Sachverhalt:
A. A.a Der 1968 geborene J._ arbeitete vom 1. Juli 2002 bis 31. Mai 2004 als Elektromonteur bei der Firma E._ AG und war bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Zudem war er bei der Baugenossenschaft A._ im Rahmen eines Nebenerwerbs zusammen mit seiner Ehefrau seit 1. Oktober 2001 als Hauswart angestellt; ab 1. Januar 2005 übte nur noch die Ehefrau diese Tätigkeit aus. Am 20. Dezember 2003 erlitt der Versicherte bei einer Auffahrkollision eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Zur Abklärung der Verhältnisse holte sie diverse Arztberichte ein. Mit Schreiben vom 1. November 2005 reduzierte sie die Taggeldleistungen ab 1. Januar 2006 von 100 % auf 50 % und stellte sie ab 1. März 2006 gänzlich ein. Am 30. März 2006 verlangte der Versicherte die Ausrichtung der ihm zustehenden Taggelder und die Prüfung der Rentenfrage unter Einholung eines polydisziplinären Gutachtens. Ab 1. Mai 2006 absolvierte er in einer Firma ein sechsmonatiges Wiedereingliederungsprogramm. Mit Verfügung vom 19. Oktober 2006 stellte die SUVA die Versicherungsleistungen per sofort ein, da kein objektivierbarer organischer Gesundheitsschaden vorliege und der adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 20. Dezember 2003 und den anhaltenden Beschwerden zu verneinen sei; es bestehe kein Anspruch auf Invalidenrente und/oder Integritätsentschädigung. Mit Verfügung vom 15. Dezember 2006 bestätigte sie das Schreiben vom 1. November 2005 betreffend Taggelder. Gegen die Verfügungen vom 19. Oktober und 15. Dezember 2006 erhob der Versicherte Einsprache. Sein Krankenversicherer erhob gegen erstere Verfügung Einsprache, zog sie aber in der Folge zurück. Mit Entscheid vom 6. August 2007 wies die SUVA die Einsprache gegen die Verfügung vom 19. Oktober 2006 ab; in teilweiser Gutheissung der Einsprache gegen die Verfügung vom 15. Dezember 2006 sprach sie dem Versicherten ab 1. März bis 19. Oktober 2006 weiterhin halbe Taggeldleistungen zu und stellte sie danach ein.
A.b Mit Verfügungen vom 11. Februar 2008 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem Versicherten ab 1. Dezember 2004 bis 31. März 2006 eine ganze Invalidenrente (Invaliditätsgrad 100 %) und ab 1. April bis 31. Mai 2006 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 50 %) zu. Mit Verfügungen vom 24. April 2008 sprach sie ihm ab 1. Juni 2006 bis 31. Januar 2007 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 50 %) zu. Die gegen diese Verfügungen eingereichten Beschwerden wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab, nachdem es die beiden Verfahren vereinigt und den Versicherten auf eine mögliche reformatio in peius hingewiesen hatte; es hob diese Verfügungen auf, soweit ihm damit über den 31. Januar 2006 hinaus eine Rente zugesprochen wurde (Entscheid vom 6. Februar 2009). Dies ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_362/2009.
B. Die gegen den Einspracheentscheid der SUVA vom 6. August 2007 eingereichte Beschwerde hiess das kantonale Gericht in dem Sinne teilweise gut, als es ihn dahingehend aufhob und feststellte, dass der Versicherte vom 1. Januar bis 31. März 2006 Anspruch auf Taggelder auf der Basis einer 100%igen und vom 1. April bis 19. Oktober 2006 auf der Basis einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit habe. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 6. Februar 2009).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm ab 20. Oktober 2006 die Versicherungsleistungen gemäss UVG (Heilbehandlungskosten, Unfalltaggelder) auszurichten; die SUVA sei anzuhalten, ein verwaltungsunabhängiges polydisziplinäres Gutachten einzuholen und danach die Rentenfrage zu prüfen; es sei ein zweiter Schriftenwechsel durchzuführen. Er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Gesundheit (BAG) auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; nicht publ. E. 1.1 des Urteils BGE 8C_784/2008 vom 11. September 2009).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Voraussetzungen für die Durchführung des vom Beschwerdeführer verlangten zweiten Schriftenwechsels sind nicht erfüllt, da die SUVA in der Vernehmlassung keine materiellen Ausführungen machte und das BAG auf eine Vernehmlassung verzichtete (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 99 f.; Urteil 8C_286/2009 vom 5. November 2009 E. 3).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat die Grundlagen über die Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), den Anspruch auf Heilbehandlung (<ref-law>), Taggeld (Art. 16 Abs. 1 und 2 UVG; <ref-law>) und Invalidenrente (Art. 18 Abs. 1, Art. 19 Abs. 1 UVG), den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Gesundheitsschaden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.), die erforderliche Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181), bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116, 115 V 133) sowie Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma oder äquivalenter Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling> ff.) richtig dargelegt. Gleiches gilt betreffend den Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des Status quo sine vel ante (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9 E. 2.2 [8C_354/2007]), den im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (vgl. <ref-ruling> E. 9.5 S. 125) sowie den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. E. 5.1). Darauf wird verwiesen.
3.2 Die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers spielt bei organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate und natürliche Kausalität weitgehend decken (<ref-ruling> E. 2 S. 112). Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt werden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich auf breiter Basis anerkannt sind (<ref-ruling> f. E. 5.1, 109 E. 9 S. 122; SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105 E. 2.1 [8C_413/2008]).
4. Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer für die Folgen des Unfalls vom 20. Dezember 2003 ab 20. Oktober 2006 weiterhin Anspruch auf SUVA-Leistungen hat.
4.1 Das Spital X._, wo der Versicherte nach dem Unfall vom 20. Dezember 2003 notfallmässig weilte, stellte im Bericht vom 16. Januar 2004 als Hauptdiagnose ein HWS-Distorsionstrauma, als Nebendiagnose Refluxbeschwerden. Röntgen: HWS ap und seitlich: partielle Keilwirbelbildung C5-6, fragliche Retrolisthesie C3. CT Schädel: keine AP für intercerebrale Blutung oder Fraktur. CT HWS: keine AP für frische oder ossäre Läsion, degenerative Veränderungen.
4.2 Dr. med. H._, Rheumatologie und Innere Medizin FMH Sonographie am Bewegungsapparat, stellte im Bericht vom 3. März 2004 folgende Diagnosen: Chronisch tendenziell eher progredientes zerviko-thorako-spondylogenes Syndrom bei Status nach HWS-Distorsionstrauma am 20. Dezember 2003, degenerativen Veränderungen der Wirbelsäule mit funktionellem Blockwirbel C5/C6, Osteochondrose, Spondylose C6/C7 sowie Spondylarthrose C7/Th1, Anterolisthesis von C4 gegenüber C3, Streckhaltung der unteren HWS. Der Versicherte leide unter neuartigen zervikozephalen und zervikothorakalen Rückenbeschwerden, die ihn andauernd und belastungskorreliert seit der Kollision vom 20. Dezember 2003 plagten. Radiologisch könnten vorerwähnte, im Verhältnis zum Alter stark ausgeprägte degenerative Veränderungen sowie die funktionelle Blockwirbelbildung C5/C6 gefunden werden. Aufgrund des bisherigen sehr harzigen Heilungsverlaufs einerseits und der doch auch radiologisch fassbaren ausgeprägten Befunde andererseits wolle er den Versicherten zur intensiven stationären Therapie sowie auch Durchführung eines MRI und bei besserer HWS-Beweglichkeit von Funktionsaufnahmen an das Spital X._ überweisen. Sicher gelte es Weichteilverletzungen und eine Segmentinstabilität besser auszuschliessen.
4.3 Vom 15. März bis 2. April 2004 war der Versicherte im Spital X._, Rheumaklinik und Institut für Physiotherapie mit Poliklinik, hospitalisiert, das im Bericht vom 5. April 2004 folgende Diagnosen stellte: 1. Chronisches zervikozephales Syndrom bei Status nach HWS-Distorsionstrauma am 20. Dezember 2003; ausgeprägten Triggerpunkten und myofaszialem Irritationssyndrom; Verdacht auf leichtes, sensibles C8 Ausfallsyndrom links/Ulnarisneuropathie links; Blockwirbel C5/C6, Anterolisthesis C3/4 und C4/5, leichter ossärer Einengung des Neuroforamens C6/C7 bei dorsalen Spondylophyten rechts; ausgeprägter neurovegetativer Begleitsymptomatik (Schwindel, Nausea, gestörter Schlafarchitektur); subjektiv kognitiven Defiziten. 2. Anpassungsstörung mit längerer depressiver Reaktion, DD: posttraumatische Belastungsstörung. Konventionell radiologisch hätten sich einerseits ein Blockwirbel C5/C6, andererseits eine Anterolisthesis C3/4 und C4/5 sowie eine leichte ossäre Einengung des Neuroforamens C6/C7 rechts gezeigt. Im MRI habe keine direkte Nervenwurzelkompression festgestellt werden können. Die neurologische Untersuchung habe keine Anhaltspunkte für eine zervikale Myelopathie oder radikuläre motorische Ausfallmuster ergeben. Aufgrund des Zustandsbildes sei keine Elektrodiagnostik vorgenommen worden. Empfohlen werde eine HWS-spezialisierte, interdisziplinäre stationäre Therapie inklusive neuropsychologische Beurteilung. Die Arbeitsunfähigkeit betrage vom 15. März bis 30. April 2004 100 %, danach gemäss nachbehandelnden Ärzten.
4.4 Vom 23. Juni bis 27. Juli 2004 weilte der Versicherte in der Rehaklinik Y._. Die Dres. med. G._, Assistenzärztin, und U._, Fachärztin für Physikalische Medizin und Rehabilitation, stellten im Austrittsbericht vom 26. Juli 2004 folgende Diagnosen: A. HWS-Distorsion (Unfall vom 20. Dezember 2003); 1. zervikozephales Schmerzsyndrom (myofaszial) mit ausgeprägter neurovegetativer Begleitsymptomatik, 2. Abklingende Anpassungsstörung (ICD-10: F43.21). B. Verdacht auf Ulnarisneuropathie links. Bei Austritt bestehe 100%ige Arbeitsunfähigkeit.
4.5 Vom 7. September bis 26. Oktober 2005 hielt sich der Versicherte erneut in der Rehaklinik Y._ auf, wo er neurologisch, psychosomatisch, neuropsychologisch, rheumatologisch und neurootologisch abgeklärt wurde. Im Austrittsbericht vom 31. Oktober 2005 wurde eine HWS-Distorsion (Unfall vom 20. Dezember 2003) diagnostiziert. Aktuelle Probleme seien 1. Leichte depressive Episode mit somatischen Symptomen (ICD-10: F32.01), 2. Myofasziales zervikozephales Schmerzsyndrom mit Angabe von diffuser neurovegetativer Begleitsymptomatik, 3. Verminderte psychophysische Belastbarkeit bei im Vordergrund stehender Schmerzsymptomatik und leichter depressiver Episode, 4. Tinnitus, Schwindel (bei nur diskreten Hinweisen auf eine zervikogene Störung). Das Ausmass der demonstrierten physischen Einschränkungen lasse sich mit den geringfügigen objektivierbaren pathologischen Befunden der klinischen Untersuchung und bildgebenden Abklärungen sowie der Diagnose aus somatischer Sicht nicht erklären. Die Beurteilung der Zumutbarkeit stütze sich deshalb primär wesentlich auf medizinisch-theoretische Überlegungen, ergänzt durch die Beobachtungen bei den Leistungstests und im Behandlungsprogramm. Aus unfallmechanischer Sicht seien leichte bis mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ganztags zumutbar. Eine weitergehende Einschränkung der Belastbarkeit lasse sich medizinisch-theoretisch nicht begründen. Durch den psychischen Störungsanteil allein sei die Arbeitsfähigkeit nicht wesentlich eingeschränkt. Von weiteren medizinischen Massnahmen sei mit keiner namhaften Besserung des Zustandes zu rechnen. Im Bericht vom 6. Oktober 2006 ergänzte der neurootologische Abklärer, ein objektivierbares organisches Substrat sei nicht gegeben.
4.6 Im Bericht vom 19. Januar 2007 diagnostizierte Frau Dr. med. S._, Fachärztin für Allgemeine Medizin FMH, eine HWS-Distorsion nach Unfall vom 20. Dezember 2003 mit partieller Keilwirbelbildung C5, C6 und fraglicher Retrolisthesis C3; chronisches myofasziales zervikozephales Schmerzsyndrom mit diffuser neurovegetativer Begleitsymptomatik; Verdacht auf posttraumatische Belastungsstörung; Schwindel, Tinnitus, verminderte Konzentrationsfähigkeit, Vergesslichkeit, Nausea, gestörte Schlafarchitektur. Die letzte Untersuchung habe am 10. Januar 2007 stattgefunden. Ein sechsmonatiges Wiedereingliederungsprogramm ab 1. Mai 2006 in einer Elektrorecyclingfirma habe vom Versicherten zu 40 bis 50 % ausgeführt werden können mit zunehmenden Kopfschmerzen. Im angestammten Beruf als Elektromechaniker sei der Versicherte zu 100 % arbeitsunfähig. Für leichte bis mittelschwere Tätigkeiten mit wechselnder Belastung sei er zu 50 % arbeitsfähig. Im Bericht vom 11. Oktober 2007 gab Frau Dr. med. S._ an, der Gesundheitszustand des Versicherten sei unverändert; es bestünden durchaus Schwankungen in der Ausprägung der einzelnen Symptome. In den Zeugnissen vom 27. Juni 2007 und 29. August 2008 attestierte Frau Dr. med. S._ ab 1. Januar bis 31. Mai 2007 eine 100%ige, ab 1. Juni bis 30. September 2007 eine 50%ige und ab 1. Juli bis 31. Oktober 2008 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit.
4.7 Der Psychiater Dr. med. C._ diagnostizierte in der Meldung an den Vertrauensarzt des Krankenversicherers vom 2. August 2007 beim Versicherten Angst und depressive Störung.
4.8 Die Psychiatrie Z._, wo der Versicherte vom 9. Juni bis 11. Juli 2008 hospitalisiert war, diagnostizierte im Austrittsbericht vom 24. Juli 2008 eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), eine leichte bis mittelgradige depressive Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10: F32.11), Tinnitus beidseitig, Vitiligo an Fingern beider Hände.
4.9 Dr. phil. W._, bei dem der Versicherte in psychotherapeutischer Behandlung war, diagnostizierte im Bericht vom 5. Januar 2009 Tinnitus, Schleudertrauma, chronisches Schmerzsyndrom, Depression. Im Bericht vom 19. Januar 2009 gab er an, in Absprache mit seinem Praxispartner Dr. med. C._ sei der Versicherte seit Behandlungsbeginn am 25. Mai 2007 zu 100 % arbeitsunfähig.
5. 5.1 Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, der Versicherte habe sich am 20. Dezember 2003 eine HWS-Distorsion zugezogen. Weder Dr. med. H._ im Bericht vom 3. März 2004 (E. 4.2 hievor) noch sonst ein behandelnder Arzt habe den Blockwirbel des Versicherten im Bereich C5/C6 auf diesen Unfall zurückgeführt. Von traumatischer Verursachung des Blockwirbels sei demnach nicht auszugehen. Der Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 (E. 4.5 hievor) erfülle in somatischer Hinsicht die praxisgemässen Anforderungen an eine medizinische Beurteilungsgrundlage. Auf noch bestehende organisch nachweisbare Beschwerden, die mit obigem Unfall im Zusammenhang stünden, gebe auch der Bericht der Frau Dr. med. S._ vom 19. Januar 2007 (E. 4.6 hievor) keine Hinweise. Gemäss dem Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 könne der Gesundheitszustand durch medizinische Massnahmen nicht namhaft verbessert werden. Auch Frau Dr. med. S._ habe am 19. Januar 2007 den Gesundheitszustand als stationär bezeichnet. Die adäquate Kausalität zwischen obigem Unfall und den anhaltenden Beschwerden des Versicherten sei in Anwendung der Schleudertraumapraxis (<ref-ruling> ff.) zu verneinen, weshalb die Leistungseinstellung auf den 19. Oktober 2006 rechtens sei. Die Herabsetzung des Taggeldes auf der Basis einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit rechtfertige sich erst ab 1. April 2006.
5.2 Der Versicherte wendet im Wesentlichen ein, weder für seine Restarbeitsfähigkeit bis zur Leistungseinstellung auf den 19. Oktober 2006 noch für diejenige danach könne auf den Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 abgestellt werden. Es handle sich nicht um ein verwaltungsunabhängiges medizinisches Gutachten, da es von SUVA-Ärzten verfasst worden sei. Aus psychischer Sicht sei er seit 25. Mai 2007 zu 100 % erwerbsunfähig. Hinzu komme die von Frau Dr. med. S._ weiterhin attestierte somatisch bedingte Arbeitsunfähigkeit. Es seien die Verhältnisse bis zum Einspracheentscheid vom 6. August 2007 zu berücksichtigen.
6. Dem Einwand des Versicherten, auf den Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 könne nicht abgestellt werden, da er nicht verwaltungsunabhängig sei, ist entgegenzuhalten, dass auch den Berichten und Gutachten versicherungsinterner Ärzte Beweiswert zukommt, sofern sie als schlüssig erscheinen, nachvollziehbar begründet sowie in sich widerspruchsfrei sind und keine Indizien gegen ihre Zuverlässigkeit bestehen. Die Tatsache allein, dass der befragte Arzt in einem Anstellungsverhältnis zum Versicherungsträger steht, lässt nicht schon auf mangelnde Objektivität und auf Befangenheit schliessen. Es bedarf vielmehr besonderer Umstände, welche das Misstrauen in die Unparteilichkeit der Beurteilung objektiv als begründet erscheinen lassen. Im Hinblick auf die erhebliche Bedeutung, welche den Arztberichten im Sozialversicherungsrecht zukommt, ist an die Unparteilichkeit des Gutachters allerdings ein strenger Massstab anzulegen (<ref-ruling> E. 3b/ee S. 353 f.).
7. 7.1 Der Versicherte wendet ein, der bei ihm festgestellte Blockwirbel im Bereich C5/C6 stelle ein organisches Substrat seiner Beschwerden dar. Die Vorinstanz habe eine willkürliche Aktenwürdigung vorgenommen, indem sie diesen Blockwirbel als nicht unfallbedingt taxiert habe. Zumindest hätte sie zu dieser Frage ein medizinisches Gutachten einholen müssen, da die behandelnden Ärzte zu dieser Problematik nicht befragt worden seien und der Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 nicht rechtsgenüglich sei.
7.2 Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass es sich bei einem funktionellen Blockwirbel um die vollständige oder unvollständige Verschmelzung zweier Wirbelkörper unter entsprechendem Verlust des Wirbelsynchondrosengewebes und damit um einen organischen Befund handelt. In den meisten Fällen sind diese Blockwirbel zwar angeboren, können aber auch erworben werden, insbesondere entzündlich, daneben aber auch traumatisch (vgl. Pschyrembel, Klinisches Wörterbuch, 261. Aufl., Berlin/New York 2007, S. 255; Roche Lexikon Medizin, 5. Aufl., München 2003, S. 236; THIELE, Handlexikon der Medizin, München/Wien 1980, S. 278; Urteil U 147/06 vom 21. Juni 2006 E. 2.2).
Weder das Spital X._ in den Berichten vom 16. Januar und 5. April 2004 noch Dr. med. H._ im Bericht vom 3. März 2004 führten aus, der Blockwirbel des Versicherten im Bereich C5/C6 sei auf den Unfall vom 20. Dezember 2003 zurückzuführen (E. 4.1-4.3 hievor). Dr. med. H._ führte diesen Blockwirbel vielmehr in der Diagnose der degenerativen Veränderungen der Wirbelsäule des Versicherten auf (E. 4.2 hievor). Es ist denn auch nicht ersichtlich, inwiefern der mittelschwere, an der Grenze zu den leichten Ereignissen liegende Unfall vom 20. Dezember 2003 (vgl. E. 8 hienach) geeignet gewesen sein soll, einen Blockwirbel zu verursachen. Soweit Frau Dr. med. S._ im Bericht vom 19. Januar 2007 eine HWS-Distorsion nach Unfall vom 20. Dezember 2003 mit partieller Keilwirbelbildung C5, C6 diagnostizierte (E. 4.6 hievor), kann der Versicherte daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten, da sie keine Begründung für die Verknüpfung des Keilwirbels mit dem Unfall lieferte.
Der Vorinstanz ist demnach beizupflichten, dass der Blockwirbel des Versicherten im Bereich C5/C6 nicht überwiegend wahrscheinlich als natürlich kausale Folge des Unfalls vom 20. Dezember 2003 angesehen werden kann.
7.3 Der Versicherte macht geltend, gemäss dem Bericht der Rehaklinik Y._ vom 31. Oktober 2005 lägen bei ihm aus rheumatologischer und neuropsychologischer Sicht eindeutige Beschwerden vor. Dem ist entgegenzuhalten, dass diesbezüglich organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolgen nicht festgestellt wurden. Gegenteiliges macht der Versicherte nicht substanziiert geltend und ergibt sich auch nicht aus den übrigen medizinischen Akten.
7.4 Der Versicherte bringt weiter vor, gemäss der neurootologischen Untersuchung der Rehaklinik Y._ vom 12. Oktober 2005 bestünden bei ihm eindeutige objektivierbare unfallbedingte Befunde, nämlich ein mittelschwerer bis schwerer Tinnitus sowie eine zervikogene vestibuläre Funktionsstörung.
Dem ist entgegenzuhalten, dass der neurootologische Abklärer im Bericht vom 6. Oktober 2006 ergänzte, ein objektivierbares organisches Substrat sei beim Versicherten nicht gegeben. Es bestehen keine Gründe, von dieser fundierten Einschätzung abzuweichen.
7.5 Nach dem Gesagten sind bei Fallabschluss am 19. Oktober 2006 keine organisch objektiv ausgewiesenen Folgen des Unfalls vom 20. Dezember 2003 überwiegend wahrscheinlich erstellt. Auf weitere medizinische Abklärungen ist zu verzichten, da hievon keine neuen Erkenntnisse zu erwarten sind (antizipierte Beweiswürdigung: <ref-ruling> E. 3 S. 157). Erforderlich ist somit eine gesonderte Adäquanzprüfung (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112). Die Vorinstanz hat die "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling>) angewandt, was nicht zu beanstanden ist (vgl. auch Urteil 8C_735/2009 vom 2. November 2009 E. 5.4 f.).
8. Die Unfallschwere ist im Rahmen einer objektivierten Betrachtungsweise aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen. Nicht relevant sind die Kriterien, welche bei der Prüfung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen Beachtung finden; dies gilt etwa für die - ein eigenes Kriterium bildenden - Verletzungen, welche sich die versicherte Person zuzog, aber auch für - unter dem Gesichtspunkt der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls zu prüfende - äussere Umstände, wie eine allfällige Dunkelheit im Unfallzeitpunkt oder Verletzungs- resp. gar Todesfolgen, die der Unfall für andere Personen nach sich zog (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1 [U 2/07]; Urteil 8C_595/2009 vom 17. November 2009 E. 7.1). Der Vorinstanz ist beizupflichten, dass der Unfall des Versicherten vom 20. Dezember 2003 - Heckauffahrkollision auf ein haltendes Fahrzeug, wobei die Arbeitsgruppe U._ eine kollisionsbedingte Geschwindigkeitsänderung (delta-v) des vom Versicherten gelenkten Wagens innerhalb oder oberhalb von 10-15 km/h feststellte (Bericht vom 27. September 2004) - als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Ereignissen zu qualifizieren ist (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 [U 380/04]; vgl. auch Urteil 8C_735/2009 vom 2. November 2009 E. 6). Hieran nichts zu ändern vermag in casu die Berufung des Versicherten auf die Schäden an seinem Auto und auf die Höhe der Reparaturrechnung.
9. 9.1 Ob besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls vorliegen, beurteilt sich objektiv und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls der versicherten Person (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207 E. 3b/cc). Zu beachten ist, dass jedem mindestens mittelschweren Unfall eine gewisse Eindrücklichkeit eigen ist, welche somit noch nicht für eine Bejahung des Kriteriums ausreichen kann. Der nachfolgende Heilungsprozess ist diesbezüglich nicht relevant (Urteil 8C_595/2009 E. 8.1). Beim Unfall des Versicherten vom 20. Dezember 2003 liegen - wie die Vorinstanz richtig erkannt hat - nicht Umstände vor, welche die Bejahung einer besonderen Dramatik oder besonderen Eindrücklichkeit rechtfertigen. Auch hier ist seine Berufung auf die Schäden an seinem Auto und auf die Höhe der Reparaturrechnung unbehelflich.
9.2 Es ist einzig eine HWS-Distorsion als Folge des Unfalls vom 20. Dezember 2003 erstellt (E. 5 f. hievor). In casu liegen keine Faktoren vor, die zur Bejahung des Kriteriums der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung führen können (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.).
9.3 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist, ob nach dem Unfall eine fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss am 19. Oktober 2006 notwendig war (<ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128). Abklärungsmassnahmen und blosse ärztliche Kontrollen sind in diesem Rahmen nicht zu berücksichtigen (Urteil 8C_427/2008 vom 2. Juni 2009 E. 6.5). Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass das Kriterium aufgrund der Akten nicht erfüllt ist. Unbehelflich ist der pauschale Einwand des Versicherten, er sei bei Frau Dr. med. S._ sowie in psychiatrischer Dauerbehandlung. Vielmehr lagen die durchgeführten Behandlungen im Rahmen dessen, was nach einer HWS-Distorsion üblich ist (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.2.4 in fine [U 380/04]; Urteil 8C_735/2009 E. 7.4 mit Hinweis).
9.4 Nicht zu beanstanden ist aufgrund der Akten die vorinstanzliche Feststellung, das Kriterium der erheblichen Beschwerden im Lebensalltag bis zum Fallabschluss (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128) sei zwar erfüllt, aber nicht besonders ausgeprägt. Diesbezüglich ist auch zu berücksichtigen, dass der Versicherte in den Jahren 2004 und 2005 immerhin in der Lage war, in die Ferien zu verreisen (vgl. auch Urteile 8C_964/2008 vom 1. September 2009 E. 3.4.2.2 und 8C_217/2008 vom 20. März 2009 E. 10.4). Nicht stichhaltig ist sein pauschaler Einwand, er leide an massiven körperlichen und psychischen Beschwerden.
9.5 Unbestritten ist, dass das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung nicht erfüllt ist.
9.6 Aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Genesung bis zum Fallabschluss beeinträchtigt oder verzögert haben (<ref-ruling> E. 10.2.6 S. 129; SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5 [U 479/05]). Der Vorinstanz ist beizupflichten, dass solche Gründe hier nicht gegeben sind. Der Umstand, dass trotz verschiedener Therapien keine Beschwerdefreiheit erreicht werden konnte, reicht für die Bejahung des Kriteriums nicht aus (Urteile 8C_735/2009 E. 7.6 und 8C_427/2008 E. 6.7). Unbehelflich ist mithin der pauschale Einwand des Versicherten, aufgrund seiner massiven Beschwerden sei ein schwieriger Heilungsverlauf gegeben.
9.7 Zu prüfen ist schliesslich das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener ernsthafter Anstrengungen zu deren Überwindung bis zum Fallabschluss (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.; Urteil 8C_427/2009 vom 29. Oktober 2009 E. 4.7). Nach dem Unfall vom 20. Dezember 2003 arbeitete der Versicherte nicht mehr bei der Firma E._ AG; das Arbeitsverhältnis wurde auf den 31. Mai 2004 beendet. Bis Ende 2004 war der Versicherte zusammen mit seiner Ehefrau noch als Hauswart tätig, wobei die Ehefrau ca. 90 % der entsprechenden Arbeiten erledigte; die Aufgabe des Versicherten bestand darin, die Heizung zu überwachen und den Ölstand abzulesen. Die Vorinstanz hat richtig festgestellt, dass der Versicherte bis 21. Oktober 2004 zwölf ambulante Ergotherapiesitzungen mit dem Ziel der Integration in den Arbeitsprozess absolvierte. Aber erst ab 1. Mai 2006, mithin fast zweieinhalb Jahre nach dem Unfall, nahm er an einem sechsmonatigen Wiedereingliederungsprogramm in einer Firma teil, welches er zu 40 bis 50 % absolvieren konnte. Weitergehende Anstrengungen, in den Arbeitsprozess seines angestammten Berufes oder einer anderen Tätigkeit zurückzukehren, legt der Versicherte nicht substanziiert dar. Unter den gegebenen Umständen ist sein Einsatz, den er bezüglich Wiedereingliederung in den Arbeitsprozess gezeigt hat, zwar anerkennenswert. Von angemessenen Anstrengungen kann aber insgesamt nicht gesprochen werden (vgl. auch Urteil 8C_735/2009 E. 7.7). Das Kriterium liegt - wie die Vorinstanz richtig erwogen hat - insgesamt nicht besonders ausgeprägt vor.
9.8 Nach dem Gesagten sind höchstens zwei Kriterien erfüllt, aber nicht besonders ausgeprägt oder auffallend (vgl. E. 9.4 und 9.7 hievor). Eine Gesamtwürdigung der Kriterien und des Unfalls vom 20. Dezember 2003 ergibt, dass diesem für den über den 19. Oktober 2006 hinaus anhaltenden Gesundheitsschaden des Versicherten keine massgebende Bedeutung mehr zukommt, weshalb die adäquate Kausalität und damit die Leistungspflicht der SUVA zu verneinen ist (vgl. Urteil 8C_626/2009 vom 9. November 2009 E. 4.3 und Urteil 8C_735/2009 E. 7.8). Demnach erübrigen sich weitere Erhebungen zur Frage der natürlichen Kausalität zwischen dem Unfall und den anhaltenden Beschwerden (vgl. SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 3c; Urteil 8C_249/2009 vom 3. August 2009 E. 6.1). Sämtliche Einwände des Versicherten vermögen hieran nichts zu ändern.
10. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden, da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht von vornherein als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung notwendig war (<ref-law>; Urteil 8C_126/2008 vom 11. November 2008 E. 8; vgl. auch <ref-ruling> E. 5b S. 372). Er wird der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Massimo Aliotta wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Dezember 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar