A.- Die 1945 geborene G._ bezog seit 1. Juli 1995 auf der Grundlage eines versicherten Verdienstes von Fr. 2689. - Taggelder der Arbeitslosenversicherung. Dabei ging die Arbeitslosenkasse der Gewerkschaft Bau & Industrie GBI, Zürich, gestützt auf die Angaben der Versicherten in ihrem Antrag auf Arbeitslosenentschädigung vom 3. Juni 1995, von einem 50 %igen Beschäftigungsgrad aus. Nachdem die IV-Stelle des Kantons Zürich G._ rückwirkend ab 1. Januar 1995 eine halbe Rente der Invalidenversicherung, basierend auf einem Invaliditätsgrad von 56 %, zugesprochen hatte, forderte die Arbeitslosenkasse von Juli 1995 bis Mai 1997 zuviel bezahlte Taggelder in der Höhe von Fr. 5160. 50 zurück und hielt gleichzeitig fest, dass sie diesen Betrag direkt mit den Leistungen der Invalidenversicherung verrechnen werde (Verfügung vom 3. Juni 1997). Zur Begründung gab sie an, der Rückforderungsbetrag ergebe sich aus der Berücksichtigung des von der Invalidenversicherung berechneten Invalideneinkommens von Fr. 2384. -, welches mit dem versicherten Verdienst gleichzusetzen sei.
B.- G._ ersuchte am 1. Juli 1997 beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich um Erlass des Rückforderungsbetrages. Auf den Hinweis des kantonalen Gerichtes hin, es werde das Gesuch ohne Gegenbericht der Versicherten der kantonalen Amtsstelle zur Bearbeitung weiterleiten, präzisierte G._, ihre Eingabe vom 1. Juli 1997 richte sich auch gegen die Rückforderungsverfügung vom 3. Juni 1997 und sei als Beschwerde zu behandeln. Das kantonale Gericht hob daraufhin die Verfügung der Arbeitslosenkasse vom 3. Juni 1997 in Gutheissung der Beschwerde auf und stellte fest, der versicherte Verdienst betrage Fr. 2689. - (Entscheid vom 27. September 1999).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die Arbeitslosenkasse, der kantonale Gerichtsentscheid sei aufzuheben; eventuell sei die Sache zur Neuberechnung der Rückforderungssumme auf der Basis eines infolge der reduzierten "Vermittlungsfähigkeit" auf Fr. 87.25 festzulegenden Taggeldes an die Verwaltung zurückzuweisen.
G._ und das Staatssekretariat für Wirtschaft lassen sich nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig und zu prüfen ist die Höhe des versicherten Verdienstes, nach welchem sich die der Beschwerdegegnerin für den Zeitraum Juli 1995 bis Mai 1997 zustehenden Arbeitslosentaggelder berechnen.
2.- Das kantonale Gericht hat die massgebenden gesetzlichen Bestimmungen über den versicherten Verdienst (<ref-law>), insbesondere bei unmittelbar vor oder während der Arbeitslosigkeit eine gesundheitliche Beeinträchtigung ihrer Erwerbsfähigkeit erleidenden Versicherten (Art. 40b [vom 1. Januar bis 30. November 1997: 40c] AVIV) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
3.- Nach <ref-law> muss die Kasse Leistungen der Versicherung, auf die der Empfänger keinen Anspruch hatte, zurückfordern. Hat eine Kasse Arbeitslosenentschädigung ausgerichtet und erbringt später eine andere Sozialversicherung für denselben Zeitraum Leistungen, die zu einer Rückforderung Anlass geben, so verlangt die Kasse beim zuständigen Versicherungsträger die Verrechnung (<ref-law>).
Eine auf Grund einer formell rechtskräftigen Verfügung ausgerichtete Leistung ist in der Sozialversicherung nur zurückzuerstatten, wenn entweder die für die Wiedererwägung oder die prozessuale Revision erforderlichen Voraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> Erw. 2a in fine). Diese Grundsätze finden auch dann Anwendung, wenn die zur Rückforderung Anlass gebenden Leistungen formlos verfügt worden sind (<ref-ruling> Erw. 1).
Gemäss einem allgemeinen Grundsatz des Sozialversicherungsrechts kann die Verwaltung eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hat, in Wiedererwägung ziehen, wenn sie zweifellos unrichtig und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-ruling> Erw. 3a, 173 Erw. 4a, 271 Erw. 2, 368 Erw. 3, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen). Von der Wiedererwägung ist die so genannte prozessuale Revision von Verwaltungsverfügungen zu unterscheiden. Danach ist die Verwaltung verpflichtet, auf eine formell rechtskräftige Verfügung zurückzukommen, wenn neue Tatsachen oder neue Beweismittel entdeckt werden, die geeignet sind, zu einer andern rechtlichen Beurteilung zu führen (<ref-ruling> Erw. 3a, 138 Erw. 2c, 173 Erw. 4a, 272 Erw. 2, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen). Erheblich können nur Tatsachen sein, die zur Zeit der Erstbeurteilung bereits bestanden, jedoch unverschuldeterweise unbekannt waren oder unbewiesen blieben (<ref-ruling> Erw. 3a, 477 Erw. 1a, je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung gilt der von der Invalidenversicherung (oder der SUVA) ermittelte Invaliditätsgrad als erhebliche neu entdeckte Tatsache, deren Unkenntnis die Arbeitslosenkasse nicht zu vertreten hat (ARV 1998 Nr. 15 S. 81 Erw. 5a, 1996/1997 Nr. 43 S. 238 Erw. 5a, je mit Hinweisen).
4.- Die Versicherte war vom 1. April 1988 bis 31. Januar 1994 zu 100 %, vom 1. Februar 1994 bis 30. April 1994 zu 80 % und vom 1. Mai 1994 bis 30. Juni 1995 zu 50 % als Sekretärin bei der Firma Z._ AG beschäftigt. Das Arbeitsverhältnis wurde von der Firma Z._ AG aufgelöst, weil die Leistungen der Beschwerdegegnerin ungenügend waren. In Anbetracht der Tatsache, dass die Invalidenversicherung ihr rückwirkend ab 1. Januar 1995 eine halbe Invalidenrente, entsprechend einem Invaliditätsgrad von 56 % zugesprochen hat, steht fest, dass sie den Lohn im Betrag von monatlich Fr. 2689. - (inklusive 13. Monatslohn anteilsmässig) in der Zeit vom 1. Januar bis 30. Juni 1995 bereits mit eingeschränkter Erwerbsfähigkeit realisiert hatte. Dieses monatliche Einkommen war massgebend für die Höhe der an die Arbeitslosenversicherung geleisteten Beiträge; dasselbe Einkommen muss unter den vorliegenden Umständen auch die Grundlage für die Berechnung der Arbeitslosenentschädigung bilden (nicht veröffentlichtes Urteil M. vom 17. Juni 1993, C 89/92). Eine Reduktion des ursprünglich von der Arbeitslosenkasse auf Fr. 2689. - festgelegten versicherten Verdienstes (entsprechend dem im letzten Beitragsmonat vor Beginn der Rahmenfrist für den Leistungsbezug erzielten Lohn; <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) rechtfertigt sich nicht, da sonst der Invalidität der Beschwerdegegnerin doppelt Rechnung getragen würde. Die Ermittlung eines Invaliditätsgrades von 56 % durch die Invalidenversicherung stellt nach dem in Erw. 3 in fine Gesagten eine neue Tatsache dar. Die Arbeitslosenkasse konnte daher im Rahmen einer prozessualen Revision - und somit nicht wiedererwägungsweise, wie im angefochtenen Entscheid angenommen wird - zwar auf die ausbezahlten Taggelder zurückkommen.
Da die Invalidität bei der ursprünglichen Berechnung des versicherten Verdienstes bereits Berücksichtigung fand, ergibt sich allerdings, dass die Höhe der geleisteten Arbeitslosenentschädigung korrekt ist. Demzufolge hat das kantonale Gericht die Rückforderungsverfügung der Arbeitslosenkasse vom 3. Juni 1997 im Ergebnis zu Recht aufgehoben.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Amt für Wirtschaft und Arbeit, Arbeitslosenversicherung, Zürich, und dem Staatssekretariat für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 11. Oktober 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: