hat sich ergeben:
A.- E._ wurde am 19. August 2000 nach rund einmonatiger Ausschaffungshaft von Liestal aus in den Libanon gebracht. Nach seiner Entlassung aus dem Gefängnis in Beirut wandte er sich an einen Gerichtsmediziner, um sich schriftlich bestätigen zu lassen, dass er an verschiedenen Körperstellen Verletzungen aufwies. Daraufhin legte E._ in einem Brief an die Menschenrechtsgruppe "augenauf" in Basel dar, er sei unmittelbar vor seiner Ausschaffung in Liestal von diversen Personen misshandelt worden; er beschreibt darin, wie er von drei Polizisten und zwei weiteren Personen in seiner Zelle in Liestal gefesselt und geschlagen worden sei. Am 21. September 2000 erhob der Rechtsvertreter von E._ gegen den Vorsteher der Justiz-, Polizei- und Militärdirektion des Kantons Basel-Landschaft und gegen Unbekannt Strafanzeige wegen Nötigung, Tätlichkeit, einfacher Körperverletzung, Freiheitsberaubung und Gefährdung des Lebens. Weiter beantragte er, es sei ein anderes Statthalteramt als dasjenige in Liestal mit den Untersuchungen zu betrauen. Die Präsidentin des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft (im folgenden: Verfahrensgericht) beauftragte in der Folge das Besondere Untersuchungsrichteramt des Kantons mit der Anhandnahme der Strafuntersuchung. Dieses verzichtete mit Verfügung vom 13. November 2000 gestützt auf § 128 Abs. 1 lit. d der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Landschaft (StPO/BL) auf die Eröffnung eines Untersuchungsverfahrens gegen den Direktionsvorsteher sowie gegen Unbekannt, da während der Ausschaffungshaft offensichtlich keine Straftat zum Nachteil von E._ begangen worden sei. Vorabklärungen hätten ergeben, dass am 18. August 2000 wegen Suizidgefahr gewisse Überwachungs- und Schutzmassnahmen getroffen worden seien. Bei seiner Ausreise habe E._ keinen verletzten Eindruck gemacht.
Gegen diese Verfügung beschwerte sich E._ am 24. November 2001 beim Verfahrensgericht und verlangte, das Besondere Untersuchungsrichteramt sei anzuweisen, das beantragte Strafverfahren zu eröffnen. Dabei ersuchte er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Verfahrensgericht hiess die Beschwerde gut, weil es die Voraussetzungen für den Verzicht auf die Eröffnung des Untersuchungsverfahrens als nicht erfüllt erachtete. Gleichzeitig wies es das Besondere Untersuchungsrichteramt an, ein Verfahren gegen die verdächtigen Personen zu eröffnen. E._ wurde trotz Obsiegens keine Parteientschädigung zugesprochen, mit der Begründung, es liege dafür keine gesetzliche Grundlage vor.
B.- E._ führt gegen den (Kosten-)Entscheid des Verfahrensgerichts staatsrechtliche Beschwerde. Er macht eine Verletzung von Art. 29 BV (unentgeltliche Rechtspflege) geltend und beantragt, den Entscheid des Verfahrensgerichts im Kostenpunkt aufzuheben und dieses anzuweisen, ihm eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Eventualiter sei das Verfahrensgericht anzuweisen, die unentgeltliche rechtliche Verbeiständung zu gewähren. Für den Fall des Unterliegens vor Bundesgericht beantragt E._ ebenfalls die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Das Besondere Untersuchungsrichteramt hat zur Beschwerde nicht Stellung genommen. Das Verfahrensgericht in Strafsachen schliesst auf Nichteintreten, eventualiter auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm eingereichten Beschwerden von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen).
b) Im angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Entscheid (Art. 86 Abs. 1 OG) wird das Besondere Untersuchungsrichteramt angewiesen, gegen die verdächtigen Personen eine Strafuntersuchung zu eröffnen. Die Anordnung der Anhandnahme des Strafverfahrens entspricht dem materiellen Antrag des Beschwerdeführers, der in seiner Stellung als Opfer am kantonalen Verfahren teilnahm. Der Beschwerdeführer ist insofern durch den angefochtenen Entscheid berührt (Art. 88 OG), als ihm trotz Obsiegens weder eine Parteientschädigung zugesprochen noch die beantragte unentgeltliche Rechtsverbeiständung bewilligt wurde.
c) Mit der Anordnung der Verfahrenseröffnung wird die Strafuntersuchung erst in die Wege geleitet. Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren nicht ab, sondern stellt den ersten Schritt in Richtung eines Endentscheids dar. Es handelt sich dabei um einen Zwischenentscheid im Sinn von Art. 87 Abs. 2 OG (zum Begriff des Zwischenentscheids: <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1a/aa S. 41; <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 1a).
Selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide sind nach Art. 87 Abs. 1 OG nur dann mit staatsrechtlicher Beschwerde anfechtbar, wenn sie Fragen der Zuständigkeit oder des Ausstands betreffen; bei allen anderen Vor- und Zwischenentscheiden wird für das Eintreten auf die Beschwerde das Vorliegen eines nicht wiedergutzumachenden Nachteils vorausgesetzt (Art. 87 Abs. 2 OG). Dies gilt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung auch dann, wenn ein Zwischenentscheid nur in Bezug auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen angefochten wird (BGE <ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen). Der nicht wiedergutzumachende Nachteil muss nach der Praxis rechtlicher Natur sein. Eine bloss tatsächliche Beeinträchtigung wie beispielsweise eine Verlängerung oder eine Verteuerung des Verfahrens genügt nicht. Der Nachteil ist nur dann rechtlicher Art, wenn er auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte. Dabei ist es nicht nötig, dass sich der Nachteil schon im kantonalen Verfahren durch einen günstigen Endentscheid beheben lässt. Es genügt, wenn er in einem anschliessenden bundesgerichtlichen Verfahren beseitigt werden kann (<ref-ruling> E. 1b, 207 E. 2).
d) Das Verfahrensgericht führt in seiner Stellung-nahme zutreffend aus, dass vorliegend weder die Verweigerung einer Parteientschädigung noch die Nichtgewährung der unentgeltlichen Rechtspflege einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil rechtlicher Art bewirken können. Der Beschwerdeführer ist aufgrund seiner Parteistellung als Opfer legitimiert, sich gegen eine allfällige Einstellung der Untersuchung oder einen Freispruch der verdächtigen Personen zu wehren (Art. 8 OHG) und dabei gleichzeitig den umstrittenen Kostenentscheid anzufechten. Darüber hinaus kann er selbst dann, wenn das Verfahren ganz zu seinen Gunsten ausgehen sollte - etwa indem allfällige Zivilansprüche gutgeheissen werden -, den Kostenentscheid selbständig anfechten; dies ist nach ständiger Praxis unabhängig von der Legitimation zur Anfechtung des Hauptentscheids möglich (BGE <ref-ruling> E. 1b mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer hat in einem solchen Fall die Möglichkeit, im Anschluss an den kantonalen Endentscheid staatsrechtliche Beschwerde gegen den Zwischenentscheid zu erheben. Ein nicht wiedergutzumachender Nachteil liegt somit nicht vor.
2.- Demnach kann auf die staatsrechtliche Beschwerde nicht eingetreten werden. Entsprechend dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Dem Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege kann nicht entsprochen werden, da sich die Beschwerde von vornherein als aussichtslos erwies und überdies die finanzielle Bedürftigkeit nicht glaubhaft gemacht ist (Art. 152 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.- Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 800.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Besonderen Untersuchungsrichteramt sowie dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. August 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: