Fatti:
A. Il 13 marzo 2006 il Consiglio comunale di Minusio ha adottato la revisione del piano regolatore. Scostandosi dalla proposta contenuta nel messaggio municipale del 13 gennaio 2004, il Legislativo comunale non ha introdotto la strumento del piano di quartiere (facoltativo) nelle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR). Contro questa deliberazione A._, cittadino attivo del Comune e proprietario di fondi ubicati nello stesso, è insorto al Consiglio di Stato, sostenendo che di fronte all'opposizione del Municipio, l'oggetto avrebbe dovuto essere rinviato a quest'ultimo per la presentazione di un nuovo messaggio: chiedeva inoltre di inserire nelle NAPR l'art. 37, come proposto dal Municipio.
B. Il 9 luglio 2008 il Governo cantonale ha approvato la criticata revisione e respinto il ricorso, ritenendo tardiva la critica sollevata dall'insorgente circa il mancato rinvio del messaggio al Municipio. Con giudizio del 14 aprile 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto, in quanto ricevibile, un ricorso sottopostogli da quest'ultimo.
C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di concedere effetto sospensivo ai gravami e, in via principale, di annullare la decisione impugnata e di reintegrare l'art. 37 NAPR, in via subordinata, di rinviare la causa alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale emanata in ambito pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). Il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF) è quindi manifestamente inammissibile, non essendo in presenza di nessuna delle eccezioni previste dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2, 249 consid. 1.2). La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.3 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling>). Per di più, quando il ricorrente invoca, come in concreto, la violazione di diritti costituzionali, il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure sollevate soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 3.2).
1.4 Riservati i casi dell'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale o comunale non costituisce di per sé un motivo di ricorso, ma può configurare una violazione del diritto federale ai sensi dell'<ref-law>, segnatamente qualora disattenda il divieto dell'arbitrio ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3). Chiamato a esaminare l'applicazione di una norma del diritto cantonale o comunale sotto il profilo dell'arbitrio, il Tribunale federale si scosta quindi dalla soluzione ritenuta dall'ultima istanza cantonale solo se appaia manifestamente insostenibile, in palese contraddizione con la situazione effettiva, non sorretta da ragioni oggettive e lesiva di un diritto certo. Non basta, inoltre, che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 5.1), ciò che spetta al ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2).
1.5 Il ricorrente accenna, in maniera del tutto generica, a un'asserita mancata ponderazione dei fatti, rilevando d'aver prodotto alcuni documenti di cui non è stato compiutamente tenuto conto da parte delle istanze. Ora, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF): può scostarsene solo qualora l'accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law>, cioè in maniera arbitraria (<ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3). La parte ricorrente, che intende contestare i fatti accertati dall'autorità inferiore, deve quindi spiegare in maniera circostanziata per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> sarebbero realizzate (<ref-ruling> consid. 1.4 e 6.2). Gli accenni ricorsuali non adempiono del tutto queste esigenze di motivazione, per cui i fatti posti a fondamento della sentenza impugnata sono vincolanti per il Tribunale federale.
2. 2.1 Riguardo all'asserita violazione dell'art. 38 cpv. 2 della legge organica comunale, del 10 marzo 1987 (LOC), applicabile anche al Consiglio comunale per il rinvio dell'art. 59 cpv. 2 LOC, il Tribunale cantonale amministrativo ha ricordato che le proposte di emendamento sostanziali formulate da una commissione del legislativo non possono essere decise seduta stante da quest'ultimo, se non sono condivise dal Municipio. Ha rilevato che secondo l'art. 74 cpv. 1 LOC, nei comuni ove è stato istituito il consiglio comunale, il suo presidente pubblica all'albo comunale le risoluzioni entro cinque giorni, con l'indicazione dei mezzi e dei termini di ricorso per l'esercizio del diritto di referendum: questa pubblicazione permette pure, come in tutti i comuni, l'esercizio del diritto di ricorso per violazione della citata legge dapprima al Consiglio di Stato e in seguito al Tribunale cantonale amministrativo (art. 208 cpv. 1 LOC).
Ha poi ricordato che una seconda pubblicazione, da effettuare preferibilmente dopo la scadenza inutilizzata dei termini di ricorso e di referendum stabiliti nella prima, ha luogo sulla base dell'art. 34 cpv. 2 della legge cantonale di applicazione della legge federale sulla pianificazione del territorio del 23 maggio 1990 (LALPT), per un periodo di trenta giorni: essa ha per oggetto l'impugnazione del contenuto del piano regolatore. La Corte cantonale ha quindi stabilito che la censura attinente all'asserita lesione dell'art. 38 cpv. 2 LOC, proposta in questo secondo stadio della procedura, era tardiva.
2.2 Al riguardo il ricorrente adduce semplicemente che "parecchie" motivazioni e i relativi mezzi di prova del suo gravame sarebbero stati ignorati dalla Corte cantonale, limitandosi peraltro, in maniera inammissibile, ricordato che la motivazione dell'impugnativa deve figurare nell'atto di ricorso medesimo (<ref-ruling> consid. 2.1), a rinviare agli allegati prodotti dinanzi all'istanza precedente. Egli non precisa inoltre quali censure non sarebbero state esaminate. Per di più, egli come invece gli incombeva, neppure tenta di dimostrare perché il Tribunale cantonale amministrativo avrebbe a torto dichiarato inammissibili le sue critiche di violazione dell'art. 38 cpv. 2 LOC e non le avrebbe esaminate nel merito. In effetti, secondo la giurisprudenza, ove l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso inammissibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, il ricorrente deve addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali e si sarebbe quindi a torto rifiutata di procedere all'esame di merito (<ref-ruling> consid. 2b, 134 consid. 2). Se il ricorrente, come nella fattispecie, non lo dimostra, ma ripropone le argomentazioni di merito addotte davanti all'ultima istanza cantonale, la critica è inammissibile.
2.3 L'atto di ricorso si esaurisce in gran parte nella narrazione della cronistoria del complesso immobiliare denominato X._, del quale il ricorrente è promotore, fattispecie che ha già occupato più volte il Tribunale federale, definita da numerose sentenze cresciute in giudicato. Questa fattispecie esula manifestamente dall'oggetto del litigio. Il ricorrente non contesta infatti i diversi argomenti posti a fondamento del giudizio impugnato, limitandosi a proporre, per di più in maniera meramente generica e appellatoria, censure già esaminate e respinte dal Tribunale federale, mischiando e confondendo in maniera inammissibile diverse procedure, ormai concluse, insistendo diffusamente e in maniera ininfluente ai fini del presente giudizio sulla sentenza 1P.368/1992 del 3 febbraio 1994 del Tribunale federale, a suo dire errata.
2.4 In effetti, riguardo alla questione della realizzazione parziale del citato parco immobiliare, sulla quale è imperniato l'atto di ricorso, iniziata nel 1975 e i cui lavori di costruzione sono stati interrotti circa venti anni fa, la Corte cantonale ha ritenuto che non è dato di sapere se il progetto soddisfi le premesse per essere considerato in un piano di quartiere facoltativo del tipo suggerito dal Municipio, già per il motivo che questo strumento pianificatorio è stato proposto per la prima volta con la revisione del piano regolatore in questione. Essa ha poi ritenuto, in secondo luogo, che il proprietario non può imporre al comune una pianificazione del proprio fondo in funzione dei suoi intendimenti edilizi.
Anche riguardo a queste conclusioni il ricorrente, contrariamente all'obbligo impostogli dall'<ref-law>, non si esprime del tutto. Per di più, quando la decisione impugnata, come nella fattispecie, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>).
3. 3.1 Riguardo al piano di quartiere litigioso, la Corte cantonale ha ritenuto che il piano regolatore proposto dal Municipio di Minusio prevedeva l'allestimento obbligatorio di un siffatto piano solo per un determinato comparto (centro paese) e per una zona speciale. Ha aggiunto, che il Municipio aveva proposto l'introduzione nel piano regolatore dell'art. 37 NAPR intitolato "piani di quartiere", riferito manifestamente solo a quelli il cui allestimento appariva facoltativo. La proposta è stata preavvisata negativamente dalla commissione speciale per il piano regolatore, perché non erano state preventivamente individuate da parte del Municipio le superfici che avrebbero potuto essere oggetto di questa normativa: all'unanimità il legislativo comunale ha quindi rifiutato la proposta municipale. Questa soluzione è stata condivisa dalla Corte cantonale, la quale ha ritenuto che il legislativo, a conoscenza della problematica, ha optato per una soluzione di sua esclusiva competenza, che rientrava nell'ampio margine decisionale che la legislazione superiore lascia al comune in merito all'organizzazione del proprio territorio.
In secondo luogo, essa ha stabilito che anche le preoccupazioni che hanno condotto alla criticata scelta, le quali consideravano gli effetti del piano di quartiere sul territorio, apparivano pertinenti, visto che le autorità comunali non erano in grado di individuare le aree che, secondo loro, si sarebbero prestate a tale scopo. La Corte cantonale ha poi ricordato che gli indirizzi pianificatori cantonali attuali tendono piuttosto a un abbandono dello strumento del piano di quartiere facoltativo, per cui ha relativizzato l'invito del Consiglio di Stato al Comune a riflettere sull'opportunità di comunque introdurre l'istituto del piano di quartiere.
3.2 Il ricorrente non critica queste motivazioni di merito, indipendenti, limitandosi ad addurre, sempre in maniera generica, che il Consiglio di Stato, la cui decisione non è tuttavia quella impugnata, avrebbe dovuto intervenire d'ufficio e per di più si riferisce anche in quest'ambito solo al suo progetto immobiliare. Egli per contro non critica i motivi ritenuti dai giudici cantonali, censurando, peraltro in maniera del tutto superficiale, la tesi della commissione speciale per il piano regolatore, disattendendo che oggetto del ricorso può essere soltanto la decisione dell'ultima istanza cantonale.
3.3 L'argomento ricorsuale della disparità di trattamento in caso di cambiamento del diritto è del tutto ininfluente, ritenuto che nel caso di specie la legislazione non è stata modificata. Le diffuse censure del ricorrente inerenti ai ritardi nella realizzazione del suo progetto immobiliare e delle relative varianti esulano manifestamente dall'oggetto del litigio. La stessa conclusione vale pure per la richiesta di esaminare, alla luce del previgente art. 27 NAPR, se la licenza concessa per la cosiddetta variante scalare del progetto immobiliare si fonderebbe su un asserito apprezzamento errato del Municipio. Per di più, nella sentenza impugnata, la Corte cantonale ha stabilito che la domanda ricorsuale volta a confermare la validità dell'art. 27 NAPR del previgente piano regolatore, che reggeva l'istituto delle edificazioni su grandi superfici, era irricevibile, poiché nuova. Il ricorrente non contesta del tutto questa conclusione.
3.4 Egli, insistendo ripetutamente e sotto vari aspetti ad asserire che il suo complesso immobiliare adempirebbe pienamente gli intendimenti della pianificazione comunale, disattende che queste questioni sono già state decise con sentenze cresciute in giudicato. Esse non sono peraltro oggetto della revisione del piano regolatore su cui verte la sentenza impugnata. Ciò vale anche per l'accenno a un diniego di giustizia, poiché il Municipio e il Consiglio di Stato non avrebbero ancora evaso domande inerenti all'altezza dello stabile D del suo progetto immobiliare.
Il ricorrente, richiamando scritti del 1995, fa infine valere la violazione dell'<ref-law> e della garanzia della via giudiziaria (<ref-law>), poiché, a suo dire, precedenti giudizi del Tribunale cantonale amministrativo e del Tribunale federale, inerenti alle altezze degli edifici del suo progetto immobiliare, sarebbero errati, motivo per il quale dovrebbero essere "sanati". Le generiche critiche, che se del caso avrebbero dovuto essere tempestivamente proposte con una domanda di revisione, sono chiaramente tardive e non concernono comunque l'oggetto del litigio.
4.1 Ne segue, che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
4.1 Ne segue, che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
4.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, al Municipio di Minusio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.