Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Uri wies am 17. September 2008 eine Berufung des rechtsanwaltlich vertretenen X._ ab. Es fand ihn schuldig der mehrfachen Veruntreuung, des gewerbsmässigen Betrugs sowie der Unterlassung der Buchführung und verurteilte ihn zu 15 Monaten Freiheitsstrafe, bedingt aufgeschoben mit einer Probezeit von vier Jahren.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, "die gemäss Untersuchungsverfahren und Gerichtsurteilen gestellten Anträge zu berücksichtigen", insbesondere eine Buchhaltungsexpertise einzuholen, die Rolle von Frau A._ zu überprüfen, die ihm angelasteten Zivilforderungen nicht anzuerkennen, die örtliche Zuständigkeit der Gerichte abzuklären in den Kantonen Uri und Zürich, gegebenenfalls weitere Beweismittel zuzulassen und die Sache an die Vorinstanzen zurückzuweisen zur Einholung der in den vorinstanzlichen Verfahren benannten Beweismittel sowie die Vorinstanzen gegebenenfalls zu verpflichten, eine Neubeurteilung des Verfahrens vorzunehmen (Beschwerde S. 8). Schliesslich sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren (Beschwerde S. 2).

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1.4). Die Rügen müssen in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein. Die Verweisung auf Akten reicht nicht aus. Auf rein appellatorische Kritik tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 3.1).
Entgegen diesen Vorschriften bezeichnet der Beschwerdeführer in seiner Beschwerdeschrift keine Bestimmung des Bundesrechts oder des kantonalen Rechts, die verletzt sein sollte, so dass bereits aus diesem Grund an sich auf die Beschwerde nicht einzutreten wäre. Beschwerdegegenstand bildet einzig die vorinstanzliche Entscheidung. Das bundesgerichtliche Verfahren ist kein Berufungsverfahren, in dem das Bundesgericht die Sache von sich aus erneut insgesamt beurteilen würde. Auf die pauschalen Beweisbegehren ist deshalb nicht einzutreten.
Der Sache nach macht der Beschwerdeführer Willkür geltend. Die Feststellung des Sachverhalts und die Anwendung des kantonalen Rechts prüft das Bundesgericht auf Willkür hin (<ref-law>). Es hebt einen Entscheid auf, wenn er schlechterdings unhaltbar ist, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offenkundigen Versehen beruht oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lässt (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1, 467 E. 3.1).
2. Zur Frage der örtlichen Zuständigkeit hält der Beschwerdeführer fest, das Untersuchungsverfahren wegen Vermögensdelikten im Kanton Uri sei später auf Vermögensdelikte ausgedehnt worden, die er im Kanton Zürich begangen habe (Beschwerde S. 3). A._ und ihre Helfershelfer seien verantwortlich, dass das Strafverfahren im Kanton Uri durchgeführt worden sei, weil man ihn hier "genauer unter die Lupe nimmt und härter bestraft" (Beschwerde S. 6).
Nach einem Schriftenwechsel mit den Behörden des Kantons Uri trat die Bezirksanwaltschaft Zürich am 24. November 2004 das Verfahren betreffend Veruntreuung etc. [handschriftlich eingefügt: "evt. Betrug"] gestützt auf Art. 349 und 350 Ziff. 1 aStGB an den Kanton Uri ab (kantonale Akten, Verhöramt Uri, Ordner 3, act. 27). Es ist nicht ersichtlich, dass das Verfahren nicht korrekt durchgeführt worden wäre. Die örtliche Zuständigkeit war offenbar zu keinem Zeitpunkt strittig und kann heute nicht mehr in Frage gestellt werden.
3. Die Einstellung des Strafverfahrens gegen A._ und das Konkursverfahren sind nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Ebenso wenig bilden Ehrverletzungsklagen des Beschwerdeführers beim Bezirksgericht Zürich sowie sich beim Verhöramt in Stans befindliche "umfangreiche Verleumdungsakten" Gegenstand dieses Verfahrens. Auf all diese Kritik ist nicht einzutreten.
4. Der Beschwerdeführer bringt vor, Unstimmigkeiten wiesen darauf hin, dass die Vorinstanz bei der Urteilsfindung nicht mit der notwendigen Sorgfalt vorgegangen sei. So habe er entgegen dem angefochtenen Urteil S. 6 nicht beantragt, die Zivilforderungen auf den Zivilweg zu verweisen. Das sei ein Irrtum, denn er habe in allen Untersuchungs- und Prozessverfahren jegliche solche Forderungen zurückgewiesen (Beschwerde S. 8). Der Vorwurf ist unbegründet. Die Vorinstanz zitiert wörtlich die Berufungsanträge seines Rechtsvertreters im zu den Akten eingereichten Plädoyer (Akten Obergericht, Beleg Nr. 2.3).
5. Wie bereits die Erstinstanz weist auch die Vorinstanz den Antrag auf Erstellung einer Buchhaltungsexpertise mit ausführlicher Begründung ab, weil eine solche nicht erforderlich sei. Diese Entscheidung ist nicht willkürlich. Es kann auf die Begründung des angefochtenen Urteils verwiesen werden (<ref-law>).
6. Der Beschwerdeführer behauptet, es bestünden keine eindeutigen Beweise über eine "direkte persönliche Bereicherung meinerseits" (Beschwerde S. 6). Die Vorinstanz geht davon aus, dass der Beschwerdeführer gar nie beabsichtigte, die Gelder anzulegen, sondern sie dazu benötigte, um finanzielle Löcher zu stopfen oder sich selber zu bereichern. Sein Einwand, das Geld für die Firma eingesetzt zu haben, sei nicht von Belang. Er lasse ausser Acht, dass er seine hauptsächlichen Lebenshaltungskosten über die Firma bezogen habe. Ausserdem habe er von den Treuhandanlagen auch Barbezüge getätigt, deren - private oder geschäftliche - Verwendung nicht habe nachverfolgt werden können (angefochtenes Urteil S. 15). Somit hat sich der Beschwerdeführer auch persönlich bereichert. Eine Expertise über die Buchhaltung könnte ihn somit nicht entlasten (entgegen der Beschwerde S. 4). Weder <ref-law> noch Art. 146 Abs. 1 und 2 StGB setzen eine unmittelbare persönliche Bereicherung voraus. Es genügt insoweit für die Erfüllung dieser Tatbestände, "sich oder einen anderen (damit) unrechtmässig zu bereichern". Die Rüge ist unbegründet.
7. Im Übrigen kann auf die appellatorische Kritik ohnehin nicht eingetreten werden. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Kosten zu tragen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Seinen finanziellen Verhältnissen kann mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung getragen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw