Fatti:
A. Il 28 settembre 2009, nel quadro della sua attività di vigilanza, l'Ufficio federale dell'aviazione civile (UFAC) ha revocato parzialmente una sua precedente decisione del 28 luglio 2004, introducendo due nuove condizioni, più restrittive, per l'avvicinamento all'aeroporto di Lugano-Agno, relative alla cosiddetta procedura "Circling Charlie RWY 19", concernenti le quote minime delle nuvole di giorno e di notte. Le modifiche sono state adottate in via transitoria a partire dal 25 ottobre 2009 e sono applicabili fino alla messa in esercizio di ausili ottici all'orientamento e all'avvicinamento. L'UFAC ha tolto l'effetto sospensivo a eventuali ricorsi.
B. Con decisioni del 19 e del 21 ottobre 2009, il Tribunale amministrativo federale (TAF) ha restituito in via supercautelare l'effetto sospensivo ai ricorsi sottopostigli da Darwin Airline SA, da Lugano Airport SA e dal Comune di Lugano. Mediante decisione incidentale del 16 novembre 2009, il TAF ha respinto le domande di restituzione dell'effetto sospensivo presentate dai ricorrenti, nonché ulteriori domande cautelari formulate in seguito.
C. Avverso questa decisione Lugano Airport SA (1C_553/2009), Darwin Airline SA (1C_554/2009) e il Comune di Lugano (1C_555/2009) presentano tre ricorsi in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di concedere, in via superprovvisionale e provvisionale, l'effetto sospensivo ai gravami e, nel merito, di annullare la decisione impugnata, di ristabilire l'effetto sospensivo ai ricorsi inoltrati all'istanza precedente e di annullare il cosiddetto NOTAM ("avviso ai piloti") n. B1169/09, misura contenuta nella decisione 28 settembre 2009 dell'UFAC. Darwin Airline SA postula inoltre di restituire l'effetto sospensivo relativamente ai voli effettuati da equipaggi composti di due piloti qualificati per l'avvicinamento notturno a Lugano o che abbiano effettuato almeno cinque atterraggi notturni durante gli ultimi tre mesi.
D. Il Tribunale amministrativo federale ha rinunciato a esprimersi sui ricorsi, mentre l'UFAC, pronunciandosi soltanto sulle istanze provvisionali, chiede di respingerle.
Il 22 dicembre 2009 la domanda di effetto sospensivo in via superprovvisionale è stata respinta.

Diritto:
1. 1.1 I ricorsi del Comune di Lugano e di Lugano Airport SA sono in larga misura simili, quello di Darwin Airline SA, legittimamente redatto in una lingua ufficiale, segnatamente il francese (art. 42 cpv. 1 LTF), è più compiuto ma solleva censure assimilabili: gli altri gravami lo richiamano. Si giustifica pertanto di congiungere le tre cause, dirette contro la medesima sentenza, e di giudicarle con un'unica decisione (art. 71 LTF in relazione con l'art. 24 cpv. 2 PC).
1. 1.1 I ricorsi del Comune di Lugano e di Lugano Airport SA sono in larga misura simili, quello di Darwin Airline SA, legittimamente redatto in una lingua ufficiale, segnatamente il francese (art. 42 cpv. 1 LTF), è più compiuto ma solleva censure assimilabili: gli altri gravami lo richiamano. Si giustifica pertanto di congiungere le tre cause, dirette contro la medesima sentenza, e di giudicarle con un'unica decisione (art. 71 LTF in relazione con l'art. 24 cpv. 2 PC).
1.2 I ricorsi in materia di diritto pubblico ai sensi dell'art. 82 lett. a LTF, tempestivi (art. 100 cpv. 1 LTF) e diretti contro una decisione resa dal TAF (art. 86 cpv. 1 lett. a LTF) in una materia che non rientra nell'ambito delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF, sono, sotto questi aspetti, ammissibili (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.3 Il TAF ha riconosciuto la legittimazione a ricorrere di Lugano Airport SA, società che gestisce l'aeroporto di Lugano-Agno e le sue infrastrutture, del Comune di Lugano, detentore originario della concessione quadro e per l'esercizio dell'aeroporto, nonché quella di Darwin Airline SA, impresa attiva nel trasporto aereo regolare di passeggeri da e per detto aeroporto. Destinatari di una decisione che ha negato l'effetto sospensivo ai loro gravami, i ricorrenti sono legittimati a insorgere (<ref-ruling> consid. 1.3).
Nell'atto di ricorso Darwin Airline SA ha chiesto di poter inoltrare una memoria integrativa, per lo meno qualora fossero presentate osservazioni da parte dell'autorità inferiore. La LTF prevede, peraltro eccezionalmente, la presentazione di una memoria integrativa solo nel quadro dell'assistenza giudiziaria internazionale (art. 43 LTF; <ref-ruling> consid. 2.1). Siffatti motivi non sono adempiuti in concreto. Per di più, il TAF ha rinunciato a esprimersi e l'UFAC si è pronunciato solo sull'effetto sospensivo. Dopo il ricevimento di questi scritti, la ricorrente non ha chiesto di replicare, per cui va ritenuto che ha rinunciato alla domanda iniziale (<ref-ruling> consid. 2.3).
1.4 La decisione impugnata, designata come incidentale e con la quale l'autorità ha confermato la revoca dell'effetto sospensivo ai ricorsi, non pone fine alla vertenza e costituisce una decisione incidentale ai sensi dell'art. 93 LTF (<ref-ruling> consid. 3.1). Eccettuati i casi disciplinati dall'art. 92 LTF, il ricorso contro siffatte decisioni, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF; <ref-ruling> consid. 1.3.4). La fattispecie prevista dall'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF non si realizza nel caso di misure provvisionali (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 87).
1.4.1 Al riguardo, il Comune di Lugano e Lugano Airport SA si limitano ad addurre, in maniera generica e con riferimento alle spese e agli inconvenienti derivanti dall'inaccessibilità dell'aeroporto in determinate condizioni meteo, un pregiudizio economico, non necessariamente nei loro confronti, notevole (quasi fr. 500'000.-- per il solo aeroporto). Darwin Airline SA sostiene di subire importanti danni economici diretti, derivanti dall'annullamento di determinati voli, ciò che costituirebbe un pregiudizio irreparabile. Secondo la stima dell'UFAC, si tratterrebbe di circa il 10 % dei voli, ossia, a mente della ricorrente, di un danno da fr. 640'000.-- a fr. 1'280'000.-- per la stagione 2009-2010. Aggiunge che detti voli non potranno essere effettuati in seguito.
1.4.2 Nella fattispecie dev'essere ammessa la sussistenza di un pregiudizio irreparabile. In effetti, la decisione impugnata implica in sostanza l'impossibilità di effettuare determinati atterraggi e quindi voli che non potranno più essere recuperati in seguito. Questo pregiudizio non potrà essere ulteriormente eliminato, nemmeno mediante l'emanazione di una decisione finale (del TAF o del Tribunale federale) favorevole ai ricorrenti (<ref-ruling> consid. 2.1 e 2.2; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 87; <ref-ruling> consid. 1.4; cfr. <ref-ruling> consid. 1.3.2).
1.5 Contro le decisioni in materia di misure cautelari si può far valere soltanto la violazione di diritti costituzionali (art. 98 LTF). Il Tribunale federale esamina la violazione di siffatti diritti unicamente se tale censura è stata sollevata e motivata (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che il ricorrente deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata li leda (<ref-ruling> consid. 3.2, 192 consid. 1.5).
2. 2.1 Il TAF, richiamata la prassi del Tribunale federale, ha ricordato che di massima il ricorso ha effetto sospensivo (art. 55 cpv. 1 PA; <ref-ruling> consid. 3.1), alfine di evitare, premesso che la procedura ricorsuale non si protragga troppo a lungo nel tempo, che una decisione implichi conseguenze concrete prima che ne sia stata esaminata la sua conformità al diritto (<ref-ruling> consid. 2.2). Qualora la decisione non abbia per oggetto, come nel caso di specie, una prestazione pecuniaria, l'autorità inferiore, alla quale in tale ambito spetta un ampio potere di apprezzamento, può togliere l'effetto sospensivo a un eventuale ricorso (art. 55 cpv. 2 PA). Occorrono tuttavia motivi convincenti: non è richiesta per contro la sussistenza di circostanze straordinarie. Qualora la situazione giuridica sia sufficientemente chiara, allo scopo di evitare l'adozione di una decisione incidentale in contrasto con quella finale, si può tener conto anche del probabile esito della lite (<ref-ruling> consid. 3). È poi stato accertato che l'UFAC ha giustificato la revoca parziale della decisione del 2004 fondandosi su circostanze nuove, emerse nel quadro di voli di prova effettuati nell'aprile 2008, che dimostrerebbero un'analisi incompleta rispettivamente in parte errata della situazione.
2.2 Il TAF ha rilevato che il cambiamento concerne la cosiddetta procedura di avvicinamento "Circling Charlie RWY 19". Secondo la decisione del 2004, per poter utilizzare questa procedura d'atterraggio occorreva in generale che non vi fosse una copertura nuvolosa ("ceiling", base delle nubi) a una quota inferiore ai 1700 piedi al di sopra del suolo. Poiché l'aeroporto di Lugano si situa a 915 piedi sopra il livello del mare e applicando il fattore di conversione piedi/metri di 0,3048, risultava che la base delle nuvole non doveva essere inferiore a 797 metri sul livello del mare (1700 + 915 x 0,3048). Anche se limitate agli avvicinamenti notturni, dette condizioni di visibilità devono però essere garantite già a un'altezza definita a 3000 piedi, cioè a 914 metri sopra il livello del mare (3000 x 0.3048). L'inasprimento consiste quindi nell'innalzamento di circa 115 metri del limite al di sotto del quale occorre vi sia uno spazio sgombro da nuvole. Contrariamente al passato, non è più tollerata la presenza di nuvole o brandelli di nuvole al di sotto della base principale delle nubi: secondo l'UFAC, di notte, anche la presenza di nuvole singole e poco fitte rischierebbe infatti di rendere il riconoscimento dei riferimenti visivi, già di per sé impegnativo, impossibile.
Secondo l'UFAC, ha aggiunto il TAF, la revoca dell'effetto sospensivo sarebbe necessaria per garantire la sicurezza a Lugano-Agno. Infatti, come regolato finora, l'avvicinamento tramite "Circling" risulterebbe troppo rischioso. L'inasprimento dev'essere inteso quale misura transitoria, fino alla messa in esercizio dei provvedimenti di ottimizzazione della sicurezza già elaborati dall'esercente dell'aeroporto, consistenti da una parte nella segnalazione luminosa degli ostacoli critici di natura orografica, che dovrebbe essere operativa prossimamente, e dall'altra nella posa di luci guida e di avvicinamento sulla pista nord, intervento in fase di approvazione davanti all'UFAC stesso, realizzabile verosimilmente entro l'autunno 2010. Secondo l'autorità di prima istanza, queste restrizioni operative sarebbero necessarie seppure i piloti ricevano una formazione specifica (cosiddetta "Lugano qualification"), che Darwin Airline SA impone anche ai copiloti: la stessa non permetterebbe comunque di compensare la scarsa riconoscibilità di riferimenti visivi in caso di oscurità. Il TAF ha esaminato le obiezioni dei ricorrenti secondo cui il mutato sistema di avvicinamento era stato voluto dall'UFAC ed è stato utilizzato per cinque anni senza alcun incidente. Ciò nonostante, sottolineato che l'argomentazione degli insorgenti attiene sostanzialmente al merito delle cause, esso ha ritenuto che, nel quadro di un esame prima facie, i pericoli addotti dall'UFAC, autorità specializzata in materia, non possono essere esclusi. Questi né appaiono manifestamente insostenibili né fondati su accertamenti palesemente errati, per cui li ha ritenuti un valido motivo a sostegno della revoca dell'effetto sospensivo.
Esprimendosi sul rispetto del principio della proporzionalità, il TAF ha ritenuto che detta revoca, pur creando una certa insicurezza nel settore, costituisce senz'altro una misura adatta e necessaria per garantire la sicurezza temporanea dell'aeroporto fino all'attuazione dei previsti provvedimenti di ottimizzazione. Inoltre ha stabilito che, seppure meno incisiva, un'utilizzazione notturna differenziata del "Circling", come proposto dalla compagnia aerea, non è proponibile, poiché non permette di ovviare ai problemi di sicurezza litigiosi, ma ne creerebbe altri collegati all'uso parallelo di due procedure di avvicinamento distinte. Ha altresì considerato che la necessità di garantire la sicurezza, comunque per un periodo limitato, prevale sugli interessi di natura economica dei ricorrenti, certo importanti ma pure temporanei, la necessità di evitare eventuali incidenti rimanendo prioritaria (cfr. sentenza 1A.180/2004 del 1° ottobre 2004 consid. 3).
3. 3.1 In caso di ricorso contro una decisione concernente la concessione, la revoca o la restituzione dell'effetto sospensivo, il Tribunale federale si limita a controllare se l'autorità inferiore ha commesso un eccesso o un abuso del potere di apprezzamento: esso annulla la decisione litigiosa solo se l'autorità precedente ha omesso di considerare degli elementi essenziali o se ha eseguito una ponderazione degli interessi manifestamente errata.
3.2 I ricorrenti fanno valere una lesione dell'art. 29 Cost., contestando la validità dei voli di prova effettuati nell'aprile 2008, eseguiti senza la partecipazione o il coinvolgimento di operatori locali, rispettivamente di esperti di volo cogniti della particolare situazione dell'aeroporto e di loro rappresentanti. Poiché non avrebbero potuto partecipare all'assunzione delle prove, la decisione impugnata dovrebbe essere annullata. Darwin Airline SA rileva che nel dicembre 2008 l'UFAC le ha comunicato la propria intenzione di adottare misure complementari, risultanti da un determinato progetto: essa ha potuto pronunciarsi sulle conclusioni di questo studio e formulare le sue obiezioni, ma non è stato tuttavia dato seguito alla sua richiesta di indire un colloquio, né, al suo dire, le sue obiezioni sarebbero state sufficientemente considerate.
3.2.1 Le esigenze minime che la Costituzione pone alla motivazione di una decisione valgono anche per l'adozione di misure provvisionali (<ref-ruling> consid. 4.1). Dal diritto di essere sentito, desumibile dall'art. 29 cpv. 2 Cost., la giurisprudenza ha dedotto, tra l'altro, il diritto dell'interessato di ottenere una decisione motivata: l'autorità giudicante è però tenuta a esprimersi unicamente sulle circostanze significative, atte a influire in qualche maniera sul giudizio di merito, e non su ogni asserzione delle parti (<ref-ruling> consid. 3.1). L'interessato ha inoltre il diritto di consultare l'incarto, di offrire mezzi di prova su punti rilevanti e di esigerne l'assunzione, di partecipare alla loro assunzione e di potersi esprimere sulle relative risultanze nella misura in cui essi possano influire sulla decisione (<ref-ruling> consid. 3). Queste esigenze sono state rispettate, ritenuto che, in particolare Darwin Airline SA, ha potuto esprimersi e formulare le proprie osservazioni.
3.2.2 Del resto, i ricorrenti non contestano tanto una carenza di motivazione, quanto la circostanza che l'autorità di prima istanza e il TAF, che, si ricorda, in tale ambito dispone di un ampio potere di apprezzamento, non avrebbero seguito le loro argomentazioni, criticando quindi la valutazione delle prove, che tuttavia nella fattispecie, limitatamente all'esame prima facie della vertenza, non è avvenuta in maniera manifestamente insostenibile e quindi arbitraria: né essa è arbitraria nel risultato (<ref-ruling> consid. 3.1). L'arbitrio non si realizza infatti già per il semplice fatto che le conclusioni dell'autorità non corrispondono a quelle dei ricorrenti (<ref-ruling> consid. 2b) o ad altre altrettanto sostenibili o addirittura migliori (<ref-ruling> consid. 2.1). Del resto, insistendo sul mancato esperimento di una seduta di conciliazione, i ricorrenti disattendono che le esigenze minime dedotte dall'art. 29 Cost. non comprendono di massima il diritto di esprimersi oralmente davanti all'autorità chiamata a statuire (<ref-ruling> consid. 5.3; 130 I 425 consid. 2.1).
3.3 I ricorrenti adducono poi una lesione della libertà economica (art. 27 Cost.), dei principi dell'ordinamento economico (art. 94 Cost.), di quello secondo cui l'attività dello Stato deve rispondere al pubblico interesse ed essere proporzionata allo scopo (art. 5 cpv. 2 Cost.) e invocano la protezione dall'arbitrio e la tutela della buona fede (art. 9 Cost). I ricorsi sollevano tuttavia critiche generiche e sovente meramente appellatorie, che disattendono le esigenze di motivazione poste dagli art. 42 cpv. 1 e 2 e 106 cpv. 2 LTF e sono quindi in larga misura inammissibili (<ref-ruling> consid. 1.4.1 e 1.4.2).
3.3.1 In effetti, riguardo all'asserita lesione della libertà economica, essi si limitano a rilevare che le criticate restrizioni e le diminuzioni di voli derivanti comporterebbero conseguenze economiche e di immagine negative, accennando semplicemente a una limitazione del libero accesso a un'attività privata. Questi abbozzi di critica disattendono le esigenze di motivazione di cui agli art. 42 e 106 LTF. In tale ambito Darwin Airline SA, richiamando la propria concessione, sostiene specificamente che la decisione impugnata limiterebbe senza motivi oggettivi e sufficienti, criticando quelli addotti nella decisione impugnata, l'esercizio della sua attività economica. Come si vedrà, l'assunto non regge.
3.4 Inammissibile per carenza di motivazione è pure il generico accenno da parte del Comune di Lugano e di Lugano Airport SA all'asserita lesione dell'art. 94 Cost. Essi si limitano infatti a richiamare la norma costituzionale e a sostenere che la contestata decisione non tutelerebbe gli interessi dell'economia nazionale e non contribuirebbe al benessere e alla sicurezza economica della popolazione.
Al riguardo, Darwin Airline SA adduce una violazione delle norme programmatiche dell'ordinanza sull'organizzazione del DATEC del 6 dicembre 1999 (RS 172.217.1), segnatamente in relazione agli obiettivi e campi di attività (art. 1) e ai principi che le reggono (art. 2), secondo cui esso offre prestazioni attrattive nel settore dei trasporti e garantisce a tutte le cerchie della popolazione e a tutte le regioni le stesse condizioni di accesso ai servizi pubblici, mentre l'UFAC da parte sua persegue l'obiettivo di garantire un'offerta attrattiva e conforme ai bisogni nel settore dell'aviazione civile, rafforzando la competitività delle imprese svizzere di trasporto aereo a livello nazionale e internazionale (art. 7 cpv. 2 lett. b). Le criticate modifiche non terrebbero adeguatamente conto di questi interessi pubblici e indurrebbero insicurezza tra i piloti. Anche in tale ambito essa si limita tuttavia a riproporre la critica di un suo insufficiente coinvolgimento nel progetto sfociato nelle contestate nuove condizioni. Ch'essa, quale unica società di trasporto areo regolare basata a Lugano, ne sia toccata in maniera maggiore di altre compagnie non implica infatti che i richiamati interessi pubblici sarebbero manifestamente disattesi, né ch'essi prevarrebbero sulla sicurezza dei passeggeri.
3.5 I ricorrenti ravvisano una violazione dell'art. 5 Cost., poiché, al loro dire, la procedura di avvicinamento "Circling Charlie RWY 19", all'epoca caldeggiata dall'UFAC, non presenterebbe pericoli, per cui non si potrebbe riconoscere l'esistenza di un interesse pubblico alle criticate limitazioni. Al riguardo si limitano tuttavia a rilevare la divergenza di opinione, tra chi gestisce l'aeroporto e gli operatori da una parte, e l'autorità di sorveglianza, che avrebbe unilateralmente negato la sicurezza di detta procedura dall'altra. Ciò avrebbe per lo meno dovuto indurre il TAF a indire, a torto come si è visto, un'udienza conciliativa. Aggiungono, in maniera generica, che il tenore e le modalità delle criticate misure violerebbero il principio della proporzionalità e i requisiti dell'art. 36 Cost. e sarebbero arbitrari, poiché nel quadro della difficile situazione economica attuale, il rischio di colpire il 10 % dei movimenti aerei sarebbe inaccettabile e sproporzionato, ogni volo annullato o dirottato non potendo essere rimpiazzato, implicando quindi notevoli spese per loro e importanti inconvenienti per i passeggeri. Darwin Airline SA sostiene inoltre che l'interesse pubblico alla sicurezza del diritto e la sua buona fede nell'organizzare la sua operatività a Lugano sulla base della procedura approvata dall'UFAC nel 2004 non sarebbero stati sufficientemente valutati.
3.5.1 In tale ambito essi parrebbero tuttavia disattendere l'interesse prevalente alla sicurezza dell'aeroporto e dei passeggeri. Certo, al riguardo essi rilevano che l'avvicinamento "Circling Charlie RWY 19" è stato praticato da cinque anni senza creare alcun problema e all'epoca con l'approvazione dell'UFAC, per cui occorrerebbe procedere a un'attenta ponderazione fra il rischio calcolato e quello accettabile, gli equipaggi della Darwin Airline SA essendo specificatamente qualificati e allenati per atterrare a Lugano-Agno utilizzando aerei particolarmente adatti a detto aeroporto. Contestano poi l'adozione della criticata misura a pochi mesi dalla messa in esercizio delle luci guida e di avvicinamento, realizzazione ritardata da alcune opposizioni di Comuni e di privati.
3.5.2 È manifesto che la revoca dell'effetto sospensivo comporta importanti inconvenienti per i ricorrenti, in particolare di ordine finanziario e di immagine. Come ritenuto nella decisione impugnata, il fatto che la procedura d'avvicinamento utilizzata finora non abbia mai causato incidenti non significa che la stessa non sia pericolosa (sentenza 2A.539/2003 del 23 gennaio 2004 consid. 5.1). La procedura d'avvicinamento all'aeroporto di Lugano costituisce infatti da sempre una questione delicata, al punto che solo piloti e aerei dotati di una speciale autorizzazione possono utilizzarla. In siffatte condizioni non si può ritenere che il TAF abbia commesso un eccesso o un abuso del proprio potere di apprezzamento nel considerare che la valutazione effettuata dall'UFAC in merito alla sicurezza delle persone e dei beni, prevalente, non appare di primo acchito errata. Il TAF ha d'altra parte considerato i pregiudizi agli interessi economici dei ricorrenti, nonché l'interesse politico e sociale di questo aeroporto di importanza regionale. Ha tuttavia ritenuto ch'essi non erano pregiudicati dalla nuova regolamentazione al punto di violare il principio della proporzionalità. Questa opinione va condivisa, anche se effettivamente la decisione contestata cagiona ai ricorrenti difficoltà d'esercizio. Quest'ultimo non è comunque ostacolato in maniera sproporzionata.
3.6 La Darwin Airline SA adduce poi un'asserita assenza di base legale sfociante nell'arbitrio, sostenendo che la decisione impugnata anticiperebbe il merito della vertenza. Al suo dire, un cambiamento del regolamento d'esercizio potrebbe intervenire soltanto in presenza di una modifica della situazione di diritto o di fatto ai sensi dell'art. 26 dell'ordinanza sull'infrastruttura aeronautica del 23 novembre 1994 (OSIA; RS 748.131.1). Ora, l'esame del rispetto del diritto federale, dell'invocata assenza di un cambiamento normativo e della presa in considerazione di norme internazionali alle quali accenna la ricorrente, sono quesiti di merito che esulano dai motivi del ricorso in esame (art. 98 LTF). L'assunto è del resto impreciso, visto che il cambiamento della situazione di fatto si fonda sulle risultanze dei nuovi voli di prova effettuati, dai quali risulterebbe che la sicurezza non sarebbe più garantita. Certo, la ricorrente censura un apprezzamento errato dei fatti, senza dimostrare tuttavia ch'essi sarebbero stati accertati in maniera addirittura insostenibile e quindi arbitraria (art. 97 cpv. 1 e art. 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3). D'altra parte, le decisioni concernenti una richiesta di effetto sospensivo devono essere emanate rapidamente, di regola, sulla base dei soli atti di causa. Per prassi costante infatti, trattandosi di provvedimenti d'urgenza, l'autorità adita non deve effettuare ulteriori e impegnativi accertamenti, ma può in linea di principio fondare il proprio giudizio sui documenti a sua disposizione (<ref-ruling> consid. 2.1 inedito). Ciò vale anche per l'obiezione secondo cui il TAF non avrebbe considerato che, contrariamente alla tesi dell'UFAC, l'oscurità totale sarebbe rarissima e la conoscenza dei luoghi affinerebbe sensibilmente la capacità di orientamento dei piloti al beneficio di competenze accresciute della geografia locale.
3.7 Inoltre, come peraltro riconosciuto da Darwin Airline SA, sia l'UFAC sia il TAF hanno operato una distinzione tra i piloti che applicano detta procedura e gli altri. Secondo la ricorrente non si tratterrebbe però di evitare due procedure d'avvicinamento diverse, ma, considerate le differenti qualifiche dei piloti, di non imporle nuove limitazioni. Ciò non toglie che si sarebbe comunque in presenza di differenti procedure di avvicinamento e che, come ritenuto dal TAF, i problemi di sicurezza sussisterebbero nondimeno. La ricorrente elenca poi ulteriori asserite imprecisioni e la mancata considerazione di alcune sue proposte sulla valutazione, diversa, della sicurezza. Ora, l'accertamento globale dei fatti o una loro eventuale completazione può aver luogo soltanto nel quadro del giudizio di merito. Ne segue che le critiche ricorsuali circa l'esattezza dei calcoli e delle cifre dell'UFAC relativi alle questioni inerenti alla visibilità a dipendenza delle differenti situazioni di nuvolosità e quelle delle valutazioni economiche non possono essere esaminate compiutamente in questa procedura, limitata a un esame prima facie e che non deve pregiudicare il giudizio di merito (<ref-ruling> consid. 2.2).
4. 4.1 Il TAF poteva considerare che l'esito della vertenza non fosse scontato, per cui poteva fondare il proprio giudizio sulla ponderazione dei contrapposti interessi e considerare prevalente l'aspetto della sicurezza pubblica ritenuto dall'autorità inferiore. Non gli si può quindi rimproverare un abuso o un eccesso del proprio potere di apprezzamento, né ritenere ch'esso ha omesso di considerare elementi essenziali o che ha eseguito una ponderazione manifestamente errata dei contrapposti interessi.
Nella misura in cui sono ammissibili, i ricorsi devono pertanto essere respinti. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF).
4.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di concessione dell'effetto sospensivo e di adozione di altre misure cautelari.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui sono ammissibili, i ricorsi sono respinti.
2. Le spese giudiziarie di fr. 6'000.-- sono poste per fr. 2000.- a carico di Lugano Airport SA, per fr. 2'000.-- a carico di Darwin Airline SA e per fr. 2'000.-- a carico del Comune di Lugano.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore, all'Ufficio federale dell'aviazione civile e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.