Sachverhalt:
A. A.a S._, geboren 1958, war bei der Firma X._ als Aussendienstmitarbeiterin beschäftigt und dadurch obligatorisch bei der Northern Assurance (nunmehr AXA Versicherungen AG; im weiteren: AXA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Daneben führte die Versicherte einen landwirtschaftlichen Betrieb. S._ fuhr am 30. Mai 1997 mit einer Geschwindigkeit von 80 bis 100 km/h auf einem ebenen, geraden Bereich der Autobahn ohne Fremdeinwirkung oder ersichtlichen Grund kontinuierlich nach rechts, überquerte den Pannenstreifen, fuhr eine Böschung abwärts und dem Wildschutzzaun entlang. Nach ca. 100 Metern überschlug sich der Personenwagen, wodurch S._ aus dem Fahrzeug geschleudert wurde (Rapport der Kantonspolizei vom 7. Juni 1997). Dr. med. A._, Assistenzarzt des Spitals Y._, Chirurgische Abteilung, diagnostizierte am 27. Juni 1997 eine obere Plexus-Parese nach Duchenne C5/C6, eine mediale Seitenbandläsion mit leichter Aufklappbarkeit Grad II des linken Knies und eine Commotio cerebri mit HWS-Distorsion, einem initialen, lageabhängigen Drehschwindel sowie persistierenden Doppelbildern nach Auto-Selbstunfall fraglicher epileptischer Genese. Die Unfallversicherung erbrachte Heilbehandlung und Taggeldleistungen. Gemäss behandelndem Arzt, Dr. med. B._, Chefarzt des Departements Chirurgie am Spital Y._, bestand ab 17. Dezember 1998 wieder eine volle Arbeitsfähigkeit in der versicherten Tätigkeit. Anlässlich einer vertrauensärztlichen Untersuchung stellte Dr. med. C._, FMH Physikalische Medizin und Rehabilitation, am 21. Juni 1999 fest, der Endzustand sei trotz voller Arbeitsfähigkeit noch nicht ganz erreicht. Auch ohne Therapie sei aber weiter mit einer spontanen Besserung zu rechnen.
A.b Am 22. Oktober 2004 meldete Dr. med. B._ einen Rückfall. Die Versicherte, die er seit Februar 1999 nicht mehr gesehen habe, berichte über vermehrte Schulterbeschwerden. Auch bezüglich des Schleudertraumas respektive des anschliessenden Zervikalsyndroms komme es intermittierend zu einschiessenden Schmerzen mit Schwindel. Die AXA liess S._ in der Folge einerseits durch Dr. med. D._, Spezialarzt FMH für orthopädische Chirurgie, und andererseits durch Dr. med. E._, Neurologie FMH, begutachten (Expertisen vom 11. Juli 2005 und vom 16. November 2005). Mit Verfügung vom 4. Januar 2006 sprach die Unfallversicherung S._ eine Integritätsentschädigung von 10% zu und übernahm die Heilbehandlung in Form von physiotherapeutischen Massnahmen im Zeitraum von Oktober 2004 bis Oktober 2006. Weitere Leistungen wurden verweigert. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie am 8. Dezember 2006 ab.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die gegen den Einspracheentscheid geführte Beschwerde, mit welcher unter anderem beantragt worden war, es sei der Versicherten ab 17. Dezember 1998 Taggelder auszurichten, eine Invalidenrente von mehr als 60% sowie eine 10% übersteigende Integritätsentschädigung zu gewähren und weitere Heilbehandlung zu erbringen, mit Entscheid vom 14. Mai 2008 ab.
C. S._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und lässt die vorinstanzlich gestellten Rechtsbegehren erneuern. In prozessualer Hinsicht ersucht sie um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die AXA Versicherungen AG beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Vorerst ist zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin ab 17. Dezember 1998 Anspruch auf Taggeldleistungen hatte. Von der Beschwerdeführerin wird geltend gemacht, sie sei seit dem Unfallereignis vom 30. Mai 1997 ununterbrochen in ihrer Gesundheit unfallkausal beeinträchtigt gewesen.
2.1 Über Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die erheblich sind oder mit denen die betroffene Person nicht einverstanden ist, hat der Versicherungsträger schriftlich Verfügungen zu erlassen (<ref-law>). Im gleichen Sinn bestimmte <ref-law> in der bis Ende 2002 gültig gewesenen Fassung, der Versicherer habe über erhebliche Leistungen und Forderungen und über solche, mit denen der Betroffene nicht einverstanden ist, schriftliche Verfügungen zu erlassen. Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die nicht unter <ref-law> fallen, können in einem formlosen Verfahren behandelt werden (<ref-law>). Die betroffene Person kann den Erlass einer Verfügung verlangen (<ref-law>). Der bereits vor dem Inkrafttreten des ATSG gültig gewesene, unverändert gebliebene <ref-law> hält in lit. b fest, eine schriftliche Verfügung sei unter anderem zu erlassen über die Verweigerung von Versicherungsleistungen. Mit dem Inkrafttreten des ATSG hat sich in diesem Punkt gegenüber der Rechtslage nach <ref-law> (in der bis Ende 2002 gültig gewesenen Fassung) nichts geändert (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 417). Hat der Versicherer die (ganze oder teilweise) Verweigerung von Leistungen zu Unrecht nicht in Verfügungsform, sondern formlos mitgeteilt und ist die betroffene Person damit nicht einverstanden, hat sie dies grundsätzlich innerhalb eines Jahres zu erklären. Diesfalls hat der Versicherer eine Verfügung zu erlassen, gegen welche Einsprache erhoben werden kann. Ohne fristgerechte Intervention erlangt der Entscheid rechtliche Wirksamkeit, wie wenn er zulässigerweise im Rahmen von <ref-law> ergangen wäre (<ref-ruling>).
2.2 Die Unfallversicherung hatte die Einstellung der Taggeldleistungen auf den 16. Dezember 1998 nicht mittels Verfügung mitgeteilt. Die letzte Verlaufskontrolle durch den behandelnden Arzt, Dr. med. B._, erfolgte am 11. Februar 1999, die vertrauensärztliche Untersuchung durch Dr. med. C._ am 21. Juni 1999. Die von Dr. med. B._ am 17. Dezember 1998 attestierte volle Arbeitsfähigkeit in der versicherten Tätigkeit musste demnach auch in der Folgezeit nicht reduziert werden. Danach sind bis zur Rückfallmeldung durch Dr. med. B._ vom 22. Oktober 2004 keine medizinischen Behandlungen nachgewiesen. Somit ist aufgrund des Zeitablaufs von einem spätestens im Jahre 1999 abgeschlossenen Versicherungsfall auszugehen. Obwohl die Beschwerdegegnerin keinen formellen Fallabschluss verfügte, wurde dieser rechtskräftig.
3.1 3.1.1 Nach <ref-law> werden die Versicherungsleistungen auch für Rückfälle und Spätfolgen gewährt. Rückfälle und Spätfolgen stellen besondere revisionsrechtliche Tatbestände dar (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4b, 118 V 297 E. 2d; SVR 2003 UV Nr. 14 S. 43 E. 4.2). Bei einem Rückfall handelt es sich um das Wiederaufflackern einer vermeintlich geheilten Krankheit, so dass es zu ärztlicher Behandlung, möglicherweise sogar zu (weiterer) Arbeitsunfähigkeit kommt; von Spätfolgen spricht man, wenn ein scheinbar geheiltes Leiden im Verlaufe längerer Zeit organische oder psychische Veränderungen bewirkt, die zu einem anders gearteten Krankheitsbild führen können. Rückfälle und Spätfolgen schliessen somit begrifflich an ein bestehendes Unfallereignis an. Entsprechend können sie eine Leistungspflicht des Unfallversicherers nur auslösen, wenn zwischen den erneut geltend gemachten Beschwerden und der seinerzeit beim versicherten Unfall erlittenen Gesundheitsschädigung ein natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang besteht (<ref-ruling> f. E. 2c; RKUV 1994 Nr. U 206 S. 327 Erw. 2; SVR 2003 UV Nr. 14 S. 43 E. 4).
3.1.2 Es obliegt der versicherten Person, das Vorliegen eines natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem neuen Beschwerdebild und dem Unfall mit dem im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachzuweisen. Je grösser der zeitliche Abstand zwischen dem Unfall und dem Auftreten der gesundheitlichen Beeinträchtigung ist, desto strengere Anforderungen sind an den Wahrscheinlichkeitsbeweis des natürlichen Kausalzusammenhangs zu stellen (RKUV 1997 Nr. U 275 S. 191 E. 1c in fine). Bei Beweislosigkeit fällt der Entscheid zu Lasten der versicherten Person aus (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328 E. 3b). Werden durch einen Unfall Beschwerden verursacht, übernimmt die Unfallversicherung den durch das Unfallereignis verursachten Schaden, spätere Gesundheitsstörungen dagegen nur, wenn eindeutige Brückensymptome gegeben sind (Urteil U 130/04 vom 17. November 2004 E. 3.2 mit Hinweisen).
3.2 Zu prüfen ist somit, ob die von der Beschwerdeführerin seit Oktober 2004 geltend gemachten Beschwerden in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis vom 30. Mai 1997 stehen. Nicht mehr Verfahrensgegenstand können jedoch wegen des Vorliegens eines blossen Rückfalles und des Fehlens einer seit dem Unfallereignis andauernden gesundheitlichen Beeinträchtigung sowie der Tatsache, dass diese rechtskräftig eingestellt wurden (vgl. Erwägung 2), Leistungen sein, die der Beschwerdeführerin allenfalls vor Oktober 2004 zugestanden hätten. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass ihr für einen Zeitraum vor Oktober 2004 eine halbe Invalidenrente der Invalidenversicherung ausgerichtet wurde, da, wie von der Vorinstanz zutreffend vermerkt, der Entscheid der Invalidenversicherung für den Unfallversicherer nicht bindend ist (<ref-ruling>).
4. 4.1 Die AXA hat ein orthopädisches Gutachten von Dr. med. D._ und ein neurologisches Gutachten von Dr. med. E._ eingeholt. Beide erfüllen bezüglich Form und Inhalt die grundsätzlich an Gutachten gestellten Anforderungen (vgl. Kieser, ATSG-Kommentar, Art. 44 Rz. 18 ff.). Der Vorinstanz kann daher insofern nicht gefolgt werden, als diese ausführt, dass die Darlegung der medizinischen Zusammenhänge und die Beurteilung der medizinischen Situation durch Dr. med. E._ klarer vorgenommen und die Schlussfolgerungen seiner Expertise begründeter und nachvollziehbarer seien als diejenige von Dr. med. D._. Das Gutachten D._ vom 11. Juli 2005 setzt sich mit der Aktenlage detailliert auseinander, schildert die von der Explorandin angeführten Beschwerden und beruht auf einer eingehenden Untersuchung, die einem Vergleich mit der neurologischen Untersuchung durch Dr. E._ sehr wohl stand hält. Vor allem im orthopädischen Bereich, für den Dr. med. D._ als Facharzt für orthopädische Chirurgie besonders qualifiziert ist, werden viel detailliertere Diagnosen als von Dr. med. E._ gestellt. Dr. med. D._ hat in seinem Gutachten "ausschliesslich die mit dem Unfall in Zusammenhang stehenden Gesundheitsstörungen an der rechten Schulter" beurteilt. Dabei schliesst er aufgrund der dabei festgestellten Beeinträchtigung auf eine Einschränkung von 25% in der Tätigkeit der Beschwerdeführerin als Versicherungsmaklerin und von 50% in ihrer Tätigkeit auf dem Landwirtschaftsbetrieb. Dr. med. E._ stellt in seinem Gutachten vom 16. November 2005 im Übrigen die stattgefundene Plexus-Schädigung am rechten Arm nicht in Frage, auch wenn er dabei nur noch geringe objektivierbare Zeichen feststellt. Wenn Dr. med. E._ Zweifel am Schulterimpingement anbringt, so ist doch zu bemerken, dass die Beurteilung eines Impingement-Syndroms durch einen Orthopäden und nicht durch einen Neurologen zu erfolgen hat. Es handelt sich dabei nicht um ein Nervenleiden, sondern um ein durch Schwellung oder Entzündung einer geschädigten Sehne der Rotatorenmanschette oder mechanisch durch Verkleinerung des Raumes unter dem Schulterdach durch Knochenveränderung verursachtes Syndrom (vgl. Dr. med. WALTER SEELIG, Facharzt FMH für orthopädische Chirurgie, Klinik Birshof, Münchenstein, in www.hirslanden.ch/images/Publ_impinge-ment.pdf.; vgl. auch Urteil U 78/07 vom 17. März 2008 E. 3). Daher ist es nicht haltbar, wenn die Vorinstanz bezüglich der Beschwerden an der rechten Schulter einfach auf der Beurteilung des Neurologen Dr. med. E._ abstellte und unfallkausale Beschwerden trotz des gegenteiligen Befundes im Gutachten des Dr. med. D._ am rechten Arm negierte.
4. 4.1 Die AXA hat ein orthopädisches Gutachten von Dr. med. D._ und ein neurologisches Gutachten von Dr. med. E._ eingeholt. Beide erfüllen bezüglich Form und Inhalt die grundsätzlich an Gutachten gestellten Anforderungen (vgl. Kieser, ATSG-Kommentar, Art. 44 Rz. 18 ff.). Der Vorinstanz kann daher insofern nicht gefolgt werden, als diese ausführt, dass die Darlegung der medizinischen Zusammenhänge und die Beurteilung der medizinischen Situation durch Dr. med. E._ klarer vorgenommen und die Schlussfolgerungen seiner Expertise begründeter und nachvollziehbarer seien als diejenige von Dr. med. D._. Das Gutachten D._ vom 11. Juli 2005 setzt sich mit der Aktenlage detailliert auseinander, schildert die von der Explorandin angeführten Beschwerden und beruht auf einer eingehenden Untersuchung, die einem Vergleich mit der neurologischen Untersuchung durch Dr. E._ sehr wohl stand hält. Vor allem im orthopädischen Bereich, für den Dr. med. D._ als Facharzt für orthopädische Chirurgie besonders qualifiziert ist, werden viel detailliertere Diagnosen als von Dr. med. E._ gestellt. Dr. med. D._ hat in seinem Gutachten "ausschliesslich die mit dem Unfall in Zusammenhang stehenden Gesundheitsstörungen an der rechten Schulter" beurteilt. Dabei schliesst er aufgrund der dabei festgestellten Beeinträchtigung auf eine Einschränkung von 25% in der Tätigkeit der Beschwerdeführerin als Versicherungsmaklerin und von 50% in ihrer Tätigkeit auf dem Landwirtschaftsbetrieb. Dr. med. E._ stellt in seinem Gutachten vom 16. November 2005 im Übrigen die stattgefundene Plexus-Schädigung am rechten Arm nicht in Frage, auch wenn er dabei nur noch geringe objektivierbare Zeichen feststellt. Wenn Dr. med. E._ Zweifel am Schulterimpingement anbringt, so ist doch zu bemerken, dass die Beurteilung eines Impingement-Syndroms durch einen Orthopäden und nicht durch einen Neurologen zu erfolgen hat. Es handelt sich dabei nicht um ein Nervenleiden, sondern um ein durch Schwellung oder Entzündung einer geschädigten Sehne der Rotatorenmanschette oder mechanisch durch Verkleinerung des Raumes unter dem Schulterdach durch Knochenveränderung verursachtes Syndrom (vgl. Dr. med. WALTER SEELIG, Facharzt FMH für orthopädische Chirurgie, Klinik Birshof, Münchenstein, in www.hirslanden.ch/images/Publ_impinge-ment.pdf.; vgl. auch Urteil U 78/07 vom 17. März 2008 E. 3). Daher ist es nicht haltbar, wenn die Vorinstanz bezüglich der Beschwerden an der rechten Schulter einfach auf der Beurteilung des Neurologen Dr. med. E._ abstellte und unfallkausale Beschwerden trotz des gegenteiligen Befundes im Gutachten des Dr. med. D._ am rechten Arm negierte.
4.2 4.2.1 Aussagekräftig ist demgegenüber das Gutachten des Dr. med. E._ hinsichtlich der HWS-Distorsion. Trotz eingehender Untersuchungen fand der Experte keinen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den von der Beschwerdeführerin geklagten Beschwerden und dem versicherten Unfall. Der Neurologe verweist auf eine Überlagerung durch die auffälligen Persönlichkeitszüge der Explorandin sowie auf schmerzbedingte Minderleistungen und eine depressive Stimmung. Bezüglich der psychosomatischen Auswirkungen des Unfallereignisses vom 30. Mai 1997 liegen keine gesicherten Angaben in Form eines psychiatrischen Gutachtens vor. Letztlich kann aber die Frage des natürlichen Kausalzusammenhanges der von der Beschwerdeführerin geklagten Beeinträchtigungen, insbesondere auch soweit diese auf eine psychosomatische Ursache zurückzuführen sein könnten, offen gelassen werden.
4.2.2 Der für eine allfällige Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin erforderliche adäquate Kausalzusammenhang ist in Anwendung der gemäss <ref-ruling> präzisierten Rechtsprechung zu verneinen. So liegen, wie von der Vorinstanz zutreffend bemerkt, keine besonders dramatischen Begleitumstände des Unfallereignisses vor. Ebenso wenig ist eine besondere Art der erlittenen Verletzung gegeben. Eine fortgesetzte, belastende ärztliche Behandlung ist nicht erkennbar. Vielmehr hat die Beschwerdeführerin sogar während längerer Zeit (vom 11. Februar 1999 bis 22. Oktober 2004) gar keine ärztliche Behandlung in Anspruch genommen. Beschwerden werden zwar geklagt, jedoch sind diese nicht als erheblich im Sinne der Rechtsprechung zu qualifizieren. Anders wäre es nicht möglich, dass die Beschwerdeführerin auch in Zukunft die Bewirtschaftung des Landwirtschaftsbetriebes beabsichtigt, wie sie in ihrem Schreiben an die Sozialversicherungsanstalt Aargau am 10. Juni 2007, also mehrere Monate nach dem für die Beurteilung massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheides vom 8. Dezember 2006, zum Ausdruck brachte. Eine ärztliche Fehlbehandlung ist nicht auszumachen. Ein schwieriger Heilungsverlauf liegt ebenso wenig vor. Dabei fällt auch hier ins Gewicht, dass die Beschwerdeführerin mehrere Jahre zumindest in einem solchen Ausmass beschwerdefrei war, dass sie keine ärztliche Behandlung in Anspruch nehmen musste. Schliesslich ist auch das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit nicht erfüllt. Da kein relevantes Kriterium bejaht werden kann, begründen allfällige Restbeschwerden und Behinderungen, die eventuell auf die beim Unfall erlittene HWS-Distorsion und die Commotio cerebri zurückzuführen sind, in rechtlicher Hinsicht keine Leistungspflicht der AXA.
4.3 Auch für die von der Beschwerdeführerin geklagten Restbeschwerden am linken Knie und an der linken Schulter besteht kein natürlicher Kausalzusammenhang zum Unfallereignis vom 30. Mai 1997. Dr. med. F._, Allgemeine Medizin FMH, berichtete bereits am 8. September 1997, der Heilverlauf der medialen Seitenbandläsion am linken Kniegelenk sei komplikationslos. In den weiteren medizinischen Akten wird die Seitenbandläsion schon gar nicht mehr erwähnt. Die Beschwerden am linken Arm hat Dr. med. B._ bereits in seinen Berichten vom 3. Juni 1998 und vom 21. Oktober 1998 als unfallfremd qualifiziert. Es gibt keine Veranlassung, auf diese ärztliche Beurteilung zurückzukommen und in dieser Hinsicht weitere Abklärungen zu tätigen. Damit stehen einzig die Beschwerden im Zusammenhang mit dem posttraumatischen Impingementsyndrom an der rechten Schulter in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis vom 30. Mai 1997 (Erwägung 4.1 hievor).
5. 5.1 Aufgrund des unfallkausalen posttraumatischen Impingementsyndroms rechts resultiert gemäss Gutachten des Dr. med. D._ in der bisherigen Tätigkeit als Versicherungsmaklerin eine Beeinträchtigung von 25% und bei der Tätigkeit auf dem landwirtschaftlichen Betrieb eine solche von 50%. Eine den Unfallfolgen ideal angepasste, rein sitzende Tätigkeit ohne Belastung des rechten Arms, sei mit Unterbrüchen während sechs bis sieben Stunden täglich zumutbar. In Anbetracht dieser Angaben erscheint die bisherige Tätigkeit als Versicherungsmaklerin als den medizinischen Gegebenheiten als am besten angepasst. Da die angestammte Tätigkeit gleichzeitig offensichtlich auch als die ideal angepasste Tätigkeit für die Beschwerdeführerin zu qualifizieren ist, erübrigt sich auch ein konkreter Einkommensvergleich zur Ermittlung des Invaliditätsgrades, weil für das Validen- und das Invalideneinkommen von gleichen Werten auszugehen ist (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a sowie Urteil I 1/03 vom 15. April 2003 E. 5.2). Mittels eines Prozentvergleichs steht damit fest, dass die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Rente der obligatorischen Unfallversicherung auf Grund eines Invaliditätsgrades von 25% hat.
5. 5.1 Aufgrund des unfallkausalen posttraumatischen Impingementsyndroms rechts resultiert gemäss Gutachten des Dr. med. D._ in der bisherigen Tätigkeit als Versicherungsmaklerin eine Beeinträchtigung von 25% und bei der Tätigkeit auf dem landwirtschaftlichen Betrieb eine solche von 50%. Eine den Unfallfolgen ideal angepasste, rein sitzende Tätigkeit ohne Belastung des rechten Arms, sei mit Unterbrüchen während sechs bis sieben Stunden täglich zumutbar. In Anbetracht dieser Angaben erscheint die bisherige Tätigkeit als Versicherungsmaklerin als den medizinischen Gegebenheiten als am besten angepasst. Da die angestammte Tätigkeit gleichzeitig offensichtlich auch als die ideal angepasste Tätigkeit für die Beschwerdeführerin zu qualifizieren ist, erübrigt sich auch ein konkreter Einkommensvergleich zur Ermittlung des Invaliditätsgrades, weil für das Validen- und das Invalideneinkommen von gleichen Werten auszugehen ist (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a sowie Urteil I 1/03 vom 15. April 2003 E. 5.2). Mittels eines Prozentvergleichs steht damit fest, dass die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Rente der obligatorischen Unfallversicherung auf Grund eines Invaliditätsgrades von 25% hat.
5.2 5.2.1 Die Beschwerdeführerin verlangt rückwirkend ab 17. Dezember 1998 Taggelder oder Rentenleistungen. Wie in Erwägung 2 bereits ausgeführt, ist die damalige Einstellung der Versicherungsleistungen in Rechtskraft erwachsen. Ausgewiesen ist die Erwerbsunfähigkeit im angeführten Ausmass von 25% erst seit der Rückfallmeldung vom 22. Oktober 2004. Da gemäss Gutachten des Dr. med. D._ vom 11. Juli 2005 keine namhafte Besserung mehr zu erwarten ist, rechtfertigt es sich, den Rentenbeginn auf das Datum der Rückfallmeldung, also den 22. Oktober 2004 zu legen. Damit besteht auch kein weiterer Taggeldanspruch.
5.2.2 Schliesslich beantragt die Beschwerdeführerin die Übernahme weiterer Heilbehandlungen. Da jedoch, wie festgestellt (E. 2), im Jahr 1999 von einem Fallabschluss auszugehen ist, ist auch erst für den Zeitraum seit der Rückfallmeldung vom 22. Oktober 2004 über die Tragung von Heilungskosten durch die Beschwerdegegnerin zu entscheiden. Hier ist nicht ersichtlich, welche spezifische Heilbehandlungen bezüglich das Impingementsyndrom rechts erforderlich gewesen wären, die die Erwerbsfähigkeit wesentlich verbessert hätten oder durch die die verbleibende Erwerbsfähigkeit erhalten geblieben wären (<ref-law>). Dr. med. D._ wies in seinem Gutachten vom 11. Juli 2005 darauf hin, dass durch physiotherapeutische Massnahmen und dem Einsatz von NSAR keine namhafte Besserung zu erwarten sei. Eine weitere Heilbehandlung erübrigt sich demgemäss. Überdies wurden mit Verfügung vom 4. Januar 2006 physiotherapeutische Massnahmen für den Zeitraum von Oktober 2004 bis Oktober 2006 übernommen. Einige Heilbehandlungen, die mit dem Impingementsyndrom rechts in Zusammenhang stehen, sind somit bereits von der Beschwerdegegnerin bezahlt worden.
5.3 Der Beschwerdeführerin ist bereits mit Verfügung vom 4. Januar 2006 eine Integritätsentschädigung von 10% zugesprochen worden, welche der im Gutachten des Dr. med. D._ ermittelten Schädigung entspricht. Soweit ein höherer Integritätsschaden geltend gemacht wird, entbehrt dieser Antrag einer Grundlage und wird abgewiesen.
6. Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren Begehren nur zu einem kleineren Teil durch. Ihr ist daher im Umfang von Fr. 1'000.-- (inklusive Mehrwertsteuer) eine Parteientschädigung zu Lasten der AXA zuzusprechen. Diese hat Verfahrenskosten im Umfang von Fr. 250.-- zu tragen. Die übrigen Verfahrenskosten von Fr. 500.-- werden vorläufig auf die Gerichtskasse genommen, da dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege entsprochen werden kann, weil die Bedürftigkeit erstellt ist und die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen war (<ref-law>). Dementsprechend wird auch Rechtsanwalt Roger Zenari aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'800.-- (inklusive Mehrwertsteuer) ausgerichtet. Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 14. Mai 2008 und der Einspracheentscheid vom 8. Dezember 2006 aufgehoben werden und die Beschwerdeführerin ab 22. Oktober 2004 Anspruch auf eine Invalidenrente von 25% hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.-- werden der Beschwerdeführerin Fr. 500.-- und der Beschwerdegegnerin Fr. 250.-- auferlegt. Der Anteil der Beschwerdeführerin wird vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1000.-- zu entschädigen.
5. Rechtsanwalt Roger Zenari, Olten, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1800.-- ausgerichtet.
6. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. März 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer