Fatti:
A. Con decisione del 2 giugno 2006 la Sezione della circolazione, fondandosi su un rapporto di contravvenzione della polizia comunale di Lugano, aveva inflitto a A._ una multa di fr. 250.--, per aver abbordato una curva piegante a sinistra a velocità inadeguata e pericolosa, producendo un rumore evitabile per lo stridere dei copertoni. Adito dall'interessato, il presidente della Pretura penale, negata, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove, la richiesta di allestire una perizia sulla possibilità di far stridere le gomme della vettura, ne aveva respinto il ricorso mediante decisione del 6 agosto 2007, cresciuta in giudicato. Egli aveva ritenuto che la versione addotta dall'insorgente non faceva sorgere ragionevoli dubbi circa la fondatezza dell'addebito mossogli dagli agenti denuncianti.
B. Il 28 settembre 2007 A._ ha presentato al presidente della Pretura penale un'istanza di revisione, fondata sulla rifiutata perizia, fatta allestire in seguito e prodotta dall'interessato. L'istanza è stata respinta con giudizio del 27 ottobre 2008.
C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia penale e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di accogliere la domanda di revisione e di annullare la decisione della Sezione della circolazione, di scagionarlo da ogni accusa e di abbandonare ogni procedimento nei suoi confronti e, in via subordinata, di rinviare la causa all'autorità inferiore per nuovo giudizio.
Non sono state chieste osservazioni ai gravami.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 2).
1.2 La legittimazione del ricorrente (art. 81 cpv. 1 lett. a e lett. b n. 1 LTF) e l'ammissibilità del ricorso in materia penale, presentato contro una decisione cantonale di ultima istanza pronunciata in materia penale (art. 78 cpv. 1 e art. 80 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 2), sono manifeste. Ne segue che il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF), peraltro semplicemente indicato dal ricorrente nel titolo del gravame e con un accenno alla lesione degli art. 9, 29 e 32 cpv. 1 Cost. nei motivi dell'impugnativa, è pertanto inammissibile.
1.3 Conformemente a quanto stabilito dall'<ref-law>, il ricorso ordinario al Tribunale federale può essere presentato, tra l'altro, per violazione del diritto federale e dei diritti costituzionali (lett. a e c). Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling>). Inoltre, quando il ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali e di disposizioni di diritto cantonale, giusta l'<ref-law> il Tribunale federale esamina le censure soltanto se sono state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2.2). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove, come in concreto, il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> e del diritto federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 6.2, 293). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii).
2. 2.1 Il ricorrente ha presentato, nella sede cantonale, un'istanza di revisione, producendo segnatamente una perizia meccanica/cinematica del 14 settembre 2007 da lui fatta allestire dopo l'emanazione del giudizio di condanna. Secondo la perizia, la versione dei fatti fornita dagli agenti sarebbe praticamente impossibile. In seguito, l'istante ha prodotto un CD-rom che contempla un'integrazione cinematica in 2D e 3D delle risultanze della perizia.
Egli precisa che la domanda è fondata sull'art. 299 lett. c CPP/TI, a cui rinvia l'art. 19 cpv. 1 LPContr, secondo cui, conformemente a quanto previsto dal previgente <ref-law>, identico all'<ref-law>, la revisione ha luogo quando esistano fatti o mezzi di prova rilevanti che non erano noti al giudice penale nel primo processo. Fa valere un accertamento manifestamente inesatto dei fatti ai sensi degli art. 96 e 97 LTF e una violazione del diritto federale, segnatamente dell'<ref-law> e 29 cpv. 1 Cost. Adduce poi una lesione dell'<ref-law>, poiché il giudice avrebbe effettuato una valutazione anticipata delle prove arbitraria, nonché dell'<ref-law>, perché sarebbe stato disatteso il principio in dubio pro reo.
2.2 Il giudice adito ha rilevato che con la sentenza del 6 agosto 2007 egli, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove, aveva rifiutato il richiesto allestimento di una siffatta perizia ritenendo che gli atti di causa erano sufficientemente chiari e completi ai fini del giudizio, concludendo che l'istante avrebbe potuto contestare detto diniego impugnando la precedente sentenza dinanzi al Tribunale federale.
2.3 Il ricorrente non censura del tutto questa motivazione principale posta a fondamento della decisione impugnata. Egli si limita infatti a rilevare che, all'epoca, resosi conto alla luce della motivazione della sentenza, che, al suo dire, nulla poteva contro le affermazioni, seppure discutibili, dei due agenti di polizia, aveva rinunciato a intraprendere ulteriori vie di ricorso, decidendo di rivolgersi a uno specialista per poter disporre di una perizia oggettiva, che dimostrasse l'inverosimiglianza della versione da essi fornita.
2.3.1 Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>). Con il citato rilievo, che disattende del tutto le citate esigenze di motivazione (<ref-law>), il ricorrente neppure tenta di dimostrare perché detta conclusione violerebbe il diritto federale.
2.3.2 In effetti, patrocinato anche all'epoca da un legale, nulla gli impediva di impugnare la precedente sentenza, adducendo l'asserita arbitrarietà del rifiuto di assumere la richiesta perizia sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2.1). Né il ricorrente si confronta con la relativa prassi del Tribunale federale, secondo cui la revisione non persegue lo scopo di rimettere continuamente in discussione un giudizio cresciuto in giudicato, di eludere le norme legali sui termini di ricorso o quelle sulla loro restituzione o di addurre fatti non presentati nel primo processo a causa di una negligenza procedurale, rilevato che il divieto dell'abuso di diritto si estende, pur con certe particolarità, anche alla procedura penale (<ref-ruling> consid. 2.2 con riferimento alla revisione di un decreto d'accusa; <ref-ruling> consid. 6 in fine pag. 138; <ref-ruling> consid. 2b in fine pag. 302).
3. Il ricorso sarebbe comunque infondato anche nel merito, ritenuto che, come si vedrà, nella fattispecie non sono adempiuti sia il requisito della novità sia quello della rilevanza del mezzo di prova in esame.
3. Il ricorso sarebbe comunque infondato anche nel merito, ritenuto che, come si vedrà, nella fattispecie non sono adempiuti sia il requisito della novità sia quello della rilevanza del mezzo di prova in esame.
3.1 3.1.1 In concreto, come rettamente ritenuto a titolo abbondanziale con riferimento alla giurisprudenza del Tribunale federale nel giudizio impugnato, fa difetto la condizione della novità imposta dall'art. 299 lett. c CPP/TI e dall'<ref-law>. In effetti, secondo la prassi, un mezzo di prova o un fatto sono nuovi soltanto quando il giudice non ne ha avuto conoscenza al momento in cui si è pronunciato, ossia quando non gli erano stati sottoposti, sotto una qualsiasi forma, nella procedura originaria; un mezzo di prova o un fatto sono rilevanti quando sono idonei a stravolgere gli accertamenti di fatto, sui quali si fonda la condanna, e lo stato di fatto così modificato renda possibile un giudizio sensibilmente più favorevole al condannato (<ref-ruling> consid. 1 e 2 secondo cui la portata del previgente <ref-law> è più estesa che quella dell'<ref-law>; al riguardo vedi anche DTF <ref-ruling> consid. 6 e rinvii).
3.1.2 Nella fattispecie non si è manifestamente in presenza di un mezzo di prova che non era noto al giudice nel primo processo, ritenuto ch'egli aveva espressamente negato la necessità di assumerlo. Un mezzo di prova non è infatti nuovo, quando il giudice l'ha esaminato, ma, come sostenuto dal ricorrente, non ne avrebbe valutato correttamente la portata (<ref-ruling> consid. 2 a e b; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2.1 in fine). Al proposito, manifestamente inconferente nell'ambito di una revisione è il richiamo, peraltro non motivato, al principio in dubio pro reo.
3.1.3 A torto il ricorrente sostiene che si sarebbe in presenza di un mezzo di prova nuovo, poiché nel quadro del precedente giudizio il giudice non l'avrebbe valutato, visto che all'epoca la perizia non era ancora stata allestita. In effetti, sia l'offerta di detta prova sia la sua portata sono state esaminate e respinte dal giudice, sulla base di un loro apprezzamento anticipato. Il fatto, come sostenuto dal ricorrente, che in tale ambito il giudice non ne avrebbe valutato correttamente la portata non è decisivo. Questa critica non concerne infatti la novità della perizia, ma il criticato apprezzamento delle prove, questione che il ricorrente doveva se del caso contestare tempestivamente con il rimedio di diritto previsto all'uopo (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 2b pag. 302; <ref-ruling> consid. 2b; GASS, in Basler Kommentar, Strafrecht, 2a ed. 2007, n. 9 ad art. 385; CHRISTIAN FAVRE e altri, Code pénal annoté, 3a ed. 2007, n. 1.20 all'art. 385). Scopo della revisione non è infatti quello di permettere di sopperire alla mancata tempestiva impugnazione di una decisione di condanna, adducendo, come fa il ricorrente, che da un'analisi globale e oggettiva delle prove emergerebbero seri dubbi sulla sua colpevolezza. Egli in concreto, in effetti, si limita a contestare gli accertamenti fattuali e la valutazione delle prove effettuati nel precedente giudizio di condanna, non impugnato.
3.1.4 Per di più, come ancora si vedrà, il giudice non ha misconosciuto i problemi sollevati nella perizia litigiosa: egli ne ha tenuto conto, valutando tuttavia i mezzi di prova in maniera differente da quella proposta dal ricorrente. In concreto, la perizia si limita a ribadire il punto di vista del ricorrente. Ora, una nuova valutazione dei fatti non costituisce un motivo di revisione: per di più, la perizia non ha comunque indotto il giudice a un diverso apprezzamento dei fatti e delle prove (TRECHSEL/LIEBER in, Schweizerisches Strafrecht, Praxiskommentar, 2008, n. 6 e 8 ad art. 385).
4. 4.1 Nel caso di specie fa pure difetto la rilevanza del mezzo di prova anche in relazione a quelli già ritenuti. In tale ambito vanno esaminati due aspetti: il primo concerne le condizioni alle quali può ritenersi che il fatto nuovo sia provato e che esista il nuovo mezzo di prova; il secondo riguarda la verosimiglianza di una modifica della sfera dei fatti, suscettibile di dar luogo a una decisione più favorevole (<ref-ruling> consid. 4c e 5a).
4.2 Il giudice ha chiaramente negato l'adempimento di quest'ultima condizione, stabilendo che, anche nell'ipotesi in cui si volesse esaminare la perizia nel merito, la stessa non inficerebbe gli accertamenti ritenuti nella precedente sentenza. Ciò poiché essa, dando per assodato che l'istante circolasse a una velocità di 80 km/h, si fonda su un presupposto non ritenuto nel primo giudizio. Il giudice ha inoltre accertato che la perizia non porta chiarimenti di rilievo sulla causa dello stridio degli pneumatici. Egli ha pure ritenuto che per sostenere l'impossibilità oggettiva della veridicità della versione fornita dagli agenti il perito si è fondato su parametri errati, per cui la perizia e il suo complemento non forniscono dati utilizzabili per il giudizio, concludendo che, in siffatte circostanze, fa difetto anche il requisito della rilevanza.
4.3 Riguardo alla negata rilevanza della perizia, il ricorrente adduce in sostanza che anche questo nuovo apprezzamento anticipato delle prove sarebbe errato e arbitrario. Egli si limita tuttavia ad affermare che detto accertamento dei fatti sarebbe inesatto e, in particolare, che la descrizione dei fatti fornita dagli agenti e ritenuta dal giudice sarebbe impossibile. Insistendo su questo punto, egli riprende e rimette tuttavia in discussione in primo luogo la valutazione delle prove e l'accertamento dei fatti posti a fondamento del precedente giudizio.
4.4 Ora, la circostanza, secondo cui il giudice disconosce alla perizia ogni forza di convincimento non costituisce di per sé un motivo di revisione (cfr. GASS in, Basler Kommentar, Strafrecht, 2a ed. 2007, n. 68 ad art. 385; cfr. anche anche <ref-ruling>). Del resto, i fatti ritenuti nella perizia erano già stati addotti dal ricorrente nell'ambito del primo giudizio, anche all'epoca come ipotesi, per cui non si tratta di fatti nuovi, ma del riesame della rilevanza giuridica di un fatto allegato o del suo valore quale indizio di prova: non si è quindi in presenza di fatti nuovi (cfr. <ref-ruling> pag. 42).
5. Ne segue che il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile e quello in materia penale dev'essere respinto in quanto ammissibile. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Sezione della circolazione e al presidente della Pretura penale.