Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 22. Februar 2012 wies der Vormundschaftsrat des Kantons Basel-Stadt X._ (geb. 1984) zur umfassenden Abklärung seines physischen und psychischen Gesundheitszustandes für höchstens drei Monate, d.h. bis zum 22. Mai 2012, in die Universitären Psychiatrischen Kliniken Y._ (UPK) ein und beauftragte die Einrichtung, ein entsprechendes Gutachten zu erstellen. Kurz nach dem Eintritt von X._ (23. Februar 2012) kam es am 25. Februar 2012 zu einem Zwischenfall, in dessen Verlauf X._ einen Mitpatienten als Kopfgeldjäger bezeichnete und daraufhin tätlich angriff. Gemäss den nachträglichen Angaben der UPK vom 22. März 2012 wurde X._ isoliert und wegen erweitert bestehender Fremdaggressivität mit Zyprexa und Temesta oral zwangsmediziert. Am Folgetag (26. Februar 2012) wurden X._ unter Aufgebot der Polizei zwangsweise Haldol und Stesolid intramuskulär gespritzt, da er Morddrohungen gegenüber dem Pflegepersonal ausgesprochen und sich bedrohlich und aggressiv verhalten hatte. Am 27. Februar 2012 beantragte die Pflege bei der zuständigen Oberärztin, Frau Prof. Dr. A._, die Genehmigung der Zwangsbehandlung von X._ gestützt auf § 22 Abs. 4 bzw. § 13 Abs. 4 Psychiatriegesetz. Die Genehmigung wurde mündlich erteilt, die entsprechende schriftliche Bestätigung aber erst später ausgestellt. Im Rahmen dieser Behandlung wurden die Medikamente Zyprexa und Temesta verordnet, die X._ in der Folge "ohne Druck" einnahm.
B. Am 16. März 2012 erhob der anwaltlich verbeiständete X._ Beschwerde gegen die medikamentöse Zwangsbehandlung und beantragte, es sei festzustellen, dass die seit der Einweisung erfolgten Zwangsmedikationen gegen Art. 8 EMRK verstossen. Es sei den UPK zu untersagen, ihm gegen seinen Willen Medikamente zu verabreichen (1). Schliesslich sei festzustellen, dass die UPK nur zur Vornahme einer Zwangsmedikation berechtigt seien, wenn sie vorgängig die Einwilligung der Psychiatrie-Rekurskommission oder einer hierfür geschaffenen weisungsgebundenen Behörde einholten (2). Anlässlich der Verhandlung vom 27. März 2012 hörte die Rekurskommission X._ sowie die Oberärztin der UPK, Dr. B._, an und hiess mit Entscheid vom gleichen Tag die gegen die durchgeführte medikamentöse Zwangsbehandlung erhobene Beschwerde aus formellen Gründen gut, wies aber die Feststellungsanträge gemäss den Ziffern 1 und 2 der Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war.
C. X._ hat gegen den seinem Anwalt am 5. April 2012 in voller Ausfertigung zugestellten Entscheid am 14. Mai 2012 (Postaufgabe) beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Er beantragt, die Ziffer 2 des Urteils der Psychiatrie-Rekurskommission vom 27. März 2012 sei aufzuheben (1) und es sei festzustellen, dass die seit der Einweisung erfolgte Zwangsmedikation gegen Art. 8 EMRK und das Grundrecht der persönlichen Freiheit verstosse. Den UPK sei zu untersagen, ihm gegen seinen Willen Medikamente zu verabreichen (2). Ferner sei festzustellen, dass er erst dann zwangsmediziert werden dürfe, wenn ihm vorgängig der Rechtsweg zur Verfügung gestanden habe (3). Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Die Psychiatrie-Rekurskommission des Kantons Basel-Stadt beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verweist auf ihr Urteil.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG) betreffend Zwangsmassnahmen im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung zwecks Begutachtung; es handelt sich damit um eine öffentlich-rechtliche Sache, die in engem Zusammenhang mit dem Zivilrecht steht (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG; vgl. Urteile 5A_335/2010 vom 6. Juli 2010 E. 1.1; 5A_656/2007 vom 13. März 2008 E. 1.1, nicht publiziert in <ref-ruling> und 5A_396/2007 vom 23 Juli 2007 E. 1.1, alle Entscheide die Zwangsbehandlung im Rahmen einer ordentlichen fürsorgerischen Freiheitsentziehung betreffend). Die Beschwerde in Zivilsachen erweist sich damit als grundsätzlich zulässig.
1.2 Feststellungsbegehren sind vor Bundesgericht zulässig, wenn das schutzwürdige Interesse nicht ebenso gut mit einem Leistungsbegehren bzw. rechtsgestaltenden Antrag gewahrt werden kann (<ref-ruling> E. 1a S. 51; <ref-ruling> E. 2c S. 303).
1.2.1 Der Beschwerdeführer ersucht in erster Linie um Feststellung der Verletzung von Art. 8 Ziff. 1 EMRK bzw. von <ref-law>. Nachdem die maximale Dauer der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zwecks Begutachtung am 22. Mai 2012 abgelaufen und die strittige Behandlung spätestens mit dem Ablauf der maximalen Dauer der Freiheitsentziehung hinfällig geworden ist, kann der Beschwerdeführer nicht mehr um Aufhebung der Zwangsbehandlung ersuchen. Das Feststellungsbegehren ist damit grundsätzlich zulässig. Abgesehen davon verfügt der Beschwerdeführer zumindest über ein virtuelles Interesse (<ref-ruling>) an der Behandlung der Beschwerde (<ref-law>).
1.2.2 Da die maximale Dauer der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zwecks Begutachtung abgelaufen ist und auch nicht feststeht, dass nunmehr eine ordentliche Freiheitsentziehung gestützt auf <ref-law> angeordnet worden ist, verfügt der Beschwerdeführer über kein aktuelles Interesse an der Feststellung, er dürfe erst zwangsmediziert werden, nachdem ihm der Rechtsweg zur Verfügung gestanden hat. Darauf ist nicht einzutreten (<ref-law>). Mangels aktuellen Interesses unzulässig ist schliesslich der Antrag, es sei den UPK zu untersagen, ihm gegen seinen Willen Medikamente zu verabreichen. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern mit Bezug auf diese beiden Begehren ein virtuelles Interesse gegeben sein könnte.
1.3 Auf die von der betroffenen Person (<ref-law>) rechtzeitig (<ref-law>) eingereichte Beschwerde ist unter Vorbehalt der genannten Ausnahmen einzutreten.
2. 2.1 Die Rekurskommission hat erwogen, Behandlungen gegen den Widerstand der betroffenen Person seien gemäss § 22 Abs. 4 Psychiatriegesetz (nachfolgend: PG) mit einer eingehenden Begründung in den Krankenunterlagen festzuhalten. Bei der Anwendung physischen Zwangs - wie bei Anordnung von Isolation - seien gemäss § 21 Abs. 4 PG insbesondere Art und Dauer der Massnahme, die Gründe und die verantwortlichen Personen festzuhalten. Im vorliegenden Fall seien für die Zwangsbehandlungen vom 25. und 26. Februar 2012 Protokolle, jedoch erst einen bzw. zwei Tage nach der erfolgten Zwangsmedikation erstellt worden. Überdies seien sie inhaltlich als mangelhaft zu qualifizieren, zumal sie sich nicht eingehend zu den Gründen äusserten, welche die Klinik zur Vornahme der Notbehandlung im Sinn von § 13 Abs. 4 PG veranlasst hätten. Am 27. Februar 2012 sei zwar mündlich eine Genehmigung der Zwangsbehandlung nach § 22 PG durch die zuständige Chefärztin erfolgt. Die schriftliche Beurteilung vom 28. Februar 2012 gebe als Zeitpunkt des Entscheids zur Zwangsbehandlung offensichtlich fälschlicherweise den 19. Januar 2012 an; überdies sei diese Bestätigung erst auf Nachfrage der Rekurskommission ausgehändigt worden. In den Ausführungen äussere sich die Chefärztin nur oberflächlich zum Zustandsbild des Patienten. Sie spreche sich nicht über mögliche Folgen des Unterlassens der medikamentösen Behandlung aus und erwähne nicht, ob Ersatzmassnahmen geprüft worden seien. In der im Auftrag der Rekurskommission verfassten schriftlichen Stellungnahme der UPK vom 22. März 2012 finde sich zu den Anordnungen vom 25. und 26. Februar 2012 die Feststellung, dass der Beschwerdeführer einen Mitpatienten als Kopfgeldjäger verkannt, ihn tätlich angegriffen und Morddrohungen gegenüber dem Personal ausgesprochen habe. Zu der am 27. Februar 2012 angeordneten bzw. bewilligten Behandlung mit Medikamenten äussere sich der Bericht nicht. Die in den §§ 21 Abs. 4 und 22 Abs. 4 PG umschriebenen Dokumentationspflichten im Fall von Anwendung von Zwang seien nicht reine Formvorschriften. Da die Klinik den Vorschriften nicht im erforderlichen Ausmass Genüge getan habe, sei die Beschwerde gegen die medikamentöse Zwangsbehandlung (formell) gutzuheissen.
Die Kommission hält im Weiteren dafür, das heisse aber nicht, dass die Durchführung der Zwangsbehandlung nicht nur aufgrund der Schwere des Eingriffs in das durch die EMRK und das Verfassungsrecht geschützte Rechtsgut, sondern allein schon deshalb unzulässig sei, weil der Beschwerdeführer zum Zweck der Begutachtung und nicht zur Behandlung in die UPK eingewiesen worden sei. Der Vormundschaftsrat habe in seinem Entscheid festgestellt, dass verschiedene frühere Klinikaufenthalte des Beschwerdeführers in den letzten zehn Jahren auf das Bestehen einer psychischen Grunderkrankung hinwiesen und die gesamte Lebenssituation des Beschwerdeführers nach Absetzen der Medikamente vor eineinhalb Jahren zunehmend destabilisiert worden sei; auch nach den Kurzaufenthalten in der Klinik sei die besorgniserregende Entwicklung des Zustandes des Beschwerdeführers nicht gestoppt worden. Die Kommission kommt aufgrund der vorliegenden schriftlichen Unterlagen, des Berichts des ärztlichen Kommissionsmitglieds vom 22. März 2012, das Ergebnis der Befragung des Beschwerdeführers und der zuständigen Oberärztin (Dr. B._) zum Schluss, dass der Beschwerdeführer an einer paranoiden Schizophrenie leide. Gemäss Aussagen der behandelnden Ärztin sei in Anbetracht der Einweisung zur Begutachtung und der ablehnenden Haltung des Beschwerdeführers gegenüber der vorgeschlagenen Medikation versucht worden, gänzlich auf eine medikamentöse Behandlung zu verzichten. Bereits bei der Aufnahme des Beschwerdeführers hätten indes deutliche Hinweise auf ein wahnhaftes Zustandsbild bestanden. Die Kommission weist sodann darauf hin, dass der Beschwerdeführer nach dem Vorfall vom 25. Februar 2012 isoliert worden sei. Aufgrund der geschilderten tatsächlichen Umstände erachtete die Vorinstanz die Zwangsbehandlung als mit § 22 PG und Art. 8 EMRK vereinbar sowie verhältnismässig.
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz stelle zutreffend fest, dass die Klinik bei den durchgeführten Zwangsbehandlungen vom 25./26. und 27. Februar 2012 die Pflicht zur Dokumentation gemäss den §§ 21 Abs. 4 und 22 Abs. 4 PG verletzt habe, ziehe aber daraus nicht die richtigen Schlüsse. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz äusserten sich die im nachhinein erstellten Protokolle in keiner Weise zu den Gründen, welche die Klinik zur Vornahme einer Notbehandlung gemäss § 13 Abs. 4 PG veranlasst hätten. Ferner stelle die Kommission auch fest, dass sich die Ärztin im Entscheid vom 27. Februar 2012 nur oberflächlich zum Zustandsbild des Patienten geäussert und sich nicht über die möglichen Folgen eines Unterlassens der medikamentösen Behandlung geäussert habe. Unter diesen Umständen sei der Schluss der Vorinstanz nicht haltbar, die Zwangsbehandlungen seien rechtmässig. Diese seien überdies nicht verhältnismässig, zumal in keiner Weise dokumentiert worden sei, welche Ersatzmassnahmen geprüft worden seien und warum sich der Beschwerdeführer durch gutes Zureden oder durch eine kurze Isolation nicht wieder hätte beruhigen lassen. Insbesondere sei nicht erstellt, dass er in der Vergangenheit gegenüber Dritten tätlich geworden sei oder Morddrohungen ausgesprochen habe. Aus dem Entscheid des Vormundschaftsrates vom 22. Februar 2012 gehe vielmehr hervor, dass eine Eskalation der Gewalt durch gutes Zureden habe vermieden werden können. Mangels klarer Dokumentation könne die Indikation zur Zwangsmedikation nicht festgestellt werden. Dagegen sprächen auch nicht die Unterlagen, welche die Vorinstanz im nachhinein eingeholt habe. Sie stelle vielmehr selbst fest, dass sich die UPK in ihrem Bericht vom 22. März 2012 nicht zur Anordnung vom 27. Februar 2012 vernehmen lasse. Die nachträglichen Ausführungen der UPK würden den massgebenden Sachverhalt gerade nicht klären. Gemäss dem begutachtenden Mitglied der Vorinstanz, Dr. C._, vom 22. März 2012 werde in der Verlaufsdokumentation der UPK von einem "starken Rededrang" und von "fast ausschliesslichen psychotischen Inhalten" gesprochen und auch davon, dass der Beschwerdeführer keine "medis" eingenommen habe. Für die folgenden Tage werde berichtet, dass der Beschwerdeführer entspannt freundlich gewirkt habe und er sich im Rahmen seines Ausgangs im Areal habe frei bewegen können und wieder pünktlich auf die Abteilung zurückgekehrt sei. Gemäss Bericht der UPK vom 22. März 2012 habe beim Eintrittsgespräch keine akute Fremdgefährdung festgestellt werden können. Daraus werde ersichtlich, dass in den ersten Tagen der Hospitalisation keine bedrohliche Situation vorgelegen habe. Die Feststellung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer sei am 25. und 26. Februar 2012 wahnhaft aggressiv bedrohlich und unberechenbar gewesen, stimme nicht mit dem Aufnahmebefund und den Ausführungen des begutachtenden Mitgliedes überein, und sei daher willkürlich. Da die Umstände der Zwangsmedikationen nicht ausreichend dokumentiert worden seien, könne entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht gesagt werden, die Durchführung der Zwangsbehandlungen sei rechtmässig.
3. 3.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts stellt die medikamentöse Zwangsbehandlung einen schweren Eingriff in die körperliche und geistige Integrität, mithin eine Verletzung von <ref-law> und Art. 8 Ziff. 1 EMRK dar und betrifft die menschliche Würde (<ref-law>) zentral (<ref-ruling> E. 5 S. 10; <ref-ruling> E. 3 S. 18). Nebst der erforderlichen gesetzlichen Grundlage verlangt der Eingriff eine vollständige und umfassende Interessenabwägung. Zu berücksichtigen sind dabei die öffentlichen Interessen, die Notwendigkeit der Behandlung, die Auswirkungen einer Nichtbehandlung, die Prüfung von Alternativen sowie die Beurteilung von Selbst- und Fremdgefährdung (BGE <ref-ruling> E. 4 und 5). In diese Interessenabwägung miteinzubeziehen sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung insbesondere auch langfristige Nebenwirkungen einer zwangsweise vorgesehenen Neuroleptika-Behandlung (BGE <ref-ruling> E. 5.3 S. 21).
3.2 Grundrechte können unter den Voraussetzungen von <ref-law> eingeschränkt werden: Die Einschränkungen bedürfen einer gesetzlichen Grundlage; schwerwiegende Eingriffe sind im Gesetz selbst vorzusehen (<ref-law>). Ferner müssen sie durch ein öffentliches Interesse bzw. durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt (<ref-law>) und verhältnismässig sein (<ref-law>) und dürfen den Kerngehalt des Grundrechts nicht antasten (<ref-law>). Auch der Anspruch aus Art. 8 Ziff. 1 EMRK gilt nicht absolut. Vielmehr ist nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK ein Eingriff in das durch Ziff. 1 geschützte Rechtsgut zulässig, soweit er gesetzlich vorgesehen ist und eine Massnahme darstellt, die in einer demokratischen Gesellschaft für die nationale Sicherheit, die öffentliche Ruhe und Ordnung, das wirtschaftliche Wohl des Landes, die Verteidigung der Ordnung und zur Verhinderung von strafbaren Handlungen, zum Schutz der Gesellschaft und Moral sowie der Rechte und Freiheiten anderer notwendig ist.
3.3 Im vorliegenden Fall ist der Beschwerdeführer durch Entscheid des Vormundschaftsrates des Kantons Basel-Stadt vom 22. Februar 2012 zur umfassenden Abklärung seines physischen und psychischen Gesundheitszustandes für höchstens 3 Monate, d.h. bis zum 22. Mai 2012 in die Universitären Psychiatrischen Kliniken Y._ (UPK) eingewiesen und die Einrichtung mit der Erstellung eines entsprechenden Gutachtens beauftragt worden. Die lediglich zur stationären Begutachtung eingewiesene Person darf nicht länger gegen ihren Willen in der Anstalt zurückbehalten werden, als dies zur Begutachtung erforderlich ist (Urteile 5A_36/2011 vom 24. Januar 2011 E. 2.1; 5A_250/2010 vom 14. April 2010 E. 2.3; 5A_668/2010 14. Oktober 2010 E. 3.1; 5A_388/2012 vom 25. Mai 2012 E. 2.1). Aus dem Zweck der Einweisung, der Durchführung der erforderlichen Begutachtung, ergibt sich ferner, dass im Rahmen einer stationären Begutachtung eine eigentliche Behandlung oder Rehabilitation nicht durchgeführt werden darf (ALEXANDER IMHOF, Der formelle Rechtsschutz, insbesondere die gerichtliche Beurteilung, bei der fürsorgerischen Freiheitsentziehung, Diss. Freiburg 1999, S. 121, EDWIN BIGGER, Fürsorgerische Freiheitsentziehung (FFE) und strafrechtliche Massnahme bei Suchtkranken aus rechtlicher Sicht [<ref-law>/44 StGB]; in: ZVW 47/192 S. 50). Diesem Gedanken hat sich denn auch das am 1. Januar 2013 in Kraft tretende Erwachsenenschutzrecht verschrieben, das eine therapeutische Behandlung der zur stationären Begutachtung eingewiesenen Person verbietet (siehe dazu: Botschaft zur Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [Erwachsenenschutz, Personenrecht und Kindesrecht] vom 28. Juni 2006, BBl 2006 S. 7001/7062). Im Folgenden gilt es zu prüfen, ob sich die angeordneten Zwangsbehandlungen auf eine gesetzliche Grundlage stützen lassen.
3.3 Im vorliegenden Fall ist der Beschwerdeführer durch Entscheid des Vormundschaftsrates des Kantons Basel-Stadt vom 22. Februar 2012 zur umfassenden Abklärung seines physischen und psychischen Gesundheitszustandes für höchstens 3 Monate, d.h. bis zum 22. Mai 2012 in die Universitären Psychiatrischen Kliniken Y._ (UPK) eingewiesen und die Einrichtung mit der Erstellung eines entsprechenden Gutachtens beauftragt worden. Die lediglich zur stationären Begutachtung eingewiesene Person darf nicht länger gegen ihren Willen in der Anstalt zurückbehalten werden, als dies zur Begutachtung erforderlich ist (Urteile 5A_36/2011 vom 24. Januar 2011 E. 2.1; 5A_250/2010 vom 14. April 2010 E. 2.3; 5A_668/2010 14. Oktober 2010 E. 3.1; 5A_388/2012 vom 25. Mai 2012 E. 2.1). Aus dem Zweck der Einweisung, der Durchführung der erforderlichen Begutachtung, ergibt sich ferner, dass im Rahmen einer stationären Begutachtung eine eigentliche Behandlung oder Rehabilitation nicht durchgeführt werden darf (ALEXANDER IMHOF, Der formelle Rechtsschutz, insbesondere die gerichtliche Beurteilung, bei der fürsorgerischen Freiheitsentziehung, Diss. Freiburg 1999, S. 121, EDWIN BIGGER, Fürsorgerische Freiheitsentziehung (FFE) und strafrechtliche Massnahme bei Suchtkranken aus rechtlicher Sicht [<ref-law>/44 StGB]; in: ZVW 47/192 S. 50). Diesem Gedanken hat sich denn auch das am 1. Januar 2013 in Kraft tretende Erwachsenenschutzrecht verschrieben, das eine therapeutische Behandlung der zur stationären Begutachtung eingewiesenen Person verbietet (siehe dazu: Botschaft zur Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [Erwachsenenschutz, Personenrecht und Kindesrecht] vom 28. Juni 2006, BBl 2006 S. 7001/7062). Im Folgenden gilt es zu prüfen, ob sich die angeordneten Zwangsbehandlungen auf eine gesetzliche Grundlage stützen lassen.
3.4 3.4.1 Soweit dem Beschwerdeführer am 25. und 26. Februar 2012 gegen seinen Willen Medikamente verabreicht worden sind, liegt selbstredend eine Zwangsbehandlung vor. Davon ist nach der Rechtsprechung ferner auszugehen, wenn der Patient unter dem Druck bevorstehenden unmittelbaren Zwangs in die ärztliche Behandlung einwilligt (Urteil 5P.366/2002 vom 26. November 2002 E. 4). Das gilt erst recht im vorliegenden Fall, in dem der Beschwerdeführer nach einer tatsächlich vorgenommenen zwangsweise Verabreichung von Medikamenten diese im weiteren Verlauf des Aufenthalts "ohne Druck" bzw. "freiwillig" einnimmt.
3.4.2 Die <ref-law> bieten keine gesetzliche Grundlage für die hier strittige Zwangsmedikation (<ref-ruling>). Im Kanton Basel-Stadt ist die Zwangsbehandlung psychisch kranker Personen im Gesetz vom 18. September 1996 über die Behandlung psychisch kranker Personen (Psychiatriegesetz, PG) geregelt, dessen einschlägige Bestimmungen wie folgt lauten: Widersetzt sich eine nach § 6 dieses Gesetzes eingewiesene, urteilsunfähige Person einer dringend notwendigen Behandlung, kann diese dennoch durchgeführt werden, wenn die Voraussetzungen betreffend Einwilligung gemäss § 13 Abs. 2 und 3 erfüllt sind und die persönliche Freiheit eindeutig weniger eingeschränkt wird als durch die sonst erforderlichen Ersatzmassnahmen. Über die Durchführung entscheidet die zuständige Chefärztin oder der Chefarzt bzw. deren oder dessen Vertretung (§ 22 Abs. 1 PG). Nach § 13 Abs. 4 PG kann von der Einwilligung (gemäss den § 13 Abs. 2 und 3 PG) in Notfällen abgesehen werden, wenn eine sofortige Intervention dringlich und unerlässlich ist, um das Leben der Patientinnen und Patienten zu erhalten oder die unmittelbare Gefahr einer schweren Gesundheitsschädigung abzuwenden.
3.4.3 Gemäss § 22 Abs. 4 PG ist die Behandlung mit einer eingehenden Begründung in den Krankenunterlagen festzuhalten. Mit Bezug auf physischen Zwang und Isolation schreibt § 21 Abs. 4 PG vor, dass diese Massnahmen in den Krankenunterlagen festzuhalten sind. Zu protokollieren sind insbesondere Art und Dauer der Massnahme, deren Gründe und die verantwortlichen Personen.
4. 4.1 Aufgrund der tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz steht fest, dass die zuständigen Ärzte ihrer Dokumentationspflicht gemäss § 21 Abs. 4 und § 22 Abs. 4 PG nicht oder nur ungenügend nachgekommen sind: So sind für die Zwangsbehandlungen vom 25. und 26. Februar 2012 zwar Protokolle erstellt worden, doch ist dies erst nachträglich und auch nur mangelhaft geschehen, zumal sich diese Unterlagen nicht eingehend zu den Gründen äussern, welche die Klinik zur Vornahme der Notbehandlung im Sinn von § 13 Abs. 4 PG veranlasst hatten. Am 27. Februar 2012 ist zwar mündlich eine Genehmigung der Zwangsbehandlung nach § 22 PG durch die zuständige Chefärztin, Frau Professor A._, erfolgt. Die schriftliche Beurteilung vom 28. Februar 2012 gibt als Zeitpunkt des Entscheids zur Zwangsbehandlung offensichtlich fälschlicherweise den 19. Januar 2012 an; überdies ist diese Bestätigung erst auf Nachfrage der Rekurskommission ausgehändigt worden. Zudem äussert sich der Bericht nur oberflächlich zum Zustandsbild des Patienten, spricht sich nicht über mögliche Folgen des Unterlassens der medikamentösen Behandlung aus und erwähnt nicht, ob Ersatzmassnahmen geprüft worden sind.
4.2 Wie die Vorinstanz zu Recht festhält, sind diese Dokumentationsvorschriften nicht reine Ordnungsbestimmungen. Mit der Kommission ist dazu festzuhalten, dass sie angesichts der Schwere des Eingriffs in fundamentale Rechte des Betroffenen dazu beitragen sollen, dass die entsprechenden Anordnungen nicht ohne vorgängige sorgfältige Überprüfung der medizinischen und rechtlichen Grundlagen getroffen werden. Ergänzend ist anzufügen, dass mit der beschriebenen Dokumentierung der Beweis sowohl für die ordnungsgemässe Anordnung, als auch den gesetzmässigen Ablauf der angeordneten Massnahme sichergestellt werden soll. Insbesondere kann nur aufgrund einer eingehenden Begründung der anordnenden Ärztin überprüft werden, ob die Massnahme zum Zeitpunkt ihrer Anordnung den Bestimmungen der kantonalen Gesetze, der Verfassung und der EMRK entsprochen hat.
4.3 Da die Klinik der gesetzlich vorgeschriebenen Pflicht zur Dokumentierung der Behandlung nicht nachgekommen ist, kann somit nicht anhand der Krankenunterlagen festgestellt werden, ob die Behandlungen die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllen. Insbesondere bleibt die für eine Zwangsbehandlung unerlässliche Voraussetzung des § 13 Abs. 4 PG offen, nämlich, dass eine sofortige Intervention dringlich und unerlässlich war, um das Leben des Beschwerdeführers zu erhalten oder die unmittelbare Gefahr einer schweren Gesundheitsschädigung abzuwenden. Soweit die Vorinstanz diese Voraussetzungen durch den Bericht von Dr. med. C._ vom 22. März 2012 als gegeben erachtet, kann ihr nicht gefolgt werden: Dabei handelt es sich um Ausführungen des Arztes, der mit der Begutachtung des Beschwerdeführers betraut worden ist, und nicht um die Angaben der Oberärztin, welche am 27. Februar 2012 die Zwangsbehandlung nachträglich bewilligt hat. Damit fehlen die authentischen Angaben der Person, die aufgrund der am 27. Februar 2012 vorliegenden tatsächlichen Verhältnisse die Zwangsbehandlung angeordnet bzw. bewilligt hat. Ferner ist auch dem Bericht der UPK vom 22. März 2012 nichts zu entnehmen, was die Annahme rechtfertigte, die Voraussetzungen gemäss § 13 Abs. 4 PG seien für die am 25./26. Februar 2012 durchgeführten und am 27./28. Februar 2012 bewilligten Zwangsbehandlungen sowie für die nachfolgenden dem Beschwerdeführer aufgezwungenen Behandlungen erfüllt. Mit dem Beschwerdeführer ist somit davon auszugehen, dass § 13 Abs. 4 i.V.m. § 22 Abs. 1 PG im vorliegenden Fall nicht als Grundlage für die strittigen Zwangsbehandlungen dienen kann.
5. Was die Zwangsmedikationen vom 25. und 26. Februar 2012 anbelangt, so handelt es sich denn auch nicht um therapeutische Behandlungen, sondern um Massnahmen, die infolge einer vom Beschwerdeführer ausgehenden Fremdgefährdung in Form eines tätlichen Angriffs eines Mitinsassen bzw. von Morddrohungen gegenüber dem Personal angeordnet worden sind. Soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz in dieser Hinsicht eine willkürliche Feststellung von Tatsachen vorwirft, ist er nicht zu hören: Der Umstand, dass er bei seinem Eintritt keine Anzeichen von Fremdgefährdung aufwies und sich auch sonst nicht auffällig verhielt, schliesst die Vorkommnisse vom 25./26. Februar 2012 nicht aus. Zudem stützt sich die Annahme der Vorinstanz auf Protokolle, die zwar erst im nachhinein erstellt worden sind; es kann aber nicht gesagt werden, die Vorinstanz sei in Willkür verfallen, indem sie auf diese Protokolle abstellte. Indessen können weder § 22 Abs. 1 noch § 13 Abs. 4 PG für Zwangsbehandlungen zum Schutz von Rechtsgütern Dritter als gesetzliche Grundlagen herangezogen werden, da sie hiefür keine Bestimmungen enthalten und somit auf diesen Tatbestand nicht zugeschnitten sind.
6. 6.1 Nach § 21 Abs. 1 PG darf physischer Zwangs angewendet werden, um das Leben der Patientin oder des Patienten zu erhalten, eine nach § 22 zulässige Behandlung durchzuführen, eine unmittelbare Gefahr für Leib und Leben Dritter abzuwenden oder eine schwerwiegende Störung des Zusammenlebens zu beseitigen. Da die kantonale gesetzliche Ordnung für die Zwangsbehandlung eigene Normen (§§ 22 und 13 Abs. 4 PG) aufgestellt hat, kann auch diese Bestimmung nicht als gesetzliche Grundlage für die am 25. und 26. Februar 2012 durchgeführten Zwangsbehandlungen dienen, zumal die einschlägigen Normen auch nicht darauf verweisen.
6.2 Die Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte hat in einem den Kanton Bern betreffenden Fall die polizeiliche Generalklausel als ausreichende gesetzliche Grundlage für die Zwangsbehandlung eines gestützt auf <ref-law> Eingewiesenen anerkannt (Entscheid des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte i.S. Schneiter gegen Schweiz, B Ziff. 2, in: VPB 2005 Nr. 129 S. 1565/1576). Nach § 13 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Basel-Stadt bedürfen Einschränkungen von Grundrechten einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr. Diese polizeiliche Generalklausel könnte grundsätzlich als gesetzliche Grundlage herangezogen werden, um mit geeigneten Massnahmen der vom Beschwerdeführer ausgehenden Drittgefährdung zu begegnen, was aber die Klinik nicht davon entbindet, den Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu wahren (<ref-law>). In diesem Zusammenhang ist von massgebender Bedeutung, dass der Beschwerdeführer lediglich zur Begutachtung in die Anstalt eingewiesen worden ist. Den tatsächlichen Feststellungen der Rekurskommission lässt sich entnehmen, dass er offenbar isoliert worden sein soll. Obwohl diese Zwangsmassnahme einer strengen Dokumentationspflicht unterliegt (§ 21 Abs. 4 PG), kann dem angefochtenen Entscheid nicht entnommen werden, wer diese Massnahme angeordnet hat, wann sie angeordnet worden ist und wie lange sie gedauert hat. Es fehlt damit auch an einer klaren nachvollziehbaren tatsächlichen Feststellung, dass die Isolation vor der Zwangsbehandlung vorgenommen worden ist. Abgesehen davon mangelt es auch an der Erklärung, dass der Medikation andere Massnahmen, wie z.B eine kurzeitige Fixierung des Beschwerdeführers, erfolglos vorausgegangen sind. Damit aber erweist sich die angeordnete Zwangsbehandlung insgesamt als unverhältnismässig.
7. Zusammenfassend ergibt sich, dass eine ordentliche therapeutische Zwangsbehandlung des zur Begutachtung eingewiesenen Beschwerdeführers im vorliegenden Fall ohne gesetzliche Grundlage erfolgt ist. Für die Behandlungen vom 25. und 26. Februar 2012 kann zwar aufgrund der vom Beschwerdeführer ausgehenden Gewaltbereitschaft und der Gefährdung von Drittinteressen die polizeiliche Generalklausel gemäss Art. 13 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Basel-Stadt als gesetzliche Grundlage herangezogen werden. Doch erweist sich die Massnahme als unverhältnismässig, zumal nicht erstellt ist, ob der Beschwerdeführer vorgängig zur Behandlung kurzfristig isoliert bzw. fixiert worden ist, um der von ihm ausgehenden Gefahr zu begegnen. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen, soweit damit die Feststellung einer Verletzung von <ref-law> und Art. 8 Ziff. 1 EMRK verlangt wird. Im Übrigen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (E. 1.2.2).
8. Aus den vorstehenden Erwägungen ergibt sich, dass der Beschwerdeführer lediglich teilweise obsiegt. In Anbetracht der konkreten Verhältnisse ist auf eine Gerichtsgebühr zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Demgegenüber ist der Kanton Basel-Stadt zu verpflichten, dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Entschädigung von Fr. 2'500.-- auszurichten (<ref-law>).
9. Da sich die Beschwerde nicht als von Anfang an aussichtslos erwiesen hat und der Beschwerdeführer als bedürftig gilt, ist dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und um Bestellung eines amtlichen Anwalts gutzuheissen, soweit es infolge der ihm vom Kanton auszurichtenden Entschädigung und der Kostenregelung nicht gegenstandslos geworden ist. Für den durch die zugesprochene Parteientschädigung nicht gedeckten Betrag wird dem Anwalt des Beschwerdeführers ein Betrag von Fr. 500.-- aus der Bundesgerichtskasse entrichtet (Art. 64 Abs. 1 und 2 BV).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Ziffer 2 des Entscheids der Rekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 27. März 2012 wird aufgehoben. Es wird festgestellt, dass durch die ab dem 25. Februar 2012 zwangsweise vorgenommene Behandlung des Beschwerdeführers mit Medikamenten <ref-law> und Art. 8 Ziff. 1 EMRK verletzt worden sind.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist; dem Beschwerdeführer wird Advokat Guido Ehrler, Rebgasse 1, Postfach 477, 4005 Basel, als amtlicher Rechtsbeistand bestellt.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. 4.1 Der Kanton Basel-Stadt hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.2 Überdies wird dem Anwalt des Beschwerdeführers ein Honorar von Fr. 500.-- aus der Bundesgerichtskasse entrichtet.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der ärztlichen Leitung der Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel und der Psychiatrie-Rekurskommission Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Zbinden