A.- La Ville de Vernier est propriétaire de la parcelle n°xxx du Registre foncier de cette commune, l'Etat de Genève de la parcelle contiguë n°xxx.
Sur ces bien-fonds classés dans la zone de développement industriel au sens de la loi genevoise sur les zones de développement industriel, du 13 décembre 1984 (LZDI), la société B._ S.A. (ci-après: B._) a, le 26 novembre 1998, demandé l'autorisation de construire une halle destinée à servir d'entrepôt. Sur les documents présentés à l'appui de la demande, la société A._ S.A. (ci-après:
la Société) était désignée comme entreprise générale de l'ouvrage projeté.
Le 24 février 1999, le Conseil d'Etat du canton de Genève a autorisé l'application au projet des prescriptions de la LZDI.
Le 3 mars 1999, le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: le Département cantonal) a accordé l'autorisation de construire, sous diverses charges et conditions.
Lors d'un contrôle du chantier effectué le 21 juin 1999, l'inspecteur du Département cantonal a constaté divers manquements aux prescriptions du règlement cantonal sur les chantiers, du 30 juillet 1958 (ci-après: RCh), s'agissant notamment de la sécurité des travailleurs et de normes d'hygiène. A raison de ces faits, le Département cantonal a, le 5 juillet 1999, infligé à la Société une amende de5000 fr. Cette décision, entrée en force, a été exécutée.
Le 14 janvier 2000, l'inspecteur du Département cantonal a constaté que les mesures de sécurité prévues par l'art. 94 RCh n'étaient pas respectées. A raison de ces faits, le Département cantonal a, le 8 février 2000, infligé une amende de 10'000 fr. à la Société, laquelle a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale).
Le 1er février 2000, B._ a décidé de suspendre les travaux sur le chantier. Elle en a informé la recourante, en lui demandant de bien vouloir lui remettre le double des clés correspondant aux serrures installées sur le bâtiment.
Simultanément, B._ a, le 1er février 2000, averti le Département cantonal de l'interruption des travaux, qui devait se prolonger durant "quelques semaines", en vue de la réorganisation de la direction du chantier.
Le 23 février 2000, l'inspecteur du Département cantonal a constaté que des matériaux avaient été entreposés dans une partie de la halle (soit 19'000 m2 pour une superficie totale de 26'000 m2), notamment pour le compte du Comité international de la Croix-Rouge, et que toute une série de mesures techniques, liées à la construction et à la sécurité du bâtiment, telles qu'elles avaient été définies dans l'autorisation de construire, ou bien n'avaient pas été prises ou bien ne fonctionnaient pas. A raison de ces faits, le Département cantonal a, par deux décisions séparées du 6 mars 2000, ordonné à B._ et à la Société de prendre des mesures immédiates de sécurité; il leur a infligé en outre, solidairement entre elles, une amende de 60'000 fr.
Contre ces décisions, B._ et la Société ont recouru séparément auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (procédures A/385/2000 et A/386/2000).
Le 21 novembre 2000, la Commission cantonale a rejeté le recours formé par la Société contre la décision du 8 février 2000. La Société a recouru auprès du Tribunal administratif (procédure A/1377/2000).
Par arrêt du 3 avril 2001, celui-ci, après avoir joint les causes A/385/2000, A/386/2000 et A/1377/2000, a rejeté le recours formé contre la décision du 21 novembre 2000. Il a en revanche admis ceux formés contre les décisions du 6 mars 2000, qu'il a annulées. Après avoir considéré que l'amende ne pouvait être infligée aux différents perturbateurs pris conjointement et solidairement entre eux, le Tribunal administratif a déterminé leur responsabilité respective de manière séparée. Il a infligé à la Société une amende de 40'000 fr. et à B._ une amende de20'000 fr.
B.- Agissant par la voie du recours de droit public, la société A._ S.A. demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 3 avril 2001. Elle invoque les art. 8, 9 et 29 Cst.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Département cantonal propose le rejet du recours dans la mesure où il serait recevable.

Considérant en droit :
1.- En rendant l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a tranché le sort des amendes prononcées les 8 février et 6 mars 2000 à l'encontre de la recourante. Dans son argumentation, celle-ci remet cependant en cause uniquement les motifs qui ont conduit la cour cantonale à lui infliger une amende de 40'000 fr. à raison des faits constatés le 23 février 2000. En revanche, la recourante ne critique pas les raisons pour lesquelles le Tribunal administratif a rejeté le recours dirigé contre la décision rendue le 21 novembre 2000 par la Commission cantonale, confirmant ainsi l'amende du 8 février 2000. Au regard du principe d'allégation (art. 90 al. 1 let. b OJ), cette décision ne fait partant pas l'objet du recours, dont les conclusions, même formulées de manière générale, doivent être comprises comme limitées implicitement à l'annulation de l'arrêt du 3 avril 2001 en tant qu'il porte sur l'amende du 6 mars 2000, à l'exclusion de celle prononcée le 8 février 2000.
2.- La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir joint les procédures A/385/2000 et A/386/2000, sans lui donner l'occasion de se déterminer sur le recours et les autres écritures de B._. Elle y voit une violation de son droit d'être entendue.
a) La portée du droit d'être entendu et les modalités de sa mise en oeuvre sont tout d'abord déterminées par la législation cantonale, dont le Tribunal fédéral revoit l'application sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 259; <ref-ruling> consid. 2 p. 242/243, et les arrêts cités). Il examine en revanche librement si les garanties minimales consacrées par le droit constitutionnel fédéral ont été respectées (<ref-ruling> consid. 2a p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 259; <ref-ruling> consid. 2 p. 242/243, et les arrêts cités). La recourante n'invoquant pas la violation de règles du droit cantonal régissant son droit d'être entendue, c'est à la lumière de l'art. 29 al. 2 Cst. qu'il convient d'examiner son grief (cf. , s'agissant de l'art. 4 aCst. , ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 259; <ref-ruling> consid. 3a p. 51; <ref-ruling> consid. 2cp. 138, 260 consid. 6 p. 260/261, et les arrêts cités).
b) Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. inclut le droit du particulier de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2b p. 56; <ref-ruling> consid. 2 p. 130-132; cf., pour la jurisprudence relative à l'art. 4a Cst. , <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 51, 242 consid. 2 p. 242, et les arrêts cités).
c) En l'espèce, le Tribunal administratif a, conformément à l'art. 70 de la loi cantonale sur la procédure administrative, du 12 septembre 1985 (LPA), joint les recours A/385/2000 et A/386/2000, dirigés contre les décisions du 6 mars 2000. Il était au demeurant tenu d'agir de la sorte.
L'amende de 60'000 fr. ayant été infligée à la recourante et à B._, prises conjointement et solidairement entre elles, le sort de l'un des recours pouvait influer sur l'issue de l'autre, et réciproquement, ce qui commandait de procéder à la jonction.
d) Sans contester celle-ci, la recourante se plaint de n'avoir pas pu se déterminer sur le recours et les autres écritures de B._.
Sans avertir les recourantes de l'existence de deux recours formés contre les décisions du 6 mars 2000, le Tribunal administratif a instruit les procédures A/385/2000 et A/386/2000 de manière séparée, mais parallèle. Il a procédé à un double échange d'écritures: le Département cantonal a répondu aux recours; les recourants ont répliqué; le Département cantonal a dupliqué. Dans la cause A/385/2000, le mandataire de B._, s'apercevant que le Département cantonal avait répondu par une seule et même écriture aux deux recours, en désignant ceux-ci, a demandé au Tribunal administratif, le 29 juin 2000, de recevoir une copie du recours de la recourante, ce qui lui a été accordé le 5 juillet suivant. Dans le cadre de la procédure A/386/2000, la recourante s'est adressée au Tribunal administratif, le 23 mai 2000. Elle a indiqué avoir eu connaissance du recours de B._ - dont elle contestait l'allégué des faits - dans une procédure civile parallèle; elle a demandé expressément à pouvoir se déterminer, dans le cadre d'un second échange, sur les écritures "adverses". Le 25 mai 2000, le Juge délégué a assuré à la recourante qu'elle aurait l'occasion de répliquer ultérieurement. Dans la suite de la procédure toutefois, le Tribunal administratif n'a pas invité formellement B._ à se déterminer sur le recours et la réplique de la recourante, ni inversement - ce qui peut paraître discutable compte tenu de la connexité des causes qui a précisément conduit à leur jonction. Cela étant, il est constant que B._ (par l'entremise du Tribunal administratif) et la recourante (dans le cadre d'une autre procédure) ont eu connaissance du recours formé par l'une et par l'autre, qu'elles ont pu prendre en compte dans la confection de leur réplique. En revanche, le Tribunal administratif ne leur a pas communiqué la réplique de l'autre recourante, en vue de la duplique. Ce fait, sans doute regrettable, n'a cependant pas porté à conséquence. En effet, tous les arguments déterminants pour la solution du litige ont été exposés dans les recours et les répliques, tant pour ce qui concernait les rapports entre les différents protagonistes de l'affaire, le prononcé d'une amende en solidarité et la quotité de celle-ci. La communication croisée des répliques, en vue de la duplique, n'aurait rien appris aux recourantes qu'elles ne savaient déjà.
3.- La recourante se plaint de ce que le Tribunal administratif n'aurait pas ordonné les mesures d'instruction nécessaires pour établir correctement les faits déterminants de la cause.
a) L'autorité peut renoncer au moyen de preuve offert par une partie, pour autant qu'elle puisse admettre sans arbitraire que ce moyen n'aurait pas changé sa conviction (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 242, 274 consid. 5b p. 285; <ref-ruling> consid. 4b p. 94; <ref-ruling> consid. 4a p. 469, et les arrêts cités). Viole la Constitution l'autorité qui nie sans motifs suffisants toute pertinence à un moyen de preuve (<ref-ruling> consid. 2a p. 291). Le Tribunal fédéral revoit cette question sous l'angle restreint de l'arbitraire, car elle porte uniquement sur l'appréciation des preuves, et non point sur la portée du droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 3a p. 11/12; <ref-ruling>).
b) Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; à cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2b p. 56, 60 consid. 5a p. 70; <ref-ruling> consid. 3a p. 170, et les arrêts cités). Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre interprétation de la loi soit possible, ou même préférable (<ref-ruling> consid. 5 p. 250/251; <ref-ruling> consid. 3a p. 373; <ref-ruling> consid. 2a p. 499).
c) Dans un premier moyen, la recourante reproche au Tribunal administratif de n'avoir pas clarifié le rôle, dans la direction des travaux, de la société C._ S.A. (ci-après: C._). Elle prétend à cet égard avoir allégué, pièces à l'appui, que C._ devait être tenue comme l'entreprise générale responsable du chantier; elle ne serait pour sa part que le sous-traitant de C._.
aa) A teneur de l'art. 7 al. 1 let. a de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses, du 14 avril 1988 (LCI), nul ne peut, sans l'autorisation du Département cantonal, occuper, faire occuper ou utiliser à un titre quelconque des constructions ou installations neuves ou modifiées, destinées à l'habitation ou au travail.
Une construction doit remplir en tout temps les conditions de sécurité ou de salubrité exigées par la loi, ses règlements d'application ou les autorisations délivrées en application de ceux-ci (art. 121 al. 1 LCI). Est passible d'une amende administrative de 100 fr. à 60'000 fr. toute personne contrevenant à la loi, aux règlements d'application et aux décisions prises en exécution de ceux-ci (art. 137 al. 1 LCI).
bb) L'amende du 8 février 2000 a été prononcée en raison d'infractions à diverses dispositions du RCh destinées à assurer la sécurité et l'hygiène des travailleurs, pour des faits constatés que le 14 janvier 2000. L'amende du 6 mars 2000 a été prononcée parce que, selon un constat établi le 23 février 2000, l'entrepôt aurait été occupé sans autorisation et que les conditions de l'autorisation de construire, concernant notamment la sécurité du bâtiments, n'auraient pas été respectées. Après avoir rappelé sa jurisprudence reprenant la distinction classique entre le perturbateur par comportement et le perturbateur par situation, ainsi que les principes généraux relatifs au prononcé des amendes administratives, le Tribunal administratif a considéré que la recourante devait être punie, dans l'un et l'autre cas, comme perturbateur par situation. Selon l'arrêt attaqué, il ressortirait du dossier que la recourante, désignée comme entreprise générale, aurait de fait assumé la responsabilité des travaux, dirigeant ceux-ci et coordonnant l'activité de plusieurs sous-traitants. Le Département cantonal pouvait dès lors, selon le Tribunal administratif, imputer à la recourante les manquements aux prescriptions de sécurité et le défaut d'observation des conditions de l'autorisation de construire, même si ces actes devaient être attribués à d'autres personnes.
Tenant ainsi la situation pour claire, sur le vu des déclarations faites par témoins devant la Commission cantonale, le Tribunal administratif a rejeté les offres de preuve tendant à éclaircir le point de savoir si C._ était, sous l'angle du droit civil, l'entreprise générale responsable des travaux et la recourante son sous-traitant.
Ce point n'était pas déterminant, selon le Tribunal administratif, pour établir si la recourante devait être tenue pour un perturbateur par situation. Même si elle est discutable, cette appréciation anticipée des preuves n'était pas arbitraire pour autant. Eu égard aux autres moyens de preuve à sa disposition, le Tribunal administratif pouvait en effet considérer que le rôle effectif de la recourante et de ses dirigeants dépassait celui défini par contrat.
d) Dans un deuxième moyen, la recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir mis à sa charge les faits à l'origine de l'amende du 6 mars 2000, sans avoir instruit le point de savoir si, comme elle l'avait allégué, les travaux étaient suspendus depuis le 1er février 2000. La recourante en a déduit qu'elle ne pouvait être tenue pour responsable des faits constatés le 23 février 2000.
Dans sa décision du 6 mars 2000, le Département cantonal s'est référé au rapport du 23 février 2000. Contrairement à ce que suggère la recourante, les infractions constatées ne concernaient pas uniquement l'entreposage de matériaux dans la halle, au mépris des règles de sécurité. Le rapport en question faisait aussi état de l'occupation sans autorisation des locaux, et surtout du défaut des mesures "techniques et constructives" de sécurité posées comme conditions à l'octroi de l'autorisation. Alors que la recourante avait allégué devant lui ne pas pouvoir être tenue comme responsable des faits survenus entre la suspension du chantier, le 1er février 2000, et le constat du 23 février 2000, le Tribunal administratif n'a pas examiné ce point. En tout cas, l'arrêt attaqué n'en dit rien. Il faut en déduire que, de manière implicite, le Tribunal administratif a, par une appréciation anticipée des preuves, tenu le fait allégué par la recourante comme dénué de force probante. Or, il n'est pas exclu qu'une partie des faits mis à la charge de la recourante - soit notamment d'avoir toléré que des tiers entreposent du matériel dans les locaux, en violation des prescriptions de sécurité - se soit produite pendant la période durant laquelle la recourante a affirmé n'avoir plus eu la maîtrise du chantier. Si la thèse de la recourante devait se vérifier, cela aurait pour conséquence de voir sa responsabilité réduite sur ce point, qui méritait d'être éclairci. Le Tribunal administratif ne pouvait ainsi se dispenser, comme il l'a fait, de procéder aux investigations nécessaires. En effet, le rapport du 23 février 2000 ne permet pas d'établir, avec toute la précision voulue, le déroulement chronologique de l'occupation de la halle par des tiers, partant, dans quelle mesure les infractions constatées le 23 février 2000 auraient été commises avant le 1er février précédent.
Le grief est bien fondé.
4.- Le recours doit ainsi être admis sur ce point et l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il porte sur l'amende prononcée le 6 mars 2000, sans qu'il soit nécessaire, pour le surplus, d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante.
Il convient de statuer sans frais. Une indemnité de 3000 fr. est mise à la charge de l'Etat de Genève, en faveur de la recourante, à titre de dépens (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Admet le recours et annule l'arrêt attaqué en tant qu'il porte sur l'amende prononcée le 6 mars 2000.
2. Statue sans frais. Met à la charge de l'Etat de Genève une indemnité de 3000 fr. en faveur de la recourante, à titre de dépens.
3. Communique le présent arrêt en copie au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement et au Tribunal administratif de la République et Canton de Genève.
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Lausanne, le 30 août 2001 ZIR/moh
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,