Sachverhalt:
A. Die 1981 geborene M._ reiste am 4. Dezember 2000 in die Schweiz ein. Am 15. Januar 2001 wurde ihr ein CAPD-Katheter Typ Tenckhoff zur Peritonealdialyse implantiert und am 8. Oktober 2001 eine Lebendnierentransplantation durchgeführt. M._ entrichtete ab 1. Januar 2002 (Nichterwerbstätigen-)Beiträge. Am 6. Dezember 2007 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an und beanspruchte unter Hinweis auf eine chronische Niereninsuffizienz berufliche Massnahmen und Rente. Eine Erwerbstätigkeit übte sie in der Schweiz abgesehen von einem viermonatigen Praktikum in einem Coiffeur-Salon nie aus. Nach medizinischen Abklärungen und einem Gespräch mit der IV-Berufsberatung teilte die IV-Stelle des Kantons Obwalden M._ am 20. August 2008 mit, es werde ihr Beratung und Unterstützung bei der Stellensuche gewährt. Mit Vorbescheid vom 10. Oktober 2008 lehnte die IV-Stelle hingegen einen Anspruch auf Arbeitsvermittlung und Rente ab. Nach Einreichung von Berichten der Frau Dr. med. B._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 16. Oktober und 15. November 2008 im Rahmen des Einwandes gegen den Vorbescheid veranlasste die IV-Stelle eine interdisziplinäre Expertise im Medizinischen Zentrum X._ (Gutachten vom 26. August 2009). Gestützt darauf wies sie das Leistungsbegehren mit neuem Vorbescheid vom 2. Oktober 2009 wiederum ab. Nach dem dagegen erhobenen Einwand (unter Einreichung eines weiteren Berichts der Frau Dr. med. B._ vom 2. November 2009) sowie einer erneuten Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes, RAD, vom 20. Januar 2010 hielt die IV-Stelle mit Verfügung vom 26. März 2010 an der Abweisung des Leistungsbegehrens fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden mit Entscheid vom 11. November 2011 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ beantragen, es sei ihr ab Januar 2003 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen und es seien Massnahmen zur beruflichen Eingliederung zu treffen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem lässt sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersuchen.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (<ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf berufliche Massnahmen sowie auf eine Rente.
Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze zur Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), zur Invalidität (<ref-law>) und zu deren Eintritt (<ref-law>) sowie zum Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung von ausländischen Staatsangehörigen (<ref-law>), im Besonderen aus dem ehemaligen Jugoslawien gestützt auf das Sozialversicherungsabkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Föderativen Volksrepublik Jugoslawien über Sozialversicherung vom 8. Juni 1962, zutreffend dargelegt. Richtig ist insbesondere, dass das genannte Abkommen im Zeitpunkt der angefochtenen Verfügung vom 29. März 2010 auch noch im Verhältnis zum Kosovo anwendbar war, weshalb hier Art. 8 lit. a des Abkommens Berücksichtigung findet (wonach für den Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen vorausgesetzt wird, dass Wohnsitz in der Schweiz besteht und unmittelbar vor Eintritt der Invalidität während mindestens eines vollen Jahres Beiträge entrichtet wurden) und sich zudem der Zeitpunkt des Eintritts der Invalidität nach Schweizerischem Recht bestimmt (<ref-ruling> E. 1b S. 263). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Was zunächst den Anspruch auf Arbeitsvermittlung betrifft, nahm die IV-Stelle an, im Zeitpunkt, da bei der Versicherten berufliche Massnahmen erstmals angezeigt gewesen seien (gemäss Bericht des Spitals Y._ vom 6. November 2002 im November 2002), seien die versicherungsmässigen Voraussetzungen eines vollen Beitragsjahres nicht erfüllt gewesen, weshalb kein Anspruch bestehe. Die Vorinstanz nahm für den Eintritt der leistungsspezifischen Invalidität einen früheren Zeitpunkt an (Oktober 2001, wenn nicht bereits bei ihrer Einreise in die Schweiz am 4. Dezember 2000) und verneinte ebenso einen Anspruch auf Grund der fehlenden versicherungsmässigen Voraussetzung. Demgegenüber stellt sich die Beschwerdeführerin auf den Standpunkt, im November 2002 sei noch keine Invalidität eingetreten, dies unter anderem deshalb, weil der erforderliche stabile Dauerzustand noch nicht erreicht worden sei.
3.2 Gemäss <ref-law> in der bis 31. Dezember 2003 gültig gewesenen Fassung wurde eingliederungsfähigen Versicherten nach Möglichkeit geeignete Arbeit vermittelt. An die mit der Aufnahme einer unselbstständigen Erwerbstätigkeit verbundenen Kosten für Berufskleider und persönliche Werkzeuge sowie an die durch die Invalidität bedingten Umzugskosten konnten Beiträge gewährt werden. Nach <ref-law> in der Fassung gemäss 4. IVG-Revision, in Kraft vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007, hatten eingliederungsfähige invalide Versicherte Anspruch auf aktive Unterstützung bei der Suche eines geeigneten Arbeitsplatzes sowie auf begleitende Beratung im Hinblick auf die Aufrechterhaltung eines bestehenden Arbeitsplatzes. Sodann bestimmt <ref-law> in der seit 1. Januar 2008 geltenden Fassung, dass arbeitsunfähige (<ref-law>) Versicherte, welche eingliederungsfähig sind, Anspruch haben auf: aktive Unterstützung bei der Suche eines geeigneten Arbeitsplatzes (lit. a); begleitende Beratung im Hinblick auf die Aufrechterhaltung ihres Arbeitsplatzes (lit. b). Die IV-Stelle veranlasst diese Massnahmen unverzüglich, sobald eine summarische Prüfung ergibt, dass die Voraussetzungen dafür erfüllt sind (Abs. 2). Die leistungsspezifische Invalidität ist im Rahmen dieser Bestimmung schon wegen relativ geringen gesundheitlich bedingten Schwierigkeiten bei der Suche nach einer Arbeitsstelle erfüllt (<ref-ruling> E. 6a S. 81 mit Hinweis; AHI 2000 S. 69, E. 2b und S. 70, E. 1a; vgl. aber auch SVR 2006 IV Nr. 45, S. 162, I 427/05), grundsätzlich genügt ein Invaliditätsgrad von 10 %.
Eine für die Arbeitsvermittlung massgebende Invalidität liegt daher vor, wenn der Versicherte bei der Suche nach einer geeigneten Arbeitsstelle aus gesundheitlichen Gründen Schwierigkeiten hat (<ref-ruling> E. 6a S. 81 mit Hinweis; AHI 2000 S. 69 E. 2b), d.h. es muss für die Bejahung einer Invalidität im Sinne von <ref-law> zwischen dem Gesundheitsschaden und der Notwendigkeit der Arbeitsvermittlung ein Kausalzusammenhang bestehen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; Urteil I 776/04 vom 29. März 2005, E. 3.1 mit Hinweis). Gesundheitliche Schwierigkeiten bei der Suche einer neuen Arbeitsstelle erfüllen den leistungsspezifischen Invaliditätsbegriff, wenn die Behinderung bleibend oder während voraussichtlich längerer Zeit (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) Probleme bei der - in einem umfassenden Sinn verstandenen - Stellensuche selber verursacht. Zur Arbeitsvermittlung nach <ref-law> ist im Weiteren berechtigt, wer aus invaliditätsbedingten Gründen spezielle Anforderungen an den Arbeitsplatz (z.B. Sehhilfen) oder den Arbeitgeber (z.B. Toleranz gegenüber invaliditätsbedingt notwendigen Ruhepausen) stellen muss und demzufolge aus invaliditätsbedingten Gründen für das Finden einer Stelle auf das Fachwissen und entsprechende Hilfe der Vermittlungsbehörden angewiesen ist. Dies gilt auch für Versicherte, die in einer leidensangepassten Tätigkeit voll arbeitsfähig sind. Bei der Frage der Anspruchsberechtigung nicht zu berücksichtigen sind demgegenüber invaliditätsfremde Probleme bei der Stellensuche wie etwa Sprachschwierigkeiten (im Sinne fehlender Kenntnisse der Landessprache; zum Ganzen: AHI 2003 S. 269 f. E. 2c mit Hinweisen, I 421/01, SVR 2006 IV Nr. 45 S. 164, E. 4.2, I 427/05). Schliesslich ist für den Anspruch auf Arbeitsvermittlung vorausgesetzt, dass die versicherte Person objektiv und subjektiv eingliederungsfähig ist (vgl. AHI 2002 S. 109 f. E. 3b; SVR 2005 IV Nr. 30 S. 114 f. E. 3.3, I 605/04; Urteile I 265/05 vom 3. Oktober 2005, E. 3.2, und I 776/04 vom 29. März 2005, E. 4.2).
3.3 Im Diagnosekatalog des Dr. med. G._, Spital Y._, vom 6. November 2002 zum Verlauf vor und nach der Nierentransplantation sowie bis zur ersten Jahreskontrolle (bis 22. Oktober 2002) wird festgestellt, die Versicherte sei 100 % arbeitsfähig und suche im Moment eine Arbeitsstelle. Wenn die IV-Stelle angenommen hat, in diesem Zeitpunkt seien erstmals berufliche Massnahmen in Form von Arbeitsvermittlung angezeigt gewesen und damit sei die leistungsspezifische Invalidität eingetreten, ist dies nicht zu beanstanden. Denn in diesem Zeitpunkt ist seit der Einreise der Versicherten in die Schweiz erstmals ausgewiesen, dass sie eine Arbeitsstelle sucht und gleichzeitig auch eine Arbeitsfähigkeit besteht, womit die eingliederungsspezifischen Voraussetzungen erstmals als erfüllt gelten können.
Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, ist nicht stichhaltig: Soweit sie bemängelt, der für eine Invalidität erforderliche stabile Dauerzustand habe in diesem Zeitpunkt noch nicht bestanden, so trifft es zwar zu, dass sich im Jahr 2007 Rückschläge ergaben (so war die Beschwerdeführerin vom 9. bis 26. August 2007 und 9. bis 29. Oktober 2007 wegen einer erneuten Transplantat-Pyelonephritis hospitalisiert und am 9. November 2007 erfolgte ein urologischer Eingriff), ohne dass jedoch weitere Arbeitsunfähigkeiten festgestellt worden wären. Sie hatten - wie gutachterlich festgestellt wurde - keine langfristigen Auswirkungen auf die bestehende Arbeitsfähigkeit. Vielmehr wurde im beweiskräftigen und überzeugenden Gutachten des Medizinischen Zentrums X._ (vgl. dazu unten E. 4) ausgeführt, dass die Arbeitsfähigkeit seit Oktober 2001 im gleichen Ausmass bestehe und den gleichen Einschränkungen unterliege, wobei die von verschiedenen Ärzten attestierten Arbeitsunfähigkeiten rein therapeutisch zu begründen seien.
Schliesslich ändert entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch die Mitteilung vom 20. August 2008 nichts, wonach ihr Arbeitsvermittlung gewährt werde. Wie aus dem Feststellungsblatt der IV-Stelle hervorgeht, hielt diese am 8. Oktober 2008 fest, die versicherungsmässigen Voraussetzungen seien nicht erfüllt. Zum Zeitpunkt, als berufliche Massnahmen erstmals angezeigt gewesen seien, sei die Beitragszeit nicht erfüllt gewesen. Trotzdem hätten sie der Versicherten im Geiste der 5. IV-Revision mitgeteilt, sie würden bei der Arbeitsvermittlung Hand bieten und hätten sie zu einem Gespräch eingeladen. Die Mitteilung war damit offensichtlich unrichtig. Die Beschwerdeführerin wurde denn auch bereits anlässlich des persönlichen Gesprächs vom 22. September 2008 ausdrücklich darauf hingewiesen, dass mangels hinreichender Beitragszeit kein Anspruch bestehe, wie aus dem entsprechenden Bericht der Berufsberatung vom 23. September 2008 hervorgeht. Im Übrigen erhellt daraus, dass die Versicherte auch die subjektive Eingliederungsfähigkeit nicht erfüllt, betrachtete sie sich doch im erwähnten Gespräch selbst als nicht arbeitsfähig.
4. 4.1 Was sodann den Rentenanspruch betrifft, hat das kantonale Gericht gestützt auf das interdisziplinäre (internistische, rheumatologische und psychiatrische) Gutachten des Medizinischen Zentrums X._ vom 26. August 2009 festgestellt, die Beschwerdeführerin sei seit Oktober 2001 nach wie vor voll arbeitsfähig in einer leidensangepassten leichten bis mittelschweren Tätigkeit, weise aber bleibend nicht mehr ein umfassendes Belastungsprofil auf, sondern es kämen nur noch gewisse Arbeiten in Frage (in wohltemperierten Räumen, in einwandfreier hygienischer Umgebung, mit geregelten Arbeitszeiten, ohne Schichtbetrieb); schwere Arbeiten würden von vornherein wegfallen. Die Tätigkeit als Coiffeuse wäre der Versicherten aus interdisziplinärer Sicht vollschichtig zumutbar. Weiter hat sie die von der Verwaltung festgelegten Vergleichseinkommen bestätigt und bei einem resultierenden Invaliditätsgrad von 33 % einen Rentenanspruch verneint.
4.2 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht zu überzeugen:
Wie das kantonale Gericht zutreffend festgestellt hat, genügt das Gutachten des Medizinischen Zentrums X._ vom 26. August 2009 den bundesrechtlichen Anforderungen an die Beweiskraft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis): Es beruht auf eigener Untersuchung der Beschwerdeführerin, und die Experten berücksichtigten die geklagten Beschwerden sowie die im Zeitpunkt ihrer Einschätzung bei der Verwaltung vorhandenen medizinischen Unterlagen. Die diesbezüglichen Vorbringen der Beschwerdeführerin erschöpfen sich in appellatorischer Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung und Sachverhaltsfeststellung (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 246), was im Rahmen von Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG nicht ausreicht (vgl. Urteile 9C_706/2011 vom 26. September 2011 und 9C_366/2011 vom 31. Mai 2011). Insbesondere hat die Vorinstanz einlässlich und überzeugend dargetan, weshalb die Berichte der Frau Dr. med. B._ das Gutachten auch in psychiatrischer Hinsicht nicht in Zweifel zu ziehen vermögen. Die Beschwerdeführerin bringt nichts vor, was die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig oder die von ihr daraus gezogenen Schlussfolgerungen als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Das kantonale Gericht durfte bei der im konkreten Fall gegebenen Aktenlage in pflichtgemässer antizipierender Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 5.2 S. 69; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236) auf weitere Abklärungen verzichten.
Schliesslich vermögen in erwerblicher Hinsicht auch die Einwände zur Zumutbarkeit der Tätigkeit als Coiffeuse nicht zu überzeugen: Dass die Versicherte unter anderem mit chemischen Substanzen wie Haarfärbe- oder Dauerwellenmitteln arbeiten muss, ändert an der Zumutbarkeit nichts, geht es doch bei der Frage der hygienischen Umgebung nicht um Allergien, sondern um das Risiko von Harnwegsinfekten.
In erwerblicher Hinsicht kann lediglich festgehalten werden, dass für die von der IV-Stelle - beim Einkommensvergleich - angenommene Leistungsminderung von 25 % grundsätzlich kein Raum (mehr) verbleibt, zumal es sich dabei um eine vorläufige Beurteilung des RAD vom 23. September 2008 handelt.
4.3 Zusammenfassend haben Vorinstanz und Verwaltung einen Anspruch auf Arbeitsvermittlung und Rente zu Recht abgelehnt.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin grundsätzlich die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Ihrem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann jedoch entsprochen werden, da die hierfür erforderlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> hingewiesen, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Dr. Kurt Sintzel, Zürich, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'500.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Mai 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Helfenstein Franke