Sachverhalt:
A. X._ (1951) ist die Mutter von Y._ (1983), welche mit Beschluss des Bezirksrates B._ vom 30. Oktober 2002 gestützt auf <ref-law> entmündigt wurde.
Die Tochter lebte während längerer Zeit mit ihrer Mutter in der gleichen Wohnung in A._. Mit Schreiben vom 1. Oktober 2008 ordnete die Amtsvormundin an, dass die Tochter fortan in einer professionell betreuten Wohnform leben solle, und sie wurde darauf in der Wohngruppe C._ in A._ platziert.
B. Mit Eingabe vom 2. Oktober 2008 beschwerte sich die Mutter bei der Vormundschaftsbehörde A._ gegen den angeordneten Wechsel der Wohnverhältnisse. Am 8. Oktober 2008 hörte der Sekretär der Vormundschaftsbehörde die Tochter an. Mit Beschluss vom 13. Oktober 2008 wies die Vormundschaftsbehörde die Beschwerde ab mit der Begründung, die Neuregelung der Wohnsituation sei dringend nötig. Um zu verhindern, dass die Tochter in eine schwierige Situation hineingerate, sei sodann einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu entziehen.
Mit Eingabe vom 27. Oktober 2008 verlangte die Mutter vom Bezirksrat B._ die Aufhebung dieses Beschlusses. Mit weiterer Eingabe vom 4. November 2008 verlangte sie die vorsorgliche Rückplatzierung der Tochter und die sofortige Aufhebung der Kontaktsperre.
Am 7. November 2008 führte die Bezirksratsschreiberin Telefongespräche mit dem direkten Vorgesetzten der Tochter in der Institution S._, wo sie halbtags in geschütztem Rahmen arbeitet, sowie einer weiteren dortigen Bezugsperson. Mit Schreiben vom 10. November 2008 hielt die Amtsvormundin fest, eine Rückkehr in die Wohnung der Mutter müsse wegen deren krankhaften Einflusses als sehr schädlich für die Tochter angesehen werden. Gleichentags wurde die Bezirksratsschreiberin vom Vorgesetzen der Institution S._ telefonisch orientiert, die Tochter sei sehr aufgeregt zur Arbeit erschienen; sie habe berichtet, dass sie der Mutter gesagt habe, es gefalle ihr in der Wohngruppe C._ und sie wolle dort bleiben, worauf die Mutter ausserordentlich heftig und ungehalten reagiert habe. Die Tochter sei ausser sich gewesen und habe das Gefühl gehabt, wenn sie sich für die Wohngruppe entscheide, verliere sie die Liebe der Mutter. Darauf wurde die Tochter am 12. November 2008 von einer Delegation des Bezirksrats in der Wohngruppe C._ angehört. Dabei wurde festgestellt, dass es ihr nach ihren eigenen Angaben gut geht und es ihr im C._ gefällt; sie habe sich entschieden, dort zu bleiben, was aber nicht gegen ihre Mutter gerichtet sei.
C. Parallel zum vorstehend geschilderten Beschwerdeverfahren der Mutter erhob die Tochter am 17. Oktober 2008 bei der Vormundschaftsbehörde A._ Einsprache gegen den Entscheid der Amtsvormundin. Sie habe starkes Heimweh und möchte trotz ihres Wohlbefindens in der Wohngruppe C._ lieber wieder zu ihrer Mutter in die Wohnung ziehen.
Mit Verfügung vom 6. November 2008 beauftragte die Vormundschaftsbehörde A._ den kinder- und jugendpsychiatrischen Dienst in D._ mit der Begutachtung der Tochter. Dabei sollten insbesondere die Fragen beantwortet werden, was der wirkliche Wunsch der Tochter betreffend Selbständigkeit und Aufenthaltsort sei und welche Massnahmen erforderlich seien, um ihre Integrität der Persönlichkeit, ihr Wohl und ihre Entwicklung sicherzustellen, und unter welchen Rahmenbedingungen Kontakte mit der Mutter stattfinden könnten.
D. Mit Zwischenverfügung vom 13. November 2008 entschied der Bezirksrat B._, dass das parallele Beschwerdeverfahren der Mutter sistiert werde, bis die Vormundschaftsbehörde A._ gestützt auf das Gutachten über die Beschwerde der Tochter entschieden habe. Gleichzeitig wies der Bezirksrat das Gesuch der Mutter um vorsorgliche Massnahmen (sofortige Rückplatzierung der Tochter und Aufhebung der Kontaktsperre) vom 4. November 2008 ab.
Gegen die Sistierung des Beschwerdeverfahrens und gegen die Abweisung der vorsorglichen Massnahmen erhob die Mutter Rekurs, den das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 18. März 2009 abwies, soweit es darauf eintrat. Das Obergericht wies aus materiellen Gründen auch das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.
E. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. April 2009 verlangt die Mutter die Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses und die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das obergerichtliche Verfahren, die Aufhebung des Zwischenentscheides des Bezirksrates B._ wegen Rechtsverzögerung, Vorbefasstheit der Ratsschreiberin, Missachtung des rechtlichen Gehörs in Bezug auf die Protokollierungspflicht etc., die Aufhebung des Entscheides der Vormundschaftsbehörde wegen formeller Rechtsverweigerung, Verletzung des Akteneinsichtsrechts, der Begründungspflicht, fehlender Sachverhaltsermittlung etc., die Aufhebung des Entscheides der Amtsvormundin wegen formeller Rechtsverweigerung, Verletzung des Anhörungsrechts, der Begründungspflicht, fehlender Sachverhaltsermittlung etc., die vollständige Aufhebung der Kontaktregelung zwischen Mutter und Tochter sowie die Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Soweit sich die Beschwerde in Zivilsachen gegen die Verfügungen und Entscheide der Vormundin, der Vormundschaftsbehörde und des Bezirksrates wendet (S. 7 - 13), allgemein das Vorgehen der Amtsvormundin und der Vormundschaftsbehörde kritisiert (S. 13 - 15) und eine angebliche Befangenheit der Bezirksratsschreiberin geltend gemacht wird (S. 8) ist darauf nicht einzutreten, weil nur der Entscheid der letzten kantonalen Instanz Anfechtungsobjekt sein kann (<ref-law>); dies trifft einzig für den Beschluss des Obergerichts vom 18. März 2009 zu.
Dieser beschlägt eine Zivilsache (<ref-law>), ist aber nicht ein das Verfahren abschliessender Endentscheid (<ref-law>), sondern ein Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen - abgesehen vom hier nicht gegebenen Ausnahmefall gemäss <ref-law> - nur zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Für den Begriff des nicht wieder gutzumachenden Nachteils ist Art. 87 Abs. 2 OG und die hierzu ergangene Rechtsprechung heranzuziehen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 632). Danach ist bei einer Beschwerde gegen die Suspendierung eines Verfahrens vom Erfordernis eines weiteren, nicht wieder gutzumachenden Nachteils abzusehen, wenn - wie vorliegend - eine ungerechtfertigte Verfahrensverzögerung bzw. Rechtsverweigerung geltend gemacht wird (<ref-ruling> E. 1b S. 144; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 1.3 S. 129). Dies steht letztlich in Zusammenhang mit <ref-law>, wonach bei unrechtmässiger Rechtsverzögerung und Rechtsverweigerung jederzeit Beschwerde geführt werden kann.
Die Beschwerde ist folglich im Grundsatz zulässig, soweit sie sich gegen den Beschluss des Obergerichts vom 18. März 2009 richtet.
2. Mit Beschwerde in Zivilsachen kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten geltend gemacht werden (<ref-law>). Kantonales Recht ist - unter Vorbehalt von Art. 95 lit. c und d BGG - demgegenüber nicht bzw. nur im Zusammenhang mit der Verletzung verfassungsmässiger Rechte überprüfbar.
Was die Rechtsanwendung im Sinn von <ref-law> anbelangt, so kann sie vom Bundesgericht im Rahmen rechtsgenüglicher Vorbringen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) grundsätzlich mit freier Kognition überprüft werden (<ref-law>). Demgegenüber gilt mit Bezug auf verfassungsmässige Rechte das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das heisst, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene Rügen prüft, die soweit möglich zu belegen sind, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 1b S. 495; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398).
Was schliesslich die Rüge willkürlicher Sachverhaltsfeststellung anbelangt, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Feststellungen für den Ausgang des Verfahrens im Einzelnen darzulegen, inwiefern diese offensichtlich unhaltbar sein, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen, auf einem offenkundigen Versehen beruhen oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lassen sollen (BGE <ref-ruling> E. 7.1 S. 398).
3. Das Obergericht hat erwogen, die Sistierung sei im vorliegenden Fall geboten und richtig, hänge doch der Ausgang des Beschwerdeverfahrens der Mutter wesentlich vom Ergebnis der Begutachtung der Tochter ab. Ergebe sich nämlich, dass es für das zukünftige Wohl der Tochter am besten sei, wenn sie in der Wohngruppe C._ lebe, so werde die Mutter, wie deren Rechtsvertreterin in den Schlussbemerkungen selbst festhalte, diese Situation akzeptieren müssen. Im gegenteiligen Fall einer Rückkehr der Tochter in eine gemeinsame Wohnung wäre dem Anliegen der Mutter Rechnung getragen, so dass ihr eigenes Beschwerdeverfahren unnötig würde.
Mit Bezug auf die Kontaktsperre hat das Obergericht ausgeführt, die Amtsvormundin habe die Kontakte zwischen Mutter und Tochter wegen deren leichten Beeinflussbarkeit eingeschränkt. Seit dem 3. November 2008 seien wöchentlich telefonische Kontakte möglich. Zudem sei für den 14. November 2008 ein Treffen im Rahmen einer Einladung zu einem Mittagessen in der Wohngruppe C._ vorgesehen gewesen. Im Übrigen habe die Amtsvormundin die Frage der Kontakte in ihrem Entscheid vom 1. Oktober 2008 gar nicht geregelt und entsprechend sei diese Frage auch nicht Gegenstand der Beschwerde an den Bezirksrat gewesen. Die Mutter habe sich wenn schon direkt an die Amtsvormundin zu wenden und diese habe im Rahmen ihrer Aufgaben gemäss <ref-law> allfällige Anordnungen zu treffen.
4. Die Verfahrenssistierung beruht auf kantonalem Prozessrecht und das Obergericht hat sich ausführlich dazu geäussert, weshalb die Sistierung des Beschwerdeverfahrens der Mutter vorliegend angezeigt war.
Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, erschöpft sich in der Behauptung, ein Gutachten sei für den Verfahrensabschluss unnötig, und in der diesbezüglichen Begründung: "Erhellende, sachverhaltsmässige Erkenntnisse müssen für die Verfahrensbeendigung auf Grund von wesentlichen, unheilbaren Verfahrensfehlern nicht mehr beigebracht werden. Durch die offensichtlichen Verfahrensfehler ist das Verfahren längst spruchreif, weshalb eine Suspendierung lediglich einer unzulässigen Rechtsverzögerung gleichkommt." Damit ist indes nicht im Ansatz dargetan, welches verfassungsmässige Recht das Obergericht mit der auf kantonalem Recht gründenden Verfahrenssistierung verletzt haben soll.
Im Übrigen erschöpft sich die Beschwerde in allgemeinen Sachverhaltsschilderungen, in appellatorischer Kritik und in der Anrufung einer ganzen Palette von Grundrechten, die jedoch in keinen oder nur in losen Zusammenhang mit konkreten Einzelerwägungen des obergerichtlichen Beschlusses gestellt werden. Insbesondere wird nicht aufgezeigt, dass und inwiefern das Obergericht das rechtliche Gehör verletzt haben soll. Damit stösst aber auch die mit der angeblichen Gehörsverletzung verknüpfte Behauptung ins Leere, der Rekurs an das Obergericht sei nicht aussichtslos gewesen und insofern sei die unentgeltliche Rechtspflege zu Unrecht verweigert worden. Nicht ersichtlich ist schliesslich, weshalb angeblich ein aufsichtsrechtliches Einschreiten des Obergerichts erforderlich gewesen sein soll; aus den Sachverhaltsfeststellungen des Obergerichts ergibt sich umgekehrt vielmehr, dass eine geeignete Platzierung der Tochter unumgänglich war und dass sie in der Wohngruppe C._ gut aufgehoben ist.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit überhaupt auf sie eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss sie als von Anfang an aussichtslos gelten, womit es auch für das bundesgerichtliche Verfahren an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (<ref-law>) und folglich das entsprechende Gesuch abzuweisen ist. Beim genannten Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli