Abänderung des Scheidungsurteils, hat sich ergeben:
A.- Durch Urteil des Bezirksgerichts Hinwil (1. Abteilung) vom 3. Dezember 1996 wurde die Ehe von B._ und A._ geschieden und der am 4. September 1994 geborene Sohn C._ unter die elterliche Gewalt der Mutter gestellt.
B._ wurde berechtigt erklärt, den Sohn bis zum Eintritt in den Kindergarten einmal im Monat während drei Stunden und hernach einmal im Monat einen ganzen Tag mit sich oder zu sich auf Besuch zu nehmen. Ferner wurde er unter anderem zur Leistung von Beiträgen an den Unterhalt des Kindes und der geschiedenen Ehefrau verpflichtet.
B.- Mit Eingabe vom 2. Dezember 1998 an das Bezirksgericht Hinwil erhob B._ gegen A._ Klage auf Abänderung des Scheidungsurteils und verlangte, die der Beklagten geschuldeten Unterhaltsbeiträge (von monatlich Fr. 2'000.-- bis Ende 2004 bzw. Fr. 1'200.-- bis Ende 2009) einheitlich auf Fr. 1'000.-- herabzusetzen. Die Beklagte erhob Widerklage mit dem Antrag, das dem Kläger bezüglich des Sohnes C._ eingeräumte Besuchsrecht aufzuheben.
Am 11. März 1999 hiess das Bezirksgericht (2. Abteilung) sowohl die Klage als auch die Widerklage teilweise gut. Es legte einerseits die Unterhaltsbeiträge für die Beklagte neu (einheitlich) auf monatlich Fr. 1'200.-- fest und erkannte andererseits, dass das Besuchsrecht des Klägers für die Zeit vom 4. Februar 1999 bis zum 1. September 2001 ausgeschlossen werde und hernach im Sinne des Scheidungsurteils wieder auflebe und dass für C._ eine Erziehungsbeistandschaft im Sinne von <ref-law> errichtet werde.
Die Beklagte reichte Berufung ein, worauf das Obergericht (I. Zivilkammer) des Kantons Zürich am 16. März 2000 die ihr persönlich zustehenden Unterhaltsbeiträge für die Zeit bis Ende 2004 auf Fr. 1'770.-- erhöhte und ferner das bezirksgerichtliche Urteil auch insofern abänderte, als es das Besuchsrecht für ein zusätzliches Jahr, d.h. bis zum 1. September 2002, aussetzte.
C.- Die Beklagte erhebt eidgenössische Berufung mit den Rechtsbegehren, dem Kläger ein Besuchsrecht gänzlich abzusprechen, auf die Errichtung einer Erziehungsbeistandschaft zu verzichten und dementsprechend den Kostenspruch der kantonalen Instanzen zu Lasten des Klägers abzuändern. Ausserdem ersucht sie darum, ihr für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Eine Berufungsantwort ist nicht eingeholt worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Am 1. Januar 2000 ist die Scheidungsrechtsnovelle vom 26. Juni 1998 in Kraft getreten. Dass das Obergericht in dem später gefällten Entscheid zu Unrecht das frühere Recht, insbesondere Art. 156 aZGB, herangezogen habe, macht die Beklagte nicht geltend. Auch das Bundesgericht hat sich unter den gegebenen Verhältnissen und angesichts des Novenverbots gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. b und c OG an das frühere Recht zu halten (dazu Praxiskommentar Scheidungsrecht, Hrsg. Ingeborg Schwenzer, Basel 2000, N 13 zu Art. 7a/b SchlT ZGB; Sutter/ Freiburghaus, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, N 22 zu <ref-law>).
2.- a) Verändern sich die Verhältnisse, die der Regelung der Elternrechte durch den Scheidungsrichter zu Grunde gelegen hatten, so hat der (Abänderungs-)Richter auf Begehren der Vormundschaftsbehörde oder von Vater oder Mutter die erforderlichen Anordnungen zu treffen (Art. 157 aZGB). Es kann dabei selbstverständlich nicht einfach darum gehen, die Interessenabwägung des Scheidungsrichters neu vorzunehmen; vielmehr sind neue Anordnungen nur zulässig, wenn eine Veränderung der massgeblichen Verhältnisse eine andere Regelung zwingend erfordert (<ref-ruling> E. 4 S. 316 mit Hinweisen).
b) Ob die Voraussetzungen für eine Abänderung des Scheidungsurteils erfüllt sind, beurteilt sich nach den Kriterien, die schon vom Scheidungsrichter bei seinem auf Art. 156 aZGB beruhenden Entscheid zu beachten waren (vgl. Bühler/Spühler, Berner Kommentar, N 75 zu Art. 157 [a]ZGB). Anzustreben ist somit auch hier die für eine harmonische Entfaltung des Kindes in körperlicher, seelischer und geistiger Hinsicht erforderliche Stabilität (dazu <ref-ruling> E. 2 S. 319 mit Hinweisen), wobei die Umstände in ihrer Gesamtheit zu würdigen sind (<ref-ruling> E. 1 S. 78).
3.- a) Nach <ref-law> kann den Eltern das Recht auf persönlichen Verkehr verweigert oder entzogen werden, wenn das Wohl des Kindes gefährdet wird, die Eltern den persönlichen Verkehr pflichtwidrig ausüben, sie sich nicht ernsthaft um das Kind gekümmert haben oder andere wichtige Gründe vorliegen. Der Wortlaut dieser Bestimmung erweckt zwar den Eindruck, es bestünden alternativ vier Voraussetzungen, unter denen das Recht auf persönlichen Verkehr verweigert oder entzogen werden kann, doch darf eine solche Massnahme in Wirklichkeit nur ergriffen werden, wenn der persönliche Verkehr mit dem Kind dessen Wohl gefährdet (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 24; Hegnauer, Berner Kommentar, N 17 f. zu <ref-law>). Der vollständige Entzug darf im Interesse des Kindes nur angeordnet werden, wenn die nachteiligen Auswirkungen des persönlichen Verkehrs sich nicht in für das Kind vertretbaren Grenzen halten lassen (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 233; <ref-ruling> E. 3b S. 407).
b) Das Obergericht ist davon ausgegangen, der Kläger habe - abgesehen von einem fehlgeschlagenen Versuch - keine Anstrengungen unternommen, mit C._ in Kontakt zu treten; die Beziehung zwischen den beiden habe sich seit der Scheidung nicht verbessert. Ausserdem habe der Kläger weitgehend den Boden unter den Füssen verloren; so sei er nicht mehr regelmässig einer Arbeit nachgegangen und habe massive Schwierigkeiten bekundet, ein geordnetes Leben zu führen; seinen Verpflichtungen sei er nicht mehr nachgekommen, und er habe auch die familienrechtlichen Unterhaltspflichten nicht mehr erfüllt; ferner sei er wegen mehrerer Delikte zu 15 Monaten Gefängnis verurteilt worden, wobei der Vollzug der Strafe zu Gunsten einer ambulanten Massnahme aufgeschoben worden sei.
Die Vorinstanz räumt ein, dass das Abgleiten des Klägers in die Delinquenz und in eine gewisse Verwahrlosung sich für die Beklagte und C._ belastend auswirkten. Indessen vermöchten weder dieser Umstand noch alle Enttäuschungen und Differenzen in den Jahren seit der Scheidung einen völligen und dauernden Entzug des Besuchsrechts zu rechtfertigen. Mit der ersten Instanz hält das Obergericht dafür, dass das Besuchsrecht zeitlich befristet eingestellt werden müsse; angesichts der zur Zeit laufenden Therapiebemühungen erscheine dessen Wiederaufleben jedoch erst auf den Zeitpunkt als angezeigt, da C._ sein erstes Schuljahr abgeschlossen haben werde. Ob dannzumal Gründe vorliegen würden, die eine weitere Sistierung des Besuchsrechts rechtfertigten, lasse sich derzeit nicht voraussehen. Sollte sich der gegenwärtige ungünstige Zustand nicht verändern, sei es gegebenenfalls Sache der Beklagten oder der Vormundschaftsbehörde, tätig zu werden.
4.- a) Die Beklagte ist der Ansicht, das Kindeswohl verlange schon heute den endgültigen Entzug des Besuchsrechts.
Es sei nicht erkennbar, inwiefern sich die Situation bis im Herbst 2002 verbessern könnte, und der Kläger wolle selbst gar keinen Kontakt zum Sohn; er habe telefonisch den Verzicht erklärt, und sein Verhalten zeige, dass ihm dessen Schicksal völlig gleichgültig sei. C._ leide an zerebralen Entwicklungsstörungen mit Rückständen im motorischen, sprachlichen und sozialen Bereich und stehe in einer entsprechenden Therapie. Der zeitliche Verlauf seiner Entwicklung sei nicht in gleichem Masse voraussehbar wie bei einem gesunden Kind und es müsse mit Verzögerungen gerechnet werden. Der von der Vorinstanz für das Wiederaufleben des Besuchsrechts gewählte Zeitpunkt sei auf jeden Fall massiv verfrüht. Das Kind werde dannzumal noch nicht in der Lage sein, die problematische Persönlichkeit des Klägers mit der nötigen Distanz und Kritikfähigkeit zu beurteilen und sich ausreichend abzugrenzen.
Ferner bringt die Beklagte vor, der Sohn sei an der Wiederaufnahme des vollständig abgebrochenen Kontakts zum Kläger gar nicht mehr interessiert und betrachte mittlerweile ihren nebenan wohnenden neuen Lebenspartner als seinen Vater.
b) In tatsächlicher Hinsicht hat das Bundesgericht im Berufungsverfahren seiner Entscheidung die Feststellungen der letzten kantonalen Instanz zugrunde zu legen, es sei denn, sie seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder würden auf einem offensichtlichen Versehen beruhen (Art. 63 Abs. 2 OG). Derartige Mängel sind hier nicht dargetan. Die Ausführungen in der Berufung, wonach der Kläger, der auch den Kontakt zu seinem Kind aus erster Ehe vernachlässigt bzw. abgebrochen habe, auf die Ausübung seines Besuchsrechts verzichtet und der einmalige Kontakt zwischen dem Kläger und C._ im Mai 1998 beim Kind zu einem Entwicklungsrückschritt geführt und den Erfolg der bei ihm eingeleiteten Therapie vorübergehend gefährdet habe, sind mithin nicht zu hören. Das Gleiche gilt für das Vorbringen der Beklagten, C._ betrachte nunmehr ihren neuen Lebenspartner als Vater und sei am Kontakt zum leiblichen Vater nicht interessiert.
c) Bei der Beurteilung der Frage, ob ein Anspruch auf ein Besuchsrecht noch besteht, ist auf Grund der Feststellungen der Vorinstanz davon auszugehen, dass der Kläger in ungeregelten Verhältnissen lebt, alkoholkrank ist und psychische Probleme hat und dass er derzeit in einer persönlichen und sozialen Krise steckt und den Kontakt zum Sohn sowie seine Unterhaltspflichten stark vernachlässigt hat. Im kantonalen Berufungsverfahren hatte der Kläger jedoch immerhin geltend gemacht, er wünsche Kontakt zum Sohn. Ob seine Darstellung zutrifft, wonach er allein wegen des Widerstands der Beklagten - zur Vermeidung weiterer Streitigkeiten und im Interesse des Wohls von C._ - sein Besuchsrecht nicht mehr ausgeübt habe, hat das Obergericht offen gelassen.
Die kantonalen Instanzen haben sich richtigerweise davon leiten lassen, dass das Besuchsrecht den Aufbau einer persönlichen Beziehung erlauben und insbesondere dem Kind ein Bild vom Elternteil, mit dem es nicht zusammenlebt, vermitteln soll, und dass eine solche Beziehung aus Gründen der Persönlichkeitsentwicklung des Kindes erwünscht ist (dazu <ref-ruling> E. 4a S. 235; Hegnauer, Grundriss des Kindesrechts,
5. Auflage, Bern 1999, Rz 19.02 ff.; derselbe, Berner Kommentar, N 53 ff. zu <ref-law>; Schwenzer, Basler Kommentar, N 6 zu <ref-law>; Meier/Stettler, Les effets de la filiation, Droit civil VI/2, Freiburg 1998, S. 110, Rz 238).
In Anbetracht dieser Ziele leuchtet ohne weiteres ein, dass Bezirks- und Obergericht dem Kläger ein Besuchsrecht nicht generell abgesprochen haben: Dem Kläger ist mit Ausnahme der Vernachlässigung der Unterhaltspflichten kein Verhalten zur Last gelegt worden, das das physische oder psychische Wohl seines Sohnes gefährden würde. Auch seine Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe steht nicht mit Handlungen im Zusammenhang, die Bedenken für den Umgang mit dem Kind erwecken müssten. Seine Krankheit und Krisensituation legen zwar nahe, das Besuchsrecht für eine gewisse Zeit auszusetzen. Es ist jedoch nicht ersichtlich, weshalb dieses gleich definitiv entzogen werden müsste. Nach den Feststellungen des Obergerichts muss eine Besserung nicht als ausgeschlossen erscheinen und ist der Kläger an einem Kontakt mit dem Sohn grundsätzlich interessiert. Die Beklagte weist freilich zu Recht darauf hin, dass C._ in zweieinhalb Jahren kaum soweit sein wird, dass er die problematische Persönlichkeit des Klägers aus Distanz wird beurteilen können und über eine entsprechende Kritikfähigkeit verfügen wird. Da es aber ohnehin nur um ein ziemlich eingeschränktes Besuchsrecht (von einem Tag im Monat) geht und dieses nach der (im Folgenden noch zu überprüfenden) Auffassung der Vorinstanz zudem unter Mitwirkung eines Erziehungsbeistandes auszuüben sein wird, sind an die persönliche Distanzierungs- und Kritikfähigkeit des Kindes nicht allzu hohe Anforderungen zu stellen. Aus dieser Sicht ist ein gänzlicher Ausschluss der Kontaktnahme jedenfalls nicht geboten.
5.- Bei der Festlegung des Umfangs des Besuchsrechts und der Einzelheiten seiner Ausübung steht dem Sachrichter ein Ermessen zu. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die kantonale Instanz von diesem einen falschen Gebrauch gemacht hat, d.h. wenn sie grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Umstände berücksichtigt hat, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht gelassen hat (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 55 f. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 6a S. 149 mit Hinweis).
a) Die Beklagte gibt zu bedenken, C._ habe sich langsamer entwickelt als andere Kinder und benötige nach wie vor eine Therapie; seine weiteren Fortschritte namentlich im sozialen Bereich seien weder planbar noch vorhersehbar; insbesondere werde die Einschulung möglicherweise verzögert.
b) Auch wenn die weitere persönliche und soziale Entwicklung des Kindes im Ungewissen liegt, erscheint die Aussetzung des Besuchsrechts für einen Zeitraum von zweieinhalb Jahren keineswegs als unangemessen. C._ wird zum festgelegten Zeitpunkt selbst dann zur Schule gehen und die damit verbundene Selbstständigkeit erlangt haben, wenn seine Einschulung um ein Jahr verzögert werden sollte. Ausserdem hat das Obergericht mit Recht darauf hingewiesen, dass die Beklagte oder die Vormundschaftsbehörde die Möglichkeit hätten, zur gegebenen Zeit auf eine weitere Beschränkung oder gar auf den Entzug des Besuchsrechts hinzuwirken, falls das Kindesinteresse es erheischen sollte.
Es ist ferner darauf hinzuweisen, dass C._ in dem für das Wiederaufleben des Besuchsrechts festgelegten Zeitpunkt das achte Altersjahr vollendet haben wird und deshalb nicht mehr viel Zeit zur Aufnahme einer persönlichen Beziehung zum leiblichen Vater verbleiben wird, zumal einem dem Kleinkindesalter entwachsenen Kind nicht zuzumuten ist, eine ihm völlig fremde Person als Vater zu akzeptieren und deren Besuche zu dulden (dazu <ref-ruling> E. 3e S. 26; Hegnauer, Kindesrecht, Rz 19.24). Weshalb die Entwicklung des Kindes geradezu gebieten sollte, das Besuchsrecht frühestens ab dem
13. Altersjahr zuzulassen, was - wie die Beklagte selbst einräumt - angesichts des eben Ausgeführten schon heute den definitiven Entzug bedeuten müsste, ist nicht dargetan.
c) Der Vorinstanz kann nach dem Gesagten keine fehlerhafte Ermessensausübung vorgeworfen werden, wenn sie die Aufnahme persönlicher Kontakte zum Kläger auf die Zeit nach Erlangen der Schulreife des Sohnes festgelegt hat. Der Kläger hat es so zu einem wesentlichen Teil selbst in der Hand, gleichsam im Sinne einer letzten Chance die erforderlichen Voraussetzungen zu schaffen, um eine persönliche Beziehung zu C._ herzustellen. Selbst wenn er eine Freiheitsstrafe von 15 Monaten sollte verbüssen müssen, erschiene der Beginn der Besuchsrechtsausübung im festgelegten Zeitraum aus heutiger Sicht nicht als ausgeschlossen.
6.- Den Auftrag an den schon durch die erste Instanz eingesetzten Erziehungsbeistand hat das Obergericht dahin umschrieben, dass er die am 1. September 2002 wieder auflebende scheidungsrichterliche Besuchsrechtsregelung adäquat vorzubereiten habe. Es hat den Erziehungsbeistand auch angewiesen, den Parteien und C._ schon vor dem erwähnten Datum helfend beizustehen und dem Kläger mit Bezug auf die Wahrung seiner Rechte gemäss <ref-law> sowie nach Wiederaufleben des Besuchsrechts beiden Parteien bei der geordneten Abwicklung des persönlichen Verkehrs behilflich zu sein (Dispositiv-Ziffer 3, zweiter Absatz, des angefochtenen Urteils).
a) Nach Auffassung der Beklagten ist die angeordnete Erziehungsbeistandschaft ungeeignet und mithin unverhältnismässig, weil sie keinen Erfolg zeitigen könne. Der Kläger sei nicht zur Zusammenarbeit bereit und nicht therapierbar. Ausserdem könne der Erziehungsbeistand mit ihm gar nicht in Kontakt treten, da sein Aufenthaltsort unbekannt sei. Die Beklagte bemerkt ferner, dass es für sie keines Beistands bedürfe und sie durch die von den kantonalen Instanzen angeordnete Massnahme bloss bestraft werde.
b) Ist das Wohl des Kindes gefährdet und schaffen die Eltern nicht von sich aus Abhilfe oder sind sie dazu nicht in der Lage, so ist ein Beistand einzusetzen, dem gegebenenfalls die Überwachung des persönlichen Verkehrs zwischen Eltern und Kind übertragen wird (Art. 307 Abs. 1 und <ref-law>; dazu auch <ref-ruling> E. 1 S. 372 ff.; Hegnauer, Kindesrecht, Rz 27.19 ff.; Breitschmid, Basler Kommentar, N 4 ff.
zu <ref-law>). Eine solche Massnahme ist namentlich dann zu treffen, wenn eine erhebliche Gefahr besteht, dass es bei Ausübung des Besuchsrechts zu ernsthaften Auseinandersetzungen kommt (<ref-ruling> E. 1 S. 374).
c) Es wäre realitätsfremd anzunehmen, der Kläger und C._ könnten ohne geeignete Beratung und Vorbereitung eine persönliche Beziehung zueinander aufnehmen und pflegen, nachdem eine solche während Jahren nicht zustande gekommen ist. Im Weiteren besteht Grund zur Annahme, dass bei der Ausübung des Besuchsrechts das Kindeswohl gefährdet sein könnte und die Schwierigkeiten zwischen den Parteien wieder auftreten könnten. Auch aus dieser Sicht ist eine geeignete Begleitung unumgänglich. Dass der Kläger überhaupt nicht zur Zusammenarbeit bereit sei, hat das Obergericht nicht festgestellt.
Zwar trifft zu, dass nicht bekannt ist, wo er sich derzeit aufhält, doch erfordert die Wiederaufnahme des Besuchsrechts nicht notwendigerweise eine schon in nächster Zeit beginnende Vorbereitung. Es lässt sich deshalb nicht sagen, die angeordnete Massnahme sei wegen des Untertauchens des Klägers ungeeignet. Unerheblich ist sodann, dass die Beklagte bei der Erziehung, Pflege und Therapie des Kindes keine Hilfe benötige. Entscheidend ist, ob dessen Wohl durch die Schwierigkeiten, die im Zusammenhang mit der Ausübung des Besuchsrechts auftreten könnten, als gefährdet erscheint, was nach dem Dargelegten zu bejahen ist. Damit ist zugleich gesagt, dass die Anordnung einer Erziehungsbeistandschaft in keiner Weise eine Bestrafung oder Stigmatisierung der Beklagten oder des Sohnes darstellt.
7.- Soweit auf die Berufung eingetreten werden kann, ist sie nach dem Ausgeführten abzuweisen. Die von der Beklagten beantragte Abänderung der Kostenregelung für die kantonalen Verfahren fällt damit von vornherein ausser Betracht (vgl.
Art. 157 OG). Sodann ist die Gerichtsgebühr für das bundesgerichtliche Verfahren grundsätzlich der Beklagten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Indessen erschien die Berufung nicht von vornherein als aussichtslos im Sinne von Art. 152 Abs. 1 OG, zumal es beim Entscheid über die Gestaltung der Elternrechte auch um Ermessensfragen geht, die nicht einfach zu beantworten sind. Angesichts der wirtschaftlichen Verhältnisse der Beklagten ist zudem davon auszugehen, dass die Voraussetzung der Bedürftigkeit erfüllt ist. Ihrem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist deshalb zu entsprechen, und es ist ihr in der Person ihrer Anwältin eine unentgeltliche Rechtsbeiständin beizugeben. Da keine Berufungsantwort eingeholt worden ist, steht dem Kläger von vornherein keine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts (I. Zivilkammer) des Kantons Zürich vom 16. März 2000 wird bestätigt.
2.- Das Gesuch der Beklagten um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren Rechtsanwältin lic. iur. Ursula Graf, Wetzikon, als Rechtsbeiständin beigegeben.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- wird der Beklagten auferlegt, einstweilen jedoch auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.- Rechtsanwältin lic. iur. Ursula Graf, Wetzikon, wird aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (I. Zivilkammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 29. Mai 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: