<ref-law> (Strafprozess), hat sich ergeben:
A.-Mit Strafurteil vom 9. April 1996 sprach das Bezirksgericht Hinwil (1. Abteilung) I._ der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Art. 187 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 StGB) sowie der mehrfachen Schändung (<ref-law>) schuldig. Es bestrafte den Verurteilten mit 30 Monaten Gefängnis und ordnete eine ambulante Massnahme (gemäss <ref-law>) während des Strafvollzuges an.
B.-Eine gegen das Strafurteil erhobene Berufung wies das Obergericht (II. Strafkammer) des Kantons Zürich mit Entscheid vom 15. November 1996 ab. In rechtlicher Hinsicht präzisierte das Obergericht, dass die Verurteilung in Anwendung von Art. 187 Ziff. 1 Abs. 1 (ohne Abs. 2) sowie <ref-law> erfolge. Es bestätigte die Strafe von 30 Monaten Gefängnis, sah aber von der Anordnung einer Massnahme ab.
C.-Auf kantonale Nichtigkeitsbeschwerde des Verurteilten hin hob das Kassationsgericht des Kantons Zürich den Berufungsentscheid mit Beschluss vom 6. April 1998 auf. Es erwog, das Obergericht habe gegen gesetzliche Prozessformen verstossen, indem es die eingeholte psychiatrische Expertise trotz inhaltlicher Unklarheiten nicht habe ergänzen lassen.
D.- Nach Beweisergänzungen (Einvernahme des psychiatrischen Gutachters als sachverständiger Zeuge und Einholung einer zusätzlichen Expertise) bestätige das Obergericht mit Entscheid vom 3. September 1999 sein (in lit. B genanntes) Erkenntnis. Die vom Verurteilten dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht mit Beschluss vom 29. Oktober 2000 ab.
E.-Gegen diesen Beschluss gelangte I._ mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 6. Dezember 2000 an das Bundesgericht. Er rügt eine Verletzung von <ref-law>, <ref-law> sowie Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK, und er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
F.-Das Obergericht und das Kassationsgericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung je ausdrücklich verzichtet, während von der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich keine Stellungnahme eingetroffen ist.
G.-Mit Verfügung des präsidierenden Mitglieds der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichtes vom 19. Januar 2001 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der Beschwerdeführer bringt vor, er sei zwar bezüglich des ihm vorgeworfenen sexuellen Missbrauchs seiner (zum Tatzeitpunkt ca. acht- bis neunjährigen) Tochter "im Grundsatz geständig". Streitig sei jedoch "das Ausmass und die Anzahl der stattgefundenen sexuellen Übergriffe". Während der Strafuntersuchung sei er ein erstes Mal am 27. April 1994 polizeilich einvernommen worden. Am 28. April 1994 hätten die Behörden seine Tochter befragt. Bei seiner zweiten Einvernahme vom 4. Mai 1994 habe er "klar zu verstehen" gegeben, "dass es ihm darum" gegangen sei, "möglichst alle Unstimmigkeiten zwischen seinen Aussagen und denjenigen seiner Tochter - zu seinen Ungunsten -" zu beseitigen. Wörtlich habe er zu Protokoll gegeben: "am liebsten würde ich einfach zugeben, was X._ gesagt hat. Leider weiss ich nicht, was X._ gesagt hat". "Auf nachhaltiges Drängen des Polizeibeamten, den wahren Sachverhalt endlich zuzugeben", habe der Beschwerdeführer sein Geständnis "erweitert" und erklärt: "von mir aus kann man das übernehmen, was das Mädchen ausgesagt hat, und ich schaue dann, ob ich es verkraften kann". "Gemäss polizeilicher Aktennotiz" habe "die Mutter der Geschädigten der Kantonspolizei am 11. Mai 1994 telefonisch mitgeteilt", die Tochter habe "in einem Gespräch gesagt", dass "der Beschwerdeführer sowohl den vollendeten Vaginal- als auch den Analverkehr ausgeübt" habe.
Anlässlich der polizeilichen Befragung vom 19. Juni 1994 habe der einvernehmende Beamte dem Beschwerdeführer "zweimal folgenden Vorhalt" gemacht: "Ihre Aussagen und diejenigen Ihrer Tochter sind nach wie vor nicht übereinstimmend.
Ihre Tochter hat ihre Aussagen in der Zwischenzeit präzisiert, und es ist deshalb nötig, auch Sie nochmals ergänzend einzuvernehmen". Diese Aussage habe "vom Beschwerdeführer nur so verstanden werden" können, "dass die Geschädigte ihre Aussagen der Polizei gegenüber, also in einer weiteren Einvernahme, präzisiert" hätte. Da eine solche Einvernahme jedoch "nicht stattgefunden" habe, sei er von der Polizei "getäuscht" worden. Gestützt darauf habe er zugegeben, er habe "die Geschädigte vaginal und anal missbraucht (...), dabei das Glied ganz eingeführt" und "mit eingeführtem Glied Samenerguss gehabt". Dieses ("erweiterte") Geständnis habe er "hernach vor der Bezirksanwaltschaft und zwei Gerichtsinstanzen wiederholt". "Auf Rat seines damaligen Verteidigers" habe er es "für vorteilhafter" gehalten, "an den einmal getätigten Aussagen festzuhalten bzw. diese zu bestätigen, als Teile des angeklagten Sachverhaltes in Frage zu stellen und sich so nachträglich zu widersprechen".
Der fragliche Vorhalt vom 19. Juni 1994 und die Verwertung des darauf gestützten ("erweiterten") Geständnisses widerspreche § 19 Abs. 1 und <ref-law>/ZH. Die gegenteilige Auffassung der kantonalen Behörden sei willkürlich und treuwidrig.
b) Das zürcherische Strafverfahrensrecht bestimmt, dass alle am Strafprozess mitwirkenden Personen "mit Ernst und Ruhe zu Werke gehen, weder gegen Parteien noch gegen Zeugen sich Drohungen und Beleidigungen erlauben und sich aller Entstellungen der Wahrheit enthalten" sollen (<ref-law>/ZH). Namentlich dürfen, um den Angeschuldigten zum Geständnis zu bewegen, "weder Versprechungen noch Vorspiegelungen, noch Drohungen oder Zwangsmittel angewendet werden" (<ref-law>/ZH).
Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden (<ref-law>). Willkür bei der Anwendung von kantonalem Verfahrensrecht liegt nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichtes vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3a S. 15, 129 E. 5b S. 134; <ref-ruling> E. 4a S. 211; <ref-ruling> E. 2a S. 88, je mit Hinweisen).
c) Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe bei den fraglichen Einvernahmen das Ziel verfolgt, "möglichst alle Unstimmigkeiten zwischen seinen Aussagen und denjenigen seiner Tochter - zu seinen Ungunsten -" zu beseitigen. Wörtlich habe er zu Protokoll gegeben: "am liebsten würde ich einfach zugeben, was X._ gesagt hat. Leider weiss ich nicht, was X._ gesagt hat". "Auf nachhaltiges Drängen des Polizeibeamten, den wahren Sachverhalt endlich zuzugeben", habe der Beschwerdeführer bei der Befragung vom 4. Mai 1994 ausdrücklich erklärt: "von mir aus kann man das übernehmen, was das Mädchen ausgesagt hat, und ich schaue dann, ob ich es verkraften kann". Damit habe er dem Opfer weitere Einvernahmen ersparen wollen. Wie sich aus den Akten ergibt, war der Beschwerdeführer bestrebt, vom befragenden Polizeibeamten in Erfahrung zu bringen, was das Opfer ausgesagt hatte. Insbesondere gab er zu Protokoll: "wenn ich beispielsweise hören würde, was X._ ausgesagt hat, dann könnte ich dies mit ja oder nein beantworten. Ist es denn massiv, was nicht übereinstimmt?" Daraufhin antwortete der Einvernehmende:
"jetzt stellen Sie mir wieder eine Frage. Sagen Sie doch einfach die Wahrheit, und dann werden Sie mit Ihren Aussagen auch an diejenigen Ihrer Tochter herankommen". Auf die weitere Frage des Beschwerdeführers: "hat denn X._ gesagt, ich hätte mein Glied eingeführt?", erhielt er die Antwort: "es ist im Moment nicht wesentlich, was X._ gesagt hat, sondern es geht um Ihre Aussagen und um das, was passiert ist".
Durch sein ausweichendes Aussageverhalten hat der Beschwerdeführer objektiv den Eindruck erweckt, es sei ihm weniger darum gegangen, wahrheitsgemäss auszusagen, was sich seiner Erinnerung nach zugetragen habe, sondern primär darum, Differenzen zwischen seinen Aussagen und denjenigen des Opfers zu vermeiden. Dies gilt namentlich für seine Äusserung, "von ihm aus" könne man "das übernehmen, was das Mädchen ausgesagt hat", und er "schaue dann, ob" er "es verkraften" könne. Damit liess er gegenüber dem einvernehmenden Beamten durchblicken, selbst wenn die belastenden Aussagen des Opfers nicht in jeder Hinsicht der Wahrheit entsprächen, nehme er dies in Kauf, soweit er "es verkraften" könne. In diese Richtung zielt auch seine Bemerkung vom 19. Juni 1994, das Opfer habe die Intensität der sexuellen Übergriffe offenbar "anders empfunden, sonst würde sie es nicht so zu Protokoll geben".
d) Bei dieser Aktenlage ist der streitige Vorhalt vom 19. Juni 1994, wonach die Aussagen des Beschwerdeführers und des Opfers inhaltlich "nach wie vor nicht übereinstimmend" gewesen seien, nicht zu beanstanden. Im Umstand, dass die kantonalen Behörden eine Vorspiegelung von Tatsachen bzw. eine Entstellung der Wahrheit durch den befragenden Beamten verneint haben, liegt jedenfalls keine willkürliche oder treuwidrige Anwendung des kantonalen Prozessrechtes.
aa) Daran ändert auch das Vorbringen nichts, gewisse Belastungen seitens des Opfers seien nicht anlässlich der polizeilichen Einvernahme erfolgt, sondern (angeblich) gegenüber der Mutter, was diese der Polizei am 11. Mai 1994 telefonisch rapportiert habe. Im fraglichen polizeilichen Vorhalt wird nichts Gegenteiliges behauptet. Und selbst wenn der Beschwerdeführer durch dessen Formulierung den falschen Eindruck erhalten hätte, das Opfer habe ihn anlässlich einer polizeilichen Befragung zusätzlich belastet, wäre es ihm nötigenfalls frei gestanden, sein "erweitertes" Geständnis anschliessend vor dem Untersuchungsrichter und den erkennenden Strafgerichten zu widerrufen bzw. zu berichtigen. Dass er dies nach eigener Darstellung nicht getan, sondern seine Geständnisse (zumindest bis zur zweiten Berufungsverhandlung) jeweils vollumfänglich bestätigt habe, ist nicht den kantonalen Behörden anzulasten.
bb) Hinzu kommt schliesslich, dass der Beschwerdeführer schon vor dem streitigen Vorhalt vom 19. Juni 1994, nämlich in der Befragung vom 4. Mai 1994, ausdrücklich zugegeben hat, an seiner Tochter Oral-, Vaginal- und Analverkehr praktiziert zu haben. Insbesondere gab er zu Protokoll:
"Also gut. Bei der Vagina habe ich vielleicht die Eichel eingeführt. Beim After - mhm - zugegebenermassen, da bin ich vielleicht zur Hälfte eingedrungen".
e) Aufgrund der vorliegenden Akten kann keine Rede davon sein, dass der Beschwerdeführer durch Täuschungen des befragenden Beamten zu Geständnissen verleitet worden sei.
2.-Beiläufig rügt der Beschwerdeführer auch noch einen Verstoss gegen "<ref-law>" sowie gegen Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK. Er legt jedoch nicht (in einer der Vorschrift von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügenden Weise) dar, inwiefern diese Bestimmungen verletzt seien bzw.
inwieweit ihnen im vorliegenden Zusammenhang eine über das bereits Dargelegte hinausgehende Bedeutung zukomme. Soweit er geltend macht, "die Geschädigte" sei "nicht unter Wahrung seiner Teilnahmerechte gemäss <ref-law>/ZH als Zeugin einvernommen" worden, erwiese sich eine Rüge der Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK als offensichtlich unbegründet (Art. 36a Abs. 1 lit. b OG). Wie der Beschwerdeführer selber darlegt, stützen die kantonalen Instanzen den Schuldspruch nicht auf die Aussagen des Opfers, sondern auf die (umfassenden und als glaubhaft gewürdigten) Geständnisse des Beschwerdeführers. Da die Aussagen des Opfers dem Schuldspruch nicht zugrunde gelegt werden, besteht kein grundrechtlicher Anspruch des Beschwerdeführers auf Konfrontation mit dem Opfer (<ref-ruling> E. 6b S. 133, E. 6c/cc S. 135 mit Hinweisen).
3.-Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde als unbegründet abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.-Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich, dem Obergericht, II. Strafkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 7. Mai 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: