Kaufvertrag, Mängel, hat sich ergeben:
A.- a) Im Oktober 1993 verkaufte die Y._ AG (Klägerin) der X._ AG (Beklagte) einen Posten Damen- und Herrenkonfektion zu reduziertem Preis. Die Kleider waren für den Export nach Russland bestimmt. A._ von der Beklagten besichtigte am 25. November 1993 das Warenlager der Klägerin, worauf die Parteien mündlich einen zweiten Kaufvertrag über einen Posten Damenkleider vereinbarten. Mit Schreiben vom 3. Dezember 1993 bestätigte die Klägerin der Beklagten ihr entsprechendes Angebot vom 25. November 1993.
Am 13. Januar 1994 holte ein Angestellter der Beklagten die mit Vertrag vom Dezember 1993 gekauften Waren bei der Klägerin in Z._ ab. Gleichentags stellte die Klägerin der Beklagten die Kleider mit Fr. 337'020.-- in Rechnung.
b) Mit Schreiben vom 15. Februar 1994 teilte die Beklagte der Klägerin mit, sie habe bei einer Qualitätskontrolle des im Oktober 1993 gekauften Kleiderpostens etliche Mängel entdeckt. Sie habe sich daher veranlasst gesehen, auch bei den im Januar 1994 gelieferten Modellen Stichproben durchzuführen, welche teilweise dieselben Mängel zum Vorschein gebracht hätten.
Am 8. März 1994 besichtigten Mitarbeiterinnen der Klägerin im Lagerhaus der Beklagten die verkauften Kleider.
Sie boten mündlich an, die beanstandeten Kleiderstücke zurückzunehmen und zu ersetzen. Da sich die Beklagte in der Folge nicht vernehmen liess, forderte die Klägerin mit Schreiben vom 12. April 1994 die Begleichung des ausstehenden Rechnungsbetrages. Die Beklagte antwortete darauf am 20. April 1994, sie unterziehe die Textilien vereinbarungsgemäss einer gründlichen Kontrolle. Diese Warenkontrolle habe noch nicht abgeschlossen werden können; sie werde aber nach deren Beendigung mit der Klägerin Kontakt aufnehmen.
Mit Schreiben vom 5. Mai 1994 erinnerte die Klägerin die Beklagte an den noch ausstehenden Betrag. Die Beklagte antwortete am 16. Mai 1994, sie habe die aufwändige Kontrolle noch nicht abschliessen können, da ihr zur Zeit der notwendige Platz fehle. Am 6. Juli 1994 mahnte die Klägerin die Beklagte wiederum, worauf diese erneut antwortete, sie habe die Kontrolle aus Platzgründen noch nicht durchführen können, werde diese aber in der Kalenderwoche 28 abschliessen.
Am 2. September 1994 besichtigten Mitarbeiter der Klägerin ein weiteres Mal die verkauften Kleider im Lagerhaus der Beklagten.
c) Mit Schreiben vom 15. November 1994 forderte der Rechtsvertreter der Klägerin die Beklagte auf, den Betrag von Fr. 337'020.-- nebst Zins zu 7 % seit 12. April 1994 bis spätestens 30. November 1994 zu bezahlen. Die Beklagte weigerte sich mit Schreiben vom 23. November 1994 unter Hinweis auf die geltend gemachten Mängel, die Ware zu übernehmen und zu bezahlen.
B.- Mit Klage vom 10. Oktober 1995 stellte die Klägerin beim Kantonsgericht Schaffhausen das Begehren, die Beklagte sei zur Bezahlung von Fr. 337'020.-- nebst Zins zu 7 % seit
12. April 1994 zu verurteilen. Die Beklagte schloss auf Abweisung der Klage und beantragte widerklageweise, es sei der Kaufvertrag vom Dezember 1993 zu wandeln und die Klägerin zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 90'790.-- (später erhöht auf Fr. 126'790.--) nebst Zins zu bezahlen, unter Vorbehalt der Nachklage, eventualiter sei der Kaufpreis zu mindern.
Das Kantonsgericht Schaffhausen hiess die Klage mit Urteil vom 24. August 1999 abgesehen vom Zinsfuss gut und verpflichtete die Beklagte, der Klägerin den Betrag von Fr. 337'020.-- nebst Zins zu 5 % seit 12. April 1994 zu bezahlen.
Die von der Beklagten gegen diesen Entscheid eingereichte Berufung wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Urteil vom 11. August 2000 ab, bestätigte den angefochtenen Entscheid und wies die Widerklage ab. Es begründete sein Urteil im Wesentlichen damit, dass die Beklagte es unterlassen habe, die gekaufte Ware rechtzeitig zu prüfen und allfällige Mängel zu rügen.
C.- Gegen das Urteil des Obergerichts hat die Beklagte sowohl staatsrechtliche Beschwerde wie Berufung eingereicht.
In der staatsrechtlichen Beschwerde stellt sie den Antrag, das angefochtene Urteil sei aufzuheben. Mit eidgenössischer Berufung verlangt sie zusätzlich die Abweisung der Klage und die Gutheissung der Widerklage, eventualiter die Rückweisung der Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz.
Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung.
Das Obergericht hat Bemerkungen zur Berufung eingereicht, ohne konkrete Anträge zu stellen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Die Beklagte rügt zunächst, die Vorinstanz habe <ref-law> zu Unrecht angewendet und dabei verkannt, dass sie die Täuschung einredeweise geltend mache. Ausserdem vertritt sie die Ansicht, die Vorinstanz habe ihr Schreiben vom 23. November 1994, welches der Klägerin innert Jahresfrist nach Entdeckung des Mangels zugestellt wurde, zu Unrecht nicht als Anfechtungserklärung genügen lassen.
a) Nach <ref-law> gilt der Vertrag als genehmigt, wenn der durch Irrtum, Täuschung oder Furcht beeinflusste Teil dem andern binnen Jahresfrist weder eröffnet, dass er den Vertrag nicht halte, noch eine bereits erfolgte Leistung zurückfordert. Aus der Unverjährbarkeit der Einrede gegen die Erfüllung einer aus unerlaubter Handlung entstandenen Forderung gemäss <ref-law> wird dagegen abgeleitet, dass der Getäuschte die Jahresfrist nicht einhalten muss, sofern er seine Leistung noch nicht erbracht hat (<ref-ruling> E. 3a S. 349; <ref-ruling> E. 2b,c S. 625; 66 II 158 E. 5 S. 160; Berti, Basler Kommentar, N. 15 zu <ref-law>; von Tuhr/Peter, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, Bd. I, S. 342 insbesondere Fn. 56; Bucher, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2.
Aufl. , S. 223 insbesondere Fn. 108; Schmidlin, Berner Kommentar, N. 135 zu <ref-law>; Brehm, Berner Kommentar, N. 108 ff. zu <ref-law>; Engel, Traité des obligations en droit suisse,
2. Aufl. , S. 356; Gauch/Schluep/Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, Bd. I, 7. Aufl. , N. 903).
Die Vorinstanz hat offen gelassen, ob die Beklagte tatsächlich getäuscht worden ist. Sie hat den Vertrag als genehmigt erachtet, weil sich die Beklagte innert der Jahresfrist von <ref-law> nicht auf den Willensmangel bzw. die absichtliche Täuschung berufen habe. Die Fiktion der Genehmigung eines vom Betroffenen noch nicht erfüllten Vertrages mit Ablauf eines Jahres setzt jedoch voraus, dass der Willensmangel nicht durch eine unerlaubte Handlung begründet worden ist. Die Rüge der Beklagten ist berechtigt, dass die Vorinstanz diesen Grundsatz verkannt hat, der sich sinngemäss aus <ref-law> ergibt. Die Beklagte hat die Einrede der Unverbindlichkeit des Vertrages nicht gemäss <ref-law> verwirkt. Es kann sich nur fragen, ob sie den Vertrag ausdrücklich oder sinngemäss durch ihr Verhalten genehmigt hat, wie die Klägerin in ihrer Antwort und die Vorinstanz in ihren Bemerkungen vertreten.
b) Nach ständiger Rechtsprechung hat der Käufer die Wahl, ob er bei sachlich mangelhafter Erfüllung durch den Verkäufer gemäss <ref-law> auf Gewährleistung klagen oder den Vertrag wegen eines Willensmangels im Sinne der <ref-law> anfechten will (<ref-ruling> E. 1a S. 134; <ref-ruling> E. 2 S. 322). Insbesondere ist die Anfechtung wegen absichtlicher Täuschung wahlweise neben der Sachgewährleistung zulässig (Honsell, Basler Kommentar, N. 12 der Vorbemerkungen zu Art. 197 - 210 OR). Dabei hat sich der Käufer aber bei seinem Entschluss für einen der ihm zur Verfügung stehenden Rechtsbehelfe behaften zu lassen (<ref-ruling> E. 2a S. 104). Entscheidet er sich insbesondere für die Gewährleistung, so genehmigt er gleichzeitig den Vertrag nach <ref-law>, da die Sachmängelregelung den Vertragsabschluss voraussetzt (<ref-ruling> E. 2 S. 412; Schmidlin, Berner Kommentar, N. 139 zu <ref-law>).
Die Beklagte hat mit der Klageantwort vom 12. Dezember 1995 beantragt, es sei der Kaufvertrag zwischen den Parteien betreffend ca. 11'000 Stück Damenkonfektion vom Dezember 1993 gemäss <ref-law> zu wandeln und es sei die Klägerin widerklageweise zu verpflichten, ihr unter Vorbehalt der Nachklage den Betrag von Fr. 90'790.-- zu bezahlen, eventualiter sei der Kaufpreis zu mindern. Die Beklagte, die anwaltlich vertreten war und sich damit der Rechtsfolgen ihres Begehrens bewusst sein musste, hat sich mit diesen Anträgen für den Rechtsbehelf der Sachgewährleistung entschieden. Sie hat damit den Vertrag genehmigt und ist darauf zu behaften. Die Vorinstanz hat im Ergebnis zutreffend die Berufung der Beklagten auf Willensmängel abgewiesen.
2.- Die Beklagte rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> falsch angewendet, indem sie die Zeitspanne für die Prüfung der Ware zu kurz bemessen und angenommen habe, die Mängelrüge sei nicht genügend substanziiert gewesen.
a) Der Käufer soll nach <ref-law> die Beschaffenheit der empfangenen Sache prüfen, sobald es nach dem üblichen Geschäftsgange tunlich ist und dem Verkäufer sofort Anzeige machen, falls sich Mängel ergeben, für die dieser Gewähr zu leisten hat. Bei der Beurteilung, ob eine Rüge rechtzeitig erfolgt ist, muss auf die konkreten Umstände des Einzelfalls und insbesondere die Art der Mängel abgestellt werden (<ref-ruling> E. 3b S. 148). Da sich Umfang und Intensität der Prüfung aus Verkehrssitte und Übung ergeben, kann sie von einigen Tagen bis mehrere Monate dauern (<ref-ruling> E. 3b S. 59, Honsell, Basler Kommentar, N. 5 und 9 zu <ref-law>; Tercier, Les contrats spéciaux,
2. Aufl. , N. 421). Bei grossen Sendungen genügen Stichproben, deren Mängel für die gesamte Ware gelten (BGE 52 II 362 E. 2 S. 367 f.). Verhinderung aus persönlichen Gründen entschuldigt nicht (Honsell, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>).
b) Die Vorinstanz hat im vorliegenden Fall für die stichprobenartige Prüfung von 10 % der rund 11'000 Kleider eine Prüfungsfrist von 11 Arbeitstagen oder insgesamt zwei Wochen als hinreichend erachtet. Sie hat dabei insbesondere auf <ref-ruling> ff. verwiesen, in welchem für die Prüfung eines Warenlagers bestehend aus Feuerwerkskörpern und anderen Bazarwaren eine Prüfungsfrist von rund 15 Tagen als hinreichend erachtet wurde. Diese Beurteilung ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden und kann mit dem Hinweis auf die völlig andersartige Prüfung eines Gebrauchtwagens nicht in Frage gestellt werden. Da die Vorinstanz keine Bundesrechtsnormen verletzt hat, wenn sie annahm, die Beklagte habe die nach dem Geschäftsgang tunliche Prüfungsfrist nicht eingehalten, braucht nicht geprüft zu werden, ob die (verspätete) Rüge entgegen der Ansicht der Vorinstanz genügend substanziiert wäre.
3.- Die Berufung erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die Beklagte die Gerichtsgebühr zu tragen und der Klägerin eine Parteientschädigung zu leisten. Die Gebühr und die Entschädigung richten sich nach dem Streitwert.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 11. August 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 7'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 14. Dezember 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: