Faits:
A. X._, né en 1960, de nationalité portugaise, et Y._, née en 1963, de nationalité autrichienne, se sont mariés le 7 septembre 1990 à Genève. De cette union sont issus deux enfants, A._, née en 1996, et B._, né en 1999.
B. B.a Par requête de mesures protectrices de l'union conjugale déposée le 7 janvier 2010 devant le Tribunal de première instance de Genève, Y._ a conclu notamment à ce que X._ soit condamné à lui verser, au titre de contribution à l'entretien de la famille, une somme mensuelle de 5'400 fr. jusqu'au 30 juin 2010, puis de 4'950 fr. à partir du 1er juillet 2010. Suite à son déménagement dans le canton de Zurich avec ses enfants en juillet 2010, Y._ a modifié ses conclusions, en requérant que X._ soit condamné à lui verser, au titre de contribution d'entretien à l'entretien de la famille, une somme mensuelle de 4'800 fr. dès le 15 juillet 2010. Pour sa part, X._ a, sur ce point, conclu à ce qu'il soit pris acte de son engagement de verser une contribution mensuelle d'entretien de la famille de 1'000 fr.
Par jugement du 10 novembre 2010, le tribunal a condamné X._ à verser en mains de Y._, par mois et d'avance, allocations familiales ou d'études non comprises, la somme de 2'500 fr. à titre de contribution d'entretien à la famille.
B.b Y._ a formé appel contre ce jugement devant la Cour de justice. Elle a conclu à ce que X._ soit condamné à lui verser, par mois et d'avance, allocations familiales ou d'études non comprises, une somme mensuelle de 4'500 fr. à titre de contribution d'entretien de la famille avec effet au 15 juillet 2010. X._ a conclu au rejet de l'appel. Par arrêt du 18 mars 2011, la Cour de justice a condamné X._ à payer à Y._ la somme de 3'000 fr. à titre de contribution d'entretien de la famille, par mois et d'avance, allocations familiales ou d'études non comprises, à compter du 15 juillet 2010.
C. Par mémoire du 25 avril 2011, X._ forme un recours en matière civile contre cet arrêt. Il conclut principalement à son annulation et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants; subsidiairement, il conclut à sa réforme, en ce sens qu'il soit condamné à verser, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, en mains de Y._, 2'500 fr. par mois au titre de contribution à l'entretien de la famille. En substance, il se plaint de la violation des art. 9 et 29 al. 2 Cst.
Invitée à se déterminer, l'intimée a conclu au rejet du recours. L'autorité cantonale s'est, quant à elle, référée aux considérants de son arrêt. Dans sa lettre du 5 septembre 2011, le recourant a déclaré persister intégralement dans les termes de son recours et n'avoir pas d'observations particulières à formuler.

Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4) rendue en matière civile (<ref-law>), par l'autorité supérieure du canton de Genève (<ref-law>), dans une contestation de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a, 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable.
2. 2.1 La décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 et 585 consid. 3.3), de sorte que le recourant ne peut se plaindre que de la violation de ses droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine un tel grief que s'il a été dûment invoqué et motivé (<ref-law>), à savoir exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 et les références citées). L'arbitraire prohibé par l'art. 9 Cst. ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait concevable, voire préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de cette décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 4.4.1).
En vertu des principes de la bonne foi et de l'épuisement des griefs, tous les moyens nouveaux sont exclus, sous réserve du cas où seule la motivation de la décision attaquée donne l'occasion de les soulever (<ref-ruling> consid. 2; arrêt 5A_871/2009 du 2 juin 2010 consid. 2).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 7.1 et 585 consid. 4.1). Aussi, lorsque le recourant entend faire compléter les faits, il doit les désigner avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (<ref-law>), partant irrecevables (arrêt 5A_66/2011 du 7 juin 2011 consid. 1.2.3; 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3.2).
3. L'objet du recours porte sur le revenu de l'intimée et sur la charge fiscale du recourant.
Dans un premier grief, le recourant fait valoir que l'autorité cantonale a violé son droit d'être entendu protégé par l'art. 29 al. 2 Cst., en refusant d'examiner ses griefs concernant, d'une part, l'imputation d'un revenu hypothétique à l'épouse et, d'autre part, l'inclusion de la charge fiscale des époux dans le calcul du minimum vital.
3.1 L'autorité cantonale a exposé qu'elle entendait recourir, pour fixer la contribution d'entretien, à la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent. Elle a par ailleurs établi les revenus et charges de chacun des époux, en précisant expressément qu'elle ne tenait pas compte des impôts, par l'expression "charges fiscales non comprises" ou "hors charges fiscales". Elle n'a pas examiné s'il fallait imputer à l'intimée un revenu hypothétique.
3.2 Au sujet du revenu hypothétique, le recourant fait valoir que, tant en première instance qu'en appel, il a fermement contesté la diminution de salaire subie par son épouse, de sorte que la cour cantonale ne pouvait pas purement et simplement faire abstraction de cette diminution sans aucune motivation. Au sujet des impôts, le recourant soutient que, bien qu'il ait allégué supporter le paiement d'impôts et produit en première instance tous les documents relatifs à cette charge, l'autorité cantonale n'en a pas tenu compte dans le calcul du minimum vital et n'en a même pas fait mention dans la partie en fait.
3.2 Au sujet du revenu hypothétique, le recourant fait valoir que, tant en première instance qu'en appel, il a fermement contesté la diminution de salaire subie par son épouse, de sorte que la cour cantonale ne pouvait pas purement et simplement faire abstraction de cette diminution sans aucune motivation. Au sujet des impôts, le recourant soutient que, bien qu'il ait allégué supporter le paiement d'impôts et produit en première instance tous les documents relatifs à cette charge, l'autorité cantonale n'en a pas tenu compte dans le calcul du minimum vital et n'en a même pas fait mention dans la partie en fait.
3.3 3.3.1 Vu la nature formelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond, il convient d'examiner en priorité le moyen relatif à ce droit (<ref-ruling> consid. 2.2). De l'art. 29 al. 2 Cst. découle le devoir pour le juge de motiver sa décision afin que le justiciable puisse en saisir la portée et, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'est cependant pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 4.2 et les arrêts cités).
3.3.2 En l'espèce, s'agissant du revenu hypothétique de l'intimée, le recourant s'est contenté, dans sa réponse à l'appel, de faire des constatations toutes générales sur la situation professionnelle de son épouse. Il s'est borné à prétendre que son salaire avait diminué depuis son déménagement, n'alléguant pas pour autant que son épouse aurait, sans raison, réduit son taux d'activité, ni un quelconque autre motif qui justifierait qu'on lui impute un revenu hypothétique. Il n'a pas non plus consacré le moindre développement à la notion du revenu hypothétique. Ce n'est que dans les dernières lignes de sa réponse à l'appel que le recourant a prétendu que, l'intimée n'ayant pas justifié la réduction de son salaire, il y aurait lieu de lui imputer un revenu hypothétique de 6'292 fr. Par ce dernier argument, quand bien même il utilise le terme de "revenu hypothétique", le recourant paraît cependant critiquer le montant du revenu effectif de l'intimée, en contestant que celle-ci ait apporté la preuve de la diminution de son salaire. Dans ces circonstances, la cour cantonale ne pouvait pas comprendre que le recourant entendait soulever la question du revenu hypothétique et n'avait donc pas à motiver sa décision sur ce point. Ainsi, elle n'a pas violé le droit d'être entendu du recourant.
S'agissant de la charge fiscale, il ressort de l'arrêt attaqué que la cour cantonale a entendu fixer le montant de la contribution d'entretien sans prendre en considération la charge fiscale respective des époux. Bien qu'elle n'ait pas motivé plus précisément ce point, elle n'a ainsi pas violé l'art. 29 al. 2 Cst. En effet, il ressort de son argumentation fondée sur l'arbitraire que le recourant a parfaitement compris le sens et la portée de l'arrêt déféré, étant en mesure de le critiquer. Autre est par contre la question de savoir si, en jugeant ainsi, l'autorité cantonale a appliqué de manière arbitraire le droit fédéral sur la fixation des contributions d'entretien (cf. infra consid. 6).
4. Dans un deuxième grief, le recourant invoque, en relation avec le revenu de l'intimée, la violation de l'art. 9 Cst. tant dans l'établissement des faits que dans l'application de l'<ref-law>.
4.1 Tout d'abord, le recourant réitère son reproche adressé à l'autorité cantonale de n'avoir pas imputé à l'intimée un revenu hypothétique, en se plaignant cette fois du caractère arbitraire de la décision. Devant l'autorité cantonale, le recourant n'a pas formulé, de manière intelligible, de grief concernant le revenu hypothétique (cf. supra consid. 3.3.2). Dès lors, il faut considérer que ce moyen de droit est soulevé pour la première fois devant l'instance fédérale, qu'il est dès lors nouveau et, partant, irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
4.2 Ensuite, le recourant répète, mais cette fois sous l'angle des faits, que, depuis son déménagement, l'intimée a subi une baisse de son salaire effectif, baisse dont la cour cantonale aurait dû tenir compte. Il se lance à cet égard dans de vagues suppositions, en expliquant que cette baisse de salaire ne s'explique pas, si ce n'est qu'il apparaît, selon ses termes, possible que l'intimée perçoive un 13ème salaire qu'elle n'aurait pas indiqué au tribunal. Outre le fait qu'elle repose sur un fait nouveau - le 13ème salaire de l'épouse -, cette argumentation est purement appellatoire et, partant, irrecevable (cf. supra consid. 2.1 et 2.2).
5. Dans un troisième grief, le recourant se plaint de l'application arbitraire de l'<ref-law>, l'autorité cantonale ayant inclus dans son revenu mensuel l'indemnité forfaitaire de 1'983 fr. qu'il perçoit en remboursement de ses frais professionnels.
5.1 La cour a retenu que le recourant avait perçu, à titre de remboursement de frais professionnels, le montant de 1'983 fr. 25 en mai, juin et juillet 2010. Elle a relevé que ce montant était invariable, alors qu'il était notoire que les frais effectifs auxquels cette somme aurait dû correspondre étaient fluctuants. Elle a aussi reproché au recourant de n'avoir pas prouvé le caractère effectif de tous ces frais professionnels, sauf le leasing. Elle a alors jugé qu'il fallait inclure le montant de 1'983 fr. 25 dans les revenus fixes du recourant mais en revanche ajouter dans ses charges celui de 1'036 fr. à titre de frais de leasing, à l'exclusion de toute autre charge non prouvée. En conséquence, elle a fixé le revenu mensuel moyen du recourant à 9'655 fr. et ses charges à 5'606 fr. 65.
5.2 A l'appui de son grief, le recourant expose qu'il est notoire que les courtiers en assurances sont non seulement astreints à une parfaite tenue vestimentaire, mais également tenus d'inviter leurs clients au restaurant, ce qui entraîne des frais substantiels. La somme de 1'983 fr. correspond à des montants affectés à l'exercice de sa profession, qui sont en conséquence déduits de ses revenus imposables. Son employeur avait décidé, aux fins de simplification, de fixer l'indemnité due à titre de frais professionnels de manière forfaitaire, ceci sur la base d'un calcul précis basé sur l'expérience en la matière. Il conclut qu'inclure dans ses ressources cette indemnité est insoutenable et qu'un revenu mensuel effectif de 7'672 fr., et non de 9'655 fr., aurait dû être retenu.
5.2 A l'appui de son grief, le recourant expose qu'il est notoire que les courtiers en assurances sont non seulement astreints à une parfaite tenue vestimentaire, mais également tenus d'inviter leurs clients au restaurant, ce qui entraîne des frais substantiels. La somme de 1'983 fr. correspond à des montants affectés à l'exercice de sa profession, qui sont en conséquence déduits de ses revenus imposables. Son employeur avait décidé, aux fins de simplification, de fixer l'indemnité due à titre de frais professionnels de manière forfaitaire, ceci sur la base d'un calcul précis basé sur l'expérience en la matière. Il conclut qu'inclure dans ses ressources cette indemnité est insoutenable et qu'un revenu mensuel effectif de 7'672 fr., et non de 9'655 fr., aurait dû être retenu.
5.3 5.3.1 Les contributions d'entretien se déterminent en fonction du revenu net du débirentier. En font notamment partie le remboursement de frais par l'employeur, lorsque ceux-ci ne correspondent pas à des dépenses effectives, supportées dans l'exercice de la profession (arrêt 5A_58/2011 du 6 juin 2011 consid. 2.3.1; 5D_167/2008 du 13 janvier 2009 consid. 5, publié in FamPra.ch 2009 464; arrêt 5A_373/2007 du 30 octobre 2007 consid. 3.2, publié in FamPra.ch 2008 372).
5.3.2 En l'espèce, le recourant ne fait qu'opposer à la motivation de la cour cantonale le caractère notoire des dépenses supportées par un courtier en assurances. Il ne démontre pas que l'autorité cantonale aurait appliqué de manière arbitraire la jurisprudence précitée en jugeant que, le recourant n'ayant pas prouvé par pièces le caractère effectif de ses frais professionnels, le remboursement de ceux-ci correspondait à une part de son salaire. Ainsi, son grief est irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
6. Dans un dernier grief, le recourant se plaint de la violation de l'art. 9 Cst. dans l'établissement des faits et dans l'application de l'<ref-law>, l'autorité cantonale n'ayant pas inclus dans ses charges le montant de sa charge fiscale.
6.1 Pour déterminer le montant de la contribution due pour l'entretien de la famille, l'autorité cantonale a appliqué la méthode du minimum vital élargi avec répartition de l'excédent à raison d'1/3 pour l'époux et de 2/3 pour l'épouse, parent gardien des deux enfants. Elle a retenu que les parties percevaient des revenus de 9'655 fr., pour le recourant, et de 5'602 fr. 85, pour l'intimée, et supportaient des charges de 5'606 fr. 65, pour le recourant, et de 7'078 fr. 95, pour l'intimée, coût d'entretien des enfants compris. Dans ses calculs, elle a fait totalement abstraction de la charge fiscale des époux. Elle a ainsi fixé la contribution d'entretien à 3'000 fr. à charge du recourant, précisant que l'intimée percevait en plus le montant de 480 fr. à titre d'allocations familiales en faveur des enfants.
6.2 Le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir pas tenu compte de sa charge fiscale, bien qu'il ait produit en première instance tous les documents relatifs à cette charge et estimé celle-ci à 2'500 fr. Il explique que les impôts courants ne doivent pourtant être ignorés que si les moyens du débirentier sont insuffisants, ce qui n'est pas le cas en l'espèce. Selon lui, le résultat de l'arrêt attaqué est choquant, la somme de 1'048 fr. 35 lui restant après paiement de la contribution d'entretien ne lui permettant pas de s'acquitter de ses impôts. Il y a lieu d'examiner ce grief. En revanche, les explications supplémentaires que le recourant apporte dans son courrier du 5 septembre 2011 pour démontrer sa mauvaise situation financière actuelle reposent sur des faits nouveaux et sont de ce fait irrecevables (cf. supra consid. 2.2).
Pour sa part, l'intimée ne conteste pas que les époux supportent une charge fiscale. Elle considère toutefois que celle alléguée par le recourant, soit 2'500 fr., est inexacte, étant donné que sa charge actuelle est de 1'963 fr., abstraction faite de la séparation des époux et de la contribution d'entretien due. L'intimée s'emploie ensuite à démontrer que, dans son résultat, la solution de l'arrêt attaqué n'est pas arbitraire; pour motiver ce point de vue, elle se fonde cependant sur une contribution d'entretien de 2'500 fr., à laquelle le recourant a conclu, alors que l'arrêt attaqué lui accorde un montant de 3'000 fr. Ce faisant, elle n'explique donc pas pourquoi l'arrêt attaqué devrait être maintenu, faute d'apparaître arbitraire dans son résultat.
Pour sa part, l'intimée ne conteste pas que les époux supportent une charge fiscale. Elle considère toutefois que celle alléguée par le recourant, soit 2'500 fr., est inexacte, étant donné que sa charge actuelle est de 1'963 fr., abstraction faite de la séparation des époux et de la contribution d'entretien due. L'intimée s'emploie ensuite à démontrer que, dans son résultat, la solution de l'arrêt attaqué n'est pas arbitraire; pour motiver ce point de vue, elle se fonde cependant sur une contribution d'entretien de 2'500 fr., à laquelle le recourant a conclu, alors que l'arrêt attaqué lui accorde un montant de 3'000 fr. Ce faisant, elle n'explique donc pas pourquoi l'arrêt attaqué devrait être maintenu, faute d'apparaître arbitraire dans son résultat.
6.3 6.3.1 Pour fixer la capacité contributive des parties en matière de contribution d'entretien, le juge doit déterminer les ressources et les charges de celles-ci. Si leurs moyens sont limités par rapport aux besoins vitaux, il faut s'en tenir au charges comprises dans le minimum vital au sens du droit des poursuites, qui doit être en principe garanti au débirentier, sans prendre en considération les impôts courants. En effet, les impôts ne font pas partie des besoins vitaux (<ref-ruling> consid. 2b, 289 consid. 2a/bb, 126 III 353 consid. 1a/aa; arrêt 5A_158/2010 du 25 mars 2010 consid. 4.2). En revanche, lorsque la contribution est calculée conformément à la méthode dite du minimum vital avec répartition de l'excédent et que les conditions financières des parties sont favorables, il faut prendre en considération la charge fiscale (arrêt 5A_732/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.1; 5P. 407/1998 du 5 janvier 1999 consid. 3c). Ce principe s'applique aussi aux mesures protectrices de l'union conjugale (arrêt 5A_511/2010 du 4 février 2011 consid. 2.2.3; 5A_383/2007 du 9 novembre 2007 consid. 2).
6.3.2 En l'espèce, le couple bénéficie, par mois, d'un disponible de 2'572 fr. 25 et de revenus de 15'257 fr. 85. Dans ces conditions, on ne saurait parler de ressources financières limitées, de sorte qu'il est arbitraire d'ignorer la charge fiscale courante du recourant. Cela vaut d'autant plus que le disponible est octroyé à raison de 2/3 en faveur de l'intimée, le recourant obtenant le solde, et que celle-ci bénéficie en sus d'allocations familiales de 480 fr. en faveur des enfants. Par ailleurs, le recourant ayant allégué et offert de prouver ce fait, il a suffisamment collaboré à son établissement au vue de la maxime inquisitoire à laquelle est soumise la procédure et il appartenait à l'autorité cantonale d'en arrêter le montant; la question de savoir si l'estimation qu'il a faite de sa charge d'impôt, une fois la contribution d'entretien versée, est correcte, n'est pas déterminante à cet égard, contrairement à ce que soutient l'intimée. En effet, bien que le recourant se plaigne de l'établissement arbitraire des faits, la cour cantonale a en réalité appliqué arbitrairement le droit fédéral, en n'établissant pas cette charge. Le recours doit par conséquent être admis, et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau.
7. En conclusion, le recours est admis, dans la mesure de sa recevabilité, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice du canton de Genève pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée, qui versera en outre au recourant une indemnité du même montant, à titre de dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, dans la mesure de sa recevabilité, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice du canton de Genève pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à verser au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 30 septembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Achtari