Sachverhalt:
A. Die 1977 geborene P._ absolvierte zwei Lehren/Anlehren im kaufmännischen Sektor, ohne diese mit einem Fähigkeitsausweis abzuschliessen, und arbeitete als kaufmännische Angestellte bei der Firma R._. Am 18. Januar 1999 wurde sie als Fussgängerin auf einem Zebrastreifen von einem Fahrrad angefahren und schlug sich beim Sturz auf den Asphalt den Kopf an. Der erstbehandelnde Arzt, Dr. med. S._ stellte die Diagnose einer leichten Commotio cerebri mit konsekutivem paravertebralem Hartspann im Bereiche der Halswirbelsäule. Es bestand nachfolgend eine teilweise Arbeitsunfähigkeit, worauf das Arbeitsverhältnis aufgelöst wurde. Im März 2000 nahm P._ ihre Tätigkeit in einem vollen Pensum als Sachbearbeiterin bei der Allianz Suisse, vormals Elvia Versicherungen, auf, reduzierte diese ab Mitte Dezember 2003 aber wiederum auf 50%, jeweils vormittags.
Am 27. Januar 2005 meldete sich P._ unter Hinweis auf seit dem Unfall persistierende Kopf- und Nackenschmerzen mit teilweisen Schwindelgefühlen und einer stark verminderten physischen und psychischen Belastbarkeit sowie Konzentrationsschwierigkeiten bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Diese zog die Akten der involvierten Unfallversicherung bei und holte Arztberichte ein. Nach Einsicht in ein Gutachten des Dr. med. B._, Facharzt für Rheumatologie, Physikalische Medizin und Rehabilitation FMH vom 28. Oktober 2005, welches dieser im Auftrag der Kollektiv-Krankenkasse der Allianz Suisse Versicherungsgesellschaft verfasst hatte, informierte die IV-Stelle Basel-Stadt die Versicherte mit Verfügung vom 25. November 2005, dass sie bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 10% keinen Anspruch auf eine Rente habe. In der dagegen geführten Einsprache wurde insbesondere die Einholung einer polydisziplinären medizinischen Expertise beantragt. In der Folge liess die IV-Stelle die Versicherte durch Dr. med. M._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH begutachten. Dieser stellte die Diagnose einer anhaltenden chronifizierten somatoformen Schmerzstörung (ICD-10: F45.4) und erachtete die Arbeitsfähigkeit der Versicherten in ihrer aktuellen, wie auch in jeder anderen angepassten Tätigkeit um 50% reduziert. Da der Arzt des Regionalen ärztlichen Dienstes der IV-Stelle (RAD), Dr. med. V._, Facharzt Psychiatrie/Psychotherapie, vom Ergebnis der Begutachtung vom 4. Juli 2007 nicht überzeugt war, untersuchte er die Versicherte selbst und stellte die Diagnose einer "nicht auszuschliessenden anhaltenden somatoformen Schmerzstörung", welche aber ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit sei (Bericht vom 28. November 2007). Die IV-Stelle bestätigt mit Einsprachentscheid vom 29. November 2007 die Verfügung vom 25. November 2005.
B. Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 17. Dezember 2008 ab.
C. P._ lässt gegen den kantonalen Entscheid Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie des Einspracheentscheides vom 29. November 2007 seien ihr die gesetzlichen Leistungen, mindestens aber eine halbe Invalidenrente auszurichten. Eventuell sei die Sache zur Durchführung weiterer Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die IV-Stelle Basel-Stadt schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) und zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) sowie zum Beweiswert von medizinischen Gutachten und Berichten (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 353) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung hat. In Abweichung der Einschätzung des von der IV-Stelle beauftragen Dr. med. M._, welcher die Diagnose einer die Arbeitsfähigkeit um 50% beeinträchtigenden anhaltenden somatoformen Schmerzstörung stellte, sind Verwaltung und Vorinstanz davon ausgegangen, dass der Versicherten eine volle Arbeitsleistung zuzumuten sei. Dabei stützen sie sich auf einen Untersuchungsbericht des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 28. November 2007, wonach die gutachterliche Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit nicht nachvollziehbar sei. Dagegen richtet sich die vorliegend zu beurteilende Beschwerde.
4. 4.1 Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> erkannt hat, haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsrichter die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Für das Beschwerdeverfahren bedeutet dies, dass das Sozialversicherungsgericht alle Beweismittel, unabhängig davon, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten. Insbesondere darf es bei einander widersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, warum es auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellt. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind. Ausschlaggebend für den Beweiswert ist grundsätzlich somit weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
4.2 Beim Bericht des Dr. med. V._ vom 28. November 2007 handelt es sich um einen RAD-Untersuchungsbericht gemäss <ref-law> (zur Unterscheidung eines RAD-Berichts gemäss aArt. 49 Abs. 3 IVV [in Kraft gewesen bis zum 31. Dezember 2007 und damit vorliegend grundsätzlich anwendbar] und eines RAD-Untersuchungsberichts gemäss <ref-law>: vergleiche Urteil 8C_756/2008 vom 4. Juni 2009 E. 4 mit zahlreichen Hinweisen). Wie das kantonale Gericht zu Recht ausgeführt hat, kommt diesem Untersuchungsbericht gegenüber dem Gutachten keine erhöhte Beweiskraft zu. Die Vorinstanz ist im Ergebnis indessen der Verwaltung insofern gefolgt, als sie ausführt, inhaltlich vermöge das psychiatrische Gutachten bezüglich der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit nicht zu überzeugen, da es eine invalidisierende Wirkung einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung bejahe, ohne dies anhand der vom Bundesgericht (in <ref-ruling> E. 1.2 und 130 V 352) als massgeblich festgelegten Kriterien zu begründen.
4.3 Die Vorinstanz übersieht dabei, dass es nicht die Aufgabe eines Gutachters, sondern ausschliesslich diejenige der rechtsanwendenden Behörde ist zu entscheiden, ob ein bestimmter Gesundheitsschaden invalidisierend im Sinne der Rechtsprechung ist. Der ärztliche Gutachter hat einzig den medizinischen Sachverhalt zu beschreiben, die ihm gestellten Fragen zu beantworten und die sich aus seiner Sicht daraus ergebenden rein medizinischen Schlussfolgerungen hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit zu schildern. Ob sich aus diesem Sachverhalt ein Anspruch auf Leistungen ergibt, ist eine Rechtsfrage, über die sich ein Arzt nicht zu äussern hat. Die IV-Stelle hat es ohne Begründung unterlassen, dem von ihr selbst beauftragten Gutachter die für ihre Entscheidfindung relevanten Fragen - so unter anderem, ob es der Explorandin aus gutachterlicher Sicht möglich sei, ihre Beschwerden willentlich zu überwinden und dadurch eine höhere Arbeitsfähigkeit zu erzielen, wenn nein, warum nicht und wenn ja, weshalb - zu unterbreiten. Anstatt dem Experten Ergänzungsfragen zu stellen, ignorierte sie das Gutachten und erliess einen Einspracheentscheid, welcher im Prinzip dem nach der Begutachtung erstellten Untersuchungsbericht ihres RAD-Arztes entspricht.
Das kantonale Gericht hat im weiteren festgestellt, dass Dr. med. V._ eine invalidisierende Wirkung der somatoformen Schmerzstörung vor allem deshalb verneine, weil keine psychische Komorbidität bestehe. Die weiteren praxisgemäss relevanten Kriterien seien von der IV-Stelle nicht geprüft worden. Einzig begründet mit fehlenden Anhaltspunkten in den vorhandenen Akten wird im angefochtenen Entscheid in antizipierter Beweiswürdigung die Schlussfolgerung gezogen, es sei mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass die diagnostizierte somatoforme Schmerzstörung sich bei der Beschwerdeführerin nicht invalidisierend auswirke.
4.4 Im angefochtenen Entscheid wurde weiter festgestellt, sowohl das Gutachten des Dr. med. M._ als auch der RAD-Untersuchungsbericht seien für die zu entscheidenden Fragen unvollständig. Trotzdem hat das kantonale Gericht weder selbst den Sachverhalt vollständig abgeklärt, noch die Sache an die Verwaltung zurückgewiesen. Schliesslich wird gemäss Wortlaut im angefochtenen Entscheid die von Dr. med. M._ gestellte Diagnose einer somatoformen Schmerzstörung nicht in Frage gestellt. Damit hat die Vorinstanz ihre Beurteilung der (nicht) invalidisierenden Wirkung der psychiatrischen Diagnose auf eine unvollständige Aktenlage und damit nicht auf medizinisches Fachwissen gestützt. Sie verletzt damit Bundesrecht (siehe Urteil 9C_410/2008 vom 8. September 2008 E. 3.3.1).
5. Zu prüfen bleibt, ob es zur Entscheidung über die invalidisierende Wirkung des diagnostizerten Gesundheitsschadens ergänzender medizinischer Abklärungen bedarf.
Entgegen der Darstellung im angefochtenen Entscheid führt Dr. med. M._ die ab Ende 2004 verminderte Arbeitsfähigkeit auch auf einen starken emotionalen Konflikt im Arbeitsumfeld zurück. Die Versicherte habe sich weniger verstanden und weniger als Person akzeptiert gefühlt, worauf sie mit einer Verstärkung der Schmerzen habe reagieren müssen, da sie sich nicht anders habe ausdrücken können. Damit beschreibt der Gutachter einen primären Krankheitsgewinn im Sinne der Rechtsprechung. Das alleine genügt indessen noch nicht, um eine invalidisierende Wirkung der diagnostizierten Krankheit zu bejahen. Es fehlt im Gutachten eine nähere Begründung der Schlussfolgerungen oder fremdanamnestische Grundlagen, welche die beschriebene Konfliktsituation ersichtlich machen würden. Keiner der Gutachter/Untersucher äussert sich darüber hinaus zu der seit dem Unfall offenbar massiv eingetretenen Gewichtszunahme (nach Aktenlage mehr als eine Verdoppelung) und deren Stellenwert in der Gesamtsituation. Die Sache ist daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese bei sich widersprechender medizinischer Aktenlage ein psychiatrisches Obergutachten einholt. Sie wird mit einer umfassenden Fragestellung dafür zu sorgen haben, dass eine vollständige Grundlage zur Entscheidung über die eventuell invalidisierende Wirkung der gestellten Diagnosen vorhanden sein wird.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend (Gutheissung des Eventualantrages) der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 17. Dezember 2008 wird aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer