Faits:
A. Né en 1928 et domicilié à Lutry (VD), X._ a exercé le métier de pilote de ligne auprès de la Compagnie Y._ (ci-après: la compagnie) jusqu'à sa retraite en 1989. Le 18 décembre 1991 a été créée la Fondation patronale homonyme dont le but consiste, selon l'art. 3 de son acte constitutif, à venir en aide, par le versement de secours dans des cas particulièrement pénibles, au personnel "au sol" ou "volant" de la compagnie (al. 1), en s'attachant en priorité à améliorer les conditions de retraite des membres du personnel de la compagnie qui, pour diverses raisons, ne pourraient bénéficier de prestations suffisantes dans le cadre de la prévoyance professionnelle et sociale ordinaire (al. 2). Ne poursuivant aucun but lucratif (al. 4), ladite fondation tire ses ressources du produit de la fortune, des apports subséquents de la compagnie, ainsi que de legs et dons (art. 5). A la suite de la reprise, en 1993, des actifs et passifs de la compagnie par la société Z._ SA, l'Autorité de surveillance des fondations du canton de Genève a pris acte, en 1994, du transfert des avoirs de la Fondation patronale de Z._ à la Fondation patronale de la compagnie, désormais désignée comme Fondation patronale Y./Z._ (ci-après: la Fondation).
En 1997, X._ a adressé une demande de secours à la Fondation au motif que le capital de prévoyance professionnelle qu'il avait reçu à sa retraite ne lui permettait plus de faire face à ses dépenses. Tenant compte des services rendus par X._ à la compagnie, la Fondation a décidé de lui verser "à bien plaire" une prestation d'assistance correspondant aux charges de son loyer, soit 1'450 fr. par mois dès le mois de janvier 1998 ou 17'400 fr. par année, - 1'490 fr. à partir de 2007, soit 17'880 fr. par année -, ce pour une durée indéterminée.
B. Dans leurs déclarations fiscales successives afférentes à l'impôt cantonal et communal (ICC) et à l'impôt fédéral direct (IFD), X._ et son épouse n'ont pas indiqué les prestations d'assistance versées par la Fondation en tant qu'éléments de leur revenu. L'autorité de taxation en a cependant tenu compte dans ses décisions de taxation définitive rendues les 19 novembre 1999 (1999-2000), 30 mai 2005 (2003), 4 juillet 2006 (2004), 7 et 26 septembre 2007 (2005 et 2006), ainsi que 9 octobre 2009 (2007 et 2008).
X._ a élevé réclamation contre l'ensemble desdites décisions de taxation, en concluant à ce que les versements de la Fondation ne soient pas comptés comme des revenus. Le 24 février 2010, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a rejeté ces réclamations dans leur intégralité.
Par arrêt du 24 juin 2010, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a admis le recours interjeté par X._ et a annulé la décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 24 février 2010 en lui renvoyant la cause pour nouvelles décisions de taxation concernant l'IFD et l'ICC.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration cantonale des impôts demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 24 juin 2010 tant par rapport à l'IFD (périodes fiscales 1999/2000 et 2003 à 2008 demeurées litigieuses) qu'à l'ICC (périodes fiscales 2003 à 2008) et de confirmer la décision sur réclamation du 24 février 2010.
Le Tribunal cantonal et X._ concluent au rejet du recours, l'Administration fédérale des contributions à son admission et à l'annulation de l'arrêt du 24 juin 2010.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt considéré comme final dès lors que le renvoi ne porte que sur le calcul de l'impôt (cf. <ref-law> et <ref-ruling> consid. 2.3 p. 127; arrêt 2C_132/2010 du 17 août 2010 consid. 1.2). Il a été rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). L'arrêt querellé concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.; arrêt 2C_379/2010 du 19 novembre 2010 consid. 1.2). Tel est le cas en l'espèce s'agissant du caractère imposable des prestations de la Fondation (cf. art. 22 et 24 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]; art. 7 al. 1 et 4 let. f de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
Le recours a, en outre, été déposé en temps utile (art. 100 al. 1, 45 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF) et dans les formes requises (<ref-law>) par l'Administration cantonale des impôts, laquelle est autorisée à recourir conformément à l'art. 89 al. 2 let. d LTF en relation avec les <ref-law> et 146 in fine LIFD.
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Vu l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine que les griefs soulevés, sauf en présence de violations de droit évidentes (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254). En outre, le Tribunal fédéral ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief motivé de façon détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246). Ce faisant, il fonde son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>).
3. Dans l'arrêt querellé, le Tribunal cantonal a estimé que la Fondation n'était pas soumise à la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) ni assimilable à une institution de prévoyance; les prestations d'assistance versées ne seraient donc pas incluses dans les revenus provenant d'institutions de prévoyance professionnelle au sens des <ref-law>, 7 al. 1 LHID, 20 al. 2 let. fbis de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 26 novembre 1956 (aLI/VD), abrogée par la loi homonyme du 4 juillet 2000 (art. 26 LI/VD; RS/VD 642.11). Bien que tombant sous la clause générale de revenu (<ref-law>; 7 al. 1 LHID; 20 aLI/VD et 19 al. 1 LI/VD), les prestations de la Fondation seraient exonérées de l'impôt en tant que subsides de bienfaisance provenant de fonds publics ou privés (art. 24 let. d LIFD; 7 al. 4 let. f LHID; 22 al. 1 let. a aLI/VD et 28 al. 1 let. e LI/VD).
En conséquence, il convient d'examiner si, du point de vue de l'IFD comme de l'ICC, les prestations de secours versées par la Fondation peuvent être qualifiées de revenu imposable et, dans l'affirmative, si ce revenu est susceptible d'être exonéré fiscalement.
I. Impôt fédéral direct
3.1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (<ref-law>). De façon générale, le revenu constitue l'ensemble des biens économiques qui échoient à une personne pendant une certaine période et qu'elle peut utiliser pour satisfaire ses besoins personnels sans que sa fortune ne diminue. Sous réserve des exceptions et exonérations prévues par la loi, toutes les formes de revenu sont en principe imposables (<ref-ruling> consid. 2b p. 2; <ref-ruling> consid. 2a p. 228 s.; arrêts 2C_116/2010 du 21 juin 2010 consid. 2.1, in: RDAF 2010 II 474; 2A.668/2004 du 22 avril 2005 consid. 2.2).
3.2 Il ressort du dossier que la Fondation a, plusieurs années durant, versé à l'intimé des prestations d'assistance variant entre 1'450 et 1'490 fr., correspondant au montant de son loyer. Comme le Tribunal cantonal l'a constaté à juste titre, cet apport extérieur a été utilisé par l'intimé pour subvenir à l'entretien du ménage, sans qu'il n'entame son patrimoine. Partant, ces versements ont eu pour effet d'accroître ses ressources économiques disponibles et constituent un élément de son revenu.
3.3 Dès lors que les versements reçus par l'intimé de la part de la Fondation tombent sous le coup de l'<ref-law>, il n'est, dans ce contexte, pas nécessaire de trancher la question de savoir si ces prestations sont au surplus assimilables à des revenus provenant d'une institution de prévoyance professionnelle (<ref-law>). Que les prestations de secours versées à l'intimé soient assimilées à de tels revenus ou qu'elles tombent sous la clause générale de l'<ref-law> (arrêt 2C_116/2010 du 21 juin 2010 consid. 2.1), elles seraient a priori pleinement imposables selon la LIFD. S'agissant spécifiquement de l'imposition de revenus issus de la prévoyance professionnelle, l'<ref-law> prévoit d'ailleurs que les prestations fournies par des institutions de prévoyance et selon des formes de prévoyance visées aux art. 80 et 82 LPP sont entièrement imposables à titre de revenus en matière d'impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 185 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 130; arrêt 2C_255/2008 du 16 février 2009 consid. 4.1; HANS MICHAEL RIEMER, Die patronalen Wohlfahrtsfonds nach der 1. BVG-Revision, in: RSAS n° 51/2007, p. 549 ss, 553 s.).
4. Il reste encore à déterminer si, tel que le retient l'arrêt entrepris, les revenus provenant des prestations de secours de la Fondation sont susceptibles d'être exonérés en application de l'art. 24 let. d LIFD, ce que conteste la recourante.
4.1 L'art. 24 let. d LIFD prévoit que sont exonérés de l'impôt les subsides provenant de fonds publics ou privés. Les versions allemande et italienne se réfèrent à des "Unterstützungen" et à des "sussidi d'assistenza". Il découle de ces termes, plus explicites que la version française, que cette disposition vise avant tout à exonérer de l'impôt l'aide aux personnes défavorisées ou nécessiteuses, les subsides y relatifs provenant en général de fondations, d'associations caritatives ou d'autres entités poursuivant des buts désintéressés de pure utilité publique (YVES NOËL/CHRISTINE JAQUES, ad <ref-law>, in: Commentaire romand de l'impôt fédéral direct [Danielle Yersin/Yves Noël (éds)], Bâle 2008, p. 428 N 27; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème éd., Bâle/Genève/Munich 2007, p. 136 N 204; WALTER RYSER/BERNARD ROLLI, Précis de droit fiscal suisse [impôts directs], 4ème éd., Berne 2002, p. 48 s. N 26). Cette exonération a ainsi pour fondement des motifs socio-politiques tendant à ce que les prestations qui sont versées dans le but d'écarter une situation d'indigence ou de besoin ("Notlage") parviennent dans leur intégralité à leur destinataire (cf. ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, t. I, 9ème éd., Berne 2001, p. 302 N 30; FELIX RICHNER ET AL., Handkommentar zum DBG, 2ème éd., Zurich 2009, p. 436 N 76; NOËL/JAQUES, ad <ref-law>, in: op. cit., p. 428 N 29; RAINER ZIGERLIG/GUIDO JUD, ad <ref-law>, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b [Martin Zweifel/ Peter Athanas (éds)], 2ème éd., Bâle 2008, p. 362 N 15 et p. 364 N 19).
Il est vrai qu'une partie de la doctrine, tout en admettant que tel est bien le but de l'art. 24 let. d LIFD, critique cette exonération en lui reprochant de créer des inégalités devant l'impôt. A supposer en effet que deux contribuables se trouvent dans une situation économique précaire comparable, le contribuable touchant des revenus issus de prestations d'assistance serait indûment avantagé par rapport au contribuable percevant des revenus issus d'une activité professionnelle, en ce que la première catégorie de revenus serait fiscalement exonérée et la seconde imposable. Partant, ladite doctrine prône, de lege ferenda, l'exemption générale d'un montant correspondant au minimum vital, au travers de déductions sociales ou des barèmes (cf. notamment NOËL/JAQUES, ad <ref-law>, in: op. cit., p. 428 N 29; PETER LOCHER, ad <ref-law>, in: Kommentar zum DGB I, Therwil/Bâle 2001, p. 618 s. N 33; RICHNER ET AL., op. cit., p. 436 N 76, et les références citées; ZIGERLIG/JUD, op. cit., p. 364 N 19).
Quoi qu'il en soit, le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer le droit en vigueur (art. 190 Cst.). Toutefois, en interprétant l'art. 24 let. d LIFD, il veillera à réduire autant que possible les inégalités de traitement que cette norme est susceptible d'engendrer.
4.2 La jurisprudence s'est déjà prononcée sur l'application de l'art. 24 let. d LIFD. Dans un cas impliquant une fondation de famille, le Tribunal fédéral a refusé l'exonération du fait que celle-ci versait des prestations en violation de ses statuts; néanmoins, il a retenu que de telles prestations, même si elles émanent d'une fondation de famille, sont susceptibles de tomber sous le régime d'exception de l'article 24 let. d LIFD notamment (arrêt 2A.668/2004 du 22 avril 2005 consid. 2.4, in: RDAF 2008 II 240). Dans un autre arrêt, le Tribunal fédéral a refusé l'exonération des fonds versés par le Fonds national suisse pour la recherche scientifique ou les prix récompensant un travail, au motif que leurs bénéficiaires doivent en contrepartie réaliser l'étude ou la recherche pour laquelle ils ont sollicité des fonds ou, dans le cas des prix, ont produit un ouvrage dont la récompense décernée constitue une forme de rémunération a posteriori; bénéficient en revanche de l'exonération de l'art. 24 let. d LIFD les bourses d'étude non sujettes à contre-prestation, qui ont le caractère de soutien social aux familles modestes pour ceux de leurs membres engagés dans des études (arrêt 2C_715/2007 du 28 avril 2008 consid. 2, in: RDAF 2008 II 364).
4.3 Il ressort ainsi du but de l'art. 24 let. d LIFD et des principes dégagés par la jurisprudence que, pour que l'exonération soit applicable, il faut que:
- le bénéficiaire se trouve dans une situation de gêne (besoin, "Bedürftigkeit");
- lorsqu'elle verse des prestations au bénéficiaire, l'entité - qu'elle soit au demeurant de droit public ou privé - y procède dans le but de lui venir en aide (motif de bienfaisance ou d'assistance; "Unterstützung"); et, enfin,
- que le versement ait un caractère désintéressé et non onéreux, soit l'absence de contre-prestation ou de contre-partie exigée de la part du bénéficiaire (gratuité, "Unentgeltlichkeit").
4.4 En l'occurrence, l'intimé a, en 1997, adressé une demande de secours à la Fondation en alléguant ne plus pouvoir honorer ses dépenses d'entretien courantes en dépit du capital de prévoyance professionnelle qu'il avait perçu. A bien plaire, compte tenu des services rendus par l'intimé durant sa carrière de pilote, la Fondation lui a accordé, sans limite dans le temps, une prestation d'assistance équivalant au montant de son loyer.
Il apparaît ainsi que ces versements reposent a priori sur une situation de dénuement ou de nécessité de l'intimé (besoin) et qu'ils ont été effectués aux fins de venir en aide à l'intéressé (assistance). A teneur de son acte constitutif, la Fondation peut allouer des prestations bénévoles dans ces circonstances.
On peut ajouter que l'art. 24 let. d LIFD n'exige pas que les subsides exonérés n'émanent que d'oeuvres caritatives ou philanthropiques reconnues et agissant pour le bien commun. Comme l'illustre la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de prestations provenant de fondations de famille, il n'est donc pas indispensable que le cercle des bénéficiaires de telles prestations de secours soit étendu ou demeure ouvert (cf. arrêt 2A.668/2004 du 22 avril 2005 consid. 2.4). De surcroît, contrairement à ce que suggère l'Administration cantonale des impôts, il n'existe pas de lien direct entre l'octroi des prestations de secours par la Fondation et le contrat de travail passé entre l'intimé et la compagnie, qui fonderait une contre-prestation permettant d'exclure la qualification de subside au sens de l'art. 24 let. d LIFD (cf. arrêt 2C_715/2007 du 28 avril 2008 consid. 2). Le lien contractuel antérieur entre l'intimé et la compagnie conduit uniquement à définir le cercle des bénéficiaires potentiels des prestations de secours. En revanche, l'octroi des prestations est conditionné à la seule présence d'un cas de gêne auquel doit faire face le bénéficiaire potentiel. Le versement, alloué à bien plaire, n'est donc subordonné à aucune contre-prestation (gratuité).
Par conséquent, les conditions permettant d'admettre le principe d'une exonération fiscale au sens de l'art. 24 let. d LIFD sont réunies.
4.5 La recourante soutient que les prestations de secours que la Fondation a versées à l'intimé proviennent d'une institution de prévoyance au sens de l'<ref-law>, en l'occurrence d'un fonds patronal. Elle semble en déduire que de telles institutions ne peuvent pas, de manière générale, verser des subsides exonérés selon l'art. 24 let. d LIFD.
4.5.1 Une telle position ne saurait être suivie. En effet, ni leur qualification ni leur nature ne s'oppose a priori à une application de l'art. 24 let. d LIFD aux prestations émanant d'une institution de prévoyance ou d'une entité apparentée si elles en remplissent les conditions. A l'instar de la clause d'imposition générale de l'<ref-law>, l'<ref-law> concrétise le principe de la globalité de l'imposition (<ref-ruling> consid. 11.1 p. 230), de sorte que les cas d'exonération (<ref-law>) visent indistinctement toute forme de revenu, qu'elle figure ou non au nombre des exemples concrets énumérés aux art. 17 à 23 LIFD (cf. notamment RICHNER ET AL., VB zu Art. 16-39 & ad art. 16, op. cit., p. 151 N 14 ss & p. 165 N 1 ss).
La controverse doctrinale qui existe au sujet de l'inclusion dans l'<ref-law> des prestations de fonds patronaux n'ébranle pas ce constat. Certes, une partie de la doctrine favorise une inclusion des prestations émanant des fonds patronaux dans le champ d'application de l'<ref-law> en s'appuyant sur le critère du besoin (cf. PETER AGNER/BEAT JUNG/ GOTTHARD STEINMANN, ad <ref-law>, in: Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Zurich 2001, p. 104 s. N 5; RICHNER ET AL., op. cit., p. 436 N 78), tandis qu'un autre courant, que cite la recourante, l'exclut catégoriquement. Toutefois, ce dernier tire sa conclusion du fait que ces fonds versent des prestations non bénévoles et souvent onéreuses, qui reposent sur un contrat d'assurance ou de prévoyance, ou sont la contrepartie d'un travail salarié accompli ou à accomplir (cf. PETER LOCHER, Kommentar zum DGB I, op. cit., p. 619 s. N 38; ZIGERLIG/JUD, op. cit., p. 363 N 18; voir aussi, dans la mesure où les travaux préparatoires renvoient à l'ancien droit [FF 1983 III 1, p. 174], ERNST KÄNZIG, Wehrsteuer I, 2ème éd., Bâle 1982, p. 457 s. N 243). Or, comme déjà indiqué, les prestations de la Fondation sont versées de façon discrétionnaire, à titre gratuit et sans contrepartie; elles ne correspondent donc pas au cas de figure visé par la doctrine citée par la recourante.
4.5.2 Il découle de ce qui précède que, pour être passibles d'exonération de l'impôt au sens de l'art. 24 let. d LIFD, il suffit que les prestations de la Fondation, qu'elles intègrent ou non la catégorie des prestations provenant d'une institution de prévoyance, remplissent les conditions du besoin, de l'assistance et de la gratuité.
5. A titre subsidiaire, pour le cas où l'exonération des prestations serait admise dans son principe, la recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir pris en considération l'ensemble des prestations versées par la Fondation. A son avis, il faudrait tenir compte des autres revenus du contribuable, en particulier des prestations complémentaires mensuelles - elles-mêmes exonérées selon l'art. 24 let. h LIFD et variant entre 192 et 269 fr. - qui avaient été versées à l'intimé et à son épouse pour couvrir leurs besoins vitaux, ainsi que d'un subventionnement des primes d'assurance obligatoire des soins.
5.1 Comme relevé précédemment, les subsides qui tombent sous la clause d'exonération de l'art. 24 let. d LIFD, tendent à encourager fiscalement l'assistance en faveur du contribuable nécessiteux. En d'autres termes, l'exonération fiscale de ces prestations présuppose qu'un cas d'indigence puisse être objectivement constaté. Pour éviter d'accentuer l'inégalité de traitement qui découle du choix du législateur d'exonérer de l'impôt les revenus issus de prestations d'assistance tandis que les revenus provenant du travail sont imposables nonobstant la situation économique précaire du contribuable (cf. consid. 4.1), il convient de limiter l'application de l'art. 24 let. d LIFD aux cas d'indigence avérés. En l'espèce, le principe selon lequel les exceptions à l'impôt général doivent être interprétées restrictivement (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 6 s.; arrêt 2A.668/2004 du 22 avril 2005 consid. 2.2, in: RDAF 2008 II 240), s'impose d'autant plus que l'objectif socio-politique poursuivi par le législateur à l'art. 24 let. d LIFD consiste, précisément, à favoriser fiscalement l'aide aux personnes défavorisées, à l'exclusion d'autres situations (cf. NOËL/JAQUES, op. cit., p. 428 N 27).
5.2 Dans un souci de sécurité juridique et d'égalité de traitement, l'exigence que le bénéficiaire des subsides d'assistance provenant de fonds privés se trouve dans une situation de gêne pour bénéficier de l'art. 24 let. d LIFD doit pouvoir se traduire en des termes économiques uniformes. La notion économique d'indigence ne saurait toutefois se limiter à la survie physique de l'individu ni au seul minimum vital absolu, tel que le définit la Conférence suisse des institutions d'action sociale dans ses normes pour le concept et le calcul de l'aide sociale (www.skos.ch), au risque de rendre systématiquement inopérante l'exonération de subsides issus de fonds privés. Elle ne peut pas non plus s'appuyer sur la notion du minimum vital du droit des poursuites ("betreibungsrechtlicher Notbedarf") selon les <ref-law>, qui vise aussi à protéger les intérêts des créanciers, et qui, de ce fait, fixe le minimum d'existence à un faible niveau (cf. THOMAS LOCHER, Grundriss des Sozialversicherungsrechts, 3ème éd., Berne 2003, p. 156 N 7).
Il convient ainsi d'établir le minimum d'existence visé par l'art. 24 let. d LIFD à partir du revenu déterminant qui est fixé par la loi fédérale du 6 octobre 2006 sur les prestations complémentaires à l'AVS et à l'AI [LPC; RS 831.30] (cf. art. 9 et 11 LPC), étant rappelé que ce montant offre une protection supérieure par rapport à celle du droit des poursuites (cf. <ref-ruling> consid. 4 et 5 p. 21-27, en particulier le consid. 4.1 concernant l'insaisissabilité des prestations cantonales complémentaires; art. 2 al. 2 et 20 LPC). De plus, les prestations complémentaires fournies selon la LPC tendent précisément à éviter, dans la mesure du possible, le recours à l'aide sociale (cf. <ref-ruling> consid. 5a p. 369 s.; FF 2005 5641, p. 5833; THOMAS LOCHER, op. cit., p. 155 s. et 369 ss; ALFRED MAURER/GUSTAVO SCARTAZZINI/MARC HÜRZELER, Bundessozialversicherungsrecht, 3ème éd., Bâle 2009, p. 200) et satisfont ainsi au but socio-politique poursuivi par l'exonération fiscale selon l'art. 24 let d LIFD.
5.3 Une fois calculé le revenu déterminant selon les critères fixés par la LPC - ce indépendamment de la question de savoir si le contribuable en question a droit à de telles prestations -, il conviendra de comparer ce montant à la somme des revenus qu'il perçoit. A ce titre, peu importe que ces revenus soient fiscalement exonérés ou que leur origine soit publique ou privée. En font donc également partie les subsides relatifs à l'assurance obligatoire des soins ou les subsides versés au titre de la LPC et destinés à couvrir les besoins vitaux de la personne concernée (cf. art. 112a Cst.), voire susceptibles d'offrir une protection supérieure au niveau cantonal (art. 2 al. 1 et 2 LPC).
En conséquence, seront en principe exonérés de l'IFD, au sens de l'art. 24 let. d LIFD, tous les subsides d'assistance provenant de fonds privés qui, additionnés entre eux et aux autres revenus perçus par le contribuable, ne dépassent pas le revenu déterminant fixé par la LPC (cf. <ref-law>), y compris les prestations cantonales allant au-delà de celles prévues par la LPC (cf. <ref-law>). En revanche, tout subside d'assistance qui serait supérieur au plafond fixé pour le calcul du minimum d'existence selon la LPC, est imposable à hauteur de la part dépassant ledit montant, laquelle n'entre pas dans la clause d'exonération de l'art. 24 let. d LIFD (en ce sens: ZIGERLIG/JUD, op. cit., p. 362 N 15: "Unterstützungsleistungen sind (...) nur insoweit nicht steuerbar, als sie bloss das Lebensnotwendige ermöglichen"; cf. aussi: LOCHER, Kommentar zum DBG, op. cit., p. 608 N 2).
5.4 Il sied encore de relever que les prestations complémentaires tombent elles-mêmes sous le coup de l'art. 24 let. h LIFD, qui exonère de l'impôt fédéral direct les revenus perçus en vertu de la LPC sur la base tant du droit fédéral que cantonal (arrêt 2C_429/2008 du 10 décembre 2008 consid. 8.2; GLADYS LAFFELY MAILLARD/YVES NOËL, ad art. 24 let. h LIFD, in: Commentaire romand de l'impôt fédéral direct [Danielle Yersin/Yves Noël (éds)], Bâle 2008, p. 431 N 41 s.).
La limitation, au titre de l'art. 24 let. d LIFD, de la faculté d'exonérer les prestations de secours à hauteur du montant équivalant à la couverture des besoins vitaux, plus les prestations complémentaires allouées le cas échéant par le canton concerné, ne revient pas pour autant à vider la lettre d de sa substance. Tant la lettre h que la lettre d se réfèrent, quant à leur but, à la notion de minimum d'existence, de sorte qu'il se justifie au contraire de coordonner leur portée; ce, dans le but d'éviter que les subsides d'assistance (let. d) et/ou les prestations complémentaires (let. h) que toucherait un contribuable puissent être exonérés dans une plus large mesure que le montant correspondant au minimum d'existence selon la LPC, y compris les éventuelles prestations cantonales, sachant que l'<ref-law> ne tient en principe pas compte des subsides pour le calcul des revenus déterminants. Ainsi, lorsqu'un contribuable se voit allouer des subsides d'assistance qui émanent notamment d'une fondation privée, alors qu'il perçoit également des prestations complémentaires couvrant déjà son minimum d'existence au sens de la LPC, lesdits subsides ne pourront en règle générale pas être exonérés en vertu de l'art. 24 let. d LIFD. Dans le cas contraire, une exonération, le cas échéant partielle, devra être opérée jusqu'à la hauteur du montant correspondant au minimum d'existence selon la LPC, y compris les éventuelles prestations cantonales.
5.5 Cette notion fiscale des prestations d'assistance exonérées ne préjuge évidemment pas des critères qui ont été retenus par la Fondation pour allouer des prestations de secours à l'intimé, quand bien même tout ou partie de celles-ci dépasserait, d'un point de vue fiscal, le montant maximum exonéré; elle n'influe pas non plus, à supposer que la Fondation puisse être assimilée à une institution de prévoyance, sur une éventuelle exonération de cette dernière en vertu des <ref-law> et 33 al. 1 let. d LIFD (cf. FRANZISKA BUR BÜRGIN, Wohlfahrtsfonds - Vorsorgeeinrichtungen im luftleeren Raum?, in: Berufliche Vorsorge im Wandel der Zeit - Festschrift '25 Jahre BVG', Zurich 2009, p. 55 ss, 74; voir aussi: arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004 consid. 2).
5.6 En l'espèce, l'arrêt attaqué ne mentionne pas les montants que l'intimé aurait, comme le prétend la recourante, perçus au titre des prestations complémentaires selon la LPC ni dans quelle mesure ces dernières auraient le cas échéant, dans les limites de l'<ref-law>, tenu compte des subsides versés par la Fondation. De même, l'arrêt querellé ne contient aucune indication sur d'éventuels revenus supplémentaires dont le contribuable ou son épouse auraient bénéficié et qui seraient aptes à influer sur le caractère (partiellement) exonérable ou non des subsides d'assistance en cause.
Au vu de ce qui précède c'est donc à juste titre que la recourante reproche au Tribunal cantonal de ne pas avoir tenu compte de tous les faits pertinents avant d'exonérer l'ensemble des prestations versées par la Fondation. Il faut en particulier déterminer les revenus globaux des contribuables en vue de les comparer au revenu déterminant selon la LPC en y ajoutant les éventuelles prestations versées par le canton de Vaud au sens de l'<ref-law>, pour établir si l'ensemble des prestations reçues par la Fondation peut ou non être exonéré. Ainsi, la cause devra être renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il rende un nouvel arrêt au sens des considérants, lequel prendra en considération l'ensemble des éléments de fait fiscalement pertinents (cf. art. 107 al. 2 in fine LTF).
II. Impôts cantonal et communal
6. Dans le cadre du droit fiscal harmonisé qui régit l'imposition directe aux niveaux fédéral, cantonal et communal (cf. consid. 1 ci-dessus), tant la notion de revenu que celle d'exonération correspondent aux concepts employés par la LIFD. Les <ref-law> et 19 al. 1 LI/VD prévoient ainsi une clause d'imposition générale pour tous les revenus du contribuable; les <ref-law> et 26 LI/VD imposent spécifiquement les revenus provenant d'institutions de prévoyance professionnelle, auxquelles la loi vaudoise assimile explicitement les revenus provenant de fondations patronales (art. 26 al. 2 LI/VD). De même, les art. 7 al. 4 let. f LHID et 28 al. 1 let. e LI/VD exonèrent de l'impôt les subsides qui proviennent de fonds publics ou privés. Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal relatifs aux périodes fiscales sous examen (cf. arrêt 2C_307/2010 du 27 août 2010 consid. 3).
7. Dans ces conditions, le recours doit être admis. Il y a donc lieu d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 24 juin 2010 et de lui renvoyer la cause pour nouvel examen dans le sens des considérants (<ref-law>). Il lui appartiendra également de statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF). La recourante n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 2 et 3 LTF). Au vu de la situation financière de l'intimé, qui succombe, il sera renoncé à mettre les frais judiciaires à sa charge; aucun frais judiciaire ne sera mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 in fine et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. L'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 24 juin 2010 est annulé. La cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, à la représentante de l'intimé et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 9 mars 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton