Sachverhalt:
A. X._ betrieb 2001/2002 das Erotiketablissement A._. Im Januar 2002 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der Betreiberin eine Kontrolle durch. Gestützt auf deren Ergebnis wurde sie für den Betrieb des Etablissements rückwirkend für die Zeit ab 1. Juli 2000 ins Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Zudem erhob die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Ergänzungsabrechnungen vom 31. Januar 2002 Steuernachforderungen von Fr. 40'807.--, zuzüglich Verzugszins (3. und 4. Quartal 2000), und Fr. 57'367.--, zuzüglich Verzugszins (1.-3. Quartal 2001). Die Nachforderungen umfassten einerseits die bislang nicht entrichtete Mehrwertsteuer auf den verbuchten Umsätzen im Betrag von Fr. 18'363.50 (2000) bzw. Fr. 25'815.3 (2001) und andererseits einen ermessensweise ermittelten Steuerbetrag von Fr. 22'444.25 (2000) bzw. Fr. 31'552.--. Letzterer wurde damit begründet, dass der formelle Zustand der Geschäftsbücher mangelhaft sei und X._ Erlöse, welche in indirekter Stellvertretung erzielt worden seien, nur teilweise verbucht habe. Die Ergänzungsabrechnungen wurden wegen eines Berechnungsfehlers mit Gutschriftsanzeigen vom 11. April 2002 im Betrag von Fr. 862.-- bzw. Fr. 1'980.-- korrigiert.
Am 10. Oktober 2002 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung die korrigierten Nachforderungen im Betrag von Fr. 39'945.-- bzw. Fr. 55'387.--. Betreffend die schätzungsweise festgelegten Erlöse hielt sie indessen dafür, die im Etablissement tätigen Frauen seien als unselbständig und nicht als selbständig erwerbend zu qualifizieren. Diese "formelle Ergänzung" habe auf den Steuerbetrag jedoch keinen Einfluss. Die von X._ dagegen gerichteten Einsprachen wurden am 4. Januar 2006 vereinigt und abgewiesen. Ihre gegen diesen Einspracheentscheid bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission erhobene Beschwerde wurde am 7. Februar 2007 vom Bundesverwaltungsgericht übernommen. Dieses wies die Beschwerde ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die inzwischen geschiedene X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 30. April 2008 aufzuheben und festzustellen, dass sie für das von den Prostituierten vereinnahmte Entgelt nicht mehrwertsteuerpflichtig sei. Eventuell sei die Steuer auf Fr. 32'057.-- festzusetzen.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
C. Mit Verfügung vom 10. Juli 2008 erkannte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts fällt unter keinen Ausschlussgrund und kann daher an das Bundesgericht weitergezogen werden; die Steuerpflichtige ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.3 Der zu beurteilende Sachverhalt verwirklichte sich in den Jahren 2000 und 2001. In materieller Hinsicht bleibt damit für das Steuerjahr 2000 die Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV) anwendbar (Art. 93 und 94 MWSTG; SR 641.20); für das Steuerjahr 2001 kommt hingegen das am 1. Januar 2001 in Kraft getretene Mehrwertsteuergesetz und die zugehörige Verordnung (SR 641.201) zur Anwendung.
2. 2.1 Der Mehrwertsteuer unterliegen u.a. die im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen und Dienstleistungen (Art. 4 lit. a und b MWSTV; Art. 5 lit. a und b MWSTG). Als Dienstleistung gilt jede Leistung, die keine Lieferung eines Gegenstands ist (<ref-law>; <ref-law>).
2.2 Steuerpflichtig ist, wer eine mit der Erzielung von Einnahmen verbundene gewerbliche oder berufliche Tätigkeit selbständig ausübt, auch wenn die Gewinnabsicht fehlt, sofern seine Leistungen im Inland jährlich gesamthaft Fr. 75'000.-- übersteigen (<ref-law>; <ref-law>).
Mit der selbständig ausgeübten Tätigkeit müssen Einnahmen erzielt werden, und sie muss auf eine gewisse Dauer ausgerichtet sein. Indizien für die selbständige Ausübung der Tätigkeit sind insbesondere das Tragen des unternehmerischen Risikos (Gewinn und Verlust), das Handeln und Auftreten in eigenem Namen gegenüber Dritten, die Wahlfreiheit, eine Aufgabe anzunehmen oder nicht und diese selbständig organisieren zu können. Daneben können die Beschäftigung von Personal, die Vornahme erheblicher Investitionen, eigene Geschäftsräumlichkeiten, verschiedene und wechselnde Auftraggeber sowie die betriebswirtschaftliche und arbeitsorganisatorische Unabhängigkeit eine Rolle spielen. Ob eine Tätigkeit als selbständig oder unselbständig anzusehen ist, bestimmt sich stets aufgrund einer umfassenden Würdigung sämtlicher einschlägiger Faktoren (Urteil 2C_518/2007 bzw. 2C_519/2007 vom 11. März 2008 E. 2.1 f.).
2.3 Steuerpflichtig sind gemäss <ref-law> und <ref-law> auch Personengesamtheiten ohne Rechtsfähigkeit, die unter gemeinsamer Firma Umsätze tätigen. Ob dabei die einzelnen Personen dieser Gemeinschaft selbständig steuerpflichtig sind oder als unternehmerische Einheit gelten, bestimmt sich u.a. nach dem gemeinsamen Auftritt nach aussen (Urteil 2C_518/2007 bzw. 2C_519/2007 vom 11. März 2008 E. 2.3).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin hat in der massgeblichen Zeit das Erotiketablissement A._ in Zürich betrieben. Den in ihrem Etablissement tätigen Frauen stellte sie nach eigenen Angaben gegen Entgelt ihre Infrastruktur (u. a. die Räumlichkeiten, wo sich die Kunden und Frauen kennen lernen können, die verschiedenen Zimmer und die Einrichtungen für das Inkasso) zur Verfügung.
3.2 Nach den Geschäftsbüchern der Beschwerdeführerin betrugen ihre Einnahmen im Jahre 2000 Fr. 263'210.-- und im Jahre 2001 Fr. 365'490.--. Diese Einkünfte wurden in Folge der nachträglichen Eintragung der Beschwerdeführerin mit einer Steuer von Fr. 18'363.50 bzw. Fr. 25'815.30 belegt, was von ihr schon vor der Vorinstanz nicht grundsätzlich beanstandet wurde; sie verlangte einzig die Berücksichtigung der Vorsteuern bzw. eine Reduktion der Steuer auf Fr. 32'057.-- (vgl. Eventualbegehren).
3.3 Die Vorinstanz hat den Vorsteuerabzug nicht zugelassen, weil die Beschwerdeführerin keine Belege für deren Nachweis beigebracht habe (angefochtenes Urteil E. 4.3). Mit diesen Ausführungen setzt sich die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht auseinander, weshalb auf den Eventualantrag nicht einzutreten ist. Im Übrigen ist der Vorsteuerabzug sogar im Rahmen einer Ermessenstaxation von einem strikten Nachweis durch den Mehrwertsteuerpflichtigen abhängig; eine ermessensweise Bestimmung des Vorsteuerabzuges ist in jedem Fall ausgeschlossen (Urteil 2C_356/2008 vom 21. November 2008 E. 4.3, mit Hinweisen).
3.4 Der pauschale Einwand der Beschwerdeführerin, die Prostitution (Dirnenlohn) könne als sittlich missbilligtes Geschäft nicht Gegenstand der Mehrwertsteuer bilden, widerspricht der schweizerischen Rechtspraxis, die ausgehend vom Grundsatz der steuerlichen Wertneutralität selbst Umsätze aus illegalen Tätigkeiten der Mehrwertsteuer unterstellt (Urteil 2C_16/2008 vom 16. Mai 2008 E. 5, betreffend Betäubungsmittel). Der Hinweis der Beschwerdeführerin auf Camenzind und andere (Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., 2003, Rz. 176) ist zudem nicht einschlägig, da der dort erwähnte Entscheid des Europäischen Gerichtshofes nicht das schweizerische sondern das EU-Recht betrifft. Zudem hat sich das Bundesgericht im Entscheid 2C_16/2008 mit diesem Urteil befasst, worauf verwiesen werden kann. Das Bundesgericht hat im Übrigen die Besteuerung von Erotik-Salons als zulässig erklärt (vgl. Urteile 2C_518/2007 bzw. 2C_519/2007 vom 11. März 2008).
4. 4.1 Streitig ist hauptsächlich, ob auch die Umsätze aus den erotischen Dienstleistungen, welche die im Etablissement tätigen Frauen erzielten, mehrwertsteuerlich der Beschwerdeführerin als Betreiberin zuzuordnen sind. Die Beschwerdeführerin stellt dies in Abrede mit der Begründung, die Prostituierten seien einer selbständigen Tätigkeit nachgegangen.
4.2 Die Vorinstanz hat dazu festgestellt, die Beschwerdeführerin würde in Zeitschriften und auf ihrer Homepage für ihr Etablissement bzw. für die Damen werben und dabei auf das Sexangebot hinweisen. Bei den Akten liegende Ausdrucke von Homepage-Aufritten zeigten, dass die Beschwerdeführerin jeweils im eigenen Namen (des Etablissements) die einzelnen Leistungen anbiete bzw. anpreise. An allen Parties seien Girls, Snacks und Drinks à discretion inbegriffen. Unter der Rubrik "Special" könne eingesehen werden, welche Damen an welchen Tagen bzw. an welchen Parties wieder bzw. neu anwesend seien. Die Frauen würden dabei ausdrücklich als "A._-Girls" bezeichnet. Für eine allfällige Kontaktaufnahme werde auf der gesamten Homepage ausschliesslich auf die Adresse und die Telefonnummern des Etablissements bzw. die Handy-Nummer der Beschwerdeführerin verwiesen. Eine Direktkontaktnahme mit der jeweiligen Sexarbeiterin ohne Zuhilfenahme der Beschwerdeführerin bleibe dem Kunden verwehrt. Es lägen überdies ganz generell keine Hinweise bzw. Belege dafür vor, dass die Frauen nach aussen als selbständige Unternehmerinnen, unter eigener Firma, in Erscheinung treten würden. Vielmehr trügen die anlässlich der Kontrolle vorgefundenen Kredit- und EC-Karten-Abrechnungsbelege von verschiedenen Parties die Aufschrift "Rest. Betrieb S.A.P 8003 Zürich", wobei die Zahlungen unbestrittenermassen über das Konto der Beschwerdeführerin erfolgt seien.
Ferner biete die Beschwerdeführerin montags, mittwochs und freitags Parties an, wobei sie auch die jeweiligen Tarife festlege. In den Pauschalbeträgen seien sämtliche sexuellen Dienstleistungen während der Party inbegriffen. Der Umsatz werde dabei nach einem bestimmten Schlüssel auf die anwesenden Damen verteilt. Diese könnten demnach die genauen Preise für die jeweils konkret erbrachten Leistungen in keiner Weise mitbestimmen.
Die Damen seien auch in einer weitgehenden arbeitsorganisatorischen Abhängigkeit zur Beschwerdeführerin gestanden. Denn es hätten jeweils mehrere Frauen die Infrastruktur und die weiteren Betriebsmittel gleichzeitig oder nacheinander für ihre Sexangebote genutzt. Zudem hätte die Beschwerdeführerin die Öffnungszeiten der Etablissements bzw. die Dauer der Parties festgelegt. Umfang und Zeitpunkt der Leistungserbringung der einzelnen Damen sei folglich direkt von der Belegungsdichte der beschwerdeführerischen Betriebsmittel abhängig gewesen. Leistungsumfang und -zeit hätten die Sexarbeiterinnen dementsprechend nur bedingt frei wählen können. Sie hätten sich vielmehr nach Massgabe der betrieblichen Möglichkeiten und weitgehend auch der Bedürfnisse bzw. des Willens der Beschwerdeführerin bestimmt. Es habe im ureigensten Interesse der Beschwerdeführerin gestanden, die Zimmer bestmöglich auszulasten und Friktionen weitestgehend zu vermeiden, weshalb sich die Damen zwangsläufig einer entsprechenden betrieblichen Ordnung der Beschwerdeführerin hätten unterziehen müssen. So seien die Anwesenheiten der Sexarbeiterinnen wohl darauf hin ausgerichtet worden, die Bedürfnisse der Kunden bestmöglich abzudecken und so eine möglichst hohe Auslastung des Etablissements zu erreichen.
4.3 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>. Diese erblickt sie darin, dass die Vorinstanz von willkürlichen Sachverhaltsannahmen ausgehe. Insbesondere sei die Vorinstanz ihrer Abklärungspflicht nicht nachgekommen, weshalb sie auch den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt habe.
4.3.1 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 1.4.3).
4.3.2 Die Beschwerdeführerin bringt verschiedene Tatsachen vor (Aushandeln des Preises mit der Prostituierten und direkte Bezahlung an diese bei Barzahlung, blosse Inkassohilfe bei Kreditkartenbezahlung, tage- oder wochenweise Abrechnung, Bezahlung des Partyentgelts an eine Partyteilnehmerin, ununterbrochene tägliche Tätigkeit der Beschwerdeführerin selber als Sexarbeiterin im Etablissement A._ bis ins Jahr 2003). Diese Vorbringen erschöpfen sich indessen in einer Darlegung ihrer eigenen, nicht näher belegten Sicht der Dinge und lassen die Feststellungen der Vorinstanz nicht als unhaltbar erscheinen.
4.3.3 Nach den gesamten Umständen entspricht das von der Beschwerdeführerin betriebene Gewerbe jenem, dem sie bis zum 30. Juni 2000 in den zusammen mit ihrem früheren Ehemann geführten Etablissements, darunter auch dem A._, nachging. Jener Sachverhalt ist vom Bundesgericht am heutigen Tag beurteilt worden (Urteil 2C_426/2008 & 2C_432/2008). Da sich dieses Urteil ebenfalls gegen die Beschwerdeführerin richtet, kann vollumfänglich darauf verwiesen werden.
4.3.4 Nachdem sich das von der Beschwerdeführerin gewählte Betriebskonzept nicht in erkennbarer Weise vom allgemein üblichen und notorischen Geschäftsgebahren von Erotiketablissements unterschied, durfte die Vorinstanz auch in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung und damit ohne Verletzung von <ref-law> von der Erhebung weiterer Beweise absehen. Die Beschwerdeführerin legt auch weder dar, welche Gepflogenheiten in ihrem Salon nicht abgeklärt worden sein sollen, noch inwiefern die entsprechenden Erkenntnisse für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnten.
4.4 Die Vorinstanz durfte auf Grund ihrer verbindlichen Feststellungen ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, dass die in den Räumlichkeiten der Beschwerdeführerin angebotenen sexuellen Dienstleistungen aufgrund des nach aussen sichtbaren Erscheinungsbildes einen integrierten Zweig des Erotiketablissements der Beschwerdeführerin darstellten und damit auch die Umsätze der einzelnen Prostituierten der Beschwerdeführerin mehrwertsteuerlich zuzurechnen sind. Im Übrigen kann auf das bereits erwähnte weitere, auch die Beschwerdeführerin betreffende Urteil verwiesen werden (2C_426/2008 & 2C_432/2008 E. 3 und 4).
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin hat unbestrittenermassen die von den Prostituierten vereinnahmten Entgelte nirgends in ihrer Buchhaltung bzw. ihren Geschäftsbüchern und -unterlagen erfasst. Auch hat sie der Eidgenössischen Steuerverwaltung diesbezüglich keinerlei Belege vorgelegt. Dass damit der in Frage stehende Umsatz durch Schätzung zu ermitteln war, beanstandet die Beschwerdeführerin zu Recht nicht. Dasselbe gilt für die Annahme, der seitens der Beschwerdeführerin verbuchte, von den Damen als Entschädigung für die Infrastrukturbenützung abzuliefernde Umsatzanteil entspreche 45 % des Gesamtumsatzes aus der Erbringung erotischer Dienstleistungen. Nach eigener Darstellung hat sie sich dabei einerseits auf ihr vorliegende Angaben von anderen Steuerpflichtigen, welche im gleichen Bereich tätig sind, sowie andererseits auf mündliche Aussagen der Sittenpolizei Zürich gestützt. Demnach mache der von den Prostituierten an das jeweilige Etablissement abzuliefernde Umsatzanteil in vergleichbaren Einrichtungen regelmässig 40 - 45 % des Gesamtumsatzes aus.
5.2 Sind, wie im vorliegenden Fall, die Voraussetzungen einer Ermessenstaxation erfüllt, ist das Bundesgericht an diese Einschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Tatbestandsermittlung und auf einer sachgemässen Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht. Es prüft derartige Schätzungen nur mit Zurückhaltung auf offensichtliche Fehler und Irrtümer hin, wobei es dem Steuerpflichtigen obliegt, die Unrichtigkeit der Schätzung zu beweisen. Der Beschwerdeführer darf sich somit nicht darauf beschränken, die Kalkulationsgrundlagen der Ermessensveranlagung allgemein zu kritisieren; er muss vielmehr nachweisen, dass die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommene Schätzung offensichtlich falsch ist (vgl. etwa Urteil 2C_171/2008 vom 30. Juli 2008 E. 4.2).
Eine substanziierte Begründung sowie Belege, welche die offensichtliche Unrichtigkeit der Schätzung nachweisen könnten, bringt die Beschwerdeführerin nicht vor. Insbesondere fehlt es an einem Nachweis für ihre Behauptung, sie sei bis 2003 selber als Sexarbeiterin tätig gewesen und habe mindestens 50 % zum verbuchten Umsatz beigetragen. Diese Behauptung durfte die Vorinstanz gestützt auf das in den Akten liegende Video eines Fernsehauftrittes der Beschwerdeführerin vom 6. April 2006 (Sendung "Aeschbacher") sowie ein Interview vom März 2006 ("Das Magazin" Nr. 10/2007) ohne Verletzung von Bundesrecht als reine Schutzbehauptung qualifizieren. Die Rüge der unzutreffenden Sachverhaltsfeststellung ist unbegründet.
6. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Februar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng