Sachverhalt:
A. R._, geboren 1946, war Gründungsmitglied, Mehrheitsgesellschafter und Geschäftsführer der zusammen mit seinem Sohn S._ gegründeten Firma X._ GmbH (nachfolgend auch: Gesellschaft), die am ... im Handelsregister eingetragen wurde. Zur Durchführung der beruflichen Vorsorge schloss sich die Gesellschaft der Stiftung W._ für die berufliche Vorsorge (nachfolgend: Stiftung) an. R._ war der einzige Versicherte.
Am ... wurde die Auflösung der Gesellschaft beschlossen. R._ teilte dies der Stiftung mit Schreiben vom 30. September 2006 mit. Er kündigte den Anschlussvertrag und erklärte, es werde aus Liquiditätsgründen nicht möglich sein, zugunsten der Versicherung den Saldo des Vertragskontos auszugleichen. Gleichzeitig gab er an, nach der Liquidation als Einzelunternehmung tätig zu sein. Er ersuchte um Mitteilung und Rückerstattung seines Vorsorgeguthabens.
Der Liquidationsbeschluss wurde am ... im Handelsregister eingetragen. Am ..., ... und ... wurde ein Schuldenruf publiziert.
Am 27. Oktober 2006 bestätigte die Stiftung schriftlich die Auflösung des Anschlussvertrages auf den 26. September 2006 und setzte die Freizügigkeitsleistung auf Fr. 50'905.90 fest. Sie machte auf dem Wege der Verrechnung eine Forderung aus Beitragsausständen in der Höhe von Fr. 29'198.25 (inkl. Zinsen, Beitrag an Sicherheitsfonds und Auflösungskosten) geltend.
Am ... wurde die Firma im Handelsregister gelöscht.
B. Am 13. April 2007 liess R._ beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau Klage erheben mit dem Rechtsbegehren, die Stiftung sei zu verpflichten, ihm die Freizügigkeitsleistung nebst 5 % Zins seit 26. September 2006 auszubezahlen. Er begründete es damit, die Verrechnung seiner Freizügigkeitsleistung mit vertraglichen Ansprüchen gegenüber der liquidierten Gesellschaft sei unzulässig, da für solche Leistungen ein generelles Verrechnungsverbot bestehe. Sie sei auch deshalb ausgeschlossen, weil das Geld nicht zwischen den gleichen Personen geschuldet sei.
Die Stiftung hielt dagegen, der Ausstand von Fr. 29'198.25 sei ausgewiesen und unbestritten. Dessen Höhe sei der Gesellschaft vor Ablauf der Anmeldefrist für Forderungen bekannt gewesen. Der Restbetrag von Fr. 21'827.85 sei inzwischen ausgerichtet worden. Faktisch sei die GmbH eine Einmanngesellschaft gewesen, hinter welcher wirtschaftlich der Kläger gestanden habe, dem als Geschäftsführer die Überschuldung der Gesellschaft bekannt gewesen sei. Darum hätte die Liquidation nicht beschlossen werden dürfen, sondern die Bilanz beim Konkursrichter deponiert werden müssen. Die mit der Geschäftsführung oder der Liquidation betrauten Personen seien den Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich, den sie durch absichtliche oder fahrlässige Verletzung ihrer Pflichten verursachen.
Replicando warf der Kläger ein, eine Gegenforderung der Stiftung aus gesellschaftsrechtlicher Verantwortlichkeit stehe nicht fest und es seien auch keine solche Bestimmungen verletzt worden. Zudem bestätigte er die Auszahlung des Restbetrages.
Mit Entscheid vom 4. März 2008 hiess das kantonale Gericht die Klage teilweise gut und verpflichtete die Stiftung zur Auszahlung einer Freizügigkeitsleistung von Fr. 29'078.05 zuzüglich Zins von 5 % ab 27. September 2006; darüber hinausgehend schrieb es die Klage (im Umfang des ausbezahlten Betrages) zufolge teilweisen Rückzugs als erledigt ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Stiftung, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei die Klage abzuweisen; eventualiter sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
R._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen; ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Vorinstanz beantragt Abweisung der Beschwerde, das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Bundesrechtsverletzungen im Sinne von <ref-law> überprüft das Bundesgericht frei; zum frei überprüfbaren Bundesrecht gehört auch das von einer Vorsorgeeinrichtung reglementarisch oder statutarisch (unter Einschluss der Stiftungsurkunde) erlassene Berufsvorsorgerecht (vgl. in <ref-ruling> nicht publ. E. 2 [B 113/03]; <ref-ruling> E. 2b S. 335; ULRICH MEYER, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 10 zu Art. 106; MARKUS SCHOTT, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 46 zu Art. 95; HANSJÖRG SEILER, in: Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N. 27 zu Art. 95). In tatsächlicher Hinsicht ist die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts dahingehend eingeschränkt, dass es die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen kann, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>).
2. 2.1 Nach <ref-law> (in der hier noch anwendbaren, bis 31. Dezember 2007 in Kraft gewesenen Fassung) gelten für die Verantwortlichkeit der bei der Gründung der Gesellschaft mit beschränkter Haftung beteiligten und mit der Geschäftsführung und der Kontrolle betrauten Personen sowie der Liquidatoren die Bestimmungen des Aktienrechts. Demnach sind gemäss <ref-law> alle mit der Geschäftsführung oder mit der Liquidation einer Gesellschaft befassten Personen sowohl der Gesellschaft als den Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich, den sie durch absichtliche oder fahrlässige Verletzung ihrer Pflichten verursachen.
Zudem besteht gemäss <ref-law> (in der hier noch anwendbaren, bis 31. Dezember 2007 in Kraft gewesenen Fassung) für die GmbH eine Anzeigepflicht entsprechend den aktienrechtlichen Vorschriften (<ref-law>), wenn das Stammkapital nicht mehr zur Hälfte gedeckt ist oder eine Überschuldung vorliegt. Demnach ist bei Bestehen einer begründeten Besorgnis einer Überschuldung eine Zwischenbilanz zu erstellen; ergibt sich daraus, dass die Forderungen der Gläubiger nicht gedeckt sind, so ist der Richter zu benachrichtigen.
2.2 Speziell für die Auflösung der GmbH findet sich in <ref-law> (in der hier noch anwendbaren, bis 31. Dezember 2007 in Kraft gewesenen Fassung) ein zusätzlicher Verweis auf das Aktienrecht, gilt doch für die Bestellung und Abberufung von Liquidatoren, für die Durchführung der Liquidation, die Löschung der Gesellschaft im Handelsregister und die Aufbewahrung der Geschäftsbücher ausdrücklich das genannte Recht.
Die Liquidatoren der GmbH haben demnach bei der Amtsübernahme eine Bilanz aufzustellen und die aus den Geschäftsbüchern ersichtlichen oder in anderer Weise bekannten Gläubiger durch besondere Mitteilung, unbekannte Gläubiger und solche mit unbekanntem Wohnort durch öffentliche Bekanntmachung im Schweizerischen Handelsamtsblatt und überdies in der von den Statuten vorgesehenen Form von der Auflösung der Gesellschaft in Kenntnis zu setzen und zur Anmeldung ihrer Ansprüche aufzufordern (<ref-law>).
Zum Zwecke des Gläubigerschutzes haben die Liquidatoren den Betrag der Forderungen bekannter Gläubiger, welche die Anmeldung unterlassen haben, gerichtlich zu hinterlegen; ebenso ist für die nicht fälligen und die streitigen Verbindlichkeiten der GmbH ein entsprechender Betrag zu hinterlegen, sofern nicht den Gläubigern eine gleichwertige Sicherheit bestellt oder die Verteilung des Gesellschaftsvermögens bis zur Erfüllung dieser Verbindlichkeiten ausgesetzt wird (<ref-law>).
2.3 Die Liquidatoren haben die laufenden Geschäfte zu beendigen, die Aktiven zu verwerten und die Verpflichtungen der Gesellschaft zu erfüllen; sobald aufgrund der Bilanz und des Schuldenrufs eine Überschuldung festzustellen ist, haben sie den Richter zu benachrichtigen, der die Eröffnung des Konkurses auszusprechen hat (<ref-law>).
2.4 Das Vermögen der aufgelösten GmbH wird nach Tilgung ihrer Schulden, aber frühestens ein Jahr nach dem dritten Schuldenruf verteilt; wenn ein besonders befähigter Revisor bestätigt, dass die Schulden getilgt sind, darf die Verteilung bereits nach drei Monaten erfolgen, falls nach den Umständen angenommen werden kann, dass keine Interessen Dritter gefährdet werden (Art. 745 Abs. 1-3 OR [in der hier noch anwendbaren, bis 31. Dezember 2007 in Kraft gewesenen Fassung]).
3. Der Streit dreht sich darum, welche BVG-Freizügigkeitsleistung dem Beschwerdegegner (Gründungsmitglied, Mehrheitsgesellschafter, Geschäftsführer und einziger Angestellter der liquidierten Gesellschaft) als Destinatär des von ihm gekündigten Anschlussvertrages betraglich auszurichten ist.
3.1 Der Versicherte besteht auf ungekürzter Auszahlung, weil die Verrechnung vertraglicher Ansprüche der liquidierten Gesellschaft mit einer Freizügigkeitsleistung generell verboten sei und nicht er die verrechneten Beiträge geschuldet habe.
3.2 Die Stiftung hält dagegen, der Ausstand von Fr. 29'198.25 sei ausgewiesen und werde nicht bestritten. Die Höhe der Forderung wie auch die Überschuldung seien der Gesellschaft bzw. ihrem Geschäftsführer vor dem Liquidationsbeschluss bekannt gewesen, weshalb beim Konkursrichter die Bilanz zu deponieren gewesen wäre und nicht die Liquidation hätte beschlossen werden dürfen.
3.3 Die Vorinstanz hat dazu erwogen, es sei von einem schuldhaften Nichtbezahlen der ausstehenden Beiträge auszugehen und grundsätzlich eine Haftung nach Art. 827 i.V.m. <ref-law> ausgelöst worden. Allerdings sei das Versäumnis der Vorsorgeeinrichtung, ihre Forderung trotz dreimaligem Schuldenruf anzumelden und deren Bezahlung vor Auflösung der Gesellschaft einzufordern, als Selbstverschulden zu werten; diesem komme unter dem Gesichtspunkt der adäquaten Kausalität ein derart grosses Gewicht zu, dass die anderen Ursachen des Schadens verdrängt würden. Die Stiftung habe so den Kausalzusammenhang zwischen der Sorgfaltspflichtverletzung des Gesellschaftsorgans und den Beitragsausständen durch eigenes Verhalten unterbrochen.
4. Dem Beschwerdegegner als Geschäftsführer und Liquidator war bewusst, dass die Gesellschaft in finanziellen Schwierigkeiten steckte, als er der Beschwerdeführerin vier Tage nach dem Auflösungsbeschluss die Kündigung des Anschlussvertrages schriftlich mitteilte und dabei darauf hinwies, es werde aus Liquiditätsgründen nicht möglich sein, den Saldo des Vertragskontos auszugleichen. Damit ist die Stiftung als bekannte Gläubigerin rechtsgenüglich durch besondere Mitteilung über die Auflösung der Gesellschaft in Kenntnis gesetzt worden (vgl. auch Marginalie Schuldenruf; Art. 742 Abs. 2 erster Halbsatz OR). Die Vorinstanz hat nicht näher begründet, warum sie zur Feststellung gelangt, die Beschwerdeführerin habe es versäumt, trotz dreimaligem Schuldenruf ihre Forderung anzumelden und die Bezahlung vor Auflösung der Gesellschaft einzufordern. Dies ist aktenwidrig, denn der Beschwerdegegner hat mit der vorinstanzlichen Klage selber den Beleg eingereicht, mit dem die Beschwerdeführerin den Prämienausstand geltend gemacht hatte: Am 27. Oktober 2006 bestätigte die Stiftung gegenüber der Gesellschaft schriftlich die Auflösung des Anschlussvertrages auf den 26. September 2006, setzte die Freizügigkeitsleistung auf Fr. 50'905.90 fest, und machte eine Forderung aus Beitragsausständen in der Höhe von Fr. 29'198.25 (inkl. Zinsen, Beitrag an Sicherheitsfonds und Auflösungskosten) geltend. Art. 742 Abs. 2 zweiter Halbsatz OR, verlangt nur, dass unbekannte Gläubiger durch öffentlichen Schuldenruf im Schweizerischen Handelsamtsblatt von der Auflösung der Gesellschaft in Kenntnis zu setzen und zur Anmeldung ihrer Ansprüche aufzufordern sind.
Hier wurden im publizierten "Liquidations-Schuldenruf gemäss Art. 742 und 745 OR" die Gläubiger aufgefordert, ihre Ansprüche schriftlich und begründet innert 30 Tagen nach der dritten Publikation [am 17. Oktober 2006] beim Liquidator anzumelden. Diese Bedingung ist mit dem Schreiben der Beschwerdeführerin vom 27. Oktober 2006 offensichtlich erfüllt. Es war an den Versicherungsberater adressiert, aber in der Anrede wurde der Beschwerdegegner direkt angesprochen. Es gelangte rechtzeitig während der Abwicklung der Auflösung in dessen Besitz, hat er es doch mit der Klage vom 13. April 2007 eingereicht. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz kann somit der Beschwerdeführerin kein Selbstverschulden durch Unterlassung der Forderungsanmeldung vorgeworfen werden.
5. Die Pflichtwidrigkeit des Verhaltens des Beschwerdegegners und seine Ersatzpflicht (<ref-law>) sind dadurch begründet, dass er es als Geschäftsführer über längere Zeit unterliess, die Beiträge zu bezahlen, und er später als Liquidator die Ausstände nicht beglichen hat. Es geht hier nicht um die Verrechnung von Ansprüchen, die nicht zwischen den gleichen Personen geschuldet sind, wie der Beschwerdegegner vorinstanzlich noch argumentiert hat, sondern um eine Forderung, welche die Beschwerdeführerin gegen den Beschwerdeführer persönlich erhebt. Dieser hat im Übrigen keine Umstände geltend gemacht, welche die Nichtbezahlung der Ausstände rechtfertigen könnten; so hat er selber festgehalten, die Bewilligung durch das Kantonale Steueramt der Löschung im Handelsregister sei erst "nach Bezahlung sämtlicher offener Rechnungen" erfolgt (Schreiben vom 23. Februar 2007 an Y._). Offenbar war also Geld vorhanden, mit dem die ausstehenden Beiträge hätten bezahlt werden können. Dass dies nicht geschehen ist, ist Indiz dafür, dass eine Verrechnung tatsächlich vereinbart wurde, auch wenn dies nun bestritten wird. Angesichts des strengen Massstabs, den die Rechtsprechung im Rahmen von <ref-law> zur subsidiären Haftung der Organe eines Arbeitgebers bei der Beurteilung der Grobfahrlässigkeit gesetzt hat (vgl. statt vieler <ref-ruling>, 126 V 237, 114 V 219), muss das Vorgehen des Beschwerdegegners erst recht bei der Bewertung einer Pflichtwidrigkeit unter dem Titel von Art. 827 i.V.m. <ref-law> für eine Haftung ausreichen, wo bereits eine einfache Fahrlässigkeit genügt. Damit ist eine Pflichtverletzung des Beschwerdegegners als Geschäftsführer und Liquidator zu bejahen und ein Selbstverschulden der Beschwerdegegnerin zu verneinen. Bei diesem Ausgang kann offen bleiben, ob die Nichteinvernahme des beantragten Zeugen durch die Vorinstanz eine Gehörsverletzung darstellte.
6. Was das vom Beschwerdegegner für Freizügigkeitsleistungen geltend gemachte generelle Verrechnungsverbot betrifft, hat die Vorinstanz mit Recht auf <ref-ruling> E. 6.2.1 S. 137 und E. 6.3.2 S. 140 verwiesen (siehe auch Urteil 9C_203/2007 vom 8. Mai 2008 E. 2.2), wonach die Verrechnung einer Schadenersatzforderung der Vorsorgeeinrichtung mit einem Anspruch des Destinatärs auf Übertragung der Vorsorgemittel (Austrittsleistung) an eine neue Vorsorgeeinrichtung unzulässig ist, soweit sie eine Zweckentfremdung bewirkt; diese Gefahr besteht bei zulässiger Barauszahlung nicht, weil die entsprechenden Mittel nicht mehr für die künftige Vorsorge reserviert sind. In solchen Fällen wird das ausbezahlte Vermögen bewusst aus der bis dahin bestehenden Zweckbindung entlassen und der Destinatär kann frei darüber verfügen.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden (<ref-law>). Er wird der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).
8. Die Beschwerdeführerin beantragt unter Berufung auf <ref-law>, wonach die unterliegende Partei in der Regel verpflichtet wird, der obsiegenden alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen, eine angemessene Entschädigung ihrer Aufwendungen für das Verfahren vor beiden Gerichtsinstanzen. Obsiegende Behörden und mit öffentlichrechtlichen Aufgaben betraute Organisationen haben jedoch grundsätzlich keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>). Zu den mit öffentlichrechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen gehören auch die Pensionskassen (<ref-ruling> E. 4a S. 150, 123 V 290 E. 10 S. 309). Ausnahmsweise kann eine Parteientschädigung gewährt werden, wenn wegen der Besonderheit oder Schwierigkeit der Sache der Beizug eines frei praktizierenden Anwalts notwendig ist (<ref-ruling> E. 6b S. 456; RKUV 1995 Nr. K 955 S. 6 [K 40/93]), was hier nicht der Fall war und unterblieb.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 4. März 2008 wird aufgehoben. Die Klage vom 13. April 2007 wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Dr. Hans Ulrich Ziswiler, Aarau, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdegegners bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 750.- ausgerichtet.
5. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz