Fatti:
A. Il 28 agosto 1995 l'Assicurazione A._ ha concluso con B._ una polizza assicurativa valida dal 1° agosto 1995 al 1° agosto 2019.
In questa è stato fra l'altro pattuito, per il caso di un'incapacità di guadagno, il versamento di una rendita annua di fr. 63'000.-- dopo un periodo di attesa di 30 giorni, di una rendita annua di fr. 45'000.-- dopo un'attesa di 720 giorni, nonché l'esonero dal pagamento dei premi dopo un periodo di attesa di 60 giorni.
A.a Incapace al guadagno dal 29 settembre 1998, a partire dall'ottobre 1998 B._ ha percepito le prestazioni sopra menzionate.
A.b Con decisione del 12 aprile 2001 l'Assicurazione federale per l'invalidità ha accolto la sua domanda di invalidità e gli ha accordato una rendita dell'80 % con effetto retroattivo dal 1° agosto 1999.
A.c Il 1° luglio 2003 l'Assicurazione A._ ha comunicato a B._ la rescissione del contratto di assicurazione per reticenza e gli ha chiesto il rimborso delle somme versate, per un totale di fr. 450'190.70. Da un controllo effettuato nel giugno 2003 è infatti emerso che prima di rivolgersi all'Assicurazione A._, nel luglio 1995, B._ aveva già concluso assicurazioni per perdita di guadagno con altre compagnie d'assicurazione sulla vita, segnatamente con l'Assicurazione C._, con l'Assicurazione D._ e l'Assicurazione E._. Questo significa ch'egli ha mentito quando, nel questionario "supplemento della proposta" da lui compilato per Assicurazione A._ il 29 luglio 1995, ha risposto negativamente ai quesiti n. 2.3 - "avete stipulato assicurazioni di rendite o d'indennità giornaliere per incapacità di guadagno presso un'altra società d'assicurazione" - e n. 2.4 - "avete stipulato o proposto assicurazioni sulla vita per una somma assicurata totale pari o superiore a fr. 750'000.-- risp. rendite per IG pari o superiori a fr. 60'000.--".
A.d B._ ha contestato la pretesa avanzata dall'assicurazione e ha domandato l'erogazione delle rendite pattuite. Invano.
B. Preso atto dell'impossibilità di addivenire a un accordo bonale, il 29 ottobre 2004 B._ ha convenuto l'Assicurazione A._ dinanzi al Pretore del Distretto di Bellinzona, onde ottenere il pagamento della rendita annua di fr. 108'000.-- dal 1° agosto 2003 fino alla cessazione dell'incapacità di guadagno, oltre interessi del 5 % dalle singole scadenze di pagamento contrattuali, e di fr. 18'900.-- per le abusive trattenute dell'imposta preventiva.
Avversata la petizione, in via riconvenzionale Assicurazione A._ ha domandato la condanna dell'attore alla restituzione di fr. 450'198.70, otre interessi del 5 % dal 1° giugno 2003, fr. 200.-- per spese esecutive e fr. 500.-- per tassa d'incasso.
Con sentenza del 16 febbraio 2007 il Pretore ha parzialmente accolto l'azione principale e condannato l'assicurazione al pagamento della rendita annua di fr. 108'000.-- dal 1° agosto 2003 fino alla cessazione dell'incapacità di guadagno, oltre interessi del 5 % sulle rendite scadute. A prescindere dalla questione della reticenza, contestata da B._, il giudice ha infatti stabilito che la notifica della medesima con raccomandata del 1° luglio 2003 era tardiva, ciò che comporta anche la reiezione dell'azione riconvenzionale.
C. Alla stessa conclusione è giunta la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, adita dall'assicurazione soccombente.
Premesso che alla fattispecie torna applicabile la Legge federale sul contratto di assicurazione in vigore sino al 31 dicembre 2005 (vLCA), la massima istanza cantonale ha rammentato che, giusta l'art. 6 vLCA, la rescissione del contratto per reticenza dev'essere significata entro quattro settimane dal momento in cui la reticenza è stata scoperta e che tocca all'assicuratore dimostrare di aver ossequiato questo termine. Secondo la giurisprudenza, esso inizia a decorrere dal momento in cui l'assicurazione è orientata su tutti i punti che indicano la reticenza; è tuttavia evidente - ha precisato la Corte ticinese - che se rifiuta scientemente di prendere conoscenza degli elementi costitutivi della reticenza, l'assicurazione commette un abuso di diritto assimilabile alla conoscenza effettiva della stessa.
Per i giudici cantonali quest'ultima eventualità si è realizzata nel caso concreto. Omettendo di reagire alla lettera inviatale il 25 novembre 1995 da B._, nella quale veniva esplicitamente menzionata l'esistenza di altre assicurazioni presso l'Assicurazione D._ e l'Assicurazione C._, l'Assicurazione A._ ha rifiutato di prendere conoscenza della reticenza. Non solo. Dal carteggio processuale è emerso che l'assicurazione si è comportata in maniera analoga nell'agosto 2000, quando non ha dato alcun seguito all'affermazione contenuta nel referto peritale inviatole dallo psichiatra F._, secondo cui fino al settembre 2000 B._ percepiva mensilmente fr. 4'000.-- dall'Assicurazione E._. Infine, a titolo abbondanziale, la Corte cantonale ha osservato come Assicurazione C._ avesse chiesto all'Assicurazione A._ informazioni sull'assicurato il 7 aprile 2003 e il 19 maggio seguente, ottenendo riscontro solo dopo la sua telefonata del giugno 2003, all'origine della rescissione del contratto.
Tenuto conto di tutto quanto esposto, i giudici cantonali hanno concluso che il recesso per reticenza dichiarato dall'Assicurazione A._ il 1° luglio 2003 è in ogni caso tardivo. Donde la reiezione, nella sentenza emanata il 19 febbraio 2008, dell'appello dell'assicurazione senza entrare nel merito della questione - sollevata da B._ - della genericità della missiva del 1° luglio 2003.
D. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con ricorso in materia civile, l'Assicurazione A._ postula la modifica della sentenza cantonale nel senso dell'accoglimento dell'appello e, di conseguenza, la reiezione integrale della petizione e l'accoglimento della domanda riconvenzionale. In via subordinata chiede l'annullamento della pronunzia impugnata e il rinvio della causa all'autorità cantonale per nuovo giudizio.
Nella risposta del 5 giugno 2008 B._ ha proposto di respingere il gravame nella misura in cui ammissibile, mentre il Tribunale d'appello ha invece rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
2. Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF), il ricorso risulta ricevibile.
3. Esso solleva invece delle perplessità in punto alla sua motivazione. In sintesi, a mente della ricorrente la decisione della Corte cantonale in merito alla tardività della dichiarazione di recesso sarebbe lesiva dell'art. 6 vLCA nonché degli art. 2 cpv. 2 e 4 CC, non da ultimo perché fondata su di un "apprezzamento giuridico erroneo dei fatti" rispettivamente su di una "svista manifesta". Contrariamente a quanto ritenuto nella sentenza impugnata, infatti, essa non ha preso conoscenza della reticenza nel 1995, non avendo mai ricevuto la lettera datata 25 novembre 1995. In manifesta violazione dell'<ref-law>, i giudici ticinesi avrebbero - secondo la ricorrente - omesso di pronunciarsi su tutta una serie di fatti pertinenti, assunti in istruttoria, essenziali per un corretto apprezzamento giuridico degli stessi.
Il tenore dell'allegato ricorsuale, nel quale gli argomenti attinenti al diritto si accavallano e confondono con quelli concernenti l'apprezzamento delle prove, impone di rammentare i principi che reggono il rimedio esperito.
3.1 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto federale (<ref-law>) che include anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3).
Giusta l'<ref-law> il ricorrente deve spiegare in modo conciso i motivi per i quali l'atto impugnato viola il diritto. Se questa condizione è soddisfatta, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>). Le esigenze di motivazione quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali sono più rigorose; il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se il ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'<ref-law>. Il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono pertanto le regole di motivazione poste dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (<ref-ruling> consid. 2).
3.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere impugnato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (<ref-law>).
La definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39). La relativa censura deve pertanto ossequiare i requisiti di motivazione posti dall'<ref-law>. Come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lit. b OG, il ricorrente che lamenta una violazione del divieto dell'arbitrio nell'apprezzamento delle prove e nell'accertamento dei fatti che ne deriva non può dunque limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata si fonda su un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 262).
3.3 In concreto la ricorrente disattende ampiamente questi principi, come esposto qui di seguito.
4. Giusta l'art. 6 vLCA "se il postulante all'atto della conclusione del contratto di assicurazione dichiara inesattamente o ha taciuto un fatto rilevante che conosceva o doveva conoscere, l'assicuratore non è vincolato al contratto purché ne sia receduto entro quattro settimane da quando ebbe cognizione della reticenza".
La stessa ricorrente riconosce che, determinante ai fini del giudizio sulla tempestività della sua dichiarazione di rescissione del contratto è sapere quando essa ha preso conoscenza dell'asserita reticenza dell'opponente.
5. I giudici del Tribunale d'appello hanno stabilito che ciò è avvenuto quando la ricorrente ha ricevuto la lettera inviatale il 25 novembre 1995 dall'opponente, nella quale veniva esplicitamente menzionata l'esistenza di relazioni contrattuali con altre compagnie assicurative.
Come già in sede cantonale, anche dinanzi al Tribunale federale la ricorrente nega di aver ricevuto questa missiva, peraltro avulsa dalla precedente corrispondenza intercorsa fra le parti.
5.1 Nella sentenza impugnata la Corte cantonale ha esaminato nel dettaglio gli argomenti sollevati dalla ricorrente a questo proposito.
In primo luogo ha rammentato il contesto in cui inserisce la lettera controversa. Il 23 novembre 1995 - verosimilmente in risposta a una domanda di versamento delle prestazioni pattuite - la ricorrente ha scritto all'opponente segnalandogli di essere venuta a conoscenza del fatto che nel marzo precedente egli era stato curato dal dottor G._ per dolori alla schiena. Rilevando che questa circostanza non risultava dal rapporto medico allestito dal dottor H._ per la stipulazione della polizza, essa ha comunicato l'intenzione - vista la reticenza commessa dall'opponente - di modificare l'assicurazione ed escludere il versamento della rendita in caso di incapacità di guadagno in seguito all'affezione della colonna vertebrale. L'opponente ha reagito con una lettera datata anch'essa 23 novembre 1995, nella quale ha spiegato ch'egli non si era rivolto al dottor G._ per dolori alla schiena, bensì per verificare il corretto utilizzo del sottopiede destro. Nella controversa missiva del 25 novembre 1995 egli ha poi precisato di essersi recato dal dottor G._ a seguito dell'operazione alla gamba destra eseguita dal dottor I._ e ha autorizzato la ricorrente a prendere visione dell'incarto allestito dal dottor I._.
In queste circostanze - ha osservato la Corte ticinese - la lettera non può dirsi avulsa dal contesto delle relazioni fra le parti. Inoltre, pur negando di aver mai preso conoscenza di questo documento, dagli atti risulta che la ricorrente ha effettivamente ricevuto un rapporto dal dottor I._, datato 12 dicembre 1995. Visto che nel carteggio processuale non vi è un'altra missiva che autorizzava l'assicurazione ad interpellare tale medico, i giudici del Tribunale d'appello ne hanno dedotto che la ricorrente ha ricevuto la lettera del 25 novembre 1995. Lei stessa lo ha d'altro canto ammesso in una lettera del 20 febbraio 2004. In risposta a uno scritto del patrocinatore dell'opponente, nel quale questi manifestava la propria sorpresa di fronte alla dichiarazione dell'assicurazione secondo la quale non aveva mai ricevuto la lettera del 25 novembre 1995, oggetto dell'invio raccomandato n. 284, la ricorrente ha infatti dichiarato "abbiamo potuto constatare che la lettera raccomandata n. 284 ci è effettivamente pervenuta. Tuttavia non la troviamo nei nostri incartamenti".
5.2 Nell'allegato sottoposto al vaglio del Tribunale federale la ricorrente ribadisce la tesi secondo la quale questa sua ammissione si riferiva in realtà alla lettera del 23 novembre 1995 e nega ancora una volta di aver ricevuto quella del 25 novembre 1995, priva di ogni rapporto con i precedenti scritti.
5.2.1 A suo modo di vedere la decisione impugnata poggia su di un "apprezzamento giuridico erroneo dei fatti", che il Tribunale federale può riesaminare liberamente, rispettivamente su di una "svista manifesta", che il Tribunale federale può rettificare d'ufficio.
Si tratta di una tesi manifestamente priva di ogni pertinenza. L'apprezzamento giuridico erroneo di un fatto altro non è che la sua qualifica giuridica (sussunzione; <ref-ruling> consid. 3 pag. 620) e una svista manifesta si verifica quando l'autorità cantonale, la cui decisione è impugnata, abbia ignorato, mal letto, ricopiato in modo inesatto o incompleto un documento prodotto agli atti come mezzo di prova (<ref-ruling> consid. 2a).
5.2.2 Anche il richiamo all'<ref-law> è inconferente.
Questa norma regola, per tutti i rapporti giuridici retti dal diritto civile federale, la ripartizione dell'onere probatorio e, pertanto, le conseguenze dell'assenza di ogni prova (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 323 con rinvio). In concreto, la ricorrente non contesta la decisione di porre a suo carico l'onere di dimostrare di aver rispettato il termine di rescissione di quattro settimane; essa rimprovera piuttosto ai giudici cantonali, genericamente, di aver omesso di pronunciarsi su tutta una serie di fatti pertinenti, debitamente assunti in corso d'istruttoria, che andrebbero ad avvalorare le sue tesi. Sennonché si tratta di una questione concernente l'apprezzamento delle prove, che contrariamente a quanto sembra ritenere la ricorrente, non è disciplinato dall'<ref-law>; questo disposto non prescrive al giudice quali prove assumere né come valutare le risultanze dell'istruttoria (<ref-ruling> consid. 2a pag. 522 con rinvii).
5.3 Alla luce di quanto esposto al consid. 5.1 è evidente che la decisione impugnata poggia sulla valutazione del materiale probatorio agli atti, censurabile alle condizioni esposte al consid. 3.2, che la ricorrente manifestamente non ossequia. Nell'allegato sottoposto al Tribunale federale essa adduce unicamente gli argomenti trattati al consid. 5.2; non invoca la violazione del divieto dell'arbitrio nell'apprezzamento delle prove (<ref-law>) né tantomeno si prevale di un accertamento dei fatti manifestamente inesatto (<ref-law>). Su questo punto il ricorso deve pertanto venir dichiarato inammissibile per carente motivazione.
A titolo abbondanziale si può comunque osservare che l'apprezzamento delle prove eseguito dai giudici cantonali resisterebbe in ogni caso alla censura di arbitrio, siccome del tutto sostenibile (sulla nozione di arbitrio nella valutazione delle prove cfr. <ref-ruling> consid. 2.1).
6. A prescindere dal litigio sulla ricezione della citata lettera, la ricorrente è dell'avviso che il suo contenuto non poteva far scattare il termine di quattro settimane di cui all'art. 6 vLCA, giacché in essa l'opponente menzionava sì altre compagnie assicurative, ma non faceva nessun riferimento all'inizio delle assicurazioni stipulate con queste, indi per cui la ricorrente non poteva sapere con la necessaria certezza che l'opponente aveva domandato proposte d'assicurazione a queste società d'assicurazione prima di quella stipulata con lei.
La censura è ammissibile. La questione di sapere in quali circostanze si ritiene che l'assicuratore abbia preso conoscenza della reticenza attiene infatti al diritto.
6.1 Secondo la giurisprudenza, richiamata anche nella pronunzia impugnata, il termine di quattro settimane inizia a decorrere dal momento in cui l'assicuratore è informato su tutti i punti che concernono la reticenza, ovvero dal momento in cui dispone di informazioni affidabili che gli permettono di acquisire la certezza che una reticenza è stata commessa; non bastano semplici sospetti (<ref-ruling> consid. 3a pag. 340). Il Tribunale federale ha comunque precisato che se l'assicuratore rifiuta scientemente di prendere conoscenza degli elementi costitutivi della reticenza, egli commette un abuso di diritto (<ref-law>) assimilabile alla conoscenza effettiva (DTF citato consid. 3c pag. 340; cfr. anche Roelli/Keller, Kommentar zum schweizerischen Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, vol. I, 2a ed., Berna 1968, pag. 139).
6.2 Ora, stando a quanto indicato nella sentenza cantonale, nella già citata lettera del 25 novembre 1995, sempre riferendosi all'infortunio alla gamba destra per il quale era stato operato dal dottor I._ (cfr. quanto esposto al consid. 5.1), l'opponente ha dichiarato: "Ho verificato presso l'Assicurazione J._ ed il caso è stato definitivamente chiuso. Faccio notare che, a seguito della stessa dichiarazione l'Assicurazione K._ del 18 settembre per lo stesso problema, né l'Assicurazione D._, né la Assicurazione C._, hanno preso posizione alcuna".
Considerato il tenore della missiva, nella quale l'opponente ha indicato l'esistenza di una relazione contrattuale con le altre due compagnie di assicurazione vita, e tenuto conto del fatto ch'essa è stata spedita solo tre mesi dopo l'emissione della polizza assicurativa della ricorrente, rispettivamente solo quattro mesi dopo la compilazione del formulario nel quale aveva negato di aver stipulato altri contratti di assicurazione per indennità giornaliere, i giudici ticinesi hanno ritenuto che, omettendo di reagire a questo scritto, la ricorrente si è scientemente rifiutata di prendere conoscenza della reticenza.
6.3 La loro conclusione può essere condivisa. La ricorrente non può seriamente pretendere che la lettera del 25 novembre 1995 contenes-se soltanto elementi per nutrire un "vago sospetto di reticenza".
Questo documento non contiene meri indizi a favore dell'avvenuta stipulazione di contratti con altre compagnie, bensì attesta esplicitamente l'esistenza di altri contratti d'assicurazione e indica chiaramente i nominativi delle compagnie assicurative coinvolte. Considerato il breve tempo trascorso tra la compilazione del questionario "supplemento di proposta" e la lettera, la ricorrente non può trarre alcun beneficio dall'assenza di date nello scritto dell'opponente. Anche se nella <ref-ruling> (consid. 3b pag. 340) il Tribunale federale ha dichiarato che la data dell'assicurazione è decisiva per la conoscenza di un'eventuale reticenza, la fattispecie esaminata in quella sentenza si distingue in maniera sostanziale da quella in rassegna, poiché in quel caso l'assicurazione era venuta a conoscenza della stipulazione di altri contratti d'assicurazione più di un anno dopo l'emissione della sua polizza, mentre in concreto era trascorso solo qualche mese. In queste circostanze si può ritenere, come i giudici cantonali, che omettendo di reagire alla lettera del 25 novembre 1995 e/o di verificare la data d'inizio delle assicurazioni in essa citate, la ricorrente ha "scientemente rifiutato di prendere conoscenza degli elementi costitutivi della reticenza" e non può ora richiamarsi all'assenza di data nella lettera del 25 novembre 1995 per giustificare la propria inattività.
6.4 Su questo punto il gravame deve pertanto essere respinto siccome infondato.
7. Tenuto conto di quanto appena esposto non è necessario stabilire se, come ritenuto dall'autorità cantonale e contestato nel gravame, la ricorrente avrebbe agito in modo analogo in altre due occasioni.
In conclusione il ricorso viene respinto nella misura in cui è ammissibile. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 17'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 19'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.