Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- In formeller Hinsicht wird unter Hinweis auf die lange Verfahrensdauer vor der Vorinstanz sinngemäss eine unzulässige Rechtsverzögerung geltend gemacht. Auf diese Rüge ist mangels eines schutzwürdigen aktuellen und praktischen Feststellungsinteresses nicht einzutreten (Art. 103 lit. a in Verbindung mit Art. 132 OG; vgl. <ref-ruling> Erw. 1 sowie SVR 1998 UV Nr. 11 S. 32 Erw. 5a und b mit Hinweisen auf Rechtsprechung und Lehre). Dasselbe gilt für den Einwand, der angefochtene Entscheid sei fälschlicherweise nicht dem Vertreter der Beschwerdeführerin, sondern dieser direkt zugestellt worden.
2.- Die Rekurskommission hat die gesetzlichen Bestimmungen über den Bezug von Kurzarbeitsentschädigung (Art. 31 Abs. 1 lit. b und d AVIG), insbesondere die Voraussetzungen der Anrechenbarkeit des Arbeitsausfalles gemäss <ref-law> (wirtschaftliche Gründe; Unvermeidbarkeit) sowie Art. 33 Abs. 1 lit. a und b AVIG (normales Betriebsrisiko; Branchen-, Berufs- oder Betriebsüblichkeit; saisonale Beschäftigungsschwankungen), zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
3.- Im vorinstanzlichen Beschwerdeverfahren gab das seco zur Begründung seiner ablehnenden Haltung bezüglich der Einführung von Kurzarbeit an, die fraglichen Arbeitsausfälle seien strukturell bedingt. Der Umstand, dass die Firma X._ AG nur noch mit Vorbehalt auf der Pflegeheimliste des Kantons Zürich figuriere, gehöre zum normalen Betriebsrisiko des Unternehmens. Die Erweiterung des medizinischen Betriebes durch ein Hotel, welches das bereits bestehende Tagungs- und Ausbildungszentrum ergänzen solle, stelle eine Ausweitung des bisherigen Leistungsangebotes dar. Die Gründe, die dazu geführt hätten, seien an dieser Stelle ohne Bedeutung, weil sie jedenfalls nicht wirtschaftlicher Art im Sinne von <ref-law> seien. Die Rekurskommission hat im Wesentlichen erwogen, das Gesundheitswesen sei auf Grund der rasant steigenden Kosten seit einigen Jahren im Umbruch und das neue Krankenversicherungsgesetz habe markante Veränderungen gebracht. Der allgemeine Strukturwandel, welcher in erster Linie für die rückläufige Bettenbelegung verantwortlich sei, wirke sich jedoch nicht nur im Betrieb der Beschwerdeführerin aus, sondern betreffe sämtliche in diesem Bereich tätigen Anbieter. Die behördliche Massnahme der nur beschränkten Aufnahme der Leistungserbringerin in die Pflegeheimliste des Kantons Zürich stehe dabei nicht im Vordergrund. Unwägbarkeiten bei Investitionen und Umstrukturierungen bildeten das klassische Unternehmerrisiko. Die aus der Erweiterung des medizinischen Betriebes um ein Hotel resultierenden Arbeitsausfälle seien die Folge einer erforderlichen Strukturanpassung, weshalb dafür keine Kurzarbeitsentschädigung zu gewähren sei.
4.- a) Soweit Rekurskommission und seco davon ausgehen, für die in Frage stehenden Arbeitsausfälle entfalle ein Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung, weil sie strukturell bedingt seien, kann ihnen nicht gefolgt werden.
Vorrangiges Ziel der Kurzarbeitsentschädigung bildet nebst der Ausrichtung des Erwerbsersatzes (<ref-law>) die Verhütung von Arbeitslosigkeit durch die Erhaltung von Arbeitsplätzen (<ref-law>; <ref-ruling> mit Hinweisen; vgl. ferner <ref-ruling> ff. sowie die bundesrätliche Botschaft zum AVIG vom 2. Juli 1980, BBl 1980 III 501, 531). Dass dieses Ziel unter einem grundsätzlichen strukturpolitischen Vorbehalt stünde, geht aus dem Gesetz und seiner Entstehungsgeschichte nicht hervor. Auch soweit <ref-law> für die Anrechenbarkeit des Arbeitsausfalles "wirtschaftliche Gründe" voraussetzt, kann darin keine Ausgrenzung struktureller Gesichtspunkte erblickt werden. Vielmehr erfasst jener in der Praxis weit ausgelegte Begriff (vgl. ARV 1996/97 Nr. 40 S. 222 Erw. 2a, 1989 Nr. 12 S. 122 Erw. 2a, 1987 Nr. 8 S. 83 Erw. 2b mit Hinweisen; SVR 1998 ALV Nr. 9 S. 27 Erw. 3a) sowohl konjunkturelle als auch strukturelle Gründe (ARV 2000 Nr. 10 S. 56 Erw. 4a), wie auch im Schrifttum zu Recht ausgeführt wird (Nussbaumer, Arbeitslosenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, S. 151 N 392, Gerhards, Kommentar zum Arbeitslosenversicherungsgesetz, Bd. 1, Bern 1987, N 41 f. zu Art. 32-33; a.M. Stauffer, Die Kurzarbeitsentschädigung, in: SJZ 81/1985 S. 177 f.). Abgesehen davon, dass die Organe der Arbeitslosenversicherung und die beurteilenden Gerichte gleichermassen überfordert wären, wenn sie im Einzelfall zwischen den beiden ohnehin kaum trennbaren, sich mitunter gar überlappenden Aspekten zu unterscheiden hätten (vgl. <ref-ruling> f. Erw. 4a), erwiese sich der generelle Ausschluss strukturell bedingter Arbeitsausfälle von der Kurzarbeitsentschädigung auch in sozialer Hinsicht als fragwürdig (SVR 1998 ALV Nr. 9 S. 28 Erw. 3a; Nussbaumer, a.a.O., S. 151 N 392). Dies soll nicht heissen, dass strukturellen Mängeln im Bereich der Kurzarbeitsentschädigung jede Bedeutung abzusprechen wäre. Dem stünden nicht nur die Erfordernisse dervorübergehendenDauer(Art. 31Abs. 1lit. dAVIG)undderUnvermeidbarkeitdesArbeitsausfalles(Art. 32Abs. 1lit. a AVIG), sondern auch die Begrenzung der Anspruchsdauer (<ref-law>) entgegen, in welchem Rahmen ausgebliebenen Reformen angemessen Rechnung getragen werden kann, soweit sie geboten und möglich gewesen wären.
Vorliegend hat sich die Beschwerdeführerin auf Grund der neuen Situation im Zusammenhang mit dem am 1. Januar 1996 in Kraft getretenen Bundesgesetz vom 18. März 1994 über die Krankenversicherung (KVG), namentlich wegen des sich daraus ergebenden verstärkten Konkurrenzkampfes im Pflegebereich, und zufolge der Unsicherheiten bezüglich der Aufnahme in die provisorische Pflegeheimliste des Kantons Zürich, für eine Diversifizierung ihres Betriebes entschieden. Mit Blick auf die dargelegte Rechtsprechung ist ihr beizupflichten, dass die Anpassung ihres Betriebes an die veränderten gesundheitspolitischen Rahmenbedingungen und die neuen Erfordernisse am Markt auf Gründe zurückzuführen sind, welche von <ref-law> erfasst werden. Die Frage, ob die geltend gemachten Arbeitsausfälle allenfalls auf behördlichen Massnahmen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) beruhen könnten, erübrigt sich demnach.
b) Der Strukturwandel im Gesundheitswesen, die damit zusammenhängende Verschärfung des Konkurrenzkampfes unter den Leistungserbringern sowie die Tatsache, dass der Kanton Zürich den Geriatriebereich kantonsintern vergrösserte und deshalb die Beschwerdeführerin schliesslich nur mit Vorbehalt in ihre provisorische Pflegeheimliste aufgenommen hat, veranlassten die Beschwerdeführerin, ihre Institution für ein breiteres Publikum zu öffnen. Die Ursachen, welche Anlass zur Umgestaltung des Restaurantbetriebes in ein Hotel gaben, sind auf Grund ihres kombinierten Auftretens als aussergewöhnlich einzustufen. Durch das nicht vorhersehbare Zusammentreffen der erwähnten Umstände war die Leistungserbringerin anfangs 1998 in ihrem Wirkungskreis in besonderer Weise betroffen, weshalb die fraglichen Arbeitsausfälle weder als branchenüblich qualifiziert noch dem normalen Betriebsrisiko zugeschrieben werden können. Schliesslich steht ausser Frage, dass die Arbeitnehmer die Voraussetzungen gemäss Art. 31 Abs. 1 lit. a und c AVIG erfüllen. Ebenso bestehen keine konkreten Anhaltspunkte dafür, dass der betreffende Ausfall voraussichtlich nicht bloss vorübergehender Natur sein könnte (vgl. <ref-ruling> f. Erw. 2a mit Hinweisen), weshalb Anspruch auf Ausrichtung einer Kurzarbeitsentschädigung für die gemeldeten Arbeitsausfälle in der Zeit vom 9. Februar bis 8. Mai 1998 besteht.
5.- Im vorliegenden Verfahren geht es um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen, weshalb von der Auferlegung von Gerichtskosten abzusehen ist (Art. 134 OG). Dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses entsprechend steht der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu Lasten des seco, das gegen die zutreffende Verfügung des AWA Beschwerde erhoben hatte, zu (Art. 135 in
Verbindung mit Art. 159 OG).
Angesichts des Ausganges des vorinstanzlichen Verfahrens hat die Rekurskommission keine Parteientschädigung zugesprochen. Weil auf dem Gebiet der Arbeitslosenversicherung kein bundesrechtlicher Anspruch auf Parteientschädigung für das erstinstanzliche Verfahren besteht (vgl. <ref-law>), ist davon abzusehen, die Akten zum allfälligen Entscheid über eine Parteientschädigung der Rekurskommission zuzustellen. Hingegen ist es der letztinstanzlich obsiegenden Beschwerdeführerin unbenommen, mit Blick auf den Ausgang des Prozesses vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht bei der Vorinstanz einen entsprechenden Antrag zu stellen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf einzutreten ist, wird der Entscheid der
Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung vom 3. Juni 1999 aufgehoben.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Staatssekretariat für Wirtschaft hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, der Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung und dem Amt für Wirtschaft und Arbeit, Abteilung Arbeitslosenkasse, Frauenfeld, zugestellt.
Luzern, 11. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: