A.- Par décision du 6 novembre 1990, la Fondation institution supplétive LPP (la Fondation) a prononcé l'affiliation d'office de M._, appareilleur, avec effet au 1er août 1988. Elle lui a adressé, le 1er juin 1992, un décompte de primes pour les années 1988, 1989 et 1990, années durant lesquelles celui-ci avait employé du personnel.
Aucun paiement n'étant intervenu, la Fondation a fait notifier le 16 mars 1998, par l'intermédiaire de l'Office des poursuites de Lausanne-Est, une poursuite à l'adresse de M._. Elle requérait paiement de 15 906 fr. 10 avec intérêt à 5 % dès le 1er janvier 1998, ainsi que 150 fr. pour ses frais de contentieux. M._ a fait opposition au commandement de payer n° 641668.
B.- La Fondation a ouvert action contre M._ devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud par mémoire du 13 janvier 1999. Elle a conclu, en définitive, à ce que M._ soit reconnu, sous suite de dépens, son débiteur pour la somme de 15 906 fr. 10, montant échu au 31 décembre 1997, ainsi qu'à la mainlevée de l'opposition formée au commandement de payer n° 641668 sous suite de frais et dépens.
M._ a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 18 mars 1999, notifié le 13 octobre 1999, le tribunal des assurances a rejeté la demande au motif que celle-ci était prescrite.
C.- La Fondation interjette recours de droit administratif contre ce jugement. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à titre principal à ce que M._ soit astreint à lui payer la somme de 15 906 fr. 10, montant échu au 31 décembre 1997, et demande la levée définitive de l'opposition au commandement de payer n° 641668 de l'Office des poursuites de Lausanne-Est, subsidiairement le renvoi de la cause au tribunal des assurances pour nouveau jugement.
M._ n'a pas répondu au recours. De son côté, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) propose l'admission du recours.

Considérant en droit :
1.- La contestation porte sur la prétention de la recourante au paiement des cotisations LPP. Dès lors que la décision litigieuse n'a pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
2.- a) Aux termes de l'<ref-law>, les actions en recouvrement de créances se prescrivent par cinq ans quand elles portent sur des cotisations ou des prestations périodiques, par dix ans dans les autres cas. Les art. 129 à 142 du code des obligations sont applicables. Il résulte de ces dispositions que, en général, la prescription court à partir du moment de l'exigibilité de la créance (<ref-law>). A titre exceptionnel, la prescription relative aux cotisations des années précédentes court seulement dès l'affiliation (obligatoire) à l'institution supplétive de la LPP, parce que cette décision crée un rapport juridique nouveau (RSAS 1994 p. 390 consid. 3b).
Selon le droit des obligations, le cours de la prescription est interrompu lorsque se produisent certains faits liés à l'exécution. C'est le cas par exemple d'actes qualifiés d'exécution forçée du créancier qui utilise les moyens mis à sa disposition par la loi pour obtenir l'exécution. Il peut s'agir d'actes de poursuite ou d'actes de procédure, à l'exclusion de simples rappels ou de mises en demeure. Dans ce cas, un nouveau délai recommence à courir à partir de cet acte dont la durée est en principe identique à celle du délai qui a été interrompu.
b) Selon la jurisprudence, il n'appartient pas au juge de constater d'office la prescription (<ref-law> en corrélation avec l'<ref-law>); au contraire, le moyen doit être expressément soulevé (RSAS 1994 p. 389 consid. 3a et les références).
3.- La juridiction cantonale a considéré que la créance de la Fondation était prescrite dès lors que le délai quinquennal était échu. En effet, les primes faisant l'objet du décompte du 1er juin 1992 étant exigibles le 30 juin 1992, la demande en justice du 13 janvier 1999 était tardive et le délai était échu lors de la notification du commandement de payer le 16 mars 1998.
4.- a) La recourante reproche au premier juge d'avoir constaté d'office la prescription, question non soulevée par l'intimé ni même évoquée en cours de procédure. Elle soutient par ailleurs que la prescription ne saurait être acquise dès lors que sa créance a fait l'objet de poursuites successives, ce qui ressortait du décompte présenté à l'appui de la demande. Ainsi, si l'autorité judiciaire avait eu des doutes, il lui appartenait à tout le moins, en vertu de son obligation d'établir les faits, d'interpeller la Fondation.
b) Il est exact que, dans le cas particulier, le moyen de la prescription n'a pas été soulevé par l'intimé et que le juge a examiné d'office cette question pour arriver à la conclusion que les prétentions de la recourante étaient prescrites. Comme le droit fédéral ne permet pas cet examen d'office, le jugement entrepris s'avère pour ce premier motif déjà contraire au droit (art. 104 let. a OJ).
5.- Par ailleurs, les faits pertinents ont été manifestement constatés de manière inexacte (art. 105 al. 2 OJ) par la juridiction cantonale, lorsqu'elle a retenu qu'aucun acte interruptif de la prescription n'avait été posé par la recourante. Or, si le premier juge, contrairement à la disposition de l'<ref-law>, entendait statuer d'office sur la question de la prescription, il lui incombait aussi d'examiner d'office si des actes interruptifs de la prescription avaient eu lieu.
Selon le relevé de compte déposé en procédure cantonale, des frais de poursuite, apparemment en relation avec le non-paiement des primes, avaient été engagés les 23 juillet 1992, 7 juillet 1993 et 21 octobre 1994 et portés en compte. Ces éléments étaient suffisants pour que le juge soit tenu de procéder sur ce point à une instruction afin d'établir les faits déterminants, au besoin avec la collaboration des parties. Malgré les limitations à la possibilité de faire valoir de nouveaux moyens de preuve en instance fédérale (art. 105 al. 2 OJ), ces manquements aux règles essentielles de procédure justifient d'admettre la production de nouvelles pièces, soit les commandements de payer correspondant aux frais de poursuite portés en compte (Nicolas Wisard, Les faits nouveaux en recours administratif au Tribunal fédéral, PJA 1997, p. 1375).
Au regard de ces pièces, il apparaît ainsi que l'Office des poursuites de Lausanne-Est a notifié à l'intimé trois commandements de payer les 1er août 1992, 14 juillet 1993 et 12 novembre 1994, sur requêtes de la Fondation qui réclamait par ce moyen paiement des primes échues avec accessoires.
Il en résulte en droit que, contrairement à l'opinion du premier juge, le cours de la prescription a été interrompu valablement et à temps. Ainsi, lors de l'ouverture de l'action, le délai pour faire valoir ces créances de cotisations n'était pas échu.
Pour ces motifs, le jugement cantonal doit être annulé, l'autorité judiciaire de première instance devant entrer en matière sur la demande de la recourante.
6.- A titre principal, la recourante conclut à l'admission de ses prétentions et au prononcé de la mainlevée définitive. Pour justifier celles-ci, elle produit en instance fédérale de nombreuses pièces.
En raison du pouvoir d'examen limité du Tribunal fédéral des assurances (consid. 1 du présent arrêt), de la nécessité de sauvegarder les droits procéduraux des parties, il incombe à la juridiction cantonale de se prononcer en premier lieu sur la demande de la Fondation dès lors qu'à tort, elle n'est pas entrée en matière. Le dossier lui sera en conséquence retourné.
7.- La recourante, représentée par un avocat, obtient gain de cause. Elle ne saurait, toutefois, prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale. En effet, les autorités et les organisations chargées de tâches de droit public n'ont en principe pas droit à des dépens lorsqu'elles obtiennent gain de cause (art. 159 al. 2 en corrélation avec l'art. 135 OJ). Comptent au nombre des organisations chargées de tâches de droit public notamment la CNA, les autres assureurs-accidents, les caisses-maladie et les caisses de pension (consid. 6 de l'<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 6).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est admis et le jugement du 18 mars 1999 du Tribunal des Assurances du canton de Vaud est annulé.
II. La cause est renvoyée à la juridiction cantonale pour qu'elle statue sur les prétentions de la recourante.
III. Les frais de justice, d'un montant de 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
IV. L'avance de frais versée par la recourante, d'un montant de 1300 fr., lui est restituée.
V. Il n'est pas alloué de dépens.
VI. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 29 février 2000
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIe Chambre :
Le Greffier :