Sachverhalt:
A. Am 3. Juli 2008 verurteilte das Kantonsgericht Schaffhausen X._ zu einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen à Fr. 100.-- unter Anrechnung von 45 Tagen Untersuchungshaft sowie einer Busse von Fr. 200.-- wegen mehrfachen Betrugs (<ref-law>) und mehrfachen Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz. Ferner zog das Kantonsgericht mehrere sichergestellte Betäubungsmittel sowie Betäubungsmittelutensilien zur Vernichtung ein. Sodann verpflichtete es X._, eine Ersatzforderung von Fr. 4'740.-- an die Staatskasse zu bezahlen.
B. Gegen dieses Urteil erhob X._ Berufung ans Obergericht des Kantons Schaffhausen. Dieses bestätigte die Schuldsprüche, die Sanktion, die Einziehung der sichergestellten Betäubungsmittel und Betäubungsmittelutensilien; ferner bestätigte es die Ersatzforderung von Fr. 4'740.-- an die Staatskasse.
C. X._ führt Beschwerde beim Bundesgericht. Er beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und die Sache zwecks Freispruch oder Einstellung mit entsprechender Neubeurteilung der Kostenfolgen sowie der Entschädigungs- und Genugtuungsforderungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Zwischen Ende 2004 und März 2005 bestellte der Beschwerdeführer via Internet vier Dosen "Bodypower-Tabletten" à je 200 g. An seinem Wohnort in Schaffhausen stellte er unter Beigabe von Calcium und Wasser ca. 1 bis 1,5 kg angebliches Speed her. Aus dem Rest des gleichen Produkts produzierte er 200-300 angebliche Ecstasy-Pillen. Er schliff dabei die einzelnen Tabletten ab, färbte sie teilweise mit Lebensmittelfarbe ein und brachte darauf ein Mitsubishi-Zeichen an. Er wusste dabei, dass seine Käufer die Produkte nicht selber konsumierten, sondern diese ohne Prüfung weiterverkauften.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht zunächst eine Verletzung des Anklageprinzips geltend (Beschwerdeschrift, S. 4 ff.). Die Vorinstanz habe das ihm vorgeworfene irreführende Verhalten im Sinne des Betrugstatbestandes (<ref-law>) zu Unrecht als in der Anklageschrift rechtsgenügend umschrieben betrachtet. Der Beschwerdeführer begründet dies damit, dass sich aus der Anklageschrift nicht ergebe, wie er seine Abnehmer irregeführt bzw. in einem allfälligen Irrtum bestärkt haben soll. Es werde ihm lediglich vorgeworfen, er habe den Abnehmern verschwiegen, dass die von ihm verkauften Produkte die üblicherweise in Speed und Ecstasy enthaltenen Substanzen nicht aufgewiesen haben. Wie die Abnehmer erwarten konnten, in den fraglichen Produkten seien die gewünschten Substanzen enthalten, darüber schweige sich die Anklageschrift aus. Es müsse verlangt werden, dass die Anklageschrift dem Beschwerdeführer vorhalte, was dieser seinen Abnehmern ausdrücklich oder konkludent zu verstehen gegeben haben soll. Mangels Irreführung fehle es mit Blick auf die Umgrenzungsfunktion der Anklageschrift an einem zentralen Element des Betrugstatbestandes.
2.2 Die Vorinstanz erachtete die Anklageschrift als ausreichend. Wer Speed bzw. Ecstasy-Pillen verkaufe, erkläre durch sein Verhalten, dass die verkaufte Ware Amphetamin bzw. Ecstasy enthalte. Der Beschwerdeführer habe somit nicht bloss geschwiegen, sondern den Abnehmern durch sein Verhalten erklärt, dass sie die Betäubungsmittel Amphetamin und Ecstasy erwarben. Der Vorwurf des irreführenden Verhaltens gehe aus der Anklageschrift unmissverständlich und klar hervor, weshalb eine Verletzung des Anklageprinzips zu verneinen sei.
2.3 Gemäss <ref-law> macht sich des Betrugs u.a. schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt. Als Täuschung gilt jedes Verhalten, das darauf gerichtet ist, bei einem andern eine von der Wirklichkeit abweichende Vorstellung hervorzurufen. Sie ist eine unrichtige Aussage oder Erklärung über Tatsachen, d.h. über objektiv feststehende Geschehnisse oder Zustände (<ref-ruling> E. 5.1).
2.4 Eine Täuschungshandlung kann durch explizite oder implizite Erklärung erfolgen, wobei konkludente Täuschungen zum Kernbereich falscher Tatsachenbehauptungen - im Sinne des "Vorspiegelns" gehören (vgl. GUNTHER ARZT, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, <ref-law> N 37). Das Verschweigen einer für das betreffende Produkt relevanten Tatsache - vorliegend die fehlenden Inhaltsstoffe Amphetamin bzw. Ecstasy - stellt ebenfalls eine Vorspiegelung, d.h. Täuschung durch ein Tun dar: Wer etwa mit Falschgeld bezahlt, unterdrückt nicht die Fälschung, sondern täuscht Echtheit vor (vgl. die Beispiele bei ARZT, a.a.O, <ref-law> N 43).
Der Beschwerdeführer gab im Laufe der Ermittlungen (vgl. z.B. act. 308, 316 f. und 600 der Akten) wiederholt zu, dass er seinen Kunden Speed und Ecstasy verkaufte. Die Feststellung der Vorinstanz, dass der Beschwerdeführer durch das (unbestrittene) Verkaufen von Speed bzw. Ecstasy-Pillen seinen Abnehmern erklärt habe, dadurch die Betäubungsmittel Amphetamin und Ecstasy zu erwerben (angefochtenes Urteil, S. 9), ist vor diesem Hintergrund nicht zu beanstanden. Dieses dem Beschwerdeführer vorgeworfene irreführende Verhalten ist in der Anklageschrift genügend umschrieben, womit die Vorinstanz daraus schliessen durfte, dass keine Verletzung des Anklageprinzips vorliegt.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, dass die Vorinstanz Art. 172ter Abs. 1 i.V.m. <ref-law> verletzt habe, indem sie die Möglichkeit der objektiven Bestimmbarkeit des Wertes des hergestellten Speeds bejaht und zudem die Begriffe Vermögenswert bzw. Schaden in <ref-law> sowie der Bereicherung in <ref-law> falsch ausgelegt habe. Die Vorinstanz habe die Rechtsfrage falsch beantwortet, wann eine Sache einen objektiv bestimmbaren Wert aufweise bzw. woraus sich ein solcher objektiv bestimmbarer Wert ergebe. Richtigerweise lasse sich der Wert nur danach bestimmen, welchen Preis die Abnehmer im konkreten Fall bei Kenntnis der wahren Beschaffenheit der Sache zu zahlen bereit gewesen wären (Beschwerdeschrift, S. 7 f.).
3.2 Die Argumentation des Beschwerdeführers sticht nicht: Ein Vermögensschaden liegt bei wirtschaftlicher Betrachtungsweise vor, wenn das Vermögen des Täuschungsopfers nach Vornahme der irrtumsbedingten Vermögensverfügung in seinem Gesamtwert tatsächlich vermindert ist (Verminderung der Aktiven, Vermehrung der Passiven). Das ist auch der Fall, wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert vermindert ist, d.h. wenn der Gefährdung im Rahmen einer sorgfältigen Bilanzierung durch Wertberichtigung oder Rückstellung Rechnung getragen werden muss. Bei gegenseitigem Leistungsaustausch ist dies der Fall, wenn die eigene Leistung des Betroffenen durch die erworbene Gegenleistung nicht ausgeglichen wird. Bei objektiver Gleichwertigkeit von Leistung und Gegenleistung liegt ein Schaden vor, wenn die Gegenleistung den individuellen Bedürfnissen des Getäuschten nicht entspricht und für seine Zwecke unbrauchbar ist (Urteil des Bundesgerichts vom 7. Juni 2006 6P.133/2005 E. 15.3.3 mit Hinweisen).
Selbst wenn man den Wert des vom Beschwerdeführer hergestellten Speed und der Ecstasy-Pillen danach bestimmen würde, welchen Preis die Abnehmer im konkreten Fall bei Kenntnis der wahren Beschaffenheit dieser Sachen zu zahlen bereit gewesen wären, ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer hieraus etwas zu seinen Gunsten ableiten könnte. Er legt nicht dar, ob seine Kunden tatsächlich einen über den Materialkosten liegenden Preis zu zahlen bereit gewesen wären, hätten sie um die wahre Beschaffenheit des von ihm hergestellten Speed und der Ecstasy-Pillen gewusst. Realistischerweise ist davon nicht auszugehen. Die Vorinstanz hat somit zu Recht die Materialkosten als objektiven Warenwert bezeichnet.
3.3 Der Beschwerdeführer verkennt ferner die Anwendungsvoraussetzungen von <ref-law>. Gemäss dieser Bestimmung wird der Täter, auf Antrag, lediglich mit Busse bestraft, wenn sich die Tat nur auf einen geringen Vermögenswert oder auf einen geringen Schaden richtet. Die Grenze für den geringen Vermögenswert im Sinne von <ref-law> beträgt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Fr. 300.--. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers richtet sich die Anwendung von <ref-law> nach den Vorstellungen des Täters, nicht nach dem eingetretenen Erfolg. <ref-law> ist nur anwendbar, wenn der Täter von bloss einen geringen Vermögenswert oder einen geringen Schaden im Auge hatte. Liegt die Deliktssumme unter dem Grenzwert von Fr. 300.--, scheidet <ref-law> aus, wenn der Vorsatz des Täters auf eine den Grenzwert übersteigende Summe gerichtet war (<ref-ruling> E. 1. a mit Hinweisen). Da der eingetretene Erfolg nach den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz die Grenze von Fr. 300.-- überschritten hat, ist <ref-law> somit von vornherein - wie die Vorinstanz zu Recht festhält - auf den vorliegenden Sachverhalt nicht anwendbar.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer führt schliesslich eine Verletzung verschiedener Verfahrensrechte, so des rechtlichen Gehörs, des Willkürverbots sowie des Grundsatzes "in dubio pro reo", ins Feld. Er sei von der Vorinstanz zum ersten Mal mit dem Vorwurf konfrontiert worden, dass die verkauften Waren für die Abnehmer wertlos gewesen seien. Es sei zudem willkürlich anzunehmen, dass die Waren für die Abnehmer nahezu wertlos seien, ohne dass die Vorinstanz je einen von diesen hierzu befragt hätte. Der Anspruch auf rechtliches Gehör gebiete zudem, dass der Beschwerdeführer an die angeblichen Betrugsopfer hätte Fragen stellen können.
4.2 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers liegt die von der Vorinstanz erwähnte Wertlosigkeit der Waren für die Abnehmer auf der Hand. Die Anklageschrift, die erste Instanz und die Vorinstanz erwähnen den Herstellungspreis von Fr. 1.-- bis Fr. 2.--, den tatsächlichen Verkaufspreis von Fr. 2.50 bis Fr. 15.-- sowie den Umstand, dass das angebliche Speed und die angeblichen Ecstasy-Pillen kein Amphetamin und Ecstasy enthielten. Es ist nicht einzusehen, weshalb diese Waren für die Abnehmer ein über den Herstellungskosten liegenden Wert haben sollten. Fraglich ist sogar, ob der subjektive Wert für die Abnehmer überhaupt die Herstellungskosten erreicht hat. Die Vorinstanz verfiel deshalb nicht in Willkür, wenn sie über diesen offensichtlichen und für jedermann ersichtlichen Umstand der Wertlosigkeit des amphetaminfreien Speed und der ecstasyfreien Ecstasy-Pillen keinen Beweis führte.
5. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen und das Urteil der Vorinstanz zu bestätigen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller