Faits:
A. Par jugement du 20 novembre 2006, le Tribunal du IIème arrondissement pour le district de Sierre a condamné X._, pour actes d'ordre sexuel avec des enfants, contrainte sexuelle et pornographie, à quatre ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive.
Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants.
A.a Un soir du mois d'octobre 2003, alors que son épouse était absente, X._ a envoyé sa fille cadette se coucher. Un peu plus tard, comme il entendait visionner un film pornographique, il a invité sa fille aînée, A._, à aller se brosser les dents. Sans attendre que celle-ci fût couchée, il a commencé à faire défiler le film sélectionné. A._ est revenue au salon et a regardé le film en compagnie de son père.
A un moment donné, en état d'excitation, X._ a demandé à sa fille, âgée de 12 ans, de se déshabiller. Comme elle ne s'exécutait pas, il lui a touché les organes génitaux et lui a enlevé le slip. Il lui a enjoint de lui caresser le sexe, puis d'exécuter une fellation. Il lui a ensuite demandé de se mettre à quatre pattes et lui a introduit un doigt dans l'anus avant de la sodomiser. A._ s'est plainte de douleurs et son père lui a dit que celles-ci allaient s'estomper. Enfin, il lui a ordonné de ne rien dire à personne pour ne pas briser l'unité familiale.
A.b Au mois de décembre 2004, X._ a montré des extraits d'un fichier informatique pornographique à sa fille aînée. Il lui a proposé de lui donner des cigarettes et de la laisser sortir plus librement, si elle acceptait d'assouvir ses envies sexuelles. A._ lui a répondu par la négative. Elle a expliqué qu'elle avait peur. Son père l'a saisie et l'a installée sur une table. Il lui a baissé le pantalon et lui a léché le sexe. Elle a refusé la pénétration. Il lui a alors enjoint de lui pratiquer une fellation et lui a tenu la tête de manière à guider ses mouvements. Elle a ensuite dû le masturber. A._ n'a pas pu se débattre ou tenter de s'enfuir, la porte étant fermée à clef. Après les faits, il lui a donné cinq cigarettes et lui a demandé de se taire, menaçant de la tuer.
B. Par jugement du 13 mars 2008, la IIème Cour pénale du Tribunal cantonal valaisan a rejeté le recours de X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 2 al. 2, 19 al. 2, 42, 47 et 48 CP, il conclut à la modification du jugement attaqué en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté de trois ans, sous déduction de la détention préventive, et mis au bénéfice du sursis partiel pour une peine privative de liberté de deux ans. Il requiert également l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), qui englobe les droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que le recourant ne démontre que ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
Partant, dans la mesure où le recourant s'écarte des constatations cantonales, sans invoquer ni démontrer d'arbitraire, ses critiques sont irrecevables. Tel est notamment le cas lorsqu'il affirme avoir déjà souffert de dépression en octobre 2003 et décembre 2004.
2. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant soutient que les autorités cantonales auraient dû lui appliquer les nouvelles dispositions pénales sur la responsabilité restreinte, la fixation de la peine et le sursis, celles-ci lui étant plus favorables.
2.1 Les faits reprochés au recourant ont été commis avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal. La Cour cantonale, qui a statué postérieurement à cette date et qui avait le pouvoir de réformer le jugement qui lui était déféré, a dès lors admis à juste titre qu'elle devait examiner, en application de la lex mitior (<ref-law>), si le nouveau droit n'était pas plus favorable au recourant (cf. <ref-ruling> consid. 13 p. 386 et 15a p. 387).
Pour déterminer quel est le droit le plus favorable, il y a lieu d'examiner l'ancien et le nouveau droit dans leur ensemble et de comparer les résultats auxquels ils conduisent dans le cas concret. Le nouveau droit ne doit être appliqué que s'il conduit effectivement à un résultat plus favorable au condamné. Par ailleurs, l'ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. Ainsi, on ne saurait, à raison d'un seul et même état de fait, appliquer l'ancien droit pour déterminer quelle infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l'auteur doit être puni. Si l'un et l'autre droit conduisent au même résultat, c'est l'ancien droit qui est applicable (arrêt 6B_401/2007 du 8 novembre 2007 destiné à la publication aux ATF 134 IV consid. 3.3).
2.2 S'agissant des critères qui régissent la fixation de la peine, l'<ref-law> correspond à l'art. 63 aCP et à la jurisprudence relative à cette dernière disposition. L'<ref-law> n'est pas plus favorable au motif que le juge doit désormais prendre en compte l'effet de la peine sur l'avenir de l'accusé, cet élément ne constituant qu'une codification de la jurisprudence rendue sous l'art. 63 aCP selon laquelle le juge doit éviter les sanctions qui pourraient détourner l'intéressé de l'évolution souhaitable (cf. arrêt 6B_401/2007 du 8 novembre 2007 destiné à la publication aux ATF 134 IV consid. 3.3). S'agissant des circonstances atténuantes invoquées par l'intéressé, le repentir sincère du nouvel art. 48 let. d CP équivaut à l'art. 64 aCP.
Concernant la responsabilité restreinte, si le législateur a remplacé la méthode bio-psychologique au profit de la méthode psychologique (cf. F. Bommer/V.Dittmann, Basler Kommentar, 2ème éd., art. 19 n° 13 ss), tant l'art. 11 aCP que le nouvel <ref-law> n'admettent une restriction de la responsabilité pénale que si, au moment d'agir, l'auteur ne possédait pas entièrement la faculté d'apprécier le caractère illicite de son acte ou de se déterminer d'après cette appréciation. Or, les autorités valaisannes ont nié la réalisation de cette condition, de sorte qu'on ne discerne pas en quoi la nouvelle loi serait plus favorable au recourant. Par ailleurs, en cas de responsabilité diminuée, le juge atténue la peine en application de l'<ref-law>, qui équivaut à l'art. 66 aCP (cf. arrêt 6B_401/2007 du 8 novembre 2007 destiné à la publication aux ATF 134 IV consid. 3.3).
S'agissant enfin des nouvelles dispositions sur le sursis (art. 42 et 43 CP), celles-ci ne sont pas plus favorables au recourant, puisque, dans le cas concret, la peine qui entre en ligne de compte au vu de la culpabilité du recourant dépasse largement trois ans, ce qui exclut d'emblée l'octroi d'un sursis, même partiel, à l'intéressé.
Sur le vu de ce qui précède, le nouveau droit ne conduit pas à un résultat plus favorable au recourant, de sorte que l'ancien droit demeure applicable. Le grief est donc rejeté.
3. Le recourant soutient qu'il devait être mis au bénéfice d'une responsabilité pénale diminuée en raison de son état légèrement dépressif, du fait qu'il était alcoolisé lors de la première infraction et de sa personnalité caractérisée par un état narcissique et abandonnique.
3.1 Conformément à l'art. 11 aCP, le juge peut atténuer librement la peine si, par suite d'un trouble dans sa santé mentale ou dans sa conscience ou par suite d'un développement mental incomplet, le délinquant, au moment d'agir, ne possédait pas pleinement la faculté d'apprécier le caractère illicite de son acte ou de se déterminer d'après cette appréciation.
Lorsqu'il admet une responsabilité pénale restreinte, le juge doit réduire la peine en conséquence, sans être tenu toutefois d'opérer une réduction linéaire. En effet, il ne s'agit pas d'appliquer un tarif ou une relation mathématique, mais de tirer des conséquences raisonnables de la situation. Une diminution légère, respectivement moyenne ou forte, de la responsabilité n'entraîne donc pas nécessairement une réduction de 25 %, respectivement de 50 % ou de 75 % de la peine. Il doit cependant exister une certaine corrélation entre la diminution de responsabilité constatée et ses conséquences sur la peine (arrêt 6B_401/2007 du 29 novembre 2007 destiné à la publication aux ATF 134 IV consid. 6).
3.2 Le recourant a été soumis à une expertise psychiatrique. Les médecins n'ont décelé chez lui aucune paraphilie et aucun argument clinique permettant de poser un diagnostic de pédophile. Ils n'ont découvert aucune maladie psychiatrique, ni trouble mental susceptible d'altérer sa responsabilité pénale. Ils ont certes mis en évidence une personnalité organisée sur un mode narcissique et abandonnique, mais ont précisé que ce diagnostic ne correspondait pas à une maladie mentale susceptible d'altérer la faculté de l'accusé d'apprécier le caractère illicite de son acte ou de se déterminer d'après cette appréciation.
S'agissant de son taux d'alcoolémie, le recourant a prétendu avoir bu peut-être trois ou quatre bières lors des faits qui se sont déroulés en octobre 2003. La victime a spécifié que son père avait agi sans être sous l'influence de l'alcool, précisant qu'elle arrivait à déterminer quand celui-ci avait bu. Sur la base de ces indices, la Cour cantonale a retenu, de manière à lier la Cour de céans, que le recourant avait agi, en octobre 2003, en étant légèrement sous l'influence de l'alcool. Dès lors, on peut présumer, sans violer le droit fédéral, que l'intéressé jouissait de toutes ses facultés au moment des faits, une diminution de responsabilité n'étant en règle générale donnée que lorsque l'alcoolémie est supérieure à 2 g. o/oo (<ref-ruling> consid. 1d ; <ref-ruling> consid. 2b), ce qui n'était manifestement pas le cas en l'occurrence.
Pour le reste, aucun élément ne permet d'affirmer qu'au moment des faits le recourant souffrait d'un état dépressif au point que sa faculté d'apprécier le caractère illicite de ses actes ou de se déterminer d'après cette appréciation était altérée et qu'il se trouvait dans un état émotionnel sensiblement perturbé. Certes, il a vécu une période de dépression après la dénonciation. Toutefois, selon les experts, cet état psychique s'explique par les conséquences de ses actes sur sa vie familiale et sur ses relations matrimoniales. Il ne permet en revanche pas de conclure à une responsabilité pénale restreinte au moment des faits.
Sur le vu de ce qui précède, l'autorité cantonale n'a pas violé l'art. 11 aCP en concluant que le recourant disposait d'une responsabilité entière au moment des faits. Par ailleurs, elle a tenu compte des difficultés de l'intéressé liées à l'alcool et à son état de santé dans le cadre de la fixation de la peine. Le grief est donc rejeté.
4. Le recourant se plaint de la peine infligée.
4.1 La jurisprudence relative à la fixation de la peine a été rappelée dans l'<ref-ruling> consid. 6.1 p. 20 s., auquel on peut donc se référer. Il suffit ici de relever que le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Il n'y a violation du droit fédéral que si la décision attaquée repose sur des considérations étrangères à l'art. 63 aCP, si elle ne tient pas compte des critères découlant de cette disposition ou si le juge s'est montré à ce point sévère ou clément que l'on doive parler d'un abus du pouvoir d'appréciation.
4.2 Le recourant reproche aux autorités cantonales d'avoir refusé de le mettre au bénéfice du repentir sincère (art. 64 al. 7 aCP). Il soutient avoir réparé, dans la mesure de ses moyens, le dommage causé à sa fille.
4.2.1 Les conditions permettant de retenir un repentir sincère au sens de l'art. 64 aCP ont été analysées en détail dans l'<ref-ruling>, auquel il peut être renvoyé. En substance, cette circonstance atténuante n'est réalisée que si l'auteur adopte un comportement particulier, désintéressé et méritoire, qui constitue la preuve concrète d'un repentir sincère. L'auteur doit avoir agi de son propre mouvement dans un esprit repentir, non pas principalement en fonction de considérations tactiques liées à la procédure pénale, et doit avoir fait la preuve de son repentir, notamment en tentant, au prix de sacrifices, de réparer le tort qu'il a causé.
L'admission d'une circonstance atténuante prévue par l'art. 64 aCP a pour effet d'élargir vers le bas le cadre légal de la peine. Le juge n'est toutefois pas obligé de faire usage des facultés ouvertes par l'art. 65 aCP. A la condition de ne pas abuser de son pouvoir d'appréciation, il peut tenir compte de la circonstance atténuante dans le cadre ordinaire de la peine (<ref-ruling> consid. 1 p. 113 s.).
4.2.2 Certes, le recourant a exprimé des regrets. Cependant, il n'a admis qu'une responsabilité objective des actes commis, cherchant de nombreuses excuses à son comportement et reportant même sur sa fille la cause principale des abus incriminés. Par ailleurs, sa tentative alléguée de suicide en juillet 2005 a pour origine, selon les experts, non pas une honte profonde pour les actes commis, mais sa rage narcissique contre la situation, étant donné qu'il n'a pas supporté que sa femme le quitte et que ses filles soient éloignées de lui. Enfin, en juillet 2006, il a ouvert un compte en faveur de son enfant et a commencé à lui verser des mensualités. Toutefois, le premier acompte, fort modeste, est intervenu bien après l'ouverture de l'instruction et quelques mois seulement avant les débats de première instance, de sorte que la réparation partielle du dommage constitue surtout une tactique liée à la procédure pénale.
Dans ces conditions, les excuses et les versements effectués en faveur de la victime ne sauraient être vus comme un acte de repentir spontané et particulièrement méritoire. En refusant l'application de l'art. 64 aCP, tout en tenant compte de ces circonstances favorables dans le cadre de l'appréciation de la peine au sens de l'art. 63 aCP, la Cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral. La critique est donc vaine.
4.3 Le recourant reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir examiné l'effet de la peine sur son avenir et sur celui de ses enfants.
Même si la Cour pénale n'a pas expressément indiqué qu'elle tenait compte de l'effet de l'exécution de la peine sur l'avenir familial du recourant, elle a mentionné, dans le cadre de l'appréciation de la peine, que ce dernier s'était engagé, par convention sur les effets accessoires du divorce, à payer une contribution mensuelle de 700 fr. pour l'entretien de chacune de ses deux filles et qu'il rencontrait ces dernières dans les locaux du point rencontre, selon un programme établi par un assistant social. Elle a toutefois considéré que ces éléments ne suffisaient pas pour prononcer une peine plus clémente au vu de la culpabilité de l'intéressé. Cette appréciation échappe à toute critique au regard des éléments retenus par l'autorité cantonale (cf. arrêt attaqué p. 19 ss).
4.4 Invoquant sa tentative de suicide, puis sa longue incapacité de travail, le recourant reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir suffisamment tenu compte du fait qu'il était particulièrement conscient de la gravité de sa faute.
Le 19 juillet 2005, la police a maîtrisé le recourant, alors que celui-ci menaçait de se jeter dans le Rhône. Toutefois, selon le rapport du Dr B._, le recourant ne présentait pas, le jour en question ou les jours précédents, d'idées suicidaires. Selon les experts psychiatriques, ce comportement représente plus l'expression d'une blessure narcissique et d'angoisse d'abandon que l'expression d'une honte profonde pour les actes commis.
Au début du mois d'octobre 2005, le recourant s'est rendu au domicile familial avec l'intention d'agresser le nouvel ami de son épouse. Il a toutefois trouvé porte close. Il a consulté, le même jour, un médecin et a demandé à être hospitalisé. Il présentait alors une profonde souffrance psychique avec un état de mal-être intense. Admis à l'hôpital le 11 octobre 2005, il a quitté cet établissement une dizaine de jours plus tard. Selon les experts, ce nouvel événement traduit, encore une fois, les traits narcissiques et abandonniques du recourant; il constitue l'illustration d'une attention portée exclusivement à soi-même qui ne tient pas ou peu compte du vécu des autres. L'intéressé n'arrive pas à accepter que sa femme se soit investie dans une nouvelle relation. Son comportement et son état psychique n'ont aucun rapport direct avec les actes incriminés.
Sur le vu de ce qui précède, on ne peut conclure que l'état psychique du recourant représente une réelle prise de conscience de la gravité des infractions commises et de l'atteinte portée à sa fille. De plus, selon les constatations cantonales, l'intéressé, s'il a admis avoir commis des abus d'ordre sexuel, a en revanche toujours nié avoir exercé une pression psychique sur sa victime, soutenant que celle-ci avait adopté un comportement actif consenti dans le cadre des agissements incriminés. Le grief est donc vain.
5. Invoquant une violation des art. 42 et 43 CP, le recourant requiert l'octroi d'un sursis partiel.
Cette critique est sans objet, dès lors que la peine prononcée excède largement celles qui permettent l'octroi d'un sursis aussi bien sous l'angle du nouveau que de l'ancien droit. Par ailleurs, contrairement à ce que pense le recourant, la jurisprudence découlant de l'<ref-ruling> ne s'applique plus dans le nouveau droit, celui-ci autorisant le sursis, respectivement le sursis partiel, pour des peines plus longues et offrant de nombreuses possibilités d'individualisation de la peine (<ref-ruling> consid. 3).
6. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Vu l'issue de la procédure, l'assistance judiciaire est refusée et le recourant, qui succombe, supporte les frais fixés en fonction de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais de justice, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 12 juin 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani