Faits:
A. A.a X._ SA en liquidation (ci-après X._ SA) était une société de gérance, de promotion et de courtage immobilier. Son principal actif était constitué de huit lots de propriété par étages, situés à Z._. Par conventions des 28 mai et 25 juin 1997, X._ SA a cédé la totalité de son capital-action à A._ SA. Par acte du 18 novembre 1997, X._ SA a ensuite vendu ses parts de propriété par étages à SI W._ SA, société détenue par A._ SA.
1 La Banque Y._ a financé les deux opérations précitées à raison de deux prêts octroyés à A._ SA et SI W._ SA d'un montant de 2'000'000 fr. chacun. Ces prêts étaient garantis par quatre cédules hypothécaires grevant les parts de propriété par étages cédées.
A.b La faillite de X._ SA a été prononcée le 3 octobre 2001. Le 1er octobre 2003, cette dernière a passé une convention avec SI W._ SA, convention par laquelle les deux sociétés ont notamment constaté que la vente des parts de propriété par étages à SI W._ SA, conclue le 18 novembre 1997, était nulle de plein droit et dans son intégralité en vertu de l'<ref-law>. La convention reconnaissait ainsi X._ SA seule propriétaire de ces parts. Par acte déposé le 28 novembre 2003, X._ SA a ainsi ouvert action en rectification du registre foncier au sens de l'<ref-law> contre SI W._ SA. Le 9 mars 2004, suite aux conclusions d'accord déposées par les parties, le Tribunal de première instance du canton de Genève a dès lors pris acte de la convention tendant à la restitution des parts d'étages de SI W._ SA à X._ SA et ordonné la rectification du registre foncier en conséquence.
B. La faillite de SI W._ SA a été prononcée le 19 août 2004 et confirmée par arrêt du 18 novembre 2004.
1 La Banque Y._ a produit dans la faillite de SI W._ SA les créances garanties par les cédules hypothécaires et celles-ci ont été admises à l'état de collocation. Des actes de défaut de biens ont par la suite été délivrés à la Banque Y._ pour les montants respectifs de 760'000 fr., 723'000 fr., 2'725'500 fr. et 1'365'500 fr.
2 A la requête de la Banque Y._, l'Office des faillites du canton de Genève a également porté à l'inventaire de la faillite de SI W._ SA une créance contre X._ SA tendant au "retransfert" de la propriété des parts d'étages. La masse en faillite a cédé cette créance le 11 juillet 2006 à la Banque Y._.
C. Par acte déposé le 15 novembre 2006 devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, la Banque Y._ a formé, à l'encontre de X._ SA, une action révocatoire au sens des <ref-law>, action portant sur les parts d'étages restituées à X._ SA en exécution du jugement d'accord du 9 mars 2004.
3 Dans son mémoire de réponse au fond, la défenderesse a alors soulevé deux exceptions d'irrecevabilité. La première, fondée sur l'autorité de la chose jugée découlant du jugement d'accord du 9 mars 2004, la seconde, tirée de l'absence de cession suffisante des droits de la masse en faillite de SI W._ SA. Par jugement du 11 septembre 2007, le Tribunal de première instance a rejeté les deux exceptions soulevées par X._ SA.
4 La défenderesse a fait appel de ce jugement, ne remettant en cause que le rejet de son exception tirée de l'autorité de la chose jugée. La Cour de justice a confirmé le jugement du Tribunal de première instance, en rejetant l'appel interjeté par X._ SA.
D. Contre cet arrêt, X._ SA interjette un recours en matière civile. Considérant que la cour cantonale a violé les principes régissant l'autorité de la chose jugée, la recourante conclut notamment à l'annulation de l'arrêt rendu par la Cour de justice et à l'irrecevabilité de la demande déposée par la Banque Y._.
5 Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recours a été déposé en temps utile (100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (<ref-law>), par la partie qui a succombé en dernière instance cantonale (art. 76 al. 1 et 75 al. 1 LTF), contre une décision sujette au recours en matière civile (<ref-law>) dans une affaire de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. c et 74 al. 1 let. b LTF). La décision attaquée est une décision incidente, prise et notifiée séparément du fond. Le recours portant sur l'exception d'autorité de la chose jugée, il peut conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse, de sorte qu'il doit être admis au sens de l'<ref-law>.
2. Le recours peut être exercé, parmi d'autres griefs, pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Selon la jurisprudence, l'autorité de la chose jugée (materielle Rechtskraft) relève du droit fédéral dans la mesure où les prétentions déduites en justice se fondent sur ce droit (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2a). Tel est le cas en l'espèce puisque le litige porte sur le caractère révocable de la convention prévoyant la restitution de la propriété des parts d'étages.
6 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (cf. <ref-ruling> consid. 2.2). Il peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine; 297 consid. 3.1).
3. 3.1 La cour cantonale a rejeté l'exception de chose jugée en se fondant sur une double motivation.
1 Si le jugement portant transaction judiciaire est assorti de l'autorité de la chose jugée, la Cour de justice a néanmoins souligné que, dans l'hypothèse où les parties n'ont pas la libre disposition de l'objet litigieux dans la perspective du droit des tiers, l'accord des parties est sans effet à l'égard de ceux-ci, et ce, même si l'accord a pu revêtir la forme d'un jugement. En l'espèce, la cour cantonale a jugé que la transaction ayant conduit au jugement du 9 mars 2004 pouvait constituer un acte révocable au sens des <ref-law> dans la mesure où, passée dans l'année précédant la faillite de la société, elle pouvait en outre avoir été conclue au détriment des créanciers de SI W._ SA. Compte tenu de sa mise en faillite et des dispositions précitées sur l'action révocatoire, SI W._ SA n'avait donc pas la libre disposition des droits litigieux dans la procédure l'opposant en 2004 à X._ SA, si bien que le jugement d'accord ne bénéficiait pas de l'autorité de la chose jugée à l'égard de l'intimée.
2 La Cour du justice a par ailleurs jugé que la révocation au sens des <ref-law> était une action de nature personnelle, tandis que l'action tendant à la rectification du registre foncier portait sur la titularité du droit de propriété des parts d'étages et revêtait par conséquent un caractère réel. L'objet des deux actions n'étant pas identique, l'exception de l'autorité de la chose jugée ne pouvait être admise.
3.2 La recourante soutient que le jugement du 9 mars 2004 a tranché définitivement la question qui fait obstacle à l'ouverture ultérieure d'une action révocatoire, sauf à statuer une nouvelle fois, dans un sens contraire, sur le même objet. Elle se prévaut à cet égard d'une jurisprudence fédérale, l'arrêt 4C.21/2002. La recourante considère ainsi qu'en passant la transaction judiciaire qui a abouti au jugement d'accord du 9 mars 2004, les parties se sont entendues sur le fait que X._ SA avait toujours été légitime propriétaire des parts d'étages et que, partant, la vente conclue avec SI W._ SA était nulle. L'intimée invoque donc un droit de propriété reposant sur un contrat de vente dont les parties ont reconnu la nullité. Or, l'action révocatoire suppose au contraire que SI W._ SA ait été propriétaire des parts d'étages litigieuses. L'action ouverte par l'intimée nie ainsi la question tranchée dans le premier jugement tout en demandant à ce qu'elle soit jugée en un sens contraire. Elle revient finalement à solliciter la révocation d'un acte préalablement révoqué, constituant ainsi une action révocatoire au second degré. Pour obtenir le retransfert de la propriété des parts d'étages, l'intimée aurait dû déposer une action en révision pour vice de la volonté dans le délai d'un an (<ref-law>).
4. 4.1 Il y a chose jugée sur un même objet quand, dans l'un et l'autre procès, les parties ont soumis au juge la même prétention en se fondant sur les mêmes faits (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling>/152 consid. 1 et les arrêts cités). L'identité de l'objet du litige s'entend au sens matériel; il n'est cependant pas nécessaire, ni même déterminant, que les conclusions soient formulées de manière identique (<ref-ruling> consid. 3b). Le Tribunal fédéral a admis que, même si elle s'en écarte par son intitulé, une nouvelle conclusion aura un objet identique à celle déjà jugée, si elle était déjà contenue dans celle-ci, si elle est simplement son contraire ou si elle ne se pose qu'à titre préjudiciel, alors que, dans le premier procès, elle se posait à titre principal (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 4a). L'identité de l'objet s'étend en outre à tous les faits qui font partie du complexe de faits, y compris les faits dont le juge n'a pas pu tenir compte parce qu'ils n'ont pas été allégués, qu'ils ne l'ont pas été selon les formes et à temps ou qu'ils n'ont pas été suffisamment motivés (<ref-ruling> consid. 2b et 3).
3 En principe, seul le jugement au fond jouit de l'autorité de la chose jugée (<ref-ruling> consid. 3b).
4 La transaction judiciaire a à la fois le caractère d'un acte juridique - qui peut être remis en cause pour vice de la volonté - et le caractère d'un acte de procédure qui entraîne la fin du procès et est revêtu de l'autorité de la chose jugée. En droit genevois, la transaction judiciaire donne lieu à un jugement sur accord, qui bénéficie de l'autorité de la chose jugée (Bernard Bertossa/Louis Gaillard/Jaques Guyet/André Diego Schmidt, Commentaire de la loi de procédure civile genevoise, n. 3 ad <ref-law>). Les vices du consentement peuvent toutefois être invoqués par la voie de l'action ordinaire fondée sur les <ref-law> (SJ 1966 300 consid. 2; Bernard Bertossa/Louis Gaillard/Jaques Guyet/André Diego Schmidt, op. cit., n. 3 ad <ref-law>; François Gillard, La transaction judiciaire en procédure civile, 2003, p. 75 sv.).
5 En tant qu'elle a le caractère d'un acte juridique, la transaction qui a donné lieu au jugement sur accord du 9 mars 2004 peut donc, malgré l'autorité de la chose jugée, être remise en cause pour vice de la volonté. En tant qu'acte juridique, elle peut par conséquent également constituer un acte révocable au sens des <ref-law>, si son auteur l'a accompli dans les conditions prévues par ces articles.
4.2 Dans la mesure où les conclusions de l'action révocatoire sont juridiquement moins étendues que celles de l'action contraire en nullité de la vente, qui, par hypothèse, aurait abouti à la transaction - la simple mise à contribution des parts d'étages dans le cadre de la réalisation forcée est en effet moins étendue que l'action en restitution de la propriété de ces parts - le critère tiré de la non-identité des conclusions n'est pas déterminant. En revanche, il y a lieu d'admettre que l'autorité de la chose jugée ne peut pas être opposée à l'intimée dans la mesure où cette dernière s'en prend aux conditions de l'accord dont elle estime qu'il a été conclu dans celles prévues par les <ref-law>.
5. Au vu de ce qui précède, il est superflu d'examiner l'autre motivation de la cour cantonale.
6. Le recours est rejeté au frais de son auteur (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 15 juillet 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La juge présidant: La Greffière:
Escher de Poret