Sachverhalt:
A. Die im Kanton Zug domizilierte X._ AG bezweckt insbesondere das Ausleihen und Vermitteln von Arbeitskräften, schwergewichtig auf dem Bausektor. Sie beschäftigt zahlreiche Temporärangestellte ausländischer Nationalität, die unter anderem über eine 120-Tage-Kurzaufenthaltsbewilligung verfügen und für ihr Erwerbseinkommen an der Quelle besteuert werden.
B. Die Kantonale Steuerverwaltung Zug eröffnete der X._ AG mit Verfügung vom 9. Februar 2006 die Quellensteuerabrechnungen der Monate April, Mai und Juni 2005 für die Inhaber von 120-Tage-Kurzaufenthaltsbewilligungen. Dabei berechnete sie die Quellensteuern nicht wie die X._ AG aufgrund der Tarife A (für alleinstehende Steuerpflichtige) oder B (für verheiratete Steuerpflichtige), sondern aufgrund des Tarifs D (für Nebenerwerb zu einem festen Satz von 10 %). An dieser Veranlagung hielt sie auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 27. März 2006).
Rekurs und Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wurden vom Verwaltungsgericht des Kantons Zug am 28. November 2006 abgewiesen.
C. Die X._ AG hat am 9. Januar 2007 sowohl betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer 2005 als auch die direkte Bundessteuer 2005 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 28. November 2006 sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, die Quellensteuerveranlagungen betreffend die 120-Tage-Kurzaufenthaltsbewilligungen der Monate April bis Juni 2005 gemäss den für den Kanton Zug geltenden ordentlichen Tarifen A und B zu veranlagen. Die Beschwerdeführerin rügt, die von der Steuerverwaltung vorgenommene Quellensteuerveranlagung entbehre jeglicher gesetzlicher Grundlage und verletze die verfassungsmässigen Grundsätze der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Zudem macht sie eine Verletzung des einschlägigen Personenfreizügigkeitsabkommens zwischen der Schweiz und der Europäischen Union geltend.
D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug erging am 28. November 2006. Auf das vorliegende Verfahren findet somit noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, BGG; SR 173.110).
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, welches Rechtsmittel zulässig und in welchem Umfang darauf einzutreten ist (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 1.1 S. 142; <ref-ruling> E. 1 S. 60, je mit Hinweisen).
2.1 Sowohl mit Bezug auf die direkte Bundessteuer als auch hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuer steht gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen (Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG; SR 642.11; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, StHG; SR 642.14).
2.2 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Beschwerdeführerin die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts rügen (Art. 104 lit. a und lit. b OG). Hat - wie hier - als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden, ist das Bundesgericht an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, wenn diese nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften erfolgt ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.3 Das Bundesgericht wendet im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren das Bundesrecht von Amtes wegen an, ohne an die von den Parteien vorgebrachten Begründungen oder an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden zu sein (Art. 114 Abs. 1 zweiter Halbsatz OG). Es kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 50).
2.4 Zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist berechtigt, wer durch die angefochtene Verfügung berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat (Art. 103 lit. a OG). Diese Voraussetzungen treffen vorliegend auf die Beschwerdeführerin zu, die zwar nicht Steuerpflichtige, wohl aber Schuldnerin der steuerbaren Leistung ist und als solche für die Entrichtung der Quellensteuer haftet (vgl. Art. 138 f. DBG; § 103 des zugerischen Steuergesetzes vom 25. Mai 2000, StG/ZG). Auf ihre form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
3. 3.1 Wer ohne steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz hier für kurze Dauer oder als Grenzgänger oder Wochenaufenthalter in unselbständiger Stellung erwerbstätig ist, unterliegt der Quellensteuer (vgl. <ref-law>; Art. 35 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit Art. 36 Abs. 1 StHG; § 88 StG/ZG).
Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz handelt es sich vorliegend bei den Quellensteuerpflichtigen um Personen, die im Besitz einer 120-Tage-Kurzaufenthaltsbewilligung sind und damit in der Schweiz im Ergebnis bloss beschränkt steuerpflichtig sind. Als so genannte "Kurzaufenthalter" gehören sie zu einer der Kategorien steuerpflichtiger Personen, die unter die oben zitierten Gesetzesbestimmungen fallen (vgl. hierzu Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, Therwil/Basel 2004, Rz. 11 f. zu Art. 91).
3.2 Für die (Quellen-)Besteuerung solcher Steuerpflichtiger wird gemäss der zugerischen Steuerpraxis wie folgt verfahren: Die Berechnung des Steuersatzes erfolgt vom Bruttolohn und beträgt für Ledige bis zu einem monatlichen Einkommen von Fr. 9'050.-- einheitlich 10 % (Tarif D). Das diesen Betrag übersteigende monatliche Einkommen wird gemäss Tarif A (ohne Kirchensteuer) besteuert. Bei Verheirateten ist bis zu einem monatlichen Einkommen von Fr. 13'100.-- der Satz von 10 % (Tarif D) anzuwenden. Höhere monatliche Summen werden gemäss Tarif B (ohne Kirchensteuer) besteuert (vgl. die "Wegleitung Quellensteuertarife für ausländische Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer" der Kantonalen Steuerverwaltung Zug, gültig ab 1. Januar 2005, Rz. 82 ff., sowie das einschlägige, ab 1. Januar 2005 gültige Merkblatt der Kantonalen Steuerverwaltung Zug/Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Zug, Ziff. V).
Diese Lösung wird damit gerechtfertigt, dass der Inhaber einer 90/120-Tage-Bewilligung nur einen Teil seiner Einkünfte in der Schweiz erziele, dass aber für die Bemessung des Steuersatzes - wie bei Schweizer Bürgern (vgl. <ref-law> und § 6 Abs. 1 StG/ZG) - das weltweite Einkommen zu Grunde gelegt werden müsse. Dies geschehe pauschal durch die Festlegung des "Minimalsteuersatzes" von 10 % bis zur Höhe der erwähnten Monatseinkommen. Die über diesen Einkommensgrenzen liegenden Einkommen würden zu den progressiv ausgestalteten Tarifen A oder B besteuert, womit die gemäss <ref-law> verlangte Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit eingehalten werde (vgl. Einspracheentscheid vom 27. März 2006, S. 2).
3.3 Die Beschwerdeführerin behauptet nicht, die zitierte Wegleitung oder das Merkblatt sei in der angefochtenen Steuerverfügung nicht korrekt umgesetzt worden. Sie rügt aber, das dem Merkblatt entsprechende Vorgehen führe in mehrfacher Hinsicht zu einem Verstoss gegen das Gleichbehandlungsgebot von <ref-law>, verletze die verfassungsmässigen Besteuerungsgrundsätze von <ref-law>, verstosse gegen das Freizügigkeitsabkommen mit der Europäischen Union vom 21. Juni 1999 [SR 0.142.112.681] und beachte das Legalitätsprinzip von <ref-law> nicht.
4. In grundsätzlicher Hinsicht ist betreffend die Quellenbesteuerung zunächst Folgendes festzuhalten:
Das System der Quellenbesteuerung unterscheidet sich grundlegend von demjenigen der ordentlichen Einkommens- und Vermögensbesteuerung. Bei der Quellenbesteuerung werden nur einzelne Einkommensbestandteile als solche erfasst. Dazu bedingen gewichtige Praktikabilitätsgesichtspunkte einfache und schematische Lösungen, bei welchen die individuellen Verhältnisse des Steuerpflichtigen nur in sehr beschränktem Umfang berücksichtigt werden können (Urteile 2P.145/1999 und 2A.216/1999 vom 31. Januar 2000, E. 3b/aa in fine, in: StR 55/2000, S. 438, 442 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 6 S. 251 f.). In der Lehre ist anerkannt, dass die - sachgerechte - Quellenbesteuerung von Personen ohne steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt in Schweiz mit dem Gleichbehandlungsgebot von <ref-law> im Einklang steht, mit den von der Schweiz abgeschlossenen Doppelbesteuerungsabkommen harmoniert und auch im Licht des Freizügigkeitsabkommens mit der Europäischen Union vom 21. Juni 1999 unproblematisch ist (Locher, a.a.O., Rz. 23 f., 26 und 39 der Einführung zu <ref-law>; Marco Möhr, Die Bedeutung der Staatsangehörigkeit der natürlichen Personen im schweizerischen Steuerrecht, Diss. SG 2001, S. 129 f., 155, 157 ff.; Jean-Marc Rivier, L'égalité devant l'impôt des travailleurs suisses et étrangers, in: ASA 71 S. 97 ff., insbesondere S. 114 f., 120 f.; Rainer Zigerlig/Guido Jud, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2b], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl., Basel 2008, Rz. 4 ff. der Vorbemerkungen zu Art. 83-101 DBG).
Was den vorliegenden Fall im Besonderen betrifft, ist zu prüfen, ob die angefochtene, gemäss dem erwähnten Merkblatt der zugerischen Steuerverwaltung vorgenommene Quellenbesteuerung von Kurzaufenthaltern gegen übergeordnetes Recht verstösst und zu unhaltbaren Ergebnissen führt, wie in der Beschwerde gerügt wird.
5. 5.1 Für die direkte Bundessteuer gilt die Verordnung vom 19. Oktober 1993 über die Quellensteuer bei der direkten Bundessteuer (Quellensteuerverordnung, QStV; SR 642.118.2). Gemäss Art. 1 Abs. 1 QStV gibt es vier verschiedene Tarife, nämlich Tarif A für alleinstehende Steuerpflichtige, Tarif B für verheiratete Steuerpflichtige, Tarif C für Ehegatten, die beide hauptberuflich in der Schweiz erwerbstätig sind, und schliesslich Tarif D für im Nebenerwerb tätige Steuerpflichtige. Dabei liegen Einkünfte aus Nebenerwerb vor, wenn die wöchentliche Arbeitszeit unter 15 Stunden liegt und das monatliche Bruttoeinkommen weniger als 2000 Franken beträgt (Steuerinformationen der Schweizerischen Steuerkonferenz [SSK], Bd. I, Die Besteuerung an der Quelle, Oktober 2002, S. 8).
Sinngemäss gleich lautet für die kantonalen Steuern § 29 der zugerischen Verordnung vom 30. Januar 2001 zum Steuergesetz (StGV/ZG). Diese Bestimmung umschreibt den Nebenerwerb, auf welchen Tarif D anwendbar ist, analog dem Bundesrecht: "AIs Nebenerwerb gilt eine Tätigkeit, bei der die wöchentliche Arbeitszeit in der Regel weniger als 15 Stunden beträgt oder monatlich 60 Stunden nicht übersteigt und das Bruttoeinkommen weniger als Fr. 2'000.-- monatlich beträgt".
5.2 Wegleitung und Merkblatt der zugerischen Steuerverwaltung unterscheiden für die Anwendung des entsprechenden Tarifs nach der Dauer der Aufenthaltsbewilligung (vgl. oben E. 3.2).
Dieses Kriterium wird aber weder in den massgeblichen Steuergesetzen noch in der Quellensteuerverordnung erwähnt und entbehrt insofern einer genügenden gesetzlichen Grundlage. Hinzu kommt, dass es in der Sache nicht ersichtlich ist, wie die Tätigkeit von Inhabern von Kurzaufenthaltsbewilligungen als "Nebenerwerb" im Sinn des zitierten § 29 StGV/ZG qualifiziert werden kann: Ein solcher "Nebenerwerb" tritt in der Regel zu einem Haupterwerb hinzu, und (nur) in einem solchen Fall ist es vertretbar, der Gesamtprogression (im Sinn von <ref-law> und § 6 Abs. 1 StG/ZG) schematisch - im Rahmen eines Proportionaltarifs - Rechnung zu tragen. So verhält es sich bei den Einkünften der hier zu beurteilenden Temporärerwerbstätigen gerade nicht, denn diese versehen regelmässig ein volles Pensum (und nicht nur 15 Stunden wöchentlich oder 60 Stunden monatlich) und beziehen hierfür mehr als Fr. 2'000.-- im Monat. Bei solchen Arbeitnehmern erscheint es zudem nicht sachgerecht, hypothetisch weitere Erwerbseinkünfte anzunehmen, die bei der Bestimmung des Steuersatzes zu berücksichtigen wären. Damit fehlt es vorliegend auch an den Voraussetzungen, welche die Anwendung eines Proportionaltarifs rechtfertigen könnten.
5.3 Wegleitung und Merkblatt der zugerischen Steuerverwaltung unterscheiden für die Anwendung des entsprechenden Tarifs ferner nach der Einkommenshöhe (vgl. oben E. 3.2).
Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang - zu Recht - einen Verstoss gegen den Gleichbehandlungsgrundsatz, indem Kurzaufenthalter untereinander rechtsungleich behandelt werden: Während bei tieferen Einkommen (Fr. 9'050.-- für Alleinstehende; Fr. 13'100.-- für Verheiratete) der Proportionalsteuersatz von 10 % anwendbar ist, gilt für darüber liegende Einkommen je nachdem der progressive Tarif A oder B (je ohne Kirchensteuer). Bei diesen höheren Einkommen wird für die Bestimmung des Gesamtsteuersatzes kein weiteres Einkommen angenommen, wohl aber bei den tieferen Bezügen. Diese rechtsungleiche Behandlung entbehrt eines sachlichen Grundes und ist deshalb unhaltbar; sie lässt sich insbesondere nicht durch das im Quellensteuerrecht grundsätzlich anerkannte Bedürfnis nach einfachen, praktikablen und schematischen Lösungen rechtfertigen (vgl. oben E. 4); sie verstösst damit gegen <ref-law>. (Im Übrigen sei bemerkt, dass die im Merkblatt angegebenen Einkommensgrenzbeträge nicht mehr mit den ab dem 1. Januar 2005 geltenden Tarifen übereinstimmen.)
5.4 Einen weiteren Verstoss gegen den Gleichbehandlungsgrundsatz erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass die hier betroffenen Kurzaufenthalter gegenüber andern an der Quelle besteuerten Steuerpflichtigen ohne steuerrechtlichen Aufenthalt in der Schweiz schlechter gestellt seien. Diese Ungleichbehandlung wird in der Beschwerdeschrift (S. 9) anhand eines konkreten Falls ziffernmässig nachgewiesen: Während das Einkommen des betreffenden Steuerpflichtigen für die ersten zwei Monate dem Steuersatz von 10 % unterlag, weil er zunächst 120-Tage-Kurzaufenthalter war, wurde er in der Folge, nachdem er über einen Iängeren Aufenthaltsausweis verfügte, mit zwischen rund 4 % bis 5 % seines Bruttoeinkommens belastet.
Die zugerische Steuerverwaltung begründet diese auffallende Ungereimtheit in ihrer Vernehmlassung (S. 2) damit, dass der fragliche Steuerpflichtige während der ersten Monate aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit nur beschränkt steuerpflichtig gewesen sei (Art. 5 Abs. 1 lit. a und Art. 6 Abs. 2 DBG; Art. 4 Abs. 2 lit. a StHG; § 4 Abs. 2 lit. a und § 5 Abs. 2 StG/ZG), wogegen er in der Folge aufgrund persönlicher Zugehörigkeit (Aufenthalt und Erwerbstätigkeit) zur unbeschränkten Steuerpflicht mutiert habe (Art. 3 Abs. 3 und Art. 6 Abs. 1 DBG; Art. 3 Abs. 1 StHG; § 3 Abs. 3 und § 5 Abs. 1 StG/ZG).
Diese Argumentation ist offensichtlich unzutreffend: Auch 120-Tage-Kurzaufenthalter halten sich (im Unterschied zu Grenzgängern oder Wochenaufenthaltern) regelmässig - ungeachtet vorübergehender Unterbrechung - mehr als 30 Tage zwecks Ausübung einer Erwerbstätigkeit in der Schweiz beziehungsweise im Kanton auf. Sie werden damit grundsätzlich aufgrund persönlicher Zugehörigkeit unbeschränkt steuerpflichtig. Aber solche Kurzaufenthalter dürften ihre Beziehungen zum Herkunftsstaat in der Regel nicht abbrechen, sondern ihren steuerrechtlichen Wohnsitz dort beibehalten. Damit resultiert in diesen Fällen eine sogenannte Doppelansässigkeit. Der steuerrechtliche Aufenthalt in der Schweiz tritt in den meisten Fällen aufgrund des jeweiligen Doppelbesteuerungsabkommens zurück (vgl. Art. 4 Abs. 2 des OECD-Musterabkommens), womit die Steuerpflicht hier in der Tat zu einer bloss beschränkten wird (Locher, a.a.O., Rz. 12 zu <ref-law>). Nicht wesentlich anders verhält es sich, wenn der Steuerpflichtige über einen längeren Aufenthaltsausweis verfügt. Erst in dem Fall, wo der Steuerpflichtige seine Beziehungen zum Herkunftsstaat vollkommen abbrechen würde, bliebe eine unbeschränkte Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit in der Schweiz bestehen. Daraus erhellt, dass die Art der fremdenpolizeilichen Aufenthaltsbewilligung noch nichts über die Art der steuerrechtlichen Zugehörigkeit aussagt und diese jedenfalls nicht zu präjudizieren vermag (vgl. Urteil 2P.185/1999 vom 16. Mai 2000, E. 3b/cc, in: StE 2000 A 31.1 Nr. 6).
Die quellensteuerliche Ungleichbehandlung von 120-Tage-Kurzaufenthaltern gegenüber solchen mit längeren Aufenthaltsbewilligungen ist mithin sachlich nicht begründet und verletzt <ref-law> ebenfalls.
6. Verstossen - zusammengefasst - die angefochtenen Quellensteuerabrechnungen, wie aufgezeigt, gegen Bundes(verfassungs)recht, braucht nicht weiter geprüft zu werden, ob sie zudem auch Völkerrecht, namentlich das Freizügigkeitsabkommen mit der Europäischen Union vom 21. Juni 1999, verletzen.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer ist dem Gesagten zufolge begründet und deshalb gutzuheissen. Die Sache ist an die Steuerverwaltung des Kantons Zug zur Festsetzung der Quellensteuern im Sinn der Erwägungen zurückzuweisen.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid insoweit aufzuheben, als darauf eingetreten wird. Die Sache ist an die Steuerverwaltung des Kantons Zug zurückzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Zug, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Der Kanton Zug schuldet der Beschwerdeführerin zudem eine angemessene Parteientschädigung (Art. 159 OG). Das Verwaltungsgericht des Kantons Zug wird über die Kostenverlegung auf kantonaler Ebene neu zu befinden haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid aufgehoben und die Sache an die Steuerverwaltung des Kantons Zug zur Festsetzung der Quellensteuern im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer wird insoweit gutgeheissen, als darauf einzutreten ist. Die Sache wird an die Steuerverwaltung des Kantons Zug zurückgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird dem Kanton Zug auferlegt.
4. Der Kanton Zug hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu entrichten.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Zug, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Fux