paulianische Anfechtung; Verantwortlichkeitsklage, hat sich ergeben:
A.- B.W._ war Verwaltungsratspräsidentin und F.B._ Verwaltungsratsvizepräsident der A._ AG.
Am 21. Juni 1994 erteilte B.W._ der A._ AG ein Darlehen von Fr. 2'300'000.--. In der Folge wurde das Darlehen in zwei Tranchen am 13. bzw. 15. Juli 1994 von der X._ Finanz AG, zu deren Verwaltungsrat B.W._ und F.B._ gehörte, der A._ AG ausbezahlt.
Abgesichert wurde das Darlehen u.a. durch ein Kaufsrecht zugunsten von B.W._ an der Parzelle Nr. und E.Bl. xx.
Am 13. Februar 1995 verkaufte die A._ AG diese Parzelle B.W._ zum Preis von Fr. 1'782'000.--. Zur Tilgung des Kaufpreises zedierte die A._ AG ihre Kaufpreisforderung an die X._ Finanz AG, welche ihrerseits die Forderung mit dem bestehenden Darlehen verrechnete, womit die Darlehensrückforderung im Umfang von Fr. 1'782'000.-- getilgt wurde. In Bezug auf die verbleibende Forderung überwies die A._ AG B.W._ am 26. April 1995 Fr. 537'962. 80. Am 15. Juni 1995 wurde über A._ sowie - deren Muttergesellschaft A._ Holding AG - der Konkurs eröffnet.
B.- Am 3. Juli 1997 erhob die A._ AG in Konkurs bzw. die ausseramtliche Konkursverwalterin beim Bezirksgericht Steckborn Klage gegen B.W._, F.B._ und die X._ Finanz AG und stellte folgende Rechtsbegehren:
"1. Es sei B.W._ zur Leistung von
Fr. 1'782'000.-- nebst 5% Zins seit 13. Februar 1995
und es seien B.W._ und F.B._ unter solidarischer
Haftung zur Leistung von Fr. 521'870. 80
nebst 5% Zins seit 6. September 1996 zu verpflichten.
2. Eventualiter seien B.W._ und F.B._
unter solidarischer Haftung zur Leistung von
Fr. 2'303'870. 80 nebst 5% Zins seit 14. Juni 1995 zu
verpflichten.
3. Subeventualiter seien B.W._ und die
X._ Finanz AG unter solidarischer Haftung zur
Leistung von Fr. 2'303'870. 80 nebst 5% Zins seit
14. Juni 1995 zu verpflichten.
4. Subsubeventualiter sei B.W._ zu verpflichten,
das Eigentum an der Parzelle Nr. und E.-Bl. xx im
Grundbuch auf die Klägerin zu übertragen.. "
Mit Urteil vom 23. April 1998 hiess das Bezirksgericht Steckborn die Klage der A._ AG in Konkurs teilweise gut und verpflichtete B.W._ zur Rückgabe der Parzelle Nr. xx im Sinn von <ref-law>.
C.- Gegen dieses Urteil erhoben alle Beteiligten Berufung ans Obergericht des Kantons Thurgau. B.W._, F.B._ und die X._ Finanz AG beantragten, die Klage abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten sei.
Die A._ AG in Konkurs beantragte, dass nebst der bereits von der Vorinstanz angeordneten Verpflichtung zur Rückgabe der fraglichen Parzelle B.W._ und die X._ Finanz AG, eventuell B.W._ und F.B._, je unter solidarischer Haftung zur Bezahlung von Fr. 521'870. 80 nebst Zins von 5% seit 14. Juni 1995 zu verpflichten seien. Subeventuell seien B.W._ zur Bezahlung von Fr. 2'303'870. 80 nebst 5% Zins seit 14. Juni 1995 bzw. lediglich B.W._ zur Bezahlung von Fr. 1'782'000.- nebst 5% Zins seit 13. Februar 1995 zu verpflichten. Mit Urteil vom 21. September 1999 hat das Obergericht des Kantons Thurgau wie folgt entschieden:
"1.Die Klage wird geschützt, und B.W._ wird zur
Rückgabe der Parz. Nr. und E.Bl. xx im Sinn von
<ref-law> verpflichtet, und B.W._
sowie F.B._ werden unter solidarischer Haftbarkeit
verpflichtet, der Konkursmasse der A._
AG Fr. 521'870. 80 nebst 5% Zins seit 6. September
1996 zu bezahlen.
2. a)Die A._ AG in Konkurs bezahlt unter Verrechnung
mit der geleisteten Kaution und je mit
Rückgriff auf die solidarisch haftenden
B.W._ und F.B._ die Kosten des
erstinstanzlichen Verfahrens von Fr. 20'000.-- sowie für das Berufungsverfahren eine Verfahrensgebühr
von Fr. 40'000.--.
b)B. W._ und F.B._ bezahlen für das
Berufungsverfahren eine Verfahrensgebühr von
Fr. 40'000.--.
c)B. W._ und F.B._ haben die A._
AG in Konkurs für das gesamte Verfahren unter solidarischer
Haftbarkeit mit Fr. 125'550.-- zuzüglich
7,5% MWST zu entschädigen.. "
D.-Mit Berufung vom 21. Januar 2000 beantragen B.W._ und F.B._ dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichtes des Kantons Thurgau vom 21. September 1999 aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen. Die A._ AG in Konkurs beantragt, die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht des Kantons Thurgau schliesst auf Abweisung der Berufung.
Mit Urteil vom heutigen Tag hiess das Bundesgericht die gleichzeitig erhobene staatsrechtliche Beschwerde teilweise - bezüglich der Kosten- und Entschädigungsregelung - gut, soweit darauf einzutreten war.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Die Beklagten machen zunächst geltend, dass der Klägerin die Aktivlegitimation fehle. Anstatt der Gemeinschuldnerin - der A._ AG in Konkurs - hätte die Konkursmasse der A._ AG die Anfechtungsklage erheben müssen. Die Vorinstanz habe Art. 197, 200, 204, 240 SchKG dadurch verletzt, dass sie die Aktivlegitimation der Klägerin bejaht habe.
a) Nach dem Eintritt des Konkurses bildet sämtliches pfändbare Vermögen, das dem Gemeinschuldner zur Zeit der Konkurseröffnung gehört oder bis zum Schluss des Konkursverfahrens anfällt, die Konkursmasse (<ref-law>); ferner gehören die Anfechtungsansprüche, die nach Massgabe der Artikel 214 und 285-292 SchKG Gegenstand der Anfechtungsklage bilden, zur Konkursmasse (<ref-law>). In Bezug auf die Vermögenswerte, die zur Konkursmasse gehören, verliert der Gemeinschuldner nach der Konkurseröffnung sein Verfügungsrecht (<ref-law>); die Konkursmasse wird während des Konkursverfahrens durch die Konkursverwaltung vertreten (<ref-law>).
b) Entgegen der Auffassung der Beklagten kann keine Rolle spielen, dass im vorliegenden Fall die Gemeinschuldnerin und nicht die Konkursmasse die Anfechtungsklage erhoben hat. Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> ff. eine Klage der Gemeinschuldnerin in Liquidation, welche durch die Konkursverwaltung vertreten war, für zulässig erklärt (E. 2, S. 409). Auch wenn die Auffassung zutreffend ist, dass die Konkursmasse in Prozessen, welche die Aktiven und Passiven des Gemeinschuldners betreffen, parteifähig ist (so <ref-ruling> ff.; Hans-Ulrich Walder-Richli, Zivilprozessrecht,
4. Auflage, Zürich 1996, § 8 Rz. 3; Oscar Vogel, Grundriss des Zivilprozessrechts, 6. Auflage, Bern 1999, § 25 Rz. 5 ff.), schliesst dies nicht aus, dass der Gemeinschuldner in seiner Eigenschaft als Träger des die Konkursmasse bildenden Vermögens - vertreten durch die Konkursverwaltung - parteifähig sein kann (so <ref-ruling> ff.; Max Guldener, Schweizerische Zivilprozessrecht, S. 126; Sträuli/Messmer, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 2. Auflage, Zürich 1982, N. 20 zu §§ 27/28; offen lassend in der 3. Auflage, Zürich 1996, N 71 zu §§ 27/28). Anders als bei natürlichen Personen kann eine juristische Person im Konkurs neben der Masse kein Eigenleben mehr führen, so dass das Handeln der Konkursverwaltung im Namen der Gemeinschuldnerin in Liquidation dem Handeln der Konkursverwaltung im Namen der Konkursmasse gleichgesetzt werden kann (Walder, a.a.O., § 8 Rz. 4).
Soweit die Beklagten dem Obergericht eine Bundesrechtsverletzung vorwerfen, weil die Aktivlegitimation der Klägerin zu Unrecht bejaht worden sei, erweist sich die Berufung als unbegründet.
2.-Die Beklagten kritisieren die Auffassung des Obergerichtes als bundesrechtswidrig, dass das im Darlehensvertrag vereinbarte Kaufsrecht mangels öffentlicher Beurkundung ungültig gewesen sei und die A._ AG deshalb das Grundstück freiwillig verkauft habe, weil die Anrufung der Ungültigkeit durch die Klägerin rechtsmissbräuchlich gewesen wäre.
Dieser Einwand ist unbehelflich. Das Obergericht hat unangefochten festgehalten, dass alle Beteiligten im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses der Auffassung waren, es könne ohnehin auf die Einräumung eines Kaufsrechtes verzichtet werden, weil - insbesondere aufgrund der personellen Verknüpfung der A._ AG mit der Beklagten 1 - ein Kauf jederzeit ausgelöst werden könne. Wenn somit der Verkauf des Grundstücks - mit oder ohne Kaufrecht - ohnehin in der Macht der Beklagten 1 lag, so kam es letztlich auch nicht darauf an, ob aufgrund eines Kaufrechts die A._ AG zum Verkauf "verpflichtet" war oder nicht.
3.-Im Zusammenhang mit der Anfechtungsklage macht die Beklagte 1 geltend, dass ihr das Obergericht zu Unrecht eine Begünstigungs- bzw. Benachteiligungsabsicht vorgeworfen und dadurch <ref-law> falsch angewendet habe.
a) Gemäss <ref-law> sind alle Rechtshandlungen anfechtbar, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Konkurseröffnung in der dem anderen Teil erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen.
Dass in objektiver Hinsicht durch den Verkauf des Grundstückes und die Rückzahlung des Darlehensrestbetrages an die Beklagte 1 Vermögen vermindert wurde, das der Zwangsvollstreckung unterliegt, ist unbestritten. Umstritten ist hingegen in subjektiver Hinsicht, ob die A._ AG mit der Absicht handelte, Gläubiger zu benachteiligen bzw. einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen; diesbezüglich geht die Rechtsprechung davon aus, dass eine Schädigungsabsicht gegeben ist, wenn der Schuldner voraussehen konnte und musste, dass die anfechtbare Handlung Gläubiger benachteiligt bzw. einzelne Gläubiger gegenüber anderen bevorzugt (<ref-ruling> E. 3a S. 85 f. m.w.H.). Im Folgenden ist daher zu prüfen, ob die Organe der A._ AG aufgrund der tatsächlich festgestellten Umstände die schädigende Wirkung hätten voraussehen können und müssen. Wenn die subjektive Voraussetzung der Schädigungsabsicht zu bejahen ist, muss ohne weiteres auch davon ausgegangen werden, dass die schädigende Wirkung für die Beklagte 1 angesichts ihrer Funktion als Verwaltungsratspräsidentin der A._ AG subjektiv erkennbar gewesen war.
b) Soweit die Beklagte 1 geltend macht, die Vorinstanz habe <ref-law> und <ref-law> dadurch verletzt, dass sie die Anfechtungsklage gutgeheissen habe, obwohl die Klägerin ihrer Substantiierungspflicht nicht nachgekommen sei, erweist sich die Berufung als offensichtlich unbegründet.
Nachdem die Klägerin vor erster Instanz ihren Subsubeventualantrag, in welchem sie ihre Anfechtungsansprüche geltend gemacht hatte, die Benachteiligungs- bzw. Begünstigungsabsicht noch sehr kurz begründet hatte, hat sie sich im Verfahren vor Obergericht in der Berufungsantwort vom 24. Februar 1998 auf mehreren Seiten dazu geäussert. Dass die Beklagte 1 nunmehr im Verfahren vor Bundesgericht immer noch an ihrem Standpunkt der ungenügenden Substantiierung festhält, ist schwer verständlich, hat doch das Obergericht ausdrücklich auf die ergänzenden klägerischen Ausführungen hingewiesen und diese unangefochten als - nach kantonalem Prozessrecht - zulässig bezeichnet.
c) Im Zusammenhang mit der Frage des Vorliegens einer Begünstigungs- bzw. Schädigungsabsicht hat das Obergericht in tatsächlicher Hinsicht u.a. festgehalten, dass die Thurgauer Kantonalbank die A._ AG bereits in einem Rapport vom 8. Juli 1994 auf zu geringe Eigenmittel hingewiesen habe, dass die A._ AG im Herbst 1994 bei der "Abteilung Spezialfinanzierung" der damaligen SBG - zuständig für Gesellschaften in wirtschaftlich heiklen Situationen - gelandet war, dass im Geschäftsjahr 1994 stille Reserven in der Höhe von Fr. 8,193 Mio. aufgelöst werden mussten und dass auf der Passivseite das kurz- und mittelfristige Fremdkapital von Fr. 52,6 Mio. auf Fr. 72,9 Mio. zugenommen habe, während auf der Aktivseite für beträchtliche Guthaben gegenüber Gruppengesellschaften von Fr. 34 Mio. weder Wertberichtigungen noch Rückstellungen vorgenommen worden seien. Aufgrund dieser hier beispielhaft wiedergegebenen Umstände hat das Obergericht in rechtlicher Hinsicht ausgeführt, dass "dem Verwaltungsrat der A._ AG spätestens Ende 1994/anfangs 1995 bewusst sein musste, dass eine äussert kritische finanzielle Situation" vorgelegen habe, so dass davon ausgegangen werden müsse, dass die A._ AG bei der Vornahme der angefochtenen Rechtsgeschäfte mit der Absicht gehandelt habe, die Beklagte 1 als Gläubigerin zu begünstigen und die anderen Gläubiger entsprechend zu benachteiligen.
d) Die Beklagte 1 macht geltend, dass die Feststellung des Obergerichtes, die stillen Reserven hätten per Ende 1994 Fr. 140'000.-- betragen, auf einem offensichtlichen Versehen beruhten, weil tatsächlich stille Reserven in der Höhe von Fr. 16'135'000.-- und zusätzlich dazu Eigenkapital von Fr. 5'305'000.-- verfügbar gewesen sei, so dass angesichts der intakten finanziellen Situation der A._ AG von einer Schädigungs- bzw. Begünstigungsabsicht keine Rede sein könne. Die Beklagte 1 weist zwar zu Recht darauf hin, dass es sich beim Betrag von Fr. 140'000.- nicht um stille, sondern gesetzliche Reserven handelt. Dieses offensichtliche Versehen ist zu berichtigen (Art. 63 Abs. 2 Satz 2 OG), doch ändert dies nichts daran, dass das Obergericht die Schädigungs- bzw.
Begünstigungsabsicht zutreffend bejaht hat. Soweit die Beklagten nämlich geltend machen, dass in der Jahresrechnung 1994 ein Eigenkapital von Fr. 5,305 Mio. ausgewiesen sei, sind ihre Einwendungen unzulässig, weil dem angefochtenen Urteil diesbezüglich keine Feststellungen entnommen werden können und ergänzende Sachverhaltsfeststellungen unzulässig sind (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Desgleichen ist die Behauptung unzulässig, dass stille Reserven von Fr. 16'135'000.-- vorhanden gewesen seien, weil dem angefochtenen Urteil im Zusammenhang mit den stillen Reserven lediglich entnommen werden kann, dass im Geschäftsjahr 1994 unbestrittenermassen Reserven in der Höhe von Fr. 8,193 Mio. aufgelöst worden seien (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Wie sich im Beschwerdeverfahren ergeben hat, war es nicht willkürlich, dass sich das Obergericht in tatsächlicher Hinsicht nicht zur angeblichen "Aufwertungsreserve Liegenschaft" (Fr. 10'300'000.--) und "Warenreserve" (Fr. 2'700'000.--) sowie zu den "Rückstellungen" (Fr. 1'800'000.--) geäussert hat (vgl. Erw. 5c/aa).
Wenn aber keine stillen Reserven festgestellt wurden, ist die Rüge von vornherein unbegründet, dass die Vorinstanz mit dem Ausserachtlassen der Reserven Art. 671 Abs. 3, 669, 670 und 671b OR verletzt habe. Auch wenn per Ende 1994 noch gewisse stille Reserven vorhanden gewesen sein mögen, ändert dies nichts daran, dass das Obergericht aufgrund der unter lit. b zusammengefassten Umständen davon ausgehen durfte, dass die Beklagte 1 in ihrer Funktion als Verwaltungsratspräsidentin der A._ AG den Verkauf des Grundstücks in der Absicht vorgenommen hat, sich zu begünstigen und andere Gläubiger entsprechend zu benachteiligen. Insbesondere kann damit auch keine Rede davon sein, dass die Beklagten bis kurz vor dem Konkurs von einer völlig intakten finanziellen Situation der A._ AG ausgegangen waren und der Konkurs nur auf die Kündigung von Krediten durch die Banken zurückzuführen gewesen war.
e) Die Vorinstanz hat die gegen die Beklagte 1 gerichtete Anfechtungsklage somit zu Recht gutgeheissen und diese verpflichtet, die Parzelle Nr. xx der Konkursmasse zurückzugeben. Ob die Anfechtungsklage auch hinsichtlich des von der A._ AG an die Beklagte 1 zurückbezahlten Darlehensrestbetrages von Fr. 521'870. 80 zuzügl. Zinses gutzuheissen wäre, kann offen gelassen werden, da die Klage in diesem Punkt gestützt auf die aktienrechtliche Verantwortlichkeit sowohl hinsichtlich der Beklagten 1 wie auch des Beklagten 2 gutzuheissen ist, wie nachfolgend darzulegen ist.
4.-<ref-law> bestimmt, dass die Mitglieder des Verwaltungsrates sowohl der Gesellschaft als auch den einzelnen Aktionären und Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich sind, den sie durch absichtliche oder fahrlässige Verletzung ihrer Pflichten verursachen.
a) Die Vorinstanz erwog, dass die Beklagten im Zeitpunkt der Rückzahlung des Restdarlehens begründete Besorgnis einer Überschuldung gehabt haben bzw. gehabt haben mussten.
Unter diesen Umständen sei die Rückzahlung des Restdarlehens an die Beklagte 1 pflichtwidrig gewesen, umso mehr als dafür ein neuer Kredit habe beansprucht werden müssen. Die Beklagten sind der Auffassung, dass durch die Restamortisation des Darlehens gar kein Schaden eingetreten sei und dass den Verwaltungsräten auch keine Pflichtverletzung vorgeworfen werden könne.
b) Zunächst ist zu prüfen, ob die Restamortisation des Darlehens den Beklagten als Verletzung ihrer Pflichten als Verwaltungsräte der A._ AG anzulasten ist.
aa) Wenn sich bei einem Unternehmen ein starker Kapitalverlust oder eine Überschuldung abzeichnet, wenn unabwendbare Liquiditätsengpässe bestehen oder das Unternehmen seinen Verpflichtungen nicht mehr vertragskonform nachzukommen vermag und eine Sanierung praktisch als aussichtslos erscheint, bestehen ernsthafte Zweifel, dass die Fortführung des Unternehmens noch möglich ist. In einer solchen Situation rechtfertigt sich die Bilanzierung zu Fortführungswerten nicht mehr; vielmehr wird die Bilanzierung zu Veräusserungswerten aktuell, weil die Liquidation nicht deshalb verzögert werden darf, weil nach der zu Fortführungswerten erstellten - und damit praktisch belanglosen - Bilanz keine Überschuldung ausgewiesen ist (Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, Zürich 1996, N 840 und 1680a; Franz Broger, Fortführung der Unternehmenstätigkeit (going concern), in: Der Schweizer Treuhänder 1994, S. 711 ff.; Lukas Handschin, Die Pflichten und die Verantwortlichkeit des Verwaltungsrates im Sanierungsfall, ZBJV 2000, S. 436 ff.). Während bei einer aufrechtstehenden Gesellschaft fällige Schulden ohne weiteres bezahlt werden dürfen, verhält es sich dann anders, wenn sich eine Gesellschaft in einer wirtschaftlichen und finanziellen Situation befindet, in welcher zu Liquidationswerten bilanziert werden muss und daraus eine Überschuldung der Gesellschaft resultiert; diesfalls habe die Gläubiger nach Massgabe der gesetzlichen Rangordnung gemäss <ref-law> Anspruch auf Gleichbehandlung.
Jede bevorzugte Befriedigung eines Gläubigers stellt eine Pflichtverletzung dar.
bb) Wie bereits erwähnt hat die Vorinstanz verbindlich festgestellt, dass "dem Verwaltungsrat der A._ AG spätestens Ende 1994/anfangs 1995 bewusst sein musste, dass eine äusserst kritische finanzielle Situation" vorgelegen habe (vgl. Erw. 3c). In den folgenden Monaten hatte sich die Situation weiter verschärft. Nach den Feststellungen der Vorinstanz waren den Beklagten 1 und 2 im Zeitpunkt der Restamortisation des Darlehens am 26. April 1995 die Jahresrechnung 1994 vom 24. März 1995 bekannt. Die Revisionsstelle kam diesbezüglich in ihrem Bericht vom 29. Mai 1995 zu folgenden Schlüssen: "Die Bewertung erfolgte ... zu Fortführungswerten.
Wie aus dem Anhang zur Jahresrechnung hervorgeht, hat die Gesellschaft im Geschäftsjahr 1994 effektiv einen sehr hohen Verlust von 8,2 Mio. Franken erlitten. Aufgrund des Budgets 1995 und angesichts der im laufenden Geschäftsjahr nochmals stark gesunkenen Wechselkurse der für A._ AG wichtigsten Währungen muss davon ausgegangen werden, dass nochmals ein sehr hoher Verlust anfallen wird. Diese Verluste lassen berechtigte Zweifel an der Überlebensfähigkeit der Gesellschaft aufkommen. Der andauernde Geldabfluss führt zudem - ohne Erschliessung neuer Finanzquellen - unweigerlich zur kurz bevorstehenden Zahlungsunfähigkeit. " Weiter führte die Revisionsstelle aus, eine zu Liquidationswerten erstellte Bilanz "würde sicher eine Überschuldung zeigen", und wies auf <ref-law> hin. Dass den Beklagten 1 und 2 der Bericht der Revisionsstelle erst Ende Mai 1995 zur Verfügung stand, ändert nichts daran, dass sie über die relevanten Informationen - namentlich Bilanz und Jahresrechnung 1994 - im Zeitpunkt der Restamortisation bereits verfügten. Mit einer Entschärfung der kritischen Situation war nicht zu rechnen, war doch im Gegenteil gemäss dem Revisionsstellenbericht eine Verschlimmerung zu erwarten. Im März und April 1995 hatten Besprechungen mit der SBG stattgefunden, an denen es u.a. um die Benützung der Kreditlimite ging. Im selben Zeitraum erfolgten Rangrücktritte gegenüber den deutschen bzw. österreichischen Gruppengesellschaften. Im April sprach die Beklagte 1 bei der CS vor und sandte dieser eine Liste der am Dringendsten zu bezahlenden Kreditoren. Am 27. April 1995, am Tage nach der umstrittenen Kreditrückzahlung, einigten sich die Beteiligten, die Banken zu einem Meeting einzuladen, an welchem der Beklagte 2 zusätzliche Liquidität von 20 Mio. verlangte. Ihrerseits waren die Beklagten aber zu keinen weiteren finanziellen Beiträgen an eine Sanierung bereit, obwohl sie wussten, dass die Banken nur im Rahmen einer ernsthaften Sanierung zu weiteren Kreditvergaben bereit sein würden, sobald sie im Besitz des Jahresabschlusses 1994 sein würden. Dass den Beklagten der Ernst der Situation bekannt war, geht auch daraus hervor, dass der Beklagte 2 zur Beklagten 1 gesagt haben soll, dass der Konkurs angemeldet oder um Nachlassstundung ersucht werden müsse, wenn die Banken die bestehenden Kreditlinien nicht innerhalb weniger Tage freigeben würden.
cc) Waren bei dieser wirtschaftlichen Situation des Unternehmens ernsthafte Sanierungsbestrebungen in keiner Weise in Angriff genommen worden, die Banken seit Monaten sensibilisiert, die Einräumung zusätzlicher Kredite nicht zu erwarten und vielmehr mit der konkreten Gefahr von Kreditkündigungen zu rechnen, so fiel im Zeitpunkt der Restamortisation eine dauerhafte Fortsetzung der gesellschaftlichen Tätigkeit nicht mehr ernsthaft in Betracht. Damit hätten die Beklagten 1 und 2 aber spätestens nach Kenntnis der Jahresrechnung vom 24. März 1995, die sie laut Vorinstanz spätestens Anfang April 1995 erlangt hatten, zu Liquidationswerten bilanzieren müssen, wenn sie ihren Pflichten als Verwaltungsräte hätten nachkommen wollen. Mit der Umstellung der Bilanzierung auf Liquidationswerte müssen in aller Regel massive Wertkorrekturen nach unten vorgenommen werden. Eine Ausnahme gilt allenfalls, wenn das Unternehmen als Ganzes veräussert werden kann. Entsprechende Bestrebungen waren aber im vorliegenden Fall gescheitert. Einen höheren Liquidations- als Fortführungswert weisen unter Umständen noch nicht aufgewertete (vgl. <ref-law>) Grundstücke auf, wobei vorliegend zu beachten ist, dass nach dem Zusammenbruch des Immobilienmarkts nicht mehr grundsätzlich von einem Ansteigen der Grundstückspreise ausgegangen werden konnte (vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 7) und zudem die Grundstücke der A._ AG schwer veräusserlich waren. Die Revisionsstelle nahm denn auch in ihrem Kurzbericht vom 11. Mai 1995 an, dass die Immobilienwerte im Falle einer Umstellung auf Veräusserungswerte tiefer zu veranschlagen wären als bisher. Sie errechnete nach Liquidationswerten eine Überschuldung von rund 74 Mio. Franken.
Auch wenn jener Bericht den Beklagten 1 und 2 am 26. April 1995 noch nicht vorlag, so musste ihnen jedenfalls bewusst sein, dass die Veräusserungsbilanz eine massive Überschuldung ausweisen würde. Angesichts ihrer verwaltungsrätlichen Pflicht, über die finanzielle Situation der Gesellschaft im Bild zu sein, könnten sie sich nicht damit entlasten, diesen Umstand nicht erkannt zu haben. Mit der Notwendigkeit, massive Wertberichtigungen nach unten vorzunehmen, war die begründete Besorgnis einer entsprechenden Überschuldung manifest und die Überschuldungsanzeige an den Richter (<ref-law>) stand unabweislich im Raume. Unter diesen Umständen liessen sich aber die Beklagten 1 und 2 mit der umstrittenen Restamortisation eine Verletzung des Gebots, die Gläubiger gleich zu behandeln, zu Schulden kommen.
c) Damit ist ohne weiteres auch davon auszugehen, dass die Darlehensrückzahlung zu einer Schädigung der Gläubiger führte. Der Einwand der Beklagten, dass den anderen Gläubigern kein Schaden entstanden sei, weil der Verminderung der Aktiven eine entsprechende Verminderung der Passiven gegenüber gestanden habe, überzeugt nicht. Die Schädigung der Gläubiger besteht darin, dass durch die vollumfängliche Tilgung einer einzelnen Schuld und der damit einhergehenden Verminderung des Verwertungssubstrates die Werthaltigkeit ihrer Forderungen beeinträchtigt wurde. Diesfalls ist die Konkursverwaltung befugt, durch Verantwortlichkeitsklage das zur Masse gehörende Vermögen im Interesse der Gesamtheit der Gesellschaftsgläubiger erhältlich zu machen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1b/ee S. 439).
d) Ergibt sich, dass den Beklagten ein pflichtwidriges Verhalten vorzuwerfen ist, das adäquat kausal zur Schädigung von Gläubigern führte, hat das Obergericht zu Recht auch die Verantwortlichkeitsklage gutgeheissen und die Beklagten 1 und 2 dazu verpflichtet, unter solidarischer Haftbarkeit der Konkursmasse der A._ AG Fr. 521'870. 80 zuzügl. Zins zu bezahlen.
5.-Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und Ziff. 1 des Urteils des Obergerichtes des Kantons Thurgau vom 21. September 1999 ist zu bestätigen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt es sich, die Gerichtsgebühr zu 3/4 der Beklagten 1 und zu 1/4 unter solidarischer Haftbarkeit den Beklagten 1 und 2 aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 2 OG). Entsprechend sind die Beklagten zu verpflichten, die Klägerin für das Verfahren vor Bundesgericht zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt des Bundesgericht:
1.-Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird und sie nicht gegenstandslos geworden ist, und Ziff. 1 des Urteils des Obergerichtes des Kantons Thurgau vom 21. September 1999 wird bestätigt.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird im Umfang von Fr. 9'000.-- der Beklagten 1 und im Umfang von Fr. 3'000.-- dem Beklagten 2 unter solidarischer Haftbarkeit mit der Beklagten 1 auferlegt.
3.-Die Beklagte 1 wird verpflichtet, die Klägerin für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 11'250.-- zu entschädigen.
Zusätzlich wird der Beklagte 2 verpflichtet, die Klägerin für das Verfahren vor Bundesgericht unter solidarischer Haftbarkeit mit der Beklagten 1 mit Fr. 3'750.-- zu entschädigen.
4.-Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 19. September 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: