Faits:
A. X._ SA (ci-après: l'intéressée) est une société anonyme dont le but est la gestion d'une agence de placement privé de personnel temporaire et fixe.
A l'occasion d'une visite de chantier le 30 octobre 2006, le Contrôle des chantiers de la construction dans le Canton de Vaud (ci-après: le Contrôle des chantiers) a constaté que A._, ressortissant de Serbie-et-Monténégro et titulaire d'une carte "ONU mission Kosovo", était employé par l'intéressée depuis le 6 juin 2006 alors qu'un délai échéant au mois de janvier 2006 avait été imparti à ce dernier pour quitter la Suisse et qu'aucune autorisation de séjour avec activité lucrative n'avait été délivrée dans l'intervalle.
Le 13 décembre 2006, le Service de l'emploi du canton de Vaud (ci-après: le Service de l'emploi) a reçu une demande d'admission de travailleurs étrangers pour B._, ressortissant de Serbie-et-Monténégro, qui travaillait pour le compte de l'intéressée depuis le 19 juillet 2006 déjà. Le 23 janvier 2007, le Service de l'emploi a reçu une même demande en faveur de C._, de nationalité bolivienne, qui avait commencé à travailler pour le compte de l'intéressée le 19 avril 2006.
Le 28 mars 2007, se fondant sur les constatations qui précèdent, le Service de l'emploi a adressé à X._SA une sommation au sens de l'art. 55 al. 2 de l'ordonnance fédérale du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers (OLE; RO 1986 1791), l'avertissant qu'elle prendrait des sanctions en cas de commission d'une nouvelle infraction à la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 113). Celle-ci n'a pas contesté cette sommation.
A l'occasion d'une visite effectuée sur un chantier le 19 avril 2007, le Contrôle des chantiers a constaté que l'intéressée employait D._, ressortissant du Kosovo, sans titre de séjour valable en Suisse. Invitée à fournir des explications, l'intéressée a transmis une copie d'une attestation d'établissement au nom de D._ délivrée par "la République et canton de Canton de Vaud" qui comportait le numéro de référence "NE 160770".
En mai 2007, le Service de l'emploi a reçu une demande d'admission de travailleurs étrangers en faveur de E._, de nationalité chilienne, qui travaillait pour le compte de l'intéressée depuis le 8 janvier 2007 déjà.
Le 30 août 2007, le Service de l'emploi a décidé, au vu de ces nouveaux faits, de ne plus entrer en matière sur les demandes d'admission de travailleurs étrangers que X._ SA pourrait être appelée à formuler pour une durée de deux mois. Cette décision n'a pas été contestée. Le Service de l'emploi a également dénoncé les faits auprès de la Préfecture du district de Lausanne.
A l'occasion d'une visite effectuée sur un chantier le 24 janvier 2008, le Contrôle des chantiers a constaté que F._ et G._, ressortissants de Serbie-et-Monténégro, travaillaient pour le compte de l'intéressée alors qu'ils n'étaient au bénéfice d'aucun titre de séjour valable en Suisse. Ces deux employés, qui avaient été prêtés à l'intéressée par H._ SA, dont le directeur est I._, et qu'elle avait placés en mission auprès de J._ SA et K._ SA, n'étaient ni immatriculés à l'AVS ni inscrits à la caisse de compensation de l'employeur. Dans le rapport, il est relevé que le directeur de l'intéressée confirme avoir loué les services de F._ depuis le 7 juillet 2007 et ceux de G._ depuis le 8 janvier 2008.
B. Par décision du 12 février 2008, le Service de l'emploi a facturé à l'intéressée les frais relatifs au contrôle des conditions de travail effectué le 24 janvier 2008. L'intéressée a recouru contre la décision du 12 février 2008 auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Elle a conclu à son annulation. Elle a en outre requis la suspension de la cause administrative jusqu'à droit connu sur le plan pénal.
Le 28 avril 2008, le Service de l'emploi a décidé à compter de cette date de rejeter toute demande d'admission de travailleurs étrangers formulée par l'intéressée pour une durée de trois mois et dénoncé le directeur de celle-ci auprès de la Préfecture du district de Lausanne. L'intéressée a recouru contre la décision du 28 avril 2008 auprès du Tribunal cantonal. Elle a conclu à son annulation et requis la suspension de la cause administrative jusqu'à droit connu sur le plan pénal.
Le Tribunal cantonal a accordé l'effet suspensif au recours dirigé contre la décision du 12 février 2008 et joint les deux recours.
Par lettre du 2 juin 2008, la Préfecture du district de Lausanne a informé le Tribunal cantonal que les dénonciations du Service de l'emploi avaient été transmises au juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne.
Durant la procédure de recours devant le Tribunal cantonal, le Service de l'emploi a produit un nouveau rapport daté du 14 août 2008, dont il ressort que l'intéressée employait depuis le 9 janvier 2008 L._, ressortissant de Serbie-et-Monténégro, dépourvu de titre de séjour en Suisse valable. Par décision du 22 août 2008, le Service de l'emploi a facturé les frais de contrôle à l'intéressée. Celle-ci a recouru contre la décision du 22 août 2008 auprès du Tribunal cantonal. Elle a conclu à son annulation.
Le Tribunal cantonal a tenu audience le 17 mars 2009. A cette occasion, le directeur de l'intéressée a déclaré qu'il ignorait l'irrégularité de la situation de ses employés.
Par ordonnance du 26 mars 2009, le juge d'instruction a renvoyé le directeur de l'intéressée devant le Tribunal de police pour avoir notamment engagé plusieurs employés étrangers sans autorisation et a prononcé un non-lieu concernant la poursuite pénale consécutive à l'engagement de F._ et G._ au motif qu'il avait été trompé par I._ sur la situation de ces deux employés en Suisse.
C. Par arrêt du 27 avril 2009, le Tribunal cantonal a rejeté les recours interjetés contre les décisions rendues les 12 février et 28 avril 2008 par le Service de l'emploi. Il n'appartenait pas aux autorités pénales de se prononcer sur le devoir de diligence imposé par la loi à l'employeur, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de faire dépendre la procédure administrative de la procédure pénale. Comme le Tribunal cantonal disposait d'un plein pouvoir d'examen des faits et du droit, il ne violait pas l'art. 6 CEDH en tranchant immédiatement le recours. Sur le fond, l'intéressée avait violé son devoir de diligence en omettant de s'assurer que les travailleurs dont elle louait les services disposaient d'une autorisation de travail. Ayant été sommée de respecter la loi sur ce point, l'intéressée, qui avait récidivé, pouvait être sanctionnée par une décision refusant pendant trois mois l'entrée en matière sur toute demande d'admission de travailleurs étrangers de sa part. Cette sanction respectait le principe de proportionnalité. La décision de mettre à charge de l'intéressée les frais de contrôle était en outre conforme au droit.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer respectivement d'annuler l'arrêt rendu le 27 avril 2009 par la Tribunal cantonal en ce sens qu'aucune sanction ne lui est adressée, très subsidiairement de ne lui infliger qu'un avertissement.
Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. L'Office fédéral des migrations et le Service de l'emploi du canton de Vaud se rallient aux considérants de l'arrêt attaqué.

Considérant en droit:
1. Selon l'art. 126 al. 1 de la loi fédérale sur les étrangers du 16 décembre 2005 (LEtr ou loi sur les étrangers; RS 142.20), les demandes déposées avant le 1er janvier 2008 sont régies par l'ancien droit. La jurisprudence a précisé que l'ancien droit est applicable à toutes les procédures initiées en première instance avant l'entrée en vigueur de la loi sur les étrangers, indépendamment du fait qu'elles aient été ouvertes d'office ou sur demande de l'étranger (arrêts 2C_98/2009 du 10 juin 2009 consid. 1.4; 2C_745/2008 du 24 février 2009 consid. 1.2.3). A contrario, les procédures initiées après le 1er janvier 2008 sont soumises au nouveau droit. Les décisions à l'origine du litige de même que le contrôle du chantier et donc les faits sanctionnés dans ces décisions étant postérieurs au 1er janvier 2008, la présente cause est soumise à la loi sur les étrangers.
2. 2.1 L'arrêt attaqué est une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (art.
42 LTF), le recours en matière de droit public est en principe recevable.
2.2 L'<ref-law> fait dépendre la qualité pour former un recours en matière de droit public, entre autres conditions, de l'existence d'un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (lettre c). Cet intérêt doit en principe être encore actuel lors du prononcé du jugement par le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 81). En l'espèce, la décision rendue le 28 avril 2008 par le Service de l'emploi de rejeter toute demande d'admission de travailleurs étrangers formulée par la recourante pour une durée de trois mois devait être mise en oeuvre à compter du 28 avril 2008. Il est douteux que la recourante dispose encore d'un intérêt actuel au recours. Le Tribunal fédéral renonce toutefois à l'exigence de l'intérêt actuel, lorsque les questions soulevées dans le cadre d'un recours se poseront à nouveau à l'avenir dans des circonstances identiques ou semblables sans qu'un examen du Tribunal fédéral ne puisse avoir lieu en temps voulu (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 673). Tel est le cas en l'espèce du moment que la décision a un effet limité à trois mois.
3. 3.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). La notion de "manifestement inexacte" de l'<ref-law> correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398). D'une manière générale, la correction du vice doit être susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Enfin, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Dès lors que la recourante fait état d'une décision rendue le 4 mai 2009 par le Service de l'emploi (cf. mémoire de recours, § 5c), il s'agit d'un fait nouveau irrecevable.
3.2 En matière d'appréciation des preuves et de constatations de fait, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît aux autorités cantonales dans ce domaine. Il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans motif sérieux, de tenir compte d'un moyen de preuve pertinent ou encore s'il a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398).
La recourante soutient que la conclusion de l'Instance précédente selon laquelle la réalité de la location des services de F._ et G._ a également été retenue par le juge pénal repose sur une appréciation arbitraire des preuves. En réalité, selon elle, il s'agissait d'un prêt entre entreprises, de sorte qu'elle ne pouvait être qualifiée d'employeur.
La qualification de la relation contractuelle entre les sociétés H._ SA, J._ SA, K._ SA et la recourante constitue une question juridique de fond, qui sera examinée ci-dessous. Pour le surplus, la recourante ne démontre pas en quoi les faits retenus par l'Instance précédente seraient arbitraires (cf. <ref-law>). Au contraire, lors de son audition par le Juge d'instruction, dont le procès-verbal figurait au dossier de l'Instance précédente, I._ a confirmé qu'il avait bien loué les services de F._ et G._ à la recourante et que des fiches de salaire avaient été établies pour le mois de février 2009. Il ressort également du procès-verbal du Contrôle des chantiers consignant les déclarations de ces derniers qu'ils n'ont pas caché avoir travaillé pour le compte de la recourante auprès des sociétés J._ SA et K._ SA. Les déclarations des cadres de ces dernières sociétés, également consignées par le Contrôle des chantiers, montrent également que la recourante leur avait loué les services des deux étrangers en cause. Mal fondé, le grief doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.3 Le recours en matière de droit public peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-law>). Il doit être motivé (<ref-law>) et sa motivation doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (<ref-law>). Selon l'<ref-law> en outre, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Pour le reste, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) et n'est donc limité ni par les arguments de la recourante ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation prévue par les art. 42 al. 1 et 2 ainsi que 106 al. 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués et n'est dès lors pas tenu de traiter des questions qui ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
L'Instance précédente a confirmé la condamnation de la recourante aux frais du contrôle effectué le 24 janvier 2008. Cet aspect de l'arrêt attaqué ne fait l'objet d'aucun grief de la part de la recourante contrairement aux exigences de l'<ref-law>, de sorte que le Tribunal fédéral ne saurait examiner d'office cette question ni remettre en cause cette condamnation.
Enfin, invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante se plaint notamment de la violation de son droit d'être entendue, sans exposer toutefois en quoi l'Instance précédente aurait concrètement méconnu les garanties que confère un tel droit. Les exigences de motivation de l'<ref-law> n'étant pas respectées, ce grief est irrecevable.
4. 4.1 L'art. 91 LEtr exige de l'employeur et du destinataire de services transfrontaliers un devoir de diligence: avant d'engager un étranger, l'employeur doit s'assurer qu'il est autorisé à exercer une activité lucrative en Suisse en examinant son titre de séjour ou en se renseignant auprès des autorités compétentes (al. 1). De même, quiconque sollicite, en Suisse, une prestation de services transfrontaliers doit s'assurer que la personne qui fournit la prestation de services est autorisée à exercer une activité en Suisse en examinant son titre de séjour ou en se renseignant auprès des autorités compétentes (al. 2).
D'après l'art. 122 LEtr, si un employeur enfreint la loi sur les étrangers de manière répétée, l'autorité compétente peut rejeter entièrement ou partiellement ses demandes d'admission de travailleurs étrangers, à moins que ceux-ci aient un droit à l'autorisation.
Le devoir de diligence de l'employeur prévu par l'art. 91 LEtr et les sanctions administratives instituées par l'art. 122 LEtr correspondent à la réglementation prévue à l'époque par les art. 10 et 55 OLE. En revanche, l'obligation de diligence du bénéficiaire de prestations de services transfrontaliers est nouvelle (Message du 8 mars 2002 concernant la loi sur les étrangers; FF 2002 3469, p. 3575 s.; cf. aussi: Message du 16 janvier 2002 concernant la loi fédérale contre le travail au noir, FF 2002 3371, p. 3405).
4.2 Selon la jurisprudence rendue sous l'empire de la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, qui garde, pour l'essentiel, sa valeur sous l'empire de la loi sur les étrangers, la notion d'employeur est une notion autonome qui vise l'employeur de fait et ne se limite pas à celle du droit des obligations (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 174; <ref-ruling> consid. 1 et 4 p. 113 pour un cas d'application; cf. Felix Klaus, Ausländische Personen als Arbeitnehmende, in Ausländerrecht, Uebersax/ Rudin/Hugi Yar/Geiser éd., Bâle 2009, n° 17.246).
5. 5.1 Dans l'arrêt attaqué, l'Instance précédente a notamment constaté que la recourante exerçait une activité de location de services soumise à autorisation au sens de l'art. 12 LSE, qu'elle avait loué les services de F._ et G._ à J._ SA et K._ SA, qu'à cet effet, elle les avait engagés sans avoir examiné leur permis de séjour ni s'être renseignée auprès des autorités compétentes. C'est par conséquent à bon droit qu'elle a jugé que la recourante était un employeur et qu'en cette qualité, elle avait violé le devoir de diligence qui lui incombait en application de l'art. 91 LEtr.
5.2 Réitérant les griefs qu'elle avait déjà formulés devant l'instance précédente, la recourante fait valoir que les relations contractuelles portant sur la mise à disposition de F._ et G._ entre elle-même, H._ SA, J._ SA et K._ SA ne sauraient être qualifiées de location de service, mais plutôt de prêt de personnel entre entreprises, de sorte qu'elle ne saurait être qualifiée d'employeur. La recourante n'explique pas la différence qu'il y aurait entre location et prêt de personnel sous l'angle de la loi sur les étrangers. Elle semble toutefois vouloir tirer parti de la chaîne de contrats de location de services passés entre elle-même et H._ SA ainsi qu'entre elle-même et J._ ainsi que K._ SA pour échapper à la qualification d'employeur.
Elle perd de vue qu'au titre de bailleur de services au sens de l'art. 12 LSE, elle doit être considérée comme un employeur, sans égard au fait que les travailleurs qu'elle loue se soient présentés de leur propre chef ou sur instruction d'un tiers en exécution d'un contrat de location de services. L'art. 91 LEtr ne limite en effet pas le devoir de diligence à un seul employeur dans l'hypothèse, comme en l'espèce, d'une chaîne de contrats de location. Au contraire, le législateur a clairement voulu renforcer la lutte contre le travail au noir dont l'engagement de travailleurs étrangers dépourvus de titre de séjour et d'autorisation de travail constitue un segment important (Message du Conseil fédéral concernant la loi fédérale contre le travail au noir du 16 janvier 2002, FF 2002 3371 p. 3406). Ainsi, l'obligation de diligence qu'impose l'art. 91 LEtr au bailleur de service au sens de l'art. 12 LSE ne préjuge en rien de l'éventuelle obligation pour les autres parties aux contrats en chaîne de respecter un même devoir de diligence également fondé sur l'art. 91 LEtr.
5.3 La recourante fait aussi valoir qu'elle aurait été trompée par H._ SA sur le statuts des étrangers qu'elle a engagés. Il est vrai que le directeur de cette société a reconnu avoir sciemment tu le véritable statut - illégal - des travailleurs qu'il louait à la recourante. C'est à bon droit à cet égard que l'Instance précédente a jugé qu'un employeur ne pouvait s'exonérer de l'obligation de diligence de l'art. 91 LEtr en se réfugiant derrière une éventuelle tromperie de tiers. En effet, il appartient à chaque employeur de procéder au contrôle. La simple omission de procéder à l'examen du titre de séjour ou de se renseigner auprès des autorités compétentes constitue déjà une violation du devoir de diligence. Dans ces conditions, il est inutile de prendre en considération les allégations de la recourante relatives à ce qu'elle nomme "la problématique de la fraude documentaire", au demeurant inexistante en l'espèce.
En jugeant que la recourante avait violé le devoir de diligence que lui impose l'art. 91 LEtr, l'Instance précédente a par conséquent correctement appliqué le droit fédéral.
6. La recourante soutient que l'Instance précédente a violé le principe de proportionnalité en confirmant la décision du Service de l'emploi de rejeter toute demande d'admission de travailleurs étrangers formulée par l'intéressée pour une durée de trois mois.
6.1 Le principe de proportionnalité (cf. art. 5 al. 2 Cst.) se compose traditionnellement des règles d'aptitude - qui exige que le moyen choisi soit propre à atteindre le but fixé -, de nécessité - qui impose qu'entre plusieurs moyens adaptés, on choisisse celui qui porte l'atteinte la moins grave aux intérêts privés -, et de proportionnalité au sens étroit - qui met en balance les effets de la mesure choisie sur la situation de l'administré et sur le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 81, 130 II 425 consid. 5.2 p. 438, 128 II 292 consid. 5.1 p. 297 et la jurisprudence citée). Il peut être invoqué directement et de manière autonome par la voie du recours en matière de droit public (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 156 s.)
6.2 Dans l'arrêt attaqué, l'Instance précédente a constaté que, par courrier du 28 mars 2007, la recourante avait été sommée de ne plus commettre d'infractions à la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, que, le 30 août 2007, elle avait été condamnée pour de telles infractions par une décision du Service de l'emploi refusant d'entrer en matière sur toute demande de main-d'oeuvre que la recourante pourrait formuler pour une durée de deux mois et que cette dernière décision n'avait pas été contestée. Dans ces conditions, l'Instance précédente pouvait considérer que la recourante avait récidivé. En d'autres termes, elle pouvait confirmer le refus d'entrer en matière sur toute demande de main-d'oeuvre étrangère pour une durée de trois mois prononcé par le Service de l'emploi, du moment que la recourante avait violé la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers ainsi que la loi sur les étrangers de manière répétée et que la précédente sanction d'une durée de deux mois n'avait pas eu d'effet sur le comportement de la recourante.
Les objections de la recourante selon lesquelles elle aurait été induite en erreur par un tiers et n'aurait pas été impliquée dans une relation juridique de location de services ont déjà été écartées ci-dessus (cf. consid. 5.2 et 5.3). Elles doivent également l'être s'agissant de l'examen du respect du principe de proportionnalité, en l'espèce pleinement respecté.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service de l'emploi et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 16 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey