Faits:
A. X._, ressortissant gambien, né le 15 décembre 1978, est entré en Suisse le 19 février 1999 et s'est marié avec Y._, de nationalité suisse, le 24 février 1999. Un enfant est né le 3 mai 2003 de cette union.
Par décision du 24 mai 2006, confirmée par arrêt du Tribunal administratif du 30 janvier 2007, le Service de la population du canton de Vaud a refusé le renouvellement de l'autorisation de séjour de X._, parce qu'il avait fait l'objet de plusieurs condamnations pénales en 1999 et 2006, avait abusé de l'aide sociale et avait fait subir des violences conjugales à son épouse. Les époux vivaient en outre séparés, sous le régime de mesures protectrices de l'union conjugale. Le Service de la population a imparti à X._ un délai au 30 mars 2007 pour quitter la Suisse.
Par avis écrit du 20 septembre 2007, les époux X._ ont déclaré avoir repris la vie commune, ce que Y._ a confirmé par courrier du 9 novembre 2007 tout en demandant que son mari obtienne un permis B, "voire même le permis C". Le 30 juillet 2008, le Service de la population a indiqué à X._ qu'il était disposé à réexaminer sa décision négative de renouvellement d'autorisation de séjour. Il invitait l'intéressé à fournir des promesses d'employeurs prêts à l'engager dans l'hypothèse où il obtiendrait un permis de séjour.
Le 25 septembre 2008, X._ a transmis au Service de la population des preuves de recherches personnelles effectuées en vue de trouver un emploi. Il précisait à cette occasion que, sans autorisation de séjour valable, il lui était difficile d'obtenir un emploi.
Par décision du 6 novembre 2008 notifiée le 24 novembre 2008, le Service de la population a refusé le renouvellement de l'autorisation de séjour de X._ et, subsidiairement, la transformation de son autorisation de séjour en une autorisation d'établissement, au motif, notamment, qu'il bénéficiait de prestations de l'aide sociale vaudoise de manière continue et dans une large mesure. Un délai d'un mois lui a été imparti pour quitter le territoire suisse.
Par acte du 15 décembre 2008, X._ a recouru contre la décision du 6 novembre 2008 devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal). Il concluait à la délivrance d'une autorisation de séjour. Par décision incidente, le Tribunal cantonal l'a autorisé à séjourner et travailler dans le canton de Vaud pendant la durée de la procédure.
B. Par arrêt du 30 avril 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision rendue le 6 novembre 2008 par le Service de la population. L'intéressé et son épouse avaient reçu de manière ininterrompue des prestations de l'aide sociale vaudoise pour un montant de 121'292 fr. 35 entre septembre 2000 et décembre 2007. Ils recevaient depuis cette date un revenu minimum d'insertion de 3'455 fr. par mois. Il n'avait jamais exercé d'activités lucratives autres que temporaires lorsqu'il était titulaire d'une autorisation de séjour. Ses recherches d'emploi récentes avaient également été menées auprès d'agences de travail temporaire et n'avaient pas abouti, bien qu'il ait été en posses-sion d'une décision incidente l'autorisant à séjourner et à travailler dans le canton de Vaud. A tout le moins, le conjoint étranger aurait dû garder les enfants tandis que le conjoint de nationalité suisse aurait dû exercer une activité lucrative, ce qui n'avait pas été fait. La relation entre les époux n'était en outre pas stable. L'intéressé ayant fait subir des violences à son épouse, même après la reprise de la vie commune. La durée du séjour en Suisse était certes importante, mais elle ne suffisait pas à faire obstacle à l'expulsion. Elle mettait en évidence au contraire l'incapacité de l'intéressé à s'intégrer. Par conséquent le respect de la vie privée ne l'emportait pas sur l'intérêt à éloigner l'intéressé de la Suisse en raison principalement de sa dépendance aux services sociaux mais également en raison de son incapacité à se conformer à l'ordre établi en usant de violences à l'encontre de son épouse. Les condamnations pénales infligées en 1999 et 2006 ne constituaient pas un motif d'expulsion, puisqu'elles avaient été prononcées avant que le Service de la population n'ait accepté de réexaminer le dossier, mais permettaient néanmoins d'apprécier l'ensemble de la situation.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'intéressé demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 30 avril 2009 par le Tribunal cantonal en ce sens qu'une autorisation de séjour lui est octroyée, subsidiairement de l'annuler et de le renvoyer au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation de l'art. 10 de l'ancienne loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE) et de l'art. 8 CEDH. Il demande l'octroi de l'assistance judiciaire.
Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral des migrations concluent au rejet du recours. Le Service de la population du canton de Vaud renonce à prendre position.
D. Par ordonnance du 9 juin 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par l'intéressé.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 p. 113) a été abrogée par l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20; cf. ch. I de l'annexe à l'art. 125 LEtr). D'après l'art. 126 al. 1 LEtr, les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de la nouvelle loi sont régies par l'ancien droit. La demande de réexamen à l'origine du présent litige est antérieure au 1er janvier 2008. Il y a donc lieu d'appliquer l'ancien droit en l'espèce.
2. 2.1 Selon l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions relatives à une autorisation de droit des étrangers à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit. D'après l'art. 7 al. 1, 1ère phrase LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Pour juger de la recevabilité du recours, seule est déterminante la question de savoir si un mariage au sens formel existe (cf. <ref-ruling> consid. 1b p. 266). Le recourant est marié à une Suissesse. Le recours est donc recevable sous cet angle au regard de l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF.
2.2 Au surplus, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>), le présent recours est en principe recevable en vertu des <ref-law>.
2.3 Le présent recours est dirigé contre la confirmation, sur recours, d'un refus d'autorisation de séjour prononcé à la suite d'une demande de réexamen. Quand l'autorité saisie d'une demande de réexamen entre en matière et rend une nouvelle décision au fond, cette dernière peut faire l'objet d'un recours pour des motifs de fond (arrêt 2C_516/2007 du 4 février 2008, consid. 3; 2A.506/2003 du 6 janvier 2004, SJ 2004 I p. 389, consid. 2; <ref-ruling> consid. 3c p. 153/154).
3. 3.1 D'après l'art. 7 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Après un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans, il a droit à l'autorisation d'établissement. Ce droit s'éteint lorsqu'il existe un motif d'expulsion.
L'art. 10 al. 1 lettres b et d LSEE prévoit que l'étranger peut être expulsé de Suisse ou d'un canton lorsque sa conduite, dans son ensemble, et ses actes permettent de conclure qu'il ne veut pas s'adapter à l'ordre établi dans le pays qui lui offre l'hospitalité ou qu'il n'en est pas capable (lettre b) ou lorsque lui-même, ou une personne aux besoins de laquelle il est tenu de pourvoir, tombe de manière continue et dans une large mesure à la charge de l'assistance publique (lettre d). Le refus d'octroyer une autorisation de séjour ou d'établissement sur la base de l'une des causes énoncées à l'art. 10 LSEE suppose en outre que l'expulsion ne sera prononcée que si elle paraît appropriée à l'ensemble des circonstances. Cette pesée des intérêts ne doit pas nécessairement être identique à celle qui est effectuée en cas d'expulsion: lorsqu'un étranger est expulsé de Suisse, il n'a plus le droit d'entrer en Suisse, ce qui reste possible dans le cas où l'autorisation de séjour est refusée. Ainsi, dans certains cas limites, un refus de permis de séjour est admissible tandis qu'une expulsion serait disproportionnée (art. 11 al. 3 LSEE; <ref-ruling> consid. 3.3.4 p. 182; <ref-ruling> consid. 4a p. 12 s.).
Pour apprécier ce qui est équitable, l'autorité tiendra notamment compte de la gravité de la faute commise par l'étranger, de la durée de son séjour en Suisse et du préjudice qu'il aurait à subir avec sa famille du fait de l'expulsion (cf. art. 16 al. 3 du règlement d'exécution de la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, du 1er mars 1949 [RSEE; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007; RO 1949 p. 243]). Bien qu'il ne puisse pas revoir la décision du point de vue de l'opportunité, le Tribunal fédéral contrôle néanmoins librement, sous l'angle de la violation du droit fédéral, si les autorités cantonales ont correctement mis en oeuvre les critères prévus par les dispositions du droit fédéral susmentionnées et en particulier si, à la lumière desdits critères, l'expulsion s'avère ou non proportionnée. Le Tribunal fédéral s'abstient cependant de substituer sa propre appréciation à celle des autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 2a p. 523; 105 consid. 2a p. 107; <ref-ruling> consid. 2a p. 435).
Dans l'application de l'art. 10 al. 1 lettre d LSEE, il faut prendre en considération la situation actuelle de l'intéressé ainsi que son évolution probable. En outre, la notion d'assistance publique doit être interprétée dans un sens technique. C'est dire qu'elle comprend l'aide sociale traditionnelle et les revenus minima d'aide sociale, à l'exclusion des prestations d'assurances sociales, comme les indemnités de chômage. Pour déterminer si un étranger se trouve dans une large mesure à la charge de l'assistance publique, il faut tenir compte notamment du montant total des prestations versées à ce titre. Le Tribunal fédéral a considéré que des montants de quelque 166'974 fr. ou de 80'000 fr. alloués sur cinq ans étaient importants (arrêts 2C_795/2008 du 25 février 2009; 2A.161/1999 du 18 août 1999, consid. 6 et les références citées; <ref-ruling> consid. 3a et b p. 6). Il faut qu'il existe un danger concret que les membres de la famille tombent d'une manière continue et dans une large mesure à la charge de l'assistance publique. Le simple risque n'est pas suffisant (cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 8; <ref-ruling> consid. 2d p. 87).
3.2 La réglementation prévue par l'art. 8 CEDH est similaire: le droit au respect de la vie familiale (par. 1) n'est en effet pas absolu, en ce sens qu'une ingérence dans l'exercice de ce droit est possible selon l'art. 8 par. 2 CEDH, pour autant que celle-ci soit « prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale, ou à la protection des droits et libertés d'autrui ». Il y a donc également lieu ici de procéder à une pesée des intérêts en présence (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 et les références).
Enfin, il est possible que plusieurs causes d'expulsion soient réalisées dans un cas particulier mais qu'aucune d'entre elles n'autorise à elle seule l'expulsion au regard du principe de la proportionnalité. Toutefois, il convient alors de procéder à une appréciation d'ensemble qui, selon les circonstances, peut conduire à admettre que l'expulsion n'est pas excessive au vu des faits jugés pertinents pour admettre ces différentes causes d'expulsion (arrêt 2C_61/2007 du 16 août 2007, consid. 4 et les références).
4. 4.1 En l'espèce, le recourant a bénéficié de l'assistance sociale vaudoise durant une longue période (septembre 2000 à décembre 2007). Il a reçu pour lui et les personnes dont il a la charge un montant de plus de 120'000 fr. Actuellement, il reçoit encore le revenu minimum d'insertion. Les efforts, réels mais sans succès, du recourant pour trouver du travail ne suffisent pas à écarter le danger qu'il reste pour l'avenir dans une large mesure à la charge des services sociaux. Le refus de renouveler le permis de séjour, au demeurant paralysé par une décision incidente du Tribunal cantonal autorisant le recourant à travailler, ne constitue pas une explication suffisante à l'absence de résultat dans la recherche d'un travail, qui doit plutôt être attribué au défaut de qualifications professionnelles du recourant. Ce dernier n'a de ce fait jamais connu qu'une situation de travail très instable, puisque les seuls postes qu'il a obtenus depuis 2000 lui ont été fournis par des agences de travail temporaire. Enfin, comme l'a constaté à juste titre le Tribunal cantonal, le recourant et son épouse se sont complus dans leur situation d'assistés sans chercher une autre répartition des rôles au sein du couple ou une autre solution à leur situation professionnelle et financière. Dans ces conditions, le Tribunal cantonal pouvait juger que le recourant réalisait le motif d'expulsion figurant à l'art. 10 al. 1 lettre d LSEE.
Le Tribunal cantonal pouvait aussi prendre en considération le fait que le recourant semble incapable de se conformer à l'ordre établi en Suisse puisqu'il usait de violence envers son épouse, et, dans une moindre mesure, tenir compte de ce qu'il avait fait l'objet de condamnations pénales par le passé, en application de l'art. 10 al. 1 lettres a et c LSEE. A elles seules ces circonstances ne suffisent pas à fonder une expulsion. Ensemble, en revanche, considérées avec le motif d'expulsion de l'art. 10 al. 1 lettre d LSEE, elles constituent des circonstances importantes qui justifient en principe le refus de renouveler l'autorisation de séjour du recourant.
4.2 Invoquant les dispositions de la loi sur le séjour des étrangers relatives à la proportionnalité de l'expulsion ainsi que l'art. 8 par. 2 CEDH, le recourant soutient que le Tribunal cantonal n'a pas suffisamment pris en considération la durée de son séjour en Suisse et omis de tenir compte de la naissance de son fils ainsi que son intérêt à grandir au sein d'un foyer uni entouré d'un père et d'une mère. Il est aussi d'avis que l'on ne saurait exiger de son fils qu'il le suive en Gambie.
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal fait référence au fils du recourant (cf. consid. 3c). Il n'en tire, il est vrai, aucune conséquence expresse dans la pesée des intérêts qui oppose le refus de prolonger l'autorisation de séjour du recourant au désir de ce dernier à demeurer auprès de son épouse et de son fils. En revanche, le Tribunal cantonal a constaté que le recourant n'entretenait pas une relation stable avec son épouse et qu'il avait de nouveau exercé des violences envers cette dernière même après la reprise de la vie commune, selon une conversation téléphonique d'octobre 2007. Cette constatation de fait, qui n'est pas démentie mais bien plutôt une nouvelle fois passée sous silence par le recourant, qui enjolive la situation pour tenter d'en tirer avantage, conduit à considérer qu'il n'est pas dans l'intérêt de l'enfant d'être confronté de manière récurrente à la violence de son père envers sa mère. Dans ces conditions, à tout le moins, l'intérêt du recourant à maintenir une relation avec son fils doit s'effacer devant les intérêts convergents d'offrir à l'enfant et à l'épouse un cadre de vie protégé de toute violence et d'éloigner de Suisse le recourant qui réalise à divers degrés les motifs d'expulsion de l'art. 10 al. 1 LSEE (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Certes, le recourant soutient qu'il entretient des liens étroits et effectifs avec son fils. Il s'agit toutefois de faits nouveaux qui ne figurent pas dans l'arrêt attaqué et qui sont par conséquent irrecevables (cf. <ref-law>), le recourant n'ayant au demeurant pas non plus fait valoir dans les formes exigées par l'<ref-law>, que les faits auraient été sur ce point établis de manière inexacte ou en violation du droit par l'autorité précédente.
Enfin, il est vrai que le recourant a vécu en Suisse une dizaine d'années. Cette durée doit néanmoins être relativisée. Elle ne constitue en effet qu'un tiers de la vie du recourant, qui est encore jeune. Comme l'a constaté le Tribunal cantonal, elle met en outre en évidence l'incapacité de ce dernier à trouver une autonomie financière en Suisse, puisqu'il s'est précisément toujours trouvé à charge des services sociaux et s'y trouve encore aujourd'hui.
Compte tenu de l'ensemble des circonstances, l'intérêt public à éloigner de Suisse le recourant - soit un étranger dépendant de l'assistance publique et violent envers son épouse - l'emporte sur l'intérêt privé de celui-ci à pouvoir vivre en Suisse auprès de son épouse et de son fils. Ces derniers étant de nationalité suisse ne sont nullement tenus de quitter la Suisse en raison des conséquences qui découlent du comportement du recourant.
En rendant l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a respecté le droit, en particulier les art. 7 et 10 LSEE ainsi que l'art. 8 CEDH.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit en principe supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF). Le recours étant dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire est rejetée (cf. art. 64 al. 1 et 2 LTF a contrario). Il sera toutefois tenu compte de la situation du recourant dans la fixation des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la population et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 24 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey