Erwägungen:
1. Der zuständige Staatsanwalt der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland erliess am 9. August 2011 im Strafverfahren gegen Y._ die Mitteilung, dass er gedenke, das Verfahren einzustellen und setzte den Parteien gleichzeitig Frist für weitere Beweisanträge. Gegen diese Verfügung erhob X._ am 15. August 2011 Beschwerde und verlangte die Bestrafung des Beschuldigten; ausserdem stellte er ein Ausstandsgesuch gegen die Staatsanwälte A._ und B._.
Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern trat mit Beschluss vom 19. September 2011 auf die Beschwerde nicht ein und wies das Ausstandsgesuch ab. Zur Begründung führte sie zusammenfassend aus, dass die Mitteilung der Staatsanwaltschaft über den bevorstehenden Abschluss der Untersuchung gemäss <ref-law> nicht anfechtbar sei. Gegen die Einstellung eines Verfahrens könne erst Beschwerde geführt werden, wenn eine anfechtbare Einstellungsverfügung vorliege. Ein Ausstandsgrund im Sinne von <ref-law> sei nicht ersichtlich. Die blosse Ablehnung von Anträgen durch einen Staatsanwalt lasse nicht auf Befangenheit schliessen. Nur besonders krasse oder ungewöhnlich häufige Versäumnisse oder Mängel, die einer schweren Amtspflichtverletzung gleichkommen und sich einseitig zu Lasten einer Prozesspartei auswirken können, liessen auf Voreingenommenheit schliessen. Solches sei vorliegend indessen nicht auszumachen.
2. X._ führt mit Eingabe vom 29. September 2011 (Postaufgabe 30. September 2011) Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern. Da der angefochtene Beschluss der Beschwerde nicht beilag, forderte das Bundesgericht den Beschwerdeführer mit Verfügung vom 6. Oktober 2011 auf, den fehlenden vorinstanzlichen Entscheid einzureichen, ansonsten die Rechtsschrift unbeachtet bleibe (<ref-law>). Der Beschwerdeführer kam dieser Aufforderung innert Frist nach. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer nennt keinen zulässigen Beschwerdegrund. Er legt mit seinen Ausführungen nicht im Einzelnen dar, inwiefern die Beschwerdekammer in rechts- bzw. verfassungswidriger Weise auf seine Beschwerde nicht eingetreten sein sollte. Gleich verhält es sich hinsichtlich des abgewiesenen Ausstandsgesuch. Auch insoweit fehlt eine rechtsgenügliche Auseinandersetzung mit den Entscheidgründen des angefochtenen Beschlusses. Aus der Beschwerde ergibt sich beispielsweise nicht, welche konkreten Versäumnisse und Mängel, die auf eine Voreingenommenheit bzw. Befangenheit schliessen liessen, den abgelehnten Staatsanwälten überhaupt vorzuwerfen wären. Soweit der Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren sinngemäss auch die Befangenheit des Obergerichts bzw. von Oberrichter C._ geltend machen will, ergibt sich aus der Beschwerde ebenfalls nicht, welche konkreten Amtspflichtverletzungen insoweit vorliegen sollten. Mangels einer genügenden Begründung ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland sowie der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli