Sachverhalt:
A. Die 1972 geborene M._ meldete sich am 15. November 2006 unter Hinweis auf die Leiden Narkolepsie und Epilepsie bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau klärte die Verhältnisse in medizinischer, beruflich-erwerblicher und haushaltlicher Hinsicht ab. Sie holte u.a. einen Bericht über die Abklärung an Ort und Stelle vom 22. April 2008, ein interdisziplinäres Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes X._ vom 4. Juni 2010 sowie eine Stellungnahme des regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 21. Juni 2010 ein. Mit Verfügung vom 16. September 2010 verneinte die IV-Stelle nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren einen Rentenanspruch aufgrund eines anhand der gemischten Methode ermittelten Invaliditätsgrades von 38%.
B. Im gegen die Verfügung der IV-Stelle angehobenen Beschwerdeverfahren liess M._ ein Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes Y._ vom 1. März 2012 einreichen. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde - ausgehend von einem rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 32% - mit Entscheid vom 16. August 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids vom 16. August 2012 und der Verwaltungsverfügung vom 16. September 2010 seien ihr rückwirkend die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen, eventualiter sei die Angelegenheit zur Vornahme weiterer Abklärungen an die Vorinstanz bzw. an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>).
1.2 Im Rahmen der Invaliditätsbemessung betrifft die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose, ebenso eine Tatfrage wie die aufgrund von medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Demgegenüber charakterisieren sich auf der beruflich-erwerblichen Stufe der Invaliditätsbemessung als Rechtsfragen die gesetzlichen und rechtsprechungsgemässen Regeln über die Durchführung des Einkommensvergleichs (<ref-ruling> E. 3.4 S. 348 f., 128 V 29 E. 1 S. 30 f., 104 V 135 E. 2a und b S. 136 f.), einschliesslich derjenigen über die Anwendung der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 f., <ref-ruling> E. 3b/bb S. 76 f., 124 V 321 E. 3b/aa S. 322 f.). Die Bestimmung der beiden für den Einkommensvergleich erforderlichen hypothetischen Vergleichseinkommen stellt sich als Tatfrage dar, soweit sie auf konkreter Beweiswürdigung beruht, hingegen als Rechtsfrage, soweit sich der Entscheid nach der allgemeinen Lebenserfahrung richtet. Letzteres betrifft etwa die Frage, ob Tabellenlöhne anwendbar sind, welches die massgebliche Tabelle ist und ob ein behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter Leidensabzug vorzunehmen sei.
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung.
Das kantonale Gericht hat die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache zutreffend dargelegt. Es betrifft dies insbesondere die Invaliditätsbemessung bei teilerwerbstätigen Versicherten nach der sogenannten gemischten Methode (<ref-law> und <ref-law> in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 und 2 IVG, <ref-law> und <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.3 S. 396 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> und 134 V 9). Darauf wird verwiesen.
3. Unbestrittenermassen ist die Beschwerdeführerin als teilerwerbstätige Hausfrau zu qualifizieren, sodass die Invaliditätsbemessung nach der gemischten Methode (vgl. E. 2 hievor) zu erfolgen hat. Beanstandet wird jedoch die prozentuale Aufteilung der beiden Bereiche "Erwerbstätigkeit" einerseits und "Haushaltführung" andrerseits. Streitig sind sodann im erwerblichen Tätigkeitsbereich die Ermittlung des Valideneinkommens sowie der Verzicht auf einen leidensbedingten Abzug beim Invalideneinkommen.
4. Die beanstandete prozentuale Aufteilung der beiden Bereiche "Erwerbstätigkeit" (60%) und "Haushaltführung" (40%) betrifft - soweit auf einer Würdigung konkreter Umstände basierend - eine von der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellte Tatfrage und kann als solche nur in den in Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG genannten Schranken überprüft werden (<ref-ruling> E. 3.2 S. 507 mit Hinweisen). Das kantonale Gericht stützte sich bei der Bestimmung des hypothetischen Erwerbsanteils - wie die IV-Stelle - auf die Abklärung an Ort und Stelle vom April 2008. Die Beschwerdeführerin gab anlässlich dieses Gesprächs an, sie wäre ohne gesundheitliche Probleme mit einem Pensum von 60 bis 70% erwerbstätig. Die Abklärungsperson hielt daraufhin im Bericht vom 22. April 2008 fest, es sei nachvollziehbar, dass die Versicherte mit überwiegender Wahrscheinlichkeit ohne gesundheitliche Probleme heute mit einem Pensum von 60% erwerbstätig wäre. Sie habe immer gearbeitet, als die Kinder klein gewesen seien und müsste dies auch aus finanziellen Gründen tun. Die älteren Kinder könnten sich am Mittag selber etwas aufwärmen, der jüngste Sohn werde von der Mutter der Versicherten beaufsichtigt oder könne in die Kinderkrippe im Dorf gehen. Dieser Bericht wurde der Beschwerdeführerin am 23. April 2008 zur Kenntnisnahme zugestellt, verbunden mit der Aufforderung, allfällige Ergänzungen oder Bemerkungen bis 13. Mai 2008 schriftlich mitzuteilen. Von dieser Möglichkeit machte die Versicherte keinen Gebrauch. Der erst im Rahmen des Beschwerdeverfahrens erhobene Einwand, man hätte von einem 65%-Pensum als Mittelwert der gemachten Angabe ausgehen müssen, wurde nicht näher begründet. Wenn die Vorinstanz unter diesen Umständen im angefochtenen Entscheid festhielt, die Annahme eines Pensums von 60% bewege sich innerhalb der von der Versicherten selbst genannten Bandbreite und sei mit sachlichen Gründen familiärer, finanzieller und persönlicher Art begründet, ist diese Beurteilung nicht zu beanstanden. Die dagegen erhobenen Einwendungen lassen die für das Bundesgericht grundsätzlich verbindliche Sachverhaltsfeststellung nicht als offensichtlich unrichtig oder rechtsverletzend erscheinen.
5. Streitig und zu prüfen ist sodann der Invaliditätsgrad im Erwerbsbereich.
5. Streitig und zu prüfen ist sodann der Invaliditätsgrad im Erwerbsbereich.
5.1 5.1.1 Die IV-Stelle hat das bei einem Pensum von 60% ohne gesundheitliche Beeinträchtigung mutmasslich erzielte Einkommen (Valideneinkommen) auf Fr. 46'800.- festgesetzt. Sie stützte sich dabei auf den Arbeitgeberbericht der I._ GmbH, vom 17. Februar 2007, gemäss welchem die Versicherte ein Jahr lang teilzeitlich dort tätig gewesen und umgerechnet auf 100% mit ca. Fr. 6000.- pro Monat entlöhnt worden sei.
Das kantonale Gericht ging demgegenüber nicht davon aus, dass die Beschwerdeführerin im Gesundheitsfalle in dieser Anstellung tätig gewesen wäre, da sie die nur während eines Jahres teilzeitlich ausgeübte Tätigkeit wegen des Wunsches nach einer selbstständigen Tätigkeit vor Eintritt des Gesundheitsschadens freiwillig aufgegeben habe. Es stellte anhand des IK-Auszuges fest, dass die von Januar bis Dezember 2005 mit Fr. 27'190.- entlöhnte Tätigkeit bei der I._ GmbH einem Pensum von 30 bis 40% entsprochen habe. Zudem habe die Versicherte bis Oktober 2005 auch für die V._ GmbH in einem Pensum von ca. 50% gearbeitet, wofür sie gemäss IK-Auszug umgerechnet auf ein Jahr Fr. 11'394.- verdient habe. Insgesamt ermittelte die Vorinstanz für das Jahr 2005 bei einem Pensum von 80 bis 90% ein jährliches Einkommen von Fr. 38'584.- und stellte fest, dass sich auch die Einkommen der früheren Jahre in dieser Grössenordnung bewegt hätten. In Aufrechnung des für eine Erwerbstätigkeit von 80 bis 90% erzielten Einkommens ging das kantonale Gericht für eine vollzeitliche Tätigkeit von einem jährlichen Einkommen von Fr. 42'871.- bis 48'230.- aus, wobei der höhere Wert dem von der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung 2006 ausgewiesenen Durchschnittseinkommen für Frauen im Anforderungsniveau 4 entspreche. Zugunsten der Beschwerdeführerin stellte die Vorinstanz auf diesen Tabellenwert ab und ermittelte für ein 60%-Pensum im Jahr 2006 ein Einkommen von Fr. 28'937.-. Es verzichtete auf eine Indexierung sowie auf eine Anpassung an die wöchentliche Durchschnittsarbeitszeit, da das Invalideneinkommen anhand des gleichen Tabellenwertes zu ermitteln sei.
In der Beschwerde wird dagegen im Wesentlichen eingewendet, die Versicherte habe vor Aufnahme ihrer selbstständigen Erwerbstätigkeit am 1. Januar 2006 immerhin ein Jahr bei der I._ GmbH gearbeitet, weshalb davon auszugehen sei, dass sie als Gesunde weiterhin als Immobilienverwalterin in einem Angestelltenverhältnis tätig gewesen wäre und ein entsprechendes Einkommen erzielt hätte. Falls nicht auf den bei der I._ GmbH erzielten Lohn, sondern auf Tabellenlöhne abgestellt werde, sei anstelle des Totalwertes der für die Immobilienbranche spezifische Lohn beizuziehen, und zwar das Anforderungsniveau 3, nicht 4, da die Beschwerdeführerin verschiedene Kurse in diesem Bereich besucht habe.
5.1.2 Für die Bemessung des Valideneinkommens ist entscheidend, was die versicherte Person im massgebenden Zeitpunkt des Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdienen würde. Die Ermittlung des Valideneinkommens muss so konkret wie möglich erfolgen. Da die bisherige Tätigkeit erfahrungsgemäss fortgesetzt worden wäre, ist in der Regel vom letzten Lohn auszugehen, der vor Eintritt der Gesundheitsschädigung erzielt wurde. Dieses Gehalt ist wenn nötig der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung anzupassen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59).
5.1.3 Das kantonale Gericht hat einlässlich dargelegt, dass die berufliche Situation der Versicherten vor Eintritt des Gesundheitsschadens aufgrund ihrer Anstellung in unterschiedlichsten Branchen, ihrer Ausbildung sowie der Aufnahme einer selbstständigen Erwerbstätigkeit kurz vor Eintritt der Invalidität nicht als derart gefestigt bezeichnet werden könne, dass daraus zuverlässige Schlüsse hinsichtlich der im Gesundheitsfall ausgeübten Tätigkeit gezogen werden könnten. Es hat anhand des IK-Auszuges hochgerechnet, was die Beschwerdeführerin in den letzten Jahren bei einem 100%-Pensum verdient hätte und festgestellt, dass der höhere Wert dem Totalwert für Frauen gemäss der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung 2006, Anforderungsniveau 4 entspricht. Wenn die Vorinstanz bei dieser Ausgangslage auf den Totalwert der LSE abgestellt hat, ist dies nicht zu beanstanden. Konkrete Anhaltspunkte dafür, dass die Versicherte in der Immobilienbranche Fuss gefasst und ein Einkommen wie bei der I._ GmbH erzielt hätte, fehlen, war sie doch nur für rund ein Jahr und in einem relativ kleinen Pensum bei dieser Firma tätig und hat sich dann selbstständig gemacht. Ebenfalls nicht zu beanstanden ist, dass sich die Vorinstanz auf den tabellarischen Wert des Anforderungsniveaus 4 (einfache und repetitive Aufgaben) gestützt hat. Die Beschwerdeführerin verfügt gemäss eigenen Angaben über keine eigentliche Berufsausbildung, sondern hat 1990 eine sechsmonatige Anlehre bei der Post absolviert und verschiedene Kurse im Bereich Immobilien, Verwaltung und Stockwerkeigentum besucht. Dies reicht nicht aus, um die für die Anwendung des Anforderungsniveaus 3 notwendigen Berufs- und Fachkenntnisse zu erlangen; dafür wird in aller Regel eine abgeschlossene Berufslehre verlangt (vgl. Urteile 8C_123/2012 vom 12. April 2012 E. 3 und 8C_490/2011 vom 11. Januar 2012 E. 3.2.3).
5.1.4 Zusammenfassend bleibt es bei einem Valideneinkommen von Fr. 28'937.- für ein Pensum von 60% im Jahr 2006.
5.1.4 Zusammenfassend bleibt es bei einem Valideneinkommen von Fr. 28'937.- für ein Pensum von 60% im Jahr 2006.
5.2 5.2.1 Bei der Ermittlung des Invalideneinkommens ist die IV-Stelle gestützt auf das Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes X._ vom 4. Juni 2010 von einer Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit von 50% ausgegangen und hat anhand der LSE, Totalwert für Frauen im Anforderungsniveau 4 ein Invalideneinkommen von Fr. 26'875.- ermittelt.
Die Vorinstanz ist davon abweichend in Würdigung der medizinischen Aktenlage gestützt auf das von der Versicherten nachgereichte Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes Y._ vom 1. März 2012 von einer 40%igen Arbeitsfähigkeit mit voller Leistungsfähigkeit ausgegangen und hat anhand der LSE 2006 - wie beim Valideneinkommen -, Totalwert für Frauen im Anforderungsniveau 4 ein Invalideneinkommen von Fr. 19'291.- ermittelt.
Das Vorgehen des kantonalen Gerichts zur Ermittlung des Invalideneinkommens wird in der Beschwerde grundsätzlich nicht beanstandet. Gefordert werden die Festsetzung des Invalideneinkommens ausgehend von der im Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes Y._ festgestellten Arbeitsfähigkeit von 40%, eventualiter die Rückweisung zu weiteren diesbezüglichen Abklärungen, sowie behinderungsbedingt die Gewährung eines leidensbedingten Abzuges vom Tabellenlohn.
5.2.2 Die vorinstanzlich festgestellte Arbeitsfähigkeit von 40% ist für das Bundesgericht verbindlich und wird weder als offensichtlich unrichtig noch sonstwie als bundesrechtswidrig kritisiert. Vielmehr geht die Beschwerdeführerin selber gestützt auf das Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes Y._ von einer Arbeitsfähigkeit von 40% aus.
5.2.3 Die Frage, ob und in welchem Ausmass Tabellenlöhne herabzusetzen sind, hängt von sämtlichen persönlichen und beruflichen Umständen des konkreten Einzelfalles ab (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad). Der Einfluss sämtlicher Merkmale auf das Invalideneinkommen ist nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen, wobei der Abzug auf insgesamt höchstens 25 % zu begrenzen ist (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 80).
Die Beschwerdeführerin macht zu Recht nicht geltend, der Tabellenlohn sei aufgrund der Kriterien Alter, Dienstjahre, Nationalität/ Aufenthaltskategorie oder Beschäftigungsgrad herabzusetzen. Sie begründet den von ihr für angezeigt erachteten Abzug einzig mit dem Kriterium "leidensbedingte Einschränkung".
Wie die Vorinstanz grundsätzlich verbindlich festgestellt hat, wurde den gesundheitlichen Einschränkungen bereits im Rahmen des medizinisch noch zumutbaren Arbeitspensums von 40% gebührend Rechnung getragen, ist doch dabei gestützt auf das Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes Y._ vom 1. März 2012 von einer vollen Leistungsfähigkeit auszugehen. Die Beschwerdeführerin bringt nichts vor, was diese Feststellung als offensichtlich unrichtig erscheinen liesse und begründet die Forderung nach einem Abzug nicht weiter. Somit ist nicht zu beanstanden, dass das kantonale Gericht keinen Abzug vom Tabellenlohn wegen leidensbedingten Einschränkungen vorgenommen hat.
5.2.4 Hat die Vorinstanz den von der Versicherten verlangten Abzug zu Recht nicht gewährt, bleibt es bei einem Invalideneinkommen von Fr. 19'291.-.
5.3 Da sowohl zur Ermittlung des Validen- wie auch des Invalideneinkommens die LSE 2006 beigezogen wurden, erübrigen sich, wie die Vorinstanz dargelegt hat, eine Indexierung und eine Umrechnung auf die durchschnittliche wöchentliche Arbeitszeit.
5.4 Wird zusammenfassend dem Valideneinkommen von Fr. 28'937.- ein Invalideneinkommen von Fr. 19'291.- gegenübergestellt, ergibt sich ein Invaliditätsgrad von 33,34% und für den Anteil Erwerbstätigkeit von 60% ein Teilinvaliditätsgrad von 20%.
6. Nicht beanstandet wird der gestützt auf das Gutachten des medizinischen Abklärungsinstitutes X._ vom 4. Juni 2010 festgesetzte Invaliditätsgrad im Haushaltsbereich von 30%, was für den Anteil Haushalt von 40% einen Teilinvaliditätsgrad von 12% ergibt. Bei einem Gesamtinvaliditätsgrad von 32% hat die Vorinstanz einen Rentenanspruch somit zu Recht verneint, was zur Abweisung der Beschwerde führt.
7. Die Kosten des Verfahrens sind von der unterliegenden Beschwerdeführerin zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. Februar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch