Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene B._ war zuletzt als Geschäftsführer der X._ GmbH erwerbstätig gewesen, als er sich am 11. Juli 2008 unter Hinweis auf eine Depression bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug anmeldete. Nach medizinischen Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidsverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 20. Juni 2011 einen Rentenanspruch des Versicherten.
B. Die von B._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 3. September 2012 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt B._, es sei ihm unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides ab 1. Juli 2007 eine ganze Rente der Invalidenversicherung auszurichten.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss <ref-law> die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
2.3 Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht gegen Bundesrecht verstossen hat, als es einen Rentenanspruch des Versicherten verneint hat.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere aber gestützt auf das Gutachten des Dr. med. W._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. September 2010, für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführer seiner angestammten Tätigkeit mit einem zeitlichen Pensum von 100 % bei einer Leistungsminderung wegen vermehrten Pausen und einer leichten Verlangsamung von 20 % nachgehen könnte. Was der Versicherte gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Insbesondere hat die Vorinstanz nicht gegen den Untersuchungsgrundsatz verstossen, als sie auf weitere Abklärungen in somatischer Hinsicht verzichtete. Der einzige Hinweis in den Akten auf ein körperliches Leiden findet sich im Bericht des Hausarztes des Beschwerdeführers, Dr. med. V._, FMH für Innere Medizin und Rheumatologie, vom 8. August 2008; in diesem Bericht wird allerdings festgehalten, der Versicherte sei aus rheumatologischer Sicht für leichte und mittelschwere Tätigkeiten arbeitsfähig. Da zudem weder die behandelnden medizinischen Fachpersonen, noch der Gutachter eine somatoforme Schmerzstörung diagnostizieren, ist auf die Vorbringen des Beschwerdeführers bezüglich der Begutachtung solcher Störungen nicht weiter einzugehen.
3.2 Ist somit lediglich von einer Leistungsminderung von 20 % in der angestammten Tätigkeit des Versicherten auszugehen, so haben Vorinstanz und Verwaltung einen Rentenanspruch zu Recht verneint; die Beschwerde ist demnach abzuweisen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Januar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Holzer