Fatti:
A. In seguito a due denunce penali, con decreto di accusa dell'11 settembre 2008 il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha ritenuto B._, amministratore delegato di A._, autore colpevole di violazione del diritto d'autore, del diritto al marchio, della legge federale contro la concorrenza sleale e di disobbedienza a decisioni di autorità, proponendone la condanna a una pena pecuniaria di 90 aliquote giornaliere di fr. 180.-- cadauna, per complessivi fr. 16'200.--, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, e a una multa di fr. 3'000.--: ha inoltre ordinato la confisca di 63 sedie fornite dalla A._ a una banca con sede a Lugano, mobili sequestrati con ordine del 30 settembre 2005.
Il 29 settembre 2008, l'interessato ha interposto opposizione al decreto di accusa. Il procedimento è stato quindi deferito alla Pretura penale.
B. Avverso il decreto di accusa la A._ e B._ presentano un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiedono di concedere l'effetto sospensivo al gravame, di annullare la decisione impugnata, di accertare che il termine per presentare le querele è stato disatteso, nonché di archiviare il procedimento.
Non sono state chieste osservazioni.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF). Esso vaglia quindi d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.2 Il diritto di ricorso di B._ è pacifico. Al riguardo la A._, tenuta a dimostrare la sua legittimazione (<ref-ruling> consid. 1.1), si limita a rilevare che, benché non accusata, sarebbe destinataria della decisione impugnata nella misura in cui il PP ha imposto la confisca delle citate sedie e del credito da lei vantato nei confronti della banca. L'assunto è impreciso, visto che la criticata decisione non le è stata notificata. La ricorrente non ha d'altra parte partecipato al procedimento in esame (art. 81 cpv. 1 lett. a LTF). Visto l'esito del ricorso, questa questione non dev'essere comunque esaminata oltre.
2. 2.1 Il ricorso in materia penale è ammissibile contro le decisioni delle autorità cantonali di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF).
2.2 Nella fattispecie, i ricorrenti hanno interposto opposizione al decreto di accusa: il PP l'ha quindi trasmesso con l'incarto dell'istruzione formale alla Pretura penale (art. 210 e 211 CPP/TI). Non si è quindi manifestamente in presenza di una decisione di un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), per cui il ricorso è manifestamente inammissibile.
3. 3.1 Certo, i ricorrenti insistono sulla necessità di chiarire preventivamente la questione della prescrizione dell'azione penale. Al loro dire, le 63 poltroncine sono state vendute dalla ricorrente a una banca per arredare una sua nuova sede, inaugurata il 27 maggio 2005 davanti a una ristretta cerchia di invitati e il 23 giugno successivo al pubblico. Le denunce penali, presentate secondo la ricorrente il 29 settembre e il 1° dicembre 2005, sarebbero quindi prescritte, ritenuto che il diritto di querela si estingue in tre mesi dal momento in cui l'avente diritto ha conosciuto l'identità dell'autore del reato (art. 31 CP). Al dire dei ricorrenti, da alcune deposizioni risulterebbe infatti che la denunciante sarebbe stata informata da un suo rappresentante, presente all'inaugurazione, della presenza delle citate poltroncine, acquistate asseritamente in spregio ai relativi diritti d'autore. Ora, non spetta manifestamente al Tribunale federale assumere le necessarie prove, mediante interrogatori, confronti, ecc. e pronunciarsi quale prima e ultima istanza sulla questione dell'asserita tardività delle querele, non trattata nel decreto di accusa. Il quesito potrà essere esaminato compiutamente nel quadro della procedura pendente dinanzi alla Pretura penale.
3.2 I ricorrenti fanno inoltre valere una pretesa violazione del loro diritto di essere sentiti, un accesso carente agli atti, una pretesa mancata assunzione di prove, la negata facoltà di interrogare i testi o di indire un confronto tra essi e, in generale, il mancato rispetto dei principi di un equo processo (art. 6 n. 1 CEDU) e delle garanzie derivanti dagli art. 29 e 30 Cost., lesioni costitutive di un diniego di giustizia formale. Ciò poiché, durante tre anni, il PP non avrebbe esperito alcun atto di indagine volto all'accertamento dell'asserita tardività delle denunce.
3.3 Ora, i ricorrenti nemmeno sostengono d'aver inoltrato durante l'istruttoria, contro le asserite omissioni del PP, un reclamo al Giudice dell'istruzione e dell'arresto (art. 280 e 281 CPP/TI). Né essi fanno valere, limitandosi ad accennare a una decisione 30 maggio 2007 della Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) relativa al sequestro delle sedie in vista di confisca, che contro il decreto di accusa sarebbero insorti dinanzi alla stessa con un rimedio che del resto sospende la decorrenza dei termini per presentare l'opposizione (art. 212 cpv. 2 CPP/TI), adducendo segnatamente le eccezioni che escludono il perseguimento del reato (art. 212 cpv. 1 in relazione con l'art. 201 cpv. 1 lett. c CPP/TI). Semmai, una siffatta decisione cantonale di ultima istanza avrebbe potuto essere impugnata dinanzi al Tribunale federale. Essi potranno d'altra parte addurre tali censure dinanzi alla Pretura penale.
4. 4.1 Certo, i ricorrenti rilevano che l'impugnato giudizio costituirebbe una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, contro la quale il ricorso sarebbe ammissibile, poiché il suo accoglimento comporterebbe immediatamente una decisione finale, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa.
4.1.1 Questa condizione non è adempiuta in concreto. I ricorrenti sostengono infatti, in maniera peraltro generica, che l'impugnato decreto li obbliga a subire un gravoso processo penale con le notorie conseguenze nefaste. In particolare per l'onere dell'assunzione di prove, comportante la trattazione di complesse questioni molto tecniche in materia di diritti immateriali. Con quest'ultima argomentazione, essi disattendono che l'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF concerne soltanto l'assunzione delle prove: la circostanza che l'esame delle questioni di diritto implichi ricerche dispendiose e riflessioni giuridiche approfondite, o che la complessità della causa comporti la redazione di memorie corpose, non è per contro decisiva (sentenza 4A_23/2008 del 28 marzo 2008 consid. 1.3).
4.1.2 D'altra parte, adducendo determinati inconvenienti (interrogatori e confronti di testi, assunzione di documenti quali mezzi di prova e l'eventuale allestimento di una perizia giudiziaria sui prodotti sequestrati), i ricorrenti parrebbero misconoscere che l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF riprende, in questo campo, la regola del previgente art. 87 cpv. 2 OG (<ref-ruling>, 288 consid. 3.1-3.3). Secondo la relativa giurisprudenza, un pregiudizio era irreparabile quando era suscettibile di provocare un danno di natura giuridica che una decisione favorevole nel merito non avrebbe permesso di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale: semplici pregiudizi di fatto, come il prolungamento della procedura o un suo conseguente maggior costo, non rappresentano un siffatto danno (<ref-ruling> consid. 1 pag. 59; <ref-ruling> consid. 1 pag. 371).
4.1.3 Inoltre, sempre secondo la giurisprudenza, neppure il fatto di dover subire un procedimento penale e gli inconvenienti che ne derivano, assunto sul quale è incentrato il ricorso, costituiscono un pregiudizio irreparabile (<ref-ruling> consid. 3.1). La tesi ricorsuale sulla preclusione della possibilità di poter ancora proporre e far assumere - al di fuori di un'aula penale - mezzi di prova riguardanti il termine di prescrizione non costituisce manifestamente un pregiudizio giuridico.
4.1.4 I ricorrenti sostengono poi, in via subordinata, che il gravame concernerebbe una decisione pregiudiziale sulla competenza ai sensi dell'art. 92 LTF. L'accennata incompetenza territoriale delle autorità svizzere, obiezione ch'essi neppure sostengono d'aver sollevato davanti al PP, poiché i contestati reati sarebbero stati consumati in Italia, mentre in Svizzera si sarebbe prodotto soltanto il risultato, è priva di una qualsiasi motivazione ed è pertanto inammissibile (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Infine, l'abbozzata critica sulla competenza del Ministero pubblico, poiché trattandosi di reati a querela di parte, secondo l'art. 180 CPP/TI il PP può, se lo ritiene opportuno, trasmettere preliminarmente gli atti al giudice di pace per un tentativo di conciliazione, è manifestamente priva di consistenza.
5. 5.1 Ne segue che il ricorso è inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
5.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori dei ricorrenti, al Ministero pubblico del Cantone Ticino e, per conoscenza, alla Pretura penale.