Fatti:
A.
L'associazione "A._" è proprietaria del fondo part. xxx di W._, un terreno di 22'262 m2 che si affaccia sul lago di Lugano. Sulla particella sorge un centro di vacanza, costituito da diversi edifici, destinato in particolare ad anziani, a disabili, a giovani e a famiglie bisognose.
B.
Nella seduta del 24 ottobre 2005 il Consiglio comunale di W._ ha adottato la revisione generale del piano regolatore, che prevedeva in particolare di gravare il fondo part. xxx con un vincolo per la realizzazione di un sentiero di carattere naturalistico, costeggiante il lago. Il percorso pedonale rientra nel tracciato lungo la riva del lago, che collega il Comune di Y._ con quello di Z._. La proprietaria si è aggravata contro il vincolo. Con risoluzione del 21 agosto 2007 il Consiglio di Stato ha approvato la revisione del piano regolatore, negando tuttavia l'approvazione al sentiero di carattere naturalistico, pur condividendolo nel principio. Il Governo ha sostanzialmente imposto al Comune di eseguire ulteriori approfondimenti e di adottare in seguito una variante pianificatoria relativa al percorso pedonale. Adito dalla proprietaria, con sentenza del 21 maggio 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha dichiarato irricevibile la domanda di stralcio del vincolo di sentiero naturalistico lungo la riva del lago, vista la sua mancata approvazione da parte del Consiglio di Stato.
C.
Il 12 luglio 2010 il Consiglio comunale di W._ ha adottato delle varianti di piano regolatore, che prevedono in particolare l'aggiornamento del tracciato del sentiero di carattere naturalistico, da realizzarsi mediante un diritto di passo pedonale pubblico. Il percorso segue la riva del lago, posizionandosi ove possibile entro il limite del demanio pubblico, altrimenti sui terreni privati, tra i quali una parte del fondo part. xxx. Contro il provvedimento pianificatorio, la proprietaria ha adito il Consiglio di Stato, chiedendo in via principale lo stralcio del vincolo e, in via subordinata, la riconsiderazione del tracciato o l'imposizione al Comune di adottare una regolamentazione volta a limitare l'apertura del percorso pedonale al periodo di chiusura del centro di vacanza (da ottobre a marzo).
D.
Con risoluzione del 9 novembre 2011 il Consiglio di Stato ha approvato le varianti, segnatamente il vincolo di sentiero naturalistico a lago. Quale modifica d'ufficio, ha tuttavia aggiunto all'art. 46 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), disciplinante i percorsi pedonali e le ciclopiste, un nuovo capoverso 5 dal seguente tenore:
"5. Il sentiero naturalistico a lago in corrispondenza del fmn xxx è aperto al pubblico accesso unicamente nei periodi di chiusura del centro di cura e vacanze gestito dalla Società cooperativa B._ in W._.
Tale restrizione è strettamente attinente alla funzione pubblica ed alle attività svolte sul fmn xxx da parte di tale Società."
E.
Contro la decisione governativa, il Comune di W._ si è aggravato al Tribunale cantonale amministrativo, che con sentenza del 4 dicembre 2014 ha accolto il ricorso, annullando l'art. 46 cpv. 5 NAPR introdotto dal Consiglio di Stato. La Corte cantonale ha essenzialmente ritenuto che la modalità di esercizio del percorso pedonale riguarda la fase di attuazione del provvedimento pianificatorio e dovrà essere valutata dal Comune in quella sede.
F.
La proprietaria del fondo part. xxx impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché statuisca nuovamente sulla causa. In via subordinata, chiede di confermare la decisione governativa di approvazione della variante con l'aggiunta dell'art. 46 cpv. 5 NAPR. La ricorrente chiede inoltre di concedere al gravame l'effetto sospensivo.
Non sono state chieste osservazioni sul ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
Presentato contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF), è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente, proprietaria del fondo colpito dal vincolo pianificatorio, è data giusta l'<ref-law>.
2.
2.1. Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove è invocata la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1).
2.2. Il presente litigio verte sull'annullamento dell'art. 46 cpv. 5 NAPR da parte della Corte cantonale. Occorreva quindi confrontarsi con i relativi considerandi del giudizio impugnato, spiegando in che consiste la violazione. Nella misura in cui la ricorrente non lo fa, ma si dilunga in argomentazioni di carattere generale, che oltrepassano l'oggetto del litigio, il gravame non adempie le citate esigenze di motivazione ed è pertanto inammissibile. In particolare, le censure rivestono natura essenzialmente appellatoria, e sono quindi inammissibili, laddove la ricorrente si limita ad addebitare alla Corte cantonale errori e violazioni di norme del diritto cantonale, senza tuttavia sostanziare un'applicazione manifestamente insostenibile, e perciò arbitraria, di specifiche disposizioni del diritto cantonale.
3.
3.1. La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale un'ingerenza inammissibile nelle competenze del Consiglio di Stato, il quale, introducendo il cpv. 5 dell'art. 46 NAPR, avrebbe correttamente esercitato il proprio potere cognitivo nell'ambito dell'approvazione della variante pianificatoria.
3.2. Il Comune ticinese beneficia di un'autonomia tutelabile nell'ambito della pianificazione del territorio (<ref-ruling> consid. 2; sentenza 1P.675/2004 del 12 luglio 2005, consid. 2.2 e rinvii, in: RtiD II-2005, n. 16, pag. 100 segg.). In questo contesto rientra pure la pianificazione dei percorsi pedonali, riguardo ai quali l'art. 5 cpv. 1 e 3 della legge ticinese sui percorsi pedonali ed i sentieri escursionistici, del 9 febbraio 1994 (LCPS), prevede che siano designati dai Comuni nei loro piani regolatori ed adottati secondo la procedura prevista per gli stessi (cfr. sentenza 1C_273/2007 del 25 gennaio 2008 consid. 1.3). L'autonomia non è però assoluta. Secondo l'art. 33 cpv. 3 lett. b LPT, il diritto cantonale deve garantire il riesame completo del piano di utilizzazione da parte di almeno una istanza. Secondo l'art. 37 cpv. 1 della previgente legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990 (LALPT), applicabile alla fattispecie in virtù della disposizione transitoria dell'art. 107 della legge sullo sviluppo territoriale, del 21 giugno 2011 (Lst), i ricorsi contro il piano regolatore sono in primo luogo decisi dal Consiglio di Stato, che si pronuncia sui gravami e approva il piano con pieno potere cognitivo. Come rilevato dalla Corte cantonale, ciò equivale ad un controllo non solo della legittimità, ma pure dell'opportunità delle scelte pianificatorie comunali. A contemperare l'estensione di questo controllo, rispetto all'autonomia riconosciuta al Comune nell'ambito in esame, interviene il principio dell'art. 2 cpv. 3 LPT: le autorità incaricate di compiti pianificatori badano di lasciare alle autorità loro subordinate il margine d'apprezzamento necessario per adempiere ai loro compiti.
Il Consiglio di Stato, quale prima istanza che verifica la conformità del piano regolatore con il diritto superiore, non può pertanto semplicemente sostituire il proprio apprezzamento a quello del Comune, ma deve rispettarne il diritto di scegliere tra più soluzioni adeguate quella ritenuta più opportuna. L'autorità governativa deve rifiutare l'approvazione di quelle soluzioni che disattendono i principi e gli scopi pianificatori fondamentali del diritto federale o che non assicurano una loro sufficiente attuazione, rispettivamente non tengono adeguatamente conto della pianificazione di livello cantonale, segnatamente dei dettami del piano direttore cantonale. Essa verificherà segnatamente che sia effettuata in modo corretto la ponderazione globale degli interessi richiesta dall'<ref-law> (sentenza 1A.85/1999 dell'11 dicembre 2000 consid. 6b, in: RDAT II-2001, pag. 319 segg.; cfr., inoltre, sentenza 1C_130/2014 del 6 gennaio 2015 consid. 2.2).
Quanto al Tribunale cantonale amministrativo, il ricorso allo stesso è di principio proponibile unicamente per la violazione del diritto, in particolare per l'errata o mancata applicazione di una norma stabilita dalla legge o risultante implicitamente da essa, per l'apprezzamento giuridico erroneo di un fatto, l'eccesso o l'abuso di potere, la violazione di una norma essenziale di procedura e l'accertamento inesatto o incompleto dei fatti rilevanti per la decisione (art. 38 cpv. 2 e 3 LALPT; cfr. sentenza 1A.85/1999, citata, consid. 6c).
3.3. Nella decisione di approvazione della variante pianificatoria, il Consiglio di Stato ha riconosciuto che il sentiero litigioso agevolava il pubblico accesso alla riva del lago, era conforme al piano direttore cantonale e rispondeva all'interesse pubblico. Ha nondimeno rilevato che dovevano essere tutelati anche gli interessi della proprietaria, sicché si giustificava di introdurre una normativa volta a limitare l'accessibilità pubblica del percorso pedonale al solo periodo di chiusura del centro di cura e di vacanze. Secondo l'autorità governativa, tale soluzione sarebbe proporzionata ed adeguata alla situazione di fatto e risulterebbe preferibile rispetto ad altre soluzioni legate al tracciato, recinzioni e accessi a lago puntuali.
In concreto, il Governo sostanzialmente ha ritenuto il provvedimento pianificatorio comunale conforme ai dettami del piano direttore cantonale e in particolare non ha riscontrato carenze sotto il profilo degli scopi e dei principi pianificatori, né ha mosso critiche di rilievo al tracciato in quanto tale. Introducendo nel tratto riguardante il fondo part. xxx uno specifico disciplinamento del periodo di apertura del percorso pedonale pubblico, l'autorità cantonale non ha tuttavia rispettato il margine di apprezzamento che spettava al Comune, ma si è sostituita a quest'ultimo nel regolarne le modalità di esercizio. La questione di sapere se una temporanea chiusura dell'accesso pubblico sia preferibile rispetto ad altre soluzioni, in particolare di carattere costruttivo o mediante la posa di recinzioni, pure adeguate per limitare gli effetti sulle proprietà, rientra innanzitutto nella libertà di valutazione che compete al Comune in materia di pianificazione e di realizzazione di percorsi pedonali. All'autorità comunale doveva quindi essere lasciata la facoltà di scegliere al riguardo. Annullando l'art. 46 cpv. 5 NAPR, la Corte cantonale ha pertanto invalidato a ragione una decisione governativa che non lasciava al Comune il margine di apprezzamento di cui beneficiava in quest'ambito e che violava di conseguenza l'art. 2 cpv. 3 LPT. La precedente istanza ha perciò rettamente statuito in diritto, come le competeva quale autorità cantonale di ricorso in virtù dell'art. 38 LALPT.
4.
4.1. Per il resto, la ricorrente adduce argomentazioni di carattere generale ed elenca una serie di disposizioni federali e cantonali, ma non sostanzia una violazione del diritto con una motivazione conforme alle esigenze poste dagli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF. In particolare, essa sostiene a torto che, introducendo il contestato art. 46 cpv. 5 NAPR, il Consiglio di Stato avrebbe esaminato la proporzionalità del provvedimento pianificatorio. Come visto, l'autorità governativa non ha di per sé sollevato obiezioni di natura pianificatoria in merito al tracciato del sentiero, ma si è spinta a disciplinarne le modalità di esercizio, operando una scelta che rientrava innanzitutto nel margine di apprezzamento del Comune.
4.2. Secondo la ricorrente, annullando l'art. 46 cpv. 5 NAPR, la Corte cantonale avrebbe disatteso l'obbligo di adottare nella stessa procedura pianificatoria le prescrizioni disciplinanti l'utilizzazione della zona, le quali non potrebbero essere rinviate ad una fase successiva. Non fa tuttavia valere l'applicazione manifestamente insostenibile di determinate norme specifiche, che imporrebbero di regolamentare le modalità di esercizio del percorso pedonale contestualmente alla sua pianificazione, segnatamente in relazione al periodo della sua apertura. La ricorrente richiama invero gli art. 28 cpv. 2 lett. g e 29 LALPT, ma non ne sostanzia l'applicazione arbitraria nella fattispecie. L'art. 28 cpv. 2 lett. g LALPT concerne peraltro le rappresentazioni grafiche del piano regolatore e prevede unicamente che siano fissate le modalità e i vincoli per agevolare il pubblico accesso e percorso delle rive dei laghi e dei fiumi. L'art. 29 LALPT elenca per contro l'insieme delle regole da stabilire nelle norme di attuazione del piano regolatore, ma non prevede espressamente l'esigenza prospettata dalla ricorrente. L'arbitrio, vietato dall'<ref-law>, non è ravvisabile nel semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile. D'altra parte, perché il Tribunale federale annulli la decisione impugnata, occorre che la stessa sia arbitraria nel suo risultato e non soltanto nella sua motivazione (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 e rinvii). La ricorrente parte del resto a torto dal presupposto che in concreto il vincolo sarebbe basato unicamente sulle rappresentazioni grafiche: essa omette di considerare l'art. 46 NAPR, che disciplina in linea di massima l'utilizzazione dei percorsi pedonali e delle ciclopiste. In tale circostanza, il richiamo del principio della coordinazione giusta l'art. 25a LPT, fondato erroneamente su una mancata regolamentazione del tracciato sotto il profilo pianificatorio, appare d'acchito inconferente. Né è in concreto pertinente il riferimento alla sentenza pubblicata in <ref-ruling>, che concerne un caso di "accesso necessario", quale requisito di una sufficiente urbanizzazione giusta l'art. 19 cpv. 1 LPT.
4.3. Il gravame è infine inammissibile, laddove la ricorrente lamenta la violazione dell'art. 4 LPT e degli art. 3 e 47 cpv. 1 OPT, rimproverando all'autorità comunale di avere ignorato le osservazioni presentate nella procedura pianificatoria, omettendo altresì di tenerne conto nell'ambito della ponderazione degli interessi. Premesso che la censura è formulata in termini generici e oltrepassa la questione del vincolo di sentiero naturalistico a carico del fondo part. xxx, la ricorrente disattende che il Comune non ha di per sé ignorato le sue contestazioni contro il percorso pedonale, ma ha perlomeno implicitamente ritenuto che l'interesse pubblico della passeggiata a lago potesse coesistere in modo compatibile con l'interesse dei proprietari dei fondi colpiti e che eventuali accorgimenti tecnici e costruttivi potessero essere eseguiti nell'ambito della concreta determinazione delle caratteristiche del tracciato. Non motivato conformemente alle esigenze poste dagli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LPT, il gravame non deve quindi essere esaminato oltre.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono di conseguenza poste a carico della ricorrente, che aveva un interesse pecuniario nella causa (<ref-law>).
L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel gravame.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.