Faits:
A. Par jugement du 20 septembre 2006, le Tribunal pénal de la Gruyère a reconnu X._ coupable d'actes d'ordre sexuel avec un enfant, de tentatives d'actes d'ordre sexuel avec un enfant, de contrainte sexuelle, d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance et de viols sur les personnes de ses nièces, A._, née en 1987, et B._, née en 1988. Il l'a condamné à une peine de neuf ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive subie. En outre, il l'a astreint à verser des indemnités civiles à ses nièces et à leur famille.
B. Par arrêt du 15 mai 2008, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a admis l'appel du Ministère public cantonal et partiellement celui du condamné. Elle a abandonné les condamnations pour viols au préjudice de B._ et réduit la peine à huit ans de réclusion. Sur le plan civil, elle a estimé que seuls les parents des victimes, à l'exclusion du frère de celles-ci, avaient droit à une indemnité qu'elle a réduite à 10'000 fr.
L'arrêt attaqué retient en substance les faits suivants:
A partir du 1er avril 1993, X._ a commencé à commettre des attouchements sur ses deux nièces, A._, née en 1987, et B._, née en 1988. Il a d'abord caressé leur thorax et leurs seins, par-dessus les habits, puis par-dessous, à même la peau. Il a ensuite caressé leur sexe par-dessus le slip, puis par-dessous. Il leur a caressé et léché tout le corps, y compris leur sexe, et a introduit ses doigts dans leur vagin. Il leur a montré sa verge en érection et s'est masturbé devant elles jusqu'à éjaculation. Il a demandé à ses deux nièces qui se sont exécutées de lui caresser le pénis, de le masturber et de lui faire des fellations. La plupart du temps, il éjaculait dans un verre en présence des fillettes, leur demandant ensuite de boire son sperme.
En 1997, X._ a fait subir l'acte sexuel à A._, la pénétrant, en présence de sa soeur B._.
A plusieurs reprises, A._ s'est défendue. Elle a refusé de lécher le sexe de son oncle et de le masturber. Elle a aussi parfois refusé que leur oncle lui fasse des attouchements.
Pour amener les fillettes à assouvir ses pulsions sexuelles, X._ les mettait en concurrence et leur promettait des cadeaux, tout en les enjoignant de garder le secret. Le plus souvent, il les isolait pour abuser d'elles. A une reprise au moins, il a utilisé la force, en tenant les bras de A._.
Ces abus sexuels ont eu lieu depuis avril 1993 à raison d'une à quatre fois par semaine sur l'une ou l'autre ou sur les deux fillettes. Ils ont diminué, en 1998, lorsque la famille des deux fillettes a déménagé et pris fin respectivement en 2000 pour A._ et en 2001 pour B._.
C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à son acquittement des préventions de viols, de tentatives d'actes d'ordre sexuel avec un enfant et de contraintes sexuelles et au prononcé d'une peine de vingt-quatre mois de privation de liberté; il sollicite également la réduction de l'indemnité pour tort moral allouée aux victimes, la suppression de toute indemnité à leurs parents et la réduction des frais et des dépens mis à sa charge. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. En outre, il demande à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
D. Invités à présenter leurs déterminations, le Ministère public ainsi que les époux Y._ et Z._ ont conclu au rejet du recours alors que la Cour d'appel pénal a renoncé à des observations.

Considérant en droit:
1. Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), qui englobe les droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que le recourant ne démontre que ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (FF 2001 p. 4135), ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne sanctionne une violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>); les exigences de motivation de l'acte de recours correspondent à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (FF 2001 p. 4142). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués et n'est dès lors pas tenu de traiter des questions qui ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
2. Le recourant reproche aux autorités cantonales d'avoir violé la présomption d'innocence et procédé à une appréciation arbitraire des preuves.
2.1 En premier lieu, il soutient qu'en raison de sa libération de la prévention de viol à l'encontre de B._, cette dernière ne peut être crue sur les autres abus. De plus, comme les deux s?urs ont toujours dit avoir subi les mêmes actes, il fait valoir que les déclarations, qui ont été considérées comme douteuses chez l'une, le sont également chez l'autre. Enfin, il reproche à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire dès lors qu'elle s'est basée sur les révélations en tout point critiquables des victimes.
Par ces considérations générales, le recourant ne démontre pas l'arbitraire de la décision cantonale, qui se fonde sur une appréciation détaillée des déclarations des victimes notamment, mais également sur le témoignage de la professeure de classe de l'une d'elles. Ne satisfaisant pas aux exigences de motivation posées à l'<ref-law>, les griefs soulevés sont irrecevables.
2.2 S'appuyant sur les propos de l'expert, qui confirmeraient ses dénégations, et sur les contradictions des déclarations des victimes, le recourant conteste qu'il y ait eu fellations.
Un grief aussi général ne répond pas aux exigences de motivation posées à l'<ref-law>. En effet, le recourant ne démontre pas, en particulier, que l'analyse de l'expert aurait été écartée par les juges. Il n'expose pas non plus les contradictions des victimes qui seraient déterminantes pour qualifier d'insoutenable l'appréciation cantonale.
Il en est de même, lorsque le recourant renvoie à son recours cantonal pour contester les bases méthodologiques de l'expertise. La simple reprise de l'argumentation présentée devant l'instance inférieure ou le renvoi à cette argumentation ne répondent pas aux exigences de motivation rappelées ci-dessus (<ref-ruling> consid. 1b p. 495 s.).
Pour les mêmes raisons, la cour de céans ne peut pas entrer en matière sur le recours lorsque celui-ci remet en cause l'appréciation du témoignage de la professeure d'une des victimes (cf. arrêt cantonal p. 14 et 17) au motif que ce témoignage serait fondé sur des prises de notes par mots-clefs et un résumé des déclarations de la victime.
2.3 Le recourant critique enfin le fait que les juges cantonaux se soient accrochés à la cohérence, pourtant largement contredite, du récit de la victime, au motif qu'on ne peut pas attendre d'une enfant ou adolescente abusée sexuellement de se souvenir de tous les détails à chaque fois qu'elle est invitée à y faire appel. A son avis, si l'on admet que la victime s'est contredite parce qu'elle ne pouvait pas se souvenir de tous les détails, on devrait aussi admettre que sa mémoire peut être défaillante sur les abus subis.
Par cette argumentation, le recourant ne démontre une nouvelle fois pas l'arbitraire de l'appréciation de l'autorité cantonale qui a exposé en quoi certaines imprécisions relevées par le recourant ne mettaient pas en doute les déclarations des victimes et leur crédibilité (arrêt attaqué p. 19). Insuffisamment motivé (<ref-law>), le grief soulevé doit être déclaré irrecevable.
3. Le recourant conteste que la condition de la contrainte de l'<ref-law> soit réalisée. Il soutient qu'il n'y a pas eu de pressions psychiques considérables et qu'il n'est pas démontré en quoi les promesses de cadeaux, les demandes de garder le silence, l'isolement inventé des fillettes auraient permis de les mettre hors d'état de résister. Décrit comme un bon tonton, rigolo, joueur et gentil, il n'aurait jamais mis ses nièces dans une situation sans espoir.
3.1 La contrainte sexuelle et le viol sont des délits de violence, qui supposent en règle générale une agression physique. En introduisant la notion de "pressions psychiques", le législateur a cependant aussi voulu viser les cas où la victime se trouve dans une situation sans espoir, sans pour autant que l'auteur ait recouru à la force physique ou à la violence. Ainsi, l'infériorité cognitive et la dépendance émotionnelle et sociale peuvent - en particulier chez les enfants et les adolescents - induire une pression psychique extraordinaire et, partant, une soumission comparable à la contrainte physique, les rendant incapables de s'opposer à des atteintes sexuelles. La jurisprudence parle de "violence structurelle", pour désigner cette forme de contrainte d'ordre psychique commise par l'instrumentalisation de liens sociaux. Pour que l'infraction soit réalisée, il faut cependant que la situation soit telle qu'on ne saurait attendre de l'enfant victime qu'il oppose une résistance; sa soumission doit, en d'autres termes, être compréhensible. L'exploitation de rapports généraux de dépendance ou d'amitié ou même la subordination comme telle de l'enfant à l'adulte ne suffisent en règle générale pas pour admettre une pression psychologique au sens des art. 189 al. 1 ou 190 al. 1 CP (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 109).
3.2 En l'espèce, le recourant, qui était l'oncle des fillettes, a commencé ses attouchements alors que A._ n'avait que cinq ans et demi et B._ quatre ans et demi. Comme il habitait la rue d'à côté, il partageait de nombreux moments avec ses nièces (fêtes de famille, week-ends) et s'occupait d'elles lorsque leur mère travaillait. Le lien qui unissait le recourant à ses victimes était donc très étroit, et il existait entre eux un rapport de confiance particulier. Pour renforcer cette position privilégiée, le recourant a en outre mis ses victimes en concurrence et leur a promis des cadeaux si elles acceptaient ses attouchements. A ces pressions purement psychiques se sont ajoutés des actes de contrainte physique, puisque le plus souvent, le recourant a isolé ses victimes pour qu'elles ne puissent pas s'échapper et a même utilisé la force en tenant les bras au moins à une reprise de l'une d'entre elles (arrêt attaqué p. 19). Ces actes de contrainte physique, associés à la position privilégiée du recourant et aux jeunes âges des victimes, les ont rendues incapables de toute résistance. Le recourant ne s'est pas contenté d'exploiter sa position d'adulte et le jeune âge de ses nièces, mais a fait de celles-ci ses instruments sexuels en créant un lien particulièrement étroit avec elles et en les mettant ensuite en concurrence. Dans ces conditions, c'est à juste titre que la cour cantonale a retenu que le recourant avait usé de contrainte sous la forme de pressions psychiques. Mal fondés, les griefs soulevés doivent être rejetés.
4. Le recourant critique la peine qui lui a été infligée sur plusieurs points.
4.1 Il soutient d'abord que la cour cantonale a violé le principe de la « lex mitior » s'agissant de la mesure de la peine. Le nouvel <ref-law> lui serait plus favorable avec l'introduction d'un nouveau critère d'appréciation, celui de l'effet de la peine sur l'avenir de l'auteur.
4.1.1 Aux termes de l'<ref-law>, est jugé d'après le présent code quiconque commet un crime ou un délit après l'entrée en vigueur de ce code (al. 1; principe de la non-rétroactivité). Le présent code est aussi applicable aux crimes et aux délits commis avant la date de son entrée en vigueur si l'auteur n'est mis en jugement qu'après cette date et si le présent code lui est plus favorable que la loi en vigueur au moment de l'infraction (al. 2; lex mitior).
Pour déterminer quel est le droit le plus favorable, il y a lieu d'examiner l'ancien et le nouveau droit dans leur ensemble et de comparer les résultats auxquels ils conduisent dans le cas concret (<ref-ruling> consid. 6.2). Le nouveau droit ne doit être appliqué que s'il conduit effectivement à un résultat plus favorable au condamné. L'ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. Ainsi, on ne saurait, à raison d'un seul et même état de fait, appliquer l'ancien droit pour déterminer quelle infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l'auteur doit être puni. Si l'un et l'autre droit conduisent au même résultat, c'est l'ancien droit qui est applicable.
4.1.2 Dans le cas concret, compte tenu des faits reprochés au recourant et de la culpabilité de celui-ci, la seule sanction qui entre en considération est une peine privative de liberté dépassant largement la limite supérieure permettant l'octroi du sursis (36 mois). Or, la peine privative de liberté du nouveau droit ne présente en soi aucune différence matérielle avec la réclusion et l'emprisonnement de l'ancien droit, et les nouvelles règles sur la fixation de la peine n'apportent pas de changements significatifs par rapport aux règles que la jurisprudence a établies pour l'application de l'ancien <ref-law> (cf. arrêts 6B_14/2007 consid. 5.2, 6B_264/2007 consid. 4.5 et 6B_472/2007 consid. 8.1, 6B.673.2007). Les critères soulevés par le recourant, même s'ils n'étaient pas prévus à l'art. 63 aCP, étaient déjà pris en compte en application de la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 29; <ref-ruling> consid. 4 p. 79; <ref-ruling> consid. 3 p. 101, 101 consid. 2a p. 103; <ref-ruling> consid. 2c p. 101; <ref-ruling> consid. 3b p. 126; <ref-ruling> consid. 2c p. 340, 342 consid. 2f p. 349/ 350). Partant, le nouveau droit n'apparaît pas plus favorable au recourant, de sorte que la cour de céans a appliqué, à juste titre, l'ancien droit qui était en vigueur au moment de la commission des infractions. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
4.2 Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir retenu la circonstance atténuante de l'écoulement d'un temps relativement long depuis les infractions.
4.2.1 La circonstance atténuante du temps relativement long (art. 64 avant-dernier alinéa CP dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006; art. 48 let. e CP dont la teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007) n'a subi que des modifications purement rédactionnelles (Message du 21 septembre 1998 du Conseil fédéral concernant la modification du Code pénal suisse, FF 1999 II 1787 ss, spéc. p. 1868). Cette circonstance atténuante est liée à l'approche de la prescription et suppose que l'accusé se soit bien comporté dans l'intervalle. Selon la jurisprudence, on ne peut considérer qu'un temps relativement long s'est écoulé que si la prescription de l'action pénale est près d'être acquise. Cette condition est en tout cas réalisée lorsque les deux tiers du délai de prescription de l'action pénale sont écoulés. Le juge peut toutefois réduire ce délai pour tenir compte de la nature et de la gravité de l'infraction (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 2 ss).
4.2.2 Les premiers actes ont débuté en 1993 et ont duré jusqu'en 2001. Le délai de prescription à prendre en considération est celui de quinze ans, prévu à l'art. 70 aCP (introduit par la loi du 5 octobre 2001, entrée en vigueur le 1er octobre 2002) et repris par le nouvel <ref-law>. Le jour où la cour d'appel s'est prononcée (le 15 mai 2008), dix à quinze ans s'étaient écoulés depuis les abus commis entre 1993 et 1998 (période où les actes ont été les plus fréquents), de sorte que la condition du temps relativement long est réalisée. En revanche, la seconde condition (bon comportement) n'est pas satisfaite, puisque le recourant a commis des attouchements jusqu'en 2001, et ne s'est donc bien comporté que pendant sept ans. Le grief soulevé est ainsi infondé.
4.3 Enfin, le recourant critique la quotité de la peine. Il fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte des considérations de l'expert; en effet, selon ce dernier, la procédure pénale et la détention préventive ont représenté pour le recourant une expérience aversive de grande ampleur, de sorte que celui-ci présente aujourd'hui un risque diminué de commission de nouvelles infractions. En outre, le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir examiné les effets de la peine sur son avenir personnel, notamment en regard du sort de son épouse et de ses deux enfants mineurs.
4.3.1 Les éléments pertinents pour la fixation de la peine ont été exposés de manière détaillée dans les <ref-ruling> consid. 1 et 116 IV 288 consid. 2a et rappelés récemment dans l'<ref-ruling> consid. 6.1, auxquels on peut donc se référer. Le critère essentiel est la gravité de la faute (<ref-law>).
4.3.2 La cour cantonale a insisté sur la gravité des faits et leur durée. Le recourant a ainsi commis, entre 1993 et 2001, au préjudice de deux enfants avec lesquels il entretenait des liens familiaux très étroits, des actes d'ordre sexuel et même l'acte sexuel proprement dit sur l'un d'entre eux. Les juges cantonaux ont largement pris en considération la situation personnelle et familiale du recourant et, notamment, le fait que celui-ci a été abusé alors qu'il avait dix ans par une monitrice pendant une colonie de vacances. Ils ont tenu compte de son attitude durant l'enquête, de sa collaboration et de ses regrets. Ils ont relevé les graves atteintes subies par les victimes dans leur intégrité physique et psychique. Enfin, ils ont noté l'absence d'antécédents judiciaires.
Contrairement à ce que prétend le recourant, la cour cantonale a tenu compte de sa situation personnelle et familiale au moment de la fixation de la peine (arrêt attaqué p. 24 et 25). Elle a noté qu'il bénéficiait d'un suivi thérapeutique individuel et de couple pour prévenir notamment une récidive, qui, de l'avis des experts, est faible malgré le diagnostic de pédophilie. Elle a relevé que ses prestations au travail étaient excellentes et qu'il avait gardé des contacts réguliers avec son épouse et ses enfants. Elle a notamment mentionné le courrier de son épouse, qui expliquait les difficultés de ses propres enfants à supporter la détention de leur père. Toute peine privative de liberté ferme a certes des répercussions sur le conjoint et les enfants. Mais la situation familiale du condamné n'est prise en compte que dans des circonstances particulières, lesquelles ne sont pas réalisées en l'espèce (par ex. en cas d'enfant en bas âge à la charge du condamné; cf. WIPRÄCHTIGER, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2e éd., 2007, art. 47, n. 118). Au demeurant, les considérations de prévention spéciale ne peuvent jouer qu'un rôle marginal dans la fixation de la peine eu égard à la gravité de la faute.
En définitive, compte tenu de l'ensemble des circonstances du cas particulier, la peine infligée, fixée dans le cadre légal, n'est pas fondée sur des critères étrangers à l'art. 63 aCP. Elle prend en considération les éléments d'appréciation prévus par cette disposition et n'apparaît pas exagérément sévère au point de procéder d'un excès ou d'un abus du large pouvoir d'appréciation dont dispose le juge en la matière (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 20 s. et les arrêts cités). Le grief est donc infondé.
5. Le recourant voit une violation du droit fédéral (art. 21 aCP, 22 CP) dans le fait que les juges cantonaux ont érigé en tentatives d'infractions les demandes d'attouchements auxquelles les victimes se seraient refusées. Selon lui, la simple demande de participer à des actes d'ordre sexuel, alors que le refus des victimes est respecté ou le sera s'il est exprimé, ne saurait tomber sous le coup de la loi.
5.1 Selon les art. 21 aCP et 22 CP, la peine peut être atténuée à l'égard de celui qui a commencé l'exécution d'un crime ou d'un délit, sans toutefois poursuivre jusqu'au bout son activité coupable. En matière d'actes sexuels avec des enfants, la tentative inachevée est concevable notamment dans l'hypothèse où des propositions sont faites (<ref-ruling> consid. 8.2 p. 105; CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. 2, 2002, n. 54 ad <ref-law>).
5.2 Il a été notamment retenu en fait qu'une des victimes a refusé de sucer le sexe de son oncle, enduit de confiture, comme celui-ci l'avait vu dans une revue pornographique ou de boire son sperme versé dans un verre. En faisant ces propositions d'actes à connotation sexuelle, le recourant entendait entraîner sa victime à les commettre. L'enfant n'ayant pas accompli l'acte, l'infraction n'est pas consommée. En admettant qu'en faisant de telles propositions, le recourant a commis une tentative inachevée, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral.
6. Le recourant conteste le montant de l'indemnité pour tort moral alloué aux victimes (50'000 fr.). Il fait valoir que les atteintes subies étaient sans commune mesure avec celles retenues à l'<ref-ruling>, que les actes subis par les victimes n'étaient pas extrêmement graves et que celles-ci ont largement fait leur deuil des atteintes vécues. En outre, bien qu'il ait été libéré de l'accusation de viols sur une des victimes, l'indemnité allouée à titre de tort moral n'aurait pas été réduite.
6.1 L'ampleur de la réparation morale dépend avant tout de la gravité des souffrances physiques ou psychiques consécutives à l'atteinte subie par la victime et de la possibilité d'adoucir sensiblement, par le versement d'une somme d'argent, la douleur morale qui en résulte. Sa détermination relève du pouvoir d'appréciation du juge. En raison de sa nature, l'indemnité pour tort moral, qui est destinée à réparer un dommage qui ne peut que difficilement être réduit à une simple somme d'argent, échappe à toute fixation selon des critères mathématiques, de sorte que son évaluation en chiffres ne saurait excéder certaines limites; l'indemnité allouée doit toutefois être équitable. Le juge en proportionnera donc le montant à la gravité de l'atteinte subie et il évitera que la somme accordée n'apparaisse dérisoire à la victime. S'il s'inspire de certains précédents, il veillera à les adapter aux circonstances actuelles pour tenir compte de la dépréciation de la monnaie (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 413 et les arrêts cités).
La fixation de l'indemnité pour tort moral est une question d'application du droit fédéral, que le Tribunal fédéral examine donc librement. Dans la mesure où cette question relève pour une part importante de l'appréciation des circonstances, le Tribunal fédéral intervient avec retenue, notamment si l'autorité cantonale a mésusé de son pouvoir d'appréciation en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable, en omettant de tenir compte d'éléments pertinents ou encore en fixant une indemnité inéquitable parce que manifestement trop faible ou trop élevée. Comme il s'agit cependant d'une question d'équité - et non pas d'une question d'appréciation au sens strict, qui limiterait son pouvoir d'examen à l'abus ou à l'excès du pouvoir d'appréciation -, le Tribunal fédéral examine toutefois librement si la somme allouée tient suffisamment compte de la gravité de l'atteinte ou si elle est disproportionnée par rapport à l'intensité des souffrances morales causées à la victime (cf. <ref-ruling> consid. 4c/aa p. 12 s; <ref-ruling> consid. 2a p. 413 et les arrêts cités).
6.2 En l'espèce, les actes commis par le recourant ont débuté alors que ses victimes étaient très jeunes. Ils ont duré plus de sept ans et ont été très fréquents, augmentant en gravité au fil des ans. Bien que le viol ait été retenu pour une seule des victimes, l'autre a été contrainte à des fellations. Au vu de la fréquence et de la gravité des actes subis, la cour cantonale n'avait pas à diminuer l'indemnité en raison de la libération du recourant de la prévention de viol à l'égard d'une des victimes. De plus, et contrairement à ce que prétend le recourant, qui s'écarte de manière inadmissible des faits retenus, les victimes ont été fortement atteintes dans leur intégrité physique et psychique. On peut se référer sur ce point également au jugement de première instance (p. 56, 57). Leur enfance leur a été volée et détruite, et il est probable que lors d'événements futurs importants de leur vie sexuelle et affective elles devront également recourir à des traitements. Le fait que le recourant, en se défendant de manière virulente, a attaqué les victimes de manière personnelle, les traitant notamment de menteuses, d'en vouloir à son argent, persistant à nier jusque dans son recours à la cour de céans que les actes subis ne sont pas extrêmement graves, a contribué à l'augmentation du préjudice subi.
Dans l'<ref-ruling> p. 274, le Tribunal fédéral a fixé l'indemnité pour tort moral à 100'000 fr. s'agissant d'une jeune fille qui a dû subir pendant dix ans, à d'innombrables reprises, des atteintes particulièrement graves à son intégrité sexuelle, commises sur elle par son père, lesquelles lui ont causé un préjudice important et très probablement irréversible. Dès lors, en fixant l'indemnité à 50'000 fr. pour chacune des victimes, on ne saurait considérer que l'autorité cantonale a mésusé de son pouvoir d'appréciation en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable ou aurait fixé une indemnité inéquitable parce que manifestement trop élevée. La somme allouée tient compte de la gravité de l'atteinte et n'est pas disproportionnée par rapport aux souffrances morales subies par les victimes. Le grief du recourant ne peut dès lors qu'être rejeté.
7. Le recourant conteste qu'une indemnité pour tort moral puisse être allouée aux parents des victimes.
7.1 Selon la jurisprudence relative à l'<ref-law>, les proches d'une personne victime de lésions corporelles peuvent obtenir réparation du tort moral qu'ils subissent de ce chef si leurs souffrances revêtent un caractère exceptionnel, c'est-à-dire s'ils sont touchés de la même manière ou plus fortement qu'en cas de décès (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 3a).
La question de savoir si un tel droit existe aussi en cas d'infractions contre l'intégrité sexuelle commises contre un enfant n'a pas été clairement tranchée à ce jour. Elle semble avoir été admise dans l'arrêt non publié 1P.65/2001 consid. 1b et laissée ouverte dans les arrêts non publiés 6S.106/2005 consid. 3 et 6S.418/2005 consid. 4. Reste qu'en toute hypothèse, une indemnité aux proches pour tort moral ne saurait être envisagée que dans des cas particulièrement graves ayant entraîné pour eux des souffrances aussi importantes que lors d'un décès (cf. CÉDRIC MIZEL, La qualité de victime LAVI et la mesure actuelle des droits qui en découlent, JT 2003 IV 70).
7.2 La motivation donnée par la juridiction cantonale pour justifier l'octroi d'indemnités pour tort moral aux parents est pour le moins succincte. Elle se fonde sur deux arguments différents. Le premier, qui repose sur un prétendu passé-expédient, est cependant erroné. En effet, lors du jugement de première instance du 23 septembre 2003, les parties civiles ont conclu au versement d'une indemnité globale de 35'000 francs, alors que le recourant a accepté de leur verser 5'000 francs chacun. Il n'y a dès lors pas eu de passé-expédient, ce que les premiers juges ont du reste admis, puisqu'ils ont alloué des montants supérieurs, ce qui n'aurait pas été admissible en cas d'accord. Le second argument repose sur les difficultés endurées par les suites des actes commis par le recourant. L'arrêt attaqué ne précise toutefois pas en quoi elles consistent. En tout état de cause, la seule douleur morale non contestable qu'ont pu subir les parents à l'idée que leurs filles avaient été abusées et les tensions qu'ont entraîné ces abus au sein de la famille ne sauraient être assimilées aux souffrances subies lors d'un décès. C'est donc à tort que la cour cantonale a alloué aux parents des victimes une indemnité pour tort moral. Le recours doit ainsi être admis sur ce point.
8. Le recourant a été en outre condamné à verser aux parents des victimes un montant de 7'250.20 fr. pour le remboursement des frais médicaux et des frais de transport.
Lorsque le recourant prétend que ce préjudice n'est pas prouvé, il s'écarte de l'état de fait cantonal. En effet, il ressort de l'arrêt cantonal qu'il a été prouvé par la production d'un bordereau de pièces. Le grief du recourant est dès lors irrecevable.
9. Enfin, le recourant fait valoir que les dépens de parties civiles de première instance n'auraient pas dû être entièrement mis à sa charge en raison de l'importante différence entre les prétentions des parties civiles demandées et celles qui ont été finalement allouées.
Cependant, le recourant, qui invoque l'art. 111 CPP/FR, ne motive pas en quoi cette disposition aurait été appliquée de manière arbitraire par la cour cantonale. Les conclusions civiles ont toutes été admises dans leur principe et même si les montants réclamés ont été réduits (50'000 au lieu de 80'000 fr. d'indemnité pour tort moral pour chacune des victimes et 5'000 au lieu de 30'000 pour chacun des parents en première instance), on ne peut pas qualifier d'insoutenable le fait d'admettre que le recourant succombe pour l'essentiel et d'avoir en conséquence maintenu les dépens de première instance à la charge du recourant. Dans la mesure où il est recevable, le grief soulevé doit donc être rejeté.
10. Le recours sur l'action pénale est rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant qui succombe doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF), réduits à 1600 fr. compte tenu de sa situation financière actuelle.
Le recourant obtient très partiellement gain de cause sur la question civile, de sorte que les dépens seront compensés, aucun dépens n'étant par ailleurs alloué au Ministère public de l'Etat de Fribourg (<ref-law>). La demande d'assistance judiciaire est sans objet dans cette mesure.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours sur l'action pénale est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours sur l'action civile est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le recourant n'est pas astreint à verser 5'000 fr. à Y._ et 5'000 fr. à Z._ à titre de réparation morale.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée dans la mesure où elle n'est pas devenue sans objet.
5. Un émolument judiciaire, arrêté à 1600 fr., est mis à la charge du recourant.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 23 avril 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Kistler Vianin