Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. A.a Wegen Massenentlassungen bei der Spinnerei an der Lorze AG (heute: Lorze AG) in den Jahren 1991 und 1992 wurde deren (patronale) Personalfürsorgeeinrichtung von der Direktion des Innern des Kantons Zug aufgefordert, Teilliquidationspläne zu erstellen und zur Genehmigung vorzulegen (Schreiben vom 13. November 1992). Die "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" widersetzte sich dieser Anweisung und stellte ein Ablehnungsbegehren gegen den damaligen Vorsteher der Direktion des Innern, Regierungsrat Andreas Iten. Letzterer hatte sich in einer Kolumne, die am 15. April 1991 im Zuger Tagblatt erschienen war, kritisch zur Person des Unternehmers Adrian Gasser geäussert, der gleichzeitig Delegierter des Verwaltungsrats der Spinnerei an der Lorze AG und Präsident des Stiftungsrats von deren Personalfürsorgestiftung war. Am 22. April 1993 wies die Direktion des Innern - bzw. Andreas Iten als deren Vorsteher - das Ausstandsbegehren ab und verfügte, unter Einsetzung des Bücher- und Pensionsversicherungsexperten Alfred Sutter als Sachwalter, die (vorübergehende) Einstellung des Stiftungsrats in allen Funktionen.
A.b Diese Verfügung wurde von der Eidgenössischen Beschwerdekommission für die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge mit Entscheid vom 19. Juni 1995 bestätigt, in der Folge aber vom Bundesgericht aus formellen Gründen (Missachtung von Ausstandsvorschriften) aufgehoben (Urteil 2A.364/1995 vom 14. Februar 1997, in: ZBl 99/1998 S. 289). Auf den 12. Juli 1997 setzte die Direktion des Innern des Kantons Zug, an welche das Bundesgericht die Sache zur neuen Beurteilung zurückgewiesen hatte, den Stiftungsrat wieder in seine Funktionen ein. Am 2. Februar 1998 verlangten die drei betroffenen Stiftungsräte Adrian Gasser, Robert Zoelly und Gabriela Scheiber, es sei festzustellen, dass ihre Absetzung "materiell zu Unrecht" erfolgt sei. Die Direktion des Innern des Kantons Zug trat auf dieses Begehren mangels Feststellungsinteresses nicht ein (Verfügung vom 11. März 1998), was die Eidgenössische Beschwerdekommission für die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge mit Entscheid vom 1. Juni 1999 schützte. Die hiergegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Bundesgericht ab (Urteil 2A.354/1999 vom 10. November 1999).
A.c Weil der Stiftungsrat der "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" nicht bereit war, die zwischenzeitlich erfolgten Vorkehrungen des Sachwalters anzuerkennen, kam es zu weiteren Meinungsverschiedenheiten mit der stiftungsrechtlichen Aufsichtsbehörde. Die Direktion des Innern des Kantons Zug setzte deshalb die PriceWaterhouseCoopers AG als ausserordentliche Kontrollstelle ein (Verfügung vom 8. Februar 1999). Am 26. Mai 2000 bestätigte die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge diesen Entscheid auf Beschwerde hin. Gestützt auf den Bericht, welchen die ausserordentliche Kontrollstelle am 31. Januar 2000 erstattete, nahm das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht des Kantons Zug am 18. Mai 2000 von der Jahresrechnung 1993 der "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" - mit einigen kleineren Vorbehalten - Kenntnis. Auf Beschwerde der Stiftung hin wurde dieser Entscheid von der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge bestätigt (Entscheid vom 18. November 2002), was das Bundesgericht in der Folge schützte (Urteil 2A.19/2003 vom 26. Juni 2003).
A.c Weil der Stiftungsrat der "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" nicht bereit war, die zwischenzeitlich erfolgten Vorkehrungen des Sachwalters anzuerkennen, kam es zu weiteren Meinungsverschiedenheiten mit der stiftungsrechtlichen Aufsichtsbehörde. Die Direktion des Innern des Kantons Zug setzte deshalb die PriceWaterhouseCoopers AG als ausserordentliche Kontrollstelle ein (Verfügung vom 8. Februar 1999). Am 26. Mai 2000 bestätigte die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge diesen Entscheid auf Beschwerde hin. Gestützt auf den Bericht, welchen die ausserordentliche Kontrollstelle am 31. Januar 2000 erstattete, nahm das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht des Kantons Zug am 18. Mai 2000 von der Jahresrechnung 1993 der "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" - mit einigen kleineren Vorbehalten - Kenntnis. Auf Beschwerde der Stiftung hin wurde dieser Entscheid von der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge bestätigt (Entscheid vom 18. November 2002), was das Bundesgericht in der Folge schützte (Urteil 2A.19/2003 vom 26. Juni 2003).
B. Am 12. April 2003 reichte die "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" bei der Sicherheitsdirektion des Kantons Zug ein Schadenersatzbegehren über 1'444'906.05 Franken ein. Sie sah sich einerseits durch Regierungsrat Iten und die Zuger Regierung sowie andererseits durch Handlungen des Sachwalters geschädigt; sie machte insbesondere geltend, die Absetzung des Stiftungsrats habe sich ruf- und kreditschädigend ausgewirkt, wegen Fehler des Sachwalters sei eine kostspielige Revision und Nachführung der Buchhaltung erforderlich geworden und die mangelhafte Verwaltung ihrer Liegenschaften habe zu Mietzinsausfällen und zusätzlichen Aufwendungen geführt. Am 9. Oktober 2003 bestritt die Sicherheitsdirektion den Anspruch der Stiftung, weil die relative Anspruchsverwirkung eingetreten sei (vgl. E. 3 u. 5). Am 8. April 2004 gelangte die "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" ans Zuger Kantonsgericht, wobei sie nunmehr einen Schadenersatz von 1'401'883.40 Franken geltend machte. Nachdem der Kanton Zug am 17. August 2004 die Unzuständigkeitseinrede erhoben hatte, trat das Kantonsgericht mit Beschluss vom 21. Februar 2005 auf die Klage der Stiftung nicht ein. Hiergegen beschwerte sich diese am 7. März 2005 bei der Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug, welche den angefochtenen Nichteintretensentscheid in der Folge schützte (Urteil vom 7. September 2005).
B. Am 12. April 2003 reichte die "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" bei der Sicherheitsdirektion des Kantons Zug ein Schadenersatzbegehren über 1'444'906.05 Franken ein. Sie sah sich einerseits durch Regierungsrat Iten und die Zuger Regierung sowie andererseits durch Handlungen des Sachwalters geschädigt; sie machte insbesondere geltend, die Absetzung des Stiftungsrats habe sich ruf- und kreditschädigend ausgewirkt, wegen Fehler des Sachwalters sei eine kostspielige Revision und Nachführung der Buchhaltung erforderlich geworden und die mangelhafte Verwaltung ihrer Liegenschaften habe zu Mietzinsausfällen und zusätzlichen Aufwendungen geführt. Am 9. Oktober 2003 bestritt die Sicherheitsdirektion den Anspruch der Stiftung, weil die relative Anspruchsverwirkung eingetreten sei (vgl. E. 3 u. 5). Am 8. April 2004 gelangte die "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" ans Zuger Kantonsgericht, wobei sie nunmehr einen Schadenersatz von 1'401'883.40 Franken geltend machte. Nachdem der Kanton Zug am 17. August 2004 die Unzuständigkeitseinrede erhoben hatte, trat das Kantonsgericht mit Beschluss vom 21. Februar 2005 auf die Klage der Stiftung nicht ein. Hiergegen beschwerte sich diese am 7. März 2005 bei der Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug, welche den angefochtenen Nichteintretensentscheid in der Folge schützte (Urteil vom 7. September 2005).
C. Am 12. Oktober 2005 hat die "Personalfürsorgestiftung der Spinnerei an der Lorze in Baar" beim Bundesgericht Klage eingereicht; sie stellt das Rechtsbegehren, der Kanton Zug sei zu verpflichten, ihr den Betrag von 1'444'906.05 Franken nebst Zins zu 5 Prozent ab 12. April 2003 zu bezahlen.
Innert erstreckter Frist hat der Kanton Zug am 2. Februar 2006 eine Klageantwort eingereicht, mit welcher er die Abweisung der Klage beantragt, soweit darauf einzutreten sei.
Innert erstreckter Frist hat der Kanton Zug am 2. Februar 2006 eine Klageantwort eingereicht, mit welcher er die Abweisung der Klage beantragt, soweit darauf einzutreten sei.
D. Am 4. Juli 2006 hat der Instruktionsrichter eine mündliche Vorbereitungsverhandlung durchgeführt, zu welcher die Parteivertreter vorgeladen waren. In der Folge hat er das Verfahren auf die Frage der Verjährung bzw. Verwirkung allfälliger Schadenersatzansprüche beschränkt (<ref-law>) und den Parteien Gelegenheit gegeben, bis zum 15. September 2006 weitere Beweisanträge zu stellen und Beweismittel einzureichen (Verfügung vom 5. Juli 2006). Innert bis zum 31. Oktober 2006 erstreckter Frist haben beide Parteien von dieser Möglichkeit Gebrauch gemacht. Mit Verfügung vom 9. November 2006 hat der Instruktionsrichter von der Erhebung weiterer Beweise abgesehen und das Vorbereitungsverfahren geschlossen; gleichzeitig wurde den Parteien eine Frist von zehn Tagen angesetzt, innert der sie Beweisanträge zuhanden des Gerichts stellen konnten (<ref-law>). Der Kanton Zug hat am 20. November 2006 die Einvernahme eines Zeugen beantragt und mehrere Dokumente als Beweismittel eingereicht.
Auf eine öffentliche Verhandlung haben beide Parteien verzichtet (Eingaben vom 31. Oktober 2006).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Haftung für Schäden, welche ein Kanton durch hoheitliches Handeln verursacht haben soll, beurteilt sich nach kantonalem Recht, soweit nicht spezialgesetzliche Haftungsbestimmungen des Bundesrechts greifen (vgl. <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 2 S. 379 f.; <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3 S. 218). Solche sind vorliegend keine ersichtlich, weder im Recht der beruflichen Vorsorge (vgl. Urteil 2A.35/1997, in SZS 1999 S. 380, E. 1d) noch im Stiftungsrecht. Mithin richtet sich die geltend gemachte Schadenersatzforderung nach dem Zuger Gesetz vom 1. Februar 1979 über die Verantwortlichkeit der Gemeinwesen, Behördenmitglieder und Beamten (Verantwortlichkeitsgesetz; VG/ZG).
1.1 Gemäss § 18 VG/ZG sind Ansprüche gegen den Staat grundsätzlich beim Zuger Kantonsgericht geltend zu machen, dessen Entscheidungen ans Obergericht weitergezogen werden können (Abs. 1); soweit es um Verantwortlichkeitsansprüche geht, die sich aus Amtshandlungen von Mitgliedern des Kantonsrats, des Regierungsrats oder der Gerichte ableiten, wird allerdings - als einzige Instanz - das Bundesgericht zuständig erklärt (Abs. 3). Die Möglichkeit der Zuweisung von Streitigkeiten aus dem kantonalen Verwaltungsrecht ans Bundesgericht zur Entscheidung ist in <ref-law> (ursprüngliche Fassung) ausdrücklich vorgesehen. Die Kompetenzzuweisung gemäss § 18 Abs. 3 VG/ZG ist am 9. Oktober 1980 von der Bundesversammlung genehmigt worden (BBl 1980 III 711) und erfasst mithin auch das vorliegende Verfahren (vgl. Urteil 2A.350/2003, in: Pra 2005 S. 116, E. 1.1); dieses richtet sich noch nach dem bisherigen Recht und nicht nach der am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Justizreform (AS 2002 S. 3148) und dem neuen Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (BGG; SR 173.110; vgl. <ref-law>).
1.2 Die Vorwürfe der Klägerin richten sich in erster Linie an den ehemaligen Regierungsrat Andreas Iten, welcher seinerzeit, unter Verletzung seiner Ausstandspflicht, die Absetzung des Stiftungsrats und die Einsetzung eines Sachwalters verfügt hatte. Weitere Vorwürfe richten sich an die Zuger Regierung als solche. Insoweit ist die Zuständigkeit des Bundesgerichts zur Beurteilung der Schadenersatzklage ohne weiteres gegeben: Anders als im - auf einer entsprechenden Regelung des Kantons Freiburg beruhenden - Verfahren 2A.48/2004 (vgl. SJ 2005 I S. 45, E. 4), in welches der Departementsvorsteher nur formell impliziert war, weil die beanstandeten Entscheidungen von einer nachgeordneten Behörde ausgegangen waren, geht es vorliegend unmittelbar um das Verhalten eines Regierungsrats. Teilweise werden die gestellten Forderungen aber auch aus behaupteten Fehlleistungen des Sachwalters Alfred Sutter abgeleitet. Dieser wurde von der Direktion des Innern im Rahmen der ihr obliegenden Aufsicht über die Vorsorgeeinrichtungen (vgl. Art. 62 BVG) eingesetzt und ist demnach, soweit er in Erfüllung des ihm erteilten Auftrags gehandelt hat, als "Angestellter [...] im Dienste des Staates" im Sinne von § 1 VG/ZG zu betrachten. Für die Beurteilung von Ansprüchen, die im Zusammenhang mit der Tätigkeit des Sachwalters stehen, wäre demnach - der ordentlichen Zuständigkeitsregelung gemäss § 18 VG/ZG entsprechend - grundsätzlich das Kantonsgericht zuständig. Die kantonalen Instanzen sind jedoch zu Recht davon ausgegangen, dass eine Aufspaltung des Verfahrens möglichst zu vermeiden sei und deshalb das Bundesgericht kraft Kompetenzattraktion über die gesamte Forderung zu befinden habe (vgl. <ref-ruling> E. 1b/bb S. 150). Die Zuständigkeit zur Beurteilung der vorliegenden Streitigkeit ist mithin zu bejahen.
1.3 Kantonale verwaltungsrechtliche Streitigkeiten, die dem Bundesgericht in Anwendung von <ref-law> zugewiesen werden, sind in dem für das Bundesgericht als Beschwerde- oder einzige Instanz der Verwaltungsrechtspflege vorgesehenen Verfahren zu erledigen (soweit die Bundesversammlung nichts anderes beschliesst; vgl. Art. 121 OG). Von der Natur der Streitsache her greift vorliegend das Verfahren der verwaltungsrechtlichen Klage (vgl. Art. 116 lit. c OG). Als ergänzende Verfahrensbestimmungen kommen Art. 105 Abs. 1 OG, wonach das Bundesgericht die Feststellung des Sachverhalts von Amtes wegen überprüfen kann, sowie die Artikel 3-85 BZP sinngemäss zur Anwendung (Art. 120 OG).
1.3 Kantonale verwaltungsrechtliche Streitigkeiten, die dem Bundesgericht in Anwendung von <ref-law> zugewiesen werden, sind in dem für das Bundesgericht als Beschwerde- oder einzige Instanz der Verwaltungsrechtspflege vorgesehenen Verfahren zu erledigen (soweit die Bundesversammlung nichts anderes beschliesst; vgl. Art. 121 OG). Von der Natur der Streitsache her greift vorliegend das Verfahren der verwaltungsrechtlichen Klage (vgl. Art. 116 lit. c OG). Als ergänzende Verfahrensbestimmungen kommen Art. 105 Abs. 1 OG, wonach das Bundesgericht die Feststellung des Sachverhalts von Amtes wegen überprüfen kann, sowie die Artikel 3-85 BZP sinngemäss zur Anwendung (Art. 120 OG).
2. 2.1 Im Kanton Zug haftet gegenüber dem Geschädigten allein der Staat für jenen Schaden, den seine Angestellten in Ausübung amtlicher Verrichtungen widerrechtlich verursacht haben (§ 5 Abs. 1 in Verbindung mit § 6 VG/ZG). Der Geschädigte hat seine Ansprüche grundsätzlich auf dem Klageweg geltend zu machen (vgl. § 18 VG/ZG), wobei jedoch ein verwaltungsinternes "Vorverfahren" vorgeschaltet ist (§ 20 Abs. 1 VG/ZG). So sind Forderungen gegen den Kanton zunächst schriftlich bei der Sicherheitsdirektion anzumelden (§ 20 Abs. 2 lit. b VG/ZG). Bestreitet diese den geltend gemachten Schadenersatzanspruch, so muss der Geschädigte - unter Verwirkungsfolge im Unterlassungsfall - innert sechs Monaten beim zuständigen Gericht eine Klage einreichen (§ 11 Abs. 2 VG/ZG).
2.2 Es stellt sich zunächst die Frage, ob die Klägerin diese Frist eingehalten oder, wie der Kanton Zug in seiner Klageantwort geltend macht, ihr Klagerecht durch Einreichung der Klage bei der unzuständigen Behörde verwirkt hat:
2.2.1 Am 12. April 2003 war die Klägerin mit ihrem Schadenersatzbegehren korrekt an die kantonale Sicherheitsdirektion als gemäss § 20 VG/ZG zuständige Behörde gelangt. Diese wies in ihrem abschlägigen Bescheid vom 9. Oktober 2003 auf die gemäss § 11 Abs. 2 VG/ZG für eine Klage beim zuständigen Gericht einzuhaltende sechsmonatige Frist hin, womit sie der in § 20 Abs. 3 VG/ZG statuierten Belehrungspflicht nachkam. In der Folge nahm die Klägerin irrtümlich an, die Klagemöglichkeit beim Bundesgericht sei infolge der Aufhebung von Art. 41 lit. c und Art. 42 OG dahingefallen, und gelangte deshalb am 8. April 2004 ans Zuger Kantonsgericht. Dieses kam gestützt auf § 18 Abs. 3 VG/ZG zum Schluss, es sei das Bundesgericht zuständig (vgl. E. 1.1), und trat nicht auf die Klage ein; ungeachtet des für den Fall der Unzuständigkeit gestellten dahingehenden Antrags leitete das Kantonsgericht die Klage nicht an das Bundesgericht weiter. Auf Beschwerde hin bestätigte das Obergericht (Justizkommission) diesen Entscheid am 7. September 2005. Die Klägerin verzichtete auf eine Anfechtung des Obergerichtsurteils und reichte im Anschluss an dessen Eröffnung umgehend beim Bundesgericht die vorliegende Klage vom 12. Oktober 2005 ein.
2.2.2 § 11 Abs. 2 VG/ZG verlangt ausdrücklich die fristgerechte Einreichung der Klage bei der zuständigen Gerichtsbehörde, in der vorliegenden Konstellation also beim Bundesgericht (vgl. E. 1.2). Der Einwand des Beklagten, die Klägerin sei erst rund zwei Jahre nach der Fristansetzung durch die Sicherheitsdirektion und mithin verspätet an das Bundesgericht gelangt, ist deshalb verständlich. Er klammert jedoch aus, dass die Klägerin ihre Forderung innert der sechsmonatigen Klagefrist beim Kantonsgericht anhängig gemacht hatte, welches - entsprechend der ordentlichen Zuständigkeitsregelung - für allfällige Schadenersatzansprüche aus Fehlleistungen des Sachwalters zuständig wäre (vgl. E. 1.2). Der Umstand, dass die Klägerin rechtzeitig an jene Gerichtsbehörde gelangt ist, welche zumindest für die Beurteilung eines Teils ihrer Forderung zuständig sein konnte, muss hier für die Einhaltung der Klagefrist genügen: Das Zuger Verantwortlichkeitsgesetz äussert sich zur vorliegend gegebenen Konstellation, in welcher gleichzeitig Ansprüche aus dem Verhalten von Magistratspersonen (§ 18 Abs. 3 VG/ZG) und anderen Staatsbediensteten (§ 18 Abs. 1 VG/ZG) streitig sind, nicht ausdrücklich. Insbesondere erwähnt es die Möglichkeit der Kompetenzattraktion nicht und enthält insofern keine klare Regelung.
2.2.2 § 11 Abs. 2 VG/ZG verlangt ausdrücklich die fristgerechte Einreichung der Klage bei der zuständigen Gerichtsbehörde, in der vorliegenden Konstellation also beim Bundesgericht (vgl. E. 1.2). Der Einwand des Beklagten, die Klägerin sei erst rund zwei Jahre nach der Fristansetzung durch die Sicherheitsdirektion und mithin verspätet an das Bundesgericht gelangt, ist deshalb verständlich. Er klammert jedoch aus, dass die Klägerin ihre Forderung innert der sechsmonatigen Klagefrist beim Kantonsgericht anhängig gemacht hatte, welches - entsprechend der ordentlichen Zuständigkeitsregelung - für allfällige Schadenersatzansprüche aus Fehlleistungen des Sachwalters zuständig wäre (vgl. E. 1.2). Der Umstand, dass die Klägerin rechtzeitig an jene Gerichtsbehörde gelangt ist, welche zumindest für die Beurteilung eines Teils ihrer Forderung zuständig sein konnte, muss hier für die Einhaltung der Klagefrist genügen: Das Zuger Verantwortlichkeitsgesetz äussert sich zur vorliegend gegebenen Konstellation, in welcher gleichzeitig Ansprüche aus dem Verhalten von Magistratspersonen (§ 18 Abs. 3 VG/ZG) und anderen Staatsbediensteten (§ 18 Abs. 1 VG/ZG) streitig sind, nicht ausdrücklich. Insbesondere erwähnt es die Möglichkeit der Kompetenzattraktion nicht und enthält insofern keine klare Regelung.
3. Nicht nur das Klagerecht ist befristet, sondern auch der Schadenersatzanspruch als solcher: Gemäss § 11 Abs. 1 VG/ZG "erlischt" die Haftung des Staates, wenn der Geschädigte sein Begehren "nicht innert einem Jahr seit Kenntnis des Schadens und des ersatzpflichtigen Gemeinwesens bei der nach § 20 zuständigen Behörde einreicht, auf alle Fälle nach 10 Jahren". Mithin besteht für die Geltendmachung des Schadenersatzanspruchs eine (absolute) zehnjährige Frist sowie eine (relative) einjährige Frist ab Kenntnis des Schadens. Der Hinweis auf das "Erlöschen" der Haftung im Gesetzestext lässt darauf schliessen, dass es sich bei den Fristen um Verwirkungsfristen handelt. Gleiches gilt für den Umstand, dass die Möglichkeit einer Unterbrechung der Fristen nicht vorgesehen ist. Diese "ruhen" aber, solange "ein Strafverfahren oder ein Disziplinarverfahren wegen desselben Sachverhaltes durchgeführt wird" (§ 22 VG/ZG). Mithin handelt es sich bei den Fristen gemäss § 11 Abs. 1 VG/ZG nicht um reine Verwirkungsfristen, können solche doch weder unterbrochen noch gehemmt werden (zur begrifflichen Unterscheidung vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 392 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 152 ff.; vgl. auch: Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Auflage, Zürich 2006, N 795 ff.; Attilio Gadola, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, in: AJP 1995, S. 56). Letztlich ist aber nicht die begriffliche Zuordnung massgebend, sondern die vom kantonalen Gesetzgeber getroffene positivrechtliche Regelung; primär nach dieser entscheidet sich, welche Rechtsfolgen im Bereich der Staatshaftung an den Zeitablauf geknüpft sind.
3. Nicht nur das Klagerecht ist befristet, sondern auch der Schadenersatzanspruch als solcher: Gemäss § 11 Abs. 1 VG/ZG "erlischt" die Haftung des Staates, wenn der Geschädigte sein Begehren "nicht innert einem Jahr seit Kenntnis des Schadens und des ersatzpflichtigen Gemeinwesens bei der nach § 20 zuständigen Behörde einreicht, auf alle Fälle nach 10 Jahren". Mithin besteht für die Geltendmachung des Schadenersatzanspruchs eine (absolute) zehnjährige Frist sowie eine (relative) einjährige Frist ab Kenntnis des Schadens. Der Hinweis auf das "Erlöschen" der Haftung im Gesetzestext lässt darauf schliessen, dass es sich bei den Fristen um Verwirkungsfristen handelt. Gleiches gilt für den Umstand, dass die Möglichkeit einer Unterbrechung der Fristen nicht vorgesehen ist. Diese "ruhen" aber, solange "ein Strafverfahren oder ein Disziplinarverfahren wegen desselben Sachverhaltes durchgeführt wird" (§ 22 VG/ZG). Mithin handelt es sich bei den Fristen gemäss § 11 Abs. 1 VG/ZG nicht um reine Verwirkungsfristen, können solche doch weder unterbrochen noch gehemmt werden (zur begrifflichen Unterscheidung vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 392 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 152 ff.; vgl. auch: Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Auflage, Zürich 2006, N 795 ff.; Attilio Gadola, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, in: AJP 1995, S. 56). Letztlich ist aber nicht die begriffliche Zuordnung massgebend, sondern die vom kantonalen Gesetzgeber getroffene positivrechtliche Regelung; primär nach dieser entscheidet sich, welche Rechtsfolgen im Bereich der Staatshaftung an den Zeitablauf geknüpft sind.
4. 4.1 Der Zuger Gesetzgeber hat es unterlassen, den Begriff der absoluten Verwirkung näher zu bestimmen. Deshalb ist insoweit - dem Verweis in § 23 VG/ZG entsprechend - auf die Vorschriften des Obligationenrechts zurückzugreifen. Diese sehen vor, dass die absolute zehnjährige Verjährungsfrist mit Abschluss der schädigenden Handlung zu laufen beginnt, unabhängig davon, wann der Schaden eingetreten ist und wann der Geschädigte von diesem Kenntnis erhalten hat (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 260 f.). Im Übrigen gehen auch Rechtsprechung und Lehre davon aus, dass <ref-law> auf die Verwirkungs- oder Verjährungsfristen der kantonalen Staatshaftungsgesetze Anwendung findet, soweit der Gesetzgeber keine andere Regelung getroffen hat (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 218 f.; Jost Gross, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, 2. Auflage, Bern 2001, S. 372).
4.2 Der Beklagte macht geltend, die absolute Verwirkungsfrist sei vorliegend unbenutzt abgelaufen. Als schädigendes Ereignis komme einzig die am 15. April 1991 erschienene Zeitungskolumne von alt Regierungsrat Andreas Iten in Betracht, zumal der nachfolgende Suspendierungsentscheid vom 22. April 1993 materiell gesetzeskonform gewesen sei. Weil die Klägerin ihre Forderung bei der Sicherheitsdirektion erst am 12. April 2003 angemeldet habe, sei die zehnjährige Frist nicht gewahrt worden. Mit dieser Argumentation verkennt der Beklagte, dass es für die Frage der Fristwahrung nicht darauf ankommen kann, ob die Suspendierung rechtmässig gewesen ist; massgebend ist, dass die Klägerin ihre Forderungen primär aus der ihrer Meinung nach rechtswidrigen Suspendierung des Stiftungsrats und aus den vom eingesetzten Sachwalter angeblich begangenen Fehlern ableitet. Diese Vorgänge haben sich allesamt nach dem 12. April 1993 ereignet und liegen mithin weniger als zehn Jahre vor der Einreichung des Schadenersatzbegehrens bei der Sicherheitsdirektion am 12. April 2003. Die absolute Verwirkung war damit im Zeitpunkt der Geltendmachung der Schadenersatzforderung noch nicht eingetreten. Im Übrigen stellte die erwähnte Kolumne im Zuger Tagblatt so oder anders lediglich den Grund dar für die Aufhebung des Absetzungsentscheids (wegen Verletzung der Ausstandspflicht), nicht aber die eigentliche schädigende Handlung, auf welche die Klägerin ihre Forderungen stützt.
4.2 Der Beklagte macht geltend, die absolute Verwirkungsfrist sei vorliegend unbenutzt abgelaufen. Als schädigendes Ereignis komme einzig die am 15. April 1991 erschienene Zeitungskolumne von alt Regierungsrat Andreas Iten in Betracht, zumal der nachfolgende Suspendierungsentscheid vom 22. April 1993 materiell gesetzeskonform gewesen sei. Weil die Klägerin ihre Forderung bei der Sicherheitsdirektion erst am 12. April 2003 angemeldet habe, sei die zehnjährige Frist nicht gewahrt worden. Mit dieser Argumentation verkennt der Beklagte, dass es für die Frage der Fristwahrung nicht darauf ankommen kann, ob die Suspendierung rechtmässig gewesen ist; massgebend ist, dass die Klägerin ihre Forderungen primär aus der ihrer Meinung nach rechtswidrigen Suspendierung des Stiftungsrats und aus den vom eingesetzten Sachwalter angeblich begangenen Fehlern ableitet. Diese Vorgänge haben sich allesamt nach dem 12. April 1993 ereignet und liegen mithin weniger als zehn Jahre vor der Einreichung des Schadenersatzbegehrens bei der Sicherheitsdirektion am 12. April 2003. Die absolute Verwirkung war damit im Zeitpunkt der Geltendmachung der Schadenersatzforderung noch nicht eingetreten. Im Übrigen stellte die erwähnte Kolumne im Zuger Tagblatt so oder anders lediglich den Grund dar für die Aufhebung des Absetzungsentscheids (wegen Verletzung der Ausstandspflicht), nicht aber die eigentliche schädigende Handlung, auf welche die Klägerin ihre Forderungen stützt.
5. 5.1 Zu prüfen bleibt die Frage der relativen Verwirkung, wobei auch insoweit auf die Praxis zu <ref-law> zurückzugreifen ist. Nach dieser beginnt die Frist in jenem Zeitpunkt zu laufen, in welchem der Geschädigte von der Existenz, der Beschaffenheit und den wesentlichen Merkmalen des Schadens sowie bis zu einem gewissen Grad von dessen Umfang Kenntnis erlangt hat, also dann, wenn er alle tatsächlichen Umstände kennt, die geeignet und erforderlich sind, eine Klage zu veranlassen und zu begründen (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 68; <ref-ruling> E. 4 S. 123; <ref-ruling> E. 3a S. 57 f.). Massgebend ist dabei nicht etwa der Moment, in welchem der Geschädigte bei gehöriger Aufmerksamkeit den Schaden hätte kennen können, sondern der Zeitpunkt der tatsächlichen Kenntnisnahme. Allerdings hat der Geschädigte, sobald er um die wesentlichen Elemente des Schadens weiss, von sich aus die weiteren Informationen zu beschaffen, welche für die Einreichung einer Klage notwendig sind (bspw. eine Expertise einzuholen; <ref-ruling> E. 2 S. 435). In Anbetracht der Kürze der einjährigen Frist dürfen jedoch hinsichtlich der Möglichkeit, den Schadensumfang abzuschätzen, keine strengen Anforderungen gestellt werden. Dem Geschädigten ist eine den konkreten Umständen angemessene Zeitspanne zuzugestehen, in der er - selber oder durch einen Fachmann - das Ausmass des Schadens abklären kann (<ref-ruling> E. 2a S. 41; <ref-ruling> E. 3a S. 57; vgl. auch Gadola, a.a.O. S. 53).
5.2 Die Klägerin hat die "von Graffenried AG Treuhand" beauftragt, die Entwicklung des Stiftungsvermögens zwischen dem 22. April 1993 und dem 12. Juli 1997 (Zeitraum, während dem der Stiftungsrat suspendiert war) zu prüfen und die Verwaltung des Stiftungsvermögens durch den Sachwalter zu beurteilen. Zudem sollten die Kosten festgestellt werden, welche der Stiftung im Zusammenhang mit der Suspendierung des Stiftungsrats und weiteren Vorkommnissen noch nach dem 12. Juli 1997 entstanden sind. Eine erste Zusammenstellung wurde dem Stiftungsrat im April 2003 vorgelegt; weil der "von Graffenried AG Treuhand" nachträglich weitere Belege übergeben worden waren, verfasste diese am 23. März 2004 eine zweite Aufstellung, welche alle bis zum 31. Dezember 2001 aufgelaufenen Kosten enthielt. Im Bericht, den die "von Graffenried AG Treuhand" am 6. April 2004 erstattete, wurde die Aufstellung und die sich darin spiegelnde Verminderung des Stiftungsvermögens erläutert. Die vorliegende Schadenersatzklage stützt sich auf diesen letzteren Bericht und macht im Einzelnen folgende Schadenspositionen geltend:
1) Kosten für Öffentlichkeitsarbeit zur Korrektur der Ruf-
und Kreditschädigung, welche aus der Amtsenthebung
des Stiftungsrats resultierte: Fr. 175'518.80
2) Buchführungs- und Revisionskosten: Fr. 206'476.55
3) Schaden aus Mietzinsausständen, fehlender Verwal-
tung und mangelhaftem Unterhalt der Liegenschaften: Fr. 556'407.60
4) Gebühren und Abgaben: Fr. 4'581.55
5) Verfallene Verrechnungssteuer: Fr. 779.40
6) Anwalts- und Verfahrenskosten: Fr. 346'798.20
7) Kosten ohne Belege: Fr. 111'321.30
Die Summe der einzelnen Positionen ergibt einen Gesamtschaden von 1'401'883.40 Franken, wobei die Klägerin allerdings den Zuspruch eines Schadenersatzes in der Höhe von 1'444'906.05 Franken verlangt. In Beantwortung der diesbezüglich vom Instruktionsrichter an der Vorbereitungsverhandlung vom 4. Juli 2006 gestellten Frage begründet die Klägerin die Diskrepanz mit den Zinsen, die zwischen Ermittlung des Schadens per 31. Dezember 2001 und Einreichung des Schadenersatzbegehrens am 12. April 2003 aufgelaufen seien (Eingabe vom 31. Oktober 2006).
5.3 Wie gesehen beträgt die relative Verwirkungsfrist gemäss § 11 Abs. 1 VG/ZG ein Jahr ab Kenntnis des Schadens. Vorliegend macht die Klägerin mehrere schädigende Handlungen von verschiedenen Personen geltend, welche auf unterschiedliche Art und Weise und in verschiedenen Bereichen zu Vermögenseinbussen geführt haben sollen. Mithin kann es für die Frage der Fristwahrung nicht darauf ankommen, wann und wie sie vom nunmehr eingeklagten Gesamtschaden Kenntnis erhalten hat (vgl. E. 5.1). Vielmehr ist für jede Schadensposition getrennt zu untersuchen, in welchem Zeitpunkt die relative Verwirkungsfrist zu laufen begonnen hat.
5.4 Die Auslagen für Öffentlichkeitsarbeit (Position 1), für Buchführung und Revision (Position 2), für Gebühren und Abgaben (Position 4) sowie für Anwalts- und Verfahrenskosten (Position 6) haben die Mitglieder des abgesetzten Stiftungsrats oder - nach dessen Wiedereinsetzung - der Stiftungsrat selber getätigt bzw. veranlasst. Sollten die betreffenden Auslagen einen Schaden darstellen, der vom Kanton Zug zu ersetzen wäre, so hatte die Klägerin von diesem Umstand grundsätzlich unmittelbar in jenem Moment Kenntnis, in dem sie die einzelnen Zahlungen vornahm. Sie hat denn auch in den Jahresrechnungen 1993-2000, welche sie nach der Wiedereinsetzung des Stiftungsrats selber erstellen liess, jeweils einen Posten "Sonderkosten Suspendierung Stiftungsrat" als offene Forderung gegenüber dem Kanton Zug aktiviert (vgl. hierzu Urteil 2A.19/2003 vom 26. Juni 2003). Weil es für die (blosse) Zusammenstellung von Rechnungen keiner Expertise bedurfte und vorliegend ausschliesslich Aufwendungen eingeklagt werden, welche vor dem 31. Dezember 2001 getätigt worden sind, hätte die Klägerin ihr Schadenersatzbegehren bezüglich der Positionen 1, 2, 4 und 6 nach dem Gesagten spätestens am 31. Dezember 2002 einreichen müssen. Mithin waren die unter diesem Titel allfällig bestehenden Ansprüche am 12. April 2003, als die Klägerin schliesslich an die Sicherheitsdirektion gelangte, bereits verwirkt.
5.5 Demgegenüber konnte die Klägerin den Schaden, welcher durch den Sachwalter verursacht worden sein soll, nicht direkt aus von ihr selber bezahlten Rechnungen ersehen. Dies betrifft einmal die angebliche Vermögenseinbusse wegen Mietzinsausständen, ungenügender Liegenschaftsverwaltung und mangelndem Liegenschaftsunterhalt (Position 3), welche ohne vorgängige Abklärungen nicht ausreichend erkennbar war. Ähnlich verhält es sich mit dem verwirkten Rückforderungsanspruch für die Verrechnungssteuern 1993 und 1995 (Position 5), zumal sich dieser Umstand erst aufgrund einer Kontrolle der Bücher ergab. Denkbar wäre sodann, dass allenfalls auch bezüglich gewisser Teile der Schadenspositionen 1 und 2 nur im Anschluss an eine fachmännische Beurteilung des Sachverhalts erkennbar wurde, inwieweit hierfür Schadenersatz verlangt werden könnte.
5.6 So oder anders war die Klägerin aber gehalten, aufgrund der ihr bekannten Elemente die nötigen Abklärungen innert nützlicher Frist zu veranlassen. Ein entsprechendes Tätigwerden war dem Stiftungsrat unmittelbar nach seiner Wiedereinsetzung am 12. Juli 1997 möglich, standen doch ab diesem Zeitpunkt die Stiftung, ihr Vermögen und die einschlägigen Unterlagen wieder unter seiner Kontrolle. Er liess denn auch umgehend die Art und Weise, in welcher die der Stiftung gehörenden Liegenschaften während der Tätigkeit des Sachwalters verwaltet worden waren, und insbesondere die festgestellten Mietzinsausstände untersuchen (vgl. hierzu die Berichte der Hans Schmidlin AG vom 29. August 1997 und 20. Februar 1998). Im gleichen Zeitraum holte der Stiftungsrat zudem von der HEW Verwaltungs AG diverse Berichte über die Bewertung von Grundstücken ein (am 27. November 1997 und 13. Januar 1998) und es lagen ihm bald darauf auch die von der Atag Ernst & Young AG in seinem Auftrag erstatteten Revisionsberichte für die Geschäftsjahre 1993-2000 vor (vgl. die Berichte vom 27. März 1998 [1993], 19. Juni 2000 [1994-1998], 11. September 2000 [1999] und 25. Februar 2002 [2000]). Schliesslich war dem Stiftungsrat ebenfalls der vom Kanton veranlasste Bericht der ausserordentlichen Kontrollstelle (PriceWaterhouseCoopers AG) vom 31. Januar 2000 zugänglich, welcher sich mit der Jahresrechnung 1993 auseinandersetzt.
5.7 Dessen ungeachtet hat die Klägerin in der Folge ein Schadenersatzbegehren erst am 12. April 2003 eingereicht und so vom Zeitpunkt der Wiedereinsetzung des Stiftungsrats am 12. Juli 1997 bis zur Geltendmachung des Schadens knapp sechs Jahre verstreichen lassen. Nach dem Gesagten ist nicht einzusehen, wieso sie ihr Begehren nicht schon früher hätte stellen können. Die Höhe des durch den Sachwalter angeblich verursachten bzw. während dessen Tätigkeit entstandenen Schadens war jedenfalls schon vor dem 12. April 2002 - und mithin mehr als ein Jahr vor Einreichung des Begehrens - bekannt. So brachte denn auch der Bericht, den die Klägerin von der "von Graffenried AG Treuhand" hat ausarbeiten lassen, insoweit nichts Neues: Zum einen wird darin der Schaden, welcher durch schlechte Liegenschaftsverwaltung entstanden sein soll, auf 556'407.60 Franken beziffert, was betraglich exakt jenem Wert entspricht, den die Hans Schmidlin AG bereits am 20. Februar 1998 als Kosten wegen "nicht verwalteten und nicht unterhaltenen Liegenschaften" ausgewiesen hatte. Die Klägerin machte damit den als Position 3 ausgewiesenen allfälligen Ersatzanspruch erst gut fünf Jahre nach dem Zeitpunkt geltend, in welchem sie Kenntnis vom entsprechenden Schaden erhalten hatte. Zum anderen ergab sich die Verwirkung des Rückerstattungsanspruchs für die Verrechnungssteuern 1993 und 1995 bereits aus den Berichten der Atag Ernst & Young AG vom 27. März 1998 bzw. 19. Juni 2000 und war mithin auch weit vor dem 12. April 2002 bekannt.
5.8 Bei den "Kosten ohne Belege" (Position 7) handelt es sich gemäss dem Bericht der "von Graffenried AG Treuhand" um Auslagen, welche zwar als Teil der Forderung gegen den Kanton Zug in den Jahresrechnungen der Klägerin aktiviert wurden, für die es aber keine Belege gibt, so dass letztlich unklar blieb, ob insoweit überhaupt Geld geflossen ist. Wie es sich damit verhält, kann hier ohne weiteres offen bleiben, zumal das bezüglich der Verwirkung Gesagte sinngemäss auch für die "Kosten ohne Belege" gilt.
5.9 Nichts anderes ergäbe sich im Übrigen, wenn die einjährige relative Verwirkungsfrist nicht für jede Schadensposition getrennt laufen würde und die Klägerin deshalb mit ihrem Schadenersatzbegehren hätte zuwarten dürfen, bis sie genügende Kenntnis von der Höhe des Gesamtschadens hatte. Aufgrund der verschiedenen Berichte, welche nach der Wiedereinsetzung des Stiftungsrats eingeholt worden waren, kannte die Klägerin den behaupteten Schaden in seiner heute geltend gemachten Höhe spätestens Ende 2000 genügend klar, um eine Klage zu veranlassen. Im Jahre 2001 kamen lediglich einige wenige Auslagen - 18'060 Franken für die "von Graffenried AG Treuhand", 1'752 Franken für ein Anwaltsmandat und eine als "Entschädigung" an die Lorze AG bezahlte Summe von 40'000 Franken - hinzu. Selbst wenn die Frist mit Blick auf diese letztgenannten streitbetroffenen Aufwendungen erst am 31. Dezember 2001 zu laufen begonnen hätte, wäre die relative Verwirkungsfrist nicht gewahrt worden (vgl. E. 5.4).
5.9 Nichts anderes ergäbe sich im Übrigen, wenn die einjährige relative Verwirkungsfrist nicht für jede Schadensposition getrennt laufen würde und die Klägerin deshalb mit ihrem Schadenersatzbegehren hätte zuwarten dürfen, bis sie genügende Kenntnis von der Höhe des Gesamtschadens hatte. Aufgrund der verschiedenen Berichte, welche nach der Wiedereinsetzung des Stiftungsrats eingeholt worden waren, kannte die Klägerin den behaupteten Schaden in seiner heute geltend gemachten Höhe spätestens Ende 2000 genügend klar, um eine Klage zu veranlassen. Im Jahre 2001 kamen lediglich einige wenige Auslagen - 18'060 Franken für die "von Graffenried AG Treuhand", 1'752 Franken für ein Anwaltsmandat und eine als "Entschädigung" an die Lorze AG bezahlte Summe von 40'000 Franken - hinzu. Selbst wenn die Frist mit Blick auf diese letztgenannten streitbetroffenen Aufwendungen erst am 31. Dezember 2001 zu laufen begonnen hätte, wäre die relative Verwirkungsfrist nicht gewahrt worden (vgl. E. 5.4).
6. Die Klägerin bestreitet mit verschiedenen Argumenten den Eintritt der Verwirkung; ihre Vorbringen vermögen nicht zu überzeugen:
6.1 Weil vorliegend weder ein Straf- noch ein Disziplinarverfahren durchgeführt wurde, sind die Voraussetzungen für einen Fristenstillstand gemäss § 22 VG/ZG nicht gegeben. Aus dem Schreiben, mit welchem die Direktion des Innern des Kantons Zug am 30. März 1998 an den Bundesrat gelangte, ergibt sich nicht anderes: Mit Blick auf eine Interpellation, die einige Kantonsräte eingereicht hatten, verlangte die Direktion die Durchführung eines Aufsichtsverfahrens im Sinne von <ref-law>. In der Folge teilte das Bundesamt für Sozialversicherung dem kantonalen Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht mit, für die Oberaufsicht bestehe kein Anlass einzuschreiten (Schreiben vom 26. November 2003). Soweit diesem Bescheid überhaupt ein aufsichtsrechtliches Verfahren vorangegangen ist, hatte dieses keine Auswirkungen auf den Fristenlauf gemäss § 11 Abs. 1 VG/ZG. Die Regelung des Fristenstillstands gilt gemäss dem klaren Wortlaut von § 22 VG/ZG ausdrücklich (nur) für Straf- und Disziplinarverfahren. Entgegen der Auffassung der Klägerin ist sie nicht analog auf aufsichtsrechtliche Verfahren anzuwenden, unterliegen Letztere doch gänzlich eigenen Regeln und lassen sich nicht mit Ersteren vergleichen: Bei der Aufsichtsanzeige handelt es sich um einen blossen Rechtsbehelf, der weder eine Rechtshängigkeit begründet noch Anspruch auf eine förmliche Entscheidung vermittelt (vgl. Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrecht, 2. Auflage, Bern 1983, S. 219 ff.). Wenn das Zuger Verantwortlichkeitsgesetz die fristhemmende Wirkung nur Straf- und Disziplinarverfahren und nicht auch aufsichtsrechtlichen Verfahren zuerkennt, so ist dies offensichtlich in den erwähnten Unterschieden begründet; während sich Gegenstand und Dauer der erstgenannten Verfahren genau bestimmen lassen, sind aufsichtsrechtliche Verfahren an keine klaren Formen gebunden, so dass ein allfälliger Fristenstillstand regelmässig schwierig abzugrenzen wäre.
6.2 Weiter kann keine Rede davon sein, dass der Beklagte gültig auf die Geltendmachung der Verwirkung verzichtet hätte (vgl. <ref-ruling> E. 3c/bb S. 393). Zwar wurde die Direktion des Innern vom damaligen Rechtsvertreter der Klägerin mit Schreiben vom 24. Dezember 1998 ersucht, bezüglich des Schadens, welcher der Stiftung aus der Absetzung des Stiftungsrats und der Tätigkeit des Sachwalters entstanden sei, auf die Geltendmachung der Verjährung zu verzichten. Das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht lehnte die Abgabe einer dahingehenden Erklärung jedoch mit Schreiben vom 8. Januar 1999 unmissverständlich ab; es begründete seine Haltung damit, das kantonale Staatshaftungsrecht lasse hierfür keinen Raum. Vorliegend ist nicht weiter zu prüfen, ob diese Auffassung zutrifft. Die Klägerin konnte aufgrund der erwähnten Erklärung jedenfalls nicht davon ausgehen, von der Einhaltung der gesetzlichen Fristen für die Geltendmachung ihrer Schadenersatzforderungen befreit zu sein. Dabei ist unerheblich, dass das Antwortschreiben vom 8. Januar 1999 nicht vom Vorsteher der Direktion, sondern vom Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht ausging.
Bei diesen Gegebenheiten kann die Klägerin auch aus dem Umstand nichts ableiten, dass die Direktion des Innern auf ein früheres Schreiben von Adrian Gasser vom 9. Oktober 1998, wonach ohne ausdrücklichen Gegenbericht Verzicht auf die Verjährungseinrede angenommen werde, nicht reagiert hatte. Das kurz darauf vom Rechtsvertreter verfasste Schreiben vom 24. Dezember 1998 betraf ebenfalls die Verjährungsfrage und wurde am 8. Januar 1999 abschlägig beantwortet, ohne dass in der Folge seitens des Beklagten etwas Abweichendes vertreten worden wäre. An der Besprechung zwischen Vertretern der Parteien vom 4. Februar 1999, an welcher auch der Vorsteher der Direktion des Innern teilnahm, wiederholte der Leiter des Amtes für berufliche Vorsorge vielmehr seine frühere Aussage, wonach seitens des Kantons kein Verzicht auf die Geltendmachung der Verjährung erklärt werden könne. Ein derartiger Verzicht kann schliesslich auch nicht etwa aus dem Umstand abgeleitet werden, dass der Kanton am 8. Februar 1999 eine ausserordentliche Kontrollstelle einsetzte, um die von der Klägerin erhobenen Vorwürfe abzuklären (vgl. unten sowie lit. A.c).
6.3 Die Tätigkeit der ausserordentlichen Kontrollstelle hatte letztlich keinerlei Einfluss auf den Fristenlauf; der Klägerin ist nicht zuzustimmen, wenn sie geltend macht, die Verjährungs- bzw. Verwirkungsfrist habe erst zu laufen beginnen können, nachdem die PriceWaterhouseCoopers AG ihre Arbeit beendet hatte. Zwar umfasste der ursprüngliche Auftrag auch Abklärungen hinsichtlich allfälliger Fehldispositionen im Bereich der Liegenschaften. In der Folge wurde aber darauf verzichtet, diesen Teilauftrag zu realisieren, weil alle Liegenschaften (gewinnbringend) verkauft worden waren und weder die Klägerin noch der Sachwalter mit der ausserordentlichen Kontrollstelle kooperierten (vgl. hierzu S. 11 f. des Mitberichts, den das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungsaufsicht am 21. Mai 2004 zuhanden der Sicherheitsdirektion erstattet hat, sowie S. 1 f. des Berichts der PriceWaterhouseCoopers AG vom 19. Mai 2003 zu den Jahresrechnungen 1994-1999). Die ausserordentliche Kontrollstelle beschränkte ihre Tätigkeit auf eine blosse buchhalterische Prüfung verrechneter Aufwendungen, ohne das Verhalten des Sachwalters zu beurteilen, weshalb sich für den von der Klägerin anzustrengenden Schadenersatzprozess zum Vornherein nichts Neues ergeben konnte. Die anderslautende Behauptung der Klägerin überzeugt umso weniger, als diese seinerzeit selber die Einsetzung einer ausserordentlichen Kontrollstelle (erfolglos) angefochten und anschliessend die Zusammenarbeit mit der PriceWaterhouseCoopers AG weitgehend verweigert hatte.
6.4 Die Klägerin behauptet sodann, nicht erst am 12. April 2003 ein Schadenersatzbegehren gestellt zu haben, sondern bereits am 23. September 1998 mit einem solchen an den Vorsteher der Direktion des Innern gelangt zu sein; damit sei die einjährige relative Verwirkungsfrist in jedem Fall gewahrt worden. Im betreffenden Schreiben vom 23. September 1998 erwähnt Adrian Gasser zwar einen - sich in einer Verringerung des Netto-Stiftungsvermögens um rund zwei Millionen Franken manifestierenden - Schaden und gibt zudem der Auffassung Ausdruck, dass dieser durch den Sachwalter und die Aufsichtsbehörde verursacht worden und daher vom Kanton Zug zu ersetzen sei. Das Schreiben ist jedoch von seinem Inhalt her offensichtlich nicht als formelle Geltendmachung einer Schadenersatzforderung zu verstehen, sondern kündigt primär die Liquidation der Aktiven der Stiftung an. Im Unterschied zur Eingabe vom 12. April 2003 war es denn auch weder als Schadenersatzbegehren bezeichnet noch an die gemäss § 20 VG/ZG für das "Vorverfahren" zuständige Sicherheitsdirektion (vormals: Justiz- und Polizeidirektion) gerichtet. Dementsprechend gibt es keinerlei Hinweise, dass die Klägerin einen Entscheid im Sinne von § 11 Abs. 2 und 20 Abs. 3 VG/ZG erwartet oder dessen Ausbleiben moniert hätte. Vielmehr sah sie sich erst am 12. April 2003, nachdem offenbar geführte Verhandlungen gescheitert waren, veranlasst, ein formelles Schadenersatzbegehren bei der zuständigen Behörde zu stellen.
6.5 Ebenso wenig stichhaltig erscheint der Einwand, mit der Absetzung des Stiftungsrats habe der Kanton einen rechtswidrigen Zustand geschaffen, der noch immer andaure, weshalb die Verjährungs- bzw. Verwirkungsfrist noch gar nicht zu laufen begonnen habe. Gegenstand der Klage bildet eine Schadenersatzforderung für bestimmte - abgeschlossene - Verminderungen des Stiftungsvermögens, welche durch rechtswidriges Verhalten der Organe des Kantons verursacht worden sein sollen. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern ein schädigendes Verhalten des Kantons weiter andauern sollte.
6.6 Schliesslich liegt kein Verstoss gegen Treu und Glauben vor: Die Klägerin hat selber dafür besorgt zu sein, dass sie die gesetzlichen Verwirkungsfristen wahren kann. Daran ändert nichts, dass sie mit dem Beklagten offenbar über eine gütliche Beilegung der Streitigkeit verhandelt hat. Es ist weder einzusehen, wieso der Kanton treuwidrig handeln sollte, wenn er sich erst im Rahmen des Schadenersatzprozesses auf die eingetretene Verwirkung beruft, noch weshalb er die (rechtsanwaltlich vertretene) Klägerin während der Verhandlungen auf den drohenden Ablauf der Verwirkungsfrist hinweisen müsste. Im Übrigen war sich die Klägerin des Umstands, dass an den Zeitablauf Rechtsfolgen geknüpft werden, durchaus bewusst, hat sich doch - wie sie selber geltend macht - mehrere Betreibungsverfahren gegen den Kanton eingeleitet, um die "Verjährung" zu unterbrechen. Dass sie insoweit offensichtlich Rechtsnatur und Tragweite der einschlägigen Bestimmungen des kantonalen Verantwortlichkeitsgesetzes verkannt hat, kann sie nicht dem Beklagten anlasten.
6.6 Schliesslich liegt kein Verstoss gegen Treu und Glauben vor: Die Klägerin hat selber dafür besorgt zu sein, dass sie die gesetzlichen Verwirkungsfristen wahren kann. Daran ändert nichts, dass sie mit dem Beklagten offenbar über eine gütliche Beilegung der Streitigkeit verhandelt hat. Es ist weder einzusehen, wieso der Kanton treuwidrig handeln sollte, wenn er sich erst im Rahmen des Schadenersatzprozesses auf die eingetretene Verwirkung beruft, noch weshalb er die (rechtsanwaltlich vertretene) Klägerin während der Verhandlungen auf den drohenden Ablauf der Verwirkungsfrist hinweisen müsste. Im Übrigen war sich die Klägerin des Umstands, dass an den Zeitablauf Rechtsfolgen geknüpft werden, durchaus bewusst, hat sich doch - wie sie selber geltend macht - mehrere Betreibungsverfahren gegen den Kanton eingeleitet, um die "Verjährung" zu unterbrechen. Dass sie insoweit offensichtlich Rechtsnatur und Tragweite der einschlägigen Bestimmungen des kantonalen Verantwortlichkeitsgesetzes verkannt hat, kann sie nicht dem Beklagten anlasten.
7. 7.1 Mithin erweist sich die Klage als unbegründet und ist abzuweisen.
7.2 Bei diesem Verfahrensausgang hat die Klägerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Unter Berücksichtigung des Streitwerts, des bisher vom Bundesgericht betriebenen Prozessaufwands, der Schwierigkeit der sich stellenden Sach- und Rechtsfragen sowie des Umstands, dass wegen der Verfahrensbeschränkung nicht alle Fragen zu behandeln waren, rechtfertigt sich eine Gerichtsgebühr von 25'000 Franken (vgl. Art. 153a OG sowie den Tarif vom 31. März 1992 für die Gerichtsgebühren im Verfahren vor dem Bundesgericht; SR 173.118.1).
7.3 Die Klägerin ist unterlegen und hat grundsätzlich den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 OG). Zwar wird obsiegenden Behörden im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde und der verwaltungsrechtlichen Klage in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen (Art. 159 Abs. 2 OG; vgl. für die verwaltungsrechtliche Klage <ref-ruling> E. 3 S. 49 f.). Bei Staatshaftungsklagen gegen Kantone kann von dieser Regel in sinngemässer Anwendung von <ref-law> abgewichen werden. Vorliegend geht es um nicht unerhebliche Vermögensinteressen, und der Beklagte hatte zur Wahrnehmung seiner Rechte einen beträchtlichen Aufwand zu betreiben. Weil nicht das Verhalten untergeordneter kantonaler Behörden, sondern vorab des Regierungsrats selber in Frage stand, erscheint der Beizug eines externen Rechtsanwalts nicht unangebracht, auch wenn der Beklagte an sich den eigenen Rechtsdienst mit der Vertretung seiner Interessen hätte betrauen können. Es ist dem Beklagten in Anwendung des Tarifs vom 9. November 1978 über die Entschädigung an die Gegenpartei für das Verfahren vor dem Bundesgericht (SR 173.119.1) eine Parteientschädigung von insgesamt 40'000 Franken (einschliesslich Auslagen) zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Klage wird abgewiesen.
1. Die Klage wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 25'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 25'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 40'000.-- zu entschädigen.
3. Die Klägerin hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 40'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Januar 2007
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: