Arbeitsvertrag; Lohnanspruch, hat sich ergeben:
A.-A._ und B._ (Klägerin) lebten von Dezember 1991 bis 26. Januar 1995 im Konkubinat. Im Juni 1994 feierten sie Verlobung.
A._ beabsichtigte 1992 in Z._ eine Bäckerei zu eröffnen. Im Frühjahr 1992 brach die Klägerin ihre Lehre als Verkäuferin bei der Migros ab und half A._ bei den für die Eröffnung seiner Bäckerei notwendigen Renovationsarbeiten. Ab Mai 1992 arbeitete sie sodann als Verkäuferin im Laden. Dabei blieb es auch als Mitte 1993 eine weitere Filiale der Bäckerei eröffnet, die Einzelfirma von A._ im Dezember 1994 in eine Kollektivgesellschaft mit dessen Bruder C._ überführt und weitere Verkäuferinnen angestellt wurden.
Am 26. Januar 1995 zog die Klägerin aus der gemeinsamen Wohnung aus. Sie erschien danach auch nicht zur Arbeit.
B.-Mit Klage vom 11. Juli 1997 verlangte die Klägerin vor Bezirksgericht St. Gallen von der Kollektivgesellschaft Bäckerei-Konditorei A._ und C._ (Beklagte) Lohn für ihre Tätigkeit als Bäckereiverkäuferin in der Zeit von Mai 1992 bis Januar 1995 in der Höhe von Fr. 164'050. 60.
Die Beklagte bestritt die Lohnforderung und machte überdies verrechnungsweise Gegenforderungen geltend.
Mit Urteil vom 8. Mai 1998 hiess das Bezirksgericht St. Gallen die Klage im Umfang von Fr. 26'310.- gut. Auf kantonalrechtliche Berufung beider Parteien hin erhöhte das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 24. Februar 2000 den zugesprochenen Betrag auf Fr. 60'438. 60.
C.-Die Beklagte gelangt mit Berufung an das Bundesgericht und verlangt die vollumfängliche Abweisung der Klage.
Die Klägerin beantragt die Abweisung des Rechtsmittels.
Eine von der Beklagten ebenfalls erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wurde am 28. November 2000 abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Das Kantonsgericht ist im angefochtenen Entscheid davon ausgegangen, dass die Parteien einen Barlohn von Fr. 2'000.- pro Monat vereinbart haben, nicht aber einen Naturallohn. Es hat sodann erwogen, die Beklagte habe nicht nachweisen können, den Lohn für die fragliche Zeit tatsächlich ausbezahlt zu haben. Soweit die Klägerin von A._ Barleistungen erhalten habe, seien diese nicht auf die Lohnforderung anzurechnen. Ebenso seien die von der Klägerin vorgenommenen Barbezüge im Betrag von Fr. 29'900.- nicht auf ihren Lohn anzurechnen, weil sie das Geld für geschäftliche Zwecke abgehoben und verwendet habe.
2.-a) Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zu Grunde zu legen, es sei denn, sie beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zu Stande gekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das Sachgericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm entscheidwesentliche Behauptungen und Beweisanträge dazu prozesskonform unterbreitet worden waren (Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2a). Eine blosse Kritik an der Beweiswürdigung des Sachgerichts ist, soweit nicht Vorschriften des Bundesrechts in Frage stehen, ausgeschlossen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2b).
b) Auf die Berufung ist daher nicht einzutreten, soweit sie auf eigenen Sachverhaltsdarstellungen der Beklagten beruht, die den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil widersprechen oder darin keine Stütze finden.
Eine unzulässige Kritik an den tatsächlichen Feststellungen liegt insbesondere vor, wenn die Beklagte geltend macht, die Steuerunterlagen, die ausgehändigten Lohnausweise sowie das Zuwarten mit der Geltendmachung der Forderung bewiesen, dass der vereinbarte Lohn tatsächlich ausbezahlt worden sei.
c) Die Beklagte wirft dem Kantonsgericht sodann vor, es habe den im ersten Schreiben der Rechtsvertreterin der Klägerin formulierten Abzug von monatlich Fr. 1'000.-- für Kost und Logis zu Unrecht nicht als Anerkennung eines Naturallohnes angesehen.
aa) Dieses Schreiben vom 28. August 1996 trägt den Titel "Lohnforderung Fr. B._/Zahlungsbefehl" und besagt unter anderem, die Veranlassung eines Zahlungsbefehls sei notwendig gewesen, um die Verjährung zu unterbrechen.
Sodann wird mit dem Hinweis auf das Interesse einer einvernehmlichen Lösung in Form einer auszuhandelnden Pauschalsumme eine Forderung von Fr. 200'000.-- unter Hinweis auf einzelne Schätzungswerte wie Stundenlohn, Zins sowie dem genannten Abzug angemeldet.
bb) Das Kantonsgericht führte dazu aus, es handle sich um einen Vorschlag zur gütlichen Streiterledigung, was die darin gemachten Angaben nicht als Zugeständnisse im gerichtlichen Sinne erscheinen lasse. Ausserdem liege die rechtliche Qualifikation einer allfällig anerkannten Tatsache beim Gericht und sei nicht der Parteidisposition überlassen.
Ein Verrechnungsanspruch aus den geleisteten Unterhaltszahlungen sei daher bei der Beurteilung des Konkubinatsverhältnisses zu prüfen. Wie das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen im Urteil vom 28. November 2000 festhielt, handelt es sich dabei um die Feststellung des tatsächlichen Willens seitens der Klägerin, wonach mit dem Schreiben kein Zugeständnis gewollt war.
cc) Sofern die Beklagte geltend machen will, die Klägerin habe damit tatsächlich zugegeben, ein Naturallohn sei vereinbart worden, liegt unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung des Kantonsgerichts vor.
dd) Soweit die Beklagte davon ausgeht, der Erklärungsgehalt des Schreibens sei rechtlich als Anerkennung der Vereinbarung eines Naturallohnabzugs zu verstehen, übersieht sie, dass im Rahmen von Vergleichsverhandlungen geäusserte Eingeständnisse nicht bindend sind und mit der Ablehnung des Vergleichsangebotes jegliche rechtliche Wirkung verlieren.
Der von der Rechtsvertreterin der Klägerin erwähnte pauschale Abzug von monatlich Fr. 1'000.-- für Kost und Logis durfte daher auch nach dem Vertrauensprinzip nicht als Anerkennung eines Naturallohnabzugs verstanden werden.
3.- a) Die Beklagte ist der Auffassung, das Kantonsgericht habe die Bestimmung über den Naturallohn (<ref-law>) falsch ausgelegt.
b) Naturallohn ist Lohn, der nicht Geldlohn darstellt (Staehelin, Zürcher Kommentar, N 2 zu <ref-law>).
Die Vereinbarung von Naturallohn setzt nicht zwingend die Aufnahme in die Hausgemeinschaft voraus (vgl. Rehbinder, Berner Kommentar, N 29 zu <ref-law>). <ref-law> regelt die Frage, ob die Naturalleistungen dem Arbeitnehmer belastet werden dürfen oder nicht. Gemäss dieser Bestimmung schafft die Aufnahme des Arbeitnehmers in die Hausgemeinschaft des Arbeitgebers lediglich die widerlegbare Vermutung, der Unterhalt in Naturalleistungen bilde Lohnbestandteil und dürfe folglich vorbehaltlich einer anderen Vereinbarung dem Arbeitnehmer nicht belastet werden (Staehelin, a.a.O., N 40 zu <ref-law>). Der Naturallohn ist somit vermutungsweise zusätzlich zum Geldlohn geschuldet. Die Beklagte macht jedoch geltend, Naturalleistungen in Form von Kost und Logis durch den einen Gesellschafter der Beklagten seien auf den vereinbarten Geldlohn anzurechnen. Hierfür findet sich im Gesetz keinerlei Vermutung. Eine Vereinbarung, nach der sich die Klägerin Naturalleistungen des einen Gesellschafters auf den in Geld vereinbarten Lohn anzurechnen habe, hätte die Beklagte zu beweisen. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen ist aber eine entsprechende Vereinbarung nicht nachgewiesen. Der angefochtene Entscheid ist insofern nicht zu beanstanden.
4.- a) Die Beklagte wirft dem Kantonsgericht sodann vor, es habe <ref-law> verletzt, indem es ihr im Zusammenhang mit den Barbezügen der Klägerin von Fr. 29'900.- zu Unrecht die Beweislast für den Gegenbeweis auferlegt sowie über rechtserhebliche Tatsachen nicht Beweis erhoben habe.
b) Wer eine Forderung aus Vertrag geltend macht, hat alle Sachumstände nachzuweisen, welche das Zustandekommen des Vertrags und den Inhalt der Schuld betreffen (<ref-ruling> E. 3b; Kummer, Berner Kommentar, N 248 ff. zu <ref-law>). Demgegenüber obliegt der Beweis der quantitativ und qualitativ richtigen Erfüllung dem Schuldner (<ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1b; Weber, Berner Kommentar, N 315 zu <ref-law>; Kummer, a.a.O., N 161 zu <ref-law>). Nur wenn erwiesen ist, dass der Gläubiger eine als Erfüllung angebotene Leistung vorbehaltlos entgegengenommen hat und erst nachträglich behauptet, es handle sich um eine nicht gehörige Erfüllung, kehrt sich die Beweislast um und der Gläubiger hat die nicht gehörige Erfüllung nachzuweisen (Weber, a.a.O., N 320 zu <ref-law>). Das Kantonsgericht hat deshalb richtigerweise der Beklagten die Beweislast für die Behauptung auferlegt, dass es sich bei den von der Klägerin unbestrittenermassen im Verlauf der Jahre vom Geschäftskonto insgesamt abgehobenen Fr. 29'900.-- um Lohn gehandelt habe.
Wenn es diesen Beweis der Beklagten als nicht erbracht angesehen hat, liegt ein Beweisergebnis vor, was <ref-law> gegenstandslos werden lässt (<ref-ruling> E. 4c; <ref-ruling> E. 3a). Was die Beklagte dagegen vorbringt, ist abermals eine unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz.
5.-Die Beklagte rügt schliesslich als Verletzung von <ref-law>, dass das Kantonsgericht ihre Vorbringen zu den Kassenentnahmen der Klägerin als nicht genügend substanziiert bezeichnete.
a) Inwiefern das angefochtene Urteil Bundesrecht verletzt, ist in der Berufungsschrift selber darzulegen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Soweit die Beklagte daher bloss auf ihre Eingaben im kantonalen Verfahren verweist, sind ihre Ausführungen unbeachtlich (<ref-ruling> E. 2).
b) Ob ein nach dem Bundesprivatrecht zu beurteilender Anspruch durch die Sachverhaltsvorbringen einer Partei ausreichend substanziiert ist, richtet sich nach Bundesrecht (<ref-ruling>; <ref-ruling>). Demgegenüber bestimmt das kantonale Recht, wann und in welcher Form die Parteien ihre anspruchsbegründenden Tatsachen vorzubringen haben, und ob das Gericht auch auf nicht vorgebrachte Tatsachen abstellen darf (Frank/Sträuli/Messmer, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, Zürich 1997, N 1a zu <ref-law> ZH).
c) Von Bundesrechts wegen kann der Beklagten nicht vorgeworfen werden, dass sie den genauen Betrag nicht genannt habe, den die Klägerin der Geschäftskasse entnommen habe. Es konnte von ihr aber sehr wohl verlangt werden, dass sie Beweismittel nennt, um ihre Behauptung zu stützen, wonach überhaupt Gelder aus der Kasse entnommen worden seien.
Dass sie dem Kantonsgericht entsprechende Beweise beantragt habe, welche von diesem nicht abgenommen worden wären, lässt sich der Berufungsschrift jedoch nicht entnehmen. Aus dem Bundesrecht ergibt sich indessen keine Verpflichtung der kantonalen Gerichte, selber nach entsprechenden Beweismitteln zu suchen. Soweit die Beklagte sich dabei auf <ref-law> beruft, ist eine Verletzung von Bundesrecht ebenfalls nicht ersichtlich. Gemäss <ref-law> ist der ziffernmässig nicht nachweisbare Schaden nach Ermessen des Gerichts abzuschätzen. Dabei müssen aber zumindest Anzeichen vorliegen, die den annähernd sicheren Eintritt eines Schadens nahelegen (<ref-ruling> E. 3a; Brehm, Berner Kommentar, N 52 zu <ref-law>; Schnyder, Basler Kommentar, 2. Aufl.
1996, N 11 zu <ref-law>). Dem angefochtenen Urteil sind keinerlei Anzeichen dieser Art zu entnehmen.
6.-Damit erweist sich die Berufung insgesamt als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Entsprechend hat die Beklagte die Gerichtskosten zu tragen und die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen. Damit wird das Gesuch der Klägerin um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen (III. Zivilkammer) vom 24. Februar 2000 wird bestätigt.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen (III. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 24. April 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: