Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1969 geborene A._ hatte sich 1993 erstmals zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung angemeldet, nachdem er sich am 23. September 1992 bei einem Arbeitsunfall an zwei Fingern der linken Hand schwer verletzt hatte. Die IV-Kommission des Kantons St. Gallen sprach ihm mit Verfügung vom 27. Mai 1994 ab 1. November 1993 eine halbe Invalidenrente zu. Im Rahmen eines Revisionsverfahrens verfügte die IV-Stelle am 30. Januar 1998 die Aufhebung der Invalidenrente auf Ende des der Zustellung der Verfügung folgenden Monats. Einen dagegen gerichteten Rekurs wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 30. Mai 2000 ab.
A.b. Im Mai 2002 meldete sich A._ erneut zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Nachdem die IV-Stelle zunächst mit Verfügung vom 20. Januar 2003 eine Invalidenrente verweigert hatte, widerrief sie diese am 14. März 2003 und veranlasste weitere Abklärungen, namentlich eine psychiatrische Begutachtung in der Klinik B._ vom 28. Juli 2004 sowie eine handchirurgische und psychiatrische Begutachtung in der Klinik C._ vom 27. Februar 2006. Mit Verfügung vom 2. Mai 2006, bestätigt durch den Einspracheentscheid vom 9. Oktober 2006, verneinte die IV-Stelle erneut einen Rentenanspruch. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 16. Mai 2007 teilweise gut, sprach A._ basierend auf einem Invaliditätsgrad von 44 % eine Viertelsrente zu und wies die Sache zur Festsetzung von Rentenbeginn und Rentenhöhe an die IV-Stelle zurück. Das Bundesgericht hob diesen Entscheid mit Urteil vom 28. Februar 2008 (8C_394/2007) auf und wies die Sache zur weiteren psychiatrischen Abklärung an die IV-Stelle zurück.
Nach Einholung eines Gutachtens des Dr. med. D._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 26. Juni 2008, wies die IV-Stelle das Rentenbegehren mit Verfügung vom 11. Dezember 2008 wiederum ab. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hob die Verfügung in teilweiser Gutheissung der dagegen gerichteten Beschwerde mit Entscheid vom 24. Februar 2011 auf und wies die Sache zur weiteren psychiatrischen Abklärung an die IV-Stelle zurück. Gestützt auf das daraufhin eingeholte Gutachten der Klinik E._ vom 9. August 2011 sowie den Bericht des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 22. August 2012 verfügte die IV-Stelle am 5. März 2013 nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 0 % die Rentenabweisung.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher A._ die Ausrichtung einer Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von mindestens 70 % beantragen liess, hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 27. Februar 2015 dahingehend gut, dass es dem Versicherten ab 1. Juni 2005 eine Viertelsrente und ab 1. November 2011 eine ganze Invalidenrente zusprach und die Angelegenheit zur Rentenberechnung und entsprechenden Verfügung an die IV-Stelle zurückwies.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle die Aufhebung des kantonalen Entscheids und die Bestätigung ihrer Verfügung vom 5. März 2013. Zudem ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen und um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen.
D.
Mit Verfügung vom 20. Mai 2015 hat der Instruktionsrichter der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
E.
Mit Verfügung vom 2. Juli 2015 gab das Bundesgericht den Parteien Gelegenheit, aufgrund des Grundsatzurteils <ref-ruling> vom 3. Juni 2015 im Bereich der invalidenversicherungsrechtlichen Rechtsprechung zu den anhaltenden somatoformen Schmerzstörungen und vergleichbaren psychosomatischen Leiden in der vorliegenden Streitsache allfällige Ergänzungen anzubringen. Die IV-Stelle hielt mit Eingabe vom 10. August 2015 an ihrer Beschwerde fest, während A._ mit Eingaben vom 17. und 28. August 2015 erneut auf Abweisung der Beschwerde schliessen liess.

Erwägungen:
1.
Der vorinstanzliche Entscheid spricht dem Beschwerdegegner eine abgestufte Rente zu und weist im Übrigen die Sache an die Beschwerdeführerin zur Berechnung der Rentenbeträge zurück. Dabei handelt es sich, formell, um einen Rückweisungsentscheid, der nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar ist. Da indessen die Rückweisung lediglich noch der Umsetzung des von der Vorinstanz Angeordneten dient, wobei der Verwaltung kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt, liegt in Wirklichkeit ein Endentscheid nach <ref-law> vor (Urteile 9C_366/2015 vom 22. September 2015 E. 1.1, 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1, in: SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131).
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280; vgl. auch <ref-ruling> E. 1 S. 236; <ref-ruling> E. 1.1 S. 137 f.).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2.3. Bei den gerichtlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit bzw. deren Veränderung in einem bestimmten Zeitraum handelt es sich grundsätzlich um eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Ebenso stellt die konkrete Beweiswürdigung eine Tatfrage dar. Dagegen sind die unvollständige Feststellung rechtserheblicher Tatsachen sowie die Missachtung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG) und der Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten Rechtsfragen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232).
3.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie dem Beschwerdegegner ab 1. Juni 2005 eine Viertelsrente und ab 1. November 2011 eine ganze Invalidenrente zugesprochen hat. Nicht mehr bestritten ist, dass sich ein allfälliger Leistungsanspruch einzig aus einer die Arbeitsfähigkeit einschränkenden psychischen Problematik ergeben kann.
Im angefochtenen Entscheid sowie in den in dieser Sache bereits ergangenen Entscheiden des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 16. Mai 2007 und 24. Februar 2011 sind die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf eine Invalidenrente, zur Aufgabe von Arzt und Ärztin bei der Invaliditätsbemessung sowie zur Beweiswürdigung, namentlich bezüglich ärztlicher Berichte und Gutachten, zutreffend dargelegt worden. Hervorzuheben ist, dass die Beurteilung sozialversicherungsrechtlicher Leistungsansprüche verlässlicher medizinischer Entscheidungsgrundlagen bedarf. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232 mit Hinweis). Im Verwaltungs- und im kantonalen Beschwerdeverfahren gilt der Untersuchungsgrundsatz (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG).
4.
4.1. Das kantonale Gericht gelangte zum Ergebnis, der Beschwerdegegner sei aufgrund einer andauernden Persönlichkeitsänderung und einem anamnestisch dysphorisch-depressiven Syndrom seit 9. August 2011 (Datum Begutachtung Klinik E._) zu 100 % arbeitsunfähig; eine Arbeitsunfähigkeit von 30 % sei seit 24. Juni 2004 rechtsgenüglich ausgewiesen. Die Vorinstanz stützte sich dabei auf das versicherungspsychiatrische Obergutachten der Klinik E._ vom 9. August 2011 und für die rückwirkende Beurteilung der Arbeitsunfähigkeit zusätzlich auf das Gutachten der Klinik B._ vom 28. Juli 2004. Sie erwog, die diagnostizierte Krankheit einer Persönlichkeitsänderung falle nicht in den Anwendungsbereich der Überwindbarkeitspraxis von anhaltenden somatoformen Schmerzstörungen, weshalb auch aus juristischer Sicht von einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdegegners auszugehen sei. Selbst wenn die Überwindbarkeitspraxis anwendbar wäre, so das kantonale Gericht, wären die Foerster-Kriterien hinreichend ausgeprägt erfüllt, so dass von der Unüberwindbarkeit des Leidens auszugehen wäre.
4.2. Die Beschwerdeführerin wendet ein, beim Beschwerdegegner liege kein invalidisierender Gesundheitsschaden vor. Die diagnostizierte andauernde Persönlichkeitsänderung sei nach den rechtlichen Kriterien zu beurteilen, die für somatoforme Schmerzstörungen und ähnliche Leiden gelten. Die Foerster-Kriterien seien nicht in genügender Weise erfüllt, um auf einen ausnahmsweise invalidisierenden Charakter des Leidens zu schliessen. In sämtlichen früheren Expertisen werde sodann eine für den Rentenanspruch relevante Einschränkung der Arbeitsfähigkeit nicht nachvollziehbar begründet.
4.3. In ihrer ergänzenden Stellungnahme vom 10. August 2015 legt die Beschwerdeführerin dar, die geänderte bundesgerichtliche Rechtsprechung zu den psychosomatischen Leiden ändere nichts am Ergebnis, dass kein invalidisierender Gesundheitsschaden vorliege.
5.
5.1. Im seit Mai 2002 hängigen, langwierigen Verfahren um die Zusprechung einer Invalidenrente wurde der Beschwerdegegner mehrfach begutachtet, insbesondere in psychiatrischer Hinsicht. Bezüglich Diagnosestellung und Frage einer allfälligen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit aus psychischen Gründen bestehen fachärztlicherseits unterschiedliche Angaben und widersprüchliche Einschätzungen.
5.2. So wurden im psychiatrischen Gutachten der Klinik B._ vom 28. Juli 2004 eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung sowie eine spezifische Persönlichkeitsstörung mit impulsiven und passiv-aggressiven Zügen diagnostiziert und festgehalten, aus psychiatrischer Sicht bestehe gegenwärtig eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit mit einer verminderten Leistungsfähigkeit im Ausmass von 20 %. Im Gutachten der Klinik C._ vom 27. Februar 2006 wurden als Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit im Wesentlichen persistierende, therapieresistente, elektrisierende beugeseitige Schmerzen von Dig. II bis V der linken Hand mit Ausstrahlungen, St. n. Amputation Dig. II sowie Dig. III und ein dysphorisch-leicht depressives Zustandsbild erwähnt. Die Gutachter attestierten für die bisherige Tätigkeit eine 30%ige Arbeitsunfähigkeit, hielten angepasste Tätigkeiten jedoch grundsätzlich ganztags ohne zeitliche Einschränkungen für zumutbar. Dr. med. D._ diagnostizierte im psychiatrischen Gutachten vom 26. Juni 2008 sodann ein anhaltendes, dysphorisches und leicht depressives Zustandsbild seit Ende 1994 und führte aus, die psychische Situation habe sich seit den letzten Begutachtungen kaum verändert. Er hielt fest, der Versicherte sei grundsätzlich in der bisherigen wie auch in einer angepassten Tätigkeit in der Lage. ganztags zu arbeiten, wobei insgesamt eine Leistungsminderung von ca. 30 % bestehe. Im psychiatrischen Gutachten der Klinik E._ vom 9. August 2011 schliesslich wurden als psychiatrische Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit eine andauernde Persönlichkeitsänderung sowie ein anamnestisch dysphorisch-depressives Syndrom genannt. Die Gutachter attestierten dem Versicherten aus rein psychiatrischer Sicht eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit, wobei Rehabilitationsmassnahmen in einem mindestens 50%igen Pensum im Rahmen einer therapeutisch geführten, tagesstrukturierenden Beschäftigung oder (spätestens im Verlauf) in einer geschützten Werkstätte nicht nur möglich, sondern dringend anzuraten seien.
5.3. Angesichts dieser stark voneinander abweichenden, letztlich nicht schlüssigen Angaben zur zumutbaren Restarbeitsfähigkeit lässt sich der Grad der Arbeitsunfähigkeit auf Grund der vorhandenen medizinischen Unterlagen entgegen der Vorinstanz nicht zuverlässig bestimmen. Wohl beruht das Gutachten der Klinik E._ vom 9. August 2011, auf welches sich das kantonale Gericht stützt, auf eigenen Untersuchungen und ist in Kenntnis der Vorakten abgefasst worden. Bezüglich der attestierten 100%igen Arbeitsunfähigkeit sind die Folgerungen der Experten jedoch nur sehr rudimentär begründet und setzen sich insbesondere nicht genügend mit den stark abweichenden früheren Einschätzungen auseinander. Namentlich fehlt eine überzeugende Auseinandersetzung mit dem Gutachten des Dr. med. D._ vom 26. Juni 2008, gemäss welchem der Versicherte in der bisherigen wie auch in einer angepassten Tätigkeit in der Lage sei ganztags zu arbeiten, wobei nur eine 30%ige Leistungsminderung bestehe, und mit dem Gutachten der Klinik C._ vom 27. Februar 2006, gemäss welchem angepasste Tätigkeiten grundsätzlich ganztags ohne zeitliche Einschränkungen zumutbar seien. Eine nachvollziehbare Begründung, weshalb der Beschwerdegegner (inzwischen) gar nicht mehr arbeitsfähig sein soll, jedoch trotzdem dringend eine therapeutisch geführte, tagesstrukturierende Beschäftigung, allenfalls in einer geschützten Werkstätte im Rahmen von 50 % angeraten wird, ist nicht vorhanden. Das Gutachten der Klinik E._ vom 9. August 2011 bildet mithin keine hinreichende Beurteilungsgrundlage für die Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit aus psychiatrischer Sicht. Der Sachverhalt ist diesbezüglich trotz den bereits eingeholten Gutachten zu wenig abgeklärt, um ohne Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes über den Gesundheitszustand und dessen Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit befinden zu können. Es fehlt namentlich ein psychiatrisches Obergutachten, welches die eigene Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit nachvollziehbar begründet und sich schlüssig mit den bisherigen Gutachten, insbesondere mit den stark voneinander abweichenden Einschätzungen der Arbeitsfähigkeit auseinandersetzt. Die Sache ist an die Verwaltung zurückzuweisen, damit diese die notwendigen Abklärungen nachhole und neu verfüge. Dies hat ohne jeden Verzug zu geschehen.
5.4. Soweit sich überdies - je nach Diagnosestellung - aus der neueren Rechtsprechung des Bundesgerichts zu anhaltenden somatoformen Schmerzstörungen und vergleichbaren psychosomatischen Leiden (<ref-ruling> E. 5.2 S. 306 ff.) erweiterte Anforderungen an die Begutachtung ergeben, werden diese durch die Verwaltung zusätzlich zu berücksichtigen sein. In diesem Sinne ist die Beschwerde gutzuheissen.
6.
Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zu erneuter Abklärung gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie beantragt und ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 7.1 S. 271 mit Hinweisen). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdegegner auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung, <ref-law>) kann gewährt werden. Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Bundesgerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. Februar 2015 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 5. März 2013 werden aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Verfügung an die IV-Stelle des Kantons St. Gallen zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt Werner Bodenmann wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdegegners wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Oktober 2015
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch