Sachverhalt:
A. Am 15. Dezember 2006 bewilligte das Justiz- und Polizeidepartement des Kantons St. Gallen dem Untersuchungsgefangenen G._ die amtliche Verteidigung für die Dauer des laufenden Freiheitsentzuges, längstens bis zum Abschluss des erstinstanzlichen Gerichtsverfahrens. Als amtlicher Verteidiger wurde ein juristischer Mitarbeiter (Praktikant) von Rechtsanwalt X._ bestimmt.
Gestützt auf eine Meldung des kantonalen Untersuchungsamtes eröffnete die Anwaltskammer des Kantons St. Gallen am 5. Februar 2007 ein Disziplinarverfahren gegen X._; es wurde ihm vorgeworfen, trotz amtlicher Verteidigung von seinem Mandanten mehrmals Geld eingefordert zu haben. Am 22. August 2007 auferlegte sie ihm wegen wiederholter Verletzung der Berufsregeln eine Busse von Fr. 5'000.-- sowie die Verfahrenskosten von Fr. 2'000.--.
Eine von X._ gegen den Disziplinarentscheid gerichtete Beschwerde hiess das Kantonsgericht St. Gallen - unter Bestätigung der (einfachen) Berufsregelverletzung - teilweise gut und wies die Sache zur Festsetzung einer neuen Sanktion an die Anwaltskammer zurück. Diese ermässigte die Busse auf Fr. 1'000.--.
Auch diesen Bussenentscheid focht X._ beim Kantonsgericht St. Gallen an, welches seine Beschwerde am 22. September 2008 abwies, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht, den Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 22. September 2008 und jenen der Anwaltskammer vom 23. April 2008 aufzuheben und von jeglicher Sanktionierung abzusehen; eventuell sei höchstens eine Verwarnung auszusprechen.
Die Anwaltskammer des Kantons St. Gallen und das Kantonsgericht St. Gallen sowie das Bundesamt für Justiz haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgesetz vom 23. Juni 2000 über die Freizügigkeit der Anwältinnen und Anwälte (Anwaltsgesetz, BGFA; SR 935.61), welches neben den Berufspflichten (<ref-law>) insbesondere auch das Disziplinarrecht (<ref-law>) abschliessend regelt, ist Teil des Bundesverwaltungsrechts. Damit unterliegt der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Endentscheid (vgl. <ref-law>) der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Da keiner der Ausschlussgründe von <ref-law> Anwendung findet, ist dieses Rechtsmittel zulässig.
1.2 Unzulässig ist die Eingabe des Beschwerdeführers jedoch, soweit dieser nicht nur den Kantonsgerichtsentscheid, sondern auch den erstinstanzlichen Entscheid der Anwaltskammer des Kantons St. Gallen vom 23. April 2008 anficht. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann nur der Entscheid der letzten kantonalen Instanz angefochten werden (<ref-law>).
1.3 Der Beschwerdeführer beantragt zwar nur die Aufhebung des Urteils der Vorinstanz vom 22. September 2008. In der Begründung wendet er sich jedoch auch gegen den ersten Entscheid der Vorinstanz vom 25. Februar 2008 d.h. gegen den Rückweisungsentscheid, mit welchem die Frage der (einfachen) Verletzung der Berufsregeln (<ref-law>) für die Anwaltskammer verbindlich entschieden worden ist. Dieser Rückweisungsentscheid schloss indessen das Verfahren nicht ab, weshalb er nach der Regelung des Bundesgerichtsgesetzes kein Endentscheid ist, selbst wenn damit eine materielle Grundsatzfrage entschieden worden ist. Da sich dieser Entscheid offensichtlich auf den Inhalt des angefochtenen Entscheides auswirkt (<ref-law>), steht seiner Mitanfechtung nichts entgegen.
2. 2.1 Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer eine Verletzung der Berufsregeln im Sinne von <ref-law> vor. Diese erblickt sie im Verstoss gegen Art. 58 des kantonalen Strafprozessgesetzes vom 1. Juli 1999 (StP/SG) sowie gegen Art. 11bis der vom Kantonsgericht des Kantons St.Gallen erlassenen Honorarordnung vom 22. April 1994 für Rechtsanwälte und Rechtsagenten (HonO/SG).
Ob eine Berufsregelverletzung im Sinne des Anwaltsgesetzes vorliegt, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (Urteil 2C_344/2007 vom 22. Mai 2008 E. 5). Die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der Verletzung von Bundesrecht, insbesondere des Willkürverbotes (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2.1).
2.2 Gemäss Art. 58 StP/SG wird der amtliche Verteidiger vom Staat entschädigt; er darf vom Angeschuldigten kein Honorar fordern. Nach Art. 11bis HonO/SG dürfen der unentgeltliche Vertreter und der amtliche Verteidiger von ihrem Mandanten kein zusätzliches Honorar fordern.
2.3 Der Beschwerdeführer vertrat den am 15. November 2006 wegen des Verdachts der Vergewaltigung, der sexuellen Handlung mit einem Kind, der versuchten eventualvorsätzlichen Tötung, der Nötigung, der Drohung, der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie der Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte festgenommenen und zwei Tage später wegen Kollusions- und Fortsetzungsgefahr in Untersuchungshaft versetzten G._. Am 14. Dezember 2006 verlängerte der Haftrichter die Untersuchungshaft vorläufig bis längstens 13. März 2007. Am 15. Dezember 2006 wurde dem Inhaftierten vom Justiz- und Polizeidepartement des Kantons St. Gallen "für die Dauer des laufenden Freiheitsentzuges, längstens bis zum Abschluss des erstinstanzlichen Gerichtsverfahrens" die amtliche Verteidigung gewährt.
Gegen diese Haftverlängerung reichte der Beschwerdeführer für G._ am 22. Dezember 2006 eine Rechtsverweigerungsbeschwerde ein, die am 23. Januar 2007 von der Anklagekammer des Kantons St. Gallen abgewiesen wurde, soweit darauf einzutreten war; dem Beschwerdeführer wurde für das Beschwerdeverfahren keine Entschädigung aus amtlicher Verteidigung zugesprochen, weil sich das Rechtsmittel als von vornherein aussichtslos bzw. als unnötiger Aufwand erwies.
Gegen die am 13. März 2007 vom Haftrichter erneut verlängerte Untersuchungshaft erhob der Beschwerdeführer für G._ am 20. April 2007 wiederum eine Rechtsverweigerungsbeschwerde bei der Anklagekammer des Kantons St. Gallen, welche diese am 8. Mai 2007 abwies, soweit sie darauf eintrat. Auch diesmal wurde dem Beschwerdeführer für das Beschwerdeverfahren wegen Aussichtslosigkeit des Rechtsmittels bzw. wegen unnötigen Aufwandes keine Entschädigung aus amtlicher Verteidigung zugesprochen.
2.4 Da der Beschwerdeführer trotz bestehender amtlicher Verteidigung gemäss seinen Zwischenabrechnungen vom 17. Januar 2007 bzw. 20. April 2007 G._ für die erwähnten beiden Rechtsverweigerungsbeschwerden dennoch Fr. 2'790.20 bzw. Fr. 5'280.-- in Rechnung gestellt und mit offenen Guthaben aus anderen Mandaten habe verrechnen wollen, erachtete die Anwaltskammer dies in ihrem Entscheid vom 22. August 2007 als unzulässig bzw. als wiederholte Verletzung der Berufsregeln im Sinne von <ref-law>.
2.5 Das Kantonsgericht hat im Beschwerdeverfahren gegen diesen Entscheid am 25. Februar 2008 festgehalten, der Beschwerdeführer habe G._ eine Erklärung unterschreiben lassen, nach welcher dieser ihm eine Entschädigung für die erste Rechtsverweigerungsbeschwerde schulde. Da dies eine Schuldanerkennung darstelle, habe er mit diesem Vorgehen die ihm nicht zustehende Entschädigung gefordert. Ob es in der Folge tatsächlich zu einer Zahlung oder Verrechnung gekommen sei, sei ohne Bedeutung.
Bezüglich der zweiten Rechtsverweigerungsbeschwerde sei hingegen nicht nachgewiesen worden, dass der Beschwerdeführer den entsprechenden Aufwand auch tatsächlich eingefordert habe. Weil damit der objektive Tatbestand der Berufspflichtverletzung nicht gegeben sei, könne der Beschwerdeführer dafür nicht sanktioniert werden.
2.6 Das Kantonsgericht hat sodann erkannt, der Beschwerdeführer habe in Bezug auf die Rechnungstellung für die erste Rechtsverweigerungsbeschwerde vorsätzlich gehandelt. Es bejahte jedoch das Vorliegen eines Sachverhaltsirrtums. Es sei zu Gunsten des Beschwerdeführers anzunehmen, er sei tatsächlich davon ausgegangen, dass er das Recht habe, von G._ eine Entschädigung für die Rechtsverweigerungsbeschwerde zu verlangen. Da er indessen bei pflichtgemässer Sorgfalt diesen Irrtum hätte vermeiden können, habe er pflichtwidrig unsorgfältig gehandelt. Er sei daher in sinngemässer Anwendung von <ref-law> wegen fahrlässiger Verletzung seiner Berufspflichten zu sanktionieren (<ref-law> i.V.m. Art. 58 StP/SG bzw. Art. 11bis HonO/SG). Es wies deshalb die Beschwerde in Bezug auf Ziffer 1 des Dispositivs des angefochtenen Entscheides (Feststellung der Verletzung der Berufsregeln im Sinne von <ref-law>) ab. Das Kantonsgericht hob hingegen Ziffer 2 des Dispositivs (Busse von Fr. 5'000.--) auf und wies die Sache einzig zur Festsetzung einer neuen Sanktion zurück.
2.7 Was die vom Beschwerdeführer seinem Mandanten vorgelegte "Bestätigung" vom 19. Februar 2007 anbelangt, auf welche sich die Vorinstanzen in tatsächlicher Hinsicht gestützt haben, erschöpfen sich die Vorbringen des Beschwerdeführers in der Darstellung seiner eigenen Sicht der Dinge. Insbesondere sind keine Anhaltspunkte für seine Behauptung ersichtlich, er habe zu keiner Zeit beabsichtigt, von seinem Klienten eine Entschädigung zu verlangen. Selbst wenn die gewählte Formulierung von Ziffer zehn der Erklärung unüblich erscheint, kann sie nur dahingehend verstanden werden, dass der Mandant damit bestätigt, dass er auch das Anwaltshonorar für die Bemühungen des Beschwerdeführers im Verfahren der Rechtsverweigerungsbeschwerde zu bezahlen habe; es ist nicht zu sehen, dass mit dem Ausdruck "begleichen" etwas anderes als die Bezahlung - oder die dieser gleichzusetzende Verrechnung - gemeint sein könnte. Darauf lassen auch die in den Akten liegenden Zwischenabrechnungen schliessen. Eine offensichtlich unrichtige oder auf einer Rechtsverletzung beruhende Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>) ist insoweit weder geltend gemacht, noch zu erkennen.
2.8 Der Beschwerdeführer beanstandet denn auch einzig die rechtliche Würdigung dieses Sachverhaltes seitens der Vorinstanz als (kausales) Schuldbekenntnis und provisorischen Rechtsöffnungstitel. Wie es sich damit verhält, kann jedoch offen bleiben. Denn angesichts der oben dargelegten Umstände erscheint es nicht als unhaltbar, dass die Vorinstanzen davon ausgehen, das Unterschreibenlassen der entsprechenden Erklärung sei bereits als "fordern" im Sinne der beiden erwähnten kantonalen Bestimmungen zu betrachten. Dass der genaue Betrag der Honorarforderung nicht bereits in einem Frankenbetrag bestimmt, sondern erst ein Stundenaufwand von "ca. 13 Stunden" geltend gemacht wird, ist unerheblich; denn der entsprechende Betrag berechnet sich in Anwendung der kantonalen Honoraransätze nach Stunden. Ob damit nun rechtlich gesehen zugleich bereits ein Rechtsöffnungstitel besteht, ist zwar fraglich, aber ohne Belang. Das Dokument ist jedenfalls ein massgebendes Beweismittel in einem allfälligen Rechtsstreit um das Anwaltshonorar.
2.9 Ein Anwalt, welcher im Rahmen einer amtlichen Verteidigung in der hier in Frage stehenden Form entgegen der klaren kantonalen Regelung Anspruch auf Deckung seiner sämtlichen dabei getroffenen anwaltlichen Vorkehren erhebt, verstösst offensichtlich zugleich gegen das bundesrechtliche Gebot der sorgfältigen und gewissenhaften Berufsausübung. Denn der Rechtsanwalt genügt dieser Verpflichtung nur, wenn er sich bei seinem Handeln in jeder Beziehung an die Schranken der Rechtsordnung hält. Die Vorinstanz durfte aus diesen Gründen ohne Verletzung von Bundesrecht das Vorgehen des Beschwerdeführers als Verletzung von Berufsregeln im Sinne von <ref-law> qualifizieren.
3. 3.1 Die Bestimmung der zu ergreifenden Disziplinarmassnahme ist vorab Sache der zuständigen Aufsichtsbehörde. Anders als bei der Frage, ob ein Verstoss gegen die Berufsregeln vorliegt, welche das Bundesgericht mit freier Kognition prüft, auferlegt sich dieses Zurückhaltung, soweit es um die auszufällende Massnahme geht. Insoweit greift das Bundesgericht nur ein, wenn die angefochtene Disziplinarsanktion den Rahmen des pflichtgemässen Ermessens sprengt und damit als klar unverhältnismässig und geradezu willkürlich erscheint (Urteil 2C_344/2007 vom 22. Mai 2008 E. 5).
3.2 Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang eine Verletzung der Rechtsgleichheit beanstandet, legt er nicht dar, dass die Anwaltskammer bzw. die Vorinstanz vergleichbare Fälle in unhaltbarer Weise milder sanktioniert haben. Der Umstand, dass in drei Fällen in den Kantonen Luzern und Uri von den Disziplinarbehörden seines Erachtens für gravierende Pflichtverletzungen mildere Sanktionen verfügt worden sein sollen, vermag die pflichtgemässe Ermessensausübung der Behörden eines anderen Kantons nicht von vornherein zu beschränken. Dem Grundsatz der Gleichbehandlung kommt auf interkantonaler Ebene ohnehin nur eine beschränkte Tragweite zu; zudem ist es angesichts des weiten Ermessensspielraumes, der den kantonalen Behörden bei der Festlegung und Bemessung der Sanktion zusteht, nicht Sache des Bundesgerichts, für eine völlig vereinheitlichte Sanktionsbemessung zu sorgen (Urteil 2A.196/2005 vom 26. September 2005 E. 3.4).
3.3 Angesichts der dargelegten klaren kantonalen Regelung lässt es sich vertreten, den Berufsregelverstoss des Beschwerdeführers als objektiv schwer und sein Verschulden nicht als leicht zu werten. Es kann auf die Ausführungen der Vorinstanz (angefochtener Entscheid E. III.3) verwiesen werden, denen nichts beizufügen ist. Dem Beschwerdeführer ist insbesondere entgegenzuhalten, dass sich auch aus <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 EMRK kein Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege für von vornherein aussichtslose Beschwerden ergibt. Es ist weder willkürlich noch unverhältnismässig, in seinem Fall von einer blossen Verwarnung oder einem Verweis abzusehen und stattdessen eine Disziplinarbusse auszusprechen. Dem Umstand, dass es sich nicht um eine sehr gravierende Pflichtverletzung handelt, wurde bei der Festsetzung der Bussenhöhe Rechnung getragen, bewegt sich doch der Betrag von Fr. 1'000.-- am unteren Rand des gesetzlichen Rahmens (vgl. <ref-law>).
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Anwaltskammer des Kantons St. Gallen, dem Kantonsgericht St. Gallen und dem Bundesamt für Justiz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng