Faits:
A. A.a X._ SA (ci-après: X._ SA) a pour but social le négoce et le courtage dans le domaine aéronautique. Alors que B._ est administrateur unique de la société, A._, qui détient la majorité du capital-actions, a la fonction de directeur général. Depuis mai 1998, Z._ était employé en qualité de directeur par X._ SA.
Y._, ingénieur en aéronautique né en 1950, a été engagé dès le 1er août 1999 par X._ SA en qualité de directeur commercial. En octobre 2003, le salaire mensuel brut du précité s'élevait à 21'000 fr., payé treize fois l'an; un appartement était en outre mis à sa disposition.
A.b Le 31 octobre 2003, Y._ et Z._ ont déposé une plainte pénale à l'encontre de A._, pour escroquerie, abus de confiance et gestion déloyale.
A l'appui de leurs accusations, Y._ et Z._ ont expliqué qu'ils avaient conclu avec A._ un accord de partenariat, sous la forme d'une société simple, portant sur l'achat et la vente de cinq avions. La transaction devait être passée par l'entremise de X._ SA, laquelle agissait comme mandataire de deux sociétés « off shore » qui lui avaient prêté les fonds nécessaires à l'affaire. X._ SA devait percevoir la moitié du bénéfice généré par l'opération, l'autre moitié étant répartie entre les trois associés. Or A._ aurait constamment tenu à renégocier l'accord de partenariat pour repousser la répartition du bénéfice, de sorte que les associés ainsi que X._ SA, mis sous pression, auraient finalement signé en particulier un « sharing agreement » apparemment défavorable. Par le biais d'une convention secrète passée avec une des sociétés « off shore », A._ aurait en outre permis que celle-ci retienne le montant de 2'500'000 US$ du bénéfice procuré par le négoce en question. Les plaignants estimaient enfin que A._, par un autre subterfuge, aurait détourné, sans aucune justification, les sommes de 1'100'000 US$ et de 410'000 US$ sur les gains réalisés.
Le déroulement de l'instruction pénale diligentée contre A._ sera relaté ci-dessous.
Par lettre du 5 novembre 2003, X._ SA a signifié à Y._ son licenciement avec effet immédiat par suite du dépôt de la plainte pénale précitée. Le lendemain, elle a agi de même à l'endroit de Z._.
A.c Par acte déposé le 5 décembre 2003, Y._ a ouvert action contre X._ SA devant les autorités prud'homales genevoises. Sa demande tendait au paiement en capital de 276'958 fr.15 à titre de salaire et de 126'000 fr. à titre d'indemnité pour licenciement injustifié. La défenderesse a formé une reconvention.
Le 27 juillet 2005, le Tribunal de prud'hommes a ordonné la suspension de la cause jusqu'à droit connu sur la plainte pénale dirigée contre A._. Le demandeur a appelé de ce jugement. Par un arrêt présidentiel du 15 novembre 2005, la Cour d'appel a annulé cette décision et renvoyé la cause à l'autorité prud'homale pour poursuite de l'instruction et jugement.
En dernier lieu, le demandeur a requis paiement des montants suivants: 306'916 fr. au total à titre de salaires impayés avant la résiliation de son contrat, de salaires afférents au délai de congé et de jours travaillés durant les week-ends; 126'000 fr. au titre d'une indemnité pour congé donné sans droit; 72'301 US$ correspondant au remboursement d'un prêt octroyé à X._ SA.
Quant à la défenderesse, elle a conclu reconventionnellement au versement de 25'200 fr. au titre des loyers de l'appartement acquittés après le congé et 80'014 fr.70 pour remboursement de dépenses personnelles opérées sans justification par le travailleur avec deux cartes de crédit de X._ SA. Le demandeur a admis devoir à son adverse partie 23'451 fr.25 et 23'100 fr. pour rembourser respectivement différentes dépenses privées et les loyers de l'appartement de février à juillet 2004.
La Caisse cantonale genevoise de chômage est intervenue au procès pour se subroger aux prétentions du demandeur en raison des indemnités qu'elle avait versées à celui-ci de novembre 2003 à janvier 2004, à concurrence de 12'579 fr.10.
Par jugement du 3 mai 2006, le Tribunal de prud'hommes a déclaré injustifié le licenciement immédiat et accordé au travailleur une indemnité au sens de l'<ref-law> de 15'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 5 novembre 2003. Cette autorité a jugé que la défenderesse restait débitrice de créances de salaire se montant à 215'156 fr.05 brut, avec intérêts à 5% dès la même date, moins la somme nette de 12'579 fr.10 correspondant à la prétention de la caisse de chômage. Elle a octroyé la somme nette de 12'579 fr.10 à ladite caisse, avec intérêts à 5% dès le 9 février 2004. Elle a enfin condamné la défenderesse à verser au demandeur un montant de 122'639 fr. représentant un prêt que celle-ci avait reçu du travailleur en 2001 et donné acte à ce dernier qu'il reconnaissait devoir à son ancien employeur 23'451 fr.25 pour le remboursement de dépenses personnelles privées effectuées avec les cartes de crédit de X._ SA.
Saisie d'un appel de la défenderesse et d'un appel incident du demandeur, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève, par arrêt du 3 janvier 2007, a confirmé que le licenciement immédiat était injustifié, fixé l'indemnité punitive et réparatrice à 42'000 fr., soit deux mois de salaire, arrêté à 231'662 fr.50 les arriérés de salaire et la rémunération due pendant le délai de congé et confirmé la subrogation partielle de la caisse de chômage, les autres postes du jugement déféré étant maintenus.
Statuant sur le recours en matière civile déposé par la défenderesse, le Tribunal fédéral, par arrêt du 27 juin 2007 (cause 4A_15/2007), a partiellement admis le recours, annulé l'arrêt cantonal et dit que la défenderesse devait payer au demandeur les montants qui suivent: 147'291 fr.70 brut à titre de salaire jusqu'au congé, somme soumise aux déductions sociales, plus intérêts à 5% l'an dès le 5 novembre 2003; 99'187 fr.75 net avec les mêmes intérêts correspondant au remboursement du prêt de 2001, après déduction des dépenses personnelles admises par le travailleur en procédure. Il a par ailleurs renvoyé la cause à la Cour d'appel afin de réexaminer si les conditions d'un renvoi immédiat étaient remplies. Reconnaissant que la plainte pénale portait une accusation grave contre la probité de A._ et qu'elle constituerait sans aucun doute un juste motif de licenciement immédiat si elle se révélait calomnieuse ou simplement téméraire, la juridiction fédérale a enjoint la cour cantonale de vérifier si l'accusation était au moins partiellement fondée ou, dans la négative, si son auteur avait pu croire de bonne foi qu'une infraction avait été commise contre lui, points sur lesquels la Cour d'appel n'avait procédé à aucune constatation.
A.d Sur le plan pénal, le Juge d'instruction a entendu le prévenu, le plaignant Y._, l'administrateur B._ et C._, administrateur d'une société « off shore » impliquée dans l'achat des cinq aéronefs.
Le 29 mars 2007, le Juge d'instruction, constatant qu'il n'avait pas été possible de savoir si les opérations litigieuses avaient donné lieu à une distribution de bénéfice, a transmis la procédure au Parquet, sans prononcer d'inculpation.
Le 29 juin 2007, le Procureur général du canton de Genève a classé la procédure au motif que les éléments tant subjectifs qu'objectifs des infractions reprochées à A._ n'étaient pas suffisamment démontrés et qu'il y avait en outre lieu de considérer que le litige présentait un caractère civil prépondérant.
Statuant sur le recours déposé par Y._ contre la décision de classement, la Chambre d'accusation l'a confirmée par arrêt du 14 novembre 2007. A l'instar du Parquet, elle a retenu que le dossier ne contenait pas d'éléments suffisants permettant de retenir une prévention suffisante de commission d'une escroquerie, d'un abus de confiance ou d'un délit de gestion déloyale lors de l'opération portant sur l'achat et la vente de cinq avions. Elle a en particulier relevé que rien ne permettait d'affirmer que A._ aurait contracté un prêt de 2'500'000 US$ à l'égard d'une société « off shore » impliquée dans le négoce des aéronefs dans le but délibéré d'empêcher le partage des profits avec Y._ et Z._. De toute manière, l'accord passé entre X._ SA, représentée par Y._, et les deux sociétés « off shore » prévoyait expressément la possibilité pour celles-ci de déduire des bénéfices à verser à X._ SA après l'opération les montants que cette dernière restait leur devoir. La voie civile était donc susceptible d'apporter au plaignant une protection suffisante de ses intérêts, du moment que le litige portait sur les relations contractuelles nouées entre les parties dans le cadre de rapports de société simple.
B. B.a Après que le Tribunal fédéral lui a retourné le dossier, la Cour d'appel a ordonné une instruction complémentaire écrite.
X._ SA a ainsi fait valoir que l'absence d'inculpation et le classement de la procédure, intervenu le 29 juin 2007, démontraient avec clarté que le dépôt de la plainte pénale de Y._ était dénué de fondement, de sorte qu'il y avait lieu d'admettre que, ce faisant, l'intéressé avait définitivement ruiné les liens de confiance avec l'employeur.
Quant à Y._, il a exposé qu'il ignorait que A._ avait obtenu un prêt personnel de 2'500'000 US$ qui devait être prélevé sur les bénéfices devant revenir à X._ SA à la suite de la transaction portant sur les aéronefs, si bien qu'il avait eu de sérieuses raisons de penser que A._ l'avait trompé. Y._ a encore soutenu que son ex-employeur, après lui avoir donné congé, l'a laissé organiser un cocktail à Madrid pour fêter la passation par X._ SA d'accords avec le gouvernement espagnol ayant pour objet la vente d'avions. Un témoin a déclaré que ce cocktail s'était tenu le 27 novembre 2003 en présence de A._, B._ et Y._ et que l'ambiance « avait été un peu crispée entre ces hommes ».
B.b Par arrêt du 10 décembre 2007, la Cour d'appel a annulé le jugement du Tribunal des prud'hommes rendu le 3 mai 2006 et, statuant à nouveau, condamné la défenderesse à verser au demandeur la somme brute de 64'458 fr.30, sous déduction de la somme nette de 12'579 fr.10, avec intérêts à 5% l'an dès le 5 novembre 2003, cela à titre de salaires si le contrat avait pris fin à l'échéance du délai de congé ordinaire, ainsi que le montant net de 42'000 fr. avec les mêmes intérêts au titre d'une indemnité pour licenciement injustifié. Elle a également astreint la défenderesse à payer à la caisse de chômage la somme nette de 12'579 fr.10, avec intérêts à 5% l'an dès le 9 février 2004.
Retenant que le licenciement immédiat du demandeur a été motivé exclusivement par le dépôt de la plainte pénale contre A._, la cour cantonale a considéré en substance que le fait que la procédure pénale se soit terminée par un classement définitif ne permettait pas, pour trois motifs, de considérer que le demandeur aurait porté plainte contrairement à la bonne foi ou avec témérité. Premièrement, puisque Y._ ignorait qu'une société « off shore » avait consenti un prêt à A._, la « retenue » de 2'500'000 US$ qui a été opérée par ladite société sur les bénéfices à verser à X._ SA pouvait apparaître de bonne foi pour le premier comme une soustraction indue sur ses gains et ceux de Z._. Deuxièmement, s'il est vrai que le demandeur savait que la société « off shore » en question pouvait compenser ses propres créances avec les créances que X._ SA possédait contre elle, la compensation qui est intervenue en l'espèce a eu lieu entre A._ et la société « off shore », et non entre celle-ci et X._ SA. Troisièmement, en octobre 2003, la signature de A._ venait d'être « ajoutée » sur le compte bancaire ouvert par la défenderesse auprès de l'établissement sur lequel le demandeur « pensait qu'allaient transiter les bénéfices de l'opération », si bien que ce dernier pouvait nourrir des craintes de voir disparaître le montant généré par la vente des aéronefs. L'autorité cantonale a déduit de ces éléments que la plainte pénale du demandeur, accompagnée de 25 pièces, ne pouvait être qualifiée ni de calomnieuse ni de téméraire, d'autant que la Chambre d'accusation n'a pas considéré comme téméraire le recours contre le classement dont elle avait été saisi. Partant, a poursuivi la Cour d'appel, le dépôt de la plainte pénale ne constituait pas pour le demandeur un manquement grave à ses obligations contractuelles, de sorte que le congé sans délai était injustifié. Dans une motivation subsidiaire, l'autorité cantonale a estimé que la défenderesse a montré que le lien de confiance n'était pas irrémédiablement rompu avec le demandeur le 5 novembre 2003, du moment qu'elle a laissé ce dernier organiser et participer à un cocktail à Madrid quelque 20 jours après la signification du licenciement abrupt. Etant parvenue à ce résultat, la Cour d'appel a octroyé à Y._ son salaire jusqu'à la fin du délai de congé ordinaire, par 64'458 fr.30, sous déduction de la somme de 12'579 fr.10 versée par la Caisse de chômage, plus une indemnité pour licenciement injustifié fixée à 42'000 fr., représentant deux mois de salaire. Elle a enfin confirmé que l'intervenante était subrogée à l'endroit de la défenderesse dans les droits du demandeur à concurrence des indemnités de chômage versées au travailleur.
C. X._ SA exerce un recours en matière civile contre l'arrêt du 10 décembre 2007. Elle requiert principalement que cette décision soit mise à néant et que le demandeur soit débouté de toutes ses conclusions. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale si le Tribunal fédéral n'était pas à même de statuer sur la base des constatations de l'arrêt déféré.
L'intimé propose le rejet du recours.
L'intervenante renonce à se déterminer.
Par ordonnance du 25 février 2008, le Président de la Ire Cour de droit civil a rejeté la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie défenderesse qui a partiellement succombé dans ses conclusions tant libératoires que reconventionnelles et qui a ainsi la qualité pour recourir (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire de droit du travail dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. de l'<ref-law>, le recours est par principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. En vertu de l'exception ancrée à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur la violation d'un droit de rang constitutionnel ou sur une question afférente au droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière détaillée par la partie recourante. Pour le reste, il applique le droit d'office (<ref-law>), cela sans être limité par les moyens du recours ni par le raisonnement de la cour cantonale, ce qui implique qu'il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en substituant une nouvelle argumentation à celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 et l'arrêt cité). Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sanctionnée par l'irrecevabilité des recours dont la motivation est manifestement insuffisante (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est donc pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105).
1.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). L'auteur du recours ne peut critiquer les faits que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>; cf aussi <ref-law>); il faut encore que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la querelle (<ref-law>). La notion de "manifestement inexacte" évoquée ci-dessus correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 p. 4135 ch. 4.1.4.2; <ref-ruling> consid. 4.2.2). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception à l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 1.4.3). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. La recourante prétend que c'est en violation de l'<ref-law> que l'autorité cantonale a jugé injustifié le licenciement immédiat du demandeur. Elle fait valoir qu'aucune des accusations portées à l'encontre de A._ n'a trouvé grâce devant la Chambre d'accusation, que l'intimé n'a pas pu croire de bonne foi qu'une infraction avait été commise contre son patrimoine et qu'il a opté de façon inconsidérée pour la voie pénale, lors même que seule la voie civile était à même de garantir ses droits. Elle soutient que la plainte pénale en cause était tout à la fois calomnieuse et téméraire et que, conséquemment, la condition de juste motif au sens de la norme susrappelée était réalisée, à telle enseigne que l'intimé pouvait être licencié abruptement.
La recourante s'en prend également à la motivation subsidiaire de la Cour d'appel. Elle affirme que cette autorité a mené des investigations sur une question qui ne lui avait pas été soumise par l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral rendu le 27 juin 2007, à savoir sur la persistance du lien de confiance entre parties en dépit du dépôt par le demandeur d'une plainte pénale contre son supérieur hiérarchique. La défenderesse y voit une violation du pouvoir de cognition limité qui revenait à la cour cantonale après la reddition de l'arrêt de renvoi susrappelé.
3. 3.1 Selon l'art. 337 al. 1 1ère phrase CO, l'employeur et le travailleur peuvent résilier immédiatement le contrat de travail en tout temps pour de justes motifs. Doivent notamment être considérées comme tels toutes les circonstances qui, selon les règles de la bonne foi, ne permettent pas d'exiger de celui qui a donné le congé la continuation des rapports de travail (cf. <ref-law>).
Mesure exceptionnelle, la résiliation immédiate pour justes motifs doit être admise de manière restrictive. D'après la jurisprudence, les faits invoqués à l'appui d'un renvoi immédiat doivent avoir entraîné la perte du rapport de confiance qui constitue le fondement du contrat de travail. Seul un manquement particulièrement grave du travailleur justifie son licenciement immédiat; si le manquement est moins grave, il ne peut entraîner une résiliation immédiate que s'il a été répété malgré un avertissement (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 31, 213 consid. 3.1 p. 221; <ref-ruling> consid. 2.1). Par manquement du travailleur, on entend généralement la violation d'une obligation découlant du contrat de travail, comme l'obligation de loyauté ou de discrétion ou celle d'offrir sa prestation de travail. Mais d'autres faits peuvent aussi justifier un congé abrupt (ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 382 s.).
A raison de son obligation de fidélité, le travailleur est tenu de sauvegarder les intérêts légitimes de son employeur (<ref-law>) et, par conséquent, de s'abstenir de tout ce qui peut lui nuire (<ref-ruling> consid. 3a p. 561). Cette obligation accessoire générale vaut dans une mesure accrue pour les cadres, eu égard au crédit particulier et à la responsabilité que leur confère leur fonction dans l'entreprise de l'employeur (<ref-ruling>; Adrian Staehelin, Commentaire zurichois, n. 8 ad <ref-law>; Wolfgang Portmann, Commentaire bâlois, n. 14 ad <ref-law>).
Le juge apprécie librement s'il existe de justes motifs (art. 337 al. 3 in initio CO). Il applique les règles du droit et de l'équité (<ref-law>). A cet effet, il prendra en considération tous les éléments du cas particulier, notamment la position et les responsabilités du travailleur, le type et la durée des rapports contractuels, ainsi que la nature et l'importance des manquements (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 32; <ref-ruling> consid. 4a p. 354. Le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec réserve la décision d'équité prise en dernière instance cantonale. Il intervient lorsque celle-ci s'écarte sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence en matière de libre appréciation, ou lorsqu'elle s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou, à l'inverse, lorsqu'elle n'a pas tenu compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; il sanctionnera en outre les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 220; <ref-ruling> consid. 2 p. 382).
3.2 S'agissant de la motivation subsidiaire adoptée par la cour cantonale, la recourante fait grief à la Cour d'appel d'avoir outrepassé le cadre de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral (cause 4A_15/2007) en menant des investigations sur le point de savoir si les rapports de travail avaient en partie perduré après la résiliation du contrat du demandeur avec effet immédiat.
A bon droit.
En effet, selon la jurisprudence rendue sous l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire, laquelle est transposable sous l'empire de la LTF (cf arrêt 4A_71/2007 du 19 octobre 2007, consid. 2.2), le juge auquel la cause est retournée voit sa cognition limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, ce qui signifie qu'il est lié par ce qui a été tranché définitivement par le Tribunal fédéral ainsi que par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui. Des faits nouveaux ne peuvent être pris en compte à moins de porter sur les points qui ont fait l'objet du renvoi. Ceux-ci ne peuvent être ni étendus ni fixés sur une base juridique nouvelle (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 5.2 et les arrêts cités).
Dans l'arrêt de renvoi 4A_15/2007, le Tribunal fédéral a retourné l'affaire à la Cour d'appel uniquement pour qu'elle élucide les faits permettant de vérifier si l'accusation proférée contre A._ était au moins partiellement fondée ou, dans la négative, si l'auteur de la plainte (i.e. le demandeur) avait pu croire de bonne foi qu'une infraction avait été commise contre lui. Or, l'autorité cantonale a mené des investigations sur une question entièrement nouvelle, qui n'avait pas été abordée précédemment, soit celle de savoir si la défenderesse, en laissant le demandeur organiser et participer à un cocktail quelques jours après la signification du licenciement abrupt, a donné à penser que la continuation des rapports de travail était possible jusqu'à la fin du délai de congé. Il suit de là que la cour cantonale, en retenant la motivation subsidiaire en cause, ne s'est pas conformée aux réquisits de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral. Partant, il ne sera pas tenu compte de celle-ci, qui repose sur des faits nouveaux au sens de la jurisprudence précitée.
3.3 Cela posé, il sied de vérifier si la motivation principale de la cour cantonale, d'après laquelle la plainte formée par le demandeur contre A._ n'était pas téméraire ou contraire à la bonne foi, est conforme au droit fédéral.
3.3.1 Il a été retenu définitivement (<ref-law>) que A._, actionnaire majoritaire et directeur général de la défenderesse, Z._, alors directeur de celle-ci, ainsi que l'intimé, qui en était directeur commercial, ont formé une société simple pour acquérir et vendre cinq avions. L'opération, qui était financée par deux sociétés « off shore », a été réalisée par X._ SA. Il était prévu que cette dernière devait recevoir la moitié du bénéfice tiré de l'affaire, la seconde moitié devant être répartie entre les trois associés précités.
On ne sait rien du quantum du profit qui a été obtenu à cette occasion. Le demandeur a estimé que A._, qui aurait sans cesse cherché à repousser la répartition du bénéfice, avait retenu par un stratagème 2'500'000 US$ des gains réalisés et encore détourné de ceux-ci, par une autre machination, le montant total de 1'510'000 US$, d'où un prélèvement illicite de plus de 4'000'000 US$.
Le 31 octobre 2003, sans avoir pris langue avec A._, le demandeur a formé une plainte pénale contre le prénommé pour escroquerie, abus de confiance et gestion déloyale.
Après une enquête qui a duré plus de trois ans, le Juge d'instruction a transmis la procédure au Parquet genevois le 29 mars 2007, sans avoir prononcé d'inculpation. Le 29 juin 2007, le Procureur général a classé la procédure, car aucun des éléments constitutifs des trois infractions reprochées à A._ n'étaient établis, le litige présentant du reste un caractère civil prépondérant. Sur recours du demandeur, la Chambre d'accusation a confirmé le classement par adoption de motifs.
3.3.2 Ces éléments conduisent la juridiction fédérale à développer le raisonnement suivant.
Il appert tout d'abord que l'intimé a formé une plainte pénale contre son supérieur hiérarchique direct A._, cela sans même essayer de le rencontrer au préalable afin de discuter de la manière dont avaient été répartis les gains importants générés par une opération à caractère complexe au regard de son mode de financement et des différents acteurs qui y ont participé. Il n'a ainsi pas été établi que A._ n'ait pas pu être joint à la fin du mois d'octobre 2003, ni qu'il se soit dérobé aux demandes d'explications du demandeur, et encore moins qu'il se soit refusé à accorder tout entretien sur la question à l'intéressé.
Le demandeur a déposé plainte pour des délits graves concernant la probité du directeur général et principal actionnaire de la défenderesse. Ainsi l'abus de confiance (<ref-law>) et l'escroquerie (<ref-law>) sont-ils des crimes (<ref-law> et 9 al. 1 aCP). Il en est résulté une longue instruction pénale, qui était susceptible d'entacher durablement l'honorabilité et la réputation en affaires de A._.
Pourtant, aucune des trois accusations formulées n'a été suivie d'une inculpation et la procédure a finalement été classée par le Parquet. La décision de classement a par la suite été confirmée sur recours par la Chambre d'accusation.
Les motifs présentés par la Cour d'appel pour démontrer néanmoins que le demandeur n'a pas déposé plainte notamment de manière téméraire ne résistent pas à l'examen.
Il n'est tout d'abord pas possible de soutenir, ainsi qu'elle l'a fait, que la retenue de 2'500'000 US$ effectuée par une des sociétés « off shore » sur les bénéfices revenant à la recourante pouvait apparaître aux yeux de l'intimé comme une soustraction indue des gains qu'il devait retirer lui-même de l'affaire. Il ne ressort en effet pas de l'état de fait déterminant (<ref-law>) que l'intimé avait des motifs réels ou supposés de penser que cette retenue affectait de manière illicite la part des gains qui lui était dévolue. Ce dernier n'a d'ailleurs même pas fait état de la clé de répartition interne des bénéfices qui avait été adoptée entre les trois associés.
En outre, la circonstance - parfaitement banale au vu de la position et du rôle joués par A._ au sein de la recourante dont il détient la majorité du capital-actions - qu'avait été conféré au précité un droit de signature sur le compte bancaire de la défenderesse par lequel le demandeur présumait que transiteraient les gains de l'opération, n'était nullement susceptible d'éveiller en tant que telle chez ce dernier le soupçon qu'une grave infraction pouvait être perpétrée à son détriment.
Enfin, il est sans aucune pertinence que la Chambre d'accusation n'ait pas qualifié de téméraire le recours du demandeur exercé contre le classement du Parquet. Seule importe la question de savoir si la plainte pénale, au moment où elle a été déposée, devait être considérée comme un acte téméraire.
Il suit de là que, pourtant revêtu du statut de cadre qui confère à son titulaire une obligation accrue de sauvegarder les intérêts légitimes de son employeur (cf. consid. 3.1 ci-dessus), le demandeur n'a pas hésité à s'engager sur la voie pénale en portant plainte contre celui qui en est le principal actionnaire, sans avoir des motifs objectifs de le faire et sans avoir ne serait-ce que tenté préalablement d'éclaircir la situation peu claire née de rapports compliqués de droit civil noués entre les trois associés, la recourante et deux sociétés « off shore ». L'intimé n'a au demeurant apparemment pas usé de la voie civile contre A._ pour obtenir de celui-ci restitution des gains qu'il se serait prétendument appropriés sans droit. Dans un pareil contexte, la plainte pénale que l'intimé a déposée contre A._ le 31 octobre 2003 était téméraire.
A défaut d'avoir pris en compte l'ensemble de ces paramètres, qui étaient décisifs pour l'appréciation du litige restant à juger, l'autorité cantonale a fait une application erronée de la notion de juste motif ancrée à l'<ref-law>.
Le moyen est bien fondé, si bien que le recours doit être admis, l'arrêt attaqué doit être annulé et il sera prononcé que le licenciement immédiat signifié à l'intimé le 5 novembre 2003 était justifié.
4. L'intimé, qui succombe, paiera les frais judiciaires (<ref-law>) et versera à la recourante une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et il est prononcé que le licenciement immédiat signifié à l'intimé le 5 novembre 2003 était justifié.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 20 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Corboz Ramelet