Fatti:
A. Il 30 settembre 1997 l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Locarno per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE; RS 211.412.41) ha autorizzato A.A._ e B.A._, cittadini tedeschi con domicilio in Germania, all'acquisto del foglio PPP n. xxx, concernente un appartamento di ca. 128 mq, quota di comproprietà di 190/1000 del fondo base n. yyy RFD del Comune di X._.
B. Il 27 gennaio 2009, la stessa autorità ha concesso ai coniugi A._ l'autorizzazione all'acquisto aggiuntivo dei seguenti fogli PPP, quote di comproprietà di 65/1000 rispettivamente di 1/1000 del medesimo fondo:
n. zzz, con diritto esclusivo sul locale n. 1 composto da locale tecnico, sauna, piscina, solarium, bar, lavanderia, atrio, corridoio, ripostiglio, due locali fisioterapia con servizi nonché balcone al piano livello -1;
n. www, con diritto esclusivo sul ripostiglio n. 7 sempre al piano livello -1.
C. Ritenendo che con l'acquisto aggiuntivo la superficie abitabile netta legalmente ammessa fosse stata abbondantemente superata, il 6 marzo 2009 l'Ufficio federale di giustizia ha impugnato questa seconda autorizzazione davanti alla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE.
Il gravame è stato respinto il 22 settembre successivo. A mente della Commissione citata, l'intera parte piscina non può infatti essere definita abitabile e non risulta quindi determinante per il calcolo della superficie abitabile netta.
D. Il 5 novembre 2009, l'Ufficio federale di giustizia ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui, ribadendo la necessità di conteggiare nella superficie abitabile netta l'area adibita a piscina, composta dalla vasca (30,3 mq) e dal locale piscina (75,2 mq), chiede l'annullamento della decisione del 22 settembre 2009 quindi il rifiuto dell'autorizzazione d'acquisto dei fogli PPP n. zzz e n. www del fondo base n. yyy RFD del Comune di X._.
Chiamate ad esprimersi, l'Autorità di I.a istanza e la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE hanno rinunciato a formulare osservazioni. Sostenendo che l'interpretazione data alle norme determinanti non sia corretta, A.A._ e B.A._, opponenti in causa, hanno invece chiesto la reiezione del ricorso.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 37; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 251).
2. 2.1 La decisione impugnata è stata pronunciata in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) dall'ultima istanza cantonale (art. 15 cpv. 1 lett. c LAFE in relazione con gli art. 18 e 19 della legge cantonale del 21 marzo 1988 di applicazione alla LAFE [LALAFE; RL/TI 4.1.8.1]; art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), quale tribunale superiore (<ref-law>).
Secondo giurisprudenza, tale qualità dev'essere infatti riconosciuta a ogni autorità giudiziaria che, negli ambiti che le competono, ha giurisdizione su tutto il territorio cantonale e non sottostà a nessun'altra autorità giudiziaria (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 97 segg.; sentenza 2C_390/2009 del 14 gennaio 2010 consid. 2.2). Così è anche nella fattispecie. Quale autorità cantonale di ricorso (art. 9 LALAFE), la Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE si determina in ultima istanza in tutti gli ambiti di sua competenza - con facoltà di esaminare liberamente i fatti e applicare d'ufficio il diritto (art. 19 LALAFE ed i rinvii in esso contenuti) - sulle decisioni prese dalle autorità distrettuali di rango inferiore (art. 7 LALAFE). Costituita da cinque membri e tre supplenti, nominati dal Consiglio di Stato, non è sottoposta gerarchicamente a nessun'altra autorità giudiziaria superiore, nemmeno per quanto riguarda la sua vigilanza (art. 9 e 12 LALAFE).
Non essendovi motivi di esclusione (<ref-law>), il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>), tempestivo (<ref-law>) e presentato da un'autorità legittimata ad agire in tal senso (art. 89 cpv. 2 lett. d LTF in relazione con gli art. 20 cpv. 2 lett. b e 21 cpv. 2 LAFE), è quindi ammissibile.
2.2 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare venir censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>), nozione che comprende anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.). Di principio, il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (<ref-law>); esso non è vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. La violazione di diritti fondamentali è per contro esaminata unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 88).
2.3 L'accertamento dei fatti può venir contestato soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio è determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). Se non ricorrono questi presupposti, che possono indurre anche ad una rettifica o a una completazione d'ufficio (<ref-law>), il Tribunale federale fonda il suo giudizio sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>).
3. 3.1 Giusta l'<ref-law>, l'autorizzazione necessaria per l'acquisto di fondi da parte di persone all'estero dev'essere imperativamente negata se la superficie del fondo è superiore a quanto è necessario per lo scopo dell'utilizzazione. L'art. 10 cpv. 2 dell'ordinanza federale del 1° ottobre 1984 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (OAFE; RS 211.412.411) indica che la superficie abitabile netta delle abitazioni secondarie nel senso dell'art. 9 cpv. 1 lett. c LAFE, delle abitazioni di vacanza e delle unità d'abitazione in apparthotel non deve superare di regola i 200 mq. L'<ref-law> specifica infine che anche un acquisto aggiuntivo può avvenire soltanto nei limiti della superficie ammessa.
3.2 Nella fattispecie, gli opponenti sono già proprietari di un appartamento di ca. 128 mq acquistato nel 1997 nel medesimo immobile. Il rilascio di un'ulteriore autorizzazione non può quindi essere considerato che nell'ottica di un acquisto aggiuntivo. In questo contesto, litigioso è il superamento, con l'acquisto supplementare autorizzato, della superficie abitabile netta legalmente ammessa per l'acquisto di abitazioni di vacanza da parte di persone all'estero. Trattasi d'una questione che concerne l'apprezzamento giuridico dei fatti, di per sé non contestati, che il Tribunale federale può esaminare con piena cognizione.
4. 4.1 L'<ref-law> stabilisce la superficie abitabile netta ("Nettowohnfläche"; "surface nette de plancher habitable") massima di 200 mq di regola ammessa nel caso di abitazioni secondarie, di abitazioni di vacanza e di unità d'abitazione in apparthotel. Esso non specifica però secondo quali criteri l'abitabilità di un locale debba essere o meno riconosciuta. Per quanto è dato di vedere, neppure il Tribunale federale ha finora mai avuto l'occasione di occuparsi delle modalità di calcolo di questa superficie.
Per rispondere alla domanda a sapere se l'area adibita a piscina, composta dalla vasca (30,3 mq) e dal locale piscina (75,2 mq), sia determinante per il computo della superficie massima consentita per ottenere un'autorizzazione, la norma citata, ancorché chiara da un punto di vista grammaticale in tutte e tre le lingue ufficiali, dev'essere quindi interpretata.
Per delinearne la portata, occorre tener conto dei lavori preparatori (interpretazione storica), del suo senso e scopo (interpretazione teleologica), nonché della sua relazione con altri disposti (interpretazione sistematica). Applicando tali metodi, il Tribunale federale non ne privilegia uno in particolare; preferisce piuttosto ispirarsi a un pluralismo interpretativo (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 311 con rinvii).
4.2 In vigore dal 1° luglio 2003 (RU 2003 1635), l'attuale <ref-law> ha sostituito una versione di questa norma in base alla quale la superficie utile netta massima era fissata a 100 mq e veniva stabilita, entro quei limiti, secondo le necessità dell'acquirente e dei suoi stretti congiunti, qualora usassero anch'essi l'abitazione (cfr. sentenze 2A.84/2003 del 23 giugno 2003 consid. 3.1 e 2A.435/2001 dell'8 marzo 2002 consid. 2.1). Al pari dell'attuale, neppure la versione precedente definiva la superficie ammessa con criteri specifici; simili criteri non vengono illustrati neanche nei lavori preparatori concernenti la LAFE rispettivamente l'OAFE.
Invero, in essi il concetto di superficie abitabile sembra a tratti venire paragonato a quello di superficie utile del diritto edilizio (cfr. Messaggio del 16 settembre 1981 concernente una legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero, FF 1981 II 521 n. 111.2 nota 1). Neppure questo paragone - riproposto dal Governo nella risposta del 14 aprile 1999 alla mozione n. 98.3557, con cui il Consigliere nazionale Simon Epiney chiedeva l'abrogazione del limite previsto dall'<ref-law> - può però risultare determinante per meglio definire questa norma. Descritto in via generale, sulla base di direttive dell'istituto ORL del Politecnico federale di Zurigo, quale somma della superficie dei piani sopra e sotto terra di un edificio, dedotta la superficie dei locali che non servono direttamente all'abitazione o all'esercizio di un'attività lavorativa, anche il concetto di superficie utile, oltre che a essere utilizzato in legislazioni che hanno scopi differenti a quello della LAFE, varia infatti notevolmente a seconda delle superfici dichiarate non computabili dai singoli ordinamenti edilizi cantonali (cfr. al riguardo sentenza 1P.460/2004 del 3 giugno 2005 consid. 2.3; Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 5. ed. 2008, pag. 313 n. 109; Daniela Ivanov, Die Harmonisierung des Baupolizeirechts unter Einbezug der übrigen Baugesetzgebung, 2006, pag. 71 segg.).
4.3 Nell'ottica della domanda posta, più significativa si rivela per contro un'analisi dei materiali legislativi dal punto di vista teleologico. Dal rapporto esplicativo, che accompagnava l'avamprogetto contenente anche la modifica dell'<ref-law>, posto in consultazione nel luglio 2002 (FF 2002 4139), risulta infatti che essa è stata in sostanza concepita per permettere a stranieri benestanti l'acquisto di un'abitazione corrispondente al loro standard di vita (rapporto, n. 2 pag. 2).
Raddoppiando la superficie consentita e concedendo autorizzazioni fino ad un massimo di 200 mq a prescindere dalla verifica degli effettivi bisogni del richiedente e dei suoi famigliari, il Consiglio federale spiega di aver voluto tenere conto delle esigenze di stranieri abbienti, concedendo a queste persone, anche se sole o membri di un nucleo familiare poco numeroso, la facoltà di acquistare superfici rilevanti, semplicemente per soddisfare a loro esigenze soggettive di comfort (rapporto, n. 3 pag. 2 seg.).
Anche per quanto riguarda le abitazioni di vacanza, ne risulta pertanto che - nell'ambito delle competenze che l'<ref-law> gli riconosce -, il Governo ha volutamente deciso di valutare i bisogni abitativi fino alla soglia indicata in modo differente al passato: dando la priorità ad aspetti qualitativi fino a quel momento non ritenuti determinanti al fine del conferimento di un'autorizzazione (cfr. al riguardo sentenza 2A.435/2001 dell'8 marzo 2002 consid. 2.4) e riservando l'applicazione di criteri quantitativi, legati all'effettivo bisogno di spazio del singolo acquirente, all'esame delle eccezioni (ancora possibili, in quanto la dicitura "di regola" che accompagna il limite è stata ripresa).
4.4 In effetti, occorre comunque sottolineare che, con l'introduzione dell'attuale versione dell'<ref-law>, il Consiglio federale ha sì ammesso che una superficie di 200 mq per un'abitazione di vacanza possa a priori costituire un'esigenza anche di persone sole o membri di un gruppo famigliare ristretto. Con riferimento alla sistematica della legge, esso non ha però neppure mancato di ricordare che, in caso di superamento del limite di 200 mq, l'acquirente resta tenuto a comprovare l'esigenza di una superficie abitabile maggiore in rapporto allo scopo dell'utilizzazione, così come previsto dall'<ref-law>, norma che ha carattere generale e di cui l'<ref-law> costituisce una concretizzazione (cfr. sentenza A.520/1986 del 15 gennaio 1988 consid. 3a).
Tenendo nel contempo conto del parere negativo uscito dalle urne il 25 giugno 1995 nei confronti di una più marcata liberalizzazione della LAFE, comprendente tra l'altro la delega ai Cantoni della competenza di stabilire limitazioni in materia di superficie di abitazioni di vacanza, il Consiglio federale ha infine aggiunto che, anche in caso di comprovata necessità, il tetto massimo per l'ottenimento di un'autorizzazione dovrebbe essere di 250 mq (rapporto, n. 3-4 pag. 2 seg.).
5. 5.1 Nella fattispecie, la Commissione cantonale di ricorso LAFE ha ritenuto che l'intera parte della PPP n. zzz in cui si trova il bacino della piscina non sia rilevante per il computo della superficie abitabile netta giusta l'<ref-law>, siccome questa parte, separata da un'area concepita appositamente per il relax da una parete fissa e da una porta, entrambe di vetro, non è indicata per rilassarsi, guardare il panorama, conversare in compagnia di amici, leggere, ecc. Nel suo ricorso, facendo riferimento alla dottrina ed alla giurisprudenza cantonale in materia, l'Ufficio federale di giustizia sostiene invece che, in quanto adibita a servizi, l'area composta dal bacino della piscina (30,3 mq) e dal resto del locale che lo ospita (75,2 mq) debba essere inclusa nella superficie computabile. Ritenendo abitabili anche gli ambienti in cui si dedica tempo per lo svago, il riposo, la cura del corpo e della psiche in senso lato, esso considera che l'acquisto dei due ulteriori fogli PPP, in aggiunta a quello già di loro proprietà, costituito da un appartamento di ca. 128 mq, porti la proprietà ad una superficie di ca. 318,8 mq, ampiamente oltre il limite consentito rispettivamente tollerato, motivo per cui l'autorizzazione all'acquisto andava negata.
5.2 Secondo la dottrina richiamata nel ricorso, della superficie abitabile netta fanno parte tutti gli spazi interni adatti ad essere abitati inclusi cucine, atrii e vestiboli, nonché locali adibiti a servizi. Esclusi ne sono invece i balconi, le scale, le cantine e i solai (Mühlebach/Geissmann, Kommentar zum Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland, 1986, pag. 232 n. 8; Peter von Moos, Bewilligungs- und Verweigerungsgründe, in Das Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland, 1985, pag. 43 segg., 62). Sempre sulla base di quanto rilevato nel ricorso, proprio partendo da tale definizione, a livello di giurisprudenza cantonale è pure già stato concluso che il complesso di una piscina coperta dovesse essere conteggiato nella superficie abitabile (cfr. sentenza del Tribunale amministrativo del Canton Berna del 18 maggio 1998 parzialmente pubblicata in ZBGR 80/1999 pag. 286). Questo poiché, a prescindere dal suo carattere di lusso, un'attrezzatura di quel tipo veniva di fatto equiparata a un locale adibito a uso servizi che, insieme ad altre infrastrutture previste dal progetto in questione (sauna, bagno turco, zona per il fitness e per il riposo, ecc.), costituiva una sorta di area benessere.
5.3 Contrariamente a quanto ritenuto nella decisione impugnata, questa conclusione va tratta pure per il caso in esame. Anche nella fattispecie, al pari del resto degli spazi componenti le PPP in oggetto (bar, atrio, area relax, guardaroba e bagno wc), da cui appare divisa in maniera alquanto artificiale unicamente da una parete di vetro, l'area che ospita la piscina coperta, che include una sauna e un solarium, non può in effetti essere considerata che alla stregua di un locale a uso servizi.
Direttamente accessibile per mezzo di un corridoio interrato che vi conduce, essa permette ai suoi proprietari lo svolgimento di attività per la cura del corpo nel perimetro delle mura domestiche, a titolo privato ed esclusivo. In quanto tale, è paragonabile a qualsiasi altro locale di quel genere, segnatamente a una sala da bagno - già oggi di regola equipaggiata di attrezzature atte a soddisfare più che la semplice igiene personale e i bisogni di base - da cui si differenzia esclusivamente per il suo carattere lussuoso.
Per la sua classificazione non può per altro risultare determinante né il fatto che l'area in questione si presti solo ad un'attività specifica e temporanea, né che sia o meno climatizzata o munita di finestre. Diversamente, pure ambienti quali cucine o, appunto, sale da bagno, dovrebbero essere considerati a priori come non abitabili rispettivamente abitabili unicamente in presenza di determinate caratteristiche costruttive (finestre, sufficiente aerazione, ecc.).
5.4 L'inclusione del locale piscina nel computo della superficie abitabile netta giusta l'<ref-law>, si impone inoltre anche alla luce delle ragioni che hanno condotto all'attuale testo di questa norma.
Alla base della decisione di raddoppiare la superficie abitabile netta consentita da 100 a 200 mq e di concedere autorizzazioni fino ad un massimo di 200 mq - al di là del quale la compatibilità con lo scopo di abitazione di vacanza dev'essere invece provata (<ref-law>) - a prescindere dalla verifica dei reali bisogni del richiedente e dei suoi famigliari, vi è in effetti stata la volontà di permettere l'acquisto a persone benestanti sole o componenti un nucleo famigliare ristretto di immobili corrispondenti al loro standard di vita.
Sennonché, proprio simili immobili si caratterizzano per offrire, ad uso esclusivo dei proprietari, locali attrezzati per lo svolgimento di attività fisiche specifiche, segnatamente di carattere sportivo, con infrastrutture come quelle contenute nell'area litigiosa (piscine, saune, solarium, ecc.).
5.5 Da quanto precede, discende che la decisione del 22 settembre 2009 della Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE, con cui viene confermato il rilascio dell'autorizzazione litigiosa, viola il diritto federale. Essa concede infatti l'acquisto aggiuntivo di una superficie di 190,8 mq che, andandosi a sommare con i ca. 128 mq già di loro proprietà, porta la superficie in possesso degli opponenti a ca. 318,8 mq.
6. Il ricorso dell'Ufficio federale di giustizia dev'essere pertanto accolto, e la decisione del 22 settembre 2009 della Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE annullata.
Poiché gli atti di causa sono sufficientemente completi per permettere un giudizio nel merito, il Tribunale federale rinuncia a rinviare la causa all'autorità inferiore (<ref-law>). Accertato che l'autorizzazione all'acquisto dei fogli PPP n. zzz e n. www del fondo base n. yyy RFD del Comune di X._, rilasciata il 27 gennaio 2009 dall'Autorità di I.a istanza del Distretto di Locarno per l'applicazione della LAFE, non poteva essere accordata (cfr. precedente consid. 5), ne decide il suo integrale annullamento (cfr. analogamente sentenza 2C_137/2008 del 14 agosto 2008 consid. 4).
Preso atto del fatto che la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE non ha prelevato né tasse né spese di giustizia, superfluo risulta pure un rinvio giusta l'<ref-law>.
7. Le spese giudiziarie per la sede federale vanno poste a carico degli opponenti, secondo soccombenza, atteso che lo Stato del Cantone Ticino ne è dispensato, non essendo direttamente in gioco i suoi interessi pecuniari (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto. In conseguenza, la decisione del 22 settembre 2009 della Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE è annullata.
2. L'autorizzazione all'acquisto dei fogli PPP n. zzz e n. www del fondo base n. yyy RFD del Comune di X._, rilasciata il 27 gennaio 2009 dall'Autorità di I.a istanza del Distretto di Locarno per l'applicazione della LAFE, è annullata.
3. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico degli opponenti, in solido.
4. Comunicazione al ricorrente, al patrocinatore degli opponenti, all'Autorità di I.a istanza del Distretto di Locarno per l'applicazione della LAFE, alla Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE.