Sachverhalt:
A. Auf einen Anruf von B.X._ hin, wonach sie von ihrem Vater zusammengeschlagen worden sei, rückten am 11. August 2006 vier Beamte der Stadtpolizei Zürich an die Neunbrunnenstrasse 140 in Zürich aus. Sie verhafteten dort A.X._. Nach Darstellung der Polizei versetzte dieser dabei einem der Beamten einen Fusstritt gegen den Magen, nach Darstellung A.X._s wandten diese unnötige Gewalt gegen ihn an, auch dann noch, als er bereits gefesselt und widerstandsunfähig gewesen sei. Bei der erkennungsdienstlichen Behandlung durch zwei Zivilangestellte der Kantonspolizei - Y._ und Z._ - vom 12. August 2006 sei es zu weiteren Übergriffen gekommen, insbesondere habe ihm der grauhaarige Beamte einen Fusstritt in die Hoden und rund 20 Faustschläge ins Gesicht versetzt.
Am 8. November 2006 erstattete A.X._ durch seinen Anwalt Strafanzeige wegen Tätlichkeiten und/oder Körperverletzung sowie eventuell Amtsmissbrauchs gegen die vier Stadtpolizisten sowie gegen Y._ und Z._.
Mit Beschluss vom 28. Februar 2007 [act. 2/5] erwog die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich, welche über die Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen Behördemitglieder und Beamte zu befinden hat, gegen die vier Stadtpolizisten keine Strafuntersuchung zu eröffnen, da kein hinreichender Anfangsverdacht gegen sie bestehe. Bezüglich des zweiten Vorfalls erwog die Anklagekammer, es läge weder ein Arztbericht vor, noch sei die Kantonspolizistin, welche angeblich die aufgerissene Lippe A.X._ gesehen habe, befragt worden, und wies die Sache an die Staatsanwaltschaft zurück mit dem Auftrag, die für die Beurteilung des hinreichenden Tatverdachts erforderlichen Vorabklärungen zu tätigen.
Am 7. Mai 2007 trat die II. Zivilkammer des Obergerichts auf den Rekurs von A.X._ gegen den Beschluss der Anklagekammer vom 28. Februar 2007 nicht ein, weil sein Anwalt die ihm für die Unterzeichnung der Rechtsschrift angesetzte Nachfrist versäumt hatte. Das Bundesgericht trat am 12. Juni 2007 auf eine Beschwerde von A.X._ gegen diesen obergerichtlichen Beschluss nicht ein.
B. Am 5. Mai 2008 beschloss die Anklagekammer, gegen Y._ und Z._ keine Strafuntersuchung zu eröffnen. Sie erwog, A.X._ habe sich als Anzeigeerstatter äusserst unkooperativ verhalten und sich sowohl geweigert, der Vorladung für eine polizeiliche Befragung Folge zu leisten, als auch den Gefängnisarzt Dr. C._, der ihn am 14. August 2006 untersucht hatte, vom Arztgeheimnis zu befreien. Aus den übereinstimmenden Aussagen von Y._, Z._, D._ und E._ ergäben sich keine Hinweise darauf, dass es bei der erkennungsdienstlichen Behandlung zu polizeilichen Übergriffen gekommen sei.
Am 12. September 2008 wies die II. Zivilkammer den Rekurs von A.X._ gegen diesen Beschluss der Anklagekammer ab.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A.X._, den Entscheid der Zivilkammer aufzuheben und die Akten mit verbindlichen Weisungen zurückzuweisen. Gegen Y._ und Z._ sei eine Strafuntersuchung wegen Körperverletzung, Tätlichkeiten und schweren Amtsmissbrauchs an wehrlosen Opfern zu eröffnen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Nach § 22 Abs. 1 Ziff. 1 i.V.m. Abs. 5 der Zürcher Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 (StPO) ist auf eine Strafanzeige nicht einzutreten und kein Strafverfahren zu eröffnen, wenn kein Anfangsverdacht für ein strafbares Verhalten besteht. Vorliegend hat die Anklagekammer die Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen die beiden Funktionäre der Kantonspolizei, die den Beschwerdeführer am 11. August 2006 erkennungsdienstlich behandelten, mangels Tatverdachts abgelehnt, und die Zivilkammer hat diesen Beschluss geschützt. Zu prüfen ist einzig, ob sie im angefochtenen Entscheid den Anfangsverdacht gegen die beiden Funktionäre der Kantonspolizei in unhaltbarer Weise verneint hat.
Nicht zum Gegenstand des Verfahrens gehören die weiteren, vom und gegen den Beschwerdeführer im Zusammenhang mit seiner umstrittenen Verhaftung angestrengten Strafverfahren. Die Ausführungen des Beschwerdeführers dazu sind unbeachtlich. Die Zivilkammer hat im angefochtenen Entscheid daher keineswegs das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt, indem es seine Frau, seinen Nachbarn und zwei seiner Kinder nicht als Zeugen befragte. Ganz abgesehen davon, dass er deren Einvernahme in seinem Rekurs vom 24. Mai 2008 gar nicht beantragte, können diese Personen zum Ablauf der erkennungsdienstlichen Behandlung offensichtlich keine Angaben machen. Soweit im Folgenden auf Ausführungen in der Beschwerde nicht eingegangen wird, gehen sie an der Sache vorbei.
2. 2.1 In der Strafanzeige vom 8. November 2006 [act. 2/1] liess der Beschwerdeführer geltend machen, anlässlich der erkennungsdienstlichen Behandlung von den Beschwerdegegnern bedroht worden zu sein. Man würde ihn schlagen und an die Wand schmeissen, falls er bei der Abnahme der Fingerabdrücke nicht kooperativ sei. Auf seine Bemerkung, dass dies die Nazis so gemacht hätten, habe ihm einer der beiden Beamten einen Fusstritt in die Hoden und mindestens 20 Faustschläge ins Gesicht verpasst. Nase und Lippen hätten geschmerzt. Er habe der Kantonspolizistin, die ihn in die Zelle zurückgeführt habe, seine aufgerissene Oberlippe gezeigt.
2.2 Im Vorermittlungsverfahren konnten keine Beweismittel erhoben werden, die diese Beschuldigungen des Beschwerdeführers stützen könnten. Einer polizeilichen Vorladung, seine Sicht der Dinge als Geschädigter zu Protokoll zu geben, leistete er keine Folge, und der Gefängnisarzt, der ihn am 14. August 2006 untersucht hatte, konnte nicht befragt werden, da sich der Beschwerdeführer entgegen seiner in der Strafanzeige gemachten Ankündigung weigerte, ihn vom Arztgeheimnis zu entbinden. Er begründete seine Weigerung zwar damit, dass er von zwei Ärzten untersucht worden sei und nicht wisse, um welchen es bei der Anfrage um die Entbindung vom Amtsgeheimnis gegangen sei. Dies erscheint als reine Schutzbehauptung, war es doch der Beschwerdeführer selber, der sich in seiner Strafanzeige auf die ärztliche Untersuchung vom 14. August 2006 bezog. Abgesehen davon ergeben sich aus den Akten keine Hinweise, dass ihn noch ein weiterer Arzt kurz nach dem Vorfall untersucht hätte, und dies widerspricht auch der Darstellung des Beschwerdeführers selber, beklagt er sich doch (Beschwerde S. 11), man habe ihm am Samstag-Morgen (d.h. am 12. August 2006) eine ärztliche Untersuchung in Aussicht gestellt, ihm diese dann aber erst am 14. August 2006 ermöglicht. Der Bericht des Gefängnisarztes wäre zudem offensichtlich ein erhebliches Beweismittel, hätten ihm doch die Spuren der angeblich zwei Tage zuvor erlittenen Misshandlungen (aufgerissene Lippe, Verletzungen am Auge mit bleibenden Sehstörungen) mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit nicht entgehen können. Sein Bericht wäre daher geeignet, die Version des Beschwerdeführers zu stützen oder auszuschliessen. Dem bei den Akten liegenden Bericht des Universitätsspitals Zürich vom 30. August 2006 [act. 2/3] ist zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer an diesem Tag dort vorstellig geworden war, da er "aufgrund eines Überfalls von vier Männern" Schmerzen in der rechten Thoraxhälfte auf der Höhe der zehnten Rippe verspürte. Über Verletzungen im Unterleib oder im Gesicht klagte er nicht, und solche werden im Arztbericht auch nicht erwähnt.
2.3 Die Beschwerdegegner sagten übereinstimmend aus [act. 2/10 +11], der Beschwerdeführer habe sich bei der erkennungsdienstlichen Behandlung renitent verhalten, beim Fotografieren die Augen geschlossen, bei der Abnahme der Fingerabdrücke die Hand weggezogen und sie als Nazis beschimpft. Sie hätten daraufhin die erkennungsdienstliche Behandlung abgebrochen und den Beschwerdeführer in eine Abstandszelle geführt, indem sie ihn in die Mitte genommen und ihn je am Oberarm und am Handgelenk gefasst hätten. Daraufhin hätten sie den diensthabenden Vorgesetzten, Korporal D._, geholt, dem es durch längeres Zureden gelungen sei, den Beschwerdeführer soweit zu bringen, die erkennungsdienstliche Behandlung über sich ergehen zu lassen und anschliessend die Zellentüre, die er mit seinen geschwärzten Händen verschmiert habe, zu säubern. D._ bestätigte diese Darstellung [act. 2/12]; er hat beim Beschwerdeführer keine Verletzungen festgestellt. E._, die den Beschwerdeführer nach der erkennungsdienstlichen Behandlung zurück ins Polizeigefängnis brachte, konnte sich wegen dessen renitenten Verhaltens an ihn erinnern; Verletzungen habe sie keine feststellen können [act. 2 /14].
2.4 Zusammenfassend ist somit festzuhalten, dass der Beschwerdeführer zwar einerseits schwere Beschuldigungen gegen die Beschwerdegegner erhebt und eine Strafverfolgung gegen sie fordert, anderseits aber bereits die Vorermittlungen behindert bzw. verunmöglicht hat, indem er sich weigerte, den Vorfall gegenüber der Polizei zu Protokoll zu geben und den Gefängnisarzt vom Amtsgeheimnis zu befreien. Dieses Vorgehen grenzt an verfassungsrechtlich verpöntes treuwidriges Handeln ("venire contra factum proprium"; <ref-law>). Seine Anschuldigungen erscheinen daher wenig glaubhaft und sind damit kaum geeignet, die übereinstimmenden und sich gegenseitigstützenden, plausiblen Aussagen von Y._, Z._, D._ und E._ zu widerlegen, nach denen der Beschwerdeführer bei der erkennungsdienstlichen Behandlung nicht geschlagen wurde bzw. nach dieser keine sichtbaren Verletzungen im Gesicht aufwies. Als einzige erfolgsversprechende Möglichkeit, den Sachverhalt weiter abzuklären, böte sich die Befragung des Gefängnisarztes an, der den Beschwerdeführer kurz nach dem Vorfall untersuchte. Dies scheitert indessen an dessen Weigerung, ihn vom Arztgeheimnis zu befreien. Die Schlussfolgerung der Zivilkammer im angefochtenen Entscheid, die vom Beschwerdeführer erhobenen Vorwürfe liessen sich nicht erhärten, ist zutreffend. Es ist daher nicht zu beanstanden und verletzt keine verfassungsmässigen Rechte des Beschwerdeführers, dass sie gegen die Beschwerdegegner kein Strafverfahren eröffnen liess. Die Beschwerde ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (<ref-law>). Der finanziellen Situation des Beschwerdeführers wird durch eine reduzierte Gerichtsgebühr Rechnung getragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von 800.-- Franken werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi