Ritenuto in fatto :
A.- A._ è proprietaria dei fondi n. XXX e YYY di Monteggio e la B._ SA della particella confinante n. ZZZ, situata fuori della zona edificabile. Nel corso del 1995 la B._ SA ha trasformato senza autorizzazione il fabbricato che sorge sul suo fondo; il 26 aprile 1996 il Municipio di Monteggio le ha quindi rilasciato una licenza edilizia in sanatoria, respingendo un' opposizione della vicina. A._ ha presentato ricorso al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, il quale ha confermato la licenza con decisione dell'11 settembre 1996; frattanto, il 30 maggio, il Presidente del Governo aveva revocato l'effetto sospensivo al ricorso.
Adito da A._, il Tribunale cantonale amministrativo ha dapprima annullato la decisione presidenziale sull'effetto sospensivo e in seguito, ritenendo la trasformazione litigiosa chiaramente eccedente i limiti dell'art. 24 cpv. 2 LPT, ha annullato sia la licenza edilizia, sia la decisione del Consiglio di Stato che la confermava.
B.- Mentre la causa era pendente davanti al Tribunale amministrativo, il Consiglio comunale di Monteggio ha adottato una variante di piano regolatore; essa prevedeva, tra l'altro, l'attribuzione del fondo n. ZZZ della B._ SA alla zona artigianale-industriale. Questa variante è stata impugnata da A._ dinanzi al Consiglio di Stato del quale, nel contempo, ha chiesto la ricusazione, visto ch'esso non sarebbe stato in grado di decidere in modo imparziale il ricorso.
Mediante risoluzione del 10 novembre 1999 il Consiglio di Stato ha approvato la variante e respinto nel senso dei considerandi i ricorsi che la impugnavano. Il Tribunale amministrativo, con sentenza del 3 dicembre 1999, ha respinto l'istanza di ricusazione.
C.- A._ impugna quest'ultimo giudizio con un ricorso di diritto pubblico del 21 gennaio 2000 al Tribunale federale. Chiede di annullare sia la decisione della Corte cantonale con cui veniva respinta la ricusazione, sia la decisione del Consiglio di Stato che approvava la variante.
La ricorrente fa valere una violazione degli art. 4 e 58 vCost. e dell'art. 6 CEDU. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
La B._ SA, il Municipio di Monteggio e il Consiglio di Stato postulano la reiezione del ricorso. La Corte cantonale rinuncia a presentare osservazioni, confermandosi nella propria sentenza.
D.- Il 17 febbraio 2000 il Giudice presidente della I Corte di diritto pubblico ha respinto l'istanza di effetto sospensivo al ricorso.

Considerando in diritto :
1.- Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 2a, 253 consid. 1a, 124 I 11 consid. 1).
a) La decisione impugnata, relativa alla ricusazione, non pone fine alla lite, ma ne rappresenta unicamente una fase intermedia. Essa è tuttavia impugnabile direttamente con un ricorso di diritto pubblico: secondo l'art. 87 OG, in vigore dal 1° marzo 2000 con un nuovo tenore (RU 2000, 417), questo rimedio è infatti ammissibile contro le decisioni pregiudiziali e incidentali sulla competenza o sulle domande di ricusazione notificate separatamente dal merito. Trattandosi di una questione riguardante la composizione e la competenza di un'autorità, il ricorso di diritto pubblico sarebbe del resto ammissibile anche secondo l'art. 87 OG previgente (cfr. al riguardo <ref-ruling> consid. 1b/bb, 122 I 39 consid. 1a).
b) Secondo l'art. 88 OG il diritto di interporre un ricorso di diritto pubblico spetta ai privati e agli enti collettivi che si trovano lesi nei loro diritti da decreti o decisioni che li riguardano personalmente o che rivestono carattere obbligatorio generale. Ai fini della legittimazione non è determinante la circostanza ch'essi avessero qualità di parte nella sede cantonale (<ref-ruling> consid. 3b, 121 I 267 consid. 2). Tuttavia, in concreto, il diritto della ricorrente di impugnare con un ricorso di diritto pubblico la decisione negante la ricusazione non può essere esaminato disgiuntamente dal diritto della ricorrente stessa di impugnare la contestata variante di piano regolatore. Secondo la giurisprudenza, il proprietario di un fondo vicino è legittimato a impugnare con un ricorso di diritto pubblico un piano di utilizzazione che attribuisce una particella altrui alla zona edificabile, qualora egli faccia valere che il piano medesimo lede i suoi diritti costituzionali perché disposizioni aventi quale scopo anche la sua protezione non sarebbero più applicate o lo sarebbero in forma diversa, o limiterebbero l'uso del suo fondo. La legittimazione a ricorrere del vicino è comunque limitata alle contestazioni riguardanti gli effetti del piano sul suo fondo (<ref-ruling> consid. 1b, 116 Ia 193 consid. 1b, 433 consid. 2a; André Jomini in: Aemisegger/ Kuttler/Moor/Ruch, editori, Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Zurigo 1999, n. 58 all'art. 34; Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, Berna 1994, pag. 248 seg.).
L'attribuzione del fondo n. ZZZ di Monteggio alla zona artigianale-industriale potrebbe colpire gli interessi giuridicamente protetti della ricorrente, quale proprietaria di fondi confinanti. Essa non precisa però in modo conforme all'art. 90 cpv. 1 lett. b OG come e in quale misura l'attribuzione litigiosa lederebbe i suoi diritti. Il quesito può rimanere aperto, visto l'esito del ricorso.
c) Chiamato a statuire nell'ambito di un ricorso di diritto pubblico, il Tribunale federale, in virtù dell' art. 90 cpv. 1 lett. b OG, esamina solamente le censure sollevate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1b, 122 I 70 consid. 1c). Ora, la ricorrente non censura l'applicazione arbitraria delle norme del diritto cantonale in materia di ricusa, segnatamente dell'art. 32 della legge di procedura per le cause amministrative, del 16 aprile 1966. Essa fa valere una violazione dell'art. 4 vCost. e rileva che, in concreto, trattandosi dell'organo esecutivo del Cantone, la disposizione garantirebbe diritti analoghi a quelli previsti dagli art. 58 vCost. e 6 CEDU. In concreto, il Tribunale federale esamina quindi liberamente se la decisione impugnata è conforme alle esigenze poste dalla garanzia costituzionale di un giudice indipendente e imparziale (<ref-ruling> consid. 2b, 118 Ia 282 consid. 3b, 117 Ia 157 consid. 1a, 175 consid. 2).
d) La ricorrente chiede, oltre all'annullamento della sentenza impugnata, anche quello della risoluzione 10 novembre 1999 con la quale il Consiglio di Stato ha approvato le modifiche del piano regolatore del Comune di Monteggio.
La domanda è proponibile ritenuto che, secondo la giurisprudenza, in caso di accoglimento di un ricorso di diritto pubblico per violazione della garanzia del giudice conforme alla costituzione, il Tribunale federale annulla sia la decisione incidentale direttamente impugnata sia quella di merito nel frattempo pronunciata, nella misura in cui quest'ultima concerna l'istante (<ref-ruling> consid. 4a; Kälin, op. cit. , pag. 400).
2.- La ricorrente sostiene che l'art. 4 vCost. garantirebbe un diritto all'imparzialità e all'indipendenza del Consiglio di Stato, chiamato a statuire su di un ricorso contro l'approvazione del piano regolatore, analogo a quello previsto dagli art. 58 vCost. e 6 CEDU.
a) Il diritto a un giudice indipendente e imparziale è ora esplicitamente regolato dall'<ref-law> Analoga garanzia scaturiva già dall'art. 58 vCost. , per cui la giurisprudenza relativa alla disposizione previgente può essere applicata anche in concreto (FF 1997 I 169 segg.).
Il diritto di ogni persona, previsto dall'art. 6 n. 1 CEDU, di comparire davanti a un tribunale indipendente e imparziale costituito per legge ha, in linea di principio, la stessa portata di quella conferita dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2f e rinvii; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, Berna 1999, pag. 574; Mark E. Villiger, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention, Zurigo 1999, pag. 269).
La garanzia del diritto a un giudice imparziale vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarla della necessaria oggettività, a favore o a pregiudizio di una parte: al giudice sottoposto a simili influenze verrebbe meno la qualità di "giusto mediatore" (Jean-François Egli, La garantie du juge indépendant et impartial dans la jurisprudence récente, in:
Recueil de jurisprudence neuchâteloise, 1990, pag. 9).
La ricusa riveste un carattere eccezionale (<ref-ruling> consid. 4, 115 Ia 172 consid. 3). Dal profilo oggettivo occorre ricercare se il magistrato ricusato offrisse le necessarie garanzie per escludere ogni legittimo dubbio di parzialità; vengono considerati, in tale ambito, anche aspetti di carattere funzionale e organizzativo, e vien posto l'accento sull'importanza che possono rivestire le apparenze stesse (<ref-ruling> consid. 2b, 117 Ia 408 consid. 2a; sentenze della Corte europea dei diritti dell' uomo del 28 ottobre 1998 in re Castillo Algar c. Spagna, in: Recueil des arrêts et décisions 1998/VIII, pag. 3116, n. 43 e del 9 giugno 1998 in re Incal c. Turchia, in: Recueil des arrêts et décisions 1998/IV, pag. 1571, n. 65; Villiger, op. cit. , pag. 264 segg.).
b) Non essendo tuttavia il Consiglio di Stato un tribunale, la giurisprudenza relativa alla costituzione previgente derivava la garanzia della sua imparzialità dall'art. 4 vCost. (<ref-ruling> consid. 3a). Ritenuto che gli art. 29-32 Cost. non introducono alcuna modifica materiale rispetto alla situazione giuridica previgente, fondata sull'art. 4 vCost. , il requisito dell'imparzialità dell' organo esecutivo cantonale deve ora essere esaminato alla luce delle garanzie procedurali generali di cui agli art. 8 cpv. 1 e 29 cpv. 1 Cost. (FF 1997 I 169 segg. ; Müller, op.
cit. , pag. 582).
Il Tribunale federale ha recentemente precisato che la ricusa di membri delle autorità superiori del potere esecutivo deve essere esaminata tenendo conto dei loro compiti e della loro organizzazione. Esse assumono innanzitutto un ruolo di governo, di direzione e di gestione e non sono che occasionalmente coinvolte in procedimenti giudiziari.
Le loro mansioni implicano un cumulo di funzioni diverse che non possono essere separate senza pregiudicare l'efficacia della gestione e la legittimità democratica e politica delle corrispondenti decisioni. Per esempio, relativamente al progetto per la costruzione di una strada cantonale, i membri del governo agiscono da un lato da committente dell'opera e dall'altro da autorità competente per l'approvazione dei piani. In questa seconda funzione non sono ricusabili per il solo motivo di avere già preso posizione a favore del progetto davanti al parlamento e durante la campagna precedente la votazione popolare. Tale situazione è infatti inerente alla regolamentazione delle competenze.
Diversamente dagli art. 6 n. 1 CEDU e 30 cpv. 1 Cost. , l'<ref-law> non impone quindi l'indipendenza e l'imparzialità come massima d'organizzazione delle autorità governative, amministrative o di gestione. La loro indipendenza deve essere valutata secondo le specificità della fattispecie. In quest'ambito, l'<ref-law>
non offre dunque una garanzia equivalente a quella degli art. 6 n. 1 CEDU e 30 cpv. 1 Cost. (art. 58 vCost.) applicabili soltanto ai tribunali (<ref-ruling> consid. 3d ed f, 209 consid. 8a; decisione inedita del 19 maggio 1998 in re B., apparsa in: ZBl 100/1999, pag. 74 consid. 2b).
3.- Secondo la ricorrente, il Consiglio di Stato, con la conferma della licenza edilizia per la trasformazione dell'edificio sul fondo n. ZZZ di Monteggio, si sarebbe già pronunciato sulla medesima vertenza, esprimendo un giudizio a lei sfavorevole. All'esecutivo cantonale sarebbe pertanto mancata la necessaria imparzialità per approvare la contestata variante di piano regolatore.
a) La censura non regge. Premesso che la ricorrente non fa valere ragioni soggettive, non esiste alcuna circostanza oggettiva che permetta di dubitare dell'imparzialità del Consiglio di Stato. Il solo fatto che sia la procedura per l'ottenimento della licenza edilizia sia quella di approvazione della variante esplicano effetto, in ultima analisi, sull'edificabilità del fondo della B._ SA non è idoneo a fondare il dubbio oggettivo della prevenzione dei membri del Governo cantonale. A questo proposito occorrerebbe perlomeno che la questione giuridica da risolvere sia, in entrambi i casi, simile o qualitativamente uguale (<ref-ruling> consid. 2b).
Come rilevato dalla Corte cantonale, nell'ambito del ricorso contro la licenza edilizia si trattava essenzialmente di esaminare se l'intervento edilizio eseguito costituisse una trasformazione parziale conforme agli art. 24 cpv. 2 LPT e 75 della legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990. Per contro, nella procedura di approvazione della variante di piano regolatore, il Consiglio di Stato era innanzitutto tenuto ad esaminarne la legalità, l'opportunità e segnatamente, in virtù dell'art. 26 cpv. 2 LPT, la conformità del piano stesso con il piano direttore cantonale (Adelio Scolari, Commentario, Bellinzona 1996, n. 358). Il semplice fatto che la fattispecie fosse già stata oggetto di una procedura in materia edilizia, sfavorevole alla ricorrente, dinanzi al Consiglio di Stato, che verteva su questioni giuridiche diverse, è intrinseco alla regolamentazione legale delle competenze scelta dal legislatore e non costituisce, di massima, un motivo di ricusa nel contesto della procedura per l'approvazione del piano regolatore.
b) La ricorrente rimprovera inoltre al Consiglio di Stato di avere rilasciato, a torto, alla B._ SA un'autorizzazione eccezionale giusta l'art. 24 LPT, e rileva come il Presidente del Governo abbia addirittura tolto l'effetto sospensivo al ricorso. Osserva pure che l'Esecutivo cantonale non sarebbe intervenuto per far rispettare le decisioni del Tribunale amministrativo, statuendo poi sul ricorso contro il piano regolatore prima che fosse pronunciato il giudizio sull'istanza di ricusa.
Le censure sono infondate. La prassi costante del Tribunale federale nega infatti ai provvedimenti procedurali, indipendentemente dalla loro correttezza, l'idoneità a fondare il dubbio oggettivo della prevenzione e parzialità del magistrato, e quindi a maggior ragione di un organo esecutivo, che li ha adottati. Eventuali critiche devono essere censurate seguendo il normale corso d'impugnazione (<ref-ruling> consid. 5b, 113 Ia 407 consid. 2). Unicamente errori particolarmente importanti o ripetuti, tali da essere considerati come violazioni gravi dei doveri, possono giustificare un sospetto oggettivo di prevenzione (<ref-ruling> consid. 3a). Parimenti inidonea a fondare il dubbio della prevenzione è la circostanza che una precedente decisione fondata su di un'errata applicazione del diritto materiale sia stata impugnata con successo (<ref-ruling> consid. 2b).
Certo, il Tribunale amministrativo ha annullato dapprima il provvedimento del Presidente del Consiglio di Stato e successivamente la licenza edilizia, ma ciò non basta a fondare motivi di ricusa per sospetta parzialità.
Del resto eventuali errori, omissioni o ritardi potevano essere impugnati - ciò che è avvenuto - attraverso le vie ricorsuali ordinarie. Né dagli atti emerge che i membri del Governo o il suo Presidente abbiano commesso violazioni gravi e ripetute dei loro doveri o che abbiano avuto un interesse personale nei procedimenti in questione (<ref-ruling> consid. 2b, 103 Ib 134 consid. 2b). Inoltre, un'eventuale prevenzione del Presidente avrebbe giustificato, se del caso, unicamente la sua ricusa, che d'altra parte la ricorrente non ha chiesto specificatamente, e non quella dell'intero Consiglio di Stato. Anche il fatto che l'Esecutivo cantonale ha approvato la variante di piano regolatore prima che il Tribunale amministrativo si fosse pronunciato sulla domanda di ricusa non costituisce un errore grave, dal quale possa dedursi la parzialità dei membri del Governo cantonale. Tale modo di procedere non avrebbe infatti causato alcun pregiudizio alla ricorrente, visto che l' eventuale accoglimento del suo ricorso da parte del Tribunale amministrativo avrebbe comportato, analogamente a quanto previsto nella sede federale, l'annullamento della decisione di approvazione del piano regolatore, nella misura in cui la riguarda (cfr. consid. 1d; <ref-ruling> consid. 4a).
c) La ricorrente sostiene infine che il Consiglio di Stato avrebbe "addirittura finanziato l'attività illecita" della B._ SA.
A prescindere dal fatto che l'argomentazione non è stata fatta valere dinanzi all'ultima istanza cantonale, essa si rileva infondata. La circostanza che, con risoluzione del 20 dicembre 1994, il Consiglio di Stato ha concesso alla B._ SA, sulla base della legge cantonale del 27 maggio 1986 sul promovimento dell'industria e dell' artigianato industriale, allora in vigore, un contributo per l'acquisto di macchine e impianti di produzione, non presenta alcuna relazione con le controversie di natura edilizia e pianificatoria, nate soltanto negli anni successivi. Tale circostanza non può pertanto essere ritenuta idonea a fondare un dubbio di parzialità dell'Esecutivo, oltretutto - nel frattempo - parzialmente rinnovato.
d) Alla luce delle considerazioni suesposte, il Tribunale amministrativo non ha dunque violato gli art. 8 e 29 cpv. 1 Cost. respingendo la domanda di ricusa.
4.- Il ricorso, in quanto ammissibile, deve essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 OG). La ricorrente rifonderà alla B._ SA un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale (art. 159 cpv. 1 OG). Non si assegnano invece ripetibili ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).

Per questi motivi
il Tribunale federale
pronuncia :
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 3000.-- è posta a carico della ricorrente, la quale rifonderà alla B._ SA un'indennità di fr. 1500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Monteggio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.