Sachverhalt:
A. Am 29. Juni 2009 ersuchte H._ um die Baubewilligungen für den Neubau der Häuser A mit Tiefgarage (Baugesuch Nr. 2009-0061) und B (Baugesuch Nr. 2009-0062; Einfamilienhaus) auf den Parzellen 3775 und 4111 in Flims Dorf. Am 6. August 2009 reichte er eine Projektänderung ein.
Gegen die Baugesuche samt Projektänderung erhoben A._ und weitere Stockwerk- bzw. Miteigentümer der Nachbarparzellen 1589 und 3982 Einsprache. Die Gemeinde Flims hiess die Einsprachen am 1. Dezember 2009 teilweise gut und bewilligte die zwei Baugesuche unter Bedingungen und Auflagen. Die Beschwerde der Einsprecher wurde am 20. August 2010 vom Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden abgewiesen, soweit es darauf eintrat.
Die dagegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht am 23. März 2011 gut und wies die Sache zu weiterer Behandlung im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde zurück (Urteil 1C_492/2010).
B. Am 23. Juni 2011 reichte H._ Projektänderungsgesuche zu den Gesuchen Nr. 2009-0061 (Haus A, Einfamilienhaus mit Einliegerwohnung) auf Parzelle 4111 sowie Nr. 2009-0062 (Haus B, Einfamilienhaus) auf der neu geschaffenen Parzelle 4409 ein, inklusive einer Tiefgarage auf den Parzellen 4111 und 4409 (formell zum Gesuch Nr. 2009-0061 gehörend). Dagegen erhoben A._ und Mitbeteiligte wiederum Einsprache.
Am 8. November 2011 erteilte der Gemeindevorstand Flims die Baubewilligung für den Neubau A auf Parzelle 4111 unter Bedingungen und Auflagen. Betreffend Lenkung des Zweitwohnungsbaus verfügte er, die 5-Zimmerwohnung im EG/OG dürfe für 15 Jahre nur als Erstwohnung genutzt werden; für eine eventuelle Umnutzung in eine Zweitwohnung bedürfe es eines Baugesuchs und eines entsprechenden Kontingents. Die 3-Zimmerwohnung im UG dürfe für 20 Jahre nur als touristisch bewirtschaftete Zweitwohnung genutzt werden; für deren allfällige Umnutzung bedürfe es eines Baugesuchs und eines entsprechenden Kontingents.
Gleichentags erteilte der Gemeindevorstand Flims die Bewilligung für den Neubau Haus B, Parzelle 4409, unter Bedingungen und Auflagen. Die geplante Zweitwohnung mit 159 m2 Bruttogeschossfläche (BGF) wurde dem Kontingent unterstellt; mit dem Neubau dürfe 2011 begonnen werden. In teilweiser Gutheissung der Einsprache wurde entschieden, dass der Nebenbau bzw. der Balkon auf der Ostseite des Gebäudes nicht bewilligt werde und angepasst werden müsse; die entsprechenden geänderten Pläne seien vor Baubeginn einzureichen. Im Übrigen wurden die Einsprachen abgewiesen.
C. Gegen den Einspracheentscheid und die Baubewilligungen erhoben A._ und Mitbeteiligte Beschwerde ans Verwaltungsgericht. Dieses hiess die Beschwerde am 26. April 2012 bezüglich der Baubewilligung 2009-0062 (Haus B) teilweise gut. Es wies die Angelegenheit insofern an die Gemeinde zurück, damit diese nach Berechnung der im Sinne der Erwägungen noch zu beschaffenden anrechenbaren Geschossfläche (aGF) die Baubewilligung 2009-0062 mit der Auflage ergänze, dass diese aGF von der Bauherrschaft noch vor Baubeginn beschafft und die daraus resultierenden Korrekturen in der Baubewilligung 2009-0062 vorgenommen werden müssten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid haben A._ und Mitbeteiligte am 21. August 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts sowie die Einsprache- und Baubewilligungsentscheide des Gemeindevorstandes Flims vom 30. August 2011 und vom 8. November 2011 seien aufzuheben und dem Bauherrn sei zu verbieten, diese zu realisieren. Die ursprünglichen Baugesuche Nrn. 2009-0061 und 2009-0062 seien aus der Kontingentsliste mit Kontingentszuweisung für das Jahr 2010 zu entfernen und die am 1. Juli 2011 publizierten Projektänderungen am Schluss der aktuellen Kontingentsliste aufzunehmen.
E. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Flims hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.
F. Mit Verfügung vom 20. September 2012 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid weist die Sache bezüglich der Baubewilligung 2009-0062 (Haus B) an die Gemeinde zurück, damit diese nach Berechnung der im Sinne der Erwägungen noch zu beschaffenden aGF die Baubewilligung mit einer Auflage ergänze.
Wie sich aus der Formulierung des Dispositivs ergibt, steht der Gemeinde noch ein gewisser Entscheidungsspielraum zu: Zum einen muss sie die noch zu beschaffende aGF berechnen; zum anderen muss sie mittels einer Auflage deren Beschaffung durch die Bauherrschaft sicherstellen. Es ist damit zu rechnen, dass die von der Gemeinde formulierte Auflage von den Beschwerdeführern angefochten wird: Diese vertreten nämlich die Auffassung, dass die zu beschaffende aGF den nach Art. 38 des Baugesetzes der Gemeinde Flims vom 13. Juni 2010 (BG) zulässigen Ausnützungstransport von maximal 15 % überschreite und daher unzulässig sei.
Der angefochtene Entscheid schliesst das Baubewilligungsverfahren somit nicht ab und ist daher als Zwischenentscheid zu qualifizieren.
Dagegen ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der angefochtene Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. a und b BGG). Die Beschwerdeführer legen nicht dar, inwiefern eine dieser Voraussetzungen erfüllt ist; dies ist auch nicht offensichtlich. Insofern kann auf die Beschwerde jedenfalls insoweit nicht eingetreten werden, als sie die Baubewilligung 2009-0062 (Haus B) betrifft.
2. Fraglich ist, ob auf die Beschwerde gegen die Baubewilligung Nr. 2009-0061 (Haus A mit Tiefgarage) eingetreten werden kann. Dies wäre zu bejahen, wenn insofern ein End- bzw. Teilendentscheid (Art. 90 f. BGG) vorliegen würde. Dies setzt voraus, dass die Bewilligung für Haus A unabhängig von der (noch nicht definitiven) Baubewilligung für Haus B beurteilt werden kann (<ref-law>), d.h. dass jede der beiden Bewilligungen auch Gegenstand eines eigenen Verfahrens hätte bilden können (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 144 f. mit Hinweisen) und keine Gefahr eines Widerspruchs zwischen dem Teil- und dem Schlussurteil besteht (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 217 f. mit Hinweisen).
Für einen Endentscheid spricht die Tatsache, dass Haus A und Haus B Gegenstand je eigener Baubewilligungen sind.
Dagegen sprechen folgende Überlegungen:
Zum einen muss für Haus B noch aGF beschafft werden; als abgebende Parzelle kommt insbesondere die unmittelbar angrenzende Parzelle 4111 des Beschwerdegegners in Betracht, die (nach Auffassung der Vorinstanzen) noch über eine gewisse Ausnützungsreserve verfügt. Dies hätte allerdings zur Folge, dass beide Grundstücke eine AZ-Einheit bilden würden (Art. 38 Abs. 2 BG); insofern kann nicht von vornherein ausgeschlossen werden, dass auch Korrekturen an der Bewilligung für Haus A nötig sein könnten.
Zum anderen sind für Haus A und Haus B gemeinsame Erschliessungs- und Parkierungsanlagen geplant: Vorgesehen ist eine gemeinsame Tiefgarage, die im Wesentlichen auf Parzelle 4409, unter Haus B, liegt und durch einen Tunnel (auf Parzelle 4111) an die Via Cangina angeschlossen werden soll. Auch unter diesem Blickwinkel bilden beide Baubewilligungen materiell eine Einheit, auch wenn die Tiefgarage formell Bestandteil des Baugesuchs 2009-0061 (Haus A) ist.
3. Nach dem Gesagten ist der angefochtene Entscheid insgesamt als Zwischenentscheid zu qualifizieren.
Dies hat zur Folge, dass auf die Beschwerde insgesamt nicht eingetreten werden kann (<ref-law>). Erst wenn ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid vorliegt, der das Verfahren vollständig - d.h. für beide konnexen Bauprojekte - abschliesst, kann dagegen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben werden. Mit der Beschwerde gegen den Endentscheid können dann (soweit noch aktuell) alle vorangegangenen Zwischenentscheide mitangefochten werden (<ref-law>).
4. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Flims und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber