Sachverhalt:
A. A.a Der 1957 geborene R._ meldete sich wegen "Berufskrankheit, Erkrankung Lunge und Atmungsorgane" im November 2007 bei der Invalidenversicherung an und beantragte eine Rente. Mit Vorbescheid vom 8. Januar 2009 stellte die IV-Stelle Bern u.a. gestützt auf das Gutachten des Centre X._, vom 3. Dezember 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens in Aussicht. Dagegen erhob der Versicherte am 26. Januar 2009 Einwand. Am 16. Februar 2009 erliess die IV-Stelle eine im Sinne des Vorbescheids lautende Verfügung.
A.b Im Dezember 2009 meldete sich R._ erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Rücksprache mit dem regionalen ärztlichen Dienst veranlasste die IV-Stelle eine medizinische Abklärung (Expertise des ABI [Ärztliches Begutachtungsinstitut,] vom 20. Dezember 2010). Mit Vorbescheid vom 24. Januar 2011 teilte die IV-Stelle dem Versicherten mit, mangels eines Gesundheitsschadens mit invalidisierender Wirkung bestehe kein Rentenanspruch. Dagegen liess R._ durch Rechtsanwalt Claude Wyssmann Einwand erheben, wobei er unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das Vorbescheidverfahren beantragte.
Mit Verfügung vom 7. Juni 2011 wies die IV-Stelle das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung im Verwaltungsverfahren ab.
B. Die Beschwerde des R._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 29. Oktober 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt R._, der Entscheid vom 29. Oktober 2012 sei aufzuheben und ihm für das Vorbescheidverfahren die unentgeltliche Rechtsverbeiständung zuzusprechen; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen, unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat sich nicht vernehmen lassen.
Der Rechtsvertreter von R._ hat sich in einer weiteren Eingabe zur Sache geäussert.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid bestätigt die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung für das (laufende) Vorbescheidverfahren durch die IV-Stelle. Dabei handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG (vgl. SVR 2009 IV Nr. 5 S. 9, 8C_48/2007; vgl. auch Urteil 9C_878/2012 vom 26. November 2012).
2. Im vorinstanzlichen Entscheid werden die allgemein gültigen Voraussetzungen für den Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung (Bedürftigkeit, Nichtaussichtslosigkeit der Rechtsbegehren, sachliche Gebotenheit der Vertretung) und deren Konkretisierung im Verwaltungsverfahren vor der IV-Stelle (Art. 37 Abs. 4 ATSG in Verbindung mit Art. 2 ATSG und Art. 1 Abs. 1 IVG) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen (vgl. etwa <ref-ruling> E. 4.1 S. 200 f. und SVR 2009 IV Nr. 3 S. 4, I 415/06 E. 4.2).
3. Nach Auffassung der Vorinstanz ist eine anwaltliche Vertretung im Vorbescheidverfahren sachlich nicht geboten. Strittig sei einzig, ob der Beschwerdeführer an einem invalidisierenden Gesundheitsschaden leide, was die IV-Stelle mit der Begründung verneint habe, die festgestellten Befunde (im ABI-Gutachten vom 20. Dezember 2010) seien zu gering, um eine Invalidität zu bewirken. Es gehe somit nicht um einen Ausnahmefall mit besonders schwierigen rechtlichen und tatsächlichen Fragen, sondern vielmehr um einen Fall von eher unterdurchschnittlicher Komplexität. Entsprechend habe sich der Rechtsvertreter im Wesentlichen darauf beschränkt, im Einwandverfahren auf von der IV-Stelle abweichende Einschätzungen in den Akten zu verweisen und Bestätigungen der behandelnden Ärzte einzureichen. Dass der Beschwerdeführer dies nicht auch ohne anwaltliche Vertretung hätte tun können, sei zu verneinen, habe er doch dasselbe bei vergleichbarer Ausgangslage eigenständig im Einwandverfahren gegen den Vorbescheid vom 8. Januar 2009 getan. Damit habe er bewiesen, dass er auch in sprachlicher Hinsicht (bei damals unstrittig noch guten Deutschkenntnissen) durchaus in der Lage sei, sich im IV-Verfahren auch ohne anwaltliche Verbeiständung selbständig zurechtzufinden. Eine seither allenfalls verstärkte depressive Symptomatik lasse bei einem für die Zeit ab 2006 als im Wesentlichen unverändert geklagten Beschwerdebild nicht auf eine zwischenzeitliche Erforderlichkeit einer Verbeiständung schliessen. Die gegenteilige Auffassung liefe darauf hinaus, dass in praktisch allen oder den meisten Vorbescheidverfahren der Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung bejaht werden müsste, was indessen der gesetzlichen Konzeption widerspräche.
4. 4.1 Im (laufenden) Vorbescheidverfahren geht es zunächst um den Beweiswert des ABI-Gutachtens vom 20. Dezember 2010, insbesondere um den Schweregrad der diagnostizierten rezidivierenden depressiven Störung. Schwachstellen einer fachärztlichen Expertise aufgrund der diesbezüglich massgebenden Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 352) und deren rechtliche Relevanz zu erkennen, erfordert in der Regel gewisse medizinische Kenntnisse und juristischen Sachverstand. Es ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer über beides nicht verfügt. Trotzdem kann insoweit nicht von einer komplexen Fragestellung gesprochen werden, die eine anwaltliche Vertretung geböte. Die gegenteilige Auffassung liefe darauf hinaus, dass der Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung in praktisch allen Vorbescheidverfahren bejaht werden müsste, in denen ein medizinisches Gutachten zur Diskussion steht, was der Konzeption von Art. 37 Abs. 4 ATSG als einer Ausnahmeregelung widerspräche (Urteile 8C_717/2012 vom 8. November 2012 E. 3.5, 8C_370/2010 vom 7. Februar 2011 E. 7.1, 9C_315/2009 vom 18. September 2009 E. 2.1 und Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 631/06 vom 16. Oktober 2006 E. 3; Urteil 9C_676/2012 vom 21. November 2012 E. 3.2.1). Es bedarf mithin weiterer Umstände, welche die Sache als nicht (mehr) einfach und eine anwaltliche Vertretung als notwendig erscheinen lassen (Urteil 9C_908/2012 vom 22. Februar 2013 E. 5.2 in fine).
4. 4.1 Im (laufenden) Vorbescheidverfahren geht es zunächst um den Beweiswert des ABI-Gutachtens vom 20. Dezember 2010, insbesondere um den Schweregrad der diagnostizierten rezidivierenden depressiven Störung. Schwachstellen einer fachärztlichen Expertise aufgrund der diesbezüglich massgebenden Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 352) und deren rechtliche Relevanz zu erkennen, erfordert in der Regel gewisse medizinische Kenntnisse und juristischen Sachverstand. Es ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer über beides nicht verfügt. Trotzdem kann insoweit nicht von einer komplexen Fragestellung gesprochen werden, die eine anwaltliche Vertretung geböte. Die gegenteilige Auffassung liefe darauf hinaus, dass der Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung in praktisch allen Vorbescheidverfahren bejaht werden müsste, in denen ein medizinisches Gutachten zur Diskussion steht, was der Konzeption von Art. 37 Abs. 4 ATSG als einer Ausnahmeregelung widerspräche (Urteile 8C_717/2012 vom 8. November 2012 E. 3.5, 8C_370/2010 vom 7. Februar 2011 E. 7.1, 9C_315/2009 vom 18. September 2009 E. 2.1 und Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 631/06 vom 16. Oktober 2006 E. 3; Urteil 9C_676/2012 vom 21. November 2012 E. 3.2.1). Es bedarf mithin weiterer Umstände, welche die Sache als nicht (mehr) einfach und eine anwaltliche Vertretung als notwendig erscheinen lassen (Urteil 9C_908/2012 vom 22. Februar 2013 E. 5.2 in fine).
4.2 4.2.1 Nach Auffassung des Beschwerdeführers geht es um mehr als nur den Beweiswert eines medizinischen Gutachtens: Gemäss der Expertise des ABI bestehen neben der rezidivierenden depressiven Störung, gegenwärtig leichte bis mittelgradige Episode (ICD-10 F33.0, F33.1) auch eine Somatisierungsstörung (ICD-10 F45.0) und ein chronisches zerviko- und lumbovertebrales Schmerzsyndrom. Bei einem solchen Krankheitsbild wird eine Arbeitsunfähigkeit aus medizinisch-psychiatrischer Sicht nur ausnahmsweise als invalidisierend auch im rechtlichen Sinne (Art. 4 Abs. 1 IVG sowie Art. 3 Abs. 1 und Art. 6 ATSG) anerkannt (Urteil 9C_673/2012 vom 28. November 2012 E. 3.1). Es gilt die Vermutung der Überwindbarkeit der Schmerzstörung (SVR 2005 IV Nr. 6 S. 21, I 457/02 E. 7.3 [nicht publ. in: <ref-ruling>]; Urteil 9C_148/2012 vom 13. August 2012 E. 2.1). Diese Vermutung kann umgestossen werden. Ob das gelingt, beurteilt sich nach der in der Beschwerde mit "Überwindungspraxis" bezeichneten Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> und seitherige Urteile (vgl. etwa <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 283 und Urteil 9C_736/2011 vom 7. Februar 2012 E. 1.1). Dass deren Anwendung im Einzelfall nicht einfach sei, wie in der Beschwerde vorgebracht wird, genügt nach der gesetzlichen Konzeption (vorne E. 4.1) nicht, um die Notwendigkeit einer (unentgeltlichen) Rechtsverbeiständung zu rechtfertigen.
4.2.2 Es bestehen keine erschwerenden (den Komplexitätsgrad erhöhende) Umstände, die zu einer anderen Beurteilung Anlass geben könnten. Vorab wurde im Vorbescheid vom 24. Januar 2011 die angewendete Rechtsprechung in den massgebenden Grundzügen (statt vieler Urteil 9C_266/2012 vom 29. August 2012 E. 4.2.1) wiedergegeben. Die beabsichtigte Abweisung des Leistungsbegehrens wurde wie folgt begründet: "Insgesamt kann aufgrund der schlüssigen und beweiskräftigen medizinischen Aktenlage davon ausgegangen werden, dass keine invalidisierende psychische Komorbidität vorliegt. Zudem sind die weiteren zu beachtenden Kriterien einer ausnahmsweisen Unzumutbarkeit der Überwindung des Beschwerdebildes nicht gehäuft und in erheblicher Ausprägung vorhanden. Gesamthaft ist damit ein invalidisierender Gesundheitsschaden zu verneinen." Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers machte im Einwand gegen den Vorbescheid geltend, die Diagnose einer depressiven Störung, gegenwärtig leichte bis mittelgradige Episode, sei nicht schlüssig. Dabei wies er auf abweichende fachärztliche Beurteilungen hin, u.a. im Bericht des Inselspitals Bern vom 18. März 2010, wo die Diagnose einer rezidivierenden depressiven Störung, gegenwärtig schwere Episode (ICD-10 F33.2) gestellt worden war. Dies hätte indessen grundsätzlich auch der Versicherte selber tun können. Die mit den Einwendungen gegen den Vorbescheid erreichte Vornahme zusätzlicher Abklärungen durch die IV-Stelle ist in erster Linie ein (gewichtiges) Indiz für die - grundsätzlich prospektiv aufgrund der Verhältnisse im Zeitpunkt des Gesuchs zu beurteilende (<ref-ruling> E. 2.5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 136) - Nichtaussichtslosigkeit der Intervention.
4.3 Nach dem Gesagten verletzt die vorinstanzlich bestätigte Verweigerung der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung für das (laufende) Vorbescheidverfahren mangels sachlicher Gebotenheit einer anwaltlichen Vertretung kein Bundesrecht.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat grundsätzlich der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren kann indessen entsprochen werden (Art. 64 BGG; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Es wird jedoch ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG hingewiesen, wonach er der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn er später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen und es wird dem Beschwerdeführer Rechtsanwalt Claude Wyssman als Rechtsbeistand beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Claude Wyssman wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. April 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Fessler