Faits:
A. La société D._ est propriétaire de la parcelle n° 4279 de la commune de Vernier, sise au chemin J.-Ph.-De-Sauvage, en zone industrielle et artisanale. Une station de service, une station de lavage et une aire de stationnement de véhicules neufs et d'occasion occupent actuellement cette parcelle.
La société anonyme A._ est propriétaire des parcelles contiguës n°s 382, 2059 et 2060. Dix-sept citernes, dans lesquelles sont stockés du diesel et des huiles de chauffage, et une station service avec un magasin s'y trouvent.
Le 2 juillet 2003, les sociétés C._ et B._, toutes deux liées à D._ par des relations contractuelles, ont requis une autorisation de construire. Le projet prévoyait le déplacement des stations de lavage et de service existantes.
Tous les préavis requis ont été favorables, avec des réserves ou sans observations, à l'exception de celui de la commune, laquelle a relevé que le projet prévoyait des places de travail dans le rayon de létalité de 40 mètres, fixé par une directive du Conseil d'Etat du 5 mars 2003, des dépôts d'hydrocarbures de A._.
B. Le 26 octobre 2004, le département des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le département) a délivré l'autorisation définitive de construire sollicitée.
A._ a recouru auprès de la commission cantonale de recours en matière de constructions (ci-après: la commission) contre cette décision, en faisant valoir une violation de l'ordonnance fédérale sur la protection contre les accidents majeurs (OPAM), au motif qu'une partie de l'installation prévue, destinée à abriter des postes de travail permanents, se trouverait dans le rayon de létalité. A._ s'est également plainte d'une violation de l'art. 14 LCI. Enfin, elle a soutenu que l'autorité administrative aurait de toute façon dû, sur la base de mesures de police, interdire la construction de nouveaux bâtiments à proximité des dépôts d'hydrocarbures qu'elle exploite.
Par arrêt du 29 juillet 2005, la commission a rejeté le recours déposé par A._. Elle a considéré que l'art. 14 LCI ne s'appliquait pas au cas d'espèce, puisque la source du danger provenait des installations de A._ et non des constructions faisant l'objet de l'autorisation litigieuse. S'agissant des dispositions de l'OPAM, elle a rappelé qu'il appartenait au détenteur et exploitant d'une entreprise au sens de l'OPAM de prendre des mesures pour éviter les risques et que si des mesures supplémentaires devaient être ordonnées, elles le seraient à la charge de A._ et non de C._ et de B._. Elle a cependant jugé que tous les préavis techniques et sécuritaires avaient de toute façon été favorables. Il ressortait en particulier du dossier du département que si la station de lavage se trouvait certes dans le rayon de létalité, aucune place permanente de travail n'y était prévue. Le shop, destiné à abriter des employés, n'était quant à lui que partiellement situé dans le rayon de létalité et sa façade, en raison de son orientation, répondait aux exigences du service de sécurité. Vu l'issue du litige sur le fond, elle n'a pas tranché la question de la qualité pour recourir de A._.
A._ a recouru au Tribunal administratif contre la décision de la commission. Par arrêt du 30 mai 2006, le Tribunal administratif a déclaré son recours irrecevable en raison du défaut de qualité pour recourir.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 30 mai 2006, de déclarer recevable le recours qu'elle a interjeté le 6 septembre 2005 contre la décision de la commission du 29 juillet 2005 et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision. Elle se plaint d'une mauvaise application de l'art. 103 let. a OJ.
Le Tribunal administratif se rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département se rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et conclut au rejet de ce dernier. B._ et C._ ont conclu au rejet du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité et la qualification juridique des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 59).
1.1 L'auteur du recours cantonal qui s'est vu dénier la qualité pour recourir peut agir par la voie du recours de droit administratif, si la contestation est susceptible d'être portée, sur le fond, devant le Tribunal administratif par cette voie (<ref-ruling> consid. 1b p. 502).
1.2 L'acte à l'origine de la procédure est une autorisation de construire dans la zone à bâtir. Or il résulte de l'art. 34 al. 3 que seule la voie du recours de droit public est en principe ouverte, devant le Tribunal fédéral, contre une décision prise en dernière instance cantonale à ce sujet. La jurisprudence admet cependant qu'une décision relative à une telle autorisation de construire fasse l'objet d'un recours de droit administratif lorsque l'application de certaines prescriptions du droit fédéral - en matière de protection de l'environnement, notamment - est en jeu (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 339; <ref-ruling> consid. 2a p. 13; <ref-ruling> consid. 1a p. 91, 231 consid. 2 p. 234; <ref-ruling> consid. 1b p. 75 et les arrêts cités). En pareil cas, on est en présence d'une décision fondée non seulement sur la législation cantonale en matière d'aménagement du territoire ou de police des constructions, mais également sur le droit public fédéral au sens de l'art. 5 al. 1 PA. Par conséquent, dans cette mesure, les règles de la procédure de recours de droit administratif s'appliquent (art. 97 ss OJ). Dans la mesure en revanche où la contestation porterait sur d'autres éléments de l'autorisation de construire, sans qu'il y ait un rapport de connexité suffisamment étroit entre l'application du droit administratif fédéral et celle des normes cantonales d'aménagement du territoire ou de police des constructions, la voie du recours de droit public serait alors ouverte (<ref-ruling> consid. 1b/aa p. 49; <ref-ruling> consid. 1a/aa p. 361 et les arrêts cités).
1.3 En l'espèce, l'autorisation de construire a été délivrée sur la base de préavis, et en particulier sur celui de la commission interdépartementale sur les risques majeurs (CIRMA). Ce dernier se fonde sur l'ordonnance fédérale sur la protection contre les accidents majeurs du 27 février 1991 (OPAM; RS 814.012), sur le règlement genevois d'application des dispositions fédérales relatives à la protection contre les accidents majeurs et les organismes dangereux pour l'environnement du 21 août 2001, ainsi que sur l'extrait du procès-verbal de la séance du Conseil d'Etat du 5 mars 2003. Lors de cette séance, le Conseil d'Etat, se basant notamment sur l'OPAM, a décidé de retenir au titre de directives s'appliquant tant aux projets en cours qu'aux constructions existantes sur le site des dépôts d'hydrocarbures à Vernier, les recommandations contenues dans le rapport "Etude du site des dépôts d'hydrocarbures à Vernier" d'octobre 2002, établi par un groupe de travail qu'il avait lui-même mandaté, pour l'application des distances de sécurité suivantes:
- 40 mètres autour des bassins: interdiction de places de travail permanentes [rayon dit de létalité].
- 100 mètres autour des bassins: interdiction de toute nouvelle construction destinée à des habitations, des emplois en grande quantité, des activités attirant une importante population; exigence de protections constructives, techniques et organisationnelles des constructions existantes [rayon dit de sécurité].
- 200 mètres autour des bassins: obligation d'établir un plan d'évacuation et d'intervention; évaluation des mesures organisationnelles et constructives particulières (p. ex. choix des matériaux, conception des voies d'accès, etc.) [rayon dit d'évacuation].
Ces dispositions réglementaires, fédérales et cantonales, appliquées par la commission, sont des dispositions d'application du principe général de protection contre les catastrophes inscrit dans le droit fédéral, soit à l'art. 10 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01).
Il apparaît donc que la décision litigieuse est fondée sur le droit public fédéral ouvrant la voie du recours de droit administratif (arrêt non publié du Tribunal fédéral du 8 août 2006 1A.14/2005; <ref-ruling> consid. 1c p. 382; Robert Zimmermann, Les exigences formelles à respecter dans l'élaboration des mesures de prévention prévues par l'OPAM in DEP 1992 p. 391 ss, p. 393).
Toutes les autres conditions de recevabilité du recours de droit administratif étant remplies, il s'agit par conséquent d'entrer en matière.
2. La seule question à trancher en l'espèce est de déterminer si le Tribunal administratif a correctement interprété et appliqué le droit fédéral en déniant à la recourante la qualité pour agir.
2.1 Aux termes de l'art. 103 let. a OJ, dont l'application s'impose également à la juridiction cantonale en vertu de l'art. 98a al. 3 OJ, a qualité pour recourir quiconque est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée. Selon la jurisprudence, le recourant doit être touché dans une mesure et avec une intensité plus grandes que la généralité des administrés, et l'intérêt invoqué - qui n'est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, qui peut être un intérêt de fait - doit se trouver, avec l'objet de la contestation, dans un rapport étroit, spécial et digne d'être pris en considération. Il faut donc que l'admission du recours procure au recourant un avantage, de nature économique, matérielle ou idéale. Par ailleurs, le droit de recours suppose l'existence d'un intérêt actuel à obtenir l'annulation ou la modification de la décision attaquée. Le recours d'un particulier formé dans l'intérêt de la loi ou d'un tiers est en revanche irrecevable. Ces exigences ont été posées de manière à empêcher l'"action populaire" dans le domaine de la juridiction administrative fédérale, quand un particulier conteste une autorisation donnée à un autre administré (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 588 s.; 361 consid. 1.2 p. 365).
2.2 En l'espèce, la recourante soutient qu'elle a un intérêt digne de protection, car le projet a pour effet direct d'augmenter l'indice d'accident majeur du dépôt, lequel est déterminant pour imposer des mesures supplémentaires, voire des restrictions d'exploitation, au détenteur de l'exploitation soumise à l'OPAM. L'appréciation du risque ne dépendrait dès lors pas de ses seules installations.
Le Tribunal administratif a quant à lui estimé que si la mise en oeuvre d'éventuelles mesures de sécurité supplémentaires représentait un coût financier pour la recourante, il s'agissait d'un intérêt purement économique dont l'autorité compétente n'avait pas à se préoccuper dans l'application des dispositions citées par la recourante, à savoir les art. 22 al. 3 LAT, 10 LPE et 3 OPAM. Le maintien des mesures de sécurité existantes pour un tel motif n'entrerait pas dans le champ des intérêts protégés par les lois précitées.
2.3 Selon l'art. 5 al. 3 OPAM, en cas de modification sensible des conditions d'exploitation ou si des faits nouveaux importants sont portés à sa connaissance, le détenteur doit compléter son rapport succinct. De nouvelles mesures de sécurité générales au sens de l'art. 3 OPAM peuvent le cas échéant être exigées. Si l'autorité estime, sur la base d'une étude de risque, que le risque n'est pas acceptable, elle peut exiger des mesures de sécurité supplémentaires ou même restreindre, voire interdire l'exploitation (art. 8 al. 1 OPAM; Hansjörg Seiler, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, ad art. 10 LPE, n. 83; Robert Zimmermann, Les exigences formelles à respecter dans l'élaboration des mesures de prévention prévues par l'OPAM in DEP 1992 p. 391 ss, p. 401; Pierre Moor, Problèmes d'organisation et de procédure in DEP 1992 p. 309 ss, p. 312).
Lors de sa comparution devant le Tribunal administratif, le représentant de l'office cantonal de l'inspection et relations du travail et de la CIRMA a du reste précisé que lorsque le voisinage se modifie, l'indice d'accident majeur doit être calculé à nouveau. Il a expliqué que l'indice serait actualisé une fois la construction effectuée.
2.4 Il découle de ce qui précède qu'il n'est pas exclu que la recourante doive effectivement prendre des mesures supplémentaires. Contrairement à ce qu'affirme le Tribunal administratif, pour que le recourant puisse agir, il n'est pas nécessaire qu'il soit affecté dans des intérêts que la norme prétendument violée a pour but de protéger; point n'est même besoin que l'ordre juridique reconnaisse implicitement l'existence des intérêts lésés (<ref-ruling> consid. 2b p. 174; André Grisel, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, p. 899). Un intérêt de fait est donc suffisant. Or l'intérêt économique de la recourante, mis en évidence par le Tribunal administratif, représente précisément un tel intérêt. Il apparaît au demeurant que la recourante dispose également d'un intérêt juridique résultant de l'obligation que lui impose l'OPAM de compléter, à certaines conditions, le rapport succinct ou de mettre en oeuvre une étude de risque. Enfin, l'intérêt de la recourante se trouve bien dans un rapport étroit, spécial et digne d'être pris en considération, puisque les distances de sécurité liées à son entreprise empiètent sur le terrain où la construction projetée devra être édifiée.
Dans ces conditions, il apparaît que c'est à tort que le Tribunal administratif a dénié à la recourante la qualité pour recourir. Le grief tiré d'une violation de l'art. 103 let. a OJ doit donc être admis.
3. Il s'ensuit que le recours de droit administratif doit être admis et l'arrêt du Tribunal administratif du 30 mai 2006 être annulé. Les intimées, qui succombent, doivent supporter solidairement l'émolument judiciaire (art. 153, 153a et 156 OJ). La recourante a droit à des dépens, à la charge solidaire des intimées (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit administratif est admis, l'arrêt du Tribunal administratif du 30 mai 2006 annulé et la cause renvoyée au Tribunal administratif.
2. Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge solidaire de B._ et de C._.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à A._ à titre de dépens, est mise à la charge solidaire de B._ et de C._.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 4 octobre 2006
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: