Sachverhalt:
A. A.a A._ (Auftraggeberin, Klägerin, Beschwerdeführerin) beauftragte die X._ AG (Beauftragte, Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit der Erstellung einer Verkehrswertschätzung der Liegenschaft Y._ in Z._.
In ihrer Schätzung vom 26. Juni 2006 gab die Beauftragte einen Verkehrswert von Fr. 580'000.-- an. Im Liegenschaftsbeschrieb war unter dem Titel "Parkplatzsituation" vermerkt, dass "auf der Parzelle auf der Rückseite der Liegenschaft mindestens ein Personenwagen abgestellt werden [könne], der Liegenschaft [aber] keine Garage zugeteilt" sei. Der Schätzung war die Schlussbemerkung angefügt, dass die Liegenschaft als Liebhaberobjekt eingestuft werde, weshalb der realisierbare Verkaufspreis eher über dem geschätzten Verkehrswert liege, wobei eine Abweichung von 5-10 % im tolerierbaren Bereich liege.
A.b Am 11. Juli 2006 erwarb die Auftraggeberin die Liegenschaft zu einem Kaufpreis von Fr. 620'000.--.
A.c Nach Darstellung der Auftraggeberin verfügt die Liegenschaft entgegen den Angaben in der Verkehrswertschätzung über keine rechtlich gesicherten Parkplätze, weshalb der tatsächliche Verkehrswert der Liegenschaft um 25 % unter dem von der Beauftragten geschätzten Wert von Fr. 580'000.-- liege. Dies ergebe einen Minderwert von Fr. 145'000.--.
B. B.a Mit Klage vom 7. November 2008 beantragte die Auftraggeberin dem Bezirksgericht Aarau, es sei die Beauftragte zur Zahlung von Fr. 145'000.-- zu verpflichten.
Mit Urteil vom 16. Juni 2010 wies das Bezirksgericht Aarau die Klage ab.
B.b Gegen dieses Urteil erhob die Auftraggeberin Appellation an das Obergericht des Kantons Aargau mit dem Begehren, das Urteil des Bezirksgerichts sei aufzuheben und die Beauftragte sei zur Zahlung von Fr. 145'000.-- zu verpflichten, eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Bezirksgericht zurückzuweisen.
Mit Urteil vom 6. Dezember 2011 wies das Obergericht des Kantons Aargau die Appellation ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 26. Januar 2012 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien reichten unaufgefordert Replik und Duplik ein.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1, 101 E. 1).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Auf die Beschwerde ist insoweit unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) einzutreten.
1.2 Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), ist grundsätzlich ein materieller Antrag erforderlich. Ein Rückweisungsantrag reicht aber ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung die Sache ohnehin zurückweisen würde, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1).
Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. Ihrer Ansicht nach hat die Vorinstanz namentlich willkürlich festgestellt, die Beschwerdeführerin habe nie geltend gemacht, sie hätte bei Kenntnis der fehlenden Parkiermöglichkeit vom Erwerb der Liegenschaft abgesehen. Gestützt auf diese willkürliche Feststellung habe sich die Vorinstanz gar nicht erst mit ihren Ausführungen und Beweisanträgen zum tatsächlichen Liegenschaftswert befasst. Es bestehen dazu auch keine Sachverhaltsfeststellungen. Im Falle der Gutheissung der Beschwerde müsste das Bundesgericht die Sache daher ohnehin an die Vorinstanz zurückweisen. Der Antrag der Beschwerdeführerin erweist sich damit als zulässig.
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz willkürliche Sachverhaltsfeststellung vor. Nach den Feststellungen der Vorinstanz habe die Beschwerdeführerin zwar geltend gemacht, sie hätte bei korrekter Information über das Fehlen eines Abstellplatzes die Liegenschaft zu günstigeren Konditionen erworben, nicht aber, dass sie vom Erwerb der Liegenschaft abgesehen hätte. Diese Feststellungen seien offensichtlich und nachweisbar aktenwidrig.
2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Zu dem von der Vorinstanz grundsätzlich verbindlich festgestellten Sachverhalt gehören nicht nur die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, sondern auch jene über den Ablauf des vorinstanzlichen und des diesem vorangegangenen Verfahrens, wie namentlich die Parteivorbringen (Urteile 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 2; 4A_726/2011 vom 10. April 2012 E. 2.1). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4).
2.2 Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Beschwerdeführerin habe im erstinstanzlichen Verfahren nie geltend gemacht, dass sie - wenn sie von der Beklagten über das Fehlen eines Abstellplatzes richtig informiert worden wäre - vom Erwerb der Liegenschaft abgesehen hätte. Sie habe einzig vorgebracht, sie hätte die Liegenschaft in diesem Falle vom Verkäufer zu günstigeren Konditionen erwerben, d.h. den von diesem offerierten Preis weiter herunterhandeln können, was die Beschwerdegegnerin bestritten habe. Der der Beschwerdeführerin aus der unrichtigen Information über die Parkplatzsituation allenfalls erwachsene Schaden bestehe somit nicht in der Differenz zwischen dem bezahlten Kaufpreis und dem allfälligen Minderwert, den die Liegenschaft nach Angaben der Beschwerdeführerin aufgrund der fehlenden Abstellmöglichkeit aufweise, sondern in der Differenz zwischen dem bezahlten Kaufpreis und dem Preis, zu dem sie die Liegenschaft bei richtiger Information über die Parkplatzsituation vom Verkäufer hätte erwerben können. Bei dieser Sachlage sei auf die Ausführungen und Beweisanträge der Beschwerdeführerin zum tatsächlichen Liegenschaftswert nicht weiter einzugehen. Dass der vormalige Eigentümer der Liegenschaft bereit gewesen wäre, den Kaufpreis zu reduzieren, sei von der Beschwerdeführerin hingegen nicht einmal behauptet, geschweige denn glaubhaft gemacht worden. Der Schadensnachweis sei damit nicht erbracht.
2.3 Die Beschwerdeführerin hält dem mehrere Zitate aus der Klage vom 7. November 2008, der Replik vom 9. März 2009 und der Stellungnahme zum Beweisergebnis vom 26. Mai 2010 entgegen. Diese Textausschnitte würden belegen, dass sie mehrfach in aller Deutlichkeit behauptet habe, sie hätte bei richtiger Information anders disponiert, d.h. den Kauf entweder zu einem entsprechend reduzierten Preis oder gar nicht getätigt.
Ziff. 10 der Klage:
"Eine für den Kaufentscheid der Klägerin entscheidende Tatsache war, dass die Möglichkeit bestand, auf der Liegenschaft Autos zu parkieren."
Ziff. 14a der Replik:
"Die Klägerin hält fest, dass die Verkehrswertschätzung sehr wohl die entscheidende Grundlage für ihren Kaufentschluss war."
Ziff. 16.1a der Replik:
"Hätte die Klägerin von der tatsächlichen Situation Kenntnis gehabt, hätte sie die Liegenschaft nicht gekauft bzw. sie hätte die Liegenschaft sicherlich nicht zu diesem, sondern zu einem erheblich geminderten Preis gekauft."
Ziff. 6b und 6c der Stellungnahme zum Beweisergebnis:
"Die Klägerin durfte und musste daher in guten Treuen davon ausgehen, die geschätzte Liegenschaft biete eine Parkierungsmöglichkeit für mindestens ein Fahrzeug. Diese Annahme war - wie die Klägerin anlässlich ihrer Befragung vom 14. Oktober 2009 bestätigte - eine wesentliche Grundlage für den Entscheid, das Einfamilienhaus in Z._ zu erwerben."
2.4 Die Beschwerdeführerin belegt mit Aktenhinweisen, dass sie entgegen der vorinstanzlichen Feststellung mehrfach entweder sinngemäss oder ausdrücklich behauptet hat, sie hätte bei Kenntnis der fehlenden Parkiermöglichkeit die Liegenschaft nicht erworben bzw. allenfalls zu einem reduzierten Preis. Die vorinstanzliche Feststellung, die Beschwerdeführerin habe nur geltend gemacht, sie hätte bei richtiger Information die Liegenschaft zu einem tieferen Preis erworben, hingegen nie, sie hätte vom Erwerb abgesehen, erweist sich damit als offensichtlich unrichtig. Die Sachverhaltsfeststellungen sind damit dahingehend zu korrigieren, dass die Beschwerdeführerin geltend gemacht hat, sie hätte die Liegenschaft nicht gekauft bzw. sicherlich nicht zu diesem, sondern zu einem erheblich geminderten Preis. Die Behebung des Mangels kann für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein. Sollte der vormalige Eigentümer der Liegenschaft nämlich nicht bereit gewesen sein, diese zu einem tieferen Preis zu verkaufen, so hätte die Beschwerdeführerin die Liegenschaft gemäss ihren Behauptungen nicht gekauft. Die Vorinstanz hat sich aufgrund ihrer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung nicht mit den Ausführungen und Beweisanträgen der Beschwerdeführerin zum tatsächlichen Liegenschaftswert befasst und insbesondere keine Sachverhaltsfeststellungen dazu getroffen. Das vorinstanzliche Urteil ist damit aufzuheben und die Sache ist zur Ergänzung des Sachverhalts und zu weiterer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 6. Dezember 2011 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier