Sachverhalt:
A. M._, geboren 1967, verheiratet und Vater dreier 1995, 1997 und 1999 geborener Kinder, wurde am 4. November 2002 zunächst zu 50 %, ab 17. Januar 2003 zu 100 % und ab anfangs April 2003 wieder zu 50 % arbeitsunfähig erklärt (Einträge der behandelnden Ärztin Dr. med. H._, Allgemeine Medizin FMH, auf der Krankenkarte der Winterthur Versicherungen). Am 15. März 2004 meldete er sich unter Hinweis auf "chronisches Pfeiffer'sches Drüsenfieber, Mononukleose", zum Rentenbezug an. Im Begleitschreiben vom 12. März 2004 wies er darauf hin, dass er wegen seiner Erkrankung (chronische Mononukleose, Epstein-Barr-Virus) eine seiner bisherigen drei Arbeitsstellen aufgeben musste und seine heutige Arbeitsleistung tatsächlich noch etwa 25 % seiner bisherigen Arbeit betrage (30 % als Pastor der Kirche Z._, 70 % als Leiter der Zweigstelle für den Verein "X._" und zusätzlich noch als Hauswart in der Wohnüberbauung). Krankheitsbedingt habe er die Stelle für die Kirche Z._ aufgegeben; für den Verein "X._" arbeite er "offiziell zu 50 % weiter", wobei er seine Arbeit sehr selbstständig ausgestalten könne. Er hoffe "immer noch, wieder einmal zu 100 % zu arbeiten", doch hoffe er dies nun schon seit bald eineinhalb Jahren, weshalb er ab Erschöpfung des Krankentaggeldanspruchs gegenüber den Winterthur-Versicherungen auf Leistungen der Invalidenversicherung angewiesen sein werde.
Die IV-Stelle Bern zog bei: den Arbeitgeberbericht des Vereins "X._", vom 2. April 2004, wonach der Versicherte seit anfangs Mai 1999 die frankophone Zweigstelle geführt hatte, wobei das Pensum von 42 Wochenstunden mit Wirkung ab 4. November 2002 auf 0 bis 21 Stunden reduziert worden war; den Arbeitgeberbericht der Kirche Z._ vom 26. Mai 2004, laut dem M._ seine Mitarbeit als Prediger und in der Administration in beidseitiger Absprache zufolge Krankheit auf Ende März 2003 beendigt hatte; Arztberichte des Dr. med. C._, Spezialist FMH für Innere Medizin und Gastroenterologie, vom 24. Februar 2004 (Beurteilung: "status après mononucléose infectieuse avec les séquelles habituellement connues dans un petit pourcentage de cas sous forme d'une fatigue et d'une asthénie prolongées pendant des mois, voir des années"), der Hausärztin Dr. med. H._ vom 16. Februar 2004 (Verlauf von November 2002 bis Januar 2004), vom 3. Mai 2004 (Beschreibung von Schlafsituation/Müdigkeitsverhalten) und vom 14. September 2004 (unveränderte Leistungsfähigkeit, der Versicherte bleibe "weiterhin 50 % arbeitsunfähig"), schliesslich der inzwischen beigezogenen Psychiaterin, Frau Dr. med. R._, Kinderpsychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 20. November 2004 (Diagnose: "syndrome neurasthénique [F48.0 du ICD-10] survenu au décours d'une mononucléose infectieuse, avec une influence sur sa capacité de travail").
Am 20. Januar 2005 unterzog sich M._ einer Untersuchung durch Frau Dr. med. F._, Regionaler Ärztlicher Dienst (RAD) der IV-Stelle Bern. Sie gelangte in diagnostischer Hinsicht zum Schluss, die Kriterien für ein Chronic Fatigue Syndrome (CFS) nach den Kriterien des Centers for Disease Control seien ebenso erfüllt wie die Kriterien einer Neurasthenie nach ICD-10 (wobei es Überschneidungen zwischen den beiden Diagnosen gebe). "Der Versicherte sollte in der Lage sein, in seinem jetzigen Arbeitsfeld voll zu arbeiten. Eine langsame Steigerung ist dabei sinnvoller als eine sofortige von den 50 %, die er leistet, auf 100 %". Am 16. Februar 2005 verfügte die IV-Stelle die Ablehnung des Rentenanspruchs, weil M._ weiterhin in der Lage sei, das ohne Behinderung erzielbare Einkommen von Fr. 50'220.- zu verdienen.
Die hiegegen eingereichte Einsprache, welcher der Versicherte ärztliche Zeugnisse vom 13. Juni und 29. August 2005 sowie eine Bestätigung vom 30. August 2005 über einen Spitalaufenthalt vom 1. bis 10. Juni 2005 im Spital Y._ infolge akuter Pankreatitis (differentialdiagnostisch medikamentös induziert) folgen liess, lehnte die IV-Stelle mit Entscheid vom 15. Dezember 2005 ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 7. Dezember 2006 ab.
C. M._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und die Aufhebung von vorinstanzlichem und Einspracheentscheid beantragen sowie um Rückweisung der "Angelegenheit an die Beschwerdegegnerin zwecks Berechnung und Ausrichtung einer mindestens halben IV-Rente" ersuchen. In prozessualer Hinsicht beantragt er Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, ebenso das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV), welches zur medizinischen Problematik einlässlich Stellung bezogen hat. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich zu den Ausführungen des BSV zu äussern.

Erwägungen:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 Abs. 2 OG [in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, in Kraft seit 1. Juli 2006] in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
3. Streitig ist, ob der Beschwerdeführer einen invalidisierenden Gesundheitsschaden aufweist, d.h. eine gesundheitliche Beeinträchtigung, die ihn in seiner Arbeits- und Erwerbsfähigkeit langdauernd beeinträchtigt, so dass ein rentenbegründender Invaliditätsgrad resultiert (Art. 6-8 und 16 ATSG in Verbindung mit Art. 4 und Art. 28 IVG). Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Grundsätze gemäss der Rechtsprechung zu diesen Gesetzesbestimmungen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. In Bezug auf die gesundheitliche Entwicklung hat das kantonale Gericht nach Würdigung der in den Akten liegenden ärztlichen Berichte (Hausärztin Dr. med. H._, Internist Dr. med. C._, Psychiaterin Dr. med. R._, Frau Dr. med. F._ vom Regionalen Ärztlichen Dienst) in diagnostischer Hinsicht "einzig eine Neurasthenie bzw. ein CFS erstellt, wobei es an einem objektivierbaren psychischen oder somatischen Substrat fehlt". In Anwendung der Rechtsprechung <ref-ruling> E. 1.2 S. 50, welche das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteilen I 303/06 vom 17. August 2006 und I 618/05 vom 13. Februar 2006 auf "Neurasthenie bzw. ein CFS ohne objektivierbares somatisches oder psychisches Substrat" zur Anwendung gebracht habe, gelangte das kantonale Gericht unter Berücksichtigung der erwähnten ärztlichen Angaben zum Schluss, dem Beschwerdeführer sei es "möglich, in seiner angestammten Tätigkeit rund drei Viertel eines vollen Pensums zu leisten", womit ein Rentenanspruch klarerweise ausgeschlossen sei. Die im Einspracheverfahren aufgelegten Berichte des Spitals Y._ über die Behandlung der akuten Bauchspeicheldrüsenentzündung vermöchten hieran nichts zu ändern.
4.1 Der Beschwerdeführer seinerseits macht geltend, er habe ausweislich der Akten eine somatische Erkrankung (Drüsenfieber) durchgemacht und sich in der Folge nicht mehr von diesem erholt; vielmehr habe sich im Anschluss an diese (im Jahr 2002) aufgetretene Krankheit ein Grand-Fatigue-Syndrom entwickelt, welches mithin auf diesen viralen Infekt zurückzuführen sei, ein Zusammenhang, welcher sowohl seitens der Hausärztin als auch durch den Spezialarzt Dr. med. C._ bestätigt werde. Davon abgesehen hätten sämtliche mit seinem Fall befassten Ärzte eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert. Die Ärztin des RAD habe in ihrem Bericht zwar ohne nähere Begründung und ohne konkretere Angaben auf eine volle Arbeitsfähigkeit geschlossen, immerhin aber in zeitlicher Hinsicht eine "langsame" Steigerung der Arbeitsfähigkeit prognostiziert. Gemäss Akten sei der Beschwerdeführer ab 4. November 2002 in seiner "Erwerbsfähigkeit" dauernd eingeschränkt gewesen, weshalb er ab November 2003 Anspruch auf eine Rente habe. Auch die IV-Ärztin sei noch im Januar 2005 von einer um 50 % eingeschränkten Arbeitsfähigkeit ausgegangen, weshalb mindestens bis dahin ein Rentenanspruch ausgewiesen sei.
4.2 Das BSV analysiert die medizinischen Unterlagen dahingehend, dass für die fortgesetzte Müdigkeitsproblematik nach Ende 2002 keine organische Ursache ausgemacht werden könne. Die Verursachung der diagnostizierten Neurasthenie durch die Epstein-Barr-Virus-Infektion sei höchst unwahrscheinlich. Bei Neurasthenie und Chronic Fatigue Syndrome als symptomatologisch nahezu identischen Beschwerdebildern sei ebenso wie bei den somatoformen Schmerzstörungen zu verlangen, dass die Angaben hinsichtlich Schwere und Auswirkungen durch damit korrelierende, fachärztlich schlüssig feststellbare Befunde hinreichend erklärbar sein müssten, ansonsten eine rechtsgleiche Behandlung der Rentenansprüche nicht gewährleistet sei.
5. Neurasthenie und Chronic Fatigue Syndrome (chronisches Müdigkeitssyndrom) sind eindeutig den somatoformen Störungen zuzurechnen und gehören in den gleichen Syndromenkomplex wie Konversionsstörungen, Somatisierungsstörung, Schmerzstörung, Hypochondrie u.a.m. Wie bei der Fibromyalgie ist die Ätiologie des chronischen Müdigkeitssyndroms unbekannt. Zusammen mit dem Reizdarmsyndrom stellen Müdigkeitssyndrom und Fibromyalgiesyndrom (FMS) eine Symptomeneinheit dar, bei der je nach Verlauf entweder die für FMS oder CFS oder Reizdarmsyndrom typischen klinischen Zeichen im Vordergrund stehen können. Bei allen drei Zustandsbildern lassen sich ähnliche vegetative, funktionelle und psychische Störungen erkennen, und auch bezüglich der Anwendung therapeutischer Strategien bestehen keine grossen Unterschiede (Peter A. Berg, Chronisches Müdigkeits- und Fibromyalgiesyndrom, 2. Aufl., Berlin usw. 2002, S. 227). Sozialversicherungsrechtlich ist es geboten, sämtliche pathogenetisch-ätiologisch unklaren syndromalen Beschwerdebilder ohne nachweisbare organische Grundlage den gleichen Anforderungen zu unterstellen. Wie von der II. sozialrechtlichen Abteilung schon im Fall I 1000/06 vom 24. April 2007 erwogen, steht daher nichts entgegen, die von der Rechtsprechung im Bereich der somatoformen Schmerzstörungen entwickelten Grundsätze (<ref-ruling> und seitherige) auf Chronic Fatigue Syndrome oder Neurasthenie analog zur Anwendung zu bringen.
6. Das kantonale Gericht ist zum Schluss gekommen, der Beschwerdeführer könnte zumutbarerweise seine jetzige angepasste Tätigkeit für den Verein "X._" im Rahmen eines Dreiviertelpensums ableisten und damit ein rentenausschliessendes Einkommen erzielen. Dem kann in dieser Form nicht beigepflichtet werden. Ausweislich der Akten ist die IV-Ärztin anlässlich ihrer Untersuchung des Beschwerdeführers vom 20. Januar 2005 selber nicht von einem aktuell gegebenen (nahezu) vollständigen Leistungsvermögen ausgegangen; vielmehr hat sie im Sinne einer Prognose angenommen, dem Beschwerdeführer wäre eine Steigerung seines damaligen 50%igen Arbeitseinsatzes auf 100 % zumutbar. Die IV-Ärztin hat damit in zutreffender Weise dem Umstand Rechnung getragen, dass der Beschwerdeführer seit 4. November 2002 von allen behandelnden Ärzten zumindest als zu 50 % arbeitsunfähig betrachtet wurde. Die Auffassung des BSV, der gesamte Krankheitsverlauf mit seinen Auswirkungen auf das erwerbliche Leistungsvermögen sei praktisch ausschliesslich ein rein subjektives Geschehen, dem zu keinem Zeitpunkt objektiver Krankheitswert zugemessen werden könne, widerspricht den konkreten aktenmässig ausgewiesenen Gegebenheiten im Fall des Beschwerdeführers. Bis zur Untersuchung durch die RAD-Ärztin am 20. Januar 2005 ist auf Grund des aktenmässig gut dokumentierten Verlaufs eine durchgehende Arbeitsunfähigkeit von 50 % anzunehmen. Damit ist der Anspruch auf eine halbe Invalidenrente am 1. November 2003 entstanden (Festlegung des Invaliditätsgrades im Rahmen eines Prozentvergleichs; <ref-ruling> E. 3a S. 313 mit Hinweisen). Dieser Rentenanspruch ist auf Ende April 2005 zu befristen (<ref-law>), nachdem die prognostische Angabe eines wieder auf 100 % steigerbaren Leistungsvermögens drei Monate angedauert hatte. Da im Falle des Beschwerdeführers die Morbiditätskriterien gemäss <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 71, 131 V 49 E. 1.2 S. 50, 130 V 352 E. 2.2.3 S. 354 f. eindeutig nicht erfüllt sind, ist über Ende April 2005 hinaus ein Anspruch auf Invalidenrente zufolge der neurasthenischen bzw. Chronic Fatigue-Symptomatik nicht ausgewiesen.
Der Hinweis des BSV auf die Einkommenserzielung in den Jahren 2004 und 2005 führt zu keinem anderen Ergebnis. Wohl trifft es zu, dass der Beschwerdeführer die in den verschiedenen Lohnausweisen attestierten Einkommen tatsächlich bezogen hat. Das BSV übersieht jedoch, dass der Beschwerdeführer aus einem Fürsorgefonds des Vereins "X._" unterstützt wird, der als Hilfe in Notlagen gedacht ist. Der entsprechende Soziallohn ist nicht in den Einkommensvergleich mit einzubeziehen (<ref-ruling> S. 18).
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 OG in der ab 1. Juli 2006 gültigen Fassung). Ausgangsgemäss sind die Gerichtskosten verhältnismässig zu verlegen (Art. 156 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 135 OG). Da indes die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege (Prozessführung und Verbeiständung; Art. 152 OG) als erfüllt betrachtet werden können, wird der auf den Beschwerdeführer entfallende Anteil auf die Gerichtskasse genommen. Letzteres gilt auch hinsichtlich des von der IV-Stelle nicht zu entschädigenden Anteils an den Anwaltskosten (Art. 159 Abs. 3 OG) des nur teilweise obsiegenden Beschwerdeführers. Es wird jedoch ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 7. Dezember 2006 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle Bern vom 15. Dezember 2005 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer für den Zeitraum vom 1. November 2003 bis 30. April 2005 Anspruch auf eine befristete halbe Invalidenrente hat. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer und der IV-Stelle Bern je zur Hälfte auferlegt. Der Anteil des Beschwerdeführers wird vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Die IV-Stelle Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 750.- zu entschädigen.
5. Fürsprecher Dr. Michael Weissberg, Biel, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 750.- ausgerichtet.
6. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, wird für das kantonale Verfahren über eine Parteientschädigung sowie über das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. April 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer i.V. Schüpfer