Sachverhalt:
A. Am 22. Mai 2008 beschloss die Gemeindeversammlung der Einwohnergemeinde (EG) Brienz den ersten Teil der Ortsplanungsrevision. Dabei wies sie u.a. die bisher in der Landwirtschaftszone gelegenen Parzellen Brienz Gbbl. Nrn. 3031, 2881, 3563, 2896 und einen Teil von Nr. 2882 der Bauzone zu (Einzonung Nr. 3/34 "Stockmatte"). Nachdem das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) in Aussicht gestellt hatte, die Genehmigung für diese Einzonung zu verweigern, erhoben die Eigentümerinnen und Eigentümer der betroffenen Grundstücke sowie die EG Brienz Einsprache. Mit Verfügung vom 26. Mai 2009 bestätigte das AGR die angekündigte Verweigerung und wies die Einsprachen ab.
B. Die A._AG, B. und C._, D. und E._, F. und G._ sowie die EG Brienz gelangten hierauf an die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion (JGK) des Kantons Bern. Diese wies die Beschwerden am 6. September 2010 ab, soweit sie darauf eintrat.
C. Das daraufhin von sämtlichen unterlegenen Beschwerdeführern angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Bern schützte den angefochtenen Entscheid mit Urteil vom 28. Juni 2011, nachdem es am 29. März 2011 eine Augenscheins- und Instruktionsverhandlung vor Ort durchgeführt hatte.
D. In ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. September 2011 beantragen die EG Brienz, die A._AG, B. und C._, D. und E._ sowie F. und G._ die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils. Desgleichen sei die Nichtgenehmigung der Einzonung durch das AGR aufzuheben und der Einzonungsentscheid der Gemeindeversammlung Brienz zu genehmigen.
Die JGK und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern schliessen je auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) hat sich ebenfalls zur Angelegenheit vernehmen lassen und beantragt dem Bundesgericht, die Beschwerde abzuweisen.
Die Beschwerdeführer halten in einer weiteren Eingabe vom 9. Januar 2012 sinngemäss an ihren Anträgen und deren Begründung fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Dem angefochtenen Urteil liegt eine Streitigkeit über planungsrechtliche Fragen zugrunde. Nach Art. 34 Abs. 1 RPG (SR 700) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält keinen Ausschlussgrund (<ref-law>). Die vom abweisenden Entscheid des Verwaltungsgerichts betroffenen Grundeigentümer und -eigentümerinnen sind ohne Weiteres zur Beschwerde legitimiert.
1.2 Die Gemeinde wird durch den angefochtenen Entscheid als Trägerin der kommunalen Nutzungsplanung (Art. 33 der Kantonsverfassung vom 6. Juni 1993 [KV/BE; BSG 101.1] und Art. 55 des kantonalen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 [BauG/BE; BSG 721.0]) in ihren hoheitlichen Befugnissen betroffen. Damit ist sie nach <ref-law> berechtigt, unter Berufung auf <ref-law> und Art. 109 KV/BE Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie zu erheben (<ref-ruling> E. 1.1 S. 304 mit Hinweisen). Ob ihr die beanspruchte Autonomie tatsächlich zukommt, ist eine Frage der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 mit Hinweisen).
1.3 Auf die Beschwerde ist darum grundsätzlich - unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
1.4 Nicht zu hören sind die Beschwerdeführer allerdings mit ihrem Antrag, der Entscheid des AGR sei aufzuheben. Die dem angefochtenen Urteil vorangegangenen Entscheide gelten aufgrund des Devolutiveffekts der Beschwerde als inhaltlich mit angefochten (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
2. Unbestritten ist, dass sich die "Stockmatte" grundsätzlich als Bauland eignet. Die kantonalen Behörden haben dem Gebiet aber die Eigenschaft des weitgehend überbauten Landes i.S.v. Art. 15 lit. a RPG abgesprochen und auch die Voraussetzungen von Art. 15 lit. b RPG verneint.
2.1 Gemäss Art. 15 RPG umfassen Bauzonen Land, das sich für die Überbauung eignet und entweder weitgehend überbaut ist (lit. a) oder voraussichtlich innert 15 Jahren benötigt und erschlossen wird (lit. b).
2.1.1 Der Begriff des weitgehend überbauten Gebiets im Sinne von Art. 15 lit. a RPG bzw. Art. 36 Abs. 3 RPG wird in der Rechtsprechung eng verstanden. Er umfasst im Wesentlichen den geschlossenen Siedlungsbereich mit eigentlichen Baulücken (<ref-ruling> E. 4.1 S. 222 f; <ref-ruling> E. 6a S. 462; <ref-ruling> E. 5a S. 424; je mit Hinweisen). Ob ein Grundstück im weitgehend überbauten Gebiet liegt, beurteilt sich gebietsbezogen, Parzellen übergreifend, anhand der gesamten bestehenden Siedlungsstruktur und nicht allein in Bezug auf einen Ortskern (<ref-ruling> E. 4.1 S. 223; Urteil des Bundesgerichts 1A.41/2002 vom 26. November 2002, E. 4 in: ZBl 104/2003 S. 383). Immerhin muss die vorhandene Häusergruppe Siedlungscharakter aufweisen, wenn es um die Beurteilung bisher nicht überbauter Grundstücke am Rande von Siedlungen oder in Baulücken geht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 223; <ref-ruling> E. 6a S. 463; <ref-ruling> E. 5a S. 424; Urteil 1P.465/2002 vom 23. Dezember 2002, E. 6.3.1, in: ZBl 105/2004 S. 161).
2.1.2 Baulücken sind einzelne unüberbaute Parzellen, die unmittelbar an das überbaute Land angrenzen, in der Regel bereits erschlossen sind und eine relativ geringe Fläche aufweisen. Die Nutzung der Baulücke wird vorwiegend von der sie umgebenden Überbauung geprägt; das unüberbaute Land muss also zum geschlossenen Siedlungsbereich gehören, an der Siedlungsqualität teilhaben und von der bestehenden Überbauung so stark geprägt sein, dass sinnvollerweise nur die Aufnahme in die Bauzone in Frage kommt (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 223 mit Präzisierung der Rechtsprechung zur Baulücke und der grösseren unüberbauten Fläche im Siedlungsgebiet). Überbautes Gebiet in diesem Sinn liegt ferner nur vor, soweit die bereits vorhandene Überbauung allgemeinen Siedlungsbau darstellt. Landwirtschaftliche oder andere primär für die Freilandnutzung bestimmte Bauten geben in der Regel kein oder nur ein wenig gewichtiges Argument für eine Zuteilung zur Bauzone ab (<ref-ruling> E. 2b S. 201; <ref-ruling> E. 4.1 S. 223; Urteil 1P.580/1994 vom 3. Februar 1995, E. 7c/aa, in: ZBl 97/1996 S. 272; vgl. auch erwähntes Urteil 1P.465/2002, E. 6.3.1).
2.2 Aus Sicht des Verwaltungsgerichts kommt den drei Gebäudekomplexen der "Stockmatte" keine Siedlungsqualität zu. Es handle sich um den Gewerbebetrieb der A._AG mit Büro und Wohnhaus nördlich des Mittelwegs sowie zwei Wohnhäuser mit angebauten Ökonomieteilen südlich davon. Letztere würden nicht (mehr) landwirtschaftlich genutzt, sondern dienten als Lager des Holzbaubetriebs. Die überbaute Fläche betrage rund 0.6 ha, dazwischen lägen 0.4 ha unüberbautes Land. Die "Stockmatte" liege ausserhalb von Brienz, auf der gegenüberliegenden Seite der Autobahn. Sie sei umgeben von Kulturland mit einigen verstreuten landwirtschaftlich genutzten Gebäuden. In E. 3.2 des angefochtenen Entscheids hält die Vorinstanz fest, die Gebäude der "Stockmatte" würden nicht mehr landwirtschaftlich genutzt. Zwischen den beiden Gebäuden entlang des Mittelwegs und dem dritten Gebäude weiter südlich bestehe ein deutlicher Abstand. Die Bauten würden nicht als zusammenhängende Häusergruppe wahrgenommen, die sich deutlich vom Umland abheben und einen Siedlungsansatz begründen würde. Art und Anordnung der Gebäude glichen den umliegenden landwirtschaftlichen Bauten. Ein Siedlungszusammenhang bestehe jedoch auch mit diesen nicht, da diese weit verstreut lägen und selber keine zusammenhängende Siedlung bildeten. Für nicht relevant erachtet es das Verwaltungsgericht, dass das Areal theoretisch Platz für zehn bis zwölf Einfamilienhäuser böte. Zu berücksichtigen seien allein die bestehenden Bauten. Diese seien zwar gross, aber nicht derart, dass sie wegen ihrer Grösse oder der Art ihrer Nutzung auf ihre Umgebung einen besonders prägenden Einfluss ausübten und die planerische Festlegung auch einer grösseren Fläche weitgehend bestimmen würden. Deshalb dränge sich die Aufnahme in die Bauzone nicht auf. Ebenso fehle aufgrund der räumlichen Distanz der geltend gemachte Bezug zur bestehenden Gewerbezone im Süden von Brienz. Nicht entscheidend für die Frage des Siedlungscharakters sei schliesslich die Erschliessung durch die nahe gelegene Autobahnauffahrt.
2.3 Ein Blick in die Akten - insbesondere in die Fotodokumentation des Verwaltungsgerichts vom Augenschein (act. 9) - bestätigt diese Schilderung und auch die rechtliche Einschätzung durch die Vorinstanz. Eine nicht landwirtschaftliche Häusergruppe verdient nur dann Aufnahme in die Bauzone, wenn sie die Qualität einer Siedlung besitzt (dazu einlässlich <ref-ruling> E. 4d/da S. 450 f.; BERNHARD WALDMANN/PETER HÄNNI, Kommentar RPG, Bern 2006, N. 23 zu Art. 15). Selbstständiger Siedlungscharakter kommt den zwei Gebäuden, die aus je einem Wohn- und einem Ökonomieteil bestehen, und dem Wohnhaus, das an eine mehrmals erweiterte Gewerbebaute angebaut ist, nicht zu. Entscheidrelevant ist dabei nicht in erster Linie die Anzahl der Gebäude, sondern der qualitative Aspekt der Überbauung (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 224 mit Hinweis). Der vorhandene Zustand auf einem Grundstück ist in seiner Gesamtheit und in seinem Zusammenhang mit den Verhältnissen auf benachbarten Parzellen zu betrachten. Dabei ist der Siedlungscharakter vor allem aufgrund der örtlichen Nähe der Häuser sowie der vorhandenen Infrastruktur feststellbar (BGE <ref-ruling> E. 5a S. 424 mit weiteren Hinweisen; WALDMANN/HÄNNI, a.a.O., N. 23 zu Art. 15). Dagegen sind peripher gelegene Gebiete, selbst wenn dort schon eine gewisse Bautätigkeit eingesetzt hat, sowie unüberbaute Flächen, denen im Verhältnis zu dem sie umgebenden Land eine eigenständige Bedeutung zukommt, nicht als weitgehend überbaute Gebiete zu betrachten (BGE <ref-ruling> E. 5a S. 424). Die Anbindung an die Autobahn genügt aber vorliegend nicht, um den drei Gebäudekomplexen Siedlungscharakter zu verleihen. Auch besteht kein erkennbarer Zusammenhang zwischen der "Stockmatte" und den sie umgebenden landwirtschaftlichen Gebäuden, die selber ebenfalls über eine grosse Fläche verstreut sind (siehe auch den Entscheid der JGK vom 6. September 2010 E. 5.2). Die umstrittene Einzonung von insgesamt 1 ha lässt sich denn auch nicht als Baulücke qualifizieren, da sie nicht unmittelbar ans überbaute Land grenzt (siehe E. 2.1.1 hiervor). Auch wenn die geringe Besiedlung des Haslitals zu dessen Charakteristik gehört, kommt nicht jeder Ansammlung einzelner nicht mehr landwirtschaftlich genutzter Häuser Siedlungsqualität zu. Ebenso wenig begründet der Umstand, dass von der Gesamtfläche bereits 0.6 ha überbaut sind, einen Anspruch auf Einzonung.
2.4 Insgesamt ist die Beurteilung der kantonalen Instanzen, wonach die "Stockmatte" nicht zum weitgehend überbauten Gebiet zu zählen ist, nicht zu beanstanden.
3. Kann einer Häusergruppe überhaupt keine Siedlungsqualität zugesprochen werden, so ist sie von der Bauzone auszuschliessen, es sei denn, es bestehe ein hinlänglicher Baulandbedarf (Art. 15 lit. b RPG; <ref-ruling> E. 4d/da S. 451). Das Konzentrationsprinzip und der Grundsatz der haushälterischen Nutzung des Bodens gebieten, die Reserven innerhalb bestehender Bauzonen zu nutzen, bevor das Siedlungsgebiet ausgedehnt wird. Bei der Bedarfsprognose müssen daher auch bisher unausgeschöpfte Nutzungsmöglichkeiten im überbauten Gebiet mitberücksichtigt werden. Dies gilt jedenfalls insoweit, als das Verdichtungspotenzial innerhalb des Planungshorizonts realisierbar und erwünscht ist (<ref-ruling> E. 6.2.2 S. 208 mit Hinweisen zur Literatur). Aus dem Konzentrationsprinzip ergibt sich sodann, dass Grundstücke grundsätzlich nur dann neu einzuzonen sind, wenn sie an bestehende Überbauungen mit Siedlungscharakter angrenzen. Andernfalls könnten neue Bauten in unzulässigen Kleinstbauzonen ausserhalb von Siedlungen ermöglicht werden. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Kleinstbauzonen im Allgemeinen unzulässig, wenn sie gegen das raumplanerische Ziel verstossen, die Siedlungstätigkeit in Bauzonen zusammenzufassen und die Streubauweise für nicht freilandgebundene Bauten zu verhindern. Ermöglicht eine Kleinstbauzone jedoch keine zusätzliche Streubauweise, sondern einzig eine geringfügige Erweiterung bereits bebauten Gebiets oder die massvolle Erweiterung bestehender Bauten, ist sie zulässig, sofern sie auch sonst auf einer sachlich vertretbaren Interessenabwägung beruht (<ref-ruling> E. 3a S. 395; <ref-ruling> E. 3b S. 303; 116 Ia 339 E. 4 S. 343; Urteile 1A.271/2005 vom 26. April 2006, E. 3.1 und 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007 E. 3.1).
3.1 Wie bereits gesehen, liegen die fraglichen Parzellen abseits der Bauzone und können nicht als selbstständiges Siedlungsgebiet bezeichnet werden. Nachdem die JGK zum Schluss gelangt war, die Einzonung komme der Schaffung einer unzulässigen Kleinbauzone gleich, hat sich das Verwaltungsgericht nochmals eingehend mit der Problematik auseinander gesetzt. Zunächst hat es darauf hingewiesen, dass die mit der Einzonung verbundene Möglichkeit, 0.4 ha neu zu überbauen, keine geringfügige Erweiterung von bereits überbautem Gebiet darstelle; die bereits überbaute Fläche werde doch um zwei Drittel vergrössert. Wohl könnten sachlich begründete Bedürfnisse der Ortsplanung in Berggebieten mit traditioneller Streubauweise allenfalls für eine beschränkte bauliche Entwicklung abgelegener Gemeindegebiete sprechen. Um ein solches handle es sich aber bei der "Stockmatte" nicht. Die Einzonung werde denn auch nicht mit ortsplanerischen Bedürfnissen begründet, zumal die bestehende Industrie- und Gewerbezone andernorts liege, bereits erweitert worden und noch nicht vollständig überbaut sei. Aus raumplanerischer Sicht bestünden vielmehr Alternativen zur Neueinzonung. Der Ortsplaner habe am Augenschein vom 29. März 2011 ausgeführt, die EG Brienz beabsichtige nicht, die umstrittene Bauzoneninsel "Stockmatte" später zu erweitern. Nach seinen Angaben sei das Entwicklungspotenzial dieser Zone beschränkt; das Industriegebiet der Gemeinde befinde sich schwergewichtig im Bereich Museumsstrasse. Die Gemeinde habe diese Angaben in ihren Anmerkungen zum Augenschein relativiert und auf ihre Eingabe im Regionalen Gesamtverkehrs- und Siedlungskonzept (RGSK) hingewiesen. Dies ändert jedoch nach Auffassung des Verwaltungsgerichts an der Beurteilung nichts. Das RGSK Oberland-Ost sei noch nicht genehmigt. Zudem sei offen, inwieweit die Eingabe der EG Brienz darin aufgenommen werde. Sollte der Industriestandort "Stockmatte" dereinst im genehmigten RGSK enthalten sein, könne dies zu einer neuen Ausgangslage führen. Derzeit befinde sich die "Stockmatte" isoliert abseits des Gewerbe- und Industriegebiets. Mit der vorgesehenen Einzonung werde eine grundsätzlich unzulässige Kleinbauzone geschaffen.
3.2 Diese Beurteilung des Verwaltungsgerichts steht in Übereinstimmung mit den bundesgesetzlichen Vorgaben und der entsprechenden Rechtsprechung. Weitere Ausführungen hierzu erübrigen sich, auch wenn die Beschwerdeführer geltend machen, die "Stockmatte" sei lediglich "etwas mehr als 500 m Luftlinie vom nächsten grösseren überbauten und planungsrechtlich nicht als problematisch beurteilten Gebiet" entfernt. Diese Argumentation überzeugt nicht, denn die Einzonung läuft dem Konzentrationsprinzip zuwider, findet sich doch keine Anbindung an bestehende Bauten mit Siedlungscharakter; dies bestätigt ein Blick auf den von der Gemeinde anlässlich des Augenscheins eingereichten Entwurf zur Ortsplanungsrevision (Zonenplanausschnitt 1:2'500 vom März 2011). Die umstrittene Einzonung liegt nicht nur ausserhalb des eigentlichen Siedlungsgebiets, sondern auch fernab der restlichen Industrie- und Gewerbezone. Daran ändert der Zubringer an die unmittelbar angrenzende Autobahn nichts. Die Beschwerdeführer verweisen denn auch auf "volkswirtschaftliche Gesichtspunkte", da bestehende Gewerbebetriebe für die Gemeinde wirtschaftlich von grösster Bedeutung seien. Das Verwaltungsgericht hat diese privaten und öffentlichen Interessen sehr wohl gewichtet und sie in Relation zu den raumplanerischen Vorgaben gesetzt.
3.3 Dazu zieht die Vorinstanz in Erwägung, die Einzonung solle dazu dienen, den Ausbau der bestehenden Produktionsstätte zu ermöglichen. Es sei unbestritten, dass das Land, welches die EG Brienz als Industrie- und Gewerbezone eingezont habe oder angrenzend allenfalls einzonen könnte, für die A._AG nicht zur Verfügung stehe und für einen Betrieb ihrer Art und Grösse derzeit wohl auch nicht genügend erschlossen wäre. Käme eine Umsiedlung doch in Frage, wäre diese teuer und würde mehr Land beanspruchen als die blosse Erweiterung des Betriebs am bestehenden Standort in der "Stockmatte". Insofern bestehe ein gewichtiges privates Interesse an der Einzonung. Das Verwaltungsgericht verkennt auch nicht das öffentliche Interesse der Gemeinde, sei doch der Holzbaubetrieb als Arbeitgeber von Bedeutung. Zudem sehe das Umsetzungsprogramm des Kantons Bern zur Neuen Regionalpolitik (NRP) für die Region Oberland Ost die Stärkung der Verarbeitungskette in der Wald- und Holzwirtschaft vor.
Weiter ist sich das Verwaltungsgericht bewusst, dass der mit einer Umsiedlung verbundene grössere Landverbrauch unter dem Gesichtspunkt der gebotenen haushälterischen Bodennutzung nicht unproblematisch wäre. Dennoch überwiegt für die Vorinstanz das öffentliche Interesse an einer geordneten Besiedlung des Landes. Würde das private Interesse des bestehenden Betriebs höher gewichtet, müssten in der Landwirtschaftszone gelegene nicht landwirtschaftliche Betriebe, die einen Erweiterungsbedarf hätten, konsequenterweise immer der Bauzone zugewiesen werden, sobald alle in der Landwirtschaftszone zulässigen Ausbaumöglichkeiten ausgeschöpft seien. Darin sieht das Verwaltungsgericht zu Recht eine unerwünschte Zersiedelung. Dasselbe gelte für das öffentliche Interesse am Erhalt des Betriebs am bisherigen Standort und der Stärkung der Wald- und Holzwirtschaft. Auch dieses vermöge die Schaffung einer grundsätzlich unzulässigen Kleinbauzone nicht zu rechtfertigen. Was das Gebot der haushälterischen Bodennutzung anbelange, dürfe dieses nicht auf das Erfordernis des sparsamen Flächenverbrauchs reduziert werden. Zu Art. 1 Abs. 1 RPG gehöre vielmehr auch das zentrale Anliegen der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet. Würde in Fällen wie dem vorliegenden einzig der eigentliche Bodenverbrauch gewichtet, hätte dies nach Meinung des Verwaltungsgerichts eine Zersiedelung zur Folge, die dem Konzentrationsprinzip zuwiderliefe.
3.4 Diese Darlegungen belegen, dass das Verwaltungsgericht den nachvollziehbaren Interessen der Beschwerdeführer wie auch der Gemeinde - entgegen der Behauptung der Beschwerdeführer - umfassend Rechnung getragen hat. Dabei hat es auch berücksichtigt, dass eine Umsiedlung mit Problemen sowohl in planerischer wie auch in finanzieller Hinsicht verbunden wäre. Es ist der Vorinstanz aber darin zuzustimmen, dass Sachzwänge - namentlich die Ausschöpfung der zulässigen Erweiterungsmöglichkeiten in der Landwirtschaftszone - nicht dazu führen dürfen, Grundsätze des Raumplanungsrechts ausser Kraft zu setzen. Offensichtlich besteht auch von Seiten der Gemeinde keine Absicht, die nun geplante Kleinzone in absehbarer Zeit zu erweitern und zu einer eigentlichen Industrie- und Gewerbezone auszubauen (Aussage des Ortsplaners anlässlich des Augenscheins vom 29. März 2011, Augenscheinprotokoll S. 6 oben). Dies bestätigt den Charakter der "Stockmatte" als eigentliche Bauzonen-"Insel" inmitten von landwirtschaftlich genutzten Einzelbetrieben. Auch wenn die Gemeinde verifizierend ergänzt hat, sie habe im Mitwirkungsverfahren zum RGSK den Industriestandort "Stockmatte" eingegeben, ändert dies nichts an der aktuellen Situation. Es kann auf die zutreffenden Erwägungen des Verwaltungsgerichts verwiesen werden (E. 4.3 des angefochtenen Urteils). Unbehelflich ist die Absicht der Beschwerdeführer, die neu zu erstellenden Gebäude optimal ins Landschaftsbild einzuordnen. Dies vermag nicht darüber hinwegzutäuschen, dass mit dieser Einzonung eine Kleinstbauzone zur Rettung des bestehenden Betriebs geschaffen würde. Die vom Verwaltungsgericht vorgenommene Interessenabwägung ist sachgerecht und überzeugend. Weder liegt eine Verletzung von Bundesrecht vor, noch wurde die Gemeinde in unzulässiger Weise in ihrer Autonomie beschränkt.
4. Entsprechend ist die Beschwerde abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend haben die Beschwerdeführer für die bundesgerichtlichen Kosten aufzukommen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind in Anwendung von <ref-law> keine zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber