Sachverhalt:
A. Die S._ AG (im Folgenden "S._ AG") war eine Aktiengesellschaft, die seit dem Jahre 1996 ihren Sitz in Zürich hatte und namentlich das Erbringen von Dienstleistungen im Bereich Finanzen bezweckte. Y._ (Beschwerdegegner) war in den Monaten Dezember 1996 bis März 1997 für die S._ AG tätig. Er war nie als deren Organ im Handelsregister eingetragen. Gleichwohl unterzeichnete er in dieser Zeit mit Einzelunterschrift eine Reihe von Zahlungsaufträgen zu Lasten des Kontokorrentkontos der Gesellschaft bei der Credit Suisse in behaupteter Höhe von Fr. 4.65 Mio. Mit Schreiben vom 21. April 1997 stellte er der S._ AG sodann den Betrag von Fr. 60'000.-- zuzüglich Fr. 3'900.-- Mehrwertsteuer in Rechnung. Diesen Anspruch begründete er wie folgt:
"Für die Betreuung des Mandates S._ AG (Auftrag Z._), am 3. und 5. Dezember 1996 und vom 16. Dezember 96 bis 15. März 97, inkl. Aufwendungen und Spesen, erlaube ich mir Ihnen zu verrechnen ..."
Der Beschwerdegegner macht geltend, auf diese Rechnung hin von der S._ AG nur einen Betrag von Fr. 15'000.-- erhalten zu haben.
Die S._ AG fiel am 18. Juni 1997 in Konkurs. Am 12. Oktober 1999 wurde dieser als geschlossen erklärt.
B. Mit Klageschrift vom 20. November 1999 beantragten X._ und 109 Mitbeteiligte als Abtretungsgläubiger der Konkursmasse im Sinne von <ref-law> beim Bezirksgericht Horgen, der Beschwerdegegner sei zu verpflichten, ihnen unter Vorbehalt einer Nach- und Mehrklage Fr. 63'900.-- nebst 5 % Zins seit 5. Mai 1997 und Fr. 297.-- Weisungskosten zu bezahlen. Das Bezirksgericht wies die Klage mit Urteil vom 17. September 2003 ab. Auf Berufung der Kläger hob das Obergericht des Kantons Zürich dieses Urteil mit Beschluss vom 13. Juni 2005 auf und wies die Sache zur Ergänzung des Verfahrens sowie zu neuem Entscheid an das Bezirksgericht zurück.
Dieses wies die Klage am 17. November 2010 nach Durchführung eines Beweisverfahrens abermals ab. Dagegen erhoben die Kläger erneut Berufung an das Obergericht, das die Klageabweisung mit Urteil vom 21. Mai 2012 bestätigte. Es verneinte, dass im Zusammenhang mit der behaupteten Zahlung von Fr. 63'900.-- für die vom Beklagten in Rechnung gestellte Tätigkeit ein Anfechtungstatbestand im Sinne von Art. 286 oder 287 SchKG gegeben sei; die Absichtsanfechtung gemäss <ref-law> werde von der Abtretungserklärung (<ref-law>), auf welche die Kläger ihre Klageberechtigung stützen, nicht erfasst. Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit verneinte das Obergericht, weil nicht erwiesen sei, dass der Beschwerdegegner in der S._ AG die Stellung eines faktischen Organs innegehabt habe. Sodann sei ein zu ersetzender direkter Schaden der Kläger aus Delikt nicht substanziiert behauptet und auch nicht ersichtlich.
C. X._ und 101 Mitbeteiligte (Beschwerdeführer) beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, die "kantonalen Entscheide" aufzuheben und den Beschwerdegegner zu verpflichten, ihnen Fr. 63'900.-- nebst Zins und Fr. 297.-- Weisungskosten zu bezahlen.
Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht verzichtete auf eine Stellungnahme.
Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführer beantragen in wenig präziser Weise, es seien die "kantonalen Entscheide" aufzuheben. Soweit sie damit die Aufhebung der Entscheide der Erstinstanz verlangen, kann auf ihren Antrag nicht eingetreten werden. Denn die Beschwerde ist nach <ref-law> nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig, wobei es sich bei diesen um obere Gerichte handeln muss (<ref-law>). Diese Anfechtungsvoraussetzung erfüllen hingegen der Endentscheid (<ref-law>) des Obergerichts vom 21. Mai 2012 sowie dessen Rückweisungsbeschluss vom 13. Juni 2005 grundsätzlich. Der Rückweisungsbeschluss kann im Rahmen der Anfechtung des Endentscheids mitangefochten werden. Er stellt einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> dar, gegen den kein Rechtsmittel ergriffen wurde und der sich auf den Inhalt des hier angefochtenen Endentscheids auswirkt, erklärte doch die Vorinstanz, an die darin geäusserten Rechtsauffassungen gebunden zu sein (<ref-law>).
1.2 Die beiden Entscheide des Obergerichts sind nur insofern der Beschwerde zugänglich, als sie das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit erfüllen, mithin für die gegen diese erhobenen Rügen kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stand (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 527). Gegen den Rückweisungsbeschluss vom 13. Juni 2005 wäre nach § 281 der (auf den 1. Januar 2011 aufgehobenen) Zivilprozessordnung des Kantons Zürich (aZPO/ZH) die Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich offen gestanden (vgl. <ref-law>). Eine solche haben sie indessen nicht erhoben. Damit hätten sie nach § 281 aZPO/ZH namentlich geltend machen können, der angefochtene Beschluss beruhe zu ihrem Nachteil auf einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Ziff. 1) oder auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme (Ziff. 2). Da sie dies unterlassen haben, sind sie mit entsprechenden Sachverhaltsrügen gegen den angefochtenen Rückweisungsbeschluss des Obergerichts mangels Letztinstanzlichkeit ausgeschlossen. Auch gegen das Endurteil vom 21. Mai 2012 sind die Beschwerdeführer von vornherein mit entsprechenden Sachverhaltsrügen ausgeschlossen, soweit der vom Obergericht im Rückweisungsbeschluss unter dem Titel "Sachverhalt und Prozessgeschichte" festgestellte Sachverhalt unverändert in dieses eingeflossen ist (vgl. insbesondere Rückweisungsbeschluss vom 13. Juni 2005 S. 12-14 und Urteil vom 21. Mai 2012 S. 12-14).
2. 2.1 Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (<ref-law>). Eine Beschwerdeergänzung kommt einzig für Beschwerden auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen in Betracht (<ref-law>). Eine Nachfrist zur Verbesserung einer ungenügenden Begründung wird nicht angesetzt (<ref-ruling> E. 2.4). Vor Bundesgericht findet zudem in der Regel nur ein Schriftenwechsel statt (<ref-law>). Reicht der Beschwerdeführer eine Replik ein (dazu <ref-ruling>), darf er diese nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4; <ref-ruling> E. 1d/aa; je mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeführerin ihre Replik benutzt, um die Begründung der Beschwerde zu vertiefen bzw. zu verbessern oder dieselbe zu ergänzen, kann darauf nicht eingegangen werden.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 3).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, namentlich auf rein appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3, 396 E. 3.1 S. 399).
2.3 Die Beschwerdeführer lassen die in den Erwägungen 2.1 und 2.2 umschriebenen Grundsätze über weite Strecken ausser Acht. So stellen sie ihren rechtlichen Ausführungen unter dem Titel "Vorgeschichte" zunächst eine ausführliche eigene Sachverhaltsdarstellung voran. Darin - wie auch in ihrer weiteren Beschwerdebegründung - erweitern sie die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nach Belieben bzw. weichen von diesen in vielfacher Hinsicht ab, ohne dazu jedoch rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben, die dem Bundesgericht gegebenenfalls eine Korrektur oder Ergänzung des im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalts erlauben könnten. Soweit sie sich gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung wenden, üben sie weitestgehend bloss appellatorische Kritik, die nicht zu hören ist. In ihren weiteren rechtlichen Ausführungen unterbreiten sie dem Bundesgericht zu grossen Teilen bloss ihre eigene Sicht der Dinge, ohne dabei auf die vorinstanzlichen Erwägungen Bezug zu nehmen und unter hinreichender Auseinandersetzung mit denselben aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz mit ihrem Entscheid Bundesrecht verletzt haben soll. Auf entsprechende Ausführungen ist nicht einzugehen. Die Beschwerdeführer scheinen mit einem Grossteil ihrer Vorbringen zu verkennen, dass das Bundesgericht keine letzte Appellationsinstanz ist, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte. Bezeichnend dafür ist, wenn sie in der Replik "vehement" bestreiten, dass irgend eine Sachverhaltsdarstellung der Beschwerdeführer sich nicht mit "den Akten" decke.
Soweit auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, ist zu den darin erhobenen Rügen was folgt auszuführen:
3. Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe überspitzt formalistisch geschlossen, dass Anfechtungsansprüche im Sinne von <ref-law> (Absichtsanfechtung) im Zusammenhang mit der behaupteten Zahlung von Fr. 63'900.-- von der Abtretungserklärung der Konkursverwaltung im Sinne von <ref-law> nicht erfasst würden und die Beschwerdeführer demnach nicht zur Geltendmachung solcher legitimiert seien.
3.1 Nach den vorinstanzlichen Feststellungen hatten die Beschwerdeführer vom Konkursamt Zürich (Altstadt), welches das Konkursverfahren über die S._ AG führte, mit Schreiben vom 29. Juni 1998 unter Hinweis auf die diesem beigelegte Rechnung des Beschwerdegegners vom 21. April 1997 die Inventarisierung einer Forderung verlangt, die sie wie folgt umschrieben: "anfechtbare(n) Vergütungen (...) Allfällige Auszahlungen i.S.v. Art. 286 Abs. 2 Ziffer 1, i.V.m. <ref-law>". Diese Anfechtungsansprüche wurden in der Folge unter der Nr. 3.38 inventarisiert. Mit Abtretungsurkunde vom 28. September 1998 trat die Konkursverwaltung die unter Nr. 3.38 inventarisierten Ansprüche an die Beschwerdeführer ab, wobei sie in der Formulierung ihrer Abtretungserklärung auf das von den Beschwerdeführern selber am 29. Juni 1998 formulierte Begehren verwies, mithin den entsprechenden Wortlaut übernahm. Die Vorinstanz schloss, bei der entsprechenden Formulierung seien die Beschwerdeführer gegenüber dem Beschwerdegegner nur zur Geltendmachung von Ansprüchen im Sinne von <ref-law> und von <ref-law> befugt. Die Absichtsanfechtung gemäss <ref-law> müsse demgegenüber ausscheiden, da der betreffende Anfechtungstatbestand von anderen tatsächlichen Gegebenheiten ausgehe als diejenigen nach <ref-law> und von <ref-law>.
3.2 Die Beschwerdeführer halten dafür, entscheidend sei allein, dass die Anfechtungsansprüche aufgrund eines klar definierten Beleges bzw. Lebenssachverhalts, nämlich der eingereichten Rechnung abgetreten worden seien. Damit sei der Lebenssachverhalt fixiert gewesen, nicht aber dessen rechtliche Würdigung. Es sei bundesrechtswidrig, zu folgern, dass damit die von den Beschwerdeführern "exemplifikativ" aufgezählten Anfechtungstatbestände bzw. die durch die Beschwerdeführer "prima facie" erfolgte rechtliche Subsumtion gleich mitfixiert wurde.
Dem kann nicht gefolgt werden. Eine Abtretungserklärung des Konkursamtes gemäss <ref-law> ist im Zusammenhang mit der gerichtlichen Überprüfung der Prozessführungsbefugnis sinngemäss nach den Regeln über die Auslegung von Willenserklärungen, insbesondere gemäss <ref-law>, auszulegen (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1). Bei der Abtretung von Ansprüchen der Masse gemäss <ref-law> ist zu beachten, dass das Recht zur selbständigen Geltendmachung eines der Masse zustehenden Aktivums an einen oder mehrere Konkursgläubiger abgetreten wird, ohne dass sich an der materiellen Anspruchsberechtigung der Masse etwas ändert (<ref-ruling> E. 5f S. 189; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2a). Die gemäss <ref-law> abgetretenen Ansprüche beruhen in aller Regel auf einer unklaren oder zumindest zweifelhaften Rechts(grund)lage und sind strittig, was eine der Voraussetzungen für die Zulässigkeit einer konkursrechtlichen Abtretung durch das Konkursamt ist (<ref-ruling> E. 1). In Anbetracht dieser faktischen und rechtlichen Situation ist der Umfang der konkursrechtlichen Abtretung in einem weiten Sinn zu verstehen, so dass all Dasjenige darunter zu subsumieren ist, was direkt oder sinngemäss dem der Masse möglicherweise zustehenden Aktivum als Vermögenswert entspricht (vgl. zum Ganzen: Urteil 4C.165/2000 vom 23. Oktober 2000 E. 4a/b).
Das der Masse zustehende Aktivum kann sich vorliegend nicht bloss dadurch definieren, dass auf die Rechnungsstellung des Beschwerdegegners hin eine Zahlung (in bestrittener Höhe) erfolgt ist, wie die Beschwerdeführer anzunehmen scheinen. Der Bestand einer der Masse zustehenden Forderung als Aktivum setzt voraus, dass diese auf ein bestimmtes Tatsachenfundament gestützt werden kann, aus dem sich Rechtsansprüche auf Rückerstattung der Zahlung ergeben (vgl. z.B. Urteil 4C.165/2000 vom 23. Oktober 2000 E. 4c: Gegenleistung erhalten, die Hauptleistung aber - Übertragung des Eigentums am Grundstück - aus welchem Grund auch immer nicht erbracht). Indem die Beschwerdeführer in ihrem Schreiben vom 29. Juni 1998 die Bestimmungen von <ref-law> (Schenkungsanfechtung wegen Annahme einer Gegenleistung durch den Schuldner, die zu seiner eigenen Leistung in einem Missverhältnis steht) und von <ref-law> (Überschuldungsanfechtung) aufgeführt haben, umrissen sie zugleich auch den massgeblichen Lebenssachverhalt, aus dem sich die (unsichere) Masseforderung ableiten soll. Dieser ist, wie die Vorinstanz zu Recht festhielt, nicht mit dem Tatsachenfundament identisch, auf das sich eine Absichtsanfechtung nach <ref-law> stützen kann. Die Vorinstanz verletzte damit kein Bundesrecht, wenn sie schloss, die Beschwerdeführer seien zur Geltendmachung entsprechender Ansprüche nicht legitimiert.
Etwas anderes ergibt sich auch nicht aus dem Umstand, dass die Konkursverwaltung die unter Nr. 3.38 inventarisierten Ansprüche auch an die T._ AG (im Folgenden "T._ AG"; seit 8. Juli 1997 in Konkurs) abtrat, diese Ansprüche in deren Konkurs inventarisiert und dann wiederum an fast ausnahmslos alle Beschwerdeführer abgetreten wurden. Auch dieser Vorgang vermag an der Natur der Abtretungsforderung, die nicht auf dem Tatbestand gemäss <ref-law> gründet, nichts zu ändern.
3.3 Die Beschwerdeführer wollen ihre Berechtigung, Anfechtungsansprüche nach <ref-law> einzuklagen, ferner daraus ableiten, dass das Konkursamt den Gläubigern unter Inventar-Nr. 3.34 pauschal alle Ansprüche der Masse aus allen "weiteren vertraglichen und ausservertraglichen Rechtsgründen je in noch unbestimmtem Betrage" abgetreten habe. Sie behaupten dazu in unzulässiger Erweiterung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts, nach der Praxis des Konkursamts seien mit dieser pauschalen Formulierung auch alle Anfechtungsansprüche gemeint.
Auch damit gehen die Beschwerdeführer fehl. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen, welche die Beschwerdeführer mit dem vorstehend wiedergegebenen Zitat unzulässig verkürzt wiedergeben, wurden unter der Inventar-Nr. 3.34 offensichtlich keine Anfechtungsansprüche erfasst, sondern rückerstattbare Leistungen nach Art. 678 und 679 OR und Verantwortlichkeitsansprüche unter allen Titeln, insbesondere nach <ref-law>.
3.4 Die Vorinstanz verletzte somit kein Bundesrecht, weil sie Anfechtungsansprüche nach <ref-law> nicht prüfte. Waren diese somit zu Recht nicht Gegenstand der angefochtenen Entscheide, ist auf die Vorbringen der Beschwerdeführer, mit denen sie eine Forderung nach <ref-law> zu begründen versuchen, von vornherein nicht einzutreten.
4. 4.1 Die Vorinstanz prüfte, ob dem Beschwerdegegner im Sinne von <ref-law> seitens der S._ AG eine gemischte Schenkung zukam, indem dieser eine Gegenleistung annahm, die zu seiner eigenen Leistung in einem Missverhältnis steht (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2 S. 51 f.).
Was die Frage der fehlenden Gegenleistung angeht, hatte das Bezirksgericht erwogen, mit einem eingereichten Dokument über die von der S._ AG bzw. vom Beschwerdegegner im Jahre 1997 ausgeführten Kundenzahlungen könne der Beweis dafür nicht erbracht werden, dass der Beschwerdegegner für die drei Monate bei der S._ AG ohne entsprechende Gegenleistung eine Zahlung erhalten habe; sodann bezeuge ein als Beweisurkunde eingelegtes Urteil des Strafgerichts des Kantons Zug, dass im Zusammenhang mit der S._ AG strafrechtliche Verurteilungen und Freisprüche stattgefunden hätten; die Beschwerdeführer seien der Ansicht, aus diesem Urteil gehe hervor, dass die S._ AG eine Betrügerfirma gewesen sei, woraus folge, dass eine deliktische Tätigkeit, die unter anderem auch vom Beschwerdegegner ausgeführt worden sei, keine "Arbeitsleistung" gewesen sein könne, die zu entlöhnen gewesen wäre; indessen sei der Beschwerdegegner nie selber in das betreffende Strafverfahren involviert gewesen; das Urteil sage daher nichts über den Wert der Arbeitsleistung des Beschwerdegegners oder über ein Missverhältnis derselben zur erhaltenen Zahlung aus.
Das Obergericht folgte dieser Beweiswürdigung, wobei es speziell betonte, dass die von den Beschwerdeführern wiederholt aufgestellte Behauptung, der Beschwerdegegner sei ein Krimineller, in den Akten keine Stütze finde.
Die Beschwerdeführer zeigen in keiner Weise auf, weshalb das Obergericht damit in Willkür verfallen sein soll. Sie bringen im Wesentlichen bloss vor, <ref-law> sei stets anzuwenden, wenn sich ein Täter, Mittäter oder Gehilfe einen Gaunerlohn auszahlen lasse; jedwede Tätigkeit der T._ AG und der S._ AG sei nur auf Schädigung der Kunden und Zweckentfremdung der Margendeckungen ausgerichtet gewesen und damit jede Tätigkeit in diesen Firmen ein Beitrag zu deliktischem Handeln, wobei haftungsrechtlich irrelevant sei, ob dieser Beitrag bewusst oder fahrlässig erfolgt sei. Damit beharren sie bloss auf ihrer bereits vor Bezirksgericht vorgetragenen Sicht der Dinge, zeigen aber in keiner Weise auf, inwiefern es unhaltbar sein sollte, wenn das Obergericht gestützt auf die dargestellten Erwägungen das Gelingen des Beweises verneinte, dass der Beschwerdegegner für die drei Monate bei der S._ AG ohne entsprechende Gegenleistung eine Zahlung erhalten habe. Eine willkürliche Beweiswürdigung ist in diesem Punkt nicht dargetan.
4.2 Die Vorinstanz hielt im Rückweisungsbeschluss vom 13. Juni 2005 fest, die Beschwerdeführer täten nicht dar, dass im Zusammenhang mit der behaupteten Zahlung von Fr. 63'900.-- eine der in <ref-law> erwähnten Rechtshandlungen erfolgt sei, weshalb <ref-law> nicht zum Zuge kommen könne. Die Beschwerdeführer rügen dies als aktenwidrig und als Verletzung des rechtlichen Gehörs, wozu sie auf ihre Replik (S. 11 Rz. 16) verweisen. Sie tun indessen nicht dar, dass sie an dieser Aktenstelle im Zusammenhang mit der behaupteten Zahlung eine in <ref-law> genannte Handlung des Beschwerdegegners substanziiert hätten und Entsprechendes lässt sich im Übrigen auch aus der Aktenstelle nicht entnehmen. Die genannten Rügen sind unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
4.3 Nach dem Gesagten scheidet die Rückforderung der erfolgten Zahlung gestützt auf Art. 286 oder 287 SchKG aus. Damit braucht nicht näher auf die vorinstanzlichen Erwägungen und die Rügen der Beschwerdeführer im Zusammenhang mit der Frage eingegangen zu werden, ob eine den Betrag von Fr. 15'000.-- übersteigende Zahlung an den Beschwerdegegner erfolgt sei.
5. Die Beschwerdeführer machten im kantonalen Verfahren geltend, der Beschwerdegegner hafte gestützt auf <ref-law>, weil er in seiner Eigenschaft als Finanzchef der S._ AG kurz vor deren Konkurs bewusst lediglich vorgetäuschte Forderungen einzelner Kunden beglichen und einzelne Zahlungen vor ihrer Fälligkeit vorgenommen habe, wodurch er die Gesellschaft in der Höhe von Fr. 4.65 Mio. geschädigt habe. Da der Beschwerdegegner nie zum formellen Organ der S._ AG bestellt worden war, prüfte die Vorinstanz die bestrittene Behauptung, er habe die Stellung eines faktischen Organs eingenommen. Es verneinte, dass dies der Fall gewesen sei, wozu sie vollumfänglich auf die Beweiswürdigung der Erstinstanz verwies, welche die Beschwerdeführer im Berufungsverfahren nicht als unrichtig erscheinen zu lassen vermöchten.
Die Beschwerdeführer machen nicht geltend, dass die Vorinstanz dabei von einem unrichtigen Rechtsbegriff des faktischen Organs ausgegangen sei (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.5. S. 528 f.; <ref-ruling> E. 3a, 92 E. 3a; <ref-ruling> E. 3 S. 571; Urteil 4A_306/2009 vom 8. Februar 2010 E. 7.1.1). Diese hatte für eine faktische Organstellung des Beschwerdegegners zutreffend verlangt, dass jener die von ihm allein unterzeichneten Zahlungsaufträge in selbständiger Entscheidkompetenz veranlasst hat. Nach den bezirksgerichtlichen Erwägungen, auf welche die Vorinstanz verwies, gelang es den Beschwerdeführern mit den von ihnen eingereichten Urkunden (Zahlungsaufträge, Handelsregisterauszüge über die S._ AG, Honorarrechnung des Beschwerdegegners über Fr. 63'900.--) indessen nicht, dies zu beweisen. Die äusserlichen Umstände, dass der Beschwerdegegner Zahlungsaufträge allein unterzeichnet und für seine Tätigkeit Rechnung in der Höhe von Fr. 63'900.-- (nach den Beschwerdeführern ein "Direktionsgehalt") gestellt habe, genüge für einen entsprechenden Schluss nicht. Auch die Umstände, dass dem Beschwerdegegner (vermutungsweise durch den einzig verbliebenen Verwaltungsrat W._) für das Konto der S._ AG bei der Credit Suisse eine Einzelzeichnungsberechtigung eingeräumt worden sei und dass alle anderen Zeichnungsberechtigten per Dezember 1996 ausgeschieden seien, liessen den Schluss auf eine faktische Organstellung nicht zu. Es sei nicht auszuschliessen, dass der Beschwerdegegner - wenn auch unbefugterweise abgegebene - Instruktionen seitens des zur Vertretung der S._ AG nicht berechtigten Herrn Z._ oder einer anderen, nicht zur Zeichnung berechtigten Person entgegengenommen habe, sei doch namentlich Z._ gemäss den Aussagen des Beschwerdegegners dessen einziger Gesprächspartner gewesen und habe er "gemerkt", dass Z._ "das Sagen" hatte; eine durch den Beschwerdegegner aufgrund einer allenfalls unbefugten Instruktion vorgenommene Handlung könne nicht mit einer Handlung gleichgesetzt werden, die ganz ohne Erteilung einer Weisung und damit als solche eines faktischen Organs wahrgenommen wurde. Auch die Ausführungen der Beschwerdeführer selber, wonach der Beschwerdegegner bei der S._ AG Instruktionen eines gewissen Herrn Z._ entgegengenommen habe, untermauerten eine Organstellung des Beschwerdegegners nicht.
Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz in diesem Zusammenhang eine willkürliche Beweiswürdigung vor. Sie genügen indessen den Anforderungen an die Begründung einer Willkürrüge nicht, indem sie, ohne sich mit den dargestellten vorinstanzlichen Ausführungen hinreichend auseinanderzusetzen, der vorinstanzlichen Beurteilung in appellatorischer Weise einfach ihre eigene Sicht der Dinge gegenüberstellen, ohne aufzuzeigen, weshalb sie unhaltbar sein soll. So, indem sie beispielsweise vorbringen, der Verwaltungsrat habe faktisch einen Direktor und damit ein Organ ernannt, indem er den Beschwerdegegner mit einer Einzelvollmacht versah, grössere Beträge zu disponieren, und wer sich auf Weisungen einer Person stütze, von der er wissen müsse, dass sie dazu nicht befugt sei, müsse seine Taten als seine eigenen vertreten; oder indem sie geltend machen, mit dem Beweis, dass der Beschwerdegegner mit Einzelunterschrift grössere Summen verschob, sei faktisch auch bewiesen, dass er allein habe disponieren können. Darauf ist nicht einzutreten (Erwägung 2 vorne).
Fehl gehen die Beschwerdeführer sodann, wenn sie der Vorinstanz eine Verletzung der Beweislastregel nach <ref-law> vorwerfen, weil der Beschwerdegegner, die zu seiner Entlastung vorgebrachte Behauptung, hätte beweisen müssen, dass Z._ mit Einwilligung der Organe der S._ AG gehandelt habe. Aus den Erwägungen der Vorinstanz ergibt sich, dass diese es für erstellt hielt, dass der Verwaltungsrat, indem er dem Beschwerdegegner mutmasslich die Bankvollmacht erteilte, das Verhalten von Z._ geduldet habe. Die Frage der Beweislastverteilung ist damit in diesem Punkt gegenstandslos (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241; <ref-ruling> E. 5.4 S. 602). Die Vorinstanz betrachtete die strittige Behauptung des Beschwerdegegners für hinreichend erstellt, um den Hauptbeweis dafür, dass jener ein faktisches Organ der S._ AG war, als gescheitert zu betrachten.
Im Zusammenhang mit der Verneinung der faktischen Organstellung des Beschwerdegegners ist damit keine Bundesrechtsverletzung dargetan.
6. Als Kernpunkt ihrer Beschwerde bezeichnen die Beschwerdeführer die "Deliktshaftung".
6.1 Sie führen dazu zunächst aus, sie hätten im kantonalen Verfahren immer wieder auf die vielen gläubigerbegünstigenden Zahlungen des Beschwerdegegners hingewiesen, mittels der dieser kurz vor dem Zusammenbruch des kriminellen Firmengeflechts mindestens Fr. 4.65 Mio. mit Alleinunterschrift habe abfliessen lassen. Diese Zahlungen seien belegt und unbestritten. Sie erfüllten den Tatbestand der Art. 164 und 167 StGB. Die Vorinstanz weise bloss darauf hin, es habe gegen den Beschwerdegegner gar keine Strafuntersuchung gegeben. Indem sie den von den Beschwerdeführern in diesem Zusammenhang für die Gründe der Nichteinleitung eines Strafverfahrens offerierten Beweis als verspätet bezeichnete und nicht abnahm, habe sie ihr Recht auf Beweis verletzt. Ohnehin habe sie auch <ref-law> verletzt, indem sie sich dieses Themas mit dem blossen Verweis darauf entledigt habe, dass es aus welchen Gründen immer keine Strafuntersuchung gegeben habe.
Diese Vorbringen stossen ins Leere. Die Vorinstanz wies die Klage, soweit die Beschwerdeführer eine Deliktshaftung nach Art. 164 und 167 StGB i.V.m. <ref-law> geltend gemacht hatten, nicht deshalb ab, weil kein Strafverfahren gegen den Beschwerdegegner eröffnet wurde, was sie bloss im Zusammenhang mit ihren Erwägungen zu den Anfechtungsansprüchen nach <ref-law> erwähnte. Sie verneinte vielmehr in einer ersten Begründung, dass die Beschwerdeführer zur Geltendmachung einer Deliktshaftung nach Art. 164 und 167 StGB (i.V.m. <ref-law>) überhaupt befugt seien, da aus den entsprechenden Delikten die Gesellschaft geschädigt würde und der allfällige Schadenersatz der Gläubigergesamtheit zustünde (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.1.2 und 3.2.2).
Die Vorinstanz geht mit dieser Erwägung von der Prämisse aus, dass entsprechende Ansprüche den Beschwerdeführern im Konkurs der S._ AG nicht im Sinne von <ref-law> abgetreten wurden. Dass dies der Fall gewesen wäre, lässt sich denn auch den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nicht entnehmen. Soweit sich die Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang auf die "Globalabtretung" der (unter der Nr. 3.34 inventarisierten) Ansprüche berufen, ist ihnen nicht zu folgen, wozu auf das vorstehend (Erwägung 3.3) Ausgeführte verwiesen werden kann. Mit der fehlenden Abtretung steht im Einklang, dass die Beschwerdeführer diese Ansprüche als direkt Geschädigte einklagten und nicht einen mittelbaren Schaden als Abtretungsgläubiger geltend machen, wie aus ihren Ausführungen in der Berufungsschrift an die Vorinstanz, auf welche die Vorinstanz verwies, hervorgeht (kant. act. 107 S. 11). Ein Direktschaden in diesem Sinn liegt vor, wenn der Schaden nicht im Vermögen der Gesellschaft eintritt, sondern unmittelbar im Vermögen der Gesellschaftsgläubiger (<ref-ruling> E. 3.1.1; <ref-ruling> E. 3.1.2).
Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe bei der Verneinung eines Direktschadens verkannt, dass zwar einige der vom Beschwerdegegner veranlassten Zahlungen Nichtschulden betrafen, jedoch die grosse Mehrheit tatsächlich Passiva der S._ AG ausgeglichen hätten. Wenn aber durch eine (unter Verletzung von <ref-law> erfolgte) Zahlung Aktiva und Passiva gleichzeitig vermindert würden, dann sei die Gesellschaft nicht geschädigt. Unmittelbar geschädigt würden jedoch die verbliebenen Gläubiger der Kridarin, die durch diese Tatsachen eine geringere oder gar keine Konkursdividende erhielten.
Es trifft zu, dass durch die Erfüllung des in <ref-law> genannten Tatbestandselements der Zahlung einer nicht verfallenen Schuld primär nicht die Gesellschaft, sondern einzig die verbliebenen Gläubiger im späteren Konkurs der Gesellschaft geschädigt werden, die damit einen direkten Schaden erleiden, weil das Prinzip der Gleichbehandlung der Gläubiger verletzt wurde (ALEXANDER BRUNNER, in: Basler Kommentar, Strafrecht, Bd. II, 2. Aufl. 2007, N. 38 zu <ref-law> i.V.m. N. 27 zu <ref-law>). <ref-law> bezweckt denn auch einzig den Schutz des Anspruchs der Gläubiger auf Gleichbehandlung bei der Verteilung des Schuldvermögens in der Zwangsvollstreckung (<ref-ruling> E. 4b S. 25; STRATENWERTH/WOHLERS, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, 2. Aufl. 2009, N. 1 zu <ref-law>; TRECHSEL/OGG, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 1 zu <ref-law>). Dieser Befund führt allerdings nicht zur Gutheissung der Beschwerde.
6.2 Denn die Vorinstanz begründete die Abweisung der Klage, soweit damit Direktschaden der Beschwerdeführer eingeklagt wurde, mit einem weiteren Argument, das der bundesgerichtlichen Prüfung standhält. Sie erwog, zur Substanziierung ihrer Klage hätte jeder einzelne Beschwerdeführer (Kläger) darlegen müssen, welches Verhalten des Beschwerdegegners zu seiner unmittelbaren Schädigung geführt haben soll. Solches täten sie aber nicht, sondern beschränkten sich darauf, im Sinne einer blossen Behauptung ihre Schadenssummen zu nennen. Es seien keine Vorbringen ersichtlich, aus denen abgeleitet werden könnte, dass es in bestimmten Beträgen zu Schädigungen einzelner Gläubiger gekommen sei, die von der Schädigung der Gesellschaft unabhängig seien. Die Beschwerdeführer sähen eine direkte Schädigung darin, dass der Beschwerdegegner "in gläubigerbegünstigender Weise mindestens 4.65 Mio. Franken" ausbezahlt habe. Mit einer direkten Schädigung habe dies allerdings nichts zu tun. Geschädigt würden durch ein solches Vorgehen nicht die einzelnen Beschwerdeführer, sondern allenfalls die Gesamtheit der Gläubiger.
Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe damit den Anspruch auf ein faires Verfahren verletzt und Rechtswegbarrieren aufgestellt, dass eine Haftung für wirtschaftskriminelles Handeln undurchsetzbar werde. Sinngemäss machen sie damit geltend, die Vorinstanz habe überhöhte Anforderungen an die Substanziierung gestellt. Dieser Vorwurf ist indessen jedenfalls im Ergebnis unbegründet. Zwar trifft es zu, dass nicht von jedem Kläger, nachdem er die Höhe seiner Schädigung durch gläubigerbegünstigende Auszahlungen behauptet hat, verlangt werden kann, dass er auch je einzeln (zusätzlich zu den entsprechenden Vorbringen aller Kläger zusammen) darlegt, welches Verhalten des Beklagten genau zum Eintritt seiner Schädigung geführt hat, soweit die vorinstanzlichen Erwägungen überhaupt so zu verstehen sind. Es muss insoweit wohl ausreichen, dass jeder Beschwerdeführer die Höhe seines behaupteten individuellen Schadens nennt, und dass Handlungen behauptet werden, die insgesamt zu einem vom Schaden der Gesellschaft unabhängigen Direktschaden der im Konkurs leer ausgegangenen Gläubiger in bestimmter Höhe geführt haben sollen. Auch solche Behauptungen substanziierten die Beschwerdeführer aber nach den vorinstanzlichen Feststellungen nicht, indem sie in diesem Zusammenhang lediglich behaupteten, es sei zur direkten Schädigung gekommen, weil der Beschwerdegegner "in gläubigerbegünstigender Weise mindestens 4.65 Mio. Franken" ausbezahlt habe. Nach den eigenen Ausführungen der Beschwerdeführer soll diese Summe indessen auch Zahlungen umfassen, die Nichtschulden der S._ AG betrafen, und somit die Gesellschaft schädigten, was die Geltendmachung des entsprechenden Schadens als Direktschaden ausschliesst (<ref-ruling> E. 3.2.2). Die Beschwerdeführer haben damit nicht dargetan, dass sie im kantonalen Verfahren substanziiert hätten, in welcher Höhe Zahlungen erfolgt sein sollen, die zu einem Direktschaden bei ihnen geführt haben. Demnach verletzte die Vorinstanz jedenfalls im Ergebnis kein Bundesrecht, indem sie die Klage in diesem Punkt abwies.
6.3 Abschliessend kann festgehalten werden, dass die Vorinstanz die Klage in diesem Punkt auch unabhängig von den vorstehenden Ausführungen zu Recht abwies. Die Erfüllung des subjektiven Tatbestands von <ref-law> setzt voraus, dass der Schuldner (bzw. dessen Mittäter) die inkriminierten Handlungen "im Bewusstsein seiner Zahlungsunfähigkeit und in der Absicht, einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu bevorzugen" vornimmt. Die Vorinstanz verneinte nach dem vorstehend (Erwägung 5) Dargelegten das Gelingen des Beweises bundesrechtskonform, dass der Beschwerdegegner die vorgeworfenen Zahlungen in selbständiger Entscheidkompetenz veranlasste. Es gelang den Beschwerdeführern im kantonalen Verfahren nicht, die Behauptung des Beschwerdegegners zu widerlegen, wonach er seinerzeit nicht einmal die Befugnis gehabt habe in die Bücher der S._ AG Einblick zu nehmen. Unter diesen Umständen ist nicht erkennbar, inwiefern die genannten subjektiven Tatbestandsvoraussetzungen nach <ref-law> (Bewusstsein, Absicht) erfüllt sein könnten. Dies räumen die Beschwerdeführer denn auch selber ein, indem sie bloss von einem "Übernahmeverschulden" sprechen. Einer Forderung auf Ersatz eines Direktschadens aus entsprechenden Handlungen fehlt schon deshalb die Grundlage, da keine Verletzung einer Schutznorm dargetan ist (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 330).
7. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer unter solidarischer Haftbarkeit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. November 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer