Sachverhalt:
A. Der 1953 geborene P._ war zuletzt vom März 2001 bis Juni 2006 als Hilfsmaschinenführer für die Firma L._ AG tätig und wurde wegen Umstrukturierung entlassen (letzter effektiver Arbeitstag: 3. Januar 2005). Am 20. Februar 2006 meldete er sich wegen Krankheit bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an und beantragte eine Invalidenrente. Die IV-Stelle des Kantons Aargau führte medizinische und erwerbliche Abklärungen durch. Mit Verfügung vom 15. Juni 2006 wies sie das Leistungsbegehren ab. Auf die hiegegen erhobene Einsprache hin veranlasste die IV-Stelle ein interdisziplinäres Gutachten (rheumatologisch-orthopädisch, neurologisch, psychiatrisch) des Instituts X._ welches am 26. Februar und 14. März 2008 erstattet wurde. Mit Einspracheentscheid vom 9. Juli 2008 hielt die Verwaltung an der Verfügung vom 15. Juni 2006 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des P._, mit welcher er zwei weitere Arztberichte einreichen liess, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. Februar 2009 ab.
C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Zusprechung einer 3/4-Rente, eventuell die Rückweisung der Sache zur Prüfung der Arbeitsfähigkeit in einer Eingliederungsstätte und des Anspruchs auf eine Invalidenrente beantragen unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Weiter wird um unentgeltliche Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren ersucht. Mit ergänzender Eingabe vom 21. April 2009 hat der Beschwerdeführer geltend gemacht, Dr. med. Y._, Leiter des Instituts X._, könne nicht als Gutachter anerkannt werden.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Rahmen der Invaliditätsbemessung [<ref-law>]).
2. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung des Leistungsanspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen und die dazu ergangene Rechtsprechung zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.1 Die Vorinstanz erwog, nach einlässlicher Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere des beweiskräftigen Gutachtens des Instituts X._, es sei dem Versicherten leichte und mittelschwere Arbeit zu 80 % zumutbar. Der Beschwerdeführer, welcher gemäss Gutachten des Instituts X._ an leichtgradiger depressiver Episode F32.00 und an einem panvertrebralen Schmerzsyndrom, nach Diagnosenstellung des behandelnden Arztes, des Psychiaters Dr. med. C._, hingegen an mittel- und schwergradig depressiven Episoden leidet, rügt, die Vorinstanz habe ausschliesslich auf die im Gutachten des Instituts X._ enthaltenen Einschätzungen abgestellt, obwohl die Befunde des psychiatrischen Gutachters des Instituts X._ mangelhaft erhoben worden seien und er nach der Beurteilung des Dr. med. C._ sowie weiterer Ärzte überhaupt nicht oder nur sehr beschränkt arbeitsfähig sei.
2.2 Mit einer die Beschwerdeschrift ergänzenden Eingabe vom 21. April 2009 hat der Beschwerdeführer darauf hingewiesen, in einem Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 16. März 2009 sei festgestellt worden, dass Dr. med. Y._, Leiter des Instituts X._, nicht als Gutachter anerkannt werden könne. Dieser Einwand, auf das Gutachten des Instituts X._ hätte aus formellen Gründen nicht abgestellt werden dürfen, welcher an erster Stelle zu prüfen ist (<ref-ruling> E. 2 S. 92 mit Hinweis), ist allerdings nicht stichhaltig. Denn einerseits wurde in jenem Urteil festgehalten, bei den genannten Verlautbarungen von Dr. med. Y._ in einem Zeitungsinterview in der Ausgabe einer Regionalzeitung vom 2. März 2002 handle es sich um Aussagen, die bereits rund acht Jahre zurück liegen, weshalb das Gericht davon absehe, das von Dr. med. Y._ verfasste psychiatrische Teilgutachten zurückzuweisen. Andererseits hat sich das Bundesgericht bereits in früheren Fällen dahingehend geäussert, dass die gegen Dr. med. Y._ wegen seiner Zugehörigkeit zur Bewegung V._ vorgebrachten Einwände nicht auf konkrete, die Versicherten direkt betreffende Vorkommnisse Bezug nehmen und so dessen fachliche Kompetenz sowie Objektivität und Unvoreingenommenheit bei der durchgeführten Begutachtung nicht in Frage stellen (vgl. etwa Urteile 8C_327/2009 vom 12. Juni 2009 E. 2.1; 8C_311/2008 vom 19. Dezember 2008 E. 5.1.3; 9C_412/2009 vom 10. Juli 2009 E. 3.2.2). Schliesslich weckt laut Urteil 8C_474/2009 vom 7. Januar 2010 E. 8.6-8.9 die Zugehörigkeit zu einer Glaubensgemeinschaft grundsätzlich keine Zweifel an der fachlichen Kompetenz des Gutachters. Dr. med. Y._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, verfügt über das dem Facharzttitel entsprechende Wissen, wobei ein spezieller Zusammenhang zwischen Glaubensansichten und dem Streitgegenstand ohnehin nicht ersichtlich ist. Dieser Schluss gilt auch im vorliegenden Fall, weshalb in formeller Hinsicht auf das Gutachten des Instituts X._ abgestellt werden kann.
2.3 Der Versicherte beanstandet die Gutachten des Instituts X._ auch inhaltlich. Die Vorinstanz habe daher zu Unrecht ausschliesslich auf die Einschätzungen des Instituts X._ abgestellt, andere Arztberichte dagegen ignoriert. Überdies sei der Leidensabzug mit 10 % zu tief festgesetzt. Die Vorbringen in der Beschwerde erschöpfen sich allerdings weitgehend in einer rein appellatorischen und damit letztinstanzlich unzulässigen Kritik am vorinstanzlichen Entscheid. Der Beschwerdeführer erhebt keine Rügen, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz betreffend seinen Gesundheitszustand und seine Arbeitsfähigkeit als offensichtlich unrichtig oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhend erscheinen lassen (vgl. E. 1 hievor), sondern würdigt lediglich die medizinischen Unterlagen abweichend und zieht daraus andere Schlüsse als die Vorinstanz, was nicht genügt (Urteile 9C_688/2007 vom 22. Januar 2008 E. 2.3 und 4A_28/2007 vom 30. Mai 2007 E. 1.3 [in BGE III 421 nicht publiziert]). Wie hoch der im Einzelfall als dem Grundsatz nach gerechtfertigt erscheinende Leidensabzug anzusetzen ist, stellt schliesslich eine typische Ermessensfrage dar, deren Beantwortung nur mehr dort letztinstanzlicher Korrektur zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 in fine S. 399; Urteil 8C_776/2008 vom 18. Juni 2009 E. 6.), was der Beschwerdeführer nicht darzulegen vermag.
Das kantonale Gericht hat mit nachvollziehbarer Begründung dargelegt, weshalb die Arztberichte von Dr. med. C._ und die übrigen medizinischen Akten die Gutachten des Instituts X._ nicht in Frage zu stellen vermögen. Dabei hat die Vorinstanz die medizinischen Unterlagen eingehend gewürdigt, sich dabei ausführlich mit den Vorbringen des Beschwerdeführers auseinandergesetzt und schliesslich den Gutachten des Instituts X._ Beweiskraft beigemessen. Mit Blick auf die in bundesrechtskonformer Beweiswürdigung (vgl. <ref-law>, <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) getroffenen, nicht offensichtlich unrichtigen (SZS 2009 S. 133, 9C_599/2008 E. 5) und damit für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153; <ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.) verletzt insbesondere auch der vom kantonalen Gericht gezogene Schluss, der Versicherte weise keinen für den Anspruch auf eine Rente erforderlichen Invaliditätsgrad auf, Bundesrecht nicht.
3. Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten) kann jedoch entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist und die Beschwerde bezüglich der Rügen betreffend den Beweiswert des Gutachtens des Instituts X._ nicht als aussichtslos zu bezeichnen war (<ref-law>). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. März 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Scartazzini