Sachverhalt:
A. Mit Stiftungsurkunde vom 22. März 1946 stiftete die Firma X._ (im Folgenden: Stifterfirma) die Wohlfahrtsstiftung G._ (im Folgenden: Stiftung). Mit Öffentlicher Urkunde vom 27. Februar 1985 wurde die Stiftungsurkunde geändert. Am 22. August 2002 beschloss der Stiftungsrat der Stiftung eine Totalrevision der Statuten und unterbreitete diese am 23. August 2002 dem kantonalen Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht. Dieses verfügte am 17. Oktober 2002, die Statuten vom 27. Februar 1985 würden durch die revidierten Statuten ersetzt.
In der Jahresrechnung per Ende 2002 wurde ein Stiftungskapital von Fr. 9'743'875.40 ausgewiesen, in derjenigen per Ende 2003 ein solches von Fr. 10'056'158.85. In der Rechnung per Ende 2004 war eine "Arbeitgeberbeitragsreserve" von Fr. 10'272'471.95 bilanziert; ein Posten "Stiftungskapital" figuriert nicht in der Bilanz. In den Bilanzen per Ende 2005 und 2006 wurden Arbeitgeberbeitragsreserven in ähnlicher Höhe und "Freie Mittel" bzw. "Stiftungskapital" von Fr. 0.- bilanziert.
B. Mit Verfügung vom 10. Januar 2008 (Ziff. 1) genehmigte das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht die Jahresrechnungen der Stiftung für die Geschäftsjahre 2002 bis 2006 mit folgenden Auflagen:
"a) Das per 1. Januar 2004 auf die Arbeitgeberbeitragsreserve übertragene freie Stiftungskapital und die der Arbeitgeberbeitragsreserve zugewiesenen Ertragsüberschüsse bzw. Zinsen der Rechnungsjahre 2004, 2005 und 2006 sind per 1. Januar 2007 in das freie Stiftungskapital zurückzuführen. Der Gesamtbetrag gemäss Bilanz per 31. Dezember 2006 beläuft sich auf CHF 10'991'552.55.
b) Die ungesicherten Anlagen beim Arbeitgeber (per 31. Dezember 2006 war das gesamte Vermögen von CHF 11'001'052.55 ungesichert beim Arbeitgeber angelegt) sind auf eine Quote von höchstens 20 % des Vermögens abzubauen.
c) Der Abbau gemäss Buchstabe b hiervor hat innert fünf Jahren mit einem jährlichen Anteil von mindestens einem Fünftel (16 % des Vermögens) zu erfolgen."
C. Die Stiftung erhob dagegen am 29. Januar 2008 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht mit dem Antrag, es sei die Verfügung vom 10. Januar 2008 aufzuheben und die Sache zur Genehmigung ohne Auflagen an das Amt zurückzuweisen. Mit Replik vom 18. August 2008 stellte die Stiftung zudem das Begehren, es sei festzustellen, dass die Verfügung der Vorinstanz vom 17. Oktober 2002 nichtig sei. Das Bundesverwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 25. August 2010 ab.
D. Die Stiftung erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil vom 25. August 2010 sei aufzuheben; es sei festzustellen, dass die Verfügung vom 17. Oktober 2002 nichtig sei und es sei Ziff. 1.a der Verfügung vom 10. Januar 2008 ersatzlos aufzuheben, allenfalls als unzulässig zu erklären.
Bundesverwaltungsgericht, Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht sowie Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Strittig ist nach dem vor Bundesgericht gestellten Rechtsbegehren nur noch die Auflage, das auf 1. Januar 2004 auf die Arbeitgeberbeitragsreserve übertragene freie Stiftungskapital samt Ertragsüberschüssen der Jahre 2004-2006 in das freie Stiftungskapital zurückzuführen (Ziff. 1.a der Verfügung vom 10. Januar 2008). Die übrigen Auflagen (Ziff. 1.b und c der Verfügung) sind nicht mehr angefochten.
1.2 In Bezug auf das Begehren, es sei die Nichtigkeit der Verfügung vom 17. Oktober 2002 festzustellen, ist zu bemerken, dass nach ständiger Rechtsprechung Feststellungsbegehren nur zulässig sind, wenn ein schutzwürdiges Interesse an einer Feststellung besteht und ein Leistungsentscheid nicht möglich ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 21). Diese Voraussetzung ist hier angesichts des Ausgangs des Verfahrens in Bezug auf die einzig angefochtene Ziff. 1.a (hinten E. 5 und 6) nicht gegeben. Ein weitergehendes Feststellungsinteresse wird von der Beschwerdeführerin nicht dargetan. Auf das Feststellungsbegehren ist daher nicht einzutreten.
2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es kann einen angefochtenen Entscheid aus anderen als den darin genannten Gründen schützen oder eine Beschwerde aus anderen als den darin genannten Gründen gutheissen.
3. 3.1 Beschwerdegegner und Vorinstanz stützen die umstrittene Auflage auf <ref-law>. In der Fassung des FZG vom 17. Dezember 1993, in Kraft ab 1. Januar 1995 (AS 1994 2386, 2395), lautete diese Bestimmung wie folgt:
"Hat der Arbeitnehmer Beiträge an eine Personalvorsorgeeinrichtung zu leisten, so ist der Arbeitgeber verpflichtet, zur gleichen Zeit mindestens gleich hohe Beiträge wie die gesamten Beiträge aller Arbeitnehmer zu entrichten; er erbringt seine Beiträge aus eigenen Mitteln oder aus Beitragsreserven der Vorsorgeeinrichtung, die von ihm vorgängig hierfür geäufnet worden und gesondert ausgewiesen sind."
Mit der 1. BVG-Revision vom 3. Oktober 2003 (Inkrafttreten auf 1. Januar 2005) ist die Bestimmung geändert worden (AS 2004 1677, 1702) und lautet nun:
"Hat der Arbeitnehmer Beiträge an eine Vorsorgeeinrichtung zu leisten, so ist der Arbeitgeber verpflichtet, zur gleichen Zeit mindestens gleich hohe Beiträge wie die gesamten Beiträge aller Arbeitnehmer zu entrichten; er erbringt seine Beiträge aus eigenen Mitteln oder aus Beitragsreserven der Vorsorgeeinrichtung, die von ihm vorgängig hierfür geäufnet worden und gesondert ausgewiesen sind. Der Arbeitgeber muss den vom Lohn des Arbeitnehmers abgezogenen Beitragsanteil zusammen mit seinem Beitragsanteil spätestens am Ende des ersten Monats nach dem Kalender- oder Versicherungsjahr, für das die Beiträge geschuldet sind, an die Vorsorgeeinrichtung überweisen."
3.2 <ref-law> gilt im gesamten Bereich der beruflichen Vorsorge, also sowohl im obligatorischen als auch im überobligatorischen Bereich für registrierte und nicht registrierte Vorsorgeeinrichtungen (<ref-ruling> E. 3 S. 521). Es handelt sich um eine relativ zwingende Norm, von der durch Abrede, Normalarbeitsvertrag oder Gesamtarbeitsvertrag nicht zuungunsten des Arbeitnehmers abgewichen werden darf (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4 S. 309).
3.3 <ref-law> gilt nach seinem Einleitungssatz nur, wenn der Arbeitnehmer Beiträge an eine Vorsorgeeinrichtung zu leisten hat (franz.: "Lorsqu'il incombe au travailleur de verser des cotisations"; ital.: "Se il lavoratore deve pagare contributi"). Er findet somit keine Anwendung, wenn die Arbeitnehmer nicht verpflichtet sind, Beiträge zu leisten.
3.4 Es gibt keine Hinweise darauf, dass dieser klare Wortlaut nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergeben würde:
3.4.1 In der Fassung vom 25. Juni 1971 (Revision des Arbeitsvertragsrechts, AS 1971 1476) lautete die Bestimmung wie folgt: "Hat der Arbeitnehmer Beiträge an eine Personalfürsorgestiftung zu leisten, so ist der Arbeitgeber verpflichtet, zur gleichen Zeit mindestens die gleichen Beiträge zu entrichten." Damit wurde die mindestens paritätische Beitragspflicht der Arbeitgeber festgelegt. Die berufliche Vorsorge blieb aber im Übrigen freiwillig (<ref-ruling> E. 3.1 S. 600); war der Arbeitnehmer nicht zu Beiträgen verpflichtet, so war es auch der Arbeitgeber nicht. Leistete er trotzdem Beiträge an die Personalfürsorge, so erfolgte dies freiwillig. <ref-law> war dafür nicht einschlägig.
3.4.2 In der Folge legte das Bundesgericht in <ref-ruling> <ref-law> so aus, dass die paritätischen Arbeitgeberbeiträge auch aus freien Stiftungsmitteln erbracht werden dürfen. In der Lehre wurde diese Rechtsprechung kritisiert. Es wurde vorgebracht, die freien Mittel (mit Einschluss der Mutationsgewinne) müssten nach Massgabe des Prämienverhältnisses beiden Partnern zukommen; nichts einzuwenden sei hingegen, wenn das vom Arbeitgeber stammende Stiftungsvermögen (samt Zins) zur Leistung des Arbeitgeberanteils verwendet werde (ANDREAS BEERLI, Die Personalvorsorgestiftung, Diss. Basel 1983, S. 133 f.; JÜRG BRÜHWILER, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, Bern 1989, S. 122 f.; CHRISTOPH MEIER, Die staatliche Beaufsichtigung der Personalvorsorgestiftungen im geltenden und werdenden Recht, Diss. Basel 1978, S. 117 f.; HANS MICHAEL RIEMER, Aktuelle Fragen der Personalfürsorgestiftungen, SJZ 1977 S. 69 ff., 73 f.; HERMANN WALSER, Rechtsprobleme im Zusammenhang mit den Bestimmungen des Arbeitsvertragsrechtes über die Personalvorsorge, SZS 1978 S. 85 ff., 89; vgl. SILVAN LOSER, Die Behandlung von Arbeitgeberbeitragsreserven in der Unternehmensbewertung, Diss. St. Gallen 2003, S. 87; vgl. auch JÜRG BRÜHWILER, Handkommentar zum Einzelarbeitsvertrag, 1. Aufl. Bern 1978, S. 154).
3.4.3 Mit dem Erlass des BVG wurde diese Kritik aufgenommen und <ref-law> in dem Sinne ergänzt, dass dem Arbeitgeber ausdrücklich vorgeschrieben wurde, er habe seine Beiträge aus eigenen Mitteln oder aus Beitragsreserven der Einrichtung, die von ihm vorgängig hierfür geäufnet worden und gesondert ausgewiesen sind, zu erbringen (BRÜHWILER, a.a.O. [1989], S. 308, Rz. 24). Diese Bestimmung geht auf einen Antrag der Nationalratskommission zurück: Die Kommission kritisierte den erwähnten <ref-ruling> und wollte mit der Ergänzung die Rechtslage verdeutlichen, die nach ihrer Auffassung bereits mit der Gesetzesrevision von 1971 beabsichtigt gewesen sei (vgl. Protokolle der Kommission des Nationalrates, Sitzung vom 8./9. November 1976, S. 36-48; Sitzung vom 27./28. Januar 1977, S. 88-91). Im Plenum des Nationalrats wurde der Antrag der Kommission diskussionslos angenommen (Amtl. Bull. N 1977 1358 f.). Im Ständerat und anschliessend in der Differenzbereinigung wurde <ref-law> nur noch hinsichtlich der Frage diskutiert, ob die Beitragsparität kollektiv oder individuell sein müsse (Amtl. Bull. S 1980 324; N 1981 1120 ff.). Aus dieser Entstehungsgeschichte ergibt sich, dass es nicht um eine grundlegende Änderung, sondern um eine Verdeutlichung des bisherigen Rechtszustands ging: Die unter früherem Recht zulässige Entrichtung der Arbeitgeberbeiträge aus freien Stiftungsmitteln sollte unterbunden werden (<ref-ruling> E. 3c S. 30 und E. 4 S. 33 f.; Brühwiler, a.a.O. [1989], S. 308 f., Rz. 23 ff.).
3.4.4 Der Eingangspassus von <ref-law> wurde jedoch nicht geändert. Das entspricht dem Sinn und Zweck der Bestimmung, welcher darin liegt, in Abänderung der früheren Bundesgerichtspraxis zu verhindern, dass von den Arbeitnehmern mitalimentiertes freies Stiftungsvermögen einzig dem Arbeitgeber zugute kommt; weil die freien Mittel von Arbeitgeber und Arbeitnehmer gemeinsam erwirtschaftet werden, müssen grundsätzlich beide nach Massgabe ihrer Beitragsverhältnisse an den freien Mitteln partizipieren; mithin ist es ausgeschlossen, aus diesen Mitteln einseitig die Arbeitgeberbeiträge zu bezahlen (<ref-ruling> E. 3c S. 30 und E. 4 S. 33; Urteile 2A.605/2004 vom 26. April 2005 E. 2.3 in fine; 9C_743/2009 vom 25. März 2010 E. 3.5; BRUNNER/BÜHLER/WAEBER, Kommentar zum Arbeitsvertrag, 1990, N. 4 zu Art. 331). Diese ratio legis entfällt jedoch, wenn es gar keine Beiträge der Arbeitnehmer gibt, sondern das Stiftungsvermögen vollumfänglich vom Arbeitgeber finanziert wurde. Auch die revidierte Fassung von <ref-law> bezieht sich somit nach ihrem Sinn und Zweck wie die frühere (E. 3.4.1) nicht auf Mittel, die ausschliesslich vom Arbeitgeber aufgebracht wurden, ohne dass die Arbeitnehmer zu Beiträgen verpflichtet waren.
3.4.5 Dieses Ergebnis steht zudem systematisch im Einklang mit <ref-law>, wonach die für Berufsvorsorgeeinrichtungen typischen Grundsätze wie paritätische Verwaltung und einklagbarer Anspruch auf Leistungen nur dann gelten, wenn die Arbeitnehmer Beiträge an die Stiftung leisten (Abs. 3 und 5; vgl. Urteil 5C.58/2005 vom 23. November 2005).
3.5 Insgesamt sind keine Gründe ersichtlich, vom klaren Wortlaut von <ref-law> abzuweichen. Dementsprechend ist diese Bestimmung nicht anwendbar auf rein patronal finanzierte Stiftungen (Urteil 2A.605/2004 vom 26. April 2005 E. 2.3).
3.6 Da die neue Fassung von <ref-law> erst ab 1. Januar 1985 galt, durfte bis zu diesem Datum das nach altem Recht und früherer Praxis entstandene freie Stiftungsvermögen noch in Arbeitgeberbeitragsreserven umgewandelt werden, sei es durch Abspaltung aus dem vorbestandenen freien Stiftungskapital in eine separate Bilanzposition (so genannte "Arbeitgeberbeitragsreserve" u.Ä.), sei es durch Aussonderung aus dem vorbestandenen freien Stiftungskapital unter gleichzeitiger Überführung in einen rechtlich verselbstständigten patronalen Wohlfahrtsfonds (Urteil 2A.605/2004 vom 26. April 2005 E. 2.2; Brühwiler, a.a.O. [1989], S. 309 f.; Jürg Brühwiler, Handkommentar zum Einzelarbeitsvertrag, 2. Aufl. 1996, N. 8 zu <ref-law>; Silvan Loser, Rechtssituation in Bezug auf die Zulässigkeit der Verwendung von freien Stiftungsmitteln zur Entlastung des Arbeitgebers von seiner Beitragspflicht, SZS 2003 S. 403 ff., 405). Auch nach 1985 können die vorher als Beitragsreserve gebuchten oder auf eine separate Stiftung übertragenen Mittel ihre Funktion als Beitragsreserve erfüllen (Urteil 5A.22/1999 vom 21. Dezember 1999 E. 3b; Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6. Aufl. 2006, S. 487). Eine besondere Bilanzierung als Arbeitgeberbeitragsreserve erübrigt sich sodann, wenn es sich um eine reine Finanzierungsstiftung handelt, die schon nach ihrem Zweck einzig die Alimentierung von Vorsorgeeinrichtungen bezweckt (Carl Helbling, Personalvorsorge und BVG, 8. Aufl. 2006, S. 194; Loser, a.a.O. [SZS], S. 407 Fn. 10 mit weiteren Hinweisen; Loser, a.a.O. [Diss.], S. 102 f.). Ebenso darf auch nach 1985 das Vermögen einer Stiftung, deren Zweck nicht die Personalvorsorge nach <ref-law> war und die rein patronal finanziert war, als Arbeitgeberbeitragsreserve in eine Vorsorgeeinrichtung gemäss BVG bzw. <ref-law> eingebracht werden, sofern der Stiftungszweck dies zulässt (vgl. Urteil 2A.9/1991 vom 26. März 1993 E. 2a); denn auch damit wird kein Vermögen, das von Arbeitnehmern mitfinanziert wurde, zweckentfremdet (soweit die Urteile 2A.9/1991 vom 26. März 1993 E. 2b sowie 5A.22/1999 vom 21. Dezember 1999 E. 3b etwas anderes zu sagen scheinen, ist daran nicht festzuhalten, weil dabei die nach Wortlaut und Sinn von <ref-law> vorgeschriebene Unterscheidung unterlassen wird, je nachdem, ob die Arbeitnehmer Beiträge zu leisten hatten oder nicht).
4. 4.1 Die Vorinstanz ist der Auffassung, <ref-law> gelte nur dann nicht, wenn es sich um eine reine Finanzierungsstiftung handle. Die Beschwerdeführerin sei nach ihrem seit 2002 geltenden Stiftungszweck keine Finanzierungsstiftung. Dies sei sie bereits nach der Stiftungsurkunde von 1985 nicht gewesen: Sie habe Wohlfahrtseinrichtungen und einen Transportbetrieb für die Arbeitnehmer der Stifterfirma bezweckt; die Arbeitnehmer seien direkt Destinatäre der Stiftung gewesen und mindestens ein Mitglied des Stiftungsrates habe aus dem Kreis der Arbeitnehmer entstammen müssen. Die Beschwerdeführerin sei deshalb bereits vor 2002 nicht von der gesetzlichen Pflicht ausgenommen gewesen, Arbeitgeberbeitragsreserven gesondert auszuweisen.
4.2 Wie sich aus dem Vorangehenden (E. 3) ergibt, geht die Vorinstanz mit diesen Erwägungen von einer unzutreffenden Rechtsauffassung aus: Massgebend für die Anwendbarkeit von <ref-law> ist nicht, ob es sich um eine reine Finanzierungsstiftung handelt oder ob die Arbeitnehmer Destinatäre der Stiftung sind, sondern ob die Arbeitnehmer Beiträge zu leisten haben. Zu Unrecht beruft sich die Vorinstanz auf das Urteil 2A.605/2004 vom 26. April 2005: Ausschlaggebend war dort, dass die in Frage stehende Stiftung zwar aktuell rein patronal finanziert wurde, aber aus der Fusion zweier Stiftungen herausgegangen war, die auch von den Arbeitnehmern mitfinanziert waren (E. 2.3 in fine).
5. 5.1 Zu der rechtserheblichen und entscheidenden Frage, ob die Arbeitnehmer Beiträge zu leisten hatten, hat sich die Vorinstanz nicht geäussert. Der Sachverhalt ist insoweit unvollständig festgestellt. Das Bundesgericht kann ihn jedoch aufgrund der Akten vervollständigen (<ref-law>).
5.2 Die Beschwerdeführerin hat aktenkundig verschiedentlich darauf hingewiesen, dass ihr ganzes Vermögen patronal finanziert worden sei. Das wurde vom Beschwerdegegner nie bestritten und wird auch durch die Aktenlage bestätigt:
5.3 Gemäss der Stiftungsurkunde vom 27. Februar 1985 bezweckte die Beschwerdeführerin die Schaffung, den Erwerb, die Beteiligung wie auch die Unterstützung und den Betrieb von und an Fürsorge- und Wohlfahrtseinrichtungen aller Art für das jeweilige und nötigenfalls auch für das ehemalige Personal und dessen Angehörige der Firma X._. Die Stiftung konnte daneben auch einen Personentransportbetrieb für die Arbeitnehmer der Stifterfirma vom und zum Arbeitsplatz unterhalten (Art. 4). Als Stiftungsvermögen stiftete die Stifterin der Stiftung ein Wohlfahrtshaus und eine Summe von 2,5 Millionen Franken. Das Stiftungsvermögen konnte durch alle gesetzlichen Erwerbsarten (Erbschaft, Schenkung, sonstige Rechtsgeschäfte usw.) vermehrt werden (Art. 3). Von Arbeitnehmerbeiträgen oder von einer nach den Grundsätzen von <ref-law>, <ref-law> oder des BVG betriebenen beruflichen Vorsorge ist nicht die Rede. Demgemäss gab es keine klagbaren Ansprüche von Arbeitnehmern bzw. Versicherten gegen die Stiftung. Dass diese einen Personentransportbetrieb für die Arbeitnehmer unterhielt, ist entgegen der Auffassung der Vorinstanz im Lichte der hier massgebenden Rechtslage unerheblich; selbst wenn die Arbeitnehmer Destinatäre der Stiftung gewesen sein mögen, so hatten sie keine Beiträge im Sinne von <ref-law> zu bezahlen. Dies ergibt sich auch aus den in den Akten liegenden Jahresabschlüssen der Jahre 1988 (mit Vergleichspositionen 1987), 1992 (mit Vergleichspositionen 1991) und 2002 (mit Vergleichspositionen 2001): Danach bestanden die Erträge aus Liegenschafts- und Kapitalerträgen, 1991 noch aus Liegenschaftserlös und "Vermögenseinlage Hilfskasse A._", nicht aber aus Arbeitnehmerbeiträgen. In der Rechnung 1988 ist ein Aufwand für "Wohlfahrtshaus B._" und "Personaltransporte" ausgewiesen, in der Rechnung von 1991 und 1992 sind nur noch Kapitalzinsen, Kursverlust, Verwaltungsaufwand, Liegenschaftsgewinnsteuern und Liegenschaftsaufwand aufgeführt. Die Passiven bestehen grösstenteils aus "Stiftungsvermögen" bzw. "Stiftungskapital". Im Jahre 2001 bestand der Ertrag ausschliesslich aus Wertschriften- und Zinsertrag, der Aufwand aus einem geringen Verwaltungsaufwand. Die Passiven bestanden nebst geringen Rechnungsabgrenzungsposten (Fr. 8'300.-) aus einem Stiftungskapital von Fr. 9'391'287.20.
5.4 Die Beschwerdeführerin war somit bis zur Änderung des Stiftungszwecks im Jahre 2002 keine Personalvorsorgeeinrichtung im Sinne der <ref-law>, welche die Destinatäre planmässig, durch normierte Leistungen gegen die wirtschaftlichen Folgen eines versicherbaren Risikos schützt, sondern ein patronaler Wohlfahrtsfonds (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 216 f.; Urteil B 29/97 vom 26. Februar 1999 E. 2a). Ihr als Stiftungskapital bilanziertes Vermögen war nicht durch Beiträge der Arbeitnehmer finanziert und unterstand nicht der Vorschrift von <ref-law>.
5.5 Nach der Änderung des Stiftungszwecks im Jahre 2002 bezweckt die Beschwerdeführerin nunmehr die berufliche Vorsorge für die Arbeitnehmer der Stifter- bzw. Arbeitgeberfirma sowie angeschlossene Unternehmen durch Gewährung von Unterstützungen und Leistungen an Arbeitnehmer und Angehörige im Falle von Alter, Invalidität, Notlagen oder Tod. Aufgrund dieses neuen Zwecks ist die Beschwerdeführerin als Personalvorsorgeeinrichtung im Sinne von <ref-law> zu betrachten (Urteil 9C_193/2008 vom 11. Dezember 2009 E. 3). Nach der Zweckänderung wurde das bisherige Stiftungskapital in den Jahresrechnungen 2002 und 2003 zunächst weiterhin als "Stiftungskapital" bilanziert. Da das Kapital der bisher rein patronalen Wohlfahrtsstiftung nicht <ref-law> unterstanden hatte (E. 5.4), hätte es im Zeitpunkt der Zweckänderung aber auch ohne weiteres als Arbeitgeberbeitragsreserve bilanziert werden dürfen (vorne E. 3.6).
5.6 Auch nach der statutarischen Zweckänderung im Jahre 2002 hat die Beschwerdeführerin aktenkundig diesen neuen Vorsorgezweck jedenfalls im hier zu beurteilenden Zeitraum nie ausgeübt. Ihre einzigen Einnahmen waren der Vermögensertrag, die einzigen Ausgaben der Verwaltungsaufwand. Die Beschwerdeführerin war effektiv nie als Vorsorgeeinrichtung tätig. Die Änderung des Stiftungszwecks schlug sich in der Finanzierung nicht nieder. Insbesondere wurden nach den in den Akten liegenden Jahresabschlüssen nach wie vor keine Arbeitnehmerbeiträge erhoben. Demzufolge war das gesamte im Jahre 2004 vorhandene Vermögen weiterhin zu 0 % durch Arbeitnehmerbeiträge finanziert. <ref-law> kann deshalb nach wie vor keine Anwendung finden. Unter diesen Umständen kann der blosse Umstand, dass das Vermögen vorerst in den Jahresabschlüssen 2002 und 2003 noch als "Stiftungskapital" bilanziert wurde, nicht zur Folge haben, dass die Umbuchung als Arbeitgeberbeitragsreserve (die im Zeitpunkt der Zweckänderung ohne weiteres zulässig gewesen wäre, E. 5.5) in der Jahresrechnung 2004 nicht mehr zulässig gewesen wäre. Auch der allgemein geltende Grundsatz, wonach die freien Mittel entsprechend dem Beitragsverhältnis zwischen Arbeitnehmer und Arbeitgeber aufzuteilen sind (<ref-ruling> E. 4 S. 33), schliesst eine Verwendung allein zugunsten von Arbeitgeberbeiträgen nicht aus, wenn das Vermögen zu 100 % durch den Arbeitgeber finanziert wurde (vgl. Urteil 9C_743/2009 vom 25. März 2010 E. 3.6).
6. Scheidet <ref-law> als Grundlage für die streitige Verfügung aus, so bleibt zu prüfen, ob dafür andere Rechtsgrundlagen herangezogen werden können:
6.1 Die Stiftung ist eine von der Stifterfirma getrennte Rechtsperson. Auch ihr Vermögen ist vom Vermögen der Stifterfirma getrennt und hat einzig dem Stiftungszweck zu dienen (<ref-law>). Die Stifterfirma kann insbesondere nicht das gestiftete Vermögen oder andere Vermögensteile aus der Stiftung entnehmen oder in anderer Weise seinem Zweck entfremden. Darüber haben die Aufsichtsbehörden zu wachen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 269 f., 112 II 471 E. 2; Urteil 5A_274/2008 vom 19. Januar 2009 E. 5.1).
6.2 Diese stiftungsrechtliche Selbstverständlichkeit schliesst aber nicht aus, ein auf rein patronale Zuwendungen zurückzuführendes Vermögen als Arbeitgeberbeitragsreserve zu bilanzieren. Die Arbeitgeberbeitragsreserve kann nur, aber immerhin herangezogen werden, um die Beiträge des Arbeitgebers an die Stiftung zu finanzieren. Dadurch wird das vorhandene Vermögen weder gemindert noch dem Stiftungszweck entfremdet (<ref-ruling> E. 5.1 S. 522 f.). Auch bei einer allfälligen Totalliquidation der Stiftung werden trotz rein patronaler Finanzierung die allgemeinen stiftungsrechtlichen Grundsätze anzuwenden sein (Urteile 9C_489/2009 vom 11. Dezember 2009 E. 2.1, 9C_101/2008 vom 26. Februar 2009 E. 4, 2A.189/2002 vom 10. Oktober 2002 E. 3); namentlich werden auch die Arbeitgeberbeitragsreserven nicht dem Arbeitgeber zurückfliessen, sondern im Sinne des Stiftungszwecks zu verwenden sein (<ref-ruling> E. 5.3 und 6 S. 523 ff.; LOSER, a.a.O., [Diss.], S. 150 ff.; STAUFFER, Berufliche Vorsorge, S. 548 f.).
6.3 Entgegen der Annahme der Aufsichtsbehörde in der Verfügung vom 10. Januar 2008 trifft es auch nicht zu, dass die Beschwerdeführerin ihren statutarischen Zweck nicht mehr erfüllen könne, wenn sie nur noch über Arbeitgeberbeitragsreserven verfüge. Dass sie zur Zeit ihren statutarischen Zweck effektiv nicht ausübt, ist dadurch bedingt, dass sie weder aktive Versicherte noch Rentner hat; es hat nichts damit zu tun, ob das Vermögen als Arbeitgeberbeitragsreserve oder als freie Mittel bzw. Stiftungskapital bilanziert ist. Sollte die Beschwerdeführerin dereinst Versicherte haben, so werden diese und ihr Arbeitgeber Prämien zu bezahlen haben, wobei die Prämien des Arbeitgebers aus den vorhandenen Arbeitgeberbeitragsreserven bezahlt werden können. Inwiefern dadurch der Zweck der Stiftung verunmöglicht werden sollte, ist unerfindlich.
6.4 Auch auf allgemeine stiftungsrechtliche Grundsätze kann sich somit die angefochtene Verfügung nicht stützen. Die Beschwerde ist begründet.
7. Der unterliegende Beschwerdegegner trägt keine Kosten (<ref-law>). Die obsiegende Beschwerdeführerin hat als mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Organisation keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5b S. 133).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 25. August 2010 wird aufgehoben, soweit damit die Ziff. 1.a) der Verfügung des Amtes für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern vom 10. Januar 2008 bestätigt wurde; diese Ziffer wird aufgehoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Es wird keine Parteientschädigung ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Dezember 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz