Sachverhalt:
A. A.a Mit Verfügung vom 5. Juni 2000 sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen K._, geboren 1955, eine ganze Invalidenrente seit 11. November 1996 zu. Am 4. März 2002 ersuchte er um Ergänzungsleistungen. Dabei gab er an, auch eine Invalidenrente der Pensionskasse X._ (nachfolgend: Pensionskasse) zu beziehen. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen (nachfolgend: SVA) setzte am 21. August 2003 den Anspruch auf Ergänzungsleistungen ab 1. März 2002 fest. Dabei berücksichtigte sie auf der Einkommensseite ein anrechenbares Erwerbseinkommen sowie die Rente der Invalidenversicherung und der Pensionskasse. In der Folge nahm die SVA verschiedene Anpassungen wegen veränderter Verhältnisse, z.B. Wegfall von Kinderrenten, vor (Verfügungen vom 28. August, 11. September und 30. Dezember 2003 sowie vom 29. Dezember 2004).
A.b Mit Verfügung vom 15. Mai 2004 sprach die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) K._ ab 1. Januar 1997 eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von 70 % sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 70 % zu. Die SVA erhielt durch Übermittlung der zuständigen AHV-Zweigstelle am 14. Januar 2005 Kenntnis von dieser Verfügung. Gestützt darauf nahm sie eine Neuberechnung der Ergänzungsleistungen ab 1. März 2002 vor. Trotz Einnahmenüberschusses bejahte sie dabei den Anspruch auf die minimalen Ergänzungsleistungen im Umfang der Pauschalen der Krankenversicherungsprämien. Am 17. Februar 2005 forderte sie von K._ im Rahmen der ordentlichen Ergänzungsleistungen den Betrag von Fr. 9972.- und im Rahmen der ausserordentlichen von Fr. 8134.- zurück und stellte mit Verfügung vom 24. Februar 2005 die Ergänzungsleistungen per 1. März 2005 ein. Die dagegen erhobene Einsprache begründete K._ u.a. mit der angekündigten Neuberechnung der Invalidenrente durch die Pensionskasse (vgl. Schreiben der Pensionskasse vom 5. Juli 2004). Dazu legte er Schreiben der Pensionskasse vom 12. August 2004, worin sie eine Reduktion der Rente infolge wegfallender Kinderrenten und entsprechender Rückforderung der zu viel bezahlten Kinderrenten festhielt, sowie vom 27. April 2005, worin sie ihre Rückforderung infolge Koordination mit der SUVA-Rente erhöhte, obwohl sie dabei die zu Unrecht bezogenen Kinderrenten nunmehr ausser Acht liess, bei. In Letzterem hielt die Pensionskasse zudem fest, dass bei Unmöglichkeit der Rückforderung bis zur Tilgung dieses Betrages keine Renten mehr ausgerichtet würden. Am 11. November 2005 teilte K._ der SVA mit, die Pensionskasse habe ihm am 7. Juni 2005 die Hälfte der Rückforderung erlassen. Die Tilgung des verbleibenden Betrages erfolge durch laufende Verrechnung mit der Rente. Die Pensionskasse habe den verbleibenden Rückforderungsanspruch per 31. Juli 2005 in ein Darlehen umgewandelt und seit 1. September 2004 keine Rente mehr ausbezahlt. Auf Grund dieser Änderung auf der Einkommensseite bestehe kein Rückforderungsanspruch mehr und es seien ihm ab 1. März 2005 weiterhin Ergänzungsleistungen auszurichten.
A.c Gestützt auf weitere Korrespondenz mit der Pensionskasse nahm die SVA eine erneute Neuberechnung per 1. März 2002 vor, wobei sie unter Berücksichtigung des anrechenbaren Erwerbseinkommens sowie der Renten der SUVA, der Invalidenversicherung und der Pensionskasse einen Einnahmenüberschuss ermittelte. In teilweiser Gutheissung der Einsprache reduzierte sie ihre Rückforderung insgesamt infolge Berechnungsfehlern während einiger Monate des Jahres 2002 um Fr. 1096.- (Einspracheentscheid vom 26. Januar 2006). Bezüglich der Anrechnung der reduzierten und nicht zur Auszahlung gelangten Rente der Pensionskasse hielt sie fest, die Rückzahlung von Schulden und die Bezahlung von Schuldzinsen seien keine anerkannten Ausgaben, weshalb die "koordinierte PK-Rente" als Einnahme zu berücksichtigen sei. Andernfalls würden die Ergänzungsleistungen im Ergebnis dazu missbraucht, einen Doppelbezug der Rente der Pensionskasse zu ermöglichen. Da K._ ohne rechtliche Verpflichtung einer Nichtauszahlung der laufenden Rente zugestimmt habe, liege zudem ein Einkommensverzicht vor.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 22. November 2006 ab.
C. K._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Eidgenössische Versicherungsgericht (heute: Bundesgericht) führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei festzustellen, dass kein Rückforderungsanspruch der SVA bestehe, und es seien ihm ab 1. März 2005 monatliche Ergänzungsleistungen von mindestens Fr. 647.- zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neuabklärung an die Vorinstanz bzw. an die SVA zurückzuweisen. Das kantonale Gericht und die SVA schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG; <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nur so weit eingetreten werden, als die Rückforderung kraft Bundesrechts streitig ist. Im vorliegenden Verfahren ist deshalb auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dem Umfang nicht einzutreten, als sie sich gegen die Rückforderung für zu Unrecht erhaltene Ergänzungsleistungen kraft kantonalen Rechts richtet (vgl. <ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweis).
3. Die Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung haben durch das am 1. Januar 2008 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 6. Oktober 2006 über die Schaffung von Erlassen zur Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen (AS 2007 5779) eine umfassende Neuregelung erfahren. Weil in zeitlicher Hinsicht grundsätzlich diejenigen (materiellen) Rechtssätze massgebend sind, die bei der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes Geltung haben (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen), richtet sich der hier zu beurteilende Anspruch auf Ergänzungsleistungen nach den bis Ende 2007 gültig gewesenen Bestimmungen (vgl. Urteil 8C_147/2007 vom 27. Februar 2008, E. 2.1).
4. Streitig ist, ob die SVA zu Recht von ihr ausgerichtete Ergänzungsleistungen zurückfordert und ob sie solche per 1. März 2005 infolge Einnahmenüberschusses, insbesondere wegen Anrechnung der reduzierten, infolge Verrechnung aber nicht zur Auszahlung gelangenden Rente der Pensionskasse, einstellen durfte.
5. Vorweg ist zu prüfen, was unter "anrechenbar" im Sinne von Art. 3c Abs. 1 ELG zu verstehen ist.
5.1 In seiner Botschaft zum Entwurf eines Bundesgesetzes über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung vom 21. September 1964 hielt der Bundesrat bezüglich des anrechenbaren Einkommens fest, der massgebenden Einkommensgrenze sei das Nettoeinkommen aus Arbeit, Vermögen und Rente mit Einschluss der AHV- und IV-Renten gegenüberzustellen. Nur wenn dieses Einkommen den Grenzbetrag nicht erreiche, solle die versicherungsmässige "Auffüllleistung" zur Auszahlung gelangen. Nach einem anerkannten Grundsatz gingen die Versicherungsleistungen den reinen Fürsorgeleistungen vor (BBl 1964 I 681, 692). Die einzelnen Bestandteile des anrechenbaren Einkommens in Art. 3 Abs. 1 ELG würden sich an den für ausserordentliche Renten der AHV und IV massgebenden Katalog anlehnen (BBl 1964 I 681, 705; vgl. auch AB 1964 SR S. 267, Votum Wipfli). In den parlamentarischen Beratungen gab es keine weiteren Äusserungen in diesem Zusammenhang.
Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat hiezu folgende Rechtsprechung entwickelt: In seinem Urteil P 18/69 vom 22. Oktober 1969 hielt das Eidgenössische Versicherungsgericht unter Verweis auf EVGE 1968 S. 128 fest, bei den Ergänzungsleistungen gehe es um die laufenden Lebensbedürfnisse, weshalb nur tatsächlich vereinnahmtes Einkommen anrechenbar ist. Gemäss Urteil P 41/69 vom 2. Juni 1970 fallen Leistungen aus einem Verpfründungs- oder ähnlichen Vertrag nur insoweit unter die anrechenbaren Einnahmen, als sie der EL-beziehenden Person auch wirklich erbracht wurden. Im Urteil P 1/76 vom 10. Mai 1976 stellte das Gericht fest, nach dem eindeutigen Sinn von Art. 3 Abs. 1 lit. b ELG (in der bis 31. Dezember 1997 in Kraft gewesenen Fassung) ist "nur anrechenbar, was einem Versicherten als Reinvermögen bzw. als Kapitalertrag rechtlich ungeschmälert zur Verfügung steht". Mit Urteil P 12/80 vom 9. Juni 1982 fasste das Gericht seine bisherige Rechtsprechung zusammen, wonach "nur tatsächlich vereinnahmtes Einkommen" bzw. der versicherten Person "rechtlich ungeschmälert zur Verfügung" stehendes Vermögen anrechenbar ist. Mit <ref-ruling> bestätigte das Gericht, dass nur jene Aktiven anrechenbares Vermögen im Sinne von Art. 3 Abs. 1 lit. b ELG (in der bis 31. Dezember 1997 in Kraft gewesenen Fassung) darstellen, welche die versicherte Person tatsächlich erhalten hat und über welche sie unbeschränkt verfügen kann. In ZAK 1988 S. 255 führte das Gericht aus, die Ergänzungsleistungen bezweckten die Deckung der laufenden Bedürfnisse, weshalb bei der Anspruchsberechnung "nur tatsächlich vereinnahmte Einkünfte und vorhandene Vermögenswerte" berücksichtigt werden dürften, "über die der Leistungsansprecher ungeschmälert verfügen kann". Dieser Grundsatz findet dort eine Einschränkung, wo die versicherte Person einen Rechtsanspruch auf bestimmte Einkünfte oder Vermögenswerte hat, davon aber faktisch keinen Gebrauch macht. Diese Ausführungen zur angemessenen Deckung des Existenzminimums und der Anrechenbarkeit von Einkommen und Vermögen wurden u.a. bestätigt mit <ref-ruling> E. 5c S. 353, 121 V 204 E. 4a S. 205, 122 V 19 E. 5a S. 24, 127 V 368 E. 5a S. 369 sowie AHI 1994 S. 213 E. 3a und 2001 S. 290 E. 4b.
Aus der Rechtsprechung zu den verschiedenen Einkommensarten von Art. 3 Abs. 1 ELG (in der bis 31. Dezember 1997 geltenden Fassung) ergibt sich, dass das Eidgenössische Versicherungsgericht nur jene Einnahmen als anrechenbar erachtete, welche die EL-beanspruchende Person tatsächlich erhalten hat und über welche sie im Zeitpunkt der EL-Beanspruchung in rechtlich ungeschmälerter Weise verfügen kann. Nachdem das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil P 10/99 vom 27. Januar 2000 entschieden hat, dass die Materialien und Rechtsprechung zum bis 31. Dezember 1997 in Kraft gewesenen Art. 3 Abs. 1 lit. c ELG auch für den seit 1. Januar 1998 geltenden Art. 3c Abs. 1 lit. d ELG relevant bleiben, da die beiden Normen übereinstimmen, ist davon auszugehen, dass zum Begriff der Anrechenbarkeit die bisherige Rechtsprechung weiterzuführen ist. Diese Auffassung von "anrechenbaren Einnahmen" steht auch in Einklang mit dem Grundsatz, wonach bei der Ermittlung des Anspruchs auf Ergänzungsleistungen keine Lebensführungskontrolle stattfindet (<ref-ruling> E. 5d S. 355).
5.2 Nach dem Gesagten ist Art. 3c Abs. 1 lit. d ELG hier nicht anwendbar. Denn die verrechnete Rente der Pensionskasse gelangte nicht in den Herrschaftsbereich des Beschwerdeführers und er konnte im massgebenden Zeitpunkt nicht frei und rechtlich ungeschmälert darüber verfügen. Dies gilt insbesondere für jenen Betrag, welchen die Pensionskasse vor Gericht durchsetzen könnte (vgl. E. 6). Soweit ihm seine Zustimmung zur Tilgung gestützt auf den Darlehensvertrag vorgehalten werden soll, ist diese Frage im Rahmen von Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG (Verzicht) zu prüfen (vgl. E. 7).
An diesem Ergebnis ändert auch der vorinstanzliche Verweis auf die Lohnpfändung nichts. Denn einerseits ist eine betreibungsrechtliche Pfändung anders als die hier strittige Verrechnung gemäss Darlehensvertrag von Gesetzes wegen auf ein Jahr beschränkt (<ref-law>). Andererseits werden - anders als hier geschehen - nur Einkünfte gepfändet, die das Existenzminimum des Schuldners überschreiten (<ref-law>). So ist denn im Bereich der Sozialversicherungen eine Verrechnung nur zulässig, sofern das betreibungsrechtliche Existenzminimum gewahrt wird (vgl. E. 6.1 sowie RKUV 1997 Nr. U 268 S. 38 mit Hinweisen).
6. 6.1 Die Rückforderung von Leistungen in der beruflichen Vorsorge wird im BVG nicht geregelt. Sie erfolgt mangels statutarischer oder reglementarischer Regelung von zu Unrecht erbrachten Leistungen im überobligatorischen Bereich nach den Bestimmungen über die ungerechtfertigte Bereicherung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3a S. 52 = Pra 2003 Nr. 96 S. 514). Mit <ref-ruling> E. 2 S. 239 (= Pra 2003 Nr. 186 S. 1022) hat das Eidgenössische Versicherungsgericht entschieden, dass auch im Rahmen der obligatorischen beruflichen Vorsorge die Rückerstattung zu Unrecht ausbezahlter Leistungen nach den Regeln von <ref-law> zu erfolgen hat; dies hat es mit <ref-ruling> E. 2 S. 417 (= Pra 2005 Nr. 110 S. 778) bestätigt.
Die Verrechenbarkeit von sich gegenüberstehenden Forderungen stellt einen allgemeinen Rechtsgrundsatz dar, der auch im Bundessozialversicherungsrecht zur Anwendung gelangt (Urteil B 45/97 vom 1. September 1998, E. 2, publiziert in SZS 2002 S. 260; vgl. auch <ref-ruling> E. 4a S. 53 = Pra 2003 Nr. 96 S. 514). In Ermangelung einer besonderen Regelung ist die Verrechnung von öffentlich-rechtlichen Forderungen grundsätzlich zulässig. In diesem Fall sind die Bestimmungen des OR, welche die Voraussetzungen festlegen, sinngemäss anwendbar. Eine Forderung der Vorsorgeeinrichtung kann nach <ref-law> wegen der besonderen Natur der in Frage stehenden Forderungen nicht mit einer Forderung der versicherten Person verrechnet werden, wenn dadurch in deren Existenzminimum eingegriffen würde (Urteil B 52/98 vom 18. Februar 1999, E. 4, publiziert in SZS 2000 S. 544; bestätigt mit <ref-ruling> E. 4a S. 53 = Pra 2003 Nr. 96 S. 514). Bei diesem Urteil stützte sich das Gericht auf die in den meisten Sozialversicherungszweigen (analog) geltende Regelung von <ref-law> (vgl. auch <ref-law> und Art. 27 ELV [je in der bis 31. Dezember 2002 geltenden Fassung] resp. <ref-law> sowie <ref-ruling>, 115 V 341).
6.2 Die Pensionskasse hat bei ihrem Vorgehen im Zusammenhang mit der Rückerstattung der zu viel erbrachten Leistungen die in E. 6.1 dargelegten Regeln nicht befolgt. Insbesondere hat sie keinerlei Abklärungen vorgenommen, um sicherzustellen, dass das Existenzminimum des Beschwerdeführers durch die Verrechnung nicht tangiert wird. Soweit ein Eingriff ins Existenzminimum erfolgt ist, ist die Verrechnung somit unzulässig und das Konstrukt des Darlehensvertrags stellt eine unzulässige Rechtsumgehung dar. Hingegen ist die Verrechnung nicht zu beanstanden, soweit sie dem Beschwerdeführer das Existenzminimum belässt. Der verrechnete Betrag ist gemäss E. 5 aber nicht als Einkommen anzurechnen, da der Beschwerdeführer diesen nicht tatsächlich erhielt und im Zeitpunkt der EL-Beanspruchung nicht in rechtlich ungeschmälerter Weise darüber verfügen konnte. Zu prüfen bleibt somit, ob die Verrechnung in jenem Umfang, welcher in sein Existenzminimum eingreift, einen Verzicht im Sinne von Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG darstellt.
Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass mit dem abgeschlossenen Darlehensvertrag nicht nur das Verbot, ins Existenzminimum einzugreifen, verletzt wurde, sondern dass mit dieser Konstruktion auch der allgemeine Rechtsgrundsatz der (Vollstreckungs-)Verwirkung/Verjährung einer (öffentlich-rechtlichen) Forderung (Meyer-Blaser, Das Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrecht [ATSG] und das Schicksal der allgemeinen Rechtsgrundsätze des Sozialversicherungsrechts, in: Schaffhauser/Schlauri, Sozialversicherungsrechtstagung 2002, St. Gallen 2002, S. 134; Kieser, ATSG-Kommentar, Zürich 2003, Art. 24 N 5 und Art. 54 N 13; vgl. auch <ref-ruling>, 127 V 209 sowie SVR 2002 IV Nr. 15 S. 47) umgangen wurde.
7. 7.1 Die anrechenbaren Einnahmen werden nach Art. 3c ELG berechnet. Als Einkommen anzurechnen sind danach u.a. Einkünfte und Vermögenswerte, auf die verzichtet worden ist (Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG). Eine Verzichtshandlung liegt vor, wenn die versicherte Person ohne rechtliche Verpflichtung auf Vermögen verzichtet hat, wenn sie einen Rechtsanspruch auf bestimmte Einkünfte und Vermögenswerte hat, davon aber faktisch nicht Gebrauch macht bzw. ihre Rechte nicht durchsetzt oder wenn sie aus von ihr zu verantwortenden Gründen von der Ausübung einer möglichen und zumutbaren Erwerbstätigkeit absieht (AHI 2001 S. 132 E. 1b mit Hinweisen).
7.2 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ist ein Verzicht im Sinne von Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG zu bejahen. Denn wie dargelegt könnte die Pensionskasse die ihr unbestrittenermassen zustehende Rückforderung nur soweit mittels Verrechnung durchsetzen, als nicht in das Existenzminimum des Versicherten eingegriffen würde. Der Beschwerdeführer hat jedoch mit der Umwandlung in ein Darlehen, über dessen Verbindlichkeit vorliegend nicht zu entscheiden ist (E. 6.2), und der damit verbundenen vollständigen Verrechnung seiner laufenden Rente auf die Auszahlung der ihm zustehenden Ansprüche teilweise verzichtet. Dies muss er sich anrechnen lassen, zumal er in diesem Zeitpunkt bereits seit Jahren anwaltlich vertreten war und sein Rechtsvertreter auch im Rahmen der Tilgung der Rückforderung mit der Pensionskasse involviert war (vgl. die entsprechende Korrespondenz in den Akten). Der Verzicht umfasst jenen Betrag, welcher dem Beschwerdeführer zur Bestreitung des Existenzminimums fehlt. Darüber hinaus war die Verrechnung der Pensionskasse zulässig und der Beschwerdeführer hatte keine Möglichkeit, sich dagegen erfolgreich zur Wehr zu setzen.
8. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie den Betrag, auf welchen verzichtet wurde, ermittle und hernach die Rückforderung ab 1. September 2004 (Beginn der Verrechnung der Rente der Pensionskasse) sowie den Anspruch auf Ergänzungsleistungen ab 1. März 2005 unter Berücksichtigung dieses Einkommensverzichts neu berechne.
9. Das Verfahren ist kostenlos. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend steht dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu (Art. 156 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 22. November 2006 und der Einspracheentscheid der Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen vom 26. Januar 2006 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über ihre Rückforderung und den Anspruch auf Ergänzungsleistungen ab 1. März 2005 neu verfüge. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1250.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. August 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold