Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Basel-Landschaft erklärte X._ am 24. November 2010 der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (aArt. 19 Ziff. 1 und 2 lit. a, b und c BetmG) sowie der mehrfachen qualifizierten Geldwäscherei (<ref-law>) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 14 Jahren (unter Anrechnung der Untersuchungshaft von 1'031 Tagen). Betreffend den Konsum von Betäubungsmitteln wurde in einem Anklagepunkt von einer Bestrafung gemäss <ref-law> Umgang genommen und einem andern Punkt wegen Verjährung keine Folge gegeben. Von der Anklage des Anstaltentreffens zum Handel mit Ephedrin wurde er mangels Strafbarkeit freigesprochen. Der Anklage wegen mehrfacher Tätlichkeiten wurde wegen Verjährung ebenso wenig Folge gegeben wie der Anklage betreffend Beteiligung an einer kriminellen Organisation. Das Strafgericht ordnete gemäss Art. 57 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> während des Strafvollzugs eine ambulante psychotherapeutische Behandlung an.
Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies am 4. Oktober 2011 die Appellationen von X._ und der Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft in Bestätigung des strafgerichtlichen Urteils ab.
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen mit den Rechtsbegehren, das kantonsgerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache an die für die Anklage zuständige Behörde zurückzuweisen. Eventualiter sei das Strafmass auf 7 Jahre Freiheitsstrafe zu reduzieren. Es sei ein neues psychiatrisches Gutachten anzuordnen. Vorsorglich seien schon für die Dauer des Verfahrens die Bedingungen der Sicherheitshaft zugunsten des bestehenden vorzeitigen Strafvollzugs aufzuheben. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer beantragt eine vorsorgliche Entscheidung über das Haftregime. Er befinde sich seit dem 29. Januar 2008 in Untersuchungs-, respektive Sicherheitshaft bzw. seit dem 4. Juli 2011 im vorzeitigen Strafvollzug. Das angefochtene Urteil äussere sich nicht zur Fortsetzung des vorzeitigen Strafvollzugs. Das geltende Haftregime gebe es gemäss StPO nicht. Dies könne zu Zuständigkeitskonflikten führen. Ob Fluchtgefahr bestehe, habe nach Gewährung des vorzeitigen Strafvollzugs nicht mehr die Strafbehörde, sondern die für den Vollzug zuständige Behörde zu entscheiden.
Der Antrag ist nicht nachvollziehbar begründet. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, welche Norm verletzt sein soll. Darauf ist nicht einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, es liege ein Verstoss gegen Bundesrecht vor, weil sich die kantonalen Strafbehörden entgegen <ref-law> für zuständig erklärt hätten. Das Verfahren hätte durch die Bundesanwaltschaft beim Bundesstrafgericht zur Anklage gebracht werden müssen. Denn nach der Anklageschrift liege eine kriminelle Organisation gemäss <ref-law> vor, und die Drogenkäufe seien praktisch vollständig im Ausland begangen worden.
Die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung ist nicht anwendbar. <ref-law> entspricht materiell weitgehend aArt. 337 bzw. 340bis StGB. Bereits nach dem alten und hier anwendbaren Recht ist die Zuständigkeit zweckmässigerweise zu einem möglichst frühen Zeitpunkt festzulegen. Wegen der im frühen Verfahrensstadium bestehenden Unsicherheiten (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 und 4.5) verständigen sich die eidgenössischen und kantonalen Strafbehörden über die Zuständigkeit (<ref-ruling> E. 5.3). Zu einer nachträglichen Änderung einer solchen Vereinbarung bedarf es triftiger Gründe. Namentlich bei fortgeschrittener Untersuchung oder nach Anklageerhebung sprechen Gründe der Effizienz und des Beschleunigungsgebots gegen eine Änderung. Dies gilt ebenso bei fehlender (ausdrücklicher) Vereinbarung zwischen den Strafverfolgungsbehörden (<ref-ruling> E. 7.1 und 7.2).
Ist die Untersuchung abgeschlossen oder Anklage erhoben worden, so wird das Bundesstrafgericht die Bundesgerichtsbarkeit nur ausnahmsweise und aus triftigen Gründen in Frage stellen dürfen. Entsprechendes gilt für das Verhältnis zwischen Bundesgerichtsbarkeit und Bundesverwaltungsstrafverfahren (Urteil 6B_174/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 5.4) bzw. zwischen Bundesgerichtsbarkeit und kantonaler Gerichtsbarkeit (<ref-ruling> E. 7.1 e contrario). Nach dem Grundsatz der perpetuatio fori (vgl. <ref-ruling> E. 6.3) bleibt die einmal begründete sachliche Zuständigkeit eines Gerichts erhalten. Dies gilt umso mehr, als der Beschwerdeführer erstmals vor der Vorinstanz die Überweisung des Verfahrens an die Bundesanwaltschaft beantragte (angefochtenes Urteil S. 6). Es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz auf die Grenzen von Treu und Glauben bei der Bestreitung der Zuständigkeit hinweist (vgl. <ref-ruling> E. 6.3 S. 246). Besondere Gründe im Sinne der Rechtsprechung, die für eine nachträgliche Änderung der Zuständigkeit sprächen, sind weder dargetan noch ersichtlich.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt die Strafzumessung. Das Strafmass sei überrissen. Er räumt zwar zutreffend ein, dass sich die Vorinstanz ausführlich zu den einzelnen Aspekten der Strafzumessung äussert, namentlich zum Ausmass des verschuldeten Erfolgs, der Art und Weise der Herbeiführung des Erfolgs, der Willensrichtung, dem Mass an Entscheidungsfreiheit und den Beweggründen, dem Vorleben und den persönlichen Verhältnissen, der Strafempfindlichkeit sowie zum Verhalten im Strafverfahren. Er wendet aber ein, die Vorwürfe würden zu stark gewichtet. Zwar liege eine Menge deutlich über dem Grenzwert vor. Tatsächlich habe er aber lediglich seinen eigenen Konsum und vielleicht noch gewisse Konsumgüter mit dem Handel finanzieren können.
Wie die Vorinstanz feststellt, führte der Beschwerdeführer in den Jahren 2005 bis 2007 ca. 79 kg Kokaingemisch ein, beinhaltend ca. 30 kg reines Kokain. Im Zeitraum von 2001 bis 2008 führte er ca. 10 kg Marihuana, 5 kg Haschisch, 5 kg Speed, 40'000 Ecstasy-Pillen sowie eine unbekannt gebliebene grössere Menge MDMA ein. Hinzu komme das Anstaltentreffen im Januar 2008 zum Import von 8 kg Kokaingemisch (enthaltend 3 kg reines Kokain). Der Umsatz habe in der ganzen Zeitspanne etwa 5 Millionen Franken betragen, wobei der Reingewinn alleine in den Jahren 2006 und 2007 rund Fr. 700'000.-- ausgemacht habe (angefochtenes Urteil S. 12 f.). Der Beschwerdeführer habe innerhalb seiner Bande mit internationaler Ausrichtung eine unangefochtene leitende Stellung innegehabt (angefochtenes Urteil S. 14). Die Einwände des Beschwerdeführers sind unbehelflich.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, nach dem Gutachten könne die vorbestehende Drogensucht bei der Strafzumessung eine gewisse Rolle spielen. Dennoch gewichte die Vorinstanz diesen Aspekt nicht, sondern "berücksichtige das Gutachten straferhöhend". Er stelle das Gutachten in Frage, weil gewisse persönliche Kontakte zwischen den Strafverfolgungsbehörden und dem Gutachter bestanden hätten, die für ihn (den Beschwerdeführer) nicht kontrollierbar gewesen seien und das Ergebnis des Gutachtens beeinflusst haben könnten.
Die Vorinstanz geht in Übereinstimmung mit dem psychiatrischen Gutachten von einer vollen Entscheidungsfreiheit aus (angefochtenes Urteil S. 16; Protokoll der Befragung des Gutachters an der vorinstanzlichen Verhandlung S. 4). Das ist nicht zu beanstanden.
Die Verteidigung hatte im Rahmen der Appellationsbegründung erstmals eine mögliche Beeinflussung des Gutachters angetönt. Der Gutachter wurde dazu an der vorinstanzlichen Verhandlung befragt (Protokoll S. 3 - 5). Die Vorinstanz nimmt an, dass ohne Weiteres auf das Gutachten abgestellt werden könne (angefochtenes Urteil S. 7). Mit der entsprechenden Begründung setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander, so dass auf die Rüge nicht weiter einzutreten ist.
Die Vorinstanz berücksichtigt ausreichend die ärztliche Fehldiagnose wegen einer Erkrankung, die zu einer fatalistischen Haltung beigetragen habe (angefochtenes Urteil S. 16).
3.3 Die Kritik an der Strafzumessung überzeugt nicht. Es kann auf das Urteil verwiesen werden. Der Beschwerdeführer vermag keine Gründe darzutun, die zu einer Herabsetzung des Strafmasses führen müssten. Die Strafe verbleibt im Rahmen des weiten vorinstanzlichen Strafzumessungsermessens (vgl. <ref-ruling> E. 2.1) und verletzt kein Bundesrecht.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (<ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers (Beschwerde S. 10) ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 und Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. September 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Briw