A.- Der 1956 geborene S._ war vom 1. Mai 1994 bis 30. September 1995 als Metzger bei der Metzgerei S._ angestellt. Bei einem Verkehrsunfall erlitt er am 5. Oktober 1995 ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule. Seither geht er keiner Erwerbstätigkeit mehr nach.
Am 2. Mai 1996 meldete sich S._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Umschulung, Arbeitsvermittlung) an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau führte Abklärungen in medizinischer sowie erwerblich-beruflicher Hinsicht durch. Sie holte u.a. Berichte des Dr. med. G._, Leiter Neuropsychologie der Rehabilitationsklinik X._, vom 3. Februar 1996 und des Dr. med. T._, Physikalische Medizin und Rehabilitation FMH, vom 15. August 1996 sowie 9. September 1997 ein und veranlasste eine ärztliche Begutachtung (Gutachten des Dr. med. B._, Innere Medizin spez. Rheumatologie FMH, vom 16. Februar 1998). Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach sie dem Versicherten rückwirkend ab 1. Oktober 1996 eine halbe Invalidenrente zu (Verfügung vom 17. September 1998).
B.- Nachdem S._ hiegegen bei der AHV/IV- Rekurskommission des Kantons Thurgau hatte Beschwerde erheben lassen, reichte er im Verlaufe des Verfahrens ein Gutachten des Dr. med. W._, Leitender Arzt der Klinik für Neurologie, Spital Y._, vom 21. April 1999, einen Antragsbericht der internen Berufsberatungsstelle vom 4. Juni 1999 und eine Eintrittsmeldung der Abklärungs- und Ausbildungsstätte Z._, vom 29. Juni 1999 zu den Akten. Mit Entscheid vom 2. August 1999 wies die Rekurskommission die Beschwerde ab, soweit sie darauf eintrat.
C.- S._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei die Sache zu ergänzenden Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventualiter sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen.
Die Rekurskommission und die IV-Stelle schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen.
D.- Am 22. September 1999 lässt S._ einen Schlussbericht BEFAS der Abklärungs- und Ausbildungsstätte Z._ vom 26. August 1999 sowie einen Bericht der Berufsberaterin der IV-Stelle vom 9. September 1999 auflegen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gemäss Art. 128 OG beurteilt das Eidgenössische Versicherungsgericht letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 97, 98 lit. b-h und 98a OG auf dem Gebiet der Sozialversicherung. Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind grundsätzlich nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen bzw. zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand. Umgekehrt fehlt es an einem Anfechtungsgegenstand und somit an einer Sachurteilsvoraussetzung, wenn und insoweit keine Verfügung ergangen ist (<ref-ruling> Erw. 1b, 118 V 313 Erw. 3b, je mit Hinweisen).
b) Verwaltungsverfügungen sind - unter Vorbehalt von Treu und Glauben - nicht ausschliesslich auf Grund ihres Wortlauts, sondern nach ihrem tatsächlichen rechtlichen Bedeutungsgehalt zu verstehen (<ref-ruling> Erw. 1a, 117 V 13 Erw. 2b). Selbstverständlich bilden zunächst diejenigen Rechtsverhältnisse Teil des Anfechtungsgegenstandes, über welche die Verwaltung in der Verfügung tatsächlich eine Anordnung getroffen hat. Zum beschwerdeweise anfechtbaren Verfügungsgegenstand gehören aber - in zweiter Linie - auch jene Rechtsverhältnisse, hinsichtlich deren es die Verwaltung unterlassen hat, verfügungsweise zu befinden. Dies ergibt sich aus dem Untersuchungsgrundsatz und dem Prinzip der Rechtsanwendung von Amtes wegen, welche, wie verschiedene IVG-Bestimmungen zeigen, für das gesamte Administrativverfahren der Invalidenversicherung massgeblich sind (<ref-ruling> Erw. 3c mit Hinweis; nicht veröffentlichtes Urteil M. vom 24. November 1999, I 637/98). Nach der Rechtsprechung wahrt der Versicherte mit der Anmeldung grundsätzlich alle nach den Umständen vernünftigerweise in Betracht fallenden Leistungsansprüche. Die Abklärungspflicht der IV-Stelle erstreckt sich auf die nach dem Sachverhalt und der Aktenlage im Bereich des Möglichen liegenden Leistungen. Insoweit trifft sie auch eine Beschluss- bzw. Verfügungspflicht (<ref-ruling> Erw. 3b).
c) Aus dem Text der Verfügung vom 17. September 1998 geht hervor, dass lediglich der Rentenanspruch Gegenstand des Verwaltungsaktes bildet. Im Lichte der dargestellten Grundsätze ist indessen fraglich, ob die IV-Stelle nicht auch über den Anspruch auf Umschulung und Arbeitsvermittlung, wie vom Beschwerdeführer in der Anmeldung vom 2. Mai 1996 geltend gemacht, hätte befinden müssen.
Sowohl Dr. med. G._ (Bericht vom 3. Februar 1996) wie auch Dr. med. T._ (Beurteilungen vom 15. August 1996 und 9. September 1997 zuhanden der IV-Stelle) sprachen sich für die Einleitung von beruflichen - namentlich berufsberaterischen - Massnahmen aus. Ferner beanstandete auch der Beschwerdeführer in seinem, auf den Vorbescheid vom 3. März 1998 hin ergangenen Schreiben vom 15. Juni 1998 insbesondere, dass keine beruflichen Eingliederungsmassnahmen vorgenommen worden seien. Dr. med. B._ kam in seinem Gutachten vom 16. Februar 1998 sodann zum Schluss, angesichts der somatischen, psychischen und schulischen Fähigkeiten des Beschwerdeführers sowie des dadurch noch möglichen Tätigkeitsbereichs sei von beruflichen Vorkehren wenig zu erwarten. In der angestammten Beschäftigung als Metzger (Verkauf im Ladengeschäft) oder in anderen vergleichbaren leidensangepassten Tätigkeiten bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 50 %, wobei berufliche Massnahmen zu keiner wesentlichen Verbesserung der Leistungsfähigkeit führten und allfällige berufsberaterische Vorkehren lediglich unterstützende Funktion hätten.
Auf Grund dieser Aktenlage stand die Frage nach einer allfälligen, zumindest teilweisen Eingliederung durchaus im Raume. Nach dem in Erw. 1b hievor Gesagten hätte die Verwaltung am 17. September 1998 somit nicht nur über den Rentenpunkt, sondern auch über die Anspruchsberechtigung auf berufliche Massnahmen - sei dies in gutheissendem oder abschlägigem Sinne - befinden müssen, wobei der Beschwerdeführer angesichts der klaren Aussage des Dr. med. B._ bis zum Verfügungserlass, welcher die zeitliche Grenze der richterlichen Prüfungsbefugnis darstellt (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen), nicht eingliederungsfähig gewesen sein dürfte. Die Sache ist daher bereits aus diesem Grunde an die IV-Stelle zurückzuweisen, welche über den Eingliederungsanspruch zu verfügen haben wird.
2.- a) Im kantonalen Beschwerdeverfahren reichte der Versicherte das Gutachten des Dr. med. W._ vom 21. April 1999 ein. Dieser attestierte ihm für körperlich anstrengende Tätigkeiten eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % sowie für Arbeiten, bei denen Gewichte von weniger als 15 bis 20 kg gehoben werden müssen, von 50 %. Ferner hielt er ausdrücklich fest, das aktuell vorhandene Leistungsvermögen stelle das Maximum des noch zu Realisierenden dar, wobei eine rasche Beratung oder ein Arbeitstraining notwendig sei, um diesen Rest an Arbeitsfähigkeit zu erhalten. Die IV-Stelle sah sich hierdurch veranlasst, ihre interne Berufsberatungsstelle am 6. Mai 1999 mit der Abklärung allfälliger beruflicher Massnahmen zu beauftragen. Nachdem sich die Berufsberaterin mit Bericht vom 4. Juni 1999 für weitergehende Vorkehren ausgesprochen hatte, hielt sich der Versicherte vom 28. Juni bis 23. Juli 1999 in der Abklärungs- und Ausbildungsstätte Z._ auf (Schlussbericht vom 26. August 1999).
b) Die anlässlich der BEFAS-Abklärung beigezogenen Fachpersonen gelangten im Schlussbericht vom 26. August 1999 zum Ergebnis, dass der Beschwerdeführer aus medizinischer sowie berufsberaterischer Sicht für körperlich stark belastende Tätigkeiten - so auch in seiner angestammten Beschäftigung als Metzger - vollständig arbeitsunfähig sei.
Unter Berücksichtigung der diagnostizierten invalidisierenden Leiden - einem cervicocephalen und rezidivierend cervicobrachialen Schmerzsyndrom links, einer reaktiven Depression sowie multifaktoriellen Konzentrationsstörungen - könne er nur mehr bei intellektuell und körperlich wenig anspruchsvollen, wechselbelastenden und leidensangepassten Arbeiten eingesetzt werden. Bei einer künftigen Tätigkeit müsse zwecks Vermeidung von somatischen und/oder psychischen Überforderungen die Möglichkeit eines etwas verlangsamten Arbeitstempos und allfälliger kurzer Entlastungspausen bestehen. Im heutigen Zeitpunkt könne von einer ganztägig verwertbaren Arbeitsfähigkeit von 50 % bei behinderungsgerechten Tätigkeiten ausgegangen werden, wobei der Beschwerdeführer auf Grund seines momentanen Gesundheitszustandes keinen Arbeitgeber finden würde, so dass lediglich ein Einsatz in einer geschützten Werkstätte in Frage käme.
Aus dieser Beurteilung ist zu schliessen, dass der Versicherte nur noch über eine geringe Restarbeitsfähigkeit verfügt, die auf dem in Frage kommenden allgemeinen ausgeglichenen Arbeitsmarkt realistischerweise wirtschaftlich schwer zu verwerten ist (erzielbarer Lohn gemäss Schlussbericht: Fr. 600. - bis Fr. 1'000 monatlich). Da das Beschwerdebild nach den gutachtlichen Ausführungen des Dr. med. W._ vom 21. April 1999 in Art und Ausmass persistierte, ist davon auszugehen, dass die im BEFAS-Schlussbericht beschriebenen Auswirkungen der gesundheitlichen Beeinträchtigungen auf die Arbeitsfähigkeit des Versicherten bereits im Zeitpunkt des Erlasses der Verfügung der IV-Stelle vom 17. September 1998 bestanden haben und deshalb die damalige Rentenzusprechung zu beeinflussen vermögen. Zum gleichen Resultat gelangte auch die IV-Berufsberaterin in ihrem Schlussbericht vom 9. September 1999, worin sie um eine erneute Prüfung der Rentenfrage ersuchte, da der anlässlich der BEFAS-Abklärung erzielte Verdienst von Fr. 600. - bis Fr. 1'000. - der tatsächlichen Leistungsfähigkeit des Versicherten entspreche. Allfälligen Tatsachenänderungen durch eine künftige revisionsweise Anpassung der Rentenleistung Rechnung zu tragen, wie dies die Vorinstanz erwogen hat, behält im Sinne eines allgemeinen Grundsatzes seine Gültigkeit, wird aber den konkreten Verhältnissen des vorliegenden Falles nicht gerecht. Die Sache ist daher an die Verwaltung zurückzuweisen, welche eine neuerliche Prüfung der Rentenfrage - nach den im angefochtenen Entscheid korrekt wiedergegebenen massgeblichen Bestimmungen und Grundsätzen (Art. 28 Abs. 1, 1bis und 2 IVG [Bemessung der Rente]; <ref-ruling> Erw. 2, 105 V 158 Erw. 1 [Bedeutung ärztlicher Auskünfte für die Invaliditätsschätzung]) - sowie möglicher beruflicher Massnahmen im Lichte der ergänzten
Aktenlage vornehmen wird.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden der Entscheid der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 2. August 1999 und die Verfügung vom 17. September 1998 aufgehoben, und es wird die Sache an die IV-Stelle des Kantons Thurgau zurückgewiesen, damit sie über den Leistungsanspruch des Beschwerdeführers neu verfüge.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung (einschliesslich Mehrwertsteuer) von Fr. 2'500. - zu bezahlen.
IV.Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 31. Oktober 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: