A.- Pierre-Hugo Baillod, propriétaire d'une parcelle aux Brenets, chargea Michel Gobat, dessinateur en bâtiment, de réaliser des plans de canalisations pour remplacer son système d'épuration et d'épandage des égouts, qui ne correspondait plus aux normes en vigueur. Jeanine Jeanmaire, propriétaire de la parcelle voisine et utilisant la même fosse d'aisances en vertu d'une servitude, décida de se relier au nouveau système, en payant sa part des frais. Pierre-Hugo Baillod et Jeanine Jeanmaire chargèrent conjointement Michel Gobat de conduire les travaux, qui furent adjugés à l'entreprise Nigito et Strahm le 28 juin 1996.
La parcelle de Jeanine Jeanmaire fut raccordée à la nouvelle installation probablement à fin juin 1997. Le 19 août 1997, elle paya 4600 fr. à Michel Gobat, lequel lui réclama encore un solde de 1226 fr.
La qualité de l'eau paraissant avoir changé après le raccordement, la famille Jeanmaire la fit analyser par le laboratoire des services industriels de la Ville de La Chaux-de-Fonds; le résultat de l'analyse démontra que l'eau n'était pas potable. Deux expertises privées et une expertise judiciaire ont établi une liaison hydraulique entre la nouvelle installation et la source qui alimente en eau potable les deux parcelles voisines. Les problèmes subsistant, l'immeuble de Jeanine Jeanmaire fut débranché de l'installation d'épandage le 4 juin 1998. Les analyses effectuées depuis lors et jusqu'au 22 mars 1999 donnèrent toujours le même résultat, à savoir que l'eau devait être considérée comme non potable.
B.- Invoquant une mauvaise exécution du mandat, Jeanine Jeanmaire a déposé devant le Tribunal cantonal neuchâtelois, le 30 juin 1998, une demande tendant notamment à l'allocation de dommages-intérêts par Michel Gobat. Celui-ci, tout en contestant la prétention de sa partie adverse, a formé une demande reconventionnelle pour le solde des honoraires qu'il estimait lui être dû.
Par jugement du 31 janvier 2000, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a condamné Michel Gobat à payer à Jeanine Jeanmaire la somme de 9945 fr.10 avec intérêts à 5% l'an dès le 30 juin 1998. Sur la base de l'expertise judiciaire, la cour cantonale a estimé que Michel Gobat, compte tenu de la nature du sol et de la proximité de la source en aval, aurait dû procéder à un essai d'infiltration; faute de l'avoir fait, il devait être tenu pour responsable de la pollution de la source; la cour cantonale en a conclu qu'il n'avait pas droit à des honoraires et devait réparer le préjudice subi par Jeanine Jeanmaire.
C.- Michel Gobat recourt en réforme au Tribunal fédéral.
Invoquant une violation des art. 530 ss et 398 ss CO, il conclut principalement au rejet de la demande, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale.
L'intimée conclut au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.- Saisi d'un recours en réforme, le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement sur la base des faits contenus dans la décision attaquée, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il n'y ait lieu à rectification de constatations reposant sur une inadvertance manifeste (art. 63 al. 2 OJ) ou qu'il ne faille compléter les constatations de l'autorité cantonale parce que celle-ci n'a pas tenu compte de faits pertinents et régulièrement allégués (art. 64 OJ; <ref-ruling> consid. 5c/aa; <ref-ruling> consid. 2a). Il ne peut être présenté de griefs contre les constatations de fait, ni de faits ou de moyens de preuve nouveaux (art. 55 al. 1 let. c OJ).
Sur le vu de ce qui précède, l'argumentation du défendeur qui repose sur des éléments qui ne ressortent pas de l'état de fait de la décision attaquée, sans que l'une des exceptions qui viennent d'être rappelées ne soit réalisée, doit être d'emblée écartée; on rappellera que l'inadvertance manifeste ne peut pas être invoquée pour corriger l'appréciation des preuves, mais uniquement pour redresser les simples erreurs d'inattention (<ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 1a) et que celui qui invoque une inadvertance manifeste doit indiquer de manière précise la constatation qui serait fausse et la pièce du dossier qui la contredit (art. 55 al. 1 let. d OJ; <ref-ruling> consid. 2a).
Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties, mais il n'est pas lié par les motifs qu'elles invoquent (art. 63 al. 1 OJ), ni par l'argumentation juridique retenue par la cour cantonale (art. 63 al. 3 OJ; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3).
2.- Le défendeur soutient que ses deux mandants formaient entre eux une société simple (<ref-law>) et que l'un d'eux ne pouvait pas agir sans l'autre.
En cas de société simple, les associés sont titulaires en main commune des créances de la société; il s'agit d'un cas de consorité nécessaire (ATF publié in SJ 1997 p. 396 consid. 3c; cf. également: <ref-ruling> consid. 4a).
La société simple suppose cependant que les associés unissent leurs efforts ou leurs ressources (<ref-law>), c'est-à-dire que chaque associé fasse un apport à l'entreprise commune (<ref-law>).
En l'espèce, les deux voisins utilisent la même fosse d'aisances sur la base d'une servitude; le rapport entre eux est donc fondé à cet égard sur un droit réel, et non pas sur une société simple.
On ne voit pas quel serait l'apport que la demanderesse aurait effectué en vue de la réalisation d'un but commun, autrement dit quel serait l'apport de sa part qui bénéficierait également à son voisin. Selon les constatations cantonales, il semble qu'elle se soit engagée à payer une somme déterminée à l'architecte et à l'entrepreneur pour obtenir en échange, dans son seul intérêt, le raccordement de sa parcelle à la nouvelle installation. On ne discerne aucune animus societatis qui l'unirait à son voisin. La cour cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral en déniant l'existence d'une société simple.
Le défendeur fait plutôt valoir que le mandat lui a été donné conjointement par les deux voisins. Il s'agit de l'hypothèse visée par l'<ref-law>, qui prévoit, sauf convention contraire, une solidarité passive entre les mandants conjoints, mais non pas une solidarité active; dans la mesure où leur créance est divisible, comme c'est le cas pour des dommages-intérêts, chacun des mandants conjoints peut réclamer sa part; ainsi, chacun d'eux est légitimé à prétendre la réparation du préjudice qu'il a lui-même subi (Fellmann, Commentaire bernois, n. 108 et 113 ad <ref-law>; Rolf H.
Weber, Commentaire bâlois, n. 4 ad <ref-law>). La demanderesse ne fait donc pas valoir une créance en main commune, mais une créance qui lui appartient en propre, de sorte qu'elle dispose de la légitimation active.
3.- a) Il résulte des constatations cantonales que le défendeur s'est vu confier une mission d'architecte.
La jurisprudence a admis que lorsqu'un architecte est chargé d'établir des plans, des soumissions ou des projets de construction, il se conclut un contrat d'entreprise (<ref-law>); s'il est chargé des adjudications et de la surveillance des travaux, il s'agit d'un mandat (<ref-law>); si sa mission englobe des activités relevant des deux catégories, le rapport de confiance devient prépondérant et la jurisprudence incline à appliquer les règles du mandat (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3c et d; cf.
également <ref-ruling> p. 56).
Comme les reproches adressés au défendeur ne concernent pas spécifiquement les plans et les documents, les deux parties admettent qu'il faut appliquer les règles du mandat. Il n'y a pas lieu de revenir sur ce point.
b) Le mandataire est responsable de la bonne et fidèle exécution du mandat (<ref-law>). Il répond du dommage qu'il cause au mandant intentionnellement ou par négligence (<ref-law> applicable par le renvoi de l'<ref-law>). La mesure de la diligence due se détermine par le contrat, compte tenu du risque professionnel, de l'instruction ou des connaissances techniques nécessaires pour accomplir le mandat, ainsi que des aptitudes et qualités du mandataire que le mandant connaissait ou aurait dû connaître (<ref-law>, applicable par le renvoi de l'<ref-law>).
Examinant les moyens de preuve réunis, la cour cantonale est parvenue à la conviction qu'un homme de métier, disposant des connaissances nécessaires, aurait procédé, dans les circonstances d'espèce, à un essai d'infiltration, pour s'assurer que l'installation prévue ne risquait pas de polluer la source proche.
Il s'agit là d'une question relevant de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits (cf. ATF non publié du 13 novembre 1998 dans la cause 4C.167/1997 consid. 4a; ATF non publié du 31 mai 1995 dans la cause 4C.348/1994 consid. 3b), qui ne peut être remise en cause dans un recours en réforme (art. 63 al. 2 OJ).
Sur la base d'une telle donnée de fait, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en constatant que le défendeur n'avait pas respecté le devoir de diligence découlant pour lui de l'art. 398 al. 1 et 2 CO.
On ne voit pas ce qui aurait empêché le mandataire de se conformer à son devoir de diligence, si bien qu'il n'a pas prouvé l'absence de faute (<ref-law>; sur la présomption de faute en cas de mandat: <ref-ruling> consid. 2a).
La cour cantonale retient, de manière implicite mais certaine, qu'un essai d'infiltration aurait permis de constater la pollution et de s'abstenir de réaliser l'ouvrage.
On ne saurait donc dire que celle-ci a perdu de vue l'exigence d'une causalité naturelle ou qu'elle aurait méconnu le sens de cette notion (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2c/aa et les références); quant au constat de la causalité naturelle, il s'agit d'une question de fait qui ne peut être revue dans un recours en réforme (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2c/ee; <ref-ruling> consid. 5b; <ref-ruling> consid. 2).
L'omission d'une mesure de précaution destinée à déceler une éventuelle pollution était évidemment de nature, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à favoriser le constat tardif (après la réalisation de l'ouvrage) de la nuisance dommageable. La causalité adéquate (sur cette notion: <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2c/bb; <ref-ruling> consid. 2a), qui est une question de droit (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 3), a donc été admise à juste titre.
L'infiltration des liquides dans le sous-sol est un phénomène naturel prévisible, qui ne saurait être qualifié de force majeure (sur cette notion: Pierre Engel, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd., p. 468 s.).
Le dommage qui en est résulté n'est pas contesté et il n'y a pas lieu d'y revenir (sur la notion de dommage, qui est une question de droit: <ref-ruling> consid. 3b; sur la détermination du dommage, qui est une question de fait: <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2c/bb; <ref-ruling> consid. 3b).
Il ne ressort pas des constatations cantonales que la demanderesse aurait consenti à l'absence d'essais et à la pollution de la source; il n'apparaît pas non plus qu'elle aurait adopté un comportement qui puisse être qualifié de faute concomitante (<ref-law>); il faut relever à ce sujet qu'il appartenait au mandataire professionnel, et non à son mandant, de rechercher et de prendre les mesures commandées par les circonstances, notamment de choisir le site de l'installation. Que la demanderesse se soit raccordée sans autorisation n'est pas pertinent, dès lors qu'il était convenu qu'elle relie sa parcelle à l'installation et qu'il n'est pas établi qu'il y ait eu un mauvais raccordement ou que celui-ci soit intervenu en temps inopportun.
Quant à l'absence de droit à la rémunération (sur cette question: <ref-ruling> consid. 3b), elle ne fait l'objet d'aucune critique. La question n'a pas à être réexaminée.
4.- Les frais et dépens doivent être mis à la charge du recourant qui succombe (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
Le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours et confirme le jugement attaqué;
2. Met un émolument judiciaire de 2000 fr. à la charge du recourant;
3. Dit que le recourant versera à l'intimée une indemnité de 2500 fr. à titre de dépens;
4. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des parties et à la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
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Lausanne, le 10 avril 2000 ECH
Au nom de la Ie Cour civile
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le président, La greffière,