Faits:
A. Par arrêt du 12 mars 2008, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté un recours de A._ et confirmé sa condamnation au paiement d'une amende de 500 fr., pour violation du secret professionnel. Elle l'a également condamné à supporter les frais de justice et dépens de la cause, fixant les dépens de X._ pour les deux instances à 3'766 fr., débours et TVA inclus.
B. Déposant un recours en matière pénale, X._ conclut à la modification de l'arrêt précité en ce sens que ses dépens sont fixés à 7'220 fr. 80, TVA comprise.
En substance, elle se plaint d'une application arbitraire de l'art. 3 al. 1 let. f et al. 2 du tarif fribourgeois des honoraires et débours d'avocat dus à titre de dépens en matière civile au motif que la Cour cantonale a réduit pratiquement de moitié les dépens dus, en les fixant à 3'766 fr., alors qu'elle avait exposé des frais d'avocat pour une somme de 7'220 fr. 80. Cette dernière représentait son dommage, dont l'intimé devait l'indemniser, en application de l'art. 41 CO.

Considérant en droit:
1. 1.1 A teneur de l'art. 78 al. 2 let. a LTF, les décisions sur les prétentions civiles qui doivent être jugées en même temps que la cause pénale sont sujettes au recours en matière pénale. L'idée repose sur l'exigence de connexité entre l'infraction pénale et les prétentions civiles; il suffit que la prétention civile, sans égard à son montant, puisse être jugée en même temps que la cause pénale. Il n'y a aucune exigence quant à la valeur litigieuse minimale, ni quant au fait que la contestation civile devrait soulever une question juridique de principe (Laurent Moreillon, la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, le recours en matière pénale, Lausanne 2007, p. 180, sous réserve que l'auteur s'est référé par inadvertance à l'art. 78 al. 1 LTF, au lieu de l'art. 78, al. 2 LTF). Le recours est à cet égard recevable.
1.2 Conformément à l'art. 54 LTF, l'arrêt est rendu en français, soit dans la langue de la décision attaquée.
2. La recourante se plaint d'arbitraire dans la fixation du montant des dépens.
2.1 La décision fixant le montant des dépens alloués à une partie obtenant totalement ou partiellement gain de cause n'a en principe pas besoin d'être motivée (<ref-ruling> consid. 2a; consid. 6.2 non publié de l'<ref-ruling>). Lorsqu'il existe un tarif fixant des minima et des maxima, le juge ne motivera sa décision que s'il sort de ces limites ou si des éléments extraordinaires sont invoqués par la partie (<ref-ruling> consid. 2a).
2.2 L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable. Le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsqu'elle est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153).
L'interdiction de l'arbitraire implique que la rémunération de l'avocat demeure dans un rapport raisonnable avec la prestation fournie et ne contredise pas d'une manière grossière le sentiment de la justice (<ref-ruling> consid. 5). Le juge dispose à cet égard d'un large pouvoir d'appréciation; il doit tenir compte de l'importance et de la complexité de la cause, de l'ampleur du travail fourni et du temps que l'avocat y a consacré (<ref-ruling> consid. 4b).
Selon l'art. 3 al. 1 let. f du tarif fribourgeois du 28 juin 1988, les honoraires de l'avocat dus à titre de dépens sont fixés sous la forme d'une indemnité globale dans le cas de l'intervention civile au procès pénal, pour un montant maximal de 7'480 francs. L'autorité de fixation peut augmenter ce montant jusqu'à son double, si des circonstances particulières le justifient, mais pas au-delà de celui qui aurait été ordonné en cas de fixation détaillée. De plus, l'art. 1 du tarif des indemnités de partie en matière pénale du 16 novembre 1998 prévoit que les honoraires alloués pour la représentation ou l'assistance de la partie sont fixés entre 200 fr. et 5'000 francs. Dans les affaires d'une ampleur ou d'une complexité particulière, le maximum s'élève à 20'000 francs.
2.3 En l'espèce, faute de circonstances singulières et d'une procédure d'une ampleur ou d'une complexité particulière, le montant maximal entrant en ligne de compte est de 7'480 fr., conformément à l'art. 3 al. 1 let. f du tarif du 28 juin 1988. Au demeurant, la prétention de la recourante s'élève à 7'220 fr. 80, seule la réduction de cette dernière, de l'ordre de 50 %, étant critiquée.
Pour effectuer cette modération, la Cour cantonale a brièvement considéré, mais d'une manière suffisante au regard de la jurisprudence susmentionnée (cf. supra consid. 2.1), que l'affaire ne pouvait être considérée comme difficile et que le dossier n'était pas particulièrement volumineux. Elle a retenu que l'avocat de la recourante avait rédigé une plainte pénale, assisté sa cliente à l'audition par le Juge d'instruction et lors de la séance devant le Tribunal de police et déposé des observations au recours interjeté par l'intimé. Sur la base de ces éléments, la Cour d'appel pénal a fixé l'indemnité globale forfaitaire à 3'766 fr., débours et TVA par 266 fr. inclus.
2.3.1 Ces considérations succinctes échappent au grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal. En effet, l'autorité a tenu compte de la nature, de la difficulté et de l'ampleur de la procédure. Elle a précisément énoncé les actes rédigés par l'avocat et mentionné son assistance devant les autorités successives saisies de la cause. Elle a constaté que le dossier était relativement mince et que l'affaire ne présentait aucune difficulté particulière. Dès lors, même si une appréciation différente pouvait être avancée, la fixation du montant des dépens, équivalant grossièrement à la moitié du maximum autorisé dans le cadre tracé par l'art. 3 al. 1 let. f du tarif du 28 juin 1988, s'avère conforme aux principes rappelés ci-dessus (cf. supra consid. 2.2 ) et résiste donc au grief d'arbitraire.
2.3.2 Pour le reste, la recourante elle-même relève que la procédure ne présentait aucune difficulté quant à l'application du droit de fond, tant était évidente la violation du secret professionnel par l'intimé. Elle relève également que le seul problème de cette affaire résidait dans l'opiniâtreté des autorités cantonales à reconnaître son bon droit, et fait grief à la Cour d'appel de n'avoir pas tenu compte de cette circonstance, et, par conséquence, des efforts faits pour obtenir gain de cause.
Il est exact que l'attitude du Juge d'instruction, puis de la Chambre pénale du Tribunal cantonal, a obligé la recourante à procéder jusqu'à l'autorité de céans, où elle a obtenu gain de cause, par arrêt du 29 juin 2006. Pour cela, la recourante a été dédommagée par le versement d'une indemnité à titre de dépens de 2'000 fr., mise à la charge de la Caisse du Tribunal fédéral. Suite au renvoi de la procédure à la Chambre pénale fribourgeoise, la recourante a encore obtenu de cette dernière une indemnité de 645 fr. 60. Il s'ensuit que la Cour d'appel pénal n'était pas tenue de reprendre ces diverses phases de la procédure, qui avaient déjà donné lieu à une indemnisation, pour se concentrer sur le fond du dossier, en examinant la prétention de la recourante à la lumière de l'art. 2 al. 2 du tarif du 28 juin 1988, qui pose d'ailleurs des critères usuels en matière de modération d'honoraires (cf. supra consid. 2.2).
2.4 Enfin, concernant la motivation de la décision attaquée, la solution eût été la même au regard du respect du droit d'être entendu, moyen que la recourante n'invoque pas (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88).
3. La recourante fonde également sa prétention sur l'art. 41 CO, l'obligation de supporter ses frais d'avocat à concurrence de 7'220 fr. 80 constituant un dommage dont l'intimé, condamné pour violation du secret professionnel, devrait la relever.
3.1 En droit de la responsabilité civile, les frais engagés par la victime pour la consultation d'un avocat avant l'ouverture du procès civil, lorsque cette démarche était nécessaire et adéquate, peuvent constituer un élément du dommage, pour autant que ces frais n'aient pas été inclus dans les dépens. Il en va de même pour les frais engagés dans une autre procédure, comme une procédure pénale par exemple. Si cette procédure permet d'obtenir des dépens, même tarifés, il n'est alors plus possible de faire valoir une prétention en remboursement des frais de défense par une action ultérieure en responsabilité civile. Cette réglementation repose sur des considérations pratiques et la recherche d'un équilibre entre des intérêts divergents; cet équilibre se trouverait compromis si la décision sur les dépens ne liquidait pas les prétentions des parties et laissait la porte ouverte à une action civile ultérieure (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 363).
3.2 Dans le cas présent, la recourante a perdu de vue les principes régissant les rapports entre le droit fédéral et le droit de procédure cantonal au sujet du remboursement des frais antérieurs au procès dans les affaires de responsabilité civile. Seule est admise l'exception qui doit être reconnue lorsqu'un procès constitue en lui-même le fondement délictuel ou contractuel de la prétention. Dans cette éventualité, une action en réparation indépendante résulte en principe du droit fédéral, de sorte qu'un concours d'actions entre en ligne de compte (<ref-ruling> consid. 3b p. 397).
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Tel n'est pas le cas en l'espèce; le moyen doit donc être écarté.
4. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, la requête d'assistance judiciaire ne peut être admise (art. 64 al. 1 LTF) et la recourante doit supporter les frais, fixés en fonction de sa situation financière (art. 66 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 16 juin 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani