Sachverhalt:
A. Der Kantonsrat des Kantons Zürich beschloss am 12. Juli 2010 ein neues Finanzausgleichsgesetz. In der Referendumsabstimmung vom 15. Mai 2011 wurde das Finanzausgleichsgesetz von den Stimmberechtigten des Kantons Zürich mit 191'702 Ja-Stimmen gegen 68'075 Nein-Stimmen angenommen und ein Gegenvorschlag dazu verworfen. Der Beschluss des Regierungsrates des Kantons Zürich vom 25. Mai 2011 über das Ergebnis der Volksabstimmung wurde im kantonalen Amtsblatt am 27. Mai 2011 publiziert. Mit Beschluss vom 6. Juli 2011 stellte der Regierungsrat des Kantons Zürich die Rechtskraft des Ergebnisses der Volksabstimmung fest und setzte das neue Finanzausgleichsgesetz (FAG/ZH; LS 132.1) auf den 1. Januar 2012 in Kraft.
In den Schluss- und Übergangsbestimmungen findet sich § 34 FAG/ ZH, der unter der Marginalie "Bemessung der Steuerkraft im Jahr des Inkrafttretens" wie folgt lautet:
1. Im Jahr des Inkrafttretens des neuen Gesetzes (Ausgleichsjahr) bemisst sich die Steuerkraft gemäss § 8 lit. f-h nach dem Durchschnitt des vierten, dritten und zweiten Kalenderjahres, die dem Ausgleichsjahr vorangehen.
2. Die Werte des vierten und dritten Kalenderjahres gemäss Abs. 1 werden nach dem Landesindex der Konsumentenpreise auf das zweite dem Ausgleichsjahr vorangehende Kalenderjahr hochgerechnet.
3. Die Nachsteuern gemäss § 8 lit. f werden nicht einbezogen.
B. Mit Eingabe vom 27. Juni 2011 haben die Gemeinden Rüschlikon, Erlenbach, Meilen, Zollikon, Herrliberg, Küsnacht und Opfikon beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragen, § 34 FAG/ZH sei aufzuheben und die Sache an den Kanton Zürich zurückzuweisen. Sie rügen eine Verletzung des Legalitätsprinzips, der Gemeindeautonomie, der Finanzgleichheit und des Vertrauensschutzes.
C. Mit Verfügung vom 1. Juli 2011 sistierte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Verfahren bis zur Publikation des Erwahrungsbeschlusses. Nach der Publikation des Beschlusses des Regierungsrats vom 6. Juli 2011 im Amtsblatt vom 15. Juli 2011 wurde das bundesgerichtliche Verfahren in der Folge mit Verfügung vom 29. Juli 2011 wieder aufgenommen.
Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Der Kantonsrat des Kantons Zürich verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Beantragt ist die Aufhebung einer Bestimmung des neuen Finanzausgleichsgesetzes des Kantons Zürich. Nach Art. 79 Abs. 2 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 (KV/ZH; SR 131.211) besteht hierfür kein kantonales Rechtsmittel. Die Bestimmung kann somit unmittelbar beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (Art. 82 lit. b in Verbindung mit <ref-law>).
1.2 Soweit sich die beschwerdeführenden Gemeinden auf die Gemeindeautonomie (vgl. <ref-law> bzw. Art. 85 KV/ZH) berufen, sind sie gemäss <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Es genügt hierfür, dass sie - wie dies hinsichtlich des interkommunalen Finanzausgleichs offensichtlich der Fall ist - durch den angefochtenen Erlass in ihrer Stellung als Hoheitsträger berührt sind. Ob ihnen die beanspruchte Autonomie tatsächlich zukommt, ist alsdann eine Frage der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 mit Hinweisen).
Allerdings setzt die Anerkennung eines geschützten kommunalen Autonomiebereichs voraus, dass zum einen der Vollzug der in Frage stehenden Vorschriften den Gemeinden übertragen ist und zum anderen die Art der zu regelnden Materie überhaupt Raum für ein Selbstbestimmungsrecht der Gemeinden lässt. Diese beiden Kriterien sind bei der hier in Frage stehenden Übergangsregelung zum kantonalen Finanzausgleichsgesetz offensichtlich nicht erfüllt: Es geht in der Sache um einen Interessenkonflikt zwischen einander gleichgeordneten Rechtssubjekten, dessen verbindliche Regelung naturgemäss einem übergeordneten Organ vorbehalten sein muss. Deshalb sind die einschlägigen Vorschriften von den kantonalen Behörden und nicht von den betroffenen Gemeinden zu erlassen und handhaben. Diesen Letzteren kann in Bezug auf die finanziellen Ausgleichsleistungen im Allgemeinen bzw. die entsprechenden Übergangsmodalitäten im Besonderen kein Selbstbestimmungsrecht zukommen (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 219). Insbesondere verkennen die Beschwerdeführerinnen, dass die Finanzautonomie der Gemeinden nicht absolut gilt, sondern nur innerhalb der vom übergeordneten Recht festgelegten Grenzen besteht (Urteil 2C_379/2011 vom 16. November 2011 E. 2). Damit ist die Beschwerde hinsichtlich der gerügten Verletzung der Gemeindeautonomie zwar zulässig, sie erweist sich aber wegen Fehlens eines geschützten Autonomiespielraums als zum Vornherein unbegründet (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 46 mit Hinweisen).
1.3 Die beschwerdeführenden Gemeinden machen ferner einen Verstoss gegen das Legalitätsprinzip, die Finanzgleichheit sowie den Vertrauensschutz bzw. den Grundsatz von Treu und Glauben geltend. Gemäss bundesgerichtlicher Praxis können sich die Gemeinden für die Anfechtung des beanstandeten neuen Finanzausgleichsgesetzes auf die allgemeine Legitimationsklausel von <ref-law> stützen. Obschon diese Regelung auf die Beschwerdeführung durch Private zugeschnitten ist, kann sich auch das Gemeinwesen darauf berufen, sofern es durch den angefochtenen Hoheitsakt gleich oder ähnlich wie ein Privater betroffen oder aber in qualifizierter Weise in schutzwürdigen eigenen hoheitlichen Interessen berührt ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 46; <ref-ruling> E. 3.1 S. 157 ff.; je mit Hinweisen). Gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel dürfen öffentliche Gemeinwesen zwar nur restriktiv zur Beschwerdeführung zugelassen werden. Beim vorliegend angefochtenen Erlass über den interkommunalen Finanzausgleich bzw. dessen Übergangsbestimmungen steht jedoch ausser Frage, dass er, wiewohl er in keine autonomen Befugnisse eingreift, zentrale hoheitliche Interessen der Gemeinden berührt. Diesen muss daher zur Geltendmachung der behaupteten Rechtsverletzungen die Möglichkeit der Beschwerdeführung gestützt auf <ref-law> zustehen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 47 mit Hinweisen).
Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde (<ref-law>) ist damit einzutreten.
1.4 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach <ref-law> geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Trotzdem obliegt es den Beschwerdeführerinnen, in ihrer Beschwerde darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. Bei der Prüfung der Verfassungsmässigkeit eines kantonalen Erlasses im Rahmen der abstrakten Normenkontrolle ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts massgebend, ob der betreffenden Norm nach anerkannten Auslegungsregeln ein Sinn beigemessen werden kann, der sich mit den angerufenen Verfassungsgarantien vereinbaren lässt. Das Bundesgericht hebt eine kantonale Norm nur auf, wenn sie sich jeder verfassungskonformen (bzw. mit dem höherstufigen Bundesrecht vereinbaren) Auslegung entzieht, nicht jedoch, wenn sie einer solchen in vertretbarer Weise zugänglich bleibt (<ref-ruling> E. 2 S. 39 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 295; <ref-ruling> E. 2 S. 79, 286 E. 4.3 S. 295; je mit Hinweisen). Erscheint eine generell-abstrakte Regelung unter normalen Verhältnissen, wie sie der Gesetzgeber voraussetzen durfte, als verfassungsrechtlich zulässig, so vermag die ungewisse Möglichkeit, dass sie sich in besonders gelagerten Einzelfällen als verfassungswidrig erweisen könnte, ein Eingreifen des Verfassungsrichters im Stadium der abstrakten Normenkontrolle im Allgemeinen noch nicht zu rechtfertigen; den Betroffenen verbleibt die Möglichkeit, eine allfällige Verfassungswidrigkeit bei der Anwendung im Einzelfall geltend zu machen (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 295 mit Hinweisen).
3. 3.1 Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet die Verfassungsmässigkeit der Übergangsbestimmung von § 34 des neuen Zürcher Finanzausgleichsgesetzes, das am 1. Januar 2012 in Kraft getreten ist. Der umstrittene § 34 FAG/ZH stellt im Sinne einer Übergangsregelung bei der Einführung des neuen Finanzausgleichs für die Steuerkraft des ersten Ausgleichsjahres nicht auf die ordentliche Bemessung gemäss § 15 Abs. 3 FAG/ZH ("Bemessungsjahr ist das zweite dem Ausgleichsjahr vorausgehende Kalenderjahr"), sondern auf einen Durchschnittswert ab. Konkret bemisst sich im Jahr des Inkrafttretens (Ausgleichsjahr) des neuen Gesetzes die Steuerkraft gemäss § 8 lit. f-h nach dem Durchschnitt des vierten, dritten und zweiten Kalenderjahres, die dem Ausgleichsjahr vorangehen. Das bedeutet, dass sich im Kanton Zürich die Steuerkraft für das erste Ausgleichsjahr (2012) auf der Grundlage der Jahre 2008 bis 2010 bemisst. Ohne die Übergangsbestimmung von § 34 FAG/ZH käme für das Ausgleichsjahr 2012 nur das Jahr 2010 (als ordentliche Bemessungsgrundlage im Sinne von § 15 Abs. 3 FAG/ZH) zur Anwendung.
3.2 Die Beschwerdeführerinnen führen aus, dass die beanstandete Übergangsregelung im neuen Finanzausgleichsgesetz für sie zu erheblichen Mehrkosten führen würde. Die Jahre 2008 bis 2010 seien für die beschwerdeführenden Gemeinden steuerlich sehr ertragsreich gewesen und hätten entsprechend zu einer hohen Steuerkraft bei den betreffenden Gemeinden geführt. Der Wechsel vom alten zum neuen Zürcher Finanzausgleich hätte zur Folge, dass die finanzstarken Jahre 2008 bis 2010 bei den beschwerdeführenden Gemeinden "doppelt abgeschöpft" würden: zum einen seien diese ertragsreichen Jahre bereits Gegenstand der Steuerkraftabschöpfung der Jahre 2009 bis 2011 unter dem alten Finanzausgleichsgesetz gewesen, zum anderen stelle nun auch die Übergangsregelung des neuen Finanzausgleichsgesetzes nochmals auf den gleichen Zeitraum ab. Auf diese Weise würden den beschwerdeführenden Gemeinden Beiträge in einer Höhe abgeschöpft, die sich durch die tatsächlich vorhandenen Steuereingänge nicht rechtfertigten.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerinnen rügen zunächst eine Verletzung des Legalitätsprinzips. Aus der Begründung in der Beschwerdeschrift ergibt sich aber, dass sie offenbar nicht das Legalitätsprinzip im Sinne von <ref-law> anvisieren; dieses stellt ohnehin - abgesehen von seiner spezifischen Bedeutung im Strafrecht und im Abgaberecht - kein verfassungsmässiges Individualrecht dar, sondern ist ein Verfassungsgrundsatz, dessen Verletzung im Rahmen einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zwar unabhängig von einem Individualrecht geltend gemacht werden kann, vom Bundesgericht aber bei Anwendung kantonalen Rechts nur auf Willkür hin überprüft wird (BGE 134 | 153 E. 4.3 S. 158; Urteil 2C_81/2008 vom 21. November 2008 E. 5.1).
Die Beschwerdeführerinnen argumentieren vielmehr dahingehend, dass die umstrittene Übergangsbestimmung gegen Art. 127 KV/ZH verstossen soll, welcher die Grundzüge des Finanzausgleichs im Kanton Zürich regelt. Gemäss Art. 127 KV/ZH stellt der Kanton den Finanzausgleich sicher (Abs. 1). Der Finanzausgleich ermöglicht den Gemeinden die Erfüllung ihrer notwendigen Ausgaben und sorgt dafür, dass die Gemeindesteuerfüsse nicht erheblich voneinander abweichen (Abs. 2).
4.2 Die Auslegung dieser Bestimmung der Kantonsverfassung prüft das Bundesgericht an sich frei, falls ihr der Stellenwert eines kantonalen verfassungsmässigen Rechts zukommt (<ref-law>; zur Abgrenzung des Begriffs des verfassungsmässigen Rechtes vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 79 ff.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 368). Wie es sich damit verhält, kann hier offen bleiben: Art. 127 KV/ZH belässt dem kantonalen Gesetzgeber für die Gestaltung des Finanzausgleichs so oder anders einen weiten Spielraum, der durch die angefochtene Regelung, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen, jedenfalls nicht überschritten wird.
4.2.1 Der Kanton Zürich hat dargelegt, dass sich das alte vom neuen Finanzausgleichsgesetz (in Bezug auf die Bemessungsgrundlage von Steuerkraftabschöpfung bzw. Ressourcenabschöpfung) darin unterscheide, dass beim neuen Ressourcenausgleich das Bemessungsjahr um ein Jahr in die Vergangenheit verschoben worden sei (von t-1 nach t-2): Anstelle des dem Ausgleichsjahr (t) unmittelbar vorangehenden Kalenderjahres (t-1) wie bei der Steuerkraftabschöpfung gemäss § 39 des alten Finanzausgleichsgesetzes vom 11. September 1966 (aFAG/ ZH) bilde neu das zweite dem Ausgleichsjahr vorangehende Kalenderjahr (t-2) gemäss § 15 Abs. 3 FAG/ZH das Bemessungsjahr der Ressourcenabschöpfung. Die Einschiebung eines weiteren Jahres zwischen Ausgleichsjahr und Bemessungsjahr habe zum Ziel, die Planbarkeit des Finanzausgleichs zu verbessern. Die Fristen im Zusammenhang mit dem Steuerkraftausgleich gemäss aFAG/ZH seien praktisch nicht einzuhalten gewesen.
4.2.2 Die Beschwerdeführerinnen sind der Auffassung, die angefochtene Übergangsbestimmung halte sich nicht an die "grundlegenden Regeln des Finanzausgleichs", da auf eine "fiktive Steuerkraft" abgestellt werde, die von den betroffenen Gemeinden voraussichtlich nicht realisiert werden könne und es ihnen unmöglich mache, den Ausgleichsbeitrag mittels Steuereinnahmen zu finanzieren.
Damit erheben die Beschwerdeführerinnen grundsätzlich untaugliche, weil rein finanz- und steuerpolitische Einwände (Urteil 2C_609/2007 vom 27. November 2008 E. 3.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Im Übrigen ist nicht ansatzweise ersichtlich, inwiefern die angefochtene Übergangsbestimmung gegen Art. 127 KV/ZH verstossen soll. Wie der Kanton Zürich zu Recht ausführt, hätte die Verschiebung des Bemessungsjahres um ein Jahr in die Vergangenheit ohne § 34 FAG/ZH zur Folge, dass bei der Einführung des neuen Finanzausgleichs ein Kalenderjahr (2010) zweimal als Bemessungsgrundlage herangezogen werden müsste: Bei Inkraftsetzung im Jahr 2012 (t) ist nach § 15 Abs. 3 FAG/ZH das Kalenderjahr 2010 (t-2) Bemessungsgrundlage der Ressourcenabschöpfung. Gleichzeitig bildete aber das Jahr 2010 bereits die Bemessungsgrundlage der alten Steuerkraftabschöpfung gemäss § 39a aFAG/ZH. Dem Kanton Zürich ist deshalb zuzustimmen, wenn er ausführt, dass ohne die umstrittene Übergangsbestimmung eine im Vergleich zum Kantonsmittel im Jahr 2010 zufällig hohe Steuerkraft einer Gemeinde zur Bemessung des Steuerkraftausgleichs 2011 und der Ressourcenabschöpfung 2012 herangezogen würde, was zu einer zufällig hohen Belastung der Gemeinde führen würde. Umgekehrt trifft es ebenso zu, dass eine im Vergleich zum Kantonsmittel tiefe Steuerkraft 2010 zu einer zufällig geringen Belastung führen würde. Der Schluss des Kantons Zürich, § 34 FAG/ZH sei eingeführt worden, um mögliche Zufälligkeiten eines einzigen Bemessungsjahres auszugleichen, erscheint nachvollziehbar. Wenn die Beschwerdeführerinnen ausführen, durch das Abstellen auf drei zurückliegende Jahre, die schon im bisherigen Finanzausgleich berücksichtigt worden seien, würden die im Ausgleichsjahr tatsächlich bestehenden finanziellen Verhältnisse negiert, übersehen sie insbesondere, dass ohne die umstrittene Übergangsbestimmung ebenfalls auf ein Jahr abgestellt würde, das im bisherigen Finanzausgleich bereits berücksichtigt worden ist.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerinnen machen weiter - sinngemäss - eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebotes gemäss <ref-law> geltend. Sie stützen sich dabei auf die im Schrifttum postulierte sog. Finanzgleichheit im Sinne einer Analogie zum allgemeinen Gleichheitsgebot ab (vgl. ANNA PIPPIG, Verfassungsrechtliche Grundlagen des Finanzausgleichs, 2002, S. 226 f.). Demnach sollen Gemeinden in Bezug auf ihre Finanzverhältnisse nach Massgabe ihrer Gleichheit bzw. Ungleichheit behandelt werden. Weiter werden aus dem Prinzip der Finanzgleichheit das Gebot der Sachgerechtigkeit, der Zeitgerechtigkeit sowie der Systemgerechtigkeit und der Konsequenz abgeleitet. Insbesondere wird gemäss den Beschwerdeführerinnen das Gebot der Zeitgerechtigkeit verletzt, weil die Übergangsbestimmung nicht auf die aktuell bestehenden Finanzverhältnisse der beitragspflichtigen Gemeinden abstelle, sondern Vorkommnisse berücksichtige, die bis zu vier Jahren zurücklägen und dementsprechend "fiktive Verhältnisse" darstellten.
5.2 Gemäss bundesgerichtlicher Praxis ist das Gebot der rechtsgleichen Behandlung (<ref-law>) verletzt, wenn ein Erlass hinsichtlich einer entscheidwesentlichen Tatsache rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder wenn er Unterscheidungen unterlässt, die sich auf Grund der Verhältnisse aufdrängen. Die Rechtsgleichheit ist verletzt, wenn Gleiches nicht nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nicht nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Die Frage, ob für eine rechtliche Unterscheidung ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen ersichtlich ist, kann zu verschiedenen Zeiten unterschiedlich beantwortet werden, je nach den herrschenden Anschauungen und Zeitverhältnissen. Dem Gesetzgeber bleibt im Rahmen dieser Grundsätze ein weiter Spielraum der Gestaltung, den das Bundesgericht nicht durch eigene Gestaltungsvorstellungen schmälert (<ref-ruling> E. 6.1 S. 304 mit Hinweis).
5.3 Wie bereits oben festgehalten (vgl. E. 4.2.2 hiervor) wurde § 34 FAG/ZH im Wesentlichen mit der Begründung eingeführt, mögliche Zufälligkeiten eines einzigen Bemessungsjahres auszugleichen, was auch unter dem Aspekt der Rechtsgleichheit grundsätzlich nicht zu beanstanden ist: Zwar trifft es zu, dass die Festlegung von bestimmten Durchschnittsjahren als Übergangsregel in einem Spannungsverhältnis zum Gebot der Zeitgerechtigkeit stehen kann und naturgemäss mit einer gewissen Pauschalierung einhergeht, welche im Einzelfall sogar zu einer periodenbezogenen Mehrbelastung führen kann. Allerdings gebietet die Dynamik der Finanzverhältnisse bzw. das Gebot der Rechtssicherheit, Einfachheit, Planbarkeit und Transparenz des Finanzausgleichssystems die Festsetzung eines oder mehrerer verbindlicher Bemessungsjahre für die Berechnung des Abschöpfungsbetrages. Pauschalierung bzw. Schematisierung sind bei Finanzausgleichssystemen praktisch unvermeidlich und verfassungsrechtlich zulässig (vgl. Urteile 2C_775/2011 vom 3. Februar 2012 E. 3.2.3; 2C_379/2011 vom 16. November 2011 E. 4.4; 2C_572/2010 vom 23. März 2011 E. 5.5.4 mit Hinweis). Insbesondere ist es auch in anderen Verhältnissen mit finanziellen Auswirkungen (Steuern, Subventionen) nicht selten, dass Leistungen nach den Verhältnissen an einem bestimmten Stichtag oder den Durchschnittswerten eines bestimmten Jahres bemessen werden. Das im Sinne der Beschwerdeführerinnen verstandene Gebot der Zeitgerechtigkeit mag eine Idealvorstellung sein, es kann aber nicht als geltendes Verfassungsrecht betrachtet werden. Zu berücksichtigen ist sodann, dass dem kantonalen Gesetzgeber unter dem Aspekt von <ref-law> ein grosser Gestaltungsfreiraum zuzugestehen ist (vgl. E. 5.2 hiervor). Somit erweist sich die Rüge der Verletzung der Finanzgleichheit bzw. des Gleichbehandlungsgebotes als unbegründet.
6. 6.1 Schliesslich bringen die Beschwerdeführerinnen vor, die angefochtene Übergangsbestimmung verstosse gegen das Vertrauensprinzip bzw. den Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law>; Art. 2 Abs. 3 KV/ZH), da die Gemeinden in ihrem berechtigten Vertrauen darauf, dass hohe Steuererträge nur einmal und nicht zweimal durch den Finanzausgleich abgeschöpft werden, zu schützen seien. Sie hätten deshalb auch Anspruch auf eine angemessene Übergangsbestimmung.
6.2 Die Ausführungen der Beschwerdeführerinnen zielen an der Sache vorbei: Zwar trifft es zu, dass der verfassungsmässige Anspruch auf Treu und Glauben auch den Gesetzgeber bindet (<ref-ruling> E. 10b/aa S. 126 mit Hinweisen) und die Rechtsprechung daraus abgeleitet hat, unter Umständen könnten angemessene Übergangsfristen für neue belastende Regelungen verfassungsmässig geboten sein (<ref-ruling> E. 7.6.1 S. 40 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerinnen argumentieren aber widersprüchlich, da im vorliegenden Fall ja gerade eine Übergangsregelung für die Einführung des neuen Finanzausgleichs geschaffen worden ist. Inwiefern diese Übergangsbestimmung konkret gegen Treu und Glauben verstossen soll, ist nicht ersichtlich; die Beschwerdeschrift vermag hier den qualifizierten Anforderungen nicht zu genügen, welche <ref-law> an die Begründung solcher Verfassungsrügen stellt (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; vgl. E. 1.4 hievor). Es besteht damit kein Anlass, sich weiter damit auseinanderzusetzen.
7. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführerinnen, die in ihrem Vermögensinteresse handeln, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung kostenpflichtig (vgl. Art. 66 Abs. 1, 4 und 5 BGG). Parteientschädigung ist keine auszurichten (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 35'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen sowie dem Kantonsrat und dem Regierungsrat des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juni 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger