Sachverhalt:
A. Im Juni 1999 ersuchte der Kanton Zürich als damaliger Flughafenhalter die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, um Eröffnung formeller Enteignungsverfahren zur Beurteilung der eingegangenen Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen. Diese Forderungen betreffen unter anderem zahlreiche Grundstücke in Opfikon-Glattbrugg, die im Bereich der Abflugschneise der Piste 16 liegen. Am 25. Mai 2001 wurde die unique zurich airport Flughafen Zürich AG (im Folgenden: Flughafen Zürich AG) als neue Flughafenhalterin auf ihr Gesuch hin unter Zuerkennung der Parteistellung zum Verfahren beigeladen.
Der Kanton Zürich und die Flughafen Zürich AG erhoben als Flughafenhalter und Enteigner in den Fällen von Opfikon-Glattbrugg die Einrede der Verjährung und verlangten, dass über diese in einem Teilentscheid befunden werde. Die Verjährungseinrede wurde vom Präsidenten der Schätzungskommission am 11. Juni 2003 abgewiesen. Das Bundesgericht wies die hierauf von den Enteignern ergriffene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 27. Juni 2004 ab (<ref-ruling>).
In der Folge bestimmten die Parteien und der Präsident der Schätzungskommission 18 Verfahren, die als sog. Pilotfälle vorweg behandelt werden sollten. Zu diesen gehört das Verfahren um die Mehrfamilienhaus-Parzelle Kat.-Nr. 3285 (GBBl. 1921 Opfikon), Oberhauserstrasse 10, von X._.
B. Die Einigungsverhandlungen in den 18 ausgewählten Verfahren verliefen im November 2005 erfolglos. Nach Durchführung eines weiteren Schriftenwechsels wurde die Schätzungsverhandlung auf den 6. April 2006 angesetzt. An dieser forderte die Grundeigentümerin eine Minderwertsentschädigung von Fr. 889'000.-- (entsprechend 35 % des Verkehrswertes ihrer Liegenschaft) nebst Zins seit 30. September 1996 gemäss den vom Bundesgericht festgelegten Ansätzen. Die Enteigner beantragten, die Entschädigungsforderung abzuweisen; allenfalls sei der Grundeigentümerin - unter bestimmten Vorbehalten und Auflagen - eine geringere als die verlangte Minderwertsentschädigung zuzusprechen.
Mit Entscheid vom 14. November 2006 wies die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, das Entschädigungsbegehren der Grundeigentümerin ab. Die Verfahrenskosten wurden den Enteignern auferlegt und diese zudem verpflichtet, der Grundeigentümerin eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
C. X._ hat beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und verlangt, dass ihr eine Entschädigung für die Entwertung ihrer Liegenschaft in Höhe von Fr. 889'000.-- zuzusprechen sei. Es sei davon Vormerk zu nehmen, dass die Enteigner die Verpflichtung anerkannt hätten, im Rahmen ihres Schallschutzprogramms den Betrag von Fr. 78'171.-- zurückzuerstatten. Die Entschädigung sei als einmalige Zahlung zu leisten und ab dem dies aestimandi zu verzinsen. In prozessualer Hinsicht beantragt die Beschwerdeführerin, es sei ein zweiter Schriftenwechsel, ein Augenschein durch eine Delegation des Bundesgerichts und eventualiter eine mündliche Verhandlung durchzuführen. Ausserdem habe die Oberschätzungskommission den Minderwert der Liegenschaften zu schätzen.
Die Enteigner beantragen Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Falls der Grundeigentümerin eine Entschädigung zugesprochen werden sollte, seien jedenfalls gewisse Abzüge vorzunehmen. Die Entschädigungszahlung sei im Grundbuch einzutragen.
Die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, hat Antrag auf Abweisung der Beschwerde gestellt und auf weitere Bemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, ist im Jahr 2006 ergangen. Das Rechtsmittelverfahren bestimmt sich daher noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; vgl. Art. 132 des Bundesgesetzes über das Bundesgericht, AS 2006 S. 1205).
2. Wie bereits erwähnt (Sachverhalt lit. A), sind von zahlreichen Eigentümern von Grundstücken in der Gemeinde Opfikon-Glattbrugg Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen erhoben worden (vgl. auch <ref-ruling> Sachverhalt S. 398). Im Einvernehmen mit den Parteien hat daher die Schätzungskommission 18 Verfahren ausgewählt, um wegweisende Entscheide zu fällen, welche (nach altem Verfahrensrecht) allenfalls direkt dem Bundesgericht unterbreitet werden könnten. In diesen 18 Fällen geht es um Liegenschaften unterschiedlicher Natur, so um Einfamilienhäuser, Mehrfamilienhäuser, Geschäftshäuser, öffentliche Gebäude, landwirtschaftliche Bauten und unüberbauten Boden. In all den Verfahren sind aber vor Bundesgericht prinzipielle Rechtsfragen aufgeworfen worden, von denen - unabhängig von den besonderen Eigenschaften der einzelnen Grundstücke - die Anerkennung der Entschädigungspflicht überhaupt oder das Vorgehen bei der Entschädigungsfestsetzung abhängt. Das Bundesgericht hat über den Grossteil dieser Fragen im Leitentscheid vom 8. Februar 2008 befunden. Soweit die dort angestellten Überlegungen hier nur zusammengefasst wiedergegeben werden, kann auf jenes Urteil verwiesen werden (1E.15/2007, 1E.16/2007; zur Publikation bestimmt).
3. Die Parteien stellen verschiedene Beweisanträge und ersuchen insbesondere um Befragung von Experten oder um Beizug zusätzlicher Fachberichte wie auch um Vornahme eines Augenscheins. Solche weiteren Instruktionsmassnahmen sind jedoch, wie sich aus dem Folgenden ergibt, nicht erforderlich.
4. Wie in den übrigen Fällen ist hier zunächst umstritten, ob die Liegenschaft der Beschwerdeführerin durch direkte Überflüge betroffen werde und sich schon aus dieser Eigentumsverletzung ein Entschädigungsanspruch ergebe. Die Schätzungskommission hat einen solchen Anspruch für die Starts ab Piste 16 verneint, da - wie das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3.2 dargelegt habe - die Abflüge nicht zu den gleichen Einwirkungen wie die Landeanflüge führten. Die Enteigner räumen vereinzelte Überflüge durch startende Flugzeuge unter der Höhe von 150 m ein, die jedoch zu selten seien, um eine Entschädigungspflicht auszulösen. Ausserdem wäre ein allfälliger Entschädigungsanspruch für Überflüge von startenden Maschinen verjährt. Die Beschwerdeführerin bringt vor, eine Entschädigung sei schon dann geschuldet, wenn ein Grundstück nur gelegentlich oder sogar bloss einmal überflogen werde, wobei auch nahe seitliche Vorbeiflüge mit in Betracht zu ziehen seien. Sie bestreitet ausserdem, dass die von der Flughafenhalterin vorgelegten Aufzeichnungen der Flugspuren repräsentativ und zuverlässig seien.
4.1 Das Bundesgericht spricht vom enteignungsrechtlich relevanten "eigentlichen Überflug" (Überflug stricto sensu), wenn die Flugzeuge derart tief unmittelbar über ein Grundstück fliegen, dass der nach <ref-law> dem Grundeigentum zuzurechnende Luftraum verletzt wird (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 332; <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 8 S. 494; <ref-ruling> E. 5d S. 557; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3 S. 145). Geht es somit um ein direktes Eindringen in das Grundeigentum und nicht um eine im Sinne von <ref-law> mit übermässigen Einwirkungen verbundene Nutzung eines Nachbargrundstücks, so spielen die in der Rechtsprechung für diesen Fall aufgestellten Voraussetzungen der Unvorhersehbarkeit und der Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des Schadens keine Rolle. Ein enteignungsrechtlicher Entschädigungsanspruch für Überflug erwächst dem Grundeigentümer indes nur dann, wenn die Flugzeuge tatsächlich in die Luftsäule über seinem Grundstück eindringen und dies in einer derart geringen Höhe, dass seine schutzwürdigen Interessen an der ungestörten Nutzung seines Eigentums betroffen werden. Zudem wird in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine gewisse Regelmässigkeit solchen Eindringens in den zum Grundeigentum gehörenden Luftraum verlangt ("passage régulier" vgl. BGE <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355 und <ref-ruling> E. 2.2 S. 75). Nur vereinzelte Überflüge ("atteinte trop occasionnelle" vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 151) lassen keinen enteignungsrechtlichen Entschädigungsanspruch entstehen.
4.2 Gemäss bundesgerichtlicher Praxis kann somit nur von einem eigentlichen Überflug die Rede sein, wenn ein Flugzeug ganz oder teilweise (etwa mit einem Flügel) in die Luftsäule über dem fraglichen Grundstück eindringt. Bei seitlichen Vorbeiflügen - so beeindruckend diese auch sein mögen - wird das Grundeigentum nicht berührt und sind die Einwirkungen nur unter dem Gesichtswinkel einer Nachbarrechtsverletzung zu prüfen.
Der Auffassung der Beschwerdeführerin, wonach die Häufigkeit der Ausübung einer Dienstbarkeitsberechtigung für die Entschädigungspflicht zivilrechtlich nicht massgeblich sei und eine solche auch hier schon bei einem einzigen Durchflug entstehe, ist ebenfalls nicht zu folgen. Wohl hat das Bundesgericht die Inanspruchnahme des zum Grundeigentum gehörenden Luftraums beim eigentlichen Überflug mit der Belastung durch ein Durch- oder Überflugsservitut verglichen (vgl. etwa BGE <ref-ruling> E. 2.8 S. 80 "assimiler en quelque sorte"). Es ist jedoch immer klargestellt worden, dass dieser Eingriff in das Grundeigentum - da er durch ein mit dem Enteignungsrecht ausgestattetes Unternehmen erfolgt - nicht zivilrechtliche, sondern enteignungsrechtliche Folgen habe. So fallen die im ZGB dem Grundeigentümer oder dem Nachbarn zur Verfügung gestellten Abwehrrechte dahin und richtet sich auch der Entschädigungsanspruch nach den enteignungsrechtlichen und nicht nach den zivilrechtlichen Regeln. Der Hinweis der Beschwerdeführerin auf die zivilrechtlichen Prinzipien über die Ausübung und Abgeltung von Dienstbarkeiten geht demnach an der Sache vorbei.
4.3 Die Enteigner ersuchen das Bundesgericht, die kritische Flughöhe für den eigentlichen Überflug ein für allemal zu bestimmen.
Nach <ref-law> erstreckt sich das Eigentum an Grund und Boden nach oben und unten auf den Luftraum und das Erdreich, soweit für die Ausübung des Eigentums ein Interesse besteht. Wie gross diese räumliche Ausdehnung ist, lässt sich nicht in allgemein gültiger Weise festlegen, sondern bestimmt sich von Fall zu Fall nach den konkreten Umständen und dem schutzwürdigen Interesse des Eigentümers, diesen Raum selbst zu nutzen oder zu beherrschen und das Eindringen anderer abzuwehren. Das Bundesgericht hat es daher - in der zivilrechtlichen und in der enteignungsrechtlichen Praxis - stets abgelehnt, generell zu bestimmen, auf welcher Höhe ein Flugzeug in die Interessenssphäre der Grundeigentümer und damit in das Grundeigentum selbst eindringe. Dies hange von der Nutzung und Lage der konkret betroffenen Liegenschaft, aber auch von der Art und Grösse der Flugzeuge und den entsprechenden Auswirkungen des Überflugs ab (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 146, E. 3.2.2 und 3.2.3 S. 150 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 76; <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355; <ref-ruling> E. 2 S. 89 f., je mit Hinweisen). Indessen lässt sich aufgrund der bereits ergangenen Entscheide die kritische Höhe des Überflugs über Wohngebieten etwas eingrenzen. Eigentliche Überflüge sind bei landenden Grossraumflugzeugen bejaht worden, welche Wohnliegenschaften in der Höhe von 125 m oder darunter überqueren (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 147 mit Hinweisen). Dagegen ist festgestellt worden, dass Überflüge solcher Maschinen in der Höhe von mindestens 400 m das Grundeigentum nicht verletzen (BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150 und E. 3.2.3 S. 151; s.a. BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495). Ebenfalls zu keinem Eingriff führten vereinzelte Flüge insbesondere kleinerer Maschinen in der Höhe von etwa 220 m bzw. 250 m (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150). Wie sich aus dem Folgenden ergibt, besteht hier kein Anlass, weitere Abgrenzungen zu treffen.
4.4 Die von der Beschwerdeführerin kritisierten Aufzeichnungen der Flugspuren der Starts ab Piste 16 in der Woche vom 16. bis 22. Mai 2006 sind im bundesgerichtlichen Verfahren durch die Überflugsdaten zweier weiterer Wochen (9. bis 16. Januar 2006 und 17. bis 23. Juli 2006) ergänzt worden. Für die Darstellung der Überflugsituation wurden gemäss den Ausführungen der Enteigner die Multilaterationsdaten des Bodenradars SAMAX verwendet. Die Daten stammen von Skyguide und sind zur Auswertung direkt dem Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR) übermittelt worden. Die Beschwerdeführerin bestreitet weiterhin, dass die Aufzeichnungen genau und aussagekräftig seien. Entgegen ihrer Meinung kann jedoch auf die ermittelten Flugspuren abgestellt werden, da diese im Lichte der anwendbaren Kriterien ein genügendes Bild der Überflugsituation abgeben und gewisse Messunsicherheiten ohnehin nicht ausgemerzt werden können.
4.5 Die Enteigner anerkennen auch im bundesgerichtlichen Verfahren, dass startende Flugzeuge die Liegenschaft der Beschwerdeführerin ganz vereinzelt unter der Höhe von 150 m überflögen. Dies sei gemäss den Aufzeichnungen der Flugspuren in den fraglichen drei Wochen ein einziges Mal der Fall gewesen. Tatsächlich ist anhand dieser Aufzeichnungen festzustellen, dass die Liegenschaft zwar häufig direkt überflogen wird, die Flugzeuge jedoch an dieser Stelle in der Regel eine Höhe von 200 bis 500 m erreichen. Es fehlt hier damit wohl am Erfordernis regelmässiger Überflüge in geringer Höhe. Diese Frage kann aber letztlich offen bleiben, weil das Grundstück der Beschwerdeführerin - wie sich im Folgenden zeigt - von eigentlichen Überflügen durch landende Maschinen betroffen wird.
5. Die Beschwerdeführerin hat im Laufe des Verfahrens vor der Schätzungskommission zusätzlich Entschädigung für die Einwirkungen verlangt, die von den Ende Oktober 2003 eingeführten sog. Südanflügen auf die Piste 34 (Gegenrichtung von Piste 16) ausgehen. Die Schätzungskommission hat sich, ohne sich zur Verfahrensfrage der Ausweitung des Streitgegenstandes zu äussern, auch mit dieser Entschädigungsforderung befasst. Die Enteigner haben sich der Verfahrenserweiterung nicht widersetzt. Da die in das Verfahren einbezogene heutige Flughafenhalterin ebenso für die Einwirkungen der Südanflüge einzustehen hat, erscheint es denn auch als sinnvoll, über sämtliche Beeinträchtigungen ein- und desselben Objektes im gleichen Verfahren zu befinden (vgl. BGE <ref-ruling>).
Im angefochtenen Entscheid wird festgestellt, die Südanflüge fänden in den frühen Morgenstunden von 06.00 bis 07.08 Uhr sowie an Wochenenden und Feiertagen von 06.00 bis 09.08 Uhr sowie allenfalls in den ersten beiden Nachtstunden statt. Die Liegenschaft der Beschwerdeführerin sei nur 40 bis 50 m vom ILS-Leitstrahl 34 entfernt und werde von den landenden Maschinen in einer Höhe von rund 132 m überflogen. Die Liegenschaft sei somit, was auch die Enteigner anerkannt hätten, von direkten Überflügen betroffen. Trotz dieser Feststellungen hat die Schätzungskommission einen Entschädigungsanspruch verneint mit der Begründung, dass der Luftraum über dem fraglichen Grundstück in der Regel nicht direkt beansprucht werde; dies sei nur bei seitlichen Abweichungen der Anflüge innerhalb des Toleranz-Winkels der Fall. Die Landeanflüge seien auf Grund der zeitlichen Beschränkung der Anflüge und des "nur ausnahmsweise wirklich direkten Überflugs" nicht von einer Regelmässigkeit und Häufigkeit, die eine Entschädigung unter diesem Titel rechtfertigten.
Diesen Erwägungen kann nicht gefolgt werden.
5.1 Die Enteigner haben an der Schätzungsverhandlung ausdrücklich anerkannt, dass das Grundstück der Beschwerdeführerin durch die landenden Flugzeuge im Sinne der Rechtsprechung direkt überflogen wird. Es liege innerhalb des Landekorridors längs des ILS-Leitstrahls 34 (Anflug-Toleranz-Winkel 1.25°), in welchem die landenden Maschinen die Höhe von 150 m unterschritten. Wird in Betracht gezogen, dass der so definierte Landekorridor an der fraglichen Stelle nur knapp 100 m breit ist und Grossraumflugzeuge Flügelspannweiten von bis zu 60 m aufweisen, darf ohne weiteres angenommen werden, dass der Luftraum über dem Grundstück der Beschwerdeführerin häufig beansprucht wird. Es liegen denn auch keine Aufzeichnungen von Flugspuren vor, welche die Vermutung der Schätzungskommission, das Grundeigentum werde nur "ausnahmsweise" betroffen, bestätigen würden. Entsprechend dem Zugeständnis der Enteigner ist davon auszugehen, dass die Voraussetzungen für direkte Überflüge durch die Anflüge auf die Piste 34 in räumlicher Hinsicht erfüllt sind und der fragliche Luftraum auch mit der geforderten Häufigkeit beansprucht wird.
5.2 Die Schätzungskommission hält die Bedingung der Regelmässigkeit des Überflugs offenbar auch deshalb für nicht erfüllt, weil die Anflüge auf die Piste 34 täglich nur während kürzerer Zeit stattfänden. Die Tatsache, dass grundsätzlich täglich mehrere direkte Überflüge erfolgen, genügt jedoch zur Bejahung der in der Rechtsprechung geforderten Regelmässigkeit solcher Eingriffe ("passage régulier" vgl. BGE <ref-ruling> E. 3 S. 80, mit Hinweis). Dass die Überflüge während des ganzen Tages andauern, wird nicht verlangt. Wohl sind die Überflüge hier zeitlich eingeschränkt, doch fallen sie gerade in die frühen Morgen- und (allenfalls in) die Nachtstunden, in denen das Bedürfnis nach Ruhe besonders ausgeprägt ist. Neuere wissenschaftliche Untersuchungen im Umfeld des Flughafens Zürich haben denn auch ergeben, dass der Fluglärm am frühen Morgen und am Abend als besonders belästigend oder sogar unzumutbar empfunden wird (Mark Brink/Katja Wirth/Regula Rometsch/Christoph Schierz, Lärmstudie 2000, Zusammenfassung, ETH Zürich 2005, S. IV, 37, 39 ff.; Katja Wirth/Mark Brink/Christoph Schierz, Lärmstudie 2000, Schlussbericht zur 2. Befragungsstudie vom August 2003, ETH Zürich 2006, S. 61 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 45b S. 587 f., mit Hinweisen). Auch unter diesem Gesichtswinkel lässt es sich nicht rechtfertigen, die Entschädigungsansprüche wegen der zeitlichen Beschränkung der direkten Überflüge zu verneinen.
5.3 Es bleibt daher nur noch zu prüfen, ob durch die Überflüge bzw. den Flugbetrieb überhaupt ein Schaden entstanden sei oder nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge noch eintreten werde (vgl. Art. 19 lit. c des Bundesgesetzes über die Enteignung [EntG; SR 711]). Bei dieser Beurteilung spielt wie erwähnt (E. 4.1) die Voraussetzung der Schwere des Schadens keine Rolle. Zudem sind grundsätzlich sämtliche vom Flugbetrieb ausgehenden Beeinträchtigungen, das heisst sowohl die Einwirkungen durch den direkten Überflug wie auch die Belästigung durch den Abfluglärm, mit in Betracht zu ziehen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3 und 4).
6. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung hat der Grundeigentümer, der durch den Flugbetrieb in seinen dinglichen Rechten beeinträchtigt wird, Anspruch auf Ersatz des Minderwertes, den sein Grundstück durch die dingliche Belastung erleidet, d.h. auf die Vergütung der Wertdifferenz, die sich zwischen dem Verkehrswert des unbelasteten Grundstücks und jenem des belasteten Grundstücks ergibt (vgl. Art. 19 lit. b EntG; <ref-ruling> E. 3 S. 245; <ref-ruling> E. 4c S. 343; Urteil 1E.15/2007 und 1E.16/2007 vom 8. Februar 2008 E. 11). Die Bestimmung des Verkehrswertes richtet sich für vermietete Mehrfamilienhäuser wie das hier umstrittene grundsätzlich nach den für die Bewertung von Ertragsliegenschaften geltenden Regeln. In Betracht fallen somit die - allenfalls mit einer Realwertermittlung kombinierte - Ertragswertmethode (Kapitalisierung der Netto- oder Bruttomieterträge) sowie die neuere Discounted Cash Flow Methode (DCF), bei der die mutmasslichen künftigen Einnahme- und Ausgabenströme für einen Zeitraum von fünf bis zehn Jahren festzulegen und auf den Bewertungsstichtag abzuzinsen sind (vgl. dazu etwa Das Schweizerische Schätzerhandbuch, Bewertung von Immobilien, Ausgabe 2005, Hrsg. Schweiz. Vereinigung kantonaler Grundstücksbewertungsexperten SVK und Schweiz. Schätzungsexpertenkammer/Schweiz. Verband der Immobilien-Treuhänder SEK/SVIT, S. 49, 81; Kaspar Fierz, Der Schweizer Immobilienwert, 5. Aufl. 2005, S. 150 ff.). Die Ermittlung des Minderwertes der flugbetriebsbelasteten Miethäuser dürfte aber unabhängig von der angewendeten Methode nicht leicht fallen:
Während sich bei Einfamilienhäusern und Stockwerkeigentum der Verkehrswert nach dem Interesse der Käufer und den möglichen Marktpreisen bestimmt, die relativ rasch auf äussere Einflüsse wie Überflüge und Lärmbelastungen reagieren, wird sich nach der Lebenserfahrung bei Mietobjekten, die Wohnzwecken dienen, die Ertragslage bei solchen Einwirkungen nur langsam verschlechtern. Die meisten Mieter scheuen die Mühen und Kosten eines Umzugs. Alteingesessene Mieter werden ihre Wohnungen nicht leicht aufgeben, sondern eher geneigt sein, die Immissionen zu erdulden. Mieterwechsel und Leerstände werden sich daher erst allmählich, im Laufe mehrerer Jahre, häufen. Die abgeschlossenen Mietverträge enden denn auch nicht beim Auftreten der Einwirkungen. Mietzinsreduktionen infolge Immissionsbeeinträchtigungen sind gestützt auf Art. 259a Abs. 1 lit. b bzw. <ref-law> in der Praxis nur schwer durchsetzbar. Die Mietzinse werden daher häufig noch einige Jahre gleichgehalten oder - insbesondere nach grösseren Renovationen - in Einzelfällen sogar noch erhöht werden können. Dies ändert jedoch nichts daran, dass Wohnliegenschaften, die Überflügen und übermässigem Fluglärm ausgesetzt werden, eine wertmässige Einbusse erleiden und sich die schleichende Entwertung über kurz oder lang darin zeigen wird, dass für die belasteten Wohnungen nicht (mehr) die selben Mietzinse erzielt werden können wie für vergleichbare Objekte in unberührter, ruhiger Lage. Der Ertragsverlust kann sich auch darin äussern, dass überdurchschnittliche Investitionen getätigt werden müssen, um die Belastungen durch höheren Komfort und Standard auszugleichen.
Es kann demnach im Entschädigungsverfahren - selbst wenn dieses etwas länger dauert - vom Eigentümer nicht verlangt werden, dass er den nach der Belastung eingetretenen Wertverlust seiner Liegenschaft konkret belege. Ebenso wenig kann es bei einer Vielzahl von Verfahren Aufgabe der Schätzungskommission sein, in jedem Einzelfall aufgrund der vorgelegten, häufig dürftigen Unterlagen abzuklären, ob und in welcher Höhe eine Ertragseinbusse eingetreten sei oder noch eintreten werde. Dabei müsste auch der Frage nachgegangen werden, ob trotz gleich bleibender Einnahmen ein Ausfall entstehe, weil die Mietzinse nicht oder nicht mehr dem sonstigen Markt gemäss erhöht werden könnten. Zudem wäre zu prüfen, ob sich die Aufwendungen für Unterhalt und Renovation im Rahmen des Üblichen hielten und künftig nicht vergrössert werden müssten. Angesichts all dieser Schwierigkeiten hat für Ertragsliegenschaften, die Wohnzwecken dienen und sich nicht für eine andere, weniger lärmempfindlichere Nutzung eignen, eine schematische Beurteilung des fluglärmbedingten Schadens zu erfolgen, die nicht nur im Sinne der Praktikabilität, sondern auch der Gleichbehandlung liegt.
7. Es ist nicht Sache des Bundesgerichts als Beschwerdeinstanz, einen Raster bzw. die geeigneten Kriterien zur schematischen Beurteilung der überflugs- und immissionsbedingten Entwertung von Mehrfamilienhäusern aufzustellen. Vielmehr ist die vorliegende Streitigkeit zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Schätzungskommission zurückzuweisen, die über Fachrichter verfügt und der die örtlichen Verhältnisse vertraut sind. Immerhin mögen hier einige Anhaltspunkte für die vorzunehmenden schematischen Minderwertsermittlungen genannt werden:
7.1 Die Flughafenhalterin hat durch Experten ein auf ökonometrischen Grundlagen beruhendes sog. hedonisches Modell (MIFLU "Minderwert Fluglärm") ausarbeiten lassen, anhand dessen sich der Wert der verschiedenen Merkmale von Immobilien - so insbesondere auch die Ruhe oder das Fehlen der Ruhe im Quartier - ermitteln lässt. Das Bundesgericht hat im Leitentscheid 1E.15/2007 und 1E.16/2007 vom 8. Februar 2008 die Anwendbarkeit dieser Methode zur Bestimmung des fluglärmbedingten Minderwertes von selbst genutztem Wohneigentum (Einfamilienhäuser und Stockwerkeigentum) anerkannt. Nun ist das MIFLU-Modell zwar zur Ermittlung des lärmbedingten Wertverlustes vermieteter Mehrfamilienhäuser nicht einsetzbar. Ergibt sich jedoch anhand des Modells, dass das selbstgenutzte Wohneigentum in einem bestimmten Quartier fluglärmbedingt einen schweren Schaden im Sinne der Rechtsprechung erleidet, so liegt der Schluss nahe, dass auch die Mehrfamilienhäuser, die gleich oder stärker lärmbelastet oder sogar auch überflugsbelastet sind, in zumindest ähnlicher Weise beeinträchtigt werden. Die Lärmsituation in den betroffenen Quartieren kann aufgrund der von der EMPA Dübendorf mittels FLULA2 (Fluglärmsimulationsprogramm) erstellten Belastungskarten hektargenau festgestellt werden.
7.2 Der Umstand, dass sich Mietertragsverluste häufig erst allmählich einstellen (vgl. E. 6), kann etwa dadurch berücksichtigt werden, dass eine zu leistende Entschädigung nicht schon ab dem Schätzungsstichtag zu verzinsen ist. Mit einem späteren Zinsbeginn kann hier auch der Tatsache Rechnung getragen werden, dass die direkten Überflüge erst Ende 2003 aufgetreten sind.
7.3 Die schematische Bewertung soll im Übrigen nicht ausschliessen, dass den örtlichen Gegebenheiten oder besonderen Merkmalen der Mehrfamilienhäuser Rechnung getragen wird. Wird ein Mietobjekt auch vom Strassenlärm betroffen oder ist sein Unterhalt vernachlässigt, so wird der Einfluss des Fluglärms auf den Mietwert wesentlich geringer sein als bei gut gepflegten Wohnhäusern in (vom Fluglärm abgesehen) ruhiger Lage. In diesem Zusammenhang kann der Einsatz einer Bewertungstabelle, die feinere Unterscheidungen trifft als der von der Schätzungskommission in anderen Fällen verwendete Lageklassenschlüssel, von Nutzen sein.
8. Der angefochtene Entscheid ist demnach in Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde aufzuheben und die Sache an die Schätzungskommission zurückzuweisen. Diese wird in Berücksichtigung der bundesgerichtlichen Erwägungen eine Neuermittlung des überflugs- und lärmbedingten Schadens bzw. der Entschädigung vorzunehmen haben. Ist das vorinstanzliche Verfahren wieder aufzunehmen, erübrigt es sich, über den Antrag der Beschwerdeführerin auf Erhöhung der Parteientschädigung für das Verfahren vor der Schätzungskommission zu befinden.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Regel von Art. 116 Abs. 1 EntG entsprechend den Enteignern aufzuerlegen. Diese sind zudem zu verpflichten, der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Bei der Bemessung der Parteientschädigung darf dem Umstand Rechnung getragen werden, dass die Rechtsschriften der Grundeigentümer in den Pilotfällen über weite Teile gleich lauten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, vom 14. November 2006 aufgehoben.
Die Sache wird zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den beiden Enteignern unter solidarischer Haftbarkeit je zur Hälfte auferlegt.
3. Die beiden Enteigner haben der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer