Erwägungen:
1. Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm erliess am 4. April 2011 einen Strafbefehl gegen X._ wegen Vergehen gegen das Bundesgesetz über den Schutz der Gewässer. Dagegen erhob die bäuerliche Rechtsschutzversicherung A._ als Vertreterin von X._ in dessen Namen am 14. April 2011 Einsprache. Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm teilte der Rechtschutzversicherung mit Schreiben vom 29. April 2011 mit, dass sie nicht berechtigt sei, als Vertreterin tätig zu werden. Die Rechtsschutzversicherung nahm dazu am 12. Mai 2011 Stellung und beantragte u.a. die Ansetzung einer Nachfrist für die Einreichung einer von X._ unterzeichneten Einsprache, falls die Einsprache als ungültig betrachtet werden sollte.
Mit Schreiben vom 23. Mai 2011 überwies die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm den Strafbefehl gestützt auf Art. 356 StPO dem Bezirksgericht Zofingen. In seiner Stellungnahme an das Gerichtspräsidium Zofingen hielt der Beschuldigte u.a. fest, dass er mit Schreiben seiner Rechtsschutzversicherung vom 12. April 2011 Einsprache gegen den Strafbefehl erhoben habe.
2. Das Gerichtspräsidium des Bezirksgerichts Zofingen stellte mit Verfügung vom 3. Juni 2011 fest, dass eine gültige Einsprache des Beschuldigten gegen den Strafbefehl vom 4. April 2011 vorliege. Dagegen erhob die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm Beschwerde, auf welche die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau mit Entscheid vom 16. September 2011 nicht eintrat. Die Beschwerdekammer führte zusammenfassend aus, dass es sich bei der angefochtenen Verfügung um einen verfahrensleitenden Entscheid handle, der gemäss Art. 393 Abs. 1 lit. b StPO nicht der Beschwerde unterliege.
3. Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm führt gegen den Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau vom 16. September 2011 mit Eingabe vom 16. November 2011 Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das Strafverfahren nicht abschliesst. Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (vgl. Art. 92 BGG), ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34 f.).
4.1 Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Im Verfahren der Beschwerde in Strafsachen muss der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht bloss tatsächlicher, sondern rechtlicher Natur sein (<ref-ruling> E. 4 S. 95; <ref-ruling> E. 4 S. 141). Kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist anzunehmen, wenn es einer Partei bloss darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 36).
Über die Frage der Gültigkeit der Einsprache liegt noch kein endgültiger Entscheid vor. Wie bereits die Beschwerdekammer im vorliegend angefochtenen Entscheid ausgeführt hat (vgl. E. 2.2 des angefochtenen Entscheids) erwächst der Staatsanwaltschaft "kein Nachteil, da eine neuerliche Anfechtung bezüglich derselben Frage nach Erlass eines Endentscheids möglich ist". Spätestens mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids könnte ein allfälliger Nachteil behoben werden, weshalb ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG vorliegend zu verneinen ist.
4.2 Weiter macht die Staatsanwaltschaft unter Hinweis auf Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG geltend, dass die Gutheissung ihrer Beschwerde weitere unnötige Verfahrenshandlungen verhindern würde. Damit sind die Voraussetzungen für eine Anfechtung gestützt auf Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG nicht dargetan, zumal das Bundesgericht die Voraussetzung, wonach die Gutheissung der Beschwerde einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen muss, im Strafverfahren restriktiv auslegt (Urteil 1B_155/2011 vom 14. Juni 2011 E. 1.4 mit Hinweis). Die Durchführung des Hauptverfahrens verursacht nicht notwendigerweise einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren. Hierzu macht die Beschwerdeführerin überhaupt keine Ausführungen, weshalb Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG ebenfalls ausser Betracht fällt.
4.3 Die Beschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unzulässig, weshalb darauf nicht einzutreten ist. Der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei können keine Gerichtskosten auferlegt werden (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli