Sachverhalt:
A. Die Eheleute K._, Herr B.K._ (geb. 1954) und Frau A.K._ (geb. 1958), beide bosnischer Staatsangehörigkeit, kamen 1981/1982 von Bosnien in die Schweiz und liessen sich im Kanton Aargau nieder.
Am 5. Juli 2004 stellten die Eheleute K._ in der Gemeinde Birr (AG) gemeinsam ein Gesuch um Einbürgerung. Die Kommission für Einbürgerungsfragen der Gemeinde Birr bearbeitete die Akten der Gesuchsteller, führte mit ihnen ein persönliches Gespräch und empfahl mit einem Stimmenverhältnis von 3 Ja gegen 2 Nein die Einbürgerung der Eheleute K._. Der Gemeinderat empfahl ebenfalls die Einbürgerung der Gesuchsteller und hielt in seinen Erläuterungen zuhanden der Gemeindeversammlung fest, dass deren Integration unbestritten sei.
Anlässlich der Einwohner-Gemeindeversammlung vom 8. Juni 2007, die über 16 Einbürgerungsersuchen zu befinden hatte, wurde das Gesuch der Eheleute K._ mit 95 Nein gegen 41 Ja abgelehnt. Ein Stimmbürger hielt fest, dass in der Schweiz die Demokratie befolgt werde. Eine Stimmbürgerin stellte fest, dass Frau A.K._ (nicht nur) auf dem in den Erläuterungen befindlichen Foto ein Kopftuch trage, und bestritt deren Integration.
Der Gemeinderat teilte den Eheleuten K._ den negativen Beschluss der Einwohner-Gemeindeversammlung am 18. Juni 2007 mit. Im Einzelnen hielt er Folgendes fest:
"1 In der Versammlungsunterlage werden jeweils die Gesuchsteller persönlich, mit Foto, vorgestellt. Frau K._ liess sich dabei mit einer religiösen Kopfbedeckung ablichten. Das Kopftuch weist Frauen eine geschlechtlich und sozial differente Rolle zu, die im Gegensatz zum Gleichheitsgrundsatz der universell gültigen Allgemeinen Menschenrechte und insbesondere der Schweizerischen Bundesverfassung steht. Somit wird bestritten, dass Herr und Frau K._ die Gleichstellung von Mann und Frau respektieren, achten und danach auch leben. Die Integration wird deshalb bestritten.
Die Ablehnung wurde aufgrund der Kopfbedeckung mit fehlender Integration in unserem Lande begründet. Zudem spricht die Ehefrau, A.K._, mässig Deutsch und sie konnte die Fragen zur Verfassungsordnung von Bund, Kanton und Gemeinde nur teilweise beantworten.
Das Gesuch wurde von den Stimmberechtigten mit dem Stimmenverhältnis von 102 zu 27 abgelehnt. Das absolute Mehr bei dieser Abstimmung betrug 65 Stimmen."
B. Gegen diesen Entscheid der Einwohner-Gemeindeversammlung haben die Eheleute K._ beim Bundesgericht am 27. August 2007 subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und ihr Einbürgerungsgesuch durch das Bundesgericht gutzuheissen, eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Wesentlichen machen sie eine Verletzung des Diskriminierungsverbotes gemäss <ref-law> und der Glaubens- und Gewissensfreiheit nach <ref-law> geltend.
Der Gemeinderat Birr beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik an Antrag und Begründung fest.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss <ref-law> gegen Entscheide über die ordentliche Einbürgerung ausgeschlossen. Eine andere ordentliche Beschwerde fällt nicht in Betracht. Insoweit ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law> zulässig.
Der angefochtene Beschluss der Einwohner-Gemeindeversammlung kann mit keinem kantonalen Rechtsmittel angefochten werden (§ 16 Abs. 1 Satz 2 des Gesetzes über das Kantons- und Gemeindebürgerrecht [KBüG]; nicht publizierte E. 1 von <ref-ruling> und 132 I 196). Er stellt somit einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid dar, der bis zum Ablauf der Übergangsfrist von <ref-law> direkt beim Bundesgericht angefochten werden kann.
Die Beschwerdeführer haben gemäss <ref-law> am Verfahren der Vorinstanz teilgenommen. Zu prüfen ist, ob sie ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Beschlusses im Sinne von <ref-law> haben.
Ein solches rechtlich geschütztes Interesse kann durch kantonales oder eidgenössisches Gesetzesrecht oder aber unmittelbar durch ein spezielles Grundrecht oder bundesverfassungsrechtliche Verfahrensgarantien begründet sein (<ref-ruling> E. 4 S. 191 und E. 6.2 S. 199; <ref-ruling> E. 2.1 S. 168; <ref-ruling> E. 1 S. 219). Die Beschwerdeführer machen nicht geltend, dass ihnen gestützt auf das eidgenössische oder kantonale Gesetzesrecht ein Anspruch auf Einbürgerung zukomme. Sie rügen keine Verletzung von Verfahrensgrundrechten und machen nicht geltend, dass der angefochtene Beschluss den aus <ref-law> abgeleiteten Begründungserfordernissen nicht genüge. Sie berufen sich einzig auf Art. 8 Abs. 2 und <ref-law> und machen eine Diskriminierung im Einbürgerungsverfahren und eine Verletzung der Religionsfreiheit wegen ihrer religiösen Überzeugung und deren Bekenntnis geltend. Insoweit ergibt sich die Legitimation der Beschwerdeführer direkt aus der Grundrechtsträgerschaft und dem Inhalt des als verletzt gerügten Verfassungsrechts von Art. 8 Abs. 2 und <ref-law> (BGE <ref-ruling> E. 2.1 S. 168; <ref-ruling> E. 1.1 S. 220).
Die Vernehmlassung des Gemeinderates Birr ist verspätet eingereicht und daher als unbeachtlich aus dem Recht zu weisen.
Demnach ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das Bundesgericht geht davon aus, dass im Einbürgerungsverfahren über den rechtlichen Status von Einzelpersonen entschieden werde und Einbürgerungsentscheide einen Akt der Rechtsanwendung darstellten (<ref-ruling> E. 3.3 S. 237 ff. und E. 3.4.2 S. 240; <ref-ruling> E. 2.2 S. 224 ff.). Vor diesem Hintergrund sind im Einbürgerungsverfahren auch die Verfahrensgrundrechte von <ref-law> zu beachten. Die Gesuchsteller haben im Einbürgerungsverfahren Parteistellung und damit Anspruch auf Gewährung des rechtlichen Gehörs und insbesondere auf eine Begründung im Falle der Abweisung ihres Gesuches. Diese Garantie von <ref-law> steht ihnen unabhängig von ihrer Berechtigung in der Sache und trotz des Fehlens eines Rechtsanspruchs auf Einbürgerung zu (<ref-ruling> E. 3.3 S. 238 f. und E. 3.7 S. 243, 131 I 18 E. 3 S. 20, 132 I 196 E. 3.1 S. 197; Urteile 1P.786/2006, 1P.787/2006 und 1P.788/2006 vom 22. März 2007, je E. 3 und 4.1).
Aus der Rechtsprechung ergibt sich, dass bei Einbürgerungsgesuchen von Eheleuten die beiden Ehepartner je als selbständige Gesuchsteller auftreten (<ref-ruling> E. 3.3 S. 21 f.). In Bezug auf die Begründungserfordernisse nach <ref-law> bedeutet dies, dass negative Entscheide je individuell begründet werden müssen; dies gilt jedenfalls dann, wenn die Einbürgerungsvoraussetzungen der Eheleute unterschiedlich zu beurteilen sind und diese nicht auf eine individuelle Beurteilung ihrer Gesuche verzichtet haben (<ref-ruling> E. 3.4 S. 22, Urteil 1P.787/2006 vom 22. März 2007 E. 5.2). Daran ändert der Umstand nichts, dass die Beschwerdeführer ihr Einbürgerungsgesuch gemeinsam in demselben Formular eingereicht haben; sie haben es individuell unterschrieben. Daraus folgt für den vorliegenden Fall, dass die Beschwerde für die beiden Eheleute je getrennt voneinander zu beurteilen ist, da die Abweisung des Einbürgerungsgesuches in Bezug auf den Ehemann ausschliesslich mit dem Tragen des Kopftuches seiner Ehefrau begründet wird, in Bezug auf die Ehefrau zum Tragen des Kopftuches zusätzlich mangelnde Deutsch- und Staatskundekenntnisse angeführt werden.
3. A.K._ werden mangelnde Deutschkenntnisse vorgehalten und daraus eine unzureichende Integration abgeleitet. Im Bericht der Gemeinde zum Einbürgerungsgesuch wird festgehalten, dass sie nur mässig Deutsch spricht (knapp erfüllt). Zudem geht aus dem Bericht hervor, dass sie zu den Fragen betreffend die Verfassungsordnung von Bund, Kanton und Gemeinde nur teilweise Auskunft geben konnte.
Die Beschwerdeführerin bestreitet diese Berichte nicht. Diese Tatsachen können als Zeichen mangelnder Integration verstanden werden. Die Vorbringen sind, für sich genommen, neutral gehalten, nehmen Bezug auf die für eine Einbürgerung erforderliche Integration und lassen keine auf der Religion oder auf religiös bedingten Verhaltens- und Bekleidungsweisen beruhende Diskriminierung erkennen. Vor diesem Hintergrund kann von einem Verstoss gegen <ref-law> nicht gesprochen werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4 S. 170 ff.). Insofern beruht der negative Einbürgerungsentscheid auf einer Begründung, die im Ergebnis vor der Verfassung standhält. Bei dieser Sachlage ist auf die weitern Begründungselemente - wie das in der Einwohner-Gemeindeversammlung und vom Gemeinderat angesprochene Tragen des Kopftuches - nicht näher einzugehen. Im bundesgerichtlichen Verfahren wird ein kantonaler Entscheid auf Beschwerde hin nicht schon allein wegen einzelner Begründungselemente, sondern nur dann aufgehoben, wenn er sich auch im Ergebnis als verfassungswidrig erweist (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4.1 S. 171, mit Hinweisen).
Demnach ist die Beschwerde in Bezug auf A.K._ abzuweisen.
4. In Bezug auf B.K._ ergibt sich aus der Begründung des Gemeinderates und den Akten, dass ihm weder mangelnde Deutsch- noch unzureichende Staatskundekenntnisse vorgehalten werden. Die Begründung des negativen Einbürgerungsentscheides beruht einzig darauf, dass ihm wegen des Tragens des Kopftuches durch seine Ehefrau mangelnder Respekt vor den verfassungsmässigen Grundwerten und mangelnde Anerkennung der Gleichstellung von Mann und Frau vorgeworfen werden. Darin erblickt er eine Diskriminierung wegen der religiösen und weltanschaulichen Überzeugung im Sinne von <ref-law>.
4.1 Der Berufung des Beschwerdeführers auf <ref-law> kommt im vorliegenden Fall keine direkte und eigenständige Bedeutung zu (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3 S. 170). Dieser wird durch den angefochtenen Beschluss nicht daran gehindert, seine Religion frei zu wählen, auszuüben und zu bekennen. Soweit ihn sein religiöses Bekenntnis und der Umstand, dass seine Ehefrau das Kopftuch trägt, im Einbürgerungsverfahren benachteiligen oder einer Einbürgerung gar entgegenstehen, stellt sich typischerweise die Frage, ob eine von <ref-law> untersagte Diskriminierung vorliegt.
4.2 Nach <ref-law> darf niemand diskriminiert werden, namentlich nicht wegen der Lebensform und der religiösen, weltanschaulichen oder politischen Überzeugung. In diesem Rahmen ist für die Bestimmung des Inhalts der religiösen Überzeugung Bezug zu nehmen auf die Garantie der Glaubens- und Gewissensfreiheit gemäss <ref-law> (vgl. Rainer J. Schweizer, St. Galler BV-Kommentar, 1. Aufl. 2002, Art. 8 Rz. 64; Jörg P. Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl. 1999, S. 433).
4.3 <ref-law> gewährleistet die Glaubens- und Gewissensfreiheit (Abs. 1) und räumt jeder Person das Recht ein, ihre Religion und ihre weltanschauliche Überzeugung frei zu wählen und allein oder in Gemeinschaft mit andern zu bekennen (Abs. 2). Unter diesem Schutze stehen nicht nur die traditionellen Glaubensformen der christlich-abendländischen Kirchen und Religionsgemeinschaften, sondern alle Religionen, unabhängig von ihrer quantitativen Verbreitung in der Schweiz (<ref-ruling> E. 4b S. 184; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 300 f.). Die Religionsfreiheit umfasst sowohl die innere Freiheit, zu glauben, nicht zu glauben oder seine religiösen Anschauungen zu ändern, wie auch die äussere Freiheit, entsprechende Überzeugungen innerhalb gewisser Schranken zu äussern, zu praktizieren und zu verbreiten (BGE <ref-ruling> E. 2b/aa S. 300; <ref-ruling> E. 4c S. 184). Sie enthält den Anspruch des Einzelnen darauf, sein Verhalten grundsätzlich nach den Lehren des Glaubens auszurichten und den Glaubensüberzeugungen gemäss zu handeln. Zur derart gewährleisteten Religionsausübung zählen über kultische Handlungen hinaus auch die Beachtung religiöser Gebräuche und andere Äusserungen des religiösen Lebens im Rahmen gewisser übereinstimmender sittlicher Grundanschauungen der Kulturvölker, soweit solche Verhaltensweisen Ausdruck der religiösen Überzeugung sind (BGE <ref-ruling> E. 2b/aa S. 300; <ref-ruling> E. 4c S. 184). Das gilt auch für Religionsbekenntnisse, welche - wie der Islam - die auf den Glauben gestützten Verhaltensweisen sowohl auf das geistig-religiöse Leben wie auch auf weitere Bereiche des alltäglichen Lebens beziehen (<ref-ruling> E. 4c S. 185). Insoweit werden religiös bedingte Bekleidungsvorschriften wie das Tragen des Kopftuches vom Schutz von <ref-law> erfasst (BGE <ref-ruling> E. 2b/aa S. 300; 119 Ia E. 4c S. 184).
Vor diesem Hintergrund hat das Bundesgericht erkannt, dass das gemischtgeschlechtliche Baden in der Schule grundsätzlich im Widerspruch zu einer islamischen Glaubensregel stehe und entsprechende Verhaltensweisen unter den Schutz der Glaubens- und Gewissensfreiheit fielen. Unerheblich sei insoweit, ob entsprechende Gepflogenheiten von allen, von einer Mehrheit oder allenfalls lediglich von einer Minderheit der islamischen Glaubensangehörigen befolgt würden (<ref-ruling> E. 4d S. 185 f.).
In gleicher Weise steht das Tragen des Kopftuches von Frauen, die dem Islam angehören, als Ausdruck eines religiösen Bekenntnisses unter dem Schutz der Religionsfreiheit gemäss <ref-law> (BGE <ref-ruling> E. 2b/aa S. 300; <ref-ruling> E. 4c S. 184; vgl. auch <ref-ruling> E. 3b/aa S. 263). Daran vermag der Umstand nichts zu ändern, dass bei gegebenen verfassungsmässigen Voraussetzungen Eingriffe in die Glaubens- und Gewissensfreiheit möglich und Einschränkungen von aus der Religion abgeleiteten Gepflogenheiten zulässig sind (vgl. BGE <ref-ruling>; <ref-ruling>).
4.4 Die Glaubens- und Gewissensfreiheit nach <ref-law> ist nicht nur ein individuelles Abwehrrecht, sondern enthält auch einen objektivrechtlichen Gehalt, an dem sich gemäss <ref-law> die gesamte Staatstätigkeit auszurichten hat (vgl. Urs Josef Cavelti, St. Galler BV-Kommentar, 1. Aufl. 2002, Art. 15 Rz. 7) und der auch im Einbürgerungsverfahren ungeachtet der Natur und der Stufe des entscheidenden Organs zu beachten ist. In diesem Sinne verbietet <ref-law> Diskriminierungen, die an religiösen oder weltanschaulichen Überzeugungen und ihren Manifestationen anknüpfen.
5. 5.1 Gemäss <ref-law> darf niemand diskriminiert werden, namentlich nicht wegen seiner Herkunft und der religiösen, weltanschaulichen oder politischen Überzeugung. Eine Diskriminierung liegt vor, wenn eine Person ungleich behandelt wird allein aufgrund ihrer Zugehörigkeit zu einer bestimmten Gruppe, welche historisch oder in der gegenwärtigen sozialen Wirklichkeit tendenziell ausgegrenzt oder als minderwertig behandelt wird. Die Diskriminierung stellt eine qualifizierte Ungleichbehandlung von Personen in vergleichbaren Situationen dar, indem sie eine Benachteilung von Menschen bewirkt, die als Herabwürdigung oder Ausgrenzung einzustufen ist, weil sie an Unterscheidungsmerkmalen anknüpft, die einen wesentlichen und nicht oder nur schwer aufgebbaren Bestandteil der Identität der betroffenen Personen ausmachen; insofern beschlägt das Diskriminierungsverbot auch Aspekte der Menschenwürde nach <ref-law>. Das Diskriminierungsverbot gemäss <ref-law> schliesst indes die Anknüpfung an ein verpöntes Merkmal - wie beispielsweise Herkunft, Rasse, Geschlecht oder religiöse Überzeugung - nicht absolut aus. Eine solche begründet zunächst lediglich den blossen Verdacht einer unzulässigen Differenzierung. Diese kann indes durch eine qualifizierte Rechtfertigung umgestossen werden. Eine indirekte oder mittelbare Diskriminierung liegt demgegenüber vor, wenn eine Regelung, die keine offensichtliche Benachteiligung von spezifisch gegen Diskriminierung geschützte Gruppen enthält, in ihren tatsächlichen Auswirkungen Angehörige einer solchen Gruppe besonders benachteiligt, ohne dass dies sachlich begründet wäre (BGE <ref-ruling> E. 2.1 S. 223, mit Hinweisen auf Rechtsprechung und Doktrin; Regina Kiener/Walter Kälin, Grundrechte, Bern 2007, S. 359 ff.).
5.2 Im vorliegenden Fall bildete der Umstand, dass die Ehefrau das Kopftuch trägt und sich so fotografieren lässt, den Anknüpfungspunkt für die Verweigerung des Bürgerrechts an den Beschwerdeführer. Es ist von keiner Seite behauptet oder dargelegt worden, dass der Ehemann nicht hinreichend integriert und aus diesem Grunde nicht eingebürgert werden könnte. Das Tragen des Kopftuches seiner Ehefrau bildete sowohl in der Einwohner-Gemeindeversammlung wie auch nach der Begründung des Gemeinderates in Bezug auf den Ehemann den Ausgangspunkt für die Abweisung des Einbürgerungsgesuches. Dieser Umstand ist nicht nur geeignet, Frauen, die sich zum Islam bekennen und das Kopftuch tragen, gegenüber Männern und solchen Frauen, die das Kopftuch trotz des Bekenntnisses zum Islam nicht tragen oder einer andern Glaubensrichtung verpflichtet sind, im Einbürgerungsverfahren zu benachteiligen und rechtsungleich zu behandeln oder ihnen die Erlangung des Bürgerrechts gar zu verunmöglichen. Dieser Umstand betrifft auch Männer, deren Frauen sich zum Islam bekennen und das Kopftuch tragen, und zwar unabhängig davon, ob sie diese aus dem Islam abgeleitete und von der Ehefrau befolgte Bekleidungsweise befürworten oder nicht. Der negative Beschluss der Einwohner-Gemeindeversammlung beruht somit im Ausgangspunkt auf einem Merkmal, das nach <ref-law> verpönt und im Grundsatz unzulässig ist. Insoweit ist der Beschwerdeführer in spezifischer Weise gegenüber andern Gesuchstellern ungleich behandelt und diskriminiert worden.
Diese Ungleichbehandlung des Beschwerdeführers infolge eines religiösen Bekenntnisses und der Befolgung von religiösen Gebräuchen durch die Ehefrau lässt sich durch keinerlei qualifizierte und objektive Gründe rechtfertigen. Glaubensinhalte, die ein religiös motiviertes Verhalten begründen oder bestimmte Bekleidungsweisen nahelegen, sind grundsätzlich nicht zu überprüfen und zu bewerten (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 185). <ref-law> ist insoweit Ausdruck weltanschaulicher Pluralität und gebietet im Grundsatz die Anerkennung von Bekenntnissen und Überzeugungen, die von den in der Schweiz herkömmlichen Vorstellungen abweichen.
Es kann nicht mit Grund gesagt werden, das Tragen des Kopftuches als Manifestation eines religiösen Bekenntnisses bringe in allgemein erkennbarer Weise eine Haltung der Unterwerfung der Frau unter den Mann und eine Herabminderung von Frauen zum Ausdruck. Eine solche Haltung kann noch weniger im Umstand erblickt werden, dass die Ehefrau des Gesuchstellers das Kopftuch trägt. Die Befolgung der aus dem Koran abgeleiteten Übung kann auf eigenständigem Entschluss der Frauen selber beruhen, ihren Glauben auf diese Weise zu manifestieren, ohne dass damit eine Haltung der Unterwerfung ausgedrückt würde. Insoweit erweist sich das blosse Tragen des Kopftuches durch die Ehefrau für den Ehemann in der Regel als wenig aussagekräftig und wertneutral; daran ändert nichts, dass in der Übung des Tragens des Kopftuches teils eine Ungleichbehandlung von Frauen gegenüber Männern erblickt wird (vgl. vor dem Hintergrund eines unterschiedlichen Sachverhalts BGE <ref-ruling> E. 4b/cc S. 312). Der Umstand, dass die Ehefrau des Beschwerdeführers ein Kopftuch trägt, könnte mitberücksichtigt werden, wenn darin vor dem Hintergrund der konkreten Verhältnisse eine Haltung des Beschwerdeführers zum Ausdruck kommt, die mit unsern grundlegenden rechtsstaatlichen und demokratischen Wertvorstellungen im Widerspruch stünde. Ein derartiger konkreter Bezug wird im kommunalen Verfahren weder behauptet noch nachgewiesen. Die sich in der Einwohner-Gemeindeversammlung äussernde Stimmberechtigte hat einzig auf das Tragen des Kopftuches hingewiesen. Der Gemeinderat hat es in seiner Begründung bei der allgemeinen Behauptung bewenden lassen, das Tragen des Kopftuches bringe mangelnden Respekt vor der Verfassungsordnung und mangelnde Anerkennung der Gleichbehandlung von Mann und Frau zum Ausdruck. Insbesondere wurde kein Bezug auf die konkrete Situation des Beschwerdeführers genommen und nicht im Einzelnen vorgebracht, dass dieser grundlegende Prinzipien und Werte unserer Gesellschaft missachten würde, die vorgehaltene Haltung im Alltagsleben tatsächlich manifestiere und aus solchen Überlegungen nicht als integriert gelten könnte. Schliesslich ist den Akten nicht zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer eine Haltung der Ungleichbehandlung und Unterdrückung einnehmen würde, hat er sich doch im Bericht zum Einbürgerungsgesuch zum Respekt vor dem andern Geschlecht und zur Gleichberechtigung von Mann und Frau bekannt.
Bei dieser Sachlage fehlt es an einer qualifizierten, auf die konkreten Umstände bezogenen Begründung, welche die Ungleichbehandlung des Beschwerdeführers wegen seines religiösen Bekenntnisses bzw. wegen der Manifestation der religiösen Überzeugung der Ehefrau durch das Tragen des Kopftuches zu rechtfertigen vermöchte. Damit ist der Beschwerdeführer durch den negativen Beschluss der Einwohner-Gemeindeversammlung, der ausschliesslich an einem verpönten Merkmal anknüpft und den Beschwerdeführer ohne qualifizierte Rechtfertigung rechtsungleich behandelt und benachteiligt, im Sinne von <ref-law> diskriminiert worden. Die Beschwerde erweist sich daher in Bezug auf den Beschwerdeführer B.K._ als begründet.
6. Demnach ist die Beschwerde in Bezug auf B.K._ gutzuheissen und der Beschluss der Einwohner-Gemeindeversammlung in diesem Punkt aufzuheben. Demgegenüber ist die Beschwerde hinsichtlich A.K._ abzuweisen.
Die Beschwerdeführer beantragen über die Aufhebung des negativen Beschlusses der Einwohner-Gemeindeversammlung hinaus, dass das Bundesgericht die Einbürgerung selber vornehme und die Sache lediglich eventualiter zu neuem Entscheid an die Gemeinde Birr zurückweise.
Die Zusicherung des Gemeindebürgerrechts kommt der Gemeinde zu. Diese verfügt dabei über einen weiten Ermessensspielraum. Demgegenüber kommt dem Bundesgericht lediglich eine eingeschränkte Überprüfungsbefugnis zu. Es ist nicht seine Aufgabe, selber Einbürgerungen vorzunehmen. Daher ist die Sache der Gemeinde Birr zu neuem Entscheid über das Einbürgerungsgesuch des Beschwerdeführers B.K._ zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist den Beschwerdeführern eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (<ref-law>). Die Gemeinde Birr hat die Beschwerdeführer im Ausmasse des Obsiegens für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid der Einwohner-Gemeindeversammlung der Gemeinde Birr vom 8. Juni 2007 wird in Bezug auf B.K._ aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Gemeinde Birr zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Gemeinde Birr hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern und der Gemeinde Birr schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann