A.- A._, geboren 1962, meldete sich am 22. Januar 1998 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach erfolgtem Vorbescheidverfahren lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen mit Verfügung vom 30. Juni 1998 den Anspruch auf eine Invalidenrente ab. Für die beruflichen Massnahmen wurde auf eine Mitteilung vom 13. Mai 1998 verwiesen, in welcher die Umschulung abgelehnt worden war.
B.- Die gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 7. Dezember 2000 ab.
C.- A._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit den Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verwaltungsverfügung sei ihm eine ganze Invalidenrente ab April 1998 zuzusprechen.
Eventualiter sei eine interdisziplinäre, subeventualiter eine psychiatrische Begutachtung vorzunehmen. Ferner ersucht er um die Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. Er legt einen Bericht des Dr.
med. M._, FMH Innere Medizin, vom 21. Januar 2001 bei.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherung auf eine Stellungnahme verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach <ref-law> gilt als Invalidität die durch einen körperlichen oder geistigen Gesundheitsschaden als Folge von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall verursachte, voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde Erwerbsunfähigkeit. Nach <ref-law> hat der Versicherte Anspruch auf eine ganze Rente, wenn er mindestens zu 66 2/3 %, auf eine halbe Rente, wenn er mindestens zu 50 % oder auf eine Viertelsrente, wenn er mindestens zu 40 % invalid ist; in Härtefällen hat der Versicherte nach <ref-law> bereits bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 40 % Anspruch auf eine halbe Rente. Für die Bemessung der Invalidität wird gemäss <ref-law> das Erwerbseinkommen, das der Versicherte nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihm zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das er erzielen könnte, wenn er nicht invalid geworden wäre.
b) Nach ständiger Rechtsprechung beurteilt das Sozialversicherungsgericht die Gesetzmässigkeit der angefochtenen Verfügungen in der Regel nach dem Sachverhalt, der zur Zeit des Verfügungserlasses gegeben war (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen). Tatsachen, die jenen Sachverhalt seither verändert haben, sollen im Normalfall Gegenstand einer neuen Verwaltungsverfügung sein (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweis).
2.- Wie der vom Beschwerdeführer am 30. Januar 2001 ins Recht gelegte Bericht des Hausarztes Dr. med.
M._ bestätigt, stimmen die verschiedenen ärztlichen Diagnosen in somatischer Hinsicht im Wesentlichen überein.
Es ist deshalb der Vorinstanz beizupflichten, wenn sie - gestützt auf das Gutachten der Frau Dr. med. und Dr. sc.
nat. ETH S._, Innere Medizin FMH, speziell Rheumaerkrankungen, vom 21. April 1998 - davon ausgeht, dass dem Versicherten eine Verweisungstätigkeit als Magaziner auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt mit geringfügigen Einschränkungen zumutbar ist und er so ein Einkommen erzielen könnte, das nicht geringer als das bisher erzielte ist. Die Zusprechung einer Rente aus somatischen Gründen ist deshalb zu Recht abgelehnt worden.
3.- Streitig ist nur noch, ob der Beschwerdeführer an einem psychischen Gesundheitsschaden leidet, der seine Arbeits- und Erwerbsfähigkeit beeinträchtigt. Der vom Versicherten mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ins Recht gelegte Bericht des Hausarztes Dr. med. M._ vom 21. Januar 2001 führt dazu aus, dass sich eine depressive Grundstimmung eingestellt habe und dass diese Depression seit etwa einem Jahr, d.h. seit Januar 2000, Krankheitswert habe.
Da die Depression - wenn überhaupt - frühestens seit Januar 2000 Krankheitswert hat, war sie für die IV-Stelle zur Zeit des Verfügungserlasses am 30. Juni 1998 nicht massgebend (vgl. Erw. 1b hievor), sodass die Vorinstanz zu Recht einen Anspruch des Beschwerdeführers auf eine Invalidenrente wegen der Folgen eines psychischen Gesundheitsschadens verneint hat.
4.- Der Beschwerdeführer beantragt eventualiter eine Begutachtung durch eine medizinische Abklärungsstelle, subeventualiter eine psychiatrische Begutachtung.
Im vorliegenden Fall ist der medizinisch relevante Sachverhalt umfassend abgeklärt worden. Von ergänzenden Abklärungen, seien sie interdisziplinär oder psychiatrisch, können in Bezug auf den massgebenden Verfügungszeitpunkt (30. Juni 1998) keine neuen Erkenntnisse erwartet werden, sodass unter Vornahme einer antizipierten Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> Erw. 4b und 122 V 162 Erw. 1d) der Eventual- und Subeventualantrag abzuweisen sind.
5.- Da es im vorliegenden Verfahren um Versicherungsleistungen geht, sind gemäss Art. 134 OG keine Gerichtskosten zu erheben. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten erweist sich daher als gegenstandslos. Die unentgeltliche Verbeiständung kann hingegen gewährt werden (Art. 152 in Verbindung mit Art. 135 OG), da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung geboten war (<ref-ruling> Erw. 4a und 372 Erw. 5b, je mit Hinweisen). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwalt Robert Baumann, St. Gallen, für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht
aus der Gerichtskasse eine Entschädigung (Honorar
und Auslagenersatz) von Fr. 2500.- ausgerichtet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 30. April 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: