Faits:
A. X._ a fait connaissance de Y._ dans un centre commercial à Genève en septembre 2004. Le 17 septembre 2004, ils ont bu un café ensemble et ont prévu de se revoir le lendemain pendant la pause de midi. X._ a toutefois contacté Y._ et l'a invité à la rejoindre le soir même à son domicile en indiquant qu'elle avait la soirée libre.
Lors de l'audience de jugement, X._ a indiqué qu'elle avait éprouvé de l'attirance physique pour Y._ et qu'elle pensait que c'était réciproque.
Après avoir mangé, Y._ a pris X._ dans ses bras et a dansé avec elle. Celle-ci a indiqué au juge d'instruction avoir flirté et ne pas avoir repoussé son partenaire. Au bout de quelques minutes, le couple s'est couché sur le canapé. Y._ a caressé X._ sous son pull, puis lui a tiré violemment les seins. X._ lui a alors demandé de faire doucement, mais elle n'a pas mis fin aux préliminaires qui se sont poursuivis. Y._ a porté X._, qui a mis ses jambes autour de la taille de son partenaire, sur le lit de la chambre à coucher. Elle a précisé au juge d'instruction qu'elle avait compris ce qu'il voulait et qu'elle lui avait demandé d'aller doucement.
Arrivé sur le lit, le couple a commencé à se déshabiller. X._ était alors en string. Elle a précisé lors de l'audience des débats qu'elle n'avait pas été menacée. Y._ a effectué brutalement des pénétrations anales et vaginales avec ses doigts et a caressé avec violence les seins de X._. Cette dernière a fait savoir qu'elle avait mal et a dit à son partenaire qu'elle n'aimait pas qu'il mette son doigt dans son anus, puis elle a interrompu les ébats et s'est rendue à la salle de bains pour enlever son tampon hygiénique. Elle a déclaré à Y._ qu'elle se rendait à la salle de bains pour y prendre un préservatif. Elle est ensuite retournée dans la chambre et s'est assise au bord du lit puis le couple a entretenu un rapport sexuel. Les versions des parties divergent sur le point de savoir s'il était ou non consenti.
Au cours de l'acte sexuel, X._ s'est retrouvée assise sur son partenaire et dit avoir alors essayé d'accélérer le mouvement pour que cela se termine. Après l'acte sexuel, le couple s'est rendu sur le balcon de l'appartement pour fumer une cigarette. Y._ a passé la nuit chez X._. Celle-ci l'a raccompagné au parking de l'immeuble le lendemain matin et le couple s'est fait la bise avant de se séparer.
Le 28 octobre 2004, X._ a déposé plainte pour viol contre Y._. Elle a expliqué avoir attendu car elle avait peur des conséquences de cette démarche sur la procédure de divorce en cours avec son mari.
Un constat médical effectué le 18 septembre 2004 fait état de nombreux hématomes sur les seins, le flanc, l'omoplate, l'avant-bras et la jambe droite de X._ ainsi que d'érosions sur les grandes lèvres du sexe.
X._ a produit un rapport établi le 13 janvier 2005 par une psychologue de la Consultation interdisciplinaire de médecine et de prévention de la violence. Ce rapport fait état de son point de vue, à savoir qu'elle reconnaissait avoir eu besoin de tendresse, mais que la soirée ne s'était pas déroulée comme elle l'imaginait, en particulier qu'elle n'était pas consentante aux relations sexuelles violentes, qu'elle avait cherché à le manifester à son partenaire mais que celui-ci ne l'avait pas entendue. La psychologue a constaté que la patiente, qui était déjà sous antidépresseurs avant les faits, suite aux problèmes rencontrés lors de son deuxième divorce et de l'accouchement de son quatrième enfant, présentait après les faits un état de stress post-traumatique aigu.
Y._ a reconnu en audience de jugement avoir eu un défaut de sensibilité et avoir mal agi en pinçant les seins de sa partenaire et en étant brusque, mais il a nié que celle-ci lui ait exprimé le désir d'arrêter et qu'elle ait dit « stop », se limitant à lui demander d'aller doucement.
B. Par arrêt du 3 avril 2007, la Cour correctionnelle genevoise, siégeant sans le concours du jury, a notamment reconnu Y._ coupable de viol et l'a condamné à 24 mois de peine privative de liberté avec sursis.
C. Le 12 octobre 2007, la Cour de cassation genevoise a admis le recours de Y._. Elle a considéré qu'il subsistait un doute sérieux sur la conscience que celui-ci avait eue du fait que la victime ne souhaitait pas continuer une relation sexuelle déjà très engagée et du fait qu'il la contraignait à subir l'acte sexuel, doute qui devait lui profiter. Partant, elle a prononcé son acquittement.
D. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Invoquant l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., elle conclut à ce que l'arrêt attaqué soit annulé, Y._ reconnu coupable de viol et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle demande également à bénéficier de l'assistance judiciaire gratuite.

Considérant en droit:
1. 1.1 Rendu en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), l'arrêt attaqué, qui met fin à la procédure (<ref-law>), peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (<ref-law>).
1.2 La recourante a manifestement participé à la procédure devant l'autorité précédente. Elle prétend qu'elle a été victime d'un viol et revêt la qualité de victime au sens de l'<ref-law>. On discerne aisément en quoi la décision attaquée, qui a prononcé l'acquittement de l'intimé, est susceptible d'influencer les prétentions civiles de la recourante, notamment l'indemnité pour tort moral qui lui avait été allouée en première instance, instance devant laquelle l'intimé avait été condamné. La recourante a donc qualité pour recourir (art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 5 LTF).
1.3 Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), qui englobe les droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que le recourant ne démontre que ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (FF 2001 p. 4135), ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne sanctionne une violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>). Les exigences de motivation de l'acte de recours correspondent à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (FF 2001 p. 4142).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, dont la sanction est l'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine en principe que les griefs invoqués et n'est dès lors pas tenu de traiter des questions qui ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
2. 2.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire, invoqué par la recourante et prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable. Il faut encore que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 219, 57 consid. 2 p. 61; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 178).
L'appréciation des preuves est en particulier arbitraire lorsque le juge de répression n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Il en va de même lorsqu'il retient unilatéralement certaines preuves ou lorsqu'il rejette des conclusions pour défaut de preuves, alors même que l'existence du fait à prouver résulte des allégations et du comportement des parties (<ref-ruling> consid. 1b p. 30). Il ne suffit pas qu'une interprétation différente des preuves et des faits qui en découlent paraisse également concevable pour que le Tribunal fédéral substitue sa propre appréciation des preuves à celle effectuée par l'autorité de condamnation, qui dispose en cette matière d'une grande latitude. En serait-il autrement, que le principe de la libre appréciation des preuves par le juge du fond serait violé (<ref-ruling> consid. 2d p. 37 s.).
2.2 La recourante prétend qu'il était arbitraire de la part de l'autorité cantonale d'admettre que l'intimé n'avait pas conscience, à tout le moins par dol éventuel, de la contraindre à entretenir une relation sexuelle avec lui. Elle prétend que le raisonnement de la cour cantonale se fonde de manière insoutenable sur des éléments extérieurs au viol lui-même, soit sur son comportement avant et après le viol, pour conclure que l'intimé a pu ne pas se rendre compte qu'elle ne consentait pas à l'acte sexuel. Elle prétend avoir manifesté son opposition à certains actes avant la relation sexuelle et avoir à plusieurs reprises exprimé son refus de subir des actes de violence en demandant à l'intimé d'aller doucement. Ce dernier ne pouvait dès lors pas présumer son consentement à une relation sexuelle, non pas normale mais violente, et il avait conscience qu'elle ne consentait pas à l'acte sexuel violent qu'il lui a fait subir. Elle estime que le comportement des parties après les faits peut certes être un indice, mais ne peut pas être un élément décisif dans l'appréciation de la conscience et de la volonté de l'intimé. S'agissant de son propre comportement après les faits, elle expose que, comme l'ont retenu les premiers juges, il s'agissait d'une stratégie destinée à éviter une réaction violente de l'intimé. La recourante soutient enfin que la cour cantonale aurait écarté de façon insoutenable les aveux de l'intimé, qui aurait reconnu en audience des débats avoir décidé d'aller jusqu'au bout quitte à ne pas entendre le refus de la victime.
2.3 Sur le plan subjectif, l'infraction prévue par l'<ref-law> est intentionnelle, le dol éventuel étant toutefois suffisant. L'auteur doit donc savoir que la victime n'est pas consentante ou, du moins, en accepter l'éventualité, et il doit vouloir ou, à tout le moins, accepter qu'elle soit contrainte par le moyen qu'il met en oeuvre ou la situation qu'il exploite (Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. I, Berne 2002, p. 748 n. 23 ad art. 190 et les références citées).
Au cas particulier, la cour cantonale a estimé que les circonstances qui ont entouré la soirée du 17 septembre 2004 ne permettaient pas d'exclure le fait que l'intimé n'avait pas conscience de commettre une contrainte sexuelle et notamment qu'il n'était pas conscient que la recourante ne souhaitait pas continuer la relation sexuelle déjà engagée et que le doute qui subsistait sur cette question était suffisamment sérieux pour devoir profiter à l'intimé et conduire à son acquittement.
Pour arriver à cette conclusion, la cour cantonale a tout d'abord rappelé que la recourante avait accepté les préliminaires, avait flirté avec l'intimé et ne l'avait pas repoussé. Lorsque ce dernier lui a tiré violemment les seins, la recourante lui a certes demandé d'aller doucement mais elle n'a pas mis fin aux préliminaires. Elle ne s'est ensuite pas opposée au fait que l'intimé la prenne dans ses bras et la transporte sur le lit, mettant même ses jambes autour de la taille de son partenaire. Elle s'est déshabillée toute seule, ce qui permettait objectivement de conclure qu'elle consentait à avoir un rapport sexuel. Lorsqu'elle a interrompu les ébats, elle a déclaré à l'intimé que c'était pour aller chercher un préservatif, ce qui concrétisait une nouvelle fois sa volonté d'entretenir un rapport sexuel, puis elle a choisi volontairement de revenir dans la chambre et de s'asseoir au bord du lit, alors qu'elle aurait pu se rhabiller ou encore se rendre dans une autre pièce de l'appartement, voire s'y enfermer, pour signifier sa volonté de mettre fin au rapport. Elle n'a pas non plus crié, appelé au secours ni cherché de l'aide. La cour cantonale a encore relevé que s'il n'était pas insoutenable d'admettre que le fait, isolé de son contexte, que la victime ait accompagné l'intimé au parking procédait d'une stratégie d'évitement pour empêcher une réaction violente de sa part, on devait tout de même prendre en considération le comportement dans son ensemble des protagonistes après les faits, qui après avoir fait l'amour se sont rendus sur le balcon pour fumer une cigarette, qui ont passé la nuit dans le même lit et se sont rendus ensemble dans le parking le lendemain et ont échangé un baiser. La recourante n'a pas prié l'intimé de quitter les lieux, elle n'a pas essayé non plus de l'éloigner ou de s'en éloigner.
Ainsi, la cour cantonale a tenu compte, non seulement du comportement des parties après les faits, ce qui était un indice important pour juger de leur relation, mais aussi des faits antérieurs à la relation sexuelle et de ce qui s'est passé pendant l'acte lui-même. Ce faisant, elle n'est pas tombée dans l'arbitraire. En présence de versions contradictoires, il lui appartenait en effet d'examiner l'ensemble du déroulement de la soirée pour apprécier l'intention des protagonistes. On ne voit pas pourquoi il serait insoutenable d'examiner le comportement des protagonistes après l'acte sexuel, qui peut aussi être révélateur de ce qu'ont vécu les parties auparavant et s'expliquer par exemple par la peur, des menaces ou au contraire refléter une entente cordiale. La cour cantonale aurait encore pu ajouter, s'agissant du comportement de la victime pendant l'acte donnant à penser qu'elle consentait à la relation, que celle-ci, assise sur son partenaire, a activement fait en sorte que le rapport se termine rapidement. Le fait pour la victime d'avoir demandé à l'intimé de faire doucement ne signifie pas encore qu'elle s'opposait à l'acte et ne suffit pas à éliminer tout doute sur ce point. Au vu de ces différents éléments, la conclusion de la cour cantonale selon laquelle il subsiste un sérieux doute sur la conscience qu'a eue l'intimé du fait que sa partenaire ne consentait pas à la relation sexuelle et qu'il la contraignait, n'est à l'évidence pas insoutenable et la recourante, qui se limite pour l'essentiel à la contester en lui opposant sa propre appréciation, ne démontre pas le contraire. La cour cantonale n'a pas ignoré non plus, comme le lui reproche la recourante, les aveux de l'intimé en audience des débats, mais elle les a appréciés, considérant que celui-ci n'avait pas avoué avoir passé outre le refus de consentement de la victime, mais, tout en reconnaissant avoir été brusque, a persisté à affirmer, comme il l'a fait tout au long de la procédure, que la recourante ne lui avait jamais demandé d'arrêter, mais l'avait prié d'aller doucement. Dans ces conditions, il n'était pas insoutenable de considérer, comme l'a fait au moins implicitement l'autorité cantonale, les déclarations de l'intimé par lesquelles il aurait dit avoir été prêt à passer outre le refus de la victime dès qu'elle était revenue s'asseoir au bord du lit, comme une hypothèse, qui n'aurait été pertinente que si l'intimé avait eu conscience d'un refus de sa partenaire.
Etant retenu en fait, de manière non arbitraire, que le recourant n'était pas conscient que la victime ne consentait pas à l'acte sexuel, ni par conséquent qu'il la contraignait à subir un tel acte, l'élément subjectif de l'infraction, soit l'intention, est exclu, même sous la forme du dol éventuel.
3. Le recours doit dès lors être rejeté. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). La recourante, qui succombe, supportera les frais (<ref-law>), dont le montant sera fixé en tenant compte de sa situation financière (<ref-law>). Il ne sera pas alloué de dépens à l'intimé qui n'est pas intervenu dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 24 janvier 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Paquier-Boinay