Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind Eigentümer der Parzelle Dotzigen Gbbl. Nr. 160 an der Schulriederstrasse. Das Grundstück liegt nordwestlich des auf der anderen Strassenseite gelegenen Areals der Landi Schweiz AG. Am 8. bzw. 15. Dezember 2003 beschlossen die Gemeindeversammlungen der Einwohnergemeinden (EG) Dotzigen und Büetigen die Überbauungsordnung (ÜO) "Landi-Areal". Diese bezweckt namentlich die Betriebserweiterung der Landi, insbesondere für Verwaltung, Laden und Lager. X._ und Y._ beschritten gegen diese ÜO aus verschiedenen Gründen den Rechtsmittelweg und gelangten bis ans Bundesgericht. Mit Urteil 1A.242/2005 bzw. 1P.576/2005 vom 4. April 2006 befand das Bundesgericht die ÜO "Landi-Areal" als den gesetzlichen Vorgaben entsprechend und wies die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von X._ und Y._ ab.
B. Im gleichen Zeitraum überarbeitete die EG Dotzigen ihre Ortsplanung (Zonenplan, Schutzzonenplan und Baureglement) und legte diese vom 2. April bis 3. Mai 2004 öffentlich auf. Mehrere Personen erhoben Einsprache, u.a. auch X._ und Y._. Am 27. Mai 2004 beschlossen die Stimmberechtigten der Gemeinde die neue Ortsplanung. In der Folge nahm die EG Dotzigen verschiedene Korrekturen an der Planung vor und legte die jeweiligen Änderungen vom 17. März bis 18. April 2005 (zweite Auflage) und vom 4. Mai bis 5. Juni 2006 (dritte Auflage) erneut öffentlich auf. Auch gegen eine Änderung in der zweiten Auflage erhoben X._ und Y._ Einsprache. Am 27. Juni 2006 beschloss der Gemeinderat von Dotzigen die mit der dritten Auflage publizierten Änderungen im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 122 der kantonalen Bauverordnung vom 6. März 1985 (BauV/BE; BSG 721.1). Mit Verfügung vom 16. Januar 2007 genehmigte das Amt für Gemeinden und Raumordnung (AGR) die Revision der Ortsplanung und wies die Einsprachen von X._ und Y._ ab.
C. Gegen die Genehmigungsverfügung gelangten X._ und Y._ an die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK). Diese wies die Beschwerde mit Entscheid vom 15. November 2007 ab, soweit darauf eingetreten werden konnte.
D. Darauf erhoben X._ und Y._ sowohl beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern als auch beim Bundesgericht Beschwerde gegen den Entscheid der JGK. Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts setzte das bundesgerichtliche Verfahren (1C_454/2007) mit Verfügung vom 15. Januar 2008 bis zum Entscheid des Verwaltungsgerichts über die bei ihm anhängige Beschwerde aus.
Das Verwaltungsgericht hat die Beschwerde am 30. April 2008 abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 3. Juni 2008 beantragen X._ und Y._ dem Bundesgericht die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils (1C_256/2008). Weiter stellen sie Antrag auf Abänderung des Art. 29 des kommunalen Baureglementes, so dass Attikageschosse vis-à-vis der Wohnzone nur bewilligt werden dürfen, wenn dadurch die gesamte Gebäudehöhe 12 m nicht übersteigt. In Art. 39 Abs. 6 des Baureglementes sei eine höhere Grünflächenziffer als 10 % vorzuschreiben und die Grünflächenziffer gemäss Art. 40 des Baureglementes sei auf 15 % zu erhöhen. Begrünte Parkierungsflächen und Wege sowie begrünte Dachflächen seien nicht an die Grünfläche anzurechnen. Die Schulriederstrasse sei der Wohnzone zuzuordnen und in deren westlichen Bereich gegenüber dem Areal "Landi" ein Grüngürtel vorzuschreiben.
Der Gemeinderat der Einwohnergemeinde Dotzigen beantragt, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Die JGK schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Auch das Verwaltungsgericht des Kantons Bern stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Nachdem das Verwaltungsgericht über die Sache entschieden hat und der kantonale Instanzenzug nun erschöpft ist, wird das Verfahren 1C_454/2007 gegen den Entscheid der JGK hinfällig. Soweit die Beschwerdeführer beantragen, auch ihre Eingabe gegen den Entscheid der JGK sei zu behandeln, da sie darin andere Rügen vorbringen würden als in derjenigen gegen das Verwaltungsgerichtsurteil, sind sie nicht zu hören: Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nur zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen. Zum Instanzenzug im Kanton Bern ist Folgendes festzuhalten: Nach Art. 61a Abs. 3 Bst. b des kantonalen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG/BE; BSG 721.0) steht die (kantonale) Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Entscheide der JGK offen, soweit gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht möglich ist. Der Rechtsweg an das Verwaltungsgericht ist somit von denselben Voraussetzungen abhängig wie es die (frühere) Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht war (vgl. zum Rechtsweg im Kanton Bern <ref-ruling>). Zudem prüft das Verwaltungsgericht Entscheide der JGK, soweit die EMRK die Beurteilung durch ein unabhängiges Gericht verlangt, namentlich zur Bestreitung des Enteignungsrechts (Art. 61a Abs. 3 Bst. a BauG/BE). Die Beschwerdeführer behaupten nicht, sie hätten vor der JGK Rügen vorgebracht, welche sie aufgrund einer eingeschränkten Kognition des Verwaltungsgerichts vor diesem nicht hätten geltend machen können. Sie wenden sich in der Beschwerde gegen den Entscheid der JGK in erster Linie gegen die Immissionen, welche durch die Fahrten auf der Schulriederstrasse verursacht werden und bemängeln die Erschliessungsplanung, insbesondere die Zuweisung der Schulriederstrasse zur Gewerbezone. Dies haben sie auch vor dem Verwaltungsgericht getan. Auf die Beschwerde gegen den Entscheid der JGK ist darum nicht einzutreten.
1.2 Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (<ref-law>). Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.3 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (<ref-law>). Verlangt ist somit neben der formellen Beschwer (<ref-law>), dass der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt (<ref-law>) und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht (<ref-law>). Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4236). Die Voraussetzungen von <ref-law> hängen eng zusammen; insgesamt kann insoweit an die Grundsätze, die zur Legitimationspraxis bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a des früheren Organisationsgesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) entwickelt worden sind (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 51 f., 379 E. 4b S. 386 f.), angeknüpft werden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 252).
1.4 Die Beschwerdeführer wenden sich in erster Linie gegen Bau- und Zonenvorschriften, welche die Gewerbezone betreffen. Da ihr Grundstück an eine solche angrenzt, sind sie grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (E. 1.5 hienach) einzutreten.
1.5 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn - wie hier - die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.6 Der relevante Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten, weshalb auf den beantragten Augenschein verzichtet werden kann.
2. Die Beschwerdeführer werfen dem Verwaltungsgericht u.a. eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, weil es ebenfalls auf einen Augenschein verzichtet hat und die Akten aus dem Verfahren zur Überbauungsordnung "Landi" nicht beigezogen habe. Aufgrund des formellen Charakters des rechtlichen Gehörs ist über diese Rüge vorab zu entscheiden.
2.1 Der in <ref-law> gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 3a S. 51 und 241 E. 2 S. 242, je mit Hinweisen). Die Begründungspflicht und der Anspruch auf Begründung sind nicht bereits dadurch verletzt, dass sich die urteilende Behörde nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 102; <ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 1a S. 181; <ref-ruling> E. 2c S. 34; <ref-ruling> E. 2c S. 57, je mit Hinweisen). Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428; <ref-ruling> E. 4a S. 211, je mit Hinweisen).
2.2 Verfassungsrechtlich ist dem Verwaltungsgericht nicht vorzuwerfen, dass es auf einen Augenschein vor Ort verzichtet hat. Die Rügen der Beschwerdeführer liessen sich - wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen werden - auch aufgrund der Akten hinlänglich beurteilen, weshalb das Verwaltungsgericht in antizipierter Beweiswürdigung von einem Ortstermin absehen durfte.
3. Die Beschwerdeführer widersprechen der Auffassung des Verwaltungsgerichtes, wonach sie durch die neue Ortsplanung nicht in ihrer Eigentumsfreiheit verletzt würden. Sämtliche in der Planung vorgesehenen Massnahmen wirken sich ihrer Meinung nach direkt auf ihr Grundeigentum aus und würden zu einer erheblichen Beeinträchtigung und zu einem Minderwert ihrer Liegenschaft führen. Es gehe nicht nur um faktische Nachteile, sondern um einen direkten Eingriff in grundeigentümerrechtliche Positionen. Die Beschwerdeführer konkretisieren ihre Rügen mit folgenden Ausführungen:
3.1 Generell sind in der Gewerbezone drei Geschosse mit einer maximalen Gebäudehöhe von 12 m zugelassen (Art. 47 des neuen Gebäudereglements [GBR]). Gemäss Art. 29 Abs. 1 GBR sind in der Dorfzone auf Hauptgebäuden nur Sattel-, Walm- und Krüppelwalmdächer zugelassen, in den Wohnzonen W1 und W2 zusätzlich Pultdächer. In der Wohn- und Gewerbezone wie auch in der (reinen) Gewerbezone ist die Wahl der Dachform freigestellt, Flachdächer sind nach Möglichkeit zu begrünen (Art. 29 Abs. 3 GBR). Nach Abs. 4 der zitierten Norm i.V.m. deren Abs. 7 kann auf Flachdachbauten ein Attikageschoss mit einer Fassadenhöhe von maximal 3 m erstellt werden. Das Attikageschoss wird bei der Bestimmung der Gebäudehöhe gemäss Art. 26 GBR nicht mitgezählt. Die Gesamtfläche des Attikageschosses darf zwei Drittel derjenigen des darunter liegenden Geschosses nicht übersteigen (Art. 29 Abs. 5 GBR). Das Attikageschoss ist - Treppenhaus, Liftaufbauten, Kamine etc. ausgenommen - allseits um wenigstens 1.50 m von der Fassade des darunter liegenden Geschosses zurückzunehmen (Art. 29 Abs. 6 GBR).
Dies kann nach Ansicht der Beschwerdeführer zur Folge haben, dass die Gebäude wesentlich höher werden als heute. Die bereits bestehende erhebliche Sichtbarriere werde verstärkt und eine Gewerbe- oder Industriezone gegenüber einer Wohnzone stark bevorteilt. Die Beschwerdeführer erachten den Wert der Wohnzone dadurch als wesentlich beeinträchtigt. Es müsse eine Interessenabwägung vorgenommen werden, die auch den Interessen der Bewohner in der Wohnzone an der Schulriederstrasse Rechnung trage.
3.2 Diese Ausführungen der Beschwerdeführer vermögen den Begründungsanforderungen weitgehend nicht zu genügen. Soweit die Beschwerdeführer sich damit gegen höhere Bauten auf dem Areal der "Landi" wenden wollen, verkennen sie, dass die dortigen Gebäudehöhen bereits rechtsverbindlich festgelegt wurden: Art. 5 Abs. 1 der Überbauungsvorschriften (ÜV) "Landi-Areal" vom 19. August 2004 sieht nämlich für die Baufelder 1, 3 und 5 eine maximale Gebäudehöhe von 12 m und für das Baufeld 2 eine von 14 m vor. Wenn die Beschwerdeführer die maximal zulässige Höhe auf 12 m beschränken wollen, wenden sie sich in Bezug auf das Baufeld 2 gegen eine rechtskräftige Normierung, was auf eine unzulässige akzessorische Planüberprüfung hinausliefe (vgl. grundlegend <ref-ruling> E. 3 S. 316 ff. und 106 Ia 383; vgl. auch <ref-ruling> E. 12c S. 346).
Zudem zeigt das Verwaltungsgericht auf, dass Attikageschosse in der Gewerbezone schon vorher möglich waren. Die ÜV verweisen in Art. 6 Abs. 1 Satz 2 zur Dachgestaltung auf Art. 36ff. des Baureglementes der Einwohnergemeinde Dotzigen vom 2. Dezember 1991 (aGBR). Art. 36 Abs. 2 des alten Reglements schliesst Flachdachbauten in der Gewerbezone nicht aus, und in Art. 31 Abs. 1 aGBR wurde eine Messweise für die Gebäudehöhe bei Flachdachbauten festgelegt, die nach (unbestrittener) Meinung des Verwaltungsgerichtes auf die Zulässigkeit von Attika schliessen lässt, wurde doch für die Bestimmung der Gebäudehöhe bei Flachdachbauten oberkant die offene oder geschlossene Brüstung als massgeblich erklärt. Die Beschwerdeführer setzen sich mit dieser Argumentation nicht auseinander. Soweit sie sich generell gegen die für die gesamte Gewerbezone geltenden Vorschriften über die Dachgestaltung i.S.v. Art. 29 nGBR wenden, legen sie überdies nicht dar, inwiefern sie stärker als die Allgemeinheit davon betroffen wären.
3.3 Aber auch in dem Umfang, in dem die Beschwerdeführer eine Verletzung in ihrem Grundeigentum und eine Verletzung der Rechtsgleichheit geltend machen, erfüllt ihre Beschwerde die Begründungsanforderungen nicht. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern den Beschwerdeführern wegen der angefochtenen Regelung die Nutzung ihres Grundstückes erschwert oder gar verunmöglicht würde, zumal sie keinen Anspruch auf unverbaute Aussicht haben. Auch ist dem Verwaltungsgericht nicht vorzuwerfen, dass es die diesbezüglichen Rügen ebenfalls als unzureichend substantiiert erachtet hat. Es ist unbehelflich, wenn sich die Beschwerdeführer nun darauf berufen, sie hätten am vom Verwaltungsgericht verweigerten Augenschein den Eingriff in ihre Eigentumsrechte darlegen wollen, solange sie in ihrer Beschwerdebegründung eine eingehendere Argumentation vermissen lassen.
Sodann kommt dem Gleichbehandlungsgrundsatz bei Planungsmassnahmen nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts nur eine abgeschwächte Bedeutung zu. Ein Grundeigentümer hat keinen aus <ref-law> folgenden Anspruch darauf, im Zusammenhang mit dem Erlass einer Zonenordnung gleich behandelt zu werden wie alle übrigen Grundeigentümer, die von einer Raumplanungsmassnahme berührt werden. Es liegt im Wesen der Ortsplanung, dass Zonen gebildet und irgendwo abgegrenzt werden müssen und dass Grundstücke ähnlicher Lage und Art bau- und zonenrechtlich völlig verschieden behandelt werden können. Verfassungsrechtlich genügt, dass die Planung sachlich vertretbar, d.h. nicht willkürlich ist. Das Gebot der Rechtsgleichheit fällt insoweit mit dem Willkürverbot zusammen (ZBl 101 2000 143 E. 5b; <ref-ruling> E. 6e/bb S. 249). Bereits die JGK hatte in ihrem Entscheid auf diese Grundsätze hingewiesen. Die Beschwerdeführer äussern sich in keiner Hinsicht zu diesen Aspekten, sondern werfen dem Verwaltungsgericht Rechtsverweigerung und Willkür vor, weil auch es diese Rechtsprechung zitiert hat. Die "Landi Schweiz" werde in ihrer gesamten Planung wesentlich besser behandelt als die Anwohner und es lägen krasse Unterschiede vor, wie die Grundstücke der Anwohner und diejenigen der "Landi Schweiz" bau- und planungsrechtlich behandelt würden. Diese Schilderung der Problematik erschöpft sich in unbelegten Behauptungen und appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid, auf die nicht einzutreten ist.
3.4 Im Zwischenergebnis kann festgehalten werden, dass die gegen Art. 29 GBR vorgebrachten Rügen als unbegründet abzuweisen sind, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Das zuvor Gesagte gilt auch für die Rüge der Beschwerdeführer, wonach die im GBR vorgesehene Grünflächenziffer in der Gewerbezone an sich schon ungenügend sei. Zusätzlich machen sie geltend, in der Wohnzone würden höhere Ansprüche an die Wohn- und Lebensqualität gestellt als in der Gewerbezone. Da aber letztere an die Wohnzone angrenze, sei es offensichtlich falsch, die Grünflächenziffer der Gewerbezone noch von 15 % auf 10 % zu senken. Das Verwaltungsgericht sei zu Unrecht in diesem Punkt nicht auf ihre Beschwerde eingetreten, weil es fälschlicherweise eine Betroffenheit in zivilen Rechten gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK verneint habe. Sie seien nämlich durch die äusserst geringe Grünflächenziffer auf dem benachbarten "Landi"-Areal noch stärker beeinträchtigt als bis anhin. Gerade durch den beantragten Augenschein hätten sie ihre Sicht der Dinge und insbesondere die massive Beeinträchtigung darlegen wollen.
Diese Ausführungen genügen den Begründungsanforderungen nicht. Weder wird damit Willkür noch ein widerrechtlicher Grundrechtseingriff dargetan. Zudem blenden die Beschwerdeführer aus, dass sich das Verwaltungsgericht sehr wohl mit ihren Argumenten auseinander gesetzt und dabei den Entscheid der JGK geschützt hat. Auf die Ausführungen in E. 3.2 des angefochtenen Urteils gehen die Beschwerdeführer nicht ein, sondern werfen dem Verwaltungsgericht lediglich pauschal vor, es habe zu Unrecht ihre Betroffenheit in zivilen Rechten verneint. Es kann auf die zutreffenden Erwägungen im Urteil des Verwaltungsgerichts verwiesen werden (<ref-law>).
5. Weiter beantragen die Beschwerdeführer, die Schulriederstrasse sei der Wohnzone zuzuordnen. Gemäss dem revidierten Zonenplan befinde sich die Strasse innerhalb des Perimeters der "Zone mit Planungspflicht (ZPP) Nr. 7, Schulrieder", und damit im Gewerbegebiet. Entsprechend werde die Schulriederstrasse von der "Landi" auch genutzt. Bei Erstellung der ZPP sei für das Areal der "Landi" in südwestlicher Richtung eine Entlastungsstrasse vorgesehen und gebaut worden. Von Seiten der Gemeinde und auch der "Landi" sei immer wieder argumentiert worden, die neue Erschliessungsstrasse diene der Entlastung des Dorfes und der Schulriederstrasse. Die neue Strasse werde jedoch kaum genutzt, die Schulriederstrasse dagegen noch immer durch die Lastwagen der "Landi" befahren, was zu ganz erheblichen Beeinträchtigungen und Immissionen führe. Die "Landi" benütze die Strasse quasi als Privatstrasse und Erweiterung ihres Areals. Bei der "Landi" werde nicht nur tagsüber, sondern auch nachts gearbeitet. Somit seien die Immissionen während 24 Stunden und zum Teil sogar übers Wochenende massiv störend. Die Zuweisung der Schulriederstrasse zur Gewerbezone sei zudem erst nachträglich publiziert worden. Wäre die Publikation rechtzeitig erfolgt, hätten sich mit Sicherheit mehr Anwohner dagegen gewehrt.
Als falsch erachten die Beschwerdeführer die Annahme des Verwaltungsgerichts, wonach die Schulriederstrasse im Perimeter der Überbauungsordnung "Landi" liege und die entsprechenden Rügen im damaligen Planverfahren hätten vorgebracht werden müssen. Dadurch, dass die Schulriederstrasse in die Zonenplanrevision mit einbezogen worden sei, könnten auch Rügen dagegen geltend gemacht werden.
5.1 Die Vorinstanzen bestreiten nicht, dass die Schulriederstrasse innerhalb des Perimeters der rechtskräftig genehmigten Überbauungsordnung "Landi Areal" liegt, welche gestützt auf die ZPP Nr. 7 "Schuelrieder" für dieses Gebiet erlassen wurde. Gemäss Art. 40 GBR sind für Art und Mass der Nutzung der ZPP die Vorschriften über die Gewerbezone massgebend. Das Verwaltungsgericht hält den Beschwerdeführern indes entgegen, dass mit der Änderung des Zonenplans vom März 2005 der Perimeter der ZPP lediglich dem Perimeter der Überbauungsordnung angepasst wurde. Die JGK habe zu Recht darauf hingewiesen, dass gemäss dem revidierten Zonenplan die Grenze der Gewerbezone G nach wie vor auf der Ostseite der Schulriederstrasse verlaufe und letztere im Zonenplan keiner bestimmten Zone zugewiesen worden sei. Aus Zonenplänen ergäben sich in der Regel keine rechtlichen Feststellungen bezüglich Erschliessungsstrassen. Die Schulriederstrasse gelte als Basiserschliessung und solle durch die Erschliessungsstrasse entlang der Bahn entlastet werden. Die JGK habe auch zutreffend erwogen, dass sich an den Festlegungen in der Überbauungsordnung "Landi" auch durch die Zuordnung der Schulriederstrasse zur Wohnzone nichts ändern würde. Was die Immissionen anbelangt, verweist das Verwaltungsgericht auf seinen Entscheid vom 18. Juli 2005 und das danach ergangene Urteil 1A.242/2005 des Bundesgerichts vom 4. April 2006.
5.2 Das Verwaltungsgericht stellt die Rechtslage treffend dar. Es ist nicht ersichtlich und wird von den Beschwerdeführern auch nicht dargetan, welche Vorteile eine Zuweisung der Schulriederstrasse zur Wohnzone für sie zur Folge hätte. Strassenareal ist in den Nutzungsplänen meist als zur Bauzone gehörige weisse Fläche ausgeschieden. Es ist der Zone zuzurechnen, in der es liegt (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 350). Entscheidend für die Frage, welche die Beschwerdeführer interessiert, ist aber das Erschliessungskonzept. Dieses sieht beim Vollausbau der "Landi" die Entlastung über die Erschliessungsstrasse entlang der Bahn vor. Art. 11 Abs. 2 der rechtskräftig beschlossenen ÜV hält ausdrücklich fest, dass diese Arealzufahrt als Entlastung der Bahnhofstrasse und der Schulriederstrasse von Dotzigen vom Schwerverkehr dienen soll. Gemäss Art. 10 Abs. 1 ÜV gilt die Schulriederstrasse als Basiserschliessung. Was die diesbezüglichen Immissionen anbelangt, kann auf E. 5 des Urteils 1A.242/2005 vom 4. April 2006 verwiesen werden. Die von den Beschwerdeführern geltend gemachten Mängel - wie etwa der Nachtverkehr - stellen allenfalls ein Vollzugsproblem dar, welches jedoch nicht grundsätzlich auf eine fehlerhafte Planung schliessen lässt.
5.3 Nicht massgeblich ist, ob sich bei früherer Publikation der Planänderung mehr Anwohner dagegen gewandt hätten, zumal die Beschwerdeführer nicht dartun, dass die Auflage regelwidrig erfolgt wäre. Entscheidend ist aus rechtlicher Sicht nicht die Anzahl der gegen die Planung eingereichten Einsprachen, sondern ob die vorgesehenen Massnahmen den gesetzlichen Vorgaben entsprechen.
5.4 Auch diese Rüge der Beschwerdeführer ist demnach abzuweisen.
6. Schliesslich erachten die Beschwerdeführer das Gestaltungskonzept für den Grüngürtel entlang der Schulriederstrasse als ungenügend. Auch wenn angeführt werden könne, dass die Gewerbezone und die Wohnzone nicht den gleichen Empfindlichkeitsstufen zugeordnet seien, seien doch weitere Massnahmen zur Immissionsreduktion nötig. Es sei Sinn und Zweck des Zonenplans, die einzelnen Zonen aufeinander abzustimmen und die notwendigen Massnahmen zu treffen, damit die Immissionen in der Wohnzone gering blieben. Der vorliegende Zonenplan genüge diesen Anforderungen nicht.
6.1 Auch diese Rüge erfüllt die Begründungsanforderungen nicht. Weder wird aufgezeigt, welche Norm durch den angefochtenen Entscheid inwiefern verletzt sein soll noch werden die behaupteten Mängel in irgendeiner Weise belegt. Darauf ist nicht einzutreten. Im Übrigen kann auf die überzeugenden Argumente des Verwaltungsgerichts in E. 4.4 des angefochtenen Urteils verwiesen werden (<ref-law>).
7. Desgleichen kann auf die Rüge nicht eingetreten werden, wonach bei der Ortsplanung nicht beachtet worden sei, dass die Grenze der Uferschutzzone durch die Schulriederstrasse verlaufe und sich allein aus dieser Tatsache ergebe, dass die Schulriederstrasse nicht einer Arbeitszone zugewiesen werden dürfe. Eine rechtsgenügliche Begründung für diese Vorhalte fehlt.
8. Auf die übrigen Ausführungen der Beschwerdeführer ist ebenfalls nicht einzutreten, zumal sie selber zugestehen, dass diese Bemerkungen "juristisch nicht direkt Einfluss auf die vorliegende Beschwerde" hätten.
9. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde 1C_256/2008 abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Auf die Beschwerde 1C_454/2008 ist mangels Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheides nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde 1C_454/2007 wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde 1C_256/2008 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
4. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Einwohnergemeinde Dotzigen, der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer