Sachverhalt:
A. X._ selig und Z._ führten seit Februar 1993 einen gemeinsamen Haushalt. Am 6. Juni 1997 heirateten sie, im Juni 1998 wurde der gemeinsame Haushalt aufgelöst. Aus der Beziehung gingen die Kinder S._, geb. 1994, und T._, geb. 1997, hervor. Ausserdem lebten die beiden Kinder aus erster Ehe von Z._ (geb. 1982 und 1984) im gemeinsamen Haushalt.
B. Mit Urteil vom 13. September 2005 schied das Kantonsgericht Obwalden die Ehe und teilte die elterliche Sorge über die gemeinsamen Kinder der Mutter zu, unter Regelung weiterer Kinderbelange. Sodann verpflichtete es X._ namentlich zu Unterhaltsbeiträgen von Fr. 861.-- je Kind und von Fr. 2'150.-- bzw. ab August 2010 von Fr. 1'851.-- an die Ehefrau, zu einer güterrechtlichen Leistung von Fr. 26'751.90 und zur Überweisung von Fr. 30'000.-- auf ein Freizügigkeitskonto.
Mit Bezug auf gewisse kinderrechtliche und die finanziellen Belange erhoben beide Parteien Appellation. In finanzieller Hinsicht verpflichtete das Obergericht des Kantons Obwalden X._ mit Urteil vom 31. Oktober 2007 zur Bezahlung von Kinderunterhaltsbeiträgen von Fr. 1'000.-- bzw. Fr. 1'200.--, von nachehelichem Unterhalt an Z._ von Fr. 2'026.-- bis 5. Juli 2010, von Fr. 2'363.-- zwischen 6. und 31. Juli 2010, von Fr. 2'773.-- zwischen 1. August 2010 und 16. August 2012 und von Fr. 2'800.-- ab 17. August 2012 (lebenslänglich), zu einer güterrechtlichen Leistung von Fr. 19'251.90 und zur Überweisung von Fr. 30'000.-- auf ein Freizügigkeitskonto.
C. Hinsichtlich des nachehelichen Unterhalts, des Güterrechts, der Freizügigkeitsleistung und der Kostenverteilung erhob X._ selig am 13. Dezember 2007 eine Beschwerde in Zivilsachen. Er verlangte insbesondere, von der Festsetzung nachehelichen Unterhalts abzusehen, die vollzogene güterrechtliche Auseinandersetzung mit dem aktuellen Besitzstand festzustellen und die Sache für die kantonale Kostenverlegung an das Obergericht zurückzuweisen. Mit Vernehmlassung vom 14. März 2008 schloss die Beschwerdegegnerin auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Sodann verlangten beide Seiten die unentgeltliche Rechtspflege.
Am 10. Mai 2008 verstarb X._, worauf das Verfahren mit Präsidialverfügung vom 15. Mai 2008 sistiert wurde (<ref-law> i.V.m. Art. 6 Abs. 2 und 3 BZP).
Gemäss Erbenverzeichnis der Einwohnergemeinde A._ vom 2. Juni 2008 sind die gesetzlichen Erben von X._ seine beiden Kinder aus erster Ehe, U._, geb. 1969, und V._, geb. 1977, sowie die beiden Kinder S._ und T._ aus der Ehe mit der Beschwerdegegnerin. Für die Letzteren wurde Rechtsanwalt R._ als Vertretungsbeistand gemäss <ref-law> ernannt.
Das vom Konkursamt des Kantons Obwalden erstellte öffentliche Inventar im Sinn von <ref-law> hat ergeben, dass der Nachlass von X._ selig überschuldet ist. Gemäss Beschluss des Einwohnergemeinderates A._ vom 20. Oktober 2008 haben alle vier Kinder die Erbschaft ausgeschlagen.
Am 10. bzw. 19. Dezember 2008 haben die beiden Rechtsvertreter ihre Kostennoten eingereicht.

Erwägungen:
1. Die Frage des nachehelichen Unterhaltes ist unmittelbar mit dem Ableben von X._ gegenstandslos geworden, weil die Beitragspflicht mit dem Tod der berechtigten oder verpflichteten Person erlischt (<ref-law>).
Die weiteren finanziellen Nebenfolgen sind mit der Ausschlagung des Nachlasses durch die Erben gegenstandslos geworden. Diese haben im Übrigen alle bekannt gegeben, an einer Weiterführung des Prozesses vor Bundesgericht nicht interessiert zu sein (Schreiben Rechtsanwalt R._ vom 11. September 2008 für die Kinder S._ und T._; Schreiben U._ vom 25. November 2008; Schreiben V._ vom 10. Dezember 2008).
2. Bei Gegenstandslosigkeit sind die Gerichts- und Parteikosten nach dem mutmasslichen Ausgang des Verfahrens zu beurteilen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
Mit Bezug auf den nachehelichen Unterhalt hätte sich mutmasslich ergeben, dass die Ehe aufgrund des äusserst kurzen ehelichen Zusammenlebens nicht als lebensprägend anzusehen gewesen wäre, zumal in der betreffenden Zeitspanne keine Kinder gezeugt oder zur Welt gebracht worden sind (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil 5A_538/2008, E. 4.4 und 4.5); sodann wäre zu berücksichtigen gewesen, dass der Ehemann während der zehnjährigen Trennungsphase Unterhaltsleistungen erbracht hat (vgl. Urteil 5A_538/2008, E. 4.6), so dass mutmasslich kein Raum für nachehelichen Unterhalt geblieben wäre.
Was die Entschädigung gemäss <ref-law> anbelangt, war diese nur für den Fall angefochten, dass nachehelicher Unterhalt gesprochen würde; die Entschädigungsfrage wäre folglich aufgrund des dargestellten mutmasslichen Ausganges der Unterhaltsfrage gegenstandslos geworden.
Mit Bezug auf das Güterrecht hätte eine Vermutung für die Zugehörigkeit von Guthaben und Schulden zur Errungenschaft gesprochen (Art. 200 Abs. 3 bzw. <ref-law>). Indes wird die Beweislastverteilung und die damit zusammenhängende Rüge der Verletzung von <ref-law> gegenstandslos, wo das Gericht aufgrund einer Würdigung von Beweisen zu einem Schluss gelangt ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 602). Dies war vorliegend der Fall, indem das Obergericht die Darlehensschulden aufgrund einer Beweiswürdigung auf die beiden Vermögensmassen aufgeteilt hat. Hat es aber diesbezüglich auf die eigenen Parteiaussagen von X._ selig abgestellt und hat dieser im Übrigen seiner Auskunftspflicht über die Mittelverwendung nur unvollständig bzw. mit zerstreuenden Aussagen nachgelebt, wäre mutmasslich keine Willkür zu erkennen gewesen, wenn das Obergericht einzig die für Wohnkosten und Steuern verwendeten Darlehensteile der Errungenschaft zugeschlagen hat.
Aus dem Gesagten ergibt sich, dass X._ selig für den nachehelichen Unterhalt mit seiner Beschwerde durchgedrungen und im Güterrecht unterlegen wäre. Es rechtfertigt sich in der konkreten Situation, für das bundesgerichtliche Verfahren auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (<ref-law>) und die Parteikosten wettzuschlagen (<ref-law>). Die Festsetzung und Verteilung der kantonalen Kosten entsprechend dem neuen hypothetischen Ausgang des Verfahrens ist durch das Obergericht vorzunehmen (<ref-law>).
3. Angesichts der offensichtlichen Bedürftigkeit der Parteien sind die beidseitigen Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren gutzuheissen und beide Seiten durch ihre jeweiligen Rechtsvertreter zu verbeiständen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Diese sind aus der Gerichtskasse für ihre Leistungen angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Es wird festgestellt, dass die Beschwerde in Zivilsachen gegenstandslos geworden ist.
2. Die beidseitigen Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege werden gutgeheissen und beide Parteien werden durch ihre jeweiligen Rechtsvertreter verbeiständet.
3. Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Rechtsanwalt Victor Rüegg wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse mit Fr. 7'000.-- entschädigt.
5. Rechtsanwältin Monika Lütolf-Geiser wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse mit Fr. 3'890.30 entschädigt.
6. Für die Bestimmung und Verteilung der kantonalen Kosten wird die Sache an das Obergericht zurückgewiesen.
7. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Dezember 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Möckli