Sachverhalt:
A. Gemäss Mietvertrag vom 15. November 1993 vermietete die Y._ AG (Vermieterin) der X._ AG (Mieterin) zur Führung einer Autospenglerei und Spritzwerkstatt eine überdachte Fläche und Aussenabstellflächen an der F._strasse 35a in G._.
Nachdem zwischen den Parteien Streit darüber entstanden war, ob Mietereinbauten bestanden und welche Partei die erforderlichen Bewilligungen einzuholen habe, kündigte die Vermieterin mit Einschreiben vom 16. Dezember 2003 das Mietverhältnis per 31. Dezember 2004. Die Mieterin focht die Kündigung bei der zuständigen Schlichtungsbehörde an.
Am 4. Mai 2004 wurden bei einer feuerpolizeilichen Kontrolle des Mietobjekts diverse zu behebende Mängel und bewilligungspflichtige Einbauten festgestellt.
Noch vor Durchführung einer Schlichtungsverhandlung konnten die Parteien ihren Streit gütlich beilegen, indem sie sich am 9. März 2004 auf einen neuen Mietvertrag einigten. Dieser ersetzte ab dem 1. April 2004 die bestehenden Mietverträge. Im Anhang I sicherte die Vermieterin zu, den von der Mieterin bereits realisierten und auf der beiliegenden Planbeilage rot eingezeichneten Mieterbauten (ein Büro, zwei Spritzkabinen einschliesslich dachdurchdringende Abluft, zwei Öltanks und diverse Zwischenböden inkl. Treppen) schriftlich zuzustimmen, sofern diese behördlich genehmigt würden. Die Mieterin verpflichtete sich, diese Bewilligungen innert drei Monaten nach Mietbeginn einzuholen.
Mit Verfügung vom 23. September 2004 bewilligte der Hochbauvorstand der Gemeinde G._ den damaligen baulichen Zustand des Mietobjekts mit der Auflage, bis zum 31. Dezember 2004 die bei der Abnahme festgestellten feuerpolizeilichen Mängel gemäss dem Protokoll der A._ Brandschutzberatungen vom 20. September 2004 zu beheben. Am 15. Oktober 2004 sandte die Vermieterin die Verfügung vom 23. September 2004 an die Mieterin und forderte diese auf, die im beigelegten Protokoll unter den Punkten 4.12 bis 4.16 aufgeführten Mängel in der gesetzten Frist zu beheben.
Mit Einschreiben vom 16. August 2007 setze die Vermieterin der Mieterin eine Frist von 60 Tagen, um die sie betreffenden Arbeiten zu erledigen bzw. die Bewilligungen gemäss den Punkten 4.12 bis 4.17 der Abnahmekontrolle vom 4. Mai 2004 beizubringen.
In ihrem anwaltlichen Schreiben vom 26. September 2007 legte die Mieterin dar, welche der behördlich verlangten Arbeiten von ihr auszuführen seien. Sie gab an, die Handfeuerlöscher seien bereits revidiert und die übrigen Arbeiten in Auftrag gegeben worden oder würden noch in derselben Woche in Auftrag gegeben. Aufgrund mangelnder Verfügbarkeit der entsprechenden Unternehmen würden nicht alle Arbeiten innert Frist erledigt werden können, weshalb die Mieterin um Erstreckung der Frist bis Ende Januar 2008 ersuche. Weiter beanstandete die Mieterin die Raumtemperatur unter 16-19 Grad Celsius sowie die im Protokoll Nr. 04-35 unter den Ziffern 4.124, 4.15.2, 4.16.2 und 4.17.3 beschriebenen Anforderungen als Mängel des Mietobjekts, welche von der Vermieterin zu beheben seien.
In ihrer Stellungnahme vom 12. Oktober 2007 verlängerte die Vermieterin die der Mieterin gesetzte Frist bis zum 31. Oktober 2007 und im Schreiben vom 15. Oktober 2007 letztmals bis zum 15. November 2007.
Nachdem die Mieterin mit E-Mail vom 12. Dezember 2007 der Vermieterin mitgeteilt hatte, ihr Bewilligungsgesuch sei bei den Behörden nach wie vor pendent, eine Beantwortung des Gesuchs könne nicht vor Ende Januar 2008 erwartet werden, kündigte die Vermieterin das Mietverhältnis mit amtlichem Formular vom 19. Dezember 2007 per 31. März 2009. Zur Begründung gab sie am 4. Januar 2008 an, sie wolle das Mietobjekt einem anderen Mieter zur Verfügung stellen, der sich an den Vertrag und an die öffentlichrechtlichen Vorschriften halte.
Mit Eingabe vom 17. Januar 2008 beantragte die Mieterin bei der paritätischen Schlichtungsbehörde in Mietsachen des Bezirkes Dielsdorf, die Kündigung sei für ungültig zu erklären, eventuell sei das Mietverhältnis erstmalig für die Dauer von vier Jahren zu erstrecken. Nach erfolgloser Schlichtungsverhandlung erklärte die Schlichtungsbehörde am 6. Juni 2008 die Kündigung für ungültig.
B. Die Vermieterin (Klägerin) klagte am 5. August 2008 beim Mietgericht des Bezirks Dielsdorf mit den Begehren, die Kündigung sei für gültig zu erklären und das Mieterstreckungsbegehren der Mieterin (Beklagte) sei abzuweisen. Das Mietgericht wies mit Urteil vom 28. Oktober 2008 die Klage ab und stellte die Ungültigkeit der Kündigung vom 19. Dezember 2007 fest.
Auf Berufung der Klägerin hin erklärte das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 30. Juni 2009 die Kündigung des Mietverhältnisses zwischen den Parteien per 31. März 2009 für gültig und erstreckte das Mietverhältnis letztmals bis zum 30. Juni 2010. Eine dagegen von der Beklagten erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 28. Dezember 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Die Beklagte (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Begehren, den Beschluss des Obergerichts vom 30. Juni 2009 aufzuheben und festzustellen, dass die Kündigung des Mietverhältnisses zwischen den Parteien per 31. März 2009 ungültig sei. Eventuell sei der Beschluss des Obergerichts aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventuell sei der Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts vom 30. Juni 2009 aufzuheben und zu neuem Entscheid an das Kassationsgericht zurückzuweisen. Subsubeventuell sei Ziff. 3 des Beschlusses des Obergerichts aufzuheben und das Mietverhältnis zwischen den Parteien erstmals bis zum 31. März 2013 zu erstrecken.
Weiter ersuchte die Beschwerdeführerin darum, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Diesem Gesuch wurde mit Präsidialverfügung vom 18. Februar 2010 entsprochen.
Die Klägerin (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Ober- und das Kassationsgericht verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegenstand des Verfahrens bildet eine Zivilsache (<ref-law>). Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht vollständig geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 15'000.-- (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law> i.V.m. Art. 44 f. BGG).
1.2 Weiter setzt die Beschwerde in Zivilsachen voraus, dass das angefochtene Urteil letztinstanzlich ist (<ref-law>). Dabei ist zu beachten, dass der Beschluss des Obergerichts mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde nach <ref-law>/ZH beim Kassationsgericht des Kantons Zürich angefochten werden konnte, was die Beschwerdeführerin auch tat. Der Beschluss des Obergerichts ist daher insoweit nicht letztinstanzlich, als er vom Kassationsgericht hätte überprüft werden können. Dies trifft auf Rügen der Verletzung von Art. 8, 9, 29 oder 30 BV oder von Art. 6 EMRK zu (<ref-law>/ZH; vgl. dazu Urteil 5A_395/2009 vom 8. März 2010 E. 1.2.1 mit Hinweisen). Als Verletzung des Willkürverbots gemäss <ref-law> kann das Kassationsgericht die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung prüfen (Beschluss des Kassationsgerichts vom 6. März 2008, publ. in: ZR 107/2008, Nr. 21 S. 65 ff., 76). Der Beschluss des Obergerichts ist daher bezüglich der direkt dagegen gerichteten Rügen der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung und der Verletzung des rechtlichen Gehörs gemäss <ref-law> und von Art. 6 EMRK nicht letztinstanzlich. Auf diese Rügen ist somit nicht einzutreten. Dies gilt namentlich bezüglich der Rügen, das Obergericht habe gegen kantonales Recht verstossen, indem es direkt über das Erstreckungsgesuch entschieden habe und die entsprechenden Erwägungen beruhten auf willkürlichen tatsächlichen Feststellungen.
1.3 Die Nichtigkeitsbeschwerde ist grundsätzlich ausgeschlossen, wenn das Bundesgericht frei überprüfen kann, ob der geltend gemachte Mangel vorliege (§ 285 Abs. 1 und 2 ZPO/ZH). Dies betrifft Rügen der Verletzung von Bundeszivilrecht, weshalb hinsichtlich solcher Rügen der Beschluss des Obergerichts letztinstanzlich ist (vgl. Urteil 4A_398/2008 vom 18. Dezember 2008, E. 1.2.2).
1.4 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss daher anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweise).
Da die Beschwerdeführerin gleichzeitig den Beschluss des Kassationsgerichts und das Urteil des Obergerichts anficht, muss aus ihrer Beschwerde klar hervorgehen, gegen welchen Entscheid sich ihre einzelnen Rügen richten. Artikel 100 Abs. 6 BGG beschlägt lediglich den Fristbeginn für den Weiterzug an das Bundesgericht und erlaubt keine Vermengung von Rügen gegen zwei verschiedene Entscheide (Urteil 5A_440/2008 vom 19. März 2009 E. 2.2.1). Demnach ist nicht auf die Beschwerde einzutreten, soweit die Beschwerdeführerin bereits in ihrer Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts gerichtete Rügen wiederholt, ohne auf die entsprechenden Erwägungen des Kassationsgericht einzugehen und aufzuzeigen, inwiefern dieses Grundrechte verletzen soll (<ref-ruling> E. 2.3 S. 246 f.). Dies gilt namentlich bezüglich der Rüge, die Feststellung des Obergerichts, die Beschwerdeführerin habe die ihr nach dem 16. August 2007 zur Verfügung stehende Zeit nicht ausreichend genutzt, sei willkürlich und beruhe auf einer Verletzung des rechtlichen Gehörs. Ungenügend begründet ist auch die Rüge, das Kassationsgericht habe zu Unrecht die Aktenwidrigkeit der Feststellung verneint, wonach die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der Kündigung nicht allen vertraglichen Verpflichtungen bezüglich der Erfüllung der Auflagen nachgekommen sei.
1.5 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). So verhält es sich etwa, wenn die Vorinstanz ihr Urteil unerwartet auf einen Rechtstitel stützt, der im Verfahren nicht thematisiert wurde und damit Sachumstände erst durch den angefochtenen Entscheid Rechtserheblichkeit gewinnen (Ulrich Meyer, Basler Kommentar, BGG, 2008, N. 47 zu <ref-law>; Urteil 8C_184/2009 vom 25. August 2009 E. 4.3.1). Dies trifft auf die bereits vor Obergericht zur Diskussion stehende Frage der Standortgebundenheit des Betriebes der Beschwerdeführerin nicht zu, weshalb ihr Novum, sie würde die Fahrzeuge beim Autovermieter holen und nach der Reparatur wieder zurückbringen, nicht zu hören ist.
2. 2.1 Bei der Miete von Wohn- und Geschäftsräumen ist die Kündigung anfechtbar, wenn sie gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstösst (<ref-law>). Die Kündigung muss auf Verlangen begründet werden (<ref-law>). Allgemein gilt eine Kündigung als treuwidrig, wenn sie ohne objektives, ernsthaftes und schützenswertes Interesse ausgesprochen wird. Eine Kündigung verstösst namentlich gegen Treu und Glauben, wenn die angegebene Begründung offensichtlich bloss vorgeschoben ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 119). Bezüglich der Kündigung durch den Vermieter werden in <ref-law> beispielhaft Kündigungsgründe genannt, welche mit dem Grundsatz von Treu und Glauben nicht vereinbar sind. So ist gemäss <ref-law> eine Kündigung anfechtbar, wenn sie ausgesprochen wird, weil der Mieter nach Treu und Glauben Ansprüche aus dem Mietverhältnis geltend macht. Die Feststellung des Kündigungsgrundes bzw. -motivs betrifft eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 2b S. 486; <ref-ruling> E. 3b S. 462).
2.2 Das Obergericht kam zum Ergebnis, die Beschwerdegegnerin habe die Kündigung ausgesprochen, weil die Beschwerdeführerin sich nicht an den Vertrag und die öffentlichrechtlichen Vorschriften gehalten habe. Dagegen sei nicht anzunehmen, das wahre Kündigungsmotiv sei Rache für die Geltendmachung von Mängeln im Schreiben vom 26. September 2007 gewesen.
2.3 Das Kassationsgericht trat auf die in diesem Zusammenhang erhobene Rüge der willkürlichen und aktenwidrigen Feststellungen nicht ein, weil es annahm, die Beschwerdeführerin habe sich in der Nichtigkeitsbeschwerde nicht mit den tatsächlichen Feststellungen des Obergerichts im angefochtenen Urteil auseinandergesetzt.
2.4 Vor Bundesgericht wendet die Beschwerdeführerin ein, sie habe in der Kassationsbeschwerde (Rz. 31-32) vorgebracht, der Beschluss des Obergerichts sei willkürlich, weil es nicht sämtliche geltend gemachten Indizien gewürdigt habe. Es treffe daher nicht zu, dass sich die Beschwerdeführerin nicht mit den tatsächlichen Feststellungen des Obergerichts auseinandergesetzt habe.
2.5 Die Beschwerdeführerin legt jedoch an der angeführten Stelle der Nichtigkeitsbeschwerde nicht dar, weshalb die Argumentation des Obergerichts unhaltbar sein soll. Damit konnte das Kassationsgericht insoweit willkürfrei das Vorliegen einer rechtsgenüglich begründeten Rüge verneinen.
2.6 Auf die Rüge, das Obergericht sei mit der Verneinung des Kausalzusammenhangs zwischen der Mängelrüge vom 26. September 2007 und der Kündigung in Willkür verfallen, ist mangels Letztinstanzlichkeit nicht einzutreten. Damit ist die Feststellung des Obergerichts, dass die Beschwerdegegnerin nicht deshalb kündigte, weil die Beschwerdeführerin Mängel der Mietsache geltend gemacht hatte, für das Bundesgericht verbindlich. Insoweit ist keine Verletzung von <ref-law> gegeben.
3. 3.1 Das Obergericht erwog, eine an sich zulässige ordentliche Kündigung wegen Vertragsverletzungen der Mieterin könne missbräuchlich sein, wenn die Vermieterin diese Verletzungen während längerer Zeit widerspruchslos geduldet habe und die Berufung darauf damit als widersprüchliches Verhalten erscheine. Im vorliegenden Fall stehe fest, dass die Parteien immer wieder über die Erfüllung der Auflagen gesprochen hätten. Umstritten sei dagegen, ob die Beschwerdegegnerin die Beschwerdeführerin diesbezüglich mündlich ermahnt habe. Die Frage könne jedoch offen bleiben, da bei einer ordentlichen Kündigung keine vorgängige Abmahnung erforderlich sei. Selbst wenn gemäss der Darstellung der Beschwerdeführerin angenommen würde, die Vertreterin der Beschwerdegegnerin habe anfänglich erklärt, die Erfüllung der Auflagen eile nicht, habe die Beschwerdegegnerin spätestens mit der schriftlichen Fristansetzung vom 16. August 2007 zum Ausdruck gebracht, dass sie ein zügiges Vorgehen verlange und ein weiteres Zuwarten nicht mehr dulden werde. Der Beschwerdegegnerin könne damit nicht vorgeworfen werden, sie habe die Situation zuerst geduldet und dann - ohne jegliche Ankündigung - unvermittelt das Mietverhältnis beendet.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das Obergericht hätte nicht offen lassen dürfen, ob ihr die Beschwerdegegnerin bezüglich der Erfüllung der Auflagen zeitlichen Aufschub gewährt habe, weil darin eine widerspruchslose Duldung der behaupteten Vertragsverletzung über längere Zeit läge und die nachträglich Berufung auf diese Verletzung widersprüchlich sei.
3.3 Auch gemäss der Darstellung der Beschwerdeführerin hat jedoch die Beschwerdegegnerin die bereits im Oktober 2004 verlangte Umsetzung der Auflagen - über welche immer wieder gesprochen wurde - höchstens zeitlich aufgeschoben bzw. "gestundet" und damit den vertragswidrigen Zustand erkennbar nur vorübergehend hingenommen, weshalb die spätere Fristansetzung nicht als widersprüchliches Verhalten qualifiziert werden kann. Dabei ist nicht entscheiderheblich, ob die Beschwerdegegnerin zunächst ausführte, die Umsetzung der Auflagen eile nicht. Demnach hat das Obergericht bundesrechtskonform erkannt, die Kündigung sei nicht rechtsmissbräuchlich.
4. 4.1 Das Obergericht hat das Eventualbegehren der Beschwerdeführerin, die Sache sei zum Entscheid über das Erstreckungsbegehren an das Mietgericht zurückzuweisen, unter Berufung auf <ref-law>/ZH abgelehnt und selber über die Erstreckung entschieden.
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das Obergericht habe damit gegen das <ref-law> zu Grunde liegenden Prinzip der "double instance" verstossen.
4.3 Die Beschwerdeführerin kann sich jedoch nicht auf den aus <ref-law> abgeleiteten doppelten Instanzenzug berufen, weil diese Bestimmung von den Kantonen erst mit der Einführung der Schweizerischen Zivilprozessordnung umzusetzen ist (<ref-law>; Urteil 4A_315/2009 vom 8. Oktober 2009 E. 1.1). Damit kann offen bleiben, ob <ref-law> der oberen kantonale Instanz untersagt, über ein von der unteren Instanz nicht behandeltes Rechtsbegehren selbst zu entscheiden.
5. 5.1 Sodann rügt die Beschwerdeführerin, das Obergericht habe beim Entscheid über die Erstreckung <ref-law> missachtet, der das Gericht verpflichte, sein Fragerecht auszuüben und sich über die Vollständigkeit der Behauptungen und Beweise zu versichern, wenn diesbezüglich ernsthafte Zweifel bestehen.
5.2 Die Beschwerdeführerin legt jedoch nicht dar, weshalb das Obergericht an der Vollständigkeit der Behauptungen und Beweise der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin hätte zweifeln sollen. Eine Verletzung der aus <ref-law> abgeleiteten Fragepflicht ist somit nicht ersichtlich.
6.1 6.1.1 Der Mieter kann die Erstreckung des Mietverhältnisses verlangen, wenn die Beendigung der Miete für ihn oder seine Familie eine Härte zur Folge hätte, die durch die Interessen des Vermieters nicht zu rechtfertigen wäre (<ref-law>). Bei Geschäftsmieten kann eine Härte entstehen, wenn der Umzug innert der ordentlichen Kündigungsfrist nicht möglich ist, weil im neuen Mietobjekt zeitraubende Anpassungsarbeiten nötig sind, für die unter Umständen sogar behördliche Bewilligungen vorliegen müssen (LACHAT UND ANDERE, Das Mietrecht für die Praxis, 8. Aufl. 2009, S. 641 Rz. 30/5.2). Insoweit kann als härtebegründend berücksichtigt werden, dass die Kündigung zur Gefährdung des Betriebs der Mieterin und damit zum Verlust von Arbeitsplätzen führen könnte (vgl. 4C.343/2004 vom 23. Dezember 2004 E. 4.3, übersetzt publ. in: mp 2005, S. 100 ff., 107; ROGER WEBER, in: Basler Kommentar, OR I, 4. Aufl. 2007, N. 4a zu <ref-law>; vgl. auch LACHAT UND ANDERE, a.a.O., S. 641 Rz. 30/5.2). Bei der Interessenabwägung berücksichtigt die zuständige Behörde insbesondere die Umstände des Vertragsschlusses und den Inhalt des Vertrages, die Dauer des Mietverhältnisses, die persönlichen, familiären und wirtschaftlichen Verhältnisse der Parteien und deren Verhalten, einen allfälligen Eigenbedarf des Vermieters für sich, nahe Verwandte oder Verschwägerte sowie die Dringlichkeit dieses Bedarfs und die Verhältnisse auf dem örtlichen Markt für Wohn- und Geschäftsräume (<ref-law>). Die Dauer der Erstreckung beträgt für Geschäftsräume höchstens sechs Jahre. Im Rahmen der Höchstdauer können eine oder zwei Erstreckungen gewährt werden (<ref-law>). Verlangt der Mieter eine zweite Erstreckung, so berücksichtigt die zuständige Behörde auch, ob er zur Abwendung der Härte alles unternommen hat, was ihm zuzumuten war (<ref-law>). Zu den zumutbaren Bemühungen gehört namentlich die Suche nach Ersatzobjekten. Nach der Rechtsprechung sind Suchbemühungen bereits im Ersterstreckungsverfahren zu berücksichtigen (vgl. <ref-ruling> E. 4c; <ref-ruling> E. 3a). Solche Bemühungen können jedoch nur beschränkt erwartet werden, wenn der Mieter die Kündigung mit Aussicht auf Erfolg angefochten hat (Urteil 4C.343/2004 vom 11. Dezember 2004, E. 4.2, übersetzt publ. in: mp 2005 S. 100 ff., 106; Urteil 4C.267/2002 vom 18. November 2002 E. 3; WEBER, a.a.O., N. 13 zu <ref-law>). Ist anzunehmen, der Mieter würde auch künftig seine vertraglichen Verpflichtungen verletzen, spricht dies gegen eine Erstreckung (Urteil 4C.226/2000 vom 6. Februar 2001 E. 2d, übersetzt publ. in: mp 2001, S. 215 f.).
6.1.2 Die Frage, ob eine erstmalige oder definitive Erstreckung zu gewähren ist, ist aufgrund einer Abwägung der Interessen der Parteien im Einzelfall zu beantworten, weshalb nicht allgemein von einem Regel-Ausnahmeverhältnis gesprochen werden kann (Urteil 4A_105/2009 vom 5. Juni 2009 E. 3.2 mit Hinweis). Gemäss Rechtsprechung und Lehre ist eine einmalige Erstreckung angezeigt, wenn im Zeitpunkt des Entscheids über das erste Erstreckungsbegehren klar ist, auf welchen Zeitpunkt hin der Mieter eine Ersatzlösung finden wird oder wenn dem Vermieter selbst im Falle des möglichen Fortbestandes der Härte für den Mieter eine weitere Erstreckung - z.B. wegen Eigenbedarfs - nicht mehr zugemutet werden kann (Urteil 4C.266/1993 vom 5. Januar 1994 E. 5b, publ. in: MRA 1995, S. 39 ff., 42; LACHAT UND ANDERE, a.a.O., S. 653 Rz. 30/8.5; SVIT-Kommentar, Mietrecht, 3. Aufl. 2008, N. 4 f. zu <ref-law>; WEBER, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; HIGI, in: Zürcher Kommentar, Bd. V, 2b, 4, 4. Aufl. 1996, N. 42 zu <ref-law>; IRÈNE SPIRIG, Grundsätze im Erstreckungsrecht, mp 2008, S. 199 ff., 215 f.). Dagegen spricht für eine erstmalige Erstreckung, dass nur schwer abgeschätzt werden kann, ob innert der gewährten Erstreckung ein geeignetes Ersatzobjekt gefunden werden kann und - namentlich unter Berücksichtigung der Suchbemühungen des Mieters - zu einem späteren Zeitpunkt mit Blick auf die örtlichen Verhältnisse auf dem Immobilienmarkt zusätzliche Anhaltspunkte zu erwarten sind (SVIT-Kommentar, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>; HIGI, a.a.O., N. 35 zu <ref-law>; vgl. auch LACHAT UND ANDERE, a.a.O., S. 653 Rz. 30./8.4). Dies kann namentlich zutreffen, wenn Ersatzobjekte bestimmte Eigenschaften - wie z.B. eine besondere Höhe einer Montagehalle - aufweisen müssen, welche nicht oft angeboten werden. Allenfalls kann der Ausschluss einer Zweiterstreckung durch eine lange Erstreckungsdauer ausgeglichen werden (SPIRIG, a.a.O., S. 214 f.).
6.1.3 Den Gerichten steht bezüglich der Art und Dauer der Erstreckung ein Ermessensspielraum zu (Urteil 4A_105/2009 vom 5. Juni 2009 E. 3.2 mit Hinweisen). Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht mit Zurückhaltung und greift nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2 S. 123 f. mit Hinweisen).
6.2 Das Obergericht ging davon aus, die Kündigung führe für die Beschwerdeführerin zu einer Härte, da das streitbetroffene Objekt eine Nutzfläche von rund 1'400 m2 aufweise und die Suche nach einem Objekt, das dem Platzbedarf der Beschwerdeführerin entspricht und bestimmte Lärmemissionen zulässt, mit einem gewissen Zeitaufwand verbunden sei. Nach den Angaben der Beschwerdeführerin seien beim Flughafen Zürich ansässige Autovermieter ihre wesentlichen Kunden. Eine Laufkundschaft habe sie nicht. Das Ersatzobjekt könne somit innerhalb eines grösseren Umkreises um den Flughafen liegen. Die Beschwerdegegnerin habe an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung drei Inserate von Objekten vorgelegt, welche dem Suchprofil der Beschwerdeführerin in weiten Teilen entsprochen hätten. Besondere Schwierigkeiten aufgrund einer prekären Marktsituation lägen damit nicht vor. Die Suche nach Ersatzobjekten werde auf Grund der finanziellen Möglichkeiten der Beschwerdeführerin nicht erschwert, da sie einen Mietzins von Fr. 16'963.35 pro Monat zu bezahlen vermöge. Unabhängig davon, ob das Mietverhältnis seit 1993 oder 1998 bestehe, sei der Beschwerdeführerin eine gewisse Ortsverbundenheit zu bescheinigen. Dass die Beschwerdeführerin bis zur Schlichtungsverhandlung keine Suchbemühungen unternommen habe, stehe einer Erstreckung nicht entgegen. Da die Kündigung von der Beschwerdeführerin zunächst erfolgreich angefochten worden sei, müsse diese erst nach dem obergerichtlichen Entscheid über die Gültigkeit der Kündigung mit der Suche nach Ersatzobjekten beginnen. Das Interesse der Beschwerdeführerin sei der Weiterbestand ihres Betriebes und damit auch die Sicherung der wirtschaftlichen Existenz ihres Eigentümers und ihrer Mitarbeiter. Dieses Interesse sei etwa gleichwertig wie das Interesse der Beschwerdegegnerin, in Zukunft eine vertragstreue Partei in ihren Räumlichkeiten zu wissen, die auch öffentlichrechtliche Vorschriften beachte, ohne dass sie mit Vehemenz dazu angehalten werden müsse. Zu Gunsten der Beschwerdeführerin sei festzuhalten, dass die Beschwerdegegnerin anerkannt habe, dass seit September 2008 die behördlichen Auflagen weitgehend erfüllt seien. Es sei daher eine Erstreckung zu gewähren. Bezüglich deren Bemessung sei zu berücksichtigen, dass die Beschwerdeführerin - nachdem die Kündigung mit dem Urteilsdatum als gültig erklärt worden sei - einige Zeit benötige, um ein geeignetes Ersatzobjekt zu finden. Angesichts dessen, dass die Beschwerdeführerin die Kündigung selbst verschuldet habe, über ausreichende finanzielle Mittel verfüge, um die Suche nach einem Ersatzobjekt zu beschleunigen und keine schwierige Marktsituation vorliege, genüge eine letztmalige Erstreckung von einem Jahr ab dem Urteilsdatum.
6.3 Die Beschwerdeführerin rügt zusammengefasst, das Obergericht habe bei der Gewährung einer definitiven Erstreckung von sehr kurzer Dauer das ihm zustehende Ermessen überschritten, indem es nach anerkannten Grundsätze massgebende Umständen nicht beachtet habe. Der Interessenlage der Parteien sei eine erste Erstreckung bis zum 31. März 2013 angemessen.
6.4 Die Gültigkeit der Kündigung per 31. März 2009 wurde erstmals am 30. Juni 2009 durch das Obergericht festgestellt. Dieses hat daher aus dem Umstand, dass die Suche nach einem Ersatzobjekt, das dem Platzbedarf der Beschwerdeführerin entspricht und Lärmemissionen zulässt, mit einem gewissen Zeitaufwand verbunden ist, zu Recht abgeleitet, die Kündigung bewirke für die Beschwerdeführerin eine Härte, welche eine Erstreckung rechtfertige. Das Interesse der Beschwerdeführerin daran ist gewichtig, zumal sie ohne Ersatzlokal ihren Betrieb nicht weiterführen kann und damit der Verlust der durch sie zur Verfügung gestellten Arbeitsplätze droht. Demgegenüber bezieht sich das Interesse der Beschwerdegegnerin einzig auf die Einhaltung öffentlichrechtlicher Auflagen, welchen seit September 2008 anerkanntermassen weitgehend entsprochen wird. Entgegen der Ansicht des Obergerichts ist insoweit nicht entscheidend, dass die Beschwerdeführerin in der Vergangenheit öffentlichrechtliche Auflagen nicht erfüllte und damit die Kündigung bewirkte bzw. "verschuldete", zumal sich aus dem angefochtenen Urteil nicht ergibt, dass künftig mit der Verletzung wesentlicher Auflagen zu rechnen ist. Demnach können der Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des Erstreckungsentscheids keine andauernden schwerwiegenden Vertragsverletzungen angelastet werden, welche eine längere Erstreckung verbieten würden. Somit fehlen gewichtige Vermieterinteressen, welche eine einjährige einmalige Erstreckung rechtfertigen könnten. Eine solche wäre daher nur angezeigt, wenn sichergestellt wäre, dass die Beschwerdeführerin nach Ablauf der Erstreckung ein Ersatzobjekt beziehen kann, das namentlich in Bezug auf die Grösse und die Zulässigkeit von Lärmemissionen den besonderen Anforderungen ihres Betriebs entspricht. Dies hat das Obergericht jedoch nicht festgestellt und ist auch nicht ersichtlich, zumal aus dem angefochtenen Urteil hervorgeht, dass die Fortführung des Betriebs der Beschwerdeführerin an einem anderen Ort die Installation von Spritzkabinen voraussetzt, deren Bewilligung eine gewisse Zeit in Anspruch nimmt. Diese Umstände hat das Obergericht bei der Gewährung einer bloss einmaligen Erstreckung missachtet und damit gegen anerkannte Grundsätze verstossen. Über die Erstreckung ist daher neu zu befinden. Da unsicher ist, wann die Beschwerdeführerin ein Ersatzobjekt finden wird, ist eine erstmalige Erstreckung angezeigt, zumal einer solchen keine gewichtigen Interessen der Beschwerdegegnerin entgegenstehen. Die Ersterstreckung ist mit Rücksicht darauf, dass die Beschwerdeführerin über eine gewisse Ortsverbundenheit verfügt, keine besonderen finanziellen Schwierigkeiten hat und allgemein keine prekäre Marktsituation vorliegt, für zwei Jahre ab der Gültigerklärung der Kündigung durch das Obergericht, d.h. bis zum 30. Juni 2011 zu gewähren.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde insoweit gutzuheissen, als in Aufhebung der Dispositivziffer 3 des Beschlusses des Obergerichts vom 30. Juni 2009 das Mietverhältnis zwischen den Parteien erstmals bis zum 30. Juni 2011 erstreckt wird. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Demnach dringt die Beschwerdeführerin mit ihrem Hauptantrag auf Ungültigerklärung der Kündigung nicht und mit ihrem Eventualantrag auf Verlängerung der Erstreckung teilweise durch. Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten zu zwei Dritteln der Beschwerdeführerin und zu einem Drittel der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin eine entsprechend reduzierte Parteientschädigung zu entrichten. Schliesslich ist das Verfahren zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an das Obergericht des Kantons Zürich zurückzuweisen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird Ziff. 3 des Dispositivs des Beschlusses des Obergerichts das Kantons Zürich vom 30. Juni 2009 wie folgt neu gefasst: "Das Mietverhältnis zwischen den Parteien wird erstmals bis zum 30. Juni 2011 erstreckt." Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Sache wird zu neuer Entscheidung über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden zu zwei Dritteln der Beschwerdeführerin und zu einem Drittel der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. April 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Gelzer