Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 23. November 2006 erliess die Schweizerische Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektorinnen und -direktoren (nachfolgend: Gesundheitsdirektorenkonferenz, GDK) ein Reglement für die interkantonale Prüfung von Osteopathinnen und Osteopathen in der Schweiz (nachfolgend: Prüfungsreglement). Danach führt die Gesundheitsdirektorenkonferenz eine interkantonale Prüfung der Osteopathinnen und Osteopathen in der gesamten Schweiz durch, welche die Gewährleistung der Qualität der beruflichen Fähigkeiten und der klinischen Erfahrung der Inhaber eines Diploms in Osteopathie auf einem einheitlichen Niveau bezweckt (Art. 1 des Prüfungsreglements). Wer das interkantonale Examen bestanden hat, erhält das von der Gesundheitsdirektorenkonferenz ausgestellte interkantonale Diplom und ist berechtigt, den Titel "Osteopathin/Osteopath mit schweizerisch anerkanntem Diplom" zu tragen (Art. 2 des Prüfungsreglements).
Die Prüfung setzt sich aus zwei Teilen zusammen (vgl. Art. 12 des Prüfungsreglements): In einem ersten Teil findet eine reine Theorieprüfung statt (Art. 13 des Prüfungsreglements); in einem zweiten gemischten Teil werden sowohl die theoretischen Kenntnisse (Art. 14 des Prüfungsreglements) als auch die praktischen Fähigkeiten geprüft (Art. 15 des Prüfungsreglements). Für die Durchführung der Prüfung setzt die Gesundheitsdirektorenkonferenz eine aus verschiedenen Fachpersonen mit bestimmter Berufserfahrung zusammengesetzte Interkantonale Prüfungskommission ein, die zur Vorbereitung der Prüfung Experten beiziehen kann (Art. 4 des Prüfungsreglements). Art. 5 des Prüfungsreglements über die Wahl der Prüfungskommission hat folgenden Wortlaut:
"Art. 5 Wahl der Prüfungskommission
Die Prüfungskommission wird nach Anhören des Schweizerischen Verbands der Osteopathen (SVO-FSO), der Verbindung der Schweizer Ärztinnen und Ärzte (FMH) und der Schweizerischen Chiropraktorengesellschaft (SCG) vom Vorstand der GDK für eine Amtsdauer von vier Jahren gewählt."
Im VIII. Abschnitt enthält das Prüfungsreglement zwei Übergangsbestimmungen, die wie folgt lauten:
"Art. 25 Praktizierende Osteopathinnen und Osteopathen
1 Osteopathinnen und Osteopathen, die bei Inkrafttreten dieses Reglements diesen Beruf bereits ausüben, können das interkantonale Diplom gemäss Art. 2 dieses Reglements erwerben, wenn sie die praktische Prüfung des zweiten Teils der interkantonalen Prüfung (Art. 15) bestehen.
2 Die praktische Prüfung für praktizierende Osteopathinnen und Osteopathen muss innerhalb einer Frist von fünf Jahren ab Durchführung der ersten interkantonalen Prüfung absolviert werden, spätestens jedoch bis zum 31.12.2012.
3 Zur praktischen Prüfung zugelassen werden Osteopathinnen und Osteopathen, die bei Inkrafttreten dieses Reglements den Beruf als Osteopathin oder Osteopath ausgeübt haben, wenn sie bei der Zulassung zur Prüfung in einem Umfang als Osteopathin oder Osteopath ausschliesslich tätig sind, der mindestens zwei Jahren zu 100% entspricht, und
a) über eine mindestens vierjährige vollzeitliche oder diesem Leistungsumfang entsprechende theoretische und praktische Ausbildung in Osteopathie verfügen oder
b) einen auf einem anerkannten Physiotherapiediplom aufbauenden strukturierten berufsbegleitenden Ausbildungsgang von mindestens 1800 Unterrichtsstunden in Osteopathie erfolgreich absolviert haben.
4 Ebenfalls zu dieser Prüfung zugelassen werden während der Übergangsfrist (Abs. 2) Osteopathinnen und Osteopathen, die Abs. 3 lit. b erfüllen und nachweislich während fünf Jahren zu mindestens 50% den Beruf als Osteopathin oder Osteopath ausgeübt haben.
5 Für die Zulassung zur praktischen Prüfung ist ausserdem ein aktueller Auszug aus dem Zentralstrafregister vorzulegen.
Art. 26 Prüfungskommission
1 Während der ersten Amtsdauer hat die Kommission neben der Abnahme der Prüfungen die Aufgabe, die praktische Prüfung des zweiten Teils der interkantonalen Prüfung zu bewerten.
2 Abweichend zu Art. 4 Abs. 2 gehören der Prüfungskommission während der ersten Amtsdauer jeweils als Ersatzmitglieder zwei Osteopathinnen oder Osteopathen sowie eine Chiropraktorin oder ein Chiropraktor an.
3 Die sechs osteopathischen Mitglieder der Kommission gemäss Abs. 2, die vom SVO-FSO vorgeschlagen werden, verfügen über das interkantonale Diplom gemäss Art. 2, das sie nach bestandener praktischer Prüfung (Art. 15) erhalten haben. Die Zulassung zur praktischen Prüfung erfolgt gemäss Art. 25 Abs. 3 und 4.
4 Die praktische Prüfung wird für diese Personen von einer vom Vorstand der GDK ausschliesslich zu diesem Zweck gewählten Prüfungskommission abgenommen, der neben der Juristin oder dem Juristen als Vorsitzende zwei vom SVO-FSO vorgeschlagene Osteopathinnen oder Osteopathen, eine Chiropraktorin oder ein Chiropraktor, eine Ärztin oder ein Arzt mit absolviertem Fähigkeitsprogramm in Manueller Medizin (SAMM) sowie Ersatzmitglieder in gleicher Anzahl angehören. Art. 4 Abs. 2 Satz 3 gilt sinngemäss."
Das Prüfungsreglement ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (Art. 27 des Prüfungsreglements).
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. Oktober 2007 fechten der Schweizerische Verein der Physiotherapeuten diplomiert in Osteopathie (Société Suisse des Physiothérapeutes diplômés en Ostéopathie; SSPDO-SVPDO) sowie X._ und Y._, die sowohl als Physiotherapeut wie auch als Osteopath tätig sind, das Prüfungsreglement vom 23. November 2006 beim Bundesgericht an. Sie beantragen, das Prüfungsreglement aufzuheben; eventuell seien nur Art. 5 des Prüfungsreglements über die Wahl der Prüfungskommission sowie die Übergangsbestimmungen von Art. 25 Abs. 2-4 und Art. 26 Abs. 3 und 4 des Prüfungsreglements aufzuheben. Gerügt wird im Wesentlichen unter Berufung auf <ref-law> (allgemeines Rechtsgleichheitsgebot), <ref-law> (Willkürverbot und Schutz von Treu und Glauben) sowie <ref-law> (Wirtschaftsfreiheit, insbesondere Grundsatz der Gleichbehandlung der Konkurrenten) eine verfassungswidrige Privilegierung des Schweizerischen Verbandes der Osteopathen (SVO-FSO) und dessen Mitglieder bzw. von ausschliesslich als Osteopathen tätigen Personen, und zwar sowohl hinsichtlich des Inhalts als auch des Zustandekommens des Prüfungsreglements.
C. Die Gesundheitsdirektorenkonferenz und der Schweizerische Verband der Osteopathen (Fédération Suisse des Ostéopathes; SVO-FSO) schliessen in ihren Vernehmlassungen vom jeweils 3. Januar 2008 auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Mit Replik vom 27. Februar 2008 halten der Schweizerische Verein der Physiotherapeuten diplomiert in Osteopathie (SSPDO-SVPDO) sowie X._ und Y._ an ihren Rechtsbegehren fest. Auch die Gesundheitsdirektorenkonferenz hält mit Duplik vom 11. April 2008 ihre Anträge aufrecht. Mit ergänzender Eingabe vom 28. April 2008 verweisen der Schweizerische Verein der Physiotherapeuten diplomiert in Osteopathie (SSPDO-SVPDO) sowie X._ und Y._ auf eine neue gesetzgeberische Entwicklung im Kanton St. Gallen, wonach dort die Ausübung der Osteopathie neu vom interkantonal anerkannten Diplom der Gesundheitsdirektorenkonferenz abhängen soll. Gemäss Stellungnahme derselben vom 2. Mai 2008 betrifft dies jedoch nicht den Streitgegenstand des hängigen bundesgerichtlichen Verfahrens. Der Schweizerische Verband der Osteopathen (SVO-FSO) hält mit Duplik vom 13. Mai 2008, mit der er sich zugleich zur ergänzenden Eingabe vom 28. April 2008 äussert, ebenfalls an seinen Rechtsbegehren fest.
D. Mit Verfügung vom 6. Mai 2008 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ein Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung bzw. um Anordnung von vorsorglichen Massnahmen ab.

Erwägungen:
1. 1.1 Ein kantonaler Erlass kann beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (<ref-law>).
1.1.1 Zu den anfechtbaren kantonalen Erlassen zählen Anordnungen generell-abstrakter Natur, welche die Rechtsstellung des Einzelnen berühren, indem sie ihn verbindlich und erzwingbar zu einem Tun, Dulden oder Unterlassen verpflichten oder sonstwie seine Rechtsbeziehungen zum Staat verbindlich festlegen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 289, mit Hinweis). Ebenfalls anfechtbar sind interkantonale Erlasse, interkantonale rechtsetzende Verträge unter Einschluss der Konkordate sowie Erlasse interkantonaler Organe (vgl. HEINZ AEMISEGGER/KARIN SCHERRER, in: Niggli und andere [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, Art. 82 N 44; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, Commentaire, Bern 2008, Rz. 2703; HANSJÖRG SEILER, in: Seiler und andere, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 43 zu Art. 82). Voraussetzung ist, dass sie unmittelbar anwendbar sind, d.h. ausreichend bestimmt sind, um im konkreten Fall die Grundlage eines Entscheides bilden zu können, Rechte und Pflichten von Privaten zum Inhalt haben und sich an die rechtsanwendenden Behörden richten (MATTHIAS SUTER, Der neue Rechtsschutz in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vor dem Bundesgericht, Bamberg 2007, S. 210). Der Ausschlusskatalog von <ref-law> betrifft nur Beschwerden gegen Entscheide und kommt bei der Anfechtung von Erlassen (abstrakte Normenkontrolle) nicht zur Anwendung. Gegen kantonale Erlasse ist unmittelbar die Beschwerde zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (<ref-law>).
1.1.2 Die vorliegende Beschwerde richtet sich gegen das von der Gesundheitsdirektorenkonferenz beschlossene Prüfungsreglement für Osteopathen. Normalerweise beschliesst die Gesundheitsdirektorenkonferenz lediglich Empfehlungen an die Kantone. Eine Ausnahme gilt jedoch bei der Organisation von Fachprüfungen im paramedizinischen Bereich. Diese stützen sich auf ein Konkordat, nämlich die Interkantonale Vereinbarung vom 18. Februar 1993/16. Juni 2005 über die Anerkennung von Ausbildungsabschlüssen. So regelt insbesondere das angefochtene Prüfungsreglement die Zulassung zum darin vorgesehenen Examen für Osteopathen, dessen Organisation und die Erteilung des damit verbundenen Titels verbindlich. Es ist im Einzelfall anwendbar und mit rechtlicher Wirkung versehen. Damit hat es Rechtssatzcharakter bzw. stellt einen generell-abstrakten Erlass dar. Beim fraglichen Prüfungsreglement handelt es sich mithin um einen interkantonalen Erlass, der ein zulässiges Anfechtungsobjekt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten bildet. Ein kantonales Rechtsmittel gibt es im vorliegenden Zusammenhang nicht (vgl. DONZALLAZ, a.a.O., Rz. 2703).
1.2 Das angefochtene interkantonale Prüfungsreglement regelt einzig die Zulassung zur Prüfung, die Organisation bzw. Durchführung derselben und die darauf gestützte Berechtigung zum Tragen des Titels "Osteopathin/Osteopath mit schweizerisch anerkanntem Diplom". Hingegen ordnet das Reglement nicht die Zulassung zur Berufsausübung. Dafür bleiben die Kantone mit ihrer entsprechenden kantonalen Gesetzgebung zuständig. Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet mithin einzig der Regelungsinhalt des Prüfungsreglements und nicht die Berufszulassung. Die Beschwerdeführer werden durch das Prüfungsreglement auch nicht in ihrer bisherigen Tätigkeit eingeschränkt. Was sie insoweit vorbringen, ist daher nicht von Belang. Insbesondere ist nicht darüber zu entscheiden, ob die Koppelung der Zulassung zur Berufsausübung als Osteopath an das Bestehen der interkantonalen Prüfung zulässig ist oder nicht. Sollten die Kantone ihre Gesetzgebung über die Berufszulassung in Zukunft an die Vorgaben des Prüfungsreglements anpassen, wie es nach einem entsprechenden Hinweis der Beschwerdeführer nunmehr namentlich im Kanton St. Gallen bereits geschehen sein soll, so wäre gegen die betreffenden Bestimmungen oder Entscheide Beschwerde zu führen. Diese Frage bildet hingegen nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Gleich ist auch zu verfahren, soweit die Anerkennung eines Osteopathen durch eine Krankenkasse in Frage steht. Analoges gilt sodann für die konkreten Bedingungen, unter denen die interkantonale Prüfung durchgeführt wird oder schon wurde. Wenn darin ein Verfassungsverstoss gesehen würde, dann müsste ein entsprechender konkreter Entscheid über die Zulassung zum Examen erwirkt und gegebenenfalls angefochten werden. Immerhin können solche Umstände allenfalls als Anhaltspunkte dafür mitberücksichtigt werden, ob sich das Prüfungsreglement verfassungskonform umsetzen lässt (vgl. insbes. E. 4.3.3).
1.3 Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen einen Erlass innert 30 Tagen nach der nach dem kantonalen Recht massgebenden Veröffentlichung des Erlasses beim Bundesgericht einzureichen. Zu frühe Einreichung schadet grundsätzlich nicht und führt nicht zum Nichteintreten auf die Beschwerde, sondern in der Regel lediglich zu einer Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-ruling> E. 1 S. 288 f.; <ref-ruling> E. 1d S. 162; je mit Hinweis; AEMISEGGER/SCHERRER, a.a.O., Art. 101 N 1). Im Zeitpunkt der Einreichung der vorliegenden Beschwerde am 9. Oktober 2007 war das angefochtene Prüfungsreglement nach der übereinstimmenden Darstellung aller Verfahrensbeteiligten noch in keinem Kanton in rechtsgenüglicher Weise publiziert worden. Dies geschah erstmals am 16. November 2007 im Kanton Schaffhausen während der noch laufenden Vernehmlassungsfristen des bundesgerichtlichen Verfahrens. Die Beschwerde wurde demnach rechtzeitig erhoben, und eine Sistierung des Verfahrens war und ist nicht erforderlich.
1.4 Gemäss Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG ist zur Anfechtung eines kantonalen Erlasses legitimiert, wer durch den Erlass aktuell oder virtuell besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Änderung oder Aufhebung hat. Das schutzwürdige Interesse kann rechtlicher oder tatsächlicher Natur sein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 290). Virtuelles Berührtsein setzt voraus, dass der Beschwerdeführer von der angefochtenen Regelung früher oder später einmal mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit unmittelbar betroffen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 210).
1.4.1 Es kann hier offen bleiben, ob die Beschwerdeführer legitimiert sind, das Reglement als Ganzes anzufechten, da sich die Beschwerde insoweit aus einem anderen Grund als unzulässig erweist (vgl. dazu E. 1.5). Die Beschwerdeberechtigung ist daher nur hinsichtlich der im Eventualantrag angefochtenen Bestimmungen zu prüfen.
1.4.2 Die zwei beschwerdeführenden Einzelpersonen üben den Beruf als Physiotherapeuten und Osteopathen aus. Soweit sie die Regelung der Zulassung der bereits im Zeitpunkt des Inkrafttretens des Prüfungsreglements praktizierenden Osteopathen zum praktischen Teil der interkantonalen Prüfung, insbesondere Art. 25 Abs. 2-4 des Reglements, anfechten, sind sie davon virtuell berührt. Selbst wenn ihnen das Prüfungsreglement die weitere Tätigkeit als Osteopath ohne Absolvierung der interkantonalen Prüfung auch künftig nicht untersagt, haben sie ein schutzwürdiges Interesse an der Überprüfung der fraglichen Übergangsbestimmung, kann der Erfolg ihrer künftigen Berufstätigkeit doch vom Erwerb des interkantonalen Diploms und damit von der Zulassung zur entsprechenden Prüfung abhängen. Entgegen der Auffassung der Gesundheitsdirektorenkonferenz sind die Beschwerdeführer auch befugt, Art. 5 und Art. 26 Abs. 3 und 4 des Prüfungsreglements anzufechten. Dabei handelt es sich nicht um rein organisationsrechtliche Vorschriften ohne massgebliche rechtliche Auswirkung auf die Beschwerdeführer. Wie eine Behörde, vorliegend die Prüfungskommission, zusammengesetzt ist und in welchem Verfahren sie ernannt wird, betrifft die Rechtsunterworfenen, hier die potentiellen Examenskandidaten, sehr wohl. Insbesondere muss es im vorliegenden Zusammenhang möglich sein, die Frage der verfassungsmässigen Mitwirkung bei der Bestellung der Prüfungskommission aufzuwerfen (vgl. in anderem Konnex zum Beispiel <ref-ruling>). Diese Frage stellt sich hier anders und mit deutlich klarerer Auswirkung auf die Betroffenen, als wenn es etwa um die Umbenennung einer Strasse geht.
1.4.3 Was die Legitimation des beschwerdeführenden Vereins betrifft, sind die von der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum alten Verfahrensrecht entwickelten Grundsätze über das Verbandsbeschwerderecht grundsätzlich weiterhin anwendbar (vgl. etwa das Urteil des Bundesgerichts 2C_527/2007 vom 13. Mai 2008 E. 3.2.1; BERNHARD WALDMANN, in: Niggli und andere [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, Art. 89 N 32 ff.). Danach kann ein Verband insbesondere zur Wahrung der eigenen Interessen Beschwerde führen, soweit es in der fraglichen Streitsache um solche geht. Er kann aber auch die Interessen seiner Mitglieder geltend machen, wenn es sich um solche handelt, die er nach seinen Statuten zu wahren hat, die der Mehrheit oder doch einer Grosszahl seiner Mitglieder gemeinsam sind und zu deren Geltendmachung durch Beschwerde jedes dieser Mitglieder befugt wäre (<ref-ruling> E. 2.3.3 S. 519, mit Hinweisen; so genannte egoistische Verbandsbeschwerde). Soweit im vorliegenden Fall die beschwerdeführenden Einzelpersonen als Mitglieder das Vereins zur Beschwerde legitimiert sind, trifft dies auch auf den beschwerdeführenden Verband zu, hat er doch die - insbesondere wirtschaftlichen - Interessen seiner Mitglieder gemäss seinen Statuten zu wahren und geht es vorliegend um Interessen, die zumindest die Grosszahl seiner Mitglieder als aktive Osteopathen, die auch als Physiotherapeuten berufstätig sind, betreffen.
1.5 Für die Beschwerde an das Bundesgericht gelten die im Gesetz vorgesehenen Begründungsanforderungen.
1.5.1 Nach <ref-law> ist in der Begründung der Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt das massgebliche Recht (vgl. dazu <ref-law>) verletzt (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Soweit die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht genügt, so ist darauf nicht einzutreten.
1.5.2 Soweit die Beschwerdeführer die Aufhebung des gesamten Reglements verlangen, fehlt es an jeder Begründung, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann. Zulässig ist hingegen das Eventualbegehren, mit dem die Aufhebung einzelner Reglementsbestimmungen beantragt wird, enthält die Beschwerdeschrift doch dazu eine ausführliche und sachbezogene, mithin rechtsgenügliche Begründung.
2. Im Rahmen der abstrakten Normenkontrolle ist gemäss der Rechtsprechung massgebend, ob der betreffenden Norm nach anerkannten Auslegungsregeln ein Sinn zugemessen werden kann, der sich mit den angerufenen Verfassungsgarantien vereinbaren lässt. Das Bundesgericht hebt eine kantonale Norm nur auf, sofern sie sich jeglicher verfassungskonformen Auslegung entzieht, nicht jedoch, wenn sie einer solchen in vertretbarer Weise zugänglich bleibt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 31; <ref-ruling> E. 3.1 S. 334 f.; je mit weiteren Hinweisen).
3. Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben nach <ref-law> durch den Erlass des Prüfungsreglements. In der schweizerischen Rechtsordnung gilt jedoch, dass bestehendes Recht grundsätzlich jederzeit geändert werden kann. Es gibt keinen Anspruch auf Beibehaltung einer einmal geltenden Rechtsordnung. Einzig bei Vorliegen der so genannt wohlerworbenen Rechte ergibt sich eine gewisse Gesetzesbeständigkeit in dem Sinne, dass solche Rechte nicht nachträglich durch spätere Gesetzesänderungen entschädigungslos aufgehoben oder eingeschränkt werden können (dazu insbes. <ref-ruling> E. 3b S. 145 sowie etwa <ref-ruling> E. 7.1 S. 35, je mit Hinweisen; ENRICO RIVA, Wohlerworbene Rechte - Eigentum - Vertrauen, Bern 2007, S. 38 ff. und 51 f.). Im vorliegenden Fall stehen den Beschwerdeführern aber keine wohlerworbenen Rechte zu. Einen gesamtschweizerischen Titel gab es bisher nicht. Die Beschwerdeführer werden weder in ihrer bisherigen Zulassung zur Berufsausübung noch in der Weiterverwendung bisher erworbener Titel bzw. kantonaler Berufsbezeichnungen eingeschränkt. Sie sind daher in keiner massgeblichen Vertrauensposition betroffen. Durch den Erlass von Art. 5, 25 Abs. 2-3 und Art. 26 Abs. 3 und 4 des Prüfungsreglements hat die Gesundheitsdirektorenkonferenz demnach den Grundsatz des Vertrauensschutzes nicht verletzt. Im Rahmen des Rechtsetzungsverfahrens gibt es schliesslich auch keinen Gehörsanspruch (<ref-ruling> E. 2c S. 232, mit Hinweisen), soweit insofern überhaupt von einer tauglichen Rüge der Beschwerdeführer auszugehen wäre (vgl. E. 1.5.1).
4. 4.1 Die Beschwerdeführer machen sodann geltend, die Übergangsbestimmung von Art. 25 Abs. 2-4 des Prüfungsreglements verstosse gegen die Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law> sowie gegen das Willkürverbot nach <ref-law>.
4.2 <ref-law> gewährleistet die Wirtschaftsfreiheit. Diese umfasst insbesondere die freie Wahl des Berufes sowie den freien Zugang zu einer privatwirtschaftlichen Erwerbstätigkeit und deren freie Ausübung. Nicht verfassungsrechtlich garantiert ist ein über die Grundschulausbildung hinausgehendes Recht auf Bildung. Das Bundesgericht hat insbesondere verschiedentlich erkannt, dass aus der Wirtschaftsfreiheit kein verfassungsrechtlicher Anspruch auf freien Zugang zu einem Universitätsstudium abgeleitet werden könne (<ref-ruling> E. 3c S. 176). Im vorliegenden Fall geht es allerdings weder um die Frage der unmittelbaren Zulassung zur Berufsausübung noch um diejenige des Zugangs zu einer Berufsausbildung. Streitgegenstand bildet einzig die Zulassung zu einem Examen zum Erwerb eines zusätzlichen Titels. Zwar gibt es nach der Rechtsprechung keinen verfassungsmässigen Anspruch auf eine unbeschränkte Wiederholung einer universitären Prüfung (vgl. das Urteil 2D_29/2008 vom 13. Juni 2008, E. 2.1, mit Hinweisen). Das Bundesgericht ist aber bei der Frage der Zulassung zu einer Berufsprüfung, die nicht unmittelbar an die Absolvierung eines spezifischen Ausbildungsganges anknüpft, wie insbesondere die Zulassung zur Anwaltsprüfung, regelmässig davon ausgegangen, der Schutzbereich der Wirtschaftsfreiheit sei berührt (vgl. etwa die Urteile 2P.19/2003 vom 29. Juli 2003, 2P.67/2002 vom 29. Juli 2002 und 2P.80/2000 vom 24. August 2000). Die Möglichkeit, einen gesamtschweizerisch gültigen Titel zu tragen, kann denn auch ökonomische Vorteile mit sich bringen, die durchaus unter dem Schutz der Wirtschaftsfreiheit stehen. Die Beschwerdeführer können sich daher auf diese berufen.
4.3 Die Bestimmungen über die Zulassung zum interkantonalen Examen wirken sich demnach als Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit der Beschwerdeführer aus, weshalb zu prüfen ist, ob sie die Voraussetzungen nach Art. 36 in Verbindung mit <ref-law> erfüllen.
4.3.1 Die Übergangsbestimmung über die Zulassung zur Prüfung für bereits bisher praktizierende Osteopathen stellt keinen schweren Eingriff dar, hängt doch lediglich der Erwerb eines zusätzlichen, gesamtschweizerisch gültigen Titels und nicht die weitere Berufsausübung als solche vom Ablegen der neuen interkantonalen Prüfung ab. Erforderlich ist mithin nicht eine formellgesetzliche Grundlage, sondern eine solche in einem kompetenzkonform ergangenen materiellen Rechtssatz genügt (vgl. <ref-law>). Das von der Gesundheitsdirektorenkonferenz erlassene Prüfungsreglement stützt sich auf die Interkantonale Vereinbarung vom 18. Februar 1993/16. Juni 2005 über die Anerkennung von Ausbildungsabschlüssen, insbesondere auf Art. 4-6 dieser Vereinbarung, mithin auf ein Konkordat, das Rechtssatzcharakter aufweist. Da es für Osteopathen keine entsprechende Regelung auf Bundesebene gibt, erweist sich die interkantonale Ordnung als zulässig. Das Prüfungsreglement beruht demnach auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage.
4.3.2 Unter den Verfahrensbeteiligten ist sodann grundsätzlich unbestritten, dass die Regelung über die Zulassung zur Prüfung, auch soweit sie sich auf die bereits bisher praktizierenden Osteopathen bezieht, dem Patientenschutz und damit zulässigen, d.h. namentlich mit dem Grundsatz der Wettbewerbsfreiheit vereinbaren öffentlichen Interessen (gemäss Art. 36 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>) dient.
4.3.3 Die angefochtene Regelung ist auch verhältnismässig (nach <ref-law>). Insbesondere erweisen sich die Anforderungen an die Ausbildung (gemäss Art. 25 Abs. 3 lit. a und b des Prüfungsreglements) und an die bisherige Praxiserfahrung (gemäss Art. 25 Abs. 3 und 4 des Prüfungsreglements) mit Blick auf den angestrebten Patientenschutz als geeignet, erforderlich und zumutbar. Das wird auch nicht durch die ersten praktischen Erfahrungen widerlegt, wie die Beschwerdeführer meinen. Abgesehen davon, dass eine verfassungswidrige Nichtzulassung im Einzelfall ohnehin durch Erhebung entsprechender Rechtsmittel anzufechten wäre (vgl. E. 1.2) und dadurch nicht per se die reglementarische Ordnung unzulässig würde, dienten die von den Beschwerdeführern angerufenen Umstände nicht dazu, die Zulassung zur Prüfung zu erschweren. Die in der Ausschreibung des Examens durch die Gesundheitsdirektorenkonferenz genannte Bescheinigung der Krankenkassenorganisation santésuisse stellt lediglich eine von vielen Möglichkeiten dar, um den Nachweis der geforderten praktischen Erfahrung zu erbringen, und schliesst diejenigen Bewerber, die eine solche Bescheinigung nicht vorlegen können, nicht von der Prüfung aus. Analoges gilt für die Möglichkeit des Belegs durch eine notariell beglaubigte eidesstattliche Erklärung. Obwohl möglicherweise die ursprüngliche Bezeichnung als notarielle Bestätigung der Berufstätigkeit missverständlich war, wie die Gesundheitsdirektorenkonferenz einräumt, war damit einzig eine notariell beglaubigte eigene Erklärung der Bewerber selbst gemeint und eine solche wurde als Beleg auch zugelassen. Mit Blick auf die hier vorzunehmende abstrakte Normenkontrolle ergibt sich daraus, dass die reglementarischen Bedingungen für die Ausbildung und Praxiserfahrung auch für solche Kandidaten, die bisher sowohl als Osteopathen als auch als Physiotherapeuten gearbeitet haben, keine überhöhten Anforderungen stellen und sich jedenfalls verhältnismässig umsetzen lassen. Die entsprechenden Voraussetzungen sind auch sachlich vertretbar. Insbesondere ist der Nachweis einer massgeblichen Berufstätigkeit nicht zum vornherein ausgeschlossen und die fragliche Anforderung daher nicht sinn- und zwecklos. Die entsprechende Regelung ist demnach nicht nur verhältnismässig, sondern verstösst insoweit auch nicht gegen das Willkürverbot nach <ref-law>.
5. 5.1 Die Beschwerdeführer rügen, die Voraussetzungen der Zulassung zur Prüfung seien rechtsungleich.
5.2 Der in der Wirtschaftsfreiheit mitgarantierte Grundsatz der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen greift zwischen direkten Konkurrenten. Als solche gelten Angehörige der gleichen Branche, die sich mit gleichen Angeboten an dasselbe Publikum richten, um das gleiche Bedürfnis zu decken. Der in <ref-law> enthaltene spezifische Gleichbehandlungsanspruch geht weiter als das allgemeine Rechtsgleichheitsgebot nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 4b/aa S. 435 f., mit Hinweisen). Selbst nach der Wirtschaftsfreiheit ist allerdings keine absolute Gleichbehandlung privater Marktteilnehmer verlangt. Unterscheidungen sind zulässig, sofern sie objektiven Kriterien entsprechen und nicht systemwidrig sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 100 mit Hinweisen).
5.2.1 Dass es sich hier um Anbieter derselben Leistung handelt, die in einem direkten Konkurrenzverhältnis stehen, ist unbestritten und offensichtlich. Nach Art. 25 Abs. 3 des Prüfungsreglements müssen sich ausschliesslich als Osteopathen Erwerbstätige über eine Berufsausübung ausweisen, die mindestens zwei Jahren zu 100% entspricht. Wer diese Voraussetzung nicht erfüllt, wird gemäss Art. 25 Abs. 4 des Prüfungsreglements zugelassen, wenn der Beruf als Osteopath nachweislich während fünf Jahren zu mindestens 50% ausgeübt wurde. Demnach müssen diejenigen Osteopathen, welche diese Tätigkeit nur halbzeitlich ausüben, insgesamt eine deutlich längere (250% statt 200%) Praxis ausweisen. Die Gesundheitsdirektorenkonferenz begründet dies in ihrer Vernehmlassung damit, die strengere Voraussetzung beruhe auf der allgemeinen Lebenserfahrung, dass bei teilzeitlicher Tätigkeit eine verhältnismässig längere Zeit erforderlich sei, um gleich viel Erfahrung zu erwerben, wie wenn die gleiche Tätigkeit vollzeitlich ausgeübt werde.
5.2.2 Grundsätzlich verfügt das zuständige Rechtsetzungsorgan in der Frage, wie eine bloss teilzeitlich absolvierte Praxis gegenüber einer Vollzeittätigkeit quantitativ in Rechnung zu stellen ist, über einen Ermessensspielraum. Die gewählte Lösung muss nicht durch wissenschaftlich gesicherte Erkenntnisse gedeckt sein. Sie muss jedoch vertretbar und plausibel erscheinen. Im vorliegenden Fall bewirkt die streitige Bestimmung eine nicht unbedeutende Ungleichbehandlung zwischen den vollzeitlich und den nur teilzeitlich tätigen Osteopathen. Diese lässt sich mit dem blossen Hinweis auf die allgemeine Lebenserfahrung, dass bei teilzeitlicher Aktivität eine verhältnismässig längere Dauer erforderlich sei, um gleich viel Erfahrung wie bei vollzeitlicher Erwerbstätigkeit zu erwerben, nicht rechtfertigen. Das gilt insbesondere deshalb, weil hier nicht nur eine verhältnismässig, sondern eine überproportional längere Praxistätigkeit verlangt wird. Die angefochtene Bestimmung ist auch zu wenig differenziert: So müsste nach dem Wortlaut der Bestimmung ein zu 90% als Osteopath tätiger Kandidat offenbar ebenfalls eine praktische Berufstätigkeit als Osteopath von fünf Jahren nachweisen, währenddem für einen vollzeitlich tätigen zwei Jahre genügen. Dieser Problematik kann wohl nur mit einer proportionalen (linearen) Berücksichtigung der Berufsaktivität Rechnung getragen werden. Im Übrigen dürfte es bei selbständiger Teilzeiterwerbstätigkeit, die im Doppelberuf - insbesondere als Osteopath und Physiotherapeut - ausgeübt wird, häufig sehr schwierig sein, den auf die Osteopathie entfallenden Anteil zu quantifizieren. Die in der angefochtenen Regelung angelegte Differenzierung kann daher erst recht zu schwer begründbaren Ungleichbehandlungen führen. Demnach erweist sich die in Art. 25 Abs. 4 des Prüfungsreglements enthaltene Benachteiligung von teilzeitlich tätigen Osteopathen als rechtsungleich und damit verfassungswidrig.
5.2.3 Damit muss nicht geprüft werden, ob die unterschiedlichen Anforderungen allenfalls (im Sinne von <ref-law>) systemwidrig bzw. nicht wettbewerbsneutral wären, weil sie sich möglicherweise auf rein als Osteopathen Tätige und auf Konkurrenten, die sowohl osteopathische als auch physiotherapeutische Behandlungen anbieten, unterschiedlich auswirken. Dazu ist immerhin festzuhalten, dass die Voraussetzung der fünfjährigen Berufserfahrung zu 50% insoweit neutral ausgestaltet erscheint, als sie sich nicht nur auf Personen beschränkt, die den Doppelberuf als Physiotherapeuten und Osteopathen ausüben, sondern auch auf ausschliesslich in der Osteopathie Berufstätige anwendbar ist, die lediglich teilzeitlich arbeiten.
5.3 Selbst wenn sich die Beschwerdeführer nicht auf <ref-law> und den darin mitgewährleisteten Grundsatz der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen berufen könnten, so böte ihnen jedenfalls das allgemeine Rechtsgleichheitsgebot nach <ref-law> im vorliegenden Zusammenhang einen vergleichbaren Schutz. Die fragliche Ungleichbehandlung scheitert nicht aus Gründen der wirtschaftsverfassungsrechtlichen Systemwidrigkeit, sondern bereits aufgrund mangelnder Objektivität des Unterscheidungskriteriums. Damit beruht sie auch nicht auf ernsthaften sachlichen Gründen. Insoweit decken sich vorliegend die Schutzbereiche der beiden fraglichen Gleichheitsgarantien. Die unterschiedliche Dauer der für die Zulassung zur Prüfung vorausgesetzten Berufstätigkeit ist mithin jedenfalls rechtsungleich und verstösst gegen Verfassungsrecht, weshalb Art. 25 Abs. 4 des Prüfungsreglements aufgehoben werden muss.
5.4 Nicht zu beanstanden ist hingegen die Regelung von Art. 25 Abs. 2 des Prüfungsreglements, wonach die praktische Prüfung bis spätestens zum 31. Dezember 2012 abzulegen ist. Wird Art. 25 Abs. 4 des Prüfungsreglements aufgehoben mit der Wirkung, dass die teilzeitliche Praxistätigkeit zumindest proportional angerechnet werden muss, bleibt den Kandidaten in jedem Fall genügend Zeit zur Absolvierung des Praktikums bis zum Ablauf der übergangsrechtlichen Frist. Überdies ist es teilzeitlich als Osteopathen Berufstätigen zuzumuten, gegebenenfalls wenigstens vorübergehend ihren Beschäftigungsgrad zu erhöhen oder den Schwerpunkt ihrer Berufsausübung auf die Osteopathie zu verlagern, wenn sie den neuen Titel erwerben wollen, ohne über die nach dem Reglement ordentlicherweise erforderliche Ausbildung zu verfügen. Im Übrigen wird in der Beschwerde auch gar nicht ausdrücklich behauptet, dass Kandidaten, die bisher nur teilweise als Osteopathen tätig waren, die Praktikumsanforderungen überhaupt nicht erfüllen könnten.
6. 6.1 Schliesslich machen die Beschwerdeführer geltend, Art. 5 und 26 Abs. 3 und 4 des Prüfungsreglements verstiessen gegen die Wirtschaftsfreiheit (Grundsatz der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen; <ref-law>) sowie gegen den Anspruch auf Treu und Glauben und das Willkürverbot nach <ref-law>, weil ihrem Berufsverband kein Anhörungs- bzw. Vorschlagsrecht bei der Wahl der Prüfungskommission zusteht.
6.2 Die Beschwerdeführer haben grundsätzlich keinen verfassungsmässigen Anspruch darauf, dass Mitglieder ihres Berufsverbandes bei der Wahl der Prüfungskommission mitwirken, insbesondere dass ihr Berufsverband dabei angehört wird oder ein Vorschlagsrecht hat. Ein solches Recht können sie weder aus der Wirtschaftsfreiheit noch aus dem Willkürverbot noch aus dem Vertrauensprinzip ableiten. Der Dachverband der Osteopathen, dem im Prüfungsreglement die fraglichen Mitwirkungsrechte zuerkannt wurden, ist gerade auf Anregung der Gesundheitsdirektorenkonferenz entstanden, damit diese über einen einheitlichen Ansprechpartner verfügt. Er vertritt von allen Berufsorganisationen, soweit bekannt, mit Abstand die grösste Zahl aktiver Osteopathen. Dass ein solchermassen als repräsentativ anerkannter Berufsverband bei der Organisation von Berufsprüfungen herangezogen wird, erscheint sinnvoll, ist nicht verfassungswidrig und dürfte im Übrigen auch einer verbreiteten Praxis entsprechen. Dass allenfalls Differenzen zwischen verschiedenen Gruppen von Osteopathen weiter bestehen, vermag die zuständigen Behörden nicht daran zu hindern, ein Prüfungssystem zu schaffen, das von einem überwiegenden Teil der betreffenden Berufsleute mitgetragen wird. Das eigentliche Wahlrecht steht dem Dachverband ohnehin nicht zu. Wahlorgan bleibt vielmehr der Vorstand der Gesundheitsdirektorenkonferenz, der an den Vorschlag des Dachverbandes im Übrigen nicht zwingend gebunden ist.
6.3 Immerhin ist es auch nicht unproblematisch, wenn der berücksichtigte Dachverband statutarisch eine ganze Gruppe von Berufskollegen indirekt von der Mitgliedschaft ausschliesst, wie dies hier zutrifft und auch in den Rechtsschriften des Berufsverbandes selbst bestätigt wird. Nach Art. 6 Abs. 1 lit. b der Statuten des Beschwerdegegners vom 2. Dezember 2005 kann bei ihm nur Mitglied werden, wer exklusiv den Beruf als Osteopath ausübt. Damit ist insbesondere die ganze Gruppe der gleichzeitig als Osteopathen tätigen Physiotherapeuten ungeachtet ihrer Ausbildung oder Erfahrung von einer Mitgliedschaft ausgeschlossen. Solange diese Ausschlussklausel gilt, wird der Vorstand der Gesundheitsdirektorenkonferenz aus Gründen der Rechtsgleichheit darauf zu achten haben, dass auch diejenigen Osteopathen, denen eine Mitgliedschaft im Dachverband aufgrund einer doppelten Berufstätigkeit statutarisch verunmöglicht ist, in der Prüfungskommission angemessen vertreten sind. Das schliesst allerdings nicht aus, dass der Dachverband der Einfachheit halber einziger Ansprechpartner der Gesundheitsdirektorenkonferenz bleibt und auch das entsprechende Vorschlagsrecht ausübt, wobei es ihm unbenommen bleibt, sich mit dem Konkurrenzverband abzusprechen. Da sich Art. 5 und 26 Abs. 3 und 4 des Prüfungsreglements durchaus in diesem Sinne verfassungskonform auslegen lassen, sind die fraglichen Bestimmungen im Verfahren der abstrakten Normenkontrolle verfassungsrechtlich jedoch nicht zu beanstanden.
7. 7.1 Die Beschwerde erweist sich demnach als teilweise begründet und ist teilweise gutzuheissen. Art. 25 Abs. 4 des Prüfungsreglements muss aufgehoben werden. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
7.2 Die Beschwerdeführer unterliegen zum grösseren Teil, weshalb sie die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens unter Solidarhaft zu drei Vierteln zu tragen haben. Ein Viertel der Kosten ist dem als Gegenpartei auftretenden Schweizerischen Verband der Osteopathen (SVO-FSO) aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 65 BGG). Keine Kosten hat die Gesundheitsdirektorenkonferenz zu übernehmen (<ref-law>).
7.3 Die Beschwerdeführer haben dem Schweizerischen Verband der Osteopathen (SVO-FSO) unter Solidarhaft eine reduzierte Parteientschädigung für das bundesgerichtliche Verfahren zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, und Art. 25 Abs. 4 des Reglements der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektorinnen und -direktoren (GDK) vom 23. November 2006 für die interkantonale Prüfung von Osteopathinnen und Osteopathen in der Schweiz wird aufgehoben.
1.2 Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden zu drei Vierteln, d.h. im Betrag von Fr. 3'000.--, den Beschwerdeführern unter Solidarhaft und zu einem Viertel, d.h. im Betrag von Fr. 1'000.--, dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben dem Beschwerdegegner unter Solidarhaft für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu entrichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektorinnen- und direktoren (GDK) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. November 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Uebersax