Sachverhalt:
A. Die Firma L._ AG bezog von der Öffentlichen Arbeitslosenkasse Baselland für die Monate Januar und Februar 2005 sowie Januar, Februar und März 2006 Schlechtwetterentschädigung im Gesamtbetrag von Fr. 164'354.65. Im Nachgang zur Betriebskontrolle vom 15. November 2006 verfügte das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) am 13. Dezember 2006, die Gesellschaft habe der Arbeitslosenkasse die gesamte Schlechtwetterentschädigung zurückzuerstatten, weil die Versicherungsleistungen unrechtmässig geltend gemacht worden seien. Daran hielt das SECO auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 7. Februar 2007).
B. Das Bundesverwaltungsgericht schrieb die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde im Betrag von Fr. 76'838.35 infolge Teilanerkennung durch die Firma L._ AG ab und lehnte die Beschwerde betreffend Rückforderung von Fr. 87'516.30 ab (Entscheid vom 10. November 2008).
C. Die Firma L._ AG lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und das Rechtsbegehren stellen, die Sache sei zur Neubeurteilung an "die Vorinstanz" zurückzuweisen.
Das Bundesverwaltungsgericht und die Arbeitslosenkasse beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das SECO schliesst dem Sinn nach ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]). Wie die Sachverhaltsfeststellung ist auch die vorinstanzliche Ermessensbetätigung im Verfahren vor Bundesgericht nur beschränkt überprüfbar. Eine Angemessenheitskontrolle (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 81 [zu Art. 132 lit. a OG]) ist dem Gericht verwehrt; es hat nur zu prüfen, ob die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt, mithin überschritten, unterschritten oder missbraucht hat (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
2. Wie im angefochtenen Gerichtsentscheid zutreffend dargelegt wird, haben gemäss <ref-law> Arbeitnehmer in Erwerbszweigen, in denen wetterbedingte Arbeitsausfälle üblich sind (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), Anspruch auf Schlechtwetterentschädigung, wenn sie für die Versicherung beitragspflichtig sind und einen anrechenbaren Arbeitsausfall (<ref-law>) erleiden. Nach Art. 42 Abs. 3 in Verbindung mit <ref-law> keinen Anspruch haben unter anderem Arbeitnehmer, deren Arbeitsausfall nicht bestimmbar oder deren Arbeitszeit nicht ausreichend kontrollierbar ist. <ref-law> schreibt vor, dass die genügende Kontrollierbarkeit des Arbeitsausfalls eine betriebliche Arbeitszeitkontrolle voraussetzt (Abs. 1) und der Arbeitgeber die Unterlagen über die Arbeitszeitkontrolle während fünf Jahren aufzubewahren hat (Abs. 2). Es soll damit sichergestellt werden, dass der Arbeitsausfall für die Durchführungsorgane der Arbeitslosenversicherung überprüfbar ist (GERHARD GERHARDS, Kommentar zum Arbeitslosenversicherungsgesetz [AVIG], Bd. I [Art. 1-58], 1988, N. 34 zu <ref-law>).
Die Vorinstanz hat ferner auch die Bestimmungen und Grundsätze über die Rückforderung zu Unrecht ausgerichteter Leistungen der Arbeitslosenversicherung (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und die dazu notwendigen Voraussetzungen für ein wiedererwägungsweises Zurückkommen auf die formell rechtskräftig verfügte oder formlos erfolgte Leistungszusprechung (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4b, 42 E. 2b S.46, 399 E. 2b S. 400, 122 V 367 E. 3 S. 268 mit Hinweisen) richtig wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
3. Das Bundesverwaltungsgericht hat die vorinstanzliche Beschwerde abgeschrieben, soweit die Beschwerdeführerin eine Teilforderung im Betrag von Fr. 76'838.35 anerkannt habe. Dabei ist ihm ein offensichtlicher Irrtum unterlaufen. Den Akten ist nirgends zu entnehmen, dass die Gesellschaft den gesamten Rückforderungsbetrag für die in den Monaten Januar und Februar 2005 bezogene Schlechtwetterentschädigung in der Höhe von Fr. 76'838.35 anerkannt hätte. Vielmehr hat sie die Rückforderungssumme - wie sie letztinstanzlich zu Recht beanstandet - nur im Umfang der für 28,5 Manntage in den Monaten Januar und Februar 2005 bezogenen Schlechtwetterentschädigung akzeptiert. In diesem Sinn ist der Wille der Prozesspartei auch im Protokoll der öffentlichen Verhandlung vor Bundesverwaltungsgericht vom 23. Oktober 2008 ausdrücklich festgehalten worden. Die Abschreibung der Beschwerde bezogen auf den Teilrückforderungsbetrag von Fr. 76'838.35 beruht auf einer Fehlinterpretation der entsprechenden prozessualen Erklärung der Beschwerdeführerin, weshalb sie aufzuheben ist, soweit sie über die für 28,5 Manntage in den Monaten Januar und Februar 2005 ausbezahlte Schlechtwetterentschädigung hinausgeht. Wie sich im Folgenden ergibt, ist die Rückforderung aber ohnehin zu schützen, auch soweit sie nicht anerkannt wird. Eine genaue Bezifferung der anerkannten Rückforderungssumme kann folglich an dieser Stelle unterbleiben. Von einer Neuverlegung der Gerichtskosten im vorinstanzlichen Verfahren kann abgesehen werden. Die Änderung des angefochtenen Gerichtsentscheides führt im Ergebnis nicht zu einer Schlechterstellung der Beschwerdeführerin (reformatio in peius), weshalb das Bundesgericht diese Korrektur vornehmen darf (<ref-law>; NICOLAS VON WERDT, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 3 zu <ref-law>).
4. 4.1 Das Bundesverwaltungsgericht hat in Würdigung der gesamten Aktenlage festgestellt, die vom SECO anlässlich der Betriebskontrolle vom 15. November 2006 aus dem Lohnordner der Beschwerdeführerin kopierten, die Monate Januar und Februar 2005 betreffenden Stundenblätter für neun Mitarbeiter seien nicht in Übereinstimmung zu bringen mit den zwei Tage später von der Gesellschaft per Fax nachgereichten Stundenblättern für dieselben Mitarbeiter in der gleichen Zeitperiode. Letztere würden an insgesamt über 170 Tagen wetterbedingte Arbeitsausfälle bei verschiedenen Mitarbeitern ausweisen, während in den anlässlich der Betriebskontrolle vorgefundenen Stundenblättern kein einziges Mal ein wetterbedingter Ausfall verzeichnet sei; entweder hätten die betreffenden Angestellten gearbeitet oder sie seien wegen Krankheit, Unfall oder Ferien als abwesend eingetragen worden. Diese Unstimmigkeiten könne man nicht auf einzelne, versehentlich erfolgte Fehlbuchungen oder - wie von der Beschwerdeführerin geltend gemacht - auf die Überforderung der mit der Buchhaltung und den Abrechnungen beauftragten Firma zurückführen. Die Unterschiede zwischen den anlässlich der Kontrolle eingesehenen und den nachgereichten Stundenblätter seien erheblich und würden aus objektiver Sicht den Eindruck erwecken, es seien systematisch Änderungen vorgenommen worden, um einen Anspruch auf Schlechtwetterentschädigung zu erwirken. Die per Fax nachgereichten Stundenblätter für die Jahre 2005 und 2006 seien nicht mit fortlaufenden Erfassungsnummern versehen, sondern mit solchen, die insbesondere für die Zeiten, in welchen wetterbedingte Ausfälle geltend gemacht würden, gleich lauteten. Dies deute darauf hin, dass die Stundenblätter nachträglich erstellt oder abgeändert worden seien. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, wonach der Computer die Erfassungsnummern automatisch eingebe, vermöge die Sachlage nicht zu klären. Zudem wechselten sich in einigen Stundenblättern die Ausfälle infolge Schlechtwetter mit krankheits- oder unfallbedingten Ausfällen fast täglich ab - eine Konstellation, welche unwahrscheinlich sei. Unter diesen Umständen und insbesondere im Hinblick darauf, dass die Stundenblätter des Jahres 2005 nach der Betriebskontrolle nachweislich abgeändert oder neu erstellt worden seien, müsse davon ausgegangen werden, dass es sich auch bei den Stundenblättern des Jahres 2006 um nachträglich erstellte Dokumente handle. Da nachträglich erstellte Unterlagen keine tauglichen Mittel zur Überprüfung von Arbeitszeit und Ausfallstunden seien, könne der geltend gemachte Arbeitsausfall von Januar bis März 2006 nicht kontrolliert werden. Demzufolge bestehe kein Anspruch auf Schlechtwetterentschädigung und die Rückforderung im Umfang von Fr. 164'354.65 sei rechtens.
4. 4.1 Das Bundesverwaltungsgericht hat in Würdigung der gesamten Aktenlage festgestellt, die vom SECO anlässlich der Betriebskontrolle vom 15. November 2006 aus dem Lohnordner der Beschwerdeführerin kopierten, die Monate Januar und Februar 2005 betreffenden Stundenblätter für neun Mitarbeiter seien nicht in Übereinstimmung zu bringen mit den zwei Tage später von der Gesellschaft per Fax nachgereichten Stundenblättern für dieselben Mitarbeiter in der gleichen Zeitperiode. Letztere würden an insgesamt über 170 Tagen wetterbedingte Arbeitsausfälle bei verschiedenen Mitarbeitern ausweisen, während in den anlässlich der Betriebskontrolle vorgefundenen Stundenblättern kein einziges Mal ein wetterbedingter Ausfall verzeichnet sei; entweder hätten die betreffenden Angestellten gearbeitet oder sie seien wegen Krankheit, Unfall oder Ferien als abwesend eingetragen worden. Diese Unstimmigkeiten könne man nicht auf einzelne, versehentlich erfolgte Fehlbuchungen oder - wie von der Beschwerdeführerin geltend gemacht - auf die Überforderung der mit der Buchhaltung und den Abrechnungen beauftragten Firma zurückführen. Die Unterschiede zwischen den anlässlich der Kontrolle eingesehenen und den nachgereichten Stundenblätter seien erheblich und würden aus objektiver Sicht den Eindruck erwecken, es seien systematisch Änderungen vorgenommen worden, um einen Anspruch auf Schlechtwetterentschädigung zu erwirken. Die per Fax nachgereichten Stundenblätter für die Jahre 2005 und 2006 seien nicht mit fortlaufenden Erfassungsnummern versehen, sondern mit solchen, die insbesondere für die Zeiten, in welchen wetterbedingte Ausfälle geltend gemacht würden, gleich lauteten. Dies deute darauf hin, dass die Stundenblätter nachträglich erstellt oder abgeändert worden seien. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, wonach der Computer die Erfassungsnummern automatisch eingebe, vermöge die Sachlage nicht zu klären. Zudem wechselten sich in einigen Stundenblättern die Ausfälle infolge Schlechtwetter mit krankheits- oder unfallbedingten Ausfällen fast täglich ab - eine Konstellation, welche unwahrscheinlich sei. Unter diesen Umständen und insbesondere im Hinblick darauf, dass die Stundenblätter des Jahres 2005 nach der Betriebskontrolle nachweislich abgeändert oder neu erstellt worden seien, müsse davon ausgegangen werden, dass es sich auch bei den Stundenblättern des Jahres 2006 um nachträglich erstellte Dokumente handle. Da nachträglich erstellte Unterlagen keine tauglichen Mittel zur Überprüfung von Arbeitszeit und Ausfallstunden seien, könne der geltend gemachte Arbeitsausfall von Januar bis März 2006 nicht kontrolliert werden. Demzufolge bestehe kein Anspruch auf Schlechtwetterentschädigung und die Rückforderung im Umfang von Fr. 164'354.65 sei rechtens.
4.2 4.2.1 Die Beweiswürdigung im Allgemeinen einschliesslich die Würdigung von Indizien und fallbezogene Wahrscheinlichkeitsüberlegungen betreffen Tatfragen (Urteil 8C_831/2008 vom 29. Mai 2009 E. 2.3; ULRICH MEYER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 34 zu <ref-law>, und MARKUS SCHOTT, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 29 zu <ref-law>, je mit Hinweisen), die das Bundesgericht lediglich auf offensichtliche Unrichtigkeit und Rechtsfehlerhaftigkeit hin zu überprüfen befugt ist (<ref-law>; vgl. E. 1.2 hiervor). Blosse Zweifel an der Richtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung ändern an deren Verbindlichkeitswirkung gemäss <ref-law> nichts (vgl. die Hinweise in Urteil 9C_539/2007 vom 31. Januar 2008 E. 2.2.2).
4.2.2 Die Vorbringen in der Beschwerdeschrift lassen die für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen in casu nicht als offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> erscheinen. Die Arbeitgeberin verkennt, dass sich die Vorinstanz auch mit der Schlechtwetterentschädigung für die Monate Januar und Februar 2005 auseinandergesetzt hat und diesbezüglich ebenfalls zur Auffassung gelangt ist, die Anspruchsvoraussetzungen seien nicht gegeben. Insoweit entfällt eine Notwendigkeit zur Rückweisung (ob die Beschwerdeführerin eine Rückweisung ans SECO oder an das Bundesverwaltungsgericht verlangt, wird in der letztinstanzlichen Beschwerde nicht klar), damit auf die diesbezüglichen Vorbringen der Gesellschaft eingegangen werden könne, bereits aus diesem Grund. In der letztinstanzlich eingereichten Beschwerde wird sodann eingewendet, das SECO hätte nur bei jenen Entschädigungsbeträgen von zweifellos unrichtiger Leistungszusprechung ausgehen dürfen, welchen in den bei der Betriebskontrolle vorgefundenen Unterlagen (Originale der Stundenblätter und entsprechende Lohnabrechnungen) und in den einige Tage später eingereichten Stundenblättern im Einzelfall voneinander abweichende Begründungen für den Arbeitsausfall (Ferien, Krankheit oder Unfall einerseits, wetterbedingte Ausfälle anderseits) zugrunde lägen. Die Beschwerdeführerin wehre sich dagegen, dass sie quasi als Strafe sämtliche Entschädigungen, auch die rechtmässig bezogenen, zurückzahlen müsse, nachdem sie nur für wenige Tage (im Januar 2005 10 Tage und im Februar 2005 18,5 Tage) und wenige Arbeitnehmer zu Unrecht Schlechtwetterentschädigung bezogen habe. Das SECO habe es fälschlicherweise unterlassen, die Unterlagen im Einzelnen zu prüfen und hernach nur bei zweifellos unrichtigen Stundenblättern einzugreifen. Dieser Argumentation kann nicht beigepflichtet werden. Am 15. November 2006 kopierte der Kontrolleur im Betrieb der Beschwerdeführerin die vorhandenen Unterlagen. Nur bezogen auf diese Akten war ein direkter Vergleich mit den nachgereichten Stundenblättern möglich, aus welchem auf eine systematische Unrichtigkeit der Zeitkontrollen durch nachträgliche Abänderung oder Neuerstellung der Stundenblätter geschlossen werden musste. Trotz fehlender Vergleichsmöglichkeit der übrigen Angaben in den nachgereichten Stundenblättern der Jahre 2005 und 2006 ergeben sich - wie von der Vorinstanz dargelegt - auch aus diesen Unterlagen Hinweise auf eine nachträgliche Erstellung oder eventuelle Abänderung der Stundenblätter (keine fortlaufenden Erfassungsnummern, wetterbedingte Ausfälle wechseln bei einzelnen Mitarbeitern fast täglich mit Ausfällen wegen Krankheit oder Unfall ab). Demgemäss ist von einer insgesamt nicht beweistauglichen Arbeitszeitkontrolle auszugehen. Diese kann sich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht nur auf die nachweislich abgeänderten Positionen beziehen. Es verhält sich insofern ähnlich wie mit der kaufmännischen Buchführung (<ref-law>). Wer buchführungspflichtig ist, hat diejenigen Bücher ordnungsgemäss zu führen und aufzubewahren, die nach Art und Umfang des Geschäfts notwendig sind, um namentlich die Ergebnisse der einzelnen Geschäftsjahre festzustellen (vgl. <ref-law>). Die Buchhaltung muss genau und vollständig sein (<ref-ruling> E. 8.1 S. 15; <ref-ruling> E. 2.3 S. 135), ansonsten sie ihren Zweck, die Vermittlung der tatsächlichen wirtschaftlichen Lage der Gesellschaft, nicht erfüllen kann. Im übertragenen Sinn kann auch eine Arbeitszeitkontrolle im Zusammenhang mit der Prüfung eines wetterbedingten Arbeitsausfalls (gemäss Art. 42 Abs. 3 in Verbindung mit <ref-law> und <ref-law>) nur beweistauglich sein, wenn sie - abgesehen von einzelnen Fehlern, welche immer vorkommen können - keine Unstimmigkeiten aufweist. Die Vorinstanz geht zudem zu Recht davon aus, dass die nachträgliche Zusammenstellung der Arbeitspläne kein adäquates Mittel für die Kontrolle des Arbeitsausfalles darstellt, weil es ihr am Erfordernis der täglich fortlaufenden Aufzeichnung fehlt (Urteil [des Eidg. Versicherungsgerichts] C 64/04 vom 19. August 2004 E. 2.1). Ob und allenfalls welche Stundenblätter in casu nachträglich erstellt wurden, kann offen bleiben, da es bereits infolge der Ungereimtheiten in den nachgereichten Stundenblättern am Erfordernis der genügenden Kontrollierbarkeit des Arbeitsausfalles im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> fehlt, weshalb die Zusprechung von Schlechtwetterentschädigung für Arbeitsausfälle in den Monaten Januar und Februar 2005 sowie Januar bis März 2006 insgesamt zweifellos unrichtig gewesen ist. Aus dem Einwand der Beschwerdeführerin, bisher habe ihr niemand vorgeworfen, eine strafbare Handlung begangen zu haben (das SECO weist letztinstanzlich darauf hin, dass die diesbezüglich relevanten Verjährungsfristen noch nicht abgelaufen seien), lässt sich nichts zu ihren Gunsten ableiten.
4.3 Die Rückforderungssumme ist - auch nach Abzug der anerkanntermassen zu Unrecht geleisteten Schlechtwetterentschädigung für insgesamt 28,5 Manntage - erheblich, weshalb das wiedererwägungsweise Zurückkommen der Verwaltung auf die Leistungszusprechung korrekt war.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, und der Öffentlichen Arbeitslosenkasse Baselland schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Leuzinger Berger Götz