Faits:
A. Le 7 avril 2011, un gendarme a saisi la somme de 9 fr. sur la personne de A._, qui se livrait à la mendicité dans les rues de Genève. Il ressort du reçu délivré à cette occasion que la saisie avait pour objet le paiement immédiat d'une amende. Interpellée par la prénommée, la Cheffe de la police du canton de Genève a précisé que la saisie se fondait sur l'art. 263 al. 1 let. b du code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0).
Par "ordonnance pénale" du 20 juin 2011, le Service des contraventions du canton de Genève (ci-après: le Service des contraventions) a condamné A._ à une amende de 100 fr. pour mendicité, en ordonnant le séquestre et la confiscation des 9 fr. saisis, alloués au paiement de l'amende. Un émolument de 30 fr. était en outre mis à la charge de l'intéressée. Statuant sur recours de celle-ci, la direction de la procédure de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé partiellement cette ordonnance en raison d'un défaut de motivation. Statuant à nouveau par "ordonnance de séquestre" du 5 décembre 2011, le Service des contraventions a déclaré A._ coupable de mendicité au sens de l'art. 11A de la loi pénale genevoise (LPG; RSG E 4 05) et il l'a condamnée à une amende de 100 fr. et au paiement d'un émolument de 30 fr., tout en ordonnant "le séquestre, la confiscation et la dévolution à l'Etat de la somme de 9 fr." saisie par la police. Cette décision se fondait sur les <ref-law> et 263 al. 1 let. d CPP.
B. A._ a recouru contre cette ordonnance auprès de la Cour de justice. La direction de la procédure de cette autorité a rejeté le recours par ordonnance du 24 janvier 2012. Elle a estimé que le recours était irrecevable en tant qu'il portait sur la confiscation et la dévolution à l'Etat de la somme de 9 fr. ainsi que le prononcé de l'amende de 100 fr., la voie de l'opposition (<ref-law>) étant ouverte contre ces décisions. Elle a donc limité son examen aux questions de forme et au bien-fondé du séquestre, considérant notamment que le séquestre était justifié au regard de l'art. 263 al. 1 let. d CPP.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cette ordonnance et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision, subsidiairement d'ordonner immédiatement la levée du séquestre et la restitution de la somme saisie. Elle se plaint d'une violation du principe de la bonne foi, du droit d'être entendu, des <ref-law> et de la présomption d'innocence. Elle requiert en outre l'octroi de l'assistance judiciaire. La direction de la procédure de la Cour de justice et le Service des contraventions ont présenté des observations, concluant à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. A._ a formulé des observations complémentaires.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'<ref-law>, est ouvert contre une décision de saisie prise au cours de la procédure pénale et confirmée en dernière instance cantonale (<ref-law>). La décision par laquelle le juge prononce, maintient ou refuse un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (<ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 1b p. 100 et les références). Une telle décision peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral notamment si elle est de nature à causer un préjudice juridique irréparable au sens de l'<ref-law>. Selon la jurisprudence, le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 101; voir également <ref-ruling> consid. 4 p. 141; <ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 4 p. 187 et les références). Compte tenu du montant dérisoire séquestré en l'espèce, on peut se demander si cette condition est réalisée et s'il se justifie que le Tribunal fédéral statue sans attendre une décision sur le fond. Cette question peut cependant demeurer indécise, le recours devant être rejeté pour les motifs exposés ci-après.
2. La recourante se plaint en premier lieu d'une violation du principe de la bonne foi et d'une violation de son droit d'être entendue en raison d'un défaut de motivation. Le premier grief apparaît d'emblée mal fondé, l'intéressée n'ayant manifestement pas réglé sa conduite sur un renseignement ou une décision erronés de l'administration. De plus, comme le relève l'arrêt attaqué, la recourante était en mesure de comprendre les motifs qui ont fondé le séquestre - nonobstant une erreur initiale dans les normes juridiques invoquées à l'appui de celui-ci - et de le contester à bon escient. Par ailleurs, le grief tiré de la garantie de la bonne foi étant dénué de pertinence, la Cour de justice pouvait s'abstenir de le traiter en détail sans pour autant violer le droit d'être entendu de la recourante (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540 et les références). Ce premier moyen doit donc être rejeté.
3. Invoquant les <ref-law>, la recourante s'en prend également au bien-fondé du séquestre litigieux.
3.1 Cette mesure peut se fonder sur l'art. 263 al. 1 let. d CPP, applicable aux infractions de droit cantonal par renvoi de l'art. 8 de la loi d'application du code pénal suisse et d'autres lois fédérales en matière pénale (LaCP; RSG E 4 10). L'art. 263 al. 1 let. d CPP permet de mettre sous séquestre des valeurs patrimoniales appartenant au prévenu lorsqu'il est probable qu'elles devront être confisquées. Or, sur le vu du dossier il n'apparaît guère contestable que les 9 fr. saisis étaient vraisemblablement le produit d'une infraction à l'art. 11A LPG réprimant la mendicité, dont la constitutionnalité a été admise par le Tribunal fédéral (<ref-ruling>). Dans ces circonstances, c'est en vain que la recourante se plaint d'une violation de la présomption d'innocence. Quant aux conditions de forme, elles sont respectées dans la mesure où le séquestre a fait l'objet d'une ordonnance rendue conformément à l'<ref-law>. Le montant de 9 fr. ayant été saisi par un gendarme dans la rue, on peut également admettre que la condition de l'<ref-law> était réalisée et que la notification d'une ordonnance écrite pouvait intervenir ultérieurement.
3.2 La recourante évoque encore son droit au minimum vital, sans formuler de grief précis sur ce point. Au demeurant, selon la systématique du CPP, seul le séquestre en couverture des frais impose de prendre en compte le revenu et la fortune du prévenu (<ref-law>) et d'exclure du séquestre les valeurs insaisissables selon les art. 92 à 94 de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillites (<ref-law>). Or, le séquestre litigieux n'ayant pas pour but d'assurer la couverture des frais, ces dispositions ne s'appliquent pas en l'espèce. Quant aux art. 92 à 94 LP, ils ne seraient d'aucun secours à la recourante, le produit d'une infraction ne constituant pas un revenu insaisissable au sens de la LP. Dès lors qu'à ce stade il apparaît vraisemblable que les 9 fr. séquestrés constituent le produit d'une infraction, la recourante ne saurait exiger leur restitution pour subvenir à ses besoins. Ce grief doit donc être rejeté.
4. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Dès lors que la recourante est dans le besoin et que l'on peut encore admettre que ses conclusions n'étaient pas d'emblée vouées à l'échec, l'assistance judiciaire doit lui être accordée (<ref-law>). Il y a lieu de désigner Me Dina Bazarbachi en qualité d'avocate d'office et de fixer d'office ses honoraires, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>). La recourante est en outre dispensée des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Dina Bazarbachi est désignée comme défenseur d'office de la recourante et ses honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 francs.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, au Service des contraventions et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 19 juillet 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Rittener