Sachverhalt:
A. X._ war seit 1. Oktober 1996 als Geschäftsführer des Verbands Y._ tätig. Nachdem dessen Präsident am 27. März 2008 von einer Sachbearbeiterin auf Führungsdefizite aufmerksam gemacht worden war, welche am 3. April 2008 durch eine weitere Sachbearbeiterin bestätigt wurden, beauftragte er die externe Beratungsstelle Z._ mit der Überprüfung der personellen Situation auf der Geschäftsstelle. Im Gutachten vom 26. Mai 2008 zeigte diese gravierende Mängel in der Geschäftsführung, der Führung der Mitarbeitenden und im Engagement von X._ auf. Dies wurde ihm anlässlich der Sitzung mit Vertretern des Vorstandes des Verbandes Y._ vom 12. Juni 2008 mündlich eröffnet. Dazu und zur vom Vorstand ins Auge gefassten Kündigung des Anstellungsverhältnisses konnte er sich am 10. Juli 2008 auch schriftlich äussern. Mit Schreiben vom 14. Juli 2008 kündigte der Verband Y._ das Arbeitsverhältnis auf den 31. Januar 2009, unter sofortiger Freistellung von der Arbeitsleistung. Zur Begründung verwies er auf die ungenügenden Leistungen als Geschäftsführer und Verletzungen gesetzlicher oder vereinbarter Pflichten.
B. X._ erhob gegen die Kündigung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dabei beantragte er die Aufhebung der rechtswidrig erfolgten Kündigung unter sofortiger Wiedereinstellung und eventualiter eine Entschädigung von sechs Monatslöhnen. Mit Entscheid vom 10. Februar 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde lässt X._ beantragen, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Rechtsmissbräuchlichkeit der Kündigung festzustellen. Zudem sei ihm eine zwei Monatslöhnen entsprechende Entschädigung von insgesamt Fr. 21'792.30 oder eine Entschädigung nach Ermessen des Gerichts zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur neuerlichen Abklärung und Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Verband Y._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid, ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG), betrifft die Abweisung des Begehrens um Aufhebung der ausgesprochenen Kündigung im Rahmen eines öffentlich-rechtlichen Anstellungsverhältnisses, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Es handelt sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, da bei einer allfälligen Beschwerdegutheissung ein Anspruch auf Entschädigung besteht (vgl. Art. 3 der Personalverordnung des Verbandes Y._ vom 1. Januar 1999 in Verbindung mit <ref-law> sowie <ref-law>). Das Streitwerterfordernis von Fr. 15'000.- ist gegeben (Art. 85 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit <ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind ebenfalls erfüllt. Die Beschwerde ist damit grundsätzlich zulässig.
1.2 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Die Verletzung kantonaler und kommunaler Bestimmungen bildet nur dann einen zulässigen Beschwerdegrund, wenn eine derartige Rechtsverletzung einen Verstoss gegen Bundesrecht im Sinne von <ref-law> oder gegen Völkerrecht im Sinne von <ref-law> zur Folge hat (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 251 f.). Dies gilt auch im Bereich der öffentlich-rechtlichen Anstellungsverhältnisse, wenn das kantonale oder kommunale Personalrecht - wie im vorliegenden Fall - auf das Obligationenrecht verweist. Dies bewirkt, dass das Bundesprivatrecht als ergänzendes kantonales oder kommunales Recht zur Anwendung gelangt (Urteil 1C_59/2008 vom 28. November 2008 E. 1.3).
1.3 In Ergänzung zu den Rügen, die sich auf Art. 95 f. BGG stützen, sind unter den engen Voraussetzungen von <ref-law> auch Vorbringen gegen die Sachverhaltsfeststellung zulässig. Ein solcher Einwand kann nach der letztgenannten Bestimmung nur erhoben werden, wenn die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Willkür liegt nach der Praxis nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung als die von der Vorinstanz gewählte ebenfalls vertretbar oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur dann, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
1.4 In <ref-law> ist der Grundsatz verankert, dass das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet. Dieser Grundsatz gilt nicht hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht; insofern statuiert <ref-law> eine qualifizierte Rügepflicht. In diesem Rahmen wird die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b des früheren Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) weitergeführt (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft lediglich klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein.
1.5 Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensvorschrift ermittelt worden ist, gelten ebenfalls strenge Anforderungen an die Begründung der Beschwerde; diese sind mit der Rügepflicht nach <ref-law> vergleichbar (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Entsprechende Beanstandungen müssen präzise vorgebracht und begründet werden. Es genügt nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern die Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
2. Beim Verband Y._ handelt es sich um einen Gemeindeverband im Sinne von Art. 53 ff. des Gemeindegesetzes des Kantons Graubünden vom 28. April 1974 (BR 175.050) und somit um eine öffentlich-rechtliche Körperschaft mit eigener Rechtspersönlichkeit. Der Beschwerdeführer stand bei diesem in einem unbefristeten öffentlich-rechtlichen Anstellungsverhältnis, auf welches unbestrittenermassen dessen Personalverordnung (PVO; in Kraft seit 1. Januar 1999) anwendbar war (vgl. Art. 4 PVO, wonach das Anstellungsverhältnis öffentlich-rechtlich ist). Art. 3 PVO verweist auf die Bestimmungen des Obligationenrechts, sofern der Verordnung oder ihren Nebenerlassen keine Vorschrift entnommen werden kann. Die Kündigungsfrist wird in der Personalverordnung nicht geregelt. Die Anstellungsvereinbarung vom 26./27. Juni 1996 sah für den Geschäftsführer ab 1. Januar 1999 eine solche von sechs Monaten vor. Die Beendigung des Arbeitsverhältnisses wird in Art. 6 PVO geregelt. Die Vorinstanz ging mit dem Verband Y._ davon aus, die Kündigung sei gestützt auf Art. 6 lit. c PVO: "Auflösung nach Ablauf der Probezeit" unter Einhaltung der vertraglich vorgesehenen Frist erfolgt. Weder die Personalverordnung noch die Anstellungsvereinbarung würden für eine ordentliche Kündigung besondere Einschränkungen vorsehen. Damit eine Kündigung nicht missbräuchlich sei, müsse jedoch ein triftiger Grund für die Auflösung des Arbeitsverhältnisses vorliegen. Erforderlich sei dabei nicht ein besonders qualifizierter, sondern ein sachlich zutreffender Grund, welcher es dem Arbeitgeber bei pflichtgemässer Ausübung seines Ermessens erlaube, eine Entlassung auszusprechen. Diese Auffassung wird letztinstanzlich von keiner Seite bestritten und erweist sich auch nicht als willkürlich (vgl. PETER HÄNNI, Beendigung öffentlicher Dienstverhältnisse, in: Geiser/Münch [Hrsg.], Stellenwechsel und Entlassung, Basel 1997, S. 181; derselbe, Das öffentliche Dienstrecht der Schweiz, 2. Aufl. 2008, S. 548 ff.; ELMAR MARIO JUD, Besonderheiten öffentlich-rechtlicher Dienstverhältnisse nach schweizerischem Recht, insbesondere bei deren Beendigung aus nichtdisziplinarischen Gründen, 1975, S. 167 ff.). "Wichtige Gründe" und somit qualifizierte Kündigungsgründe, wie sie in Art. 6 lit. e PVO angeführt werden, sind demgegenüber bei einer - hier nicht zur Diskussion stehenden - ausserordentlichen Kündigung zu verlangen (PETER HÄNNI, Beendigung öffentlicher Dienstverhältnisse, a.a.O., S. 185; SCHROFF/GERBER, Die Beendigung der Dienstverhältnisse in Bund und Kantonen, 1985, S. 78 ff. zu den Arten von Beendigungsgründen; REHBINDER/PORTMANN, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 3. Aufl. 2003, N. 1 zu <ref-law>; REHBINDER, in: Berner Kommentar, 1992, N. 1 ff. zu <ref-law>).
3. Nach den Feststellungen der Vorinstanz wurde die Kündigung nicht in erster Linie wegen schlechten Leistungen, sondern wegen zahlreichen Vertragsverletzungen ausgesprochen. Da diese erst nach den Mitarbeiterbeurteilungen bekannt geworden seien, hätten sie auch nicht in diese einfliessen können. Aufgrund erst anschliessend zutage getretener Vorkommnisse sei das Vertrauensverhältnis zwischen den Parteien offensichtlich zerstört worden. Dabei hätten die getätigten Abklärungen, insbesondere das externe Gutachten der Beratungsstelle Z._, das Bild eines Geschäftsführers gezeigt, der den Betrieb nicht richtig im Griff habe und sich zudem Rechte herausnehme, die an einer korrekten Ausführung der Aufgaben zweifeln liessen. Dieser bestreite denn auch nicht, den geschäftseigenen Computer für die Berechnung von Schachspielen genutzt und Briefmarken ersteigert zu haben. Erstellt sei auch das wiederholte Erscheinen auf der Geschäftsstelle am späteren Vormittag oder erst am Nachmittag mit dem Hinweis auf private Gründe, was bei einem Geschäftsführer nicht angehe, da er in der Regel während den Geschäftszeiten erreichbar zu sein und den Betrieb zu leiten und zu überwachen habe. Die Gesamtheit der Vorkommnisse führt nach Ansicht des Verwaltungsgerichts dazu, die Kündigung als sachlich begründet zu betrachten. Eine rechtsmissbräuchliche Kündigung als Voraussetzung für die geltend gemachte Entschädigung liege nicht vor.
4.1 4.1.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Verbots der willkürlichen Beweiswürdigung und des Gehörsanspruchs, da die Vorinstanz seiner Auffassung nach die Beweise einseitig gewürdigt oder die beantragten Beweise nicht abgenommen und seine Vorbringen teilweise übergangen habe. Insbesondere habe sie von der beantragten Edition sämtlicher GPK-Berichte der Jahre 1996 bis 2007 als Beweis für die gesetzliche und vertragliche Pflichterfüllung ebenso abgesehen wie vom Beizug der Kontrollberichte Mehrwertsteuer, Gesellschaft S._, AHV und SUVA. Zudem habe sie seine gute bis sehr gute Qualifikation vom 17. März 2008 ausser Acht gelassen. Überdies habe sie ausschliesslich auf den Bericht der Beratungsstelle Z._ vom 26. Mai 2008 abgestellt, ohne zu begründen, weshalb sie die Beschuldigungen als erwiesen betrachte. Auch sei nicht erstellt, dass durch den Gebrauch des Computers für private Zwecke oder durch Abwesenheiten der Geschäftsbetrieb beeinträchtigt worden sei.
4.1.2 Es ist zweckmässig und ergibt sich aus dem Gesetz (<ref-law>), dass nur der entscheidrelevante Sachverhalt richtig und vollständig abzuklären ist und nur taugliche Beweismittel abzunehmen sind. Rechtserheblich sind nach dieser Bestimmung nur Tatsachen, die für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sind. Die zuständige Behörde kann das Beweisverfahren schliessen, wenn sie aufgrund bereits abgenommener Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür annehmen darf, dass diese Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht mehr geändert würde. Kommt das Bundesgericht zum Schluss, die nicht berücksichtigten Sachverhaltselemente hätten keinen Einfluss auf den Verfahrensausgang, ist die Rüge der Gehörsverletzung unzulässig (MARKUS SCHOTT, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 24 zu <ref-law>). Zweck des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens war es, zu prüfen, ob triftige Gründe für eine Auflösung des Anstellungsverhältnisses vorlagen.
4.1.3 Die Ausführungen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, die tatsächliche Feststellung des Verwaltungsgerichts als willkürlich erscheinen zu lassen, das Vertrauensverhältnis sei durch verschiedene Vorkommnisse seitens des eine hohe Verantwortung tragenden Geschäftsführers insgesamt nachhaltig zerstört worden. Laut Vorinstanz ist das Gesamtbild ausschlaggebend, welches das Verhältnis innerhalb des Personals des Verbandes Y._ sowie zwischen Geschäftsführer und Vorstand prägte. Da die Verfehlungen erst nach der letzten Mitarbeiterbeurteilung zutage getreten seien, könne sich der Beschwerdeführer zu seiner Entlastung nicht auf die Leistungsbeurteilung für die Zeit vom 1. Februar 2007 bis 31. Januar 2008 berufen. Vieles wurde erst durch das Gutachten der Beratungsstelle Z._ vom 26. Mai 2008 bekannt. Nachdem von keiner Seite vorgebracht wurde, die GPK- und Kontrollberichte bis ins Jahr 2007 seien geeignet, Pflichtverletzungen zu beweisen oder zu widerlegen, durfte die Vorinstanz ohne weiteres von der beantragten Edition absehen. Was sodann den letztinstanzlich aufgelegten Auszug aus dem Jahresbericht 2007 des Verbandes Y._ vom 29. April 2008 betrifft, kann der Beschwerdeführer aus diesem Dokument, soweit es sich nicht ohnehin um ein unzulässiges Novum handelt (vgl. <ref-law>), ebenfalls nichts zu seinen Gunsten ableiten. Mit seinen weiteren Vorbringen übt der Beschwerdeführer weitgehend appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, ohne einen vernünftigen Grund darzutun, weshalb die im Gutachten der Beratungsstelle Z._ festgehaltenen, auf umfassenden Gesprächen mit dem Präsidenten und Sachbearbeitenden des Verbandes Y._ beruhenden Beschuldigungen offensichtlich unrichtig sein sollten und darauf nicht hätte abgestellt werden dürfen. Mit dem pauschalen Einwand, der Sachverhalt gelte als bestritten, wird kein Willkürvorwurf ausgewiesen. Der Umstand, dass das Fehlverhalten vom Arbeitgeber lange Zeit unentdeckt blieb, vermag dieses nicht in anderes Licht zu rücken.
4.1.3 Die Ausführungen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, die tatsächliche Feststellung des Verwaltungsgerichts als willkürlich erscheinen zu lassen, das Vertrauensverhältnis sei durch verschiedene Vorkommnisse seitens des eine hohe Verantwortung tragenden Geschäftsführers insgesamt nachhaltig zerstört worden. Laut Vorinstanz ist das Gesamtbild ausschlaggebend, welches das Verhältnis innerhalb des Personals des Verbandes Y._ sowie zwischen Geschäftsführer und Vorstand prägte. Da die Verfehlungen erst nach der letzten Mitarbeiterbeurteilung zutage getreten seien, könne sich der Beschwerdeführer zu seiner Entlastung nicht auf die Leistungsbeurteilung für die Zeit vom 1. Februar 2007 bis 31. Januar 2008 berufen. Vieles wurde erst durch das Gutachten der Beratungsstelle Z._ vom 26. Mai 2008 bekannt. Nachdem von keiner Seite vorgebracht wurde, die GPK- und Kontrollberichte bis ins Jahr 2007 seien geeignet, Pflichtverletzungen zu beweisen oder zu widerlegen, durfte die Vorinstanz ohne weiteres von der beantragten Edition absehen. Was sodann den letztinstanzlich aufgelegten Auszug aus dem Jahresbericht 2007 des Verbandes Y._ vom 29. April 2008 betrifft, kann der Beschwerdeführer aus diesem Dokument, soweit es sich nicht ohnehin um ein unzulässiges Novum handelt (vgl. <ref-law>), ebenfalls nichts zu seinen Gunsten ableiten. Mit seinen weiteren Vorbringen übt der Beschwerdeführer weitgehend appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, ohne einen vernünftigen Grund darzutun, weshalb die im Gutachten der Beratungsstelle Z._ festgehaltenen, auf umfassenden Gesprächen mit dem Präsidenten und Sachbearbeitenden des Verbandes Y._ beruhenden Beschuldigungen offensichtlich unrichtig sein sollten und darauf nicht hätte abgestellt werden dürfen. Mit dem pauschalen Einwand, der Sachverhalt gelte als bestritten, wird kein Willkürvorwurf ausgewiesen. Der Umstand, dass das Fehlverhalten vom Arbeitgeber lange Zeit unentdeckt blieb, vermag dieses nicht in anderes Licht zu rücken.
4.2 4.2.1 Der Beschwerdeführer macht eine weitere Verletzung des Willkürverbots geltend, indem das Verwaltungsgericht die Grundsätze von Treu und Glauben und der schonenden Rechtsausübung verkannt habe. Die sofortige Freistellung nach über 11 Jahren klagloser Tätigkeit für den Verband Y._ sei missbräuchlich und stelle eine schwerwiegende Verletzung seiner Persönlichkeit dar, zumal der Arbeitgeber ohne sein Wissen ihn belastendes Material gesammelt habe und die Sachbearbeiterinnen gegen ihn Mobbing betrieben hätten.
4.2.2 Auch in der Rolle als Arbeitgeber ist der Staat an die allgemeinen Grundsätze staatlichen Handelns (Gesetzmässigkeit, Rechtsgleichheit, öffentliches Interesse, Verhältnismässigkeit, Treu und Glauben) gebunden. Das aus <ref-law> fliessende Willkürverbot sowie der verfassungsmässige Grundsatz der Verhältnismässigkeit gebieten, dass eine Kündigung in pflichtgemässer Ermessensausübung nur gestützt auf sachliche Gründe ausgesprochen werden kann und zudem eine in der konkreten Situation angemessene Massnahme sein muss. Die Verwaltungsbehörde muss die Massnahme wählen, welche genügt (Urteil 1C_42/2007 vom 29. November 2007 E. 3.6.2).
4.2.3 Das Verwaltungsgericht hat erwogen, die Gründe für die Kündigung seien dem Beschwerdeführer an der Sitzung vom 12. Juli (recte: Juni) 2008 umfassend dargelegt worden. Zudem habe er schriftlich Stellung nehmen können. Seine Beschwerdeeingabe zeige, dass er über alle relevanten Punkte im Bild gewesen sei. Ein widersprüchliches Verhalten des Beschwerdegegners ist nicht ersichtlich. Insbesondere hat der Arbeitgeber nie zum Ausdruck gebracht, er wolle das Arbeitsverhältnis als Geschäftsführer mit dem Beschwerdeführer weiterführen. Wie den Aktennotizen des Präsidenten des Verbandes Y._ vom 8. und 22. April 2008 zu entnehmen ist, fanden bereits vor der Beurteilung der Beratungsstelle Z._ Gespräche mit ihm statt. Dass er während der laufenden Untersuchung nicht bereits über alle Details informiert wurde, ist mit den Bedürfnissen der Abklärung ohne weiteres vereinbar. Bevor die Kündigung ausgesprochen werden konnte, musste geprüft werden, ob Fakten vorliegen, welche diese als sachlich begründet erscheinen lassen. Dazu war auch die Einschaltung von Mitarbeitenden im Sekretariat erforderlich. Dass der Beschwerdeführer dabei Opfer von Mobbing wurde oder die Abklärungen der externen Beratungsfirma einseitig ausgefallen wären, ist nicht erstellt. Nach den Feststellungen der Vorinstanz trat die Zerrüttung des Vertrauensverhältnisses aufgrund der getroffenen Abklärungen offensichtlich zutage. Die Freistellung wurde laut Arbeitgeber unumgänglich, weil es sich beim Beschwerdeführer um die leitende und zentrale Person des Verbandes gehandelt habe und infolge der gegen ihn vorgelegenen Gründe kein alternativer Weg zur Beruhigung des Arbeitsklimas habe gefunden werden können. Dieser habe unter den gegebenen Umständen mit der Freistellung rechnen müssen. Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind somit nicht geeignet, die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die Kündigung sei sachlich begründet, als willkürlich erscheinen zu lassen.
4.2.3 Das Verwaltungsgericht hat erwogen, die Gründe für die Kündigung seien dem Beschwerdeführer an der Sitzung vom 12. Juli (recte: Juni) 2008 umfassend dargelegt worden. Zudem habe er schriftlich Stellung nehmen können. Seine Beschwerdeeingabe zeige, dass er über alle relevanten Punkte im Bild gewesen sei. Ein widersprüchliches Verhalten des Beschwerdegegners ist nicht ersichtlich. Insbesondere hat der Arbeitgeber nie zum Ausdruck gebracht, er wolle das Arbeitsverhältnis als Geschäftsführer mit dem Beschwerdeführer weiterführen. Wie den Aktennotizen des Präsidenten des Verbandes Y._ vom 8. und 22. April 2008 zu entnehmen ist, fanden bereits vor der Beurteilung der Beratungsstelle Z._ Gespräche mit ihm statt. Dass er während der laufenden Untersuchung nicht bereits über alle Details informiert wurde, ist mit den Bedürfnissen der Abklärung ohne weiteres vereinbar. Bevor die Kündigung ausgesprochen werden konnte, musste geprüft werden, ob Fakten vorliegen, welche diese als sachlich begründet erscheinen lassen. Dazu war auch die Einschaltung von Mitarbeitenden im Sekretariat erforderlich. Dass der Beschwerdeführer dabei Opfer von Mobbing wurde oder die Abklärungen der externen Beratungsfirma einseitig ausgefallen wären, ist nicht erstellt. Nach den Feststellungen der Vorinstanz trat die Zerrüttung des Vertrauensverhältnisses aufgrund der getroffenen Abklärungen offensichtlich zutage. Die Freistellung wurde laut Arbeitgeber unumgänglich, weil es sich beim Beschwerdeführer um die leitende und zentrale Person des Verbandes gehandelt habe und infolge der gegen ihn vorgelegenen Gründe kein alternativer Weg zur Beruhigung des Arbeitsklimas habe gefunden werden können. Dieser habe unter den gegebenen Umständen mit der Freistellung rechnen müssen. Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind somit nicht geeignet, die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die Kündigung sei sachlich begründet, als willkürlich erscheinen zu lassen.
4.3 4.3.1 Nach Ansicht des Beschwerdeführers ist die Kündigung auch deshalb missbräuchlich, weil der Arbeitgeber sich nicht oder nur ungenügend um die Lösung des Konflikts bemüht habe und damit seiner Fürsorgepflicht nicht hinreichend nachgekommen sei. In diesem Zusammenhang habe es die Vorinstanz in willkürlicher Weise unterlassen, festzustellen, dass er sich während über 11 Dienstjahren klaglos verhalten habe, gegen ihn nie disziplinarische Massnahmen ausgesprochen worden seien und er stets gute Mitarbeiterbeurteilungen erhalten habe.
4.3.2 Gleich wie den privaten (<ref-law>) trifft auch den öffentlichen Arbeitgeber eine Fürsorgepflicht. Diese kann darin bestehen, dass er in bestimmten Fällen handeln muss, um die Lage zu entspannen und nicht untätig bleiben darf. Ob und wann eine Reaktion angezeigt ist, hängt indessen stark von der Würdigung der konkreten Lage ab. Im Rahmen der Willkürprüfung greift das Bundesgericht nur dann ein, wenn sich das Verhalten des Arbeitgebers als schlechthin unhaltbar erweist (Urteile 1C_245/2008 vom 2. März 2009 E. 4.2 und 1C_406/2007 vom 16. Juli 2008 E. 5.2).
4.3.3 Der Beschwerdegegner bringt dazu vor, da es insbesondere wegen der Treuepflichtverletzungen des Geschäftsführers zu einem Vertrauensverlust gekommen sei, könne sich dieser nicht nachträglich auf eine erhöhte Fürsorgepflicht des Arbeitgebers berufen. Ob der Verband Y._ seiner Fürsorgepflicht vollumfänglich nachgekommen ist, braucht nicht abschliessend beurteilt zu werden. Weil der Anstellungsbehörde in der Auswahl der zu treffenden Konfliktlösungsmassnahmen ein Ermessensspielraum zusteht, kann die ausgesprochene Kündigung, jedenfalls im Ergebnis, selbst bei allenfalls vernachlässigter Fürsorgepflicht, nicht als krasse Rechtsverletzung qualifiziert werden. In Anbetracht der gegebenen Umstände erscheint diese vielmehr als geeignetes Mittel zur Problembewältigung. Es erweist sich jedenfalls nicht als willkürlich, dass die Vorinstanz die Kündigung aufgrund des zerrütteten Vertrauensverhältnisses als sachlich begründet betrachtet hat.
4.3.3 Der Beschwerdegegner bringt dazu vor, da es insbesondere wegen der Treuepflichtverletzungen des Geschäftsführers zu einem Vertrauensverlust gekommen sei, könne sich dieser nicht nachträglich auf eine erhöhte Fürsorgepflicht des Arbeitgebers berufen. Ob der Verband Y._ seiner Fürsorgepflicht vollumfänglich nachgekommen ist, braucht nicht abschliessend beurteilt zu werden. Weil der Anstellungsbehörde in der Auswahl der zu treffenden Konfliktlösungsmassnahmen ein Ermessensspielraum zusteht, kann die ausgesprochene Kündigung, jedenfalls im Ergebnis, selbst bei allenfalls vernachlässigter Fürsorgepflicht, nicht als krasse Rechtsverletzung qualifiziert werden. In Anbetracht der gegebenen Umstände erscheint diese vielmehr als geeignetes Mittel zur Problembewältigung. Es erweist sich jedenfalls nicht als willkürlich, dass die Vorinstanz die Kündigung aufgrund des zerrütteten Vertrauensverhältnisses als sachlich begründet betrachtet hat.
4.4 4.4.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz überdies vor, sein Interesse an der Aufrechterhaltung des Arbeitsverhältnisses in Verletzung des Willkürverbots nicht geprüft und gewürdigt zu haben. Insbesondere habe sie nicht berücksichtigt, dass die Betriebsabläufe in keiner Art und Weise beeinträchtigt gewesen seien. Zudem habe sie unbeanstandet gelassen, dass sogleich die härteste Massnahme gegen ihn ergriffen und damit des Gebot der Verhältnismässigkeit verletzt worden sei.
4.4.2 Das in <ref-law> als allgemeiner Verfassungsgrundsatz verankerte Verhältnismässigkeitsgebot kann im Rahmen einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten bei der Anwendung kantonalen und kommunalen Rechts ausserhalb des Schutzbereichs spezieller Grundrechte nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots angerufen werden (<ref-ruling> E. 4.3 S. 158). Dem Einwand des Beschwerdeführers, die ausgesprochene Kündigung verletze das Verhältnismässigkeitsprinzip, kommt demzufolge gegenüber der gerügten Verletzung des Willkürverbots keine selbständige Bedeutung zu. Zusammen mit der Rüge der Verletzung des Willkürverbots kann nur geltend gemacht werden, die Kündigung sei krass unangemessen (Urteil 1C_42/2007 vom 29. November 2007 E. 3.6.2).
4.4.3 Es entspricht sodann allgemeiner Erfahrung, dass ein gravierend gestörtes Arbeitsklima sich über kurz oder lang negativ auf den Betrieb selber auswirkt. Die Aussprechung der Kündigung liegt in einem solchen Fall grundsätzlich im öffentlichen Interesse. Die betrieblichen Interessen sind ein sachliches Kriterium, das bei der Wahl, wem zu kündigen ist, berücksichtigt werden darf (Urteil 1C_354/2008 vom 4. Mai 2009 E. 2.4). Angesichts der vorinstanzlich festgestellten, erheblichen Verfehlungen des Beschwerdeführers und der weitestgehend auf sein Verhalten zurückzuführenden Unstimmigkeiten im Betrieb, welche namentlich darauf basierten, dass er den Verband nicht konsequent leitete und Rechte für sich beanspruchte, die ihm nicht zustanden, erweist es sich nicht als unangemessen, geschweige denn als krass unangemessen, dass die Beschwerdegegnerin von einer Weiterbeschäftigung abgesehen hat. Im Umstand, dass dies auch die Vorinstanz nicht verlangt hat, liegt keine Verletzung des Willkürverbots begründet. Auch in diesem Punkt erweist sich die Beschwerde somit als unbegründet.
5. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten unbegründet und abzuweisen. Ausgangsgemäss hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die Zusprechung einer Parteientschädigung fällt ausser Betracht (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Hofer