Faits:
A. Le 11 mars 2004, vers 1h00, A._ conduisait un train routier, propriété de la société Y._ SA, à la vitesse de 29 km/h sur l'autoroute - limitée à 80 km/h à l'endroit de l'accident (rapport d'expertise du 10 février 2007, ch. 4.7) - de La Chaux-de-Fonds en direction de Neuchâtel.
La chaussée était enneigée et glissante.
A la sortie d'une tranchée couverte, où la route décrit une grande courbe à gauche avec une légère déclivité latérale, B._, au volant d'un autre train routier, propriété de la société V._ SA, a dépassé A._ à une allure de 36 km/h. Les deux trains routiers sont alors entrés en contact. Au terme de l'accrochage, le véhicule A._ s'est retrouvé en position de L et le véhicule B._ coincé contre la glissière centrale par la remorque du premier camion.
Renvoyés devant le Tribunal de police du Val-de-Ruz pour perte de maîtrise et vitesse inadaptée notamment, les deux conducteurs ont été acquittés, au bénéfice du doute. Lors de l'audience, le témoin C._, qui suivait les deux camions avec son véhicule 4x4, a précisé que la "route était glissante, couverte d'une couche de neige de 5 à 10 cm, avec dessous, une couche de glace".
B. Le 23 décembre 2004, Y._ SA a ouvert action en paiement contre Assurances X._, l'assureur responsabilité civile de V._, en vertu de l'action directe découlant de l'<ref-law>. Alléguant que le chauffeur B._ porte la responsabilité exclusive de l'accident, elle a réclamé 62'334 fr. 70 pour le dommage matériel découlant de l'accident, et 3'437 fr. 80 de frais d'avocat avant procès.
Assurances X._ s'est opposée à la demande en alléguant que l'accident a été causé par la remorque du chauffeur A._, celle-ci ayant heurté l'avant droit du véhicule B._. Reconventionnellement, elle a conclu au paiement de 6'027 fr. 10, montant qu'elle a dû payer pour la réparation de la glissière de sécurité.
Lors de l'instruction, le témoin C._ a déclaré que les conditions de circulation étaient "plus qu'impossibles" la nuit de l'accident et précisé que "lors du constat [ils] tenai[en]t à peine debout tant cela glissait". Au moment où le second conducteur a entamé son dépassement, le témoin s'est dit "qu'il ne passerait jamais" car lui-même, avec son véhicule 4x4, tenait "à peine sur la route".
La cour cantonale a ordonné une expertise technique. Dans le rapport d'analyse dynamique d'accident du 10 février 2007, l'expert retient que le train routier A._ s'était déplacé vers la gauche et empiétait partiellement sur la voie de dépassement. Cet écart tient à "une raison indéterminée (écart de volant, perte de maîtrise ou glissement du train routier)". S'il est certain "que le train routier était en décélération avant le choc, l'expert ajoute qu' "il n'est pas possible d'établir un lien avec la décélération et une glissade éventuelle provoquée par celle-ci".
Par jugement du 5 janvier 2009, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a condamné Assurances X._ à payer à Y._ SA 26'708 fr. 85 et débouté les parties de toutes autres conclusions. Il a considéré que, le chauffeur B._ ayant commis une sérieuse imprudence qui constitue la cause majeure de l'accident, Assurances X._ devait supporter les 3⁄4 du dommage, le 1⁄4 restant devant être supporté par Y._ SA, le chauffeur A._ ayant commis une légère faute.
C. Assurances X._ recourt en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement du 5 janvier 2009. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 61, 32 al. 1, 35 al. 3 LCR et l'art. 4 al. 2 OCR en retenant la responsabilité du chauffeur B._, alors même que celui-ci a toujours gardé la maîtrise de son train routier. Au surplus, elle conteste l'existence du lien de causalité adéquate entre la vitesse inadaptée aux circonstances et l'accident.
Y._ SA conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.

Considérant en droit:
1. 1.1 La valeur litigieuse est déterminée, en cas de recours contre une décision finale, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>) et non par le dispositif de son jugement. Il en résulte que la valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. requise par l'<ref-law> est ici atteinte.
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62 - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). En l'espèce, la recourante n'a pas contesté les faits sous l'angle de l'arbitraire et le Tribunal fédéral conduira donc son raisonnement juridique sur la base des faits établis par la cour cantonale (<ref-law>).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. La cour cantonale relève à bon droit que la responsabilité civile des détenteurs des véhicules impliqués dans l'accident litigieux doit être déterminée en fonction des fautes commises par l'un ou l'autre de ces détenteurs dès lors que ni les risques inhérents à l'emploi des véhicules en cause (ces risques sont égaux), ni une éventuelle défectuosité de l'un de ceux-ci n'ont contribué concrètement à la survenance de cet accident (art. 61 al. 1 et 2 LCR; arrêt 4C.192/1993 du 11 janvier 1994 consid. 1 et les réf.; arrêt 4C.341/1992 du 25 février 1993 consid. 4; <ref-ruling> consid. 2 p. 95 ss; <ref-ruling> consid. 2b p. 52).
Pour établir la responsabilité du chauffeur B._, il convient préalablement d'examiner les normes légales dont la violation est contestée par la recourante.
3. 3.1 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé les <ref-law> et 4 al. 2 OCR. Elle considère que l'obligation de circuler à une vitesse adaptée aux circonstances (<ref-law>), ou de rouler lentement (dans les situations prévues à l'art 4 al. 2 OCR), exige du conducteur qu'il conserve la maîtrise de son véhicule dans les circonstances du lieu et du moment. Elle relève que le chauffeur B._ n'a à aucun moment perdu la maîtrise de son train routier, mais que seul le conducteur A._ a perdu la maîtrise du sien, pour des raisons indéfinies. Retenir la responsabilité du chauffeur B._ reviendrait ainsi à admettre qu'il aurait dû prévoir que le conducteur du véhicule dépassé commettrait une faute de circulation.
3.2 L'argumentation de la recourante ne trouve aucun écho dans la formulation adoptée par le législateur à l'<ref-law> qui exige que la vitesse soit adaptée aux circonstances. La violation de l'<ref-law> n'est pas subordonnée à la condition de la perte de maîtrise du véhicule. Adopter le raisonnement de la recourante reviendrait à admettre que si le conducteur respecte les limitations de vitesse fixées par le Conseil fédéral à l'art. 4a al. 1 OCR et qu'il ne perd pas la maîtrise de son véhicule, l'<ref-law> ne peut être violé, alors même qu'un danger objectif résulterait de la vitesse inadaptée aux circonstances. Cela ne correspond manifestement pas à l'intention du législateur qui a expliqué que l'obligation générale de l'<ref-law> faisait appel à la responsabilité de chaque citoyen qui doit adapter son comportement en fonction de l'ensemble des circonstances (cf. le survol de GIGER, Strassenverkehrsgesetz, Kommentar, 7e éd. 2008, no 2 ad <ref-law>, avec les réf. aux travaux préparatoires). A l'<ref-law>, le législateur vise clairement une vitesse inadaptée en tant que facteur de risque, indépendamment de toute perte de maîtrise.
3.3 L'<ref-law> dispose que la vitesse doit toujours être adaptée aux circonstances, notamment aux particularités du véhicule et du chargement, ainsi qu'aux conditions de la route, de la circulation et de la visibilité. Cette règle implique notamment qu'on ne peut circuler à la vitesse maximale autorisée que si les conditions de la route, du trafic et de visibilité sont favorables (<ref-ruling> consid. 4b p. 291; <ref-ruling> consid. 4a p. 132). Ainsi, une vitesse inadaptée, considérée comme constitutive d'une mise en danger grave de la sécurité au sens de l'<ref-law>, a-t-elle été retenue dans le cas d'un automobiliste qui, malgré une forte pluie, avait circulé sur une autoroute à environ 120 km/h et qui était parti en dérapage à cause de l'aquaplaning (<ref-ruling> consid. 4c p. 315 s.). Une vitesse inadaptée a également été admise s'agissant d'un conducteur qui avait dérapé sur une route verglacée en raison de sa vitesse, alors que les circonstances auraient dû l'inciter à prévoir cette éventualité (<ref-ruling> consid. 2 p. 242). Dans un obiter dictum, le Tribunal fédéral a relevé que la vitesse devrait être considérée comme inadaptée également dans le cas du conducteur qui, dans une localité, circulerait à 50 km/h à proximité d'un jardin d'enfants au moment où des enfants se trouvent à cet endroit, en raison du risque important créé dans un lieu où circulent des usagers particulièrement vulnérables (piétons, cyclistes) (ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 132).
L'examen de l'adaptation de la vitesse aux circonstances, dans leur ensemble, est en principe une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement. Mais, comme la réponse dépend pour beaucoup de l'appréciation des circonstances locales par l'autorité cantonale, à laquelle il faut laisser une certaine latitude, le Tribunal fédéral ne s'écarte de cette appréciation que lorsque des raisons impérieuses l'exigent (<ref-ruling> consid. p. 229; <ref-ruling> consid. 1 p. 142; <ref-ruling> consid. 2 p. 102; GIGER, op. cit., no 17 ad <ref-law>; SCHAFFHAUSER, Grundriss des schweizerischen Strassenverkehrsrechts, vol. I, 2e éd. 2002, p. 264 n. 574).
3.4 En l'espèce, la vitesse absolue de 36 km/h, qui apparaît certes peu élevée, n'est donc pas déterminante. Lorsque la route est recouverte de neige et de glace, l'art. 4 al. 2 OCR impose d'ailleurs au conducteur d'adopter une vitesse lente. Parfois, en particulier lorsque la chaussée est gelée, il sera même nécessaire de rouler au pas (<ref-ruling> consid. 1a p. 223; GIGER, op. cit., no 19 ad <ref-law> et les réf.).
Il a été retenu (<ref-law>) que la nuit de l'accident, la route était recouverte d'une couche de glace et de 5 à 10 cm de neige. Le dépassement a eu lieu dans une grande courbe présentant une légère déclivité latérale, ce qui favorisait nettement le risque de glissade au vu des conditions de circulation qualifiées de "plus qu'impossibles" par le témoin C._. Le dépassement impliquait deux changements de trajectoire (déboîtement à gauche, puis après avoir remonté le véhicule dépassé, rabattement à droite) sur une chaussée enneigée et couverte de glace, ce qui augmentait encore le danger créé par la vitesse adoptée par le conducteur B._. Pourtant au volant d'une voiture 4x4, le témoin C._ a expliqué que lui-même tenait "à peine sur la route". Au vu de l'inertie de son camion - bien supérieure à celle d'une voiture -, on voit mal que le conducteur B._ ait adopté, au vu de l'état de la chaussée la nuit de l'accident, une vitesse susceptible d'appréhender les éventuelles obstacles pouvant se présenter de façon imprévue devant lui, exigence découlant de l'<ref-law> (cf. entre autres auteurs: Bussy/Rusconi, op. cit., no 1.24 ss ad <ref-law>).
Dans ces conditions, aucune raison impérieuse n'oblige à s'écarter de l'appréciation effectuée par la cour cantonale. C'est sans violer le droit fédéral que celle-ci a qualifié la vitesse du conducteur B._ d'excessive.
4. 4.1 La recourante considère que la cour cantonale a violé le droit fédéral, en retenant, sur la base de l'<ref-law>, que le chauffeur B._ n'avait pas fait preuve d'égards en ce qui concerne le conducteur du véhicule dépassé. Selon elle, ce reproche ne peut être fait au chauffeur qui a gardé la parfaite maîtrise de son véhicule.
4.2 En l'espèce, le dépassement a eu lieu sur la voie de l'autoroute allant en direction de Neuchâtel, soit une route composée de deux voies allant dans la même direction (cf. <ref-law>). L'<ref-law> est également applicable dans ce cas de figure, la différence principale, par rapport à une route avec circulation dans les deux sens, étant que le conducteur qui dépasse n'a pas à compter avec la survenance d'un véhicule circulant en sens inverse; le conducteur doit cependant pouvoir réagir en freinant, voir en s'arrêtant si nécessaire, ou en réintégrant la voie de droite, si un obstacle (par exemple une voiture en panne) obstrue la voie de dépassement (BUSSY/RUSCONI, op. cit., no 2.10 ad <ref-law>; SCHAFFHAUSER, op. cit., p. 334 n. 728).
4.3 Le conducteur B._ a entrepris le dépassement avec une vitesse excessive (cf. consid. 3.4 supra). La manoeuvre de dépassement ne place évidemment pas son auteur dans une situation spéciale lui permettant de ne pas respecter les dispositions de la LCR régissant la vitesse du véhicule (HUG, Die Verkehrsregeln über das Überholen und Vorbeifahren und ihr strafrechtlicher Schutz, 1984, p. 97). Ainsi, vu la vitesse exagérée que supposait le dépassement, celui-ci n'aurait jamais dû être entrepris (<ref-ruling> consid. 1 p. 36; BUSSY/RUSCONI, op. cit., no 2.19 ad <ref-law>; HUG, op. cit., p. 98).
En adoptant une vitesse excessive, le conducteur B._ a aussi enfreint les règles générales sur le dépassement. En effet, celui qui exécute une manoeuvre de dépassement interdite parce que rendue dangereuse par la vitesse inadaptée aux conditions de route, manque également à la prudence dont il faut généralement faire preuve pour exécuter une telle manoeuvre (cf. sur le manque de prudence: ATF 129 IV155 consid. 3.3.3 p. 160). Au vu des conditions extrêmement mauvaises de la chaussée, le conducteur B._ n'avait pas la marge de sécurité suffisante pour réaliser la manoeuvre sans mettre en danger le véhicule dépassé (sur cette exigence: BUSSY/RUSCONI, op. cit., no 2.17 ad <ref-law>; HUG, op. cit., p. 37, qui mentionne, p. 36, qu'en cas de doute le chauffeur du véhicule qui a l'intention de dépasser doit renoncer à la manoeuvre). Le manque d'attention aux autres usagers de la route découle de ce manque de prudence qui a augmenté le risque d'accrochage entre les deux véhicules.
Dans ces circonstances, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral lorsqu'elle admet que le chauffeur B._ n'a pas fait preuve de l'attention aux autres usagers de la route prescrite par l'<ref-law>, alors qu'il dépassait le camion A._ à une vitesse excessive et que la manoeuvre ainsi initiée a accru considérablement le danger d'accident, y compris celui d'une réaction inappropriée de surprise et de nervosité, de la part de l'autre conducteur.
5. 5.1 On ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle affirme que la vitesse inadaptée aux circonstances n'est pas en lien de causalité adéquate avec l'accident. S'il avait respecté une vitesse appropriée, le chauffeur B._ n'aurait pas effectué de manoeuvre de dépassement et les deux véhicules ne se seraient pas heurtés. On ne saurait en l'espèce nier que le dépassement, dans les conditions hivernales rappelées ci-dessus, était propre, selon l'expérience générale de la vie et le cours ordinaire des choses (pour la définition: <ref-ruling> consid. 3a, p. 112 s.; <ref-ruling> consid. 2c/bb p. 23 s.), à provoquer l'accident. Que l'accrochage ait été initié par le léger déplacement vers la gauche du train routier A._ ne change rien à cette conclusion. Ce constat doit plutôt être pris en compte dans l'appréciation des fautes respectives (cf. consid. 5.2 infra), celles-ci pouvant être revues librement par le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1c p. 328; <ref-ruling> consid. 1 p. 90 ss).
5.2 C'est à bon droit que la cour cantonale a retenu que le chauffeur B._ a violé les <ref-law> et 4 al. 2 OCR, ainsi que l'<ref-law>. On soulignera que c'est volontairement que ce conducteur a décidé d'entreprendre le dépassement du train routier A._ dans les conditions de route que l'on connaît. Son imprudence sérieuse, qui a accru de façon considérable le risque d'un accrochage, constitue la cause majeure de l'accident. La faute du chauffeur A._ - dont l'existence n'est plus discutée devant le Tribunal fédéral - ne saurait être complètement écartée. Peu importe l'origine de cet écart, non élucidé par la cour cantonale. En déviant légèrement vers la gauche, le chauffeur A._ n'a pas tenu correctement sa droite (<ref-law>) ou a perdu légèrement la maîtrise de son véhicule (<ref-law>). Contrairement à celle du conducteur B._, la faute du chauffeur A._ n'a cependant aucun caractère délibéré et peut être qualifiée de légère.
Au regard de ces circonstances, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a retenu que l'intimée devait réparer le dommage subi à raison de 1⁄4, la recourante étant responsable à hauteur de 3⁄4.
6. Les chiffres sur lesquels la cour cantonale s'est fondée pour calculer le dommage subi par l'intimée n'étant pas contestés devant le Tribunal fédéral, il n'y a pas lieu d'y revenir.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, IIe Cour civile.
Lausanne, le 6 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget