Faits:
A. A.X._ exerce deux activités lucratives principales, l'une, indépendante, de courtier en immeubles et l'autre, salariée, auprès de la société Y._ AG, créée en 1989. Cette dernière est active dans la gestion de fortune, l'achat, la vente, la location et le courtage d'immeubles. A.X._ en est l'actionnaire unique, avec 100 actions taxées dans sa fortune privée au 31 décembre 2008, et l'administrateur président avec signature individuelle.
A.X._ était également actionnaire unique et administrateur président avec la signature individuelle de la société Z._ SA, une société créée en 1989 et spécialisée dans l'achat, la vente, le courtage et la gérance d'immeubles, aujourd'hui radiée suite à la clôture, en 2008, de la procédure de faillite ouverte à son encontre le 11 août 2003.
Le 20 février 2010, A.X._, entre-temps marié, a déclaré des revenus d'activité salariée principale de 37'580 fr. pour 2007 et 46'975 fr. pour 2008. Il a annoncé pour la première fois depuis 2001, un revenu d'activité indépendante principale. Pour 2007, ce revenu s'est élevé à 85'300 fr. Pour 2008, en revanche, il a fait valoir une perte de 315'285 fr. Il a joint à ses deux déclarations une pièce intitulée "Détail des revenus et fortune de l'activité indépendante".
Par décision de taxation du 16 septembre 2010, le Service cantonal des contributions (ci-après: le Service cantonal) a arrêté le revenu imposable au titre de l'activité indépendante à 24'195 fr. pour la période fiscale 2007, imposable au taux d'un revenu déterminant de 156'750 fr. Par décision de taxation ordinaire du même jour, le produit du travail de l'activité indépendant pour la période fiscale 2008 a été fixé à 1'595.45 fr.
Pour 2007, l'impôt fédéral direct dû par A.X._ a été fixé à 7'747.55 fr. sur la base d'un revenu imposable de 147'365 fr. et son impôt cantonal sur le revenu à 4'728.35 fr. pour un revenu imposable de 37'714 fr. (au taux de 145'475 fr.). Pour 2008, l'impôt fédéral direct dû par le contribuable, désormais marié, a été fixé à 0 fr. sur la base d'un revenu imposable de 15'053 fr. et son impôt cantonal sur le revenu à 105.35 fr. pour un revenu imposable de 9'513 fr. (au taux de 9'513 fr.).
B. Le 15 octobre 2010, A.X._ a formé réclamation à l'encontre des décisions de taxation 2007 et 2008 par l'intermédiaire de sa fiduciaire A._ SA. Il a expliqué qu'il était reconnu sur le plan fiscal comme indépendant et professionnel de l'immobilier, de sorte que tout investissement effectué directement ou indirectement dans des biens immobiliers devait être considéré comme un investissement commercial. Il a notamment fait valoir que le Service cantonal des contributions aurait dû retenir comme éléments de la fortune commerciale deux "investissements" auprès de la société Z._ SA pour les deux années 2007 et 2008, comptabilisés comme pertes en 2008:
- Le premier montant trouve son origine dans un cautionnement accordé le 22 février 1999 à la banque créancière hypothécaire de la société Z._ SA. Le montant payé à la banque en 2008 s'est élevé à 65'581.45 fr., duquel est imputé 3'806.65 fr. payés dans la liquidation de la faillite de ladite société, ce qui laisse un solde de 61'774.80 fr.
- Le deuxième correspond à la créance de l'actionnaire unique contre son entreprise issue de différents prêts, admise à l'état de collocation dans le cadre de la faillite de Z._ SA, soit 243'731.80 fr. A.X._ a voulu compenser en 2000 cette créance à hauteur d'un montant de 50'000 fr., représentant l'obligation de libérer la deuxième moitié du capital-action de Z._ SA. La masse en faillite a refusé d'admettre la libération en compensation de créance. Le rejet de l'action en libération de dette introduite par A.X._ a été confirmé par le Tribunal cantonal du canton de Fribourg par décision du 27 octobre 2007. Sous déduction de 14'147.25 fr. payés dans la liquidation de la faillite, les contribuables font valoir un montant de 229'584.55 fr.
Ces montants constitueraient des prêts dont le remboursement dépendait de la réalisation des actifs de Z._ SA dans le cadre de la faillite prononcée à son encontre. Le contribuable a soutenu qu'au 1er janvier 2007, il pouvait encore effectivement compter sur leur remboursement, de sorte que ces créances avaient été reprises dans son bilan au 1er janvier 2007. La réalisation des actifs de Z._ SA étant intervenue durant l'année 2007 à des prix inférieurs aux valeurs déterminées par les experts mandatés par l'office des faillites, il avait dû constater que le remboursement intégral ne serait plus possible. Il avait cependant conservé la valeur nominale de ces prêts au 31 décembre 2007 et fait valoir le montant précis des pertes durant l'année 2008 compte tenu des actes de défaut de biens reçus le 19 septembre 2008. Il a conclu à ce que ces pertes soient portées en déduction pour des montants de 61'774.80 fr. et 229'584.80 fr., comme charges de l'activité indépendante principale.
Par deux décisions séparées datées du 8 novembre 2010, le Service cantonal des contributions a rejeté les deux réclamations précitées. Il a notamment rappelé que le contribuable était taxé d'office depuis la période fiscale 2001, et que sa fiduciaire ne pouvait pas annoncer de nouveaux éléments dès la déclaration 2007 sans apporter des preuves concrètes confirmant les valeurs indiquées au bilan d'entrée.
Pour les périodes fiscales 2007 et 2008, s'agissant du refus de reconnaître le caractère d'éléments de la fortune commerciale aux deux investissements auprès de Z._ SA, le Service cantonal des contributions a relevé que la date de l'ouverture de la faillite de ladite société était le 11 août 2003, et que dès cette date, le contribuable savait que les actifs ne valaient plus rien. De la sorte, le fait d'inscrire les deux prêts au bilan d'ouverture de constituait qu'une man?uvre destinée à éluder une partie des éventuels futurs impôts, ces valeurs étant des non valeurs. Le contribuable ou son représentant connaissait d'autant mieux la situation réelle de la société que la déclaration fiscale 2008 avait été remplie en date du 20 février 2010. Le Service cantonal a ainsi refusé de déduire du revenu imposable pour la période fiscale 2008 la perte liée aux deux investissements, au motif qu'elle découlait de prêts "fictifs" dans les charges de l'entreprise (ou décompte) dans l'exercice de 2008.
Par acte du 13 décembre 2010, A.X._ et B.X._ ont interjeté recours à l'encontre des décisions précitées auprès de la Cour fiscale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg. Ils ont notamment conclu à la déduction de 61'774.80 fr. et 229'584.55 fr. de leur revenu imposable, soit au cours de la période fiscale de l'année 2007 soit de celle de l'année 2008.
Le Tribunal cantonal a rejeté ce recours par arrêt du 4 mai 2012. Il a considéré que le contribuable n'avait pas su rendre vraisemblable le caractère commercial des dépenses professionnelles comptabilisées.
C. A.X._ et B.X._ forment un recours de droit public contre la décision précitée, par lequel, sous suite de frais et dépens, ils concluent principalement à l'annulation de l'arrêt du 4 mai 2012 et au renvoi du dossier au Tribunal cantonal pour nouvelle décision. Ils concluent subsidiairement à l'admission des montants de 61'774.80 et 229'584.80 fr. en déduction de leur revenu provenant de l'activité indépendante et du revenu imposable pour la période fiscale 2008, subsidiairement 2007. A l'appui de leur recours, ils invoquent la constatation inexacte des faits pertinents, la violation des art. 18 et 27 LIFD, et la violation du droit d'être entendus.
Invités à se prononcer sur le recours, le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions ont conclu à son rejet, tandis que le Service cantonal ne s'est pas prononcé dans les délais.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal cantonal a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, les recourants peuvent attaquer cette décision dans un seul acte, pourvu qu'il ressorte de la motivation de leur recours que celui-ci s'en prend tant à l'impôt fédéral direct qu'à l'impôt cantonal, pour que ces deux catégories d'impôts soient revues par le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 264). Comme les recourants ont pris des conclusions distinctes pour l'impôt fédéral direct et pour l'impôt cantonal tout en se fondant sur des motifs qu'ils spécifient être également applicables pour l'un et l'autre impôt, l'acte est conforme aux exigences posées par la jurisprudence et la doctrine (cf. <ref-ruling> consid. 8.3 p. 511 s., précisé par l'<ref-ruling> consid. 1.3 p. 262 ss). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal (2C_567/2012) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_568/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (<ref-law> et 24 PCF).
2. Dirigé contre un arrêt final (<ref-law>), le recours a été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 173 de la loi cantonale fribourgeoise du 6 juin 2000 sur les impôts cantonaux directs [LICD/FR; RS-FR 631.1]) dans une cause de droit public (<ref-law>), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée. Partant, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte L'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD; RS 642.11) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'IFD. L'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) fait de même pour l'IC. Les recourants ont participé à la procédure devant l'instance précédente, sont particulièrement atteints par la décision entreprise en tant que contribuables et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Ils ont ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et <ref-law>), le recours est par conséquent recevable.
3. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitrairement (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313 s.), ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Si les recourants entendent s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, ils doivent expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). A ce défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut être pris en compte. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 104).
4. Les recourants reprochent au Tribunal cantonal de leur avoir refusé une audition complémentaire. Ils soutiennent que le seul point litigieux de la procédure cantonale résidait dans la qualification des actifs en cause comme des actifs fictifs, respectivement, des non valeurs. La qualification des actifs en tant que biens commerciaux ou privés n'aurait pas été litigieuse jusqu'à la décision du Tribunal cantonal, de sorte que les recourants ont été privés de la possibilité de faire valoir leurs arguments et moyens de preuve.
4.1 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle ancrée à l'art. 29 al. 2 Cst., dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (cf. <ref-ruling> consid. 2.6.1 p. 285), de sorte qu'il convient de commencer par son examen.
Le droit d'être entendu comprend notamment pour l'intéressé celui d'offrir des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 494). Le droit de faire administrer des preuves n'empêche cependant pas le juge de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes et de procéder à une appréciation anticipée de ces dernières, en particulier si de manière non arbitraire, il acquiert la certitude que celles-ci ne l'amèneront pas à modifier son opinion ou si le fait à établir résulte déjà des constatations ressortant du dossier (<ref-ruling> consid. 5.3).
4.2 L'objet du litige porte sur le refus par les autorités fiscales de déduire du revenu imposable ICC et IFD les montants de 61'774.80 fr. et 229'584.80 fr. au titre de pertes commerciales sur les périodes concernées. Le Service cantonal a en effet refusé de reconnaître le caractère d'éléments de la fortune commerciale aux deux "investissements" auprès de Z._ SA. Les recourants eux-même réclamaient que les pertes soient reconnues comme des charges de l'activité indépendante principale. Le litige porte bel et bien sur l'admission des actifs dans la fortune commerciale des recourants, et ce dès la réclamation formée par les contribuables à l'encontre de leurs taxations 2007 et 2008. Les recourants ayant eu l'opportunité de faire valoir leur point de vue à ce sujet dans le cadre de la procédure cantonale, l'instance précédente pouvait, sans arbitraire, considérer que le dossier contenait les éléments suffisants pour juger du caractère déductible des montants en cause et refuser une audition complémentaire. Le grief est mal fondé et doit être rejeté.
5. Les recourants soutiennent en substance que les montants en cause appartiennent à leur fortune commerciale et contestent le caractère tardif de leur comptabilisation, considérant notamment qu'ils ont passé à charge les pertes effectives au moment où la caution a été versée, et où les actes de défaut de bien pour les prêts ont été délivrés.
I. Impôt fédéral direct
6. 6.1 Selon l'art. 27 al. 1 et 2 lettre a LIFD, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel, dont font notamment partie les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées (<ref-law>). Une perte résulte d'une diminution du patrimoine causée par des événements indépendants de la volonté du contribuables et sur lesquels il n'a aucune prise, comme l'insolvabilité du débiteur (ERNST BLUMENSTEIN, PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., 2002, p. 260). Il faut considérer que le débiteur est insolvable lorsqu'il ne dispose plus des liquidités suffisantes pour acquitter ses dettes exigibles (arrêt 5A_118/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.1), soit qu'il est dans l'incapacité durable de faire face à ses engagements (<ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 357). Il suffit que l'insolvabilité soit juridiquement démontrée, de sorte qu'il n'est pas exigé d'attendre un acte de défaut de bien pour que la perte soit considérée comme définitive (RAOUL OBERSON, Les pertes commerciales fiscalement déductibles, Archives de droit fiscal, vol. 48, 1979, p. 110).
6.2 A l'instar du revenu imposable, qui se détermine d'après les revenus acquis durant la période de calcul (<ref-law>), les déductions prévues par l'<ref-law> sont soumises au principe de périodicité et ne sont admises que lorsqu'elles trouvent leur cause dans des événements ayant lieu durant la période de calcul (arrêt 2C_220/2009 du 10 août 2009 consid. 5.1, in: RF 64/2009 p. 886). L'<ref-law> constitue une exception à ce principe, qui doit être interprétée de manière plutôt restrictive, et ne peut être invoquée par le contribuable qu'aussi longtemps qu'il exerce une activité indépendante ou que si, ayant cessé une telle activité indépendante, il en commence ou en poursuit une autre à la suite de la précédente (arrêt 2C_33/2009 du 27 novembre 2009 consid. 3.3 et 3.4).
6.3 Selon un principe généralement admis en matière fiscale, il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (<ref-ruling> consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C_132/2010 du 17 août 2010 consid. 3.2, 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.1, in RDAF 2009 II p. 560, et 2C_76/2009 du 23 juillet 2009 consid. 2.2, in RF 64/2009 p. 834).
6.4 Les montants en cause ont été annoncés pour la première fois dans la déclaration fiscale 2007. Les pertes litigieuses ne trouvent toutefois pas leur source dans des événements ayant eu lieu pendant les périodes de calcul 2007 et 2008, mais bien antérieurement et au plus tard avec la faillite de Z._ SA intervenue 2003, dont l'ouverture a rendu exigibles toutes les dettes du failli, à l'égard du recourant comme à l'égard de la banque cantonale. Les recourants, et en particulier l'époux actionnaire unique et créancier de la société faillie (ci-après: le recourant 1), ne pouvaient ignorer l'état d'insolvabilité de cette dernière, ni, au moment du jugement de faillite, que ses actifs n'avaient plus qu'une valeur minime. A l'issue de la liquidation de la faillite, le recourant 1 n'a d'ailleurs lui-même été remboursé qu'à hauteur d'environ 6% de ses créances.
En ce qui concerne le contrat de cautionnement solidaire par lequel le recourant 1 s'est engagé envers la banque à garantir le paiement de la dette contractée par Z._ SA (<ref-law>), la banque pouvait poursuivre la caution avant de rechercher le débiteur et de réaliser ses gages immobiliers, dès lors que ce dernier était en retard dans le paiement de sa dette et qu'il avait été sommé en vain de s'acquitter, ou que son insolvabilité était notoire, ce qui est le cas lorsque le débiteur est en faillite (<ref-law>). Les actifs concernés n'avaient donc plus de valeur réelle dans les comptes du recourant 1 au moment du jugement de faillite de Z._ SA le 11 août 2003, même si son paiement auprès de la banque est intervenu ultérieurement, et toute autre comptabilisation contrevient au principe de prudence (<ref-law>).
Le recourant 1 n'a pas produit de déclaration fiscale pour les personnes physiques de 2001 à 2005, et s'est laissé taxer d'office en tant que salarié. N'ayant exercé aucune activité lucrative indépendante durant ces années, aucune perte commerciale n'a pu être déduite sur cette période. Un report des pertes n'est pas envisageable pour la même raison. Les montants en cause ne peuvent de la sorte être admis en déduction des revenus 2007 et 2008, sans qu'il soit nécessaire d'examiner en outre s'ils ressortaient de la fortune privée ou commerciale des contribuables.
Le grief de la violation des art. 18 et 27 LIFD est mal fondé et doit être rejeté.
II. Impôt cantonal
7. Dans le cadre du droit fiscal harmonisé qui régit l'imposition directe aux niveaux cantonal et communal (cf. consid. 1 supra), tant les notions de revenu (<ref-law>; art. 17 LICD/FR) que de pertes déductibles (art. 10 al. 1 let. c LHID; 28 al. 2 let. b LICD/FR) et de période fiscale (63 LHID; art. 63 LCID/FR) correspondent à la LIFD. Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer à l'impôt cantonal relatif à la période fiscale sous examen (cf. arrêts 2C_376/2011 du 27 avril 2012 consid. 7; 2C_200/2011 du 14 novembre 2011 consid. 6; 2C_878/2010 du 19 avril 2011 consid. 7).
Par conséquent, il y a aussi lieu de rejeter le recours dans la mesure de sa recevabilité en ce qu'il concerne l'IC.
8. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 65 et 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_567/2012 et 2C_568/2012 sont jointes.
2. Le recours en matière d'impôt cantonal et communal (2C_567/2012) est rejeté.
3. Le recours en matière d'impôt fédéral direct (2C_568/2012) est rejeté.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge des recourants.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service cantonal des contributions et à la Cour fiscale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 15 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz