Sachverhalt:
A. Die 1976 geborene S._ absolvierte nach einer Erstausbildung als Fotofachangestellte eine zweite Lehre als Fotografin bei der Firma X._ und war dadurch bei der Generali Allgemeine Versicherungen AG (im weiteren: Generali) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 9. Januar 2001 wurde sie als Lenkerin eines Personenwagens Opfer eines Auffahrunfalles. Das Spital A._ diagnostizierte am Unfalltag eine Distorsion der Halswirbelsäule, wobei der Röntgenbefund keine ossären Läsionen zeigte. Wegen verschiedenster gesundheitlicher Probleme wurde die Versicherte bereits ab 22. Februar bis 24. März 2001 im Kurhaus B._ stationär behandelt. Es folgten weitere Hospitalisationen, so in der Klinik D._, am kantonalen Spital E._ und in der Klinik F._. Die Generali erbrachte Heilbehandlung und richtete Taggelder aus. Die Invalidenversicherung liess S._ durch die MEDAS der Klinik G._ begutachten (Expertise vom 16. Juni 2003). Die Experten stellten die Diagnosen eines chronischen zervikobrachialen Schmerzsyndroms links bei/mit Status nach HWS-Distorsion am 9. Januar 2001, einem Status nach CRPS Typ I mit Dystonie und Quadrantensyndrom links, einem Schulterhochstand links und konsekutiver skoliotischer Fehlhaltung, einer leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Funktionsstörung nach HWS-Akzelerations-/Dezelerationstrauma sowie psychologischen und Verhaltensfaktoren bei andernorts klassifizierten Erkrankungen (ICD-10 F54) mit diskret verminderter emotionaler Belastbarkeit sowie subjektiver Konzentrationsminderung und erhöhter Erschöpfbarkeit. Zusätzlich wurde der Unfall auch aus biomechanischer Sicht beurteilt. Prof. Dr. med. H._, Facharzt FMH für Rechtsmedizin und forensische Biomechanik, führte aus, aus biomechanischer Sicht liessen sich von der HWS ausgehende Beschwerden wie Verspannungen, Druckschmerzhaftigkeit etc. sowie Kopfschmerzen und Konzentrationsstörungen durch die Kollision erklären. Er stellt im weiteren eine Hypothese auf, wonach sich die Versicherte bei der Kollision, die sie wegen eines Blickes in den Rückspiegel erwartete, krampfhaft am Lenkrad festgehalten habe. Durch den Zug am Arm bei der Körperrückbewegung sei es möglich, dass auch die Armbeschwerden direkt auf die Körperbewegungen während der Kollision zurückgeführt werden könnten. Mit Verfügung vom 20. September 2006 stellte die Generali ihre Leistungen rückwirkend auf den 30. April 2004 ein, da ihres Erachtens zwischen den persistierenden Beschwerden und dem versicherten Unfall kein adäquater Kausalzusammenhang mehr bestehe. Daran hielt die Versicherung auch auf Einsprachen der S._ und deren Krankenkasse SWICA Gesundheitsorganisation (nachfolgend SWICA) hin fest (Entscheid vom 8. Dezember 2006).
B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hiess die gegen den Einspracheentscheid erhobenen Beschwerden der S._ und der SWICA mit Entscheid vom 19. Juni 2008 gut und verpflichtete die Generali, der Versicherten auch über den 30. April 2004 hinaus die gesetzlichen Leistungen zu erbringen.
C. Die Generali erhebt gegen den Entscheid Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt dessen Aufhebung.
S._ und die SWICA lassen auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.
D. Mit unaufgefordert eingereichter Eingabe vom 3. November 2008 lässt die Generali ein von der Invalidenversicherung in Auftrag gegebenes Gutachten der MEDAS der Klinik G._ vom 25. Juni 2007 einreichen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Strittig ist der von der Beschwerdeführerin verfügte Fallabschluss (Einstellung sämtlicher Leistungen aus dem Ereignis vom 9. Januar 2001) am 30. April 2004. Während die Beschwerde führende Generali hinsichtlich der über den genannten Zeitpunkt hinaus von der Versicherten geklagten Beschwerden die Adäquanz des Kausalzusammenhanges mit dem Unfall verneint, gehen die Vorinstanz und die Beschwerdegegnerinnen davon aus, der Gesundheitsschaden stehe in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem versicherten Ereignis, weshalb die Beschwerdeführerin weiterhin leistungspflichtig sei.
2.2 Die Vorinstanz hat die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht der Unfallversicherung vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und zur im Weiteren erforderlichen Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S.181 sowie bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6 S. 138 ff.; ferner <ref-ruling> und 119 V 335) und Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der HWS ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle im Besonderen (<ref-ruling>; <ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Darauf wird - wie auch auf die Erwägungen zu dem im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) - verwiesen. Dasselbe gilt hinsichtlich der Rechtsprechung über die Beurteilung der Adäquanz in denjenigen Fälle, in welchen die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der HWS oder eines Schädel-Hirn-Traumas gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben sind, im Vergleich zur vorliegenden ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten. Sie ist nach der für psychische Fehlentwicklungen nach Unfällen geltenden Rechtsprechung (<ref-ruling>) vorzunehmen (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103).
3. 3.1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nach <ref-law> nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 105 Abs. 2 OG und Art. 132 OG konnten in Streitigkeiten mit enger Kognition oder in Fällen mit weiter Kognition nach Ablauf der Beschwerdefrist oder nach Abschluss eines zweiten Schriftenwechsels neue erhebliche Tatsachen oder schlüssige Beweismittel nur noch vorgebracht werden, wenn diese eine Revision im Sinne von Art. 137 lit. b OG zu rechtfertigen vermöchten (<ref-ruling>) An dieser Rechtsprechung ist auch unter der Herrschaft des BGG festgehalten worden (SVR 2009 IV Nr. 10 S. 21; vgl. auch zur Publikation in der amtlichen Sammlung bestimmtes Urteil 8C_ 934/2008).
3.2 Die nach Ablauf der Rechtsmittelfrist (<ref-law>) mit Schreiben vom 3. November 2008 unaufgefordert eingereichte Eingabe bleibt unberücksichtigt, da sie nicht im Rahmen eines zweiten Rechtsschriftenwechsels einging und keine revisionsrechtlich erheblichen Tatsachen im Sinne von <ref-law> enthält. Zudem beziehen sich die am 3. November 2008 neu eingereichten medizinischen Untersuchungsergebnisse auf einen Gesundheitszustand ausserhalb des für die Beurteilung zeitlich massgebenden Sachverhalts (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1b S. 366; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 S. 243). Die erst nach Erlass des in zeitlicher Hinsicht regelmässig die Grenze der gerichtlichen Beurteilung bildenden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 446 mit Hinweisen) Einspracheentscheides (hier: vom 8. Dezember 2006) erstellten Unterlagen bleiben daher grundsätzlich unberücksichtigt.
4. Die Beschwerdeführerin argumentiert einzig damit, das kantonale Gericht habe den adäquaten Kausalzusammenhang der anhaltenden Beschwerden mit dem versicherten Unfall zu Unrecht nach der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> geprüft. Da die psychische Schädigung im Vordergrund stehe, hätten die Kriterien gemäss <ref-ruling> für psychische Unfallfolgen angewendet werden müssen. Diese Haltung wird insbesondere damit begründet, dass die über den 30. April 2004 hinaus geklagten Beschwerden nicht mit hinreichend ausgewiesenen organischen Befunden im Sinne nachweisbarer struktureller Veränderungen belegt seien. Schon relativ kurze Zeit nach dem Unfallereignis hätten sich unüberwindbare Anhaltspunkte für ein Vorherrschen von psychischen beziehungsweise somatoformen Beschwerden ergeben. Die wiederholt gestellten Diagnosen eines CRPS Typ I und eines zervikobrachialen Schmerzsyndroms stellten klar psychosomatische Beschwerden dar. Auch bei dem durch eine massive Schonhaltung manifestierten Schulterhochstand handle es sich um eine somatoforme autonome Funktionsstörung, welche nicht dem sogenannt typischen klinischen Tableau nach HWS-Verletzungen entspreche.
5. 5.1 Gemäss langjähriger Praxis, welche auch in <ref-ruling> bestätigt wurde, muss das Vorliegen eines Schleudertraumas - oder einer äquivalenten Verletzung - und seine Folgen durch zuverlässige ärztliche Angaben gesichert sein. Bestehen Beschwerden länger ohne deutliche Besserungstendenz, ist zudem eine interdisziplinäre Abklärung und Beurteilung durch Fachärzte durchzuführen (<ref-ruling> E. 9.3 S. 124). Diese hat auch darüber Auskunft zu geben, ob eine bestehende psychische Problematik als Teil des für solche Verletzungen typischen, einer Differenzierung kaum zugänglichen somatisch-psychischen Beschwerdebildes zu betrachten ist, oder aber ein von diesem zu trennendes, eigenständiges psychisches Leiden darstellt. Nur wenn in der Expertise überzeugend dargetan wird, dass die psychische Störung nicht Symptom der Verletzung ist, kann dafür eine andere Ursache gesehen werden (<ref-ruling> E. 9.5 S. 126).
5. 5.1 Gemäss langjähriger Praxis, welche auch in <ref-ruling> bestätigt wurde, muss das Vorliegen eines Schleudertraumas - oder einer äquivalenten Verletzung - und seine Folgen durch zuverlässige ärztliche Angaben gesichert sein. Bestehen Beschwerden länger ohne deutliche Besserungstendenz, ist zudem eine interdisziplinäre Abklärung und Beurteilung durch Fachärzte durchzuführen (<ref-ruling> E. 9.3 S. 124). Diese hat auch darüber Auskunft zu geben, ob eine bestehende psychische Problematik als Teil des für solche Verletzungen typischen, einer Differenzierung kaum zugänglichen somatisch-psychischen Beschwerdebildes zu betrachten ist, oder aber ein von diesem zu trennendes, eigenständiges psychisches Leiden darstellt. Nur wenn in der Expertise überzeugend dargetan wird, dass die psychische Störung nicht Symptom der Verletzung ist, kann dafür eine andere Ursache gesehen werden (<ref-ruling> E. 9.5 S. 126).
5.2 5.2.1 Gemäss den Feststellungen des kantonalen Gerichts, welches sich ausführlich mit der umfassenden medizinischen Aktenlage auseinandergesetzt hat - und sich letztlich im Wesentlichen auf das MEDAS-Gutachten vom 16. Juni 2003 stützt - hat die Versicherte beim Auffahrunfall vom 9. Januar 2001 eine HWS-Distorsion im Sinne eines Schleudertraumas der HWS erlitten. Initial habe sie über eine Schmerzausstrahlung vom proximalen Nacken bis parietal beidseits sowie Kopfschmerzen und Schwindel geklagt. Bei persistierenden Kopfschmerzen kamen in der Folge Übelkeit, Konzentrations- und Gedächtnisstörungen sowie Missempfindungen in Form von Dysästhesien und Parästhesien an der ganzen linken oberen Extremität, eine allgemeine Leistungsschwäche und Schlafstörungen dazu. Auch anlässlich der MEDAS-Begutachtung klagte die Versicherte über vermehrte Vergesslichkeit, Konzentrationsprobleme, Schmerzen im Nacken-Kopf-Bereich, frontale Kopfschmerzen, Schwindelgefühle, Schafstörungen, anhaltende Müdigkeit, eine verminderte Belastbarkeit und Übelkeit bis hin zum Erbrechen, welche Beschwerden dem bei derartigen Verletzungen öfters zu beobachtenden, komplexen und vielschichtigen Beschwerdebild (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 116) zuzurechnen sind und zumindest als eine Teilursache in einem natürlichen Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis stehen.
5.2.2 Die erstbehandelnden Ärzte am Spital A._ haben bei der Versicherten noch am Unfalltag eine Distorsion der Halswirbelsäule diagnostiziert. Diese Diagnose wurde in der Folge von keinem der begutachtenden oder behandelnden Ärzte in Frage gestellt. So hielten beispielsweise die Neurologen, Dr. med. I._ und Dr. med. K._ an der Klinik L._ am 22. Mai 2001 fest, die Patientin leide an den direkten Folgen eines HWS-Beschleunigungstraumas, dies in einer sehr ausgeprägten Art und Weise. Da die Beschwerden längere Zeit ohne anhaltende Besserungstendenz blieben, wurde richtigerweise eine interdisziplinäre Abklärung in Auftrag gegeben (<ref-ruling> E. 9.3 S. 123). Gemäss dem psychiatrischen Teilgutachten der MEDAS vom 7. April 2003 bestünden bei der Versicherten zwar depressive Aspekte, diese seien jedoch nicht vordergründig. Der Experte eruierte ausser dem Unfall vom 9. Januar 2001 keine bedeutenden psychiatrischen Belastungen oder Krisen. Seither bestünden psychoreaktive Belastungen wie eine ausgeprägte Schlafstörung mit Müdigkeit und Erschöpfbarkeit, aber keine eigentliche Depression. Die Diagnose lautet denn auch auf "psychologische und Verhaltensfaktoren bei andernorts klassifizierten Erkrankungen (HWS-Distorsionstrauma und CPRS) mit diskret verminderter emotionaler Belastbarkeit sowie subjektiver Konzentrationsminderung und erhöhter Erschöpfbarkeit" (ICD-10 F 54). Auch diesbezüglich ist zu wiederholen, dass keiner der behandelnden oder begutachtenden Psychiater zur Erkenntnis gelangte, es liege ein eigenständiges, von der HWS-Distorsion zu trennendes psychisches Leiden vor.
5.2.3 Entgegen der Darstellung in der Beschwerde stellt kein Psychiater die Diagnose einer somatoformen Schmerzstörung. Die Beschwerdeführerin stützt sich in ihrer Argumentation vorwiegend auf die Beurteilung des Psychiaters Dr. med. M._. Dieser Arzt hat seine reine Aktenbeurteilung als beratender Arzt der Haftpflichtversicherung des am Unfall beteiligten Fahrzeughalters abgegeben. Er stellt ohne irgendeine Grundlage Vermutungen auf (" Es sind weitere zusätzliche psychosoziale Belastungsfaktoren [z.B. betr. Partnerschaft] zu vermuten, die in den umfangreichen Akten nicht einmal in Erscheinung treten; ich vermute dass das zentrale Problem der Patientin eine Ablösungsproblematik ist..."). Das offen deklarierte Ziel seiner intern abgegebenen Ausführungen ist denn auch, die Versicherung möglichst vor einem Anspruch zu schützen ("Für die Versicherung geht es zunächst einmal darum, die Gesundheitsstörung der Patientin als psychosomatische Störung und nicht als rein körperliche Störung zu interpretieren....Ich selber bin der Meinung, dass man nicht darum herum kommen wird, die "natürliche Kausalität" gemäss der Rechtsprechung anzuerkennen. Dagegen werden entsprechende [ergänzt: noch in Auftrag zu gebende] Gutachten mit grosser Wahrscheinlichkeit so viele unfallfremde Faktoren aufzeigen, dass Sie daraus die fehlende Adäquanz werden ableiten können....Wichtig ist die entsprechende Fragestellung."). Dass die Beschwerdeführerin als ein der Objektivität verpflichtetes Organ für die Durchführung der obligatorischen gesetzlichen Unfallversicherung sich nicht einzig auf die Mutmassungen eines Arztes der Haftpflichtversicherung stützen kann, bedarf keiner weiteren Erörterung. Die Tatsache, dass keine rein organischen Befunde nachgewiesen werden konnten, hat entgegen der Darstellung der Beschwedeführerin nicht die Konsequenz, dass von rein psychischen Unfallfolgen auszugehen ist. Die hier zur Diskussion stehenden Folgen einer HWS-Distorsion zeichnen sich gerade dadurch aus, dass sie durch ein komplexes und vielschichtiges Beschwerdebild mit eng ineinander verwobenen, einer Differenzierung kaum zugänglichen Beschwerden physischer und psychischer Natur gekennzeichnet sind (<ref-ruling> E. 7.1 S. 118 mit Hinweisen). Wenn ein primär organisch nachgewiesener Gesundheitsschaden, also klar fassbare physische Unfallfolgen zur Beurteilung stehen würden, wie ihn die Beschwerdeführerin offenbar auch für die Anerkennung eines Schleudertraumas fordert, wäre die Leistungspflicht der Unfallversicherung ohne weiteres gegeben. Der Adäquanz würde praktisch keine eigenständige Bedeutung zukommen (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Nur wenn in einer Expertise überzeugend dargetan ist, dass eine psychische Störung nicht Symptom der Verletzung ist, kann dafür eine andere Ursache gesehen werden. Der Hinweis auf ungünstige soziale und soziokulturelle Verhältnisse der versicherten Person und dergleichen genügt nicht (<ref-ruling> E. 9.5 S. 126). Die Beschwerdeführerin begnügt sich indessen genau mit solchen Hinweisen, die darüber hinaus nicht einmal von einem die Versicherte explorierenden Gutachter stammen, sondern auf reinen unbelegten Vermutungen beruhen.
5.3 Damit steht fest, dass einerseits ein für die primären Unfallverletzungen typisches Beschwerdebild vorliegt und andererseits auch die psychiatrischen Experten nicht davon ausgehen, dass die Versicherte überwiegend wahrscheinlich an einem eigenständigen psychischen Leiden erkrankt ist. Die Adäquanzbeurteilung hat demnach - wie auch vom kantonalen Gericht zu Recht ausgeführt - in Anwendung der in <ref-ruling> modifizierten Rechtsprechung zu erfolgen.
6. 6.1 Unstrittig ist das Unfallereignis als mittleres - eher als Grenzfall zu einem leichten - im Sinne der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 mit Hinweisen) zu qualifizieren. Das kantonale Gericht hat weiter in Würdigung der für die Beurteilung miteinzubeziehenden Kriterien (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130) zu Recht erkannt, dass keine besonders dramatischen Begleitumstände zu verzeichnen waren. Ob die Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen und der ärztlichen Fehlbehandlung als erfüllt zu qualifizieren seien, liess die Vorinstanz offen. Indessen ist sie in ausführlicher Würdigung der Aktenlage zur Erkenntnis gelangt, dass die Versicherte in besonders ausgeprägter Weise an anhaltenden erheblichen Beschwerden leidet. Zudem erachtet die Vorinstanz auch die Kriterien des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblicher Komplikationen sowie erheblicher Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengung als erfüllt.
6.2 Die Beschwerdeführerin argumentiert auch letztinstanzlich einzig damit, die Adäquanzbeurteilung hätte richtigerweise nach den Kriterien gemäss <ref-ruling> vorgenommen werden müssen. Sie setzt sich dabei mit der ausführlichen und differenzierten Prüfung der einzelnen, in <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. definierten Adäquanzkriterien im angefochtenen Entscheid fälschlicherweise nur insoweit auseinander, als sie lediglich rein somatische Gesundheitsschäden in die Beurteilung einbezieht (Ziff. 11 S. 13). Den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid ist nichts entgegenzuhalten. Es mag angefügt werden, dass auch das Merkmal der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung bejaht werden kann. Die Versicherte unterzog sich über Jahre diversen therapeutischen Vorkehren (Physio- und Wassertherapie, Triggerpunktbehandlung, Kraniosakral- und Neuraltherapie, psychologische Betreuung, Kinesiologie, ergotherapeutisches Heimprogramm mit Gedächtnistraining) und wiederholten stationären Behandlungen (22. Februar bis 24. März 2001: Kurhaus B._; 30. August bis 10. Oktober 2001: Klinik D._; 29. Oktober bis 7. November 2001 Kantonales Spital E._; 15. Oktober bis 12. November 2002 Klinik F._) und fachärztlichen Abklärungen an der Klinik L._ (Neurologie und Psychiatrie) und an der MEDAS am Spital N._ (Innere Medizin, Rheumatologie, Neurologie und Psychiatrie). Daraus resultierte eine zusätzliche Belastungssituation, welche durch den Umstand noch verstärkt wurde, dass sich der erhoffte Erfolg trotz der Vielzahl der engagiert angegangenen Massnahmen nicht einstellte (vgl. auch Urteil 8C_ 824/2008 vom 30. Januar 2009 E. 4.2.1.2).
6.3 Das kantonale Gericht hat demnach zu Recht erkannt, dass die mit dem Verweis auf fehlende Unfallkausalität des Gesundheitsschadens begründete Leistungsverweigerung ab 1. Mai 2004 bundesrechtswidrig ist. Die Beschwerdeführerin hat daher über den Leistungsanspruch der Versicherten neu zu befinden.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Dem Prozessausgang entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen und der anwaltlich vertretenen Versicherten eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1 <ref-law>). Die SWICA Gesundheitsorganisation hat als eine mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Organisation keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 800.- zu entschädigen.
4. Die Beschwerdegegnerin 2 hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, Abteilung III, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer