Sachverhalt:
A. X._ wurde am 30. November 2007 in Untersuchungshaft versetzt, nachdem er bei seiner Verhaftung tags zuvor 59.9 Gramm Kokain (bei einem Reinheitsgehalt von 52 %, was 32 Gramm reinem Kokain entspricht) im Darmtrakt mit sich trug. Die Untersuchungshaft wurde vom Einzelrichter in Haftsachen des Bezirksgerichts Uster letztmals mit Verfügung vom 29. Mai 2008 verlängert. Am 20. August 2008 fand die Schlusseinvernahme durch die Staatsanwaltschaft statt.
B. Mit Eingabe vom 21. August 2008 beantragte der Angeschuldigte dem Haftrichter des Bezirks Uster die sofortige Haftentlassung, respektive, es sei von der Anordnung von Sicherheitshaft abzusehen. Der Einzelrichter überwies diese Eingabe (vorab per Fax) mit Verfügung vom 26. August 2008 zuständigkeitshalber der Staatsanwaltschaft im Sinne eines Haftentlassungsgesuchs. Letztere hatte am 22. August 2008 die Anklageschrift verfasst und Antrag auf Anordnung der Sicherheitshaft und Schuldigsprechung wegen des Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> gestellt. Die Anklageschrift wurde dem Bezirksgericht Uster am 26. August 2008 um 16.30 Uhr überbracht. Als der Angeschuldigte am 27. August 2008 von der Anklageerhebung Kenntnis erhielt, zog er sein Haftentlassungsgesuch vom 21. August 2008 zurück und gelangte mit Eingabe gleichen Datums erneut an das Haftrichteramt des Bezirks Uster mit dem Antrag, die Eingabe vom 21. August 2008 sei bei Anordnung der Sicherheitshaft als Stellungnahme zu berücksichtigen und es sei von der Anordnung der Sicherheitshaft abzusehen. Eventualiter sei der Angeschuldigte vor der Anordnung der Sicherheitshaft persönlich anzuhören.
C. Mit Verfügung vom 29. August 2008 versetzte der Haftrichter des Bezirksgerichts Uster den Angeschuldigten in Sicherheitshaft und begründete diese mit Fluchtgefahr. Das Gesuch um mündliche Anhörung wies er ab.
D. X._ ersucht mit Eingabe vom 2. September 2008 um Aufhebung der haftrichterlichen Verfügung und um Haftentlassung. Eventualiter sei die angefochtene Verfügung aufzuheben und die Sache an den zuständigen Haftrichter zur neuen Entscheidung zurückzuweisen, dies mit der Anweisung, den Beschwerdeführer persönlich anzuhören. Gleichzeitig stellt der Beschwerdeführer ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Staatsanwaltschaft See/Oberland und der Haftrichter des Bezirksgerichts Uster verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Eintretensvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
2. Der Beschwerdeführer ficht den Entscheid vom 29. August 2008 u.a. wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs an. Da dieser Anspruch formeller Natur ist, rechtfertigt es sich, diese Rüge vorab zu prüfen.
2.1 § 61 Abs. 2 des Zürcher Gesetzes betreffend den Strafprozess vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321) hält den Anspruch des Inhaftierten auf persönliche Anhörung durch den Haftrichter fest. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung beschränkt das Zürcher Strafprozessrecht diesen Anspruch nicht auf das Verfahren der ersten Haftanordnung, sondern gewährt diesen auch bei Haftprüfungen gestützt auf Haftentlassungsgesuche (siehe <ref-law>/ZH) und bei Gesuchen um Entlassung aus der Sicherheitshaft (vgl. <ref-law>/ZH; <ref-ruling> E. 2b S. 116; Urteil 1B_171/2008 des Bundesgerichts vom 24. Juli 2008 E. 3.2 und 3.3 mit Hinweisen).
2.2 Indes sieht <ref-law>/ZH im Zusammenhang mit der Anordnung von Sicherheitshaft ausdrücklich vor, dass der Angeklagte, welcher sich bis zur Anklageerhebung in Untersuchungshaft befand, nicht einvernommen wird und dass keine Beweise abgenommen werden. Wird gegen den Entscheid des Haftrichters über die Anordnung der Sicherheitshaft das in <ref-law>/ZH vorgesehene Rechtsmittel (Gesuch um Aufhebung der Sicherheitshaft) erhoben, so ist in diesem Rechtsmittelverfahren die Vorschrift von <ref-law>/ZH wiederum anwendbar, das Recht auf persönliche Anhörung dann also gewährleistet.
Die in <ref-law>/ZH geschilderte Konstellation liegt hier vor: Mit dem Entscheid vom 29. August 2008 wurde erstmals die Sicherheitshaft angeordnet. Der Haftrichter musste die Eingabe des Beschwerdeführers vom 27. August 2008 nicht als Entlassungsgesuch aus der Sicherheitshaft im Sinne von <ref-law>/ZH werten. Einerseits hatte der Beschwerdeführer sein Haftentlassungsgesuch vom 21. August 2008 formell zurückgezogen, andererseits bezeichnete er seine Eingabe selber ausdrücklich als "Stellungnahme" zur etwaigen Anordnung von Sicherheitshaft. Zudem wurde die Sicherheitshaft erst am 29. August 2008, also nach Eingang der beschwerdeführerischen Eingabe, angeordnet. Demnach war aber der Haftrichter nicht zur mündlichen Anhörung gehalten. Auch dauerte die Untersuchungshaft im Zeitpunkt der Anklageerhebung am 26. August 2008 noch an. Die Darstellung des Beschwerdeführers, wonach die Untersuchungshaft am 29. August 2008 ablief und deshalb kein Fall von <ref-law>/ZH vorlag, vermag nicht zu überzeugen.
2.3 Wie das Bundesgericht im Urteil 1P.490/1996 vom 3. Oktober 1996 in E. 2 festgehalten hat, lässt sich der in <ref-law> vorgesehene Verzicht auf Anhörung des Angeklagten dann wohl nicht rechtfertigen, wenn dieser erst nach Erhebung der Anklage in Haft genommen werden soll. In der Regel befindet sich der Angeschuldigte indessen - wie das hier zutraf - bei Anklageerhebung bereits in Haft, und in einem solchen Fall ist es nicht verfassungswidrig, wenn die nach <ref-law> zuständige Instanz über die Anordnung der Sicherheitshaft bzw. Fortdauer des Freiheitsentzugs aufgrund der Akten, d.h. ohne Verhandlung und persönliche Anhörung des Betroffenen, entscheidet. Aus <ref-law> ergibt sich kein Rechtsanspruch des Untersuchungs- oder Sicherheitsgefangenen, vor jeder Hafterstreckung persönlich angehört zu werden.
2.4 Demnach ist eine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu verneinen. Der Haftrichter hat sich zu Recht auf <ref-law>/ZH berufen.
3. Der dringende Tatverdacht wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten. Er stellt jedoch das Vorliegen des besonderen Haftgrundes der Fluchtgefahr in Abrede.
3.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes braucht es für die Annahme von Fluchtgefahr eine gewisse Wahrscheinlichkeit, dass sich der Angeschuldigte, wenn er in Freiheit wäre, der Strafverfolgung und dem Vollzug der Strafe durch Flucht entziehen würde. Die Schwere der drohenden Strafe darf als ein Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden. Sie genügt jedoch für sich allein nicht, um den Haftgrund zu bejahen. Vielmehr müssen die konkreten Umstände des betreffenden Falles, insbesondere die gesamten Lebensverhältnisse des Angeschuldigten, in Betracht gezogen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 4a S. 70, je mit Hinweisen). Zu berücksichtigen sind beispielsweise die familiären und sozialen Bindungen des Häftlings, dessen berufliche Situation und Schulden sowie Kontakte ins Ausland und Ähnliches. Auch bei einer befürchteten Ausreise in ein Land, das den Beschuldigten grundsätzlich an die Schweiz ausliefern bzw. stellvertretend verfolgen könnte, ist die Annahme von Fluchtgefahr nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 3d S. 36 f.).
3.2 Der Haftrichter hält im angefochtenen Entscheid dafür, da der Angeschuldigte eine längere Freiheitsstrafe zu gewärtigen habe, sei zu befürchten, dass er im Falle einer Freilassung die Schweiz verlasse oder innerhalb der Schweiz untertauche. Zur Begründung führt der Haftrichter weiter an, der Beschwerdeführer sei zwar mit einer Schweizerin verheiratet, habe einen Sohn und verfüge somit über eine gewisse Bindung zur Schweiz. Andererseits habe er aber im Verlaufe der Untersuchung erwähnt, er lebe aufgrund von Eheproblemen nicht mehr mit seiner Frau zusammen. Zudem habe er starke verwandtschaftliche Bindungen mit seiner Heimat Nigeria, wo insbesondere seine Geschwister lebten, er den Grossteil seines Lebens verbracht sowie seine Ehefrau kennen gelernt und geheiratet habe.
3.3 Selbst wenn der Beschwerdeführer behauptet, die Eheprobleme seien lediglich vorübergehender Natur und er habe seine Ehefrau nicht in Nigeria kennen gelernt, sondern lediglich dort geheiratet, weil sein Asylgesuch abgelehnt worden sei, lässt dies die Erwägungen des Haftrichters nicht als verfassungswidrig erscheinen. Die Eheprobleme hat der Beschwerdeführer in der Einvernahme vom 30. November 2007 selber zur Sprache gebracht. Daran ändert nichts, dass er zugleich angefügt hat, die Eheleute planten, dass er in die Wohnung zurückkehre (Act. 4/2 S. 3). Ob die Ehefrau gleicher Meinung ist, bleibt offen. Was seine familiären Bindungen anbelangt, hat er selber in der nämlichen Einvernahme vom 30. November 2007 behauptet, er habe ein zweites Telefon gekauft, weil er dieses seiner Schwester in Afrika bringen wolle. Ob dies der wirkliche Beweggrund war, mag ebenfalls dahingestellt bleiben. Jedenfalls steht er in Kontakt mit seiner Familie in Afrika, was er auch nicht bestreitet. Der Haftrichter hat überdies nicht nur auf eine Flucht ins Ausland abgestellt, sondern auch ein Untertauchen in der Schweiz als plausibel erachtet.
3.4 Nicht zu beurteilen hat das Bundesgericht bei der Prüfung der Anordnung von Sicherheitshaft, ob die vom Staatsanwalt in der Anklageschrift beantragte Freiheitsstrafe "überrissen" sei, wie der Beschwerdeführer geltend macht. Der Haftrichter durfte aufgrund der dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Delikte jedenfalls von einer längeren Freiheitsstrafe ausgehen und diese als Motiv für eine etwaige Flucht werten. Die vom Beschwerdeführer dazu angestellten Überlegungen, wonach ihn höchstens eine Strafe von 14-15 Monaten erwarte, sind im jetzigen Zeitpunkt spekulativer Natur. Gleiches gilt für die Behauptung des Beschwerdeführers, der Staatsanwalt habe sich bei der Festsetzung des Strafrahmens von sachfremden Kriterien leiten lassen. Es handelt sich hierbei um durch nichts belegte Annahmen des Beschwerdeführers, welche im anhängigen Verfahren nicht zu prüfen sind.
3.5 Auch ist dem Haftrichter nicht vorzuwerfen, dass er die Anordnung von Ersatzmassnahmen als untauglich erachtet hat. Der Beschwerdeführer wurde mit am 15. Januar 2004 und 20. April 2005 eröffneten Urteilen des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen zweimal der Missachtung von Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht für schuldig befunden. Deshalb durfte der Haftrichter davon ausgehen, dass eine Schriftensperre oder Meldepflicht den Beschwerdeführer nicht von einer Flucht abhalten würden.
3.6 Zusammenfassend ist dem Haftrichter keine Verfassungswidrigkeit vorzuwerfen, wenn er den besonderen Haftgrund der Fluchtgefahr als gegeben erachtet hat.
4. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Diesem Antrag kann entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Lukas Künzli, Wangen, wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft See/Oberland und dem Bezirksgericht Uster, Einzelrichter in Haftsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. September 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer