Sachverhalt:
A. Der 1950 geborene Immobilienhändler K._ liess am ... Dezember 1990 die I._ AG, am ... Februar 1992 die M._ AG und im Mai 1993 die T._ AG im Handelsregister eintragen. Die zwei letztgenannten Gesellschaften bezweckten unter anderem den Handel mit Liegenschaften und Grundstücken, die Erstere war auf die Organisation und das Management aller mit Architektur und Bauprojekten verbundenen Aufgaben im Sinne eines Generalunternehmens ausgerichtet. Bei allen Aktiengesellschaften war K._ als Mitglied des Verwaltungsrats mit Einzelunterschrift eingetragen. Seit 1994 war er zudem bei der M._ AG angestellt. Am ... September 2010 wurde über diese Gesellschaft der Konkurs eröffnet. Das Konkursverfahren wurde in der Folge mangels Aktiven eingestellt (Verfügung des Konkursrichters vom ... Juni 2011). Nach mündlicher Auflösung des Arbeitsverhältnisses mit der M._ AG auf den 23. September 2010 hatte K._ das Einzelunternehmen H._ gegründet, welches namentlich den Handel mit Immobilien zum Zweck hatte. Die Eintragung im Handelsregister erfolgte am ... November 2010.
Am 26. Juli 2011 meldete sich K._ beim Regionalen Arbeitsvermittlungszentrum X._ zur Arbeitsvermittlung an. Bereits am 30. Juni 2011 hatte er Antrag auf Arbeitslosenentschädigung gestellt. Mit Verfügung vom 25. November 2011 verneinte die Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich einen Leistungsanspruch ab 26. Juli 2011 (Anmeldung zur Arbeitsvermittlung) mit der Begründung, K._ bekleide in drei Betrieben (I._ AG, T._ AG und Einzelunternehmen H._) eine arbeitgeberähnliche Stellung, weshalb er theoretisch die Möglichkeit habe, die bis September 2010 für die M._ AG ausgeübte Tätigkeit über einen der anderen Betriebe weiterzuführen. Auf Einsprache hin hielt sie an der Ablehnung fest, verwies aber auf den Umstand, dass K._ - durch seine finanzielle Beteiligung - nunmehr einzig noch in der I._ AG eine einflussreiche Stellung habe (Einspracheentscheid vom 16. Februar 2012).
B. In teilweiser Gutheissung der dagegen geführten Beschwerde hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich den Einspracheentscheid auf und wies die Sache an die Arbeitslosenkasse zurück, damit sie nach Prüfung der weiteren Voraussetzungen über den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung ab 10. Januar 2012 verfüge (Entscheid vom 11. Mai 2012).
C. Die Arbeitslosenkasse erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der kantonale Gerichtsentscheid sei in Bestätigung des Einspracheentscheides aufzuheben.
K._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2 Die Vorinstanz begründet die teilweise Aufhebung des Einspracheentscheids mit der Feststellung, die Arbeitgebergesellschaft existiere nicht mehr und auf die drei weiteren Betriebe könne der Beschwerdegegner keinen Einfluss mehr nehmen, respektive diese hätten ihre Geschäftstätigkeit eingestellt. Spätestens mit der Löschung der Organfunktion bei der T._ AG im Handelsregister am 10. Januar 2012 seien die arbeitgeberähnlichen Funktionen aufgegeben worden. Die Löschung der Organfunktion bei der I._ AG sei bereits am Tag zuvor erfolgt. Gestützt auf diese Erwägungen wurde die Angelegenheit an die Arbeitslosenkasse zurückgewiesen, damit sie für die Zeit ab 10. Januar 2012 die weiteren Voraussetzungen prüfe und hernach erneut über den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung verfüge.
1.3 Hätte der kantonale Gerichtsentscheid Bestand, so wäre die Arbeitslosenkasse unter Umständen gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige, leistungszusprechende Verfügung zu erlassen. Diese könnte sie in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, den allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrigen Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung führen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.; Urteil 8C_682/2007 vom 30. Juli 2008 E. 1.2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf die Beschwerde der Arbeitslosenkasse ist demnach einzutreten.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
3. Die Vorinstanz legt die Bestimmung zum Ausschluss arbeitgeberähnlicher Personen und im Betrieb mitarbeitender Ehegatten vom Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (<ref-law>) und die Rechtsprechung zur analogen Anwendung dieser Norm auf arbeitgeberähnliche Personen, welche Arbeitslosenentschädigung beanspruchen (<ref-ruling> E. 7b/bb S. 237), zutreffend dar. Darauf wird verwiesen.
Hervorzuheben ist, dass die Frage, ob eine arbeitnehmende Person einem obersten betrieblichen Entscheidungsgremium angehört und ob sie in dieser Eigenschaft massgeblich Einfluss auf die Unternehmensentscheidungen nehmen kann, aufgrund der internen betrieblichen Struktur zu beantworten ist (<ref-ruling> E. 3 S. 272; ARV 2004 Nr. 21 S. 196, C 113/03 E. 3.2). Keine Prüfung des Einzelfalles ist erforderlich, wenn sich die massgebliche Entscheidungsbefugnis bereits aus dem Gesetz selbst (zwingend) ergibt. In diesem Sinn hat das Bundesgericht (bis Ende 2006: das Eidgenössische Versicherungsgericht) den mitarbeitenden Verwaltungsrat einer AG, für welchen das Gesetz in der Eigenschaft als Verwaltungsrat in Art. 716-716b OR verschiedene, nicht übertrag- und entziehbare, die Entscheidungen des Arbeitgebers bestimmende oder massgeblich beeinflussende Aufgaben vorschreibt, vom Leistungsanspruch generell ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 7a S. 237; <ref-ruling> E. 3 S. 273; ARV 2012 S. 78, 8C_252/2011 E. 3).
4. Im praxisgemäss die Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildenden Beurteilungszeitraum (<ref-ruling> E. 2.1 S. 140) bis 16. Februar 2012 (Einspracheentscheid) sind die ehemalige Arbeitgeberin des Beschwerdeführers, die M._ AG, und die Einzelunternehmung H._ am ... September 2011 bzw. am ... Januar 2012 im Handelsregister gelöscht worden (während die Löschung der T._ AG und der I._ AG erst nach Erlass des Einspracheentscheides, am ... August und ... Dezember 2012, erfolgte). Bereits am 29. November 2011 erklärte der Versicherte gegenüber dem Handelsregisteramt seinen Rücktritt aus dem Verwaltungsrat der I._ AG und beantragte, die Gesellschaft zu löschen. Der Rücktritt als (einziger) Verwaltungsrat wurde am 9. Januar 2012 im Handelsregister eingetragen. Auf seine Veranlassung wurde er zudem am 10. Januar 2012 als (einziger) Verwaltungsrat der T._ AG aus dem Handelsregister gestrichen. Die Löschung dieser zwei Gesellschaften konnte trotz der aktenkundigen Bemühungen des Versicherten und der definitiven Verlustscheine über beide Gesellschaften nicht sofort erfolgen, da das Handelsregisteramt zunächst gemäss <ref-law> einen dreimaligen Rechnungsruf im Schweizerischen Handelsamtsblatt publizieren und eine Frist von 30 Tagen seit der letzten Publikation abwarten musste (Schreiben des Handelsregisteramtes Zürich vom 30. März und 11. Oktober 2011).
4.1 Das kantonale Gericht geht gestützt auf diese Aktenlage, welche von der Kasse nicht in Frage gestellt wird, davon aus, dass ein Firmenkonglomerat nicht vorliege. Nachdem zwei Rechtseinheiten nicht mehr existierten und die anderen beiden Gesellschaften spätestens seit 10. Januar 2012 ohne Organe gewesen seien, sei davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner seine arbeitgeberähnlichen Funktionen aufgegeben habe.
4.2 Die Arbeitslosenkasse bestreitet nicht, dass (im hier interessierenden Zeitraum) die M._ AG und die Einzelunternehmung H._ aus dem Handelsregister gelöscht und die Organfunktionen des Versicherten bezüglich der T._ AG sowie der I._ AG gestrichen wurden. Da allerdings der Beschwerdegegner und dessen Ehefrau immer noch im Besitz sämtlicher Inhaberaktien der I._ AG seien, halte er augenscheinlich eine relevante finanzielle Beteiligung an der Gesellschaft. Diese Rechtseinheit sei nicht gelöscht oder in Konkurs gesetzt worden, weshalb dem Versicherten von Gesetzes wegen die Kompetenzen und Befugnisse zur massgeblichen Einflussnahme auf ihre Entscheidungen zustehen würden und das abstrakte Risiko eines Rechtsmissbrauchs bleibe bestehen.
4.3 Der Beschwerdeführer lässt in seiner Stellungnahme vor Bundesgericht (vom 4. September 2012) geltend machen, die Aktien der I._ AG seien an der ausserordentlichen Generalversammlung vom 6. Januar 2012 per sofort kraftlos erklärt und vernichtet worden. Die zuständige Steuerbehörde habe zudem inzwischen die Genehmigung der Löschung der Firma erteilt. Es sei belanglos, aus welchen - vom Versicherten nicht zu vertretenden - Gründen das Handelsregisteramt die Löschung noch nicht vorgenommen habe. Seiner Eingabe liegt das Protokoll der Generalversammlung vom 6. Januar 2012 bei, welches als einziges Traktandum die "Löschung sämtlicher Aktien" aufführt.
5. 5.1 Aufgrund der personellen Verflechtungen und der ähnlichen Zwecke der vier genannten Unternehmungen zur Zeit der Arbeitnehmertätigkeit für die M._ AG und unmittelbar danach ist an der Feststellung der Arbeitslosenkasse, wonach von einem Firmenkonglomerat auszugehen sei, nicht zu zweifeln. Daher ist die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene Frage nach den Einflussmöglichkeiten des Versicherten auf die am 10. Januar 2012 noch bestehenden Aktiengesellschaften berechtigt, auch wenn die ehemalige Arbeitgeberin zum damaligen Zeitpunkt nicht mehr existierte.
5.2 Dem Beschwerdeführer kam als Verwaltungsratsmitglied der T._ AG und der I._ AG von Gesetzes wegen massgebliche Entscheidungsbefugnis zu (E. 3 hiervor). Die tatsächlichen Rücktritte als Verwaltungsrat erfolgten jedoch mit Bezug auf beide Rechtseinheiten bereits vor dem 10. Januar 2012 (vgl. ARV 2008 S. 148, 8C_245/2007 E. 3.2).
Eine arbeitgeberähnliche Stellung leitet die Kasse in ihrer Beschwerde ans Bundesgericht denn auch ausschliesslich aus dem Umstand ab, dass der Versicherte und dessen Ehefrau "noch immer im Besitz sämtlicher Inhaberaktien der I._ AG" seien. Dabei übersieht die Beschwerdeführerin allerdings, dass dieser dem Handelsregisteramt bereits am 29. November 2011 neben der Meldung seines Rücktritts als Verwaltungsrat auch mitgeteilt hatte, dass die Löschung der Firma nun zu vollziehen sei. In Bezug auf die T._ AG forderte er das Handelsregisteramt mit Schreiben vom 29. Dezember 2011 zur Löschung auch dieser Gesellschaft auf und legte je ein entsprechendes Austrittsschreiben aus dem Verwaltungsrat bei. Mit Blick auf den Umstand, dass auf Veranlassung des Beschwerdegegners beide Rechtseinheiten am 10. Januar 2012 ohne Organe waren, bezüglich der T._ AG bereits in der ersten Hälfte, für die I._ AG in der zweiten Hälfte des Jahres 2011 die dreimaligen Rechnungsrufe veranlasst wurden und die M._ AG sowie die Einzelunternehmung vorher schon aufgehoben worden waren, tritt eindrücklich zutage, dass es diesem um eine möglichst schnelle Liquidation sämtlicher Betriebe - und um eine berufliche Neuorientierung - ging.
5.3 Mit dem Protokoll der Generalversammlung vom 6. Januar 2012 möchte der Versicherte letztinstanzlich belegen, dass er über keine Inhaberaktien und damit auch über keine massgebliche finanzielle Beteiligung an der I._ AG mehr verfügt. Bei diesem Schriftstück handelt es sich allerdings um ein unzulässiges Novum (<ref-law>), da sich nicht erst das kantonale Gericht, sondern bereits die Verwaltung im Einspracheentscheid mit der Einflussnahme durch finanzielle Beteiligung an der Gesellschaft befasst hatte. Ob die Aktien allerdings am 10. Januar 2012 noch existierten, ist ohnehin nicht ausschlaggebend. Auch der Besitz der Aktien vermöchte aufgrund der gelebten Verhältnisse nichts daran zu ändern, dass von einer Einflussnahme des Versicherten auf die organlosen Gesellschaften während der dreimaligen Rechnungsrufe bis zur Registerlöschung nicht mehr ausgegangen werden konnte. An die vorinstanzliche Feststellung, wonach der Beschwerdegegner ab 10. Januar 2012 keine arbeitgeberähnliche Stellung mehr bekleidet habe, ist das Bundesgericht demzufolge gebunden, weil sie weder offensichtlich unrichtig oder unvollständig ist, noch auf einer Rechtsverletzung beruht (E. 2 hiervor). Eine willkürliche Beweiswürdigung liegt nicht vor (<ref-ruling> E. 4.1 S. 400).
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling>) und dem vertretenen Beschwerdegegner eine dem geringen Aufwand entsprechende Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 250.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Februar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Berger Götz