Sachverhalt:
A. Die 1974 geborene, als Produktionsmitarbeiterin in einer Medizinaltechnikfirma angestellte S._ meldete sich am 14. November 2002 bei der Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, wegen Abszessen unter beiden Armen zum Bezug von Leistungen an. Die IV-Stelle klärte den Sachverhalt unter Beizug von Berichten des Hausarztes Dr. med. C._, allgemeine Medizin FMH, und der Klinik für Wiederherstellungschirurgie des Spitals X._ ab. Mit Verfügung vom 12. Januar 2004 sprach sie der Versicherten eine vom 1. November 2001 bis 31. Oktober 2002 befristete ganze Invalidenrente nebst Zusatzrenten zu. Im daraufhin von S._ angehobenen Einspracheverfahren, mit welchem die Weiterausrichtung der ganzen Rente über den 1. November 2002 hinaus beantragt wurde, gab die IV-Stelle beim Medizinischen Zentrum Römerhof (MZR) ein polydisziplinäres Gutachten in Auftrag, welches dieses am 24. Juni 2005 erstattete. Gestützt auf die darin enthaltenen Erkenntnisse wies die IV-Stelle die Einsprache mit Entscheid vom 15. September 2005 ab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich in dem Sinne teilweise gut, als es für die Zeit vom 1. November 2002 bis 28. Februar 2003 den Anspruch der S._ auf eine ganze Invalidenrente bejahte. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 30. November 2006).
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt S._ die Weiterausrichtung einer ganzen Rente über den 1. März 2003 hinaus beantragen. Eventuell sei ihr vom 1. März 2003 bis 30. März 2004 eine Viertelsrente und der Folge eine halbe Rente zu gewähren.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Gerichtsentscheid vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. 2.1 Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 Abs. 2 OG [in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes wurde 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, in Kraft seit 1. Juli 2006] in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.2 Mit Blick auf diese neue Kognitionsregelung für die Invalidenversicherung ist auf Grund der Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a OG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 105 Abs. 2 OG). Hingegen hat eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht (aArt. 132 lit. b OG) ebenso zu unterbleiben wie eine Prüfung der Ermessensbetätigung (aArt. 132 lit. a OG) nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (<ref-ruling> E. 6 S. 81 mit Hinweisen). Auch besteht (entgegen aArt. 132 lit. c OG) Bindung an die Parteianträge, handelt es sich doch nicht um eine Abgabestreitigkeit (Art. 114 Abs. 1 OG; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.2 S. 396).
3. Im vorinstanzlichen Entscheid werden die rechtlichen Grundlagen der rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften und/oder befristeten Invalidenrente (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> [in der bis 31. Dezember 2003 und vom 1. Januar bis 29. Februar 2004 gültig gewesenen sowie in der seit 1. März 2004 geltenden Fassung]; <ref-ruling> E. 6b/dd [mit Hinweis] S. 275, 109 V 125 E. 4a S. 127; Urteil I 82/01 vom 27. November 2001, E. 1, publ. in: AHI 2002 S. 62) sowie die Rechtsprechung zum Beweiswert der im Rahmen des Verwaltungsverfahrens eingeholten Gutachten externer Spezialärztinnen und -ärzte (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 353 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gegen die vorinstanzlich verfügte Aufhebung des ganzen Rentenanspruchs auf den 1. März 2003. Es wird geltend gemacht, das kantonale Gericht habe nicht berücksichtigt, dass die Beschwerdeführerin sowohl an somatischen Gesundheitsschäden, wie auch unter einer psychischen Beeinträchtigung leide. Insbesondere sei aber nicht berücksichtigt worden, dass es sich bei der Krankheit der Versicherten um ein fluktuierendes Geschehen handle. Die Abszesse unter den Armen aber auch im Brustbereich würden immer wieder aufflackern und zu neuen Eingriffen zwingen. Dies habe jeweils auch Auswirkungen auf den psychischen Gesundheitszustand. Das Gutachten des MZR vom 24. Juni 2005 stelle lediglich eine Momentaufnahme dar. Zudem sei die Beschwerdeführerin wegen des wechselnden Verlaufs ihres Gesundheitszustandes für einen Arbeitgeber nicht zumutbar. Die Beschwerdeführerin belegt ihre Sachverhaltsdarstellung unter anderem mit neuen Arztberichten.
4.2 Die gerichtliche Feststellung der (Rest-)Arbeitsfähigkeit (vgl. Art. 6 und Art. 16 ATSG) ist, soweit sie sich auf konkrete ärztliche Stellungnahmen zum Gesundheitszustand stützt, eine Tatfrage und als solche letztinstanzlich nur unter dem eingeschränkten Blickwinkel von Art. 105 Abs. 2 OG überprüfbar (vgl. E. 1.2); entsprechendes gilt für die Frage, ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem rentenrevisionsrechtlich relevanten Sinne (<ref-law>; Art. 87 Abs. 3 und 4 IVV) verändert hat (Urteil des Bundesgerichts I 692/06 vom 19. Dezember 2006, E. 3.1).
4.3 Die vorinstanzliche Feststellung einer ab 6. November 2003 bestehenden vollen Arbeitsfähigkeit in einer leichten Tätigkeit ohne Arbeiten über Schulterhöhe ist im Lichte der Akten weder als offensichtlich unrichtig noch als unvollständig oder sonstwie mangelhaft im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG zu qualifizieren (vgl. E. 1.2 hievor). Sie beruht überdies auf einer sorgfältigen, objektiven und inhaltsbezogenen, mithin bundesrechtskonformen Würdigung der medizinischen Einschätzungen im Gutachten des MZR vom 24. Juni 2005, welches seinerseits den einschlägigen bundesrechtlichen Beweisgrundsätzen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 400, 125 V 351 E. 3a S. 352) genügt und daher vorinstanzlich zu Recht als verlässliche Entscheidungsgrundlage eingestuft wurde. Insbesondere steht auch fest, dass sich die gesundheitlichen Verhältnisse spätestens ab dem 6. November 2003 wesentlich und anhaltend verändert haben, sodass sich eine revisionsweise Aufhebung des Rentenanspruchs rechtfertigte. Davon gehen auch die behandelnden Ärzte, Dr. med. C._ und Dr. med. W._ von der Klinik für Wiederherstellungschirurgie, Zürich, aus, attestieren sie der Beschwerdeführerin doch ab Mitte Oktober 2002 (Dr. C._) beziehungsweise 6. November 2002 (Dr. W._) eine volle Arbeitsfähigkeit an einem angepassten Arbeitsplatz.
Am vollen Beweiswert des MZR-Gutachtens ändert namentlich nichts, dass die Ärzte von dem im Untersuchungszeitpunkt aktuellen Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin berichten und mögliche künftige Rezidive nicht schon zum vornherein mitberücksichtigen. Bei einer längere Zeit dauernden erheblichen Verschlechterung kann sich die Beschwerdeführerin jederzeit mit einer Neuanmeldung wieder an die Invalidenversicherung wenden. Hinweise, dass sich der Gesundheitszustand vom Juni 2005 (Gutachten) bis zum Erlass des Einspracheentscheides am 15. September 2005 wesentlich und dauerhaft verändert hätte, sind gemäss verbindlicher Feststellung der Vorinstanz nicht vorhanden. Die ärztliche Einschätzung ist angesichts der konkret diagnostizierten Gesundheitsschäden durchaus nachvollziehbar, einleuchtend und überzeugend (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 352). Auch die übrigen Einwände, insbesondere hinsichtlich der Beurteilung des psychischen Gesundheitszustandes der Beschwerdeführerin, mit dem sinngemässen Vorwurf einer bundesrechtswidrigen Beweiswürdigung durch die Vorinstanz (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 400), halten nicht stand. Im angefochtenen Entscheid wird detailliert dargelegt, weshalb das Gericht zur Erkenntnis gelangt, es bestehe auf Grund des psychiatrischen Befundes kein Grund zur Annahme eines psychischen Leidens mit Krankheitswert und es sei insbesondere nicht ersichtlich, weshalb die Beschwerdeführerin nicht über psychische Ressourcen verfügen sollte, welche es ihr erlaubten, mit ihren Schmerzen umzugehen. Im Rahmen der eingeschränkten Kognition ebenfalls zu keiner richterlichen Korrektur Anlass gibt der Zeitpunkt (1. März 2003; drei Monate nach Beginn der attestierten vollen Arbeitsfähigkeit am 6. November 2002), ab welchem die Vorinstanz eine volle Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit angenommen hat. Die vom kantonalen Gericht vorgenommene Invaliditätsbemessung gibt nach Lage der Akten und der Parteivorbringen zu keinen Beanstandungen tatsächlicher (Art. 105 Abs. 2 OG) oder rechtlicher (Art. 104 lit. a OG) Art Anlass.
5. Schliesslich erachtet die Beschwerdeführerin den vom kantonalen Gericht bestätigten Leidensabzug von 15 % als zu niedrig. Die Gewährung des leidensbedingten Abzuges (vgl. dazu <ref-ruling>) ist eine typische Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (Art. 104 lit. a OG). Dies ist hier nicht der Fall. Zudem würde auch ein maximaler Abzug von 25 % zu keinem Rentenanspruch führen.
6. Bei diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin die gestützt auf Art. 134 OG (in der von 1. Juli bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Fassung; vgl. E. 2 hievor) zu erhebenden Gerichtskosten zu tragen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 OG), und es bleibt bei der vorinstanzlich zugesprochener reduzierten Parteientschädigung.

erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt und mit dem bereits geleisteten Kostenvorschuss in gleicher Höhe verrechnet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Januar 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer