Faits:
A. Z._, né en 1938, a été engagé en 1979 par l'Etat de Genève pour travailler comme ouvrier d'exploitation au Centre de traitement des déchets spéciaux de l'Usine des Cheneviers, à Genève. A partir de 1995, il a eu la charge de réceptionner, manutentionner et préparer des déchets spéciaux en vue de leur traitement, notamment des substances chimiques dangereuses. Pour ce motif, il était astreint, à la demande de l'assureur obligatoire de l'employeur, soit la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA), à un contrôle médical annuel destiné à détecter l'éventuelle apparition d'une maladie professionnelle. Cet examen était pratiqué par le médecin du travail de l'Etat de Genève (ci-après: le médecin du travail) qui devait remplir un formulaire à l'attention de la CNA.
Sur les formulaires remis à la CNA de 1993 à 1996, le médecin du travail de l'époque, soit la doctoresse E._, a mentionné que Z._ fumait en moyenne 20 cigarettes par jour et souffrait d'une toux matinale chronique ainsi que d'expectorations. Le 3 décembre 1996, elle lui a fait subir un examen radiologique du thorax à la requête de la CNA. Le rapport établi à cette occasion par l'Institut de radiologie de Florissant a posé la conclusion suivante: "Suspicion d'une bronchopathie obstructive et d'un emphysème. A vérifier par des examens adéquats." Ce diagnostic n'a pas été communiqué au médecin traitant du patient. Sur le formulaire destiné à la CNA pour le contrôle annuel de 1999, le médecin du travail a confirmé le tabagisme et la toux chronique matinale de Z._ et attesté son aptitude au travail, en ajoutant l'interrogation suivante: "Fumeur: BPCO ?" (ces trois lettres forment l'acronyme de bronchopathique chronique obstructive). Lors du contrôle effectué l'année suivante (le 5 mai 2000), le médecin du travail a constaté une discrète anémie chez Z._ et en a informé son médecin traitant, le docteur F._, par lettre du 9 mai 2000. Consulté le 6 octobre 2000, ce praticien a diagnostiqué et traité une gastrite à hélicobacter, mais l'état général de son patient a continué à se dégrader. Il a par la suite sollicité des examens radiographiques des poumons qui lui ont révélé - ce qu'il ignorait jusque là - la présence d'une bronchopathie obstructive chronique et d'un emphysème diagnostiqués en 1996; ces examens ont également mis en évidence quelques petites densités pouvant être séquellaires, mais devant faire l'objet d'investigations complémentaires (rapport du 23 juillet 2002 de l'Institut radiologique de Florissant). Le 25 septembre 2002, Z._ a subi, à la demande de son médecin traitant, un scanner thoraco-abdominal, qui a révélé un cancer du poumon. Il est décédé le 13 juillet 2003 des suites de cette maladie.
Se fondant sur le dossier médical (cf. notamment rapport du 24 mai 2004 du docteur G._, spécialiste FMH en maladies des poumons), ainsi que sur l'opinion de son médecin conseil (cf. rapport du 2 février 2005 du docteur H._, spécialiste FMH en médecine du travail), la CNA a estimé, par décision du 5 janvier 2005, que le décès de Z._ n'était pas la conséquence d'une maladie professionnelle et a refusé toute prestation à sa veuve, X._. Le 26 avril 2006, celle-ci a retiré l'opposition qu'elle avait, dans un premier temps, formée contre la décision (précitée) de la CNA.
B. B.a X._ et sa fille, Y._, ont introduit, par assignation du 11 mai 2006, une action en responsabilité contre l'Etat de Genève, et réclamé pour chacune d'elles le paiement d'une indemnité pour tort moral d'un montant respectivement de 40'000 fr. pour la première, et de 30'000 fr. pour la seconde. Elles ont soutenu qu'en ne communiquant pas au médecin traitant de Z._ le résultat des examens radiographiques réalisés le 3 décembre 1996, le médecin du travail avait violé ses obligations, notamment d'information, et causé, sinon le décès, du moins le décès prématuré de leur proche.
L'Etat de Genève a réfuté sa responsabilité et conclu au rejet de la demande. Il a notamment nié l'existence d'un lien de causalité entre les manquements reprochés au médecin du travail et le décès de son ancien employé, en se référant aux pièces médicales, notamment à un rapport (du 2 octobre 2006) du docteur I._, médecin conseil de la Winterthur Assurances.
Après avoir instruit le cas et, en particulier auditionné certains témoins (notamment les docteurs F._ et E._) et recueilli une déclaration écrite d'un médecin de la CNA (cf. appréciations médicales des 9 octobre et 4 décembre 2007 du docteur Jean-Jacques Chevalier, spécialiste FMH en médecine du travail), le Tribunal de première instance du canton de Genève a rejeté, par jugement du 3 avril 2008, la demande en paiement dont il était saisi. En bref, il a considéré que le médecin du travail mis en cause n'avait pas commis de manquement et qu'il n'y avait de toute façon pas de rapport de causalité entre un éventuel acte illicite de sa part, consistant en un défaut d'information au médecin traitant, et le décès du patient.
B.b Saisi d'un appel de la veuve et de la fille de Z._, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté celui-ci, par arrêt du 14 novembre 2008, et a confirmé le jugement attaqué.
C. X._ et Y._ forment un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité de la Cour de justice, dont elles requièrent l'annulation, sous suite de frais et dépens. Elles concluent principalement au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision et, à titre subsidiaire, à la condamnation de l'Etat de Genève au versement des montants réclamés à titre de tort moral dans leur assignation du 11 mai 2006. Elles se plaignent d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits et de violation de leur droit d'être entendues (art. 29 al. 1 Cst.).
L'Etat de Genève conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué sous suite de frais et dépens, tandis que la Cour de justice se réfère aux considérants de son prononcé.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-law>; <ref-ruling> p. 3 et les arrêts cités).
1.1 L'arrêt attaqué a été rendu par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale dans une cause qui relève du droit public et ne tombe sous aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. Il peut donc, s'agissant d'un litige en matière de responsabilité de l'Etat, faire l'objet d'un recours en matière de droit public (cf. art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et 2 LTF), sous réserve que les prétentions litigieuses ne découlent pas d'une "activité médicale"; dans cette dernière hypothèse, les art. 30 al. 1 let. c et 31 al. 1 let. d du Règlement du Tribunal fédéral du 20 novembre 2006 (RTF; RS 173.110.131) prescrivent en effet la voie du recours en matière civile. Par "activité(s) médicale(s)" au sens des dispositions précitées, il faut notamment entendre les soins prodigués aux malades par les médecins dans les hôpitaux publics (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 465 s.).
En l'espèce, la doctoresse E._ n'avait, à proprement parler, pas un mandat de soins à l'égard de Z._. Comme médecin du travail, elle était chargée, selon ses explications complétées par celles de l'Etat de Genève (cf., notamment, la lettre de la Conseillère d'Etat en charge du Département des finances du 21 juin 2004 au mandataire des recourantes), d'examiner régulièrement le patient, afin de détecter et prévenir d'éventuelles atteintes à la santé dues à son travail (potentiellement à risque), et de vérifier son aptitude à poursuivre son activité professionnelle. Cela étant, la Cour de justice n'a pas examiné dans le détail le possible fondement juridique des prétentions des recourantes. En particulier, les rôles respectifs de l'Etat de Genève, du médecin du travail et de la CNA n'ont pas été analysés. On ignore ainsi sous quel mandat/responsabilité précis le médecin du travail est intervenu et quelle était sa position par rapport à l'Etat de Genève et à la CNA. De même, on ne sait pas si les prétendus manquements du médecin du travail sont directement imputables à l'Etat de Genève en sa seule qualité de puissance publique devant répondre des actes illicites (fautifs) de ses fonctionnaires, ou également en sa qualité d'ancien employeur de Z._ tenu de prendre des mesures, comme soumettre son personnel à des contrôles médicaux réguliers, en vue de prévenir les accidents et les maladies professionnels (cf. <ref-law>; arrêt 2A.402/2000 du 23 août 2001, consid. 2). Selon le point de vue que l'on privilégie, le recours peut donc être envisagé soit comme s'inscrivant dans un litige classique en matière de responsabilité de l'Etat (au sens de l'art. 30 al. 1 let. c ch. 1 RTF), soit comme mettant en jeu des prétentions découlant de la responsabilité de l'Etat pour des activités médicales (au sens de l'art. 31 al. 1 let. de RTF), soit encore, si l'on estime que c'est d'abord et surtout en sa qualité d'employeur que l'Etat a manqué à ses obligations et causé un dommage, comme un litige en matière de responsabilité concernant le personnel du secteur public (au sens de l'art. 34 let. h RTF).
Dans ces circonstances, il faut admettre que, faute d'indications plus précises, c'est la clause générale de compétence en faveur de la IIe Cour de droit public prévue en matière de responsabilité de l'Etat qui s'applique. Du reste, les recourantes ne s'y sont pas trompées, puisqu'elles ont utilisé la voie du recours en matière de droit public, nonobstant l'indication erronée (recours en matière civile) mentionnée au bas de l'arrêt attaqué conformément au prescrit de l'art. 112 al. 1 let. d LTF.
1.2 La Cour de justice a constaté que la responsabilité de l'Etat de Genève n'était pas engagée et a débouté X._ et Y._ de toutes leurs conclusions. Son arrêt est dès lors une décision finale (<ref-law>) contre laquelle les prénommées, également parties à la procédure cantonale, ont qualité pour recourir sur la base de l'<ref-law>. La valeur litigieuse minimale de l'<ref-law> est par ailleurs dépassée.
1.3 Pour le surplus, déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), le présent recours, envisagé comme recours en matière de droit public, est en principe recevable.
2. 2.1 Lorsqu'il vérifie l'application du droit, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer les faits que s'ils ont été constatés de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Celui qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. doit, sous peine d'irrecevabilité, le démontrer par une argumentation précise conforme aux exigences de motivation accrues posées à l'<ref-law>. Il ne peut se contenter de critiquer les faits comme il le ferait devant une juridiction d'appel jouissant d'un plein pouvoir d'examen.
2.2 En matière d'appréciation des preuves et de constatation des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision attaquée, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9 et les arrêts cités).
3. 3.1 A Genève, la responsabilité de l'Etat est régie par la loi genevoise du 24 février 1989 sur la responsabilité de l'Etat et des communes (LREC; RS/GE A 2 40). En vertu de l'<ref-law>, l'Etat de Genève et les communes du canton sont tenus de réparer le dommage résultant pour des tiers d'actes illicites commis soit intentionnellement, soit par négligence ou imprudence par leurs fonctionnaires et agents dans l'accomplissement de leur travail. L'<ref-law> contient un renvoi aux règles générales du code civil suisse appliquées à titre de droit cantonal supplétif.
3.2 La Cour de justice a considéré que les prétentions des recourantes en réparation morale devaient, vu le renvoi de l'<ref-law>, s'examiner à la lumière des art. 41 et 47 CO applicables à titre de droit cantonal supplétif. La responsabilité de l'Etat supposait dès lors la réalisation des quatre conditions cumulatives suivantes: un acte illicite commis par un agent ou un fonctionnaire, une faute de la part de celui-ci, un dommage causé à un tiers et, enfin, un lien de causalité (naturelle et adéquate) entre l'acte illicite et le dommage.
Les juges cantonaux ont limité leur examen à la condition de la causalité naturelle. Ils ont inféré de la jurisprudence développée à ce sujet en droit civil qu'il existe un lien de causalité naturelle entre deux événements lorsque, sans le premier, le second ne serait pas survenu ou ne se serait pas produit de la même manière; il n'est pas nécessaire que l'événement considéré soit la cause unique ou immédiate du résultat; il faut et il suffit que l'événement dommageable, associé éventuellement à d'autres facteurs, ait provoqué le second événement, c'est-à-dire qu'il s'en présente comme la condition sine qua non; en matière d'omission, l'établissement d'un lien de causalité revient à se demander si l'acte omis aurait empêché la survenance du résultat dommageable; enfin, toujours selon les juges cantonaux, l'existence d'un lien de causalité naturelle est une question de fait que le juge doit trancher selon la règle du degré de vraisemblance prépondérante (pour un arrêt récent sur la question, cf. <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 470 et les références citées).
Dans le cas d'espèce, la Cour de justice a estimé qu'au vu des pièces médicales au dossier, il n'existe aucun lien entre les affections diagnostiquées en 1996 par l'Institut de radiologie de Florissant (bronchopathique chronique obstructive et emphysème) et le développement ultérieur du cancer des poumons chez le patient. Par ailleurs, contrairement à l'opinion des recourantes, il n'est pas possible, selon les juges cantonaux, de retenir au degré de la vraisemblance prépondérante que le cancer aurait pu être diagnostiqué et traité plus tôt ou que le patient aurait immédiatement cessé de fumer si sa bronchopathie avait été annoncée à son médecin traitant en 1996 déjà.
3.3 Les recourantes ne contestent ni la définition donnée par la Cour de justice à la notion de causalité naturelle, ni l'absence de tout lien entre les affections constatées par le médecin du travail en 1996 et l'apparition ultérieure du cancer des poumons. Elles s'en remettent sur ces points à l'avis unanime des médecins consultés, à savoir que si les pathologies ont une étiologie commune, soit le tabagisme du patient, le cancer ayant entraîné la mort de leur proche n'a été ni causé, ni même favorisé par les affections pulmonaires diagnostiquées en 1996. Elles soutiennent néanmoins que les juges cantonaux ont établi de manière arbitraire les faits concernant la causalité naturelle sur les deux aspects suivants.
3.3.1 Premièrement, les recourantes font valoir que le cancer des poumons aurait pu être traité plus tôt et donc avec plus d'efficacité si le diagnostic de bronchopathie avait été immédiatement porté à la connaissance du patient ou de son médecin traitant. De leur point de vue, une prise en charge de la bronchopathie conforme aux règles de l'art médical impliquait en effet nécessairement, pour surveiller l'évolution de la maladie, un examen radiographique annuel qui aurait permis une détection et un traitement précoces du cancer des poumons.
Compte tenu de son caractère appellatoire, il est douteux que cette critique soit recevable (cf. supra consid. 2.1), les recourantes se contentant d'opposer leur thèse à la position de la Cour de justice sur le mode de l'affirmation, sans se référer à un quelconque avis médical. Quoi qu'il en soit, le moyen est mal fondé.
Il ressort en effet de l'arrêt attaqué que le docteur J._, radiologue entendu comme témoin par la Cour de justice, a déclaré qu'en présence d'un diagnostic de bronchopathie, la mise en oeuvre d'examens radiographiques dépendait "du bon vouloir" du médecin traitant. Il a également précisé qu'une spirométrie, examen pratiqué par le médecin du travail, permettait d'établir avec précision la présence d'une telle affection. A cet égard, les premiers juges ont souligné que le pneumologue G._ avait confirmé le diagnostic de bronchopathie sur le vu des seuls résultats des tests respiratoires effectués par le médecin du travail. La Cour de justice a également constaté que, selon les médecins consultés (docteurs G._ et F._), la prise en charge dès 1996 des affections diagnostiquées à l'époque aurait sans doute permis d'améliorer la qualité de vie du patient grâce à un traitement bronchodilatateur et anti-inflammatoire pour freiner le développement de la bronchopathie chronique obstructive, mais que cela n'aurait eu aucune influence sur l'apparition et l'évolution de son cancer des poumons.
Les juges cantonaux pouvaient dès lors sans arbitraire déduire des pièces médicales au dossier que des radiographies ne constituaient pas l'examen topique pour diagnostiquer une bronchopathie, que le suivi de cette maladie ne s'accompagnait pas non plus nécessairement d'un tel examen annuel et que, finalement, l'omission alléguée du médecin traitant n'avait vraisemblablement pas contribué à retarder la détection et la prise en charge du cancer.
3.3.2 Deuxièmement, les recourantes soutiennent que si le patient avait su, en 1996 déjà, qu'il souffrait d'une bronchopathie, ses chances de survie aurait été meilleures, car il aurait alors immédiatement cessé de fumer, comme il le fera six ans plus tard lorsque le diagnostic de cancer des poumons lui sera annoncé. Là encore, le grief apparaît formulé sur un mode essentiellement appellatoire et n'est donc guère recevable.
De toute façon, il ressort de l'arrêt attaqué que le patient a continué à fumer de nombreuses années malgré la présence d'une toux matinale chronique et d'expectorations qu'il savait pourtant provenir de son tabagisme. C'est donc sans faire preuve d'arbitraire que les premiers juges ont déduit de cette circonstance que rien ne permettait de retenir que le patient aurait immédiatement arrêté de fumer en apprenant qu'il souffrait d'une bronchopathie. D'autant que, comme l'ont également constaté les juges cantonaux, il faut admettre que cette pathologie est d'une gravité objectivement moindre qu'un cancer des poumons.
3.4 Il s'ensuit que le grief tiré de l'arbitraire dans la constatations des faits est mal fondé.
4. Les recourantes voient également une violation de leur droit d'être entendues (art. 29 al. 1 Cst.) dans le fait que la Cour de justice a refusé de faire administrer une expertise tendant à établir l'existence d'un lien de causalité naturelle entre les fautes prétendument commises par le médecin du travail mis en cause et le décès de Z._. Au vu du dossier médical, les premiers juges pouvaient toutefois rejeter la demande d'expertise formée par les recourantes par une appréciation anticipée des preuves exempte d'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 429 et les arrêts cités). Comme on l'a vu, ils disposaient en effet de suffisamment d'éléments pour conclure que, même si les affections diagnostiquées en 1996 avaient été annoncées immédiatement au médecin traitant, le cancer n'aurait vraisemblablement pas pu être détecté et traité plus tôt. En réalité, telle qu'alléguée, la violation du droit d'être entendu n'a pas de portée propre et se confond avec le grief tiré de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits.
Le moyen n'est pas fondé.
5. Enfin, les critiques toute générales des recourantes relatives au comportement de la doctoresse E._ sortent de l'objet du litige. La Cour de justice a en effet rejeté les prétentions litigieuses au seul motif pris de l'absence de causalité naturelle entre l'acte prétendument illicite et le dommage, sans même examiner si les autres conditions du droit à une réparation morale étaient réalisées, notamment l'existence d'une faute de la part du médecin du travail incriminé.
6. Il s'ensuit que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourantes doivent supporter les frais judiciaires solidairement entre elles (cf. art. 65 al. 1 à 3 et 66 al. 1 et 5 LTF) et n'ont pas droit à des dépens (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de justice, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes et de l'Etat de Genève et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 15 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Addy