Sachverhalt:
A. Y._ und X._ sind Eigentümer der Parzelle Nr. 1961 in Alpnachstad in der Gemeinde Alpnach/OW. Sie stösst im Süden an die Brünigstrasse (Kantonsstrasse) und im Norden an die Quartier-strasse Niederstad; verkehrsmässig erschlossen ist sie über die letztere. Im Westen grenzt sie an die Parzelle Nr. 1951 von den Eheleuten Z._, welche über eine Ausfahrt in die Brünigstrasse erschlossen ist. Y._ und X._ haben ihre Parzelle mit einem Wohnhaus überbaut, wofür ihnen die Gemeinde Alpnach am 27. Januar 2003 die Baubewilligung erteilt hat. Bestandteil dieser in Rechtskraft erwachsenen Baubewilligung ist u.a. folgende Auflage des Bauamtes Obwalden, Abt. Strasseninspektorat, vom 4. Dezember 2002:
"Das räumliche Sichtfeld von 2.50 m Breite entlang dem Fahrbahnrand der Kantonsstrasse und ab 0.70 m über OK Fahrbahn muss dauernd gewährleistet werden. Pflanzen und Sträucher sowie Objekte (Container usw.) innerhalb dieses Sichtfeldes sind untersagt."
B. Am 12. Juni 2006 verlangten die Eheleute Z._ vom Einwohnergemeinderat Alpnach, die nötigen Schritte zu unternehmen, um die Einhaltung dieser Auflage durchzusetzen, welche gewährleistet, dass sie bei der Benützung ihrer Ausfahrt eine ausreichende Sicht auf die Brünigstrasse haben.
Anlässlich des Augenscheins vom 25. Oktober 2006 stellte die Bau- und Planungskommission Alpnach fest, dass auf der Parzelle Nr. 1961 entlang der Brünigstrasse nahe der Parzellengrenze unrechtmässig ein Maschendrahtzaun sowie, weiter zurückversetzt, eine Hecke mit Palisade erstellt worden waren. Sie forderte Y._ und X._ am 4. Dezember 2006 auf, in Bezug auf die Hecke mit Palisade und den Maschendrahtzaun den rechtmässigen Zustand bis zum 28. Februar 2007 wiederherzustellen oder ein nachträgliches Baugesuch einzureichen.
Mit Beschluss vom 21. Mai 2007 wies der Einwohnergemeinderat die Beschwerde von Y._ und X._ im Sinne der Erwägungen ab. Er gewährte ihnen für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes bei der Hecke/Palisade eine Nachfrist bis zum 15. Juni 2007 und ordnete die Beseitigung des Zauns entlang der Brünigstrasse innert 20 Tagen ab Zustellung des Entscheids an.
Y._ und X._ erhoben dagegen Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Obwalden. Dieser wies die Beschwerde am 22. Januar 2008 ab, soweit er darauf eintrat. Er verpflichtete Y._ und X._, den rechtmässigen Zustand innert eines Monats ab Rechtskraft des Entscheids wiederherzustellen oder in der gleichen Frist ein nachträgliches Baugesuch einzureichen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wies er ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden hiess am 2. Juli 2009 die Beschwerde von Y._ und X._ im Sinne der Erwägungen gut und hob diesen Entscheid des Regierungsrats auf. Es verpflichtete Y._ und X._, die um 2,8 m zurückversetzte Hecke mit der Pflanzenbefestigung aus Holz binnen eines Monats ab Rechtskraft des Entscheids auf die baubewilligungsfreie Höhe von 1.2 m zu reduzieren oder ein entsprechendes nachträgliches Baugesuch zu stellen, sofern über das im Verfahren vor Regierungsrat aufgelegte Baubewilligungsgesuch vom 14. Juni 2007 noch nicht entschieden sei. Der Maschendrahtzaun (einschliesslich Zaunpfosten) sei innerhalb eines Monates ab Rechtskraft des Urteils auf eine Höhe von 70 cm zu reduzieren; einer allfälligen Beschwerde würde in diesem Punkt die aufschiebende Wirkung entzogen. Es gewährte Y._ und X._ sowohl für das regierungsrätliche als auch das verwaltungsgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege.
C. Mit "Staatsrechtsbeschwerde in Verwaltungssachen" bzw. "Bundesverwaltungsgerichtsbeschwerde" wegen Rechtsverweigerung, Verletzung der Rechtsgleichheit, des "Personenschutzes nach BV und EMRK", Willkür sowie Verletzung der Eigentumsgarantie und des Verhältnismässigkeitsprinzips beantragen Y._ und X._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die entzogene aufschiebende Wirkung wiederherzustellen. Ausserdem ersuchen sie um unentgeltliche Rechtspflege.
D. Am 9. Oktober 2009 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
E. Der Regierungsrat des Kantons Obwalden lässt auf Vernehmlassung verzichten. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verweis auf seinen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Der Einwohnergemeinderat Alpnach beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eheleute Z._ beantragen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher (<ref-law>) Entscheid in einer Bausache und damit in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> besteht nicht. Das als "Staatsrechtsbeschwerde/Bundesverwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichnete Rechtsmittel ist somit als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen. Die Beschwerdeführer rügen die Verletzung verschiedener von Bundesverfassung und der EMRK garantierter Rechte, was zulässig ist. Als Adressat der umstrittenen Auflage und der Verpflichtung, ihre Hecke/Palisade auf die bewilligungsfreie Höhe von 1.2 m zu stutzen oder ein Baubewilligungsgesuch einzureichen, sind sie im Sinne von <ref-law> beschwerdebefugt. Auf die an sich zulässige Beschwerde kann jedoch aus folgenden Gründen nicht eingetreten werden:
1.1 Die Beschwerdeführer rügen im Wesentlichen nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten, wofür eine qualifizierte Begründungspflicht gilt. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2; zur Publikation bestimmter Entscheid 2C_49/2008 vom 25. September 2009 E. 1.3.1). Soweit im Folgenden die zumeist bloss summarisch begründeten Verfassungsrügen nicht behandelt werden, genügen sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht.
1.2 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>). Die Beschwerdeführer machen nicht geltend, dass für die von ihnen im bundesgerichtlichen Verfahren neu eingereichten bzw. angebotenen Beweismittel - eine Massaufnahme vom 9. September 2009, ein Bericht des Instituts für Verkehrsplanung und Transportsysteme IVT der ETH Zürich vom 10. September 2009 sowie die Zeugeneinvernahme von Peter Kriesi - erst der Entscheid des Verwaltungsgerichts Anlass gab, und das ist auch nicht ersichtlich. Sie sind dementsprechend nicht zu verwerten bzw. abzunehmen.
1.3 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht. Dies ist im Einzelnen darzulegen, auf rein appellatorische Kritik ist nicht einzutreten. Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, der umstrittene Maschendrahtzaun schränke die Sicht eines aus der Ausfahrt der Nachbarparzelle Nr. 1951 fahrenden Automobilisten erheblich ein. Die Beschwerdeführer bestreiten dies, ohne darzutun, weshalb diese Feststellung des Verwaltungsgerichts unhaltbar sein soll und unter Verweis auf unzulässige Noven (oben E. 1.2). Darauf ist nicht einzutreten.
1.4 Gegenstand des kantonalen Verfahrens war einzig die baurechtliche Zulässigkeit des Maschendrahtzauns und der Hecke mit Palisade auf der Parzelle der Beschwerdeführer. Das Verwaltungsgericht war somit weder berechtigt noch verpflichtet zu prüfen, ob die Ausfahrt der Nachbarbarzelle Nr. 1951 (zu) gefährlich sei und deren Sicherheit verbessert werden müsste. Die von den Beschwerdeführern in diesem Zusammenhang erhobene Rechtsverweigerungsrüge geht an der Sache vorbei, darauf ist nicht einzutreten.
1.5 Nach der im Sachverhalt wiedergegebenen Auflage der den Beschwerdeführern am 27. Januar 2003 erteilten Baubewilligung sind sie verpflichtet, auf ihrer Parzelle einen 2,5 m breiten Streifen entlang der Brünigstrasse von Bauten, Pflanzen und Objekten freizuhalten, welche eine Höhe von 70 cm ab oberkant Fahrbahn überschreiten. Die Baubewilligung und damit auch diese Auflage sind in Rechtskraft erwachsen. Die vom Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid getroffene Anordnung, den Maschendrahtzaun in diesem von der Auflage betroffenen Parzellenteil auf die Höhe von 70 cm zu stutzen, dient somit allein der Durchsetzung der erwähnten Auflage, ist dementsprechend eine reine Vollzugsmassnahme. In dieser Konstellation sind nur Einwände gegen die Rechtmässigkeit der Vollstreckungsverfügung selber zulässig; grundsätzlich ausgeschlossen ist dagegen die Rüge, die ihr zu Grunde liegende materielle Verfügung - hier die Baubewilligung vom 27. Januar 2003 bzw. die darin enthaltene, umstrittene Auflage - sei rechtswidrig (zum bisherigem Recht: <ref-ruling> E. 1.1 S. 412; <ref-ruling> E. 3c/cc S. 499; <ref-ruling> E. 2b S. 175, zu dessen Weitergeltung unter der Herrschaft des Bundesgerichtsgesetzes: Urteil 8C_300/2008 vom 28. November 2008, E. 3; Urteil 5D_38/2007 vom 17. Juli 2007 E. 2).
Die Beschwerdeführer wenden sich ausschliesslich gegen die in der Baubewilligung enthaltene Auflage und bringen nichts vor, was geeignet wäre, die verwaltungsgerichtliche Vollzugsanordnung rechtswidrig erscheinen zu lassen. Darauf ist nicht einzutreten. Soweit die Beschwerdeführer darlegen, diese Auflage komme einer Enteignung gleich und stelle damit sinngemäss eine Verletzung der Eigentumsgarantie dar (Beschwerde S. 6 ff.), könnte auf dieses Vorbringen auch deshalb nicht eingetreten werden, weil es neu und damit unzulässig ist (<ref-ruling> E. 2).
2. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>) Sie haben zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (<ref-law>).
Mit der Zustellung dieses Bundesgerichtsentscheids erwächst das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts in Rechtskraft. Die den Beschwerdeführern von diesem angesetzten Fristen beginnen damit ab diesem Datum ohne Weiteres neu zu laufen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. 2.1 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
2.2 Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Einwohnergemeinderat Alpnach sowie dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi