Sachverhalt:
A. A.a Am 10. September 2008 erliess der Grosse Rat des Kantons Bern das Gesetz zum Schutz vor Passivrauchen (SchPG; BSG 811.51). Nach Art. 8 SchPG erhielt Art. 27 des bernischen Gastgewerbegesetzes vom 11. November 1993 (GGG; BSG 935.11) den folgenden Wortlaut:
"Schutz vor Passivrauchen
1 In öffentlich zugänglichen Innenräumen von Betrieben, die eine Betriebs-
oder Einzelbewilligung nach diesem Gesetz benötigen, ist das Rauchen
verboten.
2 Im Freien und in Fumoirs (abgeschlossene Räume mit einer eigenen
Lüftung) bleibt das Rauchen gestattet.
3 Die verantwortliche Person und die von ihr instruierten Angestellten und
weiteren Hilfspersonen setzen das Rauchverbot um, indem sie
a die Innenräume rauchfrei einrichten,
b über das Rauchverbot informieren, beispielsweise mit Verbotstafeln,
c die Gäste anhalten, das Rauchen zu unterlassen,
d nötigenfalls Personen wegweisen, die das Verbot missachten.
4 Der Schutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer richtet sich nach der
eidgenössischen Arbeitsgesetzgebung."
Die Bestimmung trat am 1. Juli 2009 in Kraft.
Die Bestimmung trat am 1. Juli 2009 in Kraft.
A.b Am 1. April 2009 erliess der Regierungsrat des Kantons Bern die Verordnung zum Schutz vor Passivrauchen (SchPV; BSG 811.511). Mit Art. 6 Ziff. 1 SchPV fügte er gleichzeitig unter dem Titel "Va. Schutz vor Passivrauchen" die neuen Art. 20a - 20e in die bernische Gastgewerbeverordnung (GGV; BSG 935.111) ein. Diese Bestimmungen lauten wie folgt:
"Art. 20a Öffentlich zugängliche Innenräume
1 Als öffentlich zugänglich gelten alle für die Allgemeinheit zugänglichen
Innenräume von Betrieben und Veranstaltungen, die der Gastgewerbe- gesetzgebung unterstehen.
2 Zu den öffentlich zugänglichen Innenräumen gehören
a Verkehrsflächen wie Korridore oder Treppen, Aufzüge sowie Toiletten,
b Festzelte und Wintergärten, auch wenn Seitenwände geöffnet werden können.
3 Nicht zu den öffentlich zugänglichen Innenräumen gehören Hotelzimmer.
Art. 20b Fumoirs
1 Fumoirs sind abgeschlossene Nebenräume des Betriebs ohne eigene
Ausschankeinrichtung wie Buffet oder Bar.
2 Der Hauptausschankraum eines Betriebs (Gaststube) darf nicht als
Fumoir genutzt werden.
3 Im Fumoir dürfen keine Leistungen angeboten werden, die im übrigen
Betrieb nicht erhältlich sind, mit Ausnahme von Waren und Dienstleistungen für das Rauchen.
Art. 20c Anlage von Fumoirs
1 Fumoirs sind so anzulegen, dass
a kein Rauch in die übrigen Räume des Betriebs gelangen kann, indem
beispielsweise Türen selbst schliessend gemacht werden,
b sie nicht für die Bewirtschaftung des Betriebs notwendig sind,
c sie nicht als Durchgang zu anderen Betriebsräumen dienen,
d sie keine Tanzflächen oder Bühnen für den Auftritt von Artistinnen und
Artisten enthalten,
e sie klar als Räume für Raucherinnen und Raucher erkennbar sind.
2 Ein Fumoir darf eine Bodenfläche von höchstens 60 m2 aufweisen.
3 Die Fläche der Fumoirs eines Betriebs darf höchstens einen Drittel der
Bodenfläche aller Ausschankräume betragen.
Art. 20d Zutritt zu Fumoirs
1 Der Zutritt zu Fumoirs ist Personen unter 18 Jahren verboten.
2 Das Zutrittsalter ist am Eingang deutlich anzuschreiben.
Art. 20e Bewilligung von Fumoirs
1 Fumoirs sind in der Betriebsbewilligung aufzuführen.
2 Die Bewilligungsbehörde kann im Einzelfall Abweichungen von Artikel 20c Absatz 2 bewilligen, wenn besondere Verhältnisse dies erfordern, wie
zum Beispiel bestehende bauliche Gegebenheiten oder eine grosse
Anzahl von Gästen."
Diese Bestimmungen traten ebenfalls am 1. Juli 2009 in Kraft.
A.c Am 3. Oktober 2008 erliess die Bundesversammlung das Bundesgesetz zum Schutz vor Passivrauchen (BBl 2008 8243; dazu auch BBl 2007 6185 und 6207). Die Referendumsfrist lief unbenützt ab. Der Bundesrat hat inzwischen angekündigt, das Gesetz und die ausführenden Verordnungsbestimmungen dazu auf den 1. Mai 2010 in Kraft zu setzen.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 4. Mai 2009 beantragen der Arbeitgeberverband für Restauration und Hotellerie GastroBern, Casimir Platzer als Betreiber eines Hotels mit Restaurant in Kandersteg, Peter Hodler als Betreiber eines Landgasthofes mit Restaurant in Gerzensee, der Hotelier-Verein Berner Oberland und der Cafetier Verband Bern-Mittelland, Art. 20b Abs. 1 und 2 sowie Art. 20d GGV aufzuheben.
C. Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Eidgenössische Departement des Innern verzichtet in seiner Stellungnahme auf einen Antrag; es erachtet jedoch die bernische Regelung insbesondere mit dem bereits beschlossenen, aber noch nicht in Kraft getretenen Bundesgesetz vom 3. Oktober 2008 zum Schutz vor Passivrauchen (BBl 2008 8243) vereinbar und verweist ergänzend auf den Entwurf des Bundesrates für eine ausführende Verordnung zum Schutz vor Passivrauchen.
D. Mit Verfügung vom 27. Mai 2009 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ein Gesuch der Beschwerdeführer um aufschiebende Wirkung ab.

Erwägungen:
1. 1.1 Ein kantonaler Erlass kann beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (<ref-law>). Der Ausschlusskatalog von <ref-law> betrifft nur Beschwerden gegen Entscheide und kommt bei der Anfechtung von Erlassen (abstrakte Normenkontrolle) nicht zur Anwendung. Gegen kantonale Erlasse ist unmittelbar die Beschwerde zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (<ref-law>). Der Kanton Bern kennt - im Unterschied zu kommunalen Erlassen - keine abstrakte Normenkontrolle gegen kantonale Erlasse (vgl. MARKUS MÜLLER, Bernische Verwaltungsrechtspflege, 2008, 139).
1.2 Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen einen Erlass innert 30 Tagen nach der nach dem kantonalen Recht massgebenden Veröffentlichung des Erlasses beim Bundesgericht einzureichen. Zu frühe Einreichung schadet grundsätzlich nicht und führt nicht zum Nichteintreten auf die Beschwerde, sondern in der Regel lediglich zu einer Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-ruling> E. 1 S. 288 f.; <ref-ruling> E. 1d S. 162; je mit Hinweis). Im Zeitpunkt der Einreichung der vorliegenden Beschwerde am 4. Mai 2009 waren die angefochtenen Verordnungsbestimmungen noch nicht publiziert. Inzwischen wurden sie aber veröffentlicht und auf den 1. Juli 2009 in Kraft gesetzt. Die Beschwerde wurde demnach rechtzeitig erhoben, und eine Sistierung des Verfahrens war und ist nicht erforderlich.
2. 2.1 Gemäss Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG ist zur Anfechtung eines kantonalen Erlasses legitimiert, wer durch den Erlass aktuell oder virtuell besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Änderung oder Aufhebung hat. Das schutzwürdige Interesse kann rechtlicher oder tatsächlicher Natur sein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 290). Virtuelles Berührtsein setzt voraus, dass der Beschwerdeführer von der angefochtenen Regelung früher oder später einmal mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit unmittelbar betroffen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 210).
2.2 Die Beschwerdeführer 2 und 3 sind als Betreiber von Gaststätten durch die angefochtenen Bestimmungen jedenfalls virtuell betroffen und damit zur Beschwerde berechtigt.
2.3 Ein Verband ist unter anderem dann zur Beschwerde legitimiert, wenn er die Interessen seiner Mitglieder geltend macht, sofern es sich um solche handelt, die er nach seinen Statuten zu wahren hat, die der Mehrheit oder doch einer Grosszahl seiner Mitglieder gemeinsam sind und zu deren Geltendmachung durch Beschwerde jedes dieser Mitglieder befugt wäre (<ref-ruling> E. 2.3.3 S. 519, mit Hinweisen; zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vgl. das Urteil 2C_561/2007 vom 6. November 2008 E. 1.4.3). Bei den drei hier beschwerdeführenden Verbänden handelt es sich um Branchenorganisationen, welche die - insbesondere wirtschaftlichen - Interessen ihrer Mitglieder zu wahren haben. Überdies geht es im vorliegenden Streit um Interessen, die eine Grosszahl ihrer Mitglieder betreffen und zu deren Geltendmachung jedes Mitglied befugt wäre. Die drei Verbände sind damit ebenfalls zur Beschwerde legitimiert.
3. 3.1 Art. 20b GGV definiert Fumoirs als abgeschlossene Nebenräume des Betriebs ohne eigene Ausschankeinrichtung wie Buffet oder Bar (Abs. 1); der Hauptausschankraum eines Betriebs (Gaststube) darf nicht als Fumoir genutzt werden (Abs. 2). Nach Auffassung der Beschwerdeführer fehlt es dieser Bestimmung an der erforderlichen gesetzlichen Grundlage; zumindest seien die Anforderungen an eine rechtsgenügliche Gesetzesdelegation nicht erfüllt. Überdies verstosse die Bestimmung gegen die Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law>, weil sie eine unverhältnismässige Beschränkung derselben mit sich bringe. Auch das Verbot des Zutritts von Personen unter 18 Jahren zu den Fumoirs nach Art. 20d GGV beruhe nicht auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage.
3.2 Nach <ref-law> ist die Wirtschaftsfreiheit gewährleistet. Dazu zählt insbesondere der freie Zugang und die freie Ausübung einer privatwirtschaftlichen Erwerbstätigkeit. Das Rauchverbot in Restaurants, deren Haupttätigkeit im Angebot von Speisen und Getränken besteht, schränkt die Wirtschaftsfreiheit ihrer Betreiber nicht direkt ein (<ref-ruling> E. 7.4 S. 126; ANDREAS AUER, Le droit face à la political correctness: La constitutionnalité de l'initiative populaire genevoise "Fumée passive et santé", AJP 2006, 12 f.). In der Literatur wird sogar bezweifelt, ob insofern überhaupt von einem Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit auszugehen ist (vgl. VINCENT MARTENET, L'interdiction de fumer dans les lieux publics intérieurs ou fermés, AJP 2007, 255), jedenfalls solange ein Wirt nicht ein spezifisches Angebot für Raucher unterhalten will (vgl. AUER, a.a.O., 13). Der Kanton Bern verunmöglicht nicht das Wirten als solches, d.h. insbesondere die Abgabe von Speisen oder Getränken zum Konsum gegen Entgelt. Diese Tätigkeiten können unter der Geltung des Passivraucherschutzes weiterhin vollumfänglich ausgeübt werden. Selbst das Rauchverbot fällt nicht absolut aus. Ein abgetrennter Nebenraum, der flächenmässig maximal 60 m2 umfassen kann, darf als Fumoir unterhalten werden, wobei die Gesamtfläche aller Fumoirs eines Betriebes höchstens einen Drittel der Bodenfläche aller Ausschankräume betragen darf (Art. 20c Abs. 2 und 3 GGV). Damit wird das grundsätzliche Rauchverbot wieder erheblich gelockert. Mit den hier angefochtenen Bestimmungen wird den Wirten überdies einzig untersagt, den Hauptausschankraum als Fumoir zu benutzen und im als Fumoir ausgestalteten Nebenraum eine Ausschankeinrichtung wie Buffet oder Bar zu betreiben. Dabei handelt es sich lediglich um einen untergeordneten Aspekt der Berufsausübung und mithin höchstens um einen leichten Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit. Damit genügt so oder so eine gesetzliche Grundlage im Verordnungsrecht, weshalb hier insofern nur geprüft werden muss, ob sich die angefochtene Regelung des bernischen Verordnungsrechts in genügendem Umfang auf die gesetzliche Grundlage zurückführen lässt (vgl. <ref-law>). Dasselbe gilt im Übrigen unabhängig davon, ob ein Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit vorliegt, bereits aufgrund des - von den Beschwerdeführern allerdings nicht ausdrücklich angerufenen - allgemeinen Legalitätsprinzips, wie es sich aus <ref-law> ergibt.
3.3 Vollziehungsverordnungen haben den Gedanken des Gesetzgebers durch Detailvorschriften näher auszuführen und auf diese Weise die Anwendbarkeit der Gesetze zu ermöglichen. Sie dürfen das auszuführende Gesetz - wie auch alle anderen Gesetze - weder aufheben noch abändern; sie müssen der Zielsetzung des Gesetzes folgen und dürfen dabei lediglich die Regelung, die in grundsätzlicher Weise bereits im Gesetz Gestalt angenommen hat, aus- und weiterführen. Durch eine Vollziehungsverordnung dürfen dem Bürger grundsätzlich keine neuen Pflichten auferlegt werden, selbst wenn diese durch den Gesetzeszweck gedeckt wären (<ref-ruling> E. 5.1 S. 149 mit Hinweisen).
3.4 Zwar trifft es zu, dass das bernische Gastgewerbegesetz das Verbot des Betreibens von Ausschankeinrichtungen in Fumoirs bzw. eine Zugangsbeschränkung für Personen unter 18 Jahren nicht explizit vorsieht, wie die Beschwerdeführer geltend machen. Das schliesst aber nicht aus, dass sich diese Regelungen nicht dennoch auf das Gesetz zurückführen lassen.
3.4.1 Art. 69 der Verfassung des Kantons Bern vom 6. Juni 1993 (KV/BE; SR 131.212; BSG 101) lässt die Delegation der Rechtsetzungsbefugnisse des Grossen Rates an den Regierungsrat ausdrücklich zu (vgl. WALTER KÄLIN/URS BOLZ, Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, 1995, 432 ff.). Nach Art. 1 Abs. 2 lit. b und c GGG sind Einschränkungen des Wirtens insbesondere zulässig für den Schutz der Gesundheit und den Jugendschutz. Art. 27 GGG verbietet das Rauchen unter dem Titel "Schutz vor dem Passivrauchen" in öffentlich zugänglichen Innenräumen, gestattet es jedoch im Freien und in Fumoirs, die als abgeschlossene Räume mit einer eigenen Lüftung definiert werden. Nach Art. 47 GGG erlässt der Regierungsrat ganz allgemein die zum Vollzug notwendigen Ausführungsbestimmungen. Gemäss Art. 9 GGG kann der Regierungsrat sodann durch Verordnung spezifisch ergänzende Bestimmungen zu den betrieblichen Vorschriften erlassen. Bei den angefochtenen Bestimmungen handelt es sich um solche betrieblichen Vorschriften. Sie beruhen damit auf einer doppelten Delegation in zwei Gesetzesnormen.
3.4.2 Die angefochtenen Bestimmungen bezwecken den Schutz der Gäste und der Angestellten sowie von Jugendlichen. Die Regelungen des Gastgewerbes und des Gesundheits- sowie Jugendschutzes sind Bereiche, die in die Kompetenz der Kantone fallen. Demgegenüber wird der Arbeitnehmerschutz, auch im Bereich des Schutzes vor Passivrauchen, in erster Linie durch Bundesrecht geregelt (vgl. <ref-ruling>; so auch Art. 27 Abs. 4 GGG). Eine völlige Trennung des Schutzes von Konsumenten und Angestellten ist jedoch einzig denkbar bei Regelungen, die sich ausschliesslich auf eine Kategorie beziehen und wo auch faktisch, insbesondere örtlich, eine klare Abgrenzung vorliegt, wie dies etwa bei Arbeitsstellen, die der Öffentlichkeit nicht zugänglich sind, oder umgekehrt bei öffentlichen Räumen zutreffen kann, in denen keine Arbeitnehmer tätig sind. Vermischen sich Angestellte und Konsumenten, dient der Schutz vor Passivrauchen der gesamten Bevölkerung, es sei denn, der Bund habe eine sinnvolle und umsetzbare abschliessende Regelung für die Arbeitnehmer getroffen. Insoweit verbleibt den Kantonen eine ergänzende Kompetenz jedenfalls dort, wo sich wie hier der Schutz der Adressaten eines Angebots in einem dem Kanton unterstellten Regelungsbereich wie dem Gastronomiewesen (vgl. TOBIAS JAAG/MARKUS RÜSSLI, Schutz vor Passivrauchen: verfassungsrechtliche Aspekte, AJP 2006, 23 und 27) nicht von demjenigen des Personals unterscheiden lässt und der Bund nicht abschliessend legiferiert hat (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 115 ff.). Art. 4 des noch nicht in Kraft getretenen Bundesgesetzes zum Schutz vor Passivrauchen hält sogar ausdrücklich fest, dass die Kantone auch künftig strengere Vorschriften als der Bund zum Schutz der Gesundheit erlassen können. Um so mehr ist von einer solchen Kompetenz auszugehen, solange das Bundesgesetz noch gar nicht gilt.
3.4.3 Einerseits untersagt das Gesetz die Zulassung von Raucherbetrieben. Andererseits ist die Bedienung in den Fumoirs auf der Grundlage des kantonalen Gesetzes nicht verboten. Dieser gesetzliche Rahmen ergab sich aufgrund der Debatte im Grossen Rat und wurde dort auch entsprechend skizziert (vgl. insbes. das Tagblatt des Grossen Rates 2008, 927; zur Entstehungsgeschichte vgl. auch MICHAEL MÜLLER, 13. Kapitel: Wirtschaftsverwaltungsrecht, in: Markus Müller/Reto Feller [Hrsg.], Bernisches Verwaltungsrecht, 2008, 714 f.). Die Einrichtung von Fumoirs und die Bedienung von Gästen in solchen abgetrennten Raucherräumen dürfen mithin nicht ausgeschlossen werden. Aber auch das Verbot des Betriebs von Ausschankeinrichtungen in Fumoirs gemäss Art. 20b Abs. 1 GGV hält sich an den gesetzlichen Rahmen und sprengt diesen nicht. Die Regelung in der Verordnung bezweckt den Gesundheitsschutz der Gäste und des Personals, womit sie der gesetzlichen Zielsetzung entspricht. Daran vermag selbst Art. 27 Abs. 4 GGG nichts zu ändern, wonach der Schutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer sich nach der eidgenössischen Arbeitsgesetzgebung richtet. Eine völlige Aufspaltung der Rechtsbereiche bzw. eine klare Trennung des Schutzes der Kundschaft und des Personals sind bei der getroffenen kantonalen Regelung gar nicht möglich. Analoges gilt für das Zutrittsverbot von Personen unter 18 Jahren nach Art. 20d GGV. Dieses dient gleichermassen dem gesetzlich verfolgten Gesundheits- und Jugendschutz. Sodann ist den Jugendlichen der Zugang nur zu den Fumoirs verwehrt. In den übrigen (rauchfreien) Räumen dürfen auch Jugendliche unter 18 Jahren bedient werden. Damit bleibt der gesetzliche Rahmen gewahrt. Die Regelung ist überdies koordiniert mit dem im Kanton Bern geltenden gesetzlichen Verbot der Abgabe und des Verkaufs von Tabakwaren an Kinder und Jugendliche unter 18 Jahren (vgl. Art. 16 Abs. 1 des bernischen Gesetzes vom 4. November 1994 über Handel und Gewerbe [HGG; BSG 930.1]), was zusätzliche Rückschlüsse auf den anwendbaren gesetzlichen Rahmen zulässt.
3.5 Die angefochtenen Bestimmungen verfügen demnach über eine genügende gesetzliche Grundlage und verstossen insbesondere nicht gegen die Grundsätze einer zulässigen Gesetzesdelegation.
4. 4.1 Nach Auffassung der Beschwerdeführer ist das Verbot des Betreibens von Ausschankeinrichtungen in den Fumoirs (nach Art. 20b Abs. 1 GGV) unverhältnismässig und daher verfassungswidrig. Dasselbe soll für den Ausschluss des Hauptausschankraums von der Nutzung als Fumoir gelten, da die Stossrichtung dieser Bestimmung (Art. 20b Abs. 2 GGV) über das gesetzliche Ziel des Schutzes vor Passivrauchen hinausschiesse. Dass die Zutrittsbeschränkung für Jugendliche unter 18 Jahren (Art. 20d GGV) nicht verhältnismässig sein sollte, wird in der Beschwerdeschrift hingegen nicht dargetan, weshalb darauf auch nicht einzugehen ist (vgl. Art. 42 Abs. 2 sowie Art. 106 Abs. 2 BGG).
4.2 Ist im fraglichen Zusammenhang gegebenenfalls von einem leichten Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law> auszugehen, sind im Weiteren die Voraussetzungen gemäss <ref-law> massgeblich, d.h. muss das staatliche Handeln im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (vgl. auch <ref-law>). Die Verhältnismässigkeit einer staatlichen Massnahme bemisst sich im Wesentlichen an deren Zweckgeeignetheit, Erforderlichkeit und Zumutbarkeit für den oder die Betroffenen. Zu beachten ist auch <ref-law>, wonach sich die angefochtenen Bestimmungen an den Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit zu halten haben.
4.3 Der Schutz vor dem Passivrauchen dient dem Gesundheitsschutz insbesondere der Gäste und der Angestellten von Restaurationsbetrieben. Dies liegt im öffentlichen Interesse und vermag selbst Rauchverbote zu rechtfertigen (<ref-ruling> E. 7.1.1 S. 123 f.; AUER, a.a.O., 13 f.; JAAG/RÜSSLI, a.a.O., 28; MARTENET, a.a.O., 257 f.). Ein solches wahrt denn auch mit Blick auf die gesundheitspolizeiliche Herleitung den Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit.
4.4 Analoges gilt für das Verbot des Betreibens von Ausschankeinrichtungen in den Fumoirs. Selbst wenn bzw. gerade weil die Fumoirs im Kanton Bern bedient sein dürfen, gewährleistet das angefochtene Verbot, dass jedenfalls die Angestellten sich nicht ständig im Raucherraum aufhalten. Sie müssen diesen vor allem für die mit der Bedienung zusammenhängenden Tätigkeiten wie insbesondere die Aufnahme von Bestellungen, die Bedienung mit Speisen und Getränken sowie das Einziehen der Zeche aufsuchen. Zwischendurch können sie das Fumoir aber verlassen, was mit dem Betrieb von Ausschankeinrichtungen, der eine permanente Anwesenheit voraussetzt, nicht zuträfe. Das entsprechende Verbot liegt damit im vom Gesetz verfolgten öffentlichen Interesse und erweist sich ausserdem als dem Gesundheitsschutz dienende Massnahme mit dem Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit vereinbar. Dürfte sodann der Hauptausschankraum eines Gastgewerbebetriebes als Fumoir genutzt werden, würde sich der Gesamtcharakter des Betriebes ändern. Der Nutzung als Raucherbetrieb käme mindestens dieselbe Bedeutung zu wie der Nutzung als Restaurant. Daran vermöchten die vorgesehenen Einschränkungen bei der als Fumoir nutzbaren maximalen Fläche bzw. Betriebsteile nichts zu ändern. In der Regel hält sich denn auch der Grossteil der Kundschaft und des Personals im Hauptraum auf. Die fragliche Regelung steht sodann entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer nicht im Widerspruch zum gesetzlichen Schutzziel, weil durch das notwendige Türöffnen Rauchschwaden in das übrige (rauchfreie) Gebäude und dabei insbesondere in den Hauptraum eindringen könnten. Gemäss dem unangefochten gebliebenen Art. 20c Abs. 1 lit. a GGV sind Fumoirs nämlich so anzulegen, dass kein Rauch in die übrigen Räume des Betriebs gelangen kann.
4.5 Die angefochtenen Bestimmungen sind geeignet, jedenfalls die Angestellten vor den Auswirkungen des Passivrauchens zu schützen (MARTENET, a.a.O., 272 ff.; vgl. dazu in einem weiteren Sinne ebenfalls <ref-ruling> E. 7.2-7.5 S. 124 ff.). Sie erweisen sich auch als erforderlich, sind doch keine wirksamen milderen Massnahmen erkennbar. Es ist zwar verständlich, dass die Beschwerdeführer grössere Verfügungsmöglichkeiten über ihre Einrichtungen beibehalten möchten, um ihre Betriebsabläufe zu optimieren; sie zeigen aber nicht auf, wie sie mit vergleichbarer Wirkung das Passivrauchen einzudämmen vermöchten. Zudem sind Ausschankanlagen für die Bedienung der Gäste im Raucherraum nicht unerlässlich. Es gibt in vielen Gastgewerbebetrieben Räumlichkeiten ohne eigene Ausschankeinrichtungen. Schliesslich ist die angefochtene Regelung auch zumutbar. Etliche Kantone schliessen sogar bediente Fumoirs aus, was nach Auffassung des Bundesrates keine Fragen der Vereinbarkeit mit höherrangigem Recht aufwirft (vgl. BBl 2009 5966, wo es um die Gewährleistung von Art. 65a der Verfassung des Kantons Waadt geht, wonach lediglich unbediente Raucherräume zulässig sind; vgl. auch MARTENET, a.a.O., 275 f.). Den Wirten im Kanton Bern verbleibt ohnehin ein betriebswirtschaftlicher Spielraum. Die maximal zulässige Grösse der Raucherräume wird einerseits in absoluten Zahlen bestimmt (60 m2; vgl. Art. 20c Abs. 2 GGV), wobei Abweichungen in begründeten Einzelfällen zulässig sind (vgl. Art. 20e Abs. 2 GGV). Andererseits wird sie im Verhältnis zur gesamten Betriebsgrösse festgelegt (höchstens ein Drittel der Bodenfläche aller Ausschankräume; Art. 20c Abs. 3 GGV). Ein Rückbau bestehender Ausschankanlagen wird nicht vorgeschrieben. Das belässt den Betreibern eine gewisse Flexibilität.
4.6 Schliesslich machen die Beschwerdeführer zwar nicht geltend, die angefochtene kantonale Regelung verstosse gegen (künftiges) übergeordnetes Bundesrecht. Im Rahmen der Prüfung der Verhältnismässigkeit rechtfertigt sich aber auch die Berücksichtigung des laufenden Gesetzgebungsprojekts des Bundes. Das Bundesgesetz vom 3. Oktober 2008 zum Schutz vor Passivrauchen wurde nicht sofort in Kraft gesetzt, da der Bundesrat zunächst eine Anhörung über die vorgesehenen Ausführungsbestimmungen durchführte. Das Inkrafttreten ist nunmehr für den 1. Mai 2010 vorgesehen. Gemäss Art. 2 des Bundesgesetzes wird unter anderem in Restaurationsbetrieben unter Vorbehalt abgetrennter Raucherräume ein Rauchverbot gelten. Ausnahmsweise werden Angestellte in den Raucherräumen mit ihrer Zustimmung beschäftigt werden dürfen. Der Bundesrat ist ausdrücklich ermächtigt, ergänzende Vorschriften über die Beschaffenheit von Raucherräumen und die Anforderungen an die Belüftung zu erlassen. Im Verordnungsentwurf vom 23. Juni 2009, der den interessierten Kreisen zur Anhörung zugestellt wurde, sah der Bundesrat noch vor, die Benutzung von Ausschankeinrichtungen in den Fumoirs zu untersagen. Nach der Vernehmlassung ist dieses Verbot nunmehr zwar weggefallen. Die Kantone können gemäss Art. 4 des Bundesgesetzes aber ausdrücklich strengere Vorschriften zum Schutz der Gesundheit erlassen als der Bund. Mit Blick auf das Verbot bedienter Raucherräume haben von dieser Kompetenz schon etliche Kantone Gebrauch gemacht. Die angefochtene bernische Regelung erscheint daher auch unter diesem Gesichtspunkt als verhältnismässig.
5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer unter Solidarhaft kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG, <ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern und dem Eidgenössischen Departement des Innern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Müller
Der Gerichtsschreiber: Uebersax