Faits:
A. X._, né en 1981, ressortissant de Guinée, est arrivé en Suisse le 11 avril 1998 sous le nom de Z._, né en 1980. La demande d'asile qu'il avait alors déposée a été rejetée le 27 octobre 1999. Un délai de départ au 15 décembre 1999 lui avait été imparti pour quitter la Suisse.
Par jugement du 25 novembre 1999, le Tribunal correctionnel du district de Neuchâtel a condamné l'intéressé à trois ans d'emprisonnement et expulsion du territoire durant sept ans pour trafic de drogue en bande et par métier entre avril 1998 et janvier 1999. Le 6 janvier 2001, il a été libéré conditionnellement.
Par jugement du 13 juin 2002, l'intéressé a été condamné une nouvelle fois par le Tribunal correctionnel du district de La Chaux-de-fonds à douze mois d'emprisonnement et à l'expulsion à vie du territoire suisse pour infractions à la loi fédérale sur les stupéfiants et rupture de ban.
Par décision du 1er octobre 2004, l'Office fédéral des migrations a prononcé à l'encontre de l'intéressé une interdiction d'entrée en Suisse de durée indéterminée.
Par jugement du 14 octobre 2005, le Tribunal de police du district de La Chaux-de-Fonds a condamné l'intéressé à 2 mois d'emprisonnement pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires et dénonciation calomnieuse.
De décembre 2005 à juillet 2006, l'intéressé a été maintenu en détention administrative en vue de son renvoi. Il a refusé de collaborer à son renvoi de Suisse. Le 18 juillet 2006, cette mesure a été levée.
Par courrier du 14 août 2007, l'Office fédéral des migrations a informé A._ (ex-B._), ressortissante suisse, que l'interdiction d'entrée prononcée contre Z._ ne pouvait pas être suspendue. Ni le comportement de ce dernier ni un projet de mariage, qui pouvait être célébré à l'étranger, ne justifiaient une telle suspension. Le 31 août 2007, l'intéressé a révélé sa véritable identité à l'Office fédéral des migrations.
Le 21 septembre 2007, A._ a épousé X._.
Le 15 octobre 2007, l'Office fédéral des migrations a formellement annulé l'interdiction d'entrée en Suisse notifiée à l'intéressé et invité le Service des migrations du canton de Neuchâtel (ci-après: Service cantonal des migrations) à se prononcer sur l'octroi d'un permis de séjour.
Le 28 janvier 2008, le Service cantonal des migrations a soumis à l'Office fédéral des migrations sa décision d'octroyer le permis de séjour à l'intéressé pour regroupement familial. Le 27 février 2008, l'Office fédéral des migrations a informé l'intéressé qu'il entendait refuser d'approuver la délivrance de l'autorisation de séjour et lui a imparti un délai pour déposer ses observations, ce que ce dernier a fait par l'intermédiaire de son mandataire.
B. Par décision du 15 mai 2008, l'Office fédéral des migrations a refusé d'approuver l'octroi de l'autorisation de séjour par le canton de Neuchâtel, a fixé à l'intéressé un délai au 31 juillet 2008 pour quitter la Suisse et supprimé l'effet suspensif d'un éventuel recours. Il a estimé que les comportements graves et répétés du recourant, qui avait agi par dessein de lucre en matière de stupéfiants, son attitude vis-à-vis des autorités, en particulier la police des étrangers chargée de le renvoyer, le risque de récidive ainsi que l'absence d'intégration socio-professionnelle justifiaient le refus de l'autorisation de séjour. Il n'était pas contraire à l'art. 8 CEDH de le renvoyer en Guinée, malgré son mariage, du moment qu'il y avait passé son enfance et son adolescence, y avait son père et que A._ l'avait épousé en sachant qu'il devait être renvoyé pour des motifs d'ordre public.
Par mémoire du 17 juin 2008, X._ a recouru contre la décision rendue le 15 mai 2008 par l'Office fédéral des migrations auprès du Tribunal administratif fédéral. Il a conclu à la restitution de l'effet suspensif, à l'annulation de la décision attaquée et à l'approbation de la décision du Service cantonal des migrations. Par courrier séparé du même jour, il a requis l'octroi de l'assistance judiciaire complète.
C. Par décision incidente du 25 juillet 2008, le Juge instructeur du Tribunal administratif fédéral a refusé de restituer l'effet suspensif, rejeté la demande d'assistance judiciaire et fixé un délai au 25 août 2008 pour déposer l'avance de frais. Le recours était d'emblée voué à l'échec et la pesée des intérêts publics et privés en présence ne justifiait pas la restitution de l'effet suspensif. A l'appui de sa décision, il expose que l'intéressé avait fait l'objet de trois condamnations pénales lui infligeant un total de 50 mois d'emprisonnement, plus spécialement en matière de stupéfiants, la dernière remontant seulement à octobre 2005. Le total des années durant lesquelles il avait été assisté, s'était livré au trafic de drogue, avait été emprisonné ou mis en détention administrative montrait qu'il n'avait jamais vécu comme un citoyen ordinaire et qu'il ne s'était pas intégré. La durée de son séjour était en outre due au refus systématique de l'intéressé de révéler sa véritable identité, sa situation personnelle ainsi que sa nationalité. Le fait qu'il n'avait pas commis de nouvelles infractions et qu'il affirmait avoir changé depuis son mariage n'était pas suffisant pour rester en Suisse, où il ne pouvait se prévaloir d'une bonne insertion socio-professionnelle. Il avait en outre vécu toute son enfance et son adolescence en Guinée où son père vit encore et où il a des amis. La santé et la jeunesse de l'intéressé autorisaient un renvoi en Guinée. Son épouse savait en outre avant de se marier que l'intéressé était sous le coup d'une décision d'interdiction d'entrée en Suisse et avait été détenu en vue de son refoulement. Une appréciation globale de toutes les circonstances montrait que le refus litigieux s'avérait proportionné et compatible avec l'art. 8 CEDH. Le recours était par conséquent dénué de chances de succès et il n'y avait pour les mêmes raisons aucun motif de restituer l'effet suspensif.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision rendue le 25 juillet 2008 par le Juge instructeur du Tribunal administratif fédéral (ci-après l'autorité précédente), d'ordonner à l'autorité inférieure d'accorder l'assistance judiciaire et de restituer l'effet suspensif. A titre de mesures provisionnelles urgentes, il demande au Tribunal fédéral d'accorder l'effet suspensif à son recours en ce qui concerne l'octroi de l'assistance judiciaire et l'obligation de payer l'avance de frais au 25 août 2008. Il sollicite en outre l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
Par ordonnance du 22 août 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a imparti un délai pour détermination sur la requête d'effet suspensif au Tribunal administratif ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations et signifié que, jusqu'à décision sur la requête d'effet suspensif, aucune mesure d'exécution de la décision attaquée ne pouvait être prise.
L'Office fédéral des migrations propose de rejeter la requête d'effet suspensif. Le Tribunal administratif fédéral propose le rejet du recours.
E. Par courrier du 24 septembre 2008, X._ a informé le Tribunal fédéral que son épouse était enceinte, probablement de dix semaines.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent un droit (art. 83 lettre c ch. 2 LTF). Cette restriction vaut également pour les décisions incidentes de nature procédurale, par exemple en matière d'assistance judiciaire ou d'effet suspensif; autrement dit, le recours n'est recevable à l'encontre de telles décisions que si la contestation matérielle a pour objet un véritable droit à une autorisation de séjour, par opposition à une simple expectative (cf. arrêt 2C_18/2007 du 2 juillet 2007, consid. 2). Tel est bien le cas en l'occurrence, dans la mesure où le recourant est formellement marié à une ressortissante suisse (art. 7 al. 1 de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers [LSEE; RS 1 p. 113], encore applicable en l'espèce, cf. art. 126 LEtr).
1.2 Dans le cadre d'une procédure administrative, le refus de l'assistance juridique est une décision incidente qui cause en principe un dommage irréparable, de sorte que le recours en matière de droit public est immédiatement ouvert (<ref-law>; arrêt 2C_143/2008 du 10 mars 2008, consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 131). Il en va de même d'une décision qui refuse de restituer l'effet suspensif (arrêt 2D_72/2008 du 31 juillet 2008, consid. 1.2).
1.3 Déposé en temps utile (<ref-law>) par son destinataire (<ref-law>) contre une décision prise par le Juge instructeur du Tribunal administratif fédéral en matière d'assistance juridique et de restitution de l'effet suspensif (<ref-law> et <ref-law>), le recours en matière de droit public est en principe recevable pour violation du droit fédéral qui comprend les droits constitutionnels (cf. art. 95 lettres a et c LTF).
1.4 Dans la mesure où le présent recours est dirigé contre le refus de restituer l'effet suspensif, c'est-à-dire contre une décision portant sur une mesure provisionnelle au sens de l'<ref-law>, seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels (arrêt 1C_233/2007 du 14 février 2008 consid. 1.2). Conformément à l'<ref-law>, les griefs soulevés doivent dans ce cas être suffisamment motivés, sous peine d'être déclarés irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 p. 591). Or, en l'espèce, le recourant se plaint certes de la violation de l'interdiction de l'arbitraire (cf. sur cette notion; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148), mais il se contente d'opposer à la décision du Tribunal administratif fédéral une motivation renvoyant à la décision cantonale du 28 janvier qu'il présente comme préférable et qui devrait conduire à restituer l'effet suspensif. Formulé sur un mode appellatoire, ce grief ne répond pas aux exigences de l'<ref-law>. Il est par conséquent irrecevable.
1.5 D'après l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Par conséquent, les faits portés à la connaissance du Tribunal fédéral par courrier du 24 septembre 2008 sont irrecevables.
2. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente. Par ailleurs, le Tribunal fédéral fonde en principe son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Selon l'<ref-law>, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.).
3. D'après le recourant, le juge instructeur du Tribunal administratif fédéral aurait violé l'<ref-law> en jugeant sa cause d'emblée vouée à l'échec.
3.1 D'après l'<ref-law> applicable en vertu de l'<ref-law>, après le dépôt du recours, la partie qui ne dispose pas de ressources suffisantes et dont les conclusions ne paraissent pas d'emblée vouées à l'échec est, à sa demande, dispensée par l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur de payer les frais de procédure.
3.2 Selon la jurisprudence, un procès est dénué de chances de succès lorsque les perspectives de le gagner sont notablement plus faibles que les risques de le perdre et qu'elles ne peuvent guère être considérées comme sérieuses, de sorte qu'une personne raisonnable et de condition aisée renoncerait à s'y engager en raison des frais qu'elle s'exposerait à devoir supporter. En revanche, une demande ne doit pas être considérée comme dépourvue de chances de succès lorsque les perspectives de gain et les risques d'échec s'équilibrent à peu près, ou lorsque les premières sont seulement un peu plus faibles que les seconds (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 2c).
3.3 Comme son dossier contient deux décisions contradictoires, l'une accordant une autorisation de séjour et l'autre la refusant, le recourant est d'avis qu'il pouvait de bonne foi penser que ses chances de succès étaient à tout le moins équivalentes au risque d'échec, de sorte que l'autorité précédente ne pouvait pas déclarer les conclusions de son recours d'emblée vouées à l'échec. Il en déduit en outre que le Tribunal administratif fédéral n'a arbitrairement pas pris en considération la décision cantonale, alors qu'elle constituait un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée.
4. 4.1 Le Tribunal administratif fédéral a correctement exposé les dispositions du droit suisse des étrangers applicables au séjour du recourant, ce que ce dernier ne conteste pas. Il suffit par conséquent de renvoyer à la décision attaquée sur ce point (<ref-law>), tout en précisant cependant que, selon la jurisprudence relative à l'autorisation de séjour du conjoint étranger d'un ressortissant suisse (ou d'une personne titulaire d'une autorisation d'établissement), une condamnation à deux ans de privation de liberté constitue la limite à partir de laquelle, en général, il y a lieu de refuser une telle autorisation, du moins quand il s'agit d'une demande d'autorisation initiale ou d'une requête de prolongation déposée après un séjour de courte durée (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 23; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 185; <ref-ruling> consid. 4b p. 14). Il existe en outre un intérêt public prépondérant à expulser des étrangers qui ont en particulier commis des actes de violence ou d'ordre sexuel d'une certaine gravité ou des infractions graves à la loi fédérale sur les stupéfiants, même lorsque ces étrangers vivent en Suisse depuis de nombreuses années. En pareille cas, seules des circonstances exceptionnelles permettent de faire pencher la balance des intérêts en faveur de l'étranger (<ref-ruling> consid. 2c p. 436).
4.2 Il est vrai que la décision du Tribunal administratif fédéral ne fait pas une seule fois mention de la décision rendue le 28 janvier 2008 par le Service cantonal des migrations. Le recourant n'expose toutefois pas en quoi cette décision constituerait une circonstance exceptionnelle qui permettrait de reléguer au second plan la gravité de ses actes. Ceux-ci lui ont valu une première condamnation de trois ans d'emprisonnement pour infractions par bande et par métier à la loi fédérale sur les stupéfiants, puis une deuxième de douze mois pour pour trafic de stupéfiants, dans les deux cas, par dessein de lucre. A cela s'ajoute, comme l'a dûment constaté le Tribunal administratif fédéral, que le recourant a encore été condamné en 2005 à deux mois d'emprisonnement pour violences et menaces envers fonctionnaires. Eu égard aux sévères condamnations qui lui ont été infligées, le recourant ne peut par principe pas se prévaloir de la durée de son séjour en Suisse. Enfin, même s'il n'a plus donné lieu à des procédures pénales à son encontre depuis 2005, il ne s'est pas pour autant conformé à l'ordre établi en Suisse: il a fait usage d'une fausse identité de 1998 à 2007 et a refusé de coopérer avec les autorités pour préparer son départ de Suisse malgré une détention en vue de refoulement. Sans formation particulière, il ne peut pas arguer d'une bonne intégration socio-culturelle en Suisse. S'il est certes difficile d'imposer à son épouse suisse de vivre en Guinée, cette circonstance ne fait pas pour autant obstacle au refus de délivrer une autorisation de séjour, du moment que cette dernière connaissait parfaitement l'interdiction de séjour qui avait été prononcée contre le recourant avant de se marier. Elle devait s'attendre à ce que les décisions prises à l'encontre de son futur mari soient exécutées et décider si elle voulait s'en accommoder, c'est-à-dire ne pas pouvoir vivre cette union en Suisse. En outre, le recourant a passé son enfance et son adolescence en Guinée, en connaît la langue et y a pour le moins encore son père. Enfin, il est encore jeune et en bonne santé. Dans ces conditions, il n'y avait prima facie aucune circonstance exceptionnelle qui justifiait la délivrance d'une autorisation de séjour au recourant. La simple existence d'une décision cantonale favorable, mais erronée, ne suffisait pas à augmenter les chances de succès du recours.
Le Tribunal administratif pouvait par conséquent juger, sans violer le droit fédéral, que les conclusions du recourant étaient d'emblée vouées à l'échec.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Etant donné l'issue de la procédure, les requêtes d'effet suspensif n'ont plus d'objet. Les conclusions du recourant en instance fédérale étaient également dénuées de chances de succès, de sorte que l'assistance judiciaire lui est refusée (<ref-law>). Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires, qui sont fixés compte tenu de sa situation financière (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à l'Office fédéral des migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour III.
Lausanne, le 24 septembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey