Sachverhalt:
A. Am 10. August 2011, morgens um 3.58 Uhr, Ienkte der deutsche Staatsangehörige X._ auf der Autobahn A1, Gemeindegebiet Oberbuchsiten, seinen Personenwagen bei einer signalisierten Geschwindigkeit von 120 km/h mit einer gemessenen Geschwindigkeit von 162 km/h und überschritt damit unter Abzug einer Toleranz von 7 km/h die zulässige Höchstgeschwindigkeit um 35 km/h.
B. Mit Strafbefehl vom 29. März 2012 wurde X._ von der Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn der groben Verletzung der Verkehrsregeln nach <ref-law> schuldig gesprochen und zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 60.-- und zu einer Busse von Fr. 400.-- verurteilt. Auf die dagegen erhobene Einsprache vom 26. April 2012 trat das Amtsgericht Thal-Gäu wegen Fristversäumnis nicht ein. Die von X._ eingereichte Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Solothurn am 9. Juli 2012 ab. Gegen diesen Entscheid führte X._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil 6B_436/2012 vom 9. Oktober 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Die Motorfahrzeugkontrolle des Kantons Solothurn gab X._ am 17. April 2012 bekannt, dass gegen ihn ein Administrativverfahren zur Aberkennung des ausländischen Führerausweises für das Gebiet der Schweiz eröffnet worden sei. X._ erhielt Gelegenheit, sich zu äussern. Mit Verfügung der Motorfahrzeugkontrolle vom 4. Juni 2012 wurde X._ dessen deutscher Führerausweis für drei Monate vom 4. Dezember 2012 bis 3. März 2013 aberkannt.
Die von X._ gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn mit Urteil vom 19. September 2012 ab.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Oktober 2012 beantragt X._ die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Motorfahrzeugkontrolle und das Bundesamt für Strassen stellen in ihren Vernehmlassungen Antrag auf Beschwerdeabweisung. In seiner Stellungnahme hierzu vom 23. November 2012 hält der Beschwerdeführer an seinem Standpunkt fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde befugt. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er die allgemeine Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen um 35 km/h überschritten hat. Er macht jedoch geltend, er habe keine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorgerufen oder in Kauf genommen, da die Autobahn zur fraglichen Zeit (3.58 Uhr morgens) leer gewesen sei.
2.2 Ein ausländischer Führerausweis kann nach den gleichen Bestimmungen aberkannt werden, die für den Entzug des schweizerischen Führerausweises gelten (Art. 45 Abs. 1 Satz 1 der Verordnung über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr vom 27. Oktober 1976 [Verkehrszulassungsverordnung, VZV; SR 741.51]).
Gemäss <ref-law> wird nach Widerhandlungen gegen die Strassenverkehrsvorschriften, bei denen das Verfahren nach dem Ordnungsbussengesetz vom 24. Juni 1970 (OBG; SR 741.03) ausgeschlossen ist, der Lernfahr- oder Führerausweis entzogen oder eine Verwarnung ausgesprochen. Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt. Eine schwere Widerhandlung setzt eine konkrete oder jedenfalls erhöhte abstrakte Gefährdung anderer Personen voraus, wobei eine erhöhte abstrakte Gefährdung bei der naheliegenden Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder Verletzung anzunehmen ist. In subjektiver Hinsicht ist schweres Verschulden nach <ref-law> gegeben, wenn der Lenker mindestens grobfahrlässig handelt (<ref-ruling> E. 1a S. 207). Nach einer schweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (<ref-law>).
Gemäss <ref-law> sind bei der Festsetzung der Dauer des Lernfahr- oder Führerausweisentzugs die Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen, namentlich die Gefährdung der Verkehrssicherheit, das Verschulden, der Leumund als Motorfahrzeugfahrer sowie die berufliche Notwendigkeit, ein Motorfahrzeug zu führen. Die Mindestentzugsdauer darf jedoch nicht unterschritten werden.
2.3 Im Bereich der Geschwindigkeitsüberschreitungen hat die Rechtsprechung im Interesse der Rechtssicherheit genaue Limiten festgelegt, um leichte, mittelschwere und schwere Widerhandlungen voneinander abzugrenzen (vgl. Art. 16a, 16b und 16c SVG). Danach liegt ungeachtet der konkreten Umstände objektiv eine schwere Widerhandlung vor, wenn die Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen um 35 km/h überschritten wird (<ref-ruling> E. 3.1 S. 237 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat diese Limiten mehrfach bestätigt. Insbesondere hat es darauf hingewiesen, dass angesichts der Häufigkeit von Geschwindigkeitsüberschreitungen ein gewisser Schematismus unabdingbar sei (Urteil 1C_83/2008 vom 16. Oktober 2008 E. 2). Auf diese Rechtsprechung zurückzukommen, besteht vorliegend kein Anlass.
Nach der Rechtsprechung ist die Überschreitung der Höchstgeschwindigkeit bei Vorliegen eines objektiv schweren Falls in der Regel mindestens grobfahrlässig, es sei denn, es bestehe eine Ausnahmesituation (<ref-ruling> E. 1f S. 41; Urteil 1C_222/2008 vom 18. November 2008 E. 2.3). Eine solche kann etwa bejaht werden, wenn der Lenker sich aus nachvollziehbaren Gründen nicht mehr im Bereich einer bestimmten Geschwindigkeitsbeschränkung wähnte (<ref-ruling> E. 2a S. 199 mit Hinweis).
2.4 Der Beschwerdeführer hat die allgemeine Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen nach einem Toleranzabzug von 7 km/h um 35 km/h überschritten und damit objektiv eine schwere Widerhandlung im Sinne von <ref-law> begangen. Soweit er behauptet, auf Grund der konkreten Umstände könne nicht von einer naheliegenden Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder Verletzung gesprochen werden, verkennt er, dass die Überschreitung der Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen um 35 km/h eine erhöhte abstrakte Gefährdung ohne Weiteres mit sich bringt, d.h. unabhängig von weiteren, die Gefährlichkeit dieses Verhaltens erhöhenden Umständen. Günstige Strassen- und Verkehrsverhältnisse allein vermögen daher eine vom Schema abweichende Beurteilung von vornherein nicht zu rechtfertigen (Urteil 1C_404/2011 vom 16. März 2012 E. 3.3). Die verfügende Behörde hat die konkreten Umstände des Einzelfalls insofern berücksichtigt, als sie den Führerausweisentzug auf die gesetzliche Mindestdauer von drei Monaten beschränkte und damit die mildest mögliche Sanktion verhängte. Für eine weitergehende Berücksichtigung, wie sie der Beschwerdeführer fordert, besteht kein Raum (vgl. zum Ganzen auch Urteil 1C_328/2008 vom 25. November 2008 E. 2). Entsprechend sind auch die Bremswegberechnungen des Bundesamts für Strassen und des Beschwerdeführers nicht von Entscheidrelevanz.
Ebenso wenig liegt in subjektiver Hinsicht eine Ausnahmesituation vor, was vom Beschwerdeführer in seiner Beschwerde ans Bundesgericht im Übrigen auch nicht behauptet wird.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Departement des Innern des Kantons Solothurn, dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner