Faits:
A.
Inscrite au registre du commerce depuis 1981, X._ SA (ci-après: la Société), dont le siège est à A._, a pour but social les commerce, location, fabrication, pose, entretien et réparation de tout barrage mobile de signalisation et de toute glissière de sécurité temporaire. Y._ est son administrateur et actionnaire unique.
A.a. En 2002, la Société a acquis un véhicule de marque Ferrari Enzo au prix de 665'000 Euros (soit, hors TVA, 942'379 fr.), qu'elle a revendu pour le même montant le 17 novembre 2005 à Y._, lequel collectionne des automobiles de marque Ferrari.
A.b. Dans ses déclarations fiscales concernant l'impôt fédéral direct (ci-après: l'IFD) et les impôts cantonal et communal (ci-après: l'ICC) portant sur les périodes 2000 à 2005, la Société a annoncé les bénéfice et capital imposables listés ci-après, lesquels ont, pour les périodes 2000 et 2001, donné lieu aux taxations définitives suivantes par l'Office cantonal des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office cantonal:
Périodes de taxation Bénéfice déclaré ICC Impôt arrêté Capital imposable ICC Impôt arrêté Bénéfice déclaré IFD Impôt arrêté 2000 1'147'400 fr. 305'953 fr. 20 6'647'000 fr. 27'011 fr. 10 1'210'600 fr. 102'901 fr. 2001 535'900 fr. 108'948 fr. 50 6'599'900 fr. 16'640 fr. 65 605'100 fr. 51'433 fr. 50 2002 177'100 fr. 5'309'000 fr. 218'500 fr. 2003 10'600 fr. 5'122'000 fr. 13'100 fr. 2004 17'300 fr. 5'009'000 fr. 47'700 fr. 2005 265'100 fr. 4'976'000 fr. 365'500 fr.
A l'issue de procédures de contrôle fiscal et de soustraction d'impôt, ouvertes le 28 juillet 2005, respectivement le 15 septembre 2005, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a rendu à l'encontre de la Société, le 15 mai 2010, une décision de rappel d'impôt et de taxation définitive concernant les périodes de taxation ICC et IFD 2000 à 2005. Parmi les rappels d'impôt opérés, l'Administration cantonale a, sous le chiffre 1.03, repris un montant total de 296'216 fr., afférent aux années 2002 à 2005, à titre de coût pour la mise à disposition du véhicule Ferrari Enzo acquis par la Société en 2002; l'autorité fiscale a en effet considéré que ce véhicule n'était pas destiné à servir à l'exploitation commerciale de la Société. Comme la Ferrari satisfaisait exclusivement les intérêts personnels de l'actionnaire unique de la Société, lequel collectionnait au surplus de tels véhicules de luxe, l'Administration cantonale y a vu une prestation indue à cet actionnaire et a déterminé le rendement que les fonds propres mobilisés pour cette acquisition (payée en quatre versements) auraient dû générer.
Sur la base des reprises effectuées, l'Administration cantonale a en outre arrêté les éléments imposables pour les périodes fiscales 2000 à 2005, a requis des compléments d'impôt de la part de la Société et lui a infligé des amendes pour soustraction (périodes 2000 et 2001), respectivement tentative de soustraction à l'ICC et à l'IFD (périodes 2003 à 2005). Le 2 août 2010, l'Office cantonal a notifié à la Société le calcul des impôts dus pour les périodes ICC et IFD 2002 à 2005.
A.c. A l'encontre de la décision de rappel d'impôt et de taxation définitive du 15 mai 2010, la Société a élevé réclamation, qui a été rejetée par l'Administration cantonale par décision du 31 octobre 2011. La Société a recouru contre cette dernière décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), qui a, par arrêt du 14 août 2012, partiellement admis son recours, annulé la décision sur réclamation du 31 octobre 2011 et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelle décision sur les rappels d'impôt (périodes ICC et IFD 2000 et 2001), taxations définitives (périodes 2002 à 2005) et prononcés d'amendes. S'agissant de l'acquisition de la Ferrari Enzo, le Tribunal cantonal a considéré qu'à défaut de justification commerciale, cet actif, quoique comptabilisé, devait être traité comme étant fictif.
La Société a recouru contre l'arrêt du 14 août 2012, tant pour l'ICC que pour l'IFD, auprès du Tribunal fédéral. Par arrêt du 19 septembre 2012 (causes jointes 2C_874/2012 et 2C_885/2012), ce dernier a déclaré irrecevable le recours en retenant que, faute de motivation particulière sur ce point de la part de la recourante, l'arrêt cantonal querellé devait être qualifié de décision incidente de renvoi laissant une certaine latitude au fisc quant aux nouvelles décisions qu'il lui avait été enjoint de prendre.
B.
Le 19 décembre 2012, l'Administration cantonale a rendu une nouvelle décision sur réclamation modifiant la décision de taxation du 15 mai 2010; parmi les reprises effectuées, elle a, sous le chiffre 1.03 des "éléments de revenus non déclarés ou erronés", repris un montant total de 81'166 fr. pour l'année 2003, à titre d'annulation de l'amortissement sur l'actif fictif Ferrari. Sous la rubrique 1.07, elle a de plus annulé le bénéfice sur reprise concernant l'actif fictif Ferrari à hauteur de -77'267 fr. pour 2005. Sous la rubrique "éléments non déclarés affectant le capital", l'Administration cantonale a, au chiffre 1.03 intitulé "actif fictif (Enzo Ferrari) ", déduit un montant total de -1'730'024 fr. concernant les comptes au 31 décembre 2003, respectivement 2004. Sur cette base, l'Administration cantonale a fixé des éléments imposables, des amendes et des compléments d'impôt ICC et IFD modifiés, confirmant pour le surplus la décision de taxation du 15 mai 2010.
La Société a recouru contre la décision du 19 décembre 2012 pour ce qui concerne l'ICC auprès du Tribunal cantonal. Par arrêt du 23 mai 2013, qui se réfère aussi à son arrêt de renvoi du 14 août 2012, ce dernier a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation du 19 décembre 2012.
C.
A l'encontre de l'arrêt du 23 mai 2013, la Société forme un recours en matière de droit public, tant pour ce qui a trait à l'IFD qu'à l'ICC pour la période de 2002 à 2005. Elle demande, principalement, l'annulation des reprises nos 1.03 et 1.07 au niveau de l'impôt sur le bénéfice et des amendes y afférentes, de même que l'annulation de la reprise n° 1.03 au niveau de l'impôt sur le capital et des amendes y afférentes. Subsidiairement, la Société requiert la réforme des reprises nos 1.03 et 1.07 et des amendes y afférentes au niveau de l'impôt sur le bénéfice et de l'impôt sur le capital, en ce sens qu'il convient d'apprécier le véhicule Ferrari Enzo comme un prêt à l'actionnaire.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de l'arrêt attaqué. Tout en s'opposant à la qualification d'actif fictif du véhicule retenue par le Tribunal cantonal et en estimant que ce dernier n'aurait pas dû entrer en matière sur le volet IFD en raison de la tardiveté du recours cantonal interjeté, l'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal cantonal a rendu un seul arrêt pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'ICC (2C_589/2013), l'autre l'IFD (2C_590/2013). Comme l'état de fait et les griefs qu'invoque la recourante sont identiques, les causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2.
L'arrêt entrepris a été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est partant ouverte. Les lois fiscales applicables confirment cette voie de droit: pour l'impôt fédéral direct, à l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et, pour les impôts cantonal et communal, à l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors que le recours concerne l'imposition d'une personne morale et les procédures relatives au rappel et à la soustraction d'impôt, soit des matières harmonisées figurant aux titres 3, 5 et 6 chapitre 1 de ladite loi. Le recours a en outre été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>) par la contribuable destinataire de l'acte attaqué, de sorte qu'il convient en principe d'entrer en matière.
3.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office, sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 et 106 al. 1 LTF), sauf si ceux-ci ont été retenus de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. art. 105 al. 1 et 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Lorsque le recourant entend s'en prendre aux faits ressortant de l'arrêt attaqué, il doit établir de manière précise la réalisation de ces conditions. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.).
La recourante présente, en particulier sous le titre "résumé des faits pertinents" de son mémoire, sa propre version des faits. Dans la mesure où celle-ci s'écarte des faits constatés dans l'arrêt attaqué sans qu'il soit indiqué en quoi ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, elle n'est pas admissible.
II. Impôt fédéral direct
4.
En tant que la Société entend faire porter son recours devant le Tribunal fédéral sur l'IFD, celui-ci doit être déclaré irrecevable. Tel que l'admet la recourante, le recours qu'elle avait interjeté le 30 janvier 2013 auprès du Tribunal cantonal en lien avec la Ferrari Enzo se limitait en effet expressément à l'ICC; elle ne saurait donc, devant le Tribunal fédéral, élargir l'objet du litige (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 462 s.; <ref-ruling> consid. 6.4 p. 121), à savoir demander davantage ou autre chose que ce qui figure dans les dernières conclusions prises devant l'autorité précédente (cf. arrêts 9C_1044/2012 du 25 juillet 2013 consid. 2.1; 2C_176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 3.3, non publié in <ref-ruling>). S'ajoute à cela qu'au jour de la saisine du Tribunal cantonal, le droit de la Société de recourir en matière d'IFD contre la décision sur réclamation du 19 décembre 2012 (notifiée le lendemain) était déjà éteint depuis le 21 janvier 2013, en raison du délai péremptoire de trente jours instauré à l'<ref-law> cum art. 119 al. 1 et 133 LIFD; il sied de rappeler que la LIFD ne connaît pas, à l'opposé de ce que prévoit le droit de procédure cantonal (cf. art. 96 al. 1 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative; LPA/VD; RS/VD 173.36), une période de suspension des délais durant les féries, en dépit du défaut d'harmonisation des solutions fédérale et cantonales auquel cette situation aboutit (cf. arrêts 2C_628/2010 du 28 juin 2011 consid. 3, non publié in <ref-ruling> mais in RDAF 2011 II 405, et les références citées; 2C_331/2008 du 27 juin 2008 consid. 1). Partant, même si la recourante avait pris des conclusions concernant l'IFD dans son recours devant le Tribunal cantonal, celles-ci auraient été irrecevables car formées tardivement.
Contrairement à ce que prétend la recourante, la circonstance que l'arrêt attaqué mentionne l'IFD dans son rubrum et qu'il semble, de façon ambiguë, aussi en traiter à son consid. 2c, sans toutefois l'aborder au stade du dispositif, ne permet pas de faire renaître un droit périmé. Cela ne saurait du reste équivaloir à un "réexamen" par la juridiction de recours cantonale, dont les jugements ne peuvent être modifiés que dans le cadre des règles gouvernant la révision (cf. art. 100 ss LPA/VD). En conséquence, le recours concernant l'IFD est irrecevable (cause 2C_590/2013).
III. Impôt cantonal et communal
5.
Invoquant une violation de l'<ref-law> concernant la détermination du bénéfice net de la personne morale, la recourante reproche au Tribunal cantonal de s'être cru à tort lié par son précédent arrêt de renvoi du 19 septembre 2012. Dans la mesure où la nouvelle décision sur réclamation que l'Administration cantonale avait prise le 19 décembre 2012 devait être considérée comme une décision finale et non comme une décision incidente, le Tribunal cantonal aurait pu et dû s'écarter des termes de son précédent arrêt.
5.1. Pour autant qu'ils soient intelligibles, les arguments que soulève la recourante ne portent pas tant sur le droit fiscal que sur les principes généraux de procédure gouvernant les arrêts de renvoi (cf. <ref-ruling> consid. 1b p. 520; arrêt 8C_3/2013 du 24 juillet 2013 consid. 3.5), car ils remettent en cause la cognition avec laquelle le Tribunal cantonal pouvait revoir la nouvelle décision que l'autorité fiscale cantonale avait prise pour se conformer à son arrêt de renvoi. Or, l'on ne voit pas que la position du Tribunal cantonal, selon laquelle les considérants de son arrêt de renvoi lient tant les parties que le tribunal lui-même serait contraire à des règles générales de procédure, qu'il aurait appartenu à la recourante de préciser. Cette position correspond du reste à la jurisprudence du Tribunal fédéral rendue au sujet de ses propres arrêts de renvoi (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 335; <ref-ruling> consid. 2a p. 423; arrêt 2C_519/2013 du 3 septembre 2013 consid. 2.1).
5.2. Il sera encore précisé que la Cour de céans vérifiera la conformité au droit tant de l'argumentation contenue dans l'arrêt attaqué que, dès lors qu'elle influe sur la décision attaquée qui s'y réfère expressément, de celle contenue dans l'arrêt de renvoi (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 333). Il aurait certes, à cet égard, incombé à la recourante d'attaquer explicitement la décision de renvoi en même temps que l'arrêt du 23 mai 2013; néanmoins, la jurisprudence du Tribunal fédérale se montre peu exigeante par rapport à la contestation d'une décision incidente simultanément à une décision finale, pour autant que l'on comprenne clairement, comme en l'espèce, que la partie recourante développe une motivation suffisante également à l'encontre du premier acte (cf. arrêts 5A_888/2011 du 20 juin 2012 consid. 3.1, sic! 11/2012 p. 720; 4A_424/2011 du 2 novembre 2011 consid. 1.5.1).
6.
Le litige porte sur le point principal de savoir si, en inscrivant le véhicule de marque Ferrari Enzo dans ses comptes et en en assumant les charges d'entretien et d'amortissement avant de revendre ladite automobile à son administrateur et actionnaire unique, la Société a accordé à celui-ci une prestation appréciable en argent sujette à reprise fiscale en matière d'ICC.
6.1. Les précédents juges ont considéré que la Ferrari Enzo acquise en 2002 ne constituait ni un actif commercial servant à l'exploitation de l'entreprise, ni une valeur de placement, mais un actif fictif. Le fisc devait partant ajouter au bénéfice déclaré par la Société tous les frais et autres amortissements afférents à la Ferrari, lesquels constituaient autant de distributions dissimulées de bénéfice à l'actionnaire; les montants déboursés par la Société pour l'acquisition de ce bien devaient en outre être réintroduits dans sa fortune pour déterminer son capital imposable; enfin, la reprise opérée sous chiffre 1.03 devait être recalculée afin que l'achat de la Ferrari n'entraîne aucune conséquence pour la Société en matière d'impôt sur le bénéfice, mais figure en tant que "réserve négative" dans les fonds propres, réduisant d'autant le capital imposable, tandis qu'il s'agirait, pour l'actionnaire, d'une prestation appréciable en argent à hauteur du prix du véhicule. Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a jugé que le fisc s'était conformé aux instructions précitées. La conséquence de ces corrections avait été de ramener de 643'449 fr. à 174'720 fr. le total des éléments soustraits du revenu, et de 103'642 fr. à -1'626'382 fr. le total des éléments soustraits du capital de la recourante. Le complément d'impôt ICC se montait ainsi à 30'855 fr. 95 au lieu de 87'197 fr. 55. La diminution corrélative des amendes pour (tentative de) soustraction concernant les périodes ICC 2000-2003 avait également été opérée.
6.2. La recourante conteste, à titre principal, les qualifications d'actif fictif et de prestation appréciable en argent de l'achat et de la revente de la Ferrari Enzo. Elle reproche au Tribunal cantonal d'avoir méconnu le principe de la déterminance ainsi que la marge d'appréciation comptable que le fisc doit consentir aux contribuables (cf. <ref-law>) et affirme que l'acquisition du véhicule avait été opérée à titre de placement à une époque où le rendement bancaire était quasi inexistant et où les bourses étaient en baisse. La Société propose, à titre subsidiaire, de faire correspondre la reprise fiscale à l'intérêt qui aurait été facturé à son actionnaire unique si le prix du véhicule avait été assimilé à un prêt à l'actionnaire, les amendes pour soustraction devant être adaptées en conséquence.
6.3. Devant le Tribunal fédéral, l'Administration cantonale et l'Administration fédérale contestent les arguments de la recourante. Elles estiment toutefois que la qualification des opérations liées à la Ferrari Enzo en tant que distribution dissimulée de bénéfice de la recourante à son actionnaire excluait d'emblée l'existence d'un actif fictif, pourtant retenue par le Tribunal cantonal.
IV. Existence d'une prestation appréciable en argent
7.
7.1. Conformément à l'<ref-law>, l'art. 94 al. 1 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS/VD 642.11) concernant l'impôt sur le bénéfice et le capital des personnes morales (cf. art. 92 et 93 LI/VD) dispose, notamment, que le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats (let. a), de même que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial, avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial ou les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b, 2e et 5e tirets). L'<ref-law> correspond lui-même à l'<ref-law>, si bien qu'il est possible de se référer également aux principes dégagés en matière d'IFD (cf. arrêt 2C_645/2012 du 13 février 2013 consid. 10).
7.2. De jurisprudence constante, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (<ref-ruling> consid. 5 p. 607 ss; <ref-ruling> consid. 2 p. 119; arrêt 2C_708/2012 du 21 décembre 2012 consid. 4.3, non publié in <ref-ruling> mais in RF 68/2013 p. 212).
La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses encourues pour l'entretien et l'amortissement de biens acquis par la société qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais commerciaux (arrêts 2P.195/2005 du 16 février 2006 consid. 3.2; 2P.153/2002 du 29 novembre 2002 consid. 3.2, StE 2003 B 72.14.2 n° 31; voir aussi, pour des exemples, arrêts 2C_273/2013 du 16 juillet 2013 consid. 3.2; 2A.573/2004 du 13 juin 2005 consid. 3.1, RtiD 2005 II 514; A.518/1986 du 16 avril 1987 consid. 4b et c, NStP 41/1987 p. 107 s.).
Il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve (cf. <ref-ruling> consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.2, non destiné à la publication; 2C_549/2012 du 16 mai 2013 consid. 3.1, RF 68/2013 p. 722). En revanche, il appartient en principe au fisc de prouver l'existence de prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires. Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (arrêts 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 6.1; 2C_567/2012 du 15 mars 2013 consid. 6.3).
7.3. Il ressort des constatations cantonales que la Société, dont le capital-actions libéré ascende à 50'000 fr. et dont le capital imposable déclaré pour les années 2000 à 2005 variait entre cinq à six millions de francs environ, est active dans le commerce et la réparation d'équipement routier. En 2002, cette dernière a acquis une voiture de marque Ferrari Enzo de série limitée au prix de 942'379 fr. hors TVA. Elle a toutefois reconnu que ce véhicule de luxe ne constituait pas un actif commercial servant à l'exploitation de l'entreprise, notamment à des fins de déplacement ou de représentation commerciale; le véhicule n'aurait d'ailleurs été conduit par l'administrateur de la Société qu'à raison de dix jours par année (cf. décision sur réclamation du 31 octobre 2011, p. 10; <ref-law>), respectivement à raison de 1'200 km/an, dans le seul but de roder le moteur (recours du 26 juin 2013, p. 3).
Même en considérant -, comme le propose la recourante, qui se réfère aux liquidités dont elle disposait en 2002 -, l'achat de la Ferrari en tant qu'actif de placement, celui-ci ne s'est accompagné d'aucune contre-prestation en faveur de la Société, sous la forme d'un rendement et/ou d'une plus-value au moment de la revente, en 2005, du véhicule à l'administrateur et actionnaire unique, auquel le véhicule a été cédé à son prix d'acquisition. Au demeurant, ledit actionnaire est connu pour sa collection de voitures de la marque Ferrari. L'acquisition du véhicule a, au contraire, occasionné des frais d'entretien et amortissements diminuant d'autant les comptes de résultat de la Société.
L'ensemble de ces circonstances démontre que les dépenses pour l'acquisition et l'entretien du véhicule litigieux ne correspondaient manifestement pas aux usages commerciaux. Ils ont en réalité eu pour but de satisfaire le goût personnel de l'administrateur et actionnaire unique de la recourante, collectionneur avéré, pour les voitures de luxe de la marque Ferrari (voir, par exemple, arrêts 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 6.4 [location d'un immeuble à l'administrateur unique de la société en-dessous de sa valeur marchande]; 2P.195/2005 du 16 février 2006 consid. 3.4 [achat ou leasing de véhicules de luxe]; 2A.573/2004 du 13 juin 2005 consid. 5.3 [acquisition de deux propriétés foncières de standing]; A.518/1986 du 16 avril 1986 consid. 4b, NStP 41/1987 p. 107 [acquisition d'un yacht avec place d'amarrage]; cf. aussi la jurisprudence citée in Peter Locher, Kommentar zum DBG, vol. II, 2004, n. 111 p. 291 s., et Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e éd., 2009, nos 127 ss, p. 741).
Par ailleurs, de telles dépenses et la renonciation à un rendement et/ ou à une plus-value de revente ne s'expliquent que par la qualité d'actionnaire et d'administrateur unique de Y._, qui s'est en outre ponctuellement et gratuitement servi du véhicule à des fins de rodage, avant de racheter ce dernier à la Société, en 2005, au même prix auquel celle-ci l'avait acquis en 2002. Au vu des montants en jeu et de l'absence de toute contre-prestation que l'acquisition du véhicule a entraînée en faveur de la Société, laquelle a même dû prendre en charge des frais et amortissements, les organes de la recourante devaient se rendre compte de l'avantage disproportionné qu'ils accordaient. La prestation était d'autant plus évidente que Y._ était l'administrateur unique de la Société (cf. arrêt 2C_60/2013 précité, consid. 6.3 in fine).
7.4. Le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance qu'énonce la recourante (cf. art. 94 al. 1 let. a LI/VD) ne lui permet pas de s'opposer à la qualification de prestation imposable en argent. En effet, ce principe signifie que les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques et pour autant que le bilan remis par le contribuable ne viole aucune disposition impérative du droit commercial (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 359; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 177 s.). Il y a violation des règles de droit commercial prévues aux <ref-law> (ainsi qu'aux <ref-law> pour les sociétés anonymes), notamment du principe de sincérité de l'<ref-law>, lorsque la société comptabilise une charge étrangère à son activité (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 88). Or, comme il a été vu, une telle violation a été commise dans le cas d'espèce, de sorte qu'il se justifiait de s'écarter des comptes établis par la Société.
7.5. Il s'ensuit que le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fiscal en admettant que les opérations liées à l'acquisition et à la revente de la Ferrari Enzo par la recourante constituaient des prestations appréciables en argent en faveur de son unique actionnaire. Il se justifiait dès lors que des reprises fiscales soient effectuées au sens des <ref-law> et 94 al. 1 LI/VD. Reste à vérifier comment celles-ci ont été évaluées (consid. 8 infra).
V. Modalités de calcul des reprises fiscales
8.
Partant de l'existence d'un actif fictif, le Tribunal cantonal a jugé que la Ferrari Enzo constituait une " non-valeur " qu'il incombait aux autorités fiscales d'ignorer d'un point de vue comptable. Contestant cette qualification, les autorités fiscales considèrent quant à elles qu'il aurait fallu opérer une reprise à hauteur de la valeur de location du véhicule qui aurait été payée par un tiers dans le cadre d'une transaction comparable. Dans une conclusion subsidiaire de son recours, la Société propose une reprise correspondant à l'intérêt qui aurait été facturé à son actionnaire si le prix de la Ferrari avait été assimilé à un prêt.
8.1. Contrairement à ce qu'ont retenu les précédents juges dans l'arrêt entrepris du 23 mai 2013 et comme l'ont du reste souligné les autorités fiscales dans leurs déterminations, l'acquisition de la Ferrari Enzo par la recourante ne saurait ici être assimilée à un actif fictif.
8.1.1. Cette dernière notion regroupe en effet les actifs qui, en violation du principe de sincérité ou de vérité du bilan commercial, "n'existent pas" ( PIERRE-MARIE GLAUSER, Apports et impôt sur le bénéfice, 2005, p. 55); il s'agit donc d'une "non-valeur", qui peut notamment prendre la forme d'une acquisition d'un actif à un prix surfait ( ROBERT DANON, ad art. 57-58 LIFD, in Commentaire IFD, 2008, n. 160 p. 761, citant notamment l'arrêt 2P.40/2002 du 1er mai 2002 consid. 3.1; LOCHER, op. cit., n. 112 p. 293), et qui revient, en somme, à établir un faux bilan en y faisant figurer des valeurs comptables (partiellement) inexistantes (cf. arrêt A.425/81 du 5 avril 1984 consid. 3b/cc, ASA 53 p. 279, 287). Qu'un bien ou service n'ait pas été acquis dans le but de servir, directement ou indirectement, à l'exploitation commerciale de la Société, mais pour satisfaire les intérêts personnels de son actionnaire, ne signifie pas que l'actif soit fictif; la jurisprudence sur laquelle s'est fondé le Tribunal cantonal (<ref-ruling> consid. 3a p. 82) n'y change rien, dès lors qu'elle a trait aux critères de délimitation entre la fortune commerciale et privée dans le commerce d'immeubles et ne concerne pas la présente problématique. Or, tant au moment de son acquisition par la Société que durant la période où il était propriété de la recourante, de même qu'au jour de sa revente, le véhicule litigieux possédait une valeur objective certaine qui correspondait à celle portée au bilan et qui, au demeurant, et de façon notoire s'agissant d'une voiture de luxe de série limitée, était promise à augmenter au fil du temps.
8.1.2. Par ailleurs, il ne résulte pas des constatations cantonales, qui lient la Cour de céans (<ref-law>; la détermination de la volonté réelle des cocontractants relevant du fait: <ref-ruling> consid. 3.2 p. 413; arrêt 4A_429/2012 du 2 novembre 2012 consid. 4.2, SJ 2013 I 286), quand bien même une telle situation eût été envisageable, que le contrat par lequel la Société avait acquis la Ferrari Enzo avant de revendre celle-ci à son actionnaire unique serait qualifiable d' acte juridique simulé (<ref-law>; cf., pour la notion, <ref-ruling> consid. 5c/cc p. 68; <ref-ruling> consid. 4a p. 343; arrêt 5A_260/2013 du 9 septembre 2013 consid. 3.3.2.1), en vertu duquel les parties auraient convenu que le véhicule serait en réalité d'emblée vendu à l'actionnaire unique de la Société et non pas à cette dernière.
8.1.3. En conséquence, c'est à tort que les juges cantonaux ont retenu que la Ferrari Enzo constituait une non-valeur dans les comptes de la recourante. Ce véhicule représentait au contraire un véritable actif pour la Société, qui en était, entre 2002 et 2005, la propriétaire sur le plan du droit civil. Les prestations appréciables en argent que fondent l'achat et la revente du véhicule ne sauraient partant faire l'objet d'une reprise dans les termes prescrits par les précédents juges, soit de façon à ce que l'achat du véhicule n'entraîne aucune conséquence pour la recourante en matière d'impôt sur le bénéfice (en particulier la création d'une réserve négative au passif du bilan; cf. à ce titre Danon, op. cit., nos 160 ss, p. 761; Glauser, op. cit., p. 55). Il convient partant de déterminer l'approche en vue de calculer la reprise par rapport audit véhicule qui, comme il a été vu et comme cela ressort aussi de l'arrêt querellé (qui en a toutefois déduit des conséquences erronées), a été mis à la disposition exclusive de son administrateur et actionnaire unique sans que la recourante n'en retirât un quelconque avantage ni une contre-prestation.
8.2.
8.2.1. Dans son arrêt 2C_645/2012 du 13 février 2013, la Cour de céans a examiné les modalités de calcul de la reprise qui a été effectuée par les autorités inférieures en relation avec l'usage, par l'actionnaire unique d'une société, à des fins également privées, de plusieurs véhicules de haut standing (frais d'acquisition dépassant les 100'000 fr.) acquis par ladite société (consid. 9; cf. aussi arrêt 2P.195/2005 du 16 février 2006 consid. 7.2). En s'appuyant sur une solution élaborée en matière de taxe sur la valeur ajoutée, le Tribunal fédéral a jugé conforme au droit la reprise d'une part relative à l'utilisation privée mensuelle de ces véhicules à 0,8% de leur valeur jusqu'à concurrence de 100'000 fr. et à 0,4% de leur valeur au-delà de cette limite.
Tel qu'en convient l'Administration fédérale, cette méthode de reprise n'est pas adaptée au cas d'espèce, car elle se fonde sur une situation dans laquelle il avait été fait un usage privé de véhicules de luxe de manière presque quotidienne. A l'opposé, dans la présente constellation, l'achat du véhicule de luxe par la Société, qui disposait des liquidités nécessaires au moment de la mise sur le marché de ce véhicule de luxe de série limitée, devait permettre, selon les faits constatés, à son actionnaire et administrateur unique non pas tant de s'en servir pour ses déplacements privés réguliers, que d'en disposer en vue d'élargir, à terme, sa collection privée de voitures de marque Ferrari. La faible utilisation du véhicule était motivée par le besoin de rodage du moteur. Une reprise qui s'axerait, même forfaitairement, sur le prix de rendement locatif du véhicule ne tiendrait ainsi pas compte des réalités à la base des prestations appréciables en argent qui étaient ici en jeu, à savoir l'acquisition d'un objet de collection et non d'un véhicule destiné à être utilisé, et aboutirait à une reprise fiscale par hypothèse excessive.
8.2.2. Se disant consciente de l'inadéquation in casu de la jurisprudence 2C_645/2012, l'Administration fédérale propose au Tribunal fédéral de suivre la méthode que l'Administration cantonale avait adoptée dans sa première décision sur réclamation du 31 octobre 2011, laquelle n'avait toutefois pas été suivie par le Tribunal cantonal dans son arrêt du 14 août 2012. Celle-ci avait, à l'instar de la solution retenue par l'arrêt précité, retenu l'hypothèse de la mise à disposition onéreuse du véhicule à un tiers. En partant d'un coût de location journalier de la Ferrari Enzo de 12'451 Euros, respectivement mensuel de 298'801 Euros (forfait), le fisc avait toutefois opté, au pro rata temporis, pour la reprise du rendement que les fonds propres mobilisés pour cette acquisition auraient dû, selon elle, générer, tout en tenant compte du fait que le prix d'achat avait été acquitté en quatre tranches par la recourante. Selon l'Administration fédérale, ladite solution aurait le mérite de se baser sur la location qui aurait été payée par un tiers dans le cadre d'une transaction comparable.
Pour les mêmes motifs que ceux énoncés en rapport avec la jurisprudence 2C_645/2012, la solution prônée par l'Administration fédérale ne tient cependant pas compte de la réalité économique des opérations d'achat et de vente de la Ferrari Enzo. Se centrant sur la location hypothétique du véhicule (bien que se confinant cette fois-ci aux durées d'utilisation effectives et peu fréquentes de la Ferrari par l'administrateur), cette solution perd en effet de vue le caractère purement secondaire, à des fins de rodage du moteur, de l'utilisation du véhicule, alors que l'automobile était à la vérité destinée à satisfaire le goût privé de l'administrateur de la Société pour la collection de voitures de la marque Ferrari, et, le cas échéant, à lui permettre d'en retirer une plus-value. Il convient partant d'écarter la solution proposée par l'Administration fédérale.
8.2.3. Dans une conclusion subsidiaire, la recourante demande quant à elle que la reprise fiscale équivaille à l'intérêt, établi selon les taux-notices publiés par l'Administration fédérale, qui aurait été facturé à l'actionnaire si le prix de la Ferrari Enzo était assimilé à un prêt à l'actionnaire.
L'assimilation de l'achat de la Ferrari Enzo à une avance équivalant au prix du véhicule de la Société en faveur de son administrateur et actionnaire unique ferait abstraction des rapports de propriété existant au moment de l'achat, des frais de maintien et entretien du véhicule ayant grevé les comptes de la Société, ainsi que du prix de revente de la Ferrari Enzo, soit un véhicule de collection censé en principe produire une plus-value, au même prix qu'elle l'avait acquise quelques années auparavant. Ces éléments empêchent donc de retenir l'hypothèse d'une simple avance à l'actionnaire, comme le requérait la recourante.
8.2.4. L'opération par laquelle la Société a acquis la propriété du véhicule à l'aide de ses propres liquidités, en a aussitôt remis la jouissance exclusive (mais pas la propriété) à Y._, puis a, en 2005, revendu le véhicule au même prix que celui jadis payé au fournisseur, présente, d'un point de vue économique, des similitudes marquées avec le contrat de vente à crédit. Il s'agit du contrat par lequel la venderesse accepte de mettre l'acheteur en possession de l'objet de la vente (le cas échéant en s'en réservant la propriété), avant que ce dernier n'en ait payé le prix (cf. arrêt 2A.135/2001 du 7 décembre 2001 consid. 4, RDAF 2003 II 23 [sous l'angle de l'ancien <ref-law> sur la vente à tempérament]). Dans cette hypothèse, les aménagements que la venderesse consent à l'acheteur requièrent toutefois une rémunération particulière de la part de ce dernier, en contre-partie de la renonciation par la première à l'obtention du prix (intégral) lors de la livraison de la chose et du risque financier ainsi encouru (cf. TERCIER/FAVRE, Les contrats spéciaux, 4e éd., 2009, nos 3090 ss p. 453), par exemple, en raison d'une défaillance de paiement par l'acheteur.
8.2.5. Le Tribunal fédéral n'est pas en mesure de fixer lui-même les montants définitifs dus en application de la méthode de reprise dégagée auparavant. Il incombera partant aux autorités fiscales d'opérer une reprise qui s'inspire des conditions commerciales applicables dans le genre de rapports contractuels précités. A cet égard, la méthode de reprise dans les comptes de la recourante devra, en particulier, porter sur un taux d'intérêt rémunérateur suffisant, qui intègre à la fois le risque financier encouru par la Société dans le cadre de la mise à disposition du véhicule, telle que consentie avant tout paiement à son actionnaire, et la plus-value envisageable, calculée en fonction du laps de temps durant lequel la Société a conservé la propriété sur la Ferrari Enzo, en cas de revente d'un tel véhicule de collection. L'autorité fiscale veillera de plus à reprendre les frais et autres charges liés à l'utilisation et à l'entretien usuel du véhicule qui ont été, indûment, supportés par la recourante. Les amendes pour (tentative de) soustraction afférentes aux périodes litigieuses seront fixées sur les nouvelles bases ainsi obtenues.
8.2.6. Il convient encore de souligner que, compte tenu de l'interdiction de la reformatio in pejus (<ref-law>; en droit fiscal, cf. arrêt 2C_123/2012 du 8 août 2012 consid. 7.3) et étant donné que les autorités fiscales n'ont pas elles-mêmes recouru contre l'arrêt du Tribunal cantonal, l'autorité ne pourra que corriger à la baisse l'imposition en matière d'impôt cantonal et communal de la recourante par rapport au résultat de la méthode préconisée par le Tribunal cantonal dans l'arrêt attaqué (actif fictif); de même, elle ne pourra que modifier en faveur du recourant les amendes fiscales relatives aux périodes litigieuses par rapport aux montants qu'elle aurait dû fixer en application de l'arrêt attaqué.
Il sera ajouté qu'il n'est, au vu des éléments à disposition, pas certain que les critères de calcul que le Tribunal fédéral a retenus dans le cadre du présent arrêt s'avéreront défavorables à la recourante; le Tribunal fédéral ne peut donc pas se limiter à confirmer les montants repris dans l'arrêt attaqué, mais devra renvoyer l'affaire aux autorités fiscales en vue du calcul concret selon la méthode de reprise sus-indiquée.
9.
Les considérants qui précèdent conduisent à admettre le recours s'agissant de l'ICC (cause 2C_589/2013). L'arrêt attaqué du 23 mai 2013 sera partiellement annulé, dans la mesure où il porte sur la reprise et le calcul des amendes pour (tentative de) soustraction d'impôt en lien avec la Ferrari Enzo. Il appartiendra à l'autorité fiscale d'établir diligemment de nouveaux bordereaux sur ces points, en tenant compte de l'interdiction de la reformatio in pejus. Ceux-ci ne constitueront cependant que de simples actes d'exécution de l'arrêt rendu par la Cour de céans. En ce sens, le présent arrêt met un terme à la procédure s'agissant du principe même des rappels d'impôt et des amendes fiscales. Le renvoi à l'Administration cantonale ne concerne plus que le calcul concret des montants dus (cf. arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 12.2, non publié).
En conséquence, il y a lieu de renvoyer la cause directement à l'Administration cantonale (<ref-law> in fine) pour qu'elle statue à nouveau, dans le sens des considérants, au sujet de la reprise des frais d'acquisition et de maintien liés à la Ferrari Enzo, et qu'elle adapte les amendes pour (tentative de) soustraction fiscale en conséquence.
10.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires seront partagés par moitié par la recourante et par l'intimée, dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 5 LTF). La recourante, qui est représentée par une fiduciaire, obtiendra des dépens réduits en application de l'art. 9 du règlement du 31 mars 2006 sur les dépens alloués à la partie adverse et sur l'indemnité pour la représentation d'office dans les causes portées devant le Tribunal fédéral (RS 173.110.210.3; cf. arrêt 2C_546/2013 du 5 décembre 2013 consid. 5), à charge du canton de Vaud; aucun dépens ne sera en revanche alloué à l'intimée (art. 68 al. 1 et 3 LTF). Le principe de la reprise est admis, seule la méthode de calcul de cette reprise doit être modifiée par rapport à celle retenue par les juges cantonaux et il n'est pas certain qu'elle s'avère plus favorable à la recourante. En pareilles circonstances, il n'y a pas lieu de modifier l'arrêt attaqué s'agissant des frais et dépens de la procédure cantonale, qui sera donc confirmé sur ce point.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C_589/2013 et 2C_590/2013 sont jointes.
2.
Le recours concernant l'IFD est irrecevable.
3.
Le recours concernant l'ICC est admis. L'arrêt du Tribunal cantonal du 23 mai 2013 est partiellement annulé en tant qu'il porte sur la reprise et le calcul des amendes pour (tentative de) soustraction fiscale afférents à la Ferrari Enzo. L'arrêt est confirmé pour le surplus.
4.
La cause est renvoyée à l'Administration cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision concernant l'ICC (périodes 2002 à 2005) dans le sens des considérants.
5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à raison de 2'000 fr. à la charge de la recourante et de 2'000 fr. à la charge du canton de Vaud.
6.
Le canton de Vaud versera à la recourante une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens réduits.
7.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante du recourant, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 janvier 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton