Sachverhalt:
A.
Der Kanton Aargau und Pro Natura Aargau planen, das Auengebiet von nationaler Bedeutung bei Rietheim zu renaturieren. Der 1,5 km lange Seitenarm Chly Rhy soll wieder an den Rhein angebunden und künstliche Aufschüttungen beseitigt werden; zudem sollen im Auengebiet neue Stillgewässer, ein Trockenstandort und verschiedene Kleinstrukturen angelegt werden und das Rheinufer gewässerökologisch aufgewertet werden.
Das Projekt ist ein wichtiges Teilstück des Auenschutzparks Aargau, der in der Verfassung des Kantons Aargau vom 25. Juni 1980 (KV) sowie in dem vom Grossen Rat beschlossenen Sachprogramm Auenschutzpark Aargau und im kantonalen Richtplan vorgesehen ist. Der in der Volksabstimmung vom 6. Juni 1993 angenommene § 42 Abs. 5 KV sieht vor, dass der Kanton Aargau innert zwanzig Jahren nach Inkrafttreten der Verfassungsbestimmung zum Schutze des bedrohten Lebensraumes der Flussauen und zur Erhaltung der landschaftlich und biologisch einzigartigen, national bedeutsamen Reste der ehemaligen Auengebiete einen Auen-Schutzpark schafft. Dieser soll sich, ausgehend vom Wassertor der Schweiz, aus Teilflächen längs der Flüsse Aare und Reuss und ihrer Zuflüsse zusammensetzen und eine Gesamtfläche von mindestens einem Prozent der Kantonsfläche aufweisen.
Aufgrund des Widerstands der Gemeinde Rietheim und von Landwirten gegen das Renaturierungsprojekt, wurde ein Mediationsverfahren durchgeführt. Dieses mündete 2010 in eine Vereinbarung über die Realisierung eines Auenprojekts "Chly Rhy" im Rietheimerfeld (Mediationsvereinbarung) mit einem Moratorium von 10 Jahren für weitergehende Renaturierungen.
Am 24. Oktober 2012 erteilte der Regierungsrat des Kantons Aargau die Projektgenehmigung (einschliesslich Bau-, Rodungs- und weiterer Bewilligungen) für das Wasserbauprojekt "Auenrenaturierung Chly Rhy Rietheim" unter Auflagen und Bedingungen. Den Einwendungen von A._ wurde in der Projektbewilligung teilweise Rechnung getragen; im Übrigen wurden sie abgewiesen.
B.
Gegen den regierungsrätlichen Entscheid erhob A._ am 29. November 2012 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses hiess die Beschwerde teilweise gut und ergänzte den Entscheid des Regierungsrats mit der Auflage, auf Ersuchen des Eigentümers auf dem Kellerboden der Liegenschaft Gebäude Nr. 96 auf Parzelle Nr. 357 einen Sickerteppich zu erstellen und ihn an ein bis zwei Pumpensümpfe anzuschliessen, um einer Vernässung der Kellerräume bei hohen Wasserständen entgegenzuwirken. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Dagegen hat A._ am 27. Mai 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt, es sei festzustellen, dass Pro Natura Aargau keine Parteistellung habe und ihr demgemäss auch keine Parteientschädigung zustehe. Die Rodungsbewilligung sei zu verweigern und es sei ein Verbot jeglicher Bautätigkeit am natürlichen Rheinufer sowie ein Verbot der Zweckentfremdung der jetzigen Fruchtfolgeflächen zu erlassen. Das Projekt sei abzulehnen, da es eine Hochwassergefahr hervorrufe und dadurch die Existenz des Beschwerdeführers gefährde. Das Enteignungsrecht sei zu verweigern. Sämtliche Kosten seien auf die Staatskasse zu nehmen.
In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt er, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
D.
Das Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau sowie Pro Natura Aargau beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung sei abzuweisen; eventualiter sei auf einen Zwischenentscheid zu verzichten und stattdessen kurzfristig der Hauptentscheid zu fällen; dieser sollte vor dem 1. Dezember 2013 eröffnet werden.
E.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass das Wasserbauprojekt nicht gegen die Bundesumweltgesetzgebung verstösst.
F.
In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest und lädt das Bundesgericht ein, sich durch einen Augenschein vor Ort von der intakten Landschaft zu überzeugen.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist als Eigentümer und Bewirtschafter eines Hofs, dessen Gelände an das angefochtene Wasserbauprojekt angrenzt und teilweise enteignet werden soll, zur Beschwerde befugt. Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist daher grundsätzlich einzutreten.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.
Der Beschwerdeführer bestreitet zunächst die Parteistellung von Pro Natura Aargau. Diese ist als Eigentümerin eines Teils der betroffenen Parzellen und als Co-Baugesuchstellerin am Projektbewilligungsverfahren beteiligt und ist an der (möglichst vollständigen) Realisierung des Renaturierungsprojekts interessiert. Dieses Interesse steht im Einwendungs- und Beschwerdeverfahren den Interessen des Beschwerdeführers entgegen, weshalb Pro Natura Aargau zu Recht als Beschwerdegegnerin am Verfahren beteiligt wurde. Als solche hat sie Anspruch auf eine Parteientschädigung im Obsiegensfall, nach Massgabe der Regeln des kantonalen Verfahrensrechts.
Davon zu unterscheiden ist die Frage, wer die für das Projekt erforderlichen Bewilligungen erteilt. Dies ist einzig der Kanton Aargau. Die Vorinstanz hat festgehalten, dass Pro Natura Aargau weder Instruktionshandlungen vorgenommen noch Verfügungen erlassen hat (vgl. E. 4.2 des angefochtenen Entscheids). Nicht zu beanstanden ist auch die Doppelstellung des Kantons als Eigentümer und Bauherr einerseits und als Bewilligungsbehörde andererseits, wie schon der Regierungsrat (E. 11.1 des Einsprache- und Bewilligungsentscheids) und das Verwaltungsgericht (E. 4.2 des angefochtenen Entscheid) dargelegt haben. Diese Erwägungen sind aus bundesrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden.
3.
Materiell rügt der Beschwerdeführer in erster Linie, das Projekt zerstöre das intakte Ökosystem und die natürliche Auenlandschaft von nationaler Bedeutung mit der vorgesehenen Ausbaggerung von 125'000 m3 Erdreich, Aufschüttungen von 29'000 m3 und grossflächigen Rodungen. Zudem werde das bestehende, natürliche Rheinufer zerstört, um eine komplett neue Uferlandschaft zu gestalten. Er bestreitet, dass dies zur Renaturierung der Auenlandschaft erforderlich sei. Vielmehr schaffe das Projekt eine künstliche Landschaft, die in dieser Form nie vorhanden gewesen sei und auch nicht natürlich entstehen könnte (Feuchtwiesen neben Trockenstandorten und separaten, tiefer oder höher gelegenen Auenwäldern, Giessen und Steinhaufen).
3.1. In diesem Zusammenhang erhebt er zunächst mehrere Sachverhaltsrügen. Er bezweifelt, dass es sich beim Chly Rhy je um einen natürlichen Seitenarm des Rheins gehandelt habe; jedenfalls sei er in der Zürcher Kantonskarte von 1667 nicht verzeichnet. Vermutlich sei dieses Gewässer bei einem früheren Bewässerungsprojekt entstanden. Dafür spreche seine Lage, die geringe Höhendifferenz und der Umstand, dass der "Chly Rhy" heute nicht mehr durchströmt sein. Der Beschwerdeführer bestreitet auch, dass es sich (jedenfalls ausserhalb des Einmündungsbereichs) um künstliche Aufschüttungen handle, die beseitigt werden müssten.
Das Verwaltungsgericht legte ausführlich die historische Entwicklung des Chly Rhy dar. Es ging davon aus, dass es sich um einen Seitenarm des Rheins handelte, der in einer langgezogenen Innenkurve vom Hauptstrom abzweigte und am Ende der Rietheimer Ebene wieder in den Rhein einmündete. Der Einlauf des Chly Rhy sei um die 1920er Jahre zugeschüttet und damit der ständige Durchlauf unterbrochen worden. Seither werde er nur noch bei Hochwasser von unten her geflutet und beginne, aufgrund des fehlenden Durchflusses, zu verlanden. Weitere künstliche Aufschüttungen seien bis in die 1970er Jahre erfolgt; insbesondere im Einmündungsbereich im Zusammenhang mit dem in den 1960er Jahren geplanten Bau eines Flusskraftwerks. Hinzu kämen natürliche Verlandungen durch Sandeintrag bei Hochwasseraufstau von unten.
Die Feststellung, dass es sich beim Chly Rhy um einen früheren Seitenarm des Rheins handelte (wofür bereits der Name spricht), wurde mit zahlreichen historischen Karten aus den Jahren 1811, 1821, 1833-63, 1849, 1880, 1940 und 1948 belegt. Dagegen gibt es keinerlei Hinweise für die vom Beschwerdeführer vermutete künstliche Schaffung des Chly Rhys zu Bewässerungszwecken. Unter diesen Umständen ist die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts nicht zu beanstanden, unabhängig davon, ob der Chly Rhy in seiner heutigen Lage bereits im 17. Jahrhundert bestand oder nicht.
Die künstlichen Aufschüttungen belegte das Verwaltungsgericht mit Hinweisen auf in den Akten liegende Berichte und Pläne. Mit diesen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern sie bzw. die vom Verwaltungsgericht daraus gezogenen Schlüsse offensichtlich unrichtig sein sollten.
Nach dem Gesagten ist von der Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts auszugehen (Art. 105 BGG), wonach mit der geplanten Beseitigung der künstlichen Aufschüttungen im Einlauf- und Einmündungsbereich und der Wiederanbindung des Chly Rhy an den Rhein der ehemalige Seitenarm des Rheins wiederhergestellt wird.
3.2. Der Chly Rhy und die angrenzenden, mit Gehölz bewachsenen Flächen sind Teil des Auengebiets von nationaler Bedeutung Nr. 3 "Koblenzer Rhein und Laufen" (Anh. 1 der Verordnung über den Schutz der Auengebiete von nationaler Bedeutung vom 28. Oktober 1992 [Auenverordnung; SR 451.31]). Wie bereits die Vorinstanzen dargelegt haben und das BAFU in seiner Vernehmlassung bestätigt, fehlt jedoch im Bereich des Chly Rhys die für Auengebiete typische Dynamik des Gewässer- und Geschiebehaushalts, weshalb es sich - aus Sicht des Auenschutzes - um eine renaturierungsbedürftige Landschaft handelt. Diese Dynamik soll mit dem Wasserbauprojekt wieder hergestellt und die ökologischen Voraussetzungen für eine auentypische einheimische Tier- und Pflanzenwelt geschaffen werden. Damit entspricht das Projekt dem Auftrag von Art. 18 ff. des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451), Art. 4 Abs. 1 lit. a und b, Art. 5 Abs. 2 lit. d und Art. 8 Auenverordnung und § 42 Abs. 5 KV.
Dem Beschwerdeführer ist einzuräumen, dass gewisse Projektbestandteile, wie die vorgesehene Aufschüttung eines Trockenstandorts im südlichen Bereich, nicht einen früher bestehenden Zustand wiederherstellen, sondern neue und in diesem Sinne "künstliche" Lebensräume für auentypische Tier- und Pflanzenarten schaffen. Es handelt sich jedoch um Ersatzmassnahmen für früher am Rhein vorhandene, aufgrund der Flussregulierung verschwundenen Lebensräume, wie die über längere Zeiträume trockenfallenden Sand- und Kiesbänke. Da der Rhein in ein schmales Flussbett gedrängt wurde und seinen Lauf nicht mehr verlagert, muss andernorts Ersatz für diesen Lebensraumtyp geschaffen werden, der eine wichtige Lebensgrundlage für viele typische Auenbewohner darstellt (vgl. Technischen Bericht S. 30). Auch diese Massnahmen entsprechen den Grundsätzen von Art. 4 Abs. 1 lit. a und Art. 5 Abs. 1 lit. d Auenverordnung i.V.m Art. 18 ff. NHG und sind nicht zu beanstanden.
3.3. Wie die Vorinstanzen dargelegt haben und das BAFU in seiner Vernehmlassung bestätigt, setzt die Renaturierung Eingriffe in die bestehende Landschaft voraus; temporär muss Wald gerodet und Ufervegetation beseitigt werden.
Hierfür erteilte das BVU, Abteilung Wald, am 25. September 2012 eine Rodungsbewilligung (Art. 5 des Bundesgesetzes über den Wald vom 4. Oktober 1991 [WaG; SR 921.0]). Zwar betrifft die Rodung 1'060 m2 Waldfläche auf der Parzelle Nr. 357 des Beschwerdeführers, der das Rodungsgesuch nicht unterschrieben hat. Allerdings wurde mit der Projektbewilligung das Enteignungsrecht für den betroffenen Parzellenteil erteilt (vgl. § 132 Abs. 1 lit. d des Aargauer Gesetzes über Raumentwicklung und Bauwesen vom 19. Januar 1993 [Baugesetz, BauG]); unter diesen Umständen durfte auf die Zustimmung des (bisherigen) Eigentümers zum Rodungsgesuch verzichtet werden. Für die materiellen Rodungsvoraussetzungen kann auf die Stellungnahme des BAFU (B2.1 S. 2 f.) verwiesen werden.
Die Bewilligung zur Beseitigung von Ufervegetation im Uferbereich gemäss Art. 22 Abs. 2 NHG wurde vom Regierungsrat in Dispositiv-Ziff. A1 zusammen mit der Bewilligung des Wasserbauprojekts erteilt, ohne dies näher zu begründen. Ob dies eine Verletzung der Begründungspflicht darstellt, ist mangels dahingehender Rüge nicht zu prüfen (Art. 106 Abs. 2 BGG). Materiell-rechtlich ist die Bewilligung nicht zu beanstanden, wie das BAFU in seiner Vernehmlassung (C2.1 S. 4) dargelegt hat. Gewässerrevitalisierungen sind nach Art. 38a des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814.20)erlaubt bzw. sogar geboten; im Rahmen eines derartigen Vorhabens kann die Beseitigung von Ufervegetation gemäss Art. 22 Abs. 2 NHG bewilligt werden, sofern dies für die Realisierung eines standortgebundenen Vorhabens erforderlich ist. Gleiches gilt, wenn man das vorliegende Projekt als Wiederherstellung des möglichst natürlichen Verlaufs eines Fliessgewässers i.S.v. Art. 37 Abs. 1 lit. c und Abs. 2 GSchG qualifiziert.
Es gibt keine Hinweise dafür, dass die temporäre Rodung bzw. die Beseitigung von Ufervegetation das für die Renaturierung gebotene Ausmass überschreiten. Insbesondere trifft der Vorwurf des Beschwerdeführers, wonach das gesamte, natürlich bewachsene Rheinufer zwischen Zurzach und Koblenz umgestaltet werde, nicht zu. Wie sich aus den Projektunterlagen ergibt, soll nur im kurzen Abschnitt zwischen der Insel und der Einmündung des Chly Rhy die bestehende Ufersicherung entfernt werden (die ohnehin schadhaft ist) und eine naturnahe, dynamische Entwicklung des Rheinufers akzeptiert werden. Oberhalb der Insel wird lediglich kiesiges Aushubmaterial dem Ufer vorgeschüttet, um Flachufer zu schaffen, die als Lebensgrundlage für kieslaichende Fischarten und in der Flusssohle lebende Kleintiere dienen; ansonsten bleibt das Rheinufer und die bestehende Ufervegetation in diesem Bereich erhalten.
4.
Der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht haben dargelegt, dass die Erfüllung des verfassungsmässigen Auftrags, einen Auenschutzpark zu schaffen (§ 42 Abs. 5 KV), zwangsläufig einen Verlust von Fruchtfolgeflächen (FFF) nach sich ziehe. Für das vorliegende Projekt würden 3.8 ha beansprucht; dieser Verlust finde seine Grundlage in der kantonalen Richtplanung und sei zulässig.
Der Beschwerdeführer macht in erster Linie geltend, die Zerstörung von Fruchtfolgeflächen erfolge für ein gesetzwidriges, nicht im Interesse von Natur und Landschaft liegendes Renaturierungsprojekt. Hierfür kann auf das oben (E. 3) Gesagte verwiesen werden. Der von ihm genannte Verlust von 40 ha FFF entspricht der im Richtplan vorgesehenen gesamten Reduktion für den Auenschutzpark Aargau und nicht für das vorliegend zu beurteilende Projekt.
Überdies macht er geltend, dass 6.5 ha Intensivackerfläche nach sechs Jahren in eine extensive Weide umgewandelt werden sollen; diesbezüglich fehle es an einer Richtplanfestsetzung. Allerdings ist weder belegt, dass diese Flächen (die im Gewässerraum des Rheins liegen; vgl. Art. 41a der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 [GSchV; SR 814.201] und Abs. 2 der Übergangsbestimmungen zur Änderung vom 4. Mai 2011) überhaupt als Fruchtfolgeflächen ausgewiesen sind, noch wird dargelegt, inwiefern ihre vorgesehene extensive Nutzung zu einem effektiven Verlust an FFF-Bodenqualität führen würde, der kompensiert werden müsste.
5.
Ferner macht der Beschwerdeführer geltend, die Umwandlung des Chly Rhy von einem Stillgewässer in ein Fliessgewässer erhöhe die Überschwemmungsgefahr für seine Parzellen. Dies habe Anbaubeschränkungen zur Folge und bewirke künstlich hervorgerufene, nicht versicherbare Schäden an Gebäuden und Kulturen, die seine Existenz bedrohten.
5.1. Das Verwaltungsgericht ging mit dem Regierungsrat davon aus, dass das Projekt nicht zu einer Erhöhung der Hochwassergefahr in der Riedberger Ebene führe. Die hydraulischen Abklärungen hätten ergeben, dass das Projekt mit dem durch das Einlaufwerk gedrosselten Einlauf allenfalls bei kleinen Hochwasserereignissen eine leicht vergrösserte Überflutungsfläche ergebe, wobei sich die minimal erhöhte Gefährdung auf landwirtschaftlich genutzte Flächen beschränke; betroffen sei vor allem das Gebiet entlang des linken Ufers des Chly Rhy und nicht die Parzelle Nr. 357 des Beschwerdeführers. Den Anliegen des Beschwerdeführers sei durch das Einleitbauwerk und verschiedenen Auflagen im Bewilligungsentscheid Rechnung getragen worden. Um auch noch die letzten Bedenken des Beschwerdeführers zu zerstreuen, wurde im angefochtenen Entscheid, auf Vorschlag der Bauherrschaft, eine weitere Auflage aufgenommen, um der behaupteten Vernässung der Kellerräume bei hohen Wasserständen entgegenzuwirken (Erstellung eines Sickerteppichs mit ein bis zwei Pumpensümpfen).
5.2. Diese Ausführungen stützen sich auf die hydraulischen Abklärungen zur Hochwassergefährdung der Hunziker, Zarn & Partner AG vom Juli 2010 und lassen weder einen offensichtlich falschen Sachverhalt noch Verletzungen von Bundesrecht erkennen. Wie auch das BAFU in seiner Vernehmlassung (S. 6) ausführt, genügt das Projekt grundsätzlich den Anforderungen von Art. 3 und 4 des Bundesgesetzes über den Wasserbau vom 21. Juni 1991 (WBG; SR 721.100).
Allerdings liegt der Hof des Beschwerdeführers unmittelbar am Chly Rhy, der durch das geplante Projekt wieder an den Rhein angebunden wird und damit eine Fliessdynamik erhält, die für den Auenschutz erwünscht ist, aber die Hochwassergefahr lokal erhöhen könnte. Insofern sind die Befürchtungen des Beschwerdeführers verständlich. Die Projektbewilligung sieht jedoch weitreichende Massnahmen zum Schutz des Hofs vor. Insbesondere ist ein Einleitbauwerk vorgesehen, um den Zufluss in den Chly Rhy bei Bedarf drosseln zu können. In Auflage A1b ist vorgesehen, dass die Bauherrschaft das Projekt überprüft und gegebenenfalls anpasst, wenn es wider Erwarten vermehrte Schäden an den Liegenschaften oder Kulturen auf Parzelle 357 verursacht. Dem Eigentümer steht in diesem Fall das Recht auf Entschädigung der aufgrund eines Versicherungsvorbehalts nicht mehr versicherten Mehrkosten der Schadenbehebung gemäss Enteignungsrecht zu (volle Entschädigung). Schliesslich erklärte sich der Kanton im Sinne eines Entgegenkommens damit einverstanden, auf dem Kellerboden der Liegenschaft einen Sickerteppich zu erstellen. Unter diesen Umständen kann keine Rede von einer Existenzgefährdung des Beschwerdeführers sein. Vielmehr erscheint das verbleibende Risiko für den Beschwerdeführer klein und ist als notwendige Folge der erwünschten Redynamisierung des Gewässerhaushalts hinzunehmen.
6.
Nach dem Gesagten entspricht das Renaturierungsprojekt den gesetzlichen Vorgaben. Unter diesen Umständen besteht aus Sicht des Bundesrechts kein Grund, die Erteilung des Enteignungsrechts (gemäss §§ 131 ff. BauG) für das Vorhaben zu verweigern. Als Entschädigung für die zu enteignenden Teilflächen der Parzellen Nrn. 387 und 357 des Beschwerdeführers ist Realersatz auf einer an das Eigenland des Beschwerdeführers angrenzenden Parzelle vorgesehen. Über die Einzelheiten wird (auf entsprechenden Antrag hin) die Schätzungskommission zu entscheiden haben (vgl. § 154 Abs. 2 BauG).
7.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, ohne dass es hierfür eines Augenscheins bedarf. Mit dem vorliegenden Entscheid in der Hauptsache wird der Antrag auf Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Beschwerdeführer hat die Pro Natura Aargau für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, sowie den Bundesämtern für Umwelt und für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Oktober 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber