Faits:
A. Le 17 avril 2010, C._ et D._ circulaient dans un véhicule volé sur l'autoroute A1 en direction de Payerne. A l'appel de leurs collègues fribourgeois, les gendarmes vaudois E._ et F._ installèrent un barrage dans le tunnel routier de Sévaz. A l'arrivée du véhicule, E._ tira plusieurs coups de feu en visant la partie inférieure de la calandre. Le premier coup atteignit mortellement D._.
Le 10 juin 2011, le Ministère public fribourgeois a classé la plainte formée contre E._ par A._ (frère jumeau de D._) et par la famille de la victime, ainsi que la plainte formée par C._ pour meurtre, homicide par négligence ou mise en danger de la vie d'autrui. Il a refusé d'entrer en matière sur la plainte pour complicité dirigée contre F._. Il a considéré que le barrage avait été correctement installé et que l'usage de l'arme à feu était justifié et proportionné. Il n'y avait pas d'intention meurtrière. Une condamnation de E._ n'apparaissait "tout simplement pas possible".
Cette décision a été confirmée par arrêt du 27 octobre 2011 de la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois.
B. Par arrêt du 27 mars 2012, le Tribunal fédéral a admis les recours formés par A._ et par C._, a annulé l'arrêt de la Chambre pénale et l'ordonnance de classement - à l'exception de la décision de non-entrée en matière concernant F._, non contestée. Ces décisions retenaient que le véhicule volé arrivait en empiétant sur la voie de droite, occupée par le policier, raison pour laquelle celui-ci pouvait légitimement se sentir menacé. Ce fait n'était toutefois pas définitivement établi. La cause soulevait par ailleurs de nombreuses questions de fait (vitesse et trajectoire du véhicule, nombre et direction des tirs) et de droit (légitime défense, proportionnalité de l'intervention). Compte tenu également de la gravité des faits, le principe "in dubio pro duriore" imposait un renvoi en jugement. La cause a été renvoyée au Ministère public du canton de Fribourg afin qu'il engage l'accusation après avoir le cas échéant complété l'instruction.
C. Le 4 avril 2012, A._ a requis la récusation du Procureur général B._, en charge du dossier depuis le 1er mai 2011. Il estimait que les précédentes prises de position de ce magistrat permettaient de craindre que l'acte d'accusation ne soit pas rédigé dans une perspective de condamnation, en omettant des faits à charge. Le 5 avril 2012, le Procureur refusa de se récuser en relevant qu'aucun grief concret n'était soulevé à son encontre.
Par arrêt du 25 avril 2012, la Chambre pénale a rejeté la demande de récusation. L'allégation d'un manque d'indépendance des tribunaux pénaux face à la police n'était pas un motif de récusation. L'ordonnance de classement annulée par le Tribunal fédéral ne constituait pas une grave erreur de procédure ou d'appréciation justifiant une récusation, et rien ne permettait de redouter que l'acte d'accusation soit incomplet.
D. Par acte du 7 mai 2012, A._ forme un recours en matière pénale par lequel il demande l'annulation de l'arrêt de la Chambre pénale du 25 avril 2012, l'admission de sa demande de récusation et le renvoi du dossier au Tribunal cantonal pour la suite de la procédure. Il requiert l'assistance judiciaire.
La Chambre pénale a renoncé à présenter des observations. Le Procureur général conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.

Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat dans la procédure pénale peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale.
1.1 L'auteur de la demande de récusation a qualité pour agir (<ref-law>). Le recourant a agi dans le délai de trente jours prescrit à l'<ref-law>. La décision attaquée est rendue en dernière instance cantonale, au sens de l'<ref-law>.
1.2 Le Ministère public conteste la recevabilité d'arguments non développés dans la demande initiale de récusation. Dans la mesure où il s'agit de moyens de fait nouveaux, ils sont effectivement irrecevables en application de l'<ref-law>. En revanche, le recourant peut en principe modifier son argumentation juridique pour autant qu'il n'en résulte pas une modification de l'objet du litige ou de ses conclusions (art. 99 al. 1 et 106 LTF). Dans cette mesure, les griefs soulevés, fondés sur des faits figurant déjà au dossier, sont recevables.
2. Le recourant estime que le procureur aurait déjà manifesté sa conviction non seulement dans son ordonnance de classement, estimant impossible une condamnation du prévenu, mais aussi dans ses observations précédentes au Tribunal fédéral, dans lesquelles il se déclarait "convaincu de l'innocence du prévenu". Ces déclarations permettraient de redouter que l'acte d'accusation ne soit pas rédigé dans la perspective d'une condamnation, et que le Procureur ne soutienne pas activement l'accusation. Le recourant estime aussi que les plaintes dirigées contre la police devraient être examinées par des tribunaux indépendants. L'argument selon lequel les policiers mis en cause seraient en l'occurrence vaudois serait irrelevant, car ceux-ci sont également témoins à charge dans le procès dirigé contre le recourant pour mise en danger de la vie d'autrui.
2.1 Le recourant ne se prévaut pas du motif de récusation figurant à l'<ref-law>, disposition qui impose la récusation d'une personne ayant agi à un autre titre dans la même cause. Il ne conteste pas en effet que le Procureur est intervenu au même titre dans les différentes étapes de la procédure. Le recourant invoque la lettre f de l'<ref-law>, disposition selon laquelle un magistrat est récusable "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes (arrêt 1B_131/ 2011 du 2 mai 2011 consid. 3.1). Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 Cst. et 6 CEDH qui permet d'exiger la récusation d'un magistrat dont la situation ou le comportement est de nature à faire naître un doute sur son impartialité (<ref-ruling> consid. 3a p. 73). Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du juge est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 3; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 229; <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 608; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 21; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 25).
2.2 S'agissant plus spécifiquement de la récusation du ministère public, il y a lieu de distinguer à quel stade de la procédure celle-ci est demandée. En effet, selon l'<ref-law>, il incombe à cette autorité de conduire la procédure préliminaire et de poursuivre les infractions dans le cadre de l'instruction d'une part, et de dresser l'acte d'accusation et de soutenir l'accusation d'autre part.
2.2.1 Dans la phase de l'enquête préliminaire et de l'instruction, les principes applicables à la récusation sont ceux qui ont été dégagés à l'égard des juges d'instruction, avant l'introduction du CPP. Selon l'<ref-law>, le ministère public est l'autorité investie de la direction de la procédure jusqu'à la mise en accusation. A ce titre, il doit veiller au bon déroulement et à la légalité de la procédure (<ref-law>). Durant l'instruction il doit établir, d'office et avec un soin égal, les faits à charge et à décharge (<ref-law>); il doit statuer sur les réquisitions de preuves et peut rendre des décisions quant à la suite de la procédure (classement ou mise en accusation), voire rendre une ordonnance pénale pour laquelle il assume une fonction juridictionnelle (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2b p. 144 ss). Dans ce cadre, le ministère public est tenu à une certaine impartialité même s'il peut être amené, provisoirement du moins, à adopter une attitude plus orientée à l'égard du prévenu ou à faire état de ses convictions à un moment donné de l'enquête. Tout en disposant, dans le cadre de ses investigations, d'une certaine liberté, le magistrat reste tenu à un devoir de réserve. Il doit s'abstenir de tout procédé déloyal, instruire tant à charge qu'à décharge et ne point avantager une partie au détriment d'une autre (arrêt 1P.334/2002 du 3 mars 2002, publié in SJ 2003 I p. 174).
2.2.2 En revanche, après la rédaction de l'acte d'accusation, le ministère public devient une partie aux débats, au même titre que le prévenu ou la partie plaignante (art. 104 al. 1 let. c CPP). Par définition, il n'est plus tenu à l'impartialité et il lui appartient en principe de soutenir l'accusation (art. 16 al. 2 in fine CPP; arrêt 1B_415/2011 du 25 octobre 2011; VERNIORY, Commentaire Romand CPP, note 64 ad art. 56). Dans ce cadre, ni les art. 29 et 30 Cst., ni l'art. 6 par. 1 CEDH ne confèrent au prévenu une protection particulière lui permettant de se plaindre de l'attitude du ministère public et des opinions exprimées par celui-ci durant les débats (<ref-ruling> consid. 2 p. 77 ss; <ref-ruling> consid. 3b p. 98; <ref-ruling> consid. 2a p. 143 s. et les arrêts cités). La partie plaignante ne saurait, elle non plus, faire grief au ministère public d'exprimer ses convictions lors des débats, voire même de renoncer à l'accusation s'il estime que celle-ci ne repose plus sur des éléments suffisants. Le ministère public représente en effet des intérêts distincts de ceux de la partie plaignante, qu'il n'a pas vocation à défendre.
2.3 Comme le relève la cour cantonale, on ne saurait admettre systématiquement la récusation d'un procureur au motif qu'il aurait déjà rendu dans la même cause une ordonnance de non-entrée en matière ou de classement annulée par l'autorité de recours. D'une part en effet, des décisions ou des actes de procédure qui se révèlent par la suite erronés ne fondent pas en soi une apparence objective de prévention; seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées, constitutives de violations graves des devoirs du magistrat, peuvent fonder une suspicion de partialité, pour autant que les circonstances dénotent que le juge est prévenu ou justifient à tout le moins objectivement l'apparence de prévention (<ref-ruling> consid. 5a p. 19, 135 consid. 3a p. 138; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 158; <ref-ruling> consid. 2b p. 409/410; <ref-ruling> consid. 3b/aa in fine p. 264). D'autre part, la jurisprudence considère que le magistrat appelé à statuer à nouveau après l'annulation d'une de ses décisions est en général à même de tenir compte de l'avis exprimé par l'instance supérieure et de s'adapter aux injonctions qui lui sont faites (ATF <ref-ruling> consid. 2b p. 410). Seules des circonstances exceptionnelles permettent dès lors de justifier une récusation dans de tels cas, lorsque, par son attitude et ses déclarations précédentes, le magistrat a clairement fait apparaître qu'il ne sera pas capable de revoir sa position et de reprendre la cause en faisant abstraction des opinions qu'il a précédemment émises.
2.4 Dans son arrêt du 27 mars 2012, le Tribunal fédéral a annulé l'ordonnance de classement, et renvoyé la cause au Ministère public afin qu'il engage l'accusation après avoir, le cas échéant, complété l'instruction. Le Tribunal fédéral a notamment considéré qu'il appartiendrait au Ministère public de statuer sur les offres de preuves de la partie plaignante. A ce stade de la procédure, le Procureur n'intervient donc pas comme simple partie, mais encore comme autorité d'instruction. Il est donc tenu aux exigences de réserve et d'impartialité rappelées ci-dessus. Or, l'ordonnance de classement du 10 juin 2011, longue de 44 pages, comporte un exposé des faits très détaillé. Sur plusieurs points (vitesse et trajectoire du véhicule, volonté du prévenu), elle retient la version la plus favorable au prévenu. En droit, le Procureur général a écarté les préventions de meurtre - y compris par dol éventuel -, d'homicide par négligence et de mise en danger de la vie d'autrui, en considérant qu'il n'y avait aucune sorte d'intention et que l'intervention était justifiée par un état de légitime défense. La motivation très péremptoire de cette ordonnance fait ressortir l'absence de tout doute au sujet de l'innocence du prévenu. Le procureur en a conclu qu'une condamnation de l'agent de police ne semblait "tout simplement pas possible". Lors de la procédure de recours devant le Tribunal fédéral, il a encore précisé, dans ses déterminations du 19 janvier 2012, qu'il était "difficile d'imaginer un Procureur, convaincu de l'innocence du prévenu, le déférer au tribunal par acte d'accusation pour ensuite demander sa libération". Le magistrat explique s'être ainsi exprimé de manière abstraite, mais, sous l'angle de l'apparence tout au moins, le recourant pouvait légitimement redouter que le Procureur ne soit pas enclin à modifier un point de vue qu'il a longuement exposé et fermement maintenu devant les instances de recours.
Il ressort aussi de la décision de classement que le procureur a écarté pas moins de 17 offres de preuves (notamment des expertises sur le dispositif mis en place et sur l'engagement de l'arme, une détermination de la chronologie des faits et une expertise balistique), en détaillant les motifs de ces refus, fondés sur une appréciation anticipée.
Compte tenu de ces refus d'instruire, des motifs retenus dans l'ordonnance de classement et des déclarations faites ultérieurement, la partie plaignante pouvait à juste titre se plaindre d'une apparence de prévention dans la perspective d'un éventuel complément d'instruction. Le recours doit dès lors être admis pour ce motif.
2.5 Le recourant fait aussi valoir que les procédures dirigées contre des membres de la police devraient être menées par des autorités indépendantes: les procureurs seraient tributaires de la collaboration de la police, et cette dernière pourrait exercer des pressions. Le recourant se fonde sur une recommandation du Comité des Nations-Unies contre la torture, du mois de juin 2005, qui préconise l'institution d'un mécanisme indépendant pour les plaintes contre les agents de police, ainsi qu'un rapport d'Amnesty International du mois de juin 2007 allant dans le même sens. L'argument doit être écarté, sans qu'il y ait à examiner en détail les réserves mentionnées par le recourant. En effet, comme le relève avec raison la cour cantonale, l'enquête est en l'espèce diligentée par les autorités fribourgeoises contre un policier du canton de Vaud. Même si les autorités de différents cantons peuvent être amenées à collaborer, il n'y a pas de relation directe entre un procureur d'un canton et la police d'un autre. L'autorité d'instruction ordinaire dispose dès lors manifestement d'une indépendance suffisante.
2.6 L'admission de la demande de récusation, pour les motifs évoqués ci-dessus, implique la désignation d'un autre magistrat. Cela dispense d'examiner l'argument tiré de la participation du procureur à l'enquête dirigée contre le recourant.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis. La demande de récusation est également admise et la cause est renvoyée à la cour cantonale afin qu'un autre procureur soit désigné pour la suite de la procédure. Conformément à l'<ref-law>, une indemnité de dépens est allouée au recourant, à la charge du canton de Fribourg. Cela rend sans objet la demande d'assistance judiciaire. Selon l'<ref-law>, il n'est pas perçu de frais judiciaires. Il appartiendra aussi à la cour cantonale de statuer à nouveau sur les frais et, le cas échéant, les dépens (indemnités de procédure) de la procédure cantonale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis; la décision attaquée est annulée et la demande de récusation du Procureur B._ est admise. La cause est renvoyée à la Chambre pénale pour désignation d'un autre procureur et pour nouvelle décision sur les frais et dépens.
2. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à Me Jean-Pierre Garbade, à la charge du canton de Fribourg. La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Chambre pénale.
Lausanne, le 8 juin 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz