Faits :
A.
A.a. A._ a été engagé en qualité d'ouvrier sur machine par la société B._ SA, société active en particulier dans l'exploitation d'alliage métallique, par contrat du 9 septembre 1998, à compter du 5 octobre 1998.
Le travailleur a été président de la commission du personnel entre 2001 et 2002 et, à nouveau, à tout le moins du 2e semestre 2010 jusqu'en 2011.
A.b. En janvier 2011, dans le but de réduire l'exposition au plomb de ses collaborateurs, la société a entrepris de contrôler l'ensemble du personnel et a tenu une première séance d'information le 31 janvier 2011. Plusieurs séances d'information données par le médecin de l'entreprise ont été prévues, la première le 9 février 2011.
Le 10 février 2011, A._ a été convoqué à un entretien, au cours duquel un courrier daté du même jour l'informait de l'intention de la direction de le licencier en raison d'une réorganisation du service " usinage ". Il a été informé de la possibilité de solliciter un entretien avec la direction et la commission du personnel à ce sujet. Comme A._ a quitté son poste de travail, sans en informer son supérieur, à l'issue de cet entretien, l'employeur lui a adressé le même jour un courrier lui demandant de reprendre le travail. Le 11 février 2011, A._ a fait parvenir à son employeur un certificat médical.
Le 21 février 2011, l'employeur lui a envoyé un projet de convention mettant fin aux rapports de travail au 30 juin 2011.
B.
Le 15 août 2011, l'employeur a adressé au travailleur une lettre de licenciement avec effet au 30 novembre 2011.
Par courrier recommandé du 29 septembre 2011, A._ a rappelé à son employeur qu'il avait contesté le motif du licenciement qui lui avait été annoncé en février 2011, estimant qu'il s'agissait d'un congé de représailles. Il précisait être en arrêt maladie depuis le 10 février 2011 et terminait sa lettre par les termes suivants: " afin que nos rapports se terminent dans le respect, j'attire votre attention sur l'art. 18.5 al. 2 de la CCT pour le paiement des indemnités journalières au-delà du 30 novembre 2011 comme mentionner (sic) dans cet article ". La portée de cette lettre est litigieuse entre les parties.
C.
Par requête de citation en conciliation du 29 mai 2012, puis, celle-ci ayant échoué, par demande du 17 décembre 2011 adressée au Tribunal des prud'hommes, A._ a ouvert action contre son employeur, concluant à ce que celui-ci soit condamné à lui payer la somme de 55'200 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er décembre 2011, soit 40'200 fr. brut à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 15'000 fr. à titre d'indemnité pour tort moral. Il a également demandé la délivrance d'un certificat de travail. Il a invoqué avoir été licencié de manière abusive en raison de sa fonction de président de la commission du personnel, ce que la défenderesse a contesté.
Le Tribunal des prud'hommes de Genève a débouté le demandeur de toutes ses conclusions, par jugement du 28 novembre 2013. Sur la question des dommages-intérêts pour licenciement abusif, le tribunal a considéré que le travailleur ne s'est pas opposé valablement à son licenciement de sorte qu'il est déchu du droit de réclamer une indemnité, le caractère éventuellement abusif du licenciement n'ayant pas à être examiné.
Statuant le 16 avril 2014, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel du demandeur et confirmé le jugement attaqué.
D.
Contre cet arrêt, le demandeur a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 27 mai 2014. Il conclut principalement à la constatation qu'il a valablement fait opposition à son licenciement et au renvoi de la cause à la Chambre cantonale et, subsidiairement, à la même constatation et à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que la défenderesse soit condamnée à lui payer une indemnité pour licenciement abusif de 40'200 fr. (implicitement brut) avec intérêts à 5% l'an dès le 1er décembre 2011. Il invoque la violation de l'<ref-law>.
L'intimée conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.

Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué ayant été notifié au demandeur pendant les féries de Pâques (<ref-law>), la notification est intervenue le jour où elle a eu lieu (17 avril 2014), et le 1er jour du délai de recours est le 8e jour après Pâques, soit le 28 avril 2014, de sorte que le délai de 30 jours (<ref-law>) est venu à échéance le 27 mai 2014 (<ref-ruling> consid. 4.2; arrêt 4A_372/2007 du 11 octobre 2007). Déposé ce même jour par le demandeur qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une contestation en matière de droit du travail dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Le recours en matière civile au Tribunal fédéral peut être exercé pour violation du droit suisse tel qu'il est délimité à l'<ref-law>, en particulier du droit fédéral, y compris le droit constitutionnel (let. a). Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de fait aux conditions de l'<ref-law>.
3.
3.1. En vertu de l'<ref-law>, la partie qui entend demander une indemnité pour résiliation abusive (art. 336 et 336a CO) doit faire opposition au congé par écrit auprès de l'autre partie, au plus tard jusqu'à la fin du délai de congé.
Selon la jurisprudence, il ne faut pas poser des exigences trop élevées à la formulation de cette opposition écrite. Il suffit que son auteur y manifeste à l'égard de l'employeur qu'il n'est pas d'accord avec le congé qui lui a été notifié (<ref-ruling> consid. 2 p. 97; <ref-ruling> consid. 4c p. 253; arrêts 4A_571/2008 du 5 mars 2009 consid. 4.1.2; 4C.233/2006 du 25 octobre 2006 consid. 3; 4C.39/2004 du 8 avril 2004 consid. 2.1). L'opposition a pour but de permettre à l'employeur de prendre conscience que son employé conteste le licenciement et le considère comme abusif; elle tend à encourager les parties à engager des pourparlers et à examiner si les rapports de travail peuvent être maintenus (cf. <ref-law>; arrêt 4A_571/2009 déjà cité consid. 4.1.2; WYLER/HEINZER, Droit du travail, 3e éd. 2014, p. 667). Dans cette perspective, le droit du travailleur de réclamer l'indemnité pour licenciement abusif s'éteint si le travailleur refuse l'offre formulée par l'employeur de retirer la résiliation (<ref-ruling> consid 5 p. 70; WYLER/HEINZER, op. cit., p. 667).
Il n'y a pas d'opposition lorsque le travailleur s'en prend seulement à la motivation de la résiliation, ne contestant que les motifs invoqués dans la lettre de congé, et non à la fin des rapports de travail en tant que telle (arrêts 4A_571/2008 déjà cité consid. 4.1.2; 4C.39/2004 déjà cité consid. 2.4; WYLER/HEINZER, op. cit., p. 664 s.).
Savoir si l'on est en présence d'une opposition au congé est affaire d'interprétation de la volonté du travailleur selon le principe de la confiance, lorsque la volonté réelle du travailleur n'a pas été comprise par le destinataire (4C.39/2004 déjà cité consid. 2.1). L'interprétation selon le principe de la confiance consiste à établir le sens que, d'après les règles de la bonne foi, une partie pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 413; <ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1). Cette interprétation objective doit partir du texte du contrat et examiner ensuite celui-ci dans son contexte, en tenant compte de toutes les circonstances qui ont précédé ou accompagné sa conclusion (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 382; <ref-ruling> consid. 3a p. 451), à l'exclusion des événements postérieurs (arrêt 4A_219/2012 du 30 juillet 2012 consid. 2.5 publié in RSDIE 2013 p. 447). Le principe de la confiance permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral contrôle librement l'interprétation objective des manifestations de volonté (ATF <ref-ruling> consid. 2.3.2).
3.2. La cour cantonale a retenu que, dans sa lettre du 29 septembre 2011, le travailleur a certes rappelé avoir contesté - en février 2011 - le motif du licenciement, la vraie raison n'en étant pas, selon lui, une réorganisation de l'entreprise. Mais à aucun moment dans ce courrier, il ne s'oppose à son licenciement. Il termine même son courrier par les termes suivants: " afin que nos rapports se terminent dans le respect, j'attire votre attention sur l'art. 18.5 al. 2 de la CCT pour le paiement des indemnités journalières au-delà du 30 novembre 2011 comme mentionné dans cet article ". La cour cantonale en a conclu que le travailleur a accepté que les rapports de travail se terminent, que seuls lui importait les montants qui devaient lui revenir jusqu'à l'échéance du délai de congé et que, nulle part, il n'a soulevé la question d'une indemnité pour licenciement abusif. La cour cantonale a encore ajouté qu'à aucun autre moment le travailleur ne s'est valablement opposé au congé donné.
3.3. Dès lors qu'il s'agit d'interpréter le courrier du travailleur du 29 septembre 2011, le Tribunal fédéral tiendra compte de celui-ci dans son entier, comme le demande le recourant (<ref-law>).
Sous couvert de la violation de l'<ref-law>, le recourant s'en prend en réalité à l'interprétation de sa manifestation de volonté, laquelle relève des <ref-law> et 2 al. 1 CC. Lorsqu'il soutient qu'en utilisant l'expression de " congé de représailles " et en écrivant " j'ai contesté la raison de vouloir me licencier ", il a voulu manifester son désaccord avec le congé et qu'il est donc arbitraire (sic) de retenir qu'il n'aurait contesté que le motif du licenciement, le recourant tire quelques éléments de sa lettre et en fait une interprétation hors contexte. S'il a certes écrit "j'ai contesté la raison de vouloir me licencier et je vous ai informer (sic) que la vraie raison du licenciement n'était que représailles (sic) ", il l'a fait sous le titre de " Courrier daté du 10 février 2011 ", en en rappelant les termes et ainsi sa prise de position à l'époque. Sous " Projet Convention mettant fin aux rapports de travail daté du 21 février 2011 ", il mentionne une lacune, en relation avec les vacances. Il précise ensuite qu'il est en arrêt maladie depuis le 10 février 2011, rappelle qu'il a payé toutes ses cotisations, en particulier celle de l'APG, et que la convention collective doit être respectée, terminant sa lettre dans les termes rappelés ci-dessus et retenus comme décisifs par la cour cantonale. Dès lors qu'il ne mentionne nulle part s'opposer à la fin des rapports de travail, précisant au contraire " Afin que nos rapports se terminent dans le respect ", qu'il réclame le paiement des indemnités journalières, mais n'évoque pas une indemnité pour licenciement abusif, le destinataire ne pouvait ni ne devait comprendre ce courrier comme une opposition au congé au sens de l'<ref-law>.
Lorsqu'il soutient que le travailleur n'a pas la possibilité de saisir un tribunal pour obtenir l'annulation du congé et sa réintégration, et que, partant, l'on ne saurait déduire des termes "Afin que nos rapports se terminent dans le respect " qu'il ne se serait pas formellement opposé au congé, le recourant ignore que le but de l'opposition écrite prévue par l'<ref-law> est d'encourager les parties à entamer des pourparlers en vue d'examiner à l'amiable si les rapports de travail peuvent être maintenus. L'employeur doit avoir la possibilité de retirer la résiliation.
Contrairement à ce que croit le recourant, l'<ref-law> ne signifie pas seulement " faire opposition au motif du congé, ou aux circonstances ayant mené au congé ", mais il lui impose de manifester clairement sa volonté de vouloir poursuivre les rapports de travail. Comme la jurisprudence l'a précisé (cf. consid. 3.1), il n'y a pas d'opposition si le travailleur ne conteste que les motifs du congé.
Il s'ensuit que la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en interprétant comme elle l'a fait le courrier du 29 septembre 2011.
Faute d'opposition, il n'y a pas lieu d'examiner les griefs du recourant relatifs au caractère abusif du licenciement.
4.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens doivent être mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de dépens de 3'000 fr.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 8 septembre 2014
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Klett
Le Greffier : Piaget