Sachverhalt:
A. Der 1954 geborene, seit 1979 als Bauarbeiter in der Firma X._ AG tätig gewesene B._ meldete sich unter Hinweis auf die operative Entfernung des linken Auges auf Grund eines Tumors und Entfernung eines Muskels im linken Arm zur Auffüllung der Augenhöhle am 27. April 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht und der Durchführung beruflicher Massnahmen sprach ihm die IV-Stelle Luzern mit Verfügung vom 8. Februar 2008 ab 1. Juni 2006 eine ganze sowie ab 1. Oktober 2007 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 9. März 2010 gut und wies die Sache zur weiteren Abklärung des Anspruchs ab 1. Oktober 2007 an die IV-Stelle zurück, welche ein Gutachten des Institut Y._, vom 28. Februar 2011 veranlasste und B._ nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Verfügung vom 14. Oktober 2011 eine Dreiviertelsrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 63 % zusprach.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern nach Durchführung einer parteiöffentlichen Verhandlung mit Entscheid vom 6. September 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt B._ beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm ab 1. Oktober 2007 eine ganze Rente auszurichten.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine ganze Invalidenrente.
2.1 Die Vorinstanz hat mit Verweis auf die Verwaltung die gesetzlichen Bestimmungen und von der Rechtsprechung dazu entwickelten Grundsätze zum Begriff der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zu den Voraussetzungen und zum Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>) sowie zum Beweiswert (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232) und zur Würdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2 In pflichtgemässer Würdigung der medizinischen Akten hat die Vorinstanz dem Gutachten des Institut Y._ vom 28. Februar 2011 Beweiswert zuerkannt und gestützt darauf in tatsächlicher Hinsicht für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (E. 1 hievor) festgestellt, dass der Beschwerdeführer in einer leidensangepassten Tätigkeit ohne hohe Anforderungen an das Stereosehen zu 60 % arbeitsfähig ist, wobei sich die Einschränkung aus neurologischer Sicht auf Grund der eingeschränkten Hand-/Armfunktion ergibt.
2.3 Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen als offensichtlich unrichtig - als Ergebnis willkürlicher Beweiswürdigung - oder als rechtsfehlerhaft nach <ref-law> erscheinen liesse (vgl. E. 1 hievor). Seine Ausführungen erschöpfen sich in weiten Teilen in appellatorischer und damit unzulässiger Kritik am vorinstanzlichen Entscheid (Urteil 9C_569/2008 vom 1. Oktober 2008 E. 1.2 mit Hinweisen).
2.3.1 Dies gilt für die Vorbringen zur Arbeitsfähigkeitsschätzung des Kardiologen Dr. med. H._, der den Beschwerdeführer für eine körperlich leichte Tätigkeit im Prinzip einsetzbar erachtete, ebenso wie für den Einwand, es sei unhaltbar, dem Beschwerdeführer aus ophtalmologischer Sicht nicht zumindest eine reduzierte Arbeitsleistung und ein reduziertes Pensum zu attestieren. Gerade das hat die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten getan, indem sie festhielt, die leidensangepasste Tätigkeit dürfe keine hohen Anforderungen an das Stereosehen stellen und der Ermittlung des Invaliditätsgrades eine auf 60 % reduzierte Arbeitsfähigkeit zugrunde legte. Auch die Einschränkungen von Seiten der linken Hand hat das kantonale Gericht berücksichtigt.
2.3.2 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, das Institut Y._ habe explizit die Aufgabe gehabt, die Polymorbidität abzuklären, werde dem aber nicht gerecht, da ausser der Hand- und Armbeeinträchtigung überhaupt keine Einschränkung aus anderen Krankheitsbildern attestiert wurde. Dabei übersieht er, dass eine Gesamtwürdigung im Rahmen eines polydisziplinären Gutachtens nicht zwingend bedeutet, dass sämtliche einzelnen Gesundheitsbeeinträchtigungen spezifiziert Eingang in die Schätzung der Arbeitsunfähigkeit finden müssen. Vielmehr liegt es im fachärztlichen Beurteilungsspielraum, die vorhandenen gesundheitlichen Einschränkungen in Anbetracht der erhobenen Befunde insgesamt zu würdigen und zu ihren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit Stellung zu beziehen. Dies hat das Institut Y._ in seinem Gutachten umfassend getan und als Ergebnis eines multidisziplinären Konsenses den nachvollziehbaren Schluss gezogen, dass in einer angepassten Tätigkeit lediglich aus neurologischer Sicht eine Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit besteht, wohingegen aus kardiologischer und ophtalmologischer Sicht in einer angepassten Tätigkeit ohne hohe Anforderungen an das Stereosehen keine zusätzliche Arbeitsunfähigkeit resultiere. Dem durfte die Vorinstanz in Anbetracht der weiteren medizinischen Aktenlage folgen; von einem "blinden" Abstellen auf das Gutachten des Institut Y._ kann keine Rede sein. Eine willkürliche Beweiswürdigung liegt nicht vor.
2.3.3 Soweit der Beschwerdeführer in erwerblicher Hinsicht geltend macht, eine Verwertung der Restarbeitsfähigkeit sei ihm sozialpraktisch unzumutbar, dringt er auch damit nicht durch. Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, liegt hier zwar ein Grenzfall vor, wobei weder die zeitweise gehäuft nötigen Arztbesuche noch die geltend gemachten Schwindelanfälle eine Unzumutbarkeit zu begründen vermögen. Dass der Versicherte ohne das Tragen des Glasauges, welches ihm Schmerzen bereite, für die Gesellschaft bzw. einen Arbeitgeber von vornherein nicht tragbar sein soll, kann nicht gesagt werden. Weitere Hinweise dazu liegen nicht vor und werden auch nicht geltend gemacht. Jedenfalls erweisen sich die Feststellungen der Vorinstanz zur Zumutbarkeit damit nicht als offensichtlich unrichtig.
3. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. November 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Helfenstein