Sachverhalt:
A. Am 4. April 2003 sprach der Gerichtspräsident 1 des Gerichtskreises Interlaken-Oberhasli X._ der qualifizierten Sachbeschädigung, begangen am 21. August 1999 in Grindelwald (Farbe an Fassade mit Schaufenstern, Sachschaden ca. Fr. 82'000.--), und der mehrfachen Sachbeschädigung, begangen am 6./7. September 1999 (Beschädigung der Schliess- und Alarmanlagen) bzw. am 16. Oktober 1999 (Beschädigung von Türschlössern mittels Leim) in Brienz (Sachschaden ca. Fr. 4'600.-- bzw. ca. Fr. 3'060.--) sowie am 5. Oktober 1999 (Farbschmierereien und Beschädigungen von Türschlössern) und am 17. Oktober 1999 (Sprayereien über Handmalereien) in Grindelwald (Sachschaden ca. Fr. 8'400.-- bzw. unbekannt) zum Nachteil der C._ SA und teilweise des Ehepaars A._, schuldig. Von den weiteren Vorwürfen sprach es ihn frei. Er verurteilte X._ zu sieben Monaten Gefängnis, bedingt vollziehbar, zu einer Busse von Fr. 5'000.-- und verpflichtete ihn u.a., der C._ SA Fr. 86'384.10 Schadenersatz zu bezahlen.
X._ zog die ursprünglich gegen dieses Urteil erhobene Appellation zurück, erstattete indessen Strafanzeige gegen das Ehepaar A._ und reichte beim Obergericht des Kantons Bern am 7. Juni 2004 ein Revisionsgesuch ein. Am 13. November 2003 sprach der Gerichtspräsident 2 des Gerichtskreises XI Interlaken-Oberhasli A.A._ des versuchten Betrugs und der Urkundenfälschung schuldig. Von den weiteren Vorwürfen sprach er ihn frei. Dem Strafverfahren gegen A.B._ wurde mit gleichem Urteil zufolge Verjährung keine weitere Folge gegeben. Auf Appellation von X._ und A.A._ hin bestätigte das Obergericht am 16. Dezember 2010 den Schuldspruch. Es hielt für erwiesen, dass A.A._ mittels einer echten Offerte (Fr. 26'000.--) und einer gefälschten Rechnung (Fr. 52'000.--) zu belegen versuchte, die Schaufenster seien durch die Farbanschläge von X._ bleibend beschädigt und hätten ersetzt werden müssen. Gemäss den Erwägungen im Urteil des Strafverfahrens gegen diesen habe der Richter für das zweite Ereignis keinen Schadenersatz zugesprochen, weil der Bezug der gefälschten Rechnung zum Ereignis gefehlt habe. Auch die Zusprechung der Fr. 26'000.-- an Schadenersatz sei nicht aufgrund der Rechnung, sondern gestützt auf die Offerte erfolgt.
B. Am 5. Dezember 2011 wies das Obergericht des Kantons Bern das Revisionsgesuch von X._ vom 7. Juni 2004 ab.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 5. Dezember 2011 sei aufzuheben. Das Obergericht sei anzuweisen, das Urteil des Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises XI Interlaken-Oberhasli vom 4. April 2003 aufzuheben und die Sache im Umfang der ergangenen Schuldsprüche sowie des Schadenersatzes an ein Regionalgericht zur neuen Entscheidung zurückzuweisen. Seiner Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist zu begründen (<ref-law>), wobei in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht. Solche Rügen prüft das Bundesgericht nur, wenn sie in der Beschwerde vorgebracht und substanziiert begründet worden sind. Das bedeutet, dass klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen).
Soweit der Beschwerdeführer unter dem Titel "Vor- und Prozessgeschichte" einzig seine Sicht der Dinge schildert bzw. aus der Stellungnahme der Beschwerdegegnerin 1 zu seinem Revisionsgesuch zitiert, ohne sich mit dem angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen, ist auf die Beschwerde mangels rechtsgenügender Begründung nicht einzutreten (Beschwerde S. 2-6).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz weise seine Anträge auf Edition der von den Beschwerdegegnern 2 und 3 im ursprünglichen Strafverfahren eingereichten Rechnungen, auf Einvernahme des Zeugen D._ und auf Vornahme eines Augenscheins in willkürlicher antizipierter Beweiswürdigung ab (Beschwerde S. 6 f. Art. 4).
2.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör beinhaltet u.a. das Recht des Betroffenen, mit entscheiderheblichen Beweisanträgen gehört zu werden. Dieser Anspruch wird nicht verletzt, wenn das Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es sich aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in antizipierter Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 3 S. 157; je mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz erwägt, die Sachbeschädigungen hätten sich im Jahr 1999 ereignet. Im Hinblick auf die zehnjährige Aufbewahrungspflicht nach <ref-law> sei anzunehmen, dass die Rechnungsoriginale vernichtet seien. Einer solchen Beweiserhebung sei daher von vornherein kein Erfolg beschieden. Dies gelte auch bezüglich des beantragten Augenscheins. Nach über zehn Jahren seit den Sachbeschädigungen könne nichts mehr über den damaligen Zustand der Schaufenster abgeleitet werden. Die Einvernahme von D._ könne ebenfalls unterbleiben, da dieser bloss Auskunft darüber erteilen könne, in welchem Zustand die Schaufenster im Jahr 2009 gewesen seien. Dies sei vorliegend jedoch nicht von Belang (Urteil S. 4 E. I.4).
2.4 Was der Beschwerdeführer hierzu vorbringt, vermag die vorinstanzliche antizipierte Beweiswürdigung nicht zu erschüttern (Beschwerde S. 6 f.). Aus dem heutigen Zustand der Schaufenster bzw. demjenigen im Jahr 2009 lässt sich nicht ableiten, wie dieser unmittelbar nach der inkriminierten Tat war. Für das vorliegende Verfahren ist weder der heutige noch der Zustand der Schaufenster im Jahr 2009 relevant. Die Rüge ist unbegründet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, sie verweigere die Revision zu Unrecht.
3.2 Vorab muss entschieden werden, ob das Gesetz über das Strafverfahren des Kantons Bern vom 15. März 1995 (StrV/BE; BSG 321.1) oder die schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (StPO; SR 312.0) anwendbar ist. Gemäss <ref-law> werden Rechtsmittel gegen Entscheide, die vor Inkrafttreten der StPO am 1. Januar 2011 gefällt wurden nach bisherigem Recht, von den bisher zuständigen Behörden, beurteilt (zur Problematik dieser Bestimmung bei Revisionen Urteil 6B_186/2011 vom 10. Juni 2011 E. 2.3 mit Hinweisen; indes nicht in Bezug auf altrechtliche Revisionsgründe, vgl. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, N. 2 zu Art. 453; VIKTOR LIEBER, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, N. 5 zu Art. 453). Der Beschwerdeführer reichte sein Revisionsgesuch gegen das Strafurteil vom 4. April 2003 am 7. Juni 2004 ein. Die Vorinstanz wendet die kantonale Strafprozessordnung, insbesondere deren Revisionsgründe nach Art. 368 StrV/BE, somit zu Recht an.
3.3 Nach Art. 368 Abs. 1 Ziff. 2 StrV/BE kann gegen alle rechtskräftigen Endurteile die Revision des Verfahrens beantragt werden, wenn durch eine strafbare Handlung auf das Ergebnis des Strafverfahrens eingewirkt worden ist, was in der Regel durch ein Strafurteil festgestellt sein muss.
Das Bundesgericht prüft die Verletzung von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (E. 1 hiervor). Die Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts prüft es in der Regel nicht frei, sondern nur unter der beschränkten Kognition der Willkür. Soweit der Beschwerdeführer zumindest sinngemäss den Revisionsgrund gemäss Art. 368 Abs. 1 Ziff. 2 StrV/BE anruft (z.B. Beschwerde S. 6 Art. 4, S. 7 Art. 5 oder S. 13 Art. 9), ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Weder legt er dar noch ist ersichtlich (Urteil S. 20-24 E. III.4.2 und S. 30 E. III.4.4), dass die Vorinstanz diese Bestimmung willkürlich anwendet
3.4 Gemäss <ref-law> ("Wiederaufnahme des Verfahrens") haben die Kantone gegenüber Urteilen, die aufgrund des Strafgesetzbuches oder eines anderen Bundesgesetzes ergangen sind, wegen erheblicher Tatsachen oder Beweismittel, die dem Gericht zur Zeit des früheren Verfahrens nicht bekannt waren, die Wiederaufnahme des Verfahrens zu Gunsten des Verurteilten zu gestatten. Diese Bestimmung entspricht Art. 397 aStGB, weshalb die hierzu ergangene Rechtsprechung massgeblich bleibt.
Nach Art. 368 Abs. 1 Ziff. 1 StrV/BE kann gegen alle rechtskräftigen Endurteile die Revision des Verfahrens verlangt werden, wenn Tatsachen oder Beweismittel vorliegen, die dem urteilenden Gericht zur Zeit des früheren Verfahrens nicht bekannt gewesen sind und die allein oder zusammen mit den früheren Tatsachen geeignet sind, den Freispruch oder eine erheblich geringere Bestrafung einer verurteilten [...] Person zu bewirken (hierzu THOMAS MAURER, Das bernische Strafverfahren, 2. Auflage 2003, S. 565 ff.; vgl. <ref-law>, der den in <ref-law> geregelten Revisionsgrund zugunsten eines Verurteilten übernimmt; Urteil 6B_668/2011 vom 3. April 2012 E. 2.2; zum Verhältnis zwischen <ref-law> und <ref-law> Urteil 6B_310/2011 vom 20. Juni 2011 E. 1.2 mit Hinweisen).
3.4.1 Revisionsrechtlich ist eine Tatsache neu, wenn sie bereits im Urteilszeitpunkt vorgelegen hat, dem Gericht jedoch nicht bekannt war (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 3a). Neu sind Beweismittel, wenn sie dem Richter nicht zur Kenntnis gelangt sind, nicht aber, wenn er deren Tragweite falsch gewürdigt hat. Selbst Tatsachen oder Beweismittel, die aus den Akten oder Verhandlungen hervorgehen, können neu sein, wenn sie dem Gericht unbekannt geblieben sind. Voraussetzung ist aber, dass der Richter im Falle ihrer Kenntnis anders entschieden hätte und dass sein Entscheid auf der Unkenntnis und nicht auf Willkür beruht (<ref-ruling> E. 2b). Neue Tatsachen oder Beweismittel sind erheblich, wenn sie geeignet sind, die Beweisgrundlage des früheren Urteils so zu erschüttern, dass aufgrund des veränderten Sachverhalts ein wesentlich milderes Urteil möglich ist (<ref-ruling> E. 1). Die Wahrscheinlichkeit einer Abänderung des früheren Urteils genügt für die Zulassung der Revision. Der Nachweis einer solchen Wahrscheinlichkeit darf nicht dadurch verunmöglicht werden, dass ein jeden begründeten Zweifel ausschliessender Beweis für die neue Tatsache verlangt wird (BGE <ref-ruling> E. 4e S. 361).
3.4.2 Rechtsfrage ist, ob die letzte kantonale Instanz von den richtigen Begriffen der "neuen Tatsache", des "neuen Beweismittels" und deren "Erheblichkeit" ausgegangen ist. Ob eine Tatsache oder ein Beweismittel neu ist, ist eine Tatfrage. Ebenso, ob eine neue Tatsache oder ein neues Beweismittel geeignet ist, die tatsächlichen Grundlagen des zu revidierenden Urteils zu erschüttern. Rechtsfrage ist dagegen, ob die voraussichtliche Veränderung der tatsächlichen Grundlagen zu einem für den Verurteilten günstigeren Urteil führen kann (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
3.4.3 Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig ist sie, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.4 S. 314 mit Hinweis). Die Beweiswürdigung ist willkürlich, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenso vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 5.4 mit Hinweisen).
3.5 Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe den Beschwerdegegner 2 bereits vor dem Rückzug der Appellation am 17. März 2004 verdächtigt, dem Strafgericht gefälschte Unterlagen eingereicht zu haben. Gemäss eigenen Angaben habe er am 10. März 2004 E._ aufgesucht, um diesem dessen angeblich gefälschte Unterschrift auf dem von den Beschwerdegegnern 2-4 im ursprünglichen Strafverfahren eingereichten Expertenbericht zu zeigen. Der kurze Zeitablauf und enge Zusammenhang zwischen dem Rückzug der Appellation, dem Einreichen der umfangreichen Strafanzeige gegen die Beschwerdegegner 2 und 3 sowie das mit der Strafanzeige praktisch identische Revisionsgesuch würden ebenfalls indizieren, dass der Beschwerdeführer schon vor Rückzug der Appellation Beweise für ein strafbares Verhalten der Beschwerdegegner in dem gegen ihn geführten Strafverfahren zusammengetragen habe. Seine Vorbringen würden somit alles Punkte betreffen, die ihm bei Rechtshängigkeit des ursprünglichen Strafverfahrens bereits bekannt gewesen seien. Zum Beispiel sei ihm bzw. seinem damaligen Verteidiger bereits zur Zeit des erstinstanzlichen Verfahrens bekannt gewesen, dass es sich bei den von den Beschwerdegegnern eingereichten Unterlagen hauptsächlich um Kopien gehandelt habe. Der Beschwerdeführer habe vor Eintritt der Rechtskraft des Strafurteils vom 4. April 2003 an den geltend gemachten Schäden und Sachbeschädigungen gezweifelt. Alle diese bekannten Tatsachen und Beweismittel hätten daher in dem zum damaligen Zeitpunkt noch pendenten Appellationsverfahren geltend gemacht werden müssen und fielen als Revisionsgründe ausser Betracht (Urteil S. 28 f. E. III.4.3.c).
Die Vorinstanz führt weiter aus, dass der Beschwerdegegner 2 im Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer eine gefälschte Rechnung eingereicht habe, sei eine neue Tatsache. Diese sei allerdings nicht erheblich, da diese Rechnung keine Auswirkung auf das ergangene Strafurteil gehabt habe. Die gefälschte Rechnung sei vom Strafgericht nicht als Grundlage für die Schadenersatzbemessung verwendet worden und habe auf das Verfahren auch keine andere Wirkungen gezeitigt. Bei einer Wiederaufnahme des Strafverfahrens gegen den Beschwerdeführer würde daher das gleiche Ergebnis resultieren. Ein Freispruch komme nicht in Frage, denn bei jedem Delikt sei dessen Beteiligung erstellt. Die Verurteilungen des Beschwerdeführers hätten sich auf seine Aussagen und nicht auf irgendwelche hier als falsch suggerierten Urkunden gestützt. Auch eine erheblich geringere Bestrafung falle ausser Betracht. Aus den Akten gehe hervor, dass der Beschwerdeführer massive Sachbeschädigungen verursacht habe, die einen grossen Schaden nach sich gezogen hätten. Zudem bilde der verursachte Sachschaden bei der Bemessung der Strafe nur ein Kriterium. Die Vielzahl der Delikte, der dadurch bei den Betroffenen ausgelöste Psychoterror, die kriminelle Energie und die egoistischen Beweggründe sowie die fehlende Einsicht des Beschwerdeführers würden bei der Strafzumessung negativ ins Gewicht fallen. Dies seien alles Gesichtspunkte, die auch bei einer geringeren Schadenshöhe gleich stark zu Buche schlagen würden. Damit fehle es an der hinreichenden Wahrscheinlichkeit, dass bei einem allfällig kleineren Schaden die Strafe erheblich tiefer festgesetzt würde. Die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers seien ebenfalls nicht relevant, da es sich nur um Hinweise auf mutmassliche Zweifel am Beweisergebnis des ursprünglichen Strafverfahrens handle. In diesem sei das Beweismaterial bereits ausführlich gewürdigt worden. Insgesamt würden keine neuen, erheblichen Tatsachen vorliegen, welche die Wiederaufnahme des Strafverfahrens gegen den Beschwerdeführer nahelegen würden (Urteil S. 29 f. E. III.4.3.d).
3.6 Soweit der Beschwerdeführer den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz und ihrer Beweiswürdigung einzig seine Sicht der Dinge gegenüberstellt, ohne näher auszuführen, inwiefern ihr Entscheid auch im Ergebnis willkürlich sein soll, erschöpfen sich seine Vorbringen in appellatorischer Kritik. Darauf ist nicht einzutreten. Dies ist der Fall, wenn er pauschal behauptet, die im Revisionsgesuch geltend gemachten Tatsachen seien erst nach der rechtskräftigen Verurteilung des Beschwerdegegners 2 entstanden, oder wenn er vorbringt, alleine der Umstand, dass sich der Richter im ursprünglichen Verfahren mit Kopien begnügt habe anstatt Originale zu verlangen, rechtfertige es, eine Revision zuzulassen (Beschwerde S. 10).
3.7 Der Beschwerdeführer macht geltend, der Vorwurf, er habe gewusst, dass die Beschwerdegegner 2-4 dem Strafgericht Kopien eingereicht hätten, sei mutwillig (Beschwerde S. 10 Mitte). Auf diesen Einwand ist nicht einzutreten. Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht erörtert, inwiefern diese Frage für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnte.
3.8 Sodann wendet der Beschwerdeführer ein, die vorinstanzlichen Erwägungen seien aktenwidrig, da er im ursprünglichen Strafverfahren nicht gewusst habe bzw. nicht habe wissen können, welche Schäden tatsächlich eingetreten seien oder, dass eine vom Beschwerdegegner 2 eingereichte Rechnung gefälscht gewesen sei (Beschwerde S. 8 ff. Art. 5).
Diese Ausführungen gehen fehl. Die Vorinstanz hält ihm kein solches Wissen vor, sondern erwägt, er habe an der Anzahl der ihm vorgeworfenen Sachbeschädigungen und an der Höhe des geltend gemachten Schadens bereits vor dem Rückzug der Appellation gezweifelt, was er im Übrigen selber einräumt. Sie gelangt willkürfrei zum Schluss, diese vorhandenen Zweifel hätten zum Gegenstand des noch pendenten Appellationsverfahrens gemacht werden müssen, seien nicht als "neu" im revisionsrechtlichen Sinne zu qualifizieren und fielen daher als Revisionsgründe ausser Betracht.
3.9 Unbestritten ist, dass die Tatsache, wonach der Beschwerdegegner 2 im Zusammenhang mit der Sachbeschädigung vom 21. August 1999 (Farbe an Fassade mit Schaufenstern) im ursprünglichen Strafverfahren eine gefälschte Rechnung einreichte, neu ist. Die Vorinstanz ist nicht in Willkür verfallen, wenn sie erwägt, dieser Umstand sei nicht geeignet, die tatsächlichen Grundlagen des Strafurteils zu erschüttern, weil dem Strafgericht diese Rechnung nicht als Grundlage für die Bemessung des Schadenersatzes diente und die Verurteilungen des Beschwerdeführers nicht darauf, sondern insbesondere auf seine eigenen Aussagen abstellten. Gestützt auf diese neue Tatsache muss nicht geschlossen werden, der Strafrichter hätte ihn vom Vorwurf der qualifizierten Sachbeschädigung freigesprochen, weil dieser auch die übrigen Beweismittel kritischer gewürdigt hätte (Beschwerde S. 11 f. Art. 6). In diesem Zusammenhang setzt er sich auch nicht mit den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz auseinander, wonach es an der hinreichenden Wahrscheinlichkeit fehle, dass bei einem allfällig kleineren Schaden die Strafe erheblich tiefer festgesetzt würde.
3.10 Indem der Beschwerdeführer im Weiteren vorbringt, wegen der vom Beschwerdegegner 2 eingereichten, gefälschten Rechnung bezüglich der angeblich erneuerten Schaufenster, sei er ebenso vom Vorwurf der beschädigten Schmutzschleusen freizusprechen (Beschwerde S. 12), setzt er der Beweiswürdigung im früheren Strafverfahren lediglich seine eigene entgegen. Dabei legt er weder dar noch ist erkennbar, inwiefern es sich um eine neue Tatsache handeln sollte, da er den Einwand, es sei unmöglich, dass er die Teppiche in einem abgeschlossenen Lokal von aussen her beschädigt habe (Beschwerde S. 12 unten), ohne Weiteres im ursprünglichen Strafverfahren hätte vortragen können. Gleich verhält es sich bezüglich der beschädigten Sonnenstore (Beschwerde S. 13 Art. 8).
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>).
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini