Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Sursee führt gegen Y._ und X._ eine Strafuntersuchung wegen Verdachts auf Diebstahl. Im Rahmen dieser Untersuchung ordnete am 1. März 2011 Staatsanwalt Franz Kurmann in zwei separaten Verfügungen die Beschlagnahme von Heu und Strohballen auf der Liegenschaft Fiechten in Luthern an. In der Begründung wird festgehalten, X._ sei Pächterin dieser Liegenschaft. Gemäss Mitteilung der Polizei hätten am 28. und 29. Februar 2010 Personen im Auftrag von ihr und von Y._ dort Strohballen und Heu wegtransportieren wollen. Gestützt auf die Aktenlage sei indessen nicht hinreichend geklärt, ob sie dazu berechtigt sei.
Gegen die Beschlagnahme erhoben Y._ und X._ Beschwerde beim Obergericht des Kantons Luzern und verlangten dabei gleichzeitig den Ausstand von Staatsanwalt Franz Kurmann. In der Folge sistierte das Obergericht das die Beschlagnahme betreffende Beschwerdeverfahren bis zum Entscheid über das Ausstandsgesuch. Mit Beschluss vom 29. April 2011 wies es das Gesuch ab und hob die Sistierung des Beschwerdeverfahrens wieder auf.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 22. Juni 2011 verlangt X._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und das Ausstandsgesuch gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Staatsanwalt Franz Kurmann und das Obergericht des Kantons Luzern beantragen in ihrer jeweiligen Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Luzern hat sich nicht vernehmen lassen. Mit Eingabe vom 18. August 2011 bezog die Beschwerdeführerin erneut Stellung.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Beschluss des Obergerichts des Kantons Luzern ist im Rahmen eines Strafverfahrens ergangen. Demnach fällt für die Anfechtung vor Bundesgericht die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> in Betracht. Die Beschwerde ist nach <ref-law> zulässig. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägungen einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das "eigentliche" Ausstandsbegehren mit Eingabe vom 9. März 2011 an die Staatsanwaltschaft gerichtet zu haben, wie es <ref-law> entspreche. Sie habe auf diesen Umstand in ihrer Beschwerde vom 6. März 2011 an das Obergericht hingewiesen. Wenn die Verfahrensleitung das bei ihr eingereichte Begehren nicht automatisch der zuständigen Instanz zum Entscheid zustelle, so hätte sich das Obergericht darum bemühen müssen. Diese Unterlassung stelle eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör dar (<ref-law>).
2.2 Die Vorinstanz räumt in ihrer Vernehmlassung ein, dass ihr das an die Staatsanwaltschaft gerichtete Ausstandsbegehren vom 9. März 2011 nicht vorgelegen habe. Zutreffend ist auch, dass <ref-law> vorsieht, dass das Ausstandsgesuch bei der Verfahrensleitung einzureichen ist. Die Beschwerdeführerin rügt jedoch in ihrer Beschwerdeschrift nicht, dass das Obergericht Recht verletzt hat, indem es die Beschwerde vom 6. März 2011 gegen die Beschlagnahme auch als Ausstandsbegehren interpretiert hat (<ref-law>). Für dieses Vorgehen des Obergerichts sprechen im Übrigen die Ausführungen auf S. 21 der Beschwerdeschrift (unter dem Titel "Ausstand") sowie die Kritik in den anderen Teilen der Beschwerdeschrift, welche sich ebenfalls direkt gegen die angebliche Parteilichkeit von Staatsanwalt Kurmann richtet. Auch hat die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren nicht verlangt, das an die Staatsanwaltschaft gerichtete Ausstandsbegehren sei zu edieren. Dies wäre im Ergebnis auch kaum sinnvoll gewesen, zumal die Begründung einer Eingabe grundsätzlich in dieser selbst enthalten sein muss und nicht in einem anderen Schriftstück, auf welches in globaler Weise verwiesen wird (vgl. dazu Urteile 1C_206/2009 vom 19. November 2009 E. 1.3; A.57/1987 vom 15. April 1987 E. 1, nicht publ. in: <ref-ruling>; je mit Hinweisen).
Es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz aufgrund ihres Vorgehens entscheidende Sachverhaltselemente oder Vorbringen der Beschwerdeführerin ausgeblendet haben sollte. Vielmehr fällt diesbezüglich auf, dass die Beschwerde vom 6. März 2011 hinsichtlich der
Frage der Befangenheit von Staatsanwalt Kurmann deutlich detaillierter ist als das Ausstandsgesuch vom 9. März 2011.
Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs erweist sich damit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
2.3 Eine weitere Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass das Obergericht nicht auf die Ausführungen in ihrer Replik eingegangen sei. Das Replikrecht beinhalte eine vollständige Anhörung der Parteien.
Die Vorinstanz erwog, die Ausführungen in der Replik hätten bereits im Ausstandsbegehren selbst geltend gemacht werden können. Es sei nicht die Vernehmlassung der Staatsanwaltschaft gewesen, die dazu Anlass gegeben habe. In Anlehnung an die Rechtsprechung des Bundesgerichts sei darauf nicht einzugehen.
Die Beschwerdeführerin bringt zwar vor, der Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung sei unbehelflich. Sie setzt sich aber mit der vorinstanzlichen Begründung, wonach die Ausführungen in der Replik bereits im Ausstandsbegehren hätten geltend gemacht werden können, nicht auseinander. Mangels hinreichender Substanziierung ist auf die Rüge nicht einzutreten (<ref-law>).
3. 3.1 Dass das Obergericht zum Schluss gekommen ist, ein Ausstandsgrund sei nicht gegeben, hält die Beschwerdeführerin für willkürlich (<ref-law>) und sieht darin unter Verweis auf <ref-law> eine Rechtsverweigerung. Zur Begründung bringt sie vor, der Staatsanwalt habe gewusst, dass ein gültiger Pachtvertrag bestehe und dass aufgrund des Gewahrsams die Vermutung bestanden habe, sie sei die Eigentümerin am Heu und am Stroh (<ref-law>). Entgegen jeglicher Lebenserfahrung sei der Staatsanwalt davon ausgegangen, 2011 werde noch Heu von 2007 verfüttert. Wenn es sich bei dem Heu tatsächlich um das des Verpächters gehandelt hätte, so hätte dieser wohl kaum vier Jahre mit der ersten Geltendmachung seines Eigentums zugewartet. Die Frage, ob die Unterschrift im Kaufvertrag vom 17. Dezember 2007 tatsächlich vom Verpächter stamme, sei zudem von vornherein irrelevant, weil die Beschwerdeführerin nicht als Partei an diesem Vertrag beteiligt gewesen sei. Er könne damit auf ihr Eigentum keinen Einfluss haben. Zudem habe die Frau des Verpächters bestätigt, die Unterschrift stamme von ihrem Mann. Ebenfalls ohne Bedeutung sei, ob der Kaufpreis für das Heu bereits bezahlt wurde. Im Übrigen gebe es Zahlungsbelege. Mit der Beschlagnahmeverfügung, die sich einseitig gegen die Pächterin gerichtet habe, seien ausschliesslich zivilrechtliche Ziele verfolgt worden.
3.2 Die Vorinstanz weist darauf hin, dass das Verfahren erst Ende Februar 2011 eröffnet worden sei und die Verfahrenshandlungen des Staatsanwalts vor dem Hintergrund des noch nicht weit fortgeschrittenen Ermittlungsstands beurteilt werden müssten. Sie weist weiter darauf hin, dass der Staatsanwalt dem Verpächter, der angeblich das beschlagnahmte Heu seinem Pferd und seiner Ziege zu verfüttern begonnen hat, die Beschlagnahme des Heus und das daraus resultierend Fütterungsverbot mitgeteilt habe. Auch habe der Staatsanwalt zum Zeitpunkt der Beschlagnahme noch keine Kenntnis von den Rapporten des Sicherheitsdiensts "Protectas" gehabt, welcher angeblich einen Diebstahl von Heu durch den Verpächter beobachtet und protokolliert habe. Auf alle Fälle würden keine krassen und wiederholten Irrtümer des Staatsanwalts vorliegen, die sich einseitig zulasten der Beschuldigten ausgewirkt hätten.
3.3 Für den allgemeinen grundrechtlichen Anspruch auf Unabhängigkeit und Objektivität von Untersuchungs- und Anklagebehörden ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts <ref-law> massgeblich. Dieser Anspruch findet seit Inkrafttreten der Schweizerischen Strafprozessordnung auch in <ref-law> Ausdruck (Urteil 1B_131/2011 vom 2. Mai 2011 E. 3.1 mit Hinweisen). Danach tritt eine in einer Strafbehörde tätige Person in den Ausstand, wenn sie aus anderen Gründen (als jenen in lit. a-e von <ref-law> genannten), insbesondere wegen Freundschaft oder Feindschaft mit einer Partei oder deren Rechtsbeistand, befangen sein könnte.
Von einem Staatsanwalt sind Sachlichkeit, Unbefangenheit und Objektivität namentlich insofern zu erwarten, als er sich vor Abschluss der Untersuchung grundsätzlich nicht darauf festlegen soll, ob der angeschuldigten Person ein strafbares Verhalten zur Last zu legen oder ob ein strafbares Verhalten auszuschliessen sei. Auch hat er die belastenden und entlastenden Umstände mit gleicher Sorgfalt zu untersuchen (<ref-law>). So hat ein Staatsanwalt in den Ausstand zu treten, wenn Umstände wie etwa strafprozessual unzulässige vorverurteilende Äusserungen vorliegen, welche nach objektiven Gesichtspunkten geeignet sind, den Anschein der Befangenheit zu erwecken. In der Regel vermögen allgemeine Verfahrensmassnahmen, seien sie nun richtig oder falsch, als solche keine Voreingenommenheit der verfügenden Justizperson zu begründen. Soweit konkrete Verfahrensfehler eines Staatsanwalts beanstandet werden, sind in erster Linie die entsprechenden Rechtsmittel zu ergreifen. Als Ausstandsgrund fallen nur besonders krasse oder ungewöhnlich häufige Versäumnisse und Mängel in Betracht (zum Ganzen: Urteile 1B_224/2010 vom 11. Januar 2011 E. 4.5; 1B_283/2010 vom 7. Oktober 2010 E. 2; <ref-ruling> E. 3e S. 124; je mit Hinweisen).
3.4 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, dass Staatsanwalt Kurmann "mindestens zehn Mal Tatsachen und Rechtsfolgen in unzulässiger Art und Weise zulasten der Beschuldigten angewendet hat". Es ist jedoch nicht zu übersehen, dass sich alle der von der Beschwerdeführerin vorgetragenen Kritikpunkte auf eine einzelne Verfahrenshandlung, nämlich die erwähnte Beschlagnahme beziehen. Zudem sind einige der Kritikpunkte nicht überzeugend. So ist nicht einsichtig, weshalb die Frage, wem das Eigentum an Heu und Stroh zustehe, ausschliesslich eine zivilrechtliche sei und keine strafrechtlichen Implikationen haben soll. Zudem kann offensichtlich bei einer Strafuntersuchung wegen Diebstahls nicht generell angenommen werden, der Besitzer sei der Eigentümer der beweglichen Sache (<ref-law>), wie dies die Beschwerdeführerin annimmt. Hinsichtlich des Kaufvertrags vom 17. Dezember 2007 schliesslich führte Staatsanwalt Franz Kurmann in seiner Vernehmlassung vom 1. April 2011 zuhanden der Oberstaatsanwaltschaft aus, dessen Bedeutung sei nicht geklärt. Es bestehe die Vermutung, dass die Vorräte an Heu und Stroh im Pachtvertrag nicht geregelt worden seien und dies mit dem Kaufvertrag habe nachgeholt werden sollen. Nach der Darstellung des Verpächters sei der Vertrag aber nicht von ihm unterschrieben worden. Der Schriftzug lasse die Vermutung aufkommen, die Unterschrift stamme tatsächlich nicht von ihm und es liege eine strafbare Handlung vor. Die Beschwerdeführerin weist zwar auf Umstände hin, welche gegen diese Betrachtungsweise sprechen, doch verkennt sie, dass dies für die Frage des Ausstands nicht entscheidend ist. Nach dem Gesagten fallen als Ausstandsgrund nur besonders krasse oder ungewöhnlich häufige Versäumnisse und Mängel in Betracht. Diese Schwelle ist zum jetzigen Zeitpunkt und vor dem Hintergrund der vorgehend wiedergegebenen Ausführungen im angefochtenen Entscheid und in der Beschwerdeschrift (vgl. <ref-law>) nicht erreicht. Dies gilt unbesehen davon, ob sich später ergeben sollte, dass die Beschlagnahme unzulässig war. Die Rüge der Beschwerdeführerin erweist sich deshalb als unbegründet.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, Staatsanwalt Franz Kurmann, der Oberstatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Luzern, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold