Abberufung des Liquidators, hat sich ergeben:
A.- Am 6. November 1996 gründeten A._ und die in den USA domizilierte Y._ Corporation die X._ GmbH mit Sitz im Kanton Zürich. Die Zusammenarbeit zwischen den Gesellschaftern ist in einem "Memorandum of Understanding" vom 12. September 1996 geregelt. Zweck der X._ GmbH ist die Verkaufsförderung und Erschliessung neuer Märkte für X._ Produkte in der Schweiz sowie die Unterstützung der Y._-Gruppe in anderen Märkten ausserhalb der Schweiz.
Die Y._ Corporation ist an der X._ GmbH zu 49 % beteiligt. Die übrigen 51 % der Stammanteile gehören A._, der als Geschäftsführer bei der X._ GmbH angestellt war. Dieser kündigte das "Memorandum of Understanding" auf den 31. März 2000, was gemäss den Statuten der Gesellschaft deren Auflösung bewirkte.
In der Folge wurde A._ als Liquidator der Gesellschaft in das Handelsregister eingetragen.
B.- Die Y._ Corporation stellte am 17. Oktober 2000 beim Bezirksgericht Bülach das Gesuch, es sei A._ als Liquidator der X._ GmbH (Beklagte) mit sofortiger Wirkung abzuberufen und eine unabhängige Drittperson als Liquidator zu ernennen; zudem sei das Handelsregisteramt des Kantons Zürich anzuweisen, im Handelsregister A._ als Liquidator der X._ GmbH zu löschen und an dessen Stelle den vom Gericht bestellten Liquidator einzutragen.
Mit Verfügung vom 5. Dezember 2000 entschied der Einzelrichter im summarischen Verfahren des Bezirkes Bülach, A._ werde als Geschäftsführer und Liquidator der Beklagten abberufen (Dispositivziffer 1) und das Handelsregisteramt des Kantons Zürich werde angewiesen, die gemäss Ziffer 1 der Verfügung notwendige Eintragung im Handelsregister vorzunehmen (Dispositivziffer 2). In Dispositivziffer 3 wurde sodann verfügt, die Person des richterlich zu ernennenden Liquidators der Beklagten werde nach Eintritt der Rechtskraft der Verfügung bezeichnet.
Das Obergericht des Kantons Zürich wies einen Rekurs der Beklagten mit Beschluss vom 30. März 2001 ab und bestätigte die Verfügung des Einzelrichters.
C.- Mit Berufung beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, den Beschluss des Obergerichts vollumfänglich aufzuheben und die Klage auf Abberufung des Liquidators und Geschäftsführers abzuweisen, eventuell die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Klägerin stellt den Antrag, auf die Berufung nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen und den angefochtenen Beschluss zu bestätigen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Berufungsfähigkeit setzt im vorliegenden Fall namentlich voraus, dass der angefochtene Entscheid eine Zivilrechtsstreitigkeit betrifft (Art. 46 OG) und es sich um einen Endentscheid im Sinne von Art. 48 OG handelt. Die erste Voraussetzung ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts erfüllt (<ref-ruling> E. 1a). Die Klägerin macht dagegen geltend, dass kein Endentscheid vorliege, weil erstinstanzlich im summarischen Verfahren entschieden worden sei. Sie bringt zudem vor, der Beklagten fehle die materielle Beschwer.
a) Ein Endentscheid liegt nach ständiger Rechtsprechung vor, wenn das kantonale Gericht über den streitigen Anspruch materiell entschieden oder dessen Beurteilung aus einem Grund abgelehnt hat, der endgültig verbietet, dass der gleiche Anspruch nochmals geltend gemacht wird. Ob ein Endentscheid gegeben ist, bestimmt sich ausschliesslich nach dessen Wirkung auf den eingeklagten Anspruch, unabhängig von der Art des kantonalen Verfahrens. Der Umstand, dass ein Entscheid im summarischen Verfahren ergangen ist, steht der Berufung somit nicht entgegen, sofern das kantonale Gericht endgültig über einen Anspruch des Bundesrechts geurteilt hat (<ref-ruling> E. 3b mit Hinweisen).
Nach der zürcherischen Verfahrensordnung entscheidet der Einzelrichter im summarischen Verfahren in Anwendung von Art. 741 Abs. 2 und Art. 823 OR über die Abberufung von Liquidatoren einer GmbH (<ref-law> ZH [Gesetz über den Zivilprozess vom 13. Juni 1976]). Die Entscheide im summarischen Verfahren stehen hinsichtlich der Rechtskraft jenen im ordentlichen Verfahren gleich (<ref-law> ZH).
Dieser Grundsatz ist freilich in verschiedener Hinsicht einzuschränken bzw. zu differenzieren (Frank/Sträuli/Messmer, Kommentar zu zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. , N. 2 zu § 212). Ob einem im summarischen Verfahren ergangenen Entscheid materielle Rechtskraft zukommt, bestimmt sich vor allem nach dem Zweck des Entscheids, der weitgehend vom angewendeten materiellen Recht abhängt. Die verfahrensrechtliche Ausgestaltung tritt demgegenüber oft in den Hintergrund.
Das lässt sich auch beim zürcherischen Summarverfahren feststellen. So gilt zwar als Regel, dass die Entscheide über die in den §§ 215 ff. ZPO ZH aufgezählten Materien des ZGB und OR dann in materielle Rechtskraft erwachsen, wenn eine Überweisung gemäss <ref-law> ZH ins ordentliche Verfahren möglich ist, was namentlich für das Verfahren auf Abberufung eines Liquidators zutrifft (Frank/Sträuli/Messmer, a.a.O., N. 18 zu § 219 Ziff. 15-17). Von dieser Regel weicht die ZPO in § 221 aber selbst ab, indem sie bei den Begehren um Gegendarstellung gemäss <ref-law> die Überweisung ausschliesst, obwohl der entsprechende Entscheid endgültigen Charakter hat und deshalb einen Endentscheid im Sinne von Art. 48 OG darstellt (<ref-ruling> E. 1b). Letztlich massgebliches Kriterium ist somit in jedem Fall, ob der Entscheid unter dem Gesichtspunkt des angewendeten materiellen Rechts nur vorläufigen oder aber endgültigen Charakter hat.
Im hier vorliegenden Fall drängt sich Letzteres auf, da im Interesse der Gesellschafter und der Gläubiger der Gesellschaft rasch und endgültig über die Abberufung eines Liquidators entschieden werden muss, zumal die Gesellschaft für den Schaden aus unerlaubter Handlung haftet, welche ein Liquidator in Ausübung seiner geschäftlichen Verrichtungen begeht. Das Bundesgericht ist denn auch im Fall der Abberufung des Liquidators einer Aktiengesellschaft von einem Endentscheid im Sinne von Art. 48 OG ausgegangen (nicht publ.
E. 1b von <ref-ruling>). Gleiches muss für die GmbH gelten, auf welche gemäss <ref-law> die Bestimmungen des Aktienrechts über die Bestellung und Abberufung von Liquidatoren anwendbar sind.
b) Die Berufung setzt eine formelle und materielle Beschwer voraus (<ref-ruling> E. 2a). Die formelle Beschwer liegt vor, wenn der Rechtsmittelklägerin nicht zugesprochen worden ist, was sie beantragt hat. Das trifft für die Beklagte ohne weiteres zu, hat sie doch die Abweisung des Gesuchs um Abberufung des Liquidators beantragt. Aber auch die materielle Beschwer ist - entgegen der Behauptung der Klägerin - gegeben. Diese setzt voraus, dass der angefochtene Entscheid die Berufungsklägerin in ihrer Rechtsstellung trifft, für sie rechtlich nachteilig ist und sie deshalb an dessen Abänderung interessiert ist. In der Berufungsschrift legt die Beklagte dar, dass die Abberufung von A._ als Liquidator nicht im Interesse der Gesellschaft liege, weil dieser Geschäftsführer gewesen sei und die Verhältnisse am besten kenne und sich ein neuer Liquidator in die komplexe Tätigkeit erst einarbeiten müsse. Damit ist auch die materielle Beschwer ausgewiesen.
c) Die Beklagte weist zutreffend darauf hin, dass der nach Art. 46 OG erforderliche Mindeststreitwert im vorliegenden Fall angesichts der wirtschaftlichen Bedeutung der Streitsache für die Parteien erheblich überschritten wird.
Auf die Berufung kann demnach eingetreten werden.
2.- Streitig ist in materieller Hinsicht, ob das Verhalten von A._ als wichtiger Grund für dessen Abberufung im Sinne von <ref-law> zu werten ist. Diese Bestimmung entspricht <ref-law> in der Fassung, wie sie bis zum Inkrafttreten des revidierten Aktienrechts am 1. Juli 1992 gültig war. Es kann deshalb auch die frühere aktienrechtliche Literatur herangezogen werden.
a) Als wichtige Gründe sind Umstände zu betrachten, die nach objektiver Wertung darauf schliessen lassen, dass die Liquidation nicht ordentlich durchgeführt wird und deshalb Aktionärs- und Gesellschaftsinteressen gefährdet oder verletzt werden könnten. Dabei kann es sich zum Beispiel um Unfähigkeit, Nachlässigkeit, Abwesenheit oder unredliches Verhalten eines Liquidators oder um seine voraussichtliche Abhängigkeit von einer Mehrheit handeln, die rechts- und machtmissbräuchliche Beschlüsse fasst (Bürgi/Nordmann, Zürcher Kommentar, N. 9 zu Art. 741 aOR). Die Befürchtung, dass ein Liquidator die Liquidation nicht ordentlich durchführen wird, ist umso eher begründet, als er seine Pflichten bereits verletzt hat, was im vorliegenden Fall geltend gemacht wird und Anlass bildet zu einem kurzen Überblick über die Pflichten des Liquidators. Das Liquidationsverfahren ist in vier Phasen aufgeteilt, wobei vor allem die beiden ersten entscheidrelevant sind, nämlich die Bestandesaufnahme sowie die Verwertung der Aktiven und die Tilgung der Schulden (Böckli, Schweizer Aktienrecht, 2. Aufl. , Zürich 1996, Rz. 1957a).
aa) In der Phase der Bestandesaufnahme hat der Liquidator bereits bei der Übernahme seines Amtes eine Bilanz aufzustellen (<ref-law>). Dabei handelt es sich um eine auf Veräusserungswerten beruhende Liquidationseröffnungsbilanz (Böckli, a.a.O., Rz. 1957b). Ebenfalls unmittelbar nach Amtsantritt hat der Liquidator die Gläubigeransprüche festzustellen und die Gläubiger zur Anmeldung ihrer Ansprüche aufzufordern (<ref-law>). Diese Massnahmen dienen der Abklärung einer allfälligen Überschuldung, über welche der Liquidator gegebenenfalls den Richter zu benachrichtigen hat, der die Eröffnung des Konkurses ausspricht (<ref-law>). Der Liquidator muss sich um eine rasche Bestandesaufnahme bemühen, damit er die allenfalls notwendige Benachrichtigung des Richters rechtzeitig vornehmen kann. Für den Schaden, der durch die verspätete Benachrichtigung des Richters entsteht, haftet er wie ein Verwaltungsrat (<ref-law>).
bb) Der Organhaftung für die Verletzung von Sorgfaltspflichten untersteht der Liquidator sodann auch in der Phase der Verwertung und Schuldentilgung, in welcher er mit aller Sorgfalt die in <ref-law> umschriebenen Pflichten zu erfüllen hat. Neben der Weiterführung der laufenden Geschäfte (<ref-law>) geht es in dieser Phase insbesondere um die optimale Verwertung des Umlauf- und Anlagevermögens (Böckli, a.a.O., Rz. 1959c).
Dem Liquidator steht zwar wie dem Verwaltungsrat ein beachtlicher Handlungsspielraum zur Verfügung. Dieser wird jedoch dadurch begrenzt, dass der Liquidator die Interessen der Gesellschaft wahren muss und er nicht im eigenen Interesse oder in jenem von bestimmten Aktionären oder von Drittpersonen handeln darf. Dazu kommt, dass bei einem Handeln unter Interessenkonflikt die sonst geltende Vermutung zu Gunsten eines pflichtgemässen Handelns entfällt und statt dessen Pflichtwidrigkeit zu vermuten ist (von der Crone, Interessenkonflikte im Aktienrecht, SZW 1/1994, S. 8 f.).
b) Bei der Beurteilung, ob wichtige Gründe im Sinne von <ref-law> vorliegen, handelt es sich um einen Ermessensentscheid. Einen solchen Entscheid hat das kantonale Gericht nach Recht und Billigkeit zu treffen, indem es alle wesentlichen Besonderheiten des konkreten Falles beachtet.
Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht zwar an sich frei, indessen mit einer gewissen Zurückhaltung. Das Bundesgericht beachtet dabei praxisgemäss, dass dem Sachgericht ein eigener Spielraum des Ermessens zusteht. Dementsprechend auferlegt es sich bei der Überprüfung Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn das Sachgericht grundlos von den in Lehre und Rechtsprechung ermittelten Bemessungsgrundsätzen abgewichen ist, wenn es Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen, oder wenn es andererseits Umstände ausser Betracht gelassen hat, die es in seinen Entscheid hätte mit einbeziehen müssen. Das Bundesgericht greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig bzw. als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2b S. 273 mit Hinweisen).
3.- a) Die Vorinstanz hält A._ vor, er habe die Liquidationseröffnungsbilanz nicht rechtzeitig erstellt.
Nach eigenen Angaben hat er diese vorerst per 30. Juni, statt auf den 1. April 2000 erstellt. Die Beklagte wendet ein, dieser Mangel sei später behoben worden. Sie macht geltend, indem die Vorinstanz diesen Umstand trotzdem als wichtigen Grund für eine Abberufung bewerte, habe sie <ref-law> verletzt.
Nach dem angefochtenen Urteil könnte eine solche Pflichtvernachlässigung allein für sich betrachtet die Abberufung des Liquidators nicht begründen. Die Vorinstanz hat dem Umstand somit keine ausschlaggebende Bedeutung zugemessen, sondern ihn zusammen mit dem übrigen Verhalten des Liquidators gewürdigt. Das ist nicht zu beanstanden und gilt umso mehr, als das verspätete Erstellen der Liquidationseröffnungsbilanz schwerwiegende Nachteile zur Folge haben kann. So kann diese eindeutige Pflichtverletzung dazu führen, dass der Richter im Fall der Überschuldung der Gesellschaft verzögert benachrichtigt wird, was eine Schädigung der Gesellschaftsgläubiger verursachen kann. Die Beurteilung der Vorinstanz verstösst somit in diesem Punkt nicht gegen <ref-law>.
b) Die Vorinstanz hält sodann fest, A._ habe statutenwidrig unterlassen, während der Tätigkeit als Geschäftsführer seine Entlöhnung vom zuständigen Organ genehmigen zu lassen; Entlöhnungen und Ausgaben von mehr als Fr. 10'000.-- hätte die Gesellschafterversammlung mit Einstimmigkeit genehmigen müssen, was unbestrittenermassen nicht geschehen sei. Die Beklagte rügt auch insoweit eine Verletzung von <ref-law>. Ihre Einwände vermögen indessen nicht zu überzeugen. Wie bereits die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat, geht es in diesem Zusammenhang nicht um die Frage, ob das von A._ sich selbst zugesprochene Honorar überhöht war. Entscheidend ist vielmehr, dass er in Verletzung der Statuten eigenmächtig gehandelt hat. Ob im Fall der Beschlussfassung durch die Gesellschafterversammlung eine Pattsituation eingetreten wäre, wie die Beklagte behauptet, ist unerheblich. Das ändert nämlich nichts daran, dass A._ es unterlassen hat, um eine Beschlussfassung zu ersuchen, und damit seine Kompetenzen durch Selbstkontrahieren überschritten hat. Unbegründet ist schliesslich der ebenfalls erhobene Einwand, das A._ vorgeworfene Verhalten dürfe nicht als wichtiger Grund im Sinne von <ref-law> betrachtet werden, weil es den Geschäftsführer und nicht den Liquidator betreffe. Die Vorinstanz ist zu Recht davon ausgegangen, dass die wichtigen Gründe zur Abberufung des Liquidators in dessen Person liegen müssen. Hat der Liquidator aber bereits in der Vergangenheit ein Verhalten gezeigt, das ihn aufgrund seiner persönlichen Eigenschaften als zur Ausübung seines Amtes ungeeignet erscheinen lässt, kann dies bei der Anwendung von <ref-law> berücksichtigt werden. Eine Verletzung dieser Bestimmung durch die Vorinstanz scheidet somit auch in diesem Punkt aus.
c) Im angefochtenen Urteil wird festgehalten, A._ habe als Geschäftsführer mit dem Verkauf eines Autos aus dem Eigentum der Beklagten an sich selbst zu einem Preis deutlich unter dem Marktwert dieser einen Schaden zugefügt und sich selbst einen unrechtmässigen Vorteil verschafft; durch ein solches Vorgehen habe sich die Klägerin veranlasst sehen dürfen, nicht mehr in die sachgerechte Amtsführung A._s als Liquidator zu vertrauen, bestehe doch seine Aufgabe als Liquidator hauptsächlich darin, die Aktiven der Beklagten bestmöglich zu verwerten.
Mit der Berufung wird in diesem Zusammenhang die Beweiswürdigung der Vorinstanz kritisiert. Diese hat wie bereits der erstinstanzliche Richter auf den Kontrollstellenbericht vom 19. September 2000 abgestellt, wo festgehalten wird, dass der Verkauf des Fahrzeugs an einen Dritten "might have resulted in additional income of up to CHF 12'000". Die Beklagte wirft dem Obergericht vor, es habe den Sinn dieser Äusserung missverstanden, wie sich aus den Umständen des Fahrzeugverkaufs ergebe. Damit greift die Beklagte in unzulässiger Weise die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz an. Darauf ist nicht weiter einzugehen (Art. 55 Abs. 1 lit. c und Art. 63 Abs. 2 OG). Hat das Bundesgericht aber gemäss der verbindlichen vorinstanzlichen Feststellung davon auszugehen, dass das von A._ nach den Angaben der Beklagten für Fr. 10'000.-- gekaufte Fahrzeug mehr als das Doppelte wert war, ist der rechtliche Schluss der Vorinstanz nicht zu beanstanden, dass A._ die für einen Liquidator notwendigen Eigenschaften fehlen. Hat er doch durch sein Verhalten als Geschäftsführer gezeigt, dass ihm unter Umständen seine eigenen Interessen näher stehen als jene der Gesellschaft. Daraus lässt sich ohne Verletzung von <ref-law> ableiten, dass begründete Zweifel bestehen, ob A._ seine Aufgabe als Liquidator im besten Interesse der Beklagten erfüllen wird.
d) Die Vorinstanz betrachtet schliesslich als wichtigen Grund, dass sich A._ wenige Tage vor der Liquidation eine Dividende in beträchtlicher Höhe auszahlen liess. Sie weist darauf hin, es sei zwar auf Antrag der Klägerin an der Gesellschafterversammlung vom 24. März 2000 beschlossen worden, die Dividende solle bis spätestens 31. März 2000 ausbezahlt werden. Trotzdem müsse A._ in seiner Funktion als Geschäftsführer und künftigem Liquidator vorgeworfen werden, dass er sich nur wenige Tage, bevor die Gesellschaft in Liquidation versetzt wurde, seinen Dividendenanteil auszahlen liess. Dieses Vorgehen illustriert nach dem angefochtenen Urteil, dass A._ als geschäftsführender Gesellschafter und Liquidator nicht in der Lage ist, die Interessen der Gesellschaft und deren Gläubiger gegen seine eigenen Interessen als Gesellschafter klar abzugrenzen.
Da bei der Liquidation nicht nur die Veräusserung der Aktiven, sondern vor allem auch die Befriedigung der Gläubiger im Vordergrund stehe, bestehe dieser Interessenkonflikt im Liquidationsverfahren unverändert weiter. Dem ist beizustimmen. Die Beklagte wendet zwar ein, A._ habe einen Rechtsanspruch auf Auszahlung der Dividende und sei deshalb nicht ungerechtfertigt bereichert. Dieses Argument ist indessen rechtlich unerheblich. Entscheidend ist vielmehr, dass während der Liquidationsphase zum Schutz der Gesellschaftsgläubiger grundsätzlich keine Dividenden ausgezahlt werden dürfen (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 56 N. 114 f.). Wenn sich A._ wenige Tage vor dem Beginn der Liquidation eine Dividende in beträchtlicher Höhe auszahlen liess, hat er damit wiederum gezeigt, dass er dem Interessenkonflikt nicht gewachsen ist, der sich zwangsläufig aus dem Umstand ergibt, dass er gleichzeitig Liquidator und Gesellschafter ist.
e) Aus den vorangehenden Erwägungen ergibt sich, dass der Vorinstanz keine Verletzung von <ref-law> vorgeworfen werden kann. Soweit ihr Entscheid auf rechtlichem Ermessen beruht, hat sie dieses bundesrechtskonform ausgeübt. Schliesslich erscheint ihr Ermessensentscheid auch vom Ergebnis her nicht als offensichtlich unbillig oder ungerecht, weshalb für das Bundesgericht kein Anlass zum Eingreifen besteht.
4.- Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen und der angefochtene Beschluss zu bestätigen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend ist die Gerichtsgebühr der Beklagten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Diese hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen und der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich (II. Zivilkammer) vom 30. März 2001 bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich (II. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 13. August 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: