Sachverhalt:
A. Z._, geboren 1966, war ab 8. Mai 2006 bei der T._ AG als Verpackerin angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 24. Oktober 2006 war sie in einen Verkehrsunfall verwickelt, bei welchem ein anfahrender LKW in ihr stehendes Auto fuhr. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 7. Oktober 2008, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 16. Februar 2010, stellte die SUVA ihre Leistungen per 30. September 2008 ein.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn mit Entscheid vom 3. Februar 2011 ab.
C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die SUVA zu verpflichten, ihr ab 1. Oktober 2008 die Kosten der Heilbehandlung, insbesondere jene der Psychotherapie, Taggelder bei einer Arbeitsunfähigkeit von 50 %, eine Invalidenrente gestützt auf eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % sowie eine Integritätsentschädigung nach richterlichem Ermessen zuzusprechen. Zudem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Versicherungsgericht und die SUVA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das zeitlich anwendbare Recht (<ref-ruling> mit Hinweisen), die Leistungsvoraussetzungen des natürlichen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis), insbesondere nach einem Schleudertrauma der HWS ohne organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden (<ref-ruling>) und die Voraussetzungen des Dahinfallens jeglicher kausaler Bedeutung von unfallbedingten Ursachen (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9 E. 2.2 [8C_354/2007]; RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45 E. 2) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für den im sozialversicherungsrechtlichen Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsverfahren geltenden Untersuchungsgrundsatz (vgl. Art. 43 Abs. 1 und 61 lit. c ATSG), den zeitlich massgeblichen Sachverhalt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 243 mit Hinweis), den erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360 mit Hinweisen) sowie die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht und dessen Beweiswert (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232 mit Hinweis). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Das Spital X._ diagnostizierte am 24. Oktober 2006 eine HWS-Distorsion sowie eine Kontusion der BWS/LWS und attestierte eine volle Arbeitsunfähigkeit bis 26. Oktober 2006.
3.2 Dr. med. G._, Facharzt für Neurologie, hielt am 11. Januar 2007 den Status nach kranio-cervicalem Beschleunigungstrauma (24. Oktober 2006) mit therapieresistentem posttraumatischem cervico-kranialem und cervico-brachialem Syndrom rechts, nach weiteren Autounfällen 1986, 1990 und 1993 sowie nach Schulteroperation rechts bei chronischen Schulterschmerzen fest. Es bestehe volle Arbeitsunfähigkeit. Die medikamentöse und physiotherapeutische Behandlung sei bis zum Rehabilitationsaufenthalt fortzusetzen.
3.3 Dr. med. I._, Facharzt für Chirurgie mit Schwerpunkt Allgemeine und Unfallchirurgie, Rehaklinik Y._, diagnostizierte am 22. Januar 2007 ein zerviko-cephales und ein zerviko-brachiales myofasziales Schmerzsyndrom. Die Beweglichkeit im HWS-Bereich sei wieder voll hergestellt. Zudem lägen die typischen subjektiven Symptome vor wie Gedächtnis-, Konzentrations- und Schlafprobleme. Eine stationäre Behandlung sei angebracht. Die Versicherte befinde sich in einer schwierigen psychosozialen Lage; eine psychologische Begleitung sei deshalb angezeigt.
3.4 Das biomechanische Institut U._ kam in seiner Kurzbeurteilung vom 30. März 2007 zum Schluss, die geklagten Beschwerden seien unter Berücksichtigung der Abweichungen vom Normalfall (Vorzustände und Degeneration der HWS) eher erklärbar. Der Hinweis in den Akten, der Kopf sei zur Zeit der Kollision abgedreht gewesen, könne mangels genügender Angaben nicht mitberücksichtigt werden.
3.5 Dr. med. L._, Oberarzt, Rehazentrum E._, wo die Versicherte vom 26. März bis 20. April 2007 in Behandlung war, hielt im Bericht vom 11. Mai 2007 ein Distorsionstrauma vom 24. Oktober 2006 sowie den Status nach Schulterverletzung rechts 2004 und nach Daumengrundgelenkarthrodese links sowie schwierige psychosoziale Verhältnisse fest. Es sei ein Arbeitsversuch bei einer Arbeitsfähigkeit von 50 % vereinbart worden. Dabei seien Arbeiten über Kopf und mit häufigen Reklinationen der HWS oder abrupten sowie schnellen Kopfbewegungen zu vermeiden. Feinmotorische Arbeiten könnten wegen des Daumengrundgelenks links nicht ständig ausgeführt werden.
3.6 Dr. med. W._, Facharzt für Rheumatologie und Innere Medizin, diagnostizierte am 16. November 2007 chronische Beschwerden im Bereich des Kopfes, Nackens und Schultergürtels ohne organisches Korrelat, primäre genetisch vermittelte Osteoarthrosen, eine Torsionsskoliose thorakal bei unklarer Ursache sowie sekundäre Rhizarthrose zufolge Arthrodese im MCP I links. Im Vergleich zur Untersuchung durch Dr. med. L._ habe sich die Situation verschlechtert, da Nacken und Schultergürtel de facto nicht untersuchbar seien. Die Befunde seien medizinisch nicht erklärbar. Die Beschwerden im Bereich des Kopfes, Nackens und Schultergürtels seien keine Folgen des Unfalls vom 24. Oktober 2006. Es müsse eine psychosomatische Erkrankung erwogen werden. Aus rheumatologischer Sicht liege keine Arbeitsunfähigkeit vor. Konsequenterweise sei von weiteren organisch ausgerichteten Behandlungen abzusehen, um das ausschliesslich somatische Krankheitskonzept der Versicherten nicht zu fördern.
3.7 Das psychosomatische Ambulatorium, Spital B._, diagnostizierte am 23. November 2007 eine sich chronifizierende, therapieresistente Schmerzerkrankung nach diversen Unfällen mit organischen und somatoformen Anteilen (ICD-10: R 52.2, F 45.3) bei Auffahrunfall vom 24. Oktober 2006 mit HWS-Distorsion, Schulterverletzung rechts 2004 nach Sturz, fremdanamnestisch rezidivierenden Phasen mit Bauchschmerzen und jeweils vorhandenem organischem Korrelat, sekundärer Chronifizierung und somatosensorischer Amplifizierung, eine Persönlichkeit mit abhängigen und selbstunsicheren Zügen sowie anamnestisch rezidivierender depressiver Dekompensation bei aktuell leichter Episode (ICD-10: F 323.0 [recte wohl: F 33]). Es wurden der Einsatz eines Antidepressivums zur Schmerzmodulation und Schlafregulation, das Erlernen einer Entspannungsmethode sowie regelmässige psychotherapeutische Gespräche empfohlen.
3.8 Frau Dr. med. A._, Fachärztin für Innere Medizin sowie psychosomatische und psychosoziale Medizin, diagnostizierte am 28. Mai 2008 eine chronifizierte therapieresistente Schmerzerkrankung nach diversen Unfällen mit organischen und somatoformen Anteilen (ICD-10: R 52, F 45.3) sowie eine anamnestisch rezidivierende depressive Kompensation, aktuell mittelschwer (ICD-10: F 323.0 [recte wohl: F 33]). Die Schmerzen seien unverändert. Angesichts der Tendenz zur Chronifizierung und des ungünstigen Verlaufs bestünden nur geringe Aussichten auf Verbesserung; eine Stabilisierung sei bereits als Erfolg zu werten. Die Arbeitsfähigkeit könne nicht abschliessend beurteilt werden, doch die aktuell 9 Stunden Arbeitszeit pro Woche würden einer Arbeitsfähigkeit von 20 % entsprechen.
3.9 Der Kreisarzt hielt am 20. August 2008 in Übereinstimmung mit früheren Untersuchern eine eingeschränkte Kopfbeweglichkeit und muskuläre Verspannung fest. In Anbetracht des bisherigen Verlaufs sei von einer weiteren ärztlichen Behandlung keine erhebliche Verbesserung zu erwarten.
3.10 Die Akademie M._, Spital C._, diagnostizierte in ihrem Gutachten vom 11. März 2009 mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10: F 32.1), eine posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10: F 43.1), ein chronifiziertes zerviko-cephales Syndrom (ICD-10: M 53.1) und eine leicht eingeschränkte Schultergelenksbeweglichkeit rechts. Gestützt auf die interdisziplinäre Besprechung attestierte sie aus rein somatischer Sicht für eine leichte körperliche Tätigkeit eine Arbeitsfähigkeit von 80 %; die Einschränkung rechtfertige sich infolge der chronifizierten Schmerzen, insbesondere der Spannungskopfschmerzen, welche mit dem Zervikalsyndrom interagierten. Ausschlaggebend für die aktuelle Einschränkung sei die psychiatrische Beurteilung. Derzeit bestehe aus psychiatrischer Sicht eine Arbeitsfähigkeit von 50 %; es sei diesbezüglich nicht von einem Endzustand auszugehen. Nach erfolgreicher psychiatrischer Therapie sei eine Arbeitsfähigkeit für leichte körperliche Tätigkeiten von 80 % zu erwarten.
4. Es ist unbestritten, dass die Versicherte am 24. Oktober 2006 ein Distorsionstrauma der HWS mit dem typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas erlitten hat und die noch geklagten Beschwerden in einem natürlichen Kausalzusammenhang mit diesem Ereignis stehen. Zu prüfen bleibt der adäquate Kausalzusammenhang.
Die Versicherte macht geltend, ihre Beschwerden seien nach wie vor kausal zum Unfall vom 24. Oktober 2006, weshalb die SUVA weiterhin Leistungen zu erbringen habe. Dabei stützt sie sich vor allem auf das Gutachten des biomechanischen Instituts U._ vom 30. März 2007 und verlangt die Einholung eines weiteren biomechanischen Gutachtens zum Nachweis ihrer Ausführungen. Weiter rügt sie einen verfrühten Fallabschluss.
5. Die Kausalitätsbeurteilung hat nach der Rechtsprechung nicht gestützt auf unfalltechnische oder biomechanische Gutachten, sondern auf Grund einer sämtliche Aspekte umfassenden Gesamtwürdigung zu erfolgen; unfallanalytische Erkenntnisse und biomechanische Überlegungen können bei der Kausalitätsbeurteilung zwar mitberücksichtigt werden, bilden für sich allein jedoch keine hinreichende Grundlage dafür (Urteil U 205/02 vom 18. März 2003 E. 2.1). Eine unfallanalytische oder biomechanische Analyse vermag allenfalls gewichtige Anhaltspunkte zur - einzig mit Blick auf die Adäquanzprüfung relevanten - Schwere des Unfallereignisses zu liefern; die Qualifikation eines Unfalles als leicht, mittelschwer oder schwer ist indessen eine Rechtsfrage und als solche nicht durch den Unfallanalytiker, sondern durch den rechtsanwendenden Unfallversicherer oder gegebenenfalls das Sozialversicherungsgericht zu entscheiden (SVR 2009 UV Nr. 18 S. 69 E. 5.2 [8C_744/2007]). D.h. ein biomechanisches Gutachten dient dazu, den Unfall in die Kategorien leicht, mittel oder schwer einzuordnen. Die Sachverhaltsfeststellung und die Verneinung der Notwendigkeit zusätzlicher Abklärungen, namentlich die Einholung eines weiteren biomechanischen Gutachtens, durch die Vorinstanz sind nicht zu beanstanden.
6. 6.1 Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> erkannt, dass der Unfallversicherer den Fall gestützt auf <ref-law> unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen und Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung in dem Zeitpunkt abzuschliessen hat, in welchem von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind (<ref-ruling> E. 3 und 4 S. 112). Ob eine namhafte Besserung noch möglich ist, bestimmt sich namentlich nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit diese unfallbedingt beeinträchtigt ist. Dabei verdeutlicht die Verwendung des Begriffes "namhaft" durch den Gesetzgeber, dass die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (E. 4.3 S. 115).
6.2 Sowohl der Kreisarzt (Bericht vom 20. August 2008) als auch der konsiliarische Psychiater (Aktennotiz vom 23. Juli 2008) erwarteten keine namhafte Verbesserung durch eine weitere ärztliche Behandlung. Dr. med. W._ empfahl bereits am 16. November 2007 den Abschluss der organisch ausgerichteten Heilbehandlung. Frau Dr. med. A._ sah nur geringe Aussichten auf eine Verbesserung durch die weitere psychische Behandlung und wertete eine Stabilisierung des Gesundheitszustandes bereits als Erfolg (Bericht vom 28. Mai 2008). Selbst der psychiatrische Experte der Akademie M._ erachtete es als fraglich, ob durch eine weitere Behandlung das chronifizierte Schmerzsyndrom beeinflusst werden könne, obwohl er zuvor noch eine mögliche Verbesserung der Symptomatik festhielt und feststellte, es sei noch nicht der Endzustand erreicht (Teilgutachten vom 20. Januar 2009). Bei dieser Sachlage ist nicht davon auszugehen, dass durch eine weitere medizinische Behandlung noch eine namhafte Verbesserung erreicht werden kann. Der Fallabschluss erfolgte damit nicht verfrüht.
7. Soweit die Versicherte geltend macht, sie leide auch an organischen Beschwerden, weshalb die SUVA weiterhin leistungspflichtig sei, kann sie nichts zu ihren Gunsten daraus ableiten: Einerseits wird bei der Anwendung der Rechtsprechung zu den Unfällen mit Schleudertrauma ohne nachweisbare organische Funktionsausfälle nicht zwischen physischen und psychischen Beschwerden unterschieden (<ref-ruling> E. 7.1 S. 118). Andererseits fällt bei Unfällen, bei welchen die psychischen Beschwerden im Vergleich zu den rein organischen Unfallfolgen im Vordergrund stehen, die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs nicht mit dem natürlichen zusammen, sondern der adäquate Kausalzusammenhang ist nach <ref-ruling> unter alleiniger Berücksichtigung der physischen Auswirkungen zu prüfen.
Mit der Vorinstanz ist der adäquate Kausalzusammenhang gestützt auf die Beurteilung im Gutachten der Akademie M._ vom 11. März 2009, wonach die typischen Beschwerden nach einer HWS-Distorsion gegenüber der psychischen Diagnose gänzlich in den Hintergrund getreten sind, nach der Rechtsprechung von <ref-ruling> zu beurteilen.
8. 8.1 Die Vorinstanz hat das Ereignis vom 24. Oktober 2006 gestützt auf den augenfälligen Geschehensablauf in Einklang mit der Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 138; RKUV 2005 U Nr. 549 S. 236 E. 5.1.2 [U 380/04]) als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen qualifiziert. Dem ist - auch unter Einbezug der geltend gemachten abgedrehten Kopfstellung im Zeitpunkt der Kollision - beizupflichten. Somit ist der adäquate Kausalzusammenhang zu bejahen, wenn ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> E. 6c S. 140).
8.2 Entgegen der Ansicht der Versicherten liegen weder dramatische Begleitumstände noch eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls vor. Daran ändert auch die geltend gemachte abgedrehte Kopfstellung im Zeitpunkt des Unfalls nichts. Ebenso wenig liegen schwere oder besondere Verletzungen vor noch solche, die speziell geeignet sind, psychische Fehlentwicklungen auszulösen. So hat die Vorinstanz zu Recht unter Verweis auf das Urteil U 79/05 vom 10. Februar 2006 festgehalten, dass die Diagnose eines Schleudertraumas allein nicht genügt für die Bejahung dieses Kriteriums. Bezüglich der rein somatischen Beschwerden ist keine besonders lange Dauer der ärztlichen Behandlung ausgewiesen. Angesichts des von den Gutachtern der Akademie M._ (Gutachten vom 11. März 2009) als auch den Ärzten des Spitals B._ (Bericht vom 23. November 2007) konstatierten organischen Korrelats der Schmerzen kann das Kriterium der körperlichen Dauerschmerzen bejaht werden. Es liegt jedoch nicht in besonders ausgeprägter Weise vor. Unbestrittenermassen ist das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung nicht gegeben. Auch liegen weder ein schwieriger Heilungsverlauf noch erhebliche Komplikationen vor. Denn dazu bedarf es zusätzlicher, die Heilung beeinträchtigender Gründe (vgl. etwa Urteil 8C_1044/2010 vom 12. Mai 2011 E. 4.4.5), welche hier jedoch nicht vorliegen. Was schliesslich das Kriterium von Grad und Dauer der physisch bedingten Arbeitsfähigkeit betrifft, besteht nach Ansicht der Gutachter der Akademie M._ aus somatischer Sicht für eine leichte Tätigkeit zumindest eine Arbeitsfähigkeit von 80 %, wobei die Unfalkausalität fraglich sei. Ob damit das Kriterium erfüllt ist, kann offenbleiben, da es jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben ist.
8.3 Da höchstens zwei der Kriterien gegeben sind und keines in besonders ausgeprägter Weise vorliegt, ist der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den im Zeitpunkt des Einspracheentscheids noch geklagten Beschwerden und dem Ereignis vom 24. Oktober 2006 zu verneinen. Somit besteht kein Anspruch auf weitere Leistungen der SUVA ab 1. Oktober 2008.
9. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten von der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>). Ihr kann indessen die unentgeltliche Rechtspflege gewährt werden (<ref-law>), weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die anwaltliche Vertretung doch geboten war (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372). Es ist indessen auf <ref-law> hinzuweisen, wonach der Gerichtskasse Ersatz zu leisten sein wird, wenn dies später möglich sein sollte (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwältin Dr. Franziska Ryser-Zwygart wird als unentgeltliche Anwältin der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Juli 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold