Sachverhalt:
A. C._, welcher in der Schweiz eine unselbständige Erwerbstätigkeit ausübt, ist Kommanditist mehrerer deutscher Reedereien in der Rechtsform einer GmbH & Co. KG. Gestützt auf Meldungen des kantonalen Steueramtes Nidwalden vom 16. Mai und vom 28. Juli 2008 erfasste die Ausgleichskasse Nidwalden mit Nachtragsverfügungen vom 19. Januar 2009 die C._ von den Reedereien in den Jahren 2004 bis 2006 ausgerichteten Entgelte als beitragspflichtiges Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und setzte die Beiträge (inkl. Verwaltungskosten) für das Jahr 2004 auf Fr. 437.60, für 2005 auf Fr. 3'983.40 und für 2006 auf Fr. 2'930.40 fest. Ferner erhob sie Verzugszinsen von total Fr. 997.40 (Verfügungen vom 19. Januar 2009). Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 2. März 2009 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 17. August 2009 gut und hob den Einspracheentscheid vom 2. März 2009 auf.
C. Die Ausgleichskasse Nidwalden führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 2. März 2009 zu bestätigen.
Das kantonale Gericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. C._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen; eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit der Verlust aus den Beteiligungen für das Jahr 2003 in der Beitragsverfügung 2004 und den darauf folgenden zu berücksichtigen sei; eventuell sei auf die Erhebung des Mindestbeitrages zu verzichten; subeventuell sei dem Eventualbegehren im letztinstanzlichen Verfahren zu entsprechen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) beantragt die Gutheissung der Beschwerde. Mit Eingabe vom 9. April 2010 liess C._ eine Stellungnahme zur Vernehmlassung des BSV einreichen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Im Streit liegt, ob die in betraglicher Hinsicht nicht bestrittenen Einkünfte des Beschwerdegegners, welche er in den Jahren 2004 bis 2006 als Kommanditist verschiedener, in der Rechtsform einer GmbH & Co. KG gekleideten Reedereien mit Sitz in Deutschland erhalten hat, ahv-rechtlich als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von <ref-law> und <ref-law> zu qualifizieren sind. Die Beteiligten sind sich darin einig, dass sich die Beitragspflicht aufgrund der Beteiligung des in der Schweiz wohnhaften und in der Schweiz unselbständig erwerbstätigen Beschwerdegegners an mehreren deutschen Kommanditgesellschaften allein nach schweizerischem Recht richtet (Art. 13 Abs. 2 lit. b, Art. 14a Abs. 2 und Art. 14c der Verordnung [EWG] Nr. 1408/71 über die Anwendung der Systeme der Sozialen Sicherheit auf Arbeitnehmer und Selbständige sowie deren Familienangehörige, die innerhalb der Gemeinschaft zu- und abwandern [SR 0.831.109.268.1] in Verbindung mit <ref-law> und mit dem am 1. Juni 2002 in Kraft getretenen Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit [FZA; SR 0.142.112.681]). Vor Inkrafttreten des FZA galt das Abkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Bundesrepublik Deutschland über Soziale Sicherheit vom 25. Februar 1964 (SR 0.831.109.136.1), welches in Art. 5 eine Kollisionsregel enthalten hatte, wonach der Arbeitsort bzw. das Erwerbsortsprinzip massgeblich gewesen waren und somit in der vorliegenden Konstellation das deutsche Recht anwendbar gewesen war, soweit es um die einzig strittige sozialversicherungsrechtliche Qualifikation der aus der Beteiligung an den deutschen Kommanditgesellschaften erzielten Einkünfte ging (Urteile des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 27. November 1980 [H 60/80], E. 1, publiziert in ZAK 1981 S. 517, und vom 4. August 1993 [H 280/92] publiziert in AHI 1994 S. 134). Schliesslich stimmen die Beteiligten auch darin überein, dass es sich bei den als GmbH und Co. KG ausgestalteten Reedereien nicht um juristische Personen, sondern um Personengesellschaften handelt (vgl. Klaus J. Hopt, in: Baumbach/Hopt/Merkt, Handelsgesetzbuch, 34. Aufl., München 2010, N. 1 zu § 124, N. 2 und 10 zu § 161).
2. 2.1 Im Streit liegt, ob die in betraglicher Hinsicht nicht bestrittenen Einkünfte des Beschwerdegegners, welche er in den Jahren 2004 bis 2006 als Kommanditist verschiedener, in der Rechtsform einer GmbH & Co. KG gekleideten Reedereien mit Sitz in Deutschland erhalten hat, ahv-rechtlich als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von <ref-law> und <ref-law> zu qualifizieren sind. Die Beteiligten sind sich darin einig, dass sich die Beitragspflicht aufgrund der Beteiligung des in der Schweiz wohnhaften und in der Schweiz unselbständig erwerbstätigen Beschwerdegegners an mehreren deutschen Kommanditgesellschaften allein nach schweizerischem Recht richtet (Art. 13 Abs. 2 lit. b, Art. 14a Abs. 2 und Art. 14c der Verordnung [EWG] Nr. 1408/71 über die Anwendung der Systeme der Sozialen Sicherheit auf Arbeitnehmer und Selbständige sowie deren Familienangehörige, die innerhalb der Gemeinschaft zu- und abwandern [SR 0.831.109.268.1] in Verbindung mit <ref-law> und mit dem am 1. Juni 2002 in Kraft getretenen Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit [FZA; SR 0.142.112.681]). Vor Inkrafttreten des FZA galt das Abkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Bundesrepublik Deutschland über Soziale Sicherheit vom 25. Februar 1964 (SR 0.831.109.136.1), welches in Art. 5 eine Kollisionsregel enthalten hatte, wonach der Arbeitsort bzw. das Erwerbsortsprinzip massgeblich gewesen waren und somit in der vorliegenden Konstellation das deutsche Recht anwendbar gewesen war, soweit es um die einzig strittige sozialversicherungsrechtliche Qualifikation der aus der Beteiligung an den deutschen Kommanditgesellschaften erzielten Einkünfte ging (Urteile des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 27. November 1980 [H 60/80], E. 1, publiziert in ZAK 1981 S. 517, und vom 4. August 1993 [H 280/92] publiziert in AHI 1994 S. 134). Schliesslich stimmen die Beteiligten auch darin überein, dass es sich bei den als GmbH und Co. KG ausgestalteten Reedereien nicht um juristische Personen, sondern um Personengesellschaften handelt (vgl. Klaus J. Hopt, in: Baumbach/Hopt/Merkt, Handelsgesetzbuch, 34. Aufl., München 2010, N. 1 zu § 124, N. 2 und 10 zu § 161).
2.2 2.2.1 Gemäss <ref-law> werden die Beiträge der erwerbstätigen Versicherten in Prozenten des Einkommens aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit festgesetzt. Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit ist jedes Erwerbseinkommen, das nicht Entgelt für in unselbständiger Stellung geleistete Arbeit darstellt (<ref-law>). Den Begriff des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit konkretisiert <ref-law> (SR 831.101; in der hier anwendbaren Fassung gemäss Änderung vom 1. März 2000, in Kraft seit 1. Januar 2001, in Verbindung mit SchlBest. der Änderung Abs. 1) wie folgt:
"Als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von Artikel 9 Abs. 1 AHVG gelten alle in selbständiger Stellung erzielten Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf, sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit, einschliesslich der Kapital- und Überführungsgewinne nach Artikel 18 Abs. 2 DBG und der Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken nach Artikel 18 Absatz 4 DBG, mit Ausnahme der Einkünfte aus zu Geschäftsvermögen erklärten Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 DBG."
2.2.2 Nicht unter den Begriff der selbständigen Erwerbstätigkeit im Sinne von <ref-law> und <ref-law> fällt die blosse Verwaltung des eigenen Vermögens; der daraus resultierende reine Kapitalertrag unterliegt daher nicht der Beitragspflicht. Gleiches gilt in Bezug auf Gewinne aus privatem Vermögen, welche in Ausnützung einer zufällig sich bietenden Gelegenheit erzielt worden sind. Anderseits stellen Kapitalgewinne aus der Veräusserung oder Verwertung von Gegenständen des Privatvermögens, wie Wertschriften oder Liegenschaften, auch bei nicht buchführungspflichtigen (Einzel-)Betrieben, Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit dar, wenn und soweit sie auf gewerbsmässigem Handel beruhen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 253; <ref-ruling> E. 2a S. 385 mit Hinweisen; Urteil 9C_551/2008 vom 16. Januar 2009, E. 2.1).
2.2.3 <ref-law> in der ab 1. Januar 1996 in Kraft stehenden Fassung lautet:
"Die Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften sowie von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit haben die Beiträge von ihrem Anteil am Einkommen der Personengesamtheit zu entrichten."
Nach der geltenden Regelung und der gestützt darauf ergangenen Rechtsprechung sind sämtliche Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften für ihre Anteile am Einkommen der Personengesamtheit der Beitragspflicht aus selbständiger Erwerbstätigkeit unterstellt (<ref-ruling> E. 2a S. 82; <ref-ruling> E. 4 S. 75 ff.; <ref-ruling> E. 2 S. 7; ZAK 1986 S. 459, 1985 S. 523, 316, 1981 S. 519 E. 2b, 1980 S. 222).
3. 3.1 Die Vorinstanz stellte für das Bundesgericht verbindlich fest, die Geschäftsführung der GmbH & Co. Kommanditgesellschaften werde durch eine GmbH als Komplementärin erledigt. Das Kapital der GmbH-Komplementärinnen werde durchwegs von der Hauptgesellschafterin der Kommanditgesellschaften gehalten, welche in allen Gesellschaften, an welchen der Beschwerdegegner beteiligt sei, jeweils mindestens 50,25 % Anteil am Kommanditkapital halte. Der Beschwerdegegner sei am Kapital der Komplementärinnen nicht beteiligt und damit auch nicht Gesellschafter der Komplementärinnen. Aus diesem Grund komme ihm auch keinerlei Einflussmöglichkeit auf die Geschäftsführung der Kommanditgesellschaften zu. Aufgrund der klaren Mehrheitsverhältnisse und des Umstandes, dass die Beteiligungen des Beschwerdegegners an den Kommanditgesellschaften jeweils zwischen marginalen 0,25 % und 1,5 % am gesamten Kommanditkapital lägen, sei es ihm nicht möglich, an den jährlichen Gesellschafterversammlungen mitbestimmend einzugreifen. Seine Stellung als Kommanditist der deutschen GmbH & Co. Kommanditgesellschaften entspreche eher derjenigen eines Gesellschafters in der AG als derjenigen eines Kommanditärs in einer kleineren, personengeprägten Kommanditgesellschaft schweizerischen Rechts. Er fungiere als passiver Investor, der mit Ausnahme von der Teilnahme an den jährlichen Gesellschafterversammlungen in keiner Form aktiv am Unternehmensgeschehen mitwirken könne. Er leiste mit seinen Beteiligungen keinen persönlichen Einsatz, der in einem relevanten Zusammenhang mit den ihm zufliessenden Einkünften stehe. Anders als bei der schweizerischen Kommanditgesellschaft, bei der zwischen den Gesellschaftern ein enges Verhältnis gegeben und damit die Möglichkeit der Einflussnahme auf den Betrieb naheliegend und offensichtlich sei, habe der Beschwerdegegner als Kommanditist keinerlei Möglichkeit, auf die Betriebsführung, insbesondere auf die operative Leitung des Geschäfts direkt Einfluss zu nehmen. Die Kompetenzen des Kommanditisten seien vorliegend auf einige wenige Grundsatzentscheidungen im Rahmen der jährlichen Gesellschafterversammlungen reduziert, vergleichbar mit der Stellung der nicht geschäftsführenden Gesellschafter in der GmbH oder der Aktionäre bei der Aktiengesellschaft. Die gesamte Geschäftsführung sei ausschliesslich an die jeweiligen Komplementär-GmbH's delegiert. Eine solche vollständige Delegierung der Geschäftsführung an eine juristische Person als Komplementärin sei im schweizerischen Recht der Kommanditgesellschaft nicht möglich. Ebenso wenig lasse das schweizerische Recht der Kommanditgesellschaft eine juristische Person als Komplementärin zu. Dies sehe hingegen das Bundesgesetz über die kollektiven Kapitalanlagen vor, wo bei der Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen (KGK) der unbeschränkt haftende Gesellschafter eine juristische Person (Aktiengesellschaft) sei, deren Aufgabe es sei, das in der KGK angelegte Vermögen der Kommanditäre professionell zu verwalten. Sowohl bei der deutschen GmbH & Co. KG als auch bei der KGK seien die Funktion der Geschäftsführung klar von der blossen Kapitalgeberfunktion getrennt, indem die Kapitalgeber (Kommanditisten bzw. Kommanditäre) keine unternehmerische Tätigkeit mehr ausüben und blosse Investoren seien. Unter diesen Umständen erscheine die Annahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit des Beschwerdegegners bezogen auf die Erträge aus den Reedereien nicht gerechtfertigt.
3.2 Nach Auffassung der Beschwerde führenden Ausgleichskasse verletzen die vorinstanzlichen Erwägungen Bundesrecht. Bei der deutschen GmbH & Co. KG handle es sich um eine Sonderform der Kommanditgesellschaft und damit um eine Personengesellschaft, die unter den Anwendungsbereich von <ref-law> falle. Nach dieser Bestimmung würden neben den Teilhabern von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften die Teilhaber von andern auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit als Selbständigerwerbende gelten. Die Beitragspflicht setze nicht voraus, dass der Gesellschafter persönliche Arbeitsleistungen erbringe. Es genüge, dass die Gesellschaft auf einen Erwerbszweck gerichtet sei. Der Gesellschafter, der zum Erreichen des Erwerbszwecks nur mit einer Kapitalanlage beigetragen habe, müsse sich die von den geschäftsführenden Mitgliedern für Rechnung aller Teilhaber unternommenen Bemühungen als eigene Erwerbstätigkeit entgegenhalten lassen. Die fehlende Einflussmöglichkeit auf die Geschäftsführung sei für die Beitragspflicht nicht von Belang. Der einzige Unterschied, dass im deutschen Recht anders als im schweizerischen Recht eine juristische Person als Komplementärin eingesetzt werden könne, habe seinen Grund im Ausschluss oder der Begrenzung von Haftungsrisiken. Die Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen sei mit einer Personengesellschaft, wie sie hier zur Diskussion stehe, in keiner Weise vergleichbar.
3.3 Der Beschwerdegegner bringt vor, <ref-law> sei eine Ausführungsbestimmung zu <ref-law>. Sie sei 1995 vom Bundesrat in einem Zeitpunkt erlassen worden, in welchem lediglich die Anwendung des AHVG auf die in der Schweiz üblichen Kollektiv- und Kommanditgesellschaften zur Diskussion gestanden sei. <ref-law> könne deshalb nicht unbesehen auf die in wesentlichen Elementen anders konzipierten neuen oder ausländischen Gesellschaftsformen angewendet werden. Die Stellung des Kommanditisten in der GmbH & Co. KG entspreche hinsichtlich der Einflussnahme faktisch jener des Gesellschafters in der GmbH oder in der AG und nicht jener eines Kommanditärs in einer kleineren, personengeprägten Kommanditgesellschaft schweizerischen Rechts. Der Kommanditist habe die Funktion des blossen Kapitalgebers und nicht jene des aktiven Unternehmers. Der Geschäftserfolg werde in keiner Art und Weise durch ein Verhalten des Kommanditisten beeinflusst. Der einzige Beitrag, den der Beschwerdegegner als Kommanditist leiste, bestehe darin, der Unternehmung Kapital zur Verfügung zu stellen ähnlich wie ein Aktionär in einer AG. Bei neuen und ausländischen Gesellschaftsformen müsse im Einzelnen geprüft werden, ob der betroffene Gesellschafter effektiv eine Erwerbstätigkeit ausübe. Sei ihm dies aufgrund der gesetzlichen oder vertraglichen Ordnung der Gesellschaft nicht möglich, könne er nicht als Selbständigerwerbender im Sinne des AHVG gelten. Bei seiner Beteiligung handle es sich um eine Kapitalanlage, welche nicht im Anwendungsbereich des FZA oder der VO EWG liege.
4. 4.1 <ref-law> ist vom Eidgenössischen Versicherungsgericht in konstanter Rechtsprechung als gesetzmässig betrachtet worden (<ref-ruling> E. 4.3.3 S. 103; <ref-ruling> E. 3; ZAK 1986 S. 460 E. 4a mit weiteren Hinweisen, H 116/97 vom 16. September 1997). Der Beschwerdegegner wirft nun aber sinngemäss die Frage der Gesetzmässigkeit von <ref-law> auf. Er stellt sich auf den Standpunkt, es liege keine "Erwerbstätigkeit" im Sinne des Gesetzes vor. Es sei namentlich bei neuen und ausländischen Gesellschaftsformen nicht haltbar, dass alleine aus seiner Eigenschaft als Kapitalgeber gestützt auf <ref-law> eine "Erwerbstätigkeit" abgeleitet werde.
4.2 Eine Auslegung von <ref-law> nach dem Wortlaut ergibt vorerst klar, dass es sich bei den Reedereien um Kommanditgesellschaften (GmbH & Co. KG) oder um andere "auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit" handelt. Es ist nicht ersichtlich und wird auch nicht behauptet, dass die Reedereien diese Kriterien nicht erfüllen.
4.3 Die Entstehungsgeschichte von <ref-law> zeigt Folgendes:
In der ursprünglichen Fassung von <ref-law> hatten die Teilhaber von Kollektivgesellschaften, die unbeschränkt haftenden Teilhaber von Kommanditgesellschaften und die Teilhaber anderer auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit Beiträge von dem gemäss <ref-law> berechneten Anteil am Einkommen der Personengesamtheiten zu bezahlen. In einem 1974 ergangenen Gesamtgerichtsentscheid (<ref-ruling> E. 3) präzisierte das Eidgenössische Versicherungsgericht die Beitragspflicht der Kommanditäre als Selbständigerwerbende. Dabei wurde grundsätzlich an der bisherigen Praxis der beitragsrechtlichen Erfassung der Gewinnanteile von Teilhabern an Kommanditgesellschaften festgehalten. Die Rechtsprechung bezüglich der ausnahmsweisen Beitragspflicht des Kommanditärs als Selbständigerwerbender sei zudem, so das Gericht damals, in dem Sinne zu bestätigen und zu präzisieren, dass als massgebende Kriterien hiefür der Umfang der im Einzelfall bestehenden Dispositionsbefugnis und des Geschäftsrisikos zu gelten habe. Der von der bisherigen Rechtsprechung ebenfalls verwendete Begriff des "Einsatzes mit der Person" komme demgegenüber lediglich die Bedeutung eines zusätzlichen Abgrenzungskriteriums zu in Fällen, in welchen der Kommanditär ohne entsprechende gesellschaftsvertragliche Regelung eine massgebende Stellung in der Gesellschaft einnehme. Das Gericht verkannte in jenem Entscheid im Jahr 1974 nicht, dass die bisherige Praxis mit Abgrenzungsschwierigkeiten verbunden gewesen war, die de lege ferenda eine einfachere Regelung als wünschenswert erscheinen liessen. Weiter führte das Gericht aus, angesichts der sich aus den Art. 17 lit. c und 20 Abs. 3 AHVV ergebenden Ordnung, welche nicht als gesetzeswidrig erachtet werden könne, sei es dem Gericht verwehrt, diesem Umstand durch Änderung der Rechtsprechung Rechnung zu tragen. Bereits 1974 wurde somit die grundsätzliche Gesetzeskonformität der Beitragspflicht von Kommanditären höchstrichterlich festgestellt.
In der ab 1. Januar 1976 geltenden neuen Formulierung von <ref-law> hatte der Verordnungsgeber die Beitragspflicht der unbeschränkt haftenden Teilhaber der Kommanditgesellschaft (= den Komplementären) auf alle Teilhaber, also auf die Kommanditäre ausgedehnt (ZAK 1974, S. 446 ff., insbesondere S. 448). Erläutert worden war die Ausweitung der Beitragspflicht auch auf die Kommanditäre, die "als solche(r) zur Führung der Geschäfte der Gesellschaft weder berechtigt noch verpflichtet" sind (<ref-law>), durch die Aufsichtsbehörden in ZAK 1974 S. 448 f. wie folgt:
"Der Kommanditär ist Teilhaber der Kommanditgesellschaft. Das Einkommen, das ihm als Gesellschafter zufliesst, insbesondere der Gewinnanteil, gehört deshalb zu den aus selbständiger Erwerbstätigkeit, wie das des Komplementärs (...). Die bisherige Regelung, wonach der nicht mitarbeitende Kommanditär lediglich als Kapitalgeber betrachtet wird, entsprach dessen rechtlicher und wirtschaftlicher Stellung nicht. Die Neuregelung tritt erst am 1. Januar 1976 in Kraft."
Der ab 1976 geltende <ref-law> lautete:
"Die Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften sowie von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit haben die Beiträge von dem gemäss Artikel 17 Buchstabe c berechneten Anteil am Einkommen der Personengesamtheiten zu entrichten."
<ref-law> verwies auf <ref-law>: 6,5 % ist Grenze (in Kraft ab 1. Januar 1992).
Die seit dem 1. Januar 1996 in Kraft stehende Fassung von <ref-law> behält das Prinzip der generellen Beitragspflicht aus selbständiger Erwerbstätigkeit gleichermassen für "die Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften sowie von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit" bei. Neu wird der Anteil am Einkommen der Personengesamtheit nicht mehr in Prozentzahlen beziffert, sondern in allgemeiner Form formuliert, wonach Beiträge "von ihrem Anteil am Einkommen der Personengesamtheit" zu entrichten seien.
4.4 Diese Entstehungsgeschichte des <ref-law> zeigt, dass seit Anfang 1976 eine generelle und konstante Beitragspflicht der Kommanditäre bestanden hat und besteht. Grundgedanke dieser Beitragspflicht war und ist, dass der Kommanditär - anders als ein blosser Kapitalgeber - direkt, ähnlich dem Komplementär, am Gesellschaftsgewinn teilnimmt.
4.5 Auch aus gesetzessystematischer Sicht ergibt sich nichts Gegenteiliges: Weder die offene Formulierung in <ref-law>, wonach Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit jedes Erwerbseinkommen ist, das nicht Entgelt für in unselbständiger Stellung geleistete Arbeit darstellt, noch <ref-law>, das die Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit näher umschreibt, stehen <ref-law> entgegen. Auch ist nicht ersichtlich, dass <ref-law> (SR 642.11) in Widerspruch stünde zu <ref-law> (vgl. auch <ref-law>).
4.6 Schliesslich ist die Beitragspflicht der Kommanditäre auch mit dem Sinn und Zweck von <ref-law> zu begründen. Entsprechend seiner wirtschaftlichen Stellung in der Gesellschaft nimmt der Kommanditär als solcher direkt am wirtschaftlichen Erfolg der Gesellschaft teil. Wer sich als Teilhaber einer Kommanditgesellschaft anschliesst, nimmt nicht in erster Linie eine private Vermögensanlage vor (BGE <ref-ruling>; ZAK 1981 S. 517 [H 60/80 vom 27. November 1980]).
4.7 <ref-law> steht auch im Einklang mit dem Zivilrecht, was für die AHV zwar nicht unbedingt ausschlaggebend, aber im Sinne der Einheit der Rechtsordnung soweit möglich anzustreben ist. Zivilrechtlich ist man entweder Einzelfirma oder Mitglied einer Personengesellschaft und damit Selbständigerwerbender; oder man ist an einer juristischen Person beteiligt und ist dann blosser Kapitalgeber und/oder allenfalls unselbständigerwerbender Angestellter der juristischen Person. Erst in letzter Konstellation muss im Einzelfall geprüft werden, wie viel als Dividende und wie viel als Lohn gemäss <ref-ruling> zu qualifizieren ist. Es ist daher sinnvoll, wenn der Verordnungsgeber auf die zivilrechtliche Regelung abstellt.
4.8 Die Gesetzmässigkeit von <ref-law> ist vom Eidgenössischen Versicherungsgericht und vom Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung bejaht worden (<ref-ruling> E. 2a S. 81 f.; <ref-ruling> [E. 3 publiziert in ZAK 1988 S. 455]; <ref-ruling>; ZAK 1986 S. 460 E. 4a [H 68/85 vom 25. April 1986], 1985 S. 316 [H 147/84 vom 15. März 1985], 1981 S. 519 [H 60/80 vom 27. November 1980, E. 2a], 1980 S. 223 [H 72/79 vom 8. November 1979 E. 1]; Urteil 9C_455/2008, E. 5). Das Einkommen, das diesen als Gesellschafter einer auf Gewinn ausgerichteten Personengesamtheit zufliesst, insbesondere der Gewinnanteil der Gesellschaft, gilt gestützt auf <ref-law> - unabhängig von einer persönlichen Arbeitsleistung - als Einkommen aus selbständiger Tätigkeit. Vorbehalten bleiben Fälle von Rechtsmissbrauch. So hat die Rechtsprechung als Rechtsmissbrauch den Umstand qualifiziert, dass im Rahmen der Beteiligung an einer Kommanditgesellschaft der AHV die Funktion eines reinen Finanzanlageobjekts zugedacht worden ist (<ref-ruling>).
5. 5.1 Nach dem Gesagten ist <ref-law> gesetzmässig. Es besteht daher kein Anlass, von der bisherigen langjährigen und konstanten Rechtsprechung abzuweichen. Entscheidend für die Anwendbarkeit von <ref-law> ist damit einzig, ob es sich um eine auf einen Erwerbszweck gerichtete Personengesamtheit ohne juristische Persönlichkeit handelt. Dies trifft für die deutsche GmbH und Co. KG zu (E. 2.1 hievor). Es kommt daher nicht darauf an, wie im Einzelfall die Einflussmöglichkeiten in der Gesellschaft sind, ob diese eine familienbezogene Struktur hat und ob sie international tätig ist. Es braucht auch nicht geprüft zu werden, ob die im deutschen Recht vorgesehene Gesellschaftsform der GmbH & Co. KG eine mit der schweizerischen Kommanditgesellschaft vergleichbare Gesellschaftsform darstellt, da <ref-law> nicht nur Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften, sondern auch Teilhaber "von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit" aufführt. Wegen dem Erwerbszweck (vgl. <ref-law> und § 161 Abs. 1 HGB) lässt sich, wie das BSV zu Recht einwendet, auch nicht ein Vergleich mit der Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen ziehen, deren ausschliesslicher Zweck die kollektive Kapitalanlage ist (Art. 98 Abs. 1 KAG). Zu keinem andern Ergebnis führt ferner die Argumentation des Beschwerdegegners, als in der Schweiz wohnhafter Unselbständigerwerbender müsse er einzig wegen seines schweizerischen Wohnsitzes Sozialversicherungsbeiträge auf den in Deutschland erzielten Einkünften aus den Beteiligungen an den Reedereien entrichten, was gegenüber einer in Deutschland wohnhaften Person stossend, rechtsungleich und nicht in Einklang mit dem internationalen Recht sei. Die Beitragspflicht widerspricht entgegen der Ansicht des Beschwerdegegners nicht dem internationalen Recht, sondern ergibt sich im Gegenteil gerade daraus (E. 2.1 hievor). Daran ist das Bundesgericht gebunden (<ref-law>).
5.2 Der Beschwerdegegner bringt im letztinstanzlichen Verfahren in tatsächlicher Hinsicht erstmals vor, dass die Reedereien je ein Handelsschiff betreiben, welche ausschliesslich in internationalen Gewässern verkehrten; lediglich der Ort der Verwaltung befinde sich in Deutschland. Für die einzelnen Schiffe sei jeweils ein Bereederungsvertrag mit einer Reederei abgeschlossen worden. Man habe es nicht mit Einkünften aus einem EU-Land zu tun. Diese tatsächlichen Vorbringen sind unzulässige Noven im Sinne von <ref-law>. Es kann daher offenbleiben, wie es sich damit verhält und ob sich daraus allenfalls andere rechtliche Schlussfolgerungen ergeben. Die Beschwerde führende Ausgleichskasse hat daher zu Recht die Einkünfte des Beschwerdegegners in den Jahren 2004 bis 2006 als Kommanditist verschiedener Reedereien als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit qualifiziert.
6. Hinsichtlich der Höhe der Beiträge machte der Beschwerdegegner bereits im vorinstanzlichen Verfahren geltend, er habe im Jahre 2003 einen Verlust aus den Beteiligungen an den Reedereien erlitten, welcher in den Beitragsverfügungen der Jahre 2004 und folgende zu berücksichtigen sei. Dazu hat das kantonale Gericht infolge Gutheissung des Hauptbegehrens keine Tatsachenfeststellungen getroffen noch sich mit der Frage der Verlustverrechnung auseinandergesetzt. Da mit Beginn der Umstellung auf die Gegenwartsbemessung mit einjähriger Beitrags- und Bemessungsperiode ab 1. Januar 2001 die periodenübergreifende Verlustverrechnung für ab dem Jahr 2001 oder später eingetretenen und verbuchten Verluste zulässig ist (in <ref-ruling> publizierte Rechtsprechungsänderung; Urteil H 64/06 vom 11. April 2007, E. 4.3.3, publiziert in SVR 2007 AHV Nr. 11 S. 29; vgl. auch der am 1. Januar 2008 in Kraft getretene <ref-law>), geht die Sache an das kantonale Gericht zurück, damit es das in der Beschwerde vom 30. März 2009 gestellte Eventualbegehren Ziff. 3 prüfe und beurteile. Dabei wird es gegebenenfalls auch die Frage der Beitragspflicht im Lichte von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> prüfen.
7. Bei diesem Ausgang obsiegt die Beschwerdeführerin teilweise. Es rechtfertigt sich daher die Gerichtskosten (<ref-law>) den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird der angefochtene Entscheid vom 17. August 2009 aufgehoben und die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden zurückgewiesen, damit es im Sinne der Erwägung 6 verfahre. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 900.- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Juli 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer