Faits:
A. Le 24 octobre 2002, Y._ SA a chargé X._ SA de construire un poulailler sur un immeuble dont elle était propriétaire, pour un prix de 256'730 fr. 10. Le 9 mai 2003, X._ SA a adressé à Y._ SA sa facture finale de 329'291 fr. 25. Le solde à payer était de 68'000 francs. Par lettre du 30 mai 2003, Y._ SA a informé X._ SA qu'un montant de 23'000 fr. serait retenu sur la facture jusqu'à réparation de certains défauts.
B. Le 17 juillet 2003, X._ SA a requis l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs pour le montant de 23'000 fr. plus intérêt. Le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye a fait droit à cette requête.
Le 13 novembre 2003, X._ SA a assigné Y._ SA devant le Tribunal civil en vue d'obtenir l'inscription définitive de l'hypothèque légale en question. Y._ SA a conclu au rejet et, reconventionnellement, à la condamnation de son adverse partie à lui verser un montant finalement arrêté à 118'550 fr. pour des défauts de l'ouvrage. Par jugement du 17 novembre 2005, le tribunal a partiellement admis tant l'action principale que la demande reconventionnelle et ordonné l'inscription définitive de l'hypothèque légale pour un montant de 21'854 fr. 50.
Le 15 mars 2006, Y._ SA a recouru auprès de la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg. Elle concluait au rejet de l'action en inscription de l'hypothèque légale et à l'admission de sa demande reconventionnelle pour le montant de 83'585 fr. Par arrêt du 14 novembre 2007, la cour cantonale a partiellement admis le recours. Réformant le jugement du 17 novembre 2005, elle a rejeté l'action principale en inscription de l'hypothèque légale et condamné X._ SA à payer à Y._ SA la somme de 71'315 fr. 50 avec intérêt.
C. X._ SA (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 14 novembre 2007 et à l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs pour un montant de 21'854 fr. 50 plus intérêt, avec suite de frais et dépens. Elle présente également une requête d'effet suspensif, qui a été rejetée par ordonnance présidentielle du 27 février 2008. Y._ SA (l'intimée) propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable et la confirmation de l'arrêt querellé, sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière civile n'est en principe ouverte que si la valeur litigieuse minimale fixée par la loi est atteinte. Dans les causes autres que celles du droit du travail et du droit du bail à loyer, elle est de 30'000 fr. (<ref-law>). Il appartient à l'autorité cantonale de la mentionner avec l'indication des voies de recours fédérales (art. 112 al. 1 let. d LTF), ce que la cour cantonale a omis de faire en l'espèce.
La valeur litigieuse en cas de recours contre une décision finale est déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>). Le montant d'une demande reconventionnelle et celui de la demande principale ne sont pas additionnés; si les conclusions de la demande principale et de la demande reconventionnelle s'excluent et si l'une de ces demandes n'atteint pas à elle seule la valeur litigieuse minimale, cette demande est quand même réputée atteindre la valeur litigieuse minimale si le recours porte sur les deux demandes (art. 53 al. 1 et 2 LTF).
En l'occurrence, l'objet des deux demandes est en relation avec la réduction du prix de l'ouvrage pour cause de défauts, puisque la recourante conclut au paiement du solde du prix que l'intimée refuse de lui verser en raison de défauts de l'ouvrage, tandis que l'intimée sollicite une réduction du prix encore plus importante pour cause de défauts du même ouvrage. Ainsi, les deux demandes s'excluent, dès lors que l'admission de l'une entraîne nécessairement le rejet de l'autre. La valeur litigieuse de la demande reconventionnelle étant de 83'585 fr., la voie du recours en matière civile est ainsi également ouverte pour la demande principale portant sur 21'854 fr. 50.
2. Invoquant les art. 9 Cst. en relation avec les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF, la recourante se plaint d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. En substance, elle soutient qu'il était arbitraire de ne pas retenir que l'intimée connaissait, dès le mois d'avril 2003 déjà, les défauts de l'ouvrage qu'elle a signalés le 30 mai 2003 et plus tard.
2.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La notion de « manifestement inexacte » correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4000 ss, p. 4135). D'après la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables, ou encore s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.1).
Le grief de violation de droits fondamentaux n'est examiné que dans la mesure où il a été invoqué et motivé (<ref-law>). Les exigences en matière de motivation correspondent à celles prévues à l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour l'ancien recours de droit public. La partie recourante doit discuter les attendus de la décision attaquée et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation du droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287 s.).
2.2 A titre préalable, il y a lieu de relever que la recourante, tout en soutenant que la livraison de l'ouvrage a eu lieu avant le 12 mai 2003, date retenue par la cour cantonale, renonce explicitement à développer ce point, si bien que la date en question est acquise.
2.3 La recourante fait grief aux juges cantonaux d'avoir arbitrairement retenu que les défauts en relation avec la dalle étaient des défauts évolutifs qui n'auraient pu être découverts que par la suite.
2.3.1 La cour cantonale a constaté que la dalle souffrait d'une pente insuffisante et d'une qualité insuffisante de la surface bétonnée (effritement, trous). Elle a aussi constaté que ce dernier défaut était un défaut évolutif, dont l'existence ou à tout le moins l'ampleur n'avaient pas pu être constatées immédiatement après la livraison. Elle s'est fondée en particulier sur la déclaration de l'administrateur de l'intimée selon laquelle l'effritement avait commencé peu après l'arrivée des poules, entre la mi- et la fin mai 2003.
La recourante objecte que l'intimée connaissait tous les défauts en avril 2003 déjà. Elle se réfère à une déclaration faite par l'administrateur de l'intimée à l'occasion d'une séance du 29 avril 2004, selon laquelle « lors de la réception des travaux en avril, en présence de X._, l'architecte et moi-même, les différents défauts ont été constatés et évoqués oralement: le fond de la halle, le chéneau endommagé, des conduites électriques bétonnées et un mur intérieur ». La recourante précise toutefois que cette déclaration ne saurait servir pour admettre, par une substitution de motifs, l'existence d'un avis des défauts oral survenu au mois d'avril 2003, dès lors que l'intimée n'aurait pas valablement allégué avoir donné un tel avis avant le 30 mai 2003.
A l'instar des premiers juges, la cour cantonale a retenu que l'intimée n'avait pas allégué ni établi avoir avisé oralement la recourante des défauts affectant la dalle avant le courrier du 30 mai 2003. Elle a en particulier rejeté une requête de réouverture de la procédure probatoire présentée par l'intimée au sujet d'un avis oral antérieur. La recourante s'y était opposée au motif que « quant bien même un tel avis des défauts devrait ressortir du dossier, ce qui est contesté, ce fait n'a jamais été allégué »; elle renvoyait à l'art. 4 al. 2 du Code de procédure civile fribourgeois du 28 avril 1953 (CPC/FR; RSF 270.1), selon lequel le juge ne peut fonder son jugement sur d'autres faits que ceux que les parties ont allégués en procédure.
2.3.2 Le représentant de l'intimée a déclaré avoir constaté et évoqué les défauts en présence de l'administrateur de la recourante au mois d'avril 2003. La recourante demande que cette déclaration soit prise en considération pour en conclure que l'intimée connaissait les défauts de l'ouvrage au mois d'avril 2003. Mais en même temps, elle s'oppose à ce qu'il soit tenu compte de cette même déclaration pour constater, le cas échéant, que l'avis des défauts avait été donné à cette occasion. A la suivre, la déclaration devrait ainsi être prise en considération dans la mesure où elle pourrait lui être favorable, tout en étant par contre ignorée en tant qu'elle pourrait être favorable à l'intimée.
Une telle prise en compte partielle d'une seule et même déclaration doit être écartée. En l'espèce, les juges cantonaux n'en ont pas tenu compte faute d'allégation. Or, savoir si un fait a été valablement allégué et peut être pris en considération est une question de droit de procédure cantonal, que le Tribunal fédéral ne revoit pas; il peut uniquement examiner si l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire a été violé lors de son application (<ref-ruling> consid. 2.3), à condition toutefois que ce grief ait été expressément soulevé, ce qui n'est pas le cas. Il convient de relever que la recourante pouvait elle-même introduire un allégué correspondant en procédure, ce qu'elle s'est abstenue de faire. Dès lors qu'il ne peut pas être tenu compte de la déclaration précitée, le sort du grief fondé sur celle-ci est scellé.
2.4 La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir arbitrairement retenu que le défaut du bétonnage des conduites électriques avait été constaté de manière certaine par l'expert dans son rapport du 12 novembre 2004, de sorte que l'avis des défauts donné le 13 décembre 2004 l'avait été à temps, ce d'autant qu'il avait été précédé d'un premier avis le 7 août 2003 dans le mémoire de réponse à la requête de mesures provisionnelles. Là encore, la recourante se réfère à la déclaration précitée de l'administrateur de l'intimée du 29 avril 2004, qui a affirmé que lors d'une séance en avril 2003, il avait, en présence de l'administrateur de la recourante, constaté et évoqué divers défauts dont « les conduites électriques bétonnées ». Pour les raisons déjà évoquées, il ne peut pas être tenu compte de cette déclaration.
3. La recourante se plaint d'une violation de l'<ref-law>. Elle soutient que l'intimée n'a pas respecté les incombances prévues par la loi et est donc déchue de tous ses droits à la garantie.
3.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 2.2).
Le maître doit vérifier l'état de l'ouvrage dont il a reçu livraison, cela aussitôt qu'il le peut d'après la marche habituelle des affaires, et, s'il y a lieu, en signaler les défauts à l'entrepreneur (cf. <ref-law>). Si le maître omet la vérification ou l'avis, il est censé avoir accepté l'ouvrage avec les défauts qu'il aurait pu constater et signaler (cf. <ref-law>). Si des défauts ne se manifestent que plus tard, le maître doit les signaler aussitôt qu'il en a connaissance; sinon, l'ouvrage est tenu pour accepté avec eux également (cf. <ref-law>). L'entrepreneur est déchargé de toute responsabilité en raison des défauts acceptés (cf. <ref-law>).
3.2 D'emblée, il convient de souligner qu'à défaut de démonstration que la cour cantonale aurait établi les faits de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, le grief sera examiné sur la base des faits retenus dans l'arrêt attaqué. La recourante fonde pour l'essentiel son argumentation sur une découverte des défauts par l'intimée au mois d'avril 2003 déjà. Dans cette mesure, sa critique est irrecevable.
3.3 En l'occurrence, la cour cantonale a retenu en fait que la qualité insuffisante de la surface bétonnée était un défaut évolutif, dont l'existence ou à tout le moins l'ampleur n'étaient pas décelables immédiatement après la livraison le 12 mai 2003; l'effritement de la dalle avait ainsi commencé peu après l'arrivée des poules, entre la mi- et la fin mai 2003; les parties étaient allées sur place pour le constater à fin juin-début juillet 2003; cela étant, elle a considéré que dans ces circonstances, l'avis des défauts donné par écrit tant le 30 mai que le 7 août 2003 - date de la réponse de l'intimée à la requête de mesures provisionnelles - l'avait été à temps.
Les juges cantonaux ont par ailleurs constaté que l'intimée n'avait pu se rendre compte de la pente insuffisante de la dalle que lors du premier nettoyage de la halle au début mai 2004, et que le défaut avait été signalé dans sa réponse du 7 août 2003, puis lors de la séance du 29 avril 2004.
La cour cantonale a en outre retenu en fait que l'intimée avait eu une connaissance certaine du défaut relatif au bétonnage des conduites électriques par l'expertise judiciaire qui lui avait été communiquée le 24 novembre 2004, et qu'elle l'avait derechef signalé dans son écriture du 7 août 2003, puis dans sa détermination sur expertise du 13 décembre 2004.
3.4 Force est d'admettre que, sur la base des constatations de fait de l'autorité cantonale, il a été établi que, dans chacun des cas concernés, l'avis des défauts avait été donné avant le moment où il a été prouvé que le maître de l'ouvrage a eu une connaissance certaine du défaut en question, de sorte que ledit avis ne peut être tardif. L'on ne discerne donc pas de violation du droit fédéral.
4. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 5'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg.
Lausanne, le 26 mars 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz