Sachverhalt:
A. Am 8. Juli 2010 erstattete X._ bei der Stadtpolizei Zürich Strafanzeige gegen Y._ und Z._ wegen fahrlässiger Körperverletzung und Nötigung. Gleichzeitig erstattete sie Strafanzeige gegen W._ wegen falschen ärztlichen Zeugnisses.
Nach durchgeführter Untersuchung stellte die Staatsanwaltschaft Rheinfelden-Laufenburg mit drei Verfügungen vom 7. September 2011 die gegen Y._, Z._ und W._ angehobenen Strafverfahren mangels strafbaren Verhaltens ein. Die Einstellungsverfügungen wurden am 8. September 2011 von der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau genehmigt.
B. Gegen die Einstellungsverfügungen betreffend Y._ (im Folgenden: der Beschuldigte) und W._ (im Folgenden: die Beschuldigte) erhob X._ am 26. September 2011 jeweils Beschwerde an das Obergericht des Kantons Aargau. Dieses wies die Beschwerden am 23. Januar 2012 in zwei separaten Entscheiden ab.
C. Gegen beide Entscheide hat X._ am 1. März 2012 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, die angefochtenen Entscheide seien aufzuheben; beide Verfahren seien an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen und diese sei anzuweisen, weitere Untersuchungshandlungen vorzunehmen.
D. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> offen.
Nach <ref-law> ist zur Beschwerde berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b); ein solches Interesse wird insbesondere der Privatklägerschaft zuerkannt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG).
Im Falle der Einstellung des Strafverfahrens wird nicht vorausgesetzt, dass die geschädigte Person ihre Zivilforderungen bereits adhäsionsweise im Strafverfahren geltend gemacht hat; dagegen wird verlangt, dass sie im Verfahren vor Bundesgericht darlegt, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderungen auswirken kann (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 248 mit Hinweisen), es sei denn, dies sei - etwa aufgrund der Natur der untersuchten Straftat - ohne Weiteres aus den Akten ersichtlich (<ref-ruling> E. 2.4 S. 223 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin hat sich am 28. Februar 2011 als Straf- und Zivilklägerin und damit als Privatklägerin konstituiert.
1.1 In ihrer Beschwerde gegen die Einstellung des Strafverfahrens gegen Y._ (Verfahren 1B_122/2012) macht sie geltend, die Vorinstanz habe das Recht auf Schadenersatz verletzt, das aus der geltend gemachten Freiheitsberaubung und der dadurch erlittenen Körperverletzung resultiere. Damit macht sie zumindest sinngemäss geltend, dass sie Schadenersatzansprüche wegen der erlittenen Schädigung ihrer Gesundheit (Gehirnerschütterung mit zweitägiger stationärer Behandlung im Kantonsspital Liestal) gegen Y._ geltend machen will. Da dieser u.a. der fahrlässigen Körperverletzung beschuldigt wird, ist der Zusammenhang des Strafverfahrens mit diesen Schadenersatzansprüchen evident.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde im Verfahren 1B_122/2012 einzutreten.
1.2 Anders verhält es sich im Beschwerdeverfahren 1B_124/2012: W._ wird vorgeworfen, ein falsches ärztliches Zeugnis ausgestellt und sich deshalb gemäss <ref-law> strafbar gemacht zu haben. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, welche Zivilansprüche sie gegen die Beschuldigte erheben will und inwiefern sich der angefochtene Entscheid hierauf auswirkt; dies ist auch nicht ohne Weiteres ersichtlich. Auf diese Beschwerde ist daher mangels Legitimation nicht einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin ist Mitarbeiterin der V._ AG. Sie leidet seit 1997 an den Folgen eines Verkehrsunfalls und musste mehrfach operiert werden. Nach einer Reorganisation 2008 kam es zu Spannungen zwischen der Beschwerdeführerin und ihrem neuen Vorgesetzten. Am 1. Dezember 2009 wurde eine Leistungsvereinbarung mit Bewährungsfrist und Kündigungsandrohung durch die Arbeitgeberin erstellt, deren Annahme und Unterschrift die Beschwerdeführerin verweigerte. Darin waren alle vier Wochen Gespräche mit ihrem Vorgesetzten und der Personalverantwortlichen ("HR Business Partnerin") vorgesehen.
Am 17. Februar 2010 stellte der Hausarzt der Beschwerdeführerin, U._, ein ärztliches Zeugnis aus, wonach diese bis auf Weiteres aus medizinischen Gründen von Vorgesetzten- und HR-Gesprächen dispensiert sei.
Am 2. März 2010 telefonierte die bei V._ AG angestellte Fachärztin für Arbeitsmedizin Dr. W._ mit U._, um die Umsetzung seines Attests abzuklären. In einem E-Mail an Z._ teilte sie mit, U._ habe sich auf seine ärztliche Schweigepflicht berufen. Immerhin habe er erläutert, dass sein Attest u.a. die als Schikane und als unzumutbar empfundene Praxis umfasse, die Besprechungstermine mit dem Vorgesetzten und der Personalabteilung ausserhalb der Arbeitszeit zu terminieren. Da die Mitarbeiterin nur teilzeitbeschäftigt und in Zürich wohnhaft sei, sollten die Besprechungstermine innerhalb ihrer Arbeitszeit terminiert werden. Wenn auf diesen Wunsch eingegangen werde, sollte auch die Wahrnehmung dieser Gespräche möglich sein.
Am 27. Juli 2010 teilte U._ schriftlich mit, er habe der Assistenz-Betriebsärztin anlässlich ihres Anrufs gesagt, sie solle zusammen mit X._ die Situation vertraulich überprüfen. Das Zeugnis vom 17. Februar 2010 habe er nicht widerrufen.
Die Beschwerdeführerin warf dem Beschuldigten und der Personalverantwortlichen Z._ vor, sie am 3. Mai 2010 gegen 16 Uhr völlig überraschend und gegen ihren Willen zu einem Kündigungsgespräch gezwungen zu haben, obwohl sie wussten, dass sie von solchen Gesprächen dispensiert und bereits einmal anlässlich eines solchen Gesprächs (bei der Überbringung der Leistungsvereinbarung am 1. Dezember 2009) zusammengebrochen war. Sie habe bei der Diskussion eine heftige Panikattacke erlitten und habe das Büro sofort verlassen wollen. Daran habe der Beschuldigte sie gehindert, indem er ihr den Ausgang versperrt und sie sogar leicht an die Schultern gefasst habe. Daraufhin habe sie das Bewusstsein verloren, sei wie ein Brett nach hinten gekippt und mit dem Kopf aufgeschlagen, wobei sie sich erheblich verletzt habe. Der Beschuldigte habe sich damit der Nötigung und der eventualvorsätzlichen bzw. fahrlässigen Körperverletzung schuldig gemacht.
3. Das Obergericht verneinte die Strafbarkeit des angezeigten Verhaltens:
3.1 In tatsächlicher Hinsicht erachtete es die Aussage des Beschuldigten, wonach er die Beschwerdeführerin nicht angefasst und nicht physisch am Verlassen des Büros gehindert habe, als glaubhaft. Nachdem auch die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde ans Obergericht (S. 5) nur noch ein passives Hindern durch Blockieren des Ausgangs geltend gemacht habe, sei davon auszugehen, dass der Beschuldigte nicht Gewalt angewendet oder ihr ernstliche Nachteile angedroht habe.
<ref-law> stelle nicht jede Beschränkung der Handlungsfreiheit unter Strafe, sondern nur solche Behinderungen, deren Unrechtsgehalt jenem der Gewaltanwendung oder der Androhung ernstlicher Nachteile entspreche. Einer nur kurzfristigen Behinderung der Fortbewegungsfreiheit sei der Nötigungscharakter in der Regel abzusprechen (<ref-ruling> E. 3b S. 169). Das behauptete Verhindern des Verlassens des Büros durch in den Weg stellen des Beschuldigten sei auch nach Darstellung der Beschwerdeführerin lediglich von kurzer Dauer gewesen und sei somit weder tatbestandsmässig noch rechtswidrig. Im Übrigen habe die Beschwerdeführerin selbst ausgesagt, das "Gefühl" gehabt zu haben, ihr Büro nicht mehr verlassen zu können, sodass zweifelhaft sei, ob sich der Beschuldigte überhaupt objektiv nötigend verhalten habe.
3.2 Der Beschuldigte habe auch die Körperverletzung der Beschwerdeführerin nicht adäquat verursacht: Aus der Perspektive eines neutralen unbeteiligten Beobachters beurteilt, sei das von der Beschwerdeführerin als Ursache für ihre Verletzung behauptete Verhindern des Verlassens des Raums durch in den Weg stellen nicht geeignet gewesen, einen Unfall der eingetretenen Art (Zusammenbruch bzw. Bewusstseinsverlust und Fallen nach hinten mit Aufprall des Kopfes) zu verursachen. Es sei nicht ersichtlich, wie der Beschuldigte eine derart heftige Reaktion hätte voraussehen können. Damit fehle es an einem adäquaten Kausalzusammenhang bzw. an einer Sorgfaltspflichtverletzung.
3.3 Das Obergericht kam deshalb zum Ergebnis, dass das Strafverfahren gegen Y._ zu Recht eingestellt worden sei. Damit erübrigten sich weitere Untersuchungshandlungen durch die Staatsanwaltschaft in dieser Sache.
4. Die Beschwerdeführerin bestreitet dies: Neben der Befragung von U._ (im Zusammenhang mit den Vorwürfen gegen W._, die nach dem oben in E. 1 Gesagten nicht zu beurteilen sind) verlangt sie die Einvernahme von T._ als Zeuge. Dieser sei als zuständiger Sozialbearbeiter am 3. Mai 2010 in das Nebenbüro bestellt worden. Dies belege, dass der Beschuldigte und Z._ mit einer heftigen Reaktion ihrerseits gerechnet hätten.
Der Beschuldigte habe selbst ausgesagt, dass er nunmehr das Gespräch erzwingen wolle. Seine Ausrede, er habe wegen der engen räumlichen Verhältnisse nicht ausweichen und die Beschwerdeführerin aus dem Büro lassen können, werde durch die Fotos des Büros klar widerlegt.
Das Obergericht habe in willkürlicher Weise die Vorgeschichte und die Tatsche ignoriert, dass der Beschuldigte um den labilen Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin wusste. Unter diesen Umständen könne auch ein rein passives Versperren des Weges strafrechtlich als eventualvorsätzliche Körperverletzung qualifiziert werden. Wer einer kranken Mitarbeiterin, die gerade eine Panikattacke habe, den Ausgang versperre, obwohl er wisse, dass sie bereits einmal bei einem solchen Gespräch zusammengebrochen sei, der nehme eine weitere Gesundheitsschädigung in Kauf.
Zudem habe sich der Beschuldigte bewusst über den ärztlichen Dispens hinweggesetzt. Selbst die (ohnehin falsche) Vorgabe von W._, wonach Vorgesetztengespräche während der Arbeitszeit möglich seien, sei nicht eingehalten worden: Die Arbeitszeit der Beschwerdeführerin sei lediglich bis auf 15.55 Uhr festgesetzt worden; der Unfall habe sich jedoch um 16 Uhr ereignet.
5. Nach <ref-law> verfügt die Staatsanwaltschaft die vollständige oder teilweise Einstellung des Verfahrens, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (lit. a) oder kein Straftatbestand erfüllt ist (lit. b). Dabei gilt der Grundsatz "in dubio pro duriore": Die Untersuchungsbehörden dürfen nicht leichthin eine Verfahrenseinstellung vornehmen; im Zweifel, d.h. wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch, ist grundsätzlich Anklage zu erheben. Der Staatsanwaltschaft steht in diesem Zusammenhang ein erheblicher Ermessenspielraum zu. Halten sich die Wahrscheinlichkeit einer Verurteilung durch den Strafrichter und diejenige eines Freispruchs etwa die Waage, muss umso eher angeklagt werden, je schwerer das Delikt wiegt (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil 1B_687 und 689/2011 vom 27. März 2011 E. 4.1.1).
5.1 Vorliegend wird dem Beschuldigten vorgeworfen, als Vorgesetzter der Beschwerdeführerin ein Gespräch mit dieser erzwungen zu haben, um ihr die Kündigung mündlich zu eröffnen, und sie hierfür kurzfristig, für die Dauer des Gesprächs, daran gehindert zu haben, das Büro zu verlassen. Dieses Verhalten ist grundsätzlich sozialadäquat und - jedenfalls unter gewöhnlichen Umständen - weder als Nötigung noch als Körperverletzung strafbar. Dies gilt unabhängig davon, ob die Person aktiv (aber ohne eigentliche Gewaltanwendung) oder passiv (durch blosses Nicht-Freigeben des Weges) am Verlassen des Raums gehindert wird.
5.2 Fraglich ist, ob aufgrund der besonderen Umstände des vorliegenden Falles (angeschlagener Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin, ärztliches Dispens von Vorgesetztengesprächen, angeblicher früherer Vorfall) etwas anderes gilt.
5.2.1 Dies wäre möglicherweise zu bejahen, wenn sich der Beschuldigte bewusst über ein ärztliches Attest hinweggesetzt hätte. Dem ist aber nicht so: Vielmehr war ihm bzw. der Personalverantwortlichen von W._ mitgeteilt worden, dass Vorgesetztengespräche innerhalb der Arbeitszeit durchgeführt werden dürften. Insofern durfte er davon ausgehen, dass ein Kündigungsgespräch durchgeführt werden könne, ohne die Gesundheit der Beschwerdeführerin zu schädigen. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass das Gespräch - das unstreitig während der Arbeitszeit der Beschwerdeführerin begonnen wurde - die Arbeitszeit um wenige Minuten und damit geringfügig überschritten hat.
5.2.2 Zwar ergibt sich aus den von der Beschwerdeführerin eingereichten Unterlagen, dass diese an gesundheitlichen Problemen litt und psychisch labil war. Dagegen ist kein früherer Vorfall ersichtlich, der mit demjenigen vom 3. Mai 2010 vergleichbar gewesen wäre:
Am 1. Dezember 2009, als der Beschwerdeführerin die Leistungsvereinbarung überbracht wurde, verweigerte sie die Diskussion, weil sie sich nach einem anstrengenden Tag und kurz vor einer Knieoperation nicht in der Lage fühlte, schwierige Gespräche zu führen. Wie sich aus ihrem E-Mail an ihre Vorgesetzten und Z._ vom selben Tag ergibt, fühlte sie sich "nahe" am Zusammenbruch und konsultierte deshalb telefonisch ihren Arzt. Dagegen kam es weder zu einer Panikattacke noch zu einer Ohnmacht. Insofern musste der Beschuldigte - als er am 3. Mai 2010 auf einem Gespräch beharrte - nicht damit rechnen, dass die Beschwerdeführerin ohnmächtig werden und sich beim Fall verletzen würde.
5.2.3 Entsprechendes gilt für die Bestellung von T._ ins Nebenbüro: Dieser ist Sozialberater und nicht Arzt. Seine Präsenz belegt daher nicht, dass der Beschuldigte und Z._ mit einer Gesundheitsschädigung der Beschwerdeführerin rechneten. Es ist auch nicht ersichtlich, welche zusätzlichen Erkenntnisse durch die Einvernahme T._s gewonnen werden könnten.
5.3 Unter diesen Umständen durfte die Staatsanwaltschaft davon ausgehen, dass eine Verurteilung wegen Nötigung und fahrlässiger bzw. eventualvorsätzlicher Körperverletzung unwahrscheinlich sei und das Verfahren einstellen, ohne Bundesrecht zu verletzen.
6. Unbegründet ist auch die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht. Der Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass eine Behörde die Vorbringen der vom Entscheid Betroffenen tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und, soweit erheblich, in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die grundsätzliche Pflicht, einen Entscheid zu begründen. Die Begründung braucht jedoch nicht auf jede Einwendung im Detail einzugehen, sondern kann sich auf die für die Behörde wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 2a S. 149 f.). Diesen Anforderungen genügt der obergerichtliche Entscheid.
7. Die Beschwerde ist daher abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>) und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_122/2012 und 1B_124/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde 1B_122/2012 wird abgewiesen.
3. Auf die Beschwerde 1B_124/2012 wird nicht eingetreten.
4. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
6. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Staatsanwaltschaft Rheinfelden-Laufenburg und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. April 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Die Gerichtsschreiberin: Gerber