Fatti:
A. G._, nato nel 1964, affetto da morbo di Bechterew dal 1982, in data 17 gennaio 2005 è rimasto coinvolto in un incidente stradale in seguito al quale ha riportato un trauma cranio-cervicale da accelerazione. Accertamenti messi in atto successivamente hanno evidenziato una frattura a livello C5-C6.
Al momento dei fatti l'interessato era alle dipendenze della ditta X._ in qualità di amministratore d'immobili e, in quanto tale, assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), il quale ha assunto il caso e corrisposto le prestazioni di legge.
Il 14 febbraio 2005 l'assicurato ha ripreso la propria attività lavorativa al 50%.
Esperiti diversi accertamenti medici e preso atto in particolare delle conclusioni della perizia affidata al Centro ospedaliero universitario Y._, mediante decisione del 21 novembre 2007, sostanzialmente confermata il 15 aprile 2008 in seguito all'opposizione interposta dall'interessato, l'INSAI, ritenendo che a far tempo dal 26 novembre 2007 i disturbi lamentati non fossero più riconducibili all'evento del 17 gennaio 2005, bensì a malattia preesistente, ha dichiarato estinto - a partire da tale data - il diritto alla cura medica e alle indennità giornaliere corrisposte fino a quel momento.
L'assicuratore infortuni ha inoltre preannunciato una decisione separata sull'eventuale diritto dell'assicurato ad un'indennità per menomazione dell'integrità.
B. Patrocinato dall'avv. Sergio Sciuchetti, G._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino chiedendo, in via principale, l'assegnazione di una rendita corrispondente ad un grado d'invalidità del 50% dal 1° novembre 2007 e di un'indennità per menomazione dell'integrità (IMI) del 40%. In via subordinata, ha postulato il rinvio della causa all'INSAI per complemento istruttorio.
Per pronuncia del 9 dicembre 2008, la Corte cantonale, statuendo per giudice unico, ha respinto il gravame e confermato l'operato dell'assicuratore resistente.
C. Sempre patrocinato dall'avv. Sciuchetti, G._ ha presentato ricorso al Tribunale federale, al quale ripropone in via principale la richiesta principale di prima istanza (rendita del 50% dal 1° novembre 2007, IMI del 40%). In via subordinata domanda di rinviare gli atti alla precedente istanza per nuova pronuncia, previo allestimento di una perizia pluridisciplinare, e di versargli indennità giornaliere sino all'emanazione del nuovo giudizio. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
L'INSAI propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è l'estinzione, dopo il 26 novembre 2007, della relazione di causalità tra l'infortunio del 17 gennaio 2005 e i disturbi accusati dal ricorrente, e in particolare se l'interessato abbia diritto a una rendita d'invalidità dal 1° novembre 2007.
Nella misura in cui il ricorrente chiede al Tribunale federale di esprimersi anche sul diritto ad un'IMI, il ricorso è improponibile. Nella decisione su opposizione querelata l'INSAI non si è infatti pronunciato sul tema, riservandosi espressamente di farlo in separata sede.
Pure irricevibile in questa sede è la richiesta, in caso di rinvio degli atti alla Corte cantonale, di erogazione di indennità giornaliere fino alla decisione della causa, trattandosi, in realtà, di un'istanza di provvedimenti cautelari pendente ricorso davanti al giudice cantonale, quindi di competenza dell'autorità interessata (cfr. sul tema Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, Zurigo 2003, no. 16 segg. all'art. 56).
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, come in concreto, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (art. 97 cpv. 2 LTF); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 3 LTF). Per il resto, di regola il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF; cfr. tuttavia l'eccezione di cui al cpv. 2) e non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore. Esso esamina in linea di massima solo le censure sollevate, non essendo per contro tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono sollevate in sede federale.
3. Nei considerandi del querelato giudizio, cui si rinvia, il primo giudice ha già correttamente ed esaustivamente indicato le disposizioni applicabili per stabilire il diritto all'erogazione di prestazioni da parte dell'assicurazione contro gli infortuni (segnatamente: art. 10 e 16 LAINF, art. 6 LPGA).
3.1 In proposito va ribadito che il diritto a prestazioni a dipendenza di un infortunio presuppone in primo luogo l'esistenza di un nesso di causalità naturale fra l'evento infortunistico e il danno alla salute. Questo presupposto è da considerarsi adempiuto qualora sia lecito ammettere che, senza l'evento infortunistico, il danno alla salute non si sarebbe potuto verificare del tutto o comunque non nel modo in cui si è prodotto. Non occorre, viceversa, che l'infortunio sia stato la sola o immediata causa del danno alla salute; è sufficiente che l'evento, se del caso unitamente ad altri fattori, abbia comunque provocato un danno all'integrità corporale o psichica dell'assicurato, vale a dire che l'evento appaia come una condizione sine qua non del danno. È questione di fatto lo stabilire se tra evento infortunistico e danno alla salute esista un nesso di causalità naturale; su detta questione amministrazione e giudice, fondandosi essenzialmente su indicazioni di natura medica, si determinano secondo il principio della probabilità preponderante applicabile generalmente nell'ambito dell'apprezzamento delle prove in materia di assicurazioni sociali. Ne discende che ove l'esistenza di un nesso di causalità tra infortunio e danno sembri possibile, ma essa non possa essere reputata probabile nel caso di specie, il diritto a prestazioni derivato dall'infortunio assicurato dev'essere negato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 406 consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
3.2 Se uno stato patologico preesistente è aggravato oppure si manifesta in seguito a un infortunio, l'obbligo dell'assicurazione contro gli infortuni di corrispondere le prestazioni decade se l'evento non costituisce più la causa naturale (e adeguata) del danno, ossia se quest'ultimo è da ricondurre soltanto ed esclusivamente a fattori extrainfortunistici. Ciò si verifica in particolare con il ripristino dello stato di salute esistente immediatamente prima dell'infortunio (status quo ante) oppure con il raggiungimento di quello stato che, prima o poi, secondo l'evoluzione ordinaria, sarebbe intervenuto anche senza l'infortunio (status quo sine; cfr. RAMI 1994 no. U 206 pag. 329, U 180/93, 1992 no. U 142 pag. 75 consid. 4b, U 61/91, e riferimenti). L'estinzione del nesso di causalità deve essere stabilita con il grado della verosimiglianza preponderante richiesto in materia di assicurazioni sociali. Per contro, la semplice possibilità che l'evento non esplichi più effetto causale non è sufficiente. Trattandosi nel caso di specie della soppressione del diritto a prestazioni, l'onere della prova non incombe all'assicurato, bensì all'assicuratore (RAMI 2000 no. U 363 pag. 46 consid. 2, U 355/98, 1994 no. U 206 pag. 329, U 180/93, 1992 no. U 142 pag. 76 consid. 4b, U 61/91).
3.3 Il Tribunale federale (delle assicurazioni) ha già avuto modo di osservare come una lombalgia o lombosciatalgia cronica sviluppatasi in seguito a un evento traumatico che ha sì reso sintomatica un'affezione preesistente ma non ha provocato alcuna lesione morfologica della colonna vertebrale sia piuttosto riconducibile ad altri fattori extrainfortunistici (cfr. ad es. le sentenze U 179/03 del 7 luglio 2004, consid. 4.4.2, e U 129/03 del 25 maggio 2004, consid. 5.5 con riferimento all'opinione dottrinale di Bär/Kiener, Prellung, Verstauchung oder Zerrung der Wirbelsäule, in: Medizinische Mitteilungen der SUVA no. 67, dicembre 1994, pag. 45 segg.). Inoltre secondo l'esperienza medica recepita dalla giurisprudenza, in presenza di un aggravamento di un'affezione degenerativa preesistente - clinicamente silente - alla colonna vertebrale in seguito ad un infortunio lo stato anteriore può considerarsi ristabilito dopo sei mesi o al più tardi dopo un anno (cfr. sentenza 8C_174/2008 dell'8 agosto 2008 consid. 4.2 con riferimenti). Un peggioramento duraturo ("allfällige richtungsgebende Verschlimmerung") va dimostrato radiologicamente e deve inoltre distinguersi da un'evoluzione dello stato di salute che rispecchia l'età della persona interessata ("altersübliche Progression": sentenze 8C_174/2008 dell'8 agosto 2008 consid. 4.2, 8C_326/2008 del 24 giugno 2008 consid. 3.3, 8C_330/2007 del 3 gennaio 2008 consid. 2.3).
4. In materia di lesioni al rachide cervicale conseguenti a infortunio del tipo "colpo di frusta" senza prova di deficit funzionale, l'esistenza di un rapporto di causalità naturale tra l'infortunio e l'incapacità di lavoro o di guadagno deve essere ammessa, di principio, in presenza del quadro clinico tipico riconosciuto in tale ambito, caratterizzato da disturbi multipli, quali diffusi mal di testa, vertigini, disturbi della concentrazione e della memoria, nausee, affaticabilità, disturbi della vista, irritabilità, labilità affettiva, depressione ecc. Occorre tuttavia che l'esistenza di un tale trauma cervicale come pure le sue conseguenze siano debitamente attestate da indicazioni mediche attendibili (DTF <ref-ruling> consid. 2b/aa pag. 340). Ciò significa che non basta dimostrare la presenza di un trauma cervicale per ricondurre a quest'ultimo tutta una serie di disturbi, peraltro rientranti nel quadro tipico di una simile lesione, senza avere precedentemente accertato se i singoli disturbi siano o meno conseguenza del trauma cervicale oppure eventualmente di una patologia preesistente (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 299/02 del 2 settembre 2003, consid. 2.3).
Inoltre, la giurisprudenza - ripetutamente confermata - ha precisato che, per poterne ammettere il nesso di causalità naturale, i disturbi a livello della nuca o del rachide cervicale devono manifestarsi nello spazio di 72 ore al massimo dall'evento infortunistico. In questa valutazione assumono particolare rilievo gli avvenimenti del giorno dell'infortunio e del periodo successivo, le indicazioni della persona infortunata e l'esattezza con la quale esse vengono riportate, così come pure le modalità - anche di tempo - nelle quali i medici intervenuti hanno compiuto i propri accertamenti (RAMI 2000 no. U 359 pag. 29, U 264/97).
Giova infine ricordare che il Tribunale federale ha di recente avuto modo di precisare la sua prassi relativa ai "colpi di frusta", ponendo tra l'altro esigenze accresciute per la prova di una lesione in relazione di causalità naturale con l'infortunio giustificante l'applicazione della citata prassi (documentazione concernente lo svolgimento dell'infortunio, primo accertamento medico, perizia medica: <ref-ruling> consid. 9 pag. 121).
5. 5.1 Per determinarsi sull'esistenza ed estinzione di un rapporto di causalità naturale, il Tribunale deve ricorrere, in ambito medico, alle indicazioni del personale sanitario specializzato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 406 consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
5.2 Quanto alla valenza probatoria di un rapporto medico, determinante, secondo la giurisprudenza, è che i punti litigiosi importanti siano stati oggetto di uno studio approfondito, che il rapporto si fondi su esami completi, che consideri parimenti le censure espresse, che sia stato approntato in piena conoscenza dell'incarto (anamnesi), che la descrizione del contesto medico sia chiara e che le conclusioni del perito siano ben motivate. Determinante quindi per stabilire se un rapporto medico ha valore di prova non è tanto né l'origine del mezzo di prova, né la denominazione, ad esempio, quale perizia o rapporto (<ref-ruling> consid. 3a pag. 352; <ref-ruling> consid. 1c pag. 160; Hans-Jakob Mosimann, Zum Stellenwert ärztlicher Beurteilungen, in: Aktuelles im Sozialversicherungsrecht, Zurigo 2001, pag. 266). Nella sentenza I 128/98 del 24 gennaio 2000, pubblicata in VSI 2001 pag. 106 segg., il Tribunale federale (delle assicurazioni) ha però ritenuto conforme al principio del libero apprezzamento delle prove definire delle direttive in relazione alla valutazione di determinate forme di rapporti e perizie.
5.3 Così, in particolare, i referti affidati dagli organi dell'amministrazione a medici esterni oppure ad un servizio specializzato indipendente che fondano le proprie conclusioni su esami e osservazioni approfondite, dopo aver preso conoscenza dell'incarto, e che giungono a risultati concludenti, dispongono di forza probatoria piena, a meno che non vi siano indizi concreti a mettere in discussione la loro attendibilità (VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/bb e pag. 110 consid. 3c, I 128/98).
5.4 In relazione poi alle attestazioni del medico curante, la giurisprudenza ha già ripetutamente stabilito che il giudice può ritenere, secondo la generale esperienza della vita, che, nel dubbio, alla luce del rapporto di fiducia esistente col paziente, egli tenda ad esprimersi a suo favore (VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/cc, I 128/98; <ref-ruling> consid. 4 pag. 175 con riferimenti).
6. Nel suo gravame, il ricorrente contesta, da un lato, l'attendibilità della perizia del Centro ospedaliero universitario Y._ nella misura in cui questa ha ritenuto raggiunto, al momento del consolidamento della frattura alla colonna cervicale, lo status quo sine, e, dall'altro, l'accertamento concernente l'inesistenza del quadro tipico dei sintomi ricollegabili ai traumi cervicali del tipo "colpo di frusta".
La Corte cantonale ha invece ritenuto affidabili le conclusioni peritali del Centro ospedaliero universitario Y._ con le relative completazioni e considerato che, malgrado l'assicurato abbia riportato un trauma distorsivo alla colonna cervicale, la relativa giurisprudenza non si applicava, non avendo l'interessato lamentato i sintomi tipici in modo frequente e persistente.
7. 7.1 Dagli atti emerge che al momento dell'incidente l'assicurato soffriva del morbo di Bechterew - una malattia reumatica cronica - con ossificazione benigna (anchilosi) pressoché totale della colonna vertebrale. La malattia risultava ben compensata; l'assicurato non lamentava alcun disturbo, se non il mattino appena alzato; egli lavorava al 100%.
7.2 In seguito all'incidente automobilistico G._ ha riportato un trauma cranio-cervicale da accelerazione. Vista la persistenza di disturbi paracervicali non presenti prima dell'incidente, nonché, segnatamente, la sospetta frattura del segmento C5-C6, il dott. O._, specialista in fisiatria e reumatologia e curante dell'interessato, ha sottoposto il paziente a ulteriori esami radiologici presso la Clinica reumatologica dell'Ospedale universitario Z._.
Dopo l'accertamento, tramite TAC, della presunta frattura, l'8 giugno 2005 il dott. O._ ha attestato che il paziente continuava a lamentare disturbi soprattutto a livello cervicale distale con difficoltà a mantenere il capo in posizione diritta per molto tempo, stanchezza e necessità di riposo in posizione sdraiata dopo qualche ora di lavoro, concludendo che l'incidente subito aveva provocato un peggioramento significativo e presumibilmente duraturo della sintomatologia dovuta alla affezione di base.
Un esame medico effettuato successivamente nel mese di ottobre 2005 ha posto in evidenza una sindrome vasovagale, vertigini e nausea, motivo per cui l'interessato l'11 gennaio 2006 è stato visitato dal dott. M._, specialista in malattie orecchio-naso-gola, il quale ha rilevato la presenza di disturbi vertiginosi insorti dopo l'incidente stradale aventi carattere fluttuante, ma che peggioravano durante l'arco della giornata. Egli ha quindi osservato che l'esame vestibolare non aveva evidenziato patologie di rilievo e che vi era un quadro relativamente complesso influenzato in modo importante dal problema della cervicale. Secondo il dott. M._ in questo caso i sintomi erano ulteriormente amplificati dall'immobilità quasi completa della colonna che ostacolava sicuramente anche il recupero.
La TAC della colonna cervicale eseguita il 2 febbraio seguente ha evidenziato una consolidazione praticamente totale delle ossificazioni interapofisarie, mentre il 15 febbraio 2006 la dott.ssa C._, specialista in medicina fisica e riabilitazione, ha per parte sua rilevato un chiaro quadro di riacutizzazione del morbo di Bechterew - di chiara origine traumatica - ben evidente dagli specifici indici ematochimici nuovamente alterati.
Alla luce degli accertamenti compiuti il 21 marzo 2006, il dott. A._, medico di circondario, ha ritenuto impossibile, visto il consolidamento della frattura, stabilire un nesso di causalità naturale tra l'evento infortunistico e i disturbi manifestati dall'assicurato (in particolare la grande stanchezza e i giramenti di testa).
Queste conclusioni sono state contestate sia dalla dott.ssa C._ che dal dott. O._, i quali hanno ribadito che il trauma aveva provocato un peggioramento grave e duraturo della precedente sintomatologia.
Su consiglio del dott. A._, l'assicurato è stato quindi nuovamente visitato presso la Clinica reumatologica dell'Ospedale universitario Z._. Alfine di chiarire la questione del nesso di causalità tra infortunio e turbe lamentate, i medici interpellati hanno tuttavia suggerito l'allestimento di una perizia neutra.
Un nuovo esame di risonanza magnetica messo in atto il 27 dicembre 2006 evidenziava la presenza di sindesmofiti ventrali del rachide cervicale. Una successiva risonanza del rachide dorsale effettuata il 22 marzo 2007 segnalava inoltre una leggera infiammazione.
In data 13 dicembre 2006 e 10 gennaio 2007 l'assicurato è stato visitato dal dott. U._, neurologo, il quale ha rilevato che l'entità del trauma che aveva portato addirittura alla frattura dell'articolazione interapofisaria C5-C6 poteva chiaramente aver aggravato in modo preponderante sia la sintomatologia dolorosa che aver aumentato le reazioni artrosiche.
7.3 Su incarico dell'INSAI, in data 17 luglio 2007 l'assicurato è quindi stato visitato dal prof. E._ del Centro ospedaliero universitario Y._, secondo cui a partire dal consolidamento della frattura, accertato il 2 febbraio 2006, l'infortunio non aveva più giocato alcun ruolo (essendo pertanto stato raggiunto lo status quo sine), mentre la leggera estensione dei sindesmofiti andava ricondotta all'evoluzione della malattia. A suo parere, l'infortunio aveva quindi aggravato solo in via transitoria lo stato di salute preesistente, che, tenuto conto dell'età dell'interessato, sarebbe evoluto allo stesso modo (perizia del 26 luglio 2007).
Il referto peritale è stato contestato dal dott. I._, chirurgo ortopedico, il quale in data 29 gennaio 2008 ha dichiarato che i disturbi lamentati dal paziente erano credibili e riconducibili sicuramente, o perlomeno con probabilità preponderante, al colpo di frusta cervicale associato ad una frattura C5-C6 avvenuta in seguito all'infortunio del 17 gennaio 2005, precisando che nella letteratura medica in materia sarebbe riconosciuto che la presenza di un'anchilosi cervicale preesistente o la concomitanza di una frattura costituirebbero dei fattori sfavorevoli per la prognosi.
7.4 Preso atto delle censure sollevate dal dott. O._, il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha sottoposto all'esperto alcuni quesiti supplementari. Nel complemento del 27 ottobre 2008 il prof. E._ ha ribadito che i dolori cervicali non potevano più essere ricondotti oggettivamente all'infortunio, in quanto la frattura a livello del segmento C5-C6 risultava guarita. A proposito del leggero aumento dei sindesmofiti in relazione alla situazione esistente nel 2002 egli ha precisato che, interessando tutta la colonna cervicale, non era riconducibile all'infortunio che aveva toccato lo spazio intervertebrale C5-C6.
Nelle osservazioni del 9 novembre 2008 il dott. O._ ha nuovamente censurato l'affidabilità della perizia, precisando che la progressione dei sindesmofiti, ammessa dal perito, seppur in misura discreta, si era manifestata in tempi molto brevi tenendo conto della normale evoluzione di questa malattia (decine di anni) e dopo l'infortunio. Che poi questa progressione interessi tutta la colonna cervicale e non solo il segmento fratturato sarebbe facilmente spiegabile: la malattia di Bechterew interessa tutta la colonna, per cui una progressione, anche se causata o favorita da un trauma, interessa tutta la colonna e non solo il segmento traumatizzato. Secondo il dott. O._, al peggioramento della malattia di Bechterew andrebbero attribuiti l'aumento dei dolori e della rigidità muscolare a livello cervicale e in parte anche l'accresciuta affaticabilità in attività da svolgere con la schiena eretta.
8. 8.1 Alla luce della documentazione medica summenzionata questa Corte non può confermare il raggiungimento dello status quo sine a partire dal 26 novembre 2007. Malgrado le completazioni apportate in sede cantonale dal prof. E._ la perizia del Centro ospedaliero universitario Y._ non convince pienamente, non risultando del tutto completa né sufficientemente motivata. Senza procedere ad accertamenti specialistici supplementari l'estinzione del nesso di causalità naturale non può pertanto essere considerata provata con il grado della verosimiglianza preponderante valido nelle assicurazioni sociali.
Al riguardo va in primo luogo rilevato che a comprova di un peggioramento dello stato di salute non soltanto passeggero, bensì durevole e definitivo, malgrado il consolidamento della frattura, vi sono in concreto, come preteso dalla giurisprudenza, segni radiologici chiari, consistenti nel comprovato e non contestato aumento dei sindesmofiti su tutta la colonna, intervenuto dopo l'incidente. In precedenza la malattia risultava invece stabilizzata, ben compensata e non comportava limitazioni di sorta nell'attività lucrativa né particolari dolori invalidanti.
Considerata la situazione di salute esistente prima dell'incidente, così come le modalità di evoluzione della malattia, neppure l'affermazione secondo cui lo stato di salute sarebbe progredito più o meno allo stesso modo a causa dell'età, anche senza l'infortunio, si appalesa convincente. Da alcuni certificati del dott. O._ emerge infatti che non è escluso che con il passare degli anni lo stato infiammatorio si riduca rispettivamente che la malattia evolve sull'arco di decenni, non in tempi brevi, come invece è avvenuto dopo l'infortunio. Tali dichiarazioni trovano del resto riscontro nella letteratura medica in materia, secondo cui le previsioni per ciò che riguarda le attività della vita quotidiana sono molto buone per la maggior parte dei pazienti. Inoltre, il maggior numero di alterazioni si verifica nel corso dei primi 10 anni della malattia (cfr. http://www.spa-therapy.info). In media il decorso clinico è graduale: il dolore diminuisce man mano che la colonna si irrigidisce. Dopo 25 anni, il 50% dei pazienti può ancora effettuare lo stesso lavoro. Raramente l'evoluzione è rapida con grave compromissione delle condizioni generali. La malattia può arrestarsi in qualunque fase del suo decorso, talvolta prima di arrivare ad interessare la porzione superiore del rachide: dopo un certo numero di anni, comunque, l'evolutività della malattia si arresta, contemporaneamente alla scomparsa della sintomatologia dolorosa (http://www.domenicogullotta.com/articoli/reuma/spondilite.htm).
Precedentemente all'infortunio l'evoluzione descritta si è verificata anche nel caso di G._; dall'incarto AI - l'interessato è beneficiario di una mezza rendita AI dal 1° gennaio 2006 - si evince infatti che la fase più problematica si è manifestata all'inizio, a partire dal 1982 fino al 1995, mentre in seguito la malattia era ben compensata e l'assicurato non soffriva di dolori se non il mattino in misura minima.
Alla luce di questi dati e meglio di un'evoluzione generalmente lenta con tendenza al rallentamento e addirittura all'arresto della malattia, così come della situazione di salute concreta dell'assicurato prima dell'incidente, nulla poteva far presagire che, senza l'infortunio, l'assicurato avrebbe prima o poi dovuto ridurre l'attività al 50% a causa di un netto e repentino peggioramento dello stato di salute. In simili circostanze poco convincente appare l'affermazione resa dal perito secondo cui era stato raggiunto lo stato che, prima o poi, secondo l'evoluzione ordinaria, sarebbe intervenuto anche senza l'infortunio.
Neppure l'affermazione, infine, secondo cui solo la malattia sarebbe responsabile dell'aumento dei sindesmofiti, in quanto essi sono comparsi su tutta la colonna e non solo sul tratto cervicale, colpito dall'incidente, è convincente e motivata. In effetti, ritenuto che la malattia riguarda tutta la colonna vertebrale nel suo insieme, risulta difficile ritenere che un trauma al rachide possa limitarsi a provocare danni solo alla parte interessata, senza esplicare conseguenze sui tratti malati ad essa correlati.
Del resto anche la Corte cantonale, a sostegno dell'affidabilità della perizia, ha unicamente dichiarato che la presa di posizione del dott. O._ sarebbe, per il suo ruolo di medico curante, di parte. Quest'ultimo tuttavia non si è limitato ad attestare l'origine infortunistica dei disturbi, come spesso accade in questi casi, bensì ha preso ripetutamente posizione sulla fattispecie, in modo chiaro, approfondito e motivato, spiegando esaustivamente la patologia e l'interazione con l'infortunio. Il fatto poi che egli sia stato medico curante dal 1987 fino al 2005 (anno del suo pensionamento) non può che essere considerato un vantaggio per la risoluzione del caso, in quanto egli conosce nei minimi dettagli l'evoluzione della malattia di Bechterew. Al riguardo il Tribunale federale delle assicurazioni ha ripetutamente dichiarato che la questione in esame, in cui vi è interazione tra malattia di Bechterew e infortunio, è particolarmente delicata (sentenze U 37/99 del 28 febbraio 2001, consid. 3G, e U 133/95 del 30 ottobre 1995, consid. 4c).
8.2 Alla luce di quanto sopra esposto non risulta pertanto sufficientemente provato che il nesso di causalità naturale tra i disturbi di cui soffre l'assicurato e l'infortunio si è estinto, per raggiungimento dello status quo sine, al momento del consolidamento della frattura C5-C6.
È vero che esiste una perizia universitaria che dichiara raggiunto tale stato. In particolare alla luce delle affermazioni del dott. O._ sussistono tuttavia seri dubbi circa l'affidabilità del referto in merito a questo punto, dal momento che i disturbi ancora lamentati dall'insorgente non si ripercuotono su tutta la colonna vertebrale, che la patologia preesistente (morbo di Bechterew) non aveva determinato una incapacità lavorativa prima dell'infortunio e che sulla base delle conoscenze mediche disponibili detta malattia normalmente non tende ad aggravarsi in modo consistente anni dopo la sua insorgenza, bensì a stabilizzarsi.
Visto che il raggiungimento dello status quo sine deve essere dimostrato secondo il criterio della verosimiglianza preponderante e che, nel caso concreto, l'assicuratore infortuni non è stato in grado di fornire detta prova (v. consid. 3.2), la vertenza dev'essere risolta alla luce di ulteriori accertamenti specialistici, e meglio tramite l'erezione di una perizia specialistica supplementare da parte della Corte cantonale.
9. In relazione, infine, all'accertata inesistenza del quadro clinico tipico dei postumi di un trauma da accelerazione della colonna cervicale (colpo di frusta), il giudizio impugnato va per contro confermato. In effetti, dalla documentazione medica suelencata risulta che l'assicurato ha manifestato dolori cervicali, affaticabilità (in parte riconducibili anche alla malattia), vertigini e, al momento dell'infortunio, nausea. Non risulta quindi dagli atti la presenza di disturbi multipli comprendenti altresì diffusi mal di testa, disturbi della concentrazione e della memoria, nausee, disturbi della vista, irritabilità, labilità affettiva, depressione. I disturbi lamentati inoltre, eccettuati quelli cervicali e l'affaticabilità, non risultano ripetuti né frequenti.
In tali circostanze non può essere ammessa l'esistenza di un nesso di causalità naturale tra i disturbi citati e l'infortunio alla luce della giurisprudenza specifica in materia di traumi da accelerazione della colonna cervicale.
10. In esito a quanto precede il ricorso, in quanto ricevibile, dev'essere accolto nel senso della domanda subordinata e l'incarto rinviato al Tribunale cantonale affinché disponga una perizia giudiziaria e, alla luce delle nuove risultanze processuali, si pronunci nuovamente sul diritto del ricorrente alle prestazioni assicurative dopo il 26 novembre 2007.
11. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vengono ripartite fra le parti in ragione di metà ciascuno. Per il resto, anche se parzialmente vincente, non si assegnano ripetibili all'assicuratore resistente (art. 68 cpv. 3 LTF). Patrocinato da un legale, il ricorrente ha diritto per contro a ripetibili ridotte della sede federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto. Il giudizio impugnato del 9 dicembre 2008 è pertanto annullato e l'incarto rinviato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino per procedere agli accertamenti indicati nei considerandi e pronunciarsi nuovamente sul diritto a prestazioni di G._ dopo il 26 novembre 2007. Per il resto il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico delle parti in ragione di metà ciascuno.
3. L'INSAI verserà a G._ la somma di fr. 1400.- a titolo di indennità di parte per la procedura federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.