Sachverhalt:
A. Die 1961 geborene N._ war seit 1986 in der Etikettierabteilung bei der F._ AG tätig. Seit August 2007 war sie wegen bewegungsabhängiger Schmerzen im rechten Arm und im Bereich des Daumens und des Zeigefingers nicht mehr in der Lage, diese Tätigkeit auszuüben. Ein betrieblicher Umplatzierungsversuch scheiterte ebenso wie seitens der Invalidenversicherung im Rahmen der Früherfassung veranlasste Massnahmen in Form eines Belastbarkeits- und Aufbautrainings. Nachdem eine polydisziplinäre medizinische Abklärung beim Institut X._ eine ab 1. Oktober 2006 bestehende 100%-ige Arbeitsfähigkeit für körperlich leichte, wechselbelastende Tätigkeiten ohne permanenten Einsatz der rechten Hand, ohne Kraftgriffe und ohne repetitive und stereotype Armbewegungen ergab, ein weiterer betriebsinterner Platzierungsversuch jedoch erneut scheiterte und ein zweites Belastbarkeitstraining wegen der Schmerzproblematik abgebrochen wurde, beendete die IV-Stelle Aargau die Integrationsmassnahmen. Mit Verfügung vom 19. November 2010 sprach die IV-Stelle der Versicherten eine Viertelsrente bei einem Invaliditätsgrad von 46 % ab 1. Dezember 2010 zu und am 11. Februar 2011 verfügte sie die Nachzahlung einer Viertelsrente für die Zeit vom 1. Oktober 2007 bis 30. November 2010.
B. Nach Vereinigung der gegen beide Verfügungen erhobenen Beschwerden wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau diese mit Entscheid vom 28. September 2011 ab.
C. N._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihr rückwirkend ab September 2007 eine ihrer effektiven Erwerbsunfähigkeit entsprechende Rente, zuzüglich 5 % Verzugszins ab Fälligkeit jeder Rate, zuzusprechen.
Die kantonalen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht legt die Rechtsgrundlagen zum Begriff der Invalidität (<ref-law>, <ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), zur Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>) und zum Beweiswert medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dar. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat für das Bundesgericht in verbindlicher Weise (E. 1) festgestellt, dass der Versicherten, insbesondere gestützt auf das als voll beweiskräftig eingestufte Gutachten des Instituts X._ (vom 2. Oktober 2009), bei Vorliegen eines chronifizierten Schmerzsyndroms ab 1. Oktober 2006 eine körperlich leichte, wechselbelastende Tätigkeit ohne permanenten Einsatz der rechten Hand, ohne Kraftgriffe und ohne repetitive und stereotype Armbewegungen voll zumutbar ist. Sie hat weiter erwogen, dass diese Einschätzung nicht im Widerspruch zu den von der IV-Stelle veranlassten, wegen der Schmerzproblematik hingegen abgebrochenen beruflichen Abklärungen und Eingliederungsmassnahmen stünden. Auf dieser Grundlage ermittelte das kantonale Gericht einen Invaliditätsgrad von "mindestens 40 % und höchstens 49 %" und bestätigte den Anspruch auf eine Viertelsrente.
3.2 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag zu keinem anderen Ergebnis zu führen, wobei die Arbeitsfähigkeitsschätzung gemäss Gutachten des Instituts X._ nicht mehr kritisiert wird. In Zusammenhang mit der erwerblichen Seite der Invaliditätsbemessung macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht von der Einholung ergänzender Auskünfte bei der Arbeitgeberin zum Valideneinkommen abgesehen, da auf deren Angaben vom 1. Juli 2008 nicht abgestellt werden könne, und damit ihren Anspruch auf rechtliches Gehör (Beweisabnahme; <ref-law>) verletzt. Bei der Ermittlung des hypothetischen Einkommens als Gesunde seien im Jahr 2006 ausbezahlte, offene Zulagen und Guthaben sowie geldwerte betriebliche Vorteile ("fringe benefits") zu berücksichtigen.
Hinsichtlich der Berechnung des Invalideneinkommens wird eine falsche Rechtsanwendung gerügt. Der von der Vorinstanz zu Grunde gelegte statistische Wert gemäss der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik (Tabelle A1, Bruttolohn für Frauen im Anforderungsniveau 4) trage den konkreten Verhältnissen und Einschränkungen nicht Rechnung, da sie angesichts ihrer gesundheitlichen Situation, der erwerblichen Erfahrungen und der geringen Deutsch- bzw. fehlenden IT/EDV-Kenntnisse auf dem freien Arbeitsmarkt in weiten Branchen und Wirtschaftszweigen mit überdurchschnittlichen Gehältern von vornherein keine Beschäftigungschance habe.
Hinsichtlich der Berechnung des Invalideneinkommens wird eine falsche Rechtsanwendung gerügt. Der von der Vorinstanz zu Grunde gelegte statistische Wert gemäss der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik (Tabelle A1, Bruttolohn für Frauen im Anforderungsniveau 4) trage den konkreten Verhältnissen und Einschränkungen nicht Rechnung, da sie angesichts ihrer gesundheitlichen Situation, der erwerblichen Erfahrungen und der geringen Deutsch- bzw. fehlenden IT/EDV-Kenntnisse auf dem freien Arbeitsmarkt in weiten Branchen und Wirtschaftszweigen mit überdurchschnittlichen Gehältern von vornherein keine Beschäftigungschance habe.
3.3 3.3.1 Bei der Bestimmung des ohne Gesundheitsschaden erzielbaren Einkommens hat das kantonale Gericht grundsätzlich das von der IV-Stelle - gemäss den Angaben der Arbeitgeberin vom 1. Juli 2008 - ermittelte Valideneinkommen von Fr. 85'217.50 geschützt. Aufgrund der beschwerdeweise behaupteten Lohnentwicklung errechnete die Vorinstanz zu Vergleichszwecken mit dem Durchschnittswert der im Auszug aus den individuellen Konten (IK) ausgewiesenen Jahreseinkommen der letzten fünf Jahre vor Eintritt des Gesundheitsschadens (2001 bis 2005) ein auf das Jahr 2007 indexiertes Jahreseinkommen von Fr. 88'322.75. Dem Argument der Beschwerdeführerin folgend, das im Jahr 2006 erwirtschaftete Jahreseinkommen sei mitzuberücksichtigen, da es noch Lohnansprüche der Jahre 2004 und 2005 enthalte, ermittelte sie sodann gestützt auf den IK-Auszug einen Wert von Fr. 89'906.10, wobei sie ausführte, die von der Beschwerdeführerin behaupteten versteckten Lohnbestandteile (wie ca. Fr. 1'500.- Vergünstigung pro Jahr für das Kantineessen) wären bei dieser ohnehin grosszügigen Berechnung hinreichend berücksichtigt.
3.3.2 Wenn die Vorinstanz die Einkommensangaben der ehemaligen Arbeitgeberin als zuverlässig einstufte und einzig in Berücksichtigung der beschwerdeweise vorgebrachten Einwände durch weitere (hypothetische) Berechnungsvarianten gestützt auf den IK-Auszug darlegte, dass daraus kein eine höhere Rente begründender Invaliditätsgrad resultieren würde, ist dies weder offensichtlich unrichtig, noch ist darin eine willkürliche Beweiswürdigung oder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu erblicken. Die Feststellung der Vorinstanz, dem Wert von Fr. 89'906.10 seien keine behaupteten, versteckten Lohnbestandteile hinzuzurechnen, vermag die Beschwerdeführerin unter eingeschränktem kognitionsrechtlichem Blickwinkel ebenso wenig in Zweifel zu ziehen wie plausibel darzutun, weshalb von einem geltend gemachten jährlichen Valideneinkommen im Jahr 2007 von Fr. 94'000.- bis Fr. 96'000.- auszugehen wäre.
Sind Vollständigkeit und Richtigkeit der umstrittenen Tatsachenfeststellungen nicht in Frage zu stellen, so hat das kantonale Gericht zu Recht und ohne das rechtliche Gehör zu verletzen in antizipierter Beweiswürdigung von weiteren Beweiserhebungen abgesehen (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 4b S. 94; SVR 2007 IV Nr. 45 S. 149, I 9/07 E. 4).
Sind Vollständigkeit und Richtigkeit der umstrittenen Tatsachenfeststellungen nicht in Frage zu stellen, so hat das kantonale Gericht zu Recht und ohne das rechtliche Gehör zu verletzen in antizipierter Beweiswürdigung von weiteren Beweiserhebungen abgesehen (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 4b S. 94; SVR 2007 IV Nr. 45 S. 149, I 9/07 E. 4).
3.4 3.4.1 Was das zumutbarerweise erzielbare Invalideneinkommen betrifft, ist - da die Beschwerdeführerin keine Verweisungstätigkeit aufgenommen hat - auf statistische Angaben abzustellen (<ref-ruling> E. 3b/bb mit Hinweisen); es ist somit von der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik auszugehen.
3.4.2 Rechtsprechungsgemäss kann bei der Bestimmung des Invalideneinkommens nach den Durchschnittslöhnen gemäss LSE dem Umstand, dass gesundheitlich eingeschränkte Personen aufgrund bestimmter Faktoren (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad) gegebenenfalls nur unterdurchschnittliche Löhne erzielen, mit einem Abzug vom statistischen Lohn Rechnung getragen werden (<ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.). Der Abzug ist unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen und unter Berücksichtigung aller jeweils in Betracht fallenden Merkmale auf insgesamt höchstens 25 % zu begrenzen (<ref-ruling> E. 5b/bb und cc S. 80). Gewährt wird insbesondere dann ein Abzug vom Invalideneinkommen, wenn eine versicherte Person nur noch eine leidensangepasste Tätigkeit ausüben kann, sodass sie auf dem Arbeitsmarkt in Konkurrenz mit gesundheitlich nicht eingeschränkten Mitbewerbern benachteiligt ist, was sich auf das Lohnniveau auswirkt (vgl. <ref-ruling> E. 7b S. 82; Urteile vom 11. Juni 2007, I 402/06, E. 4.5, 8. Mai 2007, I 604/06, E. 5.3, 18. Mai 2007, I 278/06, E. 5.1, 20. Juli 2007, 9C_114/2007, E. 4 sowie 5. September 2007, 9C_309/2007, E. 2.3.3.2).
3.4.3 Die im Zumutbarkeitsprofil gutachterlich formulierten Anforderungen hinsichtlich Arbeitsposition und Bewegungsablauf schränken das in Frage kommende (Lohn-) Spektrum ein, was, wie die Vorinstanz zutreffend ausführte, bei der Gewährung eines leidensbedingten Abzugs vom Tabellenlohn zu berücksichtigen ist. Dem Bildungsgrad bzw. einer mangelnden oder ungenügenden Ausbildung der Versicherten wird bei der Wahl des Anforderungsniveaus Rechnung getragen und vermag als invaliditätsfremd keinen höheren Abzug zu begründen. Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, es seien ihr verschiedene Arbeiten, insbesondere in Branchen und Wirtschaftszweigen mit überdurchschnittlichen Einkommen angesichts ihrer gesundheitlichen Situation, der beruflichen Erfahrung, der geringen Deutsch- und der fehlenden Informatik-Kenntnisse von vornherein verwehrt, dringt sie damit nicht durch. Selbst die medizinische Unzumutbarkeit einzelner Arbeiten ändert nichts daran, dass ihr auf dem hier massgebenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt weiterhin, sowohl im "Sektor 2 Produktion" als auch im "Sektor 3 Dienstleistungen", in Beachtung des im Gutachten des Instituts X._ umschriebenen Zumutbarkeitsprofils, eine Vielzahl von Tätigkeiten offen stehen, weshalb es sich rechtfertigt, das Invalideneinkommen gestützt auf den Totalwert zu ermitteln, welcher das ganze Spektrum der möglichen Tätigkeiten in den verschiedenen Wirtschaftszweigen umfasst (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 484).
3.4.4 Im angefochtenen Entscheid stützte sich das kantonale Gericht dementsprechend zu Recht auf die Tabelle A 1 der LSE 2006, nach welcher sich der monatliche weibliche Bruttolohn bei Anforderungsniveau 4 des Arbeitsplatzes (einfache und repetitive Tätigkeiten) auf total Fr. 4'019.- beläuft. In Berücksichtigung einer betriebsüblichen wöchentlichen Arbeitszeit von 41,7 Stunden (Die Volkswirtschaft, 11-2011, S. 94 Tabelle B9.2) sowie einer Nominallohnentwicklung und eines leidensbedingten Abzugs von 10 % errechnete das kantonale Gericht für das Jahr 2007 ein Invalideneinkommen von Fr. 45'932.10 (Fr. 4'019 x 12 : 40 x 41.7 : 119.4 x 121.2 [Bundesamt für Statistik, Nominallohnindex, Frauen, 2002-2009, Total; Tabelle 1.2.93] x 0,9), was nicht zu beanstanden ist. Damit ergibt sich für die Beschwerdeführerin im günstigsten Fall (wenn von einem Valideneinkommen von Fr. 89'906.10 ausgegangen wird [E. 3]) ein Invaliditätsgrad von 49 %. Damit bleibt es beim Anspruch auf eine Viertelsrente.
4. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Januar 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Polla