Sachverhalt:
A. Am 31. Mai 2007 kontrollierte die Kantonspolizei St. Gallen ein Hanffeld eines Landwirts. Die nachfolgenden polizeilichen Ermittlungen ergaben, dass dieser den Hanf im Auftrag der Y._GmbH angebaut hatte, welche mit Hanfartikeln handelt und die Z._AG für die Herstellung von Hanf-Eistee mit Hanfblüten beliefert. Geschäftsführer der Y._GmbH ist X._.
Am 5. März 2008 durchsuchte die Kantonspolizei die Räumlichkeiten der Y._GmbH sowie jene von X._ und einer weiteren Person und stellte dabei diverse Hanfprodukte sicher, nämlich 845 kg Feinschnitt Hanfblüten, 278 kg Hanfblätter, 176 kg Hanfstängel, 10 Liter Hanfessenz und 1 Liter Hanfsirup. Die Betäubungsmittelanalyse ergab einen THC-Gehalt zwischen 1,1 und 11 % und damit eine deutliche Überschreitung des gesetzlichen Grenzwerts von 0,3 % THC-Gehalt.
B. Mit Verfügung vom 3. August 2011 stellte die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Kantonales Untersuchungsamt, das gegen X._ wegen des Verdachts der Widerhandlung gegen das BetmG (SR 812.121) und der Widerhandlung gegen das Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG; SR 910.0) geführte Strafverfahren gestützt auf Art. 319 Abs. 1 lit. a und d StPO (SR 312.0) ein (Dispositiv-Ziffer 1). Zur Begründung führte die Staatsanwaltschaft aus, eine Verwendung der Hanfprodukte zu Betäubungsmittelzwecken könne X._ nicht rechtsgenüglich nachgewiesen werden, und die Widerhandlung gegen das Landwirtschaftsgesetz sei verjährt. Gleichzeitig verfügte die Staatsanwaltschaft die Einziehung und Vernichtung der sichergestellten Hanfprodukte (Dispositiv-Ziffer 2). Die Verfahrenskosten von Fr. 4'078.-- wurden auf die Staatskasse genommen (Dispositiv- Ziffer 3), und dem Rechtsvertreter von X._ wurde eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zugesprochen (Dispositiv-Ziffer 4).
C. Gegen diese Einstellungsverfügung erhob X._ mit Eingabe vom 13. August 2011 Beschwerde an die Anklagekammer des Kantons St. Gallen und beantragte die Aufhebung der Dispositiv-Ziffer 2 der Einstellungsverfügung und die Herausgabe der beschlagnahmten Hanfprodukte.
Mit Entscheid vom 12. Oktober 2011 hiess die Anklagekammer die Beschwerde gut und hob Dispositiv-Ziffer 2 der Einstellungsverfügung vom 3. August 2011 auf (Dispositiv-Ziffer 1). Die Verfahrenskosten von Fr. 1'000.-- wurden auf die Staatskasse genommen (Dispositiv-Ziffer 2), und der Rechtsvertreter von X._ wurde mit Fr. 1'200.-- entschädigt (Dispositiv-Ziffer 3).
D. Mit Eingabe vom 23. November 2011 führt die Staatsanwaltschaft Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht mit den Anträgen, der Entscheid der Anklagekammer vom 12. Oktober 2011 sei aufzuheben, und die beschlagnahmten Hanfprodukte (845 kg Feinschnitt Hanfblüten, 278 kg Hanfblätter, 176 kg Hanfstängel, 10 Liter Hanfessenz und 1 Liter Hanfsirup) seien einzuziehen und zu vernichten.
Die Anklagekammer verzichtet auf eine Vernehmlassung. X._ beantragt in seiner Eingabe vom 2. Dezember 2011 die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Der angefochtene Entscheid ist kantonal letztinstanzlich (<ref-law>) und schliesst das Verfahren mit der Aufhebung der Beschlagnahme der Hanfprodukte ab (<ref-law>). Zur Beschwerde in Strafsachen ist berechtigt, wer am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (<ref-law>). Die Staatsanwaltschaft gehört grundsätzlich zum Kreis der beschwerdebefugten Parteien (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 3 BGG; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1.3 S. 24, 87 E. 3 S. 89 ff.). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid erwogen, die Einziehung sei von der Beschwerdeführerin in ihrer Einstellungsverfügung vom 3. August 2011 damit begründet worden, dass der Beschwerdegegner durch den Anbau und die Verwendung einer Hanfpflanze, die nicht im Sortenkatalog des Bundesamts für Landwirtschaft aufgeführt sei, gegen das Landwirtschaftsgesetz verstossen habe. Werde wie vorliegend das Verfahren zufolge Verjährung eingestellt, so werde nicht über die Schuld oder Strafbarkeit des Betroffenen befunden. Entsprechend könne die Einziehung nicht mit einem nicht abschliessend beurteilten strafbaren Verhalten (Verstoss gegen das Landwirtschaftsgesetz) begründet werden. Die Einziehung verletze die Unschuldsvermutung nach Art. 6 Ziff. 2 EMRK und sei daher aufzuheben.
Die Beschwerdeführerin erachtet diese Auffassung als unzutreffend.
2.2 Nach <ref-law> mit der Marginalie "Sicherungseinziehung" verfügt das Gericht ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person die Einziehung von Gegenständen, die zur Begehung einer Straftat gedient haben oder bestimmt waren oder die durch eine Straftat hervorgebracht worden sind, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährden (Abs. 1). Das Gericht kann anordnen, dass die eingezogenen Gegenstände unbrauchbar gemacht oder vernichtet werden (Abs. 2).
Die Sicherungseinziehung erfolgt gemäss dem Wortlaut des Gesetzes "ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person". Es genügt somit eine objektiv und subjektiv tatbestandsmässige und rechtswidrige Straftat, wobei als Anlasstat insbesondere auch eine Übertretung der Nebenstrafgesetzgebung des Bundes - wie namentlich eine Widerhandlung gegen das Landwirtschaftsgesetz - in Betracht kommt. Schuldausschlussgründe (Bsp. Schuldunfähigkeit, Irrtum über die Rechtswidrigkeit) stehen im Gegensatz zu Rechtfertigungsgründen (Bsp. rechtfertigende Notwehr, rechtfertigender Notstand) der Sicherungseinziehung nicht entgegen. Möglich ist die Einziehung auch bei fehlenden Prozessvoraussetzungen wie namentlich bei Verjährung der Anlasstat (vgl. <ref-ruling> E. 4 ff. S. 238 ff.; siehe zum Ganzen auch Niklaus Schmid, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Band I, 2. Aufl., 2007, <ref-law> N. 26 ff., insb. N. 37; Florian Baumann, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl., 2007, <ref-law> N. 6 f.).
2.3 Die Beschwerdeführerin ist nach Abschluss des Untersuchungsverfahrens zum Schluss gekommen, der Beschwerdegegner habe vorsätzlich gegen das Landwirtschaftsgesetz verstossen, wobei diese Übertretung verjährt und daher das Strafverfahren einzustellen sei. Da eine Einziehung nach dem Gesagten grundsätzlich auch bei verjährter Anlasstat zulässig ist, hat die Beschwerdeführerin trotz Verfahrenseinstellung zu Recht geprüft, ob die sichergestellten Hanfprodukte einzuziehen oder herauszugeben sind. Die Unschuldsvermutung gemäss Art. 6 Ziff. 2 EMRK steht einer Sicherungseinziehung bei Verfahrenseinstellung zufolge Verjährung nicht entgegen (<ref-ruling> E. 3 S. 238). Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz, wonach das Bejahen einer tatbestandsmässigen und rechtswidrigen Anlasstat gegen die Unschuldsvermutung verstösst, verletzt Bundesrecht, da damit Sicherungseinziehungen trotz Vorliegen der gesetzlichen Voraussetzungen ausgeschlossen wären.
2.4 Zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin die Einziehungsvoraussetzungen von <ref-law> zu Recht als gegeben erachtet hat.
2.4.1 Die Beschwerdeführerin hat erwogen, Anlasstat bilde ein Verstoss des Beschwerdegegners gegen <ref-law>. Nach dieser Bestimmung wird mit Busse bis zu Fr. 40'000.-- bestraft, wer vorsätzlich pflanzliches Vermehrungsmaterial einer Sorte einführt, verwendet oder in Verkehr bringt, die nicht in einem Sortenkatalog aufgeführt ist (<ref-law>). Gemäss Art. 4 der Verordnung des Bundesamts für Landwirtschaft vom 7. Dezember 1998 über den Sortenkatalog für Getreide, Kartoffeln, Futterpflanzen, Öl- und Faserpflanzen sowie Betarüben (Sortenkatalog-Verordnung; SR 916.151.6) enthält der Sortenkatalog in Anhang 4 jene Öl- und Faserpflanzensorten, deren Saatgut anerkannt werden kann und in Verkehr gebracht werden darf.
Die sichergestellten Hanfprodukte gehören zur Sorte "Cannabis sativa indica" und weisen einen THC-Gehalt von 1,1 bis 11 % auf. Es handelt sich dabei um eine THC-reiche Hanfsorte, welche in Anhang 4 des Sortenkatalogs nicht aufgeführt ist. Gemäss Sortenkatalog ist lediglich die Sorte "Fédora 17" mit einem THC-Gehalt von unter 0,3 % zugelassen. Damit ist der objektive Tatbestand von <ref-law> erfüllt.
Bei seiner Einvernahme vom 20. März 2008 durch die Beschwerdeführerin gab der Beschwerdegegner an, er habe die verwendete Hanfsorte gewählt, weil diese mehr Blüten trage und daher einen höheren Ertrag abwerfe als der hauptsächlich aus Stängeln bestehende "Faserhanf" gemäss Sortenkatalog. Der Beschwerdegegner hat sich folglich wissentlich und willentlich für eine nicht im Sortenkatalog aufgeführte THC-reiche Hanfsorte entschieden, womit der subjektive Tatbestand von <ref-law> erfüllt ist. Rechtfertigungsgründe sind nicht ersichtlich und werden auch nicht geltend gemacht. Damit hat die Beschwerdeführerin das Vorliegen einer - wenn auch verjährten - Anlasstat als Voraussetzung der Sicherungseinziehung im Sinne von <ref-law> zu Recht bejaht. Sie hat dabei keine abschliessende strafrechtliche Beurteilung vorgenommen. Dem Beschwerdegegner wurde deshalb auch kein strafrechtlich relevantes Verhalten vorgeworfen.
Soweit der Beschwerdegegner in diesem Zusammenhang in seiner Vernehmlassung vom 2. Dezember 2011 einwendet, eine Einziehung der beschlagnahmten Hanfprodukte verletze den Anklagegrundsatz, da ihm der Verstoss gegen das Landwirtschaftsgesetz nicht explizit vorgeworfen worden sei, ist seine Argumentation nicht stichhaltig. Bei einer Verfahrenseinstellung stellt sich die Frage der Verletzung des Anklagegrundsatzes nicht, da gerade keine Anklage beim zuständigen Gericht erhoben wird (vgl. <ref-law>). Soweit der Beschwerdegegner mit seinem Vorbringen sinngemäss eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) behauptet, ist die Rüge unbegründet. Er wurde im Rahmen des Untersuchungsverfahrens ausführlich zum Sachverhalt befragt, und es wurde ihm ausdrücklich vorgehalten, die von ihm verwendete THC-reiche Hanfsorte sei nicht im Sortenkatalog des Bundesamts für Landwirtschaft aufgeführt. Dem Beschwerdegegner war mithin klar, was ihm angelastet wird, und er konnte zu den erhobenen Vorwürfen Stellung nehmen.
2.4.2 Neben dem Deliktskonnex ist auch die weitere Voraussetzung von <ref-law> erfüllt, wonach die beschlagnahmten Hanfprodukte die Sicherheit von Menschen künftig gefährden. Bei illegalen Betäubungsmitteln, die von ihrer Bestimmung her einzig deliktisch verwendet werden können, ist die zukünftige Gefährdung nach der gesetzgeberischen Wertung zu bejahen (Schmid, a.a.O., <ref-law> N. 60).
Die Beschwerdeführerin weist auf Art. 3 Abs. 2 lit. d der Verordnung vom 25. Mai 2011 über die Betäubungsmittelkontrolle (Betäubungsmittelkontrollverordnung, BetmKV; SR 812.121.1) in Verbindung mit den Anhängen 1 und 5 der Verordnung des EDI vom 30. Mai 2011 über die Verzeichnisse der Betäubungsmittel, psychotropen Stoffe, Vorläuferstoffe und Hilfschemikalien (Betäubungsmittelverzeichnisverordnung, BetmVV-EDI; SR 812.121.11) hin, wonach Hanf mit einem THC-Gehalt von über 1 % unter Vorbehalt einer Ausnahmebewilligung des Bundesamts für Gesundheit gemäss <ref-law> zu den verbotenen kontrollierten Substanzen und damit zu den Betäubungsmitteln gehört. Diese Verordnungen sind am 1. Juli 2011 in Kraft getreten (<ref-law> und <ref-law>).
Entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners steht das strafrechtliche Rückwirkungsverbot (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) dem Heranziehen der Betäubungsmittelkontrollverordnung und der Betäubungsmittelverzeichnisverordnung insoweit nicht entgegen. Entscheidend ist, dass die Beschwerdeführerin in ihrer Begründung der Einstellungsverfügung bei der Prüfung, ob eine tatbestandsmässige und rechtswidrige Anlasstat vorliegt, einzig das Landwirtschaftsgesetz angewendet und nicht auf die revidierte Betäubungsmittelgesetzgebung abgestellt hat. Bei der Beurteilung der zukünftigen Gefährdung der Sicherheit von Menschen durch die sichergestellten Hanfprodukte hingegen ist die Bezugnahme aufs geltende Recht nicht zu beanstanden. Schliesslich sind die Einziehung und die Vernichtung der sichergestellten Hanfprodukte auch nicht als unverhältnismässig einzustufen.
3. Die Beschwerde ist damit gutzuheissen und der angefochtene Entscheid der Anklagekammer vom 12. Oktober 2011 aufzuheben. Die beschlagnahmten Hanfprodukte (845 kg Feinschnitt Hanfblüten, 278 kg Hanfblätter, 176 kg Hanfstängel, 10 Liter Hanfessenz und 1 Liter Hanfsirup) sind einzuziehen und zu vernichten. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin, ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, gegenstandslos.
Als unterliegende Partei hat der Beschwerdegegner die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens, welche auf Fr. 1'000.-- festgesetzt werden, und jene des vorinstanzlichen Verfahrens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 67 BGG). Ihm ist in beiden Verfahren keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 5 BGG). Die Beschwerdeführerin hat ebenfalls keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Anklagekammer vom 12. Oktober 2011 aufgehoben. Die beschlagnahmten Hanfprodukte (845 kg Feinschnitt Hanfblüten, 278 kg Hanfblätter, 176 kg Hanfstängel, 10 Liter Hanfessenz und 1 Liter Hanfsirup) werden eingezogen und vernichtet.
2. Die Gerichtskosten des bundesgerichtlichen und des vorinstanzlichen Verfahrens von je Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner