Sachverhalt:
A. A.a Im Frühjahr 2005 wurde die Y._ GmbH mit Sitz Deutschland (Beschwerdegegnerin) durch die Z._ GbR (Verkäuferin) beauftragt, für die Gewerbeliegenschaft "Q._" einen Käufer zu suchen. Anfang Juni 2005 bekundete A._ - nach bestrittener Darstellung der Beschwerdegegnerin namens und auftrags der X._ AG (Beschwerdeführerin) - Interesse an diesem Immobilienangebot. Am 14. Juli 2005 unterzeichneten die Verkäuferin, die Beschwerdegegnerin und A._ (angeblich wiederum im Auftrag der Beschwerdeführerin) eine Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung. Darin wurde unter anderem festgehalten, dass auf der Grundlage einer von der Verkäuferin zu bezahlenden "Innenprovision" zusammengearbeitet werden sollte.
A.b Am 21. Oktober 2005 schloss A._ - nach Darstellung der Beschwerdegegnerin wiederum als bevollmächtigter Stellvertreter der Beschwerdeführerin - mit der Verkäuferin eine Mehrerlösvereinbarung ab. Darin wurde für den Verkauf der Immobilie "Q._" eine Provision in der Höhe von EUR 300'000.-- vereinbart, mit der sämtliche Provisionsansprüche der am Verkauf beteiligten Makler - nach Ansicht der Verkäuferin auch jene der Beschwerdegegnerin - abgegolten werden sollten.
A.c Am 30. Oktober 2005 wurde das Kaufsobjekt über die Beschwerdeführerin an eine luxemburgische Gesellschaft verkauft, woraufhin die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin am 21. Dezember 2005 die gemäss Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 vereinbarte Provision in Rechnung stellte. Die Beschwerdeführerin verweigerte die Auszahlung des Provisionsanteils, da mangels Vertragsverhältnisses zwischen den beiden Parteien kein Vergütungsanspruch bestehe. Sie machte geltend, dass sie zwar zeitweise mit A._ zusammengearbeitet habe, dieser aber in keiner Weise bevollmächtigt gewesen sei, für sie zu verhandeln oder gar Verträge abzuschliessen.
A.d Im Jahre 2007 zahlte die Verkäuferin - nach den Vorbringen der Beschwerdegegnerin - die in der Mehrerlösvereinbarung vom 21. Oktober 2005 vorgesehene Provision von EUR 300'000.-- an die Beschwerdeführerin aus, nachdem diese vor dem Landgericht München auf Zahlung geklagt hatte.
B. B.a Mit Weisung vom 22. Februar 2010 erhob die Beschwerdegegnerin beim Bezirksgericht Kreuzlingen Klage gegen die Beschwerdeführerin auf Zahlung von Fr. 75'610.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 31. Dezember 2005 sowie Fr. 100.-- für die Betreibungskosten und auf Beseitigung des in der Betreibung Nr. vvv._ erhobenen Rechtsvorschlags.
Mit Entscheid vom 14. Februar 2011 hiess das Bezirksgericht die Klage gut. Es führte aus, dass A._ für das betreffende Rechtsgeschäft durch die Beschwerdeführerin bevollmächtigt gewesen war und sie somit rechtsgültig vertreten konnte. Selbst wenn nicht von einer tatsächlichen Bevollmächtigung ausgegangen werde, müsse sich die Beschwerdeführerin zumindest eine Duldungs- oder Anscheinsvollmacht entgegenhalten lassen.
B.b Gegen das Urteil des Bezirksgerichts reichte die Beschwerdeführerin Berufung beim Obergericht des Kantons Thurgau ein. Sie beantragte die Aufhebung des Urteils vom 14. Februar 2011 und die Abweisung der Klage.
Mit Entscheid vom 5. Juli 2011 erkannte das Obergericht die Berufung als teilweise begründet, es verpflichtete die Beschwerdeführerin zur Bezahlung von Fr. 75'610.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 18. April 2008 und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. vvv._ in diesem Umfang auf. Das Obergericht verneinte sowohl eine tatsächlich erteilte Vollmacht durch die Beschwerdeführerin an A._ als auch eine Duldungs- oder Anscheinsvollmacht. Es kam demgegenüber zum Schluss, dass die von A._ abgeschlossene Vereinbarung vom 14. Juli 2005 nachträglich von der Beschwerdeführerin genehmigt wurde und der Beschwerdegegnerin daher ein vertraglicher Vergütungsanspruch zustehe.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, die Entscheide des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 5. Juli 2011 sowie des Bezirksgerichts Kreuzlingen vom 14. Februar 2011 aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Präsidialverfügung vom 12. Dezember 2011 wies das Bundesgericht die Gesuche der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung oder um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme ab.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Die Beschwerde richtet sich gegen den Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 5. Juli 2011 sowie gegen den Entscheid des Bezirksgerichts Kreuzlingen vom 14. Februar 2011. Soweit sich die Beschwerde gegen den Entscheid des Bezirksgerichts richtet, kann darauf mangels Letztinstanzlichkeit (<ref-law>) nicht eingetreten werden.
Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 75'610.--, womit der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert erreicht ist (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - einzutreten.
2. Die Beschwerdegegnerin hat ihren Sitz in Deutschland, demnach liegt ein internationaler Sachverhalt vor. Obwohl die Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 die Zuständigkeit der deutschen Gerichte vorsah, hat sich die Beschwerdeführerin vorbehaltlos im Sinne von Art. 18 aLugÜ (in der bis zum 31. Dezember 2010 geltenden Fassung [AS 1991 2436]) auf den Prozess vor dem Bezirksgericht Kreuzlingen eingelassen. Die Vorinstanz hat demnach die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichte zutreffend bejaht.
Die Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 sah weiter eine Rechtswahlklausel zugunsten des deutschen Rechts vor (vgl. <ref-law>). Aufgrund der Tatsache, dass die Beschwerdeführerin das Zustandekommen der Vereinbarung vom 14. Juli 2005 in Abrede stellte, hat die Vorinstanz hinsichtlich des anwendbaren Rechts auf die Bestimmungen über die Stellvertretung abgestellt (<ref-law>) und zutreffend das deutsche Recht für anwendbar erklärt. Die Parteien erheben diesbezüglich keine Einwendungen.
2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen kann gerügt werden, ausländisches Recht sei nicht angewendet worden, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt oder das nach dem schweizerischen internationalen Privatrecht massgebende ausländische Recht sei nicht richtig angewendet worden, sofern der Entscheid keine vermögensrechtliche Sache betrifft (<ref-law>). In vermögensrechtlichen Streitigkeiten kann die Rüge unrichtiger Anwendung ausländischen Rechts nicht erhoben werden. Im zu beurteilenden Fall verbleibt demnach nur die Rüge, der angefochtene Entscheid wende ausländisches Recht willkürlich an (<ref-ruling> E. 3.1 S. 447) oder verletze andere verfassungsmässige Rechte (Urteil 4A_228/2010 vom 6. Juli 2010 E. 1.3).
2.2 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheids als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
2.3 Für alle Vorbringen betreffend die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gilt schliesslich das strenge Rügeprinzip (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Die Beschwerde vermag den geschilderten Rügeanforderungen über weite Strecken nicht zu genügen. Die Beschwerdeführerin begnügt sich grösstenteils damit, ihre Sichtweise hinsichtlich des Sachverhalts und der Anwendung des deutschen Rechts zu schildern, ohne eine konkrete Grundrechtsverletzung aufzuzeigen.
3. Die Beschwerdeführerin macht in verschiedener Hinsicht eine Verletzung des verfassungsmässigen Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend.
3.1 Die Beschwerdeführerin bringt zunächst vor, ihr Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt worden, da weder die Vorinstanz noch das Bezirksgericht den einzigen mit dem Sachverhalt vertrauten Zeugen, A._, angehört habe. Dieser hätte bestätigen können, dass er nicht in Vertretung der Beschwerdeführerin gehandelt habe und dass diese folglich das Rechtsgeschäft auch nicht nachträglich habe genehmigen können. Zudem sei der Grundsatz der "Waffengleichheit" nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK verletzt worden, da der Vertreter der Beschwerdegegnerin, welcher zusammen mit A._ die Vertragsgespräche geführt habe, angehört worden sei.
3.1.1 Der aus <ref-law> fliessende Anspruch auf rechtliches Gehör verleiht der betroffenen Partei das Recht, in einem Verfahren, welches in ihre Rechtsstellung eingreift, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2 S. 242; je mit Hinweisen). Das Recht auf Beweis hindert jedoch das Gericht nicht daran, die Beweise antizipiert zu würdigen, wenn es zum Schluss kommt, dass weitere Beweiserhebungen an seinem Urteil nichts zu ändern vermöchten, weil die entsprechenden Beweisanträge offensichtlich untauglich sind, eine rechtsunerhebliche Tatsache betreffen oder weil das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht erschüttert (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429; je mit Hinweisen).
3.1.2 Die Vorinstanz erachtete die Zeugenbefragung von A._ als nicht rechtserheblich, weshalb darauf verzichtet werden könne. Sie führte aus, dass A._ entgegen der Meinung des Bezirksgerichts Kreuzlingen nicht bevollmächtigt gewesen sei. Es sei weder aus der Tatsache, dass A._ auf der Homepage der Beschwerdeführerin namentlich aufgeführt worden sei oder deren Briefpapier verwendet haben soll, noch aus dem Umstand, dass er im Auftrag der Beschwerdeführerin die Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 unterschrieben habe, zweifelsfrei auf eine Vollmachterteilung zu schliessen. Auch eine Duldungs- oder Anscheinsvollmacht komme nicht in Frage, da nicht erwiesen sei, dass die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des Abschlusses der Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung wusste, dass A._ in ihrem Namen gegenüber der Beschwerdegegnerin auftrat.
Demgegenüber erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin habe das Verhalten von A._ nachträglich genehmigt. Es sei nicht bestritten, dass der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin und damals einzelzeichnungsberechtigte Direktor, Dr. B._, das Faxschreiben der Beschwerdegegnerin vom 2. März 2006 samt Beilagen erhalten habe. Daraus hätte die Beschwerdeführerin erkennen sollen, dass die Beschwerdegegnerin sie als Vertragspartnerin betrachtete. Die Beschwerdeführerin hätte nach Treu und Glauben reagieren und die Beschwerdegegnerin auf die fehlende Vollmacht aufmerksam machen müssen, was sie unterlassen habe. Stattdessen habe die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin am 13. März 2006 mitgeteilt, sie solle ihre Provision direkt bei der Verkäuferin in Rechnung stellen, ohne geltend zu machen, dass A._ nicht ihr Vertreter sei. Daher seien die Vertretungswirkungen durch stillschweigende Genehmigung seitens der Beschwerdeführerin eingetreten, womit diese der Beschwerdegegnerin aus Vertrag eine Provision schulde. Aufgrund dieser nachträglichen Genehmigung könne auf eine Befragung von A._ als Zeuge hinsichtlich einer tatsächlichen Bevollmächtigung verzichtet werden.
3.1.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass ein schlüssiges Verhalten vorgelegen habe, aus welchem die Beschwerdegegnerin auf eine Genehmigung des Vertrags hätte schliessen können. Sie bringt vor, dass aus dem blossen Umstand, wonach Dr. B._ nach Erhalt des Faxschreibens vom 2. März 2006 nicht ausdrücklich auf die fehlende Vertretungsmacht von A._ hingewiesen habe, keine Genehmigung angenommen werden könne. Ebenso wenig könne aus den beiden Telefongesprächen von Dr. B._ mit der Beschwerdegegnerin oder aus der Aussage von Dr. B._ vom 13. März 2006, wonach die Beschwerdegegnerin ihre Provision direkt bei der Verkäuferin in Rechnung stellen soll, geschlossen werden, sie habe damit das Handeln von A._ genehmigt. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe mit der Annahme einer stillschweigenden Genehmigung deutsches Recht falsch angewendet.
Die Beschwerdeführerin führt zudem wiederholt aus, dass A._ ausdrücklich im Auftrag ("i.A.") der Beschwerdeführerin unterzeichnet habe und gerade nicht in deren Namen, weshalb gar keine Genehmigung möglich sei.
3.1.4 Die Vorinstanz durfte unter Berücksichtigung der Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 willkürfrei davon ausgehen, dass A._ im Namen der Beschwerdeführerin gehandelt hat. Aus dem Vertragsdokument ging die Beschwerdeführerin klar als Vertragspartei hervor. Die Vorinstanz durfte demnach aus dem Zusatz "i.A." annehmen, dass A._ ausdrücklich im Namen der Beschwerdeführerin gehandelt hatte. Abgesehen davon erscheint der Einwand der Beschwerdeführerin, der Zusatz "i.A." schliesse eine Vertretungshandlung aus, als widersprüchlich, hat A._ doch die Mehrerlösvereinbarung vom 21. Oktober 2005 ebenfalls im Auftrag ("i.A.") der Beschwerdeführerin unterschrieben, auf welche sich die Beschwerdeführerin vor dem Landgericht München berufen hatte, um von der Verkäuferin die vereinbarte Provision in der Höhe von EUR 300'000.-- ausbezahlt zu erhalten.
Die Vorinstanz hat gestützt auf § 177 BGB im Weiteren erwogen, es liege ein Fall einer Vertretung ohne Vollmacht vor, bei welchem die Wirksamkeit des Vertrages für oder gegen den Vertretenen von dessen Genehmigung abhinge. Vorausgesetzt sei aber, dass der Vertretene die mögliche Deutung seines Verhaltens als Genehmigung bei Anwendung pflichtgemässer Sorgfalt hätte erkennen können. Blosses Schweigen komme einer Genehmigung gleich, wenn der Vertretene nach Treu und Glauben verpflichtet gewesen wäre, seinen abweichenden Willen zu äussern. Einer solchen Genehmigung komme gemäss § 184 BGB rückwirkende Kraft zu, was zur Folge habe, dass das Geschäft zustande gekommen sei, wie wenn der Vertreter von Anfang an vertretungsberechtigt gewesen wäre.
Nach deutschem Recht liegt ein schlüssiges Verhalten dann vor, wenn der Erklärungsempfänger das Verhalten des Vertretenen als Zustimmungswillen verstehen durfte (KARL-HEINZ GURSKY, in: Staudinger [Hrsg.] Kommentar zum Bürgerlichen Gesetzbuch mit Einführungsgesetz und Nebengesetzen, Buch 1 Allgemeiner Teil, 2004, N. 10 zu § 182 BGB S. 278). Die Vorinstanz hat festgestellt, dass Dr. B._ den Erhalt des Faxschreibens der Beschwerdegegnerin vom 2. März 2006 samt Beilagen nie bestritten hat. Die Beschwerdeführerin hat somit spätestens im März 2006 von der Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 Kenntnis erlangt, da diese dem Faxschreiben beigelegt war. Der Vorinstanz ist keine Willkür vorzuwerfen, wenn sie der Beschwerdeführerin vorhielt, sie hätte bei gehöriger Sorgfalt erkennen müssen, dass A._ ausdrücklich in ihrem Namen Vermittlungsgeschäfte abschloss und hätte bei gegebenen Umständen die Beschwerdegegnerin auf die fehlende Vertretungsmacht aufmerksam machen müssen sowie den Abschluss der Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung in Abrede stellen sollen, hätte sie diese nicht gegen sich gelten lassen wollen.
Die Erwägung der Vorinstanz, die Beschwerdegegnerin habe aufgrund des Verhaltens der Beschwerdeführerin nach Treu und Glauben davon ausgehen dürfen, dass sich die Beschwerdeführerin als Vertragspartnerin verstand, erscheint nicht als unhaltbar.
3.1.5 Gestützt auf die Annahme einer Genehmigungswirkung des Verhaltens der Beschwerdeführerin durfte die Vorinstanz die beantragte Zeugeneinvernahme zur tatsächlichen Bevollmächtigung willkürfrei für nicht rechtserheblich erachten und auf die Befragung von A._ verzichten. Ihr ist weder eine Gehörsverletzung noch eine willkürliche Rechtsanwendung vorzuwerfen.
3.2 Die Beschwerdeführerin sieht eine weitere Verletzung ihres Gehörsanspruchs darin, dass die Vorinstanz zu Unrecht nicht auf ihr Vorbringen eingetreten sei, wonach die Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung wegen fehlender Unterschrift der Käuferin nicht wirksam zustande gekommen sei.
3.2.1 Die Vorinstanz erachtet die Behauptung der Beschwerdeführerin, wonach die Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 wegen fehlender Unterschrift der Käuferin nicht zustande gekommen sei und es sich dabei bloss um eine Offerte an den Käufer handeln würde, als verspätet. Es handle sich dabei um ein unechtes Novum, da das angebliche Fehlen der Unterschrift bereits im erstinstanzlichen Verfahren vor dem Bezirksgericht hätte vorgebracht werden können. Die Beschwerdeführerin habe zudem nicht aufgezeigt, weshalb sie dieses Vorbringen nicht bereits vorher eingebracht habe, weshalb es im Berufungsverfahren nicht mehr berücksichtigt werden könne.
3.2.2 Nach <ref-law> werden neue Tatsachen und Beweismittel nur noch berücksichtigt, wenn sie ohne Verzug vorgebracht werden und trotz zumutbarer Sorgfalt nicht schon vor erster Instanz vorgebracht werden konnten. Echte Noven sind Tatsachen oder Beweismittel, welche (erst) nach dem Ende der Hauptverhandlung des erstinstanzlichen Verfahrens entstanden sind. Solche Noven sind im Berufungsverfahren grundsätzlich immer zulässig, wenn sie ohne Verzug nach ihrer Entdeckung vorgebracht werden. Demgegenüber sind unechte Noven Tatsachen und Beweismittel, welche bereits bei Ende der erstinstanzlichen Hauptverhandlung entstanden waren. Die Zulassung unechter Noven wird im Berufungsverfahren nach der ZPO beschränkt. Sie sind gemäss <ref-law> ausgeschlossen, wenn sie bei Beachtung zumutbarer Sorgfalt bereits im erstinstanzlichen Verfahren hätten vorgebracht werden können (PETER REETZ/SARAH HILBER, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], 2010, N. 56 ff. zu <ref-law>).
3.2.3 Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass die Beschwerdeführerin die fehlende Unterschrift der Käuferin auf der Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 erstmals im Rahmen der Berufungsreplik vorgebracht hat. Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht ist nicht ersichtlich, inwiefern sie diesen Einwand nicht bereits im erstinstanzlichen Verfahren hätte vorbringen können.
Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die Vorinstanz die erwähnte Verfahrensbestimmung verletzt hätte.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt unter Berufung auf <ref-law> weiter, die Vorinstanz habe ihren Sachvortrag nicht gehört, wonach die Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 keine Zahlungsverpflichtung der Beschwerdeführerin an die Beschwerdegegnerin beinhalte. Sie macht geltend, sie habe die Vorinstanz sowohl in ihrer Berufungsbegründung als auch in ihrem Plädoyer darauf hingewiesen, es liessen sich aber im angefochtenen Entscheid keine diesbezüglichen Ausführungen finden. Zudem habe die Vorinstanz verkannt, dass die Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 mangels Willenseinigung nicht wirksam abgeschlossen worden sei, da die Verkäuferin den Gerichtsstand München nachträglich handschriftlich hinzugefügt habe. Sie habe in ihrem Plädoyer vor der Vorinstanz ausdrücklich darauf hingewiesen, im angefochtenen Entscheid sei jedoch nichts dazu ausgeführt worden.
3.3.1 Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verlangt insbesondere, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 2 S. 242). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, ist sein Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 2.4 S. 72). Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236; je mit Hinweisen).
Diesen Anforderungen wird der angefochtene Entscheid gerecht, indem er nachvollziehbar darlegt, aus welchen Überlegungen die Vorinstanz zu ihrem Entscheid gelangte. Für die Begründung ihres Entscheids stützte sich die Vorinstanz auf die genehmigte Vergütungs- und Kundenschutzvereinbarung vom 14. Juli 2005 und erwähnte zudem die Ausführungen der Beschwerdeführerin anlässlich des Verfahrens vor dem Landgericht München, wonach die Beschwerdegegnerin durch sie abgefunden werden müsse.
Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) ist nicht dargetan. Ebenso wenig wird in der Beschwerde aufgezeigt, inwiefern die Vorinstanz mit der Annahme einer vertraglichen Zahlungsverpflichtung nach deutschem Recht verfassungmässige Rechte der Beschwerdeführerin verletzt hätte.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze