Sachverhalt:
A.X._ ist Architekt HTL und betätigt sich u.a. im Liegenschaftenhandel. Mit Veranlagungsverfügung vom 11. Dezember 2006 setzte die Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz die ausserordentlichen Einkünfte aus Liegenschaftenhandel für die separate Jahressteuer 1999 auf Fr. 226'820.-- fest, indem sie von den Liegenschaftsgewinnen des Jahres 1999 (Fr. 317'183.--) den durchschnittlichen Liegenschaftsgewinn der sechs vorhergehenden Jahre (Fr. 90'363.--) in Abzug brachte.
A. und B.X._ führten gegen diese Jahressteuerveranlagung ohne Erfolg Einsprache. Mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz vom 1. Oktober 2010 machten sie geltend, dass die Verjährung eingetreten sei. Zudem legten sie dar, dass sie im Jahre 2000 aus dem Liegenschaftenhandel einen Verlust von Fr. 278'879.-- erlitten hätten. Dieser Verlust sei mit dem ausserordentlichen Gewinn des Jahres 1999 zu verrechnen. Sofern Grundstückgewinne in den Jahren der Bemessungslücke als ausserordentlich gelten würden, müssten folgerichtig auch die Grundstückverluste berücksichtigt werden. Mit Entscheid vom 25. November 2010 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde "im Sinne der Erwägungen" ab. Es erwog, dass ein allfälliger Verlust im zweiten Bemessungslückenjahr (n-1) nur vorgetragen, nicht aber auf das erste Bemessungslückenjahr (n-2) "zurückgetragen" werden könne.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen A. und B.X._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 25. November 2010 sowie die Verfügung der kantonalen Steuerverwaltung vom 11. Dezember 2006 seien aufzuheben und es sei festzustellen, dass im Jahre 1999 kein ausserordentliches Einkommen zu versteuern sei. Eventualiter sei das steuerbare ausserordentliche Einkommen unter Berücksichtigung des Liegenschaftsverlusts im Jahr 2000 auf Fr. 17'900.-- festzusetzen.
Die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz betreffend die direkte Bundessteuer ist zulässig (Art. 82 ff., 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG; Art. 146 DBG [SR 642.11]). Die Beschwerdeführer sind zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Nicht einzutreten ist indes auf das Rechtsmittel, soweit die Aufhebung der Verfügung der Steuerverwaltung vom 11. Dezember 2006 beantragt wird, da die Beschwerde nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig ist (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG).
2. Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Mit der vorliegenden Beschwerde wird nicht (mehr) bestritten, dass die Tätigkeit des Beschwerdeführers nach der Rechtsprechung als Liegenschaftenhandel zu qualifizieren ist und die in die Bemessungslücke fallenden überdurchschnittlichen Gewinne daraus als ausserordentliche Einkünfte im Sinne von Art. 218 Abs. 3 DBG zu betrachten sind, die der Jahressteuer unterliegen (vgl. Urteil 2C_900/2008 vom 28. April 2009 E. 4). Die Frage der Ausserordentlichkeit der Einkünfte stellt sich daher nicht. Zu prüfen sind einzig die Fragen der Verjährung und der Verlustverrechnung.
3. Nach Art. 120 Abs. 1 DBG verjährt das Recht, eine Steuer zu veranlagen, fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Gemäss Abs. 2 lit. a dieser Vorschrift beginnt jedoch diese Frist nicht oder steht sie still während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens. Sie wird nach Abs. 3 lit. a zudem unterbrochen und beginnt neu mit jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird. Gemäss Abs. 4 ist das Recht, die Steuer zu veranlagen, 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode aber auf jeden Fall verjährt.
Die Vorinstanz ist der Ansicht, dass zum Unterbrechungsgrund der Einforderungshandlung (Art. 120 Abs. 3 lit. a DBG) auch die Zustellung des Steuererklärungsformulars gehört. Mit dem Versand des Steuererklärungsformulars am 15. Februar 2001, welches die Beschwerdeführer nachgewiesenermassen erhalten hätten, sei die Verjährung ein erstes Mal und mit dem aktenkundigen Schreiben der Veranlagungsbehörde an die Beschwerdeführer vom 20. Dezember 2005 ein zweites Mal unterbrochen worden. Die Eröffnung der Veranlagungsverfügung vom 11. Dezember 2006 sei somit rechtzeitig erfolgt. Seit Erhebung der Einsprache stehe die Frist nach Art. 120 Abs. 2 DBG still.
Die Beschwerdeführer wenden demgegenüber ein, gemäss dem alten Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer vom 9. Dezember 1940 (BdBSt) habe das Veranlagungsverfahren innerhalb von drei Jahren nach Ablauf der Veranlagungsperiode eingeleitet werden müssen, wobei der Bundesratsbeschluss noch keine Veranlagungsverjährung beinhaltet habe (Art. 98 BdBSt). Mit der Zustellung des Steuererklärungsformulars innerhalb von drei Jahren nach Ablauf der Veranlagungsperiode wäre gemäss dieser Vorschrift und der diesbezüglichen Praxis die Einleitungsfrist eingehalten worden. Das neue Recht kenne demgegenüber keine Einleitungsfrist mehr, dafür aber eine Veranlagungsverjährung, die nach dem Wortlaut des Gesetzes fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode eintritt, wenn sie nicht unterbrochen wird oder still steht. Hätte der Gesetzgeber der Zustellung der Steuererklärungsformulare eine verjährungsunterbrechende Wirkung beilegen wollen, so hätte er den Beginn der Verjährungsfrist ausdrücklich auf diesen Zeitpunkt festgesetzt, zumal die Steuererklärungsformulare jedem Steuerpflichtigen zugestellt werden müssen. Die Zustellung des Steuererklärungsformulars stelle daher keine verjährungsunterbrechende Handlung (Art. 120 Abs. 3 DBG) mehr dar.
Dieser Argumentation der Beschwerdeführer kann nicht gefolgt werden. Bei der Zustellung des Steuererklärungsformulars an die Steuerpflichtigen handelt es sich offensichtlich um eine auf die "Feststellung der Steuerforderung" im Sinne von Art. 120 Abs. 3 lit. a DBG gerichtete Handlung. Eine entsprechende Praxis bestand bereits unter dem früheren Bundesratsbeschluss über die direkte Bundessteuer, wie die Vorinstanz zu Recht festhielt (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 3). Unter dem Bundesratsbeschluss betrug die Frist, während welcher die Veranlagung eingeleitet werden konnte, drei Jahre (Art. 98 BdBSt). Eingeleitet wurde die Veranlagung mit der ersten nach aussen wirksamen Amtshandlung. Das war in der Regel die Zustellung des Steuererklärungsformulars an den Steuerpflichtigen (Urteil des Bundesgerichts vom 23. Mai 1986, ASA 56 S. 557 E. 1). Wurde diese Frist eingehalten, waren die Behörden (unter Vorbehalt der Bezugsverjährung nach Art. 128 BdBSt) an keine Frist mehr gebunden (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen; KÄNZIG/BEHNISCH, Die direkte Bundessteuer [Wehrsteuer], III. Teil, 2. Aufl. 1992, N. 2 und 3 zu Art. 98 BdBSt; s. auch Urteil 2C_267/2010 vom 8. April 2011 E. 4.1 f.). Das DBG hat demgegenüber namentlich die Neuerung gebracht, dass es nicht mehr die Einleitung der Veranlagung befristet, sondern das Recht zur Veranlagung zeitlich begrenzt, und zwar durch eine relative wie auch eine absolute Frist. Daraus kann aber nicht geschlossen werden, bei der Zustellung des Steuererklärungsformulars handle es sich nicht mehr um eine auf "Feststellung ... der Steuerforderung gerichtete Amtshandlung". Das eine hat mit dem anderen nichts zu tun. Die umstrittene Steuerforderung ist daher noch nicht verjährt.
4. Zu prüfen bleibt, ob der für das Jahr 2000 deklarierte Verlust aus Liegenschaftenhandel mit den ausserordentlichen Einkünften des Jahres 1999 zu verrechnen ist, wie die Beschwerdeführer mit dem Eventualantrag geltend machen.
4.1 Gemäss Art. 41 DBG sind die Kantone frei, für die natürlichen Personen anstelle der zweijährigen Pränumerandobesteuerung mit Vergangenheitsbemessung (Art. 40, 43 Abs. 1 DBG) die einjährige Postnumerandobesteuerung mit Gegenwartsbemessung festzulegen. Von dieser Möglichkeit haben alle Kantone Gebrauch gemacht. Die Übergangsbestimmung in Art. 218 DBG regelt den Wechsel der zeitlichen Bemessung. Gemäss Abs. 1 dieser Norm wird die Einkommenssteuer für die erste Steuerperiode (n) nach dem Wechsel nach neuem Recht veranlagt. Das Einkommen der zwei letzten Jahre vor dem Wechsel (n-1 und n-2) fällt in die Bemessungslücke. Eine Ausnahme sehen die Absätze 2 und 3 der genannten Übergangsbestimmung für die in den Jahren n-1 und n-2 erzielten ausserordentlichen Einkünfte vor. Diese unterliegen für das Steuerjahr, in dem sie zugeflossen sind einer vollen Jahressteuer zu dem Satz, der sich für diese Einkünfte allein ergibt. Die im Durchschnitt der Jahre n-1 und n-2 angefallenen ausserordentlichen Aufwendungen können gemäss Abs. 4 abgezogen werden. Im Gegensatz zu den ausserordentlichen Einkünften sind die ausserordentlichen Aufwendungen in Abs. 5 abschliessend aufgezählt.
Über die Behandlung von Geschäftsverlusten in den Übergangsjahren enthalten die harmonisierten Bundesgesetze demgegenüber keine Vorschriften. Die ordentlichen Einkünfte aus einer selbständigen Erwerbstätigkeit in den beiden Jahren vor dem Systemwechsel n-2 und n-1 fallen in die Bemessungslücke. Fraglich ist, wie der Geschäftsverlust eines in diesen Jahren abgeschlossenen Geschäftsjahres zu behandeln ist. Nach dem Kreisschreiben Nr. 6 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 20. August 1999, Ziff. 255 (ASA 68 S. 388 f.), ist ein solcher Verlust in erster Linie mit dem allfälligen (ordentlichen) Gewinn eines in derselben Periode abgeschlossenen Geschäftsjahres zu verrechnen. Gemeint ist die Verrechnung mit dem ordentlichen Geschäftsgewinn. Erst wenn nach dieser Verrechnung ein Verlust verbleibt, kann dieser gemäss dem Kreisscheiben von einem in dieser Periode realisierten ausserordentlichen Ertrag in Abzug gebracht werden (wobei die ausserordentlichen Aufwendungen nach Art. 218 Abs. 4 und 5 DBG vorgängig zu berücksichtigen sind). Verrechenbare Geschäftsverluste aus den der Bemessungslücke vorhergehenden Jahren n-3 und n-4 können unter den gleichen Bedingungen wie die Verluste der Jahre n-1 und n-2 mit den ausserordentlichen Erträgen der Jahre n-1 und n-2 verrechnet werden. Verlustüberschüsse aus den Jahren n-1 und n-2 können sodann im Rahmen der allgemeinen Verlustvortragsperiode (Art. 31 bzw. 211 DBG) auf das Steuerjahr n vorgetragen werden (Kreisschreiben, a.a.O., Ziff. 255; s. auch BEAT WALKER, Die Besteuerung der Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit im System der Postnumerandobesteuerung und im Übergang, StR 55/2000 S. 8 f.).
Die Verrechnung von Verlusten mit ordentlichen Gewinnen der Bemessungslücke wird in der Doktrin mehrheitlich als systemwidrig erachtet, da die ordentlichen Gewinne der in den Jahren n-1 und n-2 abgeschlossenen Geschäftsjahre nach Art. 218 Abs. 2 DBG nie Bemessungsgrundlage bilden können und daher auch nicht zur Verrechnung mit Geschäftsverlusten herangezogen werden dürfen (REICH/ ZÜGER, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 14 zu Art. 211 DBG; EICHENBERGER/GEHRIGER, Grundsätze und kontroverse Fragen beim Übergang zur Gegenwartsbemessung im Kanton Zürich, StR 55/2000 S. 402 f.; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, 1. Aufl. 2003, N. 34 zu Art. 218 DBG; PETER B. NEFZGER, in: Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 2004, N. 14 zu § 89 StG). Abgesehen davon wird auch in der erwähnten Literatur die Meinung vertreten, dass Verluste der Übergangsperiode sowie noch nicht verrechnete Verluste der Vorjahre nach Art. 31 bzw. 211 DBG berücksichtigt werden müssen.
Soweit sich Doktrin und Praxis hierzu äussern, kann in den Bemessungslückenjahren (n-2, n-1) ein Verlust nur vorgetragen, nicht aber zurückgetragen werden. Da im Bereich der direkten Bundessteuer die Jahressteuer für die Übergangsperiode für jedes Steuerjahr separat und nach dem Satz, der für die betreffenden Einkünfte gilt, erhoben wird, und nach den massgebenden steuerrechtlichen Vorschriften (Art. 31 bzw. 211 DBG) Verluste nur vorgetragen werden können, ist auch in der Bemessungslücke grundsätzlich nur ein Verlustvortrag möglich. Ein Verlustrücktrag in dem Sinn, dass ein Verlustüberschuss der Steuerperiode n-1 auf die Steuerperiode n-2 zurückgetragen werden kann, ist gesetzlich nicht vorgesehen und wird überwiegend abgelehnt. Die beiden Übergangsjahre bilden auch keine zweijährige Bemessungsperiode. Ein Verlust der Steuerperiode n-1 ist daher grundsätzlich auf die Steuerperioden n ff. vorzutragen (vgl. RICHNER ET AL., a.a.O., N. 34 zu 218 DBG; DIETER WEBER, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 34 i.f. zu Art. 218 DBG; Steuerverwaltung Graubünden, Praxisfestlegung Verlustverrechnung vom 5. November 2001 Ziff. 2.2; teilweise abweichend Kantonales Steueramt St. Gallen, Verlustverrechnung in den Übergangsjahren, St. Galler Steuerbuch 314 Nr. 5 Ziff. 2 ff., bes. 4.1).
4.2 Wenn daher die Vorinstanz es abgelehnt hat, den geltend gemachten Verlust des Steuerjahres 2000 (n-1) mit den ausserordentlichen Einkünften des Steuerjahres 1999 (n-2) zu verrechnen, kann darin keine Bundesrechtsverletzung erblickt werden. Eine ausdrückliche bundesrechtliche Norm, gegen welche die Vorinstanz verstossen haben könnte, besteht nicht. Die Praxisfestlegung im Kreisschreiben Nr. 6 der Eidgenössischen Steuerverwaltung ist nicht eindeutig. Art. 218 Abs. 2 spricht von den "Steuerjahren", das Kreisschreiben von der "Periode". Die Praxis der kantonalen Steuerverwaltungen ist nicht einheitlich. Die Lehre äussert sich zu dieser Frage nur am Rand. Unter einem systematischen Aspekt erscheint die Lösung der Vorinstanz konsequent und kann dagegen nichts eingewendet werden. Im Übrigen hat die Vorinstanz vorgesehen, dass der Verlustüberschuss im Rahmen der gesetzlichen Bestimmungen allenfalls auf die folgende Steuerperiode (n bzw. 2001) vorzutragen ist. So ist auch ihre Abweisung der Beschwerde "im Sinne der Erwägungen" zu verstehen (vgl. Urteil E. 3.4 S. 7). Sollte diese Veranlagung bereits rechtskräftig sein, müsste die Steuererklärung als Revisionsgesuch entgegengenommen werden (analog Art. 9 Abs. 3 der Verordnung über die zeitliche Bemessung der direkten Bundessteuer bei natürlichen Personen; SR 642.117.1, Änderung vom 14. Dezember 1998). Damit wird dem Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung angemessen Rechnung getragen. Ob eine andere Lösung ebenfalls vertretbar wäre, kann bei dieser Sachlage offenbleiben.
5. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da die Beschwerdeführer unterliegen, haben sie die Gerichtskosten zu tragen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Kantonalen Steuerverwaltung, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Mai 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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