Sachverhalt:
A. Die Steuerkommission Bellikon/AG veranlagte X._ und Y._ für die Steuerperiode 1999/2000 bei den Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 93'600.--; dabei wurden insbesondere die von den Steuerpflichtigen geltend gemachten Schuldzinsen der Jahre 1997 und 1998 nicht vollumfänglich zum Abzug zugelassen.
Eine von den Steuerpflichtigen erhobene Einsprache wurde teilweise gutgeheissen; eine Erhöhung des Schuldzinsenabzuges wurde nicht gewährt. Gegen den Einspracheentscheid gelangten die Steuerpflichtigen ohne Erfolg an das Steuerrekursgericht. Auf eine von X._ gegen dessen Urteil gerichtete Beschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mangels Begründung nicht ein.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Steuerpflichtigen dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 25. Juli 2009 aufzuheben und die Angelegenheit zur materiellen Behandlung der Beschwerde an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, das Kantonale Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Vorinstanz ist gestützt auf das gemäss § 84 des kantonalen Gesetzes vom 4. Dezember 2007 über die Verwaltungsrechtspflege im vorliegenden Fall noch anwendbare Aargauer Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege vom 9. Juli 1968 (aVRPG/AG) bzw. in Anwendung des kantonalen Steuergesetzes vom 13. Dezember 1983 (aStG/AG) auf die Beschwerde des Beschwerdeführers nicht eingetreten.
1.2 Das auf die vorliegend streitige Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000 noch zur Anwendung gelangende alte kantonale Steuergesetz, auf welches sich die Beschwerdeführer im Wesentlichen berufen, verlangt für die Beschwerde gegen Entscheide des Steuerrekursgerichts an das Verwaltungsgericht, dass diese einen Antrag und eine Begründung enthalten muss; allfällige Beweismittel sollen bezeichnet und so weit als möglich beigelegt werden (§ 149 Abs. 2 in Verbindung mit § 151 Abs. 2 aStG/AG). Auf eine Beschwerde, die diesen Anforderungen nicht entspricht, wird nicht eingetreten; sind Antrag und Begründung unklar oder widersprüchlich, wird dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist zur Verdeutlichung angesetzt, unter Androhung des Nichteintretens bei Unterlassung (§ 149 Abs. 3 in Verbindung mit § 151 Abs. 2 aStG/AG).
Auch nach § 39 Abs. 2 aVRGP/AG muss die Beschwerdeschrift einen Antrag sowie eine Begründung enthalten. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen nicht, ist eine angemessene Frist zur Verbesserung anzusetzen, unter Androhung des Nichteintretens bei Unterlassung (Abs. 3).
2. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass sich der Beschwerdeführer in seiner Eingabe in keiner Weise mit der Argumentation im angefochtenen Entscheid des Steuerrekursgerichts auseinandergesetzt, sondern lediglich auf die bisher ins Recht gelegten Rechtsschriften seines Vertreters verwiesen habe, an deren Argumenten er vollumfänglich festhalte. Dies genüge den Begründungsanforderungen offensichtlich nicht. Praxisgemäss trete sie auf solche Beschwerden, bei denen Antrag oder Begründung auch nicht ansatzweise vorhanden sind, ohne Ansetzung einer Nachfrist nicht ein.
Dies gelte auch für die Bemerkung des Beschwerdeführers, das Steuerrekursgericht habe lediglich einen Mehrheitsentscheid gefällt, was für ihn in aller Deutlichkeit belege, dass sich das Steuerrekursgericht seiner Argumentation selbst nicht sicher gewesen sei. Auch damit setze sich der Beschwerdeführer nicht einmal kurz mit dem angefochtenen Entscheid auseinander.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>, Art. 29 Abs. 1 und 2 BV) sowie von kantonalen verfassungsmässigen Rechten (§§ 10 und 22 der Verfassung des Kantons Aargau vom 25. Juni 1980).
3.2 In Bezug auf die angerufenen Bestimmungen der Kantonsverfassung legen die Beschwerdeführer nicht rechtsgenüglich dar und ist auch nicht ersichtlich, inwiefern ihnen diese Normen weitergehende Ansprüche verleihen als die entsprechenden Bestimmungen des Bundes(verfassungs)rechts, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist.
3.3 Das Bundesgericht hat im Zusammenhang mit § 39 aVRPG/AG in einem früheren Entscheid ausgeführt, das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau lege diese Bestimmung seit seinem publizierten Grundsatzentscheid vom 20. Juni 1975 in steter Praxis so aus, dass der Antrag und die Begründung notwendige Bestandteile einer Beschwerde seien; deren Vorhandensein bilde daher Voraussetzung dafür, dass auf eine Beschwerde überhaupt eingetreten werden könne. Eine Nachfrist zur Verbesserung werde nur dann eingeräumt, wenn ein schriftlicher Antrag oder eine schriftliche Begründung zumindest im Ansatz vorhanden und lediglich unvollständig oder unklar sei, oder wenn die Vorinstanz versäumt habe, ihren Entscheid mit einer lückenlosen Rechtsmittelbelehrung zu versehen. Diese Auslegung und Anwendung von § 39 aVRPG/AG laufe weder auf eine Verweigerung des Anspruchs auf rechtliches Gehör oder auf überspitzten Formalismus (als besondere Form der Rechtsverweigerung) hinaus, noch verstosse sie gegen das Willkürverbot (Urteil 1P.661/1995 vom 3. Mai 1996 E. 2 f., publ. in: ZBl 98/1997 S. 307).
3.4 Daran ist nach wie vor festzuhalten. Sie entspricht auch der ständigen Praxis des Bundesgerichts: Nach <ref-law> haben Rechtsschriften die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Abs. 2). Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies bedingt jedoch, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt (<ref-ruling> E. 2.1).
Auch nach der Praxis des Bundesgerichts muss die Begründung in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein. Eine Beschwerde, in welcher zur Begründung der Rechtsbegehren lediglich auf die bei den Vorinstanzen eingereichten Rechtsschriften verwiesen wird, erfüllt die Begründungsanforderungen nicht, weshalb in solchen Fällen auf das Rechtsmittel nicht eingetreten wird (<ref-ruling> E. 3.1 f.).
Dasselbe gilt, wenn sich die eingereichte Beschwerdebegründung nur in wenigen untergeordneten Punkten von derjenigen, welche der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers vor der Vorinstanz eingereicht hatte unterscheidet; denn auch in diesem Fall setzt sich dieser in keiner Weise mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander und legt damit nicht - auch nicht in gedrängter Form - dar, inwiefern diese Bundesrecht verletzen. Eine solche Beschwerde genügt schon den Mindestanforderungen gemäss <ref-law> nicht (<ref-ruling> E. 2.3).
4. 4.1 Die Eingabe des Beschwerdeführers vom 27. Oktober 2008 hat Anträge und eine "Begründung" enthalten; zudem wurde der angefochtene Entscheid beigelegt und die Beweismittel (die bisherigen Rechtsschriften) bezeichnet.
4.2 Was der Beschwerdeführer im zweiten Absatz der "Begründung" vorgetragen hat, durfte die Vorinstanz ohne Willkür als offensichtlich ungenügende Begründung bezeichnen. Denn den beiden Sätzen kann nicht entnommen werden, weshalb das Urteil welches Recht verletzen soll (vgl. § 56 aVRPG/AG). Damit gebricht die Eingabe jeglicher Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Urteil.
Dies gilt auch mit Bezug auf den allgemeinen und ohne jeden Bezug zu einem konkreten Vorbringen angebrachten Hinweis, das Steuerrekursgericht habe die in den Beschwerdeschriften enthaltenen Argumente nicht berücksichtigt.
Die Vorinstanz hatte unter diesen Umständen keinen Anlass, dem Beschwerdeführer eine Nachfrist zur Verbesserung anzusetzen (vgl. Urteil 2P.136/1997 vom 25. Februar 1998 E. 8).
4.3 Die weitere Rüge der Verletzung des Replikrechts ist ebenfalls unbegründet. Der Anspruch, sich (auch ausserhalb eines zweiten Schriftenwechsels) zu Vernehmlassungen äussern zu können (vgl. <ref-ruling>), ist mit der Zustellung der Vernehmlassung zur Kenntnisnahme an die Beschwerdeführer durch die Vorinstanz erfüllt worden; das Replikrecht dient indessen nicht dazu, das Versäumnis der genügenden Begründung nach Ablauf der Rechtsmittelfrist nachzuholen (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4).
4.4 Der angefochtene Entscheid verletzt daher kein Bundesrecht.
5. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang haben die Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. März 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng