Sachverhalt:
A. Mit Entscheid des Leitenden Ausschusses für die eidgenössischen Medizinalprüfungen (nachfolgend: Leitender Ausschuss) vom 20. Oktober 2006 wurde X._ (geb. 1956 in Tunesien) gestützt auf sein in Frankreich abgeschlossenes Medizinstudium zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen zugelassen, worauf er sich für Juli 2007 zu den Prüfungen in Zürich anmeldete und von der Ortspräsidentin Humanmedizin die Zutrittsbewilligung erhielt.
B. Das Amtsstatthalteramt Luzern führt gegen X._ eine Strafuntersuchung u.a. wegen Urkundenfälschung und Fälschung von Ausweisen. Ihm wird vorgeworfen, Ausweise und Zeugnisse gefälscht zu haben und sich unter Vorlage der gefälschten Dokumente jeweils an der medizinischen Fakultät von in- und ausländischen Universitäten immatrikuliert zu haben. Das Verfahren wurde mit einer Strafanzeige der Universität Genf vom 9. Dezember 2004 eingeleitet. Am 27. März 2006 folgte eine weitere Strafanzeige der gleichen Institution.
Mit Eingabe vom 4. Januar 2008 reichte X._ bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern eine Beschwerde ein. Dabei warf er der für die Strafuntersuchung zuständigen Amtsstatthalterin namentlich eine unrechtmässige Verfahrensverzögerung vor. Gleichzeitig stellte er gegen sie ein Ausstandsgesuch. Die Staatsanwaltschaft wies die Beschwerde und das Ausstandsgesuch am 27. März 2008 ab, soweit sie darauf eintrat. Eine hiergegen gerichtete Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 6. Mai 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde von X._ am 13. November 2008 abgewiesen.
C. Nachdem er vom Amtsstatthalteramt Luzern im Rahmen eines Auskunftsbegehrens in der von diesem Amt geführten Untersuchung über eine am 28. Juni 2000 erfolgte Namensänderung informiert worden war, widerrief der Leitende Ausschuss am 19. Juni 2007 die Zulassung vom 20. Oktober 2006 mit der Begründung, X._ sei seit dem 24. Mai 1996 endgültig von den eidgenössischen Medizinalprüfungen (Berufsarten Human- und Zahnmedizin) ausgeschlossen, nachdem er beim ersten Teil der Schlussprüfungen für Ärzte an der Universität Genf - damals noch unter dem Namen Y._ - dreimal gescheitert war.
Gegen diesen Widerruf gelangte X._ ans Bundesverwaltungsgericht, welches seine Beschwerde am 21. Juli 2008 abwies.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und die Vorinstanzen anzuweisen, ihm Zutritt zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen zu gewähren.
Die an die Stelle des Leitenden Ausschusses getretene Eidgenössische Medizinalberufekommission beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Das Eidgenössische Departement des Innern und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz betrifft die im öffentlichen Recht des Bundes geregelte Zulassung zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen (vgl. Art. 17 Abs. 1 der Allgemeinen Medizinalprüfungsverordnung [AMV; SR 811.112.1] in Verbindung mit Art. 62 Abs. 3 des Medizinalberufegesetzes [MedBG; SR 811.11]). Ein Ausschlussgrund gemäss <ref-law> liegt nicht vor; insbesondere geht es nicht um das Ergebnis von Prüfungen (lit. t). Auf die Beschwerde des durch den angefochtenen Entscheid betroffenen Beschwerdeführers ist grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Gemäss <ref-law> ("Endgültiger Ausschluss") wird, wer eine Schlussprüfung oder einen Teil davon dreimal nicht bestanden hat, von jeder weiteren Prüfung der gleichen Berufsart ausgeschlossen.
2.2 Gestützt auf eine Mitteilung der Universität Genf vom 6. Dezember 1993, wonach Y._ den ersten Teil der medizinischen Schlussprüfungen (nach Misserfolgen 1990 und 1991) im August 1993 zum dritten Mal nicht bestanden habe, wurde die diesem am 16. Oktober 1995 erteilte Zulassung zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen am 24. Mai 1996 widerrufen und die Zulassung verweigert; er hatte im Zulassungsgesuch wahrheitswidrig verneint, jemals in der Schweiz studiert bzw. Prüfungen abgelegt zu haben. Mit Entscheid vom 26. Mai 1999 bestätigte das Eidgenössische Departement des Innern den Widerruf und den endgültigen Ausschluss des Beschwerdeführers von den eidgenössischen Medizinalprüfungen. Die dagegen gerichtete Beschwerde wurde vom Bundesgericht am 5. Oktober 1999 abgewiesen (Urteil 2A.293/1999). Das gegen dieses Urteil eingereichte Revisionsbegehren blieb ebenfalls ohne Erfolg (Urteil 2A.563/1999 vom 20. Dezember 1999).
Damit ist rechtskräftig entschieden, dass der Beschwerdeführer endgültig von den eidgenössischen Medizinalprüfungen ausgeschlossen ist.
3. 3.1 Am 20. Oktober 2006 erteilte der Leitende Ausschuss dem nunmehr als X._ an der Universität Zürich immatrikulierten Beschwerdeführer die Zulassung zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen. Nach Kenntnisnahme der Identität von Y._ und X._ widerrief der Leitende Ausschuss die Zulassung am 19. Juni 2007.
3.2 Der leitende Ausschuss kann eine bestandene Prüfung für ungültig erklären, wenn sich herausstellt, dass der Kandidat die Zulassung zur Prüfung durch falsche oder unvollständige Angaben erschlichen hat (<ref-law>). Es ist mit der Medizinalberufekommission davon auszugehen, dass gestützt auf diese Bestimmung - nach dem Auslegungsgrundsatz a majore minus - nicht nur die bereits absolvierte und bestandene Prüfung für ungültig erklärt, sondern aus denselben Gründen auch lediglich die erschlichene Zulassung widerrufen werden kann.
3.3 In seinem Zulassungsgesuch vom 31. Januar 2007 hat der Beschwerdeführer nur den Namen X._ angegeben. Insbesondere hat er aber die Fragen, ob sein Gesuch um Zulassung zur gleichen Prüfung schon einmal abgewiesen worden sei und ob in anderen eidgenössischen Medizinalprüfungen der endgültige Ausschluss ausgesprochen worden sei, wahrheitswidrig verneint. Dies, nachdem ihm der Leitende Ausschuss in Bezug auf seinen Wunsch, das Studium in Bern weiterzuführen, bereits am 27. Dezember 2000 (und am 19. Februar 2001 erneut) ausdrücklich bestätigt hat, der Ausschluss sei endgültig. Korrespondenzen hat der Beschwerdeführer im Übrigen bis Februar 2005 unter dem Namen Y._ geführt.
3.4 Unter diesen Umständen durfte der Leitende Ausschuss ohne Bundesrecht zu verletzen die zu Unrecht erfolgte Zulassung widerrufen. Sind somit bereits die Voraussetzungen des Widerrufsgrundes von <ref-law> erfüllt, brauchen die allgemeinen Voraussetzungen für den Widerruf für Verfügungen nicht mehr geprüft zu werden. Insoweit hat die Vorinstanz zu Recht erkannt, der Beschwerdeführer habe Kenntnis von der Fehlerhaftigkeit des Zulassungsentscheides gehabt, weshalb ihm das Vertrauensschutzinteresse fehle. Da sich der Widerruf bereits auf die falschen und unvollständigen Angaben des Beschwerdeführers in Bezug auf das dreimalige Scheitern stützen kann, ist ohne Belang, ob es sich bei der Namensänderung nun um eine neue Tatsache gehandelt hat oder nicht.
3.5 Angesichts des grossen öffentlichen Interesses daran, dass keine Kandidaten zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen zugelassen werden, die die Voraussetzungen dafür offensichtlich nicht erfüllen, erweist sich der wenige Tage vor der Prüfung erfolgte Widerruf der Zulassung auch als verhältnismässig. Die zwischen Zulassung und Widerruf liegende kurze Zeitspanne ist auf das späte Entdecken des Widerrufsgrundes zurückzuführen und lässt den Widerruf keineswegs als unverhältnismässig oder unhaltbar erscheinen. Dass seine Prüfungsvorbereitungen vergeblich waren, hat der Beschwerdeführer seinem eigenen, krass gegen Treu und Glauben verstossenden Fehlverhalten zuzuschreiben.
3.6 Die Vorinstanz durfte somit ohne Verletzung von Bundesrecht erkennen, der Widerruf des Zulassungsentscheids vom 20. Oktober 2006 sei rechtmässig gewesen.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Medizinalberufekommission, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Eidgenössischen Departement des Innern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng