Sachverhalt:
A. Das Amtsgericht Luzern-Land (heute Bezirksgericht Kriens) verpflichtete A._ und X._ mit Urteil vom 8. November 2007 im Zuge einer paulianischen Anfechtungsklage (gemäss <ref-law>), den Klägern (Schweizerische Eidgenossenschaft, Kanton Obwalden und Einwohnergemeinde Y._) unter solidarischer Haftbarkeit insgesamt Fr. 1'210'225.50 (zuzüglich 5% Zins seit 30. September 2005) zu bezahlen, "sofern und soweit die Kläger in den gegen B._ hängigen Betreibungen Nrn. 20040743 bis 20040755 und 20041077 des Betreibungsamtes Obwalden oder in einzelnen dieser Betreibungen einen definitiven Verlustschein vorweisen können".
Dieses Urteil wurde vom Obergericht des Kantons Luzern am 8. November 2007 (mit Ausnahme des Kostenpunktes) bestätigt. Die von allen Parteien gegen das Obergerichtsurteil gerichteten Beschwerden wies das Bundesgericht mit Urteil vom 26. Mai 2009 ab, soweit es darauf eintrat (<ref-ruling>).
Unter Hinweis auf Pfändungsverlustscheine des Betreibungsamts Obwalden vom 17. Januar 2011 forderte die Finanzverwaltung Obwalden X._ am 1. Februar 2011 auf, die noch ausstehende Forderung im Betrag von Fr. 487'119.-- zu bezahlen.
B. Daraufhin gelangte X._ mit Beschwerde vom 10. Februar 2011 an das Obergericht des Kantons Obwalden (als SchKG-Aufsichtsbehörde) und beantragte die Nichtigerklärung der Pfändungsverlustscheine Nrn. 20110031 - 20110044 des Betreibungsamts Obwalden (in den Betreibungen Nrn. 20041077 sowie Nrn. 2004743 - 20040755 des Betreibungsamts Obwalden), eventualiter deren Aufhebung zufolge Gesetzesverletzung.
Das Obergericht des Kantons Obwalden wies die Beschwerde mit Urteil vom 16. November 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Hiergegen gelangt X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) mit Beschwerde in Zivilsachen vom 1. Dezember 2011 an das Bundesgericht. Er verlangt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils, die Nichtigerklärung der vorgenannten Pfändungsverlustscheine, eventualiter deren Aufhebung zufolge Gesetzesverletzung und subeventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung.
Das Betreibungsamt Obwalden sowie das Obergericht des Kantons Obwalden haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Schweizerische Eidgenossenschaft, der Kanton Obwalden sowie die Einwohnergemeinde Y._ beantragen in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde und reichen dem Bundesgericht eine neue Urkunde ein.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid einer einzigen kantonalen Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, welcher gemäss <ref-law> der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt, ohne dass es auf den Streitwert ankommt (<ref-law>). Die fristgemäss erhobene Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich zulässig.
1.2 Mit der vorliegenden Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>).
1.3 Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, Beweise abzunehmen und Tatsachen festzustellen, über die sich das kantonale Sachgericht nicht ausgesprochen hat (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1 S. 214). Neue Beweismittel dürfen vor Bundesgericht einzig soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). In der Beschwerde ist darzulegen, inwiefern diese Voraussetzungen für die Abnahme neuer Beweismittel erfüllt sind (<ref-ruling> E. 3 S. 395; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226 f.). Diese Grundsätze gelten sinngemäss auch für eine Vernehmlassung vor Bundesgericht. Das neu mit der Vernehmlassung eingereichte Beweismittel bleibt unbeachtlich, denn die vorstehend dargelegten Voraussetzungen sind nicht erfüllt.
2. Der vorliegenden Angelegenheit liegt - zusätzlich zum bereits vorstehend unter A. Ausgeführten - folgender Sachverhalt zu Grunde:
Im März 2004 betrieben die Schweizerische Eidgenossenschaft, der Kanton Obwalden sowie die Einwohnergemeinde Y._ (nachfolgend: Gläubiger) B._ für ausstehende Steuern im Betrag von rund 5 Millionen Franken (einschliesslich Steuerbussen wegen versuchter Steuerhinterziehung). Nach durchgeführtem Rechtsöffnungsverfahren schritt das Betreibungsamt Obwalden zur Pfändung und stellte den Gläubigern für die Restforderung von Fr. 4'925'025.42 einen provisorischen Verlustschein aus.
Gestützt auf den provisorischen Verlustschein erliess die Finanzverwaltung Obwalden am 13./17. Oktober 2005 einen Arrestbefehl für die genannte Restforderung mit anschliessender Nachpfändung vom 11. November 2005. Verarrestiert wurden das Grundstück C._, Parzelle Nr. 458, welches laut Grundbuch Y._ allerdings im Eigentum der D._ in Y._, stand sowie das Grundstück C._, Parzelle Nr. 1628, dessen Eigentümer gemäss Grundbuch die B._-E._-Familienstiftung war.
Das Kantonsgericht Obwalden aberkannte den vorerwähnten beiden Eigentümern im Widerspruchsverfahren gemäss <ref-law> ihren Anspruch auf das Eigentum bzw. hielt fest, die beiden Grundstücke seien für das Verfahren der Arrestprosequierung dem Vollstreckungssubstrat von B._ zuzurechnen (Urteile vom 26. April 2006). Gegen diese Urteile gelangten die jeweiligen Eigentümer an das Obergericht des Kantons Obwalden. Dieses wies die beiden Appellationen ab (mit Urteilen vom 5. Juli 2007 und vom 11. September 2007). Das Bundesgericht wies die dagegen erhobenen Beschwerden ebenfalls ab (Urteil 5A_498/2007 vom 28. Februar 2008 sowie Urteil 5A_587/2007 vom 28. Februar 2008, in: Pra 2008 Nr. 108 S. 691).
Daraufhin stellten die Gläubiger in den Betreibungen gegen B._ je ein Verwertungsbegehren.
Am 10. Juli 2008 kündigte das Betreibungsamt Obwalden die Versteigerung des Grundstücks Nr. 458 an. Vier Tage später, am 14. Juli 2008, verstarb B._, worauf das Betreibungsamt die angesetzte Versteigerung nach Massgabe von <ref-law> widerrief.
Auf Antrag der Alleinerbin F._ bewilligte die Obergerichtskommission des Kantons Obwalden am 9. September 2008 das öffentliche Inventar gemäss <ref-law> über die Erbschaft von B._. Nachdem die Alleinerbin die Erbschaft ausgeschlagen hatte, wurde am 19. November 2009 in Anwendung von <ref-law> der Erbschaftskonkurs eröffnet.
In der Folge informierte das Betreibungsamt Obwalden über die bevorstehenden Versteigerungen der beiden verarrestierten Grundstücke (Nrn. 458 und 1628 in der Pfändungsgruppe Nr. 2005344 gegen den Schuldner B._). Als Rechtsgrundlage für diese Versteigerungen zog das Betreibungsamt <ref-law> heran.
Die Versteigerung des Grundstücks Nr. 458 erfolgte am 4. Februar 2010, diejenige des Grundstücks Nr. 1628 am 6. August 2010.
Am 17. Januar 2011 stellte das Betreibungsamt Obwalden in den Betreibungen Nrn. 20040743 - 20040755 sowie 20041077 jeweils einen Pfändungsverlustschein im Sinne von <ref-law> aus.
3. Streitig ist, ob <ref-law> auch auf im Eigentum Dritter stehende Grundstücke Anwendung findet, die in einem der Konkurseröffnung vorausgegangenen Betreibungsverfahren nach erfolgreicher Widerspruchsklage gemäss <ref-law> gepfändet wurden.
3.1 Die Vorinstanz vertritt die Auffassung, die gepfändeten Grundstücke seien gleich wie von Dritten bestellte Pfänder im Sinne von <ref-law> zu behandeln; sie fielen demzufolge nicht in die Konkursmasse, sondern könnten trotz Konkurs auf dem Weg der Spezialexekution weiterverwertet werden, was im vorliegenden Fall auch geschah. Mit anderen Worten: <ref-law> müsse - über seinen Wortlaut hinaus - auch für gepfändetes Dritteigentum gelten, und nicht nur für von Dritten bestellte Pfänder.
3.2 Demgegenüber macht der Beschwerdeführer geltend, nach erfolgter Konkurseröffnung über den Nachlass von B._ habe das Betreibungsamt die Grundstücke nicht unter Berufung auf <ref-law> verwerten dürfen, da es sich bei diesen nicht um Pfänder handle, die von Dritten bestellt worden sind, sondern um "gepfändetes Dritteigentum". Daher seien die Pfändungsverlustscheine nichtig oder aber zumindest gesetzeswidrig.
3.3 Gemäss <ref-law> werden mit der Konkurseröffnung alle gegen den Schuldner hängigen Betreibungen aufgehoben und können neue Betreibungen für Forderungen, die vor der Konkurseröffnung entstanden sind, während des Konkursverfahrens nicht eingeleitet werden. Ausgenommen sind - gemäss dem zweiten Satz dieser Bestimmung - Betreibungen auf Verwertung von Pfändern, die von Dritten bestellt worden sind. Dieser zweite Satz, welcher mit der Revision vom 16. Dezember 1994 in das Gesetz aufgenommen wurde (vgl. BBl 1991 III 121 f.), übernimmt denn auch nichts anderes, als die Rechtsprechung schon unter dem alten Recht festgehalten hatte (<ref-ruling> E. 1b S. 217). Die Begründung für diese Ausnahme liegt darin, dass das im Eigentum des Dritten stehende und von diesem gestellte Pfand nicht in die Konkursmasse fällt, weshalb mit dessen Verwertung das Konkurssubstrat nicht verringert wird (PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N. 23 zu <ref-law>; HEINER WOHLFART/CAROLINE B. MEYER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 19 zu <ref-law>). Das ist hier gerade nicht der Fall: Die fraglichen Grundstücke sind erstens nicht als Pfand bestellt und zweitens durch die erfolgreiche Widerspruchsklage zum Vermögen des Schuldners geschlagen worden. Im Übrigen beschlägt die Regelung von <ref-law> geradezu die Essenz des schweizerischen Konkurswesens. Abgesehen von der soeben erwähnten Ausnahme lässt das Prinzip der Generalexekution keine gleichzeitigen Spezialexekutionen gegen den Gemeinschuldner zu. Alle Betreibungshandlungen, die nach Konkurseröffnung vorgenommen wurden, sind nichtig (grundlegend zum Ganzen: <ref-ruling>; JAEGER/WALDER/KULL/ KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. 1997/1999, N. 9 zu <ref-law>). Daraus folgt, dass Pfändungsverlustscheine, die in vor der Konkurseröffnung eingeleiteten Betreibungsverfahren nach der Konkurseröffnung ausgestellt werden, ohne Weiteres nichtig sind.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen, und es ist die Nichtigkeit der streitgegenständlichen Pfändungsverlustscheine festzustellen (<ref-law>).
Auf die Auferlegung von Gerichtskosten wird verzichtet (<ref-law>). Die Beschwerdegegner werden unter solidarischer Haftbarkeit verpflichtet, den Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Obwalden vom 16. November 2011 aufgehoben und die Nichtigkeit der Pfändungsverlustscheine Nrn. 20110031 - 20110044 des Betreibungsamts Obwalden (in den Betreibungen Nrn. 20041077 sowie Nrn. 2004743 - 20040755 des Betreibungsamts Obwalden) festgestellt.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Beschwerdegegner werden unter soldarischer Haftbarkeit verpflichtet, den Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt Obwalden und der Obergericht des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. April 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Schwander