Sachverhalt:
A. G._, geboren 1964, arbeitete als Maurer bei der Bauunternehmung V._ und war bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen Unfall versichert. Im Jahr 1994 war es auf einer Baustelle zu einem Unfall gekommen, bei dem G._ ein Klotz auf den Kopf fiel und er am rechten Auge verletzt wurde. Dr. med. N._, Spezialarzt FMH für Augenkrankheiten, diagnostizierte am 20. November 1996 eine Aderhautruptur im Bereich der Makula bei Status nach Contusio bulbi rechts. Es sei zu Narbenbildungen gekommen und der Fernvisus betrage 0,25. Nach zwei Jahren sei der Patient an seinen Zustand gewöhnt, weshalb sich keine weiteren Massnahmen anbieten würden. Dieser Unfall wurde der SUVA gemeldet, nachdem sich am 23. Januar 2002 ein zweiter ereignet hatte. G._ entfernte wiederum auf einer Baustelle Nägel an Deckenstirnen, wobei ihm ein Nagel ins linke Auge spickte. In der Augen-Poliklinik des Spitals X._ wurde die Diagnose einer Bulbusperforation links mit partieller Irisavulsion und Linsendurchspiessung gestellt (Bericht vom 21. März 2002). Die SUVA kam für die Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus. Nachdem sie den Versicherten in der Augenklinik des Spitals Y._ durch PD Dr. med. S._ und Dr. med. M._ hatte begutachten lassen (Gutachten vom 24. Februar 2005 mit ergänzender Stellungnahme vom 22. Juli 2005), sprach sie ihm mit Verfügungen vom 12. Oktober 2006 für den am 23. Januar 2002 erlittenen Unfall eine Invalidenrente basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 18% sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 14%, für den 1994 erlittenen Unfall eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 17% zu. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie nach Einholung einer (weiteren) ärztlichen Beurteilung ihrer Abteilung Versicherungsmedizin, Frau Dr. med. B._, Fachärztin für Ophthalmologie und Ophthalmochirurgie FMH, vom 16. April 2007, ab (Einspracheentscheid vom 18. April 2007).
B. G._ liess dagegen Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich erheben. In der Folge reichte er ein von ihm in Auftrag gegebenes Gutachten des PD Dr. med. W._, Augenklinik des Spitals X._, vom 4. März 2008 ein. Die SUVA beantragte daraufhin insofern eine teilweise Gutheissung, als sie gestützt auf die ärztliche Beurteilung des Dr. med. F._, Facharzt für Ophthalmologie und Ophthalmochirurgie FMH, SUVA Versicherungsmedizin, vom 13. Mai 2008 einen Integritätsschaden von 20% statt 17% (rechtes Auge) und von 20% statt 14% (linkes Auge) anerkannte, womit zwischen Beschwerdeführer und Beschwerdegegnerin in diesem Punkt Übereinstimmung bestand. Dementsprechend änderte das Sozialversicherungsgericht den angefochtenen Einspracheentscheid in teilweiser Gutheissung der Beschwerde dahingehend ab, als es dem Beschwerdeführer eine Integritätsentschädigung basierend auf einer Integritätseinbusse von gesamthaft 40% zusprach. Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihm die gesetzlichen Leistungen zu erbringen, es sei ihm eine Übergangszeit von einem Jahr mit einer Arbeitsfähigkeit von 50% einzuräumen, mit einer weiteren Beurteilung der Arbeitsfähigkeit Ende dieses Jahres, eventualiter sei die Sache zur Einholung eines weiteren Gutachtens zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Nachdem die SUVA im vorinstanzlichen Verfahren einen Anspruch des Versicherten auf Integritätsentschädigung basierend auf einer Integritätseinbusse von 40% anerkannt hat, ist einzig noch die Höhe der Invalidenrente streitig.
3. Das kantonale Gericht hat die Bestimmung zu den Voraussetzungen des Anspruchs auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (Art. 18 Abs. 1 UVG) unter Hinweis auf den Einspracheentscheid zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Zunächst sind die beim Beschwerdeführer erhobenen Befunde unbestritten. So findet sich am rechten Auge ein Status nach stumpfem Bulbustrauma mit zentraler Aderhautruptur, am linken Auge ein Status nach Perforatio bulbi mit partieller Irisavulsion und Linsendurchspiessung am 23. Januar 2002. Am linken Auge wurden drei Operationen durchgeführt, eine Wundrevision, Hornhautnaht, Linsenabsaugung und vordere Vitrektomie noch am Unfalltag, eine Pars plana-Vitrektomie und Endolaser am 2. Mai 2002 sowie eine Vorderkammerrevision und Implantation einer +24,5 D Aniridielinse in den Sulcus am 1. Oktober 2003.
Gemäss ärztlicher Beurteilung der Frau Dr. med. B._ vom 30. April 2004 bestand rechts ein Visus von 0,3, links, mit einer optimalen Brille, ein Visus von 0,9; gemäss Arztzeugnis der Augenklinik des Spitals X._ vom 8. Januar 2004 war der Fernvisus mit 1,25 sogar voll erreicht. Es bestehe eine Pseudophakie mit einer Aniridielinse, d.h. der Pupillendurchmesser sei gegeben und der Versicherte könne sich deshalb nicht an die Lichtverhältnisse anpassen. Der Visus am linken Auge war somit wieder hergestellt, wie auch PD Dr. med. S._ in dem von der SUVA veranlassten Gutachten vom 24. Februar 2005 feststellte. In der Folge wurde jedoch insbesondere am linken Auge ein schlechterer Wert festgestellt, nämlich 0,5 für die Ferne und 0,3 für die Nähe (Gutachten des PD Dr. med. W._ vom 4. März 2008; von der SUVA im vorinstanzlichen Verfahren eingereichte ärztliche Beurteilung des Dr. med. F._ vom 13. Mai 2008).
5. Streitig ist, inwiefern sich die erlittenen Augenverletzungen auf die Arbeitsfähigkeit auswirken. Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, dass ihm eine Angewöhnungszeit zu gewähren sei. Er stützt sich dabei auf das von ihm eingeholte Gutachten des PD Dr. med. W._ vom 4. März 2008.
5.1 Der Gutachter vertritt dort die Auffassung, dass der Beschwerdeführer eine Anpassungsphase mit beispielsweise 50%iger Tätigkeit während eines Jahres brauche, mit späterem Übergang in eine 100%ige Tätigkeit. Eine exakte Prognose sei nicht möglich; vorerst sei offen, ob wegen der störenden Nebenerscheinungen (Tränen, Trockenheit der Augen, Augen-/Kopfschmerzen) während einer maximalen Arbeitszeit auch eine volle Leistungsfähigkeit erbracht werden könne. Der Gutachter führt des Weiteren aus, dass die Einschränkung in der Leistungsfähigkeit abhängig sei von der Differenziertheit der Tätigkeit; jede komplizierte visuelle Tätigkeit führe zu einem Leistungsabstand gegenüber einer gesunden Person.
5.2 Demgegenüber attestierte PD Dr. med. S._ in seinem Gutachten vom 24. Februar 2005 bei leidensangepasster Tätigkeit eine 100%ige Arbeitsfähigkeit. Er weist darauf hin, dass der Versicherte vor seinem zweiten Unfall mit Verletzung des linken Auges trotz des schlechten Visus am rechten Auge seit dem ersten Unfall, also während etwa acht Jahren, voll als Maurer gearbeitet hatte. Da nun der Visus am linken Auge wieder hergestellt sei, spreche von den ophthalmologischen Befunden her nichts grundsätzlich gegen die Wiederaufnahme einer Erwerbstätigkeit. Tätigkeiten, die ein räumliches Sehen bedingen, sollten vermieden werden.
Dr. med. F._ gab diesbezüglich eine differenzierte Stellungnahme (vom 13. Mai 2008) ab und ging davon aus, dass dem Versicherten Tätigkeiten, welche Stereopsis erforderten, nicht zumutbar seien. Alle Tätigkeiten, die ein gutes bis sehr gutes Sehen voraussetzen würden, seien nicht mehr zumutbar, insbesondere auch solche, die Kontrolltätigkeiten beinhalteten. Tätigkeiten, welche mittelgutes bis gutes Sehen erforderten, seien grossenteils prinzipiell mit einer verminderten Leistungsfähigkeit ausführbar, wobei die Einschränkung je nach Sehanspruch zwischen 10 und 30% schwanke. Schliesslich nennt er knapp 40 Tätigkeiten, welche der Beschwerdeführer uneingeschränkt ausüben könne.
PD Dr. med. W._, welcher in seinem Gutachten vom 4. März 2008 Tätigkeiten unter relativ statischen Arbeitsbedingungen wie konstante Beleuchtung und Vermeidung dynamischer Abläufe mit permanenten visuellen Anpassungserfordernissen als zumutbar erachtet hatte, nahm zur Beurteilung des Dr. med. F._ am 16. Juni 2008 Stellung. Dabei werden die Ausführungen des SUVA-Arztes nicht grundsätzlich bestritten, wenn auch einzelne Berufe wie etwa Krankenpfleger als eher unrealistisch bezeichnet werden. Er beharrt indessen darauf, dass für eine Arbeitsaufnahme eine Angewöhnungszeit mit vorerst begrenzter Arbeitsfähigkeit zu fordern sei.
5.3 Somit besteht grundsätzlich Einigkeit darin, dass dem Versicherten eine leidensangepasste Tätigkeit zumutbar ist. Es wird darauf hingewiesen, dass das räumliche Sehvermögen eingeschränkt ist und dass sich das linke Auge nicht an die Lichtverhältnisse anpassen kann. Wie Frau Dr. med. B._ am 16. April 2007 ausführte, lässt sich dies indessen mit einer phototropen Brille abfangen; bezüglich des Akkomodationsverlustes sei er mit einem voll presbyopen Arbeiter von 60 Jahren zu vergleichen. Aus den ärztlichen Stellungnahmen ergibt sich des Weiteren, dass die Arbeitsfähigkeit in zeitlicher Hinsicht durch höhere Anforderungen an das Sehvermögen der entsprechenden Tätigkeit limitiert wird. Präzise äussert sich diesbezüglich Dr. med. F._, welcher eine Einschränkung von 10 bis 30% annimmt bei Tätigkeiten, welche mittelgutes bis gutes Sehen erfordern, keine Einschränkungen hingegen bei Tätigkeiten, die lediglich ein mässig gutes Sehen erfordern.
Damit darf mit Dr. med. F._ und PD Dr. med. S._ angenommen werden, dass bei einer dem Sehleiden des Beschwerdeführers optimal angepassten Tätigkeit eine zeitlich uneingeschränkte Arbeitsfähigkeit besteht. Dass der Beschwerdeführer eine entsprechende Tätigkeit finden könnte, kann angesichts der Aufzählung der dabei in Frage kommenden Berufe und mit Blick darauf, dass allein der ausgeglichene Arbeitsmarkt, der von seiner Struktur her einen Fächer verschiedenartiger Stellen offen hält, massgebend ist (<ref-ruling> E. 4b S. 276), nicht bezweifelt werden. Unter solchen Umständen ist jedenfalls zurzeit nicht einzusehen - und wird im Übrigen von PD Dr. med. W._ auch nicht näher begründet - warum eine Angewöhnungszeit erforderlich wäre, zumal der Gutachter ausser Tränen, Trockenheit der Augen sowie Augen-/Kopfschmerzen, welche bei einer leidensangepassten Tätigkeit mangels entsprechender besonderer Anstrengung ohnehin nur in geringem Mass auftreten sollten, keine weiteren Einschränkungen nennt. Dass die Anpassungsphase der Angewöhnung an den Verlust des stereoskopischen Sehens diene (siehe dazu Urteil I 694/01 vom 30. September 2003 E. 3), wird jedenfalls nicht geltend gemacht und ist auch sonst nicht ersichtlich.
5.4 Die Frage einer allenfalls zu gewährenden Anpassungsfrist könnte sich allenfalls stellen, wenn der Beschwerdeführer tatsächlich eine Stelle antreten würde. Dies hat er jedoch zumindest bis zum in zeitlicher Hinsicht massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheides nicht getan. Sollte er in einer konkreten neuen Arbeitssituation in der Tat Anpassungsschwierigkeiten haben, welche selbst die SUVA-Fachärztin in ihrem Bericht vom 16. April 2007 in Form einer Leistungseinbusse von 10-20% während zweier Jahre für möglich hält, steht es dem Beschwerdeführer frei, dannzumal bei der SUVA ein Revisionsbegehren im Sinne von Art. 17 Abs. 1 ATSG einzureichen.
6. Was die erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitsschadens anbetrifft, wird die von der Verwaltung vorgenommene Invaliditätsbemessung auch letztinstanzlich nicht gerügt. Darauf ist daher nicht weiter einzugehen.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo