Ermächtigung zur Strafverfolgung, hat sich ergeben:
A.-R._ erlitt am 26. August 1997 bei einem Sturz vom Heuboden eine Rückenverletzung (LWK 1-Kompressionsfraktur).
In der Folge wurde er vom 22. Oktober 1997 bis zum 12. November 1997 und erneut vom 28. Januar 1998 bis zum 11. März 1998 in der Rehabilitationsklinik Bellikon therapiert.
Am 5. Mai 1998 wurde er vom SUVA-Kreisarzt Dr. med.
H._ zur Prüfung der Arbeitsfähigkeit und des weiteren Vorgehens untersucht. Der Arzt gelangte dabei zum Ergebnis, dass für den Patienten eine 50%-ige Arbeitstätigkeit zumutbar sei, allerdings nur für Tätigkeiten mit Wechselbelastung und ohne das Tragen von Gewichten über maximal 10 bis 15 Kilogramm. Die Abschlussuntersuchung vom 24. September 1998 führte zum Schluss, dass für den Patienten Tätigkeiten mit Schlägen und Vibrationen auf die Wirbelsäule nicht mehr zumutbar seien; das Tragen von Lasten sei auf maximal 15 Kilogramm anzusetzen; sitzende Tätigkeiten mit guter Sitzposition seien zumutbar unter Einhaltung der Möglichkeit einer Wechselbelastung; andere Einschränkungen seien mit der Fraktur nicht gegeben. Gestützt auf diese Arztberichte sprach die SUVA R._ mit Verfügung vom 23. Juni 1999 aufgrund einer Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit von 15 % eine Invalidenrente von Fr. 455.-- pro Monat und eine Integritätsentschädigung von Fr. 9'720.-- zu. Demgegenüber erhielt er von der Invalidenversicherung aufgrund eines Gutachtens der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) Zentralschweiz vom 2. September 1999, wonach eine berufliche Wiedereingliederung des Versicherten nicht mehr möglich sei, eine volle Invalidenrente.
B.- Am 13. Januar 2000 erhob R._ beim Amtsstatthalteramt Luzern Strafanzeige gegen Dr. H._ wegen Urkundenfälschung im Amt im Sinne von Art. 317 StGB bzw. Abgabe eines falschen Zeugnisses im Sinne von Art. 318 StGB.
Zur Begründung berief er sich im Wesentlichen auf die Austrittsberichte der Rehabilitationsklinik Bellikon und das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle Zentralschweiz, die zu anderen Schlussfolgerungen gelangt seien als der Beschuldigte; daraus ergebe sich, dass dieser ein krass einseitiges, ja skandalöses Gutachten abgegeben habe. Am 6. Juli 2000 verfügte das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement, die Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen Dr. H._ werde nicht erteilt.
C.- Gegen diese Verfügung hat R._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, sie sei aufzuheben und die Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen Dr. H._ sei zu erteilen.
Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement und Dr. H._ beantragen in ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Gemäss Art. 15 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten (Verantwortlichkeitsgesetz, VG; SR 170. 32) bedarf die Strafverfolgung von Beamten wegen strafbarer Handlungen, die sich auf ihre amtliche Tätigkeit oder Stellung beziehen, ausgenommen wegen Widerhandlungen im Strassenverkehr, einer Ermächtigung des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements. Auf die strafrechtliche Verantwortlichkeit eines Organs oder eines Angestellten einer mit öffentlichrechtlichen Aufgaben des Bundes betrauten und ausserhalb der Bundesverwaltung stehenden Organisation finden die Artikel 13 ff. VG entsprechend Anwendung (Art. 19 Abs. 1 und 2 VG). Der Beschwerdegegner kann als Kreisarzt der SUVA Zentralschweiz demnach nicht ohne Ermächtigung des Departements wegen Verletzung von Art. 317 bzw. 318 StGB strafrechtlich verfolgt werden. Gegen die Verweigerung der Ermächtigung ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (Art. 15 Abs. 5 VG in Verbindung mit Art. 100 lit. f OG). Die Beschwerde steht dem Verletzten, der die Bestrafung des Beamten verlangt, zu (Art. 15 Abs. 5bis VG). Im vorliegenden Fall ist der Beschwerdeführer als Verletzter zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG; <ref-ruling> E. 2c S. 351 f.).
2.- Gemäss Art. 15 Abs. 3 VG darf die Ermächtigung zur Strafverfolgung eines Beamten nur in leichten Fällen und sofern die Tat nach allen Umständen durch eine disziplinarische Massnahme des Fehlbaren als genügend geahndet erscheint, verweigert werden. Die Befugnis, in leichten Fällen die Ermächtigung zu verweigern, schliesst in sich, die Strafverfolgung eines Beamten auch dann nicht zuzulassen, wenn überhaupt keine strafbare Handlung vorliegt (<ref-ruling> E. 2 S. 85 ff.). Das Erfordernis der Ermächtigung zur Strafverfolgung soll in erster Linie den Beamten vor unbegründeten, insbesondere mutwilligen Strafanzeigen schützen und dadurch den reibungslosen Gang der Verwaltung gegen trölerische Störungen und Behinderungen sicherstellen (<ref-ruling> E. 2c S. 352; <ref-ruling> E. 1a S. 175 f., mit Hinweisen).
Im Verfahren, in dem über die Ermächtigung entschieden wird, muss nicht schon vollständig abgeklärt werden, ob ein Straftatbestand und die gesetzlichen Voraussetzungen zur Strafverfolgung erfüllt sind oder nicht. Das gilt umso mehr, als in diesem Stadium der Untersuchung oft nicht zuverlässig gesagt werden kann, welche Handlungen der Beschuldigte begangen und welche Straftatbestände er allenfalls erfüllt hat (<ref-ruling> E. 1a S. 78). Diese Fragen sind, falls die Ermächtigung erteilt wird, im nachfolgenden Strafverfahren näher zu untersuchen. Das Ermächtigungsverfahren dient lediglich der Vorprüfung.
Die Ermächtigung ist demnach zu verweigern, wenn sich bei dieser Vorprüfung herausstellt, dass ein Straftatbestand offensichtlich nicht vorliegt und sich der Vorwurf als haltlos erweist oder klar widerlegen lässt (<ref-ruling> E. 2 S. 85, mit Hinweisen). Anderseits muss die Ermächtigung, leichte Fälle im Sinne von Art. 15 Abs. 3 VG vorbehalten, erteilt werden, wenn sich Anhaltspunkte ergeben, dass die in Frage stehenden Handlungen einen Straftatbestand erfüllen und die gesetzlichen Voraussetzungen der Strafverfolgung gegeben sein könnten. Nicht Voraussetzung für die Ermächtigung ist, dass der objektive und subjektive Tatbestand mit Sicherheit nachgewiesen wird (<ref-ruling> E. 3d S. 62, mit Hinweis).
3.- Das Departement hat in der angefochtenen Verfügung dargelegt, dass bei beamteten Ärzten der Straftatbestand von Art. 317 StGB (Urkundenfälschung im Amt) demjenigen von Art. 318 StGB (falsches ärztliches Zeugnis) vorgeht. Es hat ferner ausgeführt, dass eine allfällige fahrlässige Urkundenfälschung im Amt verjährt wäre. Dagegen wird in der Beschwerde zu Recht nichts vorgebracht. Zu prüfen bleibt daher einzig, ob die Ermächtigung zur strafrechtlichen Verfolgung des Beschwerdegegners wegen vorsätzlicher Urkundenfälschung im Amt im Sinne von Art. 317 StGB verweigert werden durfte, was nach dem Gesagten namentlich dann der Fall ist, wenn dieser Straftatbestand offensichtlich nicht erfüllt ist bzw. wenn sich der erhobene Vorwurf als haltlos erweist.
4.- Der Beschwerdeführer begründete seine Strafanzeige im Wesentlichen damit, dass die vom Beschwerdegegner zuhanden der SUVA erstatteten Gutachten von den Austrittsberichten der Rehabilitationsklinik Bellikon und von der Beurteilung der Medizinischen Abklärungsstelle Zentralschweiz abwichen; er leitete daraus ab, der Beschwerdegegner habe wider besseres Wissen ein offensichtlich falsches ärztliches Zeugnis ausgestellt, um seinem Arbeitgeber, der SUVA, Kosten zu ersparen.
Dass die Berichte der Rehabilitationsklinik Bellikon und der Medizinischen Abklärungsstelle hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers zu einem anderen Schluss gelangt sind als der Beschwerdegegner, beweist indessen noch nicht, dass dessen Gutachten unrichtig waren, geschweige denn, dass dieser vorsätzlich falsche Gutachten abgegeben hat. Diese Berichte haben gegenüber denjenigen des Beschwerdegegners keine erhöhte Beweiskraft. Blosse Zweifel an der Richtigkeit eines ärztlichen Gutachtens vermögen aber die Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen den betreffenden Arzt regelmässig nicht zu rechtfertigen (vgl. <ref-ruling>). Unterschiedliche Auffassungen der begutachtenden Ärzte sind gerade in sozialversicherungsrechtlichen Verfahren an der Tagesordnung und sind für sich allein nicht geeignet, den Vorwurf eines strafbaren Verhaltens zu begründen. Das gilt namentlich, wenn das rein medizinische Erscheinungsbild durch psychische bzw. psychosoziale Komponenten überlagert ist, wie das hier der Fall zu sein scheint. Gerade in diesem Bereich muss berücksichtigt werden, dass das Institut der Ermächtigung zur Strafverfolgung bezweckt, den Beamten vor unbegründeten, insbesondere mutwilligen Strafanzeigen zu schützen und dadurch den reibungslosen Gang der Verwaltung gegen trölerische Störungen und Behinderungen sicherzustellen. Müsste der SUVA-Arzt jedes Mal mit einer Strafverfolgung rechnen, wenn ein anderer Arzt zu einer anderen Schlussfolgerung kommt, könnte er sein Amt gar nicht unbefangen ausüben und würde sich niemand dafür zur Verfügung stellen. Auch wäre den Versicherten mit der Drohung von Strafanzeigen ein Mittel in die Hand gegeben, den Versicherungsfall zu ihren Gunsten zu beeinflussen. Das Funktionieren der SUVA, die ja auch in der Lage sein muss, unbegründete Begehren abzuweisen, würde damit ernstlich beeinträchtigt.
Im Übrigen ist zu beachten, dass jedenfalls die Medizinische Abklärungsstelle nicht die gleiche Frage zu beurteilen hatte wie der Beschuldigte. Sie hatte den Beschwerdeführer im Hinblick auf die Zusprechung einer IV-Rente zu begutachten. Dabei kommt es auf die Ursachen der Arbeitsunfähigkeit nicht an. Dagegen hat die SUVA nur für die Folgen eines Unfalles einzustehen. Nach der Auffassung des von der Abklärungsstelle beigezogenen Psychiaters kann der Beschwerdeführer aufgrund seiner pathologischen Persönlichkeitsstruktur (infantile Persönlichkeit mit dissozialem Verhalten) beruflich nicht mehr eingegliedert werden. Dass diese psychischen Symptome durch den Unfall hervorgerufen wurden, sagt der Gutachter nicht. In der Zusammenfassung des Gutachtens der Abklärungsstelle wird erklärt, Persönlichkeitsveränderungen, die schon vor dem Trauma bestanden hätten, seien offensichtlich durch die Unfallfolgen in einer Weise akzentuiert worden, dass gemäss psychiatrischer Beurteilung eine berufliche Wiedereingliederung nicht mehr möglich sein werde. Was das im Hinblick auf die Zusprechung einer SUVA-Rente heissen würde, ist keineswegs klar, zumal die Frage, in welchem Umfang eine auch psychisch bedingte Arbeitsunfähigkeit als adäquate Unfallfolge zu gelten hat, für welche die SUVA einstehen muss, ausserordentlich schwierig zu beantworten ist (vgl. dazu grundlegend <ref-ruling>). Auch die Beurteilung des beigezogenen Rheumatologen ist diesbezüglich nicht eindeutig, führt er doch aus, gesamthaft gesehen sei "aufgrund der einmaligen Untersuchung, körperlichen und geistigen Voraussetzungen" kaum eine Tätigkeit zu mehr als 35 % möglich, wobei eine Steigerung der Arbeitsfähigkeit nach massiver Gewichtsreduktion und allenfalls geeigneter psychischer Führung denkbar wäre. Es steht denn auch keineswegs fest, dass die Verweigerung weitergehender SUVA-Leistungen zu Unrecht erfolgte. Welches der Grad der Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers ist und in welchem Mass die SUVA dafür einzustehen hat, wird im sozialversicherungsgerichtlichen Verfahren zu beurteilen sein, das der Beschwerdeführer inzwischen offenbar eingeleitet hat und in dem ergänzende ärztliche Abklärungen vorgenommen werden können, soweit dies erforderlich ist. Dem Ausgang dieses Verfahrens haben die Strafbehörden nicht vorzugreifen, soweit nicht ganz besondere Umstände gegeben sind, was allein aufgrund von unter sich abweichenden Gutachten nicht der Fall ist.
Ein Indiz für ein strafbares Verhalten kann auch darin nicht erblickt werden, dass der Beschwerdegegner mit den Schlussfolgerung des Austrittsberichts der Rehabilitationslinik Bellikon vom 30. März 1998 nicht einverstanden war und dies in einem Aktenvermerk festhielt, noch bevor er den Beschwerdeführer gesehen hatte. Es gehörte zu seinem Auftrag, diesen Bericht kritisch zu überprüfen; wenn er aufgrund der Akten zu einem anderen Schluss kam und dies in einer internen Notiz festhielt, bedeutet dies noch nicht, dass das Ergebnis der nachfolgenden Untersuchung bereits feststand und dass das Gutachten nur die vorgefasste Meinung bestätigen sollte. Im Übrigen besteht nicht der geringste Grund für die Annahme, dass diese Untersuchung nur fünf Minuten gedauert haben soll, wie der Beschwerdeführer behauptet.
Schliesslich kann der Beschwerdeführer auch daraus nichts ableiten, dass die Ermächtigung zur strafrechtlichen Verfolgung des Beschwerdegegners in einem anderen, in der Beschwerde nicht näher umschriebenen Fall erteilt wurde; es folgt daraus nicht, dass er sich auch im vorliegenden Fall strafbar gemacht haben könnte.
5.- Die vom Beschwerdeführer erhobenen Vorwürfe erweisen sich somit als haltlos, weshalb die Ermächtigung zur Strafverfolgung ohne Verletzung von Bundesrecht verweigert werden durfte. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher abzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG).
Ausserdem hat er dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.-Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.-Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 2. Februar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: