Faits:
A. A._ est propriétaire de l'art. 447 du registre foncier de la commune d'Avry. B._ est propriétaire de l'art. 745; il est également propriétaire de l'art. 835 en copropriété avec C._. Ces trois parcelles, qui font partie de la zone industrielle de Rosé, sont empiétées par la route de l'Industrie. L'emprise actuelle des servitudes est de 106 m2 pour l'art. 447, 40 m2 pour l'art. 745 et 224 m2 pour l'art. 835.
Le 21 juillet 2001, le Conseil communal d'Avry a déposé une requête d'ouverture d'expropriation pour la reprise des routes de la zone industrielle de Rosé sur les propriétés foncières précitées. Cette demande était motivée par le souhait de la commune de revaloriser cette zone et faciliter l'accès à toutes les industries.
Par ordonnance du 24 octobre 2001, le président de la Commission d'expropriation du canton de Fribourg (ci-après: la Commission d'expropriation) a ouvert la procédure d'expropriation et organisé une inspection des lieux. Au vu des problèmes soulevés par le tracé de la route d'accès à la route cantonale, les parties ont convenu de suspendre la procédure. Des discussions ont alors eu lieu entre les propriétaires précités et la communes; elles n'ont toutefois pas abouti. Le 17 décembre 2003, la commune d'Avry a décidé de poursuivre la procédure d'expropriation.
Le 22 novembre 2005, les avis personnels ont été envoyés aux propriétaires concernés, indiquant que la procédure visait la remise gratuite au domaine public de la route de l'Industrie de 139 m2, 42 m2 et 200 m2 sur les art. 447, 745 et 835. A._ ainsi que B._ et C._ se sont opposés à l'expropriation. La séance de conciliation du 13 septembre 2006 s'est soldée par un échec.
Le 22 novembre 2006, le président de la Commission d'expropriation a transmis l'opposition à la Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions (ci-après: la Direction cantonale) afin qu'elle statue sur l'intérêt public à l'expropriation requise par la commune.
Par décision du 11 octobre 2007, la Direction cantonale a rejeté les oppositions après avoir constaté que l'expropriation prévue concernait un cas d'utilité publique déterminé par une loi et que la réalisation de l'ouvrage correspondait à un intérêt public.
B. Par arrêt du 30 octobre 2008, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._, B._ et C._ et confirmé la décision de la Direction cantonale du 11 octobre 2007. Le Tribunal cantonal a considéré pour l'essentiel qu'en tant que voie de communication, la route de l'Industrie était un ouvrage d'utilité publique. Le transfert des portions litigieuses au domaine public, qui permettait à la commune d'homogénéiser le réseau routier de la zone industrielle, correspondait à un intérêt public important. Les expropriés n'invoquaient aucun argument pertinent capable de remettre en question l'intérêt public prépondérant de la reprise des portions de la route de l'Industrie.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._ et C._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt précité, de constater que l'expropriation ne remplit pas le critère de l'intérêt public prépondérant, partant d'admettre leur opposition, et d'admettre les prétentions qu'ils ont émises le 13 janvier 2006. Ils contestent la légalité de l'expropriation de la route de l'Industrie. De plus, l'expropriation litigieuse ne répondrait pas à un intérêt public et le Tribunal cantonal n'aurait arbitrairement pas pris en compte leur intérêt privé.
Le Tribunal cantonal se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt pour conclure au rejet du recours. La commune d'Avry et la Direction cantonale concluent également au rejet du recours.
Le 10 juin 2009, les recourants ont déposé un "mémoire complémentaire" et produit des pièces nouvelles.

Considérant en droit:
1. 1.1 La voie du recours en matière de droit public au sens de l'<ref-law> est en principe ouverte contre une décision prise en dernière instance cantonale en matière d'expropriation fondée sur du droit cantonal, sous réserve des conditions de recevabilité posées notamment aux <ref-law>. Les recourants, qui ont pris part à la procédure devant l'autorité précédente, sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué qui confirme l'expropriation de leurs parcelles; ils ont donc la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
1.2 L'arrêt attaqué statue sur la justification de l'expropriation requise par la commune mais ne tranche pas la question de l'indemnisation due aux expropriés; celle-ci sera examinée par la Commission d'expropriation dans une procédure séparée, à savoir la procédure d'estimation (cf. art. 69 de la loi cantonale fribourgeoise du 23 février 1984 sur l'expropriation [ci-après: LEx/FR; RSF 76.1]). Lorsque, comme dans le canton de Fribourg, la procédure d'expropriation comporte deux phases - la première concernant l'admissibilité et l'étendue de l'expropriation et la seconde l'indemnisation -, la première décision constitue une décision finale au sens de l'<ref-law> (cf. arrêt 1C_39/2009 du 18 mai 2009 destiné à la publication, consid. 1.2).
Les autres conditions formelles de recevabilité sont remplies, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
1.3 Toutefois, la conclusion des recourants tendant à admettre les prétentions qu'ils ont émises le 13 janvier 2006 est irrecevable, dans la mesure où la question de la valeur des droits expropriés ne fait pas partie de l'objet du litige.
2. 2.1 Comme moyens de preuve à l'appui de leur motivation, les recourants proposent l'interrogatoire des parties ainsi qu'une vision locale. Dans la mesure où il s'agirait d'une réquisition formelle d'instruction complémentaire, il n'y a pas lieu d'y donner suite, le Tribunal fédéral s'estimant suffisamment renseigné pour statuer en l'état du dossier.
2.2 Par ailleurs, les recourants ont fait parvenir au Tribunal fédéral, le 10 juin 2009, un "mémoire complémentaire". Il s'agit en réalité d'une réplique spontanée aux observations des autorités cantonales. En annexe à leur écriture, ils produisent plusieurs pièces nouvelles, faisant valoir que ces documents ont été découverts récemment dans le cadre de la succession de feue D._, précédente propriétaire de la parcelle 447. En vertu de l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. En l'espèce, les pièces annexées constituent des preuves nouvelles qui ne résultent pas de l'arrêt attaqué. Elles sont donc irrecevables.
3. Les recourants se plaignent d'une mauvaise application du droit cantonal.
Le Tribunal fédéral revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal sous l'angle de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid de 1.4.2 p. 254 et les références). En revanche, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
4. Dans un premier grief, les recourants contestent la légalité de l'expropriation de la route de l'Industrie. Ils considèrent que l'art. 99 al. 4 de la loi cantonale fribourgeoise du 9 mai 1983 sur l'aménagement du territoire et les constructions (ci-après: la LATeC; RSF 710.1) ne peut pas s'appliquer au cas d'espèce puisque la route litigieuse a été construite illégalement et qu'elle n'a pas été reconnue par la commune d'Avry. La procédure d'expropriation devrait ainsi être déclarée nulle, se basant sur une décision qui leur est inapplicable.
4.1 Aux termes de l'art. 99 al. 4 LATeC, relatif à l'équipement de détail, la commune détermine les ouvrages qu'elle reprend gratuitement, après les avoir reconnus; elle les entretient aux conditions fixées par elle. Le 2 avril 1979, le Conseil communal d'Avry a approuvé le règlement de la zone industrielle de Rosé, dont l'art. 6.2 a la teneur suivante: "Une fois construites, les routes de desserte de la zone, objet du plan n° 188 du mois de janvier 1976, établi par le Bureau d'études techniques SA, seront remises gratuitement à la commune".
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a relevé que la route de l'Industrie ne figurait pas sur le plan n° 188 du mois de janvier 1976, et pour cause, puisqu'elle avait été construite en 1985. Elle apparaissait toutefois dans une modification du plan de situation n° 188, datée de 1984, et faisait donc partie intégrante du plan n° 188. Force était donc de reconnaître que la route litigieuse faisait partie des routes de desserte de la commune au sens de l'art. 6.2 du règlement de la zone industrielle et qu'elle pouvait être remise à la commune. Il sied de relever ici que le plan de situation de 1984, que les recourants se plaignent d'ignorer - sans cependant faire valoir une violation de leur droit d'être entendus -, était annexé aux observations de la Direction cantonale du 18 février 2008, transmises aux parties à titre d'information le 25 avril 2008. Le Tribunal cantonal a ensuite souligné que l'art. 99 LATeC subordonnait la reprise de l'équipement de détail par une commune à une reconnaissance de sa part, mais n'exigeait pas l'existence d'un règlement ou d'une convention antérieurs à la construction de ces infrastructures. Une telle démarche supposait un transfert de propriété, comme par un exemple un "verbal de mutation". Or, la commune d'Avry avait manifesté plusieurs fois sa volonté de reprendre les routes de desserte de la zone industrielle et, par la présente procédure d'expropriation, elle entendait bien acquérir définitivement la propriété de l'emprise des parcelles des recourants sur la route de l'Industrie. Il n'était par conséquent pas relevant que ladite route ne figurait pas sur le plan de 1976.
Dans leur écriture, les recourants allèguent que la route de l'Industrie a été construite illégalement et qu'elle ne peut pas être reprise gratuitement puisqu'elle n'a pas été reconnue par la commune le 2 avril 1979. Ils indiquent encore qu'ils ne sont pas parties à la convention du 29 octobre 1979 qui prévoyait la reprise par la commune des routes de desserte de la zone industrielle et qu'ils n'ont pas repris les obligations des anciens propriétaires. Les intéressés n'expliquent toutefois pas en quoi le raisonnement suivi par la cour cantonale serait insoutenable ni ne prétendent que l'art. 99 al. 4 LATeC a été interprété et appliqué arbitrairement. Leur critique, de nature purement appellatoire, ne répond pas aux exigences de l'<ref-law> et est irrecevable (cf. consid. 3 ci-dessus). De toute façon, vu ce qui précède, le Tribunal cantonal pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, considérer que l'art. 99 al. 4 LATeC s'appliquait au cas d'espèce et que la procédure d'expropriation n'était pas nulle.
5. Les recourants reprochent ensuite à la cour cantonale d'avoir procédé à une pesée des intérêts arbitraire "pour aboutir à un intérêt public prépondérant".
5.1 En vertu de l'art. 2 al. 1 LEx/FR, l'expropriation n'est admissible que dans les cas d'utilité publique déterminés par une loi et dans la mesure où la réalisation de l'ouvrage répond à un intérêt public.
Le Tribunal cantonal a relevé que, selon l'art. 138 al. 1 LATeC, les voies de communication étaient expressément reconnues comme cas d'utilité publique au sens de la LEx/FR et que cette présomption n'était pas renversée par l'examen concret du projet. Les recourants ne remettent pas en cause cette constatation, mais contestent que, dans le cas particulier, la route de l'Industrie réponde à un intérêt public prépondérant.
5.2 Dans sa pesée des intérêts, le Tribunal cantonal a retenu que l'ensemble des routes de desserte de la zone industrielle de Rosé, exception faite de la route des Tuileries, faisait partie du domaine public. Les recourants étaient les seuls propriétaires à s'être opposés à la reprise de la route par la commune. Par ailleurs, le transfert des portions litigieuses de la route de l'Industrie au domaine public permettrait à la commune d'assurer l'entretien, la sécurité, le balisage et le marquage de la route, ce qui, de toute évidence, correspondait à un intérêt public important; la commune pourrait ainsi homogénéiser le réseau routier de la zone industrielle.
5.3 Les recourants font finalement grief à la cour cantonale de n'avoir traité que partiellement les intérêts privés qu'ils avaient exposés, et ce de façon totalement arbitraire. En particulier, ils exposent que l'expropriation a été étendue sur une partie des places de parc existantes et non seulement à la route comme prévu initialement. Ils devront donc entreprendre certains travaux de constructions. En outre, l'emprise de la route impliquera des modifications, voire des irrégularités, la distance aux limites ne sera plus respectée, les surfaces constructibles devant nécessairement diminuer, la possibilité d'agrandir les bâtiments devenant chose impossible. Enfin, l'expropriation les privera de places de parc indispensables; la construction de nouvelles places sur la parcelle 447 engendrerait d'énormes frais alors qu'un déplacement des places sur les parcelles 745 et 835 serait impossible.
Selon les recourants, le caractère impératif de la reprise de la route de l'Industrie est tout à fait relatif, le conseil communal d'Avry n'ayant pour l'heure aucun projet concret pour l'avenir de la zone industrielle de Rosé. Même si la commune n'a pas encore arrêté de plan précis pour le nouvel aménagement de la zone en question, il n'en demeure pas moins que sa demande d'expropriation est motivée par le souhait de revaloriser la zone et de faciliter l'accès à toutes les industries. Dans ces conditions, il n'est pas arbitraire de considérer que la reprise de la route de l'Industrie permet d'atteindre ce but et d'améliorer la circulation dans la zone, ce qui répond manifestement à un intérêt public. Le fait que les recourants soient ou non les seuls opposants à l'expropriation n'y change rien; il n'y a donc pas lieu de déterminer si le Tribunal cantonal a commis une erreur manifeste, comme le soutiennent les recourants, en constatant qu'ils étaient les seuls propriétaires à s'être opposés à la reprise de la route par la commune. De même, le fait que l'arrêt entrepris aurait relevé à tort, au consid. 5b concernant les frais de justice, que les recourants étaient assistés dès le début de la procédure par un avocat, ne remet pas en cause l'intérêt public de l'expropriation litigieuse. Quant aux considérations des recourants relatives à une autre variante possible, soit l'expropriation par la commune de la route des Tuileries, elles relèvent clairement, comme l'a indiqué le Tribunal cantonal, de préoccupations tenant à l'opportunité; de toute façon, de nature purement appellatoire, ces critiques sont irrecevables (cf. consid. 3 ci-dessus).
Le Tribunal cantonal n'a pas ignoré les intérêts privés des recourants, mais il a estimé que ceux-ci n'étaient pas prépondérants par rapport à l'intérêt public. Il a considéré que la surface totale des parcelles que la commune souhaitait acquérir ne dépassait que de peu (11 m2) celle qui faisait actuellement l'objet des servitudes, ce que les recourants ne contestent pas. Il a ensuite souligné que la surface restante n'empêchait pas le maintien des places de stationnement et que, le cas échéant, d'autres places pourraient être aménagées ailleurs sur les parcelles. Il est certain que si, comme l'allèguent les recourants, l'emprise de la route les privait de places de stationnement indispensables, les désavantages liés à l'expropriation seraient un peu plus importants que ceux relevés par la cour cantonale. Il n'empêche que les intérêts privés des recourants doivent de toute façon céder le pas face à l'intérêt public de la commune à revaloriser la zone industrielle. Il apparaît ainsi que la pesée des intérêts effectuée dans l'arrêt attaqué ne prête pas le flanc à la critique, à tout le moins n'est pas arbitraire.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). La commune d'Avry et la direction cantonale n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de la Commune d'Avry, à la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions ainsi qu'au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIe Cour administrative.
Lausanne, le 30 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard