Faits:
A. Dame X._, née en 1968, et X._, né en 1970, se sont mariés en 1997. Le couple, qui vit séparé depuis le 6 mars 2008, a deux enfants mineurs: A._, née en 2002, et B._, né en 2004.
Économiste de formation, dame X._ a travaillé auprès de la société Y._ jusqu'en 2003, pour ensuite se consacrer exclusivement à l'éducation des enfants. Sans activité professionnelle depuis lors, elle perçoit des indemnités de l'assurance-chômage depuis le 14 janvier 2009. X._ est administrateur et directeur de la société Z._ SA; son salaire mensuel s'élevait en 2007 à 36'822 fr., puis à 14'756 fr.85 en 2008.
B. Le 29 juillet 2008, dame X._ a requis du Tribunal de première instance du canton de Genève le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale avec mesures préprovisoires urgentes.
Statuant sur mesures préprovisoires urgentes par ordonnance du 27 août 2008, le Président du Tribunal de première instance a notamment donné acte à X._ de son engagement à continuer à prendre en charge l'intégralité des frais incompressibles de la famille et à verser à son épouse la somme de 2'200 fr. par mois, allocations familiales en sus.
Par jugement du 28 novembre 2008, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale, le Tribunal de première instance a, entre autres, arrêté à 5'800 fr. par mois la contribution de X._ à l'entretien de la famille.
Appelée à statuer sur appel de l'épouse et appel incident du mari, la Cour de justice a fixé la contribution à l'entretien de la famille à 7'600 fr. par mois du 1er août 2008 au 31 janvier 2009, et à 9'300 fr. ensuite, allocations familiales en sus. L'arrêt, rendu le 28 mai 2009, a été notifié aux parties le 4 juin 2009.
C. Par acte du 3 juillet 2009, X._ exerce un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral. Après avoir requis l'effet suspensif, le recourant conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué en tant qu'il le condamne à verser une contribution d'entretien d'un montant de 7'600 fr., puis de 9'300 fr., et demande à ce que celle-ci soit fixée à 3'500 fr. du 1er août 2008 au 31 janvier 2009, puis à 3'300 fr. dès le 1er février 2009, sous déduction de tout montant d'ores et déjà versé pour la période postérieure au 1er août 2008. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des faits s'agissant du revenu de son épouse et du sien, ainsi que de l'application arbitraire des art. 125, 163 et 176 CC en ce qui concerne les revenus respectifs de chaque époux, certaines de ses charges (loyer, charges fiscales de chaque époux et charge hypothécaire) et la méthode de calcul utilisée pour déterminer le montant de la contribution d'entretien.
L'intimée conclut au déboutement du recourant tant sur sa requête d'effet suspensif que sur le fond. L'instance cantonale s'en rapporte à la justice sur la question de l'effet suspensif, tout en relevant que son arrêt comporte une erreur de calcul s'agissant des indemnités de chômage perçues par l'intimée. Elle se réfère, pour le surplus, aux considérants de son arrêt.
D. Par ordonnance du 24 juillet 2009, la Présidente de la Cour de céans a octroyé l'effet suspensif au recours s'agissant des contributions dues jusqu'en juin 2009.

Considérant en droit:
1. La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law>. Elle est finale selon l'<ref-law>, car elle tranche définitivement, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et ses effets accessoires (<ref-ruling> consid. 4 et les références citées). Le recours a pour objet une décision rendue dans une affaire pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF). II a par ailleurs été déposé dans le délai (<ref-law>), contre une décision prise en dernière instance cantonale par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2. 2.1 L'acte attaqué portant sur des mesures provisionnelles (<ref-ruling> consid. 5, 585 consid. 3.3 et la jurisprudence citée), seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels (<ref-law>).
2.2 Le Tribunal fédéral ne sanctionne la violation de droits fondamentaux - notion qui englobe les droits constitutionnels en général (<ref-ruling> consid. 2) - que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), les exigences de motivation de l'acte de recours correspondant à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 6, 638 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités). Il ne suffit pas qu'une solution différente apparaisse concevable, voire préférable; la décision attaquée n'est, de surcroît, annulée que si elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.1 et les arrêts cités).
2.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels par l'autorité cantonale. Les art. 95 et 97, ainsi que l'<ref-law> ne s'appliquent donc pas directement puisqu'ils ne sont pas des droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.1). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision.
3. 3.1 Pour déterminer le montant de la contribution d'entretien à la famille, la Cour de justice a appliqué la méthode du minimum vital élargi avec répartition de l'excédent à raison d'1/3 pour l'époux et de 2/3 pour l'épouse et les deux enfants. La cour cantonale a estimé les revenus et les charges de chaque époux en arrêtant deux périodes de calcul distinctes, à savoir une première période, s'étendant du 1er août 2008 au 31 janvier 2009 - au cours de laquelle l'épouse ne percevait aucun revenu -, puis une seconde, dès le 1er février 2009 - l'épouse percevant dès cette date des indemnités journalières de l'assurance-chômage de 122 fr. 40, à savoir une moyenne de 820 fr. mensuellement, allocations familiales de 400 fr. non comprises.
3.2 Sous l'angle du grief de l'établissement arbitraire des preuves, le recourant se plaint avant tout du revenu attribué à l'intimée, estimant que celui-ci serait plus élevé que le montant de 820 fr. retenu par la Cour de justice, puis affirme, se référant à l'<ref-law>, que son épouse pourrait se voir imputer un revenu hypothétique dès le 1er août 2008. Dans ses observations, l'intimée reproche quant à elle à la cour cantonale d'avoir inclus dans son revenu le montant des allocations familiales.
3.2.1 L'intimée, de même que la cour cantonale, reconnaissent l'existence d'une erreur de calcul dans la détermination du revenu que l'épouse tire des indemnités journalières. Conformément à l'<ref-law>, il convient donc de la corriger dans la mesure où cette constatation arbitraire est susceptible d'influer sur le montant de la contribution destinée à l'entretien de la famille (cf. consid. 2.3 supra). Contrairement toutefois à ce que soutient l'intimée, seule la période débutant en février 2009 entre en considération pour le calcul moyen des indemnités reçues, la cour n'ayant pas tenu compte des variations apparues dans la situation des époux pour le seul mois de janvier 2009. La moyenne des indemnités reçues sera donc calculée dès février 2009. L'intervention chirurgicale que l'intimée allègue en outre avoir subi en février et qui l'aurait empêchée de percevoir des indemnités constitue toutefois un fait nouveau, irrecevable devant la Cour de céans. Il n'en sera donc pas tenu compte (<ref-law>). En admettant dès lors une moyenne de 20 jours de travail par mois, le montant des indemnités qu'il convient de prendre en considération s'élève ainsi à 2'450 fr. (moyenne arrondie), l'intimée ne produisant aucune pièce permettant de prouver les montants légèrement inférieurs qu'elle allègue.
3.2.2 Le recourant soutient également que l'intimée devait se voir imputer, dès le 1er août 2008, un revenu hypothétique équivalant au montant des indemnités de chômage, son épouse observant à cet égard que la décision cantonale n'avait rien d'arbitraire dans la mesure où, s'étant consacrée à l'éducation de ses enfants depuis 2003, elle n'aurait perçu aucun revenu depuis cette année-là, jusqu'à l'obtention des indemnités de l'assurance-chômage, dès janvier 2009. Les juges cantonaux ont en effet souligné que le principe de la solidarité entre époux prenait le pas sur celui de leur indépendance financière: l'épouse, sans emploi depuis 2003, s'était consacrée depuis lors à la tenue du ménage et aux enfants du couple, âgés de moins de dix ans, alors que l'entretien de la famille était supporté par le mari exclusivement.
La jurisprudence admet qu'on ne peut en principe exiger d'un époux la prise ou la reprise d'une activité lucrative à temps partiel avant que le plus jeune des enfants atteigne l'âge de 10 ans révolus, et à temps complet avant qu'il atteigne l'âge de 16 ans révolus (<ref-ruling> consid. 3c et la référence; <ref-ruling> consid. 3.1 et les références; arrêt 5A_103/2008 du 5 mai 2008 consid. 2.2.2 publié in FamPra 2008 p. 950). Les critiques du recourant, qui consistent en de simples affirmations, n'apportent aucun élément permettant en l'espèce de s'écarter de la ligne directrice établie par la jurisprudence.
3.2.3 L'intimée se plaint quant à elle de ce que la cour cantonale a inclus, dans son revenu, le montant des allocations familiales destinées aux enfants. Il est vrai que celles-ci ne doivent en principe pas être retenues dans la capacité contributive du débirentier ou du parent gardien, dès lors que ce sont les enfants qui en sont titulaires et qu'il en est tenu compte dans la fixation de l'entretien que leur doit le parent débiteur (arrêts 5C.48/2001 du 28 août 2001 consid. 3c, publié in FamPra.ch 2002 p. 145; 5A_288/2009 du 10 septembre 2009 consid. 3.3; 5A_685/2008 du 18 décembre 2008 consid. 3.2.3 et les citations; Stephan Wullschleger, FamKommentar Scheidung, 2005, n. 21 ad <ref-law> et les références mentionnées). Néanmoins, que les allocations familiales soient ajoutées au revenu ou déduites des charges, la répartition du disponible n'en est pas affectée. Il suffit en effet que les allocations familiales soient déduites dans le calcul final, opération que les juges cantonaux ont correctement effectuée en l'espèce.
3.3 Sur un deuxième point - son propre revenu -, le recourant reproche à la cour cantonale une appréciation arbitraire des faits ainsi qu'une application arbitraire du droit, se plaignant que les juges cantonaux auraient arbitrairement apprécié les conditions relatives à l'établissement d'un revenu hypothétique.
3.3.1 La cour cantonale a constaté que le revenu net de l'époux était de 36'822 fr. par mois en 2007 et de 14'756 fr. 85 en 2008. Considérant que la baisse enregistrée en 2008 était, entre autres, due à une baisse de ses prestations personnelles consécutive à un état dépressif, la Cour de justice a estimé que le revenu du recourant serait à l'avenir vraisemblablement plus élevé qu'en 2008 et l'a en conséquence arrêté à 17'000 fr.
Le recourant prétend que les juges cantonaux auraient arbitrairement retenu un revenu hypothétique de 17'000 fr. alors que son revenu, attesté par pièces, serait de 14'756 fr. 85. Il reproche ainsi à la dernière instance cantonale de ne pas avoir examiné s'il lui est effectivement possible d'obtenir un revenu plus élevé - question de fait - ni si l'on peut exiger de lui qu'il obtienne un revenu hypothétique aussi élevé - question de droit. L'intimée observe que la baisse de revenu alléguée par le recourant serait incompatible avec ses statuts de directeur et d'administrateur de la société Z._ SA, cette seconde fonction impliquant de plus la détention de parts de ladite société, et les revenus liés à celles-ci. Par ailleurs, si le recourant, qui n'est plus atteint dans sa santé, faisait preuve de bonne volonté, il pourrait parfaitement augmenter ses revenus pour atteindre ceux qu'il percevait en 2007 - dont le montant était au demeurant nettement plus élevé que celui arrêté par la cour cantonale.
3.3.2 Pour fixer les contributions d'entretien, le juge se fonde, en principe, sur le revenu effectif du débiteur. Il est néanmoins admissible de s'écarter de la capacité financière de celui-ci, laquelle constitue la condition et le fondement de la mesure de son obligation, et de retenir en lieu et place de celle-ci un revenu hypothétique, dans la mesure où le débiteur pourrait gagner plus que son revenu effectif, en faisant preuve de bonne volonté et en accomplissant un effort que l'on peut raisonnablement exiger de lui. Les critères permettant de déterminer le montant du revenu hypothétique sont, en particulier, la qualification professionnelle, l'âge, l'état de santé ainsi que la situation du marché du travail (<ref-ruling> consid. 4a p. 5 et les citations). Contrairement à ce que soutient le recourant, la cour cantonale n'a pourtant en l'occurrence fixé aucun revenu hypothétique. Elle a en revanche procédé à une estimation de son revenu effectif futur en se fondant sur ses revenus 2007 et 2008 et en tenant compte de ce que la baisse de revenu relative à cette dernière année était due non seulement à des facteurs conjoncturels, mais également à son état de santé dépressif durant l'été 2008. Or, par sa critique, le recourant ne démontre nullement en quoi il serait arbitraire, de surcroît sous l'angle de la vraisemblance (ATF 127 I 474 consid. 2b/bb p. 478 et les références), de se baser sur un revenu de 17'000 fr., légèrement supérieur à celui de 14'756 fr. 85 réalisé en 2008, alors que le revenu lié à l'année 2007, chiffré à 36'822 fr., était plus de deux fois supérieur.
4. Le recourant se plaint ensuite d'une application arbitraire des art. 125 et 163 al. 1 CC en relation avec l'établissement de différentes charges: charges fiscales respectives des conjoints, loyer et remboursement des dettes contractées pendant la vie commune.
4. Le recourant se plaint ensuite d'une application arbitraire des art. 125 et 163 al. 1 CC en relation avec l'établissement de différentes charges: charges fiscales respectives des conjoints, loyer et remboursement des dettes contractées pendant la vie commune.
4.1 4.1.1 S'agissant des charges fiscales, la cour cantonale a observé que le recourant n'avait fourni aucune pièce justificative sur les taxations définitives intervenues pour l'année 2009. Sur la base du revenu déclaré pour l'année 2008, déduction faite des charges et frais d'entretien relatifs aux immeubles, des primes d'assurance déductibles et d'une contribution à l'entretien telle que fixée par le Tribunal de première instance, la Cour de justice a évalué la charge fiscale de l'époux en recourant à la "calculette" du Département genevois des finances. La cour cantonale a fait appel à la même pratique pour calculer la charge fiscale de l'intimée, se basant sur la contribution d'entretien telle que fixée par le Tribunal de première instance ainsi que sur les charges hypothécaires et les primes d'assurance déductibles assumées par l'épouse.
4.1.2 Affirmant que sa propre charge fiscale s'élèverait à 4'918 fr. 40 au lieu des 2'000 fr. retenus par la cour cantonale, le recourant reproche à celle-ci d'avoir procédé à une simulation d'impôts, dont le résultat serait aléatoire, alors qu'elle pouvait se fonder sur des montants qui lui étaient prétendument connus. En tant qu'il se borne toutefois à prétendre avoir fourni les pièces nécessaires aux fins d'établir sa charge fiscale, alors que la cour cantonale a précisément considéré le contraire, la critique du recourant est appellatoire et, partant, irrecevable (consid. 2.2 supra). S'agissant de la charge fiscale de son épouse, le recourant allègue que cette charge ne correspondrait pas à une charge effective, ne révélant aucunement les éléments auxquels il se réfère pour fonder une telle affirmation. Sa motivation est dès lors insuffisante à démontrer l'arbitraire du montant retenu (consid. 2.2 supra).
4.1.2 Affirmant que sa propre charge fiscale s'élèverait à 4'918 fr. 40 au lieu des 2'000 fr. retenus par la cour cantonale, le recourant reproche à celle-ci d'avoir procédé à une simulation d'impôts, dont le résultat serait aléatoire, alors qu'elle pouvait se fonder sur des montants qui lui étaient prétendument connus. En tant qu'il se borne toutefois à prétendre avoir fourni les pièces nécessaires aux fins d'établir sa charge fiscale, alors que la cour cantonale a précisément considéré le contraire, la critique du recourant est appellatoire et, partant, irrecevable (consid. 2.2 supra). S'agissant de la charge fiscale de son épouse, le recourant allègue que cette charge ne correspondrait pas à une charge effective, ne révélant aucunement les éléments auxquels il se réfère pour fonder une telle affirmation. Sa motivation est dès lors insuffisante à démontrer l'arbitraire du montant retenu (consid. 2.2 supra).
4.2 4.2.1 Les juges cantonaux ont ensuite retenu que, depuis le 1er février 2009, les frais de logement - loyer et montants de l'assurance ménage et RC - s'élevaient à 4'781 fr. 45. Compte tenu du fait que le recourant vivait avec une compagne et les deux enfants mineurs de celle-ci, la charge devait être répartie à concurrence de 2/3 pour la compagne du recourant et d'1/3 pour ce dernier, à savoir une charge arrondie à un montant de 1'600 fr.
4.2.2 Le recourant admet la prise en considération de son concubinage pour déterminer le montant du loyer qui peut être mis à sa charge, mais conteste la proportion retenue par la cour cantonale - 1/3 pour lui, 2/3 pour sa compagne et ses deux enfants. Il soutient que, conformément à la jurisprudence rendue en matière de poursuites, la participation de sa compagne ne pourrait dépasser la moitié des frais de loyer. L'intimée affirme quant à elle que, si des enfants ou des tiers vivent dans le foyer, leur part au coût du logement devrait être déduite. Il s'ensuivrait en l'espèce que les enfants devraient se voir attribuer une part de 30% du loyer, à savoir 1'434 fr. 45, tandis que le reste, à savoir 3'347 fr., devrait être réparti à parts égales entre le recourant et sa compagne. Un montant de 1'673 fr. 50 devrait ainsi être mis à la charge du recourant.
4.2.3 Lorsqu'il s'agit de fixer la contribution à l'entretien durant les mesures protectrices de l'union conjugale ou les mesures provisoires de l'<ref-law>, il convient de prendre en considération que le conjoint vit en communauté avec une autre personne et, dans ces circonstances, il n'est pas arbitraire de considérer que son compagnon pourrait participer aux frais communs. La durée du concubinage n'est pas déterminante; sont au contraire pertinents les avantages économiques retirés de la relation (arrêts 5P.463/2003 du 20 février 2004 consid. 3.2; 5P.90/2002 du 1er juillet 2002 consid. 2b/aa, publié in FamPra 2002 p. 813).
Pour le calcul du minimum vital du droit des poursuites, les frais de logement effectifs ou raisonnables doivent être ajoutés au montant de base du droit des poursuites; lorsque des enfants ou des tiers vivent dans le foyer, leur part au coût du logement en est alors déduite. Si la participation du concubin aux charges communes ne doit pas dépasser la moitié du montant de celles-ci, il est toutefois admis que sa participation au loyer peut atteindre 2/3 dans l'hypothèse où il loge des enfants, leur part au coût du logement devant ainsi être prise en compte (arrêt 5P.238/2005 du 28 novembre 2005 consid. 4.1; Françoise BASTONS BULLETTI, L'entretien après divorce: méthodes de calcul, montant, durée et limites, SJ 2007 II p. 77 ss, p. 88).
En tant que la compagne du recourant a deux enfants dont elle a la garde, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a mis à la charge de cette dernière les 2/3 du loyer, le recourant supportant le tiers restant.
En tant que la compagne du recourant a deux enfants dont elle a la garde, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a mis à la charge de cette dernière les 2/3 du loyer, le recourant supportant le tiers restant.
4.3 4.3.1 La cour cantonale n'a pas retenu parmi les charges du recourant le montant lié à la dette hypothécaire grevant l'appartement de C._, considérant cette charge comme n'étant pas incompressible. Le recourant prétend qu'en jugeant ainsi, la dernière instance cantonale aurait appliqué de manière arbitraire les art. 125 et 163 CC: elle ne pouvait en effet faire abstraction de cette charge hypothécaire, liée à l'acquisition d'une résidence secondaire, dans l'intérêt de la famille et pendant la vie commune des parties, dont celles-ci seraient en outre codébitrices solidaires. L'intimée observe que, si le recourant devait trouver gain de cause sur le principe, seul un montant de 616 fr. 70 par mois devrait être retenu dans le décompte de ses charges.
4.3.2 La jurisprudence et la doctrine admettent que, lorsque la situation financière des parties le permet, une dette peut être prise en considération dans le calcul du minimum vital du droit de la famille si celle-ci a été assumée avant la fin du ménage commun aux fins de l'entretien des deux époux, ou lorsque ceux-ci en répondent solidairement (<ref-ruling> consid. 2a/bb et les références doctrinales citées; ROLF VETTERLI, in FamKom Scheidung, 2005, n. 33 ad art. 176). Compte tenu de la situation financière favorable des parties et en tant que le recourant démontre que la dette relative à l'appartement secondaire de C._ est une dette contractée solidairement par le couple avant leur séparation, elle doit être retenue dans les charges de l'époux qui s'en acquitte. C'est donc arbitrairement que la cour cantonale n'en a pas tenu compte. Seul sera toutefois retenu un montant de 616 fr. 66 (crédit hypothécaire), la preuve de l'existence de charges supplémentaires (charges de copropriété et d'entretien) par une simple annotation manuscrite sur un relevé bancaire n'étant pas suffisante à démontrer leur réalité.
5. 5.1 Le recourant se plaint enfin de la violation arbitraire des art. 125 et 176 al. 1 CC, reprochant à la cour cantonale l'application de la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent pour fixer le montant de la contribution due à l'entretien des siens. Se fondant sur le fait que la situation économique de son couple est favorable, le recourant soutient que l'application de cette dernière méthode aurait pour effet de faire bénéficier son épouse d'un niveau de vie supérieur à celui que menaient les époux pendant la vie commune. Il affirme que la comparaison des revenus et des minima vitaux était dès lors inopportune et qu'il fallait au contraire se fonder sur les dépenses nécessaires au maintien du train de vie. En tant qu'il incombait au créancier d'aliments de préciser et de rendre celles-ci vraisemblables et que son épouse n'avait pas satisfait à cette obligation, on ignorait donc si les contributions fixées par la cour cantonale correspondaient aux dépenses nécessaires au maintien du niveau de vie antérieur. Dans sa réponse, l'intimée se contente d'affirmer que son mari avait accoutumé sa famille à un train de vie élevé, sans qu'elle n'indique le montant des dépenses nécessaires au maintien de son train de vie antérieur.
5.2 D'après l'<ref-law>, le juge fixe la contribution pécuniaire à verser par l'une des parties à l'autre. Le montant des aliments se détermine en fonction des facultés économiques et des besoins respectifs des époux. Tant que dure le mariage, chacun des conjoints a le droit de participer de la même manière au train de vie antérieur (<ref-ruling> consid. 4b/aa p. 318), la fixation de la contribution d'entretien ne devant pas anticiper sur la liquidation du régime matrimonial. En cas de situation financière favorable, il convient ainsi de se fonder sur les dépenses indispensables au maintien des conditions de vie antérieures, qui constitue la limite supérieure du droit à l'entretien (<ref-ruling> consid. 3b p. 100 et les arrêts cités; arrêts 5A_515/2008 du 1er décembre 2008 consid. 2.1; 5A_732/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2; 5P.138/2001 du 10 juillet 2001 consid. 2a/bb, publié in FamPra.ch 2002 p. 333). C'est au créancier de la contribution d'entretien qu'il incombe de préciser les dépenses nécessaires à son train de vie et de les rendre vraisemblables (<ref-ruling> consid. 2 p. 425; arrêt 5A_732/2007 précité consid. 2.2).
En l'espèce, la cour cantonale a appliqué la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent - qui s'élève à 5'300 fr. pour la période du 1er août 2008 au 31 janvier 2009 et à 9'100 fr. pour la période à partir du 1er février 2009 - à raison de 2/3 en faveur de l'épouse qui obtenait la garde des enfants et d'1/3 en faveur du mari, sans tenir compte du fait que les parties étaient dans une situation matérielle favorable (sur cette notion: arrêt 5A_288/2008 du 27 août 2008 consid. 5.4), ni en conséquence examiner si le montant de la contribution octroyé était nécessaire pour couvrir le coût de l'entretien des enfants et maintenir le train de vie qui était celui de l'épouse durant le mariage, éléments qu'il appartenait à celle-ci d'alléguer et de rendre vraisemblables. L'arrêt attaqué ne donne d'ailleurs aucune indication chiffrée sur les dépenses des parties et leur niveau de vie antérieur, tandis que l'intimée se contente de soutenir avoir été habituée à un train de vie "élevé", sans fournir la moindre indication chiffrée à cet égard. Force est donc de reconnaître qu'aucun élément ne permet de retenir que le montant particulièrement élevé des contributions cantonales serait nécessaire au maintien du niveau de vie antérieur, la décision attaquée parvenant dès lors à un résultat que le recourant qualifie à juste titre d'arbitraire.
5.3 Dès lors que la contribution d'entretien doit également couvrir les besoins des enfants mineurs, la maxime inquisitoire est applicable (art. 176 al. 3 et 280 al. 2 CC), imposant au juge d'éclaircir les faits et de prendre en considération d'office tous les éléments qui peuvent être importants pour rendre une décision conforme à l'intérêt de l'enfant, ce même si ce sont les parties qui, en premier lieu, doivent lui soumettre les faits déterminants et les offres de preuve. L'obligation pour le juge d'établir d'office les faits n'est en effet pas sans limite: selon la jurisprudence relative à l'<ref-law>, la maxime inquisitoire ne dispense pas les parties d'une collaboration active à la procédure ni d'étayer leurs propres thèses; il leur incombe ainsi de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuve disponibles (<ref-ruling>11 consid. 3.2.1 p. 412 ss et les citations). Il appartiendra donc en l'espèce à l'intimée de renseigner le juge cantonal sur les dépenses et le train de vie mené durant la vie commune, ce afin de déterminer le montant de la contribution d'entretien en conformité avec les chiffres allégués. En tant qu'il ne s'agit pas en l'espèce d'un litige lié à la modification de la contribution d'entretien, mais bien à la fixation de celle-ci, il conviendra toutefois que la cour cantonale interpelle l'intimée à cet égard (arrêt 5A_27/2009 du 2 octobre 2009 consid. 4.3 a contrario).
6. En conclusion, le recours est partiellement admis, dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant succombant sur la moitié de ses conclusions (revenu hypothétique de son épouse, montant de son propre revenu, montant des charges fiscales de chacun des époux et montant de la charge afférant au loyer), il se justifie de répartir les frais judiciaires à parts égales entre les parties (<ref-law>) et de compenser les dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour moitié à la charge du recourant et pour moitié à la charge de l'intimée.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 9 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret