Sachverhalt:
A. Der 1949 geborene I._ war ab 1. Juni 1997 Lagermitarbeiter in der Firma X._ AG. Wegen einer koronaren Herzerkrankung war er vom 2. bis 15. Mai 2002 im Spital Y._ und vom 19. August bis 10. September 2002 zwecks operativer Versorgung mit einer aorto-bifemoralen Y-Prothese im Spital Z._ hospitalisiert. Ab 2. Mai 2002 war I._ vom Hausarzt zu 100 % krank geschrieben. Am 27. Dezember 2002 löste die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis auf Ende Februar 2003 auf. Anfang Februar 2003 meldete sich I._ bei der Invalidenversicherung an und beantragte eine Rente. Wegen Schmerzen vorab im Unter- und Oberbauch wurde er vom 14. bis 28. Februar 2003 im Spital Z._ behandelt. Mit Verfügung vom 20. August 2003 verneinte die IV-Stelle Basel-Landschaft den Anspruch auf eine Rente, was sie mit Einspracheentscheid vom 28. Januar 2004 aufgrund des nunmehr ermittelten Invaliditätsgrades von 27 % bestätigte. Anfang Mai 2004 stellte I._ erneut ein Rentengesuch. Nach Abklärungen sprach ihm die IV-Stelle mit Verfügung vom 15. Mai 2006 aufgrund eines Invaliditätsgrades von 61 % ab 1. Februar 2005 eine Dreiviertelsrente zu. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 20. August 2007 fest, was das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheid vom 28. März 2008 bestätigte.
I._ war im Rahmen seiner Tätigkeit als Lagermitarbeiter in der Firma X._ AG bei der Bâloise-Sammelstiftung für die obligatorische berufliche Vorsorge versichert gewesen. Diese anerkannte eine Leistungspflicht ab 2. Mai 2004 (nach Ablauf der reglementarischen Wartefrist von 24 Monaten) für eine Invalidität von 27 % gemäss Einspracheentscheid vom 28. Januar 2004, hingegen nicht für den ab 1. Februar 2005 höheren Invaliditätsgrad von 61 % gemäss Einspracheentscheid vom 20. August 2007 (Schreiben vom 15. September 2006 und 19. Februar 2007).
B. Am 25. Juni 2007 liess I._ beim Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt Klage gegen die Bâloise-Sammelstiftung für die obligatorische berufliche Vorsorge erheben mit den Rechtsbegehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm ab 2. Mai 2004, eventualiter ab 1. Februar 2005 eine Invalidenrente auf der Grundlage eines Invaliditätsgrades von 61 % auszurichten, zuzüglich Zins zu 5 % seit Klageeinreichung auf den bis dahin verfallenen Renten, sowie für den Zeitraum vom 23. Juli 2002 bis 28. Februar 2003 die volle Beitragsbefreiung zu gewähren und die für den betreffenden Zeitraum entrichteten Beiträge zurückzuerstatten, zuzüglich Zins zu 5 % seit Klageeinreichung, unter ausdrücklichem Vorbehalt des Rechts der Nachklage.
Das kantonale Gericht holte die Klageantwort der Sammelstiftung ein und führte einen zweiten Schriftenwechsel durch.
Mit Eingabe vom 18. Februar 2008 liess I._ das Rechtsbegehren betreffend Beitragsbefreiung zurückziehen.
Mit Entscheid vom 17. Juli 2008 wies das kantonale Sozialversicherungsgericht die Klage, soweit nicht gegenstandslos geworden, ab.
C. I._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, der Entscheid vom 17. Juli 2008 sei aufzuheben und die Bâloise-Sammelstiftung für die obligatorische berufliche Vorsorge zu verpflichten, ihm ab 2. Mai 2004, allenfalls 1. Februar 2005, eine Invalidenrente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 61 % auszurichten, zuzüglich Zins zu 5 % seit Klageeinreichung auf den bis dahin verfallenen Renten, eventualiter die Sache zur Neubeurteilung an das kantonale Sozialversicherungsgericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Es steht ausser Frage, dass der Beschwerdeführer ab 2. Mai 2004 Anspruch auf Invalidenleistungen (Invaliditätsgrad: 27 %) aus der weitergehenden beruflichen Vorsorge gemäss Art. 19 Ziff. 3 des Reglements der Beschwerdegegnerin für die Vorsorgekasse der Firma X._ AG (Ausgabe 1999) hat. Streitig ist, ob die am Recht stehende Vorsorgeeinrichtung für die Erhöhung des Invaliditätsgrades auf 61 % nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses am 28. Februar 2003 und nach Ablauf der Nachdeckungsfrist am 31. März 2003 (Art. 10 Abs. 3 BVG) einzustehen und ab 2. Mai 2004, allenfalls 1. Februar 2005, entsprechend höhere Leistungen zu erbringen hat.
2. 2.1 Der Anspruch auf Invalidenleistungen der (obligatorischen) beruflichen Vorsorge setzt einen engen sachlichen und zeitlichen Zusammenhang zwischen der während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses (einschliesslich der Nachdeckungsfrist nach Art. 10 Abs. 3 BVG) bestandenen Arbeitsunfähigkeit (= Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf von mindestens 20 Prozent; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 23 und Urteil 9C_127/2008 vom 11. August 2008 E. 2.3) und der erst später eingetretenen Invalidität voraus. Der sachliche Konnex ist gegeben, wenn der Gesundheitsschaden, der zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat, von der Art her im Wesentlichen der gleiche ist wie der der Erwerbsunfähigkeit zu Grunde liegende (<ref-ruling> E. 3.2 S. 22). Eine Leistungspflicht besteht auch für die Erhöhung des Invaliditätsgrades, wenn und soweit die Verschlechterung der Arbeitsfähigkeit durch denselben Gesundheitsschaden bedingt ist, welcher zur Invalidität geführt hatte (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 263; <ref-ruling> E. 5 S. 45; Urteil 9C_179/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 1.2 mit Hinweis).
3. Das kantonale Gericht hat festgestellt, die Erhöhung der Invalidität beruhe auf psychischen Gründen. Bezüglich des Eintritts einer berufsvorsorgerechtlich relevanten psychisch bedingten Arbeitsunfähigkeit könne nach Lage der Akten keine gesicherte Aussage gemacht werden. Insbesondere fehle es an einer echtzeitlichen ärztlichen Bescheinigung einer solchen Arbeitsunfähigkeit für die Zeit bis zum Ablauf der Versicherungsdeckung Ende März 2003. Im Bericht des Spitals Z._ vom 6. März 2003 über die Hospitalisation vom 14. bis 28. Februar 2003 sei zwar die Diagnose einer somatoformen Schmerzstörung gestellt und eine Behandlung mit dem Antidepressivum Deroxat erwähnt worden. Zur Arbeitsfähigkeit sei aber nichts gesagt worden. Die im Bericht desselben Spitals vom 4. April 2003 zuhanden der Invalidenversicherung angegebene Arbeitsunfähigkeit von 100 % für die Zeit vom 5. Februar (recte: 2. Mai) 2002 bis 28. Februar 2003 sei im Zusammenhang mit der koronaren Herzerkrankung zu sehen, wegen welcher der Beschwerdeführer am 2. Mai 2002 ins Spital Y._ eingetreten sei. Es könne nicht mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit eine psychisch bedingte Arbeitsunfähigkeit von mindestens 20 % während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses angenommen werden, weshalb die beklagte Vorsorgeeinrichtung für die Erhöhung des Invaliditätsgrades nicht leistungspflichtig sei.
4. Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unzutreffende Beweiswürdigung durch die Vorinstanz. Aus den (echtzeitlichen) Berichten des Spitals Z._ vom 27. Februar, 6. März und 4. April 2003 ergebe sich eine seit 2002 bestehende somatoforme Schmerzstörung mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit. Dieses Beweisergebnis werde durch den Umstand untermauert, dass der Beschwerdeführer mit dem Antidepressivum Deroxat behandelt worden sei. Bei einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % müsse aus den Umständen zwingend abgeleitet werden, dass mit Sicherheit mehr als 20 % psychisch bedingt gewesen seien. Aus den medizinischen Akten ergebe sich im Übrigen zweifelsfrei, dass die somatoforme Schmerzstörung zur Depression geführt und dadurch die Erhöhung des Invaliditätsgrades bewirkt habe. Der von der Rechtsprechung geforderte enge Zusammenhang zwischen der während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses bestandenen Arbeitsunfähigkeit und der später eingetretenen Invalidität sei somit gegeben.
5. 5.1 Das Bundesgericht berichtigt oder ergänzt die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf Rüge hin oder von Amtes wegen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law> sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 44). Es liegt noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erschiene (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Eine Sachverhaltsfeststellung ist etwa dann offensichtlich unrichtig, wenn das kantonale Gericht den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_535/2008 vom 3. Dezember 2008 E. 5.2.1 mit Hinweisen).
5. 5.1 Das Bundesgericht berichtigt oder ergänzt die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf Rüge hin oder von Amtes wegen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law> sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 44). Es liegt noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erschiene (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Eine Sachverhaltsfeststellung ist etwa dann offensichtlich unrichtig, wenn das kantonale Gericht den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_535/2008 vom 3. Dezember 2008 E. 5.2.1 mit Hinweisen).
5.2 5.2.1 Aufgrund der Akten ist ein Zusammenhang zwischen den anamnestisch im September 2002 aufgetretenen Schmerzen und der im Rahmen der Hospitalisation im Spital Z._ vom 14. bis 28. Februar 2003 diagnostizierten somatoformen Schmerzstörung mit der depressiven Erkrankung, welche zur Erhöhung des Invaliditätsgrades von 27 % auf 61 % führte, nicht auszuschliessen. Dies genügt für die Begründung einer Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin, bei welcher der Beschwerdeführer damals versichert gewesen war, jedoch nicht in Anbetracht der Tatsache, dass für die Zeit bis Ende März 2003 fachärztlich keine psychisch bedingte Arbeitsunfähigkeit attestiert worden war, wie die Vorinstanz in nicht offensichtlich unrichtiger und somit für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 5.1) festgestellt hat.
5.2.2 In den Berichten des Spitals Z._ vom 27. Februar und 4. April 2003 wurde zwar eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % seit «5/02» (recte: 2. Mai 2002) angegeben. Der Beweiswert dieser Aussagen ist indessen - zumindest bei isolierter Betrachtung - fraglich, wie in der Beschwerde insoweit zu Recht geltend gemacht wird. Abgesehen davon, dass nicht nach den Ursachen differenziert wurde, galt diese Einschätzung lediglich bis Ende Februar 2003. Für die Zeit danach bestand keine Einschränkung mehr. Bei Berücksichtigung des ausführlicheren Berichts vom 6. März 2003 ergibt sich indessen ein stimmiges Bild. Darin wurden als Einweisungsgrund seit September 2002 täglich auftretende stechende Schmerzen im rechten Unterbauch während Minuten, sowie seit zwei Monaten rezidivierende Oberbauchschmerzen sowie immer wieder auftretende Schulter- und Hüftschmerzen mit einem punktuellen Stechen thorakal links angegeben. Unter intensiver medizinisch-technischer Therapie sowie unter Deroxat waren die Beschwerden im Verlauf praktisch vollständig regredient, sodass der Patient praktisch beschwerdefrei nach Hause entlassen werden konnte. Die behandelnden Ärzte interpretierten die Schmerzen als funktioneller Genese, bedingt durch die Arbeitsunfähigkeit seit Mai 2002 und den Stellenverlust auf Ende Februar 2003 sowie Dekonditionierung bei Immobilisation. Aufgrund dieser Beurteilung waren somit die im September 2002 erstmals aufgetretenen Schmerzen - im Bericht vom 27. Februar 2003 noch als chronisches diffuses Schmerzsyndrom bezeichnet - grundsätzlich behandelbar. Insofern liesse sich (auch) der zeitliche Zusammenhang der von den Ärzten des Spitals Z._ diagnostizierten somatoformen Schmerzstörung mit der später eingetretenen Invalidität diskutieren (<ref-ruling> E. 5.3 S. 27). Im Übrigen bezog sich die vom Hausarzt aufgrund der Akten erstmals am 24. August 2002 attestierte Arbeitsunfähigkeit von 100 % zumindest bis zum Auftreten der Schmerzen im Herbst 2002 allein auf das Herzleiden, welches zwei Hospitalisationen vom 2. bis 15. Mai und vom 19. August bis 10. September 2002 sowie einen operativen Eingriff vom 21. August 2002 erforderlich gemacht hatte. In seinem Bericht vom 24. September 2003 zuhanden der Invalidenversicherung verwies der Hausarzt auf den Bericht des Spitals Z._ vom 6. März 2003.
5.2.3 Im Weitern ist zu beachten, dass der Beschwerdeführer sich erst mehr als zehn Monate nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses Anfang Februar 2004 in psychotherapeutische Behandlung begab. Der behandelnde Psychiater führte im Schreiben vom 13. April 2004 an dessen Rechtsschutzversicherung zwar aus, Deroxat sei vom Spital Z._ verordnet worden, also müsse schon damals eine Depression bestanden haben. Dieser Schluss ist indessen schon deshalb fraglich, weil im Bericht des Spitals Z._ vom 6. März 2003 und auch in früheren ärztlichen Berichten keine Hinweise für depressive Symptome bestanden. Abgesehen davon muss eine gesundheitliche Beeinträchtigung nicht notwendigerweise zu einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit führen. Es wird zu Recht nicht geltend gemacht, die Behandlung mit Deroxat während des Aufenthalts im Spital Z._ vom 14. bis 28. Februar 2003 und in der Folgezeit sei unzumutbar gewesen. Zur Inanspruchnahme des therapeutischen Angebotes war der Beschwerdeführer im Rahmen der invalidenversicherungsrechtlichen Schadenminderungspflicht (<ref-ruling> E. 4a S. 28) denn auch gehalten (Urteil 9C_641/2008 vom 9. Dezember 2008 E. 3.2.2). Es kann jedenfalls nicht gesagt werden, die depressive Erkrankung habe sich bei noch bestehender Versicherungsdeckung manifestiert und das Krankheitsgeschehen erkennbar mitgeprägt (Urteil 9C_597/2008 vom 7. Dezember 2008 E. 2.2.2 in fine mit Hinweisen).
5.3 Die Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung dringt somit im Lichte der gesetzlichen Kognitionsregelung (E. 5.1) nicht durch. Die darauf gestützte Verneinung der Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin für die Erhöhung des Invaliditätsgrades von 27 % auf 61 % ist nicht bestritten. Der angefochtenen Entscheid verletzt Bundesrecht nicht.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Januar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler