an Deutschland - B 116376, hat sich ergeben:
A.-Die Staatsanwaltschaft München I ermittelt gegen H._ wegen des Verdachtes des Anlagebetruges und der Widerhandlung gegen das deutsche Kreditwesengesetz. Am 28. Juni 1999 stellte der Leitende OberstaatsanwaltMünchen I bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau ein Rechtshilfeersuchen. Laut Ersuchen stützen sich die Ermittlungen auf eine Strafanzeige von W._. Dieser habe der Fa. A._ (Ennetbaden/Schweiz) im Mai bzw. Juni 1998 CHF 10'000.-- bzw. DEM 48'000.-- überlassen, um damit "Aktienoptionen US-amerikanischer Unternehmen gewinnversprechend zu kaufen und zu verkaufen". Dabei sei er zu Verlust gekommen. Die deutschen Behörden baten um rechtshilfeweise Durchsuchung der Geschäftsräume der Firmen A._, Ennetbaden, und B._, Ennetbaden, sowie um Einvernahme des Geschäftsführers der Firma A._, V._.
B.-Mit Verfügung vom 5. Juli 1999 überwies die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau das Ersuchen "zur Erledigung" an das Bezirksamt Baden. Auf Anordnung des Bezirksamtes vollzog die Kantonspolizei des Kantons Aargau am 20. September eine Hausdurchsuchung in den Geschäftsräumlichkeiten der Firma A._, Ennetbaden. Dabei wurden 37 Ordner mit Geschäftsunterlagen und Kundendossiers beschlagnahmt.
Am 21. Oktober 1999 nahm ein deutscher Ermittlungsbeamter Einsicht in sämtliche beschlagnahmten Akten.
Anschliessend wurden der Fa. A._ neun Ordner zurückerstattet.
C.-Am 12. November 1999 erliess das Bezirksamt Baden folgende Schlussverfügung:
"1. Dem Rechtshilfeersuchen wird im Sinne der vorangehenden
Erwägungen betreffend dem Straftatbestand
des Betruges entsprochen.
2. Es werden folgende Dokumente bzw. Beweismittel an
die ersuchende Behörde herausgegeben:
- Einvernahmeprotokoll vom 20.09.1999 der Kantonspolizei
Baden, Wm S._, von V._ als Auskunftsperson,
- Protokoll der Hausdurchsuchung vom 20.09.1999 mit
den sichergestellten Geschäftsunterlagen der
Fa. B._, 5408 Ennetbaden, gemäss Anweisungen
von KHK P._, Polizeidirektion München
(sichergestellt: 37 Ordner, an die Fa. A._
zurückzugeben: 9 Ordner, an die Staatsanwaltschaft
München I: 28 Ordner).
3. [Spezialitätsvorbehalt. ]
4. [Mitteilungen. ]".
D.-Eine von der Firma A._ gegen die Schlussverfügung erhobene Beschwerde wies das Obergericht (Beschwerdekammer in Strafsachen) des Kantons Aargau mit Entscheid vom 12. Januar 2000 ab.
E.-Dagegen gelangte die Firma A._ mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 17. Februar 2000 an das Bundesgericht.
Sie stellt folgendes Rechtsbegehren:
"1. Es sei der Beschwerdeentscheid des Obergerichts des
Kantons Aargau vom 12. Januar 2000 (Proz. Nr.
ST 1999. 0134) aufzuheben und die Rechtshilfe zu
verweigern, soweit sie nicht Unterlagen betrifft,
welche in direktem Zusammenhang mit dem Anzeigeerstatter
W._ stehen.
2. Es sei die Vorinstanz dementsprechend anzuweisen,
die den Anzeigeerstatter W._ betreffenden
Unterlagen auszuscheiden und über diese ein Verfahren
der vereinfachten Ausführung im Sinne von
<ref-law> durchzuführen.. "
F.-Das Obergericht des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau hat auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet, während vom Bezirksamt Baden keine Stellungnahme eingegangen ist. Das Bundesamt für Polizei hat sich mit Eingabe vom 14. März 2000 vernehmen lassen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) Für die Rechtshilfe zwischen der Bundesrepublik Deutschland und der Schweiz sind in erster Linie die Bestimmungen des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. April 1959 (EUeR, SR 0.351. 1), dem die beiden Staaten beigetreten sind, und der zwischen ihnen abgeschlossene Zusatzvertrag vom 13. November 1969 (SR 0.351. 913.61) massgebend. Soweit diese Staatsverträge bestimmte Fragen nicht abschliessend regeln, gelangt das schweizerische Landesrecht (namentlich das Bundesgesetz über internationale Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. März 1981 [IRSG, SR 351. 1] und die dazugehörende Verordnung [IRSV, SR 351. 11]) zur Anwendung (vgl. <ref-law>).
b) Die Verfügung der letztinstanzlichen Behörde, mit der das Rechtshilfeverfahren abgeschlossen wird, unterliegt zusammen mit den vorangehenden Zwischenverfügungen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (<ref-law>). Beim angefochtenen Entscheid des Obergerichtes vom 12. Januar 2000 handelt es sich um eine letztinstanzliche Schlussverfügung im Sinne von <ref-law>.
c) Zulässige Beschwerdegründe sind die Verletzung von Bundesrecht (inklusive Staatsvertragsrecht), einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens sowie die unzulässige oder offensichtlich unrichtige Anwendung ausländischen Rechts in den Fällen nach <ref-law> (<ref-law>). Die Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes durch das Obergericht kann nur auf die Frage der offensichtlichen Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit bzw. auf Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen hin geprüft werden (Art. 104 lit. b i.V.m. Art. 105 Abs. 2 OG und <ref-law>). Soweit die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegeben (und die staatsrechtliche Beschwerde daher ausgeschlossen) ist, kann auch die Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte mitgerügt werden (<ref-ruling> E. 1b S. 375).
2.-In verfahrensrechtlicher Hinsicht rügt die Beschwerdeführerin, die kantonalen Behörden hätten es versäumt, eine Eintretensverfügung i.S.v. <ref-law> zu erlassen, einem deutschen Ermittlungsbeamten seien in Verletzung von <ref-law> Tatsachen aus dem Geheimbereich zugänglich gemacht worden, bevor die zuständige Behörde über die Gewährung und den Umfang der Rechtshilfe entschieden hatte, entgegen <ref-law> sei auch keine Zwischenverfügung betreffend Anwesenheit der deutschen Ermittlungsbeamten erlassen worden, und weder die Schlussverfügung des Bezirksamtes Baden noch der angefochtene Entscheid des Obergerichtes enthielten eine ausreichende Begründung der bewilligten Rechtshilfe. Letzteres gelte namentlich für die Frage, inwieweit sich aus dem Ersuchen ein genügend konkreter Anfangsverdacht für rechtshilfefähige Delikte (Anlagebetrug) ergebe und inwiefern der Umfang der Rechtshilfe verhältnismässig sei und eine unzulässige Beweisausforschung vermeide.
3.-<ref-law> bestimmt, dass die ausführende Behörde eine summarisch begründete Eintretensverfügung erlässt und die zulässigen Rechtshilfehandlungen anordnet. Wird die Anwesenheit von ausländischen Ermittlungsbeamten bei Rechtshilfehandlungen bewilligt (<ref-law>), kann die entsprechende Zwischenverfügung selbständig angefochten werden, sofern durch die Anwesenheit der ausländischen Beamten ein unmittelbarer und nicht wieder gutzumachender Nachteil bewirkt werden könnte (<ref-law>). Die unmittelbar von Rechtshilfehandlungen Betroffenen haben schon in diesem Verfahrensstadium grundsätzlich Recht auf Akteneinsicht und Teilnahme am Verfahren, soweit dies für die Wahrung ihrer Interessen notwendig ist (<ref-law>).
a) Im angefochtenen Entscheid wird eingeräumt, dass die Rüge begründet sei, wonach "keine Eintretensverfügung mit Anordnung der zugelassenen Rechtshilfehandlungen gemäss <ref-law> ergangen" sei "und dagegen keine Rechtshilfemöglichkeit" (recte: Rechtsmittelmöglichkeit) bestanden habe. "Inwieweit dadurch das rechtliche Gehör verletzt wurde", könne "dahingestellt bleiben", da "einer Beschwerde im Zulassungsverfahren von Gesetzes wegen keine aufschiebende Wirkung" zukomme und "der Einwand der Unzulässigkeit der Rechtshilfe im vorliegenden Beschwerdeverfahren (...) umfassend zuzulassen" sei.
b) Unbestrittenermassen haben die kantonalen Behörden den Erlass einer Eintretensverfügung gemäss <ref-law> versäumt und damit gegen die bundesrechtliche Verfahrensordnung verstossen.
Wie aus den nachfolgenden Erwägungen hervorgeht, kann offen bleiben, ob der Nichterlass einer anfechtbaren Eintretens- bzw. Zwischenverfügung die Verletzung von weiteren Verfahrens- bzw. Gehörsrechten der Beschwerdeführerin nach sich zog.
4.-Art. III des Zusatzvertrages mit Deutschland zum EUeR (vgl. E. 1a) sieht vor, dass die Anwesenheit von Prozessbeteiligten bei der Vornahme von Rechtshilfehandlungen im ersuchten Staat bewilligt wird, auch wenn dessen Recht die Anwesenheit von Prozessbeteiligten bei Untersuchungshandlungen nicht vorsieht, dies aber nach den innerstaatlichen Vorschriften des ersuchenden Staates zulässig ist.
Personen, die am ausländischen Prozess beteiligt sind, kann die Anwesenheit bei Rechtshilfehandlungen sowie die Akteneinsicht gestattet werden, wenn der ersuchende Staat es gestützt auf seine Rechtsordnung verlangt (<ref-law>). Ihre Anwesenheit kann ebenfalls erlaubt werden, wenn sie die Ausführung des Ersuchens oder die Strafverfolgung im Ausland erheblich erleichtern kann (<ref-law>). Die Anwesenheit darf jedoch nicht zur Folge haben, dass den ausländischen Beamten Tatsachen aus dem Geheimbereich zugänglich gemacht werden, bevor die zuständige Behörde über Gewährung und Umfang der Rechtshilfe entschieden hat (<ref-law>).
a) Gemäss den vorliegenden Akten führt die Staatsanwaltschaft München I ein Ermittlungsverfahren gegen H._ wegen Verdachtes des Betruges und des Verstosses gegen das deutsche Kreditwesengesetz. Laut Ersuchen sei der Angeschuldigte Geschäftsführer der deutschen Firma C._, München. Die deutschen Behörden haben um rechtshilfeweise Durchsuchung der Geschäftsräume der Schweizer Firmen A._, Ennetbaden, und B._, Ennetbaden, ersucht. Gemäss Vollzugsprotokoll der Kantonspolizei Aargau wurde am 20. September 1999 "in den Büroräumlichkeiten der Firma A._" eine Hausdurchsuchung und Beschlagnahme von Geschäftsakten vorgenommen. Laut Aussage des Geschäftsführers der Fa. A._, Ennetbaden, ist die Beschwerdeführerin Muttergesellschaft der Fa. C._, München.
b) In der Schlussverfügung des Bezirksamtes Baden wird demgegenüber festgehalten, die deutschen Behörden hätten (lediglich) um Durchsuchung der "Geschäftsräume der Firma A._, CH-5408 Ennetbaden" ersucht und es seien "am 20.09.99 die Geschäftsräumlichkeiten der Fa. B._, 5408 Ennetbaden (...) durchsucht" worden.
c) Gemäss Vollzugsbericht der Kantonspolizei Aargau vom 26. Oktober 1999 sei "am Donnerstag 21.10.1999, nachmittags" Kriminalhauptkommissar P._ von der Kriminalpolizeidirektion 2 München erschienen und habe "gestützt auf das gestellte Rechtshilfeersuchen (...) bei der Kantonspolizei in alle beschlagnahmten Akten Einsicht genommen". "Von den 37 beschlagnahmten Ordnern" seien "9 Ordner (...) an die Firma A._ zurückgegeben" worden. "Bei den restlichen 28 Ordnern" werde "um Übergabe an die Staatsanwaltschaft München ersucht". Die Darstellung der Kantonspolizei Aargau wird in der Schlussverfügung des Bezirksamtes Baden und im angefochtenen Entscheid ausdrücklich bestätigt.
d) Die kantonalen Behörden bestreiten nicht, dass die sichergestellten Dokumente das Geschäfts- und Kundengeheimnis der Beschwerdeführerin tangieren und dass der deutsche Ermittlungsbeamte am 21. Oktober 1999 in sämtliche beschlagnahmte Geschäftsunterlagen Einsicht nehmen konnte, bevor mit Schlussverfügung des Bezirksamtes Baden vom 12. November 1999 über die Zulässigkeit und den Umfang der Rechtshilfe entschieden wurde.
Bei dieser Sachlage liegt ein klarer Verstoss gegen <ref-law> vor. Dies um so mehr, als der Beschwerdeführerin - wie im angefochtenen Entscheid ausdrücklich eingeräumt wird - kein wirksames Rechtsmittel gegen die vorzeitige Preisgabe von Informationen an Kriminalhauptkommissar P._ zur Verfügung stand. Nach dem Sinn und Zweck des Gesetzes kann es dabei nicht auf den Umstand ankommen, ob der ausländische Beamte bei der Beschlagnahme selbst anwesend war oder ob ihm erst kurz darauf - aber jedenfalls vor Erlass der Schlussverfügung - uneingeschränkte Akteneinsicht gewährt wurde. Am Gesagten vermag auch Art. III des Zusatzvertrages mit Deutschland nichts zu ändern, zumal diese Bestimmung lediglich ein Anwesenheitsrecht vorsieht, nicht aber ein Recht der ausländischen Beamten, vorzeitig unbeschränkte Akteneinsicht zu erhalten.
5.-Die Beschwerdeführerin rügt sodann, weder die Schlussverfügung des Bezirksamtes Baden noch der angefochtene Entscheid des Obergerichtes enthielten eine ausreichende Begründung der bewilligten Rechtshilfe. Dies gelte namentlich für die Frage, inwieweit sich aus dem Ersuchen ein genügend konkreter Anfangsverdacht für rechtshilfefähige Delikte (Anlagebetrug) ergebe und inwiefern der Umfang der Rechtshilfe verhältnismässig sei bzw. eine unzulässige Beweisausforschung vermeide.
a) Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes zum Anspruch auf rechtliches Gehör muss die Urteilsbegründung so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur dann möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheides ein Bild machen können.
Zwar muss sich der Richter nicht ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand der Parteien befassen. Die Urteilsbegründung soll sich jedoch mit den für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkten auseinander setzen. Die Begründung kann sich dabei auch auf die Verfügung einer unteren kantonalen Instanz stützen. Je stärker der Entscheid in die schutzwürdigen Interessen des Betroffenen eingreift, desto höhere Anforderungen sind an die Begründung des Entscheides zu stellen (<ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 2c S. 34; <ref-ruling> E. 2c S. 14 f., je mit Hinweisen).
b) Die Schlussverfügung des Bezirksamtes Baden enthält keinerlei inhaltliche Begründung der Zulässigkeit und des Umfanges der Rechtshilfe. Im Anschluss an die (sehr knappe und teilweise unzutreffende) Darlegung des Sachverhaltes wird lapidar ausgeführt:
"Gestützt auf die unter Ziff II. 1. aufgeführten
Rechtsgrundlagen sowie auf die Strafprozessordnung
des Kantons Aargau wird verfügt:"
[Es folgt das Dispositiv der Verfügung. ]
Die genannte Ziff. II. 1 der Erwägungen lautet wie folgt:
"Die Rechtshilfe mit der Bundesrepublik Deutschland
richtet sich nach den Bestimmungen des Europäischen
Uebereinkommens für die Rechtshilfe in Strafsachen
(EUeR) sowie subsidiär nach dem Bundesgesetz über
die Rechtshilfe in Strafsachen (IRSG).. "
c) Im angefochtenen Entscheid wird mit Recht darauf hingewiesen, dass sich aufgrund der Sachverhaltsdarstellung im Ersuchen "hinreichende Verdachtsmomente" für den untersuchten Betrugsverdacht ergeben müssten (Art. 14 Ziff. 2 EUeR; vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 257; <ref-ruling> E. 7b S. 137, 367 E. 2c S. 371; <ref-ruling> E. 5c S. 255; <ref-ruling> E. 5b S. 121 f.; <ref-ruling> E. 5c S. 88, je mit Hinweisen).
Ebenfalls zu Recht wird vom Obergericht angeführt, dass dies nach Massgabe des schweizerischen Betrugstatbestandes (<ref-law>) zu prüfen wäre, der namentlich eine arglistige Täuschung voraussetze (vgl. <ref-ruling> E. 3a/cc S. 429).
Es ist Sache der ersuchenden Behörde, die Umstände darzulegen, aus welchen sich die Arglist ergeben soll. Ein besonders strenger Massstab ist nach der Praxis des Bundesgerichtes anzulegen, wenn sich Anzeichen für eine mögliche Beweisausforschung zu fiskalischen Zwecken ergeben (<ref-ruling> E. 5b S. 257 f.).
aa) Die Frage, ob sich aus der Sachverhaltsdarstellung des Ersuchens genügend Anhaltspunkte für einen Betrugsverdacht ergeben, wird im angefochtenen Entscheid (S. 6 f.
Ziff. 3) sehr knapp und nur oberflächlich geprüft. Es wird darauf hingewiesen, dass sich die Sachverhaltsdarstellung im Ersuchen "auf die Feststellung" beschränke, "es seien dem" angeblichen "Geschädigten W._ (...) keine Original-Broker-Auszüge zugestellt worden". "Daher" bestehe "der Verdacht, dass die Gelder W._ sowie solche weiterer" nicht genannter "Geschädigter gar nicht angelegt worden seien". "Entgegen dem Einwand in der Beschwerde" vermöge "diese Darstellung als Begründung eines relevanten Betrugsverdachtes zu genügen, da dem Kunden gemäss Art. 11 des Bundesgesetzes über Börsen und den Effektenhandel (BEHG, SR 954. 1) ein Informationsrecht" zustehe "und die blosse Zustellung einer internen Aufstellung diesem Informationsanspruch nicht zu genügen" vermöge.
bb) Diese Erwägungen erscheinen zur Begründung des Verdachtes eines grossangelegten Anlagebetruges (und als Grundlage für die rechtshilfeweise Weiterleitung sämtlicher Kundendossiers einer schweizerischen Finanzgesellschaft) ausgesprochen mager.
Bereits im kantonalen Verfahren hat die Beschwerdeführerin detailliert vorgebracht, dass das Verlustrisiko bei Börsengeschäften (insbesondere bei Optionenhandel) systemimmanent sei, dass der Kunde W._ (wie sämtliche anderen Kunden) gemäss unterzeichneter Risikoerklärung über die erheblichen Verlustrisiken bei Optionengeschäften orientiert worden sei, dass ein Effektenhändler im eigenen Namen (und auf Rechnung des Kunden) die Geschäfte abschliesse und die Brokerauszüge daher nicht auf einzelne Kunden ausgestellt würden, dass die Bemängelung fehlender individualisierter Original-Brokerauszüge daher sachwidrig sei, und dass die Beschwerdeführerin dem Kunden W._ periodische Abrechnungen ("Equity Runs") zugestellt und damit ihre börsenrechtliche Informations- und Rechenschaftspflicht nachgewiesenermassen erfüllt habe (vgl. ausdrücklich angefochtener Entscheid, S. 4).
cc) Die von der Beschwerdeführerin bereits im kantonalen Verfahren vorgetragenen Argumente erscheinen erheblich und prüfenswert. Der angefochtene Entscheid setzt sich damit nicht auseinander. Im Übrigen fehlen darin auch Erwägungen zur Frage, inwiefern sich aus der Sachverhaltsdarstellung des Ersuchens Anhaltspunkte für das Tatbestandsmerkmal der arglistigen Täuschung ergeben würden (vgl.
<ref-ruling> E. 5b - c S. 257 f.).
Weder das im angefochtenen Entscheid erwähnte börsenrechtliche "Informationsrecht" noch die Möglichkeit, dass weitere - nicht näher genannte - Kunden geschädigt sein könnten, liessen für sich allein den Verdacht eines arglistigen Vorgehens erkennen. Der Betrugstatbestand könnte im Falle von besonderen arglistigen Machenschaften ("manoeuvres frauduleuses") erfüllt sein, wozu beispielsweise Urkundenfälschungen gezählt werden. Im Falle von blossen Falschangaben müssten zur einfachen Lüge weitere Arglistmerkmale hinzutreten (etwa Abhalten von der Überprüfung der Falschangaben, objektive Nichtüberprüfbarkeit, Voraussehbarkeit der Nichtüberprüfung usw. , vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 252, E. 5 S. 257 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 127, E. 3b S. 128; <ref-ruling> E. 3a/cc S. 429; <ref-ruling> E. 3d S. 205).
d) Auch der erhebliche Umfang der gewährten Rechtshilfe (28 Ordner Geschäftsunterlagen mit Kundendaten) wird in der Schlussverfügung des Bezirksamtes Baden mit keinem Wort begründet. Im angefochtenen Entscheid wird dazu lediglich erwogen, falls sich der Betrugsverdacht "im Falle des Geschädigten W._ erhärten liesse, so bestünde hinreichender Anlass dafür, dass es sich dabei um ein systematisches Tatvorgehen gehandelt" hätte. Daher seien "die rechtshilfeweise verlangten Untersuchungshandlungen (...) nicht auf den Einzelfall des Geschädigten W._ zu beschränken" (angefochtener Entscheid, S. 7 Ziff. 3 in fine). Für die untersuchten Straftaten gegen das deutsche Kreditwesengesetz sei demgegenüber keine Rechtshilfe zulässig (vgl. angefochtener Entscheid, S. 6 Ziff. 2).
aa) Art. 2 lit. a EUeR erlaubt den Vertragsparteien die Verweigerung von Rechtshilfe, wenn sich das Ersuchen auf Sachverhalte bezieht, die vom ersuchten Staat als fiskalische strafbare Handlungen angesehen werden (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 251 f.). Nach schweizerischem Recht ist die "kleine" Rechtshilfe bei Abgabebetrug zulässig, nicht aber bei Straftaten, die bloss auf eine Verkürzung fiskalischer Abgaben (Steuerhinterziehung) gerichtet sind (<ref-law>).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes dürfen keine strafprozessualen Untersuchungshandlungen zur Auffindung von Belastungsmaterial zwecks nachträglicher Begründung eines Tatverdachtes durchgeführt werden. Eine hinreichend präzise Umschreibung der Verdachtsgründe soll möglichen Missbräuchen vorbeugen. Namentlich ist zu verhindern, dass sich die ersuchende Behörde unter dem Deckmantel eines von ihr lediglich behaupteten gemeinrechtlichen oder fiskalischen Betruges Beweise verschafft, die zur Ahndung nicht rechtshilfefähiger Fiskaldelikte dienen sollen (<ref-ruling> E. 5b S. 257 mit Hinweisen). Im Rahmen der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen sind sodann nur jene Aktenstücke zu übermitteln, welche sich auf den im Ersuchen hinreichend dargelegten Verdacht beziehen können. Mithin muss ein ausreichender sachlicher Konnex zwischen dem untersuchten Sachverhalt und den fraglichen Dokumenten erstellt sein (<ref-ruling> E. 2c S. 371; <ref-ruling> E. 2b S. 463 f.).
bb) Im Lichte dieser Rechtslage erscheint die Begründung des angefochtenen Entscheides für die Weiterleitung von Kundendossiers, die nicht den angezeigten mutmasslichen Betrugsfall W._ betreffen, offensichtlich unzureichend.
Insbesondere setzt sich der angefochtene Entscheid mit den sich aufdrängenden und bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachten Einwänden nicht auseinander, es bestünden Anzeichen für eine unzulässige Beweisausforschung zu fiskalischen Zwecken, die Anzeige des Kunden W._ erscheine "vorgeschoben" (zumal im Ersuchen keine weiteren Kunden genannt würden, die sich geschädigt fühlen könnten), und die ersuchende Behörde habe sich zwar für (fiskalisch relevante) Kundendaten interessiert, nicht aber für die (allenfalls betrugsrelevanten) konkreten Börsengeschäfte.
e) Zusammenfassend ergibt sich, dass sich der angefochtenen Entscheid mit den wesentlichen Einwänden der Beschwerdeführerin und den erheblichen rechtlichen und tatsächlichen Gesichtspunkten zur Frage der Zulässigkeit und allenfalls des Umfangs der Rechtshilfe nicht ausreichend auseinander setzt. Auf der Basis der genannten Erwägungen lässt sich die rechtshilfeweise Weiterleitung der Kundendossiers einer Finanzgesellschaft an die ersuchende Behörde nicht begründen. Auch im Verfahren vor Bundesgericht haben die zur Vernehmlassung eingeladenen kantonalen Behörden ihre Erwägungen nicht ergänzt. Angesichts der Schwere des Eingriffes in die wirtschaftlichen Interessen der Beschwerdeführerin verstösst der festgestellte weitere Verfahrensmangel gegen das rechtliche Gehör bzw. die verfassungsmässige Begründungspflicht (<ref-law>).
6.-Es fragt sich, ob die festgestellten Verfahrensfehler ausnahmsweise als "heilbar" angesehen werden können oder ob der angefochtene Entscheid aufzuheben und das Verfahren zu neuer Prüfung an die kantonalen Behörden zurückzuweisen ist.
a) Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes kann eine Gehörsverletzung im Rechtsmittelverfahren allenfalls "geheilt" werden, wenn es sich um eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung der Parteirechte handelt und der Betroffene Gelegenheit erhält, sich vor einer Rechtsmittelinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Die "Heilung" der Verletzung von Parteirechten soll aber die Ausnahme bleiben (<ref-ruling> E. 4a S. 183, 389 E. 5a S. 392; <ref-ruling> E. 6 S. 285; <ref-ruling> E. 2 S. 95 f., je mit Hinweisen; vgl. Lorenz Kneubühler, Gehörsverletzung und Heilung. Eine Untersuchung über die Rechtsfolgen von Verstössen gegen den Gehörsanspruch, insbesondere die Problematik der sogenannten "Heilung", ZBl 99/1998 S. 97 ff.). Ein schwerer Verfahrensmangel kann insbesondere im Falle einer Häufung von prozessualen Rechtsverletzungen gegeben sein (<ref-ruling> E. 4b S. 183 f.).
b) Wie aus den Erwägungen 3 - 5 hervorgeht, haben die kantonalen Behörden den Erlass einer Eintretensverfügung gemäss <ref-law> versäumt, <ref-law> verletzt, indem einem deutschen Ermittlungsbeamten vorzeitig unbeschränkte Akteneinsicht gewährt wurde, das Beschwerderecht gegen Zwischenverfügungen (gemäss <ref-law>) unterlaufen sowie den verfassungsmässigen Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör und ausreichende Begründung des Rechtshilfeentscheides (<ref-law>) verletzt.
Es liegen somit mehrfache und schwere Verstösse gegen Verfahrens- und Parteirechte vor, die im angefochtenen Entscheid nicht vollständig "geheilt" wurden und auch im Verwaltungsgerichtsverfahren vor Bundesgericht nicht "heilbar" sind. Dabei ist namentlich dem Umstand Rechnung zu tragen, dass die Schlussverfügung mangelhaft und lückenhaft erscheint, der massgebliche Sachverhalt durch die zuständigen kantonalen Behörden nicht hinreichend abgeklärt wurde und das Bundesgericht die Sachverhaltsfeststellung des Obergerichtes nicht frei prüfen kann, sondern nur hinsichtlich einer offensichtlichen Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit bzw. einer Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen (Art. 104 lit. b i.V.m. Art. 105 Abs. 2 OG und <ref-law>).
7.-Nach dem Gesagten ist der angefochtene Entscheid aus verfahrensrechtlichen Gründen aufzuheben, und die Rechtshilfesache ist zur Neubeurteilung an die kantonalen Behörden zurückzuweisen.
Diese haben das Vorliegen der Rechtshilfevoraussetzungen neu zu prüfen und ihren Entscheid genügend zu begründen.
Insbesondere ist zu prüfen, inwiefern sich aus dem Ersuchen ausreichende konkrete Hinweise auf einen Betrugsverdacht (arglistige Täuschung) ergeben. Im Falle einer grundsätzlichen Zulässigkeit der Rechtshilfe wäre weiter zu prüfen, in welchem Umfang Kundendossiers rechtshilfeweise übergeben werden könnten. Dabei müsste - im Sinne der obigen Erwägungen - dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit und dem Risiko einer unzulässigen Beweisausforschung Rechnung getragen werden. Eine allfällige Übergabe beschlagnahmter Geschäftsunterlagen an die ersuchende Behörde wäre - soweit zulässig - ausreichend zu begründen.
Im Falle der (teilweisen oder vollumfänglichen) Bewilligung der Rechtshilfe wäre sodann eine Ergänzung des Spezialitätsvorbehaltes zu prüfen. Wie in Erwägung 4 dargelegt, wurden vorzeitig Informationen an einen deutschen Ermittlungsbeamten weitergegeben. Es könnte sich daher aufdrängen, den ersuchenden Staat einzuladen, die nach schweizerischem Verfahrensrecht rechtswidrig erlangten Informationen im hängigen und in künftigen Straf- und Verwaltungsverfahren (insbesondere Steuerverfahren) nicht zu Beweiszwecken zu verwenden. Dies würde konkret bedeuten, dass die Kenntnisse, die Kriminal-Hauptkommissar P._ bei der Einsicht in die sichergestellten Akten am 21. Oktober 1999 erhielt, durch die deutschen Behörden nur in dem Ausmass verwendet werden könnten, als die Rechtshilfe sich als zulässig erwiese. Die Verletzung von <ref-law> wäre jedenfalls nur in dem Umfange "heilbar", als die Rechtshilfe nachträglich bewilligt werden kann.
8.- Nach dem Gesagten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben.
Gerichtskosten sind nicht zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Hingegen hat der Kanton Aargau der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin eine angemessene Parteientschädigung zu entrichten (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, und der Entscheid des Obergerichtes des Kantons Aargau vom 12. Januar 2000 wird aufgehoben. Die Angelegenheit wird zu neuer Entscheidung an das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, zurückgewiesen.
2.-Es werden keine Kosten erhoben.
3.-Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin eineParteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bezirksamt Baden, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, sowie dem Bundesamt für Polizei, Abteilung Internationale Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 8. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: