Faits:
A. A._ est décédée le 4 avril 1998 en France. Sa fille, X._ (ci-après : l'intéressée), domiciliée à Genève, a hérité pour moitié des biens de cette dernière, sous la forme d'actions notamment.
Dans sa déclaration pour l'impôt cantonal et communal 1998 et pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1999-2000, datée du 30 septembre 1998, l'intéressée a mentionné un revenu net de 15'452 fr. Dans sa déclaration pour l'impôt cantonal et communal 1999 et pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1999-2000, datée du 30 septembre 1999, elle a mentionné un revenu net de 9'658 fr. et un revenu mobilier de 3'521 fr. Elle a par ailleurs déclaré 160'106 actions de la société B._, dont le siège se trouve à Paris.
Le 12 janvier 2002, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le revenu imposable de l'intéressée à 560'400 fr. (et le revenu fixant le taux à 582'700 fr.) pour l'impôt fédéral direct 1999-2000 et lui a adressé un bordereau d'un montant de 62'529 fr. 45 pour chacune des années 1999 et 2000. Les revenus de la fortune mobilière pour 1998 ont été fixés à 1'101'515 fr. (1'100'454 + 1'061) compte tenu des dividendes versés par B._ en juin et décembre 2008. Le 8 février 2002, l'intéressée a déposé une réclamation à l'encontre du bordereau du 12 janvier 2002 et produit un justificatif de B._ à l'attention de la succession de la défunte dont il ressortait que le montant brut des revenus de titres imposables à déclarer s'élevait à 31'361'756 FF 18 et l'avoir fiscal à 10'453'918 FF 73.
Par courrier du 3 mai 2006, l'Administration fiscale cantonale a transmis à l'intéressée une formule sur laquelle figuraient les éléments ayant servi de base à l'imposition:
Année
1997
1998
Moyenne
Salaire
20460
20460
Revenu de la fortune mobilière
2276
1101515
Valeur locative
22500
22500
Revenu brut total
45236
1144475
Total des déductions
6879
7065
Moyenne (revenu net)
38357
1137410
587884
Déduction pour charge de famille
5100
Revenu net pour le taux
582784
Arrondi
582700
Revenu net étranger
22300
Revenu net imposable
560400
Par décision du 15 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation et confirmé la taxation du 12 janvier 2002 au motif que les dividendes des actions B._, échus les 15 juin et 1er décembre 1998, après le décès de A._, devaient être déclarés par chacun des héritiers pour sa part.
Le 16 octobre 2006, l'intéressée a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct, remplacée, depuis le 1er janvier 2009, par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la Commission cantonale de recours).
Par décision du 4 mars 2009, la Commission cantonale de recours a partiellement admis le recours. L'ajout de l'avoir fiscal au revenu imposable n'était nécessaire que si son remboursement pouvait être effectivement obtenu, ce qui n'était pas le cas en l'espèce. Faute de quoi cela revenait à imposer un revenu fictif. En conséquence, l'intéressée devait être imposée sur le 85% des dividendes bruts reçus, soit 733'636 fr. (85% x (619'811 + 243'291)).
L'Administration fiscale cantonale a interjeté un recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision rendue le 4 mars 2009. Les coupons devaient être imposés de la manière suivante :
Coupon du 15 juin 1998
FF
2'569'696.-
Taux de change 24.12/100
CHF
619'811.-
+ avoir fiscal 50%
CHF
929'716.-
Imposé à 85%
CHF
790'259.-
Coupon du 1er décembre 1998
(coupon net 6,30 FF sur 160'106 actions)
FF
1'008'668.-
+ avoir fiscal 50%
FF
1'513'002.-
Taux de change 24.12/100
CHF
364'936.-
Imposé à 85%
CHF
310'196.-
Récapitulation
Coupon du 15 juin 1998
CHF
790'259.-
Coupon du 1er décembre 1998
CHF
310'196.-
Dividendes B._ imposables en 1998
CHF
1100454
B. Par arrêt du 15 décembre 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'Administration fiscale cantonale. Il a constaté que l'intéressée n'avait demandé ni le paiement de l'avoir fiscal en France, ni l'imputation forfaitaire en Suisse de l'impôt de 15% perçu à la source par la France sur les dividendes. Elle ne pouvait dès lors prétendre qu'au dégrèvement prévu par l'art. 2 al. 3 de l'ordonnance du 22 août 1967 sur l'imputation forfaitaire d'impôt (OIF; RS 672.201), qui excluait d'ajouter aux dividendes reçus le montant de l'avoir fiscal, dont elle n'avait pas pu profiter. Le mécanisme de l'avoir fiscal n'avait en effet de raison d'être que si le contribuable français pouvait effectivement en bénéficier. Ajouter cet avoir fiscal aux dividendes violait en outre l'interdiction de la discrimination.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 15 décembre 2009 par le Tribunal administratif et de confirmer sa décision du 15 septembre 2006.
Le Tribunal administratif s'en tient aux considérants de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours sous suite de frais et dépens. L'intéressée conclut au rejet du recours également sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'art. 11 de la convention du 9 septembre 1966 entre la Confédération suisse et la République française en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune (ci-après: CDI-F; RS 0.672.934.91) prévoit que les dividendes sont imposables dans l'Etat de résidence du bénéficiaire. Toutefois, lorsque le bénéficiaire est une personne physique, un droit d'imposition, limité à 15% du montant brut des dividendes, est également accordé à l'état de la source des dividendes (art. 11 al. 3 CDI-F dans sa teneur selon l'avenant du 3 décembre 1969 [RO 1970 1297; entré en vigueur le 2 septembre 1970] et art. 11 al. 2 let. a CDI-F dans sa teneur selon l'avenant du 22 juillet 1997 à la Convention entre la Confédération suisse et la République française en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune signée le 9 septembre 1966 et modifiée par l'avenant du 3 décembre 1969 et au Protocole final annexé à la Convention entre la Confédération suisse et la République française en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôts sur les successions signée le 31 décembre 1953 [RS 0.672.934.911; entré en vigueur le 1er août 1998]; cf. sur ce point: Pierre-Jean Douvier, Régime fiscal des revenus passifs au regard de l'avenant du 22 juillet 1997 à la convention fiscale franco-suisse du 9 septembre 1966: dividendes, intérêts, redevances, RDAF 2000 II 147, p. 149). Les dividendes en cause ayant été versés avant et après le 1er août 1998, les deux teneurs trouvent application en l'espèce.
1.2 Afin d'éviter une double imposition de ces dividendes, l'art. 25 CDI-F accorde un dégrèvement au bénéficiaire, sous la forme, en principe, d'imputation forfaitaire (crédit) de l'impôt à la source résiduel (art. 25B par. 2 CDI-F): l'état de résidence du contribuable déduit des impôts dus par ce dernier sur les revenus de source étrangère les impôts perçus à la source sur ces mêmes revenus par l'état d'où ils proviennent (cf. Ch. Constantin, L'imputation d'impôts étrangers, RDAF 1968 p. 273 ss, 276). En Suisse, ce crédit d'impôt peut être demandé en application de l'ordonnance du 22 août 1967 sur l'imputation forfaitaire d'impôt (OIF; RS 672.201).
Selon l'<ref-law>, les personnes physiques ou morales, résidents de Suisse, dont les revenus provenant d'un Etat contractant ont été soumis à un impôt limité dans cet Etat conformément à une convention, peuvent demander une imputation forfaitaire d'impôt. Celui qui ne requiert pas l'imputation forfaitaire d'impôt ou qui n'y a pas droit d'après les art. 3 à 7 OIF peut exiger que les impôts perçus dans l'Etat contractant conformément à la convention soient portés en diminution du montant brut des revenus, lors de la taxation en vue des impôts suisses sur le revenu (<ref-law>). D'après l'art. 13 al. 1 et 2 OIF, l'imputation forfaitaire d'impôt n'est accordée que sur demande, qui doit être présentée sur une formule spéciale (feuille complémentaire à l'état des titres, imputation forfaitaire d'impôt) à l'autorité compétente du canton dans lequel le requérant résidait à la fin de la période fiscale durant laquelle les revenus sont échus. Le droit à l'imputation forfaitaire d'impôt s'éteint si la demande n'est pas présentée dans les trois ans après l'expiration de la période fiscale au cours de laquelle les revenus sont échus (<ref-law>).
1.3 L'art. 11 al. 3 CDI-F (dans sa version applicable jusqu'au 31 juillet 1998) prévoit que les dividendes payés par une société résidente de France qui donneraient droit à un avoir fiscal s'ils étaient reçus par des résidents de France ouvrent droit au paiement de l'avoir fiscal après déduction de la retenue à la source calculée au taux de 15% sur le dividende brut constitué par le dividende mis en distribution augmenté de l'avoir fiscal lorsqu'ils sont versés à une personne physique (let. a).
Dans sa teneur en vigueur depuis le 1er août 1998, l'art. 11 al. 3a CDI-F prévoit, de manière similaire à son ancienne teneur (Pierre-Jean Douvier, op. cit., p. 149), qu'un résident de Suisse qui reçoit des dividendes payés par une société qui est un résident de France, dividendes dont il est le bénéficiaire effectif et qui donneraient droit à un crédit d'impôt ("avoir fiscal") s'ils étaient reçus par un résident de France, a droit à un paiement du Trésor français d'un montant égal à ce crédit d'impôt ("avoir fiscal"), sous réserve de la déduction de l'impôt prévu de 15% du montant brut des dividendes (cf. art. 2a CDI-F). Les conditions pour bénéficier de l'avoir fiscal sont en revanche plus strictes qu'avant le 1er août 1998. En effet, selon l'art. 11 al. 3b et c CDI-F, les dispositions de l'al. 3a ne s'appliquent qu'à un résident de Suisse qui est une personne physique, bénéficiaire effectif des dividendes soumise à l'impôt suisse au taux normal à raison de ces dividendes et du paiement du Trésor français, qui établit, sur demande, qu'elle est le propriétaire des actions ou parts au titre desquelles les dividendes sont payés et que la détention de ces actions ou parts n'a pas comme objet principal ou comme un de ses objets principaux de permettre à une autre personne, qu'elle soit ou non un résident d'un Etat contractant, de tirer avantage des dispositions de l'al. 3a.
Enfin, d'après l'art. 11 al. 3d CDI-F (cf. art. 11 al. 5 in fine CDI-F, dans sa teneur jusqu'au 31 juillet 1998), le montant brut du paiement du Trésor français ("avoir fiscal") est considéré comme un dividende pour l'application de la convention de double imposition.
1.4 L'avoir fiscal est un mécanisme de droit interne français, supprimé depuis le 1er janvier 2005 (cf. Code général des impôts [CGI], Précis Dalloz, éd. 2005, art. 158bis, p. 387; Mitteilungen zu Entwicklungen auf dem Gebiet des internationalen Steuerrechts vom 2. Juni 2004, in Archives 73, p. 279 ss, p. 283): D'après l'art. 158bis ch. I CGI, les personnes qui perçoivent des dividendes distribués par des sociétés françaises disposent à ce titre d'un revenu constitué a) par les sommes qu'elles reçoivent de la société, b) par un avoir fiscal représenté par un crédit ouvert sur le Trésor. Ce crédit d'impôt est égal à la moitié des sommes effectivement versées par la société. Il ne peut être utilisé que dans la mesure où le revenu est compris dans la base de l'impôt sur le revenu dû par le bénéficiaire. Il est reçu en paiement de cet impôt et il est restitué aux personnes physiques dans la mesure où son montant excède celui de l'impôt sur le revenu dû par le bénéficiaire.
Ce mécanisme tend à lutter contre la double imposition économique des bénéfices des sociétés lors de la distribution de dividendes (parmi d'autres auteurs, Xavier Oberson, Le régime d'imposition des dividendes, intérêts et redevances, selon la convention de double imposition entre la France et la Suisse suite à l'avenant du 22 juillet 1997, RDAF 2000 II 163 ss, p. 171). Le régime de l'avoir fiscal, dont le bénéfice était réservé aux seuls résidents de France à l'origine (cf. Georges Muller, La nouvelle convention franco-suisse contre la double imposition du 9 septembre 1966, RDAF 1968 p. 97 ss, p. 123), a été étendu en particulier aux personnes physiques résidentes en Suisse qui reçoivent des dividendes de source française par l'avenant du 3 décembre 1969.
D'après la Notice relative aux allégements fiscaux concernant des revenus de source française (ci-après: notice R-F-M), pour les dividendes assortis de l'avoir fiscal, le dégrèvement concernant la partie "dividendes" est en général accordé à la source, au taux conventionnel, par l'établissement payeur sur présentation des formules R-F 5 ou R-F 6 (ch. III, 1a). Les demandes pour les dividendes peuvent être présentées dès que le montant des revenus est connu. Elles doivent en revanche en tout état de cause, sous peine de forclusion, parvenir à l'établissement payeur au plus tard le 31 décembre de la deuxième année suivant celle de l'encaissement des produits (ch. III, 4).
1.5 En l'espèce, les parties s'accordent pour dire que l'intéressée n'a demandé ni l'imputation forfaitaire de l'impôt à la source français en application de l'<ref-law> ni le remboursement de l'avoir fiscal français prévu par l'art. 11 CDI-F sur les dividendes distribués par B._, ce que le Tribunal administratif a également constaté dans l'arrêt attaqué.
2. La recourante soutient que le Tribunal administratif ne pouvait pas, sans violer le droit fédéral, retrancher du revenu imposable en Suisse l'avoir fiscal français (amputé de 15% d'impôt à la source prélevé par la France), en affirmant que l'intéressée n'avait pas pu effectivement en bénéficier. L'intéressée maintient quant à elle qu'il s'agit d'un revenu fictif non imposable. Autrement dit aucune créance ne serait née eu égard à l'avoir fiscal en cause.
2.1 En droit suisse, l'impôt fédéral direct sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, y compris les dividendes, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]), chacun des héritiers ajoutant à ses propres éléments imposables sa part du revenu de l'hoirie (<ref-law>). Les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée ne sont pas imposables (art. 16 al. 1 et 3 LIFD). Sont donc imposables les revenus provenant de l'activité lucrative dépendante et indépendante (art. 17 et 18 LIFD) ainsi que les revenus provenant de la fortune mobilière et immobilière (art. 20 et 21 LIFD), parmi lesquels figurent les dividendes (art. 20 al. 1 let. c LIFD). Lorsqu'un bien économique ne peut être rangé parmi les revenus imposables énumérés aux <ref-law>, il est imposable en vertu de la clause générale de l'<ref-law>, si, selon la théorie de l'accroissement de la fortune nette dominante en Suisse, il entre dans l'ensemble des biens économiques qui affluent vers le contribuable pendant une période déterminée et dont il peut disposer, sans diminuer son patrimoine, pour satisfaire ses besoins personnels et couvrir les dépenses personnelles du ménage (<ref-ruling> consid. 4a p. 226; <ref-ruling> consid. 2a p. 228; cf. Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 170 et 172 s.) et qu'il n'entre pas dans la catégorie des revenus exonérés exhaustivement prévus par l'<ref-law>.
2.2 La créance d'impôt naît sitôt que les faits générateurs prévus par la loi sont réalisés. La créance fiscale prend naissance ex lege, sans aucune autre intervention extérieure: la doctrine parle de la naissance immédiate de la créance fiscale. La taxation n'a aucun effet constitutif, elle n'est pas une condition de l'existence de la créance d'impôt (PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, Zurich 2002, 6e éd., p. 308; cf. aussi <ref-ruling> consid. 3 p. 378 et les références citées). Il s'ensuit aussi que les créances fiscales nées entrent dans la sphère fiscale du successeur fiscal, même avant d'être échues. L'existence et le contenu de la créance fiscale sont fixés par la loi, raison pour laquelle cette dernière est en principe irrévocable. Dès l'instant où une créance fiscale est née, elle ne peut être réduite à néant par une opération destinée à effacer les faits générateurs lui ayant donné naissance (MARKUS REICH, Steuerrecht, Zurich/Bâle/Genève 2009, p. 118 n° 62; pour un exemple en matière d'impôt anticipé sur une distribution de dividendes décidée par l'assemblée générale puis révoquée ultérieurement: arrêt 2C_115/2007 du 11 février 2007 in RF 63/2008 p. 368 = RDAF 2009 II p. 149). Après avoir constaté que la créance en restitution de l'impôt est de même nature que celle d'impôt, le Tribunal fédéral a en particulier jugé que les opérations d'ordre formel, qui doivent encore être réalisées pour que le montant à restituer soit fixé et que son paiement puisse être exigé, n'ont aucune incidence sur l'existence de la créance. Quant au fait que le créancier perd ses droits s'il ne présente pas sa demande de remboursement dans les délais fixés par la loi ou s'il ne produit pas les pièces justificatives, il n'est nullement déterminant. Si l'autorité fiscale ne procède pas à la taxation du contribuable dans certains délais, elle perd sa créance, sans que cela mette en cause le principe que, jusqu'au moment de la péremption du droit de taxer, la créance a existé (<ref-ruling> consid. 3 p. 378 s.). La naissance ex lege de la créance fiscale a également pour conséquence que le moment de la réalisation du revenu ne saurait dépendre de la seule volonté du contribuable, notamment d'intenter ou non une action en dommages-intérêts; si tel était le cas, le contribuable pourrait différer et, par là, déterminer lui-même en fonction de ses convenances personnelles à quel moment ce revenu est imposable (arrêt 2P.201/2004 du 8 février 2006, consid. 4.3; Archives 20, p. 246 s., consid. 2).
2.3 Le revenu n'est imposable que s'il est réalisé. Cette condition essentielle constitue le fait générateur de l'imposition du revenu (XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, Bâle 2007, p. 83 n° 12). Le principe de réalisation n'est pas explicite dans le texte légal. Il découle de l'interprétation du texte légal par la jurisprudence. La réalisation détermine en effet le point d'entrée de l'avantage économique dans la sphère fiscale du contribuable. Tant que l'avantage économique n'est pas réalisé, il demeure une expectative non - encore - imposable (YVES NOËL, Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, n° 27 et 28 ad <ref-law> et les références citées).
Selon la jurisprudence, un revenu est réalisé lorsqu'une prestation est faite au contribuable ou que ce dernier acquiert une prétention ferme sur laquelle il a effectivement un pouvoir de disposition. En règle générale, l'acquisition d'une prétention est déjà considérée comme un revenu dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine. Ce n'est que si cette exécution paraît d'emblée peu probable que le moment de la perception réelle de la prestation est pris en considération (arrêts 2A.151/2005 du 1 novembre 2005, consid. 2; 2P.201/2004 du 8 février 2006, consid. 4.3; 2P.323/2003 du 7 mai 2004, in RDAF 2004 II 288, consid. 4.1; <ref-ruling> consid 3d p. 242; <ref-ruling> consid. 2e p. 26; <ref-ruling> consid. 4a p. 242; RDAF 2003 II 622 consid. 3.2.1 p. 626; Archives 45, p. 58, consid. 2 et les références citées). Le caractère certain de l'exécution de la prestation ne saurait dépendre de la seule volonté du contribuable (cf. consid. 2.2 ci-dessus).
2.4 D'après l'<ref-law>, le contribuable qui possède une fortune mobilière privée peut déduire les frais nécessaires d'administration par des tiers et les impôts à la source étrangers qui ne peuvent être ni remboursés, ni imputés.
3. 3.1 En l'espèce, il n'est pas contesté que B._ a distribué un dividende de 5'139'392 FF correspondant au coupon du 15 juin 1998 et un dividende de 1'008'668 FF correspondant au coupon du 1er décembre 1998 à l'hoirie de feu A._. Il ressort également des faits retenus par l'arrêt attaqué que B._ a indiqué à l'hoirie le montant des dividendes ainsi que le montant de l'avoir fiscal, en précisant au demeurant qu'il s'agissait de revenus à déclarer. Il n'est pas non plus contesté que l'intéressée avait droit à la moitié des revenus provenant des titres anciennement détenus par feu sa mère dont elle était cohéritière pour une demie avec son frère. Seule est contestée l'imposition de l'avoir fiscal attaché à ces dividendes.
3.2 La France a adopté une solution moniste en matière de droit international public, ainsi que cela ressort de l'art. 55 de la Constitution française selon lequel "les traités ou accords régulièrement ratifiés ont une autorité supérieure à celle des lois, sous réserve pour chaque accord ou traité, de son application par l'autre Partie" (cf. Jean-Marc Rivier, L'interprétation des conventions de double imposition, in RDAF 2000 II 113 p. 116). Dans ces conditions, l'intéressée pouvait invoquer directement l'art. 11 al. 3 CDI-F ("self-executing") et, le cas échéant, en déduire en justice un "droit à un paiement du Trésor français d'un montant égal à ce crédit d'impôt ("avoir fiscal"), sous réserve de la déduction de l'impôt prévu de 15% du montant brut des dividendes (cf. art. 2a CDI-F)". Les conditions de fond posées par l'art. 11 al. 3 CDI-F (dans leur teneur avant et après le 1er août 1998) pour obtenir le paiement de l'avoir fiscal étaient réunies, ce qui n'a pas été contesté par les parties. La créance d'avoir fiscal à l'encontre du Trésor français était ainsi une prétention ferme sur laquelle l'intéressée avait un pouvoir de disposition effectif. Par conséquent, la créance que constituait l'avoir fiscal en cause doit être imposée en Suisse au moins en application de la clause générale de l'<ref-law>. Il n'est pas exclu que l'avoir fiscal français puisse être considéré comme une part aux bénéfices provenant de participations (art. 20 al. 1 let. c LIFD), puisqu'il a pour but d'éviter la double imposition économique des bénéfices des sociétés. Sous cet angle en effet, il provient en quelque sorte aussi du bénéfice réalisé par la société puisqu'il est versé - indirectement - à l'actionnaire en raison de ses participations dans la société, c'est-à-dire après avoir transité par le Trésor français à titre d'impôt sur le bénéfice de la société.
3.3 En raison de l'effet négatif des conventions de double imposition en revanche et contrairement à ce qu'affirme l'Administration fiscale cantonale, l'art. 11 al. 3d CDI-F ne constitue pas une base légale autorisant les autorités fiscales suisses à imposer l'avoir fiscal. Cette disposition conventionnelle a uniquement pour but de régler le conflit d'imposition de cet avoir entre la France et la Suisse. Tout au plus peut-on y trouver un indice plaidant en faveur d'une imposition interne au titre de dividende voire de part aux bénéfices, sans que cela ne soit toutefois un argument décisif à cet effet.
3.4 Il n'importe pas en outre que le montant de l'avoir fiscal doive faire l'objet d'une demande sur formulaire ad hoc adressée aux autorités compétentes, de même qu'il n'importe pas que l'intéressée n'a pas déposé une telle demande du moment que l'envoi d'une telle formule incombait uniquement à l'intéressée et que le moment de la réalisation du revenu ne saurait dépendre de sa bonne volonté. C'est aussi en vain que l'intéressée fait référence à la notification de la décision de taxation du 12 janvier 2002, laissant supposer qu'elle n'aurait découvert qu'à cette date les rendements de la fortune dont elle était devenue propriétaire, du moment que la taxation n'a pas d'effet constitutif. Au demeurant, il y a lieu de remarquer, bien que cela ne joue aucun rôle en l'espèce, qu'il est peu probable à cet égard que l'intéressée ait ignoré le décès de sa mère ainsi que l'existence des titres B._, dont elle devenait de jure l'ayant-droit sous l'angle fiscal.
3.5 Enfin, c'est à tort que le Tribunal administratif considère que l'imposition en Suisse de l'avoir fiscal en sus des dividendes violerait l'interdiction de discrimination garantie par l'art. 26 CDI-F, aux termes duquel les nationaux d'un Etat contractant ne sont soumis dans l'autre Etat contractant à aucune imposition ou obligation y relative, qui est autre ou plus lourde que celle à laquelle sont ou pourront être assujettis les nationaux de cet autre Etat se trouvant dans la même situation. En effet, du moment que l'avoir fiscal doit être imposé comme revenu tant en France (cf. consid. 1.3 ci-dessus ainsi que arrêt Conseil d'Etat [français] du 6 novembre 1998, rec. n° 156533 in Revue de droit fiscal, éd. Juris-Classeur 2000, n° 48, p. 1584 s.) qu'en Suisse, il ne saurait y avoir d'imposition discriminatoire au sens de l'art. 26 CDI-F.
3.6 Par conséquent, en supprimant l'avoir fiscal attaché aux dividendes versés après le 4 avril 1998 par B._ des revenus de l'intéressée soumis à l'impôt fédéral direct 1999/2000, le Tribunal administratif a violé le droit fédéral.
Pour la période fiscale 1999/2000, l'intéressée doit donc être imposée sur les dividendes perçus en 1998 (au taux de change de 24.12/100), auxquels s'ajoute l'avoir fiscal qui y est attaché (50% de ces dividendes), sous déduction des 15% de l'impôt à la source français, conformément aux conclusions de la recourante qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Le montant de la reprise s'élève par conséquent à 1'100'454 fr., ce qui correspond à la teneur de la décision sur réclamation du 15 septembre 2006, confirmant l'avis de taxation du 12 janvier 2002.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt rendu le 15 décembre 2009 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé et la décision rendue le 15 septembre 2006 par l'Administration fiscale cantonale est confirmée.
Succombant, la contribuable intimée doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF) et n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. L'arrêt rendu le 15 décembre 2009 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé et la décision rendue le 15 septembre 2006 par l'Administration fiscale cantonale est confirmée.
3. Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de X._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section, et à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 21 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey