Sachverhalt:
A. X._ wird von der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich vorgeworfen, am Abend des 10. Mai 2007 an der Üetlibergstrasse vor der Poststelle Giesshübel in Zürich bei einer Streitigkeit im Zusammenhang mit Parkplätzen und den von den Beteiligten benutzten Fahrzeugen einen geladenen und schussbereiten Revolver gegen eine Person gerichtet und darauf gegen eine zweite Person einen Schuss abgegeben zu haben. Letztere erlitt eine subkutane Schussverletzung mit Ein- und Ausschusswunden am Hals links, unmittelbar unter dem Ohrläppchen. Sowohl das Ohrläppchen wie die Wange wurden verletzt.
Eine Beschwerde in Strafsachen des Angeschuldigten gegen die Abweisung seines Haftentlassungsgesuchs hat das Bundesgericht mit Urteil 1B_257/2007 vom 5. Dezember 2007 abgewiesen.
B. Gestützt auf die Schlusseinvernahme vom 20. November 2007 wurde Anklage wegen versuchter vorsätzlicher Tötung im Sinne von Art. 111 StGB i.V.m. Art. 22 Abs. 1 StGB, mehrfacher Gefährdung des Lebens (Art. 129 StGB) und Vergehens gegen das Waffengesetz im Sinne von Art. 33 Abs. 1 lit. a WG i.V.m. Art. 27 Abs. 1 WG sowie Art. 31 Abs. 1 und 2 WV erhoben. Das Verfahren ist vor dem Geschworenengericht hängig.
C. Mit Eingabe vom 28. Mai 2008 beantragte der Angeschuldigte dem Geschworenengericht seine Entlassung aus der Sicherheitshaft. Der Präsident des Geschworenengerichts des Kantons Zürich überwies das Haftentlassungsgesuch tags darauf der Präsidentin der Anklagekammer des kantonalen Obergerichts. Diese verfügte am 13. Juni 2008 die Abweisung des Gesuches.
D. X._ erhebt am 10. Juli 2008 wiederum Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung der Verfügung vom 13. Juni 2008 und seine Entlassung aus der Sicherheitshaft, respektive die Aufforderung an die zuständigen kantonalen Behörden, ihn sofort aus der Haft zu entlassen. Eventualiter sei eine Pass- und Schriftensperre als Ersatzmassnahme anzuordnen sowie ein Kontaktverbot auszusprechen, wonach eine Kontaktierung der Geschädigten bzw. der Zeugen durch den Angeschuldigten zu dessen sofortiger Wieder-Inhaftierung führen werde.
Die Staatsanwaltschaft IV und die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Eintretensvoraussetzungen gemäss Art. 78 ff. BGG sind grundsätzlich erfüllt.
1.2 In der Begründung der Beschwerde ist gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung besteht eine qualifizierte Rügepflicht; die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG ist weiterzuführen (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 88 mit Hinweisen). Demnach prüft das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2a S. 3 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 495, mit Hinweisen).
2. Soweit der Beschwerdeführer der Präsidentin der Anklagekammer in pauschaler Weise Willkür vorwirft, ohne darzulegen, welche kantonale Norm oder welches Grundrecht der angefochtene Entscheid inwiefern verletzt, vermögen seine Ausführungen den hiervor zitierten Begründungsanforderungen nicht zu genügen. Seine Vorbringen erschöpfen sich in appellatorischer Kritik an der rechtlichen Beurteilung und undifferenzierten Vorwürfen an die Adresse der Präsidentin der Anklagekammer und der Staatsanwaltschaft, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
3. Der Beschwerdeführer stellt das Vorliegen von Kollusions- und von Fluchtgefahr in Abrede.
3.1 Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2, Art. 31 BV) wegen der Ablehnung eines Haftentlassungsgesuches erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffes die Auslegung und Anwendung des entsprechenden kantonalen Rechtes frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Haftrichters willkürlich sind (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 24 mit Hinweisen).
3.2 Die Anordnung und Aufrechterhaltung der Sicherheitshaft ist im Kanton Zürich nur unter den in § 58 der Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321) genannten Voraussetzungen zulässig (§ 67 Abs. 2 StPO/ZH). Erforderlich ist danach neben dem hier unbestrittenen dringenden Tatverdacht, dass Flucht-, Wiederholungs- oder Kollusionsgefahr besteht. Letztere ist gegeben, wenn aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, dass der Angeschuldigte Spuren und Beweismittel beseitigen, Dritte zu falschen Aussagen zu verleiten suchen oder die Abklärung in anderer Weise gefährden werde (§ 58 Abs. 1 Ziff. 3 StPO/ZH).
3.3 Kollusion bedeutet insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die strafprozessuale Haft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit oder einen Urlaub dazu missbrauchen würde, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhaltes zu vereiteln oder zu gefährden. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes genügt indessen die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, nicht, um die Fortsetzung der Haft oder die Nichtgewährung von Urlauben unter diesem Titel zu rechtfertigen. Es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Verdunkelungsgefahr sprechen. Das Vorliegen des Haftgrundes ist nach Massgabe der Umstände des Einzelfalles zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 23 mit Hinweisen). Bei der Frage, ob im konkreten Fall eine massgebliche Beeinträchtigung der Strafuntersuchung wegen Verdunkelung droht, ist auch der Art und Bedeutung der von Beeinflussung bedrohten Aussagen bzw. Beweismittel, der Schwere der untersuchten Straftaten sowie dem Stand des Verfahrens Rechnung zu tragen (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 35; <ref-ruling> E. 4b S. 261, je mit Hinweisen).
3.4 Weitschweifige Ausführungen hierzu erübrigen sich. Dem Beschwerdeführer ist darin zuzustimmen, dass seit dem letzten Urteil des Bundesgerichts geraume Zeit vergangen ist und inzwischen Anklage erhoben wurde. Nach Abschluss der Untersuchung besteht meist keine Kollusionsgefahr mehr (vgl. Entscheid des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte vom 17. März 1997 i.S. M. c. Frankreich, Ziff. 40). Es ist indessen nicht ausgeschlossen, dass in gewissen Fällen eine solche Gefahr auch nach der Anklageerhebung weiterbesteht. Dies gilt namentlich dann, wenn vor Gericht neue Beweise oder wesentliche Beweise erneut erhoben werden sollen (BGE <ref-ruling> E. 4b S. 261). Auch Art. 5 Ziff. 3 EMRK steht einer Aufrechterhaltung der Haft nicht entgegen, wenn wegen besonders gelagerter Umstände die Kollusionsgefahr weiterdauert (Entscheid des Europäischen Gerichtshofs vom 26. Januar 1993 i.S. W. c. Schweiz, Série A, Nr. 254-A, Ziff. 36). Vor dem Geschworenengericht gilt das Unmittelbarkeitsprinzip. Einige der vor Geschworenengericht zu befragenden Zeugen sind gemäss Ausführungen der Staatsanwaltschaft in ihrer Vernehmlassung an die Anklagekammer vom 3. Juni 2008 Schützenkollegen des Angeschuldigten, die mit ihm freundschaftlich verbunden sind. Wenn der Beschwerdeführer geltend macht, die Staatsanwaltschaft habe sechs Monate Zeit gehabt, die Leumundszeugen einzuvernehmen, verkennt er, dass das zürcherische Prozessrecht die Möglichkeit der (allenfalls nochmaligen) mündlichen Zeugenanhörung ausdrücklich vorsieht. Will sich das Gericht selber unmittelbar einen Eindruck von den Zeugen machen, räumen ihm §§ 171 Abs. 2 und 179 StPO/ZH Gelegenheit dazu ein. Das Bundesgericht hat sich im Entscheid vom 5. Dezember 2007 (Urteil 1B_257/2007 E. 2.5) eingehend mit dieser Problematik befasst und dort schon Bezug auf die in der Hauptverhandlung noch zu machenden Zeugenaussagen genommen, weshalb hier von weiteren Erwägungen abgesehen werden kann. In dieser Hinsicht hat sich nichts Wesentliches geändert.
4. 4.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts braucht es für die Annahme von Fluchtgefahr eine gewisse Wahrscheinlichkeit, dass sich der Angeschuldigte, wenn er in Freiheit wäre, der Strafverfolgung und dem Vollzug der Strafe durch Flucht entziehen würde. Die Schwere der drohenden Strafe darf als ein Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden. Sie genügt jedoch für sich allein nicht, um den Haftgrund zu bejahen. Vielmehr müssen die konkreten Umstände des betreffenden Falles, insbesondere die gesamten Lebensverhältnisse des Angeschuldigten, in Betracht gezogen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 4a S. 70, je mit Hinweisen). So ist es zulässig, die familiären und sozialen Bindungen des Häftlings, dessen berufliche, finanzielle und gesundheitliche Situation sowie Kontakte ins Ausland und Ähnliches mitzuberücksichtigen. Auch bei einer befürchteten Ausreise in ein Land, das die angeschuldigte Person grundsätzlich an die Schweiz ausliefern bzw. stellvertretend verfolgen könnte, ist die Annahme von Fluchtgefahr nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 3d S. 36 f.).
4.2 Zwar war der besondere Haftgrund der Fluchtgefahr beim ersten Verfahren vor Bundesgericht nicht Gegenstand der rechtlichen Diskussion, dennoch hat sich das Bundesgericht in E. 2.6 des Urteils 1B_257/2007 dazu geäussert. Darauf kann verwiesen werden. Wiederum beruft sich der Beschwerdeführer darauf, dass er zum Tatort zurückgekehrt sei und sich widerstandslos habe festnehmen lassen. Dabei blendet er aus, dass sein erster Reflex die Flucht war und er erst im Rahmen einer Grossfahndung von der Polizei angehalten wurde. Ob dies freiwillig geschehen ist oder nicht, sei dahingestellt. Seine diesbezügliche Argumentation mutet jedenfalls wie eine Schutzbehauptung an. In Anbetracht der doch empfindlichen Strafe, die er im Falle einer Verurteilung zu gewärtigen hat, ist eine Flucht naheliegend. Die Präsidentin der Anklagekammer hat denn auch auf diese Überlegungen hingewiesen, aber gleichzeitig zu Recht festgehalten, dass die Bejahung der Kollusionsgefahr zur Aufrechterhaltung der Sicherheitshaft grundsätzlich genügt.
4.3 Auch was die Anordnung von Ersatzmassnahmen anbelangt, kann vollumfänglich auf das Urteil 1B_257/2007 E. 2.7 verwiesen werden. An dieser Einschätzung des Bundesgerichts hat sich nichts geändert. Selbst wenn der Beschwerdeführer anbietet, das Kontaktverbot sei mit der Androhung der Wieder-Inhaftierung zu verbinden, stellt sich eine Überprüfung als fast unmöglich dar. Eine Pass- und Schriftensperre vermögen zudem eine Flucht ins Ausland nicht wirksam zu verhindern. Gleiches gilt für eine Sicherheitsleistung.
5. Andererseits rügt der Beschwerdeführer die Aufrechterhaltung der Sicherheitshaft als unverhältnismässig. Zudem stelle die lange Verfahrensdauer einen groben Verstoss gegen das Beschleunigungsgebot dar.
5.1 Gemäss Art. 31 Abs. 3 BV und Art. 5 Ziff. 3 EMRK hat eine in strafprozessualer Haft gehaltene Person Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich beurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Sie liegt dann vor, wenn die Haftfrist die mutmassliche Dauer der zu erwartenden freiheitsentziehenden Sanktion übersteigt. Bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Haftdauer ist namentlich der Schwere der untersuchten Straftaten Rechnung zu tragen. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt. Im Weiteren kann eine Haft die zulässige Dauer auch dann überschreiten, wenn das Strafverfahren nicht genügend vorangetrieben wird, wobei sowohl das Verhalten der Justizbehörden als auch dasjenige des Inhaftierten in Betracht gezogen werden müssen. Nach der übereinstimmenden Rechtsprechung des Bundesgerichtes und des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte ist die Frage, ob eine Haftdauer als übermässig bezeichnet werden muss, aufgrund der konkreten Verhältnisse des einzelnen Falles zu beurteilen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 151, je mit Hinweisen). Für die Beurteilung der Verhältnismässigkeit der Haft spielt es jedoch grundsätzlich keine Rolle, dass für die in Aussicht stehende Freiheitsstrafe gegebenenfalls der bedingte oder teilbedingte Vollzug gewährt werden kann (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 281 mit Hinweisen). Der grossen zeitlichen Nähe der konkret zu erwartenden Freiheitsstrafe ist aber auch besondere Beachtung zu schenken, weil der Strafrichter dazu neigen könnte, die Dauer der nach Art. 51 StGB anrechenbaren Untersuchungshaft bei der Strafzumessung mitzuberücksichtigen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 170 mit Hinweisen).
5.2 Der Beschwerdeführer befindet sich seit Mai 2007 in Haft, somit seit fast 15 Monaten. Er stellt sich auf den Standpunkt, er werde vom Vorwurf der versuchten vorsätzlichen Tötung freigesprochen, weshalb die mutmassliche Haftdauer längst erreicht sei. Abgesehen davon, dass ein solcher Freispruch keineswegs mit der Sicherheit prognostiziert werden kann, wie sie der Beschwerdeführer an den Tag legt, stehen noch die Vorwürfe der mehrfachen Gefährdung des Lebens und des Verstosses gegen die Waffengesetzgebung im Raum. Art. 129 StGB sieht eine Freiheitsstrafe bis zu 5 Jahren oder eine Geldstrafe vor. Nicht ganz nachvollziehbar ist, woraus der Beschwerdeführer "logisch" schliesst, dass er für eine Verurteilung wegen mehrfacher Gefährdung des Lebens keine Freiheitsstrafe von mehr als 18 Monaten erhalten werde. Es ist jedenfalls nicht zu beanstanden, wenn die Präsidentin der Anklagekammer die bisherige Haftdauer als noch verhältnismässig erachtet hat. Damit ist entgegen der Meinung des Beschwerdeführers auch keine Vorverurteilung verbunden, ist doch bei der Beurteilung der Verhältnismässigkeit auf die Vorwürfe gegen den Angeschuldigten und die damit verbundenen Strafandrohungen abzustellen.
5.3 Unbehelflich ist in diesem Zusammenhang der Hinweis auf die Desinteresse-Erklärung des Haupt-Geschädigten: Ungeachtet der Desinteresse-Erklärung des Geschädigten haben bei Offizialdelikten die staatlichen Behörden abzuklären, ob in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht eine strafbare Handlung vorliegt (Urteil 6P.88/2006 des Bundesgerichts vom 1. Februar 2007 E. 5.4.3, publ. in Pra 2007 Nr. 95 S. 640). Bei den Delikten der versuchten vorsätzlichen Tötung und der Gefährdung des Lebens handelt es sich um Offizialdelikte, weshalb die Desinteresse-Erklärung keinen Einfluss auf den eigentlichen Verfahrensablauf hat.
Auch die Vorbringen in Bezug auf die finanzielle Situation des Beschwerdeführer ändern nichts an der Beurteilung der Verhältnismässigkeit, zumal ihn seine Arbeitgeberin bis anhin voll entlöhnt hat. Zwar hat sie ihn mit Schreiben vom 3. Juli 2008 wissen lassen, dass sie nun eine Kürzung der Bezüge um 40 % vornehmen werde, aber dies stellt mitnichten einen Grund für eine Entlassung aus der Sicherheitshaft dar, würde doch sonst jegliche Haftanordnung illusorisch.
5.4 Ebensowenig dringt der Beschwerdeführer mit der Rüge durch, der angefochtene Entscheid vermöge diesbezüglich den Anforderungen an die Begründungspflicht nicht zu genügen. Die Begründung soll verhindern, dass sich die Behörde von unsachlichen Motiven leiten lässt, und dem Betroffenen ermöglichen, die Verfügung gegebenenfalls sachgerecht anzufechten. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Dies bedeutet indessen nicht, dass sie sich ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277 mit Hinweisen). Diesen Vorgaben tut die angefochtene Verfügung Genüge.
5.5 Ein Verstoss gegen das Beschleunigungsgebot ist im Moment noch nicht ersichtlich. Dies ist nur der Fall, wenn die Verfahrensverzögerung besonders schwer wiegt und zudem die Strafverfolgungsbehörden, z.B. durch eine schleppende Ansetzung der Termine für die anstehenden Untersuchungshandlungen, erkennen lassen, dass sie nicht gewillt oder nicht in der Lage sind, das Verfahren nunmehr mit der für Haftfälle verfassungs- und konventionsrechtlich gebotenen Beschleunigung voranzutreiben und zum Abschluss zu bringen. Ob eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gegeben ist, kann in der Regel denn auch erst der Sachrichter unter der gebotenen Gesamtwürdigung beurteilen, der auch darüber zu befinden hat, in welcher Weise - z.B. durch eine Strafreduktion - eine allfällige Verletzung des Beschleunigungsgebotes wiedergutzumachen ist (BGE <ref-ruling> E. 2.2 S. 151 f.). Insbesondere ist den Untersuchungsbehörden in diesem Zusammenhang nicht vorzuwerfen, dass sie kein psychiatrisches Gutachten über den Angeschuldigten eingeholt haben. Es wird Aufgabe des Gerichtes sein, dies allenfalls anzuordnen.
5.6 Allerdings ist dem Beschwerdeführer darin zuzustimmen, dass die Behörden das Verfahren nun beförderlich voranzutreiben haben, nachdem am 15. April 2008 Anklage erhoben worden ist. Aus den Akten und dem angefochtenen Entscheid geht nicht hervor, wann die Hauptverhandlung angesetzt wird. Der Beschwerdeführer beruft sich auf eine telefonische Auskunft, wonach frühestens im Februar 2009 damit zu rechnen sei. Gründe für eine derartige Verzögerung sind jedoch nicht ersichtlich und wurden insbesondere von den kantonalen Behörden nicht dargelegt, weshalb letztere für eine Beschleunigung besorgt zu sein haben.
6. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Diesem Antrag kann entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Dr. Marcel Bühler wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV und der Präsidentin der Anklagekammer des Obergerichtes des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juli 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Aemisegger Scherrer