Sachverhalt:
A. X._ ist syrischer Staatsangehöriger. Er wurde in der Schweiz geboren und besuchte hier die Schule.
Am 14. Dezember 2010 lehnte der Gemeinderat Stäfa das Einbürgerungsgesuch von X._ ab, weil dieser keinen unbescholtenen Ruf habe. Gegen den Gesuchsteller seien mehrere Erziehungsverfügungen der Jugendanwaltschaften Uster und Meilen mit Verpflichtungen zur Arbeitsleistung ergangen; zudem sei dieser mehrfach wegen Straftaten bei der Polizei Stäfa verzeichnet.
Am 30. März 2011 wies der Bezirksrat Meilen den dagegen erhobenen Rekurs von X._ ab. Dieser erhob daraufhin Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
B. Am 5. August 2011 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde gut, hob die Beschlüsse des Gemeinderats Stäfa und des Bezirksrats Meilen auf und lud den Gemeinderat Stäfa ein, den Beschwerdeführer in das Gemeindebürgerrecht aufzunehmen. Es ging davon aus, dass für die Beurteilung des unbescholtenen Rufs ausschliesslich die Strafregistereinträge massgeblich seien; die nicht im Strafregister eingetragenen Verurteilungen des Gesuchstellers dürften nicht berücksichtigt werden. Dieser habe deshalb gemäss § 21 Abs. 2 des Zürcher Gemeindegesetzes vom 6. Juni 1926 (GG) Anspruch auf Einbürgerung.
C. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die Gemeinde Stäfa am 31. August 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben.
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In ihrer Replik vom 12. Dezember 2011 hält die Gemeinde an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegen Entscheide über die ordentliche Einbürgerung ausgeschlossen (Art. 83 lit. b BGG). Dies gilt auch dann, wenn dem Gesuchsteller - wie vorliegend - ein Anspruch auf Einbürgerung eingeräumt wird (Urteile 1D_9/2009 vom 19. Januar 2011 E. 1; 1D_5/2009 vom 25. August 2010 E. 1). Zu prüfen ist daher, ob die Beschwerde als subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss Art. 113 ff. BGG entgegen genommen werden kann.
1.1 Gemäss Art. 51 Abs. 2 des Bundesgesetzes über Erwerb und Verlust des Schweizer Bürgerrechts vom 29. September 1952 [Bürgerrechtsgesetz, BüG; SR 141.0]) sind die betroffenen Gemeinden berechtigt, Beschwerde gegen letztinstanzliche Verfügungen der Kantone über ordentliche Einbürgerungen zu erheben.
1.2 Beim angefochtenen Entscheid handelt sich um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 117 BGG). Dies ist praxisgemäss der Fall, wenn eine Gemeinde - wie hier - durch einen Rückweisungsentscheid gezwungen wird, entgegen ihrer Auffassung eine neue Anordnung zu erlassen: Es ist ihr nicht zuzumuten, einer von ihr als falsch erachteten Weisung Folge zu leisten, um alsdann ihren eigenen Entscheid anfechten zu müssen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 412 mit Hinweisen).
1.3 Mit der Verfassungsbeschwerde kann (nur) die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden. Es gilt das Rügeprinzip (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG): Das Bundesgericht prüft das Recht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist. Dabei gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Ob diese erfüllt sind, ist im Folgenden für jede Rüge gesondert zu prüfen.
1.4 Mit diesem Vorbehalt ist auf die Beschwerde im Verfahren der subsidiären Verfassungsbeschwerde einzutreten.
2. Vorab ist die Regelung der Bürgerrechtserteilung nach dem kantonalen Recht darzustellen.
2.1 Gemäss Art. 20 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 (KV) beruht das Kantonsbürgerrecht auf dem Gemeindebürgerrecht. Das Gesetz bestimmt im Rahmen des Bundesrechts abschliessend die Voraussetzungen für den Erwerb und den Verlust des Kantons- und Gemeindebürgerrechts (Art. 20 Abs. 2 KV). Personen, die im ordentlichen Verfahren eingebürgert werden wollen, müssen über angemessene Kenntnisse der deutschen Sprache verfügen, in der Lage sein, für sich und ihre Familien aufzukommen, mit den hiesigen Verhältnissen vertraut sein und die schweizerische Rechtsordnung beachten (Art. 20 Abs. 3 KV).
2.2 Das neue kantonale Bürgerrechtsgesetz vom 22. November 2010 (ABl 2010, 2601 ff.) ist noch nicht in Kraft. Anwendbar ist daher noch das Zürcher Gemeindegesetz vom 6. Juni 1926 (GG). Dieses sieht vor, dass die Angehörigen eines anderen Schweizer Kantons das Kantonsbürgerrecht mit der Erteilung des Gemeindebürgerrechts erwerben (§ 20 Abs. 2 GG). Dagegen bedarf das einem Ausländer verliehene Gemeindebürgerrecht zu seiner Gültigkeit der Erteilung des Kantonsbürgerrechts ("Landrechts") durch den Regierungsrat oder die von diesem als zuständig bezeichnete Direktion (§ 20 Abs. 3 GG).
Das Gemeindegesetz unterscheidet zwischen der Pflicht zur Aufnahme in das Gemeindebürgerrecht (§ 21 GG) und dem Recht zur Aufnahme (§ 22 GG):
Die politischen Gemeinden sind nach § 21 Abs. 1 GG verpflichtet, jeden seit mindestens zwei Jahren in der Gemeinde wohnenden Schweizer Bürger auf sein Verlangen in ihr Bürgerrecht aufzunehmen, sofern er sich und seine Familie selber zu erhalten vermag, genügende Ausweise über seine bisherigen Heimats- und Familienverhältnisse und über einen unbescholtenen Ruf beibringt und die in § 24 vorgesehene Einkaufsgebühr entrichtet. In der Schweiz geborene Ausländer werden nach § 21 Abs. 2 GG im Recht auf Einbürgerung den Schweizer Bürgern gleichgestellt. Gleiches gilt für die nicht in der Schweiz geborenen Ausländer zwischen 16 und 25 Jahren, die in der Schweiz während mindestens 5 Jahren den Unterricht auf Volks- oder Mittelschulstufe in einer Landessprache besucht haben (§ 21 Abs. 3 GG).
Zur Aufnahme anderer Personen in ihr Bürgerrecht sind die Gemeinden berechtigt, aber nicht verpflichtet, sofern die in § 21 bezeichneten Voraussetzungen erfüllt sind (§ 22 Abs. 1 GG).
§ 31 GG beauftragt den Regierungsrat, das Verfahren bei der Erteilung des Gemeinde- und Kantonsbürgerrechts und bei der Entlassung daraus durch eine Verordnung zu regeln.
2.3 Die Bürgerrechtsverordnung vom 25. Oktober 1978 (BüV) enthält folgende Bestimmung:
"§ 6 Unbescholtener Ruf
Der Ruf des Bewerbers ist auf Grund des Strafregisters und des Betreibungsregisters zu beurteilen. Er gilt in der Regel als unbescholten, wenn die Registerauszüge für die letzten fünf Jahre keine Einträge von Bedeutung enthalten. Übertretungsstrafen sind nach ihrer Zahl und Schwere zu würdigen. Laufende Strafuntersuchungen werden wenn möglich auf Grund eines Zwischenberichtes beurteilt."
Gemäss Art. 366 Abs. 3 StGB (in Kraft seit 1. Januar 2007) sind Verurteilungen von Jugendlichen nur dann ins Strafregister aufzunehmen, wenn diese zu einem Freiheitsentzug oder zu einer Unterbringung in einer geschlossenen Einrichtung verurteilt worden sind. Nicht registriert werden somit Verurteilungen zu einer Arbeitsleistung. Dies galt schon nach altem Recht (vgl. Art. 11 Abs. 1 der bis Ende 2006 geltenden Verordnung über das automatisierte Strafregister vom 1. Dezember 1999).
3. Streitig ist vorliegend, ob die Gemeinde für die Beurteilung des unbescholtenen Rufs eines Gesuchstellers im Einbürgerungsverfahren auf nicht im Strafregister eingetragene Erziehungsverfügungen der Jugendanwaltschaft und polizeiliche Verzeichnungen abstellen darf. Das Verwaltungsgericht verneinte dies gestützt auf § 6 BüV.
Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung ihrer Autonomie. Sie macht geltend, ihr stehe auch bei gesuchstellenden Personen, die nach § 21 GG Anspruch auf Einbürgerung haben, ein Entscheidungsspielraum zu, namentlich bei der Beurteilung des unbescholtenen Rufs. Diese Prüfung sei nicht auf das Straf- und Betreibungsregister beschränkt; vielmehr sei die Gemeinde nach § 7 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) berechtigt und verpflichtet, den Sachverhalt umfassend abzuklären. § 6 BüV stehe im Widerspruch zu diesen gesetzlichen Grundsätzen und entbehre einer formell-gesetzlichen Grundlage: § 31 GG beauftrage den Regierungsrat zwar, das Einbürgerungsverfahren zu regeln, ermächtige diesen aber nicht, die umfassende Prüfung der Gemeinden gemäss § 21 GG und § 7 VRG einzuschränken.
Das Verwaltungsgericht habe den der Gemeinde zustehenden Beurteilungsspielraum nicht respektiert und damit seine Kognition überschritten. Dies sei willkürlich und verletze die Gemeindeautonomie.
4. Die Beschwerdeführerin rügt in erster Linie, § 6 BüV beruhe nicht auf einer genügenden Delegationsnorm und verstosse gegen übergeordnetes Gesetzesrecht. Damit rügt sie die Verletzung des Gewaltenteilungs- und des Legalitätsprinzips.
4.1 Es ist fraglich, ob die Beschwerdebegründung hinsichtlich des Gewaltenteilungsprinzips den gesetzlichen Anforderungen (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG) genügt, da die Beschwerdeführerin die einschlägigen Bestimmungen der Kantonsverfassung nicht erwähnt. Die Frage kann offen bleiben, sofern sich die Rüge als unbegründet erweist.
Im Zusammenhang mit der Gewaltenteilungsrüge prüft das Bundesgericht die Auslegung der einschlägigen Verfassungsbestimmungen frei, jene des kantonalen Gesetzes- und Verordnungsrechts dagegen lediglich unter dem Gesichtswinkel der Willkür (<ref-ruling> E. 3.1 S. 5 mit Hinweisen; Urteil 2C_741/2009 vom 26. April 2010 E. 3.2 und 3.4 mit Hinweisen).
4.2 Art. 38 Abs. 1 KV bestimmt, dass alle wichtigen Rechtssätze des kantonalen Rechts in der Form eines (formellen) Gesetzes zu erlassen sind. Dazu gehören namentlich die wesentlichen Bestimmungen über die Ausübung der Volksrechte, die Einschränkung verfassungsmässiger Rechte, die Organisation und Aufgaben der Behörden, die Voraussetzungen und Bemessungsgrundlagen von Steuern und anderen Abgaben, Zweck, Art und Umfang staatlicher Leistungen, dauernde oder wiederkehrende Aufgaben des Kantons, die Übertragung von Aufgaben an die Gemeinden, wenn sie zu einer finanziellen Mehrbelastung der Gemeinden führt sowie Art und Umfang der Übertragung öffentlicher Aufgaben an Private. Weniger wichtige Rechtssätze, namentlich solche über den Vollzug der Gesetze, werden in der Form der Verordnung erlassen (Art. 38 Abs. 2 KV). Verfassung und Gesetz bestimmen, welche Behörden Verordnungen erlassen können (Art. 38 Abs. 3 KV).
Art. 67 KV umschreibt die Aufgaben des Regierungsrats bei der Rechtssetzung. Dieser kann insbesondere Verordnungen über den Vollzug von Gesetzen erlassen (Abs. 2). Derartige Vollziehungsverordnungen stützen sich unmittelbar auf die Verfassung; der Regierungsrat verfügt insoweit über ein selbstständiges Verordnungsrecht (ISABELLE HÄNER, in: Häner/Rüssli/Schwarzenbach, Kommentar zur Zürcher Kantonsverfassung 2007, N. 11 zu Art. 67).
Vollziehungsverordnungen haben den Gedanken des Gesetzgebers durch Aufstellung von Detailvorschriften näher auszuführen und auf diese Weise die Anwendbarkeit der Gesetze zu ermöglichen. Sie dürfen das auszuführende Gesetz - wie auch alle anderen Gesetze - weder aufheben noch abändern; sie müssen der Zielsetzung des Gesetzes folgen und dürfen dabei lediglich die Regelung, die in grundsätzlicher Weise bereits im Gesetz Gestalt angenommen hat, aus- und weiterführen (<ref-ruling>40 E. 5.1 S. 149 mit Hinweisen; so auch HÄNER, a.a.O., N. 16 zu Art. 67 KV). Durch eine Vollziehungsverordnung dürfen dem Bürger grundsätzlich keine neuen Pflichten auferlegt werden, selbst wenn diese durch den Gesetzeszweck gedeckt wären (<ref-ruling> E. 3b S. 132 mit Hinweisen; HÄNER, a.a.O., N. 16 zu Art. 67 KV).
Für andere als Vollziehungsverordnungen bedarf der Regierungsrat einer Ermächtigung durch den Gesetzgeber. Die Delegationsnorm muss in einem formellen Gesetz enthalten sein, muss sich auf einen bestimmten Gegenstand beschränken und die Grundzüge der Regelung umschreiben, sofern die Rechtsstellung der Rechtsunterworfenen schwerwiegend berührt wird (MATTHIAS HAUSER, in: Häner/Rüssli/Schwarzenbach, Kommentar zur Zürcher Kantonsverfassung 2007, N. 40 zu Art. 38 KV).
4.3 Vorliegend ermächtigt § 31 GG den Regierungsrat, Vorschriften über das Einbürgerungsverfahren zu erlassen. § 6 BüV betrifft jedoch nicht (nur) das Verfahren, sondern präzisiert den Begriff des unbescholtenen Rufs auch inhaltlich. Zu prüfen ist daher, ob es sich um eine Vollziehungsverordnung zu § 21 GG handelt.
4.4 § 6 BüV konkretisiert die in § 21 Abs. 1 GG enthaltene Anspruchsvoraussetzung des unbescholtenen Rufs. Damit wird ein im Gesetz bereits angelegtes Kriterium näher ausgeführt; dies entspricht grundsätzlich der Funktion der Vollziehungsverordnung.
Nach dem Wortlaut von § 21 Abs. 1 GG obliegt der Nachweis des unbescholtenen Rufs dem Gesuchsteller, der hierfür "genügende Ausweise" beibringen muss. Der Hinweis auf "Ausweise" legt die Interpretation der Verordnung nahe, wonach es auf die Einträge im Straf- und Betreibungsregister ankommt, kann doch der Gesuchsteller Auszüge dieser Registern beibringen. Dagegen wäre es für ihn praktisch unmöglich, mit Ausweisen zu belegen, dass nirgendwo polizeilich oder strafrechtlich relevante Aufzeichnungen über ihn existieren. Insofern lässt sich § 21 GG willkürfrei im Sinne von § 6 BüV auslegen.
Die in der Verordnung gewählte Auslegung legt den Gesuchstellern keine neue Pflichten auf. Vielmehr erlaubt sie die Einbürgerung von Schweizern und diesen gleichgestellten Ausländern trotz Vorliegens von strafrechtlichen Verurteilungen, sofern diese im Strafregister nicht eintragungsfähig sind oder bereits gelöscht wurden. Dies entspricht grundsätzlich der Zielsetzung von § 21 GG, eine möglichst grosse Übereinstimmung zwischen Einwohnerbestand und Bürgerbestand der Gemeinde zu erzielen (H.R. THALMANN, Kommentar zum Zürcher Gemeindegesetz, 3. Aufl. 2000, N. 1.2 zu § 21).
4.5 Die Beschwerdeführerin beruft sich auf die in § 7 Abs. 1 VRG statuierte Untersuchungspflicht der Behörden. Der Untersuchungsgrundsatz bedeutet, dass die Verwaltungsbehörden den rechtserheblichen Sachverhalt grundsätzlich von Amtes wegen richtig und vollständig untersuchen (KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., § 7 N. 4), vorbehältlich der Mitwirkungspflicht der am Verfahren Beteiligten (§ 7 Abs. 2 VRG). Die Bestimmung besagt jedoch nichts zur Frage, welche Sachverhaltselemente in einem bestimmten Verfahren massgeblich sind und deshalb von der Behörde geklärt werden müssen. Dies ergibt sich vielmehr aus der einschlägigen spezialgesetzlichen Regelung, hier also aus den Bestimmungen zum Bürgerrecht.
4.6 Die Beschwerdeführerin ist schliesslich der Auffassung, es sei Aufgabe der Gemeinden und nicht des Regierungsrats, den unbestimmten Gesetzesbegriff des unbescholtenen Rufs zu konkretisieren.
Zwar ist der Regierungsrat nach Art. 67 Abs. 2 KV/ZH grundsätzlich befugt, Vollzugsfragen zu regeln; der Gesetzgeber kann aber für bestimmte Bereiche andere Behörden zum Erlass von Vollzugsverordnungen ermächtigen, insbesondere wenn diese zum autonomen Vollzug oder zur Beaufsichtigung einer Aufgabe ermächtigt sind (HAUSER, a.a.O., N. 44 zu Art. 38 KV/ZH). Dem Regierungsrat ist es überdies verwehrt, unbestimmte bzw. offene gesetzliche Bestimmungen durch eine Vollziehungsverordnung zu konkretisieren, wenn der Gesetzgeber durch die Offenheit seiner Regelung den rechtsanwendenden Behörden bewusst Handlungsfreiheit im Einzelfall einräumen wollte (HAUSER, a.a.O. N. 41 zu Art. 38 KV/ZH; GEORG MÜLLER, Möglichkeiten und Grenzen der Verteilung der Rechtssetzungsbefugnisse im demokratischen Rechtsstaat, ZBl 99/1998 S. 15).
Im Bereich der Einbürgerung sind jedoch keine Anhaltspunkte für eine solche Intention des Gesetzgebers ersichtlich: Zwar steht den Gemeinden bei der Einbürgerung von Ausländern gemäss § 22 GG ein grosser Ermessensspielraum zu (vgl. oben, E. 2.2). Die Anspruchsvoraussetzung des "guten Rufs" findet sich jedoch in § 21 GG, bei der Einbürgerung von Schweizern und privilegierten Ausländern, die einen Anspruch auf Aufnahme ins Bürgerrecht haben. Die gesetzlichen Voraussetzungen werden durch das kantonale Gesetz abschliessend festgelegt (Art. 20 Abs. 2 KV), so dass kein Raum mehr für ergänzende kommunale Regelungen besteht. § 31 GG beauftragt den Regierungsrat, das Einbürgerungsverfahren zu regeln, sieht also auch insoweit keine Autonomie der Gemeinden vor. Die Rechtslage des Kantons Zürich lässt sich daher willkürfrei dahingehend auslegen, dass den Gemeinden - jedenfalls im Bereich der Anspruchseinbürgerung - kein Beurteilungsspielraum zusteht, sondern die Voraussetzungen der Bürgerrechtserteilung von allen Gemeinden gleich gehandhabt werden sollen (THALMANN, a.a.O., N. 1.1 zu § 31 GG).
4.7 Zusammenfassend hält § 6 BüV vor dem Legalitäts- und dem Gewaltenteilungsprinzip stand.
5. Die Beschwerdeführerin beruft sich weiter auf § 21 i.V.m. § 22 Abs. 1 BüV. Danach müssen Ausländer den Nachweis der Eignung erbringen, zu der auch die Beachtung der Schweizerischen Rechtsordnung gehört (§ 21 Abs. 2 lit. c BüV).
Nach der Rechtsprechung des Zürcher Verwaltungsgerichts sind jedoch die Gemeinden bei der Anspruchseinbürgerung nicht befugt, die Eignung des Gesuchstellers zu prüfen (vgl. Urteil vom 15. Dezember 2004, VB.2003.00450 E. 5). Diese Prüfung obliegt vielmehr ausschliesslich dem Bund (gemäss Art. 14 BüG) und dem Kanton bei der Erteilung des Kantonsbürgerrechts. Dieses ist Voraussetzung für die Wirksamkeit des einem Ausländer verliehenen Gemeindebürgerrechts (§ 20 Abs. 3 GG).
Die Beschwerdeführerin stimmt dieser Rechtsprechung grundsätzlich zu, meint aber, sie beziehe sich nur auf die Integration des Gesuchstellers i.S.v. § 21 Abs. 2 lit. a und b BüV und nicht auf Elemente der Eignung im Zusammenhang mit der schweizerischen Rechtsordnung (§ 21 Abs. 2 lit. c BüV), die von der Gemeinde geprüft werden könnten. Sie erläutert jedoch nicht, inwiefern dies zur Gesetzes- oder Verfassungswidrigkeit von § 6 BüV führt bzw. die Auslegung dieser Bestimmung durch das Verwaltungsgericht als willkürlich erscheinen lässt.
6. Sind die Gemeinden nach § 6 BüV verpflichtet, den unbescholtenen Ruf eines Bewerbers ausschliesslich nach Massgabe des Straf- und Betreibungsregisters zu beurteilen (von hängigen Strafverfahren abgesehen), verletzt der angefochtene Entscheid die Gemeindeautonomie nicht. Nach dem oben (E. 4.8) Gesagten steht den Gemeinden kein Beurteilungsspielraum bei der Auslegung des unbescholtenen Rufs zu, den das Verwaltungsgericht hätte respektieren müssen. Es hat seine Kognition deshalb nicht überschritten.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin entschädigungspflichtig (Art. 68 BGG). Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Gemeinde Stäfa hat X._ für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber