Fatti:
A. A._, cittadino del Kosovo, è giunto in Svizzera il 7 gennaio 1991. Egli è stato posto al beneficio di un permesso di dimora e, dal 1995, di un permesso di domicilio.
Con sentenza del 5 aprile 2006, il Consiglio dei minorenni ha condannato A._, unitamente a B._, alla misura del collocamento in una casa di educazione a tempo indeterminato, ma almeno per due anni, dopo averlo ritenuto colpevole dei reati di assassinio, furto d'uso, guida senza licenza di condurre, grave infrazione e contravvenzione alla legge federale sulla circolazione stradale, ripetuta infrazione e ripetuta contravvenzione alla legge federale sugli stupefacenti e sulle sostanze psicotrope.
Egli è quindi stato collocato presso un foyer dove, dopo essere fuggito il 29 giugno 2006, è stato riportato qualche giorno più tardi ed è rimasto fino al marzo del 2009, quando il Magistrato dei minorenni ha sostituito la misura del collocamento con quella della sorveglianza.
B. Sulla base di questi fatti, dopo aver provveduto in tal senso anche nei confronti di B._, il 27 gennaio 2010 la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Canton Ticino ha comunicato ad A._ la decadenza (recte: la revoca) del suo permesso di domicilio, per gravi motivi di polizia e di ordine pubblico. Esso gli ha quindi intimato di lasciare il territorio elvetico entro il 31 marzo successivo. Tale decisione è stata confermata su ricorso dal Consiglio di Stato il 26 maggio 2010 e, in seguito, dal Tribunale cantonale amministrativo, con sentenza del 31 agosto 2010.
C. Il 6 ottobre 2010, A._ ha inoltrato un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale con cui chiede l'annullamento della sentenza cantonale e la pronuncia di un ammonimento.
Sia nel caso la sua domanda principale venisse accolta che in quello in cui fosse respinta, egli postula inoltre espressamente l'annullamento del p.to 2 del dispositivo della decisione del 26 maggio 2010 del Consiglio di Stato, che lo obbliga a pagare una tassa di giustizia di fr. 600.--, ed il riconoscimento di un adeguato importo a titolo di ripetibili, quale conseguenza della violazione del suo diritto di essere sentito da parte della Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino, di cui chiede l'accertamento.
Chiamato ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. Ad essa hanno fatto rinvio anche la Sezione della popolazione e l'Ufficio federale della migrazione. Il Consiglio di Stato si è invece rimesso al giudizio di questa Corte.

Diritto:
1. 1.1 II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 24).
1.2 Presentata in tempo utile (art. 100 cpv. 1 LTF) dal destinatario della decisione querelata (art. 89 cpv. 1 LTF), l'impugnativa è nella fattispecie di principio ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 segg. LTF. Concerne infatti la revoca di un'autorizzazione che, essendo di durata illimitata, continuerebbe altrimenti a produrre effetti giuridici (art. 83 lett. c n. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 4).
1.3 In ragione dell'effetto devolutivo dei ricorsi interposti in precedenza, con tale impugnativa il ricorrente è però unicamente legittimato a formulare conclusioni riguardanti l'annullamento o la riforma della sentenza del Tribunale cantonale amministrativo. Per quanto espressamente rivolto alla modifica del p.to 2 del dispositivo del giudizio del Consiglio di Stato del 26 maggio 2010, implicante l'accertamento della violazione del diritto di essere sentito del ricorrente da parte della Sezione della popolazione, il ricorso è pertanto inammissibile (<ref-ruling> consid. 1.4 pag. 144).
1.4 Nel seguito, resta di conseguenza da esaminare la legalità della revoca dell'autorizzazione di domicilio sin qui detenuta dal ricorrente.
2. 2.1 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può tra l'altro venir censurata la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nozione che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.). Rispettate le condizioni di cui all'art. 42 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF) e può accogliere o respingere un ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati o su cui si è fondata l'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254). La violazione di diritti fondamentali è per contro esaminata unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
2.2 Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 97 cpv. 1 LTF); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
3. La procedura riguarda un provvedimento di revoca del permesso di domicilio di una persona nata nel 1989 e giunta nel nostro Paese nel 1991.
3.1 Giusta l'art. 63 cpv. 2 della legge federale sugli stranieri del 16 dicembre 2005 (LStr; RS 142.20), il permesso di domicilio di uno straniero che soggiorna regolarmente e ininterrottamente da oltre 15 anni in Svizzera può essere revocato solo per i motivi di cui al capoverso 1 lett. b di tale norma, ovvero se ha violato gravemente o espone a pericolo l'ordine e la sicurezza pubblici in Svizzera o all'estero o costituisce una minaccia per la sicurezza interna o esterna della Svizzera, oppure se, in base all'art. 62 lett. b LStr, egli è stato condannato a una pena detentiva di lunga durata.
Una violazione della sicurezza e dell'ordine pubblici è data in caso di mancato rispetto di prescrizioni di legge e di decisioni delle autorità (art. 80 cpv. 1 lett. a dell'ordinanza sull'ammissione, il soggiorno e l'attività lucrativa del 24 ottobre 2007 [OASA; RS 142.201]); vi è per contro esposizione della sicurezza e dell'ordine pubblici a pericolo, se sussistono indizi concreti che il soggiorno in Svizzera dello straniero in questione porti con notevole probabilità a una violazione della sicurezza e dell'ordine pubblici (art. 80 cpv. 2 OASA); una pena detentiva è di lunga durata se è stata pronunciata per più di un anno (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 379 segg.).
3.2 Anche in presenza di motivi di revoca giusta l'art. 63 cpv. 2 LStr, questa misura si giustifica solo quando - tenuto in particolare conto degli interessi pubblici e della situazione personale nonché del grado d'integrazione dello straniero - risulta proporzionata (art. 96 LStr; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 381 seg.).
Se un permesso di domicilio viene revocato perché è stato commesso un reato, il primo criterio per valutare la gravità della colpa è costituito dalla condanna inflitta in sede penale. Conformemente alla giurisprudenza, per ammettere la revoca di un permesso di domicilio devono però essere poste esigenze tanto più elevate quanto più lungo è il tempo vissuto in Svizzera. Anche nei confronti di stranieri che sono nati ed hanno finora vissuto sempre nel nostro Paese una simile misura non è tuttavia esclusa e può essere adottata sia quando una persona si sia macchiata di delitti particolarmente gravi - di carattere violento, a sfondo sessuale, o in relazione con il commercio di stupefacenti - sia quando il soggetto in discussione si è reso punibile a più riprese (sentenza 2C_901/2010 del 23 marzo 2011 consid. 3.2 con rinvii).
3.3 Nel caso il provvedimento deciso abbia ripercussioni sulla vita privata e familiare ai sensi dell'art. 8 CEDU, il rispetto del principio della proporzionalità si impone nel contempo in base a questa norma (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 381 seg.; <ref-ruling> consid. 3 pag. 439 segg.).
L'adozione di un provvedimento che pone fine al diritto di soggiorno nei confronti di una persona resasi colpevole di reati quando ancora era minorenne e che ha trascorso la sua infanzia e giovinezza in Svizzera non è affatto esclusa neppure nell'ottica dell'art. 8 CEDU; deve tuttavia basare su motivi qualificati (sentenza 2C_125/2010 del 28 ottobre 2010 consid. 2.3).
Analogamente a quanto vale in applicazione dell'art. 96 LStr, essa richiede un esame complessivo della fattispecie. In tale ambito, oltre ad aspetti peculiari ad ogni singolo caso, viene in particolare attribuito un rilievo specifico al carattere e alla gravità del reato commesso dallo straniero, ai suoi legami familiari in Patria e nel Paese che lo ospita, alla durata del suo soggiorno in quel Paese, nonché al tempo trascorso dal compimento degli atti rimproveratigli e al comportamento riscontrato nel seguito (sentenze della Corte europea dei diritti dell'uomo in re Khan contro Regno Unito del 12 gennaio 2010, n. 47486/06, § 39 segg.; in re Maslov contro Austria del 23 giugno 2008, n. 1638/03, § 68 e in re Emre contro Svizzera del 22 maggio 2008, n. 42034/04, § 65 segg. risp. 72 segg.).
4. Nella fattispecie, a ragione il ricorrente non contesta l'esistenza di un motivo di revoca del permesso di cui ha finora beneficiato. Con il compimento del reato di assassinio di cui è stato tra l'altro riconosciuto colpevole, egli adempie infatti chiaramente ai criteri previsti dall'art. 63 cpv. 1 lett. b LStr (sentenze 2C_273/2010 del 6 ottobre 2010 consid. 3.2; 2C_318/2010 del 16 settembre 2010 consid. 3.2; 2C_847/2009 del 21 luglio 2010 consid. 2.2). Ciò nondimeno, postula l'annullamento della decisione impugnata poiché sarebbe frutto, a suo dire, di un'errata ponderazione dei differenti interessi in discussione e chiede che il provvedimento di revoca venga semmai sostituito da un ammonimento (art. 96 cpv. 2 LStr).
Da una parte, il ricorrente rileva di non poter essere più considerato un pericolo effettivo per la sicurezza e l'ordine pubblici tale da giustificare un suo allontanamento. In questo contesto, sottolineando di essere stato oggetto di una sola condanna, ritiene che nel giudizio impugnato non sia stato tenuto sufficientemente conto del fatto che i reati per cui è stato giudicato risalgono a sei anni fa, che all'epoca egli aveva 16 anni, così come del fatto che da quel momento ha tenuto un comportamento ineccepibile.
D'altra parte, censura le conclusioni tratte in merito alle conseguenze della revoca del permesso di domicilio dal punto di vista familiare.
5. Sennonché, sia nell'ottica del diritto interno che di quello convenzionale, le critiche formulate nei confronti del giudizio impugnato risultano infondate.
5.1 Con riferimento alla loro descrizione - contenuta nel giudizio penale del Consiglio dei minorenni - la Corte cantonale ha innanzitutto a ragione rilevato che i fatti che hanno portato alla pronuncia della condanna del 5 aprile 2006, che teneva conto di una leggera scemata responsabilità sia del ricorrente che di B._, erano di una gravità estrema. Il quadro che risulta da tale giudizio (consid. D pag. 7 segg. e consid. 2 pag. 21 segg.), definito non a torto agghiacciante, dato che ha portato alla brutale uccisione di una persona al solo fine di sottrarle un centinaio di pastiglie di ecstasy, non può in effetti che portare a questa valutazione.
Essa ha quindi correttamente considerato che il comportamento descritto, di deliberata violenza, giustificato unicamente da motivi egoistici e accompagnato in seguito dalla vendita di circa la metà delle pastiglie sottratte alla vittima, conferisce la facoltà di pronunciare un provvedimento di revoca del permesso di domicilio anche nei confronti di uno straniero che soggiorni in Svizzera da lungo tempo, come è il caso per il ricorrente.
Benché compiuto in giovane età, tenuto conto delle modalità in cui esso è stato commesso e dei motivi che vi stavano alla base, l'assassinio di cui si è macchiato il ricorrente è infatti di una gravità tale da permettere la conclusione che egli costituisca un pericolo, che la collettività non è di principio tenuta a tollerare (sentenze 2C_901/2010 del 23 marzo 2011 consid. 5.1 e 2C_218/2010 del 27 luglio 2010 consid. 3.3.1 con rinvii; sentenza in re Maslov, § 85 sempre con rinvii).
5.2 Davanti al compimento dei reati per cui il ricorrente è stato condannato, che risale certo alla primavera del 2005 ma che - contrariamente a quanto rilevato nell'impugnativa - non può già essere considerato lontano nel tempo, la Corte cantonale ha nel seguito pure lecitamente concluso che l'interesse alla revoca del permesso di domicilio di cui egli godeva sia preponderante rispetto all'interesse da lui fatto valere a sostegno del mantenimento dello stesso.
5.2.1 In effetti, benché dagli atti risulti che il ricorrente ha raggiunto gli obiettivi perseguiti con il suo collocamento nel foyer in cui era stato destinato - da dove era però anche fuggito - e nonostante dal termine del suo collocamento abbia dato prova di impegno e volontà, va ricordato che, secondo giurisprudenza, tali aspetti devono essere soppesati insieme ad altri tra cui quello - almeno altrettanto importante - del carattere e della gravità dei reati commessi.
E proprio a quest'ultimo aspetto la Corte cantonale poteva nella fattispecie a ragione attribuire un ruolo preponderante. Nonostante non si sia soffermata a sufficienza sulla positiva evoluzione mostrata dal ricorrente, essa ha infatti correttamente rilevato che, compiendo i reati di cui è stato ritenuto colpevole, egli ha attentato in modo estremamente violento al bene più importante tutelato dal nostro ordinamento giuridico, ovvero alla vita umana (cfr. e contrario le citate sentenze in re Maslov, § 100 ed in re Emre, § 86, in cui la Corte europea dei diritti dell'uomo ha ammesso i ricorsi sulla base della relativa gravità e del carattere non violento dei reati in discussione).
Con lo spaccio delle pastiglie sottratte alla sua vittima, ha inoltre messo a repentaglio la salute di ulteriori persone, quindi compiuto un altro reato, riguardo a cui la giurisprudenza si mostra particolarmente severa e che, per quanto possibile, aggrava la sua posizione (<ref-ruling> consid. 4a/aa pag. 526 seg.; <ref-ruling> consid. 2c pag. 436).
5.2.2 Gli elementi indicati dal Tribunale amministrativo, permettevano nel contempo di ritenere che un rientro in Kosovo del ricorrente non è evidente ma è comunque esigibile.
Pur sottolineando le difficoltà di reinserimento che un ritorno nel suo Paese d'origine comporterebbe - soppesate anche dai giudici cantonali - il ricorrente non nega infatti che nel suo Paese di origine vive ancora una parte della sua famiglia, che dopo il suo arrivo in Svizzera egli vi si è recato in visita con una certa regolarità e che conosce sia la lingua che la cultura locali. Egli poi neppure contesta che il percorso educativo seguito durante il collocamento, che lo ha portato a svolgere uno stage come aiuto meccanico e ad acquisire una formazione come cuoco, potrà essergli d'aiuto anche dal punto di vista di un suo inserimento professionale (sentenze 2C_650/2010 del 10 febbraio 2011 consid. 3.2.3 e 2C_315/2009 del 27 ottobre 2009 consid. 5.2.1; cfr. inoltre e contrario la già menzionata sentenza in re Khan, § 42, in cui la Corte adita ha constatato una violazione della CEDU tra l'altro poiché - nonostante il traffico di droga in cui era stato implicato - il ricorrente non aveva da molti anni più nessun contatto con il Paese di origine).
5.2.3 Errata non può essere infine neanche considerata la valutazione espressa in merito alla situazione familiare.
Il fatto che dalla moglie del ricorrente, cittadina elvetica, non possa essere pretesa una partenza e che sia quindi poco probabile che voglia o possa seguire il marito in Kosovo non è in effetti determinante.
Secondo i vincolanti ed incontestati accertamenti della Corte cantonale (art. 105 cpv. 1 LTF), ella ha infatti conosciuto il suo futuro coniuge in occasione di uno stage nel foyer dove egli era stato collocato. Nonostante la revoca del permesso di domicilio sia stata inspiegabilmente pronunciata solo dopo un anno da quella di B._, quando ha iniziato a frequentarlo la moglie del ricorrente non poteva quindi ignorare né i suoi trascorsi delittuosi né che essi avrebbero potuto costituire un ostacolo ad una vita di coppia e familiare in Svizzera (sentenza 2C_475/2009 del 26 gennaio 2010 consid. 4.2.3; sentenza in re Khan, § 46 seg.).
Per quanto riguarda il figlio C._, egli ha oggi poco più di un anno, ovvero un'età in cui un trasferimento non comporterebbe particolari difficoltà di adattamento (sentenze 2C_475/2009 del 26 gennaio 2010 consid. 4.2.3 e 2C_381/2008 del 14 gennaio 2009 consid. 2.4). Gli importanti motivi di ordine e sicurezza pubblici in base ai quali il permesso di domicilio di suo padre è stato revocato, permettono inoltre di poter considerare esigibile una sua eventuale partenza benché egli sia di nazionalità svizzera (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 287 seg., sentenza 2C_541/2009 del 1° marzo 2010 consid. 3.2).
In questo contesto, al ricorrente non giova per altro neppure il richiamo agli art. 3 cpv. 1 e 10 cpv. 1 della Convenzione del 20 novembre 1989 sui diritti del fanciullo (RS 0.107). Al di là del fatto che egli stesso riconosce come il valore di tali norme è essenzialmente programmatico, e che da esse non può quindi venir dedotto nessun diritto al mantenimento di un'autorizzazione di soggiorno, la censura sollevata tende in effetti a rimproverare all'istanza precedente di non aver adeguatamente preso in considerazione gli interessi del fanciullo e si equivale pertanto alla critica di non aver proceduto ad una corretta ponderazione degli interessi in gioco (<ref-ruling> consid. 2.2.2 pag. 156 seg.; sentenza 2C_526/2009 del 14 maggio 2010 consid. 7).
5.2.4 Occorre infine ricordare che la misura presa non riguarda affatto i familiari del ricorrente, che hanno evidentemente la facoltà di continuare a soggiornare in Svizzera e quindi di mantenere i rapporti con il marito e con il padre via telefono, in forma scritta e nell'ambito di visite reciproche. Risulta infatti che nei suoi confronti è stata finora decisa unicamente una revoca del permesso di domicilio, che è anche il solo oggetto della procedura, cioè un provvedimento che di per sé non esclude un soggiorno del ricorrente nel nostro Paese per far visita alla famiglia (sentenza 2C_642/2009 del 25 marzo 2010 consid. 4.3.3 con rinvii).
5.3 Alla luce delle azioni delittuose evocate, del loro carattere e della loro gravità, la conclusione della Corte cantonale secondo cui l'interesse a revocare al ricorrente il permesso di domicilio risulta prevalente rispetto al suo interesse a continuare a soggiornare in Svizzera va pertanto confermata.
6. Per quanto precede, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso deve essere respinto, poiché infondato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale della migrazione.