Sachverhalt:
A. Am 2. Oktober 2010 ereignete sich auf der Autobahn A2 bei Arisdorf eine Kollision zwischen einem Personenwagen und einem landwirtschaftlichen Traktor (samt Anhänger), der von einer an die Autobahn angrenzenden abschüssigen Weide über die Leitplanken und auf die Fahrbahn der Autobahn gestürzt war. Dabei wurden die Insassen des Personenwagens, X._ und Y._, verletzt. Eine gegen den Lenker des Traktors, Z._, eröffnete Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Körperverletzung und Nichtsicherns des Fahrzeugs stellte die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft mit Verfügung vom 12. Mai 2011 ein. Eine von den beiden Geschädigten dagegen erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, mit Beschluss vom 9. August 2011 ab.
B. Gegen den Entscheid des Kantonsgerichtes vom 9. August 2011 gelangten X._ und Y._ mit Beschwerde vom 28. September 2011 an das Bundesgericht.
Die Beschwerdeführer beantragen die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, den Beschuldigten wegen fahrlässiger Körperverletzung (<ref-law>) und Verletzung von Verkehrsregeln (<ref-law>) vor Gericht anzuklagen. Eventualiter sei die Untersuchung zu ergänzen. Das Kantonsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft liess sich ebenfalls im abschlägigen Sinne vernehmen. Der Beschuldigte reichte keine Vernehmlassung ein. Die Beschwerdeführer replizierten am 17. November 2011.

Erwägungen:
1. Die streitige erstinstanzliche Verfügung datiert vom 12. Mai 2011, der angefochtene Beschwerdeentscheid vom 9. August 2011. Damit ist hier die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische StPO anwendbar (<ref-law>).
Die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> geben zu keinen Vorbemerkungen Anlass.
2. 2.1 Die Staatsanwaltschaft verfügt gemäss <ref-law> die vollständige oder teilweise Einstellung des Verfahrens, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (lit. a), kein Straftatbestand erfüllt ist (lit. b), Rechtfertigungsgründe vorliegen (lit. c), Prozessvoraussetzungen definitiv nicht erfüllt werden können bzw. Prozesshindernisse auftreten (lit. d), oder wenn nach gesetzlicher Vorschrift auf Strafverfolgung oder Bestrafung verzichtet werden kann (lit. e). Die Staatsanwaltschaft erhebt beim zuständigen Gericht Anklage, wenn sie aufgrund der Untersuchung die Verdachtsgründe als hinreichend erachtet und keinen Strafbefehl erlassen kann (Art. 324 Abs. 1 StPO).
2.2 Bei der Frage, ob ein Strafverfahren über eine (definitive) Verfahrenseinstellung durch die Untersuchungsbehörde erledigt werden kann, gilt im schweizerischen Strafprozessrecht der Grundsatz "in dubio pro duriore". Danach darf eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft in der Regel nur bei klarer Straflosigkeit bzw. offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen verfügt werden. Zwar ist der Grundsatz "im Zweifel für die Anklageerhebung" (bzw. "in dubio pro duriore") nicht ausdrücklich in der StPO geregelt (dies im Gegensatz zu einigen früheren kantonalen Strafprozessordnungen). Er ergibt sich jedoch verfassungsrechtlich aus dem Legalitätsprinzip (<ref-law>) und sinngemäss aus Art. 324 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> (<ref-ruling> E. 7.1-7.2 S. 226 f. mit Hinweisen). Der für die richterliche Beweiswürdigung massgebliche Grundsatz "in dubio pro reo" (vgl. <ref-law>, <ref-law>) ist auf die Frage der prozessualen Erledigungsart im Untersuchungsstadium hingegen nicht anwendbar (<ref-ruling> E. 7.3 S. 227 mit Hinweisen).
2.3 Laut Botschaft zur StPO bestehen bei Einstellungen regelmässig "Gründe, die mit Sicherheit oder doch grösster Wahrscheinlichkeit zu einem Freispruch oder einer in den Wirkungen gleichen Erledigung vor Gericht führen müssten" (Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005, BBl 2006 1085 ff., S. 1272 f., Ziff. 2.6.4.1). Eine Einstellung ist jedenfalls geboten, wenn eine Verurteilung mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen erscheint. Indessen ist die Möglichkeit einer Verfahrenseinstellung nicht auf diese Fälle zu beschränken. Eine zu restriktive Rechtsanwendung würde dazu führen, dass selbst bei geringer Wahrscheinlichkeit einer Verurteilung ein Anklagezwang bestünde. Der Grundsatz "in dubio pro duriore" verlangt lediglich, dass bei Zweifeln (über die Straflosigkeit bzw. betreffend Prozesshindernisse) eine gerichtliche Beurteilung erfolgt. Als praktischer Richtwert kann daher gelten, dass Anklage erhoben werden muss, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch (Urteil des Bundesgerichtes 6B_588/ 2007 vom 11. April 2008 E. 3.2.3 = Pra 2008 Nr. 123 S. 766). Bei zweifelhafter Beweis- bzw. Rechtslage hat nicht die Untersuchungs- oder Anklagebehörde über die Stichhaltigkeit des strafrechtlichen Vorwurfes zu entscheiden, sondern das für die materielle Beurteilung zuständige Gericht. Im Verfahrensstadium des Abschlusses der Untersuchung bzw. der Anklageerhebung ist der auf die gerichtliche Beweiswürdigung zugeschnittene Grundsatz "in dubio pro reo" daher nicht anwendbar (<ref-ruling> E. 7.3 S. 227 mit Hinweisen). Vielmehr ist nach der Maxime "in dubio pro duriore" im Zweifelsfall Anklage zu erheben, sofern die Untersuchung nicht mittels Strafbefehl erledigt werden kann (<ref-ruling> E. 7.1 S. 226 mit Hinweisen). Der Grundsatz, dass im Zweifelsfall nicht eingestellt werden darf, ist auch bei der gerichtlichen Überprüfung von Einstellungsverfügungen zu beachten (Urteil 6B_588/2007 vom 11. April 2008 E. 3.2.3 = Pra 2008 Nr. 123 S. 766).
2.4 Gemäss <ref-law> steht die Strafrechtspflege einzig den vom Gesetz bestimmten Personen zu. Die Zuständigkeit zur Beurteilung der Frage, ob ein Strafverfahren nach durchgeführter Untersuchung vollständig oder teilweise einzustellen ist, liegt erstinstanzlich bei der Staatsanwaltschaft (<ref-law>). Ihr steht dabei ein erheblicher Ermessensspielraum zu. Sie muss im Rahmen einer Prognose abschätzen, ob eine Verurteilung durch den Strafrichter wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch. Besonders heikel ist dieser Entscheid, wenn sich die Wahrscheinlichkeit einer Verurteilung durch den Strafrichter und diejenige eines Freispruchs (oder einer richterlichen Einstellung) ungefähr die Waage halten. In solchen Fällen muss die Staatsanwaltschaft - sofern keine Erledigung mittels Strafbefehl (<ref-law>) in Frage kommt - den Beschuldigten im Lichte von Art. 324 i.V.m <ref-law> grundsätzlich umso eher anklagen, je schwerer das untersuchte Delikt wiegt (vgl. <ref-ruling> E. 8.2-8.3 S. 228-230; zur verwandten Problematik bei der Nichtanhandnahme gemäss <ref-law> s. auch <ref-ruling>). Fehlen Präjudizien zur Anwendung des materiellen Strafrechts, kann auch dieser Gesichtspunkt ein Kriterium darstellen, das im Zweifel für eine Anklageerhebung spricht.
2.5 Die Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro duriore" verlangt von der Staatsanwaltschaft und den sie kontrollierenden Rechtsmittelinstanzen im einzelnen Anwendungsfall einen differenzierenden Abwägungsprozess. Dabei sind in der Regel mehrere Kriterien heranzuziehen, die fallbezogen unterschiedlich zu gewichten sind. Dies folgt unter anderem schon aus der Vielfalt der in <ref-law> aufgeführten gesetzlichen Einstellungsgründe (vgl. oben, E. 2.1). In den genannten Zweifelsfällen kann in der Regel nicht gesagt werden, es habe sich kein Tatverdacht erhärtet, der eine Anklage rechtfertigt, bzw. es sei kein Straftatbestand erfüllt (Art. 319 Abs. 1 lit. a und b StPO).
3. Die Beschwerdeführer rügen, der angefochtene Entscheid verletze <ref-law> bzw. den Grundsatz "in dubio pro duriore", <ref-law>, <ref-law> sowie <ref-law> (Willkürverbot).
4. 4.1 Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus: Am 2. Oktober 2010 fuhr der Beschuldigte mit einem Traktor auf eine oberhalb der Autobahn A2 in Arisdorf liegende Weide in der Absicht, den auf dem Traktor-Anhänger mitgeführten Wassertank dort zu platzieren. Bevor er mittels Unterlegekeil ("Radschuh") das Fahrzeug sichern konnte, rollte der Traktor samt Anhänger rückwärts den abschüssigen Hang hinunter, wobei der Wassertank vom Anhänger fiel. Der Traktor samt Anhänger rollte weiter, stürzte über die Leitplanken und landete auf der Autobahn (Fahrtrichtung Bern/Luzern), wo er mit einem Personenwagen kollidierte. Der den Personenwagen lenkende Beschwerdeführer und die auf dem Beifahrersitz befindliche Beschwerdeführerin wurden beim Unfall verletzt.
4.2 Die Vorinstanz verweist zunächst auf die Darstellung der Staatsanwaltschaft, dass "nicht eruierbar oder bekannt sei, ob aufgrund eines technischen Defekts oder menschlichen Versagens, wie ungenügendes Sichern gegen das Wegrollen", der Traktor auf die Autobahn hinunterrollte. Es gebe "keine Hinweise, dass der Beschuldigte am Tag des Unfalls die erforderliche Sorgfalt im Umgang mit dem Traktor nicht hätte walten lassen". Zudem habe er "zeitlebens auf Bauernhöfen gelebt und gearbeitet, weshalb ihm der Umgang mit Traktoren vertraut" sei. Weil der Beschuldigte das fragliche Weidegelände gekannt habe, sei er sich auch der Gefahren, welche die exponierte Hanglage mit sich bringe, bewusst gewesen. Aus diesem Grunde habe ihn sein Arbeitgeber bei früheren analogen Arbeiten an dieser Stelle (Abstellen von Wassertanks) mehrmals kontrolliert. Es gebe keine Hinweise, dass sich der Beschuldigte am Unfalltag abweichend verhalten hätte. Beim 40 Jahre alten Traktor handle es sich um eine Spezialanfertigung mit tieferer Lage des Chassis und kleineren Rädern, um möglichst ein Kippen in steilerem Gelände zu verhindern. Dass sich der Beschuldigte mit dem Traktor auf die Weide begeben habe, sei nicht fahrlässig. Eine technische Expertise, ob allenfalls ein technischer Defekt vorgelegen haben könnte, sei wegen der Zertrümmerung des Traktors nicht mehr durchführbar. Eine Tat-Rekonstruktion könne ebenfalls keinen Aufschluss über die Unfallursache geben. Demnach sei ein Freispruch vor dem Strafgericht "mit Sicherheit zu erwarten".
4.3 Die Vorinstanz erwägt ergänzend, dass der Beschuldigte Folgendes ausgesagt habe: Beim Abstellen des Traktors habe er den zweiten Gang eingelegt und den Sicherungshebel betätigt. Anschliessend sei er vom Fahrzeug gestiegen, um einen Unterlegekeil unter dem Anhänger zu deponieren. Als er den Keil habe anbringen wollen, habe es einen "Ruck" gegeben. Dadurch habe sich die Bremse gelöst, und auch der Gang müsse rausgefallen sein. Er wisse nicht, wie dies habe passieren können. Damit habe der Beschuldigte "sinngemäss einen technischen Defekt" geltend gemacht. Sein Arbeitgeber habe ausgesagt, dass er den Beschuldigten bei früheren analogen Arbeiten mehrmals kontrolliert habe; dabei sei jeweils alles in Ordnung gewesen. Daraus ergebe sich nach Ansicht der Vorinstanz, dass der Beschuldigte vor dem Unfall nicht sorgfaltswidrig gehandelt habe.
4.4 Es sei laut Vorinstanz nicht ersichtlich, ob die Teile des verunfallten Traktors irgendwo gelagert würden oder ob sie bereits entsorgt worden seien. Falls bereits eine Entsorgung stattgefunden hätte, könne auch eine Tatrekonstruktion (anhand von Unfallbildern, Einvernahmen und Augenschein) keinen Aufschluss darüber geben, ob sich der Beschuldigte sorgfaltswidrig verhielt. Einerseits ergäben sich schon aus den Aussagen des Beschuldigten und seines Arbeitgebers keine Hinweise auf irgendeine Plichtwidrigkeit. Anderseits seien eben diese Aussagen "teilweise unklar und widersprüchlich", sodass eine aufschlussreiche Tatrekonstruktion zum Vornherein nicht zu erwarten sei. Auch eine technische Expertise sei nicht nötig. Im vorliegenden Fall sei (bei einer Anklage) mit grosser Wahrscheinlichkeit ein richterlicher Freispruch zu erwarten.
5. Die Ansicht der Vorinstanz, das Verhalten des Beschuldigten sei zweifellos nicht strafbar und die Strafuntersuchung könne deshalb mittels Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft erledigt werden, ist sachlich nicht nachvollziehbar und verletzt <ref-law> sowie <ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law>.
5.1 Wer auf einer an die Autobahn angrenzenden abschüssigen Weide mit einem Traktor samt Anhänger manövriert, hat angesichts der erkennbaren erhöhten Gefahrenlage besondere Vorsicht walten zu lassen. Er hat seine Fahrmanöver und landwirtschaftlichen Arbeiten mit schwerem Gerät in einer Weise auszuführen, dass die Verkehrsteilnehmer auf der angrenzenden Autobahn nicht gestört oder gar an Leib und Leben gefährdet werden. Bei einem gegen die Autobahn abfallenden Gelände hat er in besonderem Masse dafür zu sorgen, dass er sein Fahrzeug samt Anhänger und Ladung jederzeit beherrscht und dass das Fahrzeug in technisch sicherem Zustand ist.
5.2 Im vorliegenden Fall hätte der Beschuldigte somit rechtzeitig Vorkehren treffen müssen, dass der Traktor samt dem mit einem Wassertank beladenen Anhänger angesichts der Schwerkraft und des abfallenden Weidegeländes nicht unkontrolliert ins Rutschen oder Rollen kam. Insbesondere hätte er noch rechtzeitig im flacheren Geländebereich anhalten und das Fahrzeug mittels Unterlegekeil zusätzlich sichern müssen. Statt dessen ist der Beschuldigte (nach den Feststellungen der Vorinstanz) ohne ausreichende Sicherungsvorkehren und ohne Kontrolle des technischen Zustandes des 40 Jahre alten Fahrzeuges in das abschüssige Gelände gefahren, worauf es zum unkontrollierten Hinunterrollen, zum Sturz von Traktor und Anhänger über die Leitplanken der Autobahn und zum Zusammenstoss mit dem Personenwagen kam.
5.3 Ohne dem Strafrichter vorzugreifen, kann hier von einem klarerweise straflosen Verhalten im Sinne der Erwägungen des angefochtenen Entscheides keine Rede sein. Ebenso wenig erscheint hier ein richterlicher Freispruch wahrscheinlicher als eine Verurteilung. Zu vieles spricht für ein pflichtwidriges fahrlässiges Verhalten des Beschuldigten im Sinne von Art. 12 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>. Die von ihm vorgebrachte These möglicher technischer Defekte (spontanes Lösen sowohl der Bremse als auch des eingelegten zweiten Getriebeganges) ändert daran grundsätzlich nichts, zumal sich ein Fahrzeugführer vor Antritt der Fahrt, gerade einer erkennbar besonders risikoreichen, über den einwandfreien technischen Zustand seines Fahrzeuges zu vergewissern hat. Dies gilt besonders für 40 Jahre alte Traktore. Die Unfallfolgen waren für den Beschuldigten (aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse) auch voraussehbar. Gemäss den Feststellungen der kantonalen Instanzen kannte er das direkt an die Autobahn angrenzende abschüssige Landstück gut. Er war mehrmals von seinem Arbeitgeber auf die Gefahren hingewiesen worden. Er wusste um das Gewicht des von ihm verwendeten Traktors sowie des mit einem Wassertank beladenen Anhängers. Er konnte voraussehen, dass bei einem unkontrollierten Hinabrollen seines schweren landwirtschaftlichen Gefährtes Richtung Autobahn grosse Gefahren für Leben und Gesundheit der Autobahnbenutzer drohten.
5.4 Der verursachte Unfall und die von den Beschwerdeführern erlittenen Verletzungen erscheinen nach dem aktuellen Untersuchungsstand durchaus als adäquat kausale Folgen des pflichtwidrigen Verhaltens des Beschuldigten. Die Strafsache ist an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen. Sofern der Fall nicht im Strafbefehlsverfahren (<ref-law>) erledigt werden kann, wird der Strafrichter auf entsprechende Anklage hin zu prüfen haben, ob hier ein strafbares Körperverletzungsdelikt und ein Verstoss gegen Verkehrsvorschriften vorliegen.
6. Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Strafsache ist an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen.
Da sich der Beschuldigte als privater Beschwerdegegner nicht am Verfahren beteiligt hat, sind ihm keine Kosten aufzuerlegen. Gerichtskosten sind vom unterliegenden Kanton nicht zu erheben (<ref-law>). Hingegen hat der Kanton Basel-Landschaft den Beschwerdeführern eine angemessene Parteientschädigung (pauschal, inkl. MWST) zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, und der angefochtene Beschluss vom 9. August 2011 des Kantonsgerichts Basel-Landschaft wird aufgehoben. Die Strafsache wird an die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Basel-Landschaft (Kasse des Kantonsgerichts) hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 2'000.-- zu entrichten.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem privaten Beschwerdegegner, der Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster