Sachverhalt:
Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen annullierte am 18. September 2008 gegenüber X._ dessen Führerausweis auf Probe. Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen wies den dagegen erhobenen Rekurs am 26. Februar 2009 ab. In der Rechtsmittelbelehrung gab sie an, dass gegen ihr Urteil beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben werden könne.
X._ erhob entsprechend dieser Rechtsmittelbelehrung beim Bundesgericht am 23. April 2009 Beschwerde. Das Bundesamt für Strassen ASTRA hat Abweisung der Beschwerde beantragt. Die Verwaltungsrekurskommission hat auf Stellungnahme in der Sache verzichtet. Mit Verfügung vom 20. Mai 2009 ist das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen worden.

Erwägungen:
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 96).
Nach <ref-law> setzen die Kantone in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein.
Auf der Grundlage der Entscheide <ref-ruling> und Urteil 2C_360/2009 vom 23. Juni 2009 hat die I. öffentlich-rechtliche Abteilung mit Urteil 1C_346/2009 vom 6. November 2009 erkannt, dass die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen auch auf dem Gebiete der Massnahmen im Strassenverkehr kein oberes Gericht im Sinne von <ref-law> sei.
Bei dieser Sachlage ist das Bundesgericht nicht zuständig, die gegen den Entscheid der Verwaltungsrekurskommission erhobene Beschwerde zu beurteilen. Daran ändert der Umstand nichts, dass im Rahmen der Instruktion über das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung befunden worden ist.
Mit dem erwähnten Urteil 1C_346/2009 vom 6. November 2009 ist die Rechtslage geklärt worden. Somit kann die vorliegende Beschwerde im Verfahren gemäss <ref-law> behandelt werden.
Demnach kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Die Sache ist dem Verwaltungsgericht zur weitern Behandlung zu überweisen. Es sind keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde wird zur weitern Behandlung an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen überwiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, der Verwaltungsrekurskommission, Abteilung IV, und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann