Faits:
A.
Par contrat de travail du 5 avril 2004, la société X._ SA (ci-après: X._ ou l'employeuse), avec siège à Genève et qui a pour but notamment la création, la fabrication et la commercialisation de produits d'horlogerie, a engagé Y._ (ci-après: l'employé) en qualité de polisseur. A compter du 1er janvier 2006, celui-ci est devenu chef d'atelier. Son dernier salaire mensuel brut se montait à 7'350 fr.
En septembre 2008, l'employé, qui s'occupait notamment de la production de montres V._, a requis le prêt d'une montre. Le directeur de la marque V._, faisant partie du groupe X._, y a consenti. Le 9 septembre 2008, l'employé a signé, contre remise de la montre, un document manuscrit, établi sur papier à en-tête " X._ Genève ", qui mentionnait " De B._ Y._ prêt d'une montre V._ ref. ... or %N de série 021 ". Ce document, à savoir un feuillet provenant d'un carnet à souche, est utilisé en interne pour envoyer des pièces dans différents services.
Il a été constaté que des montres étaient parfois remises aux collaborateurs en contact avec la clientèle ou à des employés des ateliers pour des tests.
Diverses discussions ont ensuite eu lieu entre les parties, notamment sur le harcèlement psychologique que l'employé estime avoir subi de la part de A._, son supérieur direct.
Le 11 mars 2011, l'employé a été reçu par sa hiérarchie, en présence de A._. Après cet entretien, il a affirmé que, ayant la conviction qu'il allait être licencié, il a décidé de rendre la montre reçue en prêt. Il allègue avoir rempli un bon no 1 de " X._ Genève " avec la mention " 19/03/09 Y._ C._ [sic], 1x ... no 21 5N ", l'avoir signé et posé avec la montre sur le bureau de C._, sans toutefois se souvenir si la précitée était présente dans son bureau.
C._ a déclaré ne pas avoir reçu cette montre en retour et qu'il n'était jamais arrivé que l'on pose en son absence une pièce sur son bureau. Il a été retenu que le bureau de C._, que celle-ci occupait avec A._, n'était " pas sûr en raison du passage ". L'employeuse affirme n'avoir retrouvé ni le carnet ni la souche du bon no 1.
Le 1er avril 2009, une réduction du personnel du groupe horloger touchant 92 collaborateurs a été annoncée. L'employé a été licencié dans ce cadre par lettre du 27 avril 2009 pour le 30 juin 2009. Il a été libéré de l'obligation de travailler pendant le délai de congé.
Par courrier du 15 mai 2009, l'employeuse, se référant au licenciement intervenu, a requis de l'employé qu'il lui restitue la montre prêtée le 9 septembre 2008.
Le 25 mai 2009, l'employé a répondu qu'il avait " rendu le 19 mars 2009 cette pièce à Mademoiselle C._ (sic) la secrétaire de A._ " et a joint copie du bon no 1.
Le 29 juin 2009, l'employeuse a établi en faveur de l'employé un " décompte définitif " au 30 juin 2009. Le 2 juillet 2009, elle a rédigé un certificat de travail, qui mentionne notamment que l'employé a quitté l'entreprise, à la suite d'un licenciement collectif, libre de tout engagement vis-à-vis de la société.
Par courrier du 4 septembre 2009, l'employeuse a indiqué à l'employé qu'après vérification, la montre prêtée n'avait pas été restituée. Elle ajoutait que la valeur de cette montre, 15'000 fr., ne permettait pas de la laisser manquante dans son stock.
Suite au licenciement collectif, le syndicat W._ a assigné devant la Chambre des relations collectives du travail cinq sociétés du groupe X._, dont X._. Au terme de la procédure, l'autorité compétente a jugé que toutes les exigences posées par l'art. 335f CO n'avaient pas été respectées.
B.
Par demande du 24 décembre 2009 adressée à la juridiction des Prud'hommes, l'employé a conclu à ce que X._ soit condamnée à lui verser 10'000 fr. à titre d'indemnité pour tort moral, et 15'925 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif, sur la base de l'art. 336 al. 2 let. c CO. Le demandeur a amplifié ses prétentions le 24 mai 2011 concluant à ce que X._ soit condamnée à lui verser en sus 2'117 fr., montant correspondant au paiement d'heures supplémentaires.
X._ a conclu au déboutement de l'employé et, reconventionnellement, à ce qu'il soit condamné à lui verser 15'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 15 mai 2009, montant représentant, selon elle, la contre-valeur de la montre non restituée.
Par jugement du 27 mars 2012, le Tribunal des prud'hommes a condamné l'employeuse à payer à sa partie adverse le montant brut de 866 fr.90, avec intérêts à 5% dès le 31 décembre 2006 (heures supplémentaires), et le montant net de 12'430 fr. 70, avec intérêts à 5% dès le 30 juin 2009 (indemnité pour licenciement abusif), invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles, et débouté les parties de toute autre conclusion.
Sur appel de l'employeuse, la Cour de justice du canton de Genève, par arrêt du 20 décembre 2012, a confirmé le jugement entrepris, excepté s'agissant du montant correspondant au licenciement abusif (auquel X._ avait été condamnée) qui a été fixé à 15'000 fr. net. Elle a par contre confirmé que l'employé n'était pas tenu de rembourser la valeur de la montre prêtée. Elle a considéré à cet égard qu'aucune faute n'était imputable à l'employé et qu'au demeurant l'employeuse avait montré, par son comportement, qu'elle renonçait à lui réclamer quoi que ce soit au sujet de la montre.
C.
L'employeuse exerce un recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 20 décembre 2012. Son recours vise exclusivement la question de la montre prêtée. Sur ce point, elle demande l'annulation de l'arrêt entrepris et que l'employé soit condamné à lui verser des dommages-intérêts d'un montant de 15'000 fr., avec intérêts dès le 15 mai 2009. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité inférieure. Elle invoque sous plusieurs aspects l'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.) et reproche à la cour cantonale d'avoir sombré dans l'arbitraire en évacuant la faute (cf. art. 97 al. 1 CO) commise par l'intimé et en jugeant qu'elle avait renoncé à demander la restitution de la montre prêtée.
L'intimé conclut au rejet du recours.
Les parties ont répliqué et dupliqué.

Considérant en droit:
1.
1.1. Le Tribunal fédéral examine librement et d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 262, 417 consid. 1).
1.2. Le seul point encore litigieux devant le Tribunal fédéral a trait à la remise de la montre V._. L'employé n'ayant pas restitué cet objet, l'employeuse lui demande réparation pour le dommage subi.
Devant la cour précédente, la recourante a pris une conclusion libératoire (l'intimé ayant pris à son encontre, sur la base du contrat de travail, des conclusions en paiement d'une valeur totale de 28'042 fr.) et une conclusion reconventionnelle (visant à obtenir 15'000 fr., montant représentant, selon elle, la contre-valeur de la montre non restituée).
S'agissant de l'exigence de la valeur litigieuse minimale (cf. art. 74 al. 1 LTF), il est nécessaire de déterminer si la cause (demande reconventionnelle) relève du droit du travail; les conclusions des deux demandes (principale et reconventionnelle) ne s'excluent pas et le recours en matière civile porte en l'espèce exclusivement sur la demande reconventionnelle (cf. art. 53 al. 2 LTF; sur le dernier point cf. BEAT RUDIN, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2011, no 15 s. ad art. 53 LTF; JEAN-MAURICE FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, 2009, no 18 ad art. 53 LTF).
S'il s'agit d'une affaire pécuniaire relevant du droit du travail, le recours en matière civile serait alors recevable sous l'angle de l'art. 74 al. 1 let. a LTF; dans le cas contraire, il serait irrecevable, la valeur litigieuse minimale fixée à l'art. 74 al. 1 let. b LTF n'étant pas atteinte.
Selon les constatations cantonales, qui lient la Cour de céans, des montres étaient parfois remises aux collaborateurs en contact avec la clientèle ou à des employés des ateliers pour des tests. Il ne résulte pas de l'arrêt attaqué que l'employé, engagé en qualité de polisseur, puis de chef d'atelier, aurait eu des contacts avec des clients, ni qu'il aurait reçu la montre dans le but de la tester. L'employé a lui-même requis le prêt de la montre; on comprend aisément, sur la base des faits établis par l'autorité précédente, que la recourante a accédé au souhait de son employé dans le but de lui être agréable et non pour lui permettre d'exécuter des tâches propres à sa fonction et relevant des rapports de travail. Il est donc exclu de réfléchir sur la base de l'art. 339a CO (sur le critère: RÉMY WYLER, Droit du travail, 2e éd. 2008, p. 584; BRUNNER/BÜHLER/WAEBER/BRUCHEZ, Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, no 1 ad art. 339a CO; PHILIPPE CARRUZZO, Le contrat individuel de travail, 2009 no 2 ad 339/339a CO et no 3 ad art. 321b CO, qui fait référence aux objets que le travailleur a " reçus ou produits pour mener à bien son activité "; traitant du contrat de prêt cf. également: STAEHELIN/VISCHER, Zürcher Kommentar, 3e éd. 1996, no 4 ad art. 339 CO et les auteurs cités; STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, Praxiskommentar, 7e éd. 2012, no 4 ad art. 339 CO).
L'objet litigieux n'était donc pas utilisé dans le cadre de l'exécution du contrat de travail. La recourante et l'intimé se sont simplement mis d'accord, " à l'occasion " des rapports de travail, que la première cédait gratuitement au second l'usage d'une montre, avec charge de restitution. On se trouve en présence d'un contrat de prêt à usage (art. 305 CO), qui est soumis au droit suisse (cf. art. 116 et 117 al. 1, 2 et 3 let. b LDIP). Il n'est pas contesté que les parties sont convenues que l'employé restituerait l'objet prêté à la fin des rapports de travail. La durée du contrat a dès lors été fixée contractuellement, comme le permet l'art. 309 al. 1 CO.
La cause ne relève donc pas (directement) du droit du travail, mais du contrat de prêt conclu entre les parties. Partant, le recours en matière civile n'est ouvert que si la valeur litigieuse, conformément à l'art. 74 al. 1 let. b LTF, atteint le seuil de 30'000 fr. (cf. en matière de bail: 4A_719/2011 du 7 mars 2012 consid. 1.1; a contrario: arrêt 4A_362/2012 du 28 septembre 2012 consid. 1.1).
La valeur litigieuse minimale n'est donc pas atteinte en l'espèce et le recours en matière civile formé par la recourante est irrecevable.
1.3. Il est de jurisprudence que l'intitulé erroné de l'écriture (en l'espèce le recours en matière civile) ne nuit pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soient réunies (sur l'ensemble de la question: <ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Le recours en matière civile ne peut être converti en recours constitutionnel que si une violation des droits constitutionnels est invoquée (cf. art. 116 LTF).
La recourante invoque l'arbitraire (art. 9 Cst.) sous l'angle de l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits, ainsi qu'en lien avec la motivation alternative fournie par la cour cantonale (cf. infra consid. 2).
1.4. Interjeté par la partie qui a succombé partiellement dans ses conclusions libératoire et reconventionnelle et qui a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision (art. 115 LTF), le recours déposé dans le délai (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, est en principe recevable, puisqu'il est dirigé contre un arrêt final (art. 117 et 90 LTF) rendu par une autorité cantonale de dernière instance (art. 113 LTF).
1.5. Le recours subsidiaire ne peut être interjeté que pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral ne peut examiner la violation d'un droit de rang constitutionnel que si le grief a été invoqué et suffisamment motivé dans l'acte de recours (art. 117 et 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444).
1.6. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que s'ils ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 2 et 116 LTF), ce que la partie recourante doit invoquer avec précision (art. 117 et 106 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision attaquée (art. 117 et 99 al. 1 LTF).
1.7. Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 117 et 107 al. 2 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 117 et 99 al. 2 LTF).
S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond ou renvoyer l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision (art. 117 et 107 al. 2 LTF).
2.
2.1. Il faut observer ici que l'arrêt attaqué est fondé sur une double motivation.
Se conformant à l'exigence de recevabilité posée par la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 120 s.), la recourante a attaqué, sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.), chacune de ces deux motivations alternatives.
Arbitraire et violation de la loi ne sauraient être confondus; une violation doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à examiner quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement dire si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution serait aussi concevable, voire même préférable (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 470). Est arbitraire la décision qui, dans son résultat, viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, contredit clairement la situation de fait ou heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5).
2.2. Dans le contrat de prêt à usage, l'emprunteur a l'obligation de restituer la chose reçue (art. 305 CO). Il a été constaté et il n'est pas contesté que l'intimé a reçu la montre en cause. Il est donc débiteur de l'obligation de la restituer. Selon l'art. 8 CC, il incombe au débiteur de prouver les faits permettant de constater l'extinction de son obligation (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 323). Il ne ressort pas des constatations cantonales que l'intimé aurait prouvé la restitution de la montre. On ne saurait donc admettre une extinction de l'obligation de restituer sans violer de manière arbitraire les règles sur le fardeau de la preuve.
Lorsque le créancier (en l'occurrence la recourante) ne peut pas obtenir l'exécution de l'obligation, le débiteur (l'intimé) est tenu de réparer le dommage en résultant, à moins qu'il ne prouve qu'aucune faute ne lui est imputable (art. 97 al. 1 CO).
Il fallait donc déterminer si le débiteur avait prouvé l'absence de faute de sa part.
2.3. La cour cantonale considère qu'il était de la responsabilité de l'employeuse (prêteuse) de mettre en place et de faire respecter une procédure précise de remise et de restitution de montres. Elle observe que ni le prêt intervenu en septembre 2008 ni la restitution " telle qu'alléguée par l'intimé " n'ont été formalisés selon des règles connues et approuvées par les parties, mais bien plutôt comme s'il s'était agi de remise de pièces (documentées selon les mêmes bons de carnet à souche) couramment opérées entre les divers protagonistes au sein des ateliers.
L'autorité précédente retient qu'en l'absence d'une procédure adéquate, " l'employeur doit supporter les risques qui y sont liés " et qu'on ne saurait imputer aucune faute à l'intimé.
Il faut cependant constater qu'aucune règle légale n'obligeait la recourante à mettre sur pied une procédure spéciale pour la remise et la restitution des montres prêtées. L'intimé ne soutient par ailleurs pas qu'il existerait un accord explicite ou tacite entre les parties obligeant l'employeuse à établir une telle procédure.
L'intimé estime qu'en affirmant que la recourante devait mettre sur pied une procédure spéciale, la cour précédente a retenu une incombance à la charge de l'employeuse qui trouverait son fondement à l'art. 321e CO. L'argumentation est inconsistante et doit d'emblée être écartée. L'incombance a trait au comportement que doit avoir une personne pour éviter un désavantage juridique (entre autres auteurs: Tercier/Pichonnaz, Le droit des obligations, 5e éd. 2012, p. 72 n. 292). L'argument présenté par l'intimé ne vise pas le comportement de l'employeuse au moment de la restitution (alléguée) de l'objet litigieux, mais l'employé tente en réalité, en invoquant l'absence d'instructions préalables de l'employeuse, de dissimuler son propre comportement à ce moment-là. Admettre la thèse défendue par l'intimé reviendrait à reconnaître que l'employé aurait la liberté, en se prévalant de l'absence de directives précises de l'employeuse, de s'approprier une montre alors même qu'il reconnaît que l'objet lui a été confié et qu'il devait le restituer au terme de son contrat de travail, ce qui n'est pas soutenable.
Pour la même raison, on ne voit pas qu'on puisse retenir, dans le fait de ne pas avoir mis sur pied une procédure spéciale, une " faute concomitante de l'employeur " (cf. art. 44 CO), comme le soutient l'intimé.
Quant au contexte difficile dans lequel travaillait l'employé, il a effectivement été constaté qu'il existait une relation tendue entre lui et son supérieur hiérarchique, connue de l'employeuse. L'existence de ce litige ne permet toutefois pas de reprocher, sur le point restant contesté devant la Cour de céans, une faute à l'employeuse. Il n'en demeure pas moins qu'il incombait à l'employé de prouver qu'aucune faute ne lui est imputable, étant précisé que, dans ce contexte, il n'a pas été retenu qu'il aurait été obligé de confier cet objet au supérieur avec lequel il était en litige.
En écartant d'emblée toute faute de l'intimé, la juridiction cantonale a appliqué l'une des conditions de la responsabilité (la faute présumée) selon l'art. 97 CO de façon insoutenable. Le grief d'application arbitraire est fondé.
2.4. Dans sa deuxième motivation, l'autorité précédente considère que la réaction de la recourante a " par ailleurs " été tardive et que l'employé était légitimé à comprendre du décompte définitif et du certificat de travail reçus la renonciation de l'employeuse à lui réclamer quoi que ce soit au sujet de la montre.
La recourante soutient, en fournissant une motivation circonstanciée, que les magistrats précédents ont sombré dans l'arbitraire en retenant que l'intimé pouvait conclure de bonne foi à ce que l'employeuse avait renoncé à demander la restitution de la montre prêtée.
Dans la décision du 20 novembre 1984 (<ref-ruling>) à laquelle se réfère la cour cantonale, le Tribunal fédéral a rappelé que les prétentions de l'employeur à l'égard de l'employé se prescrivent en principe par dix ans, exception étant faite de la situation dans laquelle l'employé peut, de bonne foi, conclure sur la base de l'attitude de l'employeur que ce dernier renonce à ses prétentions à son égard.
L'autorité précédente a tenu un raisonnement insoutenable sur la base de l'état de fait dressé dans sa décision. Selon les constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 118 al. 1 LTF) -, l'employeuse a interpellé l'employé le 15 mai 2009 pour lui réclamer la restitution de la montre litigieuse, puis le 4 septembre 2009, pour l'informer, après vérifications, que la montre n'avait pas été retrouvée.
L'employé n'a pas prouvé avoir restitué l'objet prêté (cf. supra consid. 2.2). Si l'on admet ainsi qu'il a conservé la montre prêtée, il est évidemment exclu qu'il puisse se prévaloir de sa bonne foi. Si l'on part de l'hypothèse, défendue par l'intimé, qu'il a remis l'objet sur un bureau dans les locaux de la recourante, il faut alors observer, selon les constatations cantonales, qu'il n'a pas pris la précaution de faire signer par la recourante le bon accompagnant la montre (alors que l'employeuse l'avait fait lors de la remise à l'employé) et qu'il savait, de son propre aveu, qu'il avait déposé la montre sans surveillance dans un endroit qu'il considérait comme " peu sûr " en raison du passage (procès-verbal du 5 octobre 2011 p. 9, explicitement évoqué par la recourante en lien avec l'établissement manifestement inexact des faits, soit sous l'angle de l'arbitraire). L'intimé devait ainsi compter avec la possibilité que la montre, prétendument restituée, n'ait pas été acheminée à qui de droit, ce qui le prive de la possibilité de se prévaloir de sa bonne foi.
Cela étant, il n'importe que l'employeuse ait établi, au 30 juin 2009, un " décompte définitif " et un certificat de travail et de libre engagement le 2 juillet 2009 sans formuler de réserve. Ces documents ne faisaient d'ailleurs pas référence au contrat de prêt (la recourante ayant à ce sujet fourni une motivation circonstanciée sous l'angle de l'établissement manifestement inexact des faits, soit sous l'angle de l'arbitraire ), à juste titre, puisque ce contrat n'était pas directement concerné par la relation de travail (cf. supra consid. 1.2).
Le moyen tiré de l'arbitraire est fondé également en rapport avec cette motivation.
2.5. Il résulte des considérations qui précèdent que l'employé n'est pas parvenu à prouver qu'il avait restitué la montre ou qu'aucune faute ne lui était imputable. La recourante a droit à réparation pour l'inexécution de l'obligation de restituer. Il est patent qu'il existe un lien de causalité entre cette inexécution et le préjudice en résultant. Il reste, sous l'angle de l'art. 97 CO, à déterminer le montant du dommage. La question de la valeur de la montre prêtée a été discutée par les parties. La recourante estime le préjudice à 15'000 fr.; l'intimé allègue que la montre avait une valeur de production de 3'000 fr. et une valeur de vente maximale de 12'000 fr. Les magistrats précédents ne se sont pas prononcés à ce sujet. La Cour de céans ne dispose par conséquent pas de toutes les données nécessaires pour réformer l'arrêt entrepris; la cause sera renvoyée à l'autorité cantonale précédente (cf. supra consid. 1.7).
3.
En conclusion, il y a lieu d'admettre le recours, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer l'affaire à l'autorité cantonale.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens sont mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
L'intimé versera à la recourante une indemnité de 1'300 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 20 juin 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget