Sachverhalt:
A. Die 1947 geborene K._ war mit einem Pensum von 35 % bei der Organisation X._ angestellt. Ab 1. Mai 2006 sprach ihr die Pensionskasse der Stadt Zürich (nachfolgend: Pensionskasse) eine Invalidenpension samt Zuschuss bei einem Invaliditätsgrad von 35 % zu (Schreiben vom 5. April 2006). Bereits am 17. Januar 2006 hatte sich K._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug angemeldet. Mit Verfügung vom 8. Januar 2007 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich K._ bei einem Invaliditätsgrad von 43 % ab 1. März 2006 eine Viertelsrente zu. Nachdem die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich mit Schreiben vom 10. Januar 2007 K._ und ihren Ehemann über die Auswirkungen eines Rentenverzichtes orientiert hatte, unterzeichnete K._ am 23. Januar 2007 eine Verzichtserklärung betreffend die IV-Rente, weil die bisher an ihren Ehemann ausgerichtete Alters- sowie die Zusatzrente für sie selbst höher ausfielen als die Altersrente des Ehemannes zusammen mit der IV-Rente. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) hiess in der Folge den Verzicht auf die IV-Rente gut, weshalb die IV-Stelle am 8. Mai 2007 eine am 12. Januar 2007 verfügte Rückerstattung (der Differenz zwischen der vom Ehemann bezogenen AHV-Zusatzrente und den neu zugesprochenen IV-Leistungen der K._) wiedererwägungsweise aufhob. Mit Schreiben vom 19. Juli 2007 teilte die Pensionskasse K._ mit, nachdem ihr rückwirkend ab 1. Mai 2006 eine Viertelsrente der IV zugesprochen worden sei, habe sie den ab diesem Zeitpunkt bezogenen Zuschuss zur Überbrückung fehlender IV-Leistungen im Umfang der IV-Leistungen (Fr. 6'534.-) zurückzuerstatten. Weiter werde ab 1. August 2007 der Zuschuss um die Höhe der Invalidenrente, auf die K._ Anspruch habe, vermindert. Die nunmehr anwaltlich vertretene K._ liess mit Stellungnahme vom 9. Oktober 2007 vorbringen, die Rückforderung der Pensionskasse beruhe auf falschen Angaben. Sie berief sich auf den vom BSV bewilligten Rentenverzicht, der dazu geführt habe, dass nie ein Rentenbezug erfolgt sei. Die Pensionskasse nahm die Stellungnahme als "Einsprache" entgegen und wies diese mit "Einspracheentscheid" vom 1. November 2007 ab.
B. K._ erhob Klage beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, welches diese mit Entscheid vom 28. Oktober 2009 abwies. Eine Widerklage der Pensionskasse hiess das kantonale Gericht gut und verpflichtete K._, der Pensionskasse vom 1. Mai 2006 bis 31. Juli 2007 bezogene Zuschüsse in Höhe von Fr. 6'534.- zurückzuerstatten.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die Gutheissung ihrer Klage sowie die Abweisung der Widerklage beantragen. Weiter sei die Pensionskasse zu verpflichten, ihr nebst einer ordentlichen Rente aus beruflicher Vorsorge mit Wirkung ab 1. August 2007 bis zur Erreichung des ordentlichen AHV-Rücktrittsalters monatliche Zuschüsse "gemäss Reglement" von derzeit monatlich Fr. 564.40 nebst Zins zuzusprechen. Schliesslich sei festzustellen, dass die von der Pensionskasse geltend gemachte Rückforderung von Fr. 6'534.- nicht geschuldet sei.
Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. Die Pensionskasse schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
D. In einer weiteren Eingabe äussert sich der Rechtsvertreter von K._ zur Stellungnahme der Pensionskasse.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Streitig ist, ob die Vorinstanz das Vorgehen der Beschwerdegegnerin zu Recht schützte, welche die IV-Rente der Beschwerdeführerin an die Invalidenzuschüsse angerechnet hatte, obwohl die Beschwerdeführerin auf diese Rente gestützt auf eine entsprechende Bewilligung des BSV verzichtete. Zu prüfen ist die Auslegung von Art. 43 Vorsorgereglement der Beschwerdegegnerin (im Folgenden: Reglement) in der ab 1. Januar 2005 gültigen Form (welcher sich unverändert in den Reglementsausgaben 2006 und 2007 findet).
Im Einzelnen lautet die Bestimmung wie folgt:
"Art. 43 Zuschuss bei fehlenden IV-Leistungen
1. Zur Invalidenpension wird längstens bis zum Erreichen des ordentlichen AHV-Rücktrittsalters ein Zuschuss in Höhe von 3⁄4 der maximalen IV-Rente gewährt. Bei Teilzeitbeschäftigten richtet er sich nach dem Beschäfti-gungsgrad, bei Teilinvaliden nach dem Invaliditätsgrad.
2. Leistungen der IV werden an den Zuschuss angerechnet.
3. Wird die IV-Leistung rückwirkend zugesprochen, so ist der für die ent-sprechende Zeit bezogene Zuschuss zurückzuerstatten. Ist die IV-Leistung kleiner als der Zuschuss, so umfasst die Rückzahlung nur den Betrag der IV-Leistung. Im Umfang der Rückerstattungspflicht steht der Pensionskasse gegenüber der IV ein direktes Forderungsrecht zu.
4. Pensionsberechtigte, die es trotz einem ausdrücklichen Hinweis unter-lassen, ihre Forderungen bei der IV rechtzeitig geltend zu machen, oder die sich Eingliederungsmassnahmen der IV widersetzen, haben keinen Anspruch auf den Zuschuss."
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog, der Wortlaut lasse verschiedene Interpretationen zu. Das grammatikalische Element in Kombination mit dem in der weitergehenden beruflichen Vorsorge herrschenden Strukturprinzip der Gleichbehandlung der Destinatäre führe aber zweifelsfrei zur sachlich richtigen Lösung, dergemäss im Rahmen von Art. 43 Abs. 2 und 3 Reglement nicht zwischen zugesprochenen und tatsächlich bezogenen IV-Leistungen unterschieden werden dürfe. Eine andere Betrachtungsweise führe zu einer erheblichen Besserstellung von Destinatären, die auf den Bezug zugesprochener IV-Leistungen verzichten und stattdessen höhere Leistungen eines anderen Versicherungszweiges beanspruchen könnten, gegenüber solchen Destinatären, welchen diese Möglichkeit nicht offenstehe. Ob ein Wahlrecht bestehe, hänge aber nicht mit dem konkreten Vorsorgefall der betreffenden Person zusammen, sondern insbesondere damit, ob zufällig auch beim Ehegatten ein Vorsorgefall eingetreten sei. Unter dem Aspekt der Gleichbehandlung seien Leistungen der IV daher unabhängig davon anzurechnen, ob sie tatsächlich bezogen würden oder nicht. Damit habe die Destinatärin einen Betrag von Fr. 6'534.- zurückzuerstatten und der Zuschuss reduziere sich ab August 2007 auf monatlich Fr. 122.40.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, im angefochtenen Entscheid werde aktenwidrig davon ausgegangen, dass die rentenzusprechende Verfügung vom 8. Januar 2007 effektiv erlassen worden sei. Tatsächlich habe die IV-Stelle eine entsprechende Verfügung lediglich vorbereitet, nach dem vom BSV bewilligten Rentenverzicht diese aber weder versandt noch Leistungen ausgerichtet. Selbst wenn die IV-Stelle den Anspruch auf eine Rente in Aussicht gestellt habe, könne angesichts des rechtmässigen Rentenverzichtes nicht gesagt werden, es sei ihr effektiv eine Rente zugesprochen worden. Die vorinstanzliche Auslegung der einschlägigen Reglementsbestimmung stosse letztlich "ins Leere". Auch führe sie dazu, dass die Ehegattenzusatzrente des Ehemannes an den ihr selbst zustehenden Invalidenzuschuss angerechnet werde. Eine solche Anrechnung könne sich aber selbst dann nicht auf das Reglement stützen, wenn der Gleichbehandlungsgrundsatz herangezogen werde, denn sie verstosse gegen den Kongruenzgrundsatz, wonach nur Leistungen gleicher Art und Zweckbestimmung angerechnet werden dürfen. Schliesslich seien die Leistungen der Beschwerdegegnerin insoweit nicht mit den IV-Leistungen kongruent, als erstere ausschliesslich Leistungen für die Arbeitsunfähigkeit im Erwerbsbereich erbringe, weshalb eine Rente in jedem Fall insoweit nicht angerechnet werden dürfe, als sie die Invalidität im Aufgabenbereich betreffe.
3.3 Die Beschwerdegegnerin führt - u.a. - aus, es ergebe sich aus den Akten, dass die IV-Stelle der Beschwerdeführerin mit Verfügung vom 8. Januar 2007 eine Rente zugesprochen und entsprechende Leistungen in den Folgemonaten ausgerichtet habe; der Rentenverzicht sei erst nachträglich erfolgt. Im Übrigen seien nicht nur ausbezahlte IV-Leistungen an den Zuschuss anzurechnen, sondern es genüge bereits ein entsprechender Anspruch. Andernfalls würde die Beschwerdeführerin IV-Leistungen, auf welche sie zugunsten der AHV-Zusatzrente verzichtete, von der Vorsorgeeinrichtung zusätzlich zu den Leistungen aus der 1. Säule dennoch erhalten, was nicht nur zu einer ungewollten Ungleichbehandlung einzelner Destinatäre führe, sondern auch Sinn und Zweck von Art. 43 Reglement widerspreche, weil mit dem Zuschuss lediglich fehlende IV-Leistungen ausgeglichen werden sollten. Aus der in Art. 43 Abs. 4 Reglement statuierten Pflicht zur Geltendmachung von IV-Leistungen ergebe sich zwangsläufig das Verbot des freiwilligen Verzichts. Ob die pensionsberechtigte Person es unterlasse, ihren Anspruch bei der Invalidenversicherung anzumelden oder ob sie nachträglich auf Leistungen verzichte, mache keinen Unterschied.
4. 4.1 Soweit es um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht, ist das kantonale und kommunale Berufsvorsorgerecht vom Bundesgericht frei zu überprüfen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 200). Da es sich bei der Beschwerdegegnerin um eine Vorsorgeeinrichtung öffentlichen Rechts handelt (Art. 1 Abs. 1 Reglement), hat die Auslegung der einschlägigen Reglementsbestimmung - anders als die Auslegung der Vorsorgereglemente privatrechtlicher Versicherungsträger - nach den gewöhnlichen Regeln der Gesetzesauslegung zu erfolgen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 316 f., mit Hinweisen; Urteil B 104/06 vom 6. Juni 2007 E. 5.1, in: SVR 2008 BVG Nr. 2 S. 6).
4.2 Das Gesetz ist in erster Linie nach seinem Wortlaut auszulegen. Ist der Text nicht klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente, namentlich von Sinn und Zweck sowie der dem Text zugrunde liegenden Wertung. Wichtig ist ebenfalls der Sinn, welcher einer Norm im Kontext zukommt. Vom klaren, d.h. eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, u.a. dann, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Vorschriften ergeben (<ref-ruling> E. 2.2 S. 211; <ref-ruling> E. 4.2 S. 71; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232, 294 E. 5.3.1 S. 295, 424 E. 3.2 S. 428 f., 472 E. 6.5.1 S. 475, 479 E. 5.2 S. 484; <ref-ruling> E. 4.2 S. 284 f.).
5. 5.1 Unbestritten ist, dass die Beschwerdeführerin auf ihre IV-Rente rechtsgültig verzichtet hat. Davon ging auch die Vorinstanz aus. Während das kantonale Gericht aber - stillschweigend - unterstellte, die Rente sei zugesprochen worden, bringt die Beschwerdeführerin letztinstanzlich vor, eine Rentenzusprechung sei "effektiv" gar nie erfolgt. Zwar habe die IV-Stelle in Aussicht gestellt, es bestehe Anspruch auf eine Rente, das BSV habe indes einen Rentenverzicht bewilligt. Es sei daher "keine eigentliche Verfügung" ergangen, mit welcher eine Rente zugesprochen worden wäre, vielmehr habe die IV-Stelle von der Zusprechung "abgesehen, um dem Ehegatten die bisherige Altersrente samt Zusatzrente für den Ehegatten zu erhalten".
5. 5.1 Unbestritten ist, dass die Beschwerdeführerin auf ihre IV-Rente rechtsgültig verzichtet hat. Davon ging auch die Vorinstanz aus. Während das kantonale Gericht aber - stillschweigend - unterstellte, die Rente sei zugesprochen worden, bringt die Beschwerdeführerin letztinstanzlich vor, eine Rentenzusprechung sei "effektiv" gar nie erfolgt. Zwar habe die IV-Stelle in Aussicht gestellt, es bestehe Anspruch auf eine Rente, das BSV habe indes einen Rentenverzicht bewilligt. Es sei daher "keine eigentliche Verfügung" ergangen, mit welcher eine Rente zugesprochen worden wäre, vielmehr habe die IV-Stelle von der Zusprechung "abgesehen, um dem Ehegatten die bisherige Altersrente samt Zusatzrente für den Ehegatten zu erhalten".
5.2 5.2.1 Die IV-Stelle verfügte am 8. Januar 2007 die Zusprechung einer Viertelsrente ab 1. März 2006 und erliess am 12. Januar 2007 eine Rückerstattungsverfügung. Nachdem die Beschwerdeführerin am 23. Januar 2007 eine Verzichtserklärung unterzeichnet und das BSV den Verzicht auf die IV-Rente bewilligt hatte, hob die IV-Stelle die Rückforderungsverfügung vom 12. Januar 2007 am 8. Mai 2007 wiederwägungsweise auf. Welche Auswirkungen der vom BSV bewilligte Rentenverzicht auf die Verfügung vom 8. Januar 2007 hatte, ist nachfolgend zu prüfen.
5.2.2 Nach der Rechtsprechung kann eine versicherte Person - ausnahmsweise - zwar auf die Auszahlung der Rente verzichten, nicht aber auf ihren Rentenanspruch als solchen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 7 mit Hinweis auf EVGE 1969 S. 211 ff.). Ein von der Versicherung bewilligter Rentenverzicht lässt somit die Anspruchsberechtigung an sich unberührt, auch wenn die Wirkungen des Verzichts dem Nichtbestehen eines Anspruchs auf Versicherungsleistungen gleichkommen. Soweit die Beschwerdeführerin letztinstanzlich vorbringt, die Verfügung vom 8. Januar 2007 sei durch den bewilligten Rentenverzicht als "eigentlich" gar nie ergangen zu betrachten bzw. eine Rentenzusprechung sei effektiv nicht erfolgt, und damit ihrer eigenen Darstellung in der vorinstanzlichen Klage widerspricht, worin sie ausgeführt hatte, die IV-Stelle habe mit Verfügung vom 8. Januar 2007 eine Rente zugesprochen, kann ihr nicht gefolgt werden. Dass die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich der Beschwerdeführerin empfohlen hatte, auf die IV-Rente zu verzichten und das BSV den Verzicht genehmigte, ist für die hier streitige Frage irrelevant: Die vom BSV erteilte Bewilligung berührte nach dem Gesagten die Anspruchsberechtigung nicht, sondern führte lediglich dazu, dass die IV-Rente nicht zur Auszahlung gelangte und die Beschwerdeführerin und ihr Ehemann weiterhin die insgesamt höheren Leistungen der AHV beziehen konnten. Im Übrigen hätte sich der Zuschuss auch dann um die IV-Leistungen vermindert, wenn die Beschwerdeführerin nicht auf die IV-Rente verzichtet hätte. Die letztinstanzlich neu ins Recht gelegte Aktennotiz der IV-Stelle vom 13. Juni 2006, in welcher die Sachbearbeiterin ausführte, eine "eigentliche Verfügung" sei nie erstellt worden, weil die Versicherte auf die IV-Rente verzichtet habe, ist als unzulässiges Novum unbeachtlich (<ref-law>), vermöchte aber aus den dargelegten Gründen am Ergebnis ohnehin nichts zu ändern.
6. 6.1 Zu prüfen bleibt, ob Vorinstanz und Beschwerdegegnerin die zugesprochene (E. 5.2 hievor) IV-Rente zu Recht von den Zuschüssen in Abzug gebracht haben.
6.2 Art. 43 Reglement trägt den Titel "Zuschuss bei fehlenden IV-Leistungen". Entscheidend ist, wann eine Leistung als "fehlend" im Sinne des Reglements anzusehen ist. Abs. 2 von Art. 43 Reglement bestimmt lediglich, dass "Leistungen der IV" an den Zuschuss anzurechnen sind. Ob die Anrechnung bereits dann zu erfolgen hat, wenn die Leistungen nur zugesprochen worden sind oder ob ein Bezug tatsächlich erfolgt sein muss, lässt sich dem Wortlaut nicht entnehmen; grundsätzlich erlaubt er beide Varianten. Nach Art. 43 Abs. 3 Reglement sind bereits bezogene Zuschüsse soweit zurückzuerstatten, als die IV-Leistung rückwirkend zugesprochen wird (Hervorhebung im Original nicht vorhanden). Dem Wortlaut von Titel und Normtext lässt sich somit gerade nicht entnehmen, dass eine Rückerstattungspflicht erst besteht, wenn und soweit die zugesprochenen Leistungen effektiv ausbezahlt worden sind. Darüber hinaus und vor allem führt das von der Vorinstanz herangezogene Argument der Gleichbehandlung zu derselben Lösung. Die Beschwerdeführerin verzichtete nicht grundlos auf die IV-Rente, sondern einzig deswegen, weil damit die höhere Zusatzrente zur AHV-Rente des Ehemannes erhalten blieb, die andernfalls weggefallen wäre. Art. 43 Reglement dient der Leistungskoordination zwischen erster und zweiter Säule. Es wäre stossend, wenn die Beschwerdeführerin deswegen, weil sie bzw. ihr Ehemann anstelle der tieferen Rente der Invalidenversicherung die höheren Leistungen der AHV bezieht, zusätzlich auch noch den ungekürzten Zuschuss der zweiten Säule erhielte, auf den sie keinen Anspruch hätte, wenn sie sich für die niedrigeren IV-Leistungen entschieden hätte. Es wäre auch unlogisch, wenn diejenigen Versicherten bessergestellt würden, welche auf IV-Leistungen verzichten, als jene, die sich bei der Invalidenversicherung gar nicht anmelden und denen daher gemäss Art. 43 Abs. 3 Reglement überhaupt kein Zuschuss ausbezahlt wird. Fehl geht schliesslich das Argument der Beschwerdeführerin, die vorinstanzliche Betrachtungsweise führe zu einer Anrechnung der Ehegatten-Zusatzrente der AHV an den ihr zustehenden Zuschuss zur Invalidenpension. Vorinstanz und Beschwerdegegnerin haben allein die der Beschwerdeführerin zustehenden IV-Leistungen vom Zuschuss in Abzug gebracht; die Ehegatten-Zusatzrente der AHV spielte einzig eine Rolle bei den Beweggründen, aus welchen die Beschwerdeführerin beim BSV um Bewilligung des IV-Rentenverzichtes nachsuchte.
7. 7.1 Fraglich kann nur sein, ob die IV-Rente lediglich teilweise anzurechnen ist, weil sie aufgrund der gemischten Methode berechnet wurde.
7.2 Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin handelt es sich beim Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach die IV-Rente insoweit nicht mit den Leistungen der zweiten Säule kongruent ist, als sie die Invalidität im Haushaltsbereich betrifft, nicht um ein unzulässiges Novum. Die Beschwerdeführerin beruft sich dabei auf aktenkundige Tatsachen und bringt gestützt darauf eine neue rechtliche Argumentation vor, was zulässig ist (<ref-law> e contrario; Urteil 5A_417/2009 vom 31. Juli 2009 E. 1.3 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin war zu 35 % erwerbstätig und wurde von der Invalidenversicherung im Erwerbsbereich zu 100 % erwerbsunfähig (Teil-Invaliditätsgrad 35 %), im Haushalt zu 12,6 % (Teil-Invaliditätsgrad 8,2 %) eingeschränkt betrachtet, was einen Invaliditätsgrad von insgesamt 43 % ergab. Von der Pensionskasse erhielt sie eine Rente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 35 %. Im Rahmen der Überentschädigungsberechnung gemäss Art. 24 Abs. 2 BVV 2 wird aufgrund der ereignisbezogenen Kongruenz eine IV-Rente nur insoweit angerechnet, als sie das gleiche Ereignis abdeckt, das auch in der beruflichen Vorsorge versichert ist (Urteil 9C_40/2008 vom 4. September 2008 E. 5.3 mit Hinweisen). Der Zuschuss wird gemäss Art. 43 Abs. 1 Satz 2 Reglement bei Teilzeitbeschäftigten nach dem Beschäftigungsgrad bezahlt, welcher in casu 35 % betrug, und bei Teil-Invaliditätsgrad nach dem Invaliditätsgrad. Der Zuschuss tritt somit nur insoweit an die Stelle der IV-Rente, als diese die bei der Beschwerdegegnerin versicherte Invalidität betrifft. Demzufolge kann die IV-Rente nur in dem Umfang angerechnet werden, als sie den bei der Beschwerdegegnerin versicherten Erwerbsbereich abdeckt, also zu 81 % (35:43). Es sind daher 19 % des Zuschusses weiterhin zu bezahlen und ist die Rückerstattung nur im Umfang von 81 % geschuldet.
8. Die Beträge und der Zins sind nicht umstritten. Dem Rechtsbegehren auf Zusprechung des Zuschusses "bis zur Erreichung des ordentlichen AHV-Rücktrittsalters" kann in dieser Form nicht entsprochen werden, weil der Zuschuss unter Vorbehalt des Anspruchs auf eine Invalidenrente geschuldet wird, welche als Dauerleistung unter Revisionsvorbehalt steht und daher nicht verbindlich für die Zukunft zugesprochen werden kann.
9. Die vorinstanzlichen Ausführungen zum Erlass werden letztinstanzlich nicht beanstandet, weshalb kein Anlass besteht, darauf einzugehen (<ref-law>).
10. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Dem Prozessausgang entsprechend werden die Gerichtskosten verhältnismässig verlegt (Art. 65 und Art. 66 Abs. 1 BGG); die teilweise obsiegende Beschwerdeführerin hat Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. Oktober 2009 aufgehoben. In teilweiser Gutheissung der Klage wird die Beschwerdegegnerin/Beklagte verpflichtet, der Beschwerdeführerin/ Klägerin mit Wirkung ab 1. August 2007 monatliche Zuschüsse gemäss Reglement von momentan Fr. 107.25 pro Monat nebst Zins zu 5 % auszurichten. In teilweiser Gutheissung der Widerklage wird die Beschwerdeführerin/Klägerin verpflichtet, der Beschwerdegegnerin/ Widerklägerin Fr. 5'292.55 zurückzuerstatten. Soweit weitergehend, werden Klage und Widerklage abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 400.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 100.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. April 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle