Fatti:
A. Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, con risoluzione del 18 dicembre 2007 pubblicata nel Foglio ufficiale n. 102/2007 del 21 dicembre 2007 (pag. 9716 e seg.), ha deciso di differire le elezioni degli organi comunali in diversi Comuni interessati da progetti di aggregazione, tra i quali Mezzovico-Vira, precisando che le stesse avranno luogo in data da stabilire: ciò poiché la procedura di aggregazione non poteva essere completata in tempo utile. La decisione è stata presa in seguito all'esito delle votazioni consultive tenutesi il 25 novembre 2007 su differenti progetti di aggregazione, tra cui quello del Monteceneri (Comuni di Bironico, Camignolo, Isone, Medeglia, Mezzovico-Vira, Rivera e Sigirino). L'Esecutivo cantonale ha ricordato che secondo l'art. 11 cpv. 3 della legge sulle aggregazioni e separazioni dei Comuni, del 16 dicembre 2003 (LASC), se l'entrata in funzione del nuovo Comune è prevista entro un anno dalle elezioni generali, esso può decidere di prescindere da queste nei Comuni del comprensorio di aggregazione. Ha poi rilevato che, sempre secondo la citata legge, pure nel caso in cui un progetto di aggregazione debba essere abbandonato, dev'essere consultato il Parlamento, che pone formalmente fine alla procedura per il tramite di un decreto legislativo non sottoposto a referendum.
B. Avverso questa risoluzione il 28 gennaio 2008 Mariella Balmelli, Domenico Giglio, Guido Zocchi, Renato Zocchi, Romina Canepa, Federico Canepa, Francesco Zocchi, Franca Genucchi, Ferruccio Canepa, Raffaella Hendry, Elisa Baroni e Luciano Gabutti, cittadini di Mezzovico-Vira, presentano al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico (per violazione del diritto di voto), subordinatamente un ricorso sussidiario in materia cantonale, chiedendo di annullarla. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
C. Con osservazioni del 12 febbraio 2008 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino propone di respingere il ricorso in materia di diritto pubblico e di dichiarare irricevibile il ricorso sussidiario in materia costituzionale.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (art. 29 cpv. 1 della legge federale sul Tribunale federale del 17 giugno 2005, LTF; RS 173.110). Esso vaglia quindi d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1, 249 consid. 1.1).
1.2 I ricorrenti presentano un ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 e segg. LTF) e, subordinatamente, un ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 e segg. LTF). Essi fanno valere che l'impugnato differimento delle elezioni comunali violerebbe il loro diritto di voto. Presentato da cittadini che hanno diritto di voto nell'affare in causa, la cui legittimazione è pertanto pacifica (<ref-law>), il ricorso concernente il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari, tra le quali rientrano, conformemente alla prassi relativa all'art. 85 lett. a OG, anche le elezioni comunali (sentenza 1C_185/ 2007 del 6 novembre 2007 consid. 1.1; cfr. <ref-ruling> consid. 1.1), è chiaramente ammissibile (art. 82 lett. c LTF), poiché interposto in tempo utile (<ref-law>) e nella forma prevista dalla legge (<ref-law>) contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (<ref-law>).
Visto che nel quadro delle elezioni litigiose è dato il ricorso in materia di diritto pubblico, il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
1.3 Il gravame è diretto contro il differimento da parte del Governo delle elezioni comunali, ossia contro un atto preparatorio che concerne il diritto di voto (sentenza 1C_185/2007, citata). La questione di sapere se contro questo atto sia dato ricorso al Consiglio di Stato (cfr. art. 163 e 164 della legge ticinese sull'esercizio dei diritti politici del 7 ottobre 1998, LEDP), che nelle sue osservazioni definisce la decisione impugnata di ultima istanza cantonale, non dev'essere esaminata oltre (cfr., per il diritto previgente, sentenza 1P.152 e 592/1992 dell'11 gennaio 1993 consid. 2b, apparsa in RDAT I-1993 n. 18). In effetti, l'inoltro di un eventuale ricorso al Governo cantonale costituirebbe, nella fattispecie, soltanto una vana formalità (cfr. <ref-ruling> consid. 2 e 3; <ref-ruling> consid. 1.5). Si può in questo contesto rilevare che secondo l'<ref-law>, i Cantoni devono prevedere un rimedio giuridico contro gli atti delle autorità che possono violare i diritti politici dei cittadini in materia cantonale, obbligo che non si estende tuttavia agli atti del Parlamento e del Governo. Entro due anni dall'entrata in vigore della LTF, i Cantoni devono quindi emanare le relative disposizioni di esecuzione (<ref-law>). In materia di diritto di voto a livello comunale sarà richiesta un'istanza giudiziaria di ricorso (sentenza 1C_185/2007, citata, consid. 1.2). Se questa conclusione debba valere anche per la risoluzione governativa litigiosa non è un argomento che dev'essere esaminato nel quadro della presente causa.
1.4 Secondo l'<ref-law>, il ricorso può essere presentato per violazione del diritto federale (lett. a) e, in particolare, delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari (lett. d): vi rientrano le garanzie dell'<ref-law>, come pure le norme della LEDP e quelle che sono in stretta relazione con il diritto di voto o ne precisano il contenuto o la portata, come è il caso per l'art. 11 cpv. 3 LASC, norme che il Tribunale federale esamina con piena cognizione (sentenza 1C_185/2007 consid. 1.1; cfr. <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid 2 d/cc).
1.5 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Esso né è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati e respingerlo sulla base di una motivazione differente da quella posta a fondamento del giudizio impugnato (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140).
2. 2.1 Il progetto di aggregazione dei Comuni di Bironico, Camignolo, Isone, Medeglia, Mezzovico-Vira, Rivera e Sigirino, dal quale trae origine la vertenza, è stato promosso nel 2005 su istanza dei sette Municipi (art. 4 cpv. 1 LASC). In seguito, il Consiglio di Stato ha avviato lo studio di aggregazione e nominato la relativa Commissione, che ha presentato il suo rapporto il 14 giugno 2007 (art. 4 cpv. 2 e 3 LASC). La votazione consultiva nei Comuni interessati, preceduta dal rapporto del Consiglio di Stato alla cittadinanza (art. 6 LASC), ha avuto luogo il 25 novembre 2007, con esito positivo in quattro Comuni e negativo a Isone e Mezzovico-Vira (in quest'ultimo con 259 voti favorevoli e 333 contrari).
2.2 I ricorrenti sostengono che l'art. 11 cpv. 3 LASC - secondo cui se l'entrata in funzione del nuovo Comune è prevista entro un anno dalle elezioni generali, il Consiglio di Stato può decidere di prescindere da queste nei Comuni del comprensorio d'aggregazione - posto a fondamento della decisione impugnata - sarebbe contrario alla Costituzione cantonale. La criticata risoluzione lederebbe inoltre il voto passivo e attivo, sarebbe priva di un interesse pubblico preponderante, lesiva sia del divieto dell'arbitrio sia del principio della buona fede (<ref-law>), contraria al principio della proporzionalità e costituiva di un diniego di giustizia materiale. L'art. 11 cpv. 3 LASC non preciserebbe in maniera sufficientemente circostanziata i casi nei quali potrebbe essere ammesso un differimento delle elezioni, ponendo quale unico criterio una vacua "previsione" circa l'entrata in funzione del nuovo Comune, delegando, in maniera indeterminata e in violazione del principio della separazione dei poteri, all'arbitrio del Governo cantonale il differimento o no delle elezioni. Né la norma cantonale prevederebbe la durata massima del contestato differimento, creando una situazione di precarietà e di incertezza. Anche in caso di costituzionalità della norma in esame, la sua applicazione sarebbe comunque contraria al diritto di voto dei cittadini, poiché impedisce loro di poter confermare o contestare l'operato dei propri amministratori dopo quattro anni di carica.
2.2.1 Fanno poi valere che nella fattispecie non sarebbe dato di vedere su quali basi di calcolo si fonderebbe la previsione del Governo circa l'entrata in funzione del nuovo Comune e la sparizione del loro, ritenuta l'assenza sia del messaggio del Consiglio di Stato sia del decreto legislativo del Parlamento cantonale concernente la fusione coatta del loro Comune, eventualmente sottoposto a referendum e a un ricorso al Tribunale federale. In effetti, sostengono i ricorrenti, o il loro Comune sarà escluso dal progetto di fusione, e in tale ipotesi non sussiste alcuna necessità di differire le elezioni, oppure si dovrà procedere a un'aggregazione coatta, che comporterebbe tempi di attuazione di ben oltre un anno. Qualora si dovesse poi votare una seconda volta, si tratterrebbe di una elezione diversa, ritenuto che il territorio, i criteri politici di scelta dei candidati, i candidati medesimi e le motivazioni degli elettori sarebbero del tutto differenti. I ricorrenti sottolineano infine che il Municipio del Comune di Mezzovico-Vira, favorevole all'aggregazione, è stato smentito dall'esito negativo della votazione consultiva, per cui nell'ambito litigioso non rappresenterebbe più la maggioranza della popolazione comunale. In siffatte circostanze, il principio della proporzionalità imporrebbe al Consiglio di Stato di limitare il criticato differimento delle elezioni ai comuni per i quali non è necessaria la fusione coattiva e di permetterle per contro, segnatamente, nel loro Comune.
Riguardo all'interesse pubblico, i ricorrenti, richiamando i materiali legislativi, adducono che il differimento delle elezioni sarebbe un provvedimento eccezionale, attuabile soltanto quando la costituzione del nuovo comune sarebbe pressoché certa, fattispecie non realizzata in concreto.
2.2.2 L'art. 28 cpv. 2 (recte: 1) Cost./TI, rilevano i ricorrenti, precisa che il diritto di voto è il diritto di partecipare alle votazioni ed elezioni cantonali e comunali, mentre l'art. 18 cpv. 1 Cost./TI recita che i membri del Municipio e del Consiglio comunale sono eletti con voto proporzionale per un periodo quadriennale. Ne deducono che una modifica della durata delle cariche pubbliche non potrebbe essere attuata senza una modifica parziale della Costituzione cantonale.
2.2.3 Il criticato differimento sarebbe inoltre contrario al principio della tutela della buona fede degli elettori, che hanno inteso conferire ai loro rappresentanti un mandato per solo quattro anni e fatto affidamento sulla possibilità di potersi nuovamente esprimere alla fine di questo mandato. Ciò varrebbe pure per i Consiglieri comunali che non avrebbero più intenzione di ricandidarsi, ma che non intenderebbero dimettersi. Adducono inoltre una violazione del principio della parità di trattamento, poiché, a differenza dei cittadini di altri Comuni, non potrebbero essere eletti per un periodo quadriennale.
2.3 Nelle sue osservazioni il Consiglio di Stato ricorda che l'art. 11 cpv. 3 LASC è stato adottato sulla base di evidenti ragioni pratiche e sarebbe sorretto da un interesse pubblico preponderante, tendente a evitare il ripetersi, a breve scadenza, di elezioni nei vecchi e nei nuovi comuni, con oneri procedurali e finanziari non trascurabili. Si precisa poi che non si sarebbe in presenza di una delega legislativa, ma dell'attribuzione al Governo cantonale di una competenza amministrativa. Come risulterebbe dai materiali legislativi, la possibilità di differimento d'altra parte né presupporrebbe che l'Esecutivo cantonale abbia già presentato il suo messaggio né che il Gran Consiglio si sia già pronunciato sul progetto di aggregazione, essendo sufficiente che nel comprensorio interessato si siano svolte le votazioni consultive. Il criticato differimento non comporterebbe una violazione del diritto di voto, poiché tale diritto sarebbe comunque salvaguardato nell'ambito delle elezioni del municipio e del consiglio comunale del nuovo comune o, all'occorrenza riguardo al Comune di Mezzovico-Vira, nello stesso Comune qualora la sua aggregazione coatta dovesse cadere. Il Governo assume che il differimento delle elezioni non potrebbe limitarsi ai comuni che hanno formulato un preavviso favorevole, poiché secondo il tenore e le finalità dell'art. 11 cpv. 3 LASC esso dovrebbe essere esteso a tutti i comuni del comprensorio interessato dal progetto di aggregazione, indipendentemente dall'esito negativo della votazione consultiva in un singolo comune o dalla possibilità di far capo a una fusione coatta. L'Esecutivo ammette che non è ancora certo se, in seguito a un'aggregazione coatta, anche Mezzovico-Vira farà parte del nuovo comune. Quest'ultima circostanza sarebbe tuttavia ininfluente circa il contestato differimento.
Il Consiglio di Stato conclude sostenendo che, per il tramite di una sollecita procedura, si può sin d'ora ragionevolmente ritenere l'entrata in funzione definitiva del nuovo Comune del Monteceneri prevedibilmente entro la fine del mese di aprile del 2009, anche se Mezzovico verrà aggregato in modo coatto. Aggiunge infine che le fusioni coatte sarebbero sopportate da una prassi ormai consolidata e confermata in più di un'occasione anche dal Tribunale federale.
3. 3.1 La tesi governativa non può essere seguita. In effetti, il voto consultivo negativo non costituisce solamente, come parrebbe ritenere il Governo cantonale, una semplice premessa per l'avvio di un'ineluttabile aggregazione coatta. Sussiste in effetti una differenza chiara, sostanziale e manifesta tra il differimento delle elezioni nei comuni che sono favorevoli al progetto di aggregazione e quelli contrari. Nei primi, la disciplina prevista dall'art. 11 cpv. 3 LASC che, come ancora si vedrà, non dev'essere esaminata compiutamente, parrebbe essere fondata su motivi ragionevoli, plausibili, validi e sorretti da un interesse pubblico preponderante. Queste condizioni non sono tuttavia adempiute per il Comune in discussione. La questione di sapere se la norma disattenda la Costituzione cantonale e se quindi la fissazione delle elezioni comunali al di fuori del mese di aprile, presupporrebbe anch'essa, come previsto dall'art. 52 Cost./TI per l'elezione del Gran Consiglio e del Consiglio di Stato, una modifica della Costituzione o, quantomeno, l'adozione di un decreto costituzionale transitorio applicabile unicamente alle elezioni di un determinato anno, non dev'essere vagliata oltre (cfr. su questo tema il parere del 22 maggio 1998 di Guido Corti, Sulla data delle elezioni cantonali, in: RDAT II-1998 pag. 485-488, n. 5). In concreto ci si trova del resto confrontati non con un rinvio generale, ma limitato a determinati comprensori di aggregazione.
3.2 Dai materiali legislativi risulta che la norma in esame è stata adottata per evitare il ripetersi a breve scadenza di elezioni nei vecchi comuni e nei nuovi comuni. Per una decisione in tal senso occorre comunque che la costituzione del nuovo comune sia pressoché sicura (messaggio n. 5355 del 14 gennaio 2003 concernente la LASC, all'allora art. 10). Nel messaggio 5424 del 16 settembre 2003, relativo al previgente decreto legislativo concernente il differimento del termine delle prossime elezioni degli organi comunali nei comprensori dei Comuni in cui è in corso una procedura di aggregazione, si rilevava che doveva trattarsi di un lasso di tempo molto breve e che l'elezione sarebbe dovuta intervenire entro pochi mesi.
Ora, la decisione impugnata, come confermato nelle osservazioni del Consiglio di Stato, parte in sostanza dal presupposto che, in ogni modo, nonostante il voto negativo espresso dalla maggioranza della popolazione del Comune di Mezzovico-Vira, quest'ultimo sarà comunque integrato nel nuovo Comune, segnatamente per il tramite di una fusione coatta. Nelle sue osservazioni, l'Esecutivo cantonale sottolinea in effetti che un siffatto decreto legislativo potrebbe diventare definitivo entro un anno dalle elezioni generali. Giova rilevare comunque che un tale decreto potrebbe essere soggetto a referendum facoltativo poiché nel citato rapporto alla cittadinanza dell'ottobre 2007 (pag. 12) si parla, tra l'altro, di un contributo unico al nuovo Comune di fr. 10 milioni quale aiuto finanziario all'aggregazione, somma che raggiungerebbe comunque gli importi stabiliti dall'art. 42 lett. b Cost./TI (cfr. su questo tema il parere di Guido Corti del 18 luglio 2007, Aggregazioni comunali e referendum popolare, in: RtiD II-2007 pag. 349-358).
3.3 Che un eventuale referendum sia del tutto escluso nella fattispecie non è addotto dal Consiglio di Stato. Anche questa circostanza dimostra che gli estremi per la realizzazione di un'eventuale aggregazione coatta sono tutt'altro che certi e sicuri. Inoltre, contrariamente all'assunto governativo, dal tenore dell'art. 11 cpv. 3 LASC non risulta affatto che questa norma sarebbe applicabile anche nei casi in cui un'aggregazione coatta non è ancora stata decretata: in quest'ultimo caso l'estensione territoriale del nuovo comune è infatti incerta.
D'altra parte, contrariamente all'assunto governativo, se la prassi delle fusioni coatte per un certo verso potrebbe ritenersi consolidata a livello cantonale, un'analoga conclusione non può essere dedotta, come parrebbe trasparire dalle osservazioni del Consiglio di Stato, dalla giurisprudenza federale. In effetti, il Tribunale federale, nei casi in cui è stato chiamato a esprimersi al riguardo, ha rilevato ch'esse non sono la panacea dei mali comunali, che vanno affrontate con prudenza e che costituiscono in qualche modo l'"ultima ratio" (sentenza 1P.704/ 2000 nella causa Comune di Sala Capriasca del 12 marzo 2001, apparsa in RDAT I-2001 n. 1). In quella sentenza il Comune aveva peraltro contestato solo in termini vaghi l'adempimento dei requisiti per la fusione coatta, per cui l'Alta Corte si era espressa soltanto a titolo abbondanziale (consid. 7 e 8). Nella sentenza 1P.265/2005 del 18 aprile 2006 nella causa Comune di Bignasco (apparsa in RtiD II-2006 n. 4), erano stati sottolineati gli aspetti problematici di quel Comune, in particolare la sua precaria situazione finanziaria, mentre nella causa "Comunità di Aquila" il Tribunale federale non si era espresso sulla questione per carenza di legittimazione dei ricorrenti (sentenza 1P.242/2005 del 18 aprile 2006, apparsa in RtiD II-2006 n. 1). Infine, nella sentenza 1C_181/2007 del 9 agosto 2007 consid. 2.3.5, concernente il Comune di Cadro, era stata sottolineata l'importanza di allestire uno studio di aggregazione e rilevato che, di fronte a un eventuale esito negativo della consultazione popolare, senza tale documento, un'aggregazione coattiva appariva dubbia.
3.4 Certo, come risulta dai materiali legislativi ed in particolare dal già citato messaggio n. 5424, al quale si riferisce anche il rapporto della Commissione della legislazione al messaggio n. 5355, l'art. 11 cpv. 3 LASC si fonda sulla ragionevole considerazione che i vecchi organi, coinvolti nel processo di aggregazione, abbiano a gestire il comune per il periodo transitorio, pertanto a "traghettarlo" nella nuova situazione. Ciò non corrisponde però, perlomeno in questo momento, alla volontà espressa dalla maggioranza dei cittadini di Mezzovico-Vira nella votazione consultiva sull'aggregazione e nemmeno è dato di sapere, in modo conclusivo, in quale modo le autorità chiamate a pronunciarsi su un'eventuale aggregazione coatta intendano considerare questa volontà.
3.5 Di fronte a un voto consultivo negativo e in mancanza di qualsiasi ulteriore decisione formale tendente a un'aggregazione coatta, i motivi posti a fondamento dell'art. 11 cpv. 3 LASC non sono di massima realizzati, ritenuto che, in una siffatta ipotesi, il ripetersi di un'elezione a breve scadenza non è per nulla "pressoché sicuro". In effetti, in tale evenienza, non è manifesto che il Gran Consiglio, aderendo a un'eventuale proposta governativa, decida, con il voto della maggioranza assoluta dei suoi membri, nonostante il preavviso assembleare non favorevole, un'aggregazione coatta del Comune, ricordato che d'altra parte devono essere adempiute anche le condizioni poste dall'art. 9 lett. a-c LASC. Neppure è escluso il lancio di un referendum facoltativo contro un eventuale siffatto decreto legislativo del Parlamento e nemmeno può essere escluso un ricorso del Comune interessato. Nella fattispecie, l'accoglimento del gravame si giustifica proprio anche sotto quest'ultimo profilo. In effetti, come rilevato dai ricorrenti, il Municipio di Mezzovico-Vira, favorevole all'aggregazione, è stato smentito dall'esito negativo della votazione consultiva e, al loro dire, non rappresenterebbe pertanto più la maggioranza della popolazione del Comune. In tali circostanze, non si può impedire ai cittadini di esprimersi tempestivamente sulla futura composizione del Municipio, anche in vista del possibile inoltro di un ricorso - che di massima solo il Municipio è legittimato a proporre - contro la decisione di un'eventuale aggregazione coatta del Comune.
Il rispetto del diritto di voto, in particolare nei casi come quello in esame, nel quale i votanti su un tema così sensibile come quello dell'aggregazione hanno manifestato un'opinione diversa da quella espressa dal loro Municipio, prevale chiaramente sugli accennati oneri procedurali e finanziari, peraltro non decisivi, rilevato inoltre che nell'eventualità dell'abbandono del progetto di aggregazione del Comune in esame, le elezioni avrebbero luogo una sola volta.
3.6 Certo, nelle osservazioni il Consiglio di Stato rileva che in caso di rinuncia all'aggregazione forzata di Mezzovico-Vira, esso dovrà comunque presentare conformemente all'art. 7 LASC una formale proposta di abbandono della relativa procedura, sulla quale dovrà pronunciarsi anche il Gran Consiglio (art. 8 e 9 LASC). Questa circostanza non è tuttavia determinante, ritenuto che in tale evenienza le nuove autorità comunali elette potranno continuare a svolgere il loro mandato.
4. 4.1 Ne segue il ricorso dev'essere accolto per i motivi appena esposti: non è quindi necessario pronunciarsi sulle ulteriori censure ricorsuali. L'impugnata decisione governativa dev'essere annullata limitatamente al Comune di Mezzovico-Vira, nel quale si dovrà procedere senza indugio al rinnovo dei suoi poteri legislativi ed esecutivi. La circostanza che anche nel Comune di Isone la votazione consultiva ha avuto esito negativo, non implica l'annullamento della decisione governativa per questo Comune, ritenuto che tale questione non era oggetto della presente vertenza.
4.2 Non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>). Non si attribuiscono ripetibili ai ricorrenti, che non si sono avvalsi del patrocinio di un avvocato iscritto all'albo cantonale, né dimostrano l'esistenza di ulteriori spese causate dalla lite (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF, art. 1 del regolamento sulle spese ripetibili accordate alla parte vincente e sull'indennità per il patrocinio d'ufficio nelle procedure davanti al Tribunale federale del 31 marzo 2006, RS 173.110.210.3).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico è accolto e la decisione emanata dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 18 dicembre 2007 è annullata nella misura in cui concerne il differimento delle elezioni comunali nel Comune di Mezzovico-Vira: queste elezioni dovranno essere indette senza indugio.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
3. Non si prelevano spese giudiziarie. Non si assegnano ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai ricorrenti e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.