Sachverhalt:
A. Am 18. Januar 2011 erteilte der Gemeindevorstand von Flims X._ die Bewilligung zum Neubau eines Doppeleinfamilienhauses mit Unterniveaugarage auf der Parzelle Nr. 3598 (Wohnzone B) an der Via A._ 19b (EFH 1) und 19c (EFH 2), dies unter diversen Auflagen und Bedingungen. Gleichzeitig hiess er eine dagegen erhobene Einsprache von Y._, Eigentümerin der östlich an das Baugrundstück angrenzenden Parzelle Nr. 1743, im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Auf die Zusprechung einer ausseramtlichen Entschädigung an die Bauherrschaft wurde verzichtet.
B. In der Baubewilligung verfügte der Gemeindevorstand unter anderem, das Bauvorhaben sei mit der vorgesehenen Bruttogeschossfläche (BGF) von 260 m2 der Kontingentierungsregelung unterstellt (Auflage a1). Mit dem Neubau dürfe 2012 begonnen werden (Auflage a2). Die Einfahrt in die Tiefgarage weise einen Grenzabstand von 2.2 m statt 2.5 m auf. Es seien entsprechend abgeänderte Pläne einzureichen (Auflage b7). Weiter weise der Zugang zum Disporaum einen Grenzabstand von 0.8 m statt 2.5 m auf und müsse geschlossen werden (Auflage b8). Der Eingang in die Tiefgarage weise einen Grenzabstand von 0.8 m statt 2.5 m auf und müsse geschlossen werden. Es seien entsprechend abgeänderte Pläne einzureichen (Auflage b9). Weiter wurde bemängelt, die Balkone auf der Südfassade ragten auf einer Länge von 10 m in den Grenzabstand hinein statt maximal auf 4.6 m. Zudem ragten sie 2.5 m statt 1 m in den Grenzabstand hinein. Es seien entsprechend abgeänderte Pläne einzureichen (Auflage b10). Schliesslich stellte der Gemeindevorstand fest, die Treppe im EFH 1 vom gedeckten Ruheplatz im Untergeschoss auf die Terrasse im Erdgeschoss sei ein Gebäudebestandteil. Sie dürfe maximal 1 m in den Grenzabstand hineinragen, reiche jedoch 2.3 m hinein und müsse weggelassen werden. Es seien auch diesbezüglich abgeänderte Pläne einzureichen (Auflage b11, im Grundrissplan fälschlicherweise als b10 bezeichnet). Die anrechenbare BGF betrage 259.85 m2 (Auflage b12). Des Weitern seien vier Parkplätze zu erstellen (Auflage d2).
C. Dagegen gelangte X._ ans Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses hiess die Beschwerde am 15. November 2011 teilweise gut und hob die Auflagen a1, b12, b8 und b9 im Sinne der Erwägungen auf. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden war.
D. Mit ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. Februar 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts insofern aufzuheben, als den Anträgen der Beschwerde vom 28. Februar 2011 nicht stattgegeben worden war. So seien die Ziff. a1 und b12 der "speziellen Auflagen" und die Lenkungsabgabe Zweitwohnungsbau von Fr. 130'000.-- gemäss der Baubewilligung des Gemeindevorstands Flims vom 18. Januar 2011 vollumfänglich aufzuheben und es sei gerichtlich festzustellen, dass das bewilligte Wohnhaus mit Unterniveaugarage auf Grundstück Nr. 3598, Via A._ 19b und 19c, Gemeinde Flims, eine anrechenbare Geschossfläche von 200.89 m2 aufweise und entsprechend ein Zweitwohnungskontingent von 200.89 m2 beanspruche. Die Lenkungsabgabe Zweitwohnungsbau sei auf Fr. 100'445.-- festzusetzen (200.89 m2 x Fr. 500.--). Eventualiter sei die Angelegenheit an die Gemeinde Flims zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen. Weiter seien die "speziellen Auflagen" b7, b10 und b11 der Baubewilligung vom 18. Januar 2011 ersatzlos aufzuheben. Gleichzeitig ersucht die Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Y._ als private Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, ebenso die Gemeinde Flims. Letztere stellt den Eventualantrag, im Falle einer Gutheissung die Baubewilligung als Ganzes aufzuheben und die Angelegenheit an die Gemeinde zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden beantragt ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
In ihrer weiteren Stellungnahme vom 10. Mai 2012 hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest.
Mit Verfügung vom 23. März 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 82 lit. a i.V.m. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Baubegehren und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251, 400 E. 2.1 S. 404). Ausnahmegründe im Sinne von <ref-law> liegen nicht vor. Die Beschwerdeführerin hat am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen (<ref-law>). Sie ist als betroffene Bauherrin zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG; <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist unter Vorbehalt rechtsgenüglich begründeter Rügen (siehe E. 1.2 hiernach) einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der hier gerügten willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung; dazu <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführerin macht vorab eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend. Dazu verweist sie auf ihre Editionsbegehren im kantonalen Verfahren: Einerseits habe das Verwaltungsgericht die Urkundenedition zunächst in vollem Umfang angeordnet, andererseits diese im angefochtenen Sachurteil mit fadenscheinigen Gründen als unnötig bezeichnet. Zudem habe es die Beschwerdeführerin hinsichtlich der Stellungnahme zu den editierten Akten auf einen späteren Zeitpunkt nach Anordnung der vollständigen Edition vertröstet, obschon die Urteilsfällung in diesem Moment längstens angestanden sei.
2.1 <ref-law> gewährleistet den Anspruch auf rechtliches Gehör. Daraus ergibt sich der Anspruch der Parteien, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen und Vorbringen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind (<ref-ruling> E. 3b S. 383; <ref-ruling> E. 2b S. 162, je mit Hinweisen). Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es auf Grund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 4a S. 211; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 505 f.; <ref-ruling> E. 5b S. 101, je mit Hinweisen).
2.2 Vorliegend finden sich in den Akten sämtliche Unterlagen, deren Edition die Beschwerdeführerin in ihrer Replik vor dem Verwaltungsgericht am 3. Juni 2011 verlangt hatte (mit Ausnahme des Baugesuchs Schoop [Nr. 2009-062] - diese Akten waren dem Bundesgericht im Verfahren 1C_492/2010 eingereicht worden). Selbst wenn zum Urteilszeitpunkt nicht alle Baugesuche vorgelegen haben sollten, wie dies die Beschwerdeführerin behauptet, ändert dies nichts daran, dass sich das Verwaltungsgericht aufgrund des konkret zu beurteilenden Vorhabens ein hinreichendes Bild von der massgeblichen Ausgangslage machen konnte. Sollte die Gemeinde in einem anderen Fall dieselbe Rechtsfrage unterschiedlich beantwortet haben, wäre noch kein Anspruch der Beschwerdeführerin auf Gleichbehandlung im Unrecht gegeben; dafür wäre eine öfters wiederholte bzw. systematische anderslautende Beantwortung der Rechtsfrage erforderlich. Die Ausführungen der Vorinstanz in E. 2b und 2c S. 9 f. des angefochtenen Urteils sind insofern nicht zu beanstanden.
2.3 Zum Verfahrensablauf ist Folgendes festzustellen: Mit Schreiben vom 22. August 2011 hat das Verwaltungsgericht der Beschwerdeführerin die Akten 7 bis 13 (etliche Bewilligungsunterlagen) der Gemeinde Flims zur Einsichtnahme zugestellt. Nach einem entsprechenden Gesuch der Beschwerdeführerin erstreckte ihr die Vorinstanz die Frist zur Rückgabe der Akten bis 27. September 2011. Mit Eingabe vom 27. September 2011 bemängelte die Beschwerdeführerin, es seien noch nicht alle von ihr beantragten Unterlagen ediert worden. Daraufhin teilte das Verwaltungsgericht den Parteien am 29. September 2011 mit, was von der Gemeinde noch zu edieren sei, werde später entschieden. Auf nochmaliges Drängen der Beschwerdeführerin vom 14. November 2011 hin reagierte das Verwaltungsgericht nicht. Wie bereits in Erwägung 2.2 hievor ausgeführt, war das Verwaltungsgericht nicht gehalten, sämtliche Beweisbegehren der Beschwerdeführerin gutzuheissen. Es durfte in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung auf entbehrliche Editionen verzichten. Zudem hat sich die Beschwerdeführerin am 27. September 2011 nochmals zur Aktenedition geäussert. Selbst wenn von einer Verweigerung des rechtlichen Gehörs auszugehen wäre, gälte es schliesslich Folgendes zu beachten: Nach der Rechtsprechung kann eine - nicht besonders schwerwiegende - Verletzung des rechtlichen Gehörs ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die Betroffenen die Möglichkeit erhalten, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, welche die von der Gehörsverletzung betroffenen Aspekte mit derselben Kognition überprüfen kann wie die Vorinstanz, auch wenn dies zwangsläufig zum Verlust einer Instanz führt (Urteil 1C_478/2008 vom 28. August 2009 [publ. in: URP 2009 S. 910] E. 3.2 mit Hinweis auf <ref-ruling>). Ausnahmsweise kann sogar bei einer schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs von einer Rückweisung abgesehen werden, wenn dies zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem Interesse der betroffenen Parteien an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 197; <ref-ruling> E. 2.2 S. 204 f. mit Hinweis; Urteil 1C_13/2012 vom 24. Mai 2012 E. 2.1; 1C_58/2010 vom 22. Dezember 2010 E. 2.1.3 [nicht publ. Erwägung von <ref-ruling>]).
2.4 Wie gesehen, durfte das Verwaltungsgericht in antizipierter Beweiswürdigung von einer einlässlichen Untersuchung sämtlicher beantragter Bewilligungen absehen. Zudem hat sich die Beschwerdeführerin in ihren Eingaben zu den von ihr zur Edition verlangten Baubewilligungen geäussert. Aus den Erwägungen des angefochtenen Urteils lässt sich ableiten, dass eine Rückweisung zu einem prozessualen Leerlauf führen würde. Selbst eine Gehörsverletzung könnte daher als geheilt gelten.
3. Weiter rügt die Beschwerdeführerin Verstösse gegen das Willkürverbot und das Gleichheitsgebot. Sie wirft der Gemeinde insbesondere vor, Art. 37 des kommunalen Baugesetzes (BG) entgegen dessen klaren Wortlaut falsch angewandt zu haben. Das Verwaltungsgericht habe der Gemeinde dabei einen Ermessensspielraum zugebilligt, welcher ihr gar nicht zukomme. Indem die Baubehörde den vorgesehenen Fitnessraum zu Unrecht als anrechenbaren Wohnraum klassifiziert habe, habe sie zudem praxiswidrig entschieden.
3.1 Vorab ist festzuhalten, dass das Verwaltungsgericht der Gemeinde zu Recht einen Ermessensspielraum eingeräumt hat. Wie das Bundesgericht bereits in früheren Entscheiden festgestellt hat, sind die Bündner Gemeinden in weiten Bereichen der Raumplanung und des Bauwesens autonom (<ref-ruling> E. 2b S. 8; <ref-ruling> E. 3c S. 454 mit Hinweisen). Es ist darum nicht zu beanstanden, wenn das Verwaltungsgericht sich bei der Überprüfung des kommunalen Bauentscheids eine gewisse Zurückhaltung auferlegt hat.
3.2 Nicht strittig ist die Anwendung des am 18. Januar 2011 vom Regierungsrat genehmigten kommunalen BG. Dessen Art. 37 definiert die anrechenbare Geschossfläche (aGF). Als solche gilt gemäss Abs. 1 der genannten Norm die Summe aller oberirdischen und unterirdischen Geschossflächen, inklusive ihrer Erschliessungsflächen (Treppen, Korridor, etc.), in Haupt-, An- und Nebenbauten. Im Dachgeschoss werden Flächen, über denen die lichte Höhe weniger als 1.80 m beträgt, nicht gerechnet. Nicht berechnet werden zudem nach Art. 37 Abs. 2 lit. g BG insbesondere Hallenbäder, Sport- und Sauna-Anlagen. Auf kantonaler Ebene definiert die Raumplanungsverordnung vom 24. Mai 2005 (KRV/GR; BR 801.10) die anrechenbare Geschossfläche in Art. 37a. Demnach gelten als aGF die Hauptnutzflächen (HNF), die Nebennutzflächen (NNF), Verkehrsflächen (VF) und Konstruktionsflächen (KF), soweit sie Räume oder Raumteile betreffen, die mehr als 1.60 m über das massgebende oder tiefer gelegte Terrain hinausragen (Art. 37a Abs. 1 KRVO/GR). Nicht angerechnet werden gemäss Abs. 2 der zitierten Bestimmung alle Flächen unter 1.60 m lichter Höhe, Funktionsflächen und Nebennutzflächen wie Fahrzeugeinstellräume, Schutzräume, Kehrichträume, Gartenhäuschen für Gartengeräte und dergleichen, Holzschöpfe sowie Kleintierställe. Die Definition der Flächen richtet sich nach der Norm SIA 416 (Art. 37a Abs. 3 KRVO/GR).
3.3 Das Verwaltungsgericht zieht dazu in Erwägung, bei den Ausnahmen von der Anrechenbarkeit sei das Kriterium der Ausbaubarkeit eine Selbstverständlichkeit, welche sich schon aus dem Grundsatz der Anrechenbarkeit aller Geschossflächen ergebe. Neben das Kriterium des Dienens trete somit alternativ jenes der Eignung. Folglich gehöre auch ein Raum, der gemäss den Angaben der Bauherrschaft zwar keinem Wohn- oder Arbeitszweck diene, aber als solcher ausbaubar sei, zur Ausnützung. Ausser Betracht würden subjektive Gesichtspunkte fallen. Auf die Bezeichnung des Raums in den Plänen, also auf den blossen Parteiwillen, könne es nicht ankommen. Ob ein Raum dem dauernden Aufenthalt diene, beziehungsweise hierfür ausbaubar sei, müsse aufgrund dessen objektiver Eignung und nicht der vom Bauherrn beabsichtigten Nutzung entschieden werden. Ohne Belang sei auch der Ausbaustandard. So habe das Verwaltungsgericht u.a. bereits im Entscheid VGU R 10 41 vom 7. Dezember 2010 entschieden (E. 3 mit Hinweis auf VGU R 05 96).
3.4 Zum Gleichheitsgebot hält das Verwaltungsgericht fest, selbst wenn die Gemeinde einzelne, von der Beschwerdeführerin genannte Fälle falsch entschieden haben sollte, bestehe kein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht, sofern die Gemeinde an einer entsprechenden gesetzeswidrigen Praxis nicht festhalte, wie es hier der Fall sei. Die Gemeinde habe im Rahmen des ihr zustehenden Ermessens die Skiräume und den Fitnessraum im Erdgeschoss des Einfamilienhauses (EFH) 1 als anrechenbar betrachtet. Sowohl die Skiräume wie auch der Fitnessraum würden grosse Fenster oder gar Türen aufweisen. Die Skiräume seien ca. 15 m2 gross, der Fitnessraum ca. 25 m2. Zudem lägen sie im Erdgeschoss, wo sich auch der Wohnbereich mit der Küche befinde. Diese Räume seien leicht zu Wohn- und Arbeitszwecken ausbaubar. Weitere Einstellräume seien zudem im Unter- und im Kellergeschoss geplant. Dagegen wiesen die Putzräume sowie der Abstellraum bzw. die Sauna im Dachgeschoss nur kleine Fenster auf und seien von der Grundfläche her bescheiden (Abstellraum/Sauna ca. 5 m2, Putzräume weniger als 4 m2). Die Räume seien wegen ihrer Grösse und der kleinen Fenster nicht zu Wohnzwecken nutzbar und damit nicht anrechenbar. Der Gemeinde hält das Verwaltungsgericht entgegen, die Putzräume seien bis zu einer Raumhöhe von 1.8 m angerechnet worden, was das Verwaltungsgericht als falsch erachtet. Es hat die Beschwerde diesbezüglich auch gutgeheissen.
3.5 Die geschilderte Argumentation ist schlüssig, wird durch die Akten gestützt und überzeugt. Es kann nicht von der blossen Bezeichnung in einem Plan abhängen, ob ein Raum zur Geschossfläche angerechnet wird oder nicht. Entscheidend ist dessen objektive Eignung zu Wohnzwecken. Dem Verwaltungsgericht ist nicht vorzuwerfen, dass es bei der Beurteilung der Anrechenbarkeit darauf abgestellt hat, wozu ein Raum dient bzw. wozu er sich eignet. Vorliegend fällt schon die Lage des Fitnessraums im Erdgeschoss des EFH 1, direkt angrenzend zum Wohnbereich, auf (Plan - Nr. 02 vom 10. Juni 2010, Erdgeschoss/Umgebung/Dachgeschoss 1:100). Die Grösse entspricht mit rund 22 m2 durchaus einem normalen Zimmer zur Wohnnutzung, was noch nicht als ungewöhnlich erscheinen muss. Auffallend ist hingegen die Besonnung, zumal neben der Tür vom Eingangsbereich her auch ein direkter Zugang zum Aussen-Sitzplatz besteht. Die Lage und die Helligkeit des "Fitnessraums" lassen eine spätere Umnutzung zu einem eigentlichen Wohnraum als naheliegend erscheinen. Daran ändern die beiden eingezeichneten Sportgeräte nichts. Die Überlegungen der Baubehörde stehen dagegen in Übereinstimmung mit dem Willen des Gesetzgebers: Eine Privilegierung von Hallenbädern, Sport- und Sauna-Anlagen ist nur gerechtfertigt, weil diese Räume von ihrer Funktion her bloss eingeschränkt nutzbar sind. Im vorliegenden Fall hängt es gänzlich vom jeweiligen Willen der Bewohner ab, den "Fitnessraum" ohne weitere bauliche Massnahmen der herkömmlichen Wohnnutzung zuzuführen. Es ist darum nicht stossend, wenn die Baubehörde diese Fläche angerechnet hat. Auch die als "Skiraum/Geräte" bezeichneten Räume in EFH 1 und 2 können von ihrer Grösse her als eher luxuriös bezeichnet werden. Zwar verfügen sie über keine Fenster, sie lassen sich aber nicht unter den Ausnahmekatalog von Art. 37 Abs. 2 BG subsumieren, finden sie sich doch nicht im Keller, sondern auf der Wohnetage (vgl. Art. 37 Abs. 2 lit. a BG). Auch wenn sie mit ihrer Fläche von je fast 10 m2 den Rahmen eines üblichen Lagerraums nicht sprengen, ist dem Verwaltungsgericht keine Willkür vorzuwerfen.
3.6 Hinsichtlich einer etwaigen Gleichbehandlung im Unrecht ist den Ausführungen des Verwaltungsgerichts (wie in E. 2.2 hiervor erwähnt) nichts beizufügen. Zudem zeigt etwa ein Vergleich mit dem von der Beschwerdeführerin eingereichten Baugesuch Schoop (Nr. 2009-062), dass der dortige Fitnessraum im Keller liegt und keinerlei Fenster aufweist. Es handelt sich um keinen vergleichbaren Fall. Auch aus den anderen angerufenen Baugesuchen kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten, selbst wenn gewisse Parallelen zu ihrem Fall bestehen mögen.
3.7 Nicht zu überzeugen vermag die Beschwerdeführerin mit ihrer Rüge, das Verhältnismässigkeitsprinzip sei verletzt. Es ist nicht ersichtlich und auch nicht dargetan, mit welchen geeigneten Mitteln die Baubehörde eine Umnutzung der genannten Räume verhindern sollte. Eine ständige Kontrolle von Seiten der Gemeinde her ist nicht praktikabel. Insgesamt ist die Beschwerde in diesem Punkt abzuweisen.
4. Weiter bemängelt die Beschwerdeführerin, das Verwaltungsgericht habe als wesentliches Sachverhaltselement übersehen, dass die Überdachung der Garageneinfahrt (soweit sie nicht eingewandet sei) sehr wohl einen Grenzabstand von 2.5 m zur Nachbarparzelle Nr. 1743 einhalte. Dieser klare Widerspruch zur tatsächlichen Situation verletze <ref-law>.
4.1 Art. 76 Abs. 1 KRG/GR hält fest, dass für offene überdachte Flächen wie Unterstände und dergleichen die Grenzabstände für Gebäude gelten, gemessen ab Dachtraufe bis zur Grundstücksgrenze. Im angefochtenen Urteil geht das Verwaltungsgericht davon aus, die Einfahrt zur Tiefgarage rage zum Teil über das gewachsene Terrain hinaus (Dach) und falle daher, soweit sie nicht eingewandet sei, unter Art. 76 Abs. 1 KRG/GR. Der Gemeinde hält das Verwaltungsgericht entgegen, ihre Lesart, wonach der Grenzabstand auch eingehalten werden müsse, wenn ein unterhalb des gewachsenen Terrains liegender Anbau frei gegraben werde, könne sich auf keine gesetzliche Grundlage stützen, nachdem Art. 58 Abs. 3 des früheren Baugesetzes nicht mehr gelte. Diese Bestimmung hatte erlaubt, unterirdische Bauten, die gegen aussen nicht in Erscheinung traten, an die Grenze zu stellen. Das Verwaltungsgericht folgert daraus, dass der Bauherr nach bisherigem Recht schlechter gestellt war, indem ein Gebäude unterhalb des gewachsenen Terrains, das durch Abgrabung freigelegt wurde, nicht an die Grenze gestellt werden konnte. Art. 75 Abs. 1 KRG/GR enthalte keine derartige Einschränkung. Aus ihm sei e contrario zu schliessen, dass Gebäude, die den gewachsenen Boden nicht überragen, keinen Grenzabstand einzuhalten hätten.
4.2 Die rechtlichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts sind nicht zu beanstanden. Indes ergibt eine Nachmessung im Plan-Nr. 01 vom 10. Juni 2010, Massstab 1:100, Untergeschoss, dass das Dach über der Rampe (gestrichelt dargestellt) den massgeblichen Grenzabstand von 2.5 m einhält, wie die Vermassung unten rechts angibt. Nichts anderes lässt sich aus dem Plan-Nr. 03 vom 10. Juni 2010, Massstab 1:100, Schnittplan A-A, ablesen. Die Feststellung des Verwaltungsgerichts ist darum offensichtlich falsch und die Beschwerde in diesem Punkt (spezielle Auflage b7 zur Baubewilligung) gutzuheissen. Die spezielle Auflage b7 ist aufzuheben.
5. Die Beschwerdeführerin verwirft die vom Verwaltungsgericht geschützte Auffassung der Gemeinde, wonach die Terrasse - gleich wie ein Balkon - nur 1 m in den gesetzlichen Grenzabstand von 5 m hineinragen dürfe. Eine Terrasse sei gerade nicht Teil der Hausfassade, sondern ein vorgelagerter eingeschossiger Anbau, welcher rechtlich wie ein An- bzw. Nebenbau zu behandeln sei. Im Konkreten handle es sich um eine begehbare Abdeckung der gedeckten Ruheplätze im Untergeschoss bzw. um eine vom Garten zugängliche, abgestützte Terrasse.
5.1 Das Verwaltungsgericht verwirft zunächst den Verweis der Beschwerdeführerin auf seinen Entscheid VGU R 10 15, welcher vom Bundesgericht mit Urteil 1C_492/2010 am 23. März 2011 aufgehoben worden ist. Die Balkone fallen seiner Ansicht nach unter Art. 75 Abs. 3 KRG/GR. Sie seien keine Dachfläche einer An- oder Nebenbaute. Der Ruheplatz unter den Balkonen sei nicht eingewandet.
5.2 Vorspringende Gebäudeteile wie Dachvorsprünge, Vordächer, Vortreppen, Erker, offene Balkone dürfen bis zu 1.0 m in den Grenz- und Gebäudeabstand hineinragen. Bildet der vorspringende Gebäudeteil nach aussen eine Wand, gilt diese als Teil der Umfassungswand (Art. 75 Abs. 3 KRG/GR). Ein Blick auf den (Fassaden-)Plan-Nr. 04 vom 10. Juni 2010, Ostfassade, bestätigt die Meinung der Vorinstanz. Es handelt sich ganz offensichtlich um (klassische) Balkone, für welche die soeben zitierte Bestimmung einschlägig ist. Eine Qualifikation als An- oder Nebenbaute fällt ausser Betracht. Auch der Hinweis der Beschwerdeführerin auf das Urteil 1C_492/2010 vom 23. März 2011 verfängt nicht: Einerseits ging es beim damals zu beurteilenden Fall um einen massiv in Erscheinung tretenden Nebenbau. Andererseits gelangte das Bundesgericht zu keiner abschliessenden Qualifikation, sondern wies den Einwand der damaligen Beschwerdeführer nicht grundsätzlich von der Hand. Eine Überprüfung der Grenzabstände wurde vorbehalten, zumal das gesamte Vorhaben überarbeitet werden musste (Urteil 1C_492/2010 vom 23. März 2011 E. 6.1.3). Daraus kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten.
5.3 Hinsichtlich der Treppe, die den Zugang zum EFH 1 ermöglicht und vom Strassenniveau ins Erdgeschoss führt, ist dem Verwaltungsgericht eine Verwechslung unterlaufen. Die entsprechende spezielle Auflage zur Baubewilligung b11 bezieht sich auf diese Treppe und nicht - wie das Verwaltungsgericht angenommen hat (E. 3c des angefochtenen Urteils) - auf die Treppe, die "vom Ruheplatz ins EG" führt (eine solche Treppe gibt es nicht; die eben angesprochene Treppe führt vom Ruheplatz ins Kellergeschoss). Die Rüge der Beschwerdeführerin ist insoweit begründet. Sie ist auch berechtigt, soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die Zugangstreppe zum EFH 1 halte die Grenzabstandsvorschriften ein, weshalb die spezielle Auflage b11 zur Baubewilligung aufzuheben sei. Tatsächlich ergibt sich aus den Plänen (Plan-Nr. 02 vom 10. Juni 2010, Erdgeschoss, und Plan-Nr. 04 gleichen Datums, Westfassade, beide Massstab 1:100), dass die Zugangstreppe erst in einer Distanz von 4 m zur Strasse das gewachsene Terrain übersteigt. Da nach den Ausführungen des Verwaltungsgerichts - entgegen der Meinung der Gemeinde - der frei stehende Treppenteil unterhalb des gewachsenen Terrains beliebig in den Grenzabstand ragen darf bzw. für diesen keine Rolle spielt (vgl. E. 4.1 hiervor), reicht die Treppe als vorspringender Gebäudeteil (Art. 75 Abs. 3 KRG/GR) nur um 1 m in den Grenzabstand hinein (und nicht um 2.3 m), was nach der erwähnten Vorschrift zulässig ist. Die Treppe zwischen Ruheplatz und Kellergeschoss liegt im Übrigen vollständig unterhalb des gewachsenen Terrains und hält den Grenzabstand von vornherein ein. Die spezielle Auflage b11 ist demnach antragsgemäss aufzuheben.
6. Demnach ist die Beschwerde hinsichtlich der speziellen Auflagen b7 und b11 gutzuheissen, im Übrigen aber abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da die Beschwerdeführerin in untergeordnetem Umfang obsiegt, hat sie in entsprechend reduziertem Umfang die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu übernehmen (<ref-law>), während die private Beschwerdegegnerin den verbleibenden Anteil zu tragen hat. Die Beschwerdeführerin hat die private Beschwerdegegnerin angemessen zu entschädigen (<ref-law>), wobei auch diesbezüglich dem Umstand Rechnung zu tragen ist, dass die Beschwerdeführerin mit ihren Rügen teilweise durchgedrungen ist. Das Verwaltungsgericht wird die Kosten des kantonalen Verfahrens neu zu verlegen haben. Die Angelegenheit wird zu diesem Zweck an die Vorinstanz zurückgewiesen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird hinsichtlich der speziellen Auflagen zur Baubewilligung b7 und b11 gutgeheissen und das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 15. November 2011 aufgehoben, soweit es diese Auflagen betrifft. Die Auflagen b7 und b11 zur Baubewilligung vom 18. Januar 2011 werden aufgehoben. Das angefochtene Urteil wird auch hinsichtlich der Kostenliquidation (Dispositiv-Ziff. 2 und 3) aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Angelegenheit wird zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden zu Fr. 2'000.-- der Beschwerdeführerin und zu Fr. 1'000.-- der privaten Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Flims und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber