Faits :
A.
Le 5 mars 2012, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après: les CFF) ont soumis à l'approbation de l'Office fédéral des transports (ci-après: l'OFT) les plans concernant le projet "Coppet-Genève" portant sur des mesures visant à augmenter la cadence du trafic régional sur ce tronçon; il est notamment prévu de construire un îlot de croisement à Chambésy.
L'OFT a ouvert une procédure ordinaire d'approbation des plans le 19 avril 2012, avec mise à l'enquête publique dans les communes concernées par les travaux. Le projet a suscité plusieurs oppositions, dont celle de A._ et B._.
Le 20 décembre 2013, l'OFT a approuvé le projet des CFF et rejeté l'opposition des intéressés. Par acte du 5 février 2014, A._ et B._ ont recouru au Tribunal administratif fédéral contre cette décision.
Dans le cadre de l'instruction, interpellé par le Tribunal administratif fédéral sur la question de la recevabilité du recours, l'OFT a produit un relevé du service postal track & trace. Selon ce document, la décision attaquée a fait l'objet d'une première notification infructueuse le 23 décembre 2013, à la poste du Grand-Saconnex; elle a cependant, en raison d'une demande de garde du courrier formulée le 21 novembre 2013 par les intéressés, été conservée par La Poste jusqu'à leur retour de vacances, le 6 janvier 2014, date à laquelle elle a effectivement été retirée à l'office de Chambésy. Il ressort également de ce relevé que la décision de l'OFT a été remise à ce dernier office postal le 24 décembre 2013. Estimant que la distribution est intervenue au plus tard à cette date, et non le 6 janvier 2014, le tribunal a, dans son arrêt du 16 janvier 2015, jugé que le délai pour recourir est arrivé à échéance au plus tard le 3 février 2014 et que le recours, déposé le 5 février 2014, était par conséquent tardif.
B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué. Ils sollicitent également le renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision tenant compte, dans le cadre de l'examen de la recevabilité, de la date de notification effective de la décision de l'OFT (6 janvier 2014).
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à se déterminer. Pour l'OFT, le recours ne contient aucun élément permettant de remettre en cause les faits établis par l'instance précédente; il s'en remet à justice pour les questions de droit. Les intimés (CFF) concluent au rejet du recours. Les recourants ont maintenu leurs conclusions en réplique et aux termes d'ultimes observations.

Considérant en droit :
1.
Dans une procédure administrative, l'auteur d'un recours déclaré tardif est habilité à contester l'arrêt d'irrecevabilité par un recours en matière de droit public lorsque, comme en l'espèce (cf. art. 82 al. 1 let. a et 86 al. 1 let. a LTF), l'arrêt au fond de l'autorité intimée aurait pu être déféré au Tribunal fédéral par cette voie (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 149).
Les recourants, en tant que voisins du projet litigieux, peuvent se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que le fond de la cause soit examiné par l'instance précédente (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 301; <ref-ruling> consid. 1b p. 126). Ils ont donc la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont au surplus réunies de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur la question de la tardiveté du recours interjeté devant le Tribunal administratif fédéral, respectivement sur celle de son irrecevabilité.
2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants reprochent au Tribunal administratif fédéral d'avoir établi les faits de manière manifestement inexacte.
2.1. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Si les recourants entendent s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, ils doivent expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 10.1 p. 444; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
2.2. Les recourants estiment que le Tribunal administratif fédéral aurait omis de tenir compte de certains faits essentiels à l'application des art. 20 al. 1 et 2bis et 50 al. 1 de la loi fédérale sur la procédure administrative du 20 décembre 1968 (PA; RS 172.021). A les comprendre, l'instance précédente aurait dû constater qu'en parvenant à la poste et en y étant retenue, la décision de l'OFT n'a pas été placée dans leur sphère de pouvoir et qu'une organisation normale de leurs affaires n'aurait pas permis de faire suivre le courrier sur leur lieu de vacances. Les recourants soutiennent également que le tribunal aurait dû retenir qu'il n'y a eu aucune tentative infructueuse de distribution et qu'ils n'ont pas été informés de l'arrivée de cette décision à l'office postal; ils prétendent encore qu'il leur était impossible de déterminer la date exacte de cette remise, faute d'avoir accès aux informations track & trace de La Poste.
Il n'y a pas lieu de suivre les recourants dans cette voie. En effet, l'arrêt attaqué décrit en détail le cheminement de la décision litigieuse, parvenue à l'office de poste des recourants le 24 décembre 2013, et reconnaît tout aussi clairement que ce n'est que le 6 janvier 2014 qu'elle a été effectivement remise à la recourante. Savoir si une tentative de distribution infructueuse au sens de l'<ref-law> est intervenue au cours de ce processus, respectivement quand celle-ci est intervenue, est une question de droit, qui sera examinée ci-après.
C'est par ailleurs de manière totalement appellatoire que les recourants affirment qu'une organisation normale de leurs affaires ne leur aurait pas permis de faire suivre le courrier sur leur lieu de vacances. Ils n'expliquent pas en quoi le Tribunal administratif fédéral aurait versé dans l'arbitraire en ne retenant pas ce point. Cet élément est quoi qu'il en soit sans pertinence: en effet, quand bien même on retiendrait qu'il était impossible aux recourants de faire ainsi suivre leur courrier, cela n'exclurait pas que d'autres mesures adéquates étaient néanmoins envisageables pour assurer un suivi (cf. consid. 3.1 et 3.5.2).
Enfin, savoir si les recourants disposaient ou non des informations contenues dans le relevé track & traceest sans influence sur la détermination de la date de notification (cf. consid. 3.3.3); leur argumentation apparaît toutefois douteuse dans la mesure où, comme l'a rappelé l'OFT, le numéro de référence permettant d'obtenir le suivi d'un envoi auprès des services postaux se trouve en principe sur l'enveloppe contenant l'acte judiciaire; le contraire ne ressort d'ailleurs pas des pièces produites dans ce cadre par les recourants - dont la recevabilité est au demeurant incertaine (cf. <ref-law>).
2.3. Sur le vu de ce qui précède, les griefs dirigés contre l'établissement des faits doivent être rejetés, dans la mesure de leur recevabilité. Le Tribunal fédéral s'en tiendra donc aux constatations de l'autorité précédente (<ref-law>).
3.
Sur le fond, les recourants se plaignent d'une violation des règles sur la computation des délais, en particulier des art. 20 et 50 PA.
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision. Ce délai légal ne peut pas être prolongé (<ref-law>). Il ne court toutefois pas du 7 e jour avant Pâques au 7 e jour après Pâques inclusivement (<ref-law>), du 15 juillet au 15 août inclusivement (let. b), et du 18 décembre au 2 janvier inclusivement (let. c). Selon l'<ref-law>, si le délai compté par jours doit être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de la communication. Une communication qui n'est remise que contre la signature du destinataire ou d'un tiers habilité est réputée reçue au plus tard sept jours après la première tentative infructueuse de distribution (art. 20 al. 2 bis PA). Enfin, le délai est observé si le recours est remis à l'autorité ou, à son adresse, à un bureau de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse le dernier jour du délai au plus tard.
De jurisprudence constante, celui qui se sait partie à une procédure judiciaire et qui doit dès lors s'attendre à recevoir des actes du juge - condition en principe réalisée pendant toute la durée d'un procès (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.3 p. 399) -, est tenu de relever son courrier ou, s'il s'absente de son domicile, de prendre des dispositions pour que celui-ci lui parvienne néanmoins. À ce défaut, il est réputé avoir eu, à l'échéance du délai de garde, connaissance du contenu des plis recommandés que le juge lui adresse. Une telle obligation signifie que le destinataire doit, le cas échéant, désigner un représentant, faire suivre son courrier, informer les autorités de son absence ou leur indiquer une adresse de notification (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 230 et les références citées).
Le délai de garde de sept jours n'est pas prolongé lorsque La Poste permet de retirer le courrier dans un délai plus long, par exemple à la suite d'une demande de garde. En effet, des accords particuliers avec La Poste ne permettent pas de repousser l'échéance de la notification, réputée intervenue à l'échéance du délai de sept jours (<ref-ruling> consid 2a/aa p. 34, arrêt 6B_239/2011 du 22 mars 2012 consid. 3.5). Ainsi, lorsque le destinataire donne l'ordre au bureau de poste de conserver son courrier, l'envoi recommandé est réputé notifié non pas au moment de son retrait effectif, mais le dernier jour du délai de garde de sept jours suivant la réception du pli par l'office de poste du lieu de domicile du destinataire (<ref-ruling> consid. 2a/aa p. 34; arrêt 1P.81/2007 du 26 mars 2007 consid. 3.2). L'ordre donné au bureau de poste de conserver les envois ne constitue pas une mesure appropriée afin que les communications de l'autorité puissent être notifiées (cf. arrêt 1P.81/2007 du 26 mars 2007 consid. 3.2).
3.2. En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a jugé que c'est en vain que les recourants ont tenté de démontrer qu'ils ne pouvaient pas s'attendre à recevoir la décision de l'OFT, sous prétexte qu'ils imaginaient devoir être encore entendus en personne et qu'une inspection locale serait mise en oeuvre. L'instance précédente a rappelé que la procédure d'opposition n'implique pas nécessairement le droit d'être entendu oralement et que l'autorité peut, par ailleurs, renoncer à un transport sur place par appréciation anticipée des preuves.
Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique et les recourants ne le remettent au demeurant pas directement en cause. Devant le Tribunal fédéral, se référant notamment à la jurisprudence de l'instance précédente (en particulier à l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1157/2010 du 2 août 2008 consid. 1.2), ils soutiennent qu'ils ne pouvaient s'attendre à ce que l'autorité cherche à leur notifier sa décision pendant les vacances de Noël, période durant laquelle de nombreuses familles suisses seraient absentes de leur domicile. Cette argumentation ne leur est toutefois d'aucun secours, le tribunal ayant, dans l'affaire précitée, jugé que l'intéressé ne pouvait escompter recevoir une décision, non pas à cause de la notification durant la période de Noël, mais principalement en raison du fait que l'autorité concernée ne s'était pas déterminée pendant plus d'une année avant de statuer. En l'espèce, il n'en va en revanche pas de même et il faut à cet égard, avec l'instance précédente, reconnaître que l'écoulement d'un délai de quatre mois entre la dernière communication de l'OFT et la notification de la décision litigieuse constitue un délai raisonnable dans une procédure complexe d'approbation des plans, ce que les recourants ne discutent d'ailleurs pas. Ceux-ci pouvaient dès lors, dans ce délai, supposer qu'une décision serait rendue, ce d'autant plus que le dernier avis de l'autorité, daté du 28 août 2013, les informait que l'échange d'écritures était terminé et la cause gardée pour traitement. Par ailleurs, en tant que parties à une procédure judiciaire, il incombait à tout le moins aux recourants, s'ils entendaient se prévaloir de leur absence, d'en informer l'autorité, comme le commande la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 230 et les références citées; arrêts 2C_832/2014 du 20 février 2015 consid. 4.3.2; 6B_463/2014 du 18 septembre 2014 consid. 1.1; 4A_660/2011 du 9 février 2012 consid. 2.4.2).
3.3. Dès lors que les recourants devaient s'attendre à la notification de la décision attaquée, le Tribunal administratif fédéral a considéré que celle-ci, adressée sous pli recommandé (acte judiciaire), leur a été communiquée au plus tard le 24 décembre 2013, lorsqu'elle est parvenue à l'office postal de leur domicile. Les recourants ayant requis de La Poste qu'elle garde leur courrier entre le 21 décembre 2013 et le 6 janvier 2014, le tribunal a estimé qu'il était superflu de tenter une distribution effective et que la réception du pli par l'office de poste du domicile devait être assimilée à une "tentative infructueuse de distribution" au sens de l'art. 20 al. 2 bis PA. Selon l'instance précédente, en application de cette disposition, la notification de la décision est ainsi intervenue - par fiction - sept jours plus tard, le 31 décembre 2013. Compte tenu des féries de Noël (art. 22a al. 1 let. c PA), le point de départ du délai de recours ( dies a quo) a toutefois été reporté au premier jour ouvrable suivant, en l'occurrence le 3 janvier 2014 (cf. <ref-law>); le délai de trente jours est donc, selon le Tribunal administratif fédéral, venu à échéance le dimanche 2 février 2014, échéance reportée au lundi 3 février 2014 ( dies ad quem; cf. <ref-law>), de sorte que le recours déposé le 5 février 2014 l'a été tardivement.
3.3.1. Sous couvert d'une interprétation littérale et historique de l'<ref-law>, les recourants soutiennent que le Tribunal administratif fédéral ne pouvait pas assimiler la réception de la décision par l'office postal de leur domicile à une tentative infructueuse de distribution. Selon eux, par l'adoption de l'<ref-law> (mais également des <ref-law> et 38 al. 2bis de la loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales du 6 octobre 2000 [LPGA; RS 830.1] adoptés dans le cadre de la révision totale de l'organisation judiciaire et entrés en vigueur le 1er janvier 2007), le législateur fédéral a entendu régler de manière exhaustive les conditions d'une notification fictive. Ils estiment qu'à rigueur de texte seule une tentative matérielle et effective de distribution d'une communication est de nature à faire partir le délai de sept jours à l'issue duquel celle-ci est réputée notifiée; à les suivre, le législateur fédéral aurait, en adoptant ces nouvelles dispositions, voulu s'écarter de la jurisprudence antérieure, en particulier celle fixant la date de réception d'un pli recommandé, en cas de demande de garde du courrier, au jour de sa remise au bureau de poste de l'adresse de domicile du destinataire (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 492 ss). Ils appuient également cette interprétation sur les travaux préparatoires, en particulier sur le message du Conseil fédéral du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale (ci-après: le Message du Conseil fédéral; FF 2001 4000, p. 4067).
3.3.2. Comme le soulignent les recourants, cette problématique a été examinée par le Tribunal fédéral à la lumière du nouveau droit, dans un arrêt publié du 7 janvier 2008 (<ref-ruling> consid. 4 p. 51 s. et les références). Approuvée par les autres cours selon la procédure de l'<ref-law>, la IIe Cour de droit social du Tribunal fédéral a jugé qu'en vertu de l'<ref-law> - dont la teneur est identique à celle des <ref-law> et 20 al. 2bis PA - le délai de sept jours, à l'issue duquel une communication est réputée notifiée, commence à courir, en cas de demande de garde du courrier, à la remise de l'envoi à l'office de poste du domicile du destinataire. Elle a estimé que les principes dégagés à ce sujet par la jurisprudence antérieure demeuraient applicables (cf. <ref-ruling> précité, confirmé plus récemment dans un arrêt 2C_832/2014 du 20 février 2015 consid. 4.3.2; cf. également arrêts 6B_463/2014 du 18 septembre 2014 consid. 1.1; 4A_476/2013 du janvier 2014 consid. 2.1 publié in SJ 2014 I 233; 9C_1005/2012 du 19 décembre 2012 consid. 3.3).
Il n'y a pas lieu de s'écarter de cette jurisprudence. En effet, contrairement à ce que prétendent les recourants, il ne ressort pas du Message du Conseil fédéral que le législateur a souhaité s'écarter de la pratique antérieure à l'occasion de la réforme (cf. FF 2001 4000, p. 4095; cf également Message du Conseil fédéral du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse in FF 2006 6841, p. 6918 et la référence à l'<ref-ruling>: dans cette affaire, citée pour illustrer la volonté de maintenir la jurisprudence constante en matière de notification, sont notamment rappelés les principes applicables en cas de demande de garde du courrier [cf. consid. 1a p. 175 et la référence à l'<ref-ruling> précité], mentionnés ci-dessus). Bien au contraire, il apparaît que l'<ref-law> (identique aux <ref-law> et 38 al. 2bis LPGA) résulte de la codification de cette jurisprudence rendue sous l'égide des art. 145 et 169 al. 1 let. d et e de l'ancienne ordonnance (1) du 1er septembre 1967 relative à la loi sur le Service des Postes (OSP 1). Comme ces dispositions ont été abrogées au 1er janvier 1998 avec l'entrée en vigueur de l'ordonnance du 29 octobre 1997 sur la poste (OPO, art. 13 let. a [abrogé depuis lors]; RO 1997 2461), une réglementation explicite dans la loi a été jugée nécessaire (cf. JEAN MAURICE FRÉSARD, Commentaire LTF, 2014, n. 3 ad <ref-law>).
Le maintien de cette jurisprudence, qui n'est d'ailleurs pas remise en cause par la doctrine récente (cf. JEAN MAURICE FRÉSARD, op. cit., n. 16 ad <ref-law>; BORIS RUBIN, Commentaire de la loi sur l'assurance-chômage, 2014, n. 32 ad <ref-law>; KASPAR PLÜSS, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich (VRG), 2014, n. 100 ad § 10 VRG; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2013, n. 2.115 p. 78; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n. 1571 p. 520; B. MAITRE/V. THALMANN (K. PLÜSS), VwVG Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, n. 39 ad. <ref-law>), s'impose et se justifie également au regard de la sécurité du droit, du principe d'égalité de traitement et l'interdiction de l'abus de droit, qui commandent que les règles sur la communication des décisions soient d'une application claire et uniforme, ce qui exclut que le moment où naissent les conséquences procédurales de la notification soit déterminé par les instructions particulières données par un administré à La Poste (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 52; <ref-ruling> consid. 1 p. 493 s.; cf. également YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral Commentaire, 2008, n. 1128 ad <ref-law> et les références citées).
3.3.3. Par ailleurs, en demandant à La Poste de garder leur courrier, les recourants ont implicitement renoncé à la notification de tout envoi. Ils ne peuvent dès lors pas se prévaloir de l'absence de dépôt, dans leur boîte aux lettres, d'une invitation à retirer l'acte judiciaire pour faire échec à la présomption de notification (cf. arrêt 1P.81/2007 du 26 mars 2007 consid. 3.2; voir également B. MAITRE/V. THALMANN (K. PLÜSS), op. cit., n. 39 ad. <ref-law>); ils ne sauraient pas non plus tirer argument du fait qu'il leur était prétendument impossible, à défaut d'une telle invitation, de connaître la date de réception effective par l'office postal. Les recourants supportent en effet les risques découlant des accords particuliers intervenus avec La Poste (YVES DONZALLAZ, op. cit., n. 1079 ad <ref-law> et les références citées), de sorte qu'il leur incombait - la présomption de notification n'ayant pas entraîné la forclusion, mais le raccourcissement du délai de recours - de se renseigner sur la date de remise à la poste, le cas échéant directement auprès de l'autorité, dans l'hypothèse où, comme ils le prétendent, les données relatives au suivi ne seraient accessibles qu'au seul expéditeur (ce dont il est permis de douter, le numéro de référence permettant le suivi track & trace figurant en principe sur l'enveloppe contenant l'acte judiciaire).
3.4. Les recourants se plaignent encore de la violation des principes de l'égalité de traitement et de la bonne foi. A les comprendre, le Tribunal administratif fédéral ne pouvait, sans violer ces principes, opérer une distinction entre la situation d'un administré représenté - comme le sont les recourants depuis le 10 janvier 2014 (selon procuration versée au dossier) - et celle d'une partie sans assistance, ni exiger d'un plaideur de bonne foi qu'il s'attende à recevoir une décision pendant ses vacances et se renseigne, le cas échéant, auprès de l'autorité pour connaître la date de notification. Ils voient également une inégalité de traitement entre les parties dans le fait que seul l'expéditeur disposerait des informations relatives à l'acheminent de la décision. Outre que ce grief se fonde en partie sur des faits non établis (cf. consid. 2.2), les recourants ne fournissent pas d'explication circonstanciée démontrant en quoi ces principes auraient été violés; ils se contentent en réalité d'opposer leur propre opinion à celle de l'instance précédente, ce qui conduit à l'irrecevabilité de leur critique (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.8 p. 494).
3.5. Enfin, selon les recourants l'application de la présomption de notification relèverait du formalisme excessif et violerait la garantie de l'accès au juge; ils se prévalent des art. 9, 29 et 30 Cst., ainsi que de l'art. 6 CEDH (RS 0.101).
3.5.1. Selon la jurisprudence, il y a formalisme excessif, constitutif d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst., lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 253; arrêt 1C_310/2010 du 6 décembre 2010 consid. 5.1 et 5.2).
L'art. 6 par. 1 CEDH garantit à toute personne le droit à ce qu'un tribunal connaisse d'une contestation relative à ses droits et obligations de caractère civil; il consacre ainsi le "droit à un tribunal", dont le droit d'accès ne constitue qu'un aspect. Toutefois, ce droit d'accès n'est pas absolu: il se prête à des limitations implicitement admises, car il appelle, de par sa nature même, une réglementation par l'Etat, qui jouit en ce domaine d'une certaine marge d'appréciation (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 300 et les références; arrêt 5A_106/2012 du 20 septembre 2012 consid. 7.1 et les références). Ces limitations ne doivent pas restreindre l'accès ouvert à l'individu d'une manière ou à un point tels que le droit s'en trouve atteint dans sa substance même. En outre, elles ne se concilient avec l'article 6 par. 1 CEDH que si elles poursuivent un but légitime et s'il existe un rapport raisonnable de proportionnalité entre les moyens employés et le but visé (arrêt de la CourEDH Guérin contre France du 29 juillet 1998, Recueil 1998-V p. 1867, § 37 et les nombreux arrêts cités).
La garantie de l'accès au juge peut ainsi être soumise à des exigences formelles dont fait précisément partie le respect des délais de recours fixés dans l'intérêt public de la sécurité juridique et de la bonne administration de la justice (cf. arrêts 1C_171/2011 du 26 mai 2011 consid. 2.2; 1C_310/2010 du 6 décembre 2010 consid. 5.2; voir également arrêt de la CourEDH Loueslati contre France, n° 36141/03, du 20 novembre 2008 § 46). Toutefois, la réglementation en question, ou l'application qui en est faite, ne devrait pas empêcher le justiciable de se prévaloir d'une voie de recours disponible (cf. arrêt Loueslati, § 46 i.fet les nombreux arrêts cités).
3.5.2. En l'espèce, les règles de notifications en cause répondent - on l'a vu - à l'intérêt public important de la sécurité du droit (cf. consid. 3.3.2), mais également, comme le retient la jurisprudence constante de la CourEDH, de la bonne administration de la justice. De plus, la présomption légale de l'art. 20 al. 2 bis PA ne s'applique que dans la mesure où la personne intéressée devait s'attendre à recevoir un acte judiciaire (cf. consid. 3.1; voir également KASPAR PLÜSS, op.cit., n. 100 ad § 10 VRG; pour une codification du principe voir les art. 138 al. 3 let. a du code de procédure civile du 19 décembre 2008 [CPC; RS 272] et 85 al. 4 let. a du code de procédure pénale du 5 octobre 2007 [CPP; RS 312.0]); or, il n'apparaît pas disproportionné d'exiger d'une partie à une procédure qu'elle prenne des mesures propres à assurer le suivi de son courrier, notamment en désignant un représentant, ou qu'elle informe l'autorité concernée de son absence. En l'espèce, cela est d'autant plus vrai que l'ouverture de la procédure devant le Tribunal administratif fédéral trouve son origine dans l'opposition formée par les recourants, dont on pouvait dès lors attendre qu'ils fassent preuve d'une diligence particulière (cf. arrêt Loueslati, § 55 et la référence à l'arrêt Hennings contre Allemagne du 16 décembre 1992, série A no. 251-A). Dans ces circonstances, on ne voit pas en quoi la présomption appliquée par l'instance précédente restreindrait de manière excessive et disproportionnée l'accès à la justice et ce grief doit également être rejeté.
3.6. Il s'en suit que c'est sans violer le droit que le Tribunal administratif fédéral a déclaré le recours déposé devant lui le 5 février 2014 tardif et partant irrecevable.
4.
Sur le vu des considérants qui précèdent, le recours est entièrement mal fondé et doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourants, qui succombent (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 26 novembre 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Merkli
Le Greffier : Alvarez