Sachverhalt:
A. Vor Erlass des Sachplans Infrastruktur der Luftfahrt (SIL) führt das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) eine Vorabklärung, den so genannten Koordinationsprozess, durch. Im Zusammenhang mit den SIL-Koordinationsgesprächen zum Flughafen Zürich ersuchte der Kanton Thurgau wiederholt um direkte Teilnahme daran. Mit Verfügung vom 1. Mai 2006 stellte das BAZL fest, der Kanton Thurgau habe keinen Anspruch darauf, an den fraglichen Gesprächen teilzunehmen.
B. Dagegen gelangte der Kanton Thurgau an die damalige Eidgenössische Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (REKO/INUM; heute Abteilung I des Bundesverwaltungsgerichts) und beantragte die Feststellung, dass er Anspruch auf eine Teilnahme an den SIL-Koordinationsgesprächen habe.
C. Die REKO/INUM wies die Beschwerde am 8. Dezember 2006 ab. Sie kam zum Schluss, der Beschwerdeführer könne weder aus Art. 4 Abs. 2 und Art. 13 Abs. 2 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700), noch aus Art. 18 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) oder Art. 1 Abs. 2 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814.01) einen Anspruch auf direkte Teilnahme an den SIL-Koordinationsgesprächen ableiten.
D. Mit Eingabe vom 25. Januar 2007 erhebt der Kanton Thurgau Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des Entscheids vom 8. Dezember 2006. Das BAZL sei zu verpflichten, ihn als direkten Teilnehmer an den SIL-Koordinationsgesprächen für den Flughafen Zürich zuzulassen. Im Sinne einer vorsorglichen Massnahme sei das BAZL anzuweisen, ihn für die Dauer des Beschwerdeverfahrens unverzüglich zu den Koordinationsgesprächen zuzulassen.
Das BAZL schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Mit Verfügung vom 4. April 2007 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um Erlass einer vorsorglichen Massnahme abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Weil der angefochtene Entscheid vor Inkrafttreten des Bundesgesetzes über das Bundesgericht (BGG, SR 173.110), also vor dem 1. Januar 2007 (AS 2006, 1242), ergangen ist, untersteht die Beschwerde noch dem Bundesrechtspflegegesetz vom 16. Dezember 1943 (OG; siehe <ref-law>).
1.2 Der Entscheid der REKO/INUM vom 8. Dezember 2006 betrifft eine Verfügung des BAZL über die Teilnahme an den Koordinationsgesprächen zum "Sachplan Infrastruktur der Luftfahrt" (SIL) des Bundes. Er kann mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 97 ff. OG i.V. mit <ref-law>). Der Kanton Thurgau ist als Adressat vom angefochtenen Entscheid direkt in schutzwürdigen Interessen betroffen und zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG).
2. Der Beschwerdeführer hält an seiner Auffassung fest, wonach er einen Rechtsanspruch auf Teilnahme an den SIL-Koordinationsgesprächen habe. Er macht geltend, das BAZL habe Art. 4 und 13 RPG sowie <ref-law> falsch ausgelegt und damit Bundesrecht verletzt. Auch die REKO/INUM habe festgestellt, dass bereits vor dem gesetzlich geregelten Sachplanverfahren eine gesetzliche Pflicht der Bundesbehörde zur Zusammenarbeit mit den Kantonen bestehe, soweit eine Betroffenheit gegeben sei. Insbesondere ist der Beschwerdeführer nicht einverstanden mit dem Vorgehen des BAZL zur Bestimmung dieser raumplanerischen Betroffenheit. Er billigt dem BAZL zwar zu, dass mit Blick auf ein schnelles und geordnetes Verfahren die Festlegung gewisser Abgrenzungskriterien für die Teilnahme am Koordinationsprozess Sinn machen könne. Vor dem Hintergrund der erwähnten Zusammenarbeitspflicht hätten sich diese Kriterien seiner Meinung nach aber an der tatsächlichen Betroffenheit und nicht an rein technokratischen Gesichtspunkten zu orientieren.
2.1 Gemäss Art. 37 Abs. 5 des Bundesgesetzes über die Luftfahrt vom 21. Dezember 1948 (LFG; SR 748.0) i.V.m. Art. 13 RPG und <ref-law> erstellt das BAZL den SIL. Dieser legt nach Art. 3a Abs. 1 der Verordnung über die Infrastruktur der Luftfahrt vom 23. November 1994 (VIL; SR 748.131.1) die Ziele und Vorgaben für die Infrastruktur der Zivilluftfahrt der Schweiz für die Behörden verbindlich fest. Er bestimmt für die einzelnen dem zivilen Betrieb von Luftfahrzeugen dienenden Infrastrukturanlagen insbesondere den Zweck, das beanspruchte Areal, die Grundzüge der Nutzung, die Erschliessung sowie die Rahmenbedingungen zum Betrieb (<ref-law>). Für jeden Flugplatz wird gestützt auf diese Normen ein so genanntes Objektblatt erstellt, das die entsprechenden Angaben für jede Flugplatzanlage enthält. Im Sinne von <ref-law> wird im Sachplanverfahren in einem ersten Schritt ein Entwurf des Objektblatts ausgearbeitet, welcher gemäss Praxis des BAZL auf dem vorgängig durchgeführten Koordinationsprozess basiert.
2.2 Nach Art. 13 Abs. 2 RPG arbeitet der Bund bei der Erstellung von Grundlagen für die Erfüllung seiner raumwirksamen Aufgaben mit den Kantonen zusammen und gibt diesen seine Konzepte, Sachpläne und Bauvorhaben rechtzeitig bzw. möglichst frühzeitig bekannt (vgl. <ref-law>). Die Sachpläne des Bundes werden zwar sowohl in enger Zusammenarbeit mit den Kantonen und Gemeinden wie auch unter Mitwirkung der Bevölkerung erstellt (vgl. Art. 4 Abs. 2 RPG, Art. 17 bis 19 RPV), doch mündet dieses Anhörungsverfahren nicht in ein Rechtsmittelverfahren (vgl. auch Bernhard Waldmann/Peter Hänni, Kommentar zum RPG, Bern 2006, RZ 43 zu Art. 13). Die Sachpläne sind einzig für die Behörden sowie für die mit der Wahrnehmung öffentlicher Aufgaben betrauten Personen und Organisationen, nicht dagegen für Private rechtlich verbindlich (<ref-law>; Urteil 1A.64/2003 des Bundesgerichts vom 8. Juli 2003, E. 6.1.3).
3. Die REKO/INUM hat zunächst festgestellt, die Koordinationsgespräche lägen als Vorstufe zum Entwurf des Objektblattes ausserhalb des gesetzlich geregelten Sachplanverfahrens und stellten insoweit informelles Verwaltungshandeln dar. Die Verwaltung sei auch im Rahmen des informellen Handelns an das Gesetzmässigkeitsprinzip und die rechtsstaatlichen Garantien wie Verfahrensrechte, Gleichheitsgebot und Interessenabwägung gebunden. Sodann hat die Vorinstanz geprüft, ob Art. 4 Abs. 2 und Art. 13 Abs. 2 RPG, <ref-law> und/oder <ref-law> dem Beschwerdeführer einen Anspruch auf direkte Teilnahme an den Gesprächen einräumen.
3.1 Bei der Prüfung eines Anspruchs aus Art. 4 Abs. 2 RPG hat die Vorinstanz in Erwägung gezogen, die allgemeine Mitwirkung im Sinne dieser Bestimmung stelle eine institutionelle Einflussmöglichkeit dar und bewirke keine rechtliche Bindung für die Beteiligten, sondern lediglich eine politische Einflussnahme. Sie ermögliche die notwendige Breite der Interessenabwägung und bilde damit eine wichtige Grundlage für den sachgerechten Planungsentscheid. Dies verlange nach einer Mitwirkung zu einem Zeitpunkt, in welchem die abschliessende Interessenabwägung und damit der Planentscheid noch offen seien. Gegenstand der Information und Mitwirkung seien Planungen gestützt auf das RPG, also auch Sachpläne des Bundes. Von Bedeutung war für die REKO/INUM, dass der SIL-Koordinationsprozess eine Vorstufe des Entwurfes des SIL darstellt. Die Ausarbeitung des Entwurfes folge auf die Koordinationsgespräche, welche mit dem Koordinationsprotokoll ihren Abschluss fänden. Da der Mitwirkungsanspruch gemäss Art. 4 Abs. 2 RPG sich nur auf Planungen gemäss RPG beziehe und die Mitwirkung erst im Entwurfsstadium gewährleiste, könne der Beschwerdeführer keinen Anspruch auf direkte Teilnahme an den SIL-Koordinationsgesprächen aus Art. 4 Abs. 2 RPG ableiten. Vorliegend sei dies aber insofern nicht weiter von Bedeutung, als die Mitwirkung nach Art. 4 Abs. 2 RPG ohnehin erfüllt sei. Diese gehe weiter als ein blosses Äusserungsrecht und verlange, dass eigene Meinungen und Vorschläge im Entwurfsstadium eingebracht werden könnten, dass sich die planende Behörde mit den Vorschlägen materiell auseinandersetze und dazu mindestens summarisch Stellung nehme. Im laufenden SIL-Verfahren werde der Beschwerdeführer vom BAZL über den Verlauf der Gespräche informiert, er habe ein Recht zur Stellungnahme und das BAZL gehe auf die ihm vorgelegten Eingaben ein, was offensichtlich einer Mitwirkung im Sinne des Gesetzes Genüge.
3.2 Den zuständigen Behörden steht bei der Anwendung von Art. 4 Abs. 2 RPG ein weiter Handlungsspielraum zu. Das gilt insbesondere auch für die Bestimmung des Kreises, welcher in ein Mitwirkungsverfahren einzubeziehen ist. Eine stärkere Berücksichtigung der Mitwirkungsbegehren des Beschwerdeführers wäre vor diesem Hintergrund nicht bundesrechtswidrig gewesen. Aber auch die Art und Weise, wie das Mitwirkungsverfahren im vorliegenden Fall gehandhabt wurde, kann nicht als bundesrechtswidrig bezeichnet werden. Mit diesem Vorgehen haben die zuständigen Behörden den ihnen nach Art. 4 Abs. 2 RPG zustehenden Spielraum jedenfalls nicht überschritten. Als Mindestgarantie fordert Art. 4 RPG, dass die Planungsbehörden neben der Freigabe der Entwürfe zur allgemeinen Ansichtsäusserung Vorschläge und Einwände nicht nur entgegennehmen, sondern auch materiell beantworten (<ref-ruling> E. 2d S. 168). Im Bereich der Sachplanung stellt die zuständige Bundesstelle den Entwurf eines Konzepts oder Sachplans den betroffenen Kantonen zu und teilt ihnen gleichzeitig mit, wie die Information und die Mitwirkungsmöglichkeiten der Bevölkerung in den amtlichen Publikationsorganen anzuzeigen sind (<ref-law>). Diesen Anforderungen kommt das BAZL im vorliegenden Fall weitgehend nach, obwohl sich das Verfahren noch nicht im Entwurfsstadium befindet, sondern - wie die REKO/INUM zu Recht festgestellt hat - auf einer Vorstufe informeller Gespräche. Der Beschwerdeführer erhält regelmässig Informationen zum Koordinationsprozess, an welchem der Flughafen als Konzessionär, der Standortkanton Zürich sowie die Nachbarkantone Aargau und Schaffhausen beteiligt sind, auf deren Gebiet gemäss BAZL raumplanungsrelevante Auswirkungen aus dem Flughafenbetrieb zu erwarten sind. Zudem kann sich der Beschwerdeführer zu den Zwischenergebnissen des Koordinationsprozesses vernehmen lassen und Erläuterungen verlangen. Damit tut das BAZL den gesetzlichen Anforderungen von Art. 4 Abs. 2 RPG bereits im Vorstadium des Sachplanverfahrens genüge.
4. 4.1 In einem weiteren Schritt hat die Vorinstanz sich mit der Frage auseinandergesetzt, ab wann das Recht auf Mitwirkung besteht. Auch in dieser Hinsicht verfügen die rechtsanwendenden Behörden über einen Handlungsspielraum. Wie die folgenden Erörterungen zeigen, haben sie diesen nicht in bundesrechtswidriger Weise überschritten.
In Auslegung von Art. 13 Abs. 2 RPG und <ref-law> führt die REKO/INUM aus, alleine aus dem Umstand, dass sich die Erarbeitung des SIL erst im informellen Verfahrensstadium befinde, dürfe nicht gefolgert werden, der Beschwerdeführer habe keinen Anspruch auf direkte Teilnahme an den Gesprächen. Die Zusammenarbeit der Bundesbehörde mit den Kantonen habe ohne weiteres bereits vor dem eigentlichen, gesetzlich geregelten Sachplanverfahren zu erfolgen, wenn eine Betroffenheit der Kantone gegeben sei. Mit den Formulierungen in <ref-law> werde den rechtsanwendenden Behörden ein gewisser Entscheidungsspielraum eingeräumt, da die Begriffe des "möglichst frühzeitigen Einbezugs" und der "betroffenen Behörden des Kantons" auslegungsbedürftig seien. Weil den Besonderheiten des jeweiligen Verfahrens Rechnung zu tragen sei, bestehe ein Bedarf nach Handlungsspielraum.
4.2 Das BAZL hatte den Ablauf und Inhalt des Koordinationsprozesses im vorinstanzlichen Verfahren wie folgt geschildert:
Am Koordinationsprozess zum Flughafen Zürich nehmen neben dem BAZL der Flughafen als Konzessionär sowie der Standortkanton Zürich teil. Die Nachbarkantone Aargau und Schaffhausen, auf deren Gebiet raumplanungsrelevante Auswirkungen aus dem Flughafenbetrieb zu erwarten seien, würden in dem Umfang miteinbezogen, wie es ihre Betroffenheit erfordere. Zudem sind diverse Bundesstellen sowie die Flugsicherungsgesellschaft Skyguide involviert. Der Beschwerdeführer und die anderen Nachbarkantone Schwyz, St. Gallen und Zug seien in ihrer Raumplanung nicht betroffen, gälten aber als Beteiligte im Prozess. Sie würden informiert und hätten das Recht zur Stellungnahme. In einer ersten Phase, welche in der Zwischenzeit bis Mitte 2007 verlängert worden sei, würden die fachtechnischen Grundlagen erarbeitet, indem mögliche Betriebsvarianten entwickelt und geprüft würden. In den anschliessenden Koordinationsgesprächen würden etwaige Konflikte zwischen den Planungsträgern ermittelt und zu bereinigen versucht. In der zweiten Phase ab Mitte 2007 fänden das Anhörungs- und Mitwirkungsverfahren sowie unter Umständen das Bereinigungsverfahren nach RPG und RPV statt. Zur Prüfung verschiedener Betriebsvarianten würden 15 Arbeitspakete bzw. -gruppen gebildet. Die in ihrer Raumplanung betroffenen Kantone Aargau und Schaffhausen wirkten lediglich in der Arbeitsgruppe "Recht und Verfahren" mit, würden einige Male pro Jahr im Rahmen eines Fachaustausches auf Projektleitungsstufe über die Planungsarbeiten orientiert und nähmen an den Koordinationsgesprächen selbst teil. Das erste Koordinationsgespräch habe am 25. Oktober 2005 stattgefunden, das zweite werde in zwei Teilen durchgeführt: Bis Ende des Jahres 2006 sei die Präsentation der Unterlagen vorgesehen, die eigentliche Diskussion darüber solle im Frühjahr 2007 stattfinden. Danach werde die Optimierung der Varianten vorgenommen und Mitte 2007 ein drittes Koordinationsgespräch durchgeführt. Über den Verlauf und das Endergebnis werde schliesslich ein Koordinationsprotokoll erstellt, mit welchem der SIL-Koordinationsprozess seinen Abschluss finden und das Verfahren gemäss RPV beginnen werde. Im Vernehmlassungsverfahren vor Bundesgericht hat das BAZL präzisiert, dass der 2. Teil des Koordinationsgesprächs II voraussichtlich im Juni 2007 stattfinden werde und das Ende des Koordinationsprozesses erst gegen Ende Jahr vorgesehen sei.
Anlässlich der Koordinationsgespräche würden die Zwischen- oder Endergebnisse öffentlich bekannt gegeben und die Auswirkungen auf die kantonalen Richtplanungen könnten politisch bewertet werden. Der Beschwerdeführer und die übrigen nicht in ihrer Richtplanung betroffenen Nachbarkantone würden einen Tag nach den Koordinationsgesprächen bei einem separaten Anlass informiert. Alle Nachbarkantone, sowohl die raumplanerisch betroffenen wie auch die anderen, hätten anschliessend die Möglichkeit, mit Fragen ans BAZL zu gelangen. Zu den aufgeworfenen Themen werde im Anschluss eine Informationsveranstaltung auf Fachebene stattfinden. Die Kantone würden danach nochmals Gelegenheit zur Stellungnahme erhalten.
Dieser Verfahrensablauf zeigt, dass die Mitwirkungs- und Informationsrechte des Beschwerdeführers bundesrechtskonform gehandhabt wurden.
4.3 Bei der Beurteilung, welche Kantone als "Betroffene" mit einzubeziehen sind, stellt das BAZL auf das Kriterium der raumplanerischen Betroffenheit ab. Wenn der potenzielle Objektblattentwurf auch Anpassungen eines kantonalen Richtplans erforderlich machen könnte, wird der betreffende Kanton in den Koordinationsprozess einbezogen. Dies ist nach Auffassung des BAZL dann der Fall, wenn zu erwarten ist, dass in gewissen Gebieten keine Wohnzonen der (ES) II gemäss Anhang 5 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) mehr ausgeschieden werden könnten (57 dB(A) tagsüber und 50 dB(A) nachts). Weitere Auswirkungen, welche die Beeinflussung der Richtplanung in den Nachbarkantonen erwarten lassen würden, bestehen nach Meinung des BAZL aufgrund der Distanz zum Flughafen Zürich nicht.
4.4 Die REKO/INUM hat dieses Vorgehen als praktikabel und sachgerecht eingeschätzt. Auch das vom BAZL gewählte Abgrenzungskriterium zur Bestimmung der raumplanerischen Betroffenheit sei nicht zu beanstanden und werde vom Beschwerdeführer grundsätzlich anerkannt. Es gewährleiste bei einheitlicher Anwendung eine rechtsgleiche Behandlung aller Nachbarkantone. Diese Ausführungen der Vorinstanz sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Der Beschwerdeführer bringt im bundesgerichtlichen Verfahren keine Argumente vor, welche zu einer anderen Beurteilung Anlass geben würden. Insbesondere erscheint das vom BAZL benutzte Abgrenzungskriterium als geeignetes Mittel, um den Kreis der Gesprächsteilnehmer zu definieren. Sobald die Bundesfachstelle bei der Erarbeitung des Sachplans feststellt, dass die von ihr vorgesehenen Festlegungen raumwirksame Tätigkeiten anderer Behörden ausschliessen, behindern, bedingen oder ergänzen, hat sie die betroffenen Behörden zu unterrichten und unverzüglich die Zusammenarbeit einzuleiten (Bundesamt für Raumentwicklung [ARE], Neues Raumplanungsrecht - Erläuterungen zur RPV, Bern 2001, Art. 18 S. 21). Es ist daher sinnvoll, bereits im Vorverfahren jene Kantone in den Koordinationsprozess miteinzubeziehen, bei welchen Auswirkungen des Sachplans auf die Richtplanung zu befürchten sind. Als Indiz dafür durfte das BAZL auf die Möglichkeit zur künftigen Wohnzonen-Ausscheidung abstellen, welche u.a. von den Lärmimmissionen abhängig ist. Eine Verletzung von Bundesrecht ist darin nicht zu erblicken.
Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer bereits in dieses Vor-Verfahren eingebunden ist, indem er über die Gesprächsergebnisse umgehend informiert wird und ihm die Möglichkeit zur Stellungnahme eingeräumt wird.
5. Schon im vorinstanzlichen Verfahren rügte der Beschwerdeführer, das BAZL stelle bei der Bestimmung der raumplanerischen Betroffenheit auf Daten des bestehenden provisorischen Betriebsreglements ab, obwohl künftige Betriebsvarianten zur Diskussion stünden.
5.1 Nach den Ausführungen des BAZL in seiner Vernehmlassung an die Vorinstanz ist hinsichtlich der Lärmberechnung zwischen Betriebsvarianten einerseits und Betriebskonzepten andererseits zu unterscheiden. Letztere seien An-/Abflugkombinationen, nach welchen ein Flughafen zu einem bestimmten Zeitpunkt betrieben werde. Eine Betriebsvariante indessen sei die Summe aller regelmässig eingesetzten Betriebskonzepte auf einem Flughafen. Jede Variante bestehe somit aus mehreren Konzepten. Zur Berechnung der Lärmbelastung bei einem Flughafen sei jeweils auf die ganze Variante abzustellen; es seien also sämtliche bei der Variante angewandten Konzepte mit einzubeziehen, nicht nur einzelne davon. Vorliegend seien die Lärmberechnungen zu den Betriebsvarianten zwar noch nicht abgeschlossen. Jedoch würden die Daten für die rund 50 Betriebskonzepte bereits vorliegen, und aus diesen liessen sich Rückschlüsse auf die Lärmbelastung ziehen. Wenn die für eine Region lärmmässig ungünstigsten Konzepte herangezogen würden, könne die maximal mögliche Ausdehnung der Lärmkurven abgelesen werden. Diese werde mit Sicherheit auch von den Varianten-Lärmberechnungen nicht übertroffen. Im Falle des Beschwerdeführers würden die Ost-Konzepte zur höchsten Lärmbelastung führen. Hierbei seien die Berechnungen für Tag und Nacht gesondert vorzunehmen. Beide Lärmbelastungen würden nicht über den Planungswerten der ES II zu liegen kommen.
5.2 Die REKO/INUM hat dem Beschwerdeführer entgegengehalten, schon in den Anfängen auf die Betroffenheit aufgrund der künftigen Betriebsvarianten abzustellen, wäre einerseits schwer möglich. Andererseits käme dies, so die Vorinstanz, einer Vorwegnahme der Variantenausarbeitung gleich. Folglich sei dem BAZL nicht vorzuwerfen, dass es zu Beginn des Koordinationsprozesses auf das bestehende provisorische Betriebsreglement abgestellt habe, um die raumplanerische Betroffenheit zu ermitteln. Auch dies ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Die vom Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren nachgereichten Lärmmessungen vermögen daran nichts zu ändern. Sollten für den Beschwerdeführer dennoch raumplanerisch relevante Belastungen auftreten, sieht das BAZL gemäss den Ausführungen im angefochtenen Entscheid vor, ihn nachträglich ins Verfahren mit einzubeziehen.
6. Insgesamt vermag der Beschwerdeführer nicht darzutun, weshalb die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben soll. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist deshalb abzuweisen. In Beachtung von Art. 156 Abs. 2 OG sind keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2007
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: