Grundeigentum (<ref-law>), hat sich ergeben:
A.- Die Bürgergemeinde Sagogn erwarb mit Kaufvertrag vom 15. Mai 1528 vom Kloster Disentis die heute auf dem Gebiet der Politischen Gemeinde Laax liegende Alp St. Martin.
Die Grenzen dieser Liegenschaft wurden im Kauf- und Übertragungsakt wie folgt bezeichnet: "(Die Alp) stösst im Osten an die Schleuiser Alp Mughels, im Westen an die Alp derer (der Nachbarn) von Ruschein, im Süden am obern Stein (wohl Sur Crap) aus und ein, oberhalb bis zu den obersten (Berg-) Spitzen, von denen man nach Glarus hinunter sieht; es ist im Übrigen eine freie Alp, wie (Grenz-) Linien und Grenzsteine ausweisen" (Übertragung der Urkunde in die heutige Schriftsprache durch Prof. Otto P. Clavadetscher; Gutachten vom 20. April 1996). Umstritten ist die Grenzziehung der Alp nach Norden im Bereich des Vorabfirns. Nach Auffassung der Bürgergemeinde Sagogn erstreckt sich ihr Eigentum an der Alp auch auf den Vorabfirn bis zur Grenze zwischen den Kantonen Graubünden und Glarus; auf diesem alpwirtschaftlich nicht nutzbaren Land stehen verschiedene Bauten und Anlagen der Bergbahnen Crap Sogn Gion AG. Die Gemeinde Laax geht davon aus, dieses Gebiet stehe in öffentlichem Eigentum.
Im Rahmen der Grundbuchvermessung wurde das umstrittene Gebiet zur Alp St. Martin geschlagen und der Bürgergemeinde Sagogn zugewiesen. In Gutheissung einer Einsprache der Gemeinde Laax reduzierte die Markkommission Laax mit Entscheid vom 28. April 1994 die Fläche der Alp St. Martin namentlich um das Gebiet, auf welchem die Bauten und Anlagen der Bahnen stehen.
B.- Mit Klage vom 3. Juli 1995 gegen die Politische Gemeinde Laax ersuchte die Bürgergemeinde Sagogn um Fest-stellung, dass die Alp St. Martin "die Umgrenzung aufweist, wie sie in den Auflageplänen der Grundbuchvermessung Laax, Los 5, eingezeichnet ist, und sich somit namentlich die Baurechtsparzelle 22-13 gemäss L. + S.-Register, bzw. Nr. 1984 gemäss Grundbuchvermessung Laax, Los 5 (Bergstation Vorab der Luftseilbahn Crap Masegn-Fuorcla, Antriebsstation Sessellift und Doppelskilift Vorabgletscher, Bergrestaurant, Nebenbetriebe, Anlagen für Gondelbahn) innerhalb dieser Umgrenzung befindet" (Begehren 1). Eventuell sei festzustellen, dass die nördliche Grenze "von Punkt B nach Punkt D gemäss beiliegendem ... Situationsplan (grüne Linie) verläuft" (Begehren 2).
Subeventuell sei die Grenze der Alp St. Martin nach richterlichem Ermessen festzusetzen (Begehren 3). Die Beklagte schloss ihrerseits auf Abweisung der Klage, soweit sie das klägerische Begehren 2 übersteige. Mit Urteil vom 3. September 1996 hiess das Bezirksgericht Glenner die Klage im Sinne des Hauptantrages (Begehren 1) gut. Es befand, die Bauten für die Bahnbetriebe stünden auf dem Boden der Alp St. Martin.
In Gutheissung der Berufung der Beklagten (und in Übereinstimmung mit dem Begehren 2 des Klägers) stellte das Kantonsgericht von Graubünden mit Urteil vom 14. Juli 1997 fest, "dass die nördliche Grenze des Grundstückes L. + S.-Register Parzelle 12, Plan 222, bzw. Grundstück 1982 gemäss Grundbuchvermessung der Gemeinde Laax, Los Nr. 5, von Punkt B nach Punkt D gemäss dem diesem Urteil beigehefteten Plan (grüne Linie) verläuft. " Nach diesem Entscheid liegen die Bahnbetriebsbauten nicht auf dem Gebiet der Alp St. Martin.
C.- Auf staatsrechtliche Beschwerde der Bürgergemeinde Sagogn hin hob das Bundesgericht den kantonsgerichtlichen Entscheid mit Urteil vom 9. April 1998 auf, weil ein nebenamtlicher Kantonsrichter als befangen betrachtet werden musste (<ref-ruling>). Die gleichzeitig erhobene Berufung schrieb es als gegenstandslos geworden ab (5C. 303/1997).
D.- Nach der Durchführung einer Hauptverhandlung hiess das neu zusammengesetzte Kantonsgericht die Berufung der Beklagten mit Urteil vom 31. Januar 2000 wiederum gut, hob das Urteil des Bezirksgerichts Glenner auf und stellte erneut fest, dass die nördliche Grenze des interessierenden Grundstückes von Punkt B nach Punkt D gemäss dem beigehefteten Plan (grüne Linie) verläuft.
E.- Die Klägerin beantragt dem Bundesgericht mit Berufung, das Urteil des Kantonsgerichts vom 31. Januar 2000 sei aufzuheben. Es sei festzustellen, dass die ihr gehörende und auf dem Gebiet der Gemeinde Laax liegende Alp St. Martin (L. + S.-Register Parzelle 12, Plan 22, bzw. Grundstück 1982 gemäss Grundbuchvermessung Laax, Los 5) die Umgrenzung aufweise, wie sie in den Auflageplänen der Grundbuchvermessung Laax, Los 5, eingezeichnet sei und sich somit namentlich die Baurechtsparzelle 22-13 gemäss L. + S.-Register, bzw. Nr. 1984 gemäss Grundbuchvermessung Laax, Los 5 (Bergstation Vorab der Luftseilbahn Crap Masegn-Fuorcla, Antriebsstation Sessellift und Doppelskilift Vorabgletscher, Bergrestaurant, Nebenbetriebe, Anlagen für Gondelbahn), innerhalb dieser Umgrenzung befinde.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.
Das Kantonsgericht beantragt, die Berufung sei abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden könne, und hat unter Hinweis auf seine Urteilsmotive auf Gegenbemerkungen verzichtet.
F.- Mit Urteil vom heutigen Tag hat das Bundesgericht die von der Klägerin gegen das kantonsgerichtliche Urteil vom 31. Januar 2000 eingelegte staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen, soweit es auf diese eingetreten ist (5P. 9/2001).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Klägerin behauptet, sie sei mit Urkunde vom 15. Mai 1528 Eigentümerin der Alp St. Martin und damit auch des kulturunfähigen Bodens geworden, auf dem die Bauten der Bergbahnen Crap Sogn Gion AG stünden, und habe in Widerlegung der Vermutung von <ref-law> Privateigentum erworben.
Weil sie geltend macht, <ref-law> sei verletzt, ist die Berufung grundsätzlich gegeben (<ref-ruling> E. 2 S. 294; zuletzt 123 II 454 E. 3b S. 457). Auf Grund der klägerischen Behauptung, zu ihrer Alp St. Martin gehöre auch das Gebiet im Norden bis zur Kantonsgrenze, ist auch von einer Zivilrechtsstreitigkeit, bzw. einer Zivilsache auszugehen (Poudret/Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. II, Bern 1990, N 2.1.2 f. und 2.3.12 vor dem 2. Titel und N 1.3.1, 1.6.1 und 1.6.2 zu Art. 43 OG).
Angesichts des jährlichen Baurechtszinses, auf den die Klägerin Anspruch hat, falls das strittige Gebiet zu ihrer Alp St. Martin gehört, ist der erforderliche Streitwert offensichtlich erreicht (Art. 46 i.V.m. Art. 36 Abs. 5 OG; <ref-ruling> E. 1 S. 293 f.). Auf die Berufung kann somit eingetreten werden, auch wenn über den Wert des strittigen Gebiets nichts feststeht.
2.- Soweit die Klägerin geltend macht, das Bundesgericht könne die Urkunde vom 15. Mai 1528 frei auslegen und es sei bezüglich der Kognition zwischen Sachverhalts- und Rechtsfrage zu unterscheiden, verkennt sie, dass Ersteres unzutreffend und Letzteres nicht nötig ist, weil nicht nur Sachverhaltsfeststellungen, sondern auch die Auslegung der Urkunde selbst im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren unter dem Gesichtswinkel der Willkür zu prüfen sind (E. 2b des Urteils zur staatsrechtlichen Beschwerde). Zwar wiederholt die Klägerin in der Berufungsschrift schon in der Beschwerdeschrift Ausgeführtes und rügt, das Gutachten von Prof. Schott hätte umfassend und frei berücksichtigt werden müssen. Jedoch verkennt sie, dass entsprechende und Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügende Rügen im Beschwerdeverfahren hätten erhoben werden müssen (E. 3 des Urteils zur staatsrechtlichen Beschwerde).
Daher kann insoweit auf die Berufung nicht eingetreten werden.
Wohl macht die Klägerin unter dem Titel Rechtsfrage geltend, die Grenzen seien in der Urkunde vom 15. Mai 1528 klar umschrieben worden und anhand urkundlich nachgewiesener Vergleichsfälle müsse die Grenze entlang der Wasserscheide und den Bergspitzen gezogen werden, von denen man nach Glarus hinunter sehe. Soweit die Klägerin dabei aber Rügen mit gleichen Begründungen wie im Beschwerdeverfahren vorbringt, auch bezüglich der Bedeutung der Pertinenzformel gleich argumentiert und dieselben Vergleichsfälle analysiert wie im Beschwerdeverfahren, ist auf die Berufung nicht einzutreten (E. 4, 5b und 5c des Urteils zur staatsrechtlichen Beschwerde).
3.- Die Klägerin äussert sich in der Berufungsschrift ausführlich und kritisch zu den Thesen von Prof. Liver zum Verständnis des Eigentums in der fraglichen Zeit und legt dar, dass sie nicht herrschender Lehre entsprechen. Wohl vermag das Verständnis eines auf kulturfähiges Land beschränkten (Nutzungs-)Eigentums nicht in jeder Hinsicht zu überzeugen (dazu E. 5e des Urteils zur staatsrechtlichen Beschwerde).
Jedoch betreffen die entsprechenden Erörterungen nicht die Anwendung von Bundesrecht (Art. 43 OG) mit der Folge, dass auf die Berufung auch insoweit nicht eingetreten werden kann (E. 2 des Urteils zur staatsrechtlichen Beschwerde).
4.- Über den Inhalt der Beschwerdeschrift hinaus führt die Klägerin in der Berufungsschrift zwei publizierte Karten von 1888 und 1963 an, mit denen sie belegen will, dass der vorliegende Fall gleich wie der Streit bezüglich der Grenze im Gebiet des Gletschers Plaine-Morte zwischen den Kantonen Bern und Wallis zu erledigen sei, wo das Stillschweigen im Grenzbereinigungsverfahren den Ausschlag gab (<ref-ruling>, insbes. E. 6 f. S. 522 ff.). Auf der älteren, vom Schweizerischen Alpenklub publizierten Karte sei das umstrittene Gebiet als Gletscher von Sagogn bezeichnet, der damals noch grösser war als heute; nach der jüngeren, von Gemeindevertretern der Beklagten unterzeichnete Karte beginne die Nordgrenze der Alp St. Martin im Osten bei der Bergspitze mit der Höhe 2'740 m, führe entlang dem Berggrat weiter zum Crap Ner (2'718 m), entlang dem Gletscherfirn zum Glarner Vorab (3'018 m), von dort (fast südwärts) entlang dem Berggrat zum Bündner Vorab (3'028 m) und schliesslich weiter (wiederum ostwärts) zum Vorab Pign (2'897 m).
Abgesehen davon, dass die Karten im angefochtenen Entscheid nicht erwähnt sind und somit als neu und unzulässig zu gelten haben (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 3c S. 223; <ref-ruling> E. 2a S. 486), hätten auch diese Rügen im Beschwerdeverfahren erhoben werden müssen. Weil auch in diesem Verfahren neue Vorbringen ausgeschlossen sind (s. E. 4a des Urteils zur staatsrechtlichen Beschwerde), hätte die Klägerin im Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht zuerst belegen müssen, dass die beiden Karten in das kantonale Verfahren eingebracht worden waren und dass sie entsprechende Einwendungen auch im kantonalen Berufungsverfahren erhoben hatte; ihre Argumente müssen materiell bereits dem Kantonsgericht unterbreitet worden sein, damit sie auch im Beschwerdeverfahren erhoben werden können (P. Galli, Die rechtsgenügliche Begründung einer staatsrechtlichen Beschwerde, SJZ 81/1985, S. 127 Ziff. 2.2 Abs. 2 f.; M. Forster, Woran staatsrechtliche Beschwerden scheitern, SJZ 89/1993, S. 78 bei Fn 13). Denn im Beschwerdeverfahren trägt das Bundesgericht die Fakten nicht von sich aus zusammen (<ref-ruling> E. 2 S. 96; <ref-ruling> E. 3 S. 593). Wären die soeben genannten Voraussetzungen erfüllt gewesen, hätte die Klägerin im zutreffenden Verfahren rügen sollen, die Karten (namentlich die zweite) seien verfassungswidrig übergangen worden (willkürliche Beweiswürdigung; Gehörsanspruch: Verletzung der Pflicht, Rügen zu prüfen).
5.- Das Kantonsgericht hat darin, dass die Beklagte in zahlreichen Baubewilligungsverfahren für Bauten der Bergbahnen Crap Sogn Gion AG ihren Eigentumsanspruch nicht geltend gemacht hat, keinen Verstoss gegen Treu und Glauben erblickt.
Es stellt fest, aus den edierten Akten zu diesen Baubewilligungsverfahren gehe hervor, dass sich die zuständige Behörde der Beklagten ausschliesslich mit Baurecht befasst habe. Man sei sich nicht bewusst gewesen, dass das kulturunfähige Land und das Gletschergebiet im Eigentum der Beklagten stehen könnte. Dafür, dass diese ihren Anspruch gekannt und wissentlich nicht geltend gemacht habe, bestünden keine Anhaltspunkte.
Der Streit sei erst mit der Grundbuchvermessung ausgebrochen und unterscheide sich somit wesentlich von dem mit <ref-ruling> (= Praxis 84/1995 Nr. 161 S. 506 ff.) entschiedenen.
Weil vorher über das fragliche Gebiet nicht gestritten worden sei, habe die Beklagte keine gegen sie verwendbare Vertrauensgrundlage geschaffen.
Die Klägerin rügt, die Beklagte habe sich treuwidrig, bzw. rechtsmissbräuchlich verhalten. Denn ihre Baubewilligungsbehörde habe den Bergbahnen Crap Sogn Gion AG seit 1966 mehr als zehn Baubewilligungen erteilt. Damit sei sie implizit auch davon ausgegangen, dass die Klägerin Eigentümerin des Gebiets sei, auf dem die Bauten der Bergbahngesellschaft stünden. Dies folge auch daraus, dass die Baubehörde im Rahmen des Bewilligungsverfahrens die Eigentumsverhältnisse hätte abklären müssen; sie habe von diesen sicherlich Kenntnis gehabt. Indem sie nach diesen nie gefragt habe, müsse angenommen werden, dass man davon ausgegangen sei, die Klägerin sei Eigentümerin des für die Bauten in Anspruch genommenen Bodens. Durch ihre Passivität und durch ihr konkludentes Verhalten habe die Baubewilligungsbehörde der Beklagten eine Vertrauensposition geschaffen, von der nicht mehr abgewichen werden könne; wäre die Baubewilligungsbehörde der Auffassung gewesen, das strittige Alpgebiet gehöre der Beklagten, hätte sie sich sicher anders verhalten. Das treuwidrige Verhalten ergebe sich auch aus den beiden Karten von 1888 und 1963, in denen die Klägerin als Eigentümerin des umstrittenen Gebiets eingetragen sei; die zweite Karte sei im Rahmen des Verfahrens zur Erstellung eines alpwirtschaftlichen Produktionskatasters auch von einem Vertreter der Beklagten unterzeichnet worden.
Diese Rügen scheitern aus verschiedenen Gründen schon an Art. 55 Abs. 1 lit. c OG, wonach unter Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Urteil zu begründen ist, inwiefern dieses gegen Bundesrecht verstösst (<ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 748 f. je mit Hinw.):
a) Wohl macht die Klägerin geltend, die Baubewilligungsbehörde sei verpflichtet gewesen, das Eigentum am Baugrund abzuklären. Dabei übersieht sie aber, dass die Crap Sogn Gion AG als Bauberechtigte und damit Eigentümerin der Bahnbauten ein Baugesuch stellen kann (s. <ref-law>; Peter R. Isler, Basler Kommentar, ZGB Bd. II, N 1, 5, und 9 ff. zu <ref-law>) und somit gar nicht ersichtlich ist, weshalb die Baubehörde prüfen musste, wer Eigentümerin des Baugrundes ist. Darüber streiten sich denn auch die Parteien des vorliegenden Verfahrens und die Klägerin begründet nicht, weshalb das Eigentum am Baugrund eine Rolle im Baubewilligungsverfahren spielen muss. Sie behauptet nicht, sie selber habe die Baugesuche gestellt.
b) Zwar behauptet die Klägerin im Ergebnis, die Baubewilligungsbehörde habe sich so verhalten, dass sie darauf vertrauen durfte, sie werde von ihr als Eigentümerin auch des strittigen Teils der Alp St. Martin betrachtet, und die Beklagte sei in diesem Verfahren in Missachtung von <ref-law> von der Position ihrer Baubehörde abgewichen. Jedoch geht sie mit keinem Wort auf die verbindlichen Feststellungen (Art. 63 Abs. 2 OG) im angefochtenen Urteil ein, wonach der Baubewilligungsbehörde nicht bewusst gewesen sei, dass die Eigentumsfrage Anlass zu Streit geben könnte, und die Behörde somit keine Vertrauensgrundlage geschaffen habe (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Auch steht nicht fest, dass die Beklagte von einer früher eingenommenen Rechtsposition abgewichen ist.
Entsprechende Feststellungen wären aber nötig (<ref-ruling> E. 3d S. 63; <ref-ruling> E. 2 S. 178), damit von einem widersprüchlichen und <ref-law> verletzenden Verhalten ausgegangen werden kann (z. B. zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil, i.S. K. E. 4a [5C. 260/2000]; <ref-ruling> E. 4e S. 231 f; <ref-ruling> E. 4b S. 578; <ref-ruling> E. 3a). Auch darf das Bundesgericht nicht von sich aus dafür sorgen, dass auf Grund eines ergänzten oder berichtigten Sachverhalts geurteilt werden kann (Art. 55 Abs. 1 lit. d und Art. 64 Abs. 1 OG; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 5c/aa S. 357; <ref-ruling> E. 2a).
Was die Klägerin im vorliegenden Zusammenhang aus den beiden Karten von 1888 und 1963 herleiten will, steht ebenfalls in keinem Bezug zum angefochtenen Urteil (vgl. dazu E. 4 hiervor). Schliesslich befasst sich die Klägerin auch nicht mit der (zutreffenden) Begründung des Kantonsgerichts, wonach im mit <ref-ruling> beurteilten Fall die im Zuge der Grundbuchvermessung festgelegte Grenzlinie von den streitenden Kantonen akzeptiert worden war, was der Kanton Wallis mit staatsrechtlicher Klage gegen den Kanton Bern nicht mehr in Frage stellen konnte. Mit der Schilderung von <ref-ruling> aus ihrer Sicht übergeht die Klägerin völlig, dass hier der Streit im Rahmen der Grundbuchvermessung ausbrach.
6.- Kann auf die in den vorstehenden Erwägungen behandelten Rügen nicht eingetreten werden und hat die Klägerin keine berufungsfähigen erhoben (dazu E. 2a zur staatsrechtlichen Beschwerde), so kann auf die Berufung insgesamt nicht eingetreten werden. Die unterliegende Klägerin wird gebührenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG) und schuldet der Beklagten eine Parteientschädigung (Art. 159 Abs. 2 OG). Halbsatz 2 dieser Bestimmung und Art. 156 Abs. 2 OG sind hier nicht anwendbar, weil beide Parteien nicht in hoheitlicher Funktion tätig geworden sind und bloss ihre Vermögensinteressen auf dem Spiel stehen (<ref-ruling> E. 8 S. 103; <ref-ruling> E. 3 S. 230; <ref-ruling> E. 6 S. 240 e contrario).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die Berufung wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden (Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 30. August 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: