hat sich ergeben:
A.- X._, geboren am 3. Februar 1984 in Srebrenica, Staatsangehöriger von Bosnien-Herzegowina, reiste am 9. August 1993 als Flüchtling zusammen mit seinen Eltern Y._ und Z._ in die Schweiz. Am 11. Mai 1994 wies das Bundesamt für Flüchtlinge das Asylgesuch der Familie ab und ordnete die Wegweisung aus der Schweiz an. Am 2. Februar 2000 hiess das Bundesamt für Flüchtlinge ein Wiedererwägungsgesuch der Familie gut, soweit es sich auf den Vollzug der Wegweisung bezog, und ordnete die vorläufige Aufnahme für vorerst zwölf Monate nach Rechtskraft der Verfügung an.
B.- Bereits im September 1999 hatten die Eltern von X._ ein Einbürgerungsgesuch für ihren damals noch nicht 16-jährigen Sohn eingereicht. Am 16. Mai 2000 beschloss die bürgerliche Abteilung des Gemeinderates Pfäffikon, das Gesuch werde im Sinne der Erwägungen vorläufig abgelehnt.
Der Gemeinderat erwog unter anderem, der Gesuchsteller habe bisher die Volksschule besucht und sei als Minderjähriger wirtschaftlich von seinen Eltern abhängig, die allerdings nicht in der Lage seien, ihren Lebensunterhalt in der Schweiz selbständig zu bestreiten. Die weitere Ausbildung von X._ sei heute unklar und nicht gesichert.
Bisher habe keine genügende Eingliederung und Verwurzelung in der Schweiz und insbesondere in Pfäffikon stattgefunden.
C.- Den hiergegen erhobenen Rekurs X._s wies der Bezirksrat Pfäffikon am 20. Dezember 2000 im Sinne der Erwägungen ab. Der Bezirksrat hielt die Abweisung des Einbürgerungsgesuchs gestützt auf §§ 3 und 5 der Verordnung vom 25. Oktober 1978 über das Gemeinde- und das Kantonsbürgerrecht (BürgerrechtsV) für gerechtfertigt, da X._ als Schüler über kein Einkommen verfüge und mangels Lehrstelle auch ungewiss sei, ob und in welchem Umfang er künftig ein solches erzielen werde. Seinem Rechtsanspruch auf Kindesunterhalt gegenüber den Eltern könnten diese nicht nachkommen, da sie selber auf staatliche Unterstützung angewiesen seien. Im Übrigen könne die Verweigerung des Gemeindebürgerrechts auch auf Art. 14 des Bundesgesetzes vom 29. September 1952 über Erwerb und Verlust des Schweizer Bürgerrechts (Bürgerrechtsgesetz; BüG; SR 141. 0) und § 21 BürgerrechtsV gestützt werden.
D.- Hiergegen erhob X._ Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 11. April 2001 ab. Das Gericht stellte fest, dass die "Eignung" des Beschwerdeführers i.S.v. Art. 14 BüG bzw. § 21 BürgerrechtsV nicht von der Gemeinde, sondern - im Rahmen der Verfahren zur Erteilung der Einbürgerungsbewilligung und des Kantonsbürgerrechts - vom Bundesamt für Polizeiwesen und von der Direktion der Justiz und des Innern zu beurteilen sei. Der Entscheid des Bezirksrats sei somit rechtsverletzend, soweit er sich auf die angeblich ungenügende Eingliederung des Beschwerdeführers in die schweizerischen Verhältnisse bzw. dessen mangelnde Eignung stütze.
Dagegen halte der angefochtene Entscheid der verwaltungsgerichtlichen Prüfung stand, soweit er die "vorläufige" Gesuchsablehnung des Gemeinderats Pfäffikon wegen fehlender wirtschaftlicher Erhaltungsfähigkeit als rechtmässig würdige.
E.- Hiergegen erhob X._ am 18. Mai 2001 staatsrechtliche Beschwerde ans Bundesgericht. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, das Verfahren sei zurückzuweisen und der Gemeinderat Pfäffikon anzuweisen, ihn in bundesverfassungskonformer Anwendung der kantonalen BürgerrechtsV und des Gesetzes vom 6. Juni 1926 über das Gemeindewesen (GemeindeG) ordnungsgemäss einzubürgern. Auf die Erhebung eines Kostenvorschusses sei zu verzichten.
F.- Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat Pfäffikon schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde.
Er vertritt die Auffassung, Gemeinde- und Bezirksrat seien auch zur Prüfung der Eignung des Bewerbers zuständig gewesen und ersucht das Bundesgericht, diesem Umstand in seinem Entscheid Rechnung zu tragen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, der sich auf kantonales Recht stützt.
Hiergegen steht grundsätzlich die staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte offen (Art. 84 Abs. 1 lit. a und Abs. 2, Art. 86 Abs. 1 OG).
Das Verwaltungsgericht hat in seinem Entscheid festgehalten, dass der Beschwerdeführer gemäss § 21 GemeindeG einen Anspruch auf Erteilung des Gemeindebürgerrechts habe, sofern er die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt. Er ist daher gemäss Art. 88 OG legitimiert, das Urteil des Verwaltungsgerichts mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Rechtsverweigerung (Art. 29 BV), Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV) und rechtsungleicher Behandlung (Art. 8 BV) anzufechten.
b) Mit staatsrechtlicher Beschwerde kann grundsätzlich nur die Aufhebung des angefochtenen Entscheids verlangt werden (<ref-ruling> E. 1 S. 30). Eine positive Anordnung des Bundesgerichts ist namentlich ausgeschlossen, wenn der Beschwerdeführer seinen Anspruch auf kantonales Recht stützt, dessen Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur unter dem Blickwinkel des Willkürverbots überprüfen kann (so schon BGE 7 720 E. 1 S. 724; vgl. aus jüngerer Zeit <ref-ruling> E. 1b S. 257 f.). Auf den Antrag des Beschwerdeführers, der Gemeinderat sei anzuweisen, ihn einzubürgern, kann daher nicht eingetreten werden.
c) Nicht einzutreten ist auch auf den Antrag der Gemeinde, das angefochtene Urteil insoweit zu korrigieren, als es dem Gemeinde- und dem Bezirksrat die Zuständigkeit abspricht, die Eignung des Beschwerdeführers zur Einbürgerung zu prüfen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts wurde nur vom Beschwerdeführer angefochten; zu prüfen ist somit nur, ob die Abweisung seiner Beschwerde durch das Verwaltungsgericht dessen verfassungsmässige Rechte verletzt.
d) Schliesslich erscheint es fraglich, ob die Beschwerdeschrift den Anforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügt. Das Bundesgericht untersucht nicht von Amtes wegen, ob ein kantonaler Hoheitsakt verfassungswidrig ist, sondern prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 2a S. 3/4; <ref-ruling> E. 1c S. 395). Im vorliegenden Fall bestreitet der Beschwerdeführer zwar die Feststellungen des Verwaltungsgerichts, insbesondere zur Unterstützungsbedürftigkeit seiner Familie; er legt jedoch nicht im Einzelnen dar, weshalb der Entscheid des Verwaltungsgerichts aktenwidrig oder aus anderen Gründen geradezu willkürlich sei. Insbesondere liegen der Beschwerdeschrift - mit Ausnahme des Lehrvertrags - keine Belege bei, mit denen die Behauptungen des Beschwerdeführers zur wirtschaftlichen Situation seiner Familie überprüft werden könnten.
Diese Eintretensfrage kann jedoch offen bleiben, wenn die Beschwerde ohnehin abzuweisen ist.
2.- Das Verwaltungsgericht bestätigte den Rekursentscheid des Bezirksrats Pfäffikon, soweit dieser die wirtschaftliche Erhaltungsfähigkeit des Beschwerdeführers gemäss § 21 Abs. 1 GemeindeG verneinte. Nach dieser Bestimmung muss der Bewerber "sich und seine Familie selbst zu erhalten" vermögen. Die Fähigkeit zur wirtschaftlichen Erhaltung gilt gemäss § 5 BürgerrechtsV als gegeben, wenn die Lebenskosten und Unterhaltsverpflichtungen des Bewerbers voraussichtlich in angemessenem Umfang durch Einkommen, Vermögen oder Rechtsansprüche gegen Dritte gedeckt sind. Nach der bisherigen Praxis der Direktion der Justiz und des Innern, die vom Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid zugrunde gelegt wurde, umfassen Rechtsansprüche gegen Dritte i.S.d. Bestimmung nachweisbare Unterhalts- oder Rentenansprüche gegenüber Dritten oder privaten und öffentlichen Versicherungen, nicht aber Ansprüche auf Fürsorgeleistungen gegenüber dem Staat. Diese Auslegung wird vom Beschwerdeführer nicht in Frage gestellt.
a) Der Gemeinderat Pfäffikon und der Bezirksrat haben festgestellt, dass der Beschwerdeführer in absehbarer Zeit kein regelmässiges Einkommen erzielen werde und dass seine Eltern für die Bestreitung des Lebensunterhalts der Familie auf staatliche Unterstützung angewiesen seien.
Das Verwaltungsgericht hielt diese Feststellungen nicht für rechtsverletzend, da aus den Akten hervorgehe, dass die Familie mindestens teilweise Fürsorgeleistungen empfangen habe und zudem für die gemeindeeigene Unterkunft einen bescheidenen, weit unter dem üblichen Mietzins liegenden Beitrag leiste.
b) Der Beschwerdeführer rügt diese Feststellungen als willkürlich: Er habe inzwischen - wie schon im kantonalen Verfahren abzusehen gewesen sei - eine Lehrstelle gefunden und erhalte einen regelmässigen Lehrlingslohn. Sein Vater gehe zur vollen Zufriedenheit des Arbeitgebers einer geregelten 100%igen Arbeitstätigkeit nach und könne die Familie problemlos ernähren. Einzig zu Beginn des Asylverfahrens sowie zwischen den Rechtsmittelfristen habe er mangels einer Arbeitsbewilligung nicht arbeiten können; dies dürfe jedoch keine Auswirkungen auf den Einbürgerungsentscheid haben.
Vorübergehend sei sein Vater zufolge eines Unfalls arbeitsunfähig gewesen. Heute aber bestehe keine Fürsorgegefahr mehr. Schliesslich wohne die Familie schon seit langem in einer regulären Mietwohnung an der A._strasse in Pfäffikon und zahle einen marktüblichen Mietzins.
c) Das Verwaltungsgericht hielt die Feststellung des Gemeinderats Pfäffikon und des Bezirksrats, es könne nicht damit gerechnet werden, dass der Beschwerdeführer selbst in absehbarer Zeit ein regelmässiges Einkommen erzielen werde, für unstreitig. In seiner Beschwerdeschrift ans Verwaltungsgericht hatte der Beschwerdeführer lediglich ausgeführt, dass er sich bemühe, eine Lehrstelle zu finden, und seine Zukunftsaussichten nicht ungewisser seien als diejenigen vergleichbarer schweizerischer Jugendlicher. Es ist zumindest nicht willkürlich, die eigene wirtschaftliche Erhaltungsfähigkeit eines Jugendlichen zu verneinen, der zum damaligen Zeitpunkt zwar das 10. Schuljahr absolviert, aber noch keine Lehrstelle gefunden hatte. Der Umstand, dass der Beschwerdeführer zwischenzeitlich eine Lehrstelle gefunden hat, kann im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden. Dagegen steht es dem Beschwerdeführer frei, unter Berufung auf seine verbesserten beruflichen Aussichten ein neues Einbürgerungsgesuch zu stellen.
d) Damit kam es im verwaltungsgerichtlichen Verfahren massgeblich auf die wirtschaftlichen Verhältnisse der Eltern des Beschwerdeführers an.
aa) Wie sich aus den Schreiben der Fürsorgekommission der Gemeinde Pfäffikon vom 21. Januar 2000 und der Asyl-Organisation für den Kanton Zürich vom 12. Dezember 2000 ergibt, wurde die Familie bis 31. Januar 1996 im Rahmen des Asylgesetzes unterstützt. Am 1. Januar 1996 trat Y._ eine Arbeitsstelle an, dessen Lohn zur Bestreitung des Lebensunterhaltes und der Krankenkassenprämien ausreichte; an die Miete in der Asylbewerberunterkunft Im Kehr 34 zahlte die Familie einen bescheidenen Betrag (Fr. 150.-- bis 200.--), der die Mietkosten der Gemeinde Pfäffikon nicht deckte. Wegen der Ausweisung aus der Schweiz verfügte der Bund per
1. September 1999 ein Arbeitsverbot, so dass die Familie vom 1. Oktober 1999 bis 30. April 2000 wieder unterstützt werden musste. In der Zeit vom 1. Mai bis 31. August 2000 arbeitete Herr Y._ wieder und benötigte keine Unterstützung.
Vom 1. September bis 1. Dezember 2000 erhielt er Arbeitslosentaggeld und wurde zusätzlich von der Asyl-Organisation mit Fr. 2'303.-- unterstützt. Die Asyl-Organisation stellte während der ganzen Zeit (1. Juli 1999 bis
31. Dezember 2000) eine adäquate Drei-Zimmer-Wohnung zur Verfügung und übernahm die Krankenkassenprämien in der Zeit, in der Herr Y._ nicht gearbeitet hat. Schliesslich liegt ein Arztzeugnis in den Akten, wonach Y._ vom 9.
März bis 30. April 2000 zu 100% und vom 1. Mai bis 18. Juni 2000 zu 50% arbeitsunfähig gewesen sei; ab 19. Juni 2000 sei er wieder voll arbeitsfähig gewesen.
bb) Der Beschwerdeführer erachtet es als willkürlich, die Fürsorgeleistungen während der Zeit des fremdenpolizeilichen Arbeitsverbots zu berücksichtigen. Dieser Einwand wäre möglicherweise berechtigt, wenn Y._ vor und nach dem Arbeitsverbot in der Lage gewesen wäre, die Lebenskosten seiner Familie durch eigenes Einkommen zu decken, da dann die wirtschaftliche Erhaltungsfähigkeit gemäss § 5 BürgerrechtsV für die Zukunft zu bejahen gewesen wäre. Aus den Akten ergibt sich aber, dass die Familie auch während der Arbeitstätigkeit von Y._ insofern unterstützt wurde, als ihnen eine Wohnung zur Verfügung gestellt wurde, zu der sie lediglich einen bescheidenen - weit unter den Mietkosten der Gemeinde - liegenden Beitrag bezahlten. Hinzu kommt, dass die Familie ab 1. September 2000 wieder teilweise unterstützt wurde, nachdem Y._ arbeitslos geworden war. Unter diesen Umständen war es jedenfalls nicht willkürlich, die wirtschaftliche Erhaltungsfähigkeit der Eltern zu verneinen.
cc) Zwar macht der Beschwerdeführer geltend, seine Familie wohne schon seit langem in einer regulären Mietwohnung in der A._strasse in Pfäffikon und bezahle den marktüblichen Mietzins; er hat jedoch weder die Höhe des Mietzinses präzisiert noch Belege hierfür eingereicht.
Aus dem Schreiben der Fürsorgekommission lässt sich entnehmen, dass die Familie im Dezember 1999 in die A._strasse umgezogen ist. Gemäss Auskunft der Asyl-Organisation wurde der Familie vom 1. Juli 1999 bis zum 31. Dezember 2000 eine adäquate Drei-Zimmer-Wohnung zur Verfügung gestellt.
Dies lässt darauf schliessen, dass es sich auch bei der Wohnung in der A._strasse nicht um eine reguläre Mietwohnung handelt. Dies wird vom Gemeinderat Pfäffikon in seiner Vernehmlassung bestätigt, wonach die Wohnung in der A._strasse die offizielle Asylbewerberunterkunft der Gemeinde Pfäffikon sei.
e) Nach dem Gesagten kann dem Verwaltungsgericht weder Willkür noch Rechtsverweigerung vorgeworfen werden.
3.- Der Beschwerdeführer rügt schliesslich eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots (Art. 8 BV), weil in analogen Fällen die Einbürgerung vom Gemeinderat gewährt werde. Die von ihm zitierten Vergleichsfälle betreffen jedoch nur das Verhältnis des Einbürgerungs- zum fremdenpolizeilichen Verfahren; Angaben zu den wirtschaftlichen Verhältnissen der eingebürgerten Personen fehlen dagegen.
Insofern sind sie nicht geeignet, eine rechtsungleiche Behandlung zu belegen.
4.- Nach dem Gesagten ist die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist. Da die Voraussetzungen gemäss Art. 152 Abs. 1 OG vorliegen, ist dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren, die er sinngemäss beantragt hat, d.h. er ist von den Gerichtskosten freizustellen (Art. 152 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen soweit darauf einzutreten ist.
2.-Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt. Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Pfäffikon und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 27. August 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: