Sachverhalt:
A.
A._ (nachfolgend: der Steuerpflichtige) führt seit dem 1. Mai 2000 die "B._" in U._ (Einzelunternehmung). Nebst Sauna und Solarium wird dort auch nichtmedizinische Massage angeboten. Der Steuerpflichtige vermietet die Massageräume an Masseurinnen. Diese bestimmen selbst, wann, wieviel und wie lange sie arbeiten wollen und bringen zum Teil auch ihre eigene Kundschaft mit.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer (nachfolgend: ESTV) kam zum Schluss, dass die mehrwertsteuerliche Selbständigkeit der Masseurinnen nicht gegeben sei, da diese nach aussen nicht selbständig auftreten würden, wie der Internetauftritt und ein Augenschein vor Ort gezeigt hätten. Da der Steuerpflichtige keine Angaben zur Höhe der Umsätze aus Massage machen konnte, ermittelte sie die Mehrwertsteuer für die Perioden 1. Quartal 2000 bis 3. Quartal 2004 ermessensweise. Sie legte ihrer Schätzung die Annahme zugrunde, dass vorliegend mehrheitlich klassische Massage angeboten werde und die Mieteinnahmen 27 % des Gesamtumsatzes ausmachen würden. Dieser Prozentsatz stammt aus den Erfahrungszahlen eines anderen Betriebs. Ausgehend von den Mieteinnahmen gemäss Konto 4002 schloss sie auf die Höhe des Gesamtumsatzes aus Massage. Mit Entscheid vom 17. September 2007, bestätigt auf Einsprache hin am 2. März 2011, setzte sie die Steuernachforderung auf Fr. xxx fest.
Eine Beschwerde des Steuerpflichtigen hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 4. Januar 2012 gut, hob den Einspracheentscheid vom 2. März 2011 auf und wies die ESTV an, einen neuen Entscheid zu fällen. Es beanstandete, dass die ESTV einen einzigen Vergleichsbetrieb herangezogen habe, ohne zu erläutern, inwiefern dieser mit dem eingeschätzten Betrieb vergleichbar sei. Die ESTV sei zudem von mehrheitlich klassischer und damit nichterotischer Massage ausgegangen. Bei Dienstleisterinnen im Erotikgewerbe gehe die ESTV indessen praxisgemäss von einem Anteil von 40 % bis 45 % aus, den diese den Betreibern des Etablissements abzuliefern hätten, was zu einem deutlich tieferen Umsatz führen würde.
B.
Im neuen Einspracheentscheid vom 28. März 2012 wies die ESTV die Einsprache erneut ab. Sie hielt daran fest, dass die Mieteinnahmen 27 % des Gesamtumsatzes ausmachen würden. Mangels Datenmaterial könne sie sich nur auf einen Vergleichsbetrieb abstützen. Im Übrigen seien die Ausführungen des Bundesverwaltungsgerichts zu früheren Umsatzschätzungen im Erotikbereich dahin gehend zu präzisieren, dass dort die Eintrittsgelder (und nicht die Mieten) 40 % des steuerbaren Umsatzes betragen hätten. Allerdings erhebe die "B._" keine Eintrittsgelder. Diese Erfahrungszahlen könnten folglich hier nicht angewendet werden.
Eine erneute Beschwerde des Steuerpflichtigen hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 3. Januar 2013 wiederum gut und wies die ESTV an, im Sinne der Erwägungen zu entscheiden.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die ESTV, es sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. Januar 2013 aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 28. März 2012 zu bestätigen.
Der Steuerpflichtige (Beschwerdegegner) beantragt sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob auf eine Beschwerde eingetreten werden kann.
1.1. Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über die Mehrwertsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Das Beschwerderecht steht gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 141 der Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (SR 641.201) auch der ESTV zu (Urteil 2C_678/2012 vom 17. Mai 2013 E. 1.3).
1.2. Die Beschwerde ist zulässig gegen End- oder Teilentscheide (Art. 90 und 91 BGG), gegen Vor- oder Zwischenentscheide jedoch nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG.
1.2.1. Die Vorinstanz hat den Einspracheentscheid aufgehoben und die Sache an die ESTV zur Fällung eines neuen Entscheids im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen. Angefochten ist somit ein Rückweisungsentscheid. Solche Entscheide sind grundsätzlich Zwischenentscheide, gegen die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht Beschwerde erhoben werden kann, selbst wenn damit über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden wird (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 4.2 und 4.3 S. 481 f.). Wenn jedoch der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, handelt es sich in Wirklichkeit um einen Endentscheid (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.3; Urteil des Bundesgerichts 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1).
Vorliegend hob die Vorinstanz den Einspracheentscheid auf, weil die ESTV die Ermessensveranlagung nicht ausreichend begründet habe. Die ESTV habe im neuen Entscheid darzulegen, inwiefern der zum Vergleich herangezogene Betrieb nicht nur der gleichen Branche angehöre, sondern auch hinsichtlich Standort, Betriebsgrösse, Kundenkreis usw. vergleichbar sei. Sofern die ESTV tatsächlich über keine Erfahrungszahlen aus einem vergleichbaren Betrieb verfüge, wie sie geltend mache, habe sie den Umsatz auf andere geeignete Weise zu ermitteln. Der ESTV verbleibt damit nicht bloss die (rechnerische) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten, sondern sie hat den Fall umfassend zu prüfen und neu zu entscheiden. Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich folglich nicht um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG, sondern um einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG.
1.2.2. Gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren. Wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbstständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; <ref-ruling> E. 3.2). Es obliegt der beschwerdeführenden Partei darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 in fine; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2).
1.2.3. Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.2.1; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170; <ref-ruling> E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Ein Rückweisungsentscheid, mit dem eine Sache zu neuer Abklärung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, sondern führt bloss zu einer Verlängerung des Verfahrens (<ref-ruling> E. 1.2.1; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170; <ref-ruling> E. 5.2.1 S. 483). Anders verhält es sich, wenn eine Behörde oder eine Gemeinde durch materielle Anordnungen im Rückweisungsentscheid gezwungen wird, eine ihres Erachtens rechtswidrige neue Verfügung zu erlassen, die sie anschliessend nicht mehr anfechten könnte (BGE <ref-ruling> E. 5.2.4 S. 484). Das ist dann der Fall, wenn der Rückweisungsentscheid materiellrechtliche Vorgaben enthält, welche die untere Instanz bei ihrem neuen Entscheid befolgen muss. Erschöpft sich der Rückweisungsentscheid darin, dass eine Frage ungenügend abgeklärt und deshalb näher zu prüfen sei, ohne dass damit materiellrechtliche Vorgaben verbunden sind, so entsteht der Behörde, an die zurückgewiesen wird, kein nicht wieder gutzumachender Nachteil (Urteil 2C_742/2013 vom 23. Januar 2013 E. 2.4 mit Hinweis).
1.2.4. Vorliegend wies die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid die ESTV an, im neuen Einspracheentscheid zu begründen, inwiefern der zum Vergleich herangezogene Betrieb "mit Bezug auf Branche, Standort, Betriebsgrösse und Kundenkreis usw." vergleichbar sei. Offenbar habe die "B._" - im Gegensatz zu dem von der ESTV herangezogenen Vergleichsbetrieb - auch erotische Massagen angeboten. Die beiden Betriebe entstammten somit nicht der gleichen Branche bzw. dem gleichen Gewerbe. Es gäbe auch Indizien, wonach sich die Preisstruktur bei den beiden Betrieben nicht vergleichen liessen. Es sei Aufgabe der Beschwerdeführerin, eine der Realität möglichst nahekommende und nachvollziehbare Schätzung zu präsentieren. Schliesslich habe die ESTV auch nicht geprüft, ob die im Rückweisungsentscheid zitierte umfangreiche Rechtsprechung, wonach der bei Dienstleisterinnen im Erotikgewerbe praxisgemäss angewendete Anteil von 40 % bis 45 % betrage, sich auf die Eintrittsgebühr oder die Mieten beziehe. Sofern die ESTV nicht über das erforderliche Datenmaterial verfüge, müsse sie sich dieses verschaffen. Falls der Rückgriff auf vergleichbare Betriebe bzw. Erfahrungszahlen nicht möglich sei, müsse anhand weiterer Abklärungen versucht werden, die Verhältnisse des Einzelfalles zu eruieren.
Die Beschwerdeführerin hat somit den Fall grundsätzlich zu prüfen. Damit bleibt aber der Ausgang des Verfahrens offen; die von der Vorinstanz geforderte verbesserte Begründung und allfälligen weiteren Abklärungen brauchen im Ergebnis nicht unbedingt zu einer tieferen Umsatzschätzung zu führen. Der angefochtene Zwischenentscheid bewirkt für die ESTV keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil. Der vorliegende Fall liegt auch anders als derjenige im Urteil 2C_835/2011 vom 4. Juni 2012, wo es um die ermessensweise Schätzung des mehrwertsteuerlichen Umsatzes eines Taxihalters ging. Dort war aufgrund der Erwägungen der Vorinstanz klar, dass diese den von der ESTV gewählten Kilometeransatz als überhöht erachtete; die Neubeurteilung musste somit dort zu einer tieferen Besteuerung führen. Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist daher vorliegend nicht anwendbar.
1.2.5. Zu prüfen bleibt, ob die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. In diesem Fall wäre die Beschwerde nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG zulässig. Ob diese Voraussetzung erfüllt ist, prüft das Bundesgericht frei (<ref-ruling> E. 1.2.3 mit Hinweis).
Käme das Bundesgericht vorliegend zum Schluss, die Beschwerde der ESTV sei gutzuheissen, würde dies bedeuten, dass die Vorinstanz den Einspracheentscheid zu Unrecht als mangelhaft begründet qualifiziert hätte. Das Verfahren wäre somit bei der Vorinstanz wieder offen, und diese müsste die Beschwerde des Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid materiell prüfen. Mit der von der Vorinstanz geforderten Massnahme sind keine erheblichen Kosten verbunden, und auch der zu erwartende Mehraufwand erscheint nicht derart gross, dass dies zu einer ausnahmsweisen Zulässigkeit der Anfechtung eines Zwischenentscheids führen müsste. Somit liegt auch kein Anwendungsfall von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG vor.
2.
Auf die Beschwerde ist nach dem Gesagten nicht einzutreten. Als unterliegende Partei hat die ESTV die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen, da sie Vermögensinteressen vertritt (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 4, e contrario, BGG). Entschädigungspflichtige Parteikosten (Art. 68 BGG) sind nicht entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Eidgenössischen Steuerverwaltung auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Mai 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann