Sachverhalt:
A. Die Y._ AG betätigte sich wirtschaftlich auf dem Gebiet des Bargeldlosen Zahlungsverkehrs, wobei sie sich entschloss, grundsätzlich die Hard- und Software für die EFT/POS (electronic fund transfer at the point of sale)-Terminals weder selbst zu entwickeln, noch zu produzieren, sondern bei Dritten einzukaufen. So kaufte sie in den Achtzigerjahren die zentrale Applikationssoftware für das schweizerische EFT/POS vom belgischen Unternehmen Z._, welches sowohl zentrale Software als auch Hard- und Software für EFT/POS-Geräte herstellte. Am 18. Mai 1981 trat A._ (Beschwerdegegner) in die Dienste der Y._. Später wurde er in die Geschäftsleitung berufen und in der Folge mehrmals befördert, anfangs 1988 zum Direktor. Mitte 1988 übernahm er die Geschäftsführung einer Tochtergesellschaft. Im Rahmen von Umstrukturierungen wurden in der Folge einzelne Geschäftszweige als eigenständige Gesellschaften organisiert. Dabei ging das Arbeitsverhältnis mehrmals von einer Gesellschaft auf eine andere über, zuletzt auf die Y. X._ AG (Beschwerdeführerin). Der Beschwerdegegner verblieb ungeachtet dieser Veränderungen in der Geschäftsleitung der Y._ AG.
B. Mit Schreiben vom 21. März 2000 löste die Beschwerdeführerin das Arbeitsverhältnis fristlos auf. Hintergrund bildete die Gründung einer Aktiengesellschaft im Jahre 1989, an welcher der Beschwerdegegner als Aktionär beteiligt war. Da sich bezüglich des Vertriebs von Terminals in der Schweiz ein lukrativer Markt abzuzeichnen begann, hatte der Beschwerdegegner mit dem CEO und Verwaltungsratsdelegierten der Z._ in Belgien Kontakt aufgenommen, ihm die Gründung einer Niederlassung in der Schweiz empfohlen und ihn an einen seiner Mitarbeiter verwiesen. Dieser machte den CEO und Verwaltungsratsdelegierten der Z._ auf B._ aufmerksam, worauf diese beiden Personen das weitere Vorgehen planten. Der Beschwerdegegner war formell nicht als Gründungsmitglied aufgetreten. Er blieb stiller Teilhaber der neugegründeten Gesellschaft (Q._ AG) und mischte sich nicht in die Geschäftsführung ein, welche bei B._ lag. Seinen Aktienbesitz deklarierte er auch gegenüber den Steuerbehörden erst nachträglich, was er gegenüber diesen nach einer Selbstanzeige damit begründete, die Q._ AG habe mit seinem Arbeitgeber Geschäftsbeziehungen unterhalten, weshalb sein Aktienbesitz nicht offiziell bekannt werden sollte. Im Laufe der Zeit hatte der Beschwerdegegner weitere Aktien erhalten und hinzuerworben. Am 7. Oktober 1998 hatte er seine Aktien an seinen Mitaktionär B._ verkauft. Er erwirtschaftete aus den Aktien insgesamt Fr. 650'000.-- an Dividenden und Verkaufsgewinn. Gegenüber der Beschwerdeführerin legte der Beschwerdegegner den Aktienbesitz nie offen. Nachdem diese davon erfahren hatte, sprach sie die fristlose Kündigung aus, obgleich der Beschwerdegegner in diesem Zeitpunkt nicht mehr Aktionär der Q._ war.
C. Der Beschwerdegegner akzeptierte die Kündigung nicht und verlangte von der Beschwerdeführerin nach Präzisierung seiner Rechtsbegehren schliesslich Fr. 560'761.-- nebst Zins und behielt sich eine Nachklage vor. Die Beschwerdeführerin erhob Widerklage, die sie im Berufungsverfahren auf Fr. 10 Mio. bezifferte. Das Arbeitsgericht Zürich sprach dem Beschwerdegegner im Wesentlichen Fr. 497'314.-- netto nebst Zins zu und wies die Widerklage ab. Gleich entschied das Obergericht des Kantons Zürich am 7. November 2008. Nach teilweise erfolgreicher kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde der Beschwerdeführerin musste sich das Obergericht erneut mit der Sache befassen. Es verwies mit Urteil vom 7. Juli 2010 in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht grundsätzlich auf das Urteil vom 7. November 2008, welches im Wesentlichen zum integrierenden Bestandteil des neuen Urteils erklärt wurde. Im neuen Urteil finden sich einerseits ergänzende Ausführungen zu im Urteil vom 7. November 2008 nicht hinreichend begründeten Erwägungen. Andererseits wurden Erwägungen des Urteils vom 7. November 2008 gestrichen und durch neue ersetzt. Am Umfang der Klagegutheissung und an der Abweisung der Widerklage änderte sich nichts.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen und die Sache zur Neuverteilung der Kosten an das Obergericht zurückzuweisen. Dem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 29. September 2010 statt. Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Selbst wenn die fristlose Kündigung als zulässig erachtet werden sollte, wäre die Klage nach Auffassung des Beschwerdegegners immer noch im Betrag von Fr. 219'901.-- nebst Zins gutzuheissen. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz ging davon aus, eine Weiterbeschäftigung des Beschwerdegegners bis zum Ablauf der ordentlichen Kündigungsfrist wäre der Beschwerdeführerin zuzumuten gewesen.
1.1 Die Vorinstanz erkannte, bei Gründung der Q._ sei es dem Beschwerdegegner entgegen den Behauptungen der Beschwerdeführerin nicht um deren Schädigung gegangen. Da diese beschlossen hatte, sich nicht am Terminalgeschäft zu beteiligen, habe die Epsys im Zeitpunkt ihrer Gründung kein Konkurrenzunternehmen gebildet. Im Erwerb der Aktien allein erkannte die Vorinstanz daher keine Pflichtverletzung, zumal auch während 5 Jahren nach Gründung keine Geschäftsbeziehungen zur Beschwerdeführerin bestanden.
1.2 Als es konkret zu Geschäften zwischen der Beschwerdeführerin und der Q._ kam, hätte der Beschwerdegegner nach Auffassung der Vorinstanz seinen Aktienbesitz offen legen müssen, weil er sich deshalb in einem Interessenkonflikt befand. Insoweit habe er eine Pflichtverletzung begangen. Diese genüge aber nicht, um die fristlose Entlassung zu rechtfertigen, zumal der Beschwerdegegner im Zeitpunkt der Kündigung nicht mehr an der Q._ beteiligt war und sich ansonsten immer sehr korrekt verhalten habe. Eine Rückfallsgefahr sei von der Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht worden. Unter diesen Umständen erachtete die Vorinstanz die fristlose Kündigung nur für zulässig, falls der Beschwerdegegner die Beschwerdeführerin konkret bei den mit dem Interessenkonflikt belasteten Geschäften mit der Q._ benachteiligt hätte. Sie kam indessen nach einem ausführlichen Beweisverfahren zum Schluss, bei den einzelnen Geschäften könne dem Beschwerdegegner materiell keine Benachteiligung der Beschwerdeführerin vorgeworfen werden.
1.3 Die Beschwerdeführerin ist im Wesentlichen der Auffassung, die Vorinstanz habe bei Beurteilung der Kündigung Sachverhaltselemente berücksichtigt, welche keine Rolle hätten spielen dürfen. Bei rechtlich korrekter Würdigung erweise sich die Kündigung auch gestützt auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt als zulässig, obwohl der Beschwerdeführerin der Schadensnachweis nicht gelungen sei.
2. Nach <ref-law> kann der Arbeitgeber wie der Arbeitnehmer das Arbeitsverhältnis aus wichtigen Gründen jederzeit fristlos auflösen.
2.1 Als wichtiger Grund gilt jeder Umstand, bei dessen Vorhandensein dem Kündigenden nach Treu und Glauben die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses nicht mehr zugemutet werden darf (Abs. 2). Über das Vorhandensein solcher Umstände entscheidet das Gericht nach seinem Ermessen (<ref-law>). Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 32, 213 E. 3.1 S. 220).
2.2 Nach der Rechtsprechung zu <ref-law> ist eine fristlose Entlassung nur bei besonders schweren Verfehlungen des Arbeitnehmers gerechtfertigt. Diese müssen einerseits objektiv geeignet sein, die für das Arbeitsverhältnis wesentliche Vertrauensgrundlage zu zerstören oder zumindest so tiefgreifend zu erschüttern, dass dem Arbeitgeber die Fortsetzung des Vertrags nicht mehr zuzumuten ist, und anderseits auch tatsächlich zu einer derartigen Zerstörung oder Erschütterung des gegenseitigen Vertrauens geführt haben (<ref-ruling> E. 4.1 S. 31, 213 E. 3.1 S. 220 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 382 mit Hinweisen). Die Treuepflicht des Arbeitnehmers (<ref-law>) gilt für leitende Angestellte in erhöhtem Masse, weshalb eine Verletzung dieser Pflicht durch solche Angestellte schwerer wiegt (<ref-ruling> E. 1 S. 29 f. mit Hinweisen). Ob die dem Arbeitnehmer vorgeworfene Pflichtverletzung die erforderliche Schwere erreicht, lässt sich nicht allgemein sagen, sondern hängt von den konkreten Umständen des Einzelfalles ab (<ref-ruling> E. 1a S. 155; <ref-ruling> E. 6a S. 150).
3. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den Sachverhalt nur mosaikartig gewürdigt zu haben und behauptet, bei einer Gesamtwürdigung erweise sich die Kündigung als begründet. Sie führt allerdings selbst mosaiksteinartig Tatsachen an, aus denen sie auf die Zulässigkeit der Kündigung schliesst. Damit setzt sie ihre Auffassung derjenigen der Vorinstanz entgegen. Dies genügt nicht, um die Ermessensausübung der Vorinstanz als fehlerhaft erscheinen zu lassen. Die Zurückhaltung, welche sich das Bundesgericht bei der Ermessensüberprüfung auferlegt, ist insbesondere gerechtfertigt, wenn die Ermessensausübung eng mit der Beweiswürdigung zusammenhängt, welche das Bundesgericht nicht überprüfen kann, da die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde offen steht und der angefochtene Entscheid diesbezüglich nicht letztinstanzlich ist. Inwieweit ein bestimmtes Verhalten die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses unzumutbar macht, ist zwar Rechtsfrage, die tatsächlichen Auswirkungen einer Handlung auf das Arbeitsverhältnis sind demgegenüber Tatfrage. Diesen Auswirkungen kommt für die Frage, ob es zumutbar ist, das Arbeitsverhältnis weiterzuführen, massgebende Bedeutung zu.
3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, als Homologisierungsstelle sei sie zur Neutralität gegenüber den verschiedenen Herstellern verpflichtet. Durch die aktienmässige Beteiligung eines Mitarbeiters an einer dieser Herstellerfirmen werde diese Neutralität beeinträchtigt. Ob diese Behauptung zutrifft, beschlägt die tatsächlichen Verhältnisse. Es hängt insbesondere davon ab, ob die Stellung des Beschwerdegegners erlaubte, im Rahmen des Homologisierungsverfahrens konkret Einfluss zu Gunsten der Gesellschaft zu nehmen, an der er beteiligt war, oder ob zumindest gegenüber den anderen Herstellern dieser Eindruck entstehen konnte. Entsprechendes ist in tatsächlicher Hinsicht nicht festgestellt. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht hinreichend mit dem Einwand der Vorinstanz auseinander, die entsprechenden Vorbringen seien verspätet. Daher kann dieser Punkt nicht berücksichtigt werden. Ob unabhängig davon bereits in der Gründung und der nicht offengelegten namhaften Beteiligung an der Q._ eine Treuepflichtverletzung zu sehen ist, hängt unter anderem davon ab, inwieweit bereits bei der Gründung der Q._ mit Geschäften zwischen dieser und der Beschwerdeführerin zu rechnen war, und damit ebenfalls von den tatsächlichen Gegebenheiten. Die Vorinstanz stellte in tatsächlicher Hinsicht fest, dass die Q._ bei Gründung kein Konkurrenzunternehmen darstellte und dass es in den ersten fünf Jahren zu keinen Geschäften kam. Ob dies genügt, um eine Pflichtverletzung im Gründungsstadium auszuschliessen, braucht nicht vertieft behandelt zu werden. Indem der Beschwerdeführer seine Beteiligung und den sich daraus ergebenden Interessenkonflikt verschwieg, als es schliesslich zu Geschäften zwischen der Beschwerdeführerin und der Q._ kam, hat er seine Treuepflicht jedenfalls grob verletzt. Ob diese Pflichtverletzung dazu führt, dass der Arbeitgeberin die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses bis zum Ablauf der ordentlichen Kündigungsfrist nicht zugemutet werden kann, ist im Folgenden zu prüfen.
3.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, das Verschweigen des Interessenkonflikts als solches müsse zur fristlosen Kündigung berechtigen, auch wenn es erst nachträglich entdeckt werde. Die fristlose Entlassung bezweckt indessen nicht, ein bestimmtes Verhalten zu sanktionieren oder der Arbeitgeberin eine Satisfaktion zu verschaffen (BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 383). Ausschlaggebend ist nicht die Schwere des Vergehens als solche, sondern die Unzumutbarkeit der Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses, die sich daraus ergibt. Diesbezüglich kann der Frage, ob Wiederholungsgefahr besteht und ob sich der Arbeitnehmer im Übrigen korrekt verhalten hat, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sehr wohl Bedeutung zukommen. Dass eine fristlose Kündigung je nach Art der Pflichtverletzung unter Umständen gerechtfertigt sein kann, auch wenn dem Arbeitgeber kein Schaden entsteht und sich der Arbeitnehmer im Übrigen korrekt verhalten hat, bedeutet nicht, dass den entsprechenden Punkten keine Bedeutung zukommt. Soweit sich ein Verhalten nicht direkt auf die Arbeitsleistung auswirkt, ist die geforderte objektive Schwere nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts nur mit grosser Zurückhaltung anzunehmen, genügt dafür doch nicht einmal jedes strafbare Verhalten am Arbeitsplatz (BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 384).
3.3 Das von der Beschwerdeführerin als analog betrachtete Beispiel der Annahme von Bestechungsgeldern lässt sich mit Blick auf die Zumutbarkeit der Weiterführung des Arbeitsverhältnisses nicht direkt auf den zu beurteilenden Fall übertragen. Wer unlauteren Wettbewerb begeht, indem er bewusst Bestechungsgelder für eine pflichtwidrige oder eine im Ermessen stehende Handlung oder Unterlassung annimmt, wird vom Gesetz mit Strafe bedroht (Art. 4a i.V.m. <ref-law>). Erweist sich ein Arbeitnehmer als bestechlich, besteht zudem die Gefahr, dass er sich bei seinen Entscheidungen auch in Zukunft von sachfremden Umständen leiten lässt. Droht diese Gefahr, kann dies die Weiterführung des Arbeitsverhältnisses unzumutbar erscheinen lassen, auch wenn die Annahme der Bestechungsgelder bisher (noch) nicht zu einer Schädigung des Arbeitgebers geführt hat. Eine analoge Wiederholungsgefahr bestand mit Bezug auf den Beschwerdegegner nicht, da mit dem Verkauf der Aktien der Interessenkonflikt beseitigt war und die Beschwerdeführerin nicht geltend macht, sie habe bis zum Ablauf der Kündigungsfrist neue Interessenkonflikte befürchten müssen.
3.4 Es bleibt zu prüfen, ob in der groben Pflichtverletzung der fehlenden Offenlegung des Interessenkonfliktes ein Verhalten oder eine Gesinnung des Beschwerdegegners zu Tage tritt, welche eine Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses unzumutbar erscheinen lässt. Davon wäre ohne Weiteres auszugehen, wenn der Beschwerdegegner die Q._ in der Absicht gegründet hätte, sich unter Schädigung der Beschwerdeführerin auf deren Kosten zu bereichern. Auch nach Wegfall des Interessenkonfliktes bestünde diesfalls die Gefahr, dass sich der Beschwerdegegner in anderer Weise zu Lasten der Beschwerdeführerin Vorteile verschafft. Die Vorinstanz kam indessen in Würdigung der Beweise zum Schluss, dass dies nicht der Fall war und dass dem Beschwerdegegner auch bei den einzelnen Geschäften materiell keine Benachteiligung der Beschwerdeführerin vorgeworfen werden konnte. Wenn die Vorinstanz mit Blick auf das gesamte Verhalten des Beschwerdegegners, welches nicht zu einer Schädigung der Beschwerdeführerin geführt hat, und die Tatsache, dass der Interessenkonflikt nicht mehr bestand, in eingehender Würdigung der konkreten tatsächlichen Umstände zum Schluss kam, die Weiterführung des Arbeitsverhältnisses während der ordentlichen Kündigungsfrist sei zumutbar, überschritt sie ihren Ermessensspielraum nicht, wenngleich es sich in Anbetracht der Schwere der Pflichtverletzung um einen Grenzfall handelt. Die Vorinstanz hat sich nicht von sachfremden Überlegungen leiten lassen, sondern sorgfältig aufgezeigt, weshalb aufgrund der besonderen Umstände die Weiterführung des Arbeitsverhältnisses bis zum Ablauf der ordentlichen Kündigungsfrist trotz der groben Pflichtverletzung zumutbar erscheint. Angesichts des weiten Ermessens, das ihr bei der Beurteilung dieser Frage zusteht, besteht für das Bundesgericht kein Anlass, in die wesentlich auf der Beweiswürdigung fussende Ermessensausübung der Vorinstanz einzugreifen.
3.5 Die Beschwerdeführerin wendet ein, auch der blosse Verdacht einer schweren Straftat vermöge eine fristlose Kündigung zu rechtfertigen, selbst wenn er sich nachträglich als unzutreffend erweise. Nach Lehre und Rechtsprechung bleibt diesfalls allerdings der Lohnanspruch des Arbeitnehmers bis zum Ablauf der ordentlichen Kündigungsfrist gewahrt, so dass die Frage nur bezüglich der Entschädigung nach <ref-law> relevant werden könnte (Urteil des Bundesgerichts 4C.103/1999 vom 9. August 1999 E. 3b mit Hinweisen, publ. in: Pra 89/2000 Nr. 11 S. 56). Zudem wird vorausgesetzt, dass der Arbeitgeber bezüglich des Verdachts die ihm zumutbaren Abklärungen vorgenommen hat (zit. Urteil 4C.103/1999 E. 3a f.). Davon kann nach den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid nicht ausgegangen werden. So behauptete die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegner hätte bei dem Verkauf von Geräten an die Q._ einen zu niedrigen Kaufpreis ausgehandelt und die Beschwerdeführerin dadurch geschädigt. Die Geschäftsleitung war sich indessen bewusst und damit einverstanden, dass der Preis unter dem tatsächlichen Wert festgesetzt wurde. Auch hinsichtlich der Beschaffung der Terminals von der Q._ wäre es der Beschwerdeführerin offen gestanden, das Ausschreibungsverfahren zu konsultieren, um festzustellen, ob objektiv eine Schädigungsgefahr bestand. Die Beschwerdeführerin warf dem Beschwerdegegner im Wesentlichen vor, durch die Zwischenschaltung der Q._ eine Verteuerung bewirkt zu haben. Ob tatsächlich lukrativere Alternativen zur Q._ bestanden, klärte sie dabei nicht hinreichend ab. Daher erweist sich der Entscheid auch unter diesem Gesichtspunkt als bundesrechtskonform.
3.6 Die Beschwerdeführerin beruft sich allerdings zum Nachweis, dass ihr Verdacht begründet war, auf ein Gutachten im Strafverfahren und rügt eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz es nicht beachtet habe. Soweit die Vorinstanz indessen das Gutachten nicht als solches im Zivilprozess berücksichtige, weil dem Gutachter nicht sämtliche Akten des Zivilprozesses zur Verfügung standen und der Beschwerdegegner im Zivilprozess keine Gelegenheit hatte, Ergänzungsfragen zu stellen, handelt es sich dabei einerseits um Beweiswürdigung und andererseits um Vorschriften betreffend die Zulässigkeit von Beweismitteln, welche, soweit keine bundesrechtlichen Spezialbestimmungen greifen und solange die Schweizerische Zivilprozessordnung noch nicht zur Anwendung gelangt, das kantonale Prozessrecht regelt (<ref-ruling> E. 5b S. 333). Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht ersichtlich. Sowohl die Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung als auch der willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts kann die Beschwerdeführerin nicht erheben, da der angefochtene Entscheid insoweit nicht letztinstanzlich ist. Dasselbe gilt für die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs, soweit sie nicht mit der Rüge der Verletzung von <ref-law> zusammenfällt. Entsprechende Rügen wären überdies nicht hinreichend begründet (<ref-law>). Schliesslich vermöchte das Gutachten nichts daran zu ändern, dass die Beschwerdeführerin die ihr möglichen und zumutbaren Abklärungen nicht hinreichend vorgenommen hat (vgl. E. 3.5 hiervor).
4. Die Vorinstanz berücksichtigte die gesamten Umstände und kam zum Schluss, trotz der festgestellten groben Pflichtwidrigkeit des leitenden Angestellten sei aufgrund der konkreten Umstände eine Weiterführung des Arbeitsverhältnisses zumutbar. Dabei hat sie die bundesrechtlichen Vorgaben nicht verkannt, so dass kein Anlass besteht, in ihr weites Ermessen, welches auf konkreter Beweiswürdigung beruht, einzugreifen. Die Beschwerde erweist sich insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Damit wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak