Sachverhalt:
A. In der von der Y._ AG gegen X._ eingeleiteten Betreibung Nr. 1 vollzog das Betreibungsamt Z._ beim Schuldner am 25. Mai 2009 eine provisorische Pfändung.
B. Gegen die am 14. Juli 2009 versandte Pfändungsurkunde erhob X._ am 27. Juli 2009 eine betreibungsrechtliche Beschwerde, welche das Kreisgericht St. Gallen als untere Aufsichtsbehörde in Betreibungssachen mit Entscheid vom 24. September 2009 abwies.
Die hiergegen erhobene Weiterziehung wies das Kantonsgericht St. Gallen als obere kantonale Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung mit Entscheid vom 3. November 2009 ebenfalls ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 16. November 2009 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um Aufhebung dieses Entscheides sowie der Pfändung. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer Betreibungssache, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig vom Streitwert offen steht (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die Beschwerdefrist von 10 Tagen ist eingehalten (<ref-law>).
2. Erwerbseinkommen jeder Art kann soweit gepfändet werden, als es nach dem Ermessen des Betreibungsbeamten für den Schuldner und seine Familie nicht unbedingt notwendig ist (<ref-law>). Diese Bestimmung räumt dem Betreibungsamt bzw. der Aufsichtsbehörde für die Bestimmung des Existenzminimums ein Ermessen ein, in welches das Bundesgericht nur bei Ermessensüberschreitung oder Ermessensmissbrauch eingreift, namentlich wenn sachfremde Kriterien berücksichtigt oder rechtserhebliche Umstände ausser Acht gelassen worden sind (<ref-ruling> E. 2 S. 324; zur analogen Situation beim Rekurs gemäss Art. 19 aSchKG siehe <ref-ruling> E. 2.1 S. 766; <ref-ruling> E. 2.1 S. 283 f.).
Sodann ist das Bundesgericht grundsätzlich an die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen gebunden (<ref-law>). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), was bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Willkür in der Beweiswürdigung setzt voraus, dass der Richter den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich nicht erkannt, ohne vernünftigen Grund ein entscheidendes Beweismittel ausser Acht gelassen oder aus den vorhandenen Beweismitteln einen unhaltbaren Schluss gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
3. Was den Sachverhalt anbelangt, geht es vorliegend um die Frage, ob der Schuldner monatliche Zahlungen von Fr. 1'000.-- an seine Ehefrau erbringt und bejahendenfalls, für welche Position(en) diese Zahlungen genau erbracht werden. Davon ausgehend stellt sich gegebenenfalls die rechtliche Anschlussfrage, ob die Zahlungen im schuldnerischen Existenzminimum berücksichtigt werden müssen.
3.1 Das Obergericht hat festgehalten, vor der unteren Aufsichtsbehörde habe der Beschwerdeführer noch kritisiert, das Betreibungsamt habe keine Unterhaltsbeiträge für die "Lebenspartnerin" berücksichtigt. Aus den nunmehr vor der oberen Aufsichtsbehörde eingereichten Beilagen gehe hingegen hervor, dass die Quittungen von der Ehefrau unterzeichnet worden seien. Der Beschwerdeführer reiche aber keine weiteren Unterlagen über eine Trennung oder eine gerichtliche Unterhaltsfestsetzung ein, ebenso wenig liege eine schriftliche Parteivereinbarung über allfällige Unterhaltsbeiträge vor. Nicht geklärt sei, ob der Schuldner und seine Ehefrau tatsächlich getrennt lebten oder lediglich verschiedene Anschriften aufwiesen. Unklar bleibe zudem, was mit den Quittungen, in denen einfach von "Unterhalt" die Rede sei, abgegolten werde, insbesondere ob damit anderweitige Zahlungen (z.B. die im Existenzminimum berücksichtigten Positionen "Mietzins A._" oder "Ausbildungsbeitrag Tochter") mitumfasst seien. Die vom Schuldner eingereichten Quittungen seien als solche unklar und nicht geeignet, einen weiteren abzugsfähigen Aufwand in der Existenzminimumsberechnung nachzuweisen.
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die kantonalen Instanzen würden unrechtmässig in seinen Notbedarf eingreifen. Er habe bereits gegenüber der Vorinstanz ausgeführt, dass nach den massgeblichen Richtlinien zur Berechnung des betreibungsrechtlichen Existenzminimums rechtlich oder moralisch geschuldete Unterstützungs- und/oder Unterhaltsbeiträge beim Nachweis der Zahlung abzugsfähig seien. Es könne keine Rolle spielen, ob diesbezüglich zusätzliche schriftliche Vereinbarungen bestünden, zumal sich die Vereinbarung bereits aus dem auf den Quittungen enthaltenen Wort "Unterhaltsbeitrag" ergebe. Zudem sei er bereits aufgrund von <ref-law> (gemeint: <ref-law>) zur Unterstützung seiner Ehefrau verpflichtet. Sodann würde es keine Rolle spielen, ob der Unterhaltsbeitrag von Fr. 1'000.-- für den Mietzins der Frau oder für den Ausbildungsbetrag an die Tochter wäre, da beides ebenfalls abzugsfähig sei. Den Vorinstanzen und erst recht dem Betreibungsamt sei im Übrigen bekannt, dass die Eheleute Imhof seit Jahren getrennt lebten.
3.3 Diese Ausführungen sind in erster Linie rechtlicher Natur. Indes hat die obere Aufsichtsbehörde, deren Entscheid angefochten ist, nicht verneint, dass rechtlich geschuldete Unterhaltsbeiträge anerkannt werden könnten; vielmehr hat sie ausgeführt, weshalb ohne nähere Erläuterung der konkreten Situation mit der blossen Vorlage von Quittungen kein genügender Nachweis erbracht sei, dass die Zahlungen für Positionen erbracht worden sind, die im schuldnerischen Existenzminimum (zusätzlich) berücksichtigt werden könnten. Dies beschlägt die Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung, die für das Bundesgericht nach dem in E. 2 Gesagten grundsätzlich verbindlich ist. Der (anwaltlich vertretene) Beschwerdeführer bringt in diesem Zusammenhang nicht einmal vor, welches verfassungsmässige Recht verletzt worden sein soll. Aber selbst bei der Annahme einer sinngemässen Willkürrüge wären die daran zu stellenden Substanziierungsvoraussetzungen (dazu E. 2) nicht ansatzweise erfüllt. Zum einen wäre der Beschwerdeführer gehalten gewesen, die konkreten Umstände der angeblichen Unterstützung darzutun, zumal die obere kantonale Aufsichtsbehörde von der konkreten familiären Situation keine Kenntnis haben konnte und allfälliges Wissen des Betreibungsbeamten insofern nicht von Belang sein kann, als die Quittungen erst im (zweitinstanzlichen) Beschwerdeverfahren eingereicht worden sind. Zum anderen hätte sich der Beschwerdeführer mit jedem der Argumente des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen und im Einzelnen aufzeigen müssen, inwiefern die obere kantonale Aufsichtsbehörde dabei in Willkür verfallen sein soll.
4. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde mangels Substanziierung nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang ist dem Beschwerdeführer eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 400.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, obere kantonale Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli