Sachverhalt:
A. Das Betreibungsamt Bern-Mittelland, Dienststelle Mittelland, ist mit einem Grundpfandverwertungsverfahren gegen X._ (Schuldner und Grundeigentümer) befasst. X._ betreibt ein landwirtschaftliches Gewerbe auf den Grundstücken, die Gegenstand des vorliegenden Pfandverwertungsverfahrens bilden (Grundstücke A._ Gbbl.-Nrn. aaaa, bbbb, cccc, dddd, eeee, ffff, gggg, hhhh, iiii, jjjj, kkkk, llll, mmmm, nnnn und oooo). Das Betreibungsamt setzte die Versteigerung auf den 30. Oktober 2012 an. Die Steigerungsbedingungen lagen vom 26. September 2012 bis 5. Oktober 2012 auf. Ziff. 1 der Steigerungsbedingungen bestimmte, dass die belasteten Grundstücke als Gesamtheit nach dreimaligem Aufruf des höchsten Angebotes zugeschlagen werden, sofern das Höchstangebot Fr. 1'683.50 übersteigt. In Ziff. 25 der Steigerungsbedingungen wurde auf die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht (BGBB; SR 211.412.11) hingewiesen und festgehalten, dass die Grundstücke ein landwirtschaftliches Gewerbe bilden und daher als Gesamtheit versteigert werden.
Gegen die Steigerungsbedingungen erhob X._ Beschwerde. Er verlangte die Neuauflage der Steigerungsbedingungen mit dem Hinweis auf <ref-law> (Ausnahme vom Realteilungs- und Zerstückelungsverbot in der Zwangsvollstreckung) und die Neufestsetzung des Steigerungstermins. Das Obergericht des Kantons Bern als kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs wies die Beschwerde am 26. Oktober 2012 ab. Eine dagegen gerichtete Beschwerde an das Bundesgericht blieb erfolglos (Urteil 5A_820/2012 vom 18. Januar 2013).
Die Steigerung wurde wie vorgesehen am 30. Oktober 2012 durchgeführt. Die Grundstücke wurden als Gesamtheit für Fr. 1'615'000.-- dem Ersteigerer Y._ zugeschlagen.
B. Am 7. November 2012 erhob X._ gegen den Zuschlag Beschwerde an das Obergericht und verlangte dessen Aufhebung. Er begründete den Antrag damit, dass sein gesamtes landwirtschaftliches Gewerbe an den Meistbietenden veräussert worden sei, ohne dass ein Hinweis auf <ref-law> in den Steigerungsbedingungen oder anlässlich der Steigerung selbst erfolgt sei.
Das Obergericht hiess das Gesuch von X._ um aufschiebende Wirkung insoweit gut, als es das Betreibungsamt anwies, den Zuschlagserlös vorläufig nicht zu verteilen, und dass er die Grundstücke weiterhin bewohnen und bewirtschaften könne. Das Verfahren wurde sodann bis zum Entscheid des Bundesgerichts im Verfahren 5A_820/2012 sistiert.
Nach Aufhebung der Sistierung am 14. Februar 2013 beantragte X._ mit Schreiben vom 20. Februar 2013, es sei der Verkauf von Einzelparzellen zu ermöglichen. Ihm und seinem Sohn werde Schaden zugefügt und es seien seine Persönlichkeitsrechte verletzt worden.
Mit Entscheid vom 22. Februar 2013 wies das Obergericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Am 7. März 2013 (Postaufgabe) hat X._ (Beschwerdeführer) Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung des Entscheids des Obergerichts vom 22. Februar 2013 und die Aufhebung des Steigerungszuschlags. Zudem ersucht er um aufschiebende Wirkung sowie - mit Eingabe vom 15. März 2013 - um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Verfahrensbeteiligten und die Vorinstanz haben sich dem Gesuch um aufschiebende Wirkung nicht widersetzt. Mit Präsidialverfügung vom 27. März 2013 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, in der Sache jedoch keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Entscheid der Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, so dass die Beschwerde in Zivilsachen ohne Rücksicht auf den Streitwert zulässig ist (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Die Beschwerde ist fristgemäss erhoben worden (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer hat in der kantonalen Beschwerde bemängelt, dass in den Steigerungsbedingungen oder anlässlich der Steigerung nicht auf <ref-law> hingewiesen worden sei. Das Obergericht hat dazu ausgeführt, der Antrag des Beschwerdeführers, die Steigerungsbedingungen mit diesem Hinweis neu aufzulegen, sei in einem früheren Entscheid abgewiesen worden und die entsprechende Beschwerde an das Bundesgericht sei erfolglos geblieben. Die Steigerungsbedingungen könnten nicht durch Anfechtung des Zuschlags erneut in Zweifel gezogen werden. Der beantragte Verkauf von Einzelparzellen sei nach der Versteigerung nicht mehr möglich. Nichtigkeit der Steigerungsbedingungen oder des Zuschlags sei weder geltend gemacht noch ersichtlich. Die Beschwerde diene schliesslich nicht dazu, Persönlichkeitsrechte oder Ansprüche auf Schadenersatz geltend zu machen. Insoweit sei die Aufsichtsbehörde unzuständig.
3. Vor Bundesgericht hält der Beschwerdeführer daran fest, dass die Verwertung unrechtmässig sei, weil seine Grundstücke gesamthaft und nicht parzellenweise versteigert worden seien. Er macht geltend, auch bei parzellenweiser Versteigerung wäre es zu Offerten gekommen, die den geschätzten Verkehrswert überstiegen hätten, und durch die bloss parzellenweise Versteigerung hätte er einen Teil der Grundstücke und damit seiner beruflichen Existenzgrundlage behalten können.
Der Beschwerdeführer wendet sich damit nicht gegen den Zuschlag als solchen oder den Ablauf der Steigerung, sondern er wirft Fragen auf, die bereits im Rahmen der Anfechtung der Steigerungsbedingungen geprüft wurden. Er ist allerdings der Meinung, er könne mit einer erneuten Beschwerde das gesamte Verwertungsverfahren noch einmal überprüfen lassen. Dass das Obergericht auf seine Ausführungen nicht eingegangen sei, erscheine als überspitzt formalistisch, zumal an eine Laieneingabe nicht die gleichen Formansprüche gestellt werden dürften wie an andere Eingaben.
Entgegen seiner Ansicht ist die Begründung der Vorinstanz nicht überspitzt formalistisch. Die Weigerung, nochmals auf seine Argumente einzugehen, hat nichts mit unnötiger Formstrenge zu tun (zum Begriff des überspitzten Formalismus <ref-ruling> E. 2.1 S. 9 mit Hinweisen). Vielmehr nimmt das Obergericht damit eine notwendige Abgrenzung vor zwischen dem Gegenstand des vorliegenden Verfahrens und Fragen, über die bereits rechtskräftig entschieden wurde und auf die deshalb grundsätzlich nicht mehr zurückgekommen werden kann. Der Beschwerdeführer macht insbesondere nicht geltend, die Steigerungsbedingungen seien nichtig und damit völlig unbeachtlich. Er hat auch nicht um Revision des Urteils 5A_820/2012 vom 18. Januar 2013 ersucht (<ref-law>), in welchem ihm erläutert wurde, weshalb die Anordnung gesamthafter Versteigerung nicht bundesrechtswidrig ist. Die Vorinstanz ist deshalb zu Recht nicht erneut auf seine Vorbringen eingegangen und auch für das Bundesgericht besteht hiezu kein Anlass. Die Beschwerde ist folglich abzuweisen, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht zu sprechen. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen. Wie die vorstehenden Ausführungen zeigen, war seine Beschwerde von vornherein aussichtslos (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. April 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Zingg