Faits:
A.
X._ a été administratrice de la société D._ SA (ci-après: la société), qui avait pour but notamment d'exploiter une activité de garage, ainsi que d'acheter et de vendre des véhicules. Le 22 mars 2012, elle a déposé plainte pénale à l'encontre de A._, C._ et B._ pour " faux et usages de faux, abus de confiance, voire détérioration de données, gestion déloyale, escroquerie et recel ". Elle reprochait aux trois prénommés, qui avaient travaillé pour la société respectivement en qualité de secrétaire-comptable, de vendeur automobile et de chef d'atelier, d'avoir commis diverses malversations, dont des détournements d'argent.
Par ordonnance du 20 août 2013, le Ministère public genevois a décidé de ne pas entrer en matière sur la plainte précitée, constatant en substance que les éléments constitutifs des infractions dénoncées n'étaient manifestement pas réunis.
B.
Statuant le 11 novembre 2013 sur le recours formé par X._ contre cette ordonnance, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève l'a déclaré irrecevable, considérant que l'intéressée n'avait pas la qualité pour recourir.
C.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt cantonal, de lui reconnaître la qualité de partie à la procédure pénale et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

Considérant en droit:
1.
1.1. La décision attaquée, rendue en dernière instance cantonale, dénie la qualité de partie plaignante à la recourante et déclare irrecevable son recours formé contre le refus d'entrer en matière du Ministère public genevois. Il s'agit donc d'une décision finale (art. 90 LTF) qui peut être attaquée par la voie du recours en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF.
1.2. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Indépendamment de sa qualité pour recourir sur le fond, le plaignant peut invoquer la violation de droits que la loi de procédure applicable ou le droit constitutionnel lui reconnaît comme partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44, 29 consid. 1.9 p. 40). Il en va notamment ainsi de la décision qui déclare irrecevable un recours cantonal au motif du défaut de qualité de partie plaignante du recourant (voir parmi d'autres arrêts 6B_680/2013 du 3 novembre 2013 consid. 1 et 6B_252/2013 du 14 mai 2013 consid. 1.1).
En l'espèce, la recourante fait grief à l'autorité précédente de lui avoir dénié la qualité pour recourir, au motif qu'elle n'avait pas la qualité de partie plaignante. Autrement dit, elle se plaint d'avoir été privée indûment d'une voie de droit, ce qui équivaut à une violation de ses droits de partie. En ce sens, la recourante a qualité pour former un recours en matière pénale au Tribunal fédéral.
2.
Dans un premier moyen, la recourante reproche à la juridiction cantonale d'avoir violé son droit d'être entendue au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. En premier lieu, la Chambre pénale de recours ne l'a pas informée au préalable qu'elle allait fonder sa décision sur l'absence de qualité pour agir, respectivement de partie plaignante, de sorte qu'elle n'a pas pu faire valoir une argumentation sur ce point. En second lieu, la juridiction cantonale n'a pas pris position sur son argumentation relative à l'investissement personnel fourni pour sauver son entreprise.
2.1. Selon la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 2 Cst., lorsqu'une autorité judiciaire entend fonder sa décision sur une norme légale ou un motif juridique qui n'a pas été évoqué au cours de la procédure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence dans le cas particulier, elle doit alors donner aux parties la possibilité de s'exprimer, à peine de violer leur droit d'être entendues garanti par la Constitution (<ref-ruling> consid. 5b/bb p. 278 et les arrêts cités; cf. aussi <ref-ruling> consid. 3a p. 436).
En l'espèce, la cour cantonale a examiné la question de la qualité pour recourir en instance cantonale au regard des art. 382 al. 1, 115 et 118 CPP; elle a considéré que la recourante n'était pas lésée ni, partant, partie plaignante, de sorte qu'elle n'avait pas la qualité pour recourir, faute d'un intérêt juridiquement protégé. Contrairement à ce que prétend la recourante, la juridiction cantonale ne s'est pas fondée sur une norme indéterminée ou un motif juridique imprévisible, mais a appliqué des dispositions du droit de la procédure pénale dont la recourante, assistée de son avocat, pouvait supputer la pertinence dans le cas particulier. À l'occasion d'un recours, toute partie recourante peut et doit en effet s'attendre à ce que celui-ci soit examiné par le tribunal sous l'angle de la qualité pour recourir. Par conséquent, même si la recourante n'a pas été préalablement interpellée à ce sujet et, en particulier, sur la qualité de partie plaignante, on ne saurait considérer que son droit d'être entendue a été violé.
2.2. En ce qui concerne le grief tiré de la violation de l'art. 29 al. 2 Cst. sous l'aspect de l'obligation de motivation, on rappellera que le devoir pour l'autorité de motiver sa décision n'implique pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les arguments invoqués par les parties (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 2b p. 102 s.).
Le jugement attaqué indique en l'occurrence de manière suffisamment claire les motifs retenus, même s'il ne mentionne que de manière succincte l'argument de la recourante, selon lequel elle a dû avancer ses propres deniers pour renflouer la société. Il repose dès lors sur une motivation suffisante, de sorte que le reproche de la recourante sur ce point est également mal fondé.
3.
Sur le fond, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir nié sa qualité de partie à la procédure pénale, alors qu'elle aurait dû être considérée comme une personne lésée au sens de l'art. 115 al. 1 CPP.
3.1.
3.1.1. Les ordonnances de non-entrée en matière rendues par le ministère public peuvent faire l'objet d'un recours en vertu de l'art. 393 al. 1 let. a CPP. La qualité pour former recours est définie à l'art. 382 al. 1 CPP, disposition générique en matière de qualité pour recourir. Selon cette norme, toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci. La notion de partie visée à l'art. 382 CPP doit être comprise au sens des art. 104 et 105 CPP. L'art. 104 al. 1 let. b CPP reconnaît notamment cette qualité à la partie plaignante, soit, selon l'art. 118 al. 1 CPP, au lésé qui déclare expressément vouloir participer à la procédure pénale comme demandeur au pénal ou au civil. La notion de lésé est, quant à elle, définie à l'art. 115 al. 1 CPP; il s'agit de toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction.
3.1.2. En règle générale, seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 263; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 98 s. et les références citées). Les droits touchés sont les biens juridiques individuels tels que la vie et l'intégrité corporelle, la propriété, l'honneur, etc. Un dommage n'est pas nécessaire pour être lésé au sens de l'art. 115 CPP. L'atteinte directe selon cette disposition se rapporte à la violation du droit pénal et non à un dommage (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 81 s.). En d'autres termes, est considérée comme personne lésée le détenteur d'un bien juridique que la disposition pénale en question protège directement d'une atteinte ou d'une mise en danger (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 263). Selon une pratique constante et ancienne, la séparation des patrimoines de l'actionnaire et de la société anonyme conduit, sauf démonstration de l'existence d'un autre intérêt juridique, à considérer que l'actionnaire n'est pas lésé (soit touché directement) par les atteintes aux droits protégés pénalement dont est titulaire la société anonyme (arrêts 6B_680/2013 du 6 novembre 2013 consid. 3; 6S.365/2005 du 8 février 2006 consid. 4.2.1; 6S.325/2000 du 6 septembre 2000; 1P.437/1993 du 3 novembre 1993). La qualité pour recourir est ainsi déniée au détenteur économique (actionnaire d'une société ou fiduciant) d'un compte bloqué par un séquestre dont le titulaire est une société anonyme, dans la mesure où il n'est qu'indirectement touché; la qualité d'ayant droit économique ne fonde donc pas un intérêt juridiquement protégé (arrêt 1B_94/2012 du 2 avril 2012 consid. 2 et les arrêts cités, in SJ 2012 I p. 353).
3.2.
3.2.1. En l'espèce, la recourante accuse les trois intimés d'avoir commis une série d'infractions - abus de confiance (art. 138 CP), détérioration de données (art. 144bis CP), escroquerie (art. 146 CP), gestion déloyale (art. 158 CP) et recel (art. 160 CP) - qui sont incorporées dans le Titre deuxième du Code pénal, soit dans les infractions contre le patrimoine. À ce titre, ces dispositions visent à protéger, en tant que bien juridique, le patrimoine d'autrui, soit les intérêts pécuniaires du lésé (sous réserve de l'art. 144bis CP, qui protège l'intégrité des données informatiques et l'intérêt de l'ayant droit à un usage exempt de perturbation [<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 232]).
3.2.2. Dans sa plainte, la recourante a également évoqué l'art. 251 CP. Cette disposition protège, en tant que bien juridique, d'une part la confiance particulière placée dans un titre ayant valeur probante dans les rapports juridiques et, d'autre part, la loyauté dans les relations commerciales (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 58). Cette disposition vise d'abord un bien juridique collectif. Toutefois, le faux dans les titres peut également porter atteinte à des intérêts individuels, notamment lorsqu'il est l'un des éléments d'une infraction contre le patrimoine (<ref-ruling> consid. 2b p. 346 s. et les références citées).
3.3. La cour cantonale a constaté que les comportements dénoncés avaient tous en commun de léser les intérêts de la société D._ SA (dénommée au moment du jugement entrepris, E._ SA), en particulier son patrimoine. La recourante, en sa qualité d'organe ou d'actionnaire de la société, n'était atteinte qu'indirectement et par ricochet par les actes illicites et les dommages allégués (eussent-ils été avérés), parce qu'ils avaient été commis au seul détriment de la société anonyme. La recourante avait, en particulier, subi un dommage indirect, dès lors qu'elle avait dû renflouer la société en engageant ses propres moyens financiers.
Ces considérations sont conformes à la pratique de la Cour de céans (consid. 3.1 supra). Lorsqu'une infraction contre le patrimoine est réalisée à l'encontre d'une société anonyme, seule celle-ci subit un dommage et peut donc prétendre à la qualité de lésé. Tel n'est pas le cas de ses actionnaires ou de ses ayants droit économiques (arrêt 1B_294/2013 du 24 septembre 2013 consid. 2.1; MARCEL ALEXANDER NIGGLI, in Basler Kommentar, Strafrecht II, 3 ème éd., 2013, n o 174 ad art. 158 CP; LAURENT MOREILLON/AUDE PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2013, n o 2 s. et 9 ad art. 115 CPP; GORAN MAZZUCCHELLI/MARIO POSTIZZI, in Basler Kommentar, Schweizerische Prozessordnung, 2011, n° 56 ad art. 115 CPP).
3.4. C'est en vain que la recourante cherche à remettre en cause le point de vue de la juridiction cantonale, en soutenant avant tout que le principe de la distinction entre le patrimoine de la société anonyme et celui de ses actionnaires ou ayants droit économiques ne s'appliquerait pas à sa situation, parce qu'elle serait propriétaire unique des titres de la société anonyme. Toutefois, même dans cette hypothèse, il y a une distinction entre la personnalité juridique de la personne morale et celle de l'actionnaire unique, ainsi qu'entre leur patrimoine respectif. Or, seule la société anonyme est titulaire du patrimoine prétendument atteint par les agissements des intimés, de sorte que la recourante, qui ne soutient pas avoir déposé une plainte pénale et recourir au nom de la personne morale, n'est pas lésée directement par les infractions dénoncées.
La recourante ne peut rien tirer non plus en sa faveur du fait qu'elle aurait dû, en tant qu'actionnaire et propriétaire unique de la société, investir de nouveaux fonds dans celle-ci, afin d'en éviter la faillite. Il s'agirait en effet d'un dommage par ricochet, son propre patrimoine servant seulement de manière indirecte à limiter le dommage prétendument subi par la société anonyme. Par ailleurs, quoi qu'elle en dise, la recourante ne met pas non plus en évidence l'existence d'une atteinte directe lorsqu'elle invoque la perte de salaires annuels d'un montant total de 93'600 fr. en sa faveur et celui de son époux, tels que prévu par une convention (signée le 15 juillet 2008) visant à la reprise de la société par les trois anciens employés intimés. L'art. 5 de cette convention détermine le montant des salaires bruts de tous les membres du conseil d'administration de la société (dont 42'000 fr. pour la recourante et 51'600 fr. pour son époux). La circonstance que le salaire fixé par cette convention n'a pas été versé à la recourante, selon ses dires, n'est qu'en relation de causalité indirecte avec les actes reprochés. Dès lors que ceux-ci auraient conduit à une baisse des avoirs de la société anonyme et au non-versement des salaires en cause, c'est le patrimoine de la personne morale qui aurait été effectivement touché. L'atteinte subie par la recourante à son patrimoine en raison de la perte de gain invoquée relèverait alors d'une répercussion indirecte des agissements en cause.
3.5. Pour le reste, la recourante n'invoque pas avoir été victime d'un faux dans les titres sous l'angle du droit à l'information des actionnaires (sur ce point, voir l'arrêt 6B_496/2012 du 18 avril 2013 consid. 5). Elle se limite à faire valoir que cette infraction aurait eu un impact direct et immédiat sur le chiffre d'affaires de la société, celui-ci ayant été "artificiellement diminué" afin de ne pas dégager de rendement suffisant pour verser les salaires dus à elle-même et à son conjoint. Ce faisant, la recourante ne rend pas vraisemblable un préjudice et un lien de causalité directs entre celui-ci et l'infraction prévue à l'art. 251 CP (sur l'obligation de celui qui entend se constituer partie plaignante de rendre vraisemblable le préjudice et le lien de causalité entre celui-ci et l'infraction dénoncée, cf. arrêt 1B_678/2011 du 30 janvier 2012 consid. 2.1 et les références citées). Il n'apparaît dès lors pas qu'elle eût été directement touchée par les actes dénoncés sous l'angle de l'infraction de faux dans les titres.
4.
Il résulte de ce qui précède que la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant que la recourante n'avait pas été atteinte directement par les actes reprochés aux intimés et n'avait, partant, pas la qualité de partie au sens de l'art. 382 al. 1 CPP, en relation avec l'art. 115 al. 1 CPP. Son recours est par conséquent mal fondé.
5.
Vu l'issue de la procédure, la recourante doit supporter les frais judiciaires y afférents (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 14 mai 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Moser-Szeless