Sachverhalt:
A. X._ weigerte sich im Jahr 2008, seine Rinder und Schafe gegen die Blauzungenkrankheit impfen zu lassen.
B. B.a Die Staatsanwaltschaft des Kantons Appenzell I.Rh. sprach X._ mit Strafbefehl vom 2. Februar 2009 der vorsätzlichen Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz (TSG), die Tierseuchenverordnung (TSV) und die Verordnung des Bundesamtes für Veterinärwesen über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 (VO BVET 2008) im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit Art. 239g TSV und Art. 2 VO BVET 2008 sowie ferner des Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen im Sinne von <ref-law> schuldig. Sie verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 60.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, und zu einer Busse von 200 Franken respektive, bei schuldhafter Nichtbezahlung, ersatzweise zu einer Freiheitsstrafe von 4 Tagen.
X._ erhob Einsprache.
B.b Das Bezirksgericht Appenzell I.Rh. sprach X._ am 25. August 2009 von Schuld und Strafe frei.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Appenzell I.Rh. erhob dagegen Berufung.
B.c Das Kantonsgericht Appenzell I.Rh. sprach X._ mit Entscheid vom 19. Januar 2010 in Gutheissung der Berufung der vorsätzlichen Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit Art. 2 VO BVET 2008 schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von 600 Franken respektive, bei schuldhafter Nichtbezahlung, ersatzweise zu einer Freiheitsstrafe von 6 Tagen.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, er sei vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz, die Tierseuchenverordnung und die Verordnung des Bundesamtes für Veterinärwesen über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 sowie vom Vorwurf des Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen freizusprechen. Eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer macht geltend, der angefochtene Entscheid sei unvollständig, da darin der ehemals ebenfalls angeklagte Tatbestand des Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen im Sinne von <ref-law> nicht beurteilt werde.
Die Rüge ist unbegründet. Die Staatsanwaltschaft zog anlässlich ihres Plädoyers vor der ersten Instanz ihren Antrag auf Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen (<ref-law>) zurück und beantragte einzig eine Verurteilung wegen Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz. Sie beantragte auch im Berufungsverfahren lediglich eine Verurteilung wegen Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz. Der Vorwurf des Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen im Sinne von <ref-law> wurde mithin nicht mehr erhoben. Die Vorinstanz hatte daher keinen Anlass, einen derartigen Vorwurf zu beurteilen und den Beschwerdeführer insoweit freizusprechen.
2. Der Beschwerdeführer behauptet, dass hinsichtlich der Strafverfolgung von Landwirten wegen Verweigerung der Impfung gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 eine bemerkenswert "föderalistische" Rechtsprechung herrsche. Zur Begründung weist er darauf hin, dass er selbst von der ersten Instanz unter Zubilligung eines unvermeidbaren Rechtsirrtums freigesprochen worden sei und dass im Kanton Thurgau Strafverfügungen gegen Landwirte wegen geringen Verschuldens und geringer Tatfolgen aufgehoben worden seien. Damit ist indessen eine bemerkenswert "föderalistische" Rechtsprechung nicht dargetan. Demnach kann dahingestellt bleiben, welche Konsequenzen sich ergäben, wenn bei einer Vielzahl von Fällen gleichartige Sachverhalte in verschiedenen Kantonen unterschiedlich behandelt worden wären.
3. 3.1 Gemäss Art. 1 Abs. 1 des Tierseuchengesetzes vom 1. Juli 1966 (TSG; SR 916.40) sind Tierseuchen im Sinne dieses Gesetzes die übertragbaren Tierkrankheiten, die (a.) auf den Menschen übertragen werden können; (b.) vom einzelnen Tierhalter ohne Einbezug weiterer Tierbestände nicht mit Aussicht auf Erfolg abgewehrt werden können; (c.) einheimische, wildlebende Tierarten bedrohen können; (d.) bedeutsame wirtschaftliche Folgen haben können; (e.) für den internationalen Handel mit Tieren und tierischen Produkten von Bedeutung sind. Nach <ref-law> bezeichnet der Bundesrat die einzelnen Tierseuchen. Er unterscheidet dabei hochansteckende Seuchen und andere Seuchen. Die Tierseuchenverordnung des Bundesrates vom 27. Juni 1995 (TSV; SR 916.401) bezeichnet die einzelnen hochansteckenden und anderen Seuchen (Art. 1 Abs. 1 TSV). Sie legt die Bekämpfungsmassnahmen fest und regelt die Organisation der Tierseuchenbekämpfung sowie die Entschädigungen der Tierhalter (Art. 1 Abs. 2 TSV). In Bezug auf die nicht hochansteckenden, mithin die anderen Seuchen unterscheidet die Tierseuchenverordnung auszurottende Seuchen (Art. 3, Art. 128 ff. TSV), zu bekämpfende Seuchen (Art. 4, Art. 212 ff. TSV) und zu überwachende Seuchen (Art. 5, Art. 291 ff. TSV). Zu den zu bekämpfenden Seuchen gehört gemäss Art. 4 lit. gbis TSV, eingefügt durch Verordnung vom 14. Mai 2008, in Kraft seit 1. Juni 2008 (AS 2008 2275), die Blauzungenkrankheit (Bluetongue). Die bei dieser Krankheit zu treffenden Vorkehrungen sind in Art. 239a ff. TSV, eingefügt durch Verordnung vom 14. Mai 2008, in Kraft seit 1. Juni 2008 (AS 2008 2275), näher geregelt. Gemäss Art. 239g TSV kann das Bundesamt für Veterinärwesen (BVET) nach Anhören der Kantone für empfängliche Tiere Impfungen gegen Bluetongue-Viren vorschreiben. Es bestimmt in einer Verordnung die Gebiete, in denen eine Impfung vorgeschrieben ist, sowie Art und Einsatz der Impfstoffe. Gestützt darauf erliess das BVET die Verordnung vom 23. Mai 2008 über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahr 2008 (AS 2008 2303). Diese Verordnung trat gemäss ihrem Artikel 7 am 1. Juni 2008 in Kraft und galt bis zum 31. Dezember 2008. Im Jahre 2009 erliess das BVET gestützt auf Art. 239g TSV die Verordnung vom 14. Januar 2009 über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahr 2009 (AS 2009 455), die gemäss ihrem Artikel 9 am 1. Februar 2009 in Kraft trat und bis zum 31. Dezember 2009 galt. Im Jahre 2010 erliess das BVET die Verordnung vom 13. Januar 2010 über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahr 2010 (AS 2010 397; SR 916.401.348.2), die gemäss ihrem Artikel 10 am 1. Februar 2010 in Kraft trat und bis zum 31. Dezember 2010 gilt.
Gemäss <ref-law> wird bestraft, wer vorsätzlich den Bestimmungen der Artikel 10, 11, 24, 25, 27 oder den in Ausführung dieser Bestimmungen von den Behörden des Bundes oder eines Kantons erlassenen Vorschriften oder einer entsprechenden, unter Hinweis auf die Strafandrohung dieses Artikels an ihn gerichteten Einzelverfügung zuwiderhandelt.
3.2 Die Blauzungenkrankheit ist eine von einem Virus verursachte Infektionskrankheit, die ausschliesslich Wiederkäuer, vor allem Rinder, Schafe und Ziegen, befällt. Sie wird durch bestimmte Mücken übertragen. Die Krankheit vom Serotyp 8 trat im Frühsommer 2006 zum ersten Mal in Zentraleuropa und im Oktober 2007 erstmals in der Schweiz auf. Bei der Blauzungenkrankheit treten unter anderem erhöhte Zellzahlen in der Milch, Lahmheit, offene Stellen beim Maul sowie Fruchtbarkeitsstörungen auf. In dem der Schweiz benachbarten französischen Departement Doubs erkrankten im Jahr 2008 8 % der Rinder und 24 % der Schafe, wobei über 1 % der Rinder und 6 % der Schafe verstarben. Im Burgund nahm die Zahl der Fehlgeburten im Jahr 2007 zufolge der Blauzungenkrankheit um das Dreifache zu. Im deutschen Bundesland Nordrhein-Westfahlen wurde berechnet, dass in den betroffenen Milchviehbetrieben pro Tier ein Verlust von Fr. 300.-- entstand. Die Impfung schützt gut vor der Krankheit. In der Bundesrepublik Deutschland ging bei einer obligatorischen Impfung im Jahr 2008 die Zahl der betroffenen Betriebe von 11'487 im Jahr 2007 auf 2'605 im Jahr 2008 zurück. In Frankreich hingegen stieg bei einer bloss freiwilligen Impfung im Jahr 2008 die Zahl der betroffenen Betriebe von 9'343 im Jahr 2007 auf 38'022 im Jahr 2008. Die Impfstoffe sind sicher, und Impfschäden traten nur in Einzelfällen auf. Infolge der in der Schweiz in den Jahren 2008 und 2009 durchgeführten Kampagnen der obligatorischen Impfung des Nutztierbestandes traten hierzulande nur 78 Fälle von Blauzungenkrankheit auf (siehe zum Ganzen die Mitteilungen und Berichte des BVET "Blauzungenkrankheit in der Schweiz", "Abklärungen zu unerwünschten Wirkungen der Impfung gegen die Blauzungenkrankheit: Zwischenresultate", "Blauzungenimpfung 2010: obligatorisch oder freiwillig?").
3.3 3.3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, dass nach der am 1. Februar 2010 in Kraft getretenen neuen Verordnung des BVET über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahr 2010 die Impfung nicht mehr obligatorisch und die Unterlassung der Impfung nicht strafbar sei. Daher sei er gemäss dem Grundsatz der "lex mitior" (<ref-law>) in Anwendung dieses neuen, milderen Rechts freizusprechen. Zwar gelte der genannte Grundsatz bei Zeitgesetzen nicht, doch sei die Verordnung des BVET über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahr 2008, gemäss welcher er verurteilt worden sei, kein Zeitgesetz, da sie nach ihrer Geltungsdauer nicht ersatzlos aufgehoben, sondern durch milderes Recht ersetzt worden sei.
3.3.2 Nach dem Grundsatz der "lex mitior" (<ref-law>) ist nicht das im Zeitpunkt der Tat, sondern das im Zeitpunkt der Beurteilung geltende Recht anzuwenden, wenn dieses neue Recht für den Täter das mildere ist. Dieser Grundsatz gilt allerdings nicht für Zeitgesetze. Darunter sind Erlasse zu verstehen, deren zeitliche Geltungsdauer von vornherein beschränkt ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. I/1).
Die Verordnung des BVET vom 23. Mai 2008 über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 ist ein Zeitgesetz. Dies ergibt sich schon aus dem Titel der Verordnung sowie aus deren Artikel 7, wonach die Verordnung bis zum 31. Dezember 2008 gilt. An der Qualifikation dieser Verordnung als Zeitgesetz ändert nichts, dass das BVET auch in den Jahren 2009 und 2010 jeweils wiederum Verordnungen über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2009 respektive im Jahre 2010 erliess, deren zeitliche Geltungsdauer jeweils bis zum Jahresende befristet war beziehungsweise befristet ist. Die jeweilige Beschränkung der zeitlichen Geltungsdauer auf ein Jahr lässt sich aus Art. 239g TSV erklären, wonach das Bundesamt nach Anhören der Kantone für empfängliche Tiere Impfungen gegen Bluetongue-Viren vorschreiben kann und in einer Verordnung die Gebiete, in denen eine Impfung vorgeschrieben ist, sowie Art und Einsatz der Impfstoffe bestimmt. Ob und gegebenenfalls unter welchen Voraussetzungen und in welchen Gebieten der Schweiz eine Impfung obligatorisch ist, hängt wesentlich auch von den tatsächlichen Verhältnissen ab, die sich Jahr für Jahr ändern können, und wird daher zweckmässigerweise jedes Jahr neu geregelt. Da die Verordnung des BVET über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 somit ein Zeitgesetz ist, findet der Grundsatz der "lex mitior" keine Anwendung. Es ist deshalb unerheblich, dass allenfalls im Jahr 2010 anders als im Jahr 2008 in einem Fall der vorliegenden Art kein Impfobligatorium bestand.
Die Verordnung des BVET vom 23. Mai 2008 über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 ist ein Zeitgesetz. Dies ergibt sich schon aus dem Titel der Verordnung sowie aus deren Artikel 7, wonach die Verordnung bis zum 31. Dezember 2008 gilt. An der Qualifikation dieser Verordnung als Zeitgesetz ändert nichts, dass das BVET auch in den Jahren 2009 und 2010 jeweils wiederum Verordnungen über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2009 respektive im Jahre 2010 erliess, deren zeitliche Geltungsdauer jeweils bis zum Jahresende befristet war beziehungsweise befristet ist. Die jeweilige Beschränkung der zeitlichen Geltungsdauer auf ein Jahr lässt sich aus Art. 239g TSV erklären, wonach das Bundesamt nach Anhören der Kantone für empfängliche Tiere Impfungen gegen Bluetongue-Viren vorschreiben kann und in einer Verordnung die Gebiete, in denen eine Impfung vorgeschrieben ist, sowie Art und Einsatz der Impfstoffe bestimmt. Ob und gegebenenfalls unter welchen Voraussetzungen und in welchen Gebieten der Schweiz eine Impfung obligatorisch ist, hängt wesentlich auch von den tatsächlichen Verhältnissen ab, die sich Jahr für Jahr ändern können, und wird daher zweckmässigerweise jedes Jahr neu geregelt. Da die Verordnung des BVET über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 somit ein Zeitgesetz ist, findet der Grundsatz der "lex mitior" keine Anwendung. Es ist deshalb unerheblich, dass allenfalls im Jahr 2010 anders als im Jahr 2008 in einem Fall der vorliegenden Art kein Impfobligatorium bestand.
3.4 3.4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Blauzungenkrankheit sei keine Tierseuche im Sinne von <ref-law>. Die Einfügung der Blauzungenkrankheit in die bundesrätliche Tierseuchenverordnung sei daher gesetzwidrig. Die Verordnung des BVET vom 23. Mai 2008 über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 (nachfolgend VO BVET 2008) habe deshalb keine ausreichende rechtliche Grundlage und sei somit nicht anwendbar.
3.4.2 Die In <ref-law> genannten Kriterien, nach welchen sich bestimmt, ob eine übertragbare Tierkrankheit als Tierseuche im Sinne der Tierseuchengesetzgebung zu bezeichnen ist, müssen nicht kumulativ erfüllt sein. Es genügt, wenn ein Kriterium gegeben ist (siehe Botschaft I des Bundesrates über die Anpassung des Bundesrechts an das EWR-Recht [Zusatzbotschaft I zur EWR-Botschaft], BBl 1992 V 1 ff., 47). Die Blauzungenkrankheit kann zwar weder im Sinne von <ref-law> auf den Menschen übertragen werden noch im Sinne von <ref-law> einheimische, wildlebende Tierarten bedrohen. Die Blauzungenkrankheit kann aber vom einzelnen Tierhalter ohne Einbezug weiterer Tierbestände nicht mit Aussicht auf Erfolg abgewehrt werden (<ref-law>), bedeutsame wirtschaftliche Folgen haben (<ref-law>) und ist für den internationalen Handel mit Tieren und tierischen Produkten von Bedeutung (<ref-law>). Daran ändert nichts, dass bei den an Blauzungenkrankheit leidenden Rindern und Schafen die Mortalität im Bereich von wenigen Prozent liegt.
3.5 3.5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die VO BVET 2008 verstosse gegen das Heilmittelgesetz. Das gemäss Art. 3 VO BVET 2008 als Impfstoff eingesetzte Präparat Zulvac® 8 Bovis sei nicht zugelassen gewesen. Die Voraussetzungen für eine Verwendung ohne Zulassung seien nicht erfüllt gewesen. Die Verweigerung der Impfung mit diesem Präparat könne daher nicht strafbar sein.
3.5.2 Das BVET hat am 26. Mai 2008 gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit Art. 8 Abs. 4 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement und Art. 48 Abs. 1 TSV den Vertrieb und die Abgabe von Zulvac® 8 Bovis für die Impfkampagne gegen die Blauzungenkrankheit bei amtlich angeordneten Impfungen befristet auf das Jahr 2008 bewilligt.
Das Bundesgesetz über Arzneimittel und Medizinprodukte (Heilmittelgesetz, HMG; SR 812.21) soll zum Schutz der Gesundheit von Mensch und Tier gewährleisten, dass nur qualitativ hoch stehende, sichere und wirksame Heilmittel in Verkehr gebracht werden (<ref-law>). Arzneimittel im Sinne dieses Gesetzes sind Produkte chemischen oder biologischen Ursprungs, die zur medizinischen Einwirkung auf den menschlichen oder tierischen Organismus bestimmt sind oder angepriesen werden, insbesondere zur Erkennung, Verhütung oder Behandlung von Krankheiten, Verletzungen und Behinderungen; zu den Arzneimitteln gehören auch Blut und Blutprodukte (<ref-law>). Verwendungsfertige Arzneimittel und Tierarzneimittel, die zur Herstellung von Fütterungsarzneimitteln bestimmt sind (Arzneimittelvormischungen), dürfen nur in Verkehr gebracht werden, wenn sie vom Schweizerischen Heilmittelinstitut zugelassen sind. Vorbehalten sind internationale Abkommen über die Anerkennung von Zulassungen (<ref-law>). Das Institut kann den Vertrieb oder die Abgabe von nicht zugelassenen Arzneimitteln gegen lebensbedrohende Krankheiten befristet bewilligen, wenn dies mit dem Schutz der Gesundheit vereinbar ist, von der Anwendung ein grosser therapeutischer Nutzen zu erwarten ist und wenn kein vergleichbares Arzneimittel zur Verfügung steht (<ref-law>; sog. Compassionate Use). <ref-law> wird konkretisiert durch Art. 18 ff. der Verordnung des Schweizerischen Heilmittelinstituts vom 22. Juni 2006 über die vereinfachte Zulassung von Arzneimitteln und die Zulassung von Arzneimitteln im Meldeverfahren (VAZV; SR 812.212.23).
Die in <ref-law> genannten Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt. Es stand im Jahr 2008 kein vergleichbares, zugelassenes Arzneimittel zur Verfügung, die Anwendung des Impfstoffs liess einen grossen therapeutischen Nutzen erwarten und nur geringfügige Nebenwirkungen befürchten, und die Blauzungenkrankheit kann, auch wenn die Mortalitätsrate gering ist, als für gewisse Wiederkäuer lebensbedrohende Krankheit qualifiziert werden.
3.5.3 Was der Beschwerdeführer dazu in Bezug auf die Nebenwirkungen vorbringt, ist einerseits unzulässige appellatorische Kritik an den Feststellungen der Vorinstanz und geht andererseits an der Sache vorbei. Die Überprüfung von Meldungen im Jahr 2008 betreffend vermutete Nebenwirkungen der Impfung ergab, dass die gemeldeten Schäden grösstenteils nicht auf die Impfung, sondern auf andere Ursachen (Krankheitserreger) zurückzuführen waren. Es ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz schwerwiegende Nebenwirkungen der Impfung im Jahre 2008 unter Berufung auf Erkenntnisse aus Untersuchungen verneinte, die erst im Jahr 2009 vorlagen. Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass die Europäische Arzneimittelagentur (EMEA) als Nebenwirkungen des Impfstoffs Zulvac® 8 Bovis einzig Erhöhung der Rektaltemperatur bei Kälbern festhielt und am 15. Januar 2010 diesen Impfstoff als Arzneimittel zuliess.
Der Einwand des Beschwerdeführers, dass die Voraussetzungen gemäss <ref-law> für ein Inverkehrbringen des fraglichen Impfstoffs nicht erfüllt gewesen seien, geht an der Sache vorbei. Die genannte Bestimmung betrifft Medizinprodukte. Ein Impfstoff ist indessen kein Medizinprodukt (siehe dazu <ref-law>), sondern ein Arzneimittel (vgl. hiezu <ref-law>). Auch der Hinweis des Beschwerdeführers auf <ref-law> ("Sorgfaltspflicht") geht an der Sache vorbei. Wohl muss nach der genannten Bestimmung derjenige, welcher mit Heilmitteln umgeht, alle Massnahmen treffen, die nach dem Stand von Wissenschaft und Technik erforderlich sind, damit die Gesundheit von Mensch und Tier nicht gefährdet wird. Im vorliegenden Fall der befristeten Bewilligung eines nicht zugelassenen Impfstoffs zur Bekämpfung einer Tierseuche geht es indessen nach Massgabe von <ref-law> um eine Abwägung der Gefahr für die Gesundheit der Tiere in Form von Nebenwirkungen der Impfung einerseits und des therapeutischen Nutzens in Form eines Schutzes vor der Krankheit infolge der Impfung andererseits.
3.6 3.6.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das Impfobligatorium gemäss VO BVET 2008 verstosse gegen verschiedene Bestimmungen des Bundesgesetzes über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände (Lebensmittelgesetz, LMG; SR 817.0), unter anderem gegen Art. 1, 7 und 10 LMG. Der Impfstoff Zulvac® 8 Bovis enthalte Stoffe wie Sponin, Aluminiumhydroxid und Thiomersal, die in die Milch und das Fleisch der geimpften Nutztiere gelangen und auf diesem Wege die Gesundheit von Menschen gefährden können.
Die Vorinstanz verweist auf eine Mitteilung des BVET, wonach Untersuchungen des Instituts für Viruskrankheiten und Immunprophylaxe IVI ergaben, dass Fleisch und Milch von geimpften Tieren keine Rückstände des Impfstoffs enthielten und somit für die menschliche Gesundheit unbedenklich sind. Darauf wird auch in der Antwort des Bundesrates vom 30. November 2009 auf eine Frage im Nationalrat (09.5477) hingewiesen. Weshalb und inwiefern die genannten Untersuchungsergebnisse nicht zuverlässig sein sollen, vermag der Beschwerdeführer nicht substantiiert darzulegen. Dass die Untersuchungsergebnisse im Jahr 2008 noch nicht vorlagen, ist insoweit unerheblich. Bei diesem Ergebnis kann dahingestellt bleiben, ob die im Impfstoff Zulvac® 8 Bovis enthaltenen Zusatzstoffe Sponin, Aluminiumhydroxid und Thiomersal die menschliche Gesundheit gefährden könnten, wenn sie in das Fleisch und/oder die Milch gelangen würden, was die Vorinstanz mit der Begründung verneint, dass die genannten Zusatzstoffe im Anhang II der Verordnung (EWG) Nr. 2377/90 des Rates vom 26. Juni 1990 zur Schaffung eines Gemeinschaftsverfahrens für die Festsetzung von Höchstmengen für Tierarzneirückstände in Nahrungsmitteln tierischen Ursprungs aufgelistet sind, mithin im Verzeichnis der Stoffe, für die keine Höchstmengen für Rückstände gelten.
3.6.2 Der Beschwerdeführer weist darauf hin, dass er im Bereich der tierschutzkonformen Bewirtschaftung und Produktion von naturnahem "Terra Suisse"-Fleisch tätig ist. Wenn er seine Kühe und die zu schlachtenden Rinder mit einem unerprobten, nicht zugelassenen und mit Giftstoffen versehenen Impfstoff gegen die Blauzungenkrankheit geimpft hätte, so hätte er seines Erachtens daher auch gegen das Täuschungsverbot gemäss Art. 18 Abs. 1 und 2 LMG verstossen. Da insofern die VO BVET 2008 einen verantwortungsbewussten und naturnah produzierenden Tierhalter letztlich zu einer Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz veranlasst hätte, sei die Verordnung gesetzwidrig und damit für ihn als unbeachtlich einzustufen.
Der Einwand ist unbegründet. Die Richtlinien des Grossverteilers, welcher das Label "Terra Suisse" vermarktet, enthalten diesbezüglich keine Angaben betreffend die medizinische Betreuung der Tiere. Wohl mag der durchschnittliche Konsument unter dem Label "Terra Suisse" naturnah produzierte Nahrungsmittel erwarten. Er geht aber nicht davon aus, dass solche Tiere im Seuchenfall im Unterschied zu den anderen Tieren nicht mit den üblichen zur Verfügung stehenden Impfstoffen vor der Krankheit geschützt werden.
Der Einwand ist unbegründet. Die Richtlinien des Grossverteilers, welcher das Label "Terra Suisse" vermarktet, enthalten diesbezüglich keine Angaben betreffend die medizinische Betreuung der Tiere. Wohl mag der durchschnittliche Konsument unter dem Label "Terra Suisse" naturnah produzierte Nahrungsmittel erwarten. Er geht aber nicht davon aus, dass solche Tiere im Seuchenfall im Unterschied zu den anderen Tieren nicht mit den üblichen zur Verfügung stehenden Impfstoffen vor der Krankheit geschützt werden.
3.7 3.7.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) durch Nichtabnahme eines formrichtig angebotenen Beweismittels vor. Wissenschaftliche Analysen des Blauzungenimpfstoffs in Österreich hätten ergeben, dass zur Herstellung des Impfstoffs Zulvac® 8 Bovis genmanipulierte Viren verwendet worden seien. Die Produktion derartiger Impfstoffe verstosse gegen das vom Schweizervolk am 27. November 2005 beschlossene Genmoratorium, wonach in der Schweiz keine gentechnisch veränderten Organismen in Umlauf gebracht werden dürfen. Das BVET habe im Jahr 2009 den Impfstoff Zulvac® 8 Bovis plötzlich verboten und noch vorhandene Bestände in der ganzen Schweiz sofort aus dem Verkehr gezogen.
3.7.2 Zum Beweis für die Richtigkeit seiner Behauptung, dass für die Herstellung des Blauzungenimpfstoffs Zulvac® 8 Bovis gentechnisch veränderte Viren verwendet worden seien, beantragte der Beschwerdeführer in seiner Berufungsantwort die Einholung eines Sachverständigengutachtens.
Die Vorinstanz erwägt, unter gentechnisch veränderten Organismen verstehe man Organismen (zu denen auch Mikroorganismen wie Viren gehörten), deren genetisches Material durch gentechnische Verfahren so verändert worden sei, wie dies unter natürlichen Bedingungen durch Kreuzen oder natürliche Rekombination nicht vorkomme. Beim Blauzungen-Impfstoff handle es sich um einen inaktivierten Impfstoff, also um ein Derivat des Virus der Blauzungenkrankheit aus dem Ausbruch der Krankheit im Jahr 2006 in den Benelux-Ländern. Dieser Virus sei isoliert und, weil Viren zum Fortpflanzen eine Wirtszelle benötigen, in BHK (baby hamster kidney)-Zellkulturen lediglich vermehrt und mittels binärem Ethylenimin und Formalin inaktiviert worden. Der Impfstoff Bovilis® BTV8 enthalte wie Zulvac® 8 Bovis ebenfalls das BTV8-Antigen, das auf baby hamster kidney (BHK)-Zellen vermehrt und anschliessend mit binärem Ethylenimin inaktiviert worden sei. Bovilis® BTV8 werde gemäss der Verordnung des BVET über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahr 2010 (Art. 4 Abs. 1) eingesetzt und sei in der Schweiz als ordentlich zugelassener Impfstoff unter der IVI-Zulassungs-Nr. 1696 registriert. Sofern dieser inaktivierte Virus der Blauzungenkrankheit gentechnisch veränderte Organismen enthalten würde, wäre das Inverkehrbringen nach der Freisetzungsverordnung (FrSV; SR 814.911) zu bewilligen. Diese Bewilligung wäre nach <ref-law> im Rahmen des Bewilligungsverfahrens gemäss der Arzneimittelverordnung vom BVET erteilt worden. Die Behauptung des Beschwerdeführers, dass mit der Herstellung des Impfstoffs Zulvac® 8 Bovis gegen das Genmoratorium verstossen worden sei, erweise sich demnach als unzutreffend.
3.7.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, mit dieser Begründung übergehe die Vorinstanz in willkürlicher Weise die Tatsache, dass die von ihr vorgelegten Informationen betreffend die Produktion des BTV8-Antigen auf baby hamstern lediglich auf Erkenntnissen bezüglich des Impfstoffs Bovilis® BTV8 beruhten, dass aber anerkanntermassen keine diesbezüglichen wissenschaftlichen Aussagen betreffend den hier zur Diskussion stehenden Impfstoff Zulvac® 8 Bovis vorlägen. Entsprechend gehe es nicht an, die Feststellungen über Bovilis® BTV8 einfach auf Zulvac® 8 Bovis zu übertragen; dies umso weniger, als das BVET den Impfstoff Zulvac® 8 Bovis im Jahre 2009 plötzlich aus dem Verkehr gezogen habe.
3.7.4 Der Beschwerdeführer machte in seiner Berufungsantwort vom 26. Oktober 2009, auf die er in der Beschwerde Bezug nimmt, zur Begründung seiner Auffassung, dass die Verordnung des BVET von 2008 gesetzwidrig sei, unter anderem Folgendes geltend (Akten des Kantonsgerichts act. 5 S. 17 f.):
"Dies umso mehr, als zwischenzeitlich auch noch bekannt geworden ist, dass sich bei einer in Österreich durchgeführten wissenschaftlichen Analyse der Blauzungenimpfstoffe herausstellte, dass für die Impfstoffherstellung genmanipulierte Viren verwendet wurden. Die Produktion derartiger Impfstoffe verstösst gegen das am 27. November 2005 vom Volk beschlossene Genmonatorium, wonach keine gentechnisch veränderten Organissmen in der Schweiz in Umlauf gebracht werden dürfen.
Beweis:
....
Sachverständigengutachten"
Der Beschwerdeführer schrieb mithin in seiner Berufungsantwort ganz allgemein von den Blauzungenimpfstoffen. Er behauptete nicht, dass konkret zur Herstellung des Impfstoffs Zulvac® 8 Bovis gentechnisch veränderte Organismen verwendet worden seien. Schon im Jahr 2008 bestanden neben dem Impfstoff Zulvac® 8 Bovis weitere Impfstoffe gegen die Blauzungenkrankheit. So wurden gemäss Art. 3 der Verordnung des BVET von 2008 auch die Impfstoffe Bovilis® BTV8 sowie BTVPUR AlSapTM 8 eingesetzt. Unter diesen Umständen ist es verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz nicht zwischen den verschiedenen Impfstoffen unterscheidet und am Beispiel des im Jahr 2010 weiterhin eingesetzten Impfstoffs Bovilis® BTV8 erläutert, weshalb die Verwendung des Impfstoffs Zulvac® 8 Bovis im Jahr 2008 nicht gegen das Genmoratorium verstiess. Dass der Impfstoff Zulvac® 8 Bovis in den Jahren 2009 und 2010 in der Schweiz nicht mehr eingesetzt wurde (siehe Art. 3 respektive Art. 4 der entsprechenden Verordnung des BVET), legt nicht den Verdacht nahe, dass zu seiner Herstellung gentechnisch veränderte Organismen verwendet worden sein könnten. Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass die Europäische Arzneimittelagentur den Impfstoff Zulvac® 8 Bovis am 15. Januar 2010 als zugelassenes Arzneimittel erklärt hat.
Die Beschwerde ist daher auch in diesem Punkt abzuweisen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer beruft sich wie im kantonalen Verfahren auf Rechtsirrtum. Aufgrund der ihm eröffneten Verfügung des Kantonstierarztes beider Appenzell vom 26. August 2008 habe er angenommen, dass er zur Impfung nicht verpflichtet sei, wenn er statt dessen seinen Tierbestand gemäss den tierärztlichen Anordnungen überwachen lasse. Seine allenfalls irrtümliche Vorstellung, dass die Überwachung eine gleichwertige Alternative zur Impfung darstelle, sei in Anbetracht des Textes der genannten Verfügung des Kantonstierarztes entschuldbar. Daher sei er wegen eines unvermeidbaren Irrtums über die Rechtswidrigkeit seines Verhaltens in Anwendung von <ref-law> freizusprechen.
4.2 Der Kantonstierarzt beider Appenzell liess dem Beschwerdeführer ein Schreiben vom 26. August 2008 zukommen. Darin nimmt er unter der Überschrift "Verweigerung der Blauzungenimpfung/Verfügung" einleitend Bezug unter anderem auf ein vorgängiges Telefongespräch betreffend die Risiken der Impfung. Im Schreiben wird sodann Folgendes festgehalten: "Wir erlassen heute die definitive Verfügung, gegen welche Sie Rekurs bei der Standeskommission erheben können". Sodann wird im Schreiben (fettgedruckt) ausgeführt: "Weiter machen wir Sie darauf aufmerksam, dass bei Nichtimpfen Strafanzeige bei der Staatsanwaltschaft wegen Nichtbefolgen einer gesetzlichen Bestimmung (obligatorische Impfung) sowie einer behördlichen Anordnung erstattet wird". Im Anschluss daran enthält das Schreiben "Erwägungen", worin unter anderem der Inhalt verschiedener Bestimmungen des Tierseuchengesetzes und der dazugehörigen Verordnungen wiedergegeben wird. Danach wird unter dem Titel "Verfügung" Folgendes angeordnet:
"1. Bis spätestens 15. September 2008 haben Sie die erste Impfung Ihres Wiederkäuerbestandes (Rinder und Schafe) durch Ihren Kontrolltierarzt ... zu veranlassen und durchzuführen. Frühestens 21 Tage später hat die zweite Impfung zu erfolgen.
2. Ist Pkt 1 bis 15. September nicht erfüllt, gelten folgende Massnahmen:
3. Ihre Wiederkäuerhaltung unterliegt der amtstierärztlichen Überwachung. Der amtlich beauftragte Tierarzt .... untersucht die Wiederkäuer Ihrer Tierhaltung 1x pro Monat klinisch auf Anzeichen der Blauzungenkrankheit und entnimmt 2x Proben zur serologischen Untersuchung auf Blauzungenkrankheit. Die erste Probenahme erfolgt Ende September. Eine zweite Ende November nach Beginn der mückenfreien Periode. Als Probe wird entweder eine Tankmilchprobe gezogen oder 5 EDTA-Blutproben à 10ml von zufällig ausgesuchten Tieren der Rindergattung oder der Schafe.
4. Vorbehalten bleibt eine Anpassung der Massnahmen aufgrund einer Änderung der Seuchenlage oder bei Verhinderung der angeordneten Kontrollen.
5. Die mit der amtstierärztlichen Überwachung verbundenen Kosten und die mit der Verweigerung der Impfung verbundenen Risiken gehen zu Lasten des Tierhalters. Die Rechnung des Tierarztes ist direkt zu begleichen.
6. Für Tierverluste im Seuchenfall werden keine Entschädigungen geleistet.
7. Die Massnahmen werden nach Beginn der vektorfreien Periode oder nach Abschluss einer allfälligen freiwilligen Impfung aufgehoben.
....".
In der Folge wird im genannten Schreiben des Kantonstierarztes beider Appenzell darauf hingewiesen, dass Zuwiderhandlungen gegen Verfügungen gemäss Art. 292 SGB und die vorsätzliche Missachtung von Art. 10, 11, 12, 24, 25 und 27 des Tierseuchengesetzes gemäss <ref-law> bestraft wird. Abschliessend macht der Kantonstierarzt in einer Rechtsmittelbelehrung den Beschwerdeführer darauf aufmerksam, dass gegen die Verfügung schriftlich Rekurs bei der Standeskommission des Kantons Appenzell I.Rh. erhoben werden kann.
Den vom Beschwerdeführer gegen diese Verfügung des Kantonstierarztes vom 26. August 2008 erhobenen Rekurs wies die Standeskommission des Kantons Appenzell I.Rh. am 16. Dezember 2008 ab.
Den vom Beschwerdeführer gegen diese Verfügung des Kantonstierarztes vom 26. August 2008 erhobenen Rekurs wies die Standeskommission des Kantons Appenzell I.Rh. am 16. Dezember 2008 ab.
4.3 4.3.1 Die erste Instanz erwog, dass die Verfügung des Kantonstierarztes vom 26. August 2008 in Rechtskraft erwachsen und im Strafverfahren nicht auf ihre Rechtmässigkeit zu überprüfen sei (erstinstanzliches Urteil S. 7). Die erste Instanz erwog sodann, dass der Beschwerdeführer nicht gegen Art. 10, 11, 12, 24, 25 und 27 TSG verstossen habe, sei es, weil diese Bestimmungen sich gar nicht an Privatpersonen richteten, sei es, weil eine Verletzung dieser Vorschriften durch den Beschwerdeführer nicht nachgewiesen sei (erstinstanzliches Urteil S. 7 f.). Die erste Instanz führte sodann aus, dass zwar gemäss Art. 2 der Verordnung des BVET vom 23. Mai 2008 über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahr 2008 die Impfung für Rinder, Schafe und Ziegen ab dem Alter von drei Monaten in der ganzen Schweiz - unter Vorbehalt von vorliegend nicht in Betracht fallenden Ausnahmen - obligatorisch gewesen sei, dass aber nach Art. 5 Abs. 2 der genannten Verordnung die Kantonstierärzte und Kantonstierärztinnen für die Durchführung der Impfungen verantwortlich gewesen seien. Nach der Auffassung der ersten Instanz durfte der Beschwerdeführer daher davon ausgehen, dass der Kantonstierarzt mit der konkreten Ausgestaltung des Impfobligatoriums betraut sei. Der Kantonstierarzt habe diese Verpflichtung wahrgenommen, indem er eine Verfügung an die Adresse des Beschwerdeführers gerichtet habe (erstinstanzliches Urteil S. 8). Der Beschwerdeführer habe die Verfügung des Kantonstierarztes beziehungsweise den darin enthaltenen, allein massgebenden Rechtsspruch in dem Sinne verstehen dürfen, dass er seine Tiere entweder impfen oder aber überwachen lassen müsse. Dem Beschwerdeführer habe sich in der Verfügung vom 26. August 2008 mithin eine Alternative zur Impfung, nämlich die amtstierärztliche Überwachung, eröffnet. Daran ändere nichts, dass der Kantonstierarzt in der Einleitung der Verfügung den Beschwerdeführer darauf aufmerksam gemacht habe, dass bei Nichtimpfen Strafanzeige wegen Nichtbefolgen einer gesetzlichen Bestimmung (obligatorische Impfung) sowie einer behördlichen Anordnung erstattet werde. Der Beschwerdeführer habe davon ausgehen dürfen, dass wohl die Impfung durch Verordnung des BVET grundsätzlich vorgeschrieben sei, dass die Modalitäten der Impfung selber aber letztendlich vom Kantonstierarzt bestimmt werden könnten, in dessen Ermessen es liege, ob im Einzelfall eine Impfung oder eine Überwachung des Tierbestandes angezeigt sei. Der Kantonstierarzt habe denn auch in den Erwägungen seiner Verfügung festgehalten, dass bei der aktuellen Seuchenlage eine Zwangsimpfung unter Polizeischutz unverhältnismässig wäre, jedoch eine periodische Überwachung des nicht geimpften Tierbestandes durch den amtlichen Tierarzt verhältnismässig sei. Die erste Instanz erwog, der Beschwerdeführer habe somit in guten Treuen davon ausgehen dürfen, dass er sich rechtmässig verhalte, wenn er seine Tiere nicht impfe, aber den nicht geimpften Tierbestand entsprechend der Verfügung des Kantonstierarztes überwachen lasse. Einer solchen Überwachung als Alternative zur Impfung habe sich der Beschwerdeführer nicht widersetzt. Dass die angekündigten Milchproben lediglich ein Mal abgenommen worden seien, habe er nicht zu verantworten. Die erste Instanz sprach daher den Beschwerdeführer unter Zubilligung eines unvermeidbaren Rechtsirrtums von Schuld und Strafe frei (erstinstanzliches Urteil S. 9).
4.3.2 Die Vorinstanz ist demgegenüber der Auffassung, dass dem Beschwerdeführer kein Rechtsirrtum zugebilligt werden kann. Den Landwirten sei aufgrund von Informationskampagnen bekannt gewesen, dass im Jahr 2008 die Impfung gegen die Blauzungenkrankheit obligatorisch gewesen sei. Auch der Beschwerdeführer habe dies gewusst. Er habe sich gegen die Impfung gewehrt, weil er schädliche Nebenwirkungen befürchtet habe und daher der Meinung gewesen sei, dass er zur Impfung nicht gezwungen werden dürfe. Da der Beschwerdeführer gegen die Verfügung des Kantonstierarztes betreffend die Impfpflicht Rekurs bei der Standeskommission des Kantons Appenzell I.Rh. erhoben habe, könne er nicht ernsthaft geltend machen, er sei davon ausgegangen, dass ihm die Verfügung eine Wahlmöglichkeit zwischen Impfung und Überwachung eingeräumt habe. Andernfalls hätte er von einem Rekurs gegen die angeordnete Impfung absehen und einfach die Überwachung zulassen können, welche er nicht angefochten habe.
4.3.3 Der Beschwerdeführer konnte nach der jedenfalls im Ergebnis zutreffenden Auffassung der Vorinstanz aufgrund des Wortlauts der Verfügung des Kantonstierarztes vom 26. August 2008 nicht ernsthaft annehmen, dass ihm darin eine Alternative zur obligatorischen Impfung in Form einer Überwachung des Tierbestandes angeboten werde und er zwischen diesen beiden Massnahmen frei wählen könne. In der Verfügung wird der Beschwerdeführer einleitend (in fettgedruckten Buchstaben) darauf aufmerksam gemacht, dass bei Nichtimpfen Strafanzeige wegen Nichtbefolgens einer gesetzlichen Bestimmung sowie einer behördlichen Anordnung erstattet wird. Sodann wird in der Verfügung festgehalten, dass gemäss Art. 2 Abs. 1 der Verordnung des BVET über Impfungen gegen die Blauzungenkrankheit im Jahre 2008 die Impfung für Rinder, Schafe und Ziegen ab einem Alter von drei Monaten in der ganzen Schweiz obligatorisch ist. Sodann wird in der Verfügung angeordnet, dass der Beschwerdeführer bis spätestens am 15. September 2008 die erste Impfung seines Wiederkäuerbestandes zu veranlassen und durchzuführen habe. Für den Fall, dass dies nicht fristgemäss geschieht, wurden bestimmte Überwachungsmassnahmen angeordnet. Die Überwachung war keine Alternative zur angeordneten Impfung, sondern eine Massnahme, die bei pflichtwidriger Verweigerung der Impfung angeordnet wurde, um das bei Impfverweigerung erhöhte Risiko der Verbreitung der Seuche zu verringern. Der Beschwerdeführer konnte die Überwachungsmassnahme nicht als frei wählbare Alternative zur Impfung verstehen, zumal nicht ersichtlich ist, woraus sich die Zuständigkeit des Kantonstierarztes zur Anordnung einer blossen Überwachung anstelle des in der Verordnung des BVET festgelegten Impfobligatoriums ergeben soll. Wohl sind gemäss Art. 5 Abs. 2 der Verordnung des BVET für das Jahr 2008 die Kantonstierärzte und die Kantonstierärztinnen für die Durchführung der Impfungen verantwortlich. Daraus ergibt sich aber nicht, dass sie abweichend von dem in Art. 2 Abs. 1 der Verordnung des BVET für das Jahr 2008 festgelegten Impfobligatorium Tierhalter, welche die Impfung etwa wegen möglicher negativer Nebenwirkungen ablehnen, von der Impfpflicht befreien können. Auch aus der Erwägung des Kantonstierarztes, dass bei der aktuellen Seuchenlage eine Zwangsimpfung unter Polizeischutz nicht verhältnismässig wäre, konnte der Beschwerdeführer nicht den Schluss ziehen, dass er die Impfung verweigern dürfe, wenn er seinen Tierbestand überwachen lasse. Der Beschwerdeführer hatte denn auch anlässlich seiner Befragungen nie geltend gemacht, er habe die Verfügung des Kantonstierarztes in dem Sinne verstanden, dass er seine Tiere nicht impfen lassen müsse, wenn er die angeordneten Überwachungsmassnahmen akzeptiere. Der Beschwerdeführer hatte seine Impfverweigerung vielmehr im Wesentlichen unter Berufung auf den Konsumenten- und den Tierschutz sowie damit begründet, dass der Impfstoff unter anderem hinsichtlich der Nebenwirkungen noch nicht ausreichend untersucht worden sei.
Die Beschwerde ist somit auch in diesem Punkt abzuweisen.
5. Der Beschwerdeführer beruft sich schliesslich auf rechtfertigenden Notstand.
5.1 Wer eine mit Strafe bedrohte Tat begeht, um ein eigenes oder das Rechtsgut einer anderen Person aus einer unmittelbaren, nicht anders abwendbaren Gefahr zu retten, handelt rechtmässig, wenn er dadurch höherwertige Interessen wahrt (<ref-law>).
Die Vorinstanz verneint Notstand unter anderem mit der Begründung, dass erstens die vom Beschwerdeführer befürchtete Gefahr in Form von schädlichen Nebenwirkungen keine unmittelbare war, da der Kantonstierarzt noch keine Zwangsimpfung angeordnet hatte, und dass zweitens die Gefahr anders abwendbar war, nämlich durch Ergreifung von Rechtsmitteln gegen die Verfügung des Kantonstierarztes beziehungsweise gegen den Rekursentscheid der Standeskommission.
Ob diese Auffassung zutrifft, kann hier dahingestellt bleiben, da Notstand jedenfalls aus nachstehenden Gründen nicht gegeben ist.
5.2 Keinen Notstand begründen hoheitliche Eingriffe in die Rechte des Einzelnen, die dieser zu dulden verpflichtet ist (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 232; Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allg. Teil I, 3. Aufl. 2005, § 10 N 41; Trechsel/Jean-Richard, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, <ref-law> N 3; Philippe Graven/Bernhard Sträuli, L'infraction pénale punissable, 2. Aufl. 1995, S. 138). Der Betroffene hat die vom Gesetzgeber einkalkulierten Folgen einer gesetzlichen Regelung beziehungsweise der Anwendung des Gesetzes hinzunehmen, weil der Gesetzgeber insoweit die gesamtgesellschaftlichen Interessen als schützwürdiger erachtet als die Interessen der einzelnen Betroffenen (siehe Schönke/Schröder/ Perron, [Deutsches] Strafgesetzbuch, 28. Aufl. 2010, § 34 N 35). Wie zu entscheiden wäre, wenn die Folgen weit schwerer wiegen als vom Gesetzgeber angenommen, kann hier dahingestellt bleiben, da diese Voraussetzung vorliegend nicht erfüllt ist.
Die Beschwerde ist somit auch in diesem Punkt abzuweisen.
6. 6.1 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer die Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens und die Kosten des Berufungsverfahrens auferlegt und ihm keine Entschädigung ausgerichtet mit der Begründung, dass er im Berufungsverfahren unterlegen sei.
Der Beschwerdeführer beantragt, die Kosten des erst- und des zweitinstanzlichen Verfahrens seien je hälftig zwischen ihm und dem Staat aufzuteilen, und der Verteidigung sei eine hälftige Entschädigung zuzusprechen. Zur Begründung macht er geltend, dass ihm in der Anklage nicht nur Widerhandlung gegen die Tierseuchengesetzgebung im Sinne von <ref-law>, sondern auch Ungehorsam gegen amtliche Verfügungen im Sinne von <ref-law> zur Last gelegt worden sei. Die erste Instanz habe ihn aber vollumfänglich von Schuld und Strafe freigesprochen, und die Vorinstanz habe ihn einzig wegen Widerhandlung gegen die Tierseuchengesetzgebung im Sinne von <ref-law> verurteilt. Der angefochtene Entscheid im Kosten- und Entschädigungspunkt beinhalte eine grobe und offensichtliche Ungerechtigkeit und müsse als Verletzung klaren Rechts qualifiziert werden, was als ein Verstoss gegen <ref-law> (Willkürverbot) und <ref-law> (Anspruch auf gerechte Behandlung) einzustufen sei.
6.2 Die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren bestimmen sich nach dem kantonalen Recht. Das Bundesgericht prüft gemäss <ref-law> die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Die Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts prüft es - unter Vorbehalt von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen (siehe <ref-law>) - nicht frei, sondern nur unter der beschränkten Kognition der Willkür.
Der Beschwerdeführer legt nicht dar, welche Bestimmungen des kantonalen Rechts durch den angefochtenen Entscheid im Kosten- und Entschädigungspunkt inwiefern verletzt beziehungsweise gar willkürlich angewendet worden sein sollen. Auf die Beschwerde ist daher in diesem Punkt mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht einzutreten.
6.3 Ergänzend ist immerhin auf Folgendes hinzuweisen. Die Staatsanwaltschaft beantragte in ihrer Berufung gegen das erstinstanzliche Urteil, durch welches der Beschwerdeführer von Schuld und Strafe freigesprochen worden war, die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Widerhandlung gegen die Tierseuchengesetzgebung. Der in der Anklageschrift ebenfalls erhobene Vorwurf des Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen im Sinne von <ref-law> war somit nicht Gegenstand des Berufungsverfahrens. Die Staatsanwaltschaft hatte diesen Vorwurf bereits in ihrem Plädoyer vor der ersten Instanz zurückgezogen. Diesem Vorwurf kam ohnehin nur eine untergeordnete Bedeutung zu. Der Beschwerdeführer erfüllte durch die Missachtung der Verfügung des Kantonstierarztes sowohl den Tatbestand von <ref-law>, der auch Zuwiderhandlungen gegen Einzelverfügungen erfasst, als auch den Tatbestand von <ref-law>. Der letztgenannte Tatbestand wird indessen durch den erstgenannten im Sinne der unechten Konkurrenz konsumiert, da <ref-law> nur subsidiär zur Anwendung gelangt, soweit der Ungehorsam gegen eine Verfügung nicht schon nach einem Spezialgesetz strafbar ist.
7. Der Beschwerdeführer ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege in dem Sinne, dass ihm im Falle des Unterliegens keine Gerichtskosten auferlegt werden. Seine finanzielle Bedürftigkeit ist ausgewiesen. Die Beschwerde war in den wesentlichen Punkten nicht
von vornherein aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist daher gutzuheissen. Somit sind keine Gerichtskosten zu erheben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Appenzell I.Rh., Abteilung Zivil- und Strafgericht, und dem Bundesamt für Veterinärwesen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Näf