Sachverhalt:
A. A.a Im Rahmen der Abwicklung des Nachlasses von D. Y._ hatte 1986 die Tochter des Verstorbenen, C._ (Beschwerdegegnerin), mit ihrer Stiefmutter, E. Y._, einen Erbteilungsvertrag geschlossen, in dem die Liegenschaften Muri-Grundbuchblatt Nr. zzz._, Bern-Grundbuchblatt Nr. qqq._ und rrr._ E. Y._ zugewiesen wurden. Gleichzeitig haben die damaligen Parteien zu Gunsten von C._ ein Kaufsrecht mit folgendem Wortlaut vereinbart:
"Falls E. Y._ eine der Nachlassliegenschaften verschenken sollte, steht der Tochter, C._, auf der Basis des dannzumaligen amtlichen Wertes der betreffenden Besitzung ein Kaufrecht zu. Dieses Kaufrecht ist vererblich, aber unübertragbar und ist im Grundbuch einzutragen für die Dauer von zehn Jahren seit dem Abschluss der Teilungsvereinbarung mit der Verpflichtung von E. Y._ zur Verlängerung um weitere zehn Jahre."
A.b Am 28. August 2009 schenkte E. Y._ ihrem Neffen A. X._ (Beschwerdeführer 1) die Grundstücke Bern Grundbuchblatt-Nr. qqq._ und Muri Grundbuchblatt-Nr. zzz._ sowie ihrem zweiten Neffen B. X._ (Beschwerdeführer 2) die Liegenschaft Bern Grundbuchblatt-Nr. rrr._. Mit Schreiben vom 10. November 2009 wurde C._ über die erfolgten Schenkungen informiert. C._ übte mit Brief vom 28. Mai 2010 das streitige Kaufsrecht aus.
A.c Am 7. Juni 2010 verstarb E. Y._. Sie hinterliess als Erben unter anderen ihre Neffen A. und B. X._.
B.a Nachdem sich die Parteien über den Bestand und die gültige Ausübung des Kaufsrechts nicht einigen konnten, klagte C._ am 15. Juni 2010 gegen A. und B. X._ auf Übertragung der streitigen Liegenschaften in ihr Alleineigentum sowie auf die Ausrichtung aller bis anhin aus den Liegenschaften bezogenen Erträge.
Mit Entscheid vom 23. Februar 2011 wies das Regionalgericht Bern-Mittelland die Klage ab.
B.b Auf Berufung von C._ hin hob das Obergericht am 16. Dezember 2011 das erstinstanzliche Urteil auf und hiess die Klage insoweit gut, als mit ihr die Übertragung der Liegenschaften ins Alleineigentum verlangt wurde.
C. Gegen das obergerichtliche Urteil gelangen A. und B. X._ mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und verlangen die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die vollumfängliche Abweisung der Klage unter Kosten und Entschädigungsfolge.
C._ beantragt die Abweisung des Rechtsmittels, ebenfalls unter Kosten und Entschädigungsfolge. Im zweiten Schriftenwechsel bestätigen beide Parteien ihre Rechtsstandpunkte und Begehren.
D. Mit Präsidialverfügung vom 7. Mai 2012 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren der Beschwerdeführer sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>).
Die Beschwerdeführer bestreiten zu Recht die Sachverhaltsfeststellungen betreffend den Parteiwillen bezüglich der Dauer des Kaufsrechts nicht mehr. Sie beschränken sich vielmehr auf die Rüge der Verletzung von Bestimmungen des Obligationenrechts und des Schlusstitels zum ZGB. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. Gemäss dem für das Bundesgericht verbindlichen und nun mehr auch von den Parteien nicht mehr bestrittenen Sachverhalt ging der übereinstimmende Wille der Beschwerdegegnerin und ihrer Stiefmutter bei der Vereinbarung des Kaufsrechts dahin, dass dieses keiner in Jahren bemessenen Frist unterliegen sollte.
Streitig ist vorliegend aber noch immer, ob die Einführung von <ref-law> mit der Gesetzesrevision 1991 (in Kraft seit 1994) nachträglich eine Befristung des Kaufsrechts auf 10 Jahre bewirkt hat (nachfolgend E. 3) und ob das Kaufsrecht rechtzeitig ausgeübt worden ist (nachfolgend E. 4). Schliesslich ist zwischen den Parteien streitig, ob nach wie vor ein Erfüllungsanspruch besteht oder ob dieser nur auf Schadenersatz gehen kann (nachfolgend E. 5).
3. 3.1 Bis zur Gesetzesrevision von 1991 war es unbestrittenermassen möglich, Kaufsrechte im Sinne einer obligatorischen Verpflichtung grundsätzlich auf unbestimmte Zeit zu vereinbaren (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3a/aa). Allerdings hiess das nicht, dass ein Kaufsrecht ohne jede zeitliche Befristung möglich war. Auch im alten Recht war <ref-law> zu beachten. Das Fehlen einer Frist konnte eine übermässige Bindung darstellen (BGE <ref-ruling> E. 3c/dd S. 429). Wie lange diese Frist sein konnte, hing damit allerdings von den Besonderheiten des konkreten Falles ab. Sowohl daraus als auch aus dem Unterschied zwischen der Befristung der dinglichen Wirkung und dem Fehlen einer konkreten Frist für die obligatorische Verpflichtung ergaben sich Unsicherheiten, die der Gesetzgeber mit der Revision beseitigen wollte. Er hat deshalb im Kaufsrecht eine Befristung der vertraglichen Kaufs-, Vorkaufs- und Rückkaufsrechte eingeführt. Nicht ausdrücklich geregelt wurde aber vom Gesetzgeber die Frage, ob diese Befristung auch für die früher auf längere Zeit oder ohne feste Frist vertraglich begründeten obligatorischen Pflichten gelte oder nicht. Die Revision enthielt insoweit keine Übergangsbestimmungen (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 212; <ref-ruling> E. 3c/aa S. 426).
3.2 Die Lehre hat zur Anwendbarkeit der Befristung auf früher begründete Kaufs-, Vorkaufs- und Rückkaufsrechte unterschiedlich Stellung genommen (gegen eine Anwendung auf bestehende Rechte: CHRISTIAN BRÜCKNER, Verwandte Verträge [Vorvertrag, Vorkaufsvertrag, Vertrag auf Begründung eines Kaufsrechts bzw. Rückkaufsrechts], in: Alfred Koller [Hrsg.], Der Grundstückkauf, 2. Aufl. 2001, S. 509 f.; EUGEN BUCHER, Berner Kommentar, 3. Aufl. 1993, N. 243 zu <ref-law>; BÉNÉDICT FOËX, La nouvelle réglementation des droits de préemption, d'emption et de réméré dans le CC/CO, SJ 1994 S. 414 f.; ALFRED KOLLER, Bemerkungen zu BGE <ref-ruling>, AJP 2001 S. 119 f.; DERS., Das intertemporale Recht zu <ref-law>, ZBGR 81/2000, S. 290 ff.; THEO GUHL UND ANDERE, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl. 2000, S. 347; DENIS PIOTET, Le droit transitoire des lois fédérales sur le droit foncier rural et sur la révision partielle du code civil et du code des obligations du 4 octobre 1991, ZSR 113/1994 I S. 143 f.; HEINZ REY, Die privatrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 1995, ZBJV 133/1997 S. 256 f.; für eine Anwendung der Befristung: HANS GIGER, Berner Kommentar, 1997, N. 461 zu <ref-law>; ROLAND PFÄFFLI, Neuerungen im Immobiliarsachenrecht und beim Grundstückkauf, Der bernische Notar [BN] 1992 S. 455; VITO ROBERTO, Teilrevision des Zivilgesetzbuches und des Obligationenrechts, recht 11/1993 S. 174 f.; FELIX SCHÖBI; Die Revision des Kaufs-, des Vorkaufs- und des Rückkaufsrechts, AJP 1992 S. 570 f.).
Das Bundesgericht hat zu dieser Frage bis anhin nicht abschliessend Stellung genommen. Vielmehr hat es sie in BGE <ref-ruling> ausdrücklich offen gelassen, weil die Besonderheiten des konkreten Falles eine Entscheidung unnötig machten, da das Kaufsrecht noch vor Inkrafttreten der Gesetzesrevision ausgeübt worden war. In BGE <ref-ruling> hielt das Bundesgericht fest, dass die durch den Gesetzgeber neu eingeführte Frist aus Gründen des Vertrauensschutzes in jedem Fall erst mit dem Inkrafttreten der neuen Bestimmung 1994 zu laufen beginnen konnte. Damit war die Frage, ob die Frist auf altrechtliche Kaufsrechte überhaupt anwendbar ist, auch in diesem Fall ohne Bedeutung. Vorliegend ist zur Frage der Anwendbarkeit der gesetzlichen Frist auf früher vereinbarte Kaufsrechte nun Stellung zu nehmen, weil das Recht erst 2010 und damit über 10 Jahre nach Inkrafttreten der neuen Bestimmung ausgeübt worden ist.
3.3 Regelt der Gesetzgeber den zeitlichen Anwendungsbereich bei einer privatrechtlichen Gesetzesrevision nicht besonders, so sind Art. 1 bis 4 SchlT ZGB massgebend. Ausgangspunkt bildet dabei die in <ref-law> enthaltene Grundregel der Nichtrückwirkung einer Gesetzesänderung, welche für den gesamten Bereich des Zivilrechts gilt (MARKUS VISCHER, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, 4. Aufl. 2011, N. 2 zu <ref-law>). Sie schützt das Vertrauen in den Bestand einmal rechtsgeschäftlich gesetzeskonform begründeter Rechte. Rechtliche Wirkungen von Tatsachen, die vor dem Inkrafttreten einer neuen Bestimmung eingetreten sind, werden auch nachher nach den früheren Bestimmungen beurteilt. Dieser Grundsatz erfährt allerdings gewichtige Einschränkungen. Die Rechtsordnung muss sich weiter entwickeln und veränderten Verhältnissen und Überzeugungen anpassen können (vgl. PAUL MUTZNER, Berner Kommentar, 2. Aufl. 1926, N. 9 Vorbemerkungen zu Art. 1-50 SchlT ZGB). Deshalb ist eine Rückwirkung und damit auch ein Eingriff in rechtsgeschäftlich erworbene Rechte zulässig, wenn die Rechtsänderung um der öffentlichen Ordnung und Sittlichkeit willen aufgestellt worden ist (<ref-law>; VISCHER, a.a.O., N. 3 ff. zu <ref-law>). Zudem rechtfertigt sich der Schutz der bisherigen Rechtslage dann nicht, wenn die entsprechenden Rechtswirkungen nicht vom Willen der Parteien abhängen, sondern sich bei einem Dauerschuldverhältnis direkt aus dem Gesetz ergeben, und es um die Wirkungen nach Eintritt der Rechtsänderung geht (<ref-law>; vgl. VISCHER, a.a.O., N. 5 ff. zu <ref-law>). Die Ausgestaltung solcher Dauerschuldverhältnisse kann somit ohne weiteres auch ohne Zustimmung der betroffenen Parteien bzw. sogar gegen deren Willen ändern (vgl. PETER TUOR/BERNHARD SCHNYDER/JÖRG SCHMID, Das Schweizerische Zivilgesetzbuch, 13. Aufl. 2009, S. 1184 f. Rz. 12). Dabei handelt es sich um eine so genannte unechte Rückwirkung, welche auch von der Verfassung her zulässig ist (BEATRICE WEBER-DÜRLER, Vertrauensschutz im öffentlichen Recht, 1983, S. 285).
Ob es sich um eine der öffentlichen Ordnung und Sittlichkeit wegen aufgestellte Norm handelt und deshalb eine Rückwirkung nach <ref-law> eintritt oder nicht, ist eine Frage der Auslegung der rechtspolitischen Motive, welche zur Gesetzesrevision geführt haben. Wann ein Rechtsverhältnis vorliegt, dessen Inhalt durch das Gesetz umschrieben wird, definiert <ref-law> nicht. Aus dem Gesetzestext ergibt sich vorab, dass es auf die Umschreibung des Inhalts und nicht des Bestands ankommt (vgl. TUOR/SCHNYDER/SCHMID, a.a.O., S. 1184 Rz. 12). Als gesetzliche Rechte sind sodann alle Berechtigungen anzusehen, "die gestützt auf einen bestimmten Zustandstatbestand für alle Personen unmittelbar durch das Gesetz begründet werden" (MUTZNER, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>). Erworbene, selbständige Rechte sind demgegenüber jene Rechte, die "auf einem besonderen Rechtsgrund" beruhen (MUTZNER, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; <ref-ruling> E. 3b S. 67). Entscheidend ist damit, ob es sich um eine Frage handelt, die durch den Parteiwillen oder das Gesetz bestimmt ist.
3.4 Im vorliegenden Zusammenhang steht ausser Zweifel, dass die Gesetzesrevision nicht um der öffentlichen Ordnung und Sittlichkeit willen erfolgte. Der Gesetzgeber wollte hauptsächlich dogmatische Fragen klären und Auseinandersetzungen in der Lehre beseitigen (vgl. Botschaft vom 19. Oktober 1988 zum Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht [BGBB] sowie zum Bundesgesetz über die Teilrevisionen des Zivilgesetzbuches [Immobiliarsachenrecht] und des Obligationenrechts [Grundstückkauf], BBl 1988 1077 f. Ziff. 321.2 Art. 216a). Insofern kann sich eine Rückwirkung nicht auf <ref-law> stützen (vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 3c/cc S. 428).
Es bleibt zu prüfen, ob <ref-law> anwendbar ist. Dabei stehen vorliegend nicht die Begründung, sondern die Dauer bzw. die Untergangsgründe des Rechts zur Diskussion. Dabei ist zu beachten, dass es sich bei einem Kaufsrecht nicht um ein klassisches Dauerschuldverhältnis handelt. Vielmehr wird ein Austauschvertrag begründet, dessen Besonderheit darin liegt, dass die Erfüllung aufgeschoben ist, wodurch eine auf gewisse Dauer angelegte Rechtsbeziehung zwischen den Parteien entsteht. Dieses Rechtsverhältnis lässt aber nicht laufend neue Rechte und Pflichten entstehen, wie dies bei einem klassischen Dauerschuldverhältnis wie einem Arbeitsvertrag, einem Auftrag oder einer Miete der Fall ist.
Entscheidender Inhalt eines Kaufsrechts ist, dass die Ausübung der Option in einem späteren Zeitpunkt erfolgt als deren Einräumung. Andernfalls ist das Kaufsrecht wirtschaftlich sinnlos. Insofern sind die Gültigkeitsdauer bzw. die Bedingungen für die Ausübung des Rechts entscheidender Inhalt des Rechts. Die Befristung betrifft aber in erster Linie den Bestand des Rechts. Vorliegend fragt sich, ob es im Zeitpunkt seiner Ausübung bzw. des Eintritts der Bedingung noch bestanden hat oder untergegangen war. Entsprechend hilft die dogmatische Unterscheidung zwischen Inhalt und Bestand vorliegend kaum weiter. Entscheidend ist vielmehr, dass die Dauer des Rechts bei einem Kaufsrecht eine der wesentlichsten Fragen ist, welche die Parteien bei der Begründung zu klären haben. Sie beeinflusst die wirtschaftliche Bedeutung des Kaufsrechts. Insofern handelt es sich sicher um einen Punkt, von dem nicht behauptet werden kann, dass er "est fixé par la loi, sans égard à la volonté des parties" (<ref-ruling> E. 2.3.4). Vielmehr handelt es sich um einen Inhalt, der "découle de la volonté autonome des parties". Der Argumentation des Bundesgerichts in <ref-ruling> E. 2.3.4 folgend fällt die Frage der Befristung somit nicht in den Anwendungsbereich von <ref-law>.
3.5 Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, vermag nicht zu überzeugen. Sie geben zwar korrekt und auch mit guten Argumenten im Wesentlichen die sie unterstützenden Lehrmeinungen wieder. Es ist ihnen auch zuzugestehen, dass die Abgrenzung zwischen Inhalt und Bestand nicht einer klaren dogmatischen Logik entspricht und auch die bundesgerichtliche Rechtsprechung in der Frage der Anwendbarkeit von <ref-law> nicht einhellige Zustimmung gefunden hat (vgl. <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 3d). Das Bundesgericht hat regelmässig das Bedürfnis nach Rechtssicherheit, nach Schutz des Vertrauens in den Bestand von Rechten und die Praktikabilität einer Lösung gegeneinander abgewogen und einen wertenden Entscheid gefällt.
Vorliegend haben die Parteien aber, wie die - für das Bundesgericht verbindlichen - Sachverhaltsfeststellungen ergeben haben, bewusst ein mehr als zehn Jahre dauerndes Kaufsrecht im Rahmen eines komplexen Rechtsgeschäfts, nämlich einer Erbteilung, einräumen wollen. Wenn nun ein wesentlicher Teil des eingeräumten Rechts wegen einer Gesetzesänderung entfiele, wäre das Vertrauen in den Bestand einer ausgehandelten Lösung erheblich gestört. Die Nichtanwendung des neuen Rechts auf das früher begründete Kaufsrecht erscheint daher angemessen. Zu beachten ist auch, dass das neue Recht die Frage der Dauer des Kaufsrechts in keiner Weise dem Parteiwillen entzieht und nunmehr gesetzlich vorgibt. Es hat nur eine Maximalfrist eingeführt. Innerhalb dieser bleibt es noch immer eine Frage des Parteiwillens, wie lange das Recht Bestand haben soll.
3.6 Es erweist sich somit, dass die in <ref-law> enthaltene Befristung der obligatorischen Wirkung des Kaufsrechts im vorliegenden Fall (noch) keine Anwendung findet, so dass das Kaufsrecht im Zeitpunkt der Schenkung der Grundstücke bestanden hat.
4. Die Beschwerdeführer machen weiter geltend, das Kaufsrecht sei nicht rechtzeitig ausgeübt worden. Dabei ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin mit Schreiben vom 10. November 2009 über die erfolgten Schenkungen unterrichtet worden ist und mit Schreiben vom 28. Mai 2010, d.h. etwas mehr als sechs Monate später, die Ausübung ihres Kaufsrechts mitgeteilt hat. Ebenfalls unbestritten ist, dass die Kaufsrechtsvereinbarung selbst keine Frist für dessen Ausübung erwähnt.
Die Beschwerdeführer bringen nun vor, die in <ref-law> enthaltene dreimonatige Frist für die Ausübung eines Vorkaufsrechts gelte vorliegend auch für das Kaufsrecht. Dieses sei im vorliegenden Fall nur deshalb vereinbart worden, weil das ebenfalls vereinbarte Vorkaufsrecht nur den Fall eines Verkaufes, nicht aber auch den Fall einer Schenkung erfasst habe. Entsprechend sei die für die Ausübungsfrist des Vorkaufsrechts gesetzlich vorgesehene Verwirkungsfrist analog auch für das Kaufsrecht massgebend.
4.1 Vorkaufsrechte und Kaufsrechte unterscheiden sich ihrer Natur nach grundsätzlich darin, dass ein Vorkaufsrecht es dem Berechtigten nur erlaubt, den Kaufgegenstand an sich zu ziehen, wenn ein bestimmtes Ereignis, der sogenannte Vorkaufsfall, eintritt. Die Verknüpfung der Ausübung des eingeräumten Rechts mit einem bestimmten vom Willen des Berechtigten unabhängigen Ereignis macht es sinnvoll, die Ausübung an eine feste vom Gesetz vorgegebene Frist zu binden. Die Natur des Kaufsrechts besteht demgegenüber gerade darin, dass der Berechtigte nach seinem freien Willen während der Laufzeit der Option sein Recht ausüben kann. Entscheidend ist folglich die Laufzeit der Option und diese hängt vom Willen der Parteien ab. Kaufsrechte verlören den wesentlichen Teil ihrer wirtschaftlichen Funktion, wenn das Gesetz eine feste Laufzeit vorgäbe. Insofern lässt sich die in <ref-law> festgesetzte Ausübungsfrist nicht allgemein auf die Kaufsrechte ausdehnen.
4.2 Wie die Laufzeit eines Kaufsrechts der Parteidisposition unterliegt (vorne E. 3.4), ist es den Parteien auch unbenommen, eine Ausübungsfrist zu vereinbaren, wenn sie - wie im vorliegenden Fall - das Kaufsrecht an den Eintritt einer Bedingung knüpfen. Die Beschwerdeführer machen denn auch geltend, eine analoge Anwendung von <ref-law> dränge sich auf, weil die Parteien mit der Bedingung eine Annäherung an das Vorkaufsrecht vorgenommen hätten. Das Kaufsrecht sei für den Fall einer Schenkung nur deshalb vereinbart worden, weil die Schenkung kein Vorkaufsfall sei. Eine Ausübungsfrist sei zudem schon deshalb notwendig, weil ein an eine Schenkung geknüpftes Kaufsrecht ohne Ausübungsfrist untauglich sei. Mit der Schenkung werde die Erfüllung des Kaufsrechts subjektiv und objektiv unmöglich.
4.2.1 Gemäss <ref-law> bestimmt sich der Inhalt des Vertrags nach dem übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien. Die empirische oder subjektive hat gegenüber der normativen oder objektivierten Vertragsauslegung den Vorrang (<ref-ruling> E. 3.2.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 557). Wenn der übereinstimmende wirkliche Willen der Parteien unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1a S. 73; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. II/5a; vgl. auch <ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611). Dabei ist vom Wortlaut der Erklärungen auszugehen, welche jedoch nicht isoliert, sondern aus ihrem konkreten Sinngefüge heraus zu beurteilen sind (<ref-ruling> E. 3a). Demnach ist der vom Erklärenden verfolgte Regelungszweck, wie ihn der Erklärungsempfänger in guten Treuen verstehen durfte und musste, massgebend (<ref-ruling> E. 4 S. 28). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 mit Hinweisen).
4.2.2 Die Vorinstanz hat in Bezug auf eine allfällige Ausübungsfrist keinen übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festgestellt. Sie hat ausgeführt, es sei zwar anzuerkennen, dass das vorliegende Kaufsrecht unter einer Suspensivbedingung (der Schenkung) vereinbart worden sei und es sich insofern einem Vorkaufsrecht annähere. Allein diese Modifikation rechtfertige es aber nicht, das vorliegende Kaufsrecht hinsichtlich der Ausübungsfrist gleich zu behandeln wie ein Vorkaufsrecht. Hätten die Parteien eine Ausübungsfrist des Kaufsrechts gewollt, so hätten sie dieses weiter ihren Bedürfnissen anpassen können; es wäre ihnen offen gestanden, nebst der Vereinbarung einer Suspensivbedingung auch eine Ausübungsfrist zu vereinbaren. Eine Ausübungsfrist mangels anderer gesetzlicher Grundlage durch die analoge Anwendung von <ref-law> vorzusehen, rechtfertige sich deshalb nicht.
4.2.3 Soweit die Beschwerdeführer argumentieren, die Parteien des Kaufsrechts hätten eine Gleichstellung mit dem Vorkaufsrecht bezüglich der Ausübungsfrist nur deshalb nicht ausdrücklich vorgesehen, weil sie den Regelungsbedarf gar nicht erkannt hätten, und die Analogie sei für sie selbstverständlich gewesen, stützen sie sich auf einen Sachverhalt ab, der von der Vorinstanz nicht festgestellt worden ist. Diese Vorbringen sind daher unbeachtlich.
4.2.4 Was das Argument der Beschwerdeführer betrifft, das Kaufsrecht nähere sich aufgrund seiner Bedingung einem Vorkaufsrecht, so ist mit der Vorinstanz festzuhalten, dass die Parteien ohne weiteres die Möglichkeit hatten, neben der Bedingung (Schenkung) auch eine bestimmte Ausübungsfrist vorzusehen. Da eine Ausübungsfrist nicht festgehalten wurde, durfte die Beschwerdegegnerin in guten Treuen davon ausgehen, dass sie für die Ausübung des Kaufsrechts nicht an eine bestimmte Frist gebunden war. Daran ändert selbst dann nichts, wenn die Parteien für den Fall der Schenkung nur deshalb ein bedingtes Kaufsrecht vereinbart hätten, weil die Schenkung keinen Vorkaufsfall darstellt (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 179; <ref-ruling>). Sollten sich die Parteien gerade bewusst gewesen sein, dass die gesetzlichen Bestimmungen zum Vorkaufsrecht nicht anwendbar sind und sie die Regeln für das Kaufsrecht an ihre Bedürfnisse anzupassen haben, wie sie dies mit der Verknüpfung des Kaufsrechts mit der Bedingung einer Schenkung getan haben, so gilt umso mehr, dass die Beschwerdegegnerin davon ausgehen durfte, dass die als notwendig erachteten Anpassungen vorgenommen wurden.
Auch das Argument, der Verzicht auf eine Ausübungsfrist mache das Recht unpraktikabel, weil nach erfolgter Schenkung die Erfüllung des Kaufsrechts nicht mehr möglich sei, ist nicht überzeugend. Wenn die Ausführung der Schenkung tatsächlich den Anspruch aus dem Kaufsrecht untergehen liesse (vgl. dazu nachstehend E. 5), bestünde dieses Problem auch bei der Anwendung einer dreimonatigen Frist analog zu <ref-law>. Ausserdem besteht die Möglichkeit, im Schenkungsvertrag durch eine entsprechende Klausel das Vorgehen für den Fall zu regeln, dass das Kaufsrecht ausgeübt wird.
Die Vorinstanz hat somit kein Bundesrecht verletzt, wenn sie die Ausübung des Kaufsrechts als rechtzeitig beurteilte.
4.3 Ob die aus dem Kaufsrecht verpflichtete Partei der Berechtigten eine Frist zur Erklärung über die Ausübung hätte setzen können, braucht vorliegend nicht beurteilt zu werden, weil keine solche Frist gesetzt worden ist. Ebenfalls nicht beurteilt werden muss die Frage, ob eine Ausübung des Rechts auch noch nach dem Tod der aus dem Kaufsrecht verpflichteten Partei hätte ausgeübt werden können. Die Erklärung, das Recht ausüben zu wollen, erfolgte noch zu Lebzeiten der verpflichteten Partei. Es ergibt sich somit, dass die Vorinstanz zu Recht angenommen hat, dass das Kaufsrecht rechtzeitig ausgeübt worden sei. Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
5. 5.1 Schliesslich bleibt die Frage, ob die sich aus der Ausübung des Kaufsrechts ergebende Verpflichtung zur Übertragung der Grundstücke - wie die Vorinstanz entschieden hat - beim Tod der aus dem Kaufsrecht Verpflichteten auf deren Erben und damit auf die Beschwerdeführer übergegangen ist oder nicht. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Verpflichtung sei durch die Übertragung der Grundstücke auf sie für ihre aus dem Kaufsrecht verpflichtete Tante subjektiv und objektiv unmöglich geworden. Damit sei der Anspruch untergegangen. Er könne folglich auch nicht im nachfolgenden Erbgang auf sie übergegangen sein. Entsprechend könne der Anspruch auch nicht mehr durchgesetzt werden und die Klage sei abzuweisen. Schadenersatz wegen Nichterfüllung ist vorliegend nicht eingeklagt. Ob dieses Vorbringen, wie die Beschwerdegegnerin geltend macht, unzulässig ist, weil es vor Bundesgericht erstmalig vorgebracht werde, braucht nicht entschieden zu werden, weil es sich in der Sache als nicht begründet erweist, wie im Folgenden darzulegen ist.
5.2 Es ist den Beschwerdeführern ohne weiteres darin zuzustimmen, dass auf sie durch Universalsukzession nur eine im Zeitpunkt des Erbgangs (noch) bestehende Verpflichtung übergegangen sein kann. Es fragt sich damit, ob der Anspruch im Zeitpunkt des Ablebens der durch das Kaufsrecht Belasteten noch bestanden hat.
Unabhängig von der Frage, wie ein Kaufsrecht dogmatisch einzuordnen ist (vgl. dazu GIGER, a.a.O., N. 43 ff. zu <ref-law>), besteht nach Ausübung des Kaufsrechts zwischen den Parteien ein Kaufvertrag, aus dem die eine Partei verpflichtet ist, der anderen das Eigentum am Kaufgegenstand zu verschaffen. Die Forderung geht unter, wenn die Erfüllung unmöglich geworden ist, unabhängig davon, ob es sich um eine subjektive oder objektive Unmöglichkeit handelt. Allerdings ist bezüglich der Wirkungen zu unterscheiden: Nach <ref-law> gilt die Forderung nur als erloschen, soweit der Schuldner die Umstände, welche zur Unmöglichkeit geführt haben, nicht zu verantworten hat. Andernfalls erlischt die Schuld nicht, sondern wandelt sich nach <ref-law> in eine Schadenersatzpflicht um (vgl. <ref-ruling> E. 3c). Die Leistung ist indessen noch nicht unmöglich, wenn sie bloss erheblich erschwert ist; das Leistungshindernis muss sich für den Schuldner als geradezu unüberwindbar herausstellen, was bei nachträglich weggefallener Verfügungsmacht über den Leistungsgegenstand erst dann der Fall ist, wenn der Schuldner überhaupt keine Möglichkeit mehr hat, die Verfügungsmacht zurückzuerlangen oder die zur Leistungserfüllung notwendigen Zustimmungen der Verfügungsberechtigten einzuholen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 218). Gegenstand eines Kaufvertrages kann mithin auch eine Sache sein, die sich nicht im Eigentum des Verkäufers befindet (GUHL/KOLLER, a.a.O., S. 339 Rz. 2).
Macht der Schuldner geltend, die Forderung sei erloschen oder es bestehe nur noch Anspruch auf Schadenersatz, so hat er die definitive Unmöglichkeit der Leistung darzutun und zu beweisen (GUHL/KOLLER, a.a.O., S. 312 Rz. 36). Die Beschwerdeführer hätten behaupten und beweisen müssen, dass es der aus dem Kaufsrecht verpflichteten Partei nicht mehr möglich war, das Eigentum an den Grundstücken zu beschaffen und damit die vertraglichen Pflichten zu erfüllen. Wie die Beschwerdegegnerin zu Recht festhält, sind aber entsprechende Sachverhaltsvorbringen und Beweise im kantonalen Verfahren nicht erfolgt. Massgeblich für das Bundesgericht ist aber nach <ref-law> der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt. Daher kann nicht davon ausgegangen werden, dass die Erfüllung im Zeitpunkt, als der Erbgang erfolgte, definitiv unmöglich war. Dass die Erfüllung heute möglich ist, wird auch von den Beschwerdeführern nicht bestritten.
Damit erweist sich auch dieses Vorbringen der Beschwerdeführer als unbegründet.
6. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden den Beschwerdeführern (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen) auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen) mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier