A.- Par jugement du 27 octobre 1998, le Tribunal de district de Delémont a condamné A._ à quinze mois d'emprisonnement avec sursis et à 10'000 fr. d'amende, pour escroquerie et infraction à la loi fédérale sur l'assurance- chômage.
B.- A._ a fait appel de ce jugement auprès de la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien (ci-après: la Cour pénale). Dans le cadre de cette procédure, il a requis l'administration de preuves complémentaires, notamment des auditions de témoins, des productions de pièces et une expertise.
Par arrêt du 1er mars 2000, la Cour pénale a ordonné une nouvelle expertise requise par le Ministère public et la plaignante et a rejeté la demande de compléments de preuves de l'appelant, les preuves proposées n'étant pas jugées pertinentes.
Un recours de droit public formé contre cet arrêt a été déclaré irrecevable le 5 décembre 2000.
A._ a déposé une prise à partie auprès du Tribunal cantonal jurassien contre les juges de la Cour pénale, auxquels il reprochait de violer leur devoir d'établir la vérité et de ne pas instruire à charge et à décharge. Il demandait que les preuves requises par lui soient administrées et qu'une nouvelle procédure de nomination d'expert soit mise sur pied. Par arrêt du 28 juin 2000, le Tribunal extraordinaire désigné le 17 mai 2000 par le Parlement jurassien a déclaré irrecevable la demande de prise à partie, le droit cantonal ne prévoyant pas une telle procédure à l'encontre des juges cantonaux. Un recours de droit public a été rejeté le 22 septembre 2000 par le Tribunal fédéral.
C.- Le 9 février 2001, A._ a requis la récusation des trois juges de la Cour pénale. Le 13 février 2001, il fut informé de la composition du Plénum du Tribunal cantonal jurassien, chargé de statuer sur la demande de récusation.
Le 22 février 2001, il a alors requis la récusation de quatre des six membres de ce Plénum, soit les juges C._, D._, E._ et B._, dont il contestait l'indépendance et l'impartialité.
Un Tribunal extraordinaire, composé d'avocats au barreau jurassien, a été désigné le 21 mars 2001 par le Parlement jurassien afin de statuer sur cette dernière requête.
Le 1er mai 2001, A._ s'est encore adressé au Gouvernement et au Tribunal extraordinaire, demandant le déport de ses cinq membres en invoquant une incompatibilité avec l'exercice du barreau.
D.- Par arrêt du 9 mai 2001, le Tribunal extraordinaire a rejeté la requête de récusation. Il a estimé que la requête adressée au Gouvernement ne valait pas demande de récusation, qu'il y avait lieu de statuer rapidement, que les membres du Tribunal extraordinaire n'avaient pas qualité de magistrats et n'étaient pas récusables à ce titre et que la requête pouvait être considérée comme dilatoire. Sur le fond, il a retenu que si les quatre membres du Plénum devaient statuer sur des motifs de récusation identiques à ceux qui leur étaient opposés, cela ne portait pas atteinte à leur indépendance. La participation des magistrats à la procédure de prise à partie n'était pas non plus un motif de récusation. Le fait que le Tribunal de première instance et le Tribunal cantonal siègent dans le même bâtiment, et que les juges aient pu discuter de la cause, était sans incidence sur l'indépendance des magistrats, tout comme le fait que les magistrats puissent remplir plusieurs fonctions, ou que les juges en cause siègent avec d'autres magistrats, déjà récusés. Il n'y avait pas de rapports hiérarchiques entre les juges et le requérant n'apportait aucun indice concret de prévention.
E.- A._ forme un recours de droit public contre cet arrêt. Il en demande l'annulation et le renvoi de la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision sur la demande de récusation, respectivement transmission de cette demande à l'autorité compétente.
Le Tribunal extraordinaire conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Par ordonnance du 2 juillet 2001, l'effet suspensif a été accordé au recours.

Considérant en droit :
1.- Le recours de droit public est formé en temps utile contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale et relatif à une demande de récusation au sens de l'art. 87 OJ.
Il est en principe recevable (<ref-ruling>). L'annulation de la décision attaquée serait suffisante pour mettre fin à l'inconstitutionnalité dont se plaint le recourant, de sorte qu'il ne se justifie pas de faire exception à la nature cassatoire du recours de droit public. La conclusion tendant au renvoi de la cause à l'autorité intimée, pour nouvelle décision, est donc irrecevable (<ref-ruling> consid. 2c in finep. 5).
2.- Le recourant se plaint d'un déni de justice formel et d'une violation des art. 30 Cst. et 6 CEDH. Il reproche au Tribunal extraordinaire d'avoir rendu sa décision alors qu'il avait, le 1er mai 2001, adressé une demande au Gouvernement tendant à faire constater l'incompatibilité entre l'exercice du barreau et la fonction des juges au Tribunal extraordinaire, et, le même jour, requis le déport de ces magistrats ou demandé la désignation de l'autorité susceptible d'ordonner leur récusation. Le Tribunal extraordinaire aurait refusé de se déporter en rendant une décision sans possibilité de recours, n'aurait pas indiqué l'autorité compétente pour statuer sur sa récusation et aurait omis de transmettre la demande à cette autorité. Il aurait en outre violé le principe de séparation des pouvoirs en résolvant une question soumise au Gouvernement. Le recourant reproche également au Tribunal extraordinaire d'avoir statué sur sa propre récusation, en l'absence d'urgence ou d'abus de droit. Ce mode de procéder démontrerait en lui-même une prévention à l'égard du recourant.
a) Le magistrat dont la récusation est formellement et valablement requise ne saurait en principe statuer lui-même sur sa propre récusation (<ref-ruling> consid. 3a p. 476 et les arrêts cités). De même, il doit normalement s'abstenir de siéger jusqu'à droit connu sur la récusation; Contrairement à ce que semble soutenir le recourant, ces principes ne sont pas absolus. Ils souffrent d'exceptions, en particulier lorsqu'il y a urgence, s'agissant de la possibilité de continuer à siéger (les actes effectués par le magistrat ultérieurement à la demande de récusation peuvent, en cas d'admission de celle-ci, être annulés par la suite, cf. <ref-ruling>), ou en présence d'une demande de récusation irrecevable ou abusive, permettant à l'autorité de se prononcer sur sa propre récusation.
b) En l'espèce, le Tribunal extraordinaire a estimé qu'aucune demande de récusation formelle n'avait été valablement formée. Il a ensuite considéré que l'incompatibilité invoquée n'était pas applicable à ses membres, ceuxci n'étant pas magistrats; il a enfin retenu que la demande pouvait être considérée comme dilatoire et, par conséquent, abusive. La première de ces motivations n'est guère convaincante, dès lors que le recourant avait clairement demandé aux juges de se déporter et, en cas de refus, d'indiquer à quelle autorité la demande de récusation devait être adressée.
La seconde motivation concerne le fond et ne saurait, en soi, permettre au juge dont la récusation est demandée de se prononcer lui-même. En revanche, l'appréciation du Tribunal extraordinaire quant au caractère dilatoire de la demande n'apparaît guère critiquable.
Le recourant soutenait en effet que les membres du Tribunal extraordinaire, avocats au barreau jurassien, ne disposaient pas de l'indépendance et de l'objectivité nécessaires pour statuer sur la récusation de juges devant lesquels ils plaident habituellement. Le recourant soutenait - il le fait encore dans son recours de droit public - que l'exercice d'une fonction judiciaire par un avocat porterait atteinte à l'indépendance de celui-ci en tant qu'auxiliaire de la justice. Il perd ainsi de vue que sa demande de récusation ne pouvait que viser l'indépendance des juges extraordinaires à son endroit, mais non leur indépendance en tant qu'avocats. Par ailleurs, les juges extraordinaires n'avaient pas à s'interroger sur la prévention effective des magistrats du Plénum, mais sur la participation de certains d'entre eux à divers stades de la procédure, et sur des questions tenant à l'organisation judiciaire. On ne voit pas que la résolution de ces questions formelles puisse porter atteinte à l'indépendance actuelle ou future des avocats envers des magistrats. Indépendamment du droit cantonal, le refus de se déporter ne viole pas les garanties constitutionnelle et conventionnelle d'indépendance et d'impartialité.
c) En définitive, la demande de déport du recourant apparaissait manifestement mal fondée; elle s'inscrit dans une attitude d'obstruction tendant à la récusation systématique des magistrats, ordinaires ou extraordinaires, chargés d'examiner le dossier, et pouvait légitimement être qualifiée de mesure dilatoire par le tribunal intimé. Cela justifiait que la demande soit écartée d'emblée par ce dernier.
La célérité dont a pu faire preuve le Tribunal extraordinaire ne procède pas d'une prévention à l'égard du recourant, mais de la nécessité de statuer rapidement sur un incident de procédure soulevé à plusieurs niveaux, paralysant ainsi le procès au fond.
3.- Le recourant argumente subsidiairement sur le fond.
Il relève que les quatre membres du Plénum dont il demandait la récusation avaient fonctionné comme membres du Tribunal extraordinaire, dans la procédure de prise à partie qui a abouti à une décision d'irrecevabilité du 28 juin 2000; dans ce cadre, ils avaient laissé une expertise suivre son cours alors que la suspension en était requise et avaient déjà statué sur une question similaire à celle de la récusation qui leur est actuellement soumise. Les magistrats contestés avaient également un intérêt à la résolution de la cause, puisqu'ils avaient à examiner des griefs auxquels ils étaient eux-mêmes exposés; le fait que, depuis le 1er janvier 2001, les tribunaux de première instance et les juridictions cantonales aient leur siège dans les mêmes locaux ferait craindre que des contacts et des discussions aient lieu entre les juges.
a) La participation de certains membres du Plénum à la procédure de prise à partie ne saurait porter à conséquence pour la procédure de récusation. Le recourant se contente à ce sujet de prétendre que les questions étaient similaires alors que, dans son arrêt du 28 juin 2000, le Tribunal extraordinaire a déclaré irrecevable la demande de prise à partie, le droit cantonal ne connaissant pas un tel moyen à l'égard d'une autorité collégiale de seconde instance. Une telle solution, purement procédurale, ne porte en rien sur l'impartialité et l'indépendance des juges de la Cour pénale.
b) Comme le relève le Tribunal extraordinaire, le fait que les juridictions de première et de seconde instance soient regroupées dans un même bâtiment ne joue pas non plus de rôle quant à l'indépendance des magistrats. Une communauté de locaux ne pose problème, selon la jurisprudence, qu'entre un tribunal et une partie à un litige, car cela est clairement de nature à susciter des soupçons légitimes quant à l'existence de relations particulières. En revanche, il n'y a en principe pas lieu de craindre des influences entre les différents magistrats de l'ordre judiciaire, car ceux-ci n'ont d'ordinaire aucun intérêt personnel à la résolution des cas qu'ils traitent (faute de quoi ils seraient euxmêmes récusables) et, par conséquent, aucune raison de tenter d'influencer leurs collègues. On peut attendre des magistrats professionnels une certaine retenue, de sorte qu'ils n'échangent pas entre eux d'opinions relatives aux affaires en cours. Le Tribunal extraordinaire relève avec raison que les lieux d'échanges privilégiés, soit les cafétérias et bibliothèques, ne sont pas les mêmes pour les juges de première et seconde instance. L'existence d'accès et de couloirs communs n'augmente pas les risques de discussions inopportunes entre magistrats.
c) Selon le recourant, le problème du bâtiment commun serait encore aggravé par la répartition des magistrats dans l'ordre judiciaire et la hiérarchie qui existerait entre certains d'entre eux. Les juges du Plénum dont la récusation est demandée siégeraient dans diverses instances de premier et second degré, aux côtés des magistrats dont ils doivent examiner la récusation. Cela n'est pas non plus déterminant.
Même si les juges peuvent se rencontrer lorsqu'ils siègent ensemble, on peut attendre de magistrats professionnels une rigueur particulière, s'abstenant d'évoquer les affaires qui les concernent. Dès lors, il y a lieu de s'en tenir à la jurisprudence constante selon laquelle des liens de collégialité ne sauraient à eux seuls fonder un soupçon de partialité (<ref-ruling> consid. 1). Les lois d'organisation judiciaire prévoient d'ailleurs fréquemment que les membres d'un tribunal ou d'une section de celui-ci soient appelés à statuer sur une demande de récusation visant leurs collègues, en dépit de l'étroite relation professionnelle qui les lie (cf. par exemple l'art. 26 al. 1 OJ).
d) Quant à la similitude entre les griefs soumis aux juges du Plénum avec ceux auxquels ils sont eux-mêmes exposés, elle ne saurait engendrer une apparente partialité: le Tribunal extraordinaire a statué sur les griefs en toute indépendance et si la même solution devait s'imposer au Plénum, par identité de motifs, ce n'est pas en raison d'un parti pris des magistrats qui le composent, mais en vertu de l'autorité matérielle de chose jugée attachée à la décision précédente.
e) Pour le surplus, le recourant estime inutile de se demander si les juges concernés ont déjà parlé entre eux de "l'un ou l'autre des aspects de l'affaire au fond". Tel est pourtant le seul grief qui pourrait justifier la récusation des magistrats concernés. Le recourant perd également de vue qu'à ce stade, qui est celui de la récusation de quatre membres du Plénum, seul serait déterminant un échange d'avis au sujet de la question litigieuse, limitée aux griefs soulevés dans la demande de récusation et non au fond de l'affaire.
Or, rien de tel n'est prétendu dans le cas particulier.
Quant au sentiment de préjugé qu'éprouve le recourant en raison du refus, selon lui systématique, d'administrer des preuves, cette question devra être examinée en rapport avec la demande de récusation des magistrats qui ont rendu cette décision.
4.- Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 156 al. 1 OJ, un émolument judiciaire est mis à la charge du recourant.

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours dans la mesure où il est recevable.
2. Met à la charge du recourant un émolument judiciaire de 4000 fr.
3. Communique le présent arrêt en copie aux parties, au Plénum du Tribunal cantonal et au Tribunal extraordinaire du canton du Jura.
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Lausanne, le 13 juillet 2001 KUR/moh
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,