Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland des Kantons Zürich führt zwei Verfahren betreffend die aussergewöhnlichen Todesfälle von A.Y._ sowie deren Tochter B.Y._, beide deutsche Staatsangehörige und zuletzt wohnhaft gewesen in Deutschland. A.Y._ und B.Y._ verstarben am 24. Juni 2010 in den Räumlichkeiten des Vereins X._. Die Staatsanwaltschaft geht von einem durch Mitarbeitende des Vereins X._ begleiteten gemeinsamen Freitod aus. Vor ihrem Freitod überwies A.Y._ gemäss hinterlassenen schriftlichen Aufzeichnungen einen "Sondermitgliederbeitrag" an den Verein X._.
Mit in Briefform verfasster Verfügung vom 26. Juli 2010 forderte die Staatsanwaltschaft den Verein X._ auf, über Wesen, Zweck und Rechtsgrundlagen des offenbar geforderten Sondermitgliederbeitrags zu informieren und alle Belege einzureichen, welche aufzeigten, welche Gelder in diesen beiden Fällen (Freitod von A.Y._ und B.Y._) an den Verein X._ überwiesen worden seien.
B. Gegen diese Editionsverfügung erhoben der Verein X._ sowie - in eigenem Namen - dessen Generalsekretär V._ mit Eingabe vom 9. August 2010 Rekurs an die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 29. September 2010 trat diese auf den Rekurs von V._ nicht ein und wies den Rekurs des Vereins X._ ab, soweit sie darauf eintrat. Sie erwog, es bestehe ein Anfangsverdacht, dass die Beihilfe zum Doppelsuizid von A.Y._ und B.Y._ aus selbstsüchtigen Beweggründen erfolgt sei, was gemäss <ref-law> strafbar wäre.
Diesen Entscheid focht der Verein X._ mit Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht an. Dieses trat mit Urteil 1B_354/2010 vom 8. Februar 2011 auf die Beschwerde mit der Begründung nicht ein, es sei nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Rekursentscheid der Oberstaatsanwaltschaft einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken könnte.
C. Mit Schreiben vom 28. März 2011 forderte die Staatsanwaltschaft den Verein X._ erneut zur Einreichung sämtlicher Unterlagen auf, welche den Geldfluss bei den beiden Freitodbegleitungen von A.Y._ und B.Y._ belegten. Dieser Aufforderung kam der Verein X._ nach, verlangte jedoch gleichzeitig die Siegelung der Unterlagen. Am 19. April 2011 versiegelte die Kantonspolizei Zürich die Unterlagen am Sitz des Vereins X._ im Beisein von V._.
Mit Eingabe vom 27. April 2011 stellte die Staatsanwaltschaft beim Obergericht des Kantons Zürich, Zwangsmassnahmengericht, gestützt auf <ref-law> einen Antrag auf Entsiegelung und Durchsuchung.
Mit Verfügung vom 18. August 2011 hiess das Obergericht des Kantons Zürich, Zwangsmassnahmengericht, das Entsiegelungsgesuch der Staatsanwaltschaft gut und entschied, die Durchsuchung der Unterlagen werde den Strafverfolgungsbehörden überlassen.
Der Verein X._ führt mit Eingabe vom 21. September 2011 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht mit den Anträgen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich, Zwangsmassnahmengericht, sei aufzuheben, und die versiegelten Unterlagen seien ihm wieder auszuhändigen.
Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesstrafgerichts (Abs. 1). Die Kantone setzen als letzte kantonale Instanzen obere Gerichte ein. Diese entscheiden als Rechtsmittelinstanzen. Ausgenommen sind die Fälle, in denen nach der StPO ein Zwangsmassnahmengericht oder ein anderes Gericht als einzige kantonale Instanz entscheidet (Abs. 2; dritter Satz eingefügt durch Anhang Ziff. II 5 des Bundesgesetzes vom 19. März 2010 über die Organisation der Strafbehörden des Bundes [Strafbehördenorganisationsgesetz, StBOG; SR 173.71]).
Vorliegend hat die Vorinstanz unter Hinweis auf <ref-law> als einzige kantonale Instanz entschieden. Gemäss <ref-law> sind Aufzeichnungen und Gegenstände, die nach Angaben der Inhaberin oder des Inhabers wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht durchsucht oder beschlagnahmt werden dürfen, zu versiegeln und dürfen von den Strafbehörden weder eingesehen noch verwendet werden (Abs. 1). Stellt die Strafbehörde nicht innert 20 Tagen ein Entsiegelungsgesuch, so werden die versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände der berechtigten Person zurückgegeben (Abs. 2). Stellt die Strafbehörde ein Entsiegelungsgesuch, so entscheidet darüber im Vorverfahren das Zwangsmassnahmengericht innerhalb eines Monats endgültig (Abs. 3 lit. a). <ref-law> stellt klar, dass in den Fällen, in denen die StPO einen Entscheid als endgültig oder nicht anfechtbar bezeichnet, kein Rechtsmittel nach diesem Gesetz zulässig ist. Damit übereinstimmend bestimmt <ref-law>, dass die Beschwerde zulässig ist gegen Entscheide des Zwangsmassnahmengerichts in den in diesem Gesetz vorgesehenen Fällen.
Es stellt sich allerdings die Frage, ob der sich aus <ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law> ergebende Ausschluss der StPO-Beschwerde in Entsiegelungsangelegenheiten den gesetzgeberischen Willen korrekt zum Ausdruck bringt. Die gesetzlich vorgesehene direkte Anfechtungsmöglichkeit beim Bundesgericht widerspricht wichtigen Reformzielen - der Schaffung des zweistufigen kantonalen Rechtsmittelzugs ("double instance") sowie der Entlastung des Höchstgerichts - , ohne dass erkennbar ist, weshalb der Gesetzgeber von der bisherigen bewährten Ordnung, welche die Beschwerde in Strafsachen nur gegen Rechtsmittelentscheide oberer kantonaler Gerichte zuliess (Art. 78 i.V.m. <ref-law> in der ursprünglichen Fassung), in dieser Materie bewusst abweichen wollte. Entsiegelungen betreffen regelmässig sehr komplexe Wirtschaftsstraffälle mit grossen Mengen zu triagierender Dokumente und elektronischer Dateien (vgl. <ref-ruling>). Um diese Triage vornehmen zu können, ist der Aufbau einer aufwändigen und spezialisierten Infrastruktur notwendig (vgl. Heinz Aemisegger/Marc Forster, Basler Kommentar BGG, 2. Aufl., 2011, Art. 79 N. 31). Im Rahmen einer Entsiegelung ist mithin oft umfangreiches Material zu sichten und zu bewerten, was gegen einen direkten Weiterzug ans Bundesgericht spricht. Dieses ist nicht dotiert zur Überprüfung solch umfassender und entsprechend zeitraubender Untersuchungshandlungen, die oft im Beisein und Austausch mit den Parteien vorgenommen werden müssen; seine primären Aufgaben sind die letztinstanzliche Beantwortung von Rechtsfragen und die einheitliche Anwendung des Bundesrechts. Die direkte Anfechtbarkeit der regelmässig sehr detaillierten Entsiegelungsentscheide beim Bundesgericht erscheint deshalb nicht stufen- und sachgerecht.
Da jedoch, wie nachfolgend dargelegt, die Beschwerde ohnehin abzuweisen ist, kann es vorliegend offen gelassen werden, ob es sich beim Ausschluss der StPO-Beschwerde in Entsiegelungsangelegenheiten um ein gesetzgeberisches Versehen handelt, was zur Folge hätte, dass im zu beurteilenden Fall der kantonale Instanzenzug nicht erschöpft wäre.
1.2 Die umstrittene Verfahrenshandlung schliesst das Strafverfahren nicht ab (Art. 90 f. BGG); es liegt ein selbstständig eröffneter Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> vor. Die Entsiegelung der Unterlagen kann einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> zur Folge haben (vgl. hierzu auch "e contrario" Urteil 1B_354/2010 vom 8. Februar 2010 E. 1 in der gleichen Sache). Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Er ist nach <ref-law> zur Beschwerde berechtigt.
2. Der Beschwerdeführer bestreitet das Vorliegen eines hinreichenden Tatverdachts.
2.1 Nach der bisherigen Praxis des Bundesgerichts zum kantonalen Strafprozessrecht und zur Bundesstrafprozessordnung setzen nichtfreiheitsentziehende strafprozessuale Zwangsmassnahmen grundsätzlich nicht die gleich hohe Intensität eines (dringenden) Tatverdachts schwerer Delikte voraus wie Untersuchungs- oder Sicherheitshaft. Für Beschlagnahmungen und Entsiegelungen genügt ein hinreichender, objektiv begründeter, konkreter Tatverdacht gegenüber der beschuldigten Person (Urteil 1B_212/2010 E. 3 mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> ist für die Anordnung von strafprozessualer Haft ein dringender Tatverdacht erforderlich. Einen solchen verlangt das Gesetz für Beschlagnahmungen und Durchsuchungen bzw. Entsiegelungen nicht ausdrücklich. Vielmehr gilt insoweit die allgemeine Bestimmung von <ref-law>, wonach Zwangsmassnahmen nur ergriffen werden können, wenn ein hinreichender Tatverdacht vorliegt. Die bisherige Praxis des Bundesgerichts ist daher auch nach Inkrafttreten der StPO per 1. Januar 2011 weiterzuführen.
Bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachts ist keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen, da im Entsiegelungsverfahren die Beurteilung des erkennenden Sachrichters nicht präjudiziert werden darf. Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs rügt, da die Vorinstanz seine Einwände nicht umfassend geprüft habe, ist seine Beschwerde abzuweisen.
Zu klären ist vorliegend, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat vorliegen, die Strafverfolgungsbehörden somit das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Es genügt mithin der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. Urteil 1B_435/2011 vom 13. September 2011 E. 3.3.2 zum Haftverfahren). Dabei muss sich der Tatverdacht aus konkreten Tatsachen ergeben, die eine vorläufige Subsumption unter einen bestimmten Tatbestand erlauben. Reine Mutmassungen, Gerüchte oder generelle Vermutungen können keinen hinreichenden Tatverdacht begründen (Jonas Weber, Basler Kommentar StPO, 2011, Art. 197 N. 7).
Strittig ist das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts bezüglich des Tatbestands von <ref-law>. Nach dieser Bestimmung mit der Marginalie "Verleitung und Beihilfe zum Selbstmord" wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer aus selbstsüchtigen Beweggründen jemanden zum Selbstmord verleitet oder ihm dazu Hilfe leistet - vorausgesetzt der Selbstmord wurde ausgeführt oder zumindest versucht.
2.2 Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich kam im Rekursentscheid vom 29. September 2010, auf dessen Begründung die Staatsanwaltschaft ihr Entsiegelungsgesuch an die Vorinstanz stützt, zum Schluss, die Tatsache, dass der Beschwerdeführer gemäss Art. 9 Abs. 5 seiner Statuten einen Betrag von bis zu Fr. 7'500.-- für eine Freitodbegleitung erhebe, genüge für sich allein genommen nicht, um einen Anfangsverdacht auf ein Handeln aus selbstsüchtigen Beweggründen im Sinne von <ref-law> zu bejahen (Rekursentscheid Ziff. 23). Vorliegend sei jedoch nicht erstellt, dass es sich beim "Sondermitgliederbeitrag", welchen A.Y._ in ihrem Schreiben vom 12. März 2010 erwähnt habe, (nur) um den statutarischen Mitgliedsbeitrag gehandelt habe. Möglich bleibe, dass ein höherer Betrag überwiesen worden sei. In einem ersten Schritt sei somit zu klären, welche Einnahmen der Beschwerdeführer im konkreten Fall erzielt habe. Ergebe sich, dass die Einnahmen den mutmasslichen Aufwand übertroffen hätten, werde die Staatsanwaltschaft weitere Abklärungen namentlich zum effektiven Aufwand und der Verwendung eines allfälligen Einnahmenüberschusses anzustellen haben. Vorliegend komme hinzu, dass der mutmassliche Aufwand pro sterbewilliger Person bei einem Doppelsuizid mutmasslich wesentlich tiefer liege als bei zwei unabhängig voneinander durchgeführten Freitodbegleitungen (Rekursentscheid Ziff. 24). Wer letztlich als tatverdächtig in Frage komme, werde in einem weiteren Schritt zu prüfen sein, weshalb die Untersuchung derzeit gegen unbekannte Täterschaft zu führen sei (Rekursentscheid Ziff. 25).
Die Vorinstanz schliesst sich in der angefochtenen Verfügung der Begründung der Oberstaatsanwaltschaft im Rekursentscheid vom 29. September 2010 an. Sie betont, Zahlungen sterbewilliger Personen an eine Sterbehilfeorganisation, die der Deckung der administrativen Kosten und der Spesen dienten, liessen die Dienstleistungen der Organisationen respektive der diese vertretenden Personen nicht als selbstsüchtig im Sinne von <ref-law> erscheinen. Vorliegend sei unbestritten, dass A.Y._ im Vorfeld ihres Suizids dem Beschwerdeführer eine Zahlung geleistet habe, welche sie als "Sondermitgliederbeitrag" bezeichnet habe. Die Höhe der Zahlung sei jedoch unbekannt. Es bestehe daher der Verdacht, dass ein die tatsächlichen administrativen Kosten für die beiden Freitodbegleitungen übersteigender Betrag überwiesen worden sei. Demzufolge sei von einem hinreichenden Tatverdacht bezüglich des Tatbestands von <ref-law> auszugehen.
2.3 In Art. 9 Abs. 1 der Statuten des Beschwerdeführers wird bestimmt, dass die Mittel des Vereins aus Beiträgen der Mitglieder, Legaten und Spenden Dritter bestehen. Gemäss Art. 9 Abs. 3 betragen die Eintrittsgebühr und der jährliche Mitgliederbeitrag für Aktivmitglieder je Fr. 200.--. In Art. 9 Abs. 5 wird festgelegt, dass Mitglieder, die eine Freitodbegleitung vorbereiten lassen, zur Deckung des damit verbundenen administrativen Aufwands einen zusätzlichen Mitgliederbeitrag von Fr. 3'000.-- zu leisten haben. Mitglieder, die eine Freitodbegleitung durchführen lassen, bezahlen zur Deckung des dafür erforderlichen administrativen Aufwands einen zusätzlichen Mitgliederbeitrag von Fr. 3'000.--. Übertragen sie die Abwicklung der erforderlichen Formalitäten mit Bestattungs- und Zivilstandsämtern dem Beschwerdeführer, bezahlen sie für diesen zusätzlichen administrativen Aufwand einen weiteren zusätzlichen Mitgliederbeitrag von Fr. 1'500.--. Insgesamt verlangt der Beschwerdeführer somit für eine Freitodbegleitung Fr. 6'000.-- bis Fr. 7'500.--.
Die Oberstaatsanwaltschaft und die Vorinstanz gehen, wie dargelegt (E. 2.2 hiervor), im Ergebnis davon aus, dass die Tatsache, dass der Beschwerdeführer gemäss seinen Statuten einen Betrag von bis zu Fr. 7'500.-- für eine Freitodbegleitung erhebt, für sich allein genommen nicht ausreicht, um einen Anfangsverdacht bezüglich des Tatbestands von <ref-law> zu bejahen. Vielmehr verweisen die Oberstaatsanwaltschaft und die Vorinstanz zur Begründung des hinreichenden Tatverdachts (einzig) auf ein an den Beschwerdeführer gerichtetes Schreiben von A.Y._ vom 12. März 2010, in welchem diese festgehalten hat, sie habe in den vergangenen Tagen den "Sondermitgliederbeitrag" überweisen lassen.
2.4 Die Verwendung des Begriffs "Sondermitgliederbeitrag" im Schreiben vom 12. März 2010 scheint darauf hinzudeuten, dass A.Y._ einen vom üblichen, statutarisch geschuldeten Mitgliederbeitrag abweichenden Betrag überwiesen hat. Mangels Hinweisen auf die Höhe der geleisteten Zahlung ist es damit ohne Weiteres möglich, dass der von A.Y._ einbezahlte "Sondermitgliederbeitrag" die tatsächlichen administrativen Kosten der beiden Freitodbegleitungen (deutlich) übersteigt. Hinzu kommt, dass es sich vorliegend um eine spezielle Konstellation eines Doppelsuizids von Tochter und Mutter handelt, welche nach den vom Beschwerdeführer nicht bestrittenen Feststellungen der Oberstaatsanwaltschaft im Rekursentscheid vom 29. September 2010 dazu geführt hat, dass die 90-jährige Schwester von A.Y._ einzige Erbin ist. Es erscheint daher naheliegend, dass niemand die Vermögensveräusserungen von A.Y._ überprüft hat, weshalb die Untersuchungsbehörden zur erhöhten Wachsamkeit verpflichtet sind.
Aufgrund des Schreibens von A.Y._ vom 12. März 2010 bestehen folglich konkrete Anhaltspunkte, dass mehr als der gemäss den Statuten des Beschwerdeführers geschuldete Betrag überwiesen worden ist. Dies genügt, um einen hinreichenden Tatverdacht bezüglich des Tatbestands von <ref-law> zu bejahen. Selbstsüchtig im Sinne von <ref-law> sind die Beweggründe, wenn der Täter einen persönlichen Vorteil insbesondere materieller Art verfolgt. In der Lehre ist umstritten, ob es für die Strafbarkeitsbegründung der Suizidbeihilfe genügt, wenn die Mitarbeitenden der Sterbehilfeorganisation Geldzahlungen entgegennehmen, die über die Deckung der administrativen Kosten und Spesen der konkreten Freitodbegleitung hinausgehen (vgl. zum Ganzen Petra Venetz, Suizidhilfeorganisationen und Strafrecht, 2008, S. 266 ff.; Andreas Brunner, Graubereiche in der Sterbehilfe, in: Frank Th. Petermann [Hrsg.], Sterbehilfe im Fokus der Gesetzgebung, 2010, S. 223-248, insb. S. 237 ff.; Martin Schubarth, Assistierter Suizid - Aussergewöhnlicher Todesfall? In: Frank Th. Petermann [Hrsg.], Sterbehilfe im Fokus der Gesetzgebung, 2010, S. 249-263, insb. S. 258 f.; Christian Schwarzenegger, Basler Kommentar StGB, 2. Aufl., 2007, Art. 115 N. 10; derselbe, Selbstsüchtige Beweggründe bei der Verleitung und Beihilfe zum Selbstmord [<ref-law>], in: Frank Th. Petermann [Hrsg.], Sicherheitsfragen der Sterbehilfe, 2008, S. 81-123, insb. S. 118). Sollte sich aus den Unterlagen ergeben, dass tatsächlich mehr als der übliche Betrag einbezahlt worden ist, so wird bei Anklageerhebung letztlich das urteilende Gericht zu entscheiden haben, ob das Tatbestandsmerkmal des Handelns aus selbstsüchtigen Beweggründen erfüllt ist. Dass im jetzigen Untersuchungsstadium zudem unklar ist, welche natürliche Person als Täter in Betracht kommt, steht der Entsiegelung nicht entgegen, kann doch ein Strafverfahren auch gegen unbekannte Täterschaft geführt werden. Besteht, wie vorliegend, ein hinreichender Tatverdacht und ist klar, dass der mutmassliche Täter für die Sterbehilfeorganisation tätig ist, so können gegen diese Zwangsmassnahmen ergriffen werden. Ferner hatte die Rechtsprechung bislang die Frage noch nicht zu entscheiden, ob <ref-law>, welcher eine subsidiäre Strafbarkeit des Unternehmens statuiert, auch auf Sterbehilfeorganisationen Anwendung findet (kritisch insoweit Venetz, a.a.O., S. 121 f.).
Angesichts der sehr aussergewöhnlichen Konstellation - Doppelsuizid und nur eine (hochbetagte) Hinterbliebene - kann im Übrigen entgegen den Ausführungen in der Beschwerde nicht gesagt werden, dass die Bejahung eines hinreichenden Tatverdachts zu einer generellen finanziellen Offenlegungspflicht der in der Schweiz tätigen Sterbehilfeorganisationen führen würde und der Beschwerdeführer nunmehr in sämtlichen Fällen jegliche Zahlungen transparent machen müsste.
2.5 Die sichergestellten Aufzeichnungen sind potenziell beweistauglich, das heisst, geeignet zu belegen, welchen Betrag A.Y._ einbezahlt hat. Der Deliktskonnex ist somit erfüllt. Des Weiteren besteht an der Aufklärung aussergewöhnlicher Todesfälle ein gewichtiges öffentliches Interesse, während es sich bei der Entsiegelung der vorliegend in Frage stehenden Unterlagen lediglich um einen geringfügigen Eingriff in das Recht auf Privatsphäre des Beschwerdeführers handelt. Die Durchsuchung der versiegelten Dokumente ist folglich auch als verhältnismässig einzustufen. Schliesslich stehen der Durchsuchung weder Berufsgeheimnisse im Sinne von <ref-law> noch ein Zeugnis- bzw. Editionsverweigerungsrecht im Sinne von Art. 168 ff. und Art. 265 Abs. 2 StPO entgegen. Gegenteiliges wird vom Beschwerdeführer auch nicht behauptet. Das Obergericht hat als Zwangsmassnahmengericht entschieden, die Durchsuchung und Auswertung der versiegelten Unterlagen den Strafverfolgungsbehörden zu überlassen. die Unterlagen sind nicht durch Beschlagnahmung in die Akten gelangt. Der Beschwerdeführer hat dieses Vorgehen nicht in Frage gestellt und damit keine durch die Gerichte vorzunehmende Triage gefordert. Das Bundesgericht sieht sich im vorliegenden Fall nicht dazu veranlasst, eine solche von Amtes wegen anzuordnen bzw. selbst durchzuführen.
3. Die Vorinstanz hat das Entsiegelungsgesuch der Staatsanwaltschaft somit zu Recht gutgeheissen. Die Beschwerde ist folglich abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft See/Oberland, der Oberstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, Zwangsmassnahmengericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner