Sachverhalt:
A. A._ und B._ (beide Beschwerdeführer) beabsichtigten, eine Altliegenschaft umzubauen bzw. zu erweitern. Am 24. September 2001 barst in der Nähe des Bauobjekts eine im Eigentum der Einwohnergemeinde X._ (Beschwerdegegnerin) stehende Wasserleitung. Die Beschwerdeführer behaupten, die ausfliessende Wassermenge habe am Bauobjekt beträchtliche Schäden angerichtet, so dass bauliche Notmassnahmen hätten ergriffen und umfangreichere Reparaturen und Rekonstruktionen als geplant durchgeführt werden müssen. Am 20. Dezember 2001 erliess die Beschwerdegegnerin eine Baueinstellungsverfügung, welche die Beschwerdeführer erfolglos anfochten. Im Januar 2002 ersuchten sie um eine neue Baubewilligung. Am 27. März 2002 bewilligte die Beschwerdegegnerin das angepasste Projekt.
B. Am 17. Mai 2004 reichten die Beschwerdeführer beim Amtsgericht Hochdorf Klage ein und verlangten von der Beschwerdegegnerin Fr. 590'000.-- nebst Zins als Schadenersatz. Mit Beweisentscheid vom 27. November 2006 erachtete das Amtsgericht die eingeholten Gutachten als schlüssig und ergänzende Beweisabnahmen für entbehrlich. Zu diesem Beweisentscheid nahmen die Beschwerdeführer am 20. Dezember 2006 Stellung. Die Durchführung einer Verhandlung verlangten sie nicht. Die Beschwerdegegnerin reichte direkt ihre Kostennote ein. Am 6. Februar 2007 bestätigte das Amtsgericht den Schluss des Beweisverfahrens. Daraufhin erfolgten keine weiteren gerichtlichen Handlungen, bis das Amtsgericht am 26. Februar 2008 die Klage abwies. Die Beschwerdeführer appellierten an das Obergericht des Kantons Luzern, worauf die Beschwerdegegnerin geltend machte, eine allfällige Forderung der Beschwerdeführer sei im Verlaufe des erstinstanzlichen Verfahrens verjährt. Nachdem beide Parteien auf eine Appellationsverhandlung verzichtet hatten, erachtete das Obergericht am 30. März 2009 die Verjährungseinrede für begründet und wies die Klage ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Behandlung der Appellation an dieses zurückzuweisen. Dem Gesuch, ihrem ehemaligen Vertreter den Streit zu verkünden, gab das Bundesgericht mit Verfügung vom 13. Juli 2009 nicht statt, da die Streitverkündung und Nebenintervention vor Bundesgericht auch unter der Geltung des BGG ausgeschlossen ist (so zum alten Recht ausdrücklich Art. 53 Abs. 2 aOG; vgl. <ref-law>). Die Beschwerdegegnerin und das Obergericht schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Kommt die einjährige Verjährungsfrist nach <ref-law> zur Anwendung, sind die geltend gemachten Ansprüche während laufendem Verfahren vor erster Instanz verjährt. Dies stellen die Beschwerdeführer im Wesentlichen nicht in Abrede. Sie machen allerdings geltend, da sich ihre Klage aus einer strafrechtlichen Handlung herleite, komme nach <ref-law> die längere strafrechtliche Verjährungsfrist zur Anwendung. Zudem seien ihre Ansprüche nach kantonalem Haftungsgesetz zu beurteilen, das eine zweijährige Frist vorsehe. Da die Vorinstanz das Recht nach kantonalem Prozessrecht von Amtes wegen anzuwenden habe, hätte sie diesbezüglich nicht auf die anderslautenden Ausführungen der Beschwerdeführer in ihrer Klagschrift abstellen dürfen, sondern die Anwendbarkeit des Haftungsgesetzes prüfen müssen. Schliesslich machen die Beschwerdeführer eine Verletzung ihres Gehörsanspruchs geltend. Da die Vorinstanz ihnen mitgeteilt habe, sie könnten ohne Rechtsverlust auf die Durchführung einer Verhandlung verzichten, hätten sie nach Treu und Glauben davon ausgehen dürfen, das Gericht werde die von der Beschwerdegegnerin erhobene Einrede, zu der sie nicht Stellung genommen hatten, abweisen. Zufolge der formellen Natur des Gehörsanspruchs ist diese Rüge vorab zu beurteilen.
2. Die Beschwerdeführer machen sinngemäss geltend, ihnen sei zwar die Appellationsantwort, in der die Verjährungseinrede erhoben wurde, zugestellt worden. Mit Verfügung vom 13. März 2009 habe die Vorinstanz aber erklärt, sie erachte die Sache als spruchreif. Falls auf eine Appellationsverhandlung verzichtet werde, was keine Rechtsnachteile nach sich ziehe, ersuche sie die Beschwerdeführer, innert 10 Tagen ihre Kostennote einzureichen. Dadurch habe die Vorinstanz zweifelsfrei zu erkennen gegeben, eine Appellationsverhandlung sei nicht erforderlich, und die Beschwerdeführer könnten getrost auf Replik und Duplik verzichten. Die Beschwerdeführer hätten davon ausgehen dürfen, die Vorinstanz werde die Verjährungseinrede nicht schützen.
2.1 Nach § 254 des Gesetzes über die Zivilprozessordnung vom 27. Juni 1994 (SRL Nr. 260a, ZPO/LU) lädt das Obergericht nach Abschluss des Schriftenwechsels die Parteien zur Appellationsverhandlung vor, sofern sie nicht darauf verzichtet haben. Erscheinen beide Parteien nicht zur Verhandlung, wird aufgrund der Akten entschieden. Das Nichterscheinen der einen oder beider Parteien hat keine Rechtsnachteile zur Folge.
2.2 Wenn die Vorinstanz die Angelegenheit als spruchreif erachtete, bedeutet dies, dass sich aus ihrer Sicht die zur Entscheidfindung notwendigen Grundlagen aus den Akten ergaben. Da gemäss <ref-law>/LU beiden Parteien bei Verzicht auf die Verhandlung keine Rechtsnachteile drohen, musste den anwaltlich vertretenen Beschwerdeführern bewusst sein, dass der entsprechende Hinweis und die Aufforderung, gegebenenfalls die Kostennoten einzureichen, nicht bedeutete, die Vorinstanz werde zu Gunsten der Beschwerdeführer entscheiden. Der Hinweis liess keinerlei Rückschlüsse darüber zu, wie der Entscheid materiell ausfallen würde. <ref-law>/LU bietet die Gelegenheit, an der Verhandlung zu den Vorbringen der Gegenpartei und zur Beweisergänzung Stellung zu nehmen und nötigenfalls einen weiteren Schriftenwechsel durchzuführen. Verzichten beide Parteien auf die Verhandlung, machen sie von dieser Möglichkeit keinen Gebrauch. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt darin nicht.
3. Die Beschwerdeführer sind der Auffassung, da der Schaden unvermeidbar mit der Ausübung hoheitlicher Funktionen zusammenhänge, sei nach <ref-law> auf die Verantwortung des Gemeinwesens nicht <ref-law> anwendbar, sondern das kantonale Haftungsgesetz, welches eine zweijährige Verjährungsfrist vorsehe. Die Beschwerdeführer versuchen, unter Bezugnahme auf die Gemeindereglemente, aufzuzeigen, dass die Beschwerdegegnerin die Wasserversorgung "hoheitlich" betreibe, weshalb keine gewerbliche Verrichtung im Sinne von <ref-law> vorliege.
3.1 Die bundesgerichtliche Rechtsprechung betrachtet <ref-law> als lex specialis zu kantonalrechtlichen Verantwortlichkeitsbestimmungen, soweit die den Beamten vorgeworfenen Verfehlungen, wie im zu beurteilenden Fall, mit dem behaupteten Werkmangel im Zusammenhang stehen (<ref-ruling> E. 3a S. 648). Auch mit Bezug auf Wasserleitungen findet <ref-law> Anwendung (vgl. Urteil des Bundesgerichts C 334/AB E. 4 nicht publ. in <ref-ruling>; BREHM, Berner Kommentar, 3. Aufl. 2006, N. 165 zu <ref-law>).
3.2 Zudem besteht nach <ref-law> für die Kantone die Möglichkeit, nicht aber die Pflicht, vom OR abweichende Bestimmungen zu erlassen. Es steht den Kantonen frei, dem Bundesrecht einen weiteren Anwendungsbereich zu belassen als zwingend vorgeschrieben. Daher genügt es nicht, aufzuzeigen, dass eine Unterstellung unter das kantonale Verantwortlichkeitsgesetz bundesrechtlich zulässig wäre. Die Beschwerdeführer müssten vielmehr zusätzlich darlegen, dass das kantonale Haftungsgesetz den ihm bundesrechtlich eingeräumten Spielraum für den zu beurteilenden Fall ausgeschöpft hat und eine abweichende Interpretation der kantonalen Bestimmungen offensichtlich unhaltbar wäre und damit gegen <ref-law> verstösst. Auf die kantonalrechtlichen Anwendungsvoraussetzungen des Haftungsgesetzes gehen die Beschwerdeführer aber nicht im Einzelnen ein. Damit ist die Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte bei der Anwendung kantonalen Rechts nicht hinreichend begründet (<ref-law>), so dass sich weitere Ausführungen erübrigen.
4. Die Beschwerdeführer machen geltend, ihre Ansprüche seien nicht verjährt, da gemäss <ref-law> die längeren strafrechtlichen Verjährungsfristen massgeblich seien. Sie beziehen sich mit Aktenhinweisen auf ihre Vorbringen vor erster Instanz und zählen vor Bundesgericht mehrere Straftatbestände auf, die ihrer Ansicht nach erfüllt sein sollen.
4.1 Die Beschwerdeführer sind der Auffassung, für die Anwendung der strafrechtlichen Verjährung genüge es im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen, wenn sich aus ihren Vorbringen in der Klageschrift ergibt, dass eine Straftat gegeben sei. Die Pflicht zur Rechtsanwendung von Amtes wegen sagt indessen nichts darüber aus, auf welche Sachverhaltselemente das Recht anzuwenden ist. Wie der Sachverhalt zu ermitteln ist, bestimmt grundsätzlich das kantonale Prozessrecht (<ref-ruling> E. 3a S. 201, 594 E. 3a S. 595). Es ist Sache des kantonalen Rechts zu entscheiden, ob die Appellationsinstanz von Amtes wegen sämtliche Vorbringen der Parteien vor erster Instanz zu berücksichtigen oder von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid auszugehen hat, sofern keine Partei diese als unvollständig ausweist. Daher hätten die Beschwerdeführer entweder darlegen müssen, dass die Vorinstanz nach kantonalem Recht verpflichtet war, auf ihre Vorbringen vor erster Instanz abzustellen, oder dass auch gestützt auf die Feststellungen im erstinstanzlichen Entscheid beziehungsweise auf ihre Vorbringen in der Appellationsschrift auf ein strafrechtlich relevantes Verhalten zu erkennen ist. Der blosse Verweis auf die Ausführungen vor erster Instanz genügt den Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>). Zwar ist zulässig, sich vor Bundesgericht auf neue rechtliche Argumente zu berufen. Voraussetzung ist jedoch, dass diese auf den Feststellungen im angefochtenen Entscheid beruhen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 4.4 S. 34 mit Hinweisen). Dazu gehören die Vorbringen vor erster Instanz nur, soweit sie im angefochtenen Urteil wiedergegeben werden oder im Urteil darauf verwiesen wird.
4.2 Gemäss dem angefochtenen Urteil machten die Beschwerdeführer geltend, durch eindringendes Wasser sei auf ihrem Grundstück Schaden entsanden. Sollte diese Behauptung zutreffen, wäre wohl der objektive Tatbestand der Sachbeschädigung (<ref-law>) erfüllt. Dass ein direkter Vorsatz bestanden hätte, behaupten die Beschwerdeführer nicht. Sie werfen der Gemeinde aber vor, für die fragliche Leitung ein inadäquates Material verwendet zu haben und die Leitung nicht ersetzt zu haben, obwohl die Ersatzbedürftigkeit bekannt gewesen sei. Daher sei Eventualvorsatz gegeben.
4.2.1 Die bewusste Verletzung einer Pflicht lässt nicht zwingend auf Eventualvorsatz schliessen, sondern ist auch der bewussten Fahrlässigkeit eigen. Die Unterscheidung zwischen Vorsatz und bewusster Fahrlässigkeit erfolgt auf einer anderen Ebene. Der bewusst fahrlässig Handelnde verhält sich pflichtwidrig, weil er darauf vertraut, der tatbestandsmässige Erfolg trete dennoch nicht ein (Jenny, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, N. 53 zu <ref-law>). Der eventualvorsätzlich Handelnde verletzt demgegenüber die ihm obliegenden Pflichten ohne Rücksicht auf die Konsequenzen, auf die Gefahr hin, dass der Erfolg eintritt. Eventualvorsatz ist gegeben, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs beziehungsweise die Tatbestandsverwirklichung für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 4; Jenny, a.a.O., N. 47 zu <ref-law>; je mit Hinweisen).
4.2.2 Selbst wenn die Beschwerdegegnerin die Sanierungsbedürftigkeit der Leitung erkannt und aus finanziellen Gründen von der Sanierung abgesehen haben sollte, ist lediglich Fahrlässigkeit gegeben, solange die zuständigen Personen darauf vertrauten, die Leitung werde trotz Sanierungsbedürftigkeit vorerst weiter ihren Dienst tun. Anzeichen dafür, dass ein Leitungsbruch in Kauf genommen wurde (wie beispielsweise Überlegungen der entscheidbefugten Personen, wonach der Ersatz allfälliger Schäden kostengünstiger wäre als eine sofortige Sanierung) sind keine festgestellt und ergeben sich auch nicht aus den Vorbringen der Beschwerdeführer. Damit fallen sämtliche Vorsatzdelikte ausser Betracht.
4.3 Nach Auffassung der Beschwerdeführer sind allerdings auch die Tatbestände der Verursachung einer Überschwemmung (<ref-law>), der Beschädigung von Wasserbauten (<ref-law>) sowie der Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunst (<ref-law>) erfüllt. Diese drei Tatbestände stehen unter dem Titel "Gemeingefährliche Verbrechen und Vergehen". Zusätzlich berufen sich die Beschwerdeführer auf <ref-law>, namentlich die Störung eines zur allgemeinen Versorgung mit Wasser dienenden Betriebes. Sämtliche der genannten Straftatbestände können (im Gegensatz zur Sachbeschädigung) auch fahrlässig verwirklicht werden.
4.3.1 <ref-law> handelt von der Verletzung der Regeln der Baukunde bei der Leitung oder Ausführung eines Bauwerkes oder eines Abbruches, die zu einer Gefährdung von Leib und Leben von Menschen führt. Die Beschwerdeführer behaupten vor Bundesgericht zwar, eine entsprechende Gefährdung habe bestanden. Dass sie im kantonalen Verfahren Entsprechendes prozesskonform vorgebracht hätten, zeigen sie aber nicht auf. Die blosse Gefährdung von Gegenständen erfüllt den Tatbestand nicht. Überdies würde die strafrechtliche Verjährung bereits mit der unsorgfältigen Ausführung des Werks beginnen, nicht erst mit dem in Folge der mangelhaften Ausführung auftretenden Wasserleitungsbruch (vgl. PETER MÜLLER, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, N. 2 zu <ref-law>).
4.3.2 Die Einreihung von Art. 227 und 228 StGB unter die "gemeingefährlichen" Verbrechen und Vergehen unterstreicht, dass diese Bestimmungen nur zur Anwendung kommen, wenn ex ante betrachtet die Tathandlung Konsequenzen von einer gewissen Erheblichkeit nach sich ziehen könnte. Die blosse Beschädigung einer Wasserleitung, um bei jemanden einen Schaden anzurichten, reicht dazu in der Regel nicht aus (ROELLI/FLEISCHANDERL, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 5 zu Art. 227 und N. 3 zu <ref-law>; STRATENWERTH/BOMMER, Schweizerisches Strafrecht Besonderer Teil II: Straftaten gegen Gemeininteressen, 6. Aufl. 2008, § 30 N. 15 S. 70 mit Hinweisen; differenzierend: CORBOZ, Les infractions en droit suisse, Vol. II, 2002, S. 60 ff., der zwar ebenfalls eine erhebliche Wasserausbreitung verlangt [Rz. 2 zu <ref-law> S. 62], aber die Gefährdung eines einzelnen Objekts für ausreichend erachtet [Rz. 11 zu <ref-law> S. 63]; ebenso zu <ref-law>: Urteil des Bundesgerichts 6S.268/2002 E. 5.2, welches aber in der Lehre auf Kritik gestossen ist, da es auf veraltete Literatur verweise vgl. ROELLI/FLEISCHANDERL, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>). Demgegenüber kann das Herbeiführen eines Rohrbruchs grösseren Umfangs den Tatbestand der Überschwemmung nach <ref-law> erfüllen (ROELLI/FLEISCHANDERL, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>). Auch der Tatbestand der Störung einer zur allgemeinen Wasserversorgung dienenden Anlage beziehungsweise eines entsprechenden Betriebes (<ref-law>) ist nur erfüllt, wenn die Folge der Störung eine mehr als bloss kurzzeitige Beeinträchtigung beziehungsweise Gefährdung einer relevanten Anzahl von Abnehmern ist (MATTHIAS SCHWAIBOLD, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 15 zu <ref-law> mit Hinweisen; vgl. auch CORBOZ, a.a.O., Rz. 15 zu <ref-law> S. 132 f., der die Beeinträchtigung eines einzelnen Benutzers nicht genügen lässt).
4.4 Ein durch pflichtwidrige Vernachlässigung verursachter Leitungsbruch kann je nach Umfang und Art des Wasseraustritts zwar einen der von den Beschwerdeführern genannten Straftatbestände erfüllen. Ob dies der Fall ist, entscheidet sich aber anhand der Umstände des Einzelfalles. Nicht nur der Umfang des Wasseraustritts, sondern auch die Abflusswege des Wassers, das Mass der Beeinträchtigung, die Anzahl der Betroffenen, sind Gesichtspunkte, die darüber entscheiden, ob dem Vorfall die in den Straftatbeständen vorausgesetzte Schwere oder Gefährlichkeit zukommt.
4.4.1 In tatsächlicher Hinsicht hält die Vorinstanz fest, dass eine Wasserleitung barst und die ausfliessende Wassermenge gemäss den Vorbringen der Beschwerdeführer beträchtliche Schäden am Bauobjekt anrichtete. Dem angefochtenen Entscheid ist zudem zu entnehmen, dass die Verantwortlichkeit der Beschwerdegegnerin für den Wasserleitungsbruch (und damit eine mögliche Pflichtverletzung) vor erster Instanz Prozessthema war. Diese Feststellungen (beziehungsweise Behauptungen der Beschwerdeführer) genügen für sich allein indessen nicht, um auf ein strafrechtlich relevantes Verhalten zu schliessen, da die Umstände des Leitungsbruchs nicht hinreichend dargetan sind. Von Bundesrechts wegen war die Vorinstanz aber nicht verpflichtet, in tatsächlicher Hinsicht abzuklären, ob ein Straftatbestand erfüllt sei, wenn die Beschwerdeführer den zugrunde liegenden Sachverhalt nicht prozesskonform behaupteten.
4.4.2 Die Beschwerdeführer müssten mithin aufzeigen, dass sie alle für die Anwendung eines der angerufenen Straftatbestände notwendigen Elemente prozesskonform in das Verfahren eingeführt haben. Der Verweis auf ihre Vorbringen vor erster Instanz genügt nicht, da die Beschwerdeführer nicht darlegen, dass die Vorinstanz nach kantonalem Recht verpflichtet war, diese Vorbringen zu berücksichtigen, wenn sich im Appellationsverfahren keine Partei damit auseinandergesetzt hatte (vgl. E. 4.1 hiervor). Hinweise auf die Feststellungen im erstinstanzlichen Urteil oder auf die Vorbringen im Appellationsverfahren fehlen. Damit genügen die Vorbringen der Beschwerdeführer bereits in formeller Hinsicht den Begründungsanforderungen für eine Ergänzung des Sachverhalts nicht.
4.4.3 Davon abgesehen sind auch die von den Beschwerdeführern in der Beschwerdeschrift zitierten Passagen namentlich bezüglich der Art der Schadensverursachung und des Umfangs der durch den Leitungsbruch entstandenen Gefahr und Beeinträchtigung, soweit nicht mit dem Bauobjekt zusammenhängend, nicht detailliert genug, um die Verwirklichung eines Straftatbestands anzunehmen. Dass aufgrund der Vorbringen der Beschwerdeführer möglicherweise ein Straftatbestand erfüllt sein könnte, genügt für die Anwendung der strafrechtlichen Verjährung nicht.
5. Gestützt auf den für das Bundesgericht massgebenden Sachverhalt ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die strafrechtliche Verjährungsfrist nicht zur Anwendung brachte und die Verjährungseinrede schützte. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Obergericht des Kantons Luzern, I. Kammer als Appellationsinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Oktober 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak