Sachverhalt:
A. Der 1958 geborene K._ arbeitete seit 1. August 1990 als Sachbearbeiter Logistik bei der Firma A._ AG. Am 29. Dezember 2003 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte diverse Arztberichte sowie ein internistisches und psychiatrisches Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 8. Juli 2005 mit Ergänzung vom 1. September 2005 ein. Mit Verfügung vom 24. November 2005 sprach sie dem Versicherten ab 1. Mai 2004 bis 31. August 2005 eine halbe Invalidenrente zu. Im Einspracheverfahren reichte der Versicherte Berichte der beiden Psychiater Dr. med. M._ vom 1. März 2006 und PD Dr. med. L._ vom 11. März 2006 ein. Die IV-Stelle zog ein Gutachten des Psychiaters Dr. med. B._ vom 16. Februar 2007 bei. Der Versicherte legte einen Bericht des PD Dr. med. L._ vom 21. Mai 2007 auf. Mit Entscheid vom 27. Juli 2007 wies die IV-Stelle die Einsprache ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. September 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm auch nach dem 31. August 2005 eine Rente auszurichten, eventuell seien weitere medizinische Abklärungen anzuordnen.
Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (nicht publ. E. 1.1 des Urteils <ref-ruling>, aber in SVR 2010 UV Nr. 2 S. 7 [8C_784/2008]). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>, aber in SVR 2009 IV Nr. 52 S. 161 [8C_763/2008]).
1.2 Die ärztliche Feststellung des Gesundheitsschadens und dessen Veränderung in einem bestimmten Zeitraum betrifft eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Ob eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung oder ein vergleichbarer pathogenetisch (ätiologisch) unklarer syndromaler Zustand vorliegt und bejahendenfalls, ob eine psychische Komorbidität oder weitere Umstände gegeben sind, welche die Schmerzbewältigung behindern, betrifft den Sachverhalt. Rechtsfrage ist, ob eine festgestellte psychische Komorbidität hinreichend erheblich ist und ob einzelne oder mehrere der festgestellten weiteren Kriterien in genügender Intensität und Konstanz vorliegen, um gesamthaft den Schluss auf eine im Hinblick auf eine erwerbliche Tätigkeit nicht mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbare Schmerzstörung und somit auf deren invalidisierenden Charakter zu gestatten (SVR 2008 IV Nr. 23 S. 71 E. 2.2 [I 683/06]). Rechtsverletzungen sind die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen, die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.) sowie die Missachtung der Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Die konkrete Beweiswürdigung betrifft Tatfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>; Urteil 8C_908/2009 vom 17. Dezember 2009 E. 1.2).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die dem Versicherten ab 1. Mai 2004 ausgerichtete halbe Invalidenrente zu Recht auf den 31. August 2005 eingestellt wurde.
Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des IVG vom 6. Oktober 2006 und der IVV vom 28. September 2007 (5. IV-Revision) nicht anwendbar sind, da der streitige Einspracheentscheid am 27. Juli 2007 erging (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220). Weiter hat sie die Grundlagen über die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Invalidität (<ref-law>, <ref-law>), die Invaliditätsbemessung von erwerbstätigen Versicherten nach dem Einkommensvergleich (<ref-law>; <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>) sowie die Rentenrevision (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1, 130 V 343 E. 3.5 S. 349) zutreffend dargelegt. Richtig wiedergegeben hat sie auch die Rechtsprechung über den invalidisierenden Charakter psychischer Gesundheitsschäden (<ref-ruling>, 130 V 352, 396). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Im Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 8. Juli 2005 wurden folgende Diagnosen ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt: 1. Anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F43.2, recte: F45.4); 2. Leichte depressive Entwicklung (ICD-10: F32.0); 3. nicht insulinpflichtiger Diabetes mellitus Typ 2 ohne nachweisbare Folgeschäden; 4. Benigne Prostatahyperplasie Grad I mit chronisch rezidivierender Prostatitis; 5. Status nach Thyreoidektomie wegen Hyperthyreose 2001 mit/bei aktuell Substitutionstherapie euthyreote Stoffwechsellage; 6. Status nach Lungentuberkulose rechts. Der Versicherte sei in seiner angestammten Tätigkeit als Speditionsmitarbeiter respektive in einer angepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig. Es seien vor allem psychosoziale Faktoren, die zur Aufgabe der beruflichen Tätigkeit geführt hätten. Ein invalidisierendes Leiden liege weder somatisch noch psychiatrisch vor. Mit Schreiben vom 1. September 2005 hielt das medizinische Zentrum X._ an seiner Einschätzung fest.
3.2 Der behandelnde Psychiater PD Dr. med. L._ diagnostizierte im Bericht vom 7. Oktober 2005 eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F43.2, recte: F45.4) seit ca. 2000 und eine mittelschwere depressive Episode (ICD-10: F32.1) seit Mai 2003. In der angestammten Tätigkeit als Speditionsangestellter sei der Versicherte zu 100 % arbeitsunfähig. Die Arbeitsfähigkeit in einer behinderungsangepassten Tätigkeit könne er nicht beurteilen, da ein derartiger Versuch bis anhin nicht stattgefunden habe.
3.3 Der Psychiater Dr. med. M._, der den Versicherten im Auftrag des behandelnden Psychiaters PD Dr. med. L._ untersuchte, diagnostizierte im Bericht vom 1. März 2006 Folgendes: Psychiatrisch: Anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), Somatisierungsstörung (ICD-10: F45.0), somatoforme autonome Funktionsstörung (ICD-10: F45.30, 45.31), mittelschwere Depression (ICD-10: F32.1). Körperlich: nicht-insulinpflichtiger Diabetes mellitus Typ II, gutartige Prostatavergrösserung Grad I mit chronischer wiederkehrender Prostataentzündung, Zustand nach Schilddrüsenoperation wegen Schilddrüsenüberproduktion (Hormonersatzbehandlung mit Eltroxin), Zustand nach Operation wegen Brustdrüsenvergrösserung und Zustand nach Lungentuberkulose rechts. Es sei von einer Arbeitsunfähigkeit von 70 % auszugehen, d.h., die Restarbeitsfähigkeit betrage 30 %. Der zeitliche Rahmen, in dem die Restarbeitsfähigkeit leistungsmässig zu erbringen sei, sei mit 50 % zu veranschlagen. Mit einer Arbeitsfähigkeit von 50 % für leichte Arbeit könnte der Versicherte nämlich die Leistungen des RAV in Anspruch nehmen.
3.4 Im Bericht vom 11. März 2006 diagnostizierte PD Dr. med. L._ eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), eine Somatisierungsstörung (ICD-10: F45.0), eine mittelschwere depressive Störung (ICD-10: F32.1), chronisch rezidivierende Prostatitis, Status nach akuter Pankreatitis, Status nach Gastritis, Status nach Thyreoidektomie wegen Hyperthyreose (Substitution mit Eltroxin). In der bisherigen Tätigkeit als Speditionsangestellter sei der Versicherte zu 100 % arbeitsunfähig. In behinderungsangepasster Tätigkeit wäre eine 30%ige Arbeitsfähigkeit möglich, allenfalls bei 50%iger Präsenzzeit.
3.5 Der Psychiater Dr. med. B._ führte im Gutachten vom 16. Februar 2007 aus, er könne beim Versicherten zum jetzigen Zeitpunkt keine die Arbeits- resp. Erwerbsfähigkeit nennenswert einschränkende psychiatrische Erkrankung diagnostizieren. Vorbestehend gehe er von einer Persönlichkeit mit unreifen (sehr regressive Haltung, mangelnde Übernahme von Verantwortung) sowie histrionischen Zügen (demonstratives Verhalten in der Untersuchungssituation) aus. Die in den Vorabklärungen diagnostizierten diversen somatoformen Störungen (ICD-10: F45) halte er zwar für möglich, könne sie aufgrund der erhobenen Befunde aber weder bestätigen noch widerlegen. Es bestehe jedenfalls eine Diskrepanz zwischen dem Ausmass der geschilderten Beschwerden und dem äusseren Erscheinungsbild des Versicherten, an dem überhaupt kein Leidensdruck erkennbar sei, wie dies auch an der Arbeitsstelle beobachtet worden sei. Zur Stärke der ebenfalls überlieferten depressiven Episode (ICD-10: F32) sei zu sagen, dass einerseits das lebendige und aktive Verhalten des Versicherten in der Untersuchungssituation und andererseits die Tatsache, dass er vor nicht allzu langer Zeit zu einer mehrwöchigen Ferienreise in die Türkei in der Lage gewesen sei, gegen das Vorliegen einer mittelgradigen Störung sprächen: von den im ICD-10 Manual dafür geforderten erheblichen Schwierigkeiten bei sozialen Aktivitäten könne hier wirklich nicht die Rede sein. Er messe diesen direkten Beobachtungen grösseres Gewicht zu als psychometrischen Tests und könne beim Versicherten - wenn überhaupt - eine leichte depressive Episode (ICD-10: F32.0) erkennen. Er halte es für denkbar, dass ihm die Schmerzpersistenz ermögliche, ohne Gesichtsverlust vor seiner Verantwortung seinen Angehörigen gegenüber zurückzutreten. Er würde dabei mehr von einem bewusstseinsnahen Mechanismus als vom Ausdruck einer unbewussten innerseelischen Problematik ausgehen. Eine Arbeits- respektive Erwerbsunfähigkeit halte er beim Versicherten zum Zeitpunkt der Untersuchung psychiatrischerseits nicht mehr für ausgewiesen. In Bezug auf die arbeitsmedizinische Einschätzung befinde er sich auf derselben Linie wie das medizinische Zentrum X._. In den Beurteilungen des PD Dr. med. L._ und Dr. med. M._ werde der spezifischen Persönlichkeit resp. Persönlichkeitsstörung des Versicherten und dessen sozio-kulturellem Milieu zu wenig Beachtung geschenkt. Zudem erachte er die Befunderhebung als sehr defektorientiert; die offensichtliche Ressource des Versicherten, seine Beschwerden effektvoll zu präsentieren, werde mit keinem Wort erwähnt.
3.6 Im Bericht vom 21. Mai 2007 hielt PD Dr. med. L._ an seiner Einschätzung vom 11. März 2006 (E. 3.4 hievor) fest.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat erwogen, es sei unbestritten und aufgrund der medizinischen Aktenlage klar, dass die vom Versicherten seit längerer Zeit geltend gemachten Schmerzen und Beeinträchtigungen - wie Bauchschmerzen oder Juckreiz - nicht mit objektiven somatischen Befunden und den internistischen Diagnosen erklärt werden könnten. Dies ergebe sich aus dem Bericht von Dr. med. K._, Allgemeinpraxis, vom 25. März 2004 und dem Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 8. Juli 2005. Eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit aus somatischer Sicht bestehe nicht. Es sei auf die im medizinischen Zentrum X._ erfolgte gutachterliche Einschätzung der Schwere der (depressiven) Beeinträchtigung abzustellen. Dies gelte damit auch für die dort erfolgte Einschätzung der Arbeitsfähigkeit. Diese beruhe zu Recht darauf, was dem Versicherten ab dem Zeitpunkt der Begutachtung objektiv habe zugemutet werden können. Gestützt auf das nachvollziehbare und schlüssige Gutachten des Dr. med. B._ vom 16. Februar 2007 sei auch für die Zeit ab November 2006 von keiner Einschränkung der Arbeitsfähigkeit auszugehen. Die Einschätzungen der Arbeitsfähigkeit durch das medizinische Zentrum X._ und Dr. med. B._ deckten sich zudem mit dem Ergebnis einer vom Gericht vorzunehmenden abschliessenden Beantwortung der Frage, ob eine mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbare Schmerzstörung und somit eine invalidisierende Gesundheitsstörung vorliege. Die seit Mai 2005 höchstens noch leichte depressive Episode erfülle die erforderliche Schwere und Ausprägung einer Komorbidität nicht. Von erheblichen und einschränkenden körperlichen Begleiterkrankungen sei weiter nicht auszugehen. Dr. med. M._ und PD Dr. med. L._ hätten zwar bereits im März 2006 von einer Chronifizierung berichtet. Indessen könne nicht vom Ausschöpfen aller therapeutischen Optionen ausgegangen werden. Wie Dr. med. B._ zu Recht ausgeführt habe, seien bis anhin keine stationären Behandlungen erfolgt. Ein primärer Krankheitsgewinn sei sodann nicht erkennbar. Von einem umfassenden sozialen Rückzug sei weiter nicht auszugehen. Insgesamt seien damit die Voraussetzungen für eine ausnahmsweise willentliche Nichtüberwindbarkeit der somatoformen Schmerzstörung nicht gegeben. Da spätestens ab Mai 2005 kein die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit beeinflussendes somatisches oder psychisches Leiden (mehr) vorgelegen habe, sei ein Rentenanspruch ab 1. September 2005 zu verneinen.
4.2 Der Versicherte macht im Wesentlichen geltend, aus den Ausführungen des PD Dr. med. L._ und Dr. med. M._ gehe hervor, dass auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 8. Juli 2005 nicht abgestellt werden dürfe. Dieser Ansicht sei anscheinend auch die IV-Stelle gewesen, weshalb sie das Gutachten des Dr. med. B._ vom 16. Februar 2007 in Auftrag gegeben habe. Auf Letzteres dürfe noch viel weniger abgestellt werden, da es die Kriterien an ein beweistaugliches Gutachten in keiner Weise erfülle.
5. Die Leitlinien der Schweizerischen Gesellschaft für Versicherungspsychiatrie für die Begutachtung psychischer Störungen (nachfolgend Leitlinien; abgedruckt in: Schweizerische Ärztezeitung 2004, S. 1048 ff.) können bezüglich Anforderungsprofil für die Fachdisziplin Psychiatrie als Standard herangezogen werden. Sie haben zwar nicht verbindlich-behördlichen Charakter, formulieren aber doch den fachlich anerkannten Standard für eine sachgerechte, rechtsgleiche psychiatrische Begutachtungspraxis in der Schweiz (Urteile 8C_695/2009 vom 17. Dezember 2009 E. 3.2.1 und 8C_694/2008 vom 5. März 2009 E. 5.3).
Die psychiatrische Exploration kann von der Natur der Sache her nicht ermessensfrei erfolgen und eröffnet dem begutachtenden Psychiater deshalb praktisch immer einen gewissen Spielraum, innerhalb dessen verschiedene medizinisch-psychiatrische Interpretationen möglich, zulässig und zu respektieren sind, sofern der Experte lege artis vorgegangen ist. Daher und unter Beachtung der Divergenz von medizinischem Behandlungs- und Abklärungsauftrag (<ref-ruling> E. 4 S. 175) kann es nicht angehen, eine medizinische Administrativ- oder Gerichtsexpertise stets dann in Frage zu stellen und zum Anlass weiterer Abklärungen zu nehmen, wenn die behandelnden Ärzte nachher zu unterschiedlichen Einschätzungen gelangen oder an vorgängig geäusserten abweichenden Auffassungen festhalten. Anders verhält es sich hingegen, wenn die behandelnden Ärzte objektiv feststellbare Gesichtspunkte vorbringen, welche im Rahmen der psychiatrischen Begutachtung unerkannt geblieben und geeignet sind, zu einer abweichenden Beurteilung zu führen (Urteile 8C_694/2008 E. 5.1 und I 51/06 vom 19. September 2006 E. 3.1.2).
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht als Erstes im Wesentlichen geltend, im Gutachten des Dr. med. B._ vom 16. Februar 2007 sei kein methodisches Vorgehen ersichtlich. Es gebe darin keinen strukturierten Teil, worin er ihm gezielt Fragen gestellt hätte. Dr. med. B._ habe ihn immer nur gefragt, warum er nicht arbeite. Es fehle eine klare Unterscheidung zwischen der Selbsteinschätzung des Versicherten und den Einschätzungen des Gutachters. Selbsteinschätzende Ausführungen würden sofort wertend wiedergegeben. Dies gelte insbesondere auch für die Zitate im Dialekt, die in dieser Form despektierlich und voreingenommen wirkten. Es fehlten Ausführungen der somatischen und psychologischen, eventuell psychosomatischen Leiden und eine Kategorisierung. Unter dem Titel "Eigene Untersuchungsbefunde" berichte Dr. med. B._ als Erstes über den Psychostatus des Versicherten vom 3. November 2006, und zwar in wertender Art und Weise im Sinne einer abschliessenden Beurteilung. Damit fehle es an einer objektiven Befundaufnahme, denn so fänden sich in den restlichen Gutachtenteilen bloss noch die Anamnese, die Krankheitsentwicklung und die Ergebnisse von verschiedenen Telefonaten. Die Beurteilung des Dr. med. B._ unter dem Titel "Psychostatus" lasse sich nicht nachvollziehen, weil den darin gemachten Wertungen kein vollständiges Korrelat aus einer neutralen Befunderhebung gegenüberstehe. Zwar fänden sich gewisse Bemerkungen zu den geklagten Beschwerden unter dem Titel "Krankheitsgeschichte", doch gehe daraus nicht hervor, ob Dr. med. B._ alle relevanten Symptome einer Depression und einer somatoformen Schmerzstörung exploriert habe. Die von ihm gestellte Diagnose sei unstrukturiert und es fehlten jegliche Hinweise auf Fachliteratur. Insgesamt sei das Gutachten sprunghaft, entbehre der gängigen Strukturen, sei gespickt mit offensichtlichen, unprofessionellen subjektiven Wertungen und sei befangen. Nicht schlüssig sei die Begründung, weshalb weder eine depressive Störung noch eine somatoforme Schmerzstörung vorliege. Weiter gibt der Versicherte beschwerdeweise wieder, wie PD Dr. med. L._ im Bericht vom 21. Mai 2007 zum Gutachten des Dr. med. B._ Stellung nahm, und führt aus, Ersterer habe sich mit den diagnostischen Fehlern des Letzteren auseinandergesetzt. Das Gutachten des Dr. med. B._ überzeuge aus beweisrechtlichen Überlegungen nicht. Zudem habe die Vorinstanz nicht vollständig auf dieses Gutachten abgestellt, sondern sei gestützt auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 8. Juli 2005 davon ausgegangen, der Versicherte leide an somatoformer Schmerzstörung und leichter depressiver Störung. Dies, obwohl das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ auch nicht rechtsgenüglich sei.
6.2 Das Gutachten des Dr. med. B._ vom 16. Februar 2007 enthält eine Einleitung, eine Aktenzusammenfassung, die Anamnese und eine Darstellung der Krankheitsentwicklung, subjektive Angaben des Versicherten, die Untersuchungsbefunde sowie eine Beurteilung und die Beantwortung der Fragen. Insgesamt erfüllt es diesbezüglich im Wesentlichen die in den Leitlinien (vgl. insbesondere S. 1051 Ziff. IV/8) und von der Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 323 mit Hinweis) aufgestellten formellen Anforderungen an ein Gutachten.
6.3 Objektive Gründe für die Annahme einer Befangenheit (hiezu vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 109 f.) des Dr. med. B._ sind nicht ersichtlich. Das von ihm erstellte Gutachten vom 16. Februar 2007 legt - entgegen der Auffassung des Versicherten - keinen gegenteiligen Schluss nahe.
7. 7.1 Weiter wendet der Versicherte - wie bereits vorinstanzlich - ein, bei der Praxis des Dr. med. B._ handle es sich nicht um eine Praxis im herkömmlichen Sinne; er empfange seine Klienten im eigenen Wohnzimmer, umringt von seinen eigenen Werken, die er als Maler und Künstler anfertige. Es handle sich keineswegs um eine neutrale Begutachterumgebung, wenn diese in der Wohnstube des Arztes durchgeführt werde. Diese Situation wirke auf die zu begutachtende Person äusserst irritierend. Der Versicherte habe, bevor er in die Wohnzimmer-Praxis habe eintreten dürfen, Pantoffeln anziehen müssen. Zu diesen Beanstandungen habe sich die Vorinstanz nicht geäussert. Dies erstaune, da sie in einem anderen Entscheid vom 6. September 2007 (IV.2007.00898) ausgeführt habe, die Exploration im privaten Wohnzimmer des Gutachters sei bloss bei Vorliegen besonderer Umstände statthaft; in jenem Entscheid habe sie sich damit jedoch nicht weiter auseinandergesetzt, da sie den angefochtenen Entscheid mangels genügender medizinischer Grundlagen aufgehoben habe. Anscheinend besitze Dr. med. B._ keine eigentliche Praxis, da er sich hauptsächlich mit seiner Arbeit als Künstler und Musiker beschäftige. Diesen Eindruck erhalte man auch mittels einer "Google-Recherche". Die diversen Einträge führten Dr. med. B._ ausschliesslich als Cellisten und Maler auf. Nicht bezweifelt werde, dass er auch ausgebildeter Psychiater sei. Es sei jedoch zu diskutieren, ob ein Psychiater, der nicht hauptsächlich als solcher tätig sei, einen genügend grossen Erfahrungsschatz besitze, um Gutachten zu erstellen. An einen Gutachter seien höhere Anforderungen zu stellen als an einen praktizierenden Arzt. Er sollte eine fachliche Kapazität und informiert über die neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse sein sowie über weitreichende Erfahrung verfügen. Es seien Zweifel angebracht, ob Dr. med. B._ wirklich über diese Fähigkeiten verfüge. Die Vorinstanz habe diese Vorbringen einzig mit dem Verweis auf seinen Eintrag im Medizinischen Jahrbuch 2007 und der Annahme, er müsse wegen des im Jahre 1994 erworbenen Facharzttitels wohl über eine grosse Erfahrung verfügen, abgetan.
7. 7.1 Weiter wendet der Versicherte - wie bereits vorinstanzlich - ein, bei der Praxis des Dr. med. B._ handle es sich nicht um eine Praxis im herkömmlichen Sinne; er empfange seine Klienten im eigenen Wohnzimmer, umringt von seinen eigenen Werken, die er als Maler und Künstler anfertige. Es handle sich keineswegs um eine neutrale Begutachterumgebung, wenn diese in der Wohnstube des Arztes durchgeführt werde. Diese Situation wirke auf die zu begutachtende Person äusserst irritierend. Der Versicherte habe, bevor er in die Wohnzimmer-Praxis habe eintreten dürfen, Pantoffeln anziehen müssen. Zu diesen Beanstandungen habe sich die Vorinstanz nicht geäussert. Dies erstaune, da sie in einem anderen Entscheid vom 6. September 2007 (IV.2007.00898) ausgeführt habe, die Exploration im privaten Wohnzimmer des Gutachters sei bloss bei Vorliegen besonderer Umstände statthaft; in jenem Entscheid habe sie sich damit jedoch nicht weiter auseinandergesetzt, da sie den angefochtenen Entscheid mangels genügender medizinischer Grundlagen aufgehoben habe. Anscheinend besitze Dr. med. B._ keine eigentliche Praxis, da er sich hauptsächlich mit seiner Arbeit als Künstler und Musiker beschäftige. Diesen Eindruck erhalte man auch mittels einer "Google-Recherche". Die diversen Einträge führten Dr. med. B._ ausschliesslich als Cellisten und Maler auf. Nicht bezweifelt werde, dass er auch ausgebildeter Psychiater sei. Es sei jedoch zu diskutieren, ob ein Psychiater, der nicht hauptsächlich als solcher tätig sei, einen genügend grossen Erfahrungsschatz besitze, um Gutachten zu erstellen. An einen Gutachter seien höhere Anforderungen zu stellen als an einen praktizierenden Arzt. Er sollte eine fachliche Kapazität und informiert über die neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse sein sowie über weitreichende Erfahrung verfügen. Es seien Zweifel angebracht, ob Dr. med. B._ wirklich über diese Fähigkeiten verfüge. Die Vorinstanz habe diese Vorbringen einzig mit dem Verweis auf seinen Eintrag im Medizinischen Jahrbuch 2007 und der Annahme, er müsse wegen des im Jahre 1994 erworbenen Facharzttitels wohl über eine grosse Erfahrung verfügen, abgetan.
7.2 7.2.1 Nach Ziff. II/6 der Leitlinien bildet "eine Facharztausbildung in Psychiatrie und Psychotherapie" eine der Voraussetzungen auf Seiten des Gutachters. Kenntnisse der versicherungsrechtlichen Begriffe und Fragestellungen sind unerlässlich. Der Gutachter muss sich ständig fachlich und spezifisch versicherungsmedizinisch fortbilden. Er sollte gemeinsam mit Kollegen seine Tätigkeit reflektieren (Super-/Intervision, Qualitätszirkel). Dazu gehört eine Auseinandersetzung mit sozialen Fragen, insbesondere der Arbeits- und Berufswelt, des Versicherungssystems und mit kulturellen und sozialen Fragen im Allgemeinen (vgl. auch Urteil I 142/07 vom 20. November 2007 E. 3.2.4). Auch gemäss der Vereinbarung des BSV mit den MEDAS müssen die begutachtenden Medizinalpersonen regelmässig an versicherungsmedizinischen Ausbildungen teilnehmen.
Bezüglich der Räumlichkeiten, in denen die Untersuchung zu erfolgen hat, empfehlen die Leitlinien unter dem Titel "Ausstattung und Funktionsweise der Praxis bzw. Institution", dass diese eine Untersuchung in ruhiger und angenehmer Umgebung ermöglichen sollen (Ziff. IV/1; vgl. auch Urteil 8C_695/2009 E. 3.2.1).
7.2.2 Eine substanziierte Stellungnahme der IV-Stelle zu den Einwendungen des Beschwerdeführers gegen den Gutachter Dr. med. B._ (E. 7.1 hievor) fehlt. Vorinstanzlich führte sie lediglich aus, die gegen ihn gerichteten Einwände würden in aller Form zurückgewiesen; der Versicherte sei aufzufordern, die entsprechenden Stellen auf den Homepage des Dr. med. B._ zu belegen, aus denen der Schluss gezogen werden könne, dass ihm die Fähigkeiten als psychiatrischer Experte abzusprechen seien. Letztinstanzlich äussert sie sich zu dieser Problematik nicht.
In einem vom Versicherten zitierten Entscheid vom 6. September 2007 E. 4.1 in fine (IV.2007.00898) hat die Vorinstanz ausgeführt, es bestünden Anhaltspunkte für weitere formelle Mängel; beispielsweise mache die Beschwerdeführerin geltend, die Exploration habe im privaten Wohnzimmer des medizinischen Gutachters stattgefunden. Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz einzig erwogen, gemäss dem Medizinischen Jahrbuch 2007 habe Dr. med. B._ über eine im Ärzteregister verzeichnete Praxis an der Strasse Y in Z._ verfügt. Auf die weiteren Einwände des Versicherten betreffend Dr. med. B._ (E. 7.1 hievor) ging sie nicht ein.
Im Interesse einer kompetenten medizinischen Sachverhaltsfeststellung ist der auftraggebende Versicherungsträger gehalten, bei Fachpersonen, die er mit Gutachten beauftragt, auf ihre versicherungsmedizinische Befähigung zu achten. Diese Aufgabe obliegt übrigens auch dem BSV (vgl. <ref-law>). Wie sich nachfolgend ergibt, braucht vorliegend nicht abschliessend geklärt zu werden, welche versicherungsmedizinischen Fachkenntnisse begutachtende Arztpersonen im Einzelnen aufzuweisen haben.
8. Letztlich kann nämlich offenbleiben, ob auf die Ergebnisse der Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 8. Juli 2005 (mit Ergänzung vom 1. September 2005) und des Dr. med. B._ vom 16. Februar 2007 abgestellt werden kann. Denn selbst wenn den vom Beschwerdeführer ins Feld geführten Berichten des PD Dr. med. L._ vom 7. Oktober 2005, 11. März 2006 und 21. Mai 2007 sowie des Dr. med. M._ vom 1. März 2006 gefolgt wird, kann er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten, wie folgende Erwägungen zeigen.
9. Unbestritten ist die vorinstanzliche Feststellung, dass die Arbeitsfähigkeit des Versicherten nicht durch somatische Beschwerden beeinträchtigt wird. Gegenteiliges ergibt sich nicht offensichtlich aus den Akten. Diesbezüglich hat es mithin sein Bewenden.
10.
10.1 Im Vordergrund für die Beurteilung der invalidisierenden Wirkung einer somatoformen Schmerzstörung oder eines vergleichbaren pathologischen Zustands steht die Feststellung einer psychischen Komorbidität von erheblicher Schwere, Ausprägung und Dauer (E. 1.2 hievor; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50; Urteil 8C_979/2008 vom 1. Juli 2009 E. 5.1).
PD Dr. med. L._ diagnostizierte im Bericht vom 7. Oktober 2005 eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F43.2, recte: F45.4) und eine mittelschwere depressive Episode (ICD-10: F32.1). In den Berichten vom 11. März 2006 und 21. Mai 2007 diagnostizierte er in psychischer Hinsicht eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), eine Somatisierungsstörung (ICD-10: F45.0) und eine mittelschwere depressive Störung (ICD-10: F32.1; vgl. E. 3.2, 3.4 und 3.6 hievor). Dr. med. M._ diagnostizierte im Bericht vom 1. März 2006 psychischerseits Folgendes: Anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), Somatisierungsstörung (ICD-10: F45.0), somatoforme autonome Funktionsstörung (ICD-10: F45.30, 45.31) und mittelschwere Depression (ICD-10: F32.1; E. 3.3 hievor).
Die diagnostizierte Somatisierungsstörung (ICD-10: F45.0), anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4) und somatoforme autonome Funktionsstörung (ICD-10: F45.30, 45.31) gehören zum gleichen Symptomenkomplex und begründen keine eigenständige psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Dauer und Intensität. Gleiches gilt bezüglich der zusätzlich diagnostizierten mittelschweren depressiven Störung bzw. mittelschwere Depression nach ICD-10: F32.1, da eine solche als Begleiterscheinung der somatoformen Schmerzstörung gilt und nicht als selbstständige, vom Schmerzsyndrom losgelöste psychische Komorbidität, die sich aufgrund ihres Schweregrades unbestreitbar von der somatoformen Schmerzstörung unterscheiden liesse (vgl. auch Urteile 8C_696/2008 vom 3. Juni 2009 E. 8.2.2, 9C_340/2009 vom 24. August 2009 E. 3.4.2 f. und 9C_214/2007 vom 29. Januar 2008 E. 4.2 mit Hinweisen).
10.2 Weiter hat die Vorinstanz in Mitberücksichtigung der in den Berichten des PD Dr. med. L._ und Dr. med. M._ angeführten Tatsachen zu Recht festgestellt, dass die weiteren Kriterien, welche die Annahme einer Arbeitsunfähigkeit und der Unzumutbarkeit des vollen Wiedereinstiegs des Versicherten in den Arbeitsprozess ausnahmsweise rechtfertigen könnten (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f.), nicht hinreichend erfüllt sind (vgl. E. 4.1 hievor). Gegenteiliges wird vom Versicherten nicht substanziiert geltend gemacht und ist aufgrund der Akten nicht anzunehmen (siehe auch Urteil 8C_979/2008 E. 5.2).
10.3 Nach dem Gesagten lag beim Versicherten in psychischer Hinsicht keine anspruchsbegründende Invalidität im Rechtssinne mehr vor, weshalb IV-Stelle und Vorinstanz den Rentenanspruch ab 1. September 2005 zu Recht verneint haben (vgl. auch Urteil 8C_979/2008 E. 5.3). Da von weiteren medizinischen Abklärungen keine entscheidrelevanten neuen Erkenntnisse zu erwarten sind, kann darauf in antizipierter Beweiswürdigung verzichtet werden. Dies verstösst weder gegen den Untersuchungsgrundsatz noch gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; Urteil 8C_744/2009 vom 8. Januar 2010 E. 6).
11. Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. September 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar