Sachverhalt:
A. Die Antonie Deusser-Stiftung (Deusser-Stiftung) wurde am 23. Februar 1972 von Antonie Deusser errichtet und bezweckt, das künstlerische Oeuvre von August Deusser zu erhalten und öffentlich zugänglich zu machen. Seit 1978 hat die Stiftung ihren Sitz im Schloss Zurzach, das sich in ihrem Eigentum befindet. Im Schloss Zurzach hat ebenfalls die am 19. Januar 1998 von Estella Hirzel errichtete Arthur und Estella Hirzel Callegari-Stiftung (Hirzel-Stiftung) ihren Sitz; sie bezweckt die Unterstützung von Unternehmungen der Wohlfahrt, Wohltätigkeit, Gemeinnützigkeit und ähnlichen Institutionen und Sozialwerken.
Hugo Ammann ist Stiftungsratspräsident beider Stiftungen. Er wohnt im Schloss Zurzach. Kurt Gosteli ist Mitglied beider Stiftungsräte. Beide sind seit der Gründung der jeweiligen Stiftung im Amt. Anfangs 1998 wurde Alexander von Senger Geschäftsführer des Schlossbetriebes und Mitglied beider Stiftungsräte. Im Frühling 1999 überwarfen sich Hugo Ammann und Alexander von Senger, der aus beiden Stiftungsräten abgewählt und durch Eliane Pires ersetzt wurde.
B. Am 10. Mai 2000 reichte Alexander von Senger bei der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht (ESA) eine Aufsichtsbeschwerde ein, in welcher er gegen Hugo Ammann und Kurt Gosteli zahlreiche Vorwürfe betreffend Führung der Stiftungsgeschäfte erhob. Er verlangte die Feststellung der Nichtigkeit seiner Abwahl aus den Stiftungsräten, die Absetzung von Hugo Ammann, Kurt Gosteli und Eliane Pires als Stiftungsräte sowie eine Hausdurchsuchung und Beschlagnahme der Stiftungsakten.
Mit Entscheid vom 12. April 2002 setzte die ESA sowohl Alexander von Senger als auch die zwischenzeitlich suspendierten Stiftungsräte Hugo Ammann, Kurt Gosteli und Eliane Pires wieder in ihrem Amt ein, erteilte ihnen u.a. den Auftrag, die beiden Stiftungsräte innerhalb von sechs Monaten mit zwei weiteren Personen zu ergänzen, und verfügte, dass der eingesetzte Stiftungsbeistand bis zur angeordneten personellen Ergänzung im Amt bleibe.
Dagegen erhob Alexander von Senger Verwaltungsgerichtsbeschwerde, in welcher er u.a. eine ungenügende Abklärung der gegen Hugo Ammann und Kurt Gosteli erhobenen Vorwürfe geltend machte. Mit Urteilen vom 20. August 2002 (5A.7/2002 und 5A.8/2002) stellte das Bundesgericht die Nichtigkeit der Wahl von Eliane Pires fest und wies die Sache zur Abklärung der Vorwürfe und ergänzenden Sachverhaltsfeststellung an die ESA zurück.
Mit Entscheid vom 5. April 2007 berief die ESA Hugo Ammann und Kurt Gosteli definitiv aus dem Stiftungsrat der Deusser-Stiftung ab, unter Aufhebung der Beistandschaft und Umwandlung in eine Sachwalterschaft bis zur personellen Ergänzung des Stiftungsrates und mit der Anordnung, dass der neue Stiftungsrat ein Konzept zur künftigen Tätigkeit vorzulegen habe und bis dahin keine über das Tagesgeschäft hinausgehenden Verfügungen treffen dürfe. Dagegen wurden Hugo Ammann und Kurt Gosteli wieder als Stiftungsräte der Hirzel-Stiftung eingesetzt und die diesbezügliche Beistandschaft aufgehoben, verbunden mit der Anordnung, dass der neue Stiftungsrat ein Konzept zur künftigen Tätigkeit vorzulegen habe und bis dahin keine über das Tagesgeschäft hinausgehenden Verfügungen treffen dürfe.
C. Dagegen erhoben beide Seiten beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde. Hugo Ammann und Kurt Gosteli verlangten im Wesentlichen ihre Wiedereinsetzung bei der Deusser-Stiftung, einstweilig die Beibehaltung der Beistand- bzw. Sachwalterschaft sowie das Verbot, Bruno Baer, Michael E. Dreher, Roland A. Brun, Dirk R.P. Friedrich oder M. Andreas Textor in die Stiftungsräte aufzunehmen. Alexander von Senger verlangte im Wesentlichen, für die Deusser-Stiftung sei keine Sachwalterschaft einzuführen, sondern ihn als einzigen handlungsfähigen und zur Erweiterung des Gremiums befugten Stiftungsrat anzuerkennen, und mit Bezug auf die Hirzel-Stiftung seien Hugo Ammann und Kurt Gosteli als Stiftungsräte abzuberufen.
Mit Urteil vom 6. März 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde von Hugo Ammann und Kurt Gosteli ab, während es diejenige von Alexander von Senger dahingehend guthiess, dass es Hugo Ammann und Kurt Gosteli auch für die Hirzel-Stiftung als Stiftungsräte definitiv absetzte, die Beistandschaft über die Deusser-Stiftung aufhob bzw. von einer Umwandlung in eine Sachwalterschaft absah und auch alle anderen Auflagen an die Stiftungsräte aufhob bzw. von entsprechenden Auflagen absah.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. April 2008 verlangen Hugo Ammann und Kurt Gosteli die vollumfängliche Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts; im Besonderen verlangen sie ihre Wiedereinsetzung in beiden Stiftungsräten, die Beibehaltung der Sachwalterschaft bis zu diesem Zeitpunkt sowie ein Verbot, Bruno Baer, Michael E. Dreher, Roland A. Brun, Dirk R.P. Friedrich oder M. Andreas Textor als Mitglieder in die Stiftungsräte aufzunehmen oder mit diesen Dienstleistungsverträge irgendwelcher Art abzuschliessen. Mit Präsidialverfügung vom 15. Mai 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. Gemäss Schreiben vom 12. August 2008 verzichtet das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung. Alexander von Senger verlangt mit Vernehmlassung vom 3. September 2008 die Abweisung der Beschwerde. Die ESA beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 4. September 2008, die Beschwerde sei insofern gutzuheissen, als die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts verlangt werde; insbesondere sei das verfügte Massnahmenpaket zu bestätigen.

Erwägungen:
1. Auf dem Gebiet der Aufsicht über die Stiftungen ist die Beschwerde in Zivilsachen gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 4 BGG). Dass die Beschwerdeführer entsprechend der Rechtsmittelbelehrung im angefochtenen Urteil eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht haben, schadet nicht; weil die anderen Eintretensvoraussetzungen gegeben sind (Art. 75 Abs. 1, Art. 90 und Art. 100 Abs. 1 BGG), kann sie ohne weiteres als Beschwerde in Zivilsachen entgegengenommen werden. Insbesondere sind die Beschwerdeführer als noch nicht rechtskräftig abberufene Stiftungsräte auch mit Bezug auf das Massnahmenpaket der ESA nicht nur in einem tatsächlichen, sondern in ihren rechtlich geschützten Interessen betroffen, wie es für die Beschwerde in Zivilsachen vorausgesetzt ist (<ref-law>).
In materieller Hinsicht sind alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig und das Bundesgericht wendet in diesem Bereich das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), was heisst, dass es behauptete Rechtsverletzungen (<ref-law>) mit freier Kognition prüft. Dagegen ist es an den festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, er sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Diesbezüglich gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2. Die ESA hat die seinerzeit gegen Hugo Ammann und Kurt Gosteli erhobenen Vorwürfe (dazu Urteile 5A.7/2002 und 5A.8/2002 vom 20. August 2002) abgeklärt und zusammengefasst folgende, vom Bundesverwaltungsgericht übernommenen und vor Bundesgericht nicht mehr als willkürlich gerügten Feststellungen getroffen:
Betreffend Selbstkontrahieren (Königsbett, Oldtimer, Flügel): Hugo Ammann verkaufte der Deusser-Stiftung im Jahr 1994 gemäss Stiftungsratsbeschluss, an dem er selbst und Kurt Gosteli mitwirkten, aus seinem Privatvermögen ein "Königsbett" (angeblich Originalbett von König Ludwig II) für Fr. 102'302.--, einen "Daimler Majestic Major" 1963 für Fr. 55'000.-- und einen Bechstein-Welte-Flügel für Fr. 20'000.--. Die drei Gegenstände hatten keinen oder jedenfalls kaum einen direkten Bezug zur Stiftung, am wenigsten der Oldtimer, der in der Garage eingestellt und den Museumsbesuchern nicht zugänglich war. Bei der polizeilichen Befragung am 14. August 2002 gaben Hugo Ammann und Kurt Gosteli relativ offen zu, dass es darum gegangen sei, die Gegenstände der Pfändung im Rahmen der privat gegen Hugo Ammann eingeleiteten "Betreibung Bühler" zu entziehen. Anlässlich der Befragung durch die ESA am 10. September 2004 äusserte sich Hugo Ammann schliesslich dahingehend, dass die Gegenstände "Publikumsaufhänger" gewesen seien und es - auch angesichts seiner angeschlagenen Gesundheit - einzig darum gegangen sei, die Gegenstände für die Stiftung zu erhalten. Die ESA erachtete es als erwiesen, dass Hugo Ammann die Gegenstände in erster Linie zur Verhinderung der Pfändung an die Deusser-Stiftung verkaufte.
Betreffend Beschäftigung von Stiftungsangestellten (Eliane Pires, Gerd Nawrath, Heinz Studer, Alexander von Senger) für private Angelegenheiten von Hugo Ammann, insbesondere für dessen Liegenschaften Hertensteinstrasse 5 und 7 sowie Badstrasse 12 und 14: Bei der Befragung durch die ESA am 10. September 2004 bestritt Hugo Ammann solche Tätigkeiten grundsätzlich. Alexander von Senger gab bei der polizeilichen Einvernahme am 25. Oktober 2000 und bei der Befragung durch die ESA am 16. März 2006 an, dass er zu rund 40% für die privaten Liegenschaften von Hugo Ammann tätig gewesen sei. Es seien keine Gelder geflossen. Ohne diese Tätigkeiten wäre er als Angestellter der Deusser-Stiftung nicht voll ausgelastet gewesen. Heinz Studer führte bei seiner Einvernahme am 26. Oktober 2006 als Zeuge aus, er habe geschaut, dass die Wohnungen der betreffenden Liegenschaften hätten vermietet werden können. Die Arbeiten seien vorab zu Randzeiten ausgeführt worden und könnten in Anbetracht der vielen für die Stiftung geleisteten Überstunden nicht beziffert werden; allerdings seien insgesamt weniger Überstunden geleistet worden, als er seinerzeit gegenüber der Polizei angegeben habe. Die Aussagen von Gerd Nawrath waren widersprüchlich; als erstellt kann gelten, dass er im Jahr 1998 mindestens 5-10 Tage Einsätze zugunsten der privaten Liegenschaften leistete, teilweise zu Randzeiten. Die ESA ging beweiswürdigend davon aus, dass verschiedene Stiftungsangestellte privat für Hugo Ammann tätig gewesen seien und ein Teil der Tätigkeit nicht auf die Freizeit entfallen sei, dass aber der genaue Umfang unklar sei; sodann hat es festgehalten, dass Hugo Ammann diesbezüglich uneinsichtig sei und kaum zwischen Stiftungs- und privaten Belangen unterscheide bzw. unterschieden habe.
Betreffend Gewährung eines ungesicherten Darlehens an das Baukonsortium Parkhotel Zurzach: Mit Beschluss des Stiftungsrates der Deusser-Stiftung vom 12. Mai 1984 wurde Hugo Ammann ermächtigt, den Aufbau des Kurortes Zurzach mit einem finanziell vertretbaren Engagement zu fördern. Bereits kurz darauf wurde das Baukonsortium Parkhotel Zurzach, bei dem Hugo Ammann selbst Konsortiant war, finanziell von der Deusser-Stiftung unterstützt. Aufgrund einer Baukostenüberschreitung von über Fr. 5 Mio. gewährte Hugo Ammann dem Konsortium anfangs 1987 einen ungesicherten Kredit über Fr. 3'415'000.-- aus dem Stiftungsvermögen. Ende Dezember 1987 wurde der Kredit zurück- und anfangs Januar 1988 wieder ausbezahlt; am 31. Dezember 1988 wurde er definitiv zurückbezahlt. Ein schriftlicher Darlehensvertrag bestand nie. Die ESA ging in diesem Zusammenhang davon aus, dass die Statuten der Stiftung verletzt und Stiftungsbelange mit privaten Angelegenheiten vermengt worden sind.
Betreffend Darlehensgewährung an Albert Koch: Erstellt ist, dass Albert Koch, der ein Konsortialpartner und offenbar auch sonst ein Geschäftsfreund von Hugo Ammann war, von der Deusser-Stiftung ein Darlehen über Fr. 150'000.-- erhielt, weil er in Liquiditätsschwierigkeiten steckte. Die weiteren Hintergründe der Darlehensgewährung sind unklar; dass sich Hugo Ammann damit in einem privaten Zivilprozess eine ihm günstige Zeugenaussage von Koch erkaufen wollte, ist nicht erhärtet.
Betreffend Mehrfamilienhaus "Schlosspark": Am 23. Januar 1992 erwarb die Deusser-Stiftung für Fr. 1,8 Mio. ein Grundstück samt schlüsselfertigem Bauprojekt für ein Mehrfamilienhaus. Es lag kein eigentliches Selbstkontrahieren vor, weil Hugo Ammann zuvor aus dem betreffenden Konsortium ausgeschieden und zudem für den Verkauf die Andreas Hofstetter Lagerhaus AG zwischengeschaltet worden war. Dem Konsortium verblieb aus dem Verkauf ein moderater Gewinn und es kann nach dem Dafürhalten der ESA nicht von einer Übervorteilung der Stiftung ausgegangen werden.
Betreffend Arrondierung des Schlossgeländes: Mit Beschluss vom 4. Dezember 1994 stimmte der Stiftungsrat der Deusser-Stiftung dem Antrag von Hugo Ammann auf Rückkauf der Grundstücke Zurzach-GBB-1390 und -1937 zu. Als Grund wurde im Sitzungsprotokoll die Verhinderung des Baus von zwei geplanten Wohnblöcken angegeben. Heute bilden die beiden Parzellen den Schlosspark und dienen der Arrondierung des Geländes. Als Verkäuferin trat eine EKZ Zurzach AG auf, welche gemäss Handelsregister damals mit Sitz c/o Hugo Ammann, Schloss Bad Zurzach, figurierte; er selbst war jedoch gemäss Handelsregister nie Organ der Firma, weshalb sich ein Selbstkontrahieren nicht nachweisen lässt.
Betreffend zweckfremde Veranstaltungen: Es sind diverse Veranstaltungen vom regelmässigen Cadillac-Meeting über Firmenfeste, Seminare bis zur Transvestiten-Show bekannt. Entgegen den Vorwürfen von Alexander von Senger wurden diese Veranstaltungen allerdings nicht zu Lasten der Deusser-Stiftung, sondern von Dritten auf eigene Rechnung oder als Firmenveranstaltungen über das Parkhotel Zurzach oder direkt abgegolten und nach Aufwand abgerechnet.
Betreffend überrissene Bauprojekte: Der geplante Ausbau des Schlosses Zurzach gelangte nie über die Projektphase hinaus und wurde von Hugo Ammann aufgegeben. Gemäss polizeilichem Einvernahmeprotokoll vom 23. August 2000 hat Hugo Ammann sodann die Kosten für die Erneuerung der bestehenden Strasse längs des Schlosses weitgehend und diejenigen für das schmiedeiserne Tor, das nebst einem Schild Deussers auch das Wappen der Familie Ammann enthält, vollständig übernommen. Immerhin lasse dies aber gewisse Rückschlüsse auf das subjektive Empfinden über die Besitzesverhältnisse zu.
Betreffend Rolle von Hugo Ammann als Schlossherr: Von der Presse und der Öffentlichkeit wurde Hugo Ammann als "praktizierender Schlossherr" wahrgenommen, und er nahm diese Rolle auch fraglos für sich in Anspruch. Durch die jahrelange tägliche Arbeit hat er sich derart mit der Stiftung identifiziert, dass er kaum mehr zwischen den Stiftungsangelegenheiten und seinen privaten Belangen unterschied. Insbesondere hat dies auch zu einer Vermischung in finanzieller Hinsicht geführt; so stiess die Polizei anlässlich der Hausdurchsuchung am 10. August 2000 auf Bargeld in der Höhe von Fr. 200'000.-- sowie auf eine grosse Anzahl von Quittungen, Rechnungen und Belegen, die unsortiert und lose vorlagen und in keine Buchhaltung Eingang gefunden hatten.
Betreffend Fahrzeugpark: Bis zum Jahr 1994 hatte Hugo Ammann einen BMW 750i und einen Mercedes Benz 500 SL auf die Deusser-Stiftung eingelöst, was er mit häufigen Bildertransporten rechtfertigte. Die konkreten Fahrzeugkosten und der Umfang der privaten Leistungen sind heute nicht mehr eruierbar.
Betreffend Darlehen der Hirzel-Stiftung an die Deusser-Stiftung: Dieses erfolgte am 1. Juni 1998 in der Höhe von Fr. 1,5 Mio. zu einem Zinssatz von 3,625%. Nach Aussagen von Hugo Ammann und Kurt Gosteli wünschte die Stifterin Estella Hirzel immer, dass ihre Stiftung etwas für die Deusser-Stiftung tun und ihr sogar eine günstige Hypothek verschaffen sollte. Das Darlehen war offenbar nötig, um die auslaufenden Hypotheken auf der Liegenschaft Hauptstrasse 68 zu erneuern.
Betreffend derivative Anlageinstrumente (Revexus-Scheine): Gemäss Art. 4 Abs. 1 der Statuten der Hirzel-Stiftung kann der Stiftungsrat das Stiftungsvermögen je nach Kapitalmarktsituation in erstklassige Wertschriften (Blue Chips), AAA-Obligationen, Festgelder usw. anlegen. Bei den am 6. Mai 1998 von der Hirzel-Stiftung für knapp Fr. 2 Mio. gekauften Revexus-Titeln handelt es sich um ein strukturiertes Produkt, das 8% Zins verspricht und über eine Option an den Kurs einer bestimmten Aktie, vorliegend diejenige der Credit Suisse, gekoppelt ist. Das Produkt selbst ist direkt weder eine Blue Chip-Aktie noch eine AAA-Obligation, aber auch nicht rein spekulativ, zumal es im Wesentlichen an den Aktienkurs einer Gesellschaft gekoppelt ist bzw. war, die ihrerseits ein Triple-A-Rating aufwies. Der Anlageberater von Hugo Ammann hatte das Revexus-Produkt als statutenkonform bezeichnet und gemäss Prospekt der CSFB habe es sich für Anleger geeignet, die eine konservative Strategie bevorzugen würden und trotzdem von den Bewegungen einzelner Aktien profitieren möchten.
Betreffend Vergabung an die Aargauische Liga für Lungen- und Langzeitkranke: Alle Stiftungsräte, inklusive Alexander von Senger, waren damit einverstanden, wobei sich dieser im Anschluss weigerte, ein entsprechendes Protokoll zu verfassen.
Betreffend Anzahl der Stiftungsratssitzungen: Im Jahresbericht 1998 der Hirzel-Stiftung wird festgehalten, dass sich der Stiftungsrat zu 30 Sitzungen getroffen habe, wobei nur 5 Protokolle vorhanden sind. Die Parteiaussagen sind widersprüchlich, es ist letztlich unklar, ob und wie viele Sitzungen ohne Protokollierung durchgeführt wurden.
3. Ausgehend von diesen Sachverhaltsfeststellungen haben sowohl die ESA als auch das Bundesverwaltungsgericht insbesondere das wiederholte Selbstkontrahieren, das Gewähren grosser und teilweise ungesicherter Darlehen an Freunde und für Projekte, die nicht in unmittelbarem Zusammenhang mit dem Stiftungszweck standen, sowie die Beauftragung von Stiftungsangestellten mit privaten Verrichtungen als schwerwiegende Verfehlungen von Hugo Ammann angesehen. Sie haben weiter darauf hingewiesen, dass dieser kaum zwischen privaten Angelegenheiten und Stiftungsbelangen getrennt habe, sich völlig mit den Stiftungen identifiziere und gegen Aussen nach wie vor als Schlossherr auftrete. Kurt Gosteli wurde zum Vorwurf gemacht, diesem Gebaren keinen Einhalt geboten, sondern dieses stillschweigend mitgetragen zu haben.
Indes erachten die ESA und das Bundesverwaltungsgericht unterschiedliche Massnahmen als notwendig. Während die ESA zur Auffassung gelangte, Hugo Ammann und Kurt Gosteli seien einzig bei der Deusser-Stiftung als Stiftungsräte abzusetzen, weil mit Bezug auf die Hirzel-Stiftung keine nennenswerten Verfehlungen vorlägen, kam das Bundesverwaltungsgericht zum Schluss, dass Hugo Ammann und Kurt Gosteli aufgrund der konkreten Vorfälle und angesichts der personellen wie örtlichen Verquickung der beiden Stiftungen insgesamt nicht mehr als Stiftungsräte tragbar seien. Divergenzen bestehen sodann mit Bezug auf das begleitende Massnahmenpaket: Für die ESA ist es undenkbar, dass die an der "unfreundlichen Übernahme" von 2003 beteiligten Personen aus dem Umfeld von Alexander von Senger für die personelle Ergänzung der Deusser-Stiftung in Frage kommen. Es ordnete deshalb eine Umwandlung der Beistand- in eine Sachwalterschaft an. Der Sachwalter habe bei der Ergänzung des Stiftungsrates mitzuwirken und ferner die zwischen Hugo Ammann bzw. Kurt Gosteli und der Stiftung bestehenden Vertragsverhältnisse aufzulösen. Im Übrigen verpflichtete es die Stiftungsräte, nach Vollzug der personellen Neubesetzung ein Konzept über die künftige Stiftungstätigkeit vorzulegen, und es verbot für die Zwischenzeit über das Tagesgeschäft hinausgehende Handlungen. Das Bundesverwaltungsgericht erachtet all diese Massnahmen als unnötig; es geht davon aus, dass Alexander von Senger in Eigenregie tätig sein und die beiden Stiftungsräte nach Belieben ergänzen darf.
4. Die Beschwerdeführer erheben in verschiedener Hinsicht Gehörsrügen, die wegen der formellen Natur dieses verfassungsmässigen Rechts vorweg zu behandeln sind (121 I 230 E. 2a S. 232; <ref-ruling> E. 4a S. 469).
4.1 Soweit die Beschwerdeführer dem Bundesverwaltungsgericht vorwerfen, die Hintergründe des persönlichen Interesses von Alexander von Senger am Schloss Zurzach als Familienwohnsitz nicht ausgeleuchtet und insbesondere den Artikel des Historikers Franz Keller betreffend Einsatz eines Familienmitgliedes als Offizier bei der Waffen-SS unbeachtet gelassen zu haben, ist nicht erkennbar, welchen Belang dies für die Frage der Rechtmässigkeit der Absetzung der Beschwerdeführer als Stiftungsräte haben soll, umso weniger als es Hugo Ammann war, der seinerzeit Alexander von Senger als Geschäftsführer und Stiftungsrat berufen hat. Entsprechend stösst die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht als Teilgehalt des rechtlichen Gehörs ins Leere.
4.2 Wie bereits vor Bundesverwaltungsgericht bringen die Beschwerdeführer weiter vor, Alexander von Senger habe Heinz Studer im Vorfeld der polizeilichen Einvernahme beeinflusst und ihm einen Betrag von Fr. 120'000.-- von der Deusser-Stiftung in Aussicht gestellt, sobald er (von Senger) die Kontrolle über die Stiftungen erlangt habe. Es hätten "Gespräche" in der Kanzlei von Rechtsanwalt Baer stattgefunden und bei der polizeilichen Einvernahme am 31. Oktober 2000 habe Heinz Studer an Hugo Ammann keinen guten Faden gelassen. Bei der Einvernahme durch die ESA am 26. Oktober 2006 habe er seine gegenüber der Polizei gemachten Aussagen widerrufen und auch aufgedeckt, wie er für die früheren Aussagen gewonnen worden sei.
Die ESA hielt in ihrem Entscheid zusammenfassend fest, dass Leistungen von Stiftungsangestellten für private Angelegenheiten von Hugo Ammann in nicht (mehr) genau bestimmbarem Umfang vorgekommen seien; für die Massnahmen gegenüber Hugo Ammann und Kurt Gosteli stellte sie aber - wie auch das Bundesverwaltungsgericht - auf ganz andere Vorkommnisse ab (dazu E. 5.4). Sind aber die Aussagen von Heinz Studer für die verfügten Massnahmen nicht von Belang und jedenfalls nicht kausal, so gehen die diesbezüglichen Gehörsrügen an der Sache vorbei; ohnehin hat die ESA in diesem Zusammenhang funktionell eine antizipierte Beweiswürdigung vorgenommen, welche die Gehörsrügen gegenstandslos werden lässt (BGE <ref-ruling> E. 4a S. 469; <ref-ruling> E. 4a S. 211), weshalb das Bundesverwaltungsgericht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu Recht verneinen durfte.
4.3 Der Vorwurf, die ESA und das Bundesverwaltungsgericht hätten einseitig die an sie erhobenen Vorwürfe gewichtet und die jahrzehntelang erbrachten Leistungen für die beiden Stiftungen ausser Acht gelassen, beschlägt nicht das rechtliche Gehör, sondern die Beweiswürdigung mit Bezug auf die Rechtmässigkeit und Angemessenheit der verfügten Massnahmen, und ist folglich in diesem Zusammenhang zu prüfen (siehe E. 5.3).
5. In rechtlicher Hinsicht kritisieren die Beschwerdeführer ihre Absetzung als Stiftungsräte als unzulässige und insbesondere als unverhältnismässige Massnahme.
5.1 Die Stiftungsaufsicht hat dafür zu sorgen, dass das Stiftungsvermögen seinen Zwecken gemäss verwendet wird (<ref-law>), und sie hat darüber zu wachen, dass sich die Organe einer Stiftung an das Gesetz, die Stiftungsurkunde, allfällige Reglemente und die guten Sitten halten (<ref-ruling> E. 3b S. 73; <ref-ruling> E. 3c S. 269; <ref-ruling> E. 5 S. 499; <ref-ruling> E. 3 S. 99).
Zur Erfüllung dieser Aufgaben steht der Aufsichtsbehörde eine ganze Anzahl präventiver und repressiver Aufsichtsmittel zur Verfügung (<ref-ruling> E. 3a S. 501). Zu den präventiven Mitteln gehören namentlich Vorschriften über die Vermögensanlage, die Pflicht zu regelmässiger Berichterstattung und Rechnungsablage (im Einzelnen: RIEMER, Berner Kommentar, N. 56 ff. zu <ref-law>). Als repressive Massnahmen kommen zum Beispiel die Aufhebung von Beschlüssen, Weisungen, Verwarnungen, Bussen oder die Abberufung von Stiftungsorganen in Betracht (im Einzelnen: RIEMER, a.a.O., N. 88 ff. zu <ref-law>). Für die Anordnung von präventiven und repressiven Massnahmen gelten wie für Verwaltungsmassnahmen schlechthin die Grundsätze der Verhältnismässigkeit und der Subsidiarität (RIEMER, a.a.O., N. 37 und 88 zu <ref-law>). Die Abberufung von Stiftungsorganen ist eine einschneidende Massnahme, die erst dann in Frage kommt, wenn deren Verhalten so geartet ist, dass das betreffende Organ im Hinblick auf eine gesetzes- und stiftungsgemässe Tätigkeit der Stiftung nicht mehr tragbar ist (<ref-ruling> E. 5a S. 326; <ref-ruling> E. 2). Trifft dies zu, ist die Abberufung jedoch zu verfügen und kann ihr insbesondere ein allfällig anders lautender Stifterwille - vorliegend die Einsetzung von Hugo Ammann auf Lebzeiten - nicht entgegenstehen (<ref-ruling> E. 4a S. 211).
5.2 Wenn die Beschwerdeführer behaupten, die meisten Vorfälle würden Jahrzehnte zurückliegen, so trifft dies nicht zu; das früheste Vorkommnis datiert aus dem Jahr 1987, die meisten Vorwürfe betreffen aber die 90er Jahre und die Aufsichtsanzeige wurde im Jahr 2000 eingereicht. Im Übrigen hat das Bundesgericht bereits im Urteil 5A.8/2002, E. 4.2, festgehalten, dass das Aufsichtsverfahren im Unterschied zum Strafrecht keine zeitliche Begrenzung, namentlich keine an starre Fristen gebundene Verjährung einzelner Tatbestände kennt. Ferner wurde erwähnt, dass die eingetretene Vermögensschädigung, die ein objektives Tatbestandsmerkmal der Vermögensdelikte bildet, im Aufsichtsverfahren nicht allein massgebend ist; vielmehr geht es bei der Stiftungsaufsicht darum, dass die Stiftungen keinem konkreten oder abstrakten Risiko ausgesetzt werden. Insofern zielt der weitere Vorwurf der Beschwerdeführer, das Bundesverwaltungsgericht habe zu wenig beachtet, dass die Stiftungen im Ergebnis nicht geschädigt worden seien, an der Sache vorbei.
5.3 Der Hauptvorwurf der Beschwerdeführer geht dahin, dass das Bundesverwaltungsgericht nur die erhobenen Vorwürfe behandelt und alle entlastenden Momente ausser Acht gelassen habe. So habe Hugo Ammann kontinuierlich das Vermögen der Stiftungen gemehrt und sei er unermüdlich zum Wohl der Stiftungen tätig gewesen.
Das Bundesverwaltungsgericht hat die von Hugo Ammann erbrachten Leistungen keineswegs verkannt und auch von der ESA wurden diese hervorgehoben. Indes ist die Förderung des Stiftungszwecks gerade die ureigene Pflicht von Stiftungsräten und namentlich des Stiftungsratspräsidenten, und die grundsätzliche Pflichterfüllung als solche ist nicht geeignet, Verstösse gegen die Stiftungsinteressen zu neutralisieren, wie dies den Beschwerdeführern vorschwebt. Im Übrigen liegt es im Wesen des Aufsichtsverfahrens, dass erhobene Vorwürfe abzuklären und anschliessend auf der Basis der getroffenen Feststellungen zu würdigen sind.
5.4 Was Hugo Ammann im Speziellen anbelangt, hat das Bundesverwaltungsgericht insbesondere das mehrfache Selbstkontrahieren (Königsbett, Daimler und Flügel; Darlehen an das Baukonsortium, dessen Mitglied er war) und den mehrfachen Missbrauch bzw. die zweckfremde Anlage von Stiftungsvermögen (ungesichertes Darlehen in Millionenhöhe an das Baukonsortium zur Beseitigung von Liquiditätsengpässen; Verschaffung eines Freundesdienstes an Albert Koch durch Gewährung eines Darlehens trotz schlechter Bonität) als schwerwiegend angesehen und in diesem Zusammenhang auch massgeblich gewichtet, dass ihm bezüglich dieser Handlungen jegliches Unrechtsbewusstsein abgeht. Sodann hat das Bundesverwaltungsgericht auf sein distanzloses Verhältnis zu den Stiftungen verwiesen. Dies habe sich u.a. darin gezeigt, dass verschiedene Stiftungsangestellte in nicht mehr genau eruierbarem Umfang für seine privaten Angelegenheiten tätig gewesen seien und dass die Polizei bei der Hausdurchsuchung unverbuchtes Bargeld in der Höhe von Fr. 200'000.-- und zahlreiche ungeordnete Belege vorgefunden habe, was zumindest ein schiefes Licht auf den Verwalter eines derart umfangreichen Stiftungsvermögens werfe. Die Identifikation mit den Stiftungen bestehe nach wie vor, auch heute noch trete Hugo Ammann gegen Aussen als Schlossherr auf. Insofern könne keine gute Prognose erstellt werden; es sei vielmehr konkret zu befürchten, dass Hugo Ammann auch in Zukunft nicht zwischen privaten und Stiftungsangelegenheiten zu unterscheiden wisse.
Zu all diesen Elementen äussern sich die Beschwerdeführer nicht und insofern bleibt die Beschwerde letztlich unsubstanziiert. Mit einer auf das Vorbringen, der Grundsatz der Subsidiarität sei verletzt, indem ein Verbot des Selbstkontrahierens oder eine intensivere Kontrolle durch die Stiftungsaufsicht genügen würde, beschränkten Begründung ist jedenfalls keine Rechtsverletzung darzutun (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Das fehlende Unrechtsbewusstsein und die nach wie vor bestehende Identifikation mit den Stiftungen lassen nicht erkennen, inwiefern Hugo Ammann in Zukunft plötzlich klar zwischen den eigenen und den Stiftungsinteressen zu unterscheiden vermöchte. Jedenfalls liegt die Abberufung als Stiftungsrat im Rahmen des weiten Ermessens, das der Stiftungsaufsicht bzw. dem Bundesverwaltungsgericht als Rechtsmittelinstanz bei der Wahl der präventiven und repressiven Aufsichtsmitteln zusteht.
5.5 Was Kurt Gosteli anbelangt, so wird dieser in der Beschwerde nicht speziell erwähnt; es wird mit anderen Worten hingenommen, dass für ihn die gleichen Massnahmen getroffen worden sind wie für Hugo Ammann, obwohl er an einem grossen Teil der Vorfälle nur indirekt beteiligt war. Indes ist ihm zum Vorwurf zu machen, das Gebaren von Hugo Ammann teils in blindem Gehorsam mitgetragen und teils still geduldet zu haben, obwohl es seine Aufgabe als Mitglied des Stiftungsrates (je seit Stiftungsgründung) gewesen wäre, unabhängig von fremden Einflüssen im besten Sinn die Interessen der Stiftung zu wahren und gegen stiftungswidriges Verhalten anderer Organe einzuschreiten. Ferner hätte ihn auch im Rahmen seines (allerdings erst 1999 begründeten) Angestelltenverhältnisses eine Treuepflicht gegenüber seiner Arbeitgeberin, d.h. der Deusser-Stiftung, und nicht gegenüber Hugo Ammann getroffen. Zwar ist nicht zu verkennen, dass Kurt Gosteli mit seiner Abberufung als Stiftungsrat indirekt für seine uneingeschränkte Loyalität gegenüber Hugo Ammann sanktioniert wird. Indes gründet die Abberufung nicht auf dieser (falsch verstandenen) Loyalität, sondern auf dem Umstand, dass Kurt Gosteli seine Aufgaben als Stiftungsrat nicht wahrgenommen hat und weder vorgebracht wird noch ersichtlich ist, inwiefern dies in Zukunft grundsätzlich anders wäre.
5.6 Im Unterschied zur ESA hat das Bundesverwaltungsgericht Hugo Ammann und Kurt Gosteli nicht nur mit Bezug auf die Deusser-Stiftung, sondern auch bei der Hirzel-Stiftung als Stiftungsräte abgesetzt mit der Begründung, ihr Verhalten sei unteilbar und insgesamt untragbar. Zu dieser Begründung bzw. zur Divergenz zwischen den beiden Entscheiden äussern sich die Beschwerdeführer nicht, so dass die Beschwerde in dieser Hinsicht unsubstanziiert bleibt. Ohnehin liesse sich angesichts der personellen Identität, der räumlichen Verknüpfung, ja gewissermassen der Schicksalsgemeinschaft der beiden Stiftungen nicht sagen, das Bundesverwaltungsgericht habe das ihm zustehende Ermessen überschritten, vermag es sich doch bei seiner Entscheidung jedenfalls auf sachliche Gründe zu stützen.
5.7 Als Zwischenergebnis ist festzuhalten, dass Hugo Ammann und Kurt Gosteli als Stiftungsräte sowohl bei der Deusser- als auch der Hirzel-Stiftung abzuberufen sind.
6. Die Beschwerdeführer kritisieren weiter, dass das Bundesverwaltungsgericht das von der ESA verfügte Massnahmenpaket ersatzlos gestrichen hat. Auch die ESA verlangt in dieser Hinsicht eindringlich die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Sie weist in ihrer Vernehmlassung darauf hin, dass das Massnahmenpaket - namentlich die Einsetzung eines Sachwalters - wegen persönlicher familiärer Interessen und aufgrund der fehlenden Erfahrung des verbleibenden Stiftungsrates Alexander von Senger, insbesondere aber angesichts dessen bisherigen Vorgehens in den Stiftungsangelegenheiten, namentlich bei der Ernennung neuer Stiftungsräte, im Sinn einer präventiven Massnahme unabdingbar ist. Mit Bezug auf die Frage der personellen Ergänzung der Stiftungsräte ist die ESA weiter der Auffassung, dass Personen, die am Übernahmeversuch im Jahr 2003 beteiligt waren, nicht in Frage kommen können.
6.1 Mit der Abberufung von Hugo Ammann, der bei beiden Stiftungen seit der Gründung als Stiftungsratspräsident wirkte und dabei eine dominierende Position innehatte, entsteht ein erhebliches Machtvakuum. Sodann verbleibt, indem auch Kurt Gosteli als Stiftungsrat abgesetzt wird, Alexander von Senger als einziger Stiftungsrat. Die beiden Stiftungen stehen somit personell wie inhaltlich vor einem Neubeginn. In der gegebenen Situation ist vorab eine rasche Erweiterung des Stiftungsrates mit neutralen, unvoreingenommenen und bislang unbeteiligten Personen erforderlich, welche einerseits über einschlägige Kenntnisse im Bereich der Stiftungstätigkeit verfügen und andererseits dafür bürgen, dass in der Stiftungsleitung Ruhe einkehrt und eine geordnete Tätigkeit möglich ist. Sodann werden die neu besetzten Organe ein Konzept über die künftige Ausrichtung und Tätigkeit der jeweiligen Stiftung im Rahmen des ihr eigenen Zwecks entwickeln müssen.
6.2 Die dem Bundesgericht aus den vergangenen Verfahren (5A.7/2002, 5A.8/2002, 5A.24/2002, 5A.25/2002, 5A.14/2003, 5A.35/2005, 5A.36/2005 und 5A.30/2006) zur Genüge bekannte Vorgeschichte zeigt, dass für die genannten Vorkehrungen eine enge Begleitung durch die ESA im Rahmen der Aufsichtskompetenz gemäss <ref-law> unentbehrlich ist. Angesichts des Umfanges der anstehenden Handlungen auf der personellen wie operativen Ebene wird die ESA diese Begleitung nicht vollumfänglich selbst wahrnehmen können; es drängt sich daher auf, zu diesem Zweck eine Sachwalterschaft gemäss <ref-law> zu errichten. Dieses Institut wurde im Rahmen der am 1. Januar 2006 in Kraft getretenen Stiftungsrechtsrevision mit einer Neufassung von <ref-law> eingeführt (AS 2005 4545). Im Zusammenhang mit der Revision des GmbH-Rechts wurde das Stiftungsrecht erneut revidiert und das Institut der Sachwalterschaft per 1. Januar 2008 in den neu erlassenen <ref-law> überführt (AS 2007 4842); gleichzeitig wurde die als überflüssig angesehene Ziff. 4 von <ref-law> (Verbeiständung juristischer Personen) aufgehoben (AS 2007 4843).
Die Einsetzung eines Sachwalters ist möglich, wo die vorgesehene Organisation nicht genügend ist, der Stiftung eines der vorgeschriebenen Organe fehlt oder eines dieser Organe nicht rechtmässig zusammengesetzt ist (<ref-law>); die Bestimmung geht damit tendenziell weiter als die frühere Verbeiständung, die möglich war, wenn einer Körperschaft oder Stiftung die erforderlichen Organe fehlten (Art. 393 Ziff. 4 aZGB). Vorliegend liesse sich zwar angesichts des Wortlautes von Art. 5 Abs. 2 der Statuten der Deusser-Stiftung wie auch von Art. 5 lit. a Abs. 2 der Hirzel-Stiftung, wonach "das oder die dannzumaligen Mitglieder des Stiftungsrates ermächtigt [sind], diesen durch die Ernennung weiterer Mitglieder zu ergänzen oder zu erweitern", fragen, ob von einer ungenügenden Organisation gesprochen werden kann. Ist jedoch aufsichtsrechtliches Einschreiten geboten, weil in der vorliegenden Konstellation die Ausübung des Kooptationsrechts durch den allein verbleibenden Stiftungsrat aufgrund der bisherigen Erfahrungen offensichtlich zu unhaltbaren Resultaten führen würde, muss von einer fehlenden Funktionstüchtigkeit der bestehenden Organe und damit von einer ungenügenden Organisation im Sinn von <ref-law> ausgegangen werden. Alexander von Senger hat in der Vergangenheit wiederholt gezeigt, dass er nicht willens ist, die beiden Stiftungsräte aus eigener Kraft mit unabhängigen Fachpersonen zu ergänzen; auch in den Eingaben an das Bundesverwaltungsgericht hat er festgehalten, Personen aus seinem Umfeld dürften nicht ausgeschlossen werden, und in der Vernehmlassung an das Bundesgericht wird die Ernennung insbesondere der Herren Baer und Dreher gerechtfertigt (S. 24 f.), mithin wiederum ins Auge gefasst. Es scheint aber wenig zweckmässig, die betreffenden Ernennungen abzuwarten und anschliessend korrigierend einzugreifen, wie dies das Bundesverwaltungsgericht sinngemäss vorschlägt (S. 37 f.); vielmehr sind die gebotenen präventiven Massnahmen zu treffen, wenn bereits im heutigen Zeitpunkt absehbar ist, dass ein erneutes aufsichtsrechtliches Einschreiten erforderlich werden könnte.
Die ESA hat ferner darauf hingewiesen, dass es den abgesetzten Stiftungsräten aus menschlicher Sicht nicht zumutbar wäre, wenn Alexander von Senger die zwischen ihnen und der Deusser-Stiftung bestehenden vertraglichen Verhältnisse, insbesondere die Arbeits- und Mietverträge auflösen würde. In der Tat scheint es angesichts der totalen Zerstrittenheit und persönlichen Anfeindungen zwischen den Parteien für eine neutrale Abwicklung der Vertragsauflösung und eine geordnete Übergabe der Geschäfte zweckmässig, wenn dies durch einen Sachwalter besorgt oder jedenfalls begleitet wird, zumal diesem nicht nur die Behebung von Organisationsmängeln, sondern insbesondere auch die Führung der oder bestimmter Geschäfte übertragen werden kann (vgl. BBl 2002 III 3232).
Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Anordnung einer Sachwalterschaft einerseits eine sachgerechte, andererseits aber auch eine erforderliche Massnahme ist. Was die Hirzel-Stiftung anbelangt, ist zu beachten, dass die ESA ihr Massnahmenpaket einzig deshalb auf die Einforderung eines Konzeptes über die künftige Tätigkeit und eines Anlagereglements beschränkt hat, weil es Hugo Ammann und Kurt Gosteli wieder als Stiftungsräte einsetzte und deshalb die Ernennung eines Sachwalters als entbehrlich erachtete. Da in diesem Punkt anders entschieden wird (E. 5.7), scheint es unumgänglich, auch für die Hirzel-Stiftung einen Sachwalter einzusetzen, der die Findung weiterer Stiftungsräte begleiten und überwachen kann, wie dies im Übrigen auch in der Beschwerde gefordert wird (S. 23 oben). Die ESA ist deshalb mit der Ernennung einer geeigneten Person als Sachwalter zu beauftragen.
6.3 Was die personelle Neubesetzung der beiden Stiftungsräte im Speziellen anbelangt, weisen die Beschwerdeführer und die ESA zu Recht darauf hin, dass die am Übernahmeversuch im Jahr 2003 beteiligten Personen, insbesondere aber die Rechtsvertreter von Alexander von Senger, nicht in Frage kommen können.
Das Bundesverwaltungsgericht ging in diesem Zusammenhang davon aus, dass sich Alexander von Senger aufgrund eines Gutachtens und bis dahin fehlender Rechtsprechung bei der seinerzeitigen Ernennung neuer Stiftungsräte in gutem Glauben habe befinden dürfen. Es geht indes weniger um die Frage der Zulässigkeit der Kooptation als vielmehr um die Art der Durchführung der Ernennung und insbesondere um das gemeinsame Vorgehen der Stiftungsräte bei der "unfreundlichen Übernahme". So wurde die Ernennung nicht nur während des hängigen Aufsichtsverfahrens hinter dem Rücken der ESA durchgeführt, sondern wurden anschliessend die neuen Stiftungsräte in Eigenregie im Handelsregister eingetragen und allen Banken, bei denen die Stiftungen Vermögensanlagen besassen, mitgeteilt. Sodann liessen Alexander von Senger und die neuen Stiftungsräte Hugo Ammann und Kurt Gosteli kurzerhand im Handelsregister löschen, obwohl diese im Amt bloss eingestellt waren. Des Weiteren veranlassten sie eine sofortige Postumleitung und ersuchten die beteiligten Banken um Auszüge über sämtliche Konti und Depots sowie um eine Neuordnung der Unterschriftenkarten (vgl. dazu Urteil 5A.14/2003, teilweise publiziert als <ref-ruling>).
All diese auf eine handstreichartige Machtübernahme gerichteten Handlungen waren von einem gemeinsamen Willen der betreffenden Personen getragen. Was die Rechtsvertreter von Alexander von Senger anbelangt, zeigte sich deren distanzloses Verhältnis zudem auch in den Eingaben, welche in den früheren Verfahren vor Bundesgericht jeweils von Bruno Baer und Michael E. Dreher gemeinsam unterzeichnet wurden. Wie ein roter Faden zieht sich durch diese Eingaben, dass sich die Rechtsvertreter weitgehend mit der Position ihres Mandanten identifizieren und insbesondere die Stiftungsangelegenheiten gewissermassen als ihre eigenen betrachten. Ferner sind die Eingaben durch eine aggressiv-unkooperative Grundstimmung gekennzeichnet; im Urteil 5A.14/2003, E. 2.1 (nicht publ. in <ref-ruling>) hat das Bundesgericht ausdrücklich eine an die Grenzen des anwaltlichen Anstandes gehende Polemik und persönliche Anfeindungen gegen die ESA konstatiert. Vor diesem Hintergrund sind die in E. 6.1 genannten Bedingungen der Neutralität, Unabhängigkeit und Unvoreingenommenheit für die zukünftigen Stiftungsräte nicht erfüllt.
6.4 Die ESA verfügte in Ziff. 3 und 6 ihres Entscheides weiter, dass die beiden Stiftungsräte nach vollzogener personeller Ergänzung innert vier Monaten ein Konzept über die künftige Tätigkeit der jeweiligen Stiftung vorzulegen hätten und bis dahin keine über das notwendige Tagesgeschäft hinausgehenden Verfügungen treffen dürften. Das Bundesverwaltungsgericht hat diese Massnahmen ebenfalls aufgehoben, ohne in den Erwägungen darauf einzugehen. Die Massnahmen sind indes nicht nur sinnvoll, sondern notwendig und folglich ebenfalls zu belassen.
7. Gemäss <ref-law> sind die Kosten der Massnahmen von der Stiftung zu tragen. Dazu gehört insbesondere auch die Gebühr der Aufsichtsbehörde nach Art. 3 GebV Stiftungsaufsicht, SR 172.041.18 (vgl. CAVEGN, Die Revision der Revision von Stiftungen und Vereinen, Diss. Zürich 2008, S. 143); ferner kann darunter auch die Parteientschädigung für das Aufsichtsverfahren fallen, wie dies offenbar Praxis der ESA ist.
Die Gerichts- und Parteikosten für die Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesgericht sind nach den Bestimmungen von Art. 63 Abs. 1 und Art. 64 Abs. 1 VwVG bzw. Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG zu verteilen und somit den Parteien aufzuerlegen. Angesichts des Ausgangs des Verfahrens rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten Hugo Ammann und Kurt Gosteli zu 3⁄4 und Alexander von Senger zu 1⁄4 aufzuerlegen. Entsprechend sind diese auch zu verpflichten, Letzterem eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. März 2008 wird aufgehoben.
2. Ziff. 4 des Entscheides der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht vom 5. April 2007 wird aufgehoben und wie folgt ersetzt:
Hugo Ammann und Kurt Gosteli werden aus dem Stiftungsrat der Arthur und Estella Hirzel Callegari-Stiftung definitiv abberufen.
Ziff. 5 des Entscheides der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht vom 5. April 2007 wird wie folgt ergänzt:
Die Beistandschaft über die Arthur und Estella Hirzel Callegari-Stiftung wird aufgehoben und bis zu einer Ergänzung des Stiftungsrats im Sinn der Erwägungen in eine Sachwalterschaft umgewandelt.
Im Übrigen wird der Entscheid der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht bestätigt (inkl. Kostenziffern).
3. Die Sache wird zur umgehenden Einsetzung eines Sachwalters für die Arthur und Estella Hirzel Callegari-Stiftung an die Eidgenössische Stiftungsaufsicht zurückgewiesen.
4. Die Kosten des Verfahrens vor Bundesverwaltungsgericht von Fr. 3'000.-- werden im Umfang von Fr. 2'250.-- Hugo Ammann und Kurt Gosteli unter solidarischer Haftbarkeit sowie im Umfang von Fr. 750.-- Alexander von Senger auferlegt.
Hugo Ammann und Kurt Gosteli haben Alexander von Senger für dieses Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht von Fr. 10'000.-- werden im Umfang von Fr. 7'500.-- Hugo Ammann und Kurt Gosteli unter solidarischer Haftbarkeit sowie im Umfang von Fr. 2'500.-- Alexander von Senger auferlegt.
Hugo Ammann und Kurt Gosteli haben Alexander von Senger für dieses Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Januar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli