Faits:
A. Victime d'un accident de la circulation survenu en 1979, S._, né en 1958, a présenté de graves lésions au plexus brachial, lesquelles ont entraîné la paralysie complète du membre supérieur droit. Dès le 1er septembre 1981, la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) a octroyé au prénommé une rente d'invalidité de 33,33 %, augmentée à 50 % par décision du 5 septembre 1997. En 1997 également, elle a alloué à l'assuré une indemnité pour atteinte à l'intégrité pour tenir compte de « l'aggravation des séquelles subies depuis le 1er janvier 1984 ». L'assuré a continué de travailler malgré son handicap, notamment, à un taux d'occupation de 50 % comme peintre en carrosserie.
Le 15 septembre 2002, alors que S._ était en train de peindre un camion sur son lieu de travail, il a chuté et s'est blessé à l'épaule gauche. Un examen par imagerie médicale (IRM) du 27 avril 2004 a mis en évidence une rupture du tendon du muscle sus-épineux sur toute sa largeur, avec rétraction tendineuse à hauteur de la région équatoriale de la tête humérale sur environ 7 mm; un fragment distal de ce tendon restait inséré au niveau de la grande tubérosité humérale.
Dans un rapport du 6 mai 2004, le docteur A._, spécialiste en chirurgie orthopédique, a posé les diagnostics suivants: déchirure transfixiante, intermédiaire, voire rétractée à la glène du tendon du muscle sus-épineux en ce qui concerne l'épaule gauche (septembre 2002) et paralysie complète du membre supérieur droit post-arrachement du plexus brachial (1979).
Le 3 septembre 2004, le docteur T._, spécialiste en chirurgie orthopédique, a procédé à la réinsertion d'une rupture complète du sus- et du sous-épineux, à une acromioplastie et à une tenodèse du LCB (long chef du biceps) de l'épaule gauche.
Dans un avis du 23 mars 2005, le docteur T._ s'est exprimé sur l'état de santé de S._. Selon les conclusions de ce médecin, l'évolution à ce jour est tout à fait satisfaisante puisque l'assuré a retrouvé une fonction complète. En revanche, la force ainsi que la resistance resteront limitées, comme c'est le cas habituellement après réparation des grandes lésions de la coiffe. Sous l'angle professionnel, il ne semble pas souhaitable et encore moins raisonnable que l'assuré reprenne son activité de carrossier sous peine de compromettre à plus long terme son indépendance ne serait-ce que dans les gestes quotidiens. Néanmoins, s'agissant d'une personne particulièrement volontaire, sur laquelle l'inactivité risque de peser, on peut envisager une activité plus légère et mieux adaptée à sa condition. Il s'agirait davantage d'une occupation que d'un réel travail, sans aucune considération de rendement, d'efficacité ou de pourcentage.
L'assuré a été examiné le 31 janvier 2006 par le docteur E._, spécialiste en chirurgie et médecin d'arrondissement de la CNA. Celui-ci a fait état, en ce qui concerne l'épaule gauche, de douleurs à la palpation de la région sous-acromiale, à la face antérieure de la tête humérale ainsi qu'à la mobilisation du long chef du biceps. Selon ce médecin, la mobilité active est limitée. L'abduction active atteint l'horizontal tandis que la flexion active est possible un peu au-dessus de l'horizontal. Le docteur E._ signale également une diminution de l'amplitude pour l'adduction et l'extension actives. La rotation externe avec le bras accolé au corps est de 30° et la rotation interne est possible jusqu'à L4. La force d'abduction en position neutre est bonne tandis qu'elle est fortement diminuée à l'horizontal. De plus, on note une diminution de la mobilisation passive pour l'abduction et la flexion. Le cas est stabilisé si bien que la liquidation peut être envisagée. En ce qui concerne l'exigibilité, le docteur E._ se rallie à l'avis du docteur T._ du 7 février 2005. Compte tenu des séquelles des deux accidents, une reprise de l'activité lucrative n'est plus exigible sous quelque forme que ce soit. Le membre supérieur droit avec une main plégique ne peut pas servir comme aide et même des petites manipulations avec la main gauche ne sont presque pas possibles. Des mouvements répétitifs avec le membre supérieur gauche ne sont pas exigibles pas plus que le port de charges. Le docteur E._ a estimé à 15 % l'atteinte à l'intégrité résultant de l'accident du 15 septembre 2002 (rapport du 7 février 2006 et rapport du 8 février 2006).
Par décision du 23 mai 2006, la CNA a octroyé à S._ une rente d'invalidité, dès le 1 avril 2006, fondée sur une perte de gain de 75% ainsi qu'une indemnité pour atteinte à l'intégrité de 15 %. L'assuré a contesté ce dernier taux en faisant valoir que l'estimation de la CNA était trop schématique et ne tenait pas compte d'un certain nombre d'éléments. Il concluait à ce que le taux de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité soit fixé à 30 %. Par décision du 11 juillet 2006, la CNA a rejeté l'opposition dont elle était saisie.
B. S._ a déféré la décision sur opposition de la CNA au Tribunal cantonal des assurances du Valais qui l'a débouté par jugement du 13 juillet 2007.
C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert l'annulation en concluant à l'octroi d'une indemnité pour atteinte à l'intégrité principalement de 30 % (32'040 fr.) et subsidiairement de 25 % (26'700 fr.).
La CNA conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Dans la procédure de recours concernant l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'état de fait constaté par la juridiction précédente (art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF).
Par ailleurs, compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui.
2. 2.1 Selon l'<ref-law>, si, par suite de l'accident, l'assuré souffre d'une atteinte importante et durable à son intégrité physique, mentale ou psychique, il a droit à une indemnité équitable pour atteinte à l'intégrité (al. 1). L'indemnité est fixée en même temps que la rente d'invalidité ou, si l'assuré ne peut prétendre à une rente, lorsque le traitement médical est terminé (al. 2). Le droit à la rente prend naissance dès qu'il n'y a plus lieu d'attendre de la continuation du traitement médical une sensible amélioration de l'état de l'assuré et que les éventuelles mesures de réadaptation de l'assurance-invalidité ont été menées à terme (art. 19 al. 1, première phrase, LAA).
2.2 Selon l'<ref-law>, une atteinte à l'intégrité est réputée durable lorsqu'il est prévisible qu'elle subsistera avec au moins la même gravité pendant toute la vie. Elle est réputée importante lorsque l'intégrité physique, mentale ou psychique subit, indépendamment de la diminution de la capacité de gain, une altération évidente ou grave. Cette disposition de l'ordonnance a été jugée conforme à la loi en tant qu'elle définit le caractère durable de l'atteinte (<ref-ruling> consid. 2 p. 227).
2.3 L'indemnité pour atteinte à l'intégrité est allouée sous forme d'une prestation en capital. Elle ne doit pas excéder le montant maximum du gain annuel assuré à l'époque de l'accident et elle est échelonnée selon la gravité de l'atteinte à l'intégrité (<ref-law>).
3. 3.1 Pour fixer le taux de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité en ce qui concerne l'épaule gauche, les premiers juges se sont fondés sur les rapports du médecin d'arrondissement des 7 et 8 février 2006. Ce dernier a estimé à 15 % le taux d'atteinte à l'intégrité pour une épaule mobile jusqu'à l'horizontal en fonction de la table 1.2 (de la CNA: taux d'atteinte à l'intégrité résultant de troubles fonctionnels des membres supérieurs).
3.2 Le recourant conteste le montant de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité fixé par l'intimée et les premiers juges, au motif qu'il ne subit pas une simple limitation de la mobilité de l'épaule gauche, mais une gêne fonctionnelle beaucoup plus importante qui le limite dans les actes de la vie quotidienne. Lorsqu'il fait le moindre effort, il ressent des douleurs persistantes à la face antérieure de l'épaule gauche. Ces douleurs surviennent en particulier lorsqu'il marche et que son bras gauche se balance ou aussi après qu'il a mangé. Ces douleurs revêtent parfois une intensité telle qu'elles l'empêchent de dormir. En position allongée, s'il se trouve sur le côté gauche, des douleurs supplémentaires apparaissent. Hormis cette symptomatologie douloureuse, le recourant se dit diminué lorsqu'il est, pour certaines activités de la vie quotidienne, totalement dépendant de l'aide de ses proches. C'est ainsi qu'il ne peut pas passer un pull ou une chemise seul, ni prendre une douche sans l'assistance d'un tiers.
3.3 L'annexe 3 à l'OLAA comporte un barème des atteintes à l'intégrité en pour cent du montant maximum du gain assuré. Ce barème - reconnu conforme à la loi - ne constitue pas une énumération exhaustive (<ref-ruling> consid. 1b p. 32, 209 consid. 4a/bb p. 210 et les références). Il représente une «règle générale» (ch. 1 al. 1 de l'annexe). Pour les atteintes qui sont spéciales ou qui ne figurent pas dans la liste, il y a lieu d'appliquer le barème par analogie, en tenant compte de la gravité de l'atteinte (ch. 1 al. 2 de l'annexe). A cette fin, la division médicale de la CNA a établi des tables complémentaires comportant des valeurs indicatives destinées à assurer autant que faire se peut l'égalité de traitement entre les assurés. Ces tables émanant de l'administration ne constituent pas une source de droit et ne lient pas le juge, mais sont néanmoins compatibles avec l'annexe 3 à l'OLAA (<ref-ruling> consid. 1c p.32 sv., 209 consid. 4a/cc p. 211).
3.4 La table 1.2. prévoit, en ce qui concerne l'épaule, un taux d'atteinte à l'intégrité de 30 pour cent pour une épaule bloquée en adduction, de 10 pour cent pour une épaule mobile jusqu'à 30 degrés au dessus de l'horizontale, et de 15 pour cent pour une épaule mobile jusqu'à l'horizontale. En l'espèce, il ressort des constatations du docteur E._ - qui se fondent sur un examen clinique approfondi et dont il n'y a pas lieu de remettre en cause l'exactitude - que la mobilité de l'épaule est réduite jusqu'à l'horizontale (l'abduction active atteint l'horizontal tandis que la flexion active est possible un peu au dessus de l'horizontal). Le taux de 15 pour cent retenu par la CNA et les premiers juges correspond dès lors bien au handicap du recourant.
4. Les motifs invoqués par ce dernier ne justifient pas que l'on s'écarte de ce taux :
Une indemnité fondée sur un taux de 30 pour cent, que le recourant voudrait se voir allouer, à titre principal, correspondrait à une épaule totalement bloquée en adduction. Les premiers juges se réfèrent par ailleurs à juste titre à l'arrêt du 23 juin 2003, U 192/02, dans lequel le Tribunal fédéral des assurances n'a pas retenu un taux supérieur à 15 pour cent dans le cas d'un assuré présentant une atteinte semblable à celle du recourant. Contrairement à ce que soutient le recourant, le fait qu'en l'espèce l'incapacité de gain est supérieure à celle reconnue dans cet arrêt à l'assuré concerné n'est pas déterminant. La fixation de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité dépend en effet uniquement de facteurs médicaux objectifs valables pour tous les assurés, sans égard à des considérations d'ordre subjectif ou personnel; elle n'est d'aucune manière liée à l'importance de l'incapacité de gain qu'elle est susceptible ou non d'entraîner (<ref-ruling> consid. 4a p. 221).
Quant au fait que le recourant, selon ses déclarations au docteur E._, continue à ressentir des douleurs à la face antérieure de l'épaule qui se manifestent lors des mouvements ou d'efforts ou encore la nuit lorsqu'il se tourne, il est intrinsèquement lié à la diminution de la mobilité provoquée par la nature même de l'atteinte et ne saurait dès lors justifier une augmentation du taux de l'indemnisation (voir également l'arrêt U 192/02 précité, dans lequel le handicap de l'assuré s'accompagnait de certaines douleurs). Enfin, comme le relèvent les premiers juges, les gênes fonctionnelles dont souffre le recourant sont pour une part notable dues à la paralysie de son membre supérieur droit, consécutive à l'accident survenu en 1979. Cet accident - qui a laissé subsisté des séquelles sans rapport avec l'atteinte à l'épaule gauche - a donné naissance à des prestations régies par la LAMA. Cette loi ne connaissait pas l'indemnité pour atteinte à l'intégrité, qui a été introduite par la LAA, entrée en vigueur le 1er janvier 1984. Il n'y a donc pas lieu de tenir compte des suites de cet accident qui existaient au 31 décembre 2003 (art. 118 al. 2 let. c LAA; voir Thomas Frei, Die Integritätsentschädigung nach Art. 24 und 25 nach dem Bundesgesetz über die Unfallversicherung, thèse Fribourg 1997, p. 132 sv.).
5. Vu ce qui précède, les griefs du recourant sont infondés, ce qui entraîne le rejet de ses conclusions. Il supportera les frais de procédure, conformément à l'<ref-law>.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, d'un montant de 500 fr, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 9 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Ursprung Berset