Faits:
A. Par jugement du 4 octobre 2007, le juge II du district de Sion a notamment condamné X._, pour escroquerie et faux dans les titres, à 180 jours-amende à 30 fr./j. avec sursis pendant deux ans, sous déduction de la détention préventive.
B. Par jugement du 8 juin 2009, le juge de la cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a notamment rejeté l'appel de X._.
Cette décision repose en bref sur les faits suivants.
B.a De siège social à D._, fondée le 3 février 1995 et dotée d'un capital-actions de 30'000 fr., E._ Sàrl s'est intéressée à l'exploitation et à la gestion d'un cabinet médical de groupe ainsi que de cabinets paramédicaux. A.X._, B.X._ et C.X._, respectivement épouse et enfants de X._, en étaient les associés. En janvier 2002, E._ Sàrl a transféré son siège à Lausanne avant de se transformer en société anonyme.
L'activité de E._ Sàrl portait sur l'exploitation d'un cabinet médical de groupe et d'une structure chirurgicale de jour. B.X._ se chargeait des aspects administratifs et comptables, ainsi que de la gestion du personnel. X._ était le propriétaire des murs de la clinique ainsi que le fondateur de la structure médicale. Il exploitait aussi au sein de celle-ci, en qualité de médecin indépendant, un cabinet dont E._ Sàrl assumait la gestion. Il était le véritable patron de la société, disposant du pouvoir décisionnel, même si formellement il n'avait pas le statut d'associé. Aucune décision importante n'était prise sans son aval.
B.b Dans la majorité des cas, E._ Sàrl facturait les interventions chirurgicales pratiquées par les médecins FMH agréés directement aux compagnies d'assurance-maladie, conformément au système du tiers payant, sur la base du tarif contenu dans le catalogue commun des prestations hospitalières (CPH). Le médecin concerné recevait ensuite de E._ Sàrl le montant de ses honoraires, déterminé selon les actes effectués.
Pour assurer l'équilibre financier de l'entreprise, B.X._ et X._ ont décidé de facturer, par intermittence, des assistances opératoires fictives.
B.c Ainsi, s'agissant des actes opératoires effectués par le docteur F._ entre le 14 novembre 1997 et le 6 septembre 2000, E._ Sàrl a facturé aux caisses et assurances 52 assistances fictives.
A la suite de six interventions effectuées entre le 31 janvier 1998 et le 2 novembre 1999 par X._, E._ Sàrl a facturé une assistance opératoire aux caisses et assurances, alors que les protocoles opératoires n'indiquaient le nom d'aucun médecin assistant.
Entre le 22 décembre 1996 et le 29 mai 2000, X._ a procédé à une soixantaine d'opérations en indiquant le nom du docteur G._ sur les protocoles opératoires, alors que celui-ci était absent du centre. E._ Sàrl a encaissé le montant net de ces assistances fictives facturées aux caisses et assurances.
Enfin, entre le 1er mai 1999 et le 22 mars 2001, E._ Sàrl a facturé aux caisses et assurances une assistance opératoire pour trois opérations réalisées par le docteur H._, alors que celui-ci intervenait sans assistance.
C. X._ dépose un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire auprès du Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation des art. 251 et 146 CP, il conteste sa condamnation et conclut à la réforme du jugement entrepris en ce sens qu'il est acquitté des chefs d'accusation d'escroquerie et de faux dans les titres. Il requiert également l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire n'est ouvert que contre les décisions de dernière instance cantonale qui ne peuvent faire l'objet d'aucun recours ordinaire (<ref-law>). Dans le cas présent, le recours en matière pénale étant ouvert contre le jugement attaqué (cf. art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF), le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recourant conteste sa condamnation pour faux dans les titres.
2.1 Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constaté ou fait constater faussement, dans un titre, un fait ayant une portée juridique, ou aura, pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre, sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Cette disposition vise non seulement un titre faux ou la falsification d'un titre (faux matériel), mais aussi un titre mensonger (faux intellectuel). Il y a faux matériel lorsque l'auteur réel ne coïncide pas avec l'auteur apparent, alors que le faux intellectuel vise un titre qui émane de son auteur apparent, mais qui est mensonger dans la mesure où son contenu ne correspond pas à la réalité (<ref-ruling> consid. 2a p. 67).
2.1.1 Un simple mensonge écrit ne constitue pas un faux intellectuel punissable. La confiance que l'on peut avoir à ne pas être trompé sur la personne de l'auteur est plus grande que celle que l'on peut avoir à ce que l'auteur ne mente pas par écrit. Pour cette raison, même si l'on se trouve en présence d'un titre, il est nécessaire, pour que le mensonge soit punissable comme faux intellectuel, que le document ait une valeur probante plus grande que dans l'hypothèse d'un faux matériel. Sa crédibilité doit être accrue et son destinataire doit pouvoir s'y fier raisonnablement. Une simple allégation, par nature sujette à vérification ou discussion, ne suffit pas. Il doit résulter des circonstances concrètes ou de la loi que le document est digne de confiance, de telle sorte qu'une vérification par le destinataire n'est pas nécessaire et ne saurait être exigée. Tel est le cas lorsque certaines assurances objectives garantissent aux tiers la véracité de la déclaration. Il peut s'agir, par exemple, d'un devoir de vérification qui incombe à l'auteur du document ou encore de l'existence de dispositions légales comme les <ref-law> relatifs au bilan, qui définissent le contenu du document en question. En revanche, le simple fait que l'expérience montre que certains écrits jouissent d'une crédibilité particulière ne suffit pas, même si dans la pratique des affaires il est admis que l'on se fie à de tels documents. Il faut noter, enfin, que la limite entre le mensonge écrit et le faux intellectuel dans les titres doit être fixée de cas en cas en fonction des circonstances concrètes de l'espèce (<ref-ruling> consid. 2a p. 67 s.; <ref-ruling> consid. 3a p. 276 ss).
Une facture mensongère, munie d'une quittance, n'est pas dotée, de par la loi, d'une garantie objective suffisante pour nécessairement constituer un faux intellectuel dans les titres. Il faut encore examiner si un tel document ne possède pas, selon les circonstances, une valeur de preuve accrue, notamment en raison de la personne qui l'a établi (<ref-ruling> consid. 2c p. 135 ss; ATF 6S.37/2007 du 19 avril 2007 consid. 8.2.2). Celle-ci doit être dans une position analogue à celle d'un garant (<ref-ruling> consid. f p. 29). Selon le Tribunal fédéral, il y a faux dans les titres lorsqu'un médecin établit une feuille de maladie ou une facture mensongère et fait valoir pour lui ou son patient des prestations auprès d'une caisse-maladie, dès lors que ces documents émanent d'un professionnel qui bénéficie d'une position privilégiée et jouit de ce fait d'une confiance particulière (<ref-ruling> consid. 4 p. 169 s; <ref-ruling> consid. 2c p. 184; ATF 6S.491/1999 du 23 septembre 1999 consid. 7; ATF 6S.22/2007 du 4 mai 2007 consid. 9.2).
2.1.2 Le faux dans les titres est une infraction intentionnelle. Le dol éventuel suffit. L'<ref-law> exige de surcroît un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, soit le dessein de nuire ou le dessein d'obtenir un avantage illicite (B. CORBOZ, Les infractions spéciales, ad <ref-law> n° 171 ss p. 216 ss).
2.2 Le recourant soutient que les factures et protocoles opératoires ne constituent pas des titres au sens de la loi.
2.2.1 Selon les constatations cantonales, E._ Sàrl a facturé aux caisses-maladie concernées une assistance opératoire dans plus de 100 cas, alors que ces prestations, qui n'avaient pas été effectuées, n'avaient pas à être comptabilisées (cf. supra consid. B.c).
Conformément à la LAMal, l'assurance obligatoire des soins prend en charge les coûts des prestations qui servent à diagnostiquer ou à traiter une maladie et ses séquelles (<ref-law>). Ces prestations doivent être efficaces, appropriées et économiques (<ref-law>). En cas de traitement hospitalier, l'assureur est le débiteur de sa part de rémunération (cf. art. 42 al. 2, 2ème phrase LAMal). Le fournisseur de prestations doit lui remettre une facture détaillée et compréhensible. Il doit aussi lui transmettre toutes les indications nécessaires lui permettant de vérifier le calcul de la rémunération et le caractère économique de la prestation (<ref-law>). Il doit limiter ses prestations à la mesure exigée par l'intérêt de l'assuré et le but du traitement (<ref-law>). Si, avant de régler ces factures, l'assureur procède à un certain contrôle, sa vérification reste cependant limitée, dès lors qu'il se fie en principe aux indications du fournisseur de soins. La facture est propre à établir, à l'égard de l'assureur, l'exactitude des indications qui y figurent et la réalité des prestations comptabilisées. Ainsi, en raison de la situation particulière du médecin, qui bénéficie d'une position privilégiée et jouit de ce fait d'une confiance particulière, et du pouvoir de vérification relativement limité des assureurs, les factures litigieuses revêtent - conformément d'ailleurs à la jurisprudence citée au consid. 2.1.1 - une valeur probante accrue.
2.2.2 Selon les faits retenus, le recourant a, à plusieurs reprises, indiqué dans ses protocoles opératoires le nom du docteur G._ en qualité d'assistant, alors que celui-ci ne se trouvait pas à la clinique (cf. supra consid. B.c). Le juge cantonal a considéré que ces documents étaient propres à établir l'exactitude des indications y contenues, notamment la réalisation des opérations médicales mentionnées et que l'inscription d'assistant opératoire n'avait pas d'autre but que de permettre à E._ Sàrl de facturer aux caisses et assurances une prestation inexistante et rendre, le cas échéant, particulièrement délicate une éventuelle contestation du contenu des factures établies sur la base desdits documents. Il a par conséquent admis que ces protocoles opératoires revêtaient une valeur probante accrue.
En l'occurrence, la question de savoir si ces protocoles - qui n'étaient pas transmis aux assureurs avec les factures d'honoraires et restaient dans les dossiers des patients - constituent réellement des titres au sens de l'<ref-law> peut rester ouverte. En effet, la seule production des factures (cf. supra consid. 2.2.1), lesquelles constituent des faux intellectuels, dans le but avéré de procurer un avantage illicite au centre E._ Sàrl, suffit à fonder la condamnation du recourant pour faux dans les titres au sens de la disposition précitée. Par conséquent, même si l'on voulait admettre que les protocoles opératoires qualifiés de faux intellectuels ne puissent être considérés comme tels, cette circonstance ne pourrait avoir d'incidence que sur la quotité de la peine. Or, cette incidence serait insignifiante et ne justifierait aucune réduction de la sanction au vu de la culpabilité de l'intéressé résultant de l'ensemble des infractions commises et de la sanction finalement légère qui lui a été infligée.
2.3 Le recourant nie la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction.
2.3.1 Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté, de même la détermination de son dessein ou de ses mobiles, relève des constatations de faits, qui lient la Cour de droit pénal, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte. C'est en revanche une question de droit que de savoir si l'autorité inférieure s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention et si, sur la base des faits qu'elle a retenus, elle a correctement appliqué cette notion (<ref-ruling> consid. 5a p. 2 s.).
2.3.2 Dans son argumentation, le recourant se contente de nier toute intention d'avoir voulu ou même accepté l'idée de tromper autrui avec le système de facturation mis en place. Il ne conteste toutefois pas l'appréciation des preuves effectuée par le juge cantonal à ce sujet ni même n'allègue l'arbitraire. Sa critique relative à l'aspect subjectif de l'infraction de faux dans les titres est insuffisamment motivée au regard de l'<ref-law> et par conséquent irrecevable.
3. Le recourant conteste sa condamnation pour escroquerie.
3.1 Il reproche au juge cantonal d'avoir défini la notion « d'assistance opératoire » sans s'être adjoint le concours d'un expert en la matière et estime que la définition donnée est insoutenable.
3.1.1 Tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 371; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 429; <ref-ruling> consid. 6c/cc in fine p. 135).
3.1.2 L'art. 10 al. 1 de l'ordonnance du 20 novembre 1996 sur le subventionnement des honoraires des médecins hospitaliers (RS/VS 811.11), entrée en vigueur le 1er décembre 1996, prescrit que les médecins hospitaliers ne perçoivent leurs honoraires que sur la base des actes qu'ils ont personnellement effectués ou pour lesquels ils sont personnellement intervenus par leur présence.
Le 25 mars 1986, l'association suisse des établissements hospitaliers (VESKA), la fédération des médecins suisses (FMH), la commission des tarifs médicaux LAA (CTM), l'assurance-invalidité (AI) - représentée par l'office fédéral des assurances sociales (OFAS) -, l'office fédéral de l'assurance militaire (OFAM) et le concordat des caisses-maladie suisses (CCMS), avec l'agrément de la conférence des directeurs cantonaux des affaires sanitaires (CDS), se sont entendus pour établir et publier un catalogue commun des prestations hospitalières (CPH). Ce catalogue avait pour but de mettre sur pied des règles propres à évaluer les prestations médicales des hôpitaux. Par décision du 23 avril 1997, le Conseil d'Etat valaisan a décidé d'appliquer le CPH pour les activités chirurgicales de E._ Sàrl. Ce catalogue spécifie expressément ce qui suit: « L'assistance d'un médecin ne peut être portée en compte pour les interventions sanglantes que lorsqu'elle est nécessaire et a été vraiment fournie. En plus de la taxe pour assistance, il ne peut être porté en compte aucune prestation supplémentaire (taxe de consultation ou de visite, indemnité de déplacement, vacation) ».
3.1.3 Au regard de la disposition et du catalogue précités, on doit comprendre que l'assistance opératoire ne peut être portée en compte que lorsqu'elle est nécessaire et a été effectivement fournie. Une assistance opératoire ne peut dès lors être facturée que si elle correspond à une prestation réelle. Par ailleurs, dans le sens courant, assister un médecin opérateur signifie le seconder, soit l'aider, l'accompagner (cf. définition du Petit Robert) et impose par conséquent une présence du médecin assistant à proximité immédiate du premier nommé. On pense d'abord à la présence permanente et effective de l'assistant aux côtés du médecin principal lors de l'intervention chirurgicale. On peut encore admettre une assistance opératoire lorsque le médecin assistant, clairement informé de l'opération en cours, ne participe pas directement aux actes opératoires, mais se trouve prêt à intervenir à tout moment selon les indications du responsable (cf. KUHN, Operationsbereit anwesender Chefarzt darf Privathonorar in Rechnung stellen, Zur Definition der persönlichen Leistungspflicht, in Bulletin des médecins suisses, vol. 74, cahier 44/1993 p. 1704 ss). En outre, les médecins auditionnés lors de l'instruction de la présente affaire ont également interprété cette notion dans le sens précité, soit dans un sens plus restrictif que celui que souhaite lui donner le recourant (cf. jugement du 8 juin 2009 p. 14 à 17).
Ainsi, il n'y a pas d'assistance opératoire lorsque le praticien, certes présent dans les locaux de la clinique, n'est pas équipé d'une blouse stérile ou se trouve dans l'ignorance de l'intervention en cours. Toute facturation d'une assistance opératoire dans ces circonstances est injustifiée et constitue par conséquent une rémunération d'une prestation inexistante. Pour le reste, au vu notamment de la législation existante au moment des faits, du contenu du CPH et des témoignages de plusieurs médecins sur cette notion « d'assistance opératoire », le juge cantonal pouvait, sans arbitraire, admettre qu'une expertise médicale n'était pas nécessaire pour définir ce concept. La critique est donc infondée.
3.2 Le recourant nie l'existence d'une tromperie par affirmations fallacieuses ainsi que le caractère astucieux de celle-ci.
3.2.1 Aux termes de l'<ref-law>, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais, ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
3.2.1.1 La tromperie que suppose l'escroquerie peut consister soit à induire la victime en erreur, par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais, soit à conforter la victime dans son erreur. Pour qu'il y ait tromperie par affirmations fallacieuses, il faut que l'auteur ait affirmé un fait dont il connaissait la fausseté; l'affirmation peut résulter de n'importe quel acte concluant; il n'est donc pas nécessaire que l'auteur ait fait une déclaration; il suffit qu'il ait adopté un comportement dont on déduit qu'il affirme un fait (B. CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, ad art. 146 n° 5).
3.2.1.2 L'astuce est réalisée non seulement lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il se borne à donner de fausses informations dont la vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire, par exemple en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 4.4.3; <ref-ruling> consid. 3a p. 20). Tel est notamment le cas si l'auteur exploite un rapport de confiance préexistant qui dissuade la dupe de vérifier (<ref-ruling> consid. 3a p. 248) ou encore si la dupe, en raison de sa situation personnelle (faiblesse d'esprit, inexpérience, grand âge ou maladie), n'est pas en mesure de procéder à une vérification et que l'auteur exploite cette situation (<ref-ruling> consid. 1a p. 188).
L'astuce n'est toutefois pas réalisée si la dupe pouvait se protéger avec un minimum d'attention ou éviter l'erreur avec le minimum de prudence que l'on pouvait attendre d'elle. Il n'est pas nécessaire, pour qu'il y ait escroquerie, que la dupe ait fait preuve de la plus grande diligence et qu'elle ait recouru à toutes les mesures de prudence possibles. La question n'est donc pas de savoir si elle a fait tout ce qu'elle pouvait pour éviter d'être trompée. L'astuce n'est exclue que lorsque la dupe est coresponsable du dommage parce qu'elle n'a pas observé les mesures de prudence élémentaires que commandaient les circonstances (ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 20).
3.2.2 En l'espèce, le recourant et sa fille ont facturé aux caisses-maladie, à plus de 100 reprises, des assistances opératoires, alors que celles-ci n'avaient pas été effectuées et n'avaient dès lors pas à être comptabilisées (cf. supra consid. B.c). Ce faisant, ils ont induit les assureurs en erreur par des affirmations fallacieuses.
3.2.3 En l'occurrence, les coaccusés ont confectionné des factures dont un seul poste, à savoir l'assistance opératoire, était mensonger. Celui-ci ne constituait qu'une seule rubrique parmi de nombreuses autres. Par ailleurs, il ne composait souvent qu'une petite partie du montant de la facture globale et était de peu d'importance. En plus, il était calculé dans le strict respect des règles du CPH, ce qui rendait le contrôle très difficile pour les assurances. En outre, les auteurs ont pris le soin de ne pas facturer une assistance opératoire de manière systématique. Ils ont agi par intermittence pour ne pas éveiller l'attention des caisses concernées. Ils ont également évité de facturer des cas où les caisses n'acceptaient pas, quoi qu'il en soit, une assistance. Enfin, ils ont adressé les factures non pas à une seule et même caisse, mais à de nombreuses assurances différentes. Dans ces circonstances, les accusés pouvaient raisonnablement prévoir que les caisses concernées n'allaient pas procéder à des vérifications détaillées, difficiles et onéreuses. Ils ont par conséquent agi de manière astucieuse.
3.2.4 Certes, la LAMal impose aux caisses-maladie d'examiner les factures qui leur sont soumises pour déterminer en particulier le caractère économique des prestations (cf. <ref-law>; ATF 6S.323/2006 du 4 avril 2007 consid. 3). Reste que ce devoir de vérification n'est pas illimité (ATF 6S.22/2007 du 4 mai 2007 consid. 9.2). Or, dans le cas particulier, il était extrêmement délicat pour les caisses de vérifier et, encore plus, de contester la pertinence de la facturation des assistances opératoires. En effet, d'une part, les prestations facturées mais non fournies n'étaient pas inadmissibles au regard de l'<ref-law> et des listes établies par les assurances, puisque les accusés avaient pris le soin de ne pas facturer de telles assistances dans les cas où les caisses ne les acceptaient pas. D'autre part, la nécessité d'une assistance pour telle ou telle opération relève souvent de l'appréciation et les caisses concernées auraient dû procéder à des examens très détaillés des prestations opératoires fournies en recourant à des spécialistes. Or, vu les montants en jeu, le coût des démarches et le temps nécessaire pour déterminer si chaque assistance était réellement justifiée dans le cadre d'opérations où elle était en principe admise, des investigations menées par les médecins conseils des caisses auraient été peu adéquates et disproportionnées. Dans ces circonstances, on ne saurait reprocher aux différentes assurances concernées de ne pas avoir adopté les mesures de prudence adéquates et nécessaires.
3.2.5 Pour le reste, le recourant ne conteste pas, à juste titre, la réalisation des autres conditions de l'escroquerie. Partant, sa condamnation ne viole pas l'<ref-law>.
4. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient dénuées de chance de succès, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (<ref-law> a contrario) et supporter les frais de justice (<ref-law>). Ceux-ci seront réduits pour tenir compte de la situation financière de l'intéressé.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du Valais, Cour pénale II.
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani