Sachverhalt:
A. A.C._ (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der Boutique D._ in E._. Als Geschäftsführerin dieser Boutique beschäftigte sie ab dem Jahr 2000 ihre Schwester, B.C._ (Beschwerdegegnerin). Mit Schreiben vom 28. Juni 2006 kündigte die Beschwerdegegnerin ihre Stelle per 31. Dezember 2006. Am 27. November 2006 wurde sie von der Beschwerdeführerin mit sofortiger Wirkung freigestellt.
Ende des Jahres 2006 kam es zwischen den Parteien zum Streit. Dieser betraf einerseits Forderungen aus dem Arbeitsverhältnis, andererseits einen Geldbetrag von Fr. 236'169.35, den die Beschwerdegegnerin zwischen dem 31. Mai 2004 und dem 5. September 2005 in mehreren Tranchen an die Beschwerdeführerin überwiesen hatte.
B. Nach einem erfolglosen Sühneverfahren belangte die Beschwerdegegnerin die Beschwerdeführerin am 23. April 2007 beim Bezirksgericht Plessur auf Bezahlung von Fr. 236'169.35 nebst verschiedenen Zinsbetreffnissen. Zudem sei die Beschwerdeführerin zu verpflichten, ihr Fr. 12'500.--, allenfalls einen Betrag nach richterlichem Ermessen, nebst 5 % Zins seit 1. Januar 2007 zu bezahlen. Sodann sei die Beschwerdeführerin zur Ausstellung eines Arbeitszeugnisses zu verurteilen. Mit Urteil vom 11. Januar 2008 verpflichtete das Bezirksgericht die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin aus arbeitsrechtlicher Forderung Fr. 124.55 zuzüglich Zins zu 5 % ab dem 1. Januar 2007 (Ziff. 1) sowie aus Darlehensforderung Fr. 236'169.35 zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 225'000.-- ab dem 9. August 2006 und auf Fr. 11'169.35 ab dem 31. Dezember 2006 zu bezahlen (Ziff. 2). Schliesslich verpflichtete es die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin ein qualifiziertes Arbeitszeugnis auszustellen (Ziff. 3). Im Übrigen wies es die Klage ab (Ziff. 4).
Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Berufung an das Kantonsgericht von Graubünden mit den Anträgen, Ziffer 2 des angefochtenen Urteils aufzuheben und die Forderung aus Darlehen vollumfänglich abzuweisen. Ziffer 3 des angefochtenen Urteils sei aufzuheben. Die Beschwerdeführerin lasse sich darauf behaften, ein Zeugnis nach <ref-law> auszustellen, unter Berücksichtigung von <ref-ruling> ff. Ferner wandte sie sich gegen den erstinstanzlichen Kostenentscheid. Die Beschwerdegegnerin erhob Anschlussberufung und verlangte, den zugesprochenen Betrag aus Darlehen mit den von ihr beantragten Zinsbetreffnissen zu ergänzen. Zudem verlangte sie eine ausseramtliche Entschädigung von 16'000.-- für das erstinstanzliche Verfahren.
Mit Urteil vom 18. August 2008 wies das Kantonsgericht die Berufung ab. Die Anschlussberufung hiess es insofern teilweise gut, als es der Beschwerdegegnerin für das erstinstanzliche Verfahren eine ausseramtliche Entschädigung von Fr. 14'000.-- zusprach.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichts vom 18. August 2008 aufzuheben und die Klage aus Darlehen vollumfänglich abzuweisen. Die Forderung der Beschwerdegegnerin auf ein qualifiziertes Arbeitszeugnis sei ebenfalls abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin und das Kantonsgericht beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Mit dem heutigen Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen, gegenstandslos.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Soweit in einer Beschwerde in Zivilsachen Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht wird, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht; der Beschwerdeführer hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40).
3. Streitig ist, ob die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin den Betrag von insgesamt Fr. 236'169.35 als Darlehen gegeben hat und die Beschwerdeführerin ihr demnach diesen Betrag zurückerstatten muss. Die Vorinstanz gelangte zur Überzeugung, dass die fraglichen Gelder als Darlehen übergeben worden waren und nicht - wie die Beschwerdeführerin behauptet - als Ausgleichszahlung für von der Beschwerdegegnerin verursachte Verluste.
4. Die Vorinstanz würdigte die Aussagen des Zeugen F._, der bei der G._ Treuhand AG für die Betreuung der Boutique D._ zuständig war. Sie kam dabei zum Schluss, aus dessen Aussagen ergebe sich nicht eindeutig, dass den Zahlungen die Absicht der Beschwerdegegnerin zugrunde gelegen habe, von ihr verursachte Verluste auszugleichen. Gestützt werde vielmehr die Behauptung der Beschwerdegegnerin, dass ihre Einlagen in erster Linie erfolgt seien, um Liquiditätsschwierigkeiten des Geschäfts überbrücken zu helfen. Darauf deute auch die Verbuchung der Gelder als Kapitaleinlage hin. Mit der Bereitstellung von Kapital für einen Geschäftsbetrieb sei eine Rückzahlungspflicht verbunden, es sei denn, dieser liege eine Schenkungsabsicht zugrunde, was aber die Beschwerdeführerin nie behauptet habe.
Ein gewichtiges Indiz für das Vorliegen eines Darlehens erblickte die Vorinstanz sodann im Verhalten der Parteien im Laufe der Zeit. So habe die Beschwerdegegnerin bereits am Tag ihrer Kündigung am 28. Juni 2006 in einem Schreiben an die Beschwerdeführerin geltend gemacht, diese schulde ihr insgesamt Fr. 225'000.--. Darauf habe die Beschwerdeführerin nicht reagiert und nicht in Abrede gestellt, die fragliche Summe zu schulden. In ihrem Schreiben vom 10. November 2006 habe die Beschwerdegegnerin erneut festgehalten, die Beschwerdeführerin schulde ihr unter dem Titel Darlehen Fr. 145'000.-- nebst Zins und weitere Fr. 80'000.-- nebst Zins, die sie ihrerseits von der Erbengemeinschaft C._ aufgenommen habe. Auch im Anschluss an diesen Brief habe die Beschwerdeführerin das Vorliegen eines Darlehens nicht bestritten, auch nicht in ihrem Schreiben an die Beschwerdegegnerin vom 29. November 2006. Am 7. Dezember 2006 habe der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin erstmals geltend gemacht, die Beschwerdegegnerin habe die Einlagen mindestens im Bewusstsein einer Mitverantwortung für die Verluste getätigt. Somit habe die Beschwerdeführerin über Monate hinweg, nachdem die Beschwerdegegnerin zum ersten Mal eine Rückzahlung verlangt hatte, nie in Abrede gestellt, dass ihr ein Darlehen gewährt worden sei. Wäre tatsächlich vereinbart worden, dass die Beschwerdeführerin den Betrag nicht zurückzahlen müsse bzw. dass die Beschwerdegegnerin diesen zur Deckung von durch sie verursachte Verluste überwiesen hatte, wäre zu erwarten gewesen, dass die Beschwerdeführerin dies auch unverzüglich geltend gemacht hätte.
5. Die Beschwerdeführerin rügt, der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt sei in einer Reihe von Punkten offensichtlich unrichtig und unvollständig. Es gelingt ihr jedoch nicht, die Beweiswürdigung der Vorinstanz als willkürlich auszuweisen. Im Einzelnen ist zu ihren Vorbringen, soweit sie überhaupt als rechtsgenüglich begründet zu hören sind, Folgendes auszuführen:
5.1 Sie bringt vor, die Beschwerdegegnerin habe das Ausbleiben einer Reaktion auf ihre Zahlungsaufforderungen erstmals im mündlichen Vortrag vor der Vorinstanz geltend gemacht. Selbst wenn dem so wäre, ist nicht dargetan, dass die Vorinstanz diesen Umstand nicht hätte berücksichtigen und darin ein gewichtiges Indiz dafür erblicken dürfen, dass die Beschwerdeführerin selbst von einem Darlehen ausgegangen war.
5.2 Nicht nachvollziehbar ist das Vorbringen der Beschwerdeführerin, die Behauptung der Beschwerdegegnerin, wonach es nie die Meinung gewesen sei, Beträge von über Fr. 230'000.-- einfach zu schenken, bedeute eindeutig, dass keine (auch nicht eine stillschweigende) Willenserklärung über den Abschluss eines Darlehensvertrags zustande gekommen sei. Die Vorinstanz hat nicht aus der unbestrittenen Tatsache, dass keine Schenkung beabsichtigt war, sondern in Würdigung von Zeugenaussagen und weiteren Indizien auf das Bestehen einer Darlehensabrede geschlossen.
5.3 Dass die Behauptung der Beschwerdegegnerin, es sei vereinbart gewesen, die Gelder zurückzubezahlen, in der "ganzen Prozedur" keine Stütze findet, wie die Beschwerdeführerin moniert, widerspricht den vorinstanzlichen Feststellungen. Danach machte die Beschwerdegegnerin geltend, es handle sich um ein Darlehen und es sei für sie und die Beschwerdeführerin klar gewesen, dass die Gelder zurückzubezahlen seien.
5.4 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, sie habe anlässlich der Hauptverhandlung vor dem Kantonsgericht geltend gemacht, sie habe keinen Grund gehabt, bei ihrer angestellten Schwester um ein Darlehen nachzusuchen. Dafür hätte sie die Bank angehen können bzw. hätte ihre Schwester sie an die Bank verwiesen, wenn ihr nicht mit einer Strafklage wegen Unterschlagung gedroht worden wäre. Beide Vorinstanzen hätten diese Tatsachen übergangen.
Dazu ist zunächst anzumerken, dass die Erstinstanz diese "Tatsachen" gar noch nicht berücksichtigen konnte, wenn die Beschwerdeführerin sie erst an der Hauptverhandlung vor Kantonsgericht vorgebracht haben will. Für das entsprechende Vorbringen vor der zweiten Instanz fehlt aber eine Belegangabe, weshalb auch dem Kantonsgericht von vornherein nicht vorgeworfen werden kann, sich nicht ausdrücklich damit befasst zu haben. Ohnehin entbehren jene Vorbringen der Relevanz. Die Vorinstanz stellte aufgrund der Zeugenaussagen von F._ fest, dass die finanzielle Lage des Geschäfts schon seit mehreren Jahren angespannt war. Die Einlagen seien erfolgt, um Liquiditätsschwierigkeiten des Geschäfts überbrücken zu helfen. Ob die Beschwerdeführerin bei dieser Finanzlage des Geschäfts effektiv Geld von den Banken erhalten hätte, sei dahingestellt, zumal die Beschwerdeführerin dies selber nicht behauptete. Hinzu kommt, dass die Bank der Beschwerdeführerin nicht wie ihre Schwester ein zinsfreies Darlehen gewährt hätte. Dass die Vorinstanz ein verzinsliches Darlehen annahm, trifft im Übrigen - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - nicht zu. Der Beschwerdegegnerin wurde lediglich Verzugszins, jedoch keine Zinsen im Sinne von <ref-law> auf dem Darlehensbetrag zugesprochen.
5.5 Für die Frage der Beschwerdeführerin, weshalb sie nicht selbst direkt bei der Erbengemeinschaft C._ ein Darlehen von Fr. 80'000.-- hätte aufnehmen können, anstatt ihre Schwester dazwischenzuschalten, findet sich im angefochtenen Urteil in der Tat keine Erklärung. Die Beschwerdeführerin belegt indessen nicht, dass sie diesen Einwand schon im kantonalen Verfahren vorgebracht hat. Ohnehin bildet die theoretische Möglichkeit einer direkten Darlehensaufnahme durch die Beschwerdeführerin noch keinen Beweis gegen die Rückerstattungspflicht der fraglichen Gelder, wie die Beschwerdeführerin meint. Es ist durchaus denkbar, dass jemand ein Darlehen aufnimmt, um das Geld seinerseits einem Dritten auszuleihen.
5.6 Schliesslich befasst sich die Beschwerdeführerin mit den Aussagen des Zeugen F._. Sie legt aber lediglich dar, welche Schlüsse ihrer Auffassung nach aus diesen Zeugenaussagen zu ziehen wären. Damit zeigt sie keine willkürliche Beweiswürdigung durch die Vorinstanz auf (vgl. Erwägung 2).
6. Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Verpflichtung zur Ausstellung eines Arbeitszeugnisses. Sie erhebt gewisse Vorwürfe gegen die Beschwerdegegnerin, aufgrund derer sie kein positives Zeugnis ausstellen könne, weil dies sonst der Wahrheitspflicht widersprechen würde. Dies und auch das Präjudiz <ref-ruling> hätten die Vorinstanzen übergangen.
Indem das Bezirksgericht die Beschwerdegegnerin verpflichtete und die Vorinstanz dies bestätigte, der Beschwerdegegnerin ein "qualifiziertes Arbeitszeugnis" auszustellen, ist gemeint, dass sie ein vollständiges Arbeitszeugnis im Sinne von <ref-law> und nicht bloss eine Arbeitsbestätigung im Sinne von <ref-law> auszustellen hat. Dies geht klar aus den Erwägungen der Vorinstanz hervor. Nirgends ist die Rede davon, dass sie ein wahrheitswidriges Zeugnis ausstellen bzw. einen falschen Inhalt bezeugen müsse. <ref-ruling> betreffend die Erfüllung des Tatbestands der unerlaubten Handlung durch das Ausstellen eines falschen Zeugnisses zugunsten eines Angestellten wurde daher nicht übergangen. Die Beschwerde erweist sich somit auch in diesem Punkt als unbegründet.
7. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer