Fatti:
A. Nel corso del 2004 l'architetto E._ ha allestito piani e preventivi per la ristrutturazione dell'immobile sul mappale xxx di X._ di proprietà dei coniugi D.C._ e B.C._. La licenza edilizia è stata rilasciata dal Municipio di X._ il 2 giugno 2005. Interrottisi i rapporti contrattuali, l'architetto ha emesso due fatture: una di fr. 68'101.30 a copertura delle prestazioni eseguite, l'altra di fr. 11'609.50 per disdetta anticipata del contratto.
E._ ha in seguito ceduto il proprio credito alla A._ Sagl.
B. Il 19 maggio 2006 la cessionaria ha avviato una causa civile davanti al Pretore di Mendrisio Nord chiedendo che B.C._ e D.C._ fossero condannati solidalmente a pagarle fr. 79'710.80. I convenuti si sono opposti all'azione eccependo l'assenza di legittimazione passiva di B.C._ e di legittimazione attiva della A._ Sagl - temi non più litigiosi davanti al Tribunale federale - e contestando la pretesa posta in causa.
Con sentenza del 6 febbraio 2009 il Pretore ha respinto le predette eccezioni e, in accoglimento parziale della petizione, ha condannato B.C._ e D.C._ a pagare solidalmente fr. 62'440.75 alla A._ Sagl. Il 29 dicembre 2010 la II Camera civile del Tribunale d'appello ticinese, alla quale si sono rivolti i convenuti, ha ridotto a fr. 3'788.30 l'importo da loro dovuto.
C. La A._ Sagl insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 1° febbraio 2011. Chiede - oltre al conferimento dell'effetto sospensivo, rifiutato con decreto presidenziale dell'8 marzo 2011 - che la sentenza cantonale sia annullata e, in via principale, che essa sia riformata e B.C._ e D.C._ siano condannati a pagarle solidalmente l'importo di fr. 62'440.75 già riconosciutole dal Pretore, in via subordinata che la causa sia ritornata all'istanza inferiore per un nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
I convenuti chiedono la reiezione del ricorso con osservazioni del 9 marzo 2011. L'autorità cantonale non si è pronunciata.

Diritto:
1. Il ricorso è presentato dalla parte parzialmente soccombente nella sede cantonale (<ref-law>), è tempestivo (<ref-law>) ed è volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata dall'autorità giudiziaria ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario con valore litigioso superiore a fr. 30'000.-- (<ref-law>). Sotto questo profilo è pertanto ammissibile.
2. La ricorrente lamenta diversi accertamenti di fatto manifestamente inesatti e apprezzamenti arbitrari delle prove nonché la violazione dell'<ref-law>.
2.1 II Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>). Nondimeno, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>), considera di regola solo le critiche proposte (<ref-ruling> consid. 1.1).
2.2 In linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - ossia arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) - il ricorrente deve motivare la censura conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law>, che pone regole analoghe a quelle che l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG istituiva per il vecchio ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 2). Ne discende che nell'atto di ricorso devono essere indicati chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati e deve essere precisato in cosa consiste la violazione (<ref-ruling> consid. 2.2). Siccome il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale nel campo dell'apprezzamento delle prove (o dell'accertamento dei fatti in genere), chi invoca l'arbitrio deve dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.1).
3. Dopo un breve richiamo del carattere misto del contratto d'architetto, la Corte cantonale, riferendosi a giurisprudenza e dottrina e condividendo l'opinione del Pretore, ha stabilito che "se, come nella specie, all'architetto viene unicamente richiesto l'allestimento di piani e progetti, devono tornare applicabili le norme sul contratto di appalto" e ha di conseguenza esaminato le pretese dell'attrice sotto il profilo degli art. 373 e 374 CO. Questa considerazione va approfondita.
3.1 Ricorrente e opponenti danno per scontate la descrizione e la qualificazione del contratto da parte della Corte d'appello. Davanti al Pretore entrambe avevano però sostenuto che l'incarico comprendeva, oltre alla progettazione, anche l'allestimento di preventivi. A ben vedere la sentenza impugnata ne dà atto nel capitolo introduttivo sui fatti, ove si legge che l'architetto aveva sottoposto ai convenuti tre "stime dei costi": la prima di fr. 1'483'500.--, una di fr. 1'172'500.-- e l'ultima di fr. 994'000.--. Questi fatti contraddicono l'accertamento riprodotto sopra, secondo cui l'incarico dell'architetto consisteva solo nell'allestimento di "piani e progetti" (a meno che per "progetti" i giudici ticinesi intendano il complesso di tutte le mansioni che l'architetto svolge in vista della costruzione di un'opera, che comprende quindi anche la stima dei costi: http://www.treccani.it/vocabolario/progetto/). Detto accertamento è perciò manifestamente inesatto e va rettificato d'ufficio (<ref-law>), perché è determinante per l'applicazione del diritto.
3.2 La Corte cantonale ha ricordato con ragione che la qualificazione del contratto di architetto, di natura mista, varia a dipendenza delle mansioni che il professionista svolge e che la sola elaborazione dei piani sottostà alle norme dell'appalto (<ref-ruling> consid. 2a e rinvii). Nel caso in esame, tuttavia, l'architetto ha allestito anche i preventivi, mansione che, secondo la giurisprudenza recente del Tribunale federale, è retta dalle regole sul mandato (<ref-ruling> consid. 6 e rinvii). Le due attività sono strettamente connesse: i costi dipendono evidentemente dai piani dell'opera e influenzano a loro volta il tipo di progettazione. Per coerenza con la prassi riguardante l'attività dell'architetto, che svolge più mansioni di natura diversa, occorre pertanto sottoporre alle regole del mandato anche il contratto dell'architetto che allestisce piani e preventivi.
Di questa qualificazione del contratto va tenuto conto nell'esame del ricorso, anche se, considerate le censure proposte, non influisce sull'esito.
4. Il tema centrale del ricorso riguarda l'applicazione della norma SIA 102, sulla quale si è fondato il perito giudiziario per valutare l'onorario dell'architetto. L'autorità cantonale l'ha negata per diversi motivi. In primo luogo essa ha constatato che non vi è la prova di una pattuizione specifica delle parti riguardante l'applicazione delle norme SIA, contestata tempestivamente dai convenuti.
4.1 Con la prima censura la ricorrente definisce arbitrario questo accertamento concernente la tempestività della contestazione. Asserisce che le fatture dell'architetto, che facevano riferimento esplicito alla norma SIA 102, sono state contestate per la prima volta in sede di risposta, quattro mesi dopo l'emissione della prima fattura. Da questo ritardo il Tribunale di appello doveva dedurre l'accettazione per atti concludenti del calcolo eseguito secondo la norma SIA 102.
Questo argomento non è fondato.
4.2 Sotto il profilo fattuale l'accertamento in questione non è affatto arbitrario. Anzi, corrisponde addirittura a quanto afferma la ricorrente: laddove ammette la tempestività il Tribunale di appello si riferisce indubbiamente al comportamento processuale dei convenuti, tant'è che precisa espressamente che la contestazione è stata proposta con la risposta del 23 giugno 2006 a pag. 7. Posto questo fatto, sapere se esso equivalga o no ad accettazione tacita del modo di fatturazione è questione di diritto retta dall'<ref-law>. A questo proposito la ricorrente invoca un passaggio di una sentenza del Tribunale cantonale grigionese del 7 giugno 1994, che parrebbe rispondere affermativamente. Tale giudizio si scontra però con la giurisprudenza del Tribunale federale, secondo la quale l'assenza di contestazione di una fattura dettagliata di un appaltatore durante alcuni mesi non vale quale accettazione tacita: al committente rimane la facoltà di contestare successivamente le basi del calcolo, anche solo nel corso di una procedura giudiziaria (<ref-ruling>). Nel caso trattato nella sentenza grigionese, inoltre, lo stesso committente aveva contestato la fattura dell'architetto facendo riferimento alla norma SIA 102 (cfr. PKG 1994, n. 13, pag. 52; si veda anche il commento critico di PETER GAUCH, in Baurecht 1996, pag. 46).
5. Con la seconda censura la ricorrente individua l'arbitrio nell'apprezzamento del referto del perito giudiziario, che a suo parere ha analizzato accuratamente la fatturazione sulla base delle proprie conoscenze tecniche. La sentenza impugnata si sarebbe scostata dalle sue valutazioni, senza motivare, sebbene esse non siano contraddittorie né vi siano agli atti prove chiare atte a indebolirne seriamente la credibilità.
5.1 II giudice non è di principio vincolato ai risultati di una perizia giudiziaria. Per non cadere nell'arbitrio può però scostarsene, motivandone le ragioni, soltanto in presenza di circostanze chiare e determinanti. Qualora un referto peritale gli sembri dubbio su dei punti essenziali deve invece raccogliere prove supplementari (<ref-ruling> consid. 1c, ripresa nella sentenza 4A_308/2009 del 17 novembre 2009 consid. 5.1). La ricorrente conosce questa giurisprudenza. Sembra però sfuggirle il filo del ragionamento che ha portato i giudici ticinesi a non recepire le valutazioni del perito.
Accertata la mancanza di un accordo delle parti sulla retribuzione dell'architetto ed esclusa l'applicabilità della norma SIA 102, essi hanno stabilito che la mercede andava determinata secondo il valore del lavoro svolto dall'appaltatore e le spese affrontate (<ref-law>). In seguito hanno costatato che l'attrice non ha fornito nessuna indicazione su questi due fattori di calcolo e non ha perciò fatto fronte al proprio obbligo di allegare e di provare. Dopo queste costatazioni la Corte cantonale ha osservato che "il perito ha tentato di sopperire a queste carenze applicando la norma SIA 102" per poi soggiungere che, non essendo adempiuti i presupposti per l'applicazione per analogia dell'<ref-law>, l'apprezzamento del giudice o del perito non può rimediare a una conduzione carente del processo. Tanto più che i convenuti hanno contestato l'applicabilità della norma SIA 102 e hanno chiesto che l'attrice fornisse gli elementi oggettivi necessari per determinare la mercede secondo l'<ref-law>.
5.2 La prima considerazione che s'impone è che, contrariamente a quanto asserisce la ricorrente, la Corte cantonale ha spiegato molto bene i motivi per i quali non ha tenuto conto delle valutazioni che il perito ha effettuato sulla base della norma SIA 102. La seconda è che essa non si è scostata dai fatti accertati peritalmente: d'un lato ha stabilito, in modo per nulla insostenibile, che il perito ha posto a fondamento delle proprie valutazioni un presupposto errato che non gli competeva, ovvero l'applicabilità della norma SIA 102 ai rapporti delle parti; dall'altro ha rilevato che l'assenza di allegazioni concernenti fatti determinanti - tempo impiegato e spese - preclude la possibilità di applicare l'<ref-law>.
Quest'ultima considerazione non è corretta perché, come detto, i rapporti delle parti rientrano nel mandato. Le conseguenze sono esaminate nel considerando che segue.
6. In forza dell'<ref-law> la mercede del mandatario deve considerare, in assenza di accordi specifici delle parti, gli usi del settore e, se non ve ne fossero, tutte le circostanze pertinenti di ogni singolo caso; essa deve comunque essere oggettivamente proporzionata ai servizi effettivamente prestati (<ref-ruling> consid. 2.2 con rinvii; in particolare sull'attività dell'architetto: sentenza 4A_496/2007 del 31 marzo 2008 consid. 3.1).
6.1 Nel caso in esame è pacifico che non sono stati stipulati accordi sulla remunerazione dell'architetto. Quanto all'uso, il Tribunale cantonale ha osservato che le normative SIA sono equiparabili a delle condizioni generali, che vincolano le parti soltanto se sono integrate nel contratto e non esprimono gli usi del ramo. La ricorrente obietta che "vista la loro ampia espansione e utilizzo, le norme SIA possono valere quale punto di riferimento e confronto per il calcolo della mercede spettante all'architetto" (cita a questo proposito una sentenza ticinese del 1986 e qualche passaggio tratto dal repertorio di CLAUDIA SCHAUMANN, Rechtsprechung zum Architektenrecht, 4a ed. 1999).
L'osservazione dei giudici cantonali concernente la portata giuridica delle norme SIA è conforme alla giurisprudenza del Tribunale federale, secondo la quale esse non codificano un uso vincolante; tutt'al più, al pari di altre formulazioni contrattuali standardizzate, possono talvolta esprimere degli usi riconosciuti, ma la circostanza va dimostrata in ogni singolo caso (<ref-ruling> consid. 2a con rinvii). La sentenza impugnata non contiene nessun accertamento di fatto in tale senso e la ricorrente, dal canto suo, si accontenta di enunciare la sua tesi di principio, senza fornire elementi concreti.
6.2 La retribuzione litigiosa deve pertanto essere determinata secondo le regole generali derivate dall'<ref-law>. Come per l'appalto, anche nell'ambito del contratto di mandato i primi fattori da considerare per determinare se l'onorario preteso sia proporzionato o no sono il tempo impiegato, dall'architetto e dai suoi dipendenti, e i costi affrontati (ANTON EGLI, Das Architektenhonorar, in Das Architektenrecht, 4a ed. 1995, a cura di GAUCH/TERCIER, n. 934 segg.; ROLF H. WEBER, Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4a ed. 2007, n. 39 ad <ref-law>).
S'è detto che la Corte cantonale ha accertato - sia pure pensando all'<ref-law> - che l'attrice non ha fatto fronte ai propri obblighi di allegare e provare, non ha cioè "fornito alcuna indicazione in merito al tempo impiegato e alle spese sostenute e ciò nonostante le precise contestazioni sollevate dai convenuti". La ricorrente non contesta direttamente questo accertamento. Sostiene solo - ma in un altro contesto - che il Tribunale di appello ha commesso arbitrio per avere ignorato diversi documenti importanti contenenti schizzi, progetti, stime di costi e disegni dell'architetto. Questa critica, espressa in modo così generico, non adempie i requisiti richiesti per la censura d'arbitrio nell'apprezzamento delle prove ed è irricevibile (cfr. consid. 2.2).
Se ne deve concludere che l'accertamento concernente il difetto di allegazione e la mancata prova di tempo e spese resiste alle critiche ricorsuali, per cui il rifiuto di riconoscere la pretesa per onorario dell'attrice non viola l'<ref-law>.
6.3 Infine la ricorrente è dell'avviso che la Corte ticinese abbia violato l'<ref-law>, perché la suddetta documentazione sarebbe più che sufficiente per permetterle di esprimersi sull'ammontare della pretesa per onorario in via d'apprezzamento. Anche quest'ultima censura è infondata.
L'alleggerimento dell'onere della prova previsto dall'<ref-law> ha carattere eccezionale, va concesso in maniera restrittiva e non può avere come risultato il rovesciamento dell'onere stesso: la norma presuppone perciò che la natura della fattispecie renda impossibile o inesigibile la prova stretta (<ref-ruling> consid. 4.4.2). Ebbene - a prescindere dalla questione di sapere in quali campi al di fuori del risarcimento del danno l'<ref-law> possa applicarsi per analogia (cfr. <ref-ruling> consid. 2b/aa) - i fattori che entrano in gioco per calcolare la retribuzione dell'architetto, in particolare tempo e spese, non sono affatto, per loro natura, impossibili da provare; la ricorrente nemmeno lo pretende.
7. Ne viene che la sentenza impugnata non procede da accertamenti arbitrari e rispetta il diritto federale: l'autorità cantonale, anche se avesse individuato la giusta natura del contratto, non avrebbe comunque potuto valutare l'adeguatezza della pretesa litigiosa, non avendole l'attrice fornito gli elementi di fatto determinanti sotto il profilo dell'<ref-law>. Il ricorso va di conseguenza respinto, nella misura in cui risulta ammissibile.
Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà agli opponenti complessivi fr. 3'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.