Sachverhalt:
A. Am 3. Januar 2007 wurde über die A._ AG wegen Überschuldung der Konkurs eröffnet, dies auf Begehren des Verwaltungsrates X._. Am 30. März 2007 wurde das summarische Verfahren angeordnet.
Am 13. April 2007 meldete die X._ SA (nachfolgend Beschwerdeführerin) eine Forderung über Fr. 1'103'515.60 an. Sie machte geltend, die der Konkursitin gehörenden Aktien der B._ SA seien für diese Forderung verpfändet worden und sie werde sich daher den Wert dieses Pfandes an ihre Forderung anrechnen lassen. Ferner kündigte sie an, sie hätte allenfalls Interesse, die der Konkursitin gehörenden und an C._ verpfändeten Aktien der D._ SA unter Anrechnung auf ihre Forderung zu übernehmen.
Mit Schreiben vom 17. Oktober 2007 bestätigte das Konkursamt der Beschwerdeführerin, dass sie 200 Namenaktien der B._ SA sowie 100 Namenaktien der D._ SA ersteigert habe, wobei der jeweilige Kaufpreis in Verrechnung mit der von ihr angemeldeten Forderung bezahlt werde. Da der Kollokationsplan noch nicht in Rechtskraft erwachsen sei, erfolge die Kaufpreistilgung und damit die Erfüllung der Steigerungsbedingungen ausdrücklich unter Vorbehalt der rechtskräftigen Kollokation ihrer Forderung bzw. ihres Pfandanspruchs. Ferner verwies das Konkursamt auf die Steigerungsbedingungen, wonach der Steigerungszuschlag bei Nichtbezahlung aufgehoben werde.
In der Folge kam es zu einem Schriftenwechsel zwischen dem Konkursamt und der Beschwerdeführerin, in welchem diese die Aushändigung der ersteigerten Aktienzertifikate der B._ SA und der D._ SA forderte. Demgegenüber verlangte das Konkursamt die Überweisung des Kaufpreises von Fr. 50'000.-- für die ersteigerten Aktien der D._ SA, ansonsten der Zuschlag aufgehoben werde.
B. Am 15. September 2008 beantragte die Beschwerdeführerin, es sei dem Konkursamt Frist zur Auflage des Kollokationsplanes anzusetzen und es seien ihr die Aktientitel der B._ SA und der D._ SA auszuhändigen, sobald der Kollokationsplan rechtskräftig sei.
Am 18. Dezember 2008 hiess die Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug als Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs die Beschwerde insoweit gut, als das Konkursamt angewiesen wurde, im Konkurs der A._ AG innert zwei Monaten den Kollokationsplan aufzustellen und aufzulegen.
Am 13. Februar 2009 legte das Konkursamt den Kollokationsplan und das Inventar öffentlich auf. Ins Inventar wurden u.a. die 100 Namenaktien der D._ SA und die 200 Namenaktien der B._ SA aufgenommen, dies unter dem Hinweis, dass die Ersteren an C._ und die Letzteren an die Beschwerdeführerin verpfändet seien. In den Kollokationsplan wurde die von der Beschwerdeführerin angemeldete Forderung von Fr. 1'103'515.60 aufgenommen, dies mit der Anmerkung, dass hierfür die 200 Namenaktien der B._ SA als Pfand bestellt worden seien. Sowohl das Inventar als auch der Kollokationsplan blieben unangefochten.
Am 29. Mai 2009 forderte das Konkursamt die Beschwerdeführerin letztmals auf, den Kaufpreis von Fr. 50'000.-- für die ersteigerten Aktien der D._ SA zu bezahlen, ansonsten der Zuschlag aufgehoben werde. Die Beschwerdeführerin hielt demgegenüber fest, mit der rechtskräftigen Kollokation ihrer Forderung seien alle Bedingungen zur Aushändigung der Aktien der D._ SA erfüllt, worauf das Konkursamt diese wissen liess, eine Verrechnung sei nicht möglich, weil die Aktien an C._ verpfändet seien und dieser Anspruch habe, den Erlös aus der Pfandverwertung in bar zu erhalten.
C. Am 25. Juni 2009 verlangte die Beschwerdeführerin bei der Justizkommission im Wesentlichen, das Konkursamt sei zur sofortigen Aushändigung der Aktien der B._ SA und der D._ SA zu verpflichten. Mit Schreiben vom 15. Juli 2009 teilte die Beschwerdeführerin mit, dass das Konkursamt die Aktientitel der B._ SA am 7. Juli 2009 ausgehändigt habe.
Mit Verfügung vom 29. Juni 2009 hob das Konkursamt den Zuschlag über die 100 Aktien der D._ SA gemäss Ziff. 4 der Steigerungsbedingungen auf, nachdem die Beschwerdeführerin den Kaufpreis von Fr. 50'000.-- nicht geleistet hatte. Dagegen machte die Beschwerdeführerin am 6. Juli 2009 eine weitere Eingabe, im Wesentlichen mit den Begehren um Anweisung des Konkursamtes zur Aushändigung der betreffenden Aktien.
Am 18. November 2009 wies die Justizkommission beide Beschwerden ab, soweit sie darauf eintrat.
D. Gegen diesen Entscheid hat die X._ AG am 30. November 2009 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Sache an die Justizkommission. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde vom 30. November 2009 ist von X._ allein unterzeichnet, obwohl er gemäss Handelsregisterauszug nur kollektiv zu zweien für die X._ AG zeichnungsberechtigt ist. An sich wäre eine Nachfrist zur Behebung dieses Mangels anzusetzen (<ref-law>), was aber vorliegend prozessualen Leerlauf darstellen würde und mithin unterbleiben kann, weil aufgrund der nachfolgenden Erwägungen auf die Beschwerde ohnehin mangels genügender Begründung nicht einzutreten ist.
Angefochten ist innert der Frist von 10 Tagen ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer Betreibungssache, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig vom Streitwert grundsätzlich offen steht (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c, Art. 75 Abs. 1, Art. 90, Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG). Die Rechtsanwendung überprüft das Bundesgericht im Rahmen rechtsgenüglicher Vorbringen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) mit freier Kognition (<ref-law>). Demgegenüber ist es an die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen grundsätzlich gebunden (<ref-law>).
2. Die Justizkommission ist von einer Gegenstandslosigkeit mit Bezug auf die Aktien der B._ SA ausgegangen und hat hinsichtlich der Aktien der D._ SA erwogen, von der Erfordernis der Erlegung des Steigerungspreises könne nur abgesehen werden, wenn das Amt diesen sofort zurückzahlen müsste; dies sei der Fall, wenn der einzige betreibende Gläubiger oder der für den Erlös vorzugsberechtigte Gläubiger die Sache ersteigere. Die Aktien der D._ SA seien unbestrittenermassen an C._ verpfändet und der Steigerungserlös diene vorab zu dessen Befriedigung. Gemäss Vertrag vom 3. Oktober 1997, der bei den Konkursakten liege, sei mit dem Pfand die Kaufpreisforderung von Fr. 2 Mio. für den Verkauf des gesamten Aktienkapitals der B._ SA an X._ gesichert worden, wovon gemäss Darstellung von C._ Fr. 500'000.-- bezahlt seien. Nachdem das Konkursamt offenkundig die Pfandforderung und das Pfandrecht anerkenne, habe es die versicherte Drittschuld in der geltend gemachten Höhe im Kollokationsplan unter die pfandversicherten Forderungen aufzunehmen mit dem Vermerk, dass nicht die A._ AG in Liq., sondern X._ persönlicher Schuldner sei. Das Konkursamt handle als gesetzliche Vertreterin des Pfandgläubigers und habe dessen Interessen zu wahren, weshalb es anzuweisen sei, das offenkundige Versäumnis zu korrigieren, indem es die korrekt eingegebene Forderung von C._ in den Kollokationsplan aufnehme und die Abänderung öffentlich bekannt mache. Erwachse der neu aufgelegte Kollokationsplan in Rechtskraft, sei der gesamte Steigerungserlös von Fr. 50'000.-- zur Deckung des Pfandrechts von C._ zu verwenden. Unter diesen Umständen bestünde im Fall der Erlegung des Steigerungserlöses keine Verpflichtung des Konkursamtes zur sofortigen Rückzahlung an die Beschwerdeführerin.
3. Was die Beschwerdeführerin dagegen in ihrer Beschwerde vorbringt, erschöpft sich in einer Auflistung von Sachverhaltselementen, mit denen sie ihre eigene, vom angefochtenen Entscheid abweichende Sicht der Dinge schildert. Sie behauptet insbesondere, der schriftliche und bei den Akten liegende Kaufvertrag mit C._ sei gar nicht zustande gekommen, sondern vielmehr habe die A._ AG die Aktien mündlich gekauft, wobei C._ es versäumt habe, die Kaufpreisrestanz im Konkurs einzugeben. Sodann liege kein gültiger Pfandbestellungsvertrag vor und fehle auf den Aktien der D._ SA das Pfandindossament, weshalb kein Pfandrecht zugunsten von C._ hätte anerkannt werden dürfen.
Die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen sind für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (<ref-law>). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>). Das heisst, dass die Beschwerdeführerin verfassungsmässige Rechte - vorliegend insbesondere das Willkürverbot - als verletzt anrufen und danach im Einzelnen anhand substanziierten Rügen aufzeigen müsste, inwiefern die betreffenden verfassungsmässigen Rechte verletzt worden sein sollen. Soweit es um die Verletzung des Willkürverbots geht, reicht es nicht aus, die tatsächliche oder rechtliche Lage aus eigener Sicht zu schildern; vielmehr ist anhand substanziierter Rügen im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Diesen Anforderungen vermögen die rein appellatorischen Ausführungen der Beschwerdeführerin zum Sachverhalt nicht zu genügen, bringt sie doch nicht einmal zum Ausdruck, welches verfassungsmässige Recht mit den kantonalen Sachverhaltsfeststellungen verletzt sein soll. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
4. Welche Rechtssätze die Justizkommission verletzt haben soll, wird in der Beschwerde nicht thematisiert, und die Beschwerdeführerin begründet auch nicht, inwiefern die Justizkommission auf der Grundlage des - mangels substanziierter Anfechtung (vgl. E. 3) - für das Bundesgericht verbindlich festgestellten Sachverhaltes Rechtsverletzungen begangen haben soll. Mithin fehlt es in rechtlicher Hinsicht an der nötigen Begründung gemäss <ref-law>, weshalb auch in dieser Hinsicht auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
5. Kann auf die Beschwerde insgesamt nicht eingetreten werden, ist der Beschwerdeführerin eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, als Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli