Sachverhalt:
A. Y._, geb. 1979, und X._, geb. 1975, heirateten im September 1999. Sie haben zwei gemeinsame Kinder, A._, geb. 1999, und B._, geb. 2003. Die Parteien leben seit April 2006 getrennt.
Mit Eheschutzurteil des Gerichtspräsidiums C._ vom 21. September 2006 wurde X._ verpflichtet, seiner Ehefrau an den Unterhalt der beiden Kinder monatlich je Fr. 1'000.-- nebst Kinderzulagen und an ihren persönlichen Unterhalt monatlich Fr. 2'498.-- von April 2006 bis Januar 2007 bzw. Fr. 2'317.-- ab Februar 2007 zu bezahlen.
Das Obergericht des Kantons Aargau setzte mit Urteil vom 12. Februar 2007 auf Beschwerde von X._ den persönlichen Unterhaltsbeitrag für seine Ehefrau auf monatlich Fr. 1'992.-- von April 2006 bis Januar 2007 bzw. auf 1'862.-- ab Februar 2007 fest.
B. Mit Abänderungsklage vom 22. Oktober 2007 verlangte X._ beim Gerichtspräsidium D._ die Reduktion der Kinderunterhaltsbeiträge auf je Fr. 337.50 (zuzüglich Kinderzulagen) und die Aufhebung der Unterhaltsverpflichtung gegenüber seiner Ehefrau.
Das Gerichtspräsidium D._ setzte den Kinderunterhaltsbeitrag mit Abänderungsurteil vom 18. Januar 2008 auf je Fr. 206.-- für die Zeit vom 23. Oktober bis 31. Oktober 2007 und auf monatlich je Fr. 800.-- ab November 2007 fest. Den persönlichen Unterhaltsbeitrag für die Ehefrau reduzierte es auf Fr. 177.-- vom 23. Oktober bis 31. Oktober 2007 und auf monatlich Fr. 685.-- ab November 2007. Beiden Parteien wurde die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt.
X._ wiederholte mit Beschwerde an das Obergericht vom 3. März 2008 seine vor Bezirksgericht D._ gestellten Begehren. Das Obergericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 8. September 2008 ab.
C. Mit Eingabe vom 15. Oktober 2008 ist X._ (fortan: Beschwerdeführer) mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht gelangt. Er beantragt die Reduktion der Kinderunterhaltsbeiträge auf je Fr. 337.50 zuzüglich Kinderzulagen und die Aufhebung des persönlichen Unterhaltsbeitrags für Y._ (fortan: Beschwerdegegnerin). Eventualiter sei die Angelegenheit zur weiteren Sachverhaltsabklärung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen ist verzichtet worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid betreffend die Abänderung eines Eheschutzurteils, mithin eine Zivilsache im Sinn von <ref-law>. Strittig ist einzig die Festsetzung der Unterhaltsbeiträge für die Beschwerdegegnerin und die beiden Kinder. Es liegt somit eine vermögensrechtliche Angelegenheit vor, deren Streitwert von mindestens Fr. 30'000.-- angesichts der Höhe und der unbestimmten Dauer der Unterhaltsbeiträge überschritten wird (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 51 Abs. 1 und 4 BGG). Entschieden hat das Obergericht als letzte kantonale Instanz (<ref-law>).
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft schliesslich eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law>. Damit kann vorliegend einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden, weshalb die Art. 95 und 97 BGG und auch <ref-law> nicht zur Anwendung gelangen (<ref-ruling> E. 5 S. 396 f., 398 E. 7.1; <ref-ruling> E. 3.3 S. 587, 588 E. 4.1). Die hier gegebenen Verhältnisse entsprechen denjenigen bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 588 f.). Der Beschwerdeführer muss angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde, und substantiiert darlegen, worin die Verletzung besteht (vgl. der zu Art. 90 OG ergangene <ref-ruling> E. 2.1 S. 31). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechts nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzis vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Wie bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (Art. 118 Abs. 2 und Art. 116 BGG) kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen nur dann in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat, was der Beschwerdeführer klar und detailliert geltend machen muss (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 445).
2. Streitig ist das für die Unterhaltsberechnung massgebliche Einkommen des unterhaltsverpflichteten Beschwerdeführers und die Frage, ob sich die Beschwerdegegnerin ihren eigenen Arbeitserwerb anrechnen lassen muss. Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Willkürverbots bzw. eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts.
3. Vorab wendet sich der Beschwerdeführer gegen die festgestellte Höhe seines Einkommens im Jahr 2006.
3.1 Dazu führt er im Wesentlichen aus, dass die obergerichtliche Feststellung, wonach keine Rede davon sein könne, dass die Vorinstanz mit Fr. 5'610.-- von einem Einkommen ausgegangen sei, das der Beschwerdeführer in den letzten zwei Jahren nie erzielt habe, offensichtlich falsch sei. Sein Einkommen habe sich bereits seit dem Jahr 2006 und nicht erst im Jahr 2007 drastisch vermindert. Das Obergericht stelle sein Einkommen im Jahr 2006 in willkürlicher Weise falsch dar und stütze sich vor allem auf seine eigenen, im Eheschutzurteil vom 12. Februar 2007 gemachten Feststellungen. Damit vermittle das Obergericht ein falsches Bild über die Einkommensentwicklung und habe lediglich geprüft, ob sich der Lohn des Beschwerdeführers seit dem Eheschutzentscheid vom 12. Februar 2007 dauernd und relevant verändert hat.
3.2 Das Gericht kann gemäss <ref-law> auf Begehren eines Ehegatten in einem erneuten Eheschutzverfahren die angeordneten Massnahmen aufheben oder abändern, wenn seit der Anordnung der Eheschutzmassnahmen erhebliche und dauernde Änderungen der tatsächlichen Verhältnisse auftreten. Zudem kann eine Eheschutzmassnahme abgeändert werden, wenn der frühere Entscheid auf unzutreffenden Voraussetzungen beruhte (Urteil 5P.161/2003 vom 19. September 2003 E. 3), was vor allem dann zutrifft, wenn der Richter bei der Anordnung der Massnahme wesentliche Tatsachen nicht gekannt hat, von einer Partei getäuscht worden ist oder er die Verhältnisse eindeutig falsch gewürdigt hat, so dass nach umfassender Abklärung der Gesamtssituation sein Entscheid als rechtlich nicht haltbar erscheint (Franz HASENBÖHLER/ANDREA OPEL, in: Basler Kommentar, 3. Auflage 2006, N. 4 zu <ref-law>).
3.3 Das Obergericht hat mit Eheschutzurteil vom 12. Februar 2007 für die Berechnung des Durchschnittseinkommens des Beschwerdeführers auf einen Zeitraum von 26 Monaten abgestellt und festgestellt, dass dieses im damaligen Zeitpunkt durchschnittlich Fr. 7'024.-- betrug. Der Beschwerdeführer habe gemäss den monatlichen Lohnbelegen von Januar 2005 bis März 2006 ein Durchschnittseinkommen von Fr. 7'024.-- und von April bis September 2006 ein solches von Fr. 7'066.-- erzielt.
Damit steht fest, dass sich das Obergericht bereits im Eheschutzurteil vom 12. Februar 2007 mit dem Verdienst des Jahres 2006 auseinandergesetzt und Lohnbelege bis September 2006 berücksichtigt hat. Auch geht aus den berücksichtigten Lohnbelegen April bis September 2006 klar hervor, dass das Bezirksgericht in seinem Urteil vom 18. Januar 2008 mit einem festgestellten Durchschnittseinkommen von Fr. 5'610.-- - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - nicht von einem Einkommen ausgegangen ist, welches dieser in den letzten zwei Jahren tatsächlich nie erzielt hatte.
3.4 Aufgrund der vorliegenden Umstände ist es nicht ersichtlich und auch nicht genügend begründet, weshalb es unhaltbar und damit willkürlich sein sollte, auf die früheren Feststellungen des obergerichtlichen Eheschutzurteils vom 12. Februar 2007 abzustellen bzw. lediglich zu prüfen, ob sich die Einkommenssituation des Beschwerdeführers seit diesem Urteil verändert hat. Dieses frühere Urteil beruhte weder auf unzutreffenden Voraussetzungen noch wurden die Verhältnisse damals eindeutig falsch gewürdigt.
4. Weiter wendet sich der Beschwerdeführer gegen die obergerichtliche Feststellung, die Einkommensreduktion sei neben wirtschaftlichen Gründen auch auf eine mangelhafte Arbeitsmotivation zurückzuführen.
4.1 Das Obergericht habe Aussagen des Beschwerdeführers im Verhandlungsprotokoll vom 4. Dezember 2007 des Bezirksgerichts D._ einseitig aus dem Gesamtkontext herausgerissen, um daraus eine mangelhafte Arbeitseinstellung des Beschwerdeführers seit Februar 2007 herzuleiten. Die einseitige Interpretation von nicht wortwörtlich protokollierten Aussagen des Beschwerdeführers sei willkürlich und verstosse gegen den Gerechtigkeitsgedanken. Das Obergericht argumentiere erstmals mit einer mangelhaften Arbeitsmotivation bzw. einem zumutbaren (hypothetischen) Mehreinkommen. Damit hätte dem Beschwerdeführer zumindest eine angemessene Zeit eingeräumt werden müssen, um solche Vorgaben in die Wirklichkeit umsetzen zu können.
4.2 Der Beschwerdeführer wurde anlässlich der erstinstanzlichen Verhandlung vor dem Bezirksgericht D._ nach dem Grund für seine Einkommensschwankungen befragt. Das Bezirksgericht C._ und das Obergericht seien im früheren Eheschutzurteil von einem deutlich höheren durchschnittlichen Lohn ausgegangen, als er heute geltend mache. Daraufhin antwortete der Beschwerdeführer, das Einkommen sei damals von den Gerichten gestützt auf das erfolgreiche "Ausreisserjahr" 2005 berechnet worden, was bei ihm einen Motivationsdämpfer bewirkt habe. Er habe verschiedene Dämpfer zu verkraften: Der Parkplatz sei ihm nicht angerechnet worden, ein Mitarbeiter habe ein Auto bekommen und er nicht. Das seien Gründe, die seine Motivation senken würden. Auch sein Hintergrund sei sehr schwer. Er habe Schulden und Betreibungen. Zudem seien seine Zukunftsperspektiven schlecht, weshalb er ziemlich gedämpft sei. Er denke, wenn einmal der Druck weg sei, werde sich das Einkommen bei Fr. 50'000.-- bis Fr. 60'000.-- einpendeln. Aber es sei immer auch abhängig von den Kunden.
4.3 Das Verhandlungsprotokoll muss keine wortwörtliche Wiedergabe der gemachten Aussagen bedeuten, jedoch wird darin der wesentliche Inhalt der Parteivorträge festgehalten (vgl. § 192 Abs. 1 des Zivilrechtspflegegesetzes des Kantons Aargau [ZPO; SAR 221.100]). Wie das Obergericht zutreffend festhält, geht aus dem Verhandlungsprotokoll hervor, dass unter anderem auch die durch die verschiedenen Dämpfer verursachte mangelhafte Arbeitsmotivation einen Grund für die Einkommensschwankung darstellt. Die vom Obergericht vorgenommene Würdigung der Aussagen des Beschwerdeführers erscheint zumindest nicht willkürlich. Inwiefern diese Feststellungen aus dem Zusammenhang gerissen sein sollten, ist weder ersichtlich noch in der Beschwerde nachvollziehbar aufgezeigt. Anzumerken ist, dass mit dem im vorinstanzlichen Abänderungsurteil anrechenbaren Einkommen von Fr. 5'610.-- einem Minderverdienst aus wirtschaftlichen Gründen angemessen Rechnung getragen wird. Auch ist dem Beschwerdeführer unter den vorliegenden Umständen - entgegen seiner Auffassung - keine Übergangsfrist zu gewähren, um einen zumutbaren Mehrverdienst in die Wirklichkeit umsetzen zu können.
5. Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, aus einem Vergleich der Teamumsätze der Monate Januar bis Mai 2008 mit den Monaten Oktober 2005 bis März 2006 könne nicht auf eine unveränderte wirtschaftliche Marktlage geschlossen werden.
5.1 Dazu führt er aus, das Obergericht habe willkürlich auf bestimmte Zeitabschnitte abgestellt und diese miteinander verglichen. Hätte es den Durchschnittswert der Monate Mai bis Dezember 2005 mit demjenigen des Jahres 2007 verglichen, hätte sich gezeigt, dass dieser gesunken sei. Zudem könne gestützt auf die Höhe der monatlichen Teamumsätze ohnehin keine zuverlässige Beurteilung der Marktlage vorgenommen werden, da aufgrund der Personalfluktuation im Team des Beschwerdeführers die jeweilige Grösse und Zusammensetzung des Teams mit Newcomers zufällig sei.
5.2 Dem Beschwerdeführer ist darin beizupflichten, dass ein Vergleich der Teamumsätze anderer Zeitspannen zu einem unterschiedlichen Ergebnis führen könnte. Immerhin zeigt aber der Vergleich der vom Obergericht gewählten Monate, dass es von Januar bis Mai 2008 möglich war, einen vergleichbaren Durchschnittsumsatz zu erzielen, wie rund zwei Jahre früher von Oktober 2005 bis März 2006. Auch wenn dieser Teamumsatz zusätzlich von der jeweiligen Grösse und Zusammensetzung des Teams abhängen sollte, kann der Rückschluss des Obergerichts auf eine ungefähr gleichbleibende Marktlage unter diesen Umständen nicht als offensichtlich falsch bzw. als willkürlich gewertet werden.
6. Der Beschwerdeführer verlangt weiter, der Beschwerdegegnerin sei bei der Ermittlung des Unterhaltsanspruchs ein eigenes Einkommen von Fr. 1'123.-- anzurechnen.
6.1 Dazu macht er im Wesentlichen geltend, die Nichtanrechnung dieses tatsächlich erzielten Einkommens widerspreche in unhaltbarer Weise dem Gerechtigkeitsgedanken. Es treffe nicht zu, dass die Beschwerdegegnerin rechtlich nicht verpflichtet wäre, einem Arbeitserwerb nachzugehen. Die Vorinstanz habe die diesbezüglichen rechtlichen und tatsächlichen Voraussetzungen überhaupt nicht abgeklärt. Massgebend sei gemäss <ref-law> in erster Linie, ob der Beschwerdegegnerin ein Arbeitserwerb in ihrer konkreten Situation zumutbar sei. Die Beschwerdegegnerin habe bereits von Oktober 2005 bis Januar 2006 als Verkäuferin gearbeitet. Nun habe sie seit Februar 2007 wieder eine Arbeitsstelle. Die Kinderbetreuung könne problemlos und kostengünstig über die Grosseltern oder eine Kollegin geregelt werden. Diese aktenkundigen Kriterien lasse die Vorinstanz vollkommen ausser Acht.
6.2 Aus der Beschwerde geht nicht klar hervor, welchen Beschwerdegrund der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang anruft. Soweit er eine Verletzung von <ref-law> rügen will, ist auf seine Beschwerde nicht einzutreten. Denn der Beschwerdegrund der Rechtsverletzung kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nicht geltend gemacht werden (<ref-law>; vgl. E. 1.2). Somit verbliebe die Prüfung einer Willkürrüge.
Grundsätzlich ist für die Festsetzung der Höhe des Unterhaltsanspruchs die Eigenversorgungskapazität des Unterhaltsberechtigten zu berücksichtigen. Jedoch hat das Obergericht auf die Hintergründe der Erwerbsaufnahme der Beschwerdegegnerin hingewiesen. Nach den Feststellungen der Vorinstanz hatte die Beschwerdegegnerin die Möglichkeit, selber ein Einkommen zu generieren oder Sozialhilfeleistungen zu beziehen, nachdem ihr der Beschwerdeführer seit November 2006 nur noch Teilbeträge der geschuldeten Unterhaltsbeiträge ausrichtete. Die Beschwerdegegnerin hat sich für die Aufnahme einer Erwerbstätigkeit entschieden, obwohl es der Rechtsprechung entspricht, dass sie in Anbetracht des Alters von B._ noch keiner ausserhäuslichen Erwerbstätigkeit nachgehen müsste (BGE 5A_210/2008 vom 14. November 2008 E. 3). Die Sichtweise der Vorinstanz, das Einkommen der Beschwerdegegnerin unter diesen Umständen als Grund für eine Abänderung des Unterhaltsbeitrages auszuschliessen und ihr damit die Möglichkeit zu gewähren, die Erwerbstätigkeit wieder aufzugeben bzw. zu reduzieren, sobald die richterlich festgesetzten Unterhaltsbeiträge wieder regelmässig bezahlt werden, ist zumindest im Ergebnis nicht unhaltbar. Dem Obergericht kann somit keine Verletzung des Willkürverbots vorgeworfen werden. Anzumerken ist schliesslich, dass es sich beim Hinweis des Beschwerdeführers auf die frühere Arbeitstätigkeit der Beschwerdegegnerin um ein neues und damit unzulässiges Vorbringen handelt (<ref-law>).
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da seine Anträge, soweit darauf überhaupt einzutreten war, von vornherein aussichtslos waren (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut