Sachverhalt:
A. E._, geboren 1963, stiess am 6. September 1999 während der Arbeit als Postangestellte mit dem Kopf an eine Metallstange. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2000 und Einspracheentscheid vom 21. Februar 2001 anerkannte die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach, schloss den Fall ab und stellte die Versicherungsleistungen (Taggelder) per Ende Dezember 2000 ein. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 15. Dezember 2003 in dem Sinne gut, als es die Sache zu ergänzenden medizinischen und erwerblichen Abklärungen und neuer Verfügung über den Taggeldanspruch mit Wirkung ab 1. Juni 2000 an die SUVA zurückwies. Die SUVA liess die Versicherte daraufhin im Spital X._ begutachten (Neurologisches Gutachten mit neuropsychologischer Untersuchung vom 16. Januar 2006, rheumatologisches Gutachten vom 14. Dezember 2005, psychiatrisches Gutachten vom 14. September 2005) und holte Stellungnahmen ihrer Abteilung Versicherungsmedizin ein (psychiatrische Beurteilung des Dr. med. P._ vom 24. Februar 2006, neurologische Beurteilung des Dr. med. B._ vom 20. Juli 2006). Gestützt darauf verfügte sie am 7. März 2007 erneut die Einstellung ihrer Versicherungsleistungen per 31. Dezember 2000 mangels adäquater Kausalität der seit 2001 noch geklagten Beschwerden und hielt daran auch auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 28. August 2007).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. Mai 2008 ab.
C. E._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihr auch über den 31. Dezember 2000 hinaus die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggeld, Rente und Integritätsentschädigung) zuzusprechen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Bestimmung über die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers bei Berufsunfällen, Nichtberufsunfällen und Berufskrankheiten (<ref-law>) richtig wiedergegeben. Gleiches gilt für die Grundsätze über den für einen Leistungsanspruch nebst anderem erforderlichen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Ebenfalls zutreffend dargelegt ist die Rechtsprechung über den zusätzlich zum natürlichen Kausalzusammenhang erforderlichen adäquaten Kausalzusammenhang. Danach spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 366 ff. und 369 E. 4 S. 382 ff., 115 V 133 E. 6 S. 138 ff.). Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen (<ref-ruling> E. 6a S. 367) und äquivalenten Verletzungen der HWS (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) sowie Schädel-Hirntraumen (<ref-ruling> E. 4b S. 383) auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (vgl. zum Ganzen auch <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 und SVR 2007 UV Nr. 8 S. 27, U 277/04, E. 2 ff., je mit Hinweisen).
Anzufügen bleibt, dass das Bundesgericht jüngst die sogenannte Schleudertrauma-Praxis in zweierlei Hinsicht präzisiert hat: Zum einen wurden die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung dieser Praxis bei der Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs rechtfertigt, erhöht. Zum anderen wurden die Kriterien, welche abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls in die Adäquanzbeurteilung einzubeziehen sind, teilweise modifiziert (<ref-ruling> E. 9 und 10 S. 121 ff.). Die bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall geltenden Grundsätze liess das Bundesgericht hingegen unverändert bestehen (E. 6.1 des erwähnten Urteils [S. 116]).
2. Streitig ist, ob die von der Beschwerdeführerin auch nach dem 31. Dezember 2000 geklagten Beschwerden adäquat-kausal auf den erlittenen Unfall zurückzuführen sind.
2.1 Das kantonale Gericht hat diese Frage nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen geprüft unter Annahme, dass das von der Beschwerdeführerin am 6. September 1999 erlittene Trauma mit überwiegender Wahrscheinlichkeit höchstens den Schweregrad einer Commotio cerebri erreicht habe, was von der Versicherten bestritten wird. Insbesondere wird geltend gemacht, sie leide (noch) an unfallbedingten organischen Beschwerden. Dies hat das kantonale Gericht nach eingehender Prüfung zu Recht verneint; auf seine diesbezüglichen Erwägungen kann verwiesen werden. Ergänzt werden kann, dass im neurologischen Gutachten des Spitals X._ auf eine organische Genese geschlossen wurde, da die Beschwerden erstmals nach dem Unfall aufgetreten seien. Eine organische Ursache konnte aber nicht hinreichend nachgewiesen werden, zumal der detaillierte neurologische Status durchwegs unauffällige Befunde ergab.
2.2 Ob die Versicherte ein Schleuder- oder Schädel-Hirntrauma erlitten hat, lässt sich aufgrund der medizinischen Akten nicht mit letzter Sicherheit beantworten. Im Spital Y._, wo die Beschwerdeführerin nach dem Unfall hospitalisiert wurde, wurde eine Commotio cerebri diagnostiziert (Bericht vom 7. September 1999). Gemäss Angaben des nachbehandelnden Arztes Dr. med. S._ vom 15. September 1999 hatte sie eine fünfminütige Bewusstlosigkeit erlitten. Dass innerhalb von 72 Stunden nach dem Unfall Nacken- bzw. Beschwerden an der Halswirbelsäule aufgetreten wären (SVR 2007 Nr. 23 S. 75, U 215/05, E. 5 mit Hinweisen; RKUV 2000 Nr. U 359 S. 29, U 264/97, E. 5e-g), ist nach Lage der Akten nicht dokumentiert. Anlässlich des neurologischen Konsiliums in der Rehaklinik Z._ wurde angenommen, die Versicherte habe mit hoher Wahrscheinlichkeit eine milde traumatische Hirnverletzung durchgemacht, wobei von einer mehrstündigen Amnesie ausgegangen wurde (Bericht vom 25. April 2000).
2.3 Selbst wenn davon auszugehen wäre, dass die Versicherte sich beim Unfall ein Schleuder- oder Schädel-Hirntrauma zugezogen hat, müsste die Adäquanz der seit 2001 noch geklagten Beschwerden verneint werden.
2.3.1 Wie die Vorinstanz unter Würdigung des augenfälligen Geschehensablaufs (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07, E. 5.3.1) richtig angenommen hat, kann das Ereignis vom 6. September 1999, bei dem die Versicherte beim Ausladen von Paketen mit dem Kopf an einer Metallstange anstiess, daraufhin stürzte und bewusstlos wurde, lediglich als mittelschweres im Grenzbereich zu den leichten Unfällen qualifiziert werden.
2.3.2 Besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls liegen im Umstand, dass ein Schlepperfahrer vorbeifuhr und dabei die Metallstange touchierte, was in der Folge zum geschilderten Anschlagen des Kopfes der Versicherten führte, objektiv betrachtet (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 209 E. 3b/cc; vgl. auch RKUV 2000 Nr. U 394 S. 313, U 248/98, E. 4 und 5) nicht vor.
2.3.3 Der Unfall hatte unbestrittenerweise auch keine schweren Verletzungen oder Verletzungen besonderer Art zur Folge. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (Urteile U 386/04 vom 28. April 2005, E. 5.2; U 371/02 vom 4. September 2003, E. 2.2.2; U 61/00 vom 6. Februar 2002, E. 3b; U 21/01 vom 16. August 2001, E. 3d).
2.3.4 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128), ob nach dem Unfall fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Die Beschwerdeführerin unterzog sich unmittelbar nach dem Unfall medikamentöser Behandlung und Physiotherapie. Die in der Rehaklinik Z._ empfohlenen Massnahmen - berufsorientierte Ergotherapie, logopädisches Training, Psychotherapie - wurden nach lediglich anderthalb Wochen abgebrochen. Seither erfolgten keine besonderen Behandlungen mehr. Daraus resultiert keine erhebliche - im Sinne einer sich allein daraus ergebenden zusätzlichen - Mehrbelastung, weshalb das Kriterium nicht erfüllt ist.
2.3.5 Zu prüfen ist des Weiteren das präzisierte Kriterium der erheblichen Beschwerden. Bei der letzten Untersuchung durch SUVA-Kreisarzt Dr. med. O._ am 5. Oktober 2000 war das Zervikalsyndrom nur noch geringfügig ausgeprägt, und es bestanden auch keine erkennbaren Gleichgewichtsstörungen. Gemäss neuropsychologischem Teilgutachten des Spitals X._ wurde bei der Untersuchung vom 24. August 2005 eine Asymmetrie zu Ungunsten sprachlicher Fähigkeiten mit Dysorthographie, Schwierigkeiten der sprachlichen Konzeptfindung und auditiven Fehlerkontrolle festgestellt. Unter Berücksichtigung der Anamnese der Patientin, welche eine Sprachentwicklungsstörung angab, seien die Befunde mit einer frühkindlich erworbenen cerebralen Funktionsstörung vereinbar. Eine dokumentierbare Konzentrationsschwäche sei ätiologisch unspezifisch. Die neuropsychologischen Defizite könnten die Fähigkeiten der Konfliktlösung vermindern sowie die Schmerzverarbeitung reduzieren. Gemäss psychiatrischer Begutachtung leidet die Versicherte an einem organischen Psychosyndrom nach Schädel-Hirntrauma sowie an einer leichten bis mittelgradigen depressiven Episode. Darauf ist sogleich noch näher einzugehen (E. 2.3.7). Insgesamt standen die Schulter-/ Nacken- und Kopfschmerzen im Vordergrund, wobei jedoch die rheumatologischen wie auch die neurologischen Befunde bei der Begutachtung im Spital X._ unauffällig waren. Als Therapiemassnahmen konnten diesbezüglich lediglich Physiotherapie mit konsequentem Heimtraining sowie eine medikamentöse Schmerzbehandlung empfohlen werden.
2.3.6 Eine ärztliche Fehlbehandlung oder ein schwieriger Heilungsverlauf liegen nicht vor.
2.3.7 Zum Merkmal der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen ist anzuführen, dass gemäss Einschätzung von SUVA-Kreisarzt Dr. med. O._ vom 5. Oktober 2000 eine 75%ige Arbeitsfähigkeit bestand, wobei der Versicherten "unter Abstraktion von der familiären Belastung" sogar ein Ganztageseinsatz zugemutet werden könne. Die Beschwerdeführerin hat in der Folge jedoch lediglich einen einmaligen Versuch, als Serviceangestellte zu arbeiten, unternommen, und war während einiger Wochen im Frühjahr/Sommer 2004 acht Stunden wöchentlich in einer Reinigungsfirma tätig.
Aus dem Gutachten des Spitals X._ ergibt sich dazu Folgendes. Aus Sicht der psychiatrischen Gutachter bestand - bei Diagnose insbesondere eines organischen Psychosyndroms nach Schädel-Hirntrauma sowie leichter bis mittelgradiger depressiver Episode - eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit. Dabei wird indessen nicht nachvollziehbar begründet, weshalb die Beschwerdeführerin in derart schwerem Mass beeinträchtigt sein soll. Gemäss neurologischem Gutachten - welches durchwegs unauffällige Befunde ergab - ist diese vollständige Arbeitsunfähigkeit denn auch reversibel. Des Weiteren ist die Einschätzung des Dr. med. P._ zu berücksichtigen, welcher die Diagnose eines organischen Psychosyndroms nach Schädel-Hirntrauma einlässlich diskutiert, indessen als nicht ausreichend begründet erachtet, genauso wie er die Diagnose einer depressiven Episode nicht bestätigen kann. Die rheumatologische Untersuchung im Spital X._ ergab weitgehend normale objektive Befunde, welche die Arbeitsfähigkeit nicht einschränken.
2.3.8 Im Wesentlichen fallen damit die noch geklagten Nacken- und Kopfschmerzen ins Gewicht, welche indessen nicht als erheblich bezeichnet werden können, sowie die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin seit dem Unfall vom 6. September 1999 keine Erwerbstätigkeit mehr aufgenommen hat, wobei eine vollständige Arbeitsunfähigkeit mangels entsprechender Befunde nicht attestiert werden kann. Die übrigen Kriterien sind allesamt nicht erfüllt. Die adäquate Kausalität des als leichteren Unfall im mittleren Bereich zu qualifizierenden Ereignisses mit den noch geklagen Beschwerden ist daher zu verneinen.
3. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten; <ref-law>) und Verbeiständung (<ref-law>) kann gewährt werden, weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin geboten war. Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Dr. Volker Pribnow, Baden, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2500.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo