Art. 4 aBV (Submission), hat sich ergeben:
A.- Die B._ AG mit Sitz in X._ ist eine Aktiengesellschaft des Privatrechts, an der neben zahlreichen bernischen Einwohnergemeinden auch private Aktionäre beteiligt sind. Sie beabsichtigt, in X._ eine Kehrichtverbrennungsanlage zu bauen und zu betreiben. Ungeachtet der Vorbehalte, welche in der Bevölkerung gegen eine Schwelbrennanlage bestanden, strebte sie zunächst die Errichtung einer solchen an. Mit Verwaltungsratsentscheid vom 19. Juni 1998 verzichtete sie jedoch auf die Ausführung dieses Vorhabens und entschloss sich, ein reduziertes Projekt mit einer konventionellen Rostfeuerung in Auftrag zu geben.
Die in L._ domizilierte A._ SA tritt als Offerentin von Anlagen zur thermischen Abfallverwertung im Hochtemperaturbereich (mit gleichzeitigem Recyclingverfahren) auf. Ab August 1998 gelangte sie mit mehreren Schreiben sowohl an die B._ AG als auch an die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie den Regierungsrat des Kantons Bern. Sie ersuchte darum, in die - ihrer Auffassung nach erforderliche - öffentliche Ausschreibung des Bauvorhabens der B._ AG einbezogen zu werden.
B.- Am 17. Mai 1999 erhob die A._ SA Rechtsverweigerungsbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Sie stellte das Begehren, die B._ AG sei anzuweisen, den Auftrag für die Planung und/oder den Bau der neuen Kehrichtverbrennungsanlage in X._ gemäss den Bestimmungen der kantonalen Submissionsverordnung öffentlich und funktionsbezogen auszuschreiben; eventuell sei die B._ AG aufzufordern, innert Frist hierüber eine anfechtbare Verfügung zu erlassen. Mit Urteil vom 7. September 1999 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C.- Hiergegen hat die A._ SA am 7. Oktober 1999 staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern aufzuheben. Sie rügt eine Verletzung des Willkürverbots und eine formelle Rechtsverweigerung (je Art. 4 aBV; vgl. auch Art. 9 bzw. 29 Abs. 1 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 [BV]) sowie einen Verstoss gegen die derogatorische Kraft des Bundesrechts (Art. 2 ÜbBest. aBV; <ref-law>).
Das Verwaltungsgericht beantragt Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde, während die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern auf eine Stellung- nahme verzichtet hat. Die B._ AG stellt den Antrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell diese abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D.- Dem Gesuch, der staatsrechtlichen Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, entsprach der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts mit Verfügung vom 25. Oktober 1999.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid, der sich auf kantonales Recht bzw. dem kantonalen Recht zuzuordnende Grundsätze und Normen stützt. Damit steht als Rechtsmittel einzig die staatsrechtliche Beschwerde offen (Art. 84 Abs. 2 OG) und zwar auch insoweit, als die Befolgung des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 1995 über den Binnenmarkt (Binnenmarktgesetz, BGBM; SR 943. 02) in Frage steht, was unter dem Gesichtswinkel der derogatorischen Kraft des Bundesrechts zu prüfen ist (<ref-ruling> E. 1 S. 316).
b) Das Submissionswesen wird heute namentlich durch das Binnenmarktgesetz und die Interkantonale Vereinbarung vom 25. November 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (IVöB; SR 172. 056.4) sowie daran anknüpfende kantonale Erlasse gekennzeichnet. Nach dieser Rechtslage, die einen möglichst freien Wettbewerb zu gewährleisten und gleichzeitig die Interessen der Anbieter zu wahren sucht, ist der in einem Submissionsverfahren übergangene Bewerber gemäss Art. 88 OG legitimiert, den Vergebungsentscheid in formeller wie in materieller Hinsicht mit staatsrechtlicher Beschwerde anzufechten (<ref-ruling> E. 4 S. 95 f.). Darüber hinaus muss ein interessierter Anbieter nach Massgabe der Art. 87 und 88 OG auch dann zur Beschwerde befugt sein, wenn ein öffentlicher Auftrag ohne das vorgeschriebene Verfahren vergeben wird (oder vergeben werden soll) und damit als Anfechtungsobjekt (noch) kein förmlicher Vergebungsentscheid vorliegt. Ein Verstoss gegen verfassungsmässige Rechte (Art. 84 Abs. 1 lit. a OG) oder gegen individualrechtliche Konkordatsgarantien (Art. 84 Abs. 1 lit. b OG) kann auch darin liegen, dass - in Verletzung der Rechte der Anbieter - die Durchführung der vorgeschriebenen Submission unterbleibt. In einem solchen Fall setzt die Legitimation zur staatsrechtlichen Beschwerde allerdings voraus, dass der sich manifestierende Bewerber überhaupt zum Kreis der potentiellen Anbieter gerechnet werden kann. Nur dann ist er im Sinne von Art. 88 OG hinreichend in eigenen Rechten betroffen; würde die Legitimation (noch) weiter gefasst, so käme das Verfahren einer unzulässigen Popularbeschwerde gleich. Da sich die vorliegende Beschwerde nicht gegen einen förmlichen Vergebungsentscheid, sondern gegen den (einstweiligen) Verzicht auf eine öffentliche Ausschreibung richtet, wird die Legitimation der Beschwerdeführerin nachfolgend unter diesem Gesichtswinkel zu prüfen sein (vgl. E. 3).
c) Die staatsrechtliche Beschwerde muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurzgefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG). Das Bundesgericht untersucht nicht von Amtes wegen, ob ein kantonaler Hoheitsakt verfassungsmässig ist, sondern prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 2 S. 3 f.; <ref-ruling> E. 1d S. 201, mit Hinweisen). Wird eine Verletzung des Willkürverbots (Art. 4 aBV) geltend gemacht, genügt es nicht, wenn der Beschwerdeführer bloss den angefochtenen Entscheid kritisiert, wie er dies in einem appellatorischen Verfahren tun könnte, bei dem die Rechtsmittelinstanz die Rechtsanwendung frei überprüfen kann. Er muss deutlich dartun, welche Vorschriften oder allgemein anerkannten Rechtsgrundsätze die kantonalen Behörden in einer gegen Art. 4 aBV verstossenden Weise verletzt haben sollen (<ref-ruling> E. 4b S. 12, mit Hinweis). Soweit die vorliegende Beschwerdeschrift diesen Anforderungen nicht genügt und sich in appellatorischer Kritik erschöpft, ist darauf nicht einzugehen.
2.- a) Der Kanton Bern ist mit Gesetz vom 27. November 1997 per 1. Juli 1998 der Interkantonalen Vereinbarung über das öffentliche Beschaffungswesen beigetreten. Am 29. April 1998 wurde vom Regierungsrat des Kantons Bern eine Submissionsverordnung (SubV) erlassen, welche ebenfalls am 1. Juli 1998 in Kraft getreten ist (vgl. Art. 58 SubV). Gemäss Art. 1 Abs. 1 SubV beansprucht sie nicht nur für Aufträge von Kanton (lit. a) und Gemeinden (lit. b) Geltung, sondern darüber hinaus auch für alle Aufträge im Bereich der Abwasser- und Abfallentsorgung ab den - hier erreichten - Schwellenwerten von Art. 7 Abs. 1 IVöB (lit. c) sowie generell für Aufträge, die von der öffentlichen Hand (Bund, Kanton und Gemeinden) subventioniert werden (lit. d).
b) Im kantonalen Beschwerdeverfahren hatte die B._ AG bestritten, dass Art. 1 Abs. 1 lit. c und lit. d SubV gesetzmässig seien, soweit sie die Anwendbarkeit der Submissionsverordnung auf Private ausdehnten. Das Verwaltungsgericht befasste sich deshalb zunächst mit der Frage, ob der vorliegende Tatbestand überhaupt in den Geltungsbereich der Submissionsverordnung falle. Es hielt dafür, zumindest die durch lit. d vorgesehene Erfassung von subventionierten Unternehmen könnte im höherstufigen Recht (dem bernischen Staatsbeitragsgesetz vom 16. September 1992) eine Stütze finden. Letztlich liess es die Frage jedoch offen, weil es der Ansicht war, die Beschwerdeführerin vermöchte mit ihren Begehren selbst dann nicht durchzudringen, wenn die Submissionsverordnung anwendbar wäre. Die B._ AG könnte sich diesfalls nämlich auf die Ausnahmeregelung von Art. 12 Abs. 2 SubV berufen, wonach der Auftrag "bei besonderen Verhältnissen", so u.a. bei Dringlichkeit aufgrund unvorhersehbarer Ereignisse (lit. d), freihändig vergeben werden dürfe. Diese Voraussetzung sei hier erfüllt: Nachdem die B._ AG ursprünglich die Erstellung einer Schwelbrennanlage beabsichtigt habe und ein entsprechender kantonaler Überbauungsplan am 4. Mai 1998 vom Verwaltungsgericht weitgehend geschützt worden sei, habe sich ihr Verwaltungsrat am 19. Juni 1998 zu einem Technologiewechsel und zu einer Redimensionierung des Vorhabens entschlossen. Die B._ AG sei damit gezwungen gewesen, ein neues Bauprojekt und - damit zusammenhängend - eine neue Überbauungsordnung zu erarbeiten. Um die verfügbaren Bundessubventionen erhältlich zu machen, habe der erstinstanzliche Entscheid über die Erstellung der Anlage bis zum 31. Oktober 1999 vorliegen müssen (Art. 62 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer [GSchG; SR 814. 20]). Damit seien vom Moment, in welchem der Redimensionierungsentscheid getroffen wurde, bis zum genannten Termin nur 16 Monate zur Verfügung gestanden. Da die Baubewilligung umfangreiche Vorarbeiten, einschliesslich eines Umweltverträglichkeitsberichts, erfordert habe, sei es der B._ AG nicht möglich gewesen, innerhalb dieser Zeitspanne eine offene oder selektive Ausschreibung für das Bauprojekt durchzuführen. Dies gelte jedenfalls soweit, als auch noch die Methode der Kehrichtbeseitigung (Rostfeuerungsverfahren, Thermoselectverfahren oder allfällige andere technische Methoden) hätte offen bleiben müssen und die diesbezügliche Evaluation erst nach Eingang der Offerten hätte stattfinden dürfen. Die mit der Redimensionierung und Modifizierung des Projekts verbundene Verzögerung könne als unvorhersehbares Ereignis im Sinne von Art. 12 Abs. 2 lit. d SubV gelten, nachdem die B._ AG die Planung schon anfangs der neunziger Jahre begonnen und jahrelang in das gescheiterte Projekt einer Schwelbrennanlage investiert habe.
c) Das Verwaltungsgericht wies ferner darauf hin, dass ein Auftrag gemäss Art. 12 Abs. 2 lit. c SubV auch dann freihändig vergeben werden dürfe, wenn der Wettbewerb wegen "technischer Besonderheiten" ausgeschlossen sei. Vorliegend sei es verständlich und sachlich gerechtfertigt, dass sich die B._ AG aufgrund der massiven Widerstände, welche dem Schwelbrennprojekt von Seiten der Bevölkerung entstanden seien, für eine herkömmliche und mehrfach erprobte Technologie entschieden habe. Dies gelte auch, wenn denkbar sei, dass die Abfälle dereinst mit neueren, möglicherweise effizienteren Verfahren beseitigt werden könnten. Gemäss Art. 19 Abs. 1 SubV obliege es dem Auftraggeber, für die verlangten Angebote die erforderlichen technischen Spezifikationen festzusetzen. Die vorgängige Eingrenzung des Auftrags auf bestimmte Verfahren oder Technologien sei somit zulässig und bedürfe keiner besonderen Gründe. Das Mittel der Spezifikation dürfe lediglich nicht dazu benützt werden, einzelne Anbieter gezielt zu bevorzugen (Art. 19 Abs. 4 SubV); für ein entsprechendes Vorgehen der B._ AG bestünden vorliegend aber keine Hinweise. Bei der geschilderten Sachlage vermöge die Beschwerdeführerin selbst dann nicht zu obsiegen, wenn eine Dringlichkeit im Sinne von Art. 12 Abs. 2 lit. d SubV zu verneinen wäre: Zwar sei fraglich, ob die B._ AG gänzlich auf eine öffentliche Ausschreibung verzichten dürfe. Dies könne jedoch offen bleiben, da es ihr in jedem Fall unbenommen wäre, von der Beschaffung in einem offenen Verfahren insoweit abzusehen, als von vornherein unerwünschte Technologien zur Diskussion stünden. Im Ergebnis könne daher die Beschwerdeführerin, welche ein anderes Beseitigungsverfahren als die herkömmliche Rostfeuerung anbiete, von der B._ AG so oder anders ausgeschlossen werden. Weil die Beschwerdeführerin daraus keine eigenen Ansprüche ableiten könnte, brauche auch die Frage nicht beantwortet zu werden, ob wenigstens die Beschaffung einer herkömmlichen Rostfeuerungsanlage öffentlich auszuschreiben (gewesen) wäre. Schliesslich sei festzuhalten, dass es bei der zu beurteilenden Beschaffung erst um die Planung einer Kehrichtverbrennungsanlage gehe, welche einzig termingebunden sei, und noch nicht um den Bau einer solchen. Für die Beschaffungen, welche in der Ausführungsphase erforderlich würden, sei die Rechtslage möglicherweise anders, doch brauche dies vorliegend nicht beurteilt zu werden.
3.-Die Beschwerdeführerin ist zunächst insoweit zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert, als sie rügt, die B._ AG hätte sich für die (nunmehr redimensioniert geplante) Kehrichtbeseitigungsanlage nicht zum vornherein auf eine einzige Methode (Rostfeuerung) festlegen dürfen bzw. - im offenen oder selektiven Verfahren - ein Projekt hätte ausschreiben müssen, welches auch für die von der Beschwerdeführerin offerierte Technologie Raum liesse. Die streitige Eingrenzung des Auftrags könnte eine submissionsrechtlich verbotene Diskriminierung darstellen, zu deren Beanstandung die Beschwerdeführerin grundsätzlich befugt sein muss (vgl. oben E. 1b).
a) Es liegt in der Kompetenz und Verantwortung des Auftraggebers, zu bestimmen, ob und wann er welche Arbeit vergeben will. Eine Kontrolle der rechtlichen Zulässigkeit des Vorhabens erfolgt gegebenenfalls im Rahmen des vorgeschriebenen Bewilligungsverfahrens; soweit öffentliche Subventionen geleistet werden, kann damit sogar eine Prüfung der Zweckmässigkeit verbunden sein. Die vom Auftraggeber gemachten technischen Spezifikationen sollen zwar grundsätzlich "in Bezug auf die geforderte Leistung" erfolgen (Art. 19 Abs. 4 SubV) und dürfen nicht dazu benützt werden, gezielt bestimmte Anbieter oder bestimmte Konzepte, ohne sachliche Notwendigkeit zu bevorzugen oder auszuschliessen. Entsprechende Regelungen finden sich in Art. 13 lit. b IVöB ("nichtdiskriminierende technische Spezifikationen"), in § 15 Abs. 1 lit. a der Vergaberichtlinien zur IVöB (Umschreibung der technischen Spezifikationen "eher in Bezug auf die Leistung als in Bezug auf die Konstruktion") und in Art. VI Ziff. 2 lit. a des GATT/WTO-Übereinkommens vom 15. April 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (SR 0.632. 231.422; Definition der technischen Spezifikationen, soweit angebracht, "eher bezüglich Leistung als bezüglich Konzeption oder beschreibender Eigenschaften"). Vorliegend muss sich die Beschwerdeführerin jedoch damit abfinden, dass die B._ AG aufgrund der im Urteil des Verwaltungsgerichts dargelegten zeitlichen und finanziellen Sachzwänge von vornherein eine bestimmte Technologie ausgewählt hat, welche die Beschwerdeführerin nicht anbietet. Wenn die B._ AG den Auftrag dabei (gemäss eigener Angabe) aufgrund einer Reihe von freihändig eingeholten Offerten vergeben will, mag der Verzicht auf eine öffentliche Ausschreibung allenfalls bezüglich der nicht angefragten Anbieter der betreffenden (konventionellen) Technologie problematisch erscheinen; die Beschwerdeführerin, welche als Offerentin für eine Kehrichtverbrennungsanlage mit Rostfeuerung nicht oder jedenfalls nicht ernsthaft in Frage kommt, kann jedoch gegenüber der B._ AG weder eine willkürliche noch eine konkordatswidrig diskriminierende Vorgehensweise geltend machen. Wieweit die in den genannten Erlassen enthaltenen Schranken vorliegend überhaupt anwendbar wären, bedarf deshalb keiner weiteren Abklärung.
b) Ist die Beschwerdeführerin aber nicht als potentielle Anbieterin der zu vergebenden Arbeit zu betrachten, so bedeutet dies zugleich, dass sie durch den Verzicht auf eine Ausschreibung nicht in ihren geschützten Verfahrensrechten verletzt sein kann. Ihr fehlt zur Geltendmachung von allfälligen sonstigen Mängeln des Vergebungsverfahrens die nach Art. 88 OG erforderliche Legitimation (vgl. E. 1b). Dies gilt insbesondere für die Rüge, das Verwaltungsgericht habe die Dringlichkeit im Sinne von Art. 12 Abs. 1 lit. d SubV willkürlich bejaht, sowie für den (gegebenenfalls unter dem Gesichtswinkel der derogatorischen Kraft des Bundesrechts zu prüfenden) Einwand, der Verzicht auf eine öffentliche Ausschreibung verstosse gegen Art. 5 Abs. 2 des Binnenmarktgesetzes, welcher für "umfangreiche" öffentliche Beschaffungen die Publikation vorschreibt.
4.-a) Die Beschwerdeführerin rügt ferner eine Verletzung von <ref-law>, wonach Beschränkungen des freien Zuganges zum Markt, insbesondere im Bereich des öffentlichen Beschaffungswesens, in Form einer anfechtbaren Verfügung zu erlassen sind. Auch mit diesem Einwand dringt sie nicht durch: Es muss in einem Fall der vorliegenden Art (soweit das Binnenmarktgesetz überhaupt Anwendung findet) genügen, wenn sich die kantonale Rechtsmittelinstanz über die Zulässigkeit des beanstandeten Vorgehens, wie dies hier geschehen ist, förmlich ausspricht.
b) Schliesslich erblickt die Beschwerdeführerin eine formelle Rechtsverweigerung darin, dass das Verwaltungsgericht davon ausging, es stehe erst die Planung und noch nicht die Ausführung der Kehrichtbeseitigungsanlage zur Diskussion; damit habe es über den Antrag der Beschwerdeführerin nicht befunden, wonach die B._ AG auch für den Bau der Anlage zu einer funktionsbezogenen Ausschreibung anzuhalten sei. Dem ist entgegenzuhalten, dass das Verwaltungsgericht zur Frage, wie die "Ausführungsphase" submissionsrechtlich zu behandeln sei, in Erwägung 3g seines Entscheids Stellung genommen hat; es tat dies allerdings in einer zweideutigen Weise, indem es die - im ganzen Entscheid offen gelassene - Frage, wieweit die B._ AG überhaupt den Submissionsvorschriften unterstellt sei bzw. werden könne, auch hier nicht beantwortete. So oder anders kommt die Beschwerdeführerin aber - aufgrund der von der B._ AG gewählten Technologie - für die Ausführung der geplanten Anlage nicht bzw. nicht ernsthaft in Betracht. Dies weil Projektierung und Ausführung einer Kehrichtbeseitigungsanlage, jedenfalls was die technischen Teile derselben anbelangt, eng miteinander verbunden sind. An einer Klärung der submissionsrechtlichen Fragen, welche sich für die Ausführungsphase stellen, hatte sie daher kein schützenswertes Interessemehr, weshalb von einer formellen Rechtsverweigerung nicht die Rede sein kann.
5.- Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich damit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 OG), welche zudem die anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin (B._ AG) angemessen zu entschädigen hat (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000. -- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin (B._ AG) für das bundesgerichtliche Verfahren mit
Fr. 8'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Verwaltungsgericht, Verwaltungsrechtliche Abteilung, des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 2. März 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: