Sachverhalt:
A. Mit schriftlichem Vertrag vom 29. März 2000 verkaufte B. Y._ seine Mehrheitsbeteiligung an der türkischen Gesellschaft X._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) an G. Z._ und F._, welche die schweizerische Z._ AG wirtschaftlich beherrschten. Gleichzeitig trat B. Y._ seine Kaufpreisansprüche an seine Ehefrau A. Y._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ab.
Im Kaufvertrag vom 29. März 2000 wurde unter dem Titel "Bilanzierte Darlehensschuld über DEM 1'600'000" Folgendes vereinbart:
"1.5.1 Das Darlehen über DEM 1'600'000 (Deutsche Mark eine Million sechshunderttausend) besteht zwischen der X._ Ltd. als Darlehensnehmerin und A. Y._ als Darlehensgeberin. Eine solidarische Haftung der Käufer wird explizit ausgeschlossen, alleinig die X._ Ltd. haftet für das Darlehen sowie die daraus abzuleitenden Zinsen. Zudem können sämtliche Rechte aus diesem Darlehen von der X._ Ltd. geltend gemacht werden.
1.5.2 Das Darlehen ist mit einer monatlichen Rate von mindestens DEM 10'000 (Deutsche Mark zehntausend) zu tilgen. Zudem ist das Darlehen mit einem jährlichen, festen Zinssatz von acht v.H. zu verzinsen.
(...)
1.5.4 Das Darlehen wird fest abgeschlossen bis zum 31. Dezember 2010 und ist vorher nicht kündbar, sofern die Darlehensgeber den unter den Ziff. 1.4.2 bzw. 1.5.2 festgelegten Zahlungsverpflichtungen fristgerecht nachkommen.
1.5.5 Kommt die X._ Ltd. jedoch ohne dass besondere Vereinbarung hierüber getroffen worden wäre, ihren Zahlungsverpflichtungen länger als 60 Tage nicht nach, ist die Darlehensgeberin zur Kündigung des Darlehens mit der Folge berechtigt, den offenen Darlehens- und Zins- betrag sodann mit der Frist von einem Monat ab Zugang der Kündigung zurückzufordern".
Ferner wurde im Kaufvertrag vereinbart, dass die Darlehensnehmerin und die Darlehensgeberin bis zum 30. April 2000 einen separaten Darlehensvertrag über das erwähnte Darlehen zu schliessen haben, was in der Folge jedoch unterblieben ist. Der Kaufvertrag wurde von B. Y._ als Verkäufer, von G. Z._ und F._ als Käufer und von A. Y._ als Darlehensgeberin unterzeichnet.
B. B.a Mit Weisung vom 24. Februar 2005 klagte A. Y._ beim Bezirksgericht Kreuzlingen gegen die X._ auf Rückzahlung des Darlehens (abzüglich der bereits erfolgten Rückzahlungen im Jahr 2000) in der Höhe von insgesamt DM 1'480'000.-- bzw. EUR 756'709.20 zuzüglich Zins zu 8 % seit dem 1. September 2003. Die Beklagte erhob die Einrede der örtlichen Unzuständigkeit und schloss im Übrigen auf Abweisung der Klage; sie verlangte ferner, es sei F._ und B. Y._ der Streit zu verkünden.
F._ erklärte sich als Litisdenunziat am Prozess zu beteiligen und die Beklagte zu unterstützen. B. Y._ seinerseits erklärte sich als Litisdenunziat zugunsten der Klägerin zu beteiligen. Nach dem Tod von B. Y._ traten seine Ehefrau A. Y._ sowie seine drei Kinder C. Y._, D. Y._ und E. Y._ als gesetzliche Erben an seine Stelle.
B.b Mit Beschluss vom 18./29. Dezember 2006 trat das Bezirksgericht Kreuzlingen auf die Klage zufolge fehlender örtlicher Zuständigkeit nicht ein. Das Obergericht des Kantons Thurgau hob diesen Beschluss auf und wies die Sache zur materiellen Behandlung an das Bezirksgericht Kreuzlingen zurück.
Mit Urteil vom 7. Februar 2011 hiess das Bezirksgericht Kreuzlingen die Klage gut und verpflichtete die Beklagte, der Klägerin den Betrag von EUR 756'709.20 zuzüglich Zins zu 8 % seit dem 1. September 2003 zu bezahlen.
B.c Gegen dieses Urteil erhob die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau.
Mit Entscheid vom 1. Dezember 2011 wies das Obergericht die Berufung ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil. Es hielt fest, dass der Kaufvertrag vom 29. März 2000 keinen Abschluss eines Darlehensvertrages zwischen der Klägerin und der Beklagten beinhalte; ebenso wenig sei erwiesen, dass die Parteien bereits am 30. Juli 1993 einen solchen abgeschlossen hätten. Entscheidend sei vielmehr, dass die Z._ AG die durch die Beklagte gemäss Kaufvertrag vom 29. März 2000 geschuldeten Darlehenszinsen und Amortisationen zumindest für das Jahr 2000 betragsmässig exakt bezahlt habe. Durch diese Zahlung habe die Beklagte den Bestand und den Umfang des Darlehens anerkannt, jedenfalls sei die Klägerin in ihrem Vertrauen zu schützen, dass die Beklagte das Darlehen gegen sich gelten liess.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 1. Dezember 2011 aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde. Den Litisdenunziaten wurde Gelegenheit zur Stellungnahme geboten; F._ beantragt die Gutheissung der Beschwerde und die Abweisung der Klage.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 1'170'000.--, womit der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert erreicht ist (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Nach <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>), andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, namentlich des Willkürverbots, gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1 S. 143; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399).
Die Beschwerdeführerin begnügt sich damit, einzelne Sätze oder Abschnitte aus dem angefochtenen Urteil wortwörtlich in ihre Beschwerdeschrift zu kopieren um diese anschliessend verschiedensten Kritiken tatsächlicher, prozessualer und materiellrechtlicher Art auszusetzen. Darauf ist nur insoweit einzugehen, als dabei genügend begründete Rügen gegen wesentliche Punkte des angefochtenen Entscheids klar erkennbar sind.
3. In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheids als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
3.1 Die Beschwerdeführerin macht in mehrfacher Hinsicht eine falsche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz geltend. Ihre Ausführungen beschränken sich jedoch mehrheitlich auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid und verfehlen insoweit die Begründungsanforderungen. Ebenso unterlässt es die Beschwerdeführerin darzulegen, inwiefern die Behebung der Sachverhaltsmängel für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann; dies gilt namentlich für ihre Vorbringen bezüglich der Frage, wie die von der Z._ AG an die Beschwerdegegnerin geleisteten Zins- und Amortisationszahlungen bei der Z._ AG und bei der Beschwerdeführerin verbucht wurden. Auf diese Sachverhaltsrügen ist nicht einzutreten.
Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Z._ AG, welche F._ wirtschaftlich beherrschte und für welche er zeichnungsberechtigt war, zumindest für das Jahr 2000 die Darlehenszinsen und Amortisationszahlungen bezahlt habe, die gemäss Kaufvertrag vom 29. März 2000 von der Beschwerdeführerin geschuldet waren. Die Beschwerdeführerin macht in verschiedener Hinsicht geltend, diese Sachverhaltsfeststellung sei falsch. Ihre Vorbringen genügen jedoch den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht. Deshalb ist in tatsächlicher Hinsicht davon auszugehen, dass die Z._ AG der Beschwerdegegnerin Zahlungen leistete, welche die Beschwerdegegnerin auf Grund des behaupteten Darlehens von der Beschwerdeführerin verlangte. Die Beschwerdeführerin anerkennt letztlich in ihrer Beschwerdeschrift selber, dass sie, resp. die Z._ AG der Beschwerdegegnerin Darlehenszinszahlungen leistete, da nicht klar gewesen sei, ob das Darlehen nun Bestand habe oder nicht.
Die Vorinstanz hat ferner festgestellt, dass F._ zwischen 2000 und 2004 einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer der Beschwerdeführerin gewesen sei und diese als Organ habe verpflichten können. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern diese Feststellung willkürlich sein soll, obwohl sie dies als Direktbetroffene im gegebenen Fall ohne weiteres hätte tun können. Sie rügt den Umstand, dass die Vorinstanz auf eine englische Übersetzung des türkischen Handelsregisterauszuges abgestellt habe, was mit vielen Fehlerquellen verbunden sein könne. Sie zeigt aber keine Übersetzungsfehler auf und behauptet nicht einmal im kantonalen Verfahren auf solche hingewiesen zu haben. Sodann wendet sie ein, dass die Vertretungsmacht ihrer Organe vom türkischen Recht bestimmt werde - wovon im Übrigen auch die Vorinstanz ausgegangen ist. Die Beschwerdeführerin zeigt jedoch nicht ansatzweise auf, inwiefern die von der Vorinstanz angenommene Vertretungsmacht mit dem türkischen Recht unvereinbar und somit ausländisches Recht willkürlich angewendet worden wäre.
Die Vorinstanz hat schliesslich festgestellt, dass die Beschwerdegegnerin die Zahlung der Darlehenszinsen und Amortisationen von F._ als Organ der Beschwerdeführerin verlangt habe. Der Umstand, dass die Beschwerdegegnerin die Schreiben an F._, resp. an die Adresse der Z._ AG in der Schweiz versandt hat, wie dies die Beschwerdeführerin hervorhebt ("c/o Z._ AG"), lässt die Feststellung der Vorinstanz jedoch nicht unhaltbar erscheinen; daraus folgt nicht, dass die Beschwerdegegnerin eine Schuld der Z._ AG einforderte.
3.2 F._ stellt seinen rechtlichen Vorbringen zunächst Vorbemerkungen mit einer eigenen Sachverhaltsdarstellung voran. Er weicht unter Hinweis auf angebliche Vorbringen und Aktenbeilagen teilweise von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ab oder erweitert diese, ohne jedoch aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz in Willkür verfallen bzw. warum die neuen Tatsachen für den Ausgang des Verfahrens relevant sein sollen. Diese Vorbringen haben unberücksichtigt zu bleiben.
4. Die Vorinstanz hat aus der vorbehaltlosen Zahlung der im Kaufvertrag vorgesehenen Darlehenszinsen und Amortisationen durch die Z._ AG geschlossen, dass die Beschwerdeführerin, vertreten durch ihre Organe, das von der Beschwerdegegnerin und dem früheren Direktor B. Y._ behauptete Darlehen zu den Bedingungen wie sie im Kaufvertrag vom 29. März 2000 vereinbart wurden, in Bestand und Umfang anerkannt haben. Die Vorinstanz hat sich hierfür auf den Umstand gestützt, dass F._ (und G. Z._) sowohl die Z._ AG als auch die Beschwerdeführerin wirtschaftlich beherrschten und zumindest F._ diese als zeichnungsberechtigtes Organ habe vertreten können. Demnach sei die Beschwerdegegnerin in ihrem Vertrauen zu schützen, dass die Beschwerdeführerin mit diesen Zahlungen das Darlehen gegen sich habe gelten lassen.
4.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>. Nach ihrem Dafürhalten unterstehe sowohl die Frage der Vertretungsmacht der Beschwerdeführerin als auch die Frage, inwiefern sich die Beschwerdegegnerin auf erwecktes Vertrauen habe berufen können, dem türkischen Recht.
4.2 Die Vorinstanz hat nicht verkannt, dass türkisches Recht bestimmt, inwiefern F._ für die Beschwerdeführerin handeln konnte. F._ sei nach dem Erwerb der Anteile bis September 2004 einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer der Beschwerdeführerin gewesen und habe sie demnach als Organ verpflichten können, weshalb sich die Beschwerdeführerin die Handlungen von F._ anrechnen lassen müsse. Demnach habe F._ das Darlehen im Namen der Beschwerdeführerin anerkennen können. Inwiefern die Vorinstanz damit das türkische Recht willkürlich angewendet haben soll, zeigt die Beschwerdeführerin - wie bereits erwähnt (vgl. E. 3.1) - nicht auf. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin stand eine direkte Vertretung der Beschwerdeführerin durch die Z._ AG nicht zur Diskussion.
4.3 Haben die Parteien keine abweichende Rechtswahl getroffen, untersteht ein Darlehensvertrag dem Recht des Staates, in dem der Darlehensgeber seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat (<ref-law> [SR 291]; <ref-ruling> E. 2a S. 298 f.); dieses Recht gilt nicht nur für die Wirkungen des Vertrages, sondern auch für dessen Entstehung (<ref-ruling> E. 3c S. 447 mit Hinweisen). Darlehensgeberin ist die Beschwerdegegnerin; sie hat ihren Wohnsitz in der Schweiz, womit auf die Frage des Bestands des Darlehens schweizerisches Recht anwendbar ist.
4.4 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz hat die Z._ AG zumindest für das Jahr 2000 die (vermeintliche) Schuld der Beschwerdeführerin gegenüber der Beschwerdegegnerin vorbehaltslos und betragsmässig exakt bezahlt. Die zulässige Erfüllung einer Schuld durch einen Dritten (vgl. <ref-law>) bedeutet grundsätzlich keine Anerkennung der Schuld durch den Schuldner. Es stellt sich jedoch die Frage, ob dem vorliegend anders ist, wenn der Dritte und der Schuldner zwei Handelsgesellschaften sind, für die ein und derselbe Vertreter gehandelt hat, welcher überdies beide Gesellschaften wirtschaftlich beherrschte.
Die Beschwerdegegnerin hat F._ in seiner Eigenschaft als Organ der Beschwerdeführerin um Überweisung jener Darlehenszinsen und Amortisationen ersucht, die sie von der Beschwerdeführerin auf Grund des im Kaufvertrag erwähnten Darlehens geltend machte. F._ hat die Beträge ohne jeglichen Vorbehalt durch die Z._ AG überweisen lassen, in welcher er ebenfalls einzelunterschriftsberechtigt war. Inwiefern in dieser Zahlung einer Drittschuld ein ungültiges Insichgeschäft vorliegen soll, wie dies die Beschwerdeführerin vorbringt, ist nicht nachvollziehbar. Da beide Gesellschaften wirtschaftlich von F._ (und G. Z._) beherrscht werden, ist im Übrigen - entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin - auch kein Interessenkonflikt ersichtlich.
4.5 Aus der vorbehaltlosen Zahlung durch die Z._ AG, vertreten durch F._, durfte die Beschwerdegegnerin, deren vermuteter guter Glaube nicht widerlegt wurde, nach Treu und Glauben schliessen, dass F._ in seiner Eigenschaft als Organ der Beschwerdeführerin die im Kaufvertrag festgelegte Zins- und Amortisationsschuld der Beschwerdeführerin (und damit auch die Darlehensschuld selbst) implizit anerkannte. Denn erfüllt ein Dritter mit Wissen und Willen des Schuldners eine Schuld, kann das vernünftigerweise nur bedeuten, dass der Schuldner die Schuld anerkennt; es wäre unverständlich, wenn jemand, der für zwei Personen handeln kann, die Schuld der ersten Person vorbehaltlos durch die zweite erfüllen lässt, wenn dieser am Bestand der Schuld zweifelt. Dies umso mehr, wenn die beiden vertretenen Personen Gesellschaften sind, die von der handelnden Person wirtschaftlich beherrscht werden.
5. Die Beschwerdeführerin und F._ wenden schliesslich ein, der vorangehende Abschluss eines Darlehensvertrages und die Aushändigung des Darlehensbetrages seien nicht erwiesen.
Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz sind dazu keine Einzelheiten erstellt. Die Darlehensschuld gegenüber der Beschwerdegegnerin figurierte im Zeitpunkt des Kaufs der Anteile durch F._ und G. Z._ in der Bilanz der Beschwerdeführerin, worauf im Kaufvertrag ausdrücklich hingewiesen wurde; diese Schuld wirkte sich zweifelsohne mindernd auf den Kaufpreis aus, der infolge Abtretung ebenfalls der Beschwerdegegnerin geschuldet war. Sodann wurde im Kaufvertrag vorgesehen, dass ein schriftlicher Darlehensvertrag zwischen Beschwerdeführerin und Beschwerdegegnerin noch zu schliessen sei, womit F._ klar sein musste, dass ein solches Schriftstück, das die Umstände der Darlehensgewährung festhielt, im Zeitpunkt des Kaufs nicht bestand. Trotzdem hat er in der Folge die auf dem Darlehen geschuldeten Zinsen und Amortisationen vorbehaltlos durch die Z._ AG bezahlen lassen, so dass die Beschwerdegegnerin zumindest auf Grund des Vertrauensprinzips davon ausgehen konnte, dass die Beschwerdeführerin die Schuld anerkannt hat. Die Beschwerdeführerin macht keine Willensmängel ihrer Organe geltend. Es bleibt somit dabei, dass sich die Beschwerdeführerin bei ihrer konkludenten Anerkennung behaften lassen muss.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juni 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze