Sachverhalt:
A. Am 27. Mai 2005 fuhr der 82-jährige E._ mit seinem Personenwagen in die Radfahrerin F.X._, welche an den Unfallfolgen starb. Er war im Zeitpunkt der Kollision nicht fähig, ein Motorfahrzeug zu lenken.
B. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau stellte am 25. Juni 2009 das Verfahren gegen Y._, den Hausarzt des Fahrzeuglenkers, ein. Die dagegen erhobene Beschwerde der Eltern und Geschwister von F.X._, A.X._, B.X._, C.X._, und D.X._, wies das Obergericht des Kantons Aargau am 14. September 2009 ab.
C. A.X._, B.X._, C.X._, und D.X._, beantragen mit Beschwerde in Strafsachen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und es sei Anklage gegen Y._ wegen fahrlässiger Tötung zu erheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz wende kantonales Prozessrecht willkürlich an. Die Strafuntersuchung dürfe nach § 136 des Gesetzes über die Strafrechtspflege des Kantons Aargau vom 11. November 1958 (Strafprozessordnung; StPO/AG; SAR 251.100) nur eingestellt werden, wenn zureichende Gründe für eine Anklageerhebung fehlten oder wenn hievon wegen Geringfügigkeit des Verschuldens und der Tatfolgen oder wegen geringfügiger Auswirkungen auf das zu erwartende Strafmass oder gemäss Art. 52 bis Art. 54 StGB von einer Strafverfolgung abzusehen sei. Es gebe keine solchen Gründe für eine Einstellung des Verfahrens gegen den Beschwerdegegner. Die Sorgfaltspflichtverletzungen aus den Jahren 1996 und 2000 seien noch nicht verjährt. Anzuwenden sei das neue Recht. Den Beschwerdegegner als Hausarzt treffe eine Garantenpflicht auf unbestimmte Zeitdauer. Deshalb beginne die Verjährung erst am Unfalltag, dem 27. Mai 2005, zu laufen.
1.2 Altrechtlich verjährte die dem Beschwerdegegner vorgeworfene fahrlässige Tötung durch Unterlassung nach Art. 117 StGB relativ in 5 und absolut in 7 1⁄2 Jahren (Art. 70 und 72 Ziff. 2 Abs. 2 aStGB: gültig bis zum 30. September 2002). Neurechtlich verjähren Vergehen in 7 Jahren, wobei die Verjährung nicht mehr unterbrochen werden und nach dem erstinstanzlichen Urteil nicht mehr eintreten kann (aArt. 70 StGB: gültig ab dem 1. Oktober 2002 bis zum 31. Dezember 2006; Art. 97 Abs. 1 lit. c StGB: gültig ab dem 1. Januar 2007). Unter erstinstanzlichen Urteilen sind ausschliesslich verurteilende Erkenntnisse zu verstehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 331). Für den Verjährungsbeginn bei Unterlassungsdelikten ist nach altem wie nach neuem Recht der Zeitpunkt ausschlaggebend, an welchem der Garant hätte handeln sollen (PETER MÜLLER, in: Basler Kommentar Strafgesetzbuch I, 1. Aufl. 2003 N. 7 zu aArt. 71 StGB; PETER MÜLLER, in: Basler Kommentar Strafrecht I, 2. Aufl. 2007 N. 7 zu Art. 98 StGB). Das neue Verjährungsrecht ist nur anzuwenden, sofern es das mildere ist (Art. 2 Abs. 2 StGB).
1.3 Bei der dem Beschwerdegegner zur Last gelegten Tat handelt es sich nicht um ein Dauerdelikt, da ihn keine jederzeitige Meldepflicht gegenüber dem Strassenverkehrsamt hinsichtlich der Fahrfähigkeit seiner Patienten trifft (vgl. E. 2.). Für den Verjährungsbeginn ist deshalb auf die in Frage stehenden Kontrolluntersuchungen (24. Juli 1996; 22. November 2000) abzustellen. Die altrechtliche fünfjährige relative Verjährungsfrist betreffend die Untersuchung vom 24. Juli 1996 war im Zeitpunkt des Unfalls vom 27. Mai 2005 abgelaufen, nicht hingegen für die Untersuchung vom 22. November 2000. Die absolute Verjährungsfrist nach altem Recht ist um ein halbes Jahr länger als die Verjährungsfrist nach neuem Recht, weshalb das neue Recht auf die Untersuchung vom 22. November 2000 anzuwenden ist (Art. 2 Abs. 2 StGB). Nach neuem Recht trat die Verjährung betreffend die Untersuchung vom 22. November 2000 am 22. November 2007 ein, da bis dahin kein erstinstanzliches verurteilendes Erkenntnis erging (<ref-ruling> E. 2.1 S. 196 mit Hinweis). Die Vorinstanz durfte daher, ohne in Willkür zu verfallen, die Strafuntersuchung in Bezug auf die bis zum 22. November 2000 erfolgten hausärztlichen verkehrsmedizinischen Untersuchungen gestützt auf § 136 StPO/AG einstellen.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, der Beschwerdegegner als Hausarzt des Unfallverursachers E._ habe dem Strassenverkehrsamt von sich aus die notwendigen Auskünfte zur Fahreignung erteilen müssen. Aus Art. 27 Abs. 2 lit. b VZV sowie den Weisungen des kantonsärztlichen Dienstes und der Wegleitung des Strassenverkehrsamtes zur Fahreignungsprüfung könne eine generelle und direkte Antragspflicht des privat beauftragten Arztes gegenüber dem Strassenverkehrsamt abgeleitet werden. Ihn treffe insoweit eine Garantenpflicht. Er habe verschiedene Sorgfaltspflichten verletzt, welche adäquat kausal für den Tod von F.X._ seien. Er habe es bei den Fahreignungsbeurteilungen von E._ unterlassen, dem Strassenverkehrsamt im Jahr 1996 eine Brillentragpflicht, im Jahr 2000 eine Verkürzung des Untersuchungsintervalls bzw. die regelmässige ärztliche Kontrolle wegen der Diabetes und im Jahr 2003 eine umfassende vertrauensärztliche verkehrsmedizinische Untersuchung zu beantragen. Wäre er seinen Pflichten nachgekommen, so wäre E._ der Führerausweis spätestens im Jahr 2004 entzogen worden, und es wäre nicht zum tödlichen Unfall vom 27. Mai 2005 gekommen.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 BGG). Vorbringen, welche vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweichen oder diesen ergänzen, können nicht berücksichtigt werden, sofern die Sachverhaltsfeststellung weder beanstandet wird, noch die Beschwerde den erhöhten Begründungsanforderungen genügt (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 mit Hinweis). Auf die ergänzenden Vorbringen der Beschwerdeführer zum Sachverhalt (Seite 4 bis 12 der Beschwerdeschrift) ist nicht einzutreten, soweit sie sich nicht aus dem angefochtenen Entscheid ergeben.
2.3 Die Vorinstanz erwägt, für den tödlichen Verkehrsunfall vom 27. Mai 2005 sei allein entscheidend, dass das Strassenverkehrsamt E._ am 10. März 2003 erneut als fahrgeeignet eingetragen habe, obwohl die verkehrsmedizinische Untersuchung nicht abgeschlossen und die Untersuchungsformulare nicht eingereicht worden seien. Weder der Beschwerdegegner noch die Augenärztin hätten E._ als fahrgeeignet bezeichnet. In der Untersuchung vom 28. Februar 2003 habe der Beschwerdegegner die Fahrtauglichkeit von E._ nicht bejaht, sondern weitere Abklärungen bei der Augenärztin für notwendig erachtet. Dazu habe er E._ das Formular des Strassenverkehrsamtes übergeben. Er sei aufgrund der von ihm gemessenen Sehschärfe davon ausgegangen, dass der Führerausweis entzogen werde. Ob er unter Verletzung seiner Sorgfaltspflichten nebst der augenärztlichen Kontrolle keine weitere Abklärungen angeordnet habe, sei nicht entscheidend. Denn er habe keine Fahrtauglichkeit attestiert und seine Beurteilung sei dem Strassenverkehrsamt erst am 1. Juni 2005, nach der Kollision mit F.X._, zur Kenntnis gelangt. Er habe als Hausarzt keine Pflicht gehabt, das Strassenverkehrsamt von sich aus über die anzuzweifelnde Fahrtauglichkeit von E._ zu informieren. Dazu fehle es an einer gesetzlichen Grundlage. Das Strafverfahren sei deshalb in Anwendung von § 136 StPO/AG einzustellen.
2.3 Die Vorinstanz erwägt, für den tödlichen Verkehrsunfall vom 27. Mai 2005 sei allein entscheidend, dass das Strassenverkehrsamt E._ am 10. März 2003 erneut als fahrgeeignet eingetragen habe, obwohl die verkehrsmedizinische Untersuchung nicht abgeschlossen und die Untersuchungsformulare nicht eingereicht worden seien. Weder der Beschwerdegegner noch die Augenärztin hätten E._ als fahrgeeignet bezeichnet. In der Untersuchung vom 28. Februar 2003 habe der Beschwerdegegner die Fahrtauglichkeit von E._ nicht bejaht, sondern weitere Abklärungen bei der Augenärztin für notwendig erachtet. Dazu habe er E._ das Formular des Strassenverkehrsamtes übergeben. Er sei aufgrund der von ihm gemessenen Sehschärfe davon ausgegangen, dass der Führerausweis entzogen werde. Ob er unter Verletzung seiner Sorgfaltspflichten nebst der augenärztlichen Kontrolle keine weitere Abklärungen angeordnet habe, sei nicht entscheidend. Denn er habe keine Fahrtauglichkeit attestiert und seine Beurteilung sei dem Strassenverkehrsamt erst am 1. Juni 2005, nach der Kollision mit F.X._, zur Kenntnis gelangt. Er habe als Hausarzt keine Pflicht gehabt, das Strassenverkehrsamt von sich aus über die anzuzweifelnde Fahrtauglichkeit von E._ zu informieren. Dazu fehle es an einer gesetzlichen Grundlage. Das Strafverfahren sei deshalb in Anwendung von § 136 StPO/AG einzustellen.
2.4 2.4.1 Nach Art. 117 StGB macht sich strafbar, wer fahrlässig den Tod eines Menschen verursacht. Dieses Delikt kann auch durch pflichtwidriges Untätigbleiben begangen werden, wenn jemand die Gefährdung oder Verletzung eines strafrechtlich geschützten Rechtsguts nicht verhindert, obwohl er aufgrund seiner Rechtsstellung dazu verpflichtet ist (Art. 11 Abs. 1 und Abs. 2 StGB). Die Garantenpflicht kann sich insbesondere aus dem Gesetz ergeben (Art. 11 Abs. 2 lit. a StGB).
2.4.2 Voraussetzung des Fahrlässigkeitsdelikts ist die Voraussehbarkeit und Vermeidbarkeit des Erfolgs. Bei der Vermeidbarkeit wird ein hypothetischer Kausalverlauf untersucht und geprüft, ob der Erfolg bei pflichtgemässem Verhalten des Täters ausgeblieben wäre. Dabei genügt es für die Zurechnung des Erfolgs, wenn das Verhalten des Täters mindestens mit einem hohen Grad an Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolgs bildete (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 10 f. mit Hinweisen). Diese Grundsätze gelten auch für das unechte Unterlassungsdelikt. Steht ein solches zur Diskussion, ist anhand eines hypothetischen Kausalzusammenhangs zu prüfen, ob bei Vornahme der gebotenen Handlung der Erfolg mit einem hohen Grad an Wahrscheinlichkeit ausgeblieben wäre und ob deren Nichtvornahme für den eingetretenen Erfolg adäquat kausal war (<ref-ruling> E. 2a S. 132 ff. mit Hinweisen).
2.5 Art. 27 Abs. 1 lit b der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr (Verkehrszulassungsverordnung; VZV; SR 741.51) bestimmt, dass sich über 70-jährige Ausweisinhaber alle zwei Jahre einer vertrauensärztlichen Kontrolluntersuchung zu unterziehen haben. Diese Untersuchung erstreckt sich auf in einem Anhang 2 geregelte Punkte (Art. 27 Abs. 3 Satz 1 VZV) Das Untersuchungsergebnis ist den kantonalen Behörden mit einem Formular (Anhang 3) bekannt zu geben (Art. 27 Abs. 3 Satz 2 VZV). Die Kontrolluntersuchung wird nach § 19 Abs. 1 lit. a der Verordnung über den Vollzug des Strassenverkehrsrechtes vom 12. November 1984 (Strassenverkehrsverordnung; SSV; SAR 991.111) i.V.m. Art. 27 Abs. 2 lit. a VZV im Kanton Aargau den Privatärzten übertragen.
2.5 Art. 27 Abs. 1 lit b der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr (Verkehrszulassungsverordnung; VZV; SR 741.51) bestimmt, dass sich über 70-jährige Ausweisinhaber alle zwei Jahre einer vertrauensärztlichen Kontrolluntersuchung zu unterziehen haben. Diese Untersuchung erstreckt sich auf in einem Anhang 2 geregelte Punkte (Art. 27 Abs. 3 Satz 1 VZV) Das Untersuchungsergebnis ist den kantonalen Behörden mit einem Formular (Anhang 3) bekannt zu geben (Art. 27 Abs. 3 Satz 2 VZV). Die Kontrolluntersuchung wird nach § 19 Abs. 1 lit. a der Verordnung über den Vollzug des Strassenverkehrsrechtes vom 12. November 1984 (Strassenverkehrsverordnung; SSV; SAR 991.111) i.V.m. Art. 27 Abs. 2 lit. a VZV im Kanton Aargau den Privatärzten übertragen.
2.6 2.6.1 Die Verkehrszulassungsverordnung äussert sich nicht explizit, wer das Untersuchungsergebnis der ärztlichen Kontrolluntersuchung den Behörden bekannt zu geben hat (Art. 27 Abs. 3 Satz 2 VRV). Auch die Formulare in Anhang 2 und Anhang 3 der VZV geben darüber keinen Aufschluss. In Frage kommen die an der Kontrolluntersuchung beteiligten Personen, d.h. der Ausweisinhaber, der die Kontrolluntersuchung durchführende Arzt oder der Spezialarzt, an welchen der Ausweisinhaber weiterverwiesen wird.
2.6.2 Die zuständigen kantonalen Behörden stellen die Aufforderung zur vertrauensärztlichen Prüfung dem Inhaber des Fahrausweises zu, denn er ist ihnen, im Gegensatz zum jeweiligen Hausarzt, bekannt. Ausweisinhaber sind meldepflichtig in Bezug auf Tatsachen, die den Ersatz des Ausweises oder der Bewilligung erfordern (Art. 26 Abs. 1 VZV). Betagte Fahrzeuglenker, welche die physischen und psychischen Anforderungen an die Fahreignung erfüllen (wollen), haben ein Interesse, sich der Kontrolluntersuchung zu unterziehen. Je nach Ergebnis dieser Untersuchung variiert das Interesse an der Information der Behörden. Sofern sich die Fahrzeuglenker auf die behördliche Aufforderung hin nicht melden oder keinen Arztbericht einreichen, welcher ihre Fahrfähigkeit bestätigt, kann ihnen der Fahrausweis vorsorglich entzogen werden (Art. 16 Abs. 1 SVG i.V.m. Art. 27 Abs. 1 lit. b VZV i.V. m. Art. 30 VZV). Sowohl bei einer ärztlichen als auch bei der privaten Meldepflicht wird dem Anliegen der Verkehrssicherheit Rechnung getragen, da bei Nichteinreichen der Unterlagen und auch bei einem negativen ärztlichen Bericht der Führerausweis zu entziehen bzw. nähere Abklärungen anzuordnen sind.
2.6.3 Art. 27 Abs. 3 Satz 1 VZV richtet sich sowohl an den behandelnden Arzt als auch an den Patienten, indem er zur Rechtssicherheit für die beteiligten Parteien die zu kontrollierenden Punkte festhält. Auch daraus kann nicht zweifelsfrei geschlossen werden, wen die Informationspflicht gegenüber den Behörden nach Art. 27 Abs. 3 Satz 2 VZV trifft, da die Regelung allen Beteiligten dient.
2.6.4 In der Literatur äussern sich, soweit ersichtlich, nur wenige Autoren zur Frage, wer das Ergebnis der vertrauensärztlichen Kontrolluntersuchung den Behörden übermitteln muss. Schaffhauser geht davon aus, dass der Patient grundsätzlich frei sei, was er mit dem ärztlichen Bericht machen wolle (Beschwerdebeilage 6: René Schaffhauser, Bericht zu Fragen der Praxis des Strassenverkehrsamtes des Kantons Aargau in den Bereichen Administrativmassnahmen und ärztliche Überprüfung von über 70-jährigen Lenkern, S. 91 f.). Er könne beispielsweise einen anderen Arzt aufsuchen. Es existierten kantonale Verwaltungen, die den Arzt anhielten, die Berichte direkt dem Strassenverkehrsamt zuzustellen, so auch der Kanton Aargau. Eine Rechtsgrundlage dafür existiere aber keine (a.a.O.). Ein anderer Autor beurteilt die Auskunftspflicht des Arztes anhand des Arztgeheimnisses, dessen Verletzung nach Art. 321 StGB strafbar ist (Cédric Mizel, aptitude à la conduite automobile, exigences médicales, procédure d' examen et secret médical, in: AJP/PJA 5/2008 S. 586 ff.). Die Mitteilungspflicht in Bezug auf eine verkehrsmedizinische Kontrolluntersuchung differenziert er anhand der Weisungen des Patienten. Lautet der Auftrag des Patienten dahingehend, dass der Arzt das Formular ausfüllen und dem Strassenverkehrsamt übermitteln soll, müsse der Arzt das vollständig und wahrheitsgemäss ausgefüllte Dokument weiterleiten (a.a.O. S. 596 f.). Mizel bejaht die Möglichkeit, dass nur das Ausfüllen des Formulars, nicht hingegen das Weiterleiten vereinbart wird (a.a.O.). Eine Autorin geht schliesslich von einer Übermittlungspflicht des Arztes aus, ohne diese Auffassung näher zu begründen (Jennifer Zimmermann, Rechtsmedizinische Aspekte der Verkehrsmedizin unter besonderer Berücksichtigung der Fahreignung im Alter, HILL 2007 Fachartikel N. 10).
2.6.5 Die Verkehrszulassungsverordnung enthält somit zusammenfassend keine Zuständigkeit hinsichtlich Meldepflicht nach Art. 27 Abs. 3 Satz 2 VZV. Insbesondere fehlt eine Regelung des präzisen Ablaufs der vertrauensärztlichen Prüfung. Die Zuständigkeiten, wer in welchem Fall innert welcher Frist reagiert (z.B. bei Bejahung der Fahrfähigkeit, bei Unklarheit über die Fahrfähigkeit, bei Weiterverweisung an einen anderen Arzt, bei Verneinung der Fahrfähigkeit, bei widersprechenden Angaben über die Fahrfähigkeit von verschiedenen Ärzten) sind darüber hinaus weder im Strassenverkehrsgesetz noch in der Verkehrsregelverordnung und der kantonalen Strassenverkehrsverordnung geregelt: Art. 14 Abs. 4 SVG schafft zwar eine Möglichkeit, nicht aber eine Rechtspflicht des Arztes zur Information der Behörden. Eine Informationspflicht lehnte der Bundesrat bisher ab (Botschaft vom 14. November 1973 zur Änderung des Bundesgesetzes über den Strassenverkehr, BBl 1973 1173 ff. S. 1179; Antwort des Bundesrates vom 3. März 1997 auf die Motion Chiffelle Pierre MO 96.3605). Keine Gesetzeswirkung kommt schliesslich den von den Beschwerdeführern zitierten Weisungen des kantonsärztlichen Dienstes und der Wegleitung des Strassenverkehrsamtes zur Fahreignungsprüfung zu. Damit fehlt es an einer Garantenstellung des Beschwerdegegners. Ihn traf keine gesetzliche Pflicht, das Strassenverkehrsamt von sich aus über das vorläufige Untersuchungsergebnis zu informieren bzw. das Formular über die nicht vollständig durchgeführte Kontrolluntersuchung an das Amt weiterzuleiten.
2.7 Auch aus dem Auftrag von E._ kann keine solche Garantenpflicht zur Weiterleitung des Formulars abgeleitet werden. Denn der Beschwerdegegner übergab dieses Formular E._ mit der Weisung, sich bei der Augenärztin näher abklären zu lassen (angefochtenes Urteil E. 2.2.1 S. 4). Dies steht einer vertraglich vereinbarten Weiterleitungspflicht entgegen. Die Einstellung des Strafverfahrens nach § 136 StPO/AG hält vor dem Willkürverbot nach Art. 9 BV stand.
3. Insgesamt ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten unter solidarischer Haftung zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. März 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch