Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 20. Juli 2011 setzte die IV-Stelle des Kantons Zürich Rechtsanwalt H._ mit Wirkung ab 20. Dezember 2010 bis zum Erlass der materiellen Verwaltungsverfügung als unentgeltlichen Rechtsbeistand von Y._ im invalidenversicherungsrechtlichen Verwaltungsverfahren ein. Die Höhe der Entschädigung legte sie unter Berücksichtigung eines Aufwandes von 7 Stunden à Fr. 200.-, zuzüglich Barauslagen von Fr. 80.- und 8 % MWST, auf Fr. 1'598.40 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Februar 2012 gut und verpflichtete die IV-Stelle, H._ eine Entschädigung von Fr. 2'073.60 (inkl. Barauslagen und MWST) zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 1). Eine Prozessentschädigung vor kantonaler Instanz sprach sie ihm nicht zu (Dispositiv-Ziffer 3).
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt H._, der kantonale Entscheid sei in Dispositiv-Ziffer 3 aufzuheben. Die Vorinstanz sei zu verpflichten, ihm eine angemessene Prozessentschädigung zuzusprechen und für deren Bemessung vom gerichtsüblichen Stundenansatz von Fr. 200.- auszugehen; sie habe sie nach dem angemessenen Aufwand und ohne Berücksichtigung des Streitwertes festzulegen. Es sei ihm für das bundesgerichtliche Beschwerdeverfahren eine angemessene Prozessentschädigung zuzusprechen.
Die Vorinstanz verzichtet auf Vernehmlassung, die IV-Stelle schliesst sinngemäss auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Strittig und zu prüfen ist der Anspruch des Beschwerdeführers auf eine Parteientschädigung im vorinstanzlichen Verfahren. Gegenstand dieses Verfahrens war die Höhe der dem Beschwerdeführer in seiner Eigenschaft als unentgeltlicher Rechtsbeistand im Verwaltungsverfahren der Invalidenversicherung auszurichtenden Entschädigung.
2. Die Vorinstanz begründete die Verweigerung der Prozessentschädigung im kantonalen Verfahren damit, gemäss ihrer Praxis werde grundsätzlich dann keine Prozessentschädigung gesprochen, wenn jemand seine Interessen im Beschwerdeverfahren selber wahrnehme, unabhängig davon, ob es sich dabei um einen Anwalt oder um einen juristischen Laien handle (ZÜND/PFIFFNER RAUBER, Gesetz über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, 2. Auflage, Zürich 2009, S. 338 Rz. 5 mit Hinweisen). Die vom Beschwerdeführer zitierte Rechtsprechung des Bundesgerichts betreffe Fälle von Pflichtverteidigern in Strafverfahren. Zudem trage der Beschwerdeführer hier kein Prozessrisiko, weil das Verfahren kostenlos sei; auch könne der Aufwand zur Beschwerdebegründung in Grenzen gehalten werden, weil die Untersuchungsmaxime gelte. Bei einem Streitwert von Fr. 475.20 würde bei Obsiegen im Zivilprozess die Prozessentschädigung weit unter Fr. 100.- liegen. Es bestehe demnach kein Grund, von der bisherigen Praxis abzuweichen (vorinstanzliche E. 6.2).
3. Die Verweigerung einer Prozessentschädigung unter den vorliegend gegebenen Umständen verstösst gegen das Willkürverbot (<ref-law>). Wie sich der Beschwerdeführer mit Recht darauf beruft, hat zwar nach der Rechtsprechung eine in eigener Sache prozessierende Partei grundsätzlich keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-ruling> E. 7 S. 81 f.). Macht allerdings der um sein Honorar streitende unentgeltliche Rechtsvertreter den Anspruch auf eine Entschädigung für die Erfüllung einer Aufgabe geltend, die er im Rahmen eines öffentlich-rechtlichen Auftragsverhältnisses wahrnimmt, steht ihm sowohl im bundesgerichtlichen (<ref-ruling> E. 5.5 S. 519) als auch im kantonalen Beschwerdeverfahren, im Rahmen des erforderlichen Aufwandes und des Obsiegens, eine Parteientschädigung zu (Urteil 8C_676/2010 vom 11. Februar 2011 E. 6 [Plädoyer, 2011 5 55] mit Hinweisen auf weitere Urteile). Würde der Beschwerdeführer für seinen Aufwand im Rechtsmittelverfahren, das zur Erlangung der ihm von der Vorinstanz zugesprochenen Erhöhung des Honorars notwendig war, überhaupt nicht entschädigt, würde nämlich das ihm für die Tätigkeit als unentgeltlicher Rechtsanwalt unbestrittenermassen zustehende Honorar faktisch geschmälert (Urteil 5D_145/2007 vom 5. Februar 2008).
4. Die Rüge ist darum begründet und damit die Beschwerde gutzuheissen. Dispositiv-Ziffer 3 des angefochtenen Entscheids ist aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie wird dem vor ihr obsiegenden Beschwerdeführer eine angemessene Prozessentschädigung zusprechen. Für deren Bemessung wird sie vom gerichtsüblichen Stundenansatz ausgehen und sie nach dem angemessenen Aufwand (ohne Berücksichtigung eines Streitwertes) festlegen.
5. Es werden keine Gerichtskosten erhoben (<ref-law>). Hingegen hat der Beschwerdeführer, wie sich aus den vorstehenden Ausführungen ergibt, Anspruch auf eine Parteientschädigung für das bundesgerichtliche Verfahren (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Februar 2012 wird aufgehoben. Die Sache wird an das Sozialversicherungsgericht zurückgewiesen, damit es über den Anspruch auf Parteienschädigung im Sinne der Erwägungen neu entscheide.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'800.- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juli 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Schmutz