Faits:
A. Y._ est propriétaire de parcelles sises sur la Commune de X._. Ces parcelles jouxtent la parcelle no **** d'une surface de **** m2, sise en zone agricole.
La parcelle ****, estimée à 85'000 fr., a été mise aux enchères par l'office des poursuites le 2 novembre 2007. Plusieurs personnes ont enchéri, dont Y._, Z._ SA et la Commune de X._. L'immeuble a été adjugé à Z._ SA, créancière gagiste à la suite d'une cession de créance, pour 1'130'000 fr. Le 12 novembre 2007, l'adjudicataire a requis l'autorisation d'acquérir l'immeuble en question auprès de la Commission foncière agricole du canton de Genève (ci-après: la Commission foncière). Le même jour, la Commune de X._ a demandé à pouvoir intervenir dans la procédure d'octroi d'autorisation. Y._ a fait de même le 21 novembre 2007. Par décision du 24 juin 2008, la Commission foncière a rejeté leur demande d'intervention.
Le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de Y._ et de la Commune de X._ par arrêt du 13 janvier 2009. Il a relevé que les recourants, qui voulaient acquérir la parcelle dans le but de la protéger de tout projet immobilier et de lui conserver son caractère de site exceptionnel, ne revêtaient aucune des qualités énumérées par l'art. 83 al. 2 et 3 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR ou la loi fédérale sur la droit foncier rural; RS 211.412.11) et n'étaient pas au bénéfice d'un intérêt digne de protection à ce que Z._ SA n'obtienne pas l'autorisation d'acquérir la parcelle en cause. Au vu du but poursuivi par la loi fédérale sur le droit foncier rural et de l'art. 64 al. 1 let. g LDFR, il y avait lieu de considérer que la qualité d'adjudicataires évincés des recourants et leur intérêt à l'acquisition de la parcelle n'étaient pas des éléments suffisants pour admettre leur qualité de partie. Partant, c'était à juste titre que la Commission foncière la leur avait déniée.
B. Y._ et la Commune de X._ ont déposé un recours en matière de droit civil auprès de la IIème Cour de droit civil du Tribunal fédéral. Ils lui demandent, sous suite de frais et dépens, d'annuler le jugement du Tribunal administratif du 13 janvier 2009, ainsi que la décision de la Commission foncière du 24 juin 2008 et de leur reconnaître le droit d'intervenir dans la procédure d'autorisation devant la Commission foncière, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il statue dans ce sens.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3; <ref-ruling> consid. 1 p. 444).
1.1 Les recourants ont agi par la voie du recours en matière civile. Or, l'<ref-law>, dans sa nouvelle teneur selon la novelle du 5 octobre 2007, en vigueur depuis le 1er septembre 2008 (RO 2008 3585), prévoit la voie du recours en matière de droit public. L'intitulé erroné du recours ne saurait toutefois porter préjudice aux recourants, dans la mesure où les conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont remplies (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382), ce d'autant plus qu'ils ont été induits en erreur par l'arrêt attaqué qui mentionnait la voie du recours en matière civile.
1.2 Sont des décisions sujettes à recours, les décisions partielles. Selon l'<ref-law>, est une décision partielle, contre laquelle le recours est recevable, celle qui met fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts. Il faut assimiler à la mise hors de cause d'une partie toutes les situations où l'on voudrait qu'une nouvelle partie soit admise à la procédure et que le juge le refuse. Tel est le cas de la partie qui souhaite prendre part à une procédure déjà pendante (intervention). La décision est finale à l'égard de cette partie, mais elle ne met pas fin à la procédure (cf. décision finale de l'<ref-law>), qui se poursuit entre d'autres personnes. Une telle décision doit être qualifiée de partielle au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 381; sous l'OJ: <ref-ruling> consid. 1 p. 59 ss). Tel est le cas de l'arrêt du 13 janvier 2009 du Tribunal administratif. Le présent recours est donc recevable sous cet angle.
1.3 En vertu de l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c).
Cette question de recevabilité constitue précisément l'objet du présent litige. Il se justifie donc de l'examiner avec le fond de la cause et d'entrer en matière sur le recours (cf. arrêt 2C_484/2008 du 9 janvier 2009 consid. 1.3, non publié in <ref-ruling> et les références).
1.4 Pour le surplus, dirigé contre un arrêt rendu dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF), le recours ne tombe pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'<ref-law>. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>), il est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.5 La conclusion des recourants tendant à l'annulation de la décision de la Commission foncière du 24 juin 2008 est irrecevable étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal administratif (<ref-ruling> consid. 2a p. 302/3003).
2. Les recourants se plaignent de ce que le Tribunal administratif ne les a pas autorisés à intervenir dans la procédure d'autorisation d'acquérir, initiée par Z._ SA, devant la Commission foncière. Ils estiment, en particulier, que l'<ref-law> a été mal appliqué. Selon eux, ils ont un intérêt digne de protection à pouvoir participer à ladite procédure. Ils entendent y démontrer que la société à laquelle la parcelle en cause a été adjugée requiert abusivement l'application de l'art. 64 al. 1 let. g LDFR.
2.1 La participation à la procédure d'autorisation d'acquérir en qualité de partie ou d'une manière analogue est déterminée par le droit cantonal (Beat Stalder, Le droit foncier rural, Commentaire de la loi fédérale sur le droit foncier rural du 4 octobre 1991, 1998, no 11 p. 747). Les recourants ne font que citer l'art. 7 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 de procédure administrative (LPA/GE; RS/GE E 5 10) qui définit la qualité de partie. Ils n'invoquent pas une application arbitraire de cette disposition et leur recours ne contient pas de motivation à cet égard (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
Le Tribunal administratif s'est basé, outre sur l'art. 7 LPA/GE, sur l'<ref-law> pour déterminer si la qualité de partie pouvait être accordée aux intéressés, liant ainsi la qualité de partie, déterminée par le droit cantonal, à celle de qualité pour recourir contre une décision d'octroi ou de refus d'autorisation d'acquérir. La motivation du recours faisant état d'une mauvaise application de l'<ref-law>, c'est sous cet angle que le recours sera traité.
Le Tribunal administratif s'est basé, outre sur l'art. 7 LPA/GE, sur l'<ref-law> pour déterminer si la qualité de partie pouvait être accordée aux intéressés, liant ainsi la qualité de partie, déterminée par le droit cantonal, à celle de qualité pour recourir contre une décision d'octroi ou de refus d'autorisation d'acquérir. La motivation du recours faisant état d'une mauvaise application de l'<ref-law>, c'est sous cet angle que le recours sera traité.
2.2 2.2.1 L'acquisition d'une entreprise ou d'un immeuble agricole est soumise à autorisation (<ref-law>). L'autorité cantonale compétente délivre l'autorisation s'il n'existe aucun motif de refus (<ref-law>). Une autorisation d'acquérir doit être refusée lorsque l'acquéreur n'est pas exploitant individuel (<ref-law>). L'<ref-law> prévoit cependant des exceptions. Ainsi, lorsque l'acquéreur n'est pas personnellement exploitant, l'autorisation lui est accordée s'il prouve qu'il y a un juste motif pour le faire; c'est notamment le cas lorsqu'un créancier, qui détient un droit de gage sur l'entreprise ou l'immeuble, acquiert celui-ci dans une procédure d'exécution forcée (art. 64 al. 1 let. g LDFR; sur les raisons qui ont conduit à l'adoption de cette disposition cf. <ref-ruling> consid. 3.1.2 ss). C'est dans le but de sauvegarder les droits des créanciers gagistes que les justes motifs de l'<ref-law> ont été complétés par la lettre g (<ref-ruling> consid. 3.1.4).
2.2.2 L'<ref-law> a trait à la procédure d'autorisation d'acquérir. Il prévoit:
"1 La demande d'autorisation est adressée à l'autorité cantonale compétente en matière d'autorisation (art. 90, let. a).
2 Celle-ci communique sa décision aux parties contractantes, au conservateur du registre foncier, à l'autorité cantonale de surveillance (art. 90, let. b), au fermier et aux titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution.
3 Les parties contractantes peuvent interjeter un recours devant l'autorité cantonale de recours (art. 88) contre le refus d'autorisation, l'autorité cantonale de surveillance, le fermier et les titulaires du droit d'emption, du droit de préemption et du droit à l'attribution contre l'octroi de l'autorisation."
La formulation de l'<ref-law> résulte d'un compromis entre ceux qui voulaient voir la règle de l'art. 103 let. a OJ - qui prévoyait que la qualité pour recourir était reconnue à la personne pouvant se prévaloir d'un intérêt digne de protection, soit d'un intérêt juridique ou de fait actuel, pratique et particulier (pour plus de détails cf. arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005 consid. 4.2) - appliquée également à la LDFR et ceux pour qui les décisions d'autorisation ne devaient pouvoir être attaquées que par les parties au contrat et non par un tiers quelconque. Comme l'a justement rappelé le Tribunal administratif, en adoptant l'<ref-law>, le législateur fédéral a délibérément cherché à limiter le cercle des personnes généralement habilitées à recourir en matière administrative (<ref-ruling> consid. 1b et c). Il s'avère ainsi que l'intention du législateur, en adoptant cette norme dans sa formulation définitive, était avant tout d'assurer un droit de recours au fermier ainsi qu'aux titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution en mentionnant expressément ces personnes, tout en excluant du cercle des personnes ayant qualité pour recourir les voisins, les organisations de protection de la nature et de l'environnement ainsi que les organisations professionnelles comme les associations paysannes. Techni- quement, le choix du législateur s'explique en ceci que les décisions pri-ses en application de la loi fédérale sur le droit foncier rural produisant des effets formateurs sur les rapports de droit privé, elles ne doivent pas pouvoir être attaquées par un tiers quelconque (<ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005 consid. 4.1). Cependant, malgré sa formulation restrictive, l'<ref-law> n'est pas exhaustif dans l'énumération des personnes habilitées à recourir contre l'octroi d'une autorisation d'acquérir un bien agricole (<ref-ruling> consid. 1c).
La jurisprudence du Tribunal fédéral est particulièrement stricte puis-qu'elle n'ouvre même pas la voie du recours au propriétaire ayant fait l'objet d'une réalisation forcée et qui, estimant le prix d'adjudication trop bas où invoquant l'absence d'activités agricoles de l'adjudicataire, s'en prend à l'autorisation d'acquérir octroyée à ce dernier (arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005).
2.3 En l'espèce, la décision de l'autorité cantonale est conforme au droit fédéral. Les recourants ne revêtent aucune des qualités énumérées à l'art. 83 al. 2 et 3 LDFR, soit des parties auxquelles la décision de l'autorité cantonale compétente en matière d'autorisation doit être notifiée et des personnes habilitées à recourir contre la décision d'autorisation d'acquérir. En effet, les intéressés ne sont pas parties contractantes, c'est-à-dire qu'ils ne sont ni les acquéreurs ni les aliénateurs du bien, et ils ne sont pas non plus titulaires d'un droit à l'attribution. En effet, comme l'a relevé le Tribunal fédéral dans un cas d'application de l'art. 64 al. 1 lit. f LDFR (ATF 5A_228/2008 du 9.6.2008 consid. 2.2), la loi fédérale sur le droit foncier rural, dont le but est d'encourager la propriété foncière ru-rale, de renforcer la position de l'exploitant à titre personnel et de lutter contre les prix surfaits des terrains agricoles, n'a pas pour vocation de conférer un droit subjectif à l'acquéreur potentiel qui n'entend pas exploiter à titre personnel, mais qui souhaite simplement agrandir et préserver son bien-fonds ou réaliser certains équipements publics. Si l'on peut re-connaître un droit, sous l'angle de l'intérêt digne de protection, à l'exploitant à titre personnel, ce que les recourants ne sont pas, dont le renforcement de la position constitue l'un des buts essentiels de la loi, il n'en va pas de même de l'acquéreur potentiel non exploitant, dont les intérêts ne sont pas spécifiquement protégés par la loi fédérale sur le droit foncier rural. Ces considérations s'appliquent très clairement aux recourants qui, comme en l'espèce, se bornent à alléguer "être désireux de conserver à cet endroit son caractère de site exceptionnel" (recours p. 8). En outre, les intéressés ne subissent pas de préjudice direct que l'annulation de la décision permettrait de réparer. L'atteinte potentielle que les recourants décrivent, soit que la parcelle ne soit pas préservée en l'état mais puisse faire, le cas échéant, l'objet d'une promotion immobilière, et qu'ils subiraient, l'un en tant que voisin, l'autre en tant que commune sur laquelle se trouve la parcelle en cause, ne sera pas forcément annulée en cas de refus d'autorisation. En effet, rien ne garantit que, si l'autorisation n'est pas accordée à Z._ SA, un nouvel acquéreur, avec les mêmes supposées intentions de projet immobilier, ne se voie pas attribuer la parcelle. On ne peut pas non plus considérer que les intéressés sont personnellement lésés par le fait que l'immeuble a été acquis par une personne dont les préoccupations seraient éloignées de l'agriculture. D'une part, l'art. 64 al. 1 let. g LDFR permet l'adjudication à un non-exploitant. D'autre part, les recourants - qui ne sont pas agriculteurs - ne sont pas touchés plus que n'importe quel autre justiciable par la prétendue absence d'activités agricoles de l'adjudicataire. Il est à mentionner ici que, dans le système de la loi fédérale sur le droit foncier rural, la défense de l'intérêt public au maintien de la propriété rurale foncière incombe aux autorités cantonales de surveillance (arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005).
On relèvera aussi que, comme exposé (cf. consid. 2.2.1), un des buts visés par le législateur, dans le cas de la réalisation forcée, était précisément d'obtenir un produit de réalisation le plus élevé possible, dans l'intérêt des créanciers comme d'ailleurs dans celui du débiteur (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 5.2.2). Par la révision partielle du 26 juin 1998, le législateur a clairement choisi de faire prévaloir, dans le cadre de la réalisation forcée, les intérêts des créanciers sur l'intérêt public à la réalisation des objectifs du droit foncier rural, à savoir de lutter contre les prix surfaits des terrains agricoles (<ref-ruling> consid. 3.1.5). Outre le fait qu'il n'est pas pertinent du point de vue de la qualité de partie des intéressés ici en cause, l'argument, avancé par les recourants, relatif à l'écart entre la valeur d'estimation (85'000.- fr.) et le prix d'adjudication arrêté à 1'130'000.- fr. paraît particulièrement mal venu de la part de Y._, dans la mesure où il avait lui-même enchéri jusqu'à hauteur de 1'115'000.- fr.
Finalement, les recourants se prévalent de l'arrêt 5A.14/2005 du 3 février 2006. Le Tribunal fédéral y a confirmé un arrêt du Tribunal administratif qui avait sanctionné le comportement abusif d'un propriétaire qui s'était fait céder une créance garantie par un immeuble bordant, en zone agricole, ceux dont il était déjà propriétaire en zone à bâtir. On ne voit pas en quoi cet arrêt s'applique à la présente cause puisque, en l'espèce, seule est en cause l'admission des intéressés à la procédure, à l'exclusion du fond de l'affaire, soit l'autorisation d'acquérir requise par Z._ SA.
3. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la limite de sa recevabilité, et les recourants solidairement condamnés aux frais arrêtés à 2'000.- fr. (<ref-law>) et aux paiement de dépens (<ref-law>). La Commune de X._ n'est en effet pas intervenue dans cette affaire dans l'exercice de ses attributions officielles (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à Z._ SA à titre de dépens, est mise à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de Z._ SA, à la Commission foncière agricole et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 25 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon