Sachverhalt:
A. I._, geboren 1959, war seit 20. Juli 1989 bei der Firma X._ angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. Oktober 2002 war er in einen Auffahrunfall verwickelt. Die anfänglich beigezogene Polizei erstellte keinen Unfallrapport. Nach zwei bis drei Stunden suchte I._ wegen auftretender Nacken- und Kopfschmerzen die Klinik A._, auf, welche eine HWS-Distorsion diagnostizierte (Bericht vom 21. Oktober 2002). Dr. med. B._, Facharzt für Innere Medizin, schloss am 18. Oktober 2002 ebenfalls auf eine HWS-Distorsion und attestierte volle Arbeitsunfähigkeit ab 3. Oktober 2002 und eine voraussichtliche Behandlung von vier bis acht Wochen. Im Zwischenbericht vom 10. Februar 2003 hielt er fest, unfallfremde Faktoren würden beim Heilungsverlauf keine Rolle spielen. Die Klinik C._, wo sich I._ vom 26. März bis 17. April 2003 stationär aufhielt, führte im Austrittsbericht vom 8. Mai 2003 als aktuelle Probleme ein zervikozephales und zervikobrachiales Schmerzsyndrom links, ein unfallfremdes lumbospondylogenes Schmerzsyndrom rechts sowie eine Anpassungsstörung mit Schmerzsymptomatik (IDC-10: F 43.25) an und bescheinigte eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % ab 9. Juni 2003 und von 0 % ab 7. Juli 2003. Demgegenüber hielt Dr. med. D._, Facharzt für Neurologie, eine volle Arbeitsunfähigkeit ab 30. April 2003 für gegeben (Bericht vom 28. Juli 2003). Von Oktober 2003 bis März 2004 wurde I._ in der Klinik E._ behandelt. Am 9. September 2004 diagnostizierte die Klinik F._ eine Partialruptur der Supraspinatussehne am linken Schultergelenk. Nach Einholen eines Berichts des Dr. med. G._, Facharzt für Neurologie, vom 18. März 2005 stellte die SUVA am 10. Mai 2005 ihre Leistungen mangels behandlungsbedürftiger Unfallfolgen per sofort ein. Dies bestätigte sie mit Einspracheentscheid vom 6. Oktober 2005. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 13. September 2006 ab. Das Bundesgericht wies die Sache in teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde am 10. April 2007 (U 488/06) an die SUVA zurück, damit diese nach Abklärung im Sinne der Erwägungen erneut über die Leistungseinstellung entscheide.
Die MEDAS Zentralschweiz erstattete am 28. Juli 2008 ein interdisziplinäres Gutachten. Mit Verfügung vom 11. Dezember 2008, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 13. Mai 2009, stellte die SUVA erneut ihre Leistungen per 10. Mai 2005 ein.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 5. November 2009 ab.
C. I._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sowie des Einspracheentscheids vom 13. Mai 2009 und der Verfügung vom 11. Dezember 2008 sei die Sache zur weiteren Abklärung und Berechnung der Invalidenrente sowie der Festsetzung einer Integritätsentschädigung an die SUVA zurückzuweisen.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Das Bundesgericht zog die Akten der IV-Stelle Basel-Stadt bei.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die SUVA verneinte mit Einspracheentscheid vom 13. Mai 2009 das Vorliegen eines natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Ereignis vom 2. Oktober 2002 und den vom Versicherten nach wie vor geklagten Beeinträchtigungen. Die Vorinstanz hat dieses Ergebnis mit Entscheid vom 5. November 2009 bestätigt. Die SUVA stützt sich bei ihrer Verneinung der natürlichen Kausalität auf das von ihr mit Einverständnis des Versicherten in Auftrag gegebene interdisziplinäre Gutachten der MEDAS Zentralschweiz vom 28. Juli 2008 ab. Der Versicherte kritisiert demgegenüber das neurologische Teilgutachten des Dr. med. K._, Facharzt für Neurologie, vom 2. Juli 2008 und somit auch das darauf basierende Gesamtgutachten vom 28. Juli 2008.
2.2 Der Versicherte macht geltend, er habe den Kopf angeschlagen, und verweist diesbezüglich auf eine Aktennotiz der SUVA vom 30. Dezember 2002. Diese Behauptung ist jedoch unzutreffend: Aus der fraglichen Aktennotiz ergibt sich, dass das Unfallauto und nicht der Versicherte selbst einen Schlag erhalten hat. Im gleichentags ausgefüllten und von ihm unterzeichneten Erhebungsblatt für die Abklärung von HWS-Fällen verneinte der Versicherte explizit einen Kopfanprall. Eine Amnesie für den Zeitpunkt des Unfalles oder danach liegt nicht vor. Der Versicherte gab gemäss Aktennotiz der SUVA vom 30. Dezember 2002 lediglich an, er sei sehr nervös und durcheinander gewesen und habe die Papiere nicht sofort finden und kaum schreiben können. Anschliessend war der Versicherte aber offensichtlich in der Lage, das Protokoll mit der Polizei gut aufzunehmen (vgl. dazu das neurologische Konsilium des Dr. med. H._, Facharzt für Neurologie sowie für Physikalische Medizin und Rehabilitation, Klinik C._ vom 31. März 2003). Dr. med. H._ erwähnt in seinem Konsilium denn auch nichts bezüglich des Anschlagens des Kopfes. Die Schlussfolgerung der Experten im MEDAS-Gutachten, infolge Fehlens einer Amnesie dürfte kein Schlag an den Kopf stattgefunden haben, ist somit nicht zu beanstanden. Auch ist es bei getragenen Sicherheitsgurten ohne Weiteres möglich, dass sich der Körper des Versicherten zuerst nach vorne in den Sicherheitsgurt bewegt hat, nachher wieder in den Sitz zurückfiel und dabei schon so viel Bewegungsenergie abgebaut wurde, dass der Kopf die Kopfstütze nicht touchierte. Jedenfalls sind keine Belege vorhanden, wonach ein Anschlagen des Kopfes mit dem im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360 mit Hinweisen) angenommen werden könnte. Damit ist, wie im MEDAS-Gutachten zutreffend festgehalten wurde, das Vorliegen einer milden traumatischen Hirnschädigung (MTBI) auszuschliessen.
2.3 Der Versicherte wirft dem neurologischen Teilgutachter vor, dessen Annahme, er habe nach dem Aufprall völlig normal weiterfahren können, sei unzutreffend. Im Erhebungsblatt für die Abklärung von HWS-Fällen vom 30. Dezember 2002 gab der Versicherte jedoch auf die Frage, welche subjektiven Beschwerden nach dem Unfall gegeben gewesen seien, an, innert ca. zwei bis drei Stunden seien Schmerzen im Nacken und Schwindel aufgetreten. Dieses Erhebungsblatt hat der Versicherte unterzeichnet und dessen Inhalt stimmt mit der Aktennotiz der SUVA gleichen Datums überein. In der Anamnese seines Konsiliums vom 31. März 2003 hielt Dr. med. H._ ebenfalls fest, der Versicherte sei den halben Kilometer selbst nach Hause gefahren. Wenn der Versicherte später vorbringen lässt, er habe bereits an der Unfallstelle an Schwindel und Übelkeit gelitten, so lässt sich dies zumindest mit den zeitlich näher beim Unfallereignis liegenden Dokumenten nicht erhärten. Es kann somit nicht gesagt werden, der neurologische Teilgutachter sei "von einem komplett falschen Sachverhalt" ausgegangen.
2.4 Weiter wirft der Versicherte dem neurologischen Teilgutachter Voreingenommenheit vor. Eine solche ist jedoch nicht erkennbar. Vielmehr ist nachvollziehbar, dass Dr. med. K._ einen zweiten Termin vereinbarte, nachdem er vom Versicherten anlässlich der ersten Untersuchung keine relevanten Antworten erhalten hatte. Aus dem Bericht des behandelnden Dr. med. D._ vom 21. August 2008 ergibt sich, es habe eine Untersuchung durch Dr. med. K._ stattgefunden, welcher sich nicht entschuldigt habe, aber sich im Vergleich zur ersten Untersuchung anders verhalten habe. Dr. med. D._ erwähnt denn auch nichts, das auf Voreingenommenheit hinweisen würde. Allein der Umstand, dass Dr. med. K._ den Begriff "demonstrieren" verwendete, lässt für sich allein nicht auf Voreingenommenheit schliessen. Vielmehr lässt sich daraus ableiten, dass die objektiven Befunde nicht mit den subjektiven Angaben übereinstimmten, was jedoch nicht nur bei der neurologischen Teilbegutachtung, sondern auch im Rahmen anderer Untersuchungen (vgl. etwa das rheumatologische Teilgutachten vom 27. Juni 2008) festgestellt wurde.
2.5 Somit lässt sich die Kritik am neurologischen Teilgutachten nicht aufrecht erhalten. Die übrigen Teilgutachten werden vom Versicherten nicht beanstandet. Gesamthaft ist demnach auf das interdisziplinäre Gutachten der MEDAS Zentralschweiz vom 28. Juli 2008, welches die Anforderungen der Rechtsprechung an ein Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) erfüllt, abzustellen. In diesem Gutachten wird das Vorliegen einer milden traumatischen Hirnschädigung (MTBI) negiert. Ebenso wird festgehalten, die im Zeitpunkt der Erstellung des Gutachtens noch geklagten Beschwerden seien mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nicht mehr auf das Ereignis vom 2. Oktober 2002 zurückzuführen. Damit hat der Unfallversicherer den ihm obliegenden Beweis hinreichend erbracht, wonach die unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens ihre kausale Bedeutung verloren haben, also dahingefallen sind (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b; Urteil U 488/06 vom 10. April 2007 E. 2.2). Da nach dem Gesagten keine Unfallkausalität der noch geklagten Beschwerden des Versicherten mehr gegeben ist, ist die Diskussion über den Umfang der Arbeitsfähigkeit im angestammten Beruf wie auch in einer angepassten Tätigkeit obsolet.
3. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der IV-Stelle Basel-Stadt, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. September 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold