Sachverhalt:
A. Die 1952 geborene R._ war als Verkäuferin der Metzgerei L._ bei der Branchen Versicherung Schweiz (vormals: Metzger Versicherungen; nachfolgend: Unfallversicherung) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 10. Mai 2003 erlitt sie als Beifahrerin eines Autos einen Auffahrunfall. Die Unfallversicherung erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 25. März 2008 und Einspracheentscheid vom 3. Juni 2008 per Ende Oktober 2007 ein, da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Ereignis verursacht worden seien.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 31. Mai 2010 ab.
C. Mit Beschwerde lässt R._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung einer Rente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von mindestens 50 % beantragen.
Die Branchen Versicherung Schweiz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend.
3. 3.1 Streitig ist zunächst, ob unfallbedingte organisch objektivierbare Befunde vorliegen. Die Beschwerdeführerin macht geltend, bei ihr sei von objektivierbaren Unfallfolgen auszugehen.
3.2 Im Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 12. Oktober 2007 wurde mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit ein zervikozephaler Symptomenkomplex rechts bei Status nach HWS-Distorsionstrauma infolge Heckauffahrunfall am 10. Mai 2003 und eine in Rückbildung begriffene retraktile Capsulitis Schulter rechts diagnostiziert. Bildgebend konnte eine Osteochondrose C5/6 mit Spondylarthrose und eine segmentale Geflügellockerung sowie eine leichte Segmentkyphosierung nachgewiesen werden.
Bei diesen Befunden müssen organisch objektivierbare Unfallfolgen verneint werden (zu deren Nachweis vgl. Urteil 8C_216/2009 vom 28. Oktober 2009 E. 2 mit Hinweis, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2010 UV Nr. 6 S. 25). Ein zervikozephaler Symptomenkomplex stellt keine entsprechende Unfallfolge dar. Soweit bildgebende Befunde ausgewiesen sind, handelt es sich - wie die Vorinstanz richtig festgestellt hat - um unfallfremde degenerative Veränderungen.
3.3 Die MEDAS-Gutachter bescheinigten eine dauernde Verschlimmerung des degenerativen Vorzustandes. Diese Angaben können allerdings nicht zu einer unmittelbaren Bejahung des Kausalzusammenhangs führen, denn es entspricht einer medizinischen Erfahrungstatsache im Bereich des Unfallversicherungsrechts, dass die traumatische Verschlimmerung eines klinisch stummen degenerativen Vorzustandes an der Wirbelsäule in der Regel nach sechs bis neun Monaten, spätestens aber nach einem Jahr als abgeschlossen zu betrachten ist. Eine allfällige richtunggebende Verschlimmerung eines solchen Vorzustandes müsste röntgenologisch ausgewiesen sein und sich von der altersüblichen Progression abheben (vgl. SVR 2009 UV Nr. 1 S. 1, 8C_677/2007 2.3.2 mit Hinweisen).
Die MEDAS-Gutachter konnten eine Verschlimmerung des degenerativen Vorzustandes nicht bildgebend belegen. Es darf daher nicht ohne Prüfung der Adäquanz von einer Unfallkausalität der Befunde ausgegangen werden.
3.4 Weitere organisch objektivierbare Unfallfolgen bestätigen die Gutachter nicht. Weder der festgestellte myofasziale Reizzustand (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, Urteil U 339/06 E. 4.1) noch das diagnostizierte Spannungskopfweh stellen einen solchen Befund dar. Soweit die MEDAS-Gutachter einen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 10. Mai 2003 und den anhaltend geklagten Beschwerden bejahten, hat somit zur rechtlichen Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers für die geklagten Beschwerden eine separate Prüfung der Adäquanz gemäss den Vorgaben von <ref-ruling> zu erfolgen (E. 2 hievor).
4. Einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug werden regelmässig einem mittelschweren, im Grenzbereich zu den leichten liegenden Unfall zugeordnet (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06 E. 5.2). Nachdem das Fahrzeug der Beschwerdeführerin am 10. Mai 2003 verkehrsbedingt hatte anhalten müssen, fuhr das nachfolgende Auto auf das Fahrzeug der Beschwerdeführerin auf. Dabei lag gemäss Unfallanalyse der Zürich Versicherungs-Gesellschaft vom 30. August 2004 die kollisionsbedingte Geschwindigkeitsänderung (Delta-v) zwischen 11 und 14.8 km/h. Unter Berücksichtigung dieser Umstände erweist sich die Qualifikation durch die Vorinstanz als mittelschwerer Unfall, an der Grenze zu den leichten liegend, als rechtens. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen, der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen seien erfüllt. Unbestrittenermassen lägen diese Kriterien aber nicht in ausgeprägter Form vor. Selbst wenn man diese Kriterien somit bejahte, genügte dies nicht, den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 10. Mai 2003 und den ab November 2007 noch geklagten Beschwerden zu bejahen. Die Beschwerde ist demzufolge abzuweisen.
5. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Januar 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner