Sachverhalt:
A. Die Y._ AG (Käuferin) verpflichtete sich als Subunternehmerin, Rohrleitungen für Kanalisation und Entwässerung bei der X._ AG (Verkäuferin) zu beziehen und zu verlegen. Mit Offerte vom 20. Februar 2007 bot die Verkäuferin an, das von der Käuferin im einzelnen aufgeführte Material zu einem Gesamtpreis von Fr. 507'636.70 zuzüglich Mehrwertsteuer an die Baustelle zu liefern. Die Offerte enthielt den Vermerk: "Instruktion und Mitarbeit auf Baustelle ca. 5 Arbeitstage Tagespauschale Fr. 1160.--." Nach der Annahme dieser Offerte durch die Käuferin kam es gemäss der Darstellung der Verkäuferin aus verschiedenen Gründen zu Bestellungsänderungen.
Da die Käuferin von der Verkäuferin gestellte Rechnungen nicht bezahlte, liess diese die Käuferin mit Zahlungsbefehl Nr. 111._ des Betreibungsamtes Lindau vom 1. April 2008 über Fr. 344'566.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit 19. Januar 2008 betreiben. Die Käuferin erhob Rechtsvorschlag.
B. Am 18. September 2008 klagte die Verkäuferin (Klägerin) beim Bezirksgericht Pfäffikon gegen die Käuferin (Beklagte) auf Zahlung von Fr. 344'566.-- nebst 5 % Zins seit 19. Januar 2008 und Fr. 934.-- und auf Aufhebung des Rechtsvorschlags in der Betreibung Nr. 111._ des Betreibungsamtes Lindau.
Mit Beschluss vom 22. September 2008 überwies das Bezirksgericht die Klage an das Handelsgericht des Kantons Zürich.
Die Klägerin erhöhte mit Eingabe vom 23. Oktober 2008 den geforderten Betrag um Fr. 100'027.05 und reichte am 8. Dezember 2008 eine verbesserte Klageschrift ein. Zur Begründung führte sie an, ihr stünden für Lieferungen gemäss Offerte Fr. 426'562.82 und für solche gemäss Bestellungsänderungen und Zusatzbestellungen Fr. 172'527.78 jeweils zuzüglich 7.6 % Mehrwertsteuer zu. Da die Beklagte Fr. 200'000.-- bezahlt habe, schulde sie noch Fr. 444'593.05.
Die Beklagte schloss in ihrer Antwort auf Abweisung der Klage. Mit Verfügung vom 17. August 2009 setzte der Instruktionsrichter der Klägerin Frist zur Einreichung einer Replik und machte sie darauf aufmerksam, dass jegliche Behauptungen zu den einzelnen Materialbestellungen sowie zu den konkret darauf bezogenen Lieferungen fehlten. Ebenso fehlten Angaben zum Hintergrund sowie zum Umfang von Mehrlieferungen, von behaupteten Fehl- und Doppelbestellungen, von Rückvergütungen überschüssigen Materials und von Bauverzögerungen. Die Behauptungen seien in der Rechtsschrift selbst aufzustellen; Verweisungen auf Beilagen genügten nicht.
Daraufhin reichte die Klägerin am 9. November 2009 eine Replik ein, wogegen die Beklagte am 19. Februar 2010 duplizierte.
Mit Urteil vom 16. Juli 2010 hiess das Handelsgericht die Klage im Umfang von Fr. 247'162.06 zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 147'135.01 seit 28. Januar 2008 und auf Fr. 100'027.05 seit 23. Oktober 2008 gut und wies sie im Mehrbetrag ab. Zudem hob es den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 111._ des Betreibungsamtes Lindau im Umfang von Fr. 147'135.01 zuzüglich Zins zu 5 % seit 28. Januar 2008 auf.
C. Die Klägerin (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Handelsgerichts vom 16. Juli 2010 aufzuheben und die Beklagte (Beschwerdegegnerin) zu verpflichten, ihr Fr. 432'801.95 zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 332'774.90 seit 19. Januar 2008 und auf Fr. 100'027.05 seit 23. Oktober 2008 zu bezahlen. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von der mit ihren Anträgen unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht. Der gemäss <ref-law> erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- wird erreicht.
1.2 Weiter setzt die Beschwerde in Zivilsachen voraus, dass das angefochtene Urteil letztinstanzlich ist (<ref-law>). Gegen das Urteil des Handelsgerichts hätte der Beschwerdeführer kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich nach <ref-law>/ZH erheben können, was er unterliess. Das Urteil des Handelsgericht ist daher insoweit nicht kantonal letztinstanzlich, als es vom Kassationsgericht hätte überprüft werden können. Dies trifft auf Rügen der Verletzung von Art. 8, 9, 29 oder 30 BV oder von Art. 6 EMRK zu (<ref-law>/ZH; vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.2 S. 586 f. mit Hinweisen). Die Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Urteils ist daher bezüglich der Rüge der willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts (<ref-law>) nicht gegeben, weshalb auf solche Rügen nicht eingetreten werden kann. Bezüglich der Rüge der Verletzung von Bundeszivilrecht ist das Urteil des Handelsgerichts dagegen ein letztinstanzlicher Entscheid (vgl. Urteil 4A_398/2008 vom 18. Dezember 2008, E. 1.2.2). Insoweit ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das Handelsgericht qualifizierte den Vertrag zwischen den Parteien als Kaufvertrag mit Lieferverpflichtung an die Baustelle mit der Möglichkeit der Beschwerdegegnerin, die Beschwerdeführerin gegen Bezahlung einer Tagespauschale zur Instruktion und Mitarbeit beizuziehen. Dass diese Qualifikation Bundesrecht verletzten soll, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
3. 3.1 Wie weit die anspruchsbegründenden Tatsachen inhaltlich zu substanziieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können, bestimmt das materielle Bundesrecht. Die jeweiligen Anforderungen ergeben sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und anderseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen dabei so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann. Bestreitet der Prozessgegner das an sich schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserheblichen Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Auf welchem Weg ein subsumptionsfähiger Sachverhalt erlangt werden soll, bestimmt dagegen das kantonale Prozessrecht, das die Frage regelt, in welcher Form und bis zu welchem Zeitpunkt die inhaltlich genügenden Sachvorbringen in das Verfahren einzuführen sind. Kantonales Prozessrecht entscheidet auch darüber, ob eine Ergänzung der Sachvorbringen aufgrund des Beweisverfahrens zulässig ist oder ob bereits die vorgängigen Behauptungen so konkret und detailliert sein müssen, dass das Beweisverfahren allein noch ihrer Überprüfung dient (<ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling> E. 3; Urteil 4C.351/2000 vom 20. Juli 2001 E. 3c).
3.2 Das Handelsgericht erwog, die Beschwerdeführerin mache unter dem Titel "zusätzliche Warenbezüge" Fr. 172'527.78 zuzüglich Mehrwertsteuer für Bestellungsänderungen und Zusatzbestellungen geltend. Da die entsprechenden Bestellungen von der Beschwerdegegnerin bestritten worden seien, hätte die Beschwerdeführerin darzulegen gehabt, wer wann bei wem welche Waren zu welchem Preis bestellt haben soll und wann diese geliefert worden sein sollen. Ohne solche Angaben könne kein Beweisverfahren durchgeführt und somit die klägerische Behauptung von Zusatzbestellungen nicht abgeklärt werden. Dasselbe gelte für die "Rohrhalterungen" für Fr. 10'000.-- und für die behaupteten Fehl- und Doppelbestellungen. Die Beschwerdeführerin reiche zwar eine Beilage ein, in welcher sie sämtliche geltend gemachten zusätzlichen Warenbezüge einzeln aufliste (act. 21/23). Ein Verweis auf Beilagen könne jedoch die Substanziierung in den Rechtsschriften nicht ersetzen. Zudem fehlten auch auf dieser Liste die notwendigen konkretisierenden Angaben zu den geltend gemachten Materialbestellungen, weshalb auch bei Berücksichtigung dieser Liste keine rechtsgenügliche Substanziierung vorliegen würde.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt, das Handelsgericht habe nicht beachtet, dass die gemäss der Rechtsprechung des Kassationsgerichts erforderlichen Voraussetzungen eines zulässigen Verweises auf Akten vorliegend offensichtlich erfüllt gewesen seien. In der Replik sei spezifisch auf ins Recht gelegte Lieferscheinkopien verwiesen worden, denen die massgeblichen Bestell-Notizen bei Telefonbestellungen bzw. die Telefax-Bestellungen angeheftet gewesen sei. Damit habe einfach und direkt aus den entsprechenden Aktenstücken abgelesen werden können, was wann und wie bestellt worden sei.
3.4 Auf diese Rüge ist nicht einzutreten, weil die Beschwerdeführerin damit eine willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts rügt und der angefochtene Entscheid insoweit nicht letztinstanzlich ist (E. 1.2 hiervor).
4. 4.1 Alsdann macht die Beschwerdeführerin geltend, die von ihr ins Recht gelegten Lieferscheine umfassten das gesamte bestellte und gelieferte Material. Diese Lieferscheine hätten zur Substanziierung der Lieferung des in der Offerte enthaltenen Materials genügt und müssten daher auch für die rechtsgenügliche Substanziierung der Lieferung des ausserhalb der Offerte verkauften Materials genügen. Die vom Handelsgericht vorgenommene Differenzierung sei daher nicht nachvollziehbar.
4.2 Die Beschwerdeführerin lässt ausser Acht, dass die Bestellung des in der Offerte enthaltenen Materials anerkannt und damit diesbezüglich nur noch die Lieferung zu behaupten war, wogegen bezüglich der in der Offerte nicht enthaltenen Lieferungen auch die entsprechenden Bestellungen bestritten und damit zu behaupten waren. Das Handelsgericht hat demnach mit der entsprechenden Differenzierung kein Bundesrecht verletzt.
5. 5.1 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, das Handelsgericht verkenne die bundesrechtlichen Anforderungen an die Substanziierung, wenn es Angaben über die näheren Umstände der Bestellungsänderungen- bzw. der Mehrbestellungen verlange. Diese Umstände seien ohne Belang, da es irrelevant sei, wieso es zu diesen Änderungen gekommen sei.
5.2 Soweit das Handelsgericht das Fehlen der notwendigen konkretisierenden Angaben zu den geltend gemachten zusätzlichen Materialbestellungen feststellte, bezog es sich darauf, dass es bezüglich des Abschlusses entsprechender Kaufverträge Angaben darüber verlangte, wer wann bei wem welche Waren zu welchem Preis bestellt haben soll. Inwiefern das Handelsgericht dabei Bundeszivilrecht verletzen soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar und ist auch nicht ersichtlich, zumal entgegen ihrer Ansicht die Lieferung und Entgegennahme einer Ware zum Abschluss eines Kaufvertrages nicht genügt.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin dafür kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. November 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Gelzer