Sachverhalt:
A. Die 1960 geborene M._, zuletzt bis 18. September 2001 in der Firma B._ AG als Sortiererin tätig, meldete sich am 30. Mai 2002 unter Hinweis auf Schmerzen im Ellbogen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht, insbesondere eines Berichts des E._ vom 11. Februar 2003 sprach ihr die IV-Stelle Aargau mit Verfügung vom 23. April 2003 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100 % ab 1. August 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Im Rahmen einer Rentenrevision von Amtes wegen holte die IV-Stelle u.a. eine Expertise der Klinik B._ vom 2. April 2007 und eine ergänzende Beurteilung des Kantonsspitals X._ vom 6. September 2007 ein. Gestützt darauf sah die IV-Stelle mit Vorbescheid vom 21. November 2007 bei einem neu ermittelten Invaliditätsgrad von 14 % die Aufhebung der Rente vor, was sie am 22. Februar 2008 auf anfangs April 2008 verfügte.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 12. August 2008 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung von vorinstanzlichem Entscheid und Verwaltungsverfügung sei ihr auch ab 1. April 2008 eine ganze Invalidenrente auszurichten; eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG; ohne Beschwerden gemäss Art. 97 Abs. 2 BGG und Art. 105 Abs. 3 BGG). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde an das Bundesgericht (Art. 107 Abs. 1 BGG) nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Hiezu gehört insbesondere auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteile 9C_534/2007 vom 27. Mai 2008, E. 1 mit Hinweis auf Ulrich Meyer, N 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008; Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97).
2. Im angefochtenen Entscheid werden die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (Art. 4 IVG in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 ATSG), den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung, heute Art. 28 Abs. 2 IVG), die Bestimmung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 28 Abs. 2 IVG in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung [heute Art. 28a Abs. 1 IVG] in Verbindung mit Art. 16 ATSG), die Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung, den Beweiswert und die Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 4 S. 261 mit Hinweisen) sowie über den im Sozialversicherungsrecht erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die Ausführungen zur Rentenrevision (Art. 17 Abs. 1 ATSG; Art. 88a Abs. 1 IVV), zum massgebenden Vergleichszeitraum (<ref-ruling> E. 5 S. 110) und zu den übergangsrechtlich anwendbaren Bestimmungen. Darauf wird verwiesen.
3. Zu prüfen ist die Zulässigkeit der Aufhebung der ab 1. August 2002 ausgerichteten ganzen Invalidenrente unter dem Gesichtswinkel der Rentenrevision gemäss Art. 17 Abs. 1 ATSG. Dabei ist nurmehr streitig, ob dem Gutachten der Klinik B._ vom 2. April 2007 für die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit Beweiskraft zukommt. Die Vorinstanz hat neben dem Bericht des Kantonsspitals X._ vom 6. September 2007, in welchem aus rheumatologischer Sicht nunmehr eine Arbeitsfähigkeit von 100 % attestiert wurde, auf das fragliche Gutachten abgestützt und gegenüber dem Bericht des E._ vom 11. Februar 2003 eine Verbesserung des Gesundheitszustandes festgestellt. Demgegenüber wendet die Beschwerdeführerin ein, das Gutachten genüge den rechtsprechungsgemässen Anforderungen an eine beweiskräftige medizinische Grundlage nicht.
3.1 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 f.). Analoges gilt auch für die Frage, ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem rentenrevisionsrechtlich relevanten Sinne (Art. 17 ATSG; Art. 87 Abs. 3 und 4 IVV) verändert hat (Urteil I 692/06 vom 19. Dezember 2006). Dagegen beschlagen die bundesrechtlichen Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232 mit Hinweisen) ebenso wie die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln vom Bundesgericht frei zu überprüfende Rechtsfragen (Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 4.1 S. 400; Urteil 8C_74/2008 vom 22. August 2008, E. 2.3).
3.2 Im Gutachten der Klinik B._ vom 2. April 2007 hielt Frau Dr. med. H._, Chefärztin Psychosomatik, auf die entsprechende Frage hin fest, der Gesundheitszustand der Versicherten habe sich aus psychiatrischer/psychosomatischer Sicht verbessert. Die depressive Störung sei bereits zum Zeitpunkt des Abschlusses der Behandlung am E._ als remittiert beschrieben worden (ICD-10 F33.4). Bei der aktuellen Begutachtung sei aus psychosomatischer Sicht eine depressive Reaktion mit ängstlichen Anteilen maximal mit leichter Ausprägung festzustellen. Die Diagnose einer dissoziativen Störung sei aus psychosomatischer Sicht nicht aufrecht zu erhalten. Aktuell stehe das Schmerzsyndrom des rechten Armes bei chronifizierter epicondylitis humeri radialis und ulnaris, das vorbestehend gewesen sei und ab 22. August 2001 zu einer Arbeitsunfähigkeit geführt habe, in Komorbidität mit einem allenfalls cervikospondylogenen Syndrom und somatoformer Komponente im Sinne einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung ICD-10 F 45.4 im Vordergrund. Aus psychosomatischer und psychiatrischer Sicht lasse sich zum Zeitpunkt vom 1. Mai 2007 eine maximal 10-20 % krankheitsbedingte Beeinträchtigung für eine leichte Arbeit ganztags in Wechselposition ohne anhaltende Arbeiten auf Kopf- oder Schulterhöhe und mit stereotypen Bewegungen des rechten Armes feststellen.
3.2 Im Gutachten der Klinik B._ vom 2. April 2007 hielt Frau Dr. med. H._, Chefärztin Psychosomatik, auf die entsprechende Frage hin fest, der Gesundheitszustand der Versicherten habe sich aus psychiatrischer/psychosomatischer Sicht verbessert. Die depressive Störung sei bereits zum Zeitpunkt des Abschlusses der Behandlung am E._ als remittiert beschrieben worden (ICD-10 F33.4). Bei der aktuellen Begutachtung sei aus psychosomatischer Sicht eine depressive Reaktion mit ängstlichen Anteilen maximal mit leichter Ausprägung festzustellen. Die Diagnose einer dissoziativen Störung sei aus psychosomatischer Sicht nicht aufrecht zu erhalten. Aktuell stehe das Schmerzsyndrom des rechten Armes bei chronifizierter epicondylitis humeri radialis und ulnaris, das vorbestehend gewesen sei und ab 22. August 2001 zu einer Arbeitsunfähigkeit geführt habe, in Komorbidität mit einem allenfalls cervikospondylogenen Syndrom und somatoformer Komponente im Sinne einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung ICD-10 F 45.4 im Vordergrund. Aus psychosomatischer und psychiatrischer Sicht lasse sich zum Zeitpunkt vom 1. Mai 2007 eine maximal 10-20 % krankheitsbedingte Beeinträchtigung für eine leichte Arbeit ganztags in Wechselposition ohne anhaltende Arbeiten auf Kopf- oder Schulterhöhe und mit stereotypen Bewegungen des rechten Armes feststellen.
3.3 3.3.1 Die Beschwerdeführerin stellt die Schlüssigkeit dieser Einschätzung zunächst mit dem Einwand einer ungenügenden Untersuchung in Frage. Unter Hinweis darauf, dass die Diagnostik häufig dadurch erschwert sei, dass dissoziative Symptome nicht spontan berichtet würden und viele Betroffene versuchten, ihre Symptome gezielt zu verstecken oder zu bagatellisieren, rügt sie im Wesentlichen, dass die Gutachterin weder dissoziative Symptome gezielt erfragt noch mit der Versicherten eine vertrauensvolle Beziehung aufgebaut, sondern sich damit begnügt habe, festzuhalten, was die Versicherte von sich aus erzählt habe, anstatt für ein nachvollziehbares Ergebnis eine ausführliche Diagnostik auf dissoziative Störungen durchzuführen. Zudem hätte sich die Gutachterin angesichts der Schwierigkeiten bei der Diagnosestellung und der Tatsache, dass personale Traumatisierungen im Rahmen von körperlicher und sexualisierter Gewalt häufig einer totalen oder partiellen Amnesie unterlägen, nicht damit zufrieden geben dürfen, dass die Beschwerdeführerin schwere Traumatisierungen während ihrer Kindheit und Jugend negiere, zumal 2003 eine dissoziative Amnesie diagnostiziert worden sei.
3.3.2 Die Gutachterin begründete nachvollziehbar, dass die Diagnose einer dissoziativen Störung aus psychosomatischer Sicht nicht aufrecht erhalten werden kann, da bei der körperlichen Untersuchung der rechte Arm willkürlich vollständig bewegt werden und sich die Versicherte beispielsweise problemlos selbst an- und ausziehen könne; insbesondere würden im Verlauf seit 2003 keine Bewegungsstörungen des rechten Armes erwähnt und keine weiteren Synkopen. Zudem führte sie an, es stehe bei der aktuellen Begutachtung die anhaltende Schmerzsymptomatik des rechten Ellbogens, der rechten Schulter und des rechten Armes im Vordergrund, mit subjektiver Kraftlosigkeit und der Überzeugung, den rechten Arm nicht einsetzen zu können, vor allem im Sinne einer Angstkomponente, durch Zittern oder Fallenlassen von Gegenständen sozial auffällig zu werden. Unter diesen Umständen bestand entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin für eine spezifische Untersuchungsmethode im Sinne einer noch eingehenderen Befragung keine Veranlassung, zumal auch im Bericht des E._ vom 11. Februar 2003 keine vertiefte Auseinandersetzung mit der Diagnose der dissoziativen Störung erfolgt war, sondern sich die Beurteilung vorab auf die subjektiven Angaben der Beschwerdeführerin gestützt hatte, wonach sie über plötzliche Leistungsausfälle im rechten Arm berichtete, so dass ihr oft Sachen aus der Hand fallen würden und sie auch die linke Körperseite versteift, manchmal gelähmt erlebe.
3.3.3 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin bestehen auch sonst keine Anhaltspunkte, dass die dissoziative Störung zu Unrecht nicht diagnostiziert wurde: Dass die Versicherte versucht hätte, anlässlich der Untersuchung ihre Symptome gezielt zu verstecken, ist nicht anzunehmen, gab sie doch in der Untersuchung - den Angaben gegenüber dem E._ weitgehend entsprechend - an, sie habe im rechten Arm keine Kraft, zittere oder lasse Dinge fallen; sie fühle sich insbesondere beeinträchtigt, wenn ihr Leute zusehen würden, z.B. wenn sie Kaffee trinke, befürchte sie, zu zittern oder die Tasse fallen zu lassen, weshalb sie wenig soziale Kontakte pflege. Auch ist nicht zu beanstanden, dass die Gutachterin darauf abgestellt hat, dass die Versicherte schwerere Traumatisierungen während ihrer Kindheit und Jugend verneinte, liegen doch keinerlei Anhaltspunkte für solche Traumatisierungen - als mögliche Ursache einer dissoziative Störungen - vor und werden in der Beschwerde auch nicht geltend gemacht. Das Fehlen diesbezüglicher Hinweise kann schliesslich nicht damit erklärt werden, dass die Versicherte an einer Amnesie leidet, mündet dies doch in einen Zirkelschluss, solange wie hier auch für eine (dissoziative) Amnesie keinerlei Hinweise vorliegen. Dabei ist insbesondere beachtlich, dass im Bericht des E._ vom 11. Februar 2003 zwar eine dissoziative Amnesie ICD-10 F44.0 als Diagnose aufgeführt, jedoch mit keinem Wort begründet wurde, und aus dem Bericht auch sonst nicht ersichtlich ist, auf welche Befunde sich diese Diagnose stützt.
3.4 Weiter bemängelt die Beschwerdeführerin, dass die Abklärung ohne Beizug eines Dolmetschers stattfand.
3.4.1 Der bestmöglichen sprachlichen Verständigung zwischen Experte und versicherter Person kommt zwar insbesondere bei der psychiatrischen Abklärung besonderes Gewicht zu. Auf der anderen Seite besteht kein Anspruch auf Untersuchung in der Muttersprache der versicherten Person oder den Beizug eines Übersetzers. Die Frage, ob eine medizinische Abklärung unter Beizug eines Dolmetschers im Einzelfall geboten ist, hat grundsätzlich der Gutachter im Rahmen sorgfältiger Auftragserfüllung zu entscheiden. Entscheidend dafür, ob und in welcher Form bei medizinisch-psychiatrischen Abklärungen dem Gesichtspunkt der Sprache und der sprachlichen Verständigung Rechnung getragen werden muss, ist letztlich die Bedeutung der Massnahme im Hinblick auf die in Frage stehende Leistung. Es geht um die Aussagekraft und damit die beweismässige Verwertbarkeit des Gutachtens als Entscheidungsgrundlage. Danach müssen die Feststellungen des Experten nachvollziehbar sein, seine Beschreibung der medizinischen Situation muss einleuchten und die Schlussfolgerungen müssen begründet sein (Urteil 8C_321/2007 vom 6. Mai 2008, E. 6.1.2; Urteil U 336/06 vom 30. Juni 2007, E. 8.2.1 mit Hinweisen).
3.4.2 Zwar trifft es entgegen den Erwägungen der Vorinstanz nicht zu, dass die Beschwerdeführerin die sprachlichen Schwierigkeiten erst im vorinstanzlichen Verfahren rügte, hatte sie dies doch schon im Vorbescheidverfahren geltend gemacht. Jedoch hatte die Gutachterin angegeben, die Versicherte spreche mit Akzent Deutsch, könne sich aber gut ausdrücken und verstehe alle Fragen, sodass das Gespräch ohne Dolmetscher durchgeführt werden könne. Zudem erwähnte sie, die Versicherte spreche lebhaft mit gutem Sprachfluss und teilweise hoher Intensität. Nachdem jegliche Hinweise dafür fehlen, dass es sich hierbei um eine tatsachenwidrige Behauptung handelt und in Wirklichkeit erhebliche Sprach-/Verständigungsschwierigkeiten einer gutachterlichen Exploration lege artis entgegenstanden, war unter diesen Umständen eine Begutachtung der Beschwerdeführerin in ihrer Muttersprache oder unter Beizug eines Dolmetschers nicht erforderlich, weshalb sich das Gutachten der Klinik B._ auch unter diesem Gesichtspunkt als beweiskräftig erweist. Da im weiteren das Gutachten auf allseitigen Untersuchungen beruht, nachdem die Versicherte vier Tage in der Klinik B._ hospitalisiert war, in Kenntnis der Vorakten erfolgte und es sich bei der Gutachterin um eine Spezialistin in Bezug auf die hier interessierenden psychosomatischen/psychiatrischen Probleme handelt, ist dem Gutachten voller Beweiswert zuzuerkennen (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
4. Wenn die Vorinstanz gestützt darauf geschlossen hat, es sei gegenüber dem Bericht des E._ vom 11. Februar 2002 und im Vergleich zum Zeitpunkt der Verfügung vom 18. Juni 2004 eine Verbesserung des Gesundheitszustandes eingetreten, ist dies weder offensichtlich unrichtig noch eine Verletzung von Bundesrecht. Bleiben damit die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin für das Bundesgericht verbindlich (E. 1), ist die im angefochtenen Entscheid bestätigte Aufhebung der Rente bundesrechtskonform, zumal sich die Versicherte mit dem von der IV-Stelle in allen Teilen überzeugend vorgenommenen und vom kantonalen Gericht bestätigten Einkommensvergleich, der einen Invaliditätsgrad von 14 % ergab, nicht auseinandersetzt. Weiterungen dazu erübrigen sich daher.
5. Die Beschwerdeführerin als unterliegende Partei hat grundsätzlich die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Ihrem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann jedoch entsprochen werden (Art. 64 BGG; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG hingewiesen, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
3. Rechtsanwältin Barbara Lind, Frick, wird als unentgeltliche Anwältin des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse Grosshandel und Transithandel und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke