Sachverhalt:
A. A.a X._ reichte am 26. Januar 2009 Strafanzeige ein gegen verschiedene Behördenvertreter der Gemeinde Schwellbrunn, nämlich Z._, Bausekretär, V._, Gemeindepräsident, W._, damaliges Mitglied des Gemeinderats und in dieser Funktion zuständig für Bausachen, und T._, Ortsplanrevisor, wegen Amtsmissbrauch, Urkundenfälschung im Amt und Verstosses gegen die gesetzlichen Bestimmungen über den unlauteren Wettbewerb. X._ wirft diesen vier Personen vor, sie hätten ihr Vorhaben, ihre Parzelle Nr. aaa, StrasseU._ in Schwellbrunn, mit dem sich darauf befindenden Wohnhaus zu veräussern, unter Begehung der vorgeworfenen Straftatbestände aktiv hintertrieben.
A.b Mit Verfügungen vom 6. bzw. 29. April 2011 stellte die Staatsanwaltschaft des Kantons Appenzell Ausserrhoden die Verfahren gegen Z._, V._ und W._ mangels eines die Anklage rechtfertigenden Tatverdachts (<ref-law>) und gegen T._ mangels Straftatbestandes (Art. 319 Abs. 1 lit. b StPO) ein.
A.c Am 12. Mai 2011 erhob X._ beim Obergericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden Beschwerde gegen die Einstellungsverfügungen. Gleichzeitig stellte sie bei der gleichen Behörde ein Ausstandsbegehren gegen den verfahrensleitenden Staatsanwalt Dr. Y._ mit dem Antrag, dieser habe in den Ausstand zu treten und die Verfahrensleitung sei einem unparteiischen Vertreter der Anklagebehörde zu übertragen.
A.d Mit jeweils separaten Urteilen vom 25. Oktober 2011 wies das Obergericht die Beschwerden gegen die Einstellungsverfügungen in den Fällen von W._ und V._ ab und hiess diejenige im Falle von Z._ teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Die Gutheissung bezieht sich auf den Vorwurf des Verstosses gegen das Wettbewerbsrecht. Am gleichen Tag wies das Obergericht mit separatem Beschluss das Ausstandsgesuch gegen Staatsanwalt Dr. Y._ ab.
B. B.a X._ erhob beim Bundesgericht jeweils Beschwerde in Strafsachen gegen die Urteile in den drei Strafsachen Z._ (Verfahren 1B_171/2012), V._ (Verfahren 1B_172/2012) und W._ (Verfahren 1B_173/2012) sowie gegen den Beschluss im Ausstandsverfahren in Sachen Dr. Y._ (Verfahren 1B_170/2012). Die Einstellung im Fall von T._ wurde nicht vor Bundesgericht getragen.
B.b In den Verfahren betreffend die Einstellung des Strafverfahrens gegenüber dem Gemeindesekretär Z._ (1B_171/2012), dem Gemeindepräsidenten V._ (1B_172/2012) sowie dem weiteren Mitglied des Gemeinderats W._ (1B_173/2012) beantragt X._ jeweils, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und gegen die betreffende Person Anklage zu erheben; eventuell seien vorgängig noch allfällige weitere Untersuchungshandlungen durch die Staatsanwaltschaft durchzuführen. Begründet wird dies im Wesentlichen damit, bei Z._ bestehe der dringende Tatverdacht des Amtsmissbrauchs sowie der Urkundenfälschung im Amt und bei den beiden anderen Personen derjenige der Mittäterschaft, Anstiftung oder Gehilfenschaft zu denselben beiden Delikten sowie zum strafrechtlich massgeblichen Verstoss gegen das Wettbewerbsrecht.
Z._, V._ und W._ haben je in ihren Verfahren ausdrücklich auf eine Stellungnahme sowie auf eine Verfahrensbeteiligung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft schliesst unter Verzicht auf weitere Ausführungen darauf, die Urteile des Obergerichts zu den Verfahrenseinstellungen zu bestätigen. Das Obergericht hat in allen drei Fällen auf eine Stellungnahme verzichtet.
B.c Mit der Beschwerde im Verfahren über den Ausstand des Staatsanwaltes Dr. Y._ (1B_170/2012) wird beantragt, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben, der bisherige verfahrensleitende Staatsanwalt habe in den Ausstand zu treten und die Verfahrensleitung sei einem anderen Vertreter der Anklagebehörde zu übertragen. Im Wesentlichen wird dies damit begründet, aus den Einstellungsverfügungen ergebe sich bei Dr. Y._ der Anschein der Befangenheit im Sinne von <ref-law>.
Staatsanwalt Dr. Y._ schliesst unter Verzicht auf weitere Ausführungen darauf, den Beschluss des Obergerichts über die Ausstandsfrage zu bestätigen. Das Obergericht hat auch in diesem Verfahren auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. In den vier bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren geht es um Strafverfahren, die von der Beschwerdeführerin durch ihre Anzeige wegen desselben Sachverhalts eingeleitet wurden. In drei Fällen bildet jeweils der Entscheid über die Einstellung des Strafverfahrens das Streitobjekt. Im vierten Fall ist, mit Blick auf die vom Obergericht angeordnete und nicht angefochtene teilweise Weiterführung der Strafuntersuchung gegen den Gemeindesekretär sowie auf die mögliche Fortsetzung des Strafverfahrens in den übrigen Fällen, wie sie von der Beschwerdeführerin weiterhin angestrebt wird, der Ausstand des verfahrensleitenden Staatsanwaltes strittig. Aufgrund dieses sehr engen Zusammenhanges rechtfertigt es sich, die vier bundesgerichtlichen Verfahren 1B_170-173/2012 zu vereinigen und über die strittigen Rechtsfragen in einem einzigen Urteil zu entscheiden (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 194 mit Hinweisen).
2. 2.1 Gegen die vier angefochtenen Entscheide steht grundsätzlich die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> offen. Bei den angefochtenen Urteilen im Zusammenhang mit der Verfahrenseinstellung handelt es sich im Sinne von <ref-law> um kantonal letztinstanzliche Endentscheide, die das Verfahren abschliessen, soweit damit die Einstellung der verschiedenen Strafverfahren geschützt wird. Gegen den angefochtenen Beschluss über den Ausstand des verfahrensleitenden Staatsanwaltes kann als selbstständig anfechtbaren, kantonal letztinstanzlichen (vgl. <ref-law>) Zwischenentscheid gemäss <ref-law> Beschwerde geführt werden.
2.2 Nach <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, sofern er ein aktuelles rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat.
2.2.1 Bei der Privatklägerschaft wird in Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG zusätzlich verlangt, dass der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann und die Zivilansprüche im Strafverfahren geltend gemacht werden. Im Falle der Einstellung des Strafverfahrens oder der Nichtanhandnahme reicht es indes aus, dass im Verfahren vor Bundesgericht gemäss den Anforderungen von <ref-law> dargelegt wird, aus welchen Gründen und inwiefern sich der angefochtene Entscheid auf Zivilforderungen auswirken kann. Darauf kann allenfalls verzichtet werden, wenn sich solche Auswirkungen aufgrund der Natur der in Frage stehenden Straftat ohne Weiteres aus den Akten ergeben (vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 222; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 248; je mit weiteren Hinweisen).
2.2.2 Die Beschwerdeführerin war am Verfahren vor dem Obergericht beteiligt, ist davon als Anzeigeerstatterin und Privatklägerin betroffen und macht insbesondere massgebliche Zivilansprüche geltend, weshalb sie zur Beschwerde gegen die angefochtenen Urteile legitimiert ist, soweit diese die Einstellungsverfügungen des Staatsanwaltes bestätigen. Nur schon mit Blick auf die teilweise Weiterführung des Strafverfahrens gegenüber dem Gemeinde- als Bausekretär der Gemeinde Schwellbrunn ist sie als Privatpartei überdies berechtigt, den ihr Ausstandsbegehren ablehnenden Beschluss des Obergerichts anzufechten, und zwar unabhängig davon, ob die Einstellungsentscheide darüber hinaus zu schützen sind oder nicht.
3. 3.1 Zu behandeln sind zunächst die drei Beschwerden in den Verfahren 1B_171-173/2012 über die Verfahrenseinstellung.
3.2 In den drei fraglichen Fällen stützt sich die Verfahrenseinstellung auf <ref-law>, wonach ein Strafverfahren vollständig oder teilweise einzustellen ist, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt. Der Entscheid über die Einstellung eines Verfahrens hat sich nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu richten. Dieser fliesst aus dem Legalitätsprinzip (<ref-law> und <ref-law> i.V.m. Art. 319 Abs. 1 und Art. 324 Abs. 1 StPO; zur amtlichen Publikation bestimmtes Urteil 1B_687/2011 vom 27. März 2012 E. 4.2). Er bedeutet, dass eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit bzw. offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden darf. Bei der Beurteilung dieser Frage verfügen die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz über einen gewissen Spielraum, den das Bundesgericht mit Zurückhaltung überprüft. Hingegen ist (sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt) Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch (vorerwähntes Urteil 1B_687/2011 E. 4.1.1; <ref-ruling> E. 7.1-7.2 S. 226 f.). Falls sich die Wahrscheinlichkeiten eines Freispruches oder einer Verurteilung in etwa die Waage halten, drängt sich in der Regel, insbesondere bei schweren Delikten, ebenfalls eine Anklageerhebung auf (Urteil 1B_687/2011 E. 4.1.2).
3.3 Die Beschwerdeführerin erachtet den Gemeindesekretär als Haupttäter und den Gemeindepräsidenten und den weiteren zuständigen Gemeinderat aufgrund ihrer übergeordneten Stellung als Mittäter, Anstifter oder allenfalls Gehilfen. Es ist daher zunächst die Rechtslage hinsichtlich des Gemeindesekretärs zu prüfen, bevor auf die beiden anderen Personen eingegangen wird.
3.4 Die Beschwerdeführerin wirft dem Gemeinde- in seiner Funktion als Bausekretär weiterhin Amtsmissbrauch nach <ref-law> und Urkundenfälschung im Amt nach <ref-law> vor und bezeichnet die entsprechenden Einstellungsverfügungen als bundesrechtwidrig. Nicht strittig und daher nicht zu prüfen ist hier der Vorwurf unlauterer Werbe- und Verkaufsmethoden und anderen widerrechtlichen Verhaltens gemäss Art. 23 in Verbindung mit <ref-law>. Insoweit hob das Obergericht die Einstellungsverfügung des Staatsanwaltes nämlich auf und ordnete die Fortsetzung der Strafuntersuchung bzw. einen neuen Entscheid über die Einstellung oder Anklageerhebung an.
3.4.1 Die Beschwerdeführerin erhob gegenüber dem Gemeindesekretär den Vorwurf des Amtsmissbrauchs gemäss <ref-law>. Er habe seine Amtsbefugnisse klar überschritten, indem er als Bausekretär Falschinformationen über das Grundstück der Beschwerdeführerin und die Zonenplanung verbreitet und dazu seine persönliche Meinung kundgetan habe. Das habe dazu geführt, dass ihre Parzelle bis heute unverkauft geblieben sei. Den Tatbestand von <ref-law> erfüllt indessen nicht der Missbrauch des Amtes, sondern derjenige der Amtsgewalt. Diese zeichnet sich, wie das Obergericht zutreffend ausführt, durch die Berechtigung zur Ausübung von Zwang bei der Umsetzung hoheitlicher Gewalt aus, nicht hingegen bei - allenfalls sogar pflichtwidrigen - Handlungen, die nicht in Ausübung hoheitlicher Gewalt erfolgen (vgl. STEFAN HEIMGARTNER, in: Niggli/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl., 2007, N. 6 und 13 zu <ref-law>). Der Gemeindesekretär gab Kaufinteressenten Auskunft über die von der Gemeindekanzlei geführten Verkaufslisten über Grundstücke im Gemeindegebiet, die auf freiwilligen Meldungen beruhen, und trug entsprechende Hinweise im nicht von der Gemeinde selbst bewirtschafteten privaten Geoportal auf dem Internet ein. Für diesen von der Gemeinde als Dienstleistungsangebot übernommenen Aufgabenbereich ist der Gemeindesekretär, etwa im Gegensatz zum Baubewilligungsverfahren, genauso wenig mit hoheitlicher Gewalt ausgestattet wie bei allfälligen Äusserungen gegenüber Kaufinteressenten. Im Übrigen ist überhaupt nicht ersichtlich, dass der Gemeindesekretär gehandelt hätte, um der Beschwerdeführerin einen Nachteil zuzufügen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen, wie es Tatbestandsmerkmal von <ref-law> ist. Damit liegt kein erhärteter Tatverdacht zum Vorwurf des Amtsmissbrauchs vor, und es ist insofern mit einem Freispruch zu rechnen.
3.4.2 Die Beschwerdeführerin geht sodann von einem Tatverdacht im Hinblick auf den Tatbestand der Urkundenfälschung im Amt gemäss <ref-law> aus. Auf dem an Kaufinteressenten abgegebenen Plan habe der Gemeindesekretär von Hand eine quer über ihre Parzelle verlaufende Erschliessungsstrasse eingezeichnet, was naturgemäss vom Kauf des Grundstücks abgeschreckt habe. Gemäss dem Obergericht handelte es sich dabei von vornherein nicht um eine strafrechtlich massgebliche Urkunde. Nach den entsprechenden, für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 BGG) ist der fragliche Plan eine Fotokopie des Richtplanes der Gemeinde mit von Hand eingetragenen Ergänzungen, die zur genaueren Erörterung der örtlichen Gegebenheiten gegenüber den Kaufinteressenten angebracht wurden. Es kann offen bleiben, ob diesem Dokument insofern eine Beweiseignung und -bestimmung und damit Urkundenqualität zukommt (vgl. <ref-law>; dazu MARKUS BOOG, in: Niggli/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl., 2007, N. 26 ff. zu <ref-law>). Selbst wenn dies zuträfe, war der Gemeindesekretär, wie die Vorinstanz ergänzend ausführt, durchaus berechtigt, wenn nicht gar verpflichtet, Kaufinteressenten auf die Möglichkeit einer Erschliessungsstrasse über das Grundstück der Beschwerdeführerin aufmerksam zu machen, was selbst dann gilt, wenn es sich dabei nicht um das wahrscheinlichste Szenario handeln sollte. Damit ist auch zum Vorwurf der Urkundenfälschung im Amt mangels erhärteten Tatverdachts mit einem Freispruch zu rechnen.
3.4.3 Die Beurteilung des Obergerichts, dass die Einstellung des Strafverfahrens gegenüber dem Gemeindesekretär im Zusammenhang mit dem Vorwurf des Amtsmissbrauchs und der Urkundenfälschung im Amt nicht zu beanstanden war, verstösst somit nicht gegen Bundesrecht.
3.5 Was die Verfahren gegen den Gemeindepräsidenten und das für Bausachen zuständige Mitglied des Gemeinderats betrifft, gilt es danach zu unterscheiden, ob das Strafverfahren gegenüber dem Gemeindesekretär weiterläuft oder nicht.
3.5.1 Soweit das Strafverfahren gegenüber dem Gemeindesekretär in Übereinstimmung mit dem Bundesrecht eingestellt wurde, gilt Analoges für die von der Beschwerdeführerin im gleichen Zusammenhang erhobenen Vorwürfe gegen den Gemeindepräsidenten und das weitere Mitglied des Gemeinderats. Es besteht kein erhärteter Tatverdacht für eine Begehung der Tatbestände des Amtsmissbrauchs sowie der Urkundenfälschung im Amt und somit auch nicht für entsprechende Beteiligungshandlungen.
3.5.2 Was das Strafverfahren im Zusammenhang mit dem Vorwurf des Verstosses gegen das Wettbewerbsrecht betrifft, so ist dieses gemäss entsprechender Anordnung des Obergerichts gegenüber dem Gemeindesekretär, nicht aber gegenüber dem Gemeindepräsidenten und dem weiteren Mitglied des Gemeinderats weiterzuführen. Die Einstellung des Verfahrens gegenüber den beiden letzten Personen ist ebenfalls nicht zu beanstanden, gibt es doch keine Hinweise auf ein Mitwirken, Anstiften oder sonstiges gemeinsames Handeln. Auch die Beschwerdeführerin, die Solches behauptet, vermag dafür keinerlei konkreten Anhaltspunkte anzuführen, insbesondere nicht dafür, dass der Gemeindesekretär entsprechende Anweisungen seiner Vorgesetzten im Gemeinderat erhalten oder sein Vorgehen mit diesen abgesprochen hätte. Auch insoweit fehlt es mithin an einem erhärteten Tatverdacht.
3.6 Die angefochtenen drei Urteile in den Verfahren 1B_171-173/2012 über die Einstellung der verschiedenen Strafverfahren verletzen demnach Bundesrecht nicht.
4. 4.1 Zu prüfen bleibt die Ausstandsfrage im Verfahren 1B_170/2012.
4.2 <ref-law> zählt verschiedene Gründe auf, die zum Ausstand von in einer Strafbehörde tätigen Personen führen. Nach <ref-law> trifft dies namentlich aus anderen (als den in lit. a-e der gleichen Bestimmung genannten) Gründen zu, insbesondere wenn die in der Strafverfolgung tätige Person wegen Freundschaft oder Feindschaft mit einer Partei oder deren Rechtsbeistand befangen sein könnte. <ref-law> konkretisiert die (von der Beschwerdeführerin nicht angerufene) Verfassungsbestimmung von <ref-law>. Danach hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. <ref-law> soll zu der für einen korrekten und fairen Prozess erforderlichen Offenheit des Verfahrens im Einzelfall beitragen und damit ein gerechtes Urteil ermöglichen. Die Garantie des verfassungsmässigen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein (<ref-ruling> E. 3.4 S. 116; Urteil 1B_703/2011 vom 3. Februar 2012 E. 2.3 und 2.4; analog für den Ausstand eines Staatsanwalts Urteil 1B_263/2012 vom 8. Juni 2012, zur Publikation vorgesehen). Bei der Anwendung von <ref-law> ist entscheidendes Kriterium, ob bei objektiver Betrachtungsweise der Ausgang des Verfahrens noch als offen erscheint (MARKUS BOOG, in: Niggli/Heer/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 38 zu <ref-law>). Wird der Ausstandsgrund aus materiellen oder prozessualen Rechtsfehlern abgeleitet, so sind diese nur wesentlich, wenn sie besonders krass sind und wiederholt auftreten, sodass sie einer schweren Amtspflichtverletzung gleichkommen und sich einseitig zulasten einer der Prozessparteien auswirken; andernfalls begründen sie keinen hinreichenden Anschein der Befangenheit (BOOG, a.a.O., N. 59 zu <ref-law>). Die Mehrfachbefassung mit derselben Angelegenheit, nicht zuletzt wegen der Rückweisung der Sache durch eine übergeordnete Rechtsmittelinstanz, genügt dafür ebenfalls nicht, solange das Verfahren noch als offen erscheint (vgl. BOOG, a.a.O., N. 61 zu <ref-law>).
4.3 Die Beschwerdeführerin leitet den Ausstandsgrund aus den Einstellungsverfügungen des verfahrensleitenden Staatsanwaltes ab. Sie sieht darin eine Parteilichkeit und fühlt sich dadurch bestärkt, dass das Obergericht im einen Verfahren eine teilweise Weiterführung der Strafuntersuchungen bzw. einen neuen Entscheid über die Einstellung oder Anklageerhebung angeordnet hat. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, der Staatsanwalt habe mit seiner Begründung der Einstellungsverfügungen eine offensichtliche Parteinahme für die Gemeinde bzw. deren Bausekretär demonstriert. Sie leitet dies vor allem aus den Erwägungen des Staatsanwaltes zur fraglichen Liegenschaft sowie daraus ab, es sei nicht erhärtet, dass es beschlossene Sache gewesen sei, durch das Grundstück der Beschwerdeführerin eine Strasse zu bauen.
4.4 Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, bilden die von der Beschwerdeführerin angerufenen Erwägungen Bestandteil der Begründung der Einstellungsverfügungen und sind weder unsachlich noch offensichtlich fehlerhaft noch lassen sie auf eine Parteinahme für die Beschuldigten bzw. für die Gemeinde schliessen. Jedenfalls liegt darin weder ein krasser Rechtsfehler des Staatsanwaltes noch eine andere schwere Amtspflichtverletzung. Auch sonstige Hinweise, die den Anschein der Befangenheit begründen könnten, sind nicht ersichtlich. Insgesamt gibt es im vorliegenden Fall keine Anhaltspunkte dafür, dass der verfahrensleitende Staatsanwalt die Strafuntersuchung im verbleibenden Umfange nicht korrekt und unvoreingenommen weiter vorantreiben wird. Es verletzt daher Bundesrecht nicht, wenn die Vorinstanz das Ausstandsbegehren der Beschwerdeführerin abgelehnt hat.
5. Die vier Beschwerden erweisen sich als unbegründet und sind abzuweisen.
Damit wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet, nachdem sich die drei Gemeindevertreter nicht als Verfahrenspartei konstituiert haben und der Staatsanwalt in seiner amtlichen Funktion am Verfahren beteiligt ist (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die bundesgerichtlichen Verfahren 1B_170/2012, 1B_171/2012, 1B_172/2012 und 1B_173/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht von Appenzell Ausserrhoden, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax