Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) hat bei der X._ Kranken- und Unfallversicherung (Beschwerdegegnerin) eine Unfallzusatzversicherung abgeschlossen. Am 29. September 2002 stolperte er und erlitt ein Spreiztrauma des linken Hüftgelenks und ein Distorsionstrauma des rechten Kniegelenks. Am folgenden Tag begab er sich zu seinem Hausarzt, der eine massiv schmerzhaft eingeschränkte Flexion der Innen- wie Aussenrotation im Bereich des linken Hüftgelenks feststellte. Die Röntgenbilder des Beckens zeigten einen schwer deformierten Hüftgelenkkopf links. Der Hausarzt überwies den Beschwerdeführer daher dem Hüftchirurgen des Balgristspitals in Zürich. Am 17. Oktober 2002 meldete sich der Beschwerdeführer in Abwesenheit seines Hausarztes wegen intensiver Schmerzen trotz Gehens an Stöcken bei Dr. med. B._. Gemäss dessen Bericht vom 18. Oktober 2002 an die Beschwerdegegnerin stand anlässlich der erwähnten Konsultation die massive Spreizverletzung der linken Hüfte im Vordergrund, durch welche eine vorbestehende asymptomatische Hüftarthrose akut schmerzhaft geworden ist. Nach dem Sturz vom 29. September 2002 sei eine dringliche Indikation zur Operation des linken Hüftgelenks entstanden.
Am 25. November 2002 unterzog sich der Beschwerdeführer einer Hüftendoprothesenoperation (Totalprothesenarthroplastik des linken Hüftgelenks). In der Folge war er bis zum 15. März 2003 zu 100 % und vom 16. März 2003 bis zum 30. April 2003 zu 50 % arbeitsunfähig.
B. Mit Klage vom 23. Dezember 2003 beantragte der Beschwerdeführer dem Kantonsgericht Nidwalden, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm aus dem Unfallereignis vom 29. September 2002 Fr. 113'215.60 nebst 5 % Zins auf Fr. 23'215.60 (Taggeld) seit mittlerem Verfall (1. Februar 2003) und auf Fr. 90'000.-- (Invaliditätskapital) seit 1. Mai 2003 zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin widersetzte sich der Klage und verkündete der Y._ Versicherungsgesellschaft AG den Streit. Diese beteiligte sich als Nebenintervenientin am Prozess. Das Kantonsgericht wies die Klage am 17. Mai 2006 ab. Es verneinte den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und den Beschwerden, welche die Hüftendoprothesenoperation erforderlich machten. Auf Appellation des Beschwerdeführers hob das Obergericht des Kantons Nidwalden das Urteil auf und wies die Angelegenheit an das Kantonsgericht zur Neubeurteilung zurück. Dieses verpflichtete die Beschwerdegegnerin in teilweiser Gutheissung der Klage am 8. August 2007, dem Beschwerdeführer aus dem Unfallereignis Fr. 22'148.95 zuzüglich 5 % Zins auf Fr. 2'148.95 (Taggeld) seit 1. Februar 2003 und auf Fr. 20'000.-- (Invaliditätskapital) seit 1. Mai 2003 zu bezahlen. Der Beschwerdeführer zog dieses Urteil wiederum an das Obergericht weiter mit dem Antrag, die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 63'215.60 (Fr. 23'215.60 Taggeld und Fr. 40'000.-- Invaliditätskapital) nebst Zins zu verpflichten. Die Beschwerdegegnerin erhob Anschlussappellation und verlangte die Rückerstattung von Fr. 1'771.45 Taggeld sowie die Festsetzung des Invaliditätskapitals auf Fr. 20'000.--. Mit Urteil vom 10. April 2008 wies das Obergericht die Appellation ab. Die Anschlussappellation hiess es dagegen teilweise gut, hob das vorinstanzliche Urteil auf und verpflichtete die Beschwerdegegnerin, dem Beschwerdeführer aus dem Unfallereignis vom 29. September 2002 Fr. 20'000.-- (Invaliditätskapital) zuzüglich 5 % Zins seit 1. Mai 2003 zu bezahlen.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 10. April 2008 aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm Fr. 59'295.20 zu bezahlen, davon Fr. 19'295.20 restanzliches Taggeld und Fr. 40'000.-- Invaliditätskapital, zuzüglich 5 % Zins auf Fr. 19'295.20 seit 1. Februar 2003 (mittlerer Verfall) und auf Fr. 40'000.-- seit 1. Mai 2003. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während die Vorinstanz auf Vernehmlassung verzichtet hat.

Erwägungen:
1. Nach dem angefochtenen Entscheid ist unbestritten, dass es sich beim Unfallereignis vom 29. September 2002 um ein durch die vom Beschwerdeführer abgeschlossene Unfallzusatzversicherung gedecktes Risiko handelt und dass andererseits mit der Coxarthrose an der linken Hüfte ein krankhafter Vorzustand vorlag. Fest steht auch, dass der natürliche und adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und den gesundheitlichen Beeinträchtigungen, welche die Operation des linken Hüftgelenks mit der anschliessenden Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers erforderlich machten, gegeben ist. Uneins sind sich die Parteien dagegen über die Frage, ob die Beschwerdegegnerin nach den AVB berechtigt ist, aufgrund des Vorzustandes einen Abzug auf den Versicherungsleistungen vorzunehmen.
2. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, nach den einschlägigen AVB verbiete sich bei den Taggeldleistungen ein Abzug im Umfang unfallfremder Ursachen der Körperschädigung.
2.1 Ist hinsichtlich der Tragweite einer (AVB-) Klausel der vorformulierten allgemeinen Versicherungsbedingungen (AVB) ein übereinstimmender wirklicher Wille der Parteien nicht festgestellt, richtet sich deren Auslegung grundsätzlich nach den gleichen Regeln wie jene individuell verfasster Vertragsklauseln (<ref-ruling> E. 1.3 S. 227 f. mit Hinweis), wobei zu eruieren ist, wie der Versicherungsnehmer die AVB nach Treu und Glauben verstehen durfte (<ref-ruling> E. 3.3 S. 681 f.). Von der global erklärten Zustimmung zu allgemeinen Vertragsbedingungen sind indessen alle ungewöhnlichen Klauseln ausgenommen, auf deren Vorhandensein die schwächere oder weniger geschäftserfahrene Partei nicht gesondert aufmerksam gemacht worden ist, da davon auszugehen ist, dass ein unerfahrener Vertragspartner ungewöhnlichen Klauseln, die zu einer wesentlichen Änderung des Vertragscharakters führen oder in erheblichem Masse aus dem gesetzlichen Rahmen des Vertragstypus fallen, nicht zustimmt. Je stärker eine Klausel die Rechtsstellung des Vertragspartners beeinträchtigt, desto eher ist sie als ungewöhnlich zu qualifizieren (<ref-ruling> E. 1.3 S. 227 f. mit Hinweisen). Die Ungewöhnlichkeit beurteilt sich aus der Sicht des Zustimmenden im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses, bezogen auf den Einzelfall. Die fragliche Klausel muss zu einer wesentlichen Änderung des Vertragscharakters führen oder in erheblichem Masse aus dem gesetzlichen Rahmen des Vertragstypus fallen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 7 mit Hinweis). Diese Auslegungsgrundsätze werden vom Bundesgericht als Rechtsfragen frei überprüft (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 610 mit Hinweisen).
2.2 Art. 13 der einschlägigen Allgemeinen Bestimmungen (Ausgabe 10.01) findet sich im Abschnitt "Schadensfälle". Er trägt die fettgedruckte Überschrift: "Welchen Einfluss haben Umstände, die nicht auf den Unfall zurückzuführen sind?" und lautet wie folgt:
"Ist der Unfall nur teilweise die Ursache für eine Beeinträchtigung der Gesundheit, eine Invalidität oder einen Todesfall, wird nur ein Teil der versicherten Leistungen ausbezahlt. Der Betrag wird durch ein medizinisches Gutachten festgelegt."
2.2.1 Art. 13 AVB macht deutlich, dass die Versicherungsleistungen für die in Art. 6 AVB (Todesfall) und Art. 7 AVB (Invalidität) geregelten Risiken im Umfang der Mitwirkung unfallfremder Ursachen reduziert werden. Demgegenüber knüpft die "Taggeldversicherung im Falle einer Arbeitsunfähigkeit" gemäss Art. 8 ABV nicht unmittelbar an die in Art. 13 ABV erwähnte Beeinträchtigung der Gesundheit, sondern an die Arbeitsunfähigkeit an. Sie ist ihrem Wesen nach Erwerbsausfallversicherung, sei sie als Schadens- oder als Summenversicherung ausgestaltet (GEBHARD EUGSTER, Vergleich der Krankentaggeldversicherung [KTVG] nach KVG und nach VVG, in: von Kaenel [hrsg]., Krankentaggeldversicherung: Arbeits- und versicherungsrechtliche Aspekte, S. 48 f.). Befürchtetes Ereignis (zur Definition vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 512 f. mit Hinweis) bei der Taggeldversicherung ist denn auch nicht die Gesundheitsschädigung als solche, die zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat, sondern diese selbst (vgl. EUGSTER, a.a.O., S. 56). In Art. 13 AVB ist weder von Arbeitsunfähigkeit noch von Erwerbsausfall die Rede, sondern von der "Beeinträchtigung der Gesundheit". Diese ist unmittelbare Ursache der Kosten, die nach Art. 9 AVB ("Tagespauschale im Falle eines Spitalaufenthalts") und 10 AVB ("Heilungskosten und diverse Kosten") von der Versicherung erfasst sind. Soweit die "Arbeitsunfähigkeit" gemäss Art. 8 AVB die "versicherte Leistung" auslöst, dient diese nicht in erster Linie dem Ausgleich der gesundheitlichen Beeinträchtigung als solcher. Vielmehr suggeriert der Titel von Art. 8 AVB, dass es um Erwerbsersatz beziehungsweise die Abfederung der Folgen einer unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit geht. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz geht aus dem Wortlaut nicht ohne Weiteres hervor, dass Art. 13 AVB sich auch auf Taggelder bei Arbeitsunfähigkeit bezieht.
2.2.2 Der Wortlaut allein ist jedoch nicht ausschlaggebend. Nach der systematischen Stellung von Art. 13 AVB unter dem Abschnitt "Schadensfälle" kann sich die Bestimmung auf sämtliche zuvor umschriebenen versicherten Risiken beziehen. Aus Art. 13 AVB erschliesst sich dem Leser die Absicht des Verfassers, die vertraglichen Leistungen nur in dem Ausmass zu erbringen, als der Versicherungsfall einem Unfall zuzuordnen ist, und zwar ungeachtet der Frage, ob das Unfallgeschehen eine Gesundheitsbeeinträchtigung, Invalidität oder den Tod zur Folge hatte. Dies ist für den Versicherungsnehmer namentlich mit Blick auf den allgemein formulierten Titel von Art. 13 AVB "Welchen Einfluss haben Umstände, die nicht auf den Unfall zurückzuführen sind?" klar ersichtlich. Im Übrigen ist eine unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit ohne gesundheitliche Beeinträchtigung kaum vorstellbar.
2.3 Der Beschwerdeführer ist allerdings der Auffassung, Art. 7 AVB sehe für die Bemessung des Invalidenkapitals bereits eine Leistungskürzung wegen krankhafter Vorzustände vor. Dies widerlege die These der Vorinstanz, Art. 13 AVB komme eine übergeordnete Stellung zu und die dort vorgesehene Leistungskürzung gelte für alle Bereiche, mitunter auch den Taggeldbereich.
2.3.1 Art. 7.3 Abs. 6 AVB lautet wie folgt:
"waren die durch den Unfall betroffenen Körperteile bereits vor dem Unfall teilweise/vollständig verloren oder gebrauchsunfähig, wird der Invaliditätsgrad nach Abzug des vorbestandenen Invaliditätsgrades, nach den oben erwähnten Prinzipien festgesetzt;"
Art. 7.3 und Art. 13 AVB haben unterschiedliche Regelungsgegenstände. Art. 7.3 AVB handelt von der Bemessung der unfallbedingten Invalidität, die in Relation zu einer vorbestandenen zu bestimmen ist, da es in Bezug auf letztere von vornherein an der Voraussetzung gebricht, dass die Erwerbsunfähigkeit infolge des versicherten Ereignisses, eines Unfalls, voraussichtlich dauernd beeinträchtigt ist. In Art. 7.3 AVB wird mit Bezug auf eines der leistungsbegründenden Ereignisse (Invalidität) der versicherte Schaden definiert. Den Parteien steht aber frei, zu vereinbaren, dass die Leistungspflicht für einen auf diese Weise bestimmten Schaden nur in dem Ausmass besteht, als für dessen Eintritt tatsächlich die versicherte Gefahr (der Unfall) und nicht andere Faktoren ursächlich waren. In diesem Sinne sieht Art. 13 AVB vor, dass eine Reduktion der vereinbarten Leistung Platz greift, soweit die Invalidität in dem gemäss Art. 7.3 AVB festgelegten Grade (bzw. der Tod oder die Beeinträchtigung der Gesundheit) durch unfallfremde Faktoren mitverursacht wurde.
2.3.2 Zu einer doppelten Berücksichtigung der vorbestandenen Invalidität kommt es dabei nicht, stellt doch "die Invalidität" gemäss Art. 13 AVB bereits die Differenz zwischen gänzlicher Gesundheit und vorbestandener Invalidität dar. Art. 13 AVB gewährleistet, dass Versicherungsdeckung nur zu leisten ist, soweit sich das versicherte und nicht ein anderes Risiko, z. B. Krankheit, verwirklicht hat. Diese Bestimmung trägt damit den konkurrierenden Kausalitäten auf zulässige Weise Rechnung und begrenzt die Leistungspflicht auf den unfallinduzierten Anteil. Bei der Bemessung der Invalidität des Beschwerdeführers fiel denn auch einzig der Status nach Operation, jedoch keinerlei vorbestehende Invalidität in Betracht. Art. 7.3 AVB gelangte mithin nicht zur Anwendung.
2.4 Der Beschwerdeführer macht geltend, Sinn und Zweck der Taggeldversicherung sei es, den Verunfallten sofort vor Finanzengpässen zu schützen. Wenn die definitive Ausmittlung der Taggeldhöhe durch medizinische Gutachten festgelegt werden müsste, würde dieser Zweck vereitelt. Auch diese Argumentation überzeugt indessen nicht, da es bei der Taggeldversicherung grundsätzlich um unfallbedingten Erwerbsausfallsersatz und nicht um die Überbrückung finanzieller Engpässe geht.
2.5 Auch soweit sich der Beschwerdeführer auf die Ungewöhnlichkeitsregel beruft, dringt er damit nicht durch. Dass Versicherungsleistungen nur beansprucht werden können, soweit das versicherte Ereignis (Invalidität, gesundheitliche Beeinträchtigung, Arbeitslosigkeit) tatsächlich durch die Verwirklichung der versicherten Gefahr eingetreten ist, wird jedem Versicherungsnehmer einleuchten. Wenn der Beschwerdeführer eine als solche bezeichnete Unfallversicherung abschliesst, kann nicht überraschen, dass die Versicherung nur in dem Ausmass leistungspflichtig wird, in welchem der Personenschaden bzw. die daraus entstehende Arbeitsunfähigkeit tatsächlich auf den Unfall zurückzuführen ist.
2.6 Da sich dem Leser die Bedeutung von Art. 13 AVB im Gesamtzusammenhang ohne Weiteres erschliesst, bleibt für die Anwendung der Unklarheitenregel, auf die sich der Beschwerdeführer beruft, von vornherein kein Raum (<ref-ruling> E. 2.2.2.3 S. 69 mit Hinweisen). Die Vorinstanz hat mit ihrer Auffassung, nach Treu und Glauben unterliege nicht nur die versicherte Leistung bei Invalidität, sondern auch jene bei Arbeitsunfähigkeit einer anteilsmässigen Kürzung entsprechend dem Anteil unfallfremder Ursachen, im Ergebnis die Grundsätze der normativen Vertragsauslegung nicht verkannt.
3. Der Beschwerdeführer wendet wie bereits im kantonalen Verfahren ein, eine Leistungsreduktion aufgrund vorbestandener Schäden verstosse gegen die zwingende Vorschrift des <ref-law>.
3.1 Der Beschwerdeführer bringt unter Hinweis auf eine Lehrmeinung (ILERY, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, 2000, N. 18 ff. zu <ref-law>) sinngemäss vor, ein Versicherer, der den Versicherungsvertrag in Kenntnis des Vorzustandes vorbehaltlos abgeschlossen habe, könne diesen dem Versicherten nachher nicht entgegenhalten. Gebrechen, die nach Vertragsschluss die altersbedingte Konstitution generell schwächen, ohne jedoch die Erwerbsfähigkeit des Versicherten zu beeinträchtigen, dürfen nicht zu einer Herabsetzung der Leistung führen, selbst wenn diese Gebrechen medizinisch stark imponieren können.
3.2 <ref-law> lautet wie folgt:
"Unfallversicherung; Invaliditätsentschädigung
Wird infolge eines Unfalles die Erwerbsfähigkeit des Versicherten voraussichtlich bleibend beeinträchtigt, so ist die Entschädigung, sobald die voraussichtlich dauernden Unfallfolgen feststehen, auf Grundlage der für den Fall der Invalidität versicherten Summe in Form der Kapitalabfindung auszurichten. Diese Bestimmung findet keine Anwendung, wenn der Versicherungsnehmer die Entschädigung ausdrücklich in Form der Rentenabfindung beantragt hat.
Der Vertrag kann bestimmen, dass Zwischenrenten gewährt und von der Entschädigung in Abzug gebracht werden."
Diese Bestimmung steht in Zusammenhang mit dem direkten Forderungsrecht des durch die Versicherung Begünstigten (<ref-law>). Sie regelt die Voraussetzungen, den Zeitpunkt der Fälligkeit und die Auszahlungsart der Versicherungsleistung. Sie befasst sich weder mit der Bemessung der Invalidität noch mit der Frage, welche Leistungskürzungen zulässig sind. Art. 13 AVB schliesst zudem die Haftung für gesundheitliche Schäden im Zusammenhang mit vorbestehenden Gebrechen nicht aus. Vielmehr schränkt er lediglich die Haftung auf den unfallinduzierten Anteil ein und trägt damit den konkurrierenden Kausalitäten Rechnung. Insoweit zielt der Einwand, der Versicherer, der den Vertrag vorbehaltlos abgeschlossen habe, könne dem Versicherten den Vorzustand nicht entgegen halten, an der Sache vorbei. Ein Verstoss gegen <ref-law> liegt nicht vor.
4. Was das Ausmass unfallfremder Einwirkung auf die Beschwerden anbelangt, welche zur Arbeitsunfähigkeit führten, hielt die Vorinstanz gestützt auf das gerichtliche Gutachten fest, es habe ein degenerativer Vorzustand in Form einer deutlich fortgeschrittenen, schweren Coxarthrose mit praktisch kompletter Gelenksspaltenverschmälerung vorgelegen, welcher aber weitgehend asymptomatisch gewesen sei. Das Unfallereignis vom 29. September 2002 habe zu einer richtunggebenden subjektiven Verschlimmerung des Gesundheitszustandes geführt und schliesslich eine Totalprothesenarthroplastik notwendig gemacht. Das Unfallereignis selbst - der Beschwerdeführer sei über seinen Hund gestolpert, was zu einem "Beinahesturz" geführt habe -, habe zweifellos Bagatellcharakter und hätte bei einem gesunden, nicht derart massiv arthrosebelasteten Hüftgelenk schlimmstenfalls eine Muskel- oder Bänderzerrung bewirkt. Wann ohne den Unfall mit der Notwendigkeit einer Totalprothesenarthroplastik zu rechnen gewesen wäre, lasse sich nicht zuverlässig voraussagen. Dass eine solche Operation früher oder später unvermeidlich geworden wäre, bestreite der Beschwerdeführer selbst nicht. Bei dieser Sachlage trugen die Vorinstanzen dem Vorzustand mit einer Kürzung der Versicherungsleistung um zwei Drittel Rechnung.
4.1 Der Beschwerdeführer stellt in Abrede, dass die Voraussetzungen einer Leistungskürzung nach Art. 13 AVB gegeben sind. Der Beweis sei in keiner Weise erbracht, dass die vollständige Arbeitsfähigkeit ohne den Vorzustand vor dem 30. April 2003 erlangt worden wäre. Da der Gutachter die Frage, wie hoch der Prozentsatz des Vorzustandes sei, als hypothetisch qualifiziert habe, stehe fest, dass die Beschwerdegegnerin die Kürzungshöhe nicht bewiesen habe. Dies gelte umso mehr, als nach Art. 13 AVB der Betrag der Kürzung durch ein medizinisches Gutachten festzulegen sei. Den Kürzungssatz entnehme die Vorinstanz aber nicht dem Gutachten. Dieser dürfe auch nicht mit der sogenannt schwachen Adäquanz gerechtfertigt und daher Bundesgerichtsurteil 4C.402/2006 E. 5.5 nicht herangezogen werden. Der Beschwerdeführer erachtet bezüglich des Taggeldanspruchs eine Kürzung von 2/3 für unverhältnismässig. Bezüglich des Invaliditätskapitals ist der Beschwerdeführer der Auffassung, mit der Kürzung seiner Forderung um einen Drittel werde dem Vorzustand hinreichend Rechnung getragen.
4.2 Die umfangmässige Festlegung des Einflusses des Vorzustandes auf die Beeinträchtigung, wie sie sich nach dem Unfall präsentiert, basiert auf Beweiswürdigung, bei welcher dem kantonalen Gericht ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40 mit Hinweisen). Inwiefern die Vorinstanz diesen missbraucht hat, ist in der Beschwerde substanziiert darzulegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügt der Beschwerdeführer nicht.
4.3 Daran ändert auch die Rüge nichts, der von der Vorinstanz ermittelte Prozentsatz gehe entgegen Art. 13 AVB nicht unmittelbar aus dem Gutachten hervor. Der im letzten Satz von Art. 13 AVB enthaltene Hinweis auf ein medizinisches Gutachten ist nur sinnvoll, soweit Fachfragen aus dem Medizinalbereich zu beantworten sind. Demgegenüber gehört im Streitfall die betragsmässige Bestimmung der Versicherungsleistung in den Zuständigkeitsbereich des Gerichts. Hätten die Parteien diesbezüglich die Überprüfungsbefugnis des Gerichts einschränken und die Festlegung des Prozentsatzes einer Fachperson vorbehalten wollen, hätten sie sich zum Abschluss eines eigentlichen Schiedsgutachtervertrages verpflichten müssen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 538).
4.4 Auch der Beschwerdeführer selbst bezweifelt nicht ernsthaft, dass degenerative Vorbeschwerden klinisch erwiesen sind, die über dem Üblichen liegen und daher als konkurrierende Ursache relevant sind (HANS RUDOLF STÖCKLI, Das Medizinische Kausalitätsgutachten. Probleme der Kausalitätsbeurteilung aus Sicht des Medizinischen Gutachters, in: HAVE Personen-Schaden-Forum 2009, S. 87). Wenn die Vorinstanz dem Vorzustand den überwiegenden Anteil am Beschwerdebild, wie es sich nach dem Unfall präsentierte (Heftigkeit der Schmerzen), beimass, ist dies aufgrund des festgestellten Sachverhalts nachvollziehbar und im Ergebnis auch unter Ermessensgesichtspunkten nicht zu beanstanden, denn nach dem Gutachten wäre ohne den krankhaften Vorzustand die Prognose gut gewesen und hätte mit überwiegender Wahrscheinlichkeit der Zustand quo ante erreicht werden können.
4.5 Des Rückgriffs auf die "schwache Adäquanz" im Sinne eines wertenden Korrektivs zur sachgerechten Zurechnung (<ref-ruling> E. 3 S. 111 ff.) bedurfte es allerdings nicht, zumal die Zurechenbarkeitskriterien in den AVB spezifisch aufgelistet sind und sich eine Reduktion der Versicherungsleistung nach <ref-law> ohnehin verbietet, da diese nicht auf einem Haftpflicht-, sondern auf einem Erfüllungsanspruch beruht (Urteil des Bundesgerichts 4A_72/2009 vom 1. Mai 2009 E. 3.3). Wenngleich der Beschwerdeführer die von der Vorinstanz angenommene Analogie zum Bundesgerichtsurteil 4C.402/2006 vom 27. Februar 2007, in welchem die Haftpflicht eines Motorfahrzeughalters wegen konstitutioneller Prädisposition als unfallfremder Ursache herabgesetzt wurde (Art. 43/44 OR), somit zu Recht kritisiert, vermag er das angefochtene Urteil damit im Ergebnis dennoch nicht als bundesrechtswidrig auszuweisen.
5. Mit Blick auf die eingehenden Erwägungen der Vorinstanz zur Leistungsreduktion aufgrund des degenerativen Vorzustandes kann von einer ungenügenden Begründung, die eine Verletzung des Gehörsanspruchs bedeuten könnte, nicht die Rede sein. Die betreffende Rüge ist offensichtlich unbegründet.
6. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihr keine Parteientschädigung zusteht (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 446 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juni 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak