Sachverhalt:
A. X._ verursachte am 11. Januar 2006 auf der Stadtautobahn St. Gallen während eines Überholmanövers einen Unfall. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen (nachfolgend: Strassenverkehrsamt) ordnete daraufhin die Abklärung seiner Fahreignung an. X._ versäumte die ärztliche Untersuchung. Das Strassenverkehrsamt entzog ihm am 8. Juni 2006 den Führerausweis auf unbestimmte Zeit aus medizinischen Gründen (Sicherungsentzug).
Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs hiess die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen am 18. Oktober 2006 gut und hob den Sicherungsentzug auf. Am 8. November 2006 wurde ihm der Führerausweis wieder ausgehändigt.
Mit Verfügung vom 17. Januar 2007 ordnete das Strassenverkehrsamt wegen des Unfalls vom 11. Januar 2006, den es als mittelschwere Widerhandlung gegen die Vorschriften des Strassenverkehrs einstufte, einen Führerausweisentzug von einem Monat an. Den Vollzug legte es rückwirkend vom 8. Juni bis 7. Juli 2006 fest.
B. Am 19. Juni 2008 überschritt X._ auf der Autobahn zwischen Zürich und Bern, auf der Höhe von Oberbuchsiten, die signalisierte Höchstgeschwindigkeit um 31 km/h (nach Toleranzabzug).
Das Strassenverkehrsamt entzog ihm deshalb am 14. November 2008 den Führerausweis für die Dauer von vier Monaten wegen einer mittelschweren Widerhandlung innerhalb der zweijährigen Rückfallfrist von <ref-law>.
C. Dagegen führte X._ Rekurs bei der Verwaltungsrekurskommission, welche diesen abwies.
X._ erhob Beschwerde beim Bundesgericht. Dieses trat auf die Beschwerde nicht ein, weil die Verwaltungsrekurskommission kein oberes kantonales Gericht nach <ref-law> ist. Es überwies die Sache dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen zur weiteren Behandlung (Urteil 1C_312/2009 vom 23. November 2009).
Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 24. Februar 2010 ab.
D. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts sowie die Feststellungen, dass der vom Strassenverkehrsamt mit Verfügung vom 14. November 2008 angeordnete Führerausweisentzug vollzogen und auf einen Entzug des Führerausweises zu verzichten sei. Eventualiter sei der Führerausweisentzug auf einen Monat zu reduzieren.
Das Strassenverkehrsamt hat keine Stellungnahme eingereicht. Die Verwaltungsrekurskommission hat auf Vernehmlassung verzichtet. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Hinweis auf das angefochtene Urteil die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Strassen hat sich vernehmen lassen. Es beantragt die Abweisung der Beschwerde. In der Replik hält X._ an seiner Beschwerde fest.
E. Mit Verfügung vom 4. Mai 2010 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auf dem Gebiet der strassenverkehrsrechtlichen Administrativverfahren zur Verfügung (Urteil 1C_79/2007 vom 6. September 2007 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 1C_559/2008 vom 15. Mai 2009 E. 1). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist hier somit gegeben.
1.2 Die Vorinstanz hat als oberes Gericht kantonal letztinstanzlich entschieden. Gegen ihr Urteil ist die Beschwerde nach Art. 86 Abs. 1 lit. d in Verbindung mit Abs. 2 BGG zulässig.
1.3 Der Beschwerdeführer hat sich am Verfahren vor der Vorinstanz beteiligt und ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
1.4 Das angefochtene Urteil schliesst das Verfahren ab. Es handelt sich um einen Endentscheid, gegen welchen die Beschwerde gemäss <ref-law> zulässig ist. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von <ref-law>.
2.2 Gemäss <ref-law> wird nach einer mittelschweren Widerhandlung der Lernfahr- oder Führerausweis für mindestens vier Monate entzogen, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis einmal wegen einer schweren oder mittelschweren Widerhandlung entzogen war.
Der Wortlaut von <ref-law> setzt eine vollzogene Massnahme voraus ("entzogen war"), weshalb die zweijährige Rückfallfrist mit dem Ablauf des Ausweisentzugs beginnt. Dem Beschwerdeführer war der Ausweis vom 8. Juni bis zum 7. Juli 2006 wegen einer mittelschweren Widerhandlung entzogen. Er hat am 19. Juni 2008 durch Überschreiten der Höchstgeschwindigkeit auf der Autobahn um 31 km/h erneut eine mittelschwere Widerhandlung begangen (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 132; Urteil 1C_526/2009 vom 25. März 2010 E. 3.1). Diese führt nach dem klaren Wortlaut von <ref-law> zum Entzug des Ausweises, da dem Beschwerdeführer in den vorangegangenen zwei Jahren (bis zum 7. Juli 2006) der Führerausweis entzogen war.
Dagegen wendet der Beschwerdeführer ein, zur Berechnung der zweijährigen Frist sei nicht der Zeitpunkt des Ablaufs des vorangegangenen Entzugs massgebend, sondern der Zeitraum zwischen den beiden Widerhandlungen.
Nach der Rechtsprechung darf die Auslegung vom klaren Wortlaut eines Rechtssatzes nur abweichen, wenn triftige Gründe dafür bestehen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche triftigen Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte, dem Sinn und Zweck der Vorschrift und dem Zusammenhang mit anderen Gesetzesbestimmungen ergeben (<ref-ruling> E. 2.2 S. 81; <ref-ruling> E. 2.3 S. 221; je mit Hinweisen).
2.3 <ref-law> lehnt sich an Art. 17 Abs. 1 lit. c aSVG an. Dieser sah eine Mindestentzugsdauer von sechs Monaten vor, wenn dem Lenker der Ausweis wegen einer Widerhandlung zu entziehen war, die er innert zwei Jahren "seit Ablauf des letzten Entzugs" begangen hatte (vgl. Urteil 1C_271/2010 vom 31. August 2010 E. 5.3; vgl. zum alten Recht <ref-ruling> E. 2b S. 157). <ref-law> trat im Rahmen der Teilrevision des Strassenverkehrsgesetzes am 1. Januar 2005 in Kraft. Mit dem Ziel der Erhöhung der Verkehrssicherheit auf Schweizer Strassen wurden die Administrativmassnahmen, insbesondere die Ahndung von wiederholten Widerhandlungen, verschärft (vgl. dazu die Botschaft vom 31. März 1999 zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes, BBl 1999 4462 ff.). Die Mindestentzugsdauer soll zur Anwendung kommen, wenn dem Lenker in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis mindestens einmal wegen einer nicht leichten Widerhandlung entzogen werden musste (BBl 1999 4488). Der Gesetzgeber hat zwar in der neuen Bestimmung eine von Art. 17 Abs. 1 lit. c aSVG abweichende Terminologie zur Bezeichnung des Beginns der Rückfallfrist verwendet, diesen Zeitpunkt aber nicht ändern wollen (Urteil 1C_271/2010 vom 31. August 2010 E. 5.3). Die Rückfallfrist ist eine Bewährungsfrist, die erst dann zu laufen beginnen kann, wenn die Entzugsdauer abgelaufen ist (Cédric Mizel, Retrait administratif du permis de conduire: le nouveau concept de récidive et la pratique des "cascades", ZStR 126/2008 S. 330; vgl. auch Urteil 1C_347/2007 vom 22. Oktober 2007 E. 2; <ref-ruling> E. 3c S. 154). Aus der Entstehungsgeschichte sind keine triftigen Gründe ersichtlich, die für ein Abweichen vom Gesetzeswortlaut sprechen.
2.4 Der Gesetzgeber wollte die Administrativmassnahmen im Strassenverkehr bei Rückfällen verschärfen. Personen, die wiederholt elementare Verkehrsregeln verletzen und damit das Leben anderer Verkehrsteilnehmer aufs Spiel setzen, sollen für lange Zeit oder sogar für immer aus dem Verkehr gezogen werden (BBl 1999 4474).
Die Entscheidung des Gesetzgebers, den Beginn der Rückfallfrist nach Ablauf der Entzugsdauer anzusetzen, entspricht diesen Zielen und ist nachvollziehbar. Auch aus dem Sinn und Zweck ergeben sich demnach keine triftigen Gründe für ein Abweichen vom Wortlaut des Gesetzes.
2.5 Aus der Systematik des Gesetzes ergeben sich keine entscheidwesentlichen Aufschlüsse über die Rückfallfrist.
2.6 Die Einwendung des Beschwerdeführers, die Rückfallfrist werde verlängert oder verkürzt, je nach dem, wie schnell die zuständige Behörde über den Ausweisentzug entscheide, ist unbegründet, wenn die Rückfallfrist erst mit dem Ablauf der Entzugsdauer beginnt.
Schliesslich überzeugt auch das Vorbringen des Beschwerdeführers nicht, der erneute Entzug des Führerausweises sei mit dem im Jahr 2006 während fünf Monaten zu Unrecht angeordneten Entzug im Sinne einer Lückenfüllung für eine fehlende Rechtsgrundlage für Schadenersatz zu verrechnen. Das Strassenverkehrsgesetz sieht weder vor, dass Warnentzüge mit nachträglich aufgehobenen Sicherungsentzügen zu kompensieren sind, noch dass bei ungerechtfertigten Entzügen ein Anspruch auf Schadenersatz besteht. Die Frage des allfälligen Schadenersatzes richtet sich nach den allgemeinen Haftungsnormen. Eine Lücke im Gesetz besteht nicht (siehe dazu <ref-ruling> E. 2.1 S. 386; <ref-ruling> E. 5.1 S. 478).
2.7 Es bestehen keine triftigen Gründe, um vom Wortlaut des Gesetzes abzuweichen. Dem Beschwerdeführer ist der Führerausweis gemäss <ref-law> für mindestens vier Monate zu entziehen. Diese Mindestentzugsdauer darf nicht unterschritten werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 336). Der angefochtene Entscheid verletzt demnach kein Bundesrecht.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, der Verwaltungsrekurskommission und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Christen