Sachverhalt:
A. Die Parteien heirateten am 14. August 1987. Aus der Ehe gingen die gemeinsamen Kinder S._ (1987), T._ (1990) und U._ (1991) hervor. Seit Oktober 2002 leben die Parteien getrennt.
B. Am 24. Mai 2007 (mitgeteilt am 30. Januar 2008) schied das Bezirksgericht Bremgarten die Ehe der Parteien und regelte die Nebenfolgen. U.a. sprach es der Ehefrau nachehelichen Unterhalt von Fr. 6'500.-- bis Oktober 2007 (Ziff. 5.1) und danach bis zu ihrem AHV-Alter von Fr. 3'000.-- (Ziff. 5.2) sowie eine Kapitalabfindung für die Altersvorsorge von Fr. 157'280.-- (Ziff. 7) und eine Entschädigung für die Mitarbeit im Gewerbe des Ehemannes von Fr. 148'500.-- zu (Ziff. 8).
In seinem Urteil vom 17. Februar 2009 setzte das Obergericht die Kapitalabfindung für die Altersvorsorge auf Fr. 204'699.-- und diejenige für die Mitarbeit im Gewerbe des Ehemannes auf Fr. 200'000.-- fest. Im Übrigen wies es die Appellation der Ehefrau ab. Die Gerichtsgebühr setzte es auf Fr. 14'700.-- fest, und es verpflichtete die Ehefrau zu einer reduzierten Parteientschädigung von Fr. 16'749.25 an den Ehemann.
C. Gegen das obergerichtliche Urteil hat die Ehefrau am 27. April 2009 Berufung in Zivilsachen erhoben, im Wesentlichen mit den Begehren, es sei ihr nachehelicher Unterhalt von Fr. 6'500.-- für Februar bis Mai 2008, von Fr. 4'060.-- für Juni 2008 bis Mai 2010 und von Fr. 3'000.-- ab Juni 2010 bis zu ihrem Eintritt ins ordentliche AHV-Alter sowie nebst der Entschädigung gemäss Art. 165 Abs. 1 ZGB von Fr. 200'000.-- eine weitere auf Art. 165 Abs. 2 ZGB gestützte Entschädigung von Fr. 55'300.-- zuzusprechen; im Übrigen seien für das obergerichtliche Verfahren die Gerichtsgebühren auf maximal Fr. 3'900.-- und die Anwaltskosten auf maximal Fr. 3'000.-- festzusetzen. In seiner Vernehmlassung vom 22. Juni 2009 schliesst der Ehemann auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Schreiben vom 5. August 2009 reichte die Beschwerdeführerin ihre auf Ende Juni 2009 erfolgte Kündigung nach.

Erwägungen:
1. Angefochten sind die Fr. 30'000.-- übersteigenden vermögensrechtlichen Folgen eines kantonal letztinstanzlichen Ehescheidungsurteils; auf die Beschwerde ist somit einzutreten (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
An die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (Art. 97 Abs. 1 BGG), und hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Hingegen wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen und mit freier Kognition an (Art. 106 Abs. 1 BGG).
Die nachgereichte Kündigung der Beschwerdeführerin ist ein Novum, das im bundesgerichtlichen Verfahren nicht berücksichtigt werden kann, zumal nicht erst das angefochtene Urteil dazu Anlass gegeben hat (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2. Die Beschwerdeführerin verlangt eine Übergangsfrist bis Mai 2010 für das ihr angerechnete hypothetische Einkommen von Fr. 3'500.--, unter Berücksichtigung des ab Juni 2008 tatsächlich erzielten Verdienstes. Dass die Beschwerdeführerin inzwischen arbeitslos geworden ist, kann nach dem Gesagten nicht berücksichtigt werden; sie hat denn in ihrem Schreiben vom 5. August 2009 auch - zu Recht, da ohnehin unzulässig - kein neues Rechtsbegehren gestellt.
2.1 Das Obergericht hat erwogen, inzwischen seien alle Kinder volljährig, so dass einer 100%-igen Erwerbstätigkeit der Ehefrau nichts mehr entgegenstehe. Ihre gesundheitlichen Beschwerden (Arthrose im Fussgelenk) hätten auf eine kaufmännische Tätigkeit keinen Einfluss. Die Ehefrau habe per Juni 2008 auch tatsächlich eine 50%-Stelle als kaufmännische Angestellte gefunden; es sei nicht einsichtig, weshalb sie keine Vollzeitstelle finden sollte, seien doch Teilzeitstellen rarer. Allerdings könne nicht einfach der jetzige Verdienst verdoppelt werden, da sie wegen der langjährigen Mitarbeit im Betrieb des Ehemannes über keinen tauglichen Leistungsausweis verfüge und auch die Arbeitsmarktlage angespannt sei. Es scheine daher angemessen, wie die Vorinstanz von einem hypothetischen Einkommen von Fr. 3'500.-- auszugehen. Weil die Ehefrau seit der Zustellung des erstinstanzlichen Urteils im Januar 2008 genügend Zeit gehabt habe, eine Vollzeitanstellung zu finden, sei ihr das hypothetische Einkommen ohne Ansetzung einer Übergangsfrist anzurechnen (nota: tatsächlich angerechnet wurde es bereits ab Oktober 2007).
2.2 Ausgehend vom erstinstanzlich festgestellten Einkommen des Ehemannes von Fr. 28'000.-- und der aus der lebensprägenden Ehe (langjährige Ehe [15-jähriges eheliches Zusammenleben] mit Karriereverzicht der Ehefrau und Erziehung der drei gemeinsamen Kinder), welche grundsätzlich Anspruch auf Fortsetzung des ehelichen Lebensstandards (vorliegend bewohnte das Ehepaar eine 9-Zimmer-Villa, hatte viele Einladungen, machte grosszügige Ferien) unter Hinzurechnung der scheidungsbedingten Mehrkosten gibt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 594 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 145; <ref-ruling> E. 3 S. 578), bewegt sich der für die Ehefrau festgesetzte gebührende Unterhalt von Fr. 6'500.-- am untersten Rand des Zulässigen, zumal sie auch erhebliche Vorsorgelücken aufweist (mangels einer teilbaren 2. Säule erhielt die Ehefrau lediglich eine virtuell berechnete minimale Kapitalabfindung von rund Fr. 200'000.--, während sie weder an der vom Ehemann in vollem Umfang für Selbständigerwerbende einbezahlten Säule 3a noch an der bestehenden Lebensversicherung von total rund Fr. 575'000.-- partizipiert; im Übrigen wird sie mit ihrem bescheidenen Erwerbseinkommen auch in Zukunft nur wenig Vorsorgekapital äufnen können). Die Höhe des gebührenden Unterhaltes, den die Ehefrau im kantonalen Verfahren noch mit rund Fr. 9'000.-- bezifferte, ist vor Bundesgericht zwar nicht mehr angefochten; indes darf der angesichts der konkreten Verhältnisse tief angesetzte gebührende Unterhalt im Zusammenhang mit der Gewährung einer angemessenen Übergangsfrist für die Erzielung des der Ehefrau zugemuteten hypothetischen Einkommens mitberücksichtigt werden.
Für das hypothetische Einkommen ist von den feststehenden relevanten Sachverhaltselementen auszugehen: Die Ehefrau absolvierte eine 2-jährige Verkaufslehre und besuchte einen 1-jährigen kaufmännischen Grundkurs. Aufgrund der Heirat und der Kinder gab sie ihre damalige Vollzeitstelle auf, erledigte jedoch ab einem gewissen Zeitpunkt in einem zunehmenden Umfang Buchhaltungs- und andere Arbeiten im Garagenbetrieb des Ehemannes. Weil es sich lediglich um Mitarbeit im ehelichen Betrieb handelte, verfügt sie über keinen auf dem Arbeitsmarkt tauglichen Leistungsausweis, wie das Obergericht anerkennt. Im Zeitpunkt der Trennung war die Ehefrau bereits 44-jährig und damit nahe an der (auf durchschnittliche Fälle zugeschnittenen) Richtlinie für die Zumutbarkeit der Aufnahme einer Erwerbstätigkeit (<ref-ruling> E. 5a S. 11; Urteile 5C.234/2005, E. 2; 5C.320/2006, E. 5.6.2.2). Die Kinder waren im Trennungszeitpunkt 11, 12 und 14 Jahre alt. Bei Einreichen der Scheidungsklage, als das definitive Scheitern der Ehe feststand, hatte die Ehefrau das 46. Altersjahr erreicht. Als das jüngste Kind 16-jährig wurde, war sie bereits 49 Jahre alt. Sie verschickte während der Trennungszeit mehrere 100 Bewerbungen (AppB 3). Im Juni 2008 fand sie endlich eine Teilzeitstelle im kaufmännischen Bereich und verdiente dabei rund Fr. 2'450.-- netto. Inzwischen ist die Ehefrau 51-jährig.
Vor diesem Hintergrund würde sich sogar grundsätzlich die Frage der Zumutbarkeit einer vollzeitigen Erwerbstätigkeit stellen, zumal die Ehefrau während der Ehe keiner normalen Erwerbstätigkeit nachging, sondern im ehelichen Betrieb mithalf. Jedenfalls aber trägt das sogar rückwirkend angerechnete hypothetische Einkommen der konkreten Situation des Einzelfalls, zu der insbesondere auch die ausserordentlich gute finanzielle Situation des Ehemannes gehört, keine Rechnung. Diese erlaubt es ihm, ohne Abstriche an seinem eigenen Lebensstil eine im Vergleich zu durchschnittlichen Verhältnissen oder gar zu Mankofällen grosszügige(re) Übergangsregelung zu finanzieren. Eine kürzere als die von der Ehefrau verlangte Frist bis Mai 2010 wäre den Umständen des vorliegenden Einzelfalls nicht angemessen. Bis zu diesem Zeitpunkt ist, entsprechend dem Begehren der Ehefrau, der von ihr ab Juni 2008 tatsächlich erzielte Verdienst von gerundet Fr. 2'500.-- anzurechnen.
2.3 Bei diesem Resultat wird die Gehörsrüge, das Obergericht habe die rückwirkende Anrechnung des hypothetischen Einkommens nicht begründet (Art. 29 Abs. 2 BV), ebenso gegenstandslos wie die diesbezügliche und die weitere Willkürrüge (Art. 9 BV) wegen verweigerter Beweisabnahme (diverse Unterlagen und Zeugeneinvernahmen) in Bezug auf die Stellensuche und die fehlenden tatsächlichen Erwerbsmöglichkeiten, womit nach den Ausführungen der Ehefrau zugleich Art. 138 Abs. 2 ZGB verletzt ist.
3. Das Obergericht hat der Ehefrau gestützt auf Art. 165 Abs. 1 ZGB eine Entschädigung von Fr. 200'000.-- für die 15-jährige Mitarbeit im Gewerbe des Ehemannes zugesprochen. Die Höhe dieser Entschädigung wird vor Bundesgericht nicht mehr beanstandet.
Hingegen verlangt die Ehefrau eine Entschädigung nach Art. 165 Abs. 2 ZGB für das dem Ehemann ab dem Jahr 1989 in drei Tranchen zum Aufbau des Garagenbetriebes überlassene Vermögen (Pensionskassenguthaben und Erbvorbezüge) von total Fr. 135'000.--.
3.1 Das Obergericht wies das betreffende Entschädigungsbegehren ab mit der Begründung, in Anbetracht eines durchschnittlichen Jahreseinkommens des Ehemannes von mehr als Fr. 300'000.-- pro Jahr erscheine es abwegig, den Zinsverzicht der Beklagten, der bei 4% jährlich einem Betrag von Fr. 2'400.-- bzw. ab dem Jahr 1994 von Fr. 4'000.-- entspreche, als bedeutende Mehrleistung an den Familienunterhalt zu bezeichnen.
3.2 Die Betrachtungsweise, wonach der jährliche Zinsausfall dem jährlichen Endeinkommen, d.h. dem im Trennungszeitpunkt erreichten Einkommen des Ehemannes gegenübergestellt wird, erscheint nicht sachgerecht: Eine Entschädigung im Sinn von Art. 165 Abs. 2 ZGB ist geschuldet, wenn ein Ehegatte aus seinem Einkommen oder Vermögen an den Unterhalt der Familie bedeutend mehr beigetragen hat, als er verpflichtet war. Vorliegend hatte die Ehefrau, ohne dass eine Rechtspflicht bestanden hätte, ihr gesamtes Vermögen, insbesondere auch ihr damaliges Pensionskassenguthaben, unentgeltlich zum Aufbau des Garagenbetriebes zur Verfügung gestellt und dabei auch dem Risiko ausgesetzt, dass es bei schlechter Geschäftsentwicklung allenfalls verloren sein würde. Unbestrittenermassen hat der u.a. mit der Vermögensüberlassung ermöglichte Aufbau des Garagenbetriebes der Familie im Verlauf der Zeit einen überdurchschnittlichen Lebensstandard ermöglicht, indem das im Betrieb erwirtschaftete Einkommen direkt dem Familienunterhalt zugute kam. Insofern hat die Ehefrau mit der Überlassung ihres gesamten Eigengutes zum Familienunterhalt beigetragen, und zwar über ihre eigentlichen ehelichen Pflichten hinaus, bestanden doch diese angesichts der konkret vereinbarten Rollenteilung anfänglich in der Haushaltführung und Kindererziehung und später auch in der Mithilfe im Garagenbetrieb. Vor diesem Hintergrund ist im vorliegenden konkreten Einzelfall eine Entschädigung gemäss Art. 165 Abs. 2 ZGB geschuldet; der gegenteilige Entscheid erschiene umso stossender, als einerseits die Zinslosigkeit offensichtlich im Zusammenhang mit der ehelichen Wirtschaftsgemeinschaft sowie dem Vertrauen auf die Fortführung der Ehe stand und andererseits der Ehemann infolge des Aufbaus des Garagenbetriebes in der Zwischenzeit ein Nettovermögen von über Fr. 3 Mio. geäufnet hat, an dem die Ehefrau zufolge Gütertrennung in keiner Weise partizipiert.
3.3 Während die Ehefrau vor Obergericht noch eine Entschädigung von Fr. 96'500.-- gefordert hatte, beschränkt sie ihr Begehren vor Bundesgericht auf Fr. 55'300.-- (Addition von 3,5% für die jeweilige Laufzeit der drei Tranchen). Die Berechnungsweise des Anspruches erscheint korrekt und wird in der Vernehmlassung nicht bestritten, weshalb der geforderte Betrag nach dem in E. 3.2 Gesagten zuzusprechen ist.
4. Für das zweitinstanzliche Verfahren setzte das Obergericht die Gerichtsgebühr auf Fr. 14'700.-- fest und genehmigte die Kostennote des Anwaltes des Ehemannes über total Fr. 20'036.55, wovon es der Ehefrau 4/5 auferlegte.
4.1 Die Ehefrau rügt eine Verletzung des Legalitäts- und Rechtsgleichheitsprinzips sowie des Willkürverbots (Art. 5 Abs. 1, Art. 8 und 9 BV). Sie macht geltend, gemäss § 7 Abs. 6 des Verfahrenskostendekretes (VKD/AG) gelte die Festsetzung familienrechtlicher Unterhalts- und Unterstützungsbeiträge nicht als vermögensrechtliche Streitsache; nur für güterrechtliche Ansprüche gelte der Streitwerttarif gemäss § 7 Abs. 1 VKD. Die Gerichtsgebühr betrage folglich zwischen Fr. 130.-- und Fr. 7'810.-- (§ 7 Abs. 4 VKD). Dasselbe gelte gemäss § 3 Abs. 1 lit. d des Anwaltstarifes für das Anwaltshonorar: auch hier komme der Streitwerttarif von lit. a nur für güterrechtliche Ansprüche zum Zug.
4.2 Das Obergericht hat sich zu den Kostengrundlagen nicht geäussert und es auch nicht für nötig befunden, mit einer Vernehmlassung gewisse Hinweise zu geben. Indes ist eine Verletzung der Begründungspflicht als Teilgehalt des rechtlichen Gehörs nicht gerügt; vielmehr wird eine Verletzung des Legalitäts- und Rechtsgleichheitsprinzips sowie des Willkürverbots behauptet. Willkür in der Rechtsanwendung liegt aber nicht schon vor, wenn die konkrete Handhabung willkürlich ist; vielmehr ist erforderlich, dass die kantonalen Gebührengrundlagen auch im Ergebnis willkürlich angewandt wurden (<ref-ruling> E. 4 S. 58; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153), was erst der Fall ist, wenn sich die Gebühren bei jedem Auslegungsergebnis ausserhalb des vorgegebenen Rahmens bewegen.
Vermutlich hat das Obergericht die zugesprochenen Entschädigungen gemäss Art. 126 Abs. 2 und Art. 165 Abs. 1 ZGB als vermögensrechtlich angesehen und ist von einem Streitwert von gerundet Fr. 400'000.-- ausgegangen (gemäss § 7 Abs. 1 VKD beträgt diesfalls der Grundansatz Fr. 8'330.-- zzgl. 1,6% des Streitwertes, was eine Gerichtsgebühr Fr. 14'730.-- ergibt und gerundet der auf Fr. 14'700.-- festgesetzten Gebühr entsprechen würde).
Weil § 7 Abs. 6 VKD und § 3 Abs. 1 lit. d des Anwaltstarifes nur mit Bezug auf familienrechtliche Unterhaltsbeiträge einerseits und auf güterrechtliche Ansprüche andererseits klar ist, durfte das Obergericht jedenfalls die Entschädigung für geleistete Mitarbeit gemäss Art. 165 Abs. 1 ZGB willkürfrei als vermögensrechtlich ansehen, weil es sich hierbei nicht um Unterhalt, sondern um eine Abgeltung für geleistete Arbeit handelt; daran kann der Umstand nichts ändern, dass die Abgeltung auf Familienrecht gründet, gilt dies doch auch für güterrechtliche Leistungen, die vom kantonalen Gebührendekret ausdrücklich als vermögensrechtlich betrachtet werden. Weniger klar ist die Frage mit Bezug auf die Entschädigung gemäss Art. 126 Abs. 2 ZGB, weil diese Entschädigung an die Stelle des Rentenunterhaltes nach Art. 126 Abs. 1 ZGB tritt und damit typischerweise Unterhalt abgilt, freilich in Kapital- statt Rentenform.
Im Ergebnis ist aber die obergerichtliche Gebührenfestsetzung so oder anders nicht willkürlich: In appellatorio hatte die Ehefrau nebst Unterhalt eine Kapitalabfindung gemäss Art. 126 Abs. 2 ZGB von Fr. 723'000.-- sowie Entschädigungen gemäss Art. 165 Abs. 1 und 2 ZGB von insgesamt Fr. 540'000.-- eingeklagt, wovon Fr. 443'700.-- auf Art. 165 Abs. 1 ZGB entfallend. Jedenfalls diese Entschädigung durfte nach dem Gesagten willkürfrei als vermögensrechtlich betrachtet werden.
5. Die Beschwerdeführerin ist in den Hauptpunkten durchgedrungen und es rechtfertigt sich keine Kostenausscheidung für den Gebührenpunkt; der Beschwerdegegner wird demzufolge vollumfänglich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Festsetzung und Verteilung der kantonalen Kosten entsprechend dem neuen Verfahrensausgang ist vom Obergericht vorzunehmen (Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde in Zivilsachen wird Ziff. 1.2 des Urteils des Obergerichts des Kantons Aargau vom 17. Februar 2009 aufgehoben und der Beschwerdegegner wird in Abänderung von Ziff. 5.1 und 5.2 des Urteils des Bezirksgerichts Bremgarten vom 24. Mai 2007 verpflichtet, der Beschwerdeführerin monatliche Unterhaltsleistungen von Fr. 6'500.-- für Februar bis Mai 2008, von Fr. 4'000.-- für Juni 2008 bis Mai 2010 und von Fr. 3'000.-- ab Juni 2010 bis zu ihrem Eintritt ins ordentliche AHV-Alter zu erbringen.
Sodann wird der Beschwerdegegner verpflichtet, der Beschwerdeführerin zusätzlich zu Ziff. 1.1 des obergerichtlichen Urteils bzw. Ziff. 8 des bezirksgerichtlichen Urteils eine auf Art. 165 Abs. 2 ZGB gestützte Entschädigung von Fr. 55'300.-- zu bezahlen.
Die weitergehende Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur neuen Festsetzung und Verteilung der kantonalen Kosten an das Obergericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. August 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli