Sachverhalt:
A. Der 1956 geborene G._ war als Mechaniker der X._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 17. Juni 1978 einen Verkehrsunfall erlitt und sich dabei verschiedene Verletzungen zuzog. Unter anderem wurden eine offene Femur-Kondylentrümmer- und Patellafraktur links, eine offene Ruptur der Quadricepssehne sowie des Quadricepsmuskels links und eine Oberschenkeltrümmerfraktur rechts diagnostiziert. Die SUVA sprach ihm mit Verfügung vom 11. Mai 1982 bei einer Erwerbsunfähigkeit von 20 % eine Rente zu. Im Schreiben vom 9. Dezember 2009 ersuchte G._ um Kostengutsprache für die Implantation von zwei Knietotalprothesen an beiden Knien (Operationen vom 25. Januar und 3. Februar 2010). Mit Verfügung vom 10. März 2010 verneinte die SUVA eine Leistungspflicht im Zusammenhang mit der Operation am rechten Knie, weil kein Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis vom 17. Juni 1978 gegeben sei. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 4. November 2010 fest.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 27. September 2011 ab.
C. Mit Beschwerde lässt G._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen für die Affektion des rechten Kniegelenks beantragen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Einholung eines orthopädischen Gerichtsgutachtens in Bezug auf die Kausalität der Kniearthrose zurückzuweisen.
Die SUVA verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Im angefochtenen Entscheid werden die Grundsätze hinsichtlich des Beweiswertes ärztlicher Berichte (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Zu ergänzen ist, dass bei Entscheiden gestützt ausschliesslich auf versicherungsinterne ärztliche Beurteilungen, die im Wesentlichen oder ausschliesslich aus dem Verfahren vor dem Sozialversicherungsträger stammen, an die Beweiswürdigung strenge Anforderungen zu stellen sind: Bestehen auch nur geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der ärztlichen Feststellungen, ist eine versicherungsexterne medizinische Begutachtung im Verfahren nach <ref-law> oder ein Gerichtsgutachten anzuordnen (<ref-ruling> E. 4 S. 467 ff.; <ref-ruling> E. 1d S. 162).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Arthrose am rechten Knie des Beschwerdeführers und die dadurch bedingte Implantation einer Knieprothese überwiegend wahrscheinlich auf das Unfallereignis vom 17. Juni 1978 zurückzuführen sind. Unbestritten zu bejahen ist hingegen die Unfallkausalität der Knieprothesenimplantation am linken Knie.
3.1 Kreisarzt Dr. med. M._, Facharzt für orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, nahm am 2. März und 11. Juni 2010 zur Unfallkausalität der Arthrose am rechten Knie Stellung und kam zum Ergebnis, seiner Ansicht nach sei ein möglicher aber nicht ein wahrscheinlicher Kausalzusammenhang zum Unfall gegeben. Am 5. Oktober 2010 erstattete er eine Stellungnahme zu den vom Rechtsvertreter des Versicherten geäusserten Einwänden und hielt an seiner Beurteilung fest.
3.2 Am 17. Dezember 2010 gab Dr. med. E._, Facharzt für Allgemeine Medizin, Sportmedizin SGSM, zur Unfallkausalität eine Beurteilung ab und kam zum Schluss, es bestehe überwiegend wahrscheinlich ein Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 17. Juni 1978 und der Bildung der posttraumatischen Gonarthrose am rechten Knie. Zur Begründung führte er im Wesentlichen aus, die Mehrfragmentenfraktur am rechten Oberschenkel mittels Dashboard-Mechanismus bedürfe einer sehr hohen Gewalteinwirkung, die zwangsläufig über das rechte Knie laufe. Bis der Oberschenkelknochen so breche, müsse das Knie als Übertragungsgebiet dieser Gewalt erheblich mitverletzt worden sein. Mit einer Dauer von drei Jahren habe eine verzögerte Frakturheilung bestanden. Lange Immobilisationsphasen begünstigten eine posttraumatische Kniegelenksarthrose, dies aufgrund schlechter trophischer Verhältnisse des Weichteilmantels auf Höhe des Kniegelenks. Zudem spielten weitere Faktoren bei der Entstehung der posttraumatischen Arthrose mit: Eine Beinlängendifferenz von 2 cm, eine Innenrotationsfehlstellung des Femurkondylenmassivs des rechten Knies von 15 Grad, der Zustand nach Längsfraktur der Kniescheibe, die radiologisch nachgewiesene Arthrose des Femorotibialgelenkes mit Osteophyten, Geröllzysten und leichter Knochenatrophie im Februar 1984, der Zustand nach arthroskopischer Resektion des Meniskusrisses medial und nach medialer Seitenbandinsuffizienz. Die Beschwerdegegnerin habe zudem den ersten Rückfall in Bezug auf das rechte Knie im Jahr 1984 ebenfalls als Unfallfolge anerkannt.
3.3 Diese konkreten und differenzierten Einwände von Dr. med. E._ sind geeignet, zumindest geringe Zweifel an der Zuverlässigkeit und Schlüssigkeit der Beurteilung von Kreisarzt Dr. med. M._ zu wecken. Es liegt nicht nur eine pauschale Bejahung der Unfallkausalität, sondern eine im einzelnen begründete Stellungnahme vor. Dabei ist zu berücksichtigen, dass es sich vorliegend um eine schwierige Kausalitätsbeurteilung handelt, bei der ein grosser Zeitraum zwischen dem Unfallereignis vom 17. Juni 1978 und der nun zu beurteilenden Arthrose liegt, und verschiedene Faktoren zu berücksichtigen sind. Dies zeigt sich auch in der umfangreichen Stellungnahme des SUVA-Arztes Dr. med. L._, Facharzt für Chirurgie und für Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates von der Abteilung Versicherungsmedizin der Beschwerdegegnerin, vom 1. März 2011 zu den Argumenten von Dr. med. E._. In seinem 14-seitigen Bericht ging er auf die verschiedenen Einwände von Dr. med. E._ ein und legte dar, weshalb die Unfallkausalität seiner Ansicht nach zu verneinen sei. Bei dieser Ausgangslage hätte nach den Vorgaben der Rechtsprechung wegen der bereits genügenden geringen Zweifel an der versicherungsinternen Beurteilung durch den Kreisarzt nicht erneut eine versicherungsinterne Beurteilung eingeholt werden müssen, sondern vielmehr ein externes medizinisches Gutachten.
3.4 Dr. med. E._ nahm in der Folge zur Beurteilung von Dr. med. L._ am 20. April 2001 Stellung, ging auf einzelne von dessen Argumente ein und hielt an der Bejahung des Kausalzusammenhangs fest. Hierzu reichte wiederum Dr. med. L._ am 27. Mai 2011 eine ärztliche Beurteilung ein und bekräftigte seine Verneinung der Unfallkausalität.
3.5 In Würdigung dieser medizinischen Beurteilungen kam die Vorinstanz zum Schluss, dass die Beurteilungen von Dr. med. L._ nachvollziehbar und widerspruchsfrei seien. Die Stellungnahmen von Dr. med. L._ erscheinen zwar umfassender als diejenigen von Dr. med. E._. Allerdings vermögen die Argumente von Dr. med. E._ zumindest geringe Zweifel zu begründen, womit nicht mehr auf die Beurteilungen der versicherungsinternen Ärzte abgestellt werden kann. In dieser Situation muss ein externes medizinisches Gutachten veranlasst werden. Die Voraussetzungen für die Bejahung der Unfallkausalität und damit die beantragte Leistungszusprache sind ebenfalls nicht erfüllt. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde ist die Sache daher an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit dieses ein Gerichtsgutachten zur Unfallkausalität der Arthrose am rechten Knie einholt und hiernach neu über den Leistungsanspruch des Beschwerdeführers entscheidet.
4. Die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht zu erneuter Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235; Urteil 8C_671/2007 vom 13. Juni 2008 E. 4.1). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 27. September 2011 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Januar 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Kathriner