Faits:
A. B.X._ était propriétaire depuis les années 1960 du manège C._, dans lequel il a exercé la profession de maître d'équitation à titre indépendant. Il a cessé son activité à la fin de l'année 2001.
Situé à la campagne, entre D._ et E._, dans le canton de Genève, le manège a abrité un nombre croissant de chevaux passant de quinze à trente au cours des dernières années. B.X._ habitait au manège avec son épouse et ses deux enfants dans un appartement de cinq pièces situé au dessus d'une écurie au premier étage du bâtiment n° *** (*** m2) sis sur une des parcelle supportant le manège. Trois employés étaient également logés séparément au manège.
Par acte notarié du 26 avril 2004, l'intéressé a promis de vendre son manège pour la somme de 2'601'600 fr.
Dans les déclarations fiscales des époux X._ pour les années 1996, 1997, 1998 et 1999, la rubrique "immeubles occupés par le propriétaire" ne mentionnait pas l'appartement. Les bilans annexés à chacune de ces déclarations comportaient un seul poste sans distinction pour les terrains et les constructions du manège. Dans les taxations des années 1998, 1999 et 2000, l'Administration fiscale cantonale a ajouté sous la rubrique "immeubles occupés par le propriétaire" une valeur locative de 25'994 fr. et une valeur fiscale de 138'034 fr.
Dans leur déclaration fiscale 2001-B, les intéressés ont indiqué une valeur locative brute de 9'940 fr. pour l'appartement loué à leur fils. Dans le bilan annexé à cette déclaration, les actifs faisaient état du terrain pour 298'154 fr. 95, de constructions pour 1'049'232 fr. (hors amortissements pour 1'913'709 fr. 79) et de matériel d'exploitation pour 21'479 fr., soit un total d'actifs de 1'368'865 fr. 95. Les comptes d'exploitation faisaient état d'une perte commerciale de 329'248 fr.
Le 19 juillet 2004, l'Administration fiscale cantonale a requis des justificatifs et rendu les intéressés attentifs à la méthode de la prépondérance appliquée lors du transfert d'un élément du patrimoine commercial dans le patrimoine privé.
Le 14 octobre 2005, elle a notifié un bordereau de taxation d'impôt fédéral direct pour un montant de 63'626 fr. calculé sur un revenu imposable de 580'496 fr. Elle a calculé le bénéfice imposable en déduisant de 2'600'000 fr. la valeur des actifs pour un montant de 1'368'865 fr. et les pertes commerciales pour un montant de 329'248 fr. Un report de pertes d'un montant de 257'920 fr. a également été admis en déduction.
B. Par réclamation du 14 novembre 2005, les intéressés ont fait valoir que la valeur des actifs (de 1'368'865 fr.) retenue par l'Administration fiscale cantonale ne comportait pas la valeur fiscale de l'appartement égale à 138'034 fr. Il fallait donc tenir compte d'une valeur plus élevée. Ils ont également contesté le montant des pertes reportées.
Le 9 décembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a demandé aux intéressés de lui remettre le détail du poste "constructions" figurant au bilan 2001, en indiquant la valeur brute de chaque immeuble et son numéro de référence au registre foncier. Ces derniers ont répondu qu'ils n'étaient pas en mesure de fournir une valeur brute pour chaque parcelle formant le manège, qui avait été considéré comme un tout sur le plan comptable, à l'exception de l'appartement qui n'avait pas figuré dans les comptes.
Par décision du 26 avril 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation. Les intéressés n'avaient pas fourni la preuve que le poste "constructions" n'incluait pas la totalité des bâtiments formant le manège ni que le montant après amortissements excluait certains bâtiments.
Par décision du 21 mai 2008, la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct (ci-après: la Commission cantonale de recours) a pris acte de l'admission du recours s'agissant du montant des pertes reportées (admises non plus pour 257'920 fr. mais pour 262'929 fr.) et admis le recours des intéressés contre la décision du 26 avril 2006. En substance, elle a jugé qu'ils avaient toujours déclaré des revenus provenant d'immeubles locatifs et commerciaux, que les bilans n'avaient mentionné qu'une valeur globale et que, dans l'esprit des contribuables, l'appartement avait toujours été un élément de la fortune commerciale. L'immeuble avait ainsi été imposé pour partie comme immeuble privé et pour partie comme immeuble commercial. La valeur des immeubles au bilan devait par conséquent être augmentée de celle des immeubles privés afin de déterminer le bénéfice imposable.
L'Administration fiscale cantonale a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève.
C. Par arrêt du 9 décembre 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours. En application de la jurisprudence récente du Tribunal fédéral en matière d'attribution d'un bien mixte à la fortune privée ou commerciale d'un contribuable indépendant, il a constaté qu'aucun élément suffisant ne permettait de renverser la présomption que l'appartement des intéressés appartenait à leur fortune privée et que l'Administration fiscale avait d'ailleurs elle-même considéré cet appartement comme privé en taxant une valeur locative de 1998 à 2000.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 9 décembre 2008 par le Tribunal administratif et de confirmer la décision sur réclamation du 26 avril 2006. Elle se plaint de la violation du principe de la prépondérance, de son droit d'obtenir une décision et des règles relatives à la répartition du fardeau de la preuve en droit fiscal.
L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations. Les intéressés concluent au rejet du recours sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
Agissant à titre d'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, l'Administration fiscale cantonale est habilitée à recourir en application de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11).
2. Le recours en matière de droit public peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-law>). Il doit être motivé (<ref-law>) et sa motivation doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (<ref-law>). Selon l'<ref-law> en outre, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) et n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation prévue par les art. 42 al. 1 et 2 ainsi que 106 al. 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués et n'est dès lors pas tenu de traiter des questions qui ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
3. 3.1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, à l'exception des gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée qui ne sont pas imposables (<ref-law>). Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (<ref-law>). Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation (art. 18 al. 2, 1ère et 2ème phrases, LIFD). Le bénéfice en capital imposable résultant du passage d'un bien de la fortune commerciale dans la fortune privée est égal à la différence entre la valeur vénale du bien et sa valeur comptable ou son prix de revient en cas d'absence de comptabilité (Danielle Yersin, La distinction entre l'activité indépendante et la gestion de la fortune privée, in Archives 67, 97 ss, p. 115 s.).
3.2 La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante (art. 18 al. 2, 3ème, 1ère partie LIFD). L'attribution d'un élément de fortune à la fortune privée ou à la fortune commerciale doit se faire sur la base d'une appréciation de l'ensemble des circonstances. La fonction technique et économique de cet élément dans l'entreprise constitue le critère d'attribution déterminant. Le mode de comptabilisation d'un objet doit en particulier être considéré comme un indice. S'il est vrai, d'une part, que la comptabilisation ne suffit pas à elle seule pour décider de l'attribution d'un élément de fortune à la fortune commerciale, il n'en demeure pas moins, d'autre part, qu'un élément de fortune - eu égard à sa fonction technique et économique - peut constituer un élément de fortune commerciale, même s'il n'est pas incorporé dans la comptabilité. Par conséquent, il y a lieu de prendre en considération non seulement la comptabilisation, ou non, de l'élément de fortune dans le bilan, mais aussi son traitement comptable concret à tout point de vue (ainsi en particulier: la comptabilisation d'amortissements ou encore le mode de comptabilisation des revenus et des dépenses y relatives, etc.). Enfin la qualité de la comptabilité du contribuable revêt sur ce point une certaine importance (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 422). Toutefois, l'appartement habité par le chef d'entreprise dans l'immeuble d'exploitation n'appartient qu'exceptionnel-lement à la fortune commerciale (<ref-ruling> consid. 4.5 p. 426).
3.3 Selon la méthode de la prépondérance (en lieu et place de la méthode du partage de la valeur), la fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune mixtes (c'est-à-dire, dont l'utilisation est en partie commerciale et en partie privée) qui servent entièrement ou de manière prépondérante à l'exercice de l'activité lucrative indépendante. En revanche, les objets qui ne servent pas de manière prépondérante à l'activité commerciale appartiennent intégralement à la fortune privée même s'ils sont en partie utilisés à des fins commerciales. A cet effet, il faut mettre en relation, en règle générale, tous les rendements qui se rapportent à la partie de l'immeuble servant à l'exploitation, avec le rendement total de l'immeuble. Si la part de l'utilisation commerciale s'élève à plus de 50 pour cent, on est en présence d'une utilisation à prédominance commerciale. Le rendement total de l'immeuble se compose de l'ensemble des revenus provenant de l'immeuble, selon l'article 21 LIFD, en y incluant la valeur locative, fixée à sa valeur marchande, pour la partie de l'immeuble affectée à l'exploitation (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 423).
4. 4.1 Il ressort des faits constatés par l'instance précédente qu'en procédure de réclamation, l'objet du litige n'a porté que sur deux points. Le premier concernait le calcul des pertes reportées; il n'est plus en cause devant le Tribunal fédéral. Le deuxième portait sur la question de savoir si la valeur de l'appartement occupé par les intimés était comprise dans la valeur comptable de l'exploitation du manège. Les intimés soutenaient que tel n'était pas le cas, de sorte que la valeur de l'appartement devait être ajoutée à la première pour calculer le bénéfice en capital imposable résultant du passage de la fortune commerciale dans la fortune privée des biens servant à l'exploitation du manège.
4.2 En revanche, le litige n'a en aucune manière porté sur le caractère commercial prépondérant du bâtiment, voire de la parcelle, supportant l'appartement dans lequel les intimés ont habité en famille durant une quarantaine d'années. Dans leur "mémoire de réponse" du 25 février 2009 adressé au Tribunal fédéral, les intimés affirment une nouvelle fois ne pas contester qu'en application du principe de prépondérance, l'appartement qu'ils ont occupé comme logement familial à titre privé appartenait à la fortune commerciale. Cet aspect de l'application de l'<ref-law> ne fait l'objet d'aucun grief de la part des parties, de sorte que la Tribunal fédéral, qui applique le droit d'office (<ref-law>) pour autant qu'un grief soit suffisamment motivé au sens de l'<ref-law>, ne saurait examiner d'office cette question ni remettre en cause la prépondérance commerciale retenue par les parties.
4.3 La lecture de l'arrêt du Tribunal administratif - qui relate le contenu de la décision de la Commission cantonale de recours - montre que ces deux instances ont fait application de la méthode de la prépondérance afin de résoudre la question de savoir si la valeur de l'appartement occupé par les intimés était comprise dans la valeur comptable de l'exploitation du manège. A l'instar de la Commission cantonale de recours, l'instance précédente a constaté que l'appartement était un élément de la fortune privée et en a immédiatement déduit que sa valeur devait être ajoutée à la valeur comptable figurant au bilan commercial. Ce raisonnement pour le moins difficile à suivre méconnaît le système d'imposition des bénéfices en capital tel qu'il est prévu par l'<ref-law> et la jurisprudence en la matière.
4.4 La méthode de la prépondérance n'a pas pour fonction de déterminer ce que le contribuable fait figurer, à tort ou à raison, dans son bilan commercial. Le mode de comptabilisation du bien passant de la fortune commerciale à la fortune privée n'est en effet qu'un indice parmi les circonstances qui conduisent à attribuer ce bien à l'une ou l'autre fortune (cf. consid. 3.2 ci-dessus). Dans la mesure où elle considérait que l'attribution de l'appartement des intimés à leur fortune commerciale était encore litigieuse, l'instance précédente devait examiner en premier lieu la fonction technique et économique de celui-ci à la lumière de la jurisprudence (<ref-ruling>) et décider de son attribution à la fortune commerciale ou privée des intimés. A cet égard, il n'est pas certain que le domicile de l'exploitant d'un manège doive d'emblée, comme c'est le cas de l'appartement d'un boulanger, être attribué à la fortune privée. En effet, il n'est pas exclu du point de vue technique que les soins qu'il convient de vouer chaque jour à une trentaine de chevaux nécessitent une présence permanente. Il y aurait ainsi lieu de considérer l'appartement comme un élément essentiel de l'exploitation, à l'instar de ce que le Tribunal fédéral a pu juger en définissant une "entreprise agricole" (art. 7 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural [LDFR; RS 211.412.11]) exploitant du bétail.
Dans l'hypothèse où, comme en l'espèce, l'instance précédente jugeait que cet appartement appartenait à la fortune privée des intimés, il lui appartenait alors de mettre en oeuvre la méthode de la prépondérance conformément aux directives de l'Administration fédérale des contributions, c'est-à-dire, en mettant en relation tous les rendements qui se rapportent à la partie de l'immeuble servant à l'exploitation, avec le rendement total de l'immeuble. Une fois cette opération menée à bien et dans l'hypothèse où comme l'affirment les parties, le caractère commercial (prépondérant) de l'immeuble supportant l'appartement devait être tenu pour établi, ce qu'il n'y a pas lieu de mettre en cause ici, il lui incombait de trancher la question de savoir si la valeur de l'appartement était comprise dans la valeur figurant au bilan de l'exploitation du manège.
5. La recourante soutient que la valeur de l'appartement est déjà comprise dans le montant porté au bilan de l'exploitation du manège, ce que contestent les intimés.
5.1 Selon l'<ref-law>, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (procédure de taxation mixte) (Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Zurich 2001, n. 1 ad art. 123, p. 411; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3e éd., Bâle 2007, p. 441).
5.2 Le contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (<ref-law>). Il doit en particulier remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (<ref-law>) et fournir les documents nécessaires (<ref-law>). A la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir tout renseignement écrit ou oral, spécialement lorsque, au vu de la déclaration d'impôt, des questions surgissent à propos des revenus, des frais d'acquisition, de l'évolution de la fortune, etc. (cf. <ref-law>; arrêt 2A.41/1997 du 11 janvier 1999, consid. 2, RDAF 2000 p. 35). Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa déclaration.
5.3 La taxation incombe à l'autorité, laquelle contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (<ref-law>). En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut: l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. L'autorité de taxation doit apprécier les preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 139; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 403/404). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait tout autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (Martin Zweifel, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zurich 1989, p. 109).
5.4 Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont alors les règles générales du fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait. En matière fiscale, ce principe veut que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (Ernst Blumenstein/Peter Locher, op. cit., p. 416 et les nombreuses références). Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures; on ne peut pas demander au contribuable de prouver un fait négatif, par exemple qu'il n'a pas d'autres revenus que ceux annoncés (Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 138). Il incombe en effet à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (cf. Daniel Schär, Normentheorie und mitwirkungsorientierte Beweis-lastverteilung in gemischten Steuerverfahren, Archives 67 p. 433 ss, p. 448).
Ces règles s'appliquent également à la procédure devant les autorités de recours en matière fiscale (<ref-law>), comme l'a récemment jugé le Tribunal fédéral (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007, consid. 4 s. in RDAF 2007 II 299).
5.5 Dans le cas particulier, pour calculer le gain en capital imposable, l'autorité de taxation pouvait se fonder sur la valeur des immeubles figurant au bilan de la comptabilité des intimés. S'ils étaient d'avis que l'appartement n'était pas compris dans cette valeur comptable, il leur appartenait de prouver cette allégation, conformément au principe qui veut que le contribuable prouve les faits qui, comme l'addition de la valeur de l'appartement à la valeur comptable, ont pour effet de diminuer la dette fiscale. Aussi est-ce à juste titre que la recourante a requis la collaboration des intimés en leur offrant la possibilité, en procédure de réclamation, d'exposer le détail du poste "constructions". Elle ne saurait être tenue pour responsable de ce que les intimés n'ont, comme ils l'ont affirmé alors, jamais tenu leurs comptes de manière qui leur permette de fournir une valeur pour chacun des immeubles formant l'exploitation. Les intimés soutiennent à tort sur ce point devoir prouver un fait négatif: connaître le détail du poste "immeubles" est un fait positif. En outre ils disposaient d'autres moyens de prouver que la valeur de l'appartement n'avait jamais été comptabilisée. Ils auraient notamment pu démontrer qu'ils avaient obtenu par le passé la déduction des frais effectifs d'entretien de l'appartement - au demeurant datant d'une quarantaine d'années - en dehors des postes de charges de leur comptabilité, soit dans la rubrique frais d'entretien d'immeuble privé de leurs taxations antérieures. Quoi qu'il en soit, le fait que les intimés n'aient jamais disposé, ou ne disposent plus de documents prouvant que la valeur des immeubles figurant au bilan ne comprenait pas celle de l'appartement ne modifie pas la répartition du fardeau de la preuve. C'est à eux de supporter les conséquences de l'absence de cette preuve.
Les intimés objectent qu'en ajoutant de son propre chef la valeur locative et la valeur fiscale de l'appartement aux taxations des années 1998 à 2000, la recourante aurait reconnu que la valeur de celui-ci n'avait jamais figuré au bilan de l'exploitation. Il est vrai que l'attitude de la recourante n'est pas dénuée de contradiction. Durant des années toutefois, les intimés n'ont pas mentionné l'appartement dans la rubrique "immeuble occupé par le contribuable" de leurs déclarations d'impôts, laissant supposer que tous les immeubles qui abritaient le manège étaient compris dans la fortune commerciale figurant dans les bilans annexés aux déclarations (cf. <ref-law>). Par conséquent, en renonçant à contester l'ajout par le fisc de la valeur locative et fiscale de l'appartement dans les décisions de taxation 1998 à 2000, ils ont également adopté un comportement contradictoire, précisément - ce qui est pour le moins curieux - au moment où ils ont compris qu'ils devaient s'acquitter d'un impôt sur le gain en capital provenant du passage d'éléments de leur fortune commerciale dans leur fortune privée. Dans ces conditions, les intimés ne sauraient tirer avantage de l'attitude de la recourante.
6. En procédant à une application erronée de la méthode de la prépondérance et en s'écartant indûment des règles relatives au fardeau de la preuve, l'instance précédente a violé le droit fédéral. Le recours est par conséquent admis et l'arrêt rendu le 9 décembre 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé. La décision de taxation en matière d'impôt fédéral direct rendue le 14 octobre 2005 par l'Administration fiscale cantonale est confirmée, sous réserve de la prise en compte d'un montant de pertes reportées de 262'929 fr. au lieu de 257'920 fr.
Succombant, les intimés doivent supporter un émolument judiciaire, solidairement entre eux (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à une indemnité de partie (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. L'arrêt rendu le 9 décembre 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé.
3. La décision de taxation en matière d'impôt fédéral direct rendue le 14 octobre 2005 par l'Administration fiscale cantonale est confirmée, sous réserve de la prise en compte d'un montant de pertes reportées de 262'929 fr. au lieu de 257'920 fr.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des intimés, solidairement entre eux.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Genève et à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 26 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey