Sachverhalt:
A. Die Bank Z._ AG (nachfolgend Z._ oder Beschwerdegegnerin) gewährte der SAirGroup (nachfolgend SAir oder Beschwerdeführerin) seit 1999 einen Geldmarktkredit (Money Market Line). Im August 2000 wurde der Kredit mit maximal Fr. 50 Mio. weitergeführt bis 15. November 2000, dann bis 15. Februar und anschliessend bis 15. Mai 2001 um jeweils drei Monate verlängert. Danach wurde der Kredit um weitere zwei Wochen und ab dem 29. Mai jeweils tageweise verlängert. Mitte Juni verlangte Z._ die Rückzahlung des Kredits. Mit Schreiben vom 28. Juni offerierte sie zwar eine Verlängerung über den 29. Juni hinaus für einen weiteren Monat, allerdings nur gegen den auf Kosten der SAir erfolgenden Abschluss eines Credit Default Swap als Sicherung. Weil die SAir am Markt keinen Credit Default Swap zu kaufen vermochte und Z._ deshalb nicht mehr zu einer Kreditverlängerung bereit war, leistete die SAir am 29. Juni die vollständige Rückzahlung im Umfang von Fr. 50'006'388.90 (Kreditsumme nebst Zinsen).
Auf Gesuch vom 4. Oktober 2001 hin wurde der SAir am Folgetag die provisorische Nachlassstundung bewilligt, welche später in eine definitive umgewandelt wurde. Am 20. Juni 2003 wurde der Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung vom 26. Juni 2002 gerichtlich bestätigt.
B. Mit Klage vom 18. November 2005 verlangte die SAir gestützt auf <ref-law> die Verurteilung der Z._ zu einer Zahlung von Fr. 50'006'388.90 zuzüglich Zins zu 5% seit dem 20. Juni 2005. Mit Klageantwort vom 27. März 2006 schloss jene auf Klageabweisung.
Mit Urteil vom 26. November 2007 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab.
Die hiergegen erhobene Nichtigkeitsklage der SAir wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 22. Dezember 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen diese beiden Urteile hat die SAir am 13. Februar 2009 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um deren Aufhebung und um Verpflichtung der Z._ zur Zahlung von Fr. 50'006'388.90 zuzüglich Zins zu 5% seit dem 20. Juni 2005, eventuell um Rückweisung der Sache an das Handelsgericht. In ihrer Vernehmlassung vom 2. April 2009 verlangt Z._ die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, eventualiter die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht. Beide kantonalen Instanzen verzichten auf eine Vernehmlassung.
D. Am 11. Mai 2009 ging die Z._ in der Bank X._ AG auf. Nach deutschem Umwandlungsrecht ist damit das Vermögen der Z._ einschliesslich der Verbindlichkeiten auf die Bank X._ AG übergegangen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen steht bei paulianischen Anfechtungsklagen mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert grundsätzlich offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Das Handelsgericht des Kantons Zürich und das Kassationsgericht des Kantons Zürich haben je einen Endentscheid gefällt (<ref-law>). Das Handelsgericht fungiert grundsätzlich als einzige kantonale Sachinstanz (<ref-law>). Die Klagefrist ist eingehalten (<ref-ruling>).
Mit Bezug auf das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit (<ref-law>) ergibt sich, dass die Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich gegeben ist, soweit Nichtigkeitsgründe vorliegen (<ref-law>/ZH) und das Bundesgericht die vorgebrachten Mängel nicht frei überprüfen kann (<ref-law>/ZH); dies trifft insbesondere für die Sachverhaltsfeststellungen zu, welche das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Demgegenüber erweist sich das Urteil des Handelsgerichts mit Bezug auf die rechtlichen Erwägungen, die vom Bundesgericht frei überprüft werden können (Art. 95 lit. a i.V.m. <ref-law>), als kantonal letztinstanzlich. Mit der Beschwerde in Zivilsachen können alsdann beide Entscheide angefochten werden, wobei die Beschwerdefrist erst mit der Eröffnung des kassationsgerichtlichen Urteils zu laufen beginnt (<ref-law>); sie ist vorliegend eingehalten.
2. Die explizit getroffenen eigenen Sachverhaltsfeststellungen des Handelsgerichts sind relativ knapp und insofern verkürzt, als es sich nur zur Erkennbarkeit der Schädigungsabsicht, nicht aber zu dieser selbst geäussert hat. Indes hat das Handelsgericht die Sachverhaltsschilderungen beider Parteien sehr ausführlich wiedergegeben, und die entscheidwesentlichen - namentlich die Fragen rund um die Sanierung(sphase) der Swissair spielen keine Rolle, vgl. E. 6.1 - äusseren Sachverhaltselemente sind unter den Parteien auch nicht strittig. Insofern ist der rechtserhebliche Sachverhalt erstellt und der Rechtsstreit liquid.
Ist aber die so festgestellte Sachverhaltsbasis ausreichend - und führt sie sogar zu einer Gutheissung der Beschwerde in rechtlicher Hinsicht (dazu nachfolgend) - rechtfertigt es sich, in Analogie zur früheren Rechtsprechung, wonach in Abweichung der normalen Reihenfolge von Art. 57 Abs. 5 OG zuerst über die Berufung entschieden und die staatsrechtliche Beschwerde in der Folge als gegenstandslos erklärt wurde, auch den vorliegenden Fall aufgrund des festgestellten Sachverhaltes rechtlich zu beurteilen und die (allesamt nicht entscheidwesentlichen) Sachverhaltsrügen damit gegenstandslos werden zu lassen. Ohnehin beschlagen die meisten der im Kleid von Sachverhaltsrügen vorgetragenen Ausführungen in Wahrheit die Tragweite der Schädigungsabsicht bzw. Erkennbarkeit und damit Rechtsfragen (namentlich: wie die SAir Aussagen und Dokumente werten musste und ob sie in diesem Zusammenhang eine Gläubigerschädigung in Kauf genommen hat, bzw. wie die Dresdner Aussagen und Dokumente werten durfte und ob sie in diesem Zusammenhang die Schädigungsabsicht der SAir erkennen musste).
Was sodann die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht anbelangt, ist zu bemerken, dass die Entscheidinstanz von Verfassungs wegen einzig verpflichtet ist, wenigstens kurz die Überlegungen zu nennen, von denen sie sich hat leiten lassen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 455; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88), was vorliegend der Fall ist. Die Beschwerdeführerin behauptet aber zu Recht nicht, dass sie über die wesentliche Begründungslinie im Unklaren gelassen worden und deshalb zu sachgerechter Anfechtung nicht in der Lage gewesen wäre; ihre ausführliche Rechtsschrift beweist denn auch das Gegenteil.
3. Der Gang der Ereignisse im Jahr 2001 lässt sich wie folgt zusammenfassen: Am 7. März trat Moritz Suter nach nur sechswöchiger Amtszeit zurück, nachdem er den Verwaltungsrat über die bereits im damaligen Zeitpunkt katastrophale Finanzlage informiert hatte. Bereits im März liess sich der Verwaltungsrat zum Thema Verantwortlichkeit informieren und erörterte Abwehrstrategien. Am 2. April wurde ein Konzernverlust von Fr. 2'885 Mio. bekannt gegeben; die Kapitalquote betrug noch 5,7%. Am 25. April fand die legendäre Generalversammlung statt, bei welcher die Mehrheit des Verwaltungsrates zurücktrat. Am 11. Juni hielt Mario Corti gegenüber dem Verwaltungsrat fest, die Gesellschaft befinde sich in einem eigentlichen Überlebenskampf. Am 27. Juni stellte der Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin erneut fest, dass eine verlässliche Liquiditätsprognose weiterhin fehle und die Besorgnis einer Überschuldung bestehe. Am 29. Juni wurde schliesslich die angefochtene Zahlung an die Beschwerdegegnerin ausgelöst, und zwar durch Richard Rabl (Head of Foreign Exchange and Money Market Trading) sowie durch Beat Lehmann (Treasurer - Finance and Foreign Exchange) mit Genehmigung durch CFO Jacqualyn Fouse und CEO Mario Corti.
4. Anfechtbar sind alle Rechtshandlungen, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Pfändung oder Konkurseröffnung in der dem anderen Teil erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen (<ref-law>). Der Anfechtung nach diesen Grundsätzen unterliegen gemäss <ref-law> auch die Rechtshandlungen, welche der Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommen hat.
Als erstes Tatbestandsmerkmal muss eine Schädigung der anderen Gläubiger durch Beeinträchtigung der Exekutionsrechte vorliegen, indem ihre Befriedigung im Rahmen der General- oder Spezialexekution oder ihre Stellung im Vollstreckungsverfahren wegen der Bevorzugung des einen Gläubigers beeinträchtigt wird. Die tatsächliche Schädigung wird zugunsten der Konkursmasse vermutet, wobei dem Anfechtungsbeklagten der Beweis offen steht, dass die anderen Gläubiger auch bei richtigem Verhalten des Schuldners zum gleichen Verlust gekommen wären, dient doch die Anfechtungsklage nicht der Bestrafung des beklagten Gläubigers, sondern der Wiederherstellung des Zustandes, in welchem sich ohne das angefochtene Geschäft das zur Befriedigung der übrigen Gläubiger dienende Vermögen des Schuldners im Zeitpunkt der Konkurseröffnung befunden hätte (<ref-ruling> E. 2a S. 189 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 33; <ref-ruling> E. 4.1 S. 617). An einer Schädigung fehlt es ferner, wenn der Schuldner für seine Leistung eine verwertbare gleichwertige Gegenleistung erhalten hat (vgl. BGE 65 III 142 E. 5 S. 147; 79 III 174; zu den Einschränkungen vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 34; <ref-ruling> E. 4a S. 94; <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 238; <ref-ruling> E. 3.1 S. 455).
Als weiteres Tatbestandsmerkmal von <ref-law> muss beim Schuldner Schädigungsabsicht gegeben sein. Diese ist zu bejahen, wenn er voraussehen konnte und musste, dass die angefochtene Handlung die Gläubigergesamtheit benachteiligt oder einzelne Gläubiger gegenüber anderen bevorzugt. Nicht erforderlich ist, dass der Schuldner mit seiner Handlung die Benachteiligung von Gläubigern oder die Begünstigung einzelner Gläubiger geradezu bezweckt hat. Es genügt vielmehr, wenn er sich darüber hat Rechenschaft geben können und müssen und gleichsam in Kauf genommen hat, dass als natürliche Folge seiner Handlung Gläubiger geschädigt werden (BGE 21 S. 660 E. 4 S. 669; <ref-ruling> E. 3a S. 85; <ref-ruling> E. 4.1 S. 456).
Schliesslich muss die Schädigungsabsicht für den Begünstigten erkennbar gewesen sein. Das ist der Fall, wenn dieser bei Anwendung der nach den Umständen gebotenen und zumutbaren Sorgfalt und Aufmerksamkeit hätte erkennen können und müssen, dass als Folge der angefochtenen Handlung möglicherweise eine Gläubigerschädigung eintritt. Hiermit wird keine unbeschränkte Erkundigungspflicht aufgestellt; im Allgemeinen braucht sich niemand darum zu kümmern, ob durch ein Rechtsgeschäft die Gläubiger seines Kontrahenten geschädigt werden oder nicht. Nur wenn deutliche Anzeichen für eine Gläubigerbegünstigung bzw. -benachteiligung bestehen, darf vom Begünstigten eine sorgfältige Prüfung verlangt werden (BGE 30 II 160 E. 5 164; <ref-ruling> E. 4.2 S. 456).
Schädigungsabsicht und deren Erkennbarkeit durch Organe oder rechtsgeschäftlich bestellte Stellvertreter sind der juristischen Person bzw. dem Vertretenen anzurechnen (BGE <ref-ruling> E. 4.3 S. 457).
5. Mit Bezug auf die Gläubigerschädigung hat das Handelsgericht erwogen, entgegen den Behauptungen der Beschwerdegegnerin sei die Beschwerdeführerin keineswegs in der Lage gewesen, sämtliche von ihr eingegangenen Verpflichtungen im Zeitpunkt der jeweiligen Fälligkeit zu tilgen; bereits im März 2001 seien Zahlungsverbindlichkeiten "gestreckt" worden, und im August habe die Beschwerdeführerin einen teilweisen Zahlungsstopp in die Wege leiten müssen. Vor diesem Hintergrund hat das Handelsgericht im Zusammenhang mit der Rückzahlung des Darlehens am 29. Juni und damit rund drei Monate vor dem Gesuch um Nachlassstundung das objektive Tatbestandsmerkmal der Beeinträchtigung der Exekutionsrechte der anderen Gläubiger zu Recht als erfüllt betrachtet, lässt sich doch die Rückzahlung nach konstanter Rechtsprechung nicht als (gleichwertige) Gegenleistung für die Darlehensaufnahme auffassen, sondern handelt es sich um die Erfüllung der hierbei eingegangenen Pflicht zu späterer Rückzahlung (BGE <ref-ruling> E. 3-5 S. 32 ff.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 455). Dies gilt, wie das Handelsgericht zu Recht angenommen hat, auch für Zinszahlungen, soweit sie zusammen mit der vollständigen Rückzahlung der Darlehenssumme geleistet werden, weil sie diesfalls nicht mehr der Aufrechterhaltung des Darlehens dienen und deshalb nicht mehr im (indirekten) Interesse der anderen Gläubiger liegen.
6. Das Handelsgericht hat offen gelassen, ob auf der Schuldnerseite eine Schädigungsabsicht gegeben sei, weil es befunden hat, diese wäre für die Beschwerdegegnerin jedenfalls nicht erkennbar gewesen. Angesichts des liquiden Sachverhalts und der Möglichkeit der freien Prüfung (<ref-law>) dieser Rechtsfrage (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) tangiert jedoch dieses Vorgehen des Handelsgerichts die bundesgerichtliche Rechtsfindung nicht.
6.1 Das Handelsgericht hat zunächst erwogen, dass es sich beim Zusammenbruch der Beschwerdeführerin nicht um ein relativ kleines, von der Öffentlichkeit unbeachtetes Ereignis gehandelt habe, sondern um ein erschütterndes Unglück, das vorher für die meisten Leute undenkbar gewesen sei; zudem sei dem Grounding ein monatelanges, von der Öffentlichkeit verfolgtes Bemühen um Sanierung vorausgegangen. Es sei deshalb zwischen einem Sanierungsstadium und einem Liquidationsstadium zu unterscheiden. Es könne nun aber nicht der Zweck der Anfechtungspauliana sein, echte Sanierungsbemühungen mit der Gefahr einer späteren Rückgängigmachung von Rechtshandlungen zu belasten.
Wie das Handelsgericht zutreffend ausführt, hat die Anfechtungsklage keineswegs zum Zweck, alle Versuche zur Rettung des Schuldners unmöglich oder sehr gefährlich zu machen, umso weniger als es gerade im Interesse der übrigen Gläubiger liegt, wenn Dritte versuchen, dem Schuldner zu Hilfe zu kommen; insofern muss es erlaubt sein, diesem "aus der Klemme zu helfen" (BGE 33 II 345 E. 6 S. 349; 78 III 83 E. 2 S. 87 f.; <ref-ruling> E. 5.2 S. 458). Das ist aber nicht schon dann der Fall, wenn sich ein Schuldner in wirtschaftlichen Schwierigkeiten um Sanierung bemüht. Vielmehr müssen die zur Verfügung gestellten Geldmittel zum besonderen Zweck der Sanierung gewährt worden sein, damit deren Hin- und Rückgabe gewissermassen als Einheit betrachtet werden kann und insgesamt im Interesse der anderen Gläubiger liegt (BGE <ref-ruling> E. 5 S. 37; <ref-ruling> E. 5.2 und 5.5 S. 459 f.).
Dahingehende Sachverhaltsfeststellungen lassen sich dem angefochtenen Urteil nicht entnehmen. Es geht vorliegend um einen auf das Jahr 1999 zurückgehenden Kredit, der im August 2000 auf eine neue Grundlage gestellt wurde. Die Geldhingabe ist somit offensichtlich lange vor der Zeit erfolgt, ab der von Sanierungsbemühungen gesprochen werden könnte. Es ist zwar nicht ausgeschlossen, dass auch ein vorbestehendes Darlehen in ein Sanierungsdarlehen umgewandelt werden kann, namentlich durch Verlängerung eines auslaufenden Kredits (BGE <ref-ruling> E. 6.1 S. 460). Diesfalls müsste aber ein damit verbundener subjektiver Sanierungswille der Vertragsparteien festgestellt sein. Das Handelsgericht hat jedoch weder entsprechende Parteiaussagen zitiert noch äussere Umstände festgestellt, die objektiv auf einen entsprechenden Willen schliessen lassen würden, wie etwa eine Zweckvereinbarung zwischen Darleiher und Borger. Die Parteien haben denn auch nie dahingehende Vorbringen gemacht und eine Rückweisung käme daher nicht in Frage. Die Schädigungsabsicht lässt sich mithin nicht verneinen bloss mit der sinngemässen Annahme eines Sanierungsdarlehens.
6.2 Mit Bezug auf den konzerninternen Wissensstand in der ersten Jahreshälfte 2001 steht in tatsächlicher Hinsicht Folgendes fest: Per Ende 2000 betrug die Konzern-Nettoverschuldung Fr. 6'326 Mio. Im März 2001 verliess die Führungsspitze den Konzern (Rücktritt von Moritz Suter am 7. März; Entlassung von Eric Honegger am 15. März). Mario Corti liess sich als neuer Präsident und Delegierter des Verwaltungsrates sein Gehalt für die nächsten fünf Jahre umgehend nach Vertragsunterzeichnung Mitte März vollumfänglich vorauszahlen. Am 2. April musste ein Konzernverlust von Fr. 2'885 Mio. und eine gegen Null strebende Kapitalquote bekannt gegeben werden. Ebenfalls im März zog sich die Bank Y._ aufgrund einer vernichtenden internen Analyse aus den Verhandlungen für den neuen Milliardenkredit zurück, was an einer Sitzung der Finanzkommission der Beschwerdeführerin vom 17. März zur Kenntnis genommen werden musste; die weiteren Verhandlungen mit den Konsortialbanken gestalteten sich äusserst schwierig (der Kredit wurde schliesslich am 11. Juli unterzeichnet, jedoch aufgrund der kaum erfüllbaren Bedingungen nie in Anspruch genommen). Am 25. April fand die legendäre Generalversammlung statt, bei welcher die Mehrheit des Verwaltungsrates zurücktrat. Am 11. Juni hielt Mario Corti gegenüber dem Verwaltungsrat fest, die Gesellschaft befinde sich in einem eigentlichen Überlebenskampf. Am 19. Juni konstatierte Moody's ein erhebliches Kreditrisiko und erteilte für die kurzfristigen Verbindlichkeiten kein Rating mehr. Am 27. Juni stellte der Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin erneut fest, dass eine verlässliche Liquiditätsprognose weiterhin fehle und die Besorgnis einer Überschuldung bestehe.
Angesichts dieser Tatsachen ist klar erstellt, dass den verantwortlichen Organen der Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der Darlehensrückzahlung die absolut dramatische finanzielle Schieflage bekannt war. Nur am Rand sei erwähnt, dass sich der Verwaltungsrat bereits im März über mögliche Verantwortlichkeitsansprüche und mögliche Abwehrstrategien informieren liess; auch darin manifestiert sich, dass er um die katastrophale Situation wusste.
6.3 Dass die Schädigung der anderen Gläubiger nicht der eigentliche Zweck der Darlehensrückzahlung war, versteht sich von selbst; eigentlicher Auslöser für die Darlehensrückzahlung war, dass die Beschwerdeführerin die am Vortag von der Beschwerdegegnerin verlangte Sicherheit nicht beibringen konnte und diese deshalb den Kredit nicht mehr verlängerte, was zur Fälligkeit der Forderung führte. Indes waren sich die Organe der Beschwerdeführerin angesichts der vorstehenden Ausführungen über die im Zeitpunkt der Rückzahlung bestehende katastrophale Finanzlage bewusst. Ausserdem war klar, dass mit der Rückzahlung des Darlehens kein operativer Zweck verfolgt, sondern letzte vorhandene Liquidität abgeführt wurde. Vor diesem Hintergrund hätten sich die verantwortlichen Organe der Beschwerdeführerin Rechenschaft geben können und müssen, dass als notwendige (Neben-)Folge des bedeutenden Mittelabflusses von Fr. 50 Mio. am 29. Juni die anderen Gläubiger zu Schaden kommen könnten, und insofern haben sie die Gläubigerschädigung gleichsam in Kauf genommen, womit das Tatbestandsmerkmal der Schädigungsabsicht erfüllt ist.
Dass sich die massgeblichen Organe diese Rechenschaft tatsächlich gaben und sich insbesondere um den Zusammenhang zwischen Kreditrückzahlung und Gläubigerbevorzugung bewusst waren, lässt sich im Übrigen direkt aus der mit der Bank S._ im Zusammenhang mit Gleichbehandlungsklauseln geführten externen und internen Korrespondenz vom Juni herauslesen: Die Bank S._ hatte verlangt, dass die Beschwerdeführerin ihr die Rückführung von Drittengagements umgehend mitzuteilen hätte, was die Beschwerdeführerin nach Abklärungen im eigenen Rechtsdienst gemäss e-Mail an die Bank S._ vom 11. Juni "schlechtenfalls als Bevorteilung eines Gläubigers" wertete. Diese Befürchtung teilte Beat Lehmann (Treasurer - Finance and Foreign Exchange) am 21. Juni intern CFO Jacqualyn Fouse mit.
7. Als weitere Tatbestandsvoraussetzung ist zu prüfen, ob die vorstehend bejahte Schädigungsabsicht der Beschwerdeführerin für die Beschwerdegegnerin erkennbar war.
7.1 Spätestens ab Beginn des Jahres 2001 waren die finanziellen Schwierigkeiten der Beschwerdeführerin nach aussen hin erkennbar, und spätestens ab April waren sie selbst für das breite Publikum ersichtlich (Bekanntgabe eines Konzernverlustes von Fr. 2'885 Mio. am 2. April; mehrheitlicher Rücktritt des Verwaltungsrates an der Generalversammlung vom 25. April). Umso mehr war die Schieflage der Beschwerdegegnerin bekannt: Als erfahrener Geschäftsbank, die im Rahmen des vorliegenden und einer Reihe anderer (allerdings von ihrer Tochtergesellschaft "Bank Z._ S.A." gewährter) Konsortialkredite laufend mit der Beschwerdeführerin in Kontakt war, standen ihr weitergehende Möglichkeiten der Informationsbeschaffung und Risikoanalyse zur Verfügung als der Allgemeinheit. Am 19. Juni konstatierte Moody's schliesslich ein erhebliches Kreditrisiko und erteilte für kurzfristige Verbindlichkeiten überhaupt kein Rating mehr.
Insbesondere das am 2. April bekannt gegebene katastrophale Jahresergebnis wurde in der Presse ausführlich und kritisch kommentiert, ferner aber auch die Rückstufung durch Moody's (insbesondere in der NZZ vom 20. Juni). Die Presseberichterstattung in den Monaten Mai und Juni ging dann zwar in verschiedene Richtungen, wobei teilweise einfach das von der Beschwerdeführerin nach aussen hin kommunizierte beschönigende Bild wiedergegeben wurde. Entgegen der Ansicht des Handelsgerichts darf daraus aber nicht einfach auf ein Nichterkennenkönnen der Schädigungsabsicht geschlossen werden, zumal in vielen Pressemitteilungen eindringlich auf die dramatische Lage hingewiesen wurde (kritische Beurteilungen insbesondere in der Financial Times vom 29. Mai mit dem Titel "Swissair hat Geldprobleme", in Finanz und Wirtschaft vom 2. Juni mit dem Titel "Für die Swissair-Aktionäre gibt es noch keinen Strohhalm", in der Sonntagszeitung vom 10. Juni mit dem Titel "Cortis Plan geht nicht auf" und in der FAZ vom 27. Juni mit dem Titel "Aktie im Blick: Swissair / Wie lange dauert der Tiefflug?").
7.2 Ganz allgemein war die der Rückzahlung vorangehende Zeit von einem internen und externen "Hoffen und Bangen" gekennzeichnet, wie es das Handelsgericht in zahlreichen Parallelurteilen ausgedrückt hat. Stehen die Zeichen auf "Hoffen und Bangen", musste aber einer Geschäftsbank bewusst sein, dass ihr Kreditengagement einem sehr hohen Risiko ausgesetzt war. Aufgrund sämtlicher objektiver Anhaltspunkte, die vorstehend geschildert worden sind, musste für die Beschwerdegegnerin klar sein, dass die Beschwerdeführerin nicht bloss vor konjunkturellen, sondern vor echten und gravierenden strukturellen Problemen stand. Sie hat nach den handelsgerichtlichen Sachverhaltsfeststellungen denn auch kritische Fragen an die Beschwerdeführerin gestellt, aber keine befriedigenden Antworten erhalten. Dies hätte sie als erfahrene Geschäftsbank hellhörig werden lassen müssen. Angesichts ihres konkreten Verhaltens (zunehmend kurze, schliesslich nur noch tageweise Verlängerung des Kredites; kurzfristiges und ultimatives Einfordern eines Credit Default Swap für einen bislang ungesicherten Kredit; Unvermögen der Beschwerdeführerin aufgrund ihrer bekanntermassen angeschlagenen Situation, am Markt eine solche Absicherung zu kaufen) ist ihre Behauptung, aufgrund des von der Beschwerdeführerin gegen aussen kommunizierten zuversichtlichen Bildes habe sie auf deren erfolgreiche Sanierung vertraut, unglaubwürdig, und jedenfalls hätte sie bei Anwendung der nach den Umständen gebotenen und zumutbaren Sorgfalt und Aufmerksamkeit nicht blind auf einen guten Ausgang der objektiv wenig aussichtsreichen Situation vertrauen dürfen.
7.3 Wie bereits in BGE <ref-ruling> E. 8.4 S. 465 f. und im Entscheid 5A_386/2008, E. 5.4, ausgeführt, gilt im Zusammenhang mit den angeblich erfolgverheissenden Sanierungsplänen auch im vorliegenden Fall, dass die Ankündigung des sofortigen Verkaufes weiterer profitabler Flugnebenbetriebe kein beruhigendes, sondern ein für jedermann erkennbares Alarmsignal dafür ist, dass die finanzielle Schieflage dramatische Ausmasse angenommen haben muss und der Schuldner um sein Überleben kämpft. Desgleichen ist es im Zusammenhang mit dem von der Beschwerdegegnerin angesprochenen Milliardenkredit kein beruhigendes, sondern ein alarmierendes Zeichen, wenn die Aufrechterhaltung der Liquidität vom Erfolg der Aushandlung eines neuen Kredites abhängt, die Aufrechterhaltung der Zahlungsfähigkeit mithin einzig auf das Eingehen neuer Schulden und nicht auf echte Sanierungsmassnahmen oder gar auf Erfolge im operativen Geschäft zurückzuführen ist. Auch vor diesem Hintergrund durfte die Beschwerdegegnerin bei der Entgegennahme der Darlehensrückzahlung nicht einfach die Augen verschliessen und darauf vertrauen, dass es schon gut komme.
7.4 Die "Money Market Line" war als Geldmarktkredit in den Büchern der Beschwerdegegnerin entsprechend verbucht und wurde im Übrigen von der Handels-, nicht von der Kreditabteilung geführt. Massgeblich kann aber nicht sein, wie der Kredit bankintern abgewickelt wurde. Ebenso wenig kann von Bedeutung sein, dass sich die Beschwerdegegnerin bereits im Dezember 2000 - immerhin zu einem Zeitpunkt, in welchem die finanziellen Schwierigkeiten der Beschwerdeführerin nach den Feststellungen des Handelsgerichts auch gegen aussen bereits deutlich erkennbar waren - an einer internen Sitzung offenbar gegen eine Verlängerung des Kredites entschieden hat. Massgeblich ist vielmehr die tatsächliche Handhabung des Kredites im Aussen-, d.h. im bilateralen Verhältnis zwischen den beiden Parteien. Diesbezüglich ergibt sich, dass die Beschwerdegegnerin den auf das Jahr 1999 zurückgehenden Kredit bis Mitte Mai 2001 regelmässig im angestammten Dreimonatetakt verlängerte (also auch noch nach dem angeblichen internen Grundsatzentscheid im Dezember 2000), dann aber angesichts der zwischenzeitlich eingetretenen Ereignisse nur noch um zwei Wochen prolongierte und ab dem 29. Mai schliesslich auf eine tageweise Verlängerung überging, und dass sie sodann ab Mitte Juni zusätzlich eine Absicherung des Kredites verlangte, obwohl an sich bei Geldmarktkrediten definitionsgemäss nie Sicherheiten verlangt werden (Emch/Renz/Bösch, Das schweizerische Bankgeschäft, 5. Aufl., S. 369). Dieses Verhalten lässt sich nicht anders deuten, als dass die Beschwerdegegnerin um die Einbringlichkeit ihrer Darlehensforderung fürchtete und dass sie es deshalb nicht (mehr) aus der Hand geben wollte, täglich auf sofortiger Rückzahlung beharren zu können, und dass sie überdies durch einen Credit Default Swap gegen das Kreditausfallrisiko abgesichert sein wollte.
Im Unterschied zum Entscheid 5A_386/2008, der eine Kreditrückzahlung an eine andere Bank per Ende August betraf, ist hier die Rückzahlung bereits zwei Monate früher erfolgt. Dies ist angesichts der sich stetig verschlechternden Lage der Beschwerdeführerin während des Sommers 2001 ein wesentlicher Unterschied. Was aber das konkrete Verhalten der Beschwerdeführerin im vorliegenden Fall und die daraus für die Erkennbarkeit der Schädigungsabsicht zu ziehenden Schlüsse anbelangt, sind die Erwägungen im Entscheid 5A_386/2008 dennoch einschlägig. Das Bundesgericht hat dort in E. 5.2 im Sinn eines Kernelementes erwogen, die Umwandlung eines seit Jahren immer wieder verlängerten Betriebsrahmenkredites in einen kurzfristigen Termingeldkredit lasse darauf schliessen, dass sich die betreffende Bank spätestens ab Mai über die dramatische Situation, in der sich die Beschwerdeführerin befand, im Klaren gewesen sei, und dass sie bei Anwendung der nach den Umständen gebotenen und zumutbaren Sorgfalt und Aufmerksamkeit jedenfalls hätte erkennen können und müssen, dass als Folge der angefochtenen Handlung möglicherweise eine Gläubigerschädigung eintreten würde. Inwiefern im vorliegenden Fall für die Erkennbarkeit der Schädigungsabsicht durch die Beschwerdegegnerin per Ende Juni etwas anderes gelten müsste, ist nicht ersichtlich: Auch hier handelt es sich um eine international tätige und über entsprechende Informationsmöglichkeiten verfügende Geschäftsbank, und mehr noch als im Fall 5A_386/2008 hat die Beschwerdegegnerin vorliegend einen seit langer Zeit bestehenden und jeweils auf drei Monate verlängerten Kredit schrittweise verkürzt, am Schluss nur noch tageweise verlängert und überdies auf einmal Sicherheiten verlangt.
Ein solches Verhalten lässt sich, wie bereits festgehalten, nicht damit erklären, dass es sich um einen Geldmarktkredit gehandelt hat und dieser bankintern von der Handelsabteilung geführt wurde, ansonsten hätte er bereits viel früher in einen Festkredit umgewandelt werden müssen oder aber nur auf kurze Sicht verlängert werden dürfen. Die Beschwerdegegnerin hat sich bei ihren tatsächlichen Handlungen im bilateralen Verhältnis behaften zu lassen, und die tatsächliche Handhabung des Kredites, insbesondere aber das konkrete Vorgehen im Zusammenhang mit der Verlängerung des Kredites (vormals problemlose Verlängerung um jeweils drei Monate, plötzliche Verkürzung der Frist und schliesslich nur noch tageweise Verlängerung) lässt - wie bereits gesagt - keinen anderen Schluss zu, als dass sich die Beschwerdegegnerin vor der Rückzahlung über die miserable Situation der Beschwerdeführerin im Klaren war und offensichtlich um das hohe Risiko der Einbringlichkeit ihrer Forderung wusste, was auch das plötzliche Einfordern eines Credit Default Swap auf Kosten der Beschwerdeführerin demonstriert, zumal eine solche Sicherheit für einen Geldmarktkredit absolut untypisch ist. Sodann wusste die Beschwerdegegnerin oder hätte sie bei Anwendung der nach den Umständen gebotenen und zumutbaren Sorgfalt und Aufmerksamkeit jedenfalls erkennen können und müssen, dass angesichts der desolaten Finanzlage der Beschwerdeführerin als Folge der angefochtenen Handlung möglicherweise andere Gläubiger zu Schaden kommen würden.
8. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde gutzuheissen und die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 50'006'388.90 nebst Zins zu verpflichten ist. Die Beschwerdeführerin ist mithin in der Sache durchgedrungen und es rechtfertigt sich keine Kostenausscheidung für die Gegenstandslosigkeit der Beschwerde mit Bezug auf den Beschluss des Kassationsgerichts. Die Beschwerdegegnerin ist folglich für das bundesgerichtliche Verfahren vollumfänglich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Festsetzung und Verteilung der kantonalen Kosten und Entschädigungen entsprechend dem neuen Ausgang des Verfahrens ist vom Handelsgericht vorzunehmen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In dahingehender Gutheissung der Beschwerde wird das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 26. November 2007 aufgehoben.
Mit Bezug auf den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts des Kantons Zürich vom 22. Dezember 2008 wird die Beschwerde als gegenstandslos erklärt.
2. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, der Beschwerdeführerin Fr. 50'006'388.90 zuzüglich Zins zu 5% seit dem 20. Juni 2005 zu bezahlen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 80'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 100'000.-- zu entschädigen.
5. Die Sache wird zur Festsetzung und Verteilung der kantonalen Kosten und Entschädigungen entsprechend dem neuen Ausgang des Verfahrens an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons Zürich und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli