hat sich ergeben:
A.-K._ war seit 1992 Pfarrer der Kirchgemeinde U._. Am 16. März 1999 eröffnete der Kirchenrat der Evangelisch-Reformierten Landeskirche des Kantons Aargau (im Folgenden: Kirchenrat) gegen ihn ein Disziplinarverfahren zur Abklärung der ihm vorgeworfenen sexuellen Übergriffe.
In der Folge wurde K._ mit Beschluss des Kirchenrats vom 23. September/26. November 1999 mit sofortiger Wirkung aus dem örtlichen Kirchendienst der Evangelisch-Reformierten Kirchgemeinde U._ entlassen. Einen hiergegen erhobenen Rekurs wies die Rekurskommission der Evangelisch-Reformierten Landeskirche des Kantons Aargau (im Folgenden: Rekurskommission) am 5. April 2000 im Hauptpunkt (fristlose Entlassung) ab. Desgleichen wies der Regierungsrat des Kantons Aargau am 20. September 2000 eine Beschwerde gegen den Entscheid der Rekurskommission ab.
B.- Gegen den regierungsrätlichen Entscheid hat K._ am 30. Oktober 2000 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht erhoben mit der Rüge, das Willkürverbot (<ref-law>) sei verletzt (Verfahren 2P.239/2000). Gleichzeitig focht er den Entscheid auch beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau an, wo er eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör rügte. Das bundesgerichtliche Verfahren wurde deshalb zwischenzeitlich ausgesetzt.
C.-Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die bei ihm anhängig gemachte Beschwerde mit Urteil vom 9. November 2000 ab, soweit es darauf eintrat.
K._ hat am 9. Januar 2001 eine weitere Rechtsschrift beim Bundesgericht eingereicht, mit der er nebst der Aufhebung des Entscheids des Regierungsrats vom 20. September 2000 auch die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 9. November 2000 beantragt (Verfahren 2P.11/2001). Er rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>), weil die Rekurskommission nicht in vollständiger Besetzung entschieden und ihm überdies die Vernehmlassung des Kirchenrats nicht zugestellt habe.
D.- Mit Verfügung vom 12. Januar 2001 hat der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung das Verfahren 2P.239/2000 wieder aufgenommen und mit dem Verfahren 2P.11/2001 vereinigt.
E.- Der Kirchenrat der Evangelisch-Reformierten Landeskirche des Kantons Aargau beantragt, die staatsrechtlichen Beschwerden abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden dürfe. Den gleichen Antrag stellt der Regierungsrat des Kantons Aargau. Die Rekurskommission der Evangelisch-Reformierten Landeskirche des Kantons Aargau beantragt, die Beschwerden abzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hat (im Verfahren 2P.11/2001) auf eine Vernehmlassung verzichtet.
F.- Das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung hinsichtlich der Verpflichtung des Beschwerdeführers, das Pfarrhaus zu verlassen, wurde mit Verfügung vom 1. Februar 2001 abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Verfahren der beiden staatsrechtlichen Beschwerden sind bereits formell vereinigt, und es ist darüber in einem einzigen Urteil zu befinden.
Nach bundesgerichtlicher Praxis kann der Beschwerdeführer vorliegend mit der Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts gleichzeitig auch den Entscheid des Regierungsrats mitanfechten (vgl. <ref-ruling> E. 8b S. 395, mit Hinweisen) und die Aufhebung beider angefochtenen Entscheide verlangen.
2.-Das Verwaltungsgericht verneinte seine Zuständigkeit in der Sache selber, nahm aber die Beschwerde gestützt auf § 53 des aargauischen Gesetzes vom 9. Juli 1968 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG) entgegen. Es führte dazu aus, es könne nur die formelle Seite der als verletzt gerügten Gehörsansprüche prüfen, nicht dagegen die Frage, wie der Regierungsrat die Anträge materiell behandelt und den Entscheid begründet habe. Der Beschwerdeführer kritisiert weder diese Praxis, noch behauptet er, dass das Verwaltungsgericht bei dieser engen Kognition willkürlich entschieden habe. Er erklärt selber, der umschriebenen Kognitionseinschränkung sei "ohne weiteres beizupflichten", und es gehe im betreffenden Verfahren (2P. 11/2001) um die materielle Prüfung seiner Rügen. Damit ist aber sein Antrag auf Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils bzw. die betreffende Beschwerde zum Vornherein abzuweisen. Es ist deshalb einzig zu prüfen, ob allenfalls der Entscheid des Regierungsrats verfassungsmässige Rechte des Beschwerdeführers verletzt.
3.- a) Der Beschwerdeführer rügt, die Rekurskommission habe mit sechs anstatt mit allen sieben Mitgliedern und damit nicht in vollständiger Besetzung entschieden. Damit habe sie Art. 9 des Organisationsstatuts (der Evangelisch-Reformierten Landeskirche des Kantons Aargau vom 21. November 1984; OS) in Verbindung mit § 99 der Kirchenordnung (der Evangelisch-Reformierten Landeskirche des Kantons Aargau vom 22. November 1976; KO) "klarerweise" verletzt.
Zugleich sei dadurch der Anspruch auf rechtmässige Zusammensetzung der entscheidenden Behörde verletzt, der sich aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör und faire Behandlung ergebe, wie er durch § 22 der aargauischen Kantonsverfassung (vom 25. Juni 1980; KV) und Art. 29 Abs. 2 der Bundesverfassung gewährleistet werde.
b) Der Regierungsrat vertritt die Auffassung, ihm komme gegenüber landeskirchlichen Entscheiden "blosse Rechtskontrolle" zu, und er habe den Entscheid des Kirchenrats nur auf dessen Verträglichkeit mit Normen auf Verfassungsstufe und Regelungen im Organisationsstatut, nicht aber mit allfälligen Ausführungserlassen zu prüfen. Weder aus der Bundes- noch aus der Kantonsverfassung noch aus dem einschlägigen Organisationsstatut ergebe sich indessen, dass Kollegialbehörden nur in vollständiger Besetzung rechtsgültig entscheiden könnten. So sei z.B. der Regierungsrat befugt, Entscheidungen im Bereich der verwaltungsinternen Administrativjustiz in Vierer- oder gar Dreierbesetzung zu fällen; ebenso der aargauische Erziehungsrat und der Gemeinderat.
Die andern Grundsätze der Gerichtsorganisation könnten nicht herangezogen werden, weil im eigentlichen Justizbereich nicht die Behördenmitgliederzahl, sondern die Grösse der Spruchkammern festgelegt und für den Fall unvollständiger Besetzung Ersatzrichter bestimmt seien.
c) Ob eine kantonale Verwaltungs- oder Gerichtsbehörde in ordnungsgemässer Zusammensetzung entschieden hat, beurteilt sich in erster Linie nach dem einschlägigen kantonalen Organisations- und Verfahrensrecht, dessen Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür prüft. Unabhängig davon ist die richtige Besetzung des Gerichts bzw. die richtige Zusammensetzung der entscheidenden Verwaltungsbehörde durch die Verfassung gewährleistet (Art. 58 aBV bzw. Art. 4 aBV; <ref-ruling> E. 3b S. 279 f.; vgl. Art. 29 f. BV). Ob dieser Anspruch verletzt ist, prüft das Bundesgericht im Rahmen der erhobenen Rügen frei (<ref-ruling> E. 2 S. 50, mit Hinweisen).
4.-a) Gemäss § 110 Abs. 1 KV organisieren sich die Landeskirchen im Rahmen der Kantonsverfassung nach demokratischen Grundsätzen selbständig. Sie sind für einen "genügenden Rechtsschutz" der Konfessionsangehörigen und der Kirchgemeinden besorgt, wobei letztinstanzliche Entscheide ihrer Behörden nach Massgabe der Gesetzgebung an staatliche Organe weiterziehbar sind (§ 114 Abs. 1 und 2 KV). Was die kircheninternen Rechtspflegeorgane betrifft, schreibt die Kantonsverfassung nicht die Errichtung von Gerichten im Sinn von spezifisch unabhängigen Institutionen vor, doch muss es sich zumindest um gerichtsähnliche Organe, analog den staatlichen Verwaltungsrekurskommissionen, handeln (so Kurt Eichenberger, Verfassung des Kantons Aargau, Frankfurt a.M.
1986, N 3 zu § 114 KV). Diese Anforderungen erfüllt namentlich die Rekurskommission, die im erwähnten, vom Grossen Rat genehmigten (§ 110 Abs. 2 KV) Organisationsstatut der Evangelisch-Reformierten Landeskirche als "oberste Beschwerdeinstanz" der Landeskirche vorgesehen ist (Art. 9 OS): Sie ist als eigentliches Gericht konzipiert, indem ihre Mitglieder
von der Synode als "oberstem Organ" (Parlament) der Landeskirche gewählt werden (Art. 7 Abs. 5 OS) und zudem ausschliesslich rechtsprechende Funktionen ausüben (vgl. § 99 Abs. 2 KO und zu den Aufgaben im Einzelnen § 2 des Reglements für die Rekurskommission vom 20. November 1978), ohne dabei der Weisungsgewalt einer übergeordneten Behörde unterworfen zu sein. Für die Zusammensetzung der Rekurskommission als Spruchkörper sind deshalb die gleichen Anforderungen zu stellen wie bei einem Gericht.
b) Besteht eine Behörde aus einer bestimmten Zahl von Mitgliedern, so müssen - unter Vorbehalt abweichender Ordnung - beim Entscheid alle mitwirken. Die Behörde, die in unvollständiger Besetzung entscheidet, ohne dass das Gesetz ein entsprechendes Quorum vorsieht, begeht eine formelle Rechtsverweigerung (<ref-ruling> ff., mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 276). Wenn einzelne Mitglieder aus triftigem Grund in Ausstand treten wollen oder müssen, sind sie zu ersetzen (Arthur Haefliger, Alle Schweizer sind vor dem Gesetze gleich, Bern 1985, S. 156).
Jeder Verfahrensbeteiligte hat Anspruch darauf, dass die Behörde richtig zusammengesetzt ist, vollständig und ohne Anwesenheit Unbefugter entscheidet (Rhinow/Koller/Kiss, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Basel 1996, Rz. 144 S. 34, mit Hinweis; G. Müller, in Kommentar BV [aBV], Rz. 121 zu Art. 4).
c) Die ebenfalls von der Synode erlassene Kirchenordnung (vgl. Art. 7 Abs. 4 OS) sieht vor, dass die Rekurskommission aus sieben Mitgliedern besteht (§ 99 Abs. 1 KO).
Bestimmungen darüber, wie sich die Kommission konstituiert, unter welchen Voraussetzungen sie beschlussfähig ist, wie bei Absenzen oder in Ausstandsfällen zu verfahren ist usw. ,
sind den einschlägigen Ausführungsvorschriften des Organisationsstatuts, d.h. der Kirchenordnung und dem erwähnten Reglement für die Rekurskommission, nicht zu entnehmen; insbesondere ist weder ein Quorum festgelegt, noch sind Ersatzmitglieder vorgesehen. Mangels abweichender Vorschriften muss die vorhandene Regelung in Befolgung rechtsstaatlicher Grundsätze deshalb dahin ausgelegt werden, dass die Rekurskommission nur in der Besetzung mit allen in § 99 Abs. 1 KO vorgesehenen sieben Mitgliedern entscheiden darf.
Es entspräche nicht dem Zweck dieses Rechtsprechungsorgans, würde die Besetzung des Spruchkörpers von zufälligen Umständen wie der beliebigen An- oder Abwesenheit einzelner Mitglieder abhängen. Die vom Regierungsrat angerufenen Regelungen für Exekutivorgane (z.B. Regierungs- oder Gemeinderat), die wegen des Fehlens von Ersatzmitgliedern notgedrungen auch in reduzierter Besetzung entscheiden können müssen, solange das vorgeschriebene minimale Quorum erreicht ist, lassen sich nicht analog auf Rechtsprechungsorgane (Rekurskommissionen, Gerichte) übertragen. Dass die Beschlussfähigkeit der Rekurskommission durch den geltenden Rechtszustand in Frage gestellt wird, liegt auf der Hand, kann doch die vorgeschriebene Besetzung bereits bei Verhinderung eines einzigen Mitglieds nicht mehr eingehalten werden. Es ist aber Sache des zuständigen Rechtsetzungsorgans (Synode), die Mängel der jetzigen Regelung zu beheben.
Aus den Akten ist ersichtlich, dass an der Sitzung vom 5. April 2000, in der die Rekurskommission ihren Entscheid fällte, nur sechs anstatt der sieben Kommissionsmitglieder teilnahmen; das siebte Mitglied war "entschuldigt".
Dass der Beschwerdeführer auf die Mitwirkung eines der sieben Mitglieder gültig verzichtet hätte (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 336 f.) oder eine entsprechende abweichende
Regelung diese (oder eine andere) reduzierte Besetzung gestattet hätte, wird von keiner Seite geltend gemacht. Somit hat die Rekurskommission nicht in der vorgeschriebenen Besetzung entschieden und dadurch sowohl kantonales Recht (§ 99 KO) als auch den Anspruch des Beschwerdeführers auf richtige Zusammensetzung der Behörde verletzt, wie ihn das Bundesgericht als Teilgehalt des Anspruchs auf rechtliches Gehör aus Art. 4 aBV abgeleitet und in seiner Rechtsprechung umschrieben hat (oben E. 4b; vgl. auch G. Müller, a.a.O., Rz. 120). Daran ändert nichts, dass die urteilenden Mitglieder der Rekurskommission einstimmig entschieden haben und dem abwesenden Mitglied der Entscheidentwurf möglicherweise bekannt war. Der Regierungsrat hat diesen Mangel zu Unrecht nicht sanktioniert. Seine Kognition ist zwar auf die Frage der Einhaltung von Verfassung und Organisationsstatut beschränkt, wie er unter Hinweis auf § 114 Abs. 2 KV an sich zutreffend bemerkt. Soweit es jedoch um den verfassungsrechtlichen Anspruch auf ordnungsgemässe Besetzung des Gerichts geht, sind selbstverständlich auch die einschlägigen nachgeordneten landeskirchlichen Normen zu berücksichtigen.
d) Der aus der Verfassung abgeleitete Anspruch auf richtige Zusammensetzung der Behörde ist formeller Natur; seine Verletzung führt, ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selber, zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (vgl. statt vieler: <ref-ruling> E. 2b S. 132, mit Hinweisen). Der die verfassungswidrige Besetzung der Rekurskommission schützende Regierungsratsentscheid ist deshalb aufzuheben, unbekümmert darum, ob Aussicht darauf besteht, dass eine Neubeurteilung in ordnungsgemässer Besetzung zu einem andern Ergebnis führen könnte. Eine Heilung des Mangels kommt schon deshalb nicht in Betracht, weil der
Regierungsrat als Beschwerdeinstanz den Sachverhalt und die Rechtslage nicht frei überprüfen konnte bzw. überprüfte (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 132, mit Hinweisen). Unter den gegebenen Umständen kann offen bleiben, ob der Anspruch auf rechtliches Gehör auch dadurch verletzt wurde, dass die Rekurskommission dem Beschwerdeführer die Vernehmlassung des Kirchenrats nicht zugestellt hat, und es erübrigt sich ferner, auch die materiellen Rügen zu prüfen.
5.-Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im Verfahren 2P.239/2000 gutzuheissen und der angefochtene Entscheid des Regierungsrats vom 20. September 2000 aufzuheben. Die Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts (Verfahren 2P.11/2001) ist abzuweisen (oben E. 2).
Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten im Rahmen seines Unterliegens zu tragen (Art. 156 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG) und im Rahmen seines Obsiegens Anspruch auf eine angemessene Parteientschädigung (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-a) Die staatsrechtliche Beschwerde im Verfahren 2P.239/2000 wird gutgeheissen, und der Entscheid des Regierungsrats des Kantons Aargau vom 20. September 2000 wird aufgehoben.
b) Die staatsrechtliche Beschwerde im Verfahren 2P.11/2001 wird abgewiesen.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.-Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.-Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kirchenrat der Evangelisch-Reformierten Landeskirche, der Rekurskommission der Evangelisch-Reformierten Landeskirche, dem Regierungsrat (Staatskanzlei) und dem Verwaltungsgericht (2. Kammer) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 28. Mai 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: