Sachverhalt:
A. Am 11. April 2008 reichten W._ und N._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gemeinsam Klage ein gegen die Beamtenversicherungskasse des Kantons Zürich (BVK) betreffend Freizügigkeits- und Austrittsleistung. Mit Verfügungen vom 26. Mai 2008 trennte das Gericht die beiden Klagen voneinander ab, lehnte einen Antrag auf Streitverkündung an den bzw. Beiladung des Beklagten ab und setzte den Klägern unter Androhung des Nichteintretens eine einmalige, nicht erstreckbare Frist von 10 Tagen zur Umarbeitung und Vervollständigung der Klageschriften. Mit Verfügungen vom 9. Juni 2008 lehnte das Gericht die wiedererwägungsweise erneuerten sowie weitere Prozessanträge ab, soweit es darauf eintrat.
Die Kläger reichten innert angesetzter Frist keine Klageverbesserungen ein, weshalb das Sozialversicherungsgericht mit Beschlüssen vom 23. Juni 2008 auf die Klagen von W._ und N._ nicht eintrat.
B. W._ und N._ beantragen beschwerdeweise nebst Gutheissung ihrer Klage und weiteren Begehren die Aufhebung der beiden Beschlüsse vom 23. Juni 2008; eventualiter seien die Verfügungen vom 26. Mai 2008 und 9. Juni 2008 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann nach <ref-law> die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
2. Sreitgegenstand bildet allein die prozessrechtliche Frage, ob die vorinstanzlichen Nichteintretensbeschlüsse vor Bundesrecht standhalten. Von vornherein nicht einzutreten ist daher auf die Beschwerde insoweit, als mit ihr die materielle Beurteilung der Klage und weiterer materiellen Begehren beantragt wird. Die vorinstanzlichen prozessleitenden Verfügungen sind mitanfechtbar, soweit sie sich auf den Inhalt des Endentscheides (hier: Nichteintreten) auswirken (<ref-law>). Dies ist allein in Bezug auf die ausdrücklich als nicht erstreckbar bezeichnete Fristansetzung zur Klageverbesserung der Fall, nicht aber hinsichtlich der abgelehnten Verfahrensvereinigung, mussten doch die Klagen nicht nur deswegen verbessert werden (siehe E. 3.3), der Streitverkündung und Beiladung sowie der mit Verfügung vom 9. Juni 2008 abgelehnten weiteren Prozessanträge.
3. Näher zu prüfen ist jedoch zunächst von Amtes wegen, ob die Beschwerde hinsichtlich des nach E. 2 eingegrenzten Streitgegenstandes den Begründungsanforderungen entspricht.
3.1 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten, bei offensichtlichen Begründungsmängeln im vereinfachten Verfahren gemäss <ref-law>. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
3.2 Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
3.3 Die Vorinstanz hat in den Verfügungen vom 26. Mai 2008 festgehalten, dass die Klageschrift vom 11. April 2008 den formellen Anforderungen von § 18 Abs. 2 des zürcherischen Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht vom 7. März 1993 (GSVGer/ZH; LS 212.81) und § 12 lit. c GSVGer/ZH i.V.m. § 131 Abs. 1 des Gerichtsverfassungsgesetzes des Kantons Zürich vom 13. Juni 1976 (GVG/ZH; LS 211.1) nicht genügt. Inwiefern dies bundesrechtswidrig sein soll, bringen die Beschwerdeführer nicht vor, bemängeln sie doch einzig die angeordnete Auftrennung der Klageschrift in zwei Klagen. Die Vorinstanz hat die Rechtsschrift indessen auch aus anderen Gründen (Weitschweifigkeit, fehlende Nachvollziehbarkeit, Vermischung der Vorbringen) zur Verbesserung zurückgewiesen. Damit setzen sich die Beschwerdeführer jedoch nicht in der gesetzlich geforderten Weise auseinander.
3.4 Steht somit fest, dass die Klageschrift vom 11. April 2008 den formellen Anforderungen nicht genügt, hat das kantonale Gericht gestützt auf § 18 Abs. 3 GSVGer/ZH zu Recht mit Verfügungen vom 26. Mai 2008 eine als nicht erstreckbar bezeichnete Frist zur Verbesserung angesetzt und dies mit der Androhung verbunden, dass sonst auf die Klage nicht eingetreten werde. Da die Beschwerdeführer dieser Aufforderung unbestrittenermassen nicht nachgekommen sind, ist das kantonale Gericht mit den angefochtenen Beschlüssen androhungsgemäss auf die beiden Klagen nicht eingetreten.
3.5 Die Beschwerdeschrift umfasst zwar insgesamt 34 Seiten. Nebst der Prozessgeschichte geht sie indessen fast ausschliesslich nur auf die - hier nicht im Recht stehende (E. 2) - materielle Seite des Streites ein. Mit den (im Rahmen von E. 2) mitangefochtenen prozessleitenden Verfügungen und den darauf fussenden Nichteintretensentscheiden des kantonalen Gerichts setzen sich die Beschwerdeführer hingegen nicht in rechtsgenüglicher Weise auseinander. Sie legen insbesondere nicht - auch nicht in gedrängter Form - dar, inwiefern diese Bundesrecht verletzen. Insofern genügt die Beschwerdeschrift schon den Mindestanforderungen gemäss <ref-law> nicht. Erst recht nicht erfüllt sind die strengeren Begründungsanforderungen von <ref-law>, führen doch die Beschwerdeführer mit keinem Wort aus, inwiefern die prozessleitenden Verfügungen kantonales (Verfassungs-)Recht verletzen sollten. Ihre Beanstandungen, das Nichteintreten und die Verfügungen, auf denen es beruhe, seien nicht nachvollziehbar, unangemessen und unverständlich, sind keine im Rahmen der Art. 95 f. BGG zulässigen rechtlichen Rügen.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. November 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Maillard