Sachverhalt:
A. Die X._ bezweckt gemäss Handelsregistereintrag den Erwerb und Betrieb der Gärtnerei Y._ als Selbstbewirtschafterin und auf Selbsthilfebasis. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (EStV) stellte anlässlich einer Kontrolle fest, dass die X._ zwischen 1995 und 1998 auf dem Umsatz aus dem Verkauf von so genannten Duft- bzw. Hanfsäcklein nur die Mehrwertsteuer zum reduzierten Steuersatz von 2 % entrichtet hatte. Mit Ergänzungsabrechnung vom 14. September 2000 verlangte die EStV eine Nachzahlung in Höhe von Fr. 805'864.--, worin vor Bundesgericht nicht mehr streitige Fr. 10'736.70 Steuern für den Betrieb eines Personalrestaurants inbegriffen sind. Dabei wandte sie den in den Jahren 1995 - 1998 geltenden ordentlichen Steuersatz von 6,5 % an. Zusätzlich forderte sie die Bezahlung eines Verzugszins in Höhe von 5 % ab dem 5. Dezember 1997 aus dem erwähnten Gesamtbetrag. Diesen Entscheid bestätigte sie mit Verfügung vom 13. März 2001. Die dagegen von der X._ erhobenen Rechtsmittel blieben erfolglos.
B. Mit Eingabe vom 4. Januar 2008 erhebt die X._ beim Bundesgericht Beschwerde. Sie beantragt sinngemäss, das in dieser Sache zuletzt ergangene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 16. November 2007 aufzuheben und festzustellen, dass sie der EStV den Betrag von Fr. 795'227.75 zuzüglich Verzugszins nicht schuldet. Eventualiter stellt sie den Antrag, der Verzugszins sei "gemäss Fälligkeit der einzelnen Nachforderungen zu berechnen".
C. Die EStV stellt den Antrag, die Beschwerde hinsichtlich des Verzugszinses teilweise gutzuheissen und diesen neu ab dem 3. Mai 1998 zu verlangen; im Übrigen sei die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde mit Verfügung vom 18. Februar 2008 antragsgemäss aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2001 sind das Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG; SR 641.20) sowie die zugehörige Verordnung (MWSTGV; SR 641.201) in Kraft getreten. Da im vorliegenden Verfahren ausschliesslich vor dem Jahre 2001 verwirklichte Sachverhalte zu beurteilen sind, ist noch auf die Bestimmungen der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV; AS 1994 1464) abzustellen (vgl. Art. 93 Abs. 1 und Art. 94 MWSTG).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Umsatz aus dem Verkauf der Duftsäcklein unterliege gemäss Art. 27 Abs. 1 lit. a Ziff. 1 Lemma 5 MWSTV lediglich dem reduzierten Steuersatz.
Gemäss dieser von der Beschwerdeführerin angerufenen Regelung betrug die Mehrwertsteuer in den Jahren 1995 bis 1998 zwei Prozent auf Lieferungen von Sämereien, Setzknollen und -zwiebeln, lebende Pflanzen, Stecklinge, Propfreiser sowie Schnittblumen und Zweige, auch zu Sträussen, Kränzen und dergleichen gebunden. Soweit ein der Mehrwertsteuer unterstellter Umsatz nicht unter die Bestimmungen des Art. 27 Abs. 1 lit. a oder abis MWSTV fiel, galt damals ein Steuersatz von 6,5 % (<ref-law>).
2.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, dass der Gesetzgeber mit der Formulierung "auch zu Sträussen und dergleichen gebunden" einen Verarbeitungsschritt zulassen wollte. Das umfasse unter anderem das Zerschneiden und Abfüllen der Hanfzweige in Duftsäcklein. Ob es sich dabei um ein THC-reiches Pflanzengemisch handelte, das allenfalls - als Betäubungsmittel - geraucht werden konnte, sei unerheblich.
2.3 Die Vorinstanz hält fest, dass die Füllung der Säckchen aus kleinen Bestandteilen der getrockneten Hanfpflanze bestand. Daher stellten die verkauften Hanfsäckchen weder Zweige noch Schnittblumen im Sinne von Art. 27 Abs. 1 lit. a Ziff. 1 Lemma 5 MWSTV dar. Dazu hätten die Pflanzen noch ganz oder zumindest in dekorativen Bestandteilen erhalten sein müssen.
2.4 Dem ist zuzustimmen. Der reduzierte Steuersatz in <ref-law> wurde wie auch bei <ref-law> vor allem aus sozialpolitischen Gründen vorgesehen, wobei die Aufzählung als abschliessend gilt (Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 28. August 1996 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, BBl 1996 V 772). Wie die Vorinstanz zu Recht bemerkt, sind Ausnahmen von der Regel, wozu auch die Fälle der reduzierten Besteuerung gehören, eher restriktiv zu interpretieren (zum reduzierten Satz bei der MWSTV: Urteil 2A.68/2003 vom 31. August 2004, E. 3.4, publ. in: ASA 76 S. 212; zu den Steuerausnahmen: <ref-ruling> E. 5e S. 202, 372 E. 6a S. 377).
Die entsprechende Bestimmung hat im Mehrwertsteuergesetz (Art. 36 Abs. 1 lit. a Ziff. 5) sprachlich eine gewisse Änderung erfahren ("auch zu Arrangements, Sträussen, Kränzen und dergleichen veredelt"), was vom Gesetzgeber nicht als Erweiterung, sondern nur als Präzisierung der bisherigen Regelung gedacht war (Kommissionsmitglied Ständerat Brändli in AB 1998 S 987). Doch auch nach dem Wortlaut des <ref-law> sind die getrockneten, in kleinste Teile zerstückelten und in Säckchen mit einem Gesamtgewicht von jeweils etwa drei bis fünf Gramm abgefüllten Hanfpflanzen nicht als Schnittblumen oder Zweige anzusehen, die zu Arrangements oder "dergleichen veredelt" wurden. Als Arrangement oder dergleichen sind nur mit Sträussen oder Kränzen vergleichbare Zusammenstellungen von Schnittblumen und Zweigen zu verstehen. Die vorliegenden Waren gehören nicht dazu.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin bestand für die Vorinstanz damit kein Anlass, den Wertanteil des Verpackungsmaterials einerseits und der Füllung anderseits zu vergleichen (vgl. auch <ref-law>). Angesichts der klaren Sachlage kommt es auch nicht mehr auf die Frage an, wer die Beweislast für die Frage trägt, unter welchen Steuersatz die Umsätze aus dem Verkauf der Duftsäcklein fallen (vgl. im Übrigen Urteil 2A.642/2004 vom 14. Juli 2005, E. 5.4, publ. in: ASA 75 S. 495).
2.5 Die Beschwerdeführerin macht zusätzlich geltend, sie habe Hanfpflanzen teilweise von Bauern zugekauft; die EStV habe ihr insoweit am 14. September 2000 Vorsteuerabzüge gemäss <ref-law> lediglich zum reduzierten Steuersatz gutgeschrieben. Es sei jedoch widersprüchlich und verstosse gegen Treu und Glauben, wenn beim anschliessenden Verkauf der Duftsäcklein nicht mehr der reduzierte, sondern der höhere Steuersatz gelte.
Auch diese Rüge erweist sich als unbegründet. Die Beschwerdeführerin hat die von Urproduzenten bezogenen Hanfpflanzen nicht unverändert weiterverkauft. Vielmehr hat sie die getrockneten Pflanzen anschliessend in kleinste Teile zerstückelt und in Säckchen gefüllt, wodurch sie - wie gesehen - aus der Liste der in Art. 27 Abs. 1 lit. a Ziff. 1 MWSTV aufgezählten Produkte fielen.
2.6 Keine Rolle spielt hier schliesslich, ob es sich bei der Füllung der Säckchen um unzulässige Betäubungsmittel handelte bzw. ob sie als solche eingesetzt werden konnten. Wie das Bundesgericht in zwei parallel laufenden Verfahren (2C_16/2008 und 2C_17/2008) mit Urteilen vom gleichen Tage entschieden hat, unterliegt auch der Umsatz mit Betäubungsmitteln der Mehrwertsteuer. Da die Beschwerdeführerin dies nicht thematisiert hat, erübrigen sich vorliegend weitere Ausführungen dazu. Die Qualifikation der Duftsäcklein als Betäubungsmittel würde mangels besonderer Bestimmung auch nur zum ordentlichen Steuersatz von - damals - 6,5 % führen.
2.7 Demnach verlangen die Vorinstanzen von der Beschwerdeführerin zurecht die Bezahlung der Mehrwertsteuer zum vollen Steuersatz von 6,5 % anstatt zum reduzierten Satz von 2 %. Da die Beschwerdeführerin die Ermittlung bzw. Berechnung der noch geschuldeten Steuerbeträge nicht weiter beanstandet und auch nicht offensichtlich ist, dass den Vorinstanzen hierbei Fehler unterlaufen sind, erweist sich die Nachforderung von insgesamt Fr. 795'227.75 aus dem Verkauf der Duftsäcklein als bundesrechtmässig.
3. 3.1 Mit ihrem Eventualantrag rügt die Beschwerdeführerin allerdings noch die Festsetzung des Tages, ab dem Verzugszinsen geschuldet werden. Für sie sei nicht nachvollziehbar, wie die Vorinstanzen zur Forderung eines Verzugszinses ab dem 5. Dezember 1997 über die gesamte Nachzahlungssumme von Fr. 795'227.75 gelange. Die Steuernachforderung für das 4. Quartal 1995 bis zum 4. Quartal 1996 betrage Fr. 23'220.--, für das 1. bis 4. Quartal 1997 Fr. 315'600.-- und für das 1. bis 4. Quartal 1998 Fr. 456'407.--. Auf dem erstgenannten Betrag werde der Verzugszins ab dem 31. Dezember 1996 geschuldet, auf dem zweitgenannten ab dem 31. Dezember 1997 und auf dem letztgenannten erst ab dem 31. Dezember 1998. Durch diese Vorgehensweise habe sie mindestens Fr. 20'000.-- weniger an Verzugszinsen zu zahlen.
3.2 Zwar hatte die Beschwerdeführerin die Berechnung der Verzugszinsen bei den Vorinstanzen nicht als solche beanstandet. Sie ging allerdings immer davon aus, dass sie keine Nachzahlung und damit auch keine Verzugszinsen zu leisten brauche. Letztere bildeten damit ebenfalls den Streitgegenstand. Insoweit kann sich das Bundesgericht auch mit ihnen befassen, zumal es hier nur um Rechtsfragen geht und auf die bisherigen Sachverhaltsfeststellungen abgestellt werden kann.
3.3 Der Steuerpflichtige hatte nach der Verordnung über die Mehrwertsteuer innerhalb von 60 Tagen nach Ablauf der vierteljährlichen Abrechnungsperioden die geschuldeten Steuerbeträge der Steuerverwaltung zu bezahlen (vgl. Art. 36 und 38 Abs. 1 MWSTV). Bei verspäteter Zahlung wurde ohne Mahnung ein Verzugszins geschuldet (<ref-law>).
3.4 Wenn die Beschwerdeführerin für den Beginn der Verzinsung jeweils nur auf das Ende eines jeden Kalenderjahres abstellt, so beachtet sie die soeben erwähnten Bestimmungen, gemäss welchen die Steuer unter anderem vierteljährlich fällig wird, nicht hinreichend.
3.5 Die EStV hatte für den Beginn des Zinsenlaufs zunächst den 5. Dezember 1997 angesetzt. Dabei ging sie davon aus, dass es sich um das mittlere Verfalldatum für sämtliche Nachzahlungen handle. Gemäss bundesgerichtlicher Praxis wird in Fällen, in denen mehrere Steuerperioden in Frage stehen, das Abstellen auf das mittlere Verfalldatum grundsätzlich geschützt (vgl. Urteile vom 9. Januar 1987, publ. in: ASA 58 S. 160 und 163 mit Hinweisen, und vom 1. Februar 1963, publ. in: ASA 31 S. 519, E. 4).
Wie die EStV jedoch selber in ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht (S. 5 f.) einräumt, hatte sie bei der Bestimmung des mittleren Verfalldatums zunächst nicht beachtet, dass die Nachbelastungen der einzelnen Perioden unterschiedlich ausfallen, vor allem diejenigen der Jahre 1997 und 1998 massiv höher sind als diejenigen der Jahre 1995 und 1996. Um dies nunmehr zu berücksichtigen, stellt sie in ihrer Vernehmlassung in grundsätzlich korrekter Weise auf das sog. Zinsnummernverfahren zur Ermittlung des mittleren Verfalldatums ab (vgl. zu diesem Verfahren: Emilio Albisetti/Max Boemle et al., Handbuch des Geld-, Bank- und Börsenwesens der Schweiz, 4. Aufl. 1987, S. 481 und 718 f.). In die sich daraus ergebende Neuberechnung bezieht sie auch vor Bundesgericht nicht mehr streitige Steuernachforderungen betreffend das Personalrestaurant der Beschwerdeführerin ein.
Allerdings beachtet die EStV die vierteljährlichen Abrechnungsperioden mit sich daraus jeweils ergebendem unterschiedlichem Beginn des Zinsenlaufs (vgl. E. 3.3 hievor) nicht hinreichend: Zwar ermittelt sie für die Zeit vom 4. Quartal 1995 bis zum 4. Quartal 1996 sowie für die Kalenderjahre 1997 einerseits und 1998 anderseits zunächst je mittlere Verfalldaten unter Berücksichtigung der vierteljährlichen Fälligkeiten (vgl. die in der Tabelle der EStV unter der Rubrik "Valuta" angegebenen Daten). Obwohl die Umsätze bzw. die entsprechenden Steuerschulden quartalsweise ebenfalls variierten, verfährt sie dabei jedoch nicht nach dem auch insoweit anzuwendenden Zinsnummernverfahren. Mit Blick auf die vierteljährlichen Fälligkeiten muss bei der Festsetzung des mittleren Verfalldatums konsequenterweise nicht nur den unterschiedlich hohen Steuernachforderungen der jeweiligen Jahre, sondern auch der jeweiligen Jahresquartale Rechnung getragen werden. Da dem Bundesgericht die entsprechenden Zahlen der Jahre 1995 und 1996 nicht vorliegen, kann es das mittlere Verfalldatum für sämtliche Nachzahlungen nicht selber kalkulieren. Demnach ist es angezeigt, die Sache an die EStV zur Neuberechnung des mittleren Verfalldatums im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen (vgl. <ref-law>).
4. 4.1 Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im Eventualstandpunkt gutzuheissen. Im Übrigen ist die Beschwerde hingegen unbegründet und abzuweisen.
4.2 Bei diesem Ausgang werden die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin zu drei Vierteln und der EStV, um deren Vermögensinteresse es auch geht, zu einem Viertel auferlegt (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 4 BGG). Die EStV hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten (vgl. Art. 68 Abs. 1-3 BGG). Bezüglich der vorinstanzlichen Verfahrens- und Parteikosten rechtfertigt sich ein neuer Entscheid indes nicht (vgl. Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG). Die Beschwerdeführerin hatte die entsprechende Rüge vorinstanzlich nicht erhoben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird Dispositiv-Ziffer 1 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 16. November 2007 betreffend die Verzugszinsen aufgehoben und die Sache zu deren Neufestsetzung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin im Betrag von Fr. 9'000.-- und der Eidgenössischen Steuerverwaltung im Betrag von Fr. 3'000.-- auferlegt.
3. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Mai 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Merz