Sachverhalt:
A.
A.a. Die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in U._. Sie bezweckt die Entwicklung, Planung, Projektierung und Realisierung von Bauten aller Art als Bau-, General- und Totalunternehmung.
Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in V._. Sie bezweckt die Verlegung von Natursteinteppichen und Industriebodenbelägen sowie die Sanierung von Balkon- und Terrassenbelägen.
A.b. Am 21./28. Februar 2008 schlossen die Parteien einen "Pauschal-Werkvertrag" ab. Darin verpflichtete sich die A._ AG als Unternehmerin zur Erfüllung der "Arbeitsgattung BKP - 281.1 Fugenlose Bodenbeläge" für einen "Pauschalpreis inkl. MwSt." von Fr. 944'190.--. Gegenstand des Vertrags waren Bodenbeläge von über 16'000 m2 in zwei Gebäuden, bestehend aus rund 240 Zimmern sowie Gängen und Treppen.
A.c. Die Beschwerdeführerin verwendete bei den Arbeiten Materialien des Unternehmens C._ AG, hauptsächlich das Produkt "D._", eine Bodenbeschichtung auf Polyurethanbasis. Im Datenblatt der C._ AG zu diesem Produkt wird unter dem Titel "Anwendungsbeispiele und Verarbeitungshinweise" von einer glatten Verlaufsbeschichtung von "ca. 2 mm" ausgegangen.
A.d. Nach Abschluss der Arbeiten stellte die A._ AG am 13. November 2008 die Schlussrechnung, die von der B._ AG beglichen wurde.
A.e. Wenige Monate später waren beim Bodenbelag stellenweise visuell gut sichtbare Schäden zu erkennen. Im Auftrag der B._ AG führte die E._ AG daraufhin eine materialtechnische Untersuchung und Beurteilung der Bodenbeläge durch. Der Untersuchungsbericht vom 30. Januar 2009 basiert auf 12 Untersuchungsstellen in verschiedenen Stockwerken beider Gebäude. Nach dem Bericht liegt die mittlere Stärke des Bodenbelags bei 1.05 mm.
A.f. In der Folge kam es zwischen den Parteien zu Gesprächen. Am 27. April 2009 fand eine gemeinsame Begehung vor Ort statt.
A.g. Mit Einschreiben vom 14. Mai 2009 setzte die B._ AG der A._ AG eine Frist bis zum 18. Mai 2009, um bestimmte Dokumente und Angaben zu liefern, namentlich einen "Massnahmenkatalog für die Beseitigung der Schäden" sowie eine "Offerte für die vorgeschlagenen Massnahmen".
A.h. Mit Einschreiben vom 11. Juni 2009 an die A._ AG rügte die B._ AG, dass der Boden mit durchschnittlich 1 mm statt 2-3 mm Dicke verlegt und dazu eine ungünstige Verfüllung mit Quarzsand vorgenommen worden sei, der Boden in dieser Qualität nicht brauchbar sei und die A._ AG trotz mehrmaliger Aufforderung keine Sanierungsmassnahmen vorgeschlagen habe. Sie setze ihr daher eine letzte Frist bis zum 19. Juni 2009 um konkrete Sanierungsmassnahmen, einen Zeitplan für die Umsetzung und die damit verbundenen Kosten zu unterbreiten. Sollte sie bis zu diesem Datum die genannten Elemente nicht oder nur teilweise erhalten, werde sie ein Drittunternehmen mit den Reparatur- bzw. Ersatzarbeiten beauftragen.
A.i. Mit Schreiben vom 19. Juni 2009 erklärte die A._ AG, sie habe die E._ AG mit einer neuen Schichtdickenmessung beauftragt, welche einen Durchschnittswert von 1.55 mm ergeben habe. Die Ursache der Schädigung könne auch bei einer unsorgfältigen Nutzung des Belags liegen; die Abklärungen betreffend Schadensursache würden laufen. Sie unterbreite der B._ AG folgenden Sanierungsvorschlag: Sie werde in den Schäden aufweisenden Zimmern eine zusätzliche PUR-Beschichtung und Versiegelung von ca. 1 mm auftragen, und zwar im Juli 2009 in 2-3 "Musterzimmern". Die "verbleibenden restlichen ca. 7 Zimmer" würden im Herbst 2009 saniert.
A.j. Der im Auftrag der A._ AG verfasste zweite Untersuchungsbericht der E._ AG vom 30. Juni 2009 basiert auf 61 Untersuchungsstellen in verschiedenen Stockwerken beider Gebäude und hält eine durchschnittliche Schichtdicke von 1.55 mm fest.
A.k. Im Juli 2009 nahm die A._ AG in drei Zimmern Nachbesserungsarbeiten vor.
A.l. Mit Einschreiben vom 25. März 2010 erklärte die B._ AG, die gesamten PU-Böden in beiden Gebäuden müssten nochmals neu gemacht werden. Es sei mit Sanierungskosten von rund Fr. 2 Mio. zu rechnen. Die A._ AG könne entweder ihrer Nachbesserungs- und Schadenersatzpflicht vollumfänglich nachkommen oder einen pauschalen Betrag von Fr. 400'000.-- per Saldo aller Ansprüche bezahlen.
A.m. Mit Einschreiben vom 30. März 2010 erklärte die A._ AG, sie habe mit Schreiben vom 19. Juni 2009 bereits einen Sanierungsvorschlag unterbreitet und gemäss diesem Vorschlag im Juli 2009 drei "Musterzimmer" mit einer PUR-Beschichtung und Versiegelung von zusätzlich ca. 1 mm überzogen. Die B._ AG habe seit Mitte Juli 2009 nicht mehr reagiert. Die A._ AG habe die Angelegenheit daher als erledigt betrachten dürfen. Sie schlage nun eine Besichtigung und Prüfung der drei "nachgebesserten" Böden sowie der übrigen Böden vor Ort vor, um den Nachbesserungsanspruch und den Umfang der allfälligen Nachbesserungspflicht zu prüfen.
A.n. Am 20. April 2010 fand eine gemeinsame Besichtigung der drei Musterzimmer statt.
A.o. Mit Schreiben vom 28. April 2010 teilte die B._ AG mit, sie habe sich entschlossen, ein Drittunternehmen mit der Einbringung eines neuen Bodens zu beauftragen. Mit Schreiben vom 28. November 2010 informierte die B._ AG die A._ AG darüber, dass die Sanierungsarbeiten in Ersatzvornahme ausgeführt worden seien und sich die Kosten dafür auf Fr. 2'109'655.50 beliefen. Sie forderte die A._ AG zur Zahlung dieses Betrags auf. Diese bestritt die Forderung und verweigerte die Zahlung.
B.
B.a. Am 20. Februar 2012 reichte die B._ AG beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage ein und beantragte, die A._ AG sei zur Zahlung von Fr. 1 Mio. nebst Zins zu verurteilen.
B.b. Mit Verfügung vom 3. Juni 2013 beschränkte das Handelsgericht das Verfahren auf die Frage, ob die Voraussetzungen für eine Ersatzvornahme durch die B._ AG gegeben waren.
B.c. Mit Zwischenentscheid vom 18. September 2013 stellte das Handelsgericht des Kantons Bern fest, dass der B._ AG in Bezug auf das von der A._ AG gemäss Werkvertrag vom 21./28. Februar 2008 erstellte Werk ein Anspruch auf Ersatzvornahme zugestanden habe. Das Handelsgericht bejahte das Vorliegen eines Werkmangels (ungenügende Schichtdicke des Bodens, da unter 1.8 mm) und einer rechtzeitigen Mängelrüge, verneinte eine Genehmigung des Mangels und hielt fest, aufgrund der ausdrücklichen Verweigerung der Nachbesserung durch die A._ AG habe die B._ AG dieser keine Nachfrist zur Beseitigung des Mangels setzen müssen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 10. September 2014 beantragt die A._ AG dem Bundesgericht sinngemäss, es sei der Zwischenentscheid des Handelsgerichts aufzuheben und es sei die Klage abzuweisen; eventualiter sei die Sache zu ergänzender Abklärung und neuem Entscheid an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Parteien haben Replik und Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.1. Ist wie vorliegend ein selbständig eröffneter Vor- oder Zwischenentscheid angefochten, der weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betrifft (<ref-law>), so ist die Beschwerde in Zivilsachen nach <ref-law> nur zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Es obliegt der Beschwerdeführerin, darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 47 mit Verweisen).
1.2. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf <ref-law> und bringt zutreffend vor, dass mit der Gutheissung der Beschwerde sofort ein Endentscheid herbeigeführt werden könnte, da die Klage abzuweisen wäre, wenn das Vorliegen der Voraussetzungen für eine Ersatzvornahme verneint würde. Sie macht zudem geltend, dadurch würde ein erheblicher Zeit- und Kostenaufwand erspart, der mit der Durchführung eines Beweisverfahrens zur Frage der Höhe der Nachbesserungskosten verbunden wäre. Sie habe diesbezüglich u.a. eine Kostenexpertise beantragt, mit welcher zweifellos ein erheblicher Zeit- und Kostenaufwand verbunden sei.
1.3. Grundsätzlich soll sich das Bundesgericht nur einmal mit der Streitsache befassen, weshalb die Beschwerde erst im Anschluss an den Endentscheid zulässig ist (<ref-law>). Die Ausnahme von <ref-law> wird daher einschränkend verstanden. So wird berücksichtigt, dass jede Instruktion einer Streitsache mit Aufwand verbunden ist und ein Beweisverfahren, das den üblichen Rahmen nicht sprengt, die gesonderte Anrufung des Bundesgerichtes nicht rechtfertigt. Die Voraussetzung von <ref-law> ist etwa dann nicht erfüllt, wenn sich das Beweisverfahren auf die Befragung der Parteien, die Würdigung der eingereichten Unterlagen und die Befragung von wenigen Zeugen beschränkt oder auch eine nicht übermässig aufwendige Expertise umfasst (<ref-ruling> E. 1.2 S. 48 in fine; Urteil 2C_814/2012 vom 7. Mai 2013 E. 3.3 mit Verweisen). Dagegen ist die zweite Voraussetzung von <ref-law> etwa zu bejahen, wenn eine Expertise zu komplexen Sachverhaltsfragen erforderlich wäre (Urteile 4A_632/2012 vom 21. Februar 2013 E. 2.2.2; 2C_211/2011 vom 7. Juli 2011 E. 1.1.3; 4A_210/2010 vom 1. Oktober 2010 E. 3.3.1, nicht publ. in: <ref-ruling>).
1.4. Im vorliegenden Fall sind die Kosten für Bodenbeläge von über 16'000 m2 in zwei Gebäuden zu beurteilen, bestehend aus rund 240 Zimmern sowie Gängen und Treppen. Es kann angenommen werden, dass ein diesbezügliches Beweisverfahren aufgrund der Komplexität einer Kostenexpertise zusammen mit weiteren Beweismassnahmen den Umfang eines üblichen Beweisverfahrens übersteigt. Damit ist die Voraussetzung von <ref-law> erfüllt und die Beschwerde gegen den angefochtenen Entscheid insoweit zulässig.
1.5. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) einzutreten.
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die Begründungspflicht des Beschwerdeführers (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211).
2.3. Nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin nach diesen Grundsätzen mit ihrer Rüge, die Vorinstanz stütze sich in zahllosen Passagen auf ihre subjektiv geprägte Meinung, was sich in der verwendeten Formulierung "Das Handelsgericht ist der Auffassung, (...) " zeige. Auf solche appellatorische Kritik ist nicht einzutreten.
2.4. Dies gilt auch für die Rüge der Beschwerdeführerin, wonach die Kosten der Nachbesserung entgegen der Ansicht der Vorinstanz übermässig seien. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich in ihren Ausführungen darauf, ihre Sicht der Dinge zu wiederholen und geht in keiner Weise auf die verschiedenen Argumente der Vorinstanz ein. Damit genügt sie den Begründungsanforderungen nicht, weshalb auf die Beschwerde in diesem Punkt nicht einzutreten ist.
2.5. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe in ihren Sachverhaltsfeststellungen willkürlich die Aussagen der Zeugen F._ (Geschäftsführer der C._ AG) und G._ (Autor der Untersuchungsberichte der E._ AG zur Schichtstärke des Bodens) weggelassen. Diese hätten u.a. ausgesagt, eine Schichtstärke von 1.6 mm bzw. 1.5 mm sei vorliegend zulässig. Die Vorinstanz habe nicht begründet, weshalb sie diese Zeugenaussagen nicht berücksichtige, was zudem eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) darstelle.
Die Beschwerdeführerin tut nicht dar, inwiefern der Entscheid in diesem Punkt auch im Ergebnis willkürlich sei. Was die behauptete Verletzung des rechtlichen Gehörs angeht, so verlangt die daraus fliessende Verpflichtung der Behörde zur Begründung ihres Entscheids nicht, dass diese sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen). Inwiefern diese Voraussetzung vorliegend nicht erfüllt wäre, begründet die Beschwerdeführerin nicht. Auch darauf ist nicht einzutreten.
2.6. Die Beschwerdeführerin rügt weiter die vorinstanzliche Feststellung als willkürlich, wonach die Schichtstärke des Bodens zu über 80 % weniger als 1.8 mm betrage.
Die Vorinstanz hat ausgeführt, es lägen zwei Untersuchungsberichte vor, die sich mit der effektiven Schichtstärke des Bodens befassen würden. Im ersten Bericht vom 30. Januar 2009 seien 12 Stellen untersucht worden, welche alle eine Schichtstärke von unter 1.8 mm aufgewiesen hätten. Im zweiten Bericht vom 30. Juni 2009 seien 61 Stellen untersucht worden, wobei die Schichtstärke an 47 Untersuchungsstellen unter 1.8 mm betragen habe. Beide Berichte zusammen würden somit auf 73 Untersuchungsstellen beruhen. Die Schichtstärke von 1.8 mm werde an 59 der 73 Stellen, mithin in über 80 % der Fälle unterschritten. Es könne davon ausgegangen werden, dass die tatsächlichen Verhältnisse anteilsmässig richtig abgebildet seien und einen Schluss aufs Ganze ermöglichen würden, zumal die Auswahl der untersuchten Stellen gemäss dem Zeugen G._, dem Autor der Berichte, vernünftig erfolgt sei. Die Messungen seien in fast allen Stockwerken durchgeführt worden, in beiden Gebäuden und in unterschiedlichen Zimmern. Da der Boden überall von den gleichen Arbeitern durch denselben Arbeitsvorgang verlegt und stets dasselbe Produkt auf derselben Unterlage aufgetragen worden sei, könne davon ausgegangen werden, dass die Berichte die tatsächliche Schichtdicke des Bodens repräsentativ wiedergeben würden.
Stützt sich das Sachgericht auf allgemeine Lebenserfahrung, um aus den gesamten Umständen des konkreten Falls oder den bewiesenen bzw. unstrittigen Indizien auf einen bestimmten Sachverhalt zu schliessen, liegt - nur auf Willkür überprüfbare - Beweiswürdigung vor (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 2b S. 258 f.). Die Beschwerdeführerin zählt verschiedene Räumlichkeiten auf, in welchen keine Messungen durchgeführt worden seien, und macht geltend, die Messungen seien nicht repräsentativ. Inwiefern die Vorinstanz bei ihren Feststellungen in Willkür verfallen wäre, zeigt sie dadurch nicht auf. Es trifft zwar zu, dass vorliegend eine grosse Gesamtfläche zu beurteilen ist. Aus Messungen an immerhin 73 Untersuchungsstellen angesichts identischer Umstände (gleiche Arbeiter, gleicher Arbeitsvorgang, dasselbe Produkt, dieselbe Unterlage) zu schliessen, die Schichtstärke des Bodens betrage zu über 80 % weniger als 1.8 mm, ist aber nicht willkürlich. Die Rüge ist unbegründet.
2.7. Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, die Beschwerdegegnerin habe entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen bei der Bezahlung der Schlussrechnung Kenntnis vom angeblichen Mangel gehabt und folglich das Werk genehmigt. Die Vorinstanz hat festgestellt, im Zeitpunkt der Abnahme sei der Beschwerdegegnerin weder die ungenügende Schichtdicke des Bodens noch deren Vertragswidrigkeit bekannt gewesen. Die Beschwerdeführerin habe denn auch nicht behauptet, es habe vor Bezahlung der Schlussrechnung eine Schichtdickenmessung stattgefunden. Dem entgegnet die Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin habe in der Klage selbst ausgeführt, dass es im Anschluss an die Werkabnahme bereits nach kurzer Zeit zu Beschädigungen am Boden gekommen sei. Die Arbeiten seien im Mai 2008 beendet worden, die Schlussrechnung datiere aber erst vom 13. November 2008.
Damit ist Willkür nicht dargetan. Die Beschwerdeführerin legt nur dar, der Beschwerdegegnerin seien Beschädigungen bekannt gewesen. Damit weist sie nicht nach, dass der Beschwerdegegnerin entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen auch die ungenügende Schichtdicke bekannt gewesen sei. Gegen die Feststellung, eine Schichtdickenmessung habe vor Bezahlung der Schlussrechnung nicht stattgefunden, bringt die Beschwerdeführerin nichts vor. Die Rüge ist unbegründet. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz somit auch kein Bundesrecht verletzt, indem sie eine Genehmigung des Werks durch die Beschwerdegegnerin verneint hat.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht einen Mangel bejaht und damit Art. 166 Abs. 1 SIA-Norm 118 und <ref-law> verletzt. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz sei nicht eine Mindestschichtstärke des Bodens von 1.8 mm als "übliche Qualität" geschuldet.
3.1. Nach Art. 165 Abs. 1 SIA-Norm 118 haftet der Unternehmer dafür, dass sein Werk keine Mängel im Sinne von Art. 166 aufweist. Nach Art. 166 Abs. 1 SIA-Norm 118 ist ein Mangel des Werkes im Sinne dieser Norm eine Abweichung des Werkes vom Vertrag. Der Mangel besteht entweder darin, dass das Werk eine zugesicherte oder sonstwie vereinbarte Eigenschaft nicht aufweist; oder darin, dass ihm eine Eigenschaft fehlt, die der Bauherr auch ohne besondere Vereinbarung in guten Treuen erwarten durfte (z.B. Tauglichkeit des Werkes für den vertraglich vorausgesetzten oder üblichen Gebrauch; Art. 166 Abs. 2 SIA-Norm 118).
3.2. Die Vorinstanz hat ausgeführt, der durch die Parteien geschlossene Vertrag enthalte keine Vereinbarung zur geschuldeten Schichtstärke des Bodens. Ein Mangel liege indessen auch vor, wenn dem Werk eine Eigenschaft fehle, die der Bauherr selbst ohne besondere Vereinbarung in guten Treuen habe erwarten dürfen. Geschuldet sei die Leistung üblicher Qualität. Zu deren Beurteilung könne erstens die Norm SIA 252:2002 ("Fugenlose Industriebodenbeläge") beigezogen werden, die zwar nicht Vertragsinhalt geworden, aber in Fachkreisen bekannt sei und daher zumindest als Indiz für die übliche Qualität dienen könne. Diese Norm sehe für Fliessbeläge bei der vorliegend einschlägigen Beanspruchungsgruppe eine Minimaldicke von 3 mm vor. Zweitens gebe die C._ AG als Herstellerin des verwendeten Bodenbelags im Datenblatt "D._" eine Schichtstärke von "ca. 2 mm" vor. Davon sei ein Toleranzabzug von 10 % (0.2 mm) zu machen, womit für die Leistung üblicher Qualität eine Mindestschichtstärke von 1.8 mm vorauszusetzen sei. Denn die Beschwerdegegnerin habe mindestens Anspruch darauf, dass die Vorgaben des Datenblatts der Herstellerin eingehalten würden. Im Übrigen müsse der Boden überall eine Mindestschichtstärke von 1.8 mm aufweisen; eine "Kompensation" einer dünneren Schicht durch eine dickere Schicht an anderer Stelle sei nicht zulässig.
3.3. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin vor, sowohl die SIA-Norm 252 als auch das Datenblatt der C._ AG seien nicht Vertragsbestandteil. Die Vorinstanz schweige sich darüber aus, weshalb eine Schichtstärke von 1.8 mm als übliche Qualität bezeichnet werden müsse. An einer Rechtsgrundlage fehle es gänzlich. Zudem sei entgegen der Ansicht der Vorinstanz die massgebende Mindestschichtstärke bloss im Durchschnitt geschuldet.
3.4. Die Vorinstanz geht zutreffend davon aus, dass ein Mangel vorliegt, wenn dem Werk eine Eigenschaft fehlt, die der Bauherr auch ohne besondere Vereinbarung in guten Treuen erwarten durfte. Für die Frage, was die Beschwerdegegnerin in guten Treuen erwarten durfte, stützte sich die Vorinstanz einerseits auf die einschlägige SIA-Norm wie auch auf das Datenblatt der Herstellerin des verwendeten Bodenbelags. Gegen dieses Vorgehen ist nichts einzuwenden, scheinen doch beide Quellen tauglich zur Bestimmung der üblichen Qualität. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz mithin durchaus begründet, auf welche Grundlagen sie sich stützte. Gegen die Feststellungen der Vorinstanz, wonach die SIA-Norm und das Datenblatt eine Minimaldicke von 3 mm bzw. ca. 2 mm vorsehen würden, bringt die Beschwerdeführerin nichts vor. Um dem "ca." Rechnung zu tragen, nahm die Vorinstanz einen "Toleranzabzug von 10 %" vor und kam zum Schluss, die Beschwerdegegnerin habe in guten Treuen eine Mindestschichtstärke von 1.8 mm erwarten dürfen. Dieses Vorgehen ist bundesrechtskonform. Wie die Vorinstanz zudem richtig ausgeführt hat, ist diese Mindestschichtstärke entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht bloss in dem Sinne durchschnittlich geschuldet, dass ein Mangel an einer Stelle durch eine überdurchschnittliche, dickere Schicht "kompensiert" werden könnte. Damit durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Art. 166 Abs. 1 SIA-Norm 118 annehmen, die Unterschreitung der Mindestschichtstärke von 1.8 mm in über 80 % der Fälle (vgl. oben E. 2.6) stelle einen Mangel dar.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt weiter, entgegen der Ansicht der Vorinstanz habe die Beschwerdegegnerin den angeblichen Mangel nicht (rechtzeitig) gerügt.
4.1. Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Beschwerdegegnerin habe der Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 11. Juni 2009 mitgeteilt, der von ihr verlegte Boden entspreche nicht den vertraglichen und branchenüblichen Vorgaben, da er statt mit 2-3 mm Dicke nur mit einer durchschnittlichen Dicke von 1 mm verlegt und zudem eine ungünstige Verfüllung mit Quarzsand vorgenommen worden sei. Der Boden sei in dieser Qualität nicht brauchbar. Damit habe die Beschwerdegegnerin zum Ausdruck gebracht, dass sie das abgelieferte Werk nicht als vertragsgemäss anerkenne. Mit der Rüge der ungenügenden Schichtstärke habe sie den Mangel substanziiert beschrieben. Sie habe den Mangel auch in Umfang und Ort bezeichnet, indem sie erklärt habe, er sei überall ("im genannten Gebäude") vorhanden. Es liege daher eine taugliche Mängelrüge vor, womit gleichzeitig feststehe, dass die Beschwerdegegnerin nicht auf die Geltendmachung des Mangels verzichtet habe.
4.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 163 und 173 SIA-Norm 118 und von <ref-law>. Sie macht geltend, jeder Mangel hätte einzeln gerügt werden müssen und zwar spezifiziert hinsichtlich Art, Umfang und Ort. Dem Schreiben lasse sich die Art des Mangels nicht entnehmen. Auch die Angabe, dass der Mangel "überall" vorhanden sei, genüge den Anforderungen an eine Mängelrüge nicht. Mangels einer rechtzeitigen Mängelrüge sei das Werk genehmigt worden und seien die Gewährleistungsrechte dahingefallen.
4.3. Nach Art. 173 Abs. 1 SIA-Norm 118 kann der Bauherr während der Garantiefrist in Abweichung vom Gesetz (Art. 367 und 370 OR) Mängel aller Art jederzeit rügen. Er muss den Mangel mithin nicht sofort geltend machen, sondern darf damit bis zum letzten Moment der Garantiefrist zuwarten (Urteil des Bundesgerichts 4C.258/2001 vom 5. September 2002 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Zum Inhalt der Mängelrüge enthält die SIA-Norm 118 keine Bestimmung, weshalb diesbezüglich <ref-law> anwendbar ist (Peter Gauch, Kommentar zur SIA-Norm 118 Art. 157-190, 1991, N. 5 zu Art. 163 SIA-Norm 118). Inhaltlich muss die Rüge sachgerecht substanziiert sein, zumindest die Mängel genau angeben und zum Ausdruck bringen, dass der Besteller das Werk nicht als vertragsgemäss anerkennen und den Unternehmer haftbar machen will (<ref-ruling> E. 1a S. 175).
4.4. Diesen Anforderungen genügt das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 11. Juni 2009. Wie die Vorinstanz richtig ausführt, sind darin die behaupteten Mängel hinsichtlich ihrer Art und ihres Umfangs genau angegeben. Mit ihren Ausführungen, wonach der verlegte Boden nicht den vertraglichen und branchenüblichen Vorgaben entspreche, hat die Beschwerdegegnerin zudem - wie die Vorinstanz ebenfalls richtig ausführt - zum Ausdruck gebracht, dass sie das Werk nicht als vertragsgemäss anerkennen will. Damit sind die inhaltlichen Anforderungen an eine Mängelrüge erfüllt. Die Rüge ist unbegründet.
5.
Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Art. 169 SIA-Norm 118, Art. 368 Abs. 2 und 3 sowie <ref-law> und eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs nach <ref-law>. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz habe sie sich nicht geweigert, eine Nachbesserung vorzunehmen, womit ihr die Beschwerdegegnerin eine Nachfrist zur Nachbesserung hätte ansetzen müssen.
5.1. Nach Art. 169 Abs. 1 SIA-Norm 118 hat der Bauherr bei jedem Mangel zunächst einzig das Recht, vom Unternehmer die Beseitigung des Mangels innerhalb angemessener Frist zu verlangen. Soweit der Unternehmer Mängel innerhalb der vom Bauherrn angesetzten Frist nicht behebt, ist der Bauherr berechtigt, nach seiner Wahl entweder weiterhin auf der Verbesserung zu beharren (Ziff. 1), einen dem Minderwert des Werkes entsprechenden Abzug von der Vergütung zu machen (Ziff. 2) oder vom Vertrag zurückzutreten (Ziff. 3). Hat sich der Unternehmer ausdrücklich geweigert, eine Verbesserung vorzunehmen, oder ist er hiezu offensichtlich nicht imstande, so stehen dem Bauherrn nach Art. 169 Abs. 2 SIA-Norm 118 die in Abs. 1 vorgesehenen Mängelrechte schon vor Ablauf der Verbesserungsfrist zu.
5.2. Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Beschwerdegegnerin habe der Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 14. Mai 2009 eine Frist zur Lieferung bestimmter Dokumente und Angaben gesetzt. Die Beschwerdeführerin habe darauf nicht reagiert. Mit Schreiben vom 11. Juni 2009 habe die Beschwerdegegnerin ihr eine weitere Frist gesetzt, um konkrete Sanierungsmassnahmen vorzuschlagen. Die Beschwerdeführerin habe darauf nicht fristgerecht reagiert, sondern erst mit Schreiben vom 19. Juni 2009 erklärt, es würden Abklärungen zu den Schadensursachen laufen. Die Beschwerdeführerin habe vorgeschlagen, in "2-3 Musterzimmern" eine zusätzliche Beschichtung von 1 mm aufzutragen und in den "verbleibenden restlichen ca. 7 Zimmern" im Herbst gleich zu verfahren. Nach Ausführung entsprechender Arbeiten in den "Musterzimmern" habe die Beschwerdeführerin aber nichts mehr von sich hören lassen. Weder habe sie mit der Beschwerdegegnerin Kontakt aufgenommen, um einen Termin für die Arbeiten in den "verbleibenden restlichen ca. 7 Zimmern" zu organisieren, noch habe sie der Beschwerdegegnerin das Ergebnis der angekündigten "Abklärungen betreffend Schadensursachen" mitgeteilt. Gleichzeitig habe sich die Beschwerdeführerin nie ausdrücklich zu den verbleibenden rund 230 Schulzimmern geäussert, welche von der Mängelrüge der Beschwerdegegnerin auch umfasst gewesen seien. Dieses Verhalten könne nicht anders gelesen werden, als dass die Beschwerdeführerin eine Nachbesserung der gesamten Bodenfläche in allen Schulzimmern nicht habe vornehmen wollen. Dies komme einer eigentlichen Weigerung gleich. Abschliessend sei darauf hinzuweisen, dass die Beschwerdegegnerin eine Nachbesserung der Beschwerdeführerin auch im April 2010 noch angenommen hätte.
5.3. Die Beschwerdeführerin bringt vor, es obliege nicht ihr als Unternehmerin, der Beschwerdegegnerin ein Angebot für eine umfassende Nachbesserung zu unterbreiten. Würde der Argumentation der Vorinstanz gefolgt, könnte sich der Besteller mit der Mängelrüge begnügen und abwarten, ob der Unternehmer ihm ein Angebot zur Nachbesserung unterbreite. Dies widerspreche Art. 169 SIA-Norm 118 sowie Art. 368 Abs. 2 und 3 OR, wonach der Besteller Frist auf Verbesserung anzusetzen habe. Eine in Art. 169 Abs. 2 SIA-Norm 118 vorausgesetzte ausdrückliche Weigerung ihrerseits habe nicht vorgelegen, was sich aus der von der Vorinstanz zu Unrecht unbeachtet gelassenen Korrespondenz der Parteien vom 25. und 30. März 2010 ergebe.
Die Beschwerdeführerin rügt zudem, die Vorinstanz habe sich zu ihrem wiederholten Einwand (Klageantwort, S. 18 und 21; Duplik, S. 16), wonach die Beschwerdegegnerin ein neues Werk hergestellt habe, nicht geäussert, was eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) darstelle. Die Neuerstellung des Werks sei vom Gewährleistungsrecht nicht erfasst. Da sich die Beschwerdegegnerin für ein anderes Werk entschieden habe (Linoleum-Boden statt PU-Belag), sei sie ihres Rechts auf Ersatzvornahme verlustig gegangen. Die Vorinstanz hätte diesen Einwand prüfen müssen.
5.4.
5.4.1. Nachdem die Vorinstanz festgestellt hat, eine Mängelrüge sei erst mit Schreiben vom 11. Juni 2009 erfolgt, muss die (unterbliebene) Reaktion der Beschwerdeführerin auf das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 14. Mai 2009 unbeachtet bleiben. Denn eine Verweigerung einer Nachbesserung des Mangels kann daraus nicht abgeleitet werden, wenn der Mangel zu diesem Zeitpunkt noch nicht einmal gerügt worden war. Was die Frage der fristgerechten Reaktion auf das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 11. Juni 2009 angeht, so setzte diese darin eine Frist bis zum 19. Juni 2009 für eine Rückmeldung, dies mit der Androhung, ein Drittunternehmen zu beauftragen, wenn sie bis zu diesem Datum die gewünschten Informationen nicht erhalten sollte. Die Ausführungen der Vorinstanz, wonach die Beschwerdeführerin mit ihrem Schreiben vom 19. Juni 2009 nicht fristgerecht reagiert habe, sind mithin zwar nicht zu beanstanden, da nach dem Wortlaut die Antwort bis zum 19. Juni 2009 der Beschwerdegegnerin zugehen sollte. Die Verspätung - die offenbar auf ein Missverständnis seitens der Beschwerdeführerin zurückging, ist diese doch der Ansicht, mit Postaufgabe am letzten Tag der Frist diese gewahrt zu haben - ist aber angesichts ihrer Geringfügigkeit nicht als Indiz für eine Weigerung der Beschwerdeführerin geeignet.
5.4.2. Damit bleibt als Begründung der Vorinstanz für die Weigerung der Beschwerdeführerin die Tatsache, dass sich diese nach der Auftragung der zusätzlichen Beschichtung in den Musterzimmern nicht mehr bei der Beschwerdegegnerin gemeldet habe. Weder habe sie über die Ergebnisse der Abklärungen betreffend Schadensursache informiert, noch habe sie Kontakt aufgenommen, um einen Termin für die Arbeiten in den "verbleibenden restlichen ca. 7 Zimmern" zu vereinbaren. Es sei auch kein Angebot für eine umfangreichere Nachbesserung in allen Schulzimmern bei der Beschwerdegegnerin eingegangen.
Dagegen bringt die Beschwerdeführerin zu Recht vor, dass nach Art. 169 SIA-Norm 118 grundsätzlich der Besteller in der Pflicht ist, die Beseitigung des behaupteten Mangels zu verlangen. Blosses Stillschweigen des Unternehmers ist noch keine ausdrückliche Weigerung, wie sie in Art. 169 Abs. 2 SIA-Norm 118 vorausgesetzt ist (vgl. Hans Rudolf Spiess/Marie-Theres Huser, Norm SIA 118, Handkommentar, 2014, N. 7 zu Art. 169 SIA-Norm 118 e contrario ). Alleine gestützt auf die der Beschwerdeführerin vorgeworfenen "Unterlassungen" kann somit eine ausdrückliche Weigerung nicht bejaht werden.
5.4.3. Es kommt hinzu, dass sich die Vorinstanz in ihren Ausführungen nicht mit dem Verhalten der Parteien im Jahr 2010 befasst. In ihren Ausführungen zum Sachverhalt hat die Vorinstanz festgestellt, nach den Nachbesserungsarbeiten der Beschwerdeführerin in drei Musterzimmern im Juli 2009 scheine zwischen den Parteien eine Kommunikationslücke geherrscht zu haben. Mit Einschreiben vom 25. März 2010 habe die Beschwerdegegnerin erklärt, sie erwarte bis am 1. April 2010 eine Mitteilung der Beschwerdeführerin, ob diese ihrer Nachbesserungspflicht nebst Schadenersatzpflicht vollumfänglich nachkomme oder sie einen pauschalen Betrag von Fr. 400'000.-- per Saldo aller Ansprüche bezahle. Mit Einschreiben vom 30. März 2010 habe die Beschwerdeführerin ausgeführt, sie habe mangels Reaktion der Beschwerdegegnerin nach den Nachbesserungsarbeiten im Juli 2009 die Angelegenheit als erledigt betrachtet. Sie schlage nun aber eine Besichtigung und Prüfung der drei nachgebesserten Böden sowie der übrigen Böden vor Ort vor, um den Nachbesserungsanspruch und den Umfang der allfälligen Nachbesserungspflicht zu prüfen. Am 20. April 2010 habe eine gemeinsame Besichtigung der drei Musterzimmer stattgefunden. Mit Schreiben vom 28. April 2010 habe die Beschwerdegegnerin mitgeteilt, sie habe sich entschlossen, ein Drittunternehmen mit der Einbringung eines neuen Bodens zu beauftragen.
Die Beschwerdeführerin bringt zu Recht vor, dass diese Sachverhaltselemente relevant sind für die Frage, ob eine ausdrückliche Weigerung vorliegt. Gegen die Annahme einer solchen spricht jedenfalls das Schreiben der Beschwerdeführerin vom 30. März 2010, worin diese eine Besichtigung vorgeschlagen hat, um den Nachbesserungsanspruch und den Umfang der allfälligen Nachbesserungspflicht zu prüfen. Von entscheidender Bedeutung sind daher die Ergebnisse der gemeinsamen Besichtigung am 20. April 2010, nach welcher die Beschwerdegegnerin mit Schreiben vom 28. April 2010 die Ersatzvornahme ankündigte. Dies gilt umso mehr, als die Beschwerdegegnerin nach den vorinstanzlichen Feststellungen eine Nachbesserung der Beschwerdeführerin auch im April 2010 noch angenommen hätte.
Was die Parteien anlässlich der gemeinsamen Besichtigung besprochen haben und zu welchem Ergebnis sie gekommen sind, lässt sich den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen nicht entnehmen. Die Sache ist daher zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sollte die Vorinstanz zum Schluss kommen, es liege keine Weigerung der Beschwerdeführerin vor, so wäre die offengelassene Frage zu prüfen, ob die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin eine angemessene Frist zur Verbesserung nach Art. 169 Abs. 1 SIA-Norm 118 angesetzt hat.
5.5. Abschliessend stellt sich die Frage, ob die Vorinstanz im Zusammenhang mit dem Einwand der Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin habe sich für ein anderes Werk entschieden, das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt hat.
Sowohl nach Art. 169 Abs. 1 SIA-Norm 118 als auch nach <ref-law> ist die Nachbesserungsforderung auf die unentgeltliche "Verbesserung" des Werkes gerichtet. Dieses Recht erfasst nur unter bestimmten Voraussetzungen die Erstellung eines neuen Werks (vgl. dazu Urteil des Bundesgerichts 4C.258/2001 vom 5. September 2002 E. 4.1.4). Die Beschwerdeführerin belegt mit Aktenhinweisen, dass sie im vorinstanzlichen Verfahren die Forderung der Beschwerdegegnerin auch mit dem Einwand bestritten hat, diese habe statt blosser Nachbesserungen die Erstellung eines neuen Werks verlangt. Die Vorinstanz hat sich mit diesem Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht auseinandergesetzt. Das Vorbringen der Beschwerdegegnerin, wonach diese Frage erst im Rahmen der Prüfung von Art und Umfang der Ersatzvornahme zu prüfen sei, verfängt nicht. Denn die Vorinstanz kam im vorliegend angefochtenen Zwischenentscheid zum Schluss, der Beschwerdegegnerin habe ein Anspruch auf Ersatzvornahme (auf in ihrem Umfang noch zu bestimmende Kosten der Beschwerdeführerin) zugestanden. Das Recht auf Ersatzvornahme wäre aber zu verneinen, wenn die Beschwerdeführerin die geforderte (angebliche) Nachbesserung hätte verweigern dürfen (vgl. etwa Urteil des Bundesgerichts 4A_307/2010 vom 14. Oktober 2010 E. 2; ROGER BRÄNDLI, Die Nachbesserung im Werkvertrag, Eine Gesamtdarstellung unter Berücksichtigung der SIA-Norm 118, Zürich/St. Gallen 2007, N. 896, 898).
Wie die Frage der übermässigen Kosten hätte die Vorinstanz mithin auch die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene Frage der Erstellung eines neuen Werks prüfen müssen. Indem sie dies nicht getan hat, hat sie den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt. Die Rüge ist somit begründet und die Vorinstanz wird auch die Frage zu prüfen haben, ob die Beschwerdegegnerin die Erstellung eines neuen Werks verlangt hat und ob diesfalls die Voraussetzungen dafür erfüllt waren.
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Zwischenentscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 18. September 2013 ist aufzuheben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren Begehren nur teilweise durch. Da zum jetzigen Zeitpunkt zudem noch ungewiss ist, in welchem Umfang sie in der Sache obsiegen wird, erscheint es gerechtfertigt, die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen (vgl. Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Zwischenentscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 18. September 2013 wird aufgehoben und die Sache wird zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. März 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier