Sachverhalt:
A. Am 28. Januar 2009 machte das Konkursamt Bern-Mittelland, Dienststelle Bern (heute Dienststelle Mittelland) öffentlich bekannt, dass über X._ (bereits) am 27. Januar 2004 der Konkurs eröffnet worden sei und dieser im summarischen Verfahren durchgeführt werde. In der Folge meldete sich beim Konkursamt die Bank A._ AG (nachfolgend: A._) mit der Mitteilung, dass X._ ein erhebliches Guthaben bei ihr besitze.
Mit Verfügung vom 10. Juni 2009 stellte das Konkursamt gegenüber der Bank fest, dass vier (bestimmte) Konti Bestandteil der Konkursmasse seien, und forderte die Bank auf, diese zu saldieren und den Saldo an das Konkursamt zu überweisen. Am 25. Juni 2009 überwies die Bank den Betrag von Fr. 753'218.15 an das Konkursamt. X._ verlangte daraufhin in verschiedenen Schreiben, dass der von der Bank überwiesene Betrag freizugeben sei.
Mit Verfügung vom 22. September 2009 wies das Konkursamt sein Begehren um Aufhebung der Kontensperre ab. Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat das Obergericht des Kantons Bern als Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen am 16. Dezember 2009 nicht ein. Die hiergegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht am 13. April 2010 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren Nr. 5A_32/2010). Es erwog, dass die Behauptung des Konkursiten, das Geld gehöre in Wahrheit einem tschechischen Kloster und sei ihm bloss geliehen, ins Leere stosse, weil sowohl Treuhandgut als auch Darlehen in die Konkursmasse fielen. Ein erst nach Konkurseröffnung geschlossener Darlehensvertrag würde zwar vom Konkursbeschlag nicht berührt, aber der Sachverhaltsfeststellung der Aufsichtsbehörde, es sei kein betreffender Vertrag dargetan, werde bloss mit appellatorischer Kritik begegnet, worauf nicht einzutreten sei. Auf das dagegen eingereichte Revisionsgesuch trat das Bundesgericht am 6. Juli 2010 nicht ein (Verfahren Nr. 5F_7/2010).
B. X._ verlangte weiterhin die Auszahlung der Gelder. Er sandte dem Konkursamt eine undatierte Darlehensbestätigung, die ihm angeblich am 27. April 2007 zugekommen sein soll. Danach will er von einem tschechischen Kloster ein zinsloses Darlehen von USD 1 Mio. auf unbestimmte Zeit erhalten haben. Gleichzeitig reichte er dem Konkursamt ein am 26. März 2009 zuhanden der A._ unterzeichnetes Formular A ein, in welchem er das Kloster als Darlehensgeber bezeichnete.
In der Folge wandte sich das Konkursamt an das tschechische Kloster. Mit Schreiben vom 24. August 2010 bestätigte der Klostervorsteher die Gewährung des Darlehens am 27. April 2007 und verlangte dessen Rückzahlung. Gemäss einem Schreiben des Klostervorstehers vom 31. März 2009 an den Konkursiten handelt es sich beim zur Verfügung gestellten Kapital um "Spenden, Einnahmen der letzten Jahre aus Eintrittskarten für Klosterbesichtigungen, Vermietungen von Räumlichkeiten und grösseren Grundstücksverkäufen des Klosters".
Mit Verfügung vom 29. März 2011 stellte das Konkursamt fest, dass der von der A._ überwiesene Betrag von Fr. 753'218.15 nicht Bestandteil der Konkursmasse bilde und aus diesem Grund - zuhanden wem rechtens - gerichtlich hinterlegt werde.
Gegen diese Verfügung erhoben sowohl X._ (Begehren um sofortige Freigabe) als auch die Gläubiger Y._ und Z._ (Begehren um Belassung im Konkursbeschlag) je eine Beschwerde an die Aufsichtsbehörde, welche am 10. Juni 2011 die drei Verfahren vereinigte, in Gutheissung der Beschwerden der Gläubiger die Verfügung des Konkursamtes aufhob und die Beschwerde des Schuldners abwies.
C. Dagegen hat X._ am 24. Juni 2011 eine als "öffentlichrechtliche Beschwerde" betitelte Eingabe gemacht, in welcher er im Wesentlichen die Aufhebung des Entscheides der Aufsichtsbehörde, die Freigabe des Darlehensbetrages, die Aufnahme beglaubigter Schuldanerkennungen in den Kollokationsplan sowie die Weiterbehandlung der Konkurssache durch unabhängige und unvoreingenommene (am besten ausserkantonale) Behörden verlangt. Ferner ersucht er um aufschiebende Wirkung und unentgeltliche Rechtspflege. Mit Präsidialverfügung vom 13. Juli 2011 wurde die aufschiebende Wirkung gewährt. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt, es wurden aber die Akten beigezogen.

Erwägungen:
1. Die Aufsichtsbehörde kann über die Massezugehörigkeit eines Bankguthabens entscheiden (BGE 77 III 34 E. 2 S. 35 f.), und zwar mit einem Endentscheid im Sinn von Art. 90 BGG (<ref-ruling> E. 1.2 S. 351). Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG) und als solche ist die als "öffentlichrechtliche Beschwerde" betitelte Eingabe entgegenzunehmen. Der Konkursit verlangt, dass das betreffende Guthaben an ihn persönlich freizugeben sei; insofern sind eigene schutzwürdige Interessen im Sinn von Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG betroffen. Das Bundesgericht hat mit Entscheid vom 13. April 2010 über die Massezugehörigkeit geurteilt. Die Verfügung des Konkursamtes vom 29. März 2011 und das darauf folgende Beschwerdeverfahren stützen sich indes auf im Zuge der neuen Vorbringen gemachten amtlichen Erhebungen; diesbezüglich ist die vorliegende Beschwerde in Zivilsachen vom Grundsatz her zulässig.
2. Auf die Beschwerde kann von vornherein nicht eingetreten werden, soweit der Konkursit den am angefochtenen Entscheid beteiligten Oberrichtern sowie dem Vorsteher des Konkursamtes Amtsmissbrauch, kriminelle Handlungen und eine gemeinsame Zugehörigkeit zu einer kriminellen Organisation im Sinn von Art. 260ter StGB vorwirft; kantonale Behördenmitglieder unterstehen nicht der Aufsicht des Bundesgerichts. Ebenso wenig können die wirren und nicht nachvollziehbaren Ausführungen des Beschwerdeführers, wonach offenbar seine notariell beglaubigten Schuldanerkennungen gegenüber seinen Gläubigern nicht in den Kollokationsplan aufgenommen worden sein sollen, ins vorliegende Beschwerdeverfahren gehören, stehen doch diese in keinem erkennbaren Zusammenhang mit dem angefochtenen Entscheid.
Zur Sache selbst ist festzuhalten, dass Rechtsverletzungen umfassend geltend gemacht (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) und vom Bundesgericht frei überprüft werden können (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dagegen ist es an den durch die Aufsichtsbehörde festgestellten Sachverhalt gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, er sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (Art. 97 Abs. 1 BGG), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398), oder er beruhe auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG (z.B. Art. 29 Abs. 2 BV oder Art. 8 ZGB). Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 255). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Lage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
3. Die Aufsichtsbehörde hat zunächst auf ihren Entscheid vom 16. Dezember 2009 verwiesen, der Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens Nr. 5A_32/2010 war und in welchem festgehalten wurde, dass für das behauptete Darlehen seitens des Klosters keine genügenden Belege vorlägen, indem der Beschwerdeführer weder aus den Kopien des undatierten Darlehensvertrages noch aus dem Formular betreffend wirtschaftliche Berechtigung etwas ableiten könne und ausser den nicht plausiblen Parteibehauptungen nichts für die wirtschaftliche Berechtigung eines Dritten spreche. Die Aufsichtsbehörde hat weiter erwogen, daran änderten auch die neuen Dokumente nichts. Was den Geldfluss anbelange, ergebe sich aus dem eingereichten SWIFT-Beleg, dass (angeblich) im Jahr 2007 ein Betrag von USD 1 Mio. auf ein Konto der Bank B._ überwiesen worden sei. Da es sich um eine Kopie handle, sei bereits zweifelhaft, ob das (oben links) erkennbare Datum authentisch sei. Dazu komme, dass der streitige Vermögenswert nicht bei der Bank B._, sondern bei der A._ sichergestellt worden sei. Ob es sich dabei um dasselbe Guthaben handle, sei ebenso unklar wie die Frage, auf welchen Wegen das Geld allenfalls dorthin geflossen wäre. Ebenso wenig bringe die Bestätigung des Klosters vom 24. August 2010 neue Erkenntnisse. Bemerkenswert sei jedoch, dass das Kloster es bei einem kurzen Schreiben bewenden lasse, um ein respektables Guthaben von USD 1 Mio. zurückzufordern. Im Übrigen mute es sonderbar an, dass nach und nach immer neue Dokumente auftauchten; dies erwecke den Anschein einer konstruierten Geschichte und raube den immer neu formulierten Bestätigungen und Beteuerungen die Glaubhaftigkeit. Aus einer objektiven Perspektive erscheine es weiterhin schlicht dubios, warum ein Kloster in Tschechien - ohne dass eine Rückzahlungsverpflichtung unterzeichnet oder irgendwelche Sicherheiten geleistet worden wären - ein unverzinsliches Darlehen von beträchtlichem Umfang hätte gewähren sollen; nachvollziehbare Gründe für diese allen wirtschaftlichen Gepflogenheiten zuwiderlaufende Transaktion vermöge selbst der Konkursit nicht zu nennen. Die Aufsichtsbehörde kam aufgrund dieser Erwägungen zum Schluss, dass kein Darlehensgeschäft mit entsprechender Überweisung belegt sei.
4. Was der Konkursit in seiner Beschwerde dagegen vorbringt, erschöpft sich in pauschaler Kritik und Rundumschlägen gegen die beteiligten Behörden (man könne nicht die eine Lüge mit einer anderen begründen, das sei ein Zirkelschluss; die beteiligten Richter hätten die für jedermann erkennbaren Fakten nicht studiert, sondern haltlose Vorwürfe gegen ihn erfunden; man hätte längst bei den beteiligten Banken die nötigen Auskünfte einholen können; es handle sich um ein rufschädigendes Verbrechen gegen die Allgemeinheit und speziell gegen ihn sowie den Abt des tschechischen Klosters). Mit solcher Polemik ist ebenso wenig eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung darzutun wie mit den bloss in Kopie eingereichten angeblichen Dokumenten, aus denen die Darlehensgewährung und der Geldfluss vom Kloster über die Bank C._ (via Bank D._ und Bank E._ zwecks "Dollarkontrolle der Transaktion") zur Bank B._ und von dort via F._ zur Bank A._ AG ersichtlich sein soll: Bereits die angebliche Darlehensgewährung als solche (abgesehen von der wirtschaftlichen Unsinnigkeit einer ungesicherten Kreditgewährung an einen seit 2004 konkursiten Privatschuldner) ist ungereimt: Insbesondere fällt auf, dass der Klostervorsteher diesbezüglich lapidar und undatiert festgehalten hat: "Hiermit gewähre ich Ihnen ein zinsloses Darlehen von USD 1'000'000.-- (einer Million United States Dollar) auf unbestimmte Zeit. Rückzahlbar gemäss gemeinsamer Vereinbarung. Das Kapital steht Ihnen zur freien Verfügung und ist keinerlei Einschränkungen unterworfen." Das in der Kopfzeile vorgedruckte Klosterwappen unterscheidet sich aber sichtbar deutlich von demjenigen auf anderen Schreiben. Sodann nennt sich der Klostervorsteher in der vorgedruckten Kopfzeile "M1._", während er im gleichen Schreiben mit "M2._" (also mit verändertem Vor- und Nachnamen) unterzeichnet. Auf anderen Schreiben taucht er mit dem Namen "M3._" auf und im Formular A erscheint er mit "M4._". Vor diesem Hintergrund ist die Sachverhaltsfeststellung der Aufsichtsbehörde, die Umstände seien dubios und ein Darlehensvertrag könne nicht als erwiesen gelten, nicht willkürlich. Was sodann den angeblichen Geldtransfer anbelangt, ist den eingereichten Dokumenten - soweit es sich dabei nicht ohnehin um neue und damit unzulässige Beweismittel handelt (Art. 99 Abs. 1 BGG) und den durchwegs in Kopie eingereichten Papieren überhaupt ein Beweiswert zugesprochen werden kann - jedenfalls keine Überweisung an die A._ und damit kein Zusammenhang mit den dort eingezogenen Geldern ersichtlich. Sodann sticht ins Auge, dass der Beschwerdeführer nie irgendwelche Unterlagen zu den Konten der A._ eingereicht hat. Entsprechend ist die Sachverhaltsfeststellung der Aufsichtsbehörde, ein Zusammenhang zwischen einem allfälligen Darlehen und den beschlagnahmten Geldern sei nicht dargetan, nicht willkürlich.
Vor diesem Hintergrund ist im Übrigen irrelevant, dass ein nach der Konkurseröffnung mit dem Gemeinschuldner abgeschlossener Darlehensvertrag die Konkursmasse an sich nicht mehr berührt (Urteil 5A_32/2010 vom 13.04.2010 E. 3.3; KREN, Konkurseröffnung und schuldrechtliche Verträge, 1989, S. 55). Die Konten bei der A._ lauteten unbestrittenermassen auf den Namen des Konkursiten und zur Konkursmasse gehört nicht nur das bei Konkurseröffnung vorhandene Vermögen (Art. 197 Abs. 1 SchKG), sondern gemäss Art. 197 Abs. 2 SchKG auch solches, das dem Schuldner vor Schluss des Konkursverfahrens angefallen ist. Aus welcher Zeit die Vermögenswerte auf den Konten bei der A._ stammen, ist mangels Einreichung von Kontounterlagen nicht ersichtlich, aber nach dem Gesagten auch nicht relevant. Massgeblich ist, dass kein Zusammenhang zum angeblich gewährten Darlehen dargetan ist und sich deshalb die Frage, ob dieses tatsächlich gewährt worden ist (was nach dem Gesagten zweifelhaft ist), gar nicht stellt.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss sie als von Anfang an aussichtslos angesehen werden, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege mangelt (Art. 64 Abs. 1 BGG) und das entsprechende Gesuch abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Den Beschwerdegegnern ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungs- und Konkursamt Bern-Mittelland und dem Obergericht des Kantons Bern (Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. August 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli