Sachverhalt:
A.
X._ und Y._ wird vorgeworfen, mit anderen Beteiligten vier respektive drei Mal sehr grosse Mengen Kokain von Kolumbien her in die Schweiz eingeführt und hier verteilt zu haben. Ersterer soll Anstalten zu einem weiteren Kokaingeschäft getroffen haben.
B.
Das Bundesstrafgericht erklärte X._ der qualifizierten, teilweise mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (aArt. 19 Ziff. 1 Abs. 3 i.V.m. Ziff. 2 lit. a-c BetmG) und des Anstaltentreffens zur qualifizierten Widerhandlung gegen das BetmG (aArt. 19 Ziff. 1 Abs. 6 i.V.m. Ziff. 2 lit. a) schuldig. Das Verfahren wegen mehrfacher bzw. qualifizierter Geldwäscherei stellte es ein. Das Bundesstrafgericht sanktionierte ihn mit einer Freiheitsstrafe von 15 Jahren. Gleichzeitig verurteilte es Y._.
C.
X._ beantragt in seiner Beschwerde an das Bundesgericht, Dispositiv-Ziffer I. 3 (Strafpunkt) des Urteils des Bundesstrafgerichts sei aufzuheben. Die Sache sei zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Y._ führt seinerseits Beschwerde in Strafsachen (Verfahren 6B_683/2012).

Erwägungen:
1.
Die Beschuldigten erheben in getrennten Eingaben unterschiedliche Rügen. Es rechtfertigt sich nicht, die Verfahren zu vereinigen.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Die Vorinstanz berufe sich auf Feststellungen im Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich in Sachen A._, obwohl er in jenem Strafverfahren keine Parteirechte habe wahrnehmen können (Beschwerde S. 10 3. Abschnitt).
2.2. Der in <ref-law> verankerte Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst u.a. das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn darauf abgestellt werden soll (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis).
2.3. Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist unbegründet. Die Vorinstanz edierte die Gerichtsurteile der weiteren Beteiligten, so auch dasjenige von A._ (Urteil S. 16 E. 1.4.1.2). Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, dass ihm bzw. seinem Verteidiger im vorliegenden Verfahren keine Akteneinsicht gewährt wurde oder er keine Stellung beziehen konnte. Es obliegt dem Verteidiger, rechtzeitig Einsicht in die Verfahrensakten zu nehmen und seinem Klienten deren Inhalt zur Kenntnis zu bringen (Urteil 6B_492/2011 vom 3. November 2011 E. 1.3 mit Hinweis). Dass und inwiefern dem Beschwerdeführer eine wirksame Verteidigung nicht möglich gewesen sein sollte, ist weder ersichtlich noch dargelegt.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung, eine unzulässige antizipierte Beweiswürdigung und eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör vor. Er macht geltend, die Vorinstanz gehe offensichtlich unrichtig davon aus, B._ habe seinen Tatentschluss nicht beeinflusst. Sie nehme zu Unrecht an, jener sei bloss ein Informant der US-amerikanischen Drug Enforcement Administration (nachfolgend: DEA) und sei nicht in deren Auftrag als "agent provocateur" tätig gewesen. Die Beschwerdegegnerin habe seinen Beweisantrag gutgeheissen, wonach diesbezüglich Informationen zu beschaffen seien. Die Vorinstanz habe ihr Urteil gefällt, obwohl das Ergebnis dieser Abklärungen noch ausstehend gewesen sei. Zudem sei ihre Feststellung offensichtlich unrichtig, er habe nie behauptet, dass B._ ihn zu den Kokaintransporten angestiftet habe (Beschwerde S. 5 N. 5b und S. 11-13 N. 6.2).
3.2. Die Vorinstanz führt aus, sie habe den Beweisantrag zu B._ abgewiesen. Die Bundeskriminalpolizei habe die erforderlichen und durchführbaren Abklärungen getroffen. Mangels genauer Angaben seien dessen Personalien nicht gesichert. Die Anfragen bei der zuständigen Stelle in den USA seien zwar beantwortet worden, hätten aber keine Ergebnisse gebracht (Urteil S. 13 f. E. 1.4.1.1 b).
Die Vorinstanz erwägt, schon die äusseren Umstände sprächen dagegen, dass B._ als "agent provocateur" der DEA Einfluss auf die angeklagten Drogengeschäfte des Beschwerdeführers bzw. auf dessen Entschlussfassung genommen habe. Es sei schwer einsehbar, weshalb er den Beschwerdeführer zunächst vier Kokainlieferungen hätte durchführen lassen sollen, um ihn erst bei der Vorbereitung der fünften zu entlarven. Zudem habe B._ nur C._ auffliegen lassen. Er habe gewusst, dass dieser in die inkriminierten Taten involviert gewesen sei. Jener habe B._ an einer Reise nach Miami, wo ein Treffen mit Vertretern der DEA stattgefunden habe, den Schlüssel zu einer Wohnung überreicht, in der ihm ein Teil des Kokains übergeben worden sei. In der Folge habe die DEA umgehend die Schweizer Behörden alarmiert. B._ sei bloss ein Informant der DEA gewesen. Für die Annahme, er sei als "agent provocateur" aufgetreten, fehlten Anhaltspunkte. Daher erübrige es sich, weitere Abklärungen vorzunehmen (Urteil S. 15 f. E. 1.4.1.1 d).
3.3.
3.3.1. Es liegt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es auf Grund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2.4; je mit Hinweisen).
Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, andernfalls darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 5; <ref-ruling> E. 1.3.1; je mit Hinweisen).
3.3.2. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
3.4. Der Beschwerdeführer beschränkt sich darauf, zu behaupten, B._ habe bei ihm den Tatentschluss geweckt und dieser angeblich im Auftrag der DEA handelnde verdeckte Ermittler sei als "agent provocateur" aufgetreten. Soweit er sich nicht mit den Erwägungen des angefochtenen Urteils auseinandersetzt, genügt seine Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht. Sie erschöpft sich in appellatorischer Kritik, auf die das Bundesgericht nicht eintritt. Inwiefern die Feststellung der Vorinstanz, er habe nicht geltend gemacht, B._ habe ihn angestiftet, für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens entscheidend sein kann, ist in Anbetracht ihrer vertretbaren Beweiswürdigung nicht ersichtlich und im Übrigen auch nicht dargetan. Der Entscheid der Vorinstanz, in vorweggenommener Beweiswürdigung auf weitere Beweiserhebungen zu B._ zu verzichten, ist nicht zu beanstanden. Der Anspruch auf rechtliches Gehör des Beschwerdeführers wird dadurch nicht verletzt.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz nehme unzutreffend an, er habe in der Bande, insbesondere im Vergleich zu A._, eine zentrale Rolle innegehabt. Sie stütze sich dabei massgebend auf dessen Aussagen, obwohl diese unter dem Gesichtspunkt von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK nicht verwertbar seien. A._ habe an der Konfrontationseinvernahme die Aussagen verweigert (Beschwerde S. 4 f. N. 5a und S. 6-11 N. 6.1).
4.2. Die Vorinstanz erwägt, an ihrer Einvernahme von C._ habe der Beschwerdeführer sein Fragerecht wirksam ausüben können. Im Vorverfahren hätten zwischen ihm und den anderen Beteiligten der Kokainlieferungen weitere Konfrontationseinvernahmen stattgefunden. Mit Ausnahme von A._, der sich auf sein Aussageverweigerungsrecht berufen habe, hätten alle die Fragen der Verteidigung und des Beschwerdeführers beantwortet. Einer Verwertung der belastenden Aussagen der Einvernommenen stehe daher nichts entgegen. Gemäss Anklage seien alle Kokainlieferungen nach dem gleichen Muster abgelaufen. Diesbezüglich habe D._ ein Vorbereitungstreffen mit dem Beschwerdeführer vor der ersten Lieferung bestätigt, bei dem u.a. A._ anwesend gewesen sei. Er habe ferner bekräftigt, der Beschwerdeführer habe seine Wohnung hinsichtlich deren Eignung als Drogendepot inspiziert. Dieser habe ihn instruiert, die Kartons mit dem Kokain vom Lager, wo A._ die Dinge koordiniert habe, nach St. Gallen zu transportieren und in seiner Wohnung zu verstecken. D._ habe ausserdem bestätigt, er habe diese Aufgaben bei allen Kokainlieferungen wahrgenommen. Die Vorinstanz führt weiter aus, die Angaben von D._ seien verwertbar. Hinsichtlich des generellen Ablaufs seien die Belastungsaussagen von A._ somit nicht das einzige oder ausschlaggebende Beweismittel, weshalb diese grundsätzlich auch verwertet werden könnten. Im Übrigen bildeten die Belastungsaussagen der Beteiligten nicht die alleinigen Beweismittel für den Schuldspruch (Urteil S. 16 ff. E. 1.4.2, insbesondere S. 18 f. lit. c-e und lit. g).
4.3. Der in Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK garantierte Anspruch des Angeschuldigten, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Eine belastende Zeugenaussage ist grundsätzlich nur verwertbar, wenn der Beschuldigte wenigstens einmal während des Verfahrens angemessene und hinreichende Gelegenheit hatte, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Ergänzungsfragen zu stellen. Der Beschuldigte muss in der Lage sein, die Glaubhaftigkeit einer Aussage zu prüfen und ihren Beweiswert in kontradiktorischer Weise auf die Probe und in Frage zu stellen. Das kann entweder im Zeitpunkt, in welchem der Belastungszeuge seine Aussage macht, oder auch in einem späteren Verfahrensstadium erfolgen (<ref-ruling> E. 3.1; Urteil 6B_ 251/2012 vom 2. Oktober 2012 E. 2.3.2; je mit Hinweisen).
Dem Anspruch gemäss Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK kommt grundsätzlich absoluter Charakter zu (<ref-ruling> E. 2.2 S. 481; <ref-ruling> E. 3.1 S. 154; je mit Hinweisen). Der Anspruch auf Konfrontation gilt indes nicht uneingeschränkt. Nach der Rechtsprechung verletzt die fehlende Befragung des Belastungszeugen die Garantie nicht, wenn der Zeuge berechtigterweise das Zeugnis verweigert, wenn er trotz angemessener Nachforschungen unauffindbar bleibt, dauernd oder für lange Zeit einvernahmeunfähig wird oder wenn er verstorben ist. Die Verwertbarkeit der Aussage erfordert allerdings, dass der Beschuldigte zu den belastenden Aussagen hinreichend Stellung nehmen konnte, die Aussagen sorgfältig geprüft wurden und ein Schuldspruch sich nicht allein darauf abstützt. Ausserdem darf der Umstand, dass der Angeschuldigte seine Rechte nicht (rechtzeitig) wahrnehmen konnte, nicht in der Verantwortung der Behörde liegen (<ref-ruling> E. 2.2 und E. 2.3.4; <ref-ruling> E. 6c/dd S. 136; je mit Hinweisen). Verweigert die einvernommene Person berechtigterweise die Aussagen bzw. die Beantwortung von Ergänzungsfragen, so verhält es sich im Ergebnis nicht anders, als wenn sie nicht erschienen oder nicht erreichbar wäre. Der Fall der Aussageverweigerung ist demjenigen der Unerreichbarkeit gleichzustellen, soweit die Behörden sich angemessen und gewissenhaft darum bemüht bzw. das Erforderliche unternommen haben, um die Auskunftsperson zur Aussage zu veranlassen, d.h. diese vorgeladen bzw. vorgeführt haben (Urteil 6B_255/2008 vom 10. Oktober 2008 E. 2.3.3 mit Hinweis).
Nach neuerer Rechtsprechung des EGMR kann ein streitiges Zeugnis von ausschlaggebender Bedeutung ohne Konfrontation mit dem Belastungszeugen verwertbar sein, wenn ausreichend kompensierende Faktoren gegeben sind, die den Anspruch des Angeschuldigten auf ein faires Verfahren und die Überprüfung der Verlässlichkeit des Beweismittels gewährleisten (Urteil des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte [EGMR] i.S. Al-Khawaja und Tahery gegen Grossbritannien vom 15. Dezember 2011, § 147; vgl. Urteile des Bundesgerichts 6B_75/2013 vom 10. Mai 2013 E. 3.3.1 und 6B_125/2012 vom 28. Juni 2012 E. 3.3.1; je mit Hinweisen).
4.4. An der Konfrontationseinvernahme vom 7. September 2011 wurde A._ auf <ref-law> hingewiesen, wonach er als Auskunftsperson nicht zur Aussage verpflichtet ist. Obwohl dem Beschwerdeführer bzw. seinem Verteidiger ermöglicht wurde, A._ Ergänzungsfragen zu stellen, konnte er sein Fragerecht nicht wirksam ausüben, weil dieser in der direkten Gegenüberstellung die Aussage verweigerte (Urteil S. 36 E. 3.2.4.4; vorinstanzliche Akten cl. 26 S. 13.1.00.965-987). Insofern konnte er dessen früheren Angaben nicht durch weitergehende Fragen auf ihren Beweiswert hin überprüfen und Widersprüche aufzeigen (vgl. Urteil 6B_75/2013 vom 10. Mai 2013 E. 3.3.3 mit Hinweisen). Es lag vorliegend aber nicht in der Verantwortung der Behörden, dass der Beschwerdeführer sein Fragerecht nicht wahrnehmen konnte.
In Bezug auf die Rolle und Funktion des Beschwerdeführers würdigt die Vorinstanz neben seinen eigenen auch die Aussagen des Mitbeschuldigten sowie die Angaben von etlichen Beteiligten. Weiter berücksichtigt sie Telefonprotokolle und rechtskräftige Gerichtsurteile der Mitbeteiligten. Sie gelangt zum Schluss, deren detaillierten, realitätsnahen und im Wesentlichen übereinstimmenden Aussagen seien glaubhaft. Alle belasteten sich zudem selber schwer. Alle Beteiligten bezeichneten, soweit sie sich dazu äusserten, den Beschwerdeführer als Verantwortlichen für die Einfuhr, Lagerung und Verbreitung der Betäubungsmittel in der Schweiz. Zahlreiche Mitwirkende waren an Vorbereitungstreffen mit ihm zugegen, an denen er jedem einzeln die zu erfüllenden Aufgaben zuwies. Die Einladung von A._ und D._ zu einem Aufenthalt im Tessin untermauert die zentrale Stellung des Beschwerdeführers. Er wollte sie kennenlernen, um beurteilen zu können, ob er ihnen vertrauen konnte. Alle erklärten, er habe ihnen Weisungen für ihre Tätigkeiten erteilt, auch währenddem sie diese ausgeführt hätten. Er habe alles genau bestimmt. Er habe die Löhne ausbezahlt bzw. auszahlen lassen. Die Telefonprotokolle untermauern dies. Daraus ist ersichtlich, wer die Aufträge erteilte und das Geld "besorgte". In keinem der abgehörten Gespräche findet sich ein Hinweis darauf, dass hinter dem Beschwerdeführer eine andere Person stand. Nach Auffassung der Vorinstanz war er dafür besorgt, dass das Kokain in die Schweiz kam, indem er durch A._ eine aufwändige Logistik für den Import bereitstellen liess. Sie gelangt weiter willkürfrei zur Überzeugung, die Aussagen des Beschwerdeführers, er habe nur Informationen und Befehle von B._ weitergeleitet und keine selbstständige Funkion im Drogengeschäft wahrgenommen, seien bei diesem Beweisergebnis nicht glaubhaft. Das Gleiche gelte für seine Aussagen, A._ sei in der Schweiz der Verantwortliche gewesen. In Bezug auf dessen Rolle pflichtet die Vorinstanz den Feststellungen des Obergerichts des Kantons Zürich bei. Danach war dieser auf der mittleren Hierarchiestufe tätig, da er trotz Vertrauensstellung zum Beschwerdeführer gegenüber den weiteren Beteiligten weder eine übergeordnete Position noch eine Weisungsbefugnis innehatte. Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer sei auf einer oberen Hierarchiestufe gestanden (Urteil S. 29 ff. E. 3.2, insbesondere S. 50 f. E. 3.2.8).
Aus dem Dargelegten geht hervor, dass die Vorinstanz auch die belastenden Aussagen von A._ sorgfältig prüfte. Weiter stützte sie den Schuldspruch, insbesondere die Rolle des Beschwerdeführers, nicht lediglich darauf ab, sondern auf weitere Beweise und Indizien. Das angefochtene Urteil verletzt auch insofern kein Bundesrecht.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Beschwerde S. 13 f. und Urteil S. 77; <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini