Faits:
A. Le 4 février 2009, le Juge d'instruction du canton de Genève a donné suite à une demande d'entraide judiciaire et ordonné la transmission à l'autorité requérante, à Londres, de la documentation relative à des comptes bancaires détenus notamment par A._, C._ et B._. Ces ordonnances de clôture ont été notifiées à l'établissement bancaire concerné. Le 5 février 2009, les avocats constitués pour les trois personnes précitées se sont adressés au Juge d'instruction pour obtenir des pièces du dossier, avec élection de domicile en leur étude. Il leur fut répondu le lendemain que des décisions de clôture avaient déjà été rendues. Les documents ont été transmis à l'étranger le 31 mars 2009.
Dans le cadre de recours formé auprès de la Cour des plaintes du Tribunal fédéral contre d'autres décisions de clôture rendues le même jour dans la même affaire, les avocats ont pris connaissance, le 23 juin 2009, des trois ordonnances précitées. Ils ont recouru le 7 juillet 2009 en demandant préalablement une notification formelle de ces décisions.
B. Par arrêt du 30 septembre 2009, la Cour des plaintes a déclaré les recours recevables, contre l'avis du Juge d'instruction. Au moment du prononcé des ordonnances de clôture, les avocats n'étaient pas constitués, de sorte que la notification à l'établissement bancaire était suffisante; ce dernier n'avait d'ailleurs pas à informer les titulaires des comptes clôturés. Toutefois, le délai de recours ne courrait qu'à partir de la connaissance effective des décisions attaquées, soit en l'occurrence le 23 juin 2009. Les recours étaient donc formés en temps utile. Ils ont été rejetés sur le fond par référence aux arrêts rendus précédemment, ceux-ci n'ayant pas été attaqués.
C. Par acte du 12 octobre 2009, l'Office fédéral de la justice (OFJ) forme un recours en matière de droit public. Il estime en substance que les recours auraient dû être déclarés irrecevables par la Cour des plaintes, car déposés après l'exécution de la décision de clôture.
La Cour des plaintes a renoncé à présenter des observations. Le Juge d'instruction conclut à l'admission du recours. Les intimés A._, C._ et B._ concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé contre un arrêt rendu par le TPF en matière d'entraide pénale internationale, s'il a notamment pour objet la transmission de renseignements concernant le domaine secret (ce qui est le cas en l'occurrence), et s'il concerne un cas particulièrement important (art. 84 al. 1 LTF). Selon l'art. 84 al. 2 LTF, un cas est particulièrement important notamment lorsqu'il y a des raisons de penser que la procédure à l'étranger viole les principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves. En dehors de ces cas, le Tribunal fédéral peut aussi être amené à entrer en matière lorsqu'il s'agit d'une affaire de principe, soit quand il s'agit d'examiner une question qui ne s'était jamais posée précédemment, ou quand le TPF s'est écarté de la jurisprudence suivie jusque-là (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 218).
1.1 En l'occurrence, l'affaire ne présente pas d'importance particulière. Toutefois, comme on le verra, la Cour des plaintes s'est écartée dans une certaine mesure de la jurisprudence relative à l'art. 80n al. 2 EIMP. A tout le moins, cette dernière mérite d'être précisée, ce qui justifie une entrée en matière.
1.2 Indépendamment d'un intérêt pratique au recours, l'OFJ est chargé, en tant qu'autorité de surveillance, de veiller à une application correcte du droit fédéral, soit en l'occurrence des principes relatifs à la notification des décisions et aux délais pour recourir. Il a qualité pour agir en vertu des art. 25 al. 3 EIMP et 89 al. 2 let. a LTF.
2. L'OFJ rappelle que selon la jurisprudence, le client d'un compte clôturé qui n'a pas élu domicile en Suisse n'est plus admis à intervenir une fois la décision de clôture entrée en force. Selon l'arrêt attaqué, toute personne concernée en Suisse par une mesure d'entraide concernant un compte clôturé pourrait recourir en tout temps en invoquant le caractère prématuré de la remise de renseignements.
Les intimés relèvent pour leur part que leur élection de domicile en Suisse avait été annoncée avant l'entrée en force des décisions de clôture. Ils pouvaient dès lors exiger une nouvelle notification, contrairement à ce qu'a retenu la Cour des plaintes. En revanche, conformément à l'arrêt attaqué, le délai de recours partait dès la prise de connaissance effective des décisions de clôture, soit le 23 juin 2009, de sorte que les recours étaient recevables.
2.1 Selon l'art. 80m EIMP, les décisions de l'autorité d'exécution sont notifiées à l'ayant droit, domicilié ou ayant élu domicile en Suisse (al. 1). Le droit à la notification s'éteint lorsque la décision de clôture de la procédure d'entraide est exécutoire (al. 2). Par ailleurs, le détenteur de documents a le droit, selon l'art. 80n EIMP, d'informer son mandant de l'existence de la demande d'entraide, à moins d'une interdiction faite à titre exceptionnel par l'autorité compétente. La décision de clôture entrée en force ne peut plus être attaquée (art. 80n al. 2 EIMP).
2.2 La jurisprudence considère que lorsque le titulaire du compte visé est domicilié à l'étranger, c'est à la banque qu'il appartient d'informer son client afin de permettre à celui-ci d'élire domicile (art. 80m al. 1 let. b EIMP et 9 OEIMP) et d'exercer en temps utile le droit de recours qui lui est reconnu selon les art. 80h let. b EIMP et 9a let. a OEIMP. Lorsque le compte bancaire a été clôturé, on ignore en principe s'il existe encore un devoir de renseigner. Il n'en demeure pas moins que les décisions doivent être notifiées à l'établissement bancaire, détenteur des documents, à charge pour ce dernier de décider s'il entend faire usage de la faculté que lui reconnaît l'art. 80n EIMP. La transmission de pièces remises par une banque ne peut avoir lieu qu'après notification de la décision de clôture à l'établissement bancaire (<ref-ruling>).
2.3 Lorsque la décision est notifiée directement à l'intéressé, le délai de recours de 30 jours commence à courir dès cette notification (art. 80k EIMP). En l'absence d'une notification formelle, la jurisprudence considère que le délai commence dès la connaissance effective de la décision, pour autant que celle-ci n'a pas déjà été exécutée (arrêts 1A.36/2006 du 29 mai 2006 et 1A.221/2002 du 25 novembre 2002).
2.4 En l'occurrence, la Cour des plaintes a considéré que l'élection de domicile était parvenue à l'autorité le lendemain de la notification des ordonnances de clôture, donc tardivement. Elle en déduit à juste titre que la notification directe aux recourants pouvait être omise (art. 80m al. 1 let. b a contrario), et que la notification à l'établissement bancaire était suffisante. La Cour des plaintes a toutefois aussi retenu qu'un nouveau délai de recours partait dans tous les cas dès que l'intéressé avait une connaissance effective de la décision attaquée, soit en l'occurrence le 23 juin 2009.
La Cour des plaintes méconnaît que le droit de recours ne peut plus être exercé lorsque la décision de clôture a déjà été exécutée. Cela est rappelé aux art. 80m al. 2 et 80n al. 2 EIMP: l'exécution de la décision de clôture coïncide avec le moment de son entrée en force, respectivement de son caractère exécutoire au sens de ces dispositions. Le principe de célérité et d'efficacité de la procédure d'entraide judiciaire (art. 17a EIMP), de même que les principes de la bonne foi et de la sécurité du droit s'opposent à ce que les personnes concernées puissent encore se manifester, le cas échéant, longtemps après l'exécution de l'entraide. Cela permettrait à la personne concernée de spéculer sur les communications qui lui sont faites par la banque (cf. <ref-ruling> consid. 2d/dd p. 130 concernant la convention de banque restante). La collaboration internationale pourrait se trouver remise en cause pratiquement sans limite, alors même que les renseignements transmis par la Suisse auraient déjà été utilisés de manière irréversible par l'autorité étrangère. Une telle solution n'est pas admissible. Elle va en sens inverse de ce qu'a manifestement voulu le législateur en exigeant une élection de domicile en Suisse et en empêchant toute intervention après l'entrée en force de la décision de clôture.
Les intimés relèvent avec raison qu'il y a lieu d'éviter que l'exercice des droits de recours ne soit paralysé par une exécution prématurée de la décision de clôture. Ainsi, dans le cadre de la jurisprudence rappelée ci-dessus, il y a lieu de considérer que la notification à la banque fait partir le délai de recours et que, si la banque décide d'informer son ancien client, elle doit le faire sans délai. Compte tenu des délais d'acheminement normaux, le client doit être en mesure de se manifester dans les trente jours dès la notification à la banque en indiquant, le cas échéant, à quel moment il a été informé. Passé le délai usuel de trente jours, l'autorité d'exécution doit être en mesure d'exécuter sa décision de manière définitive.
2.5 En l'espèce, les recourants ont saisi la Cour des plaintes le 7 juillet 2009, soit plus de cinq mois après le prononcé de l'ordonnance de clôture du 4 février 2009. Celle-ci avait été exécutée à fin mars 2009, soit après un délai suffisant au regard des principes énoncés ci-dessus. Les recours étaient par conséquent manifestement tardifs. Cette solution s'impose d'autant plus qu'en l'espèce, les recourants connaissaient l'existence des mesures d'entraide concernant leurs propres comptes, et ont été informés que des ordonnances de clôture avaient été rendues le 4 février 2009. Faute d'obtenir une notification auprès du Juge d'instruction, ils pouvaient en tout cas se renseigner auprès de l'établissement bancaire, ce qui leur aurait permis d'agir en temps utile.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours de l'OFJ est admis; l'arrêt de la Cour des plaintes est réformé en ce sens que les recours sont déclarés irrecevables. Cette issue ne change rien à la situation des intimés, de sorte qu'il n'y a pas lieu de statuer différemment sur la question des frais judiciaires mis à leur charge (art. 67 LTF). Pour la procédure devant le Tribunal fédéral, les frais sont mis à la charge des intimés (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt de la Cour des plaintes du 30 septembre 2009 est réformé en ce sens que les recours sont déclarés irrecevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge solidaire des intimés A._, C._ et B._. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué à l'Office fédéral de la justice, aux mandataires des intimés, au Juge d'instruction du canton de Genève et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 9 décembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz