Sachverhalt:
Mit Entscheid vom 22. Januar 2008 trat die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich auf den Rekurs von X._ und Y._ betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2000 und 2001 nicht ein, weil der Vorschuss (Kaution) für die Sicherstellung der Verfahrenskosten nicht rechtzeitig geleistet worden sei. Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 3. September 2008 ab. Es kam zum Schluss, dass die elektronisch erfolgte Überweisung durch die Credit Suisse bzw. die Telekurs AG erst am 13. November 2007 - und damit nach Ablauf der für die Kautionsleistung gesetzten Frist (12. November 2007) - verarbeitet worden sei. Bei dieser Sachlage wäre es Aufgabe der Beschwerdeführer gewesen, nachzuweisen, "wann genau welche elektronischen Daten mit der Gutschrift zugunsten der Steuerrekurskommission mit welchem Fälligkeitsdatum wo eingegangen sind". Mit der blossen Bestätigung der Credit Suisse vom 10. Dezember 2007, wonach der Zahlungsauftrag provisorisch im E-Bankingjournal der Bank gebucht und am 12. November 2007 "zur Verarbeitung bereit" gewesen sei, erbringe der Beschwerdeführer die entsprechenden Nachweise nicht.
Hiergegen richtet sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, mit welcher die Steuerpflichtigen beantragen, es sei der Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz, eventuell an die Steuerrekurskommission zurückzuweisen. Das Beschwerdeverfahren sei bis zum Abschluss des Strafverfahrens zu sistieren.
Auf die Einholung der Vernehmlassungen der beteiligten Behörden wurde verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde wurde in der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) eingereicht und richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Die Beschwerdeführer sind durch die Entscheidung besonders berührt und besitzen ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>). Die Beschwerde ist grundsätzlich zulässig.
Der angefochtene Entscheid beruht auf kantonalem (Verfahrens-)Recht. Dessen Auslegung und Anwendung überprüft das Bundesgericht nach <ref-law> nur unter dem Gesichtswinkel des Verbots der Willkür (<ref-law>). Inwiefern der angefochtene Entscheid gegen das verfassungsmässige Willkürverbot verstossen soll, ist in der Beschwerde darzulegen (Art. 42 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>). Ob die Beschwerde diesbezüglich eine ausreichende Begründung enthält, ist fraglich; dies kann indessen offen bleiben, zumal sich die Beschwerde ohnehin als unbegründet erweist.
2. Es ist unbestritten, dass die Kautionsleistung bei der Steuerrekurskommission II erst am 15. November 2007 - und damit nach Ablauf der Zahlungsfrist am 12. November 2007 - gutgeschrieben wurde. Die Beschwerdeführer machen geltend, entscheidend sei nicht das Datum des Zahlungseingangs bei der Behörde, sondern das Datum, an dem das Konto beim Auftraggeber belastet worden sei.
Vorliegend geht es um ein Verfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern vor den kantonalen Instanzen. Das kantonale Recht stellt die erforderlichen Verfahrensbestimmungen auf. Das Verwaltungsgericht hat zwar nicht explizit ausgeführt, was vorliegend als fristwahrende Handlung zu betrachten gewesen wäre. Es hat aber erwogen, dass die Gutschrift auf dem Konto der Steuerrekurskommission nach Ablauf der Frist erfolgt sei; unter diesen Umständen hätten die Beschwerdeführer darlegen müssen, "wann genau welche elektronischen Daten mit der Gutschrift zugunsten der Steuerrekurskommission mit welchem Fälligkeitsdatum wo eingegangen sind".
Das lässt darauf schliessen, dass das Verwaltungsgericht die rechtzeitige Belastung auf dem Konto der Beschwerdeführer bei der Bank als fristwahrende Handlung wohl anerkannt hätte (s. auch die neue Regelung für das Bundesgericht in <ref-law>). Die Frage muss nicht entschieden werden, wie die folgenden Erwägungen zeigen.
3. Die Beschwerdeführer berufen sich für ihre Behauptung, dass das Konto des Beschwerdeführers innert der Kautionsfrist durch die Bank belastet worden sei und er über den Betrag nicht mehr habe verfügen können, auf das Schreiben der Credit Suisse vom 10. Dezember 2007. Dieses lautet:
"Gerne entsprechen wir Ihrem Wunsch und können bestätigen, dass die Erfassung des Zahlungsauftrags durch Sie am 10. November 2007 erfolgte, provisorisch im E-Bankingjournal gebucht war und bei uns am 12. November 2007 zu Verarbeitung bereit gewesen ist."
Aus diesem Schreiben folgt nur, dass am letzten Tag der Frist (12. November 2007) der Zahlungsauftrag "zur Verarbeitung bereit" gewesen sei. Mehr ist darüber dem Schreiben nicht zu entnehmen. Inwiefern daraus geschlossen werden kann, der Betrag sei dem Konto des Beschwerdeführers am 12. November 2007 bereits belastet gewesen, ist unerfindlich und wird in der Beschwerde nicht ausgeführt. Die Beschwerdeführer haben auch nicht nachgewiesen, welches Fälligkeitsdatum oder Zahlungsdatum sie dem Überweisungsauftrag gaben. Sie behaupten nicht, die tatsächliche Belastung ergäbe sich aus weiteren Unterlagen oder die Vorinstanz habe Beweise ausser Acht gelassen. Unter diesen Umständen ist tatsächlich nicht bewiesen, dass die Prozesskaution rechtzeitig innert der Zahlungsfrist dem (Bank-)Konto des Beschwerdeführers belastet wurde. Die Feststellung der Vorinstanz, dass die Überweisung auf elektronischem Weg durch die Bank erst am 13. November 2007 - mithin nach Fristablauf - verarbeitet worden sei, ist nicht willkürlich.
4. Die weiteren Einwendungen der Beschwerdeführer lassen den angefochtenen Entscheid ebenfalls nicht als willkürlich oder sonstwie verfassungswidrig erscheinen.
4.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, der kantonale Gesetzgeber müsste ausdrücklich statuieren, wenn lediglich die "taggenaue Gutschrift beim Empfänger als fristwahrend gelten könne". Sie bestreiten aber nicht, dass im elektronischen Zahlungsverkehr mindestens die Belastung des Kontos des Beschwerdeführers bei der Bank innert der Zahlungsfrist hätte erfolgen müssen. Diesen Nachweis haben sie, wie bereits dargelegt worden ist, nicht geleistet.
4.2 Die Beschwerdeführer behaupten, sie werden gegenüber den Postkunden rechtsungleich behandelt. Das trifft nicht zu. Auch der Postkunde nimmt in Kauf, dass die Zahlung nicht sofort ausgeführt und belastet werden könnte, falls er den Zahlungsauftragsdienst der Post benutzt. Er kann sich dieser Unsicherheit entledigen, indem er bar einzahlt, muss sich hierfür aber an den Postschalter begeben.
4.3 Die Berufung auf <ref-law> (Ziff. 17 der Beschwerde) geht schon deshalb fehl, weil die Regelung von <ref-law> für das kantonale Verfahren keine unmittelbare Wirkung entfaltet. Im Übrigen verlangt auch die bundesrechtliche Regelung als fristwahrende Handlung die zeitgerechte Belastung eines Bankkontos in der Schweiz.
5. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, soweit darauf einzutreten ist, und im Verfahren nach <ref-law> zu erledigen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um Sistierung des Verfahrens gegenstandslos. Die (nach Urteilsfällung eingegangene) Eingabe des Beschwerdeführers vom 28. November 2008 erfolgte nach Ablauf der Beschwerdefrist und hätte schon aus diesem Grund nicht berücksichtigt werden können. Das nachträglich eingereichte (freisprechende) Strafurteil des Bezirksgerichts Uster vom 21. November 2008 hat mit der Frage der Rechtzeitigkeit der Kostenvorschusszahlung offensichtlich nichts zu tun.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die unterliegenden Beschwerdeführer kostenpflichtig; sie haften hierfür solidarisch (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Parteientschädigungen sind keine geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann