Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in der Schweiz und die X._ SA mit Sitz in Frankreich sind Tochtergesellschaften der ebenfalls in der Schweiz ansässigen X._ Holding AG. Die X._ SA betreibt in Rogerville bei Le Havre in der Normandie eine Abfallverwertungsfabrik, u.a. für Altbatterien. Am 7. April 2004 ersuchte die X._ AG das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL, seit dem 1. Januar 2006 umbenannt in Bundesamt für Umwelt, BAFU) um Bewilligung für den Export von 50 Tonnen eines Altbatteriengemischs nach Frankreich zur Verwertung in der Anlage der X._ SA.
Das BUWAL verbot die geplante Ausfuhr mit Verfügung vom 11. Mai 2004 und berief sich dabei auf das Autonomieprinzip, wonach grundsätzlich anzustreben sei, Abfälle im Inland zu entsorgen. Es führte aus, mit der Y._ AG stehe in der Schweiz eine Batterieverwertungsanlage auf dem besten Stand der Technik zur Verfügung. Da viele öffentliche Gelder in diese Anlage geflossen seien, rechtfertige sich eine gewisse Amortisationssicherung und damit während einigen Jahren auch ein Ausfuhrverbot für Batterien. Weiter hielt es fest, der Verwertungsgrad, den die Anlage der X._ SA erreiche, sei nicht mit dem der Y._ AG vergleichbar. Insgesamt erachte es die Batterieentsorgung bei der X._ SA nicht als umweltverträglich.
B. Mit einer am 10. Juni 2004 bei der Rekurskommission des Eidgenössischen Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (REKO/UVEK, seit dem 1. Juli 2004 umbenannt in Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt [REKO/INUM]; AS 2004 2155) erhobenen Beschwerde beantragte die X._ AG die Aufhebung der Verfügung des BUWAL vom 11. Mai 2004 sowie die Bewilligungserteilung bzw. eine entsprechende Weisung an das BUWAL. Im Rahmen des Beschwerdeverfahrens vor der Rekurskommission erklärte das BUWAL am 13. August 2004, aufgrund der jüngsten Informationen der Beschwerdeführerin halte es nicht daran fest, dass Altbatterien bei der X._ SA in Frankreich nicht umweltverträglich entsorgt werden könnten. Bei der Frage, ob eine Entsorgung im Inland sinnvoll sei, spielten die Kosten eine Rolle, von Bedeutung sei aber insbesondere auch, ob es sich um Abfälle handle, deren Entsorgung heikel sei und ob für die betreffende Abfallart die schweizerische Entsorgungsautonomie gänzlich in Frage gestellt würde, wenn Exporte zugelassen würden. Die Y._ AG beherrsche die technisch schwierige Verwertung von Batterien und sei damit in der Schweiz das einzige und europaweit eines von wenigen Unternehmen. Müsste die Batterienentsorgung bei der Y._ AG eingestellt werden, wäre die Schweiz in diesem Bereich ganz vom Ausland abhängig. Da die Entsorgungsautonomie bei den Batterien einen hohen Stellenwert habe, vermöge ein Preisunterschied von etwas mehr als 30 Prozent keinen Verzicht auf eine Inlandentsorgung zu rechtfertigen. Eine solche erweise sich deshalb vorliegend nicht nur als möglich, sondern auch als sinnvoll.
In der Folge hat die Rekurskommission die Y._ AG als Beigeladene ins Beschwerdeverfahren einbezogen.
Am 29. August 2005 teilte das BUWAL der Rekurskommission mit, aufgrund neuer Erkenntnisse der zuständigen französischen Behörden sowie eines Schlussberichts vom 29. Juni 2005 über ein von der X._ AG veranlasstes Audit bei der X._ SA ergebe sich, dass die Entsorgung nicht in der von der X._ AG ursprünglich dargelegten Art und Weise erfolge. Sie könne, insbesondere im Vergleich mit dem Verfahren bei der Y._ AG nicht als umweltverträglich bezeichnet werden. Der Instruktionsrichter der Rekurskommission lehnte den daraufhin gestellten Antrag der X._ AG, die neue Beurteilung des BUWAL aus dem Recht zu weisen und einen Sachverständigen beizuziehen, ab.
Mit Urteil vom 23. Februar 2006 wies die Rekurskommission die Beschwerde der X._ AG ab, soweit sie darauf eintreten konnte, und das Verfahren nicht gegenstandslos geworden war. Sie war zum Schluss gekommen, es bestehe keine Gewähr dafür, dass die Batterien in der Anlage der X._ SA in Frankreich umweltgerecht entsorgt werden könnten. Die unterlegene Beschwerdeführerin verpflichtete sie, die Verfahrenskosten von Fr. 4'000.-- zu bezahlen und der Y._ AG eine Parteientschädigung von Fr. 19'798.40 auszurichten.
C. Mit Gesuch vom 27. Februar 2006 an die Rekurskommission INUM verlangte die X._ AG, auf eine Publikation des Urteils vom 23. Februar 2006 zu verzichten, worauf die Rekurskommission den zuvor schon für kurze Zeit auf ihrer Homepage publizierten Entscheid im Sinne einer vorsorglichen Massnahme unverzüglich wieder entfernte. Am 2. März 2006 konkretisierte die X._ AG ihre Anträge und verlangte eventualiter unter anderem, von einer Veröffentlichung des Entscheids sei zumindest so lange abzusehen, bis dieser rechtskräftig sei und alle Rechtsmittel ausgeschöpft seien.
Die Rekurskommission wies am 2. Mai 2006 das Gesuch der X._ AG um Verzicht auf die Publikation des Urteils vom 23. Februar 2006 ab. Auch den Eventualantrag um Aufschub der Publikation wies die Rekurskommission ab. Hingegen stimmte sie dem Antrag um Abdeckung gewisser Stellen des Urteils teilweise zu.
D. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht vom 24. März 2006 (Verfahren Nr. 61/2006) beantragt die X._ AG unter anderem die Aufhebung des Urteils der Rekurskommission vom 23. Februar 2006. Zudem stellt sie eine Vielzahl weiterer Anträge, auf die, soweit erforderlich, im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen wird.
E. Die Rekurskommission INUM, die Y._ AG und das BAFU beantragen die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 24. März 2006. Im Rahmen eines zweiten Schriftenwechsels halten die Parteien an ihren Rechtsauffassungen und im Wesentlichen auch an ihren Anträgen fest.
F. Mit einer zweiten Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 1. Juni 2006 (Verfahren Nr. 117/2006) beantragt die X._ AG, der Entscheid der Rekurskommission INUM vom 2. Mai 2006 betreffend Publikation des Urteils vom 23. Februar 2006 sei teilweise aufzuheben und zu ändern. Auf eine Publikation des Beschwerdeentscheids der Rekurskommission sei mindestens so lange zu verzichten als dieser nicht rechtskräftig sei. Zudem verlangt sie die Abdeckung weiterer Stellen des Urteils und stellt zusätzliche Anträge, auf die, soweit erforderlich, im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen wird.
Die Rekurskommission INUM beantragt die Abweisung dieser zweiten Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Im gleichen Sinne äussert sich das BAFU, während die Y._ AG zu den Anträgen betreffend Publikationspraxis der Rekurskommission INUM, die sie nicht direkt betreffen, keine Anträge stellt und im Übrigen die Abweisung der Anträge der X._ AG verlangt.
G. Ein Gesuch der X._ AG, der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 24. März 2006 sei aufschiebende Wirkung beizulegen, hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts mit Verfügung vom 12. Mai 2006 abgewiesen.
Am 28. Juli 2006 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung der Beschwerde der X._ AG vom 1. Juni 2006 aufschiebende Wirkung beigelegt und die Rekurskommission INUM angewiesen, während dem vorliegenden Beschwerdeverfahren neben dem Beschwerdeentscheid vom 23. Februar 2006 auch ihren Entscheid vom 2. Mai 2006 betreffend Urteilspublikation nicht auf ihrer Homepage im Internet zu publizieren.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 1. Juni 2006 (Verfahren 1A.117/2006) geht es unter anderem um die Publikation des mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 24. März 2006 (Verfahren 1A.61/2006) angefochtenen Urteils der Rekurskommission INUM vom 23. Februar 2006. Es erscheint gerechtfertigt, über die beiden Beschwerden in einem Urteil zu entscheiden, wobei zunächst die Beschwerde im Verfahren 1A.61/2006 zu beurteilen ist und anschliessend die im Verfahren 1A.117/2006 aufgeworfenen Fragen geprüft werden.
Verfahren 1A.61/2006
2. Der Entscheid der Rekurskommission INUM vom 23. Februar 2006 betrifft eine Verfügung des BAFU über den bundesrechtlich geregelten Export von Altbatterien. Er kann mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 97 ff. OG i.V.m. <ref-law>). Die X._ AG ist als Adressatin vom angefochtenen Entscheid direkt in schutzwürdigen Interessen betroffen und zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG).
Die Beschwerde ist indessen nur im Rahmen des Streitgegenstands zulässig. Dieser wird durch den Gegenstand des angefochtenen Entscheids und durch die Parteibegehren bestimmt, wobei der angefochtene Entscheid den möglichen Streitgegenstand begrenzt (ALFRED KÖLZ/ ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, N. 403 f.). Streitgegenstand ist vorliegend somit einzig der Export von 50 Tonnen Altbatterien nach Frankreich. Soweit Anträge, Rügen und weitere Ausführungen der Beschwerdeführerin in ihren ausführlichen Rechtsschriften sich nicht direkt auf den vorliegenden Streitgegenstand beziehen, kann darauf nicht eingetreten werden. Dies betrifft zunächst insbesondere Fragen der personellen Verflechtung zwischen der Y._ AG und dem BAFU, zumal die Beschwerdeführerin gegen die Mitarbeiter des BAFU kein Ausstandsgesuch gestellt hat. Weiter gehören im vorliegenden Verfahren weder das schweizerische Batterienentsorgungskonzept noch die Höhe oder die Verwendung der vorgezogenen Entsorgungsgebühr (VEG) zum Streitgegenstand. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nur insoweit eingetreten werden, als sich die Beanstandungen der Beschwerdeführerin innerhalb des Rahmens des Streitgegenstands bewegen.
3. Die Beschwerdeführerin kritisiert in verfahrensrechtlicher Hinsicht zunächst, die Rekurskommission habe ihre Überprüfungsbefugnis in unzulässiger Weise besonders eingeschränkt und damit eine formelle Rechtsverweigerung (<ref-law>) begangen. Sie beruft sich auf <ref-ruling> E. 4.1 S. 452, wonach eine Rekurskommission, die ihre Überprüfung auf eine reine Rechtskontrolle oder gar eine blosse Willkürprüfung beschränke, eine formelle Rechtsverweigerung begehe.
Nach der Rechtsprechung hat auch eine Rechtsmittelbehörde, der volle Kognition zusteht, in Ermessensfragen einen Entscheidungsspielraum der Vorinstanz zu respektieren. Sie hat eine unangemessene Entscheidung zu korrigieren, kann aber der Vorinstanz die Wahl unter mehreren angemessenen Lösungen überlassen (vgl. <ref-ruling> E. 3b/aa S. 242; <ref-ruling> E. 2c S. 212 f.). Wenn es um die Beurteilung technischer oder wirtschaftlicher Spezialfragen geht, in denen die Vorinstanz über ein besonderes Fachwissen verfügt, kann den Rekursinstanzen zugebilligt werden, nicht ohne Not von der Auffassung der Vorinstanz abzuweichen (<ref-ruling> E. 3b S. 273; BENOÎT BOVAY, Procédure administrative, Bern 2000, S. 397 f.; ALFRED KÖLZ/ ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, S. 229 f.; PIERRE MOOR, Droit administratif, Bd. I, Bern 1994, S. 384). Dies gilt freilich dort nicht, wo von der Rekursinstanz verlangt werden kann, über vergleichbare Fachkenntnisse wie die Vorinstanz zu verfügen (<ref-ruling> E. 3c S. 273 f.). Eine Fach-Beschwerdeinstanz darf den Entscheid der Vorinstanz nur dann schützen, wenn sie geprüft hat, ob sich keine zweckmässigere, angemessenere Lösung anbietet (<ref-ruling> E. 4.1 S. 452).
Die Rekurskommission INUM hat im angefochtenen Entscheid die entscheidende Rechtsfrage nach der Umweltverträglichkeit der Entsorgung bei der X._ SA frei geprüft und auch die Angemessenheit der umstrittenen Entscheidung des BUWAL beurteilt. Dass sich die Rekurskommission INUM bei der Angemessenheitskontrolle (<ref-law>) und bei der Auslegung unbestimmter Rechtsbegriffe jedoch eine gewisse Zurückhaltung auferlegt, wenn spezielle, namentlich technische Gegebenheiten zu berücksichtigen sind und sich die Vorinstanz als Fachbehörde durch besonderen Sachverstand auszeichnet, ist nicht zu beanstanden. Dies trifft insbesondere auf die hier umstrittenen Kriterien für die Beurteilung der Umweltverträglichkeit der Aufbereitung von Altbatterien zu. Es handelt sich um eine technisch ausgesprochen anspruchsvolle Materie, bei welcher den Sachverständigen der Fachbehörde ein gewisser Beurteilungsspielraum zu belassen ist (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 47; <ref-ruling> E. 3d/bb S. 39). Zu prüfen hat die Rekurskommission wie auch das Bundesgericht indessen, ob sich die Vorinstanz von sachfremden Erwägungen hat leiten lassen, den Sachverhalt korrekt festgestellt hat, die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte geprüft und die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend vorgenommen hat. Diesbezüglich erhebt die Beschwerdeführerin, wie sich auch aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, die Rüge der unzulässigen Kognitionsbeschränkung zu Unrecht.
4. Weiter beanstandet die Beschwerdeführerin Sachverhaltsfeststellungen der Rekurskommission. Das Verhalten des BAFU und der Rekurskommission habe dazu geführt, dass im angefochtenen Entscheid auf offensichtlich unvollständige und unrichtige Sachverhaltsfeststellungen abgestellt werde. Die Rekurskommission habe darauf verzichtet, vorhandene Zweifel zu klären, und auf gebotene zusätzliche Beweiserhebungen zu Unrecht verzichtet. Sie habe dadurch in mehrfacher Hinsicht Bundesverfassungs- und -gesetzesrecht missachtet.
Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts geltend gemacht werden (Art. 104 OG). Hat - wie hier die Rekurskommission INUM - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt, so ist das Bundesgericht nach Art. 105 Abs. 2 OG an die dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegenden tatsächlichen Feststellungen gebunden. Das schliesst das Vorbringen von neuen tatsächlichen Behauptungen und Beweismitteln weitgehend aus. Das Bundesgericht prüft den angefochtenen Entscheid grundsätzlich lediglich aufgrund der Sachlage, wie sie sich der Vorinstanz präsentiert hat. Was die Beschwerdeführerin dort nicht vorgetragen hat oder sich nicht aus den damals bekannten Akten ergeben hat, ist im Verfahren vor Bundesgericht grundsätzlich nicht zu berücksichtigen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 154; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 150; <ref-ruling> E. 3a S. 221, je mit Hinweisen).
Diese Grundsätze beziehen sich auf die Feststellung desjenigen Sachverhalts, der für die Beurteilung einer Streitsache im Rahmen des Streitgegenstands (E. 2 hiervor) rechtserheblich ist. Die Kritik der Beschwerdeführerin am Vorgehen der Vorinstanzen betrifft eine Fülle von Sachverhaltselementen, deren Rechtserheblichkeit für die vorliegende Angelegenheit im Zusammenhang mit den zu beantwortenden Rechtsfragen zu prüfen ist. Im selben Zusammenhang ist auch über den Antrag um Beizug eines gerichtlichen Sachverständigen zu entscheiden (s. nachfolgend E. 5.5).
5. Abfälle müssen nach Art. 30 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz (USG; SR 814.01) umweltverträglich und, soweit es möglich und sinnvoll ist, im Inland entsorgt werden. Sonderabfälle dürfen nur mit einer Bewilligung des zuständigen Bundesamts ausgeführt werden (<ref-law>). Eine solche Bewilligung setzt nach <ref-law> voraus, dass Gewähr für eine umweltverträgliche Entsorgung der Abfälle besteht (vgl. <ref-ruling> E. 6.3.3 S. 280 f.). Demzufolge muss das Gesuch um die Ausfuhrbewilligung unter anderem den Nachweis enthalten, dass die geplante Entsorgung umweltverträglich ist, insbesondere dass sie dem Stand der Technik entspricht; bei Sonderabfällen ist zudem der Nachweis erforderlich, dass die Entsorgung im Inland nicht möglich oder nicht sinnvoll ist (Art. 16 Abs. 1 lit. b und d der Verordnung vom 22. Juni 2005 über den Verkehr mit Abfällen [VeVA; SR 814.610]).
5.1 Es ist unbestritten, dass die Batterien, welche die Beschwerdeführerin nach Frankreich exportieren will, Sonderabfall im Sinne des USG darstellen (Code 16 06 01 - 16 06 98 in Anhang 1 zur Verordnung des UVEK vom 18. Oktober 2005 über Listen zum Verkehr mit Abfällen [SR 814.610.1]). Zu prüfen ist im Folgenden, ob die Rekurskommission zu Recht entschied, es bestehe keine Gewähr für die umweltverträgliche Entsorgung in der Anlage der X._ SA.
5.2 Die Umweltgesetzgebung enthält keine Definition des Begriffs der umweltverträglichen Entsorgung. In der Literatur wird ausgeführt, dass umweltverträgliche Entsorgungssysteme entweder wiederverwertbare oder aber endlagerfähige Stoffe hervorbringen sollen. Ausserdem müssen die der Verwertung (Rückführung in die industriellen oder natürlichen Stoffkreisläufe) oder Ablagerung vorgelagerten Entsorgungsstufen (Sammlung, Beförderung, Zwischenlagerung, Behandlung der Abfälle) umweltverträglich abgewickelt werden (vgl. URSULA BRUNNER/PIERRE TSCHANNEN, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, Zürich 2000, Vorbemerkungen zu Art. 30-32e N. 23). Es hat mithin eine gesamtheitliche Betrachtung zu erfolgen. Aspekte wie der Energieverbrauch, sei es für die Entsorgung an sich oder für den Transport zum Entsorgungsort, können zwar ebenfalls berücksichtigt werden (URSULA BRUNNER, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, Zürich 2000, Art. 30 N. 38); in erster Linie kommt es bei zu verwertenden Abfällen aber auf den Verwertungsgrad an, der im betreffenden Prozess erzielt wird. lm internationalen Verhältnis beurteilt sich die Umweltverträglichkeit der Entsorgung nach schweizerischen Massstäben (vgl. BGE 131 Il 271 E. 6.3.2 S. 280), wobei es auf den Standard für die betreffende Abfallart ankommt. Wichtig ist dabei, dass die Entsorgung dem Stand der Technik entspricht (<ref-law>). Zudem sind die im Empfängerstaat geltenden Vorschriften zu beachten; deren Einhaltung genügt indessen nicht ohne weiteres für die Bejahung der Umweltverträglichkeit der Entsorgung nach den Art. 30 Abs. 3 und 30f Abs. 3 USG. Ebenso wenig kann allein aufgrund von Zertifizierungen von Umweltmanagement-Systemen wie ISO und EMAS auf eine umweltgerechte Entsorgung geschlossen werden (vgl. zum Ganzen BRUNNER, a.a.O., Art. 30f N. 24 und 112).
5.3 Bevor auf die Frage der Umweltverträglichkeit der Entsorgung näher eingegangen wird, sind die bestehenden Verfahren zur Entsorgung von Altbatterien, welche Aufschluss über den heutigen Stand der Technik geben, kurz darzustellen:
5.3.1 In der Schweiz besteht nur eine Anlage zur Entsorgung von Batterien, welche von der Y._ AG in Wimmis betrieben wird. Sie ist deshalb nach der Praxis des BAFU für den bei der umweItverträgIichen Entsorgung im Ausland geforderten Stand der Technik massgebend, auch wenn die im Ausland vorgesehene Art des Bearbeitungsprozesses nicht genau die gleiche sein müsse. Bei der Y._ AG wird die Verwertung vom ersten bis zum letzten Schritt in ihrem Betrieb vorgenommen. Nach einer Hochtemperaturbehandlung der Batterien, bei der die vorhandenen organisch-chemischen Verbindungen und der Kohlenstoff verbrennen und organische Schadstoffe zerstört werden, wird das Quecksilber abgeschieden. Als Produkt des Verwertungsprozesses fallen bei diesem Verfahren Ferro-Mangan-Legierungen und metallisches Zink an. Beide Produkte sind nicht mit Quecksilber verunreinigt und können direkt weiterverarbeitet werden (z.B. in Giessereien). lm Weiteren wird Quecksilber mit hoher Reinheit hergestellt. Der ganze Prozess ist spezifisch auf die Behandlung von Batterien ausgerichtet und läuft nach den Angaben des BAFU sehr stabil. Dabei wird ein hoher Verwertungsgrad und eine gleich bleibende gute Qualität der bei 1500° C eingeschmolzenen Rückstände erreicht.
5.3.2 Bei der X._ SA in Frankreich werden die Batterien auf einem drehbaren Herd erhitzt. Dabei verbrennen organische Stoffe je nach Prozessführung mehr oder weniger vollständig und flüchtige Metalle wie Quecksilber oder Zink werden abgedampft und gelangen in die Rauchgase, aus denen sie während der Rauchgasreinigung wieder herausgewaschen werden. Der Schlamm der Abluftwäsche wird als Rohmaterial in Zinkhütten zu metallischem Zink weiterverarbeitet. In den Abfällen enthaltenes Quecksilber gelangt in den Zinkschlamm und wird entweder in dazu eingerichteten Zinkhütten oder bei der X._ SA selbst in einem weiteren Verfahrensschritt in einer separaten Anlage abgetrennt. Der Rückstand des Drehherds wird zur weiteren Behandlung bei Eisenhütten angeliefert. Das Verfahren der X._ SA soll nach den Angaben des BAFU in der stofflichen Wertschöpfung weniger weit gehen als dasjenige der Y._ AG. Das Verfahren sei allerdings für unterschiedliche Abfälle einsetzbar.
5.4 Das BAFU hat die Umweltverträglichkeit der Behandlung der Altbatterien bei der X._ SA im Laufe des vorinstanzlichen Verfahrens kontrovers beurteilt.
Bei der Verweigerung der Exportbewilligung vom 11. Mai 2004 war das BAFU noch davon ausgegangen, dass die X._ SA den Drehherdrückstand deponiere, wie sie es bei den anderen Abfällen, die sie entsorge, auch tue. Ein solches Vorgehen beurteilte das BAFU im Vergleich zur Entsorgung in der Schweiz in keiner Weise als umweItverträglich. In ihrer Beschwerde an die Rekurskommission INUM legte die Beschwerdeführerin dar, dass sie die Batterien separat verwerte und den anfallenden Drehherdrückstand nicht wie bei den anderen Abfällen deponiere, sondern - wie in E. 5.3.2 hiervor beschrieben - der Verwertung zuführe. Aufgrund dieser Erkenntnisse hat das BAFU in seiner Stellungnahme an die Rekurskommission vom 13. August 2004 festgehalten, dass es die Entsorgung von Batterien bei der X._ SA als umweltverträglich erachte.
Am 23. Februar 2005 wurde das BAFU mit E-Mail von der zum französischen Raum- und Umweltministerium gehörenden Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN) auf mögliche Betriebsmängel bei der X._ SA aufmerksam gemacht, die in einem Bericht festgehalten seien. Das BAFU forderte bei der AESN den Bericht an. Der Rekurskommission INUM teilte es mit, dass die Umweltverträglichkeit der Anlage der X._ SA vorderhand zumindest in Frage gestellt sei. Mit Brief vom 14. Mai 2005 erkundigte sich das BAFU bei der für die X._ SA zuständigen Aufsichtsbehörde im Umweltbereich, der Direction régionale de l'industrie, de la recherche et de l'environnement de Haute-Normandie (DRIRE), inwieweit die im Bericht der Agence de l'Eau erhobenen Vorwürfe effektiv zuträfen. Am 4. August 2005 erhielt das BAFU drei arrêtés der Préfecture de la Seine-Maritime zugestellt, welche am 14. und 22. Juni 2005 erlassen worden waren, verschiedene Beanstandungen im Umweltbereich enthielten und die X._ SA zur Betriebsverbesserung anhielten. Mit Schreiben an das BAFU vom 19. August 2005 nahm die DRIRE Bezug auf Fragen zum Bericht der AESN und hielt weiter fest, dass gegenüber der X._ SA drei "mises en demeure" erlassen worden seien. Die Beschwerdeführerin ihrerseits reichte dann der Rekurskommission weitere Beweismittel ein, um die von den französischen Behörden festgehaltenen Mängel zu entkräften.
5.5 Für die Beurteilung der Umweltverträglichkeit hat sich die Rekurskommission INUM auf verschiedene Quellen, insbesondere auf die von der X._ AG/SA veranlassten Messungen (inkl. Audit) und die arrêtés préfectoraux gestützt. Diese Unterlagen reichten nach Meinung der Rekurskommission aus, um die Bedenken des BAFU im Ergebnis zu teilen und die Umweltverträglichkeit der Entsorgung bei der X._ SA zu verneinen.
Betreffend die arrêtés préfectoraux wirft die X._ AG der Rekurskommission INUM vor, sie verkenne den Charakter der damit ausgesprochenen "mises en demeure". Sie hätte nur ein definitives Ergebnis, eine rechtsverbindliche, vollstreckbare Sanktion oder eine Betriebseinschränkung beachten dürfen.
5.5.1 Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden, ohne dass die Rechtsnatur einer "mise en demeure" nach französischem Recht abschliessend beurteilt werden müsste. Dass die X._ SA wiederholt Normen und Auflagen verletzt hat, wird in den arrêtés préfectoraux unmissverständlich festgehalten (vgl. zusammenfassend: Schreiben der DRIRE vom 19. August 2005, S. 3: "[...] diverses infractions au code de l'environnement [...]"). Die Rekurskommission durfte diese Vorhalte nicht ignorieren und sich auch nicht auf die nicht belegten Beteuerungen der X._ AG abstützen, die Beanstandungen seien bereinigt und erledigt. Bezüglich der X._ SA ergab sich das Bild eines Unternehmens, das mehrfach mit dem französischen Umweltrecht in Konflikt geriet. Dass die Rekurskommission unter diesen Umständen zum Schluss gelangte, die Beschwerdeführerin biete keine hinreichende Gewähr für eine umweltverträgliche Entsorgung der Batterien ist somit nicht zu beanstanden.
5.5.2 Nicht weiter einzugehen ist auf die fachtechnische Kritik, welche die Beschwerdeführerin in ihren äusserst weitschweifigen Rechtsschriften, teilweise unter Bezugnahme auf unzulässige tatsächliche Noven (E. 4 hiervor), vorbringt.
Das BAFU hat zu den technischen Fragestellungen als Fachinstanz des Bundes mehrfach Stellung genommen und sich dabei auch zu den zahlreichen Einwänden der Beschwerdeführerin ausführlich und kompetent geäussert. Es ist auch unter Berücksichtigung der Rügen der Beschwerdeführerin nicht ersichtlich, inwiefern mit der von den Vorinstanzen vorgenommenen Beurteilung eidgenössisches Umwelt- oder Verfassungsrecht missachtet worden wäre. Insbesondere auch der Umstand, dass der Export anderer problematischer Abfälle zur X._ SA, für welche in der Schweiz keine Entsorgungsmöglichkeit besteht, vom BAFU bewilligt wurde, lässt den angefochtenen Entscheid nicht als bundesrechtswidrig erscheinen. Für Altbatterien besteht in der Schweiz eine Alternative, die dem Stand der Technik entspricht und bisher nach den Ausführungen des BAFU zu keinen umweltrechtlichen Beanstandungen Anlass gab. Das Bundesgericht hat keinen Anlass, von dieser Äusserung der Umwelt-Fachbehörde des Bundes abzuweichen. Aufgrund der bei der X._ SA festgestellten erheblichen Probleme in Bezug auf die Einhaltung umweltrechtlicher Vorschriften erübrigt sich auch der von der X._ AG beantragte Beizug eines gerichtlichen Experten. Ferner kann von einer Verletzung der Wirtschaftsfreiheit der Beschwerdeführerin (Art. 27 und 94 ff. BV) keine Rede sein, wurde die Ausfuhr der Altbatterien doch schliesslich nicht aus wettbewerbspolitischen, sondern aus umweltschutzrechtlichen Gründen untersagt (vgl. <ref-ruling> E. 9.2.2 S. 291 mit Hinweisen). Angesichts der gewichtigen öffentlichen Interessen des Umweltschutzes, die mit der Exportverweigerung verfolgt werden, erweist sich diese jedenfalls auch als verhältnismässig.
5.6 Schliesslich geht auch die Berufung der Beschwerdeführerin auf die für den Export von Abfällen anwendbaren OECD-Beschlüsse C(92)39/FINAL und C(2001)107/FINAL fehl (nicht in SR publiziert). Die Beschwerdeführerin behauptet, die Schweiz dürfe aufgrund dieser OECD-Beschlüsse den Einwand des Vorrangs der Inlandversorgung nach <ref-law> überhaupt nicht erheben (BRUNNER, a.a.O., Art. 30f N. 117 f.). Die genannten Beschlüsse sind multilaterale Übereinkünfte im Sinne von Art. 11 Abs. 2 des Basler Übereinkommens vom 22. März 1989 über die Kontrolle der grenzüberschreitenden Verbringung gefährlicher Abfälle und ihrer Entsorgung (Basler Übereinkommen, SR 0.814.05). Das Basler Übereinkommen und die genannten OECD-Beschlüsse sind Grundlage der schweizerischen Verordnung über den Verkehr mit Abfällen (VeVA, SR 814.610), welche in Art. 14 ff. den grenzüberschreitenden Verkehr mit Abfällen näher regelt (s. vorne E. 5). Die Beschwerdeführerin erhebt nicht ausdrücklich die Rüge, die VeVA widerspreche höherrangigem Recht, bezeichnet indessen die Verweigerung der Exportbewilligung als völkerrechtswidrig, weil sie zu den erwähnten OECD-Beschlüssen im Widerspruch stehe. Insbesondere dürften keine generellen Ausfuhrverbote für bestimmte Abfälle erlassen werden.
Die Beschwerdeführerin lässt bei ihrer Argumentation ausser Acht, dass es vorliegend nicht um ein generelles Ausfuhrverbot für Altbatterien geht, sondern konkret um die Ausfuhr von 50 Tonnen zur Entsorgung bei der X._ SA. Dieser Abfallexport erweist sich nicht generell als unzulässig, sondern kann wegen der bei der X._ SA während des Verfahrens festgestellten umweltrechtlichen Mängel nicht bewilligt werden (E. 5.5 hiervor). Eine solche Exportbeschränkung ist mit den angerufenen OECD-Beschlüssen vereinbar, wird doch im OECD-Beschluss C(2001)107/FINAL Kapitel II, Ziff. D 2, Cas 1 lit. d ausdrücklich festgehalten: "Les autorités compétentes des pays concernés disposent de trente jours pour s'opposer au mouvement transfrontière de déchets projetés, en conformité avec leur législation interne." Nach schweizerischem Recht wird für die Erteilung der umstrittenen Exportbewilligung unter anderem der Nachweis verlangt, dass die geplante Entsorgung umweltverträglich ist (<ref-law> und <ref-law>). Dieser Nachweis konnte in der vorliegenden Angelegenheit nicht erbracht werden. Die Rüge der Völkerrechtswidrigkeit des umstrittenen Exportverbots wird somit zu Unrecht erhoben.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass die Rekurskommission INUM die Y._ AG in das Beschwerdeverfahren als Beigeladene miteinbezogen hat. Sie bringt diesen Einwand erst im bundesgerichtlichen Verfahren vor, obwohl sie Gelegenheit gehabt hätte, diese Beiladung bereits vor der Vorinstanz zu kritisieren. Es kann offen bleiben, ob der Einwand noch zu hören ist, da ihm materiell ohnehin nicht gefolgt werden könnte.
Die Rekurskommission INUM hat zur Beiladung ausgeführt, dass das BUWAL die Ausfuhrverweigerung ursprünglich unter anderem mit dem Schutz der Y._ AG als Betreiberin der einzigen Anlage zur Verwertung von Altbatterien in der Schweiz begründet habe. Eine Gutheissung der Beschwerde der X._ AG hätte zur Folge, dass der Schutz für die Y._ AG nicht mehr im gleichem Umfang weiterbestünde. Somit sei deren persönliches Interesse an der Streitsache zu bejahen, und sie werde deshalb als Beigeladene ins Beschwerdeverfahren aufgenommen.
Diese Ausführungen sind zutreffend und auch unter Berücksichtigung der Kritik der Beschwerdeführerin nicht zu beanstanden. Die Y._ AG ist als Betreiberin der einzigen Anlage zur Verwertung von Altbatterien in der Schweiz daran interessiert, dass die in der Schweiz gesammelten Batterien in ihrer Anlage und nicht im Ausland verarbeitet werden. Damit verfügt sie über eine hinreichende Legitimation zur Beteiligung am Prozess über die Ausfuhrbewilligung.
6.2 Die Beschwerdeführerin kritisiert weiter die Zusprechung einer Parteientschädigung an die Y._ AG im Verfahren vor der Rekurskommission INUM. Eventualiter beantragt sie eine Herabsetzung der zugesprochenen Parteientschädigung.
Nachdem sich in E. 6.1 hiervor ergeben hat, dass die Beiladung der Y._ AG zu Recht erfolgte, kann ihr zufolge des Unterliegens der X._ AG im vorinstanzlichen Verfahren ein Anspruch auf eine Parteientschädigung nicht abgesprochen werden (<ref-law>; KÖLZ/HÄNER, a.a.O., N. 705). Die Rekurskommission INUM hat die Höhe der Parteientschädigung zu Gunsten der Y._ AG in Anwendung von Art. 8 der Verordnung vom 10. September 1969 über Kosten und Entschädigungen im Verwaltungsverfahren (VwKV; SR 172.041.0) und des Tarifs vom 9. November 1978 über die Entschädigungen an die Gegenpartei für das Verfahren vor Bundesgericht (SR 173.119.1) auf Fr. 19'798.40 festgesetzt. Eine solche Parteientschädigung erscheint zwar als relativ hoch, doch steht der Rekurskommission bei der Anwendung des Tarifs ein Ermessensspielraum zu, der vom Bundesgericht zu respektieren ist. Die Rekurskommission hat bei der Festsetzung der Parteientschädigung zutreffend berücksichtigt, dass das Verfahren besonders umfangreich und aufwändig und sowohl in rechtlicher wie auch technischer Hinsicht recht komplex war. Der festgesetzte Betrag stützt sich auf eine korrekte Anwendung des genannten Tarifs des Bundesgerichts und ist im Ergebnis nicht zu beanstanden. Den diesbezüglichen Rügen der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden.
7. Die übrigen Beanstandungen und Anträge der Beschwerdeführerin sind nicht geeignet, den angefochtenen Entscheid der Rekurskommission INUM vom 23. Februar 2006 in Frage zu stellen, ohne dass darauf im Einzelnen weiter eingegangen werden müsste.
8. Da im vorliegenden Verfahren keine öffentliche mündliche Verhandlung und keine öffentliche Urteilsberatung oder Abstimmung stattfindet, ist der Antrag auf Ausschluss der Öffentlichkeit vom Verfahren insoweit gegenstandslos. Über das Begehren bleibt soweit zu entscheiden, als damit sinngemäss verlangt wird, eine Publikation des bundesgerichtlichen Entscheids dürfe nur mit Zustimmung der Beschwerdeführerin erfolgen und es sei ihr Gelegenheit zu geben, die Abdeckung von Textpassagen zu verlangen, welche Rückschlüsse auf ihre Identität erlaubten und/oder Geschäftsgeheimnissen oder anderen privaten Geheimhaltungsinteressen der Beschwerdeführerin zuzuordnen seien.
8.1 Der Grundsatz der Öffentlichkeit von Verfahren vor staatlichen Gerichten ergibt sich für die Verhandlung und Urteilsverkündung insbesondere in <ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Abs. 1 UNO-Pakt II (Urteile des Bundesgerichts 1A.228/2003 vom 10. März 2004, E. 4.2 und 1P.298/2006 vom 1. September 2006, E. 2.2). Der Öffentlichkeitsgrundsatz bedeutet eine Absage an jegliche Form der Kabinettsjustiz. Er soll den Personen, die am Prozess beteiligt sind, eine korrekte Behandlung gewährleisten (<ref-ruling> E. 4a; ARTHUR HAEFLIGER/FRANK SCHÜRMANN, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2. Aufl., Bern 1999, S. 190; vgl. auch die Botschaft über eine neue Bundesverfassung vom 20. November 1996, BBl 1997 I 1 ff., S. 184). Der Öffentlichkeitsgrundsatz will der Allgemeinheit aber auch ermöglichen, festzustellen, wie das Recht verwaltet und die Rechtspflege ausgeübt wird, und liegt insoweit auch im öffentlichen Interesse (<ref-ruling> E. 2a und 4a; <ref-ruling> E. 2e; <ref-ruling> E. 3c S. 239; HAEFLIGER/SCHÜRMANN, a.a.O., S. 190 ff.). Die rechtsstaatliche und demokratische Bedeutung des Grundsatzes der Öffentlichkeit verbietet einen Ausschluss dort, wo nicht überwiegende Gründe der staatlichen Sicherheit, der öffentlichen Ordnung und Sittlichkeit oder schützenswerte Interessen Privater dies vordringlich gebieten (Art. 17 Abs. 3 OG; <ref-ruling> E. 4a mit zahlreichen Hinweisen).
8.2 Soweit in einem gerichtlichen Verfahren wie hier keine öffentliche mündliche Verhandlung und keine öffentliche Urteilsberatung stattgefunden hat, besteht die Öffentlichkeit des Verfahrens darin, dass das Urteil öffentlich verkündet wird. Um dies zu gewährleisten, werden die Rubra und Dispositive aller verfahrensabschliessender Urteile während 30 Tagen grundsätzlich ohne Anonymisierung am Bundesgericht öffentlich aufgelegt. Dies entspricht seit einigen Jahren der ständigen Praxis (vgl. <ref-law> sowie die Informationsbestimmungen des am 1. Januar 2007 in Kraft tretenden Reglements des Bundesgerichts). Ein Grossteil der bundesgerichtlichen Urteile wird ferner seit dem Jahr 2000 in Beachtung des Gebots einer transparenten Rechtsprechung - zur Wahrung des Persönlichkeits- und Datenschutzes zumeist in anonymisierter Form - über das Internet zugänglich gemacht. Die Begründungen der wichtigsten Urteile werden zudem in der amtlichen Sammlung der Entscheidungen des Bundesgerichts (BGE) veröffentlicht (vgl. Urteil 1A.228/2003 vom 10. März 2004, E. 4.3; siehe zum Ganzen ferner die Art. 27 und 57 ff. des am 1. Januar 2007 in Kraft tretenden Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, Bundesgerichtsgesetz, BGG, AS 2006 S. 1205 ff., SR 173.110).
8.3 Das Gebot der Transparenz hat erhebliche Bedeutung. Bei der Gewichtung des öffentlichen Interesses an der Veröffentlichung eines Bundesgerichtsurteils auf Internet oder in der amtlichen Entscheidsammlung ist zunächst wichtig, ob und in welchem Masse dem Urteil präjudizielle Bedeutung zukommt oder ein Interesse der Öffentlichkeit daran bestehen könnte, die Entwicklung oder die Konstanz der Rechtsprechung im betroffenen Rechtsgebiet auch anhand des konkreten Urteils zu beobachten. Sofern im Urteil eine Rechtsfrage von allgemeiner Bedeutung beantwortet wird, ist der Entscheid für interessierte Kreise durch Publikation, in der Regel in anonymisierter und, soweit nötig, in geeignet gekürzter Form, zugänglich zu machen. Dies erfordert auch das Gebot der Waffengleichheit, nach dem alle Rechtsuchenden bei der Konsultation der geltenden Rechtsprechung die gleichen Möglichkeiten geniessen sollen (Urteile des Bundesgerichts 4P.74/2006 vom 19. Juni 2006, E. 8.5, 1A.228/2003 vom 10. März 2004, E. 4.2/4.3 und 4P.207/2002 vom 10. Dezember 2002, E. 1.2).
Einem berechtigten Interesse der Beschwerdeführerin am Persönlichkeits- und Datenschutz wird mit der Anonymisierung des Urteils hinreichend Rechnung getragen. Sie darf indessen nicht dazu führen, dass das Urteil nicht mehr verständlich ist. Es kann deshalb nicht ausgeschlossen werden, dass Personen, die mit den Einzelheiten des Falles vertraut sind, erkennen können, um wen es geht. So verhält es sich jedoch bei nahezu allen Urteilen, welche das Bundesgericht der Öffentlichkeit zugänglich macht. Dies allein stellt keinen zureichenden Grund für einen Verzicht auf die Veröffentlichung dar. Andernfalls wäre eine transparente Rechtsprechung unmöglich (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1A.228/2003 vom 10. März 2004, E. 4.3).
8.4 Die Begründung des vorliegenden Urteils enthält wichtige Erwägungen, die der interessierten Öffentlichkeit nicht ohne triftige Gründe vorenthalten werden dürfen. Unter diesen Umständen ist der sinngemäss gestellte Antrag, das Urteil des Bundesgerichts sei nicht bzw. nicht im Volltext zu veröffentlichen, nicht zuletzt auch im Hinblick auf das Gleichbehandlungsgebot (<ref-law>) abzuweisen. Das öffentliche Interesse an der Verwirklichung des in <ref-law> verankerten Öffentlichkeitsgrundsatzes überwiegt die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten privaten Geheimhaltungsinteressen.
Dem Antrag, bei der Veröffentlichung des Urteils seien die Namen der Parteien und alle zur Identifikation geeigneten Details zu anonymisieren, kann somit in der absoluten Form, wie er gestellt ist, nicht entsprochen werden. Die Abwägung zwischen den privaten Geheimhaltungsinteressen der Beschwerdeführerin und den verfassungsmässig verankerten Interessen an der Durchsetzung des Öffentlichkeitsprinzips hat ergeben, dass auf den vorliegenden Fall die geltende allgemeine bundesgerichtliche Publikationspraxis anzuwenden ist, wie sie vorne dargelegt wurde. Für eine weitergehende Anonymisierung, wie sie etwa im Interesse des Jugendschutzes oder bei Sexualdelikten aus Gründen des Opferschutzes in Frage kommen kann, besteht kein Grund. Aus den Akten des vorliegenden Verfahrens ergibt sich im Übrigen, dass die Presse und weitere interessierte Kreise über die umweltrechtlichen Probleme bei der X._ SA bereits informiert sind. Daran würde auch die Abdeckung gewisser Textstellen des vorliegenden Entscheids nichts ändern.
9. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Verwaltungsgerichtsbeschwerde im Verfahren 1A.61/2006 abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Über die Kostenfolgen ist im Anschluss an die Beurteilung der Beschwerde im Verfahren 1A.117/2006 gesamthaft zu entscheiden.
Verfahren 1A.117/2006
10. Mit einer zweiten Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 1. Juni 2006 (Verfahren 1A.117/2006) beantragt die X._ AG, der Entscheid der Rekurskommission INUM vom 2. Mai 2006 betreffend Publikation des Urteils vom 23. Februar 2006 sei teilweise aufzuheben und zu ändern. Auf eine Publikation des Beschwerdeentscheids der Rekurskommission sei mindestens so lange zu verzichten als dieser nicht rechtskräftig sei. Zudem verlangt die Beschwerdeführerin die Abdeckung bestimmter Stellen des Urteils der Rekurskommission, welche nach dem angefochtenen Entscheid nicht verschleiert werden sollten. Sie stellt ausserdem weitere Anträge, auf die, soweit erforderlich, im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen wird.
11. Der Entscheid der Rekurskommission INUM vom 2. Mai 2006 betrifft im Wesentlichen die Publikation ihres Entscheids vom 23. Februar 2006. Er stützt sich auf <ref-law> und Art. 13 der Verordnung vom 3. Februar 1993 über Organisation und Verfahren eidgenössischer Rekurs- und Schiedskommissionen (VRSK; SR 173.31). Es liegt somit eine Verfügung im Sinne von <ref-law> vor, die nach Art. 97 ff. OG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist jedoch nur insoweit einzutreten, als sie sich auf den vorliegenden Streitgegenstand bezieht (s. E. 2 hiervor).
12. Die Beschwerdeführerin stellt mit ihren Anträgen die Zulässigkeit der Publikation des Entscheids der Rekurskommission INUM vom 23. Februar 2006 nicht mehr grundsätzlich in Frage. Ihrem Hauptantrag auf Verzicht der Publikation des Urteils vor dessen Rechtskraft wurde mit der Verfügung des Präsidenten der I. öffentlichrechtlichen Abteilung vom 28. Juli 2006 insoweit entsprochen, als die Rekurskommission INUM angewiesen wurde, während dem vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren neben dem Beschwerdeentscheid vom 23. Februar 2006 auch ihren Entscheid vom 2. Mai 2006 betreffend Urteilspublikation nicht auf ihrer Homepage im Internet zu publizieren. Mit dem vorliegenden Urteil des Bundesgerichts im Verfahren 1A.61/2006 wird der Entscheid der Rekurskommission INUM vom 23. Februar 2006 rechtskräftig, da kein weiteres ordentliches Rechtsmittel mehr zur Verfügung steht. Es ist im vorliegenden Verfahren somit lediglich noch darüber zu entscheiden, ob die Rekurskommission INUM die von der Beschwerdeführerin verlangte Abdeckung von Textpassagen teilweise verweigern durfte.
12.1 Nach der Praxis der Rekurskommission INUM werden grundsätzlich alle ihre Urteile im Internet wiedergegeben und die wesentlichen Entscheide zudem in der Zeitschrift "Verwaltungspraxis des Bundes" (VPB) publiziert. Dieses Vorgehen entspricht heute einer weit verbreiteten Praxis (s. E. 8.2 hiervor). Für den Umfang der Anonymisierung gelten für die Rekurskommission dieselben Grundsätze wie für das Bundesgericht (s. E. 8.3 hiervor). Der angefochtene Entscheid der Rekurskommission INUM vom 2. Mai 2006 trägt diesen Grundsätzen Rechnung. Ob die Rekurskommission nach Abwägung zwischen den Geheimhaltungsinteressen der Beschwerdeführerin und den öffentlichen Interessen an einer transparenten Rechtsprechung allenfalls zu weitreichende Verschleierungen vorgenommen hat, ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens (Art. 114 Abs. 1 OG). Die Beschwerdeführerin beanstandet die Erwägungen der Vorinstanz zum Ausmass der Publikation über weite Strecken mit einer Kritik am Inhalt der Ausführungen der Rekurskommission in ihrem Entscheid von 23. Februar 2006. Damit werden keine legitimen Geheimhaltungsinteressen dargetan. Darüber hinaus verlangt die Beschwerdeführerin, die Bezeichnung der beteiligten französischen Behörden und deren Stellungnahmen zum Betrieb der X._ SA seien abzudecken. Diesem Anliegen hat die Rekurskommission zu Recht nicht entsprochen. Insbesondere bei der Nennung Frankreichs als Land, in welchem die Altbatterien entsorgt werden sollten, und bei der Beanstandung durch die zuständigen Behörden mittels "arrêtés préfectoraux" handelt es sich um Sachverhaltselemente, die für das Verständnis des Entscheids von erheblicher Bedeutung sind. Auch die Publikation von als solche erkennbaren Parteibehauptungen der Y._ AG sowie der Schlussfolgerungen der Rekurskommission aus Dokumenten der französischen Behörden erscheinen zur Gewährleistung der Transparenz der Rechtsprechung erforderlich und greifen nicht in schutzwürdige Interessen der Beschwerdeführerin ein.
12.2 Weitere Anträge der Beschwerdeführerin zur Publikation des Entscheids der Rekurskommission INUM vom 23. Februar 2006 betreffen den Zeitraum, bevor dieser Entscheid rechtskräftig wird. Zusätzliche Anträge stellt sie für den Fall, dass sie mit ihrem Antrag auf Streichung weiterer Textpassagen durchdringt. Diese Anträge werden mit dem vorliegenden Entscheid gegenstandslos.
13. Es ergibt sich somit, dass beide Verwaltungsgerichtsbeschwerden abzuweisen sind, soweit auf sie eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Diese hat der Y._ AG eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 9'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Y._ AG für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Umwelt und der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Dezember 2006
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: