(Beschlagnahme, Verwertung und Vernichtung), hat sich ergeben:
A.- Die Bezirksanwaltschaft Winterthur führt für die Bezirksanwaltschaft Andelfingen gegen die Verantwortlichen der Genossenschaft X._ in Y._ (im Folgenden Genossenschaft genannt) eine Strafuntersuchung wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Anbau und Vertrieb von Hanf). Am 26. September 2000 stellte die Kantonspolizei Zürich in verschiedenen, von der Genossenschaft betriebenen Lokalitäten bzw. auf deren Areal grüne Hanfpflanzen sicher. Am 28. September 2000 ordnete die Bezirksanwaltschaft Winterthur in vier Verfügungen an, die sichergestellten grünen Hanfpflanzen zu beschlagnahmen und ab
29. September 2000 zu verwerten. Für den Fall, dass sich für die sofortige Verwertung als Industriehanf kein Abnehmer finden sollte, der jede missbräuchliche Verwendung ausschliessen konnte, wurde die Vernichtung der beschlagnahmten Hanfpflanzen durch die Kantonspolizei vorgesehen.
Gemäss Rechtsmittelbelehrung betrug die Frist für einen begründeten Rekurs an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich drei Tage. Die Beschlagnahmeverfügungen wurden den Angeschuldigten W._ und C._, die für die Genossenschaft kollektiv zu zweien zeichnungsberechtigt sind, der Genossenschaft (vertreten durch den ebenfalls angeschuldigten Verwaltungspräsidenten O._), weiteren Angeschuldigten sowie dem Eigentümer der Lagerräumlichkeiten und Freilandparzellen zugestellt. Mit Ausnahme von O._ befanden sich alle Angeschuldigten zu diesem Zeitpunkt in Untersuchungshaft.
B.- Gegen die vier Beschlagnahmeverfügungen erhoben W._ und C._ Rekurs an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Sie beantragten unter anderem, der Genossenschaft sei im Beschlagnahmeverfahren Prozessstellung einzuräumen und ein Beistand zu bestellen.
Sie machten geltend, dieser könnte die Hanfpflanzen innert vernünftiger Frist einem Abnehmer für Industriehanf verkaufen.
Die Anordnung der Vernichtung durch den untersuchungsführenden Bezirksanwalt noch vor Vorliegen eines rechtskräftigen Strafurteils sei unzulässig. Mit Rekursentscheid vom 4. Oktober 2000 wies die Staatsanwaltschaft den Rekurs ab, soweit sie darauf eintrat. Zur Begründung führte die Staatsanwaltschaft an, beschwert sei die Genossenschaft und nicht die Rekurrenten. Diese hätten indessen den Rekurs ausdrücklich in eigenem Namen und nicht im Namen der Genossenschaft erhoben. Ihr Rekurs könne auch nicht in einen solchen für die Genossenschaft umgedeutet werden, da sie nicht schlüssig dargelegt hätten, weshalb die zum Selbsthandeln verhinderten Organe nicht für die Genossenschaft einen Vertreter bestellen oder ein Ansuchen im Sinne von <ref-law> um Beistandschaft an die Vormundschaftsbehörde stellen könnten, zumal die beiden Rekurrenten im Rekursverfahren durch den gleichen Vertreter vertreten seien.
Die Staatsanwaltschaft wies ebenfalls, soweit sie darauf eintrat, den gegen die Beschlagnahmeverfügungen erhobenen Rekurs des M._ ab. Auf denjenigen des O._ trat sie nicht ein. Die Hanfpflanzen wurden in der Folge vernichtet.
C.- Gegen den Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 4. Oktober 2000 führen W._ und C._ mit Eingabe vom 8. November 2000 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragen, der angefochtene Rekursentscheid sei aufzuheben, die Sache an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen und diese anzuweisen, den Rekurs materiell zu behandeln. Ferner ersuchen die Beschwerdeführer um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Die Beschwerdeführer rügen Verletzungen des Willkürverbots und des Gebotes von Treu und Glauben (<ref-law>) und machen geltend, sie wären gemäss § 395 Abs. 1 Ziff. 1 des zürcherischen Gesetzes betreffend den Strafprozess vom 4. Mai 1919 (Strafprozessordnung; StPO) bereits aufgrund ihrer Stellung als Angeschuldigte zur Rekurserhebung legitimiert gewesen. Gemäss <ref-law> sei die Anordnung einer unselbständigen Einziehung und Vernichtung einem Richter vorbehalten. Ferner verstosse das dem angefochtenen Rekursentscheid zugrunde liegende Verfahren gegen die Verbote der Rechtsverweigerung und des überspitzten Formalismus und verletze den Anspruch der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör (<ref-law>) und auf ein faires Verfahren (Art. 6 EMRK).
D.- Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Bezirksanwaltschaft Winterthur beantragt Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Sie macht geltend, von den blühenden (erntereifen) Hanfpflanzen sei eine Vielzahl von Proben zur Bestimmung des THC-Gehalts genommen worden. Erst nachdem deren Auswertung ergeben habe, dass der für Industriehanf zulässige Wert von 0,3 % durchwegs klar überstiegen wurde und sich gezeigt habe, dass kein legaler Markt für grüne Hanfpflanzen mit einem hohen THC-Gehalt vorhanden sei, seien diese Pflanzen vernichtet worden. Das sichergestellte Trockenmaterial sei hingegen aufbewahrt und eine weitere Verfügung darüber dem zuständigen Gericht vorbehalten worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit einer staatsrechtlichen Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a S. 258; <ref-ruling> E. 1a S. 414, je mit Hinweisen).
a) Der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid im Sinne von Art. 86 Abs. 1 OG, gegen den kein anderes eidgenössisches Rechtsmittel zur Verfügung steht.
b) Die staatsrechtliche Beschwerde ist, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, rein kassatorischer Natur. Soweit in der Beschwerde mehr verlangt wird als die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, kann darauf nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 1f S. 355).
c) Ebenfalls frei und von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, ob ein Beschwerdeführer zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert ist (<ref-ruling> E. 2 S. 249 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer sind kollektiv zu zweien zeichnungsberechtigte Mitglieder der Verwaltung der Genossenschaft, in deren Eigentum die vernichteten Hanfpflanzen standen. Zudem sind sie Angeschuldigte in dem gegen die Verantwortlichen der Genossenschaft geführten Strafverfahren. Die Staatsanwaltschaft sprach ihnen die Rekurslegitimation mit der Begründung ab, nicht sie selbst, sondern die Genossenschaft sei von den Beschlagnahmeverfügungen in ihren vermögenswerten Rechten direkt betroffen. Eine persönliche Beschwer der Rekurrenten sei nicht gegeben. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 88 OG ist der Beschwerdeführer zur staatsrechtlichen Beschwerde nur legitimiert, wenn er durch den angefochtenen Hoheitsakt in seinen rechtlich geschützten eigenen Interessen betroffen wird; zur Verfolgung rein tatsächlicher oder allgemeiner öffentlicher Interessen ist die staatsrechtliche Beschwerde nicht gegeben. Die eigenen rechtlichen Interessen, auf die sich der Beschwerdeführer berufen muss, können entweder durch kantonales oder eidgenössisches Gesetzesrecht oder aber unmittelbar durch ein angerufenes spezielles Grundrecht geschützt sein, sofern sie im Anwendungsbereich desselben liegen (<ref-ruling> E. 3b S. 85, mit Hinweisen).
d) Ungeachtet ihrer Legitimation in der Sache selbst sind die Beschwerdeführer nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung befugt, die Verletzung von kantonalen Verfahrensvorschriften zu rügen, sofern diese auf eine Rechtsverweigerung hinausläuft. Das nach Art. 88 OG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Wer an einem kantonalen Verfahren beteiligt war, kann in jedem Fall die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihm nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund des Bundesverfassungsrechts zustehen (<ref-ruling> E. 3b S. 86; <ref-ruling> E. 3b S. 94; <ref-ruling> E. 3c S. 312 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 250, je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer rügen, im kantonalen Verfahren sei ihnen das Recht verweigert worden und die kantonalen Behörden hätten das Gebot von Treu und Glauben und ihren Anspruch auf ein faires Verfahren verletzt. Die Beschwerdeführer sind befugt, diese Rügen im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren vorzubringen.
e) Die Beschlagnahmeverfügungen sind im Rahmen der gegen die Beschwerdeführer und die vier Mitangeschuldigten geführten Strafuntersuchung ergangen. Die Beschwerdeführer machen geltend, da in diesem Strafverfahren gegen sie massgeblich auf den ermittelten THC-Gehalt des Hanfkrautes abgestellt werde, seien sie durch die Vernichtung dieses Beweismaterials beschwert. Sie berufen sich auf <ref-law> und werfen der Staatsanwaltschaft vor, angesichts dieser Bestimmung sei die Verneinung ihrer Rekurslegitimation willkürlich. Als Verfahrensbeteiligte sind die Beschwerdeführer befugt, den Nichteintretensentscheid der Staatsanwaltschaft im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren mit diesen Rügen anzufechten.
2.- a) Die beschlagnahmten grünen Hanfpflanzen sind im Anschluss an die Rekursentscheide der Staatsanwaltschaft vernichtet worden. Das Bundesgericht tritt auf eine staatsrechtliche Beschwerde grundsätzlich nur ein, wenn der Beschwerdeführer ein aktuelles und praktisches Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids beziehungsweise an der Überprüfung der von ihm erhobenen Rügen hat (<ref-ruling> E. 1a S. 490 mit Hinweisen). Ein aktuelles praktisches Interesse fehlt insbesondere dann, wenn der Nachteil auch bei Gutheissung der Beschwerde nicht mehr behoben werden kann. Die bereits erfolgte Vernichtung der Hanfpflanzen liesse sich selbst mit einer Gutheissung der vorliegenden Beschwerde nicht mehr rückgängig machen. Es stellt sich die Frage, ob die Beschwerde trotz Wegfalls eines aktuellen und praktischen Interesses der Beschwerdeführer zu behandeln ist.
b) Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das in Art. 88 OG enthaltene Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen jederzeit unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnten, an deren Beantwortung wegen der grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und sofern diese im Einzelfall kaum je rechtzeitig verfassungsgerichtlich geprüft werden könnten (<ref-ruling> E. 4b S. 397 mit Hinweisen).
c) Die Beschwerdeführer bestreiten die Zuständigkeit des Bezirksanwalts zur Anordnung der Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände. Sie machen geltend, im Rahmen einer Strafuntersuchung sei eine solche dem Sachrichter vorbehalten. Diese Rüge ist von erheblicher rechtsstaatlicher Bedeutung. Die Frist für einen Rekurs gegen Verfügungen der Bezirksanwaltschaft beträgt gemäss <ref-law> zwanzig Tage, sofern in der Verfügung nichts anderes bestimmt ist. Die Rekursfrist kann somit von der verfügenden Behörde abgekürzt werden. Davon machte die Bezirksanwaltschaft in den angefochtenen Beschlagnahmeverfügungen Gebrauch und verkürzte die Rekursfrist auf drei Tage. Ein Rekurs hat überdies gemäss <ref-law> keine aufschiebende Wirkung. Halten die kantonalen Behörden weiterhin an dieser Vorgehensweise fest, ist eine vorgängige verfassungsgerichtliche Kontrolle der Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände kaum je möglich. Die Voraussetzungen, unter denen auf ein Rechtsmittel einzutreten ist, auch wenn die gerügte Verletzung von Verfassung und EMRK nicht mehr verhindert, sondern nur noch festgestellt werden kann, sind im vorliegenden Fall erfüllt. Auf die staatsrechtliche Beschwerde ist somit einzutreten.
3.- a) Die Staatsanwaltschaft sprach den Beschwerdeführern die Legitimation zur Anfechtung der ihnen eröffneten Beschlagnahmeverfügungen mit der Begründung ab, nicht sie sondern die Genossenschaft sei in ihren Vermögensrechten direkt betroffen. Im Rekurs an die Staatsanwaltschaft hatten die Beschwerdeführer geltend gemacht, von den angefochtenen Beschlagnahmeverfügungen sei die Genossenschaft betroffen.
Die Beschwerdeführer sowie O._ als Mitglieder der Verwaltung seien wegen Untersuchungshaft beziehungsweise Klinikaufenthaltes zur Zeit jedoch nicht handlungsfähig.
Deshalb sei der Genossenschaft ein Beistand zu bestellen und die zuständige Vormundschaftsbehörde Y._ von Amtes wegen zu avisieren. Die Staatsanwaltschaft lehnte es ab, den Rekurs der Beschwerdeführer als solchen der Genossenschaft entgegenzunehmen. Sie begründete dies damit, die Rekurrenten hätten nicht schlüssig dargelegt, weshalb die zum Selbsthandeln verhinderten Verwaltungsmitglieder nicht für die Genossenschaft einen Vertreter bestellen oder ein Ansuchen im Sinne von <ref-law> (recte <ref-law>) um Beistandschaft an die Vormundschaftsbehörde stellen konnten.
b) Die Beschwerdeführer erachten es als widersprüchlich und überspitzt formalistisch, dass die Staatsanwaltschaft bei dieser Situation weder auf die von ihnen und den weiteren Mitgliedern der Genossenschaft in eigenem Namen erhobenen Rekurse eingetreten ist noch dieselben als für die Genossenschaft eingereicht betrachtet hat. Überspitzter Formalismus als besondere Form der Rechtsverweigerung liegt insbesondere vor, wenn eine Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit den Bürgern den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt (<ref-ruling> E. 2a S. 6; <ref-ruling> E. 2a S. 15, je mit Hinweisen). Nachdem die Beschwerdeführer in ihrer Rekursbegründung auf die Handlungsunfähigkeit der Genossenschaft und die Notwendigkeit einer Beistandsernennung ausdrücklich hingewiesen hatten und zum Ausdruck brachten, die zuständige Vormundschaftsbehörde der Gemeinde Y._ sei von Amtes wegen zu avisieren, wäre es für die Staatsanwaltschaft nahe gelegen, den Beschwerdeführern als zeichnungsberechtigten Mitgliedern der Genossenschaftsverwaltung Gelegenheit zu geben, der Vormundschaftsbehörde ein entsprechendes Gesuch zu stellen. Angesichts dessen, dass neben den Beschwerdeführern auch der Verwaltungspräsident O._ gegen die Beschlagnahmeverfügungen Rekurs erhoben hatte, wäre es aufgrund dieses gleichgerichteten Vorgehens dreier Verwaltungsmitglieder auch denkbar gewesen, auf ein Handeln derselben für die Genossenschaft zu schliessen. Dass die Staatsanwaltschaft bei dieser Situation auf die in eigenem Namen erhobenen Rekurse sowohl des Beschwerdeführers wie auch der weiteren Angeschuldigten O._ und M._ mit der Begründung nicht eintrat, von den Verfügungen direkt betroffen sei die Genossenschaft, erscheint widersprüchlich und überspitzt formalistisch. Wenn die Staatsanwaltschaft der Genossenschaft weder einen Beistand ernennen liess, noch deren Verwaltung Gelegenheit gab, der Vormundschaftsbehörde ein Gesuch um Beistandsernennung zu stellen, noch die von mehreren Mitgliedern der Verwaltung eingereichten Rekurse sinngemäss als auch im Namen der Genossenschaft eingereicht entgegennehmen wollte, so wäre sie gehalten gewesen, jedenfalls auf die von den Beschwerdeführern und den weiteren Rekurrenten in eigenem Namen eingereichten Rekurse materiell einzutreten.
Indem sie dies nicht tat, sondern sich bezüglich der Legitimation im Ergebnis nur auf die dingliche Berechtigung an den Hanfpflanzen stützte, ist sie in überspitzten Formalismus verfallen und hat damit den Beschwerdeführern und den übrigen Rekurrenten das Recht verweigert. Darin liegt eine Verletzung sowohl des Willkürverbots (<ref-law>) wie auch des in <ref-law> gewährleisteten Anspruchs auf ein faires Verfahren. Die auf nur drei Tage verkürzte Rekursfrist beinhaltet angesichts der mangelnden aufschiebenden Wirkung des Rekurses überdies eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör (<ref-law>), indem diesen damit eine echte Mitwirkung am Verfahren verunmöglicht wurde.
c) Die Legitimation der Beschwerdeführer zur Rekurserhebung gegen die Beschlagnahmeverfügungen ergibt sich überdies aus <ref-law>. Die Beschwerdeführer berufen sich ausdrücklich zwar auf <ref-law>, der die Rechtsmittellegitimation der Staatsanwaltschaft bzw. der verfügenden Verwaltungsbehörde statuiert. Da die Beschwerdeführer jedoch erklären, sie seien aufgrund ihrer Stellung als Angeschuldigte zur Rekurserhebung legitimiert gewesen, ist klar ersichtlich, dass sie sich auf <ref-law> berufen wollen. Danach ist der Angeschuldigte zur Ergreifung der im IX. Abschnitt der StPO vorgesehenen Rechtsmittel, somit auch des Rekurses gegen Verfügungen der Bezirksanwaltschaft gemäss <ref-law>, befugt. Die Staatsanwaltschaft hat sich im angefochtenen Entscheid nicht mit dieser Bestimmung auseinander gesetzt. Angesichts der Stellung der Beschwerdeführer als Angeschuldigte in dem von der Bezirksanwaltschaft geführten Strafverfahren erscheint die Verweigerung der Rekurslegitimation auch im Lichte dieser Bestimmung als eine Verletzung klaren Rechts und damit als willkürlich.
4.- a) Die Beschwerdeführer bestreiten ferner die Kompetenz der Bezirks- bzw. Staatsanwaltschaft, die Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände anzuordnen. Sie machen geltend, der definitive Entscheid über die Verwendung beschlagnahmter Gegenstände sei dem Sachrichter vorbehalten.
b) Gemäss <ref-law> kann der Untersuchungsbeamte Gegenstände und Vermögenswerte, die als Beweismittel, zur Einziehung oder zum Verfall in Frage kommen, in Beschlag nehmen oder auf andere Weise der Verfügung ihres Inhabers entziehen. Das weitere Vorgehen in Bezug auf die beschlagnahmten Gegenstände ist in <ref-law> geregelt. Die Untersuchungsbehörde ist nur dann zum Entscheid über deren Vernichtung zuständig, wenn das Verfahren, in welchem die Beschlagnahme gemäss <ref-law> erfolgte, durch Strafbefehl oder durch Einstellung abgeschlossen wurde. Unterliegt ein im Kanton Zürich befindlicher Gegenstand oder Vermögenswert gemäss <ref-law> der Beschlagnahme, ohne dass im Zusammenhang damit in der Schweiz ein Strafverfahren gegen seinen Inhaber durchgeführt werden kann, so sieht <ref-law> die Durchführung einer besonderen Untersuchung durch die zuständige Untersuchungsbehörde vor. Hält diese die Voraussetzungen einer solchen selbständigen Einziehung für gegeben, so überweist sie gemäss <ref-law> die Akten dem Einzelrichter und stellt ihm Antrag. Aus dieser Regelung geht hervor, dass für die Anordnung der Vernichtung von im Rahmen eines Strafverfahrens beschlagnahmten Gegenständen nicht die Untersuchungsbehörde, sondern der Richter zuständig ist, wie dies auch <ref-law> entspricht (vgl.
Niklaus Schmid in Freiburger Zeitschrift für Rechtsprechung 7 (1998), S. 92 f.). Dabei ist allerdings festzuhalten, dass eine Verletzung von <ref-law> nicht mit staatsrechtlicher Beschwerde, sondern mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde geltend zu machen wäre. Mit der Anordnung der Vernichtung haben die Bezirksanwaltschaft Winterthur und die deren Entscheid schützende Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich die in der Zürcher Strafprozessordnung vorgesehene Zuständigkeitsordnung klar verletzt. Die durch die Bezirksanwaltschaft angeordnete Vernichtung erweist sich daher als verfassungsrechtlich nicht haltbar.
5.- Zusammenfassend erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde als begründet. Sie ist daher gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft vom 4. Oktober 2000 ist aufzuheben.
6.- Bei diesem Ausgang sind für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 4. Oktober 2000 wird aufgehoben.
2.- Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern sowie der Bezirksanwaltschaft Winterthur und der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 5. Februar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: