Sachverhalt:
A. S._ liess mit Eingabe vom 10. Oktober 2007 durch seinen Rechtsvertreter Klage beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern einreichen mit dem Rechtsbegehren, die "Swiss Life Schweizerische Lebensversicherungs- und Rentenanstalt" sei zu verpflichten, ihm eine Invalidenrente seit dem 1. November 2002 auszurichten. Im Laufe des Verfahrens erklärte sich die BVG-Sammelstiftung Swiss Life bereit, anstelle der beklagten Versicherungsgesellschaft in den Prozess einzutreten. Mit Entscheid vom 20. Juni 2008 bejahte das Verwaltungsgericht einen Anspruch des S._ auf eine Invalidenrente ab 1. November 2002 und wies die BVG-Sammelstiftung Swiss Life an, die Höhe der Rente zu berechnen. In der Folge konnte sich S._ in der mit der Swiss Life geführten Korrespondenz nicht über die Modalitäten der Rentenberechnung einigen.
B. Am 12. Juni 2009 liess S._ wiederum Klage gegen die "Swiss Life Schweizerische Lebensversicherungs- und Rentenanstalt" erheben mit dem Antrag, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm die vertraglich zustehende Leistung aus Invalidität seit 1. November 2002 auszurichten. Mit Klageantwort vom 11. August 2009 schloss die Beklagte auf Abweisung der Klage, da sie als rückversichernde Versicherungsgesellschaft nicht passivlegitimiert sei. Nachdem der Kläger mit Replik vom 2. September 2009 an seinem Rechtsbegehren festgehalten hatte, forderte der Instruktionsrichter mit Verfügung vom 3. September 2009 die BVG-Sammelstiftung Swiss Life auf, mitzuteilen, ob sie bereit sei, in den laufenden Prozess einzutreten. Mit Schreiben vom 5. Oktober 2009 erklärte sich die BVG-Sammelstiftung Swiss Life dazu nicht bereit. Mit Duplik vom 5. Oktober 2009 hielt die Swiss Life an ihren Anträgen fest.
Mit Entscheid vom 16. Oktober 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Klage wegen fehlender Passivlegitimation ab (Ziff. 1 des Dispositivs), verpflichtete die Beklagte indessen, dem Kläger eine Parteientschädigung von pauschal Fr. 500.- zu bezahlen (Ziff. 3 des Dispositivs).
C. Die Swiss Life AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, Ziffer 3 des vorinstanzlichen Entscheides sei aufzuheben unter Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist einzig Dispositiv-Ziffer 3 des vorinstanzlichen Entscheids, welche die Beschwerde führende Versicherungsgesellschaft zur Bezahlung einer anteilsmässigen Parteientschädigung an den Beschwerdegegner verpflichtet.
1.2 Das kantonale Gericht hat die streitige Parteientschädigung zu Lasten der Beschwerdeführerin gestützt auf Art. 109 Ziff. 3 Abs. 2 des Bernischen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1989 (VRPG; BSG 155.21) festgesetzt. Diese Bestimmung sieht eine Ausnahme vom in Abs. 1 enthaltenen Grundsatz der Verteilung der Verfahrens- und Parteikosten nach Massgabe des Prozessausgangs und lautet wie folgt:
"Hat die obsiegende Partei zuviel gefordert oder den Prozessaufwand durch unnötige Weitläufigkeiten vermehrt, so kann je nach den Umständen auf eine verhältnismässige Teilung der Verfahrens- und Parteikosten erkannt werden."
1.3 Das kantonale Gericht hat erwogen, tatsächlich sei der Kläger verantwortlich dafür, dass die Klage mangels Passivlegitimation abzuweisen sei. Er gelte mithin als unterliegend, gleichzeitig müsse jedoch das Verhalten der Beklagten und deren Zeichnungsberechtigten, welche im Übrigen auch bei der effektiv passivlegitimierten BVG-Sammelstiftung zeichnungsberechtigt seien, als in hohem Masse verwirrend betrachtet werden. Dadurch, dass sie sich in der mit dem Anwalt des Klägers geführten Korrespondenz durchwegs auf dem falschen Briefpapier auf eine Diskussion eingelassen habe, müsse ihr ein erhebliches Mitverschulden für die damit bewirkte unnötige Weitläufigkeit des Verfahrens - welche insbesondere allein betreffend die Frage der Passivlegitimation einen doppelten Schriftenwechsel erforderte und nun in einer Abweisung mangels Passivlegitimation ende - zuerkannt werden. Insoweit habe die Beklagte dem Kläger einen Anteil seiner Parteikosten bestimmt auf pauschal Fr. 500.- zu bezahlen (Hinweis auf MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, Kommentar zum Gesetz vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern, Bern 1997, Art. 109 N. 9).
2. 2.1 Mit dem kantonalen Recht hat sich das Bundesgericht unter Vorbehalt der in Art. 95 lit. c-e BGG genannten Ausnahmen (kantonale verfassungsmässige Rechte, kantonale Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und Volkswahlen und -abstimmungen, interkantonales Recht) grundsätzlich nicht zu befassen. Eine Bundesrechtsverletzung im Sinne von <ref-law> liegt nur vor, wenn die Anwendung kantonalen Rechts, sei es wegen seiner Ausgestaltung oder aufgrund des Ergebnisses im konkreten Fall, zu einer Verfassungsverletzung führt. Dabei fällt im Bereich der nach kantonalem Recht zuzusprechenden und zu bemessenden Parteientschädigungen praktisch nur das Willkürverbot (<ref-law>) in Betracht (<ref-ruling> E. 3a S. 408 mit Hinweisen; SVR 2006 BVG Nr. 19 S. 75 E. 9.1.1 [in <ref-ruling> nicht publiziert]; Urteil 9C_911/2007 vom 23. Juni 2008, E. 2.2.1; Seiler/ von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N. 21 und 22 zu Art. 95).
2.2 Eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts liegt nur dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder sogar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 17, 125 V 408 E. 3a S. 409, je mit Hinweisen).
2.3 Art. 109 Ziff. 3 Abs. 2 VRPG enthält eine Kann-Formulierung und räumt den kantonalen Behörden damit Ermessen ein, und zwar sowohl in Bezug auf die Frage, ob von der Möglichkeit der anteilmässigen Parteikostenauflage auch an die obsiegende Partei überhaupt Gebrauch gemacht werden soll (Entschliessungsermessen), als auch hinsichtlich der Bemessung der Höhe der Parteientschädigung im konkreten Einzelfall (Auswahlermessen). Ein Rechtsfehler liegt deshalb nur vor, wenn das kantonale Gericht den ihm eingeräumten Ermessensspielraum missbraucht oder überschreitet (<ref-ruling> E. 3.1 S. 220 mit Hinweisen; Seiler/von Werdt/ Güngerich, a.a.O., N. 52 zu Art. 95). Im vorliegenden Fall rügt die Beschwerdeführerin zu Recht weder Ermessensmissbrauch noch Ermessensüberschreitung.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (<ref-ruling>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt u.a. hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, insbesondere auch des Willkürverbots. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
3.2 Fraglich ist, ob die Beschwerde der qualifizierten Rügepflicht im Zusammenhang mit der auf kantonalem Recht beruhenden Parteientschädigung genügt. Die Frage kann jedoch offenbleiben, da eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts nicht vorliegt. Zunächst übersieht die Beschwerdeführerin, dass der Anspruch auf Parteientschädigung im Verfahren nach Art. 73 BVG kantonalrechtlicher Natur ist (SVR 2006 BVG Nr. 19 S. 75 E. 9.1 mit Hinweisen [in <ref-ruling> nicht publiziert]) und im kantonalen Verfahrensrecht eine gesetzliche Grundlage besteht (<ref-ruling> E. 1a). Die Auferlegung einer Parteientschädigung an die obsiegende Vorsorgeeinrichtung setzt daher nicht voraus, dass ihr Mutwilligkeit oder Leichtsinnigkeit im Sinne von Art. 73 Abs. 2 BVG vorgeworfen werden kann. Vielmehr steht es den Kantonen frei, für die Verteilung der Parteikosten auch auf das Verursacherprinzip abzustellen (Urteil 9C_911/2007 vom 23. Juni 2008, E. 2).
Soweit die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe tatsachenwidrig festgestellt, dass ihr ein verwirrendes Verhalten vorzuwerfen sei, weil sie sich auf dem falschen Briefpapier auf eine Diskussion eingelassen habe, geht ihr Einwand fehl. Es ist unbestritten und geht aus den in den Akten liegenden Schriftstücken hervor, dass die Beschwerdeführerin auch im zweiten Verfahren mit dem Versicherten auf eigenem Briefpapier korrespondiert und das Vertretungsverhältnis für die BVG-Sammelstiftung nicht erwähnt hat. Es liegt daher in diesem Punkt keine aktenwidrige Tatsachenfeststellung vor. Soweit daraus das kantonale Gericht die Schlussfolgerung gezogen hat, die Beschwerdeführerin habe selbst bei Berücksichtigung des ersten Klageverfahrens zur Verwirrung über die Passivlegitimation beigetragen und damit zur Weitläufigkeit des zweiten Klageverfahrens beigetragen, so ist diese Auffassung nicht willkürlich. Nachdem die Beschwerdeführerin auch nach dem ersten Gerichtsentscheid mit dem eigenen Briefpapier vorbehaltlos mit dem Rechtsvertreter des Versicherten korrespondiert hat, trägt sie eine Mitverantwortung für den Fehler des Anwalts bei der Einreichung der zweiten Klage.
Zu Unrecht erblickt die Beschwerdeführerin schliesslich eine Aktenwidrigkeit darin, dass das kantonale Gericht seinen Entscheid damit begründet habe, wegen ihrem Verhalten habe alleine wegen der Passivlegitimation ein doppelter Schriftenwechsel durchgeführt werden müssen. Das kantonale Gericht hat lediglich einen Teil des dem vorinstanzlichen Kläger erwachsenen Aufwands der Beschwerdeführerin angelastet. Eine Teilentschädigung für den Aufwand im Zusammenhang mit der Einreichung der Klage ist daher nicht willkürlich.
4. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde gegenstandslos geworden. Die bundesgerichtlichen Kosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und dem Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Januar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer