Sachverhalt:
A. Im Herbst 2001 wurde im Erdgeschoss der Liegenschaft Linsebühlstrasse 82 in St. Gallen (Grundstück Nr. C1282), dem ehemaligen Hotel Walfisch und späteren Durchgangszentrum für Asylbewerber, eine Gassenküche errichtet. Das Grundstück liegt in der Wohn-Gewerbe-Zone. In den ersten beiden Obergeschossen wurden Büros und Arbeitsräume eingerichtet. Eigentümerin ist die Politische Gemeinde St. Gallen. Betreiberin der Gassenküche ist die Stiftung Suchthilfe, die vom Kanton und der Stadt St. Gallen sowie von kirchlichen und sozialen Organisationen getragen wird.
Bereits vor Eröffnung der Gassenküche hatten die Ehegatten X._, die Eigentümer des südwestlich angrenzenden Grundstücks Nr. C1283 mit Bäckerei an der Linsebühlstrasse 80, die Bauverwaltung der Stadt St. Gallen aufgefordert, umgehend ein Baubewilligungsverfahren einzuleiten. Die Baupolizei der Stadt St. Gallen traf am 12. Juli 2001 eine Feststellungsverfügung, wonach die Nutzung der Liegenschaft Linsebühlstrasse 82 als Gassenküche nicht als Zweckänderung im Sinne des Baurechts gelte und für die inneren Umbauarbeiten das abgekürzte Baugesuchsverfahren durchgeführt worden sei. Gegen diese Feststellungsverfügung erhoben die Ehegatten X._ Rekurs. Das Baudepartement hiess diesen mit Entscheid vom 4. Juni 2002 gut und hob die angefochtene Verfügung auf. Es hielt fest, eine Zweckänderung der Liegenschaft könne nicht ausgeschlossen werden, und auch die mit dem Betrieb verbundenen ideellen Immissionen würden eine Überprüfung im Baubewilligungsverfahren rechtfertigen. Das Verwaltungsgericht trat mit Urteil vom 6. Dezember 2002 auf die von der Baupolizei gegen den Rekursentscheid erhobene Beschwerde nicht ein, da kein Beschluss des Stadtrates über die Anfechtung vorlag.
B. Das Hochbauamt der Stadt St. Gallen stellte am 17. März 2003 ein Baugesuch für die nachträgliche Bewilligung der Umnutzung des Erdgeschosses der Liegenschaft Linsebühlstrasse 82 in eine Gassenküche. Gegen das Baugesuch erhoben unter anderem die Ehegatten X._ Einsprache. Im Einspracheverfahren versuchte die Baupolizeikommission, mit den Einsprechern und der Betreiberin der Gassenküche mittels einer Anpassung des Betriebskonzepts und geeigneter Auflagen eine Verständigung zu erreichen, was jedoch nicht gelang. Mit Entscheid vom 21. Juli 2006 erteilte die Baupolizeikommission der Stadt St. Gallen die Baubewilligung unter Vorbehalt von Bedingungen und Auflagen. Unter Ziff. IV.3 der Baubewilligung wurde folgendes festgehalten:
"Gemäss den Erwägungen unter III./5.32 hat die Grundeigentümerin an allen Öffnungszeiten der Gassenküche folgende Massnahmen sicher zu stellen und mittels Mietvertrag der jeweiligen Betreiberin der Gassenküche zu überbinden:
Die tägliche Öffnungszeit der Gassenküche für die Klientschaft wird auf die Zeit zwischen 11.00 Uhr und 17.00 Uhr beschränkt. Ausserhalb der täglichen Öffnungszeit muss die Gassenküche für die Klientschaft geschlossen bleiben.
An allen Öffnungszeiten müssen während der ganzen täglichen Öffnungszeit mindestens zwei Betreuungspersonen anwesend und für die Klientschaft ansprechbar sein.
An allen Öffnungszeiten ist die Umgebung innerhalb eines Umkreises von 150 m in den Strassenzügen Linsebühlstrasse - Sägegässchen - Konkordiastrasse - Sternackerstrasse - Schwalbenstrasse - Axensteinstrasse - Speicherweg - Speicherstrasse durch eine Betreuungsperson in Bezug auf die Klientschaft der Gassenküche zu beobachten.
Im Zusammenhang mit der Beobachtung der bezeichneten Umgebung sind dem Amt für Baubewilligungen sowie der Grundeigentümerin die Telefonnummern des Leiters der Gassenküche bzw., bei dessen Abwesenheit, des Leiters der Stiftung Suchthilfe als Kontaktperson bekannt zu geben.
Die Beobachtung der bezeichneten Umgebung hat an allen Öffnungstagen mindestens viermal, d.h. vor der Eröffnung, während des Betriebs sowie nach Betriebsschluss zu erfolgen. Ein besonderes Augenmerk ist dabei auf die Innenhöfe zu richten.
Der Zugang der Gassenküche darf für die Klientschaft nur durch den Eingang an der Linsebühlstrasse erfolgen. Die Hintertüre im hofseitigen Bereich ist für die Klientschaft geschlossen zu halten.
Allfällige Anpassungen des Betriebs- und Betreuungskonzeptes, welche Auswirkungen auf die Umgebung oder eine Vergrösserung des Benützerkreises zur Folge haben (Ausdehnung Öffnungszeiten, Erweiterung Angebot, etc.), unterliegen gemäss Art. 78 Abs. 2 lit. o BauG der vorgängigen Bewilligungspflicht. Allfällige Konzeptanpassungen sind vorgängig mit dem Amt für Baubewilligungen auf ihre Bewilligungspflicht zu überprüfen."
Die Baupolizeikommission hielt fest, aufgrund der vor rund sechs Jahren beendeten inneren Umbauarbeiten sei lediglich die Umnutzung zu beurteilen. Die Zweckänderung werde bejaht. Zielpublikum einer Gassenküche seien drogenabhängige und alkoholsüchtige Personen, weshalb die Auswirkungen des Betriebs nicht mit jenen eines Durchgangszentrums für Asylbewerber verglichen werden könnten. Zu bejahen sei auch die Zonenkonformität. Die verfügten Auflagen hätten sich während der Betriebsdauer der Gassenküche am alten Standort bewährt. Damit könnten ein ordentlicher Betrieb sichergestellt und allfällige Immissionen auf ein zulässiges Mass herabgesetzt werden.
C. Die Ehegatten X._ beantragten mit Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen, der Beschluss der Baupolizeikommission sei vollumfänglich aufzuheben und die Bewilligung für die Umnutzung des Erdgeschosses der Liegenschaft Linsebühlstrasse 82 von einem Restaurant in die Gassenküche sei zu verweigern. Der Betrieb einer Gassenküche werde zwar grundsätzlich befürwortet. Die Einwirkungen auf die Nachbarschaft müssten jedoch mittels Auflagen und Bedingungen auf ein vertretbares Mass gebracht werden. Aufgrund der unmittelbaren räumlichen Nähe der Gassenküche zum Bäckereibetrieb werde der Schutz der Nachbarschaft nicht gewährleistet. Dementsprechend würden verschiedene zusätzliche Auflagen beantragt.
Das Baudepartement hiess den Rekurs mit Entschied am 9. Juni 2008 teilweise gut. In Ziff. 2 seines Entscheids hob es Ziff. IV.3 des Beschlusses der Baupolizeikommission vom 21. Juli 2006 auf und ersetzte die darin enthaltenen Anordnungen durch folgende Bestimmungen:
"Die Grundeigentümerin hat an allen Öffnungstagen der Gassenküche folgende Massnahmen sicher zu stellen und mittels Mietvertrag der jeweiligen Betreiberin der Gassenküche zu überbinden:
a) Die tägliche Öffnungszeit der Gassenküche für die Klientschaft wird auf die Zeit zwischen 11.00 Uhr und 17.00 Uhr beschränkt. Ausserhalb der täglichen Öffnungszeit muss die Gassenküche für die Klienten geschlossen bleiben.
b) An allen Öffnungstagen müssen während der ganzen täglichen Öffnungszeiten mindestens drei Betreuungspersonen (festangestelltes ausgebildetes Personal) anwesend und für die Klientschaft ansprechbar sein.
c) An allen Öffnungstagen ist die Umgebung innerhalb eines Umkreises von 150 m um die Gassenküche in den Strassenzügen Linsebühlstrasse - Sägegässchen - Konkordiastrasse - Sternackerstrasse - Schwalbenstrasse - Axensteinstrasse - Speicherweg - Speicherstrasse durch mindestens eine Betreuungsperson in Bezug auf die Klientschaft der Gassenküche zu überwachen.
d) Die für die Überwachung der bezeichneten Umgebung zuständige Betreuungsperson ist dem Amt für Baubewilligungen sowie den Grundeigentümern im Gebiet innerhalb der Strassenzüge Linsebühlstrasse - Sägegässchen - Konkordiastrasse - Sternackerstrasse - Schwalbenstrasse - Axensteinstrasse - Speicherweg - Speicherstrasse unter Angabe einer Telefonnummer als Kontaktperson im Voraus und rechtzeitig bekannt zu geben.
e) Die Überwachung der bezeichneten Umgebung hat an allen Öffnungstagen mindestens im folgenden Umfang zu erfolgen:
aa) Ab spätestens 10.45 Uhr bis 11.00 Uhr ist ein Kontrollgang durch die bezeichnete Umgebung mit besonderem Augenmerk auf die Innenhöfe sowie auf die der Gassenküche zuführenden Wege durchzuführen.
bb) Während 11.00 Uhr bis 17.00 Uhr ist mindestens ein Kontrollgang durch die bezeichnete Umgebung mit besonderem Augenmerk auf die Innenhöfe durchzuführen.
cc) Ab 17.00 Uhr bis mindestens 17.15 Uhr ist ein Kontrollgang durch die bezeichnete Umgebung mit besonderem Augenmerk auf die Innenhöfe sowie auf die von der Gassenküche wegführenden Wege durchzuführen.
f) Während der Kontrollgänge in der bezeichneten Umgebung ist ein Fehlverhalten der Klientschaft der Gassenküche zu verhindern oder zumindest umgehend deren Folgen zu beseitigen.
g) Die durchgeführten Kontrollgänge (unter Angabe der Zeit) sowie allfälliges Fehlverhalten der Klientschaft der Gassenküche sind zu protokollieren. Das durch die für die Überwachung der Umgebung zuständige Betreuungsperson zu unterzeichnende Protokoll ist jeweils am Ende eines Kalendermonats dem Amt für Baubewilligungen zuzustellen. Die Grundeigentümer im Gebiet innerhalb der Strassenzüge Linsebühlstrasse - Sägegässchen - Konkordiastrasse - Sternackerstrasse - Schwalbenstrasse - Axensteinstrasse - Speicherweg - Speicherstrasse können beim Amt für Baubewilligungen in das Protokoll Einsicht nehmen.
h) Durch die Klientschaft der Gassenküche in der Gassenküche oder in der bezeichneten Umgebung begangene Straftaten sind an allen Öffnungstagen durch eine der anwesenden Betreuungspersonen ohne Verzug der Stadtpolizei anzuzeigen.
i) An allen Öffnungstagen sind innerhalb der Gassenküche oder in der bezeichneten Umgebung festgestelltes Fehlverhalten oder begangene Straftaten durch die Klientschaft je nach Schweregrad durch eine der anwesenden Betreuungspersonen mit einem zeitlich beschränkten Zutrittsverbot in die Gassenküche von einem bis sieben Tagen zu ahnden. Im Wiederholungsfall ist ein zeitlich unbeschränktes Zutrittsverbot zu erlassen.
k) Der Zugang zur Gassenküche darf für die Klientschaft der Gassenküche nur durch den Eingang an der Linsebühlstrasse erfolgen. Die Hintertüre im hofseitigen Bereich steht nur den Betreuungspersonen offen und ist für die Klientschaft geschlossen zu halten."
In Ziff. 4 seines Entscheids verpflichtete das Baudepartement die Politische Gemeinde St. Gallen, die Rekurrenten ausseramtlich mit Fr. 2'500.-- zuzüglich Mehrwertsteuer und Barauslagen von Fr. 165.-- zu entschädigen.
D. Gegen den Rekursentscheid des Baudepartements erhob die Politische Gemeinde St. Gallen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Sie beantragte, der Rekursentscheid sei aufzuheben und die im Beschluss der Baupolizeikommission vom 21. Juli 2006 enthaltene Bestimmung Ziff. IV.3 sei zu bestätigen.
Die Beschwerde des Stadtrats richtete sich gegen die Verschärfung der im Beschluss der Baupolizeikommission verfügten Bedingungen und Auflagen. Die vom Baudepartement vorgenommene Verschärfung der in der Baubewilligung enthaltenen Auflagen sei nicht nötig und somit unverhältnismässig. Sie enthalte eine krasse Überregulierung, die teilweise mit der sozialen Aufgabe der Gassenküche unvereinbar sei.
Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde mit Urteil vom 22. Januar 2009 gut, soweit es darauf eintrat, und hob Ziff. 2 und 4 des Rekursentscheids des Baudepartements vom 9. Juni 2008 auf. Es gelangte zum Schluss, dass die vom Baudepartement angeordneten zusätzlichen Vorschriften für den Betrieb der Gassenküche mit dem Verhältnismässigkeitsprinzip nicht vereinbar seien.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. März 2009 beantragen die Ehegatten X._ im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2009 sei aufzuheben und der Rekursentscheid des Baudepartements vom 9. Juni 2008 zu bestätigen. Sie rügen in mehrfacher Hinsicht die Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) und des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>), beanstanden eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsermittlung im Sinne von <ref-law> und machen die Missachtung von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 und <ref-law>) sowie des Verhältnismässigkeitsprinzips (<ref-law>) geltend.
Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Baudepartement verzichtet unter Verweisung auf seinen Entscheid vom 9. Juni 2008 auf eine Vernehmlassung. Die Stadt St. Gallen stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 82 lit. a i.V.m. 86 Abs. 1 lit. d und <ref-law>). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Baubegehren und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251, 400 E. 2.1 S. 404). Ausnahmegründe im Sinne von <ref-law> liegen nicht vor. Die Beschwerdeführer haben am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen und sind von deren Entscheid als unmittelbare Nachbarn der umstrittenen Gassenküche in schutzwürdigen Interessen besonders betroffen und somit zur Beschwerdeführung berechtigt (<ref-law>). Auf die form- und fristgerecht erhobene Beschwerde ist somit unter Vorbehalt der Ausführungen in E. 1.2 hiernach einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführer kritisieren zunächst in verfahrensrechtlicher Hinsicht, dass die Vorinstanz im kantonalen Verfahren die Beschwerdelegitimation der Politischen Gemeinde St. Gallen zu Unrecht bejaht habe. Legitimiert wäre einzig diejenige Behörde des Gemeinwesens gewesen, die nach Gesetz zur Prozessführung berechtigt sei, d.h. im vorliegenden Fall der Stadtrat von St. Gallen.
Die bei der Vorinstanz erhobene Beschwerde wurde von der Politischen Gemeinde St. Gallen, vertreten durch den Stadtrat, unterzeichnet vom Stadtpräsidenten und vom Stadtschreiber, eingereicht. Nach Auffassung des Verwaltungsgerichts und der Politischen Gemeinde St. Gallen handelte der Stadtrat für das von ihm vertretene Gemeinwesen. Die Beschwerdeführer berufen sich auf Art. 45 Abs. 2 des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 16. Mai 1965 (VRP; nGS 951.1), wonach das Rekursrecht zur Wahrung öffentlicher Interessen auch der zuständigen Behörde einer öffentlich-rechtlichen Körperschaft zusteht. Nach Art. 136 Abs. 1 lit. f des Gemeindegesetzes des Kantons St. Gallen vom 23. August 1979 (GG; nGS 151.2) fällt die Ergreifung von Rechtsmitteln in die Zuständigkeit des Stadtrats. Die Bejahung der Zulässigkeit der vom Stadtrat unterzeichneten Beschwerde der Stadt St. Gallen kann jedenfalls nicht als willkürlich bezeichnet werden.
3. Die Beschwerdeführer erblicken eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) darin, dass die Vorinstanz ihre Beweisanträge (Einholung eines Amtsberichts der Polizei, Edition der Polizeirapporte, Augenschein, Zeugeneinvernahme etc.) ohne Begründung und insbesondere ohne die erforderlichen Abklärungen abgelehnt habe. Dies habe zu einer willkürlichen Feststellung des Sachverhalts geführt.
3.1 Der in <ref-law> gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 3a S. 51 und 241 E. 2 S. 242, je mit Hinweisen). Die Begründungspflicht und der Anspruch auf Begründung sind nicht bereits dadurch verletzt, dass sich die urteilende Behörde nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 102; <ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 1a S. 181; <ref-ruling> E. 2c S. 34; <ref-ruling> E. 2c S. 57, je mit Hinweisen). Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn eine Behörde auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil sie aufgrund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass ihre Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428; <ref-ruling> E. 4a S. 211, je mit Hinweisen).
3.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
3.3 Aus den ausführlichen Erwägungen im angefochtenen Urteil ergibt sich, dass das Verwaltungsgericht sich auch ohne zusätzliche Beweismassnahmen ein sehr genaues Bild über die Zustände betreffend die Gassenküche machen konnte. Es durfte auf die beantragten Beweise somit in antizipierter Beweiswürdigung verzichten, ohne dabei das Willkürverbot zu verletzen. Es berücksichtigte dabei auch, dass aus Gründen des Immissionsschutzes nachträglich, d.h. nach Inbetriebnahme einer Anlage, Auflagen verfügt werden können (z.B. Betriebseinschränkungen), wenn sich die bisher getroffenen Massnahmen als ungenügend erweisen sollten (Zaugg/Ludwig, Baugesetz des Kantons Bern, Bd. I, 3. Aufl. 2007, Art. 38/39 N.15a lit. f). Den Beanstandungen der Beschwerdeführer in Bezug auf Mängel bei der Sachverhaltsermittlung kann nicht gefolgt werden.
4. Nach den unbestrittenen Ausführungen im angefochtenen Entscheid ist die Gassenküche eine Institution, die sich als Anlaufstelle an alkohol- und drogenabhängige bzw. randständige Personen richtet und welche gewisse negative Begleiterscheinungen des Drogenkonsums mildern soll. In der Gassenküche werden kostengünstige Mittagessen für Fr. 3.-- abgegeben. Kaffee und Tee etc. sind gratis. Es sind jeweils zwei Aufsichtspersonen anwesend. Das Betreuungsteam besteht insgesamt aus vier bis sechs Mitarbeitenden (250 bis 300 Stellenprozente), welche teilweise über eine entsprechende Ausbildung im sozialen und/oder Suchtbereich verfügen. Pro Tag werden ca. 20 bis 25 Mittagessen ausgegeben. Die Gassenküche verfügt über eine Stammklientschaft von ca. 80 bis 90 Personen. Pro Tag halten sich durchschnittlich 25 bis 30 Personen in der Gassenküche auf. In der Hausordnung, welche in der Gassenküche angeschlagen ist, werden verschiedene Verhaltensregeln aufgestellt. So ist das Handeln, Anbieten, Tauschen und Auspacken von Drogen und Medikamenten in der Gassenküche sowie im Umkreis von 150 m untersagt. Gleichzeitig dürfen in der Gassenküche keine illegalen Drogen und kein harter Alkohol konsumiert werden. Bier und Wein darf mitgebracht und konsumiert werden. Den Besuchern der Gassenküche ist das Betreten der Bäckerei der Beschwerdeführer ausdrücklich untersagt. Gewalt oder Gewaltandrohungen gegen Gäste und Personal werden nicht toleriert. Wer gegen die Verhaltensregeln verstösst, wird mit einem Gassenküchenverbot belegt. Zur Einschränkung der Auswirkungen auf die Umgebung wurde rund um die Gassenküche ein Umkreis von 150 m zum Beobachtungssektor erklärt, in welchem das Team der Gassenküche täglich drei Kontrollgänge vornimmt. Dabei wird auch die Gassenarbeit einbezogen, welche Vorfälle zu protokollieren hat. Bei Fehlverhalten sind pädagogische Interventionen oder Sanktionen in Form von befristeten Zutrittsverboten sowie eine Zusammenarbeit mit der Polizei vorgesehen.
4.1 Im vorliegenden Verfahren nicht umstritten ist die Zonenkonformität der Gassenküche in der Wohn-Gewerbe-Zone. Ebenso anerkennen die Beschwerdeführer und die Stadt St. Gallen, dass berechtigten Sicherheitsbedürfnissen der Anwohner und der naheliegenden Gewerbetreibenden mit Bedingungen und Auflagen in der Baubewilligung Rechnung zu tragen ist (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_262/2007 vom 31. Januar 2008 E. 4.6). Umstritten ist die Anwendung des Grundsatzes der Verhältnismässigkeit in Bezug auf verschiedene Anordnungen, welche das Baudepartement in seinem Entscheid vom 9. Juni 2008 auf Antrag der Rekurrenten zusätzlich in die Baubewilligung aufgenommen hat.
4.2 Das Gebot der Verhältnismässigkeit (<ref-law>) verlangt, dass eine behördliche Massnahme für das Erreichen des im öffentlichen oder privaten Interesse liegenden Ziels geeignet und erforderlich ist und sich für die Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung als zumutbar und verhältnismässig erweist. Es muss eine vernünftige Zweck-Mittel-Relation vorliegen. Eine Massnahme ist unverhältnismässig, wenn das Ziel mit einem weniger schweren Eingriff erreicht werden kann (<ref-ruling> E. 7.2 S. 62; mit weiteren Hinweisen).
Die Verhältnismässigkeit eines Eingriffs prüft das Bundesgericht bei der Beschränkung von Grundrechten frei (<ref-ruling> E. 4.3 S. 415 f.; <ref-ruling> E. 3c S. 121; <ref-ruling> E. 3a S. 366; s. auch <ref-ruling> E. 4.2 S. 157 f.). Es auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (<ref-ruling> E. 4.3 S. 415 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 222; <ref-ruling> E. 3a S. 366; <ref-ruling> E. 3c S. 437). Ausserhalb von Grundrechtsbeschränkungen (<ref-law>) schreitet das Bundesgericht wegen Verletzung des Verhältnismässigkeitsgebots nur dann ein, wenn die kantonalrechtliche Anordnung offensichtlich unverhältnismässig ist und damit gleichzeitig gegen das Willkürverbot (<ref-law>) verstösst (<ref-ruling> E. 4 S. 156 ff.).
4.3 Die Beschwerdeführer sind Eigentümer der an die Gassenküche angrenzenden Liegenschaft. Sie berufen sich nicht ausdrücklich auf die Eigentumsgarantie (<ref-law>, vgl. E. 1.2 hiervor), sondern halten den angefochtenen Entscheid im Ergebnis für willkürlich. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, kann ihnen darin nicht zugestimmt werden. Eine ausdrückliche Rüge der Verletzung der Eigentumsgarantie würde am Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens nichts ändern.
5. Im Einzelnen sind folgende, vom Baudepartement in Ziff. 2 seines Entscheids vom 9. Juni 2008 verfügte Auflagen umstritten:
lit. b, wonach an allen Öffnungstagen während der gesamten täglichen Öffnungszeiten mindestens drei (statt zwei) Betreuungspersonen anwesend und für die Klientschaft ansprechbar sein müssen, wobei es sich um festangestelltes ausgebildetes Personal handeln muss,
lit. c-e, wonach die bezeichnete Umgebung einer "Überwachung" anstelle einer "Beobachtung" unterstellt werden soll,
lit. d, wonach die zuständige Betreuungsperson und deren Telefonnummer an alle Grundeigentümer in dem in lit. c bezeichneten Gebiet vorweg bekannt zu geben ist,
lit. e, aa-cc betreffend die zeitlich genaue Festlegung der Kontrollgänge,
lit. f betreffend die Pflicht der Betreuungspersonen, Fehlverhalten von Gassenküchenbesuchern zu verhindern oder zumindest umgehend dessen Folgen zu verhindern,
lit. h betreffend die Anzeigepflicht bei Straftaten,
lit. i betreffend die Vorschriften über Sanktionierung von Fehlverhalten der Gassenküchenbesucher.
5.1 Die Beschwerdeführer beziehen sich auf eine Bewilligung des Baudepartements aus dem Jahr 2000 für eine Gassenküche in einem anderen Quartier in St. Gallen. Darin seien die hier umstrittenen Auflagen bereits enthalten gewesen und von der Stadt akzeptiert worden. Es verstosse gegen Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 und <ref-law>), die damals akzeptierten Auflagen nun erneut in Frage zu stellen.
Dieser Rüge kann nicht gefolgt werden. Die Bewilligung aus dem Jahr 2000 betraf nicht dasselbe Vorhaben. Es ist nicht zu beanstanden, wenn die einzelnen Auflagen in Bezug auf den neuen Standort im Einzelnen neu geprüft und auf die konkreten Verhältnisse an diesem Ort angepasst werden.
5.2 Die Beschwerdeführer halten die von der Vorinstanz vorgenommene Beurteilung der Verhältnismässigkeit der umstrittenen Massnahmen in verschiedener Hinsicht für rechtswidrig. Das Verwaltungsgericht hat sich mit den einzelnen Massnahmen unter dem Gesichtpunkt der Verhältnismässigkeit detailliert auseinandergesetzt. Es ist zum Schluss gelangt, dass die hier umstrittenen, vom Baudepartement angeordneten zusätzlichen Vorschriften für den Betrieb der Gassenküche mit dem Verhältnismässigkeitsprinzip nicht vereinbar seien. Auf die entsprechenden zutreffenden Ausführungen in E. 2.5.2 - 2.5.8 des angefochtenen Entscheids kann verwiesen werden. Die von den Beschwerdeführern erhobenen Rügen führen zu keiner anderen Beurteilung. Berechtigten Sicherheitsbedürfnissen der Anwohner und der naheliegenden Gewerbetreibenden wurde mit den Bedingungen und Auflagen in der Baubewilligung vom 21. Juli 2006 aus heutiger Sicht genügend Rechnung getragen. Wenn sich die bisher getroffenen Massnahmen zu einem späteren Zeitpunkt wider Erwarten als ungenügend erweisen sollten, können aus Gründen des Immissionsschutzes auch dannzumal weitere Auflagen (z.B. zusätzliche Betriebseinschränkungen) angeordnet werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 39; Urteil des Bundesgerichts 1A.96/2002 vom 12. Februar 2003 E. 2.2.1 und 2.3; Zaugg/Ludwig, a.a.O., Art. 38/39 N.15a lit. f). Ein derart gestuftes Vorgehen erscheint nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung grundsätzlich als verhältnismässig (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_262/2007 vom 31. Januar 2008 E. 4.6). Die Kritik der Beschwerdeführer an der Beurteilung durch das Verwaltungsgericht dringt somit nicht durch.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens sind die Gerichtskosten den unterliegenden Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Politischen Gemeinde St. Gallen sowie dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag