Sachverhalt:
A.
A._ führt in der Gemeinde Waldkirch einen Landwirtschaftsbetrieb mit einer Nutzfläche von rund 10,7 ha. Dieser befindet sich im Gewässerschutzbereich AU.
Mit Verfügung vom 23. Oktober 2009 verpflichtete das Amt für Umwelt und Energie des Kantons St. Gallen (AFU) A._, mit Blick auf das vorhandene Güllenlagervolumen den Viehbestand in den Wintermonaten auf maximal 21 Milchkühe und 8 Kälber zu reduzieren. Mit Verfügung vom 6. September 2011 wurden weitere Massnahmen angeordnet; unter anderem sei die Nutzung des permanent zugänglichen, nicht in die Güllengrube entwässerten Laufhofs unverzüglich einzuschränken.
B.
Am 26. Oktober 2012 eröffnete das AFU A._, er habe sowohl im Winter 2010/2011 als auch im Winter 2011/2012 die festgelegte Obergrenze für den Tierbestand deutlich überschritten, ohne die Lagerkapazitäten für Gülle vergrössert zu haben. Zudem sei festgestellt worden, dass aufgrund der nicht sachgemässen Nutzung des Laufhofs der dort anfallende Hofdünger versickere. Damit seien landwirtschaftsrelevante Gewässerschutzvorschriften im Jahr 2012 nicht eingehalten worden, was eine Kürzung der Direktzahlungen zur Folge haben werde.
C.
Den gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs wies das Baudepartement des Kantons St. Gallen nach Durchführung eines Augenscheins am 21. Oktober 2013 ab.
Auf die dagegen gerichtete Beschwerde von A._ trat das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen am 23. Januar 2015 mangels genügender Beschwerdebegründung nicht ein. In einer materiellen Hilfsbegründung hielt es fest, dass die Beschwerde abzuweisen wäre, wenn darauf eingetreten werden könnte.
D.
Dagegen hat A._ am 13. März 2015 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der vorinstanzliche Entscheid und die Verfügung vom 26. Oktober 2012 sei in Feststellung, dass kein Nichteinhalten landwirtschaftlicher Gewässerschutzvorschriften vorliege, aufzuheben. Eventualiter sei die Sache mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E.
Das Baudepartement beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d BGG).
1.1. Zwar bereitet die angefochtene Feststellungsverfügung eine Kürzung von landwirtschaftlichen Direktzahlungen vor; dennoch ist sie nicht als Zwischen-, sondern als Endentscheid zu qualifizieren (<ref-law>) : Kürzungen oder Verweigerungen von Beiträgen wegen Verstössen gegen landwirtschaftsrelevante Vorschriften des Gewässerschutz-, des Umweltschutz- oder des Natur- und Heimatschutzgesetzes sind gemäss Art. 70 Abs. 2 der bis zum 1. Januar 2014 geltenden Verordnung vom 7. Dezember 1998 über die Direktzahlungen an die Landwirtschaft [Direktzahlungsverordnung, DZV; AS 1999 229] erst möglich, wenn die Verstösse mit einem rechtskräftigen Entscheid festgestellt worden sind (für die Rechtslage ab 1. Januar 2014 vgl. Art. 105 Abs. 2 der Verordnung vom 23. Oktober 2013 [DZV; SR 910.13]; ab 1. Januar 2015 gilt Art. 105 Abs. 1 i.V.m. Ziff. 2.11.1 und Ziff. 3.10.1 Anhang 8). Dies setzt voraus, dass die Feststellungsverfügung selbstständig angefochten bzw. in Rechtskraft erwachsen kann, noch bevor die Beitragsverfügung erlassen wird.
1.2. Der Beschwerdeführer ist zur Beschwerde legitimiert, soweit das Verwaltungsgericht auf seine Beschwerde nicht eingetreten bzw. diese hilfsweise abgewiesen hat (<ref-law>). Seine Beschwerdeschrift vor Bundesgericht enthält zu beiden Punkten (Nichteintreten und Abweisung) eine ausreichende Begründung (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Dieses wendet das Bundesgericht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Im Folgenden ist zunächst zu prüfen, ob der Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts bundesrechtskonform ist. Ist dies der Fall, ist die Beschwerde schon aus diesem Grund abzuweisen, und bedarf es keiner Prüfung der aufgeworfenen gewässerschutzrechtlichen Fragen mehr.
2.1. Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass der Beschwerdeführer in der Beschwerdeergänzung im Wesentlichen auf seine Argumentation im Rekurs an das Baudepartement verwiesen habe. Er habe seine Stellungnahmen im vorinstanzlichen Verfahren eingereicht, ohne sich mit den Feststellungen der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid konkret auseinanderzusetzen. Nach ständiger Rechtsprechung sei es nicht Aufgabe der Beschwerdeinstanz, in vorinstanzlichen Eingaben der Beteiligten nach Gründen zu suchen, aus denen der angefochtene Entscheid unrichtig sein könnte (Cavelti/Vögeli, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen, 2. Aufl. 2003, Rz. 921 mit Hinweisen). Mangels ausreichender Begründung könne deshalb auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law> (Treu und Glauben), Art. 29 Abs. 1 und 2 BV (Anspruch auf Durchführung eines gerechten Verfahrens und auf rechtliches Gehör), <ref-law> (Rechtsweggarantie) und Art. 4 der St. Galler Kantonsverfassung vom 10. Juni 2001 (Verfahrensgarantien), weil das Verwaltungsgericht gestützt auf seine angebliche Rechtsprechung, ohne Nennung einer gesetzlichen Grundlage, auf seine Eingabe vom 31. Oktober 2013 nicht eingetreten sei, obwohl diese zweifellos den Anforderungen an eine Laienbeschwerde genügt habe. Hierfür reiche es nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung aus, wenn die Eingabe den Rechtsstandpunkt bzw. die Argumente hinreichend deutlich darlege und diese Argumente sich in sachlicher sowie gebührender Form auf das betreffende Verfahren bezögen (Urteil 2C_487/2008 vom 2. Februar 2009 E. 1.2). Diese Anforderungen habe seine Beschwerde vom 31. Oktober 2013 klarerweise erfüllt, da daraus hervorgegangen sei, was er mit seiner Beschwerde erreichen wolle und was seines Erachtens von der Vorinstanz und dem AFU unrichtig abgeklärt und entschieden worden war. Wäre seine Beschwerde ungenügend begründet gewesen, so hätte die Vorinstanz auch nicht über 15 Monate benötigt, um darüber zu entscheiden.
2.3. Aus den Akten geht hervor, dass der Beschwerdeführer am 31. Oktober 2013 Beschwerde einreichte und zur Begründung lediglich anführte, er akzeptiere den Entscheid des Baudepartements nicht. Ihm wurde daraufhin eine Frist gesetzt, um die Beschwerde hinsichtlich der Darstellung des Sachverhaltes und der Begründung zu ergänzen, mit Hinweis auf Art. 64 in Verbindung mit Art. 48 Abs. 1 und 2 des St. Galler Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 16. Mai 1965 (VRP/SG; sGS 951.1), andernfalls auf die Beschwerde nicht eingetreten werden könne (Art. 48 Abs. 3 VRP/SG). Damit war für den Beschwerdeführer klar, auf welche gesetzliche Grundlage sich die Begründungspflicht stützte, auch wenn diese Normen im Endentscheid vom 23. Januar 2015 nicht nochmals zitiert wurden.
2.4. In der Beschwerdeergänzung vom 14. Dezember 2013 führte der Beschwerdeführer aus, er habe seinem Rekurs an das Baudepartement eigentlich keine Ergänzungen hinzuzufügen, und versichere hiermit, in keinem einzigen Punkt gegen die Gewässerschutzvorschriften verstossen zu haben. Er erwarte deshalb vom Verwaltungsgericht eine 100-prozentige Entlastung und Freispruch in allen Punkten. Diesem Schreiben legte er zwei Eingaben aus dem Rekursverfahren bei (Stellungnahme vom 30. Juni 2013 zum Protokoll des Augenscheins des Baudepartements [Rekursakten act. 18] und Stellungnahme vom 12. September 2013 [Rekursakten act. 23]).
Die Beschwerdeschrift und die Beschwerdeergänzung lassen zwar die Stossrichtung der Beschwerde erkennen (Entlastung vom Vorwurf der Verletzung von Gewässerschutzvorschriften); dagegen fehlt eine Begründung in Bezug auf den angefochtenen Entscheid des Baudepartements: Die eingereichten Stellungnahmen stammen aus dem Rekursverfahren und beziehen sich daher auf den Entscheid des AFU bzw. das Augenscheinprotokoll und nicht auf den Rekursentscheid. Insofern durfte das Verwaltungsgericht davon ausgehen, dass eine Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid des Baudepartements und dessen Motiven fehle.
2.5. Aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Begründungspflicht vor Bundesgericht (<ref-law>) ergibt sich nichts anderes: Danach muss aus der Beschwerdeschrift ersichtlich sein, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (<ref-ruling> E. 1.3 S. 306 mit Hinweisen). Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den massgeblichen Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 309; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Diese Anforderung ist nicht erfüllt, wenn ein Beschwerdeführer pauschal auf seine vorinstanzlichen Rechtsschriften verweist, ohne sich wenigstens kurz mit den Argumenten des angefochtenen Entscheids auseinanderzusetzen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 309; <ref-ruling> E. 1.3 S. 306; <ref-ruling> E. 1a S. 336). Diese Anforderung gilt auch für juristische Laien, denn auch von ihnen kann verlangt werden, dass sie kurz aufzeigen, weshalb sie mit den tatsächlichen und/oder rechtlichen Erwägungen des angefochtenen Entscheids nicht einverstanden sind.
2.6. Die Vermutung des Beschwerdeführers, das Verwaltungsgericht sei auf seine Beschwerde nur deshalb nicht eingetreten, um die vorliegende Sache nicht materiell und in seinem Sinne entscheiden zu müssen, erscheint schon deshalb abwegig, weil das Verwaltungsgericht in einer materiellen Hilfsbegründung dargelegt hat, weshalb die Beschwerde auch in der Sache keinen Erfolg gehabt hätte.
3.
Nach dem Gesagten verletzte das Verwaltungsgericht St. Gallen keine Verfahrensgarantien der Bundes- oder der Kantonsverfassung, als es auf die Beschwerde nicht eintrat. Die Beschwerde ist daher abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Mai 2015
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber