Faits:
A. Le 17 août 2006, l'Office fédéral des transports a rendu une décision d'approbation des plans, au sens des art. 18 ss de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF) pour le deuxième tronçon de la ligne de tramway Cornavin-Meyrin-CERN (ligne TCMC) dans l'agglomération genevoise, entre les Avanchets et le CERN. En approuvant les plans, l'Office fédéral a rejeté une opposition formée par A._.
B. A._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission fédérale de recours en matière d'infrastructures et d'environnement (CRINEN). Le 8 novembre 2006, les Transports publics genevois (TPG) - compagnie qui a obtenu une extension de la concession fédérale pour construire et exploiter la ligne de tramway précitée - ont demandé le retrait de l'effet suspensif au recours.
Statuant le 12 décembre 2006, la Vice-présidente de la Commission de recours a admis la requête des TPG tendant au retrait de l'effet suspensif "à l'exception de l'aménagement des mesures de circulation prévues dans le périmètre situé entre la rue Lect, l'avenue de Feuillasse, la rue De-Livron et la rue des Boudines" (ch. 3 du dispositif de la décision). Il ressort des motifs de cette décision que la recourante A._, en sa qualité de propriétaire du Centre commercial de Meyrin (CCM) - attenant au périmètre délimité par les quatre rues précitées -, s'était opposée au retrait de l'effet suspensif non pas pour la totalité du deuxième tronçon mais pour un secteur de celui-ci, à savoir pour la partie de la ligne située sur les plans entre les profils en travers nos 128 et 157 (voir spécialement plan 2342-706-D). Il s'agit d'un secteur proche du centre commercial, à Meyrin (entre le milieu d'un viaduc projeté à la rue Lect et la promenade de Corzon). Dans son appréciation, la Vice-présidente a opposé d'une part l'intérêt de la recourante au maintien du statu quo, soit essentiellement la possibilité d'accéder en automobile au parking principal du centre commercial depuis la rue De-Livron, la faculté d'aller directement du parking principal (P1) à un second parking (P2) et la conservation de certaines places de stationnement, et d'autre part "l'intérêt des TPG et de l'État de Genève de mener les travaux sans délai aux fins de respecter le planning de mise en service du TCMC sur l'ensemble de sa longueur et en particulier de desservir la Cité Meyrin dans un délai raisonnable". A ce propos, la possibilité de démarrer rapidement le chantier du viaduc Lect a en particulier été mentionnée.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision de la Vice-présidente de la Commission fédérale de recours et de confirmer l'effet suspensif de son recours soumis à ladite Commission "en tant que celui-ci concerne la construction du TCMC depuis le début du viaduc Lect (à partir du profil en travers n° 128 selon le plan d'emprise n° 2342-706-D [...]) jusqu'au milieu de la promenade du Corzon, soit au droit du profil en travers n° 157 [...]". La recourante soutient que, vu l'objet de la contestation, il n'y a pas d'intérêts suffisants pour justifier le retrait de l'effet suspensif accordé par la loi (<ref-law>).
Les Transports publics genevois concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
L'Office fédéral des transports a renoncé à répondre au recours.
Le Tribunal administratif fédéral a été invité à présenter ses observations, dès lors qu'il lui incombe depuis le 1er janvier 2007 de traiter les recours pendants à la fin de l'année précédente devant les anciennes commissions fédérales de recours (dont la CRINEN). Ce Tribunal propose le rejet du recours en se référant à la décision attaquée.
A._ a été autorisée, à sa demande, à déposer une écriture complémentaire pour se déterminer sur les réponses. Elle persiste dans les conclusions de son recours de droit administratif.
D. Le Président de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a, par une ordonnance du 6 février 2007, rejeté la demande d'effet suspensif présentée par la recourante.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. La décision attaquée ayant été rendue avant le 1er janvier 2007, la loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ) demeure applicable à la présente procédure de recours (<ref-law>).
2. La décision attaquée, qui retire l'effet suspensif à un recours contre une décision d'approbation des plans fondée sur la loi fédérale sur les chemins de fer (<ref-law> [RS 742.101]), est à l'évidence une décision incidente. Le recours de droit administratif n'est recevable contre une décision incidente, prise séparément, qu'à la double condition que cette voie de droit soit ouverte contre la décision finale, ce qui résulte de l'art. 101 let. a OJ (cette condition est remplie en l'espèce), et que, comme le prévoit la jurisprudence en se référant à l'<ref-law>, la décision incidente soit de nature à causer un préjudice irréparable au recourant. De ce point de vue, il suffit cependant que le recourant ait un intérêt digne de protection à ce que la décision attaquée soit immédiatement annulée ou modifiée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 186 et les arrêts cités).
D'après la recourante, la réalisation des travaux de construction de la ligne de tramway litigieuse rendrait plus difficile l'accès à son centre commercial, certains points de passage pour le trafic routier devant être supprimés. Ce centre, qui regroupe plusieurs commerces, est important, il est fréquenté par des nombreux clients qui souvent s'y rendent en automobile, et il est situé à proximité de la rue De-Livron, où devrait être implantée la ligne de tramway. Comme la procédure de recours devant l'autorité inférieure - actuellement: le Tribunal administratif fédéral - devrait encore durer quelques mois, il faut reconnaître à la recourante un intérêt digne de protection à ce que la décision attaquée soit annulée et, partant, à ce que l'effet suspensif soit restitué. Les autres conditions de recevabilité du recours de droit administratif sont remplies et il y a lieu d'entrer en matière.
3. Il convient en premier lieu d'examiner la réglementation du droit fédéral en matière d'effet suspensif. Le Tribunal fédéral se prononce d'office à ce sujet, étant lié par les conclusions des parties mais non pas par les motifs qu'elles invoquent (art. 114 al. 1 OJ).
3.1 Les dispositions de la loi fédérale sur la procédure administrative (PA; RS 172.021) étaient applicables à la procédure de recours devant la Commission fédérale de recours en matière d'infrastructures et d'environnement (CRINEN). La question de l'effet suspensif était alors réglée à l'<ref-law>. Depuis le 1er janvier 2007, les procédures pendantes devant cette commission ont été transmises au Tribunal administratif fédéral. A défaut de dispositions spécifiques sur l'effet suspensif dans la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32), cette question est toujours régie par l'<ref-law>, en vertu du renvoi général à la PA de l'<ref-law>.
Aux termes de l'<ref-law>, le recours a effet suspensif. Conformément à l'<ref-law>, l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut retirer l'effet suspensif après le dépôt du recours, sauf si la décision attaquée porte sur une prestation pécuniaire (la rédaction de ce second alinéa de l'<ref-law> a été revue lors de l'adoption de la LTAF mais les conditions du retrait de l'effet suspensif n'ont pas été modifiées - cf. RO 2006 p. 2223). L'<ref-law> réserve les dispositions d'autres lois fédérales prévoyant qu'un recours n'a pas d'effet suspensif.
Le régime de l'<ref-law>, où la loi prévoit que le recours a par lui-même effet suspensif, n'est pas celui qui est applicable en cas de recours au Tribunal fédéral. Actuellement, en vertu de l'<ref-law>, le recours en matière de droit public n'a en règle générale pas d'effet suspensif, mais le juge instructeur peut, d'office ou sur requête d'une partie, statuer différemment à ce sujet (<ref-law>). Dans la procédure de recours de droit administratif au Tribunal fédéral selon les anciens art. 97 ss OJ, la loi prévoit également que l'effet suspensif doit le cas échéant être ordonné, sauf si la décision attaquée porte condamnation à une prestation en argent (art. 111 OJ).
3.2 La procédure d'approbation des plans de construction de chemins de fer - applicable notamment à la construction de tramways (<ref-law>) - est régie par les <ref-law>, chapitre de la loi révisé lors de l'adoption le 18 juin 1999 de la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures de décision (en vigueur depuis le 1er janvier 2000 - cf. RO 1999 p. 3071). L'<ref-law> précise que cette procédure est également régie, subsidiairement, par la loi fédérale sur l'expropriation (LEx; RS 711). Le législateur a ainsi, en 1999, regroupé ou combiné les procédures d'approbation des plans et d'expropriation afin que toutes les oppositions, notamment celles en matière d'expropriation, soient traitées lors de l'approbation des plans; l'estimation des prétentions produites par les expropriés fera en revanche l'objet d'une procédure distincte (cf. art. 18h al. 1 et art. 18k al. 1 LCdF; cf. Message relatif à la loi fédérale sur la coordination précitée, FF 1998 p. 2231).
Lors de la révision de 1999, il a été expressément prévu, à l'<ref-law>, qu'une décision d'approbation des plans prise par l'Office fédéral des transports pouvait faire l'objet d'un recours à la Commission fédérale de recours (CRINEN). La procédure de recours n'a pas été réglée plus précisément; en particulier, aucune disposition spéciale n'a été prévue pour l'effet suspensif, ce dont on peut déduire une application sans réserve de la réglementation de l'art. 55 al. 1 et 2 PA. L'alinéa 5 de l'<ref-law> a été abrogé avec effet au 1er janvier 2007, la voie de recours à la CRINEN n'étant plus ouverte depuis que le Tribunal administratif fédéral est compétent en cette matière (RO 2006 p. 2266).
3.3 Le Conseil fédéral, qui doit arrêter les prescriptions d'exécution de la loi sur les chemins de fer (<ref-law>), a adopté le 2 février 2000 - soit peu après l'entrée en vigueur des nouveaux <ref-law> - une ordonnance sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires (OPAPIF; RS 742.142.1). Cette ordonnance abroge une ancienne ordonnance du 23 décembre 1932 sur les projets de construction de chemins de fer (<ref-law>). L'<ref-law> (dont le titre est "notification de l'approbation des plans et début de la construction") contient un alinéa 3 dont la teneur est la suivante:
"La construction de l'installation ne peut commencer qu'une fois la décision d'approbation entrée en force." (En allemand: "Mit dem Bau der Anlage darf erst gestützt auf eine rechtskräftige Plangenehmigung begonnen werden".)
Le Tribunal fédéral peut en principe revoir la légalité des ordonnances du Conseil fédéral (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 44; <ref-ruling> consid. 4 p. 275 et les arrêts cités). Précisément, la légalité de l'<ref-law> est douteuse.
En procédure ordinaire, dans le cadre des <ref-law>, la décision d'approbation des plans prise par l'Office fédéral des transports est l'unique décision de l'administration fédérale. Cette décision permet en principe la construction de l'installation ferroviaire, sans qu'il soit nécessaire d'obtenir d'autres autorisations fondées sur le droit fédéral (<ref-law>) ou sur le droit cantonal (<ref-law>). Dans ce régime légal, une décision d'approbation des plans peut donc être qualifiée d'exécutoire (en allemand: vollstreckbar) si elle n'est pas attaquée devant l'autorité de recours (CRINEN ou Tribunal administratif fédéral). En cas de recours, la décision peut être exécutoire avant d'être formellement en force (en allemand: rechtskräftig), si le moyen juridictionnel ordinaire exercé contre elle ou susceptible de l'être n'a pas d'effet suspensif ou en a été privé, par exemple par une décision incidente de retrait de l'effet suspensif fondée sur l'<ref-law>.
En ne permettant pas d'effectuer la construction avant l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, l'<ref-law>, s'il était appliqué strictement, priverait l'entreprise concessionnaire de la possibilité de commencer les travaux, quand bien même la décision serait exécutoire soit à la suite d'un retrait d'effet suspensif sur la base de l'<ref-law> (en cas de recours pendant devant la CRINEN ou le Tribunal administratif fédéral), soit à cause du refus du juge instructeur de prononcer l'effet suspensif (en cas de recours au Tribunal fédéral - cf. art. 111 al. 2 OJ, <ref-law>). Par ailleurs, cela pourrait également priver de portée concrète une décision du juge de l'expropriation prononçant l'envoi en possession anticipé en application de l'art. 76 LEx. L'<ref-law> permet en effet au président de la commission d'estimation d'autoriser l'envoi en possession anticipé "lorsque la décision d'approbation des plans est exécutoire". Cette question est désormais réglée, dans le cadre de la nouvelle procédure combinée de la loi sur les chemins de fer, tandis que l'art. 76 al. 1 LEx ne définit pas clairement le stade de la procédure à partir duquel l'envoi en possession anticipé peut être ordonné (cette mesure peut en principe être requise "en tout temps"). C'est délibérément que le législateur, en adoptant l'<ref-law>, a autorisé un envoi en possession anticipé, et partant le début des travaux, à un moment où la décision est certes exécutoire - parce qu'un recours formé contre elle n'a pas ou plus d'effet suspensif - mais pas encore en force (cf. Message du Conseil fédéral relatif à la loi fédérale sur la coordination, FF 1998 p. 2253 et 2267).
Il convient encore de relever qu'avant l'adoption des nouvelles règles sur la procédure d'approbation des plans (<ref-law>), l'art. 34 de l'ancienne ordonnance sur les projets de constructions de chemins de fer fixait le moment du début des travaux (RO 1984 p. 1443). La jurisprudence a été amenée à interpréter cette disposition, qui n'était pas claire. Le Tribunal fédéral a notamment considéré que pour ne pas priver l'art. 76 LEx de toute portée, il ne fallait pas subordonner l'envoi en possession anticipé et le début des travaux à l'entrée en force de la décision d'approbation des plans (décision "définitive" ou "rechtskräftig"), comme le texte de l'art. 34 pouvait le laisser penser, mais que ces travaux pouvaient commencer, en cas de recours, après la décision du Département fédéral, alors compétent comme autorité de recours hiérarchique et autorité de surveillance (ATF 115 lb 424 consid. 6 p. 437 ss).
Il résulte de ce qui précède que si le Conseil fédéral avait formulé l'<ref-law> en ce sens que "la construction de l'installation ne peut commencer qu'une fois la décision d'approbation exécutoire" ("eine vollstreckbare Plangenehmigung"), cette disposition n'aurait pas été critiquable du point de vue des règles générales de la procédure administrative sur l'effet suspensif des recours (<ref-law>, <ref-law>, art. 111 al. 2 OJ), ni du point de vue de la réglementation de l'envoi en possession anticipé (art. 76 LEx, <ref-law>). En revanche, en retenant le critère de l'entrée en force, l'auteur de l'ordonnance n'a pas tenu compte du système légal, qui n'exclut pas le début des travaux alors qu'un recours est pendant, moyennant le retrait ou le refus de l'effet suspensif, et qui permet aussi à ce stade l'envoi en possession anticipé. Ce système légal s'appliquant non seulement à la construction des chemins de fer mais également à celle de la plupart des installations régies par le droit fédéral, on ne voit aucun motif de considérer que le Conseil fédéral aurait à ce sujet, en vertu de la clause de l'<ref-law> sur les prescriptions d'exécution, une marge d'appréciation dont il faudrait tenir compte. Au contraire, il n'y a aucun intérêt à différer par principe la réalisation des projets ferroviaires lorsqu'ils font l'objet de décisions d'approbation des plans exécutoires. Il s'ensuit, dans la présente affaire, que l'<ref-law> - que la recourante n'a au demeurant pas invoqué - n'a pas à être pris en considération et que la décision attaquée ne viole pas le droit fédéral du seul fait qu'elle permet le commencement des travaux avant l'entrée en force de la décision d'approbation des plans.
4. Sur le fond, la recourante soutient qu'il n'existe pas d'intérêts suffisants pour justifier le retrait de l'effet suspensif, compte tenu de son propre intérêt au maintien du statu quo. La recourante précise qu'elle ne conteste pas le principe de la réalisation du tramway TCMC. En substance, elle critique l'emplacement des voies dans un secteur de la ville de Meyrin. Elle fait valoir qu'une fois la ligne construite, il ne serait plus, ou guère envisageable d'en modifier l'implantation.
4.1 La requête des TPG tendant au retrait de l'effet suspensif n'a été que partiellement admise puisque cette mesure provisionnelle reste en vigueur en ce qui concerne "l'aménagement des mesures de circulation prévues" dans un périmètre voisin du centre commercial de la recourante. La portée de cette réserve, dans la décision attaquée, n'est pas claire. On ne saurait toutefois y voir une garantie, pour la recourante, que l'accès des véhicules au centre commercial ne serait pas rendu plus difficile, ou moins pratique, par rapport à la situation actuelle.
4.2 Il est vrai qu'en cas d'admission du recours pendant devant le Tribunal administratif fédéral - dans l'hypothèse où une telle décision serait prise après la réalisation des travaux de construction de la ligne entre les "profils en travers" n° 128 et 157 -, un déplacement des voies serait une opération onéreuse. Elle n'apparaît toutefois pas physiquement d'emblée impossible, vu la configuration des lieux.
4.3 Cela étant, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral dans une telle situation est restreint. Le juge compétent, en instance inférieure, a dû effectuer à ce stade une pesée des intérêts prima facie. Il disposait d'un important pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral doit examiner s'il y a eu abus ou excès de ce pouvoir d'appréciation (art. 104 let. a OJ) et il ne doit pas interpréter la règle de l'<ref-law> dans ce sens qu'un retrait de l'effet suspensif devrait être fondé sur des motifs extraordinaires. En somme, le Tribunal fédéral n'annulera la décision de première instance que si la prise en considération d'intérêts essentiels a été omise, si de tels intérêts ont été appréciés de manière manifestement fausse, ou si encore la solution adoptée aboutit à préjuger de manière inadmissible du sort de la cause, ce qui empêcherait une bonne application du droit fédéral (ATF 129 Il 286 consid. 3 p. 289).
En l'espèce, il n'y a pas de tels motifs d'annuler la décision de retrait de l'effet suspensif. La Vice-présidente de la Commission fédérale de recours a effectué une pesée des intérêts en prenant en considération les éléments pertinents, à savoir les intérêts des TPG et ceux de la recourante, qui invoque uniquement les restrictions d'accès à son centre commercial. Le résultat de cette pesée des intérêts n'est pas manifestement faux. Au demeurant, il s'agit d'un régime provisoire, qui pourra éventuellement être revu au fur et à mesure de l'évolution du chantier et de l'avancement de la procédure. Enfin, on ne voit pas en quoi une telle décision compromettrait, en définitive, la bonne application du droit fédéral en matière de chemins de fer ou de protection de l'environnement.
Il s'ensuit que le recours de droit administratif doit être rejeté.
5. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais du présent arrêt (art. 153, 153a et 156 al. 1 OJ). Les TPG, en tant qu'établissement de droit public, n'ont pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 et 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, à l'Office fédéral des transports et au Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 12 avril 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: