Sachverhalt:
A. Gestützt auf das ärztliche Zeugnis von Dr. B._ vom 30. Januar 2008 ordnete das Strassenverkehrsamt des Kantons Luzern am 25. Februar 2008 an, dass A._ innert 60 Tagen eine Kontrollfahrt zu absolvieren habe.
A._ absolvierte die Kontrollfahrt am 6. Mai 2008. Dabei stellte der Prüfungsexperte verschiedene Fahrfehler sowie Mängel bei der Beherrschung des Fahrzeugs und der Bewältigung von Verkehrssituationen fest. Er beurteilte die Prüfungsfahrt als nicht bestanden und zog den Führerausweis von A._ ein.
Am 4. Juni 2008 verfügte das Strassenverkehrsamt den Sicherungsentzug des Führerausweises von A._ (Dispositiv-Ziffer 1). Die Wiedererteilung des Führerausweises machte es von einer Eignungsuntersuchung durch das Institut für psychologische Forschung und Beratung, C._, sowie dem Bestehen einer neuen praktischen Führerprüfung abhängig (Dispositiv-Ziffer 2).
A._ erhob dagegen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und beantragte, die Verfügung vom 4. Juni 2008 aufzuheben, ein aktuelles verkehrsmedizinisches und ein verkehrspsychologisches Gutachten einzuholen und die Kontrollfahrt zu wiederholen. Eventuell sei ihm der Führerausweis bedingt oder unter Auflagen wieder zu erteilen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die Beschwerde am 13. Januar 2009 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt A._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts sowie Dispositiv-Ziff. 1 der Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 4. Juni 2008 aufzuheben und den Führerausweisentzug rückgängig zu machen. Eventuell sei das Urteil des Verwaltungsgerichts sowie Dispositiv-Ziff. 2 der Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 4. Juni 2008 aufzuheben, und es sei auf die Auflage zu verzichten, sich für die Wiedererlangung des Führerausweises einer Eignungsuntersuchung zu unterziehen.
C. Das Verwaltungsgericht verzichtet unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Stellungnahme dazu. A._ hält an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Das Strassenverkehrsamt hat dem Beschwerdeführer den Führerausweis entzogen, weil er die Kontrollfahrt nicht bestand. Das Verwaltungsgericht hat diesen Sicherungsentzug im angefochtenen Entscheid geschützt.
1.1 Besteht ein Fahrzeugführer die aufgrund von Bedenken an seiner Fahreignung angeordnete Kontrollfahrt nicht, ist der Führerausweis ohne Weiteres einzuziehen (<ref-law>, Art. 29 Abs. 1 und 2 lit. a der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr, Verkehrszulassungsverordnung, VZV; SR 741.51). Wer sich gegen den Entzug des Führerausweises wegen einer misslungenen Kontrollfahrt zur Wehr setzen will, muss dementsprechend deren Ergebnis anfechten.
1.1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist nach Art. 83 lit. t BGG unzulässig gegen Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung. Diese Bestimmung entspricht der für die altrechtliche Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltenden Ausnahmeklausel von Art. 99 Abs. 1 lit. f OG, die materiell unverändert ins neue Recht überführt wurde (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4321; Corboz/Wurzburger/Ferrari/Frésard/Aubry Girardin, Commentaire de la LTF, Berne 2009, Alain Wurzburger zu Art. 83, N. 159; Niggli/ Uebersax/Wiprächtiger, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, Thomas Häberli zu Art. 83, N. 294, 298). Der Gesetzgeber hat mit dieser Regelung dem Umstand Rechnung getragen, dass sich bei der Beurteilung von persönlichen - geistigen und körperlichen - Fähigkeiten einer Person letztlich kaum justiziable Fragen stellen, welche das Bundesgericht nicht frei überprüfen kann und soll. Soweit sich ein Gericht mit solchen auf Fachwissen beruhenden und stark ermessensgeprägten Bewertungen zu befassen hat, kann es regelmässig sinnvollerweise nur untersuchen, ob die für den Entscheid zuständigen und fachlich kompetenten Behörden unter Wahrung der verfassungsrechtlich gewährleisteten Verfahrensgarantien alle wesentlichen Gesichtspunkte vollständig und gewissenhaft geprüft haben (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 262 ff.) bzw. ob sich die Bewertung allenfalls als offensichtlich bzw. krass falsch, d.h. willkürlich, erweist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 473 betreffend Prüfungsarbeiten; Urteile 2C_560/2007 vom 23. Oktober 2007 E. 2.1; 2C_187/2007 vom 16. August 2007 E. 2.1 und 2C_176/2007 vom 3. Mai 2007, E. 2).
1.1.2 Wie vom Bundesgericht bereits in seiner Rechtsprechung zur altrechtlichen Verwaltungsgerichtsbeschwerde bzw. zu Art. 99 Abs. 1 lit. f OG entschieden (Urteil 6A.121/2001 vom 14. März 2001), handelt es sich bei der Kontrollfahrt um eine Fähigkeitsprüfung, gegen welche die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht zur Verfügung stand. Es besteht kein Grund, diese Frage im Hinblick auf den Ausschluss der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 83 lit. t BGG anders zu beurteilen. Zwar stand altrechtlich die verwaltungsinterne Beschwerde ans Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation offen, welches endgültig entschied (Art. 24 Abs. 2 und 4 SVG in der bis Ende 2006 geltenden Fassung, Ziff. 73 des Anhangs zum Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32). Das Ergebnis einer Kontrollfahrt war somit im Bund der Überprüfung durch eine Fachbehörde zugänglich. Diese Möglichkeit besteht nicht mehr. Hingegen steht nach <ref-law> die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ans Bundesgericht offen, wenn die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> unzulässig ist (dazu unten E. 1.3). Auch unter der Herrschaft des Bundesgerichtsgesetzes ist somit ein beschränkter, der Sache indessen angemessener Rechtsschutz gegen das Ergebnis einer Kontrollfahrt gewährleistet.
1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, der Entzug seines Führerscheins beruhe auch auf einer negativen medizinischen Beurteilung seiner Fahreignung. Da eine ärztliche oder verkehrspsychologische Untersuchung keine Fähigkeitsprüfung im Sinn von Art. 83 lit. t BGG darstellt, könnte sich der Beschwerdeführer gegen einen aus medizinischen Gründen erfolgten Sicherungsentzug mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zur Wehr setzen.
Im Laufe des kantonalen Verfahrens ergaben sich zwar, namentlich aufgrund des vom Beschwerdeführer selber ins Recht gelegten Berichts vom 31. Oktober 2007 über die negativ ausgefallene neuropsychologische Abklärung seiner Fahreignung, Anhaltspunkte, die seine Fahreignung auch aus medizinischen Gründen zweifelhaft erscheinen lassen. Das Strassenverkehrsamt hat den Sicherungsentzug indessen ausschliesslich auf die misslungene Kontrollfahrt gestützt. Damit hatte es keinen Anlass, (weitere) medizinische bzw. verkehrspsychologische Abklärungen anzuordnen. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist nicht einzutreten.
1.3 Ist somit die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausgeschlossen, bleibt zu prüfen, ob die Eingabe des Beschwerdeführers als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen ist. Diese kann in der gleichen Eingabe erhoben werden wie die ordentliche Beschwerde und ist vom Bundesgericht im gleichen Verfahren zu beurteilen (Art. 119 Abs. 1 und 2 BGG). Die falsche Bezeichnung des Rechtsmittels schadet dem Beschwerdeführer nicht, sofern bezüglich des jeweils statthaften Rechtsmittels sämtliche Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 296).
Die Verfassungsbeschwerde ist nach <ref-law> zulässig, soweit keine Beschwerde nach den Art. 72 - 89 BGG erhoben werden kann. Dies ist hier der Fall, die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist aufgrund des Ausnahmekatalogs von <ref-law> ausgeschlossen. Mit Verfassungsbeschwerde kann einzig die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen (<ref-law>) sind erfüllt. Auf die Eingabe des Beschwerdeführers ist somit insoweit als Verfassungsbeschwerde einzutreten, als er substanziierte Verfassungsrügen erhebt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2).
1.4 Der Prüfungsexperte D._ hat dem Beschwerdeführer das negative Ergebnis der Kontrollfahrt vom 6. Mai 2008 unmittelbar nach deren Ende mündlich eröffnet und seinen Entscheid begründet. Die Kontrollfahrt dokumentierte er einerseits durch das Ausfüllen des Formulars "Prüfungsbericht Führerprüfung", auf dessen Rückseite er handschriftlich verschiedene Feststellungen über deren Verlauf sowie die gefahrene Strecke festhielt. Anderseits verfasste er am 20. Mai 2008 in Maschinenschrift "Erläuterungen zum Prüfbericht", in welchen er die Fahrstrecke und die beim Beschwerdeführer "festgestellten Defizite" aufführte.
Der Beschwerdeführer macht geltend, das Strassenverkehrsamt habe ihm Akteneinsicht nur in die "Erläuterungen zum Prüfbericht" gewährt und ihm den Prüfungsbericht selber vorenthalten. Dadurch sei sein verfassungsmässiger Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden.
Das Verwaltungsgericht hat dazu erwogen (angefochtener Entscheid S. 5 f. E. 2b/cc), die Erläuterungen zum Prüfbericht beruhten auf den vom Experten anlässlich der Kontrollfahrt erstellten Notizen, enthielten eine ausführliche Begründung der vom Beschwerdeführer bei der Kontrollfahrt begangenen Fahrfehler und des ungenügenden Prüfungsergebnisses und fassten somit die Feststellungen des Experten zusammen. Dem Beschwerdeführer seien somit die Gründe, weshalb der Experte die Kontrollfahrt als ungenügend beurteilt habe, bekannt gewesen, zumal diese ihm unmittelbar nach deren Ende auch noch mündlich erläutert worden seien. Eine Gehörsverletzung liege damit nicht vor.
1.5 Nach Art. 29 Abs.1 und 2 BV hat jede Verfahrenspartei grundsätzlich Anspruch, von allen ins Verfahren eingeführten Beweisen und Eingaben Kenntnis zu erhalten (<ref-ruling> E. 3 S. 253; <ref-ruling> E. 6a S. 161). Der Beschwerdeführer hatte somit einen verfassungsmässigen Anspruch, sowohl den "Prüfungsbericht Führerprüfung" mitsamt den handschriftlichen Ergänzungen auf der Rückseite als auch die "Erläuterungen zum Prüfbericht" vom 20. Mai 2008 einzusehen, und zwar unabhängig davon, dass die beiden Dokumente inhaltlich weitgehend übereinstimmen.
1.6 Der Beschwerdeführer hat mit Eingabe vom 9. Mai 2008 vom Strassenverkehrsamt verlangt, ihm "umgehend das negative Prüfungsergebnis genauestens umschrieben schriftlich zuzustellen". Dieses stellte daraufhin dem Vertreter des Beschwerdeführers am 21. Mai 2008 die "Erläuterungen zum Prüfbericht" vom 20. Mai 2008 zu. Aus der Sicht des Strassenverkehrsamtes ist dieses Vorgehen ohne Weiteres vertretbar, da es sich bei den Erläuterungen faktisch um die Reinschrift des Handprotokolls der Kontrollfahrt - des Prüfberichts - handelt und die beiden Dokumente daher materiell weitgehend identisch sind. Vor allem aber wusste der Beschwerdeführer, dass sich der Prüfungsexperte während der Kontrollfahrt oder unmittelbar danach handschriftliche Notizen gemacht hatte. Auch seinem Rechtsvertreter musste dies bewusst sein, ergibt sich doch die Existenz dieses Protokolls bzw. Prüfungsberichts bereits aus der Überschrift der ihm zugestellten "Erläuterungen zum Prüfbericht der Alterskontrollfahrt am 06.05.2008". Der Beschwerdeführer (bzw. sein Anwalt) hätte daher Anlass und Gelegenheit gehabt, umgehend volle Akteneinsicht zu verlangen, wenn er sich nicht mit den zugestellten Erläuterungen hätte begnügen wollen. Da er dies unterliess, kann er dem Strassenverkehrsamt nicht im Nachhinein vorwerfen, seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt zu haben. Die Rüge ist unbegründet.
2. In der Sache bringt der Beschwerdeführer vor, der Prüfungsbericht weise "Ungereimtheiten" und "Widersprüche" auf, und das Strassenverkehrsamt habe seinen einwandfreien automobilistischen Leumund nicht berücksichtigt.
Diese Kritik ist nicht geeignet, den negativen Entscheid des Experten willkürlich erscheinen zu lassen. Sie ist vielmehr rein appellatorisch und damit in einer Verfassungsbeschwerde, mit welcher tatsächliche Feststellungen des Experten einzig wegen Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> angefochten werden können, unzulässig. Darauf ist nicht einzutreten. Sie wäre im Übrigen auch unbegründet. Der einwandfreie automobilistische Leumund betrifft die Vergangenheit; für die hier zur Diskussion stehende aktuelle und zukünftige Fahreignung des Beschwerdeführers lässt sich daraus nichts Schlüssiges ableiten. Der Experte hat ihm diese auch nicht deshalb abgesprochen, weil ihm einzelne, durch die Aufregung der Prüfungssituation erklärbare Fahr- oder Flüchtigkeitsfehler von untergeordneter Bedeutung unterlaufen wären, sondern weil er grundlegende Anforderungen, denen der Führer eines Motorfahrzeugs im modernen Verkehr zwingend genügen muss, wie etwa die Fähigkeit, die Fahrspur zu halten, sich bei Abbiegemanövern und Spurwechseln nach vorn, auf die Seite und nach hinten zu orientieren und sich in den Verkehrsfluss einzuordnen, nicht erfüllte.
3. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit nicht einzutreten. Die Verfassungsbeschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Abgaberechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi