Sachverhalt:
A. T._ leidet seit ihrer Geburt (1997) an einem globalen Entwicklungsrückstand, einer geistigen Behinderung und einer hypoton-ataktischen Bewegungsstörung. Sie bezieht seit 1. April 2003 eine Hilflosenentschädigung leichten und seit 1. Januar 2004 eine solche mittleren Grades (Wiedererwägungsverfügung vom 12. März 2010). Die Hilflosigkeit mittleren Grades ergab sich, weil die Versicherte in fünf alltäglichen Lebensverrichtungen regelmässig in erheblicher Weise auf die Hilfe Dritter angewiesen war und überdies einer dauernden persönlichen Überwachung bedurfte. Ein Intensivpflegezuschlag wurde verneint, da ein täglicher Mehraufwand von zwei Stunden und 41 Minuten ermittelt worden war.
Im Rahmen des Revisionsverfahrens bestätigte die IV-Stelle Uri gestützt auf den Abklärungsbericht vom 8. September 2010 die Hilflosigkeit mittleren Grades, verneinte aber mit Verfügung vom 29. März 2011 bei einem ermittelten Mehraufwand von drei Stunden und 39 Minuten pro Tag einen Anspruch auf einen Intensivpflegezuschlag.
B. Dagegen erhob T._ Beschwerde an das Obergericht des Kantons Uri und beantragte die Ausrichtung eines Intensivpflegezuschlags aufgrund eines invaliditätsbedingten Betreuungsaufwandes von mindestens vier Stunden. Mit Entscheid vom 8. September 2011 hiess das Obergericht die Beschwerde gut, hob die Verfügung vom 29. März 2011 auf und stellte fest, dass die Versicherte Anspruch auf einen Intensivpflegezuschlag hat; es ging von einem invaliditätsbedingten Mehraufwand von täglich mindestens vier Stunden und sechs Minuten aus.
C. Die IV-Stelle führt dagegen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag auf Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides und Bestätigung der Verfügung vom 29. März 2011.
T._ beantragt sinngemäss Abweisung der Beschwerde und Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft jedoch grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die Rechtsmängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>). Die konkrete Beweiswürdigung ist Tatfrage. Gleiches gilt für die auf einem Abklärungsbericht an Ort und Stelle (<ref-law>) basierenden Feststellungen über die Einsatzfähigkeit im Haushalt (Urteile 8C_831/2010 vom 31. März 2011 E. 1; 9C_90/2010 vom 22. April 2010 E. 4.1.1.3; I 27/07 vom 24. Januar 2008 E. 6.1) oder über Einschränkungen in bestimmten Lebensverrichtungen (Urteil 8C_912/2008 vom 5. März 2009 E. 4). Demgegenüber ist die Beachtung der Beweiswürdigungsregeln durch das kantonale Versicherungsgericht nach <ref-law> eine Rechtsfrage und als solche im Rahmen der den Parteien obliegenden Rügepflicht (<ref-law> und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254) frei überprüfbar (nicht publ. E. 4.1 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164 [9C_204/2009] mit Hinweisen).
2. 2.1 Streitig und zu prüfen ist, ob die Versicherte aufgrund eines invaliditätsbedingten Mehraufwandes von mindestens 4 Stunden Anspruch auf einen Intensivpflegezuschlag hat. Unbestritten ist, dass sie Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung mittleren Grades hat, da sie in fünf Lebensverrichtungen hilflos ist und eine dauernde persönliche Überwachung im Sinn von <ref-law> benötigt.
2.2 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über die Hilflosigkeit (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 454), den Anspruch auf Hilflosenentschädigung und die für deren Höhe wesentliche Unterscheidung dreier Hilflosigkeitsgrade (Art. 42 Abs. 1, 2 und 3 Satz 1 IVG; Art. 37 Abs. 1 bis 3 IVV), die Bemessung der Hilflosigkeit bei Minderjährigen (<ref-law>), die bei der Bestimmung des Hilflosigkeitsgrades massgebenden sechs alltäglichen Lebensverrichtungen (Ankleiden, Auskleiden; Aufstehen, Absitzen, Abliegen; Essen; Körperpflege; Verrichtung der Notdurft; Fortbewegung [im oder ausser Haus], Kontaktaufnahme) und die Berücksichtigung ihrer Teilfunktionen (<ref-ruling> E. 3c S. 97, 121 V 88 E. 3 S. 90 f., 117 V 146; SVR 2008 IV Nr. 17 S. 49 E. 2.1, I 677/05) sowie den Intensivpflegezuschlag (<ref-law> und <ref-law>, je in Kraft seit 1. Januar 2004) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Gemäss <ref-ruling> ist bei Erarbeitung der Grundlagen für die Bemessung der Hilflosigkeit eine enge, sich ergänzende Zusammenarbeit zwischen Arzt und Verwaltung erforderlich. Die Ärztin hat anzugeben, inwiefern die versicherte Person in ihren körperlichen bzw. geistigen Funktionen durch das Leiden eingeschränkt ist. Der Versicherungsträger kann an Ort und Stelle weitere Abklärungen vornehmen (E. 6.1.1 mit Hinweisen).
3.2 Für den Beweiswert eines Abklärungsberichts sind verschiedene Faktoren zu berücksichtigen: Als Berichterstatterin muss eine qualifizierte Person wirken, die Kenntnis der örtlichen und räumlichen Verhältnisse sowie der aus den seitens der Mediziner gestellten Diagnosen sich ergebenden Beeinträchtigungen und Hilfsbedürftigkeiten hat. Weiter sind die Angaben der Hilfe leistenden Personen, regelmässig die Eltern, zu berücksichtigen, wobei divergierende Meinungen der Beteiligten im Bericht aufzuzeigen sind. Der Berichtstext schliesslich muss plausibel, begründet und detailliert bezüglich der einzelnen alltäglichen Lebensverrichtungen sowie den tatbestandsmässigen Erfordernissen der dauernden persönlichen Überwachung und der Pflege gemäss <ref-law> sein. Schliesslich hat er in Übereinstimmung mit den an Ort und Stelle erhobenen Angaben zu stehen.
Das Gericht greift, sofern der Bericht eine zuverlässige Entscheidungsgrundlage im eben umschriebenen Sinne darstellt, in das Ermessen der die Abklärung tätigenden Person nur ein, wenn klar feststellbare Fehleinschätzungen vorliegen. Das gebietet insbesondere der Umstand, dass die fachlich kompetente Abklärungsperson näher am konkreten Sachverhalt ist als das im Beschwerdefall zuständige Gericht (<ref-ruling> E. 11.1.1 S. 468; <ref-ruling> E. 6.2 S. 62 f.; Urteil 9C_782/2010 vom 10. März 2011 E. 2.3).
Diese Rechtsprechung gilt entsprechend auch für die Abklärung der Hilflosigkeit unter dem Aspekt des Intensivpflegezuschlags (Urteil I 684/05 vom 19. Dezember 2006 E. 4.1).
4. 4.1 Das Obergericht hat die Anforderungen an den Beweiswert eines Abklärungsberichts (vgl. oben E. 3.2) richtig dargelegt und festgestellt, dass der Abklärungsbericht vom 8. September 2010 diese Anforderungen erfüllt und ihm daher grundsätzlich voller Beweiswert zukomme. Das ist nicht bestritten und trifft aufgrund der Aktenlage auch zu.
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das Gericht habe in das Ermessen der Abklärungsperson eingegriffen ohne substanziiert aufzuzeigen, inwiefern es sich beim von der IV-Stelle ermittelten Mehraufwand in den Bereichen "An-/Auskleiden" (23 Minuten) und "Essen" (20 Minuten) um "klar feststellbare Fehleinschätzungen" im Sinn der Rechtsprechung (vgl. oben E. 3.2) gehandelt habe.
4.3 Das Bundesgericht hat bezogen auf einen nach Massgabe der Verwaltungsweisungen des BSV (Kreisschreiben über Invalidität und Hilflosigkeit in der Invalidenversicherung [KSIH]) eingeholten Abklärungsbericht im Haushalt festgehalten, die innerhalb der Bandbreiten gemäss KSIH erfolgte Gewichtung der einzelnen Bereiche der Haushalttätigkeiten sei eine Ermessensfrage, die Feststellung der Einschränkung in den einzelnen Bereichen dagegen Tatfrage (Urteile 8C_107/2008 vom 18. August 2008 E. 3.2.1 und I 27/07 vom 24. Januar 2008 E. 6.1). Ein Abklärungsbericht im Hinblick auf die Gewährung eines Intensivpflegezuschlags muss demgegenüber nicht einzelne Bereiche unterscheiden und gewichten. Es findet daher auch keine Ermessensbetätigung statt wie beim Haushaltabklärungsbericht. Vielmehr beschränkt sich dieser Bericht auf die Feststellung des tatsächlichen Mehraufwands, mithin eine Tatfrage.
4.4 Sowohl die Vorinstanz als auch die Beschwerdeführerin gehen von einem unzutreffenden Ermessensbegriff aus. Dieser dient dazu, die Kognition der Verwaltungsgerichtsinstanz zu bestimmen; das heisst die Entscheidungsbefugnis des Gerichts gegenüber der Zuständigkeit der Verwaltung abzugrenzen (BENJAMIN SCHINDLER, Verwaltungsermessen, Habil. Zürich 2010, Rz. 311). Bei der Ermessenskontrolle geht es um die Frage, ob der zu überprüfende Entscheid, den die Behörde nach dem ihr zustehenden Ermessen im Einklang mit den allgemeinen Rechtsprinzipien in einem konkreten Fall getroffen hat, nicht zweckmässigerweise anders hätte ausfallen müssen (<ref-ruling> E. 2 und E. 3b S. 152 f.). Bei Ermessensentscheiden im eigentlichen Sinn geht es also um reine Zweckmässigkeitsfragen (YVO HANGARTNER, Behördenrechtliche Kognitionsbeschränkungen in der Verwaltungsrechtspflege, in: Mélanges Pierre Moor, Bern 2005, S. 319 ff., S. 323 f.).
Die Ermessensausübung ist zu unterscheiden von der Sachverhaltsfeststellung. Gutachten - oder wie hier Sachverständigenberichte - dienen der Feststellung des Sachverhalts und nicht der Ermessensausübung im Rechtssinn (SCHINDLER, a.a.O., Rz. 474). Wenn in den in E. 3.2 hiervor erwähnten Urteilen von "Ermessen der die Abklärung tätigenden Person" gesprochen wird, ist dies zu präzisieren. Es geht dabei nicht um Ermessen im Sinn der verwaltungsrechtlichen Terminologie, sondern um eine Frage der Beweiswürdigung (KÖLZ/BOSSHART/ RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, Rz. 76 zu § 7).
5. Zu prüfen bleibt demnach, ob die Vorinstanz zu Recht vom Abklärungsbericht der IV-Stelle abgewichen ist, weil klare Fehleinschätzungen vorlagen (E. 3.2).
5.1 Das Obergericht ist bei den Lebensverrichtungen An-/Auskleiden und Essen vom Abklärungsbericht abgewichen. Es hat dies in beiden Bereichen ohne weitere Begründung beziehungsweise gestützt auf die allgemeine Lebenserfahrung und unter Bezugnahme auf den von der Versicherten beschriebenen höheren Zeitbedarf getan. Diese hatte beim An-/Auskleiden einen Mehraufwand von durchschnittlich 50 Minuten geltend gemacht, da sie ohne Hilfe die Verschlüsse nicht bedienen könne, die Kleider nicht in der richtigen Reihenfolge anziehe, sich verkehrt herum ankleide, nicht dem Wetter angepasste Kleider tragen und mit den Hausschuhen aus der Wohnung laufen würde. Den Mehraufwand beim Essen von täglich 40 Minuten (gegenüber den im Abklärungsbericht eingesetzten 15 Minuten) hatte sie damit begründet, dass sie zwar mit der Gabel selber essen könne, jedoch wegen der mangelnden Koordinationsfähigkeit genau angeleitet werden müsse. Zudem müsse sie überwacht werden, damit sie genügend Flüssigkeit aufnehme und die Nahrung nicht hineinschlinge.
5.2 Aus der Begründung im angefochtenen Entscheid wird nicht klar, was für das Abweichen vom Abklärungsbericht ausschlaggebend war. Es ist nicht ersichtlich, weshalb die Einschätzung gemäss Abklärungsbericht fehlerhaft war. Abweichungen von diesem Bericht, dem grundsätzlich voller Beweiswert zukommt (E. 4.1), wären von der Vorinstanz aufgrund der Akten oder mittels zusätzlicher Abklärungen zu begründen gewesen. Es geht insbesondere nicht an, für die Bemessung der einzelnen Zeitaufwände einfach auf den Durchschnitt zwischen der Darstellung der Mutter und im Abklärungsbericht abzustellen.
5.3 Die Sache ist demnach an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie den Mehraufwand feststelle und allfällige Abweichungen von den Ergebnissen des Abklärungsberichtes im Sinne der Erwägungen darlege.
6. Auf die Erhebung von Gerichtskosten für das letztinstanzliche Verfahren wird umständehalber verzichtet, womit das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung gegenstandslos wird.

Das Bundesgericht erkennt:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der angefochtene Entscheid vom 8. September 2011 aufgehoben. Die Sache wird an das Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen, damit es über den Anspruch der Beschwerdegegnerin auf einen Intensivpflegezuschlag im Sinne der Erwägungen neu entscheide.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Juli 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Weber Peter