Sachverhalt:
A. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen führt gegen X._ ein Administrativverfahren zur Abklärung seiner Fahreignung, nachdem er am 28. März 2010 unter dem Einfluss von Alkohol (Blutalkoholgehalt von mindestens 0,77 Promille) und Cannabis (THC-Gehalt im Blut von 2,3 Mikrogramm/l) ein Auto gelenkt hatte. Es kann auf die eingehende Sachverhaltsdarstellung im Urteil 1C_386/2011 vom 2. Dezember 2011 verwiesen werden.
B. Nachdem X._ seinen Rekurs gegen die Anordnung einer verkehrspsychologischen Untersuchung zurückgezogen hatte, ersuchte er am 1. März 2012 das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, ihn zur verkehrspsychologischen Begutachtung beim Institut für Rechtsmedizin Zürich (IRM) anzumelden. Er ersuchte um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung, insbesondere auch in Bezug auf die angeordnete Begutachtung.
Am 5. April 2012 wies das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ab.
Der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen wies die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung am 7. Juni 2012 ab und wies das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das Verwaltungsgerichtsverfahren ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Verwaltungsgerichtsentscheid aufzuheben und ihm für das Administrativverfahren vor dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt sowie für das verwaltungsgerichtliche Verfahren unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren, insbesondere auch für die Kosten der verkehrspsychologischen Untersuchung. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er ebenfalls um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung.
D. Das Sicherheits- und Justizdepartement sowie der Präsident des Verwaltungsgerichts beantragen, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung in einem Administrativverfahren; dagegen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Er schliesst das Verfahren nicht ab; es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde u.a. dann zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>). Das ist bei der Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung regelmässig der Fall, da dem Betroffenen, der mangels verfügbarer Mittel nicht in der Lage ist, den Kostenvorschuss zu leisten und den erforderlichen Rechtsbeistand zu bezahlen, der Prozessverlust droht. Der Beschwerdeführer, dem der definitive Entzug des Führerausweises droht und dem die unentgeltliche Rechtspflege verweigert wurde, ist zur Beschwerde befugt (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Das Verwaltungsgericht hat erwogen, unentgeltliche Rechtspflege sei nach Art. 99 Abs. 2 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 16. Mai 1965 (VRP) i.V.m. Art. 117 der Schweizerischen Zivilprozessordnung (vom 19. Dezember 2008, SR 272, ZPO) zu gewähren, wenn der Gesuchsteller bedürftig sei und das angestrebte Verfahren nicht aussichtslos sei. Es schützte die Ablehnung des Gesuchs durch die Vorinstanz mit der Begründung, der Beschwerdeführer sei nicht bedürftig. Der Beschwerdeführer bestreitet dies. Es kann indessen offen bleiben, ob der Beschwerdeführer bedürftig im Sinn der angeführten Bestimmungen ist, da die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege im Ergebnis ohnehin nicht zu beanstanden ist.
2.2 Es trifft zwar zu, dass der verfassungs- und konventionsrechtliche Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung grundsätzlich in allen staatlichen Verfahren und in allen Rechtsgebieten gilt (<ref-ruling> E. 8.2 S. 214). Das Institut, das sich am Rechtsgleichheitsgebot orientiert, soll sicherstellen, dass eine nicht über genügend finanzielle Mittel verfügende Person in den Stand versetzt wird, gleich wie eine vermögende Person das zur Durchführung ihrer Rechte notwendige Verfahren zu führen. Die Aufgabe des Staates beschränkt sich allerdings im Wesentlichen darauf, den einzelnen dann zu unterstützen, wenn er ohne diese Unterstützung eines Rechts verlustig ginge oder sich gegen einen als unzulässig erachteten Eingriff nicht zur Wehr setzen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 317). Wer dagegen eine Erlaubnis erlangen will, für die er bestimmte persönliche Voraussetzungen erfüllen oder sachliche Gegebenheiten nachweisen muss, kann für die mit dem Nachweis dieser Voraussetzungen oder Fähigkeiten verbundenen Aufwendungen im dafür vorgesehenen Administrativverfahren keine unentgeltliche Rechtspflege beanspruchen. Eine Person, die z.B. die Erteilung eines Führer- oder Fahrzeugausweises oder einer Baubewilligung anstrebt, kann daher nicht mit Erfolg die Gewährung unentgeltlicher Rechtspflege beanspruchen, um die damit verbundenen Kosten - etwa für Fahrstunden, Reparaturen, Prüfungsgebühren, Profilierungs- und Vermessungsarbeiten - von der öffentlichen Hand tragen zu lassen. Gleiches gilt für denjenigen, der durch eigenes Fehlverhalten - z.B. eine Trunkenheitsfahrt - ernsthafte Zweifel an seiner Fahreignung weckte und, was ihm frei steht, den zu Recht vorsorglich entzogenen Führerausweis wiedererlangen möchte: für die dafür erforderlichen verkehrsmedizinischen und -psychologischen Abklärungen seiner Fahreignung kann er selbstredend keine unentgeltliche Rechtspflege beanspruchen. In Bezug auf das vorliegende Verfahren ergibt sich daraus Folgendes:
2.2.1 Der Beschwerdeführer hat am 28. März 2010 unter dem Einfluss von Alkohol und Cannabis ein Auto gelenkt und damit - insbesondere vor dem Hintergrund seines stark getrübten automobilistischen Leumunds - ernsthafte Zweifel an seiner Fahreignung erweckt. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt eröffnete daraufhin ein Administrativverfahren gegen ihn zur Abklärung seiner Fahreignung. In diesem Verfahren wurde gegen ihn ein vorsorglicher Führerausweisentzug verhängt und die Wiedererteilung des Führerausweises von einer positiven verkehrspsychologischen Begutachtung abhängig gemacht. Den Rekurs gegen letztere zog der Beschwerdeführer am 18. Januar 2012 zurück. Bis zu diesem Zeitpunkt stellte der Beschwerdeführer kein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
2.2.2 Der Beschwerdeführer hat sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung am 1. März 2012 gestellt, zu einem Zeitpunkt, in dem das Verfahren weit fortgeschritten war. Im Wesentlichen ist nur noch das verkehrspsychologische Gutachten ausstehend, aufgrund dessen es voraussichtlich mit dem Entscheid über den Entzug bzw. die Wiedererteilung des Führerausweises abgeschlossen werden kann. Da der Beschwerdeführer nach dem Gesagten für die Einholung des Gutachtens keine unentgeltliche Rechtspflege beanspruchen kann, konnte der Präsident des Verwaltungsgerichts die Abweisung des Gesuchs im Ergebnis ohne Verletzung von Bundesrecht schützen.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Damit trägt der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, das gutzuheissen ist, da die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war und die Bedürftigkeit bei einer summarischen, das weitere Verfahren nicht präjudizierenden Prüfung der Verhältnisse ausgewiesen scheint (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Pascal Baumgardt, St. Gallen, wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtlicher Verteidiger eingesetzt und mit Fr. 1'500.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen, Abteilung Administrativmassnahmen, dem Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi