Sachverhalt:
A. A.a Die am 8. Juni 1998 geborene S._ bezog wegen eines Geburtsgebrechens (frühkindlicher Autismus) seit 18. Februar 2002 Leistungen der Invalidenversicherung (heilpädagogische Früherziehung im vorschulpflichtigen Alter). Am 20. Juni 2002 liess S._, vertreten durch ihre Mutter, um Zusprechung eines Pflegebeitrages ersuchen. Die IV-Stelle des Kantons Bern wies das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 1. November 2002 ab.
In der Folge ersuchte der Vater von S._ um Übernahme der Kosten für eine diätetische Behandlung seiner Tochter in Frankreich und liess der IV-Stelle umfangreiche diesbezügliche Unterlagen zukommen. Die IV-Stelle beauftragte die universitären Psychiatrischen Dienste, Kinder- und Jugendpsychiatrische Klinik X._ (Frau Dr. med. I._), mit einem Gutachten vom 15. Januar 2004, und holte eine Stellungnahme des Bundesamtes für Sozialversicherungen (BSV) vom 19. November 2004 ein. Mit Verfügung vom 17. Dezember 2004 wies sie das Leistungsbegehren ab.
Nachdem S._ am 12. Juli 2004 von ihrem Vater zusätzlich zum Bezug einer Hilflosenentschädigung angemeldet worden war, veranlasste die IV-Stelle einen Abklärungsbericht vom 27. Dezember 2004 und verfügte darüber am 30. Dezember 2004.
A.b Gegen die Verfügungen vom 17. und 30. Dezember 2004 liess S._, vertreten durch ihren Vater, Einsprachen erheben und einerseits um Übernahme der Kosten für medizinische Massnahmen, anderseits um den Verzicht auf eine Wartezeit und die Zusprechung von Pflegebeiträgen bei einer Hilflosigkeit mindestens mittleren Grades sowie eines Intensivpflegezuschlages ersuchen. Die IV-Stelle bestätigte ihre Verfügungen mit zwei Einspracheentscheiden vom 10. Mai 2005.
B. Gegen beide Verfügungen liess S._, weiterhin vertreten durch ihren Vater, Beschwerden erheben. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern vereinigte die beiden Verfahren (Verfügung vom 1. Juli 2005). Mit Entscheid vom 18. Dezember 2006 hiess es die Beschwerde betreffend Hilflosenentschädigung teilweise gut und wies die IV-Stelle an, ab 1. Juli 2003 einen Pflegebeitrag bzw. Hilflosenentschädigung für mittlere Hilflosigkeit ab 1. Juli 2003 auszurichten und über den Anspruch auf Verzugszinsen neu zu verfügen. Die Beschwerde betreffend medizinische Massnahmen wies es ab.
C. Die nunmehr durch Fürsprecher Stefan Rolli, Bern, vertretene S._ lässt hiegegen Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie des Einspracheentscheides beantragen, soweit die Kostenübernahme für die Abklärung und Behandlung der Schwermetallbelastung sowie der Darmpilzerkrankung verweigert werde. Weiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die IV-Stelle zurückzuweisen.
IV-Stelle und Bundesamt für Sozialversicherungen schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Da die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach dem 1. Juli 2006 anhängig gemacht worden ist, bestimmt sich die Kognition nach Art. 132 OG in der seit 1. Juli 2006 geltenden Fassung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 395). Das Bundesgericht prüft somit nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde.
2. Das kantonale Gericht legt folgende Bestimmungen zutreffend dar: <ref-law> (Begriff des Geburtsgebrechens), Art. 12 und 13 IVG (betreffend den Anspruch auf medizinische Eingliederungsmassnahmen im Allgemeinen und bei Geburtsgebrechen im Besonderen), <ref-law> (bezüglich der für die Leistungspflicht der Invalidenversicherung vorausgesetzten Wissenschaftlichkeit der medizinischen Massnahmen). Darauf wird verwiesen.
Weiter hat die Vorinstanz festgestellt, dass die Beschwerdeführerin an frühkindlichem Autismus, einem Geburtsgebrechen im Sinne von Ziff. 401 GgV-Anhang, leidet und deshalb grundsätzlich Anspruch auf medizinische Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung hat. Streitig und zu prüfen ist einzig, ob die Invalidenversicherung die Kosten für die Abklärung und Behandlung der (behaupteten) Schwermetallbelastung (mittels einer sogenannten Chelat-Therapie, d.h. eines Verfahrens zur Ausleitung von Schwermetallen) sowie für die Behandlung eines Darmpilzes (Candida albicans) mit dem Antibiotikum Nystatin zu übernehmen hat.
3.1 3.1.1 Die Vorinstanz erwog gestützt auf das Gutachten der Frau Dr. med. I._ vom 15. Januar 2004 und die Stellungnahme des BSV vom 19. November 2004, in der (medizinischen) Literatur seien sich die Fachleute einig, dass der Autismus keine einheitliche Ursache habe und es bislang auch keine Therapie gebe, die den Anforderungen wissenschaftlicher Untersuchungen standhalte. Hypothesen der Biomediziner auf den Gebieten Gastroenterologie, Immunologie und Toxikologie würden weiter verfolgt. Gestützt auf die Aktenlage verbiete sich aber die Annahme, dass es sich bei der gluten- und caseinfreien Diät um eine wissenschaftlich anerkannte Massnahme handle. Es gebe lediglich Hinweise darauf, dass die Diät (im Verbund mit anderen Massnahmen) zu einer Verbesserung des Krankheitsbildes führen könne. Vor diesem Hintergrund entsprächen die Behandlungen aber nicht bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft, so dass hiefür keine Leistungspflicht der Invalidenversicherung bestehe.
3.1.2 Demgegenüber bringt die Versicherte vor, der rechtserhebliche Sachverhalt sei sowohl bezüglich der Schwermetallbelastung als auch hinsichtlich der antimykotischen Behandlung unvollständig festgestellt worden. Aus den von ihr ins Recht gelegten umfangreichen Unterlagen gehe hervor, dass zwischen Schwermetallbelastung und Autismus ohne Zweifel ein Zusammenhang bestehe. Die Chelat-Therapie bei Autisten mit erhöhter Schwermetallbelastung entspreche heute praktisch einer medizinischen Standardbehandlung und sei wissenschaftlich anerkannt. Weder das BSV noch die Beschwerdegegnerin hätten sich mit der Chelat-Therapie eingehend auseinandergesetzt und sich mit dem Hinweis begnügt, es stünden lediglich Frühförderungsmassnahmen zur Verfügung. Auch hätten sich BSV und IV-Stelle nicht materiell mit der beantragten Kostengutsprache für die Abklärungen und die antimykotischen Behandlungsmassnahmen bezüglich der bei ihr diagnostizierten Darmpilze, welche in der Regel zum Krankheitsbild eines autistischen Menschen gehörten, befasst. Die Vorinstanz äussere sich überhaupt nicht zur beantragten Kostengutsprache für die Abklärungs- und Behandlungsmassnahmen bezüglich der Schwermetallbelastung und der Darmpilzerkrankung.
3.2 Es trifft zu, dass im angefochtenen Entscheid lediglich der Diät der Charakter einer wissenschaftlich anerkannten Massnahme zur Therapie des (frühkindlichen) Autismus explizit abgesprochen wurde und das kantonale Gericht eine Leistungspflicht der Invalidenversicherung weder für die Abklärung und Behandlung der Schwermetallbelastung noch für eine antimykotische Therapie ausdrücklich verneinte. Indessen hielt die Vorinstanz in der Sachverhaltsschilderung fest, die Versicherte habe nicht nur die Übernahme der Kosten diätetischer Massnahmen, sondern auch weiterer "Massnahmen im Ausland" beantragt und erwog in Würdigung des Gutachtens der Frau Dr. med. I._ vom 15. Januar 2004, welches sich mit der Wissenschaftlichkeit der Chelat- und Candida albicans-Behandlung auseinandersetzt, und der Stellungnahme des BSV vom 19. November 2004, es existiere bislang keine Therapiemassnahme, die den Anforderungen wissenschaftlicher Untersuchungen standhalte (E. 3.1.1 hievor). Daraus geht hinreichend deutlich hervor, dass das kantonale Gericht eine Leistungspflicht der Invalidenversicherung für die Behandlung allfälliger biochemischer Ursachen des Autismus mangels wissenschaftlicher Anerkennung generell verneinte und damit eine Kostenübernahme der IV sowohl für die in Zusammenhang mit der Diagnose und Behandlung einer Schwermetallbelastung als auch für die Therapie des Darmpilzes ablehnte. Dies geht schliesslich auch aus der im Dispositiv verwendeten Formulierung hervor, wo von medizinischen Massnahmen - und nicht nur von einer einzelnen Massnahme - die Rede ist. Es kann somit nicht gesagt werden, die Vorinstanz hätte nicht alle relevanten Tatsachen ermittelt, die für die Prüfung des Leistungsanspruches nötig sind und damit den Sachverhalt unvollständig festgestellt; ebenso fehlt es an einer unrichtigen oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften (insbesondere des Anspruchs auf rechtliches Gehör) ergangener Sachverhaltsermittlung (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236 mit Hinweisen).
3.3 Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz die Leistungspflicht der Invalidenversicherung für die Chelat-Therapie und die antimykotische Behandlung zu Recht verneint hat.
3.3.1 Nach derzeitigem Wissensstand sind, worauf im angefochtenen Entscheid zutreffend hingewiesen wird, die Ursachen des Autismus vielfältig, aber noch nicht im Einzelnen bekannt. Im Zentrum stehen genetische Einflüsse, Hirnschädigungen bzw. Hirnfunktionsstörungen sowie (möglicherweise genetisch bedingte) Störungen der kognitiven und emotionalen Entwicklung (vgl. Bernhard Blanz/Helmut Remschmidt/ Martin H. Schmidt/Andreas Warnke, Psychische Störungen im Kindes- und Jugendalter, Stuttgart/New York 2006, S. 78 f.; Hans-Christoph Steinhausen, Psychische Störungen bei Kindern und Jugendlichen, 5. A., München/Jena 2002, S. 62 f.). Bisher liess sich insbesondere keine der vielfältigen biochemischen Hypothesen zur Entstehung von Autismus widerspruchsfrei bestätigen (Steinhausen, a.a.O., S. 53). Mangels wissenschaftlich hinreichend nachgewiesenem Zusammenhang zwischen erhöhten Schwermetallkonzentrationen und Autismus können die (in Frankreich durchgeführten) Laboruntersuchungen somit nicht zu Lasten der Invalidenversicherung gehen (hiezu auch: Anna Barbara Stalder, Konservierungsmittel in Impfstoffen - die Situation in der Schweiz, in: Schweizerische Ärztezeitung 2005 S. 1721 ff., insbesondere S. 1727 f., sowie die im New England Journal of Medicine am 27. September 2007 [Volume 357 No. 13 S. 1281 ff.] publizierte Studie zur "Early Thiomerosal Exposure and Neuropsychological Outcomes at 7 to 10 Years" [die keinen Zusammenhang zwischen einer frühen Quecksilber-Exposition und neuropsychologischen Defiziten nachzuweisen vermochte]). Im Übrigen weist das BSV in seiner Vernehmlassung vom 29. März 2007 zutreffend darauf hin, dass die am 5. September 2002 im Laboratoire A._, gemessenen Schwermetallkonzentrationen mit Ausnahme der leicht erhöhten, aber noch unter der toxischen Grenze liegenden Kupferkonzentration im Normbereich lagen und eine Therapie zur Ausleitung von Schwermetallen schon aus diesem Grund nicht angezeigt war. Die Chelat-Therapie (welche in medizinischen Kreisen heftig umstritten ist und als risikoreich gilt; vgl. den Morbidity and Mortality Weekly Report [MMWR] des amerikanischen Center for Disease Control and Prevention vom 3. März 2006, S. 204 ff.) wäre somit - selbst wenn deren Wirksamkeit wissenschaftlich hinreichend erstellt wäre - ohnehin nicht indiziert gewesen.
3.4 Es trifft zu, dass bei autistischen Kindern eine Häufung gastrointestinaler Beschwerden (Durchfälle, Obstipation, Bauchschmerzen) beobachtet wurde. Ob diese Probleme Teilursache oder mögliche Folge eines autistischen Leidens bei Kindern ist, konnte bislang noch nicht geklärt werden (Stalder, a.a.O., S. 1728). Eine Candida albicans-Wucherung als potenzielle Teilursache autistischer Leiden ist nach aktuellem medizinischen Erkenntnisstand erst eine Hypothese, die namentlich von Autismusexperten auf dem Gebiet der Biomedizin vertreten wird. Frau Dr. med. I._ weist in ihrem Gutachten überdies darauf hin, dass die in Einzelfällen beobachteten beachtlichen Verbesserungen nach der Behandlung mit Nystatin einen spät und im Zuge einer Infektionsbehandlung mit Antibiotika aufgetretenen - also keinen frühkindlichen - Autismus betrafen und viele Candida-Stämme auf dieses Antibiotikum resistent sind. Die antimykotische Behandlung des frühkindlichen Autismus mit Nystatin kann somit mangels genügendem wissenschaftlichen Nachweis derzeit ebenfalls nicht von der Invalidenversicherung übernommen werden. Im Übrigen wäre - selbst wenn die Wirksamkeit dieser Therapie nachgewiesen wäre - nicht erstellt, dass damit der Erfolg in einfacher und zweckmässiger Weise erreicht wird.
3.5 Zu keinem anderen Schluss führt, dass sowohl die Chelat-Therapie wie auch die antimykotische Behandlung - und im Übrigen auch die gluten- und caseinfreie Diät - gegenwärtig von einigen Autismusexperten als wahrscheinlich in vielen Fällen positiv gewertet werden. Es müssen auch in Berücksichtigung der stark ideologisch gefärbten Diskussion möglicher Behandlungsmethoden des (frühkindlichen) Autismus jedenfalls weitere Untersuchungsergebnisse abgewartet werden, bevor über die Wirksamkeit dieser Behandlungen genauere Aussagen gemacht werden können.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Januar 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle