Faits:
A.
Dans la nuit du 23 au 24 février 2010, un incendie est survenu dans le magasin A._ de Saint-Blaise. X._ en était la gérante, B._ y travaillait. Vers 7 h, le 24 février 2010, six hommes du Service d'incendie et de secours sont intervenus au moyen de trois véhicules. Le sinistre, parti de six foyers distincts, a été rapidement circonscrit au moyen d'eau. Des ventilateurs ont toutefois été nécessaires pour rendre le local "viable". Les locaux adjacents au magasin ont dû être longuement aérés. L'incendie a détruit une partie des stocks du magasin A._, causé des dégâts importants au bâtiment pour un montant de 888'405 fr., et endommagé à hauteur de 300'000 fr. le stock du magasin C._.
Par jugement du 8 juin 2012, le Tribunal criminel du Littoral et du Val-de-Travers a condamné X._ pour incendie intentionnel à une peine privative de liberté de deux ans et demi, dont six mois fermes, le solde étant assorti du sursis pendant deux ans, dont à déduire vingt-six jours de détention subie avant jugement.
B.
Par jugement du 27 mai 2013, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté l'appel formé par X._ et confirmé le jugement du 8 juin 2012.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 27 mai 2013. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à son acquittement, à l'allocation d'une indemnité équitable de partie pour les procédures cantonales et à ce que les frais de ces procédures soient mis à la charge de l'Etat. Subsidiairement, elle sollicite que sa peine soit réduite à une durée de deux ans, totalement assortie du sursis pendant deux ans, sous déduction de la détention subie avant jugement, et les frais des procédures cantonales mis à sa charge par moitié seulement. Elle requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1.
La recourante conteste sa condamnation pour incendie intentionnel, arguant qu'elle ne serait pas l'auteur de l'incendie. Elle invoque à cet égard une violation du principe in dubio pro reo en tant que règle sur l'appréciation des preuves et estime que les faits ont été constatés de manière arbitraire.
1.1. La présomption d'innocence, garantie par les art. 32 al. 1 Cst. et 10 CPP, ainsi que son corollaire, le principe in dubio pro reo, concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2a p. 40). Lorsque l'appréciation des preuves est critiquée en référence au principe in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 41). On peut renvoyer sur cette notion aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s. et arrêts cités). En bref, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable pour qu'il y ait arbitraire. Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat.
Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen a été invoqué et motivé de manière précise par le recourant (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 255). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5).
1.2. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir retenu la version donnée par B._ - condamné dans la même cause pour complicité d'incendie intentionnel notamment - durant sa septième audition.
A cette occasion, B._ a reconnu être impliqué dans l'incendie et a accusé la recourante d'en être l'auteur. Malgré la rétractation postérieure de B._, l'autorité précédente a acquis la conviction que la version des faits donnée par ce dernier lors de cette audition était conforme à la réalité. Elle a fondé son appréciation sur de nombreux indices, détaillés dans le jugement attaqué, p. 13 à 15, auxquels on peut ici renvoyer.
A l'encontre de cette appréciation du poids donné aux déclarations de son comparse, la recourante invoque plusieurs arguments de nature purement appellatoire et partant irrecevables. Elle s'appuie également sur des faits qui ne ressortent pas du jugement attaqué sans démontrer l'arbitraire de leur omission, ni même indiquer quel élément du dossier les établirait. Sur ces points, le moyen est irrecevable.
La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu que l'incendie a consisté en une combustion lente, alors même que l'expertise demandée par elle n'a pas été mise en oeuvre. La recourante a sollicité l'administration de ce moyen de preuve en première instance, ce qui lui a été refusé. Il ne ressort pas du jugement d'appel qu'elle ait invoqué de grief contre ce refus. Elle n'a en outre pas sollicité à nouveau l'administration d'une telle expertise (jugement attaqué, p. 8, let. c a contrario). Son moyen, tiré de l'absence d'expertise, est par conséquent infondé. Au demeurant, la lenteur de la combustion pouvait être déduite sans arbitraire du fait que, selon B._, le feu avait été bouté par la recourante vers 22 h 00 - 22 h 30 et qu'il n'a été remarqué que vers 7 h du matin le lendemain. Il pouvait également être déduit des constatations des pompiers qui, à leur arrivée, ont vu de la fumée, mais pas de flammes, et des palettes calcinées, signe compatible avec la fin d'une combustion ayant démarré la veille en fin de soirée (jugement du 8 juin 2012, p. 5). Le moyen est infondé.
Que les locaux incendiés aient été accessibles par une autre porte interne au bâtiment et qu'il existe donc une possibilité qu'un tiers ait accédé aux locauxest insuffisant à rendre insoutenable, au vu des preuves au dossier et notamment des déclarations de B._, le fait que la recourante ait été l'auteur de l'incendie.
La recourante présente une motivation d'ordre purement appellatoire, soit irrecevable, s'agissant du mobile qui a été retenu à son encontre. Sa motivation est au demeurant impropre à démontrer l'arbitraire du fait retenu qu'elle était l'auteur de l'incendie.
2.
La recourante conteste la quotité de la peine prononcée et invoque une violation de l'<ref-law>. Certains éléments n'auraient pas été suffisamment pris en compte ou leur influence sur la culpabilité de la recourante pas été indiquée.
2.1. Pour fixer la peine, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral n'intervient que lorsque l'autorité cantonale a fixé une peine en dehors du cadre légal, si elle s'est fondée sur des critères étrangers à l'<ref-law>, si des éléments d'appréciation importants n'ont pas été pris en compte ou, enfin, si la peine prononcée est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 5.3.1, p. 134 s.). L'exercice de ce contrôle suppose que le juge exprime, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens aggravant ou atténuant (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19 s.). Le juge peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui apparaissent non pertinents ou d'une importance mineure. Il n'est également nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite. Un recours ne saurait en outre être admis simplement pour améliorer ou compléter un considérant lorsque la décision rendue apparaît conforme au droit (<ref-ruling> consid. 2c p. 105 et arrêts cités).
2.2. L'absence d'antécédent, invoquée par la recourante, a un effet neutre sur la fixation de la peine. Elle n'a donc pas à être prise en considération dans un sens atténuant (<ref-ruling>). On comprend à la lecture du jugement attaqué, p. 18, que la situation personnelle de la recourante, qualifiée de "pas des plus faciles", a été prise en considération à décharge. Le jugement d'appel ne viole pas les art. 47 et 50 CP en ne contenant pas de motivation plus précise sur ce point. La recourante soutient avoir toujours travaillé depuis son arrivée en Suisse en 1986 et être mère de trois enfants dont un mineur. Seul ce dernier fait ressort du jugement cantonal et la recourante n'invoque pas de grief d'arbitraire s'agissant de l'omission des autres éléments. Au surplus, on ne voit pas et la recourante ne dit pas en quoi ces faits devraient être pris en considération dans la fixation de sa culpabilité. La recourante allègue également que l'autorité précédente n'aurait pas pris en compte l'effet de la peine sur son avenir et celui de sa famille. Il est inévitable que l'exécution d'une peine ferme d'une certaine durée ait des répercussions sur la vie professionnelle et familiale. Ces conséquences ne peuvent conduire à une réduction de la peine qu'en cas de circonstances extraordinaires (arrêts 6B_99/2012 du 14 novembre 2012 consid. 4.5; 6B_488/2010 du 4 octobre 2010 consid. 2.2). La recourante n'allègue pas de telles circonstances et celles-ci ne ressortent pas du jugement attaqué. Celui-ci n'est dès lors pas lacunaire lorsqu'il n'en fait pas mention dans le considérant relatif à la fixation de la peine. Mal fondé, le grief de la recourante doit être rejeté.
La recourante estime que l'autorité cantonale ne pouvait lui reprocher son absence de collaboration. Elle y voit une violation du principe de non-incrimination, englobant le droit de se taire. Ces garanties sont consacrées aux <ref-law> et 14 al. 3 let. g du Pacte international relatif aux droits civils et politiques (RS 0.103.2). Elles font partie des normes internationales généralement reconnues qui se trouvent au coeur de la notion de procès équitable, selon l'art. 6 par. 1 CEDH (<ref-ruling> consid. 2.6.1 p. 51). De jurisprudence constante, le Tribunal fédéral considère toutefois que le droit de ne pas s'auto-incriminer n'exclut pas la possibilité de considérer comme un facteur aggravant de la peine le comportement du prévenu qui rend plus difficile l'enquête pénale par des dénégations opiniâtres, dont on peut déduire une absence de remords et de prise de conscience de sa faute (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 20; <ref-ruling> consid. 2b p. 25; <ref-ruling> consid. 1 p. 114 et plus récemment arrêts 6B_866/2010 du 19 juillet 2011 consid. 1.4 et 6B_660/2013 du 19 novembre 2013 consid. 2.2). Le grief, tel que formulé, est infondé.
2.3. Pour le surplus, la peine privative de liberté de deux ans et demi, dont six mois fermes, au vu de l'infraction retenue (incendie intentionnel), ne sort pas du cadre légal (art. 40 et 221 CP). Elle a été dûment motivée dans le jugement de première instance, p. 16 ss, auquel le jugement attaqué renvoie. Il en ressort qu'elle a été fixée sur la base de critères pertinents et on n'en discerne pas d'importants qui auraient été omis ou pris en considération à tort. Les éléments à prendre en compte ont par ailleurs été correctement évalués et ont abouti au prononcé d'une peine qui ne peut être qualifiée d'excessive. La sanction infligée ne viole donc pas l'<ref-law>.
3.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Il était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire doit dès lors être refusée (<ref-law>). La recourante supporte les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 13 janvier 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod