Sachverhalt:
A. Die Firma A._ AG hatte sich zur Durchführung der beruflichen Vorsorge der Winterthur-Columna, Stiftung für die berufliche Vorsorge, Winterthur (im Folgenden: Winterthur-Columna), angeschlossen. Im März 2004 wurde über die A._ AG der Konkurs eröffnet und das Verfahren in der Folge mangels Aktiven eingestellt. Weil die A._ AG nicht sämtliche Beiträge einbezahlt hatte, entstand der Winterthur-Columna ein Schaden von rund Fr. 60'000.-. Mit Schreiben vom 29. September 2004 teilte die Winterthur-Columna F._, der einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsratspräsident der A._ AG und zugleich bei der Winterthur-Columna versichert sowie Personalvertreter in der Personalvorsorgekommission war, mit, sie verwende seine Freizügigkeitsleistung (in Höhe von Fr. 57'322.20) zur Deckung der nicht vollständig einbezahlten Beiträge. Am 22. Juni 2005 verlangte F._ die Barauszahlung seiner Freizügigkeitsleistung zur Aufnahme einer selbstständigen Erwerbstätigkeit. Mit Eingabe vom 15. Juli 2005 ersuchte die Winterthur-Columna (auf Wunsch des F._) den Sicherheitsfonds BVG, Geschäftsstelle Bern, um Sicherstellung der Versichertenleistungen für die Angestellten der Firma A._ AG. Der Sicherheitsfonds BVG teilte F._ am 5. August 2005 mit, die Versichertenleistungen der Arbeitnehmer der A._ AG seien nach erfolgter Verrechnung gedeckt, weshalb die Voraussetzungen für eine Insolvenzleistung durch den Sicherheitsfonds BVG nicht erfüllt seien, und erliess am 26. Oktober 2005 eine entsprechende Verfügung zu Handen der Winterthur-Columna (welche auch F._ eröffnet wurde).
B. Hiegegen erhob F._ Rekurs bei der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterbliebenen- und Invalidenvorsorge, Lausanne. Diese lud die Winterthur-Columna zum Verfahren bei. Mit Entscheid vom 9. September 2009 hiess das in der Folge zuständig gewordene Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut, hob die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache an den Sicherheitsfonds BVG zurück, damit dieser das Gesuch um Sicherstellung der gesetzlichen Leistungen erneut prüfe und darüber entscheide. Sollte F._ die verrechnungsweise geltend gemachte Schadenersatzforderung erneut bestreiten, sei die Winterthur-Columna, Sammelstiftung 2. Säule, Zürich (c/o AXA Leben AG, Winterthur), anzuweisen, beim kantonalen Sozialversicherungsgericht Klage zu erheben betreffend die streitige Verrechnung, da allein dieses zuständig sei zum Entscheid über Verantwortlichkeitsansprüche. Am 23. Oktober 2009 stellte die AXA Stiftung für Berufliche Vorsorge, Winterthur (als Rechtsnachfolgerin der Winterthur-Columna; im Folgenden AXA) beim Bundesverwaltungsgericht das Gesuch, der Name der Beschwerdegegnerin im Entscheid vom 9. September 2009 sei auf AXA Stiftung berufliche Vorsorge, Winterthur, zu berichtigen.
C. Der Sicherheitsfonds BVG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des Entscheides vom 9. September 2009 sowie die Abweisung des Gesuchs um Sicherstellung der gesetzlichen und reglementarischen Leistungen des Versichertenkollektivs der A._ AG. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen.
Das Bundesverwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, die AXA beantragt deren Gutheissung. F._ verzichtet auf eine Stellungnahme und ersucht "um Entscheidfällung im Sinne des Urteils der Vorinstanz".

Erwägungen:
1. Gegen Beschwerdeentscheide des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der Aufsichtsbehörden im Bereich der beruflichen Vorsorge (Art. 61 f. und 74 BVG) ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an die II. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG; Art. 35 lit. e BGerR).
2. Der als Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne des BGG zu qualifizierende (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f.) Rückweisungsentscheid vom 9. September 2009 kann unter den Voraussetzungen des Art. 93 Abs. 1 BGG angefochten werden. Danach ist die Beschwerde gegen andere (d.h. nicht die Zuständigkeit oder Ausstandsbegehren betreffende [vgl. Art. 92 BGG]), selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können, oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Wird die Verwaltung durch einen kantonalen Rückweisungsentscheid gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen, hat dieser Entscheid für sie einen irreparablen Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zur Folge (<ref-ruling> E. 5.2 S. 483).
So verhält es sich hier: Nach den vorinstanzlichen Erwägungen hätte der Beschwerde führende Sicherheitsfonds, sofern der Beschwerdegegner die verrechnungsweise geltend gemachte Schadenersatzforderung weiterhin bestreite, über Art und Umfang der Sicherstellung zu entscheiden, obwohl ein solcher Entscheid seiner Auffassung nach Bundesrecht verletzt. Der kantonale Entscheid hat für ihn somit einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge und kann selbstständig angefochten werden. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
3. Beschwerdegegnerin ist nicht die Winterthur-Columna, Sammelstiftung 2. Säule, Zürich (heute: Columna Sammelstiftung Client Invest, Zürich), sondern die AXA Stiftung berufliche Vorsorge, Winterthur (im Folgenden: AXA), als Rechtsnachfolgerin der Winterthur-Columna Stiftung für die berufliche Vorsorge, Winterthur (vgl. Berichtigungsgesuch der AXA vom 23. Oktober 2009). Nachdem die Streitsache an das Bundesgericht gelangt ist, ist dieses infolge des Devolutiveffekts auch zuständig zur Berichtigung, die nach Art. 48 Abs. 1 VGG dem Bundesverwaltungsgericht obliegen würde. Angesichts des Ausgangs des Verfahrens erübrigt sich eine Berichtigung des vorinstanzlichen Urteils.
4. 4.1 Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Beschwerde eingetreten ist.
4.2 Antragstellerin für Leistungen nach Art. 56 Abs. 1 lit. b BVG ist die zahlungsunfähig gewordene Vorsorgeeinrichtung bzw. der Rechtsträger des Versichertenkollektivs (Art. 24 Abs. 1 SFV), vorliegend die AXA, die (bzw. deren Rechtsvorgängerin) denn auch beim Beschwerde führenden Sicherheitsfonds BVG ein solches Gesuch gestellt hat. Streitgegenstand war die Frage, ob dieser eine Sicherstellung leistet. Auch wenn der Sicherheitsfonds den Beschwerdegegner in das Verfahren einbezogen hat, konnte er nur über diesen Streitgegenstand entscheiden. Wenn er das Gesuch mit der Begründung abwies, die damalige Winterthur-Columna habe einen verrechenbaren Verantwortlichkeitsanspruch gegenüber dem Beschwerdegegner, so ändert dies nichts am Streitgegenstand; es wurde damit nicht ein solcher Anspruch rechtsverbindlich festgestellt, sondern diese Frage nur vorfrageweise geprüft.
4.3 Nur der Beschwerdegegner hat die Verfügung angefochten. Die Vorinstanz hat ihn als Destinatär der AXA und ehemaliges PVK-Mitglied als legitimiert betrachtet. Zu Unrecht:
4.3.1 Materieller Verfügungsadressat und damit grundsätzlich zur Beschwerde gegen die Verfügung legitimiert ist, wer aus dem durch die Verfügung geregelten (öffentlich-rechtlichen) Rechtsverhältnis berechtigt oder verpflichtet wird (vgl. Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. A., Bern 1983, S. 148). Leistungen des Sicherheitsfonds BVG beantragen kann ausschliesslich die zahlungsunfähig gewordene Vorsorgeeinrichtung oder die Rechtsträgerin des insolvent gewordenen Versichertenkollektivs (Art. 24 Abs. 1 SFV). Der Sicherheitsfonds BVG leistet die Sicherheit zweckgebunden zugunsten der zahlungsunfähigen Vorsorgeeinrichtung (Art. 26 Abs. 3 Satz 1 SFV). In Frage kommt für den Beschwerdegegner somit lediglich eine Drittbeschwerdelegitimation pro Adressat. Eine solche wird indes ausserhalb förmlicher gesetzlicher Anerkennung nur bejaht, wenn der Dritte ein selbstständiges, eigenes Rechtsschutzinteresse an der Beschwerdeführung hat (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 387 f., 134 V 153 E. 5.3 S. 157, in <ref-ruling> nicht publizierte E. 4.3.3 [Urteil H 212/06 vom 25. Januar 2007]). Hiefür muss dem Dritten aus der streitigen Verfügung ein unmittelbarer Nachteil erwachsen; bloss mittelbare, faktische Interessen an der Aufhebung oder Änderung der Verfügung reichen nicht aus (vgl. Urteil 260/2009 vom 6. Oktober 2009 E. 4.2 mit Hinweisen). Wenn der Beschwerde führende Sicherheitsfonds BVG die Sicherstellung ablehnte mit der Begründung, die AXA habe einen verrechenbaren Schadenersatzanspruch gegenüber dem Beschwerdegegner, so wird damit nicht rechtsverbindlich ein solcher Anspruch oder seine Verrechenbarkeit bejaht; dazu wäre der Sicherheitsfonds von vornherein gar nicht zuständig, wie die Vorinstanz mit Recht erwog. Der Beschwerdegegner erleidet aus der Verfügung somit keinen unmittelbaren Nachteil, die Beschwerdelegitimation (auch als formeller Verfügungsadressat) fehlt.
4.3.2 Soweit es sich um einen verfügbaren Gegenstand handelt, kann ein Drittbeschwerdeführer zudem auch nicht an Stelle des Adressaten über den Streitgegenstand verfügen (vgl. Häner, Die Beteiligten im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, Zürich 2000, S. 355 f.; Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 29 zu Art. 89; Marantelli-Sonanini/Huber, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zürich 2009, N 34 zu Art. 48). Die Vorsorgeeinrichtung hat nicht nur selber die Verfügung des Sicherheitsfonds nicht angefochten, sondern im Rahmen ihrer vorinstanzlichen Vernehmlassung ausdrücklich den Antrag gestellt, die Beschwerde sei abzuweisen, und sich vollumfänglich bzw. mit wenigen Ergänzungen den Ausführungen des Sicherheitsfonds angeschlossen. Sie hat damit zum Ausdruck gebracht, dass sie die Sicherheitsleistungen, die sie ursprünglich beantragt hat, nicht mehr will. Unter diesen Umständen konnte der Beschwerdegegner kein schutzwürdiges Rechtsschutzinteresse daran haben, dass der Sicherheitsfonds dennoch der Vorsorgeeinrichtung Leistungen erbringt.
4.4 Das kantonale Gericht hätte somit mangels Legitimation des Beschwerdegegners auf die Beschwerde nicht eintreten dürfen.
5. Der angefochtene Entscheid trifft auch in der Sache nicht zu:
5.1 Der Beschwerde führende Sicherheitsfonds hat sich entgegen der vorinstanzlichen Darstellung nicht Befugnisse angemasst, die ihm nicht zustehen. Er hat lediglich im Rahmen der ihm obliegenden Prüfung, ob das Vorsorgewerk zahlungsunfähig sei, erwogen, infolge der von der AXA vorgenommenen Verrechnung bestehe gar keine Zahlungsunfähigkeit mehr. Dafür war er zuständig (Art. 20 Abs. 3 SFV). Dass die AXA Verrechnung geltend gemacht hat, wird als Tatsache vom Beschwerdegegner nicht bestritten und von der AXA bestätigt. Umstritten ist die Rechtmässigkeit des verrechnungsweise geltend gemachten Anspruchs sowie der Verrechnung als solcher. Diese Frage ist indes im Streitfall von dem nach Art. 73 BVG zuständigen Gericht zu beurteilen, wobei infolge der vorgenommenen Verrechnung die Klägerrolle beim Beschwerdegegner läge, der die Auszahlung seiner verrechneten Freizügigkeitsleistung einklagen müsste. Solange ein entsprechendes Leistungsurteil gegen das Vorsorgewerk nicht ergangen ist, fehlt es an dessen Zahlungsunfähigkeit.
5.2 Entgegen der Auffassung der Vorinstanz war der Beschwerde führende Sicherheitsfonds auch nicht verpflichtet, die AXA anzuweisen, Klage gegen den Beschwerdegegner zu erheben und inzwischen das Gesuch pendent zu lassen. Zunächst kann der Sicherheitsfonds einer Vorsorgeeinrichtung keine Anweisungen erteilen, sondern er hat nur zu beurteilen, ob das Vorsorgewerk zahlungsunfähig ist. Weiter obläge die Klägerrolle nicht der Vorsorgeeinrichtung, sondern dem Beschwerdegegner (E. 5.1), und schliesslich ist nicht ersichtlich, weshalb der Sicherheitsfonds das Gesuch pendent lassen sollte bis zur Erledigung des Streits über die Verantwortlichkeitsansprüche: Der Sicherheitsfonds hat bei Eingang eines Gesuchs zu beurteilen, ob die Vorsorgeeinrichtung in jenem Zeitpunkt zahlungsunfähig ist und entsprechend zu entscheiden. Ein solcher Entscheid wird nicht materiell rechtskräftig in Bezug auf künftige Gesuche. Ändert sich im weiteren Verlauf die finanzielle Lage des Vorsorgewerks (z.B. weil der Beschwerdegegner erfolgreich auf Auszahlung seines Freizügigkeitsguthabens klagt und die zur Verrechnung gebrachte Schadenersatzforderung oder die Rechtmässigkeit der Verrechnung verneint wird), kann es jederzeit ein neues Gesuch stellen, über das aufgrund der dannzumal bestehenden finanziellen Lage zu entscheiden sein wird.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde begründet und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Der unterliegende Beschwerdegegner hat die Kosten des Verfahrens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. September 2009 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3000.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Dezember 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle