Erwägungen:
1. 1.1 Am 26. Juni 2006 beauftragte die Geschäftsprüfungskommission des Nationalrats (GPK-N) ihre Subkommission EJPD/BK, verschiedene Untersuchungsberichte zur Bundesanwaltschaft und den übrigen Strafverfolgungsbehörden des Bundes zu behandeln und bei Bedarf weitere Abklärungen vorzunehmen. Am 5. Juli 2006 gab Bundesanwalt Roschacher seinen Rücktritt auf Ende 2006 bekannt.
1.2 Am Abend des 5. Septembers 2007 veröffentlichte die GPK-N ihren Bericht. An der entsprechenden Medienveranstaltung nahmen deren Präsident, der damalige Nationalrat Jean-Paul Glasson, und die Präsidentin der Subkommission EJPD/BK, Nationalrätin Lucrezia Meier-Schatz, auch auf "neue Erkenntnisse" bzw. Papiere Bezug, die in Deutschland beim Bankier Oskar Holenweger sichergestellt und von der Bundesanwaltschaft an das parlamentarische Aufsichtsgremium weiter geleitet worden waren. Gestützt auf diese Grundlagen stelle sich die Frage, "ob es einen gezielten Plan für die Schwächung und Absetzung der Bundesanwaltschaft gab, an welchem politische Exponenten oder Behörden mitgearbeitet" hätten.
1.3 Am 4. September 2008 beantragte Altbundesrat Blocher dem Bundesrat, ihm im Zusammenhang mit der Medienveranstaltung vom 5. September 2007 eine Genugtuungssumme von Fr. 10'000.-- auszurichten, zahlbar an das Liberale Institut in Zürich. An der Orientierung sei beim Durchschnittshörer der Eindruck erweckt worden, er sei in ein Komplott zur Absetzung des damaligen Bundesanwalts Roschacher verwickelt gewesen. Der Bundesrat lehnte dies am 12. November 2008 ab, worauf Altbundesrat Blocher am 15. Mai 2009 beim Bundesgericht Klage gegen die Eidgenossenschaft erhob und beantragte, diese zu einer Genugtuungsleistung von Fr. 10'000.-- zu verpflichten (<ref-law>).
1.4 Das Bundesgericht hat in der Folge Einsicht in verschiedene Unterlagen genommen und die Vorbereitungsverhandlung auf den 8. März 2011, 9.30 Uhr, angesetzt. Es bot den Parteien an, in deren Rahmen unter Mitwirkung einer Gerichtsdelegation auch nach einer vergleichsweisen Lösung des Rechtsstreits zu suchen.
1.5 Die Parteien einigten sich dabei auf folgende Regelung:
"1. Die Schweizerische Eidgenossenschaft erklärt, dass es den Vertretern der GPK-N, der Subkommission EJPD/BK und der Bundesanwaltschaft nie darum ging, den damaligen Bundesrat Dr. Christoph Blocher im Zusammenhang mit der erfolgten Medieninformation der GPK-N vom 5. September 2007 über die sogenannten Holenweger-Dokumente (Flipcharts/H-Plan) eines Komplotts zur Destabilisierung der Bundesanwaltschaft zu bezichtigen. Sollte ein anderer Eindruck in der Öffentlichkeit entstanden sein, würde die Schweizerische Eidgenossenschaft dies bedauern. Gestützt auf diese Erklärung zieht Herr Dr. Blocher seine Klage zurück.
2. Der Instruktionsrichter informiert die Öffentlichkeit über den Abschluss des Verfahrens und zitiert dabei die Ziffer 1 des vorliegenden Vergleichs wörtlich.
3. Die Parteien vereinbaren, die Parteikosten wettzuschlagen und die Gerichtskosten hälftig zu tragen.
4. Die vorliegende Abrede erwächst definitiv in Rechtskraft, wenn die Zustimmung nicht bis zum 21. März 2011 mit eingeschriebener Post von der einen oder anderen Partei widerrufen wird.
·Lausanne, den 8. März 2011
Für den Kläger: Für die Beklagte:
sig. sig.
(RA Dr. Hagger) (RA Dr. Meili)
Für das Bundesgericht:
sig.
(BR Zünd, Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung)
2. Dem Bundesgericht ist keine Widerrufserklärung zugegangen. Damit ist die vorstehende Abrede in Rechtskraft erwachsen. Das Verfahren ist dementsprechend vom Instruktionsrichter abzuschreiben (vgl. <ref-law>). Gleichzeitig entscheidet er über die Kosten und die Parteientschädigungen (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>). Es rechtfertigt sich, für das vorliegende Verfahren keine Kosten zu erheben. Die Parteien haben vereinbart, ihre Kosten wettzuschlagen. Es besteht kein Grund, diesbezüglich anders zu entscheiden.

Demnach verfügt der Instruktionsrichter:
1. Das Verfahren 2E_1/2009 wird abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3. Diese Verfügung wird den Verfahrensbeteiligten schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. März 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Hugi Yar