Faits:
A. X._ SA et Y._ SA (ci-après: les demanderesses) sont des sociétés soeurs. Le but de la première est la fabrication et la commercialisation des montres haut de gamme X._ alors que le but de la seconde est l'acquisition et l'administration de droits de propriété intellectuelle.
Les demanderesses ont réalisé des inventions dans le domaine du tourbillon. Certains de leurs mouvements intégrant ce dispositif mécanique sont logés dans un boîtier qui présente une protubérance de forme arrondie venant casser le cercle de la boîte. Le design de ce boîtier a fait l'objet d'un dépôt, par les demanderesses, auprès de l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle le 25 janvier 2005; il y a été enregistré le 8 mars 2005, puis a été publié le 31 mars 2005 (design suisse no 1).
A la fin de l'année 2008, les demanderesses ont constaté que la société Z._ SA (ci-après: la défenderesse) lançait un modèle de montre présentant une boîte munie d'une protubérance.
B. Devant la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, les demanderesses, se fondant sur leur design, ont notamment conclu à ce qu'il soit ordonné à la défenderesse de cesser de mettre dans le commerce une montre dont le boîtier présente une protubérance (conclusion no 1), de fournir le nom des fabricants de la boîte litigieuse (no 2), ainsi que tous les documents utiles permettant de déterminer le chiffre d'affaires réalisé par la défenderesse (no 3), à la condamnation de celle-ci à restituer le gain brut réalisé (no 4) et à ce que la confiscation et la destruction du stock de montres en sa possession soient ordonnées (no 5).
La défenderesse, dans sa réponse et demande reconventionnelle, a notamment conclu au rejet de la demande et à ce que soit déclaré nul le design suisse no 1. Elle est d'avis que son boîtier laisse une impression générale différente de celle du design des demanderesses. Elle relève également que celui-ci n'est ni nouveau ni original et, invoquant une tierce antériorité, elle fait valoir le principe de la priorité du dépôt; selon elle, le design suisse no 2 de A._ SA, déposé le 23 novembre 2004 (et enregistré le 8 février 2005, puis publié le 28 février 2005), est prioritaire sur celui des demanderesses, de sorte que celles-ci ne peuvent se prévaloir d'aucun droit.
Lors de l'audience d'instruction du 15 juin 2011, il a été convenu de juger de manière séparée les conclusions nos 1 et 2 de la demande ainsi que la conclusion de la défenderesse visant la nullité du design suisse no 1.
Par jugement sur moyen séparé du 9 février 2012, la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté les conclusions nos 1 et 2 de la demande principale et, donnant suite à la demande reconventionnelle, constaté la nullité du design suisse no 1. En substance, elle a admis que la nullité de l'enregistrement, invoquée par voie d'exception, pouvait être fondée sur l'<ref-law>. Elle a expliqué que la priorité d'un dépôt antérieur valait aussi bien pour des designs identiques que pour des designs similaires qui créent la même impression d'ensemble. Elle a alors observé que le design déposé par les demanderesses présentait les mêmes caractéristiques que le design déposé antérieurement par A._ SA et conclu qu'en raison de cette (tierce) antériorité l'enregistrement des demanderesses était nul.
C. Les demanderesses exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement cantonal du 9 février 2012. Sollicitant l'octroi de l'effet suspensif à leur recours, elles concluent à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause à la cour précédente. Les recourantes reprochent à celle-ci d'avoir fait une interprétation erronée de l'<ref-law>, accordant à cette disposition une portée trop large.
L'intimée conclut au rejet du recours.
L'effet suspensif sollicité par les recourantes a été accordé par ordonnance présidentielle du 4 avril 2012.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine librement et d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 262, 417 consid. 1).
1.2 Le recours en matière civile étant un recours en réforme (cf. <ref-law>), la partie recourante doit en principe prendre des conclusions sur le fond et non se borner à conclure à l'annulation de l'arrêt attaqué; elle ne peut s'abstenir de conclusions sur le fond que si le Tribunal fédéral, dans l'hypothèse où il admettrait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 383; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 489 s.; récemment: arrêt 4A_490/2011 du 10 janvier 2012 consid. 1.1). En l'espèce, la Cour de céans, si elle suivait l'argumentation des recourantes, ne pourrait statuer sur la demande (pour les conclusions, cf. supra let. B) et on ne saurait reprocher à celles-ci de s'être abstenues de conclusions sur le fond.
1.3 Le Code de procédure civile du 19 décembre 2008 (CPC; RS 272) est entré en vigueur le 1er janvier 2011 (RO 2010 p. 1835). Selon la disposition transitoire figurant à l'<ref-law>, les recours sont régis par le droit en vigueur au moment de la communication de la décision aux parties.
En l'espèce, la cour cantonale devait trancher un litige portant sur la nullité d'un droit de propriété intellectuelle. Elle pouvait valablement prendre sa décision en instance cantonale unique (<ref-law>); l'exigence selon laquelle l'autorité précédant immédiatement le Tribunal fédéral doit statuer sur recours ne s'applique donc pas (<ref-law>). Il en résulte également que le recours est recevable sans qu'il y ait lieu de se demander si la valeur litigieuse exigée par l'<ref-law> est atteinte (<ref-law>).
1.4 La décision attaquée constate la nullité du droit au design qui fonde la demande. Le jugement de l'autorité précédente met un terme à l'ensemble de la procédure et, bien qu'intervenant sur moyen séparé, il représente une décision finale au sens de l'<ref-law>.
Pour le reste, interjeté par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions visant notamment à ce que la validité de l'enregistrement de leur design suisse soit constatée (<ref-law>) et dirigé contre un jugement rendu en matière civile (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.5 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés, ou à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 317 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 584; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389; <ref-ruling> consid. 1.4).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
1.6 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les constatations factuelles de l'autorité cantonale ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire telle que l'entend l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 187). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.7 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 Aux termes de l'<ref-law>, le droit à un design confère à son titulaire le droit d'interdire aux tiers l'utilisation du design à des fins industrielles. Par utilisation, on entend notamment la fabrication, l'entreposage, l'offre, la mise en circulation, l'importation, l'exportation, le transit et la possession à ces fins. Le droit prend naissance avec l'enregistrement du design dans le registre suisse (<ref-law>), ou, si la Suisse est désignée, avec un enregistrement international effectué selon l'Arrangement de La Haye (<ref-law>).
Outre l'enregistrement, la protection légale suppose que le design soit nouveau et original (<ref-law>). Dès le dépôt de la demande d'enregistrement, le design est présumé nouveau et original (<ref-law>).
2.2 Sur la base de l'<ref-law>, celui qui y a un intérêt juridique peut agir en justice afin de faire constater qu'un design enregistré ne bénéficie pas de la protection légale. Ainsi, l'action peut être menée non seulement par le titulaire d'un design antérieur, mais par toute personne qui, en raison du design enregistré, pourrait être entravée dans sa liberté économique (cf. PETER HEINRICH, DesG/HMA Kommentar, 2002, no 33.79 ad <ref-law>).
Le demandeur peut notamment faire valoir, le cas échéant, que ce design n'est pas nouveau ou pas original; il lui incombe de prouver le défaut de nouveauté ou d'originalité. Il peut notamment présenter des objets au design identique et prouver que ces objets étaient commercialisés en Suisse déjà avant le dépôt de la demande d'enregistrement (<ref-ruling> consid. 3 p. 208 et les références).
En l'occurrence, les recourantes intentent une action contre l'intimée dans le but qu'elle cesse son activité économique portant sur des montres dont le boîtier présente une protubérance. Il est ainsi patent que l'intimée dispose d'un intérêt juridique à faire déclarer nul le design des demanderesses, ce qui n'est d'ailleurs pas contesté.
Il est de jurisprudence que l'action en nullité de l'enregistrement peut aussi être exercée par voie d'exception contre une action fondée sur le design litigieux et tendant à l'interdiction prévue par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3 p. 208; <ref-ruling> consid. 1 p. 548).
En l'espèce, l'intimée a invoqué la nullité de l'enregistrement et la cour cantonale lui a donné raison. Les recourantes reprochent à cette dernière d'avoir retenu à tort la nullité de leur design (no 1).
2.3 Lorsqu'un design entre en collision avec un design déposé antérieurement, celui-ci a le plus souvent déjà été enregistré dans le registre suisse. Le design antérieur est alors considéré comme divulgué au public (cf. art. 2 al. 2 et 3 LDes; HEINRICH, op. cit., no 2.14 ad <ref-law>, qui, no 2.08 ad <ref-law>, souligne à juste titre que le critère de la divulgation s'applique aussi bien à l'al. 2 qu'à l'al. 3 de l'<ref-law>; STUTZ/BEUTLER/KÜNZI, Designgesetz - Handkommentar, 2006, no 77 ss ad <ref-law>); le design postérieur, qui ne remplit alors pas les conditions fixées à l'<ref-law> au moment de son dépôt, est exclu de la protection (cf. <ref-law>).
La situation d'espèce est toutefois différente. Sa particularité tient au fait que le design no 1 (dont les recourantes sont titulaires) a été déposé alors même que le design no 2 (tierce antériorité invoquée par l'intimée), déposé antérieurement, n'avait pas encore été enregistré. Cette situation particulière implique nécessairement de réfléchir sur l'application de l'<ref-law> (cf. infra).
Les recourantes considèrent que l'<ref-law> énumère les motifs d'exclusion de la protection de manière exhaustive. Elles sont d'avis qu'un design uniquement déposé mais pas encore enregistré ne peut pas être connu du public (cf. <ref-law>) et que, sur la base de l'<ref-law>, il ne peut donc pas entraîner la nullité d'un design déposé postérieurement dans l'ignorance du premier dépôt. Les recourantes soutiennent que l'<ref-law> doit être compris dans ce cadre. Selon elles, l'antériorité du droit découlant du premier dépôt ne peut ruiner la nouveauté (ou l'originalité) du second dépôt que si elle a pu être connue des milieux spécialisés du secteur concerné en Suisse ou si elle a été divulguée au public avant la date de dépôt du second design. Autrement dit, l'enregistrement du premier design déposé n'ayant pas encore eu lieu, il ne peut être compris dans l'"état du design" et ce premier design n'est pas susceptible, de l'avis des recourantes, de causer la nullité du design déposé postérieurement.
2.4 On ne saurait suivre les recourantes lorsqu'elles tentent de se prévaloir du caractère exhaustif de l'<ref-law> pour donner à l'<ref-law> une portée s'inscrivant restrictivement dans le cadre de l'<ref-law>. Cela reviendrait à ignorer le contenu de l'<ref-law>, disposition pourtant située au même niveau normatif que l'<ref-law> (cf. HEINRICH, op. cit., no 4.02 ad <ref-law>; SASKIA ESCHMANN, Rechtsschutz von Modedesign, thèse Zurich 2005, p. 106 note de pied 506).
Selon l'<ref-law>, le droit sur un design appartient à la personne qui a effectué le dépôt en premier. Le principe de la priorité du dépôt est ainsi clairement exprimé (cf. MICHAEL A. MEER, Das neue Designgesetz - ein Überblick, PJA 8/2002 p. 938). Le droit appartenant au premier déposant, il en résulte logiquement que le deuxième déposant ne peut s'en prévaloir. Pour celui-ci, la protection du design est d'emblée exclue; on peut donc en déduire que l'<ref-law> crée un motif de nullité (MARKUS WANG, Designrecht, SIWR VI, 2007, p. 140; HEINRICH, op. cit., no 6.07 ad <ref-law>; STUTZ/BEUTLER/KÜNZI, op. cit., no 14 ad <ref-law>; KAMEN TROLLER, Précis du droit suisse des biens immatériels, 2e éd. 2006, p. 271, observe qu'à l'<ref-law> la nullité du dépôt a également été déduite du texte de la loi, celle-ci se limitant à énumérer des motifs d'exclusion; cf. également l'ordonnance de la Cour de justice de Genève du 28 juillet 1995, publiée in SMI 1996 p. 378, qui parle d'un deuxième dépôt "dénué de valeur").
Ce motif de nullité est indépendant de l'<ref-law> et la divulgation (en l'occurrence l'enregistrement, cf. supra consid. 2.3) du design antérieur ne joue donc aucun rôle dans l'application de l'<ref-law>. On observe que cette dernière règle prend toute son importance dans l'hypothèse d'un dépôt suisse effectué avant la divulgation d'un design antérieur, mais après le dépôt de celui-ci, le premier déposant ne pouvant, dans cette hypothèse, pas invoquer l'<ref-law> (cf. infra consid. 2.3; WANG, op. cit., p. 141).
Certes, le message du Conseil fédéral relatif à l'Acte de Genève de l'Arrangement de La Haye concernant l'enregistrement international des dessins et modèles industriels et à la loi fédérale sur la protection des designs du 16 février 2000 indique, dans le commentaire relatif à l'<ref-law>, que la "P/LDes énumère de façon exhaustive les motifs d'exclusion" (FF 2000 ch. 2.2.1.1 p. 2599; cf. également <ref-ruling> consid. 2.1.2 p. 640). Cela signifie simplement que le juge ne peut se fonder sur d'autres motifs d'exclusion que ceux expressément prévus par la loi. Le caractère exhaustif de ces motifs ne saurait par contre se rapporter à la seule énumération de l'<ref-law>, le législateur ayant lui-même prévu, à l'<ref-law>, un motif d'exclusion supplémentaire par rapport à ceux inscrits à l'<ref-law>.
Le simple fait que l'<ref-law>, qui contient les "motifs d'exclusion" de la protection (cf. note marginale), n'a pas fait l'objet d'une adaptation formelle au cours du processus législatif, pour y englober expressément le motif inscrit à l'<ref-law> (cf. HEINRICH, op. cit., no 6.07 ad <ref-law>), ne permet pas d'adhérer à la thèse défendue par les recourantes. Il s'agit là d'une simple question rédactionnelle; la volonté du législateur d'inscrire dans la loi un motif de nullité supplémentaire n'en demeure pas moins reconnaissable à la lecture de l'<ref-law> (STUTZ/BEUTLER/KÜNZI, op. cit., no 14 ad <ref-law> et les références).
2.5 Les recourantes ajoutent qu'elles ne pourraient admettre que la divulgation du design antérieur ne joue aucun rôle dans l'application de l'<ref-law> que si la LDes prévoyait une dérogation expresse aux al. 2 et 3 de son art. 2. Elles en veulent pour preuve que le législateur, en matière de droit des brevets, a expressément indiqué qu'en ce qui concerne la nouveauté, l'état de la technique comprend également le contenu d'une demande antérieure, dont la date de dépôt est antérieure à la date de dépôt de la seconde demande, rendue accessible au public au plus tôt à la date du dépôt de la seconde demande (cf. art. 7 al. 3 LBI qui correspond pour l'essentiel à l'art. 7a de l'ancienne LBI en vigueur au moment de l'adoption de la LDes).
La comparaison ne convainc pas puisqu'elle permet tout au plus de montrer que le législateur n'a pas utilisé la même technique législative lors de la rédaction de la LDes. Au cours des travaux préparatoires relatifs à la LDes, le législateur a en effet sciemment renoncé à reprendre dans cette loi une réglementation similaire à celle prévue à l'art. 7a aLBI, l'effet juridique visé (la nullité de l'enregistrement du design déposé postérieurement) pouvant aisément être déduit du seul texte de l'<ref-law> (cf. HEINRICH, op. cit., no 6.07 ad <ref-law>).
2.6 On peut encore observer qu'il n'existe aucune controverse doctrinale sur la portée ainsi définie de l'<ref-law>, les auteurs étant unanimes à ce sujet (WANG, op. cit., p. 140 s.; STUTZ/BEUTLER/KÜNZI, op. cit., no 14 ad <ref-law>; ANNETTE OBOLENSKY, Designrecht - Kommentar, Staub/Celli (éd.) 2003, nos 15 et 17 ad <ref-law>; ESCHMANN, op. cit., p. 106 note de pied 506; HEINRICH, op. cit., no 6.07 ad <ref-law> est du même avis, même si les explications qu'il donne, nos 2.33 et 2.14 ad <ref-law>, peuvent prêter à confusion). Plusieurs auteurs soulignent la nécessité d'adopter une telle interprétation en rappelant que, dans l'hypothèse d'un ajournement de la publication au sens de l'<ref-law>, il peut s'écouler jusqu'à trente mois entre le premier dépôt et sa publication (entre autres auteurs: HEINRICH, op. cit., no 6.06 ad <ref-law>). Dans cette hypothèse, le design est inscrit dans le registre (<ref-law>), mais cette inscription ne peut être consultée par le public (<ref-law>); le design n'est donc pas encore divulgué au sens de l'<ref-law>.
Les recourantes contestent l'argumentation fournie par ces auteurs, estimant que la particularité de l'ajournement ne justifie pas de retenir une priorité de droit "automatique", c'est-à-dire indépendante de la divulgation du design antérieur. Selon elles, il incombe au premier déposant qui demande l'ajournement de la publication de supporter le risque de ne pas pouvoir faire constater la nullité (pour défaut de nouveauté/d'originalité sur la base de l'<ref-law>) d'un second dépôt intervenu avant la divulgation du premier dépôt.
La critique des recourantes ne convainc pas à deux points de vue. Premièrement, même si la procédure d'enregistrement d'un design est relativement rapide (cf. ESCHMANN/THOUVENIN, Das revidierte Schweizer Designrecht, sic! 6/2002, p. 468), il peut quand même se passer - comme cela a été le cas en l'espèce - plusieurs semaines entre le moment du dépôt et celui de l'inscription dans le registre (qui vaut divulgation), en dehors de toute demande d'ajournement de la publication (cf. HEINRICH, op. cit., no 6.06 ad <ref-law>). On ne peut donc parler, comme le font les recourantes, d'un "risque inhérent à l'ajournement" que le premier déposant "prend sciemment" et qu'il doit alors supporter.
Deuxièmement, même dans l'hypothèse d'une demande d'ajournement, on ne saurait faire supporter au premier déposant ce "risque inhérent". Cela serait contraire au système adopté par le législateur dans la LDes. Celui-ci a octroyé au déposant la possibilité de demander l'ajournement de la publication sans apporter aucune correction quant à l'effet (ordinaire) du dépôt (cf. <ref-law>); il n'était en particulier pas question de lier la demande d'ajournement à un éventuel report de la date de dépôt (pour un exemple de report explicitement prévu par le législateur, cf. <ref-law>; cf. LUCAS DAVID, Lexikon des Immaterialgüterrechts, SIWR I/3, 2005, p. 17). Dans son message, le Conseil fédéral l'a d'ailleurs exprimé sans aucune ambiguïté puisqu'il indique, en parlant de l'ajournement, que les "designs non divulgués [déploient] néanmoins des effets juridiques" (FF 2000 ch. 2.2.2.3 p. 2609).
On ne saurait d'ailleurs pas non plus faire supporter au déposant ce "risque inhérent" en tirant argument de la protection de l'utilisateur de bonne foi qui peut être entravé par l'existence de designs non divulgués. Cela reviendrait à ignorer que le législateur a tenu compte des intérêts d'un tel utilisateur par un procédé différent, qui consiste à lui donner le droit de poursuivre son utilisation dans les conditions fixées à l'<ref-law> (cf. HEINRICH, op. cit., no 26.03 ad <ref-law>; TROLLER, op. cit., p. 195; VON BÜREN/MARBACH/DUCREY, Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, 3e éd. 2008, n. 536 ss p. 111 s.).
2.7 L'argument fondé sur l'absence d'intérêt public "important", soulevé par les recourantes, tombe à faux. L'<ref-law> a pour fonction d'éviter que le registre des designs contienne deux droits portant sur un design identique ou similaire (sur cette dernière notion, cf. infra consid. 3) (cf. STUTZ/BEUTLER/KÜNZI, op. cit., no 13 ad <ref-law>; OBOLENSKY, op. cit., nos 15 et 17 ad <ref-law>). Le législateur a ainsi estimé qu'il était opportun de laisser la possibilité au premier déposant d'exclure de la protection, et donc du registre, le second design en procédant devant le juge civil (cf. OBOLENSKY, op. cit., no 19 ad <ref-law>). Il a laissé entendre que l'action du premier déposant permet alors d'augmenter "la sécurité juridique, puisque la réponse à la question de savoir qui est le titulaire d'un design doit en principe ressortir du registre" (FF 2000 ch. 2.2.1.2 p. 2600). Le législateur a entrepris un choix et l'a concrétisé dans la LDes et la question, contrairement à ce que pensent les recourantes, n'est plus de savoir si le procédé choisi correspond à un "intérêt public important".
Quant à la comparaison avec la LBI, elle fournit plutôt des arguments supplémentaires en défaveur de la thèse des recourantes. En effet, reconnaître celle-ci reviendrait à admettre des "droits dépendants sur le design", soit des droits (postérieurs) valablement inscrits dans le registre, mais dont l'utilisation implique la violation d'un droit antérieur (cf. HEINRICH, op. cit., no 6.12 ad <ref-law>), terminologie qui n'est pas sans rappeler la notion d'"inventions dépendantes" utilisée en droit des brevets. Or, si le législateur a mis sur pied une réglementation adéquate pour ce dernier cas de figure à l'art. 36 LBI, il n'a précisément rien prévu de tel en droit des designs (cf. HEINRICH, op. cit., no 6.12 ad <ref-law>).
S'agissant enfin de l'argument tiré de l'art. 3 al. 3 LBI, il ne convainc pas. Le simple fait de faire référence à une norme du droit des brevets traitant de la priorité du dépôt n'apporte encore aucun argument décisif. Pour trancher le litige d'espèce, il est indispensable d'adopter une réflexion faisant intervenir, à côté de la question du dépôt, celle du champ de protection (Schutzumfang) du design (cf. infra consid. 3). A cet égard, il serait inapproprié de tirer des enseignements de la LBI, les dispositions concernées figurant dans cette loi se rapportant déjà à un objet de protection (cf. art. 1 LBI) différent de celui visé par les règles contenues dans la LDes (<ref-law>) (cf. OBOLENSKY, op. cit., no 7 ad <ref-law>).
Le premier grief soulevé par les recourantes se révèle infondé.
3. 3.1 Dans une argumentation subsidiaire, les recourantes soutiennent que le premier dépôt de A._ SA ne peut avoir aucun effet sur leur propre dépôt (postérieur), celui-ci n'étant pas identique ou quasi identique à celui-là. Ils présupposent que la portée de l'<ref-law> doit être limitée aux designs identiques, à l'exclusion des designs similaires créant la même impression d'ensemble (ci-après: designs similaires).
Les recourantes s'appuient sur l'avis d'un auteur de doctrine (HEINRICH, op. cit., no 6.11 ad <ref-law>) qui postule que la lettre de la loi ("droit sur un design") désigne un design et que, partant, l'exclusion ne peut viser qu'un design postérieur identique.
La position de cet auteur reste toutefois isolée, la doctrine majoritaire professant que le premier déposant peut, sur la base de son dépôt prioritaire au sens de l'<ref-law>, exclure tout design identique ou similaire, soit tout design qui tombe dans son champ de protection (WANG, op. cit., p. 142; OBOLENSKY, op. cit., nos 15 et 17 ad <ref-law>; STUTZ/BEUTLER/KÜNZI, op. cit., no 13 ad <ref-law>).
3.2 Le raisonnement adopté par les recourantes, sur la base d'une position doctrinale isolée, ne convainc pas. Il consiste en réalité à isoler un mot (un design) de son contexte pour en tirer une conclusion (portée de la priorité du premier dépôt limitée aux designs identiques) favorable à la thèse émise. Cette façon de procéder ne trouve aucune justification dans l'"interprétation littérale" prétendument entreprise par les recourantes.
La recherche du sens littéral d'une règle suppose de confronter les mots composant un texte avec le sens de l'entier du texte (PAUL-HENRI STEINAUER, Le Titre préliminaire du Code civil, TDPS II/1, 2009, p. 91 n. 271; cf. ERNST A. KRAMER, Juristische Methodenlehre, 3e éd. 2010, p. 78 et la référence). Or, il est patent que, à l'<ref-law>, le législateur a simplement voulu indiquer que le premier déposant dispose d'un droit ("droit sur un design"). La portée de ce droit ne résulte par contre pas du sens littéral de l'<ref-law>; elle doit être recherchée à l'<ref-law> ("Etendue de la protection"), disposition qui indique que la protection conférée par le "droit sur un design" s'étend aux designs similaires dégageant la même impression d'ensemble (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 210 ss; <ref-ruling> consid. 2 p. 548 ss; ROBERT M. STUTZ, Individualität, Originalität oder Eigenart? Schutzvoraussetzungen des Design, thèse Berne 2002, p. 239; NICOLAS MEYER, Der designrechtliche Schutz von Ersatzteilen, thèse Bâle 2004, p. 162 et les auteurs cités).
Dans ce contexte, la doctrine relève très justement qu'elle n'a identifié aucun motif qui obligerait à retenir que l'effet de l'exclusion - qui découle du dépôt du premier design - selon l'<ref-law> aurait une portée plus restreinte que le champ de protection (cf. <ref-law>) de ce même design (WANG, op. cit., p. 142). Une conclusion contraire aurait d'ailleurs pour effet, non désirable, d'admettre que le design postérieur similaire est valablement né, alors même que toute utilisation future qui en serait faite violerait le design antérieur (cf. déjà supra consid. 2.7).
Quant à la référence faite à l'art. 3 al. 3 LBI, elle appelle la même observation que celle émise en rapport avec le premier moyen soulevé par les recourantes (cf. supra consid. 2.7).
Enfin, c'est à tort que les recourantes soutiennent encore que la défense des droits du titulaire, souci du législateur lors de l'adoption de la LDes, ne nécessite pas une protection plus large. Le titulaire d'un design antérieur déposé mais pas encore divulgué au moment du dépôt d'un second design similaire ne peut pas invoquer la nullité de celui-ci en se fondant sur l'<ref-law> (cf. supra consid. 2.4). Ce titulaire a donc bel et bien besoin de pouvoir invoquer l'<ref-law>, qui s'applique également aux designs similaires.
Ainsi, la nullité de l'enregistrement fondée sur l'<ref-law> vise aussi bien les designs identiques que les designs similaires dégageant la même impression d'ensemble (cf. <ref-law>).
Le moyen subsidiaire se révèle également infondé.
4. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis solidairement à la charge des recourantes qui succombent (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3. Les recourantes verseront solidairement à l'intimée une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 8 juin 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget