Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 25. Februar 2009 stellte die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) die S._ (geboren 1960) für die Folgen des am 29. September 2006 erlittenen Verkehrsunfalls, bei dem sie als Lenkerin eines Personenwagens mit einem auf ihrer Fahrspur entgegenkommenden Fahrzeug seitlich kollidierte, bis anhin erbrachten Versicherungsleistungen (Heilbehandlung und Taggeld) per 31. März 2009 ein. Die SUVA sprach der Versicherten nach Abklärungen in erwerblicher und medizinischer Hinsicht für die Restfolgen des Unfalls mit Wirkung ab 1. April 2009 zudem auf der Grundlage eines Invaliditätsgrades von 12 % eine Invalidenrente sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 15 % zu (Verfügung vom 3. März 2009). Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 29. Juni 2009 fest.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 1. September 2010, soweit es darauf eintrat, insofern teilweise gut, als es der Versicherten ab 1. April 2009 auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 35 % eine Rente der Unfallversicherung zusprach. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. Die SUVA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid des Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen vom 1. September 2010 sei im Rentenpunkt sowie bezüglich der zugesprochenen Parteientschädigung im Umfang von Fr. 3'000.- aufzuheben.
S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, während das Versicherungsgericht und das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichten.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_277/2009 vom 19. Juni 2009 E. 1). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Ist eine versicherte Person infolge des Unfalles mindestens zu 10 Prozent invalid, so hat sie gemäss Art. 18 Abs. 1 UVG Anspruch auf eine Invalidenrente. Zur Bestimmung des Invaliditätsgrades wird gemäss Art. 16 ATSG das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der unfallbedingten Invalidität und nach Durchführung allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte (sog. Invalideneinkommen), in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (sog. Valideneinkommen).
2. 2.1 Ist eine versicherte Person infolge des Unfalles mindestens zu 10 Prozent invalid, so hat sie gemäss Art. 18 Abs. 1 UVG Anspruch auf eine Invalidenrente. Zur Bestimmung des Invaliditätsgrades wird gemäss Art. 16 ATSG das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der unfallbedingten Invalidität und nach Durchführung allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte (sog. Invalideneinkommen), in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (sog. Valideneinkommen).
2.2 2.2.1 Für die Festsetzung des Invalideneinkommens ist nach der Rechtsprechung primär von der beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, in welcher die versicherte Person konkret steht. Übt sie nach Eintritt der Invalidität eine Erwerbstätigkeit aus, bei der - kumulativ - besonders stabile Arbeitsverhältnisse gegeben sind und anzunehmen ist, dass sie die ihr verbleibende Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, und erscheint zudem das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn, gilt grundsätzlich der tatsächlich erzielte Verdienst als Invalidenlohn. Ist kein solches tatsächlich erzieltes Erwerbseinkommen gegeben, namentlich weil die versicherte Person nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine oder jedenfalls keine ihr an sich zumutbare neue Erwerbstätigkeit aufgenommen hat, so können nach der Rechtsprechung entweder Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik periodisch herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE) oder die von der SUVA geführte Dokumentation von Arbeitsplätzen (DAP-Zahlen) herangezogen werden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen).
2.2.2 Unter dem Valideneinkommen ist rechtsprechungsgemäss jenes Einkommen zu verstehen, welches die versicherte Person im Zeitpunkt des Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich erzielen würde. Die Einkommensermittlung hat so konkret wie möglich zu erfolgen. Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da es empirischer Erfahrung entspricht, dass die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224; Urteil 8C_530/2009 vom 1. Dezember 2009 E. 7.2 mit Hinweisen).
2.2.2.1 Konnte eine versicherte Person wegen einer Invalidität, welche die Folge eines versicherten Unfalles ist, eine nachweislich geplante und ihren Fähigkeiten entsprechende berufliche Ausbildung nicht aufnehmen oder eine begonnene Ausbildung nicht abschliessen, so ist für die Bestimmung des Invaliditätsgrades dasjenige Erwerbseinkommen massgebend, das sie ohne die Invalidität in jenem Beruf erzielen könnte (Art. 18 Abs. 2 UVG in Verbindung mit Art. 28 Abs. 1 UVV).
2.2.2.2 Für die Annahme einer mutmasslichen beruflichen Weiterentwicklung wird der Nachweis konkreter Anzeichen dafür verlangt, dass die versicherte Person einen beruflichen Aufstieg und ein entsprechend höheres Einkommen auch tatsächlich realisiert hätte, wenn sie nicht invalid geworden wäre. Im Rahmen der erstmaligen Rentenfestsetzung genügen blosse Absichtserklärungen der versicherten Person regelmässig nicht. Vielmehr muss die Absicht, beruflich weiterzukommen, bereits durch konkrete Schritte kundgetan worden sein (Kursbesuche, Aufnahme eines Studiums, Ablegung von Prüfungen etc.; <ref-ruling>; Urteile U 87/05 vom 13. September 2005 E. 2.1.2, in: RKUV 2006 Nr. U 568 S. 65, und U 340/04 vom 9. März 2005 E. 2.2, in: RKUV 2005 Nr. U 554 S. 315). Indizien für eine berufliche Weiterentwicklung müssen grundsätzlich auch bei jungen Versicherten in Form von Anhaltspunkten bereits bei Eintritt des Gesundheitsschadens konkret vorhanden sein (Urteile 8C_530/2009 vom 1. Dezember 2009 E. 7.2 und 8C_550/2009 vom 12. November 2009 E. 4.1, je mit Hinweisen).
3. 3.1 Hinsichtlich der zu prüfenden Höhe der Invalidenrente ist unbestritten, dass einzig die objektivierbare Schwindelproblematik als unfallkausale Restfolge rentenbegründend wirken kann, da die übrigen geklagten Beschwerden (Kopfschmerzen, Müdigkeit und Konzentrationsschwierigkeiten) nicht adäquat kausal auf den erlittenen Unfall zurückzuführen sind.
3.2 Während Vorinstanz und Beschwerdegegnerin der Ansicht sind, dass die Versicherte die verbleibende Arbeitsfähigkeit mit ihrer ausgeübten Tätigkeit als Sekretärin bei der Firma K._ AG mit Betreuung der Telefonzentrale und des Empfangs sowie weiteren Administrationsaufgaben im Umfang von 70 % voll ausschöpft, stellt sich die beschwerdeführende SUVA auf den Standpunkt, insbesondere gestützt auf die Zumutbarkeitsbeurteilung des Dr. med. G._, SUVA, Abteilung Arbeitsmedizin, Facharzt FMH für Ohren, Nasen- und Halskrankheiten, Hals- und Gesichtschirurgie, Allergologie, klinische Immunologie und Arbeitsmedizin, vom 9. Februar 2009, seien ihr unter Berücksichtigung der unfallkausalen zervikogenen Schwindelbeschwerden sowohl eine stehende, als auch eine sitzende Tätigkeit ohne Heben und Tragen von Gewichten von mehr als 5 kg (in der Ebene) in einem vollen Pensum ohne Leistungseinschränkung zumutbar. Leichte Tätigkeiten mit einer weitergehenden körperlichen Belastung (z.b. Heben und Tragen von mehr als 5 kg) seien in reduziertem Umfang von 70 % zumutbar. Selbst die ausgeübte (stehend und sitzend zu bewältigende) Sekretariatsarbeit mit zum Teil gehenden Verrichtungen ohne zusätzliche physische Belastungen, sei ihr gestützt auf den Stellenbeschrieb der Arbeitgeberin vollständig zumutbar, was zu einer Verneinung des Rentenanspruchs führe.
3.3 Die Parteien sind sich einig, dass grundsätzlich auf das Zumutbarkeitsprofil, das Dr. med. G._ in seiner ärztlichen Beurteilung vom 9. Februar 2009 umschrieb, abzustellen ist. Er hielt darin sämtliche sitzenden und stehenden Arbeiten, ausser Tätigkeiten mit erhöhter Absturzgefahr bzw. auf ungesicherten Gerüsten oder an schnell rotierenden Maschinen, für zumutbar, wobei eine Tätigkeit im Sitzen ganztags bei voller Leistungsfähigkeit zumutbar sei. Voll zumutbar sei zudem das Treppensteigen (mit Handlauf) sowie das Heben und Tragen von Gewichten bis 5 kg in der Ebene. Eine Tätigkeit mit leichten körperlichen Anstrengungen hingegen müsste durch vermehrte und verlängerte Pausen unterbrochen werden, so dass mit einer zeitlichen Einschränkung von 30 % zu rechnen sei. Grundsätzlich handle es sich bei der Bildschirmtätigkeit um eine sitzende Tätigkeit, die voll zugemutet werden könne.
3.4 Die Vorinstanz ging davon aus, dass es sich bei den anfallenden Arbeiten am bisherigen Arbeitsplatz der Versicherten - was ebenso in der Beschwerdeantwort geltend gemacht wird - um solche mit leichten körperlichen Anstrengungen handeln würde, da die Beschwerdegegnerin unter anderem auch mehrmals täglich Kunden vom Empfang im Erdgeschoss in das Sitzungszimmer im ersten Stock, in die Cafeteria im zweiten Stock oder in das Sitzungszimmer im dritten Stock begleiten müsse. Gäste würden von ihr auf allen Etagen mehrmals täglich mit Kaffee, den sie im zweiten Stock abhole, bewirtet, wobei sie anschliessend den Abwasch besorge. Zudem würde sie Kunden am Schalter bedienen und Unterlagen entgegennehmen sowie mehrmals täglich vom Arbeitsplatz aufstehen, um an den Schwarz-weiss-Drucker im Erdgeschoss oder den Farb-Drucker im ersten und zweiten Stock zu gelangen.
3.4 Die Vorinstanz ging davon aus, dass es sich bei den anfallenden Arbeiten am bisherigen Arbeitsplatz der Versicherten - was ebenso in der Beschwerdeantwort geltend gemacht wird - um solche mit leichten körperlichen Anstrengungen handeln würde, da die Beschwerdegegnerin unter anderem auch mehrmals täglich Kunden vom Empfang im Erdgeschoss in das Sitzungszimmer im ersten Stock, in die Cafeteria im zweiten Stock oder in das Sitzungszimmer im dritten Stock begleiten müsse. Gäste würden von ihr auf allen Etagen mehrmals täglich mit Kaffee, den sie im zweiten Stock abhole, bewirtet, wobei sie anschliessend den Abwasch besorge. Zudem würde sie Kunden am Schalter bedienen und Unterlagen entgegennehmen sowie mehrmals täglich vom Arbeitsplatz aufstehen, um an den Schwarz-weiss-Drucker im Erdgeschoss oder den Farb-Drucker im ersten und zweiten Stock zu gelangen.
3.5 3.5.1 Mit dem kantonalen Gericht ist festzustellen, dass Dr. med. G._ anlässlich seiner Untersuchungen vom 5. Dezember 2007 und 13. August 2008 festhielt, die bisher ausgeübte Tätigkeit als Sekretärin sei im (tatsächlich ausgeübten) reduzierten Umfang von 70 % zumutbar. Er äusserte sich aber nicht zur zumutbaren Restarbeitsfähigkeit in einer leidensadaptierten Tätigkeit und führte aus, der weitere Verlauf werde zeigen, ob die Arbeitsfähigkeit gesteigert werden könne. Eine abschliessende Stellungnahme zur zumutbaren Arbeitsfähigkeit in der bisher ausgeübten wie in einer leidensangepassten Tätigkeit liegt demnach erst mit seiner ärztlichen Beurteilung vom 9. Februar 2009 vor. Dieser Einschätzung lässt sich jedoch nicht entnehmen, dass der Versicherten die ausgeübte Tätigkeit bei der Firma K._ AG lediglich im Umfang von 70 % zumutbar ist und sie dadurch die verbleibende Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft. Entgegen den Darlegungen im angefochtenen Entscheid entspricht dies auch nicht sinngemäss der Einschätzung des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) der Invalidenversicherung vom 5. Februar 2009, worin die Arbeitsfähigkeitsschätzung des Dr. med. G._ insofern ungenau und unvollständig wiedergegeben wurde, als von einer generellen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit als kaufmännische Angestellte um 30 % ausgegangen wird (vgl. E. 3.3 hievor). Der Beschwerdegegnerin sind vielmehr sämtliche sitzende und stehende Tätigkeiten sowie das Treppensteigen, sofern ein Geländer vorhanden ist, ganztags mit voller Leistungsfähigkeit zumutbar, wie auch das Tragen von Gewichten bis 5 kg auf der Ebene, was sich mit dem umschriebenen Tätigkeitsfeld bei der K._ AG vereinbaren lässt, zumal die Abwechslung zwischen Sitzen und Gehen von der Versicherten selbst als positiv beschrieben wird. Daran ändert das gelegentliche Gehen im Gebäude nichts, da damit keine weiteren körperlichen Anstrengungen verbunden sind. Hinzu kommt, dass der von der Beschwerdegegnerin (subjektiv) festgestellte Leistungsabfall nachmittags durch nachlassende Konzentration und stark zunehmendes Kopfweh begründet wurde und nebst dem Schwindel auch Müdigkeit, rasche Erschöpfung bei Belastung sowie die genannte nachlassende Konzentrationsfähigkeit als Gründe für die Unmöglichkeit einer Leistungssteigerung aufgeführt wurden (SUVA-Bericht vom 27. März 2008). Mit den geltend gemachten Beschwerden wie Kopfweh, mangelnde Konzentrationsfähigkeit sowie Müdigkeit liegen hingegen - wie bereits dargelegt - keine adäquat kausalen Unfallfolgen vor, weshalb sie bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit ausser Acht zu bleiben haben. Gemäss den Angaben der Versicherten anlässlich der fachärztlichen Untersuchung durch Dr. med. G._ vom 14. August 2008 hat sie zudem beim Gehen meistens keine Beschwerden und die Schwindelbeschwerden treten insbesondere bei brüsken Kopfbewegungen oder beim Abliegen auf.
3.5.2 Damit ist der Versicherten die bisher ausgeübte Tätigkeit bei der Firma K._ AG, aber ebenfalls jede andere leidensangepasste, sitzende oder stehende Tätigkeit mit einem vollen Pensum zumutbar, weshalb die SUVA sinnvollerweise Massnahmen zur leidensadaptierten Ausgestaltung des bestehenden Arbeitsplatzes unterstützte, nachdem auch arbeitgeberseitig das Ziel der Ausübung eines 100%igen Pensums formuliert wurde (Besprechung vom 7. September 2007). Ein Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben kann darin, entgegen des Einwands der Beschwerdegegnerin, nicht erblickt werden.
3.6 Entspricht die teilzeitlich ausgeübte Sekretariats-/Empfangstätigkeit nach dem Gesagten nicht einer zumutbaren, d.h. die Restarbeitsfähigkeit bestmöglich verwertenden Leistung, sind - wie erwähnt - Tabellenlöhne oder die DAP-Zahlen beizuziehen. Die SUVA hat dabei korrekterweise den für den gesamten privaten Sektor eruierten Totalwert für Frauen bei Arbeiten mit Anforderungsniveau 3 gemäss Tabelle TA 1 der LSE 2006 als massgebend betrachtet, welcher bei Fr. 59'424.- (12 x Fr. 4'952.-) liegt und hochgerechnet auf das Jahr 2009 bei einer betriebsüblichen wöchentlichen Arbeitszeit von 41,7 Wochenstunden (die Volkswirtschaft 2010, Heft 10, S. 94, Tabelle B 9.2) und einer Nominallohnentwicklung (2007: 1,5 %, 2008: 1,8 % und 2009: 2,1 %; gemäss Bundesamt für Statistik, T.1.2.93 Nominallohnindex Frauen 2006-2009, Total, Website: www.bfs.admin.ch) sowie unter Berücksichtigung eines Leidensabzuges von 15 % Fr. 55'552.- ausmacht.
3.7 Mit Bezug auf das Valideneinkommen gingen SUVA und Vorinstanz richtigerweise (gemäss Bestätigung der Arbeitgeberin vom 18. Dezember 2008) von einem hypothetischen Jahresverdienst von Fr. 62'765.- aus, welcher unbestrittenermassen den im Oktober 2005 begonnenen und unfallbedingt, nach Anmeldung zum dritten Semester abgebrochenen Lehrgang "Sachbearbeiter/in Rechnungswesen" einschliesst. Für die Annahme, dass die Beschwerdegegnerin ohne den erlittenen Unfall zusätzlich die Weiterbildung zur Fachfrau Finanz- und Rechnungswesen (mit eidg. Fachausweis) absolviert hätte, fehlen - auch unter Berücksichtigung der Stellungnahme des Leiters Weiterbildung am Weiterbildungszentrum R._ vom 26. Oktober 2010 (recte: 2009) - greifbare Anhaltspunkte. Dieser führte lediglich aus, dass die Versicherte beim besuchten Lehrgang überdurchschnittlich gute Noten erzielt habe und dass etwa 20 % der Absolventinnen dieses Lehrgangs gleich anschliessend oder später die Ausbildung zur Fachfrau Finanz- und Rechnungswesen beginnen würden, wobei er ihre Chancen für einen erfolgreichen Abschluss dieser Weiterbildung als gut bis sehr gut einschätzte. Die von der Beschwerdeführerin vorgenommene Ermittlung des Valideneinkommens ist damit rechtens.
3.8 Die Gegenüberstellung der beiden Vergleichseinkommen (Valideneinkommen: Fr. 62'725.-; Invalideneinkommen Fr. 55'552.-) ergibt die von der SUVA ermittelte Erwerbseinbusse von gerundet 12 %. Die Beschwerde ist begründet.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten von der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 1. September 2010 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Dezember 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla