Sachverhalt:
A. X._ (1969) und Y._ (1970) heirateten im Jahr 1995. Sie haben die drei gemeinsamen Kinder R._ (1997), S._ (1998) und T._ (2001). Seit Mai 2008 leben die Ehegatten getrennt und führen seither in einer Vielzahl von Verfahren (Eheschutz-, Scheidungs-, Massnahme-, Vollstreckungs- Rechtsöffnungs-, und Strafverfahren) einen erbitterten Streit, der insbesondere auch die Kinder betrifft; zwischen diesen und dem Vater bestehen seit Herbst 2008 keine Kontakte mehr.
B. Im Oktober 2008 stellte die Ehefrau ein Eheschutzgesuch. Am 12. Februar 2009 fand eine Verhandlung statt, bei welcher die Parteien eine Teilvereinbarung schlossen. Am 21. September 2009 wurde eine Prozessstandschaft für die Kinder angeordnet. Am 5. November 2009 fand eine weitere Gerichtsverhandlung statt. In der Folge wurden den Parteien mehrere Fristen zur Formulierung von Gutachterfragen gesetzt. Am 4. Mai 2010 leitete der Ehemann das Scheidungsverfahren ein. Anlässlich der Eheschutzverhandlung vom 15. Juni 2010 schlossen die Parteien eine Teilvereinbarung. Den Entscheid vom 30. Juli 2010 über die restlichen Punkte zog der Ehemann an das Obergericht weiter, welches am 11. Januar 2011 entschied. Die hiergegen vom Ehemann eingereichte Beschwerde wies das Bundesgericht am 9. Juni 2011 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 5A_122/2011).
An der Verhandlung vom 5. November 2009 bzw. in der Teilvereinbarung vom 15. Juni 2010 waren die Parteien übereingekommen, die Kinder unter die Obhut der Mutter zu stellen und mit Bezug auf die Frage des Besuchsrechts ein Familiengutachten einzuholen, wobei die Auswahl der Gutachterin nach den Wünschen des Ehemannes erfolgte. Das Gutachten wurde am 10. September 2010 erstattet und die Zusatzfragen der Parteien wurden am 30. September 2010 beantwortet. Die Gutachterin kam zum Schluss, dass die Kontaktverweigerung der beiden älteren Kinder auf eigenen Wahrnehmungen und realen Erfahrungen beruhe und die Kriterien für eine reaktive Entfremdung weitgehend erfüllt seien. Beim jüngsten Geschwister seien die Gründe vielschichtiger; hier spielten auch ein schwerer Loyalitätskonflikt, eine Kränkung infolge der väterlichen Sistierung des Besuchsrechts sowie Konditionierungsprozesse eine Rolle. Vom Kontaktabbruch seien keine Folgen im Sinn einer Verhaltensauffälligkeit oder psychischen Störung zu erwarten; vielmehr sei von einem Schaden auszugehen, wenn die Besuche zwangsvollstreckt würden, zumal dies ohne Gewaltanwendung kaum zu bewerkstelligen sei.
Am 25. Oktober 2010 setzte der Scheidungsrichter den für 28. Oktober 2010 vorgesehenen Verhandlungstermin ab mit der Begründung, wesentliche finanzielle Fragen mit direkter Auswirkung für die Scheidung seien vor Obergericht hängig. Den Parteien wurde in Aussicht gestellt, nach rechtskräftiger Unterhaltsregelung so rasch wie möglich einen Termin zu vereinbaren. Als Reaktion reichte der Ehemann am 2. November 2010 ein Gesuch um vorsorgliche Massnahmen gemäss Art. 137 aZGB ein und beantragte ein Besuchsrecht an jedem zweiten Wochenende sowie ein Ferienrecht. Die Ehefrau und der Beistand der Kinder beantragten am 5. Januar 2011 die Abweisung des Gesuchs. In der Folge suchte das Scheidungsgericht nach einem möglichen Verhandlungstermin, wobei der 17. Mai 2011 unter einer Vielzahl von vorgeschlagenen Terminen der erste war, der allen Parteien passte. Am 9. Februar 2011 verlangte der Ehemann, dass schon vor dem 17. Mai 2011 schriftlich über die Kinderbelange entschieden werde. Mit Verfügung vom 28. Februar 2011 hielt der Scheidungsrichter am Termin vom 17. Mai 2011 fest, unter Hinweis auf die Notwendigkeit der persönlichen Anhörung gemäss Art. 144 Abs. 1 aZGB beim Entscheid über Kinderbelange.
Am 9. März 2011 reichte der Ehemann beim Obergericht des Kantons Bern eine Beschwerde ein mit dem Antrag, der Scheidungsrichter sei anzuweisen, unverzüglich schriftlich über die im Massnahmeverfahren gestellten Begehren betreffend die Kinderbelange zu entscheiden; er berief sich auf Art. 319 lit. c und lit. b Ziff. 2 ZPO/CH (Rechtsverzögerung bzw. nicht leicht wieder gutzumachender Nachteil). Weil das Verfahren noch unter altem Recht eingeleitet worden war, nahm das Obergericht die Eingabe als Beschwerde nach <ref-law>/BE entgegen. Am 23. März 2011 erstattete der Scheidungsrichter den Bericht im Sinn von <ref-law>/BE. Gleichzeitig liess er die Parteien vorgängig zur Verhandlung vom 17. Mai 2011 zu getrennter Anhörung gemäss <ref-law> vorladen; der Termin für den Ehemann wurde auf den 29. April 2011 und derjenige für die Ehefrau auf den 4. Mai 2011 angesetzt. Am 11. April 2011 leitete der Ehemann ein an den Scheidungsrichter gerichtetes Schreiben, worin er sich gegen die Weiterführung der Kinderbeistandschaft im Scheidungsverfahren wehrt, an das Obergericht weiter und erklärte, dies sei als Beschwerde gegen die allfällige Einsetzung eines Kinderanwaltes zu verstehen. Mit Entscheid vom 21. April 2011 wies das Obergericht die Beschwerde vom 9. März 2011 ab und trat auf das Schreiben vom 11. April 2011 nicht ein.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 26. Mai 2011 eine Beschwerde eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung, um Beurteilung im Sinn einer grundsätzlichen Frage, für welche Verfahren der Prozessbeistand legitimiert sei, und um Rückweisung der Sache an das Obergericht, eventuell um Anweisung des Scheidungsgerichts, unverzüglich zu entscheiden. Ferner verlangt er die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 11. Mai 2011 wurde er darauf aufmerksam gemacht, dass zur Bedürftigkeit keine Angaben gemacht worden seien. Mit Schreiben vom 20. Juni 2011 reichte der Beschwerdeführer ein Armutszeugnis sowie weitere Unterlagen ein. Gleichzeitig hatte er vorschussmässig Fr. 1'500.-- geleistet und bat um Übertragung der restanzlichen Fr. 500.-- aus dem Verfahren 5A_122/2011. Mit Schreiben vom 27. Juni bzw. 6. Juli 2011 verzichteten das Obergericht und der Scheidungsrichter auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Es stellt sich die Frage, ob eine (jederzeit mögliche) Rechtsverzögerungsbeschwerde im Sinn von <ref-law> oder eine gegen einen konkreten Rechtsakt gerichtete (fristgebundene) Beschwerde vorliegt: Erstere kann nur erhoben werden, wenn es eine Behörde ausdrücklich ablehnt, eine Entscheidung zu treffen, obwohl sie dazu verpflichtet ist (formelle Rechtsverweigerung; <ref-ruling> E. 4 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9), oder wenn sich die zuständige Behörde zwar bereit zeigt, einen Entscheid zu treffen, diesen aber nicht binnen der Frist fällt, welche nach der Natur der Sache und nach der Gesamtheit der übrigen Umstände als angemessen erscheint (Rechtsverzögerung; <ref-ruling> E. 2a S. 191). Wurde hingegen ein Entscheid getroffen, der aber ein offensichtliches Fehlurteil ist, so liegt eine materielle Rechtsverweigerung vor (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 579), gegen die nicht eine Rechtsverzögerungs- bzw. Rechtsverweigerungsbeschwerde gemäss <ref-law> ergriffen werden kann; vielmehr ist hier innerhalb der anwendbaren Rechtsmittelfrist der getroffene Entscheid anzufechten (Botschaft zum BGG, BBl 2001 S. 4334 Ziff. 4.1.4.1; Urteile 1C_433/2008 vom 16. März 2009 E. 1.4; 1B_108/2009 vom 24. August 2009 E. 1.4).
Das allgemeine Vorbringen des Beschwerdeführers, das Verfahren ziehe sich nunmehr über Jahre hin, ohne dass er seine Kinder habe sehen können, und das spezifische Anliegen, es seien frühere Termine zu suchen bzw. ein Vorabentscheid zu fällen, lassen auf eine allgemeine Rechtsverzögerungsbeschwerde schliessen. Auslöser des Beschwerdeverfahrens war aber die Verfügung vom 28. Februar 2011, mit welcher die Terminansetzung vom 17. Mai 2011 bestätigt und welche vom Beschwerdeführer am 9. März 2011 beim Obergericht angefochten und dessen abweisender Entscheid an das Bundesgericht weitergezogen wurde; vor diesem Hintergrund ist fraglich, ob es tatsächlich um eine Rechtsverzögerung im Sinn von <ref-law> gehen kann. Letztlich ist dies aber insofern belanglos, als das Obergericht auf die kantonale Beschwerde eingetreten und dessen Entscheid innerhalb der 30-tägigen Beschwerdefrist gemäss <ref-law> angefochten worden ist. Sodann sind auch die übrigen Beschwerdevoraussetzungen erfüllt: Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer nicht vermögensrechtlichen Zivilsache (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 2 und Art. 90 BGG).
2. Das Obergericht hat befunden, angesichts des (in Lit. B zusammenfassend dargestellten) Verfahrensablaufes sei die Angelegenheit seitens des erstinstanzlichen Gerichtes und der Gutachterin beförderlich behandelt worden; es seien keine längeren Perioden der Untätigkeit festzustellen. Die kurzfristige Absetzung der auf den 28. Oktober 2010 angesetzten Verhandlung beruhe auf sachlichen Überlegungen, die im Ermessen der Verfahrensleitung stünden. Eine Verhandlung vor dem 17. Mai 2011 sei nicht möglich gewesen; es seien neun frühere Termine vorgeschlagen worden, von denen keiner allen beteiligten Parteien möglich gewesen sei. Im Übrigen strebe der Ehemann mit seinem Gesuch über vorsorgliche Massnahmen an, dass das Gericht im schriftlichen Verfahren ohne die gesetzlich vorgesehene Anhörung der Eltern einen Entscheid über das Besuchsrecht fälle, welcher den Schlussfolgerungen der Gutachterin diametral widersprechen und das rechtliche Gehör der Ehefrau verletzen würde. Im Übrigen dürfte der Richter nur bei triftigen Gründen von der (vorgängig auch vom Ehemann als Entscheidungsgrundlage anerkannten) Expertise abweichen; ohne aktuelle Anhörung der Parteien könnte ein vorgezogener schriftlicher Entscheid über das Besuchsrecht deshalb nur zu Ungunsten des Vaters ausfallen.
3. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, sofern sie sich nicht zum eigentlichen Verfahrensgegenstand äussert. Dies betrifft sämtliche Beanstandungen im Zusammenhang mit diversen früheren Verfügungen und Entscheiden (inkl. derjenigen der Vormundschaftsbehörde), mit welchen angeblich verschiedene verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (nicht gewährtes rechtliches Gehör, fehlende Entscheidbegründung, Willkür, ungerechte Behandlung, falsche Sachverhaltsfeststellungen, etc.); diese Vorbringen wären jeweils mit fristgerechten Rechtsmitteln gegen die betreffenden Akte vorzubringen gewesen. Nicht zu hören ist sodann die allgemeine Kritik am Verhalten der Mutter sowie am Ablauf verschiedener Verfahrensschritte. Ebenfalls nicht einzutreten ist auf die inhaltliche Kritik am Gutachten (namentlich wird der Gutachterin fehlende fachliche Qualifikation und Oberflächlichkeit vorgeworfen) sowie auf die materiellen Ausführungen zum Besuchsrecht (entgegen den falschen Aussagen im Gutachten bestehe keine Gefährdung der Kinder, vielmehr drohten diesen ohne Kontakt zum Vater lebenslängliche Störungen). Schliesslich können die zeitlich nach dem angefochtenen Entscheid liegenden Ereignisse nicht zum Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens gemacht werden (vgl. Art. 99 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG); dies betrifft insbesondere die Verhandlung vom 17. Mai 2011, zu welcher sich der Beschwerdeführer inhaltlich ausführlich äussert.
Was den Gegenstand des vorliegenden Verfahrens - die angebliche Rechtsverzögerung im erstinstanzlichen Verfahren - anbelangt, so setzt sich der Beschwerdeführer mit der in E. 2 zusammenfassend wiedergegebenen Begründung des Obergerichts nicht auseinander. Er beschränkt sich auf das Vorbringen, er habe seine Kinder seit nunmehr 33 Monaten nicht gesehen, was nicht angehen könne. Tatsächlich zieht sich das Verfahren hin. Abgesehen von der Erstellung des Gutachtens, was zwangsläufig eine gewisse Zeit in Anspruch nahm, ist die lange Verfahrensdauer aber nicht zuletzt darauf zurückzuführen, dass der Beschwerdeführer diverse Eingaben und Beschwerden machte (auch vorstehend nicht erwähnte), welche das erstinstanzliche Verfahren blockierten. Die obergerichtliche Erkenntnis, dass keine längeren Perioden gerichtlicher Untätigkeit auszumachen sind, trifft zu, und der Beschwerdeführer vermag nichts anderes darzulegen.
4. Soweit der Beschwerdeführer eine Gehörsverweigerung geltend macht, indem das Obergericht die Frage nicht geprüft bzw. einen diesbezüglichen Entscheid verweigert habe, ob der Prozessbeistand der Kinder legitimiert sei, im Scheidungsverfahren aufzutreten, ist auf die obergerichtliche Begründung hinzuweisen, wonach ein an den Scheidungsrichter gerichtetes und in Kopie an das Obergericht gesandtes Schreiben nicht als Beschwerde entgegengenommen werden könne. Mit dieser (zutreffenden) Begründung setzt sich der Beschwerdeführer nicht im Ansatz auseinander und zeigt mithin nicht auf, inwiefern damit verfassungsmässige Rechte verletzt worden wären; folglich ist darauf nicht einzutreten (<ref-law>). Entsprechend gehört die Eignung der Person des Kinderbeistandes, welche der Beschwerdeführer bei seinen weiteren Ausführungen in Frage stellt, nicht zum Verfahrensgegenstand, weshalb auf die betreffende Kritik nicht einzutreten ist.
5. Aufgrund des Gesagten ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss die Beschwerde als von Anfang an aussichtslos gelten, weshalb es bereits an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (<ref-law>) und betreffende Gesuch ohne zusätzliche Prüfung der formellen Voraussetzungen (Prozessarmut) abzuweisen ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. August 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli