Faits :
A. B._ SA, à X._, dont le capital-actions est entièrement détenu par D._ SA, à E._, est propriétaire des immeubles agricoles n°s 581, 2357 et 2370 du Registre foncier de Y._, formant le Domaine de Z._ (50'000 m2 de terres, sans les forêts et les bâtiments).
Envisageant une modification au sein de ses actionnaires, B._ SA a décidé de transférer les biens-fonds précités à A._ SA, dont le capital-actions est également entièrement détenu par D._ SA, ce afin de les conserver dans le patrimoine de ses actionnaires actuels.
Le 29 juillet 2005, elle a fait paraître un appel d'offres public dans la feuille officielle pour le prix de 1'500'000 fr.
C._, à X._, a fait une offre d'achat de 1'510'000 fr.; elle a indiqué avoir l'intention d'exploiter un élevage de chevaux de trait.
B. A._ SA a, le 19 août 2005, requis de la Commission foncière rurale du canton de Vaud l'autorisation d'acquérir les parcelles concernées pour le prix de 1'500'000 fr.; elle a précisé, à l'appui de sa requête, que C._ n'était pas exploitante agricole (art. 64 al. 1 let. f LDFR).
Par décision du 21 septembre 2005, la commission foncière a accordé l'autorisation d'acquérir et rejeté, sans motif, l'offre de C._. Elle a ultérieurement précisé que l'opération constituait une vente à soi-même, en principe autorisée, B._ SA et A._ SA étant détenues par le même actionnaire, la société anonyme D._; elle n'a donc pas appliqué l'art. 64 al. 1 let. f LDFR, ni ne s'est prononcée sur la qualification d'exploitante à titre personnel de C._.
Statuant le 20 novembre 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a admis le recours de C._ et, réformant la décision attaquée, a refusé l'autorisation d'acquérir à A._ SA. Il a en bref considéré que le désir de transférer des immeubles du patrimoine d'une société à celui d'une autre société, à seule fin de les conserver en mains du même actionnaire, ne constituait pas en soi un juste motif au regard du but de la LDFR.
C. B._ SA et A._ SA interjettent un recours de droit administratif au Tribunal fédéral, concluant principalement à l'octroi de l'autorisation d'acquérir et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué pour nouvelle instruction et application de la clause générale de l'<ref-law>, subsidiairement de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR.
Invité à se déterminer, le Tribunal administratif vaudois conclut à l'admission partielle du recours, à la réforme de son arrêt en ce sens que la décision de la commission foncière rurale est annulée et la cause renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision. L'Office fédéral de la justice propose l'admission du recours, C._ son rejet.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. L'arrêt attaqué ayant été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007 (RO 2006 1242), de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), l'ancienne loi d'organisation judiciaire (OJ) est applicable à la présente cause (<ref-law>).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 573 et les arrêts cités).
2.1 Selon les art. 97 et 98 let. g OJ, en relation avec l'<ref-law>, la voie du recours de droit administratif est ouverte contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance qui sont fondées sur le droit fédéral - ou auraient dû l'être -, pour autant qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ, ou dans la législation spéciale, ne soit réalisée. Tel est le cas en l'espèce. L'<ref-law> prévoit d'ailleurs expressément cette voie de droit contre les décisions sur recours prises par les autorités cantonales de dernière instance au sens des art. 80 al. 1 et 88 al. 1 LDFR. Déposé en temps utile, le présent recours est aussi recevable au regard de l'art. 106 al. 1 OJ.
2.2 Selon la règle générale de l'art. 103 let. a OJ, quiconque est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée a qualité pour interjeter un recours de droit administratif. Toutefois, l'<ref-law>, qui restreint la qualité pour former un recours devant l'autorité cantonale (<ref-law>) contre le refus ou l'octroi d'une autorisation au sens des <ref-law>, s'applique aussi dans le cadre du recours de droit administratif au Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1b p. 275).
2.2.1 Aux termes de l'<ref-law>, les parties contractantes peuvent interjeter un recours devant l'autorité cantonale de recours (<ref-law>) contre le refus d'autorisation, l'autorité cantonale de surveillance, le fermier et les titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution, contre l'octroi de l'autorisation.
Les sociétés venderesse et acquéresse ont donc qualité pour recourir contre le refus de l'autorisation d'acquérir.
2.2.2 C._, qui a fait une offre à la suite de l'appel d'offres public publié en application de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR, a la qualité d'intimée à la présente procédure.
En effet, selon la jurisprudence, l'<ref-law> ne contient pas, malgré sa formulation restrictive, une énumération exhaustive des personnes ayant qualité pour recourir contre l'octroi de l'autorisation. Il doit être interprété conformément à l'intention du législateur, lequel voulait avant tout assurer un droit de recours au fermier ainsi qu'aux titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution en les mentionnant expressément, tout en excluant du cercle des personnes ayant qualité pour recourir les voisins, les organisations de protection de la nature et de l'environnement ainsi que les organisations professionnelles comme les associations paysannes (<ref-ruling> consid. 1c p. 276). Ainsi, l'exploitant à titre personnel - qui n'a certes pas un droit à l'acquisition de l'entreprise ou de l'immeuble agricole (Bandli/Stalder, Le droit foncier rural, Brugg 1998, n. 37 ad <ref-law>), mais pourrait acquérir si le propriétaire persistait dans son intention de vendre - n'appartient pas au cercle des intéressés que le législateur avait l'intention d'exclure à l'<ref-law> (arrêt 5A.3/2006 du 28 avril 2006, consid. 3.1 non publié aux <ref-ruling>). C._, qui avait qualité pour recourir en instance cantonale, a ainsi qualité d'intimée au recours de droit administratif interjeté au Tribunal fédéral par ses parties adverses.
2.3 L'OFJ a la qualité de partie (art. 5 al. 1 let. a de l'ordonnance du 4 octobre 1993 sur le droit foncier rural (ODFR; RS 211.412.110).
3. Selon l'art. 104 let. a OJ, le recours de droit administratif au Tribunal fédéral peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral, qui englobe notamment les droits constitutionnels des citoyens. Comme il n'est pas lié par les motifs invoqués par les parties (cf. art. 114 al. 1 in fine OJ), il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer l'arrêt attaqué pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 318 et les références citées). Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 105 al. 2 OJ).
4. 4.1 Le Tribunal administratif vaudois a considéré qu'il n'y avait, en l'espèce, pas à proprement parler de "vente avec soi -même", ainsi que l'avait jugé la commission foncière, les parties au contrat étant deux personnes morales distinctes; il y avait en revanche un transfert de propriété au sens de l'<ref-law>, sujet à autorisation conformément à l'<ref-law>. Par ailleurs, le fait qu'il y ait, sur le plan économique, identité entre l'aliénatrice et l'acquéresse ne justifiait pas une exception au principe de l'exploitation à titre personnel (<ref-law>); le désir de l'actionnaire unique de conserver la propriété économique des biens-fonds dans la perspective d'une aliénation partielle ou totale du capital-actions de B._ SA par le moyen d'un transfert des immeubles à A._ SA ne constituait pas en soi un juste motif. Cela étant, l'autorité cantonale a réformé la décision attaquée en ce sens que l'autorisation d'acquérir les parcelles litigieuses a été refusée.
4.2 Les recourantes prétendent que l'opération envisagée ne constitue pas une aliénation soumise à autorisation au sens de l'<ref-law>. Elles soutiennent que celle-là ne peut être qualifiée de vente, dès lors que le "domaine agricole" est transféré à une société, propriété du même groupe, de façon à ce qu'il reste dans le giron de la même entité économique; sans ce transfert, la vente de B._ SA entraînerait la prise de possession du "domaine" par un tiers. Dans le cas où cette thèse ne serait pas suivie, les recourantes se prévalent d'un juste motif au sens de l'<ref-law>; l'aliénation des immeubles litigieux n'engendrerait aucune modification des terrains appartenant à des exploitants à titre personnel, ne soustrairait rien à l'agriculture et serait ainsi neutre sur le plan agricole. Les recourantes exposent enfin qu'à défaut, l'autorité cantonale devait examiner la question de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR; à cet égard, elles soulignent que l'intimée n'est pas une exploitante à titre personnel au sens de l'<ref-law>, élève quelques chevaux, sans qu'il y ait un quelconque besoin relevant de l'agriculture, dans le cadre d'une activité qui s'apparente à un hobby et n'entend pas cultiver elle-même les terrains agricoles. Elles précisent encore que les 50'000 m2 de terres sont loués à un fermier.
4.3 Sous réserve des exceptions prévues par l'<ref-law>, celui qui entend acquérir une entreprise ou un immeuble agricole doit obtenir une autorisation (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, sont des acquisitions le transfert de la propriété ainsi que tout autre acte juridique équivalant économiquement à un tel transfert (<ref-ruling> consid. 5 p. 97). Le but de l'assujettissement à autorisation est de garantir que le transfert de propriété corresponde aux objectifs du droit foncier rural, au premier rang desquels figure la concrétisation du principe de l'exploitation à titre personnel (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 659).
En l'espèce, B._ SA veut transférer la propriété des immeubles agricoles à une personne morale différente, A._ SA. A cet effet, elle doit conclure un contrat de vente avec cette dernière société, puis requérir du conservateur du registre foncier l'inscription de la nouvelle propriétaire. Il y a donc bien un transfert de propriété ("Eigentumsübertragung") au sens des droits réels et, partant, une acquisition selon l'<ref-law>. Aucune des exceptions de l'<ref-law> n'étant invoquée, ni réalisée, l'opération envisagée est donc soumise à autorisation.
4.4 L'autorisation doit en principe être refusée lorsque l'acquéreur n'est pas exploitant à titre personnel (<ref-law>). Elle est néanmoins accordée si ce dernier prouve l'existence d'un juste motif au sens de l'<ref-law>.
4.4.1 Selon la jurisprudence, l'<ref-law> contient, d'une part, aux lettres a à g un catalogue non exhaustif d'exceptions au principe de l'exploitation à titre personnel et, d'autre part, une clause générale de "juste motif" fondant l'octroi d'une autorisation. Il s'agit là d'une notion juridique indéterminée, qui doit être concrétisée en tenant compte des circonstances du cas particulier et des objectifs de politique agricole du droit foncier rural. Le juste motif peut être réalisé dans la personne du (ou des) acquéreur(s) ou dans les circonstances objectives du cas d'espèce. S'agissant des objectifs de politique agricole, la LDFR a pour but principal de renforcer la position de l'exploitant à titre personnel lors des transferts de propriété. La procédure d'autorisation doit lui faciliter l'acquisition des immeubles agricoles, le législateur admettant toutefois des exceptions lorsque celles-là sont matériellement justifiées (<ref-ruling> consid. 3a et 3b p. 288; arrêt 5A.22/2002 du 7 février 2003, consid. 3a et 3b publiés in RNRF 85/2004 p. 46).
4.4.2 En l'espèce, se fondant sur la jurisprudence parue aux <ref-ruling>, les recourantes invoquent que leur opération ne soustrait rien à l'agriculture. Certes, dans cette affaire, le Tribunal fédéral s'est demandé si le simple fait que l'opération envisagée ne modifie pas l'étendue des terres à disposition de l'agriculture ne justifierait pas, par principe, une exception pour juste motif (consid. 3b). Il a toutefois laissé la question ouverte dès lors que, dans le cas particulier, l'échange projeté entraînait un accroissement important d'un terrain agricole qui devait, en définitive, être mis à disposition d'exploitants à titre personnel (consid. 3c). Plus généralement, il a cependant posé le principe selon lequel le but de politique agricole de la LDFR n'est pas simplement de maintenir le statu quo, mais de renforcer la position des exploitants à titre personnel et de privilégier l'attribution des immeubles à de tels exploitants lors de chaque transfert de propriété de ceux-ci, c'est-à-dire de réellement promouvoir le principe de l'exploitation à titre personnel (consid. 3b in initio). Conformément à l'<ref-law>, seul celui qui peut démontrer matériellement un juste motif à se voir attribuer des terres agricoles alors qu'il n'est pas exploitant à titre personnel peut ainsi obtenir une dérogation.
En l'occurrence, la société acquéresse n'a pas établi l'existence d'un juste motif réalisé dans sa personne ou dans les circonstances objectives. A l'appui de sa demande d'autorisation, la requérante a simplement exposé qu'une modification au sein des actionnaires de B._ SA était prévue et que les actuels actionnaires souhaitaient conserver le "domaine" dans leur patrimoine en le transférant à A._ SA. Invitée à fournir les listes des actionnaires des deux sociétés, elle a produit deux déclarations écrites desquelles il ressort qu'il n'y a en réalité qu'un seul actionnaire qui est propriétaire de l'entier des capital-actions des deux sociétés et qu'il ne s'agit pas d'une personne physique, mais d'une personne morale, la société anonyme D._. Ces faits ne permettent pas d'admettre un juste motif en la personne de l'acquéreur. En effet, non seulement on ignore quels sont les actionnaires de D._ SA, mais, comme le relève à juste titre l'intimée, les actions de A._ SA, de même que celles de D._ SA, sont au porteur et donc librement cessibles, alors que celles de B._ SA ne sont transmissibles qu'avec des restrictions. Aucun des exemples de justes motifs en matière de sociétés (fusion, dissolution d'une société anonyme et reprise par l'actionnaire, reprise d'actifs et passifs selon l'<ref-law> entre une société holding et une société fille) cités par la doctrine (Christina Schmid-Tschirren, Das bäuerliche Bodenrecht im Härtetest der Realität - Eine Analyse des aktuellen Anwendungspraxis [...], in Communications de droit agraire 31/1997 p. 170), à laquelle se réfère l'Office fédéral de la justice, ni aucun autre cas similaire, n'est réalisé en l'espèce.
La requérante n'invoque pas non plus d'autres circonstances objectives qui permettraient de penser que le transfert souhaité vise à promouvoir une utilisation agricole durable, conformément au but de politique agricole de la LDFR. On relèvera à cet égard que la société propriétaire ne pensait pas pouvoir procéder sans autres formes à ce transfert dès lors qu'elle a procédé à un appel d'offres au sens de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR et qu'elle a présenté une demande d'autorisation fondée sur cette disposition, à l'appui de laquelle elle a indiqué que la personne qui avait fait une offre n'était pas exploitante agricole.
Dans ces conditions, l'autorisation d'acquérir sollicitée ne peut donc être accordée sur la base de la clause générale de juste motif de l'<ref-law>. Sur ce point l'arrêt du Tribunal administratif vaudois résiste à l'examen. Toutefois, comme cette autorité l'admet dans ses observations, c'est à tort que les conditions d'obtention d'une autorisation conformément à l'art. 64 al. 1 let. f LDFR n'ont pas été examinées.
4.5 Lorsque le Tribunal fédéral annule une décision pour violation du droit public fédéral (art. 104 let. a OJ), il peut soit statuer lui-même sur le fond, soit renvoyer l'affaire pour nouvelle décision à l'autorité inférieure; si celle-ci a tranché sur recours, il peut renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance (art. 114 al. 2 OJ). Le renvoi à la commission foncière - ainsi que le propose également le Tribunal administratif vaudois dans ses observations - s'impose en l'espèce dès lors qu'aucune des instances cantonales n'a examiné si les conditions de l'exception de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR étaient remplies, que les constatations de fait font défaut et qu'il n'appartient en principe pas au Tribunal fédéral de se prononcer en première instance, notamment parce que cela priverait le justiciable d'un degré de juridiction.
5. Vu le sort du recours, les frais de la procédure fédérale seront mis par moitié à la charge des parties et les dépens seront compensés. La cause est renvoyée au Tribunal administratif vaudois pour qu'il modifie, s'il y a lieu, le sort des dépens de la procédure de recours cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 20 novembre 2006 et la décision de la Commission foncière rurale (Section I) du 21 septembre 2005 sont annulés et la cause est renvoyée à la Commission foncière pour complément d'instruction et nouvelle décision.
2. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis par moitié à la charge de B._ SA et A._ SA d'une part et de C._ d'autre part.
3. Les dépens sont compensés.
4. La cause est renvoyée au Tribunal administratif pour décision sur les frais de la procédure de recours cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Tribunal administratif du canton de Vaud, à la Commission foncière rurale (Section I), ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 5 juin 2007
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière: