A.- Le 25 février 1997, B._ a remis à bail à la société X._ Ltd des locaux dans un immeuble, dont il était propriétaire.
La faillite de B._ ayant été prononcée le 1er août 1997, Y._ S.A. a acquis l'immeuble lors de la vente aux enchères publiques du 20 novembre 1998.
X._ Ltd a eu connaissance de ce transfert de propriété, inscrit au registre foncier le 16 février 1999, puisqu'elle a versé à Y._ S.A. les loyers de décembre 1998, janvier 1999 et février 1999.
Le 22 février 1999, Y._ S.A. a confié à la société Z._ S.A. la gestion de son immeuble. Par lettre du 26 février 1999, Z._ S.A. a informé X._ Ltd que le propriétaire du bâtiment l'avait mandatée pour en assurer la gérance.
Le 19 mars 1999, Z._ S.A. a notifié à X._ Ltd, sur formule officielle, la résiliation du bail pour le 30 juin 1999. Il ressort de l'attitude de Y._ S.A. dans la procédure que la banque, qui était propriétaire de l'immeuble, n'est nullement en désaccord avec cet acte de son représentant.
B.- Le 17 avril 1999, la société X._ Ltd a saisi la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de la Glâne pour contester la validité du congé. En audience, elle a encore requis subsidiairement une prolongation du bail.
Par décision du 2 juillet 1999, la commission de conciliation a déclaré que le bail était valablement résilié pour le 30 septembre 1999. La partie qui succombait était informée qu'elle pouvait saisir le juge dans les trente jours, à défaut de quoi la décision deviendrait définitive.
La société X._ Ltd a "recouru" contre cette décision le 23 août 1999.
Le 28 décembre 1999, la société Z._ S.A. est devenue propriétaire de l'immeuble.
Par jugement du 27 juin 2000, le Tribunal des baux de la Glâne a déclaré irrecevables les conclusions de X._ Ltd, constatant que cette dernière avait agi tardivement. Il n'est pas litigieux que X._ Ltd n'a pas respecté le délai de trente jours. Le tribunal a constaté que la décision de l'autorité de conciliation était devenue définitive.
Par arrêt du 6 février 2001, la IIème Cour d'appel du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté, dans la mesure où il était recevable, le recours formé contre le jugement du 27 juin 2000 et a confirmé celui-ci.
C.- X._ Ltd recourt en réforme au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 266l, 266o, 273, 274e al. 3 et 274f al. 3 CO, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la constatation de la nullité de la résiliation du bail.
L'intimée invite le Tribunal fédéral à rejeter le recours pour autant qu'il soit recevable et à confirmer l'arrêt attaqué.
D.- Par arrêt de ce jour, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours de droit public que la demanderesse avait formé parallèlement.

Considérant en droit :
1.- a) La cour cantonale (dont la décision fait seule l'objet du recours en réforme: art. 48 al. 1 OJ) a confirmé le jugement de première instance et constaté que les conclusions sur le fond (tendant à faire déclarer le congé nul et à prolonger le bail) étaient irrecevables, le juge n'ayant pas été saisi dans le délai prescrit par l'<ref-law>.
La recourante admet qu'elle n'a pas saisi le juge dans le délai fixé par la loi, qui lui avait été indiqué dans la décision de la commission de conciliation. Elle explique en effet clairement, dans son acte de recours, que l'acte aurait dû être déposé le vendredi, alors qu'il n'a été posté que le lundi (recours ch. 9 al. 1).
Il n'est ainsi pas litigieux que le délai légal n'a pas été observé. La question à résoudre est de savoir s'il en résulte l'irrecevabilité des conclusions prises.
b) Selon l'<ref-law>, la partie qui veut contester le congé doit saisir l'autorité de conciliation dans les trente jours qui suivent la réception du congé. La prolongation du bail devait en l'espèce être demandée par la même voie et dans le même délai (<ref-law>).
La contestation du congé prévue à l'<ref-law> vise le cas où la partie fait valoir que le congé est annulable au sens des art. 271 et 271a CO. Si la partie invoque la nullité ou l'inefficacité du congé, la jurisprudence a admis qu'elle n'était pas obligée de saisir l'autorité de conciliation dans le délai légal et que la nullité ou l'inefficacité pouvait en principe être constatée en tout temps par toute autorité valablement saisie, soit essentiellement l'autorité chargée de prononcer l'expulsion (cf. <ref-ruling> consid. 1c).
La partie est cependant libre de saisir l'autorité de conciliation pour faire valoir devant elle que le congé est nul ou inefficace. Dans ce cas, l'autorité de conciliation est compétente pour examiner, à titre de question préalable, la validité du congé (Weber/Zihlmann, Commentaire bâlois, n° 6 ad <ref-law>) et la décision qu'elle rend s'étend également à cette question (SVIT-Kommentar Mietrecht, n° 7 ad <ref-law>).
Il est constant en l'espèce que la recourante a saisi la commission de conciliation en temps utile et qu'elle lui a soumis l'ensemble de ses arguments, à savoir que le congé ne serait pas valable parce qu'il n'aurait pas été donné par une personne habilitée et que, subsidiairement, il y aurait lieu de prolonger le bail. La décision rendue par l'autorité de conciliation, conformément à l'<ref-law>, s'étend donc à l'ensemble des problèmes soulevés.
En constatant simplement que le bail était valablement résilié pour le 30 septembre 1999, la commission de conciliation a clairement montré qu'elle excluait toute hypothèse de nullité, d'inefficacité ou d'annulabilité et n'entendait pas prolonger le bail au-delà de cette date. Il n'est ainsi pas douteux que la recourante n'a pas obtenu ce qu'elle demandait.
Selon l'<ref-law>, la partie qui succombe devant l'autorité de conciliation peut saisir le juge dans les trente jours, à défaut de quoi la décision de l'autorité de conciliation devient définitive.
Il n'est pas contesté - comme on l'a vu - que la recourante n'a pas agi en temps utile.
Les conséquences de l'expiration du délai sont déjà exposées à l'<ref-law>: la décision de l'autorité de conciliation devient définitive. Cet effet constitue l'objet de l'<ref-law>, qui répète que la décision de l'autorité de conciliation devient définitive si la partie qui a succombé ne saisit pas le juge dans les trente jours. Il en résulte indiscutablement que la décision de la commission de conciliation est entrée en force de chose jugée (<ref-ruling> consid. 2b; Higi, Commentaire zurichois, n° 140 ad <ref-law>; Weber/Zihlmann, op. cit. , n° 1 ad <ref-law>; SVIT-Kommentar, n° 33 ad <ref-law> et n° 24 ad art. 274f).
Il est dès lors exclu d'entrer en matière sur une action déposée tardivement et la décision ne pourrait plus être attaquée que par une voie extraordinaire de droit cantonal, à savoir la révision ou l'interprétation (Higi, op.
cit. , n°s 140 et 141 ad <ref-law>).
L'entrée en force n'est pas divisible et la règle ne peut pas être éludée en faisant valoir que la partie recourante invoque un motif de nullité plutôt qu'un motif d'annulabilité (arrêt non publié du 24 juin 1992 dans la cause 4C.32/1992 consid. 3d; dans le même sens: SVIT-Kommentar, n° 7 ad <ref-law>).
La cour cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral en confirmant l'irrecevabilité des conclusions prises tardivement par la recourante devant le tribunal des baux.
c) Il est vrai que la cour cantonale a émis quelques considérations pour montrer que, même si la recourante avait agi en temps utile, ses conclusions auraient dû être rejetées. Même si elles devaient être erronées, ces remarques sont superflues et impropres à modifier l'issue du litige, puisque les conclusions prises doivent de toute manière être déclarées irrecevables pour cause de tardiveté.
Il n'y a donc pas lieu d'entrer en matière sur les critiques de la recourante à ce propos. En effet, le recours en réforme n'est pas ouvert pour se plaindre des seuls considérants de la décision attaquée, si cela ne peut pas avoir pour effet d'en modifier le dispositif (cf. <ref-ruling> s., 106 II 117 consid. 1; <ref-ruling> consid. 3; Corboz, Le recours en réforme au Tribunal fédéral, SJ 2000 II p. 1 ss, p. 30).
2.- Les frais et dépens doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours et confirme l'arrêt attaqué;
2. Met un émolument judiciaire de 3000 fr. à la charge de la recourante;
3. Dit que la recourante versera à l'intimée une indemnité de 3500 fr. à titre de dépens;
4. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des parties et à la IIème Cour d'appel du Tribunal cantonal fribourgeois.
_
Lausanne, le 4 septembre 2001 ECH
Au nom de la Ie Cour civile
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le président,
La greffière,