Faits :
A. Le 2 avril 2006, un incendie, provoqué par le téléviseur d'une locataire, s'est déclaré au premier étage d'un immeuble à Monthey. En raison de la propagation des gaz de combustion chauds et de la fumée, les locataires du deuxième et du troisième étages sont tous deux décédés d'une intoxication aiguë au monoxide de carbone.
B. Suite à ces faits, une enquête a été ouverte par l'Office du Juge d'instruction du Bas-Valais. Dans le cadre de celle-ci, A.X._ et B.X._, père et mère de l'une des victimes, ont sollicité divers moyens de preuve, en complément d'un rapport de l'Institut de police scientifique de l'Université de Lausanne. Le 9 octobre 2006, le Juge d'instruction les a informés que des questions complémentaires seraient posées à l'expert et que sa décision quant aux autres moyens de preuve demeurait réservée. Sans autre communication, par décision du 20 décembre 2006, il a classé l'enquête, en application de l'art. 52bis du code de procédure pénale valaisan (CPP/VS).
C. Contre cette décision, A.X._ et B.X._ ont porté plainte auprès de la Chambre pénale du Tribunal cantonal valaisan.
Par décision du 21 mai 2007, la Chambre pénale a admis la plainte, pour violation du droit d'être entendu des plaignants, et renvoyé la cause au magistrat informateur, afin qu'il complète l'instruction préparatoire par l'administration des preuves requises par ceux-ci. Elle a mis les frais à la charge de l'Etat et arrêté à 750 fr., débours compris, le montant des dépens alloués aux plaignants.
D. A.X._ et B.X._ forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Se plaignant exclusivement du montant des dépens qui leur ont été alloués, ils concluent à la modification de la décision attaquée en ce sens que ce montant soit porté à 3000 fr., subsidiairement à son annulation.
Le Ministère public a renoncé à se déterminer. L'autorité cantonale a formulé diverses observations sur le fond, renvoyant pour le surplus à sa décision.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit pénal (<ref-law>), par une autorité cantonale statuant en dernière instance (<ref-law>). Il convient cependant d'examiner si, de par sa nature, elle peut faire l'objet d'un recours.
1.1 La décision attaquée renvoie la cause au magistrat instructeur, pour complément d'instruction et nouvelle décision, et statue sur les frais et dépens de la procédure de plainte devant la Chambre pénale. Il ne s'agit donc pas d'une décision finale, puisqu'elle ne met pas un terme à la procédure pénale ouverte suite aux faits survenus le 2 avril 2006 (cf. <ref-law>), ni d'une décision partielle, telle que définie à l'<ref-law>, mais d'une décision incidente au sens de l'<ref-law>.
La notion de décision incidente au sens de l'<ref-law> correspond en effet à celle de l'art. 87 al. 2 aOJ (cf. Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale; FF 2001, 4000 ss, 4131), de sorte que la jurisprudence relative à cette dernière disposition conserve sa valeur. Or, selon cette jurisprudence, le prononcé par lequel une autorité cantonale supérieure renvoie une affaire, pour nouvelle décision, à une autorité qui a statué en première instance est une décision incidente et le prononcé sur les frais et dépens, inclus dans la décision de renvoi, constitue, lui aussi, une décision incidente (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 407; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 316/317; <ref-ruling> consid. 1a/aa p. 41/42; <ref-ruling> consid. 1a in fine p. 253; cf. également arrêt 4P.307/2006, du 9 février 2007, consid. 3).
1.2 Sous réserve de l'hypothèse prévue à l'<ref-law>, qui n'entre pas en considération en l'espèce, une décision incidente ne peut faire l'objet d'un recours que si elle cause un préjudice irréparable (<ref-law>), par quoi on entend un préjudice juridique, c'est-à-dire qui ne puisse être réparé ultérieurement, notamment par un jugement final (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 59; <ref-ruling> consid. 1c p. 94; <ref-ruling> consid. 2 p. 210 et les arrêts cités; cf. également arrêt 6B_149/2007, du 17 juillet 2007, consid. 1.2). Le prononcé sur les frais et dépens, inclus dans une décision de renvoi, n'entraîne toutefois pas de préjudice irréparable. En effet, si l'autorité à laquelle la cause est renvoyée rend une décision défavorable à la partie lésée par ce prononcé, celle-ci pourra, après épuisement des instances cantonales, l'attaquer, en même temps que la décision sur le fond, par un recours au Tribunal fédéral; si elle n'a plus d'intérêt juridiquement protégé à recourir sur le fond, notamment parce que l'une des autorités cantonales a statué entièrement en sa faveur, elle pourra attaquer le prononcé sur les frais et dépens par un recours au Tribunal fédéral dirigé directement contre la décision de l'autorité cantonale inférieure (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 407; <ref-ruling> consid. 1a/bb p. 42/43; <ref-ruling> consid. 1b p. 254/255; cf. également arrêt 4P.307/2006, du 9 février 2007, consid. 3). Au demeurant, le prononcé sur les frais et dépens ne peut pas constituer un titre de mainlevée définitive, selon l'<ref-law>, avant l'entrée en force de chose jugée d'une décision terminant le procès (<ref-ruling> consid. 3 p. 406; arrêt 4P.307/2006, du 9 février 2007, consid. 3).
1.3 Au vu de ce qui précède, la décision attaquée ne peut faire l'objet d'un recours, qui est dès lors irrecevable à son encontre.
2. Le recours doit ainsi être déclaré irrecevable. Le fait que l'autorité cantonale a indiqué erronément que sa décision pouvait faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral n'y change rien (<ref-ruling> consid. 1c p. 334). Les recourants, qui succombent, devront donc supporter conjointement les frais (art. 66 al. 1 et 5 LTF), dont le montant sera toutefois réduit pour tenir compte de cette circonstance.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est déclaré irrecevable.
2. Un émolument judiciaire de 1000 fr. est mis conjointement à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourants, au Ministère public du canton du Valais et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Chambre pénale.
Lausanne, le 11 octobre 2007
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: