Sachverhalt:
A. I._ arbeitete vom 1. August 1997 bis ... 2001, seine Ehefrau S._ vom ... bis 2001 bei der B._ AG (seit 23. Dezember 2004: A._ AG). Diese war für die Durchführung der beruflichen Vorsorge ihrer Angestellten bis 31. Dezember 2000 der Pensionskasse C._ angeschlossen. Am 9. September 2002 erhoben I._ und S._ Klage gegen diese Vorsorgeeinrichtung mit dem Rechtsbegehren, es sei ihnen "eine Freizügigkeitsleistung unter Einbezug der Bonus-Zahlungen an den versicherten Verdienst auszurichten", in deren Genuss sie während der ganzen Dauer des Arbeitsverhältnisses gekommen seien. Mit Entscheid vom 11. März 2004 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Klage in dem Sinne gut, dass es die Beklagte verpflichtete, den Klägern eine Austrittsleistung unter Einbezug der ihnen von der B._ AG bis Ende 2000 ausgerichteten Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen auszurichten. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Pensionskasse C._ hob das Eidg. Versicherungsgericht den angefochtenen Entscheid mangels Passivlegitimation der Pensionskasse C._ auf (Urteil B 45/04 vom 9. November 2004).
B. B.a Am 1. März 2005 reichten I._ und S._ Klage gegen die A._ AG ein mit dem Rechtsbegehren, diese sei zu verpflichten, die ihnen ausgerichteten Bonuszahlungen nachträglich zu versichern und die entsprechenden Beiträge an die Pensionskasse zu bezahlen. Mit Entscheid vom 10. August 2006 hiess das Sozialversicherungsgericht Kantons Zürich die Klage in dem Sinne gut, dass es die Beklagte verpflichtete, die den Klägern bis Ende 2000 ausgerichteten Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen der Vorsorgeeinrichtung als zu versichernden Verdienst zu melden. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde der A._ AG hob das Eidg. Versicherungsgericht den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit dieses im Sinne der Erwägungen über die Klage neu entscheide (Urteil B 120/06 vom 10. März 2008).
B.b Nach erfolglosen Bemühungen um einen Vergleich und nach Beiladung zum Verfahren der Pensionskasse C._, welche einen Vorschlag zur Berechnung der nachzuzahlenden Beiträge auf den Bonuszahlungen machte, hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 11. Dezember 2009 die Klage gut und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger Fr. 77'409.15 und der Klägerin Fr. 33'217.- (jeweils inklusive Zins bis 31. Dezember 2009) zuzüglich Zins ab 1. Januar 2009 im Sinne der Erwägungen zu bezahlen.
C. Die A._ AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 11. Dezember 2009 sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese habe die Umsetzung des bundesgerichtlichen Urteils vom 10. März 2008 erneut vorzunehmen, wobei die Beiträge von der Ermittlung der Vorsorgeleistungen strikte zu trennen und die Berechnungen durch einen eidg. dipl. Pensionsversicherungsexperten der Beigeladenen durchzuführen seien.
I._ und S._ lassen die Abweisung der Beschwerde beantragen. Das kantonale Sozialversicherungsgericht, die Pensionskasse C._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>). Ein blosser Antrag auf Rückweisung ist somit nur zulässig, wenn ohnehin nicht reformatorisch entschieden werden könnte (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383). Bei Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird ein (an sich unzulässiger) reiner Rückweisungsantrag als reformatorisches Begehren interpretiert, wenn sich aus der Begründung hinreichende Elemente dazu finden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135). Die Beschwerdeführerin beantragt die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung (erneute Umsetzung des Urteils B 120/06 vom 10. März 2008). Dieses Begehren ist zulässig, da die Sache nicht spruchreif ist.
2. Im Urteil B 120/06 vom 10. März 2008 (publiziert in: SVR 2008 BVG Nr. 15 S. 52) hat das Bundesgericht dargelegt, um was es in diesem Prozess geht: Quantitativ richtige Festsetzung des versicherten Lohnes unter Einbezug der Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen für die Jahre 1997-2000 und dessen Meldung an die Vorsorgeeinrichtung sowie die Bezahlung der von der Arbeitgeberin gemäss Art. 66 Abs. 2 BVG noch geschuldeten Beiträge, soweit nicht verjährt (E. 3.2 und 3.3 sowie Dispositiv-Ziffer 1). Die vorinstanzlich festgestellte Höhe der Boni und die Auszahlungsdaten sind unbestritten.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, im Leistungsprimat führe die Erhöhung des versicherten Lohnes zu einer höheren Austrittsleistung und damit zu einem höheren Barwert der Rente. Im Urteil B 120/06 vom 10. März 2008 werde nicht gesagt, wie der nachträgliche Einbau der Bonuszahlungen vonstatten gehen soll. Der Entscheid sei so umzusetzen, dass unter den zu ermittelnden "Beiträgen" die Differenz der alten zur neuen Austrittsleistung resp. zwischen dem neuen und dem alten Barwert der Rente unter Verrechnung der Arbeitnehmerbeiträge zu verstehen sei. Damit würden alle Ansprüche der Kläger (Arbeitgeberbeiträge und Vermögenserträge) abgegolten. Gestützt auf die Berechnung der beigeladenen Vorsorgeeinrichtung, welche die Boni als - durch Arbeitnehmer und Arbeitgeber gemeinsam einzukaufende - Lohnerhöhungen im Zeitpunkt der Auszahlung behandelte und vom so ermittelten neuen Barwert der Rente die bereits ausgerichtete Freizügigkeitsleistung abzog, hat die Vorinstanz einen von der Beklagten zu bezahlenden Betrag ohne Zins von Fr. 59'486.- (Kläger) und Fr. 5'526.- (Klägerin) festgestellt. Die Verjährungseinrede der beklagten Arbeitgeberin hat sie unter Hinweis auf <ref-ruling> abgewiesen. Danach verjährt der Anspruch auf Freizügigkeitsleistungen nicht, solange die Pflicht zur Erhaltung des Vorsorgeschutzes besteht.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt in grundsätzlicher Hinsicht richtig vor, dass Prozessthema die von ihr gemäss Art. 66 Abs. 1 und 2 BVG sowie Ziff. 22 und 23 der Statuten der beigeladenen Vorsorgeeinrichtung (Stand 1. Juli 1998) zusätzlich zu entrichtenden paritätischen Beiträge als Folge der als versicherter Lohnbestandteil zu qualifizierenden Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen ist (E. 2). Es geht somit nicht um die Höhe der neuen Austrittsleistung, woran nichts ändert, dass "auch" die Berechnungen der Parteien und der Beigeladenen "letztlich" auf deren Ermittlung abzielen. Wie die Vorinstanz selber festhält, sind in der Differenz zwischen der neuen und alten Austrittsleistung auch Vermögenserträge enthalten, welche nicht der Beschwerdeführerin zugeordnet werden können. Die (damalige) Arbeitgeberin kann ohnehin nicht Schuldnerin der Austrittsleistung sein und noch weniger zur Bezahlung einer solchen an die neue Vorsorgeeinrichtung der Beschwerdegegner oder allenfalls an diese direkt verpflichtet werden.
4. Die Beschwerdeführerin macht in Bezug auf alle vor dem 1. März 2000 fällig gewordenen Beiträge, welche als Folge der nachträglichen Qualifikation der Erfolgsbeteiligungs- und Bonauszahlungen als versicherter Verdienst nachzuzahlen seien, Verjährung geltend.
4. Die Beschwerdeführerin macht in Bezug auf alle vor dem 1. März 2000 fällig gewordenen Beiträge, welche als Folge der nachträglichen Qualifikation der Erfolgsbeteiligungs- und Bonauszahlungen als versicherter Verdienst nachzuzahlen seien, Verjährung geltend.
4.1 4.1.1 Nach Art. 41 Abs. 1 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung (heute: Art. 41 Abs. 2 BVG) verjähren Forderungen auf periodische Beiträge und Leistungen nach fünf, andere nach zehn Jahren; die Art. 129 bis 142 OR sind anwendbar. Die Verjährungsfrist beginnt mit der Fälligkeit der Forderung (<ref-law>). Eine Forderung ist fällig, wenn der Gläubiger sie verlangen kann und der Schuldner erfüllen muss (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 541; SVR 2008 BVG Nr. 14 S. 57, 9C_321/2007 E. 3.1). Bis zum Inkrafttreten der 1. BVG-Revision am 1. Januar 2005 bestimmte sich die Fälligkeit der vom Arbeitgeber zu entrichtenden Beiträge gemäss Art. 66 Abs. 2 BVG nach dem Anschlussvertrag oder dem Vorsorgereglement (Urteil 9C_618/2007 vom 28. Januar 2008 E. 1.1.1 und 1.1.2 mit Hinweisen). Gemäss Ziff. 22.2 der Statuten der Beigeladenen (Stand 1. Juli 1998) waren ihr die Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge monatlich zu überweisen.
4.1.2 Die Fälligkeit der Beiträge tritt unabhängig davon ein, ob die Vorsorgeeinrichtung (oder der Arbeitnehmer) von Forderung und Fälligkeit Kenntnis hat oder haben kann. Beruht die Unkenntnis etwa vom Bestand einer versicherungspflichtigen Anstellung auf einer unentschuldbaren Meldepflichtverletzung des Arbeitgebers, wird die Fälligkeit der Beitragsforderungen jedoch bis zur (anrechenbaren) Kenntnisnahme aufgeschoben (<ref-ruling> E. 4.1 und 4.2 S. 78 ff.). Ein solcher Tatbestand liegt hier nicht vor. Der Nichteinbezug der Boni in den versicherten Lohn beruhte auf einer in guten Treuen vertretbaren, nachträglich als unzutreffend qualifizierten Rechtsauffassung.
4.2 Die am Recht stehenden Beschwerdegegner hatten am 9. September 2002 u.a. gegen die Beigeladene Klage erhoben und beantragt, es sei ihnen "eine Freizügigkeitsleistung unter Einbezug der Bonus-Zahlungen an den versicherten Verdienst auszurichten", in deren Genuss sie während der ganzen Dauer ihrer Arbeitsverhältnisse gekommen seien. Im Urteil B 45/04 vom 9. November 2004 stellte das Eidg. Versicherungsgericht fest, nach dem wirklichen rechtlichen Gehalt ihres vorinstanzlichen Rechtsbegehrens, worauf es ankomme (SVR 2004 IV Nr. 25 S. 75, I 138/02 E. 3.2.1 [nicht publ. in: <ref-ruling>]), machten die Kläger nichts anderes geltend, als dass ihre frühere Arbeitgeberin Art. 66 Abs. 3 BVG verletzt habe, indem sie nicht über die ihnen ausgerichteten Boni abgerechnet habe. Es verneinte daher unter Hinweis auf die zwischenzeitlich mit Urteil B 69/01 vom 14. Mai 2003 (publ. in: <ref-ruling>) präzisierte - praxisgemäss auf alle anhängigen, noch nicht rechtskräftig beurteilten Klagefälle und Beschwerdesachen anzuwendende - Rechtsprechung (vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 26) die Passivlegitimation der Beklagten. Diese komme ausschliesslich der (früheren) Arbeitgeberin zu, ungeachtet, ob die Auflösung des Arbeitsverhältnisses eine Versicherungs- oder eine Austrittsleistung nach sich ziehe. Weiter hielt das Eidg. Versicherungsgericht fest, es stehe den Klägern frei, gegebenenfalls nach Abschluss des Verfahrens die für ihr Begehren einzig passivlegitimierte frühere Arbeitgeberin ins Recht zu fassen, ohne dass (bezogen auf den Zeitpunkt der Klageeinreichung am 9. September 2002) für ihre Ansprüche die Verjährung eingetreten wäre. Somit hat die Verjährungsfrist für alle nach dem 9. September 1997 fällig gewordenen Beitragsforderungen im Zusammenhang mit den Erfolgsbeteiligungs- und Bonuszahlungen als gewahrt zu gelten. Dies trifft bei allen 1998-2000 jeweils im September erfolgten Zahlungen zu. Einzig die Beiträge auf dem im April 1997 an die Beschwerdegegnerin ausgerichteten Bonus, welche spätestens im Mai 1997 fällig geworden waren (E. 4.1.1), sind verjährt.
5. 5.1 Die beigeladene Vorsorgeeinrichtung wird nach dem Leistungsprimat finanziert (Ziff. 18.2 Statuten). Die Versicherten leisten Beiträge auf dem versicherten Lohn, der Arbeitgeber einen kollektiven Beitrag von 165 Prozent der Summe aller Versichertenbeiträge. Für individuelle Erhöhungen des versicherten Lohnes haben der oder die Versicherte und der Arbeitgeber eine einmalige Nachzahlung in bestimmter Höhe zu leisten (Ziff. 22.2 und 23 Statuten).
Der versicherte Lohn entspricht dem Jahreslohn, vermindert um den Koordinationsabzug (zur Berücksichtigung der Leistungen der Eidg. AHV/IV), höchstens dem von der Verwaltungskommission festgelegten maximalen versicherten Lohn (Ziff. 3.5 Statuten). Der Jahreslohn entspricht grundsätzlich dem voraussichtlichen AHV-beitragspflichtigen Jahreslohn beim Eintritt bzw. am 1. Januar. Lohnbestandteile, die nur gelegentlich anfallen, werden nicht angerechnet. In besonderen Fällen legt die Verwaltungskommission die Bestimmung des Jahreslohnes fest (Ziff. 3.4 Statuten).
Der versicherte Lohn entspricht dem Jahreslohn, vermindert um den Koordinationsabzug (zur Berücksichtigung der Leistungen der Eidg. AHV/IV), höchstens dem von der Verwaltungskommission festgelegten maximalen versicherten Lohn (Ziff. 3.5 Statuten). Der Jahreslohn entspricht grundsätzlich dem voraussichtlichen AHV-beitragspflichtigen Jahreslohn beim Eintritt bzw. am 1. Januar. Lohnbestandteile, die nur gelegentlich anfallen, werden nicht angerechnet. In besonderen Fällen legt die Verwaltungskommission die Bestimmung des Jahreslohnes fest (Ziff. 3.4 Statuten).
5.2 5.2.1 Bei den in den Jahren 1998-2000 jeweils im September ausbezahlten Boni für das Ende Juni abgelaufene Geschäftsjahr handelt es sich nicht um nur gelegentlich angefallene Lohnbestandteile, sondern um anrechenbaren versicherten Lohn, wie das Bundesgericht im Urteil B 120/06 vom 10. März 2008 verbindlich entschieden hat. Sie sind als individuelle Lohnerhöhungen im Sinne von Ziff. 23 der Statuten zu betrachten. Da die Bonuszahlungen - im Unterschied zu den ordentlichen Lohnerhöhungen auf Beginn eines neuen Geschäftsjahres - Lohn für das abgelaufene Geschäftsjahr darstellen, sind sie ab dessen Beginn am 1. Juli des vorigen Jahres resp. ab dem folgenden 1. Januar zu berücksichtigen. In diesem Zeitpunkt gelten sie als voraussichtlicher AHV-beitragspflichtiger Jahreslohnbestandteil.
5.2.2 Der im September 1998 ausgerichtete Bonus für das Geschäftsjahr 1997/98 ist somit ab 1. Juli 1997 resp. 1. Januar 1998 in den versicherten Lohn einzubeziehen. Da der Beschwerdegegner am 1. August 1997 in die Vorsorgeeinrichtung eintrat, ist daher der Bonus in diesem Zeitpunkt zu berücksichtigen, wie die Beschwerdeführerin richtig vorbringt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz werden damit nicht nachträglich ohne reglementarische Grundlage die Einkaufsbedingungen einseitig zu Lasten des Arbeitnehmers verändert. Vielmehr lässt das Konzept, wonach der versicherte Lohn dem voraussichtlichen AHV-beitragspflichtigen Jahreslohn beim Eintritt bzw. am 1. Januar entspricht (Ziff. 3.4 und 3.5 Statuten), keine andere Lösung zu. Würden nämlich die Boni bei Beginn des Geschäftsjahres nicht als voraussichtlicher Lohnbestandteil betrachtet, weil nicht hinreichend klar ist, ob solche zur Ausrichtung gelangen und in welcher Höhe, könnten sie aus demselben Grund auch in jedem späteren Zeitpunkt nicht berücksichtigt werden. Dass die Statuten eine Beteiligung des Arbeitgebers an einem Einkauf nicht vorsehen, gibt zu keiner anderen Betrachtungsweise Anlass. Bei der Beschwerdegegnerin hingegen ist die Bonuszahlung von September 1997 zum voraussichtlichen Lohn am 1. Januar 1998 und damit zum versicherten Lohn für dieses Jahr zu zählen. Die Boni von September 1999 und 2000 bilden bei beiden Beschwerdegegnern Bestandteil des versicherten Lohnes 1999 resp. 2000.
5.2.2 Der im September 1998 ausgerichtete Bonus für das Geschäftsjahr 1997/98 ist somit ab 1. Juli 1997 resp. 1. Januar 1998 in den versicherten Lohn einzubeziehen. Da der Beschwerdegegner am 1. August 1997 in die Vorsorgeeinrichtung eintrat, ist daher der Bonus in diesem Zeitpunkt zu berücksichtigen, wie die Beschwerdeführerin richtig vorbringt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz werden damit nicht nachträglich ohne reglementarische Grundlage die Einkaufsbedingungen einseitig zu Lasten des Arbeitnehmers verändert. Vielmehr lässt das Konzept, wonach der versicherte Lohn dem voraussichtlichen AHV-beitragspflichtigen Jahreslohn beim Eintritt bzw. am 1. Januar entspricht (Ziff. 3.4 und 3.5 Statuten), keine andere Lösung zu. Würden nämlich die Boni bei Beginn des Geschäftsjahres nicht als voraussichtlicher Lohnbestandteil betrachtet, weil nicht hinreichend klar ist, ob solche zur Ausrichtung gelangen und in welcher Höhe, könnten sie aus demselben Grund auch in jedem späteren Zeitpunkt nicht berücksichtigt werden. Dass die Statuten eine Beteiligung des Arbeitgebers an einem Einkauf nicht vorsehen, gibt zu keiner anderen Betrachtungsweise Anlass. Bei der Beschwerdegegnerin hingegen ist die Bonuszahlung von September 1997 zum voraussichtlichen Lohn am 1. Januar 1998 und damit zum versicherten Lohn für dieses Jahr zu zählen. Die Boni von September 1999 und 2000 bilden bei beiden Beschwerdegegnern Bestandteil des versicherten Lohnes 1999 resp. 2000.
5.3 5.3.1 Der Jahreslohn gemäss Ziff. 3.4 der Statuten berechnet sich wie folgt:
- Beschwerdegegner:
1. August 1997 bis 31. Dezember 1998:
Lohn Geschäftsjahr 1997/98 + Bonus 1998.
1. Januar bis 31. Dezember 1999:
Lohn Geschäftsjahr 1998/99 + (Bonus 1999 - Bonus 1998).
1. Januar bis 31. Dezember 2000:
Lohn Geschäftsjahr 1999/2000 + (Bonus 2000 - [Bonus 1999 - Bonus 1998]).
- Beschwerdegegnerin:
1. Januar bis 31. Dezember 1998:
Lohn Geschäftsjahr 1997/98 + Bonus 1998.
1. Januar bis 31. Dezember 1999:
Lohn Geschäftsjahr 1998/99 + (Bonus 1999 - Bonus 1998).
1. Januar bis 31. Dezember 2000:
Lohn Geschäftsjahr 1999/2000 + (Bonus 2000 - [Bonus 1999 - Bonus 1998]).
Zur Bestimmung des versicherten Lohnes ist der Jahreslohn um den jeweiligen Koordinationsabzug zu vermindern. Er darf nicht höher sein als der maximale versicherte Lohn (Ziff. 3.5 Statuten).
Die von der Beschwerdeführerin zu entrichtenden Beiträge bestehen aus dem ordentlichen Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeitrag (Ziff. 22.2 Statuten) sowie den Nachzahlungen für die Lohnerhöhungen (Ziff. 23 Statuten). Dabei stellt der Bonus 1998 beim Beschwerdegegner keine Lohnerhöhung im Sinne dieser Bestimmung dar (vorne E. 5.2.2). Dieser ist bei der neuen Eintrittsberechnung zu berücksichtigen.
5.3.2 Von den so ermittelten, von der Beschwerdeführerin insgesamt geschuldeten Beiträgen sind die bereits bezahlten Beiträge abzuziehen und der Differenzbetrag, zuzüglich eines Verzugszinses von 5 % bei Fehlen einer anders lautenden (anschluss-)vertraglichen Regelung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4 S. 29; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts B 106/03 vom 26. August 2004 E. 4.2) ab 1. September 2002 (vorne E. 4.2; <ref-law>; Art. 66 Abs. 2 BVG), an die Beigeladene zu überweisen. Diese wird das Deckungskapital zum 31. Dezember 2000 neu berechnen und den Mehrbetrag, allenfalls unter Verrechnung der nicht vom Lohn abgezogenen Arbeitnehmerbeiträge (<ref-ruling> E. 4 in fine S. 29) an die Vorsorgeeinrichtung, welcher die Beschwerdeführerin seit 1. Januar 2001 angeschlossen war, weitergeben.
Im vorstehenden Sinne wird die Vorinstanz die streitigen Beiträge neu festzusetzen haben. Die Beschwerde ist begründet.
6. Die Beschwerdeführerin rügt, die vorinstanzlich zugesprochene Prozessentschädigung von Fr. 10'000.- an die Kläger sei willkürlich hoch. Darauf ist nicht einzutreten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 647; Urteil 9C_117/2010 vom 23. Juli 2010).
7. Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>; Urteil 9C_772/2009 vom 12. Januar 2010 E. 5 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 11. Dezember 2009 wird aufgehoben und die Sache an dieses zurückgewiesen, damit es im Sinne von E. 5.3 die streitigen Beiträge neu festsetze.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden den Beschwerdegegnern auferlegt.
3. Es werden für das bundesgerichtliche Verfahren keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Pensionskasse C._, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Mai 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler