Faits :
Faits :
A. Par arrêt du 17 mars 2006, la Cour criminelle du Tribunal cantonal du canton du Jura a condamné X._ à une peine de dix ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive, pour viols, contraintes sexuelles, contrainte sexuelle avec cruauté et lésions corporelles graves sur la personne de Y._.
Contre cet arrêt, X._ a déposé un pourvoi en nullité devant le Tribunal fédéral. Par arrêt du 10 août 2006, la Cour de céans a admis partiellement ce pourvoi en ce sens qu'elle a estimé que l'état de fait cantonal ne permettait pas de retenir la qualification de lésions corporelles graves. En conséquence, elle a annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à la cour cantonale.
Contre cet arrêt, X._ a déposé un pourvoi en nullité devant le Tribunal fédéral. Par arrêt du 10 août 2006, la Cour de céans a admis partiellement ce pourvoi en ce sens qu'elle a estimé que l'état de fait cantonal ne permettait pas de retenir la qualification de lésions corporelles graves. En conséquence, elle a annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à la cour cantonale.
B. Statuant à nouveau le 12 janvier 2007, la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien a libéré X._ de la prévention de lésions corporelles graves et a réduit la peine privative de liberté à huit ans et demi.
En résumé, cette condamnation repose sur les faits suivants:
X._ était le receveur communal de Courgenay. Le 15 novembre 1993, il a violé, dans les locaux du bureau communal, son apprentie âgée alors de vingt ans. Profitant de l'état psychique fragilisé de la jeune fille et de sa position d'autorité, il l'a emmenée le 16 mars, le 9 mai et le 10 mai 1994 dans sa maison pour la violer à nouveau, alors que sa femme était absente.
Du 31 juillet 1995 au 6 novembre 1998, soit après la fin de l'apprentissage, il a continué à abuser de la jeune fille chaque fois qu'elle se rendait au bureau communal, pour régler diverses questions administratives, en rapport notamment avec des problèmes liés à son assurance-invalidité. Ainsi, au minimum deux fois par an, il a commis sur la jeune fille à tout le moins des actes d'ordre sexuel. Le 6 novembre 1998, face à un refus d'un rapport sexuel de la part de la jeune fille, il lui a introduit une baguette métallique dans l'anus, ce qui a provoqué une déchirure et des saignements.
Du 31 juillet 1995 au 6 novembre 1998, soit après la fin de l'apprentissage, il a continué à abuser de la jeune fille chaque fois qu'elle se rendait au bureau communal, pour régler diverses questions administratives, en rapport notamment avec des problèmes liés à son assurance-invalidité. Ainsi, au minimum deux fois par an, il a commis sur la jeune fille à tout le moins des actes d'ordre sexuel. Le 6 novembre 1998, face à un refus d'un rapport sexuel de la part de la jeune fille, il lui a introduit une baguette métallique dans l'anus, ce qui a provoqué une déchirure et des saignements.
C. Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral, dans lequel il conteste la sévérité de la peine qui lui a été infligée. Il conclut, principalement, au prononcé d'une peine privative de liberté de cinq ans et, à titre subsidiaire, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Comme la décision attaquée a été rendue après l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007 (RO 2006, 1242), de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), le recours est régi par le nouveau droit (<ref-law>).
1. Comme la décision attaquée a été rendue après l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007 (RO 2006, 1242), de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), le recours est régi par le nouveau droit (<ref-law>).
2. Interjeté par l'accusé qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2. Interjeté par l'accusé qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
3. 3.1 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid.1.4 p. 140). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
3.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
3.3 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
3.3 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
4. Le 1er janvier 2007 est entrée en vigueur la révision de la partie générale du Code pénal (RO 2006 3459 3535).
4.1 Aux termes de l'<ref-law>, est jugé d'après le présent code quiconque commet un crime ou un délit après l'entrée en vigueur de ce code (al. 1; principe de la non-rétroactivité). Le présent code est aussi applicable aux crimes et aux délits commis avant la date de son entrée en vigueur si l'auteur n'est mis en jugement qu'après cette date et si le présent code lui est plus favorable que la loi en vigueur au moment de l'infraction (al. 2; lex mitior).
En cas d'admission d'un pourvoi sous l'ancien droit et de renvoi de la cause à l'autorité cantonale, il est admis que le juge auquel la cause est renvoyée pour nouvelle décision doit examiner si le nouveau droit est plus favorable à l'accusé lorsqu'il se prononce après l'entrée en vigueur du nouveau droit (<ref-ruling> consid. 2 p. 235; Moreillon, De l'ancien au nouveau droit des sanctions: quelle lex mitior ?, in: Kuhn/Moreillon/Viredaz/Willy-Jayet, Droit des sanctions - De l'ancien au nouveau droit, Berne 2004, p. 301). En l'espèce, l'arrêt attaqué a été rendu après le 1er janvier 2007 à la suite de l'admission partielle d'un pourvoi. Il appartenait donc à la cour cantonale de déterminer si le nouveau droit était plus favorable.
4.2 Pour la comparaison de la sévérité de l'ancien et du nouveau droit, le juge doit appliquer la méthode concrète en tenant compte de l'état de fait complet au regard de l'ancien et du nouveau droit et n'appliquer le nouveau droit que s'il conduit effectivement à un résultat plus favorable au condamné. Il doit appliquer dans chaque espèce le droit ancien ou le droit nouveau; il ne saurait combiner ces deux droits, par exemple en appliquant la loi ancienne pour dire, à raison d'un seul et même fait, quelle infraction a été commise et la nouvelle pour décider si et comment l'auteur doit être puni (<ref-ruling> consid. 2a p. 4). Si le résultat est le même à chaque fois, c'est l'ancien droit qui doit trouver application (Stratenwerth/Wohlers, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, Berne 2007, ad art. 2; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8e éd., Zurich 2007, p. 315).
En l'espèce, les infractions imputées sont en concours si bien que le recourant devra être condamné à la peine de l'infraction la plus grave augmentée au plus de la moitié du maximum de la peine prévue pour cette infraction (art. 68 ch. 1 aCP et 49 al. 1 CP). L'infraction la plus grave est la contrainte sexuelle avec cruauté réprimée par l'<ref-law>. Selon cette disposition dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, cette infraction était passible de la réclusion pour trois ans au moins. Selon le nouveau droit, qui n'établit plus de distinction entre peine d'emprisonnement et de réclusion, elle est dorénavant passible d'une peine privative de liberté de trois ans au moins. Cette suppression de la distinction entre peine d'emprisonnement et de réclusion n'a cependant aucune importance sur la situation du condamné (Moreillon, op. cit., p. 300 ss, 313; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, op. cit., p. 316). Outre les critères atténuants et aggravants généraux (art. 63 aCP, <ref-law>), la cour cantonale a retenu la circonstance atténuante spéciale de l'écoulement du temps (art. 64 avant-dernier al. CP; art. 48 let. e CP). Cette circonstance conduit dorénavant à une atténuation obligatoire de la peine, alors que l'ancien droit ne prévoyait que la possibilité pour le juge d'atténuer la peine selon un barème fixe (<ref-law>). Il apparaît donc que le nouveau droit est plus favorable au recourant, de sorte que celui-ci sera applicable au présent cas.
En l'espèce, les infractions imputées sont en concours si bien que le recourant devra être condamné à la peine de l'infraction la plus grave augmentée au plus de la moitié du maximum de la peine prévue pour cette infraction (art. 68 ch. 1 aCP et 49 al. 1 CP). L'infraction la plus grave est la contrainte sexuelle avec cruauté réprimée par l'<ref-law>. Selon cette disposition dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, cette infraction était passible de la réclusion pour trois ans au moins. Selon le nouveau droit, qui n'établit plus de distinction entre peine d'emprisonnement et de réclusion, elle est dorénavant passible d'une peine privative de liberté de trois ans au moins. Cette suppression de la distinction entre peine d'emprisonnement et de réclusion n'a cependant aucune importance sur la situation du condamné (Moreillon, op. cit., p. 300 ss, 313; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, op. cit., p. 316). Outre les critères atténuants et aggravants généraux (art. 63 aCP, <ref-law>), la cour cantonale a retenu la circonstance atténuante spéciale de l'écoulement du temps (art. 64 avant-dernier al. CP; art. 48 let. e CP). Cette circonstance conduit dorénavant à une atténuation obligatoire de la peine, alors que l'ancien droit ne prévoyait que la possibilité pour le juge d'atténuer la peine selon un barème fixe (<ref-law>). Il apparaît donc que le nouveau droit est plus favorable au recourant, de sorte que celui-ci sera applicable au présent cas.
5. 5.1 Selon l'<ref-law>, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
5.2 Comme dans l'ancien droit, le critère essentiel est celui de la faute. Le législateur reprend, à l'al. 1, les critères des antécédents et de la situation personnelle, et y ajoute la nécessité de prendre en considération l'effet de la peine sur l'avenir du condamné. S'agissant de ce dernier élément, le message explique que le juge n'est pas contraint d'infliger la peine correspondant à la culpabilité de l'auteur s'il y a lieu de prévoir qu'une peine plus clémente suffira à le détourner de commettre d'autres infractions (Message du 21 septembre 1998 du Conseil fédéral concernant la modification du code pénal suisse (dispositions générales, entrée en vigueur et application du code pénal) et du code pénal militaire ainsi qu'une loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs, p. 1866). La loi reprend ainsi la jurisprudence selon laquelle le juge doit éviter les sanctions qui pourraient détourner l'intéressé de l'évolution souhaitable (<ref-ruling> consid. 4 p. 79; <ref-ruling> consid. 3 p. 101; <ref-ruling> consid. 2c p. 101; <ref-ruling> consid. 3b p. 126 s.; <ref-ruling> consid. 2c p. 340, 342 consid. 2f p. 349 s.). Cet aspect de prévention spéciale ne permet toutefois que des corrections marginales, la peine devant toujours rester proportionnée à la faute; le juge ne saurait par exemple renoncer à toute sanction en cas de délits graves (Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II: Strafen und Massnahmen, 2e éd., Berne 2006, § 6, n. 72; Stratenwerth/Wohlers, op. cit., art. 47, n. 17 et 18; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, op. cit., p. 104).
Codifiant la jurisprudence, l'alinéa 2 de l'<ref-law> énumère de manière non limitative les critères permettant de déterminer le degré de gravité de la culpabilité de l'auteur. Ainsi, le juge devra prendre en considération la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, que la jurisprudence mentionnait sous l'expression du "résultat de l'activité illicite", ainsi que le caractère répréhensible de l'acte, qui correspond plus ou moins à la notion "de mode et d'exécution de l'acte" prévue par la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 20). Sur le plan subjectif, le texte légal cite la motivation et les buts de l'auteur, qui correspondent aux mobiles de l'ancien droit (art. 63 aCP), et la mesure dans laquelle l'auteur aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, qui se réfère au libre choix de l'auteur entre la licéité et l'illicéité (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 103). Concernant ce dernier élément, le législateur enjoint au juge de tenir compte de la situation personnelle de l'intéressé et des circonstances extérieures. La situation personnelle peut, sans donner lieu à des troubles pathologiques selon l'<ref-law>, altérer sa faculté d'apprécier l'illicéité de son comportement. Les circonstances extérieures se référent par exemple à une situation de nécessité ou de tentation, qui n'atteint cependant pas une intensité suffisante pour justifier une atténuation de la peine (Message, p. 1867).
5.3 Sous le titre marginal "Obligation de motiver", l'<ref-law> reprend la jurisprudence actuelle (Message, p. 1869). Il prévoit que, si le jugement doit être motivé, le juge indique les circonstances pertinentes pour la fixation de la peine et leur importance. Cela signifie que le juge doit exposer, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (<ref-ruling> consid. 2c p. 105; Stratenwerth/Wohlers, op. cit., art. 50, n. 2).
5.3 Sous le titre marginal "Obligation de motiver", l'<ref-law> reprend la jurisprudence actuelle (Message, p. 1869). Il prévoit que, si le jugement doit être motivé, le juge indique les circonstances pertinentes pour la fixation de la peine et leur importance. Cela signifie que le juge doit exposer, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (<ref-ruling> consid. 2c p. 105; Stratenwerth/Wohlers, op. cit., art. 50, n. 2).
6. 6.1 En l'espèce, la cour cantonale a qualifié la culpabilité du recourant de très grave et ses actes d'odieux. Elle a relevé que sa responsabilité était pleine et entière et qu'il avait agi par pur égoïsme pour satisfaire des tendances sadiques. Elle a insisté sur le fait qu'il avait profité de la confiance et de la soumission de sa victime, ainsi que de son état de santé déficient, ce qui montrait une absence totale de scrupules. Après avoir rappelé que les abus s'étaient étendus sur une longue période, elle a noté que le recourant avait porté gravement atteinte à la santé physique et psychique de la victime et qu'il avait ainsi contribué à provoquer son invalidité. Enfin, elle a pris en compte le concours d'infractions (<ref-law>).
A décharge, elle a tenu compte de sa situation personnelle et de ses bons antécédents. Elle a relevé son parcours professionnel sans faille. Elle a expliqué qu'à l'époque des faits, le recourant exerçait sa fonction de receveur communal depuis le 25 octobre 1972, à la satisfaction générale et qu'à l'armée, il avait gravi les échelons jusqu'au grade de colonel. Elle a noté que les renseignements pris auprès de son dernier employeur étaient excellents et que le comportement du recourant, en détention préventive puis en exécution de peine, n'avait posé aucun problème. Elle a également tenu compte de sa situation financière, qui est saine, et de son casier judiciaire, qui est vierge. Elle a retenu la circonstance atténuante du temps relativement long depuis la commission de la dernière infraction (art. 48 let. e CP), mais n'a pas admis la violation du principe de la célérité. Enfin, elle a considéré qu'on ne pouvait pas diminuer la mesure de la peine eu égard à un effet positif de son exécution sur l'avenir du recourant, dès lors que celui-ci n'avait pas seulement cédé à des pulsions sexuelles, mais avait au contraire agi de façon froide, voire machiavélique.
6.2 Le recourant s'en prend d'abord à l'établissement des faits. Se référant au courrier d'un médecin, il fait valoir que la victime a été hospitalisée, à plusieurs reprises, pour des relativement longues périodes, déjà avant les actes sexuels qui lui sont reprochés, en raison d'une anorexie nerveuse, de suspicion de névrose et encore pour tentamen médicamenteux grave. Il en conclut que ce ne sont pas les actes sexuels qu'il a fait subir à la victime qui sont à l'origine de son invalidité.
Selon l'<ref-law>, les constatations de fait ne peuvent être critiquées que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le message précise qu'une constatation est manifestement inexacte lorsqu'elle est arbitraire (FF 2001 p. 4135). L'<ref-law> est applicable au grief de la constatation de fait manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire. Selon cette disposition, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Les exigences de précision et de clarté sont donc aussi sévères que celles posées par l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public. Les critiques purement appellatoires sont irrecevables.
Contrairement à ce que soutient le recourant, la cour cantonale n'a jamais prétendu que les actes qui lui sont reprochés étaient seuls à l'origine de l'invalidité de la victime. Ainsi, elle a retenu que le recourant avait gravement porté atteinte à la santé physique et psychique de la plaignante, contribuant à provoquer son invalidité (arrêt attaqué p. 8). Elle a ajouté que la victime avait dû subir de nombreuses interventions chirurgicales et hospitalisations pour la plupart en relation de causalité avec les faits imputés au recourant (arrêt attaqué p. 9). Enfin, elle a renoncé à se prononcer sur le montant de l'indemnité pour tort moral, dès lors qu'il n'était pas possible de déterminer l'influence de l'état maladif préexistant sans recourir à une expertise (arrêt attaqué p. 13). Dans la mesure où la cour cantonale n'a jamais retenu que les actes reprochés au recourant avaient seuls provoqué l'invalidité de la victime, mais qu'elle a reconnu que celle-ci connaissait déjà des problèmes de santé au préalable, les critiques du recourant sont mal fondées et les griefs soulevés doivent être rejetés.
6.3 Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte du fait qu'il n'avait jamais usé de la moindre contrainte physique ni de la moindre violence envers sa victime, ce qui devrait conduire à l'admission d'une faute moins grave.
Cet argument n'est pas pertinent. La cour cantonale a retenu que le recourant avait exploité sa position de maître d'apprentissage et l'état psychique fragilisé de la jeune fille qui avait déjà subi des abus sexuels, et qu'il avait renforcé sa position de supériorité par des menaces. Comme l'a déclaré la cour cantonale, le fait de profiter de la confiance de la victime et de son état de santé déficient montre une totale absence de scrupules. Un tel comportement n'est pas moins grave qu'un acte de contrainte physique. Le législateur réprime du reste les pressions psychiques et la violence physique sous la même disposition légale (art. 189 et 190 CP) et frappe ces deux comportements de la même peine. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
6.4 Le recourant invoque sa plus grande vulnérabilité face à la peine, à savoir son âge, ses conditions familiales et sa situation professionnelle. Il fait valoir qu'il n'existe aucun risque de récidive, du fait des bons renseignements le concernant, notamment sur le plan professionnel. Il aurait notamment reconstruit entièrement sa vie à Yverdon où il aurait retrouvé un emploi; son employeur serait entièrement satisfait de ses services.
Lors de la fixation de la peine, le juge doit tenir compte du fait que certains délinquants sont plus durement touchés par l'exécution d'une peine privative de liberté. Alors que la jurisprudence et la doctrine rattachaient à la situation personnelle cette sensibilité particulière, qui ne concerne pas la faute, mais la vulnérabilité face à la peine, le juge prendra dorénavant en considération cette notion en référence avec les "effets de la peine sur l'avenir du condamné". La vulnérabilité face à la peine ne devra cependant être retenue comme circonstance atténuante que si elle rend la sanction considérablement plus dure que pour la moyenne des autres condamnés, par exemple en présence de maladies graves, de psychoses claustrophobiques ou de surdimutité (cf. arrêt non publié du Tribunal fédéral du 26 mars 1996, 6S.703/1995; Wiprächtiger, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch I, 2003, art. 63, n. 95; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, op. cit., p. 102 s.). Il ne s'agit pas de favoriser les délinquants appartenant à la classe sociale privilégiée par rapport aux simples citoyens qui ont moins à perdre du fait de leur détention (Wiprächtiger, op. cit., art. 63, n. 95).
En l'occurrence, l'âge du recourant, qui est de 59 ans, n'est pas assez avancé pour que l'on doive en tenir compte, et le recourant n'invoque aucune maladie grave. Pour le surplus, toute peine privative de liberté ferme a des répercussions sur le conjoint et les enfants; la situation familiale du condamné n'est prise en compte que dans des circonstances particulières (par ex. en cas d'enfant en bas âge à la charge du condamné; cf. Wiprächtiger, op. cit., art. 63, n. 96), lesquelles ne sont pas réalisées en l'espèce. Enfin, sa situation professionnelle - provisoire à Yverdon - n'est pas déterminante, dès lors qu'une peine avec sursis n'entre pas en considération vu la gravité de sa faute. Au demeurant, on ne voit pas qu'il existerait, dans le cas d'espèce, une relation entre l'absence de risque de récidive et les bons renseignements professionnels. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
6.5 Le recourant invoque en outre les déclarations de l'expert, selon lesquelles le recourant "ne serait pas un homme foncièrement perverti et maléfique et qu'il est certainement authentique dans son désir de bien faire, dans son souci d'honnêteté et de correction".
Certes, les déclarations de l'expert permettent d'expliquer quelque peu l'attitude du recourant face aux autorités judiciaires. Elles ne contredisent cependant pas la conclusion de la cour cantonale, selon laquelle seule une peine ferme de longue durée pouvait amender le recourant. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
6.6 Procédant à une comparaison avec d'autres affaires, notamment les <ref-ruling>, 124 IV 154, 122 IV 97 et 125 III 269, le recourant soutient que la peine de huit ans et demi qui lui a été infligée est manifestement exagérée.
Il convient en premier lieu de relever que les cas cités par le recourant émanent des cantons de Vaud et de Zurich et que le Tribunal fédéral ne s'est pas prononcé sur la question de la peine. Or, il est admis que les cantons peuvent développer des pratiques différentes relatives aux peines infligées pour certains délits et que ce risque, qui est inhérent à la structure fédéraliste de la Suisse, ne viole pas la Constitution (<ref-ruling> consid. 2c p. 47). En outre, le principe de l'individualisation des peines et le large pouvoir d'appréciation reconnu en cette matière à l'autorité cantonale conduisent, aussi à l'intérieur d'un même canton, à certaines divergences, qui sont acceptées par le législateur. Au demeurant, les cas qui apparaissent semblables peuvent se distinguer sur des points essentiels pour la fixation de la peine. Une comparaison entre des peines suppose que le juge possède, pour les cas concernés, une connaissance exacte des éléments déterminants pour fixer la peine (<ref-ruling> consid. 2a p. 153).
Il s'ensuit que la cour cantonale jurassienne ne saurait être liée par des arrêts rendus dans d'autres cantons. La seule question qui se pose est de savoir si la peine litigieuse viole ou non le droit fédéral, ce qui sera examiné plus loin (consid. 6.9).
6.7 Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte de l'art. 48 let. e CP qui conduit à l'atténuation de la peine en application de l'<ref-law> à la double condition que l'intérêt à punir ait sensiblement diminué en raison du temps écoulé depuis l'infraction et que l'auteur se soit bien comporté dans l'intervalle.
En l'espèce, la cour cantonale a mis le recourant au bénéfice de "la circonstance de l'écoulement d'un temps relativement long depuis la commission de la dernière infraction le 6 novembre 1998, conformément à l'art. 48 let. e CP" (arrêt attaqué p. 9). Il faut admettre que cette circonstance est a fortiori admise pour les autres infractions commises antérieurement.
Selon l'<ref-law>, le juge doit punir le délinquant au bénéfice d'une circonstance atténuante moins sévèrement que celui qui ne bénéficie d'aucune circonstance. Il peut cependant décider librement dans quelle mesure il veut réduire la peine, mais ne peut prononcer la peine maximale prévue par l'infraction (cf. Stratenwerth, op. cit., § 6, n. 106). Sur le plan de la motivation, il n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (consid. 5.3 ci-dessus; Stratenwerth, op. cit., § 6, n. 91), de sorte que la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en mentionnant la prise en compte de la circonstance atténuante du temps relativement long sans préciser la mesure correspondante de la réduction de la peine. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
6.8 Le recourant dénonce la violation du principe de la célérité consacré par les art. 29 al. 1 Cst., 6 par. 1 CEDH et 14 par. 3 let. c Pacte ONU II. Il considère que le temps qui s'est écoulé entre le dépôt de la plainte pénale en octobre 2000 et le jugement de la cour criminelle en mars 2006 est excessivement long. Il relève que l'instruction consistait essentiellement en l'audition de témoins qui étaient tous domiciliés à Courgenay ou dans la région et en des expertises médicales, qui auraient pu être établies en quelques mois. Il soutient qu'il n'a usé d'aucun moyen dilatoire et rappelle que la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien a jugé en instance unique.
6.8.1 Les art. 29 al. 1 Cst., 6 par. 1 CEDH, 14 par. 3 let. c Pacte ONU II prévoient que toute personne a droit à ce que sa cause soit jugée dans un délai raisonnable. Comme les règles conventionnelles n'offrent pas une protection plus étendue que les garanties constitutionnelles nationales, il convient de statuer en application de l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.1, p. 331 et 332 et les références). Ce dernier consacre le principe de la célérité qui impose aux autorités, dès le moment où l'accusé est informé des soupçons qui pèsent contre lui, de mener la procédure pénale sans désemparer, afin de ne pas maintenir inutilement l'accusé dans les angoisses qu'elle suscite. Une violation du principe de la célérité doit en principe être prise en compte au stade de la fixation de la peine; le plus souvent, elle conduit à une réduction de la peine, parfois même à la nécessité d'abandonner la poursuite (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 54 s.). Il s'agit de distinguer le principe de la célérité de la circonstance atténuante de l'art. 48 let. e CP, qui obéit à des conditions différentes. Lorsque les conditions de l'art. 48 let. e CP et du principe de la célérité sont réalisées, il convient de prendre en considération les deux facteurs de réduction de la peine (Wiprächtiger, op. cit., art. 64, n. 31).
La notion de délai raisonnable doit être appréciée in concreto, suivant les circonstances de l'affaire en question. Il convient en premier lieu de tenir compte des particularités de la cause, notamment de la nature et de la gravité de l'infraction poursuivie. L'élément déterminant, pour cette appréciation, est sans doute la complexité de l'affaire. Celle-ci peut découler de la nature de l'infraction, mais aussi du nombre d'accusés, des mesures probatoires nécessaires - en particulier des témoins à entendre et des investigations à l'étranger -, du volume du dossier, des questions de fait et de droit qui peuvent se poser et, en définitive, des incidences concrètes de la procédure sur la situation de l'accusé. Le comportement de ce dernier revêt également de l'importance. L'accusé ne peut certes pas être tenu à une collaboration active, et on ne saurait lui reprocher de tirer pleinement parti des voies de recours qui lui sont offertes par le droit interne, mais on pourra tenir compte des démarches purement dilatoires qu'il aura pu entreprendre (arrêt du Tribunal fédéral du 22 décembre 1997, 1P.561/1997, publié in SJ 1998 p. 247).
Comme on ne peut pas exiger de l'autorité pénale qu'elle s'occupe constamment d'une seule et unique affaire, il est inévitable qu'une procédure comporte quelques temps morts. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut; des périodes d'activités intenses peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires (<ref-ruling> consid. 2c p. 142). Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute; elles ne sauraient ainsi exciper des insuffisances de l'organisation judiciaire (<ref-ruling> consid. 3.3.3. p. 56 s.).
6.8.2 En l'espèce, l'instruction de la cause a nécessité de procéder à deux expertises de crédibilité de la victime, assorties de rapports complémentaires, ainsi que d'une expertise psychiatrique du recourant, également assortie d'un rapport complémentaire. De nombreux témoins ont également été entendus. Enfin, alors que l'affaire était pendante en janvier 2004 devant la Cour criminelle, elle a été renvoyée au juge d'instruction pour complément d'enquête en raison de la jonction de la procédure sur plainte de A._. Le recourant avait d'ailleurs lui-même conclu au renvoi de l'affaire en instruction. Au vu de ces circonstances, une durée de cinq ans entre le dépôt de la dénonciation et l'arrêt de la Cour criminelle ne prête pas le flanc à la critique. Infondé, le grief du recourant doit être rejeté.
6.9 Le recourant ne cite en définitive aucun élément important, propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort. Il convient dès lors d'examiner si, au vu des circonstances, la peine infligée apparaît exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
En l'espèce, le recourant a commis quatre viols et plusieurs actes de contraintes sexuels dont un avec cruauté sur une jeune fille déjà fragilisée par des précédents abus; il a profité de sa position d'autorité en tant que maître d'apprentissage, position qu'il a renforcée par des menaces. La peine frappant la contrainte sexuelle aggravée, qui est l'infraction la plus grave, est une peine privative de liberté de trois ans au moins. Les abus du recourant ont perduré sur une période relativement longue et ont contribué à l'invalidité de la victime. En faveur du recourant, on peut tenir compte de la circonstance du temps écoulé depuis la commission de l'infraction, de ses bons antécédents, de sa situation personnelle et de son comportement en détention.
Au vu de ces circonstances, la faute du recourant ne peut qu'être qualifiée de très grave; elle justifie une lourde peine. La peine privative de liberté de huit ans et demi n'apparaît dès lors pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. Le grief de violation de l'<ref-law> est dès lors infondé.
Au vu de ces circonstances, la faute du recourant ne peut qu'être qualifiée de très grave; elle justifie une lourde peine. La peine privative de liberté de huit ans et demi n'apparaît dès lors pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. Le grief de violation de l'<ref-law> est dès lors infondé.
7. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Les frais sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 2000 francs est mis à la charge du recourant.
2. Un émolument judiciaire de 2000 francs est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, au Procureur général du canton du Jura et à la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien.
Lausanne, le 17 avril 2007
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: