Faits:
A. Le 3 juin 2011, le département cantonal des constructions et des technologies de l'information, devenu depuis le département de l'urbanisme, a autorisé le D._ à construire sur les parcelles 1775, 2247, 2248 et 3056 de la commune de Genève cinq immeubles de logements et commerces, des garages souterrains et des sondes géothermiques. Par décisions du même jour, il a autorisé la démolition de bâtiments et l'abattage d'arbres situés sur ces parcelles.
Ces trois autorisations ont fait l'objet d'un recours de l'hoirie A._, propriétaire de la parcelle 2249, contiguë aux parcelles 2247 et 2248 précitées, auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI).
B. Le 2 juillet 2012, l'hoirie A._ a déposé auprès du TAPI une requête de mesures provisionnelles visant notamment à ce que les travaux soient arrêtés.
Le TAPI a rejeté cette requête le 4 juillet 2012.
Par décision du 18 octobre 2012, la Cour de justice a rayé du rôle la cause concernant le recours contre la décision précitée sur mesures provisionnelles, celle-ci étant devenue sans objet vu le jugement final du TAPI du 11 septembre 2012.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'hoirie A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision de la Cour de justice du 18 octobre 2012 et de la réformer en ordonnant l'arrêt immédiat du chantier ouvert par les constructeurs sur les parcelles 1775, 2247, 2248 et 3056. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de la décision attaquée, à l'arrêt des travaux et au renvoi de la cause à la Cour de justice, dans une autre composition, pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une violation de son droit d'être entendue, d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves ainsi que d'une violation du principe de double degré de juridiction.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département cantonal de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement s'en rapporte à justice, le recours ne concernant pas l'autorisation d'abattage d'arbres qu'il a délivrée le 20 juin 2011. Le département de l'urbanisme conclut à l'irrecevabilité du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. Les intimées B._, C._ et D._ concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet et à la confirmation de l'arrêt attaqué. L'Association genevoise de défense des locataires (l'Asloca) estime ne pas être concernée par le recours et renonce à se prononcer.

Considérant en droit:
1. En vertu de l'art. 90 LTF, le recours en matière de droit public au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. Les décisions préjudicielles et incidentes, qui ne concernent pas la compétence et les demandes de récusation, peuvent faire l'objet d'un recours à certaines conditions (art. 93 LTF).
Les mesures provisionnelles sont tantôt des décisions finales au sens de l'art. 90 LTF, lorsqu'elles sont prises dans une procédure autonome, tantôt des décisions incidentes lorsqu'elles sont prononcées au cours d'une procédure conduisant à une décision finale ultérieure (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 86 s. et les nombreuses références). En l'espèce, l'arrêt attaqué est une décision incidente puisque la requête de mesures provisionnelles n'a pas été tranchée dans une procédure indépendante de celle du fond. Ceci n'a toutefois pas d'incidence sur l'issue du litige, le recours étant de toute façon irrecevable (cf. consid. 2 ci-après).
2. 2.1 En vertu de l'art. 89 al. 1 let. c LTF, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir au Tribunal fédéral, lorsqu'ils ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.2).
L'intérêt digne de protection consiste en l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 43). L'intérêt doit être actuel, c'est-à-dire qu'il doit exister non seulement au moment du dépôt du recours, mais encore au moment où l'arrêt est rendu (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 299; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 41). Le Tribunal fédéral déclare le recours irrecevable lorsque l'intérêt digne de protection fait défaut au moment du dépôt du recours. En revanche, si cet intérêt disparaît en cours de procédure, le recours devient sans objet (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 24 s. et les arrêts cités).
2.2 La recourante soutient être directement touchée par la décision attaquée, en sa qualité de propriétaire d'une parcelle située à proximité du projet litigieux.
Les intimées B._, C._ et D._ font valoir que la recourante n'a aucun intérêt pratique à l'admission de son recours, puisque la procédure de mesures provisionnelles qu'elle a engagée n'était autre chose qu'une demande de restitution de l'effet suspensif déguisée et qu'il avait déjà été statué à deux reprises sur cette question. En outre, l'objet de la procédure se confondait avec la demande de restitution de l'effet suspensif assortie au recours formé contre le jugement du TAPI du 11 septembre 2012 et rejetée le 19 novembre 2012 par la Cour de justice.
2.3 En l'espèce, comme il ressort de la décision attaquée du 18 novembre 2012, le TAPI a tranché l'affaire au fond, par arrêt du 11 septembre 2012, lequel fait l'objet d'un recours pendant auprès de la Cour de justice. En raison du dessaisissement de l'autorité de première instance et de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès de la Cour de justice (art. 67 de la loi cantonale du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA/GE]; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 104), il n'appartient dès lors plus au TAPI de se prononcer sur les mesures provisionnelles visant à faire arrêter les travaux. La recourante n'a donc pas d'intérêt actuel digne de protection à une éventuelle admission de son recours au Tribunal fédéral et à un renvoi de la cause à la Cour de justice, puisque cette dernière devrait à nouveau déclarer sans objet son recours cantonal.
Par ailleurs, la conclusion de la recourante tendant à ordonner immédiatement l'arrêt des travaux est irrecevable: seule la Cour de justice, devant qui le recours contre les autorisations de construire est pendant, est désormais compétente pour trancher cette question, ce qu'elle a d'ailleurs fait dans une décision du 19 novembre 2012 sur effet suspensif.
3. Il résulte de ce qui précède que le recours est irrecevable, puisque l'intérêt de la recourante n'existait déjà plus au moment du dépôt de son mémoire. Succombant, elle prendra à sa charge les frais de la procédure (art. 66 LTF) et versera des dépens aux intimées B._, C._ et D._ qui ont obtenu gain de cause avant l'assistance d'un avocat (art. 68 LTF). Il n'est pas alloué de dépens à l'Asloca qui a renoncé à se prononcer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera, à titre de dépens, une indemnité de 2'000 fr. aux intimées B._, C._ et D._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'urbanisme, au Département de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 17 janvier 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard