Faits:
A. En 1999, le gouvernement de l'Etat de Rio de Janeiro a constitué une nouvelle entité de contrôle fiscal des grandes sociétés sises sur son territoire, soit l'Inspectorat des grands contribuables, qui était dirigé par A._ et chargé du redressement fiscal desdites entreprises, comprenant tant l'encaissement des impôts soustraits que les amendes y relatives. Cette structure rapportait plus de 80 % de la recette fiscale de l'Etat précité. Bien que l'inspectorat des grands contribuables dépendît de la Surintendance de l'inspection, A._ rapportait directement à l'échelon hiérarchique supérieur, soit au Sous-secrétaire adjoint de l'Administration des finances de l'Etat de Rio de Janeiro, à savoir B._.
A._ et B._, amis de longue date, ont mis en place un système pour obtenir des sociétés inspectées qu'elles versassent des pots-de-vin en échange d'arrangements sur les amendes et redressements à encaisser par l'administration. En bref, les deux hommes décidaient des sociétés à inspecter et le service de planification établissait un plan des inspections. Un inspecteur se rendait dans les locaux de l'entreprise et lui demandait de produire divers documents, à bref délai, sous peine d'amende. La brièveté du délai imparti avait pour but et conséquence de mettre l'entreprise dans l'impossibilité de l'observer, ce qui entraînait une série d'amendes et, avec la mise sous pression de la société, créait les conditions utiles au chantage. Apparaissait alors un intermédiaire étranger à l'administration fiscale, venant proposer à la société un accord de clôture d'inspection et/ou de remise finale d'amende contre paiement d'un pot-de-vin. Par l'acceptation de cet accord, l'entreprise voyait l'inspection clôturée, ce qui lui permettait, d'une part, d'éviter de payer de nouvelles amendes et, d'autre part, d'échapper à un redressement fiscal plus important.
B._ a transféré, par le biais des services d'un changeur, l'argent issu du système de corruption exposé ci-dessus sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, dissoute sans liquidation le 26 juin 2002, la banque E._ en ayant repris l'actif et le passif.
B. Par arrêt du 18 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné plusieurs employés de la banque D._, leur reprochant d'avoir blanchi l'argent de plusieurs fonctionnaires brésiliens dont B._. Elle a également prononcé la confiscation, au préjudice de ce dernier, des valeurs patrimoniales au crédit du compte n° xxx dont le prénommé est titulaire auprès de la banque E._. Elle l'a enfin condamné au paiement d'un dixième des frais de la cause arrêtés en totalité à 10'000 fr.
C. B._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu à l'annulation de la confiscation prononcée à son encontre et de sa condamnation au paiement d'une partie des frais de la cause. A titre préalable, il a requis l'effet suspensif et demandé à ce qu'il soit constaté que la République fédérale du Brésil n'a pas la qualité de partie civile.

Considérant en droit:
1. Invoquant une violation de l'art. 211 PPF, le recourant conteste la qualité de partie civile de la République fédérale du Brésil.
L'écriture du recourant sur ce point ne satisfait pas aux exigences de l'<ref-law>. En effet, l'intéressé se contente, pour ce qui est de son argumentation, de se référer aux conclusions déposées le 11 juillet 2008 devant le Tribunal pénal fédéral. Or, la motivation doit être contenue dans l'acte de recours et le renvoi à d'autres écritures, en particulier celles produites dans les instances précédentes, n'est en principe pas pris en considération (arrêt 4A_137/2007 du 20 juillet 2007; cf. sous l'empire de l'art. 108 al. 2 aOJ, <ref-ruling> consid. 2.3 p. 387 s.; <ref-ruling> consid. 4.10 p. 302). Le grief est par conséquent irrecevable.
2. Se plaignant d'une violation des art. 3 à 8 CP, le recourant conteste la compétence "ratione loci" des autorités helvétiques pour statuer sur la confiscation des fonds déposés sur son compte en Suisse.
2.1 La confiscation litigieuse est régie par l'art. 59 ch. 1 al. 1 aCP, puisque cette disposition n'a subi, lors de l'entrée en vigueur au 1er janvier 2007 de la modification du code pénal, que des changements irrelevants du point de vue de la lex mitior (cf. <ref-law>).
2.2 Aux termes de l'art. 59 ch. 1 al. 1 aCP, le juge prononcera la confiscation de valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits. Selon l'<ref-law>, le délinquant est aussi punissable lorsque l'infraction principale a été commise à l'étranger et lorsqu'elle est aussi punissable dans l'Etat où elle a été commise.
La confiscation au sens de la disposition précitée est aussi soumise aux art. 3 à 7 aCP. Elle ne peut donc être ordonnée que si l'infraction d'où proviennent les valeurs ressortit à la compétence de la juridiction suisse (cf. <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2d). Il ne faut toutefois pas minimiser la compétence territoriale du juge suisse en matière de confiscation, en particulier telle qu'elle peut découler de l'art. 7 aCP ou encore de l'<ref-law>, qui prévoit que les avoirs issus d'un crime à l'étranger peuvent constituer un blanchiment en Suisse. Par ce biais, les fonds blanchis peuvent être considérés comme le résultat au sens de l'<ref-law> d'une infraction commise en Suisse et ainsi être confisqués (ATF <ref-ruling> consid. 2d).
2.3 En l'espèce, les fonds du recourant, provenant d'actes de corruption commis à l'étranger, ont été blanchis par des employés de la banque D._. Ces fonds constituent donc non seulement le résultat d'une infraction de corruption, mais également le résultat d'une infraction de blanchiment au sens de l'<ref-law>, commise en Suisse. Par conséquent, l'autorité intimée, qui était compétente pour poursuivre cette dernière infraction, l'est également pour prononcer la confiscation litigieuse. Le grief tiré de la violation des art. 3 à 7 aCP est ainsi mal fondé.
3. Invoquant une violation de son droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. et de son droit à la preuve selon l'<ref-law>, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral de ne pas avoir précisé en quoi il jugeait que ses explications et justificatifs transmis au sujet de son activité accessoire n'étaient pas plausibles.
En l'espèce, le recourant semble perdre de vue que, conformément à la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 2b p. 102), l'autorité n'a pas à se prononcer sur tous les éléments de preuve produits par les parties. Par ailleurs, il n'explique pas en quoi les documents remis seraient susceptibles de modifier l'appréciation de la Cour des affaires pénales quant à la provenance criminelle des fonds des fonctionnaires brésiliens, au regard notamment de leur condamnation au Brésil et des montants astronomiques figurant sur leurs comptes en Suisse (cf. infra consid. 4.3). La critique est irrecevable, puisqu'insuffisamment motivée (cf. infra. consid. 4.1).
Au surplus, on constate que les explications dont le recourant se prévaut dans ses écritures du 5 août 2008, à savoir qu'il aurait développé une activité de représentation commerciale de sociétés privées auprès d'organe étatique, ne correspondent pas aux renseignements obtenus en relation avec son compte en Suisse. En effet, sur les documents d'ouverture de son compte bancaire à la banque D._, il avait uniquement indiqué être avocat de profession et travailler auprès du secrétariat d'Etat du gouvernement. De plus, un des montants crédité avait été annoncé comme provenant de la vente d'un appartement. Au regard de ces contradictions dans l'indication des activités et l'origine de certains avoirs, la Cour des affaires pénales pouvait, sans arbitraire, admettre que le recourant n'avait pas fourni d'explications plausibles quant à la provenance de son argent auprès de la banque D._.
4. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits, le recourant conteste les indices retenus pour conclure à l'origine criminelle de ses avoirs.
4.1 Le Tribunal fédéral n'examine la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant de manière conforme aux exigences accrues de motivation déduites de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée et précise, en quoi consiste la violation (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 589; <ref-ruling> consid. 1.3).
L'arbitraire prohibé par l'art. 9 Cst. ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait concevable, voire préférable. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de cette décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 260; <ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 470).
4.2 La Cour des affaires pénales a notamment retenu les faits suivants.
4.2.1 B._ a été inspecteur fiscal de 1990 à fin 1998, sous-secrétaire adjoint de l'administration des contributions publiques auprès du Secrétariat d'Etat aux finances de l'Etat de Rio de Janeiro de janvier 1999 à fin 2003 et président de la Commission de révision fiscale de janvier 1999 à mars 2002.
4.2.2 Par jugement du 31 octobre 2003, la troisième chambre pénale fédérale de la section judiciaire de Rio de Janeiro a notamment retenu que A._, B._ et C._ s'étaient rendus coupables, en sus d'infractions monétaires et fiscales inconnues du droit suisse, de corruption passive.
Par arrêt du 19 septembre 2007, le Tribunal régional de la 2ème région, statuant en appel, a confirmé les condamnations précitées, admis partiellement le recours du Ministère public, notamment quant à l'infraction d'association de malfaiteurs, et aggravé les peines infligées aux agents susmentionnés. Le Juge a ainsi retenu qu'en ce qui concernait les faits de corruption imputés aux prénommés, le mode opératoire était le suivant. Des agents fiscaux de l'Inspectorat des grands contribuables inspectaient des sociétés de manière sévère et rigoureuse. Leurs actes faisaient alors l'objet de recours auprès de la Commission de Révision fiscale sur laquelle B._ exerçait un ascendant lui permettant de modifier indûment, voire d'annuler illégalement les procès-verbaux d'infractions établis, dans l'intérêt de négociations censées avoir lieu avec les contribuables verbalisés. L'affaire V._ fournissait des informations sur ce qui avait dû s'être passé à différentes autres occasions, lors desquelles la bande avait déployé ses activités à l'origine des montants déposés auprès de la banque D._. Le versement d'un pot-de-vin de 1'500'000 USD chacun à A._ et C._ par la société U._ corroborait la réalité de la corruption des fonctionnaires, laquelle ressortait également de l'ampleur de leurs avoirs auprès de la banque D._, dont l'origine était restée inexpliquée, ainsi que du manque à gagner fiscal causé par les vices des procès-verbaux d'infractions.
4.2.3 La Cour des affaires pénales a admis que l'intégralité des fonds déposés sur les comptes de A._, C._ et B._ provenaient de la corruption en se fondant sur les indices suivants. D'une part, l'inspection de la société V._ avait mis à jour un mode opératoire, impliquant les trois agents susmentionnés. D'autre part, un pot-de-vin effectivement versé s'était retrouvé sur les comptes de A._ et C._ auprès de la banque D._. De plus, l'examen des comptes bancaires avait révélé des mouvements entre les comptes de A._ et de C._ ainsi qu'entre le compte de B._ et celui de A._. Enfin, les sommes astronomiques au crédit des comptes en question étaient sans commune mesure avec les revenus licites que réalisaient ces trois personnes en leur qualité de fonctionnaire et en l'absence d'explication plausible quant à une origine autre que criminelle de leurs avoirs.
4.3 Le recourant relève qu'il n'existe aucun indice laissant penser qu'il aurait participé aux affaires V._, U._ ainsi qu'à celle des supermarchés W._, soit à des actes de corruption. Il explique aussi que le transfert du compte de A._ ne saurait constituer un indice selon lequel ses fonds proviendraient de la corruption.
L'argumentation de l'intéressé est insuffisante pour conclure à l'arbitraire dans l'appréciation des preuves précitées. En effet, le Tribunal pénal fédéral s'est uniquement référé aux affaires susmentionnées pour révéler le mode opératoire des agents fiscaux, sans toutefois y examiner le rôle ou l'implication exacte du recourant. Par ailleurs, ce dernier se contente de critiquer, de manière isolée, deux éléments sans tenir compte du fait que l'autorité intimée a fondé sa conviction en se basant sur un faisceau d'indices convergents incluant notamment la condamnation du recourant pour corruption par les autorités brésiliennes, l'importance des montants placés, l'inadéquation de ces sommes avec les revenus pouvant provenir d'une activité de fonctionnaire et l'absence d'explication plausible quant à la provenance de ces fonds. Du reste, au vu de l'ensemble de ces éléments, il n'était pas manifestement insoutenable de conclure que les fonds du recourant provenaient précisément de la corruption.
5. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant conteste que les conditions de la confiscation soient réalisées et, plus particulièrement, que ses fonds proviennent d'actes de corruption.
5.1 Selon l'art. 59 ch. 1 al. 1 aCP, le juge prononcera la confiscation des valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits.
L'infraction doit être la cause essentielle, respectivement adéquate, de l'obtention des valeurs patrimoniales et celles-ci doivent typiquement provenir de l'infraction en cause. Il doit donc exister, entre l'infraction et l'obtention des valeurs patrimoniales, un lien de causalité tel que la seconde apparaît comme la conséquence directe et immédiate de la première. C'est en particulier le cas lorsque l'obtention des valeurs patrimoniales est un élément objectif ou subjectif de l'infraction ou lorsqu'elle constitue un avantage direct découlant de la commission de l'infraction. En revanche, les valeurs patrimoniales ne peuvent pas être considérées comme le résultat de l'infraction lorsque celle-ci n'a que facilité leur obtention ultérieure par un acte subséquent sans lien de connexité immédiat avec elle (ATF 6S.819/1998 du 4 mai 1999 publié in SJ 1999 I p. 417).
5.2 L'autorité intimée a conclu, sans que l'arbitraire ne soit démontré à ce sujet (cf. supra consid. 4), que l'intégralité des fonds déposés sur le compte du recourant provenaient de la corruption puisqu'obtenus sous forme de pots-de-vin versés par des entreprises inspectées à certains fonctionnaires dont l'intéressé en échange de la clôture de l'inspection et de rabais sur les montants effectivement dus à l'Etat par ces contribuables. Les sommes versées sur le compte du recourant sont ainsi le résultat d'une infraction au sens de l'art. 59 ch. 1 al. 1 aCP, soit de corruption.
Au demeurant, les fonds en cause, constitués d'argent blanchi, peuvent également être confisqués au titre de résultat d'une infraction de blanchiment visée par l'<ref-law>. En effet, une fois blanchi, l'argent sale peut être investi ou placé dans l'économie légale, et cette possibilité d'utiliser de l'argent illégalement acquis est un avantage pécuniaire évident, découlant directement de l'infraction de blanchiment. L'argent blanchi est dès lors confiscable en lui-même, indépendamment de l'infraction l'ayant généré (cf. ATF 6S.667/2000 du 19 février 2001 publié in SJ 2001 I p. 330). Dans ces conditions, l'argent du recourant constitue également le résultat de l'infraction de blanchiment au sens de l'<ref-law>.
Ainsi, l'autorité intimée n'a pas violé le droit fédéral en prononçant la confiscation litigieuse.
6. En conclusion, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires.
Vu l'issue de la procédure, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 3 novembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani