Faits:
A. Le 4 juillet 2011, le Tribunal criminel du Littoral et du Val-de-Travers a condamné X._ à une peine privative de liberté ferme de 4 ans, sous déduction de 322 jours de détention avant jugement, pour, notamment, vols en bande et par métier, dommages à la propriété et violations de domicile.
B. Par jugement d'appel du 20 décembre 2011, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté l'appel formé par X._ et constaté l'entrée en force du jugement du 4 juillet 2011, au jour de son prononcé. Elle a mis les frais de la procédure d'appel à charge de X._.
C. Ce dernier forme un recours en matière pénale contre le jugement d'appel du 20 décembre 2011. Il conclut à sa modification en ce sens qu'il est libéré d'un certain nombre d'infractions et condamné à une peine compatible avec le sursis partiel, celui-ci devant être prononcé à hauteur de 18 mois et la détention préventive subie jusqu'au jour du jugement sur recours imputée. X._ sollicite également la modification du jugement d'appel en ce sens qu'il lui est octroyé une indemnité équitable pour les dépenses occasionnées par la défense de ses droits, que les frais d'appel sont mis à la charge de l'Etat et que ceux de première instance mis à sa charge sont réduits. A titre subsidiaire, il requiert l'annulation du jugement d'appel et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite également l'assistance judiciaire.
Invitée à se déterminer, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel s'est abstenue. Le Ministère public s'est référé aux considérants du jugement sur appel.

Considérant en droit:
1. Le recourant invoque une violation de son droit d'être entendu.
1.1 Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., impose au juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 84).
1.2 Le recourant estime que la cour cantonale a violé son droit d'être entendu en laissant ouverte la question de savoir si une plainte pénale déposée pour vol par effraction impliquait également une dénonciation pour violation de domicile.
Il ressort des conclusions prises par le recourant auprès de la cour cantonale qu'il n'a contesté sa condamnation pour violation de domicile que pour cinq cas. Cette autorité a certes indiqué en préambule laisser cette question ouverte (jugement entrepris, p. 5). Toutefois, dans quatre des cas contestés par le recourant, elle a expressément abandonné ce chef d'accusation (jugement entrepris, ch. 2, 27, 30 et 37, p. 6). Le grief tombe par conséquent ici à faux. Dans le cinquième cas, la cour cantonale a exposé que la plainte avait été enregistrée pour dommages à la propriété et violation de domicile, de sorte que cette dernière infraction devait être retenue (jugement entrepris, ch. 15, p. 6). Cette motivation est suffisante pour comprendre qu'il n'y a pas ici d'indécision dans la plainte de sorte que l'infraction pour violation de domicile peut être sanctionnée. Le grief est infondé.
1.3 Le recourant se plaint aussi de ce que sa condamnation pénale visant plusieurs délits de nature distincte n'indique pas la peine sanctionnant chacune des infractions.
Ce faisant, le recourant n'invoque pas véritablement une violation de son droit d'être entendu mais plutôt de l'<ref-law>. Son moyen est infondé, cette disposition n'exigeant pas que la peine soit fixée pour chaque infraction commise (sur les exigences en matière de fixation de peine, cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 104 s.).
1.4 Il est inutile pour le surplus d'examiner à ce stade les autres griefs tirés d'une violation du droit d'être entendu (en relation avec l'indemnité visée par l'<ref-law> et le contenu du dispositif de première instance) dès lors que la cause doit de toute façon être renvoyée en instance cantonale (cf. infra consid. 5.7).
2. Dans le recours en matière pénale, les faits constatés par la cour cantonale lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'ils n'aient été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, c'est-à-dire de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.). Le Tribunal fédéral n'examine le moyen fondé sur la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 255).
Le recourant fonde son raisonnement sur plusieurs faits ne résultant pas du jugement entrepris, ce sans invoquer ni démontrer qu'ils auraient été omis de manière arbitraire. Il ne peut en être tenu compte.
3. Le recourant estime que des délits de violation de domicile et de dommages à la propriété simple, sanctionnés uniquement sur plainte, ont été retenus alors que selon lui aucune plainte pénale n'a été valablement déposée. Il y voit une violation de l'<ref-law> et requiert la libération de la prévention de violation de domicile pour les cas 2 et 15 de l'acte d'accusation et de la prévention de dommages à la propriété pour les cas 3, 12, 17, 19 et 22 de l'acte d'accusation (recours, p. 2, ch. II, III et IV).
3.1 Le recourant n'a pas été condamné pour violation de domicile pour les faits visés par le cas 2 de l'acte d'accusation (cf. supra consid. 1.2). Le grief est sur ce point infondé.
3.2 En vertu de l'<ref-law>, si une infraction n'est punie que sur plainte, toute personne lésée peut porter plainte contre l'auteur.
A qualité pour porter plainte au sens de l'<ref-law>, en cas de violation de domicile mais également de dommages à la propriété commis à l'encontre d'une entreprise, la personne dont la fonction consiste précisément à veiller à la sauvegarde du bien juridiquement protégé et lésé par l'infraction, ce pour autant qu'une telle démarche ne soit pas contraire à la volonté de l'entreprise - respectivement de ses organes si celle-ci est une personne morale - et puisse être approuvée par cette dernière (cf. <ref-ruling> consid. 1c p. 171; arrêts 6B_972/2009 du 16 février 2010 consid. 3.4.1; 6B_762/2008 du 8 janvier 2009 consid. 3.5). Est ainsi habilité à déposer plainte pénale pour violation de domicile le représentant d'une société immobilière disposant d'un pouvoir général conféré tacitement par actes concluants (cf. <ref-ruling> consid. 1c p. 171) ou la personne, non inscrite au registre du commerce, chargée pour une société d'exploiter un night-club (arrêt 6B_762/2008 du 8 janvier 2009 consid. 3.5). Dans la mesure où la plainte a été déposée par un représentant sans pouvoir, la ratification par le lésé doit intervenir dans le délai de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3a p. 208).
3.3 Le jugement de première instance auquel se réfère sur ce point la décision entreprise indique que dans les cas 3, 12 et 19 la plainte a été déposée par le "gérant" de l'entreprise lésée, dans le cas 17 par son "Geschäftsführer". S'agissant du cas 15, la plainte a été formée par l'une des personnes indiquées comme lésées par l'acte d'accusation. Quant au cas 22, la cour cantonale a retenu que la plainte avait été déposée par un représentant, celle-ci indiquant expressément que la personne ayant porté plainte était "Filialleiter".
3.4 Le recourant n'invoque pas, conformément aux exigences posées par l'<ref-law>, que ces faits auraient été constatés de manière arbitraire (cf. supra consid. 2). Il n'y a dès lors pas lieu de s'en écarter. Or, sur la base de ceux-ci, la cour cantonale pouvait sans violer l'<ref-law> considérer que les plaintes avaient été déposées par une personne disposant des pouvoirs nécessaires et par conséquent légitimée à le faire.
4. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>.
4.1 Selon cette disposition, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
L'<ref-law> confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'<ref-law>, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61).
4.2 Le vol commis par métier, respectivement en bande, est sanctionné d'une peine privative de liberté de dix ans au plus ou d'une peine pécuniaire de 90, respectivement de 180 jours-amende au moins (art. 139 ch. 2 et 3 CP). En vertu de l'<ref-law>, applicable comme en l'espèce en cas de concours d'infractions, la peine susmentionnée peut être augmentée à quinze ans. La peine privative de liberté de quatre ans ne sort par conséquent pas du cadre légal.
4.3 La cour cantonale a retenu que la faute du recourant était lourde, celui-ci ayant commis en l'espace d'à peine trois mois et demi plus d'une trentaine de cambriolages, soit en moyenne près d'un tous les trois jours, ce pour un butin de l'ordre de 320'000 à 350'000 francs. Le recourant, qui avait agi en bande, n'avait pas hésité à se joindre au gré des circonstances du moment à tel ou tel groupe de cambrioleurs, démontrant ainsi sa capacité à commettre des vols qualifiés à chaque fois que les circonstances s'y prêtaient. Ce faisant, il avait fait preuve d'une grande capacité de nuisance et d'une intense activité criminelle. Le recourant avait été condamné à deux reprises, en 1996 et en 2000, par les autorités roumaines pour "vol qualifié" à un puis trois ans et sept mois de détention. L'ancienneté de ces condamnations ne suffisait pas pour excuser la récidive. Le statut précaire du recourant en Suisse ne justifiait pas non plus son activité délictuelle. L'abandon de quelques rares chefs d'accusation, d'importance toute secondaire et relative par rapport à la somme des infractions retenues, ne permettait pas, à lui seul, de réduire la peine prononcée en première instance. A la décharge du recourant, devaient être retenus sa partielle collaboration à l'enquête, son relatif isolement affectif et sa situation précaire en Suisse. Les effets de l'exécution de la peine sur le recourant n'étaient en revanche pas un motif de réduire de manière sensible celle-ci (jugement entrepris, p. 7 et 8).
4.4 Le recourant invoque qu'il est impossible de savoir dans quelle mesure ses antécédents ont été mis à sa charge. On comprend qu'ils l'ont été, à juste titre comme l'exige l'<ref-law>, ce qui suffit en l'espèce. A cet égard, on rappellera que si le condamné doit connaître les aspects pertinents qui ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19 s.), le juge n'est pas tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentage l'importance qu'il accorde à chacun des éléments cités (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61).
4.5 Le recourant estime que les effets de l'exécution de la peine sur son avenir n'ont pas été pris en considération.
Le critère de l'effet de la peine sur l'avenir du condamné est certes mentionné à l'<ref-law>. La perspective que l'exécution d'une peine privative de liberté puisse détacher le condamné d'un environnement favorable peut ainsi, selon les circonstances concrètes du cas, déployer un effet atténuant et conduire au prononcé d'une peine inférieure à celle qui serait proportionnée à sa culpabilité (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 24). Cela étant, il est inévitable que l'exécution d'une peine ferme d'une certaine durée ait des répercussions sur la vie professionnelle et familiale du condamné. Ces conséquences ne peuvent conduire à une réduction de la peine qu'en cas de circonstances extraordinaires. Au surplus, l'effet de la peine sur l'avenir du condamné, en tant qu'élément de prévention spéciale, ne permet que des corrections marginales dans la fixation de la peine au regard des autres éléments d'appréciation de la culpabilité et des infractions commises (arrêt 6B_494/2011 du 4 octobre 2011 consid. 2.3 et les arrêts cités).
En l'espèce, le recourant invoque sans plus de précisions qu'il aurait sauté de quelque 7 m dans le vide à l'issue du "prononcé de la peine" et qu'il aurait une amie de c?ur avec laquelle des projets d'avenir existent. La première circonstance ne ressort pas des décisions cantonales, sans que le recourant ne démontre l'arbitraire de son omission. Le grief est sur ce point irrecevable. Au surplus, l'existence d'une relation amoureuse ne suffit pas pour remplir les conditions restrictives rappelées ci-dessus pour admettre une réduction de la peine proportionnée à la culpabilité du recourant. Le grief s'avère ainsi de toute façon infondé.
4.6 Le recourant invoque plusieurs faits ne ressortant pas des décisions cantonales, ainsi son bon comportement en prison et l'existence d'informations contradictoires des autorités roumaines. Faute pour le recourant de démontrer l'arbitraire de l'omission de tels faits, il ne peut en être tenu compte afin notamment d'appuyer son grief de violation de l'<ref-law>. Le moyen est sous cet angle irrecevable. Au demeurant, l'éventuel bon comportement en détention ne revêt pas d'importance particulière dans la fixation de la peine dès lors qu'une telle attitude correspond à ce que l'on doit pouvoir attendre d'un détenu.
4.7 Le recourant se réfère également à toute une série de faits, retenus par la cour cantonale, respectivement par l'autorité de première instance. Ainsi, l'ancienneté de ses condamnations passées, son relatif isolement affectif, sa situation précaire en Suisse, les effets de l'exécution de la peine sur lui, sa collaboration partielle, le fait que son intention première n'était pas délictueuse ou encore ses regrets ("qui paraissent"; jugement de première instance, p. 21 i.f.) sincères. Il n'expose toutefois pas, comme l'<ref-law> le lui imposait, dans quelle mesure ces circonstances interdisaient de prononcer la peine litigieuse. Le grief s'avère ainsi irrecevable. Au demeurant, la peine prononcée n'apparaît pas contraire à l'<ref-law>. Au vu du nombre de cas retenus - en particulier trente et un vols en bande et par métier -, du butin que cela a permis au recourant de rassembler - entre 320'000 et 350'000 fr. -, du fait qu'il avait déjà été condamné à deux reprises par le passé à plusieurs années de prison, les éléments susmentionnés ne suffisent pas à retenir un abus du pouvoir d'appréciation du juge dans la fixation pour de tels crimes d'une peine privative de liberté de 4 ans. Que l'intention première du recourant n'ait pas été de commettre des infractions ne change rien au fait qu'il n'a ensuite pas hésité à se joindre à plusieurs bandes de cambrioleurs pour y procéder à chaque occasion possible. Ses regrets sincères ne permettent dans de telles circonstances pas non plus de réduire une peine qui apparaît proportionnée à l'intention criminelle intense et finalement à la lourde faute du recourant.
4.8 Au vu de la motivation rappelée ci-dessus ad consid. 4.3, le recourant reproche à tort à la cour cantonale de n'avoir pas tenu compte dans la fixation de la peine de l'abandon de quelques chefs d'accusation. Le motif invoqué par cette autorité pour refuser de réduire la peine prononcée en première instance malgré ce changement n'est pas critiquable. En effet, seules quelques infractions d'importance toute secondaire - violation de domicile, dommages à la propriété et vol de plaques d'immatriculation - par rapport à celles très nombreuses retenues - dont trente et un cas de vols en bande et par métier - ont été abandonnées. Ces infractions n'avaient ainsi pas en l'espèce de poids déterminant sur la fixation de la peine. Leur abandon ne justifie donc pas à lui seul une réduction de celle-ci.
4.9 Le recourant se réfère aux "peines prononcées dans des cas similaires" invoquant uniquement la cause 6S.13/2004 dans laquelle une peine de prison de 24 mois avait été prononcée pour vols en bande et brigandages. L'affaire en question portait sur un nombre d'infractions (7 vols et 3 brigandages) bien moins important qu'en l'occurrence, ce pour un butin beaucoup plus modeste. Il n'était en outre spas question de vols par métier, contrairement au cas d'espèce. Les affaires ne sont ainsi pas comparables, de sorte que le grief de violation du principe d'égalité de traitement, pour peu qu'on doive le considérer comme suffisamment motivé, est infondé.
5. Le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir pas respecté les art. 81, 351 et 408 CPP, 112 LTF et 51 CP lors de l'établissement de son jugement d'appel.
5.1 La lecture du recours permet de se convaincre que, contrairement à ce que le recourant soutient, il a parfaitement compris pour quels faits et sur la base de quels chefs d'accusation il a été jugé coupable.
5.2 Cela précisé, il convient de rappeler que l'appel doit permettre un nouvel examen au fond par la juridiction d'appel. Celle-ci ne doit pas se borner à rechercher les erreurs du juge précédent et à critiquer le jugement de ce dernier. Elle doit tenir ses propres débats et prendre sa décision sous sa responsabilité et selon sa libre conviction, qui doit reposer sur le dossier et sa propre administration des preuves (arrêt 6B_43/2012 du 27 août 2012 consid. 1.1). L'appelant peut limiter son appel à certains points du dispositif du jugement de première instance (<ref-law>). Dans ce cas, la juridiction d'appel n'examinera que les points attaqués (<ref-law>).
5.3 L'<ref-law> consacre le caractère réformatoire de l'appel : lorsqu'elle entre en matière, la juridiction d'appel rend un nouveau jugement. Dès lors que la déclaration d'appel peut se limiter à certains points de la décision de première instance, l'effet réformatoire du jugement ne porte que sur les éléments attaqués et évoqués au cours de la procédure d'appel (Message relatif à l'unification du droit de la procédure pénale du 21 décembre 2005, FF 2006 1057, spéc. 1302 ad art. 415). Dans ce cas, l'autorité d'appel doit préciser dans son jugement les parties du premier jugement, soit du dispositif - seule partie du jugement susceptible d'entrer en force -, qui sont entrées en force et celles qui sont réformées par son propre jugement (dans ce sens, arrêt 6B_715/2011 du 12 juillet 2012 consid. 2.1; MARKUS HUG, in DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER (édit.), Kommentar zur StPO, 2010, n. 3 ad <ref-law>; MARLÈNE KISTLER VIANIN, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 7 ad <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 2 ad <ref-law>).
5.4 Le nouveau jugement, visé par l'<ref-law>, doit contenir les éléments prévus par l'<ref-law>, soit une introduction, un exposé des motifs, un dispositif et l'indication des voies de droit (KISTLER VIANIN, op. cit., n. 7 ad <ref-law>; SCHMID, op. cit., n. 2 ad <ref-law>).
L'introduction doit notamment indiquer les conclusions finales des parties (art. 81 al. 2 let. d CPP), ce alors même qu'elles sont reprises ensuite dans l'exposé des motifs.
L'exposé des motifs doit quant à lui contenir l'appréciation en fait et en droit du comportement reproché au prévenu, ainsi que la motivation des sanctions, des effets accessoires, des frais et des indemnités (<ref-law>). Sa lecture doit permettre de savoir sans ambiguïté si l'intéressé est considéré coupable ou non. S'il est poursuivi pour plusieurs faits et/ou plusieurs infractions, l'exposé des motifs doit clairement indiquer quelles infractions sont finalement retenues et ce pour quels faits précisément. Cas échéant, l'autorité d'appel pourra renvoyer à l'exposé des motifs du jugement de première instance lorsqu'elle y souscrit (cf. KISTLER VIANIN, op. cit., n. 7 ad <ref-law>). Un tel renvoi ne sera toutefois possible que s'il ne nuit pas à la compréhension de l'appréciation en fait et en droit du comportement reproché au prévenu.
Le dispositif constitue le résultat de la décision. Il doit notamment contenir la désignation des dispositions légales dont il a été fait application (<ref-law>) et le prononcé relatif à la culpabilité et à la sanction (<ref-law>). Le dispositif ne peut ainsi se borner à indiquer la peine prononcée. Il doit préciser sur la base de quelle(s) disposition(s) celle-ci l'a été et du chef de quelle infraction. L'expression "prononcé relatif à la culpabilité" ("Entscheid über Schuld" "decisione relativa alla colpevolezza"; <ref-law>) vise non seulement le prononcé "de" culpabilité, mais également celui d'acquittement.
5.5 Lorsqu'une personne est poursuivie et jugée pour plusieurs chefs d'accusation, le dispositif doit contenir un prononcé de culpabilité ou d'acquittement par chef d'accusation (DANIELA BRÜSCHWEILER, in DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER, op. cit., n. 11 ad <ref-law>; également ALAIN MACALUSO, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 20 ad <ref-law>). Si une qualification juridique plus favorable que celle de l'acte d'accusation est retenue - par exemple le meurtre en lieu et place de l'assassinat -, le prononcé d'un acquittement pour l'infraction la plus grave n'est cependant pas nécessaire. Il en va de même lorsque le tribunal écarte des conclusions alternatives ou subsidiaires prises par le Ministère public (<ref-law>) ou lorsqu'il retient des conclusions subsidiaires au détriment de conclusions principales (OLIVIER JORNOT, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 3 ad <ref-law>; également SCHMID, op. cit., n. 2 ad <ref-law>).
Dans l'hypothèse où un chef d'accusation porte sur plusieurs faits distincts mais qu'il n'est retenu que pour certains d'entre eux, le dispositif ne contiendra qu'un prononcé de culpabilité. Un prononcé d'acquittement sur le même chef d'accusation mais pour les autres faits n'aura pas à figurer dans le dispositif, sous peine de rendre celui-ci difficilement compréhensible, notamment pour les autorités chargées de l'enregistrer (casier judiciaire). Dans ce cas toutefois, la lecture de l'exposé des motifs devra permettre de comprendre sans ambiguïté sur quels faits visés par l'acte d'accusation la condamnation indiquée dans le dispositif porte et sur quels faits elle ne porte pas.
5.6 Aux termes de l'art. 51 1ère phrase CP, le juge impute sur la peine la détention avant jugement subie par l'auteur dans le cadre de l'affaire qui vient d'être jugée ou d'une autre procédure. Lorsque l'autorité d'appel entre en matière et rend par conséquent un nouveau jugement (<ref-law>), elle doit imputer sur la peine qu'elle prononce la détention subie jusqu'à son propre jugement.
5.7 En l'espèce, la cour cantonale retient dans son exposé des motifs que certaines condamnations contestées lors de la procédure d'appel ont été prononcées à tort par l'autorité de première instance (jugement entrepris, ch. 2 p. 5 et ch. 15, 27, 30 et 37, p. 6). Malgré cela, elle rejette l'appel dans son entier et constate l'entrée en force du jugement de première instance prononçant dites condamnations (jugement entrepris, ch. 1 et 2, p. 9). Cette manière de procéder n'est pas conforme aux exigences rappelées ci-dessus. L'appel aurait dû être partiellement admis et le dispositif adapté en conséquence. Cela justifie l'annulation du jugement attaqué.
Dans le cadre du renvoi, il incombera à la cour cantonale de procéder suivant les exigences susmentionnées. Le jugement à intervenir pourra reprendre l'appréciation en fait et en droit du comportement reproché au prévenu. Dès lors que la peine confirmée n'est pas contraire à l'<ref-law> (cf. supra consid. 4), l'autorité précédente n'aura pas à reformuler ses considérants sur ce point. Elle devra toutefois imputer sur cette peine la détention subie jusqu'au prononcé du jugement à intervenir (cf. supra consid. 5.6). Au vu des chefs d'accusation qui ont été abandonnés à la suite de l'appel du recourant, la cour cantonale devra également se déterminer à nouveau sur les frais et les indemnités (<ref-law>), étant précisé que le prévenu défendu par un avocat d'office ne saurait prétendre à une indemnité au sens de l'<ref-law> (cf. arrêt 6B_753/2011 du 14 août 2012 consid. 1 destiné à la publication). Enfin, elle veillera à établir un dispositif conforme aux exigences posées par l'<ref-law>, telles qu'explicitées ci-dessus.
6. Le bien-fondé partiel du recours et le renvoi de la cause en instance cantonale qu'il implique rend superflu l'examen des griefs de violation des art. 426 et 429 CPP.
7. En conclusion, le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et l'affaire renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il doit être rejeté pour le surplus dans la mesure de sa recevabilité.
Vu le sort du recours, une partie des frais sera supportée par le recourant (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière. Ce dernier a requis l'assistance judiciaire. Cette requête est sans objet dans la mesure où il obtient gain de cause et peut, à ce titre, prétendre à des dépens réduits de la part du canton (art. 64 al. 2 et 68 al. 1 LTF). Le recours était, pour le surplus, dénué de chance de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée dans cette mesure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La part des frais judiciaires mise à la charge du recourant est arrêtée à 400 fr., le solde demeurant à la charge de l'Etat.
3. Le canton de Neuchâtel versera à l'avocat du recourant une indemnité de 1'500 fr. pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4. La demande d'assistance judiciaire est rejetée dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 14 novembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Schneider
La Greffière: Cherpillod