Faits:
Faits:
A. Le Juge d'instruction Isabelle Cuendet instruit depuis le 11 mai 2001 une enquête pénale contre X._ pour viol et actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, à la suite d'une plainte déposée par Y._.
Le 3 septembre 2001, X._ a demandé la récusation de ce magistrat qu'il accusait de faire cause commune avec la plaignante et d'avoir manifesté de la haine à son encontre comme à celui de son mandataire, au sens de l'art. 91 let. i de la loi genevoise sur l'organisation judiciaire (CPP gen.).
Par lettres du 12 septembre 2001, non transmises au requérant ou à son conseil, la Présidente du Collège des juges d'instruction a invité le juge d'instruction visé par la demande de récusation et le Ministère public du canton de Genève à déposer leurs observations en leur indiquant que la décision serait prise lors de la séance dudit collège du 3 octobre 2001. Le Juge d'instruction Isabelle Cuendet s'est déterminé le 21 septembre 2001 en concluant au rejet de la requête de récusation; il contestait les allégations de X._ et dénonçait le comportement agressif de l'inculpé et, plus particulièrement, du conseil de ce dernier à son endroit et à celui de la partie civile. Le Ministère public du canton de Genève, par courrier du 26 septembre 2001, a aussi proposé le rejet de la requête.
Considérant que les allégations du requérant n'étaient pas établies, le Collège des juges d'instruction a rejeté la demande de récusation au terme d'une décision rendue le 3 octobre 2001 et communiquée à X._ le 26 octobre 2001.
En réponse à une lettre du mandataire du prévenu du 15 novembre 2001, la Présidente du Collège des juges d'instruction a précisé, par courrier du 20 novembre 2001, que l'accès au dossier de la procédure de récusation n'était pas libre et qu'il fallait un motif valable pour le consulter, en soulignant que tel était le cas durant le délai de recours, si le requérant manifestait expressément son intention de recourir.
En réponse à une lettre du mandataire du prévenu du 15 novembre 2001, la Présidente du Collège des juges d'instruction a précisé, par courrier du 20 novembre 2001, que l'accès au dossier de la procédure de récusation n'était pas libre et qu'il fallait un motif valable pour le consulter, en soulignant que tel était le cas durant le délai de recours, si le requérant manifestait expressément son intention de recourir.
B. Agissant par la voie du recours de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision du Collège des juges d'instruction du 3 octobre 2001, qu'il tient pour contraire aux art. 9 et 29 al. 2 Cst, de constater que les conditions d'une récusation du Juge d'instruction Isabelle Cuendet sont satisfaites et d'ordonner celle-ci. Il voit une violation de son droit d'être entendu dans le fait que les observations du magistrat visé par la demande de récusation ne lui ont pas été communiquées avant que le Collège des juges d'instruction ne statue et qu'il n'a pas été en mesure de consulter ces pièces avant de déposer son recours de droit public. Il persiste, au surplus, dans l'argumentation déjà soumise en instance cantonale et requiert l'assistance judiciaire.
Invités à répondre, le Juge d'instruction Isabelle Cuendet et le Collège des juges d'instruction proposent le rejet du recours.
Invités à répondre, le Juge d'instruction Isabelle Cuendet et le Collège des juges d'instruction proposent le rejet du recours.
C. Par ordonnance du 16 novembre 2001, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la demande de mesures provisionnelles présentée par X._ tendant à la suspension de l'enquête jusqu'à droit connu sur le recours de droit public.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Interjeté en temps utile contre une décision incidente sur une demande de récusation, prise en dernière instance cantonale (cf. art. 99 al. 4 LOJ gen.), qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés, le recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ et, en particulier, de l'art. 87 al. 1 OJ (cf. <ref-ruling>).
Sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, le recours de droit public n'a qu'un effet cassatoire (art. 90 al. 1 let. b OJ; <ref-ruling> consid. 2b in fine p. 5; <ref-ruling> consid. 1e p. 216/217; <ref-ruling> consid. 1b p. 536 et les arrêts cités). Les conclusions de X._ sont dès lors irrecevables dans la mesure où elles tendent à l'admission de la demande de récusation ou à une constatation du bien-fondé de cette requête.
Sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, le recours de droit public n'a qu'un effet cassatoire (art. 90 al. 1 let. b OJ; <ref-ruling> consid. 2b in fine p. 5; <ref-ruling> consid. 1e p. 216/217; <ref-ruling> consid. 1b p. 536 et les arrêts cités). Les conclusions de X._ sont dès lors irrecevables dans la mesure où elles tendent à l'admission de la demande de récusation ou à une constatation du bien-fondé de cette requête.
2. Dans un argument de nature formelle qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint à un double titre d'une atteinte à son droit d'être entendu. Il n'invoque pas la violation du droit cantonal de procédure, de sorte que le mérite de son grief doit être tranché librement à la lumière de l'art. 29 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 2a p. 16 et les arrêts cités).
2.1 Tel qu'il est garanti par cette disposition, le droit d'être entendu inclut le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2 p. 131/132; cf. pour la jurisprudence rendue sous l'empire de l'art. 4 aCst., <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 51 et les arrêts cités). De façon générale, la notion de procès équitable consacrée aux art. 29 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH implique en principe le droit pour les parties de prendre connaissance de toute pièce ou observation présentée aux juges et de la discuter (arrêt de la CourEDH du 28 juin 2001 dans la cause F.R. c. Suisse, in JAAC n° 129 p. 1347 § 36 p. 1352). Pour la Cour européenne des droits de l'homme, peu importe l'effet réel de telles déterminations sur la décision prise lorsque celles-ci émanent d'un tribunal indépendant, qui de plus connaît parfaitement le dossier au fond, tant il paraît peu vraisemblable que l'instance appelée à statuer ne leur ait pas prêté attention; c'est aux parties de juger si les observations litigieuses appellent un commentaire. Il y va notamment de la confiance des justiciables dans le fonctionnement de la justice: elle se fonde notamment sur l'assurance d'avoir pu s'exprimer sur toute pièce du dossier (arrêt précité in JAAC 2001 n° 129 p. 1347 §§ 37 et 39 p. 1353; arrêt de la CourEDH du 18 février 1997 dans la cause Nideröst-Huber c. Suisse, in JAAC 1997 n° 108 p. 955 §§ 27 et 29 p. 959).
Ces arrêts doivent être pris en compte dans la jurisprudence du Tribunal fédéral relative à l'art. 29 al. 2 Cst. et, en particulier, au regard de celle rendue sous l'empire de l'art. 4 aCst. selon laquelle on ne saurait déduire du droit d'être entendu une obligation générale de transmettre dans tous les cas au recourant la réponse de l'autorité dont la décision est attaquée (<ref-ruling> consid. 3 p. 87, 307 consid. 4b p. 314; <ref-ruling> consid. 4a p. 304). Ainsi, l'autorité de recours a l'obligation de communiquer aux autres parties les écritures de l'autorité intimée non seulement lorsque ces déterminations contiennent des éléments nouveaux et importants, au sujet desquels le recourant n'a pas pu prendre position, mais aussi lorsque l'autorité inférieure fait valoir des motifs matériels sur la question litigieuse et conclut au rejet du recours.
2.2 En l'espèce, le recourant soutient que le Collège des juges d'instruction lui aurait tu l'existence des observations déposées par le juge d'instruction visé par la demande de récusation, alors qu'il aurait fondé sa décision sur cette pièce, et que la présidente dudit collège lui aurait refusé la communication de ces observations avant le dépôt du recours de droit public.
Certes, X._ s'est abstenu de requérir la consultation du dossier alors qu'il devait savoir, vu la teneur de l'art. 99 al. 1 LOJ gen., que le Juge d'instruction Isabelle Cuendet allait être invité à déposer des observations. Cependant, il n'a pas été informé des modalités de la procédure; il n'a en particulier pas été avisé du jour de la prise de décision, pas plus qu'il n'a reçu copie des lettres de la Présidente du Collège des juges d'instruction du 12 septembre 2001, ce qui rendait l'exercice du droit de consulter le dossier suffisamment difficile pour que l'on ne puisse admettre que le recourant ferait valoir abusivement une violation de son droit d'être entendu. De plus, une demande visant à consulter le dossier se serait vraisemblablement heurtée à un refus du Collège des juges d'instruction; en effet, selon la lettre de la présidente de celui-ci du 20 novembre 2001, cette autorité déduit du caractère non contradictoire de la procédure de récusation que l'accès au dossier de cette procédure n'est pas libre, mais qu'il faut un motif valable pour le consulter, tel étant le cas si le requérant mentionnait expressément, pendant le délai de recours, vouloir recourir. Or, une telle pratique est manifestement contraire à la jurisprudence telle que précisée ci-dessus, en particulier lorsque, comme en l'espèce, le juge d'instruction interpellé se détermine relativement longuement et de façon détaillée sur les reproches qui lui sont faits, décrit le comportement du requérant ainsi que de celui de son conseil durant la procédure en des termes assez sévères et, enfin, conclut au rejet de la demande de récusation. Au surplus, on ne saurait prétendre que le vice pourrait être réparé devant le Tribunal fédéral par la consultation du dossier dans le délai du recours de droit public, vu la nature extraordinaire de cette voie de droit (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 72).
Cela étant, il appartenait à la Présidente du Collège des juges d'instruction de communiquer d'office au recourant les observations du Juge d'instruction Isabelle Cuendet et du Ministère public du canton de Genève et de lui permettre de se déterminer à leur propos avant de statuer. Ces exigences vont certes au-delà de l'art. 99 al. 1 LOJ gen., lequel prévoit que les membres du Collège statuent sur la demande de récusation après avoir pris connaissance des observations du Ministère public et du juge concerné, sans procéder à d'autres actes de procédure. Le droit cantonal doit cependant s'incliner devant le droit constitutionnel et conventionnel et permettre l'exercice du droit d'être entendu dans le respect des exigences d'un procès équitable au sens des art. 29 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH. A cet égard, la solution retenue précédemment dans des arrêts non publiés W. du 15 mai 1987 et B. du 29 août 1997 ne peut plus être maintenue.
En statuant sur la demande de récusation sans permettre au recourant d'exercer, le cas échéant, son droit de consulter le dossier et de répliquer, le Collège des juges d'instruction a violé l'art. 29 al. 2 Cst. Eu égard à la nature formelle du droit d'être entendu, la décision attaquée doit être annulée pour ce motif, sans qu'il soit nécessaire d'examiner le bien-fondé de la requête de récusation.
En statuant sur la demande de récusation sans permettre au recourant d'exercer, le cas échéant, son droit de consulter le dossier et de répliquer, le Collège des juges d'instruction a violé l'art. 29 al. 2 Cst. Eu égard à la nature formelle du droit d'être entendu, la décision attaquée doit être annulée pour ce motif, sans qu'il soit nécessaire d'examiner le bien-fondé de la requête de récusation.
3. Le recours doit par conséquent être admis, dans la mesure où il est recevable. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire (art. 156 al. 2 OJ). La République et canton de Genève versera toutefois au recourant, assisté d'un avocat, une indemnité à titre de dépens (art. 159 al. 1 et 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable et la décision attaquée est annulée.
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable et la décision attaquée est annulée.
2. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
3. La République et canton de Genève versera au recourant une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens.
3. La République et canton de Genève versera au recourant une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, au Juge d'instruction du canton de Genève Isabelle Cuendet et au Collège des juges d'instruction du canton de Genève.
Lausanne, le 31 janvier 2002
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier: