Sachverhalt:
A.
Das Statthalteramt des Bezirkes Winterthur warf X._ vor, er habe insgesamt 26 verschiedene Unterlassungs- bzw. Vernachlässigungstatbestände verwirklicht, durch welche er seinen Verpflichtungen als Rindviehhhalter nicht genügend nachgekommen sei. X._ bestritt sämtliche Vorwürfe.
Das Statthalteramt erkannte ihn mit Strafbefehl vom 3. Mai 2011 der mehrfachen Widerhandlungen gegen das Tierseuchengesetz (TSG; SR 916.40) und das Tierschutzgesetz (TSchG; SR 455) sowie der Widerhandlung gegen das kantonale Planungs- und Baugesetz und das Heilmittelgesetz (HMG; SR 812.21) schuldig und bestrafte ihn mit einer Busse von Fr. 2'500.--.
Das Bezirksgericht Winterthur sprach ihn am 25. November 2011 vom Vorwurf der fahrlässigen Tierquälerei und der Widerhandlung gegen das kantonale Planungs- und Baugesetz frei. Im Übrigen bestätigte es den Schuldspruch des Statthalteramts.
B.
Das Obergericht des Kantons Zürich stellte am 22. März 2013 auf Berufungen von X._ und des Kantonalen Veterinäramts die Rechtskraft des bezirksgerichtlichen Freispruchs von der Widerhandlung gegen das kantonale Planungs- und Baugesetz fest.
Es verurteilte X._ wegen
- mehrfacher vorsätzlicher Widerhandlung gegen Art. 47 Abs. 1 und Art. 48 Abs. 1 TSG,
- mehrfacher fahrlässiger Widerhandlung gegen Art. 47 Abs. 1 und 2 sowie Art. 48 Abs. 1 und 2 TSG,
- mehrfacher vorsätzlicher Widerhandlung gegen <ref-law>,
- fahrlässiger Widerhandlung gegen <ref-law> sowie
- fahrlässiger Widerhandlung gegen <ref-law>.
zu einer Busse von Fr. 3'000.--.
C.
X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer macht geltend, der Strafbefehl vom 3. Mai 2011 genüge den gesetzlichen Anforderungen an den Inhalt einer Anklageschrift gemäss <ref-law> offensichtlich nicht.
Die Sache wurde zunächst im Strafbefehlsverfahren beurteilt (vgl. Urteil 6B_152/2013 vom 27. Mai 2013 E. 3). Der Beschwerdeführer erhob gegen den Strafbefehl Einsprache (<ref-law>). Nach durchgeführter Untersuchung hielt das Statthalteramt am Strafbefehl fest und überwies die Akten an das Bezirksgericht Winterthur. In diesem Fall gilt der Strafbefehl als Anklageschrift (<ref-law>). Das erstinstanzliche Gericht entscheidet "über die Gültigkeit des Strafbefehls" (<ref-law>). Falls erforderlich, weist es die Anklage zur Ergänzung oder Berichtigung zurück (<ref-law>).
Die Vorwürfe bilden ausschliesslich (Urteil S. 7) Übertretungen (<ref-law>). Das Berufungsgericht überprüft das erstinstanzliche Urteil nur in den angefochtenen Punkten (<ref-law>). Es kann zugunsten der beschuldigten Person auch nicht angefochtene Punkte überprüfen, um gesetzwidrige oder unbillige Entscheidungen zu verhindern (<ref-law>). Es hat nicht nach Rechtsfehlern zu suchen oder sich mit Rechtsfragen auseinanderzusetzen, die sich ihm nicht stellen (vgl. Urteil 6B_99/2012 vom 14. November 2012 E. 5.2).
Die beschuldigte Person muss die Einsprache nicht begründen (<ref-law>). Das Bezirksgericht führte eine mündliche Hauptverhandlung durch und befragte den Beschwerdeführer zu jedem einzelnen der 26 Vorwürfe (kantonale Akten, act. 29/1). Er war somit über die Anklage in jeder Hinsicht vollumfänglich in Kenntnis gesetzt. Im Berufungsverfahren wurde er rechtsanwaltlich vertreten (act. 33). Der Beschwerdeführer erhob weder vor dem Bezirksgericht noch der Vorinstanz Einwände gegen die Anklageschrift.
Neue rechtliche Vorbringen werden vom Novenverbot (<ref-law>) zwar nicht erfasst. Es widerspricht aber dem Grundsatz von Treu und Glauben, vor Bundesgericht verfahrensrechtliche Einwendungen vorzubringen, die in einem früheren Verfahrensstadium hätten geltend gemacht werden können (Urteile 6B_676/2011 vom 7. Februar 2012 E. 1.2, 6B_350/2011 vom 22. Dezember 2011 E. 1.2, 6B_1075/2010 vom 26. April 2011 E. 3). Solche Rügen sind verspätet. Auf die geltend gemachte Verletzung von <ref-law> ist mangels Erschöpfung des Instanzenzugs (<ref-law>) nicht einzutreten.
2.
Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz hätte den sachverständigen Zeugen Dr. A._ zu Nutzen und Schaden von Impfungen befragen müssen, und beruft sich auf aussergesetzliche Rechtfertigungsgründe. Er habe im Verfahren geltend gemacht, dass er über viel Erfahrung verfüge, da er seit über acht Jahren hätte impfen müssen. Er selber und weitere Bauern hätten Impfschäden erlitten. Es sei "quasi um Leben und Tod seiner Tiere" gegangen.
Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, scheitert ein "notstandsähnliches Widerstandsrecht" bereits daran, dass das Verhalten des Beschwerdeführers nicht die Reaktion auf offensichtlich rechtswidrige Amtshandlungen war (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 45 und 103 IV 73 E. 6b). Trotz der behaupteten Impfproblematik liegen keine derart ausserordentlichen Umstände im Sinne eines Rechtfertigungsgrundes der "Wahrnehmung berechtigter Interessen" vor. Die gesetzgeberische Interessenabwägung ist massgebend. Schäden sind grundsätzlich haftungsrechtlich zu beurteilen. Die strafrechtliche Praxis anerkennt neben den gesetzlich erlaubten Handlungen wie insbesondere Notwehr und Notstand (<ref-law>) nur sehr zurückhaltend so genannte "über- oder aussergesetzliche" Rechtfertigungsgründe (vgl. <ref-ruling> E. 3.3). Der Betroffene hat die vom Gesetzgeber einkalkulierten Folgen einer gesetzlichen Regelung bzw. der Anwendung des Gesetzes grundsätzlich hinzunehmen (Urteil 6B_397/2010 vom 26. Oktober 2010 E. 5.2 zur Weigerung, Rinder und Schafe gegen die Blauzungenkrankheit zu impfen). Bundesgesetze sind für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>).
Die Ablehnung der Zeugeneinvernahme in antizipierter Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 5.3) ist nicht zu beanstanden.
3.
Soweit der Beschwerdeführer zum Tatvorwurf 18 eine Verletzung des Anklagegrundsatzes geltend macht, ist darauf aus den erwähnten Gründen (oben E. 1) nicht einzutreten. Die Vorinstanz begründet (hier abweichend vom Bezirksgericht) den Schuldspruch wegen fahrlässiger Widerhandlung gegen das Tierschutzgesetz (fahrlässige Tierquälerei) im Sinne von <ref-law> i.V.m. insbesondere <ref-law> eingehend (Urteil S. 28-34).
Der Beschwerdeführer bestreitet die vorinstanzliche Feststellung nicht, dass am 11. Februar 2010 anlässlich einer Kontrolle des Veterinäramtes auf seinem Heimbetrieb in einem mit insgesamt zwölf Tieren belegten Stall ein festliegendes Rind vorgefunden wurde, das in einem derart schlechten physischen Zustand war, dass es sogleich euthanasiert werden musste (Urteil S. 29). Die Vorinstanz hält unter Hinweis auf eine Aussage des Beschwerdeführers fest, diesem seien aufgrund eines Vorfalls im Jahre 2008 (1,5-jähriger Stier) die Symptome, der Krankheitsverlauf und die Unheilbarkeit der Paratuberkulose bestens bekannt gewesen (Urteil S. 32). Der Beschwerdeführer wendet unter Hinweis auf das bezirksgerichtliche Urteil S. 34 ein, seine Aussage betreffe nicht diesen Stier. Er habe nicht auf den Verdacht einer Paratuberkulose kommen können.
Der erwähnte Stier, der drei Tage im Tierspital war, musste eingeschläfert werden. Im darauffolgenden Jahr hatte der Beschwerdeführer "wieder einen Stier in diesem Zustand". Der Durchfall habe gestoppt werden können, und der Stier habe wieder zugelegt. "Das Rind, um welches es vorliegend gehe, habe im Winter die gleichen Symptome wie der Stier, den sie durchgebracht hätten, aufgezeigt; (...) Deshalb habe er erneut zur Homöopathie gegriffen. Er habe sicher nicht wieder das Tierspital oder einen Tierarzt gefragt. Er habe dann gemerkt, dass das Tier nicht darauf anspreche." Er hätte das Tier erschossen. Doch die Polizei sei ihm zuvorgekommen (bezirksgerichtliches Urteil S. 34).
Der Beschwerdeführer hatte somit Erfahrung mit der Krankheit. Er erkannte, dass das Rind schwer erkrankt war und auf seine Behandlung nicht ansprach. Es wird ihm nicht vorgeworfen, dass er als Nichtfachmann (Veterinärmediziner) die korrekte Diagnose nicht zu stellen vermochte, sondern trotz einschlägiger Erfahrungen auf den augenscheinlich besorgniserregenden Zustand des Rindes nicht reagierte. Der Willkürvorwurf ist unbegründet.
Der Tierhalter ist dafür verantwortlich, dass kranke Tiere unverzüglich ihrem Zustand entsprechend untergebracht, gepflegt und behandelt oder getötet werden (Art. 5 Abs. 2 der Tierschutzverordnung [TSchV; SR 455.1]). Angesichts des "desolaten Zustands" des Rindes (tierärztlicher Bericht, Urteil S. 30) kann sich der Beschwerdeführer nicht auf den Standpunkt stellen, er "habe sicher nicht wieder das Tierspital oder den Tierarzt gefragt". Die Vorinstanz erkennt nicht auf vorsätzliche Tierquälerei. Zumindest den Fahrlässigkeitsvorwurf (<ref-law>) muss sich der Beschwerdeführer zurechnen lassen. Er beachtete die Vorsicht nicht, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet war (<ref-law>).
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem unterliegenden Beschwerdeführer sind die Kosten vor Bundesgericht aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Briw