Faits:
A. La Compagnie du chemin de fer Lausanne-Echallens-Bercher (ci-après: la Compagnie LEB) est une société anonyme qui a son siège à Echallens. Elle exploite la ligne de chemin de fer entre Lausanne et Bercher, ligne qui a été prolongée, en 1995, jusqu'à la station souterraine sise sous la place de Chauderon, à Lausanne. La contribution d'égouts à laquelle elle a été assujettie en raison de cette première prolongation a été confirmée par le Tribunal administratif, par arrêt du 24 juin 1999 (RDAF 2000 I 108).
Dans le courant de l'année 2000, la Compagnie LEB a mis en service la station terminale du Flon, située sous la place de l'Europe, à Lausanne. Cette réalisation a été financée à raison de 33% par la Confédération et de 50% par le canton de Vaud, le solde étant pris en charge par les 38 communes intéressées, dont celle de Lausanne. Le 25 janvier 2001, l'Etablissement cantonal d'assurance-incendie (ci-après: l'ECA) a taxé l'ensemble du volume bâti par la Compagnie LEB, soit 20'237 m3, à 13'443'700 fr. (indice 108 de l'année 2001).
B. Le 3 septembre 2001, le Service d'assainissement de la Direction des travaux de la Commune de Lausanne a établi un bordereau de contributions pour le raccordement de la gare de Lausanne-Flon au réseau collectif d'évacuation des eaux claires et des eaux usées d'un montant de 133'939 fr. 10; ce montant correspondait à la nouvelle valeur d'assurance incendie de 12'447'870 fr., ramenée au taux de 100 de 1990, puis multipliée au taux de 10o/oo fixé par le règlement communal, soit 124'478 fr. 70, TVA de 7,6% (9'460 fr. 40) en sus.
Contestant l'utilisation de la valeur d'assurance incendie comme base de la taxation, la Compagnie LEB a recouru contre ce bordereau auprès de la Commission communale de recours en matière d'impôts communaux et de taxes spéciales de la Ville de Lausanne (ci-après; la Commission communale de recours) qui a rejeté le recours, par décision du 26 juin, notifiée le 19 août 2002.
C. La Compagnie LEB a ensuite porté sa cause devant le Tribunal administratif qui, après avoir procédé à un double échange d'écritures, a également rejeté le recours. Il a considéré en substance que la taxe unique de raccordement aux équipements publics répondait à la définition d'une charge de préférence et que, destinée à couvrir les frais de constructions des infrastructures d'évacuation et de traitement des eaux, elle demeurait l'un des modes de prélèvement envisageable sous l'angle de l'art. 60a de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20). L'entrée en vigueur de cette disposition, le 1er novembre 1997 (RO 1997 p. 2243, 2448), ne remettait en effet pas en cause le critère de la valeur d'assurance incendie pour le calcul d'une contribution unique de raccordement, contrairement à ce que le Tribunal fédéral avait admis pour le calcul de la taxe annuelle due en contrepartie de l'utilisation des installations (<ref-ruling>). Il a en outre considéré comme admissible le fait de ne pas tenir compte de la taxe payée par le précédent propriétaire, même s'il y avait un certain schématisme à assimiler la construction de la place de l'Europe, sous laquelle la gare a été réalisée, à la reconstruction d'un bâtiment après démolition de l'ancien bâtiment abritant l'EJMA (Ecole de jazz et de musique actuelle de Lausanne).
D. Agissant par la voie du recours de droit public, la Compagnie LEB conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 12 octobre 2004, la cause étant renvoyée à cette instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle présente également une demande d'effet suspensif.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. De son côté, la Commune de Lausanne a déposé des déterminations au terme desquelles, elle conclut, sous suite de frais, au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
E. Par ordonnance du 2 décembre 2004, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours, en précisant que cela n'empêchait pas "l'intérêt moratoire de courir dès l'échéance sur le montant qui sera finalement dû".

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 60; <ref-ruling> consid. 1 p. 317; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 510, 388 consid. 1 p. 389).
1.1 Déposé en temps utile contre une décision prise en dernière instance cantonale en application du droit cantonal et du droit communal, qui conservent leur caractère autonome malgré l'entrée en vigueur des art. 3a et 60a LEaux, le présent recours est recevable comme recours de droit public (<ref-ruling> consid. 1b p. 49ss).
1.2 Sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, le recours de droit public est de nature purement cassatoire (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 131, 173 consid. 1.5 p. 176). Dans la mesure où la recourante demande autre chose que l'annulation de l'arrêt attaqué, ses conclusions sont dès lors irrecevables.
1.3 En outre, pour être recevable, le recours de droit public doit contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (art. 90 al. 1 lettre b OJ). Le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261, 26 consid. 2.1 p. 31; <ref-ruling> consid. 1c p. 76).
Seuls les griefs de la recourante répondant à ces exigences seront donc traités.
2. La recourante reproche à la réglementation communale de violer le principe de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 49 Cst.) et l'interdiction générale de l'arbitraire (art. 9 Cst.), dans la mesure où elle prévoit une application schématique de la seule valeur d'assurance incendie pour calculer la taxe d'évacuation des eaux usées et des eaux claires, alors que cette taxe ne vise pas seulement les frais de construction, mais également l'entretien des installations.
2.1 En vertu du principe de la force dérogatoire (ou de la primauté) du droit fédéral, les cantons ne sont pas autorisés à légiférer dans les domaines exhaustivement réglementés par le droit fédéral. Dans les autres domaines, ils peuvent édicter des règles de droit qui ne violent ni le sens ni l'esprit du droit fédéral, et qui n'en compromettent pas la réalisation (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références citées, 169 consid. 2 p. 170). Lorsque cet examen a lieu, comme en l'espèce, à titre préjudiciel (contrôle concret), le Tribunal fédéral n'examine que sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation de la norme cantonale litigieuse, respectivement son application par les autorités cantonales, sous réserve d'une atteinte grave à un droit constitutionnel spécial. En revanche, il examine librement, si l'interprétation non arbitraire de la norme cantonale est compatible avec le droit fédéral pertinent (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 341 et les arrêts cités).
2.2 L'<ref-law> dispose:
"1 Les cantons veillent à ce que les coûts de construction, d'exploitation, d'entretien, d'assainissement et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux concourant à l'exécution de tâches publiques soient mis, par l'intermédiaire d'émoluments ou d'autres taxes, à la charge de ceux qui sont à l'origine de la production d'eaux usées. Le montant des taxes est fixé en particulier en fonction:
a. du type et de la quantité d'eaux usées produites;
b. des amortissements nécessaires pour maintenir la valeur du capitalde ces installations;
c. des intérêts;
d. des investissements planifiés pour l'entretien, l'assainissement et leremplacement de ces installations, pour leur adaptation à des exi-gences légales ou pour des améliorations relatives à leur exploitation.
2 Si l'instauration de taxes couvrant les coûts et conformes au principe de causalité devait compromettre l'élimination des eaux usées selon les principes de la protection de l'environnement, d'autres modes de financement peuvent être introduits.
3 Les détenteurs d'installations d'évacuation et d'épuration des eaux constituent les provisions nécessaires.
4 Les bases de calcul qui servent à fixer le montant des taxes sont accessibles au public."
2.3 Il ressort des art. 3a et 60a LEaux que la Confédération a renoncé à introduire elle-même les émoluments nécessaires à l'évacuation et à l'épuration des eaux; elle a chargé les cantons de le faire dans les limites des conditions-cadres qu'elle a édictées. Si les cantons disposent certes d'une grande souplesse dans l'élaboration d'émoluments conformes au principe de causalité, ils doivent néanmoins prévoir "un système combinant des taxes de bases et des taxes qui sont fonction de la quantité d'eaux usées à évacuer" (FF 1996 IV 1213 p. 1219).
2.4 Dans le canton de Vaud, l'art. 66 de la loi du 17 septembre 1974 sur la protection des eaux contre la pollution dispose que:
"1 Les communes peuvent percevoir, conformément à la loi sur les impôts communaux, un impôt spécial et les taxes pour couvrir les frais d'aménagement et d'exploitation du réseau des canalisations publiques et des installations d'épuration.
2 Elles peuvent également percevoir une taxe d'introduction et une redevance annuelle pour l'évacuation des eaux claires dans le réseau des canalisations publiques. La redevance annuelle est proportionnelle au débit théorique évacué dans les canalisations."
L'art. 4 de la loi vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux (ci-après: LIC) traite des taxes spéciales. Il prévoit que les communes peuvent percevoir des taxes spéciales en contrepartie de prestations ou avantages déterminés ou de dépenses particulières (<ref-law>). Ces taxes doivent faire l'objet de règlements soumis à l'approbation du Conseil d'Etat vaudois (<ref-law>). Elles ne peuvent être perçues que des personnes bénéficiant des prestations ou avantages ou ayant provoqué les dépenses dont elles constituent la contrepartie (<ref-law>). Leur montant doit être proportionné à ces prestations, avantages ou dépenses (<ref-law>).
Quant à l'<ref-law>, relatif à la base de calcul, il précise que lorsque que les communes utilisent la valeur d'assurance incendie (valeur ECA) pour le calcul des taxes de raccordement et d'introduction aux réseaux publics de distribution et d'évacuation d'eau, la valeur ECA déterminante est celle de l'immeuble au moment du raccordement.
Sur cette base, l'art. 41 al. 1 du règlement de la Ville de Lausanne sur l'évacuation des eaux du 19 septembre 1995 prévoit une taxe unique d'évacuation des eaux usées et des eaux claires "en contrepartie du raccordement aux équipements publics, calculée en fonction de la valeur d'assurance incendie du bâtiment (valeur ECA) rapportée à l'indice 100 de 1990" au taux maximum de 20o/oo (art. 2 de l'annexe au règlement).
2.5 Dans la pratique, le Tribunal fédéral a jusqu'ici admis que la taxe unique de raccordement soit fondée sur la valeur d'assurance incendie (<ref-ruling> consid. 6a p. 330; <ref-ruling> consid. 4d p. 247ss; <ref-ruling> consid. 5b p. 114ss, jurisprudence confirmée après l'entrée en vigueur, le 1er novembre 1997, des art. 3a et 60a LEaux: voir arrêt récent 2P.281/2004 du 2 mars 2005, consid. 3, non publié). Il a en effet considéré que même si ce critère impliquait un certain schématisme, il n'y avait pas lieu d'effectuer des correctifs vers le bas pour un bâtiment industriel engendrant peu d'eaux usées, mais dont les eaux de surface devaient également êtres récoltées, ni vers le haut pour un hôtel qui produisait au contraire une quantité appréciable d'eaux usées (<ref-ruling> consid. 6 p. 329ss). Le Tribunal a aussi admis que si la taxe de raccordement pouvait être plus élevée pour les nouveaux bâtiments que pour les anciens, elle n'avait pas à être réduite parce qu'un immeuble avait une assurance incendie élevée, en raison de deux sous-sols de garage; on pouvait en effet tenir compte du fait que les autos y amenaient de la neige et de la glace en hiver, qui se mélangeaient aux résidus d'huile et d'essence et finissaient dans les canalisations (<ref-ruling> consid. 4 p. 244ss). Il en allait de même dans un parking souterrain, où l'eau et la boue sont souvent mélangées avec l'essence et l'huile apportées en temps de pluie; en outre un seul robinet pouvait servir à nettoyer le sol du garage, ce qui amenait des quantités importantes d'eaux usées dans les canalisations (arrêt 2P.161/1992 du 31 mai 1994, publié in RDAF 1995 p. 284ss, consid. 2c).
En revanche, le Tribunal fédéral a posé des exigences différentes pour la taxe d'utilisation périodique. Il a ainsi considéré comme arbitraire le critère de la valeur d'assurance incendie lorsqu'il s'agissait d'une taxe annuelle hybride, destinée à couvrir non seulement le coût de construction des canalisations, mais aussi leur entretien (<ref-ruling> consid. 2b p. 3ss). Il a ensuite confirmé cette jurisprudence après l'entrée en vigueur des art. 3a et 60a LEaux qui imposaient d'autant plus de tenir compte de l'utilisation effective de l'installation dans le calcul des taxes périodiques d'évacuation des eaux, même si certains coûts paraissaient indépendants du volume des eaux usées (<ref-ruling> consid. 5c p. 56). Dans le même sens, il a considéré que si une taxe périodique de base et d'utilisation fondée sur la seule valeur d'assurance incendie avait l'avantage d'être simple et pratique dans son application, elle était toutefois arbitraire et contraire au principe d'égalité de traitement, lorsqu'il s'agissait d'une villa familiale luxueuse, d'une superficie largement supérieure à la moyenne (arrêt 2P.266/2003 du 5 mars 2004, publié in DEP 2004 p. 197ss, consid. 3.4; voir aussi, le rejet de la taxe d'élimination des déchets de la commune de l'Abbaye fondée uniquement sur la valeur d'assurance incendie: arrêt 2P.249/ 1999 du 24 mai 2000, consid. 4 c, non publié; l'admission de la taxe d'épuration du Service intercommunal d'épuration des eaux usées de Vevey-Montreux calculée sur la valeur d'assurance incendie et sur les factures de fourniture d'eau: arrêt 2P.54/1998 du 9 novembre 1998, consid. 4c, non publié aux <ref-ruling>ss).
Le Tribunal fédéral a maintenu sa jurisprudence malgré les critiques et les difficultés d'application signalées par la doctrine (Adrian Hungerbühler, Grundsätze des Kausalabgabenrechts, Eine Übersicht über die neuere Rechtsprechung und Doktrin, in ZBl 104/2003, p. 524/525; Peter Karlen, Die Erhebung von Abwasserabgaben aus rechtlicher Sicht, in DEP 13/1999 p. 555ss, spéc. p. 559; Marc-Olivier Buffat, Les taxes liées à la propriété foncière, en particulier dans le canton de Vaud, thèse Lausanne 1989, p. 183ss). Il a cependant admis de s'en écarter dans quelques cas particuliers. Ainsi, avec le Tribunal administratif du canton des Grisons, il a jugé qu'il n'était pas admissible d'exonérer complètement les bâtiments ecclésiastiques de la taxe de raccordement de la commune de Disentis/Mustér, fixée à 1,2 % de la valeur d'assurance incendie, même s'il se justifiait de réduire leur contribution pour tenir compte de leur affectation particulière (arrêt 2P.58/1999 du 15 juin 1999, consid. 2b, non publié). Il a également estimé qu'une taxe de raccordement fondée sur la valeur fiscale de la grande surface de terrain où se trouvait une scierie, violait le principe de l'équivalence, compte tenu des faibles infrastructures sanitaires (arrêt 2P.425/1996 du 1er mai 1998, consid. 6, publié in ZBl 104/2003 p. 548ss). Récemment, dans le cadre de l'examen de l'autonomie d'une commune du canton de Soleure, il a aussi confirmé l'avis du Tribunal administratif selon lequel il était arbitraire de se fonder sur la valeur d'assurance incendie d'une fabrique, dont la plupart des locaux étaient désaffectés et n'étaient pas prêts de retrouver une utilisation économique (arrêt 2P.45/2005 du 30 juin 2005 consid. 3). En revanche, une taxe communale de raccordement à l'égout qui se fonde sur un pourcentage de la valeur d'assurance incendie et varie suivant que les immeubles sont situés dans une région plus ou moins éloignée du centre a été jugée admissible (arrêt 2P.130/2002 du 13 décembre 2002, consid. 4, non publié).
2.6 En l'espèce, la taxe de raccordement de la Commune de Lausanne, fondée sur la valeur d'assurance incendie, est une taxe unique qui, même si l'art. 40 al. 1 du règlement communal du 19 septembre 1995 prévoit qu'elle sert à couvrir les frais de construction et d'entretien des installations, n'est pas une taxe hybride, au sens de la jurisprudence (<ref-ruling> consid.4a p. 53; <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 5). Pour l'entretien du réseau et des installations d'épuration, la Commune de Lausanne perçoit en effet une taxe annuelle d'épuration, fixée en fonction de la consommation d'eau (art. 44 du règlement du 19 septembre 1999). La taxe litigieuse n'est donc pas une taxe d'utilisation périodique qui a pour but de couvrir les frais d'exploitation et d'entretien de l'installation publique (sur cette notion, voir les définitions de Marie-Claire Pont Veuthey, Les taxes de raccordement: qualification et régime juridique, in DC 2/97 p. 37). En conséquence, il n'est pas arbitraire, ni contraire au droit fédéral, d'interpréter l'art. 41 du règlement de la Commune de Lausanne du 19 septembre 1999 en ce sens qu'il autorise la perception d'une taxe unique de raccordement, dont le montant peut être calculé sur la base de la valeur d'assurance incendie. Reste à déterminer si, dans le cas de la recourante, son application conduit à un résultat qui pourrait être considéré comme arbitraire et contraire au principe de l'égalité de traitement.
3. A cet égard, la recourante soutient que la décision litigieuse viole le principe d'équivalence, qui concrétise l'exigence de proportionnalité et l'interdiction de l'arbitraire en matière de contributions causales. En effet, seuls les locaux techniques et de service, dont la valeur d'assurance incendie s'élève à 846'400 fr. produisent des eaux usées. Par ailleurs, la quasi totalité des éléments du bâtiment, qui comprend un volume important d'espace vide, sont enterrés.
3.1 Selon le principe d'équivalence, le montant de chaque redevance doit être en rapport avec la valeur objective de la prestation fournie et rester dans des limites raisonnables. La valeur de la prestation se mesure soit à son utilité pour le contribuable, soit à son coût par rapport à l'ensemble des dépenses administratives en cause, ce qui n'exclut pas un certain schématisme ni l'usage de moyennes d'expérience. Les contributions doivent toutefois être établies selon des critères objectifs et s'abstenir de créer des différences qui ne seraient pas justifiées par des motifs pertinents (<ref-ruling> consid. 4a p. 52 et les arrêts cités).
L'avantage économique retiré par chaque bénéficiaire d'un service public est souvent difficile, voire impossible à déterminer en pratique. Pour cette raison, la jurisprudence admet que les taxes d'utilisation soient aménagées de manière schématique et tiennent compte de normes fondées sur des situations moyennes (<ref-ruling> consid. 3b p. 67 et les arrêts cités; arrêt 2P.402/1996 du 29 mai 1997, publié in RDAF 1999 I 94 consid. 3a p. 97ss).
3.2 En l'espèce, il n'y a pas de motifs exceptionnels qui justifieraient une diminution de la taxe de raccordement litigieuse pour la gare en cause. Même si les postes d'eau y sont limités et que le volume du bâtiment comprend effectivement beaucoup d'espaces vides, il faut tenir compte du fait qu'il y a une quantité d'eau de surface relativement importante à évacuer et que cette eau se mélange aux graisses ou autres produits polluants avant de se déverser dans les canalisations. Contrairement à ce que soutient la recourante, il ne saurait être question de se fonder sur la valeur d'assurance incendie des seuls locaux techniques et de service, soit 846'400 fr. La comparaison que la Compagnie LEB établit avec une villa qui aurait la même valeur d'assurance incendie, mais payerait seize fois moins de taxe est donc inopérante. La situation de la gare du Flon s'apparente en effet à celle des sous-sols de garage (<ref-ruling>ss) ou à celle du parking souterrain (RDAF 1995 I p. 284ss) déjà jugées par le Tribunal fédéral. A cela s'ajoute que la Commune de Lausanne relève qu'elle a dû entreprendre d'importants travaux pour relier la gare au réseau d'égouts, qui s'élèveraient à 270'000 fr. Même s'il n'y a pas lieu de prendre en considération ce montant dont l'intimée n'a pas apporté la preuve, il n'en demeure pas moins que la gare a bien été reliée au collecteur public des eaux usées et des eaux claires, dont l'aménagement et le remplacement sont à la charge de la collectivité publique.
3.3 Il s'ensuit que, bien qu'elle soit relativement élevée, la taxe litigieuse n'est pas inacceptable dans son résultat et ne viole donc pas le principe de l'équivalence.
3.4 Pour le reste, la recourante ne prétend pas qu'elle assure un service public qui devrait la faire bénéficier d'un régime spécial, pas plus qu'elle ne revient sur son argumentation au sujet de la taxe payée par le précédent propriétaire du bâtiment démoli, sous lequel se trouve maintenant la gare de la place de l'Europe, ou sur l'absence de réduction selon l'art. 6 de l'annexe au règlement communal (voir arrêt attaqué consid. 3c et 3d). Elle ne revient pas non plus sur la question du montant des travaux entrepris par la Commune de Lausanne, laissée ouverte par le Tribunal administratif (arrêt attaqué consid. 3b/cc). Sur le plan de l'égalité de traitement, la recourante n'évoque pas davantage qu'elle serait soumise à un régime différent du TSOL, dont la gare terminus se trouve à proximité, ou que le futur métro M2 bénéficierait de conditions plus favorables. Le Tribunal fédéral n'a dès lors pas à examiner ces questions (art. 90 al. 1 OJ).
4. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais à la charge de la recourante (art. 156 al. 1 OJ). La Commune de Lausanne n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 6'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires de la recourante, à la Direction des travaux de la Commune de Lausanne et au Tribunal administratif du canton de Vaud.
Lausanne, le 12 août 2005
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: