Sachverhalt:
A. Am 11. Dezember 2007 reichte X._ bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich Strafanzeige gegen Unbekannt wegen Körperverletzung und Nötigung ein. Zur Begründung führte sie an, sie befinde sich zurzeit im Burghölzli im Fürsorgerischen Freiheitsentzug und sei heute - u.a. von Oberarzt Dr. A._ - gegen ihren Willen gezwungen worden, Haldol und Temesta zu schlucken.
Am 14. Februar 2008 trat die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich auf die Strafanzeige nicht ein und eröffnete gegen Dr. A._ keine Strafuntersuchung. Sie erwog, nach den glaubhaften Aussagen von Dr. A._ sei X._ am 22. November 2007 im Sinne von § 27 des Patientinnen- und Patientengesetzes vom 5. April 2004 rechtsgenügend über die geplante Zwangsmedikation unterrichtet worden, und diese Anordnung sei unangefochten geblieben. Es sei unter diesen Umständen nicht zu beanstanden, dass Dr. A._ davon ausgegangen sei, die Zwangsmedikation sei rechtens und könne ausgeführt werden. Jedenfalls würden Anhaltspunkte für ein vorsätzliches Handeln bzw. ein strafbares Verhalten von Dr. A._ fehlen, weshalb keine Untersuchung zu eröffnen sei.
Am 2. Juni 2008 wies die II. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Zürich den Rekurs von X._ gegen diesen Entscheid der Anklagekammer ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen, welche gegebenenfalls als subsidiäre Verfassungsbeschwerde zu behandeln sei, beantragt X._, diesen Entscheid der II. Zivilkammer des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen Dr. A._ an die Strafverfolgungsbehörden zurückzuweisen und festzustellen, dass Art. 3, Art. 6 Ziff. 1, Art. 8, Art. 10 und Art. 13 EMRK verletzt worden seien. Zudem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach § 22 Abs. 1 Ziff. 1 i.V.m. Abs. 5 der Zürcher Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 (StPO) ist auf eine Strafanzeige nicht einzutreten und kein Strafverfahren zu eröffnen, wenn kein Anfangsverdacht für ein strafbares Verhalten vorliegt. Darüber befindet nach § 22 Abs. 5 StPO in der Regel die Untersuchungsbehörde. Steht hingegen die Eröffnung einer Strafuntersuchung oder das Nichteintreten auf eine Strafanzeige gegen einen Beamten in Frage, der im Zusammenhang mit seiner amtlichen Tätigkeit einer strafbaren Handlung verdächtigt wird, befindet darüber die Anklagekammer des Obergerichts (§ 22 Abs. 6 StPO). Im Falle von Dr. A._ hat die Anklagekammer die Eröffnung einer Strafuntersuchung mangels Tatverdachts abgelehnt, und die Zivilkammer hat diesen Entscheid geschützt. Damit steht fest, dass gegen Dr. A._ kein Strafverfahren durchgeführt wird; insofern handelt es sich um einen Endentscheid in Strafsachen. Da kantonale Beamte keine Strafverfolgungsprivilegien geniessen, dürfen dabei ausschliesslich straf- bzw. strafprozessrechtliche Gesichtspunkte berücksichtigt werden. Der einzige Unterschied zu "gewöhnlichen" Verfahren ist, dass ein Gericht, nicht die normalerweise zuständige Untersuchungsbehörde darüber befindet, ob eine Strafuntersuchung zu eröffnen sei oder nicht. Damit ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig. Da mit ihr alle Rügen vorgebracht werden können, die in der subsidiären Verfassungsbeschwerde zulässig sind, verbleibt für letztere kein Raum.
1.2 In einem Strafverfahren wegen Körperverletzung und Amtsmissbrauchs gegen den Arzt, der ihr nach ihrer Darstellung ohne zureichende Rechtfertigung gegen ihren Willen zwangsweise Psychopharmaka verabreichen liess, käme der Beschwerdeführerin Opferstellung zu (<ref-law>). Dies würde sie zur Erhebung einer Beschwerde in Strafsachen berechtigen, wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Dies ist vorliegend nicht der Fall, da der Kanton Zürich für den Schaden, den die in ihrem Dienst stehenden Personen - darunter Dr. A._ - in Ausübung ihrer dienstlichen Verpflichtungen bewirken, nach seinem Haftungsgesetz vom 14. September 1969 (HG), mithin nach öffentlichem Recht haftet (<ref-ruling> E. 3). Zivilforderungen gegen die ins Recht gefassten Personen sind ausgeschlossen (§ 6 Abs. 4 HG). Der angefochtene Entscheid kann sich somit nicht auf allfällige Zivilforderungen der Beschwerdeführerin auswirken, weshalb sie nicht nach Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG beschwerdebefugt ist.
1.3 Unbekümmert um die fehlende Legitimation in der Sache selbst hat die Praxis zum altrechtlichen Art. 88 OG dem Geschädigten seit langem die Befugnis zuerkannt, mit staatsrechtlicher Beschwerde die Verletzung von Verfahrensrechten geltend zu machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Das nach Art. 88 OG wie neu nach <ref-law> erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Ist der Beschwerdeführer in diesem Sinne nach kantonalem Recht Partei, kann er die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihm nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund der Bundesverfassung zustehen und deren Missachtung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft (<ref-ruling> E. 6.2 S. 198). Der in der Sache selbst nicht Legitimierte, dem im kantonalen Verfahren jedoch Parteistellung zukam, kann beispielsweise geltend machen, er sei nicht angehört worden (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 2a/aa und bb).
Unzulässig sind allerdings Rügen, die im Ergebnis auf eine materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielen, wie etwa die Behauptung, dass die Begründung des angefochtenen Entscheids unvollständig oder zu wenig differenziert ausgefallen sei oder sich nicht mit sämtlichen von der Partei vorgetragenen Argumenten auseinandersetze oder dass die Parteivorbringen willkürlich gewürdigt worden seien. Ebenso wenig ist der Vorwurf zu hören, der Sachverhalt sei unvollständig oder sonstwie willkürlich ermittelt worden. Unzulässig ist auch die Rüge, Beweisanträge seien wegen willkürlicher antizipierter Beweiswürdigung abgelehnt worden ("Star-Praxis", vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 313; <ref-ruling> E. 7b S. 94). Da die Aufzählung der beschwerdebefugten Personen in <ref-law> nicht abschliessend ist und sich am Erfordernis des Rechtsschutzinteresses als Voraussetzung der Beschwerdelegitimation nichts geändert hat, kann die angeführte Praxis zu Art. 88 OG weiterhin Geltung beanspruchen.
Damit erweisen sich die verschiedenen Rügen der Beschwerdeführerin, mit denen sie den angefochtenen Entscheid materiell kritisiert, als von vornherein unzulässig. Darauf ist nicht einzutreten.
1.4 In formeller Hinsicht rügt die Beschwerdeführerin verschiedene Gehörsverletzungen.
1.4.1 Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs sieht die Beschwerdeführerin darin, dass die Anklagekammer bei ihrem Entscheid vom 14. Februar 2008 eine nachträgliche Eingabe von Rechtsanwalt B._ vom 19. Dezember 2007 nicht berücksichtigt habe und weder sie noch ihr Anwalt Gelegenheit erhalten hätten, der einzigen polizeilichen Einvernahme von Dr. A._ beizuwohnen.
Diese Vorwürfe richten sich gegen die Polizei und die Anklagekammer und hätten damit bereits im kantonalen Rechtsmittelverfahren vorgebracht werden können. In ihrem Rekurs an die obergerichtliche Zivilkammer erhob die Beschwerdeführerin indessen keine derartigen Rügen. Diese Gehörsverweigerungsvorwürfe waren somit nicht Gegenstand des Rekursverfahrens, welches zum angefochtenen Entscheid führte. Insoweit liegt kein letztinstanzlicher Entscheid im Sinne von <ref-law> vor, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
1.4.2 Die obergerichtliche Zivilkammer hat im angefochtenen Entscheid, wie bereits zuvor die Anklagekammer, erwogen, der Beschwerdeführerin sei die Anordnung der Zwangsbehandlung am 22. November 2007 nach den Vorschriften des Patientengesetzes eröffnet worden. Dabei sei sie unbestrittenermassen auch auf ihr Recht aufmerksam gemacht worden, diese Anordnung gerichtlich überprüfen zu lassen. Sie habe von dieser Möglichkeit keinen Gebrauch gemacht, worauf die Zwangsbehandlung durchgeführt worden sei, nachdem der Ablauf der Rechtsmittelfrist und der erstinstanzliche Entscheid im Verfahren abgewartet worden waren, welches sie gegen den Fürsorgerischen Freiheitsentzug angestrengt hatte. In dieser Situation sei die Rechtmässigkeit der Zwangsbehandlung im vorliegenden Verfahren nicht mehr zu prüfen, da die Beschwerdeführerin das ihr zu diesem Zweck zur Verfügung stehende Rechtsmittel nicht ergriffen habe.
Die Beschwerdeführerin wirft der obergerichtlichen Zivilkammer sinngemäss eine formelle Rechtsverweigerung vor, da sie verpflichtet gewesen wäre, die Rechtmässigkeit der Zwangsmedikation zu prüfen. Die Rüge ist unbegründet. Nachdem der Beschwerdeführerin nach § 27 Abs. 4 des Patientengesetzes ein besonderes Verfahren zur Überprüfung der Rechtmässigkeit der Zwangsmedikation offen gestanden hatte und sie davon, in Kenntnis des ihr zustehenden Beschwerderechts, keinen Gebrauch machte, durfte jedenfalls Dr. A._ im Vertrauen auf die formelle Rechtskraft der angeordneten Zwangsmedikation davon ausgehen, dass deren Durchführung rechtmässig sei. Insofern bestand für die obergerichtliche Zivilkammer ohnehin kein Anlass, die angeordnete Zwangsmedikation ausserhalb des dafür vorgesehenen Verfahrens auf ihre Rechtmässigkeit zu prüfen. Daran ändert nichts, dass das Bundesgericht am 22. Januar 2008 (5A_766/2007) die von der Beschwerdeführerin gegen die Anordnung des Fürsorgerischen Freiheitsentzuges gerichtete Beschwerde gutgeheissen und ihre unverzügliche Entlassung angeordnet hat.
2. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Sie hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi