Faits:
A. Dans le cadre d'une instruction pénale conduite par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne (ci-après: le Ministère public) concernant un important trafic de cocaïne, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (ci-après: le Tmc) a autorisé la surveillance d'un raccordement téléphonique utilisé par un inconnu dénommé X._. Cette surveillance aurait révélé que l'amie intime de celui-ci participait activement à ce trafic de stupéfiants. Le Ministère public a donc requis l'autorisation de surveiller un raccordement téléphonique utilisé par cette inconnue dénommée Y._. Par requête du 23 mars 2012, il a en outre demandé au Tmc l'autorisation d'exploiter contre cette dernière les éléments provenant de la découverte fortuite issue de la surveillance du raccordement utilisé par le dénommé X._. Il fondait cette requête sur l'art. 278 al. 3 du code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0).
Par ordonnance du 29 mars 2012, le Tmc a dit que "l'exploitation des données issues de la surveillance ordonnée sur «X._» pour incriminer «Y._» n'est pas soumise à l'autorisation du Tribunal des mesures de contrainte". Relevant que les prénommés appartenaient au même réseau de trafiquants, le Tmc a considéré que les données issues de cette surveillance n'étaient pas à proprement parler une découverte fortuite dont l'exploitation serait soumise à autorisation conformément à l'<ref-law>.
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, le Ministère public central du canton de Vaud demande au Tribunal fédéral d'autoriser formellement l'exploitation des preuves fortuites recueillies à l'encontre de la dénommée Y._ dans le cadre de la surveillance autorisée à l'endroit de l'ami de celle-ci, subsidiairement d'ordonner au Tmc de statuer formellement sur la requête déposée par le Ministère public le 23 mars 2012. Le Tmc a renoncé à se déterminer sur le recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 43; <ref-ruling> consid. 1 p. 331 et les arrêts cités).
1.1 La contestation portant sur une mesure de surveillance en matière pénale, le recours au Tribunal fédéral est régi par les <ref-law>. Conformément à l'art. 81 al. 1 let. b ch. 3 LTF, l'accusateur public a en principe la qualité pour recourir (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 344 s., 22 consid. 1 p. 23; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 40 s.). Bien que ce soit le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne qui ait pris part à la procédure devant l'instance précédente, le Ministère public central du canton de Vaud peut former un recours (cf. ATF <ref-ruling> consid. 1.3 p. 38 s.; arrêt 1B_195/2011 du 28 juin 2011, consid. 1.1).
1.2 Seules les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance et par le Tribunal pénal fédéral peuvent faire l'objet d'un recours en matière pénale au Tribunal fédéral (<ref-law>). Sur le plan cantonal, un tribunal supérieur doit en principe statuer sur recours, sauf dans les cas où le CPP prévoit un tribunal des mesures de contrainte ou un autre tribunal comme instance cantonale unique (<ref-law>). Les décisions du Tmc ne peuvent faire l'objet d'un recours au sens du CPP que dans les cas prévus par ledit code (art. 393 al. 1 let. c CPP; voir également art. 20 al. 1 let. c CPP). En matière de surveillance de la correspondance par poste et télécommunication, les décisions d'autorisation ou de refus d'autorisation émanant du Tmc ne sont pas susceptibles de recours (cf. <ref-law>). Un recours ne pourra être interjeté qu'ultérieurement par les personnes surveillées, lorsque celles-ci auront été informées de la surveillance dont elles ont fait l'objet (<ref-law>). En l'occurrence, la décision du Tmc n'est donc pas susceptible d'un recours, de sorte que l'exception légale à l'exigence d'une double instance est réalisée (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 343). Le recours est dès lors recevable au regard de l'<ref-law>.
1.3 La décision attaquée constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure. Dès lors qu'elle n'entre pas dans le champ d'application de l'<ref-law>, elle ne peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Cette dernière hypothèse n'entre pas en considération en l'espèce (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 292). Quant à l'<ref-law>, il suppose, en matière pénale, que la partie recourante soit exposée à un dommage de nature juridique, qui ne puisse pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision qui lui serait favorable (<ref-ruling> consid. 4 p. 95; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 86 s.; <ref-ruling> consid. 4 p. 338; 139 consid. 4 p. 141). Ces exigences valent également lorsque le recours est formé par le ministère public (cf. arrêt 1B_240/2011 du 28 juin 2011 consid. 1.3 et les arrêts cités).
En l'espèce, le Ministère public recourant soutient que la décision litigieuse est susceptible d'entraîner un préjudice irréparable pour la procédure en cours, dans la mesure où elle n'autorise pas expressément l'utilisation d'une preuve à l'encontre de la dénommée Y._, qui apparaît impliquée dans un trafic de stupéfiants. La preuve serait inexploitable faute d'autorisation expresse, de sorte que le procureur ne pourrait pas ouvrir d'instruction contre la prénommée ni ordonner d'autres mesures de contrainte sur cette base. Il lui serait également impossible d'ordonner l'arrestation simultanée de X._ et Y._ pour éviter la collusion entre eux et favoriser l'établissement de leur activité délictueuse. Dans ces conditions, il apparaît effectivement que la décision litigieuse est susceptible d'entraver le bon déroulement de l'instruction et de compromettre définitivement la recherche de la vérité. On peut dès lors admettre que cette décision est de nature à causer un préjudice irréparable au sens de la jurisprudence susmentionnée. Il y a donc lieu d'entrer en matière sur le recours.
2. Le recourant se plaint d'une violation de l'<ref-law>, réglant les découvertes fortuites au cours d'une surveillance. Le refus du Tmc d'autoriser formellement l'exploitation d'une preuve découverte fortuitement contre la dénommée Y._, dans le cadre d'une surveillance ordonnée contre un tiers, serait contraire à la disposition précitée.
2.1 Aux termes de l'<ref-law>, si, lors d'une surveillance, d'autres infractions que celles qui ont fait l'objet de l'ordre de surveillance sont découvertes, les informations recueillies peuvent être utilisées à l'encontre du prévenu lorsqu'une surveillance aurait pu être ordonnée aux fins de la poursuite de ces actes. Selon l'alinéa 2 de cette disposition, les informations concernant une infraction dont l'auteur soupçonné ne figure pas dans l'ordre de surveillance peuvent être utilisées lorsque les conditions requises pour une surveillance de cette personne sont remplies. Enfin, l'alinéa 3 précise que, dans les cas visés aux alinéas précédents, le ministère public ordonne immédiatement la surveillance et engage la procédure d'autorisation. Cette procédure d'autorisation est réglée par l'<ref-law>, qui impose au ministère public de transmettre au Tmc, dans les 24 heures à compter du moment où la surveillance a été ordonnée, certains documents déterminants pour l'autorisation de la surveillance (al. 1), l'autorité précitée étant tenue de statuer dans les cinq jours à compter du moment où la surveillance a été ordonnée (al. 2). Le sort des informations recueillies lors d'une surveillance non autorisée est réglé à l'<ref-law>, qui prévoit que les documents et enregistrements collectés doivent être immédiatement détruits (al. 1) et que les informations ainsi récoltées ne peuvent être exploitées (al. 2).
2.2 Le Tmc a considéré que les données recueillies par le Ministère public ne constituaient pas à proprement parler une découverte fortuite dont l'exploitation devrait être soumise à autorisation au sens de l'<ref-law>. Il fonde cette appréciation sur le fait que les dénommés X._ et Y._ appartiennent au même réseau de trafiquants et il précise qu'une autorisation aurait été nécessaire si les écoutes litigieuses avaient permis d'incriminer X._ pour une infraction d'une autre nature.
Ce raisonnement ne saurait être suivi. En effet, si une autorisation est nécessaire pour utiliser des données relatives à d'autres infractions commises par le dénommé X._, qui fait l'objet de la surveillance déjà autorisée, il en va a fortiori de même s'il s'agit d'exploiter des données concernant une autre personne, qui n'était pas visée par l'autorisation délivrée. Sans cela, on voit mal comment le Ministère public pourrait se fonder sur les informations recueillies dans le cadre de la surveillance de X._ afin d'interpeller la dénommée Y._ ou pour entreprendre d'autres mesures à son endroit. L'<ref-law> est au demeurant clair sur ce point, puisqu'il prévoit que les informations concernant une infraction dont l'auteur soupçonné ne figure pas dans l'ordre de surveillance - ce qui est le cas de la dénommée Y._ - ne peuvent être utilisées que lorsque les conditions requises pour une surveillance de cette personne sont remplies. Il convient donc de déterminer si ces conditions sont réalisées, dans le cadre de la procédure d'autorisation régie par l'<ref-law>. L'art. 278 al. 3 exige en effet clairement que cette procédure d'autorisation soit engagée. Il appartient dès lors au Tmc de statuer sur ce point, l'absence d'autorisation empêchant l'exploitation des informations recueillies (<ref-law>).
2.3 Dans ces conditions, le Tmc ne pouvait pas se dispenser de statuer sur la demande d'autorisation d'exploiter les éléments concernant la dénommée Y._, auteur soupçonnée ne figurant pas dans l'ordre de surveillance du dénommé X._. L'ordonnance attaquée viole donc l'art. 278 al. 2 et 3 CPP en relation avec l'<ref-law>. Pour se conformer à ces dispositions, le Tmc devra entrer en matière sur la requête du Ministère public, en l'admettant ou en la rejetant s'il estime que les conditions de l'<ref-law> ne sont pas réunies. Il statuera dans les cinq jours à compter de la notification du présent arrêt (cf. <ref-law>).
3. Il s'ensuit que le recours doit être admis et l'ordonnance attaquée annulée. La cause est renvoyée au Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud pour qu'il statue, dans les cinq jours à compter de la notification du présent arrêt, sur la demande présentée le 23 mars 2012 par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne. Il n'y a pas lieu de percevoir de frais pour la présente procédure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'ordonnance attaquée est annulée.
2. La cause est renvoyée au Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud pour qu'il statue, dans les cinq jours à compter de la notification du présent arrêt, sur la demande présentée le 23 mars 2012 par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué au Ministère public central et au Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud.
Lausanne, le 2 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Rittener