Faits:
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A. A._ est propriétaire d'un immeuble à Bernex.
Lors d'une visite le 8 janvier 2003, un inspecteur du département des constructions et des technologies de l'information de la République et canton de Genève (ci-après: le département) a constaté que A._ avait entrepris des travaux de transformation sans autorisation. Il se trouvait désormais, aux 1er et 2ème étages, deux appartements de cinq pièces au lieu des quatorze chambres, deux WC, deux douches et du réfectoire figurant sur les plans antérieurs.
Le 14 mars 2003, A._ a déposé une demande d'autorisation de construire portant sur les travaux effectués. Au printemps 2003, il a loué les quatre appartements en cause, pour un loyer de 2'300 fr. plus 200 fr. de charges, sans attendre l'autorisation du département.
Le 10 décembre 2003, le département a délivré l'autorisation de construire pour les travaux effectués aux 1er et 2ème étages, fixé les loyers applicables et infligé une amende de 5'000 fr. à A._ pour avoir violé la loi genevoise sur les constructions et installations diverses du 14 avril 1988 (LCI) et la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 25 janvier 1996 (LDTR).
L'autorisation de construire prévoyait sous condition n° 5 que le loyer annuel par pièce était fixé pour une période de cinq ans à 4'383 fr. (soit un loyer annuel de 21'915 fr. par appartement) à dater de la prise de location. Un délai de trente jours était imparti à A._ pour opérer les modifications nécessaires et restituer le trop-perçu aux locataires.
L'autorisation de construire prévoyait sous condition n° 5 que le loyer annuel par pièce était fixé pour une période de cinq ans à 4'383 fr. (soit un loyer annuel de 21'915 fr. par appartement) à dater de la prise de location. Un délai de trente jours était imparti à A._ pour opérer les modifications nécessaires et restituer le trop-perçu aux locataires.
B. Par décision du 28 janvier 2005, la commission cantonale de recours en matière de constructions de la République et canton de Genève (ci-après: la commission) a écarté le recours interjeté par A._ contre la décision du 10 décembre 2003 du département.
Par arrêt du 16 août 2005, le Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a également rejeté le recours de A._ contre la décision de la commission.
Par arrêt du 16 août 2005, le Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a également rejeté le recours de A._ contre la décision de la commission.
C. Par courrier du 11 octobre 2005, le département a informé A._ que l'arrêt du Tribunal administratif du 16 août 2005 était définitif. Il lui a imparti un délai de trente jours pour établir de nouveaux baux et pour restituer les sommes perçues en trop aux locataires. A._ était également invité à bien vouloir informer le département des démarches entreprises, justificatifs à l'appui.
Par courrier du 23 novembre 2005, A._ a précisé que le décompte pour les frais accessoires n'avait pas encore été établi mais qu'il était évident que l'acompte de 200 fr. ne couvrait de loin pas les prix effectifs. Il expliquait également que pour les nouveaux baux à signer, il envisageait un loyer annuel de 21'915 fr. et des frais accessoires annuels de 6'000 francs.
Par courrier du 23 novembre 2005, A._ a précisé que le décompte pour les frais accessoires n'avait pas encore été établi mais qu'il était évident que l'acompte de 200 fr. ne couvrait de loin pas les prix effectifs. Il expliquait également que pour les nouveaux baux à signer, il envisageait un loyer annuel de 21'915 fr. et des frais accessoires annuels de 6'000 francs.
D. Par décision du 10 janvier 2006, le département a constaté que A._ persistait à ne pas vouloir respecter la décision en force du 10 décembre 2003. Il a précisé que les motifs invoqués pour ne pas s'exécuter relevaient strictement du droit privé, de sorte qu'ils ne sauraient intéresser le département. Il a également relevé qu'il ne lui incombait au surplus pas de vérifier si les montants éventuellement réclamés sur le plan du droit privé étaient fondés et exigibles. En conséquence, il a, en application de l'art. 137 LCI, infligé une amende administrative de 5'000 fr. à A._ pour ne pas avoir respecté un ordre en force du département. Le montant de l'amende tenait compte de la gravité tant objective que subjective du comportement tenu, ainsi que de la récidive. Un délai de trente jours était imparti à A._ pour procéder au paiement de l'amende. Il lui était également ordonné, en application des art. 129 ss LCI, de se conformer à la décision du département du 10 décembre 2003, sous la menace de l'<ref-law>.
Par courrier du 13 janvier 2006, A._ a demandé au département de lui préciser si le montant du loyer maximal incluait les charges, cas échéant, si le département entendait fixer une limite à ces dernières.
Par courrier du 17 janvier 2006, le département a répondu que les loyers fixés dans le cadre de l'application de la LDTR ne comprenaient pas les charges correspondant aux frais accessoires tels que définis par l'<ref-law>.
A._ a recouru contre la décision du 10 janvier 2006. Il soutenait que le département était en possession de tous les justificatifs et explications relatifs aux charges et devait donc se rendre compte qu'il ne devait rien rembourser aux locataires. Subsidiairement, il faisait valoir que la décision devait être annulée car elle souffrait d'un défaut de motivation, le montant précis à rembourser n'étant pas spécifié. Par décision du 10 mai 2006, la commission a déclaré son recours irrecevable. Elle a en effet estimé que la lettre du 10 janvier 2006, en tant qu'elle ordonnait l'exécution d'une décision en force, n'était pas sujette à recours en vertu de l'<ref-law>. Elle a au surplus déclaré le recours non fondé en tant qu'il concernait l'amende administrative de 5'000 francs. Selon elle, les faits de la cause établissaient sans aucun doute l'intention de A._ de ne pas se soumettre à la décision en force. A._ apparaissait comme un récidiviste sur lequel les décisions antérieures n'avaient produit aucun effet.
Par arrêt du 19 septembre 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours de A._ contre la décision de la commission du 10 mai 2006. Il a confirmé le prononcé d'irrecevabilité de cette dernière. Le Tribunal administratif est cependant entré en matière sur le grief touchant au montant des loyers à restituer et l'a rejeté. S'agissant du moyen tiré de la compensation, le Tribunal administratif a estimé que A._ ne pouvait à la fois contester l'exigibilité de sa dette en qualifiant l'obligation qui lui était impartie de peu précise, voire d'indéterminable, et exciper de compensation.
Par arrêt du 19 septembre 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours de A._ contre la décision de la commission du 10 mai 2006. Il a confirmé le prononcé d'irrecevabilité de cette dernière. Le Tribunal administratif est cependant entré en matière sur le grief touchant au montant des loyers à restituer et l'a rejeté. S'agissant du moyen tiré de la compensation, le Tribunal administratif a estimé que A._ ne pouvait à la fois contester l'exigibilité de sa dette en qualifiant l'obligation qui lui était impartie de peu précise, voire d'indéterminable, et exciper de compensation.
E. Agissant par la voie du recours de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 19 septembre 2006 et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il reproche au Tribunal administratif d'avoir violé le principe de la bonne foi et d'être tombé dans l'arbitraire en confirmant l'amende administrative de 5'000 francs. Il lui fait également grief d'être tombé dans l'arbitraire en violant le principe de la compensation.
Le Tribunal administratif n'a formulé aucune observation. Il s'en est rapporté à justice quant à la recevabilité du recours et a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département a répondu au recours. Il s'en est rapporté à justice quant à la recevabilité du recours et a conclu à son rejet au fond.
Par ordonnance du 20 novembre 2006, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif formulée par A._.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. La décision attaquée ayant été rendue avant le 1er janvier 2007, la loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ) demeure applicable à la présente procédure de recours (<ref-law>).
1. La décision attaquée ayant été rendue avant le 1er janvier 2007, la loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ) demeure applicable à la présente procédure de recours (<ref-law>).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 292; <ref-ruling> consid. 1 p. 573; <ref-ruling> consid. 1 p. 317 et les arrêts cités).
Les moyens soulevés par le recourant ont trait exclusivement à la violation de droits constitutionnels, si bien qu'ils ne peuvent être présentés que dans un recours de droit public (art. 84 al. 2 Cst.). Formé en temps utile contre une décision finale rendue en dernière instance cantonale, le recours de droit public est recevable (art. 86 ss OJ). Personnellement touché par l'arrêt attaqué, le recourant a un intérêt personnel, actuel et juridiquement protégé à ce que cet arrêt soit annulé, et a, partant, qualité pour recourir selon l'art. 88 OJ.
Les moyens soulevés par le recourant ont trait exclusivement à la violation de droits constitutionnels, si bien qu'ils ne peuvent être présentés que dans un recours de droit public (art. 84 al. 2 Cst.). Formé en temps utile contre une décision finale rendue en dernière instance cantonale, le recours de droit public est recevable (art. 86 ss OJ). Personnellement touché par l'arrêt attaqué, le recourant a un intérêt personnel, actuel et juridiquement protégé à ce que cet arrêt soit annulé, et a, partant, qualité pour recourir selon l'art. 88 OJ.
3. 3.1 Le recourant conteste l'amende qui lui a été infligée en invoquant la protection de la bonne foi et l'interdiction de l'arbitraire.
Le département aurait d'une part affirmé que le recourant pouvait facturer les charges en plus des loyers, laissant ainsi entendre que ces charges pouvaient être compensées.
D'autre part, les autorités cantonales auraient fait preuve d'arbitraire en considérant que la compensation ne serait plus possible en raison de l'entrée en force de l'arrêt du 16 août 2005, le Tribunal administratif "ayant jugé de manière définitive que le trop-perçu des loyers devait être restitué aux locataires".
3.2 Le recourant ne conteste pas qu'il doit rembourser le trop-perçu aux locataires. Comme l'a relevé le Tribunal administratif dans l'arrêt querellé, le recourant ne fait valoir que des griefs à l'encontre de l'exécution de la décision qui ordonne le remboursement. Le litige ne concerne donc en réalité que la perception de l'amende, qui suppose la non-exécution de la décision de remboursement. A cet égard, il sera précisé que le recourant ne se plaint plus de ce que la décision n'aurait pas été suffisamment précise pour pouvoir être exécutée.
3.2 Le recourant ne conteste pas qu'il doit rembourser le trop-perçu aux locataires. Comme l'a relevé le Tribunal administratif dans l'arrêt querellé, le recourant ne fait valoir que des griefs à l'encontre de l'exécution de la décision qui ordonne le remboursement. Le litige ne concerne donc en réalité que la perception de l'amende, qui suppose la non-exécution de la décision de remboursement. A cet égard, il sera précisé que le recourant ne se plaint plus de ce que la décision n'aurait pas été suffisamment précise pour pouvoir être exécutée.
4. 4.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1. p. 219, 57 consid. 2 p. 61; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 178; <ref-ruling> consid. 2.1. p. 275).
4.2 Le principe de la bonne foi, posé par l'art. 5 al. 3 Cst., vaut pour l'ensemble de l'activité étatique; il donne au citoyen le droit d'exiger que l'autorité se conforme aux promesses ou assurances qu'elle lui a faites et ne trompe pas la confiance qu'à juste titre il a placée dans ces promesses et assurances (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 636 s. et les références citées). Les conditions d'exercice de ce droit sont les suivantes: a) que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées; b) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de sa compétence; c) que l'administré ait eu de sérieuses raisons de croire à la validité de l'acte selon lequel il a réglé sa conduite; d) qu'il se soit fondé sur l'acte en question pour prendre des dispositions qui ne peuvent être modifiées sans préjudice; e) que la loi n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 637 et les références citées).
En l'espèce, le recourant ne prétend pas que les conditions susmentionnées seraient remplies. Le principe de la protection de la bonne foi proprement dite n'entre donc pas en considération.
4.3 Le principe de la confiance découlant de celui de la bonne foi, commande également à l'administration d'adopter un comportement cohérent et dépourvu de contradiction. La jurisprudence y a recours parfois pour corriger les conséquences préjudiciables aux intérêts des administrés d'un comportement contradictoire ou incohérent de l'administration (<ref-ruling> consid. 6 p. 87; <ref-ruling> consid. 3a p. 88).
Comme l'a relevé le Tribunal administratif, la décision du département était claire, à savoir qu'il était ordonné au recourant de rembourser la différence, soit 5'685 fr. (27'000 fr. - 21'915 fr.) par an et par appartement, au prorata du temps écoulé. La somme précitée s'entendait nonobstant les charges, ainsi que cela découle de la jurisprudence du Tribunal administratif. C'est du reste bien dans ce sens que le recourant avait compris la décision, puisque la lettre qu'il a adressée au département le 23 novembre 2005 précisait qu'il prévoyait un loyer annuel de 21'915 fr. pour les nouveaux baux, sans les charges.
D'ailleurs, le recourant n'a demandé au département si le loyer maximum fixé comprenait les charges ou non que le 13 janvier 2006, soit seulement après le prononcé de la seconde amende.
Cela étant, devant le Tribunal fédéral, le recourant ne fait plus valoir que la décision n'était pas suffisamment précise pour pouvoir être exécutée. Il soutient uniquement que le département l'aurait laissé croire qu'il était en droit de procéder à une compensation avec le montant des frais accessoires.
4.4 Il ne ressort nullement du dossier que le département a laissé entendre qu'il devait contrôler le montant des charges. Au contraire, il a toujours clairement spécifié que la question des charges relevait du droit privé et qu'elle ne le regardait donc pas. Contrairement à ce que le recourant affirme dans son recours, le département ne lui a en particulier jamais demandé de fournir des pièces justificatives quant au calcul des charges. Les documents que le département réclamait devaient au contraire attester que le recourant avait procédé au remboursement et qu'il avait établi de nouveaux baux en conformité avec la décision du 10 décembre 2003. On ne saurait, dans ces circonstances, reprocher un comportement contradictoire au département.
4.5 La question de la compensation n'a pas été examinée par le Tribunal administratif. Contrairement à ce qu'expose le recourant, la Cour cantonale n'a pas estimé que la compensation n'était pas permise en raison de l'entrée en force de l'arrêt du 16 août 2005. Elle a uniquement relevé l'argumentation contradictoire du recourant qui prétendait exciper de la compensation tout en soutenant que la décision n'était pas suffisamment précise, donc que sa dette n'était pas exigible.
Les griefs du recourant sur ce point sont par conséquent irrecevables. Au demeurant, le problème de la compensation relève des rapports de droit privé entre propriétaire et locataires.
Dans ces conditions, le département pouvait valablement considérer que le recourant cherchait à gagner du temps pour ne pas procéder au remboursement des loyers perçus en trop et lui infliger une amende. En effet, que le principe de la compensation soit admis ou contesté, il ressort du dossier que le recourant n'a entrepris aucune démarche dans le sens d'une exécution de la décision du département. Au demeurant, le recourant ne formule aucune critique quant au montant de l'amende.
Dans ces conditions, le département pouvait valablement considérer que le recourant cherchait à gagner du temps pour ne pas procéder au remboursement des loyers perçus en trop et lui infliger une amende. En effet, que le principe de la compensation soit admis ou contesté, il ressort du dossier que le recourant n'a entrepris aucune démarche dans le sens d'une exécution de la décision du département. Au demeurant, le recourant ne formule aucune critique quant au montant de l'amende.
5. Il s'ensuit que le recours de droit public doit être rejeté. Le recourant, qui succombe, doit supporter l'émolument judiciaire (art. 153, 153a et 156 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit public est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
1. Le recours de droit public est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de A._.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de A._.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 11 janvier 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: