Sachverhalt:
A. X._ fuhr am 23. September 2010 mit seinem Personenwagen um ca. 17:50 Uhr auf der Überholspur der Autobahn A1-Ost in Richtung Kirchberg. Es herrschte reger Verkehr. Unmittelbar vor ihm befand sich der von Y._ gelenkte Personenwagen, vor diesem der von Z._ gelenkte. Die Geschwindigkeit der drei Fahrzeuge betrug rund 100 km/h, der Abstand von X._ zu seinem Vordermann rund 20 bis 25 m. Nach der Einfahrt Schönbühl kam der Verkehr vor ihnen ins Stocken. Z._ brachte sein Fahrzeug durch kräftiges Bremsen zum Stillstand. Y._ bremste ebenfalls zum Stillstand; danach versuchte er nach rechts auszuweichen, um eine Kollision mit dem herannahenden Fahrzeug von X._ zu verhindern. Dieser, nach eigenen Angaben zunächst von der Sonne geblendet, leitete zwar eine Vollbremsung ein, prallte aber dennoch zunächst in den Personenwagen von Y._ und anschliessend in denjenigen von Z._. Es entstand erheblicher Sachschaden; verletzt wurde niemand.
Das Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau verurteilte X._ am 6. Dezember 2010 wegen Nichtwahrens eines ausreichenden Abstands beim Hintereinanderfahren (<ref-law>) und Nichtanpassens der Geschwindigkeit an die Sichtverhältnisse (Art. 4 Abs. 1 VRV, <ref-law>) in Anwendung von <ref-law> zu einer Busse von Fr. 500.--.
B. Am 31. März 2011 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ den Führerausweis wegen schwerer Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln im Sinn von <ref-law> für drei Monate.
Am 4. November 2011 wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI) die Beschwerde von X._ gegen diese Entzugsverfügung ab.
Am 30. Mai 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ gegen diesen Departementalentscheid ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben und ihm den Führerausweis für einen Monat zu entziehen.
D. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Das DVI schliesst sich der Vernehmlassung des Verwaltungsgerichts an. Das Strassenverkehrsamt verzichtet auf Vernehmlassung.
Dem ASTRA erscheint der Entscheid zutreffend; es beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Der Beschwerdeführer hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss <ref-law> begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von <ref-law> als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Gemäss <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer schweren Widerhandlung, welche einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> entspricht (<ref-ruling> E. 3 S. 237), wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (Abs. 2 lit. a). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauer ist ausgeschlossen (<ref-law>).
2.2 Die mittelschwere Widerhandlung nach <ref-law> stellt einen Auffangtatbestand dar. Sie liegt vor, wenn nicht alle privilegierenden Elemente einer leichten Widerhandlung nach <ref-law> und nicht alle qualifizierenden Elemente einer schweren Widerhandlung nach <ref-law> gegeben sind (Urteil 6A.16/2006 vom 6. April 2006 E. 2.1.1, in: JdT 2006 I S. 442; Botschaft vom 31. März 1999 zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes, BBl 1999 4487). Die Annahme einer schweren Widerhandlung setzt kumulativ eine qualifizierte objektive Gefährdung und ein qualifiziertes Verschulden voraus. Ist die Gefährdung gering, aber das Verschulden hoch, oder umgekehrt die Gefährdung hoch und das Verschulden gering, liegt eine mittelschwere Widerhandlung vor (Botschaft a.a.O. 4489; Cédric Mizel, Die Grundtatbestände der neuen Warnungsentzüge des SVG und ihre Beziehung zum Strafrecht, in ZStrR 124/2006, S. 31 ff., insbesondere S. 63 f.).
2.3 Ein Strafurteil vermag die Verwaltungsbehörde grundsätzlich nicht zu binden. Allerdings gebietet der Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung, widersprüchliche Entscheide im Rahmen des Möglichen zu vermeiden, weshalb die Verwaltungsbehörde beim Entscheid über die Massnahme von den tatsächlichen Feststellungen des Strafrichters nur abweichen darf, wenn sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafrichter unbekannt waren, wenn sie zusätzliche Beweise erhebt oder wenn der Strafrichter bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht alle Rechtsfragen abgeklärt, namentlich die Verletzung bestimmter Verkehrsregeln übersehen hat. In der rechtlichen Würdigung des Sachverhalts - namentlich auch des Verschuldens - ist die Verwaltungsbehörde demgegenüber frei, ausser die rechtliche Qualifikation hängt stark von der Würdigung von Tatsachen ab, die der Strafrichter besser kennt, etwa weil er den Beschuldigten persönlich einvernommen hat (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> nicht publ. E. 3a; <ref-ruling> E. 1c/aa und bb). Auch in diesem Zusammenhang hat er jedoch den eingangs genannten Grundsatz (Vermeiden widersprüchlicher Urteile) gebührend zu berücksichtigen.
3. 3.1 In tatsächlicher Hinsicht geht das Verwaltungsgericht davon aus, dass der Beschwerdeführer bereits einige Zeit vor dem Unfall durch die von der Heckscheibe eines Autos vor ihm oder von der Frontscheibe eines entgegenkommenden Fahrzeugs reflektierten Sonne geblendet worden war und deshalb Anlass und die Möglichkeit gehabt hätte, seine Geschwindigkeit den tückischen Sichtverhältnissen anzupassen bzw. zu senken.
Diese Annahme des Verwaltungsgerichts findet in den Akten, wie der Beschwerdeführer zu Recht einwendet, keine Stütze und ist daher willkürlich. Nach seiner von der Polizei als plausibel eingeschätzten Aussage bemerkte er die Bremsmanöver seiner Vorderleute zu spät, weil er gerade in diesem Zeitpunkt einen Moment lang von der Sonne geblendet war.
3.2 Der übrige Sachverhalt ist unbestritten. Somit ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer unter guten Bedingungen (trockene Fahrbahn, übersichtliche Strecke, gute Sicht, Sonne im Rücken) bei regem Verkehr mit ca. 100 km/h und einem Abstand von ca. 25 m bzw. 0,9 Sekunden auf den Vordermann auf der Überholspur der A1 unterwegs war, als der Verkehr vor ihm ins Stocken geriet. Von der Sonne geblendet, gelang es ihm nicht, sein Fahrzeug rechtzeitig abzubremsen und eine Auffahrkollision mit den beiden zum Stillstand gekommenen Fahrzeugen vor ihm zu vermeiden,
4. 4.1 Das Einhalten eines ausreichenden Abstandes beim Hintereinanderfahren im Sinn von <ref-law> und Art. 12 Abs. 1 VRV ist von grundlegender Bedeutung für die Verkehrssicherheit, ist doch die Missachtung dieser Regel eine häufige Unfallursache (<ref-ruling> E. 3.2.1 mit Hinweis). Für die Bestimmung des auch bei günstigen Verhältnissen minimal einzuhaltenden Abstands kann nach der Praxis des Bundesgerichts von der Faustregel "halber Tacho" (bzw. 1,8 Sekunden) ausgegangen werden (<ref-ruling> E. 3.1; Entscheid 6B_3/2010 vom 25. Februar 2010 E. 3). Keine allgemeinen Grundsätze entwickelt hat die Rechtsprechung zur Frage, bei welchem Abstand auch bei günstigen Umständen objektiv von einer groben Verkehrsregelverletzung auszugehen ist. In der Lehre wird etwa ein Abstand von 0,6 Sekunden vorgeschlagen (<ref-ruling> E. 3.2.2 mit Hinweisen). Das Bundesgericht geht bei Abständen von rund 10 m (bzw. 0,36 Sekunden) bei Tempi um die 100 km/h regelmässig von groben Verkehrsregelverletzungen aus (<ref-ruling> E. 3.2.3; 1C_502/2011 vom 6. März 2012; 1C_274/2010 vom 7. Oktober 2010; 1C_7/2010 vom 11. Mai 2010).
4.2 Der Beschwerdeführer hat den nach der Regel "halber Tacho" erforderlichen Abstand zu seinem Vordermann um rund die Hälfte unterschritten. Damit war er zwar durchaus in der Lage, auf die häufig vorkommenden, etwa durch Spurwechsel verursachten kleineren Geschwindigkeitsschwankungen rechtzeitig zu reagieren. Für die Bewältigung ausserordentlicher Situationen - hier dem plötzlichen, vollständigen Zusammenbruch des Verkehrsflusses - ist ein solcher Abstand aber klar ungenügend. Dass der Verkehrsfluss vor dem Beschwerdeführer ohne für ihn erkennbaren Grund unvermittelt völlig zum Erliegen kam, ist zwar nicht gerade alltäglich, aber auch nicht so aussergewöhnlich, dass er nicht damit hätte rechnen müssen. Keiner weiteren Ausführungen bedarf, dass Auffahrunfälle auf Autobahnen fatale Folgen für Leib und Leben der Unfallbeteiligten haben und grosse Sachschäden bewirken können (Urteil 1C_156/2010 vom 26. Juli 2010 E. 5.1.2). Der Beschwerdeführer hat somit die Verkehrssicherheit objektiv qualifiziert gefährdet, indem er seinem Vordermann mit der Hälfte des für ein rechtzeitiges Bremsen auch in aussergewöhnlichen Situationen erforderlichen Abstands folgte. Diese Gefährdung hat sich dann auch in der Auffahrtskollision verwirklicht, selbst wenn diese in der durch reflektierte Sonnenstrahlung hervorgerufenen Blendung des Beschwerdeführers eine weitere Mitursache gehabt haben mag.
4.3 In subjektiver Hinsicht ist davon auszugehen, dass dem Beschwerdeführer als Lenker bekannt war, welchen Abstand er auf den Vordermann hätte einhalten müssen, und diese Regel in pflichtwidriger Unvorsichtigkeit missachtete. Allerdings ist notorisch, dass gerade die auf Autobahnen den gefahrenen hohen Tempi entsprechenden grossen Sicherheitsabstände häufig unterschätzt werden. Es ist gewiss bei starkem Verkehrsaufkommen auch nicht immer einfach, diese stets zu wahren, werden sie von anderen Verkehrsteilnehmern doch gerne für Spurwechsel ge- bzw. missbraucht und dadurch verkleinert. Das entschuldigt den Beschwerdeführer zwar keineswegs, lässt aber sein Verschulden in einem etwas milderen Licht erscheinen. Insgesamt kann seine Fahrweise in subjektiver Hinsicht nicht als geradezu grob fahrlässig bzw. rücksichtslos qualifiziert werden. Die Einschätzung des Strafrichters, der dem Beschwerdeführer in strafrechtlicher Hinsicht "bloss" eine einfache Verkehrsregelverletzung anlastete, ist jedenfalls vertretbar.
4.4 Bei der Beurteilung des Verschuldens besteht zwar naturgemäss ein erheblicher Ermessensspielraum, und man kann für die strengere Sichtweise der Verwaltungsbehörden und des Verwaltungsgerichts angesichts des hohen Gefahrenpotenzials von Auffahrunfällen auf Autobahnen durchaus Verständnis haben. Nach dem Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung sind indessen widersprüchliche Entscheide möglichst zu vermeiden. Dies gebietet der Verwaltungsbehörde prinzipiell, sich einer vertretbaren Ermessensausübung des Strafrichters anzuschliessen, auch wenn sie selber das Verschulden anders - hier strenger - beurteilen würde.
4.5 Dem Beschwerdeführer ist somit vorzuwerfen, durch die Unterschreitung des gebotenen Abstands zum Vordermann die Verkehrssicherheit in objektiver Hinsicht qualifiziert gefährdet zu haben. Subjektiv ist ihm indessen bloss eine einfache, kein grobe Fahrlässigkeit anzulasten. Damit hat er sich eine mittelschwere Widerhandlung im Sinn von <ref-law> zu Schulden kommen lassen. Angesichts des bisher ungetrübten automobilistischen Leumunds ist ihm daher der Ausweis für einen Monat zu entziehen, was der gesetzlichen Mindestentzugsdauer entspricht.
5. Demnach ist die Beschwerde gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und dem Beschwerdeführer der Führerausweis wegen mittelschwerer Widerhandlung im Sinn von <ref-law> für einen Monat zu entziehen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>), und der Kanton Aargau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Die Kosten des kantonalen Verfahrens stehen fest und können vom Bundesgericht daher ohne Rückweisung selber neu verlegt werden. Bei der Festsetzung der Entschädigung wird zugunsten des Beschwerdeführers berücksichtigt, dass das DVI und das Verwaltungsgericht die Beschwerden mit den entsprechenden Entschädigungsfolgen hätten gutheissen müssen. Wird mit Blick darauf im bundesgerichtlichen Verfahren eine höhere Entschädigung zugesprochen, als das sonst der Fall wäre, kann auf die Rückweisung der Akten an die Vorinstanz zur neuen Festsetzung der Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens verzichtet werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 30. Mai 2012 aufgehoben. Dem Beschwerdeführer wird der Führerausweis für einen Monat entzogen.
1.2 Der Beschwerdeführer trägt die Kosten der Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 31. März 2011 in Höhe von Fr. 270.--.
1.3 Der Kanton Aargau trägt die im Verfahren vor dem DVI (Fr. 1'287.--) und dem Verwaltungsgericht (Fr. 1'532.--) angefallenen Verfahrenskosten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt, dem Departement Volkswirtschaft und Inneres und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi