Sachverhalt:
A. Die Schweizerischen Bundesbahnen SBB unterbreiteten der Stadt Zürich am 10. November 2005 den privaten Gestaltungsplan Stadtraum HB, der sich über ein rund 82'000 m2 grosses Gebiet zwischen dem Gleisfeld, der Kasernen-, der Lager- und der Langstrasse erstreckt. Am 24. September 2006 stimmten die Stimmberechtigten der Stadt Zürich dem privaten Gestaltungsplan zu.
B. Gegen diesen Beschluss erhob X._ als Eigentümer des Grundstücks Lagerstrasse 93 (zusammen mit zwei weiteren Personen) Rekurs an die Baurekurskommission I des Kantons Zürich. Diese hiess den Rekurs am 1. Juni 2007 teilweise gut und lud die Rekursgegnerin ein, den privaten Gestaltungsplan im Sinne der Erwägungen unter Ziff. 11 zu ergänzen (Reduktion der Ausnützungsfläche im Baufeld III wegen bahnbetriebsnotwendiger Anlagen und Bauten). Im Übrigen wies sie den Rekurs ab, soweit sie darauf eintrat.
C. Gegen den Rekursentscheid erhob u.a. X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 4. Oktober 2007 ab, soweit es darauf eintrat.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 12. November 2007 Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid und der Gemeindebeschluss (Festsetzung des Gestaltungsplans Stadtraum HB) seien aufzuheben. Überdies ersuchte er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
E. Die SBB beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Das Hochbaudepartement der Stadt Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
F. Mit Verfügung vom 7. Dezember 2007 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.

Erwägungen:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen.
1.1 Mit Beschwerde vor Bundesgericht kann die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht, kantonalen verfassungsmässigen Rechten, kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung und über Volkswahlen und -abstimmungen sowie interkantonalem Recht geltend gemacht werden (<ref-law>). Die Verletzung von anderem kantonalem Recht ist für sich kein Beschwerdegrund; gerügt werden kann lediglich, die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts verletze Verfassungsrecht, namentlich das Willkürverbot.
Die Verletzung von Grundrechten wird vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insofern geprüft, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Dabei gelten die gleichen Anforderungen wie bisher für die staatsrechtliche Beschwerde gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG (<ref-ruling> E. 1.4 S. 287 f.; <ref-ruling> E.1.4.2 S. 254).
Danach hat sich der Beschwerdeführer mit der Begründung im angefochtenen Entscheid im Einzelnen auseinander zu setzen und zu erklären, welches geschriebene oder ungeschriebene verfassungsmässige Individualrecht verletzt worden sein soll. Wird eine Verletzung des Willkürverbots behauptet, darf sich der Beschwerdeführer nicht damit begnügen, den angefochtenen Entscheid einfach als willkürlich zu bezeichnen; er hat vielmehr anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen darzulegen, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 4b S. 12; <ref-ruling> E. 2a S. 3 f.).
1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, der Gestaltungsplan verletze § 83 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG), weil das Gebiet nicht parzellenscharf abgegrenzt sei und wesentliche Teile des Perimeters erst nach Aufgabe des Bahnbetriebs und damit frühestens ab 2015 überbaut werden könnten. Eine solche "Planung auf Vorrat" sei unzulässig, zumal auch der Endausbau mitsamt den Erschliessungsanlagen nicht genau bestimmt worden sei. Zahl, Lage und äussere Abmessung der Bebauung seien völlig vage. Unklar sei auch, wo sich die Hochhäuser im Baufeld g befinden und wie hoch diese werden sollen.
Der Beschwerdeführer setzt sich aber nicht mit den diesbezüglichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts auseinander und legt nicht dar, inwiefern diese eine unzulässige Rechtsverweigerung darstellen (soweit das Verwaltungsgericht auf einzelne Rügen nicht eingetreten ist) bzw. das Willkürverbot oder andere Grundrechte verletzen.
1.3 Gleiches gilt für die Rüge, die weiterhin als Bahnareal ausgeschiedene Fläche verhindere auf unabsehbare Zeit die Erstellung von verschiedenen im Gestaltungsplan vorgesehenen Verkehrs- und Freiflächen, namentlich der sogenannten Diagonalachse, mit der Folge, dass der gesamte Verkehr über die Lagerstrasse abgewickelt werden müsse. Niemand könne heute sagen, ob der Durchgangsbahnhof und die Durchmesserlinie (die neue Schienenverbindung zwischen Altstetten und Oerlikon via den Durchgangsbahnhof Löwenstrasse) wirklich fertiggebaut würden.
Der Beschwerdeführer macht weder eine Verletzung von Bundesverwaltungsrecht (insbesondere Eisenbahnrecht) noch von Verfassungsrecht geltend. Er begründet nicht, inwiefern das Nebeneinander von Bahn- und Nichtbahnnutzungen bzw. das Fehlen diesbezüglicher Etappierungsregelungen in qualifizierter Weise dem kantonalen Bau- und Planungsrecht widerspricht und die diesbezüglichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts unhaltbar und deshalb willkürlich sind. Gleiches gilt für die von ihm geltend gemachten Erschliessungsmängel.
1.4 Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, der Stadtrat habe sich nicht ermächtigen lassen dürfen, Änderungen am Gestaltungsplan in eigener Zuständigkeit und mit Zustimmung der Grundeigentümer selbst vorzunehmen, sofern sie sich als Folge von Rechtsmittelentscheiden oder im Genehmigungsverfahren als notwendig erwiesen.
Auch diesbezüglich setzt er sich nicht im einzelnen mit der prozessualen Hauptbegründung und der materiellrechtlichen Eventualbegründung des Verwaltungsgerichts auseinander, und es fehlt jeglicher Hinweis darauf, welche verfassungsrechtliche Norm verletzt sei.
1.5 Ist somit schon mangels genügender Begründung auf die Beschwerde nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>), kann offenbleiben, ob der Beschwerdegegner durch den Gestaltungsplan überhaupt einen Nachteil gegenüber der bisherigen Bau- und Zonenordnung erleidet (was die Beschwerdegegnerin und die Stadt Zürich bestreiten) und zur Beschwerde legitimiert ist (<ref-law>). Offenbleiben kann auch, ob es sich beim angefochtenen Entscheid um einen Endentscheid i.S.v. <ref-law> oder um einen nach <ref-law> selbständig anfechtbaren Zwischenentscheid handelt.
2. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig und muss die private Beschwerdegegnerin für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens entschädigen (Art. 65 f. und 68 BGG).
Die Stadt Zürich hat als obsiegende Behörde grundsätzlich keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>). Der mit der Prozessführung verbundene Aufwand war nicht so aussergewöhnlich, dass es sich rechtfertigen würde, von diesem Grundsatz abzuweichen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die SBB für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber