Sachverhalt:
A. Am 11. September 2002 schloss die X._ AG (Beschwerdeführerin) mit den Ehegatten A._ und B._ und deren Tochter C._ (Beschwerdegegner) einen Werkvertrag betreffend die Holzarbeiten eines Zweifamilien-Systemhauses in Minergiestandard ab. Als Vergütung vereinbarten die Parteien Fr. 310'000.-- inkl. 7.6 % Mehrwertsteuer pauschal "nach Massgabe dieses Vertrages zu den Preisen und Mengen des Leistungsverzeichnisses vom 31.07.2002". Dieses Angebot umfasste folgende Leistungen: Element-Systembau/Tragkonstruktion (Fr. 205'670.--), Dachschalung und -eindeckung samt Gesimsen und Verkleidung (Fr. 40'500.--), Baumeisterarbeiten (Fr. 37'500.--), Gerüstearbeiten (Fr. 6'000--), was einschliesslich Mehrwertsteuer von Fr. 22'014.90 Fr. 311'684.90 ergab, die auf Fr. 310'000.-- abgerundet wurden. Nicht darin enthalten war die Position "Überzug mit Kunststofffasern + KS Rapid = 70 mm m2 = 42.-- / inkl. MwSt". Die Parteien erklärten ferner die Eingabepläne vom 28. August 2002 sowie die SIA-Norm 118, allgemeine Bedingungen für Bauarbeiten (1977), zum Vertragsbestandteil, wobei aber für Mängelrügen und Mängelbehebungsrechte die Vorschriften des Obligationenrechts gelten sollten. Gemäss Vertrag sollten die Arbeiten bis zum 30. November 2002 ausgeführt sein. Die Beschwerdegegner leisteten Akontozahlungen von insgesamt Fr. 278'550.--. Wegen nicht behobener Mängel, Verspätung und Minderwert des Werks verweigerten sie Mehrleistungen.
B. Auf gemeinsames dem Bezirksgericht Leuk eingereichtes Gesuch der Parteien um vorsorgliche Beweisaufnahme vom 30. April 2003 erstattete ein ebenfalls gemeinsam vorgeschlagener Experte am 7. August 2003 seinen Bericht, den er in der Folge ergänzte. Das Verfahren wurde am 10. Dezember 2003 erledigt, wobei die Kosten von insgesamt Fr. 10'934.60 den Parteien je zur Hälfte auferlegt wurden.
C. Mit Klage vom 26. August 2004 beantragte die Beschwerdeführerin dem Bezirksgericht Brig, die Beschwerdegegner solidarisch zu verpflichten, ihr Fr. 47'553.30 nebst Zins zu bezahlen und ihr die für das Beweisaufnahmeverfahren aufgewendeten Kosten zu vergüten. Die Beschwerdegegner schlossen auf Abweisung der Klage und verlangten ihrerseits, die Kosten des Verfahrens betreffend vorsorgliche Beweisaufnahme der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Sie erhoben Widerklage auf Zusprechung von Schadenersatz, der ermessensweise nach <ref-law> festzusetzen sei, und sie behielten sich vor, das Widerklagebegehren bezüglich Schadenersatz nach Abschluss des Beweisverfahrens in Kenntnis der getätigten Sanierungsarbeiten zu beziffern. Sie beriefen sich auf mangelhafte Ausführung diverser Arbeiten (fehlende Estrichtreppe, Fenster süd- und nordseitig, Montageschaum, Geländer, Dachender, Küche, Reduit, Wohnzimmer, Schlafzimmer 1 und 2 Süd, Notwendigkeit der Sanierung der Fassade sowie ästhetischer Mängel im Erd- und Obergeschoss). Ferner behaupteten sie, das Werk weise aufgrund der Mängel einen Minderwert auf, der eine allenfalls berechtigte Restforderung der Beschwerdeführerin übersteige, und sie verlangten widerklageweise Schadenersatz für Mangelfolgeschäden und für Verspätung der Vollendung des Werks. In Replik und Duplik hielten die Parteien im Wesentlichen an ihren Anträgen fest, und in der Widerklageantwort beantragte die Beschwerdeführerin, auf die Widerklage nicht einzutreten. In der Schlussdenkschrift reduzierte die Beschwerdeführerin ihr Hauptbegehren auf Fr. 46'015.70 nebst Zins, während die Beschwerdegegner die ihrigen dahin bezifferten, dass der Werkpreis um Fr. 65'361.-- zu mindern, ihnen Fr. 19'800.-- Schadenersatz zuzusprechen und die Beschwerdeführerin zur Übernahme der Sanierungskosten von Fr. 11'485.-- zu verpflichten sei. Die Beschwerdeführerin erhielt Gelegenheit, zu den präzisierten und abgeänderten Widerklagebegehren Stellung zu nehmen, wovon sie am 20. August 2009 Gebrauch machte.
D. Das Kantonsgericht des Kantons Wallis verpflichtete die Beschwerdeführerin am 16. September 2009, den Beschwerdegegnern Fr. 12'666.70 zu bezahlen und wies alle übrigen bzw. weitergehenden Begehren ab. Die Gerichtskosten wurden zu 3/5 der Beschwerdeführerin und zu 2/5 den Beschwerdegegnern auferlegt, die Kosten des Beweisaufnahmeverfahrens gänzlich der Beschwerdeführerin, welche dafür auch entschädigungspflichtig erklärt wurde. Sodann hatte die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung von Fr. 7'740.-- zu bezahlen, die Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin eine solche von Fr. 5'160.--. Den Beschwerdegegnern wurde ein unentgeltlicher Rechtsbeistand, ab 15. Januar 2005 ein Offizialanwalt zur Seite gestellt.
E. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben, ihre Hauptklage im Betrage von Fr. 40'987.30 gutzuheissen und auf die Widerklage nicht einzutreten. Eventualiter sei die Klage im Betrage von Fr. 31'488.-- (Fr. 12'588.-- + Fr. 18'900.--) abzuweisen, und im Betrage von Fr. 19'166.-- (Fr. 1'312.-- + Fr. 16'815.-- + Fr. 1'039.--) sei auf die Klage nicht einzutreten. Die Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, und sie verlangen auch für das Verfahren vor Bundesgericht die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege im Sinne von <ref-law>. Das Kantonsgericht hat unter Hinweis auf das angefochtene Urteil auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1. Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von <ref-law> zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
2. Nach dem angefochtenen Urteil hat die Beschwerdeführerin erst im Rahmen der Stellungnahme zu den bezifferten Rechtsbegehren die Verjährungseinrede erhoben. Sie wurde damit nicht gehört, da sie sich nach dem kantonalen Prozessrecht spätestens in der Schlussdenkschrift auf Verjährung hätte berufen müssen. Darin erblickt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law> und der allgemeinen Verjährungsvorschriften des OR sowie von Art. 137 der Zivilprozessordnung vom 24. März 1998 (ZPO/VS), wonach die materielle Einrede ein Prozessmittel in der Sache selbst ist, welches es erlaubt, sich dem Anspruch momentan oder definitiv zu widersetzen (Abs. 1), und die der Zulässigkeit der Klage nicht entgegengehalten werden kann, sondern mit der Sache selber geltend zu machen ist. Daraus ergibt sich das Erfordernis, im Rahmen des Schriftenwechsels zur Widerklage (<ref-law>/VS) gegenüber den - zwar nicht bezifferten, aber materiell umschriebenen - Widerklagebegehren die im materiellen Bundesrecht begründete Verjährungseinrede zu erheben, auch wenn die Widerklagebegehren noch nicht beziffert werden konnten, ist doch einer Partei nicht zuzumuten, den unter Umständen aufwendigen Beweis für Ansprüche zu führen, wenn sie damit rechnen muss, dass der Schuldner den an sich bewiesenen Ansprüchen noch die Verjährungseinrede entgegenhalten kann. Von einer willkürlichen Anwendung des kantonalen Prozessrechts kann keine Rede sein. Weshalb die Verwirklichung von Bundesrecht vereitelt sein soll, wenn das kantonale Prozessrecht, soweit die Verjährung bereits eingetreten ist, die Erhebung der Verjährungseinrede ungeachtet der Bezifferung des Anspruchs nur bis zu einem bestimmten Verfahrensstadium zulässt, zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenügend auf. Vielmehr rügt sie, dass ihr das kantonale Prozessrecht verwehrt, ihren Entscheid über die Erhebung der Verjährungseinrede von der Höhe der Widerklagebegehren abhängig zu machen. Auf derartige prozesstaktische Überlegungen des Schuldners braucht indes das kantonale Prozessrecht keine Rücksicht zu nehmen. Wenn die Vorinstanz der Beschwerdeführerin nach Abschluss des Beweisverfahrens und erfolgter Bezifferung der Widerklagebegehren die Gelegenheit gab, hierzu, nämlich zur Bezifferung, Stellung zu nehmen, ist auch nicht ersichtlich, weshalb insoweit eine neuerliche umfassende materielle Stellungnahme erlaubt sein soll, wie die Beschwerdeführerin offenbar unter Anrufung von <ref-law> meint. Der Vorwurf, die Vorinstanz enttäusche das berechtigte Vertrauen der Beschwerdeführerin, indem sie trotz der mit Verfügung vom 9. Juli 2009 erfolgten Einladung zur Stellungnahme zu den präzisierten und abgeänderten Begehren die Verjährungseinrede nicht berücksichtigte, verkennt, dass die Einrede mit der Schlussdenkschrift im Juni 2009 hätte erhoben werden müssen. Die im Juli 2009 ergangene Verfügung kann bezüglich dieses Versäumnisses kein berechtigtes Vertrauen der Beschwerdeführerin begründen. Die Rüge ist nicht stichhaltig, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Vorinstanz erwog, unbezifferte Rechtsbegehren auf Geldzahlung seien zulässig, wo erst das Beweisverfahren die Grundlage für die Bezifferung der Forderung abgibt. Sie hielt fest, die Beschwerdegegner hätten sich ausdrücklich vorbehalten, nach Abschluss des Beweisverfahrens die Widerklagebegehren zu beziffern, was sie in der Widerklagedenkschrift zulässigerweise getan hätten und wozu sich die Beschwerdeführerin habe äussern können. Ebenso habe diese zu den in den Rechtsschriften erhobenen Tatsachenbehauptungen Stellung nehmen können. Die Beschwerdegegner hätten neben Schadenersatzforderungen ausdrücklich Mängel geltend gemacht und daraus die Berechtigung des Werkpreisrückbehalts abgeleitet. Darüber hinaus hätten sie vorgebracht, das Objekt weise einen Minderwert auf, der die Werklohnforderung übersteige, und es hätten wegen nicht ausgeführter Sanierungsarbeiten Drittfirmen beigezogen werden müssen, was mit Kosten verbunden gewesen sei. Daraus habe die Beschwerdeführerin ersehen können, dass die Beschwerdegegner entgegen dem Wortlaut der Rechtsbegehren, die in der Klageantwort auf Schadenersatz und in der Schlussdenkschrift zusätzlich auf Minderung des Werkpreises und Übernahme der Sanierungskosten gelautet hätten, nicht lediglich Schadenersatzansprüche im engeren Sinne geltend gemacht hätten. Aus diesen Gründen trat die Vorinstanz auf die Widerklagebegehren ein.
3.1 Die Beschwerdeführerin beantragt erneut, auf die Widerklage nicht einzutreten. Nach der einschlägigen kantonalen Rechtsprechung seien Geldforderungen zu Beginn des Prozesses zu beziffern, es sei denn, erst das Beweisverfahren gebe die Grundlage für die Konkretisierung der Forderung ab. Die Beschwerdeführerin behauptet, diese Voraussetzung sei nicht gegeben und rügt eine willkürliche Anwendung des kantonalen Prozessrechts. Sie zeigt aber nicht rechtsgenüglich auf, dass in tatsächlicher Hinsicht die Voraussetzungen für die Zulässigkeit einer Bezifferung nach Abschluss des Beweisverfahrens nicht gegeben waren. Dies wäre aber notwendig, um das unbezifferte Begehren vor dem Hintergrund der von der Beschwerdeführerin zitierten Rechtsprechung als unzulässig auszuweisen. Eine willkürliche Anwendung von <ref-law>/VS in Verbindung mit Art. 126 Abs. 1 lit. b und c ZPO/VS ist mithin auch vor dem Hintergrund von <ref-ruling>, auf den die Beschwerdeführerin verweist, nicht auszumachen.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt einen Verstoss gegen <ref-law>/VS und macht geltend, die Beschwerdegegner hätten die Herabsetzungsbeträge wegen Minderwerts spätestens 10 Tage nach Abschluss der Untersuchung geltend machen müssen und nicht bis zur Einreichung der Schlussdenkschrift zuwarten dürfen. Mit dem Beweisverfahren werden indessen zwischen den Parteien strittige Behauptungen geklärt. Wenn die Vorinstanz das Ergebnis des Beweisverfahrens nicht als Tatsache behandelt, die den Parteien erst während des Verfahrens bekannt geworden ist (<ref-law>/VS), ist dies nicht zu beanstanden.
4. Die Vorinstanz stellte fest, die Fassade sei abgesehen von den Sanierungskosten bzw. den diesen in Übereinstimmung mit dem Experten gleichgesetzten Minderwerten nunmehr fachgerecht saniert. Sie gestand den Beschwerdegegnern das Recht zu, von der vereinbarten Pauschale Fr. 18'900.-- (Fr. 2'200.-- , Fr. 2'500.-- und Fr. 14'200.--) die ihnen aufgrund der anerkannten Mängel der Fassade und deren Behebung entstandenen Folgekosten abzuziehen. Zwar hätten die Beschwerdegegner unter diesem Titel nur Fr. 11'485.-- verlangt. Dennoch könne der Betrag von Fr. 18'900.-- zugesprochen werden, da er die Rechtsbegehren insgesamt nicht übersteige.
4.1 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt. Zunächst rügt sie, die Beschwerdegegner hätten "für die Positionen der Folgekosten von insgesamt Fr. 18'900.00 Minderung geltend" gemacht, nicht Fr. 11'485.--, wie die Vorinstanz irrtümlich angenommen habe. Den Verstoss gegen <ref-law> leitet sie offenbar aus <ref-ruling> E. 4a S. 314 ab, wonach der Herabsetzungsbetrag dem Minderwert des Werks und nicht den Verbesserungskosten zu entsprechen hat, weshalb über dem Minderungsbetrag liegende Verbesserungskosten nicht unter den Begriff der Minderung fallen und dem Besteller auch nicht unter dem Titel eines Schadenersatzes zu vergüten sind. Über den Herabsetzungsbetrag nach <ref-law> hinausgehende Nachbesserungskosten könne der Besteller auch nicht als Mangelfolgeschaden geltend machen.
4.2 Die Beschwerdeführerin verkennt, dass aufgrund einer tatsächlichen Vermutung davon ausgegangen werden darf, der Minderwert des Werkes entspreche den Kosten der Mängelbehebung (<ref-ruling> E. 4a S. 313 f. mit Hinweis). Dass sie diese tatsächliche Vermutung umgestossen hätte, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Sie legt auch nicht dar, inwiefern die von der Vorinstanz als "Folgekosten" bezeichneten Aufwendungen nicht zu den Sanierungskosten gehören. Auch diese Rüge ist unbegründet. Dass nach <ref-law>/VS, der die Bindung des Richters an die Parteibegehren vorsieht, das Vorgehen der Vorinstanz unzulässig wäre, innerhalb der insgesamt gestellten Begehren für ein Schadenselement mehr und für ein anderes weniger zuzusprechen (<ref-ruling> E. 2 S. 397), zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenügend auf. Ebenso zeigt die Beschwerdeführerin nicht hinreichend auf, inwiefern es sich im Ergebnis zu ihrem Nachteil auswirkt, sollte die Vorinstanz den Beschwerdegegnern den Betrag unter dem falschen Titel (Schadenersatz statt der ebenfalls beantragten Minderung des Werklohns) zugesprochen haben. Mangels hinreichender Begründung (<ref-law>) ist auf diese Frage nicht näher einzugehen.
5. Umstritten ist ferner die Frage, zu welchem Abzug die Beschwerdegegner berechtigt sind, weil die Beschwerdeführerin die Estrichtreppe und die Treppe EG/OG nicht geliefert hat.
5.1 Was die ausgebliebene Lieferung der Estrichtreppe anbelangt, führte die Vorinstanz aus, die Beschwerdeführerin sei mit deren Montage in Verzug geraten, was ihr mit Schreiben vom 19. Dezember 2002 angezeigt worden sei. Betreffend die Treppe EG/OG hielt die Vorinstanz der Beschwerdeführerin zwar zugute, dass sie deren Masse erst nach Einbringung des Unterlagsbodens habe aufnehmen können. Sie habe aber die Beschwerdegegner erst mit Schreiben vom 20. Dezember 2002 darüber informiert, dass die Treppen im Februar 2003 geliefert würden, mithin nach dem vertraglichen Liefertermin vom 30. November 2002. Die Beschwerdegegner hätten mit Schreiben vom 3. Januar 2003 dagegen remonstriert und die Montage der Estrichtreppe in der Woche ab 6. Januar 2003, jene der Treppe EG/OG in der Woche ab 13. Januar 2003 verlangt. Nachdem die Arbeiter der Beschwerdeführerin am 27. Januar 2003 erschienen seien, um die Treppe EG/OG zu vermessen, hätten die Beschwerdegegner gleichentags der Beschwerdeführerin mitgeteilt, sie würden die Arbeiten für die Treppen anderweitig vergeben und vom Werklohn der Beschwerdeführerin in Abzug bringen. Am 11. Februar 2003 habe der Rechtsvertreter der Beschwerdegegner geschrieben, seine Mandanten seien nach <ref-law> zum Rücktritt vom Vertrag berechtigt. Die Beschwerdeführerin dürfe vorerst keine weiteren Arbeiten am Objekt in F._ ausführen. Falls dies dennoch geschehe, habe dies unter Beizug eines Baufachmannes zu erfolgen.
5.2 Bei dieser Sachlage hielt die Vorinstanz dafür, die Beschwerdeführerin hätte sich in Verzug befunden und auch innert Nachfrist nicht geliefert. Daher beurteile sich der Rücktritt ungeachtet der Anrufung von <ref-law> durch den Rechtsvertreter der Beschwerdegegner nach <ref-law>. Die Vorinstanz legte entsprechend dem Gutachten den Minderwert des Werks zufolge der fehlenden Treppen auf Fr. 16'800.-- fest, wovon sie die von der Beschwerdeführerin in ihrer Rechnung für die Nichtleistung bereits berücksichtigten Beträge abzog und auf diese Weise für die nicht ausgeführten Arbeiten Fr. 12'588.-- errechnete.
5.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet, die Vorinstanz habe den Beschwerdegegnern den Minderwert zugesprochen, obwohl bei Rücktritt lediglich das negative Interesse geschuldet sei. Richtigerweise hätten die Beschwerdegegner beweisen müssen, welches die für die beiden Treppen vereinbarte bzw. versprochene Gegenleistung gewesen sei, welche sie hätten verweigern dürfen.
5.4 Nachdem die Parteien einen Pauschalpreis vereinbart haben, durfte die Vorinstanz im Ergebnis ohne Verletzung von Bundesrecht auch bei einer Berechnung des negativen Interesses den auf die nicht ausgeführten Treppen entfallenden Anteil aufgrund des im Gutachten dafür angegebenen Werts bestimmen. Inwiefern die Vorinstanz dabei in Willkür verfallen sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Unter diesen Umständen kann offen bleiben, ob die Vorinstanz die Erklärungen der Beschwerdegegner zu Recht als erfolgten Vertragsrücktritt ausgelegt hat. Zu beachten ist immerhin, dass die Beschwerdegegner eindeutig auf nachträgliche Leistung verzichteten und anfügten, sie würden die Arbeiten unter Abzug vom Werklohn anderweitig vergeben, was eher auf Verzicht auf nachträgliche Erfüllung unter gleichzeitiger Forderung des aus der Nichterfüllung entstandenen Schadens schliessen lässt (<ref-law>). Daran ändert nichts, dass der Rechtsvertreter der Beschwerdegegner deren Berechtigung zu einem Vertragsrücktritt erwähnte, schloss er doch die Erledigung weiterer Arbeiten durch die Beschwerdeführerin nicht grundsätzlich aus, sofern sie unter Beizug eines Baufachmanns erfolgten. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin zu <ref-law> gehen daher an der Sache vorbei.
5.5 Die Beschwerdeführerin rügt auch in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Art. 126 Abs. 1 lit. d, Art. 128, Art. 130 Abs. 1 lit. c, d und g ZPO/VS. Die Beschwerdegegner hätten weder behauptet, sie hätten die Montage der Estrichtreppe in der zweiten Woche und die Montage der Treppe im EG/OG in der dritten Januarwoche verlangt, noch, sie hätten unverzüglich erklärt, vom Vertrag zurückzutreten. Inwiefern es allerdings unter der Herrschaft der Verhandlungsmaxime geradezu stossend sein soll, auf nicht explizit umschriebene Tatsachen abzustellen, die sich aus den eingereichten Akten ergeben, solange die Feststellung als solche sich nicht als willkürlich erweist, legt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich dar.
6. Nach <ref-law>/VS werden die Prozesskosten den Parteien in der Regel gemäss dem Ausgang des Verfahrens auferlegt. Obsiegt keine Partei vollständig, werden sie verhältnismässig verteilt (Abs. 1). Von dieser Regel kann insbesondere abgewichen werden, wenn die unterliegende Partei sich in guten Treuen zur Prozessführung veranlasst sah oder wenn dem Kläger die genaue Bezifferung seines Anspruchs nicht zumutbar war und seine Klage grundsätzlich gutgeheissen wurde (Abs. 2).
6.1 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, mit der Aufteilung der Verfahrenskosten unter den Parteien (3/5 zu Lasten der Beschwerdeführerin und 2/5 zu Lasten der Beschwerdegegner) diese Bestimmung willkürlich angewendet zu haben. Sie macht geltend, aufgrund des Streitwerts, entsprechend der Summe von Klage- und Widerklagebegehren insgesamt Fr. 142'661.70 (Fr. 46'015.70 + Fr. 96'646.--), ergebe sich, dass die Beschwerdeführerin mit Fr. 58'682.40, mithin zu 41.14 % unterlegen sei, die Beschwerdegegner dagegen mit Fr. 83'979.30, mithin zu 58.86 %. Mit ihrer Kostenverteilung habe die Vorinstanz den von ihr wiedergegebenen Grundsatz ins Gegenteil verkehrt. Darüber hinaus setzt sich die Beschwerdeführerin auch mit <ref-law>/VS auseinander und führt an, diese Bestimmung, auf welche sich die Vorinstanz nicht berufen habe, sei mit Blick darauf, dass die Beschwerdegegner ihre Forderungen erst in der Schlussdenkschrift beziffert hätten, nicht einschlägig. Die Widerklage werde auch nicht grundsätzlich, sondern nur im Umfang von 55 % gutgeheissen. Schliesslich könne jede Partei für sich in Anspruch nehmen, sich in guten Treuen zur Prozessführung veranlasst gesehen zu haben. Aus denselben Gründen sei auch der vorinstanzliche Entscheid über die Parteientschädigung willkürlich, da er nach denselben Kriterien zu erfolgen habe.
6.2 Die Vorinstanz führt einzig den Grundsatz des Obsiegens und Unterliegens an und kommt "insgesamt betrachtet" zum Ergebnis, es rechtfertige sich, Prozesskosten und Parteientschädigung zu 3/5 der Beschwerdeführerin und zu 2/5 den Beschwerdegegnern aufzuerlegen. Diese Begründung genügte im Hinblick auf den von der Vorinstanz angegebenen Streitwert und angesichts der besonderen Situation, Klage und Widerklage, welche teilweise auf Minderung des eingeklagten Restwerklohns zielt, offensichtlich nicht, um die Kostenverteilung der Vorinstanz nachzuvollziehen. Es ist nicht Sache des Bundesgerichts zu prüfen, ob die vorgenommene Verteilung vertretbar ist und die Begründung nachzuliefern. Vielmehr hat die Vorinstanz die Kostenverteilung so einlässlich zu begründen, dass sie von den Parteien nachvollzogen und gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Die Beschwerde ist in diesem Punkte begründet. Der angefochtene Entscheid ist diesbezüglich aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird die Kostenverteilung zu überprüfen und hinreichend zu begründen haben, damit eine sachgerechte Anfechtung durch die Parteien und eine Überprüfung durch das Bundesgericht möglich wird.
7. Was die Kosten des Beweisaufnahmeverfahrens betrifft, erläutert die Vorinstanz, dieses Verfahren sei notwendig geworden, weil die Beschwerdeführerin unzureichende Arbeit geleistet habe. Die Mängel am Werk seien offensichtlich und das Verfahren zur Beweissicherung daher angezeigt gewesen. Wenn die Vorinstanz unter diesen Umständen sämtliche Kosten im Zusammenhang mit dem betreffenden Verfahren der Beschwerdeführerin auferlegt, lässt sich dies entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ohne Weiteres mit Art. 252 Abs. 1 und 2 ZPO/VS vereinbaren. Da unstreitig nicht unerhebliche Mängel festgestellt wurden, für welche die Beschwerdeführerin die Verantwortung trägt, erscheint nicht willkürlich, diese gleich wie eine "unterliegende Partei" zu behandeln mit entsprechenden Kosten- und Entschädigungsfolgen. Insoweit ist die Beschwerde unbegründet.
8. 8.1 Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde teilweise als begründet und ist im Übrigen abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist. Da die Beschwerdeführerin lediglich mit ihrer Rüge betreffend die Nebenfolgen des angefochtenen Urteils durchdringt, nicht aber in der Sache selbst, wobei sie beantragt lediglich zu 40 % statt zu 60 % kosten- und entschädigungspflichtig zu werden, bleibt dies ohne Wirkung auf die Regelung der Nebenfolgen des bundesgerichtlichen Verfahrens. Vielmehr entspricht diesem Verfahrensausgang, die Gerichtsgebühr der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>), die zudem die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen hat (<ref-law>).
8.2 Die Beschwerdegegner haben für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersucht, welchem Begehren im Hinblick darauf, dass die Vorinstanz ihre Bedürftigkeit bejaht hat und ihr vor Bundesgericht vertretener Standpunkt offensichtlich nicht aussichtslos war, ohne Weiteres entsprochen werden kann. Im Falle der Uneinbringlichkeit der Prozessentschädigung ist daher Rechtsanwalt André Sieber mit Fr. 3'000.-- aus der Gerichtskasse zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden Ziff. 3 und 5 des angefochtenen Urteils betreffend die Regelung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen aufgehoben, und die Sache wird diesbezüglich zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 3'000.-- zu entschädigen. Im Falle der Uneinbringlichkeit wird dem Rechtsvertreter der Beschwerdegegner zufolge der Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege die Parteientschädigung aus der Bundesgerichtskasse entrichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Wallis, I. zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak