Sachverhalt:
A. A.a Die Zollkreisdirektion Basel warf mehreren Mitarbeitern der Firma Y._AG (ab 12. Oktober 2005: Z._ AG) vor, in der Zeit von Dezember 1996 bis November 2001 in zahlreichen Fällen Rechnungen von ausländischen Lieferanten gefälscht und mit den gefälschten Rechnungen zu Unrecht für diverse Waren die Zollabfertigung zum Präferenzzollansatz erwirkt zu haben. Ausserdem hätten sie in zahlreichen Fällen für verschiedene Waren ohne gültige Ursprungsnachweise zu Unrecht die Abfertigung zum Präferenzzollansatz erwirkt. X._, Geschäftsführer der Firma Y._AG, wurde zur Last gelegt, er habe vom Vorgehen der Mitarbeiter gewusst und nichts dagegen unternommen.
A.b Mit Feststellungsverfügung vom 5. Juli 2002 im Sinne von Art. 124 Abs. 2 der Verordnung vom 16. Juli 1926 zum Zollgesetz (aZV) setzte die Zollkreisdirektion Basel den von den inkriminierten Widerhandlungen betroffenen Zoll auf Fr. 301'794.90 fest. In teilweiser Gutheissung einer von der Firma Y._AG am 14. August 2002 dagegen erhobenen Beschwerde setzte die Eidgenössische Oberzolldirektion mit Entscheid vom 13. Mai 2003 den betroffenen Zoll auf Fr. 257'610.80 herab. Die dagegen erhobene Beschwerde der Firma Y._AG wies die Eidgenössische Zollrekurskommission am 9. Mai 2005 ab. Dieser Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen.
B. B.a Die Eidgenössische Oberzolldirektion verurteilte X._ mit Strafbescheid vom 3. Februar 2006 wegen Zollübertretung sowie wegen Urkundenfälschung (im Sinne von Art. 15 VStrR) zu einer Busse von Fr. 61'300.--. Sie reduzierte die Busse mit Strafverfügung vom 20. Juli 2006 auf Fr. 44'700.--. X._ verlangte die gerichtliche Beurteilung.
B.b Das Strafgericht Basel-Landschaft verurteilte X._ am 8. Juli 2008 wegen mehrfacher Urkundenfälschung (im Sinne von Art. 15 VStrR) und wegen gewohnheitsmässiger Zollhinterziehung (im Sinne von Art. 118 Abs. 1 lit. a und Abs. 3 in Verbindung mit Art. 124 lit. b ZG) - begangen als Geschäftsherr durch Unterlassen beim Besorgen der Angelegenheiten einer juristischen Person (Art. 6 Abs. 2 und 3 VStrR) - zu einer Geldstrafe von 100 Tagessätzen zu Fr. 240.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 3'000.--. Hinsichtlich der inkriminierten Handlungen vor dem 13. September 1998 wurde dem Verfahren wegen Verjährung keine Folge gegeben. In den Fällen, in welchen das Strafgericht X._ der Urkundenfälschung schuldig sprach, wurde dem Verfahren betreffend gewohnheitsmässige Zollhinterziehung mangels genügender Anklage keine Folge gegeben.
X._ erklärte die Appellation mit dem Antrag, er sei von Schuld und Strafe freizusprechen.
B.c Das Kantonsgericht Basel-Landschaft gab mit Entscheid vom 30. Juni 2009 in teilweiser Gutheissung der Appellation dem Verfahren gegen X._ wegen mehrfacher Urkundenfälschung sowie wegen gewohnheitsmässiger Zollhinterziehung in sämtlichen Fällen keine weitere Folge, da inzwischen gemäss dem zur Zeit der inkriminierten Taten geltenden Verjährungsrecht die absolute Verjährung eingetreten sei.
C. Die Eidgenössische Zollverwaltung führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 30. Juni 2009 sei aufzuheben. Es sei festzustellen, dass noch nicht sämtliche X._ vorgeworfenen Widerhandlungen verjährt seien, und die Strafsache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. X._ stellt in seiner Vernehmlassung den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen.
Die Schweizerische Bundesanwaltschaft hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft hat sich nicht vernehmen lassen.
Das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft beantragt unter Hinweis auf die Begründung des angefochtenen Urteils die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Eidgenössische Zollverwaltung ist gestützt auf Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 7 BGG als beteiligte Verwaltung in Verwaltungsstrafsachen zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt. Die Beschwerde, mit welcher eine Verletzung von Bundesrecht, insbesondere von Art. 11 Abs. 3 VStrR gerügt wird, wurde fristgerecht eingereicht. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. 2.1 Die Verjährungsbestimmungen des neuen Allgemeinen Teils des Schweizerischen Strafgesetzbuches, der am 1. Januar 2007 in Kraft getreten ist, entsprechen inhaltlich den Verjährungsbestimmungen gemäss Bundesgesetz vom 5. Oktober 2001 betreffend Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes (Verjährung der Strafverfolgung im allgemeinen und bei Sexualdelikten an Kindern), in Kraft seit 1. Oktober 2002 (AS 2002 2993 und 3146).
Die inkriminierten Straftaten wurden in der Zeit von Dezember 1996 bis November 2001 verübt. Das am 1. Oktober 2002 in Kraft getretene revidierte Verjährungsrecht ist im vorliegenden Fall nach der insoweit zutreffenden Auffassung der Vorinstanz nicht milder als das zur Zeit der inkriminierten Taten geltende Recht, weil bei Anwendung des revidierten Rechts die Verjährung bereits mit dem Erlass der Strafverfügung der Eidgenössischen Oberzolldirektion vom 20. Juli 2006 definitiv zu laufen aufgehört hätte. Denn eine solche Strafverfügung ist ein erstinstanzliches Urteil im Sinne von Art. 97 Abs. 3 StGB beziehungsweise Art. 70 Abs. 3 StGB in der Fassung vom 5. Oktober 2001 (<ref-ruling> E. 9.4.4 S. 116). Somit ist vorliegend das Verjährungsrecht anwendbar, welches bis zum 30. September 2002 galt.
2.2 Die inkriminierten Straftaten sind Vergehen. Diese verjähren nach dem bis zum 30. September 2002 geltenden Verjährungsrecht relativ in 5 und absolut in 71⁄2 Jahren. Gemäss den Ausführungen der Vorinstanz begann im vorliegenden Fall die Verfolgungsverjährung spätestens mit der Hausdurchsuchung vom 20. November 2001 zu laufen. Daher sei spätestens am 20. Mai 2009 die absolute Verjährung eingetreten.
Daran ändert nach der Auffassung der Vorinstanz "die nebenstrafrechtliche Bestimmung" von Art. 11 Abs. 3 VStrR nichts, wonach die Verjährung ruht bei Vergehen und Übertretungen während der Dauer eines Einsprache-, Beschwerde- oder gerichtlichen Verfahrens über die Leistungs- oder Rückleistungspflicht oder über eine andere nach dem einzelnen Verwaltungsgesetz zu beurteilende Vorfrage oder solange der Täter im Ausland eine Freiheitsstrafe verbüsst. Einer "lex specialis" gebühre der Vorrang vor der allgemeinen Bestimmung nur, wenn sie die umstrittene Rechtsfrage abschliessend regle und keiner Ergänzung durch das StGB bedürfe. Diese Voraussetzung sei hier nicht erfüllt. Dazu komme, dass eine Hinderung der im StGB statuierten absoluten Verjährungsfrist durch Art. 11 Abs. 3 VStrR sowohl dem Sinn und Zweck der Verjährungsbestimmungen als auch dem Gleichheitsgebot zuwiderliefe, weil dadurch die nebenstrafrechtlichen Vergehenstatbestände einer längeren Verjährungsfrist unterlägen als die Vergehenstatbestände des Strafgesetzbuches. Für eine solche Differenzierung bestehe weder Anlass noch Raum. Die ausgedehnte zeitliche Inanspruchnahme verwaltungsrechtlicher Strafverfahren zu Lasten eines Beschuldigten durch die Hinderung beziehungsweise Verlängerung der absoluten Verjährungsfrist zu kompensieren, könne daher nicht der Wille des Gesetzgebers sein. Deshalb sei dem Verfahren in sämtlichen Punkten zufolge Eintritts der absoluten Verjährung, die spätestens am 20. Mai 2009 eingetreten sei, keine weitere Folge zu geben.
2.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz verkenne, dass Art. 11 Abs. 3 VStrR eine abschliessende Regelung betreffend das Ruhen der Verjährung enthalte, welche spezifisch auf das Fiskalstrafverfahren zugeschnitten sei. Die Vorinstanz übersehe zudem, dass das Fiskalstrafverfahren vom Entscheid über die Leistungs- oder Rückleistungspflicht und die darin enthaltene Abgabenabrechnung abhänge, wie sich unter anderem aus Art. 63 Abs. 3, Art. 69 Abs. 2 und Art. 77 Abs. 4 VStrR ergebe. Die allgemeinen Bestimmungen des StGB seien gemäss Art. 2 VStrR nur anwendbar, soweit das Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht oder das einzelne Verwaltungsgesetz nichts anderes bestimme. Die besondere verjährungsrechtliche Regelung gemäss Art. 11 Abs. 3 VStrR werde im Übrigen auch im neuen Recht (Art. 333 Abs. 6 lit. c Satz 2 StGB) ausdrücklich vorbehalten. Die von der Vorinstanz offenbar angedeutete überlange Verfahrensdauer sei hinsichtlich der Frage der Verjährung unerheblich. Die Auffassung der Vorinstanz, wonach Art. 11 Abs. 3 VStrR in einem Fall der vorliegenden Art nicht anwendbar sei, stehe im Widerspruch zur Rechtsprechung des Bundesgerichts (<ref-ruling>) und finde auch in der Lehre keine Stütze.
2.4 Der Beschwerdegegner wendet ein, vorliegend gehe es nicht um Fiskaldelikte im engeren Sinn, sondern hauptsächlich um Urkundenfälschungen. Bei der Auslegung von Art. 11 Abs. 3 VStrR sei auch Art. 11 Abs. 2 in fine VStrR zu berücksichtigen, wonach die Verjährung durch Unterbrechung nicht um mehr als die Hälfte hinausgeschoben werden könne. Die von seinem Unternehmen eingereichten Beschwerden gegen die Entscheide betreffend die Leistungspflicht seien erfolgreich gewesen und hätten zu einer massgeblichen Reduktion der Leistungspflicht geführt. Es gehe nicht an, die Regeln über die absolute Verjährung auszuhebeln mit der Begründung, dass diese während der Dauer der - im konkreten Fall notwendigen und erfolgreichen - Beschwerdeverfahren betreffend die Leistungspflicht geruht habe. Dem von der Beschwerdeführerin angerufenen <ref-ruling> liege ein Sachverhalt zugrunde, welcher mit dem vorliegenden nicht ohne weiteres zu vergleichen und gleichzusetzen sei.
3. 3.1 Das Bundesgesetz vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0) findet Anwendung, wenn die Verfolgung und Beurteilung von Widerhandlungen einer Verwaltungsbehörde des Bundes übertragen ist (Art. 1 VStrR). Für Taten, die in der Verwaltungsgesetzgebung des Bundes mit Strafe bedroht sind, gelten die allgemeinen Bestimmungen des Strafgesetzbuches, soweit das Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht oder das einzelne Verwaltungsgesetz nichts anderes bestimmt (Art. 2 VStrR). In Bezug auf das Ruhen der Verfolgungsverjährung enthält das Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht seit seinem Inkrafttreten unverändert eine Sonderregelung in Art. 11 Abs. 3 VStrR. Danach ruht die Verjährung bei Vergehen und Übertretungen während der Dauer eines Einsprache-, Beschwerde- oder gerichtlichen Verfahrens über die Leistungs- oder Rückleistungspflicht oder über eine andere nach dem einzelnen Verwaltungsgesetz zu beurteilende Vorfrage oder solange der Täter im Ausland eine Freiheitsstrafe verbüsst. Ein Einspracheverfahren über die Leistungspflicht etc. bewirkt allerdings nicht ohne weiteres, sondern nur dann ein Ruhen der Verjährung, wenn im Einspracheverfahren auch eine Frage zu beurteilen ist, die strafrechtlich relevant und somit im Sinne von Art. 11 Abs. 3 VStrR als Vorfrage anzusehen ist (Urteil 6S.464/2004 vom 9. Mai 2005 E. 4).
3.2 Die Beurteilung der Widerhandlungen gegen das Zollgesetz (Zollhinterziehungen), welche dem Beschwerdegegner unter anderem zur Last gelegt werden, hängt im Schuldpunkt und im Strafmass wesentlich davon ab, ob überhaupt eine Leistungs- beziehungsweise Rückleistungspflicht besteht und gegebenenfalls in welchem zahlenmässigen Umfang. Daher ist über diese Vorfrage vorgängig zu entscheiden. Wird gegen die diesbezügliche Verfügung der zuständigen Verwaltungsbehörde ein Rechtsmittel erhoben, so ruht ab diesem Zeitpunkt die Verfolgungsverjährung während des Einspracheverfahrens sowie während eines allenfalls daran anschliessenden Beschwerde- und gerichtlichen Verfahrens bis zur Ausfällung eines rechtskräftigen Entscheids über die Leistungspflicht. Das Ruhen der Verjährung gemäss Art. 11 Abs. 3 VStrR gilt (altrechtlich) nicht nur für die relative, sondern auch für die absolute Verjährungsfrist (<ref-ruling> E. 2c S. 335 mit Hinweisen).
Die Sonderregelung gemäss Art. 11 Abs. 3 VStrR soll verhindern, dass Widerhandlungen verjähren, bevor über die für die strafrechtliche Beurteilung wesentliche Vorfrage der Leistungspflicht im Grundsatz und im Umfang rechtskräftig entschieden worden ist. Die daraus resultierende Verlängerung der Verjährungsfrist, die im konkreten Einzelfall unter Umständen mehrere Jahre betragen kann, ist entgegen der Ansicht der Vorinstanz vom Gesetzgeber gewollt. Schon vor der Schaffung des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht entschied das Bundesgericht, dass die strafrechtliche Verfolgungsverjährung während eines Beschwerdeverfahrens betreffend die Leistungspflicht vernünftigerweise ruhen muss (<ref-ruling> E. 2 S. 91; siehe ferner <ref-ruling> E. 2d S. 336). Art. 11 Abs. 3 VStrR hat im Übrigen, wie Art. 333 Abs. 6 lit. c StGB ausdrücklich klarstellt, auch nach dem heute geltenden Verjährungsrecht weiterhin Bestand, obschon dieses im Unterschied zum früheren, vorliegend anwendbaren Recht ansonsten die Institute des Ruhens und der Unterbrechung der Verjährung nicht mehr vorsieht.
Eine "lex specialis" hat entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht nur Vorrang vor den allgemeinen Bestimmungen, wenn sie eine Rechtsfrage abschliessend regelt. Daher ist es unerheblich, dass Art. 11 VStrR die Verjährung nicht umfassend und erschöpfend regelt und im Übrigen gemäss Art. 2 VStrR die allgemeinen Bestimmungen des Strafgesetzbuches Anwendung finden. In Bezug auf das Ruhen der Verjährung aber ist im Übrigen die Regelung in Art. 11 Abs. 3 VStrR abschliessend, da Art. 72 Ziff. 1 aStGB als einzigen Grund für das Ruhen der Verjährung die Verbüssung einer Freiheitsstrafe im Ausland nannte, was Art. 11 Abs. 3 in fine VStrR entspricht.
3.3 Die Verfolgungsverjährung ruhte im vorliegenden Fall nicht nur in Bezug auf die inkriminierten Widerhandlungen gegen das Zollgesetz (Zollhinterziehungen), sondern auch hinsichtlich der inkriminierten Urkundenfälschungen im Sinne von Art. 15 Abs. 1 VStrR. Zwischen den Urkundenfälschungen und den Widerhandlungen gegen das Zollgesetz besteht ein enger Zusammenhang, da laut Anklage durch die Vorlage von gefälschten Urkunden die Zollabfertigung zum Präferenzzollansatz erwirkt und dadurch Zoll hinterzogen wurde. Es wäre daher, soweit überhaupt möglich, jedenfalls nicht sinnvoll gewesen, das Verwaltungsstrafverfahren wegen Urkundenfälschung im Sinne von Art. 15 VStrR vom Strafverfahren wegen Widerhandlungen gegen das Zollgesetz zu trennen und während der Dauer des Einsprache- und Beschwerdeverfahrens über die Leistungs- beziehungsweise Rückleistungspflicht betreffend den Zoll weiterzuführen. Im Übrigen kann auch bei einer Urkundenfälschung im Sinne von Art. 15 VStrR das Strafmass vom zahlenmässigen Umfang des unrechtmässigen Vorteils abhängen, welchen der Beschuldigte sich im Sinne dieser Bestimmung zu verschaffen beabsichtigt.
3.4 Partei im Verwaltungsverfahren betreffend die Leistungspflicht war allerdings nicht der Beschwerdegegner, sondern die Firma Y._AG, deren Geschäftsführer er war. Gleichwohl hat die Verjährung in Bezug auf die dem Beschwerdegegner zur Last gelegten Straftaten gemäss Art. 11 Abs. 3 VStrR geruht. Nach der Rechtsprechung ruht die strafrechtliche Verfolgungsverjährung gegenüber allen Beteiligten, auch wenn nur einer von mehreren Beteiligten die Verfügung betreffend die Leistungspflicht anficht (<ref-ruling> E. 3 S. 332). Entsprechendes gilt a fortiori, wenn, wie im vorliegenden Fall, die eingeklagten Widerhandlungen vom Beschuldigten beim Besorgen der Angelegenheiten einer juristischen Person verübt wurden (Art. 6 VStrR), welche die Verfügung betreffend die Leistungspflicht als allein dazu Legitimierte anficht.
3.5 Die Verfolgungsverjährung ruhte somit in Bezug auf die dem Beschwerdegegner zur Last gelegten Straftaten ab dem 14. August 2002, als die Firma Y._AG gegen die Feststellungsverfügung der Zollkreisdirektion Basel vom 5. Juli 2002 bei der Eidgenössischen Oberzolldirektion Beschwerde erhob, bis zur Ausfällung des in Rechtskraft erwachsenen Entscheids der Eidgenössischen Zollrekurskommission vom 9. Mai 2005, durch welchen die Beschwerde gegen den Entscheid der Eidgenössischen Oberzolldirektion vom 14. Mai 2003 abgewiesen wurde. Um diesen Zeitraum vom 14. August 2002 bis zum 9. Mai 2005 verlängert sich mithin die Verjährungsfrist. Daher waren weder spätestens am 20. Mai 2009 noch im Zeitpunkt der Ausfällung des vorliegend angefochtenen Urteils vom 30. Juni 2009 alle dem Beschwerdegegner zur Last gelegten Straftaten verjährt.
3.6 Die Verfolgungsverjährung begann allerdings entgegen einer Bemerkung im angefochtenen Urteil nicht spätestens mit der Hausdurchsuchung vom 20. November 2001 zu laufen. Nach den allgemeinen Bestimmungen des StGB beginnt die Verjährung mit dem Tag zu laufen, an dem der Täter die strafbare Tätigkeit ausführt (Art. 98 lit. a StGB, Art. 71 aStGB). Diese Bestimmung gilt gemäss Art. 2 VStrR auch für Urkundenfälschungen im Sinne von Art. 15 Abs. 1 VStrR sowie für Widerhandlungen gegen das Zollgesetz (siehe zu Letzteren <ref-ruling> E. 2a/cc S. 77; Urteil 6P.184/2004 vom 9. März 2005 E. 8.2), da weder das Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht noch das Zollgesetz (alte und neue Fassung) etwas anderes vorsehen.
4. Die Beschwerde ist gutzuheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 30. Juni 2009 aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der unterliegende Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, vom 30. Juni 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Schweizerischen Bundesanwaltschaft, der Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Näf