Faits:
A. Le 19 février 2007, la société H._, aux Pays-Bas, agissant en qualité d'actionnaire unique de G._ SA, à Genève, a déposé auprès du Procureur général une dénonciation pénale contre X._, Y._ et Z._, pour des faits qualifiés de gestion déloyale aggravée et d'abus de confiance. Le même jour, G._ SA a déclaré se constituer partie civile à raison des faits dénoncés.
Par ordonnance du 18 février 2009, le Juge d'instruction a refusé d'inculper les personnes mises en cause.
Le Procureur général et G._ SA ont recouru contre cette décision auprès de la Chambre d'accusation genevoise, qui, après avoir joint les deux recours, les a rejetés par ordonnance du 20 mai 2009.
B. Cette dernière décision retient, en résumé, ce qui suit.
B.a G._ SA a été créée en 2000, aux fins de commercialiser à l'étranger les produits pétroliers du groupe russe H._. Selon la dénonciation, lorsque ce groupe a rencontré de grosses difficultés en Russie, en 2004, X._, Y._ et Z._, respectivement directeur général, directeur financier et responsable des produits de G._ SA, furent chargés de constituer une société à Singapour, régie selon le droit de cet Etat, et d'en détenir les actions pour le groupe, dans le but de permettre à ce dernier de continuer ses exportations de pétrole. Au lieu de cela, les dénoncés avaient constitué, en 2005, à Singapour, une société totalement indépendante de H._, dénommée S._ Ltd, et s'en étaient depuis lors indûment approprié les profits et dividendes, à travers une structure qu'ils détenaient et qui en était l'actionnaire unique. La dénonciatrice arguait aussi des indemnités de licenciement obtenues par les personnes mises en cause lorsqu'elles avaient cessé de travailler pour G._ SA ainsi que des conditions, prétendument défavorables pour elle, dans lesquelles X._ et Y._ avaient fait reprendre par S._ Ltd du matériel informatique, à Genève, ainsi qu'un stock, appartenant à G._ SA, d'hydrocarbures dits "de soute", destiné à avitailler les navires ("bunkering"), à Rotterdam.
B.b Entendus par le Juge d'instruction, X._ et Y._ ont contesté les reproches formulés dans la dénonciation. Ils ont expliqué avoir signé les déclarations dans lesquelles ils s'étaient reconnus actionnaires fiduciaires pour le compte de la société H._, du fait que, dans un premier temps, le maintien de S._ Ltd au sein du groupe H._ avait été privilégié. Par la suite, cette variante avait toutefois été abandonnée au profit de la création d'une société totalement indépendante du groupe H._, qui serait ainsi moins exposée aux aléas des procédures ouvertes en Russie et aux risques de blocage de ses avoirs. En outre, la détention à titre fiduciaire d'actions n'eût pas été sans poser de problèmes avec les banques suisses pour l'identification des ayants droit économiques des avoirs déposés auprès d'elles. La solution retenue permettait au groupe H._ d'éviter le faillite, de continuer à écouler ses produits et de faire face, le cas échéant, à ses obligations fiscales en Russie, la poursuite de la commercialisation du pétrole par le truchement de G._ SA étant à cet égard trop risquée.
Toujours selon X._ et Y._, le groupe H._ n'avait rien investi dans S._ Ltd, ce qui était d'ailleurs logique car une telle mise de fonds eût représenté la négation de l'indépendance, recherchée, de la nouvelle société. S'agissant des indemnités de départ qu'ils avaient perçues, elles étaient conformes à des conventions antérieures à la création de S._ Ltd et avaient été approuvées par le conseil d'administration de G._ SA. Quant à la transaction relative au stock de pétrole situé à Rotterdam, réalisée à un prix inférieur de 15 % à celui du marché de l'époque, elle correspondait au risque pris par S._ Ltd et avait été acceptée en toute connaissance de cause par le groupe H._. En définitive, le litige était de nature civile; il faisait l'objet d'une procédure, pendante devant le tribunal civil compétent de Singapour, où G._ SA avait ouvert action contre eux et où ils avaient agi reconventionnellement contre elle.
B.c La Chambre d'accusation a retenu que, selon deux documents ("letters of confirmation") dont se prévalait la partie civile, X._ et Y._, seuls réellement mis en cause à cet égard, se reconnaissaient chacun souscripteur et détenteur pour le compte de celle-ci d'une action de S._ Ltd, au prix de 1 SG$ par action. Vu la faible valeur de ces actions, les mis en cause n'auraient pu se voir reprocher, du fait de ne pas les avoir transférées à la partie civile, qu'une gestion déloyale d'importance mineure, au sens de l'<ref-law> en relation avec l'<ref-law>. Une plainte pénale eût donc été nécessaire, que la partie civile n'avait toutefois pas déposée dans le délai de 3 mois prévu à l'<ref-law>, alors qu'elle savait, depuis le mois de juin 2006 au plus tard, que les mis en cause contestaient avoir été ses représentants fiduciaires lors de la fondation de S._ Ltd. Ce raisonnement valait, mutatis mutandis, pour l'abus de confiance. Au surplus, les griefs faits aux mis en cause d'avoir, à trois égards, indûment favorisé S._ Ltd au préjudice de la partie civile étaient infondés et il en allait de même du reproche qui leur était adressé quant aux indemnités de licenciement qu'ils avaient perçues d'elle. Enfin, la Chambre d'accusation a estimé qu'il ne se justifiait pas de renvoyer la cause au magistrat instructeur aux fins d'investigations supplémentaires.
C. Le Procureur général forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, pour diverses violations du droit d'être entendu, arbitraire dans l'établissement des faits et violation des art. 3 et 8 CP ainsi que des art. 158 et 172ter CP. Il conclut à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause aux fins de complément d'instruction et d'inculpation des trois intimés.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recourant allègue diverses violations du droit d'être entendu. Il reproche d'abord à l'autorité cantonale d'avoir tiré argument de l'application de l'<ref-law>, sans avoir préalablement offert aux parties la possibilité de se déterminer sur cette question, qui n'avait pas été évoquée jusqu'alors. Il lui fait en outre grief d'avoir retenu qu'aucun des intimés n'avait signé le contrat du 19 octobre 2005 relatif au transfert des activités d'avitaillement de la partie civile, là encore sans que les parties aient pu se déterminer préalablement sur cette question, qui n'était pas litigieuse jusqu'à ce stade de la procédure. Au demeurant, ce fait aurait été retenu sans motivation à l'appui, en violation supplémentaire du droit d'être entendu.
1.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., qui concrétise le droit à un procès équitable consacré par l'alinéa 1 de cette disposition et par l'art. 6 ch. 1 CEDH, comporte notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 190; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504/505). Ce droit porte avant tout sur les questions de fait, mais aussi sur les questions juridiques si l'autorité entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, si la situation juridique a changé ou s'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large (ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504/505; <ref-ruling> consid. 2c p. 22; <ref-ruling> consid. 3cc p. 458).
Le droit d'être entendu implique par ailleurs que l'autorité motive sa décision, afin que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (ATF <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236).
1.2 Dès le début de la procédure, la partie civile a notamment étayé son accusation de gestion déloyale à l'encontre des intimés par le fait que ces derniers avaient failli à leur devoir de sauvegarder les actions qu'elle leur avait remises à titre fiduciaire. Elle a renouvelé cette accusation dans son recours cantonal, reprochant aux intimés de ne lui avoir pas transféré les deux actions de S._ Ltd et se prévalant de "letters of confirmation", dont elle déduisait qu'ils étaient tenus de lui restituer ces actions. C'est en tout cas ce que retient la décision attaquée, sans être contredite. Le recourant n'ignorait manifestement pas ce reproche, qu'il a au contraire appuyé et dont les intimés, de leur côté, se sont défendus. Le recourant, comme les autres parties à la procédure, devait donc s'attendre à ce que l'autorité cantonale examine cette question et était même en droit de l'attendre d'elle. Il était non moins prévisible que cet examen porterait non seulement sur le point de savoir si les intimés avaient conservé indûment les actions litigieuses, mais sur l'étendue du dommage que la partie civile disait avoir subi à raison de ce comportement et, partant, que l'autorité cantonale s'employerait à déterminer la valeur de ces actions. Vu leur très faible valeur, résultant des "letters of confirmation" invoquées, il ne pouvait raisonnablement échapper aux parties, notamment au recourant, que l'application de l'<ref-law> entrait en considération et pouvait leur être opposée. Le grief fait à l'autorité cantonale d'avoir considéré cette disposition comme applicable sans inviter préalablement les parties à se déterminer à ce sujet est donc infondé.
1.3 Au cours de la procédure et singulièrement dans son recours cantonal, la partie civile s'est aussi plainte d'une gestion déloyale des intimés, du fait que ces derniers auraient, à des conditions défavorables pour elle, fait reprendre par S._ Ltd un stock d'hydrocarbures "de soute", destiné à avitailler les navires à Rotterdam. Examinant le contrat, daté du 19 octobre 2005, portant sur la vente de ce stock, l'autorité cantonale a certes constaté qu'aucun des intimés ne l'avait signé. Elle a cependant aussi observé que, de toute manière, les intimés n'avaient, à cette date, plus aucun devoir de sauvegarder les intérêts de leur précédent employeur, dès lors que leurs contrats de travail avec lui avaient expiré. Elle a ajouté que le contrat du 19 octobre 2005, soit la vente du stock litigieux, et même l'abandon du "bunkering" avaient été préalablement approuvés par l'ancien conseil d'administration de la partie civile et, au demeurant, par un administrateur de la dénonciatrice.
Il en découle que le fait sur lequel le recourant se plaint de n'avoir pu prendre position avant qu'il ne lui soit opposé, à savoir le constat qu'aucun des intimés n'avait signé le contrat du 19 octobre 2005, n'a pas été déterminant. Une gestion déloyale à raison du fait que les intimés auraient fait reprendre le stock d'hydrocarbures à des conditions défavorables pour la partie civile a essentiellement été niée aux motifs que, lors de la conclusion de la vente de ce stock, les intimés n'avaient plus de devoir de sauvegarder les intérêts de celle-ci et que cette vente, et même l'abandon du "bunkering", avaient été préalablement approuvés par le conseil d'administration d'alors de la partie civile. Le fait litigieux n'étant ainsi pas pertinent, la circonstance que le recourant ne s'est pas vu offert la possibilité de s'exprimer à son sujet ne viole pas la garantie qu'il invoque.
Au demeurant, le recourant se prévaut par ailleurs de photocopies des passeports des intimés X._ et Z._, versées à la procédure cantonale aux fins de démontrer que ces derniers avaient bien signé le contrat du 19 octobre 2005. Il ne peut dès lors que difficilement arguer de l'imprévisibilité d'un examen par l'autorité cantonale des signatures apposées sur ce contrat.
1.4 La constatation cantonale selon laquelle aucun des intimés n'a signé le contrat du 19 octobre 2005 a été étayée par un renvoi à la pièce 62346 du dossier, soit à des déclarations faites le 21 novembre 2007 devant le Tribunal des Prud'hommes par un ancien administrateur et avocat de la partie civile. Le recourant pouvait ainsi comprendre sans difficulté que le fait litigieux était retenu sur la base des déclarations contenues dans cette pièce, de sorte qu'il était à même de contester la décision attaquée sur ce point. Le grief de motivation insuffisante est donc dénué de fondement.
2. Le recourant se plaint, sur plusieurs points, d'arbitraire dans l'établissement des faits.
2.1 De jurisprudence constante, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable. Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). Sous peine d'irrecevabilité, l'arbitraire allégué doit par ailleurs être démontré conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2.2 Le recourant soutient que la conclusion de l'autorité cantonale selon laquelle les intimés ne peuvent se voir reprocher de gestion déloyale à raison de la transaction relative au stock d'hydrocarbures repose sur une appréciation arbitraire des preuves.
2.2.1 Ainsi qu'on l'a vu, le fait qu'aucun des intimés n'a signé le contrat du 19 octobre 2005 n'a pas été déterminant (cf. supra, consid. 1.3). Quand bien même il aurait été retenu arbitrairement, comme le prétend le recourant, cela ne suffirait donc pas à faire apparaître la décision attaquée, sur le point litigieux, comme arbitraire dans son résultat.
2.2.2 S'agissant de l'approbation préalable du contrat précité et de l'abandon de l'activité de bunkering, le recourant allègue qu'elle a été donnée par l'ancien conseil d'administration de la partie civile sur la base de déclarations de l'intimé X._, faites par ce dernier alors qu'il était encore directeur de la société, et que l'opération a été effectuée à un moment où le même intimé était encore "nominalement" en charge des intérêts et, en outre, actionnaire, de ladite société. Il ne conteste toutefois pas que le contrat et l'abandon de l'activité de bunkering ont aussi été avalisés par un administrateur de la dénonciatrice. Il n'établit au demeurant pas, d'une manière qui satisfasse aux exigences de motivation de l'<ref-law>, que la constatation cantonale selon laquelle, lors de la passation de la transaction, les intimés, parce que les contrats de travail les liant à la partie civile avaient expiré depuis le début septembre 2005, n'avaient plus de devoir de sauvegarder les intérêts de cette dernière serait manifestement insoutenable. Il n'est dès lors pas démontré que la conclusion qu'en a tirée l'autorité cantonale, à savoir qu'une gestion déloyale ne pouvait être reprochée aux intimés à raison de cette transaction, reposerait sur une appréciation arbitraire des preuves.
2.3 Le recourant fait grief à l'autorité cantonale d'avoir omis arbitrairement de tenir compte de certains éléments, qui auraient dû la conduire à retenir une gestion déloyale des intimés durant la période allant de la constitution de S._ Ltd, en décembre 2004, jusqu'à la cession de son actionnariat, à la fin janvier 2005, pendant laquelle la valeur de ce dernier était, selon lui, manifestement supérieure à 300 fr., soit au montant en dessous duquel il y a infraction d'importance mineure au sens de l'<ref-law>. Plus précisément, l'autorité cantonale aurait omis de tenir compte de réunions des organes dirigeants de la partie civile et du groupe H._, tenues à la fin de l'année 2004, lors desquelles avait été décidée la constitution de S._ Ltd, ainsi que d'une réunion du 5 décembre 2004, au cours de laquelle il avait été arrêté, selon les intimés, d'ériger S._ Ltd en société indépendante du groupe H._. Les procès-verbaux de ces réunions démontreraient que, durant la période litigieuse, S._ Ltd, en tenant compte de la valeur des contrats devant lui être transférés, valait plusieurs millions de francs et que les actes de gestion des intimés portaient ainsi sur des montants dépassant largement la valeur initiale de cette société lors de sa fondation.
2.3.1 Contrairement à ce que laisse entendre le recourant, l'autorité cantonale n'a pas méconnu que, durant la période litigieuse, soit en décembre 2004 et janvier 2005, les intimés étaient en charge des intérêts de la partie civile, puisqu'elle a par ailleurs clairement retenu qu'ils avaient cessé de l'être à partir du début septembre 2005.
2.3.2 L'argumentation du recourant est au reste peu claire. Autant qu'on le comprenne, il semble reprocher à l'autorité cantonale d'avoir considéré l'<ref-law> comme applicable pour s'être fondée sur la valeur des actions de S._ Ltd lors de leur souscription par les intimés X._ et Y._, au lieu de tenir compte de la valeur de l'actionnariat de cette société, notamment de celle des contrats devant lui être transférés, durant la période litigieuse. Le recours, sur ce point, n'est toutefois étayé par aucune démonstration d'arbitraire qui satisfasse aux exigences de motivation de l'<ref-law>. En particulier, le recourant ne fournit aucune précision quant aux contrats auxquels il fait allusion, notamment quant à leur objet et à sa valeur, que moins encore il ne démontre. Il n'est au demeurant pas à même d'indiquer de manière précise la valeur de l'actionnariat qui, selon lui, devrait être prise en considération. En définitive, l'argumentation du recourant, telle qu'elle peut être comprise, se réduit peu ou prou à faire valoir qu'une valeur autre que celle qui a été retenue aurait dû être prise en compte et qu'elle serait bien plus élevée, sans réelle démonstration à l'appui, du moins qui soit conforme aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Sur le point litigieux, le recours est par conséquent irrecevable.
2.4 Le recourant se plaint de ce que la décision attaquée ne mentionne pas le chiffre d'affaires et les bénéfices réalisés par la partie civile en 2004, ni ceux de S._ Ltd pour l'exercice 2006. Ces données seraient essentielles pour déterminer les valeurs patrimoniales gérées par cette dernière société et le dommage qu'elle a subi. Pour n'en avoir pas tenu compte, l'autorité cantonale aurait retenu arbitrairement que le dommage direct causé à la partie civile est insignifiant et que la gestion des intimés a porté sur des valeurs patrimoniales dérisoires et, de ce fait, admis à tort que l'<ref-law> trouvait application.
Le raisonnement de l'autorité cantonale auquel s'en prend le recourant n'a trait qu'à un aspect de la gestion des intimés que la partie civile dénonçait comme déloyale, à savoir le comportement de ceux-ci ayant consisté à conserver indûment les actions qu'ils avaient souscrites. C'est le dommage allégué à raison de ce comportement qui, au vu de la valeur des deux actions souscrites par les intimés X._ et Y._, a été considéré comme insignifiant, voire inexistant. Les autres actes de gestion dénoncés comme déloyaux par la partie civile ont été examinés séparément, sous chiffres 5 et 6 de la décision attaquée, et, s'agissant de ces actes, la réalisation de l'infraction de gestion déloyale n'a pas été écartée en référence à l'<ref-law>. Autant que le recourant tente de tirer argument du raisonnement auquel il s'en prend, sa critique tombe donc à faux. Au reste, le recourant n'indique pas en quoi la décision attaquée serait arbitraire du fait qu'elle ne mentionne pas les chiffres qu'il invoque et n'établit en tout cas pas en quoi elle le serait. Le recours, sur le point litigieux, ne peut dès lors qu'être rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.5 Le recourant reproche encore à l'autorité cantonale de n'avoir pas fait état de la structure des sociétés créées aux Iles vierges britanniques par les trois intimés, lesquelles leur auraient permis d'occulter les réels ayants droit économiques de S._ Ltd. Cette structure renforcerait les soupçons quant à l'intention délictueuse des intimés. L'omission d'en faire état aurait abouti à une décision arbitraire, dans la mesure où la qualification de gestion déloyale aurait été écartée, selon le recourant "par l'application de l'<ref-law>", sans examen du réseau de sociétés chapeautant S._ Ltd.
Que la description et l'examen de la structure invoquée par le recourant auraient, sauf arbitraire, dû conduire à conclure à l'existence d'une gestion déloyale n'est en rien démontré d'une manière qui satisfasse aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Il s'ensuit l'irrecevabilité du moyen.
3. Comme le recourant le relève lui-même, l'autorité cantonale est entrée en matière sur les recours dont elle était saisie, admettant ainsi sa compétence pour connaître de la cause. Le grief de violation des art. 3 et 8 CP est donc vain.
4. Le recourant allègue une violation de l'<ref-law> en ce qui concerne la gestion déloyale.
4.1 Il soutient que la décision attaquée ne constate pas la valeur des deux actions de S._ Ltd souscrites par les intimés X._ et Y._, ajoutant qu'elle ne fait même pas état de la limite de 300 fr. au dessous de laquelle l'infraction est d'importance mineur au sens de l'<ref-law>. La décision attaquée serait également lacunaire, dans la mesure où elle ne constate pas que l'intention des intimés a porté sur une valeur inférieure à ce montant. Au demeurant, c'est la valeur réelle des actions sur le marché, et non leur valeur nominale, qui aurait dû être prise en considération. Enfin, la décision attaquée perdrait de vue que le devoir de gestion des intimés portait sur l'entier du patrimoine de la partie civile, lequel ascenderait à plusieurs dizaines de millions de US$.
4.2 Il convient de rappeler préliminairement que, s'agissant de l'infraction de gestion déloyale, qui seule est litigieuse en instance fédérale, l'<ref-law> n'a été considéré comme applicable qu'au comportement des intimés ayant consisté à conserver indûment les actions qu'ils avaient souscrites. Cette infraction n'a donc été exclue à raison de l'application de cette disposition qu'en ce qui concerne ce comportement (cf. supra, consid. 2.4). Partant, seul ce dernier, et non les autres actes de gestion des intimés, est déterminant pour juger de la correcte application de l'<ref-law>.
4.3 La décision attaquée mentionne que, selon les "letters of confirmation" dont se prévalait la partie civile, les deux intimés se sont reconnus chacun souscripteur et détenteur, pour son compte, d'une action de S._ Ltd au prix de 1 SG$ par action. Elle se fonde ensuite sur "la faible valeur des deux actions souscrites" pour conclure à l'application de l'<ref-law>. Elle retient ainsi clairement une valeur de 1 SG$ par action et n'omet donc pas de constater la valeur des actions litigieuses, laquelle correspond au demeurant à celle indiquée dans les documents invoqués par la partie civile elle-même. Elle ne méconnaît au reste manifestement pas que l'application de l'<ref-law> suppose que la valeur patrimoniale ou le dommage soit inférieur à 300 fr., puisqu'elle considère cette disposition comme applicable à raison de la faible valeur des actions, soit 2 SG$ au total, qu'elle retient. Pour le surplus, le recourant argue vainement de ce qu'il eût fallu se fonder sur la valeur réelle, et non sur la valeur nominale, des actions litigieuses, dès lors qu'il n'est pas établi dans le recours que la première de ces valeurs aurait été supérieure à la seconde et moins encore que cela devait être admis à peine d'arbitraire.
4.4 L'intention de l'auteur est certes déterminante pour l'application de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 159/160) et il est vrai que la décision attaquée n'examine pas cette question. Rien n'indique toutefois que les intimés auraient conservé les actions litigieuses en spéculant sur une augmentation de la valeur de celles-ci. Le recourant lui-même ne le prétend pas. S'agissant ici de l'application de l'<ref-law>, il ne saurait tirer argument de l'ensemble des comportements reprochés aux intimés dans la dénonciation pour contester que leur volonté a porté sur des valeurs inférieures à 300 fr.
4.5 Sur le vu de ce qui précède, le grief doit être écarté.
5. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>, dont il fait valoir que toutes les conditions sont réalisées.
5.1 Ce n'est pas l'abus d'un pouvoir de représentation qui est reprochée aux intimés, mais la violation d'un devoir de gestion, de sorte que seul l'<ref-law> entre en considération, à l'exclusion du chiffre 2 de cette disposition.
Sur le plan objectif, l'infraction réprimée par l'<ref-law> suppose la réalisation de trois conditions. Il faut d'abord que l'auteur soit tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion, et cela en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique (<ref-law>) ou encore d'une gestion d'affaires sans mandat (<ref-law>). Il faut ensuite que l'auteur ait violé ce devoir de gestion ou de sauvegarde, c'est-à-dire une obligation liée à la gestion ou à la sauvegarde confiées. Enfin, cette violation doit avoir porté atteinte aux intérêts pécuniaires d'autrui, c'est-à-dire causé un dommage. Sur le plan subjectif, l'infraction est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 125; <ref-ruling> consid. 2a p. 281; <ref-ruling> consid. 2c p. 107; <ref-ruling> consid. 2b p. 192 ss).
5.2 L'autorité cantonale a été amenée à examiner divers comportements des intimés, dénoncés comme constitutifs de gestion déloyale.
5.2.1 Elle a estimé qu'une gestion déloyale ne pouvait être retenue dans la mesure où il était reproché aux intimés d'avoir conservé les actions qu'ils avaient souscrites, dès lors que, vu la faible valeur de ces dernières, l'<ref-law> était applicable, ce qui eût impliqué une plainte, qui n'avait toutefois pas été déposée. Il n'y a pas lieu de revenir sur ce point, qui a déjà été examiné (cf. supra, consid. 4).
5.2.2 L'autorité cantonale a par ailleurs relevé qu'il était fait grief aux intimés d'avoir indûment favorisé S._ Ltd de trois manières: d'une part, en reprenant le personnel et, à des conditions préférentielles, le matériel informatique de la partie civile; d'autre part, en passant un contrat "bien plus favorable" avec la raffinerie qui fournissait la partie civile jusqu'à la fin 2004; enfin, en faisant transférer irrégulièrement les activités d'avitaillement de celle-ci à une société qu'ils dominaient.
S'agissant de la reprise du personnel et du matériel informatique, elle a écarté l'application de l'<ref-law> au motif que ces opérations n'avaient pas causé de dommage à la partie civile et, s'agissant du contrat passé avec la raffinerie, au motif que, à supposer que la partie civile ait subi un dommage de ce fait, il ne serait qu'indirect et que, si dommage direct il y avait eu, sa cause ne serait pas à rechercher chez les intimés. Enfin, pour ce qui est du transfert des activités d'avitaillement, une gestion déloyale a essentiellement été niée sur la base du constat que les intimés n'avaient, alors, plus de devoir de sauvegarder les intérêts de la parte civile et au motif que cette vente et même l'abandon du "bunkering" avaient préalablement été approuvés par le conseil d'administration d'alors de la partie civile ainsi que par un administrateur de la dénonciatrice.
En ce qui concerne les deux premiers de ces comportements, le recourant ne critique en rien le raisonnement de l'autorité cantonale. Quant au troisième, il lui oppose des griefs qui ont déjà été examinés et écartés (cf. supra, consid. 1.3, 1.4 et. 2.2).
5.2.3 L'autorité cantonale s'est encore prononcée sur le reproche de gestion déloyale qui était adressé aux intimés du fait d'avoir perçu de la partie civile des indemnités de licenciement et l'a rejeté sur la base d'une motivation que le recourant ne critique pas non plus.
5.3 Il résulte de ce qui précède que deux des cinq comportements reprochés aux intimés ont fait l'objet de griefs du recourant, qui ont été écartés, et que, pour les trois autres, la réalisation de l'infraction litigieuse a été niée sur la base d'un raisonnement dont le recourant n'indique pas, conformément aux exigences minimales de motivation de l'<ref-law>, en quoi il violerait le droit fédéral. La motivation du grief se réduit largement à arguer d'une manière toute générale de la réalisation des conditions de l'<ref-law>. Le recourant ne s'en prend guère qu'à l'argumentation, subsidiaire, par laquelle l'autorité cantonale, sous chiffre 4.3 de sa décision, a observé, en se fondant sur la thèse de la partie civile, que cette thèse conduirait à la conclusion que, s'agissant des rapports de fiducie entre elle et les intimés, un devoir né de la loi suisse ne pourrait entrer en considération. Le reste de sa motivation se résume pratiquement à affirmer la réalisation des conditions de l'infraction litigieuse. Le grief est dès lors irrecevable.
6. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'<ref-law>, il ne sera pas perçu de frais. Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux intimés, qui n'ont pas étés amenés à se déterminer sur le présent recours.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Il n'est pas perçu de frais, ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 29 septembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz