Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht sprach X._ mit Urteil vom 2. Dezember 2008 schuldig der Gehilfenschaft zu mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, des mehrfachen Konsums von Betäubungsmitteln, der Fälschung von Ausweisen sowie der Widerhandlung gegen das Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 4 Jahren unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 902 Tagen.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Bundesstrafgerichts sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei er vom Vorwurf der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, der Fälschung von Ausweisen sowie der mehrfachen (recte: einfachen) Widerhandlung gegen das Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer freizusprechen. Subeventualiter sei er im Sinne des angefochtenen Urteils schuldig zu sprechen und mit einer Freiheitsstrafe von 18 Monaten zu bestrafen. Zudem ersucht er um Befreiung von Kostenvorschüssen und sinngemäss um Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Streitgegenstand bildet u.a. die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Gehilfenschaft zu mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (vgl. die Anklageschrift vom 18. Juni 2008, Ziffer I.1.a).
Die Vorinstanz geht insoweit von folgendem Sachverhalt aus (angefochtenes Urteil S. 17 ff.): Dem Beschwerdeführer wird zur Last gelegt, seinem Bruder A._ behilflich gewesen zu sein, mehrere Lieferungen Kokain von Brasilien in die Schweiz in Empfang zu nehmen. Die Mitte August 2004 innerhalb von fünf Tagen beim Flughafen Zürich sichergestellten drei Drogenpakete mit insgesamt 10.7 Kilogramm Kokaingemisch respektive 7.7 Kilogramm reinem Kokain seien in Brasilien per Post aufgegeben worden, an in der Schweiz wohnhafte Personen ihres Vertrauens (u.a. an die damalige Geliebte des Beschwerdeführers) adressiert und für den Beschwerdeführer und dessen Bruder bestimmt gewesen.
Die Vorinstanz geht insoweit von folgendem Sachverhalt aus (angefochtenes Urteil S. 17 ff.): Dem Beschwerdeführer wird zur Last gelegt, seinem Bruder A._ behilflich gewesen zu sein, mehrere Lieferungen Kokain von Brasilien in die Schweiz in Empfang zu nehmen. Die Mitte August 2004 innerhalb von fünf Tagen beim Flughafen Zürich sichergestellten drei Drogenpakete mit insgesamt 10.7 Kilogramm Kokaingemisch respektive 7.7 Kilogramm reinem Kokain seien in Brasilien per Post aufgegeben worden, an in der Schweiz wohnhafte Personen ihres Vertrauens (u.a. an die damalige Geliebte des Beschwerdeführers) adressiert und für den Beschwerdeführer und dessen Bruder bestimmt gewesen.
1.1 1.1.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Aussagen von B._ seien nicht zu seinen Lasten verwertbar. Die Polizei habe ihr anhand eines Organigramms oder einer ähnlichen Aufzeichnung seine Funktion beim Drogenhandel erklärt und sie entsprechend instruiert. Dadurch sei B._ massiv beeinflusst und zu Belastungen gegenüber ihm veranlasst worden. Es sei nicht klar, um welche Skizze es sich dabei handle. Für den Fall, dass sich die besagte Zeichnung nicht in den Untersuchungsakten befände, rügt er unter Hinweis auf Art. 6 Ziff. 2 EMRK eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo", von "fair trial" (Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 29 Abs. 1 BV), von Treu und Glauben (Art. 9 BV), die Verletzung der Dokumentationspflicht (§ 33 des Bundesgesetzes vom 15. Juni 1934 über die Bundesstrafrechtspflege [BStP; SR 312.0] und Art. 6 Ziff. 3 lit. b EMRK) sowie des Rechts, Ergänzungsfragen zu stellen (Art. 29 Abs. 2 BV, Art. 32 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK). Falls die Zeugin mit der Skizze vom 3. Januar 2005 (vorinstanzliche Akten Ordner 1 pag. 2.1.22) instruiert worden sei, rügt er ebenfalls eine Verletzung des Rechts, Ergänzungsfragen zu stellen, sowie eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung (Art. 9 BV; Beschwerde S. 8 ff.).
1.1.2 Die Vorinstanz hat erwogen, in den Akten befände sich eine Skizze vom 3. Januar 2005, und der zeitliche Ablauf deute darauf hin, dass diese Skizze im Hinblick auf die Einvernahme vom 27. Januar 2005 erstellt worden sei. Ob es sich jedoch um die von der Zeugin erwähnte Aufzeichnung handle, könne nicht gesagt werden. Es sei nicht ausgeschlossen, dass die Polizei ein entsprechendes Papier angefertigt und im Rahmen der Einvernahme als Arbeitspapier verwendet habe. Jedoch seien keine Anzeichen ersichtlich, wonach die Zeugin durch die Skizze irgendwie beeinflusst und zu falschen Aussagen verleitet worden wäre (angefochtener Entscheid S. 6 f.).
1.1.3 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und substanziiert begründet worden ist. Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287 f.). Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten.
Betreffend die Beweiswürdigung ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür im Sinne von Art. 9 BV beschränkt. Eine solche liegt nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung einzig vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung auch vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f. mit Hinweisen).
Ebenfalls unter dem Gesichtspunkt der Willkür prüft das Bundesgericht, inwiefern das Sachgericht den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt hat. Diese aus der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK) abgeleitete Maxime hat das Bundesgericht wiederholt dargelegt, worauf zu verweisen ist (<ref-ruling> E. 2a S. 41 mit Hinweisen; Urteil 6P.27/2006 vom 27. November 2006 E. 1, in: sic! 6/2007 S. 462 f.; Urteil 6B_305/2009 vom 16. September 2009 E. 1.4).
1.1.4 Der Beschwerdeführer stellt, soweit er sich gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung wendet und eine Verletzung des Willkürverbots im Sinne von Art. 9 BV rügt (Beschwerde S. 16 f.), der Würdigung der Vorinstanz lediglich seine eigene Sicht der Dinge gegenüber, ohne näher zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte. Seine Ausführungen erschöpfen sich damit in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil und genügen den Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Auf die Beschwerde kann insoweit nicht eingetreten werden.
1.1.5 Soweit der Beschwerdeführer behauptet, B._ habe als Zeugin in der Einvernahme vom 29. Mai 2006 eingeräumt, "sie sei bei ihren früheren Aussagen vom (einvernehmenden) Polizisten C._ mit einer Aufzeichnung auf einem Papier darüber orientiert worden, wie alles mit den Paketen von statten gegangen sei" (Beschwerde S. 15), findet sein Vorbringen in der von ihm zitierten Einvernahme keine Stütze und erschöpft sich in diesem Sinne in einer blossen Interpretation der protokollierten Einvernahme. Aus der vom Beschwerdeführer wiedergegebenen Befragung geht einzig hervor, dass der Polizeibeamte C._ eine Zeichnung o.ä. anfertigte (vgl. vorinstanzliche Akten Ordner 12 pag. 12.9.220). Weitere Umstände bleiben unerwähnt. Insbesondere geht aus der erwähnten Passage nicht hervor, dass der Zeugin eine Skizze vorgehalten, geschweige denn, dass damit auf sie Einfluss ausgeübt wurde. Die vom Beschwerdeführer zitierte Einvernahme lässt ebenso die Möglichkeit zu, dass das erwähnte Papier gerade anhand der Zeugenaussagen angefertigt wurde. Im Übrigen vermag der Beschwerdeführer nicht aufzuzeigen, inwiefern die behauptete Beeinflussung respektive "Instruktion" der Zeugin durch die befragenden Personen aus den übrigen Einvernahmen hervorgeht. Mit diesen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander.
Aus den Untersuchungsakten ergibt sich nicht, dass B._ anlässlich der verschiedenen Einvernahmen in unzulässiger Weise beeinflusst worden wäre. Sie wurde von der Polizei, der Staatsanwaltschaft und der Bundesanwaltschaft nebst der Einvernahme vom 29. Mai 2006 weitere zwölfmal einvernommen. Eine Skizze, Zeichnung o.ä. wird in den entsprechenden Protokollen nicht erwähnt. Auch finden sich keinerlei Hinweise, dass der Zeugin ein solches Papier vorgehalten und ihre Antworten entsprechend beeinflusst und in eine bestimmte Richtung geleitet worden wären. Insbesondere ist davon auszugehen, dass ein der Zeugin vorgehaltenes Arbeitspapier, allfällige gestützt darauf von Seiten der Untersuchungsbehörde erfolgte Ausführungen und Hinweise sowie entsprechende Aussagen der befragten Person Eingang in die Protokolle gefunden hätten. Solches ist wie erwähnt nicht der Fall, weshalb die vom Beschwerdeführer behauptete Einflussnahme auf die Zeugin nicht über eine blosse theoretische Möglichkeit hinausgeht. Deshalb kann der Beschwerdeführer nicht erfolgreich ein Verwertungsverbot wegen Verletzung von Verfahrensgarantien beanspruchen. Die Vorinstanz durfte ohne Willkür folgern, dass B._ durch ein allfälliges Arbeitspapier der Polizei nicht in unzulässiger Weise beeinflusst worden ist, und sie konnte deshalb im Rahmen der Beweiswürdigung auf ihre Aussagen abstellen (angefochtenes Urteil S. 6 f.).
Aus oben genannten Gründen musste die Vorinstanz dem Beschwerdeführer auch nicht eine weitere Konfrontation mit der Zeugin ermöglichen. Gemäss Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK hat der Angeschuldigte im Strafverfahren das Recht, Fragen an die Belastungszeugen zu stellen und die Ladung und Vernehmung von Entlastungszeugen unter denselben Bedingungen zu erwirken, wie sie für Belastungszeugen gelten. Dieser Anspruch ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Mit der Garantie von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK soll ausgeschlossen werden, dass ein Strafurteil auf Aussagen von Zeugen abgestützt wird, ohne dass dem Beschuldigten wenigstens einmal angemessene und hinreichende Gelegenheit gegeben wird, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Zeugen zu stellen. Dieser Anspruch wird als Konkretisierung des rechtlichen Gehörs gemäss Art. 29 Abs. 2 BV auch durch Art. 32 Abs. 2 BV geschützt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 41; <ref-ruling> E. 2 S. 129; <ref-ruling> E. 2.2 S. 480; <ref-ruling> E. 4.2 S. 157; <ref-ruling> E. 6c/cc S. 134 f.). Diese Möglichkeit wurde dem Beschwerdeführer in angemessener Weise eingeräumt (vgl. dazu vorinstanzliche Akten Ordner 12 pag. 12.9.239 ff. sowie 12.9.261 ff.). Eine Verletzung des Anspruchs auf Konfrontation liegt deshalb nicht vor. Ebenso wenig hat die Vorinstanz den Grundsatz des fairen Verfahrens verletzt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
Aus oben genannten Gründen musste die Vorinstanz dem Beschwerdeführer auch nicht eine weitere Konfrontation mit der Zeugin ermöglichen. Gemäss Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK hat der Angeschuldigte im Strafverfahren das Recht, Fragen an die Belastungszeugen zu stellen und die Ladung und Vernehmung von Entlastungszeugen unter denselben Bedingungen zu erwirken, wie sie für Belastungszeugen gelten. Dieser Anspruch ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Mit der Garantie von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK soll ausgeschlossen werden, dass ein Strafurteil auf Aussagen von Zeugen abgestützt wird, ohne dass dem Beschuldigten wenigstens einmal angemessene und hinreichende Gelegenheit gegeben wird, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Zeugen zu stellen. Dieser Anspruch wird als Konkretisierung des rechtlichen Gehörs gemäss Art. 29 Abs. 2 BV auch durch Art. 32 Abs. 2 BV geschützt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 41; <ref-ruling> E. 2 S. 129; <ref-ruling> E. 2.2 S. 480; <ref-ruling> E. 4.2 S. 157; <ref-ruling> E. 6c/cc S. 134 f.). Diese Möglichkeit wurde dem Beschwerdeführer in angemessener Weise eingeräumt (vgl. dazu vorinstanzliche Akten Ordner 12 pag. 12.9.239 ff. sowie 12.9.261 ff.). Eine Verletzung des Anspruchs auf Konfrontation liegt deshalb nicht vor. Ebenso wenig hat die Vorinstanz den Grundsatz des fairen Verfahrens verletzt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
1.2 1.2.1 Vermieter der vom Beschwerdeführer zusammen mit seinem Bruder und D._ gemieteten Wohnung an der E._Strasse in Winterthur war F._. Der Beschwerdeführer sieht sein Konfrontationsrecht mit diesem Zeugen verletzt. Er macht geltend, die Bundesanwaltschaft stütze ihren Vorwurf, wonach er die betreffende Wohnung zur Verarbeitung des Kokains gehalten habe, auf die darin sichergestellten Kokainspuren. Diese würden keine Quantifizierung des Kokains erlauben. Die Rückstände seien daher weder Beweis noch Indiz dafür, dass in der Wohnung in grosser Menge Kokain verarbeitet und umgeschlagen worden sei. Es sei möglich, dass weitere Benutzer oder Besucher der Wohnung entsprechende Spuren hinterlassen hätten. Zu dritt hätten sie die Wohnung bis Ende November 2004 benutzt. Der Vermieter habe erklärt, diese sei in der Folge bis im Mai 2005 leer gestanden, wohingegen er ausgeführt habe, die Wohnung sei in dieser Zeit diversen Personen zur Benützung überlassen worden. Deshalb könnten die gemäss der Bundesanwaltschaft für einen umfangreichen Handel mit Kokain sprechenden und ausschlaggebenden Spuren von den nachfolgenden Bewohnern stammen. Die Behauptung des Vermieters, die Wohnung habe sechs Monate leer gestanden, sei mangels Konfrontation nicht gegen ihn verwertbar.
1.2.2 Die Vorbringen des Beschwerdeführers gehen an der Sache vorbei. Ein Handel mit Kokain wird ihm nicht zur Last gelegt, sondern einzig, Anstalten zum Besitz dreier Kokain enthaltender Pakete getroffen zu haben. In Bezug auf den Vorwurf, in der Wohnung in Winterthur Kokain verarbeitet zu haben, wurde er freigesprochen (angefochtenes Urteil S. 22 und Dispositivziffer 1; Anklageschrift Ziffer I.1.b). Ebenso wenig hat die Vorinstanz hinsichtlich der ihm zur Last gelegten Menge Kokain auf die Rückstände von Betäubungsmitteln in der besagten Wohnung abgestellt, sondern vielmehr auf die sichergestellten Pakete (vgl. angefochtener Entscheid S. 17 und 21). Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, dem Angeschuldigten komme in jedem Fall das Recht zu, dem Belastungszeugen Fragen zu stellen, trifft seine Auffassung in dieser absoluten Form und nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz nicht zu. Die Vorinstanz hat diesbezüglich festgehalten, die Aussagen von F._ seien nicht ein ausschlaggebendes Beweismittel (vorinstanzliches Urteil S. 7). Gegenteiliges kann dem vorinstanzlichen Entscheid nicht entnommen werden und bringt der Beschwerdeführer, der sich im Übrigen mit den vorinstanzlichen Erwägungen nicht auseinandersetzt, auch nicht vor. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
1.2.2 Die Vorbringen des Beschwerdeführers gehen an der Sache vorbei. Ein Handel mit Kokain wird ihm nicht zur Last gelegt, sondern einzig, Anstalten zum Besitz dreier Kokain enthaltender Pakete getroffen zu haben. In Bezug auf den Vorwurf, in der Wohnung in Winterthur Kokain verarbeitet zu haben, wurde er freigesprochen (angefochtenes Urteil S. 22 und Dispositivziffer 1; Anklageschrift Ziffer I.1.b). Ebenso wenig hat die Vorinstanz hinsichtlich der ihm zur Last gelegten Menge Kokain auf die Rückstände von Betäubungsmitteln in der besagten Wohnung abgestellt, sondern vielmehr auf die sichergestellten Pakete (vgl. angefochtener Entscheid S. 17 und 21). Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, dem Angeschuldigten komme in jedem Fall das Recht zu, dem Belastungszeugen Fragen zu stellen, trifft seine Auffassung in dieser absoluten Form und nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz nicht zu. Die Vorinstanz hat diesbezüglich festgehalten, die Aussagen von F._ seien nicht ein ausschlaggebendes Beweismittel (vorinstanzliches Urteil S. 7). Gegenteiliges kann dem vorinstanzlichen Entscheid nicht entnommen werden und bringt der Beschwerdeführer, der sich im Übrigen mit den vorinstanzlichen Erwägungen nicht auseinandersetzt, auch nicht vor. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
1.3 1.3.1 Der Beschwerdeführer macht unter Hinweis auf die Einvernahmen vom 28. April 2005 und 30. Mai 2006 geltend, den Zeuginnen B._ und G._ seien Suggestivfragen gestellt worden. Deren Aussagen seien deshalb nicht verwertbar. Er rügt betreffend die Einvernahme von G._ eine Verletzung von § 33 BStP und betreffend die Befragung von B._ einen Verstoss gegen § 85 Abs. 3 BStP.
1.3.2 Ob die vom Beschwerdeführer gerügten Fragen in suggestiver Weise erfolgten, kann dahingestellt bleiben, dies aus folgenden Gründen: Der Beschwerdeführer bringt lediglich vor, die entsprechenden Einvernahmen würden die Bestimmungen von § 33 und § 85 Abs. 3 BStP verletzen. Gemäss § 85 Abs. 3 BStP sollen die Fragen des Richters die Antwort des Zeugen nicht beeinflussen. Verfängliche Fragen sind untersagt. Einerseits geht der Hinweis des Beschwerdeführers auf § 33 BStP (der die Protokollierung regelt) offensichtlich ins Leere. Andererseits legt er nicht dar, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen Bundesrecht verstösst. Die Vorinstanz hat dazu festgehalten, eine entsprechende Aussage sei nicht schlechterdings unverwertbar, vielmehr müsse der Richter diesem Umstand im Rahmen der Beweiswürdigung Rechnung tragen. Das Gericht stütze sich vorliegend nicht auf die gerügten Protokollstellen. Deshalb sei es unerheblich, ob die Einvernahmen in diesen Teilen korrekt durchgeführt worden seien (angefochtener Entscheid S. 8). Mit diesen Erwägungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht argumentativ auseinander. Seine Beschwerde genügt deshalb in diesem Punkt den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht.
Im Übrigen legt der Beschwerdeführer auch nicht dar, inwiefern die an G._ gestellte Frage ("Würden Sie falsche Aussagen über A._ und X._ machen?") die Wahrheit verfälschen und insbesondere rechtfertigen sollte, sämtliche Aussagen von G._ nicht zu verwerten. Endlich ist die Rüge, wonach die Zeugin B._ anlässlich der Einvernahme vom 28. April 2005 in unzulässiger Weise beeinflusst worden sei, nicht genügend substanziiert. Der Beschwerdeführer verweist einzig auf die Einvernahme vom 28. April 2005. Er macht u.a. geltend, die Frage "Von wie vielen Kokainpaketen, welche von A._ und X._ organisiert wurden, haben Sie Kenntnis?" sei unzulässig. Dies deshalb, da die Zeugin in jener Einvernahme den Beschwerdeführer nie im Zusammenhang mit den Drogenpaketen erwähnt habe. Ob aber eine von der befragten Person nicht erwähnte Tatsache Eingang in eine ihr gestellte Frage findet und der Vorhalt in diesem Sinne suggestiv erfolgt, lässt sich nur mit Blick auf die früheren Einvernahmen beurteilen. Mit diesen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Seine Beschwerde genügt auch aus diesem Grund den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht. Aus den vorinstanzlichen Akten geht hervor, dass B._ den Beschwerdeführer anlässlich verschiedener Einvernahmen wiederholt entsprechend belastet hatte (vgl. beispielsweise vorinstanzliche Akten Ordner 12 pag. 12.9.35 f, 12.9.41, 12.9.56, 12.9.59, 12.9.72 ff., 12.9.77, 12.9.84). Der Vorhalt vom 28. April 2005 betreffend die Pakete erfolgte somit nicht in unzulässiger Weise. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Im Übrigen legt der Beschwerdeführer auch nicht dar, inwiefern die an G._ gestellte Frage ("Würden Sie falsche Aussagen über A._ und X._ machen?") die Wahrheit verfälschen und insbesondere rechtfertigen sollte, sämtliche Aussagen von G._ nicht zu verwerten. Endlich ist die Rüge, wonach die Zeugin B._ anlässlich der Einvernahme vom 28. April 2005 in unzulässiger Weise beeinflusst worden sei, nicht genügend substanziiert. Der Beschwerdeführer verweist einzig auf die Einvernahme vom 28. April 2005. Er macht u.a. geltend, die Frage "Von wie vielen Kokainpaketen, welche von A._ und X._ organisiert wurden, haben Sie Kenntnis?" sei unzulässig. Dies deshalb, da die Zeugin in jener Einvernahme den Beschwerdeführer nie im Zusammenhang mit den Drogenpaketen erwähnt habe. Ob aber eine von der befragten Person nicht erwähnte Tatsache Eingang in eine ihr gestellte Frage findet und der Vorhalt in diesem Sinne suggestiv erfolgt, lässt sich nur mit Blick auf die früheren Einvernahmen beurteilen. Mit diesen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Seine Beschwerde genügt auch aus diesem Grund den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht. Aus den vorinstanzlichen Akten geht hervor, dass B._ den Beschwerdeführer anlässlich verschiedener Einvernahmen wiederholt entsprechend belastet hatte (vgl. beispielsweise vorinstanzliche Akten Ordner 12 pag. 12.9.35 f, 12.9.41, 12.9.56, 12.9.59, 12.9.72 ff., 12.9.77, 12.9.84). Der Vorhalt vom 28. April 2005 betreffend die Pakete erfolgte somit nicht in unzulässiger Weise. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
1.4 1.4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, die Bundesanwaltschaft habe anlässlich der Einvernahme vom 12. Juni 2006 (recte: 20. Juni 2006) die Zeugin G._ darauf hingewiesen, dass sie auf ihre früheren Aussagen verweisen könne. Dies habe die Zeugin in der Folge auch gemacht. Dadurch habe die Bundesanwaltschaft das dem Be-schwerdeführer zustehende Recht auf Ergänzungsfragen (Art. 32 Abs. 2 BV; Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK) sowie den Grundsatz des "fair trial" und der Waffengleichheit (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV; Art. 6 Ziff. 1 EMRK) verletzt und eine effektive Verteidigung im Sinne von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK verhindert (Beschwerde S. 22 f.).
1.4.2 Das aus Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK fliessende Fragerecht (E. 1.1.5 hievor) dient der Wahrung der Waffengleichheit und der Gewährung eines fairen Verfahrens. Um dieses wirksam ausüben zu können, muss der Beschuldigte in die Lage versetzt werden, die Glaubwürdigkeit des Zeugen zu prüfen und den Beweiswert seiner Aussagen zu hinterfragen. Dies setzt voraus, dass die Gelegenheit der Befragung angemessen und ausreichend ist und die Befragung tatsächlich wirksam ausgeübt werden kann (<ref-ruling> E. 3.1 S. 41; <ref-ruling> E. 2 S. 129; <ref-ruling> E. 2.2 S. 480; <ref-ruling> E. 4.2 S. 157; <ref-ruling> E. 6c/cc S. 134 f.; Wolfgang Peukert, in: Europäische Menschenrechtskonvention, EMRK-Kommentar, 3. Aufl. 2009, N. 308 zu Art. 6 EMRK; vgl. auch Niklaus Schmid, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009, N. 826; Robert Hauser und andere, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, § 55 N. 6 f.). Dieser Anspruch, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, erfährt in der Praxis aber eine gewisse Relativierung. Er gilt uneingeschränkt nur, wenn dem streitigen Zeugnis alleinige oder ausschlaggebende Bedeutung zukommt, dieses also den einzigen oder einen wesentlichen Beweis darstellt (BGE <ref-ruling> E. 2.2 S. 481 mit Hinweisen).
1.4.3 Aus dem Protokoll der Zeugeneinvernahme vom 20. Juni 2006 geht hervor, dass die Bundesanwaltschaft nach einer Ergänzungsfrage des Beschwerdeführers die Zeugin darauf hinwies, dass sie die Frage schon beantwortet habe und deshalb auf ihre früheren Aussagen verweisen könne. Dies könne sie immer so handhaben, wenn sie der Ansicht sei, dass sie eine Frage bereits beantwortet habe (vorinstanzliche Akten Ordner 14 pag. 12.17.160). Dieser Hinweis der Bundesanwaltschaft ist, wie der Beschwerdeführer mit einer gewissen Be-rechtigung geltend macht, nicht unproblematisch. Verweist die Zeugin konsequent auf frühere Einvernahmen, so wird dem Beschwerdeführer dadurch grundsätzlich die Möglichkeit eingeschränkt, den Beweiswert ihrer Aussagen zu hinterfragen.
Es erscheint aber bei der Beurteilung, ob der Beschwerdeführer die Befragung angemessen und ausreichend ausüben konnte, gerechtfertigt, im Generellen den Kontext der Zeugeneinvernahme und im Speziellen die vom Beschwerdeführer gestellten Fragen zu berücksichtigen. Insofern kann den verschiedenen Einvernahmen entnommen werden, dass der überwiegende Teil der anlässlich der Befragung vom 20. Juni 2006 gestellten und vorliegend gerügten Ergänzungsfragen die Zeugin gleichentags respektive eine Woche vorher im Rahmen der Einvernahme vom 12. Juni 2006 bereits beantwortet hatte. Es ist deshalb davon auszugehen, dass die Zeugin ihre jüngsten Antworten wiederholt hätte, ohne sich in Widersprüche zu verwickeln. Im Übrigen beschränken sich die Hinweise der Zeugin auf frühere Antworten im Wesentlichen auf sechs Fragen. Diese Anzahl wird mit Blick auf den Umstand, dass der Beschwerdeführer der Zeugin während über 3 Stunden Ergänzungsfragen stellen konnte, relativiert. Aus diesen Gründen ist zu schliessen, dass der Beschwerdeführer die Befragung von G._ insgesamt wirksam ausüben konnte. Auch kann dem angefochtenen Entscheid entnommen werden, dass die Vorinstanz die Zeugenaussagen von G._ zwar in die Gesamtbetrachtung miteinbezog (angefochtenes Urteil S. 17 ff.), ihnen jedoch keine alleinige Bedeutung beimass. Es liegen weitere einschlägige Beweise vor, nämlich insbesondere die sichergestellte Kokainmenge sowie die Aussagen von B._.
Nach dem Gesagten konnte der Beschwerdeführer sein Recht auf Ergänzungsfragen und seine Verteidigungsrechte wirksam wahrnehmen und hatte er ein faires Verfahren. Die Vorinstanz durfte ohne Verfassungsverletzung die Aussagen von G._ in die Beweiswürdigung miteinbeziehen.
Nach dem Gesagten konnte der Beschwerdeführer sein Recht auf Ergänzungsfragen und seine Verteidigungsrechte wirksam wahrnehmen und hatte er ein faires Verfahren. Die Vorinstanz durfte ohne Verfassungsverletzung die Aussagen von G._ in die Beweiswürdigung miteinbeziehen.
1.5 1.5.1 Der Beschwerdeführer rügt, dass die anlässlich der Einvernahme der Zeugin G._ erwähnten Agenden nicht vorgelegen hätten. Deshalb habe er diesbezüglich keine Ergänzungsfragen stellen können. Er rügt eine Verletzung des Konfrontationsrechts sowie des Akteneinsichtsrechts (Beschwerde S. 23 f.).
1.5.2 Es kann dahingestellt bleiben, ob die Agenden nach den sinngemässen Erwägungen der Vorinstanz anlässlich der Einvernahme vom 20. Juni 2006 tatsächlich vorlagen. Gemäss § 119 Abs. 2 BStP haben die Parteien vor Abschluss der Voruntersuchung das Recht, die Akten vollständig einzusehen (vgl. auch § 116 BStP). In der Beschwerde wird nicht vorgebracht, der Beschwerdeführer habe um entsprechende Akteneinsicht ersucht und diese sei ihm nicht gewährt worden. Aus den vorinstanzlichen Akten ist ersichtlich, dass der Beschwerdeführer zumindest am 14. März 2008 (somit kurz vor Abschluss der Voruntersuchung) beim Eidgenössischen Untersuchungsrichteramt Einsicht in die vollständigen Akten nehmen konnte (vorinstanzliche Akten Ordner 39 pag. 16.1.2.1.69). Ebenso wenig wird vorgebracht, der Beschwerdeführer habe einen rechtzeitigen Antrag auf erneute Konfrontation mit der Zeugin G._ gestellt. Deshalb kann er den Behörden nachträglich nicht vorwerfen, sie hätten durch Verweigerung der Konfrontation oder ergänzender Fragen an die Belastungszeugin seinen Grundrechtsanspruch verletzt (BGE <ref-ruling> E. 2.1 S. 477; <ref-ruling> E. 6c/bb S. 134 mit Hinweisen; Urteil 6B_336/2009 vom 8. Juli 2009 E. 3.2). Seine Verfahrensrechte wurden damit gewahrt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
2. Streitgegenstand bildet des Weiteren die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Fälschung von Ausweisen (vgl. die Anklageschrift vom 18. Juni 2008, Ziffer I.3.; angefochtenes Urteil S. 23 ff.).
2.1 Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung ist das dem Beschwerdeführer in der Anklage zur Last gelegte Verhalten genügend konkretisiert. Die Vorinstanz hat dieses als Täuschung im Sinne von Art. 252 Abs. 4 StGB qualifiziert. Sie hat ausgeführt, der Beschwerdeführer habe, nachdem er bemerkt habe, dass der Ausweis auf seinen Bruder laute, gegenüber der Polizei den Irrtum nicht offengelegt. Unter dem Gesichtspunkt des Anklagegrundsatzes ist dies nicht zu beanstanden. Davon, dass im angefochtenen Entscheid zu Lasten des Beschwerdeführers von einem anderen Sachverhalt als dem überwiesenen ausgegangen wird, kann mithin nicht die Rede sein.
2.1 Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung ist das dem Beschwerdeführer in der Anklage zur Last gelegte Verhalten genügend konkretisiert. Die Vorinstanz hat dieses als Täuschung im Sinne von Art. 252 Abs. 4 StGB qualifiziert. Sie hat ausgeführt, der Beschwerdeführer habe, nachdem er bemerkt habe, dass der Ausweis auf seinen Bruder laute, gegenüber der Polizei den Irrtum nicht offengelegt. Unter dem Gesichtspunkt des Anklagegrundsatzes ist dies nicht zu beanstanden. Davon, dass im angefochtenen Entscheid zu Lasten des Beschwerdeführers von einem anderen Sachverhalt als dem überwiesenen ausgegangen wird, kann mithin nicht die Rede sein.
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, das Verhalten desjenigen Täters, der versehentlich eine echte, nicht für ihn bestimmte Schrift benutze und den Irrtum nachher nicht aufkläre, falle nicht unter die Bestimmung von Art. 252 Abs. 4 StGB. Er macht sinngemäss geltend, er habe ohne Vorsatz und ohne Täuschungsabsicht gehandelt. Im Übrigen sei der Grenzübertritt eine fremdenpolizeiliche Angelegenheit, weshalb Art. 23 aANAG vorgehe (Beschwerde S. 25).
2.2.2 Gemäss Art. 252 Abs. 4 StGB ist strafbar, wer in der Absicht, sich oder einem andern das Fortkommen zu erleichtern, echte, nicht für ihn bestimmte Schriften zur Täuschung missbraucht. Gebrauch ist die Benutzung im Rechtsverkehr. Die Urkunde muss als solche dem Opfer zugänglich gemacht werden (<ref-ruling> E. 5c/cc S. 131; Markus Boog, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 72 zu Art. 251 StGB; Stratenwerth/Bommer, Schweizerisches Strafrecht, Straftaten gegen Gemeininteressen, 6. Aufl. 2008, § 36 N. 52). Dadurch wird das Interesse des Rechtsverkehrs an der eindeutigen Identitätsfeststellung sichergestellt (Christa Uehlinger, Die Fälschung von Ausweisen nach Art. 252 StGB, 1993, S. 114). Der subjektive Tatbestand erfordert neben dem Vorsatz auch Täuschungsabsicht.
2.2.3 Ausser Frage steht, dass der Beschwerdeführer, indem er sich mit dem echten spanischen Reisepass seines Bruders auswies, ein Schriftstück im Sinne von Art. 252 Abs. 4 StGB benutzte. Unter diese Bestimmung fällt, wer Ausweisschriften etc. missbräuchlich verwendet (Boog, a.a.O., N. 12 zu Art. 252 StGB). Der Beschwerdeführer bringt vor, es fehle am Vorsatz und an der Täuschungsabsicht. Diese Rüge ist unbegründet. Nach den unangefochtenen Feststellungen der Vorinstanz hat der Beschwerdeführer, nachdem er seinen vermeintlich eigenen Reisepass vorgewiesen hatte, es nicht nur unterlassen, die Polizei über seine Identität aufzuklären. Er hat sich in der Folge gestützt auf den Reisepass ausdrücklich als seinen Bruder ausgegeben, indem er verschiedene Schriftstücke mit dessen Namen unterschrieb. Somit hat er im Ergebnis das Schriftstück mit Wissen und Willen zur Bekräftigung seiner falschen Behauptung eingesetzt. Dies geht über eine blosse nachträgliche Billigung eines bereits eingetretenen Deliktserfolgs hinaus.
Schliesslich war das Handeln des Beschwerdeführers nach den vorinstanzlichen Feststellungen nicht nur fremdenpolizeilich motiviert gewesen. Deshalb, so die Voristanz, sei er nach Art. 252 StGB und nicht nach Art. 23 aANAG zu bestrafen. Art. 23 aANAG gelange nur zur Anwendung, wenn der Gebrauch eines Schriftstücks ausschliesslich zu fremdenpolizeilichen Zwecken erfolgt sei (angefochtenes Urteil S. 24 f.). Der Beschwerdeführer setzt sich mit diesen Erwägungen mit keinem Wort auseinander. Seine Beschwerde genügt deshalb in diesem Punkt den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht. Im Übrigen hat die Vorinstanz diesbezüglich kein Bundesrecht verletzt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2b S. 174 ff.; UHLINGER, a.a.O., S. 186 ff.).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich gegen die Verurteilung wegen Widerhandlung gegen das Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (vgl. die Anklageschrift vom 18. Juni 2008, Ziffer I.4.; angefochtenes Urteil S. 25 f.). Er macht geltend, er habe sich zwischen Ende November 2004 und Ende Oktober 2005 nicht dauernd im Ausland aufgehalten. Deshalb sei seine Niederlassungsbewilligung nicht erloschen. Auch liege es nicht an ihm nachzuweisen, dass er von Ende Oktober 2005 bis zum 17. Februar 2006 nicht die ganze Zeit in der Schweiz gewesen sei.
Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine Verletzung der Unschuldsvermutung vor (Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK; Beschwerde S. 26).
3.2 Nach den vorinstanzlichen Feststellungen hat sich der Beschwerdeführer vor seiner Einreise in die Schweiz Ende Oktober 2005 mehr als sechs Monate im Ausland aufgehalten. Soweit der Beschwerdeführer diesbezüglich von einem abweichenden Sachverhalt ausgeht, kann auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden. Im Übrigen geht seine Rüge, wonach die Vorinstanz die Unschuldsvermutung verletzt habe, an der Sache vorbei. Entgegen den Ausführungen in der Beschwerde geht aus dem vorinstanzlichen Entscheid nicht hervor, dass der Beschwerdeführer einen Unterbruch seines Aufenthaltes in den letzten 3 1⁄2 Monaten nachzuweisen hätte (angefochtenes Urteil S. 26). Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Der Einwand des Beschwerdeführers zur vorinstanzlichen Strafzumessung, wonach diese "massiv übertrieben" sei (Beschwerde S. 27), ist nicht rechtsgenügend begründet (Art. 42 Abs. 2 BGG). Im Übrigen handelt es sich beim eingereichten Zwischenzeugnis um ein im vorliegenden Verfahren unbeachtliches Novum (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
5. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuwei-sen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Faga