Fatti:
A.
Con sentenza del 27 gennaio 2009 la Corte delle assise criminali di Locarno ha riconosciuto A._ autore colpevole di omicidio intenzionale e di pornografia, condannandolo alla pena detentiva di dieci anni. Il giudizio è stato confermato dapprima dall'allora Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello e successivamente dal Tribunale federale, aditi su ricorso dell'imputato (cfr. sentenza 6B_656/2009 dell'11 marzo 2010).
B.
L'imputato sconta la pena presso il penitenziario di Bellechasse, nel Canton Friborgo. Con decisione del 4 aprile 2012, il Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC), statuendo quale giudice dell'applicazione della pena, gli ha concesso il primo congedo, in accoglimento di una sua corrispondente richiesta. Il congedo è stato sottoposto alla condizione che avesse luogo sul territorio dei Cantoni di Friborgo, Neuchâtel o Berna, restando escluso ogni accesso al Canton Ticino. Secondo la decisione del GPC, questa condizione avrebbe dovuto valere anche per gli eventuali congedi futuri.
C.
Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, A._ ha chiesto il 4 marzo 2013 che fosse tolta la restrizione territoriale. Il GPC ha respinto l'istanza con decisione del 15 marzo 2013, confermando la limitazione geografica. Un reclamo dell'interessato è stato respinto il 23 aprile 2013 dalla Divisione della giustizia del Dipartimento delle istituzioni, dopo che la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) aveva precedentemente dichiarato irricevibile il rimedio esperito dinanzi ad essa.
D.
Contro la decisione della Divisione della giustizia, A._ ha presentato un reclamo alla CRP, che l'ha dichiarato irricevibile con sentenza del 24 maggio 2013. La Corte cantonale ha ritenuto che, in applicazione della legge cantonale sull'esecuzione delle pene e delle misure per gli adulti, del 20 aprile 2010 (LEPM), il reclamo dinanzi ad essa era aperto unicamente contro la decisione sul primo congedo.
E.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di rinviare la causa alla Corte cantonale per un nuovo giudizio. In via subordinata, chiede di statuire direttamente nel merito, accogliendo la sua istanza del 4 marzo 2013. Il ricorrente postula inoltre di essere ammesso al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio.
F.
La CRP si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il GPC, invitato ad esprimersi quale giudice dell'applicazione della pena, non si è espresso.

Diritto:
1.
Presentato contro una decisione finale (<ref-law>) resa in materia penale (<ref-law>) da un'autorità di ultima istanza cantonale (<ref-law>), il ricorso in materia penale, tempestivo (<ref-law>), è sotto i citati aspetti ammissibile. Quale parte nella procedura, il ricorrente è legittimato a fare valere che la precedente istanza si è rifiutata a torto di entrare nel merito del suo gravame (art. 81 cpv. 1 lett. a e b LTF; cfr. <ref-ruling> consid. 1.3).
2.
2.1. Nella fattispecie, la competenza territoriale delle autorità del Cantone Ticino non è di per sé litigiosa. È per contro contestato il fatto che la CRP si è ritenuta incompetente a statuire sul reclamo. Il ricorrente lamenta al riguardo un diniego di giustizia e un formalismo eccessivo. Rimprovera alla Corte cantonale di avere disatteso la garanzia di un doppio grado di giurisdizione e di avere violato l'art. 12 cpv. 2 LEPM, che prevederebbe la competenza della CRP contro le "altre decisioni in materia di esecuzione delle pene e delle misure", senza distinzioni di sorta. Il ricorrente ritiene in particolare ingiustificata ed eccessivamente formalistica la distinzione tra "esecuzione"ed "espiazione" della pena operata dalla Corte cantonale.
2.2. Secondo l'<ref-law>, il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in materia penale. Al ricorso in materia penale soggiacciono anche, giusta il cpv. 2 lett. b della norma, le decisioni concernenti l'esecuzione di pene e misure (nella versione tedesca: "Entscheide über den Vollzug von Strafen und Massnahmen" ). Con l'entrata in vigore il 1° gennaio 2007 della nuova parte generale del CP, la concessione del congedo è disciplinata dal diritto federale all'<ref-law>. Questa disposizione prevede che al detenuto vanno concessi adeguati congedi per la cura delle relazioni con il mondo esterno, per la preparazione del ritorno alla vita libera o per ragioni particolari, sempreché il suo comportamento durante l'esecuzione della pena non vi si opponga e purché non vi sia il rischio che si dia alla fuga o non vi sia da attendersi che commetta altri reati. La decisione sul congedo concerne quindi l'esecuzione della pena e, in quanto tale, è soggetta secondo l'<ref-law> al ricorso in materia penale dinanzi al Tribunale federale (cfr. sentenza 6B_772/2007 del 9 aprile 2008 consid. 1).
2.3. Giusta l'<ref-law>, il ricorso in materia penale è ammissibile contro le decisioni delle autorità cantonali di ultima istanza. Conformemente all'<ref-law> nel tenore in vigore dal 1° gennaio 2011 (in relazione con l'<ref-law>), i Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano su ricorso quali autorità cantonali di ultima istanza. Sono fatti salvi i casi in cui, secondo il nuovo CPP, un giudice dei provvedimenti coercitivi o un altro giudice si pronuncia quale istanza cantonale unica (art. 80 cpv. 2 terza frase LTF). La LTF impone quindi un doppio grado di giurisdizione in cui il giudizio di ultima istanza cantonale è emanato da un tribunale superiore (cfr. MARC THOMMEN, in: Basler Kommentar BGG, 2a ed., 2011, n. 11 all'art. 80).
La decisione della CRP di ritenersi incompetente e di non entrare nel merito del gravame priva il ricorrente del giudizio di un tribunale superiore cantonale di ultima istanza, che statuisca definitivamente sulle modalità di concessione dei congedi. Essa comporta infatti la conseguenza che, in simili casi, la decisione di ultima istanza cantonale sarebbe quella emanata dalla Divisione della giustizia. Tuttavia, come visto, a partire dal 1° gennaio 2011, solo la decisione emanata da un tribunale superiore quale autorità cantonale di ultima istanza può essere oggetto di ricorso in materia penale (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2). Né la Divisione della giustizia né il giudice dell'applicazione della pena adempiono questo requisito. La decisione impugnata viola pertanto il diritto federale. Ritenuto che l'<ref-law> può fondare direttamente la competenza di un tribunale superiore cantonale (<ref-ruling> consid. 3), quale è di principio la CRP, non occorre esaminare se la sentenza impugnata disattende pure l'art. 12 cpv. 2 LEPM. Comunque, anche sotto il profilo della disposizione cantonale, la precedente istanza ha ritenuto a torto che la decisione sul congedo non rientrava nelle decisioni in materia di esecuzione delle pene e delle misure.
3.
3.1. Ne segue che il ricorso deve essere accolto. La sentenza impugnata è annullata e la causa rinviata alla CRP affinché statuisca nuovamente sul gravame tenendo conto degli esposti considerandi.
3.2. Non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>), mentre si giustifica di assegnare al ricorrente un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale, a carico dello Stato del Cantone Ticino (<ref-law>). Visto l'esito del ricorso, la domanda di assistenza giudiziaria e di gratuito patrocinio formulata dal ricorrente per questa procedura diviene priva di oggetto.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza emanata il 24 maggio 2013 dalla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello è annullata e la causa le è rinviata per un nuovo giudizio.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà al patrocinatore del ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Giudice dei provvedimenti coercitivi e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.