Faits:
A. M. A.X._ (1961) et Mme B.X._ (1958) se sont mariés le 1er septembre 1998. De cette union est né l'enfant C._, le 20 décembre 1995. L'époux est en outre le père d'un autre enfant, dorénavant majeur, né d'une précédente union.
Les époux vivent séparés depuis la fin du mois de mars 2008.
B. La vie séparée des époux a été régie par des mesures protectrices de l'union conjugale, prononcées le 30 avril 2009 par le Tribunal de première instance de Genève. Celles-ci ont été partiellement modifiées par arrêt du 3 septembre 2009 rendu sur appel par la Cour de justice du canton de Genève. La jouissance du domicile conjugal a été attribuée à l'épouse, le droit de garde de l'enfant a été octroyé à l'épouse et l'époux a été astreint à contribuer à l'entretien de sa famille à hauteur de 3'100 fr. par mois, dès le 1er avril 2008, et de 3'600 fr. par mois, dès le 1er mai 2009.
B.a Le 10 juin 2010, l'époux a déposé une demande unilatérale en divorce et une requête de mesures provisoires tendant à l'attribution du droit de garde de l'enfant.
Par jugement du 20 décembre 2010, le Tribunal de première instance a débouté l'époux de sa requête de mesures provisoires. L'appel de l'époux contre ce jugement - et tendant pour la première fois aussi à la modification de la contribution d'entretien - a été déclaré irrecevable par la Cour de justice le 17 juin 2011.
B.b Le 4 novembre 2011, l'époux a requis du Tribunal de première instance le prononcé de mesures provisoires tendant à la diminution du montant de la contribution d'entretien de sa famille à 900 fr., alléguant en particulier une péjoration de sa situation financière à la suite de la liquidation de son entreprise individuelle aux fins d'éviter une faillite, le fait qu'il ne cohabite pas avec sa compagne et enfin que son épouse aurait une nouvelle activité lucrative. Statuant sur mesures provisoires par jugement du 17 avril 2012, le Tribunal de première instance a débouté l'époux des fins de sa requête.
Contre ce jugement, l'époux a formé appel le 30 avril 2012, concluant à la réduction à 900 fr. de la contribution mensuelle qu'il doit verser pour l'entretien de sa famille et à la constatation du remplacement des mesures protectrices de l'union conjugale par les mesures provisionnelles sollicitées. La Cour de justice a rejeté l'appel et confirmé la décision entreprise par arrêt du 28 septembre 2012, notifié aux parties le 3 octobre 2012.
C. Par acte du 5 novembre 2012, M. A.X._ interjette un recours en matière civile. Il conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et principalement à sa réforme en ce sens que la contribution qu'il verse pour l'entretien de sa famille est réduite à 900 fr. par mois et que ces mesures provisionnelles remplacent et se substituent aux mesures protectrices de l'union conjugale du 20 [recte: 30] avril 2009, confirmée le 3 septembre 2009; subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente. A l'appui de ses conclusions, le recourant soulève le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.).
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le présent recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) ainsi que dans la forme légale (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 431) rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire matrimoniale (<ref-law>). Le litige porte sur le versement d'une contribution pour l'entretien de la famille durant la procédure de divorce, à savoir une cause de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, art. 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant a en outre pris part à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>) et, ayant succombé dans ses conclusions, a un intérêt à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Le recours en matière civile est en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2. 2.1 Dès lors que la décision attaquée porte sur la modification des mesures protectrices de l'union conjugale ordonnées avant l'introduction de la procédure de divorce, lesquelles sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 p. 396), seule peut être invoquée à leur encontre la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés conformément au principe d'allégation ("Rügeprinzip", <ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Le recourant qui se plaint de la violation d'un droit fondamental ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer ses allégations par une argumentation précise (<ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 400; arrêt 5A_99/2011 du 22 septembre 2011 consid. 2.1).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels, conformément au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1); les art. 95, 97 et 105 al. 2 LTF ne s'appliquent pas directement (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 588 s.). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252; arrêts 5A_528/2011 du 26 janvier 2012 consid. 2.1; 5A_475/2011 du 12 décembre 2011 consid. 2.2; 5A_361/2011 du 7 décembre 2011 consid. 2.2). Le recourant ne peut donc pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (cf. supra consid. 2.1; art. 106 al. 2 Cst.; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
3. Le recours a pour objet la modification des mesures protectrices de l'union conjugale ordonnées en 2009, avant l'introduction de la demande en divorce au mois de juin 2010.
3.1 Le jugement de première instance déboutant l'époux de sa requête de mesures provisoires du 4 novembre 2011 tendant à la modification des mesures protectrices de l'union conjugale ordonnées le 30 avril 2009 a été notifié aux parties le 30 avril 2012, à savoir après le 1er janvier 2011. L'autorité cantonale a donc jugé que la procédure de recours était régie par le Code de procédure civile (<ref-law>). La Cour de justice a cependant examiné la cause au regard de l'art. 137 aCC, dès lors que le tribunal de première instance a appliqué cette norme, la procédure de première instance ayant débuté en 2010 par l'introduction de la procédure de divorce et les mesures protectrices de l'union conjugale dont la modification est sollicitée ayant été ordonnées en 2009. L'autorité précédente a par conséquent, à juste titre, en sa qualité d'instance de recours, vérifié si le magistrat de première instance avait correctement appliqué l'ancienne disposition alors encore en vigueur (arrêt 5A_679/2011 du 10 avril 2012 consid. 3).
3.2 Une fois que des mesures provisoires ont été ordonnées, elles ne peuvent être modifiées qu'aux conditions de l'<ref-law> (par renvoi des art. 137 al. 2 aCC). Aux termes de l'art. 179 al. 1 1ère phr. CC, le juge prononce les modifications commandées par les faits nouveaux et rapporte les mesures prises lorsque les causes qui les ont déterminées n'existent plus. Selon la jurisprudence, la modification des mesures provisionnelles ne peut être obtenue que si, depuis leur prononcé, les circonstances de fait ont changé d'une manière essentielle et durable, notamment en matière de revenus, à savoir si un changement significatif et non temporaire est survenu postérieurement à la date à laquelle la décision a été rendue, si les faits qui ont fondé le choix des mesures provisoires dont la modification est sollicitée se sont relevés faux ou ne se sont par la suite pas réalisés comme prévus. Une modification peut également être demandée si la décision de mesures provisoires s'est avérée plus tard injustifiée parce que le juge appelé à statuer n'a pas eu connaissance de faits importants (<ref-ruling> consid. 2 p. 61 s.; arrêt 5A_522/2011 du 18 janvier 2012 consid. 4.1 et les arrêts cités). La maxime inquisitoire ne dispense pas les parties de collaborer à l'établissement des faits (arrêt 5P.473/2006 consid. 3.2).
3.3 La Cour de justice a examiné si les revenus et charges des époux avaient subi d'importantes et durables modifications depuis le prononcé des mesures protectrices de l'union conjugale en avril 2009; ce faisant, elle a implicitement appliqué l'<ref-law>.
Les juges cantonaux ont rappelé que, lors du prononcé des mesures protectrices de l'union conjugale, l'époux exerçait la profession d'expert-comptable en raison individuelle à l'enseigne "Fiduciaire A.X._". Depuis la radiation de cette entreprise au Registre du commerce le 22 mars 2010, l'époux continue d'exercer la même activité comme employé salarié, au sein de la société anonyme "Fiduciaire A.X._ SA", dont il a admis, en procédure sur mesures protectrices, être l'actionnaire unique, avant de dorénavant soutenir que son fils aîné, né d'une précédente union, en serait le propriétaire. L'autorité précédente a constaté que l'époux se fait verser en espèces, par la fiduciaire A.X._ SA, un salaire mensuel net de 5'636 fr. (5'202 fr. 30 x 13, divisé par 12 mois), alors qu'il réalisait un bénéfice net de 7'300 fr. par mois en moyenne en qualité d'indépendant. La cour cantonale a en outre retenu que l'époux est titulaire de plusieurs comptes bancaires qui figuraient au bilan de son entreprise individuelle et qu'il utilisait directement pour ses paiements privés. Elle a constaté qu'en 2010 et 2011, d'importants versements étaient intervenus sur certains de ces comptes et, en dépit des allégations de l'époux qu'il s'agirait de sommes confiées par des clients, il n'y a pas de débits correspondant à la valeur de ces dépôts. Vu ces constatations, la Cour de justice a estimé que de nombreux indices indiquaient que l'époux est en réalité l'ayant-droit économique, sinon même l'actionnaire unique de la société qui l'emploie, de sorte que les bénéfices de cette société lui reviennent et s'ajoutent au montant de son salaire; partant que les revenus professionnels de l'époux, en dépit du fait que celui-ci utilise dorénavant une société anonyme comme écran, n'avaient pas changés depuis le prononcé des mesures protectrices de l'union conjugale.
S'agissant des charges de l'époux, les juges précédents ont constaté que, dans le cadre de la procédure de mesures protectrices de l'union conjugale, il avait été retenu que celui-ci cohabite avec son amie, ce que confirmait un courrier du 14 mai 2009 du mandataire de l'époux, malgré l'existence d'un bail au nom de la compagne à une autre adresse. La Cour de justice a constaté que, dorénavant, l'époux sous-loue à un tiers l'appartement qu'il occupait lors du prononcé des mesures protectrices de l'union conjugale et procède de la même manière avec des locaux commerciaux, à raison de cinq contrats. L'autorité précédente a estimé en l'espèce qu'il n'y avait pas lieu de tenir compte de frais de logement plus élevés, nonobstant la location d'un autre appartement, pour un loyer deux fois supérieur à celui acquitté auparavant, dès lors que l'époux pouvait rester dans le premier logement. Statuant sur l'allégation de l'époux selon laquelle il cohabiterait uniquement avec son cousin, la cour cantonale a retenu qu'elle n'était pas crédible, l'époux cohabitant déjà avec sa compagne au vu des pièces versées à la procédure et étant habitué de la sous-location propre à cacher l'identité réelle des occupants des locaux. L'autorité précédente a ajouté qu'un appartement de six pièces était quoi qu'il en soit suffisamment spacieux pour lui permettre d'héberger son cousin, en sus de sa compagne et qu'il était en tout état admissible que le cousin, même s'il était le seul à faire ménage commun avec l'époux, partage les frais.
La Cour de justice a au surplus constaté que l'époux n'était pas parvenu à établir que ses charges avaient augmenté, que les revenus réels de l'épouse demeuraient toujours inférieurs au revenu hypothétique qui lui avait été imputé, et que les charges pour l'entretien de l'enfant avaient augmenté dans la même mesure que l'allocation familiale en faveur de celui-ci, en sorte qu'il n'existait en l'espèce aucune modification importante et durable de la situation financière des époux depuis le prononcé des mesures protectrices de l'union conjugale. Les juges précédents ont en définitive débouté l'époux et confirmé le jugement de première instance.
4. Le recourant, qui requiert la réduction du montant de la contribution d'entretien qu'il verse à sa famille et la constatation que ces mesures provisionnelles remplacent et se substituent aux mesures protectrices de l'union conjugale prononcées en 2009, soutient que l'autorité précédente a fait preuve d'arbitraire dans la constatation des faits et dans l'appréciation les preuves (art. 9 Cst.).
4.1 Le recourant expose que la conception de la cour cantonale selon laquelle il est le bénéficiaire économique, voire l'actionnaire unique, de la société qui l'emploie, se fonde sur une simple intuition de l'autorité. Il ajoute que, quand bien même il en serait le bénéficiaire économique, la société ne réalise pas de bénéfices, en sorte qu'il ne perçoit pas de revenus s'ajoutant à son salaire. Le recourant estime également arbitraire de lui avoir reproché d'utiliser le compte de la société pour ses propres paiements et de lui imputer les montants crédités comme des revenus, expliquant à nouveau qu'il s'agit d'un "compte client", ce qu'un "simple examen attentif aurait permis aux autorités cantonales de confirmer". Il considère en définitive que sa situation financière s'est péjorée depuis le prononcé des mesures protectrices de l'union conjugale, affirmant sans précision que son salaire mensuel net actuel est de 5'291 fr. 55.
Le recourant affirme ensuite que la décision querellée retient arbitrairement qu'il ne cohabite pas qu'avec son cousin, mais également avec sa compagne. Il estime qu'il a été prouvé que celle-ci loue un appartement à D._ et qu'elle en paie le loyer et soutient que, dès lors qu'il ne partage son appartement qu'avec son cousin, son minimum vital de base ne doit pas être réduit de moitié, cette règle étant applicable seulement aux couples vivant en union libre et non à des personnes qui partagent un appartement. Enfin, le recourant estime que la cour cantonale a arbitrairement considéré qu'il est un habitué de la sous-location, ce postulat étant, selon lui, un simple pressentiment, les contrats de sous-location produits étant au nom de la société qui l'emploie.
En conclusion, le recourant affirme que la Cour cantonale devait fixer son revenu net à 5'202 fr. 30 et ses charges à 3'799 fr. 95 par mois, compte tenu d'un minimum vital de base complet pour un adulte vivant seul, de 1'200 fr.
En conclusion, le recourant affirme que la Cour cantonale devait fixer son revenu net à 5'202 fr. 30 et ses charges à 3'799 fr. 95 par mois, compte tenu d'un minimum vital de base complet pour un adulte vivant seul, de 1'200 fr.
4.2 4.2.1 S'agissant de ses revenus, le recourant se limite à alléguer qu'il n'est pas le bénéficiaire économique de la société qui l'emploie, que la fiduciaire ne réalise pas de bénéfices et que les montants crédités sur le compte de la société, qu'il utilise pour ses paiements privés, sont des sommes confiées par des clients. Ce faisant, le recourant se limite à livrer, de manière appellatoire, sa propre appréciation de la cause concernant sa situation professionnelle et ses gains, sans indiquer les éléments qui n'auraient pas été pris en considération par l'autorité précédente, ni désigner les preuves qui auraient été arbitrairement appréciées, pas plus qu'il n'expose la manière par laquelle il fixe dans son mémoire son revenu mensuel net à 5'291 fr. 55, puis à 5'202 fr. 30 (cf. supra consid. 4.1). De simples allégations de partie - fussent-elles même plausibles - ne suffisent pas à prouver un fait, à moins qu'elles ne soient corroborées par des pièces qui accréditent la thèse soutenue (arrêts 5A_723/2012 du 21 novembre 2012 consid. 4.2.1; 5A_225/2010 du 2 novembre 2010 consid. 3.2 non publié à l'<ref-ruling>), ce qui n'est pas le cas en l'espèce. En définitive, le recourant substitue sa propre appréciation de la cause à celle de l'autorité cantonale, sans tenir compte du raisonnement développé par celle-ci mais en le critiquant dès lors qu'il s'écarte du sien, et ne démontre pas en quoi l'autorité précédente aurait versé dans l'arbitraire. Sa critique de l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves consacrée à sa situation professionnelle est irrecevable, faute de motivation suffisante (<ref-law>, cf. supra consid. 2.1 et 2.2).
4.2.2 Concernant l'occupation de son logement, les constatations de fait que le recourant entend faire reconnaître, à savoir que sa compagne est titulaire d'un bail à loyer pour un appartement à D._ et en paie le loyer, ainsi que la seule cohabitation avec son cousin n'équivaut pas à une relation de couple, ont effectivement été prises en compte par la cour cantonale. A cet égard, il ressort de l'arrêt entrepris que les juges précédents ont admis que, nonobstant l'existence d'un contrat de bail au nom de l'amie du recourant et d'un deuxième colocataire solidaire, de nombreux indices - en particulier un courrier de son propre conseil et une facture - indiquaient que la compagne du recourant vit en réalité avec celui-ci (cf. supra consid. 3.3). Quant à l'hypothèse d'une cohabitation avec le cousin, l'autorité précédente a précisé que ce ménage commun justifiait en tout état de réduire ses charges, "à l'exception de son entretien de base" (cf. consid. 3.3 ci-dessus). Pour le surplus, le recourant s'en prend à la constatation selon laquelle il est un habitué des sous-locations, mais ne démontre pas en quoi la modification de l'état de fait sur ce point aurait un impact sur l'issue du litige, singulièrement sur le montant de ses charges. Quoi qu'il en soit, la décision querellée retient que le recourant a produit devant les autorités cantonales six contrats de sous-location le liant personnellement ou la fiduciaire qui l'emploie (cf. supra consid. 3.3) - ce qu'il admet par ailleurs dans son recours -, de sorte qu'il n'est pas insoutenable de retenir que le recourant est un habitué de ce procédé. Le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves par rapport à la fixation du montant des charges du recourant, eu égard principalement à l'occupation de son logement, est, autant que recevable (cf. supra consid. 2.2), mal fondé.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer une indemnité de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à se déterminer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 18 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Carlin