A.- A partir du 1er août 1992, la société M._ SA, a perçu des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail en faveur d'une quinzaine de travailleurs environ. Le droit à l'indemnité s'est étendu sur plusieurs périodes successives, jusqu'au 30 avril 1994.
Le 25 mai 1994, des inspecteurs de la Caisse cantonale genevoise de chômage ont effectué à l'improviste un contrôle dans les locaux de la société. A la suite de ce contrôle, la caisse de chômage a rendu, le 13 juin 1994, une décision par laquelle elle a réclamé à la société la restitution de la somme de 956 108 fr. 70, au titre d'indemnités perçues, selon elle indûment, du 1er août 1992 au 30 avril 1994. Par cette même décision, la caisse refusait en outre de verser à l'employeur des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail à partir du 1er mai 1994.
Cette décision était motivée par le fait que l'horaire de travail dansl'entreprisen'étaitpascontrôlable, enl'absencedecartesde"pointage"ouderelevéspermettantdevérifierlapertedetravail : cette dernière était simplement reportée sur le rapport concernant les heures perdues à partir du plan de chômage établi par l'entreprise. Il était en outre apparu qu'un salarié était présent dans les locaux de la société à 8 h. 45, alors que, selon le plan de chômage, il ne devait, ce jour-là, travailler qu'à partir de 10 h. Enfin, les salaires du personnel n'avaient pas été versés le jour habituel de paie et la société avait du retard dans le règlement des cotisations d'assurances sociales.
B.- La société M._ SA a recouru devant l'Autorité cantonale et de recours en matière d'assurance-chômage, en concluant à l'annulation de cette décision et au versement d'indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail jusqu'au 31 juillet 1994. Subsidiairement, elle concluait à la remise de l'obligation de restituer le montant de 956 108 fr. 70.
En exécution d'un mandat d'investigations confié par l'autorité de recours, le service des enquêtes de l'Office cantonal genevois de l'emploi a établi un rapport en date du 23 mai 1995.
Le 26 mars 1996, l'autorité de recours a rejeté les conclusions principales de la société. Elle a déclaré irrecevable la demande de remise de l'obligation de restituer, qu'elle a transmise à l'autorité compétente.
C.- M._ SA a déféré cette décision à la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage.
Statuant le 26 septembre 1996, la commission a annulé les deux décisions administratives précédentes, des 13 juin 1994 et 26 mars 1996, et elle a renvoyé la cause à la caisse de chômage pour complément d'instruction et nouvelle décision. En bref, elle a considéré que la décision de restitution avait été prise à la hâte, sans que les faits eussent été établis de manière complète, car l'administration aurait dû entendre les salariés concernés au sujet de leur horaire de travail durant la période en cause.
D.- L'Office fédéral de l'industrie, des arts et métiers et du travail (actuellement Secrétariat d'Etat à l'économie [seco]) a interjeté un recours de droit administratif en concluant à l'annulation du jugement cantonal et au rétablissement de la décision de restitution de la caisse du 13 juin 1994.
E.- Par arrêt du 26 mars 1998, le Tribunal fédéral des assurances a partiellement admis le recours. En bref, il a considéré que si la juridiction cantonale estimait que des mesures d'instruction étaient encore nécessaires pour établir des faits déterminants, il appartenait à celle-ci de les mettre en oeuvre. En effet, l'audition de témoins est une mesure d'instruction - au demeurant simple - qui doit, en règle ordinaire, être accomplie par le juge cantonal saisi de l'affaire, selon les formes requises par le droit cantonal. De plus, compte tenu du temps qui s'était écoulé depuis le prononcé de la décision de restitution du 13 juin 1994, il était inopportun, voire disproportionné, de renvoyer la cause à la caisse pour qu'elle reprenne pratiquement l'instruction ab ovo.
En conséquence, le tribunal a annulé le jugement attaqué et il a invité la commission cantonale de recours à entreprendre elle-même les mesures d'instruction qu'elle estimait encore nécessaires et à statuer ensuite sur le litige.
F.- A la suite de cet arrêt, les employés de M._ SA ont été entendus.
Par un nouveau jugement, du 1er septembre 1999, la commission cantonale a admis le recours. Elle a annulé la décision de l'autorité cantonale du 26 mars 1996, ainsi que la décision de la caisse du 13 juin 1994, dans la mesure où ces décisions portaient sur la restitution par l'employeur de 956 108 fr. 70.
G.- Le seco interjette recours de droit administratif contre ce second jugement, dont il requiert l'annulation, en demandant au Tribunal fédéral des assurances de dire que M._ SA doit restituer la somme de 956 108 fr. 70.
M._ SA conclut au rejet du recours.
La Caisse cantonale genevoise de chômage et l'Office cantonal genevois de l'emploi se rallient tous deux aux conclusions du seco.
Considérantendroit :
1.- a) Selon l'art. 31 al. 3 let. a LACI, les travailleurs dont la réduction de l'horaire de travail ne peutêtre déterminée ou dont l'horaire de travail n'est pas suffisamment contrôlable n'ont pas droit à l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail. Il appartient à la caisse d'examiner si l'horaire de travail est suffisamment contrôlable (art. 39 al. 1 LACI).
b) Selon l'art. 46b OACI, la perte de travail n'est suffisamment contrôlable que si le temps de travail est contrôlé par l'entreprise (al. 1). L'employeur conservelesdocumentsrelatifsaucontrôledutempsdetravailpendantcinqans. Jusqu'àl'entréeenvigueur, le1erjanvier1997 - soit postérieurement à la perception des indemnités litigieuses qui a eu lieu entre le 1er août 1992 et le 30 avril 1994 - de cette disposition (RO 1996 3071), ni la loi ni l'ordonnance ne contenaient une norme précise sur l'obligation de contrôle du temps de travail par l'employeur. Celle-ci reposait donc sur les instructions de l'ex-Office fédéral de l'industrie, des arts et métiers et du travail (cf. notamment le ch. m. 15 de la circulaire relative à l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail [RHT]; voir aussi <ref-ruling> ad consid. 2b) et sur la jurisprudence (par exemple DTA 1992 no 16, p. 149 consid. 2b, 1989no11p. 119consid. 3).Mais, enréalité, cette obligation résulte de la nature même de cette prestation d'assurance : du moment que le facteur déterminant est la réduction de l'horaire de travail (art. 31 al. 1 LACI) et que celle-ci se mesure nécessairement en proportion des heures normalement effectuées par les travailleurs (art. 32 al. 1 let. b LACI), l'entreprise doit être en mesure d'établir, de manière précise et si possible indiscutable, à l'heure près, l'ampleur de la réduction donnant lieu à l'indemnisation pour chaque assuré bénéficiaire de l'indemnité (cf. aussi l'art. 36 al. 3 LACI). Aussi bien la perte de travail pour laquelle l'assuré faitvaloirsesdroitsn'estréputéesuffisammentcontrôlablequesilesheureseffectivesdetravailpeuventêtrecontrôléespourchaquejour : c'est la seule façon de garantir que les heures supplémentaires qui doivent être compensées pendant la période de décompte soient prises en considération dans le calcul de la perte de travail mensuelle (DTA 1999 no 34 p. 200; voir aussi GERHARDS, Kommentar zum Arbeitslosenversicherungsgesetz [AVIG], vol. I, note 33 ad art. 31).
c) Ainsi que le Tribunal fédéral des assurances a déjà eu l'occasion de le constater, l'administration n'est pas obligée de procéder pour chaque entreprise concernée à des contrôles réguliers et systématiques. De manière générale, de tels contrôles peuvent s'avérer compliqués, voire disproportionnés.
Ils pourraient aussi retarder le versement des indemnités au détriment des intérêts des travailleurs et des employeurs intéressés. Aussi bien a-t-on renoncé à donner dans la loi à l'autorité cantonale compétente le pouvoir de mener des enquêtes dans l'entreprise déjà au moment du dépôt du préavis de réduction de l'horaire de travail et de l'examen des conditions dont dépend le droit à l'indemnité (cf. art. 36 LACI). En revanche, il peut se révéler utile, comme l'a relevé le Conseil fédéral dans son message, de réexaminer certaines situations ultérieurement - c'est-à-dire une fois versées les indemnités - afin de s'assurer qu'il y a bien eu perte de travail à l'époque indiquée par l'employeur (<ref-ruling> consid. 2c; message concernant une nouvelle loi fédérale sur l'assurance-chômage obligatoire et l'indemnité en cas d'insolvabilité du 2 juillet 1980, FF 1980 III 529 et 601).
Il est ainsi tout à fait admissible que l'administration ne procède qu'à des contrôles ponctuels ou par sondages, que ce soit en cours de période d'indemnisation ou après coup seulement. C'est alors à l'employeur qu'il incombe de communiquer à l'administration, à la demande de celle-ci, tous les documents et informations nécessaires à un examen approfondi du droit à l'indemnité lorsque des doutes apparaissent et qu'un tel examen se révèle nécessaire.
En ce sens, c'est l'employeur qui supporte le fardeau de la preuve (<ref-ruling> sv. consid. 2c; DTA 1998 no 35 p. 200 consid. 4). La brochure d'information qui est remise aux employeurs intéressés précise qu'il est indispensable que l'employeur instaure un système de contrôle destempsdeprésence(parexempledescartesdetimbrageoudesrapportsd'heures). Ilestégalementmentionnéquelebien-fondé des versements fait l'objet de contrôles par sondages. C'est pourquoi, est-il encore indiqué, tous les documents, en particulier le décompte concernant la réduction de l'horaire de travail, les contrôles internes des heures et les décomptes de salaires doivent être conservés cinq ans après l'expiration de chaque période, comme le prévoit désormais l'art. 46b al. 2 OACI.
2.-a) On peut ainsi résumer le contenu des témoignages recueillis en cours de procédure cantonale :
aa) Trois employés (deux secrétaires et un aidecomptable) n'ont pas subi de diminution de l'horaire de travail.
Deux autres salariés (un dessinateur et un chauffeur-huissier) ont déclaré qu'ils n'avaient jamais dépassé les horaires réduits qui leur avaient été imposés.
Un seul témoin (un architecte) a reconnu avoir été obligé, compte tenu du volume de travail, de dépasser largement le temps de travail réduit qui avait été imposé aux salariés; il a même dû parfois travailler à domicile.
Les autres témoins entendus ont affirmé que, pour des raisons impératives et inhérentes à leur profession (architectes; dessinateurs-architectes), ils avaient parfois été amenésàdépasserleurhorairedetravailréduit, maisquecesdépassementsavaientensuiteétéimmédiatementcompenséspardutempslibre.
Enfin, un technicien-architecte a indiqué qu'il avait été quelquefois présent à sa place de travail, sans travailler pour le compte de l'entreprise, mais pour se perfectionner en informatique.
bb) En ce qui concerne le contrôle de la réduction de l'horaire de travail, il ressort des mêmes témoignages qu'un plan de travail hebdomadaire était remis aux employés.
Ce plan mentionnait les horaires de travail réduits auxquels chacun devait se soumettre. Mais les employés n'étaient pas tenus de remplir des documents prouvant ou justifiant leurs heures de présence. Aucun contrôle systématique n'était effectué; tout était fondé sur la confiance entre employeur et salariés.
b) Les premiers juges ont conclu que si une certaine négligence peut-être reprochée à l'employeur, les témoignages recueillis après coup ont montré que la situation était restée conforme à la loi. Rien ne permet de mettre en doute l'affirmation générale de la quasi totalité des témoins, selon laquelle les ordres de la direction concernant la réduction de l'horaire de travail avaient toujours été respectés. On doit dès lors admettre, toujours selon les premiers juges, que l'employeur a apporté la preuve de la réduction effective de l'horaire de travail dans son entreprise.
Par conséquent, l'intimée n'est pas tenue de restituer les prestations versées.
c) Comme le relève à juste titre le recourant, on peut déduire des déclarations des témoins qu'une réduction de l'horaire de travail a bien eu lieu, que des plans de réduction de l'horaire de travail ont été établis préalablement aux périodes chômées et portés à la connaissance des employés et, enfin, que l'employeur a donné pour instruction à ses salariés de respecter ces plans.
Malgré ces mesures et conformément aux principes ci-dessus exposés, on doit retenir que la perte de travail n'était pas suffisamment contrôlable. Il n'est ainsi pas possible de savoir quelle était la perte de travail journalière ou hebdomadaire pour chaque employé, compte tenu également de la compensation d'heures supplémentaires pendant chaque période de décompte. Aucun des témoins n'a été en mesure de fournir à ce sujet des renseignements précis. De surcroît, il n'y a pas eu de véritable contrôle interne. L'employeur faisait confiance à chaque salarié pour respecter l'horaire de travail réduit et pour compenser des dépassements éventuels d'horaire en fonction de ses charges, ainsi que de la particularité et de la variété des métiers exercés par les assurés en cause.
Dans ces circonstances, l'une des conditions mises au versement de l'indemnité pendant la période litigieuse, savoir le caractère contrôlable de la perte de travail, n'était pas remplie en l'occurrence. On doit en conclure que les prestations ont été versées à tort.
3.- Selon l'art. 95 al. 1 LACI, la caisse est tenue d'exiger du bénéficiaire la restitution des prestations de l'assurance auxquelles il n'avait pas droit; elle exige de l'employeur la restitution d'indemnités allouées en cas de réduction de l'horaire de travail ou d'intempéries quand cette indemnité a été versée à tort. Une telle restitution suppose toutefois que soient remplies les conditions d'une reconsidération ou d'une révision procédurale des décisions par lesquelles les prestations litigieuses ont été allouées (<ref-ruling> consid. 3a, 368 consid. 3 et la jurisprudence citée). Cela vaut aussi, en principe, pour les prestations qui ont été accordées sans avoir fait l'objet d'une décision formelle (voir <ref-ruling> consid. 3). L'administration peut reconsidérer une décision formellement passée en force de chose jugée et sur laquelle une autorité judiciaire ne s'est pas prononcée quant au fond, à condition qu'elle soit sans nul doute erronée et que sa rectification revête une importance notable (<ref-ruling> consid. 3a, 173 consid. 4a, 271 consid. 2, 368 consid. 3 et les arrêts cités).
Le caractère contrôlable de la perte de travail est une condition de fond du droit à l'indemnité. Ou bien cette condition légale est réalisée, ou bien elle fait défaut. Lorsque, comme en l'espèce, la réduction n'est pas suffisamment contrôlable, l'octroi de prestations apparaît donc comme sans nul doute erroné. Vouloir émettre des doutes à ce sujet revient à inverser le fardeau de la preuve qui, sur ce point particulier, incombe clairement à l'employeur (DTA 1998 no 35 p. 200 consid. 4b, 1996/1997 no 28 p. 157 sv. consid. 3).
En l'espèce, on doit donc retenir que les décisions par lesquelles les indemnités ont été versées à l'intimée étaient entachées d'inexactitude manifeste. Il est en outre évident que la rectification de ces décisions revêt une importance notable. Les conditions d'une reconsidération et, partant, d'une restitution, sont ainsi réalisées.
4.- A titre subsidiaire, l'intimée soulève le moyen tiré de la péremption du droit de la caisse de chômage de lui réclamer une partie des indemnités versées. Selon elle, il incombait à la caisse de constater, dès les premières périodes d'indemnisation, que l'employeur ne tenait pas de relevés des heures de travail, notamment par un constat sur place, voire par un simple contact téléphonique. En outre, selon un article paru dans "L'Hebdo", du 28 mars 1996, qui évoquait la demande de restitution de la caisse sous le titre "Grosse fraude au chômage à Genève", ce journal était en possession de documents internes de l'office cantonal de l'emploi. Selon l'intimée, ces documents démontreraient que plusieurs contrôles inopinés ont été effectués par des agents de la caisse avant la visite du 25 mai 1994.
Aux termes de l'art. 95 al. 4, première phrase, LACI, le droit de répétition se prescrit une année après que l'organe qui a payé a eu connaissance des faits, mais au plus tard cinq ans après le versement de la prestation. Nonobstant la terminologie légale, il s'agit de délais de péremption (<ref-ruling> consid. 1 et la jurisprudence citée).
Selon la jurisprudence, le délai de péremption d'une année de l'art. 95 al. 4 LACI commence à courir dès le moment où la caisse de chômage aurait dû connaître les faits fondant l'obligation de restituer, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait raisonnablement exiger d'elle (<ref-ruling> consid. 1). Lorsque la demande de restitution se fonde sur le fait que les travailleurs concernés n'avaient pas droit à l'indemnité parce que leur horaire de travail n'était pas suffisamment contrôlable, le délai de péremption d'une année commence à courir à partir du moment où l'administration, par exemple à l'occasion d'un contrôle ou à réception d'informations propres à faire naître des doutes sur le bien-fondé de l'indemnisation, s'aperçoit ou aurait dû s'apercevoir que les indemnités ont été versées à tort, parce qu'une des conditions légales mises à leur octroi faisait défaut (<ref-ruling> consid. 2c). C'est dire que, sous l'angle du respect du délai de péremption, on ne saurait reprocher à l'administration de n'avoir pas vérifié de manière approfondie, au moment déjà du dépôt du préavis de réduction de l'horaire de travail ou en cours d'indemnisation, si toutes les conditions du droit à l'indemnité étaient remplies.
En l'occurrence, on ne dispose d'aucun élément au dossier qui permettrait de retenir que la caisse aurait, comme l'affirme l'intimée, pratiqué des contrôles dans les locaux de l'entreprise avant le 25 mai 1994. La caisse le conteste du reste dans sa réponse au recours et la seule référence à un article de presse n'est pas suffisante pour mettre en doute la crédibilité de ses allégués. En conséquence, on doit considérer, dans le cas particulier, que le délai d'une année a commencé à courir, au plus tôt, le 25 mai 1994. Jusque-là, la caisse ne disposait d'aucun indice ou élément lui permettant d'admettre que l'employeur n'était pas à même de fournir le relevé des heures de travail perdues. En rendant sa décision le 13 juin 1994 elle a donc agi en temps utile.
Le moyen soulevé ici n'est dès lors pas fondé.
5.- En conclusion, la caisse était en droit de réclamer à l'intimée le montant - qui n'est pas contesté comme tel - de 956 108 fr. 70, représentant les indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail indûment perçues pour la période du 1er août 1992 au 30 avril 1994. Le recours de droit administratif est ainsi bien fondé.
6.- Pour le reste, il n'y a pas lieu, à ce stade, de se prononcer sur une éventuelle remise de l'obligation de restituer (art. 95 al. 2 LACI). L'intimée a demandé une telle remise, lors de la procédure précédente, devant l'Autorité cantonale et de recours et ilappartiendraàl'autoritécompétente, àquicettedemandeaététransmise, destatueràcesujet(cf. infralet. B).


Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est admis et le jugement de la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage du 1er septembre 1999 est annulé.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage, à la Caisse cantonale genevoise de chômage et à l'Office cantonal genevois de l'emploi.
Lucerne, le 12 mai 2000
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIIe Chambre :
Le Greffier :