Sachverhalt:
A. B._, geboren 1963, arbeitete als selbstständige Hundebetreuerin und als Raumpflegerin. Bei einem Verkehrsunfall Ende August 2004 erlitt sie ein HWS-Distorsionstrauma. Am 4. April 2005 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau holte medizinische Berichte ein (u.a. Dr. med. K._, Arzt und Psychiater FMH, vom 10. Februar 2006; Psychosomatische Abteilung der Klinik X._, vom 3. Februar 2006; Hausarzt Dr. med. L._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH, vom 28. März und 11. November 2006). Vom 20. November bis 16. Dezember 2006 hielt sich B._ in der Rehaklinik Y._ auf (Bericht vom 19. Januar 2007). In dem am 20. September 2007 erstatteten interdisziplinären Gutachten des medizinischen Zentrums E._ wurden als Leiden mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit eine leichte depressive Episode mit somatischen Symptomen (ICD-10 F32.01) und eine dissoziative Störung (Konversionsstörung, ICD-10 F44.9) diagnostiziert; in der angestammten Tätigkeit als selbstständig erwerbende Hundebetreuerin wurde die Arbeitsfähigkeit auf 70 % festgelegt und in einer behinderungsangepassten Beschäftigung (z.B. in einem Tierheim) auf 100 %; aus rheumatologischer Sicht sei das Belastungsprofil nicht eingeschränkt. Mit Vorbescheid vom 19. Dezember 2007 stellte die IV-Stelle B._ die Ablehnung des Leistungsbegehrens in Aussicht; diese erhob Einwände und reichte zusätzliche Unterlagen ein (Bericht Prof. Dr. med. A._, Facharzt FMH für orthopädische Chirurgie, Spital C._, vom 25. Oktober 2005; Austrittsbericht Klinik Z._, vom 2. November 2007; Attest Dr. med. L._, vom 14. März 2008). Nach Einholung des Arztberichtes der Klinik Z._ (Eingang bei der IV-Stelle am 22. April 2008), der Beurteilung des Regionalen Ärztlichen Dienstes (Dr. med. T._, vom 6. Mai 2008) und einer Stellungnahme der Versicherten (vom 4. Juni 2008) entschied die IV-Stelle im Sinne des Vorbescheides und verneinte mit Verfügung vom 16. Juni 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 30 % den Anspruch auf eine Invalidenrente.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 15. Oktober 2008 ab.
C. B._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des kantonalen Entscheides und Feststellung eines Invaliditätsgrades von 100 %; eventualiter sei die Sache zur vollständigen medizinischen Neubegutachtung und zum Neuentscheid an die IV-Stelle zurückzuweisen; ferner beantragt sie die unentgeltliche Rechtspflege.
Mit Verfügung vom 15. Januar 2009 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Bereich der Invaliditätsbemessung [<ref-law>] für die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach <ref-law>).
2. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung hat. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe den medizinischen Sachverhalt offensichtlich unrichtig und unvollständig festgestellt, indem sie bei der Beurteilung der Arbeitsunfähigkeit alleine auf das Gutachten des medizinischen Zentrums E._ abgestellt habe, und nicht ebenfalls auf den Bericht der Klinik Z._; zudem sei offensichtlich, dass ausser den Experten des medizinischen Zentrums E._ alle Ärzte und Ärztinnen immer wieder festgehalten hätten, dass für sämtliche Tätigkeiten eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % gegeben sei.
4. 4.1 Wie die Vorinstanz im Zuge einer bundesrechtskonformen Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c in fine ATSG) eingehend dargelegt hat, ist das Gutachten des medizinischen Zentrums E._ vom 20. September 2007 das Ergebnis einer umfassenden und sorgfältigen Untersuchung, welche sämtliche von der Rechtsprechung gestellten Anforderungen erfüllt (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweisen) und beweiskräftig ist. Die Experten sind zusammenfassend zum Schluss gekommen (Gutachten S. 36), dass mit Blick auf die erhobenen Befunde aus somatischer Sicht zwar von einer uneingeschränkten Arbeitsfähigkeit in der bisherigen oder einer behinderungsangepassten Beschäftigung auszugehen ist; infolge einer leichtgradigen depressiven Störung und einer leichten bis mittelgradigen Konversionsstörung, beide deutlich überlagert durch ein chronisches Krankheitsverhalten, sei aus versicherungspsychiatrischer Sicht die Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als selbstständig erwerbende Hundebetreuerin trotz massiver Tendenz zur Aggravation auf 70 % begrenzt; in einer behinderungsangepassten Arbeit sei sie jedoch nicht eingeschränkt.
4.2 Die Einwände der Beschwerdeführerin sind rein appellatorisch und bereits von der Vorinstanz (s. angefochtener Entscheid E. 4.2.2.-4.2.4) widerlegt worden. Dies betrifft vorab die Mitwirkung des Konsiliarexperten Dr. med. S._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, der im Bericht vom 7. Mai 2007 zunächst auf eine Stellungnahme zur Arbeitsunfähigkeit verzichtete und dies vorab mit der Gefahr einer allenfalls stigmatisierenden Bewertung nach nur einmaliger ambulanter Untersuchung begründete. Er hielt jedoch fest, die Widersprüche und Inkonsistenzen bei der Darstellung der Beschwerden und objektive Beobachtung führten zum Verdacht auf Aggravation; es bestehe bei der Untersuchten ein klares Rentenbegehren. Am 2./13. Juli 2007 klärte Dr. med. H._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, die Beschwerdeführerin im Rahmen der Begutachtung des medizinischen Zentrums E._ arbeitspsychiatrisch-psychosomatisch ab (inkl. psychometrische Symptomvalidierungsdiagnostik; Gesamtdauer 8 Stunden); zudem nahm er Rücksprache mit dem ehemals behandelnden Psychiater Dr. med. K._, der bei der Beschwerdeführerin Aggravations- und Simulationstendenzen bestätigte. Dr. med. H._ schilderte im Teilgutachten vom 14. September 2007 nicht nur ein wesentlich gleiches Bild wie zuvor bereits Dr. med. S._; er wies auch nach, dass die Explorandin bei der Testung willentlich schlechte Leistungen erbrachte, so z.B. wenn sie auf eine Wiedererkennungsrate von 58 % bei einem Test kam, bei dem geistig behinderte 8-Jährige eine durchschnittliche Leistung von 95-100 % erreichen. Im Gesamtgutachten ist festgehalten, dass die Schlussfolgerungen gemeinsam mit den beteiligten Spezialärzten erarbeitet wurden und sich diese ausdrücklich damit einverstanden erklärten. Der Vorwurf, der Teilgutachter Dr. med. S._ habe die im Bericht vom 7. Mai 2007 dokumentierte Meinung zu Ungunsten der Beschwerdeführerin geändert, als er die Schlussfolgerungen der anderen Experten übernahm, ist schon deshalb verfehlt, weil die im Gesamtgutachten genannten Diagnosen und die von Dr. med. S._ angegebenen Verdachts- und Differenzialdiagnosen sich keineswegs ausschliessen. Die Frage der Arbeitsfähigkeit wurde mit der Untersuchung und Testung durch Dr. med. H._ ausreichend geklärt.
5. 5.1 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsunfähigkeit geht es um den Entscheid über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 f.). Sie können entgegen der beschwerdeführerischen Argumentation keinesfalls als offensichtlich unrichtig und unvollständig beurteilt werden, denn das Erforderliche zur Abwägung und Würdigung divergierender Aussagen zur Arbeitsfähigkeit ist korrekt festgestellt und gewürdigt worden (s. angefochtener Entscheid E. 4.2.4). Aus dem IV-Arztbericht der Klinik Z._ kann im Übrigen nicht herausgelesen werden, die medizinischen Vorakten seien den behandelnden Klinikärzten "bestens bekannt gewesen", als sie zu den vom Gutachten des medizinischen Zentrums E._ abweichenden Schlüssen gelangten. Vielmehr ist bei der gewählten Formulierung ("soweit wir aufgrund der kurzen Aufenthaltsdauer in unserer Klinik unter bekannter Vorgeschichte abschätzen können") gerade vom Gegenteil auszugehen. Wie durch die Vorinstanz dargelegt, stellten sie bei Fehlen von objektiven Befunden weitgehend auf die Angaben der Patientin ab. Die Zumutbarkeit einer Beschäftigung ist jedoch nicht aus der subjektiven Sicht einer gesundheitlich Eingeschränkten zu beurteilen, sondern hat auf objektiver ärztlicher Einschätzung der Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit zu beruhen, wie dies im Rahmen der Begutachtung des medizinischen Zentrums E._ erfolgt ist.
5.2 Schliesslich trifft es auch nicht zu, dass ausser den Gutachtern alle Medizinalpersonen festgehalten hätten, die Versicherte sei zu 100 % arbeitsunfähig. In den zur Stützung dieser Argumentation eingereichten Verlautbarungen wird dazu entweder nicht Stellung genommen (Dr. med. I._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 10. September 2008; Spital D._, vom 11. September 2008) oder die eingenommene Position ist in sich widersprüchlich, so wenn Dr. med. L._ ihr eine "unter idealen Umständen höchstens 30-prozentige Arbeitsfähigkeit für ausserhäusliche Tätigkeiten" attestiert, ihr aber paradoxerweise zugleich die Fähigkeit abspricht, "die häuslichen Arbeiten" zu machen (Zeugnis vom 2. Dezember 2008).
5.3 Die Beschwerdeführerin verkennt zudem, dass es sich bei diesen Stellungnahmen um Meinungsäusserungen behandelnder Ärzte handelt, denen nach der Rechtsprechung auf Grund der Verschiedenheit von Expertise- und Therapieauftrag (statt vieler Urteil 9C_705/2007 vom 18. August 2008 E. 4.1.1 mit Hinweisen) die Aufgabe der medizinischen Begutachtung als eines speziellen Wissenszweiges nicht zufallen kann.
6. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a) ohne Durchführung des Schriftenwechsels und unter Auferlegung der Gerichtskosten auf die unterlegene Beschwerdeführerin (<ref-law>) erledigt wird.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Februar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz