Sachverhalt:
A. Mit Beschluss des Amtsgerichts Offenburg vom 30. Dezember 2004 wurde über die Z._ GmbH mit Sitz in D-B._ (nachfolgend Z._) mit Wirkung ab 1. Januar 2005 das Insolvenzverfahren eröffnet.
Mit Klage vom 7. Juli 2008 machte der Insolvenzverwalter beim Kantonsgericht Glarus gegen die X._ AG eine Gewährleistungsforderung aus Bürgschaft geltend.
Gestützt auf ein entsprechendes Gesuch des Insolvenzverwalters anerkannte der Glarner Kantonsgerichtspräsident mit Entscheid vom 2. Februar 2009 das deutsche Konkursdekret für das Gebiet der Schweiz.
In der Folge wurde der vor dem Kantonsgericht hängige Zivilprozess eingestellt. Die Anerkennung des deutschen Konkursdekrets wurde publiziert, verbunden mit einem Schuldenruf und Fristansetzung zur Forderungseingabe für die privilegierten Gläubiger im Partikularkonkurs.
B. Mit Eingabe vom 18. Mai 2009 machte die X._ AG beim Konkursamt A._ geltend, dass unabhängig vom Bestand der vor dem Kantonsgericht eingeklagten Forderung keine in der Schweiz gelegenen Vermögenswerte der Z._ vorhanden seien und überdies eine allfällige Forderung der Z._ längst durch Verrechnung getilgt wäre; der Partikularkonkurs sei deshalb mangels Aktiven einzustellen.
Das Konkursamt teilte am 29. Mai 2009 mit, der Partikularkonkurs könne nicht eingestellt werden und im Übrigen würden allfällige Verrechnungsforderungen der guten Ordnung halber bestritten.
Am 25. Juni 2009 ersuchte die X._ AG um Einsicht in den mittlerweile aufgelegten Kollokationsplan. Das Konkursamt wies das Gesuch ab mit der Begründung, Kurrentgläubiger seien im Partikularkonkurs nicht zur Kollokation zugelassen.
C. Am 6. Juli 2009 erhob die X._ AG beim Departement Sicherheit und Justiz des Kantons Glarus als kantonaler Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen (nachfolgend Aufsichtsbehörde) Beschwerde mit den Begehren, das Konkursamt A._ sei anzuweisen, erstens die behauptete Forderung aus Bürgschaft von EUR 437'500.-- bzw. Fr. 725'375.-- aus dem Inventar zu streichen, zweitens die am 18. Mai 2009 zur Verrechnung gebrachte Forderung im Kollokationsplan aufzunehmen und ihr drittens vollumfängliche Einsicht in den Kollokationsplan und das Inventar zu gewähren.
Mit Entscheid vom 14. Januar 2010 trat die Aufsichtsbehörde auf die ersten beiden Begehren nicht ein und wies das Einsichtsbegehren ab.
D. Gegen diesen Entscheid hat die X._ AG am 29. Januar 2010 Beschwerde erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung, um Streichung der behaupteten Forderung aus Bürgschaft aus dem Inventar, um Aufnahme der zur Verrechnung gebrachten Forderung im Kollokationsplan sowie um Gewährung der Einsicht in den Kollokationsplan und das Inventar im Partikularkonkurs der Z._. Mit Präsidialverfügung vom 17. Februar 2010 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. In der Sache wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (<ref-law>). Der Kanton Glarus hat das Departement Sicherheit und Justiz als einzige kantonale Aufsichtsbehörde bezeichnet. Aus dem Blickwinkel von <ref-law> ist dies möglich (statt vieler Levante, Kurzkommentar SchKG, N. 11 zu <ref-law>). Hingegen kommen als Vorinstanzen des Bundesgerichtes nur noch obere kantonale Gerichte in Frage (<ref-law>), wobei die Übergangsbestimmungen den Kantonen zur Neuordnung eine Frist bis zum Inkrafttreten der schweizerischen ZPO einräumen (<ref-law>). Das Departement Sicherheit und Justiz darf mithin übergangsrechtlich noch als kantonale Aufsichtsbehörde amten und hat im Übrigen als letzte kantonale Instanz im Sinn von <ref-law> entschieden (vgl. BBl 2001 S. 4311; Urteil 5A_623/2008, E. 1.3). Die Beschwerde erweist sich somit als zulässig.
2. Wird ein ausländisches Konkursdekret gestützt auf <ref-law> für das Gebiet der Schweiz anerkannt, so zieht dies für das in der Schweiz gelegene Vermögen des Gemeinschuldners die konkursrechtlichen Folgen des schweizerischen Rechts nach sich, soweit nicht IPRG-Bestimmungen etwas anderes vorsehen (<ref-law>), was namentlich für die Kollokation der Fall ist (vgl. <ref-law>). Das in der Schweiz durchgeführte Verfahren wird als "Partikularkonkurs", "Hilfskonkurs", "Anschlusskonkurs", "Minikonkurs", "Parallelkonkurs", "Sekundärkonkurs" oder "IPRG-Konkurs" bezeichnet (vgl. BERTI, Basler Kommentar, N. 8 zu <ref-law>). Seine Wirkungen bestehen darin, dass das Konkursamt das in der Schweiz gelegene Vermögen des ausländischen Schuldners verwertet und nach Vorabbefriedigung der in der Schweiz gemäss <ref-law> kollozierbaren bzw. kollozierten Gläubiger den verbleibenden Erlös bei Anerkennung des ausländischen Kollokationsplanes der ausländischen Konkursverwaltung abliefert (<ref-law>) oder bei Nichtanerkennung an die schweizerischen Kurrentgläubiger verteilt (<ref-law>).
3. Als Sachverhaltsbasis lässt sich dem angefochtenen Entscheid (zumindest indirekt) entnehmen, dass das Konkursamt als einzigen in der Schweiz gelegenen Vermögenswert die Gegenstand des sistierten Prozesses vor dem Kantonsgericht Glarus bildende Forderung aus Bürgschaft über EUR 437'500.-- bzw. Fr. 725'375.-- inventarisiert hat, während keine Gläubiger kolloziert worden sind, insbesondere auch nicht die Beschwerdeführerin mit ihrer zur Verrechnung erklärten Gegenforderung, die nach ihrer Darstellung aus Dienstleistungen an die Z._ herrührt und rund EUR 4,5 Mio. beträgt.
4. Strittig ist zunächst die Aufnahme der Forderung aus Bürgschaft im Inventar.
4.1 Die Aufsichtsbehörde hat der Beschwerdeführerin unter Verweis auf LUSTENBERGER, Basler Kommentar, N. 33 f. zu <ref-law>, die Beschwerdelegitimation abgesprochen mit der Begründung, als potentielle Schuldnerin sei sie mit Bezug auf das Inventar als Dritte anzusehen; sie könne sich im Forderungsprozess umfassend zur Wehr setzen.
4.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Forderung sei per se am Sitz der Gemeinschuldnerin in Deutschland gelegen und könne in der Schweiz nicht inventarisiert werden, zumal <ref-law> lediglich eine Zuständigkeitsnorm darstelle, welche an der materiell-rechtlichen Belegenheit nichts ändere. Das Konkursamt hätte deshalb die Belegenheit der Forderung prüfen und zum Schluss kommen müssen, dass sie nicht in der Schweiz inventarisiert werden könne.
4.3 Die Ansicht der Beschwerdeführerin ist insoweit zutreffend, als bei einem normalen inländischen Konkurs zufolge des für die Inventarisierung geltenden Universalitätsprinzips auch die im Ausland liegenden Vermögenswerte zu inventarisieren sind (Art. 27 Abs. 1 KOV; LUSTENBERGER, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>; SCHOBER, Kurzkommentar SchKG, N. 12 zu <ref-law>), womit sich die Frage der Belegenheit gar nicht erst stellt, während im Partikularkonkurs nur Vermögen inventarisiert werden darf, das in der Schweiz gelegen ist (<ref-law>), was einen betreffenden Entscheid des Konkursamtes über die Belegenheit impliziert. Die Inventarisierung im Partikularkonkurs kann deshalb auch der bloss mittelbar betroffene Dritte mit Beschwerde anfechten (STAEHELIN, Die Anerkennung ausländischer Konkurse und Nachlassverträge in der Schweiz, Diss. Basel 1989, S. 142 f.).
Die Beschwerdeführerin geht jedoch insoweit fehl, als sie meint, <ref-law> komme vorliegend nicht zum Tragen. Gemäss dieser Norm gelten Forderungen des Gemeinschuldners als dort gelegen, wo der Schuldner des Gemeinschuldners seinen Wohnsitz hat; vorliegend ist dies die Beschwerdeführerin mit Sitz in A._. Bei einer Forderung beruht die Belegenheit letztlich auf einer Fiktion; hier regelt der Gesetzgeber die Belegenheit normativ und der Verwalter des schweizerischen Partikularkonkurses hat diesbezüglich keinen Spielraum (vgl. STAEHELIN, a.a.O., S. 125; STAEHELIN, Die internationale Zuständigkeit der Schweiz im Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, AJP 1995, S. 279; BERTI, Basler Kommentar, N. 7 zu <ref-law>).
4.4 Die gegen die Beschwerdeführerin mit Sitz in der Schweiz gerichtete Forderung ist nach dem Gesagten zu Recht im Partikularkonkurs inventarisiert worden.
5. Strittig ist weiter die Aufnahme der Verrechnungsforderung im Kollokationsplan.
5.1 Die Aufsichtsbehörde ist auf das Begehren der Beschwerdeführerin, ihre Verrechnungsforderung im Kollokationsplan aufzunehmen, ebenfalls nicht eingetreten mit der Begründung, sie müsse Kollokationsklage erheben, wenn sie vom Konkursamt mit ihrer Forderung nicht zugelassen worden sei.
5.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie verfüge zwar nicht über eine privilegierte Forderung im Sinn von <ref-law>, aber sie habe gestützt auf <ref-law> gegenüber dem Konkursamt die Verrechnung mit ihrer Gegenforderung erklärt. Eine Verrechnungsforderung sei aber im Kollokationsplan selbst dann aufzunehmen, wenn das Konkursamt die Verrechnung nicht akzeptieren wolle. Das Konkursamt habe deshalb mit der Verweigerung der Kollokation <ref-law> i.V.m. <ref-law> verletzt.
5.3 Diesen Ausführungen kann nicht gefolgt werden. <ref-law> bestimmt in abschliessender Weise, welche Forderungen im Partikularkonkurs kolloziert und damit aus der Partikularmasse vorabbefriedigt werden können, nämlich einerseits die pfandversicherten gemäss <ref-law> (lit. a) und andererseits die privilegierten von Gläubigern mit Wohnsitz in der Schweiz (lit. b). Mit den privilegierten Forderungen sind diejenigen der Erst- und Zweitklassgläubiger im Sinn von <ref-law> gemeint (BBl 1983 S. 454). An der abschliessenden Aufzählung der im Partikularkonkurs kollozierbaren Forderungen ändert eine mögliche Verrechnungslage mit anderen Forderungen nichts.
Eine andere Frage ist, ob Gegenforderungen, welche die Voraussetzungen für eine Kollokation im Partikularkonkurs nicht erfüllen, unabhängig von der fehlenden Kollokationsmöglichkeit - im Rahmen von <ref-law>, denn gemäss <ref-law> werden mit der Anerkennung des ausländischen Konkursdekrets die konkurstypischen Folgen auf die Schweiz erstreckt (vgl. KREN KOSTKIEWICZ, Anerkennung ausländischer Konkursdekrete und Durchführung eines Sekundärkonkurses in der Schweiz, BlSchK 1993, S. 16, insb. Fn. 107, ferner BERTI, Basler Kommentar, insb. N. 9 zu <ref-law>) - zur Verrechnung gebracht werden können (bejahend STAEHELIN, a.a.O., S. 135 f.; sibyllinisch WALDER, Konkursrechtliche Bestimmungen des IPR-Gesetzes, in Festschrift 100 Jahre SchKG, S. 339; ders., Die international konkursrechtlichen Bestimmungen des Entwurfes des Bundesgesetzes über das internationale Privatrecht und die Auswirkungen auf die konkursrechtliche Praxis der Schweiz, Liechtensteinische Juristen-Zeitung 1986, S. 58). Dabei handelt es sich aber so oder anders um eine materiellrechtliche Frage, die nicht im Beschwerdeverfahren geklärt werden kann, sondern im materiellen Forderungsprozess über die inventarisierte Forderung vom hierfür zuständigen Gericht geklärt werden muss. Selbstverständlich wird bereits das Konkursamt - Abtretungsgläubiger gemäss <ref-law> sind nicht vorhanden - entsprechende Überlegungen anstellen müssen, wenn es mit der Frage befasst sein wird, ob es den vor Kantonsgericht hängigen Forderungsprozess wieder aufnehmen will; indes handelt es sich auch hierbei um Überlegungen im Zusammenhang mit der materiellen Rechtsverfolgung, die nicht im Beschwerdeverfahren thematisiert werden können.
5.4 Nach dem Gesagten ist die Beschwerdeführerin mit ihrer Verrechnungsforderung zu Recht nicht in den Kollokationsplan aufgenommen worden.
6. Die Beschwerdeführerin verlangt gestützt auf <ref-law> Einsicht in das Inventar und den Kollokationsplan.
6.1 Die Aufsichtsbehörde hat befunden, in ihrer Eigenschaft als Schuldnerin sei die Beschwerdeführerin durch die Inventarisierung nicht betroffen, zumal es im Partikularkonkurs weder eine Gläubigerversammlung noch einen Gläubigerausschuss gebe. Was den Kollokationsplan anbelange, habe die Beschwerdeführerin keine Kollokation des über die Verrechnungssumme hinausgehenden Betrages verlangt; ohnehin könnte ihre Verrechnungsforderung gar nicht kolloziert werden, weshalb sie keine Gläubigerstellung habe und ihr deshalb auch keine Einsichtsrechte als Gläubigerin zustünden.
6.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihre Verrechnungsforderung werde faktisch wert- und nutzlos, wenn sie keine Möglichkeit habe zu überprüfen, ob diese kolloziert sei.
6.3 Gemäss <ref-law> kann jede Person, die ein Interesse glaubhaft macht, die Protokolle und Register der Betreibungs- und Konkursämter einsehen und sich Auszüge daraus geben lassen. Zur Einsicht berechtigt ist, wer ein schützenswertes, besonderes und gegenwärtiges Interesse daran hat (<ref-ruling> E. 2 S. 83). Ein solches Interesse ist nicht nur dem Schuldner, sondern durchwegs auch den Konkursgläubigern zuzugestehen (<ref-ruling> E. 1 S. 7).
Die Auffassung der Beschwerdeführerin, der "Wert" bzw. "Nutzen" ihrer Forderung stehe oder falle mit der Kollokation, geht nach dem in E. 5.3 Gesagten an der Sache vorbei. Sodann kommt ihr einerseits mangels Kollozierbarkeit der Verrechnungsforderung keine Stellung als Konkursgläubigerin zu und wird sie andererseits durch die Inventarisierung nicht zu einer Verfahrensbeteiligten im Partikularkonkurs, zumal die blosse Tatsache der Inventarisierung nicht über die Massezugehörigkeit des betreffenden Vermögensgegenstandes entscheidet (LUSTENBERGER, a.a.O., N. 24 zu <ref-law>; VOUILLOZ, Commentaire Romand, N. 14 zu <ref-law>). Nach stehender Praxis genügt jedoch die Tatsache, dass zwischen der Beschwerdeführerin und der Gemeinschuldnerin ein Prozess hängig ist, zur Begründung eines damit zusammenhängenden Einsichtsinteresses (<ref-ruling> E. 1 S. 39 m.w.H.). Entgegenstehende Geheimhaltungsinteressen werden von keiner Seite behauptet.
6.4 Nach dem Gesagten ist der Beschwerdeführerin Einsicht in das Inventar und den Kollokationsplan im Partikularkonkurs der Z._ zu geben.
7. Angesichts des Umstandes, dass die Beschwerdeführerin Einsicht in Tatsachen erhält, die aufgrund der Feststellungen im angefochtenen Entscheid bereits evident sind, tritt der Wert des Einsichtsrechts gegenüber den beiden anderen Begehren um Streichung aus dem Inventar und Kollozierung mit der Gegenforderung derart stark in den Hintergrund, dass sich keine Kostenausscheidung rechtfertigt; vielmehr sind die gesamten Gerichtskosten der in den Hauptpunkten unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In dahingehender Gutheissung der Beschwerde ist der X._ AG Einsicht in das Inventar und den Kollokationsplan im Partikularkonkurs der Z._ GmbH zu gewähren. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Betreibungs- und Konkursamt A._ sowie dem Departement Sicherheit und Justiz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli