Ehescheidung (Kinderzuteilung), hat sich ergeben:
A.- Auf Grund einer Klage der Ehefrau schied das Bezirksgericht Frauenfeld die Ehe von Z._ und Y._ mit Urteil vom 25. Juni 1999. Die beiden Töchter X._, geboren am 21. April 1987, und W._, geboren am 18.
September 1988, stellte es unter die elterliche Gewalt der Mutter und errichtete zugleich eine Beistandschaft. Den Beklagten, dem es ein Besuchsrecht einräumte, verpflichtete es, für jedes der Kinder indexierte Unterhaltsbeiträge von monatlich Fr. 750.-- und für die Klägerin persönlich bis zum 30. September 2004 solche von monatlich Fr. 1'000.-- zu zahlen.
B.- Auf Berufung des Beklagten hin führte das Obergericht des Kantons Thurgau eine Referentenaudienz durch, liess die Kinder durch die Obergerichtsschreiberin anhören und befragte den neuen Lebenspartner der Klägerin wie auch die Freundin des Beklagten. Mit Urteil vom 29. Juni 2000 erklärte das Obergericht, dass die Scheidung der Ehe der Parteien mit Wirkung ab 20. Dezember 1999 rechtskräftig sei.
Es stellte alsdann die beiden Töchter unter die elterliche Sorge des Beklagten, errichtete eine Beistandschaft gemäss <ref-law> und räumte der Klägerin das Recht ein, die Kinder an jedem zweiten Wochenende sowie an Weihnachten und Ostern bzw. Pfingsten zu oder mit sich auf Besuch und zweimal jährlich für zwei Wochen in die Ferien zu nehmen.
Ferner wurde die Klägerin verpflichtet, an den Unterhalt jedes Kindes bis zum Eintritt in die volle Erwerbsfähigkeit, längstens bis zur Mündigkeit, indexgebundene Beiträge von monatlich Fr. 200.--, zuzüglich allfälliger Kinder- und Ausbildungszulagen, zu zahlen. Der Beklagte wurde seinerseits bis zum 30. September 2004 zu indexierten Unterhaltsleistungen an die Klägerin persönlich von Fr. 1'000.-- im Monat verpflichtet.
C.- Mit Eingabe vom 12. September 2000 führt die Klägerin eidgenössische Berufung. Sie beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Urteils, die Zuteilung der elterlichen Sorge über die beiden Töchter an sie und die Verpflichtung des Beklagten zu indexierten Unterhaltsbeiträgen von monatlich Fr. 750.-- pro Kind. Allenfalls sei die Angelegenheit zur Durchführung weiterer Beweismassnahmen bzw. zur Anordnung einer Prozessbeistandschaft für die Kinder an die Vorinstanz zurückzuweisen; subeventuell sei ihr ein Ferienbesuchsrecht von zehn Wochen einzuräumen. Ausserdem ersucht die Klägerin darum, ihr für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Eine Berufungsantwort ist nicht eingeholt worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Klägerin bringt vor, das Obergericht habe mit der Sorgerechtszuteilung an den Beklagten gegen <ref-law> verstossen, indem es die massgebenden Kriterien falsch gewichtet habe. Insbesondere habe es letztlich allein auf den Wunsch der Kinder abgestellt. Dem Beklagten hätte es die Erziehungsfähigkeit unter Berücksichtigung seines aktenkundigen Verhaltens absprechen müssen. Auch die Stabilität seiner Verhältnisse hätte verneint werden müssen, zumal die eingereichten Unterlagen in keiner Weise belegten, dass ihm als deutschem Staatsangehörigen in der Schweiz ein Anwesenheitsrecht zustehe. Demgegenüber seien ihre Verhältnisse äusserst stabil und blieben es auch in den nächsten Jahren.
Falsch sei von der Vorinstanz ferner die Betreuungsfrage gewürdigt worden. Während sie ihre Teilzeitarbeit weitgehend dem Stundenplan der Mädchen anpassen und diese selber betreuen könne, habe der Beklagte ein normales Arbeitspensum zu versehen. Er müsse deshalb für die Betreuung auf seine Freundin und, da diese ebenfalls zu 80 Prozent arbeite, auch auf deren Mutter zurückgreifen. Schliesslich seien die Aussagen der Kinder zu relativieren, seien diese doch bloss während ungefähr zwei Stunden angehört worden. Dabei sei nicht deutlich geworden, dass es der Beklagte mit seiner physischen und telefonischen Dauerpräsenz wie auch mit seinen Versprechungen und Geschenken geschafft habe, die Töchter in seinem Sinne zu beeinflussen. Das Vorgehen des Obergerichts hinterlasse den Eindruck, dass es darum gegangen sei, möglichst schnell einen Schlussstrich unter die leidige Angelegenheit zu ziehen.
b) Nach Art. 133 Abs. 1 und 2 ZGB hat das Scheidungsgericht namentlich die elterliche Sorge einem Elternteil zuzuteilen und dabei alle für das Kindeswohl massgebenden Umstände zu berücksichtigen. Auf die Meinung der Kinder ist, soweit tunlich, Rücksicht zu nehmen. Die sich daraus ergebende grundsätzliche Anhörungspflicht ist im Rahmen der Scheidungsrechtsrevision vom 26. Juni 1998 (in Kraft seit dem 1. Januar 2000) in das Gesetz aufgenommen worden; sie galt aber schon auf Grund von Art. 12 der UNO-Kinderrechtekonvention vom 20. November 1989 (SR 0.107 [für die Schweiz in Kraft seit dem 26. März 1997]; vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 91 f.). Im Übrigen sind für die Zuteilung die vom Bundesgericht in der langjährigen Rechtsprechung zum früheren <ref-law> umschriebenen Kriterien wegleitend. Entscheidend ist das Kindeswohl.
Die Interessen der Eltern haben in den Hintergrund zu treten, und völlig ausser Betracht zu bleiben haben vor allem emotionale Widerstände des einen Ehegatten gegenüber dem die Scheidung begehrenden anderen Ehegatten (<ref-ruling> E. 4a S. 209 und 317 E. 2 S. 319; <ref-ruling> E. 3 S. 354 f.). Den Bedürfnissen der Kinder ist entsprechend ihrem Alter, ihren Neigungen und ihrem Anspruch auf elterliche Fürsorglichkeit, Zuwendung und Erziehung bestmöglich zu entsprechen. Als massgebliche Gesichtspunkte stehen dabei im Vordergrund die persönlichen Beziehungen der Eltern zu den Kindern, ihre erzieherischen Fähigkeiten und ihre Bereitschaft, die Kinder in eigener Obhut zu haben und sie weitgehend persönlich zu betreuen und zu pflegen. Auch dem Bedürfnis der Kinder nach der für eine harmonische Entfaltung in körperlicher, seelischer und geistiger Hinsicht notwendigen Stabilität der Verhältnisse ist Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 3 S. 201 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 382 f.). Das letztgenannte Kriterium erhält bei ungefähr gleicher Erziehungs- und Betreuungsfähigkeit besonderes Gewicht (<ref-ruling> E. 4a S. 209). Bei der Beurteilung steht den kantonalen Behörden, welche die Parteien und die Verhältnisse besser kennen als das Bundesgericht, ein erhebliches Ermessen zu. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn einschlägige Kriterien grundlos ausser Betracht geblieben oder offenkundig falsch gewichtet worden sind, oder wenn die Zuteilung auf Überlegungen abgestützt worden ist, die unter dem Gesichtswinkel des Kindeswohls bedeutungslos sind oder gegen die dargelegten bundesgerichtlichen Grundsätze verstossen (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 355; <ref-ruling> E. 2 S. 319).
c) Die von der Klägerin erwähnten Umstände zur Erziehungsfähigkeit des Beklagten hat das Obergericht nicht übersehen, aber anders gewichtet. Nach seiner Ansicht lässt keiner der Vorwürfe darauf schliessen, dass der Beklagte nicht in der Lage wäre, die Mädchen zu erziehen, auch wenn seine Vorgehensweise einige Male zu Ärger Anlass gegeben habe und nicht gerade von ausgesprochener Rücksichtnahme auf alle in den Scheidungsprozess einbezogenen Personen zeuge. Die Vorinstanz hat ihre Folgerung vor allem daraus gezogen, dass sich keine der befragten Personen negativ über den Beklagten in seiner Rolle als Vater geäussert habe und sich die Kinder von diesem ernst genommen fühlten. Was die Klägerin dagegen vorbringt, erschöpft sich in einer Darstellung aus ihrer Sicht, die weitgehend auf pauschalen Vorwürfen beruht. Soweit ihre Ausführungen nicht eine im Berufungsverfahren ohnehin unzulässige Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 223) darstellt, ist zu bemerken, dass blosse Gegenbehauptungen, die - wie vorliegend - nicht plausibler abgestützt sind als die beanstandete Betrachtungsweise, nicht zu einer anderen Würdigung führen können. Die Gegendarstellung der Klägerin ist zwar angesichts des Zerwürfnisses zwischen den Parteien verständlich, genügt aber nicht, den Schluss auf eine falsche Beurteilung der Erziehungsfähigkeit des Beklagten zuzulassen.
Ähnliches gilt hinsichtlich der Betreuungsmöglichkeiten.
Das Obergericht hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt (Art. 63 Abs. 2 OG), schon im Zeitpunkt der erstinstanzlichen Beurteilung seien diese auf Seiten des Beklagten zwar nicht ideal gewesen, aber doch so, dass die Kinder unter seiner zeitweisen arbeitsbedingten Abwesenheit nicht zu leiden gehabt hätten. Seither hätten sich die Verhältnisse noch zum Vorteil des Beklagten verändert, da er seine Freundin und deren Mutter in die Betreuung einbeziehen könne. Abgesehen davon seien die Mädchen nunmehr nicht mehr in einem Alter, in dem sie ständiger Beaufsichtigung bedürften. Indem die Klägerin geltend macht, sie könne ihre Teilzeitarbeit weitgehend dem Stundenplan der Mädchen anpassen und diese somit vollumfänglich selber betreuen, vermag sie zwar ihre eigene - gar nicht in Zweifel gezogene - Betreuungsfähigkeit aufzuzeigen, nicht aber darzutun, dass diese Fähigkeit beim Beklagten nicht in hinreichendem Masse gegeben wäre.
Das Obergericht hat weiter festgestellt, für beide Mädchen sei ein Ortswechsel unproblematisch; beide Kinder seien offensichtlich gewohnt, neue Kontakte zu knüpfen. Es hat die Verhältnisse auf beiden Seiten als genügend stabil erachtet und diesem Kriterium daher keine ausschlaggebende Bedeutung zugemessen. Was die Klägerin dagegen einwendet, dringt nicht durch: Soweit sie instabile Verhältnisse vor Einleitung des Scheidungsverfahrens geltend macht, nimmt sie auf Umstände Bezug, für die auch sie Verantwortung trug und die zudem für die Zukunft keine Bedeutung zu haben brauchen. Mit dem weiteren Vorbringen, ein Anwesenheitsrecht des Beklagten in der Schweiz sei nicht genügend nachgewiesen, zieht sie die anderslautende Feststellung des Obergerichts und damit in unzulässiger Weise dessen Beweiswürdigung in Zweifel. Allein aus dem Umstand, dass die 31⁄2-Zimmer-Wohnung der Freundin des Beklagten in Basel zu klein sein dürfte für die Freundin und deren 10-jährige Tochter sowie für den Beklagten und seine beiden Töchter, muss sodann noch nicht auf instabile Verhältnisse geschlossen werden. Es leuchtet vielmehr ein, dass der Beklagte vorerst den Ausgang des Verfahrens abwartet, bevor er seine Wohnverhältnisse neu regelt. Berücksichtigt man zudem die weiteren Feststellungen des Obergerichts, wonach die beiden Mädchen mit der Freundin des Beklagten und deren Tochter besser auskämen als mit dem Freund der Klägerin und dessen Söhnen, ist nicht einzusehen, weshalb das Obergericht zu unrichtigen Schlüssen gelangt sein sollte, wenn es der Kontinuität der Verhältnisse (Verbleiben der Mädchen bei der Klägerin und ihrem Freund) nicht den Vorrang eingeräumt hat.
d) Zu Recht verwahrt sich das Obergericht in seinen Bemerkungen zur Berufung gegen den Vorwurf der Klägerin, es habe die Kinder nur kurz befragt und die Angelegenheit möglichst schnell abschliessen wollen. Nach seinen für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen (Art. 63 Abs. 2 OG) dauerte die anfangs Januar 2000 von der Obergerichtsschreiberin durchgeführte Befragung einen ganzen Nachmittag, und an der Verhandlung vom 28. April 2000 wurden die Mädchen von einer Obergerichtsdelegation noch einmal gefragt, ob sie sich ihres Zuteilungswunsches sicher seien. Verfehlt ist auch die Bemerkung der Klägerin, das Obergericht habe sich die Beurteilung der Verhältnisse "angemasst". Die Vorinstanz hat sich vielmehr auf eingehende erstinstanzliche und eigene Abklärungen gestützt. Sie hat die von ihr im Detail protokollierten Aussagen unter Berücksichtigung des Alters der Mädchen und ihrer persönlichen Situation sehr einlässlich und differenziert gewürdigt. In diesem Zusammenhang hat sie auch dargelegt, warum sie zu einer Beurteilung gelangte, die von derjenigen der ersten Instanz abweicht. Indem sie auf Grund aller massgebenden Gesichtspunkte geschlossen hat, die Aussagen der Mädchen seien überlegt und verlässlich und ihr Zuteilungswunsch sei eindeutig, weshalb er gebührend zu berücksichtigen sei, hat sie kein Bundesrecht verletzt. Vor dem Hintergrund der oben erwähnten, als ungefähr gleichwertig und bezüglich des Beklagten jedenfalls als ausreichend zu bezeichnenden Verhältnisse hat das Obergericht auch nicht gegen <ref-law> verstossen, wenn es den Zuteilungswunsch der Kinder als ausschlaggebend betrachtet hat. Von einer falschen Würdigung der massgebenden Kriterien oder gar "einer reinen Kapitulation gegenüber den Machenschaften des Berufungsbeklagten" kann keine Rede sein. Dass letzte Zweifel sich nicht ausräumen lassen und dass das Gelingen einer bestmöglichen Entwicklung der Mädchen nicht mit Gewissheit vorausgesagt werden kann, liegt in der Natur einer jeden Prognose. Der angefochtene Entscheid kann nicht deswegen als bundesrechtswidrig bezeichnet werden.
2.- Für den Fall, dass ein Verstoss gegen <ref-law> zu verneinen sein sollte, macht die Klägerin die Verletzung verschiedener Verfahrensvorschriften geltend, was eine Rückweisung der Sache an die kantonale Instanz rechtfertige:
a) Vorab wirft die Klägerin dem Obergericht eine Missachtung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör vor, weil es ihr vom Ergebnis der Kindesanhörung nur summarisch Kenntnis gegeben und die Einsicht in das detaillierte Protokoll vorenthalten habe. Zur Geltendmachung von Verfassungsverletzungen, die nicht zugleich auch einen Verstoss gegen Bundesrecht darstellen, steht die Berufung nicht zur Verfügung (Art. 43 Abs. 1 OG); solche Rügen sind mit staatsrechtlicher Beschwerde zu erheben (vgl. Art. 84 Abs. 1 lit. a OG). Auf den Vorwurf der Gehörsverweigerung ist hier deshalb nicht einzutreten.
Im Übrigen hat das Obergericht festgehalten, das Protokoll der Anhörung sei den Parteien auf Wunsch der Kinder und zu deren Schutz nicht zugänglich gemacht worden; ohne Zusicherung der vertraulichen Behandlung wäre es nicht möglich gewesen, detaillierte und brauchbare Angaben zu erhalten. Die Parteien seien deshalb an der Besprechung vom 28. April 2000 nur summarisch orientiert worden; sie hätten sich aber mit diesem Vorgehen ausdrücklich einverstanden erklärt. Letzteres stellt die Klägerin nicht in Abrede. Mit dem erwähnten Einverständnis hat sie aber auf ein weiter gehendes Einsichtsrecht verzichtet. Es ist nicht einzusehen, weshalb sie an ihren Verzicht nicht gebunden sein sollte. Ausserdem hat das Bundesgericht bereits in <ref-ruling> E. 4c S. 56 entschieden, es verletze den verfassungsrechtlichen Gehörsanspruch nicht, den elterlichen Parteien den Inhalt der Kindesanhörung aus Gründen des Persönlichkeitsschutzes nur summarisch mitzuteilen (vgl. dazu auch Felder/Nufer, Die Anhörung des Kindes aus kinderpsychologischer Sicht, in: Heinz Hausheer [Hrsg. ], Vom alten zum neuen Scheidungsrecht, ASR Bd. 625, Bern 1999, Rz 4.134).
b) Die Klägerin ist sodann der Ansicht, dass sich die Anordnung einer Prozessbeistandschaft für die beiden Töchter aufgedrängt hätte. Vom Fall, da das (urteilsfähige) Kind selbst einen Antrag stellt (<ref-law>) abgesehen, ist die Bestellung eines Prozessbeistandes für das Kind im Scheidungsprozess bloss eine Möglichkeit, keine Verpflichtung (Ruth Reusser, Die Stellung der Kinder im neuen Scheidungsrecht, in: Heinz Hausheer, a.a.O., Rz 4.88 f.; Sutter/Frei-burghaus, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, N 10 zu Art. 146/147 ZGB). Wohl gilt namentlich für die in <ref-law> erwähnten Fälle eine Prüfungspflicht. Indessen besteht kein bundesrechtlicher Anspruch der Parteien darauf, dass das Gericht über die Frage der Prozessbeistandschaft in jedem Fall vorab, mit prozessleitender Verfügung, entscheidet (wie insbesondere Ingeborg Schwenzer [Praxiskommentar Scheidungsrecht, Basel 2000, N 17 zu <ref-law>] anzunehmen scheint). Stellt ein Elternteil den Antrag auf Einsetzung einer Kindesvertretung erst vor oberer Instanz und kurz vor der Entscheidfällung, verstösst das Gericht nicht gegen Bundesrecht, wenn es im Interesse des Kindes auch zeitliche Gesichtspunkte mitberücksichtigt und im Rahmen des Zuteilungsentscheids über den Antrag befindet. Angesichts der vorinstanzlichen Feststellung, um die Kindeszuteilung sei von allem Anfang an "mit harten Bandagen" gekämpft worden, erscheint das klägerische Vorbringen, ein Prozessbeistand hätte allenfalls eine Einigung herbeiführen können, als unbehelflich.
c) Schliesslich beanstandet die Klägerin, dass die Vorinstanz von der Einholung eines kinderpsychiatrischen Gutachtens abgesehen hat. Die kinderpsychologische Begutachtung ist eine der Beweismassnahmen, die das Gericht auf Grund des in <ref-law> verankerten Untersuchungsgrundsatzes anordnen kann, aber nicht muss; der Entscheid darüber liegt in seinem pflichtgemässen Ermessen (Sutter/Freiburghaus, a.a.O., N 18 zu <ref-law>). Es darf dabei auch miteinbezogen werden, dass die Erstellung eines fundierten kinderpsychologischen Berichts sehr zeitintensiv ist (Ingeborg Schwenzer, a.a.O., N 6 zu <ref-law>). Im Verzicht auf die von der Klägerin erst kurz vor der zweitinstanzlichen Beurteilung beantragten und von ihr selbst zuvor als unnötig erachteten Begutachtung allein liegt daher noch keine Bundesrechtsverletzung (vgl.
auch <ref-ruling> E. 2b S. 201). Die Klägerin vermöchte mit ihrer Rüge daher nur durchzudringen, wenn sie im Rahmen einer staatsrechtlichen Beschwerde aufgezeigt hätte, dass das Beweisergebnis wegen des Verzichts auf eine kinderpsychologische Begutachtung als willkürlich bezeichnet werden muss. Im Übrigen trifft auch nicht zu, dass der Entscheid über die Frage, inwieweit den Eltern Einsicht in detailliert festgehaltene Aussagen des Kindes zu gewähren ist, auf der Grundlage eines Gutachtens zu fällen ist.
3.- Mit ihrem Subeventualbegehren verlangt die Klägerin ein Ferienbesuchsrecht von zehn Wochen. Sie legt indessen nicht dar, inwiefern das Obergericht von dem ihm in dieser Hinsicht zustehenden Ermessen (<ref-ruling> E. 4a S. 235) einen fehlerhaften bzw. im Ergebnis stossenden Gebrauch gemacht haben soll (zur bundesgerichtlichen Überprüfung von Ermessensentscheiden vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 227 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 417 f., je mit Hinweisen). Auch in diesem Punkt vermag sie mit ihrer Argumentation daher nicht durchzudringen.
4.- Soweit auf die Berufung eingetreten werden kann, ist sie nach dem Gesagten abzuweisen. Die Klägerin ist daher kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Die Berufung erschien nicht von vornherein als aussichtslos im Sinne von Art. 152 OG, zumal es beim Entscheid über die Gestaltung der Elternrechte letztlich um Ermessensfragen geht. Angesichts der wirtschaftlichen Verhältnisse der Klägerin ist zudem davon auszugehen, dass die Voraussetzung der Bedürftigkeit erfüllt ist. Ihrem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist deshalb zu entsprechen, und es ist ihr in der Person ihrer Anwältin eine unentgeltliche Rechtsbeiständin beizugeben.
Dem Beklagten, von dem keine Berufungsantwort eingeholt worden ist, steht von vornherein keine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 29. Juni 2000 wird bestätigt.
2.- Das Gesuch der Klägerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird gutgeheissen, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren Rechtsanwältin lic. iur.
Rita Wenger-Lenherr, 8355 Aadorf, als Rechtsbeiständin beigegeben.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird der Klägerin auferlegt, einstweilen jedoch auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.- Rechtsanwältin lic. iur. Rita Wenger-Lenherr, 8355 Aadorf, wird aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'000.-- ausgerichtet.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 27. Oktober 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: