Ausschaffungshaft gemäss Art. 13b ANAG, hat sich ergeben:
A.-Die iranische Staatsangehörige A._ reiste am 26. September 2001 zusammen mit zwei Töchtern, B._ (geb. 1986) und C._ (geb. 1988), mit dem Flugzeug von Teheran her kommend in die Schweiz ein. In der Folge ersuchte sie im Transitbereich des Flughafens Zürich für sich und ihre Töchter um Asyl (Flughafenverfahren). Mit Verfügung vom 8. Oktober 2001 stellte das Bundesamt für Flüchtlinge fest, dass die Gesuchstellerinnen die Flüchtlingseigenschaft nicht erfüllten; es lehnte deren Asylgesuche ab und wies sie aus der Schweiz weg, wobei es die Wegweisung für sofort vollstreckbar erklärte und die Flughafenpolizei des Flughafens Zürich mit dem Vollzug der Wegweisung beauftragte. Einer allfälligen Beschwerde gegen die Verfügung entzog es die aufschiebende Wirkung. Die Schweizerische Asylrekurskommission lehnte es am 11. Oktober 2001 ab, die aufschiebende Wirkung der Beschwerde gegen die Verfügung des Bundesamtes für Flüchtlinge wieder herzustellen.
Am 12. Oktober 2001, um 12.30 Uhr, ordnete die Fremdenpolizei des Kantons Zürich gegen A._ zur Sicherstellung der asylrechtlichen Wegweisung Ausschaffungshaft an; die mit schriftlicher Begründung versehene Haftverfügung des Migrationsamtes des Kantons Zürich datiert vom 15. Oktober 2001. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich bestätigte noch am Vormittag des 16. Oktober 2001 nach durchgeführter mündlicher Verhandlung, an welcher der Vertreter von A._ nicht teilnahm, die Anordnung der Ausschaffungshaft und bewilligte die Haft bis 11. Januar 2002.
Die beiden Töchter von A._ wurden in einem Heim untergebracht.
B.-Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 17. Oktober 2001 beantragt A._, der Entscheid des Haftrichters vom 16. Oktober 2001 sei aufzuheben und sie sei aus der Haft zu entlassen. Zudem ersucht sie darum, sie sei von der Bezahlung von Verfahrenskosten zu befreien und der die Rechtsschrift unterzeichnende Vertreter der von ihr mandatierten Zürcher Freiplatzaktion für Asylsuchende (nachfolgend:
Freiplatzaktion) sei als ihr unentgeltlicher Rechtsbeistand zu bestellen.
Das Migrationsamt des Kantons Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Der Haftrichter und das Bundesamt für Ausländerfragen haben auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat sich am 24. Oktober 2001 ergänzend geäussert.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Die zuständige Behörde kann einen Ausländer in Ausschaffungshaft nehmen, sofern die Voraussetzungen von Art. 13b des Bundesgesetzes über Aufenthalt und Niederlassung (ANAG, SR 142. 20; in der Fassung des Bundesgesetzes vom 18. März 1994 über Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht [Zwangsmassnahmengesetz; AS 1995 146 ff.]) erfüllt sind. Danach ist erforderlich, dass ein erstinstanzlicher, nicht notwendigerweise auch rechtskräftiger Weg- oder Ausweisungsentscheid vorliegt (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 61; <ref-ruling> E. 3a S. 374; <ref-ruling> E. 1 S. 150), dessen Vollzug (z.B. wegen fehlender Reisepapiere) noch nicht möglich, jedoch absehbar ist (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 374, 377 E. 2a S. 379). Sodann muss einer der in Art. 13b Abs. 1 ANAG genannten Haftgründe bestehen (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 374, 377 E. 3a S. 381; <ref-ruling> E. 1 S. 3) und die Ausschaffung rechtlich und tatsächlich möglich sein (vgl. Art. 13c Abs. 5 lit. a ANAG; dazu <ref-ruling> E. 2 S. 220, 377 E. 5 S. 384). Auf Seiten der Behörden sind die für den Vollzug der Wegweisung notwendigen Vorkehrungen (wie Papierbeschaffung) umgehend zu treffen (Art. 13b Abs. 3 ANAG, Beschleunigungsgebot; vgl. <ref-ruling> ff.). Die Haft (bzw. deren Dauer) muss verhältnismässig sein (<ref-ruling> E. 4 S. 383; <ref-ruling> E. 2c S. 198; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 3 S. 152 ff.). Zu beachten sind dabei die gesetzlichen Anforderungen an die Haftbedingungen (vgl. Art. 13c Abs. 3 sowie Art. 13d ANAG; dazu <ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>). Die Rechtmässigkeit und die Angemessenheit der von der für den Vollzug der Weg- oder Ausweisung zuständigen kantonalen Behörde (vgl. Art. 13c Abs. 1 ANAG) angeordneten Haft sind spätestens nach 96 Stunden durch eine richterliche Behörde aufgrund einer mündlichen Verhandlung zu überprüfen (Art. 13c Abs. 2 ANAG).
2.-a) Die Beschwerdeführerin bemängelt in verfahrensrechtlicher Hinsicht, dass ihr Rechtsvertreter an der mündlichen Verhandlung vor dem Haftrichter nicht teilnehmen konnte.
Gemäss Art. 13d Abs. 1 ANAG sorgen die Kantone dafür, dass eine vom Verhafteten bezeichnete Person in der Schweiz benachrichtigt wird, und der Verhaftete muss mit seinem Rechtsvertreter mündlich und schriftlich verkehren können. Daraus ergibt sich das Recht des in Ausschaffungshaft versetzten Ausländers, im Haftanordnungs- und Haftprüfungsverfahren einen rechtskundigen Vertreter beizuziehen (<ref-ruling> E. 2c S. 157).
Den Behörden war bekannt, dass die Beschwerdeführerin von einer Hilfsorganisation beraten wurde und deren Vertreter die Absicht bekundet hatte, an der Haftprüfungsverhandlung vor dem Haftrichter teilzunehmen. Nun sprechen alle Anzeichen dafür, dass diese Teilnahme allein darum scheiterte, weil angesichts der zeitlichen Limite von 96 Stunden gemäss Art. 13c Abs. 2 ANAG die Verhandlung noch am Vormittag des 16. Oktober 2001 stattfinden musste. In der Beschwerdeschrift wird eingeräumt, dass die Haftrichterkanzlei am frühen Morgen des 16. Oktober 2001 eine entsprechende Meldung auf dem Telefonbeantworter der Freiplatzaktion hinterliess, welche dort nicht mehr rechtzeitig abgehört wurde. Unter diesen Umständen lässt sich den Behörden nicht vorwerfen, sie hätten das Beisein des Vertreters an der Verhandlung vereitelt. Eine Verschiebung der Gerichtsverhandlung, zum Beispiel auf den Nachmittag des 16. Oktober 2001, und damit eine Überschreitung der Grenze von 96 Stunden fiel zumindest ohne ausdrückliche vorgängige Zustimmung des Vertreters ausser Betracht.
b) Die Ausschaffungshaft dient vorliegend der Sicherstellung des Vollzugs einer Wegweisung. Es bestehen keine Anzeichen dafür, dass der Vollzug nicht in absehbarer Zeit bewerkstelligt werden könnte. Den Behörden lässt sich sodann nicht vorwerfen, dass sie es unterlassen hätten, die zur Zeit möglichen, für den Vollzug notwendigen Massnahmen zu ergreifen. Insofern sind die Voraussetzungen zur Anordnung von Ausschaffungshaft erfüllt. Es ist im Folgenden zu prüfen, ob der von den Behörden geltend gemachte Haftgrund gegeben ist.
c) Nach Art. 13b Abs. 1 lit. c ANAG kann ein weggewiesener Ausländer in Ausschaffungshaft genommen werden, wenn konkrete Anzeichen befürchten lassen, dass er sich der Ausschaffung entziehen will, insbesondere weil sein bisheriges Verhalten darauf schliessen lässt, dass er sich behördlichen Anordnungen widersetzt. Erforderlich sind konkrete Anhaltspunkte, dass der Ausländer sich der Ausschaffung entziehen und untertauchen will. Der Vollzug der Wegweisung muss erheblich gefährdet erscheinen. Dies trifft namentlich zu, wenn der Ausländer bereits einmal untergetaucht ist, behördlichen Anordnungen keine Folge leistet oder durch erkennbar unglaubwürdige und widersprüchliche Angaben die Vollzugsbemühungen der Behörden erschwert. Auch ein Strafurteil kann ein Indiz für die Untertauchensgefahr sein, ist doch bei einem straffällig gewordenen Ausländer eher als bei einem unbescholtenen davon auszugehen, er werde auch in Zukunft behördliche Anordnungen missachten. Der illegale Aufenthalt in der Schweiz, die Tatsache, dass der Betroffene keine Papiere besitzt und nur mangelhaft an deren Beschaffung mitwirkt, sowie das Fehlen eines festen Aufenthalts-orts oder Mittellosigkeit genügen für die Annahme einer Untertauchensgefahr für sich allein nicht, können diese jedoch gegebenenfalls zusammen mit weiteren Umständen indizieren (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3b/aa S. 375; <ref-ruling> E. 2a S. 50 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 198). Insbesondere darf die Ausschaffungshaft nicht einfach vorsorglich angeordnet werden, nur weil erfahrungsgemäss eine bestimmte Anzahl der zur Ausreise verpflichteten Ausländer untertaucht. Vielmehr muss die zuständige Behörde in jedem konkreten Fall eine Prognose stellen (Alain Wurzburger, La jurisprudence récente du Tribunal fédéral en matière de police des étrangers, in: RDAF I 53/1997, S. 267, S. 332 f.). Dabei muss sie das Verhalten des Ausländers in seiner Gesamtheit, unter Berücksichtigung seiner persönlichen Verhältnisse insgesamt, würdigen (nicht veröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts i.S. Djordjevic vom 26. Juli 2000, E. 2b, mit Hinweisen).
Zur Begründung der Untertauchensgefahr führt der Haftrichter Folgendes aus: Die Beschwerdeführerin sei in der Schweiz weder aufenthaltsberechtigt noch unterhalte sie nähere Beziehungen zur Schweiz; sie sei mittellos und die Aufnahme einer Erwerbstätigkeit bleibe ihr aufgrund der gesetzlichen Bestimmungen untersagt; somit bestehe für sie keine Möglichkeit, einen allfälligen weiteren Aufenthalt im Land mit legal erworbenen Mitteln zu bestreiten; die Identität der Beschwerdeführerin und ihrer zwei Töchter stehe nicht fest, auch verfügten sie über keine gültigen heimatlichen Ausweispapiere; zudem habe die Beschwerdeführerin angegeben, auf keinen Fall in die Heimat zurückkehren zu wollen.
Was die nicht bestehende Aufenthaltsberechtigung und das Fehlen näherer Beziehungen zur Schweiz betrifft, so handelt es sich dabei um Tatsachen, die für die grosse Mehrzahl von auszuschaffenden Personen zutreffen; im Hinblick auf den Haftgrund von Art. 13b Abs. 1 lit. c ANAG kommt ihnen keine massgebliche Bedeutung zu. Dass die Beschwerdeführerin mittellos sei, trifft so nicht zu; sie macht zu Recht geltend, dass für ihren Unterhalt im Rahmen der asylrechtlichen Bestimmungen Gewähr besteht. Woraus der Haftrichter sodann ableitet, dass die Identität der Beschwerdeführerin und ihrer Töchter nicht feststehe, ist nicht ersichtlich; bloss darum, weil keine Identitätspapiere vorliegen, lässt sich jedenfalls nicht sagen, dass unglaubwürdige Angaben über die Personalien oder die Herkunft gemacht worden seien. Als im Sinne von Art. 13b Abs. 1 lit. c ANAG massgebliches Indiz könnte einzig die Äusserung der Beschwerdeführerin betrachtet werden, sie wolle keinesfalls in die Heimat zurückkehren. Diesbezüglich ist aber festzuhalten, dass bei Ausländern mit nicht rechtskräftig abgeschlossenem Asylverfahren Aussagen, wonach sie die Schweiz nicht verlassen wollen, bei der Beurteilung der Untertauchensgefahr in der Regel nicht berücksichtigt werden dürfen, da es ihnen nicht zum Nachteil gereichen darf, wenn sie ihre Furcht vor einer Rückkehr in den Heimatstaat, dem sie entflohen sind, zum Ausdruck bringen (nicht veröffentlichte Urteile des Bundesgerichts i.S. Jobouri vom 4. Oktober 1999, E. 3b/bb, und i.S. Pajaziti vom 6. Februar 1998, E. 3b/dd).
Die Behörden können somit keine ins Gewicht fallenden Anhaltspunkte dafür nennen, die dafür sprechen würden, dass die Beschwerdeführerin sich der Ausschaffung durch Untertauchen entziehen könnte. Dazu kommt, dass die konkreten persönlichen Verhältnisse der Beschwerdeführerin ihr ein längeres und wirksames Untertauchen erschweren, ist sie doch mit zwei minderjährigen Töchtern eingereist. Jeden-falls lässt sich ihre Situation nicht mit derjenigen einer erwachsenen Einzelperson vergleichen, die sich viel leichter in der Illegalität durchschlagen kann. Im Übrigen hat die Beschwerdeführerin alles Interesse daran, sich während der Hängigkeit des Asyl(beschwerde)verfahrens, in welchem sie ergänzende Ausführungen zu machen gedenkt, den Behörden zur Verfügung zu halten.
Angesichts der familiären Situation der Beschwerdeführerin (Frage der Unterbringung und Betreuung der minderjährigen Töchter der Beschwerdeführerin, Kontakt zwischen Mutter und Kindern) muss insbesondere unter dem Gesichtspunkt des Verhältnismässigkeitsgebots verlangt werden, dass ein Haftgrund klarerweise vorliegt. Dies ist für den von den kantonalen Behörden geltend gemachten Haftgrund von Art. 13b Abs. 1 lit. c ANAG nach dem Gesagten offenkundig nicht der Fall.
3.-Da ein Haftgrund und damit eine der gesetzlichen Voraussetzungen für die Ausschaffungshaft fehlt, erweist sich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde als begründet. Der Haftgenehmigungsentscheid ist aufzuheben, ohne dass geprüft werden muss, welche Auswirkungen die familiären Verhält-nisse auf die Umstände des Haftvollzugs haben können. Die Beschwerdeführerin ist unverzüglich aus der Ausschaffungshaft zu entlassen.
4.-Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin, welche im bundesgerichtlichen Verfahren rechtskundig vertreten ist, eine angemessene Entschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 OG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung (letzterem wäre, da die die Rechtsschrift unterzeichnende Person offenbar nicht Rechtsanwalt ist, nicht zu entsprechen gewesen, vgl. Art. 152 Abs. 2 OG) gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Bezirksgerichts Zürich, Haftrichter, vom 16. Oktober 2001 aufgehoben.
2.-Die Beschwerdeführerin ist unverzüglich aus der Haft zu entlassen.
3.-Es werden keine Kosten erhoben.
4.-Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'200.-- zu entschädigen.
5.-Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird als gegenstandslos abgeschrieben.
6.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Migrationsamt des Kantons Zürich, dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, der Schweizerischen Asylrekurskommission sowie dem Bundesamt für Ausländerfragen schriftlich (der Beschwerdeführerin und dem Migrationsamt auch per Fax) mitgeteilt.
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Lausanne, 31. Oktober 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: