Sachverhalt:
A. G._ gelernte Floristin mit Weiterbildungen als Verkaufsleiterin und Verkaufskoordinatorin sowie Mutter zweier 2001 und 2005 geborener Kinder, führte teilzeitlich ihr eigenes Engros-Blumenhandelsgeschäft. Im Juni 2008 stürzte sie beim Versuch, ihr rollendes Auto zu stoppen und erlitt dabei unter anderem eine Kompressionsfraktur des Lendenwirbelkörpers 3, eine Deckplattenkompression des Lendenwirbelkörpers 2 sowie Kontusionen der Rippen und des rechten Ellbogens. Im Dezember 2008 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung unter Hinweis auf die Folgen dieses Unfalles sowie Konzentrationsschwierigkeiten zum Rentenbezug und zu beruflichen Massnahmen an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich zog die Akten der Helsana Versicherungen AG, Zürich (nachfolgend: Helsana), als obligatorische Unfallversicherung der G._ bei, führte medizinische sowie erwerbliche Abklärungen durch und teilte ihr im Juni 2009 mit, berufliche Eingliederungsmassnahmen seien wegen eines bevorstehenden Spitalaufenthalts nicht möglich. Ferner veranlasste die IV-Stelle eine Haushalt- und eine berufliche Abklärung für Selbständigerwerbende (vom 15. Juni 2010 bzw. vom 17. September 2010) und unterbreitete das medizinische Dossier dem regionalen ärztlichen Dienst (RAD). RAD-Arzt Dr. med. T._, Facharzt für Arbeitsmedizin, attestierte eine vollständige Arbeitsunfähigkeit ab Unfalldatum bis Ende November 2009; ab diesem Zeitpunkt bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 80 % (Bericht vom 12. März 2010). Nach ergangenem Vorbescheid übermittelte die Helsana der IV-Stelle das Gutachten des Dr. med. J._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie, vom 28. September 2010. G._ liess gegen den Vorbescheid Einwände erheben. Mit Verfügung vom 17. März 2011 sprach ihr die IV-Stelle Zürich eine ganze Invalidenrente samt Kinderrenten vom 1. Juni 2009 bis und mit Februar 2010 zu.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der G._, mit welcher sie die Zusprechung einer Invalidenrente auch nach Februar 2010 beantragte, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. März 2012 ab.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei ihr eine unbefristete Rente zuzusprechen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N. 24 zu Art. 97).
2. Das kantonale Gericht hat die gesetzliche Definition der Invalidität (Art. 7 Abs. 1 und 8 Abs. 1 ATSG) und die geltenden Rentenabstufungen (<ref-law>) zutreffend dargelegt, worauf verwiesen wird. Zu ergänzen ist, dass die Invaliditätsbemessung von teilzeiterwerbstätigen Personen, die zusätzlich im Haushalt (d.h. im spezifischen Aufgabenbereich) tätig sind, nach der gemischten Bemessungsmethode erfolgt. Gemäss <ref-law> wird bei Versicherten, die nur zum Teil erwerbstätig sind (..), für diesen Teil die Invalidität nach <ref-law> (Einkommensvergleich) festgelegt. Waren sie daneben auch im Aufgabenbereich tätig, so wird die Invalidität für diese Tätigkeit gestützt auf einen Betätigungsvergleich ermittelt (<ref-law>). In diesem Fall sind der Anteil der Erwerbstätigkeit und der Anteil der Tätigkeit im Aufgabenbereich festzulegen und der Invaliditätsgrad entsprechend der Behinderung in beiden Bereichen zu bemessen (<ref-ruling> E. 2a S. 149).
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog, gestützt auf das orthopädische Gutachten des Dr. med. J._, dem voller Beweiswert zukomme, wären der Versicherten aus rein orthopädischer Sicht sowohl die bisherige als auch andere leichte, wechselbelastende Tätigkeiten in einem Ausmass von 80 % zuzumuten. Dr. med. J._ habe sich mit den konkreten Aufgabenbereichen der Beschwerdeführerin in deren Blumenhandelsgeschäft befasst und daher beurteilen können, ob diese Tätigkeit leidensangepasst sei oder nicht. Es sei auf die Erstaussage der Versicherten abzustellen, wonach die körperlich schwereren Arbeiten im Blumengeschäft, nämlich der Bereich "Lieferungen bereitstellen und Ware austragen", 35 % ausmachten und nicht, wie erst nachträglich behauptet, 50 % der gesamten Tätigkeit. Weil die Beschwerdeführerin beabsichtigt habe, 50 % ihrer Arbeitsfähigkeit im Erwerbsbereich zu verwerten, resultiere keine Erwerbseinbusse, denn sie sei in der Lage, ihre Restarbeitsfähigkeit von 80 % in der angestammten Tätigkeit im Rahmen der vorgesehenen hälftigen Erwerbstätigkeit zu verwerten. Für einen rentenbegründenden Invaliditätsgrad müsste im Haushalt eine Einschränkung von 80 % bestehen, was nach Lage der Akten mit überwiegender Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen werden könne, ohne dass weitere Abklärungen in die Wege zu leiten wären. Der Einkommensvergleich der IV-Stelle sei nicht zu beanstanden.
3.2 Sinngemäss macht die anwaltlich vertretene Versicherte eine Verletzung der Begründungspflicht und des Untersuchungsgrundsatzes geltend und rügt, die Invaliditätsbemessung sei bundesrechtswidrig. Zum einen werde im angefochtenen Entscheid ihre bisherige Arbeit als Geschäftsführerin und Blumenhändlerin zu Unrecht als körperlich leicht qualifiziert. Sie habe aber zu einem erheblichen Teil körperlich schwere Arbeiten verrichtet, zumal im Blumengrosshandel die Blumen auf zwei Meter hohen Rollgestellen in bis 20 kg schweren Kartons, bis 30 kg schweren Plastik-Containern und 30 kg schweren Kübeln angeliefert würden, die wegen der Empfindlichkeit der Blumen nicht einmal körpernah getragen werden könnten. Namentlich das Herrichten/Verpacken der Bestellungen sei daher sehr anstrengend, überdies seien 2/3 des wöchentlichen Aufwandes an einem einzigen Tag (Donnerstag) angefallen. Zum andern wendet sich die Versicherte gegen die vorinstanzliche Festsetzung des Valideneinkommens. Die Anwendung der ausserordentlichen Bemessungsmethode im Teilbereich "selbständige Erwerbstätigkeit" sei qualifiziert unrichtig. Spitzenverkäufer im Blumengrosshandel hätten weit überdurchschnittliche Verdienstmöglichkeiten, weshalb das Valideneinkommen auf der Basis ihres Lohnes als (Teilzeit-)Angestellte zu ermitteln sei. IV-Stelle und kantonales Gericht gingen von einer falschen hypothetischen Invalidentätigkeit aus. Die angestammte Tätigkeit als selbständig erwerbende Blumenhändlerin sei ihr aus gesundheitlichen Gründen nicht mehr möglich, weshalb das Invalideneinkommen gestützt auf die Tabellen der Lohnstrukturerhebung (LSE; Mittelwert zwischen Anforderungsniveau 3 und 4) zu berechnen sei. Schliesslich habe das kantonale Gericht zu Unrecht keinen Leidensabzug vorgenommen. Dieser sei auf 20 % zu beziffern. Die vorinstanzlich ohne nachvollziehbare Begründung geschützte Einschränkung im Haushalt sei nicht nachvollziehbar, realistisch wäre eine solche von 70 %.
4. Dr. med. J._ attestierte der Beschwerdeführerin für sämtliche schweren, rückenbelastenden Tätigkeiten wie Überkopfarbeit oder vornübergeneigtes Arbeiten oder Tragen von Lasten von 20 kg körperfern, ebenso für schwere Gartenarbeit, eine vollständige Arbeitsunfähigkeit. Ob der Anteil der körperlich belastenden Arbeiten 35 % betrug (wovon Vorinstanz und IV-Stelle ausgehen) oder 50 % (wie dies die Versicherte im kantonalen Beschwerdeverfahren vorbrachte), ist letztlich nicht entscheidend. Selbst wenn der Anteil von Tragen und Herumschieben schwerer Lasten 35 % der angestammten Arbeit ausmachen würden, könnte sie in ihrer Gesamtheit nicht als leicht qualifiziert werden. Diese Frage braucht indes aus den nachfolgend dargelegten Gründen nicht näher beleuchtet zu werden.
5. Die Rüge der Beschwerdeführerin, das kantonale Gericht habe unzutreffenderweise die ausserordentliche Bemessungsmethode angewandt, ist als Rechtsfrage vom Bundesgericht frei überprüfbar (E. 1.1).
5.1 Es ist unbestritten, dass die Versicherte vor dem Unfall davon ausging, ihr jüngeres Kind würde ab Sommer 2009 den Kindergarten besuchen und plante, dann zu 50 % erwerbstätig und zu 50 % im Haushalt tätig zu sein. Der Invaliditätsgrad ist somit nach der gemischten Methode zu ermitteln, was die Beschwerdeführerin zu Recht nicht in Abrede stellt. Streitig ist indes, ob die Invalidität im Erwerbsbereich nach der ausserordentlichen Bemessungsmethode zu bestimmen ist oder mittels eines Einkommensvergleichs, gestützt auf den als Teilzeitangestellte in den Jahren 2000-2003 erzielten Verdienst (Validenlohn) und statistische Angaben (Invalideneinkommen). Die Versicherte bringt vor, das ausserordentliche Bemessungsverfahren führe in ihrem Fall zu einer krassen Verzerrung des anrechenbaren Valideneinkommens, weil statt des durchschnittlichen Jahreslohnes als Angestellte von Fr. 142'635.- (bezogen auf eine Vollzeitbeschäftigung) die ausserordentliche Methode lediglich ein Jahreseinkommen von Fr. 72'686.- ergebe.
5.2 Wenn immer möglich ist der Invaliditätsgrad nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs zu ermitteln (<ref-law>). Dieser hat in der Regel in der Weise zu erfolgen, dass die beiden hypothetischen Erwerbseinkommen ziffernmässig möglichst genau ermittelt und einander gegenübergestellt werden, worauf sich aus der Einkommensdifferenz der Invaliditätsgrad bestimmen lässt. Insoweit die fraglichen Erwerbseinkommen ziffernmässig nicht genau ermittelt werden können, sind sie nach Massgabe der im Einzelfall bekannten Umstände zu schätzen und sind die so gewonnenen Annäherungswerte miteinander zu vergleichen. Lassen sich die beiden hypothetischen Erwerbseinkommen nicht zuverlässig ermitteln oder schätzen, so ist in Anlehnung an die spezifische Methode für Nichterwerbstätige (<ref-law>) ein Betätigungsvergleich anzustellen und der Invaliditätsgrad nach Massgabe der erwerblichen Auswirkungen der verminderten Leistungsfähigkeit in der konkreten erwerblichen Situation zu bestimmen. Die Bemessung des Invalideneinkommens einer selbstständig erwerbenden Person nach Massgabe der erzielten Betriebsergebnisse kann daher nur zu einem rechtskonformen Einkommensvergleich führen, wenn hiefür invaliditätsfremde Faktoren konsequent ausgesondert werden können (vgl. SVR 1999 IV Nr. 24 S. 73 E. 4b; AHI 1998 S. 254 E. 4a; <ref-ruling> E. 2 S. 137).
5.3 Eine gesetzliche Regelung, welche Bemessungsmethode anzuwenden ist, gibt es nicht. Die Wahl der Methode hängt nach dem Gesagten insbesondere davon ab, ob sich die hypothetischen Erwerbseinkommen zuverlässig schätzen lassen (allgemeine Methode) oder nicht (ausserordentliche Methode). Den Verwaltungsbehörden kommt bezüglich der Auswahl der Methode ein gewisser Ermessensspielraum zu, in den das Gericht nicht ohne Not eingreift. Die Beschwerdegegnerin wies in der Begründung ihrer Verfügung vom 17. März 2011 zu Recht darauf hin, dass grundsätzlich nicht vom früheren Lohn als Angestellte auf das Einkommen als selbständig Erwerbstätige geschlossen werden könne und der in den letzten fünf Monaten vor dem Unfall ausbezahlte Lohn zu wenig aussagekräftig sei, um als Basis für das Valideneinkommen zu dienen; zudem erlaubten auch die Geschäftszahlen keine verlässlichen Schlüsse. Vor diesem Hintergrund sei das Valideneinkommen nach der ausserordentlichen Bemessungsmethode festzusetzen. Die Beschwerdegegnerin lässt indes ausser Acht, dass die Versicherte ihr Geschäft (F._ Handels GmbH) unbestritten nach dem Unfall vom Juni 2008 - und damit vor Verfügungserlass - aufgeben musste. Dies führte zum Dahinfallen der Voraussetzungen für die Ermittlung des erwerbsbezogenen Invaliditätsgrades im ausserordentlichen Verfahren (Urteile 9C_530/2012 vom 21. September 2012 E. 4.2, 9C_116/2012 vom 15. März 2012 E. 3.2 mit Hinweis auf Urteil I 260/09 vom 17. August 1998 E. 3). Der erwerbliche Invaliditätsgrad hätte somit korrekterweise ab dem Zeitpunkt der Geschäftsaufgabe nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) ermittelt werden müssen; insofern ist die Invaliditätsbemessung der IV-Stelle zweifellos unrichtig.
6. Was den Invaliditätsgrad im Teilbereich Haushalt (spezifischer Aufgabenbereich) betrifft, rügt die Versicherte, es sei nicht nachvollziehbar, weshalb die Beschwerdegegnerin ab November 2009 die Einschränkungen auf lediglich noch 20,7 % beziffert habe, zumal aktenkundig keine gesundheitliche Verbesserung eingetreten sei. Gemäss Prof. Dr. med. P._, Chefarzt Unfallchirurgie am Spital X._, betrage die Einschränkung 50 %, die im Haushaltabklärungsbericht festgehaltene Einschränkung von 20,7 % sei unrealistisch. Den Ausführungen in der Beschwerde kann indes nicht entnommen werden, weshalb die Schätzung von 20,7 % bundesrechtswidrig sein soll. Der Abklärungsbericht für Selbständigerwerbende vom 17. September 2010 beruht auf einer konkreten Beurteilung an Ort und Stelle. Die Abklärungsperson legte dar, dass ab 26. November 2009 eine geringere Einschränkung angenommen wurde, weil RAD-Arzt Dr. med. T._ (in seiner Stellungnahme vom 12. März 2010) ab jenem Datum eine Arbeitsfähigkeit von 80 % attestiert hatte. Die Angaben von Prof. Dr. med. P._, der die Versicherte unmittelbar nach dem Unfall chirurgisch betreut hatte, vermögen zu keiner anderen Beurteilung zu führen. Zunächst bestätigt namentlich der Gutachter J._ ebenfalls eine Arbeitsfähigkeit von 80 % (gleiches gilt für Dr. med. C._, prakt. Arzt FMH, Stellungnahme vom 20. April 2010). Sodann sind die Ausführungen des Prof. Dr. med. P._ lediglich summarischer Natur (Schreiben vom 25. März 2010) und vermögen auch deshalb die konkrete Schätzung der Abklärungsperson nicht Frage zu stellen, welche in Würdigung der Umstände des Einzelfalles bezogen auf einzelne Haushalttätigkeiten erging. Bei einem Anteil der Haushalttätigkeit von 50 % beträgt der Invaliditätsgrad im Haushaltbereich 10,35 %.
7. Aus dem Gesagten folgt, dass die Versicherte nur dann Anspruch auf eine Invalidenrente hätte, wenn der Invaliditätsgrad im erwerblichen Bereich mindestens 59,3 % betrüge (d.h. bei einem Anteil der Erwerbstätigkeit von 50 % : 29,65 %).
7.1 Als Invalideneinkommen setzte die IV-Stelle in ihrer Verfügung vom 17. März 2011 ausgehend von "medizinisch-theoretischen Grundlagen" Fr. 36'343.- ein, da die Beschwerdeführerin ihre Geschäftstätigkeit aufgegeben habe, aus medizinischer Sicht aber eine Restarbeitsfähigkeit bestanden hätte und ausserdem eine Rückkehr in ein Angestelltenverhältnis zumutbar sei. Ob die Ermittlung dieses Einkommens (ausgehend einem erwerblich gewichteten Betätigungsvergleich) bundesrechtskonform ist, kann offen bleiben. Selbst wenn das von der Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde genannte Invalideneinkommen von Fr. 29'762.- gestützt auf den Durchschnittslohn einer Verweistätigkeit im Verkauf gemäss LSE, Mittel zwischen Anforderungsniveau 3 und 4, massgeblich wäre, müsste - wie nachfolgend dargelegt - ein unrealistisch hohes Valideneinkommen angenommen werden, damit ein rentenbegründender Invaliditätsgrad resultierte. Dies gilt umso mehr, als mit Blick auf die Einschränkungen gemäss ärztlichem Zumutbarkeitsprofil (ganztägiges Pensum mit einer um 20 % reduzierten Leistung aufgrund eines erhöhten Pausenbedarfs, weil die Versicherte die Möglichkeit haben muss, während etwa zehn Minuten stündlich ein Lockerungs- und Entlastungsprogramm für die Rumpfmuskulatur durchzuführen oder sich für diese Zeit hinzulegen) das kantonale Gericht kein Bundesrecht verletzte, indem es einen leidensbedingten Abzug versagte (vgl. den ähnlich gelagerten, im Urteil 8C_503/2012 vom 3. August 2012 beurteilten Fall, E. 6 und 7).
7.2 Bei einem Invalidenlohn von Fr. 29'762.- wäre nach den Regeln des Einkommensvergleichs ein jährliches Valideneinkommen von mehr als Fr. 100'000.- erforderlich (bei einem 100 %-Pensum), damit ein - rentenauslösender - Invaliditätsgrad von 59,3 % resultierte. Ein derart hohes Einkommen aus der zuletzt ausgeübten Tätigkeit kann aber mit überwiegender Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen werden. In den Akten finden sich keine konkreten und verlässlichen Hinweise darauf, dass die Versicherte in ihrer eigenen Firma - selbst unter Berücksichtigung der geltend gemachten hohen Abschreibungen aus steuerlichen Gründen - einen Lohn in dieser Höhe erzielt hätte. Gemäss den unbestritten gebliebenen Abklärungen der Beschwerdegegnerin betrug der "IV-relevante Reingewinn" im Jahr 2005 Fr. 26'381.70, 2006 resultierte ein Verlust von Fr. 7'361.95, 2007 ein Gewinn von Fr. 446.45 und 2008 ein solcher von Fr. 39'273.75. Gemäss Einträgen im Individuellen Konto (IK) verabgabte die Versicherte in den Jahren 2006 und 2007 je Fr. 18'000.-. Was den in den fünf Monaten unmittelbar vor dem Unfall ausgewiesenen Reingewinn von Fr. 39'273.- betrifft, hat die IV-Stelle zu Recht darauf hingewiesen, dass diese Daten eine zu kurze Zeitspanne umfassen als dass daraus überwiegend wahrscheinlich eine im gleichen Stil weiter laufende Geschäftsentwicklung abgeleitet werden könnte. Die Vorbringen in der Beschwerde vermögen zu keiner anderen Beurteilung zu führen. Namentlich kann nach der vorinstanzlich zu Recht geschützten Begründung der Beschwerdegegnerin nicht mit rechtsgenüglicher Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass die Versicherte in ihrer eigenen Firma ein Einkommen erzielt hätte, das dem an die Verhältnisse im Jahr 2009 angepassten Durchschnittswert des zwischen 2000 und 2003 als teilzeitliche Mitarbeiterin in einer (inzwischen konkursiten) Blumengrosshandelsfirma erzielten Lohnes entspricht. Damit bleibt es beim vorinstanzlichen Ergebnis, wonach kein Rentenanspruch besteht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. November 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle