Erwägungen:
1. X._ besitzt den schweizerischen Führerausweis der Kategorie B seit April 1954. Am 27. Juni 2008 stellte die Kantonspolizei St. Gallen mittels Radarmessung fest, dass der Lenker des Personenwagens BMW SG 3123 um 12.27 Uhr auf der Autobahn A1 bei Moosmüli in Fahrtrichtung St. Margrethen die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h um 38 km/h überschritt. In der polizeilichen Befragung vom 28. Juli 2008 anerkannte X._, das Fahrzeug im fraglichen Zeitpunkt gelenkt zu haben. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2008 entzog ihm das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen den Führerausweis für die Dauer von zwölf Monaten, dies, nachdem ihm der Ausweis bereits im Jahre 2007 wegen Überschreitens der zulässigen Höchstgeschwindigkeit für die Dauer von drei Monaten entzogen worden war.
Gegen die Verfügung vom 6. Oktober 2008 erhob X._ Rekurs zu Handen der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Mit Entscheid vom 28. Mai 2008 trat diese mangels fristgerechter Begründung nicht darauf ein.
2. Gegen diesen Nichteintretensentscheid vom 28. Mai 2009 führt X._ der Sache nach Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>).
Das Bundesgericht hat davon abgesehen, Vernehmlassungen einzuholen.
3. Gemäss <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offenstehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. auch <ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 351 f.; <ref-ruling> insb. E. 1.4 S. 254). Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer kritisiert den angefochtenen Entscheid ganz allgemein, sowohl betreffend das kantonale Verfahren wie auch in Bezug auf den angeordneten Führerausweisentzug. Mit dem von der Vorinstanz genannten Nichteintretensgrund selber setzt er sich jedoch nicht rechtsgenüglich auseinander. Er legt nicht dar, inwiefern die dem Nichteintretensentscheid zugrunde liegende Begründung oder dieser Entscheid im Ergebnis im Sinn von <ref-law> rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Mangels einer hinreichenden Begründung ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann. Mit dem vorliegenden Urteil wird das Gesuch, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung beizulegen, gegenstandslos.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer unter aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt und der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen, Abteilung IV, sowie dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Bopp