Sachverhalt:
A. Die B._ AG (Beklagte) hält als wichtigste Beteiligung das Aktienkapital der C._ AG, die im Präzisions-Werkzeugmaschinenbau tätig ist. In der beklagten Gesellschaft steht sich je eine Gruppe von Mehrheits- und von Minderheitsaktionären gegenüber, wobei die Minderheitsgruppe im Verwaltungsrat nicht vertreten ist. Zur Minderheitsgruppe gehört die A._ AG (Klägerin), die etwa 47 % der Aktien hält.
Die ordentliche Generalversammlung der B._ AG vom 7. Juli 1999 beschloss gegen die Stimmen der A._ AG die Ausschüttung einer Tantieme von Fr. 610'000.-- an den Verwaltungsrat und wählte ebenfalls gegen die Stimmen der A._ AG die E._ F._ & Partner_ AG für die statutarische Amtsdauer von einem Jahr als Revisionsstelle und Konzernprüferin.
B. Am 19. Januar 2000 reichte die A._ AG beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die B._ AG Klage ein, in der sie die Aufhebung der vorstehend genannten Beschlüsse verlangte. Mit Urteil vom 29. Oktober 2002 wies das Handelsgericht die Klage ab.
Gegen die Bemessung der Prozessentschädigung, die das Handelsgericht der Beklagten zugesprochen hatte, führte die Klägerin beim Kassationsgericht des Kantons Zürich Nichtigkeitsbeschwerde, die dieses mit Beschluss vom 24. Juli 2003 abwies.
C. Die Klägerin führt gegen das Urteil des Handelsgerichts eidgenössische Berufung. Sie beantragt die Aufhebung der drei angefochtenen Beschlüsse der Generalversammlung; eventuell sei das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zur Sachverhaltsergänzung und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; subeventuell sei die vom Handelsgericht vorgenommene Kostenverteilung neu zu regeln. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf eingetreten werden kann.
Eine von der Klägerin gegen den Beschluss des Kassationsgerichts vom 24. Juli 2003 erhobene staatsrechtliche Beschwerde, welche die Höhe der vom Handelsgericht auferlegten Prozessentschädigung beschlug, hat das Bundesgericht mit Urteil vom heutigen Tag unter Aufhebung des angefochtenen Beschlusses gutgeheissen, soweit es darauf eingetreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht grundsätzlich an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden. Ausnahmen von dieser Bindung kommen nur in Betracht, wenn die Vorinstanz bundesrechtliche Beweisvorschriften verletzt hat, wenn ihr ein offensichtliches Versehen unterlaufen ist (Art. 63 Abs. 2 OG) oder wenn der von ihr ermittelte Sachverhalt im Hinblick auf die Anwendung des Bundesrechts der Ergänzung bedarf (Art. 64 OG). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2c S. 252; <ref-ruling> E. 2a S. 485 f., je mit Hinweisen). Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und sind damit unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; BGE <ref-ruling> E. 2a S. 485 f.). Ergänzungen des Sachverhalts haben nur zu erfolgen, soweit sie entscheidwesentliche Tatsachen betreffen. Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 6a S. 81; <ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3, je mit Hinweisen). Die vorliegenden Rechtsschriften der Parteien enthalten zahlreiche Vorbringen, welche über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen und den genannten Begründungsanforderungen für Ergänzungen nicht genügen. Auf diese Vorbringen ist deshalb nicht einzugehen.
2. Die Klägerin wirft dem Handelsgericht in zahlreichen Punkten eine Verletzung von <ref-law> vor, da es jeweils unterlassen habe, zu ihren Behauptungen Beweis abzunehmen. Welche konkreten Beweise sie jeweils angeboten hatte, wird von ihr indessen nicht dargelegt. Der blosse Hinweis auf bestimmte Abschnitte ihrer Rechtsschriften genügt dafür nicht. Gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist in der Begründung der Anträge darzulegen, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt werden. Wird eine Verletzung des Rechts auf Zulassung zum Beweis gerügt, gehört dazu, dass in der Begründung auch konkret dargelegt wird, welche form- und fristgerechten Beweisanträge im kantonalen Verfahren gestellt worden sind oder in dessen weiteren Verlauf noch hätten gestellt werden können, und daher vom kantonalen Richter in Verletzung von <ref-law> übergangen wurden (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 223). Verweise auf Eingaben im kantonalen Verfahren genügen den Anforderungen nicht (<ref-ruling> E. 1d). Auf die entsprechenden Rügen ist damit nicht einzutreten.
3. Bezüglich des angefochtenen Beschlusses auf Ausschüttung einer Tantieme macht die Klägerin geltend, die diesbezügliche Statutenbestimmung sei von der Generalversammlung bzw. vom Verwaltungsrat ausser Kraft gesetzt worden und der Beschluss sei auch sachlich unhaltbar und willkürlich. Die Abweisung der Anfechtung in diesem Punkt verstosse damit gegen <ref-law> und <ref-law>.
3.1 Die Statuten einer Aktiengesellschaft können eine Ausschüttung von Gewinnanteilen an die Mitglieder des Verwaltungsrates vorsehen (Art. 627 Ziff. 2 und <ref-law>). Dabei handelt es sich um eine Art der Gewinnverwendung, über welche die Generalversammlung zu beschliessen hat (<ref-law>) und welche an die Erfüllung der in <ref-law> aufgestellten qualifizierten Voraussetzungen geknüpft ist. Fehlt eine Grundlage in den Statuten, so verletzt eine von der Generalversammlung beschlossene Ausschüttung von Tantiemen den in <ref-law> verankerten Anspruch der Aktionäre auf einen verhältnismässigen Anteil am Reingewinn (<ref-ruling> E. 10 S. 310 ff.).
Die Statuten der Beklagten sehen in § 28 vor, dass vom Reingewinn 5 % zur Dotierung des gesetzlichen Reservefonds verwendet werden sollen, bis dieser 20 % des einbezahlten Grundkapitals erreicht. Danach soll eine Normaldividende von 5 % ausgeschüttet werden. Vom Überschuss gehen sodann 20 % als Tantieme an den Verwaltungsrat. Damit ist die vom Gesetz verlangte Voraussetzung der statutarischen Grundlage erfüllt.
Die Klägerin macht demgegenüber geltend, diese Bestimmung sei bei der letzten Statutenrevision vom 2. Juni 1987, als die vormals operative Gesellschaft in eine Holdinggesellschaft umgewandelt worden sei, nur in den Statuten stehen geblieben, weil deren spätere umfassende Überarbeitung im Zusammenhang mit dem neuen Aktienrecht in Aussicht gestanden habe. Bereits damals sei aber der innere Wille vorhanden gewesen, diese Bestimmung aufzuheben. Demgemäss sei auch bis 1999 nie ein Antrag auf Ausschüttung einer Tantieme an die Generalversammlung gestellt worden. Damit übergeht die Klägerin, dass das Handelsgericht beweismässig geschlossen hat, es liege kein solcher innerer Wille vor. Diese in Beweiswürdigung getroffene tatsächliche Feststellung ist für das Bundesgericht im Berufungsverfahren verbindlich und kann insbesondere nicht unter Berufung auf <ref-law> in Frage gestellt werden, soweit die entsprechende Rüge der Klägerin überhaupt den in vorstehenden Erwägungen 1 und 2 dargestellten Substanziierungsanforderungen genügt (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 422; <ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 2a S. 291).
Auch ein allenfalls vorliegender innerer Wille, der nicht in einem formellen Beschluss der Generalversammlung seinen Ausdruck gefunden hat, vermöchte im Übrigen eine bestehende Statutenbestimmung nicht aufzuheben oder ausser Kraft zu setzen; für die Änderung der Statuten verlangt <ref-law> einen Beschluss der Generalversammlung, der zudem öffentlich beurkundet werden muss. Auch die Nichtanwendung einer Statutenbestimmung während längerer Zeit vermag diese nicht ausser Kraft zu setzen (zur derogierenden innergesellschaftlichen Observanz vgl. Forstmoser, Schweizerisches Aktienrecht, Bd. I/Lieferung 1, Zürich 1981, § 7 N. 173).
3.2 Die Klägerin betrachtet den angefochtenen Beschluss als sachlich unhaltbar und rügt damit eine Verletzung des Sachlichkeitsgebots.
Nach <ref-law> sind Beschlüsse der Generalversammlung u.a. anfechtbar, wenn sie in unsachlicher Weise Rechte von Aktionären entziehen oder beschränken. Unsachlich ist eine Beeinträchtigung, die sich bei vernünftiger wirtschaftlicher Überlegung nicht durch die Interessen der Gesellschaft oder der Gesamtheit ihrer Aktionäre rechtfertigen lässt bzw. die dazu dient, einer bestimmten Aktionärsgruppe Vorteile zu verschaffen, die in Wahrheit mit der Verfolgung des Gesellschaftszwecks nichts zu tun haben (Forstmoser/ Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 39 Rz. 87 ff.; Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich 2004, § 2 Rz. 289). Das Sachlichkeitsgebot findet sich im Gesetz auch in Art. 652b Abs. 2 und Art. 653c Abs. 3 OR bei der Aufhebung des Bezugsrechts oder des Vorwegzeichnungsrechts der Aktionäre. Ausserhalb dieser gesetzlich konkretisierten Anwendungsfälle kommt ihm indessen keine selbständige rechtliche Bedeutung zu, sondern bildet es ein Element des generellen Rechtsmissbrauchsverbots, welches jeden missbräuchlichen Eingriff in die Rechte von Aktionären verbietet (vgl. unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts 4C.242/2001 vom 5. März 2003, E. 4.1).
Der Anspruch jedes Aktionärs auf einen verhältnismässigen Anteil am Bilanzgewinn besteht gemäss <ref-law> nur, soweit dieser nach dem Gesetz oder den Statuten zur Verteilung unter die Aktionäre bestimmt ist. Ein Beschluss auf Ausschüttung einer statutarisch vorgesehenen Tantieme bedeutet deshalb keine Beschränkung der Rechte der Aktionäre im Sinne von <ref-law>. Den Interessen der Aktionäre trägt das Gesetz insofern Rechnung, als es die Ausschüttung von Tantiemen nur zulässt, wenn vorgängig eine Dividende von mindestens 5 % des Bilanzgewinnes ausgeschüttet wird (<ref-law>). Entgegen der Auffassung der Klägerin ist die Ausrichtung von Tantiemen auch nicht einfach unsachlich, weil die ausschüttende Gesellschaft eine Holdinggesellschaft ist. Ist ein Konzern nach der Holdinglösung strukturiert, ist die Konzernleitung vielfach in die Holdinggesellschaft integriert (von Büren, Der Konzern, in Schweizerisches Privatrecht, Bd. Vlll/6, Basel 1997, S. 50). Schüttet die Holdinggesellschaft und nicht die einzelne operative Gesellschaft die Tantieme aus, so bemisst sich diese nach dem Ergebnis der gesamten Unternehmensgruppe und nicht nur nach dem Ergebnis der einzelnen Gesellschaft, dem allenfalls schlechte Ergebnisse anderer Gesellschaften gegenüberstehen. Auch die steuerlichen Nachteile, die Tantiemen im Vergleich zu Entschädigungen des Verwaltungsrates zu Lasten der Erfolgsrechnung haben, vermögen die Ausschüttung von Tantiemen nicht einfach als unsachlich erscheinen zu lassen, zumal der Gesetzgeber diese Möglichkeit der Gewinnverwendung im Rahmen der Aktienrechtsrevision von 1991 ungeachtet dieses Umstands im Gesetz beliess. Im Unterschied zur Entschädigung zu Lasten der Erfolgsrechnung haben die Aktionäre bei der Ausrichtung von Tantiemen ein eigenes direktes Entscheidungsrecht, da dafür ein Generalversammlungsbeschluss erforderlich ist. In diesem Rahmen besteht für die Aktionäre auch eine erhöhte Transparenz hinsichtlich der Höhe sowie der Gesetzes- und Statutenkonformität der Mittelverwendung. Selbst wo die Statuten die Ausrichtung von Tantiemen unter bestimmten Voraussetzungen zwingend vorschreiben, bleibt den Aktionären die Möglichkeit, die betreffende Bestimmung auf dem Weg der Statutenänderung aufzuheben oder abzuändern. Davon wurde jedoch vorliegend kein Gebrauch gemacht, namentlich auch nicht als die Beklagte im Jahre 1987 in eine Holdinggesellschaft umgewandelt und die Statuten revidiert wurden. <ref-law> bildet deshalb keine Grundlage für eine Anfechtung des Beschlusses vom 7. Juli 1999 auf Ausschüttung einer Tantieme.
3.3 Die Klägerin rügt weiter eine Ungleichbehandlung der Aktionäre, da nur die Mehrheitsaktionäre im Verwaltungsrat vertreten sind und somit nur diese in den Genuss der Tantieme komme. Dies ist indessen nicht eine direkte Folge des angefochtenen Beschlusses der Generalversammlung, sondern der Zusammensetzung des Verwaltungsrates. Die dem Verwaltungsrat angehörenden Personen erhalten die Tantiemen nicht als Aktionäre, sondern als Mitglieder des Verwaltungsrats; auch die Höhe ihres Anteils richtet sich nicht nach dem Verhältnis ihres Aktienbesitzes. Der Grundsatz der Gleichbehandlung der Aktionäre ist damit gewahrt. Ebenso wenig liegt eine Benachteiligung der Aktionäre im Sinne von <ref-law> vor (vgl. vorne E. 3.2).
3.4 Zu prüfen bleibt damit noch, ob der angefochtene Beschluss rechtsmissbräuchlich ist, wie die Klägerin geltend macht.
3.4.1 Das Rechtsmissbrauchsverbot (<ref-law>) gilt für die ganze Rechtsordnung und damit auch für die Ausübung der Mehrheitsmacht in der Aktiengesellschaft (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 39 N. 103 ff.; Felix Mathias Rüttimann, Rechtsmissbrauch im Aktienrecht, Diss. Zürich 1994, S. 56 f.). Wie der Gleichbehandlungsgrundsatz dient es dem Schutz der Minderheit, hat aber neben diesem selbständige Bedeutung. Auch wenn ein Beschluss der Generalversammlung oder ein Akt des Verwaltungsrates das Gebot der Gleichbehandlung aller Aktionäre nicht verletzt, kann er doch in offensichtlichem Missbrauch des Rechts ergangen sein (<ref-ruling> E. 2 S. 268; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 39 N. 105 ff.; Rüttimann, a.a.O., S. 110, Botschaft vom 23. Februar 1983 über die Revision des Aktienrechts, BBI 1983 II 745, 885). Die Ausübung der Mehrheitsmacht in der Aktiengesellschaft beruht auf einem offenbaren Missbrauch, wenn sie sich nicht durch vernünftige wirtschaftliche Erwägungen rechtfertigen lässt, die Interessen der Minderheit offensichtlich beeinträchtigt und Sonderinteressen der Mehrheit ohne Grund bevorzugt (<ref-ruling> E. 9c S. 164). Für die Rechtfertigung eines Beschlusses durch vernünftige wirtschaftliche Erwägungen ist auf die Interessen der Gesellschaft und der Gesamtheit der Aktionäre abzustellen, wobei indessen keine Prüfung seiner Angemessenheit erfolgt. Aufgrund des Mehrheitsprinzips, dem sich ein Aktionär mit dem Eintritt in die Gesellschaft unterwirft, darf die Mehrheit in der Generalversammlung auch ihre eigenen Interessen denjenigen der Minderheit vorgehen lassen. Der Richter hat indessen einzuschreiten, wenn die Mehrheitsaktionäre die Macht, die ihnen <ref-law> einräumt, im Hinblick auf entgegengesetzte Interessen der Minderheitsaktionäre offensichtlich missbrauchen (<ref-ruling> E. 4b S. 62; <ref-ruling> E. 3 S. 269). Massgeblich sind immer die Umstände des einzelnen Falles (<ref-ruling> E. 3 S. 268; vgl. zum Ganzen auch das unveröffentlichte Urteil 4C.242/2001 vom 5. März 2004 E. 5.1).
3.4.2 Auch Beschlüsse der Generalversammlung über die Ausrichtung von Tantiemen unterliegen dem Rechtsmissbrauchsverbot. Besondere Verhältnisse liegen indessen vor, wenn die Statuten der Generalversammlung die Ausrichtung von Tantiemen nicht nur fakultativ erlauben, sondern diese in einem bestimmten Mass zwingend vorschreiben. In diesem Fall steht den Mitgliedern des Verwaltungsrates, wenn die statutarischen Voraussetzungen erfüllt sind, gegenüber der Gesellschaft ein Rechtsanspruch auf die Tantieme zu, den sie mit Leistungsklage gegenüber der Gesellschaft geltend machen können, ohne den Generalversammlungsbeschluss, der diesen Anspruch missachtet, nach <ref-law> anfechten zu müssen (BGE 75 II 149 E. 2a S. 153; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 28 N. 125; Kurer, Basler Kommentar, N. 12 zu <ref-law>; Bürgi, Zürcher Kommentar, N. 20 zu <ref-law>). Dieser Rechtsanspruch bildet Bestandteil des zwischen der Gesellschaft und den einzelnen Mitgliedern des Verwaltungsrats bestehenden synallagmatischen Rechtsverhältnisses, das in einzelnen Punkten auch durch die Statuten geregelt ist. Die Erfüllung eines statutarisch festgelegten Anspruchs des Verwaltungsrats auf eine Beteiligung am Reingewinn kann damit in der Regel keinen Rechtsmissbrauch darstellen. Ob die Statuten die Ausschüttung einer Tantieme nur fakultativ erlauben oder diese in einem bestimmten Mass zwingend vorschreiben, ist durch Auslegung zu ermitteln. Gesellschaftsstatuten sind dabei wie Willenserklärungen, die bei Schuldverträgen abgegeben werden, nach dem Vertrauensprinzip auszulegen, wobei sich bei Gesellschaften mit einem breit gestreuten Aktionärskreis zudem eine analoge Anwendung der für die Interpretation von Gesetzesrecht entwickelten Grundsätze rechtfertigt (<ref-ruling> E. 4c S. 186; vgl. dazu auch Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 7 N. 38 ff.; Forstmoser, a.a.O., § 7 N. 132 ff.; Baudenbacher, Basler Kommentar, N. 7 zu <ref-law>).
Das Handelsgericht ist davon ausgegangen, dass § 28 der Statuten der Beklagten einen Rechtsanspruch der Mitglieder des Verwaltungsrats auf Ausschüttung einer Tantieme begründet. Nach den erwähnten Grundsätzen für die Auslegung von Statuten ist dies nicht zu beanstanden und wird von der Klägerin denn auch nicht in Frage gestellt.
3.4.3 Soweit die Klägerin zur Begründung ihres Standpunktes behauptet, es sei ganz allgemein das Ziel des beklagtischen Mehrheitspools und des von diesem abhängigen Verwaltungsrats, die Klägerin als 47 %ige Minderheitsaktionärin zu benachteiligen und auszuhungern, finden ihre Vorbringen in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze (E. 1 und 2 vorne). Immerhin hat die Vorinstanz berücksichtigt, dass sich die Parteien offensichtlich nicht wohl gesinnt seien und insoweit zutreffend erwogen, dies könne nicht tel-quel dazu führen, dass Regelungen bzw. die Ausübung ansonsten völlig unbestrittener gesetzlicher oder statutarischer Befugnisse als widerrechtlich zu qualifizieren seien.
Auch soweit die Klägerin geltend macht, der Zweck einer Ausschüttung von Tantiemen, den Verwaltungsrat für seine geschäftsführenden Aufgaben zu honorieren, sei seit der Umwandlung der Beklagten in eine Holdinggesellschaft im Jahre 1987 nicht mehr erreichbar, setzt sie sich mit den mangels substanziierter Sachverhaltrüge nach Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz in Widerspruch. Diese hielt dafür, es sei abwegig anzunehmen, die Verwaltungsräte der Holdinggesellschaft trügen zum Geschäftserfolg der Tochtergesellschaften und der gesamten Gruppe nichts bei. Auf dieser Grundlage ist davon auszugehen, dass die von der Beklagten ausgerichtete Tantieme dazu dient, erbrachte Leistungen zu honorieren und die Verwaltungsräte für ihre weitere Tätigkeit zu motivieren. Dem entspricht auch die verbindliche vorinstanzliche Feststellung, dass kein innerer Wille der Generalversammlung auszumachen ist, die statutarische Grundlage für die Ausrichtung einer Tantieme ausser Kraft zu setzen (vgl. Erwägung 3.1). Ebenso vermag der von der Klägerin darüber hinaus geltend gemachte Umstand, dass in der Zeit vor 1999 trotz bestehender Statutenbestimmung während Jahrzehnten lediglich zwei Mal (1960 und 1974) eine Tantieme an den Verwaltungsrat ausgerichtet worden sei, den angefochtenen Beschluss nicht als rechtsmissbräuchlich erscheinen zu lassen. Dass diese jahrzehntelange Nichtanwendung der betreffenden Statutenbestimmung diese nicht ausser Kraft zu setzen vermochte, wurde bereits dargelegt (vgl. vorne E. 3.1).
Auch dass der Verwaltungsrat mit dem von der Generalversammlung genehmigten Antrag auf Ausrichtung einer Tantieme ein Recht in Anspruch nahm, das er zuvor während Jahren nie geltend gemacht hatte, vermag keinen Rechtsmissbrauch zu begründen. Allgemein gilt zwar, dass die Geltendmachung eines Rechts missbräuchlich ist, wenn sie im Widerspruch zu einem früheren Verhalten steht und dadurch berechtigte Erwartungen enttäuscht werden (<ref-ruling> E. 5.1 S. 497 mit Hinweisen). Die Vorinstanz hielt indessen verbindlich fest, die Klägerin habe keine besonderen Umstände geschildert, die ihr oder anderen Aktionären im Zeitraum nach 1987 den Eindruck hätten vermitteln dürfen, der Verwaltungsrat habe mit dem Verzicht auf Antragstellung betreffend Tantiemen einen grundsätzlichen Verzicht auf den Rechtsanspruch zum Ausdruck bringen wollen. Wohl kann es im Übrigen Treu und Glauben widersprechen, sich auf einen Vertrag zu berufen, der durch eine über lange Zeit ausgeübte Praxis faktisch ausser Kraft gesetzt worden ist. Wären aber zur Ausserkraftsetzung des Vertrages zwingende Formvorschriften einzuhalten, wie das für eine Aufhebung der statutarischen Grundlage für Tantiemen der Fall ist (vgl. Erwägungen 3.1 und 3.4.2. vorne), kann die Berufung auf den Vertrag trotz seiner langjährigen Nichtanwendung nicht als rechtsmissbräuchlich angesehen werden, da dies darauf hinauslaufen würde, die zwingenden Formvorschriften auf dem Weg über <ref-law> auszuschalten (vgl. dazu Baumann, Zürcher Kommentar, N. 382 f. zu <ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1, 618 E. 5.2 S. 622; vgl. zum gegenteiligen Fall der formfreien Entstehung einer Verpflichtung durch Ausrichtung von Leistungen über lange Zeit, obwohl den Parteien bekannt ist, dass dazu keine statutarische Rechtspflicht besteht: Forstmoser, a.a.O., § 7 N. 174).
Es ist zwar unübersehbar, dass sich die Ausschüttung einer Tantieme im Ergebnis zum Nachteil der Minderheitsaktionäre auswirkt, die nicht im Verwaltungsrat vertreten sind und somit an diesem Teil des zur Verteilung gelangenden Bilanzgewinns nicht partizipieren. Es wurde dazu indessen bereits dargelegt, dass dies eine Folge der Zusammensetzung des Verwaltungsrats ist und nicht des Beschlusses über die Ausschüttung von Tantiemen, die ihrer Natur nach allgemein zu Lasten der Aktionäre geht. Überdies lässt sich dem angefochtenen Urteil keine Feststellung entnehmen, dass sämtliche Aktionäre der Mehrheitsgruppe im Verwaltungsrat vertreten wären und damit nur Aktionäre der Minderheitsgruppe nicht in den Genuss der ausgeschütteten Mittel kämen.
Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz lässt sich in Bezug auf den angefochtenen Beschluss insgesamt kein offensichtlicher Missbrauch der Mehrheitsmacht ausmachen. Die Vorinstanz hat damit einen Rechtsmissbrauch zu Recht verneint.
4. Die Klägerin ficht die von der Generalversammlung getroffene Wahl der Revisionsstelle als ungesetzlich an und bemängelt vor allem eine fehlende Unabhängigkeit der gewählten E._ F._ & Partner AG. Sie wirft diesbezüglich dem Handelsgericht eine Verletzung von Art. 727a f. und 727c OR vor.
4.1 Die als Revisionsstelle gewählten Revisoren müssen fachlich befähigt sein (Art. 727a und 727b OR). Das Gesetz nimmt dabei eine Zweiteilung vor. Für die Revision kleinerer und mittlerer Gesellschaften genügt, dass die Revisoren befähigt sind, ihre Aufgabe bei der zu prüfenden Gesellschaft zu erfüllen (<ref-law>). Für die Revision grösserer Gesellschaften im Sinne der Umschreibung von <ref-law> müssen die Revisoren demgegenüber besonders befähigt sein. Die dafür erforderlichen fachlichen Anforderungen werden in der Verordnung vom 15. Juni 1992 über die fachlichen Anforderungen an besonders befähigte Revisoren (SR 221.302) festgelegt. Diese stellt auf das Vorliegen bestimmter Diplome und Fähigkeitsausweise, allenfalls verbunden mit einer bestimmten Dauer der praktischen Erfahrung ab.
Die Beklagte gehört unbestrittenermassen zu den Gesellschaften gemäss <ref-law>, deren Revisoren besonders befähigt sein müssen. Die Generalversammlung der Beklagten vom 7. Juli 1999 hat die Revisionsgesellschaft E._ F._ & Partner AG als Revisionsstelle gewählt. Die mit der Führung des Mandats betrauten Revisoren E._ und F._ sind seit 1992 bzw. 1994 eidg. dipl. Bücherexperten bzw. Wirtschaftsprüfer. Sie erfüllen damit unbestrittenermassen das Erfordernis der besonderen Befähigung im Sinne von <ref-law> und der zugehörigen Verordnung. Weitere Voraussetzungen für die Wählbarkeit lassen sich auch nicht aus <ref-law> ableiten. Mit dieser Bestimmung soll einzig die eigentliche Laienrevision bei kleineren und mittleren Gesellschaften ausgeschlossen werden (Botschaft, a.a.O., BBl 1983 II 745, S. 928; Watter, Basler Kommentar, N. 2 und 4 ff. zu <ref-law>; Böckli, a.a.O., § 15 N. 60; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 32 N. 4 ff.). Eine spezifische, auf die jeweilige Gesellschaft bezogene Eignung, welche über die in <ref-law> geforderten fachlichen Qualifikationen hinausgehende Elemente umfasst, ist nicht Wählbarkeitsvoraussetzung. Für die Rechtmässigkeit der Wahl sind daher die von der Klägerin behauptete fehlende Kenntnis der Werkzeugmaschinenbau-Branche und fehlende internationale Erfahrung der Revisoren E._ und F._ unerheblich. Die diesbezüglichen Vorbringen stehen im Übrigen auch im Widerspruch zu den für das Bundesgericht nach Art. 63 Abs. 2 OG verbindlichen Feststellungen des Handelsgerichts, dass diese Qualifikationen in genügender Weise gegeben sind. Unerheblich ist ebenso der von der Klägerin erhobene Vorwurf, die Revision der Jahresrechnung 1998, welche die Revisoren E._ und F._ noch für die damals als Revisionsstelle gewählte I._ & Partner AG durchgeführt hatten, sei ungenügend und unbefriedigend gewesen. Auch in diesem Punkt hat das Handelsgericht im Übrigen den Vorwurf der Klägerin, der sich lediglich auf den von ihr behaupteten, den Angaben der Beklagten widersprechenden Zeitaufwand stützte, als unbegründet betrachtet. Erst recht hatte das Handelsgericht nicht zu prüfen, ob allenfalls eine andere, insbesondere die von der Klägerin vorgeschlagene Revisionsgesellschaft für das Mandat geeigneter wäre, da die von der Generalversammlung getroffene Wahl nur angefochten werden kann, wenn sie gegen das Gesetz oder die Statuten verstösst (<ref-law>).
4.2 Nach <ref-law> müssen die Revisoren vom Verwaltungsrat und von einem Aktionär, der über die Stimmenmehrheit verfügt, unabhängig sein. Insbesondere dürfen sie weder Arbeitnehmer der zu prüfenden Gesellschaft sein noch Arbeiten für diese ausführen, die mit dem Prüfungsauftrag unvereinbar sind. Wird eine Handelsgesellschaft als Revisionsstelle bestellt, so gilt das Erfordernis der Unabhängigkeit sowohl für diese als auch für alle Personen, welche die Prüfung durchführen (<ref-law>).
4.2.1 Diese Bestimmungen wurden anlässlich der Aktienrechtsrevision von 1991 mit dem Ziel eingeführt, die Anforderungen an die Unabhängigkeit der Revisionsstelle zu verschärfen (<ref-ruling> E. 1a S. 32). Unabhängigkeit bedeutet Weisungsungebundenheit, Freiheit des Urteils und Selbständigkeit im Entscheid (Botschaft, a.a.O., BBl 1983 II 929; sog. innere Unabhängigkeit). Die Unabhängigkeit fehlt indessen nicht erst bei tatsächlicher Voreingenommenheit. Vielmehr richtet sich <ref-law> bereits gegen äussere Beziehungen, die bei unbeteiligten verständigen Dritten den Anschein der Voreingenommenheit entstehen lassen können (sog. äussere Unabhängigkeit). Die Unabhängigkeit fehlt damit auch bei weniger leicht erkennbaren beteiligungsmässigen, hierarchischen oder wegen anderer Zusammenhänge gegebenen Abhängigkeiten (<ref-ruling> E. 1a S. 32 f.; Urteil 4A.2/1997 vom 11. Juli 1987 E. 1, publ. in: Pra 86/1997 Nr. 173 E. 1 S. 934 sowie ZBGR 79/1998 S. 282; Watter, a.a.O., N. 1 und 6 zu <ref-law>; Böckli, a.a.O., § 15 Rz. 67 f.; Christian Wind, Die Unabhängigkeit der Revisionsstelle gemäss <ref-law>, Diss. St. Gallen 1998, S. 137 ff.). Mit der geforderten Unabhängigkeit unvereinbar sind damit nach der Rechtsprechung nähere familiäre Beziehungen (Urteil vom 11. Juli 1987, a.a.O., E. 2: Revisor mit dem Delegierten des Verwaltungsrates verschwägert) oder eine wirtschaftliche Verflechtung, bei der die Revisionsstelle eine Gesellschaft revidiert, deren Verwaltung mit jener ihrer eigenen Revisionsstelle identisch ist (<ref-ruling> E. 2).
4.2.2 Bis und mit dem Geschäftsjahr 1996 war die H._ Revisionsstelle und Konzernprüferin der Beklagten gewesen. Am 30. April 1997 wählte die Generalversammlung dann, nachdem sich der bisherige Mandatsleiter I._ selbständig gemacht hatte, gegen den Willen der Klägerin die neue I._ & Partner AG als Revisionsstelle und Konzernprüferin. Diese Wahl wurde anlässlich der Generalversammlung vom 10. Juni 1998 für das Rechnungsjahr 1998 bestätigt. Nachdem er mit den Revisionsarbeiten bereits begonnen hatte, verstarb I._ am 17. Februar 1999. Darauf wurden diese von E._ und F._ weitergeführt, denen der Verwaltungsrat der I._ & Partner AG am 9. März 1999 die Zeichnungsberechtigung erteilte. Die I._ & Partner AG erstattete am 27. April 1999 den Revisionsbericht zur Jahresrechnung 1998, der von E._ und F._ unterzeichnet wurde. Am 7. Juli 1999 wählte die Generalversammlung der Beklagten dann die E._ F._ & Partner AG als Revisionsstelle und Konzernprüferin für das neue Rechnungsjahr.
Entgegen der Auffassung der Klägerin begründet diese Vorgeschichte keine Zweifel an der Unabhängigkeit der gewählten Revisionsstelle. Zu Recht weist das Handelsgericht darauf hin, dass nach dem Tod von I._ Handlungsbedarf bestand. Dass die Beklagte von der Einberufung einer ausserordentlichen Generalversammlung zur Wahl einer neuen Revisionsstelle und Konzernprüferin für das bereits abgelaufene Rechnungsjahr 1998 absah, war vertretbar. Wählt die Generalversammlung eine als juristische Person konstituierte Revisionsgesellschaft, hat sie keinen Einfluss auf die Bestimmung der Person des Mandatsleiters und muss sie auch einen diesbezüglichen Wechsel akzeptieren. Es ist auch nicht bekannt, wie der Kontakt zu den neuen Revisoren E._ und F._ zustande kam und von welcher Seite der Vorschlag für das gewählte Vorgehen kam. Dieses ist deshalb entgegen der Auffassung der Klägerin nicht geeignet, einen Anschein der Voreingenommenheit entstehen und die Revisoren E._ und F._ als willfähriges Instrument des Verwaltungsrates der Beklagten erscheinen zu lassen. Erst recht kein Vorwurf lässt sich daraus ableiten, dass die Zeichnungsberechtigung von E._ und F._ für die I._ & Partner AG erst am 17. Mai 1999, also rund drei Wochen nach der Erstattung des Revisionsberichts, im Handelsregister eingetragen wurde. Da dem Eintrag nur deklaratorische Bedeutung zukommt, genügte die bereits am 9. März 1999 durch den Verwaltungsrat erteilte Zeichnungsberechtigung.
4.2.3 Anlässlich der Generalversammlung vom 7. Juli 1999 stellte die Klägerin bei der Behandlung des Geschäftsberichts und der Jahresrechnung 1998 verschiedene Fragen im Zusammenhang mit dem so genannten "X._" Geschäft. In seiner Antwort erwähnte der Verwaltungsratspräsident der Beklagten, dass der Verwaltungsrat eine der international tätigen Revisionsgesellschaften mit der Prüfung dieser Darlehensvergabe beauftragt und deren Bericht den Revisoren für die Abschlussrevision zur Verfügung gestellt habe. Auf die Frage, ob die Revisoren der Gesellschaft die Angelegenheit selbst geprüft hätten, antwortete E._ dann, sie hätten den Vorgang nicht nochmals geprüft, sondern sich auf den Bericht der dazu beauftragten Revisionsgesellschaft abgestützt. Entgegen der Auffassung der Klägerin lässt sich daraus kein Vorwurf fehlender Unabhängigkeit ableiten. Mit dem Vorwurf, die Revisoren hätten in diesem Punkt einfach den Befund einer anderen Revisionsgesellschaft unbesehen übernommen, wird die gemachte Aussage verfälscht. Im Übrigen erscheint es als widersprüchlich, wenn die Klägerin einerseits verlangt, für die Beklagte müsse eine international tätige Treuhandgesellschaft als Revisionsstelle und Konzernprüferin eingesetzt werden, anderseits aber von den eingesetzten Revisoren erwartet, dass sie die Angelegenheit des "X._"-Darlehens trotz Vorliegens eines Berichts einer solchen Revisionsgesellschaft noch hätten selbst überprüfen müssen.
4.2.4 Die Klägerin verneint die Unabhängigkeit der gewählten Revisionsstelle auch mit der Behauptung, dieses Mandat der Beklagten beschlage mehr als 10 % der Honorareinnahmen der E._ F._ & Partner AG.
<ref-law> untersagt dem Revisor, für die zu prüfende Gesellschaft Arbeiten auszuführen, die mit seinem Mandat unvereinbar sind. Unvereinbar ist namentlich die Führung der Buchhaltung der zu prüfenden Gesellschaft, da die Revisoren damit am Zustandekommen des Prüfungsgegenstandes mitwirken würden (<ref-ruling> E. 4c S. 31). Zu vermeiden ist indessen auch eine wirtschaftliche Abhängigkeit, die den Revisor in seiner Entscheidungsfreiheit wesentlich einschränkt (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 165; Botschaft, a.a.O., BBl 1983 II S. 929; Watter, a.a.O., N. 12 zu <ref-law>; Böckli, a.a.O., § 15 Rz. 71; Wind, a.a.O., S. 218 ff.). Die von der Treuhand-Kammer erlassenen "Richtlinien zur Unabhängigkeit" bestimmen in diesem Sinne in Ziff. 3.13 (Fassung 1992; gleich Ziff. 4.2 der Fassung 2001), dass der Honoraranteil eines einzelnen Kunden nicht mehr als 10 % der gesamten Honorareinnahmen des Abschlussprüfers ausmachen darf. Diese Richtlinien einer Berufsvereinigung sind für die Konkretisierung des Erfordernisses der Unabhängigkeit zwar heranzuziehen, haben aber selbst keine Gesetzeskraft. Wie das Handelsgericht zu Recht bemerkt, lässt sich eine unzulässige wirtschaftliche Abhängigkeit nicht derart mit einem ziffernmässig festgelegten Anteil der Honorareinnahmen verknüpfen, dass bei einem Wert, der geringfügig unterhalb der Limite liegt, die Unabhängigkeit per se gegeben und bei einem Wert geringfügig darüber per se eine Abhängigkeit anzunehmen wäre. Auch die Bankenverordnung vom 17. Mai 1972 (SR 952.02), welche die obligationenrechtlichen Bestimmungen über die Revisionsstelle für Banken in verschiedener Hinsicht verschärft, sieht in Art. 36 Abs. 4 eine Limite von 10 % mit dem Vorbehalt der Bewilligung von Ausnahmen durch die Bankenkommission vor. Eine tiefe und absolut gehandhabte Limite würde sodann kleinere oder neu gegründete Revisionsgesellschaften sowie selbständig tätige Revisoren unbesehen der weiteren Umstände generell von der Übernahme einzelner bedeutender Revisionsmandate ausschliessen, was zu Wettbewerbsverzerrungen führen würde. Auch wenn das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3b/cc S. 165 die von der Treuhand-Kammer statuierte 10 %-Limite erwähnt hat, besteht rechtlich keine entsprechende starre Regel. Vielmehr ist von Fall zu Fall zu prüfen, ob die Höhe des Anteils der aus einem Revisionsmandat fliessenden Honorareinnahmen die Unabhängigkeit der Revisionsstelle beeinträchtigt (so Wind, a.a.O., S. 222; Druey, Die Unabhängigkeit des Revisors - was besagt <ref-law>?, Der Schweizer Treuhänder [ST] 69/1995 703 S. 707).
Das angefochtene Urteil enthält keine Feststellungen über den tatsächlichen Anteil der Honorareinnahmen aus dem Revisionsmandat der Beklagten an den gesamten Honorareinnahmen der E._ F._ & Partner AG. Mangels konkreter Angaben darüber ging das Handelsgericht davon aus, dass die gewählte Revisionsstelle im Zeitpunkt ihrer Wahl gegen 30 andere Kontrollstellenmandate innegehabt habe, womit eine wirtschaftliche Abhängigkeit vom Mandat der Beklagten zu verneinen sei. Für ihre Behauptung, dass ein Anteil von 10 % überschritten werde, nennt die Klägerin keine Beweismittel, die sie im kantonalen Verfahren beantragt hätte. Damit fehlt die erforderliche Begründung für den Vorwurf der Verletzung ihres Anspruchs auf Zulassung zum Beweis und ist auch der vom Handelsgericht festgestellte Sachverhalt nicht zu ergänzen (vgl. die vorstehenden Erwägungen 1 und 2). Die Klägerin nennt auch keine anderen Anhaltspunkte, die für eine wirtschaftliche Abhängigkeit sprechen würden. Da bei der Anfechtung von Generalversammlungsbeschlüssen die Behauptungs- und Beweislast für die Verletzung von Gesetz oder Statuten beim Kläger liegt (<ref-law>), hat das Handelsgericht die Unabhängigkeit der gewählten Revisionsstelle zu Recht bejaht.
4.3 Die Klägerin bezeichnet es schliesslich als fragwürdig, wenn in einer Aktiengesellschaft eine Revisionsstelle gegen den klaren Willen einer Minderheit mit einem Aktienanteil von 47 % eingesetzt werde. Zu Recht macht sie dabei aber selbst nicht geltend, damit würde irgendeine Gesetzes- oder Statutenbestimmung verletzt. Die Pflicht, ihre Rechnungslegung und Berichterstattung durch eine Revisionsstelle prüfen zu lassen, bietet zwar den Minderheitsaktionären und den Gläubigern einen gewissen Schutz, der durch das Erfordernis der Unabhängigkeit verstärkt wird. Dies ändert aber nichts daran, dass die Revisionsstelle von der Generalversammlung - unter Vorbehalt abweichender Bestimmungen in den Statuten - jeweils mit dem absoluten Mehr der vertretenen Aktienstimmen (<ref-law>) gewählt wird und eine solche Wahl somit auch gegen den Willen einer starken Minderheit erfolgen kann. Die Anfechtung der von der Generalversammlung beschlossenen Wahl der Revisionsstelle erweist sich damit in allen Punkten als unbegründet.
5. Die Klägerin ficht auch die Wahl der E._ F._ & Partner AG als Konzernprüferin für das Rechnungsjahr 1999 an und wirft dem Handelsgericht dabei eine Verletzung von <ref-law> vor. Nach dieser Bestimmung ist nur ein besonders befähigter Revisor (<ref-law>) wählbar; bezüglich der Unabhängigkeit gelten für den Konzernprüfer die Bestimmungen über die Unabhängigkeit der Revisionsstelle sinngemäss. Wie vorstehend dargelegt, erfüllen die Revisoren E._ und F._ der als Konzernprüferin gewählten E._ F._ & Partner AG die Voraussetzungen der besonderen Befähigung (vgl. vorne Erwägung 4.1) und ist auch die erforderliche Unabhängigkeit der Revisoren und der Revisionsstelle gegeben (vgl. vorne Erwägung 4.2). Damit erweist sich die Berufung auch in diesem Punkt als unbegründet.
6. Die Klägerin rügt schliesslich eine Verletzung von <ref-law> bezüglich der vom Handelsgericht getroffenen Verlegung der Verfahrenskosten. Nach ihrer Auffassung hätte es ihr selbst bei einem Unterliegen ihrerseits keine Gerichtskosten auferlegen dürfen und die Parteikosten wettschlagen müssen.
<ref-law> regelt nur die Verlegung der Kosten des Verfahrens zwischen der Gesellschaft und dem anfechtenden Aktionär. Die Festsetzung der Höhe dieser Kosten und insbesondere der für die Bestimmung der Parteientschädigung massgeblichen Anwaltskosten wird durch das kantonale Prozessrecht geregelt. Diesbezüglich kann der Entscheid des kantonalen Richters nur wegen Willkür mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden. <ref-law> gibt dem Richter bei Anfechtungsklagen von Bundesrechts wegen die Befugnis, bei Abweisung der Klage die Kosten nach seinem Ermessen auf die Gesellschaft und den Kläger zu verteilen. Es geht dabei um eine Billigkeitsentscheidung (<ref-law>), die auf objektiver Interessenabwägung unter Beachtung der Umstände des beurteilten Falles beruht (<ref-ruling> E. 4 S. 432 mit Hinweisen). Ermessensentscheide dieser Art überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und greift nur ein, wenn die kantonale Instanz von dem ihm zustehenden Ermessen einen falschen Gebrauch gemacht hat oder wenn ihr Entscheid sich im Ergebnis als offensichtlich unbillig, in stossender Weise ungerecht erweist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 220; <ref-ruling> E. 4 S. 432 mit Hinweisen).
Gründe dieser Art werden von der Klägerin nicht geltend gemacht. Es kann zunächst kaum gesagt werden, die Klägerin hätte für ihre Klage begründeten Anlass gehabt. Die angefochtene Ausschüttung einer Tantieme hat sich nach dem für das Bundesgericht verbindlich festgestellten Sachverhalt klarerweise weder als statutenwidrig, unsachlich, gegen das Gebot der Gleichbehandlung der Aktionäre verstossend oder gar missbräuchlich erwiesen. Auch bezüglich der Anfechtung der Wahl der Revisionsstelle und der Konzernprüferin bestand kaum begründeter Anlass zur Klageerhebung. Dass sie von der Beklagten erst im Verfahren Auskunft über den Zeitaufwand erhielt, den die Revisoren E._ und F._ für die Prüfung der Jahresrechnung 1998 aufgewendet hatten, erwies sich als unerheblich (vgl. E. 4.1 vorne). Entscheidend erscheint vorliegend, dass <ref-law> vor allem für den Kleinaktionär das Missverhältnis zwischen dem Kostenrisiko und den finanziellen Chancen mildern soll (Böckli, a.a.O., § 16 N. 126; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 25 N. 80 f.). Die Klägerin ist indessen keine Kleinaktionärin und hinter ihrer Klage stehen, wie sie selbst darlegt, grosse eigene Interessen. Wenn sie die ihr vom Handelsgericht auferlegte Parteientschädigung als prohibitiv betrachtet, hat dies ihren eigenen Vorbringen nach seinen Grund vor allem im Streitwert, den das Handelsgericht der Festsetzung ihrer Höhe zugrunde gelegt hat. Darüber hat das Bundesgericht aber im Verfahren der Berufung nicht zu befinden. Die vom Handelsgericht vorgenommene Verlegung der Verfahrenskosten verletzt somit kein Bundesrecht.
7. Die Berufung ist damit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Diesem Verfahrensausgang entsprechend ist die Gerichtsgebühr von der Klägerin zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie hat die Beklagte überdies für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG). Es besteht kein Anlass, gemäss <ref-law> von dieser im Gesetz als Regel vorgesehenen Kostenverlegung nach Obsiegen und Unterliegen abzuweichen, wozu auf das in vorstehender Erwägung 6 Ausgeführte verwiesen werden kann.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 20'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 22'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2004
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: