Sachverhalt:
A.
A.a. Kraft Foods Schweiz Holding AG, Zürich, (Beschwerdegegnerin) vertreibt in der Schweiz über mit ihr verbundene Unternehmen Nahrungsmittel, insbesondere die MILKA-Schokoladenprodukte.
Der Migros-Genossenschafts-Bund, eine Genossenschaft mit Sitz in Zürich, (Beschwerdeführerin) bietet eine Vielzahl von Waren und Dienstleistungen an, die sich an den Schweizer Endabnehmer richten. Die Beschwerdeführerin ist unter anderem Inhaberin der Marken
(nachfolgend "CH 369 547 M"),
(nachfolgend "CH 406 736 M")
und der Marke CH 439 963 M BUDGET.
A.b. Am 12. November 2002 hinterlegte die Beschwerdegegnerin die Marke CH 506 766 M-JOY für die internationalen Klassen 29 und 30. Unter dieser Marke vertreibt sie in Deutschland und Österreich MILKA-Schokoladenprodukte. Das Zeichen wird dabei in folgender graphischer Gestaltung verwendet (nachfolgend "M-joy [fig.]") :
Gegen die Markenhinterlegung erhob die Beschwerdeführerin am 5. Mai 2003 gestützt auf ihre Marken CH 369 547 M und CH 439 963 M BUDGET Widerspruch. Mit Entscheid vom 8. September 2004 hiess das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum die Widersprüche gut, woraufhin die Beschwerdegegnerin am 4. Oktober 2004 Beschwerde bei der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum einreichte. Das entsprechende Verfahren ist (nunmehr vor dem Bundesverwaltungsgericht) pendent.
A.c. Im Januar 2005 fand in Wengen das 75. Lauberhornrennen statt. An diesem Anlass wurde die Marke CH 506 766 M-JOY in der vorstehend gezeigten Gestaltung von der Beschwerdegegnerin auf grossformatigen Transparenten am Pistenrand beworben. Mit Schreiben vom 21. Januar 2005 teilte die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin daraufhin mit, dass sie die Verwendung der Marke M-JOY in der Schweiz ebenso wenig tolerieren werde wie deren Registrierung und forderte die Beschwerdegegnerin auf, ab sofort von jeglicher Verwendung der Marke abzusehen bzw. auf deren Bewerbung in der Schweiz zu verzichten.
Die Beschwerdegegnerin entgegnete mit Schreiben vom 31. Januar 2005, dass die Marke M-JOY ihrer Auffassung nach nicht vom Schutzbereich der Marken der Beschwerdeführerin erfasst sei, weshalb sie ihrer Forderung nicht nachkommen könne.
B.
Am 15. April 2005 reichte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht Zürich ein Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen ein, das sie anlässlich der mündlichen Verhandlung vom 22. Juni 2005 zurückzog.
Mit Eingabe vom 4. August 2005 klagte die Beschwerdegegnerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Beschwerdeführerin, unter anderem mit dem Begehren, es sei gerichtlich festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin und/oder mit ihr verbundene Unternehmen durch den Gebrauch des Kennzeichens M-JOY für Schokoladenprodukte die Rechte der Beschwerdeführerin an den Marken CH 369 547 M und/oder CH 439 963 M BUDGET nicht verletzen (Ziffer 2 des Klagebegehrens). Die Beschwerdeführerin erhob Widerklage und beantragte, der Beschwerdegegnerin sei zu verbieten, in der Schweiz das folgende Kennzeichen für Schokoladenprodukte zu gebrauchen (Ziffer 1 des Widerklagebegehrens) :
Zudem beantragte die Beschwerdeführerin, die Eintragung der Schweizer Marke CH 506 766 M-JOY sei vollumfänglich für nichtig zu erklären und das Urteil dem Institut für Geistiges Eigentum zwecks Löschung der Marke und der Rekurskommission für geistiges Eigentum (nunmehr Bundesverwaltungsgericht) zwecks Einstellung des Verfahrens MA-WI 64/04 mitzuteilen (Ziffer 2 des Widerklagebegehrens).
Soweit das Handelsgericht auf die Klage der Beschwerdegegnerin eintrat bzw. die Klage nicht infolge Gegenstandslosigkeit als erledigt abschrieb, stellte es mit Urteil vom 29. Juni 2007 - in Gutheissung von Ziffer 2 des Klagebegehrens - fest, dass die Beschwerdegegnerin und/oder mit ihr verbundene Unternehmen durch den Gebrauch der Marke CH 506 766 M-JOY für Schokoladenprodukte die Rechte der Beschwerdeführerin an den Marken CH 369 547 M und CH 439 963 M-BUDGET (recte: M BUDGET) nicht verletzen (Ziffer 1). Die Widerklage der Beschwerdeführerin wies das Handelsgericht ab (Ziffer 2). Im Weiteren regelte es die Kosten und Entschädigungen (Ziffern 3 - 5).
C.
Gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2007 hat die Beschwerdeführerin beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Sie verlangt die Aufhebung der Ziffern 1, 2, 4 und 5 des Urteils des Handelsgerichts sowie die Abweisung der Klage, soweit das Handelsgericht auf die Klage eingetreten ist bzw. diese nicht als gegenstandslos abgeschrieben hat. Im Weiteren beantragt die Beschwerdeführerin die Gutheissung ihrer Widerklagebegehren, eventualiter die Rückweisung der Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz.
Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Entscheid ist in einer zivilrechtlichen Streitigkeit (<ref-law>) über eine Markenrechtssache ergangen, für die ein Bundesgesetz (<ref-law> [ SR 232.11] ) eine einzige kantonale Instanz vorschreibt (Art. 74 Abs. 2 lit. b und Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen vor der Vorinstanz unterlegen (<ref-law>) und der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren ab (<ref-law>). Auf die Beschwerde, die unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) erhoben wurde, kann daher grundsätzlich eingetreten werden.
2.
Die Vorinstanz ist bei der Prüfung der Frage, ob die Marke CH 506 766 M-JOY und das Zeichen M-joy (fig.) mit den beiden Marken CH 369 547 M und CH 406 736 M verwechselbar sind, davon ausgegangen, dass eine rechtlich relevante Verwechslungsgefahr ausgeschlossen sei, wenn das als verletzt gerügte Zeichen gar nicht schutzfähig sei. Da am Grossbuchstaben "M" ein absolutes Freihaltebedürfnis bestehe, sei dieser als solcher nicht schutzfähig, weshalb den Marken CH 369 547 M und CH 406 736 M nur in Verbindung mit ihrer graphischen Gestaltung kennzeichnende Kraft zukommen könne. Da die graphische Gestaltung der Marken CH 369 547 M und CH 406 736 M keine originellen Elemente aufweise, komme eine Schutzfähigkeit nur bei einer Durchsetzung der Zeichen im Verkehr in Betracht. Ein Beweisverfahren zur Frage der Verkehrsdurchsetzung könne jedoch unterbleiben, da eine Verwechselbarkeit der beiden Marken mit der Marke CH 506 766 M-JOY und dem Zeichen M-joy (fig.) selbst bei Bejahung einer Verkehrsdurchsetzung bzw. unter Annahme der von der Beschwerdeführerin behaupteten hohen Bekanntheitswerte der beiden Marken zu verneinen wäre. Auch wenn nämlich von einer Verkehrsdurchsetzung der beiden Marken CH 369 547 M und CH 406 736 M auszugehen wäre, sei eine Verwechslungsgefahr, die auf der Übereinstimmung der verwendeten Grossbuchstaben beruhe, aufgrund des absoluten Freihaltebedürfnisses des Einzelbuchstabens "M" rechtlich von vornherein irrelevant. Gestützt auf diese Erwägung blendete die Vorinstanz dieses Element bei der Beurteilung der Verwechselbarkeit aus und verglich ausschliesslich die graphische Darstellung der verschiedenen Zeichen.
2.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, dass am Grossbuchstaben "M" weder gemäss Gesetz noch gemäss Rechtsprechung ein absolutes Freihaltebedürfnis bestehe, wie dies die Vorinstanz erwogen habe. Die Begründung der Vorinstanz, wonach es keine Produkte oder Dienstleistungen gebe, in Bezug auf welche einzelne Buchstaben des Alphabets zur Kennzeichnung allgemein nicht erforderlich seien, sei unhaltbar. Selbstverständlich könnte der Inhaber einer Wort- bzw. Buchstabenmarke "M" nicht verhindern, dass andere Marken diesen Buchstaben enthalten. Die Wirtschaftsteilnehmer könnten aber nach Ansicht der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit ihren Produkten oder Dienstleistungen ohne weiteres auf den Buchstaben "M" in Alleinstellung oder als vorangestelltes Präfix verzichten. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den Schutzbereich ihrer Marken CH 369 547 M und CH 406 736 M zu Unrecht auf die konkrete graphische Gestaltung eingeschränkt und damit Art. 1 Abs. 2 sowie <ref-law> verletzt zu haben.
2.2. Die Beschwerdegegnerin stellt sich auf den Standpunkt, die Beschwerdeführerin verfüge gerade über keine reine Wortmarke, die allein aus dem Buchstaben "M" bestehe. Der Gesetzestext (<ref-law>) spreche von "Buchstaben", nicht von "einzelnen Buchstaben". Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 4.2) bestehe ein absolutes Freihaltebedürfnis an Worten, wie etwa Brot, Schuhe, Kleider, touring oder beau, bel, super, bon oder fin. Unter Berufung auf <ref-ruling> E. 3 S. 206 macht die Beschwerdegegnerin geltend, einzelne Buchstaben gälten als nichtregistrierungsfähige Typen- oder Sachbezeichnungen. Der Buchstabe "M" sei als Abkürzung aus dem täglichen Sprachgebrauch (z.B. als Grössenangabe "Medium") nicht wegzudenken, weshalb dem Versuch der Beschwerdeführerin, diesen Buchstaben für praktisch sämtliche Waren zu monopolisieren, entgegenzutreten sei. Das Bestehen einer Vielzahl von Marken Dritter mit dem Bestandteil "M" in Alleinstellung oder am Wortanfang dokumentiere das grosse Freihalteinteresse am einzelnen Buchstaben "M".
2.3. Im Zentrum des vorliegenden Verfahrens steht die Frage, ob ein alleinstehender Einzelbuchstabe eine Marke sein kann bzw. ob für solche Zeichen ein absolutes Freihaltebedürfnis besteht und daher ein markenrechtlicher Schutz auch im Falle der Verkehrsdurchsetzung ausgeschlossen ist.
2.3.1. Gemäss <ref-law> kommen als Marken insbesondere Wörter, Buchstaben, Zahlen, bildliche Darstellungen, dreidimensionale Formen oder Verbindungen solcher Elemente untereinander oder mit Farben in Frage.
Anders als das alte Markenschutzgesetz von 1890 (Bundesgesetz vom 26. September 1890 betreffend Schutz der Fabrik- und Handelsmarken, der Herkunftsbezeichnungen von Waren und der gewerblichen Auszeichnungen, AS 12 1; aMSchG) sieht das geltende MSchG die markenrechtliche Schutzfähigkeit von Buchstaben ausdrücklich vor.
2.3.2. Da es sich bei einem einzelnen Buchstaben wie dem Grossbuchstaben "M", wie die Vorinstanz zutreffend festgestellt hat, um ein elementares Zeichen handelt, das dem Gemeingut angehört, ist zu prüfen, ob ein markenrechtlicher Schutz eines derartigen Zeichens in jedem Fall ausser Betracht fallen muss.
Vom Markenschutz ausgeschlossen sind nach <ref-law> Zeichen, die Gemeingut sind, sofern sie sich nicht als Marke für die Waren oder Dienstleistungen durchgesetzt haben, für die sie beansprucht werden. Zum Gemeingut im Sinne von <ref-law> gehören nach der üblichen Einteilung, neben hier nicht zur Diskussion stehenden Freizeichen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 116 ff.) und Herkunftsangaben (<ref-ruling> E. 2.1 S. 458), die elementaren Zeichen (<ref-ruling> E. 4.3 S. 128) sowie beschreibende Angaben ( EUGEN MARBACH, in: von Büren/David [Hrsg.], Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, Band III, Kennzeichenrecht, Basel 1996, S. 33 ff; LUCAS DAVID, Basler Kommentar, N. 5 zu <ref-law>; CHRISTOPH WILLI, MSchG, Kommentar zum schweizerischen Markenrecht, Zürich 2002, N. 34 zu <ref-law>).
Im Gegensatz zur Regelung von <ref-law>, die ein absolutes Freihaltebedürfnis vorsieht für Formen, die das Wesen der Ware ausmachen, und Formen der Ware oder Verpackung, die technisch notwendig sind, behält <ref-law> für im Gemeingut stehende Zeichen einen markenrechtlichen Schutz im Falle der Verkehrsdurchsetzung ausdrücklich vor. Während sich demnach Zeichen, die als Gemeingut gelten, im Verkehr als Marke für die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen durchsetzen können, lässt sich das Schutzhindernis bei den von <ref-law> erfassten Formen auch nicht durch Verkehrsdurchsetzung überwinden (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2.3 S. 518). Zeichen, die Gemeingut sind, können daher grundsätzlich nach <ref-law> mittels Durchsetzung im Verkehr Kennzeichnungskraft und markenrechtlichen Schutz erlangen, soweit im Einzelfall nicht ein absolutes Freihaltebedürfnis besteht.
2.3.3. Elementare Zeichen werden als im wirtschaftlichen Verkehr unabdingbar und demzufolge freihaltebedürftig erachtet; dennoch wird die Berücksichtigung einer allfälligen Verkehrsdurchsetzung durch markenmässigen Gebrauch in der Lehre nicht durchwegs ausgeschlossen (vgl. LUCAS DAVID, Basler Kommentar, N. 31 ff. zu <ref-law>; KAMEN TROLLER, Grundzüge des schweizerischen Immaterialgüterrechts, 2. Aufl., Basel/Genf/München 2005, S. 102; CHRISTOPH WILLI, a.a.O., N. 148 bis 151 sowie N. 157 zu <ref-law>; EUGEN MARBACH, a.a.O., S. 49 f.; vgl. auch IRÈNE JENE-BOLLAG, Die Schutzfähigkeit von Marke und Ausstattung unter dem Gesichtspunkt des Freihaltebedürfnisses, Basel 1981, S. 74 f.; ALOIS TROLLER, Immaterialgüterrecht, Band II, 3. Auflage, Basel/Frankfurt a.M. 1983, S. 309 f.).
Das Bundesgericht geht bei elementaren Zeichen unter Berücksichtigung der gesamten Umstände gegebenenfalls von einem absoluten Freihaltebedürfnis aus, das durch Verkehrsdurchsetzung nicht überwunden werden kann. Die offensichtliche Banalität des betreffenden Zeichens allein ist jedoch nicht entscheidend (<ref-ruling> E. 4.3 S. 129 mit Hinweisen). Von einem absoluten Freihaltebedürfnis, das eine Durchsetzung als Marke in jedem Fall ausschliesst, darf nur ausgegangen werden, wenn der Verkehr auf die Verwendung des Zeichens angewiesen ist, wobei diese Bedingung nicht allgemein, sondern im Hinblick auf die Waren oder Dienstleistungen zu prüfen ist, für die das Zeichen bestimmt ist. Ein Markenschutz infolge Verkehrsdurchsetzung kann nicht von vornherein ausgeschlossen werden für ein banal erscheinendes Zeichen, falls dieses in einem konkreten Zusammenhang im geschäftlichen Verkehr nicht erforderlich ist, da es nicht allgemein gebräuchlich ist und durch zahlreiche gleichwertige Zeichen ersetzt werden kann (<ref-ruling> E. 4.4 S. 130).
2.3.4. Bereits unter Geltung des aMSchG hatte das Bundesgericht alleinstehende Buchstaben als dem Gemeingut zuzurechnende Zeichen betrachtet (<ref-ruling> E. 3 S. 206; <ref-ruling> E. 2; siehe nunmehr <ref-ruling> E. 4.1 S. 127; Urteil 4A.13/1995 vom 20. August 1996, E. 4a, Pra 1997 Nr. 73 S. 378 sowie sic! 2/1997 S. 159). Ausgehend von der mangelnden Unterscheidungskraft solcher Zeichen wurde unter dem alten Recht etwa gewissen Buchstabenkombinationen die Eintragung in das Markenregister versagt (vgl. etwa den von der Beschwerdegegnerin zitierten <ref-ruling> E. 3 ["RFS" für Hard- und Software]). Anders als im vorliegenden Beschwerdeverfahren ging es dabei jeweils um das Eintragungsverfahren, wobei die ursprüngliche Unterscheidungskraft der beantragten Zeichen geprüft wurde, und eine Verkehrsdurchsetzung nicht in Frage stand. Die Möglichkeit eines markenrechtlichen Schutzes infolge Durchsetzung im Verkehr hatte das Bundesgericht auch bei den im konkreten Fall zurückgewiesenen Zeichen vorbehalten (siehe <ref-ruling> E. 3 S. 206; betreffend Zahlen: vgl. <ref-ruling> E. 3c; Urteil des Bundesgerichts vom 12. November 1974, PMMBl. 1975 I S. 9; siehe auch IRÈNE JENE-BOLLAG, a.a.O., S. 74; ALOISTROLLER, a.a.O., S. 309 f.).
2.3.5. Es ergibt sich, dass ein alleinstehender Buchstabe nach <ref-law> grundsätzlich als Marke schutzfähig ist. Allerdings gehört ein Einzelbuchstabe an sich - das heisst ohne jegliche originelle oder phantasiereiche Merkmale - als Teil des Buchstabenbestands dem Gemeingut an. Ein markenrechtlicher Schutz setzt demnach voraus, dass sich das Zeichen im Verkehr als Marke durchgesetzt hat. Dabei ist zu berücksichtigen, dass umso höhere Anforderungen an den Nachweis der Verkehrsdurchsetzung eines Zeichens zu stellen sind, je banaler dieses erscheint (<ref-ruling> E. 7.4; <ref-ruling> E. 3.4 S. 333). Die Verkehrsdurchsetzung begründet aber dann keinen markenrechtlichen Schutz, wenn am Zeichen ein absolutes Freihaltebedürfnis besteht. Dieses ist konkret im Hinblick auf die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen zu prüfen.
2.4. Im vorliegenden Fall bejahte die Vorinstanz ausgehend von der Erwägung, dass keine Produkte oder Dienstleistungen denkbar seien, "in Bezug auf welche gesagt werden könnte, dass einzelne Buchstaben des Alphabets zur Kennzeichnung allgemein nicht erforderlich sind", ein absolutes Freihaltebedürfnis einzelner Buchstabenzeichen. Sie prüfte hingegen nicht, ob die Verwendung des Einzelbuchstabens "M" in Alleinstellung oder als vorangestelltes Präfix als beschreibende Angabe für die vorliegend relevanten Schokoladenprodukte im wirtschaftlichen Verkehr unverzichtbar ist. Die Beschwerdegegnerin bringt vor, der Grossbuchstabe "M" sei als Abkürzung aus dem täglichen Sprachgebrauch, insbesondere als Grössenangabe ("Medium"), nicht wegzudenken. Dieser Ansicht kann im Hinblick auf Schokoladenprodukte nicht gefolgt werden. Es ist nicht ersichtlich, dass eine Beschreibung der Art, der Beschaffenheit, der Bestimmung, des Wertes oder sonstiger Merkmale solcher Waren mit dem einzelnen Grossbuchstaben "M" im wirtschaftlichen Verkehr erforderlich wäre. Ein absolutes Freihaltebedürfnis des Einzelbuchstabens "M" in Alleinstellung oder als vorangestelltes Präfix für die fraglichen Schokoladenprodukte kann demnach ausgeschlossen werden.
2.5. Zusammenfassend ergibt sich, dass der alleinstehende Grossbuchstabe "M" die Begriffsmerkmale einer Marke nach <ref-law> aufweist. Allerdings gehört das Zeichen "M" an sich, das heisst ohne jegliche originelle oder phantasiereiche graphische Merkmale, als Teil des Buchstabenbestands dem Gemeingut an. Der Grossbuchstabe "M" als solcher ist daher vom Markenschutz ausgeschlossen, es sei denn, er hat sich im Verkehr gemäss <ref-law> durchgesetzt. Ein absolutes Freihaltebedürfnis im Hinblick auf die beanspruchten Schokoladenprodukte besteht nicht.
3.
3.1. Die Erwägung der Vorinstanz, wonach am Buchstaben "M" ein absolutes Freihaltebedürfnis bestehe, hält Bundesrecht ebenso wenig stand wie die Folgerung, eine Schutzfähigkeit des Grossbuchstabens "M" sei selbst bei Durchsetzung des Zeichens im Verkehr ausgeschlossen. Entsprechend kann auch den vorinstanzlichen Ausführungen zum Schutzumfang der beiden Marken CH 369 547 M und CH 406 736 M nicht gefolgt werden, wonach diesen von vornherein nur in Verbindung mit ihrer graphischen Gestaltung kennzeichnende Kraft zukommen kann, weshalb lediglich die graphische Gestaltung geschützt sei. Soweit die Vorinstanz bei der Beurteilung der Verwechslungsgefahr der Marken CH 369 547 M und CH 406 736 M mit der Marke CH 506 766 M-JOY bzw. dem Zeichen M-joy (fig.) ausschliesslich auf die graphische Gestaltung abstellte und die Übereinstimmung der Buchstabenelemente aus rechtlichen Erwägungen von vornherein vom Vergleich der Streitzeichen ausschloss, ist ihr Entscheid mit Art. 1 Abs. 2 und <ref-law> nicht zu vereinbaren.
3.2. Auch bei der Beurteilung, ob die Marke CH 506 766 M-JOY und das Zeichen M-joy (fig.) der Beschwerdegegnerin mit der Marke CH 439 963 M BUDGET der Beschwerdeführerin verwechselbar sind, hat die Vorinstanz im Wesentlichen darauf abgestellt, dass es sich beim Markenbestandteil "M" der Marke CH 439 963 M BUDGET der Beschwerdeführerin um ein absolut freihaltebedürftiges Zeichen des Gemeinguts handle, weshalb sie diesem Markenbestandteil von vornherein jegliche prägende Wirkung absprach. Bei der Beurteilung der Frage, ob die Marke CH 506 766 M-JOY bzw. das Zeichen M-joy (fig.) eine allfällige Serienmarke der Beschwerdeführerin verletzt, hat sich das Handelsgericht von der Überlegung leiten lassen, beim Grossbuchstaben "M" handle es sich aufgrund seiner Zugehörigkeit zum Gemeingut um einen ausgesprochen schwachen Markenbestandteil, was zur Folge habe, dass hohe Anforderungen an die Anzahl sowie die Einheitlichkeit der verwendeten Marken zu stellen seien, wobei eine durch die Verwendung des Grossbuchstabens "M" hervorgerufene (mittelbare) Verwechslungsgefahr rechtlich nicht relevant sei.
3.3. Die Vorinstanz hat aufgrund dieser Erwägungen, die sich als unzutreffend erwiesen haben, die Fragen der Verkehrsdurchsetzung sowie der Bekanntheit und des rechtserhaltenden Gebrauchs der Marken der Beschwerdeführerin offen gelassen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin können diese Fragen nicht als allgemein und gerichtsnotorisch bekannt vorausgesetzt werden, weshalb der angefochtene Entscheid aufgehoben und die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.6 S. 453 und E. 2).
Die Vorinstanz wird zunächst die Fragen des rechtserhaltenden Gebrauchs sowie der Verkehrsdurchsetzung der Marken der Beschwerdeführerin für die beanspruchten Waren zu prüfen haben. Sollte sich ergeben, dass sich der Grossbuchstabe "M" in Alleinstellung oder als vorangestelltes Präfix (im Sinne eines Serienzeichens) im Verkehr als Marke durchgesetzt hat, so wird die Vorinstanz die Frage der Verwechselbarkeit der Marke CH 506 766 M-JOY bzw. des Zeichens M-joy (fig.) der Beschwerdegegnerin mit den Marken der Beschwerdeführerin auf neuer Grundlage zu prüfen haben.
4.
Die Begründung der Vorinstanz für die Gutheissung der Klage (soweit sie auf die Klagebegehren eingetreten ist bzw. diese nicht als gegenstandslos abgeschrieben hat) sowie die Abweisung der Widerklage hält einer Überprüfung nicht stand. Über die Hauptanträge der Beschwerdeführerin (Ziffern 1 - 3 der Beschwerde) kann jedoch nicht entschieden werden, da die dafür erforderlichen tatsächlichen Feststellungen fehlen. Entsprechend ist die Beschwerde in Zivilsachen teilweise gutzuheissen, Ziffern 1, 2, 4 und 5 des Urteils des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2007 sind aufzuheben und die Streitsache ist gestützt auf <ref-law> zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Angesichts des offenen Ausgangs des kantonalen Verfahrens sind praxisgemäss die Gerichtskosten den Parteien zur Hälfte aufzuerlegen. Die Parteientschädigungen für das bundesgerichtliche Verfahren heben sich gegenseitig auf.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde in Zivilsachen wird teilweise gutgeheissen, Ziffern 1, 2, 4 und 5 des Urteils des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2007 werden aufgehoben und die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Handelsgericht zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Corboz
Der Gerichtsschreiber: Leemann