Obergerichts des Kantons Bern [JG 041/III/2000] vom 29. März 2001), hat sich ergeben:
A.- Am 14. Dezember 1999 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern X._ wegen qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und wegen sexueller Handlungen mit Kindern zu zwölf Jahren Zuchthaus, Fr. 20'000.-- Busse und zu fünfzehn Jahren Landesverweisung.
B.- Weil X._ die Busse nicht bezahlte, ersuchte die Steuerverwaltung des Kantons Bern das Obergericht mit Schreiben vom 10. November 2000 um Umwandlung der Busse in Haft. Der Aufenthalt des Schuldners sei unbekannt.
Der Präsident der 3. Strafkammer des Obergerichts forderte darauf hin X._ mittels Publikation im Amtsblatt vom 6. Dezember 2000 auf, die Busse zu bezahlen oder sich zum Umwandlungsbegehren vernehmen zu lassen. X._ liess sich nicht vernehmen.
Der Generalprokurator des Kantons Bern stellte am 29. Januar 2001 den begründeten Antrag, die Busse in drei Monate Haft umzuwandeln.
Nachdem die kantonalen Behörden in Erfahrung gebracht hatten, dass sich X._ in den Etablissements de la Plaine de l'Orbe im Strafvollzug befindet, forderte der Präsident der 3. Strafkammer des Obergerichts diesen mit einer Frist von zehn Tagen erneut auf, die Busse zu bezahlen oder sich vernehmen zu lassen. X._ kam der Aufforderung nicht nach.
Darauf wandelte die 3. Strafkammer des Obergerichts die Busse von Fr. 20'000.-- mit Beschluss vom 29. März 2001 in drei Monate Haft um.
C.- X._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag um Aufhebung des Umwandlungsbeschlusses.
Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung.
D.- Der stellvertretende Generalprokurator des Kantons Bern hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der Umwandlungsentscheid ist kein Vollzugs-, sondern ein materieller Entscheid, der mit Nichtigkeitsbeschwerde angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 2). Die Beschwerde ist insoweit zulässig.
b) Im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Behörde gebunden (Art. 277bis BStP).
2.- a) Der Beschwerdeführer befindet sich in den Etablissements de la Plaine de l'Orbe im Strafvollzug.
Die Vorinstanz führt aus, dass eine Busse in Haft umzuwandeln sei, wenn der Verurteilte die Busse schuldhaft nicht bezahle. Die Umwandlung sei auszuschliessen, wenn der Verurteilte nachweise, dass er schuldlos nicht in der Lage sei, die Busse zu bezahlen.
Nach der älteren Rechtsprechung des Bundesgerichts (BGE 77 IV 80) sei zwar einem Bussenschuldner nicht als Verschulden anzurechnen, wenn er wegen Vollzugs einer Freiheitsstrafe daran gehindert werde, einer Erwerbstätigkeit nachzugehen und deshalb nicht über die erforderlichen finanziellen Mittel verfüge. Mit <ref-ruling> sei diese Praxis aber modifiziert worden: Die Umwandlung einer Busse sei auch gegenüber einem Strafgefangenen zulässig, wenn es diesem zumutbar sei, die Busse mit einem Teil des ihm zur Verfügung stehenden Pekuliums ratenweise zu bezahlen, und er nicht den gesamten Betrag des frei verfügbaren Teils zur Deckung der persönlichen Bedürfnisse benötige. Da der Beschwerdeführer sich nicht habe vernehmen lassen und nicht nachgewiesen habe, dass er die Busse schuldlos nicht bezahlen könne, sei die Busse in Haft umzuwandeln.
b) Dagegen macht der Beschwerdeführer in seiner ohne anwaltlichen Beistand verfassten und deshalb nur rudimentär begründeten Beschwerde geltend, dass er mit der Umwandlung der Busse in Haft nicht einverstanden sei.
Er werde im Vergleich zu anderen Strafgefangenen und im Vergleich zur Praxis anderer Kantone ungleich behandelt.
Er sei zu einer schweren Freiheitsstrafe verurteilt worden. Zwar sei auch die Busse, deren Ausfällung er nicht verstanden habe, rechtskräftig geworden. Mit deren Umwandlung werde er aber zum zweiten Mal für dieselbe Sache bestraft, was nicht rechtmässig sein könne.
3.- a) Bezahlt der Verurteilte die Busse nicht und verdient er sie auch nicht ab, so wird sie durch den Richter in Haft umgewandelt (Art. 49 Ziff. 3 Abs. 1 StGB). Auf die Umwandlung kann nur verzichtet werden, wenn der Verurteilte nachweist, dass er schuldlos ausser Stande ist, die Busse zu bezahlen.
Schuldlosigkeit ist anzunehmen, wenn der Verurteilte auch bei gutem Willen keine Möglichkeit hat, sich die erforderlichen Mittel zu verschaffen oder die Busse durch Arbeitsleistung zu tilgen (vgl. Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, § 5 N. 36; Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar,
2. Aufl. , Art. 49 N. 7).
Nach BGE 77 IV 80 ist dem Mittellosen die Nichtbezahlung infolge Verbüssung einer Freiheitsstrafe, die ihn hindert, dem Verdienste nachzugehen, nicht zum Verschulden anzurechnen (E. 1).
In der Literatur wird die Auffassung vertreten, in der Regel sei der sich im Strafvollzug befindende Verurteilte schuldlos ausser Stande, eine Busse zu bezahlen (vgl. Stratenwerth, a.a.O; Trechsel, a.a.O.; vgl. auch Reto Bernhard, Der Bussenvollzug gemäss Art. 49 StGB, Diss. Zürich, 1982, S. 126). Ein Strafgefangener müsse nicht auf das Pekulium zurückgreifen, um eine Busse zu begleichen.
b) In seinem Entscheid 125 IV 231 hat das Bundesgericht die Rechtsprechung zu Art. 49 Ziff. 3 StGB modifiziert: Einem Strafgefangenen, der über einen Pekuliumsanteil von Fr. 250.-- bis Fr. 300.-- pro Monat frei verfügen könne, sei es zumutbar, eine Busse von Fr. 180.-- ratenweise zu bezahlen. Dieser Strafgefangene sei deshalb nicht schuldlos ausser Stande, die Busse zu begleichen.
Das Bundesgericht trug mit diesem Entscheid vor allem dem Umstand Rechnung, dass das den Strafgefangenen zustehende Pekulium in den letzten Jahren kontinuierlich und verhältnismässig stark auf durchschnittlich ca.
Fr. 600.-- pro Monat angestiegen ist. Über einen Teil dieses Betrages könne ein Strafgefangener zur Deckung persönlicher Bedürfnisse während des Strafvollzugs frei verfügen. Die Busse stelle einen Eingriff in das Vermögen dar, der in der Regel dazu führe, dass der Betroffene auf Dinge verzichten müsse, die er sich sonst mit dem entsprechenden Betrag hätte leisten können. Es sei - auch im Blick auf den Gleichheitssatz - nicht zu vertreten, dass ein solcher Verzicht nur dem in Freiheit Lebenden, nicht aber dem Gefangenen abverlangt werde.
Allerdings hat das Bundesgericht nicht generell und für jeden Fall festgestellt, dass der Rückgriff auf den frei verfügbaren Teil des Pekuliums zur Bezahlung einer Busse geboten ist, sondern nur unter bestimmten Bedingungen: So darf vom Gefangenen nicht ein Betrag verlangt werden, der es diesem verunmöglichen würde, für seine persönlichen Bedürfnisse während des Strafvollzugs noch ausreichend aufkommen zu können. Auf den verfügbaren Teil des Pekuliums ist im Umwandlungsentscheid abzustellen, und zwar umso mehr, je grösser der verfügbare Teil ist und je geringer im Verhältnis dazu die Busse. Es ist, mit anderen Worten, das Verhältnismässigkeitsprinzip zu beachten, und die (Teil-)Zahlung der Busse mit den Mitteln des Pekuliums muss für den inhaftierten Schuldner auch in zeitlicher Hinsicht zumutbar sein. In <ref-ruling> ging es um einen besonderen Sachverhalt: Während dort bei einer Busse von Fr. 180.-- die Leistungsfähigkeit des inhaftierten Bussenschuldners offensichtlich war, ist diese hier bei einer Busse von Fr. 20'000.-- von vornherein fraglich.
c)aa) Die Vorinstanz hat zum frei verfügbaren Pekuliumsanteil des Beschwerdeführers keine Feststellungen getroffen; sie geht aber stillschweigend davon aus, dass ihm eine ratenweise Bezahlung der Busse mög- lich und auch zumutbar wäre.
bb) Primär argumentiert die Vorinstanz jedoch prozedural: Da es am Beschwerdeführer gewesen wäre zu beweisen, dass er schuldlos nicht in der Lage sei, die Busse zu bezahlen, er den Beweis aber nicht angetreten habe, sei von einer schuldhaften Nichtbezahlung auszugehen.
Zwar sieht Art. 43 Ziff. 3 StGB die Umkehr der Beweislast vor, doch dürfen die Anforderungen nicht allzu hoch gesteckt werden, zumal bei einem Strafgefangenen, der überdies der Amtssprache nicht mächtig ist. Dass eine mittellose und sich im Strafvollzug befindende Person abwartet und sich nicht vernehmen lässt, wenn sie mit einer Frist von 10 Tagen zur Bezahlung von Fr. 20'000.-- aufgefordert wird, ist nachvollziehbar. Unklar ist sodann, ob die Verfügung dem Beschwerdeführer in der Anstalt in genügender Form eröffnet worden ist, d.h. so, dass er auch verstanden hat, worum es geht. Im Übrigen erscheint die Verfügung, mit welcher der Beschwerdeführer zur Vernehmlassung aufgefordert worden ist, als inhaltlich mangelhaft.
Die Vorinstanz konnte wissen, dass der Beschwerdeführer die Busse, wenn überhaupt, nur ratenweise würde bezahlen können. Das hätte sie berücksichtigen müssen; sie hätte den Beschwerdeführer auf die Möglichkeit hinweisen müssen, mit der Inkassobehörde eine (Teil-)Zahlungsvereinbarung zu treffen. Stattdessen forderte die Vorinstanz den Beschwerdeführer mit einer Standardverfügung zur Bezahlung der ganzen Busse innerhalb von zehn Tagen auf.
cc) Nach den bekannten allgemeinen Bedingungen, die für den Strafvollzug in schweizerischen Gefängnissen gelten, darf davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer über einen Teil seines Pekuliums frei verfügen kann. Grundsätzlich könnte es ihm zugemutet werden, einen kleineren Teil der verfügbaren Quote zur Bezahlung einer Busse aufzuwenden, wenn ihm genügende Mittel zur Deckung persönlicher Bedürfnisse während des Strafvollzugs verbleiben.
In casu hat es die Vorinstanz jedoch unterlassen, diese naturgemäss bescheidenen Beträge in Relation zur Höhe der Busse zu setzen. Während in dem von der Vorinstanz zitierten Fall monatliche Raten von Fr. 20.-- während neun Monaten für die Bezahlung der Busse ausreichten, hätte der Beschwerdeführer vorliegend mit dem nämlichen monatlichen Betrag auf Strafende in ungefähr acht Jahren erst etwa 10 % der Busse beglichen. Würde die monatliche Rate höher angesetzt, so würde sich zwar die bezahlte Quote proportional erhöhen, doch hätte der Beschwerdeführer so oder so keine Möglichkeit, die gesamte Busse zu bezahlen, wenn er nicht auf den ganzen frei verfügbaren Teil seines Pekuliums verzichten würde. Unter diesen Umständen kann von einer schuldhaften Nichtbezahlung der - ganzen - Busse nicht gesprochen werden, zumal ein Verzicht auf den vollen frei verfügbaren Teil des Pekuliums nicht zumutbar ist. Es kommt hinzu, dass die Busse auch im Falle des vollständigen Verzichts auf das Pekulium nicht innerhalb der gesetzten Zahlungsfrist von zehn Tagen hätte beglichen, sondern erst auf Strafende hin ratenweise hätte abbezahlt werden können. Die Beschwerde ist deshalb gutzuheissen.
4.- Weil bei diesem Verfahrensausgang keine Kosten zu erheben sind, kann das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege als gegenstandslos abgeschrieben werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Nichtigkeitsbeschwerde wird gutgeheissen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Bern aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Generalprokurator sowie dem Obergericht des Kantons Bern,
3. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 13. Juni 2001
Im Namen des Kassationshofes des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: