Faits:
A. BX._, née en 1975 à Bordj Ghedir (Algérie), et AX._, né en 1964 à Hussein Dey (Algérie), se sont mariés en 2005 à Genève. Les époux X._ vivent séparés depuis le mois de mai 2006. Ils ont une fille, née en 2000.
AX._ est au chômage depuis mars 2007. Par l'intermédiaire de l'Office cantonal de l'emploi, il a trouvé un travail de commis administratif pour la période du 14 avril au 22 septembre 2008, activité qui lui permet de toucher une indemnité de chômage mensuelle d'un montant de 3'025 fr. L'épouse a travaillé comme vendeuse sur appel pour un salaire mensuel de 1'700 fr. Elle est actuellement sans emploi et reçoit une aide de l'Hospice Général depuis septembre 2007.
Les époux sont copropriétaires d'une maison en France, inhabitable en l'état, pour laquelle l'époux allègue se charger du paiement des amortissements et intérêts hypothécaires.
B. Le 24 mai 2007, BX._ a introduit une demande unilatérale en divorce avec mesures préprovisoires urgentes et mesures provisoires devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Les mesures préprovisoires urgentes ont été rejetées par ordonnance du 18 juin 2007, le Tribunal de première instance estimant que le caractère de l'urgence n'était pas réalisé et que l'époux ne disposait pas, prima facie, de revenus suffisants pour être condamné au versement d'une contribution d'entretien. Statuant sur mesures provisoires, le Tribunal de première instance a notamment condamné AX._ à payer à BX._ la somme mensuelle de 1'080 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille et ce avec effet au 1er juin 2006.
Par arrêt du 20 juin 2008, la Cour de justice a rejeté l'appel formé par l'époux et confirmé le jugement rendu par le Tribunal de première instance.
C. AX._ exerce un recours en matière civile contre cette dernière décision. Le recourant conclut à ce que la contribution à l'entretien de la famille soit fixée à 200 fr. par mois dès le 23 février 2008, allocations familiales non comprises, sous déduction des montants déjà versés. Invoquant l'arbitraire dans l'application du droit cantonal et fédéral ainsi que l'art. 29 al. 2 Cst., sous son aspect du droit à une motivation de la décision attaquée, il soutient que certains postes de ses charges n'ont pas été retenus par la cour cantonale et critique la rétroactivité de la contribution d'entretien.
Le recourant sollicite également l'assistance judiciaire.
Par ordonnance présidentielle du 12 août 2008, l'effet suspensif a été accordé pour les contributions d'entretien arriérées, mais refusé pour les contributions d'entretien courantes.

Considérant en droit:
1. La décision de mesures provisoires ordonnées sur la base de l'<ref-law> est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law>. Bien que provisoire et sans effet sur le fond, elle est finale au sens de l'<ref-law>, dès lors que son objet est différent de celui de la procédure au fond et qu'elle met fin à l'instance sous l'angle procédural (<ref-ruling> consid. 3.2 et les références). Le recours a en outre pour objet une décision rendue par une autorité de dernière instance cantonale (<ref-law>), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>, <ref-law>). Il a par ailleurs été déposé dans le délai (art. 46 al. 2 et 100 al. 1 LTF), de sorte qu'il est en principe recevable.
2. La décision sur mesures provisoires de l'<ref-law> étant une décision portant sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, le recours ne peut être formé que pour violation des droits constitutionnels.
3. La Cour de justice a fixé les charges incompressibles du recourant à 1'458 fr. par mois. Celles-ci se composent des frais d'assurance-maladie (288 fr. 30), de transports publics (70 fr.) ainsi que du montant de l'entretien de base pour une personne seule (1'100 fr.). Compte tenu de son salaire de 3'025 fr., il resterait par conséquent au recourant un disponible de plus de 1'500 fr. Les charges incompressibles de son épouse et de sa fille se chiffrent à 2'070 fr. 50. L'épouse étant sans emploi, elle est assistée par l'Hospice Général. Dans ces conditions, la cour cantonale a estimé que la contribution d'entretien, que le premier juge avait fixée à 1'080 fr. par mois, pouvait être confirmée, dès lors qu'elle ne portait pas atteinte au minimum vital de l'époux. La Cour de justice a également prévu que la contribution d'entretien était due avec effet rétroactif au 1er juin 2006.
Dans un recours particulièrement long et fastidieux, le recourant soulève dix griefs de violation des art. 29 al. 2 et 9 Cst. dans l'appréciation des preuves et, simultanément, dans l'appréciation du droit fédéral et cantonal. En substance, le recourant remet en cause l'attribution de l'effet rétroactif au paiement de la contribution à l'entretien de la famille et critique le fait que l'autorité cantonale n'ait inclus dans ses charges incompressibles ni la somme alléguée à titre de loyer de sous-location, ni le remboursement des intérêts hypothécaires liés à la maison détenue en copropriété.
4. 4.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu, consacré à l'art. 29 al. 2 Cst., le devoir pour l'autorité de motiver ses décisions, de manière à ce que le justiciable puisse les comprendre et, le cas échéant, exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Le droit d'être entendu est violé si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2b). Le respect de cette garantie constitutionnelle est librement examiné par le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 3 et les références citées).
4.2 D'après la jurisprudence, une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement un principe juridique clair et incontesté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une solution différente paraisse concevable, voire préférable; pour que la décision attaquée soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 et les arrêts cités).
4.3 Le recourant qui se plaint de la violation de ses droits constitutionnels - soit de ses droits fondamentaux au sens de l'<ref-law> - doit, comme sous l'empire de l'art. 90 al. 1 let. b LOJ, satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione; <ref-ruling> consid. 6, 639 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4). Si le recourant se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.), il ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où la juridiction supérieure jouit d'une libre cognition; en particulier, il ne saurait se limiter à opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenable. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités).
De pratique constante, le Tribunal fédéral se montre réservé dans le contrôle de l'établissement des faits et de l'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît aux juridictions cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et la jurisprudence citée); il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte, lorsque des constatations de fait son manifestement fausses, ou encore lorsque l'appréciation des preuves apparaît tout à fait insoutenable (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2a et la jurisprudence citée). Cette retenue est d'autant plus grande lorsque, comme en l'espèce, la cause est examinée en procédure sommaire avec administration restreinte des moyens de preuve et limitation du degré de la preuve à la simple vraisemblance (<ref-ruling> consid. 2b/bb; <ref-ruling> consid. 3; Rolf Vetterli, in FamKomm Scheidung, Berne 2005, n. 11 ad art. 175-179 CC).
5. 5.1 La cour cantonale a refusé de prendre en compte le montant du loyer de sous-location, dont le recourant allègue qu'il s'élèverait à 1'132 fr., au motif qu'aucune pièce probante ne rendait vraisemblable qu'il avait pris un appartement en sous-location pour le loyer allégué. L'unique quittance de paiement produite par l'appelant ne constituait pas une preuve suffisante de l'existence d'une prétendue sous-location pour un montant de 1'132 fr. Pour en justifier, l'appelant aurait pu produire un courrier du locataire attestant de la sous-location en contrepartie du montant allégué.
5.2 Le recourant soutient que la dernière instance cantonale n'aurait pas compris le sens et la portée de la quittance de sous-loyer du mois de février, qu'elle aurait omis de tenir compte de la facture SIG - consommation d'eau et d'électricité - adressée à son nom pour la période du 6 février au 13 mars 2008 et qu'enfin, elle n'aurait pas pris en considération l'aveu de l'existence de cette sous-location que son épouse aurait fait en audience de plaidoirie. Refuser de prendre en considération le montant du loyer de sous-location dans ses charges incompressibles constituerait également une application arbitraire des art. 125, 137 et 163 CC. Enfin, le recourant se plaint d'un défaut de motivation (art. 29 al. 2 Cst.), la Cour de justice ne s'étant prononcée ni sur la facture SIG, ni sur l'aveu judiciaire de l'intimée.
5.3 La cour cantonale n'a pas contesté que le recourant habitait à Z._. C'est d'ailleurs cette adresse qu'elle a retenue dans son rubrum. Elle a cependant estimé que le montant de 1'132 fr. n'était pas établi. Les griefs relatifs au défaut de motivation (art. 29 al. 2 Cst.) et d'arbitraire (art. 9 Cst.) en relation avec la facture SIG et l'aveu judiciaire de l'épouse sont par conséquent sans objet.
Quant au montant et à la réalité de son paiement, la Cour de justice a considéré que l'unique quittance de paiement produite ne permettait pas de prouver qu'il payait effectivement un sous-loyer de 1'132 fr. Le recourant prétend que la prise d'une sous-location était un fait nouveau lorsque l'appel a été interjeté, qu'il ne pouvait, à l'époque, produire que cette seule quittance - ayant pris l'appartement au 1er février alors que l'appel a été déposé le 21 février - et que l'autorité cantonale aurait mal lu la pièce en retenant qu'il ne rendait pas vraisemblable le montant du sous-loyer. Il ajoute qu'un éventuel courrier du locataire n'aurait pas eu de force probante et que sa partie adverse n'a contesté ce paiement et son but que très tard. Les critiques du recourant sont purement appellatoires: il n'est certainement pas arbitraire de retenir que cette seule pièce, attestant d'un versement à un tiers, ne suffit pas à rendre vraisemblable le montant du loyer ainsi que son paiement régulier et effectif. Le grief d'arbitraire dans l'application du droit matériel est d'emblée privé d'objet dès lors que ni le montant du sous-loyer, ni son paiement effectif ne sont pas établis. Selon la jurisprudence, seuls les montants effectivement payés doivent être pris en compte dans les charges du débirentier (<ref-ruling> consid. 3a; arrêt 5C.107/2005 du 13 avril 2006, consid. 4.2.1).
6. La cour cantonale a ensuite considéré qu'à juste titre, le Tribunal de première instance n'avait pas pris en compte les frais d'amortissement du prêt hypothécaire. Au vu de la situation financière des parties, le remboursement des dettes devait céder le pas aux obligations d'entretien.
Le recourant reproche à la dernière instance cantonale de ne pas avoir indiqué les raisons pour lesquelles elle ne prenait pas en considération les pièces produites en relation avec les charges hypothécaires et pourquoi elle avait exclu les intérêts hypothécaires de ses charges incompressibles (art. 29 al. 2 Cst.). En omettant arbitrairement de prendre en considération les pièces précitées et en excluant ainsi le remboursement mensuel de la dette hypothécaire de ses charges incompressibles, la cour cantonale aurait appliqué de manière arbitraire les art. 125, 137 et 163 CC. Le recourant affirme qu'il a pourtant allégué le remboursement de l'amortissement et des intérêts, qu'il s'agit d'une dette hypothécaire commune des époux grevant la maison dont ils sont copropriétaires en France, que si l'amortissement et les intérêts ne sont pas payés, la maison risque d'être vendue en réalisation forcée et que, puisque son disponible n'est plus que de 1'500 fr., il doit être admis à s'acquitter de cette dette hypothécaire.
S'agissant de dettes non nécessaires à assurer l'existence de la famille, aucun des époux n'habitant la maison en question, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir refusé de tenir compte aussi bien de l'amortissement que des intérêts. Lorsque les ressources des époux sont limitées, le juge se base sur le minimum vital LP (<ref-ruling> consid. 2c et la jurisprudence citée). Les amortissements et intérêts hypothécaires d'une maison inhabitée en France n'en font bien évidemment pas partie.
7. La cour cantonale a enfin alloué la contribution avec effet rétroactif au 1er juin 2007, soit un an avant le dépôt de la demande en divorce et la requête de mesure provisionnelles. Elle a considéré que, compte tenu de la situation particulièrement précaire de l'intimée, la contribution d'entretien était due avec effet rétroactif au 1er juin 2006, sous déduction des montants déjà versés.
Le recourant prétend que la dernière instance cantonale aurait procédé à une application arbitraire des art. 4 et 137 al. 2 CC. La cour aurait ainsi manifestement détourné l'institution juridique de la rétroactivité, puisqu'il devrait consacrer son disponible de 450 fr. pendant 4 ans pour payer l'arriéré. Il soutient enfin que son épouse n'a pas fait état d'un arriéré et que celui-ci servira finalement à ce qu'elle se constitue une épargne.
Les époux se sont séparés en mai 2006. Depuis lors, le recourant a effectué des paiements, inférieurs cependant à ce qu'il devait, de sorte que son épouse et sa fille ont dû recourir à l'aide de l'assistance publique. La rétroactivité prévue ne lui impose pas de payer plus que ce qu'il doit et ne permettra pas à l'épouse d'épargner: les sommes avancées par l'Hospice Général sont en effet remboursables en cas de retour à une situation meilleure. Le grief du recourant est par conséquent infondé.
8. Le recourant invoque enfin la violation de son droit à un recours effectif (art. 29 al. 1 Cst.) ainsi que son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Il soutient que la Cour de justice aurait dû ordonner une comparution personnelle sur la contestation de son loyer ou renvoyer la cause en première instance.
Par cette seule affirmation, le recourant ne satisfait manifestement pas aux exigences de motivation liées aux violations de dispositions constitutionnelles et prescrites par l'<ref-law>. Au demeurant, le droit d'être entendu ne donne pas le droit d'être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 9b; <ref-ruling> consid. 4c) et, par conséquent, à une audience de comparution personnelle. Il ne dispense pas non plus les parties de collaborer à la procédure et de produire les pièces en leur possession, ce d'autant plus lorsqu'elles sont assistées de mandataires professionnels. En toute hypothèse, le droit d'être entendu ne permet pas d'attendre qu'une décision soit rendue pour s'en prévaloir ensuite et obtenir que la procédure soit reprise à un stade antérieur.
9. En conclusion, le recours doit donc être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions de l'intéressé étant dépourvues de toutes chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>) et un émolument réduit est mis à la charge du recourant (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu de verser de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond, étant précisé qu'elle a conclu au rejet de l'effet suspensif alors que celui-ci a été partiellement accordé.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 16 octobre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli de Poret