Sachverhalt:
A. M._, geboren 1974, meldete sich am 13. Dezember 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die Abklärungen der IV-Stelle des Kantons St. Gallen ergaben, dass er unter einer Halslymphknotentuberkulose gelitten hatte und deswegen am 15. Juli 2005 hatte operiert werden müssen (Neck dissection und Fistelumschneidung). In der Folge litt er unter Schulterschmerzen. Die Arbeitsstelle als Packer bei der B._ AG war ihm am 28. August 2006 aus Rationalisierungsgründen gekündigt worden. Die IV-Stelle liess den Versicherten neurologisch durch Frau Dr. med. H._ (Gutachten vom 27. August 2007), und psychiatrisch durch Frau Dr. med. G._ (Gutachten vom 21. Januar 2008 und vom 13. Oktober 2009, Ergänzung vom 20. November 2009), abklären. Mit Verfügung vom 29. März 2010 lehnte sie den Anspruch auf eine Invalidenrente ab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 26. Juni 2012 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm mindestens eine Viertelsrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 67 f., 134 V 250 E. 1.2 S. 252, je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung der Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 315, 65 E. 1.3 S. 67 f., je mit Hinweisen). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 196 ff.). Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) sowie zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz ist gestützt auf die Einschätzung der psychiatrischen Gutachterin von einer zumutbaren 80%igen Arbeitsfähigkeit ausgegangen. Der Beschwerdeführer macht demgegenüber sinngemäss im Wesentlichen geltend, dass ihm vom behandelnden Psychiater eine lediglich 50%ige Arbeitsfähigkeit attestiert worden sei. Zu Unrecht sei die Gutachterin davon ausgegangen, dass er im beruflichen Integrationsprogramm der Arbeitslosenversicherung ein 75%-Pensum bewältigt habe, zumal er dort nur eine eingeschränkte Leistung habe erbringen können. Des Weiteren erachtet er eine orthopädische Begutachtung als unabdingbar.
4. Was zunächst den Antrag auf eine orthopädische Abklärung betrifft, beruft sich der Versicherte auf einen Bericht des Dr. med. L._ vom 20. November 2007. Demnach leidet der Beschwerdeführer unter Schmerzen im Bereich der linken Schulter und einem Kraftverlust im linken Arm. Der Orthopäde hatte eine Schwäche des Musculus trapezius sowie des Musculus sternocleidomastoideus festgestellt, bedingt durch die bei der Operation in Mitleidenschaft gezogenen Nerven. Diesbezüglich war der Versicherte jedoch bereits gutachtlich durch Frau Dr. med. H._ abgeklärt worden. Es ergeben sich denn auch hinsichtlich der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit aus somatischer Sicht keine Widersprüchlichkeiten. Gemäss Dr. med. L._ könne der Versicherte nur noch Lasten bis zu 5kg (bei hängendem Arm) heben; auf Tischhöhe könne er den Arm voll gebrauchen, bei Rotationsbewegungen sei die Kraft jedoch auch dabei eingeschränkt. Weitere Angaben namentlich in zeitlicher Hinsicht machte er nicht. Frau Dr. med. H._ erachtete damit übereinstimmend lediglich noch leichte Tätigkeiten als zumutbar. Es besteht damit kein Anlass für weitere Abklärungen.
5. Die psychiatrische Gutachterin Frau Dr. med. G._ hat sich zu den von ihr am 13. Oktober 2009 gestellten Diagnosen einer chronischen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10 F45.41) sowie einer Anpassungsstörung mit vorwiegender Beeinträchtigung von anderen Gefühlen (ICD-10 F43.23), zur Einschätzung der Dienste X._ (anhaltende somatoforme Schmerzstörung [ICD-10 F45.4] und leichte depressive Episode [ICD-10 F32.0]), insbesondere aber auch zu den rechtsprechungsgemäss zur Beurteilung der allfälligen Invalidisierung eines solchen Leidens massgeblichen Kriterien (<ref-ruling> E. 2.2.3 S. 353 f.) eingehend geäussert. In den Berichten der behandelnden Ärzte fehlt es hingegen an einer Begründung ihres Attests einer 50%igen Arbeitsfähigkeit, was mit Blick auf die von ihnen gestellten Diagnosen nicht zu genügen vermag. Es besteht gestützt darauf deshalb kein Anlass, vom psychiatrischen Gutachten abzuweichen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 469 f.).
Im Übrigen führte Frau Dr. med. G._ in ihren Stellungnahmen aus, dass dem Beschwerdeführer in einer dem körperlichen Leiden angepassten Tätigkeit und nach dreimonatiger Einarbeitungsphase wegen Insuffizienzgefühlen ein 100%iges Arbeitspensum mit 80%igem Rendement zuzumuten sei. Nicht die Schwere der psychischen Störung, sondern vielmehr die subjektive Überzeugung, schon mit einer 50%igen Arbeitsbelastung an seine Grenzen zu kommen, und das dementsprechende Verhalten des Versicherten hätten bis anhin zu einem Scheitern der beruflichen Rehabilitation geführt. Eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes sei nicht eingetreten.
6. Damit ist mit der Vorinstanz von einer zumutbaren 80%igen Arbeitsfähigkeit auszugehen. Der vom kantonalen Gericht vorgenommene Einkommensvergleich wird nicht beanstandet und gibt keinen Anlass zu Weiterungen.
7. Die Beschwerde kann ohne Durchführung des Schriftenwechsels (<ref-law>) erledigt werden.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).
Gemäss <ref-law> wird einer Partei die unentgeltliche Rechtspflege nur gewährt, wenn sie bedürftig ist und ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (zum Erfordernis der Nichtaussichtslosigkeit auch bei der unentgeltlichen Verbeiständung: Urteil 8C_258/2009 vom 24. August 2009 E. 7 mit Hinweisen). Das kantonale Gericht hat die Sachverhalts- und Rechtslage einlässlich dargelegt und seinen Entscheid eingehend begründet. Die erhobenen Rügen vermochten ihn nicht ernsthaft in Zweifel zu ziehen. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann daher zufolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 f.) nicht entsprochen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. September 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo