Sachverhalt:
A. Die IV-Stelle des Kantons Aargau sprach D._, geboren 1949, ab 1. Februar 2003 eine Viertelsrente zu (Verfügungen vom 4. August und 14. September 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 9. Mai 2006). Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die Sache unter Aufhebung der Rentenzusprechung an die IV-Stelle zurück, damit diese zuerst über berufliche Massnahmen und Taggelder entscheide (Entscheid vom 26. September 2007). Mit Verfügung vom 24. Oktober 2008 wies die IV-Stelle das Gesuch um Wartetaggelder ab. Am 30. März 2009 verneinte sie einen Anspruch auf Umschulung und Taggelder, bejahte jedoch jenen auf Arbeitsvermittlung. Gestützt auf das polydisziplinäre Gutachten vom 19. November 2009 des Centers S._ sowie verschiedene Berichte der behandelnden Ärzte sprach die IV-Stelle D._ am 10. Januar 2011 ab 1. Oktober 2010 eine Dreiviertelsrente zu.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die gegen die Verfügungen vom 24. Oktober 2008 und 30. März 2009 erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 12. Dezember 2012 ab. Die Beschwerde gegen die Verfügung vom 10. Januar 2011 hiess es teilweise gut und sprach dem Versicherten ab 1. Januar 2010 eine ganze Invalidenrente zu.
C. D._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei die Sache an die Vorinstanz zur Prüfung der Rentenfrage für die Jahre 2003 bis 2009 zurückzuweisen. Zudem sei das Verfahren zu sistieren, bis die Verhandlungen mit der IV-Stelle wegen Verzichts einer allfälligen Rückforderung abgeschlossen seien.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 288; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
2. Zu prüfen ist, ob der Versicherte bereits in den Jahren 2003 bis 2009 Anspruch auf eine Invalidenrente hatte. Hingegen sind vor Bundesgericht die (Warte-)Taggelder und beruflichen Massnahmen nicht mehr streitig.
3. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) sowie der Arbeits- (<ref-law>) und Erwerbsfähigkeit (<ref-law>), den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> resp. <ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) und die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 325; <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1 S. 30) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 4 S. 99 mit Hinweisen), die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352), die Voraussetzungen einer Rentenanpassung (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.5.3 S. 351) und den Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360). Darauf wird verwiesen.
4. Die Vorinstanz hat gestützt auf die umfangreichen medizinischen Akten, namentlich den Bericht der BEFAS vom 3. Dezember 2008 und das Gutachten des Centers S._ vom 19. November 2009, in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1.2) festgestellt, dass dem Versicherten bis zur Begutachtung durch das Center S._ eine leidensangepasste Tätigkeit voll zumutbar gewesen sei, und hat im Rahmen des Einkommensvergleichs bis zu diesem Zeitpunkt einen nicht rentenbegründenden Invaliditätsgrad von 39 % ermittelt.
Was der Versicherte dagegen vorbringt, vermag zu keinem anderen Ergebnis zu führen: Soweit er eine ungenügende Berücksichtigung von Arbeitsunfähigkeit in den Jahren 2003 und 2004 sowie 2006, 2008 und 2009 geltend macht, kann ihm nicht gefolgt werden. Einerseits handelte es sich dabei um vorübergehende Arbeitsunfähigkeiten, welche nicht zu einer andauernden Erwerbsunfähigkeit führten, was teilweise auch in den angerufenen Arztberichten selbst festgehalten wird (vgl. etwa Bericht des Dr. med. P._, Facharzt für Chirurgie, vom 27. August 2008). Andererseits haben das Center S._ wie auch die BEFAS in Kenntnis und unter Berücksichtigung der entsprechenden Beschwerden (Rücken, Schulter, Knie) ihre Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit abgegeben (vgl. etwa Gutachten des Centers S._ vom 19. November 2009 S. 20 und 24 f. sowie Anhang A des BEFAS-Berichts vom 3. Dezember 2008). Ebenfalls unzutreffend ist der Vorwurf, die Vorinstanz habe den Sachverhalt unter Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) festgestellt. Angesichts des erlernten Berufs (Metzger) und der zuletzt ausgeübten Tätigkeiten (Warenbewirtschafter und stv. Betriebsleiter in einer Metzgerei resp. Verkaufsmetzger) hat die Vorinstanz mit der Zugrundelegung des Anforderungsniveaus 3 der Ziff. 15 der Tabelle TA1 (Herstellung von Nahrungsmitteln) zur Festsetzung des Invalideneinkommens offensichtlich und zu Recht die Berufs- und Fachkenntnisse (Ausbildung und Berufserfahrung als Metzger) berücksichtigt. Da nach der Rechtsprechung die Behörde sich nicht zu jedem einzelnen Punkt äussern muss, sondern sich auf die wesentlichen Punkte beschränken kann (<ref-ruling> E. 2.2 S. 188; 229 E. 5.2 S. 236), liegt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor. Ebenfalls unbehelflich ist die Berufung auf das "Gutachten" des Personalverantwortlichen des Geschäfts M._ vom 7. Mai 2009. Einerseits handelt es sich nicht um ein Gutachten im eigentlichen Sinne, sondern um eine Stellungnahme zu einer konkreten (erfolglosen) Bewerbung des Versicherten. Andererseits lässt sich aus dieser Einschätzung zu einer einzigen Stellenausschreibung nichts Allgemeines über seine Chancen auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt ableiten. In diesem Zusammenhang bleibt anzufügen, dass der Personalverantwortliche seine Aussagen zur Stellenbeschreibung eines Warenbewirtschafters macht, deren persönliche Voraussetzungen der Versicherte nicht aufweisen soll; diese Schlussfolgerung ist nicht nachvollziehbar, bekleidete der Versicherte doch vor Eintritt seines Gesundheitsschadens gerade eine solche Arbeitsstelle (vgl. dazu die Beschreibung in seinem Lebenslauf sowie die Angaben im Fragebogen des Arbeitgebers vom 23. Dezember 2002). Somit ist auch diesbezüglich keine die Anforderungen der Rechtsprechung verletzende Begründung der Vorinstanz gegeben. Nach dem Gesagten hat es bei der Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab 1. Januar 2010 sein Bewenden.
5. Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um Sistierung des Verfahrens gegenstandslos geworden.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Mai 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold