Sachverhalt:
A. T._, geboren 1985, arbeitete seit dem 18. August 2003 als Maurer bei der Firma E._ AG und war bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert. Am 29. Oktober 2007 geriet der von ihm gelenkte Lieferwagen seiner Arbeitgeberin auf der Autobahn ins Schleudern und es kam zu einer seitlichen Kollision mit der Mittelleitplanke. T._ wurde ins Spital U._ eingeliefert. Gemäss Bericht über die ambulante Behandlung im Chirurgischen Notfall hatte er ein craniocervicales Beschleunigungstrauma erlitten. In der Folge traten Kopf- und Nackenbeschwerden sowie Schwindel auf. Nachdem ein erster Arbeitsversuch im Dezember 2007 gescheitert war, wurde T._ von seiner Arbeitgeberin ab Februar 2008 an einem Schonarbeitsplatz im Magazin eingesetzt. Die Beschwerden persistierten indessen und T._ konnte sein Pensum nicht über 50 % steigern. Gestützt auf die Einschätzungen ihres Kreisarztes Dr. med. A._ vom 18. März 2009 und vom 1. April 2009 schloss die SUVA den Fall mit Verfügung vom 14. Mai 2009 ab und stellte ihre Versicherungsleistungen per 31. Mai 2009 ein mit der Begründung, dass die noch geklagten Kopf- und Nackenbeschwerden organisch objektiv nicht ausgewiesen seien und sich nicht adäquat-kausal auf den Unfall vom 29. Oktober 2007 und das dabei erlittene Schleudertrauma zurückführen liessen; die Beschwerden an der Lendenwirbelsäule seien nicht durch den Unfall verursacht worden. An dieser Auffassung hielt sie auch auf Einsprache hin fest, nachdem sie die vom Versicherten eingeholte Stellungnahme des Prof. Dr. med. S._ vom 28. Mai 2009 ihrer Abteilung Versicherungsmedizin, Dr. med. P._, Facharzt FMH für Chirurgie, unterbreitet hatte (Einspracheentscheid vom 9. September 2009).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 26. August 2010 ab.
C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihm auch weiterhin die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen, eventualiter sei die Sache an die SUVA zurückzuweisen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers gemäss <ref-law> vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat erwogen, dass sich der Beschwerdeführer am 29. Oktober 2007 eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) zugezogen habe, dass diesbezüglich jedoch keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen vorliegen würden. Die Frage der natürlichen Kausalität liess sie offen, da die Adäquanz ihrer Auffassung nach zu verneinen war, wobei am 31. Mai 2009 keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr habe erwartet werden dürfen. Hinsichtlich der Beschwerden an der Lendenwirbelsäule ging sie davon aus, dass selbst wenn die bei der MRI-Untersuchung gezeigten degenerativen Veränderungen durch den Unfall verschlimmert worden wären, zwischenzeitlich der Status quo sine erreicht wäre. Dabei stützte sie sich namentlich auf die Stellungnahme des Dr. med. P._ vom 31. August 2009.
4. Der Beschwerdeführer macht sinngemäss im Wesentlichen geltend, dass nicht auf die seiner Auffassung nach mangelhafte Einschätzung des Dr. med. P._, sondern auf das Gutachten des Prof. Dr. med. S._ abzustellen sei. Der Gesundheitszustand könne noch namhaft verbessert werden und die SUVA sei daher auch weiterhin leistungspflichtig. Die Beschwerden an der Lendenwirbelsäule seien ebenfalls natürlich- und adäquatkausal auf den Unfall zurückzuführen.
5. Die in <ref-ruling> E. 9 S. 121 ff. präzisierten (erhöhten) Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung der Schleudertrauma-Praxis rechtfertigt, setzen eine sorgfältige und umfassende Sachverhaltsabklärung voraus (vgl. <ref-ruling> E. 9.2 S. 123). Diesbezügliche beweismässige Weiterungen können unterbleiben, wenn die adäquate Kausalität der organisch objektiv nicht ausgewiesenen Beschwerden zu verneinen ist (Urteil 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2 Ingress). Diese Rechtsprechung entbindet jedoch weder den sozialen Unfallversicherer noch das kantonale Sozialversicherungsgericht von der Verpflichtung, den rechtserheblichen Sachverhalt nach Massgabe des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> S. 195, 122 V 157 E. 1a S. 158, 130 I 180 E. 3.2 S. 183) vollständig und richtig festzustellen (<ref-law>; Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 59 zu <ref-law>), zumal zahlreiche Angaben in tatsächlicher Hinsicht (z.B. zum Unfallhergang; vgl. hiezu <ref-ruling> E. 9.2 S. 123) auch im Rahmen der Adäquanzprüfung (z.B. bei der Beurteilung der Unfallschwere oder der erlittenen Verletzungen) von erheblicher Bedeutung sind. Nicht nur die Tatfrage des Nachweises einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung der Schleudertrauma-Praxis rechtfertigt, sondern auch die Rechtsfrage der Adäquanzprüfung setzt daher eine vollständige und richtige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts voraus (vgl. Urteil 8C_578/2007 vom 30. Mai 2008 E. 4.2).
6. Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> erkannt hat, besteht im Verfahren um Zusprechung oder Verweigerung von Sozialversicherungsleistungen auch unter Berücksichtigung der neueren Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte kein förmlicher Anspruch auf versicherungsexterne Begutachtung. Eine solche ist indessen anzuordnen, wenn auch nur geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der versicherungsinternen ärztlichen Feststellungen bestehen.
Berichten versicherungsinterner medizinischer Fachpersonen wurde zwar stets Beweiswert zuerkannt, jedoch kommt ihnen praxisgemäss nicht dieselbe Beweiskraft wie einem gerichtlichen oder einem im Verfahren nach <ref-law> vom Versicherungsträger in Auftrag gegebenen Gutachten zu. So soll bei Gerichtsgutachten "nicht ohne zwingende Gründe" von den Einschätzungen des medizinischen Experten abgewichen werden. Gutachten externer Spezialärzte, welche von Versicherungsträgern im Verfahren nach <ref-law> eingeholt wurden und den Anforderungen der Rechtsprechung entsprechen, darf das Gericht vollen Beweiswert zuerkennen, solange "nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit" der Expertise sprechen. Soll ein Versicherungsfall jedoch ohne Einholung eines externen Gutachtens entschieden werden, so sind an die Beweiswürdigung strenge Anforderungen zu stellen. Bestehen auch nur geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der versicherungsinternen ärztlichen Feststellungen, so sind ergänzende Abklärungen vorzunehmen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 469 f.).
Aus dem Grundsatz der Waffengleichheit folgt das Recht der versicherten Person, mittels eigener Beweismittel die Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der ärztlichen Feststellungen der versicherungsinternen Fachpersonen in Zweifel zu ziehen. Diese von der versicherten Person eingereichten Beweismittel stammen regelmässig von behandelnden Ärztinnen und Ärzten oder von anderen medizinischen Fachpersonen, die in einem auftragsrechtlichen Verhältnis zur versicherten Person stehen. Da sich die behandelnden Ärztinnen und Ärzte zudem in erster Linie auf die Behandlung zu konzentrieren haben, verfolgen deren Berichte nicht den Zweck einer den abschliessenden Entscheid über die Versicherungsansprüche erlaubenden objektiven Beurteilung des Gesundheitszustandes und erfüllen deshalb kaum je die materiellen Anforderungen an ein Gutachten gemäss <ref-ruling> E. 3a S. 352. Aus diesen Gründen und aufgrund der Erfahrungstatsache, dass Hausärzte mitunter im Hinblick auf ihre auftragsrechtliche Vertrauensstellung im Zweifelsfall eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen (<ref-ruling> E. 3a/cc S. 353 mit weiteren Hinweisen), wird im Streitfall eine direkte Leistungszusprache einzig gestützt auf die Angaben der behandelnden Ärztinnen und Ärzte denn auch kaum je in Frage kommen (<ref-ruling> E. 4.5 S. 470 f.).
Die von der versicherten Person aufgelegten Berichte sind daraufhin zu prüfen, ob sie auch nur geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der Feststellungen versicherungsinterner Ärztinnen und Ärzte wecken. Um solche Zweifel auszuräumen, wird das Gericht entweder ein Gerichtsgutachten anzuordnen oder die Sache an den Versicherungsträger zurückzuweisen haben, damit dieser im Verfahren nach <ref-law> eine Begutachtung veranlasst (<ref-ruling> E. 4.6 S. 471).
7. 7.1 Dr. med. P._ geht in seiner Stellungnahme vom 31. August 2009 davon aus, dass es sich (wenn überhaupt) um eine leichte HWS-Distorsion gehandelt habe und die Wirbelsäule am Unfalltag noch indolent gewesen sei. Neurologische Ausfälle hätten nie bestanden und bildgebend (auch mittels MRI) sei ein struktureller Schaden nie nachweisbar gewesen. Nach allgemeiner Lebenserfahrung heilten solche objektiv harmlosen Nackenbeschwerden innerhalb weniger Wochen und ohne spezielle Behandlungen folgenlos ab. Der Versicherte sei bereits jenseits aller Verhältnismässigkeit abgeklärt und behandelt worden. Weitere Massnahmen seien auch mangels Substrat nutzlos und kontraproduktiv. Es sei unwahrscheinlich, dass über den 31. Mai 2009 hinaus körperliche Unfallfolgen bestanden hätten. Eine natürliche Kausalität der später aufgetretenen lumbalen Beschwerden sei schon wegen der grossen zeitlichen Latenz unwahrscheinlich.
7.2 Demgegenüber hält Prof. Dr. med. S._ fest, dass der Versicherte im Wesentlichen über suboccipitale/occipitale Schmerzen klage, welche seit dem Unfall bis heute konstant und qualitativ gleich geblieben seien. Die Befunde seien unzweifelhaft manualdiagnostisch zu erfassen. Es finden sich in seinem Bericht umfangreiche Therapievorschläge.
Prof. Dr. med. S._ führt weiter aus, dass der Versicherte erst seit etwa Januar 2009 insbesondere beim Heben und Tragen mittelschwerer Gewichte an ziehenden, ausstrahlenden Schmerzen im Kreuz leide. Die lumbosakrale, wenig beeindruckende Befund- und Beschwerdesituation sei eindeutig eine Folge der ganz auffälligen Fehlhaltung der Wirbelsäule, welche möglicherweise vor dem Unfall aufgrund des aussergewöhnlich robusten Körperbaus kompensiert gewesen sei.
8. Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer nach dem Unfall unter somatischen, wenn auch organisch objektiv nicht ausgewiesenen, so doch typischen diffusen Beschwerden eines Schleudertraumas der HWS gelitten hat. Während Dr. med. P._ der Auffassung ist, dass solche objektiv harmlosen Nackenbeschwerden nach allgemeiner Lebenserfahrung innerhalb weniger Wochen und ohne spezielle Behandlungen folgenlos abheilten, was demnach auch beim Versicherten der Fall sein müsse, lässt sich der Stellungnahme des Prof. Dr. med. S._ entnehmen, dass die geklagten Schmerzen glaubhaft auch weiterhin persistierten, und anhand seiner ausführlichen therapeutischen Vorschläge ist anzunehmen, dass er eine namhafte Verbesserung des Gesundheitszustandes für möglich hält. Zudem äussert er sich auch zu den lumbalen Beschwerden, bei welchen er zwar einen krankhaften Vorzustand annimmt, aber doch von einer möglichen richtungweisenden Verschlimmerung durch den Unfall ausgeht.
9. Entscheidwesentlich ist nach der dargelegten Rechtsprechung (E. 6), ob das Parteigutachten des Prof. Dr. med. S._ auch nur geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der versicherungsinternen Stellungnahme zu erwecken vermag.
Die Einschätzungen des Prof. Dr. med. S._ und des SUVA-Arztes Dr. med. P._ differieren erheblich. Dies gilt zunächst hinsichtlich der massgeblichen Frage, ob die geklagten Kopf- und Nackenschmerzen glaubhaft seien und ob dafür trotz Fehlens objektiv ausgewiesener organischer Unfallfolgen das beim Unfall erlittene Schleudertrauma überwiegend wahrscheinlich zumindest Teilursache sei. Es ist in diesem Zusammenhang darauf hinzuweisen, dass eine allgemeine Erfahrungsregel für sich allein genommen nicht geeignet ist, den erforderlichen Nachweis für das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung des Unfalls zu erbringen. Die Geltung einer solchen abstrakten Vermutung im konkreten Fall muss anhand der einzelnen Umstände nachvollziehbar dargetan sein (Urteil U 8/05 vom 12. April 2005 E. 4.2). Prof. Dr. med. S._ vermag die lumbalen Beschwerden im Gegensatz zu Dr. med. P._ nicht ohne Weiteres als unfallfremd zu bezeichnen. Schliesslich besteht gestützt auf seinen Bericht Anlass zur Annahme, dass zu dem für die richterliche Überprüfungsbefugnis massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheides (<ref-ruling> E. 1 S. 169) von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden durfte, was Zweifel an der Rechtmässigkeit des Fallabschlusses per 31. Mai 2009 erweckt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 114 mit Hinweisen, E. 4.3 S. 115).
Der Privatgutachter weicht in seiner Einschätzung somit zwar beträchtlich, aber nicht unbegründet von der Stellungnahme des SUVA-Arztes ab. Da diesbezüglich schon nur geringe Zweifel genügen, kann unter diesen Umständen nicht mehr alleine auf den versicherungsinternen Bericht abgestellt werden. Vielmehr wird die SUVA zu den genannten entscheidwesentlichen Fragen ein versicherungsexternes Gutachten einholen müssen.
10. Bei diesem Ergebnis ist auf die gerügte Verletzung des rechtlichen Gehörs durch die fehlende Kenntnisnahme des Versicherten vom Bericht des Dr. med. P._ vor Erlass des Einspracheentscheides ebenso wenig weiter einzugehen wie auf die Rüge, Dr. med. P._ habe es bei seiner Stellungnahme an der gebotenen Objektivität und Distanz missen lassen.
11. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der SUVA auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 26. August 2010 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 9. September 2009 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die SUVA zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über ihre Leistungspflicht ab dem 1. Juni 2009 neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Dezember 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo