Sachverhalt:
A. Die SAirGroup verkaufte der Y._, nunmehr X._ im Dezember 2000 im Rahmen einer "Share Swap Transaction" 250'000 ihrer eigenen Aktien zum aktuellen Marktwert von Fr. 275 pro Aktie ("Initial Price"), total ausmachend Fr. 68,75 Mio ("Equity Notional Amount").
Der Vertrag sah ein "Cash Settlement", d.h. eine spätere Abrechnung über den endgültigen Kaufpreis vor ("Final Price"), indem die SairGroup einen Minderwert bzw. die X._ einen Mehrwert zwischen dem ursprünglichen Kaufpreis ("Initial Price") und dem sich aufgrund des Aktienkurses am Ende der Laufzeit bestimmenden Endabrechnungspreises auszugleichen hatte ("Capital Appreciation" bzw. "Capital Depreciation"). Der Zeitpunkt für das "Cash Settlement" wurde auf ein Jahr nach Vertragsunterzeichnung festgesetzt.
Es bestand keine Rückkaufspflicht der SAirGroup am Ende der Laufzeit. Der Vertrag konnte von der SAirGroup jederzeit und von der X._ unter bestimmten Voraussetzungen vorzeitig gekündigt werden. Von diesem Recht machte die SAirGroup insofern Gebrauch, als sie im März 2001 eine Teilkündigung aussprach und von der X._ 50'000 Aktien zum Preis von Fr. 185 pro Aktie erwarb.
Während der Laufzeit des Vertrages war die SAirGroup zur Zahlung von Zinszahlungen ("Floating Amounts") verpflichtet (LIBOR-Satz plus Spread). Die X._ hatte demgegenüber die als Aktionärin erhaltenen Dividenden an die SAirGroup abzuliefern. Zudem hatte die X._ Anspruch auf Ausgleichszahlungen ("Collaterals"), wenn der Börsenkurs der Aktien unter 50% des "Initial Price" fallen sollte, und umgekehrt hatte die X._ entsprechende Zahlungen an die SAirGroup zu erbringen, wenn der Aktienkurs wiederum auf über 60% dieses Wertes stieg.
Die SAirGroup erbrachte im Jahr 2001 folgende "Collaterals": Fr. 28,25 Mio. am 11. April, Fr. 4,15 Mio. am 20. April, Fr. 2,7 Mio. Am 13. Juni, Fr. 2,9 Mio. am 18. Juni, Fr. 2,6 Mio. am 26. Juni, Fr. 3 Mio. am 21. August, Fr. 3,7 Mio. am 3. September, Fr. 2,9 Mio. Am 7. September, Fr. 2,6 Mio. am 17. September, Fr. 2,7 Mio. Am 19. September und Fr. 2,7 Mio. am 25. September 2001. Umgekehrt zahlte die X._ infolge Ansteigens des Aktienkurses am 4. Mai Fr. 3,8 Mio. und am 29. Juli Fr. 8,4 Mio. an die SairGroup.
Am 5. Oktober 2001 wurde der SAirGroup die provisorische Nachlassstundung bewilligt; am 4. Dezember 2001 wurde sie in eine definitive umgewandelt. Im Rahmen eines am 22. Mai 2003 genehmigten Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung hat die SAirGroup ihr Vermögen an die Gläubiger abgetreten.
B. Für die Differenz zwischen den vorgenannten "Collaterals" und den Rückzahlungen erhob die SAirGroup in Nachlassliquidation am 21. November 2005 eine Anfechtungsklage mit dem Begehren, die X._ sei zur Bezahlung von Fr. 46 Mio. nebst Zins zu 5% seit 20. Juni 2005 zu verpflichten.
Mit Urteil vom 15. Mai 2008 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab.
C. Gegen dieses Urteil hat die SAirGroup in Nachlassliquidation am 26. Juni 2008 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung und "Gutheissung der Klage", eventualiter um Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht. In ihrer Vernehmlassung vom 15. Dezember 2008 verlangt die Beschwerdegegnerin, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen, subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen steht bei paulianischen Anfechtungsklagen mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert grundsätzlich offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Das Handelsgericht des Kantons Zürich war sachlich als einzige kantonale Instanz zuständig und hat einen Endentscheid gefällt (Art. 75 Abs. 2 lit. b und Art. 90 BGG).
Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung der Begründungspflicht gemäss <ref-law> geltend. Aus <ref-law> folgt, dass Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, klar den massgeblichen Sachverhalt und die rechtlichen Schlüsse, die daraus gezogen werden, angeben müssen. Dies ist von Bedeutung im Hinblick auf die unterschiedliche Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Sachverhalts- und Rechtsfragen (Art. 95 bzw. 97 BGG). Genügt der angefochtene Entscheid diesen Anforderungen nicht und ist deshalb das Bundesgericht nicht in der Lage, über die Sache zu befinden, ist er nach <ref-law> aufzuheben und die Angelegenheit an die kantonale Behörde zurückzuweisen (Urteile 4A_267/2007, E. 3; 1B_61/2008, E. 2.2). Davon kann vorliegend keine Rede sein: Das Handelsgericht hat den relevanten Sachverhalt ordnungsgemäss festgestellt und das Bundesgericht hat eine genügende Grundlage, um die aufgeworfenen Rechtsfragen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) zu entscheiden; die Beschwerdeführerin hat denn auch keine Sachverhaltsrügen erhoben bzw. hätte diese mit Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich vorbringen müssen (vgl. <ref-law>/ZH). Ferner hat das Handelsgericht seinen Entscheid auch in rechtlicher Hinsicht umfassend begründet, und die Ausführungen in der Beschwerde zeigen, dass sich die Beschwerdeführerin über dessen Argumentationslinie ein umfassendes Bild machen konnte und offensichtlich in der Lage war, den Entscheid sachgerecht anzufechten.
Die Beschwerdegegnerin hat einen Hauptantrag auf Nichteintreten gestellt. Dieser Antrag bleibt indes unbegründet und es ist auch nicht ersichtlich, weshalb auf die Beschwerde insgesamt nicht eingetreten werden könnte. Sie ist folglich materiell zu behandeln.
2. Anfechtbar sind alle Rechtshandlungen, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Pfändung oder Konkurseröffnung in der dem anderen Teil erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen (<ref-law>). Der Anfechtung nach diesen Grundsätzen unterliegen gemäss <ref-law> auch die Rechtshandlungen, welche der Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommen hat.
Als erstes Tatbestandsmerkmal muss eine Schädigung der anderen Gläubiger durch Beeinträchtigung der Exekutionsrechte vorliegen, indem ihre Befriedigung im Rahmen der General- oder Spezialexekution oder ihre Stellung im Vollstreckungsverfahren wegen der Bevorzugung des einen Gläubigers beeinträchtigt wird. Die tatsächliche Schädigung wird zugunsten der Konkursmasse vermutet, wobei dem Anfechtungsbeklagten der Gegenbeweis offen steht, dass die anderen Gläubiger auch bei richtigem Verhalten des Schuldners zum gleichen Verlust gekommen wären, dient doch die Anfechtungsklage nicht der Bestrafung des beklagten Gläubigers, sondern der Wiederherstellung des Zustandes, in welchem sich ohne das angefochtene Geschäft das zur Befriedigung der übrigen Gläubiger dienende Vermögen des Schuldners im Zeitpunkt der Konkurseröffnung befunden hätte (<ref-ruling> E. 2a S. 189 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 33; <ref-ruling> E. 4.1 S. 617).
An einer Schädigung fehlt es auch, wenn die angefochtene Rechtshandlung im Austausch gleichwertiger Leistungen besteht, es sei denn, der Schuldner habe mit dem Geschäft den Zweck verfolgt, über seine letzten Aktiven zum Schaden der Gläubiger verfügen zu können, und sein Geschäftspartner habe das erkannt oder bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit erkennen müssen (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 34; <ref-ruling> E. 4a S. 94; <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 238; <ref-ruling> E. 3.1 S. 455). Ein Austausch gleichwertiger Leistungen liegt namentlich vor, wenn der Schuldner gegen Bestellung eines Pfandes ein Darlehen erhält (BGE 53 III 79), wenn ihm gegen Bestellung eines Pfandes Ware auf Kredit geliefert wird (BGE 63 III 150 E. 3 S. 155), wenn er ihm gehörende Sachen gegen Zahlung des vollen Gegenwertes veräussert (BGE 65 III 142 E. 5 S. 147; 79 III 175) oder wenn ihm bei einem Finanzierungsgeschäft der volle Gegenwert der von ihm unter Garantie der Einbringlichkeit abgetretenen Forderungen vergütet wird (BGE 74 III 84 E. 3 S. 88).
All diesen Geschäften ist gemeinsam, dass der Schuldner anstelle der von ihm veräusserten oder verpfändeten Vermögenswerte Ware oder Geld erhält. Wenn der Schuldner dagegen anstelle der von ihm veräusserten Vermögensstücke bloss eine Forderung erwirbt oder wenn er Geld oder andere Vermögenswerte zum blossen Zweck der Tilgung einer Forderung hingibt, tauscht er für seine Leistung keine Gegenleistung ein, die eine Schädigung der Gläubiger von vornherein ausschliessen würde (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 34). Insbesondere ist beim Darlehensvertrag die Rückzahlung nicht eine (gleichwertige) Gegenleistung für die Hingabe des Darlehensbetrages, sondern die Erfüllung der mit der Darlehensaufnahme eingegangenen Pflicht zu späterer Rückzahlung; sie bewirkt deshalb - unter Vorbehalt von Konkursprivilegien und dinglichen Vorrechten - regelmässig eine Schädigung der anderen Gläubiger (BGE <ref-ruling> E. 5 S. 38; <ref-ruling> E. 3.1 S. 455). Eine Schädigung der anderen Gläubiger tritt auch ein, wenn nachträglich eine Sicherheit bestellt wird, und zwar selbst dann, wenn sich der Schuldner zu deren Bestellung bereits bei der Kreditaufnahme verpflichtet hat (<ref-ruling> E. 4 S. 91; nachträgliche Bestellung bei ursprünglicher Verpflichtung in BGE <ref-ruling> E. 4a S. 94 allerdings als Grenzfall bezeichnet).
3. Das Handelsgericht hat die Gläubigerschädigung verneint mit der Begründung, der "Total Return Swap" sei ein Kreditderivat, das keiner Partei Spekulationsgewinne, aber beiden Seiten gleichermassen Vorteile bieten soll. Die Beschwerdegegnerin habe das Risiko eines Kursverlustes nicht übernehmen müssen, während die Beschwerdeführerin mit der "Share Swap Transaction" durch Verkauf eigener Aktien gebundene Mittel in ungebundene Liquidität habe umwandeln können, ohne auf den aus den Aktien erzielbaren Nutzen verzichten zu müssen. Es sei um die Beschaffung von Liquidität gegen Hingabe von Aktien als Gegenwert gegangen, wobei sich die beiden Grössen im Rahmen des Austauschverhältnisses jeweils hätten entsprechen sollen. Der Aktienwert sei jedoch nicht täglich mit dem Wert der zur Verfügung gestellten Liquidität verglichen worden; vielmehr seien eine Abrechnung am Ende der Laufzeit sowie "Collaterals" während der Laufzeit vorgesehen gewesen. Diese stellten keine (nachträgliche) Sicherheitsleistung dar, sondern vorgezogene Ausgleichszahlungen und damit eine gleichwertige Gegenleistung für das Aufrechterhalten der zur Verfügung gestellten Liquidität. Insofern seien die anderen Gläubiger durch die Zahlung der "Collaterals" nicht geschädigt worden und die Anfechtungsklage sei deshalb abzuweisen. Im Sinn einer selbständigen Alternativbegründung hat das Handelsgericht sodann auch die Erkennbarkeit einer allfälligen Schädigungsabsicht verneint.
Die Beschwerdeführerin behauptet eine Verletzung von <ref-law> und <ref-law>. Mit Bezug auf die Gläubigerschädigung macht sie zusammengefasst geltend, es sei ein fixes Darlehen in der Höhe von Fr. 68,75 Mio. gewährt worden. Die "Collaterals" würden deshalb nachträglich bestellte Sicherheiten darstellen, und mit deren Überweisung seien Mittel abgeflossen, die ansonsten im Zeitpunkt der Nachlassstundung noch vorhanden gewesen wären. Nicht anders würde es sich verhalten, wenn die "Collaterals" als vorzeitige Ausgleichszahlungen angesehen würden, weil sie diesfalls als teilweise Darlehensrückzahlungen anzusehen wären.
Dagegen bringt die Beschwerdegegnerin im Wesentlichen vor, typisches Merkmal eines Swap-Geschäftes sei der Austausch von Zahlungsströmen in beiden Richtungen, wobei die einzelnen periodisch auszutauschenden Leistungen als "Subsynallagmata" aufzufassen seien. Im Übrigen habe sie im Rahmen dieser Zahlungsströme insgesamt einen Verlust von mehreren Millionen erlitten und das Vermögen der Beschwerdeführerin wäre im Zeitpunkt der Bewilligung der Nachlassstundung ohne die "Share Swap Transaction" sogar kleiner gewesen, so dass keine Schädigung der anderen Gläubiger vorliege.
4. Bei Swap-Vereinbarungen geht es um den gegenseitigen Austausch von Zahlungsströmen während einer bestimmten Vertragsdauer (vgl. Definitionen bei Loretan, Der Swapvertrag, Diss. Zürich 1996, S. 14. f). Nebst verschiedenen anderen Erscheinungsformen (zur Übersicht vgl. Häusler, Die vertraglichen Grundlagen im Bereich des Handels mit derivativen Finanzinstrumenten, Diss. Basel 1996, S. 99) sind am weitesten verbreitet der Zins-Swap, wonach periodisch gegenseitige Zahlungsströme (Zinszahlungen) in der gleichen Währung ausgetauscht werden, der Währungs-Swap, bei dem der Austausch in verschiedenen Währungen erfolgt, sowie die Kombination der beiden Elemente (Zobl/Werlen, 1992 ISDA-Master Agreement unter besonderer Berücksichtigung der Swapgeschäfte, Zürich 1995, S. 30 ff.; Weber, Swap-Geschäfte, in: Innominatverträge, Zürich 1988, S. 303 ff.; Ammann, Erscheinungsformen und Rechtsnatur der Swap- und swapähnlichen Geschäfte auf dem Kapitalmarkt, Diss. Zürich 1990, S. 18 ff.).
Der "Total Return Swap" im Speziellen ist ein Kreditderivat, bei welchem der Sicherungsnehmer mit dem Sicherungsgeber die Erträge aus einem Referenzaktivum sowie dessen Wertsteigerungen gegen die Zahlung eines Bezugszinses periodisch austauscht; der Sicherungsgeber übernimmt somit neben dem Kreditrisiko des Referenzaktivums auch dessen Marktpreisrisiko. Die zu leistende Prämienzahlung basiert üblicherweise auf einem variablen Zinssatz (z.B. LIBOR) inklusive eines Zu- beziehungsweise Abschlags, der hauptsächlich von der Bonität des Referenzaktivums sowie der Kreditwürdigkeit beider Kontrahenten abhängt (Monatsbericht der Deutschen Bundesbank vom April 2004, 56. Jahrgang, Nr. 4, S. 30; vgl. ferner die Umschreibungen des "Total Return Swap" bei Boemle/Gsell, Geld-, Bank- und Finanzmarkt-Lexikon der Schweiz, Zürich 2002, S. 1030; Emch/Renz/Arpagaus, Das schweizerische Bankgeschäft, 6. Aufl., Zürich 2004, N. 2080).
5. Die vorliegende "Share Swap Transaction", die im Übrigen auf die "2000 ISDA Definitions", "1998 ISDA Euro Definitions" und "1996 ISDA Equity Derivatives Definitions" verweist, beruht auf den genannten Grundsätzen. Die Beschwerdeführerin verpflichtete sich zu Zinszahlungen auf der Basis des LIBOR (London Inter-Bank Offered Rate) plus Spread, während die Beschwerdegegnerin die aus den Aktien bezogenen Dividenden zu überweisen hatte. Sodann löste das Unterschreiten eines vordefinierten Kurswertes des Referenzaktivums "Collaterals" an die Beschwerdegegnerin aus ("Share Price Event") und das spätere Überschreiten eines bestimmten Wertes wiederum Zahlungen an die Beschwerdeführerin. Schliesslich sollte am Ende der Vertragsdauer auf der Basis des Kurswertes in jenem Zeitpunkt über den definitiven Kaufpreis der Aktien abgerechnet werden. Wesensmerkmal der zwischen den Parteien abgeschlossenen Vereinbarung war mithin der Austausch verschiedener Zahlungsströme nach festen, vorab vereinbarten Kriterien und Ereignissen während und am Ende der Vertragsdauer.
Die Vereinbarung als Ganzes ist ein Innominatkontrakt und weist Merkmale verschiedener gesetzlich geregelter Vertragstypen auf. Von der rechtlichen Grundstruktur her erscheint die Transaktion im äusseren Kleid eines Kaufvertrages ("Y._ will acquire the Number of Shares"), bei welchem eine bestimmte Anzahl von Aktien zu ihrem aktuellen Kurswert ("Initial Price") veräussert und damit ins Eigentum der anderen Vertragspartei überführt wurden, wobei über den Kaufpreis zu einem späteren Zeitpunkt nach genau vereinbarten Modalitäten definitiv abgerechnet werden sollte ("Final Price"). Ein solches Vorgehen vermag den Anforderungen an die Bestimmtheit bzw. Bestimmbarkeit des Kaufpreises zu genügen (für das schweizerische Recht vgl. <ref-law>), bemisst sich doch die endgültige Preisfestsetzung nach vorbestimmten, objektiven Kriterien. Das Kaufvertragsrecht erfasst freilich nicht die Gesamtheit der Vereinbarung; so zeichnet sich der "Total Return Swap" durch eine feste Laufzeit aus, was einem klassischen Veräusserungsgeschäft fremd ist. Das durative Element besteht in der Gewährung von Liquidität gegen Veräusserung von Vermögenswerten und im Austausch verschiedener damit zusammenhängender Zahlungsströme während der vereinbarten Vertragsdauer, die ihrerseits zu einem grossen Teil nicht kaufrechtlicher Natur sind.
Was das durative Element anbelangt, weist die "Share Swap Transaction" eine Gemeinsamkeit mit dem Darlehensvertrag auf; ansonsten hat sie aber mit diesem nichts gemein: Zunächst bestand die Vereinbarung nicht in einer mit der Verpflichtung zu späterer Rückzahlung verbundenen Hingabe einer fixen Geldsumme, sondern in einer Veräusserung von Aktien, wobei über den definitiven Kaufpreis erst später abgerechnet werden sollte. Sodann wird beim Darlehen ein unabhängiges Forderungsrecht auf Rückzahlung begründet, während die Swap-Geschäfte vom Austausch verschiedener gegenseitiger Zahlungsströme geprägt sind und dabei keine unabhängigen Forderungsrechte entstehen, sondern die gegenseitige Erfüllung das zentrale Moment ist (AMMANN, a.a.O., S. 75). Daran ändern auch allfällige Zinszahlungen nichts; diese fliessen nur in einer Richtung, und zwar in der gleichen wie die Rückzahlung, weshalb beim Darlehen nicht von einem gegenseitigen Austauschverhältnis gesprochen werden kann. Schliesslich erfüllt die "Share Swap Transaction" alle Kriterien des vollkommen zweiseitigen Vertrages (ZOBL/WERLEN, a.a.O., S. 46; LORETAN, a.a.O., S. 87). Demgegenüber ist das Darlehen nach konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung typischerweise ein unvollkommen zweiseitiger Vertrag (<ref-ruling> E. 4a S. 334; <ref-ruling> lit. b S. 192); die allenfalls hinzutretende Verzinsung stellt zwar eine Gegenleistung für die Geldgewährung dar, ist aber für den Darlehensvertrag begrifflich unwesentlich (<ref-ruling> E. 4a S. 334).
Was das Element der Veräusserung von Aktien anbelangt, so ist eine Nähe zur Sicherungsübereignung, bei der es gegen aussen ebenfalls zu einer Übertragung der Sicherungsobjekte kommt, nicht zu verkennen, umso mehr als die aus den Aktien fliessenden Erträge an die Beschwerdeführerin zu überweisen waren. Allerdings besteht das Wesensmerkmal der Sicherungsübereignung darin, dass die Sicherungsobjekte nicht definitiv übertragen, sondern vom Sicherungsnehmer treuhänderisch gehalten werden und nach Rückzahlung des Kredites ins Eigentum des Sicherungsgebers rückübertragen werden sollen; der Sicherungsnehmer ist deshalb im Innenverhältnis durch das Pactum fiduciae obligatorisch gebunden und darf über die Sicherungsobjekte nicht wie ein eigentlicher Eigentümer verfügen (statt vieler: Zobl, Berner Kommentar, syst. Teil vor <ref-law>, N. 1300, 1374, 1438 und 1443). Demgegenüber bezweckten die Parteien im vorliegenden Fall keine Sicherungsübereignung mit späterer Rückübertragungspflicht, sondern die definitive Veräusserung von Aktien, sollten doch diese am Ende der Laufzeit grundsätzlich bei der Beschwerdegegnerin verbleiben (die Rückübertragung war allerdings im Sinn einer Option möglich: "Optional Stock Settlement" gemäss Ziff. 3 des Vertrages) bzw. durch diese mit gehörigen Anstrengungen an Dritte verkauft und im Rahmen eines "Cash Settlement" auf der Basis des "Final Price" abgerechnet werden, den die Parteien als "The weighted average of the Selling Prices per Share obtained by Y._ or its Affiliate for such Shares" definierten.
6. Ausgehend von den vorstehenden Ausführungen zum "Total Return Swap" sind die "Collaterals" und deren Anfechtbarkeit näher zu untersuchen.
Zunächst ist festzuhalten, dass die Parteien entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin keinen Darlehensvertrag abgeschlossen haben; einzig das durative Element hat die "Share Swap Transaction" mit dem Darlehen gemeinsam, ansonsten unterscheidet sie sich aber in jeder Hinsicht (im Einzelnen E. 5), insbesondere was die gegenseitigen Zahlungsströme und das Vertragssynallagma anbelangt. Während das Darlehen nach der zitierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung einen unvollkommen zweiseitigen Vertrag darstellt, erfüllt die "Share Swap Transaction" nach dem Gesagten unabhängig von ihrer Einordnung im System der gesetzlichen bzw. der Innominatkontrakte alle Kriterien des vollkommen zweiseitigen Vertrages. Damit stellen die "Collaterals" entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin keine Darlehens(teil)rückzahlung dar.
Entgegen der weiteren Behauptung der Beschwerdeführerin stellen die "Collaterals" auch keine nachträglich bestellten Sicherheiten dar. Solche würden vorliegen, wenn die Beschwerdeführerin bei sinkendem Aktienkurs zur Übertragung weiterer Aktien bis zur wertmässigen Deckung des ursprünglich ausbezahlten Betrages verpflichtet gewesen wäre. Die Parteien haben indes gerade das Gegenteil vereinbart: Es sollte nicht der ursprüngliche Betrag durch nachträgliche Erhöhung der Sicherheiten wiederum voll gedeckt, sondern der Umfang der zur Verfügung gestellten Liquidität dem gesunkenen Gegenwert der Aktien angepasst werden, indem bei Eintritt eines "Share Price Event" jeweils eine vorgezogene Abrechnung über den Kaufpreis der Aktien vorzunehmen war.
Wie erwähnt beabsichtigten die Parteien eine Abrechnung über den Kaufpreis der Aktien am Ende der Vertragsdauer auf der Basis des "Final Price". Bei stark marktschwankenden Referenzaktiva kommt es während der Laufzeit naturgemäss zu grossen Disparitäten zwischen den ausgetauschten bzw. auszutauschenden Leistungen. Hierfür bedurfte es regelmässiger Ausgleichszahlungen, weil das Marktpreisrisiko für die verkauften Aktien während der Vertragsdauer grundsätzlich bei der Beschwerdeführerin verbleiben sollte. Allerdings sollte nicht jede Marktpreisbewegung zu sofortigen Ausgleichszahlungen führen, sondern nur Schwankungen jenseits von vorbestimmten Schwellenwerten; die Beschwerdegegnerin übernahm mit anderen Worten einen Teil des Marktpreisrisikos.
Die "Collaterals" erscheinen somit in rechtlicher Hinsicht als vorgezogene periodische Anpassung an den für die spätere Abrechnung massgeblichen "Final Price". Wirtschaftlich stellen sie einen Ausgleich für den gesunkenen Marktwert der Gegenleistung dar, und innerhalb des Gesamtsystems der gegenseitigen Ausgleichsströme waren sie die Gegenleistung für die weitere Zurverfügungstellung von Liquidität. In der Lehre wird dies dahingehend charakterisiert, dass die Swap-Vereinbarung als solche ein "Globalsynallagma" und die einzelnen periodisch auszutauschenden Leistungen ein "Subsynallagma" bilden (ZOBL/Werlen, a.a.O., S. 46 f.; zustimmend Loretan, a.a.O., S. 87, der in Fn. 334 allerdings darauf hinweist, dass es [vorliegend nicht relevante] Swap-Geschäfte gibt, bei denen während der Vertragsdauer nur in einer Richtung Zahlungsströme fliessen). Das Handelsgericht hat im Übrigen festgestellt, dass die Beschwerdegegnerin bei Ausbleiben der "Collaterals" zur sofortigen Vertragsbeendigung berechtigt gewesen wäre ("Y._ shall have the right to terminate this Transaction", Ziff. 4 des Vertrages). Nach dem "ISDA Master Agreement", worauf die "Swap Share Transaction" verweist, wird das Gesamtgeschäft bei Nichteinhaltung des Zahlungstermins für eine Einzelleistung sogar automatisch hinfällig (vgl. ZOBL/WERLEN, a.a.O., S. 55). Es wäre demnach zum "Cash Settlement" oder optionalen "Physical Settlement" mit sofortiger Abrechnung auf der Basis des aktuellen Aktienwertes gekommen und die Beschwerdeführerin hätte sich am Markt anderweitig mit Liquidität eindecken müssen. Ihre Vermögenslage hätte sich mithin bei einer Verweigerung von "Collaterals" nicht anders präsentiert als mit deren vertragsgemässen Zahlung. Wesentlich ist in diesem Zusammenhang schliesslich, dass keine der beiden Parteien direkten Einfluss auf die Kursentwicklung und damit auf den jeweiligen Wert der auszutauschenden Leistungen hatte und dass die Kursentwicklung bei Abschluss der Vereinbarung nach den Feststellungen des Handelsgerichts nicht voraussehbar war.
7. Zusammenfassend ergibt sich, dass das Handelsgericht das objektive Tatbestandsmerkmal der Gläubigerschädigung zu Recht verneint hat. Scheitert die Anfechtungsklage bereits daran, wird die sich lediglich auf die Schädigungsabsicht und Erkennbarkeit beziehende Rüge der angeblichen Verletzung des Rechtes auf Beweis (<ref-law>) ebenso gegenstandslos wie die rechtlichen Ausführungen im Zusammenhang mit diesen beiden Tatbestandsmerkmalen der Anfechtungspauliana.
8. Ist die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen, wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 80'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 100'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli