Erwägungen:
1. X._ erhob mit Eingabe vom 21. September 2008 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Mit Zwischenverfügung vom 3. Oktober 2008 forderte ihn das Bundesverwaltungsgericht zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 800.-- auf, ansonsten auf die Beschwerde nicht eingetreten werde. Gegen die Auferlegung eines Kostenvorschusses reichte X._ am 18. Oktober 2008 eine als Einspruch bezeichnete Eingabe beim Bundesverwaltungsgericht ein. Dieses überwies die Eingabe mit Schreiben vom 21. Oktober 2008 dem Bundesgericht, welches die Eingabe als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegennahm und darauf mit Urteil vom 11. November 2008 mangels einer genügenden Begründung nicht eintrat (Verfahren 1C_489/2008).
2. In der Folge forderte das Bundesverwaltungsgericht X._ mit Verfügung vom 10. Dezember 2008 letztmals zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 800.-- auf, ansonsten auf die Beschwerde nicht eingetreten werde.
3. X._ führt mit Eingabe vom 22. Januar 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Verfügung des Bundesverwaltungsgerichts vom 10. Dezember 2008. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. <ref-law> nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer rügt wiederum, dass die Erhebung eines Kostenvorschusses gegen Art. 17 der Haager Übereinkunft betreffend Zivilprozessrecht vom 17. Juli 1905 (SR 0.274.11) verstosse. Das Bundesverwaltungsgericht legte dem Beschwerdeführer indessen dar, dass die gesetzliche Vorschusspflicht gemäss <ref-law> unterschiedslos In- und Ausländer treffe, ungeachtet ihrer Nationalität, ihres Wohnsitzes und ihres Aufenthaltes. Wie unter diesen Umständen die Erhebung eines Kostenvorschusses - die ja nicht wegen seiner Eigenschaft als Ausländer erfolgt ist - gegen die vom Beschwerdeführer angeführte Haager Übereinkunft - soweit vorliegend überhaupt anwendbar - verstossen sollte, wird vom Beschwerdeführer weder rechtsgenüglich gelten gemacht noch ist dies ersichtlich. Aus der Beschwerde ergibt sich nicht, inwiefern das Bundesverwaltungsgericht mit dem verfügten Kostenvorschuss Recht verletzt haben sollte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von <ref-law> ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesamt für Migration und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli