Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) war seit dem 22. Januar 2007 bei B._ (Beschwerdegegner) als Automechaniker angestellt. Am 26. Juni 2007 kündigte er das Arbeitsverhältnis nach einer Auseinandersetzung mit seinem Arbeitgeber fristlos. Die Parteien gerieten ob der Frage der Berechtigung der fristlosen Auflösung des Arbeitsvertrages in Streit.
B. Der Beschwerdeführer klagte am 8. Oktober 2007 gegen den Beschwerdegegner auf Zahlung von Fr. 10'244.-- nebst Zins. Das Arbeitsgericht Muri schützte die Klage am 13. Dezember 2007 im Umfang von Fr. 9'060.50 nebst Zins. Dieser Betrag setzt sich zusammen aus Fr. 4'850.-- für Bruttolohn Juli 2007, Fr. 632.60 für drei Arbeitstage August 2007, Fr. 2'425.-- als Anteil 13. Monatslohn sowie aus Fr. 2'425.-- für zwei Wochen nicht bezogene Ferien, alles unter Abzug der auf den Arbeitnehmer entfallenden Sozialversicherungsbeiträge von insgesamt Fr. 1'272.10. Das Obergericht des Kantons Aargau hiess eine gegen dieses Urteil gerichtete Appellation des Beschwerdegegners am 25. August 2008 gut und wies die Klage ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und den Beschwerdegegner zu verpflichten, dem Beschwerdeführer unter den Titeln Anteil 13. Monatslohn und nicht bezogene Ferien Fr. 3'400.-- netto zu bezahlen. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Gegen das in einer den Streitwert von Fr. 15'000.-- gemäss <ref-law> nicht erreichenden arbeitsrechtlichen Streitsache ergangene Endurteil der letzten kantonalen Instanz ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde grundsätzlich gegeben (Art. 113 und 114 BGG), mit welcher die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (<ref-law>).
2. Die Vorinstanz kam zum Ergebnis, der Beschwerdeführer sei nicht zur fristlosen Kündigung berechtigt gewesen, weshalb ihm keine Schadenersatzansprüche zustünden und die Klage abzuweisen sei.
2.1 Der Beschwerdeführer findet sich mit dem angefochtenen Urteil ab, soweit darin die fristlose Kündigung als nicht gerechtfertigt erklärt wurde. Er macht aber geltend, seine Ansprüche auf anteilsmässigen dreizehnten Monatslohn und Ferienentschädigung seien ohne sachliche Gründe auf unhaltbare Weise und damit willkürlich den Schadenersatzansprüchen wegen fristloser Kündigung zugeordnet worden. Gleichzeitig habe das Obergericht seinen Gehörsanspruch verletzt, da es ohne jede Begründung nicht auf seine Sachdarstellung und Berechnung in der Klageschrift eingegangen sei, auf welche er die erwähnten, nicht mit der fristlosen Auflösung des Arbeitsverhältnisses begründeten Ansprüche gestützt habe.
2.2 In der Tat ist dem angefochtenen Urteil nicht zu entnehmen, weshalb die Vorinstanz auch die dem Beschwerdeführer erstinstanzlich zugesprochenen Forderungen auf anteilsmässigen dreizehnten Monatslohn und Entschädigung für nicht bezogene Ferien, bei denen es sich nicht um Schadenersatz-, sondern um Erfüllungsansprüche handelt, verweigert hat. Mangels Begründung kann der Beschwerdeführer das angefochtene Urteil insoweit nicht sachgerecht anfechten. Damit genügt das Urteil den verfassungsrechtlichen Minimalanforderungen, die an eine Urteilsbegründung zu stellen sind (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen), offensichtlich nicht und verstösst gegen <ref-law>. Daran vermögen die Ausführungen des Beschwerdegegners, mit denen er aufzuzeigen versucht, das angefochtene Urteil treffe im Ergebnis zu, nichts zu ändern, so dass nicht darauf einzutreten ist.
3. Dies führt in Gutheissung des Eventualantrags der Beschwerde zur Aufhebung des angefochtenen Urteils und zur Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau, 1. Kammer, vom 25. August 2008 aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 800.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak