Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümerin der in der Bauzone der Gemeinde Sils i.E. gelegenen und mit einem Wohnhaus überbauten Parzelle Nr. 2448. Am 18. Mai 2007 reichte sie bei der Gemeinde Sils i.E. ein Baugesuch u.a. für die Anlage einer Autoabstellfläche im zugehörigen Garten ein. Mit Entscheid vom 20. September 2007 erteilte der Gemeindevorstand Sils i.E. die Bewilligung für einen Kurzzeitparkplatz mit der Auflage, dass der befestigte Kiesplatz nicht für Dauerparkierungszwecke Verwendung finden und auf der Autoabstellfläche kein dauerhaftes und längeres Abstellen von Fahrzeugen erfolgen dürfe. Pro Parkvorgang wurde eine zeitliche Limite von zwei Stunden festgesetzt.
B. Gegen diesen Entscheid erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden und verlangte die Aufhebung der auferlegten Parkzeitbeschränkung. Mit Urteil vom 26. Februar 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. Es erwog, der für die geplante Autoabstellfläche vorgesehene Standort sei im Generellen Gestaltungsplan der Gemeinde Sils i.E. von 1993 (GGP) dem Bereich "wertvolle Gärten/Freiflächen" zugewiesen und dürfe daher nicht als Dauerparkfläche genutzt werden. Die zeitliche Beschränkung eines einzelnen Parkvorgangs auf jeweils maximal zwei Stunden sei verhältnismässig.
C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 26. Februar 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 15. August 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids dahingehend, dass die für den fraglichen Autoabstellplatz festgesetzte Parkzeitbeschränkung aufzuheben sei. Eventuell sei mindestens die zeitliche Limitierung des einzelnen Parkvorgangs auf jeweils maximal zwei Stunden aufzuheben. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Grundsätze rechtsstaalichen Handelns nach Art. 5 Abs. 1 bis 3 BV sowie nach Art. 5 KV/GR (SR 131.226), der Eigentumsgarantie (Art. 26 i.V.m. Art. 36 Abs. 1 bis 3 BV), des Willkürverbots und des Grundsatzes von Treu und Glauben (<ref-law>) sowie ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>).
D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden und die Gemeinde Sils i.E. beantragen in ihrer Vernehmlassung Abweisung der Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin erhielt Gelegenheit, sich zur Stellungnahme der Gemeinde zu äussern. Mit Eingabe vom 21. Oktober 2008 hielt sie an ihren bisherigen Ausführungen und Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht somit grundsätzlich zur Verfügung (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 251; 409 E. 1.1 S. 411). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Vorbehältlich genügend begründeter und zulässiger Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der strittigen Auflage einer Parkzeitbeschränkung fehle eine gesetzliche Grundlage, sie sei durch kein überwiegendes öffentliches Interesse gerechtfertigt und es mangle ihr die Verhältnismässigkeit. Gemäss Art. 26 i.V.m. <ref-law> verletze sie die Eigentumsgarantie.
2.1 Die strittige Parkzeitbeschränkung stützt sich auf den Generellen Gestaltungsplan (GGP) sowie auf Art. 14 Abs. 3 lit. c des Gemeindebaugesetzes der Gemeinde Sils i.E. vom 22./23. April, 4. Mai sowie 4. Juni 1999 (BG), mithin auf kommunales Recht ab. Sie stellt keinen schweren Eingriff ins Eigentum der Beschwerdeführerin dar: Weder wird ihr Grundeigentum zwangsweise entzogen noch wird der bisherige oder künftig mögliche bestimmungsgemässe Gebrauch der Parzelle Nr. 2448 verunmöglicht oder stark erschwert (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 540; <ref-ruling> E. 2a S. 365). In solchen Fällen prüft das Bundesgericht die Voraussetzung der gesetzlichen Grundlage (Art. 26 i.V.m. <ref-law>) lediglich auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 3a S. 218, 219 E. 2c S. 221 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 540 f. mit Hinweisen). Das Vorliegen eines öffentlichen Interesses für die zur Diskussion stehende Eigentumsbeschränkung und deren Verhältnismässigkeit (Art. 26 i.V.m. Art. 36 Abs. 2 und 3 BV) prüft das Bundesgericht hingegen frei (<ref-ruling> E. 3c S. 121; <ref-ruling> E. 3a S. 366). Es auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (<ref-ruling> E. 2c S. 222; <ref-ruling> E. 3a S. 366; <ref-ruling> E. 3c S. 437).
2.1 Die strittige Parkzeitbeschränkung stützt sich auf den Generellen Gestaltungsplan (GGP) sowie auf Art. 14 Abs. 3 lit. c des Gemeindebaugesetzes der Gemeinde Sils i.E. vom 22./23. April, 4. Mai sowie 4. Juni 1999 (BG), mithin auf kommunales Recht ab. Sie stellt keinen schweren Eingriff ins Eigentum der Beschwerdeführerin dar: Weder wird ihr Grundeigentum zwangsweise entzogen noch wird der bisherige oder künftig mögliche bestimmungsgemässe Gebrauch der Parzelle Nr. 2448 verunmöglicht oder stark erschwert (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 540; <ref-ruling> E. 2a S. 365). In solchen Fällen prüft das Bundesgericht die Voraussetzung der gesetzlichen Grundlage (Art. 26 i.V.m. <ref-law>) lediglich auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 3a S. 218, 219 E. 2c S. 221 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 540 f. mit Hinweisen). Das Vorliegen eines öffentlichen Interesses für die zur Diskussion stehende Eigentumsbeschränkung und deren Verhältnismässigkeit (Art. 26 i.V.m. Art. 36 Abs. 2 und 3 BV) prüft das Bundesgericht hingegen frei (<ref-ruling> E. 3c S. 121; <ref-ruling> E. 3a S. 366). Es auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (<ref-ruling> E. 2c S. 222; <ref-ruling> E. 3a S. 366; <ref-ruling> E. 3c S. 437).
2.2 2.2.1 Das Verwaltungsgericht führt aus, die materiell-rechtliche Grundlage für die strittige Auflage der Parkzeitbeschränkung finde sich insbesondere in den Festlegungen des Generellen Gestaltungsplans (GGP) sowie in Art. 14 Abs. 3 lit. c des damaligen wie auch des heutigen Gemeindebaugesetzes (BG). Im Gestaltungsplan sei der für die geplante Autoabstellfläche vorgesehene Teil der Parzelle Nr. 2448 dem Bereich "wertvolle Gärten/Freiflächen" zuwiesen. Für diesen Bereich bestehe ein generelles Hochbauverbot. In engem Rahmen seien Kleinbauten zulässig, soweit sie für die Gärten charakteristisch seien. Gestützt auf die genannten Grundlagen zieht die Vorinstanz den Schluss, es sei statthaft, im Bereich "wertvolle Gärten/Freiflächen" die Anlage einer Dauerparkfläche zu untersagen.
Art. 14 Abs. 3 lit. c BG lautet wie folgt:
"Im Bereich geschützter und erhaltenswerter Bauten werden Neubauten und Änderungen an der Gestaltung der Umgebung nur gestattet, wenn der Charakter des Ortsteiles erhalten und der Bestand sinnvoll ergänzt wird. Dazugehörende Gärten und Plätze sind nach Möglichkeit zu erhalten."
2.2.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass sich der für die geplante Autoabstellfläche vorgesehene Standort im Bereich "wertvolle Gärten/Freiflächen" befindet. Sie führt jedoch aus, in diesem Bereich seien nicht nur Pflanzgärten und ähnliche Grünflächen zugelassen. Geschützt würden auch Freiflächen und darunter seien auch Abstell- und Verkehrsflächen zu verstehen. Die Gemeinde möge zwar die Befugnis haben, für die Gestaltung der Aussenbereiche Regeln zu erlassen. Für eine Beschränkung der Nutzung dieser Bereiche fehle ihr dagegen eine gesetzliche Grundlage.
2.2.3 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts sind bei der Beurteilung baulicher Massnahmen hinsichtlich deren Übereinstimmung mit der raumplanerischen Nutzungsordnung und der übrigen einschlägigen Gesetzgebung auch die räumlichen Folgen zu berücksichtigen, die mit der Realisierung der Baute oder Anlage im Allgemeinen, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge verbunden sind (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 259 f.; <ref-ruling> E. 3c S. 383 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 226). Vorliegend bedeutet dies, dass bei der Beurteilung der fraglichen Autoabstellfläche neben rein baulichen Aspekten auch die Folgen ihres bestimmungsgemässen Gebrauchs zu beachten sind. Wenn die Vorinstanz dabei im Ergebnis zum Schluss gelangt, durch die Nutzung der im Schutzbereich "wertvolle Gärten/Freifläche" gelegenen Parkfläche, d.h. durch hier abgestellte Motorfahrzeuge, könne das durch den Generellen Gestaltungsplan geschützte Silser Ortsbild gestört werden, so erscheint dies nicht als willkürlich. Abgestellte Motorfahrzeuge können ohne Willkür als nicht dem Charakter des betreffenden Ortsteils und daher als Art. 14 Abs. 3 lit. c BG nicht entsprechend qualifiziert werden. Es ist daher verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, wenn das Verwaltungsgericht Art. 14 Abs. 3 lit. c BG zusammen mit dem Generellen Gestaltungsplan (GGP) als hinreichende gesetzliche Grundlage für die Anordnung der strittigen Parkzeitbeschränkung erachtet hat.
2.3 Die Gemeinde Sils i.E. verfolgt mit der strittigen Auflage das öffentliche Interesse des Ortsbildschutzes. Wie aus Art. 14 Abs. 3 BG ersichtlich ist, geht sie dabei von einem weiten Begriff des Ortsbildschutzes aus, der neben Schutzobjekten wie Bauten und Gebäudeteilen auch Aussenräume wie Gärten und Plätze umfasst. Dass unmittelbar neben dem Grundstück der Beschwerdeführerin Fahrzeuge sowohl dauernd als auch zeitweilig parkiert würden, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, vermag das öffentliche Interesse am Schutz der fraglichen Garten-/Freifläche nicht in Frage zu stellen. Im detailliert ausgearbeiteten Gestaltungsplan wurden diese benachbarten Flächen nicht dem Bereich "wertvolle Gärten/Freiflächen" zugewiesen, ihre Bedeutung für den Ortsbildschutz mithin als geringer eingestuft als der betreffende Schutzbereich auf der Parzelle Nr. 2448. Zwischen den beiden benachbarten Grundstücken besteht in dieser Hinsicht somit ein erheblicher Unterschied. Die Vorinstanz konnte daher in antizipierter Beweiswürdigung davon absehen, die Akten für die auf dem Nachbargrundstück angeblich bewilligten Autoabstellflächen, wie von der Beschwerdeführerin verlangt, beizuziehen. Eine Gehörsverletzung liegt diesbezüglich nicht vor.
2.4 Die Festlegung einer Parkzeitbeschränkung stellt ein wirksames und damit geeignetes Mittel dar, um die durch das Abstellen von Motorfahrzeugen im Bereich "wertvolle Gärten/Freiflächen" verursachte Beeinträchtigung des Ortsbildes zu minimieren. Nach der Beurteilung des Verwaltungsgerichts nimmt in diesem empfindlichen Dorfkernbereich die Störwirkung des Parkierens mit dessen Dauer zu. Dass auf dem angrenzenden Grundstück sowohl dauernd als auch zeitweilig parkiert werde, stellt die Eignung der strittigen Parkzeitbeschränkung nicht in Frage. Wie bereits ausgeführt (E. 2.3) sind die betreffenden Flächen nicht dem Bereich "wertvolle Gärten/Freiflächen" zugewiesen worden und damit für den Ortsbildschutz von geringerer Bedeutung als der Schutzbereich auf Parzelle Nr. 2448. Für die Dauerparkierung wird die strittige Abstellfläche ferner nicht benötigt, denn die zur Parzelle Nr. 2448 gehörenden Pflichtparkplätze befinden sich in einer nahegelegenen Tiefgarage und die zentrale kommunale Parkierungsanlage ist zu Fuss in kurzer Zeit erreichbar. Die getroffene Regelung ist auch erforderlich, weil die Vollzugstauglichkeit nur bei Festlegung einer klaren zeitlichen Limitierung der zulässigen Parkdauer gewährleistet ist.
Mit der strittigen Parkzeitbeschränkung kann den von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Parkierungsbedürfnissen hinreichend Rechnung getragen werden. Sie führt selber aus, es handle sich bei der fraglichen Autoabstellfläche um eine Abstellmöglichkeit für einen temporären Halt und es sei kein dauerhaftes und längeres Abstellen von Fahrzeugen beabsichtigt. Gleichzeitig kann mit der Vorinstanz davon ausgegangen werden, dass die Anliegen des Ortsbildschutzes durch die strittige Regelung nicht in Frage gestellt werden. Allerdings gelangt die Vorinstanz auch zum Schluss, die Bewilligung eines Kurzzeitparkplatzes müsse am fraglichen Standort aufgrund der bau- und gestaltungsplanerischen Vorgaben als äusserst grosszügig bezeichnet werden und es wäre auch eine Bewilligungsverweigerung vertretbar gewesen.
Zusammenfassend erweist sich die strittige Parkzeitbeschränkung somit als verhältnismässig.
2.5 Die Kritik der Beschwerdeführerin am angefochtenen Entscheid, er setze sich nicht mit den Voraussetzungen der Anordnung von Nebenbestimmungen gemäss Art. 90 des Raumplanungsgesetzes vom 6. Dezember 2004 für den Kanton Graubünden (KGR; BR 801.100) auseinander (Beschwerdeschrift S. 14), ist nicht hinreichend begründet (vgl. <ref-law>). Darauf ist deshalb nicht einzutreten.
3. Inwiefern die Vorinstanz einen sich aus der Bundesverfassung ableitbaren Anspruch der Beschwerdeführerin auf Behandlung nach Treu und Glauben verletzt haben soll, legt diese nicht mit hinreichender Klarheit dar (vgl. <ref-law>). Auf die entsprechende Rüge ist daher nicht einzutreten.
4. Zur Begründung der Rügen der Verletzung der Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns (Art. 5 Abs. 1 bis 3 BV, Art. 5 KV/GR) und des Willkürverbots (<ref-law>) bringt die Beschwerdeführerin nichts vor, was sie nicht auch zur Begründung der Verletzung der Eigentumsgarantie geltend gemacht hat. Es erübrigt sich somit, auf diese Rügen näher einzugehen.
5. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Art. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Sils i.E./Segl und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler