Faits:
A. Par jugement du 11 juin 2012, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a acquitté B.X._ des infractions de représentation de la violence, de pornographie et de violation du devoir d'assistance ou d'éducation, a débouté A.X._ de ses conclusions en dépens pénaux et l'a renvoyée pour le surplus à faire valoir ses prétentions ou celles de son fils mineur devant le juge civil.
B. Par jugement du 7 septembre 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a déclaré irrecevable l'appel formé par A.X._. En bref, il en ressort les éléments suivants.
Il était reproché à B.X._ d'une part d'avoir durant quelques secondes exposé son fils à un film d'une chaîne télévisée pour adultes, d'autre part d'avoir téléchargé et stocké sur des disques durs des images de pornographie dure. La cour cantonale a considéré que les infractions liées au bref visionnement du film (art. 197 ch. 1 et 219 CP) étaient de toute façon prescrites et que par ailleurs, A.X._ ne revêtait pas la qualité de partie plaignante pour ce qui concernait les images téléchargées et stockées, faute d'être lésée.
C. A.X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant, sous suite de dépens, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 247). Indépendamment des conditions posées par cette disposition, la partie recourante est aussi habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.9 p. 40 et les références citées). En l'occurrence, la recourante se plaint de ce que l'autorité précédente lui a dénié la qualité pour former appel. Autrement dit, elle se plaint d'avoir été privée indûment d'une voie de droit, ce qui équivaut à une violation de ses droits de partie. En ce sens, elle a qualité pour former un recours en matière pénale au Tribunal fédéral.
2. La recourante consacre plusieurs pages de son mémoire de recours à une présentation personnelle des faits en référence à des pièces du dossier. Elle ne formule de la sorte aucun grief recevable au regard des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
3. La recourante fait grief à la cour cantonale de lui avoir dénié la qualité de partie plaignante.
3.1 La problématique de la qualité de partie plaignante ne concerne pas les infractions liées au bref visionnement du film (art. 197 ch. 1 et 219 CP) pour lesquelles la cour cantonale a retenu qu'elles étaient de toute façon prescrites. La recourante ne formule aucun grief recevable au regard de l'art. 42 al. 2 LTF pour contester l'approche cantonale quant à la prescription de l'action pénale. Il n'y a pas lieu d'y revenir. La qualité de partie plaignante sera dès lors examinée au seul regard des téléchargements opérés par l'intimé susceptibles de tomber sous le coup des art. 135 et 197 ch. 3bis CP selon le chiffre 1 de l'acte d'accusation.
3.2 Se référant à l'arrêt 1B_634/2011 du 13 janvier 2012 consid. 3.3, la recourante relève que la qualité de partie lui a été reconnue lors de la phase de l'instruction, qui était encore régie par l'ancien droit cantonal de procédure, et en déduit que sa qualité de partie ne pouvait plus lui être déniée au stade de l'appel.
Il ressort de l'arrêt invoqué que selon la disposition transitoire de l'art. 448 CPP, les procédures pendantes au moment de l'entrée en vigueur du CPP se poursuivent normalement selon le nouveau droit (al. 1). Toutefois, les actes de procédure ordonnés ou accomplis avant l'entrée en vigueur du CPP conservent leur validité (al. 2). Il doit en aller de même de la constitution de partie à la procédure, qui peut être assimilée à un acte de procédure dont les effets sont destinés à durer. Si l'autorité désirait mettre en doute la qualité de partie de la recourante, sur le vu du retrait de plainte et du changement de réglementation intervenu entretemps, il lui appartenait à tout le moins de l'interpeller préalablement à ce sujet et de lui laisser l'occasion de faire sa déclaration, comme l'exige l'art. 118 al. 4 CPP à l'égard du ministère public. Compte tenu de l'attitude procédurale de la recourante, sa volonté de participer à la procédure ne faisait aucun doute (consid. 3.3).
Cet arrêt n'a pas la portée que la recourante lui prête. Il a trait à la déclaration requise de la partie plaignante de vouloir participer à la procédure pénale et à la nécessité d'attirer son attention en cas d'absence de déclaration (cf. art. 118 al. 3 et 4 CPP). En revanche, on ne saurait en déduire que la qualité pour former appel puisse dépendre des anciennes règles de procédure cantonale. L'appel est régi exclusivement par le CPP.
Cet arrêt n'a pas la portée que la recourante lui prête. Il a trait à la déclaration requise de la partie plaignante de vouloir participer à la procédure pénale et à la nécessité d'attirer son attention en cas d'absence de déclaration (cf. art. 118 al. 3 et 4 CPP). En revanche, on ne saurait en déduire que la qualité pour former appel puisse dépendre des anciennes règles de procédure cantonale. L'appel est régi exclusivement par le CPP.
3.3 3.3.1 Les jugements des tribunaux de première instance qui ont clos tout ou partie de la procédure sont susceptibles de faire l'objet d'un appel en vertu de l'art. 398 al. 1 CPP. La qualité pour former appel est définie à l'art. 382 al. 1 CPP, disposition générique en matière de qualité pour recourir. Selon cette disposition, toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci.
La notion de partie visée à l'art. 382 CPP doit être comprise au sens des art. 104 et 105 CPP. L'art. 104 al. 1 let. b CPP reconnaît notamment cette qualité à la partie plaignante soit, selon l'art. 118 al. 1 CPP, au lésé qui déclare expressément vouloir participer à la procédure pénale comme demandeur au pénal ou au civil.
3.3.2 L'art. 115 al. 1 CPP définit la notion de lésé. Selon cette disposition, "on entend par lésé toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction". En règle générale seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 98 s. et les arrêts cités).
En l'espèce, les infractions en cause (art. 135 et 197 CP) constituent des délits de mise en danger abstraite (cf. <ref-ruling> consid. 3c/aa p. 112; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 263). De telles infractions ne fondent en général pas la qualité de lésé, faute de pouvoir être la cause directe d'une atteinte (cf. arrêt 6B_198/2009 du 26 mai 2009 consid. 2.3.3). La cour cantonale a retenu que la recourante n'alléguait pas ni ne démontrait une atteinte psychique ni des troubles psychologiques en relation directe avec les actes de téléchargement et de stockage des fichiers illicites (cf. jugement p. 13). La recourante ne formule aucun grief recevable au regard de l'art. 106 al. 2 LTF tiré d'un établissement arbitraire des faits à cet égard. Dans la mesure où elle se distancie de manière appellatoire des faits retenus, son argumentation est irrecevable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Comme l'a relevé la cour cantonale, que la recourante ait affirmé avoir été choquée en apprenant les téléchargements incriminés ne constitue qu'une atteinte indirecte liée à la déception provoquée par le comportement de l'intimé et non une atteinte directe au regard des dispositions pénales en cause. La recourante n'est pas lésée au sens de l'art. 115 al. 1 CPP à titre personnel ou comme représentante légale de l'enfant et ne dispose donc pas de la qualité de partie plaignante. La solution du jugement attaqué, qui lui a dénié la qualité pour former appel, échappe à la critique. C'est également en vain que la recourante laisse entendre qu'elle devait pouvoir mettre en cause dans le cadre de l'appel le refus de l'autorité de première instance de lui accorder des dépens, pour lesquels les conditions d'octroi ne sont manifestement pas remplies (cf. art. 433 CPP).
Au vu de ce qui précède, les autres griefs de la recourante (appréciation arbitraire des faits et violation du droit d'être entendue) relatifs au moment du dépôt de la plainte et de la qualité de plaignante selon l'ancien droit cantonal de procédure sont sans objet.
4. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF)

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 25 février 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet