Faits:
A. Le 13 mars 2011 a eu lieu l'élection du Conseil municipal de la commune de Meyrin. Selon le résultat du dépouillement publié le 18 mars suivant, la liste "Diaspora" a obtenu 9'423 voix et n'a pas atteint le quorum légal de 7%. A._, candidat sur cette liste, a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre administrative), concluant à l'annulation du scrutin. Il faisait valoir que lors du dépouillement centralisé, le Service des votations et élections du canton de Genève (ci-après: le SVE) avait remarqué une différence de 145 bulletins de vote entre les bulletins entrés et ceux retrouvés. Après diverses recherches, 123 bulletins avaient été découverts dans le local du vote, alors que 22 bulletins manquaient encore, représentant environ 0,5 % des voix. Abstraction faite de ces 123 bulletins, la liste "A Gauche Toute" (créditée de 7,1% des voix) n'obtenait pas le quorum légal.
En procédure, le Conseil d'Etat a expliqué que le total des bulletins enregistrés était de 5'043 et que 4'898 bulletins avaient été retrouvés lors du pré-dépouillement à Uni-Mail. Un paquet contenant les 123 enveloppes provenant du vote par correspondance, toujours fermées, avait alors été découvert dans un container à l'intérieur du local de vote de Meyrin. Le dépouillement s'était poursuivi et 24 bulletins étaient demeurés manquants, ce qui correspondait à la moyenne normale constatée lors d'autres opérations électorales.
Par arrêt du 31 mars 2011, la Chambre administrative a rejeté le recours. Elle a considéré en substance qu'aucune irrégularité de l'opération électorale n'était avérée.
Par arrêt du 11 juillet 2011, le Tribunal fédéral a admis le recours de A._ et renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Le recourant avait reçu, pour information, les déterminations du Conseil d'Etat, sans avoir pu exercer son droit de réplique.
B. Statuant à nouveau par arrêt du 27 septembre 2011, la Chambre administrative a rejeté le recours de A._. Ses nouvelles conclusions en annulation des 123 bulletins retrouvés, en constatation d'un déni de justice et en constatation du nombre exact de votes perdus étaient irrecevables. En dépit des arguments et des pièces nouvelles produites, il résultait des explications du Conseil d'Etat que les enveloppes retrouvées dans un container, dans un local fermé à clé, se trouvaient encore sous vide dans un paquet de cellophane et n'avaient donc pu être ouvertes avant le dépouillement. La différence entre les bulletins enregistrés et rentrés (soit 24) correspondait aux pourcentages habituels. A supposer qu'ils aient tous été en faveur de la liste "Diaspora", cette dernière n'aurait pas obtenu le quorum.
C. Par acte du 2 octobre 2011, A._ forme un recours en matière de droit public par lequel il demande de constater l'illégalité du décompte des 123 bulletins précités, l'annulation de l'arrêt cantonal et des élections du Conseil municipal de Meyrin. Il requiert préalablement l'assistance judiciaire.
La Chambre administrative persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Le recourant a demandé la nomination d'un avocat pour lui permettre de répondre à ces déterminations. Par ordonnance du 24 janvier 2012, cette requête a été rejetée par la cour de céans. Dans ses observations du 12 février 2012, le recourant a persisté dans ses motifs et conclusions.

Considérant en droit:
1. En vertu de l'art. 82 let. c LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours en matière de droit public concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
1.1 Citoyen de la commune de Meyrin et candidat non élu à l'élection litigieuse, le recourant a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 et 3 LTF). Interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
1.2 Le recourant reprend une conclusion en constatation qui a été déclarée irrecevable - car nouvelle - par la cour cantonale. Même s'il se plaint d'une violation de son droit à l'assistance d'un avocat, il ne critique pas l'arrêt attaqué sur ce point, et n'est dès lors pas recevable à reprendre la même conclusion devant le Tribunal fédéral.
2. Invoquant les art. 29 al. 3 Cst. et 6 CEDH, le recourant explique n'avoir trouvé un avocat disposé à défendre sa cause qu'au moment de répondre aux observations du Conseil d'Etat. Les conclusions nouvelles formulées à cette occasion auraient ainsi été déclarées irrecevables.
2.1 A teneur de l'art. 29 al. 3 Cst., toute personne qui ne dispose pas des ressources suffisantes a droit à l'assistance judiciaire gratuite, à moins que sa cause ne paraisse dépourvue de toute chance de succès; elle a en outre le droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 182 et les arrêts cités).
2.2 En l'occurrence, le recourant ne prétend pas avoir requis l'assistance d'un avocat dans son recours du 23 mars 2011. Il a d'ailleurs été représenté par un avocat de choix au moment de rédiger ses observations complémentaires; si le recourant a tardé à trouver un défenseur, il ne saurait en faire grief à la cour cantonale dès lors que la cause qui lui était soumise ne constituait évidemment pas un cas de défense obligatoire. Le fait que certaines conclusions formulées après coup aient été déclarées irrecevables ne porte d'ailleurs nullement à conséquence puisque le recours tendait essentiellement à l'annulation du scrutin, pour les mêmes motifs, et que cette conclusion a été jugée recevable. Le grief doit dès lors être écarté.
3. Le recourant soulève ensuite deux griefs en rapport avec l'établissement des faits. Il reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte des photos des containers de l'école ayant servi de bureau de vote, et de s'être fiée aux indications du Conseil d'Etat quant à l'existence d'un local fermé à clé. Il conteste par ailleurs l'affirmation selon laquelle les bulletins retrouvés n'avaient pas pu faire l'objet d'une manipulation.
3.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid.5.1 op. 356 et les arrêts cités).
3.2 Les considérations de la cour cantonale reposent sur les explications du Conseil d'Etat. Celui-ci a affirmé que les bulletins avaient été retrouvés dans un container situé dans un local fermé à clé. Cette découverte avait eu lieu en présence du Président du local de vote, d'un collaborateur du dépouillement, de la police municipale, du concierge de l'établissement, d'un ancien conseiller administratif et, à la fin de l'opération, d'un conseiller administratif en fonction. Ces explications sont corroborées par les déclarations écrites du chef du Service cantonal des votations et élections, ainsi que du chef du local de vote. Compte tenu de l'ensemble de ces éléments, il n'est à tout le moins pas arbitraire de considérer que des photos produites par le recourant, prises hors contexte et à une date inconnue, ne prouvaient rien quant aux circonstances de la découverte.
3.3 Le recourant relève également que la manière dont ont été acheminés les bulletins retrouvés ne correspond pas à ce que prévoit la loi (remise de l'urne scellée à la gendarmerie), et que les exigences de divers instruments internationaux et de l'art. 66 de la loi genevoise sur l'exercice des droits politiques en matière d'observation et de publicité des opérations électorales n'auraient pas été respectées.
Le recourant ne conteste pas la régularité de la procédure de dépouillement de manière générale, mais seulement s'agissant des 123 bulletins retrouvés. Compte tenu des circonstances de cette découverte, les dispositions ordinaires sur l'acheminement des bulletins de vote n'ont certes pas pu être respectées. Cela ne saurait toutefois entraîner l'annulation du scrutin dans son ensemble. En effet, dès lors qu'il est admis que les bulletins retrouvés n'ont pas pu faire l'objet d'une manipulation, l'art. 34 al. 2 Cst. - également invoqué par le recourant - imposait leur prise en compte, puisque cela permettait d'établir une expression plus fidèle et sure de la volonté des électeurs que s'il n'en avait pas été tenu compte. L'incident relatif à la découverte des bulletins de vote a au demeurant clairement été évoqué et expliqué lors du dépouillement centralisé.
3.4 Le recourant relève enfin qu'en dépit des calculs opérés par la Chancellerie puis par le Conseil d'Etat, il subsisterait entre les bulletins de vote retrouvés et les votes effectivement comptabilisés une différence inexpliquée de 2 bulletins. Le Conseil d'Etat explique toutefois que cette différence repose sur la prise en compte des données provisoires, établies lors du pré-dépouillement afin de procéder à la répartition provisoire et en vue d'un contrôle de cohérence, lequel a d'ailleurs conduit à la recherche des bulletins manquant. En vue des résultats définitifs, seul serait déterminant le dépouillement centralisé. Ces explications sont corroborées par les pièces du dossier. Au demeurant, la cour cantonale a relevé que la liste "Diaspora" n'aurait pas obtenu le quorum, même si les 24 bulletins manquant avaient été en sa faveur. Une différence de deux bulletins n'a donc, a fortiori, aucune incidence sur l'issue du scrutin.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Le recourant a demandé l'assistance judiciaire et la nomination d'un avocat d'office. Cette dernière requête a été écartée par ordonnance du 24 janvier 2012. L'issue du recours étant par ailleurs prévisible, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Les frais de la cause sont mis à la charge du recourant (<ref-law>), en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 300 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Conseil d'Etat et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 7 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz