Sachverhalt:
A. Mit Urteil der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen vom 4. November 2003 wurde A._ (Beschwerdeführer) der Vergewaltigung von B._ (Beschwerdegegnerin) schuldig erklärt und zu einer Zuchthausstrafe von 18 Monaten verurteilt, wobei der Vollzug der Strafe aufgeschoben und die Probezeit auf zwei Jahre festgesetzt wurde (Ziff. 1). Die Beurteilung der Zivilansprüche der geschädigten Beschwerdegegnerin wurde für später in Aussicht gestellt (Ziff. 2). Das Strafurteil vom 4. November 2003 erwuchs am 20. April 2005 in Rechtskraft, nachdem das Bundesgericht eine staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen hatte und auf eine gleichzeitig erhobene Nichtigkeitsbeschwerde nicht eingetreten war. Revisionsgesuche gegen das Urteil des Bundesgerichts und gegen das Urteil des Kantonsgerichts blieben erfolglos.
B. Nach Eintritt der Rechtskraft des Strafentscheides machte die Beschwerdegegnerin mit Klage vom 1. Juni 2005 bei der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen Zivilansprüche gegen den Beschwerdeführer geltend. Mit Entscheid vom 22. Mai 2007 verpflichtete die Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen den Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin eine Genugtuung von Fr. 15'000.-- sowie eine Entschädigung nach Gleichstellungsgesetz von Fr. 25'230.--, beides zuzüglich Zins, zu bezahlen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 1. September 2007 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, der Entscheid der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen vom 22. Mai 2007 sei aufzuheben, und die Schadenersatz- und Genugtuungsklage sei vollumfänglich abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Weiter beantragt sie, dass ihr für das Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht die unentgeltliche Rechtspflege und die unentgeltliche Verbeiständung gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG zu gewähren sei.
Das Kantonsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Nach <ref-law> unterliegen der Beschwerde in Strafsachen auch Entscheide in Zivilsachen, wenn sie zusammen mit der Strafsache zu behandeln sind. Wenn jedoch im Strafverfahren vor der oberen kantonalen Instanz nur noch der Zivilpunkt streitig ist, so ist nicht die Beschwerde in Strafsachen, sondern die Beschwerde in Zivilsachen gegeben (zur Publikation bestimmtes Urteil 4A_328/2007 vom 23. Oktober 2007, E. 2.2).
Im vorliegenden Fall hat die Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen im angefochtenen Entscheid vom 22. Mai 2007 ausschliesslich über die noch offenen Zivilansprüche befunden, nachdem die Beurteilung der Zivilansprüche in Ziff. 2 des Strafurteils vom 4. November 2003 für später in Aussicht gestellt worden war. Der Beschwerdeführer hat somit den Entscheid der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen vom 22. Mai 2007, der ausschliesslich die Zivilansprüche zum Gegenstand hatte, zutreffend mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten. Auf die Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten, zumal der erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- erreicht wird (Art. 74 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit <ref-law>), die Beschwerde sich gegen ein Urteil der letzten kantonalen Instanz richtet (<ref-law>) und fristgerecht (<ref-law>) von einer am Verfahren vor dem Kantonsgericht beteiligten Partei erhoben wurde (<ref-law>).
2. 2.1 Die Strafkammer des Kantonsgerichts ging im angefochtenen Entscheid vom 22. Mai 2007 gestützt auf sein rechtskräftiges Strafurteil vom 4. November 2003 davon aus, dass der Beschwerdeführer am 23. April 1997 früh morgens der Beschwerdegegnerin, die in seinem Betrieb eine Anlehre im Service absolvierte, in den Putzraum befahl, von innen beide Türen abschloss und sie aufforderte, sich auszuziehen, ansonsten er sie schlagen würde. Nachdem sich die Beschwerdegegnerin ausgezogen hatte, zog sich der Beschwerdeführer ebenfalls aus und verlangte von der Beschwerdegegnerin, sich auf den Boden zu legen. Weil sie sich vorerst weigerte, drohte er erneut, sie zu schlagen. Sie versuchte vergeblich, den Beschwerdeführer wegzustossen und legte sich dann auf den Boden. Der Beschwerdeführer streifte sich ein Kondom über, legte sich auf die Beschwerdegegnerin und vollzog den Geschlechtsverkehr.
2.2 Wie erwähnt wurden die hier umstrittenen Zivilansprüche der Beschwerdegegnerin im Strafverfahren vor der Strafkammer des Kantonsgerichts - und nicht in einem separaten Zivilverfahren vor dem Zivilrichter - beurteilt. Die Strafkammer hat im Entscheid vom 4. November 2003 in Anwendung von <ref-law> (Opferhilfegesetz [SR 312.5]) nur im Strafpunkt geurteilt (Ziff. 1) und die Behandlung der Zivilansprüche für später in Aussicht gestellt (Ziff. 2). Dabei ist der Strafrichter nicht nur dann, wenn er sogleich im Strafurteil adhäsionsweise über den Zivilpunkt entscheidet (<ref-law>), sondern auch dann, wenn er später über die Zivilansprüche befindet (<ref-law>), an seine eigenen Feststellungen gebunden (<ref-ruling> E. 2 S. 108; Sabine Steiger-Sackmann, in: Gomm/Zehntner (Hrsg.), Kommentar zum Opferhilfegesetz, 2. Auflage, Bern 2005, N. 55 zu <ref-law>).
2.3 Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt, der dem Strafurteil des Kantonsgerichtes vom 4. November 2003 zu Grunde liegt, auch im vorliegenden Verfahren in Frage stellt, kann er nach dem Gesagten nicht gehört werden. Dies gilt insbesondere auch in Bezug auf sein Argument, eine Einvernahme seines Sohnes als Entlastungszeuge würde zweifelsfrei seine Unschuld belegen. Diese Frage war Gegenstand eines Revisionsverfahrens vor dem Kantonsgericht, welches die Wiederaufnahme mit Entscheid vom 29. September 2006 nicht zuliess. Mit Urteil vom 2. März 2007 wies das Bundesgericht eine dagegen erhobene staatsrechtliche Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war, und trat im Übrigen auf eine gleichzeitig erhobene Nichtigkeitsbeschwerde nicht ein. Nachdem der Beschwerdeführer bereits in verschiedenen Rechtsmittel- und Revisionsverfahren vergeblich gegen das Urteil vom 4. November 2003 opponiert - und insbesondere auch die Einvernahme seines Sohnes als Entlastungszeuge verlangt - hatte, kann im vorliegenden Zivilverfahren nicht darauf zurückgekommen werden. Wie dargelegt ist der rechtskräftige Strafentscheid vom 4. November 2003 für die Beurteilung der Zivilansprüche durch den Strafrichter bindend.
3. Der Beschwerdeführer beanstandet die Höhe der von der Vorinstanz zugesprochenen Genugtuung.
3.1 Gemäss <ref-law> hat derjenige, der in seiner Persönlichkeit widerrechtlich verletzt wird, Anspruch auf Leistung einer Geldsumme, sofern die Schwere der Verletzung es rechtfertigt und diese nicht anderes wiedergutgemacht worden ist. Die Genugtuung bezweckt den Ausgleich für erlittene immaterielle Unbill bzw. erlittenes Unrecht, indem das Wohlbefinden anderweitig gesteigert oder die Beeinträchtigung erträglicher gemacht wird. Bemessungskriterien sind vor allem die Art und Schwere der Verletzung, die Intensität und Dauer der Auswirkungen auf die Persönlichkeit des Betroffenen sowie der Grad des Verschuldens des Haftpflichtigen (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 119, 127 IV 215 E. 2a S. 216, 125 III 412 E. 2a S. 417, je mit Hinweisen). Die Festsetzung der Höhe der Genugtuung beruht auf richterlichem Ermessen (<ref-law>). Ob der kantonale Richter sein Ermessen richtig ausgeübt hat, ist eine Rechtsfrage, die das Bundesgericht frei überprüft. Da dem kantonalen Richter ein weiter Ermessensspielraum zusteht, auferlegt sich das Bundesgericht bei der Überprüfung jedoch Zurückhaltung. Es schreitet nur ein, wenn der Sachrichter grundlos von den in Lehre und Rechtsprechung ermittelten Bemessungsgrundsätzen abgewichen ist, wenn er Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen, oder wenn er andererseits Umstände ausser Betracht gelassen hat, die er in seinen Entscheid hätte mit einbeziehen müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig bzw. als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2a S. 216 f. mit Hinweisen).
3.2 Das Kantonsgericht hat im angefochtenen Entscheid ausgeführt, dass die Beschwerdegegnerin noch heute an den Folgen der Vergewaltigung leide. Traumatisierend für die Beschwerdegegnerin sei nicht nur die an ihr begangene Tat, sondern auch das Verhalten des Beschwerdeführers, welches dazu geführt habe, dass sie befürchtete, man glaube ihr nicht. Auch der Umstand, dass das Urteil gegen den Beschwerdeführer erst im April 2005 rechtskräftig geworden sei, habe sie belastet. Einfluss auf die Höhe der Genugtuung habe auch das Verschulden des Haftpflichtigen. Im Strafurteil sei festgehalten worden, dass der Beschwerdeführer gegenüber dem Opfer zwar ein Minimum an Gewalt angewendet habe, was aber nicht sein Verdienst gewesen sei, sondern sich allein durch das Verhalten des Opfers in seiner ausweglosen Situation ergeben habe. Der Beschwerdeführer habe aus rein sexuellem Motiv gehandelt, jedoch keine demütigenden Praktiken angewendet und beim Geschlechtsverkehr ein Kondom übergestreift. Schliesslich sei auch zu berücksichtigen, dass er seine Autoritätsstellung gegenüber dem Opfer krass missbraucht habe. Wenn alle Punkte gegeneinander abgewogen würden, sei eine Genugtuung von Fr. 15'000.-- angemessen.
3.3 Mit diesen Erwägungen hat das Kantonsgericht den wesentlichen Elementen für die Bemessung der Genugtuung Rechnung getragen. In Bezug auf die Art und Schwere der Verletzung sowie die Intensität und Dauer der Auswirkung auf die Persönlichkeit der Betroffenen hat das Kantonsgericht ausgeführt, dass diese heute noch an den Folgen der Vergewaltigung leide und traumatisiert sei. Insbesondere über das Andauern der Persönlichkeitsverletzung bis heute konnten im Strafurteil vom 3. November 2003 naturgemäss noch keine Feststellungen getroffen werden, weshalb der Beschwerdeführer insoweit mit Sachverhaltsrügen nach <ref-law> nicht grundsätzlich ausgeschlossen ist. Soweit er aber einwendet, es sei "keine für die [Beschwerdegegnerin] ins Gewicht fallende Persönlichkeitsverletzung" erkennbar, laufen seine Ausführungen mangels hinreichender Begründung auf unzulässige Kritik an den Tatsachenfeststellungen hinaus, worauf nicht einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen). Unbegründet ist sodann der Hinweis des Beschwerdeführers, unter Berücksichtigung der im Strafverfahren ausgefällten Strafe von 18 Monaten Gefängnis bedingt sei die vom Kantonsgericht festgesetzte Genugtuung von Fr. 15'000.-- überrissen. Der Beschwerdeführer scheint zu übersehen, dass nicht allein das Verschulden des Haftpflichtigen, wie es sich in der Strafe niederschlägt, massgebend ist, sondern dass auch die bereits erwähnten Kriterien (Art und Schwere der Verletzung sowie Intensität und Dauer der Auswirkung auf die Persönlichkeit der Betroffenen) zu berücksichtigen sind. Inwieweit das Kantonsgericht bei der Gesamtwürdigung aller Kriterien sein Ermessen überschritten haben soll, legt der Beschwerdeführer nicht dar und ist auch nicht ersichtlich.
4. Weiter kritisiert der Beschwerdeführer auch die der Beschwerdegegnerin gestützt auf Art. 5 Abs. 3 und 4 GlG (Gleichstellungsgesetz [SR 151.1]) zugesprochene Entschädigung von Fr. 25'230.--.
4.1 Bei einer Diskriminierung durch sexuelle Belästigung kann das Gericht der betroffenen Person eine Entschädigung zusprechen, wenn der Arbeitgeber nicht beweist, dass er Massnahmen getroffen hat, die zur Verhinderung sexueller Belästigungen nach der Erfahrung notwendig und angemessen sind und die ihm billigerweise zugemutet werden können. Die Entschädigung ist unter Würdigung aller Umstände festzusetzen und wird auf der Grundlage des schweizerischen Durchschnittslohns errechnet (<ref-law>). Die Entschädigung bei Diskriminierung durch sexuelle Belästigung gemäss <ref-law> darf den Betrag nicht übersteigen, der sechs Monatslöhnen entspricht (<ref-law>). Die Festlegung einer Entschädigung erfolgt unabhängig weiterer Ansprüche wie Genugtuung oder Schadenersatz (<ref-law>).
4.2 Das Kantonsgericht hat ausgeführt, dass die Voraussetzungen für die Zusprechung einer Entschädigung nach Gleichstellungsgesetz gegeben seien, da der Beschwerdeführer als Arbeitgeber der Beschwerdegegnerin die Vergewaltigung begangen habe. Im vorliegenden Fall sei die Diskriminierung besonders demütigend, da sie durch den Arbeitgeber und Lehrmeister selbst in der schwersten denkbaren Form einer sexuellen Belästigung erfolgt sei. Bis heute habe die Beschwerdegegnerin die Traumatisierung der Vergewaltigung nicht vollständig verarbeitet und stehe nach wie vor in Behandlung. Die Entschädigung sei daher im oberen Bereich, aber nicht beim Maximum anzusetzen, weil es der Beschwerdegegnerin - zumindest vorübergehend - möglich gewesen sei, im Betrieb weiter zu arbeiten. Insgesamt rechtfertige sich als Entschädigung die Festsetzung eines Betrages in der Höhe von fünf Monatslöhnen. Massgebend für die Bemessung der Entschädigung sei nicht der individuelle Lohn der Arbeitnehmerin, sondern der schweizerische Durchschnittslohn. Der Beschwerdeführer habe die Tat im April 1997 begangen. Gemäss der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik sei für das Jahr 1998 von einem Durchschnittslohn von Fr. 5'104.-- und für das Jahr 1996 von Fr. 4'988.-- auszugehen, was einen Mittelwert von Fr. 5'046.-- für das Jahr 1997 ergebe. Bei einer Entschädigung im Umfang von fünf Monatslöhnen resultiere insgesamt ein Betrag von Fr. 25'230.-- zuzüglich Zins.
4.3 Zunächst wirft der Beschwerdeführer dem Kantonsgericht vor, er sei zu Unrecht nicht zu dem in <ref-law> vorgesehenen Beweis zugelassen worden, dass er in seinem Betrieb die erforderlichen Massnahmen getroffen habe, die zur Verhinderung sexueller Belästigungen nach der Erfahrung notwendig und angemessen seien und die billigerweise zugemutet werden könnten. Dadurch habe das Kantonsgericht gegen <ref-law>/SG und Art. 77 Abs. 2 KV/SG verstossen. Der in <ref-law> vorgesehene Entlastungsbeweis zugunsten des Arbeitgebers ist auf den Fall zugeschnitten, dass einer der Arbeitnehmer der Belästiger ist und der Arbeitgeber gestützt auf <ref-law> in Anspruch genommen wird. Im vorliegenden Fall ist jedoch der Beschwerdeführer als Arbeitgeber selber der Belästiger, weil er nach den verbindlichen Feststellungen die Lehrtochter vergewaltigt hat. Wenn der Arbeitgeber selbst die sexuelle Belästigung begeht, erübrigt sich der Nachweis, dass er alle notwendigen, angemessenen und zumutbaren Massnahmen zur Verhinderung sexueller Belästigung seitens seiner Arbeitnehmer getroffen hat.
Soweit der Beschwerdeführer weiter geltend macht, eine allfällige Entschädigung sei nicht im obersten, sondern im untersten Bereich des gesetzlichen Rahmens anzusiedeln, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Beschwerdeführer setzt sich nicht mit den Ausführungen des Kantonsgerichtes auseinander, mit welchen die Festsetzung der Entschädigung auf fünf Monatslöhne begründet wird (<ref-law>).
Unbegründet ist sodann der Einwand, für die Bestimmung der Entschädigung sei auf die Löhne im Hotel-/Gastgewerbe unter Berücksichtigung der Berufs- und Fachkenntnisse der Beschwerdegegnerin abzustellen. Der Beschwerdeführer scheint zu übersehen, dass die Entschädigung auf der Grundlage des "schweizerischen Durchschnittslohns" errechnet wird (<ref-law>). Diesbezüglich hat das Kantonsgericht zutreffend und mit Literaturhinweisen belegt ausgeführt, dass mit dem "schweizerischen Durchschnittslohn" als Berechnungsgrundlage verhindert werden soll, dass eine sexuelle Belästigung einer ungelernten Aushilfskraft oder einer Lehrtochter zu einer geringeren Entschädigung führt als bei einer Arbeitnehmerin in gehobener Stellung (vgl. auch <ref-ruling> E. 7e S. 399).
Verfehlt ist schliesslich auch der Hinweis des Beschwerdeführers, dass die Beschwerdeführerin im Jahr des Vorfalls (1997) zunächst einen Monatslohn von Fr. 1'050.-- brutto und später Ersatzeinkünfte zufolge Arbeitsausfalls erzielt habe, welche Beträge von einer allfälligen Entschädigung nach <ref-law> abzuziehen seien. Mit der Entschädigung nach <ref-law> soll eine Diskriminierung durch sexuelle Belästigung abgegolten werden. Die Lohnansprüche gegenüber dem verantwortlichen Arbeitgeber und die Ersatzeinkünfte werden von dieser Entschädigung selbstverständlich nicht tangiert.
5. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtsgebühr, deren Bemessung sich nach <ref-law> richtet, ist dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Ferner hat der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin für das Verfahren vor Bundesgericht zu entschädigen (<ref-law>).
Das Gesuch der Beschwerdegegnerin um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen, da sie bedürftig ist und sich ihr Standpunkt nicht als aussichtslos erwies (<ref-law>). Ferner ist die Beschwerdeführerin für das vorliegende Verfahren auf rechtskundige Vertretung angewiesen, weshalb Rechtsanwältin Franciska Hildebrand als unentgeltliche Rechtsvertreterin zu bestimmen ist. Im Fall der Uneinbringlichkeit der zugesprochenen Entschädigung ist der unentgeltlichen Rechtsvertreterin das Honorar aus der Bundesgerichtskasse zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch der Beschwerdegegnerin um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen, und Rechtsanwältin Franciska Hildebrand wird als unentgeltliche Rechtsvertreterin ernannt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen. Im Fall der Uneinbringlichkeit wird Rechtsanwältin Franciska Hildebrand das Honorar aus der Bundesgerichtskasse entrichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Mazan