Fatti:
A.
Il 23 settembre 2012 ha avuto luogo la votazione cantonale inerente, tra l'altro, al decreto legislativo concernente lo stanziamento di un credito di fr. 2'500'000.-- per la progettazione definitiva delle opere relative al semisvincolo N2 e del relativo posteggio d'attestamento di via Tatti a Bellinzona, nell'ambito del Piano regionale dei trasporti del Bellinzonese (PTB). Con decisione del 3 ottobre 2012, pubblicata nel Foglio ufficiale n. 80/2012 del 5 ottobre 2012 (pag. 7736 seg.), il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha proclamato i risultati di detta votazione. A favore del credito si sono espressi 42'181 votanti, contro 40'834.
B.
Contro questa decisione, l'8 ottobre 2012 A._ ha inoltrato un ricorso al Gran Consiglio, chiedendo di annullare la votazione e di ripeterla senza un asserito illecito intervento da parte dell'autorità. Faceva valere che la campagna in favore del "sì al semisvincolo" sarebbe stata finanziata in maniera occulta con denaro pubblico. L'11 ottobre seguente, l'insorgente unitamente a dieci litisconsorti e al Comitato "No al finanziamento occulto delle campagne politiche con soldi pubblici", adducendo l'incertezza sui rimedi giuridici, ha presentato un ulteriore analogo ricorso al Gran Consiglio e uno al Tribunale cantonale amministrativo.
C.
Dopo uno scambio di opinioni con il Presidente del Gran Consiglio, con giudizio del 2 novembre 2012 il Tribunale cantonale amministrativo, ritenuta la propria incompetenza, ha dichiarato irricevibile l'ultimo ricorso.
Con decisione del 28 gennaio 2013, dopo aver proceduto a uno scambio di scritti, nel cui ambito sono emersi versamenti alla campagna pubblicitaria del sì da parte di alcuni Comuni e della Commissione regionale dei trasporti del Bellinzonese (CRTB) per un importo di fr. 97'900.--, pure il Parlamento cantonale ha accertato la propria incompetenza, dichiarando irricevibili i due ricorsi sottopostigli. Li ha quindi trasmessi d'ufficio al Tribunale federale (cause 1C_153/2013 e 1C_154/2013). Invitati a esprimersi al riguardo, i ricorrenti li hanno mantenuti.
D.
Avverso la sentenza 2 novembre 2012 del Tribunale cantonale amministrativo e la decisione 28 gennaio 2013 del Gran Consiglio, A._ e undici litisconsorti, fra cui il menzionato Comitato, presentano con un unico allegato un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale (causa 1C_187/2013). Chiedono, concesso al gravame effetto sospensivo, in via principale di annullare le decisioni impugnate e di rinviare la causa al Parlamento cantonale per nuovo giudizio, subordinatamente di trasmetterla al Consiglio di Stato, rispettivamente alla Corte cantonale; in via ancor più subordinata, di ordinare la ripetizione della votazione litigiosa.
Con decreto presidenziale del 19 marzo 2013 al ricorso è stato conferito effetto sospensivo.
E.
La Corte cantonale, sollevati dubbi sulla tempestività del ricorso contro la propria decisione, si riconferma nella stessa, mentre il Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, in quanto riguarda la decisione di quest'ultimo, propone di respingerlo in quanto ammissibile. I ricorrenti non hanno replicato.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. I tre ricorsi riguardano tematiche inerenti alla medesima fattispecie, segnatamente la validità della votazione del 23 settembre 2012 e in particolare la questione della competenza a esaminarli a livello cantonale. Le censure sollevate sono sostanzialmente analoghe e i gravami sono connessi. Si giustifica quindi di trattarli congiuntamente e di statuire sugli stessi con un unico giudizio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>).
1.3. Secondo l'<ref-law>, il Tribunale federale giudica nella composizione di cinque giudici i ricorsi contro decisioni cantonali sull'ammissibilità di un'iniziativa o sull'ammissibilità di un referendum. L'oggetto del litigio in senso stretto non si focalizza tuttavia su tale questione, bensì sulla competenza giurisdizionale tra varie autorità cantonali, aspetto che del resto nemmeno concerne una questione di diritto di importanza fondamentale ai sensi dell'<ref-law>, ma rientra in quelle di natura organica del diritto cantonale (cfr. Michel Féraud, in Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2a ed. 2011, n. 3 e 9 ad art. 20; Karl Spühler, Bundesgerichtsgesetz, Praxiskommentar, 2a ed., 2013, n. 3 e 5 ad art. 20).
1.4. La legittimazione delle persone ricorrenti, aventi diritto di voto nell'affare in causa, è pacifica (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3) : non è pertanto necessario esaminare oltre la questione di sapere se anche il comitato ricorrente adempia i presupposti richiesti dalla giurisprudenza al riguardo (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
1.5. Con il ricorso secondo l'art. 82 lett. c LTF si può far valere la violazione dei diritti politici, specificamente in materia cantonale (<ref-law>). In concreto, come si vedrà, sebbene formalmente sia impugnata la decisione di proclamazione dei risultati di una votazione cantonale, materialmente è contestata un'influenza illecita sul suo esito, al dire dei ricorrenti falsato da un finanziamento occulto della campagna referendaria da parte di autorità comunali ed enti pubblici: il ricorso è quindi diretto in sostanza contro atti preliminari o preparatori della votazione.
1.6. Conformemente all'art. 95 lett. a, c, e d LTF, nel ricorso per violazione di diritti politici si può far valere la lesione del diritto federale, dei diritti costituzionali cantonali, come pure delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari. Il Tribunale federale esamina liberamente queste censure (<ref-ruling> consid. 1.5 e rinvii).
1.7. Le esigenze di motivazione previste per i ricorsi al Tribunale federale valgono anche per i gravami secondo l'art. 82 lett. c LTF. Giusta l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, occorre quindi spiegare perché l'atto impugnato viola il diritto (cfr. art. 95 segg. LTF). Questa Corte non è pertanto tenuta a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 4.1). Inoltre, quando è invocata la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale secondo l'<ref-law>, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2.4 e 2.5).
1.8. Le richieste ricorsuali, per le quali il Tribunale federale dovrebbe verificare in generale le possibilità e le modalità con cui in futuro gli enti pubblici potrebbero finanziare campagne pubblicitarie politiche sono chiaramente inammissibili, l'Alta Corte costituzionale dovendosi esprimere unicamente sul caso concreto sottoposto al suo esame e non su questioni meramente teoriche o future, alle quali i ricorrenti non hanno un interesse pratico e attuale alla disamina. Queste conclusioni, in assenza delle note eccezioni a tale principio, sono quindi inammissibili (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.3).
2.
2.1. Sia la contestata decisione granconsiliare sia quella della Corte cantonale sono state adottate sulla base degli art. 163 e in particolare 164 della legge del 7 ottobre 1998 sull'esercizio dei diritti politici (LEDP).
L'art. 163 LEDP dispone:
"1 Contro ogni atto del Municipio o del Sindaco nella procedura preparatoria delle votazioni o elezioni come pure di raccolta di firme per iniziative o referendum può essere interposto ricorso al Tribunale cantonale amministrativo.
2 Contro ogni atto del Consiglio di Stato nella procedura preparatoria delle votazioni o elezioni come pure di raccolta di firme per iniziative o referendum può essere interposto reclamo al Consiglio di Stato."
3 Per atti di procedura preparatoria si intendono quelli compresi tra la convocazione delle assemblee e la chiusura delle operazioni di voto."
L'art. 164 LEDP ha il seguente tenore:
" 1 I ricorsi contro le decisioni dell'ufficio cantonale di accertamento devono essere inoltrati al Gran Consiglio entro quindici giorni dalla pubblicazione dei risultati.
2 I ricorsi contro altre votazioni o elezioni devono essere inoltrati al Tribunale cantonale amministrativo entro quindici giorni dalla pubblicazione dei risultati.
3 ..."
Le due autorità cantonali adite contemporaneamente dai ricorrenti, in dubbio sulle rispettive competenze, prima di decidere hanno proceduto a uno scambio di opinioni (art. 4 cpv. 3 della legge del 19 aprile 1966 di procedura per le cause amministrative, LPamm). Il Presidente della Corte cantonale esprimeva l'opinione dell'incompetenza del Tribunale, parere condiviso dal Presidente del Gran Consiglio: quest'ultimo adduceva qualche perplessità a trattare quale autorità politica casi di una siffatta natura. Il Tribunale amministrativo, con giudizio del 2 novembre 2013, ha poi accertato formalmente la propria incompetenza.
2.2. Nella misura in cui i ricorrenti criticano la citata sentenza della Corte cantonale, il gravame è manifestamente tardivo. In effetti, come rilevato dal Tribunale amministrativo nelle osservazioni, dal tracciamento degli invii risulta ch'essa è stata recapitata nella loro casella postale il 5 novembre seguente. Il ricorso, impostato soltanto il 20 febbraio 2013 e quindi ben oltre il termine di 30 giorni previsto dall'<ref-law>, è pertanto tardivo, ciò che peraltro i ricorrenti, rinunciando a replicare, non hanno contestato. In quanto diretto contro la sentenza della Corte cantonale, il ricorso è quindi inammissibile.
2.3. Il ricorso del 20 febbraio 2013 (causa 1C_187/2013) è per converso tempestivo, in quanto diretto contro la decisione granconsiliare del 28 gennaio precedente.
2.3.1. In tale ambito, rilevato che l'incompetenza della Corte cantonale non comporterebbe la propria competenza, il Gran Consiglio ha istruito le cause e intimato i ricorsi ai Comuni interessati, alla CRTB e all'Ente regionale per lo sviluppo del bellinzonese e Valli. Ha accertato che nelle osservazioni otto Comuni hanno confermato d'aver versato contributi variabili da fr. 500.-- a fr. 20'000.-- per un importo di fr. 47'900.-- e la CRTB fr. 50'000.--, per un importo totale di fr. 97'900.--.
Il Parlamento cantonale ha nondimeno dichiarato inammissibili i ricorsi dell'8 e dell'11 ottobre 2012 per incompetenza (cause 1C_153 e 154/2013). Richiamato l'<ref-law>, secondo cui il termine di ricorso è reputato osservato se l'atto scritto perviene in tempo utile all'autorità cantonale incompetente, li ha poi trasmessi al Tribunale federale, affinché li esamini nel merito.
Ora, con il gravame del 20 febbraio 2013 (causa 1C_187/2013) i ricorrenti censurano la predetta decisione, facendo valere che competente a dirimere la vertenza dovrebbe essere il Gran Consiglio, rispettivamente il Consiglio di Stato o la Corte cantonale. Occorre pertanto esaminare in primo luogo questo ricorso, ritenuto che, in caso di un suo accoglimento, il Tribunale federale in assenza di una decisione di un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF) non potrebbe esaminare nel merito gli altri.
2.3.2. Ciò vale a maggior ragione poiché nella decisione del 28 gennaio 2013 il Parlamento cantonale, ritenuti i ricorsi tempestivi ai sensi dell'art. 164 LEDP in quanto diretti contro la proclamazione dei risultati (cause 1C_153 e 154/2012), ha nondimeno espresso dubbi sulla loro tempestività se diretti contro atti della procedura preparatoria secondo l'art. 163 LEDP. Al riguardo ha infatti rilevato che da un passaggio nei gravami si potrebbe dedurre che i ricorrenti avrebbero potuto avvertire già prima del voto un'influenza illecita sulla campagna pubblicitaria e presentare di conseguenza tempestivamente reclamo al Consiglio di Stato. Ha tuttavia lasciato aperta la questione, la cui soluzione avrebbe comportato un'istruttoria di tipo giudiziario.
Ora, è manifesto che non spetta al Tribunale federale supplire a questa omissione e accertare, quale prima e ultima istanza, i fatti determinanti per il giudizio, né gli compete fungere, sempre quale prima e unica istanza, quale autorità di reclamo in vece delle autorità cantonali competenti, alle quali la LEDP affida espressamente tale compito. Ciò a maggior ragione ricordato che il Tribunale federale procede solo eccezionalmente all'assunzione di prove (<ref-ruling> consid. 2).
2.3.3. Certo, è vero che in applicazione del principio della buona fede, di massima, gli interessati non possono attendere l'esito, a loro sfavorevole, di una votazione, per sollevare critiche riguardo alle modalità del suo svolgimento: la giurisprudenza esige infatti che le decisioni anteriori al voto o gli atti preparatori, che secondo gli interessati potrebbero falsare l'esercizio della volontà popolare, debbano essere impugnati immediatamente, senza attendere l'esito dello scrutinio (<ref-ruling> consid. 1 inedito; <ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 1d, 415 consid. 2a; sentenza 1C_366/2013 del 3 settembre 2013 consid. 1.2, in SJ 2013 I pag. 554). L'indagine sulla questione di sapere se i ricorrenti potevano o dovevano rendersi conto che la campagna litigiosa era stata finanziata in maniera illecita con fondi pubblici e se si poteva pretendere da loro che si informassero presso i Comuni e gli enti pubblici interessati prima della votazione, costituisce un'incombenza tutt'altro che evidente, qualora i versamenti litigiosi fossero effettivamente avvenuti in maniera occulta. Già questo mancato accertamento dei fatti decisivi, oltre ai motivi di cui ancora si dirà, giustifica un rinvio della causa all'autorità cantonale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 8.1.e 8.2; sentenza 1B_157/2009 del 9 giugno 2009 consid. 1.1).
2.3.4. Parrebbe del resto equivoco avanzare dubbi sulla tempestività dei ricorsi, nella misura in cui sarebbero rivolti contro atti della procedura preparatoria ai sensi dell'art. 163 LEDP, dopo aver proceduto alla loro istruzione, a uno scambio di scritti e aver udito il consulente giuridico del Gran Consiglio. Qualora l'istanza precedente riteneva che i ricorrenti fossero a conoscenza degli asseriti interventi illeciti già prima dell'esito dello scrutinio, le spettava espletare un'istruttoria completa in merito e accertare in maniera vincolante se i ricorsi fossero tardivi o semmai lasciare il quesito aperto e in ogni modo esaminarli nel merito, ma non dichiararsi incompetente a trattarli.
Per di più, in tal caso, per lo meno si sarebbe dovuto procedere a uno scambio di opinioni su questa tematica con il Consiglio di Stato (art. 4 LPamm) o, reputato che gli interventi asseritamente illeciti rilevati in seguito non costituirebbero atti del Consiglio di Stato ma dei Municipi, con il Tribunale amministrativo, al quale potrebbe competere l'esame dei ricorsi giusta l'art. 163 cpv. 1 LEDP. Allo scopo di evitare un conflitto di competenza negativo, occorreva infatti esaminare anche tale tematica, ricordato che l'autorità che si considera incompetente non può rifiutarsi di trasmettere l'incarto all'autorità competente o sottrarre lo stesso alla procedura di scambio di opinioni ( Marco Borghi/Guido Corti, Compendio di procedura amministrativa ticinese, 1997, n. 2 all'art. 4 pag. 26). D'altra parte, eventuali conflitti di competenza fra il Consiglio di Stato e il Tribunale amministrativo dovrebbero essere decisi dal Gran Consiglio (art. 5 LPamm).
3.
3.1. In concreto, contrariamente alla tesi granconsiliare sulla competenza diretta del Tribunale federale, nemmeno si è in presenza di un caso di applicazione dell'eccezione prevista dall'art. 88 cpv. 2 secondo periodo LTF, secondo cui l'obbligo per i Cantoni di prevedere un rimedio giuridico contro gli atti delle autorità che possono violare i diritti politici dei cittadini in materia cantonale non si estende a quelli del Parlamento e del Governo. Non è pertanto decisiva la circostanza che il legislatore ticinese, in relazione all'entrata in vigore della LTF, ha deliberatamente escluso d'introdurre contro tali atti un rimedio giuridico cantonale (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2; sentenza 1C_38/2013 del 26 febbraio 2013 consid. 1.5).
Nella fattispecie non si è in effetti in presenza di un atto preparatorio adottato dal Governo o dal Gran Consiglio. Vista la pretesa incompetenza delle autorità cantonali, neppure si è di fronte a una decisione di merito pronunciata da queste autorità in applicazione dell'art 164 LEDP. In assenza di una decisione a livello cantonale, ritenuta l'asserita incompetenza delle autorità cantonali, manifestamente non è data la fattispecie dell'<ref-law>: in effetti, nemmeno si pone la questione di sapere se si debba prevedere un rimedio giuridico contro atti del Parlamento o del Governo, ritenuto che nel caso in esame non vi é alcuna decisione di prima istanza, presa da dette autorità, definitiva ai sensi dell'art. 166a LEDP. Ne segue che il Tribunale federale non può esaminare nel merito i primi due ricorsi presentati dai ricorrenti (cause 1C_153 e 154/2013), che in primo luogo devono essere decisi da parte di un'autorità cantonale, come esplicitamente previsto dagli art. 163 e 164 LEDP.
3.2. Certo, nella nozione di atti del Parlamento o del Governo ai sensi dell'art. 88 cpv. 2 secondo periodo LTF rientrano non solo decisioni e atti normativi, ma pure i cosiddetti atti materiali connessi a elezioni e votazioni (Regina Kiener, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in Neue Bundesrechtspflege, Tschannen (ed.) 2007, pag. 250 in alto), come per esempio le informazioni e i messaggi esplicativi ufficiali (<ref-ruling>; sentenza 1C_82/2009 del 29 giugno 2009 consid. 2.2.2) o la fissazione della data di una votazione (<ref-ruling> consid. 1.1 inedito); il Tribunale federale ha avuto occasione di pronunciarsi su atti preparatori adottati formalmente dal Governo ticinese nella sentenza 1C_38/2013 del 26 febbraio 2013 consid. 1.4 e 1.5. In concreto tuttavia il ricorso nemmeno verte su atti materiali adottati dal Governo o dal Parlamento, ma in sostanza su un asserito finanziamento occulto alla campagna del sì da parte di Comuni e della CRTB: conformemente a quanto stabilito dagli art. 163 e 164 LEDP, già per evidenti motivi di celerità, spetta pertanto in primo luogo alle autorità cantonali pronunciarsi in merito.
3.3. Nella fattispecie, in questo stadio della vertenza, neppure si pone la questione, sollevata dai ricorrenti, della garanzia della via giudiziaria ancorata nell'<ref-law> e attuata dall'art. 88 cpv. 2 primo periodo LTF, secondo cui i Cantoni prevedono un rimedio giuridico contro gli atti delle autorità che possono violare i diritti politici dei cittadini in materia cantonale, istituendo a tale scopo un'autorità giudiziaria (<ref-ruling> consid. 2 inedito); obbligo che tuttavia, come visto, non si estende agli atti del Parlamento e del Governo (art. 88 cpv. 2 secondo periodo LTF; Gerold Steinmann, in Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2a ed., 2011, n. 12 e 13 ad art. 88). Nel caso in esame non si tratta invero della questione di sapere se manchi un'autorità giudiziaria cantonale di ricorso: fa difetto, vista la pretesa incompetenza delle autorità cantonali, una decisione di prima istanza adottata dal Parlamento o dal Governo, che potrebbe in seguito essere oggetto di un rimedio giuridico cantonale o federale (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 2 inedito; sentenza 1C_38/2013 del 26 febbraio 2013 consid. 1.3.-1.5).
4.
4.1. Nella sentenza impugnata, il Parlamento cantonale ha ricordato che l'art. 51 cpv. 1 LEDP indica, tra i compiti spettanti all'Ufficio cantonale di accertamento, quello di stabilire i risultati della votazione (lett. b). Questa norma, al suo capoverso 2, precisa inoltre che ogni altra questione, per cui fosse eventualmente pendente ricorso, è decisa dall'autorità competente investita del ricorso medesimo. L'art. 52 LEDP definisce cosa si intende per i risultati da pubblicare, ossia, tra l'altro, il numero dei votanti (cpv. 1 lett. a), il numero delle schede valide, nulle, in bianco e contestate con i motivi (lett. b).
Ne ha dedotto che la legge istituirebbe la competenza del Gran Consiglio solo per l'esame dei risultati delle votazioni (riconteggio dei voti, errata pubblicazione dei dati e questioni minori). Le censure sollevate dai ricorrenti si riferirebbero tuttavia alla fase preparatoria della votazione litigiosa, segnatamente alla campagna referendaria che avrebbe falsato, suggestionato o condizionato la volontà popolare. Ha insistito sul fatto che si tratterrebbe di questioni molto complesse, richiedenti una "vera e propria istruttoria", un approfondito ed esaustivo accertamento dei fatti, l'assunzione di prove, l'audizione delle parti e l'esame sotto il profilo giuridico dei ricorsi, competenze che sarebbero " naturalmente" di spettanza di un tribunale e non di un'autorità politica. Parrebbe pertanto di essere in presenza di un conflitto negativo di competenza.
4.2. Ora, è manifesto che non spetta al Tribunale federale accertare, quale prima e unica istanza, i fatti determinanti per l'esito della causa e pronunciarsi, sempre quale prima e unica istanza, sull'applicazione degli art. 51, 163 e 164 LEDP. D'altra parte, come visto, nel caso di specie il richiamo all'<ref-law> è inconferente.
Non è infatti concepibile che il Gran Consiglio possa declinare la propria competenza, stabilita dalla legge cantonale, argomentando che l'istruzione e l'esame della causa sarebbero troppo complessi per un'autorità politica. Ciò a maggior ragione poiché, come si vedrà, il Parlamento cantonale a titolo abbondanziale ha comunque esaminato, senza tuttavia trarne le debite conclusioni, i ricorsi nel merito.
4.3. Nella decisione granconsiliare si rileva che i ricorrenti non contestano tanto il risultato del voto, quanto le modalità della campagna contro il referendum ed in particolare il suo finanziamento da parte di alcuni Comuni ed enti pubblici. In sostanza criticano quindi atti della procedura preparatoria ai sensi dell'art. 163 LEDP.
Al riguardo il Gran Consiglio si è limitato a osservare che in tal caso la competenza sarebbe spettata al Consiglio di Stato, per lo meno qualora tali atti fossero stati scoperti prima del voto. Ha rilevato che dall'atto di ricorso si potrebbe dedurre che i ricorrenti avrebbero avvertito un'indebita ingerenza già durante la campagna referendaria, deducendone ch'essi avrebbero quindi dovuto presentare tempestivo reclamo al Consiglio di Stato nel contesto della procedura preparatoria, ossia entro tre giorni a contare da quello in cui fu compiuto l'atto che hanno inteso impugnare (art. 163 cpv. 4 LEDP). Il Parlamento ha nondimeno lasciato aperta la questione di sapere se i sospettati versamenti fossero effettivamente noti ai ricorrenti già prima del voto, poiché la soluzione di questo quesito " richiederebbe, in ogni caso, un'istruttoria di tipo giudiziario". Al proposito i ricorrenti sostengono che l'ampia, imponente e dispendiosa campagna pubblicitaria era sì nota prima della proclamazione dei voti, ma non il fatto del suo finanziamento occulto. Aggiungono che le criticate irregolarità sarebbero emerse in particolare in seguito a un articolo apparso il 9 ottobre 2012 in un quotidiano ticinese, quindi dopo l'inoltro del ricorso, circostanza che secondo loro potrebbe costituire un fatto nuovo, giustificante la trattazione del ricorso quale domanda di revisione (cfr. al riguardo <ref-ruling> consid. 4.3 e 4.3.3).
Ora, in siffatta ipotesi, rilevato che il Gran Consiglio non ha ritenuto chiara la questione della tempestività, i ricorsi dovevano semmai essere trasmessi d'ufficio al Consiglio di Stato, cui spettava procedere autonomamente all'accertamento di una sua eventuale competenza, o per lo meno procedere a uno scambio di opinioni (art. 4 cpv. 3 LPamm, norma di carattere imperativo, cfr. al riguardo Borghi/Corti, op. cit., n. 1, 2 e 5 all'art. 4). Al Consiglio di Stato spettava se del caso per legge accertare compiutamente un'eventuale tardività, comunque non manifesta, dei gravami. È in effetti tutt'altro che evidente che i ricorrenti potessero presumere che la campagna non fosse finanziata solo da privati, ma anche per almeno fr. 97'000.-- da comuni ed enti pubblici, a maggior ragione se tali versamenti fossero avvenuti in maniera occulta. Rientra in effetti se del caso anche nella competenza del Governo o della Corte cantonale, visto che i versamenti litigiosi parrebbero essere stati effettuati da autorità comunali e da enti o commissioni regionali e quindi non sulla base di un atto del Governo cantonale, decidere se l'art. 163 LEDP sia o no applicabile.
La circostanza che i versamenti litigiosi siano stati scoperti soltanto dopo la pubblicazione dei risultati, ovviamente non significa ch'essi non sarebbero stati effettuati nell'ambito della procedura preparatoria, ossia quella compresa tra la convocazione delle assemblee e la chiusura delle operazioni di voto (art. 163 cpv. 3 LEDP). Tale fatto non ne comporta d'acchito l'irrilevanza riguardo a un'influenza illecita sulla formazione della volontà popolare. La garanzia della libera formazione della volontà e l'espressione fedele del voto dell'<ref-law> assicura infatti al cittadino che siano riconosciuti solo i risultati delle votazioni corrispondenti in modo affidabile e non falsato alla volontà dell'avente diritto di voto liberamente espressa (<ref-ruling> consid. 6.2; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
4.4. Il Gran Consiglio ha motivato l'irricevibilità del gravame adducendo tra l'altro, in maniera generica e di difficile comprensione, che le attuali basi legali non sarebbero sufficienti per vagliare ricorsi di simile natura. Dai materiali risulterebbe che tutte le questioni relative alle elezioni e all'eleggibilità sono state escluse, per ragioni politiche, dalle competenze del Tribunale amministrativo: rettamente rileva nondimeno che da questi materiali non risulta una siffatta esclusione in materia di votazioni. Aggiunge che le vertenze sarebbero sempre più complesse sotto il profilo tecnico e giuridico e il Gran Consiglio, quale autorità politica, non avrebbe gli strumenti tecnici di cui disporrebbe un tribunale, né potrebbe garantire la celerità dell'istruttoria. Al suo dire, l'incidenza della campagna pubblicitaria litigiosa sull'esito della votazione costituirebbe un argomento tecnico, che, come la valutazione giuridica dei criticati versamenti, rientrerebbe nelle competenze di un'autorità giudiziaria.
Questi rilievi evidentemente non comportano la caducità della competenza del Gran Consiglio stabilita dalla legge in modo perentorio: essa non può essere fondata né modificata, neppure per accordo delle parti (art. 2 LPamm), e dev'essere esaminata d'ufficio (art. 3 LPamm). I cittadini hanno del resto diritto a che la decisione venga presa dall'autorità competente. La circostanza che nei casi previsti dalla normativa cantonale possano rientrare anche vertenze complesse, non costituisce manifestamente un motivo valido per escluderla. Se del caso, nulla impedisce per il futuro al Legislativo cantonale di modificare gli art. 163 e 164 LEDP, di precisare e limitare semmai la propria competenza a trattare simili ricorsi e attribuirla, pur nel rispetto del principio dell'indipendenza di giudizio, sulla base di criteri chiari e comprensibili per i cittadini, ad un'altra istanza.
4.5. Il Gran Consiglio, valutata la propria competenza riguardo all'art. 51 cpv. 2 LEDP, dovrà anche esaminare se in concreto i criticati atti sono stati compiuti dai Municipi e se pertanto non ci si trovi in un caso di applicazione dell'art. 163 cpv. 1 LEDP. In tale evenienza la decisione di irricevibilità non osterebbe, di massima, alla trasmissione d'ufficio dei ricorsi alla Corte cantonale per esame. La pretesa incompetenza del Tribunale amministrativo dovrà semmai essere verificata anche sotto il profilo dell'art. 164 cpv. 2 LDEP.
5.
5.1. Merita infine un accenno l'osservazione "di transenna" del Gran Consiglio, secondo cui il Tribunale federale, oltre vent'anni or sono, avrebbe ritenuto non eccessivi dei finanziamenti da parte di enti pubblici a sostegno di un oggetto sottoposto a votazione per importi fino a fr. 65'000.-- (<ref-ruling> consid. 6d). Parrebbe dedurne, esaminando pertanto a titolo abbondanziale i gravami nel merito, che l'ammontare degli importi versati in concreto non sarebbe eccessivo.
5.2. L'accenno, oltre che impreciso, è incompleto e fuorviante. In effetti la giurisprudenza del Tribunale federale ha già avuto modo di precisare, ricordata la garanzia della libera formazione della volontà e l'espressione fedele del voto, a quali condizioni lo Stato può intervenire finanziariamente in una campagna che precede una votazione popolare. Ha precisato che lo stanziamento di fondi pubblici a favore di un comitato privato in cui l'autorità, come parrebbe essere nel caso in esame, non è rappresentata, non è di principio ammissibile: a maggior ragione è riprovevole se il finanziamento è avvenuto in maniera occulta. Ha anche rilevato che per giustificare l'annullamento della votazione le conseguenze delle irregolarità sull'esito della votazione devono essere considerate nel loro complesso, che il vizio deve rivestire una certa gravità e che la somma stanziata non deve compromettere la parità delle armi tra sostenitori e oppositori dell'oggetto in votazione (<ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 6b pag. 444 e 7a pag. 446; cfr. anche <ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 3e; su questo tema vedi anche Martina Caroni, Herausforderung Demokratie, in ZSR vol. 132 (2013), fascicolo 1, pag. 5 segg., in particolare pag. 59 segg. e 73 segg.; Bénédicte Tornay, La démocratie directe saisie par le juge, 2008, pag. 265 segg., 283 seg.). Nella fattispecie non è dato di sapere a quanto ammontavano per finire i fondi investiti dal comitato favorevole rispettivamente da quello contrario al semisvincolo e non è pertanto possibile giudicare se l'importo litigioso versato in maniera asseritamente occulta assuma un'importanza significativa, tale da influire sull'esito della votazione.
Queste questioni, in particolare quelle di sapere se i criticati finanziamenti siano effettivamente avvenuti in misura sporporzionata e in maniera occulta, non sono state esaminate nella decisione impugnata e dovranno ancora essere vagliate compiutamente. In particolare, si dovrà valutare il peso della circostanza, decisiva, che nel caso di specie le criticate irregolarità, vista l'esigua differenza tra i voti favorevoli (42'181) e quelli contrari (40'834) al credito litigioso, ossia soltanto dell'1,62 %, potevano influire in maniera tutt'altro che marginale sull'esito della votazione (<ref-ruling> consid. 5.3 e 6; <ref-ruling> consid. 3b, 6 e 7; <ref-ruling> consid. 6d in fine pag. 475).
6.
6.1. Il ricorso del 20 febbraio 2013 (causa 1C_187/2013) deve pertanto essere accolto. Di conseguenza il Gran Consiglio, qualora si ritenga competente, dovrà esaminare nel merito i ricorsi sottopostigli l'8 e l'11 ottobre 2012 (cause 1C_153 e 154/2013) : in caso contrario li trasmetterà all'autorità cantonale ritenuta competente.
6.2. Non si prelevano spese (<ref-law>), né si attribuiscono ripetibili per la procedura dinanzi al Tribunale federale, ritenuto che i ricorrenti vi hanno rinunciato e che, comunque, non si sono avvalsi del patrocinio di un legale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Le cause 1C_153/2013, 1C_154/2013 e 1C_187/2013 sono congiunte.
2.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso del 20 febbraio 2013 (causa 1C_187/2013) è accolto e la decisione emanata dal Gran Consiglio del Cantone Ticino il 28 gennaio 2013 è annullata.
3.
Le cause 1C_153/2013 e 1C_154/2013 vengono rinviate al Parlamento cantonale ai sensi dei considerandi.
4.
Non si prelevano spese giudiziarie e non si attribuiscono ripetibili della sede federale.
5.
Comunicazione ai ricorrenti, al Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.