Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 474 in Veltheim, auf der er früher eine Geflügelfarm und eine Schweinemästerei betrieb, die er im Februar 1982 eingestellt hat. Die Parzelle lag nach dem Bauzonenplan der Gemeinde Veltheim vom 14. Dezember 1973 (vom Grossen Rat des Kantons Aargau genehmigt am 13. Dezember 1977) im Land- und Forstwirtschaftsgebiet.
B. Am 8. März 1991 beschloss die Einwohnergemeindeversammlung Veltheim den Kulturlandplan, die Revision des Bauzonenplans sowie die Revision der Bau- und Nutzungsordnung. Dabei wurde die Parzelle Nr. 474 neu dem Baugebiet (Wohn- und Gewerbezone) zugewiesen.
Am 5. Januar 1993 genehmigte der Grosse Rat die Zuweisung der Parzelle Nr. 474 zur Bauzone und der Nachbarparzelle Nr. 769 zur Landwirtschaftszone II nicht und forderte die Gemeinde auf, das gesamte Gebiet einheitlich einer Zone ausserhalb des Baugebiets zuzuordnen.
Am 29. November 1996 wies die Einwohnergemeindeversammlung Veltheim die Parzellen Nrn. 474 und 769 der Wohn- und Gewerbezone zu.
Am 28. Oktober 1997 verweigerte der Grosse Rat dieser Zuweisung die Genehmigung und ordnete die Parzellen Nrn. 474 und 769 stattdessen der Spezialzone "Rain" zu. Gleichzeitig ergänzte er § 22 der Bau- und Nutzungsordnung der Gemeinde Veltheim (BNO) wie folgt:
- Abs. 3 (neu): Die Spezialzone "Rain" ist bestimmt für bodenabhängige und bodenunabhängige landwirtschaftliche Produktion sowie Verwertung von und Handel mit landwirtschaftlichen Produkten innerhalb der bestehenden Kubaturen. Eine Erweiterung der bestehenden Gebäudekubaturen sowie zusätzliche Neubauten sind nicht erlaubt. Neue Wohnungen sind nur erlaubt, sofern sie betriebsnotwendig sind. Es gilt die Empfindlichkeitsstufe III."
Auf die am 11. Januar 1999 von X._ dagegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau am 12. Dezember 2001 nicht ein.
C. Am 23. Juli 2003 beantragte X._ bei der Schätzungskommission nach Baugesetz des Kantons Aargau, es sei festzustellen, dass die Einteilung des Grundstücks Nr. 474 in die Spezialzone "Rain" eine Eigentumsbeschränkung sei, welche einer Enteignung gleichkomme, und die Gemeinde Veltheim sei zu verpflichten, volle Entschädigung zuzüglich 5 % Zins seit dem 31. Oktober 1981 zu leisten.
Am 25. Oktober 2005 wies die Schätzungskommission das Begehren ab.
D. Dagegen erhob X._ am 30. Januar 2006 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, mit dem zusätzlichen Antrag, es sei festzustellen, dass die überlange Verfahrensdauer des vorinstanzlichen Verfahrens gegen das Verbot der Rechtsverzögerung verstosse.
Mit Verfügung vom 28. Februar 2006 wurde dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt und ihm Rechtsanwalt Arnold Weber, St. Gallen, zum unentgeltlichen Rechtsbeistand bestellt. Das Verwaltungsgericht führte eine Verhandlung mit Augenschein durch und hörte die Beteiligten an. Am 19. September 2007 wies es die Beschwerde ab. Beim Kostenentscheid berücksichtigte es, dass die Schätzungskommission die angemessene Verfahrensdauer i.S.v. Art. 29 Abs. 1 BV überschritten habe.
E. Dagegen hat X._ am 22. Oktober 2007 Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Einteilung des Grundstücks Nr. 474 in die Spezialzone "Rain" einer Enteignung gleichkomme. Überdies ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Einwohnergemeinde Veltheim beantragt Beschwerdeabweisung. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Das Bundesamt für Raumplanung (ARE) weist in seiner Vernehmlassung darauf hin, dass die Parzelle Nr. 474 sich schon nach altem Bauzonenplan in der Landwirtschaftszone befunden habe und deshalb zu keinem Zeitpunkt rechtlich überbaubar gewesen sei. Insofern stelle die Zuweisung zur Spezialzone "Rain" keinen Nachteil, sondern einen Vorteil dar. Schon aus diesem Grund falle ein Entschädigungsanspruch ausser Betracht. Den Beteiligten wurde Gelegenheit gegeben, dazu Stellung zu nehmen.
F. In seinen Repliken vom 31. März und 8. Mai 2008 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Gegen den angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Entscheid, mit dem das Verwaltungsgericht eine Entschädigungspflicht der Gemeinde Veltheim wegen materieller Enteignung verneinte, steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 ff. BGG). Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, es liege ein Fall der Nichteinzonung vor. Die Parzelle Nr. 474 sei zwar überbaubar; dagegen sei sie am Stichtag weder grob erschlossen noch von einem gewässerschutzrechtlichen generellen Kanalisationsprojekt (GKP) erfasst gewesen. Der Beschwerdeführer habe für die Erschliessung und Überbauung seines Landes auch keine erheblichen Kosten aufgewendet, die aufgrund der neuen Zonenzuweisung nutzlos geworden wären. Sodann könne er sich weder auf Vertrauensschutz berufen, noch liege die Parzelle Nr. 474 im weitgehend überbauten Gebiet der Gemeinde Veltheim. Es könne daher keine Rede davon sein, der Beschwerdeführer habe am Stichtag mit hoher Wahrscheinlichkeit mit einer aus eigenen Kraft realisierbaren Überbauung seines Grundstücks rechnen dürfen. Vielmehr wäre er insbesondere hinsichtlich der Erschliessung auf eine Rechtsänderung angewiesen gewesen. Es liege deshalb keine enteignungsähnliche Wirkung der Nichteinzonung vor.
Der Beschwerdeführer ist dagegen der Auffassung, es liege eine entschädigungspflichtige Nichteinzonung vor, weil die Parzelle Nr. 474 voll durch Kanalisation, Wasser, Strom und Strasse erschlossen sei. Die vorhandene Strasse (Hohlgasse) genüge für die strassenmässige Erschliessung des Grundstücks. Auf der Grundlage des GKP 1957 seien bis zum Jahre 1972 Kanalisationsanschlussleitungen für sämtliche Gebäude auf dem Grundstück erstellt worden; diese Leitungen bestünden heute noch. Zudem bestreitet der Beschwerdeführer die Feststellung des Verwaltungsgerichts, wonach die Parzelle Nr. 474 vom GKP 1979 nicht erfasst sei. In Zusammenhang mit der Erschliessung wirft er dem Verwaltungsgericht eine offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung sowie verschiedene Verletzungen des rechtlichen Gehörs vor.
3. Wird bei der erstmaligen Schaffung einer raumplanerischen Grundordnung, welche den verfassungsrechtlichen und gesetzlichen Anforderungen entspricht, eine Liegenschaft keiner Bauzone zugewiesen, so liegt gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts eine Nichteinzonung vor, die grundsätzlich keine Entschädigungspflicht auslöst. Sie trifft den Eigentümer nur ausnahmsweise enteignungsähnlich, etwa dann, wenn er überbaubares oder grob erschlossenes Land besitzt, das von einem gewässerschutzrechtlichen generellen Kanalisationsprojekt (GKP) erfasst wird, und wenn er für die Erschliessung und Überbauung seines Landes schon erhebliche Kosten aufgewendet hat, wobei diese Voraussetzungen in der Regel kumulativ erfüllt sein müssen. Sodann können weitere besondere Gesichtspunkte des Vertrauensschutzes so gewichtig sein, dass ein Grundstück unter Umständen hätte eingezont werden müssen. Ein Einzonungsgebot kann ferner zu bejahen sein, wenn sich das fragliche Grundstück im weitgehend überbauten Gebiet befindet. Aufgrund solcher Umstände lässt sich annehmen, der Eigentümer habe am massgebenden Stichtag mit hoher Wahrscheinlichkeit mit einer aus eigener Kraft realisierbaren Überbauung seines Landes rechnen dürfen (<ref-ruling> E. 2.2. S. 221 mit Hinweisen). Dabei ist immer eine Gesamtwürdigung aller rechtlichen und tatsächlichen Gegebenheiten vorzunehmen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 221 mit Hinweisen).
3.1 Massgeblicher Stichtag für die Frage, ob eine Eigentumsbeschränkung sich enteignungsgleich auswirkt, ist der Eintritt der Rechtskraft der Beschränkung, hier also das Inkrafttreten des neuen Zonenplans am 28. Oktober 1997 (vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 222 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer macht allerdings geltend, die Gemeinde wäre nach Art. 35 Abs. 1 lit. b RPG verpflichtet gewesen, ihre Zonenplanung bis spätestens 1987 zu revidieren; es dürfe ihm nicht zum Nachteil gereichen, wenn der revidierte Zonenplan erst 1997 rechtskräftig geworden sei. Die Frage kann jedoch offen bleiben, weil das Grundstück schon seit 1977 nicht mehr überbaut werden durfte.
3.2 Die Parzelle des Beschwerdeführers wurde schon mit der ersten kommunalen Zonenordnung der Gemeinde Veltheim vom 14. Dezember 1973 (genehmigt am 13. Dezember 1977) der Land- und Forstwirtschaftszone zugeteilt. Dementsprechend verweigerte die Gemeinde im Jahre 1984 die nachträgliche Baubewilligung für zwei unrechtmässig auf der Parzelle errichtete Gewerbebetriebe und ordnete deren Entfernung an, weil die Parzelle ausserhalb des Baugebiets der Gemeinde Veltheim liege und auch keine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 aRPG erteilt werden könne. Diese Verfügung schützte das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 25. März 1987; die dagegen gerichtete Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Bundesgericht am 2. Mai 1988 ab (Urteil A 385/1987).
3.3 Dagegen macht der Beschwerdeführer geltend, die auf der Parzelle befindlichen Häuser seien schon im Jahr 1972 gebaut worden, vor der ersten Zonenplanung der Gemeinde; zu jenem Zeitpunkt sei die Parzelle Bauland gewesen, weil sie innerhalb des GKP der Gemeinde Veltheim aus dem Jahre 1957 gelegen habe. Dies habe das Verwaltungsgericht im Urteil vom 25. März 1987 (E. 4 a/bb S. 16 ff.) rechtskräftig festgestellt.
Im genannten Urteil ging es jedoch um die Frage, ob die umstrittenen Bauten nach dem zur Zeit ihrer Errichtung geltenden Recht materiell rechtmässig erstellt worden waren und deshalb Bestandesschutz genossen. Im vorliegenden Fall ist dagegen zu prüfen, ob die Umzonung der Parzelle in die Spezialzone "Rain" eine materielle Enteignung bewirkt. Hierfür kommt es auf die Überbaubarkeit des Landes im Zeitpunkt des Inkrafttretens der Umzonung an. Ob die Parzelle 1972 Bauland darstellte und deren Nichteinzonung in der Zonenplanung 1973/1977 deshalb als entschädigungspflichtige materielle Enteignung zu qualifizieren war, ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
3.4 Am 1. Januar 1988 lief die Übergangsfrist gemäss Art. 35 Abs. 1 lit. b RPG für den Erlass eines RPG-konformen Zonenplans ab. Damit verloren bestehende, nicht nach Art. 26 RPG genehmigte altrechtliche Zonenpläne mit Bezug auf die Umschreibung des Baugebietes ihre Gültigkeit. Ab diesem Zeitpunkt umfasste die Bauzone das "weitgehend überbaute Gebiet", bis eine den Grundsätzen des Raumplanungsgesetzes entsprechende Nutzungsplanung vorlag (Art. 36 Abs. 3 RPG; <ref-ruling> E. 4a S. 44; Urteil 1P.382/2005 vom 30. November 2005 E. 3.3).
Die Parzelle Nr. 474 gehört nicht zum weitgehend überbauten Gebiet; hierfür kann auf die zutreffenden Ausführungen des Verwaltungsgerichts verwiesen werden. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die Parzelle liege innerhalb des Siedlungsgebiets und dies u.a. mit der 50-km-Geschwindigkeitsbegrenzung begründet, bezieht sich dies offensichtlich auf die strassenmässigen Erschliessungsvoraussetzungen und nicht auf den Begriff des weitgehend überbauten Gebiets i.S.v. Art. 36 Abs. 3 RPG.
3.5 Nach dem Gesagten war die Parzelle des Beschwerdeführers zwar in tatsächlicher Hinsicht überbaubar; rechtlich gesehen gehörte es jedoch seit 1977 nicht zum Bau-, sondern zum Landwirtschaftsgebiet und durfte daher nur zu landschaftlichen Zwecken genutzt und bebaut werden.
4. Zu prüfen ist noch, ob besonders gewichtige Gesichtspunkte des Vertrauensschutzes vorliegen, aufgrund derer der Beschwerdeführer mit einer Einzonung seines Landes rechnen durfte.
4.1 Das Verwaltungsgericht hat dazu ausgeführt, die Beschlüsse der Gemeindeversammlung zur Einzonung der Parzelle könnten, mangels kantonaler Genehmigung (§ 27 des Aargauer Baugesetzes vom 19. Januar 1993 [BauG]) und mangels weiterer vertrauensbegründender Umstände, keine relevante Erwartung des Beschwerdeführers begründen.
Dem ist zuzustimmen: Würde schon die Tatsache allein, dass die Gemeindeversammlung zweimal der Einzonung der Parzelle zugestimmt hat, einen Einzonungs- bzw. Entschädigungsanspruch begründen, würde die gesetzliche Zuständigkeitsordnung nach kantonalem Baugesetz wie auch nach Art. 26 RPG ausgehebelt, wonach Nutzungspläne der Genehmigung einer kantonalen Behörde (hier: des Grossen Rats des Kantons Aargau) bedürfen.
4.2 Andere Planungen oder Ereignisse in der Vorgeschichte der Zonenplanung, welche auf die Einzonung des Gebietes ausgerichtet gewesen wären, werden vom Beschwerdeführer nicht geltend gemacht und sind auch nicht ersichtlich.
Nach eigener Darstellung des Beschwerdeführers nahm dieser die letzte grössere Investition im Jahr 1972 vor, d.h. vor Inkrafttreten der ersten Zonenordnung der Gemeinde Veltheim. Damit hat er keine Investitionen im Vertrauen auf eine spätere Zonenplanrevision vorgenommen, die einen Vertrauenstatbestand begründen könnten.
Das Verwaltungsgericht durfte daher den Antrag des Beschwerdeführers auf Einholung einer Expertise zu Umfang und Wert der von ihm getätigten Investitionen mangels Erheblichkeit abweisen.
5. Mit der 1997 in Kraft getretenen Zonenplanrevision wurde das Grundstück einer Spezialzone zugeteilt, in der bodenabhängige und bodenunabhängige landwirtschaftliche Produktion zulässig ist, wie auch die Verwertung von und der Handel mit landwirtschaftlichen Produkten innerhalb der bestehenden Kubaturen. Insofern wurden die Nutzungsmöglichkeiten des Grundstücks, im Vergleich zur vorher geltenden Zonenordnung (Landwirtschaftszone), erweitert und jedenfalls nicht eingeschränkt. Schon aus diesem Grund ist eine materielle Enteignung zu verneinen.
Das Verwaltungsgericht durfte daher offen lassen, ob eine intensive Tierhaltung auf dem Grundstück bewilligt werden könnte oder ob dies aus tierschutz- und umweltschutzrechtlichen Gründen (insbesondere Geruchsbelastung naheliegender Wohngebiete) ausgeschlossen wäre.
6. Nach dem Gesagten bewirkte die Zuordnung der Parzelle Nr. 474 zur Spezialzone "Rain" durch die 1997 in Kraft getretene Zonenplanrevision keine Einschränkung der bisherigen Eigentumsbefugnisse, die einer materiellen Enteignung gleichkäme. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
6.1 Der Beschwerdeführer beantragt die unentgeltliche Rechtspflege und macht geltend, er werde seit dem Jahre 2002 für Staats- und Gemeindesteuern betrieben und sei völlig illiquide. Die Gemeinde macht dagegen geltend, dass für die Steuerbetreibungen Ende 2006 die absolute Verjährung eingetreten sei und demzufolge keine Mietzinspfändungen mehr liefen; das Betreibungsamt werde dem Beschwerdeführer sogar die anfangs 2007 gepfändeten Mietzinseinnahmen zurückzahlen.
Wie es sich damit verhält, kann jedoch offen bleiben, weil die Beschwerde ohnehin keine Aussicht auf Erfolg hatte (Art. 64 Abs. 1 BGG), und zwar unabhängig davon, ob auf die Begründung des Verwaltungsgerichts oder, wie hier, auf die fehlende (rechtliche) Baulandqualität seit Inkrafttreten der ersten Zonenordnung 1977 abgestellt wird.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist daher abzuweisen. Demnach trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
6.2 Dagegen hat die Gemeinde Veltheim, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG). Die bisherige Praxis, kleinen und mittleren Gemeinden ohne eigenen Rechtsdienst im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde eine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 152), wurde von der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung unter der Geltung des BGG (Einheitsbeschwerde) nicht mehr fortgeführt (vgl. u.a. Entscheide 1C_122/2007 vom 24. Juli 2007 E. 6; 1C_260/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 5). Schon unter dem OG war diese Praxis nicht auf Verfahren wegen materieller Enteignung anwendbar, weil diese im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu beurteilen waren (Art. 34 Abs. 1 RPG in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Veltheim, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber