Sachverhalt:
A. X._ fuhr am Freitag, 24. März 2006, um ca. 12.15 Uhr, in seinem Personenwagen bei nassen Strassenverhältnissen mit ca. 45 km/h in Basel von der Hochbergerstrasse her kommend über die Freiburgerbrücke via Schwarzwaldallee in Richtung Erlenstrasse, um auf die Autobahn A2 zu gelangen. Dabei befuhr er die Verzweigung Fasanenstrasse/Schwarzwaldallee bei Rotlicht und kollidierte auf dem Verzweigungsgebiet mit dem korrekt nach links abbiegenden Lastwagen des A._. Zudem war der Personenwagen von X._ mit Felgen versehen, deren Zulassung einer behördlichen Bewilligung bedurft hätte.
B. Mit Urteil des Strafgerichtspräsidenten Basel-Stadt vom 11. April 2007 wurde X._ der groben Verletzung der Verkehrsregeln sowie des Führens eines Motorfahrzeuges in vorschriftswidrigem Zustand schuldig erklärt und zu einer Geldstrafe von 5 Tagessätzen zu Fr. 180.-- verurteilt, unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 200.--. Auf Appellation von X._ bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, am 18. Januar 2008 das erstinstanzliche Urteil vollumfänglich.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Prozesssache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Vorinstanz.
D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz zunächst vor, sie habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich, festgestellt. Vorab seien die Einzelaussagen qualifiziert falsch und damit willkürlich. Neben den Einzelaussagen sei auch die ganze Aussagekette der Vorinstanz willkürlich.
1.1 Die Vorinstanz kommt zum Schluss, der Beschwerdeführer sei mit ca. 45-50 km/h auf das Verzweigungsgebiet eingefahren, der LKW seinerseits mit erheblich tieferer Geschwindigkeit. Ihre Überzeugung stützt die Vorinstanz darauf, dass sich die Kollision unmittelbar vor der Fahrspur des Beschwerdeführers ereignete. Die massiven Schäden an beiden Fahrzeugen könnten nur bei einem heftigen Aufprall entstehen. Angesichts der Strassenabschnitte, die je befahren wurden, sei eindeutig, dass der LKW-Lenker keine hohe Geschwindigkeit gefahren sein könne. Er habe links abbiegend eine enge Kurve zu befahren gehabt, wohingegen der Beschwerdeführer eine Geradeausstrecke befahren habe und auch weiter befahren wollte. Diese Gegebenheiten würden durch die Geschwindigkeitsangaben des Beschwerdeführers, der anderen Verkehrsbeteiligten und der Tatsache, dass der LKW-Fahrer vor dem Abbiegen bei der Ampelanlage gestanden war und erst bei grün angefahren sei, bestätigt.
Die Schlussfolgerungen der Vorinstanz gestützt auf die genannten Beweise und Indizien sind vertretbar. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, ist nicht geeignet, den angefochtenen Entscheid als verfassungswidrig erscheinen zu lassen. Der Beschwerdeführer wiederholt in seiner Beschwerdeschrift in vielen Punkten seine bereits im kantonalen Verfahren erhobenen Tatsachenbehauptungen und stellt der Beweiswürdigung der Vorinstanz lediglich seine eigene Sicht der Dinge gegenüber, ohne zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen). Seine Vorbringen erschöpfen sich weitgehend in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil und genügen folglich den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen). Darauf ist nicht einzutreten. Weiter stellt der vom Beschwerdeführer eingereichte Auszug aus dem Verkehrslexikon für Deutschland ein neues Beweismittel dar, für dessen Vorbringen der Entscheid der Vorinstanz keinen Anlass gab. Es ist somit unzulässig (<ref-law>). Nachfolgend ist lediglich auf einzelne Rügen näher einzugehen.
1.2 Der Beschwerdeführer führt aus, der Schluss vom massiven Schadensbild auf die hohe Geschwindigkeit sei offensichtlich falsch. Die Schädigung sei neben der Geschwindigkeit auch auf andere Faktoren zurückzuführen, nämlich auf Materialeigenschaften der Fahrzeuge, auf die Stelle des Aufpralls und auf die Masse der Fahrzeuge. Für die Ermittlung des Anteils, der durch die Geschwindigkeit verursacht wurde, hätte eine Expertise erstellt werden müssen.
Der Schluss der Vorinstanz, massive Schäden liessen auf eine relativ hohe Geschwindigkeit beim Aufprall schliessen, ist nicht offensichtlich unhaltbar. Dass für die Schäden bei Unfällen andere Faktoren ebenfalls eine Rolle spielen können, ändert daran nichts. Denn die Vorinstanz ermittelt die ungefähre Geschwindigkeit des PW beim Aufprall keineswegs allein aufgrund des Schadensbildes, sondern mittels anderer Indizien und Beweise, so insbesondere auch der Beschaffenheit der Strecken und der Aussagen des Beschwerdeführers selbst und zweier Zeugen. Der Rückschluss vom Schadensbild und den weiteren Indizien und Beweismitteln auf einen eher heftigen Aufprall und eine Geschwindigkeit des Beschwerdeführers von ca. 45 - 50 km/h beim Einfahren auf das Verzweigungsgebiet ist haltbar und die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung unbegründet. Im Übrigen geht es vorliegend nicht um die Frage einer Geschwindigkeitsübertretung, sondern darum, ob eine qualifizierte Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> hinsichtlich der Bestimmungen von Art. 31 Abs. 1 und 27 Abs. 1 SVG gegeben ist.
1.3 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, die Vorinstanz habe bei ihrer Schlussfolgerung drei Faktoren unberücksichtigt gelassen: Sein Airbag sei nicht aufgegangen; wäre der Aufprall tatsächlich heftig gewesen, hätten sich die Beteiligten in irgendeiner Form verletzen müssen; die Vorinstanz hätte schliesslich berücksichtigen müssen, welche Geschwindigkeit durch das Bremsen vor dem Aufprall "vernichtet" worden sei.
Bei diesen neuen Vorbringen handelt es sich um Tatsachen, die bereits anlässlich des vorinstanzlichen Entscheides bekannt waren. Der Beschwerdeführer hat sie im kantonalen Verfahren nicht vorgebracht, sondern führt sie erstmals in seiner Beschwerde ans Bundesgericht auf. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen aber nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Dies ist vorliegend nicht der Fall und deshalb ist die Rüge gemäss <ref-law> unzulässig. Im Übrigen wäre gerade der Umstand, dass der Beschwerdeführer unmittelbar vor dem Aufprall noch die Bremsen betätigte, nicht weiter entscheidwesentlich.
1.4 Weiter führt der Beschwerdeführer aus, die Behauptung der Vorinstanz, die Ampel sei bereits während mindestens zwei Sekunden bzw. während mehreren Sekunden auf rot gewesen, bevor es zum Aufprall gekommen sei, sei willkürlich.
Die Vorinstanz schliesst aus dem Umstand, dass es dem LKW-Fahrer möglich gewesen war, bei grün zu starten und mit ca. 10 km/h linksabbiegend bis vor die Spur des Beschwerdeführers zu fahren, die Ampel sei während mindestens zwei Sekunden bzw. während mehreren Sekunden auf rot gewesen. Wenn der Beschwerdeführer den Haltebalken unmittelbar nach dem Umschalten der Ampel von gelb auf rot passiert hätte, dann hätte der LKW-Fahrer die Kollisionsstelle noch nicht erreicht.
Diese Schlussfolgerung ist ohne weiteres haltbar und logisch hergeleitet und die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung deshalb unbegründet.
2. Der Beschwerdeführer macht in zweiter Linie geltend, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Sie sei davon ausgegangen, dass die Gelbphase im ganzen Stadtgebiet gerichtsnotorisch mindestens drei Sekunden betrage. Die Ampel sei mindestens zwei bzw. mehrere Sekunden auf rot gestanden, bevor sie von ihm überfahren worden sei. Diese beiden Sachverhaltsbehauptungen seien neu und in den Verfahren, die vorher stattgefunden hätten, nicht vorgebracht worden. Er habe sich zu diesen neuen Behauptungen ("nova") nicht äussern können und ihm sei dadurch eine Verteidigungsmöglichkeit genommen worden.
2.1 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148 mit Hinweis).
2.2 Gegen den Beschwerdeführer wurde ein Verfahren wegen Missachtung eines Rotlichtes geführt. Dies erfordert eine Gesamtbeurteilung der Situation durch das urteilende Gericht. Es ist offensichtlich, dass dabei durch das Gericht auch die Frage zu berücksichtigen ist, wie lange die Ampel bereits auf rot gestanden hatte, als der Beschwerdeführer den Haltebalken überquerte. Diese Frage wurde zudem bereits im erstinstanzlichen Urteil abgehandelt: Der erstinstanzliche Richter kam in seinem Entscheid vom 11. April 2007 zum Ergebnis, dass die Ampel mindestens 1 - 2 Sekunden auf rot gestanden ist, als der Verzeigte den Haltebalken überquert hat. Dass ein Verfahren wegen Missachtung eines Rotlichts ebenfalls die Frage nach der Gelbphase umfasst, ist offenkundig und die Überlegungen der Vorinstanz zur Gelb- und Rotphase stellte deshalb für den Beschwerdeführer keine Überraschung dar. Überdies ist es allgemein bekannt, dass bei Lichtsignalen, welche die Verkehrsteilnehmer zum Stoppen auffordern, vor dem Rotlicht eine Gelbphase geschaltet ist. Der der Beurteilung zugrunde liegende Sachverhalt wurde durch die Vorinstanz nicht ausgedehnt und die Rüge der Gehörsverletzung ist damit unbegründet.
3. Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, ihm könne keine grobe Fahrlässigkeit im Sinne von <ref-law> vorgeworfen werden. Dass der diesbezügliche objektive Tatbestand vorliegend erfüllt ist, wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten.
3.1 Nach <ref-law> wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer durch grobe Verletzung der Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt. Der Tatbestand ist nach der Rechtsprechung objektiv erfüllt, wenn der Täter eine wichtige Verkehrsvorschrift in objektiv schwerer Weise missachtet und die Verkehrssicherheit ernstlich gefährdet (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136 mit Hinweisen).
3.2 Subjektiv erfordert der Tatbestand von <ref-law> nach der Rechtsprechung ein rücksichtsloses oder sonst schwerwiegend verkehrswidriges Verhalten, d.h. ein schweres Verschulden, bei fahrlässigem Handeln mindestens grobe Fahrlässigkeit. Diese ist zu bejahen, wenn der Täter sich der allgemeinen Gefährlichkeit seiner verkehrswidrigen Fahrweise bewusst ist. Grobe Fahrlässigkeit kann aber auch vorliegen, wenn der Täter die Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer pflichtwidrig gar nicht in Betracht gezogen, also unbewusst fahrlässig gehandelt hat. In solchen Fällen ist grobe Fahrlässigkeit zu bejahen, wenn das Nichtbedenken der Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer auf Rücksichtslosigkeit beruht. Rücksichtslos ist unter anderem ein bedenkenloses Verhalten gegenüber fremden Rechtsgütern. Dieses kann auch in einem blossen (momentanen) Nichtbedenken der Gefährdung fremder Interessen bestehen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136 mit Hinweisen). Je schwerer dabei die Verkehrsregelverletzung objektiv wiegt, desto eher wird Rücksichtslosigkeit subjektiv zu bejahen sein, sofern keine besonderen Gegenindizien vorliegen (Urteil 6B_193/2008 vom 7. August 2008 E. 2.1).
Das Beachten von Lichtsignalanlagen bei Strassenverzweigungen gehört zu den elementarsten Pflichten, die ein Fahrzeuglenker zu befolgen hat. Der Umstand, dass ein Verkehrsteilnehmer die Situation falsch einschätzt, ist für sich allein nicht ausreichend, um in seinem Fehlverhalten lediglich eine leichte Fahrlässigkeit zu erblicken, sofern die objektiven Merkmale der groben Fahrlässigkeit gegeben sind. Eine Vielzahl von Fällen unbewusster Fahrlässigkeit, namentlich bei Verkehrsregelverstössen, beruht gerade darauf, dass der Handelnde während einer gewissen Zeitspanne unaufmerksam ist bzw. die Situation und seine Fähigkeiten falsch einschätzt. Dass der fehlbare Verkehrsteilnehmer die erhöhte Gefahr oder die aufgrund der Umstände gebotene Verhaltensalternative nicht bedacht hat, ist typisch für die unbewusste Fahrlässigkeit und schliesst den Schuldvorwurf rücksichtslosen Verhaltens und damit grober Fahrlässigkeit nicht von vorneherein aus. Vielmehr müssten weitere, in der Person des Fahrzeuglenkers liegende besondere Umstände hinzukommen, die den Grund des momentanen Versagens erkennen und in einem milderen Licht erscheinen liessen (<ref-ruling> E. 4c S. 94; <ref-ruling> E. 2b S. 87).
3.3 Die Nichtbeachtung eines roten Lichtsignals wiegt objektiv schwer. Wie die Vorinstanz korrekt ausführt, entbindet eine schwierige Verkehrsführung, wie der Beschwerdeführer sie geltend macht, nicht von der Pflicht zur Beachtung einer Ampelanlage. Aus der Tatsache, dass der Beschwerdeführer vorliegend im Gegensatz zu den BGE <ref-ruling> und <ref-ruling> zugrunde liegenden Sachverhalten die Gelbphase und den anschliessenden Wechsel zum Rotlicht nicht einmal bemerkte, kann nichts zu seinen Gunsten abgeleitet werden. Dies zeugt im Gegenteil von einem besonderen Mass an Unaufmerksamkeit, da die Lichtsignalanlage von weitem sichtbar war und der Beschwerdeführer somit längere Zeit Gelegenheit gehabt hätte, diese wahrzunehmen. Der Beschwerdeführer war zudem ortsunkundig und wie er selbst schildert insbesondere durch die Spurenführung verwirrt. Er fuhr trotzdem auf nasser Strasse und mit Bremsen, die er an seinem Fahrzeug bei Nässe als "schwammig" bezeichnet, mit einer Geschwindigkeit von 45 - 50 km/h auf das Verzweigungsgebiet zu und bemerkte vor dem Passieren des Haltebalkens mit späterer Kollisionsfolge nicht, dass die Ampel auf rot stand. Dies stellt eine grobe Unaufmerksamkeit dar. Es sind keine in der handelnden Person liegende mildernde Umstände erkennbar, die den Grund des Versagens erkennen und in einem milderen Licht erscheinen lassen würden.
Im Übrigen bestreitet der Beschwerdeführer den Vorwurf gestützt auf seine eigene Darstellung des Sachverhaltes, was unzulässig ist.
Die Vorinstanz verletzte demzufolge kein Bundesrecht, als sie den Beschwerdeführer der groben Verletzung von Verkehrsregeln gemäss <ref-law> schuldig sprach.
4. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten vollumfänglich dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz