Sachverhalt:
A.
Die X._ AG (Gesuchstellerin) und die Y._ AG (Gesuchsgegnerin) sind Internetprovider. Sie vereinbarten am 17./19. August 2011 ein sog. Zero Settlement Peering. Bei einem solchen erfolgt der Datenverkehr zwischen den beiden Netzen der Parteien kostenneutral. Die Gesuchsgegnerin kündigte diesen Vertrag mit Schreiben vom 27. Juni 2012 auf den 31. Juli 2012 und liess der Gesuchstellerin einenVertragsentwurf für einen neuen Interconnect Peering Vertrag zur Unterschrift zukommen, gemäss welchem neu ein Entgelt geschuldet gewesen wäre, wenn die Asymmetrie des Datenverkehrs das Verhältnis 1:2 übertroffen hätte.
B.
B.a. Mit Eingabe vom 19. Juli 2012 stellte die Gesuchstellerin beim Handelsgericht des Kantons Bern folgendes Begehren:
1. Es sei die Gesuchsgegnerin zu verpflichten, unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe nach <ref-law>, mit der Gesuchstellerin eine Vereinbarung entsprechend derjenigen vom 17. August 2011 abzuschliessen, gültig ab dem 01. August 2012 bis zum rechtskräftigen Entscheid in der in dieser Sache zwischen den Parteien bisher noch nicht rechtshängigen Klage in der Hauptsache. Diese Vereinbarung soll insbesondere nachfolgend beschriebene Leistungen enthalten:
a. Datenaustausch (Peering) zwischen dem Internet Knotenpunkt AS3303 der Gesuchsgegnerin mit dem Internet Knotenpunkt AS13030 der Gesuchstellerin.
b. Datenaustausch (Peering) zwischen den mobilen Netzwerken der Gesuchsgegnerin mit dem Internet Knotenpunkt AS13030 der Gesuchstellerin.
2. Es sei der Gesuchsgegnerin zu verbieten,
a. die Vereinbarung gemäss Rechtsbegehren Nr. 1 von der Einhaltung eines Datenaustauschverhältnis (Traffic Ratio) abhängig zu machen.
b. für die gemäss Rechtsbegehren Nr. 1 zu erbringenden Leistungen eine Abgeltung zu verlangen.
Sie ersuchte darum, die beantragte Verfügung superprovisorisch zu erlassen.
Die Gesuchstellerin machte im Wesentlichen geltend, das Vorgehen der Gesuchsgegnerin verstosse gegen das Kartell- und Wettbewerbsrecht. Sie sei strukturell von der Gesuchsgegnerin abhängig und könne daher nicht auf einen anderen Peering-Partner umsteigen. Sie habe daher Anspruch darauf, dass diese gemäss Art. 13 lit. b KG verpflichtet werde, mit ihr einen marktgerechten und branchenüblichen Vertrag abzuschliessen. Da strittig und bisher noch nicht entschieden worden sei, ob Peering-Verträge einen Anwendungsfall der Interkonnektion gemäss Art. 11 Abs. 1 lit d des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 (FMG; SR 784.10) darstellten, sei es ihr auch nicht möglich, den vorsorglichen Rechtsschutz über das Fernmeldegesetz zu erreichen.
B.b. Mit Verfügung vom 20. Juli 2012 wies die Vizepräsidentin des Handelsgerichts das Begehren um Erlass einer superprovisorischen Verfügung mangels Dringlichkeit ab.
Am 15. November 2012 ersuchte sie das Bundesamt für Kommunikation (BAKOM) um Erstellung eines Kurzgutachtens zu folgenden Fragen:
1.1 Fällt der vorliegend zu beurteilende Interconnect Peering Vertrag (Gesuchsbeilage 4) unter den Begriff der Interkonnektion im Sinne von
<ref-law> bzw. <ref-law>-
1.2 Wenn ja, handelt es sich bei der vorliegenden Streitsache um eine Streitigkeit über den Zugang im Sinne von <ref-law> oder um eine Streitigkeit aus einer Vereinbarung über den Zugang im Sinne von
<ref-law>-
2.1 Ist dem BAKOM bekannt, ob Interconnect Peering Verträge im europäischen Raum unter den Begriff der Interkonnektion im Sinne der schweizerischen Rechtsordnung fällt-
2.2 Falls ja, wie werden die Kosten verteilt-
3. Haben Sie weitere Bemerkungen anzubringen-
Am 21. Dezember 2012 erfolgte das Gutachten des BAKOM. Den Parteien wurde Gelegenheit zur Stellungnahme gegeben.
B.c. Mit Entscheid vom 28. Januar 2013 trat die Vizepräsidentin des Handelsgerichts auf das Gesuch vom 19. Juli 2012 um vorsorgliche Massnahmen mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein. Massgeblich gestützt auf das Gutachten des BAKOM nahm sie an, Peeringverträge fielen unter den Interkonnektionsbegriff gemäss <ref-law>. Sodann handle es sich nicht um eine Streitigkeit betreffend die Auslegung und Durchsetzung einer bestehenden Vereinbarung, für welche die Zivilgerichte zuständig seien. Vielmehr gehe es um die Fragedes Zugangs zu Einrichtungen und Diensten marktbeherrschender Anbieterinnen. Für Zugangsverfahren sei jedoch gemäss <ref-law> die Eidgenössische Kommunikationskommission (ComCom) zuständig.
C.
Die Gesuchstellerin (Beschwerdeführerin) beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, der Nichteintretensentscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 28. Januar 2013 sei aufzuheben und das Handelsgericht sei anzuweisen, materiell über das Gesuch der Beschwerdeführerin um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme zu entscheiden.
Die Gesuchsgegnerin (Beschwerdegegnerin) beantragt Abweisung der Beschwerde.
Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Am 10. April 2013 teilte die Beschwerdeführerin mit nachträglicher Eingabe mit, dass sie am 28. März 2013 beim Bundesamt für Kommunikation (BAKOM) zuhanden der ComCom gegenüber der Beschwerdegegnerin ein Gesuch um Interkonnekt Peering Zugang und um Erlass vorsorglicher Massnahmen gestellt habe.
Am 17. Juni 2013 stellte die Beschwerdegegnerin dem Bundesgericht die Zwischenverfügung der ComCom vom 11. Juni 2013 zu, mit welcher diese das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erlass vorsorglicher Massnahmen vom 28. März 2013 teilweise gutgeheissen hat.

Erwägungen:
1.
Beim angefochten Entscheid über vorsorgliche Massnahmen handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>, da die Vorinstanz ihre Zuständigkeit verneinte (Urteil 5A_702/2012 vom 19. November 2012 E. 1, nicht publ. in <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1.1). Für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte besteht kein Streitwerterfordernis (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 69 f.). Es handelt sich um eine Zivilsache, da die Beschwerdeführerin ihre Ansprüche auf das Kartellgesetz (KG) und auf das UWG stützt (<ref-ruling> E. 1.1.1 S. 485). Insoweit ist die Beschwerde zulässig.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können grundsätzlich Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Betrifft der angefochtene Entscheid allerdings vorsorgliche Massnahmen, gilt gemäss <ref-law> eine Kognitionsbeschränkung. Gerügt werden kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte.
Angefochten ist ein Entscheid über vorsorgliche Massnahmen, mit welchem über die Zuständigkeit entschieden wurde. Die Vorinstanz führte in der Rechtsmittelbelehrung an, gerügt werden könne nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gemäss <ref-law>. Demgegenüber ist die Beschwerdeführerin der Auffassung, massgeblich seien die Beschwerdegründe nach <ref-law>.
Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gilt die Kognitionsbeschränkung gemäss <ref-law> auch, wenn es um die Zuständigkeit zum Erlass vorsorglicher Massnahmen geht (<ref-ruling> E. 1 S. 556 f. mit Hinweis). Die Beschwerdeführerin macht geltend, dies treffe hier nicht zu, weil mit dem vorliegenden Entscheid endgültig über die Zuständigkeit entschieden sei, auch im Hinblick auf ein künftiges Hauptverfahren vor Handelsgericht. Dieser Auffassung ist nicht zu folgen. Wenn die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht ein Hauptsacheverfahren einleitet, mit dem sie Ansprüche aus Kartellgesetz und UWG einklagt, so wird das Handelsgericht zuerst wiederum über seine sachliche Zuständigkeit entscheiden müssen. Dieser Entscheid kann - weil er in einer materiellen Streitigkeit ergeht - beim Bundesgericht angefochten werden und er wird in diesem Verfahren nach Art. 95 ff. bzw. <ref-law> frei überprüft. Der Entscheid über die Zuständigkeit im Massnahmeverfahren ist auf dieses Verfahren beschränkt und damit für das Gericht im Hauptverfahren nicht bindend. Somit kann im vorliegenden Fall nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden.
2.2. I n der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2).
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>), weil die Vorinstanz lediglich das Gutachten des BAKOM wiedergebe ohne eigene Würdigung, zumal ein Gutachten nicht Rechtsfragen beantworten dürfe. Ausserdem hätte das Gutachten bei der ComCom und nicht beim BAKOM eingeholt werden müssen. Durch das Einholen eines Gutachtens bei einer falschen bzw. nicht fachkompetenten Stelle liege eine mangelhafte Abklärung des Sachverhalts und damit ein Verstoss gegen <ref-law> vor.
3.1. Ein Gutachten soll dem Gericht das nötige Fachwissen zur Verfügung stellen. Eine strikte Trennung von Tat- und Rechtsfragen kann sich als schwierig erweisen, da Tatsachen rechtlich gewürdigt werden müssen und die zu behandelnden Rechtsfragen beeinflussen können. Ausführungen des Gutachters zu Rechtsfragen können für das Verständnis des Gutachtens wesentlich, für das urteilende Gericht aber nicht verbindlich sein. Das Gericht darf demnach bei der Beantwortung von Rechtsfragen nicht auf ein Gutachten abstellen, ohne eine eigene rechtliche Würdigung vorzunehmen (Urteile 4A_159/2009 vom 8. September 2009 E. 2.2 und 4A_413/2008 vom 26. November 2008 E. 3.2).
Vorliegend war sich die Vorinstanz bewusst, dass die Beantwortung der sich stellenden Rechtsfragen Sache des Gerichts ist. Sie hat denn auch eine eigene rechtliche Würdigung vorgenommen. Dass sie sich dabei letztlich den Überlegungen des Gutachters angeschlossen hat, vermag keine Gehörsverletzung zu begründen.
3.2. Es ist nicht ganz klar, was die Beschwerdeführerin mit ihrem zweiten Einwand rügen will. Jedenfalls kann es nur darum gehen, dass dem Gutachter die notwendige fachliche Fähigkeit gefehlt hätte. Solche Einwände gegen einen Gutachter sind indessen unverzüglich zu stellen. Das Handelsgericht hat den Parteien mit Verfügung vom 25. Oktober 2012 mitgeteilt, dass ein Kurzgutachten beim BAKOM eingeholt werden soll und die zu beantwortenden Fragen angeführt (act. 77). Die Beschwerdeführerin hat innert angesetzter Frist Ergänzungsfragen gestellt, jedoch keine Einwände gegen den Gutachter vorgebracht (act. 82). Ihre jetzigen Vorbringen sind daher offensichtlich verspätet.
4.
Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, Peering-Verträge würden nicht unter den Begriff der Interkonnektion gemäss <ref-law> fallen. Ihre Ausführungen beschränken sich auf die Frage der nach ihrer Auffassung richtigen Auslegung des Fernmeldegesetzes. Dies ist wie dargelegt im Rahmen von <ref-law> nicht genügend. Die Beschwerdeführerin hätte vielmehr dartun müssen, dass die Rechtsanwendung der Vorinstanz willkürlich ist.Soweit die Beschwerdeführerin eine formelle Rechtsverweigerung (<ref-law>) geltend macht, weil auf eine Sache nicht eingetreten worden sei, auf die hätte eingetreten werden müssen, verkennt sie, dass diese Rüge wiederum voraussetzen würde, dass der Vorinstanz bei ihrer Beurteilung der Zuständigkeit eine willkürliche Rechtsanwendung vorgeworfen werden müsste. Schliesslich beruft sie sich auf eine Verletzung des Legalitätsprinzips (<ref-law>). Abgesehen davon, dass nicht ersichtlich ist, was die Beschwerdeführerin daraus für ihren eigenen Standpunkt ableiten könnte, handelt es sich beim Legalitätsprinzip - ausserhalb des Bereichs des Strafrechts und der öffentlich-rechtlichen Abgaben - um ein Verfassungsprinzip und nicht um ein selbständiges verfassungsmässiges Recht im Sinne von <ref-law> ( MARKUS SCHOTT, Basler Kommentar, BGG, 2. Aufl. 2011, N. 22 zu <ref-law>).
5.
Sodann macht die Beschwerdeführerin geltend, selbst wenn Peering-Verträge Interkonnektion gemäss <ref-law> darstellen würden, wäre <ref-law> nicht anwendbar. Die Qualifikation als Zugangsstreitigkeit (<ref-law>) und der darauf gestützte Nichteintretensentscheid der Vorinstanz würden sie zwingen, das viel teurere Verfahren über die ComCom einzuschlagen. Dabei entstünden - im Vergleich zu den tieferen Gebühren in Zivilstreitigkeiten - Kosten, die für sie existenzgefährdend seien. Dies lasse sich nicht mit der Wirtschaftsfreiheit gemäss <ref-law> vereinbaren. Eine genügende Rüge im Sinne von <ref-law> liegt damit nicht vor.Im Übrigen ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Beschwerdeführerin in ihrem Grundrecht auf Wirtschaftsfreiheit durch den Nichteintretensentscheid verletzt sein soll.
Schliesslich beruft sich die Beschwerdeführerin auf den Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law>), welcher durch die Vorgehensweise der Gegenpartei verletzt worden sei. Die Beschwerdeführerin verkennt dabei, dass bezüglich der Zuständigkeit der Vorinstanz nicht erheblich ist, ob das Verhalten der Gegenpartei treuwidrig ist.Dass die Vorinstanzgegen Treu und Glauben verstossen habe, rügt die Beschwerdeführerin zu Recht nicht.
6.
Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin dafür kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1BGG). Die Beschwerdegegnerin ist nicht durch einen externen Rechtsanwalt vertreten, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; BGE <ref-ruling> E. 4 S. 446; Urteil 4A_585/2010 vom 2. Februar 2011 E. 5.2).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juli 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer