Sachverhalt:
A. Mit Verfügungen vom 25. Januar und 5. März 2008 sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen dem 1951 geborenen M._ rückwirkend ab 1. Juni 2006 eine halbe Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 54 % zu. Die ASGA Pensionskasse, bei welcher M._ als Kundenmaurer bei der X._ AG bis 30. Juni 2005 für die berufliche Vorsorge versichert gewesen war, führte gegen beide Verfügungen Beschwerde. Sie beantragte, unter Aufhebung der Verfügungen vom 25. Januar und 5. März 2008 sei der Invalidenrentenbeginn auf August 2006 festzulegen. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen vereinigte die beiden Beschwerdeverfahren. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 trat es auf die Beschwerde nicht ein. In teilweiser Gutheissung der von der ASGA Pensionskasse eingereichten Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, soweit darauf einzutreten war, hob das Bundesgericht den kantonalen Entscheid auf und wies die Sache an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurück, damit es über die Beschwerde materiell entscheide (Urteil vom 30. April 2009).
B. Mit Entscheid vom 15. Dezember 2009 wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde der ASGA Pensionskasse im Sinne der Erwägungen unter Aufhebung der angefochtenen Verfügungen vom 25. und 5. März 2008 ab und stellte fest, dass der Versicherte ab 1. Januar 2006 bei einem Invaliditätsgrad von 58 % Anspruch auf eine halbe Invalidenrente habe.
C. Die ASGA Pensionskasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei der Beginn der Invalidenrente auf August 2006 festzulegen; eventuell sei festzustellen, dass ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad besteht.
Während M._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichten das Bundesamt für Sozialversicherungen, die IV-Stelle und die als Mitinteressierte beigeladene Stiftung Auffangeinrichtung BVG auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Im angefochtenen Entscheid sind die Bestimmungen über Voraussetzungen und Umfang sowie Entstehung des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 29 Abs. 1 lit. b IVG in der vorliegend anwendbaren, bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz ging davon aus, die einjährige Wartezeit mit voller Arbeitsunfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit habe im Januar 2005 zu laufen begonnen. Der Einkommensvergleich ergebe einen Invaliditätsgrad von 58 %, sodass der Versicherte ab 1. Januar 2006 eine halbe Invalidenrente beanspruchen könne.
3.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, ärztlicherseits sei erstmals ab 25. August 2005 eine Arbeitsunfähigkeit attestiert worden, und seitens der Arbeitgeberfirma sei keine krankheitsbedingte Einschränkung der Arbeitsfähigkeit wahrgenommen worden. Dass im Januar 2005 eine leidensbedingte, länger dauernde Arbeitsunfähigkeit eingetreten ist, lasse sich weder auf die Angaben der Ärzte noch jene der Arbeitgeberin oder die Anmeldung des Versicherten bei der Invalidenversicherung stützen, zumal er tatsächlich noch bis zum 9. Juni 2005 ein Vollzeitpensum geleistet habe.
3.3 Der Auffassung der Beschwerdeführerin ist beizupflichten. Die Vorinstanz räumt selbst ein, dass der von ihr angenommene Beginn der Arbeitsunfähigkeit durch keinerlei ärztliche Feststellungen gestützt wird, hält sie doch ausdrücklich fest, ein eigentliches Arbeitsunfähigkeitsattest fehle. Vielmehr stützt sie sich auf ärztliche Angaben zum Zeitpunkt, in dem sich verschiedene Beschwerden manifestiert haben. Wenn sie für den Eintritt der rechtserheblichen Arbeitsunfähigkeit darauf abstellt, ab wann das Leiden des Versicherten in Erscheinung getreten ist, ohne sich gleichzeitig auf medizinische Aussagen zum Beginn der Einschränkung in der Leistungsfähigkeit im Beruf als Kundenmaurer stützen zu können, hat die Vorinstanz den rechtserheblichen Sachverhalt willkürlich und damit bundesrechtswidrig festgestellt. Das Bundesgericht ist somit an die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid nicht gebunden (E. 1 hievor).
3.4 Entsprechend den Vorbringen der Pensionskasse ist gestützt auf den Bericht des Allgemeinpraktikers Dr. med. T._ vom 28. Oktober 2005 als erstellt zu betrachten, dass beim Versicherten frühestens ab 25. August 2005 infolge eines rezidivierenden lumbovertebralen Schmerzsyndroms eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit bestanden hat. Diese dauerte während eines Jahres an, sodass die Wartezeit gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. b aIVG am 25. August 2006 abgelaufen war. Der Versicherte hat daher ab 1. August 2006 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente, da zu jenem Zeitpunkt aufgrund des unbestritten gebliebenen Einkommensvergleichs der Vorinstanz, welcher, soweit einer letztinstanzlichen Überprüfung zugänglich (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.3 S. 399), zu keiner Korrektur Anlass gibt, von einem Invaliditätsgrad von 58 % auszugehen war. Gemäss dem Hauptantrag der ASGA Pensionskasse ist der Beginn der (halben) Invalidenrente des Versicherten auf den 1. August 2006 festzulegen.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>). Die mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute ASGA Pensionskasse hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5b S. 133).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 15. Dezember 2009 aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdegegner ab 1. August 2006 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der IV-Stelle des Kantons St. Gallen, der Stiftung Auffangeinrichtung BVG, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. September 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer