunsten der Interessen der Stiftung.
b) Hinsichtlich der einzelnen Kostenpositionen ist der Einstellungsverfügung Folgendes zu entnehmen:
aa) Die Kosten im Betrag von Fr. 265'260. 15 für die Gutachten betreffend Kaufpreise und Mietzinsgestaltung in Bezug auf die Liegenschaften E._, W._ und O._ wurden B._ und dem Beschwerdeführer je zur Hälfte auferlegt.
bb) Die Kosten von Fr. 7'211. 10 für den Bericht zur Frage, ob sich R._ und D._ selber Lohnerhöhungen verschafft hätten, wurden B._ und dem Beschwerdeführer ebenfalls je zur Hälfte überbunden.
cc) Die Kosten in der Höhe von Fr. 24'319. 25 für die Abklärungen über die Bezüge und Projekthonorare B._ wurden dem Beschuldigten B._ zur Hälfte auferlegt; die andere Hälfte übernahm der Kanton.
dd) Die übrigen Verfahrenskosten im Betrag von Fr. 15'840. -- wurden zur Hälfte (Fr. 7'920. --) B._ und zu einem Viertel (Fr. 3'960. --) dem Beschwerdeführer auferlegt; der Rest wurde vom Staat übernommen.
4.- Das Obergericht stützte sich bei der Auslegung des § 139 Abs. 3 StPO auf seine in AGVE 1990 Nrn. 29 und 30 S. 102 und S. 107 publizierte Rechtsprechung. Es hielt fest, ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen im Sinne dieser Vorschrift sei "ein für das Strafverfahren ursächliches, in einer pflichtwidrigen Unvorsichtigkeit bestehendes haftpflichtrechtlich qualifiziertes Fehlverhalten des Beschuldigten, das für diesen voraussehbarermassen das eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen konnte". Ein solches Verhalten liege jedenfalls dann vor, wenn es die Grenzen strafrechtlicher Belanglosigkeit überschreite und ohne Rechtfertigungsgrund (Art. 52 OR) einen Straftatbestand oder einzelne seiner Merkmale objektiv erfülle, auch wenn namentlich mangels Vollständigkeit der objektiven Tatbestandserfüllung oder einer subjektiven Tatbestandsvoraussetzung oder wegen eingetretener Verjährung keine Anklage erhoben werde.
Bei der Anwendung des § 139 Abs. 3 StPO auf den vorliegenden Fall gelangte das Obergericht - im Gegensatz zur Staatsanwaltschaft - zum Schluss, die Kosten der Gutachten über die Liegenschaften (E. 3b/aa) und über die Lohnbezüge D._/R. _ (E. 3b/bb) könnten den Beschuldigten nicht auferlegt werden. Es hob deshalb die Ziffern 2a und 2b des Dispositivs der Einstellungsverfügung auf. In den anderen Punkten schützte es den Kostenentscheid der Staatsanwaltschaft.
5.- Hinsichtlich der Kosten für die Abklärungen betreffend Bezüge und Projekthonorare B._ (E. 3b/cc) wird in der staatsrechtlichen Beschwerde mit Recht darauf hingewiesen, das Obergericht habe übersehen, dass dem Beschwerdeführer diesbezüglich gemäss Ziff. 2c der Einstellungsverfügung keine Kosten auferlegt worden seien. Der Beschwerdeführer war durch diese Dispositiv-Ziffer nicht betroffen und hatte daher insoweit die Verfügung der Staatsanwaltschaft nicht angefochten. Gleichwohl führte das Obergericht im angefochtenen Entscheid (S. 9, Abs. 1) aus, für diese Kosten sei "auch der Beschwerdeführer wegen seiner Funktion als Stiftungsratspräsident und Revisor der für die Projekthonorare Rechnung stellenden Z._ Consulting AG haftbar zu erklären". Diese Feststellung widerspricht der im gleichen Absatz enthaltenen Folgerung, mit Bezug auf diese Kosten sei die Einstellungsverfügung zu bestätigen. Der Widerspruch in den obergerichtlichen Erwägungen hat für den Beschwerdeführer indes keinen Nachteil zur Folge, da es nach dem Dispositiv des angefochtenen Entscheids in diesem Punkt bei der Kostenverlegung gemäss Ziff. 2c der Einstellungsverfügung bleibt.
6.- Bei den "übrigen Verfahrenskosten" von Fr. 15'840. --, die dem Beschwerdeführer in Ziff. 2d der Einstellungsverfügung zu einem Viertel mit Fr. 3'960. -- überbunden wurden, handelt es sich nach den Angaben in der genannten Verfügung um Kosten für Telefonkontrollen sowie um Zeugengelder und Auslagen. Die Staatsanwaltschaft führte in diesem Punkt aus, dem Beschwerdeführer sei mangelnde Aufsicht über den Geschäftsführer B._ vorzuwerfen. Er hätte sich nicht damit begnügen dürfen, in den Stiftungsratssitzungen von 1985 und 1986 je einmal am Rande auf Ungereimtheiten in der Spesenpraxis hinzuweisen. Zudem habe er die Protokolle der Stiftungsratssitzungen mangelhaft geführt. In einem aufwendigen Beweisverfahren habe geklärt werden müssen, welche Beschlüsse zum Beispiel über die Projekthonorare gefällt worden seien. Ferner habe der Beschwerdeführer der Aargauer Kantonalbank (AKB) ein Zinszahlungsversprechen für B._ offeriert. Die Offerte sei von der AKB abgelehnt worden, da diese Sicherheit einerseits als nicht zwingend erachtet worden sei, anderseits die AKB dies als zweckwidrige Verwendung des Stiftungsvermögens betrachtet habe. Mit diesem Vorgehen habe der Beschwerdeführer den Verdacht erregt, dass er auch bei anderen Geschäften die Interessen der Stiftung nicht oder nur ungenügend gewahrt haben könnte. Die Staatsanwaltschaft betonte, das Verschulden von B._, der die Strafuntersuchung veranlasst habe, sei eindeutig grösser und intensiver als dasjenige des Beschwerdeführers. Es sei stets zu untersuchen gewesen, ob B._ nicht unrechtmässig in seine Tasche gewirtschaftet habe, während der Vorwurf an den Beschwerdeführer dahin gehe, dass er die Interessen von B._ gefördert bzw. gedeckt habe und diejenigen der Stiftung vernachlässigt bzw. durch mangelhafte Geschäftsführung Verdachtsmomente erregt oder umfangreichere Abklärungen verursacht habe.
Das Obergericht hat die Verfügung der Staatsanwaltschaft in diesem Punkt bestätigt.
7.- Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, es habe bei der Auslegung und Anwendung des § 139 Abs. 3 StPO gegen die Unschuldsvermutung und gegen das Willkürverbot verstossen.
a) Nach der erwähnten Rechtsprechung des Bundesgerichts setzt die Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens voraus, dass der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen hat (BGE <ref-ruling> ff.). Das Obergericht ging auf diese Voraussetzungen nicht ein. Es stützte sich auf seine eigene Praxis (AGVE 1990 Nrn. 29 und 30 S. 102 und S. 107), die mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht im Einklang steht. Wie im Urteil BGE <ref-ruling> betont wird, muss der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise eine Verhaltensnorm verletzt haben; es geht um ein Verschulden im Sinne des Zivilrechts, d.h. um ein Verhalten, das von dem unter den gegebenen Verhältnissen als angebracht geltenden Durchschnittsverhalten abweicht (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 169/170). Demgegenüber scheint das Obergericht vom Verschuldensbegriff im Sinne des Strafrechts auszugehen, indem es von "pflichtwidriger Unvorsichtigkeit" spricht und damit die in Art. 18 Abs. 3 StGB enthaltene Definition des Begriffs der Fahrlässigkeit verwendet. Dies ist mit der Garantie der Unschuldsvermutung nicht vereinbar, schützt diese doch den Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf, ihn treffe trotz Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Im Weiteren ist nach der Auffassung des Obergerichts ein Verhalten dann verwerflich oder leichtfertig im Sinne von § 139 Abs. 3 StPO, wenn es "ohne Rechtfertigungsgrund (Art. 52 OR)" einen Straftatbestand oder einzelne seiner Merkmale objektiv erfülle; ausserdem müsse das Verhalten "für den Beschuldigten voraussehbarermassen" das eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen. Diese Umschreibung entspricht den im Urteil BGE <ref-ruling> ff. aufgestellten Kriterien nicht und ist sachlich nicht vertretbar.
Die Auslegung der Vorschrift von § 139 Abs. 3 StPO, wie sie vom Obergericht vorgenommen wird, verletzt demnach sowohl den Grundsatz der Unschuldsvermutung als auch das Willkürverbot.
b) Was die Anwendung der genannten Vorschrift auf den vorliegenden Fall angeht, so macht der Beschwerdeführer mit Recht geltend, im angefochtenen Entscheid werde nicht gesagt, gegen welche Normen er mit seinen Handlungen verstossen haben solle.
Im angefochtenen Entscheid hielt das Obergericht mit Bezug auf die hier in Frage stehenden "übrigen Verfahrenskosten" lediglich fest, in diesem Punkt sei die Einstellungsverfügung zu bestätigen, "da die Geschäftsführung des Beschwerdeführers mit unübersichtlicher Interessen- und Aktenlage voraussehbarermassen die Eröffnung eines Strafverfahrens" nach sich gezogen habe, was auch aus den Berichten des kommissarischen Stiftungsrates deutlich werde. Es wird nicht ausgeführt, inwiefern der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen habe. Dies gilt sowohl für die Erwägungen des Obergerichts, die sich auf die Ziffern 2c und 2d der Einstellungsverfügung beziehen (E. 2c, S. 8/9), als auch für die allgemeinen Erwägungen über das vorwerfbare Verhalten des Beschwerdeführers (E. 2a, S. 6-8).
Die Begründung, mit der das Obergericht Ziff. 2d der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft geschützt hat, hält demnach vor dem Willkürverbot und vor dem Grundsatz der Unschuldsvermutung nicht stand.
8.- Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist ein mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochtener Entscheid erst dann aufzuheben, wenn er im Ergebnis gegen die Verfassung oder gegen die EMRK verstösst, nicht schon dann, wenn sich die Begründung als verfassungs- oder konventionswidrig erweist. Das Bundesgericht hat somit die Möglichkeit, die Motive des umstrittenen Entscheids zu ersetzen (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 5). Von dieser Möglichkeit ist indessen nur dann Gebrauch zu machen, wenn der massgebliche Sachverhalt aus den Akten hinreichend ersichtlich ist und die rechtliche Situation als klar erscheint (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 1b).
a) In der staatsrechtlichen Beschwerde wird ausgeführt, im angefochtenen Entscheid werde die "Geschäftsführung" des Beschwerdeführers als für die Einleitung des Strafverfahrens kausal bezeichnet. Der Beschwerdeführer sei jedoch nie Geschäftsführer der Stiftung gewesen.
Wie es sich damit verhält, ist aus den Akten nicht hinreichend ersichtlich.
b) Sodann wird in der staatsrechtlichen Beschwerde vorgebracht, das Obergericht werfe dem Beschwerdeführer in "aktenwidriger Tatsachenfeststellung bzw. in falscher Beweiswürdigung" vor, er habe gegen das Verbot der Doppelvertretung verstossen. In den Strafuntersuchungsakten gebe es jedoch keine Hinweise, dass der Beschwerdeführer im Zusammenhang mit seiner Tätigkeit für die Stiftung als Doppelvertreter gehandelt oder allenfalls mit sich selbst kontrahiert hätte.
Die im angefochtenen Entscheid enthaltenen Ausführungen zum Verbot der Doppelvertretung beziehen sich praktisch ausschliesslich auf den Mitbeschuldigten B._. Der Beschwerdeführer wird in diesem Zusammenhang nur insoweit erwähnt, als gesagt wird, charakteristisch für das in Frage stehende Untersuchungsverfahren sei die Stellung des B._ als Stifter und Geschäftsleiter der Stiftung und als Eigentümer oder Eigentümervertreter der von der Stiftung gemieteten und später käuflich erworbenen Liegenschaften "sowie die enge Zusammenarbeit zwischen ihm und dem Beschwerdeführer". Mit Bezug auf den Beschwerdeführer fällt somit eine Verletzung des Verbots der Doppelvertretung ausser Betracht.
Im vorliegenden Fall ist der massgebliche Sachverhalt aus den Akten nicht hinreichend ersichtlich, und auch die rechtliche Situation erscheint nicht als klar. Unter diesen Umständen muss der angefochtene Entscheid aufgehoben werden, soweit er die Abweisung der Beschwerde betrifft (Ziff. 1 Abs. 2 des Dispositivs). Das Obergericht wird abzuklären haben, ob der Beschwerdeführer mit den Handlungen, die es ihm zur Last legt, in zivilrechtlich vorwerfbarer
Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst habe. Dabei ist auch der in der Beschwerde vom 24. März 1999 erhobene Einwand zu prüfen, es fehle am erforderlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Verhalten des Beschwerdeführers und den die "übrigen Verfahrenskosten" ausmachenden Untersuchungshandlungen bzw. es seien diesbezüglich unnötige Aufwendungen betrieben und entsprechend unnötige Kosten verursacht worden.
9.- Die Aufhebung des Sachentscheids mit Bezug auf Ziff. 1 Abs. 2 des Dispositivs hat zur Folge, dass auch der Entscheid über die Gerichts- und Parteikosten (Ziff. 2 und 3 des Dispositivs) aufzuheben ist. Es erübrigt sich daher grundsätzlich, die gegen die Kostenregelung erhobenen Rügen zu prüfen. Eine Ausnahme gilt für den Vorwurf des Beschwerdeführers, das Obergericht habe § 9 des aargauischen Dekretes über die Entschädigung der Anwälte vom 10. November 1987 (Anwaltstarif; im Folgenden abgekürzt: AnwT) willkürlich ausgelegt. Diese Rüge ist aus prozessökonomischen Gründen bereits jetzt zu behandeln.
Gemäss § 9 AnwT bemisst sich das Honorar des Anwaltes in Strafsachen nach dem angemessenen Zeitaufwand, wobei der Stundenansatz nach Bedeutung und Schwierigkeit des Falles Fr. 170. -- bis Fr. 225. -- beträgt. Im angefochtenen Entscheid wird ausgeführt, nach der Rechtsprechung der Beschwerdekammer in Strafsachen werde "ein Stundenansatz von Fr. 200. -- gewährt und im Quervergleich für Beschwerdefälle ein durchschnittlicher Zeitaufwand zwischen drei und sechs Stunden, d.h. ein Honorar von Fr. 600. -- bis Fr. 1'200. -- als angemessen erachtet"; dies werde deshalb so gehandhabt, weil im Beschwerdeverfahren nicht der Straffall in seiner Schwierigkeit und Bedeutung als solcher, sondern stets nur eine einzelne Verfügung einer Strafverfolgungsbehörde anfechtbar und zu überprüfen sei. Ein höheres Honorar sei nur dann gerechtfertigt und zuzulassen, wenn der Fall wegen besonderer Schwierigkeit oder eines überdurchschnittlich grossen Aktenumfangs für den Anwalt ausserordentlich zeitaufwendig gewesen sei.
Der Anwaltstarif sieht, wie der Beschwerdeführer mit Grund festhält, in Strafsachen keine Differenzierung zwischen dem Aufwand der Verteidigung im erstinstanzlichen Verfahren und demjenigen im Rechtsmittelverfahren vor. Im Gegensatz zur Bemessung des Honorars in Zivil- und Verwaltungssachen, wo der Anwaltstarif zwischen dem erstinstanzlichen Verfahren (§§ 3-7) und dem Rechtsmittelverfahren (§ 8) unterscheidet, wird bei der Bemessung des Honorars in Strafsachen eine solche Unterscheidung nicht gemacht. Dies bedeutet, dass in Strafsachen das Honorar des Anwalts für alle Verfahren, mithin auch für jene vor der Beschwerdekammer des Obergerichts, nach den Regeln von § 9 AnwT zu bemessen ist. Die vom Obergericht vorgenommene Differenzierung lässt sich daher nicht vertreten. Ob sich dies bei der Bemessung der Anwaltsentschädigung im vorliegenden Fall ausgewirkt hat und der dem Beschwerdeführer zugesprochene Betrag vor dem Willkürverbot standhält, ist hier nicht zu prüfen, da der angefochtene Entscheid in diesem Punkt aufgehoben wird und das Obergericht über die Kosten- und Entschädigungsfolgen erneut zu befinden hat.
10.- Nach dem Gesagten ist die staatsrechtliche Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid mit Bezug auf Ziff. 1 Abs. 2, Ziff. 2 und Ziff. 3 des Dispositivs aufzuheben.
Gemäss Art. 156 Abs. 2 OG sind keine Kosten zu erheben. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 1. Juni 1999 mit Bezug auf Ziff. 1 Abs. 2, Ziff. 2 und Ziff. 3 des Dispositivs aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 3. Juli 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: