Sachverhalt:
A. Die Shisha Bar GmbH betreibt in Bern und Thun je eine Shisha-Bar, worin sie einerseits Getränke, andererseits die Möglichkeit anbietet, vor Ort Wasserpfeifen zu rauchen.
B. B.a Am 10. September 2008 erliess der Grosse Rat des Kantons Bern das Gesetz zum Schutz vor Passivrauchen (SchPG; BSG 811.51). Nach Art. 8 SchPG erhielt Art. 27 des bernischen Gastgewerbegesetzes vom 11. November 1993 (GGG; BSG 935.11) den folgenden Wortlaut:
"Schutz vor Passivrauchen
1 In öffentlich zugänglichen Innenräumen von Betrieben, die eine Betriebs- oder Einzelbewilligung nach diesem Gesetz benötigen, ist das Rauchen
verboten.
2 Im Freien und in Fumoirs (abgeschlossene Räume mit einer eigenen Lüf- tung) bleibt das Rauchen gestattet.
3 Die verantwortliche Person und die von ihr instruierten Angestellten und
weiteren Hilfspersonen setzen das Rauchverbot um, indem sie
a die Innenräume rauchfrei einrichten,
b über das Rauchverbot informieren, beispielsweise mit Verbotstafeln,
c die Gäste anhalten, das Rauchen zu unterlassen,
d nötigenfalls Personen wegweisen, die das Verbot missachten.
4 Der Schutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer richtet sich nach der
eidgenössischen Arbeitsgesetzgebung."
Gleichzeitig wurde die Strafbestimmung von Art. 49 Abs. 2 GGG neu wie folgt gefasst:
"Mit Busse von 40 Franken bis 2000 Franken wird bestraft, wer als Gast einen Gastgewerbebetrieb zur Schliessungsstunde nicht verlassen hat oder das Rauchverbot gemäss Artikel 27 Absatz 1 missachtet."
Die Gesetzesänderung trat am 1. Juli 2009 in Kraft.
B.b Am 1. April 2009 erliess der Regierungsrat des Kantons Bern die Verordnung zum Schutz vor Passivrauchen (SchPV; BSG 811.511). Mit Art. 6 Ziff. 1 SchPV fügte er gleichzeitig unter dem Titel "Va. Schutz vor Passivrauchen" die neuen Art. 20a - 20e in die bernische Gastgewerbeverordnung (GGV; BSG 935.111) ein. Diese Verordnungsbestimmungen traten ebenfalls am 1. Juli 2009 in Kraft.
B.c Am 3. Oktober 2008 erliess die Bundesversammlung das Bundesgesetz zum Schutz vor Passivrauchen (BBl 2008 8243; dazu auch BBl 2007 6185 und 6207). Die Referendumsfrist lief unbenützt ab. Der Bundesrat hat inzwischen angekündigt, das Gesetz und die dieses ausführenden Verordnungsbestimmungen auf den 1. Mai 2010 in Kraft zu setzen.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. März 2009 an das Bundesgericht stellt die Shisha Bar GmbH die folgenden Anträge:
"1. Es sei Art. 8 des bernischen Gesetzes zum Schutz vor Passivrauchen (SchPG) vom 10. September 2008 und die Art. 27 Abs. 1 bis 3 und Art. 49 Abs. 2 in fine ("oder das Rauchverbot gemäss Artikel 27 Absatz 1 missachtet") der Änderung des bernischen Gastgewerbegesetzes (GGG) aufzuheben.
2. Eventualiter sei die Verfassungswidrigkeit von Art. 8 des bernischen Gesetzes zum Schutz vor Passivrauchen (SchPG) vom 10. September 2008 und von Art. 27 Abs. 1 bis 3 und Art. 49 Abs. 2 in fine ("oder das Rauchverbot gemäss Artikel 27 Absatz 1 missachtet") der dazugehörigen Änderung im bernischen Gastgewerbegesetz (GGG) festzustellen.
..."
Zur Begründung wird im Wesentlichen geltend gemacht, die angefochtenen Gesetzesbestimmungen verstiessen gegen die Wirtschaftsfreiheit, die Eigentumsgarantie und das Rechtsgleichheitsgebot.
D. Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Shisha Bar GmbH hat sich mit Eingabe vom 13. Juli 2009 nochmals zur Sache geäussert und hält dabei im Wesentlichen an ihrem Standpunkt fest. Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern verzichtete darauf, eine weitere Stellungnahme einzureichen.
E. Mit Verfügung vom 19. Mai 2009 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ein Gesuch der Shisha Bar GmbH um aufschiebende Wirkung ab.

Erwägungen:
1. 1.1 Ein kantonaler Erlass kann beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (<ref-law>). Der Ausschlusskatalog von <ref-law> betrifft nur Beschwerden gegen Entscheide und kommt bei der Anfechtung von Erlassen (abstrakte Normenkontrolle) nicht zur Anwendung. Gegen kantonale Erlasse ist unmittelbar die Beschwerde zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (<ref-law>). Der Kanton Bern kennt - im Unterschied zu kommunalen Erlassen - keine abstrakte Normenkontrolle gegen kantonale Erlasse (vgl. MARKUS MÜLLER, Bernische Verwaltungsrechtspflege, 2008, 139).
1.2 Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen einen Erlass innert 30 Tagen nach der nach dem kantonalen Recht massgebenden Veröffentlichung des Erlasses beim Bundesgericht einzureichen. Zu frühe Einreichung schadet grundsätzlich nicht und führt nicht zum Nichteintreten auf die Beschwerde, sondern in der Regel lediglich zu einer Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-ruling> E. 1 S. 288 f.; <ref-ruling> E. 1d S. 162; je mit Hinweis). In der Ausgabe des Amtsblatts des Kantons Bern vom 18. Februar 2008 stellte der Regierungsrat des Kantons Bern fest, dass die für das kantonale Gesetz zum Schutz vor Passivrauchen laufende Referendumsfrist am 5. Januar 2009 unbenutzt abgelaufen und dieser Erlass damit zustande gekommen sei. Die damit zusammenhängenden Änderungen des Gastgewerbegesetzes wurden nicht separat publiziert. Inzwischen trat die fragliche Gesetzesnovelle am 1. Juli 2009 in Kraft. Die Beschwerde wurde demnach rechtzeitig erhoben, und eine Sistierung des Verfahrens war und ist nicht erforderlich.
1.3 Angefochten sind einzig Art. 8 SchPG sowie Art. 27 Abs. 1-3 und Art. 49 Abs. 2 am Ende (Satzteil: "oder das Rauchverbot gemäss Artikel 27 Absatz 1 missachtet") GGG. In ihren Rechtsschriften äussert sich die Beschwerdeführerin aber auch wiederholt zu den bernischen Ausführungsbestimmungen im Verordnungsrecht (SchPV und GGV). Obwohl sich im Zeitpunkt der Erhebung der Beschwerde an das Bundesgericht aufgrund der entsprechenden politischen Diskussionen bzw. Verhandlungen mit den betroffenen Kreisen abzeichnete, welche Regelung dem Regierungsrat des Kantons Bern auf Verordnungsstufe vorschwebte, waren die kantonalen Verordnungsbestimmungen damals noch nicht erlassen. Soweit die Beschwerdeführerin diese in der Fassung der damaligen Konsultationsunterlagen prospektiv als unzulässig bezeichnet, kann darauf nicht eingetreten werden, da es dazu am erforderlichen Anfechtungsgegenstand fehlt. Die Beschwerdeführerin hat es unterlassen, die nachmalig erlassenen Verordnungsbestimmungen selbständig anzufechten. Eine Aufhebung derselben und die Kontrolle ihrer Verfassungskonformität fallen daher ausser Betracht. Zu prüfen ist mithin einzig die Verfassungsmässigkeit der angefochtenen Gesetzesbestimmungen.
2. 2.1 Gemäss Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG ist zur Anfechtung eines kantonalen Erlasses legitimiert, wer durch den Erlass aktuell oder virtuell besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Änderung oder Aufhebung hat. Das schutzwürdige Interesse kann rechtlicher oder tatsächlicher Natur sein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 290). Virtuelles Berührtsein setzt voraus, dass der Beschwerdeführer von der angefochtenen Regelung früher oder später einmal mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit unmittelbar betroffen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 210).
2.2 Die Beschwerdeführerin ist Betreiberin verschiedener Gaststätten, die im Rahmen einer klassischen Barkultur ein ausgewähltes Angebot an alkoholischen und alkoholfreien Getränken führen, das durch Wasserpfeifen (Shisha) in verschiedenen Aromen ergänzt wird. In Thun betreibt die Beschwerdeführerin eine Shisha-Bar auf zwei Etagen mit einer Lokalfläche von ungefähr 140 m2, in Bern eine solche in einem einräumigen Kellerlokal von rund 70 m2, in dem im Übrigen die Zubereitung von Speisen nicht erlaubt ist und zu welchem Personen unter 18 Jahren keinen Zutritt haben. Aufgrund des angefochtenen Erlasses bzw. weil der Beschwerde die aufschiebende Wirkung nicht erteilt wurde und mangels baulicher Anpassungen ist zurzeit das Raucherangebot in der Bar in Bern nicht möglich. In Thun hat die Beschwerdeführerin die Lokalitäten angepasst und einen Raucherraum (Fumoir) eingerichtet, in dem nebst Wasserpfeifen auch andere Raucherartikel wie insbesondere eine Auswahl von Zigarren angeboten werden.
2.3 Die Beschwerdeführerin ficht die angefochtenen Bestimmungen einzig insoweit an, als sich diese auf das Rauchen von Wasserpfeifen beziehen. Die Rechtswirkung hinsichtlich anderer Tabakwaren stellt sie nicht in Frage, und sie erklärt auch ausdrücklich ihre Bereitschaft, sich insofern der Gesetzesordnung zu unterziehen. Damit ist einzig zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin legitimiert ist, das bernische Gesetz zum Schutz vor dem Passivrauchen insoweit anzufechten, als sich dieses auf ihr Angebot zum Konsum von Wasserpfeifen auswirkt. Dies hängt wiederum davon ab, ob die gesetzliche Regelung auch für Wasserpfeifen gilt, wovon grundsätzlich alle Verfahrensbeteiligten ausgehen, ohne eine gewisse Unsicherheit gänzlich zu verhehlen. In der Tat wäre die Beschwerdeführerin von den angefochtenen Bestimmungen weder aktuell noch virtuell beschwert, wenn sich diese auf Wasserpfeifen gar nicht erstrecken würden.
2.4 Bei der Shisha handelt es sich um eine Wasserpfeife arabischen Ursprungs, wobei der Tabak zumeist mit Fruchtaromen oder ähnlichen Geschmacksrichtungen geraucht wird. Vor dem Einatmen wird der Rauch zunächst durch ein so genanntes Bowl (ein mit Wasser gefülltes Gefäss) gezogen. Der Rauch wird dadurch gefiltert und gekühlt. Um die Shisha entwickelte sich in den letzten Jahrhunderten eine Gemeinschaftskultur, die auch in den Bars der Beschwerdeführerin gepflegt wird. Wie die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern in ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht ausführt, ging der kantonale Gesetzgeber davon aus, dass das Gesetz die Bevölkerung vor den schädlichen Folgen des Passivrauchens in allen Formen schützen sollte. Die Volkswirtschaftsdirektion verweist dazu darauf, dass das Rauchen von Wasserpfeifen gemäss verschiedenen Fachinstanzen wie der Schweizerischen Fachstelle für Alkohol- und andere Drogenprobleme oder der Deutschen Gesellschaft für Pneumologie und Beatmungsmedizin sowie gemäss der Weltgesundheitsorganisation (WHO) nicht weniger schädlich ist als das Rauchen von Zigaretten und bezüglich der Einflüsse auf die Gesundheit dem Rauchen gleichzustellen ist bzw. den gleichen Rechtsregeln zu unterwerfen sei. Der bernische Gesetzgeber trug dieser Einschätzung Rechnung. Der Regierungsrat des Kantons Bern hatte dazu ausdrücklich ausgeführt, das Passivrauchen von Tabak, vor dem zu schützen sei, erstrecke sich auch auf Pfeifen, Wasserpfeifen oder Zigarren. Daraus geht hervor, dass das Rauchen von Wasserpfeifen zum Tabakrauchen gehört und dem Geltungsbereich der Gesetzgebung zum Schutz vor Passivrauchen unterstellt ist.
2.5 Die Beschwerdeführerin ist demnach als Betreiberin von Gaststätten, in denen der Genuss von Wasserpfeifen zum betrieblichen Angebot zählt, durch die angefochtenen Bestimmungen aktuell betroffen und damit zur Beschwerde berechtigt.
3. 3.1 Nach dem mit Art. 8 SchPG eingeführten Art. 27 GGG ist das Rauchen in öffentlich zugänglichen Innenräumen von Betrieben verboten, die eine Betriebs- oder Einzelbewilligung gemäss Gastgewerbegesetz benötigen (Abs. 1). Im Freien und in Fumoirs (abgeschlossene Räume mit einer eigenen Lüftung) bleibt das Rauchen gestattet (Abs. 2). Die verantwortliche Person und ihre Angestellten haben das Rauchverbot angemessen umzusetzen, wobei das Gesetz bestimmte erforderliche Massnahmen ausdrücklich nennt (Abs. 3; vgl. zur Entstehungsgeschichte der gesetzlichen Ordnung MICHAEL MÜLLER, 13. Kapitel: Wirtschaftsverwaltungsrecht, in: Markus Müller/Reto Feller [Hrsg.], Bernisches Verwaltungsrecht, 2008, 714 f.).
3.2 Nach <ref-law> ist die Wirtschaftsfreiheit gewährleistet. Dazu zählt insbesondere der freie Zugang und die freie Ausübung einer privatwirtschaftlichen Erwerbstätigkeit. Das Rauchverbot in Restaurants, deren Haupttätigkeit im Angebot von Speisen und Getränken besteht, schränkt die Wirtschaftsfreiheit ihrer Betreiber nicht direkt ein (<ref-ruling> E. 7.4 S. 126; ANDREAS AUER, Le droit face à la political correctness: La constitutionnalité de l'initiative populaire genevoise "Fumée passive et santé", AJP 2006, 12 f.). In der Literatur wird sogar bezweifelt, ob insofern überhaupt von einem Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit auszugehen ist (vgl. VINCENT MARTENET, L'interdiction de fumer dans les lieux publics intérieurs ou fermés, AJP 2007, 255), jedenfalls solange ein Wirt nicht ein spezifisches Angebot für Raucher unterhalten will (vgl. AUER, a.a.O., 13). Der Kanton Bern verunmöglicht nicht das Wirten als solches, d.h. insbesondere die Abgabe von Speisen oder Getränken zum Konsum gegen Entgelt. Diese Tätigkeiten können unter der Geltung des Passivraucherschutzes weiterhin vollumfänglich ausgeübt werden. Selbst das Rauchverbot fällt nicht absolut aus. Ein abgetrennter Nebenraum darf als Fumoir unterhalten werden, womit das grundsätzliche Rauchverbot wieder gelockert wird. Mit den angefochtenen Bestimmungen wird den Wirten einzig untersagt, den Hauptraum des Gaststättenbetriebs als Fumoir zu benutzen. Auch wenn dies detailliert erst im Verordnungsrecht festgelegt wird, ergibt sich aus dem Gesetz doch eindeutig, dass im Hauptbereich des Betriebes nicht geraucht werden darf und es sich beim Fumoir um einen Nebenraum handeln muss.
3.3 Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, die Gesetzesordnung zum Schutz vor Passivrauchen führe bei ihr zu einem Betriebsverbot, weil der Konsum von Wasserpfeifen unverzichtbarer Bestandteil ihres Angebotes darstelle. In der Tat betreibt die Beschwerdeführerin nicht einen reinen Gastgewerbebetrieb im eigentlichen Sinne, der sich auf das Angebot von Speis und Trank beschränkt. In ihrem Betriebskonzept hängt das Rauchen von Wasserpfeifen mit dem Konsum von Getränken zusammen. Feilgehalten wird ein in diesem Sinne ganzheitliches Angebot. In ihrem Betrieb in Bern erzielte die Beschwerdeführerin allerdings bereits vor Inkrafttreten des Rauchverbots zwei Drittel ihres Umsatzes mit allgemeinen gastgewerblichen Dienstleistungen und nur einen Drittel im Bereich der Wasserpfeifen. In Thun war der Anteil aus diesem Bereich am gesamten Umsatz sogar wesentlich (um mehr als die Hälfte) kleiner. Von einem eigentlichen Betriebsverbot kann schon aus diesem Grunde nicht ausgegangen werden. Das ändert aber nichts daran, dass die Beschwerdeführerin ein spezifisches Angebot für den Konsum von Wasserpfeifen unterhält und sich insofern auf die Wirtschaftsfreiheit berufen kann. Angesichts des Zusammenhanges von klassischen Gastgewerbeleistungen mit dem Bereich der Wasserpfeifen und des doch nicht unbedeutenden Anteils des letzteren am Gesamtumsatz ist von einem schweren Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit auszugehen. Die Einschränkung muss daher im formellen Gesetz selbst vorgesehen sein (<ref-law>). Überdies muss sie durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein (<ref-law>), wobei zulässige öffentliche Interessen nur solche sind, die sich an den Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit halten (vgl. <ref-law>). Der Eingriff muss sodann verhältnismässig sein (<ref-law>) und den Kerngehalt des berührten Grundrechts wahren (<ref-law>).
4. 4.1 Das bernische Gesetz verbietet der Beschwerdeführerin die grundsätzliche Fortführung ihres Betriebes nicht. Es verlangt lediglich gewisse Voraussetzungen bzw. macht Auflagen, wie sie für andere Gastgewerbebetriebe, die Angebote für Raucher unterhalten wollen, auch gelten. Die Argumentation der Beschwerdeführerin läuft darauf hinaus, dass das nichtrauchende Publikum und die Arbeitnehmenden in ihren Shisha Bars keinen Schutz vor Passivrauchen beanspruchen können sollten. Sie geht davon aus, dass ihre Betriebe nur von einer Kundschaft besucht würden, die sich bewusst auf den passiven Kon-sum von Wasserpfeifen einliessen, und der Kanton keine Regelung zum Arbeitnehmerschutz treffen dürfe. Die bernische Gesetzgebung nimmt eine entsprechende Unterscheidung jedoch nicht vor. Alle dem Gesetz unterstehenden Betriebe, selbst wenn sie sich vornehmlich an ein rauchendes Publikum richten, bieten zwangsläufig ebenfalls gastgewerbliche Leistungen an. Das gilt auch für die Betriebe der Beschwerdeführerin. Für den Konsum von Wasserpfeifen in Gastgewerbebetrieben greift keine besondere Regelung. Genauso wenig lässt das Gesetz eine Ausnahme bei Einverständnis zum Passivrauchen zu. Der Schutz davor soll vielmehr unabhängig von allfälligem Sozialdruck greifen. Wird davon ausgegangen, dass auch das Rauchen von Wasserpfeifen unter das allgemeine Rauchverbot von Art. 27 GGG fällt, was sich, wie bereits dargelegt (vgl. E. 2.4), aus Gründen der Zweckrichtung und der Entstehungsgeschichte der gesetzlichen Bestimmungen aufdrängt, ist das Rauchverbot im formellen Gesetz verankert und nicht allenfalls bloss Folge der Regelung auf Verordnungsstufe.
4.2 Die Regelungen des Gastgewerbes und des Gesundheitsschutzes sind Bereiche, die in die Kompetenz der Kantone fallen. Demgegenüber wird der Arbeitnehmerschutz, auch im Bereich des Schutzes vor Passivrauchen, in erster Linie durch Bundesrecht geregelt (vgl. <ref-ruling>; so auch Art. 27 Abs. 4 GGG). Eine völlige Trennung des Schutzes von Konsumenten und Angestellten ist jedoch einzig denkbar bei Regelungen, die sich ausschliesslich auf eine Kategorie beziehen und wo auch faktisch, insbesondere örtlich, eine klare Abgrenzung vorliegt, wie dies etwa bei Arbeitsstellen, die der Öffentlichkeit nicht zugänglich sind, oder umgekehrt bei öffentlichen Räumen zutreffen kann, in denen keine Arbeitnehmer tätig sind. Vermischen sich Angestellte und Konsumenten, dient der Schutz vor Passivrauchen der gesamten Bevölkerung, es sei denn, der Bund habe eine sinnvolle und umsetzbare abschliessende Regelung für die Arbeitnehmer getroffen. Insoweit verbleibt den Kantonen eine ergänzende Kompetenz jedenfalls dort, wo sich wie hier der Schutz der Adressaten eines Angebots in einem dem Kanton unterstellten Regelungsbereich wie dem Gastronomiewesen (vgl. TOBIAS JAAG/MARKUS RÜSSLI, Schutz vor Passivrauchen: verfassungsrechtliche Aspekte, AJP 2006, 23 und 27) nicht von demjenigen des Personals unterscheiden lässt und der Bund nicht abschliessend legiferiert hat (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 115 ff.). Art. 4 des noch nicht in Kraft getretenen Bundesgesetzes zum Schutz vor Passivrauchen hält sogar ausdrücklich fest, dass die Kantone auch künftig strengere Vorschriften als der Bund zum Schutz der Gesundheit erlassen können. Um so mehr ist von einer solchen Kompetenz auszugehen, solange das Bundesgesetz noch gar nicht gilt. Die Anforderungen an die Legalität gemäss <ref-law> erweisen sich damit als erfüllt.
4.3 Der Schutz vor dem Passivrauchen dient dem Gesundheitsschutz insbesondere der Gäste und der Angestellten von Restaurationsbetrieben. Dies liegt im öffentlichen Interesse und vermag selbst Rauchverbote zu rechtfertigen (<ref-ruling> E. 7.1.1 S. 123 f.; AUER, a.a.O., 13 f.; JAAG/RÜSSLI, a.a.O., 28; MARTENET, a.a.O., 257 f.). Ein solches wahrt denn auch mit Blick auf die gesundheitspolizeiliche Herleitung den Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit. Im Übrigen dienen die gesetzlichen Bestimmungen dem Schutz der körperlichen Unversehrtheit und damit der persönlichen Freiheit Dritter im Sinne von <ref-law>. Die angefochtene Regelung hält damit auch vor Art. 36 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law> stand.
4.4 Die Verhältnismässigkeit eines Grundrechtseingriffs bemisst sich im Wesentlichen an dessen Zweckgeeignetheit, Erforderlichkeit und Zumutbarkeit für den oder die Betroffenen.
4.4.1 Die angefochtenen Bestimmungen sind geeignet, die Gäste und die Angestellten vor den Auswirkungen des Passivrauchens zu schützen (MARTENET, a.a.O., 272 ff.; vgl. dazu in einem weiteren Sinne auch <ref-ruling> E. 7.2-7.5 S. 124 ff.).
4.4.2 Die Beschwerdeführerin stellt die Erforderlichkeit der gesetzlichen Regelung für das Rauchen klassischer Tabakwaren wie Zigaretten, Pfeifen oder Zigarren ausdrücklich nicht in Frage. Eine andere Einschätzung bei Wasserpfeifen erscheint nur zulässig, wenn sich das Rauchen bzw. die Auswirkungen des Passivrauchens von solchen massgeblich von klassischen Tabakwaren unterscheiden würden. Unterschiedliche Rauchertechniken für sich allein begründen allerdings keine erhebliche Differenz. Wie bereits dargelegt (vgl. E. 2.4), gilt das Rauchen von Wasserpfeifen in Fachkreisen als genauso schädlich wie dasjenige anderer Raucherwaren. Der Gesetzgeber ist daher nicht verpflichtet, eine Sonderlösung für Gaststätten mit einem Angebot von Wasserpfeifen zu treffen, ja eine solche wäre angesichts des vergleichbaren Gefährdungspotenzials unter dem Gesichtspunkt der Rechtsgleichheit sogar fragwürdig. Die von der Beschwerdeführerin angestrebte - offenbar allgemeingültig gedachte - Unterscheidung von "reinen Raucherbetrieben", wo das Rauchen ein Hauptbestandteil des Angebots bilden soll, und anderen Gastronomiestätten, in denen nur nebenbei geraucht wird, erscheint ebenfalls problematisch. Zwar hat das Bundesgericht festgehalten, bei Betrieben, die sich ausschliesslich dem Tabakkonsum widmeten, stelle sich die Frage des Passivrauchens nicht in gleicher Weise wie bei den üblichen Gastgewerbestätten (<ref-ruling> E. 7.4 S. 126; vgl. auch MARTENET, a.a.O., 276 f.). Wie dargelegt, macht aber auch die Beschwerdeführerin den Grossteil ihres Umsatzes mit dem Verkauf von Getränken und nicht mit dem Angebot im direkten Zusammenhang mit den Wasserpfeifen, wobei immerhin offen ist und sich nur schwer erheben lässt, wieweit die beiden Angebote betriebswirtschaftlich so eng miteinander verknüpft sind, dass sie sich nicht trennen liessen. So oder anders verbietet das bernische Gesetz indessen mit der Zulassung von Fumoirs ein kombiniertes Angebot nicht. Mit der Möglichkeit der Einrichtung von Raucherräumen steht es der Beschwerdeführerin offen, den Konsum von Wasserpfeifen weiterhin anzubieten, gleichermassen wie sie oder auch andere Gastgewerbebetriebe das Rauchen anderer Tabakwaren im Fumoir zulassen können. Eine weitergehende Ausnahmeregelung für das Rauchen von Wasserpfeifen ist nicht erforderlich. Es kann hier offen bleiben, ob es auch andere taugliche Lösungen gebe und was gälte, würde der Kanton Bern Fumoirs nicht zulassen. Jedenfalls bietet das bernische Gesetz eine taugliche Möglichkeit, das Rauchen von Wasserpfeifen in einem Gastronomiebetrieb in Kombination mit dem üblichen Gastronomieangebot - Speis und Trank oder auch nur Bargetränke - anzubieten.
4.4.3 Für die Beurteilung der Zumutbarkeit der angefochtenen Regelung ist massgeblich, dass die Haupttätigkeit des Führens eines Gastronomiebetriebes, auch in der Form einer Bar, nicht verboten oder verunmöglicht wird. Selbst die Beschwerdeführerin kann beide bestehenden Betriebe weiter unterhalten. Denjenigen in Thun vermochte sie offenbar bereits durch betriebswirtschaftliche bzw. räumliche Anpassungen derart umzugestalten, dass sie unter Beachtung der neuen Gesetzesordnung das Angebot von Getränken mit demjenigen von Wasserpfeifen in einem Raucherraum kombinieren kann. Das belegt, dass die angefochtene Regelung auch für den Konsum von Wasserpfeifen in zumutbarer Weise umsetzbar ist. Dass der Umsatz wegen der neuen gesetzlichen Einschränkungen erheblich schrumpft, ist nicht belegt; im Übrigen wäre dies mit Blick auf das legitime Ziel des Gesundheitsschutzes auch für sich allein nicht wesentlich. Zwar mögen die räumlichen Möglichkeiten der Einrichtung eines Fumoirs in der Bar in Bern beschränkt sein. Das führt aber nicht zur Unzumutbarkeit der gesetzlichen Regelung. Es ist der Beschwerdeführerin unbenommen, sich entweder auf einen reinen Gaststättenbetrieb ohne Raucherangebot zu beschränken oder tauglichere Räumlichkeiten zu suchen (vgl. dazu auch MARTENET, a.a.O., 276 f.). Ihre Situation unterscheidet sich insofern nicht von derjenigen anderer Gastronomieanbieter, die ihren bisherigen Betrieb in ähnlichen Kellerräumlichkeiten in Bern eingerichtet haben und denen es nicht möglich ist, einen Raucherraum auszuscheiden. Mehr ist verfassungsrechtlich nicht erforderlich.
4.4.4 Die angefochtene Regelung erweist sich mithin auch als verhältnismässig.
4.5 Eine Verletzung des Kerngehalts der Wirtschaftsfreiheit wird nicht geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich, wobei hier offen bleiben kann, ob bzw. wieweit sich der Kerngehaltsschutz bei <ref-law> nicht bereits mit dem Erfordernis der Vereinbarkeit mit dem Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit (nach <ref-law>) deckt.
4.6 Die angefochtenen Bestimmungen halten demnach vor <ref-law> stand.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin rügt überdies einen Verstoss gegen die Eigentumsgarantie (<ref-law>) und das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>).
5.2 Nach <ref-law> ist das Eigentum gewährleistet. Auf dieses Grundrecht kann sich grundsätzlich auch die Beschwerdeführerin als Mieterin von Räumlichkeiten berufen, deren Nutzung durch die gesetzliche Regelung beeinträchtigt wird (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 121). Das angefochtene Rauchverbot berührt die Nutzung von Liegenschaften allerdings nur teilweise. Wird eine Räumlichkeit nicht in einer öffentlich zugänglichen Art oder von vornherein rauchfrei verwendet, entfaltet das Rauchverbot keine unmittelbaren Wirkungen. Für die öffentliche Nutzung als Barräumlichkeit kann der angefochtenen Regelung eine zumindest indirekte beschränkende Wirkung indes nicht abgesprochen werden. Gleichermassen und aus den gleichen Gründen wie der Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit erweist sich aber auch derjenige in die Eigentumsgarantie als verfassungskonform, weshalb kein Verstoss gegen <ref-law> vorliegt.
5.3 Der von der Beschwerdeführerin weiter angerufene Rechtsgleichheitsgrundsatz nach <ref-law> verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Der Anspruch auf rechtsgleiche Behandlung wird insbesondere verletzt, wenn hinsichtlich einer entscheidwesentlichen Tatsache rechtliche Unterscheidungen getroffen werden, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder wenn Unterscheidungen unterlassen werden, die aufgrund der Verhältnisse hätten getroffen werden müssen (vgl. <ref-ruling> E. 9.1 S. 42 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin sieht eine massgebliche Differenz zwischen ihren Barbetrieben mit einem Angebot von Wasserpfeifen und anderen Gaststätten. Wie bereits dargelegt, gibt es jedoch mit Blick auf die hier wesentliche Frage des Schutzes vor Passivrauchen keine ernsthaften sachlichen Unterscheidungsmerkmale. Vielmehr drängt es sich im Gegenteil angesichts des vergleichbaren Gefährdungspotenzials für die Gesundheit Dritter auf, das Rauchen von Shishas gleich zu behandeln wie dasjenige anderer Tabakwaren (vgl. E. 2.4 und 4.4.2). Das Rechtsgleichheitsgebot von <ref-law> ist daher nicht verletzt.
6. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Grossen Rat des Kantons Bern, vertreten durch den Regierungsrat des Kantons Bern, handelnd durch die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Müller
Der Gerichtsschreiber: Uebersax