Rückerstattung einer BVG-Leistung; Darlehensvertrag, hat sich ergeben:
A.- a) Die Stiftung Z._ (nachfolgend: Klägerin) ist eine im Handelsregister eingetragene Stiftung im Sinne von Art. 80 ff. ZGB, Art. 331 OR und Art. 48 Abs. 2 BVG. Sie bezweckt die berufliche Vorsorge im Rahmen des BVG für die der Klägerin angeschlossenen Arbeitgeber. Für diese Unternehmungen betreibt sie die Vorsorge zugunsten der Arbeitgeber und Arbeitnehmer gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Tod und Invalidität.
Domizilhalterin der Klägerin war die von A._ beherrschte und geführte Treuhandgesellschaft Y._ AG. A._ war ausserdem Stiftungsratspräsident der Klägerin und hatte zudem bis Ende 1994 Einsitz im Verwaltungsrat der X._ AG (nachfolgend: Beklagte), für die er seit Jahren im Rahmen eines Treuhandmandates die Buchhaltung führte. Dem Stiftungsrat der Klägerin gehörte in der fraglichen Zeit auch B._ an.
B._ ist Verwaltungsratspräsident, Alleinaktionär und Geschäftsführer der Beklagten, welche eine Autogarage betreibt. Die Beklagte hatte sich mit Wirkung vom 15. Juli 1990 der Klägerin angeschlossen.
b) Im Frühjahr 1994 befand sich die Beklagte in einem finanziellen Engpass. Sie benötigte Mittel, um ausstehende Warenumsatzsteuern zu begleichen. Vor diesem Hintergrund fand eine Besprechung zwischen B._ und A._ statt. Deren Inhalt und die damals getroffene Vereinbarung sind zwischen den Parteien umstritten.
Am 29. März 1994 stellte die Klägerin zu Gunsten der Beklagten einen Check über Fr. 170'000. -- an die Ordre der Eidgenössischen Warenumsatzsteuer aus. Dieser Checkbezug ermöglichte der Beklagten, die ausstehende Steuerschuld zu bezahlen.
Ende 1994 kam es zum Bruch der langjährigen Geschäftsbeziehungen zwischen A._ und B._. In der Folge wurde der Anschlussvertrag mit der Klägerin aufgelöst und die Beklagte wechselte zur Pensionskasse Auto- und Zweiradgewerbe in Bern. Die Klägerin überwies die entsprechenden Beträge an die neue Pensionskasse.
B.- Nachdem die Beklagte verschiedene Aufforderungen seitens der Klägerin zur Rückzahlung der erbrachten Leistung unbeachtet liess, reichte die Klägerin am 27. August 1997 beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein. In dieser verlangte sie die Rückerstattung der ausgerichteten Fr. 170'000. -- nebst Zins. Mit Entscheid vom 24. Juni 1999 hiess das Handelsgericht die Klage gut. Die von der Beklagten gegen dieses Urteil eingereichte kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wurde mit Entscheid vom 4. September 2000 vom Kassationsgericht des Kantons Zürich abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte.
C.- Die Beklagte führt gegen das Urteil des Handelsgerichts Berufung an das Bundesgericht und verlangt dessen Aufhebung sowie die Abweisung der Klage, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. Die Klägerin beantragt die Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Das BVG sieht für Streitigkeiten zwischen Vorsorgeeinrichtungen, Arbeitgebern und Anspruchsberechtigten eine besondere sachliche Zuständigkeit vor (Art. 73 BVG). Entscheide der entsprechenden letzten kantonalen Instanzen können sodann an das eidgenössische Versicherungsgericht weitergezogen werden (Art. 74 Abs. 4 BVG). Diese besondere Zuständigkeit besteht jedoch nur für Streitigkeiten, bei denen sozialversicherungsrechtliche Ansprüche zu beurteilen sind. Dreht sich die Auseinandersetzung zwischen den genannten Parteien jedoch um andere, zivilrechtliche Ansprüche, so sind die ordentlichen Zivilgerichte anzurufen. Die Zuständigkeit richtet sich somit nach der rechtlichen Grundlage des geltend gemachten Anspruches.
Vorliegend stützt die Klägerin ihren Anspruch auf einen Darlehensvertrag. Das Handelsgericht hat sich demzufolge zu Recht für zuständig erklärt. Somit ist die Berufung ans Bundesgericht gegeben.
2.- Das Handelsgericht hat die Klage mit einer doppelten Begründung geschützt. Es hält einerseits fest, dass ein Darlehensvertrag zustande gekommen sei und deshalb ein vertraglicher Anspruch auf Rückzahlung mit Zins bestehe. Ein tatsächlich übereinstimmender Wille sei zwar diesbezüglich nicht nachgewiesen, es liege aber ein normativer Konsens vor. In einer Alternativbegründung hält es fest, dass der eingeklagte Anspruch auch aufgrund der vorsorgerechtlichen Bestimmungen bestünde. Die Beklagte macht wie bereits im kantonalen Verfahren auch vor Bundesgericht geltend, es liege gar kein Darlehensvertrag vor. Insofern habe das Handelsgericht die Bestimmungen über das Zustandekommen eines Vertrages verletzt. Soweit der Rückerstattungsanspruch sich auf das Sozialversicherungsrecht oder auf ungerechtfertigte Bereicherung abstütze, sei dieser überdies verjährt.
Die Beklagte rügt somit die Verletzung von Bundeszivilrecht und auf die Berufung ist einzutreten. Nachdem die Vorinstanz sich nicht darüber ausgesprochen hat, ob die Sachverhaltsdarstellung der Klägerin oder der Beklagten zutreffe, ist von jener der Beklagten auszugehen. Dabei ist für das Bundesgericht aber verbindlich, wie das Handelsgericht diese Darstellung zusammengefasst hat. Darin ist eine Sachverhaltsfeststellung zu erblicken, an die das Bundesgericht im Berufungsverfahren gebunden ist (Art. 63 Abs. 2 OG). Soweit die Beklagte in ihrer Berufung von einem anderen Sachverhalt ausgeht, ist auf die Ausführungen nicht einzutreten.
3.- Um zu klären, ob ein Vertrag zustande gekommen ist, muss das Gericht in erster Linie auf den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien abstellen (Art. 18 Abs. 1 OR). Nur wenn kein solcher festgestellt werden kann, hat das Gericht zu klären, welchen Sinn die Parteien ihren gegenseitigen Äusserungen nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr zumessen durften und mussten (<ref-ruling> E. 2b). Dabei sind nicht nur die Erklärungen der Parteien massgebend, sondern ebenso die Umstände, unter denen sie abgegeben worden sind (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a/aa mit Hinweisen). Der Vertrag kommt somit aufgrund eines normativen Konsenses zustande, sofern eine Partei in ihrem Vertrauen auf den objektiv richtig gedeuteten Vertragsinhalt zu schützen ist, selbst wenn die Parteien sich tatsächlich nicht einig geworden sind (Kramer, Berner Kommentar, N 126 zu Art. 1 OR).
a) Vorliegend behauptet die Beklagte, sie habe nie einen Darlehensvertrag gewollt. Sie bestreitet aber nicht, das Geld zur Bezahlung der Steuerforderung erhalten zu haben. Zudem hat sie stets unterlassen darzutun, welche rechtsgeschäftliche Bedeutung sie der Entgegennahme des Geldes beigemessen hat. Mangels entsprechender Behauptungen konnte die Vorinstanz auch nicht über den tatsächlichen Willen der Beklagten Beweis erheben. Will die Beklagte geltend machen, sie habe sich dabei überhaupt nichts gedacht, legt sie selber dar, dass kein tatsächlicher Wille bestanden hat. Das Handelsgericht hat deshalb zu Recht einen tatsächlichen Willen als nicht erstellt erachtet und das Verhalten der Parteien nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt.
b) Veranlasst ein Unternehmen, welches sich in Zahlungsschwierigkeiten befindet, dass ein befreundetes Unternehmen ihm eine fällige Verbindlichkeit begleicht, so kann es nach allen Gepflogenheiten im Geschäftsleben nicht damit rechnen, dass dies ohne jede Rückzahlungspflicht geschieht. Welche andere Rechtsgrundlage als ein Darlehen sich die Beklagte für die Zahlung vorstellen konnte, ist denn auch nicht ersichtlich. Mit einer Schenkung konnte die Beklagte nicht ernstlich rechnen. Dass das Sozialversicherungsrecht eine komplexe Materie darstellt, die vielen Unternehmern nicht vertraut ist, lässt sich nicht bestreiten. Daraus kann aber nicht geschlossen werden, ein Arbeitgeber könne annehmen, die Pensionskasse bezahle ihm ohne jede Gegenleistung seine Schulden. Dass sich die Beklagte keine Gedanken darüber gemacht hat, wie das Geschäft rechtlich zu qualifizieren ist, ist nachvollziehbar. Das Erkennen der rechtlichen Qualifikation eines Geschäftes ist jedoch für das Zustandekommen des Vertrages nicht notwendig. Es genügt, wenn sich die Beklagte bewusst war, dass ihr Kapital zur Verfügung gestellt wurde, welches sie zu einem späteren Zeitpunkt zurückzuerstatten hatte bzw. ihr Verhalten in diesem Sinn ausgelegt werden durfte und musste.
Was die Beklagte gegen die normative Auslegung der Vorinstanz vorbringt, überzeugt nicht. Abgesehen davon, dass sie sich diesbezüglich auf keine Feststellungen der Vorinstanz abstützen kann, kommt der Frage, wie die entsprechenden Beträge verbucht worden sind, keinerlei Bedeutung zu.
Wie noch zu zeigen sein wird, war die Gewährung eines Darlehens möglicherweise rechtswidrig. Die Klägerin hatte aus diesem Grund wohl auch ein Interesse daran, den Vorgang möglichst zu verdecken. Soweit die Beklagte mit ihrer Unkenntnis in sozialversicherungrechtlichen Belangen argumentiert, macht sie sinngemäss geltend, sie habe nicht gewusst, dass die Pensionskassengelder nicht ihr gehörten. Der Beklagten kann aber nicht entgangen sein, dass es sich bei der Klägerin um eine selbständige juristische Person mit eigenen Organen handelt, in denen sogar der Geschäftsführer und Inhaber der Beklagten selber Einsitz genommen hat.
DienormativeAuslegungderVorinstanzunddieBejahungdesVorliegenseinesDarlehensvertragesistbundesrechtlichnichtzubeanstanden.
4.- Für den Fall des Zustandekommens eines Darlehensvertrages macht die Beklagte geltend, der Rückforderungsanspruch bestehe nicht, da der Vertrag widerrechtlich sei.
a) Ein Vertrag, der einen widerrechtlichen Inhalt aufweist, ist gemäss Art. 20 OR nichtig. Nichtigkeit bedeutet, dass der Vertrag ex tunc keine rechtsgeschäftlichen Wirkungen entfaltet (<ref-ruling> E. 4; Kramer, a.a.O., N 309 ff. zu Art. 19-20 OR). Die Unwirksamkeit ist von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 3), kann aber auch von jedermann und jederzeit geltend gemacht werden (<ref-ruling> E. 1; Kramer, a.a.O., N 315 f. zu Art. 19-20 OR; Claire Huguenin Jacobs, Basler Kommentar, N 53 zu Art. 19/20 OR).
Widerrechtlich im Sinne dieser Bestimmung ist ein Vertrag nach der Praxis des Bundesgerichts, wenn sein Gegenstand, der Abschluss mit dem vereinbarten Inhalt oder sein mittelbarer Zweck gegen objektives Recht verstösst. Voraussetzung der Nichtigkeit ist jedoch, dass diese Rechtsfolge ausdrücklich im betreffenden Gesetz vorgesehen ist oder sich aus Sinn und Zweck der verletzten Norm ergibt (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 4a, je mit Hinweisen). Überdies ist die Rechtsfolge des Gesetzesverstosses regelmässig dann nicht die Nichtigkeit, wenn nur die subjektive Beteiligung eines der Vertragspartners verboten ist. Vielmehr muss der Inhalt des Vertrages selber widerrechtlich sein (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b).
b) Die Beklagte macht geltend, das Darlehen sei widerrechtlich, weil die Klägerin damit gegen die für die
Pensionskassen geltenden Anlagevorschriften verstossen habe. Gemäss Art. 57 BVV 2 sind Anlagen beim Arbeitgeber nur in einem beschränkten Umfang zulässig. Ob die entsprechenden Schrankenvorliegendeingehaltenwordensind, lässtsichnichtbeurteilen, istaberauchnichtentscheidend.
Das Darlehen hat grundsätzlich weder einen rechtswidrigen Inhalt, noch wurde damit ein rechtswidriger Zweck verfolgt. Vielmehr hätte die Darlehensgeberin möglicherweise ihr Vermögen nicht so anlegen dürfen. Die Rechtswidrigkeit besteht somit einzig in der subjektiven Beteiligung der Klägerin. Dies reicht jedoch, wie dargelegt, nicht aus, um Nichtigkeit gemäss Art. 20 OR zu begründen.
5.- Das Handelsgericht hat somit zu Recht einen Rückforderungsanspruch aus Darlehen bejaht. Ob der Anspruch der Klägerin auch begründet wäre, wenn kein Darlehensvertrag vorläge, braucht deshalb nicht näher geprüft zu werden. Entsprechend ist die diesbezügliche Kritik der Beklagten in der Berufung ebenso gegenstandslos wie ihre Ausführungen zur Frage der Verjährung im Falle eines Bereicherunganspruches.
Die Vorinstanz hat ebenfalls zu Recht angenommen, dass Darlehen unter Geschäftsleuten auch ohne besondere Absprache zu verzinsen sind. Die geforderten Beträge wurden von der Beklagten nicht bestritten.
6.- Demnach ist die Berufung unbegründet. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die Beklagte die Gerichtskosten zu tragen und der Klägerin eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 156 und 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons
Zürich vom 24. Juni 1999 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 6'000. -- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche
Verfahren mit Fr. 8'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Januar 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: