Fatti:
A. Il 18 giugno 2003 A._ ha inoltrato una domanda di esenzione dal pagamento delle tasse di ricezione radiofoniche e televisive alla Billag SA, Ufficio svizzero di riscossione dei canoni radiotelevisivi (di seguito: Billag SA). Alla sua istanza ha allegato una decisione del 23 maggio 2003 dell'Istituto delle assicurazioni sociali del Cantone Ticino che lo poneva al beneficio di prestazioni complementari alla rendita AVS con effetto retroattivo al 1° gennaio 2003.
Il 15 luglio 2003 Billag SA ha accolto la domanda e, giusta l'art. 45 cpv. 3 dell'ordinanza del 6 ottobre 1997 sulla radio e televisione (ORTV; RS 784.401), ha concesso l'esenzione dal 1° luglio 2003.
B. L'Ufficio federale delle comunicazioni, a cui A._ si è rivolto il 21 luglio 2003 chiedendo di essere esentato dal 1° gennaio 2003, ha respinto il gravame l'11 febbraio 2005. In primo luogo ha osservato che, giusta l'<ref-law>, se l'istanza di esenzione veniva accolta, l'obbligo di pagare la tassa di ricezione cessava l'ultimo giorno del mese in cui è stata presentata la domanda: determinante era quindi la data d'inoltro della stessa. Ha poi precisato che spettava al diretto interessato agire in tempo utile ed informare l'autorità dei cambiamenti della propria situazione.
C. Adito da A._ il 15 marzo 2005, il Dipartimento federale dell'Ambiente, dei Trasporti, dell'Energia e delle Comunicazioni (in seguito: Dipartimento federale) ne ha respinto il gravame il 5 aprile 2006. Innanzitutto ha rilevato che, secondo la prassi della Billag SA, portata a conoscenza del pubblico mediante opuscoli inviati assieme alle fatture, una domanda di esenzione poteva essere presentata senza allegare la decisione relativa alle prestazioni complementari, la quale poteva essere inviata ulteriormente; l'istanza rimaneva allora in sospeso fino a diritto certo in merito alle prestazioni complementari. Ha poi osservato che l'esonero dipendeva dall'inoltro di una domanda da parte del singolo interessato, la quale non poteva esplicare effetti retroattivi. Nel caso concreto ha constatato che l'insorgente non aveva presentato l'istanza di esenzione parallelamente alla domanda di prestazioni complementari, ma aveva aspettato il 18 giugno 2003 per provvedervi: era quindi a ragione che l'esenzione era stata accordata dal 1° luglio successivo e non dal 1° gennaio come preteso.
D. L'11 maggio 2006 A._ ha esperito dinanzi al Tribunale federale un ricorso di diritto amministrativo con cui chiede che la decisione contestata sia annullata e che gli venga concessa l'esenzione a far tempo dal 1° gennaio 2003. Contesta il fatto che la decisione litigiosa non abbia effetto retroattivo ed afferma di essersi fidato delle informazioni dategli telefonicamente all'inizio 2003 da un collaboratore della Billag SA, secondo cui doveva allegare la decisione sulle prestazioni complementari alla domanda di esenzione.
Chiamati ad esprimersi la Billag SA e il Dipartimento federale hanno chiesto la reiezione del ricorso; da parte sua l'Ufficio federale delle comunicazioni ha proposto che venga respinto in ordine e nel merito.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere d'esame l'ammissibilità del rimedio sottopostogli (<ref-ruling> consid. 1 e richiami).
1.2 La decisione contestata, che si fonda sulla legge federale sulla radiotelevisione del 21 giugno 1991 e relativa ordinanza (LRTV, RS 784.40, ed ORTV), quindi sul diritto pubblico federale, è stata emanata da un dipartimento federale ai sensi dell'art. 98 lett. b OG. Inoltre nessuno dei motivi d'inammissibilità di cui agli art. 99 a 101 OG è realizzato nella fattispecie; in particolare l'art. 99 lett. b OG non osta al ricorso di diritto amministrativo, dato che questo rimedio di diritto è ammissibile contro decisioni che applicano una tariffa (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 1). L'impugnativa in esame, presentata tempestivamente (art. 106 cpv. 1 OG) da una persona legittimata ad agire (art. 103 lett. a OG) è, quindi in linea di principio, ammissibile (cfr. <ref-ruling> consid. 2, 259 consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1b/aa).
2. Giusta l'<ref-law> chi intende ricevere programmi radiotelevisivi deve comunicarlo all'autorità competente e deve inoltre pagare una tassa di ricezione (cpv. 1). Il Consiglio federale stabilisce le tasse di ricezione e può delegare la riscossione delle tasse di ricezione a un'organizzazione indipendente (cpv. 2 e 3). L'organo incaricato di riscuotere le tasse di ricezione può trattare i dati personali per accertare l'obbligo di annuncio e di pagare la tassa così come, e in quanto ciò sia necessario, per esaminare una domanda di esenzione dai citati obblighi (cpv. 4). L'<ref-law> sancisce chi è esentato dall'obbligo di annuncio e l'<ref-law> fissa l'ammontare delle tasse di ricezione mensili. L'<ref-law> disciplina l'esenzione dalle tasse di ricezione: chi è esentato dall'obbligo di annuncio secondo l'articolo 43 non deve alcuna tassa di ricezione (cpv. 1); su richiesta scritta sono pure esentati dall'obbligo di pagare la tassa i beneficiari di rendite AVS o che ricevono prestazioni in conformità alla legge federale del 19 marzo 1965 sulle prestazioni complementari all'assicurazione per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità (cpv. 2); se la domanda di esenzione è accolta, l'obbligo di pagare la tassa finisce l'ultimo giorno del mese in cui è stata inoltrata la domanda d'esenzione (cpv. 3); il richiedente deve fornire all'ufficio di riscossione una decisione passata in giudicato relativa al diritto alle prestazioni complementari (cpv. 4).
3. 3.1 Il ricorrente adduce innanzitutto di avere fatto affidamento nelle informazioni fornite all'inizio 2003 da collaboratori della Billag SA nel corso di due conversazioni telefoniche, durante le quali gli sarebbe stato detto di allegare la decisione sulle prestazioni complementari alla domanda di esenzione. Al riguardo aggiunge di aver chiesto alla Swisscom nell'aprile 2006 gli estratti dei dati telefonici relativi al periodo in questione, i quali non erano però più disponibili, l'obbligo legale di conservarli essendo di sei mesi.
3.2 Da parte sua il Dipartimento federale osserva che nell'incarto dell'interessato presso la Billag SA non vi è alcuna traccia delle menzionate telefonate nonché precisa che secondo spiegazioni fornite dall'autorità di prime cure semplice richieste d'informazioni non vengono annotate.
3.3 Il ricorrente si richiama al principio della buona fede (art. 5 cpv. 3 e art. 9 Cost.), il quale garantisce la protezione della fiducia riposta nelle assicurazioni e nel comportamento dell'autorità (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.1 e rispettivi rinvii). Sennonché nel caso concreto per quanto il ricorrente si sia implicato per ottenere mezzi di prova (cfr. richiesta degli estratti dei dati telefonici i quali, sia rilevato di transenna, non avrebbero comunque potuto fornire alcuna indicazione sul contenuto delle conversazioni), egli non ha suffragato le sue dichiarazioni da alcun elemento probatorio concreto. Orbene per prassi costante incombe a colui che vuole dedurre un diritto da determinati fatti fornirne la prova, la quale deve peraltro permettere di concludere almeno per la verosimiglianza dell'esistenza di quanto addotto, la semplice possibilità non essendo a tale fine sufficiente (cfr. <ref-ruling> consid. 2 e riferimenti ivi citati). Ne deriva che, in mancanza di una prova rigorosa atta a corroborare le sue allegazioni, è da ritenere carente una delle condizioni cumulativamente richieste per tutelare la buona fede dell'interessato, ossia quella secondo cui l'intervento dell'autorità deve avvenire in una situazione concreta nei confronti di persone determinate: la censura di una violazione di tale principio va quindi disattesa.
4. 4.1 Il ricorrente critica poi il fatto che l'esenzione richiesta non esplichi effetti retroattivi come la decisione sulle prestazioni complementari.
Come il Tribunale federale ha già avuto modo di rilevare né l'ordinanza sulla radiotelevisione né la legislazione relativa alle prestazioni complementari all'AVS o AI prevedono che la concessione di tali prestazioni implichi di per sé l'esenzione dalle tasse di ricezione. È in effetti indispensabile che venga inoltrata una richiesta. In altre parole se la concessione di prestazioni dipende dall'inoltro di una richiesta scritta è allora del tutto normale che in tal caso il beneficio sollecitato venga concesso, rispettivamente che esplichi i suoi effetti dall'inoltro dell'istanza e che non vi sia retroattività. Il Tribunale federale ha pertanto ritenuto che l'<ref-law>, il quale come accennato sancisce che l'obbligo di pagare la tassa finisce l'ultimo giorno del mese in cui è stata inoltrata la domanda d'esenzione se la stessa viene accolta, non disattendeva alcun diritto costituzionale (sentenza inedita 2A.83/2005 del 16 febbraio 2005 consid. 2.4-2.6 e numerosi riferimenti). Allo stesso modo, come ricordato dal Dipartimento federale sia nella decisione impugnata sia nella risposta al gravame, il Tribunale federale ha già avuto modo di confermare la prassi della Billag SA consistente nel tenere in sospeso una domanda di esonero fino a diritto certo in merito alle prestazioni complementari. Nel caso concreto il ricorrente non ha inoltrato la sua domanda di esenzione parallelamente a quella concernente le prestazioni complementari, ma ha inviato la sua istanza dopo aver ricevuto una decisione positiva sulla sua richiesta di prestazioni complementari: è pertanto a giusto titolo che, conformemente a quanto sancito dall'<ref-law>, egli è stato liberato dal pagamento delle tasse di ricezione a partire dal mese che seguiva quello in cui aveva chiesto l'esonero.
Per i motivi esposti, la decisione impugnata si rivela giustificata: il ricorso, manifestamente infondato, va respinto secondo la procedura semplificata dell'art. 36a OG e il giudizio querelato confermato.
5. Le spese seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1, 153 e 153a OG). Il loro ammontare viene fissato tenendo conto della situazione finanziaria modesta del ricorrente. Non si concedono ripetibili ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).

Per questi motivi, visto l'art. 36a OG, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 300.-- è posta a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, alla Billag SA, all'Ufficio federale delle comunicazioni e al Dipartimento federale dell'Ambiente, dei Trasporti, dell'Energia e delle Comunicazioni.