Faits:
A. Le 23 décembre 2011, X._ a déposé une dénonciation/plainte pénale pour escroquerie contre son épouse. Il l'accusait d'avoir dissimulé des avoirs importants, ce qui lui avait permis d'obtenir, notamment dans le cadre de leur procédure de divorce, une décision de justice lui octroyant une contribution d'entretien qu'il jugeait indue.
B. Par ordonnance du 13 février 2012, le Ministère public de l'arrondissement de La Côte a refusé d'entrer en matière et laissé les frais à la charge de l'État.
C. Par arrêt du 3 mai 2012, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par X._. Cette autorité a estimé que la plainte, nécessaire s'agissant d'une escroquerie au préjudice d'un proche (<ref-law>), était tardive.
D. X._ forme un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de cet arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Aucun échange d'écritures n'a été ordonné.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué confirme le classement d'une procédure pénale ouverte à l'encontre de l'épouse du recourant. Rendu en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), il met fin à la procédure pénale (<ref-law>). Partant, il peut faire l'objet d'un recours en matière pénale selon les <ref-law>.
Le recourant soutient que l'autorité cantonale l'aurait à tort reconnu partie plaignante. Il ne serait que dénonciateur. Il invoque toutefois que le délai de plainte n'aurait pas encore commencé à courir. Il ne dit en outre rien des prétentions civiles qu'il pourrait faire valoir dans le cadre de la procédure pénale. Sa qualité pour recourir n'est ainsi pas évidente. Cette question peut toutefois rester ouverte au vu de ce qui suit.
2. Le recourant estime que l'autorité cantonale a établi de manière manifestement inexacte les faits en considérant qu'il avait agi en tant que partie plaignante. C'est dès lors à tort qu'elle lui a refusé cette qualité, qu'il n'a jamais prétendu avoir.
La qualité avec laquelle un justiciable agit est une question de droit et non de fait. Sous cet angle, le grief est irrecevable. Même si l'on devait considérer que c'est la volonté du recourant d'agir en tant que dénonciateur et non en tant que partie plaignante qui est ici en cause - question de fait et non de droit - le grief serait également irrecevable, faute pour le recourant de démontrer comme il le doit (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 228) en quoi cette appréciation - savoir à quel titre il souhaitait agir - rendrait la décision litigieuse arbitraire (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.). Par surabondance, on relèvera que le recourant fait lui-même référence à sa "plainte" (recours, p. 7), document dans lequel il indique en page 1 déposer "plainte pénale".
3. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>, estimant que l'escroquerie qu'il dénonce devait se poursuivre d'office.
3.1 En vertu de l'<ref-law>, celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Aux termes de l'<ref-law>, l'escroquerie commise au préjudice des proches ou des familiers ne sera poursuivie que sur plainte.
3.2 Au vu des termes "ne" (sera poursuivie) "que" (sur plainte) figurant à l'alinéa 3 de l'<ref-law>, une escroquerie "commise au préjudice des proches" peut être poursuivie uniquement sur plainte. Celle-ci est dans ce cas une condition de punissabilité.
3.3 Le recourant estime que l'<ref-law> serait seul applicable en cas d'escroquerie au procès. La victime de l'escroquerie serait la personne trompée, soit la justice, et non le tiers dont les intérêts pécuniaires sont lésés, soit la partie adverse, en l'espèce lui-même. L'infraction n'aurait ainsi pas été commise au préjudice d'un proche, si bien qu'il pouvait agir en tant que dénonciateur et l'infraction être poursuivie en vertu de l'<ref-law>.
L'escroquerie, sanctionnée par l'<ref-law>, est classée dans les infractions contre le patrimoine (art. 137 à 172ter CP) et non dans celles visant à protéger l'administration de la justice (art. 303 à 311 CP), comme par exemple la fausse déclaration d'une partie en justice (<ref-law>). Le seul bien juridique protégé par l'<ref-law> est le patrimoine (<ref-ruling> consid. 2c p. 203; MARKUS BOOG, Die Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Begriff des Vermögensschadens beim Betrug, 1991, p. 7 s. et auteurs cités). La personne aux dépens de laquelle est commise l'escroquerie, soit le titulaire du bien juridique protégé, est ainsi celle dont les intérêts pécuniaires sont lésés, non l'éventuel dupé afin de causer cette atteinte. Que l'<ref-law> utilise le terme "victime" pour désigner la personne dupée ne change rien à ce que cette disposition vise à sanctionner l'atteinte au patrimoine à la suite de la tromperie. En cas d'escroquerie au procès, le lésé est donc la partie dont le patrimoine est atteint et non la justice. Une escroquerie dite au procès tombe dès lors également sous le coup de l'<ref-law>, lorsqu'elle est commise au préjudice d'une partie adverse qui s'avère être un proche.
3.4 Le recourant soutient que la notion de proche, utilisée à l'<ref-law> et définie par l'<ref-law>, ne comprendrait plus celle d'époux séparés depuis plus de deux ans. Il estime que la jurisprudence doit être modifiée en ce sens.
En vertu de l'<ref-law>, les proches d'une personne sont son conjoint, son partenaire enregistré, ses parents en ligne directe, ses frères et soeurs germains, consanguins ou utérins ainsi que ses parents, frères et soeurs et enfants adoptifs. Pour aucune des personnes citées, l'existence de (bons) rapports n'est nécessaire. Dans ces conditions, on ne voit pas que la seule survenance de tensions, une procédure de divorce même bien avancée ou la possibilité prévue par la loi d'obtenir le divorce après une séparation de deux ans permette de s'écarter du texte clair de cette disposition. A la teneur actuelle de l'<ref-law>, le conjoint est un proche jusqu'au prononcé de divorce (YVAN JEANNERET, in Commentaire romand, Code pénal I, 2009, n° 2 ad <ref-law>; GÜNTER STRATENWERTH/WOLFGANG WOHLERS, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, 2e éd. 2009, n. 2 ad <ref-law>; STEFAN TRECHSEL ET AL., Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, n. 2 ad <ref-law>).
3.5 A raison, le recourant ne conteste plus qu'il avait connaissance des éléments prétendument dissimulés par son épouse plus de trois mois avant le dépôt de sa plainte. Il invoque en revanche qu'il s'agirait d'un délit continu, si bien que le délai de trois mois prévu par l'<ref-law> n'était pas échu au moment du dépôt de plainte.
Une infraction est dite continue lorsque les actes créant la situation illégale forment une unité avec ceux qui la perpétuent ou avec l'omission de la faire cesser, pour autant que le comportement visant au maintien de l'état de fait délictueux soit expressément ou implicitement contenu dans les éléments constitutifs du délit. Le délit continu se caractérise par le fait que la situation illicite créée par un état de fait ou un comportement contraire au droit se poursuit. Il est réalisé sitôt accompli le premier acte délictueux, mais n'est achevé qu'avec la fin ou la suppression de l'état contraire au droit (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 9; <ref-ruling> consid. 3.1.2.2 p. 55). Tel est notamment le cas de la séquestration et de l'enlèvement qualifié au sens des art. 183 al. 2 et 184 al. 4 CP, de la violation de domicile au sens de l'<ref-law>, de l'enlèvement de mineur au sens de l'<ref-law>, de l'entrave à l'action pénale au sens de l'<ref-law>, de l'occupation illicite d'ouvriers ou de la violation d'une obligation d'entretien au sens de l'<ref-law> (ATF <ref-ruling> consid. 3.1.2.2 et 3.1.2.3 p. 55). Dans ces cas, le délai de prescription - et donc par analogie celui de plainte pénale - ne commence à courir que du jour où les agissements coupables ont cessé (ATF <ref-ruling> consid. 3.1.2.3 p. 55).
Le comportement que le recourant reproche à son épouse - consistant à ne rien faire pour détromper la justice sur sa prétendue situation financière, après l'avoir convaincue d'une fortune peu élevée - n'est contenu ni expressément ni implicitement dans les éléments constitutifs du crime d'escroquerie sanctionné par l'<ref-law>. On ne saurait dès lors parler ici de délit continu, aussi longtemps que l'épouse se tait et ce même si l'époux paie la pension fixée par la justice. Le délai de plainte commençait ainsi à courir au plus tard au moment où la décision relative à la pension due par la recourante a été rendue, respectivement est devenue définitive. Tel a été le cas à réception de l'arrêt 5A_667/2007 du Tribunal fédéral du 7 octobre 2008. Le délai de plainte de trois mois était ainsi échu au jour du dépôt de la plainte pénale, soit le 23 décembre 2011.
3.6 Il résulte de ce qui précède que l'infraction dénoncée par le recourant se poursuivait uniquement sur plainte (<ref-law>) et que celle-ci a été déposée tardivement. Dans ces circonstances, le Ministère public et la cour cantonale pouvaient sans violer le droit refuser d'entrer en matière sur la dénonciation/plainte du recourant.
4. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 5 novembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod