Faits:
A. En début 2005, X._ (ci-après: l'intéressée), domiciliée à A._, a été licenciée après vingt ans d'activité dans la même société, dans laquelle elle occupait le poste de responsable de la communication pour l'Europe. Elle s'est inscrite auprès de l'Université de Lugano en vue d'obtenir un "Executive Master of Science in Communications Management". Ce cours n'était pas pris en charge par l'office d'orientation et de formation professionnelle. Parallèlement, elle a également suivi un cours intensif d'une semaine en gestion de projets dispensé par le Management Centre Europe (sic) à Bruxelles. Après neuf mois et demi de chômage, elle a retrouvé un poste similaire dans une autre société internationale.
Dans sa déclaration fiscale pour la période 2005, X._ a fait état d'un revenu brut de 142'814 fr. En matière d'impôt cantonal et communal, elle a fait valoir une déduction pour frais de perfectionnement de 18'967 fr. (code 41.62) et une déduction pour frais de déplacements professionnels effectifs de 1'600 fr. (code 41.61) En matière d'impôt fédéral direct, elle a aussi fait valoir la déduction pour frais de perfectionnement de 18'967 fr. (code 41.62) ainsi qu'une déduction pour frais de déplacement de 840 fr. (code 41.70).
Le 18 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale a notifié à l'intéressée un bordereau d'impôt cantonal et communal 2005 d'un montant de 27'207 fr. 55 (revenu imposable de 122'734 fr.). Elle a refusé les déductions des codes 41.61 et 41.62. Le même jour, elle lui a également notifié un bordereau d'impôt fédéral direct 2005 d'un montant de 5'914 fr. 90, refusant la déduction du code 41.62.
Par décisions du 18 décembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a partiellement admis les réclamations déposées par l'intéressée à l'encontre des bordereaux, rectifiant la déduction des frais de déplacement et de repas pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communal. En revanche, la déduction du code 41.62 n'a pas été admise. Il s'agissait de frais de formation en vue d'obtenir un diplôme de troisième cycle et non pas de frais de perfectionnement. L'intéressée a saisi la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis lors la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la Commission de recours) d'un recours contre les deux décisions du 18 décembre 2006.
Par décision du 9 février 2009, la Commission de recours a admis le recours de la contribuable en matière d'impôt fédéral, cantonal et communal. Les cours suivis par l'intéressée s'inscrivaient en droite ligne des fonctions qu'elle avait précédemment occupées. Les connaissances qu'elle y avait acquises étaient destinées à obtenir une promotion professionnelle.
Le 13 mars 2009, l'Administration fiscale cantonale a recouru contre la décision rendue le 9 février 2009 par la Commission de recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève.
B. Par arrêt du 6 octobre 2009, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours de l'Administration fiscale cantonale. Le fait de savoir si la formation de Lugano avait débouché sur l'obtention d'un MBA, ou non, n'était pas déterminant, seule la nature de celle-ci importait: l'intéressée avait uniquement étendu ses compétences et connaissances du management de la communication, branche dans laquelle elle exerçait déjà et avait ensuite poursuivi son activité professionnelle dans cette même branche.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 6 octobre 2009 et la confirmation de la décision du 18 décembre 2006. Elle se plaint de la constatation inexacte des faits en violation du droit fédéral.
Le Tribunal administratif et la Commission de recours renoncent à déposer des observations sur le recours. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours sous suite de frais. L'intéressée conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sous suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'<ref-law> prévoit que le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que la partie recourante doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). La "violation du droit au sens de l'art. 95" englobe l'hypothèse dans laquelle l'autorité précédente a perdu de vue les conditions d'application de la norme juridique elle-même (arrêt 2C_641/2009 du 21 janvier 2010, consid. 4.1).
1.2 Selon la recourante, du moment que la jurisprudence rendue en application du droit fédéral qualifie les "MBA" de formation et non pas de perfectionnement, le Tribunal administratif ne pouvait pas éviter de qualifier les études suivies par l'intimée auprès de l'université de Lugano sans violer le droit fédéral. Ce grief est recevable. Son examen dépend du contenu du droit fédéral en matière de déduction des frais de perfectionnement.
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Parmi les frais professionnels qui peuvent être déduits du revenu imposable figurent les frais de perfectionnement et de reconversion professionnels en rapport avec l'activité exercée (art. 26 al. 1 let. d LIFD), tandis que les frais de formation professionnelle ne peuvent pas être déduits (<ref-law>). L'art. 8 de l'ordonnance du 10 février 1993 du Département fédéral des finances sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral (RS 642.118.1) reprend cette réglementation.
2.2 Selon la jurisprudence, sont déductibles tous les frais de perfectionnement qui sont objectivement en rapport avec la profession et qui permettent au contribuable de maintenir ses chances, de rester à la page et de conserver son poste en satisfaisant aux exigences nouvelles de sa profession, même s'ils n'apparaissent pas absolument indispensables (arrêt 2A.623/2004 du 6 juillet 2007 consid. 2.1 in StE 2006 B 22.3 n° 86; <ref-ruling> consid. 3a-d p. 32 ss; <ref-ruling> consid. 2c-e p. 118 s.).
2.2.1 Par "frais objectivement en rapport avec la profession", il faut entendre les frais en rapport avec la profession apprise et exercée, par opposition aux frais de formation engagés pour une première activité professionnelle, pour une activité nouvelle ou encore supplémentaire. Il n'est toutefois pas nécessaire que le contribuable ne puisse pas conserver son poste s'il ne consent pas à de telles dépenses; il suffit qu'il les estime adéquates pour maintenir ses chances sur le plan professionnel et que le perfectionnement s'avère utile tout en restant dans le cadre usuel et généralement admis de l'amélioration des connaissances servant à l'exercice de la même profession. En revanche, ne sont pas déductibles les frais d'une formation continue consentis afin de progresser dans une position professionnelle plus élevée qui se distingue clairement de la profession actuelle ("frais d'ascension professionnelle") ou d'accéder à une autre profession. Il s'ensuit que les dépenses visant à acquérir les connaissances et capacités nécessaires à l'exercice d'une profession (apprentissage, école de commerce, maturité, hautes études notamment universitaires et postgrade, soit les "frais de formation initiale"; sur la notion cf. Rapport explicatif d'avril 2010 - Procédure de consultation sur la loi fédérale sur l'imposition des frais de formation et de perfectionnement, ch. 2.2, tiré-à-part, voir aussi sur le site internet de la Confédération) sont des dépenses préparatoires (<ref-law>) qui ne sont pas déductibles (arrêts 2A.623/2004 du 6 juillet 2007 consid. 2.2 in StE 2006 B 22.3 n° 86 et les références citées; 2A.424/2005 du 28 avril 2006 consid. 3.2, 3.3 in RtiD 2006 II 524; <ref-ruling> consid. 3a-d p. 32 ss; <ref-ruling> consid. 2c-e p. 118 s.; cf. également Circulaire n° 26 de l'Administration fédérale des contributions du 22 septembre 1995 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante [Archives 64, 701]).
2.2.2 Le Tribunal fédéral a dû examiner à plusieurs reprises le sort des frais engagés pour l'obtention d'un Master of Business Administration (MBA). Dans un arrêt du 18 décembre 2003, le Tribunal fédéral a refusé la déduction des frais pour une formation en cours d'emploi d'un contribuable qui, après avoir interrompu ses études d'économie, avait obtenu d'abord un Bachelor of Business Administration, puis un MBA, parce qu'il s'agissait en l'espèce d'une formation de base destinée à combler les lacunes laissées par la formation "sur le tas" ("learning by doing on the job"), qui avait en outre conduit l'intéressé à un changement d'emploi (arrêt 2A.277/2003 du 18 décembre 2003 consid. 2.3 et 2.4 in StE 2004 B 22.3 n° 77). Dans un arrêt du 6 juillet 2005, le Tribunal fédéral a aussi refusé la déduction des frais d'obtention d'un MBA en cours d'emploi à un économiste d'entreprise ESCEA issu d'une école supérieure de cadres pour l'économie et l'administration, considérant qu'il s'agissait d'un titre qui attestait d'une formation professionnelle propre, était reconnu et honoré sur le marché du travail et améliorait de manière importante les possibilités de carrière de son détenteur, même si ce dernier disposait déjà d'une formation dans le domaine de l'économie (arrêt 2A.623/2004 du 6 juillet 2005 consid. 3.2 in StE 2006 B 22.3 n° 86). Enfin, dans un arrêt du 28 avril 2006, la déduction des frais d'obtention d'un Executive MBA en cours d'emploi a été refusée à un économiste d'entreprise ESCEA (arrêt 2A.424/2005 du 28 avril 2006 in RtiD 2006 II p. 524).
2.2.3 Il s'ensuit que la qualification de frais de perfectionnement déductibles dépend notamment de l'examen concret de la situation personnelle du contribuable, de sa formation initiale, de l'état de ses connaissances actuelles, de son cursus professionnel de son activité professionnelle actuelle, du contenu de la formation en cause ainsi que de la position professionnelle postérieure à la formation.
2.3 Par "frais de reconversion" ("Umschulung"), il faut entendre les frais de formation qui servent non pas à l'exercice de la profession actuelle mais bien à embrasser une nouvelle profession principale et qui répondent à une nécessité objective, comme la fermeture de l'exploitation, la suppression du poste de travail, la maladie, l'accident, l'absence de perspectives dans le métier (arrêts 2A.183/2005 du 3 novembre 2005, consid. 2.2 in StE 2006 B 22.3 n° 85; 2A.130/2002 du 8 août 2002 consid. 4.1.3 in StE 2003 B 22.3 n° 73).
3. 3.1 Les parties s'accordent à bon droit pour affirmer que les frais de formation en cause ne constituent pas des frais de reconversion, la condition de nouvelle orientation professionnelle faisant défaut.
3.2 Le litige porte sur la qualité de frais de perfectionnement des formations en cause. A cet égard, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a précisé que seule la nature de la formation était déterminante et non pas seulement sa dénomination. En effet, la simple dénomination MBA ne suffit pas encore pour exclure que les frais encourus pour son obtention constituent des frais de perfectionnement.
Pour juger du sort des frais des cours de Bruxelles et de Lugano, le Tribunal administratif s'est toutefois borné à relever ce que l'intimée avait précisé, c'est-à-dire qu'il s'agissait pour elle d'étendre ses compétences et connaissances du management de la communication. Il a ajouté qu'elle n'avait pas changé d'orientation professionnelle. Ces deux éléments suffisaient, selon lui, à admettre la qualification de frais de perfectionnement. Il n'a en revanche décrit ni le cursus de l'intimée ni les formations et diplômes acquis avant d'entrer pour vingt ans au service de l'employeur qui l'a licenciée. Il est par conséquent impossible de savoir si les formations en cause ont constitué une formation de base destinée à combler les lacunes laissées par la formation sur le tas, ou non.
En outre, malgré le constat que seule la nature de la formation était déterminante pour juger de la déduction des frais en cause, il n'a pas non plus décrit concrètement en quoi consistaient les formations suivies à Bruxelles ainsi qu'à Lugano ni leur place dans le système de formation suisse. Il n'a pas précisé leur coût ni la valeur des diplômes obtenus sur le marché de l'emploi et par conséquent quelles perspectives de carrière à moyen et long terme ces diplômes ouvraient à l'intimée. Il n'est ainsi pas possible de savoir, en particulier, si l'Executive Master of Science in Communications Management en cause en l'espèce est comparable à un MBA, ou non, ni s'il a pour l'intimée un caractère de perfectionnement ou de formation.
En jugeant que les frais en cause étaient déductibles uniquement parce qu'ils avaient permis à l'intimée d'étendre ses compétences et ses connaissances et de poursuivre son activité professionnelle dans le domaine de la communication, le Tribunal administratif n'a pas examiné toutes les conditions requises par le droit fédéral pour admettre la déduction de frais de perfectionnement et a par conséquent violé les art. 26 al. 1 let. d et 34 let. b LIFD.
3.3 Dans ces conditions, c'est à juste titre que la recourante se plaint de ce que les faits de la cause ont été établis en violation du droit fédéral (art. 95 let. a et 97 LTF). Le recours est admis. Conformément à l'<ref-law>, l'état de fait étant incomplet, la cause est renvoyée au Tribunal administratif pour complément d'instruction et nouvelle décision en matière d'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal
4. 4.1 Selon l'<ref-law>, les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont déduites de l'ensemble des revenus imposables. Les frais de perfectionnement et de reconversion professionnels en rapport avec l'activité exercée font également partie des dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu.
A cet égard, le droit fiscal genevois connaît une réglementation pratiquement identique à celle du droit fédéral pour déterminer le revenu net: selon cette réglementation, les frais de perfectionnement en rapport avec l'activité exercée et de reconversion professionnels à concurrence de 5'000 fr. sont déductibles à l'exclusion des frais de formation (art. 3 let. a al. 2 et 9 let. d de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais de l'impôt - Compensation des effets de la progression à froid [LIPP-V; RSGE 3 16], remplacée depuis le 1er janvier 2010 par la loi du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [RSGE D 3 08]). Ces dispositions sont identiques aux art. 26 al. 1 lit. d et 34 LIFD sur le principe de la déduction (arrêt 2A.182/2005 du 17 octobre 2005, consid. 2.1 in RF 61/2006 p. 41).
4.2 Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives aux conditions requises pour admettre la déduction de frais de perfectionnement s'appliquent aux impôts cantonal et communal. Par conséquent, le recours doit également être admis en ce qui concerne les impôts cantonal et communal et la cause renvoyée pour complément d'instruction et nouvelle décision.
5. Succombant, l'intimée doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2005.
2. Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2005.
3. La cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
4. Les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de X._.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière administrative du canton de Genève, au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 26 mai 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey