Sachverhalt:
A. Y._ (Ehefrau) und X._ (Ehemann) heirateten im Mai 1986. Aus ihrer Ehe sind die drei Kinder S._, geb. 1986, T._, geb. 1992, und U._, geb. 1995, hervorgegangen. Seit dem 1. Oktober 2008 leben die Parteien getrennt.
B. B.a Mit Eheschutzbegehren vom 18. September 2008 gelangte Y._ an das Bezirksgericht Muri. Sie beantragte unter anderem, die noch minderjährigen Söhne T._ und U._ seien unter ihre Obhut zu stellen und X._ sei zu verpflichten, ab Oktober 2008 für T._ und U._ Kinderunterhaltsbeiträge von je Fr. 900.-- zuzüglich allfällig bezogener Kinderzulagen zu bezahlen. Zudem verlangte sie ab Oktober 2008 einen persönlichen Unterhaltsbeitrag von Fr. 1'600.--. X._ stellte in der Antwort vom 7. Oktober 2008 unter anderem den Antrag, die Kinderunterhaltsbeiträge seien auf je Fr. 600.-- zuzüglich Kinderzulagen festzusetzen sowie der persönliche Unterhaltsbeitrag auf Fr. 190.--. An der Verhandlung vom 6. November 2008 änderte Y._ ihr persönliches Unterhaltsbegehren dahingehend, dass für die Monate Oktober und November 2008 monatlich Fr. 1'899.-- und danach Fr. 1'757.-- zu bezahlen seien. X._ hielt an seinen Begehren fest.
Das Bezirksgericht Muri stellte mit Urteil vom 2. Dezember 2008 die beiden Söhne T._ und U._ unter die elterliche Obhut von Y._ und verpflichtete X._, ab Oktober 2008 für T._ und U._ Kinderunterhaltsbeiträge von je Fr. 800.-- zuzüglich allfälliger Kinderzulagen zu bezahlen. Den persönlichen Unterhaltsbeitrag setzte es ab Oktober 2008 auf Fr. 740.-- fest.
B.b Mit Beschwerde vom 9. Januar 2009 verlangte X._ die Reduktion der festgesetzten Kinderunterhaltsbeiträge auf Fr. 650.-- zuzüglich allfälliger Kinderzulagen sowie die Festsetzung des persönlichen Unterhaltsbeitrages auf Fr. 750.-- für die Zeit vom 1. Oktober 2008 bis 31. Januar 2009.-- sowie die Reduktion bzw. Befristung auf Fr. 590.-- vom 1. Februar 2009 bis 28. Februar 2011. Eventualiter beantragte er, der persönliche Unterhaltsbeitrag sei vom 1. Oktober 2008 bis 31. Januar 2009 auf Fr. 450.-- und vom 1. Februar 2009 bis 28. Februar 2011 auf Fr. 290.-- festzusetzen. Mit Anschlussbeschwerde vom 23. Januar 2009 verlangte Y._ die Erhöhung des festgesetzten Kinderunterhaltsbeitrages auf je Fr. 800.-- zuzüglich Kinderzulagen sowie die Erhöhung des persönlichen Unterhaltsbeitrages auf Fr. 1'857.20 für Oktober bis November 2008 und auf Fr. 1'715.-- ab Dezember 2008.
Das Obergericht wies mit Urteil vom 6. April 2009 die Beschwerde von X._ ab und setzte in teilweiser Gutheissung der Anschlussbeschwerde von Y._ und von Amtes wegen den Kinderunterhaltsbeitrag für T._ ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 auf Fr. 800.-- und ab 1. Januar 2009 auf Fr. 1'000.-- zuzüglich bezogener Kinderzulage und für U._ ab 1. Oktober 2008 auf Fr. 800.-- zuzüglich Kinderzulage fest. Der persönliche Unterhaltsbeitrag für Y._ wurde ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 auf Fr. 940.-- und ab 1. Januar 2009 auf Fr. 760.-- festgesetzt. X._ wurde zudem die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen und eventueller subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 18. Mai 2009 (Postaufgabe) ist X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) an das Bundesgericht gelangt. Betreffend die Kinderunterhaltsbeiträge verlangt er eine Abänderung und Neuformulierung des obergerichtlichen Urteils dahingehend, dass die Beiträge für T._ ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 auf Fr. 800.-- und ab 1. Januar 2009 auf Fr. 750.-- festgesetzt werden sollen, dies zuzüglich der gesetzlichen oder vertraglichen Kinderzulage. Dieser Unterhaltsbeitrag sei auf Fr. 1'000.-- zu erhöhen, sofern und solange für T._ keine Kinder- bzw. Ausbildungszulage bezogen werden könne. Für den Sohn U._ sei der Unterhaltsbeitrag ab 1. Oktober 2008 auf Fr. 800.-- zuzüglich Kinderzulage festzusetzen. Betreffend den persönlichen Unterhaltsbeitrag für Y._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) beantragt er eine Festsetzung auf Fr. 940.-- ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 und die Reduktion sowie Befristung auf Fr. 625.-- ab 1. Januar 2009 bis längstens 28. Februar 2011. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher Eheschutzentscheid im Sinne von <ref-law>. Es handelt sich dabei um einen Endentscheid in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 1 und Art. 90 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 395 f.). Strittig sind vorliegend einzig die Höhe bzw. die Formulierung des Kinderunterhaltsbeitrags für den Sohn T._ und die Festsetzung des nachehelichen Unterhaltsbeitrags für die Beschwerdegegnerin ab Januar 2009. Es liegt somit eine vermögensrechtliche Angelegenheit vor, deren Streitwert von mindestens Fr. 30'000.-- angesichts der Höhe und der unbestimmten Dauer der Unterhaltsbeiträge überschritten wird (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 51 Abs. 1 und 4 BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen erweist sich somit grundsätzlich als zulässig, womit die eventualiter erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde von vornherein nicht greifen kann (<ref-law>).
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft schliesslich eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law> (Urteil 5A_9/2007 vom 20. April 2007 E. 1.2). Damit kann vorliegend einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte, vorab eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>), geltend gemacht werden (<ref-ruling> E. 5 S. 396 f.). Zur Anwendung gelangt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 262). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2 S. 245 f.). Diese Grundsätze gelten insbesondere auch für die Rüge, es seien offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellungen getroffen worden (<ref-law>), weil "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4338 Ziff. 4.1.4.2; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398).
2. Vorab beanstandet der Beschwerdeführer die vorinstanzliche Festsetzung und Formulierung der Unterhaltsbeiträge für seine beiden Söhne, insbesondere für den älteren Sohn T._, und rügt in diesem Zusammenhang einen Verstoss gegen das Willkürverbot (<ref-law>).
2.1 Dazu führt er aus, im Beschwerdeverfahren vor Obergericht habe sich ergeben, dass der ältere, nicht mehr schulpflichtige Sohn T._ seine Ausbildung abgebrochen habe und daher für ihn seit dem 1. Januar 2009 keine Kinder- bzw. Ausbildungszulage bezogen werden könne. Ausgehend vom monatlichen Bedarf der beiden Söhne von je Fr. 1'000.-- habe das Obergericht einerseits den vom Bezirksgericht Muri für den jüngeren Sohn U._ zugesprochenen Kinderunterhaltsbeitrag von Fr. 800.-- nebst Kinderzulage bestätigt, andererseits dann den Beitrag für T._ von Amtes wegen auf Fr. 1'000.-- erhöht, weil für ihn zurzeit keine Kinder- bzw. Ausbildungszulage bezogen werden könne. Diese Grundüberlegung der Vorinstanz sei nachvollziehbar und werde grundsätzlich auch nicht beanstandet. Jedoch sei dem Obergericht bei der Formulierung des Dispositivs insoweit ein offensichtlicher Fehler unterlaufen, als der Unterhaltsbeitrag für T._ ab 1. Januar 2009 mit Fr. 1'000.-- zuzüglich bezogener Kinderzulage beziffert worden sei. Denn würde T._ wieder eine Ausbildung aufnehmen, könne auch wieder eine Ausbildungszulage bezogen werden, womit der Bedarf von Fr. 1'000.-- teilweise, und nicht anders als bei Sohn U._, durch diese Zulage gedeckt würde. Demzufolge müsste der Beschwerdeführer lediglich Fr. 1'000.-- abzüglich der Ausbildungszulage von Fr. 250.--, mithin noch Fr. 750.--, für die Deckung des Bedarfs beisteuern. Die offensichtlich falsche bzw. vom Obergericht wohl irrtümlich gewählte Formulierung, wonach der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin für den zumindest zurzeit weder schul- noch ausbildungs- noch arbeitswilligen Sohn T._ auch bei Wiederaufnahme einer Ausbildung weiterhin monatlich Fr. 1'000.-- bezahlen müsste, bedürfe als offensichtlich unrichtig und unhaltbar und damit als gleichermassen willkürlich der beantragten Korrektur. Der Unterhaltsgesamtanspruch für T._ (gleichermassen wie für U._) müsse einem Betrag von Fr. 1'000.-- entsprechen. Sobald die Ausbildungszulage wieder bezogen werden könne, sei nur noch der Differenzbetrag von Fr. 750.-- als Kinderunterhaltsbeitrag zu leisten.
2.2 Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn ein Entscheid von einer tatsächlichen Situation ausgeht, die mit der Wirklichkeit in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei hebt das Bundesgericht den Entscheid nur dann auf, wenn sein Ergebnis gegen das Willkürverbot verstösst; eine unhaltbare Begründung dagegen reicht nicht aus (vgl. statt vieler <ref-ruling> E. 2a S. 131).
Mit seitenlangen Ausführungen umschreibt der Beschwerdeführer den Entscheid des Obergerichts betreffend Festsetzung des Unterhaltsbeitrages für den älteren Sohn T._ und wiederholt in seiner Beschwerde die diesbezüglichen obergerichtlichen Berechnungen. Dabei erläutert er insbesondere, welche Auswirkung die Formulierung des obergerichtlichen Dispositivs haben wird, falls T._ wieder eine Ausbildung aufnehmen sollte und somit Ausbildungszulagen bezogen werden könnten. Zwar ist dem Beschwerdeführer darin beizupflichten, dass die jetzige Formulierung des Dispositivs im Falle eines allfälligen späteren Wiederbezugs von Ausbildungszulagen zu einem erhöhten Unterhaltsgesamtbetrag für T._ führen würde. Auch ist es nicht auszuschliessen, dass das Obergericht beim Abfassen des Dispositivs nicht an diese Konsequenz gedacht hat. Jedoch geht aus den Erwägungen des obergerichtlichen Urteils auch nicht eindeutig hervor, dass diese allfällige Erhöhung nicht beabsichtigt wurde. Ein offensichtlicher Widerspruch zwischen der Formulierung des Dispositivs und der obergerichtlichen Begründung besteht - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - nicht. Immerhin hat das Obergericht die Erhöhung des Unterhaltsanspruchs von T._ dahingehend begründet, dass es "ungewiss sei, ob und wann T._ eine Lehrstelle finden werde". Diese Formulierung zeigt, dass sich das Obergericht bewusst war, dass der Zustand der fehlenden Ausbildungszulage unter Umständen nicht von Dauer sein würde. Aus welchen Gründen das Dispositiv dahingehend abgefasst wurde, dass bei einem allfälligen Anspruch auf eine Ausbildungszulage dieser Betrag zusätzlich zu den festgesetzten Fr. 1'000.-- den Unterhaltsanspruch für T._ bildet, kann vorliegend jedoch offen bleiben. Denn zum einen unterlässt es der Beschwerdeführer, rechtsgenüglich zu begründen, weshalb es unhaltbar und damit willkürlich sein sollte, dass der Unterhaltsanspruch für T._ bei Wiederaufnahme einer Ausbildung um den Betrag der bezogenen Ausbildungszulage erhöht würde. Er begnügt sich vielmehr damit, diese Konsequenz der Erhöhung aufzuzeigen und die obergerichtlichen Berechnungen zu wiederholen. Damit genügt er den Begründungsanforderungen für die Willkürbeschwerde vor Bundesgericht nicht (E. 1.2). Zum anderen sind Gründe, welche einen erhöhten Gesamtunterhaltsbetrag für T._ rechtfertigen könnten, denkbar. Anzumerken ist lediglich, dass es durchaus vertretbar wäre, den Unterhaltsanspruch für T._ höher anzusetzen als denjenigen seines um drei Jahre jüngeren Bruders U._. Damit erscheint der obergerichtliche Entscheid zumindest im Ergebnis nicht als willkürlich. Abschliessend ist lediglich darauf hinzuweisen, dass dem Beschwerdeführer bei veränderten Verhältnissen ein Abänderungsbegehren zuzumuten wäre. Dies könnte aufgrund der im Frühling 2010 eintretenden Mündigkeit von T._ ohnehin der Fall sein. Hiezu spricht sich das obergerichtliche Urteil nicht aus.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass es weder ersichtlich noch vom Beschwerdeführer in rechtsgenügender Weise aufgezeigt wird, weshalb und inwiefern die Festsetzung des Unterhaltsbeitrages für T._ willkürlich sein sollte. Insoweit ist keine Verletzung des Willkürverbots auszumachen.
2.3 Betreffend den Kinderunterhaltsbeitrag für den Sohn U._ entspricht der Antrag des Beschwerdeführers wortwörtlich dem obergerichtlichen Urteilsdispositiv, womit es dem Beschwerdeführer an einem rechtlich geschützten Interesse im Sinne von <ref-law> fehlt. Da diesbezüglich keine Beschwerdelegitimation besteht, ist auf die Beschwerde insoweit nicht einzutreten.
3. Weiter erblickt der Beschwerdeführer einen Verstoss gegen das Willkürverbot in der vorinstanzlichen Festsetzung des persönlichen Unterhaltsbeitrages für die Beschwerdegegnerin.
3.1 Zur Begründung führt er vorab aus, das Obergericht habe das der Beschwerdegegnerin anrechenbare Nettoerwerbseinkommen gestützt auf deren Lohnausweis 2008 mit Fr. 2'472.50 vorgegeben und dazu festgehalten, dieses entspreche einem Arbeitspensum von 70% und eine Erhöhung des Pensums könne der Beschwerdegegnerin, mit Rücksicht auf die Kinderbetreuungspflicht, nicht zugemutet werden. Diese obergerichtliche Begründung sei indes unhaltbar und damit willkürlich. Es sei nicht nachvollziehbar, aus welchen Überlegungen das Obergericht zum Schluss gelangen konnte, die Beschwerdegegnerin habe dieses Einkommen bei einem Pensum von durchschnittlich 70% erzielt. Die Beschwerdegegnerin selber habe in der Anschlussbeschwerde ihr Einkommen mit Fr. 2'412.-- bei einem Pensum von 50% beziffert. Folgerichtig, quasi als Umkehrschluss aus den Feststellungen des Obergerichts, wonach der Beschwerdegegnerin ein Arbeitspensum von 70% zugemutet werden könne, wäre somit der Beschwerdegegnerin ab Januar 2009 ein erzielbares Nettoerwerbseinkommen von Fr. 3'461.50 (nämlich Fr. 2'472.50 : 50% x 70%) anzurechnen. Demzufolge reduziere sich der persönliche Unterhaltsbeitrag der Beschwerdegegnerin entsprechend von den obergerichtlich festgesetzten Fr. 760.-- auf Fr. 625.--.
Die Behauptung des Beschwerdeführers, das Obergericht halte fest, die Beschwerdegegnerin habe bei einem Pensum von 70% ein Einkommen von Fr. 2'472.50 erzielt, ist nicht nachvollziehbar und falsch. Denn vielmehr führt das Obergericht in der betreffenden Erwägung Folgendes aus: "In den Monaten November 2008 bis und mit Februar 2009 betrug der Durchschnitt ihres Nettoeinkommens Fr. 2'587.40, wobei zu beachten ist, dass in diesen vier Monaten lediglich eine Woche Ferien bezogen wurde. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers trifft es somit nicht zu, dass die im Stundenlohn angestellte Beschwerdegegnerin seit November 2008 ein Arbeitspensum von 70% absolviert hat. [...] Es besteht daher keine Veranlassung, der Beschwerdegegnerin mehr als ihr faktisches durchschnittliches Einkommen anzurechnen, das aufgrund des vor Obergericht nachgereichten Lohnausweises 2008 netto Fr. 2'472.50 im Monat beträgt. Eine Erhöhung ihres Erwerbseinkommens kann von ihr - wie die Vorinstanz ebenfalls zutreffend festgestellt hat - mit Rücksicht auf die Kinderbetreuungspflichten zur Zeit nicht verlangt werden." Aus diesen Ausführungen und unter Beizug des bezirksgerichtlichen Urteils, mit welchem ein Pensum von 50% als angemessen bezeichnet wurde, erhellt, dass das Obergericht dem monatlichen Nettoeinkommen von Fr. 2'472.50 ein Pensum von 50% zugrunde legt und nicht - wie der Beschwerdeführer behauptet - ein solches von 70%. Auch die Schlussfolgerung des Beschwerdeführers, der Beschwerdegegnerin sei somit - quasi als Umkehrschluss aus der Feststellung des Obergerichts, wonach der Beschwerdegegnerin ein Arbeitspensum von 70% zugemutet werden könne - ein erzielbares Einkommen von Fr. 3'461.50 anzurechnen, zielt damit an der Sache vorbei. Anzumerken ist zudem, dass es angesichts der Betreuung des jüngeren Sohnes U._ nicht willkürlich erscheint, das Arbeitspensum der Beschwerdegegnerin bei den vorinstanzlich festgestellten 50% zu belassen.
3.2 Weiter wirft der Beschwerdeführer dem Obergericht vor, es habe seinen Antrag auf Befristung des persönlichen Unterhaltsbeitrages bis zum Zeitpunkt, in welchem der jüngste Sohn U._ das 16. Altersjahr vollendet haben wird, mithin bis Ende Februar 2011, in willkürlicher Weise abgelehnt. Die Begründung des Obergerichts, wonach Eheschutzmassnahmen nur vorläufigen Charakter hätten und es dem Beschwerdeführer zumutbar sei, ein Abänderungsverfahren einzuleiten, falls sich die Verhältnisse auf Seiten der Beschwerdegegnerin noch vor der Scheidung der Parteien erheblich ändern sollten, sei unhaltbar. Regelmässig weise sich der Unterhaltsberechtigte nach Erlass des Eheschutzurteils ohnehin nicht mehr freiwillig über das Einkommen aus. Somit könne der Unterhaltsverpflichtete gar nicht erkennen, ob und in welchem Mass der Unterhaltsberechtigte sein Einkommen steigern konnte. Mit dieser völligen Ungewissheit ein Abänderungsverfahren einzuleiten, müsste geradezu als grobfahrlässig bezeichnet werden.
Betreffend die fehlende Befristung des persönlichen Anspruchs auf den Zeitpunkt, in welchem U._ das 16. Altersjahr vollendet haben wird, ist der Hinweis des Obergerichts auf den summarischen Charakter des Eheschutzverfahrens und den beschränkten Zeithorizont einer ungewissen Prognose nicht unhaltbar, wie der Beschwerdeführer in allgemeiner Weise behauptet. Zudem unterlässt er es aufzuzeigen, inwiefern die fehlende Befristung im Ergebnis willkürlich sein sollte. Er begnügt sich vielmehr damit, darauf hinzuweisen, dass U._ im Jahre 2011 das 16. Altersjahr vollendet haben wird und ab diesem Zeitpunkt grundsätzlich eine Ausdehnung des Arbeitspensums auf 100% zumutbar wäre. Zum Hinweis des Obergerichts auf die bevorstehende Scheidung äussert sich der Beschwerdeführer hingegen mit keinem Wort. Auch fehlen Ausführungen zur Realisierbarkeit der Ausdehnung des Arbeitspensums unter weiteren Aspekten wie beispielsweise der Situation auf dem Arbeitsmarkt oder des Alters und der Gesundheit der Beschwerdegegnerin. Der Beschwerdeführer genügt damit den Anforderungen an eine Willkürrüge vor Bundesgericht nicht, weshalb auf die diesbezüglichen Vorbringen nicht eingetreten werden kann (E. 1.2).
3.3 Anzumerken ist schliesslich, dass der Antrag des Beschwerdeführers betreffend den persönlichen Unterhaltsbeitrag ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 wortwörtlich dem obergerichtlichen Urteilsdispositiv entspricht. Damit fehlt es dem Beschwerdeführer diesbezüglich an einem rechtlich geschützten Interesse im Sinne von <ref-law>. Auf die Beschwerde ist auch insoweit nicht einzutreten.
4. Nach dem Gesagten muss die Beschwerde abgewiesen werden, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da seine Anträge von vornherein aussichtslos waren (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juli 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut