Faits:
A.
S._ a travaillé au service d'une entreprise du bâtiment en qualité de maçon, singulièrement de manoeuvre sur des chantiers. A ce titre, il était assuré obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: la CNA). Le 7 mars 2006, il a été victime d'un accident sur un chantier, où il a été enseveli par un pan de terre alors qu'il était occupé à remblayer une fouille dont le bord s'est affaissé partiellement. Libéré à la main puis à l'aide d'une pelle, d'abord au niveau de la tête et des mains, avant d'être entièrement déterré, il a été emmené au Centre hospitalier X._, où les médecins n'ont pas décelé de lésion anatomique. Il a quitté le jour même cet établissement. L'assuré a consulté le docteur B._ (spécialiste FMH en médecine générale) les 8 et 9 mars 2006. Dans un rapport médical du 11 mars 2006, ce médecin a diagnostiqué des contusions multiples, une entorse de la cheville et de l'épaule droites, ainsi qu'une compression du pli inguinal avec probable lésion/étirement du nerf fémoral gauche. Il a adressé le patient au docteur C._ (spécialiste FMH en neurologie), qui a procédé à des examens le 20 mars 2006 et a posé le diagnostic de contusion du nerf crural gauche (rapport médical du 21 mars 2006). Dans un rapport médical intermédiaire du 14 avril 2006, le docteur B._ a évoqué un syndrome post-traumatique probable. La CNA a pris en charge le cas.
Du 9 mai au 20 juin 2006, S._ a séjourné à la Clinique Y._ pour une rééducation de la ceinture scapulaire et de la cheville droites. Au cours de ce séjour, où divers examens ont été effectués par les médecins au niveau de la cheville et de l'épaule droites et du rachis cervical, le docteur A._ (spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie), médecin associé, a indiqué dans un consilium psychiatrique du 15 mai 2006 que du point de vue symptomatique, l'assuré présentait quelques signes allant dans le sens d'un état de stress post-traumatique (dont des cauchemars occasionnels, des phénomènes de reviviscences diurnes et des comportements d'évitement) et que ces éléments restaient de degré modéré, à la limite du diagnostic de "post-traumatic stress disorder" (PTSD) au sens strict. Dans un rapport du 11 juillet 2006, les docteurs O._ (spécialiste FMH en rhumatologie), chef de clinique, et I._, médecin-assistante, ont posé le diagnostic primaire de thérapies physiques et fonctionnelles et les diagnostics secondaires de cervicalgies latérales droites, d'entorse de la cheville droite au décours, de tendinopathie dégénérative du supra-épineux et de la portion supérieure de l'infra-épineux droit et de status post-traumatique de l'épaule et de la cheville droites après ensevelissement dans une tranchée. Ils concluaient à une capacité de travail nulle dans l'activité de maçon du 21 au 25 juin 2006 et à la reprise de cette activité à but thérapeutique dès le 26 juin 2006.
A partir du 28 juin 2006, S._ a été mis à l'arrêt de travail par le docteur B._, qui, dans un rapport médical intermédiaire du 24 juillet 2006 (sous la rubrique relative au diagnostic) a mentionné un stress post-traumatique et la suspicion d'un syndrome douloureux chronique. Dans un examen du 29 septembre 2006, le docteur L._ (spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie), psychiatre-conseil de la CNA, a posé le diagnostic d'état de stress post-traumatique ([CIM-10] F43.1) en décours et d'épisode dépressif moyen, sans syndrome somatique (F32.10); il indiquait qu'actuellement l'assuré était totalement incapable de travailler.
Le docteur D._ (examen par le médecin d'arrondissement du 25 octobre 2006) a adressé S._ aux médecins de Y._, établissement où celui-ci a séjourné à nouveau du 31 octobre au 29 novembre 2006. Dans un consilium psychiatrique du 6 novembre 2006, le docteur A._ a relevé une évolution psychologique qui se faisait vers une symptomatologie de douleurs chroniques et vers la revendication d'examens médicaux complémentaires, sur lesquels le patient faisait reposer des attentes clairement surfaites. Dans un rapport du 15 décembre 2006, les docteurs O._ et E._ (médecin-assistant) ont posé le diagnostic primaire de thérapies physiques et fonctionnelles et les diagnostics secondaires de traumatisme de l'épaule et de la cheville droites après ensevelissement dans une tranchée, de tendinopathie dégénérative du supra-épineux et de la portion supérieure de l'infra-épineux droit, de cervicalgies et dorsolombalgies, de gonalgies gauches, de douleurs du pli de l'aine gauche et de douleurs résiduelles de la cheville droite. Ils indiquaient que sur le plan psychologique les éléments d'état de stress post-traumatique étaient en régression par rapport au précédent séjour et ne justifiaient pas le diagnostic d'état de stress post-traumatique, qu'il n'y avait du point de vue purement biomédical aucune justification à la poursuite à long terme d'une incapacité de travail, que cependant au vu du conflit avec l'employeur et des facteurs non médicaux intervenant dans cette situation, le pronostic d'une reprise réelle d'une activité professionnelle à court terme était réservé.
Un essai de reprise du travail à but thérapeutique a eu lieu dès le 22 janvier 2007. Dans un rapport médical intermédiaire du 18 juin 2007, la doctoresse H._, médecin du Cabinet d'antalgie Z._, a diagnostiqué des douleurs chroniques invalidantes et un état anxieux et dépressif réactionnel. Dans un avis du 29 juin 2007, le docteur L._ a noté que le lien de causalité naturelle entre les troubles actuels et l'accident était indiscutable. Après que la doctoresse H._ eut proposé dans un rapport médical intermédiaire du 2 octobre 2007 une reprise progressive du travail, tout d'abord à un taux de 20 % puis à celui de 50 %, la CNA a invité S._ à reprendre son activité le 2 novembre 2007. Interpellé, l'employeur a estimé que l'assuré, dont le rendement au travail était nul, ne faisait qu'acte de présence. Dans un examen par le médecin d'arrondissement du 5 mars 2008, le docteur D._, tout en relevant que l'assuré ne travaillait plus du tout, même pas à titre thérapeutique, a constaté qu'il n'y avait pas de séquelles organiques, en particulier que la mobilité du rachis, de l'épaule et de la cheville était pratiquement physiologique.
Le 20 juin 2008, la CNA a procédé à la reconstitution de l'accident du 7 mars 2006 sur les lieux de l'événement, en présence de S._ et de son mandataire, du témoin F._ et de plusieurs personnes faisant partie du personnel au service de l'employeur. Des photographies, prises à l'époque de l'accident, ont été produites. Le rapport de la CNA, daté également du 20 juin 2008, ainsi que les photographies ont été communiquées à l'assuré, qui a déposé ses observations le 24 juillet 2008.
Par lettre du 4 juillet 2008, le docteur B._ a adressé le patient au docteur C._ pour un problème de tensions musculaires diffuses récidivantes, "aspect de syndrome douloureux chronique". Dans un rapport du 15 juillet 2008, le docteur C._, qui a examiné l'assuré le même jour, a posé le diagnostic de rachialgies avec contracture musculaire paravertébrale post-traumatique. Début août 2008, S._ a produit un document du psychologue U._, intitulé "Expertise psychopathologique", du 23 juillet 2008.
Dans une note du 14 août 2008, le docteur L._ a confirmé ses avis précédents en ce qui concerne l'existence d'un lien de causalité naturelle entre les troubles psychiques et l'accident du 7 mars 2006. Par décision du 17 septembre 2008, la CNA a informé S._ qu'il n'y avait plus de séquelles organiques de l'accident nécessitant un traitement, qu'on était en présence de troubles psychogènes n'ayant aucune relation de causalité avec l'événement du 7 mars 2006 et qu'il était - pour les seules suites de cet événement - apte à travailler à 100 % à partir du 1 er novembre 2008, de sorte que le versement de l'indemnité journalière aurait lieu jusqu'au 31 octobre 2008. Une copie de la décision a été communiquée à l'employeur, qui a mis fin aux rapports de travail avec l'assuré au 31 octobre 2008. S._ a formé opposition contre cette décision le 7 octobre 2008 et produit un document du docteur B._ du 24 octobre 2008. Par lettre du 14 novembre 2008, la CNA, précisant les motifs de sa décision, a admis qu'il ressortait du dossier des éléments en faveur d'un lien de causalité naturelle entre les troubles psychiques et l'accident, mais nié qu'il y eût entre eux une relation de causalité adéquate. L'assuré a complété l'opposition le 24 novembre 2008 en sollicitant une expertise pluridisciplinaire et produit un document de la doctoresse H._ du 1er décembre 2008. Par décision du 16 février 2009, la CNA a rejeté l'opposition au sens des considérants.
B.
S._ a formé recours contre cette décision devant le Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour des assurances sociales, qui l'a transmis au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, comme objet de sa compétence. Il concluait, sous suite de dépens, à l'annulation de la décision sur opposition du 16 février 2009. A titre principal, il demandait de continuer à bénéficier de l'intégralité des prestations de l'assurance-accidents en lien avec "les événements du 7 mars 2006" - soit le versement des indemnités journalières et la prise en charge du traitement médical -et à bénéficier par la suite de l'allocation d'une rente d'invalidité et d'une indemnité pour atteinte à l'intégrité. A titre subsidiaire, il requérait la mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire.
La CNA a conclu dans sa réponse au rejet du recours. Dans ses observations, S._ a réitéré sa requête tendant à la mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire. La CNA a nié que cette mesure soit utile, la contestation portant uniquement sur l'existence d'un lien de causalité adéquate entre les troubles psychiques de l'assuré et l'accident du 7 mars 2006.
Par arrêt du 9 juillet 2012, la juridiction cantonale a rejeté le recours.
C.
S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de frais et dépens pour les instances fédérale et cantonale, à son annulation. A titre principal, il demande que la décision sur opposition du 16 février 2009 soit modifiée en ce sens qu'il continue à bénéficier de l'intégralité des prestations de l'assurance-accidents en lien avec "les événements du 7 mars 2006" - soit le versement des indemnités journalières et la prise en charge du traitement médical. A titre subsidiaire, il demande que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour complément d'instruction sous la forme d'une expertise psychiatrique, à confier à un spécialiste des troubles post-traumatiques.
La CNA conclut au rejet du recours. La juridiction cantonale déclare qu'elle n'a pas d'observations à formuler. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière de droit public (art. 82 s. LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est ainsi recevable.
2.
2.1. Le litige porte sur le point de savoir si l'intimée était fondée, par sa décision sur opposition du 16 février 2009, à supprimer le droit du recourant à des prestations d'assurance (traitement médical et indemnité journalière) avec effet au 31 octobre 2008. Singulièrement, il porte sur le point de savoir si l'accident du 7 mars 2006, dont le degré de gravité est contesté, est en relation de causalité adéquate avec les troubles d'ordre psychique du recourant.
2.2. Lorsque le jugement entrepris porte sur des prestations en espèces et en nature de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral constate avec un plein pouvoir d'examen les faits communs aux deux objets litigieux et se fonde sur ces constatations pour statuer, en droit, sur ces deux objets. En revanche, les faits qui ne seraient pertinents que pour statuer sur le droit aux prestations en nature ne sont revus que dans les limites définies par les art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF (arrêts 8C_491/2012 du 3 mai 2013 consid. 2, 8C_959/2011 du 19 décembre 2012 consid. 2, 8C_522/2011 du 6 juillet 2012 consid. 2, 8C_115/2011 du 26 janvier 2012 consid. 2).
3.
L'intimée, dans la décision sur opposition du 16 février 2009, a qualifié l'événement du 7 mars 2006 d'accident de gravité moyenne, lequel n'était pas à la limite des accidents graves. Tout en admettant qu'il revêtait une certaine intensité dans son déroulement, elle a nié qu'il soit en relation de causalité adéquate avec les troubles d'ordre psychique du recourant.
Les premiers juges ont considéré qu'au vu de son déroulement, l'événement du 7 mars 2006 devait être rangé dans la catégorie des accidents de gravité moyenne, sans être à la limite des accidents graves. Ils ont retenu que seul le critère du caractère particulièrement impressionnant de l'accident était rempli sur l'ensemble des critères à prendre en considération lors de l'examen du caractère adéquat du lien de causalité, sans toutefois revêtir une intensité particulière pour que le caractère adéquat du lien de causalité puisse être admis en ce qui concerne les troubles psychiques de l'assuré.
4.
4.1. Le recourant, se référant à l'arrêt <ref-ruling> consid. 4d p. 407, fait valoir que l'administration et le juge, pour se prononcer sur le lien de causalité adéquate entre l'accident et les troubles psychiques qui l'ont suivi, doivent disposer de renseignements particulièrement fiables, fournis en règle générale par un spécialiste en psychiatrie, et que la mise en oeuvre d'une expertise psychiatrique apparaît indispensable. Il allègue que l'intimée et les premiers juges ne disposaient pas de toutes les informations nécessaires pour trancher la question du lien de causalité adéquate, singulièrement pour évaluer correctement la gravité de l'accident et son caractère particulièrement impressionnant, et que le dossier de la cause a été insuffisamment instruit sous cet angle.
4.2. L'arrêt <ref-ruling> consid. 4d p. 407 n'est d'aucun secours au recourant. Au consid. 4d de cet arrêt, le Tribunal fédéral des assurances a exposé le contenu des précisions qu'il avait apportées dans les arrêts <ref-ruling> consid. 3e p. 315 et 321 consid. 2b p. 324. Or, au consid. 6 p. 410 s. de l'arrêt <ref-ruling> (ainsi qu'au consid. 7 p. 141 s. de l'arrêt <ref-ruling>), le Tribunal fédéral des assurances a indiqué pourquoi il convenait de renoncer à la formulation utilisée dans les arrêts <ref-ruling> consid. 3e p. 316 et 321 consid. 2b p. 324, dans la mesure où, notamment, ils faisaient référence à la personnalité de l'assuré antérieure à l'accident.
Le recourant se fonde pour l'essentiel sur la personnalité qui était la sienne avant l'accident du 7 mars 2006 et sur la manière dont il a ressenti l'événement traumatique pour motiver sa requête d'expertise psychiatrique, soit sur des éléments qui ne sont pas décisifs pour apprécier le degré de gravité de l'accident et le caractère particulièrement impressionnant de celui-ci (voir aussi, sur ce point, les consid. 5.2 et 6.1 ci-dessous du présent arrêt). En rejetant sa requête d'expertise psychiatrique, les premiers juges n'ont pas violé le droit fédéral. Le recours est mal fondé sur ce point.
5.
Les premiers juges ont retenu que le recourant, alors qu'il se trouvait dans une tranchée de deux mètres de profondeur environ, avait été entièrement enseveli par de la terre suite à un affaissement, que le casque qu'il portait avait été fendu mais que lui-même n'avait pas perdu connaissance, qu'un collègue lui avait rapidement libéré la tête et les mains et qu'au bout de quelques minutes il avait pu être entièrement déterré et qu'il n'avait pas subi de fractures.
5.1. Le recourant fait valoir que la tranchée dans laquelle il se trouvait était d'une profondeur non pas de deux mètres environ, mais de 240 cm au moins et de 270 cm au plus, comme cela ressort du rapport de l'intimée du 20 juin 2008 ainsi que des photographies produites, et que sur ce point la juridiction cantonale a établi les faits de façon manifestement inexacte. Il en infère que cet élément est important pour apprécier le degré de gravité de l'accident, dans la mesure où le volume et la masse de terre en mouvement étaient en rapport avec la profondeur de la tranchée et où l'impact de l'effondrement n'était ainsi pas du tout le même dans l'hypothèse où la fouille, au lieu d'être d'une profondeur de deux mètres ou moins, était d'une profondeur de 240 cm, voire 270 cm. Le fait que le casque de chantier, construit pour absorber des chocs particulièrement violents (jusqu'à 5 "KN"), s'est fendu est aussi un élément attestant la violence de l'impact.
5.2. Le degré de gravité d'un accident s'apprécie d'un point de vue objectif, en fonction de son déroulement; il ne faut pas s'attacher à la manière dont la victime a ressenti et assumé le choc traumatique (<ref-ruling> consid. 6c/aa p. 140, 403 consid. 5c/aa p. 409; JEAN-MAURICE FRÉSARD/MARGIT MOSER-SZELESS, L'assurance-accidents obligatoire, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], 2 ème édit., n° 89 s.). Sont déterminantes les forces générées par l'accident et non pas les conséquences qui en résultent (arrêts 8C_398/2012 du 6 novembre 2012 consid. 5.2 in SVR 2013 UV Nr. 3 p. 8, 8C_435/2011 du 13 février 2012 consid. 4.2 in SVR 2012 UV Nr. 23 p. 84). La gravité des lésions subies ne doit être prise en considération à ce stade de l'examen que dans la mesure où elle donne une indication sur les forces en jeu lors de l'accident (arrêt 8C_826/2011 du 17 décembre 2012, consid. 6.1 et les références).
5.3. Du jugement entrepris, il ressort que les intéressés, dans les déclarations qu'ils ont faites lors de la reconstitution du 20 juin 2008 de l'accident, telles que consignées dans le rapport de l'intimée daté du même jour, ont évalué la profondeur de la tranchée dans laquelle le recourant travaillait lors de l'accident à 140 cm au minimum et à 270 cm au maximum. Il résulte du rapport du 20 juin 2008 mentionné ci-dessus que l'assuré a affirmé à ce moment-là que la fouille était d'une profondeur de 250-270 cm, alors que les machinistes G._ et M._ ont tous deux déclaré que la fouille à l'endroit de l'accident était d'une profondeur de 200 cm environ. Sur le vu des déclarations des machinistes G._ et M._, les affirmations du recourant (supra, consid. 5.1) ne permettent pas de considérer que les premiers juges, en retenant qu'il se trouvait dans une tranchée de deux mètres de profondeur environ, ont violé le droit fédéral dans l'application des règles pertinentes du droit matériel et de preuve (<ref-law>).
5.4. Le degré de gravité de l'accident s'apprécie d'un point de vue objectif, en fonction de son déroulement, ce qu'a fait la juridiction cantonale en se fondant en premier lieu sur le rapport de l'intimée du 20 juin 2008, où sont consignés les éléments qui ressortent de la reconstitution de l'événement du 7 mars 2006. Avec raison, les premiers juges ont considéré qu'il n'y avait pas lieu de s'attacher à la manière dont le recourant avait ressenti et assumé le choc traumatique et que la peur de l'assuré d'être étouffé et la reviviscence de sa part d'un choc traumatique n'étaient donc pas déterminantes, ce qui vaut également en ce qui concerne le temps nécessaire pour dégager le recourant de la fouille où il était enseveli (supra, consid. 5.2). Tel qu'il s'est déroulé selon les éléments retenus par la juridiction cantonale, l'accident du 7 mars 2006 consiste dans un seul événement. Le jugement entrepris, en tant qu'il qualifie cet événement d'accident de gravité moyenne stricto sensu, n'apparaît pas critiquable (arrêts [du Tribunal fédéral des assurances] U 330 du 15 septembre 1998, consid. 4b/bb in RAMA 1999 p. 122 s., et U 38/89 du 13 novembre 1989 consid. 8a). Le recours est également mal fondé de ce chef.
6.
Le recourant fait valoir que le critère du caractère particulièrement impressionnant de l'accident revêt en l'espèce une intensité particulière pour que le caractère adéquat du lien de causalité puisse être admis en ce qui concerne les troubles d'ordre psychique dont il est atteint.
6.1. Les circonstances concomitantes particulièrement dramatiques ou le caractère particulièrement impressionnant de l'accident (<ref-ruling> consid. 6c/aa p. 140 et 403 consid. 5c/aa p. 409) s'apprécient d'un point de vue objectif; il ne faut pas s'attacher à la manière dont la victime a ressenti l'accident, singulièrement au sentiment de peur qui en résulte (arrêts 8C_398/2012 du 6 novembre 2012 consid. 6.1 in SVR 2013 UV Nr. 3 p. 9, 8C_100/2011 du 1 er juin 2011 consid. 3.5.1 in SVR 2012 UV Nr. 2 p. 7).
6.2. Il n'est pas démontré par une argumentation qui réponde aux exigences de l'<ref-law> que le critère du caractère particulièrement impressionnant de l'accident revête en l'espèce une intensité particulière. Le jugement entrepris, en tant qu'il nie que ce critère soit revêtu d'une intensité particulière pour que le caractère adéquat du lien de causalité puisse être admis en ce qui concerne les troubles d'ordre psychique du recourant, est conforme au droit fédéral (voir aussi arrêt [du Tribunal fédéral des assurances] U 38/89 du 13 novembre 1989 consid. 8b, et le résumé in RAMA 1999 p. 123 s.).
Vu ce qui précède, l'intimée était fondée, par sa décision sur opposition du 16 février 2009, à supprimer le droit du recourant à des prestations d'assurance avec effet au 31 octobre 2008, relativement à l'accident du 7 mars 2006.
7.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant, qui succombe (<ref-law>). Il ne saurait prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 17 juillet 2013
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Leuzinger
Le Greffier: Wagner