Sachverhalt:
A. Die A._ AG als Mieterin und die W._ AG als Vermieterin schlossen am 8. Oktober 2001 einen Mietvertrag über Büroräumlichkeiten in der Liegenschaft B._. Am 19. Juni 2003 unterschrieben A._ (Beschwerdeführer) und die W._ AG, vertreten durch die X._ AG, einen Nachtrag zum Mietvertrag, wonach der Beschwerdeführer als "Solidarpartner" in den Mietvertrag aufgenommen werde. Dieser Nachtrag Nr. 1 lautet wie folgt:
"1. Solidarpartner
Folgende Person wird als Solidarpartner in den Mietvertrag aufgenommen, über die auch die Mietzinskaution gemäss Pkt. 4.5 des Mietvertrages vom 8. Oktober 2001 abgewickelt werden kann:
Herr A._, C._-Strasse, in D._
2. Übrige Vertragsbestimmungen
Im Übrigen gelten die Bestimmungen des Mietvertrages vom 8. Oktober 2001 unverändert fort.
3. Vertragsausfertigungen
Der vorliegende Nachtrag 1 wird in drei gleichlautenden Exemplaren ausgefertigt und unterzeichnet, wobei dem Mieter ein Exemplar und der Vermieterin zwei ausgehändigt werden."
Die Liegenschaft wurde per 1. Juli 2004 an die V._ AG (Beschwerdegegnerin) verkauft.
Die von der A._ AG mit Schreiben vom 14. März 2005 ausgesprochene Kündigung wurde von der Verwalterin der damaligen Vermieterin zurückgewiesen. Die Mieterin wurde darauf aufmerksam gemacht, dass sie bis am 30. September 2006 weiterhin für den Mietzins hafte. Per 1. September 2005 wurden die Räumlichkeiten an Y._ weitervermietet.
Über die A._ AG wurde am 20. Januar 2006 der Konkurs eröffnet. Das Konkursverfahren wurde mangels Aktiven eingestellt.
B. Am 31. März 2006 reichte die Beschwerdegegnerin gegen den Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Brugg Klage ein. Sie begehrte mit in der Replik geändertem Rechtsbegehren, ihn zur Bezahlung der Mietzinsforderungen von Fr. 55'286.-- (14 Monate à Fr. 3'299.-- [Juli 2004 bis August 2005] sowie 13 Monate à Fr. 700.-- [Mietzinsdifferenz für die Zeit September 2005 bis September 2006]), je zuzüglich Zins von 8 % seit mittlerem Verfall, zu verurteilen. Ausserdem beantragte sie die Erteilung der Rechtsöffnung in der Betreibung Nr. 000 des Betreibungsamtes Windisch für den gesamten Betrag. Eventualiter verlangte sie einen Betrag von Fr. 19'500.-- und die Erteilung der Rechtsöffnung hierfür. Der Beschwerdeführer widersetzte sich dieser Forderung und bestritt, Vertragspartner der Beschwerdegegnerin zu sein. Er habe sich seinerzeit nur gegenüber der damaligen Vermieterin, der W._ AG, als zusätzliche Sicherheit für die Bezahlung der Mietzinse zur Verfügung gestellt. Er sei aber nicht in den Mietvertrag eingetreten und daher nicht Mietvertragspartner. Mit Urteil vom 8. Mai 2007 wies das Bezirksgericht die Klage ab. Es hielt den Beweis für einen Beitritt des Beschwerdeführers zum Mietvertrag für nicht erbracht.
Die Beschwerdegegnerin appellierte an das Obergericht des Kantons Aargau. Sie verlangte Fr. 46'186.-- nebst Zins zu 8 % seit 1. Februar 2005 und Fr. 420.55 nebst Zins zu 8 % seit 15. März 2006 sowie die Erteilung der Rechtsöffnung für den gesamten Betrag samt Zins. Mit Urteil vom 2. Dezember 2008 hiess das Obergericht die Appellation teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin die Mietzinse für die Zeit vom 1. Juli 2004 bis am 31. August 2005 in der Höhe von insgesamt Fr. 46'186.-- nebst Zins zu 8 % seit dem 1. Februar 2005 sowie Fr. 420.55 für die Mietzinsdifferenz vom 1. September 2005 bis 30. September 2006 nebst Zins zu 8 % seit dem 15. März 2006 zu bezahlen sowie die Zahlungsbefehlskosten von Fr. 100.-- zu ersetzen. Den Rechtsvorschlag hob es für den Betrag von Fr. 46'186.-- nebst Zins zu 8 % seit 1. Februar 2005 sowie für Fr. 32.35 nebst Zins zu 8 % seit 1. Juli 2005 auf. Im Übrigen wies es die Klage ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Streitig ist, ob die Beschwerdegegnerin den Beschwerdeführer für die ausstehenden Mietzinse belangen kann, weil er mit dem Nachtrag vom 19. Juni 2003 als solidarisch haftender Mieter dem Mietvertrag vom 8. Oktober 2001 beigetreten ist. Der Auffassung der Beschwerdegegnerin folgend, bejahte dies die Vorinstanz. Der Beschwerdeführer stellt sich demgegenüber auf den Standpunkt, mit dem Nachtrag habe er mit der damaligen Vermieterin ein unabhängiges Sicherungsgeschäft abgeschlossen. Der Inhalt des Nachtrags Nr. 1 zum Mietvertrag ist demnach umstritten und durch Auslegung zu ermitteln.
2. Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Ob ein übereinstimmender wirklicher Parteiwille besteht, kann das Bundesgericht, da die Beweiswürdigung betreffend, nur unter dem Blickwinkel der Willkür prüfen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2).
Nur wenn ein übereinstimmender wirklicher Parteiwille unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1. S. 611; <ref-ruling> E. 3.2). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen).
3. Aus dem angefochtenen Urteil wird nicht restlos klar, ob die Vorinstanz eine subjektive oder objektive Vertragsauslegung vorgenommen hat. Indessen muss angenommen werden, dass sie sofort zu einer Auslegung nach dem Vertrauensprinzip schritt, schliesst sie ihre Erwägungen doch mit dem Satz, unter Würdigung sämtlicher Auslegungsmittel wie Wortlaut, Zweck, Begleitumstände und Interessenlage könne der am 19. Juni 2003 abgeschlossene Nachtrag Nr. 1 zum Mietvertrag vom 8. Oktober 2001 nicht anders denn als Beitritt des Beschwerdeführers zum Mietvertrag verstanden werden.
Der Beschwerdeführer rügt die Auslegung der Vorinstanz als bundesrechtswidrig. Im Einzelnen ergibt sich Folgendes:
3.1 Zum Wortlaut erwog die Vorinstanz, der Ausdruck "Partner" werde im Geschäftsleben häufig verwendet, so dass davon ausgegangen werden könne, dass dessen Bedeutung (gemäss Duden "Gefährte, Teilhaber, Teilnehmer, Mitspieler") den geschäftsversierten Parteien klar gewesen sei. Wäre mit dem Nachtrag tatsächlich lediglich ein vom Mietvertrag unabhängiges Sicherungsgeschäft beabsichtigt gewesen, wäre der Beschwerdeführer nicht als Partner der Mietvertragsparteien bezeichnet worden. Zudem würde diesfalls die vorgesehene Unterzeichnung durch die A._ AG keinen Sinn machen, bräuchte es doch deren Zustimmung zum behaupteten kumulativen Schuldbeitritt nicht. Das vom Beschwerdeführer behauptete Sicherungsgeschäft lasse sich dem Wortlaut nicht ansatzweise entnehmen. Es gehe nirgends daraus hervor, dass der Beschwerdeführer lediglich Sicherheit für die Mietzinse bzw. für die Kaution bieten solle. Vielmehr deute der Wortlaut, wonach über die in den Mietvertrag aufgenommene Person auch die Mietzinskaution abgewickelt werden könne, gerade nicht auf eine einzelne Leistungspflicht hin. Zutreffend sei hingegen der Einwand des Beschwerdeführers, dass es nicht nachvollziehbar sei, weshalb die Parteien von "Solidarpartner" und nicht von "Solidarmieter" sprechen. Andererseits bezeichneten die Parteien das Rechtsgeschäft als "Nachtrag zum Mietvertrag", was nicht verständlich wäre, wenn damit ein vom Mietvertrag unabhängiges Sicherungsgeschäft beabsichtigt gewesen wäre. Zudem deute die Formulierung, eine Person werde in den Mietvertrag aufgenommen, ebenfalls auf einen Vertragsbeitritt hin. Der Wortlaut spreche demnach überwiegend, jedoch nicht eindeutig, für einen Vertragsbeitritt des Beschwerdeführers.
Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, sie vermische Fachpersonen und Umgangssprache. Indem sie die Bedeutung des Begriffs "Partner" dem Duden entnehme, stelle sie dessen umgangssprachliche Bedeutung fest. Sie spreche dann aber - nicht nachvollziehbar - plötzlich davon, dessen Bedeutung sei den "geschäftsversierten" Parteien klar gewesen. Der fachspezifische Begriff, welcher im Mietwesen verwendet werde, wäre "Solidarmieter" und nicht "Solidarpartner" gewesen.
Letzteres Argument hat die Vorinstanz anerkannt und deshalb nicht auf einen eindeutig, sondern bloss überwiegend für einen Vertragsbeitritt sprechenden Wortlaut geschlossen. Es bleibt aber dabei, dass "Partner" einen Konnex zu den Mietvertragsparteien knüpft und damit gegen ein vom Mietvertrag unabhängiges Sicherungsgeschäft spricht. Entgegen der Rüge des Beschwerdeführers brauchte die Vorinstanz nicht darzulegen, was die Parteien für einen Begriff hätten verwenden müssen, wenn sie ein unabhängiges Sicherungsgeschäft beabsichtigt hätten. Auszulegen ist der Wortlaut, wie er verwendet wurde, und dieser spricht eher für einen Vertragsbeitritt. Daran vermag auch die Erklärung des Beschwerdeführers nichts zu ändern, wonach das Sicherungsgeschäft nur rechtlich vom Mietvertrag unabhängig gewesen sei, tatsächlich aber einen engen Bezug zum Mietvertrag bestanden habe, indem Letzterer der Grund für das Sicherungsgeschäft gewesen sei. Die von der Vorinstanz angeführten Wortelemente, dass eine Person in den Mietvertrag aufgenommen werde, über die auch die Kaution abgewickelt werden könne, stützen den Schluss, dass der Wortlaut überwiegend für einen Vertragsbeitritt des Beschwerdeführers spricht.
3.2 Die Vorinstanz erwog weiter, Zweck des Nachtrags Nr. 1 zum Mietvertrag sei gewesen, dem Beschwerdeführer die für die Erhältlichmachung einer Bürgschaft von der Z._ AG erforderliche Mieterstellung zu verschaffen. Aufgrund des klaren Wortlautes der Allgemeinen Geschäftsbedingungen der Z._ AG und eines rund eine Woche vor dem Abschluss des Nachtrags von der X._ AG verfassten E-Mails vom 13. Juni 2003, wonach sich "Herr A._ als Solidarpartner in den Mietvertrag eintragen lassen wolle, damit er die Kaution über die Z._ AG abwickeln könne", hielt es die Vorinstanz für erstellt, dass ohne Mieterstellung des Beschwerdeführers keine Bürgschaft von der Z._ AG hätte erhältlich gemacht werden können.
Der Beschwerdeführer unterbreitet dem Bundesgericht unzulässige appellatorische Kritik, indem er den vorinstanzlichen Erwägungen lediglich sein eigenes Verständnis der Allgemeinen Geschäftsbedingungen der Z._ AG gegenüberstellt. Er übersieht, dass das Bundesgericht an die Feststellungen der Vorinstanz über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist. Eine hinlängliche Sachverhaltsrüge nach <ref-law> erhebt der Beschwerdeführer nicht. Die Vorinstanz hat die Umstände, die zum Abschluss des Nachtrags führten, gewürdigt, nämlich die Absicht, eine Bürgschaft von der Z._ AG erhältlich zu machen, die - nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz - nur bei einer Mieterstellung des Beschwerdeführers möglich war. Entgegen der Rüge des Beschwerdeführers hat sie damit nicht in einer <ref-law> verletzenden Weise auf das Verhalten einer vertragsfremden Person (Z._ AG) abgestellt. Vielmehr hat sie den Umstand berücksichtigt, dass die Erhältlichmachung einer Bürgschaft von der Z._ AG die Mieterstellung des Beschwerdeführers voraussetzte und die Parteien dieses Erfordernis mit dem Abschluss des Nachtrags erreichen wollten. Dieser Umstand spricht bei der Auslegung des Nachtrags wiederum für einen Vertragsbeitritt. Dabei durfte die Vorinstanz das erwähnte E-Mail der X._ AG heranziehen. Die X._ AG vertrat die damalige Vermieterin beim Abschluss des Nachtrags und kann somit nicht als Drittperson betrachtet werden, deren Korrespondenz von vornherein irrelevant wäre, wie der Beschwerdeführer geltend macht.
3.3 Schliesslich hielt die Vorinstanz dafür, dass die Interessenlage der A._ AG und des Beschwerdeführers gegen ein Sicherungsgeschäft und für den Vertragsbeitritt des Beschwerdeführers spreche. Denn die A._ AG sei offenbar nicht in der Lage gewesen, die mietvertraglich verlangte Garantie einer schweizerischen Grossbank oder Versicherungsanstalt beizubringen. Es sei daher davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer mit der Bürgschaft von der Z._ AG die verlangte Garantie habe beibringen wollen, auf welcher die Vermieterin beharrt habe.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz nicht auf die Interessen der Vertragsparteien, sondern auf die heutigen Interessen der Beschwerdegegnerin, die nicht Vertragspartei des Nachtrags vom 19. Juni 2003 gewesen sei, abgestellt habe.
Dem ist nicht so. Die Vorinstanz berücksichtigte die Interessenlage der damaligen Vertragsparteien. Die damalige Vermieterin beharrte auf der mietvertraglich stipulierten Garantie. Die an der Miete der Geschäftsräumlichkeiten interessierte A._ AG hatte demnach dieser Verpflichtung nachzukommen, vermochte dies aber offenbar nicht, weshalb der Beschwerdeführer die Bürgschaft von der Z._ AG erhältlich machen sollte, was - nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz - wiederum nur möglich war, wenn er Mieterstellung erlangte. Dass diese Interessenlage für einen Vertragsbeitritt des Beschwerdeführers spricht, ist nachvollziehbar und nicht zu beanstanden.
3.4 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, die drei Monate nach Abschluss des Nachtrags erfolgte Mietzinserhöhung sei nur der A._ AG, nicht aber ihm selbst mitgeteilt worden, was zeige, dass er nicht als Mieter betrachtet worden sei. Diese fehlende Mitteilung könne nicht als Versehen abgetan werden.
Dieser Einwand hilft nicht weiter. Denn nachträgliches Parteiverhalten ist bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip, von einer solchen auch der Beschwerdeführer ausgeht, nicht von Bedeutung; es kann höchstens im Rahmen der Beweiswürdigung auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 2.2.2.2 S. 69; <ref-ruling> E. 2.3. S. 680; <ref-ruling> E. 1 S. 366).
3.5 Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers musste die Vorinstanz zudem wegen der Tatsache, dass die A._ AG den Nachtrag nicht unterzeichnet hat, nicht auf ein unabhängiges Sicherungsgeschäft schliessen, da sie insofern Verzicht auf den Formvorbehalt annehmen durfte (vgl. dazu Erwägung 4).
3.6 Insgesamt ist die vorinstanzliche Auslegung des Nachtrags vom 19. Juni 2003 in dem Sinn, dass der Beschwerdeführer als solidarisch haftender Mieter dem Mietvertrag vom 8. Oktober 2001 beigetreten ist, bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Weil das Auslegungsergebnis nicht zweifelhaft ist, besteht von vornherein kein Raum für eine vom Beschwerdeführer vertretene Auslegung zugunsten des Schuldners.
4. Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, ein allfälliger Vertragsbeitritt wäre wegen Formungültigkeit nicht zustande gekommen. Gemäss den Allgemeinen Geschäftsbedingungen zum Mietvertrag vom 8. Oktober 2001 seien Änderungen oder spätere Vereinbarungen über den Mietvertrag nur gültig, wenn sie schriftlich vereinbart worden seien. Der Nachtrag vom 19. Juni 2003 sei jedoch von der A._ AG nicht unterzeichnet worden. Die Vorinstanz gehe fälschlicherweise von einem konkludenten Formverzicht der Parteien aus.
4.1 Ist für einen Vertrag, der vom Gesetz an keine Form gebunden ist, die Anwendung einer solchen vorbehalten worden, so wird vermutet, dass die Parteien vor Erfüllung der Form nicht verpflichtet sein wollen (<ref-law>).
Der vertragliche Formvorbehalt kann jederzeit formfrei aufgehoben werden. Die Aufhebung ist auch stillschweigend oder durch konkludentes Handeln möglich, wie insbesondere dann, wenn die Parteien sich über die vereinbarte Form hinwegsetzen oder den Vertrag vorbehaltlos erfüllen (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 268 mit Hinweisen; Schwenzer, Basler Kommentar, N. 10 zu <ref-law>).
4.2 Die Vorinstanz nahm einen stillschweigenden Verzicht auf den Formvorbehalt an. Der Beschwerdeführer habe die von der früheren Vermieterin verlangte Garantie durch eine Bürgschaft der Z._ AG beigebracht. Dies sei der A._ AG aufgrund der zwischen ihrem Organ und dem Beschwerdeführer herrschenden Personalunion bekannt und zudem auch in ihrem Interesse gewesen. Dieses Dulden sowie die Interessenlage der A._ AG könne nach Treu und Glauben nicht anders denn als stillschweigende Zustimmung zum Beitritt des Beschwerdeführers zum Mietvertrag verstanden werden, zumal dieser Beitritt für die A._ AG vorwiegend mit Vorteilen verbunden gewesen sei.
4.3 Diesen Erwägungen kann gefolgt werden. Dagegen überzeugen die Einwendungen des Beschwerdeführers nicht.
So behauptet der Beschwerdeführer, die A._ AG habe bewusst nicht unterschrieben, was umso deutlicher werde, wenn man berücksichtige, dass für die A._ AG eine Rubrik für die Unterschrift vorgesehen gewesen sei. Die Behauptung einer bewussten Nichtunterzeichnung findet im vorinstanzlich verbindlich festgehaltenen Sachverhalt keine Stütze und folgt auch nicht zwingend daraus, dass für die Unterschrift der A._ AG eine Rubrik vorgesehen war. Aus dem Umstand, dass die Rubrik nicht ausgefüllt wurde, kann nicht geschlossen werden, dass die A._ AG bewusst resp. absichtlich nicht unterschrieben hat.
Es hilft dem Beschwerdeführer auch nicht weiter, wenn er auf seinem Standpunkt beharrt, ein Sicherungsgeschäft sei genügend gewesen, um die Interessen der damaligen Vertragsparteien zu erfüllen. Denn es bleibt dabei, dass die A._ AG gegen die Beibringung der Bürgschaft der Z._ AG durch den Beschwerdeführer nicht opponierte und der Vertragsbeitritt desselben in ihrem Interesse lag, weil - wie oben festgehalten - die Erhältlichmachung der Bürgschaft die Mieterstellung des Beschwerdeführers voraussetzte. Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt, wenn sie bei dieser Sachlage auf einen Verzicht auf den Formvorbehalt schloss und den Nachtrag als gültig abgeschlossen beurteilte.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. April 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer