Fatti:
A. Il 31 marzo 2009 l'Ufficio federale delle strade ha aggiudicato all'Interessengemeinschaft Mondial Assistance (costituito da Mondial Assistance (Schweiz), dalla Wolfi SA Soccorso stradale e dal Gotthard Garage Calcagni) l'appalto concernente il servizio di scarico, rimorchio ed evacuazione di mezzi pesanti, autobus, autocaravan e trasporti eccezionali nella galleria stradale del San Gottardo. Il 21 aprile 2009 il Consorzio SCSS Gottardo (composto dal Touring Club Schweiz, dall'Auto Gewerbe Verband Schweiz - Sektion Tessin, dall'Automobilgewerbeverband Uri e dal VSCI - Tessin) ha contestato l'aggiudicazione dinanzi al Tribunale amministrativo federale. Nel corso del procedimento, i giudici amministrativi federali hanno rifiutato il 29 giugno 2009 di concedere effetto sospensivo al gravame nonché hanno negato, il 6 luglio successivo, la consultazione di determinati atti del dossier.
B. Il 31 luglio 2009 il Consorzio SCSS Gottardo ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che le decisioni incidentali siano annullate e che, di conseguenza, sia concesso effetto sospensivo al gravame pendente dinanzi al Tribunale amministrativo federale e che gli venga accordato pieno e completo accesso agli atti relativi all'offerta presentata dall'aggiudicataria. Chiede inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo in via supercautelare nel senso che all'autorità aggiudicatrice sia vietata qualsiasi misura di esecuzione, compresa la conclusione del contratto, fino al giudizio di merito di questa Corte.
Chiamato ad esprimersi l'Ufficio federale delle strade propone di stralciare la causa dai ruoli in quanto diventata priva d'oggetto; in via subordinata domanda di dichiarare il ricorso inammissibile, rispettivamente di respingerlo. Il Tribunale amministrativo federale rinvia alle motivazioni delle decisioni impugnate e propone la reiezione del gravame, mentre il consorzio aggiudicatario rinuncia a formulare osservazioni sul merito.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.1 con riferimenti). Ciononostante, incombe al ricorrente (<ref-law>) dimostrare che sono adempiute le condizioni di ammissibilità dell'impugnativa, se le medesime non sono manifeste, pena l'inammissibilità della stessa (consid. 1 non pubblicato in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1 e riferimenti).
2. 2.1 Le decisioni incidentali impugnate sono state emanate nel quadro di una causa concernente un appalto disciplinato dal diritto federale: la controversia è pertanto fondata, nei determinanti aspetti di merito, sul diritto pubblico federale. Se sono adempite le condizioni cumulative di cui all'art. 83 lett. f cifre 1 e 2 LTF è quindi di principio esperibile il ricorso in materia di diritto pubblico. Trattandosi poi di decisioni incidentali le stesse devono altresì soddisfare le esigenze di cui all'<ref-law> affinché tale rimedio sia ricevibile.
2. 2.1 Le decisioni incidentali impugnate sono state emanate nel quadro di una causa concernente un appalto disciplinato dal diritto federale: la controversia è pertanto fondata, nei determinanti aspetti di merito, sul diritto pubblico federale. Se sono adempite le condizioni cumulative di cui all'art. 83 lett. f cifre 1 e 2 LTF è quindi di principio esperibile il ricorso in materia di diritto pubblico. Trattandosi poi di decisioni incidentali le stesse devono altresì soddisfare le esigenze di cui all'<ref-law> affinché tale rimedio sia ricevibile.
2.2 2.2.1 Oggetto della prima delle decisioni contestate, quella emessa il 29 giugno 2009, è il rifiuto da parte dell'autorità precedente di concedere effetto sospensivo al gravame depositato dinanzi a lei nel senso di ordinare che la conclusione del contratto d'appalto venga differita fino all'emanazione da parte sua del giudizio di merito.
2.2.2 Conformemente all'<ref-law> ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi, tra l'altro, ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. c). Al riguardo occorre precisare che il ricorrente deve disporre di un interesse pratico attuale alla modifica o all'annullamento della decisione querelata sia quando adisce il Tribunale federale sia al momento in cui questo si pronuncia nel merito; il rimedio in questione non deve, in effetti, essere utilizzato per risolvere problemi giuridici astratti (cfr. <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.2 e riferimenti).
Orbene, come emerge dagli atti di causa, segnatamente dalle osservazioni del 31 agosto 2009 dell'Ufficio federale delle strade nonché dallo scritto datato 2 settembre 2009 del consorzio aggiudicatario e dai documenti allegati, il contratto d'appalto in questione è stato firmato il 23/24 luglio 2009, ossia prima dell'inoltro del presente ricorso. Ne discende che il ricorrente, già quando si è rivolto alla presente istanza, non aveva più alcun interesse pratico attuale al proprio gravame il quale, per quanto concerne la decisione incidentale del 29 giugno 2009, è pertanto inammissibile.
2.3 Il ricorso in materia di diritto pubblico è anche rivolto contro la decisione incidentale resa il 6 luglio 2009 con cui è stata negata la consultazione di determinati atti. Senonché al riguardo il ricorrente è manifestamente venuto meno al suo obbligo di motivare le proprie allegazioni (<ref-law>) che gli imponeva tra l'altro di circostanziare l'esistenza delle condizioni di ricevibilità dell'atto ricorsuale cioè di dimostrare, oltre all'adempimento delle esigenze di cui all'art. 83 lett. f cifre 1 e 2 LTF, la sussistenza di un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law>, ciò che tuttavia non è stato fatto. Anche al riguardo l'impugnativa risulta pertanto irricevibile e sfugge ad un esame di merito.
3. Visto quel che precede il ricorso si rivela inammissibile e può essere deciso dal Presidente della Corte nella procedura semplificata (art. 108 cpv. 1 lett. a e b LTF). Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>). All'Interessengemeinschaft Mondial Assistance vanno riconosciute ripetibili ridotte in quanto si è espressa unicamente sulla richiesta di misura supercautelare (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente, il quale rifonderà all'Interessengemeinschaft Mondial Assistance un'indennità ridotta di fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Tribunale amministrativo federale, Corte II.