Faits:
A. Par ordonnance de condamnation du 26 février 2010, le Juge pénal du Tribunal de première instance du canton du Jura a révoqué un sursis à une peine de 45 jours-amende à 30 fr. le jour prononcée le 6 mai 2008, reconnu X._ coupable de violation d'une obligation d'entretien commise du 1er septembre 2009 au 26 février 2010 et l'a condamné à une peine privative de liberté d'ensemble de 6 mois.
B. Par jugement du 31 mars 2011, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a refusé d'entrer en matière sur la demande de révision formée le 28 mars 2011 par X._ contre l'ordonnance de condamnation précitée.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire, ainsi que l'effet suspensif, qui a été refusé par ordonnance de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral du 12 mai 2011.

Considérant en droit:
1. 1.1 La requête de révision et la décision attaquée sont postérieures à l'entrée en vigueur du CPP. Il s'ensuit que les règles de compétence et de procédure des art. 410 ss CPP s'appliquent (cf. RENATE PFISTER-LIECHTI, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 9 ad art. 451 CPP).
Les motifs de révision pertinents sont en revanche ceux prévus par le droit applicable au moment où la décision dont la révision est demandée a été rendue (cf. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 2 in fine ad art. 453 CPP; également VIKTOR LIEBER, in Kommentar zur StPO, 2010, n. 5 ad art. 453 CPP). Cette réserve est toutefois sans portée en l'occurrence dès lors que, s'agissant d'une révision en faveur du condamné, le motif de révision prévu à l'art. 410 al. 1 let. a CPP correspond à celui de l'<ref-law>, qui n'a d'ailleurs formellement pas été abrogé (cf. THOMAS FINGERHUTH, in Kommentar zur StPO, 2010, n. 1 ad art. 410 CPP; MARIANNE HEER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 7 ad art. 410 CPP).
1.2 L'art. 410 al. 1 let. a CPP permet à toute personne lésée par un jugement entré en force d'en demander la révision s'il existe des faits ou des moyens de preuve qui étaient inconnus de l'autorité inférieure et qui sont de nature à motiver l'acquittement ou une condamnation sensiblement moins sévère du condamné. Cette disposition reprend la double exigence posée par l'<ref-law> selon laquelle les faits ou moyens de preuve invoqués doivent être nouveaux et sérieux (cf. Message relatif à l'unification du droit de la procédure pénale du 21 décembre 2005, FF 2006 1303 ad art. 417 (actuel art. 410 CPP); FINGERHUTH, op. cit., n. 54 ss et 61 ss ad art. 410 CPP; HEER, op. cit., n. 46 ss et 65 ss ad art. 410 CPP).
Les faits ou moyens de preuve sont nouveaux lorsque le juge n'en a pas eu connaissance au moment où il s'est prononcé, c'est-à-dire lorsqu'ils ne lui ont pas été soumis sous quelque forme que ce soit. Ils sont sérieux lorsqu'ils sont propres à ébranler les constatations de fait sur lesquelles se fonde la condamnation et que l'état de fait ainsi modifié rend possible un jugement sensiblement plus favorable au condamné (<ref-ruling> consid. 1 p. 73).
1.3 Une demande de révision dirigée contre une ordonnance de condamnation doit être qualifiée d'abusive si elle repose sur des faits que le condamné connaissait initialement, qu'il n'avait aucune raison légitime de taire et qu'il aurait pu révéler dans une procédure ordinaire mise en oeuvre par une simple opposition. En revanche, une révision peut entrer en considération à l'égard d'une ordonnance de condamnation pour des faits et des moyens de preuve importants que le condamné ne connaissait pas au moment du prononcé de l'ordonnance ou dont il ne pouvait pas se prévaloir ou n'avait pas de raisons de se prévaloir à cette époque (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 75 s.).
Il n'y a pas de motif de revenir sur cette jurisprudence. Il faut considérer qu'elle s'applique aussi à une procédure de révision régie par le CPP (cf. FINGERHUTH, op. cit., n. 59 ad art. 410 CPP p. 1986 in initio; HEER, op. cit., n. 42 in fine ad art. 410 CPP).
1.4 Le recourant se réfère en vain aux art. 352 ss CPP relatifs à l'ordonnance pénale dès lors que l'ordonnance de condamnation dont il demande la révision a été prononcée en vertu des art. 256 ss CPP/JU. La procédure jurassienne présentait les caractéristiques habituelles en matière d'ordonnance de condamnation, soit une procédure simplifiée et la faculté pour le condamné, s'il n'acceptait pas la condamnation, de former opposition pour être jugé selon la procédure ordinaire (cf. PIQUEREZ, Traité de procédure pénale suisse, 2ème éd. 2006, n. 1154 ss). Le recourant disposait en particulier d'un délai de 30 jours pour s'opposer à l'ordonnance de condamnation rendue 26 février 2010. On retrouve ainsi les particularités décrites dans l'arrêt précité publié aux <ref-ruling> consid. 2.3. A noter au demeurant que ces caractéristiques sont aussi celles de l'ordonnance pénale selon le CPP.
1.5 A l'appui de sa requête de révision, le recourant a invoqué qu'il était père d'un autre enfant né le 1er janvier 2010 et que son activité de musicien des rues ne lui procurait que de modestes revenus.
La procédure pénale qui a abouti à l'ordonnance de condamnation concernait le défaut de paiement d'une obligation d'entretien à l'égard d'un enfant né le 26 avril 2002 selon convention ratifiée par jugement de divorce du 16 décembre 2005. Dans ces circonstances, il ne pouvait pas échapper au recourant que sa situation personnelle (la naissance d'un nouvel enfant et son activité de musicien des rues) était susceptible le cas échéant de jouer un rôle quant à la réalisation de l'infraction reprochée et la fixation de la peine. Le recourant n'avait aucune raison légitime de taire de tels faits et aurait aisément pu les révéler dans une procédure ordinaire mise en oeuvre par une simple opposition à l'ordonnance de condamnation. Il en découle que sa demande de révision doit être qualifiée d'abusive, à l'instar de la solution prévalant dans l'arrêt publié aux <ref-ruling>. Cela scelle le sort de la procédure de révision. Le recours est infondé.
1.6 Le recourant se plaint en outre de ce que la cour cantonale a statué en refusant d'entrer en matière au sens de l'art. 412 al. 2 CPP. Dès lors que, comme on l'a vu, la demande de révision doit être considérée comme abusive, le recourant ne dispose d'aucun intérêt juridiquement protégé à se plaindre de l'application de l'art. 412 al. 2 CPP. Cela étant, l'application de cette disposition ne prête pas le flanc à la critique dans le cas d'espèce.
L'art. 412 CPP prévoit que la juridiction d'appel examine préalablement la demande de révision en procédure écrite (al. 1). Elle n'entre pas en matière si la demande est manifestement irrecevable ou non motivée ou si une demande de révision invoquant les mêmes motifs a déjà été rejetée par le passé (al. 2). Si la juridiction d'appel entre en matière sur la demande, elle invite les autres parties et l'autorité inférieure à se prononcer par écrit (al. 3). Elle détermine les compléments de preuves à administrer et les compléments à apporter au dossier et arrête des mesures provisoires, pour autant que cette décision n'incombe pas à la direction de la procédure en vertu de l'art. 388 (al. 4). Selon le message du Conseil fédéral, la procédure d'examen préalable de l'al. 1 sert avant tout à examiner si les moyens de révision invoqués sont vraisemblables (cf. FF 2006 1305 ad art. 419 - actuel art. 412 CPP; FINGERHUTH, op. cit., n. 1 ad art. 412 CPP). La procédure de non-entrée en matière de l'art. 412 al. 2 CPP est en principe réservée à des vices de nature formelle (cf. HEER, op. cit., n. 7 ad art. 412 CPP). Une décision de non-entrée en matière peut néanmoins être envisagée lorsqu'une des conditions de l'examen préalable de l'al. 1 n'est pas remplie (cf. SCHMID, op. cit., n. 2 ad art. 412 CPP). Il n'est ainsi pas exclu de prononcer une décision de non-entrée en matière lorsque les moyens de révision invoqués apparaissent d'emblée comme non vraisemblables. L'économie de la procédure le commande alors, car si la situation est évidente, il n'y a pas de raison que l'autorité requière des déterminations (art. 412 al. 3 CPP) pour ensuite rejeter la demande (art. 413 al. 1 CPP). En l'espèce, les motifs de révision invoqués apparaissaient abusifs au vu de la jurisprudence. Dans ces conditions, l'autorité cantonale pouvait statuer en application de l'art. 412 al. 2 CPP.
2. Comme les conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 20 juin 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Mathys Paquier-Boinay