Sachverhalt:
A. Mit Baugesuch vom 10. März 2006 ersuchte A._ bei der Gemeinde Brienz/Brinzauls um Bewilligung eines Einfamilienhauses auf Parzelle Nr. 349. Am 29. Mai 2006 erteilte die Gemeinde die Baubewilligung.
In Abweichung vom bewilligten Baugesuch erstellte A._ anstelle einer zwei Meter hohen, zweistufigen Böschung mit Rücksprung eine fast vier Meter hohe Blocksteinmauer im südlichen Teil der Parzelle Nr. 349. Mit Verfügung vom 20. Juni 2007 ordnete die Gemeinde einen Baustopp an und setzte der Bauherrin mehrfach vergeblich Frist, um ein Gesuch für eine nachträgliche Projektänderung einzureichen.
B. Mit Entscheid vom 28. Mai 2008 verpflichtete die Gemeinde X._ als neue Eigentümerin, bis 30. Juli 2008 das talseitige Terrain der Parzelle Nr. 349 gemäss Eingabeplänen des Baugesuchs vom 10. März 2006 zu gestalten, und drohte gleichzeitig die Ersatzvornahme an.
Gegen diese Verfügung erhob X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit dem Antrag, ihr Frist bis zum 30. September 2008 einzuräumen, um das abgeänderte Baugesuch einzureichen. Sie machte geltend, anlässlich einer Bausitzung vom 22. Mai 2007 sei vereinbart worden, dass die Stützmauer, so wie sie heute bestehe, mittels Natursteinen (anstatt Beton) erstellt werden könne.
C. Das Verwaltungsgericht hielt in seinem Entscheid vom 14. Juli 2009 fest, dass die streitige Stützmauer materiell baurechtswidrig sei, von der Gemeinde auch nicht nachträglich akzeptiert worden sei, und dass die Voraussetzungen für eine Wiederherstellung somit grundsätzlich vorliegen. Die Gemeinde habe aber angeordnet, dass die Wiederherstellung gemäss Baubewilligung zu erfolgen habe. Damit verlange sie, dass die zweite obere Mauer auf etwas über 3 m zurückverlegt werde. Diese Anordnung gehe über das hinaus, was das materielle Recht erfordere, da die Stützmauer einen maximalen Grenzabstand von nur 2.5 m wahren müsse. Die angefochtene Verfügung sei somit aufzuheben und die Sache an die Gemeinde zurückzuweisen, damit diese im Rahmen eines nachträglichen Baubewilligungsverfahrens unter Einbezug der Nachbarn eine Wiederherstellung anordne, die nicht über das vom materiellen Recht Gebotene hinausgehe. Das Verwaltungsgericht hiess daher die Beschwerde gut, hob die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde zurück. Dieser wurden die Gerichts- und Parteikosten auferlegt.
D. Gegen dieses Urteil erhob die Gemeinde Brienz/Brinzauls am 10. November 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, die erstellte Mauer soweit abzureissen und zu gestalten, dass sie mit den bewilligten Baugesuchsunterlagen vom 10. März 2006 übereinstimme.
E. Das Verwaltungsgericht beantragt Nichteintreten auf die Beschwerde, eventuell Beschwerdeabweisung. X._ schliesst auf Beschwerdeabweisung.
F. Mit Verfügung vom 1. Dezember 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, mit dem die Sache an die Gemeinde Brienz/Brinzauls zur Durchführung eines nachträglichen Baubewilligungsgesuchs und zum Erlass einer neuen Wiederherstellungsverfügung zurückgewiesen wird. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die Voraussetzungen gemäss <ref-law> für die selbstständige Anfechtung eines Zwischenentscheids vorliegen. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben, weil auf die Beschwerde schon mangels Legitimation nicht eingetreten werden kann.
2. Die Gemeinde rügt nicht die Verletzung der Gemeindeautonomie nach <ref-law>, sondern beruft sich ausschliesslich auf die allgemeine Beschwerdebefugnis nach <ref-law>.
2.1 <ref-law> ist grundsätzlich auf Privatpersonen zugeschnitten. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kann jedoch auch das Gemeinwesen das allgemeine Beschwerderecht in Anspruch nehmen, wenn es durch die angefochtene Verfügung gleich oder ähnlich wie ein Privater betroffen ist. Ausserdem anerkennt die neuere Praxis die Beschwerdebefugnis des Gemeinwesens, wenn dieses durch den fraglichen Akt in qualifizierter Weise in schutzwürdigen hoheitlichen Interessen berührt wird (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 47; <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 406 f.). Allerdings sind Gemeinwesen gestützt auf <ref-law> nur restriktiv zur Beschwerdeführung zuzulassen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 47).
Die Beschwerdelegitimation kann bei vermögensrechtlichen Interessen bestehen, etwa als Subventionsempfänger, als Gläubiger von Kausalabgaben, als lohnzahlungspflichtiger öffentlicher Arbeitgeber oder als Erbringer von Fürsorgeleistungen, aber auch bei Eingriffen in spezifische eigene öffentliche Sachanliegen (vgl. BERNHARD WALDMANN, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Basler Kommentar zum BGG, N. 43 f. zu Art. 89; HANSJÖRG SEILER, in: Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz, 2006, Rz. 35 zu Art. 89).
Das allgemeine Interesse an der richtigen Rechtsanwendung verschafft dagegen keine Beschwerdebefugnis im Sinne dieser Regelung; insbesondere ist die im Rechtsmittelverfahren unterlegene Vorinstanz nicht berechtigt, gegen den sie desavouierenden Entscheid an das Bundesgericht zu gelangen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 47 mit Hinweisen). Zur Begründung des allgemeinen Beschwerderechts genügt auch nicht jedes beliebige, mit der Erfüllung einer öffentlichen Aufgabe direkt oder indirekt verbundene finanzielle Interesse des Gemeinwesens (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 47; <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 207; je mit Hinweisen; vgl. WALDMANN, a.a.O., Rz. 44 zu <ref-law>).
2.2 Im vorliegenden Fall macht die Beschwerdeführerin zum einen geltend, sie sei zu Unrecht zur Durchführung eines nachträglichen Baubewilligungsverfahrens verpflichtet worden. Das Interesse, keine weiteren, aus Sicht der Gemeinde unnötigen Verfahren durchführen zu müssen, deckt sich jedoch mit dem Interesse an der richtigen Rechtsanwendung und genügt nicht zur Begründung der allgemeinen Beschwerdebefugnis.
2.3 Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, sie sei zu Unrecht zur Tragung sämtlicher Gerichts- und Parteikosten verpflichtet worden, weshalb der angefochtene Entscheid sie in ihren Vermögensinteressen berühre. Das allgemeine vermögensrechtliche Interesse, vor Gerichts- und Parteikosten verschont zu werden, genügt jedoch nicht zur Begründung der Beschwerdeberechtigung; ansonsten wäre jede, im vorinstanzlichen Verfahren unterliegende Gemeinde, die mit Kosten belastet wurde, zur Beschwerdeführung gemäss <ref-law> berechtigt.
Die Gemeinde ist vom Kostenentscheid auch nicht gleich einem Privaten betroffen. Dies gilt selbst dann, wenn das kantonale Recht keine besonderen Kostenbestimmungen für Gemeinwesen kennt. Auch in diesem Fall gehören die Gerichts- und Parteikosten zu den finanziellen Folgen der Verwaltungstätigkeit der Gemeinde und treffen sie in ihrer Stellung als erstinstanzlich verfügende Behörde.
3. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Dagegen muss die Gemeinde die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführerin hat X._ mit Fr. 1'500.-- für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber