hat sich ergeben:
A.- Die DG Bank (Schweiz) AG (Beklagte) arrangierte in den Monaten Oktober/November 1989 einen Syndikatskredit für die Euroaktividade AG, Vaduz, ein im Golf- und Luxustourismus tätiges Unternehmen. An der Gesamtkreditsumme von SFr. 50 Mio. beteiligte sich die Crédit Commercial de France (Suisse) SA (Klägerin) mit SFr. 2,5 Mio. Der Konsortialkreditvertrag wurde von der Beklagten am 1. Dezember 1989 und von der Klägerin am 5. Dezember 1989 unterzeichnet. Die Beklagte selbst übernahm einen Betrag von SFr. 5 Mio., wobei sie einer dritten Bank eine stille Unterbeteiligung von SFr. 1 Mio. einräumte.
Nachdem die Euroaktividade die fälligen Zinsen bis zum 7. September 1990 gezahlt hatte, blieb eine Zahlung erstmals am 16. Oktober 1990 aus. Deshalb gab die Beklagte als für die Abwicklung, Verwaltung und Überwachung des Kredites zuständige Bank ("agent") entsprechend den vertraglichen Bestimmungen die "default-Erklärung" ab und verlangte die vorzeitige Rückzahlung des Kredites.
Am 26. Oktober 1990 stellte die Euroaktividade beim Fürstlich Liechtensteinischen Landgericht das Gesuch um Nachlassstundung. Mit Beschluss vom 5. September 1991 billigte das erwähnte liechtensteinische Gericht den Nachlassvertrag mit Wirkung für alle Gläubiger, ohne dass die Klägerin diesem zugestimmt hätte. Gemäss dem Nachlassvertrag verzichteten die Gläubiger u.a. auf 40% ihres Guthabens. Die Verzichtssumme wurde in einem Nachtrag vom 29. Juni 1994, welchem die Klägerin wiederum nicht zugestimmt hat, auf 60% erhöht.
B.- Mit Klage vom 15. Februar 1993 und Klageänderung vom 21. September 1994 beantragte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich im Wesentlichen, die Beklagte sei zur Zahlung von SFr. 1,5 Mio. nebst Zins zu verurteilen, und es sei festzustellen, dass die Beklagte verpflichtet sei, der Klägerin allen und jeden Schaden zu ersetzen, den diese im Zusammenhang mit der Beteiligung am von der Beklagten arrangierten Konsortialkredit erlitten hat bzw. noch erleiden wird.
Die Beklagte beantragte im Wesentlichen, das klägerische Leistungsbegehren sei abzuweisen und auf das Feststellungsbegehren sei nicht einzutreten, eventualiter sei dieses abzuweisen.
Mit Urteil vom 3. April 1998 trat das Handelsgericht des Kantons Zürich auf das Feststellungsbegehren nicht ein und wies die Klage ab. Eine gegen dieses Urteil eingereichte Nichtigkeitsbeschwerde wurde vom Kassationsgericht des Kantons Zürich am 20. Dezember 1999 abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.
C.- Die Klägerin hat gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich eidgenössische Berufung erhoben. Darin beantragt sie dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und es sei die Beklagte in Gutheissung der Klage zur Zahlung von derzeit SFr. 1 Mio. nebst Zins zu verurteilen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, sie beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustandegekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das Sachgericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm entscheidwesentliche Behauptungen und Beweisanerbieten dazu prozesskonform unterbreitet worden waren (Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2a). Werden solche Ausnahmen geltend gemacht, hat die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG). Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, welche über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und damit als unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Eine blosse Kritik an der Beweiswürdigung des Sachrichters ist, soweit nicht Vorschriften des Bundesrechts in Frage stehen, von der Berufung ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 2a S. 485/6 mit Hinweisen).
b) Im angefochtenen Urteil werden über den Wissensstand der Beteiligten vor der Gewährung des Syndikatskredites in Würdigung der Beweise verschiedene tatsächliche Feststellungen getroffen.
Das Handelsgericht führt diesbezüglich aus, der künftige Finanzierungsbedarf der Euroaktividade im Umfang von SFr. 500 Mio. sei der Öffentlichkeit bekannt gewesen. Für die Beklagte habe kein erkennbarer Anlass bestanden, an den unbestrittenermassen vorteilhaften Zahlen der Euroaktividade zu zweifeln, und die Klägerin habe nicht beweisen können, dass die Beklagte von einer allfälligen Unrichtigkeit der den Syndikatsbanken abgegebenen Bilanz gewusst habe. Ebenfalls nicht erwiesen sei die Behauptung, wonach die Beklagte gewusst habe, dass das in der Zwischenbilanz der Euroaktividade per 30. Juli 1989 ausgewiesene Eigenkapital nicht vorhanden gewesen sei.
Die Vorinstanz kommt zum Schluss, es sei davon auszugehen, dass die Beklagte weder als federführende Bank ("lead manager") vor dem Abschluss des Syndikatsvertrages im Jahre 1989 noch als "agent" im Jahre 1990 über die dringenden Liquiditätsprobleme der Euroaktividade informiert gewesen sei. Die Klägerin habe den Beweis nicht erbringen können, dass die Beklagte ihr und den übrigen Syndikatsbanken Informationen, welche die Kreditwürdigkeit der Euroaktividade vermindert hätten, verheimlicht habe.
c) Die Klägerin geht, was die rechtlichen Gesichtspunkte betreffe, in der Berufungsschrift davon aus, dass die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde geschützt und der wirkliche Sachverhalt festgestellt sein werde, wenn das Bundesgericht an die Behandlung der Berufung herantrete. Sie verkennt damit, dass im Falle der Gutheissung ihrer kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde die vorliegende Berufung gegenstandslos würde. Nachdem das Kassationsgericht des Kantons Zürich die Nichtigkeitsbeschwerde vollumfänglich abgewiesen hat, soweit darauf eingetreten werden konnte, ist jedenfalls die tatsächliche Grundlage für die klägerischen Ausführungen dahingefallen.
Die Klägerin geht in ihrer Argumentation somit ausdrücklich von einem im Vergleich zum angefochtenen Urteil abweichenden Sachverhalt aus. Eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz macht sie zudem substanziiert nicht geltend. Weite Teile der Berufung stellen daher im Ergebnis eine Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung dar, worauf nicht eingetreten werden kann. Dies ist namentlich der Fall für die Ausführungen der Klägerin in Bezug auf die Aufklärungspflicht der Beklagten, soweit diese auf der - von der Vorinstanz als unbewiesen bezeichneten - Annahme beruhen, dass die Beklagte im Vorfeld des Abschlusses des Syndikatsvertrages von den finanziellen Problemen der Euroaktividade genaue Kenntnis hatte.
Unbeachtlich sind im Übrigen die Verweise auf Ausführungen in Rechtsschriften vor den kantonalen Instanzen
(<ref-ruling> E. 1 S. 78).
d) Die Klägerin macht geltend, der Schluss von einzelnen Wissensindizien auf den Kenntnisstand der Beklagten sei weitgehend eine Rechtsfrage, weil er nach der allgemeinen Lebenserfahrung gezogen werden könne.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts stellen Schlussfolgerungen, welche sich auf die Würdigung von Beweisen stützen, grundsätzlich nicht Anwendung von Bundesrecht dar, sondern sind Teil der Beweiswürdigung und insoweit nicht mit Berufung anfechtbar. Nur wo sich das kantonale Gericht auf Erfahrungssätze stützt, die über den konkreten Sachverhalt hinaus Bedeutung haben und damit gleichsam die Funktion von Normen übernehmen, überprüft das Bundesgericht solche Schlüsse im Berufungsverfahren frei. Wo der Sachrichter sich demgegenüber bloss auf die allgemeine Lebenserfahrung stützt, um aus den Gesamtumständen des konkreten Falls oder den bewiesenen Indizien auf einen bestimmten Sachverhalt zu schliessen, liegt unüberprüfbare Beweiswürdigung vor (<ref-ruling> E. 2b S. 12/3; <ref-ruling> E. 3a S. 243; <ref-ruling> E. 2b S. 258/9 mit Hinweisen).
Die Auffassung der Klägerin trifft somit nicht zu und auf die entsprechenden Rügen ist ebenfalls nicht einzutreten.
2.- Die Klägerin wirft der Beklagten vor, sie habe ihre Aufklärungspflicht dadurch verletzt, dass sie die Syndikatsbanken nicht von einem für das Jahr 1990 budgetierten negativen Cash Flow der Euroaktividade unterrichtet hat.
a) Die der Beklagten vorgeworfene Verletzung der Aufklärungspflicht fällt in die Zeit vor Abschluss des Konsortialvertrages. Dies steht einer Haftbarkeit der Beklagten nicht grundsätzlich entgegen, kann sich eine solche doch aufgrund einer Verletzung vorvertraglicher Aufklärungspflichten, mithin einer culpa in contrahendo, ergeben (Christian Bovet, La nature juridique des syndicats de prêt et les obligations des banques dirigeantes et gérantes, Diss. Fribourg 1990, Rz. 739 ff., spez. Rz. 754; Daniel Kohler, Das Konsortium im schweizerischen Kreditgeschäft, Diss. St. Gallen 1989, S. 105; Dieter Bieri, Kredit und Konsortium, Diss. Zürich 1987, S. 166/7). Diese beruht auf dem Gedanken, dass der Grundsatz von Treu und Glauben die Parteien bei Aufnahme von Vertragsverhandlungen zur gegenseitigen richtigen Aufklärung über erhebliche Tatsachen verpflichtet, welche die Gegenpartei nicht kennt und nicht kennen muss, die aber ihren Entscheid über den Vertragsabschluss oder dessen Bedingungen beeinflussen können (<ref-ruling> E. 3c S. 89 mit Hinweisen).
b) Wie weit die gegenseitigen vorvertraglichen Aufklärungs- und Informationspflichten gehen, entscheidet sich nicht allgemein, sondern hängt von den konkreten Umständen des Einzelfalles, namentlich von der Natur des Vertrages, der Art, wie sich die Verhandlungen abwickeln, sowie den Absichten und Kenntnissen der Beteiligten ab (<ref-ruling> E. 2a S. 80). Im vorliegenden Fall sind die vorvertraglichen Aufklärungspflichten im Verhältnis zweier gleichermassen sachkundiger Geschäftsbanken zu beurteilen. Es stehen sich somit nicht eine Bank und ein Bankkunde gegenüber, weshalb sich die Problematik einer strukturellen Unterlegenheit eines Vertragspartners nicht stellt (vgl. zur Aufklärungspflicht von Banken im Verhältnis zu Bankkunden Pra 87/1998 Nr. 155 S. 827 ff.; <ref-ruling> E. 3a S. 162, je mit Hinweisen). Als Beispiele für eine Verletzung vorvertraglicher Aufklärungspflichten durch den "lead manager" werden genannt das Verschweigen der Tatsache, dass der Konsortialkredit lediglich zur Ablösung der eigenen notleidenden Kredite dient oder dass der Kreditnehmer unmittelbar vor dem wirtschaftlichen Zusammenbruch steht (Kohler, a.a.O., S. 106).
c) Das Handelsgericht hat bei einem dipl. Bücherexperten ein Gutachten eingeholt, mit welchem geklärt werden sollte, inwiefern die Beklagte über einen Wissensvorsprung gegenüber den anderen Syndikatsbanken verfügte und welche Erkenntnisse aus der diesen vorgelegten Dokumentation gewonnen werden konnten.
Die Vorinstanz kommt zum Schluss, der Gutachter
habe ausdrücklich auf die Problematik des budgetierten negativen Cash Flows hingewiesen, jedoch gleichzeitig eingeschränkt, dass dies keineswegs mit dem vollständigen Verlust des Eigenkapitals gleichgesetzt werden könne. Im Gutachten werde nicht verkannt, dass die präsentierten Budgets der Euroaktividade durch einen negativen Cash Flow hätten beeinträchtigt werden können. Die Euroaktividade müsse den mit der Sache befassten Mitarbeiter der Beklagten bezüglich des negativen Cash Flows beruhigt haben, was nichts anderes heissen könne, als dass die Euroaktividade für die fragliche Budgetierung eine überzeugende Erklärung habe abgeben können. Für das Handelsgericht bestünden keine Anhaltspunkte, welche die im Gutachten geäusserte Vermutung, wonach der Mitarbeiter der Beklagten beim Vorliegen ernsthafter Bedenken bezüglich des budgetierten Cash Flows keinen positiven Kreditantrag gestellt hätte, relativieren könnten. Die Schlussfolgerungen des Gutachtens würden auch durch die Zeugenaussagen in jeder Hinsicht bestätigt. Gesamthaft habe die Beklagte aus ihren Analysearbeiten ein positives Bild der Euroaktividade gewonnen.
d) Mit Bezug auf den Umfang der vorvertraglichen Aufklärungspflicht der Beklagten darf der budgetierte negative Cash Flow nicht isoliert betrachtet werden, sondern es ist die Bedeutung dieses einzelnen Beurteilungskriteriums im Gesamtzusammenhang massgebend.
Für die Konkretisierung der Aufklärungspflicht ist namentlich zu berücksichtigen, dass nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz für die Beklagte kein Anlass bestand, an den gesamthaft vorteilhaften Zahlen der Euroaktividade zu zweifeln und dass sie weder von einer allfälligen Unrichtigkeit der Bilanzen noch von Liquiditätsproblemen Kenntnis hatte. Ein Wissensgefälle unter den Parteien bestand zudem insofern nicht, als nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil der Klägerin genügend eigene Erkenntnisquellen zur Verfügung standen, um den künftigen grossen Kapitalbedarf der Euroaktividade abschätzen zu können. Überdies hat die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht festgestellt (vgl. oben E. 1d), die Euroaktividade habe allfällige Bedenken in Bezug auf den budgetierten negativen Cash Flow ausräumen können. Im Lichte dieser gesamten Umstände erscheint der für ein einzelnes Jahr budgetierte negative Cash Flow der Euroaktividade nicht als erhebliche Tatsache, über welche die Beklagte die Klägerin unaufgefordert hätte aufklären müssen.
Nachdem der Cash Flow gemäss den Ausführungen der Klägerin in der Berufung entscheidende Bedeutung für die Beurteilung der Kreditwürdigkeit der Euroaktividade hatte, wäre ihr im Übrigen freigestanden, sich bei der Beklagten oder der Euroaktividade über den budgetierten Cash Flow zu erkundigen. Dies wäre auch deshalb nahegelegen, weil die Klägerin in Art. 19.12 des Syndikatsvertrages ausdrücklich anerkannt hat, für die Einschätzung der Kreditwürdigkeit der Euroaktividade die alleinige Verantwortung zu übernehmen.
3.- a) Im Mai 1989 brachte die Swissair Beteiligungen AG ihre hundertprozentige Beteiligung an der International Golf and Country Residence Holding AG (IGR) als Sacheinlage in die Euroaktividade ein. Die KPMG Fides Peat hatte im Februar 1989 einen Bericht verfasst, welcher auf eine Überschuldung der IGR hinwies. Nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz hatte die Beklagte vor dem Abschluss des Konsortialvertrages zwar von der Existenz dieses Berichts Kenntnis, nicht aber von dessen Inhalt. Die Klägerin macht geltend, die Beklagte habe von den Ungereimtheiten bei der IGR gewusst, und es hätte deshalb zu ihren Pflichten als "lead manager" gehört, diesen Bericht einzufordern oder die Syndikatsbanken mindestens von dessen Existenz zu unterrichten.
b) Mit der Klägerin ist davon auszugehen, dass es sich um eine Rechtsfrage handelt, ob die Beklagte den Bericht der KPMG Fides Peat hätte beschaffen oder die Syndikatsbanken darüber hätte informieren müssen.
Die Klägerin leitet eine Pflichtverletzung der Beklagten jedoch aus Tatsachen ab, welche im vorinstanzlichen Urteil keine Stütze finden. So hat das Handelsgericht insbesondere nicht festgestellt, die Beklagte habe von Ungereimtheiten bei der IGR Kenntnis gehabt. Im Gegenteil wird im angefochtenen Urteil ausgeführt, die klägerischen Behauptungen, wonach die Beklagte vor dem Abschluss des Syndikatskredites über den Abschreibungsbedarf der IGR-Beteiligung und dadurch ausgelöste Auseinandersetzungen im Verwaltungsrat der Euroaktividade Kenntnis gehabt habe, seien unbewiesen geblieben. Damit jedoch fehlen gerade die von der Klägerin ins Feld geführten Tatsachen, welche die Unterlassung der Beklagten als pflichtwidrig erscheinen lassen könnten.
4.- Eine Pflichtverletzung der Beklagten im vorvertraglichen Stadium kann somit bundesrechtskonform verneint werden, soweit auf die Rügen der Klägerin überhaupt eingetreten werden kann. Das Verhalten der Beklagten als "agent" wird von der Klägerin überdies ausdrücklich nicht mehr zur Diskussion gestellt. Die Berufung ist deshalb abzuweisen, und es kann offen bleiben, inwiefern einer Geltendmachung von Ersatzansprüchen die von der Klägerin unterzeichnete Freizeichnungsklausel entgegensteht. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 3. April 1998 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 18'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat der Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 20'000.-- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. April 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: