Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) führte ab März 2007 ein umfangreiches Aufsichtsverfahren wegen des Verdachts unbewilligter Effektenhändlertätigkeiten im Zusammenhang mit dem Handel von NicStic-Aktien. Die Abklärungen richteten sich ursprünglich gegen die Elvestus Marketing & Vertrieb AG sowie die Vencon AG. Sie wurden in der Folge auf weitere Firmen und Privatpersonen im Einflussbereich von A._ bzw. B._ und von C._ sowie den Handel mit anderen Titeln (Libidfit-, Hematec- und Bel-Air International-Aktien) ausgedehnt. Am 16. Mai 2007 und am 25. Juni 2007 setzte die EBK einen Untersuchungsbeauftragten ein, um die Aktivitäten der Hematec Holding AG (Hematec), der Herma AG und der alpha swiss capital ag abklären zu lassen. Der Untersuchungsbeauftragte hielt am 24. Juli 2007 fest, dass die Hematec Holding AG insgesamt drei Kapitalerhöhungen auf Fr. 8'500'000.-- durchgeführt habe. Die dadurch geschaffenen 85'000'000 Hematec-Aktien im Nennwert von Fr. 0.10 seien dabei fast vollständig durch nahestehende Gesellschaften gezeichnet und mittels gezielt aufgebauter Verrechnungspositionen vollständig liberiert worden. Aus diesen Kapitalerhöhungen seien der Hematec lediglich Fr. 300'000.-- zugeflossen. Grössere Aktienpakete seien innerhalb der Gruppe verschoben und dadurch wiederum Verrechnungspositionen geschaffen worden, mit denen bei der Hematec und weiteren Gesellschaften (Libidfit AG und NicStic AG) Kapitalerhöhungen durchgeführt und Millionen von zusätzlichen Aktien ausgegeben werden konnten, welche von der Hematec und anderen Gesellschaften, namentlich der Herma AG und der alpha swiss capital ag, direkt oder über Vermittler Anlegern zum Kauf angeboten worden seien.
B. B.a Mit Verfügung vom 30. August 2007 stellte die EBK unter anderem fest, dass die Hematec Holding AG, die Herma AG und die alpha swiss capital ag sowie X._ gewerbsmässig einer Effektenhändlertätigkeit nachgegangen seien und damit gegen das Börsengesetz verstossen hätten. Sie ordnete über die Hematec Holding AG und die Herma AG den bankenrechtlichen Konkurs an. Die NicStic AG, die Vencon AG und die alpha swiss capital ag versetzte sie in die aufsichtsrechtliche Liquidation. Die EBK verbot X._ sowie Y._, welche für die Hematec Holding AG und die Herma AG tätig gewesen waren, unter jeglicher Bezeichnung selbst oder über Dritte eine bewilligungspflichtige Effektenhändlertätigkeit auszuüben oder für eine solche in Inseraten, Prospekten, Rundschreiben, elektronischen oder anderen Medien zu werben (Ziff. IV.21 des Dispositivs). Sie verband das Werbeverbot mit der Strafandrohung nach <ref-law> (Ziff. IV.22 des Dispositivs) und ermächtigte ihr Sekretariat, bei einer Missachtung der Anordnung die entsprechenden Dispositivziffern auf Kosten der Betroffenen zu veröffentlichen (Ziff. IV.23 des Dispositivs). Die Verfahrenskosten von Fr. 50'000.-- (Ziff. V.26 des Dispositivs) sowie die gesamten Untersuchungskosten von Fr. 372'880.-- (inkl. MWSt) auferlegte die Bankenkommission allen Verfügungsadressaten unter Solidarhaft (Ziff. V/27 des Dispositivs). Sie nahm an, die Tätigkeit der betroffenen Gesellschaften und natürlichen Personen sei im Zusammenwirken als Gruppe gewerbsmässig darauf ausgerichtet gewesen, nicht börsenkotierte Aktien, die von nahestehenden Gesellschaften ausgegeben wurden, zu übernehmen und über eine der Gruppengesellschaften an Dritte verkaufen zu lassen bzw. sie im Rahmen eines öffentlichen Angebots selber bei Interessenten zu platzieren, womit eine bewilligungslose Effektenhändlertätigkeit als Emissionshaus ausgeübt worden sei.
B.b Die Verfügung der EBK wurde von verschiedenen Betroffenen erfolglos beim Bundesverwaltungsgericht angefochten. Das Gericht ging in seinem Urteil vom 3. September 2008 in Bezug auf X._ davon aus, dass dieser in massgeblichem Umfang für die NicStic AG und die Hematec Holding AG tätig gewesen sei und in engem geschäftlichen Kontakt zu den anderen Gruppenzugehörigen gestanden habe. Mit Blick auf seinen Beitrag bei der Geschäftsabwicklung sei er zu Recht als zur bewilligungslos als Emissionshaus tätigen Gruppe gezählt worden. Y._ seinerseits sei Organ der Herma AG gewesen, die ebenfalls zu dieser Gruppe gehört habe, weshalb auch gegen ihn persönlich aufsichtsrechtliche Massnahmen hätten ergriffen werden dürfen. Der Anlegerschutz rechtfertige die gegen X._ und Y._ ausgesprochenen Effektenhandels- und Werbeverbote. Weder die Auferlegung der Verfahrens- noch jene der Untersuchungskosten an alle Verfügungsadressaten verletze Bundesrecht, da auch bezüglich der Kosten von einer Einheit auszugehen sei.
C. X._ und Y._ sind am 13. Oktober 2008 mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts bzw. die Verfügung der EBK aufzuheben, soweit darin festgestellt werde, dass X._ gewerbsmässig mit anderen Personen eine Effektenhändlertätigkeit ausgeübt und damit gegen das Börsengesetz verstossen habe (Ziff. I.1 des Dispositivs der EBK-Verfügung); aufzuheben sei auch das generelle Verbot, unter jeglicher Bezeichnung selbst oder über Dritte eine bewilligungspflichtige Effektenhändlertätigkeit auszuüben oder für eine solche zu werben (Ziff. IV.21 des Dispositivs der EBK-Verfügung), sowie die damit verbundenen Anordnungen (Ziff. IV.22 und 23 des Dispositivs der EBK-Verfügung), soweit sie sich auf die Beschwerdeführer bezögen. Die Kostenauflage zu ihren Lasten (Ziff. V.26 und 27 des Dispositivs der EBK-Verfügung) sei ersatzlos zu streichen. Eventuell sei das Verfahren zur Ergänzung des Sachverhalts sowie zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ und Y._ machen geltend, der Sachverhalt sei bezüglich ihrer Rolle und Beteiligung willkürlich festgestellt worden. Die gegen sie angeordneten Massnahmen (Effektenhandels- und Werbeverbot) seien unverhältnismässig, da sie keine Geschäftstätigkeit im Rahmen der Gruppe entfaltet hätten; sie planten auch keine solche. Weil sie persönlich zu keinem Zeitpunkt in die Untersuchungen einbezogen worden seien, könnten ihnen deren Kosten nicht auferlegt werden.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Eidgenössische Bankenkommission beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2009 ist das Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMAG; SR 956.1) in Kraft getreten. Die Eidgenössische Bankenkommission, das Bundesamt für Privatversicherung und die Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei wurden damit in der "Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht (FINMA)" zusammengeführt. Diese überwacht nunmehr als öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit den Finanzmarkt (<ref-law>). Die FINMA hat alle Verfahren der Eidgenössischen Bankenkommission übernommen, die bei Inkrafttreten des Finanzmarktgesetzes noch hängig waren (<ref-law>). Da es die Bankenkommission somit nicht mehr gibt, ist das vorliegende Verfahren mit der FINMA als deren Rechtsnachfolgerin abzuschliessen. Materiellrechtlich ist der angefochtene Entscheid aufgrund der Rechtslage zu beurteilen, wie sie zum Zeitpunkt des vorinstanzlichen Entscheids bestand. Dem steht das FINMAG nicht entgegen: Dieses ergänzt die übrigen Gesetze, welche die Finanzmarktaufsicht regeln; es gilt nur, soweit die bereits bis anhin geltenden Finanzmarktgesetze nichts anderes vorsehen (<ref-law>).
1.2 Gegen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich der Aufsicht über die Börsen und den Effektenhandel (Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel [BEHG; SR 954.1]) steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (<ref-law> i.V.m. Art. 31 ff. VGG und <ref-law>). Den Beschwerdeführern wurde in der von der Vorinstanz bestätigten Verfügung der EBK unter Strafandrohung ein Werbe- und Effektenhandelsverbot auferlegt; zudem haften sie solidarisch für die Verfahrens- und Untersuchungskosten der Aufsichtsbehörde. Sie sind als Verfügungsadressaten diesbezüglich in eigenem Namen beschwerdebefugt (<ref-law>; vgl. Urteil 2A.721/ 2006 vom 19. März 2007 E. 2.2, in: EBK-Bulletin 50/2007 S. 148 ff.; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 311).
1.3 Auf ihre frist- (vgl. <ref-law>) und formgerecht (vgl. <ref-law>) eingereichte Eingabe ist unter folgenden Vorbehalten einzutreten:
1.3.1 Die Verfügung der EBK bzw. die Urteile der Vorinstanz sind in Rechtskraft erwachsen, soweit sie die anderen Verfahrensbeteiligten - insbesondere die Hematec und die Herma AG - betreffen. Deren Unterstellungspflicht bzw. Beteiligung an der von der EBK ins Recht gefassten Gruppe können die Beschwerdeführer nicht (mehr) in Frage stellen, da sie sich ausschliesslich im eigenen Namen und nicht als Organe oder anderweitig Berechtigte dieser Firmen an das Bundesgericht wenden (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 385; <ref-ruling> E. 1.2.2; Urteil 2A.721/2006 vom 19. März 2007 E. 2.2, in: EBK-Bulletin 50/2007 S. 148 ff.). Ihre Ausführungen, wonach sich die Tätigkeit der Hematec auf das Halten der verschiedenen Beteiligungen beschränkt und sich diese nicht an den Aktivitäten der Gruppe als Emissionshaus beteiligt habe, sind unbeachtlich; ebenso der Einwand, die Herma habe sich ihrerseits nicht an den Gruppenaktivitäten beteiligt. Als unzulässig erweist sich zudem der Antrag, in den umstrittenen Punkten auch die Verfügung der EBK vom 30. August 2007 aufzuheben: Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht bildet nur der diese schützende Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Devolutiveffekt; vgl. <ref-law>). Die Verfügung der EBK gilt lediglich inhaltlich als mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 441; <ref-ruling> E. 1c S. 33).
1.3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die entsprechende Rüge ist rechtsgenüglich substantiiert zu begründen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.). Soweit die Beschwerdeführer die Feststellung des Sachverhalts rein appellatorisch beanstanden und die Beweiswürdigung ohne detaillierte Auseinandersetzung mit der Begründung im angefochtenen Entscheid als willkürlich bezeichnen, ist auf ihre Vorbringen nicht einzugehen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 2b; bestätigt im Urteil 4A_223/2007 vom 30. August 2007 E. 3.2).
2. Die Beschwerdeführer machen in formeller Hinsicht geltend, die EBK habe mit dem Erlass der angefochtenen Verfügung ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Da gegen sie persönlich keine Untersuchung geführt worden sei, hätten sie ihre Rechte nicht wahrnehmen können. Der Einwand überzeugt nicht:
2.1 Für die Eröffnung eines eingreifenden Aufsichtsverfahrens der EBK bzw. der FINMA (vgl. hierzu URS ZULAUF, Finanzmarktenforcement - Verfahren der FINMA, in: GesKR 1/2009 S. 46) muss nicht bereits eine Verletzung finanzmarktrechtlicher Bestimmungen erwiesen sein. Es genügt, dass objektive Hinweise für eine solche bestehen, welche eine genauere Abklärung nahe legen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 388 mit Hinweisen). Nach <ref-law> zeigt die FINMA zwar den Parteien die Eröffnung eines Verfahrens an, dabei handelt es sich jedoch um eine blosse Ordnungsvorschrift, falls damit keine spezifischen weiteren Anordnungen verbunden sind (vgl. ZULAUF/WYSS/ROTH, Finanzmarktenforcement, 2008, S. 110 f.). Entscheidend ist, dass die Parteien im Sinne von <ref-law> vor dem Erlass der Aufsichtsmassnahme ihre Rechte tatsächlich voll wahrnehmen können (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.2).
2.2 Die Bankenkommission eröffnete am 8. März 2007 gegen die Elvestus und die Vencon AG ein Unterstellungsverfahren, welches wegen der Verschachtelungen der verschiedenen Firmen und der undurchsichtigen Verschiebung der Aktien jeweils schrittweise ausgedehnt werden musste. Die Hematec wurde am 16. Mai 2007 in das Verfahren einbezogen, die Herma AG und die alpha swiss capital ag am 25. Juni 2007. Dabei sind die Beschwerdeführer als Berechtigte bzw. als Organ der Herma AG einvernommen worden. Am 31. Juli 2007 eröffnete die EBK ihnen den Untersuchungsbericht und forderte sie auf, sich gegebenenfalls für die Gesellschaften bzw. für sich selber dazu zu äussern, was sie am 10. August 2007 taten. Hätten sie hierfür zusätzlicher Unterlagen - etwa der Berichte der anderen Untersuchungsbeauftragten - bedurft, wäre es an ihnen gewesen, bei der Bankenkommission hierum nachzusuchen und ihren Anspruch auf rechtliches Gehör in geeigneter Weise wahrzunehmen.
3. 3.1 Die Eidgenössische Bankenkommission bzw. die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht überwacht die Einhaltung der gesetzlichen und reglementarischen Vorschriften über die Börsen und den Effektenhandel. Sie trifft die zu deren Vollzug notwendigen Anordnungen. Erhält sie von Verletzungen des Gesetzes oder von sonstigen Missständen Kenntnis, sorgt sie für ihre Beseitigung und die Wiederherstellung des ordnungsgemässen Zustands. Sie ist befugt, hierzu alle "notwendigen Verfügungen" zu treffen (Art. 35 Abs. 3 BEHG [in der Fassung vom 24. März 1995; AS 1997 68 ff.]; <ref-ruling> E. 3 und 4). Da die Finanzmarktaufsicht allgemein über die Einhaltung der gesetzlichen Vorschriften zu wachen hat, ist die ihr übertragene Aufsicht nicht auf die unterstellten Betriebe beschränkt. Zu ihrem Aufgabenbereich gehört auch die Abklärung der finanzmarktrechtlichen Bewilligungspflicht und die Ermittlung von Finanzintermediären, die in Verletzung der gesetzlichen Bestimmungen tätig sind (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Sie ist berechtigt, die im Gesetz vorgesehenen Mittel auch gegenüber Instituten (oder Personen) einzusetzen, deren Unterstellungs- bzw. Bewilligungspflicht umstritten ist (TOMAS POLEDNA, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz, Rz. 5 zu Art. 35 BEHG). Ihre Befugnisse reichen bis zur Auflösung und Liquidation eines Unternehmens, das unerlaubt einer von vornherein nicht bewilligungsfähigen Tätigkeit nachgeht (<ref-ruling> E. 4.2 S. 388; <ref-ruling> E. 3 S. 314 ff.; vgl. <ref-law>; ZULAUF, a.a.O., S. 49). Bei der Wahl des geeigneten Mittels haben die EBK bzw. die FINMA im Rahmen der allgemeinen Verwaltungsgrundsätze (Willkürverbot, Rechtsgleichheits- und Verhältnismässigkeitsgebot, Treu und Glauben) in erster Linie den Hauptzwecken der finanzmarktrechtlichen Gesetzgebung, dem Schutz der Gläubiger bzw. Anleger einerseits und der Lauterkeit des Kapitalmarkts anderseits, Rechnung zu tragen (Anleger- und Funktionsschutz). Die Frage, wie die EBK ihre Aufsichtsfunktion im Einzelnen erfüllt, ist weitgehend ihrem "technischen Ermessen" anheimgestellt. Das Bundesgericht kann nur bei Rechtsverletzungen in die Beurteilung von dessen Handhabung durch das Bundesverwaltungsgericht korrigierend eingreifen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 388; <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 314 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 355).
3.2 Gemäss Art. 3 Abs. 2 BEHV (SR 954.11) gelten Effektenhändler als Emissionshäuser, wenn sie hauptsächlich im Finanzbereich tätig sind und gewerbsmässig Effekten, welche von Drittpersonen ausgegeben worden sind, fest oder in Kommission übernehmen und öffentlich auf dem Primärmarkt anbieten; die Tätigkeit ist bewilligungspflichtig (Art. 10 Abs. 1 i.V.m. Art. 2 lit. d BEHG; vgl. auch EBK-RS 98/2 Effektenhändler sowie das Rundschreiben der FINMA 2008/5: Erläuterungen zum Begriff Effektenhändler, Rz. 24 ff., in: THÉVENOZ/ZULAUF, BF 2009, B-08.05). Eine Aktivität als Effektenhändler kann auch bei einem arbeitsteiligen Vorgehen im Rahmen einer Gruppe vorliegen: Die Bewilligungspflicht und die finanzmarktrechtliche Aufsicht sollen nicht dadurch umgangen werden können, dass jedes einzelne Unternehmen bzw. die dahinterstehenden Personen für sich allein nicht alle Voraussetzungen für die Bewilligungspflicht der Aktivität erfüllen, im Resultat gemeinsam aber dennoch eine solche ausgeübt wird. Der Schutz des Marktes und der Anleger (vgl. <ref-law>) rechtfertigt trotz formaljuristischer Trennung der Strukturen finanzmarktrechtlich eine einheitliche (wirtschaftliche) Betrachtungsweise, wenn zwischen den einzelnen Personen und/oder Gesellschaften enge wirtschaftliche (bzw. finanzielle/geschäftliche), organisatorische und personelle Verflechtungen bestehen und vernünftigerweise einzig eine Gesamtbetrachtung den faktischen Gegebenheiten und der Zielsetzung der Finanzmarktaufsicht gerecht wird. Ein gruppenweises Handeln kann insbesondere dann gegeben sein, wenn die Beteiligten gegen aussen als Einheit auftreten bzw. aufgrund der Umstände (Verwischung der rechtlichen und buchhalterischen Grenzen zwischen den Beteiligten; faktisch gleicher Geschäftssitz; wirtschaftlich unbegründete, verschachtelte Beteiligungsverhältnisse; zwischengeschaltete Treuhandstrukturen) davon auszugehen ist, dass koordiniert - ausdrücklich oder stillschweigend arbeitsteilig und zielgerichtet - eine gemeinsame Aktivität im aufsichtsrechtlichen Sinn wahrgenommen wird (vgl. die Urteile 2A.332/2006 vom 6. März 2007 E. 5.2.4, in: EBK-Bulletin 50/2007 S. 154 ff.; 2A.65/2002 vom 22. Mai 2002 E. 5.2, in: EBK-Bulletin 43/2003 S. 15 ff.; 2A.442/1999 vom 21. Februar 2000 E. 2e; Verfügung der EBK vom 24. November 2005, in: EBK-Bulletin 48/2006 S. 312 ff.; <ref-ruling> E. 5.3.4.1).
4. 4.1 Die EBK begründete ihren Entscheid damit, dass 14 der 18 Verfügungsadressaten - unter ihnen die Hematec, die Herma AG und der Beschwerdeführer 1 - als Gruppe ein Emissionshaus betrieben hätten, ohne über die hierfür erforderliche Bewilligung zu verfügen. Dabei sei immer nach dem gleichen Schema vorgegangen worden: Die involvierten Personen hätten jeweils nicht börsenkotierte Aktien von nahestehenden Gesellschaften übernommen. Die Bezahlung sei durch die Verrechnung mit bestehenden Forderungen erfolgt, deren Werthaltigkeit zweifelhaft erscheine. Anschliessend seien die Aktien - wiederum durch Verrechnung - an eine nahestehende Gesellschaft verkauft worden mit dem Ziel, über eine der Gruppengesellschaften die Aktien aufgrund eines öffentlichen Angebots zu einem übersetzten Preis an Dritte verkaufen zu können. Die Gruppenzugehörigen hätten den Aktienhandel mit der Absicht betrieben, sich und die nahestehenden Gesellschaften und Personen dadurch regelmässig zu finanzieren, und damit gewerbsmässig im Finanzbereich gehandelt. Der Verkaufserlös habe in der Regel ein Vielfaches des Nennwerts der Aktien betragen. Gemäss Untersuchungsbericht belief sich etwa der Preis einer NicStic-Aktie bei der Ausgabe auf Fr. 0.10, im internen Handel auf Fr. 4.-- bis Fr. 15.-- und beim Verkauf an Dritte auf bis zu Fr. 25.--. Insgesamt seien so 185 Mio. Aktien zum Verkauf bereitgestellt worden und mindestens 540 Anleger hätten solche gekauft. Es habe nicht restlos geklärt werden können, wie viele Aktien genau auf dem Primärmarkt angeboten worden seien und wohin das entsprechende Geld floss.
4. 4.1 Die EBK begründete ihren Entscheid damit, dass 14 der 18 Verfügungsadressaten - unter ihnen die Hematec, die Herma AG und der Beschwerdeführer 1 - als Gruppe ein Emissionshaus betrieben hätten, ohne über die hierfür erforderliche Bewilligung zu verfügen. Dabei sei immer nach dem gleichen Schema vorgegangen worden: Die involvierten Personen hätten jeweils nicht börsenkotierte Aktien von nahestehenden Gesellschaften übernommen. Die Bezahlung sei durch die Verrechnung mit bestehenden Forderungen erfolgt, deren Werthaltigkeit zweifelhaft erscheine. Anschliessend seien die Aktien - wiederum durch Verrechnung - an eine nahestehende Gesellschaft verkauft worden mit dem Ziel, über eine der Gruppengesellschaften die Aktien aufgrund eines öffentlichen Angebots zu einem übersetzten Preis an Dritte verkaufen zu können. Die Gruppenzugehörigen hätten den Aktienhandel mit der Absicht betrieben, sich und die nahestehenden Gesellschaften und Personen dadurch regelmässig zu finanzieren, und damit gewerbsmässig im Finanzbereich gehandelt. Der Verkaufserlös habe in der Regel ein Vielfaches des Nennwerts der Aktien betragen. Gemäss Untersuchungsbericht belief sich etwa der Preis einer NicStic-Aktie bei der Ausgabe auf Fr. 0.10, im internen Handel auf Fr. 4.-- bis Fr. 15.-- und beim Verkauf an Dritte auf bis zu Fr. 25.--. Insgesamt seien so 185 Mio. Aktien zum Verkauf bereitgestellt worden und mindestens 540 Anleger hätten solche gekauft. Es habe nicht restlos geklärt werden können, wie viele Aktien genau auf dem Primärmarkt angeboten worden seien und wohin das entsprechende Geld floss.
4.2 4.2.1 Der Beschwerdeführer 1 bestreitet, im Rahmen der Aktivitäten der Hematec und der Herma AG Teil der Gruppe im Einflussbereich des Ehepaars A._-B._ und von C._ bzw. von deren Firmen gewesen zu sein. Seine Einwände sind nicht geeignet, die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als offensichtlich unzutreffend oder deren Beweiswürdigung als willkürlich erscheinen zu lassen. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn die vom Sachrichter gezogenen Schlüsse nicht mit der Darstellung des Betroffenen übereinstimmen, sondern nur, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE <ref-ruling> E. 2b):
4.2.2 Am 29. August 2003 verkaufte die damalige Blue Star Entertainment AG (spätere Hematec) ihre 100%ige Tochtergesellschaft Bluestar Finance AG (spätere NicStic) an die Herma. Der Beschwerdeführer 2, späterer Verwaltungsrat der Herma, war 2003/2004 Verwaltungsrat der NicStic, zu einer Zeit als der Beschwerdeführer 1 dort noch die Geschäfte führte. D., späterer Verwaltungsratspräsident der Hematec, war zwischen dem 18. November 2004 und dem 14. April 2005 seinerseits Verwaltungsrat der NicStic. Im Rahmen seiner Aktivitäten als Geschäftsführer der NicStic hatte der Beschwerdeführer 1 enge geschäftliche Beziehungen sowohl zu C._ als auch zum Ehepaar A._-B._. Bis November 2004 war er zudem Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der Hematec AG gewesen. Obwohl er sein Amt im Mai 2004 niedergelegt und mit dem Verkauf der entsprechenden Aktien seinen Einfluss auf diese verloren haben will, ist er im Rahmen der Gruppe für die Hematec bzw. deren Tochtergesellschaft Libidfit dennoch - zumindest punktuell - bis 2007 aktiv geblieben. Im Übrigen erfolgte der Verkauf seiner Aktien an die Elvestus, deren Aktivitäten ursprünglich Anlass zu den Abklärungen gegeben hatten. Zwar bestätigte der Verwaltungsratspräsident der Hematec am 3. August 2007, dass der Beschwerdeführer 1 ab Mai 2004 nicht mehr aktiv an deren Geschäftstätigkeiten beteiligt und in deren Geschäftsräumen nur noch als Untermieter tätig gewesen sei, doch wies er auch darauf hin, dass der Beschwerdeführer 1 für "etwaige Rückfragen/Auskünfte" dort zur Verfügung gestanden habe. Seine Mail-Adresse lautete auch 2005 noch auf die Hematec.
4.2.3 Zwar sind die Beteiligungsverhältnisse an dieser gemäss dem Untersuchungsbericht unklar geblieben. Nach einer Aufstellung vom 30. Dezember 2005 sollen die Ehefrau des Beschwerdeführers 1 zu diesem Zeitpunkt ca. 2-3 Mio. und der Beschwerdeführer 1 selber zumindest bis zu 1 Mio. Hematec-Aktien besessen haben. Der Untersuchungsbeauftragte kam aufgrund seiner Abklärungen zum Schluss, dass der Beschwerdeführer 1 die "zentrale und federführende Person" der Hematec und der dieser nahestehenden Gesellschaften, namentlich auch der Herma AG, gewesen sei. Diese habe die Aktienmehrheit an der Hematec gehalten. Die Herma AG sei "die eigentliche Drehscheibe" für die verschiedenen Transaktionen, "namentlich die verschiedenen Kapitalerhöhungen und Verschiebungen von grossen Aktienpaketen von Gruppengesellschaften" gewesen. Die alpha swiss capital AG habe innerhalb der Gruppe die Aktien der Hematec, der Libidfit und der NicStic an die Anleger abgesetzt. Nach aussen habe sich der Beschwerdeführer 1 seit 2004 zunehmend durch seine Frau und den Beschwerdeführer 2 vertreten lassen, was der Beschwerdeführer 1 bestreitet. Für diese Annahme sprechen indessen die widersprüchlichen Aussagen der Beteiligten zu den Eigentumsverhältnissen an der Herma AG. Diese ist zu 100 % in den Händen der Mareco AG, welche gemäss den Erklärungen des Beschwerdeführers 2 früher dem Beschwerdeführer 1 gehörte, der sie in der Folge seiner Frau übergeben hat, bevor sie ihm mit der Abrede weiter übertragen wurde, dass sie zu einem späteren Zeitpunkt zurückerworben werden könne. Gemäss den Angaben des Beschwerdeführers 1 soll die Mareco AG jedoch ausschliesslich dem Beschwerdeführer 2 gehören. Gemäss der Stellungnahme des Beschwerdeführers 1 vom 10. August 2007 zum Untersuchungsbericht ist er aber so oder anders als Angestellter und Geschäftsführer der Mareco tätig geblieben, womit er über diese die Geschicke der Herma AG beeinflusste.
4.3 Gestützt auf diese Grundlage durfte die Vorinstanz willkürfrei darauf schliessen, dass der Beschwerdeführer 1 mit den verschiedenen anderen Gesellschaften und beteiligten Personen in einer engen wirtschaftlichen Beziehung stand und Teil einer Gruppe im Sinne der Rechtsprechung bildete, die gewerbsmässig von Dritten herausgegebene Effekten übernahm und zu ihrer Finanzierung im Rahmen einer eigenständigen Aktivität öffentlich auf dem Primärmarkt anbot oder anzubieten versuchte: Der Beschwerdeführer 1 war mit den anderen Akteuren durch bedeutende Beteiligungen und die für deren Geschäft erforderlichen Transaktionen eng verbunden. Sein Beitrag floss in einer Art in das koordinierte Gruppenverhalten ein, welche ihn als Teil von diesem erscheinen lässt. Seine Geschäfte bildeten - zumindest ursprünglich - Voraussetzung der Aktivitäten der anderen Gruppenzugehörigen, welche bezweckten, Drittanlegern im Rahmen von öffentlichen Angeboten auf dem Primärmarkt Effekten von zweifelhafter Werthaltigkeit zu veräussern. Er war ein Element des Systems und beteiligte sich an der gewerbsmässigen bewilligungspflichtigen Effektenhandelstätigkeit der Gruppe. Seine Aktivitäten gingen über eine sachgerechte Verwaltung des eigenen Vermögens hinaus. Hieran ändert der Hinweis auf die Feststellung im Untersuchungsbericht nichts, dass es in der Gruppe zu Meinungsverschiedenheiten gekommen sei und der Beschwerdeführer 1 sich offenbar mit seinen Firmen von der Gruppe um die NicStic habe absetzen wollen. Nach dem Bericht waren danach dennoch immer wieder gruppeninterne Geschäfte festzustellen, womit die Kontakte in einer zweiten Phase zwar allenfalls weniger intensiv ausfielen, aber dennoch kein klarer Bruch zu Tage trat. Der Umstand wäre im Übrigen nicht geeignet, die bewilligungspflichtigen Aktivitäten im Rahmen der Gruppe in der ersten Phase in Frage zu stellen. Die abschliessende Bewertung des vom Untersuchungsbeauftragten zusammengetragenen Materials oblag der EBK und nicht diesem selber (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.3 S. 359 f.); zudem relativierte auch der Untersuchungsbeauftragte in seiner Zusammenfassung der Erkenntnisse die entsprechende punktuelle Feststellung deutlich.
5. Die Beschwerdeführer machen geltend, das ihnen auferlegte Verbot der Ausübung einer Effektenhändlertätigkeit und der entsprechenden Werbung sei ungerechtfertigt. Ihre Ausführungen überzeugen auch in diesem Punkt nicht:
5.1 Nach Art. 35 Abs. 3 BEHG (in der Fassung vom 24. März 1995) sorgt die Aufsichtsbehörde für die Wiederherstellung des ordnungsgemässen Zustands und für die Beseitigung der Missstände. Der Beschwerdeführer 1 war als Teil einer Gruppe tätig, welche einer bewilligungspflichtigen Aktivität nachging. Mit dem Verbot der Ausübung einer Tätigkeit als Effektenhändler bzw. der Werbung für eine solche, wurde ihm lediglich in Erinnerung gerufen, was bereits von Gesetzes wegen gilt. Es handelt sich dabei im Resultat nicht um eine eigenständige Massnahme, sondern um eine Warnung bzw. blosse Ermahnung; die Eidgenössische Bankenkommission hält in ihrer Vernehmlassung denn auch fest: "Das Werbeverbot hat [...] lediglich die Funktion einer Warnung, inskünftig bewilligungspflichtige Tätigkeiten zu unterlassen". Dem Beschwerdeführer 2, der als Verwaltungsrat der Herma, die Teil der Gruppe gebildet hat, tätig war, ist nicht vorgeworfen worden, selber gewerbsmässig eine Effektenhändlertätigkeit ausgeübt und gegen das Börsengesetz verstossen zu haben. Da er jedoch bezüglich seines Mandats im Einflussbereich des Beschwerdeführers 1 und dessen Firmen stand, ist es korrekt, wenn die EBK vorbeugend auch ihm jegliche (weitere) bewilligungspflichtige Effektenhändlertätigkeit bzw. Werbung hierfür untersagte bzw. ihm die entsprechenden gesetzlichen Verbote in Erinnerung rief. Dabei handelte es sich um eine "Reflexwirkung" der unangefochten gebliebenen Massnahmen, die gegenüber der in Konkurs versetzten Herma selber angeordnet wurden (vgl. das Urteil 2A.721/2006 vom 19. März 2007 E. 2.2; vgl. auch ZULAUF/WYSS/ROTH, a.a.O., S. 236).
5.2 Die angedrohte Publikation der entsprechenden Massnahmen ist ebenfalls rechtens: Nach Art. 35 Abs. 5 BEHG (in der Fassung vom 24. März 1995) kann die Aufsichtsbehörde bei Widersetzlichkeit gegen eine vollstreckbare Verfügung diese im Schweizerischen Handelsamtsblatt veröffentlichen oder in anderer Form bekanntmachen, wenn sie dies angedroht hat. Neu sieht <ref-law> vor, dass die FINMA ihre Endverfügung nach Eintritt der Rechtskraft unter Angabe von Personendaten in elektronischer oder gedruckter Form veröffentlichen kann, wenn eine schwere Verletzung aufsichtsrechtlicher Bestimmungen vorliegt und die Veröffentlichung in der Verfügung selber angeordnet wird, womit sie der gerichtlichen Kontrolle zugänglich bleibt. Eine Publikation erfolgt vorliegend nur, wenn die Beschwerdeführer in Verletzung des Gesetzes wiederum einer bewilligungspflichtigen Tätigkeit nachgehen sollten. Da sie nach eigenen Angaben keine solche planen, werden sie durch die entsprechende Androhung damit kaum berührt.
6. Die Beschwerdeführer bestreiten die ihnen auferlegten Kosten. Die Untersuchungen seien nicht gegen sie persönlich gerichtet gewesen und die Untersuchungskosten in den superprovisorischen Verfügungen ursprünglich anders verteilt worden. Es rechtfertige sich nicht, sie die Kosten nachträglich solidarisch mittragen zu lassen.
6.1 Nach Art. 12 Abs. 1 lit. h der Verordnung vom 2. Dezember 1996 (in der Fassung vom 26. September 2003; AS 2003 3701 ff.) über die Erhebung von Abgaben und Gebühren durch die Eidgenössische Bankenkommission (EBK-GebV) dürfen für den Entscheid über eine Zwangsunterstellung unter ein Aufsichtsgesetz von natürlichen oder juristischen Personen bis zu Fr. 30'000.-- je Partei erhoben werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.3 S. 319; neu: Art. 5 Abs. 1 lit. b der Verordnung über die Erhebung von Gebühren und Abgaben durch die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht [FINMA-GebV, SR 956.122] und Ziffer 1.9 des Anhangs "Rahmentarife"). Nach Art. 13 Abs. 1 lit. a EBK-GebV erhebt die Bankenkommission Gebühren für besonderen Aufsichtsaufwand, insbesondere bei direkten Aufsichtshandlungen. Der Gebührenansatz richtet sich dabei nach Art. 14 EBK-GebV. Dieser sieht in Abs. 2 vor, dass zusätzlich zur Gebühr nach Zeitaufwand (Abs. 1) besondere Auslagen - namentlich Kosten für den Beizug von Experten, die Anfertigung von Gutachten sowie Reisen - in Rechnung gestellt werden dürfen. Im Übrigen richtet sich die Erhebung der Gebühren zur Deckung der Verfahrenskosten nach der Verordnung vom 10. September 1969 über Kosten und Entschädigungen im Verwaltungsverfahren (KostenV VwV; SR 172.041.0; Art. 11 Abs. 1 EBK-GebV). Nach deren Art. 7 tragen mehrere Parteien ihre gemeinsamen Verfahrenskosten zu gleichen Teilen und haften dafür solidarisch, soweit nichts anderes verfügt worden ist.
6.1 Nach Art. 12 Abs. 1 lit. h der Verordnung vom 2. Dezember 1996 (in der Fassung vom 26. September 2003; AS 2003 3701 ff.) über die Erhebung von Abgaben und Gebühren durch die Eidgenössische Bankenkommission (EBK-GebV) dürfen für den Entscheid über eine Zwangsunterstellung unter ein Aufsichtsgesetz von natürlichen oder juristischen Personen bis zu Fr. 30'000.-- je Partei erhoben werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.3 S. 319; neu: Art. 5 Abs. 1 lit. b der Verordnung über die Erhebung von Gebühren und Abgaben durch die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht [FINMA-GebV, SR 956.122] und Ziffer 1.9 des Anhangs "Rahmentarife"). Nach Art. 13 Abs. 1 lit. a EBK-GebV erhebt die Bankenkommission Gebühren für besonderen Aufsichtsaufwand, insbesondere bei direkten Aufsichtshandlungen. Der Gebührenansatz richtet sich dabei nach Art. 14 EBK-GebV. Dieser sieht in Abs. 2 vor, dass zusätzlich zur Gebühr nach Zeitaufwand (Abs. 1) besondere Auslagen - namentlich Kosten für den Beizug von Experten, die Anfertigung von Gutachten sowie Reisen - in Rechnung gestellt werden dürfen. Im Übrigen richtet sich die Erhebung der Gebühren zur Deckung der Verfahrenskosten nach der Verordnung vom 10. September 1969 über Kosten und Entschädigungen im Verwaltungsverfahren (KostenV VwV; SR 172.041.0; Art. 11 Abs. 1 EBK-GebV). Nach deren Art. 7 tragen mehrere Parteien ihre gemeinsamen Verfahrenskosten zu gleichen Teilen und haften dafür solidarisch, soweit nichts anderes verfügt worden ist.
6.2 6.2.1 Die Untersuchungskosten von Fr. 372'880.-- sind durch die gemeinsamen Aktivitäten aller an der Gruppe beteiligten juristischen und natürlichen Personen entstanden, deren koordiniertes Handeln zur Untersuchung bzw. deren jeweiligen Ausdehnung Anlass gegeben hat. Der Beschwerdeführer 1 gehörte zu dieser Gruppe. Aufgrund seiner Rolle bzw. derjenigen seiner Firmen im Rahmen der bereits eingeleiteten Verfahren bestand ein objektiv begründeter Anlass, auch seine Aktivitäten näher zu untersuchen. Er hat deshalb die entsprechenden Gesamtkosten solidarisch mit den anderen Gruppenmitgliedern zu tragen (vgl. <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 389; <ref-ruling> E. 4 S. 360 ff.). Zwar wurden die Verfahren nur gegen die Gesellschaften selber eröffnet (vgl. oben E. 2) und ursprünglich nur ihnen die Untersuchungskosten auferlegt; dabei handelte es sich jedoch um superprovisorische Anordnungen, welche die Kostenverteilung bei Verfahrensabschluss nicht zu präjudizieren vermochten und eine Neuverteilung gemäss dem Ausgang des (Gesamt-)Verfahrens nicht ausschlossen. Ziel der superprovisorischen Regelung war es, dem Untersuchungsbeauftragten zu ermöglichen, Kostenvorschüsse für seine Abklärungen bei den untersuchten Firmen selber zu erheben, nicht den definitiven Kostenentscheid vorwegzunehmen. Hierüber kann bei der Verfahrenseröffnung nicht sachgerecht entschieden werden, sind der Aufwand und der Umfang der Abklärungen zu diesem Zeitpunkt normalerweise doch noch gar nicht absehbar (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 318 f.). Rechtfertigt sich finanzmarktrechtlich, die umstrittene Aktivität gruppenweise zu erfassen, ist es konsequent, den einzelnen Mitgliedern auch die entstandenen Kosten solidarisch aufzuerlegen, andernfalls es zu einem ungerechtfertigten Wertungswiderspruch zwischen dem Sach- und Kostenentscheid käme. Die interne Aufteilung ist eine Frage des Regresses. Falls die Aufsichtsbehörde diesbezüglich keine abweichende Regelung vorsieht, gilt Art. 7 KostenV VwV. Hinsichtlich der Beschränkung der Verfahrenskosten auf max. Fr. 30'000.-- je Partei verkennen die Beschwerdeführer, dass Art. 12 Abs. 2 EBK-GebV für besonders komplexe Verfahren Spruchgebühren zulässt, welche über die in Absatz 1 genannten hinausgehen, weshalb die von der EBK erhobenen Fr. 50'000.-- nicht zu beanstanden sind, selbst wenn anzunehmen wäre, dass die Gruppe diesbezüglich ebenfalls als Einheit und damit als eine einzige Partei zu gelten hätte.
6.2.2 Hingegen erweist sich die Auferlegung der Kosten zu Lasten des Beschwerdeführers 2 aufgrund der Umstände des Einzelfalls als unverhältnismässig: Zwar war dieser als Verwaltungsrat der Herma AG tätig und als solcher indirekt in die Gruppenaktivitäten verwickelt. Sein Beitrag war aber nur mittelbarer Natur und - nach Ansicht der EBK selber - im Resultat dem Beschwerdeführer 1 zuzurechnen, welcher der "Architekt des 'Aktienkonglomerats'" gewesen sei. Weder die EBK noch das Bundesverwaltungsgericht haben den Beschwerdeführer 2 als Mitglied der Gruppe bezeichnet und ihm persönlich eine illegale Aktivität als Finanzintermediär und damit einen Verstoss gegen das Börsengesetz vorgeworfen. Seine Rolle an den beanstandeten Aktivitäten blieb weitgehend ungeklärt. Der Untersuchungsbeauftragte ging seinerseits davon aus, dass der Beschwerdeführer 1 ab 2005 über den Beschwerdeführer 2 gehandelt habe; dieser praktisch als dessen Strohmann tätig und der Beschwerdeführer 1 im Resultat an der Herma AG wirtschaftlich berechtigt gewesen sein dürfte. Bei dieser wenig gesicherten Beweislage rechtfertigt sich der von der EBK bezüglich der Kosten vorgenommene "Durchgriff" von der in Konkurs versetzen Herma AG auf den Beschwerdeführer 2 als Mitglied von deren Verwaltungsrat aufsichtsrechtlich nicht (zur Rechtsfigur des Durchgriffs: <ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 5a/aa S. 321). Zwar durfte die Bankenkommission als Reflexwirkung der Gruppenbeteiligung der Herma AG dem Beschwerdeführer 2 in Konkretisierung des Gesetzes die bewilligungslose Ausübung einer Effektenhändlertätigkeit und der Werbung für eine solche untersagen bzw. ihm die entsprechenden Regeln in Erinnerung rufen (vgl. das Urteil 2A.721/ 2006 vom 19. März 2007 E. 2.2, in: EBK-Bulletin 50/2007 S. 148 ff.), doch können ihm nicht die aus dem Verfahren gegen die Gesellschaft und die weiteren an der Gruppe beteiligten natürlichen und juristischen Personen entstandenen Untersuchungs- und Verfahrenskosten auferlegt werden, nachdem er selber (als natürliche Person) nicht Teil der Gruppenaktivität gewesen sein soll. Die EBK geht selber davon aus, bei den von ihr gegen den Beschwerdeführer 2 getroffenen Anordnungen handle es sich um eine "Warnung" bzw. eine "Reflexwirkung" der gegen die Gesellschaft nötig gewordenen Zwangsmassnahmen; dann muss für die Kostenfolge aber vorausgesetzt werden, dass das betroffene Organ als natürliche Person selber Teil der Gruppe, welcher die Kosten auferlegt werden, gewesen ist oder die Voraussetzungen für einen Durchgriff durch die Gesellschaft gegeben sind; andernfalls sind allfällige Verantwortlichkeitsansprüche auf dem zivilrechtlichen Weg geltend zu machen.
7. Die Beschwerde ist hinsichtlich der Kostenauflage zulasten des Beschwerdeführers 2 somit gutzuheissen, im Übrigen ist sie abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend haben die weitgehend unterliegenden Beschwerdeführer eine (leicht) reduzierte Gerichtsgebühr zu leisten (<ref-law>). Die Eidgenossenschaft (EBK bzw. die FINMA) muss den Beschwerdeführer 2 im Rahmen seines Obsiegens für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen entschädigen (<ref-law>). Das Bundesverwaltungsgericht hat über die Kosten seines Verfahrens neu zu befinden (Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. September 2008 insofern aufgehoben, als darin bezüglich des Beschwerdeführers 2 die Ziffern V.26 bzw. V.27 des Dispositivs der Verfügung der EBK vom 30. August 2007 bestätigt worden sind und sich das vorliegende Urteil auf den Kostenentscheid des Bundesverwaltungsgerichts auswirkt. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Die FINMA hat den Beschwerdeführer 2 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 800.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Eidgenössischen Bankenkommission (heute: Eidgenössische Finanzmarktaufsicht) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar