Sachverhalt:
A. S._ führte unter seinem Namen ein Architekturbüro als Einzelfirma. Am 12. Juni 1992 gründete er die S._ Architekturbüro AG und liberierte das Aktienkapital von Fr. 50'000.-- durch Sacheinlage der Einzelfirma. Dazu gehörte unter anderem das Kontokorrentkonto "Ordinario".
Die S._ Architekturbüro AG war Eigentümerin der Stockwerkeinheit GB Schaffhausen Nr. XY700 (5-Zimmer-Terrassenhaus) und von drei Achteln Miteigentumsanteil an der Stockwerkeinheit Nr. XY704 (Einstellhalle). Auf diesen Liegenschaften wurde am 7. März 1997 ein Namenschuldbrief über Fr. 128'000.-- mit der Schaffhauser Kantonalbank als Gläubigerin und der Aktiengesellschaft als Schuldnerin errichtet. Am 22. Juli 1998 wurde der Betrag des Schuldbriefs auf Fr. 530'000.-- erhöht und S._ als solidarisch haftender Schuldner aufgeführt. Der Schuldbrief wurde nie belehnt.
Am 27. August 1998 übertrug die S._ Architekturbüro AG die erwähnten Liegenschaften an S._, der den Kaufvertrag für sich und die Aktiengesellschaft unterzeichnete. Der Erwerber hatte den Kaufpreis von Fr. 530'000.-- zu tilgen, indem er "(...) Fr. 530'000.-- (... übernahm) zur alleinigen Verzinsung und Bezahlung zu den heute geltenden und ihm bekannten Zins- und Zahlungsbestimmungen mit Zinspflicht auf eigene Rechnung ab Antrittstag unter Entlassung der Veräusserin aus der Solidarhaft". Da der Schuldbrief nicht belehnt war, erhielt S._ die Liegenschaften unentgeltlich.
Am 10. Dezember 1999 wurde über die S._ Architekturbüro AG der Konkurs eröffnet.
B. Das Kantonsgericht Schaffhausen verurteilte S._ am 23. Mai 2007 wegen Urkundenfälschung, mehrfacher Erschleichung einer falschen Beurkundung, ungetreuer Geschäftsbesorgung und Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 14 Monaten. Zudem ordnete es die Einziehung und Verwertung der Stockwerkeinheit GB Schaffhausen Nr. XY700 zugunsten der Staatskasse an.
Eine Berufung des Verurteilten hiess das Obergericht des Kantons Schaffhausen am 10. Februar 2012 teilweise gut. Es stellte das Verfahren wegen Urkundenfälschung und mehrfacher Erschleichung einer falschen Beurkundung ein, weil die Verjährung eingetreten war, und sprach ihn vom Vorwurf der ungetreuen Geschäftsbesorgung frei. Es verurteilte ihn wegen Erschleichung einer falschen Beurkundung und Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung zu einer bedingten Geldstrafe von 150 Tagessätzen zu Fr. 135.--. Zudem ordnete es an, "die Stockwerkeinheit GB Schaffhausen Nr. XY700 (...) sowie die total drei Achtel Miteigentumsanteile Nrn. 16579 und 16581 am Grundstück XY704 werden zugunsten der Staatskasse eingezogen und verwertet. Im Fr. 731'500.-- übersteigenden Betrag wird der Verwertungserlös dem Angeklagten zurückerstattet."
C. S._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt nebst anderem, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur neuen Berechnung des Einziehungsbetrages an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht hat sich vernehmen lassen, ohne einen Antrag zu stellen (act. 11), während die Staatsanwaltschaft begehrt, die Beschwerde sei abzuweisen (act. 12). S._ hat Gegenbemerkungen eingereicht (act. 14).

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer macht geltend, das Kantonsgericht habe lediglich die Liegenschaft GB Schaffhausen Nr. XY700 eingezogen. Die Vorinstanz habe zusätzlich die Miteigentumsanteile Nrn. 16579 und 16581 am Grundstück XY704 eingezogen und dadurch das erstinstanzliche Urteil verschärft. Dies sei ein willkürlicher Verstoss gegen Art. 323 Abs. 2 aStPO/SH, der eine Schlechterstellung verbiete.
Die Einziehung gegen den bösgläubigen Erwerber besitzt keinen Strafcharakter, weil sie nicht in dessen Vermögensrechte eingreift (<ref-ruling> E. 4b S. 265). Dies gilt erst recht für den Täter, der durch die Straftat Besitzer wird. In der Literatur wird die Vermögenseinziehung mehrheitlich als sachliche Massnahme ohne repressiven Charakter angesehen. Das heisst, dass damit im Unterschied zur Strafe das Zufügen eines Nachteils bzw. eine soziale Missbilligung nicht verbunden ist (FLORIAN BAUMANN, in: Basler Kommentar, Strafgesetzbuch I, Basel, 2003, Art. 59 N 7 mit Hinweisen).
Art. 323 Abs. 2 aStPO/SH lautet: "Das Obergericht darf keine schärfere Strafe aussprechen als die Vorinstanz, wenn nur der Angeklagte oder zu dessen Gunsten die Staatsanwaltschaft appelliert hat. Die Anordnung von Massnahmen mit Ausnahme der Verwahrung gemäss <ref-law> gilt nicht als schärfere Bestrafung."
Die Bestimmung verbietet eine Schlechterstellung nur in Bezug auf Strafen und die Verwahrung, nicht aber hinsichtlich bessernder und der übrigen sichernden Massnahmen. Zu sachlichen Massnahmen spricht sie sich nicht aus. Da die Einziehung keine Strafe ist und Art. 323 Abs. 2 aStPO/SH - abgesehen von der Verwahrung - nur in dieser Hinsicht eine Schlechterstellung verbietet, ist die Willkürrüge unbegründet.
Die Vorinstanz begründet ausführlich, wie der Beschwerdeführer auch die Miteigentumsanteile Nrn. 16579 und 16581 am Grundstück XY704 deliktisch erlangt hat und dass solches Vermögen der Einziehung unterliegt. Deshalb ist die Rüge, die Vorinstanz habe den Anspruch auf eine nachvollziehbare Begründung und damit das rechtliche Gehör verletzt, nicht stichhaltig.
2. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe den Verkehrswert der Liegenschaften geschätzt, ohne ihn vorgängig anzuhören. Damit habe sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt (<ref-law>).
Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich insbesondere das Recht der Betroffenen, sich vor Erlass eines Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen). In der Literatur zu Art. 59 Ziff. 4 aStGB wird verlangt, dass dem Betroffenen offen stehen müsse zu beweisen oder mindestens glaubhaft zu machen, dass der Gesamtumfang nicht der Schätzung entspricht, die der Richter vorzunehmen sich anschickt. Daraus folge, dass dem Betroffenen vor Vornahme dieser Schätzung das rechtliche Gehör zu gewähren sei (NIKLAUS SCHMID, Zu den neuen Bestimmungen des Strafgesetzbuches in Art. 58 f., 260ter und 305ter Abs. 2, ZGRG 14/1995 S. 7 Ziff. 3.5 am Ende; FLORIAN BAUMANN, a.a.O., Art. 59 N 36 am Ende).
Die Vorinstanz schätzte den ursprünglichen Wert der Liegenschaften und berechnete daraus, ab welchem Betrag der Verwertungserlös dem Beschwerdeführer herauszugeben sei, ohne ihn vorgängig anzuhören. Damit verletzte sie dessen Anspruch auf rechtliches Gehör, zumal er in der Berufung verlangt hatte, soweit der ursprüngliche Wert der Liegenschaft geschätzt werden sollte, sei ihm nach Massgabe des rechtlichen Gehörs die Möglichkeit einzuräumen, zur Person des Schätzers wie auch zum Ergebnis der Schätzung Stellung zu nehmen (kantonale Akten, act. 340). Deshalb ist der angefochtene Entscheid aufzuheben und zur Gewährung des rechtlichen Gehörs an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. Im Sinne der Prozessökonomie drängt es sich auf, zu einigen umstrittenen Punkten Stellung zu nehmen:
3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe wertvermehrende Investitionen vorgenommen. Für diesen Fall sei mit NIKLAUS SCHMID (Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Band 1, 2. Auflage, S. 138 N 63) davon auszugehen, dass die Sache weiterhin einziehbar sei, aber an sich nur im Umfang des Wertes im Zeitpunkt der einziehungsbegründenden Tatsache. In einem solchen Fall sei dem Betroffenen die Möglichkeit einzuräumen, gegen Entrichtung dieses Wertes die Sache auszulösen. Wenn von dieser Möglichkeit nicht Gebrauch gemacht werde, sei das Einziehungsobjekt zu verwerten, wobei der massgebliche Wert einzuziehen und der verbleibende Rest dem Betroffenen auszuhändigen sei.
Eine solche Lösung wäre stossend, wenn die wertvermehrende Investition im Verhältnis zum einziehbaren Wert verschwindend klein ist. Denn so würde sich das strafbare Verhalten für den Täter lohnen, indem er (zwar gegen Bezahlung des Wertes der Sache) immerhin Eigentümer einer ihm nicht zustehenden Sache würde. Um diesen ungerechtfertigten Vorteil auszugleichen, ist es sachgerecht, den Betroffenen die Sache erst auslösen zu lassen, wenn die wertvermehrenden Investitionen deutlich grösser sind als der Wert der einziehbaren Quote. Diesen Entscheid beurteilt der Richter nach seinem Ermessen und nach dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit.
3.2 Der Beschwerdeführer bestreitet, dass vom Verwertungserlös dem Staat der Wert der Grundstücke im Zeitpunkt des deliktischen Erwerbs zuzüglich der allgemeinen Wertsteigerung zufalle.
Es trifft zwar zu, dass das Bundesgericht für die Festsetzung des unrechtmässigen Vermögensvorteils auf den Zeitpunkt der deliktischen Handlung und nicht auf denjenigen des Urteils abgestellt hat (<ref-ruling> E. 4, 263 E. 4; <ref-ruling>). Diese Entscheide ergingen jedoch gestützt auf Art. 24 aBetmG. Zudem waren Sachverhalte zu beurteilen, bei welchen Gewinne aus dem Betäubungsmittelhandel im Zeitpunkt des Urteils nicht mehr bzw. nur noch teilweise vorhanden waren. Diese Sachverhalte sind mit dem hier zu beurteilenden nicht vergleichbar.
NIKLAUS SCHMID (a.a.O., S. 102 N 21) bezeichnet gestützt auf die zitierten Bundesgerichtsentscheide im Regelfall den Zeitpunkt des Delikts als massgeblich, fügt jedoch an, diese Regel bedürfe in einzelnen Konstellationen (etwa bei Erträgnissen des Deliktserlöses oder Vermischungen und ähnlichen Sachverhalten) gewisser Nuancierungen. FLORIAN BAUMANN (a.a.O., Art. 59 N 34) hält dafür, den unrechtmässigen Vorteil anhand der im Zeitpunkt des Einziehungsurteils vorliegenden Fakten und unter Berücksichtigung allenfalls noch zu erwartender Vorteile zu beurteilen, weil Deliktsvorteile und Erträge auf diesen auch nach Beendigung der Tat über längere Zeiträume kontinuierlich anfallen können (z.B. Zinsen, Mieteinnahmen etc.).
Das unbestrittene Gebot "strafbares Verhalten soll sich nicht lohnen" erheischt, dass auch Wertsteigerungen und Erträge von unrechtmässigen Vermögensvorteilen der Einziehung unterliegen. Bei Vermischungen mit rechtmässigen Vermögensbestandteilen ist die deliktische Quote einzuziehen.
3.3 Die Vorinstanz ist bei der Einziehung - abgesehen davon, dass sie den Beschwerdeführer nicht vorgängig anhörte (E. 2) - korrekt vorgegangen:
Sie schätzte den Wert der Immobilien im Zeitpunkt, als sie ins Eigentum des Beschwerdeführers übergingen. Dabei verzichtete sie zu Recht darauf, einen Gutachter beizuziehen, weil sich dieser im Wesentlichen auf dieselben Informationen hätte stützen müssen, die aktenmässig vorlagen. Zutreffend beurteilte sie auch, dass Gelder (inklusive die Kapitalleistungen aus den Säulen 3a und 3b), die bis zur Konkurseröffnung über die S._ Architekturbüro AG über das Konto "Ordinario" flossen, nicht dem Beschwerdeführer persönlich zustanden.
Die Vorinstanz hat die allgemeine Wertsteigerung der Grundstücke seit der Eigentumsübertragung in die Einziehung aufgenommen. Das ist nicht zu beanstanden. Im Rahmen der deliktischen Quote kann sie auch den Eigenmietwert für den entsprechenden Zeitraum einziehen, soweit sich dies als verhältnismässig erweist (E. 3.2).
4. Der Beschwerdeführer wendet sich einzig gegen die Einziehung, nicht aber gegen die vorinstanzlichen Schuldsprüche. Soweit er vorbringt, er habe die Liegenschaften rechtmässig erworben, ist darauf nicht einzutreten. Dasselbe gilt für seine Privateingabe, worin er seine Sicht der Dinge schildert, ohne sich jedoch mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen.
5. Die Beschwerde ist, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutzuheissen. Entsprechend hat der Beschwerdeführer reduzierte Gerichtskosten zu tragen und vom Kanton Schaffhausen eine reduzierte Entschädigung zugut (Art. 66 und 68 je Abs. 1 BGG).
Im Lichte der Erwägung 3 sind alle Eventualanträge des Beschwerdeführers abzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 10. Februar 2012 wird aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Schaffhausen hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Oktober 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Borner