Sachverhalt:
A. Die Strafverfolgungsbehörden des Kantons Basel-Landschaft führen gegen A._ ein Strafverfahren wegen Veruntreuung, eventuell Betrugs, qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie banden- und gewerbsmässiger Geldwäscherei. A._ wurde zunächst am 2. November 2007 verhaftet und am 7. Dezember 2007 entlassen. Am 9. Juli 2008 wurde er erneut verhaftet und befindet sich seither in Untersuchungshaft. Nebst dem Verfahren gegen A._ sind im Zusammenhang mit der gegen eine international tätige Kokainhändlerbande gerichteten Aktion Desperado eine Vielzahl weiterer Verfahren gegen Mitbeteiligte hängig.
Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft wies am 18. November 2009 den Antrag von A._, Einsicht in die Akten der Verfahren gegen B._ und C._ respektive alle Verfahrensakten der Aktion Desperado zu erhalten, derzeit ab.
Die Präsidentin des Verfahrensgerichts hiess die Beschwerde von A._ gegen diese Verfügung der Staatsanwaltschaft am 20. Januar 2010 teilweise gut und ordnete an, ihm "Einsicht in diejenigen Akten der Mitangeschuldigten der Aktion Desperado zu geben, deren Verfahren bei der Staatsanwaltschaft hängig sind".
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Staatsanwaltschaft, diesen Beschluss des Verfahrensgerichts aufzuheben oder, soweit ein reformatorisches Urteil ins Auge gefasst werde, auf die Beschwerde von A._ nicht einzutreten oder sie abzuweisen. Eventuell sei die Sache dem Verfahrensgericht zur Abweisung oder zum Nichteintreten zurückzuweisen. Ausserdem ersucht sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung beizulegen.
C. Das Verfahrensgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Staatsanwaltschaft hält an der Beschwerde fest. A._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen und ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Prozessführung.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid des Verfahrensgerichts schliesst das Strafverfahren gegen den Beschwerdegegner nicht ab, es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid in Strafsachen, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist, sofern er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Dies ist insofern der Fall, als die Beschwerdeführerin geltend macht, dass die Gewährung umfassender Akteneinsicht im jetzigen Zeitpunkt den Untersuchungszweck gefährden könnte. Die Staatsanwaltschaft ist zur Beschwerde befugt (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 3 BGG; <ref-ruling> E. 1). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde eingetreten werden kann.
2. Strittig ist in der Sache, ob die Präsidentin des Verfahrensgerichts Bundesrecht verletzte, indem sie dem Beschwerdegegner Akteneinsicht in diejenigen Verfahren gegen seine Mitbeschuldigten gewährte, die vom Statthalteramt bereits an die Beschwerdeführerin überwiesen worden sind.
2.1 Nach § 125 Abs. 1 und 2 der basellandschaftlichen Strafprozessordnung vom 3. Juni 1999 (StPO) gewährt die Verfahrensleitung den Parteien auf Antrag Akteneinsicht. Würde die Untersuchung sonst ernsthaft gefährdet, kann sie die Akteneinsicht auf die Parteivertreter beschränken, mit Auflagen versehen, gänzlich verweigern oder wieder entziehen. Erachtet die Verfahrensleitung die wesentlichen Untersuchungshandlungen als abgeschlossen, teilt sie dies den Parteien mit und überweist die Akten der Staatsanwaltschaft (<ref-law>). Ab diesem Zeitpunkt hat der Angeschuldigte nach <ref-law> volles Akteneinsichtsrecht. Es ist indessen jedenfalls nicht willkürlich, dass die Staatsanwaltschaft mit der Gewährung des vollen Akteneinsichtsrechts zuwartet bis sie geprüft hat, ob sie aufgrund der erhobenen Akten Anklage erheben kann oder ob sie die Untersuchung ergänzen muss. Ist dies erforderlich, könnte der Untersuchungszweck durch die vorgängige Gewährung des vollen Akteneinsichtsrechts gefährdet sein (unten E. 2.2).
2.2 Aus Art. 5 Ziff. 4 EMRK und Art. 29 Abs. 2 i.V.m. <ref-law> ergibt sich nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts unabhängig vom kantonalen Verfahrensrecht der Anspruch des Angeschuldigten, der sich gegen Anordnung von Untersuchungshaft zur Wehr setzt, die wesentlichen Akten einzusehen (<ref-ruling> E. 5b; <ref-ruling> E. 4-6). Diesem grundrechtlichen Anspruch des Beschuldigten, möglichst rasch und möglichst umfassend Einsicht in alle gegen ihn und allfällige Mitbeschuldigte erhobenen Untersuchungsakten zu erhalten, steht indessen das Recht und die Pflicht der Strafverfolgungsbehörden und Gerichte gegenüber, strafbare Handlungen von Amtes wegen zu verfolgen (<ref-law>), was ihnen verbietet, Akteneinsicht zu gewähren, wenn dies den Untersuchungszweck gefährden könnte. Beim Entscheid über die Gewährung von Akteneinsicht ist somit ein sachgerechter Ausgleich zwischen dem Geheimhaltungsinteresse der Strafverfolgungsbehörden und den Verteidigungsrechten des Beschuldigten zu treffen. Je nach Stand des Verfahrens müssen nicht die gesamten Prozessakten offen gelegt werden, sondern nur diejenigen, die für die Frage der Untersuchungshaft entscheidend sind und deren Kenntnis erforderlich ist, um die Annahmen der Behörden wirkungsvoll bestreiten zu können (BGE <ref-ruling> E. 5c; Entscheid des Bundesgerichts 1B_253/2007 vom 29. November 2007 E. 3.1.1, in: Pra 2008 Nr. 38 S. 260; Entscheide des Europäischen Gerichtshofs vom 30. März 1989 i.S. Lamy c. Belgique, Série A Nr. 151 Ziff. 29, und vom 13. Februar 2001 i.S. Lietzow c. Allemagne, Recueil CourEDH 2001-I S. 371 ff., Ziff. 47).
2.3 Die Strafverfahren gegen die Mitbeschuldigten des Beschwerdeführers sind unterschiedlich weit fortgeschritten. Teilweise sind die Untersuchungsverfahren noch beim Statthalteramt hängig, teilweise sind sie von diesem abgeschlossen und nach <ref-law> an die Staatsanwaltschaft überwiesen worden. Die Präsidentin des Verfahrensgerichts hat im angefochtenen Entscheid erwogen, in Bezug auf die noch nicht abgeschlossenen Verfahren könnten die Ermittlungen weitere Einvernahmen des Beschwerdegegners erfordern. Würde ihm im jetzigen Zeitpunkt Akteneinsicht gewährt, würde der Untersuchungszweck gefährdet. In Bezug auf die abgeschlossenen Untersuchungsverfahren bestehe diese Gefahr nicht, weshalb ihm in Bezug darauf Akteneinsicht zu gewähren sei.
Die Beschwerdeführerin hält dem entgegen, sie habe die bei ihr eingegangenen Untersuchungsakten zu prüfen und, falls sie für die Anklageerhebung unzureichend seien, die Untersuchung zu ergänzen oder durch das Statthalteramt ergänzen zu lassen (§ 135 Abs. 1 und 2 StPO). Es stehe noch nicht fest, dass die überwiesenen Untersuchungen gegen Mitbeschuldigte nicht ergänzt werden müssten. Es bestehe daher die Möglichkeit, dass auch der Beschwerdegegner dazu erneut einzuvernehmen sei. Würde ihm vorgängig volle Akteneinsicht gewährt, käme dies einer Farce gleich.
2.4 Mit dem unangefochten gebliebenen Haftentscheid vom 19. Oktober 2009 war die Untersuchungshaft gegen den Beschwerdegegner bis zum 19. Februar 2009 verlängert worden. Darin wurde erwogen, er habe gestanden, mit mindestens 1 kg Kokain gehandelt zu haben und für seinen Bruder C._, dem mutmasslichen Kopf der Drogenhändlerbande, mindestens dreimal 20'000 Franken in Euro gewechselt zu haben. Durch die Aussagen diverser Abnehmer werde er zudem belastet, weitere 4,5 kg Kokain verkauft zu haben. D._ habe gestanden, 3,5 Mio. Franken aus Drogenerlösen in Euro gewechselt, im Auftrag des Beschwerdegegners mindestens 1 kg Betäubungsmittel verkauft und ihm beim Drogenverkauf mit Chauffeurdiensten geholfen zu haben. Während des bundesgerichtlichen Verfahrens wurde die Haft gegen den Beschwerdegegner erneut, bis zum 19. Mai 2010, verlängert; nach diesem Haftentscheid vom 28. Februar 2010 hat sich der Verdacht gegen ihn jedenfalls nicht verflüchtigt.
Allein schon seine eigenen Aussagen und diejenigen von D._, zu denen er sich an der Konfrontationseinvernahme hatte äussern können, begründen den dringenden Tatverdacht des qualifizierten Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz und der Geldwäscherei. Auch wenn seine genaue Rolle bei den nach Auffassung der Staatsanwaltschaft mehrere hundert Kilo Kokain betreffenden Geschäften seines Bruders umstritten ist und er dabei nur als Gehilfe, nicht als Mittäter gehandelt hätte, so muss er für den Fall einer Verurteilung jedenfalls mit einer Freiheitsstrafe rechnen, die die bisher erstandene Untersuchungshaft von rund zwei Jahren übersteigt. Insofern ist es zurzeit für die Beurteilung der Fortführung der Untersuchungshaft nicht von entscheidender Bedeutung, welche Funktion er bei den Drogengeschäften seines Bruders innehatte; dass er diesem dabei "geholfen" hat, ergibt sich aus seiner eigenen Aussage. Selbst wenn sich in den Akten der Verfahren gegen seine Mitangeschuldigten effektiv Hinweise darauf finden liessen, dass er an diesen Geschäften nicht in leitender, sondern bloss in untergeordneter Stellung mitwirkte, wäre dieser Einwand daher nicht geeignet, eine Haftentlassung zu rechtfertigen. Es handelt sich somit nicht um Akten, die für die Frage der Untersuchungshaft entscheidend sind und deren Kenntnis erforderlich ist, um die Annahmen der Behörden wirkungsvoll bestreiten zu können.
Auf der anderen Seite trifft die Auffassung der Beschwerdeführerin zu, dass zurzeit nicht feststeht, ob die Untersuchungen in den ihr bereits überwiesenen Fällen abgeschlossen sind oder ob sie nicht allenfalls noch ergänzt werden müssen. Es besteht somit die Möglichkeit, dass der Beschwerdegegner bei einer Ergänzung der Untersuchungen erneut einvernommen werden müsste, was, wie die Beschwerdeführerin zu Recht vorbringt, einer Farce gleichkäme, wenn er zuvor volle Akteneinsicht erhalten hätte und seine Aussagen entsprechend abstimmen könnte. Das dem Beschwerdegegner im angefochtenen Entscheid zugestandene Akteneinsichtsrecht ist geeignet, den Untersuchungszweck zu gefährden und damit unzulässig, die Beschwerde ist begründet.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen, ohne dass die weiteren Rügen zu prüfen wären.
Der unterliegende Beschwerdegegner hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches gutzuheissen ist, da sein Antrag nicht aussichtslos war und seine Bedürftigkeit ausgewiesen scheint (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Dementsprechend sind weder von ihm noch vom Kanton Basel-Landschaft (<ref-law>) Kosten zu erheben, und dem Beschwerdegegner ist für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Gesuch des Beschwerdegegners um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Advokat Christian von Wartburg wird für das bundesgerichtliche Verfahren als unentgeltlicher Rechtsbeistand eingesetzt und mit Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft, Präsidentin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi