A.- B._ a travaillé en qualité de magasinier et de vendeur-livreur au service de X._ SA. Le 14 août 1998, son employeur l'a licencié avec effet immédiat.
Le prénommé a saisi la juridiction des prud'hommes.
Lors d'une audience devant le Bureau de conciliation, du 28 septembre 1998, L._, au nom de X._ SA, a offert à B._ pour solde de salaire à fin octobre 1998 la somme de 7000 fr. (sous déduction des charges sociales autorisées), ce que ce dernier a accepté (procès-verbal de transaction).
L'assuré a présenté une demande d'indemnité de chômage.
Par décision du 3 novembre 1998, la caisse a prononcé la suspension du droit de B._ à l'indemnité de chômage durant 40 jours pour faute grave. Elle retenait qu'il avait, par son comportement et en particulier par la violation de ses obligations contractuelles, donné à son employeur un motif de résiliation.
B.- B._ a saisi le Groupe réclamations de l'Office cantonal genevois de l'emploi. Contestant avoir donné à X._ SA un motif de licenciement immédiat, il niait toute faute grave de sa part. Par décision du 15 mars 1999, le Groupe réclamations a rejeté la réclamation.
C.- B._ a recouru contre cette décision devant la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage, en concluant à l'annulation de la suspension de son droit à l'indemnité de chômage durant 40 jours.
La juridiction précitée a procédé à l'audition de B._ et de L._.
Selon B._ (séance du 24 juin 1999), son employeur a trouvé un prétexte pour le licencier. "(Nous) avions l'habitude en été de fermer plus tôt le magasin, cela irrégulièrement, c'est la raison pour laquelle j'ai modifié l'horaire car c'était un moyen de prévenir que le magasin était fermé. J'ignore pour quelle raison mon patron a voulu me licencier".
Selon L._ (séance du 30 septembre 1999), il a perdu confiance dans la personne de B._. "Il était le seul employé et j'ai très mal ressenti le fait que pendant mes vacances, il dévisse la plaque métallique établissant les horaires d'ouverture du magasin pour y apposer ses propres horaires en m'expliquant que nous avions fait assez de chiffre d'affaires ou qu'il avait fait trop chaud. Je ne pouvais plus continuer à travailler dans ces conditions avec B._".
Par jugement du 30 septembre 1999, la juridiction précitée a rejeté le recours.
D.- B._ interjette recours de droit administratif contre ce jugement, en demandant que la suspension de son droit à l'indemnité de chômage durant 40 jours soit ramenée à 20 jours.
La Caisse cantonale genevoise de chômage conclut au rejet du recours, alors que le Secrétariat d'Etat à l'économie n'a pas déposé d'observation.

Considérant en droit :
1.- Le recourant conteste la réalité des motifs invoqués par X._ SA dans la lettre de licenciement du 14 août 1998. Niant toute faute grave de sa part, il relève que ces motifs ont été nuancés à plusieurs reprises entre la résiliation de son contrat de travail, l'audience devant le Bureau de conciliation de la juridiction des prud'hommes et l'instruction par le Groupe réclamations, qu'il s'agisse des plaintes écrites des clients ou de la fermeture du magasin "plus tôt au moins durant dix jours". Selon lui, les motifs invoqués par son employeur ne seraient en réalité qu'un prétexte pour procéder à une restructuration du personnel, dès lors qu'il était question à une semaine de son licenciement du réaménagement du magasin.
2.- Les faits mentionnés ci-dessus par le recourant n'ont pas été retenus par la juridiction cantonale et sont sans pertinence à ce stade de la procédure.
En effet, l'instruction à laquelle ont procédé les deux instances de recours a fait ressortir des faits que la juridiction cantonale tient à juste titre pour constants.
Il s'agit de la modification de l'affichage des heures d'ouverture et de la fermeture à plusieurs reprises du magasin à des heures avancées pendant l'été, cela lorsque le recourant avait seul la responsabilité du magasin.
Il est ainsi établi que le recourant s'est trouvé au chômage par sa propre faute (<ref-law>; <ref-law>; Thomas Nussbaumer, in : Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Arbeitslosenversicherung, p. 254, ch. m. 695). Dès lors que c'est en particulier pour ces motifs que son employeur l'a licencié, la question qui subsiste est celle de la qualification de la faute.
3.- a) La durée de la suspension est proportionnelle à la gravité de la faute et ne peut excéder, par motif de suspension, 60 jours (...; art. 30 al. 3 troisième phrase LACI). Selon l'<ref-law>, elle est de 1 à 15 jours en cas de faute légère (let. a), de 16 à 30 jours en cas de faute de gravité moyenne (let. b), et de 31 à 60 jours en cas de faute grave (let. c). Dans ce domaine, le juge ne s'écarte de l'appréciation de l'administration que s'il existe de solides raisons (<ref-ruling> consid. 2).
b) En l'espèce, l'intimée a prononcé la suspension du droit du recourant à l'indemnité de chômage durant 40 jours pour faute grave.
Toutefois, tels qu'établis par la juridiction cantonale, les faits ne permettent pas de qualifier de faute grave le comportement de l'assuré. Il s'agit cependant clairement d'un comportement qui a entraîné pour l'employeur la rupture du lien de confiance et le licenciement.
Comme c'est là l'unique comportement fautif chez un travailleur ayant exercé l'activité de magasinier et de vendeur-livreur pendant près de huit ans pour le même employeur, apparemment à sa satisfaction, il y a lieu de retenir une faute de gravité moyenne et de la sanctionner d'une suspension de 20 jours.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est admis et le jugement de la Commission
cantonale genevoise de recours en matière d'assurance- chômage, du 30 septembre 1999, la décision du Groupe
réclamations de l'Office cantonal genevois de l'emploi,
du 15 mars 1999, et la décision de la Caisse
cantonale genevoise de chômage, du 3 novembre 1998,
sont modifiés en ce sens que la durée de la suspension
du droit du recourant aux indemnités de chômage est
fixée à vingt (20) jours.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage, au Groupe réclamations de l'Office
cantonal genevois de l'emploi et au Secrétariat
d'État à l'économie.
Lucerne, le 20 décembre 2000
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIe Chambre :
Le Greffier :