Faits:
A. Par acte de vente (mobilière) passé en la forme authentique et contrat de cession sous seing privé (comportant, notamment, une clause de garantie pour les défauts), tous deux datés du 16 décembre 2004, A._ et C._ ont vendu à B._ Sàrl 80% des parts sociales de D._ Sàrl; le prix de vente, fixé à 671'200 fr., était payable comme suit: la moitié (335'600 fr.) au plus tard le 1er janvier 2005; le solde en cinq versements de 67'120 fr., dont les deux derniers devaient intervenir les 31 décembre 2008 et 31 décembre 2009.
B. Le 18 mars 2010, A._ a fait notifier à B._ Sàrl un commandement de payer la somme de 134'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 janvier 2010, au titre de "vente de parts social [sic] par acte authentique du 16 décembre 2004"; la poursuivie a fait opposition totale.
Par jugement du 2 août 2010, le Juge civil du Tribunal de première instance du canton du Jura a levé provisoirement l'opposition à hauteur de 134'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 5 février 2010. Statuant le 15 novembre 2010 sur l'appel formé par la poursuivie, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté la requête de mainlevée provisoire.
C. Par mémoire du 23 décembre 2010, la poursuivante exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral; sur le fond, elle conclut à la mainlevée provisoire de l'opposition à concurrence de 134'240 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 27 janvier 2010.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le présent recours a été interjeté dans le délai légal (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4) ayant refusé, en dernière instance cantonale et sur recours (<ref-law>), la mainlevée provisoire de l'opposition (<ref-law>); la valeur litigieuse est atteinte (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3); la poursuivante, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010).
1.2 La décision entreprise n'étant pas de nature provisionnelle au sens de l'<ref-law>, la cognition du Tribunal fédéral n'est pas restreinte à la violation des droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.5).
2. 2.1 Par reconnaissance de dette, au sens de l'<ref-law>, il faut entendre l'acte authentique ou sous seing privé, signé de la main du poursuivi, ou de son représentant (cf. <ref-ruling> consid. 3.3), d'où ressort sa volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée, ou aisément déterminable, et échue (<ref-ruling> consid. 4.2.2 et 627 consid. 2, avec la jurisprudence citée).
Conformément à l'<ref-law>, le poursuivi peut faire échec à la mainlevée provisoire en rendant immédiatement vraisemblable sa libération. Lorsque le juge statue sous l'angle de la simple vraisemblance, il doit, en se fondant sur des éléments objectifs, avoir l'impression que les faits allégués se sont produits, sans exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (<ref-ruling> consid. 4.1.2; D. Staehelin, in: Basler Kommentar, SchKG I, 2e éd., 2010, n° 87 ss ad <ref-law>, avec les références). Le poursuivi peut se prévaloir de tous les moyens de droit civil - exceptions ou objections - qui infirment la reconnaissance de dette, notamment la compensation (<ref-law>; D. Staehelin, ibid., n° 93/94 et les nombreuses citations).
Le point de savoir si "le bien-fondé juridique des moyens libératoires s'examine également sous l'angle de la simple vraisemblance" ou "doit faire l'objet d'un examen exhaustif" est controversé dans la doctrine et la jurisprudence (cf. arrêt 5P.321/2005 du 27 janvier 2006 consid. 3.2, avec les références). Il n'est pas nécessaire de le trancher dans le cas présent. D'une part, les motifs de l'autorité cantonale quant au principe et à la quotité de la créance compensante de la poursuivie ne sont pas critiqués à satisfaction de droit (cf. infra, consid. 3.2.2). D'autre part, le moyen pris de la nullité pour vice de forme de la clause de garantie n'a pas été invoqué par la poursuivie, mais bien par la poursuivante; dans un tel cas, le juge de mainlevée "ne saurait appliquer la loi d'une autre façon que le juge du fond" [...], "en particulier se borner à un examen superficiel des dispositions légales applicables" (PANCHAUD/CAPREZ, La mainlevée d'opposition, 1939, § 156 let. e), étant d'ailleurs rappelé que le poursuivant ne bénéficie pas de l'allègement du degré de la preuve dont profite le poursuivi selon l'<ref-law> (arrêt 5A_734/2009 du 2 février 2010 consid. 3.2, avec référence à MEYER, Die Rechtsöffnung auf Grund synallagmatischer Schuldverträge, 1979, p. 57)
2.2 De jurisprudence constante, la procédure de mainlevée - provisoire ou définitive - est un incident de la poursuite qui n'a pas pour objet de statuer sur la réalité de la prétention en poursuite, mais uniquement sur la force exécutoire du titre produit par le poursuivant; le jugement de mainlevée ne sortit que des effets de droit des poursuites et ne fonde pas l'exception de chose jugée (res iudicata) quant à l'existence de la créance (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références). La décision du juge de mainlevée ne prive donc pas les parties du droit de soumettre à nouveau la question litigieuse - en particulier la validité formelle de la clause de garantie (cf. infra, consid. 3.1.2) - au juge ordinaire (art. 79 et 83 al. 2 LP; cf. <ref-ruling> consid. 3.2).
3. L'autorité précédente a raisonné en deux étapes: elle s'est tout d'abord demandé si la "clause de garantie", sur laquelle la poursuivie fonde sa créance compensante, est nulle ou non à la forme (infra, consid. 3.1); ayant admis la validité (formelle) de cette clause, elle a ensuite examiné si la poursuivie avait ou non rendu vraisemblable son moyen déduit de la compensation (infra, consid. 3.2).
3.1 En l'espèce, l'autorité précédente a retenu - à la suite du premier juge - que la "clause de garantie et de responsabilité des venderesses" ne faisait pas partie des éléments objectivement essentiels du contrat de cession (avec référence à Tercier, Le droit des obligations, 4e éd., 2009, n° 691 ss). Quant à savoir s'il s'agissait d'un point subjectivement essentiel, les magistrats cantonaux ont considéré qu'il appartenait au juge du fond d'examiner, sur la base de l'ensemble des circonstances, si les parties étaient ou non convenues de ne se lier contractuellement qu'en observant une forme spéciale; au stade de la mainlevée, il suffit de constater que la réponse à cette question ne ressort pas des pièces produites, de sorte que "l'exception [recte: objection] de compensation doit être admise aux conditions légales".
Dans une critique qui confond fréquemment éléments objectivement et subjectivement essentiels, la recourante soutient en bref que la clause de garantie figurant dans le contrat stipulé sous seing privé est nulle, faute de revêtir la forme authentique; dès lors, cette clause ne pouvait fonder la prétention que l'intimée a opposée en compensation.
3.1.1 D'après l'<ref-law> - dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007 (cf. l'actuel <ref-law>, qui se contente de la forme écrite) -, la cession d'une part sociale d'une société à responsabilité limitée n'est valable que si elle est constatée par acte authentique; à défaut, le contrat est nul (cf. arrêt 4C.175/2003 du 28 octobre 2003 consid. 3.1, in: Pra 2004 n° 118). En l'espèce, il n'est pas contesté que l'acte authentique instrumenté le 16 décembre 2004 a pour objet une vente mobilière au sens des <ref-law>; comme pareille convention peut venir à chef sans aucune garantie du vendeur (<ref-law>), c'est avec raison que les juridictions cantonales ont considéré que la "clause de garantie" insérée dans le contrat de cession (sous seing privé) ne faisait pas partie des essentialia negotii (cf. Canner, Die Abtretung des Gesellschaftsanteiles bei der GmbH, 1929, p. 67; Widmer, Die Abtretung von Gesellschaftsanteilen der Gesellschaft mit beschränkter Haftung im schweizerischen Recht, 1961, p. 41).
3.1.2 Comme le souligne la recourante, l'art. 3.1 du contrat de cession prévoit qu'il "est expressément convenu entre les parties que les déclarations et garanties dans la clause 3.2 [...] constituent des dispositions essentielles du présent Contrat, sur la base desquelles l'acquéreuse décide de conclure le présent contrat". Toutefois, il ne suffit pas qu'une clause soit subjectivement essentielle pour être assujettie à la forme prescrite pour le contrat de vente, en l'occurrence la forme authentique (supra, consid. 3.1.1); encore faut-il qu'elle constitue, de par sa nature, un "élément du contrat de vente", à savoir qui affecte le rapport entre la prestation et la contre-prestation issues de la vente (<ref-ruling> consid. 3.2 et les citations; Chappuis/Kuonen, Contenu matériel de l'acte de vente immobilière, in: La vente immobilière, 2010, p. 28 ss). Dans un arrêt ancien - mais qui n'a pas été démenti (cf. arrêt 4C.51/1996 du 31 juillet 1996 consid. 2a) - , le Tribunal fédéral a jugé que tel n'était pas le cas d'une clause de garantie (ATF 73 II 218 consid. 1 [garantie orale au sujet de la solidité des plafonds]). Certes, cette solution a été critiquée (Chappuis/Kuonen, op. cit., p. 30/31; Tercier/Favre/Zen-Ruffinen, Les contrats spéciaux, 4e éd., 2009, n° 1076 et la doctrine citée); il ne se justifie cependant pas de la soumettre à un nouvel examen.
L'affirmation de l'autorité cantonale, selon laquelle la question de savoir si la clause de garantie est subjectivement essentielle "ne ressort pas des pièces produites", procède ainsi d'une lecture arbitraire du contrat de cession (cf. <ref-ruling> consid. 4.3). Ce vice n'influe toutefois pas sur l'issue du recours (art. 97 al. 1 in fine LTF), car la clause litigieuse n'est de toute façon pas assujettie à la forme authentique.
L'affirmation de l'autorité cantonale, selon laquelle la question de savoir si la clause de garantie est subjectivement essentielle "ne ressort pas des pièces produites", procède ainsi d'une lecture arbitraire du contrat de cession (cf. <ref-ruling> consid. 4.3). Ce vice n'influe toutefois pas sur l'issue du recours (art. 97 al. 1 in fine LTF), car la clause litigieuse n'est de toute façon pas assujettie à la forme authentique.
3.2 3.2.1 L'autorité cantonale a considéré que, lorsque les cocontractants se réfèrent à un "délai de garantie" sans autre précision, il convient de rechercher si l'on est en présence d'un délai d'avis (<ref-law>), d'un délai de prescription (<ref-law>), ou encore d'un "délai d'avis et de prescription", la réponse à cette question étant affaire d'interprétation de la volonté des parties. En l'espèce, l'article 4.1 du contrat de cession dispose que, "[e]n cas de diminution de l'actif ou d'accroissement de ses dettes ou en cas de tout autre dommage subi par l'acquéreuse résultant de la violation de l'une ou l'autre des garanties visées à l'article 3.2, les venderesses seront tenues de payer à l'acquéreuse, à titre d'indemnité, une somme égale à la totalité d'une telle diminution d'actif, d'un tel accroissement de dettes ou d'un tel dommage". Toute demande d'indemnisation fondée sur cette clause "devra être adressée par lettre recommandée aux venderesses au plus tard dans le délai de 5 ans à compter du présent Contrat, [...]. Cette notification devra indiquer les diminutions d'actifs ou accroissements de dettes sur lesquels l'acquéreuse se fonde et le montant de l'indemnité demandée par ce dernier (sic)" (art. 4.2). Au regard de ces clauses, les magistrats précédents ont estimé - contrairement au juge de première instance -, sous l'angle de la vraisemblance, que les plaideurs entendaient déroger non seulement au délai légal de prescription, mais également au délai d'avis des défauts. Par lettre du 30 novembre 2009, c'est-à-dire dans le délai de 5 ans dès la conclusion du contrat de cession, la poursuivie a réclamé, en les détaillant, une indemnité de 92'800 fr. du chef de la surévaluation des actifs et une indemnité de 199'612 fr. à titre de dommages-intérêts, en précisant que son courrier valait mise en demeure. Sur la base des pièces produites, force est d'admettre qu'elle est en droit d'invoquer, dans la procédure de mainlevée, la compensation à concurrence des montants en poursuite.
D'après la recourante, "c'est sans motivation véritable" que la juridiction précédente s'est écartée de l'opinion du premier juge, "en n'admettant pas que les incombances de l'acquéreuse dans l'acquisition des parts sociales de la [Sàrl] n'avaient pas été remplies".
3.2.2 En vertu de l'<ref-law>, les motifs du recours doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Le Message du Conseil fédéral souligne à cet égard que la loi "pose des exigences assez élevées dans la motivation des mémoires de recours" (FF 2001 p. 4031 ch. 2.2.4); la jurisprudence a rappelé à maintes reprises que la disposition précitée exige que la partie recourante "discute au moins de manière succincte les considérants de la décision attaquée" (<ref-ruling> consid. 2.1; pour la jurisprudence récente: arrêts 4A_229/2011 du 29 juin 2011 consid. 1.1; 5A_208/2011 du 24 juin 2011 consid. 1.3; 5A_171/2011 du 1er juillet 2011 consid. 1.2; 5A_570/2010 du 17 juin 2011 consid. 2). En l'espèce, le mémoire de recours ne comporte pas la moindre réfutation des motifs de la juridiction précédente, de sorte que le grief est irrecevable.
4. En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à présenter des observations.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 10 août 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Braconi