Sachverhalt:
A. Vertreten durch Rechtsanwältin F._ liess X._ dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Eingabe vom 3. November 2008 (Poststempel: 7. November 2008) mitteilen, dass er die Beschwerde im Verfahren KV 2008/00033 zurückziehe. Bei dieser Gelegenheit wurde die unentgeltliche Rechtsverbeiständung beantragt. Mit (fehldatierter) Eingabe vom 3. November 2008 (Poststempel: 2. Dezember 2008) teilte Rechtsanwältin F._ mit, sie werde "in oben genannter Angelegenheit" ihre Kostennote "in den nächsten Tagen" einreichen, was in der Folge (trotz telefonischer Rückfrage des Gerichts am 11. Dezember 2008 in der Anwaltskanzlei) unterblieb.
B. Das Sozialversicherungsgericht schrieb den Prozess KV 2008/00033 durch Rückzug der Beschwerde als erledigt ab, bestellte Rechtsanwältin F._ für dieses Verfahren als unentgeltliche Rechtsvertreterin und entschädigte sie aus der Gerichtskasse mit Fr. 200.-, einschliesslich Barauslagen und Mehrwertsteuer (Verfügung vom 16. Dezember 2008).
C. Rechtsanwältin F._ führt hiegegen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt ihre Aufhebung; es sei ihr eine angemessene Entschädigung sowie Spesenersatz in der Höhe von Fr. 45.50 zuzüglich Mehrwertsteuer zuzusprechen. Zur Illustration ihres Aufwandes legt sie eine nicht datierte Kostenübersicht über den Gesamtbetrag von Fr. 2379.60 ein.
Mit Vernehmlassung vom 18. März 2009 nimmt das Sozialversicherungsgericht zur Sache Stellung.

Erwägungen:
1. Das Rechtsbegehren auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids ist insofern einzugrenzen, als nur die Höhe der zugesprochenen Entschädigung für amtlich bestellte Rechtsvertretung gerügt ist, nicht aber die nach Dispositiv-Ziffer 1 beschlossene Abschreibung des Prozesses; es ist ein Endentscheid angefochten und darum auf die Beschwerde einzutreten (<ref-ruling>, 645).
2. <ref-law> räumt jeder Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, unter bestimmten Voraussetzungen einen Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ein. Die Bemessung der Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes ist mangels bundesrechtlicher Bestimmung dem kantonalen Recht überlassen (vgl. <ref-law>). Das Bundesgericht darf die Höhe der Entschädigung nur daraufhin überprüfen, ob die Anwendung der einschlägigen kantonalen Bestimmungen, sei es aufgrund ihrer Ausgestaltung, sei es wegen ihrer Anwendung im konkreten Fall, zu einer Verletzung von Bundesrecht geführt hat (<ref-law>). Dabei fällt praktisch nur das in <ref-law> verankerte Willkürverbot in Betracht. Ein Entscheid über die Entschädigungsbemessung ist dann willkürlich, wenn er eine Norm oder einen klaren und unumstrittenen Rechtsgrundsatz offensichtlich schwer verletzt, sich mit sachlichen Gründen schlechthin nicht vertreten lässt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen). Willkür kann namentlich in zwei Erscheinungsformen auftreten, nämlich als klare und schwere Verletzung kantonalen Rechts über die Bemessung der Entschädigung oder als schlechthin unhaltbare Betätigung in dem vom Bundes- und kantonalen Recht eröffneten Ermessensbereich. Im letzten Fall kann die Festsetzung eines Anwaltshonorars wegen Verletzung von <ref-law> oder <ref-law> nur aufgehoben werden, wenn sie ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu den mit Blick auf den konkreten Fall notwendigen anwaltlichen Bemühungen steht und in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstösst (SVR 2002 ALV Nr. 3 S. 5 mit Hinweisen, C 130/99).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin räumt zwar ein, die beim Rechtsmittelrückzug angekündigte Einreichung der Kostennote sei nicht erfolgt. Sie rügt aber, mit der pauschal auf Fr. 200.- festgesetzten Entschädigung habe das kantonale Gericht das Ermessen nicht sachgerecht und pflichtgemäss, sondern willkürlich und missbräuchlich ausgeübt und damit gegen übergeordnetes Recht verstossen. Dass der Entschädigungsentscheid nicht begründet sei, verletze das rechtliche Gehör. Das Honorar sei bei weitem nicht nach dem effektiv notwendigen Zeitaufwand (Aktenstudium, schriftlicher und mündlicher Kontakt mit Klient und Gegenpartei, Korrespondenz und Telefonate mit dem Gericht etc.) bemessen worden, der auch in Verhandlungen zum Vergleich bestanden und zum Beschwerderückzug geführt habe.
3.2 Die Vorinstanz hält daran fest, die Beschwerdeführerin habe die Honorarnote entgegen der schriftlichen Zusicherung und trotz erfolgter telefonischer Rücksprache am 11. Dezember 2008 nicht eingereicht. In Ermangelung einer solchen sei ein Pauschalhonorar von Fr. 200.- festzusetzen, welcher Betrag für das Rückzugsschreiben angemessen sei.
4. Es steht fest, dass die Beschwerdeführerin, welche sich am 9. Oktober 2008 (u.a.) in das Verfahren KV 2008/00033 eingeschaltet und diesbezüglich am 7. November 2008 (Poststempel) den "Klagerückzug" erklärt hatte, entgegen ihrer Zuschrift an die Vorinstanz vom 2. Dezember 2008 (Poststempel) in den vierzehn Tagen bis zum Erlass der Verfügung am 16. Dezember 2008 (und auch nachher) keine Honorarnote eingereicht hat. Das Einreichen der konkret ("in den nächsten Tagen") in Aussicht gestellten Kostennote beweckte offensichtlich, das kantonale Gericht von eigenen - von Amtes wegen vorzunehmenden - Abklärungen im Rahmen der komplexen Verfahrenslage freizustellen (im Herbst 2008 waren mehrere Prozesse des gleichen Versicherten gerichtlich anhängig, in welchen die Beschwerdeführerin im Verlaufe des Jahres seine Vertretung übernommen hatte) und auf diese Weise direkt den im (zufolge Rückzugs) abzuschreibenden Verfahren KV 2008/00033 betriebenen, allein der verlangten armenrechtlichen Entschädigung zugänglichen Aufwand zu spezifizieren. Wenn die Beschwerdeführerin "aufgrund der vorweihnachtlichen Arbeitsbelastung", wie sie schreibt, davon absah, hat sie die Folgen ihrer Unterlassung zu tragen. In Anbetracht der konkreten Umstände der Vorinstanz Willkür oder sonstige Rechtsverletzung vorzuwerfen, geht fehl, weil in der gegebenen Situation mit Blick auf die angekündigte Honorarnote von der Vorinstanz nicht verlangt werden konnte, selber Nachforschungen darüber zu betreiben, welcher Aufwand der Beschwerdeführerin allein im Zusammenhang mit dem Prozess KV 2008/00033 entstanden war, und nicht in den anderen Verfahren, die teilweise miteinander zusammenhingen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz