Sachverhalt:
A. A.a Der 1963 geborene C._ war seit April 2004 als Bauarbeiter bei der Firma M._ angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 4. April 2005 meldete die Arbeitgeberin, C._ habe am 29. März 2005 einen Unfall erlitten. Die SUVA zog verschiedene medizinische Unterlagen bei und liess C._ am 1. November 2005 durch den Kreisarzt Dr. med. F._ untersuchen. Mit Verfügung vom 29. November 2005 stellte sie ihre Taggeldleistungen per 28. November 2005 ein. Zur Begründung wurde ausgeführt, C._ leide an Schulterbeschwerden, welche keine Arbeitsunfähigkeit mehr verursachten, und an Beschwerden im Bereich der Halswirbelsäule (HWS), welche nicht Folgen des Unfalls vom 29. März 2005 darstellten. An diesem Standpunkt hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 22. März 2006 fest.
A.b Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. März 2007 ab. Das Bundesgericht hiess die hiergegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 9. Juni 2008 (8C_241/2007) wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gut und wies die Sache an die Vorinstanz zurück.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich forderte C._ auf, sich zu den offenen Fragen zu äussern und ordnete einen weiteren Schriftenwechsel an. Mit Entscheid vom 26. Februar 2009 wies es die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde lässt C._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen über den 28. November 2005 hinaus beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze über die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers (<ref-law>) und den vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181) zutreffend dargelegt. Richtig ist auch, dass der Versicherer die Beweislast (zur Tragweite dieses Begriffs im Sozialversicherungsrecht <ref-ruling> E. 3b S. 263 f.) für den Wegfall der von ihm zunächst anerkannten natürlichen Kausalität trägt (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45, U 355/98; 1994 Nr. U 206 S. 328 E. 3b, U 180/93), dass dieser Grundsatz aber nur für Verletzungen und Symptome gilt, welche damals thematisiert worden waren und somit Gegenstand der Anerkennung bildeten (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts U 6/05 vom 27. April 2005, auszugsweise publiziert in: AJP 2006 S. 1290 ff.). Ebenfalls verwiesen werden kann auf die vorinstanzlichen Erwägungen zum Beweiswert und zur Würdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
2. Streitig und zu prüfen ist der Leistungsanspruch für die Zeit ab 29. November 2005. Dabei ist der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem versicherten Ereignis vom 29. März 2005 und den fortbestehenden Beschwerden im Bereich der HWS umstritten.
2.1 Die Vorinstanz hat den natürlichen Kausalzusammenhang im Wesentlichen mit der Begründung verneint, spätestens anlässlich der kreisärztlichen Untersuchung vom 1. November 2005 sei der status quo sine in Bezug auf die Schulterdistorsion erreicht gewesen, während die HWS-Schädigungen Folge degenerativer Veränderungen und damit unfallfremd seien. Die Beweislast für die Unfallkausalität der HWS-Befunde treffe den Beschwerdeführer, wobei der entsprechende Nachweis durch die vorhandenen Unterlagen nicht erbracht werde. Auf weitere Beweismassnahmen könne in antizipierter Beweiswürdigung verzichtet werden.
2.2 Der Beschwerdeführer lässt hingegen insbesondere einwenden, entgegen der Annahme der Vorinstanz sei die Schulterverletzung nicht vollständig abgeheilt. Infolge des Unfalls sei zunächst die Untersuchung der Schultern im Vordergrund gestanden. Es sei im Laufe der Behandlung nicht zu einer Veränderung der Diagnosestellung gekommen, sondern es läge lediglich eine unterschiedliche Beurteilung desselben Gesundheitszustandes vor. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei nicht nachgewiesen, dass das Beschwerdebild durch zwei verschiedene, voneinander völlig unabhängige Krankheitsbilder beeinflusst worden sei. Die Beschwerdegegnerin könne ihre Leistungen nur dann einstellen, wenn mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sei, dass jede kausale Bedeutung von unfallbedingten Ursachen des festgestellten Gesundheitsschadens dahingefallen ist.
2.2 Der Beschwerdeführer lässt hingegen insbesondere einwenden, entgegen der Annahme der Vorinstanz sei die Schulterverletzung nicht vollständig abgeheilt. Infolge des Unfalls sei zunächst die Untersuchung der Schultern im Vordergrund gestanden. Es sei im Laufe der Behandlung nicht zu einer Veränderung der Diagnosestellung gekommen, sondern es läge lediglich eine unterschiedliche Beurteilung desselben Gesundheitszustandes vor. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei nicht nachgewiesen, dass das Beschwerdebild durch zwei verschiedene, voneinander völlig unabhängige Krankheitsbilder beeinflusst worden sei. Die Beschwerdegegnerin könne ihre Leistungen nur dann einstellen, wenn mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sei, dass jede kausale Bedeutung von unfallbedingten Ursachen des festgestellten Gesundheitsschadens dahingefallen ist.
2.3 2.3.1 Nach Lage der Akten ist davon auszugehen, dass der Versicherte am 29. März 2005 auf einer Leiter stehend ausrutschte und sich, um einen Sturz zu vermeiden, an einer Sprosse der Leiter festhalten musste. Dabei verspürte er einen Zwick im linken Arm. Er wurde durch einen Arbeitskollegen in das Spital L._ gebracht. Die dortige Chirurgische Klinik stellte mit Bericht vom 21. April 2005 eine verminderte Sensibilität am linken Arm und Schulterbereich sowie eine Druckdolenz über der Scapula links und am distalen Humerus medial links fest. Die zuständige Ärztin äusserte den Verdacht auf eine Distorsion der Schultermuskulatur links und gab an, es lägen ausschliesslich Unfallfolgen vor. Dr. med. P._, Facharzt für Allgemeinmedizin, der den Beschwerdeführer in der Folge behandelte, fand eine schmerzhafte Schulterbeweglichkeit links und diagnostizierte im Arztzeugnis vom 18. April 2005 eine Schulterdistorsion links. Er verwies den Patienten an den Neurologen Dr. med. Z._. Dieser diagnostizierte in seinem Bericht vom 23. Juni 2005 einen Status nach Distorsion der linken Schulter am 29. März 2005, ohne Hinweise für eine peripher-neurogene Läsion, mit diffusen Dysästhesien im Bereich des gesamten linken Armes und der linken Schulter im Rahmen eines bewegungs- und anstrengungsabhängigen Schmerzsyndroms. Bei der klinischen Untersuchung zeigten sich eine kräftige Rotation, Flexion und Extension des Kopfes sowie eine kräftige Schulterhebung. In einem Zwischenbericht vom 1. Juli 2005 erklärte Dr. med. P._ (bei unveränderter Diagnose eines Status nach Schulterdistorsion links), unter intensiver Physiotherapie habe eine deutliche Verbesserung vor allem der Beweglichkeit erreicht werden können. Die Beweglichkeit sei nun voll vorhanden. Es bestünden allerdings noch Schmerzen bei bestimmten Bewegungen und vor allem bei Kraftanwendung. Im September 2005 untersuchte Dr. med. K._, Facharzt für Orthopädische Chirurgie, den Beschwerdeführer. Laut dessen Bericht vom 27. September 2005 klagte der Patient über einen primär belastungsabhängigen Schmerz, der vom medialen Rand der Scapula nach lateral, aber auch entlang des Trapezius von der unteren HWS nach lateral strahle. Ein MRI der HWS vom 16. September 2005 (vgl. den Bericht der Klinik B._, Radiologie, vom 16. September 2005) zeige degenerative Veränderungen der Disci C3-C7 mit Diskusprotrusionen dieser Segmente. Im Segment C4/C5 bestehe eine paramedian rechtsseitige flache Diskushernienkomponente ohne Kompression neurogener Strukturen, im Segment C4/C6 eine mediolinks-laterale kleine, fast foraminale Diskushernie mit leichter Einengung des intervertebralen Foramens und möglicher Beeinträchtigung der Nervenwurzel C6 links und im Segment C6/C7 eine paramedian linksseitige, mittelgrosse, sich etwas nach caudal vorwölbende Diskushernie mit leichter Einengung des Spinalkanals und leichter Abflachung des Myelons auf der linken Seite. Er diagnostizierte eine posttraumatische HWS-Problematik. Dr. med. K._ überwies den Versicherten an Dr. med. O._, Facharzt für Orthopädische Chirurgie. Dieser hielt am 28. Oktober 2005 fest, eine pathologisch-anatomische Diagnose sei derzeit nicht möglich. Es bestehe der Verdacht auf eine Distorsion/Affektion der zervikalen Facettengelenke. Objektive Befunde, welche die Arbeitsfähigkeit einschränkten, lägen keine vor. Kreisarzt Dr. med. F._ gelangte in seinem Bericht vom 1. November 2005 gestützt auf seine eigenen Untersuchungen sowie in Würdigung der medizinischen Unterlagen zum Ergebnis, es bestünden Nackenbeschwerden bei kernspintomographisch nachgewiesener generalisierter Segmentdegeneration. Ein Kausalzusammenhang mit dem Ereignis vom 29. März 2005 sei höchstens möglich, nicht aber wahrscheinlich. Anlässlich des Unfalls sei es nicht zu einer direkten Traumatisierung der HWS gekommen. Die initial behandelnden Ärzte hätten denn auch keine entsprechende Diagnose gestellt. Auch der Neurologe (Dr. med. Z._) habe keine Befunde erhoben, welche mit einer traumatischen Schädigung der HWS im Zusammenhang stehen könnten. Zudem fänden die Beschwerden auch ohne das Unfallereignis eine hinreichende Erklärung in der kernspintomographisch dokumentierten Segmentdegeneration der HWS. Zur Arbeitsfähigkeit verweise er auf den Bericht von Dr. med. O._ vom 28. Oktober 2005. Eine am 24. Februar 2006 noch durchgeführte klinisch-neurologische Untersuchung in der Klinik S._, Wirbelsäulenzentrum, ergab keine Hinweise für radikuläre oder peripher-neurologische Läsionen.
2.3.2 Nach dem Gesagten gingen die Ärzte und die Beschwerdegegnerin ausgehend von den Schilderungen des Versicherten in den ersten Wochen und Monaten nach dem Unfall von einer Schulterdistorsion und dadurch verursachten Beschwerden in der linken Schulter und im linken Arm aus. Dementsprechend konnte sich die Anerkennung des natürlichen Kausalzusammenhangs durch die SUVA nur auf diese Verletzung und deren Folgen beziehen. Wenn der Beschwerdeführer nunmehr geltend macht, er habe sich beim Unfall überdies oder stattdessen eine HWS-Verletzung zugezogen, ist er diesbezüglich - im sozialversicherungsrechtlichen Sinn - beweisbelastet (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts U 6/05 vom 27. April 2005 E. 3.2, auszugsweise publiziert in: AJP 2006 S. 1290 ff.). Die Leistungspflicht der SUVA ist demnach nur dann zu bejahen, wenn sich der natürliche Kausalzusammenhang mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellen lässt. Dies trifft, wie das kantonale Gericht mit zutreffender Begründung dargelegt hat, nicht zu. Während Monaten lagen keine Beschwerden im HWS-Bereich vor. Noch im Juni 2005 fanden sich unauffällige Befunde im HWS-Bereich mit medizinisch festgestellten kräftigen Bewegungen des Kopfes und unauffälligen Neurographien. Anhaltspunkte für sprachlich bedingte Probleme bei den Untersuchungen liegen keine vor. Der Kausalzusammenhang hat gemäss den überzeugenden Ausführungen des Kreisarztes Dr. med. F._ daher als zwar möglich, aber nicht überwiegend wahrscheinlich zu gelten. Dr. med. F._ begründete ausführlich, weshalb die HWS-Beschwerden nicht überwiegend wahrscheinlich auf den Unfall vom 29. März 2005 zurückgeführt werden können. Seine Beurteilung erweist sich als zuverlässig und schlüssig (<ref-ruling> E. 1d S. 162). Ihr kommt Beweiswert zu. Von weiteren Abklärungen können keine zusätzlichen, hinreichend klaren Ergebnisse erwartet werden. Der Umstand, dass die Ärzte in Bezug auf die Schulterverletzung noch nicht ausdrücklich von einer vollständigen Abheilung ausgingen, wie geltend gemacht wird, sondern lediglich keine Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit mehr bescheinigten, vermag am vorinstanzlichen Entscheid im Ergebnis nichts zu ändern. Da keine Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit mehr bestanden, war von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung im Sinne von <ref-law> mehr zu erwarten, womit die SUVA berechtigt war die Taggeldleistungen einzustellen. Die Vorinstanz hat eine Leistungspflicht aufgrund des Unfalls vom 29. März 2005 daher zu Recht verneint. Die Beschwerde ist demgemäss abzuweisen.
3. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>). Dem Gesuch um unentgeltliche Prozessführung (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Dr. André Largier, Zürich, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner