Sachverhalt:
A. Der 1957 geborene B._ arbeitete als Geschäftsleiter bei seiner eigenen Firma, der Firma I._ AG und war bei den Elvia Versicherungen (heute Allianz Suisse Versicherungsgesellschaft, nachfolgend: Allianz) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 17. Mai 2001 rutschte er auf einer Aussentreppe aus und fiel auf eine Treppenkante, wobei er sich eine Knie- und eine Lendenwirbelsäulen (LWS)-Distorsion zuzog. Der Versicherte war bereits im Oktober 1998 einer lumbalen Spondylodese unterzogen worden; nach dem Unfall erfolgte am 6. Mai 2003 eine Re-Spondylodese. Mit Datum vom 23. Juli 2004 verfügte die Unfallversicherung gestützt auf ein Gutachten des Dr. med. K._, Spezialarzt für Chirurgie FMH, vom 14. Juni 2004 die Einstellung ihrer Leistungen, da das Ereignis vom 17. Mai 2001 keine Ursache der weiterhin bestehenden Beschwerden sei. Sie kam im daraufhin angehobenen Einspracheverfahren auf diesen Entscheid zurück, nachdem ein weiteres Gutachten des Zentrums X._, vom 12. September 2006 zum Schluss gelangte, das Unfallereignis vom 17. Mai 2001 habe zu einer richtungweisenden Verschlimmerung der vorbestehenden unfallfremden Gesundheitsschäden geführt. Die Allianz erbrachte in der Folge weiterhin Versicherungsleistungen in Form von Taggeld und Heilbehandlung.
Am 7. Juli 2009 erstattete Dr. med. J._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie, ein von der Invalidenversicherung in Auftrag gegebenes Gutachten. Er erachtete die Spondylodese als breit durchgebaut mit intakten, festen Implantaten. Für die vom Versicherten angegebenen Instabilitätsbeschwerden fand er kein anatomisches Korrelat. Eine richtungsweisende unfallbedingte Änderung des Beschwerdebildes vermöge er nicht festzustellen. Gestützt darauf stellte die Allianz ihre Versicherungsleistungen mit Verfügung vom 9. Oktober 2009 rückwirkend auf den 12. Mai 2009 ein und forderte zu viel bezahlte Taggeldleistungen für die Zeit vom 12. Mai bis 30. Juni 2009 im Betrage von Fr. 11 ́704.- zurück. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 13. Januar 2010 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des B._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Dezember 2011 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt B._ die Ausrichtung der gesetzlichen Versicherungsleistungen über den 12. Mai 2009 hinaus beantragen.
Die Allianz lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung über den 12. Mai 2009 hinaus, und namentlich die Frage, ob die geklagten Beschwerden (noch) in einem rechtserheblichen Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis vom 17. Mai 2001 stehen.
Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Grundlagen über den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) richtig dargelegt. Gleiches gilt in Bezug auf den im Sozialversicherungsrecht bei der Beantwortung von Tatfragen üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie den Beweiswert und die Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Sowohl das Verwaltungsverfahren wie auch der kantonale Sozialversicherungsprozess sind vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG). Danach haben Verwaltung und Sozialversicherungsgericht den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen. Diese Untersuchungspflicht dauert so lange, bis über die für die Beurteilung des streitigen Anspruchs erforderlichen Tatsachen hinreichende Klarheit besteht (SVR 2010 AlV Nr. 2 S. 3, 8C_269/2009 E. 2.2 mit Hinweisen).
3.2 Der rechtserhebliche Sachverhalt ist von Amtes wegen unter Mitwirkung der Versicherten resp. der Parteien zu ermitteln. In diesem Sinne rechtserheblich sind alle Tatsachen, von deren Vorliegen es abhängt, ob über den streitigen Anspruch so oder anders zu entscheiden ist (Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl. 1983, S. 43 und 273; Urteil 9C_214/2009 vom 11. Mai 2009 E. 3.2). Die Beweise sind ohne Bindung an förmliche Beweisregeln umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Die kantonalen Versicherungsgerichte haben somit alle Beweismittel, unabhängig davon, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Anspruchs gestatten. Insbesondere dürfen sie bei einander widersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, weshalb sie auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellen (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 352; Urteile 9C_1061/2009 vom 11. März 2010 E. 4.2 und 9C_744/2009 vom 15. Dezember 2009 E. 4.2). Dabei kommt einem ärztlichen Bericht Beweiswert zu, wenn er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt und in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, wenn die Beschreibung der medizinischen Situation und Zusammenhänge einleuchtet und die Schlussfolgerungen des Arztes begründet sind (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 352; Urteil 8C_592/2012 vom 23. November 2012 E. 5.2 mit Hinweisen).
4. Das kantonale Gericht hat ausschlaggebend auf das Gutachten des Dr. med. J._ vom 7. Juli 2009 abgestellt und diesem hohen Beweiswert zuerkannt. Demnach war im Jahre 2006 gemäss dem damals erstellten Gutachten des Zentrums X._ der medizinische Endzustand noch nicht erreicht, da noch keine knöcherne Durchbauung des Segmentes L5/S1 stattgefunden hatte und damit eine Pseudo-Arthrose-Situation anhielt. Demgegenüber habe Dr. med. J._ anhand der Röntgenbilder und eines Computertomogramms festgestellt, dass mittlerweile ein knöcherner Durchbau und damit eine Einheilung des betroffenen Segments erfolgt sei. Es liege damit keine Instabilität mehr vor, weshalb aufgrund der Anamnese, den fehlenden radikulären Ausfällen und den fehlenden radiologisch objektivierbaren Befunden die weiterhin angegebenen Beschwerden nicht mehr dem Unfall zugeordnet werden könnten.
5. Indessen kann der Vorinstanz, soweit sie bei der Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts in Bestätigung des Einspracheentscheides vom 13. Januar 2010 ausschlaggebend auf die Expertise des Dr. med. J._ abgestellt hat, nicht gefolgt werden.
5.1 Die Allianz ist für die Behandlung, insbesondere auch für die Re-Spondylodese vom 6. Mai 2003, als Folge des Unfalls vom 17. Mai 2001 aufgekommen. Diese Anerkennung der Leistungspflicht durch den Unfallversicherer ist in rechtlicher Hinsicht von Belang. Ist die Unfallkausalität einmal mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit nachgewiesen, entfällt die deswegen anerkannte Leistungspflicht des Unfallversicherers erst, wenn der Unfall nicht die natürliche und adäquate Ursache des Gesundheitsschadens darstellt, wenn also Letzterer nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht. Dies trifft dann zu, wenn entweder der (krankhafte) Gesundheitszustand, wie er unmittelbar vor dem Unfall bestanden hat (Status quo ante) oder aber derjenige Zustand, wie er sich nach dem schicksalsmässigen Verlauf eines krankhaften Vorzustandes auch ohne Unfall früher oder später eingestellt hätte (Status quo sine), erreicht ist. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalls genügt nicht. Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die entsprechende Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht bei der versicherten Person, sondern beim Unfallversicherer (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45 E. 2, 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b; Urteil 8C_210/2007 vom 15. Mai 2008 E. 4.2 mit Hinweisen). Diese Rechtsprechung gilt nur für den Fall, dass ungeklärt bleibt, ob dem Unfall (noch) eine kausale Bedeutung für den andauernden Gesundheitsschaden zukommt. Bevor sich aber die Frage der Beweislast stellt, ist der Sachverhalt im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes richtig und vollständig zu klären (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9, 8C_354/2007 E. 2.2 mit Hinweisen).
5.1 Die Allianz ist für die Behandlung, insbesondere auch für die Re-Spondylodese vom 6. Mai 2003, als Folge des Unfalls vom 17. Mai 2001 aufgekommen. Diese Anerkennung der Leistungspflicht durch den Unfallversicherer ist in rechtlicher Hinsicht von Belang. Ist die Unfallkausalität einmal mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit nachgewiesen, entfällt die deswegen anerkannte Leistungspflicht des Unfallversicherers erst, wenn der Unfall nicht die natürliche und adäquate Ursache des Gesundheitsschadens darstellt, wenn also Letzterer nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht. Dies trifft dann zu, wenn entweder der (krankhafte) Gesundheitszustand, wie er unmittelbar vor dem Unfall bestanden hat (Status quo ante) oder aber derjenige Zustand, wie er sich nach dem schicksalsmässigen Verlauf eines krankhaften Vorzustandes auch ohne Unfall früher oder später eingestellt hätte (Status quo sine), erreicht ist. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalls genügt nicht. Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die entsprechende Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht bei der versicherten Person, sondern beim Unfallversicherer (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45 E. 2, 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b; Urteil 8C_210/2007 vom 15. Mai 2008 E. 4.2 mit Hinweisen). Diese Rechtsprechung gilt nur für den Fall, dass ungeklärt bleibt, ob dem Unfall (noch) eine kausale Bedeutung für den andauernden Gesundheitsschaden zukommt. Bevor sich aber die Frage der Beweislast stellt, ist der Sachverhalt im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes richtig und vollständig zu klären (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9, 8C_354/2007 E. 2.2 mit Hinweisen).
5.2 5.2.1 Dr. med. J._ beantwortet die Frage nach dem Erreichen des Status quo ante vel sine in seinem Gutachten vom 7. Juli 2009 mit dem Hinweis auf unauffällige Befunde aus den bildgebenden Untersuchungen im Bereiche der Spondylodese L5/S1. Diese sei breit durchgebaut und die Implantate seien intakt und fest. Für die weiterhin angegebenen starken Beschwerden findet dieser Gutachter keinen Grund. Eine psychiatrische Erkrankung im Sinne einer psychischen Schmerzfehlverarbeitung haben schon frühere Gutachter ausgeschlossen.
5.2.2 Dem stehen die Berichte des Dr. med. Z._, Facharzt für orthopädische Chirurgie FMH, speziell Wirbelsäulenchirurgie, L._, vom 30. Juni und 2. September 2009 gegenüber. Dieser Arzt unterzog den Beschwerdeführer am 12. Juni 2009 im Rahmen einer Wirbelsäulenstudie in Zusammenarbeit mit der Nuklearmedizin des Universitätsspitals Y._ einer TK-Fluor-PET-Untersuchung. Diese ergab die Diagnosen von aktivierten Facettengelenksarthrosen L3/L4 linksbetont und L4/L5 rechtsbetont mit einer zusätzlich vermehrten Aktivierung um die Schraube L5 rechts und einer deutlichen Überlastung im Deckplattenbereich des Wirbelkörpers L5 beidseits, vor allem in den ventralen Anteilen. Zudem fand der Experte eine beginnende Wirbelkörperdurchwanderung der Schraube durch die Deckplatte L5 mit einer massiven lokalen Mehranreicherung im Deckplattenbereich und beidseitige Arthrosen im Iliosakralgelenk. Er empfiehlt einen weiteren operativen Eingriff zur Entfernung des Osteosynthesematerials, eventuell mit einer zusätzlichen Verlängerungsfusion. Aufgrund der Gesamtsituation seien die Beschwerden des Patienten plausibel und nachvollziehbar. Der Arzt erklärt dies damit, dass das Segment L5 zwar eingeheilt sei, die Problematik aber in einer Deckplattenüberlastung bestehe. Dies sei bei der Grösse des Patienten und der damit verbundenen Hebelarmwirkung, die nach der Verschraubung auf dieses Segment gewirkt habe, nicht verwunderlich. Dank des TK-Fluoro-PET könnten die Beschwerden objektiviert werden. Zusammenfassend hält dieser Arzt fest, das Sturzereignis sei für die zu weiteren Beschwerden führenden Operationen richtungsweisend gewesen. Der Status quo sine vel ante sei nicht eingetreten. Der Patient leide nachweislich an diversen aktivierten Arthrosen, die im weitern Verlauf unter anderem auch durch seine Körpergrösse, die Adipositas und einen Diabetes mellitus ungünstig beeinflusst würden. Ein Endzustand sei noch nicht eingetreten, da eine Verbesserung durch eine weitere Operation erzielt werden könne.
5.2.2 Dem stehen die Berichte des Dr. med. Z._, Facharzt für orthopädische Chirurgie FMH, speziell Wirbelsäulenchirurgie, L._, vom 30. Juni und 2. September 2009 gegenüber. Dieser Arzt unterzog den Beschwerdeführer am 12. Juni 2009 im Rahmen einer Wirbelsäulenstudie in Zusammenarbeit mit der Nuklearmedizin des Universitätsspitals Y._ einer TK-Fluor-PET-Untersuchung. Diese ergab die Diagnosen von aktivierten Facettengelenksarthrosen L3/L4 linksbetont und L4/L5 rechtsbetont mit einer zusätzlich vermehrten Aktivierung um die Schraube L5 rechts und einer deutlichen Überlastung im Deckplattenbereich des Wirbelkörpers L5 beidseits, vor allem in den ventralen Anteilen. Zudem fand der Experte eine beginnende Wirbelkörperdurchwanderung der Schraube durch die Deckplatte L5 mit einer massiven lokalen Mehranreicherung im Deckplattenbereich und beidseitige Arthrosen im Iliosakralgelenk. Er empfiehlt einen weiteren operativen Eingriff zur Entfernung des Osteosynthesematerials, eventuell mit einer zusätzlichen Verlängerungsfusion. Aufgrund der Gesamtsituation seien die Beschwerden des Patienten plausibel und nachvollziehbar. Der Arzt erklärt dies damit, dass das Segment L5 zwar eingeheilt sei, die Problematik aber in einer Deckplattenüberlastung bestehe. Dies sei bei der Grösse des Patienten und der damit verbundenen Hebelarmwirkung, die nach der Verschraubung auf dieses Segment gewirkt habe, nicht verwunderlich. Dank des TK-Fluoro-PET könnten die Beschwerden objektiviert werden. Zusammenfassend hält dieser Arzt fest, das Sturzereignis sei für die zu weiteren Beschwerden führenden Operationen richtungsweisend gewesen. Der Status quo sine vel ante sei nicht eingetreten. Der Patient leide nachweislich an diversen aktivierten Arthrosen, die im weitern Verlauf unter anderem auch durch seine Körpergrösse, die Adipositas und einen Diabetes mellitus ungünstig beeinflusst würden. Ein Endzustand sei noch nicht eingetreten, da eine Verbesserung durch eine weitere Operation erzielt werden könne.
5.3 5.3.1 Entgegen dem Wortlaut der Berichte des Dr. med. Z._ führte das kantonale Gericht aus, dieser Arzt schildere vorwiegend degenerative Befunde und vermöge diese nicht "klar mit überwiegender Wahrscheinlichkeit mit dem Unfall in Verbindung zu bringen". Zudem werden die erhobenen Befunde mit dem Argument angezweifelt, diese seien im Rahmen einer Studie über den erstmaligen Einsatz der TK-Fluoro-PET-Methode in der Wirbelsäulendiagnostik entstanden und müssten deshalb mit weiteren Studien validiert werden.
Damit liegen hinsichtlich der Diagnose und der Kausalität divergierende Arztberichte vor. Es ist damit noch ungeklärt, ob dem Unfall (noch) eine kausale Bedeutung für den andauernden Gesundheitsschaden zukommt (vgl. Erwägung 5.1). Der Umstand, dass die von Dr. med. Z._ postulierten Befunde mittels einer neuen technischen Methode gefunden wurden, genügt nicht, die von diesem Arzt nunmehr als bildgebend objektiviert bezeichneten Ergebnisse ohne wissenschaftliches Fundament einfach zu negieren. Ob die gefundenen Resultate einer wissenschaftlichen Prüfung standhalten, hätte allenfalls ein Obergutachten ergeben können. Ein solches hat die Vorinstanz jedoch nicht angeordnet. Bis anhin hat sich kein Arzt zu den Erkenntnissen in den Berichten des Dr. med. Z._ geäussert. Dieser hält selbst fest, die eingetretenen Veränderungen und die zeitlichen Verläufe liessen keinen Zweifel daran, dass die Problematik unfallkausal sei und die gefundenen degenerativen Pathologien durch das Unfallereignis richtungsweisend verschlechtert worden seien.
Im Gutachten J._ wird einzig geprüft, ob die Spondylodese L5/S1 "durchgebaut" ist. Über mögliche Ursachen der weiterhin geklagten massiven Beschwerden äussert sich dieser Arzt nicht. Ob die oberhalb des fusionierten Segments liegenden Bereiche L4/5 und L3/4 untersucht wurden, lässt sich der Expertise nicht entnehmen. Das gleiche gilt für den Deckplattenbereich des 5. Lendenwirbelkörpers. Gemäss Bericht des Dr. med. Z._ könnte aufgrund der von ihm erhobenen Befunde diese Stelle für die geltend gemachten Beschwerden (mit-)verantwortlich sein.
5.3.2 Die Vorinstanz, an welche die Sache zur ergänzenden medizinischen Sachverhaltsabklärung (vgl. <ref-ruling> E. 4.4.1.3 u. 4.4.1.4 S. 264) zurückzuweisen ist, wird den Versicherten durch einen neutralen, bisher nicht mit der Sache vorbefassten Facharzt begutachten und die entscheidenden Fragen gestützt auf die Untersuchungsergebnisse beantworten lassen. Insbesondere wird zu klären sein, ob das Sturzereignis vom 17. Mai 2001 und die dadurch notwendig gewordene Re-Spondylodese vom Mai 2003 allenfalls eine richtunggebende Aktivierung des erheblichen degenerativen Vorzustandes zumindest teilkausal mitverursacht haben oder ob - und falls ja, per wann - derjenige Zustand, wie er sich nach dem schicksalsmässigen Verlauf des krankhaften Vorzustandes auch ohne Unfall und der in dessen Folge durchgeführten Operation früher oder später eingestellt hätte (Status quo sine), mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zwischenzeitlich wieder erreicht worden ist. Zudem werden sich der Gutachter - bis zum gegebenenfalls bestimmten Zeitpunkt des Erreichens des Status quo sine - zu Verlauf und Ausmass der unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit zu äussern haben. Hernach wird das kantonale Gericht über die beschwerdeweise angefochtene Einstellung sämtlicher UVG-Leistungen per 12. Mai 2009 neu entscheiden.
6. Falls das kantonale Gericht nach den weiteren erforderlichen Abklärungen zur Erkenntnis kommen sollte, die Unfallversicherung habe ihre Leistungspflicht zu Recht auf den 12. Mai 2009 terminiert, wird sie auch über die Rückforderung von Taggeldleistungen welche nach diesem Datum bis Ende Juni 2009 entrichtet wurden, zu befinden haben.
6.1 Nach <ref-law> sind unrechtmässig bezogene Leistungen zurückzuerstatten. Die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Leistungen setzt voraus, dass die Bedingungen für eine prozessuale Revision oder eine Wiedererwägung (Art. 53 Abs. 1 und 2 ATSG) der ursprünglichen Verfügung (oder formlosen Leistungszusprechung) erfüllt sind (<ref-ruling> E. 5.2 in fine S. 320; <ref-ruling> E. 1.1).
Der Versicherungsträger kann die formlos verfügten Taggeldleistungen ohne Berufung auf einen Wiedererwägungs- oder Revisionsgrund "ex nunc et pro futuro" einstellen, etwa mit dem Argument, bei richtiger Betrachtung liege kein versichertes Ereignis vor (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 384), oder der Kausalzusammenhang zwischen Unfall und dem leistungsbegründenden Gesundheitsschaden sei dahingefallen. Eine solche Einstellung kann auch rückwirkend erfolgen; etwas anderes gilt in jenen Fällen, in denen der Versicherungsträger die zu Unrecht ausbezahlten Leistungen zurückfordert (vgl. <ref-ruling> E. 6.8 S. 65 und Urteil 8C_987/2010 vom 24. August 2011 E. 3). Eine Rückforderung bereits erbrachter Taggeld- und Heilbehandlungsleistungen ist demnach an die Voraussetzung eines Rückkommenstitels (Wiedererwägung [wegen zweifelloser Unrichtigkeit der Leistungserbringung und erheblicher Bedeutung der Berichtigung] oder prozessuale Revision [wegen vorbestandener neuer Tatsachen oder Beweismittel]) geknüpft.
6.2 Die Beschwerdegegnerin hat weder in der die Rückforderung anordnenden Verfügung noch im Einspracheentscheid vom 13. Januar 2010 näher begründet, weshalb eine solche zulässig sein soll. Auch im Entscheid des kantonalen Gerichts finden sich dazu keine Erwägungen. Ein Rückkommenstitel ist vorliegend denn auch nicht ersichtlich. Das Gutachten des Dr. med. J._, auf welches sich die Unfallversicherung beruft, wurde erst mit Datum vom 7. Juli 2009 erstellt. Weshalb es daher bereits im Zeitraum vom 13. Mai bis 30. Juni 2009, in welchem die nunmehr zurückgeforderten Taggeldleistungen erbracht wurden, "zweifellos unrichtig" war, von unfallbedingten Beschwerden auszugehen, bleibt unbeantwortet. Unbesehen des Ausgangs der weiteren Abklärungen können daher die erbrachten Taggeldleistungen nicht zurückgefordert werden.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu ergänzenden Abklärungen und neuem Entscheid mit noch offenem Ausgang gilt hinsichtlich der Kosten- und Entschädigungsfolgen als volles Obsiegen des Beschwerdeführers, weshalb die Beschwerdegegnerin als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen und dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu entrichten hat (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 und Abs. 2 BGG; <ref-ruling>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Dezember 2011 und der Einspracheentscheid der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft AG vom 13. Januar 2010 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über den Leistungsanspruch des Beschwerdeführers ab 12. Mai 2009 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Januar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer