Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 26. Juli 1996 sprach die IV-Stelle des Kantons Aargau der 1963 geborenen M._ ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 76% rückwirkend ab 1. August 1993 eine ganze Invalidenrente zu. Die in den Jahren 1997 und 2001 durchgeführten Revisionsverfahren ergaben keine rentenbeeinflussende Änderung des Invaliditätsgrades. Gestützt auf die medizinischen Abklärungen im Rahmen des im Jahr 2005 durchgeführten Revisionsverfahrens, insbesondere das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstation (MEDAS) des Spitals X._ vom 24. Januar 2007, hob die IV-Stelle die Rente per Ende Juni 2007 revisionsweise auf mit der Begründung, infolge Verbesserung des Gesundheitszustandes sei keine Arbeitsunfähigkeit mehr ausgewiesen (Vorbescheid vom 9. März 2007 und Verfügung vom 16. Mai 2007).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde, in deren Folge weitere ärztliche Berichte eingereicht worden waren, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 26. Februar 2008 ab, indem es die revisionsweise verfügte Rentenaufhebung mit der substituierten Begründung der Wiedererwägung schützte.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids vom 26. Februar 2008 sowie der Verfügung vom 16. Mai 2007, eventualiter die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zur Vornahme ergänzender Abklärungen beantragen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u. a.) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist die Aufhebung der seit August 1993 ausgerichteten ganzen Invalidenrente per Ende Juni 2007.
2.1 Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze zur Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit (Art. 6 und 7 ATSG), zum Invaliditätsbegriff (<ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), zur Invaliditätsbemessung bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) und zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2 Nach den ebenfalls zutreffenden vorinstanzlichen Erwägungen ist die Aufhebung oder Herabsetzung einer rechtskräftig zugesprochenen, laufenden Rente nur zulässig, wenn - alternativ - die Voraussetzungen der (materiellen) Rentenrevision gemäss <ref-law> (vgl. auch <ref-law> [in der vom 1. Januar bis Ende Februar 2004 gültig gewesenen und in der seit 1. März 2004 geltenden Fassung]; <ref-ruling> E. 3.5 S. 349 ff., ferner <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.) erfüllt sind, ein (prozessualer) Revisionsgrund gemäss <ref-law> gegeben ist oder die rechtskräftige Rentenzusprechung nach der damaligen Sach- und Rechtslage zweifellos unrichtig war und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist, mithin unter dem Titel der Wiedererwägung gemäss <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 469 mit Hinweisen) darauf zurückgekommen werden kann. Die Wiedererwägung im Sinne dieser Bestimmung dient der Korrektur einer anfänglich unrichtigen Rechtsanwendung einschliesslich unrichtiger Feststellung im Sinne der Würdigung des Sachverhalts. Sie ist jederzeit möglich (vgl. <ref-law>), insbesondere auch wenn die Voraussetzungen der Revision nach <ref-law> nicht erfüllt sind. Wird die zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung erst vom Gericht festgestellt, so kann es die im Revisionsverfahren verfügte Aufhebung der Rente mit dieser substituierten Begründung schützen (<ref-ruling> E. 2 S. 369; Urteil 9C_11/2008 vom 29. April 2008 E. 2 und 4.2 mit Hinweisen).
3. 3.1 Gemäss vorinstanzlichem Entscheid ist seit der ursprünglichen rechtskräftigen Rentenverfügung vom 26. Juli 1996 bis zur angefochtenen Verfügung vom 16. Mai 2007 keine Verbesserung des Gesundheitszustandes und somit keine revisionsrechtlich erhebliche Änderung der Verhältnisse eingetreten. Die Beschwerdeführerin geht mit dem kantonalen Gericht daher zu Recht davon aus, dass als Rechtsgrundlage der per Ende Juni 2007 verfügten Aufhebung der Invalidenrente einzig die Wiedererwägung der rechtskräftigen Verfügung vom 26. Juli 1996 gemäss <ref-law> in Betracht fällt, mit welcher der Beschwerdeführerin ab 1. August 1993 eine ganze Invalidenrente zugesprochen worden war. Streitpunkt ist, ob jene Verfügung zweifellos unrichtig war. Ausser Frage steht dagegen, dass ihre Berichtigung im Falle zweifelloser Unrichtigkeit als erheblich einzustufen wäre.
3.2 Aufgrund der Aktenlage stützte sich die Rentenverfügung vom 26. Juli 1996 in medizinischer Hinsicht auf Berichte des Hausarztes Dr. med. A._ und des im Unfallversicherungsverfahren beigezogenen Dr. med. B._, Oberarzt der neurochirurgischen Klinik am Spital Y._. Der Hausarzt Dr. med. A._ diagnostizierte in mehreren Berichten aus den Jahren 1993 bis 1997 ein Schleudertrauma der HWS nach Autounfall vom 16. August 1992 sowie einen blockierten Heilungsverlauf i.S. einer posttraumatischen Belastungsstörung. Er hielt fest, die Patientin leide an belastungsabhängigen Nackenschmerzen, beidseitigen Schulterschmerzen, Parästhesien beider Hände, belastungsabhängigen lumbalen Schmerzen, depressiven Verstimmungen, Konzentrationsmängeln usw., wobei objektiv eine allseitig eingeschränkte Beweglichkeit und Verspannung der Nackenmuskulatur sowie eine Druckdolenz vorhanden seien und der neurologische Status unauffällig sei. Dr. med. A._ attestierte der Versicherten eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit seit dem Unfallereignis. Dr. med. B._ sodann nahm im Jahr 1995 mehrfach zum Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin Stellung. Im Bericht vom 13. April 1995 hielt er unter "Diagnose" fest, die chronischen Beschwerden und die Nacken-/Hinterkopfschmerzen sprächen für ein sogenanntes Schleudertrauma. Ob tatsächlich ein Trauma mit Hyperextension der HWS vorgelegen habe, sei nicht mehr mit Sicherheit auszumachen, da sich die Patientin nicht an den Unfall erinnern könne. An subjektiven Beschwerden erwähnte der Arzt Nacken- und Schulterschmerzen beidseits mit gelegentlicher Ausstrahlung bis in den seitlichen Oberarm beidseits, Hinterkopfschmerzen und Konzentrationsstörungen. Bezüglich objektivem Befund wies Dr. med. B._ darauf hin, dass sich anlässlich der MRI-Aufnahmen der HWS vom 15. Februar 1995 ein normales Alignement der Wirbelkörper ohne Hinweise auf knöcherne Destruktionen gezeigt habe. Es fände sich eine sehr minime Protrusion des Diskus 5/6 ohne Kompression auf Rückenmark oder Nervenwurzel und es ergäben sich keine Hinweise auf sonstige Pathologien. Auf die Frage nach der Arbeitsunfähigkeit führte der Arzt im Bericht vom 29. August 1995 aus, die Patientin gebe an, ihre bisherige Tätigkeit als Serviertochter gar nicht mehr durchführen zu können. Es bestehe somit - so Dr. med. B._ - eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit. Die Patientin leide unter Konzentrationsstörungen, die es ihr verunmöglichten, den manchmal sehr hektischen Betrieb in einer Gastwirtschaft zu führen. Ausserdem sei sie nicht in der Lage, schwere Sachen zu tragen. Im Bericht vom 28. Dezember 1995 ergänzte Dr. med. B._, in einer Arbeit mit häufig wechselnder Körperhaltung ohne Tragen von Lasten sei eine reduzierte Arbeitsfähigkeit im Rahmen von ca. 30% denkbar.
3.3 Die Berichte beider Ärzte, namentlich die Diagnosestellungen, beruhen vorwiegend auf (Schmerz-)Angaben der Versicherten, nachdem sich auch mit bildgebenden Verfahren keine objektiven Befunde ergeben hatten. Selbst die Festsetzung der Arbeitsunfähigkeit stützte sich lediglich auf Angaben der Patientin und erfolgte ohne nähere Begründung. Die von Dr. med. B._ attestierte Restarbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit und deren erwerbliche Verwertbarkeit wurden nicht weiter überprüft. Die Berichte stellen somit auch nach damaliger Rechtslage keine genügende Grundlage für eine Rentenzusprache dar. Weitere Abklärungen wären zwingend erforderlich gewesen. Dass solche unterblieben und somit die Sachverhaltsabklärung unvollständig war, stellt eine klare Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes sowie des Grundsatzes "Eingliederung vor Rente" (<ref-ruling> E. 5 S. 243) dar. Trifft dies zu, erübrigt es sich, den damals rechtserheblichen Sachverhalt weiter abzuklären und auf dieser nunmehr hinreichenden tatsächlichen Grundlage den Invaliditätsgrad zu ermitteln. Abgesehen davon, dass einen weiter zurückliegenden Zeitraum betreffende Abklärungen häufig keine verwertbaren Ergebnisse zu liefern vermögen, geht es im Kontext darum, mit Wirkung ex nunc et pro futuro einen rechtskonformen Zustand herzustellen (vgl. Urteile 9C_11/2008 und 9C_19/2008 vom 29. April 2008). Da die Zusprechung einer ganzen Rente nach Gesagten insoweit gesetzwidrig und die ursprüngliche Verfügung - wie die Vorinstanz dargelegt hat - zweifellos unrichtig war, sind neben der Erheblichkeit der Berichtigung (vgl. E. 3.1 hievor) auch die übrigen Voraussetzungen, unter denen eine Revisionsverfügung mit der substituierten Begründung der Wiedererwägung geschützt werden kann, erfüllt. Dass die IV-Stelle die Rente nach den 1997 und 2001 durchgeführten Revisionsverfahren weiterhin ausgerichtet hat, ist wiedererwägungsrechtlich unerheblich (Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts I 859/05 vom 10. Mai 2006 E. 2.2 mit Hinweis).
3.4 Zusammen mit der wiedererwägungsweisen Aufhebung der Verfügung vom 26. Juli 1996 sind die Anspruchsberechtigung und allenfalls der Umfang des Anspruchs pro futuro zu prüfen. Es kann nicht mit der Feststellung der zweifellosen Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung sein Bewenden haben; vielmehr ist wie bei einer materiellen Revision nach <ref-law> auf der Grundlage eines richtig und vollständig festgestellten Sachverhalts der Invaliditätsgrad im Zeitpunkt der angefochtenen Verfügung zu ermitteln, woraus sich die Anspruchsberechtigung und allenfalls der Umfang des Anspruchs ergeben (Urteil 9C_11/2008 vom 29. April 2008 E. 4.2.1 mit Hinweisen). Wie das kantonale Gericht in Würdigung der medizinischen Aktenlage einlässlich und überzeugend dargelegt hat, kann auf Grund des MEDAS-Gutachtens vom 24. Januar 2007 von einer 100%igen Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als Serviertochter ausgegangen werden, sodass die Anspruchsberechtigung der Beschwerdeführerin pro futuro zu verneinen ist. Auf die entsprechenden Ausführungen kann verwiesen werden.
4. Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. November 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
i.V. Lustenberger Kopp Käch