Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1953) leidet an einer schweren bipolaren affektiven Störung. Er beging zwei Selbstmordversuche und wurde wiederholt stationär behandelt. Am 1. Juli 2004 trat er dem Verein "Dignitas" bei und bat diesen am 8. November 2004, für ihn eine Freitodbegleitung in die Wege zu leiten, da er sein Leben aufgrund der nur schwer behandelbaren Krankheit als nicht mehr menschenwürdig erachte. Da für die hierzu erforderlichen 15 Gramm Natrium-Pentobarbital kein ärztliches Rezept erhältlich gemacht werden konnte, gelangte er am 8. Juni 2005 mit dem Antrag an mehrere Instanzen, es sei ihm zu bewilligen, über den Verein "Dignitas" ohne Vorlage einer ärztlichen Verschreibung 15 Gramm dieses Stoffes zu beziehen. Er begründete sein Ersuchen jeweils damit, dass er als handlungsfähiger Mensch einen Anspruch darauf habe, sein eigenes Leben risiko- und schmerzfrei sowie ohne Gefahren für Dritte beenden zu können.
B. B.a Sowohl das Bundesamt für Gesundheit (BAG) als auch die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich wiesen das Gesuch am 20. Juli bzw. am 3. August 2005 ab. Beide Behörden gingen davon aus, dass Natrium-Pentobarbital ein abhängigkeitserzeugender psychotroper Stoff sei, der in Apotheken nur auf ärztliche oder tierärztliche Verschreibung hin abgegeben werden dürfe; aus Art. 8 EMRK ergebe sich nichts anderes: Diese Bestimmung umfasse keine positive Verpflichtung des Staates, für die risiko- und schmerzfreie Durchführung eines Suizids zu sorgen.
B.b Gegen den Entscheid des Bundesamts für Gesundheit gelangte X._ an das Eidgenössische Departement des Innern, welches am 20. Dezember 2005 auf seine Beschwerde nicht eintrat. Es erwog, dass Natrium-Pentobarbital nur auf ärztliche Verschreibung hin ausgehändigt werden dürfe; eine Notfallsituation, in welcher der Apotheker ein verschreibungspflichtiges Heilmittel ausnahmsweise auch ohne ärztliches Rezept abgeben dürfe, liege nicht vor. Da nur der Arzt das Recht habe, über die Verschreibung zu entscheiden, sei das Bundesamt für Gesundheit nicht befugt, eine Apotheke anzuhalten, Natrium-Pentobarbital abzugeben, weshalb "mangels Zuständigkeit des BAG" auf die Beschwerde nicht eingetreten werden könne.
B.c Gegen den Entscheid der Gesundheitsdirektion gelangte X._ am 1. September 2005 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches seine Beschwerde am 17. November 2005 abwies. Zur Begründung hielt das Gericht fest, dass sich die Ablehnung des Gesuchs, ohne Vorlage eines ärztlichen Rezepts in einer Apotheke 15 Gramm Natrium-Pentobarbital beziehen zu können, auf eine klare (bundesrechtliche) Gesetzesgrundlage stütze, welche nicht im Widerspruch zu Art. 8 EMRK stehe. Wie sich aus verschiedenen Fachbeiträgen ergebe, seien die mit der Suizidbeihilfe verbundenen Fragen aus rechtlicher, ethischer und psychiatrischer Sicht komplex und die Auffassungen kontrovers. Bei dieser Sachlage sowie angesichts der klaren gesetzlichen Grundlage und des heutigen Stands der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte zu Art. 8 EMRK biete auch "die vom Beschwerdeführer verfochtene Anknüpfung an den konstitutiv-institutionellen Charakter dieser von ihm angerufenen Garantie [...] keine hinreichende Grundlage, um hieraus einen Anspruch darauf abzuleiten, dass ein Suizidwilliger unter Beizug einer Sterbehilfeorganisation ohne ärztliches Rezept und ohne ärztliche Untersuchung eine tödliche Dosis von Natrium-Pentobarbital beziehen" dürfe. Der Entscheid zu dieser Frage müsse letztlich dem Gesetzgeber vorbehalten bleiben.
C. Gegen die Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich und des Eidgenössischen Departements des Innern hat X._ am 25. bzw. 31. Januar 2006 beim Bundesgericht je eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht (2A.48/2006 bzw. 2A.66/2006). Er beantragt, den jeweils angefochtenen Entscheid aufzuheben, den geltend gemachten Anspruch auf kontrollierten Zugang zu 15 Gramm Natrium-Pentobarbital ohne ärztliches Rezept zum Zweck des eigenen begleiteten Suizids zu bejahen und festzustellen, dass der Verein "Dignitas" berechtigt sei, hierfür bei einer Apotheke seiner Wahl 15 Gramm Natrium-Pentobarbital ohne Vorlage eines ärztlichen Rezepts zu beziehen, zu lagern und ihm unter Aufsicht zur Einnahme auszuhändigen; der Verein sei zu verpflichten, diese Dosis lediglich für seinen Suizid einzusetzen; eventuell seien die Vorinstanzen anzuweisen, in geeigneter (anderer) Form dafür zu sorgen, dass der entsprechende Anspruch in einer Apotheke geltend gemacht werden könne.
Das Eidgenössische Departement des Innern, das Verwaltungsgericht und die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerden abzuweisen bzw. abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Das Bundesgericht führte am 27. Oktober 2006 auf Antrag von X._ eine parteiöffentliche Verhandlung durch, an der er und seine Rechtsvertreter zu Wort kamen. Die anwesenden Behördenvertreter verzichteten unter Hinweis auf ihre schriftlichen Darlegungen auf weitere Ausführungen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Eingaben des Beschwerdeführers richten sich gegen zwei verschiedene Entscheide, stehen jedoch in einem engen sachlichen und prozessualen Zusammenhang. Der Beschwerdeführer stellt in beiden Beschwerden die gleichen Anträge; im Übrigen decken sich seine Begründungen weitgehend. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren in sinngemässer Anwendung von <ref-law> (in Verbindung mit Art. 40 OG) zusammenzufassen und durch ein einziges Urteil zu erledigen (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 394).
2. 2.1 Nach Art. 97 ff. OG ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Verfügungen im Sinne von <ref-law> zulässig, die von einer der in Art. 98 OG genannten Vorinstanzen ausgehen, sofern kein Ausschlussgrund gemäss Art. 99 - 102 OG vorliegt. Die angefochtenen Entscheide beruhen auf Bundesrecht, nämlich dem Betäubungsmittelgesetz und seinen Verordnungen (Bundesgesetz vom 3. Oktober 1951 bzw. Verordnung vom 29. Mai 1996 über die Betäubungsmittel und die psychotropen Stoffe [BetmG/BetmV], SR 812.121 bzw. 812.121.1; Verordnung vom 12. Dezember 1996 des Schweizerischen Heilmittelinstituts über die Betäubungsmittel und psychotropen Stoffe [BetmV-Swissmedic], SR 812.121.2) sowie dem Heilmittelgesetz (Bundesgesetz vom 15. Dezember 2000 über Arzneimittel und Medizinprodukte [HMG], SR 812.21). Sie wurden von einem eidgenössischen Departement bzw. einer letzten kantonalen Instanz gefällt, d.h. von Behörden im Sinne von Art. 98 lit. b und lit. g OG. Ein Ausschlussgrund nach Art. 99 - 102 OG besteht nicht. Auf die frist- (vgl. Art. 106 OG) und formgerecht (Art. 108 OG) eingereichten Eingaben des durch die Abweisung seines Gesuchs in eigenen Interessen betroffenen Beschwerdeführers (Art. 103 lit. a OG) ist einzutreten.
2.2 Der Beschwerdeführer stellt - wie er dies bereits erfolglos vor dem Verwaltungsgericht getan hat - in beiden Verfahren den Antrag, es sei eine (partei-)öffentliche Verhandlung durchzuführen. Er beruft sich hierzu auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK (Streitigkeit über einen zivilrechtlichen Anspruch). Ob diese Bestimmung vorliegend tatsächlich zur Anwendung gelangt (vgl. zum Geltungsbereich von Art. 6 EMRK: <ref-ruling> E. 2.4 - 2.9, 12 E. 1.2; <ref-ruling> E. 5; <ref-ruling> E. 2.2 - 2.4; <ref-ruling> E. 5 - 8), kann dahin gestellt bleiben; ein allfälliger diesbezüglicher verfahrensrechtlicher Anspruch hat als durch die vorliegenden Verfahren erfüllt zu gelten (vgl. zur Heilung von Verfahrensmängeln: <ref-ruling> E. 2e S. 373 f.; <ref-ruling> E. 2d S. 138; <ref-ruling> E. 4 S. 87): Dem Beschwerdeführer wurde am 27. Oktober 2006 antragsgemäss - mit Blick auf den Schutz seiner Persönlichkeit unter Ausschluss der Öffentlichkeit (vgl. Art. 6 Ziff. 1 Satz 2 EMRK) - Gelegenheit gegeben, sich vor Bundesgericht mündlich zu äussern; im Folgenden werden die von ihm aufgeworfenen Probleme mit der gleichen Kognition geprüft, wie sie dem Verwaltungsgericht zugekommen ist, nachdem sich reine Rechts- und keine Sachverhaltsfragen mehr stellen (vgl. Art. 105 Abs. 2 OG). Den Erfordernissen von Art. 6 Ziff. 1 EMRK ist damit Genüge getan: Das Urteilsdispositiv und die Urteilsbegründung werden öffentlich zugänglich gemacht (vgl. zur bundesgerichtlichen Verkündigungs- und Publikationspraxis das Urteil 4P.74/2006 vom 19. Juni 2006, E. 8, sowie Paul Tschümperlin, Öffentlichkeit der Entscheidungen und Publikationspraxis des Schweizerischen Bundesgerichts, in: SJZ 99/2003, S. 265 ff.). Die entsprechende Konventionsbestimmung umfasst keine öffentliche Urteilsberatung (<ref-ruling> E. 2c S. 51); eine solche erübrigt sich auch im Hinblick auf Art. 17 OG, da das vorliegende Urteil einstimmig ergeht und keiner der beteiligten Richter eine mündliche Beratung verlangt hat (vgl. Art. 36b OG). Der Fall ist gestützt auf die vorliegenden Unterlagen spruchreif; weitere Abklärungen sind nicht erforderlich, nachdem der Beschwerdeführer - wie zu zeigen sein wird unabhängig von der Frage seiner Urteilsfähigkeit - keinen Anspruch darauf besitzt, dass ihm für den beabsichtigten begleiteten Suizid rezeptfrei Natrium-Pentobarbital abgegeben wird.
3. 3.1 Das Eidgenössische Departement des Innern ist auf die bei ihm eingereichte Beschwerde nicht eingetreten. Es begründete dies damit, dass das Bundesamt für Gesundheit zur Beurteilung des Gesuchs unzuständig gewesen sei. Mit der vom Beschwerdeführer verlangten Anweisung zur Abgabe von NaP ohne ärztliche Verschreibung würde das BAG das Legalitätsprinzip verletzen. Mangels Zuständigkeit des Bundesamts, im vorliegenden Zusammenhang Ärzten Anweisungen zu erteilen und damit in die kantonalen Aufsichtsbefugnisse über diese einzugreifen, sei auf die Beschwerde nicht einzutreten (E. 5 des Entscheids vom 20. Dezember 2005).
3.2 Der Beschwerdeführer beanstandet diese Ausführungen im Resultat zu Unrecht: Das Bundesamt für Gesundheit hat sein Gesuch am 20. Juli 2005 abgewiesen, statt richtigerweise darauf nicht einzutreten, nachdem die Bundesinstanzen im vorliegenden Zusammenhang nicht befugt sind, Verfügungen über die Abgabe von Betäubungsmitteln bzw. Medikamenten zu erlassen (vgl. E. 4.1). Das Eidgenössische Departement des Innern verletzte indessen kein Bundesrecht, auch wenn es auf die bei ihm eingereichte Beschwerde formell nicht eingetreten ist. Es wollte durch seine Formulierung des Dispositivs - wie sich aus den Erwägungen des Entscheids ergibt - lediglich die Unzuständigkeit des Bundesamts unterstreichen. Es hat die von diesem in seiner Verfügung angestellten inhaltlichen Überlegungen jedoch umfassend geprüft, weshalb dem Beschwerdeführer aus der allenfalls missverständlichen Formulierung des Dispositivs kein Rechtsnachteil erwachsen ist.
4.1 4.1.1 Natrium-Pentobarbital ist ein abhängigkeitserzeugender psychotroper Stoff; es ist als solcher in den Anhängen a ("Verzeichnis aller Betäubungsmittel") und b ("Verzeichnis der von der Kontrolle teilweise ausgenommenen Betäubungsmittel") der Betäubungsmittelverordnung der Swissmedic aufgeführt (vgl. Art. 1 Abs. 2 lit. c i.V.m. <ref-law>; Art. 1 Abs. 1 und Art. 2 Abs. 1 BetmV-Swissmedic). Zudem dient es als Wirkstoff in einigen wenigen zugelassenen Arzneimitteln (Anästhetika). In der Heilmittelgesetzgebung ist es der Abgabekategorie B zugeteilt (Abgabe auf ärztliche oder tierärztliche Verschreibung hin; Art. 24 der Arzneimittelverordnung vom 17. Oktober 2001 [VAM]; SR 812.212.21; vgl. hierzu Ueli Kieser, Heilmittel, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Poledna/Kieser, Gesundheitsrecht, Basel/ Genf/München 2005, Rz. 38 f.; Peter Bratschi/Ursula Eggenberger Stöckli, Bundesgesetz über Arzneimittel und Medizinprodukte, Bern 2002, S. 13; Paul Richli, Instrumente des Gesundheits- und Lebensschutzes im neuen Heilmittelgesetz vor dem Hintergrund der Grundrechte, in: AJP 2002 S. 340 ff., dort S. 351; Poledna/Berger, Öffentliches Gesundheitsrecht, Bern 2002, Rz. 323).
4.1.2 Für Betäubungsmittel gilt das Heilmittelgesetz, "soweit sie als Heilmittel verwendet werden" (<ref-law>); wenn dieses keine oder eine weniger weit gehende Regelung trifft, ist das Betäubungsmittelgesetz anwendbar (<ref-law> [Fassung vom 15. Dezember 2000]; Kieser, a.a.O., Rz. 18; Thomas Eichenberger, in: Basler Kommentar [BSK], Eichenberger/Jaisli/Richli (Hrsg.), Heilmittelgesetz, Basel/Genf/München 2006, Rz. 8 ff. zu <ref-law>). Verschreibungspflichtige Arzneimittel dürfen in Apotheken - von "begründeten Ausnahmefällen" abgesehen - nur auf ärztliches Rezept hin abgegeben werden (<ref-law>; Kieser, a.a.O., Rz. 38; Heidi Bürgi, in: BSK Heilmittelgesetz, a.a.O., Rz. 11 ff. zu <ref-law>). Das Gleiche gilt nach Art. 10 (in Verbindung mit Art. 9 Abs. 1) BetmG; dieser behält das Verordnen von Betäubungsmitteln Ärzten oder Tierärzten vor, die aufgrund einer von den kantonalen Behörden ausgestellten Ermächtigung zur selbständigen Berufsausübung berechtigt sind. Bei der Verschreibung und der Abgabe von Arzneimitteln müssen die anerkannten Regeln der medizinischen und pharmazeutischen Wissenschaften beachtet werden (<ref-law>); ein Arzneimittel darf nur verschrieben werden, wenn der Gesundheitszustand des Patienten bekannt ist (<ref-law>; Poledna/Berger, a.a.O., Rz. 324; Heidi Bürgi, in: BSK Heilmittelgesetz, a.a.O., Rz. 7 ff. zu <ref-law>). <ref-law> bestimmt, dass Ärzte Betäubungsmittel nur in dem Umfang verwenden, abgeben und verordnen dürfen, wie dies nach den anerkannten Regeln der medizinischen Wissenschaften notwendig erscheint. Die Überwachung der Einhaltung der entsprechenden Pflichten obliegt disziplinarrechtlich den kantonalen Aufsichtsbehörden über die Ärzte (vgl. Frank Th. Petermann, Rechtliche Überlegungen zur Problematik der Rezeptierung und Verfügbarkeit von Natrium-Pentobarbital [NaP-Rezeptierung], in: AJP 2006 S. 439 ff., dort S. 446; Poledna/Berger, a.a.O., Rz. 93). Dem Beschwerdeführer kann nach der einschlägigen nationalen Gesetzgebung damit die von ihm gewünschte Substanz nicht ohne ärztliches Rezept abgegeben werden (Rouiller/Roussianos, Le droit à la vie et le droit de mourir dignement, in: Jusletter 12. Juni 2006, Rz. 39); über ein solches verfügt er unbestrittenermassen nicht.
4.1.3 Dasselbe ergibt sich aus dem für die Schweiz verbindlichen internationalen Recht: Pentobarbital ist in der Liste III des Übereinkommens vom 21. Februar 1971 über psychotrope Stoffe (SR 0.812.121.02) enthalten, welches für die Schweiz am 21. Juli 1996 in Kraft getreten ist. Art. 9 Ziff. 1 des Abkommens sieht für solche Substanzen vor, dass sie zur Verwendung durch Einzelpersonen grundsätzlich nur gegen ärztliches Rezept geliefert oder abgegeben werden dürfen; dabei treffen die Vertragsparteien die notwendigen Massnahmen, damit die Rezepte nach den medizinischen Regeln ausgestellt und Vorschriften (insbesondere über die Wiederholbarkeit und die Gültigkeitsdauer) unterstellt werden, wie sie zum Schutz der Gesundheit und des öffentlichen Wohls erforderlich sind (vgl. allgemein zur Rechtslage auch: Petermann, a.a.O., NaP-Rezeptierung, S. 441 ff.).
4.1.3 Dasselbe ergibt sich aus dem für die Schweiz verbindlichen internationalen Recht: Pentobarbital ist in der Liste III des Übereinkommens vom 21. Februar 1971 über psychotrope Stoffe (SR 0.812.121.02) enthalten, welches für die Schweiz am 21. Juli 1996 in Kraft getreten ist. Art. 9 Ziff. 1 des Abkommens sieht für solche Substanzen vor, dass sie zur Verwendung durch Einzelpersonen grundsätzlich nur gegen ärztliches Rezept geliefert oder abgegeben werden dürfen; dabei treffen die Vertragsparteien die notwendigen Massnahmen, damit die Rezepte nach den medizinischen Regeln ausgestellt und Vorschriften (insbesondere über die Wiederholbarkeit und die Gültigkeitsdauer) unterstellt werden, wie sie zum Schutz der Gesundheit und des öffentlichen Wohls erforderlich sind (vgl. allgemein zur Rechtslage auch: Petermann, a.a.O., NaP-Rezeptierung, S. 441 ff.).
4.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, bereits nach dem geltenden Heilmittel- und Betäubungsmittelrecht sei - in Abweichung von den Ausführungen in den angefochtenen Entscheiden - eine Abgabe von Natrium-Pentobarbital in Fällen wie dem vorliegenden ohne ärztliche Verschreibung möglich. Dies trifft nicht zu (a.M. Petermann, a.a.O., NaP-Rezeptierung, S. 463 ff.):
4.2.1 Zwar sieht <ref-law> vor, dass der Apotheker rezeptpflichtige Medikamente in begründeten Ausnahmefällen auch ohne ärztliche Verschreibung abgeben darf; diese Bestimmung bezieht sich jedoch auf Notsituationen: In der Botschaft des Bundesrats vom 1. März 1999 zum Heilmittelgesetz ist in diesem Zusammenhang von medizinisch begründeten Ausnahmen die Rede (z.B. in einem Notfall oder zum Fortführen einer erforderlichen Dauertherapie; BBl 1999 S. 3511); einzig bei solchen soll es möglich sein, verschreibungspflichtige Arzneimittel abzugeben, auch wenn kein ärztliches Rezept vorliegt und der behandelnde Arzt nicht erreicht werden kann. Auf die ärztliche Verschreibung darf verzichtet werden, weil sich der Patient in einer Notlage befindet. Dabei geht es um die zeitliche Unmöglichkeit, ein Rezept zu erhalten, nicht um die sachliche, dass ein Arzt mangels medizinischer Indikationen nicht bereit ist, ein solches auszustellen (grosszügiger Daniel Hugentobler, Praktische Erfahrungen mit dem neuen HMG aus der Sicht des Apothekers, in: Eichenberger/Poledna [Hrsg.], Das neue Heilmittelgesetz, Zürich/Basel/Genf 2004, S. 146 ff., dort S. 149; wie hier: Heidi Bürgi, in: BSK Heilmittelgesetz, a.a.O., Rz. 13 f. zu <ref-law>). Die Heilmittelgesetzgebung dient dem Schutz der Gesundheit von Mensch und Tier und soll dazu beitragen, dass die in Verkehr gebrachten Heilmittel ihrem Zweck entsprechend und massvoll verwendet werden (Art. 1 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b HMG; Kieser, a.a.O., Rz. 15); mit Blick auf diese gesundheitspolizeiliche Zielsetzung (BBl 1999 S. 3485) ist die Ausnahmeregelung von <ref-law> einschränkend zu verstehen.
4.2.2 Das macht auch Art. 48 Abs. 1 BetmV deutlich (vgl. BBl 1999 S. 3511), welcher wegen seiner detaillierteren Regelung im vorliegenden Fall derjenigen in der Heilmittelgesetzgebung vorgeht (vgl. <ref-law>): Danach darf der Apotheker in Notfällen und wenn es unmöglich ist, eine ärztliche Verschreibung zu erlangen, ausnahmsweise die kleinste im Handel erhältliche Packung eines Betäubungsmittels ohne Rezept abgeben; er muss jedoch innert fünf Tagen der kantonalen Behörde ein Protokoll hierüber zukommen lassen und gleichzeitig den behandelnden Arzt über die Abgabe informieren (Art. 48 Abs. 2 BetmV). Die Voraussetzungen des Notfalls und der Unmöglichkeit, eine Verschreibung zu beschaffen, gelten nach dem Wortlaut der Regelung kumulativ ("und"); aus der Pflicht zur nachträglichen Information des Arztes ergibt sich, dass die rezeptfreie Abgabe stets nur bei einer medizinischen Notwendigkeit erfolgen darf. Eine solche ist im Fall des Beschwerdeführers nicht gegeben, da kein akuter, lebensbedrohender Zustand besteht und auch keine Gefahr einer anderen gesundheitlichen Schädigung droht; dem Beschwerdeführer ist es möglich und zumutbar, einen Arzt zu konsultieren.
4.2.3 Nichts anderes ergibt sich aus Art. 9 Ziff. 3 des Übereinkommens über psychotrope Stoffe, wonach die Vertragsparteien lizenzierte Apotheker ermächtigen können, "falls die örtlichen Gegebenheiten dies nach ihrer Auffassung erfordern und unter den von ihnen vorgeschriebenen Bedingungen" geringe Mengen der in den Tabellen III und IV aufgeführten Stoffe ohne Rezept "zur Verwendung für medizinische Zwecke durch Einzelpersonen in Ausnahmefällen abzugeben". Der Bundesrat hat hiervon in Art. 48 BetmV für "dringende Fälle" Gebrauch gemacht und die entsprechende Notfallregelung damit konkretisiert (vgl. die bundesrätliche Botschaft vom 22. Juni 1994 über den Beitritt der Schweiz zu zwei internationalen Betäubungsmittel-Übereinkommen sowie über die Änderung des Betäubungsmittelgesetzes, in: BBl 1994 S. 1273 ff., dort S. 1283); weitergehende Befugnisse lassen sich Art. 9 Ziff. 3 des Übereinkommens über psychotrope Stoffe nicht entnehmen, nachdem die Konvention dem Einzelnen direkt weder Rechte einräumt noch Pflichten auferlegt (zu den Voraussetzungen einer unmittelbaren Anwendbarkeit staatsvertraglicher Regelungen: <ref-ruling> E. 2b S. 242; <ref-ruling> E. 2d/aa S. 281; <ref-ruling> E. 4b S. 308).
4.2.4 Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers kann er schliesslich auch daraus nichts für sich ableiten, dass es sich bei Natrium-Pentobarbital um ein von der Kontrolle teilweise ausgenommenes Betäubungsmittel handelt (vgl. Art. 3 lit. b BetmV i.V.m. Art. 2 Abs. 1 und Anhang b BetmV-Swissmedic): Nach Art. 4 Abs. 1 BetmV unterliegen solche gewissen, "für andere Betäubungsmittel vorgesehenen Beschränkungen" nicht; hieraus darf jedoch nicht geschlossen werden, dass die genannten Artikel, zu denen Ausnahmen bestehen, überhaupt nicht gälten. Nach Art. 4 Abs. 1 lit. c BetmV finden nur die Absätze 2, 4, 5 und 7 von Art. 43 BetmV auf solche Stoffe keine Anwendung (so fällt etwa die Rezeptur auf einem amtlichen Formular dahin); dies ändert jedoch nichts an der Verschreibungspflicht als solcher, wäre doch sonst nicht einzusehen, warum Art. 43 Abs. 1 BetmV dennoch zu beachten sein sollte, wonach Ärzte und Tierärzte Betäubungsmittel nur für Patienten verschreiben dürfen, die sie selber untersucht haben. Richtig ist, dass die Betäubungsmittelverordnung in Art. 4 Abs. 1 lit. d die Notfallregelung von Art. 48 für Betäubungsmittel des Anhangs b dem Wortlaut nach ganz ausnimmt; aus dem einleitenden Text jener Bestimmung ergibt sich indessen, dass damit nur die entsprechenden besonderen Beschränkungen (Formalitäten), nicht aber die damit verbundenen Erleichterungen (ausnahmsweise Abgabe ohne Rezept) gemeint sein können. Es wäre nicht nachvollziehbar, weshalb in der Heilmittelgesetzgebung, welche in diesem Punkt derjenigen im Betäubungsmittelrecht nachgebildet wurde (BBl 1999 S. 3511), für alle verschreibungspflichtigen Medikamente eine einheitliche Ausnahmeregelung (<ref-law>) gelten sollte, hingegen nicht für die von der Betäubungsmittelkontrolle teilweise ausgenommenen Stoffe. Der Beschwerdeführer wendet deshalb zu Unrecht ein, der Apotheker könne das Natrium-Pentobarbital gestützt auf <ref-law> rezeptfrei abgeben, da Art. 48 BetmV keine Anwendung finde: Nach jener Bestimmung dürfen gewisse Medizinalpersonen - unter anderem Ärzte und Leiter von Apotheken - ohne spezielle kantonale oder bundesrechtliche Bewilligung Betäubungsmittel beziehen, lagern, verwenden und abgeben, soweit das nach den anerkannten Regeln der medizinischen Wissenschaften notwendig ist (Art. 9 - 13 BetmG); dies im Gegensatz zu den Handels- und Fabrikationsfirmen (Art. 4 - 7 BetmG) sowie Krankenanstalten und Instituten (vgl. <ref-law>) bzw. internationalen Organisationen (vgl. <ref-law>), welche einer entsprechenden Ermächtigung bedürfen (Art. 16 - 18 BetmG; vgl. zum Bewilligungssystem: Thomas Fingerhuth/Christof Tschurr, Kommentar zum BetmG, Zürich 2002, S. 58). Hiervon muss die im vorliegenden Fall interessierende ärztliche Verschreibungspflicht unterschieden werden, die in <ref-law> geregelt ist: Zum Verordnen von Betäubungsmitteln sind danach nur die in <ref-law> genannten Ärzte und Tierärzte befugt; vorbehalten bleibt die Abgabe in medizinischen Notfällen gemäss Art. 48 BetmV unter den entsprechenden erleichterten formellen Voraussetzungen bei den teilweise von der Kontrolle ausgenommenen Stoffen gemäss Art. 4 Abs. 1 lit. d BetmV. Da es sich beim Verein "Dignitas", über den der Beschwerdeführer die 15 Gramm Natrium-Pentobarbital beziehen will, um keine bewilligte nationale oder internationale Organisation im Sinne von <ref-law> handelt, ist eine rezeptfreie Abgabe durch ihn ebenfalls ausgeschlossen.
5. Der Beschwerdeführer macht geltend, diese Gesetzgebung verletze Art. 8 EMRK bzw. <ref-law> und sei berichtigend verfassungs- und konventionskonform auszulegen. Die persönliche Freiheit bzw. der Schutz des Privatlebens umfasse das Recht auf Suizid und verleihe dem Einzelnen einen Anspruch gegenüber dem Staat, diesen risiko- und schmerzfrei vornehmen zu können. Dort, wo die von der EMRK garantierten Rechte und Freiheiten bloss theoretisch oder gar illusorisch wären, habe der Staat dafür zu sorgen, dass sie praktisch und effizient würden, was vorliegend dazu führen müsse, dass ihm ermöglicht werde, ohne "ärztliche Bevormundung" Natrium-Pentobarbital zu beziehen. Sein autonomer, frei gebildeter Wille, sein Leben ohne Gefahren für Dritte und ihn selber zu beenden, sei zu respektieren. Dies gelte trotz der Tatsache, dass er nicht physisch, sondern psychisch krank sei; das Recht auf einen begleiteten Suizid beschränke sich nicht auf terminal oder sonst wie körperlich schwer Kranke. Stehe - wie bei ihm - fest, dass seit langem eine psychische Störung vorliege, dass zahlreiche Therapieversuche fehlgeschlagen seien und dass sich der Betroffene nicht in einer akut krankhaften Phase befinde, die für jedermann sichtbar mache, dass er in Bezug auf die Frage seines Ablebens nicht urteilsfähig sei, besitze er einen unbedingten Anspruch darauf, dass ihm ein begleiteter, risiko- und schmerzfreier Suizid ermöglicht werde, ohne dass er sich vorgängig "einem medizinischen Paternalismus" unterzuordnen habe. Der Staat müsse deshalb dafür sorgen, dass ihm der Zugang zu Natrium-Pentobarbital ermöglicht werde, etwa indem das Bundesgericht festhalte, dass ihm dieses von einem Apotheker über "Dignitas" zur Verfügung zu stellen sei; generell habe die Schweiz zu prüfen, ob ihre Gesetzgebung nicht in der Weise angepasst werden müsse, dass sich in künftigen Fällen ähnliche Verfahren erübrigten. Es bestehe keinerlei öffentliches Interesse daran, ihm das für den begleiteten Suizid erforderliche Natrium-Pentobarbital nicht zugänglich zu machen. Im Gegenteil: Unbegleitete Suizidversuche zögen, falls sie scheiterten, die Gefahr schwerer Verstümmelungen nach sich, könnten Dritte beeinträchtigen und verursachten hohe Folgekosten.
6. Diese Argumentation verkennt die verfassungs- und konventionsrechtliche Ausgangslage und überzeugt nicht; es kann deshalb dahingestellt bleiben, ob und in welchem Umfang das Bundesgericht befugt wäre, die umstrittene Bundesgesetzgebung auf ihre Verfassungs- und Konventionsmässigkeit hin zu prüfen und ihr gegebenenfalls die Anwendung zu versagen (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 5.4 S. 263; <ref-ruling> E. 2.2 S. 236):
6.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung garantiert die persönliche Freiheit (<ref-law>) alle Aspekte, die elementare Erscheinungen der Persönlichkeitsentfaltung bilden; sie umfasst ein Mindestmass an persönlicher Entfaltungsmöglichkeit und die dem Bürger eigene Fähigkeit, eine gewisse tatsächliche Begebenheit zu würdigen und danach zu handeln (vgl. Rainer J. Schweizer, in: St. Galler Kommentar zur BV, Rz. 5 u. 24 ff. zu <ref-law>; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl., Bern 1999, S. 42 ff.). Es liegt darin indessen keine allgemeine Handlungsfreiheit, auf die sich der Einzelne gegenüber jedem staatlichen Akt, der sich auf seine persönliche Freiheit auswirkt, berufen kann; die persönliche Freiheit schützt nicht vor jeglichem physischen oder psychischen Missbehagen (<ref-ruling> E. 5a S. 11). Der Schutzbereich der persönlichen Freiheit sowie die Grenze der Zulässigkeit von Eingriffen in diesen sind jeweils im Einzelfall - angesichts von Art und Intensität der Beeinträchtigung sowie im Hinblick auf eine allfällige besondere Schutzwürdigkeit des Betroffenen - zu konkretisieren (<ref-ruling> E. 3a S. 42, 85 E. 2a S. 87; <ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 5a S. 246). Einen ähnlichen Schutz gewährt Art. 8 EMRK, in dessen Geltungsbereich sich die Garantien der persönlichen Freiheit (<ref-law>) und der Privatsphäre (<ref-law>) überschneiden (<ref-ruling> E. 5a S.12): Das Recht auf Achtung des Privatlebens gemäss Art. 8 Ziff. 1 EMRK sichert dem Individuum einen Freiraum zu, in dem es seine Persönlichkeit entwickeln und verwirklichen kann; es soll unter Ausschluss des Staates im Rahmen der privaten Sphäre über die eigene Person und die Gestaltung des Lebens verfügen können (vgl. Mark E. Villiger, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention, 2. Aufl., Zürich 1999, S. 353, Rz. 555; Jochen Frowein/Wolfgang Peukert, Europäische Menschenrechtskonvention, 2. Aufl., Kehl/Strassburg/Arlington 1996, Rz. 3 zu Art. 8 EMRK). Das geschützte Privatleben umfasst die psychische und physische Integrität ebenso wie Aspekte der sozialen Identität des Menschen (Name, Sexualleben, geschlechtliche Identität usw.); daneben schützt Art. 8 EMRK das Recht auf persönliche Entwicklung und darauf, persönliche Beziehungen mit anderen Menschen und der Umwelt ausbilden und unterhalten zu können. Zum Selbstbestimmungsrecht im Sinne von Art. 8 Ziff. 1 EMRK gehört auch das Recht, über Art und Zeitpunkt der Beendigung des eigenen Lebens zu entscheiden; dies zumindest, soweit der Betroffene in der Lage ist, seinen entsprechenden Willen frei zu bilden und danach zu handeln (vgl. Auer/Malinverni/Hottelier, Droit constitutionnel suisse, Bd. II, 2. Aufl., Bern 2006, Rz. 304; Rouiller/Roussianos, a.a.O., Rz. 18; Müller, a.a.O., S. 59 ff.; Markus Schefer, Grundrechte in der Schweiz, Ergänzungsband, Bern 2005, S. 45; Schweizer, a.a.O., Rz. 14 zu <ref-law>; Petermann, a.a.O., NaP-Rezeptierung, S. 456 ff., insbesondere Fn. 178; derselbe, Der Entwurf eines Gesetzes zur Suizid-Prävention [Entwurf Suizid-Präventions-Gesetz], in: AJP 2004 S. 1111 ff., dort S. 1126 ff.; Ludwig A. Minelli, Die EMRK schützt die Suizidfreiheit, in: AJP 2004 S. 491 ff., dort S. 492 f.; Tobias Jaag/Markus Rüssli, Sterbehilfe in staatlichen Spitälern, Kranken- und Altersheimen, in: ZBl 102/2001 S. 113 ff., dort S. 118 f.; Yvo Hangartner, Ärztliches Rezept in letaler Dosis [Freitodhilfe], Zusätzliche Bemerkungen, in: AJP 2000 S. 482; Luzius Wildhaber/Stephan Breitenmoser, in: Internationaler Kommentar zur Europäischen Menschenrechtskonvention, Köln/Berlin/Bonn/München 1992, Rz. 268 zu Art. 8 EMRK).
6.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung garantiert die persönliche Freiheit (<ref-law>) alle Aspekte, die elementare Erscheinungen der Persönlichkeitsentfaltung bilden; sie umfasst ein Mindestmass an persönlicher Entfaltungsmöglichkeit und die dem Bürger eigene Fähigkeit, eine gewisse tatsächliche Begebenheit zu würdigen und danach zu handeln (vgl. Rainer J. Schweizer, in: St. Galler Kommentar zur BV, Rz. 5 u. 24 ff. zu <ref-law>; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl., Bern 1999, S. 42 ff.). Es liegt darin indessen keine allgemeine Handlungsfreiheit, auf die sich der Einzelne gegenüber jedem staatlichen Akt, der sich auf seine persönliche Freiheit auswirkt, berufen kann; die persönliche Freiheit schützt nicht vor jeglichem physischen oder psychischen Missbehagen (<ref-ruling> E. 5a S. 11). Der Schutzbereich der persönlichen Freiheit sowie die Grenze der Zulässigkeit von Eingriffen in diesen sind jeweils im Einzelfall - angesichts von Art und Intensität der Beeinträchtigung sowie im Hinblick auf eine allfällige besondere Schutzwürdigkeit des Betroffenen - zu konkretisieren (<ref-ruling> E. 3a S. 42, 85 E. 2a S. 87; <ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 5a S. 246). Einen ähnlichen Schutz gewährt Art. 8 EMRK, in dessen Geltungsbereich sich die Garantien der persönlichen Freiheit (<ref-law>) und der Privatsphäre (<ref-law>) überschneiden (<ref-ruling> E. 5a S.12): Das Recht auf Achtung des Privatlebens gemäss Art. 8 Ziff. 1 EMRK sichert dem Individuum einen Freiraum zu, in dem es seine Persönlichkeit entwickeln und verwirklichen kann; es soll unter Ausschluss des Staates im Rahmen der privaten Sphäre über die eigene Person und die Gestaltung des Lebens verfügen können (vgl. Mark E. Villiger, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention, 2. Aufl., Zürich 1999, S. 353, Rz. 555; Jochen Frowein/Wolfgang Peukert, Europäische Menschenrechtskonvention, 2. Aufl., Kehl/Strassburg/Arlington 1996, Rz. 3 zu Art. 8 EMRK). Das geschützte Privatleben umfasst die psychische und physische Integrität ebenso wie Aspekte der sozialen Identität des Menschen (Name, Sexualleben, geschlechtliche Identität usw.); daneben schützt Art. 8 EMRK das Recht auf persönliche Entwicklung und darauf, persönliche Beziehungen mit anderen Menschen und der Umwelt ausbilden und unterhalten zu können. Zum Selbstbestimmungsrecht im Sinne von Art. 8 Ziff. 1 EMRK gehört auch das Recht, über Art und Zeitpunkt der Beendigung des eigenen Lebens zu entscheiden; dies zumindest, soweit der Betroffene in der Lage ist, seinen entsprechenden Willen frei zu bilden und danach zu handeln (vgl. Auer/Malinverni/Hottelier, Droit constitutionnel suisse, Bd. II, 2. Aufl., Bern 2006, Rz. 304; Rouiller/Roussianos, a.a.O., Rz. 18; Müller, a.a.O., S. 59 ff.; Markus Schefer, Grundrechte in der Schweiz, Ergänzungsband, Bern 2005, S. 45; Schweizer, a.a.O., Rz. 14 zu <ref-law>; Petermann, a.a.O., NaP-Rezeptierung, S. 456 ff., insbesondere Fn. 178; derselbe, Der Entwurf eines Gesetzes zur Suizid-Prävention [Entwurf Suizid-Präventions-Gesetz], in: AJP 2004 S. 1111 ff., dort S. 1126 ff.; Ludwig A. Minelli, Die EMRK schützt die Suizidfreiheit, in: AJP 2004 S. 491 ff., dort S. 492 f.; Tobias Jaag/Markus Rüssli, Sterbehilfe in staatlichen Spitälern, Kranken- und Altersheimen, in: ZBl 102/2001 S. 113 ff., dort S. 118 f.; Yvo Hangartner, Ärztliches Rezept in letaler Dosis [Freitodhilfe], Zusätzliche Bemerkungen, in: AJP 2000 S. 482; Luzius Wildhaber/Stephan Breitenmoser, in: Internationaler Kommentar zur Europäischen Menschenrechtskonvention, Köln/Berlin/Bonn/München 1992, Rz. 268 zu Art. 8 EMRK).
6.2 6.2.1 Vom Recht auf den eigenen Tod in diesem Sinn, das vorliegend als solches nicht in Frage gestellt ist, gilt es den vom Beschwerdeführer geltend gemachten Anspruch auf Beihilfe zum Suizid seitens des Staates oder Dritter abzugrenzen. Ein solcher lässt sich grundsätzlich weder <ref-law> noch Art. 8 Ziff. 1 EMRK entnehmen; ein Anspruch des Sterbewilligen, dass ihm Beihilfe bei der Selbsttötung oder aktive Sterbehilfe geleistet wird, wenn er sich ausserstande sieht, seinem Leben selber ein Ende zu setzen, besteht nicht (Jaag/ Rüssli, a.a.O., S. 119 f.; Yvo Hangartner, a.a.O., S. 482; derselbe, Schwangerschaftsabbruch und Sterbehilfe, Zürich 2000, S. 74; Wildhaber/Breitenmoser, a.a.O., Rz. 272 zu Art. 8 EMRK; Mark-Oliver Baumgarten, The Right to Die?, Bern 1998, S. 119 f.). Der Staat hat grundsätzlich das Recht auf Leben zu schützen (<ref-law> und Art. 2 EMRK); zwar geht diese Pflicht regelmässig nicht soweit, dass er dies auch gegen den ausdrücklichen Willen des urteilsfähigen Betroffenen selber tun müsste (Müller, a.a.O., S. 60; Wildhaber/Breitenmoser, a.a.O., Rz. 268 zu Art. 8 EMRK; Jaag/Rüssli, a.a.O., S. 119), doch kann hieraus umgekehrt nicht geschlossen werden, dass er im Rahmen von Art. 8 Ziff. 1 EMRK im Sinne einer positiven Pflicht dafür zu sorgen hätte, dass ein Sterbewilliger Zugang zu einem bestimmten für den Suizid gewählten gefährlichen Stoff oder zu einem entsprechenden Instrument erhält. Das verfassungsrechtlich geschützte Recht auf Leben dürfte den Staat im vorliegenden Zusammenhang als Minimalvorgabe vorab dazu verpflichten, durch ein geeignetes Verfahren sicherzustellen, dass ein allfälliger Entscheid über die Beendigung des Lebens tatsächlich dem freien Willen des Betroffenen entspricht (Müller, a.a.O., S. 60; Jaag/Rüssli, a.a.O., S. 119; Urteil des EGMR 21422/93 i.S. Tanribilir c. Türkei vom 16. November 2000, Ziff. 70: "La Cour estime également que l'article 2 de la Convention peut, dans certaines circonstances bien définies, mettre à la charge des autorités l'obligation positive de prendre préventivement des mesures d'ordre pratique pour protéger l'individu contre autrui ou, dans certaines circonstances particulières, contre lui-même"; vgl. betreffend die positiven Pflichten des Staates bei einem suizidgefährdeten psychisch kranken Häftling das Urteil Keenan c. Vereinigtes Königreich vom 3. April 2004, Recueil CourEDH 2001-III S. 151, Ziff. 89 - 102).
6.2.2 Nichts anderes lässt sich der Rechtsprechung der Strassburger Organe entnehmen: Danach ergibt sich aus Art. 2 EMRK kein Anspruch darauf, unter Mithilfe eines Dritten oder des Staates sterben zu dürfen; das Recht auf Leben enthält keine entsprechende negative Freiheit (Urteil des EGMR i.S. Pretty c. Vereinigtes Königreich vom 29. April 2002, Recueil CourEDH 2002-III S. 203, Ziff. 40; deutsche Übersetzung in: EuGRZ 2002 S. 234 ff.; Anne Peters, Einführung in die Europäische Menschenrechtskonvention, München 2003, S. 41; zustimmend: Benjamin Kneihs, Sterbehilfe durch EMRK nicht geboten/Der Fall Pretty, in: EuGRZ 2002 S. 242 ff., dort S. 243; kritisch: Stephan Breitenmoser, Das Recht auf Sterbehilfe im Lichte der EMRK, in: Frank Th. Petermann [Hrsg.], Sterbehilfe, St. Gallen 2006, S. 167 ff., dort S. 181 ff.). Art. 3 EMRK verpflichtet den Staat grundsätzlich nicht dazu, jemandem für die Mithilfe an einem Selbstmord Straffreiheit zuzusichern oder eine gesetzliche Möglichkeit für irgendeine andere Form der Sterbehilfe zu schaffen; der Staat muss grundsätzlich keine Handlungen billigen, die den Tod eines Menschen bezwecken (Urteil des EGMR i.S. Pretty, a.a.O., Ziff. 55 f.; zustimmend: Benjamin Kneihs, a.a.O., S. 243; kritisch: Stephan Breitenmoser, a.a.O., S. 189 ff.). Zu Art. 8 Ziff. 1 EMRK hielt der Gerichtshof fest, dass - ohne in irgendeiner Weise die Unantastbarkeit des Lebens in Frage stellen zu wollen - bei diesem immerhin auch die Frage der Lebensqualität und damit der Selbstbestimmung von Bedeutung sein könne (Urteil des EGMR i.S. Pretty, a.a.O., Ziff. 65). Er war nach seinen eigenen Worten deshalb "nicht in der Lage, auszuschliessen", dass die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin daran gehindert wurde, durch die Wahl des Suizids einem Leiden zu entgehen, das sie als unbillig und unwürdig empfand, einen Eingriff in deren Recht auf Achtung des Privatlebens darstellen konnte (Urteil des EGMR i.S. Pretty, a.a.O., Ziff. 67; vgl. auch das Urteil des kanadischen Supreme Court vom 30. September 1993 i.S. Rodriguez v. British Columbia [Attorney General; [1993] 3 S.C.R. 513], dort das Votum Sopinka als Grundlage der Mehrheitsmeinung); dies hatte die Kommission bereits 1983 i.S. Reed so angedeutet: Die Tätigkeit eines Sterbehelfers falle als solche nicht in den Anwendungsbereich von Art. 8 EMRK, indessen werde dabei allenfalls der Schutz des Privatlebens des Suizidwilligen betroffen (Nichtzulassungsentscheid der EKMR i.S. Reed c. Vereinigtes Königreich vom 4. Juli 1983, DR 33, 273, Ziff. 13).
6.2.3 Der Fall Pretty (bzw. Rodriguez) ist mit dem vorliegenden nicht vergleichbar: Die Suizidfreiheit des Beschwerdeführers bzw. die Straffreiheit eines allfälligen Helfers ist, soweit dieser nicht aus selbstsüchtigen Beweggründen handelt (vgl. <ref-law>), hier nicht in Frage gestellt. Umstritten ist, ob der Staat darüber hinaus, gestützt auf Art. 8 EMRK, auch sicherstellen muss, dass der Beschwerdeführer schmerz- und risikolos sterben kann, und deshalb dafür zu sorgen hat, dass er in Abweichung von der gesetzlichen Regelung ohne ärztliche Verschreibung Natrium-Pentobarbital erhält. Dem ist nicht so: Zwar garantiert die EMRK nicht bloss theoretische oder illusorische Rechte, sondern Rechte, die konkret sind und Wirksamkeit entfalten (statt anderer: Urteil des EGMR i.S. Artico c. Italien vom 13. Mai 1980, Serie A, Bd. 37, Ziff. 33); es ist jedoch nicht ersichtlich, inwiefern - im Hinblick auf mögliche Alternativen - die Suizidfreiheit bzw. die Freiheit, über die eigene Lebensqualität entscheiden zu können, vorliegend dadurch beeinträchtigt würde, dass der Staat die Abgabe des umstrittenen Stoffes nicht voraussetzungslos, sondern nur aufgrund einer ärztlichen Verschreibung im Rahmen der "anerkannten Regeln der medizinischen und pharmazeutischen Wissenschaften" und unter Kenntnis des Gesundheitszustands des Betroffenen zulässt (vgl. Art. 24 Abs. 1 lit. a i.V.m. <ref-law> bzw. Art. 9 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Für eine wirksame Umsetzung der in Art. 8 Ziff. 1 EMRK verankerten Freiheit, über die Beendigung des eigenen Lebens entscheiden zu können, ist eine vorbehaltlose Abgabe von Natrium-Pentobarbital nicht erforderlich, auch wenn es sich für den Suizid offenbar besonders gut eignen soll. Allein die Tatsache, dass mögliche Alternativen zum Suizid mittels Natrium-Pentobarbital allenfalls risikobehafteter oder schmerzhafter erscheinen, genügt nicht, um die rezeptfreie Abgabe dieses Mittels zum Zweck des Suizids zu legitimieren; eine entsprechende positive Pflicht kann weder <ref-law> noch Art. 8 EMRK entnommen werden (anderer Ansicht wohl: Breitenmoser, a.a.O., S. 198).
6.2.3 Der Fall Pretty (bzw. Rodriguez) ist mit dem vorliegenden nicht vergleichbar: Die Suizidfreiheit des Beschwerdeführers bzw. die Straffreiheit eines allfälligen Helfers ist, soweit dieser nicht aus selbstsüchtigen Beweggründen handelt (vgl. <ref-law>), hier nicht in Frage gestellt. Umstritten ist, ob der Staat darüber hinaus, gestützt auf Art. 8 EMRK, auch sicherstellen muss, dass der Beschwerdeführer schmerz- und risikolos sterben kann, und deshalb dafür zu sorgen hat, dass er in Abweichung von der gesetzlichen Regelung ohne ärztliche Verschreibung Natrium-Pentobarbital erhält. Dem ist nicht so: Zwar garantiert die EMRK nicht bloss theoretische oder illusorische Rechte, sondern Rechte, die konkret sind und Wirksamkeit entfalten (statt anderer: Urteil des EGMR i.S. Artico c. Italien vom 13. Mai 1980, Serie A, Bd. 37, Ziff. 33); es ist jedoch nicht ersichtlich, inwiefern - im Hinblick auf mögliche Alternativen - die Suizidfreiheit bzw. die Freiheit, über die eigene Lebensqualität entscheiden zu können, vorliegend dadurch beeinträchtigt würde, dass der Staat die Abgabe des umstrittenen Stoffes nicht voraussetzungslos, sondern nur aufgrund einer ärztlichen Verschreibung im Rahmen der "anerkannten Regeln der medizinischen und pharmazeutischen Wissenschaften" und unter Kenntnis des Gesundheitszustands des Betroffenen zulässt (vgl. Art. 24 Abs. 1 lit. a i.V.m. <ref-law> bzw. Art. 9 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Für eine wirksame Umsetzung der in Art. 8 Ziff. 1 EMRK verankerten Freiheit, über die Beendigung des eigenen Lebens entscheiden zu können, ist eine vorbehaltlose Abgabe von Natrium-Pentobarbital nicht erforderlich, auch wenn es sich für den Suizid offenbar besonders gut eignen soll. Allein die Tatsache, dass mögliche Alternativen zum Suizid mittels Natrium-Pentobarbital allenfalls risikobehafteter oder schmerzhafter erscheinen, genügt nicht, um die rezeptfreie Abgabe dieses Mittels zum Zweck des Suizids zu legitimieren; eine entsprechende positive Pflicht kann weder <ref-law> noch Art. 8 EMRK entnommen werden (anderer Ansicht wohl: Breitenmoser, a.a.O., S. 198).
6.3 Sollte davon auszugehen sein, dass der Schutzbereich von Art. 8 Ziff. 1 EMRK vorliegend berührt ist, könnte die mit der Rezeptpflicht für Natrium-Pentobarbital verbundene Beschränkung weder als verfassungs- noch als konventionswidrig gelten:
6.3.1 Ein Eingriff in das durch <ref-law> geschützte Recht auf persönliche Freiheit bzw. das Recht auf Schutz des Privatlebens ist zulässig, soweit er auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, daran ein überwiegendes öffentliches Interesse besteht, er verhältnismässig erscheint und der Kerngehalt des Grundrechts dadurch nicht berührt wird (vgl. <ref-law>). Nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK muss der Eingriff gesetzlich vorgesehen sein und eine Massnahme darstellen, die sich in einer demokratischen Gesellschaft für die nationale Sicherheit, die öffentliche Ruhe und Ordnung sowie zur Verhinderung von strafbaren Handlungen, zum Schutz der Gesundheit und der Moral oder zum Schutz der Rechte oder Freiheiten anderer als notwendig erweist. Steht wie hier eine positive Pflicht zur Diskussion, prüft der Gerichtshof unter sinngemässer Berücksichtigung der Schranken gemäss Ziffer 2 direkt im Rahmen von Art. 8 Ziff. 1 EMRK, ob zwischen dem öffentlichen und dem privaten Interesse eine faire Interessenabwägung stattgefunden hat ("fair balance [has been] struck between the general interest of the community and the interests of the individual"; Villiger, a.a.O., S. 345, Rz. 544; Urteil des EGMR i.S. Rees c. Vereinigtes Königreich vom 17. Oktober 1986, Serie A, Bd. 106, Ziff. 37). Dies ist vorliegend der Fall:
6.3.2 Die ärztliche Rezeptpflicht zur Abgabe von Natrium-Pentobarbital basiert auf einer klaren, hinreichend zugänglichen und vorhersehbaren gesetzlichen Grundlage: Sie stützt sich im nationalen Recht auf Art. 24 und 26 HMG bzw. auf Art. 9 und 10 Abs. 1 BetmG; völkerrechtlich liegen ihr Art. 9 Abs. 1 und Tabelle 3 des Übereinkommens über psychotrope Stoffe zugrunde. Die Verschreibungspflicht dient generell dem Schutz der Gesundheit und Sicherheit der Bevölkerung sowie - im Zusammenhang mit der Sterbehilfe - der Verhinderung von Straftaten bzw. der Bekämpfung damit verbundener Missbrauchsgefahren (vgl. Urteil des EGMR i.S. Pretty, a.a.O., Ziff. 74 u. 75; zur Funktion des ärztlichen Rezepts: Petermann, a.a.O., NaP-Rezeptierung, S. 458 ff.): Ein Stoff, dessen Einnahme zum Tod führen soll, kann nicht durch den Apotheker allein und in Unkenntnis der Umstände abgegeben werden; seine Aushändigung bedarf im Interesse des Patienten einer vorgängigen ärztlichen Verschreibung. Die Medikation setzt eine den ärztlichen Berufs- und Sorgfaltspflichten entsprechend vorgenommene Diagnose, Indikationsstellung und ein Aufklärungsgespräch voraus. Auch die Prüfung der Urteilsfähigkeit, der medizinischen Unterlagen und der Beurteilung, ob alle möglichen Behandlungsmassnahmen getroffen bzw. ohne Resultat geblieben sind, kann letztlich nur durch den Arzt erfolgen (Georg Bosshard/Walter Bär, Sterbeassistenz und die Rolle des Arztes, Überlegungen zur aktuellen Debatte um die Regelung von Suizidbeihilfe und aktiver Sterbehilfe in der Schweiz, in: AJP 2002 S. 407 ff., dort S. 410; Minelli, a.a.O., S. 502). Die Rezeptpflicht für Natrium-Pentobarbital stellt dies sicher, da kein Arzt ohne Vorliegen der entsprechenden Voraussetzungen dieses Betäubungsmittel abgeben wird, riskiert er doch sonst straf-, zivil- oder aufsichtsrechtliche Sanktionen (Minelli, a.a.O., S. 503). Die Rezeptpflicht dient dem Schutz vor unüberlegten, voreiligen Entschlüssen (Petermann, a.a.O., Entwurf Suizid-Präventions-Gesetz, S. 1116) und garantiert das Vorliegen einer medizinischen Rechtfertigung des Aktes (Bosshard/Bär, a.a.O., S. 413). Der damit allenfalls verbundene Eingriff in das nach Art. 8 Ziff. 1 EMRK bzw. <ref-law> geschützte Selbstbestimmungsrecht fällt im Hinblick auf die mit der Abgabe von Natrium-Pentobarbital zum Zweck der Selbsttötung verbundenen Konsequenzen nicht wesentlich ins Gewicht (vgl. Petermann, a.a.O., Entwurf Suizid-Präventions-Gesetz, S. 1123). Umgekehrt steht mit dem Schutz des Lebens und dem Verbot der Fremdtötung bzw. deren Abgrenzung von der grundsätzlich straflosen Beihilfe zum Suizid ein besonders wichtiges öffentliches Interesse in Frage (vgl. Kneihs, a.a.O., S. 243). Wird die Suizidbeihilfe mit medizinischen Mitteln unter bestimmten Voraussetzungen zugelassen, was im Hinblick auf die sich daran knüpfenden ethischen Fragen in erster Linie durch den Gesetzgeber zu entscheiden ist (vgl. Urteil des EGMR i.S. Pretty, a.a.O., Ziff. 74 in fine), darf der Staat ein Kontrollverfahren vorschreiben, welches gewährleistet, dass der Entscheid gegebenenfalls tatsächlich dem freien und wohlerwogenen Willen des Betroffenen entspricht (vgl. Müller, a.a.O., S. 60; Jaag/Rüssli, a.a.O., S. 125); hierzu ist die ärztliche Rezeptpflicht geeignet und erforderlich. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, diese Argumentation verkenne die rund 1'300 Fälle von Suiziden bzw. von allenfalls bis zu 63'000 gescheiterten Selbsttötungsversuchen pro Jahr, in denen der Staat seiner entsprechenden Schutzpflicht nicht nachkomme, übersieht er, dass es bei diesen Fällen nicht - wie hier - darum geht, ohne ärztliche Verschreibung und Kontrolle eine Substanz zum Zweck der Selbsttötung abzugeben, weshalb diese Tatbestände nicht mit der vorliegenden Situation verglichen werden können.
6.3.3 Der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte hat im Entscheid Pretty das strafrechtliche Verbot der Sterbehilfe damit gerechtfertigt, dass es darum gehe, das Leben von Schwachen bzw. Verwundbaren und damit von Personen zu schützen, die nicht in der Lage seien, eine eigenverantwortliche Entscheidung hinsichtlich Handlungen zu treffen, die ihr Leben beenden oder die zu einer Lebensbeendigung beitragen sollen. In der Verwundbarkeit der entsprechenden Personengruppe liege die ratio legis eines generellen (strafrechtlichen) Verbots der Sterbehilfe; ein solches sei nicht unverhältnismässig, selbst wenn im konkreten Einzelfall keine Hinweise darauf bestünden, dass der Entscheid des Suizidwilligen nicht selbstverantwortlich und unter Abwägung aller Umstände getroffen worden sei. Es liege in erster Linie am einzelnen Staat, das Risiko und die Wahrscheinlichkeit von Missbräuchen abzuschätzen, wenn das generelle Verbot der Sterbehilfe gelockert oder Ausnahmen geschaffen würden; trotz möglicher Sicherungen und schützender Verfahren bestünden diesbezüglich offensichtlich Missbrauchsrisiken (Urteil des EGMR i.S. Pretty, a.a.O., Ziff. 74 - 78; Urteil des kanadischen Supreme Court i.S. Rodriguez, a.a.O.; Nichtzulassungsentscheid der EKMR i.S. Reed, a.a.O., Ziff. 17 [zu Art. 10 EMRK]). Solche können sich beim hier interessierenden begleiteten Suizid im Zusammenhang mit der Tatherrschaft und der Eigenverantwortlichkeit des Suizidwilligen ergeben, mit seiner allenfalls nur schwer erstell- und nachweisbaren Urteilsfähigkeit (etwa in Abhängigkeitssituationen oder bei Beeinflussungen durch Dritte) sowie mit der Lauterkeit der Beweggründe der jeweiligen Suizidhelfer bzw. von deren Organisation (vgl. den Bericht des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements vom 24. April 2006 "Sterbehilfe und Palliativmedizin - Handlungsbedarf für den Bund?", S. 38 f.). Diese Gefahren rechtfertigen es, von der ärztlichen Verschreibungspflicht von Natrium-Pentobarbital für Suizidwillige nicht abzusehen und die entsprechende Verantwortlichkeit nicht - wie der Beschwerdeführer dies wünscht - ausschliesslich in die Hände privater Suizidhilfeorganisationen zu legen, welche institutionell nicht ohne weiteres die hierzu erforderlichen Garantien zu bieten vermögen.
6.3.4 Die Schweiz kennt hinsichtlich der Suizidbeihilfe eine relativ liberale Regelung, indem die Beihilfe oder Verleitung zum Suizid nur bei "selbstsüchtigen Beweggründen" strafbar ist (<ref-law>). Dem Gesetzgeber steht es im Rahmen der Abwägung der betroffenen Güter - dem Recht auf Selbstbestimmung des Sterbewilligen einerseits und dem Schutz vor einem übereilten Entscheid ("Affektsuizid") andererseits - frei, die Zulässigkeit der Suizidhilfe und die Abgabe eines gefährlichen Stoffs in diesem Zusammenhang an die Übereinstimmung mit den ärztlichen Berufsregeln oder den Stand der medizinischen Wissenschaften zu knüpfen. Die Medizinisch-ethischen Richtlinien der Schweizerischen Akademie der Medizinischen Wissenschaften (SAMW) vom 25. November 2004 betreffend die Betreuung von Patientinnen und Patienten am Lebensende anerkennen, dass in Grenzsituationen für den Arzt ein "schwer lösbarer Konflikt" entstehen kann (Ziffer 4.1 der Richtlinie). Zwar sei die Beihilfe zum Suizid nicht Teil der ärztlichen Tätigkeit, weil sie den Zielen der Medizin an sich widerspreche, doch sei umgekehrt die Achtung des Patientenwillens für die Arzt-Patienten-Beziehung grundlegend, was einen Gewissensentscheid für den Arzt erforderlich machen könne, der respektiert werden müsse. Entschliesse sich der Arzt zur Beihilfe zum Suizid, trage er die Verantwortung dafür, (1) dass die Erkrankung des Patienten die Annahme rechtfertigt, dass das Lebensende nahe ist, (2) dass alternative Möglichkeiten der Hilfestellung erörtert und soweit gewünscht eingesetzt wurden und (3) dass der Patient sich als urteilsfähig erweist, sein Wunsch wohlerwogen und ohne äusseren Druck entstanden ist und als dauerhaft gelten kann, was durch eine unabhängige Drittperson zusätzlich überprüft werden soll, die ihrerseits nicht zwingenderweise Arzt zu sein braucht; der letzte Akt der zum Tod führenden Handlung hat immer durch den Patienten selber zu erfolgen.
Entgegen den Einwendungen des Beschwerdeführers kann somit im Rahmen der anerkannten medizinischen Berufsregeln durchaus ein ärztliches Rezept für die Abgabe von Natrium-Pentobarbital ausgestellt werden, falls im Einzelfall die entsprechenden Voraussetzungen erfüllt sind. Wie das Bundesgericht bereits festgestellt hat, ist diesbezüglich heute ein Umdenken in dem Sinne im Gang, dass die Suizidhilfe zusehends als freiwillige ärztliche Aufgabe verstanden wird, die zwar keinem Arzt aufgedrängt werden kann, aber auch aufsichts- bzw. standesrechtlich nicht ausgeschlossen erscheint, solange bei der Untersuchung, Diagnose und Abgabe die ärztlichen Sorgfaltspflichten eingehalten werden (Urteil 2P.310/2004 vom 18. Mai 2005, E. 4.3 mit Hinweisen) bzw. sich der betroffene Arzt nicht hauptsächlich vom Sterbewunsch seines Patienten leiten lässt, ohne dessen Entscheid nach wissenschaftlichen Gesichtspunkten gründlich auf seine medizinische Begründetheit hin zu überprüfen (so das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 15. Juli 1999, E. 4e, publ. in: ZBl 101/2000 S. 489 ff.).
6.3.5 Als besonders heikel erweist sich die Frage nach der Verschreibung und Abgabe von Natrium-Pentobarbital für einen begleiteten Suizid bei psychisch kranken Personen:
6.3.5.1 Es ist nicht zu verkennen, dass eine unheilbare, dauerhafte, schwere psychische Beeinträchtigung ähnlich wie eine somatische ein Leiden begründen kann, das dem Patienten sein Leben auf Dauer hin nicht mehr als lebenswert erscheinen lässt. Nach neueren ethischen, rechtlichen und medizinischen Stellungnahmen ist auch in solchen Fällen eine allfällige Verschreibung von Natrium-Pentobarbital nicht mehr notwendigerweise kontraindiziert und generell als Verletzung der medizinischen Sorgfaltspflichten ausgeschlossen (Rippe/Schwarzenegger/Bosshard/Kiesewetter, Urteilsfähigkeit von Menschen mit psychischen Störungen und Suizidbeihilfe, in: SJZ 101/2005 S. 53 ff., dort S. 90; Empfehlung Nr. 6 vom 27. April 2005 der Nationalen Ethikkommission im Bereich der Humanmedizin betreffend "Beihilfe zum Suizid"). Doch ist dabei äusserste Zurückhaltung geboten: Es gilt zwischen dem Sterbewunsch zu unterscheiden, der Ausdruck einer therapierbaren psychischen Störung ist und nach Behandlung ruft, und jenem, der auf einem selbst bestimmten, wohlerwogenen und dauerhaften Entscheid einer urteilsfähigen Person beruht ("Bilanzsuizid"), den es gegebenenfalls zu respektieren gilt. Basiert der Sterbewunsch auf einem autonomen, die Gesamtsituation erfassenden Entscheid, darf unter Umständen auch psychisch Kranken Natrium-Pentobarbital verschrieben und dadurch Suizidbeihilfe gewährt werden (vgl. Rouiller/Roussianos, a.a.O., Rz. 45; Petermann, a.a.O., Entwurf Suizid-Präventions-Gesetz, S. 1117 - 1123).
6.3.5.2 Ob die Voraussetzungen dazu gegeben sind, lässt sich wiederum nicht losgelöst von medizinischen - insbesondere psychiatrischen - Spezialkenntnissen beurteilen und erweist sich in der Praxis als schwierig; die entsprechende Einschätzung setzt deshalb notwendigerweise das Vorliegen eines vertieften psychiatrischen Fachgutachtens voraus (Rippe/Schwarzenegger/Bosshard/Kiesewetter, a.a.O., S. 90 f.), was nur sichergestellt erscheint, wenn an der ärztlichen Verschreibungspflicht von Natrium-Pentobarbital festgehalten und die Verantwortung nicht (allein) in die Hände privater Sterbehilfeorganisationen gelegt wird. Deren Aktivitäten haben verschiedentlich zu Kritik Anlass gegeben; so hat etwa eine Basler Studie aufgrund einer Analyse von 43 Fällen von durch "Exit" assistierten Suiziden zwischen 1992 und 1997 gerade die mangelnde Berücksichtigung psychiatrischer oder sozialer Faktoren beim Suizidentscheid beanstandet (Frei/Schenker/Finzen/Kräuchi/Dittmann/Hoffmann-Richter, Assisted suicide as conducted by a "Right-to-Die"-society in Switzerland: A descriptive analysis of 43 consecutive cases, Swiss Medical Weekly 2001; 131; S. 375 - 380). Es kann deshalb nicht gesagt werden, dass durch die Abgabe des Natrium-Pentobarbitals und die Delegation der Verantwortung für dessen Einsatz an eine Sterbehilfeorganisation der Schutzzweck eben so gut erfüllt würde wie durch das Festhalten an der ärztlichen Rezeptpflicht.
6.3.6 Zusammengefasst ergibt sich somit, dass - entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers - weder Art. 8 EMRK noch <ref-law> den Staat im Sinne eines konstitutiv-institutionellen Konventions- bzw. Verfassungsverständnisses dazu verhalten, dafür zu sorgen, dass ohne ärztliche Verschreibung Natrium-Pentobarbital an Sterbehilfeorganisationen bzw. Suizidwillige abgegeben wird. Das Erfordernis der ärztlichen Verschreibung von Natrium-Pentobarbital beruht auf einer gesetzlichen Grundlage, ist zum Schutz der öffentlichen Sicherheit und Gesundheit bzw. zur Aufrechterhaltung der Ordnung im öffentlichen Interesse erforderlich und erweist sich als verhältnismässig bzw. als in einer demokratischen Gesellschaft notwendig. Im Rahmen der Interessenabwägung zwischen dem Schutz des Lebens - welcher (zumindest) gebietet, dass im Einzelfall geprüft wird, ob der Entscheid, dem Leben ein Ende zu setzen, tatsächlich dem freien und wohlerwogenen Willen des Betroffenen entspricht, falls der Sterbewillige sich für einen begleiteten Suizid mit einer der Heil- und Betäubungsmittelgesetzgebung unterstehenden Substanz entscheidet - und dem Selbstbestimmungsrecht des Betroffenen steht es dem Staat verfassungs- und konventionsrechtlich frei, gewisse Voraussetzungen zu formulieren und in diesem Zusammenhang insbesondere etwa an der Rezeptpflicht für Natrium-Pentobarbital festzuhalten. Hieran ändern die vom Beschwerdeführer eingereichten (summarischen) ärztlichen Unterlagen in seinem Fall nichts; die Abgabe einer Substanz zum Zweck eines begleiteten Suizids bedingt auch in seinem Fall eine eingehende, sorgfältige medizinische Untersuchung und Diagnosestellung bzw. im Hinblick auf die Beständigkeit seines Todeswunsches und seiner diesbezüglichen Urteilsfähigkeit eine länger dauernde ärztliche Begleitung durch einen Spezialisten, der gestützt hierauf gegebenenfalls ein entsprechendes ärztliches Rezept auszustellen bereit ist; ein solches kann er nicht im vorliegenden Verfahren erwirken, in dem er beantragt, es sei generell auf die Rezeptpflicht zu verzichten, weshalb sich die Ausführungen zu seiner angeblichen Urteilsfähigkeit - wie bereits dargelegt - nicht als entscheidend erweisen (vgl. das Urteil des EGMR i.S. Pretty, a.a.O., Ziff. 74 - 77).
7. Seine weiteren Rügen sind offensichtlich unbegründet: Das Eidgenössische Departement des Innern und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich haben sich mit den Argumenten des Beschwerdeführers eingehend auseinandergesetzt; es kann keine Rede davon sein, dass sie ihre Entscheide nicht hinreichend begründet hätten (vgl. zur Begründungspflicht: <ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen). Auch liegt keine formelle Rechtsverweigerung vor: Beide Instanzen haben die Eingaben des Beschwerdeführers im Hinblick auf die Verfassungs- und Konventionsmässigkeit der einschlägigen Gesetzgebung geprüft; der Hinweis, dass die aufgeworfenen ethischen, moralischen und rechtlichen Fragen in erster Linie vom Gesetzgeber zu entscheiden seien, unterstrich lediglich die Rolle von Legislative und Judikative im gewaltengeteilten Rechtsstaat. Die vom EDI erhobene Gebühr von Fr. 5'000.-- ist schliesslich zwar hoch, jedoch nicht bundesrechtswidrig: Die Spruchgebühr bemisst sich nach der Bedeutung der Streitsache und nach dem Aufwand, den ihre Erledigung erfordert. Sie beträgt in der Regel Fr. 100.-- bis Fr. 5'000.--; bei Streitsachen von aussergewöhnlichem Aufwand oder besonderer Schwierigkeit kann sie Fr. 200.-- bis Fr. 10'000.-- betragen (vgl. Art. 2 der Verordnung vom 10. September 1969 über Kosten und Entschädigungen im Verwaltungsverfahren; SR 172.041.0). Die vom Beschwerdeführer in seiner umfangreichen Beschwerdeschrift aufgeworfenen Fragen waren nicht einfach zu beantworten und erforderten eingehende Recherchen und Abklärungen; sie machten zudem einen doppelten Schriftenwechsel nötig; im Hinblick auf den mit der Sache verbundenen Aufwand ist die Entscheidgebühr von Fr. 5'000.-- deshalb vertretbar, auch wenn das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich seinerseits nur eine Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- erhoben hat; sein Entscheid stützte sich auf kantonales Recht und damit auf eine andere Rechtsgrundlage.
8. 8.1 Nach dem Gesagten sind die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden unbegründet und deshalb abzuweisen.
8.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (vgl. Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2A.48/2006 und 2A.66/2006 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 5'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, sowie dem Eidgenössischen Departement des Innern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. November 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: