Sachverhalt:
A. A.a Die 1953 geborene Z._ ist seit April 1989 beim Verband X._ tätig und damit bei der Krankenkasse SKV (nunmehr: Visana Versicherungen AG; nachfolgend: Visana) obligatorisch unter anderem gegen Unfälle versichert. Am 12. Juli 1989 stürzte sie eine Treppe hinunter und zog sich multiple Prellungen an Arm, Schulter, Schädelbasis, Nacken, Rücken und auch an den unteren Extremitäten zu. Die Unfallversicherung erbrachte Taggeldleistungen und gewährte Heilbehandlung. Trotz persistierenden Beschwerden arbeitete Z._ ab dem 30. August 1989 wieder vollumfänglich; die Heilbehandlung wurde - unter anderem in Form eines stationären Aufenthaltes in der Klinik R._ in der Zeit vom 11. Mai bis am 20. Juli 1994 - weitergeführt. Im Auftrag der Unfallversicherung wurde Z._ an der Klinik B._ stationär polydisziplinär begutachtet. Gemäss Expertise vom 8. März 1996 wurden die Diagnosen eines Status nach milder traumatischer Hirnverletzung und gleichzeitiger Halswirbelsäulen (HWS)-Distorsion mit leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Funktionsstörungen und leichten zentralmotorischen Störungen, chronifizierten psychosomatischen (unfallbedingten) Beschwerden und leichten bis mässigen HWS-Schmerzen bei mässiggradiger traumatischer Bewegungseinschränkung gestellt. Die Arbeitsfähigkeit wurde in der bisherigen Tätigkeit auf 75 % und der Integritätsschaden auf 45 % geschätzt. Mit Verfügung vom 29. Oktober 1996 sprach die Visana der Versicherten eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 12,5 % und eine Integritätsentschädigung basierend auf einer Integritätseinbusse von 35 % zu. Auf Einsprache hin erhöhte die Unfallversicherung den Anspruch auf eine Invalidenrente auf 25 % und denjenigen auf Integritätsentschädigung auf 45 % (Einspracheentscheid vom 5. Mai 1999).
A.b Anlässlich eines von Amtes wegen angehobenen Revisionsverfahrens wurde Z._ im Institut D._ untersucht. Gemäss Gutachten vom 24. Juni 2010 habe sich der Gesundheitszustand der Versicherten insofern verbessert, als nunmehr normale neuropsychologische Befunde erhoben werden könnten. Entsprechend hob die Visana den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 20. Juli 2010 per 31. August 2010 auf. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 10. Januar 2011).
B. Z._ liess gegen den Einspracheentscheid Beschwerde einreichen und beantragen, die bisherige Invalidenrente von 25 % sei ihr weiterhin auszurichten. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 31. August 2012 gut.
C. Die Visana führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und lässt beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 10. Januar 2011 zu bestätigen.
Z._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen; das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 317 f. mit Hinweis). Trotzdem obliegt es der Beschwerde führenden Partei, sich in ihrer Beschwerde sachbezogen mit den Darlegungen im angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht prüft unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.3 S. 584; je mit Hinweisen).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob der Unfallversicherer die ab 1. Oktober 1996 ausgerichtete UVG-Invalidenrente in Anwendung der Rentenrevisionsregelung des <ref-law> per Ende August 2010 einstellen darf.
Gemäss dieser Gesetzesbestimmung wird die Rente bei einer erheblichen Änderung des Invaliditätsgrades einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben. Als gegebenenfalls revisionsbegründende Änderung steht eine seit dem rentenzusprechenden Einspracheentscheid vom 5. Mai 1999 eingetretene wesentliche Besserung des unfallbedingt beeinträchtigten Gesundheitszustandes und damit einhergehend der Arbeitsfähigkeit zur Diskussion. Ob eine solche Änderung eingetreten ist, beurteilt sich nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (SVR 2009 IV Nr. 57 S. 177, 9C_149/2009 vom 14. Juli 2009 E. 3.2.1 f.).
3. 3.1 Gemäss angefochtenem Entscheid bilden der Einspracheentscheid vom 5. Mai 1999 einerseits und derjenige vom 10. Januar 2011 andererseits die zeitlichen Vergleichspunkte für die Beurteilung der Frage, ob eine wesentliche Veränderung eingetreten ist. Das ist zu Recht nicht umstritten.
3.2 Als revisionsbegründende Änderung steht eine wesentliche Verbesserung des Gesundheitszustandes, und damit einhergehend der Arbeitsfähigkeit, zur Diskussion.
3.2.1 Das kantonale Gericht hat eine solche Veränderung verneint. Nach umfassender Würdigung der medizinischen Unterlagen - insbesondere durch Vergleich des Berichts der Klinik B._ vom 8. März 1996 mit den Ergänzungen des klinischen Psychologen, Dr. phil. T._ vom 29 Juli 1997, des Dr. med. A._, Facharzt FMH für Neurologie, vom 28. Oktober 1997 sowie der Dr. med. F._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 18. August 1998 mit dem Gutachten des Instituts D._ vom 24. Juni 2010 - hat die Vorinstanz erwogen, die Versicherte klage immer noch über dieselben Beschwerden wie zum Zeitpunkt der Rentenzusprache. Der Unterschied bestehe einzig darin, dass diese ehemals mit neuropsychologischen Befunden begründet worden seien, sich gemäss Gutachten heute aber auf dem Boden einer fehlgeleiteten psychischen Verarbeitung chronifiziert hätten. Für diese krankheitswertige neurotische Fehlentwicklung stelle der versicherte Unfall eine Teilursache dar. Von einer namhaften Verbesserung des Gesundheitszustandes könne nicht gesprochen werden. Die Vorinstanz kam daher zum Schluss, dass die Voraussetzungen einer Rentenrevision im Sinne von <ref-law> nicht erfüllt seien.
3.2.2 Hinsichtlich der im vorinstanzlichen Verfahren von der Visana geltend gemachten anfänglichen zweifellosen Unrichtigkeit der Gewährung einer Invalidenrente, weshalb diese auch im Sinne einer Wiedererwägung aufzuheben sei, legt das Gericht dar, eine unterschiedliche medizinische Würdigung alleine genüge nicht, um eine einmal zugesprochene Rente als zweifellos unrichtig aufzuheben. Ebenso wenig rechtfertige sich eine wiedererwägungsweise Aufhebung mit einer auf einem anderen Erkenntnisstand beruhenden unterschiedlichen Bewertung der Beschwerden als sogenannte MTBI (milde traumatische Hirnverletzung).
3.3 Die Beschwerdeführerin bemängelt die vorinstanzliche Beweiswürdigung. Sie kritisiert insbesondere die Auffassung, es sei aktenwidrig, dass dieselben Beschwerden, die zur Rentenzusprache führten, auch heute noch vorliegen würden. Unabhängig davon, ob die neuropsychologischen Einschränkungen vor der Rentenzusprache im Zusammenhang mit der organischen Hirnschädigung oder mit einer Fehlverarbeitung des Unfallereignisses gestanden habe, sei belegt, dass solche bei der Begutachtung durch das Institut D._ nicht mehr nachweisbar waren. Die Gutachter hätten keine Einschränkungen feststellen können, die die Leistungsfähigkeit der Versicherten unfallbedingt vermindern würden, weshalb sie im angestammten Tätigkeitsbereich voll arbeitsfähig sei. Das Vorliegen eines Wiedererwägungsgrundes wird letztinstanzlich nicht mehr geltend gemacht.
4. 4.1 Gemäss Gutachten vom 24. Juni 2010 leidet die Versicherte heute vor allem an einer "iatrogen ausgelösten Fehlverarbeitung und psycho-physischen Symptomausweitung (im Sinne einer pan-korporalen Befindlichkeitsstörung) aufgrund der Fehldiagnose eines MTBI mit neuropsychologischen Defiziten, die heute nicht mehr nachweisbar sind, sowie falsch interpretierter radiologischer Befunde der Kopfgelenke". Diese Diagnose sei unfallbedingt; eine Aggravation oder Simulation konnte nicht festgestellt werden. Die Versicherte empfinde die früher festgestellten somatischen und neuropsychologischen Einschränkungen als real.
Im Gutachten werden vor allem die Befunde und Schlussfolgerungen der Ärzte, welche die Beschwerdegegnerin nach dem Unfall behandelten und die Gutachter, die sie vor der Rentenzusprache untersuchten, kritisiert. Fraglich ist hier indessen einzig, ob sich der Gesundheitszustand der Versicherten seit Mai 1999 wesentlich verbessert hat. Da damals vor allem neuropsychologische Befunde und Einschränkungen zur festgestellten Arbeitsunfähigkeit führten, interessiert, ob sich diese inzwischen gebessert haben. Eine bloss abweichende ärztliche Einschätzung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitszustandes oder eine bloss mögliche Verbesserung genügen für eine Revision nicht.
4.2 Gemäss der von Dr. phil. D._ durchgeführten neuropsychologischen Teiluntersuchung im Rahmen des Gutachtens des Instituts D._ führt dieser zwar verschiedene unterdurchschnittliche Werte im Bereiche der Aufmerksamkeit und Konzentration an. Zusammenfassend hält er indessen fest, dass weder klinisch noch testpsychologisch nachweisbare kognitive Störungen mit Krankheitswert vorliegen würden. Diese Schlussfolgerung steht im Widerspruch zu einem Gutachten der Dr. phil. O._, neuropsychologisches Ambulatorium, vom 14. Februar 2011. Diese stellte kognitive Leistungsminderungen fest, wobei durchwegs verminderte Konzentrations- und Aufmerksamkeitsleistungen, sowohl bei einfachen als insbesondere auch bei komplexeren Anforderungen an die Aufmerksamkeit, welche einen raschen und effizienten Wechsel des Aufmerksamkeitsfokus voraussetzten, etwa in der geteilten Aufmerksamkeit und im Arbeitsgedächtnis, im Vordergrund stünden. Hinzu kämen Minderleistungen im Bereich der Exekutivfunktionen, vor allem im Umstellvermögen und in der kognitiven Flexibilität, wo sich auch eine leichte Perseverationsneigung manifestiere, sowie im Strukturierungsvermögen. Zudem zeigten sich leicht verminderte Leistungen im verbalen und im visuell-figuralen Lernvermögen und deutliche Schwierigkeiten in der Aufnahme und Verarbeitung komplexer sprachlicher Inhalte. Dr. phil. O._ macht zudem darauf aufmerksam, dass die von Dr. phil. D._ festgestellte Verlangsamung, zum Beispiel in der Alertness (Daueraufmerksamkeit), im Gutachten des Instituts D._ als leicht interpretiert wurde, obschon diese mit einem T-Wert von 30 um zwei Standardabweichungen unterhalb des Mittelwerts liege und damit als schwer zu bewerten wäre. Das Gutachten vom 24. Juni 2010, welches vor allem eine negative Bewertung der ursprünglichen medizinischen Beurteilungen und der darauf beruhenden Rentenzusprache enthält, vermag eine anspruchserhebliche Änderung der medizinischen Verhältnisse lediglich als möglich, nicht aber als überwiegend wahrscheinlich zu begründen.
4.3 Zusammenfassend besteht aufgrund der zwei vorliegenden neuropsychologischen Untersuchungen im Revisionszeitpunkt keine nachvollziehbar und überzeugend begründete Beurteilung, dass sich die Defizite und Beschwerden, die im Jahre 1999 zur Zusprechung einer Invalidenrente führten, tatsächlich wesentlich gebessert haben, nachdem Dr. phil. O._ ähnliche Untersuchungsbefunde erheben konnte, wie sie bereits in der Klinik R._ (Bericht vom 26. Juli 1994 und in der Klinik B._ (Bericht vom 26. Januar 1996) erhoben wurden. Zudem steht auf Grund des Gutachtens des Instituts D._ fest, dass die Versicherte, nunmehr wegen einer psychischen Erkrankung (iatrogen induzierte Symptomausweitung) und - nach Einschätzung der Untersuchenden - nicht mehr wegen eines neuropsychologischen Defizits, an denselben Einschränkungen leidet wie damals. Der Gesundheitszustand hat sich daher nicht verändert, sondern - je nach Gutachter - nur der Grund für die Beeinträchtigung. Sind somit die Voraussetzungen der Revision nicht erfüllt, bleibt es beim Anspruch der Beschwerdegegnerin auf eine Invalidenrente nach UVG basierend auf einem Invaliditätsgrad von 25 Prozent. Das kantonale Gericht hat folglich die mit Einspracheentscheid vom 10. Januar 2011 vorgenommene Aufhebung der Invalidenrente zu Recht annulliert.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und der Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Mai 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer