Faits:
A. A.a X._ et A._ se sont mariés le 31 juillet 1986 à Paris. L'épouse avait une fille issue d'une première union, Y._.
Le 18 juillet 1986, les époux ont conclu un contrat de mariage prévoyant le régime de la séparation de biens du droit français. L'article quatrième de ce contrat relatif à la "faculté d'acquisition ou d'attribution" est ainsi libellé:
"En cas de dissolution du mariage par décès, et dans ce cas seulement, le survivant des époux aura la faculté d'acquérir, ou le cas échéant, de se faire attribuer dans le partage de la succession du prémourant, pour autant que ce dernier n'en aura pas disposé autrement, les biens et droits ci-après indiqués lui appartenant à titre personnel:
1. Les biens et droits par lesquels sera assuré le logement de la famille tant à titre principal qu'à titre secondaire.
2. Les meubles meublants et objets mobiliers qui garniront les locaux servant à l'habitation des époux tant à titre principal qu'à titre secondaire ainsi que tout véhicule à l'usage personnel de l'un des époux".
L'article cinquième du contrat de mariage, relatif aux conditions d'exercice de la faculté d'acquisition ou d'attribution, prévoit ce qui suit:
"Les biens et droits ayant fait l'objet de l'exercice de la faculté d'acquisition ou d'attribution seront estimés d'après leur valeur au jour où la faculté sera exercée.
Le survivant imputera sur ses droits dans la succession du prémourant la valeur établie ainsi qu'il vient d'être dit, des biens pour lesquels il aura exercé sa faculté d'acquisition ou d'attribution.
Le survivant sera débiteur à compter du jour de l'exercice de la faculté des intérêts au taux légal alors en vigueur.
1e Sur la valeur des biens attribués jusqu'au jour fixé pour la jouissance divise dans le Partage à intervenir.
2e Sur le prix des biens acquis jusqu'au jour de son paiement effectif.
(...)."
A.b Le 15 juillet 1998 et le 18 août 1998, les époux ont acheté en copropriété pour moitié chacun les droits de copropriété par étages de la parcelle n° ***, feuille ** de la commune de Genève, sise route de B._, consistant en un appartement de six pièces en attique de 166 mètres carrés avec deux terrasses (feuillet *** n° **; ci-après: l'appartement de 6 pièces) et un garage (feuillet *** n° **), ainsi qu'en un appartement de quatre pièces en attique de 109 mètres carrés jouxtant le premier et doté de deux terrasses (feuillet *** n° **; ci-après: l'appartement de 4 pièces) et un garage (feuillet *** n° **).
Le 28 novembre 2000, les époux ont également acheté en copropriété pour moitié chacun un garage de 158 mètres carrés.
L'achat de ces deux appartements et du garage supplémentaire a été financé entièrement par l'époux, à raison de 1'032'000 fr. pour l'appartement de 6 pièces, de 1'100'000 fr. pour celui de 4 pièces, et de 35'000 fr. pour le garage supplémentaire.
Le 9 juillet 1998, la Direction de la police des constructions a délivré l'autorisation de réunir les deux appartements pour en faire un seul, à la condition que l'appartement soit destiné exclusivement au logement familial des époux, la séparation des locaux devant être rétablie au moment où ceux-ci quitteront leur logement. Les deux lots sont restés séparés au registre foncier.
A.c Les époux ont constitué des usufruits croisés, chaque part de copropriété appartenant à l'un étant grevée d'un usufruit au bénéfice de l'autre sa vie durant.
B. B.a Le 4 juin 1999, A._ a rédigé un testament olographe. A l'article 1er de celui-ci, elle précise que son mari a renoncé à toute réserve dans sa succession, selon un acte notarié signé le même jour devant Me C._. A l'article 2, elle souhaite que la totalité de sa succession revienne à sa fille Y._ et, à l'article 3, elle demande que le droit suisse soit applicable à sa succession.
B.b Le 9 décembre 2002, A._ est décédée à Genève.
B.c Par courrier du 6 mai 2003 à l'attention du notaire C._, l'époux a confirmé accepter les dispositions testamentaires de l'épouse du 4 juin 1999 et renoncer à sa "part réservataire" dans la succession de celle-ci, spécifiant accepter sa décision de favoriser au maximum sa fille.
Y._ est en conséquence devenue copropriétaire pour moitié des deux appartements, de leurs garages respectifs et du garage acquis ultérieurement. Sa part est grevée d'un usufruit en faveur de X._, lequel occupe les locaux. L'usufruit grevant la part de copropriété de ce dernier en faveur de A._ a en revanche été radié.
B.d Par courrier du 23 septembre 2003, X._ a indiqué à Y._ désirer reprendre la pleine propriété des appartements et garages. Il précisait souhaiter trouver un arrangement pour racheter sa part. Par lettre du 29 septembre 2003, le conseil de Y._ a indiqué que la proposition de rachat pouvait susciter la considération de sa cliente, une proposition de prix de cession étant toutefois nécessaire à cet effet. Aucune proposition écrite chiffrée n'a été produite dans la procédure.
C. C.a Par acte du 12 juin 2007, X._ a ouvert action en partage à l'encontre de Y._ sur la base des art. 650 et 651 CC, concluant au partage des droits de copropriété sur les deux appartements et les garages, à ce que lui soit attribué la part de copropriété sur lesdits droits dont Y._ est titulaire, et à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement à verser à celle-ci la somme de 1'095'000 fr.
Dans sa réponse du 31 janvier 2008, Y._ a conclu principalement au déboutement de toutes les conclusions du demandeur, subsidiairement à ce que le tribunal procède au partage en nature en attribuant l'appartement de 4 pièces et son garage à elle-même, l'appartement de 6 pièces, son garage et la place de parc acquise ultérieurement à X._, à ce que le tribunal condamne ce dernier à procéder, à ses frais, au partage moyennant rétablissement du mur abattu lors de la réunion des deux appartements, ce dans un délai de 30 jours suivant l'entrée en force du jugement, à ce qu'il le condamne à libérer de tous biens et de toute personne l'appartement attribué à elle-même, à payer une somme de 100 fr. à titre d'astreinte par jour de retard, nomme un expert afin de procéder à l'estimation de la valeur des appartements en copropriété et de fixer le montant de la part de copropriété de Y._, condamne X._ à lui payer la soulte due résultant de la différence de valeur des deux appartements et de l'attribution d'une place de parc supplémentaire au demandeur. Plus subsidiairement enfin, Y._ a conclu à ce qu'un expert soit nommé afin de procéder à l'estimation de la valeur des appartements en copropriété, à ce que celui-ci fixe le montant de la part de copropriété de la défenderesse portant sur les appartements de 4 et 6 pièces et les garages, et à ce que le demandeur soit condamné à lui verser cette somme.
C.b Par ordonnance du 8 mars 2008, un expert a été nommé. Il a rendu son rapport le 10 septembre 2008; il a estimé la valeur vénale de l'appartement de 6 pièces et son garage à 1'250'000 fr. en 2003 et 1'972'000 fr. en 2007, celle de l'appartement de 4 pièces et son garage à 865'000 fr. en 2003 et 1'359'000 fr. en 2007; enfin la place de parc supplémentaire a été estimée à 30'000 fr. en 2003 et 35'000 fr. en 2007.
C.c Par jugement du 8 janvier 2009, le Tribunal de première instance de Genève a, entre autres points, ordonné le partage en nature des droits de copropriété des parties, attribué à X._ les droits de copropriété dont Y._ est titulaire sur l'appartement de 6 pièces et le garage, ainsi que sur le garage supplémentaire, attribué à Y._ les droits de copropriété dont X._ est titulaire sur l'appartement de 4 pièces et le garage, condamné les parties à procéder au partage moyennant rétablissement, aux frais de la défenderesse, du mur abattu lors de la réunion des deux appartements et de la séparation des balcons, et condamné X._ à payer à Y._ une somme de 501'465 fr. 50 à titre de soulte résultant de la différence de valeur des droits de copropriété.
C.d Statuant sur appel du demandeur et appel incident de la défenderesse, par arrêt du 12 février 2010, la Cour de justice du canton de Genève a annulé ce jugement, rejeté l'action en partage du demandeur et condamné celui-ci au paiement des dépens de première instance et d'appel.
D. X._ interjette le 22 mars 2010 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens que le partage des droits de copropriété des parties est ordonné, que la part de copropriété sur lesdits droits de Y._ lui est attribuée, que le registre foncier est modifié en ce sens, qu'il lui est donné acte de son engagement à verser à Y._ la somme de 1'328'069 fr. et que les modifications du registre foncier seront opérées sur simple présentation par X._ de l'arrêt à rendre par le Tribunal fédéral et de la preuve du versement susmentionné, Y._ étant déboutée de toutes ses conclusions. Le recourant se plaint d'une application arbitraire du droit français, ainsi que d'une violation de son droit d'être entendu; subsidiairement, il reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 650 et 651 CC.
L'intimée conclut au rejet du recours. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 117).
1.1 Interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) en matière civile (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Il permet également de faire valoir que la décision attaquée n'a pas appliqué le droit étranger désigné par le droit international privé suisse (<ref-law>) ou, dans les affaires non pécuniaires, que le droit étranger désigné par le droit international privé suisse a été appliqué de manière erronée (<ref-law>). Dans les contestations qui portent sur un droit de nature pécuniaire, comme en l'espèce, il n'est en revanche pas possible d'y soulever le grief relatif à l'application erronée du droit étranger (<ref-law> a contrario); dans ce cas, la décision cantonale ne peut alors être attaquée que pour violation de l'art. 9 Cst., soit pour application arbitraire du droit étranger (<ref-law>), dans la mesure où la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 447). Pour le reste, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours pour d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2. En ce qui concerne le droit à l'attribution des immeubles litigieux, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir considéré qu'il ne peut pas se prévaloir de l'art. 4 al. 1 ch. 1 du contrat de mariage conclu par les parties le 18 juillet 1986 pour acquérir la part de copropriété de l'intimée. A supposer que le Tribunal fédéral ne retienne pas que les juges précédents auraient ainsi appliqué arbitrairement le droit français, il se plaint d'une violation des art. 650 et 651 CC relatifs au partage.
3. Examinant en premier lieu la question de la portée du contrat de mariage signé par les époux, en lien avec le testament olographe postérieur de l'épouse, la cour cantonale a jugé, en application des art. 52, 53 et 55 LDIP, que le droit français, en faveur duquel les parties ont fait une élection de droit, demeurait applicable, en dépit de leur changement de domicile, en particulier à l'interprétation du contrat de mariage. L'art. 1390 du Code civil français (CCF) prévoit que les époux peuvent stipuler qu'à la dissolution du mariage par la mort de l'un d'eux, le survivant a la faculté d'acquérir ou, le cas échéant, de se faire attribuer dans le partage certains biens personnels du prédécédé, à charge d'en tenir compte à la succession, d'après la valeur qu'ils ont au jour où cette faculté sera exercée. Il ressort de l'avis de droit produit par l'époux que le prédécès de l'époux propriétaire des biens visés par la clause ouvre au conjoint survivant le droit de les acquérir ou de se les faire attribuer, moyennant le versement d'une indemnité aux héritiers. Il s'agit d'une simple faculté offerte au conjoint bénéficiaire de la clause, lequel jouit donc d'une option, dont la loi réglemente l'exercice et les effets. S'il entend se prévaloir de la clause stipulée à son profit, le conjoint survivant doit notifier sa décision aux héritiers dans un délai déterminé, à savoir un mois à compter du jour où les héritiers ont mis le bénéficiaire en demeure de prendre parti. Si les héritiers tardent à lui adresser une telle mise en demeure, le conjoint peut prendre parti de son propre mouvement. Aussi longtemps qu'il n'a pas reçu une mise en demeure des héritiers, le conjoint survivant peut exercer la faculté qui lui est offerte, du moins s'il n'y a pas renoncé expressément ou tacitement. Conformément à l'avis de droit produit à la procédure de première instance, la clause prévue aux articles 1390 ss CCF ne produit aucun effet pendant la durée du mariage. L'époux propriétaire des biens conserve en particulier le droit d'en disposer librement, la clause n'étant pas opposable aux tiers et le droit du conjoint s'apparentant ainsi à celui du bénéficiaire d'une promesse de vente. La faculté d'acquisition par le survivant de certains biens personnels du prédécédé prévue par l'article 1390 CCF n'empêche en conséquence pas l'époux propriétaire des biens d'en disposer librement. En outre, si les époux ont acquis chacun un lot de copropriété avec des usufruits croisés et que le lot n'est ainsi pas en indivision entre les époux, le droit français ne permet pas qu'il puisse faire l'objet d'une demande d'attribution préférentielle.
En l'espèce, l'art. 4 du contrat de mariage prévoit la faculté d'acquisition ou d'attribution des biens et droits par lesquels sera assuré le logement de la famille. Il s'agit, selon la cour cantonale, d'une "clause commerciale" telle que prévue par l'art. 1390 CCF. La question se pose en conséquence de déterminer si l'épouse a disposé de ses droits de copropriété, aujourd'hui litigieux, avant son décès par le biais de son testament olographe, l'époux ne pouvant alors se prévaloir de la clause commerciale contenue dans le contrat de mariage. Or, tous les actifs appartenant à l'épouse, en particulier la part de copropriété sur le logement familial acquise en 1998, reviennent à sa fille, unique héritière conformément au testament olographe. Partant, celui-ci exclut un partage de la succession de l'épouse, hypothèse visée par l'art. 4 du contrat de mariage et qui ne se trouve en conséquence pas réalisée. Le droit français ne permet au demeurant une attribution préférentielle d'un lot que si celui-ci est en indivision entre les propriétaires, ce qui n'est pas le cas ici. Enfin, la cour cantonale a estimé "douteux" que le délai d'un mois pour se prévaloir de la clause commerciale ait été respecté par l'époux, sans qu'il soit toutefois nécessaire de trancher cette question.
4. 4.1 Le décès d'une personne entraîne à la fois la dissolution du régime matrimonial (<ref-law>) et l'ouverture de sa succession (<ref-law>). Le patrimoine successoral du de cujus étant constitué des biens qui lui reviennent dans la liquidation du régime matrimonial, il y a lieu de procéder d'abord à la liquidation de celui-ci (STEINAUER, Le droit des successions, Berne 2006, n° 108, p. 87). Préalablement encore, il faut liquider les rapports spéciaux entre époux, en particulier leurs rapports de copropriété sur un immeuble (cf. arrêt 5C.87/2003 du 19 juin 2003 consid. 4.1 en cas de divorce).
Lorsque les époux sont séparés de biens, il n'y a pas de liquidation de régime matrimonial, seuls les rapports spéciaux entre époux doivent être liquidés conformément à l'<ref-law>.
4.2 En l'espèce, vu le testament olographe de l'épouse, instituant sa fille héritière unique et déclarant le droit suisse applicable, et considérant l'acceptation par l'époux de cette disposition de dernière volonté et donc sa renonciation à sa réserve successorale, il n'y a pas de partage successoral à effectuer. L'attribution de la succession de l'épouse à l'intimée présuppose toutefois la liquidation des rapports spéciaux entre les époux qui sont soumis à la séparation de biens selon le contrat de mariage du 18 juillet 1986.
4.3 Bien que le recourant fasse valoir qu'il a entièrement financé l'achat des immeubles litigieux, il ne sera pas examiné si, en droit suisse, conformément à la jurisprudence, il aurait droit à l'attribution sans contrepartie des parts inscrites au nom de l'épouse, puisque l'intimée n'a pas allégué ni prouvé une donation de l'époux à l'épouse au moment de l'achat (arrêt 5A_87/2010 du 5 mai 2010 consid. 3.1), dès lors qu'il ne discute pas cette question dans son recours (cf. supra, consid. 1.2).
4.4 Si l'on considère que la liquidation de la copropriété constitue la liquidation d'un rapport spécial entre époux hors régime matrimonial, celle-ci serait soumise au droit suisse (<ref-law>). En revanche, si on admet qu'elle fait partie de la liquidation du régime matrimonial, elle serait soumise au droit français (<ref-law>). Cette question peut demeurer indécise en l'espèce, puisque, dans les deux cas, le recourant a droit à ce que les parts de copropriété de son épouse lui soient attribuées en pleine propriété contre indemnité (cf. ci-dessous consid. 5 et 6).
5. 5.1 En droit suisse, comme on l'a vu, le partage d'un bien en copropriété, comme le règlement des autres rapports juridiques spéciaux existant entre époux, doit être effectué avant de procéder à la liquidation du régime matrimonial (arrêt 5C.87/2003 du 19 juin 2003 consid. 4.1; DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, Les effets du mariage, Berne 2009, n° 1142 ss). La réglementation est la même en cas de décès et en cas de divorce.
Selon la jurisprudence, le partage de la copropriété d'un immeuble acquis par des époux séparés de biens est régi par les règles ordinaires des art. 650 et 651 CC, auxquelles s'ajoute le mode de partage du droit matrimonial de l'<ref-law>. Si les copropriétaires ne s'entendent pas sur le mode de partage, le juge ordonne le partage en nature ou la vente aux enchères publiques ou entre les copropriétaires (<ref-law>), ou attribue le bien entièrement à celui des époux qui justifie d'un intérêt prépondérant, à charge pour lui de désintéresser son conjoint (<ref-law>). En vertu de cette dernière disposition, un époux peut demander qu'un bien lui soit attribué entièrement s'il justifie d'un intérêt prépondérant. Un tel intérêt peut revêtir diverses formes. Est déterminante la circonstance que l'époux requérant l'attribution peut se prévaloir d'une relation particulièrement étroite avec le bien litigieux, quels qu'en soient les motifs (arrêt 5C.56/2004 du 13 août 2004 consid. 5.1; cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 198 à propos de la disposition similaire de l'<ref-law>).
5.2 En l'espèce, le recourant a manifestement un intérêt prépondérant à l'attribution du logement et du garage, dont il est actuellement usufruitier et qu'il utilise personnellement. Selon le droit suisse, il a donc droit à leur attribution en pleine propriété, contre indemnité.
6. 6.1 Si la liquidation de la copropriété des immeubles émarge au contrat de mariage, soumis au droit français, l'art. 4 de ce contrat règle la question. Il s'agit donc d'interpréter les clauses qu'il contient.
6.2 Le recourant soutient qu'une interprétation littérale de l'art. 4 du contrat de mariage fait ressortir deux hypothèses: la première concerne la faculté offerte au conjoint survivant de se porter acquéreur des biens et droits par lesquels sera assuré le logement de la famille; la seconde permet audit conjoint de se les faire attribuer dans le partage de la succession. La clause concessive "pour autant que ce dernier n'en aura pas disposé autrement" ne pourrait se comprendre par tout lecteur raisonnable que d'une seule façon: elle viserait le cadre du partage successoral, et non la première hypothèse, à savoir celle d'une acquisition "hors partage". Selon le recourant, il s'ensuit que le fait que feue son épouse ait pris des dispositions pour cause de mort en faveur de l'intimée le 4 juin 1999 a pour seule conséquence qu'il n'est pas habilité à exiger l'attribution en sa faveur des biens et droits litigieux dans le cadre du partage successoral, ce dont il s'est abstenu. En revanche, il conserverait la faculté d'acquérir ces mêmes biens en dehors du partage successoral, "certes en y mettant le prix puisqu'il est ainsi amené à payer une deuxième fois des biens dont il a seul financé l'acquisition originelle". Cette interprétation serait confirmée par l'art. 1390 CCF qui fait explicitement la distinction entre l'acquisition des biens et leur attribution par le biais du partage successoral; elle serait en outre corroborée par les avis d'experts en droit français apportés à la procédure. Enfin, le constat péremptoire de la cour cantonale selon lequel "si les époux ont acquis chacun un lot de copropriété avec des usufruits croisés et que le lot n'est ainsi pas en indivision entre les époux", ce qui exclurait l'application de l'art. 4 du contrat de mariage, serait "tiré de nulle": aucune base légale ou contractuelle ne viendrait appuyer ce postulat selon lequel l'art. 4 du contrat de mariage ne s'appliquerait qu'en cas d'indivision.
La solution retenue par les juges précédents consacrerait également une violation du droit d'être entendu du recourant, en ce sens que l'arrêt attaqué serait insuffisamment motivé. A cet égard, le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir ni mentionné ni discuté les trois avis de droit français produits à la procédure, selon lesquels il serait en droit d'exercer la faculté d'acquisition convenue dans le contrat de mariage.
6.3 L'intimée fait valoir que l'argumentation du recourant serait nouvelle et que, contrairement à ce que celui-ci soutient, la faculté d'acquisition est offerte au survivant dans le cadre du partage successoral, puisque, aux termes de l'article 5 du contrat de mariage, "le survivant imputera sur ses droits dans la succession du prémourant la valeur ainsi qu'il vient d'être dit, des biens pour lesquels il aura exercé sa faculté d'acquisition ou d'attribution". Ainsi, il n'existerait pas de possibilité d'acquérir certains biens hors succession. Selon elle, le contrat de mariage a simplement prévu le cas où l'époux survivant n'aurait droit qu'à un actif de faible valeur dans la succession et souhaiterait obtenir le logement familial, qui serait d'une valeur élevée; dans cette hypothèse, l'époux survivant ne pourrait pas se faire "attribuer" le logement dans le cadre de la succession dont la valeur dépasserait sa part, mais serait en mesure "d'exercer sa faculté d'acquisition" pour l'acquérir moyennant paiement. Dès lors que le recourant a renoncé à la succession de son épouse et que celle-ci a "disposé autrement" de ses biens en instituant sa fille unique héritière, le recourant ne pourrait exercer sa faculté d'acquisition.
6.4 Selon l'avis de droit émanant du Centre de Recherche d'Information et de Documentation Notariales de Lyon (ci-après: CRIDON), du 16 juin 2006, le conjoint peut se prévaloir de la clause commerciale, sauf si l'épouse prémourante a disposé de ce droit. A ce titre, l'avis de droit émet des réserves dans la mesure où le pacte de renonciation stipulé par X._ a pu porter disposition de ce lot de copropriété.
Dans un complément du 2 août 2006, le CRIDON, en partant de l'hypothèse qu'aucun pacte de renonciation n'a finalement été signé par X._, estime que l'acte de renonciation du 6 mai 2003 ne portait pas sur la clause commerciale qui pouvait dès lors être exercée par son titulaire. En outre, cet avis précise que le lot de copropriété n'est pas en indivision entre les époux et ne peut faire l'objet d'une demande d'attribution préférentielle fondée sur l'art. 832 al. 5 CCF.
Une consultation délivrée le 30 août 2006 par l'Institut de consultations notariales de Bulle conclut que le conjoint survivant peut, à défaut de mise en demeure déjà intervenue de la part des héritiers du conjoint, invoquer la clause commerciale contenue dans le contrat de mariage pour demander l'attribution en sa faveur de la part de copropriété ayant appartenu à son épouse.
6.5 Il résulte de ces avis de droit français que le recourant, s'il ne peut certes demander l'attribution des droits de copropriété de l'intimée dans le cadre du partage de la succession de feue son épouse, puisqu'il n'est lui-même pas héritier, garde la faculté de les acquérir. Même si l'on retient que la clause concessive "pour autant qu'elle n'en aura pas disposé autrement" s'applique également à l'acquisition (et non seulement à l'attribution dans le cadre du partage), on ne peut considérer que feue l'épouse a disposé de ses parts de copropriété en instituant unique héritière sa fille, puisqu'elle n'a pas précisé, en particulier, qu'elle se verra attribuer ses parts de copropriété sur les immeubles. Dans la mesure où on liquide d'abord le régime matrimonial, le recourant peut donc acquérir les parts de copropriété de feue son épouse et le prix d'achat revient à sa succession, donc à l'intimée instituée héritière unique.
Lorsque la cour cantonale affirme que le droit français ne permet une attribution préférentielle d'un lot que si celui-ci est en indivision entre les propriétaires, ce qui n'est pas le cas en l'espèce, elle se réfère à l'avis de droit du CRIDON du 2 août 2008, lequel précise que le lot de copropriété n'est pas en indivision entre les époux et ne peut faire l'objet d'une demande d'attribution préférentielle fondée sur l'art. 832 al. 5 CCF. Or, le CRIDON répondait à cet égard à la question posée par le conseil du recourant de savoir si le conjoint survivant ne pourrait pas, en se fondant sur le renvoi de l'art. 1542 al. 1 CCF à l'art. 832 al. 5 CCF, obtenir la part de copropriété ayant appartenu à son épouse, cette faculté pouvant être particulièrement importante dans l'hypothèse où le délai d'un mois pour exercer les droits tirés de la clause commerciale serait échu. Il s'agit donc d'une autre hypothèse que celle offerte par les art. 1390 ss CCF, que la cour cantonale semble avoir confondue.
6.6 Sur la question du respect du délai d'un mois pour se prévaloir de la clause commerciale, la cour cantonale a estimé que l'on ne saurait admettre que le recourant a fait valoir celle-ci dans son courrier du 23 septembre 2003 adressé à l'intimée, lequel ne fait aucune mention de l'exercice par son biais de la clause commerciale du contrat de mariage, le recourant précisant désirer reprendre la pleine propriété des biens objets du présent litige en trouvant un arrangement amiable. Par courrier du 29 septembre 2003, le conseil de l'intimée indiquait que cette proposition de rachat du droit de propriété des appartements et garages pouvait susciter la considération de sa cliente sous réserve d'une proposition de prix de cession, le recourant devant alors prendre parti. Dans la mesure où le recourant prétend avoir exercé à cette époque la clause commerciale, l'on pourrait admettre que la réponse à ce courrier par l'intimée lui demandant de prendre position de manière concrète et chiffrée fait en revanche partir le délai d'un mois susmentionné. Or, aucune proposition écrite chiffrée n'a été produite dans la procédure, et qu'il y ait eu réponse orale de la part du recourant sur ce point, ce qui n'a pas pu être prouvé, est contesté par l'intimée et ne saurait donc être admis. Il est ainsi douteux, selon les juges précédents, que le délai d'un mois ait été respecté.
Comme le soutient le recourant, le pli qui lui a été adressé le 29 septembre 2003 ne peut être assimilé à la mise en demeure de prendre parti prévue par l'art. 1392 al. 1 CCF: ce pli n'est rien d'autre qu'une réponse à la proposition de rachat du droit de copropriété des appartements et garages à Genève faite par le recourant le 23 septembre 2003. Ainsi, l'intimée, unique héritière, n'a pas mis en demeure le recourant de prendre parti. On ne saurait non plus affirmer que celui-ci a renoncé tacitement à la clause, puisque, sans la faire valoir expressément, il a demandé à pouvoir acquérir les droits de copropriété litigieux le 23 septembre 2003, l'épouse étant décédée en décembre 2002. C'est d'ailleurs la conclusion à laquelle parviennent les avis de droit français, droit auquel est soumise la question de la liquidation du régime matrimonial et, partant, l'interprétation de la clause commerciale.
6.7 Ainsi, il y a lieu d'admettre que le recourant pouvait se fonder sur le contrat de mariage conclu avec feue son épouse pour demander l'attribution des droits de copropriété de celle-ci, ce qu'il a fait en déposant sa demande en justice le 12 juin 2007.
7. Il convient de déterminer quelle indemnité le recourant doit verser à l'intimée en échange de l'attribution de ses droits de copropriété, respectivement de l'exercice de la faculté d'acquisition.
7.1 L'<ref-law> prévoit que l'époux qui demande l'attribution d'un bien en copropriété doit désintéresser son conjoint.
Selon l'article 5 § 1er du contrat de mariage, les biens et droits ayant fait l'objet de l'exercice de la faculté d'acquisition ou d'attribution seront estimés d'après leur valeur au jour où la faculté sera exercée.
7.2 Le recourant admet qu'il doit verser une soulte correspondant à la valeur des parts de l'intimée en 2007, date à laquelle il a exercé sa faculté d'acquisition, sous déduction de l'usufruit grevant celles-ci, à savoir 1'328'069 fr. (valeur de l'appartement n° 1 : 1'972'000 fr., valeur de l'appartement n° 2: 1'359'000 fr, valeur du garage supplémentaire: 35'000 fr., donc valeur totale sans usufruit: 3'366'000 fr.; parts de l'intimée sans usufruit (1/2): 1'683'000 fr., dont à déduire la valeur de l'usufruit grevant les parts de l'intimée: 354'931 fr.).
7.3 L'intimée se fonde sur les mêmes valeurs 2007, mais soutient qu'il n'y a pas lieu de soustraire la valeur de l'usufruit du recourant, qui lui causerait "un inconvénient majeur" et léserait ses intérêts. A supposer que l'on déduise la valeur de l'usufruit, elle invoque à titre subsidiaire que seule la valeur de l'usufruit au jour de l'inscription du recourant au registre foncier en tant que seul propriétaire des lots de copropriété pourrait être déduite de sa part, et non la valeur de l'usufruit en 2007. En effet, le recourant aura jouit paisiblement de son usufruit jusqu'à ce qu'il obtienne, le cas échéant, le partage.
7.4 La valeur des parts de copropriété de l'intimée, que le recourant doit désintéresser, doit être calculée en tenant compte de l'usufruit qui les grève et en diminue la valeur. La recourante ne prend aucune conclusion relative à son argumentation tendant à la prise en considération de la valeur de l'usufruit au jour de l'inscription du recourant au registre foncier, de sorte que sa critique est irrecevable. Il convient donc de déduire la valeur de l'usufruit en 2007 (354'931 fr.) de la valeur des parts de copropriété de l'intimée (1'683'000 fr.), pour obtenir le montant à verser par le recourant à titre de soulte, à savoir 1'328'069 fr.
8. Vu ce qui précède, le recours est admis et l'arrêt attaqué doit être réformé en ce sens que les droits de copropriété de l'intimée sur les immeubles litigieux sont attribués au recourant, celui-ci devant lui verser la somme de 1'328'069 fr. à titre de soulte. L'intimée, qui succombe, supportera les frais de la procédure (<ref-law>) et versera des dépens au recourant (<ref-law>). La cause sera renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que:
1. Attribue à X._ les droits de copropriété dont Y._ est titulaire, à savoir:
- les droits de copropriété sur 24,610 millièmes de la parcelle *** feuille **, commune de Genève, section D._, constitutifs d'un appartement de 4 pièces en attique de 109 m2 (feuillet *** No **), sis route de B._, et d'un garage (feuillet *** No **);
- les droits de copropriété sur 34,713 millièmes de la parcelle *** feuille **, commune de Genève, section D._, constitutifs d'un appartement de 6 pièces en attique de 166 m2 (feuillet *** No **), sis route de B._, et d'un garage (feuillet *** No **);
- la part de copropriété sur un dixième des droits de copropriété sur 9,270 millièmes de la parcelle *** feuille ** de la commune de Genève, section D._, portant sur un dixième d'un local faisant l'objet d'un droit exclusif dans le garage souterrain * (feuillet *** No **) correspondant à l'emplacement d'un parking No *.
2. Ordonne la modification du Registre foncier en ce sens que X._ est désormais inscrit en qualité de seul et unique propriétaire des immeubles mentionnés sous chiffre 1 ci-dessus.
3. Condamne X._ à verser à Y._, à titre de soulte, la somme de 1'328'069 fr., dans les 30 jours à compter de la notification du présent arrêt.
4. Dit que les modifications du registre foncier seront opérées sur simple présentation par X._ du présent arrêt et de la preuve du versement du montant visé sous chiffre 3 ci-dessus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 15'000 fr., à payer au recourant, est mise à la charge de l'intimée à titre de dépens.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 10 août 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet