Sachverhalt:
A. Die N._ AG (Beschwerdeführerin) und die M._ AG, nunmehr GmbH (Beschwerdegegnerin) schlossen am 28./29. Oktober 2005 einen Kooperationsvertrag. Die Beschwerdegegnerin machte geltend, sie habe der Beschwerdeführerin gestützt auf den Kooperationsvertrag verschiedene Dienstleistungen erbracht. Am 15. Februar 2007 habe sie der Beschwerdeführerin in der Endabrechnung für das Jahr 2006 für erbrachte Dienstleistungen eine Nachforderung von EUR 19'329.-- gestellt. Am 31. Mai 2007 habe sie für die in der Periode vom 1. Januar 2007 bis 30. April 2007 erbrachten Dienstleistungen EUR 382'170.36 in Rechnung gestellt. Die Beschwerdeführerin habe diese beiden Rechnungen nicht bezahlt.
B. Am 9. Januar 2009 klagte die Beschwerdegegnerin beim Bezirksgericht Höfe und beantragte, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihr EUR 382'170.36 nebst Verzugszins zu 5 % seit 31. Mai 2007 und EUR 19'329.-- nebst Verzugszins zu 5 % seit 15. Februar 2007 zu bezahlen. Mit Urteil vom 14. Dezember 2009 sprach das Bezirksgericht der Beschwerdegegnerin in Gutheissung der Klage die verlangten Beträge zu.
Dagegen erklärte die Beschwerdeführerin Berufung an das Kantonsgericht Schwyz und beantragte die Abweisung der Klage. Mit Urteil vom 15. Februar 2011 wies das Kantonsgericht die Berufung ab, soweit es darauf eintrat, und bestätigte das Urteil des Bezirksgerichts.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichts und dasjenige des Bezirksgerichts aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen und die kantonalen Urteile zu bestätigen. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Präsidialverfügung vom 20. Juni 2011 wurde ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Kantonsgerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 1 und 2 BGG. Sodann übersteigt der Streitwert die Grenze nach Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die gegen das genannte Urteil gerichtete Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
Nicht eingetreten werden kann auf den Antrag, das Urteil des Bezirksgerichts Höfe sei aufzuheben, wie auch auf Vorbringen, die sich direkt gegen jenes Urteil richten. Anfechtungsobjekt der Beschwerde an das Bundesgericht bildet einzig das Urteil des Kantonsgerichts.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf Ausführungen in andern Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f.).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG), was in der Beschwerde darzutun ist (<ref-ruling> E. 2.2.2).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 511 f.; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_526/2008 vom 21. Januar 2009 E. 3.2). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen im dargelegten Sinn missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b).
2.3 Die Beschwerdeführerin wird diesen Begründungsanforderungen teilweise nicht gerecht. Auf den Seiten 5-15 ihrer Beschwerdeschrift präsentiert sie dem Bundesgericht eine Gegenüberstellung der vorinstanzlichen Parteivorbringen und macht Ausführungen unter dem Titel "Zur Substanziierung und/bzw. zur substanziierten Bestreitung". Dabei wiederholt sie wörtlich ihre Ausführungen in der Berufungsbegründung an die Vorinstanz. In blossen Wiederholungen von vorinstanzlich Vorgetragenem kann von vornherein keine Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Urteils und damit keine rechtsgenügliche Begründung einer Beschwerde an das Bundesgericht liegen. Darauf ist nicht einzutreten.
3. Die Vorinstanz erachtete die von der Beschwerdegegnerin gemäss Kooperationsvertrag vom 28./29. Oktober 2005 geschuldeten Dienstleistungen sowohl für das Jahr 2006 als auch für die Periode vom 1. Januar 2007 bis 30. April 2007 als erbracht. Ebenso kam sie zum Ergebnis, die Höhe der Forderungen (Endabrechnung von EUR 19'329.-- für 2006 und EUR 382'170.36 für die Periode vom 1. Januar 2007 bis 30. April 2007) habe als erstellt zu gelten.
Dagegen erhebt die Beschwerdeführerin zahlreiche Rügen und macht eine Verletzung von Art. 2 ZGB (Vertrauensprinzip), Art. 8 ZGB (Beweislastverteilung, Anforderungen an die prozessuale Substanziierungs- und Bestreitungspflicht, Beweismass), Art. 9 BV (Willkürverbot) und Art. 29 BV (Anspruch auf rechtliches Gehör) geltend. Dazu ist betreffend die einzelnen Beweisthemen Folgendes auszuführen:
3.1 Die Vorinstanz hielt es für erstellt, dass die Beschwerdegegnerin ihren Verpflichtungen gemäss Kooperationsvertrag vom 28./29. Oktober 2005 seit Beginn und insbesondere auch im Jahre 2006 tatsächlich nachgekommen ist. Sie begründete dies im Wesentlichen damit, dass die Beschwerdeführerin die Abrechnungsmodalitäten, insbesondere die Rechnungen gemäss Klagebeilagen 11-22 und die tabellarische Aufschlüsselung von Umsätzen bzw. die Abrechnungen immer akzeptiert habe, soweit damit für das Jahr 2006 ein Betrag von EUR 1'027'284.67 ausgewiesen sei. Die Beschwerdeführerin unterzieht die diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz einer eingehenden Kritik:
3.1.1 Sie beanstandet zunächst die Ausführung der Vorinstanz, es mache den Anschein, dass die Beschwerdeführerin die Erfüllung des Kooperationsvertrags vom 28./29. Oktober 2005 durch die Beschwerdegegnerin anerkenne. Dass sich die Vorinstanz mit dem blossen Anschein begnüge, sei willkürlich, verletze den Gehörsanspruch und Art. 8 ZGB. Aktenwidrig sei sodann die Feststellung der Vorinstanz, dass sich die Beschwerdeführerin nicht mit den diesbezüglichen Erwägungen des Bezirksgerichts auseinandergesetzt habe.
Die Rüge verfängt nicht. Die Vorinstanz begnügte sich nicht mit dem blossen Anschein einer Anerkennung. Die beanstandete Erwägung bildete lediglich den Ausgangspunkt der weiteren Beweiswürdigung der Vorinstanz, die im positiven Beweisergebnis gipfelte, dass die Erbringung der vertraglichen Leistungen durch die Beschwerdegegnerin im Jahr 2006 erstellt sei. Die als aktenwidrig gerügte Feststellung der Vorinstanz, dass sich die Beschwerdeführerin mit den diesbezüglichen Erwägungen des Bezirksgerichts nicht auseinandergesetzt habe, ist bei dieser Beweislage nicht ausschlaggebend. Im Übrigen geht aus der von der Beschwerdeführerin für ihre Darstellung angegebenen Stelle aus der Berufungsbegründung (S. 16 Ziff. 8) nicht hervor, dass sich die Beschwerdeführerin mit der hier interessierenden Erwägung des Bezirksgerichts auseinandergesetzt hätte, wonach aus dem Umstand, dass die Rechnungen vorbehaltlos bezahlt worden sind, geschlossen werden kann, die Beschwerdegegnerin habe ihre fakturierten Vertragspflichten erfüllt.
3.1.2 Die Beschwerdeführerin kritisiert die Ausführung der Vorinstanz, es ergebe sich aus den Akten, dass die Beschwerdegegnerin im Jahr 2006 ihre vertraglichen Verpflichtungen erfüllt habe. Diese Feststellung sei aktenwidrig und verletze den Anspruch auf eine nachvollziehbare Begründung.
Der Vorwurf der Aktenwidrigkeit ist nicht rechtsgenüglich begründet (vgl. Erwägung 2.2). Darauf ist nicht weiter einzugehen. Sodann liegt keine Verletzung der Begründungspflicht vor. Denn es trifft nicht zu, dass die Vorinstanz nicht ausführte, welche Akten sie meinte. Vielmehr erläuterte sie, dass sich aus dem in den Akten liegenden Kooperationsvertrag die klägerischen Vertragspflichten im Einzelnen ergeben. Sodann verwies sie auf die aktenkundigen Abrechnungen der Beschwerdegegnerin für die entsprechenden Monate des Jahres 2006 und die Belege für die vorbehaltlos erfolgten Zahlungen derselben durch die Beschwerdeführerin. Die Vorinstanz führte auch aus, dass sich - nach ihrer Beurteilung - aus diesen Akten schliessen lasse, dass die Beschwerdegegnerin ihre vertraglichen Verpflichtungen erfüllt habe. Sie lieferte demnach eine nachvollziehbare Begründung.
3.1.3 Weiter rügt die Beschwerdeführerin die Erwägung der Vorinstanz, wonach die Beschwerdegegnerin nicht verpflichtet sei, ihre einzelnen, im Kooperationsvertrag vom 28./29. Oktober 2005 aufgeführten Pflichten zu substanziieren und deren Erfüllung zu beweisen, als groben Verstoss gegen Art. 8 ZGB.
Isoliert betrachtet, ist der beanstandete Satz der vorinstanzlichen Erwägungen in der Tat missverständlich, ist es doch sehr wohl an der Beschwerdegegnerin und Klägerin, die Erfüllung ihrer vertraglichen Verpflichtungen, für die sie Rechnung stellte, zu behaupten und zu beweisen. Dies ist indessen auch der Vorinstanz nicht entgangen, wie aus ihren nachfolgenden Erwägungen klar wird. Dort hielt sie nämlich fest, dass sich die klägerischen Vertragspflichten im Einzelnen aus dem Kooperationsvertrag ergeben. Aus diesem Grund hielt sie es für unnötig, dass die Beschwerdegegnerin diese Vertragspflichten im Einzelnen nochmals aufzählte. Mit anderen Worten liess sie die Einreichung des Kooperationsvertrags genügen. Was die Erfüllung der klägerischen Vertragspflichten anbelangt, so erachtete die Vorinstanz diese für erwiesen, was sie daraus schloss, dass die Beschwerdeführerin die entsprechenden Rechnungen im Jahre 2006 belegtermassen jeweils vorbehaltlos beglichen hatte, was nicht erfolgt wäre, wenn die Beschwerdegegnerin nicht ihrerseits geleistet hätte. Im Kontext der ganzen Erwägung 6b kann somit im beanstandeten Satz der Vorinstanz kein Verstoss gegen Art. 8 ZGB erblickt werden.
Das gilt auch für den weiteren von der Beschwerdeführerin gerügten Satz der Vorinstanz in Erwägung 6b, es hätte der Beschwerdeführerin oblegen, im Einzelnen darzulegen, welche Leistungen gemäss Kooperationsvertrag die Beschwerdegegnerin ab welchem Zeitpunkt nicht mehr erbracht haben soll. Es verstösst nicht gegen Bundesrecht zu verlangen, dass substanziiert ausgeführt wird, was bestritten ist (<ref-ruling> E. 2). Nachdem die Vorinstanz die klägerischen Vertragspflichten sowie deren Erfüllung mit der Einreichung des Kooperationsvertrags und mit der belegten Zahlung der dafür gestellten Rechnungen für hinreichend dargelegt hielt, durfte sie von der Beklagtenseite verlangen, dass diese im Einzelnen dartun würde, welche Verpflichtungen die klagende Partei nicht erbracht haben soll.
3.1.4 Willkür und eine krasse Verletzung des Gehörsanspruchs erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass sich die Vorinstanz mit keiner Silbe mit ihren Ausführungen in der Berufungsbegründung S. 16/ 17 auseinandergesetzt habe, wonach einstweilige Zahlungen noch keine Anerkennung einer erst danach erstellten Jahresendabrechnung darstellen könnten. Die Nachforderung hätte substanziiert behauptet und bewiesen werden müssen.
Damit übergeht die Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz die Frage, ob die Höhe der Nachforderung für das Jahr 2006 von EUR 19'329.-- ausgewiesen sei, an anderer Stelle behandelt und dort namentlich auch ihre Ausführungen auf S. 16 f. Ziff. 8a - c der Berufungsbegründung beachtet hat.
3.1.5 Nach Meinung der Beschwerdeführerin verstösst die Feststellung der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin habe die Abrechnungen der Beschwerdegegnerin immer akzeptiert, soweit damit für das Jahr 2006 ein Betrag von insgesamt EUR 1'027'284.67 ausgewiesen sei, gegen das Vertrauensprinzip und gegen die Grundsätze von Art. 8 ZGB.
Diese Rüge verkennt, dass die Vorinstanz in der beanstandeten Feststellung das Ergebnis ihrer Beweiswürdigung festhielt. Die Beschwerdeführerin vermöchte dem nur entgegenzutreten, wenn sie Willkür in der Beweiswürdigung aufzeigen könnte. Dies tut sie indessen nicht. Vielmehr gehen ihre Ausführungen an der Sache vorbei, wenn sie darlegt, sie habe die Jahresendrechnung 2006 nicht bezahlt, und es sei deshalb willkürlich und verstosse gegen das Vertrauensprinzip, wenn die Vorinstanz trotz der Nichtbezahlung auf eine Anerkennung derselben schliesse. Die Vorinstanz traf die hier beanstandete Feststellung (Urteil S. 10), bei der sie sich auf den bereits abgerechneten und bezahlten Betrag von EUR 1'027'284.67 bezog, nicht im Rahmen der Prüfung, ob der ausstehende Saldo von EUR 19'329.-- gemäss Endabrechnung 2006 zu Recht gefordert werde, sondern im Zusammenhang mit der Frage, ob die Beschwerdegegnerin während des Jahres 2006 ihre vertraglichen Leistungen erbracht habe.
3.1.6 Zusammenfassend erweisen sich die Einwände gegen das erste Beweisthema, die Erfüllung der klägerischen Vertragspflichten im Jahr 2006, als nicht stichhaltig, soweit darauf einzutreten ist.
3.2 Das zweite Beweisthema betrifft die Vertragserfüllung seitens der Beschwerdegegnerin für die Zeit von Januar 2007 bis Ende April 2007. Die Vorinstanz gelangte nach einlässlicher Beweiswürdigung zum Ergebnis, dass die Beschwerdegegnerin auch in dieser Zeit ihre Pflichten gemäss Kooperationsvertrag erfüllt habe. Dies schloss sie insbesondere daraus, dass die Beschwerdeführerin die Monatsabrechnung 01/07 sowie die Endabrechnung Januar bis April 2007 erstmals mit der Klageantwort vom 6. Mai 2009 bestritten habe. Wäre die Beschwerdegegnerin ihren vertraglichen Verpflichtungen tatsächlich nicht nachgekommen, hätte die Beschwerdeführerin gegenüber der Beschwerdegegnerin Nicht- oder Schlechterfüllung gerügt bzw. ihr eine entsprechende Leistungsstörung angezeigt. Die übliche Reaktion bei Nicht- oder Schlechterfüllung sei nicht Schweigen und Zahlungsverweigerung, sondern vielmehr Rüge bzw. Mahnung.
3.2.1 Inwiefern die Vorinstanz mit dieser Würdigung in Willkür verfallen wäre, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf, jedenfalls nicht in rechtsgenüglicher Weise (vgl. Erwägung 2.2). Sie legt bloss ihre eigene Ansicht dar, dass aus der Antwort-E-Mail von K._ vom 28. Februar 2007 auf die Frage von L._, ob es noch Fragen zur Monatsabrechnung 01/07 gebe, abzuleiten sei, dass die Forderung nicht anerkannt worden sei. Denn wer sich eine Prüfung vorbehalte, behalte sich nach Treu und Glauben vor, Ja oder Nein zu sagen.
Nach den Feststellungen der Vorinstanz antwortete K._ L._, er gehe davon aus, dass er die ganze Angelegenheit am Freitag werde bearbeiten können. Da in der Abrechnung allerdings auch einiges ohne vorherige Absprache geändert worden sei, werde er sich schon einige zusätzliche Kontrollen erlauben. In der gleichen E-Mail habe K._ ausgeführt, bei Unklarheiten werde er sich bei ihr melden. In der Folge habe sich K._ indessen nie mehr gemeldet, zumal keine Unterlagen im Recht lägen, wonach insbesondere gegen die Monatsabrechnung 01/07 opponiert worden wäre. Die Beschwerdeführerin bringt erstmals vor Bundesgericht vor, K._ und eine weitere Person hätten gegenüber der Beschwerdegegnerin sehr wohl zum Ausdruck gebracht, dass die Prüfung negativ ausgefallen sei und die Jahresendabrechnung 2006 deshalb nicht anerkannt werde. Sowohl K._ als auch I._ hätten der Beschwerdegegnerin im Gefolge der E-Mail vom 28. Februar 2007 mitgeteilt, die Vertragsleistungen seien nicht erbracht worden. Für diese Behauptungen ruft sie die genannten Herren als Zeugen an. Die Beschwerdeführerin kann jedoch mit diesen neuen Tatsachen und Beweisanträgen nicht gehört werden. Es handelt sich um unzulässige Noven (Art. 99 Abs. 1 BGG). Die Frage der Erfüllung der klägerischen Vertragsleistungen war von Anfang an Prozessthema. Es kann daher entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin nicht gesagt werden, erst die Begründung des angefochtenen Urteils habe Anlass zu den neuen Vorbringen gegeben. Es bleibt somit bei der verbindlichen Feststellung der Vorinstanz, dass seitens der Beschwerdeführerin keine Opposition gegen die Abrechnung 01/07 erfolgte und insbesondere keine Nicht- oder Schlechterfüllung moniert wurde. Wenn die Vorinstanz bei dieser Sachlage annahm, dass die Beschwerdegegnerin ihre Vertragspflichten zumindest im Januar 2007 erfüllt habe, da ansonsten nach Erhalt der Monatsabrechnung 01/07 Entsprechendes gerügt worden wäre, ist dies nicht unhaltbar.
Gleiches gilt für den Schluss der Vorinstanz, dass die Beschwerdegegnerin ihren Vertragspflichten in der ganzen Zeit von Januar bis April 2007 nachgekommen ist, da die Beschwerdeführerin gegen die Endabrechnung Januar bis April 2007 nie opponiert und namentlich keine Nicht- oder Schlechterfüllung gerügt habe. Die Beschwerdeführerin beanstandet in diesem Zusammenhang die Feststellung der Vorinstanz, dass in der Endabrechnung Januar bis April 2007 ein weiterer Hinweis für bereits erfolgte Rechnungen zu erblicken sei. Sie bezeichnet diese Feststellung als ebenso willkürlich wie irrelevant. Da die Beschwerdeführerin diese Feststellung selber für irrelevant hält, zeigt sie nicht auf, inwiefern die Behebung der angeblich willkürlichen Feststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Auf diese Rüge kann daher nicht eingetreten werden (vgl. Erwägung 2.2).
3.2.2 Wie bereits betreffend die Erfüllung der klägerischen Vertragspflichten im Jahr 2006 ausgeführt (Erwägung 3.1.3 mit Hinweis auf <ref-ruling>), bedeutet es auch im Zusammenhang mit der Erfüllung der klägerischen Vertragspflichten für die Zeit von Januar 2007 bis Ende April 2007 keine Verletzung von Art. 8 ZGB, wenn die Vorinstanz der Beschwerdeführerin entgegenhielt, sie hätte im Einzelnen darzulegen gehabt, welche Leistungen gemäss Kooperationsvertrag die Beschwerdegegnerin ab welchem Zeitpunkt nicht mehr erbracht haben soll, nachdem die Vorinstanz die Darlegung der klägerischen Vertragspflichten sowie deren Erfüllung mit der Einreichung des Kooperationsvertrags und der vorprozessual nie bestrittenen Abrechnungen für hinreichend substanziiert hielt. Auch der Beschwerdeführerin waren diese vertraglichen Pflichten der Beschwerdegegnerin aus dem Kooperationsvertrag bekannt und sie hatte die Abrechnungen unbestrittenermassen erhalten. Es wäre ihr demnach ohne weiteres möglich gewesen, konkret zu benennen, welche dieser Pflichten ab wann angeblich nicht mehr erfüllt worden sein sollen. Die Rüge einer Verletzung von Art. 8 ZGB ist unbegründet.
3.2.3 Zusammenfassend erweisen sich auch die Vorbringen gegen das zweite Beweisthema, die Erfüllung der klägerischen Vertragspflichten für die Zeit von Januar bis April 2007, als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
3.3 Betreffend das dritte und vierte Beweisthema, die Höhe der Nachforderung für das Jahr 2006 von EUR 19'329.-- und der Forderung von EUR 382'170.36 für die Zeit von Januar bis April 2007, gelangte die Vorinstanz ebenfalls zu einem positiven Beweisergebnis im Sinne der klägerischen Darstellung.
3.3.1 Da kein offenes Beweisergebnis vorliegt, wird die Beweislastverteilung gegenstandslos (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241; <ref-ruling> E. 5.4 S. 602) und die Berufung auf Art. 8 ZGB geht insofern ins Leere.
3.3.2 Die Beschwerdeführerin sieht Art. 8 ZGB auch deshalb verletzt, weil die Vorinstanz die klägerischen Forderungen für genügend substanziiert dargelegt hielt. Die Vorinstanz gestand zu, dass beide klägerischen Forderungen allein in den erstinstanzlichen Rechtsschriften kaum als genügend dargetan zu qualifizieren wären. Indessen habe die Beschwerdegegnerin in der Replik namentlich auf Abrechnungen, auf die Rechnung vom 15. Februar 2007 bzw. vom 31. Mai 2007 sowie auf die E-Mail-Korrespondenz zwischen den Parteien hingewiesen. In prozessualer Hinsicht sei es grundsätzlich nicht unerlässlich, dass sich die erforderlichen Informationen aus den Rechtsschriften ergeben müssten. Vielmehr seien Verweise in den Rechtsschriften auf entsprechende Beilagen zulässig, wenn damit klar ersichtlich werde, wie sich die geltend gemachte Forderung zusammensetze. Die Vorinstanz prüfte daher, ob unter Einbezug der verschiedenen klägerischen Beilagen die Forderungen der Beschwerdegegnerin als ausreichend substanziiert zu qualifizieren seien, was sie schliesslich bejahte. Dass die Vorinstanz bei dieser Prüfung in Willkür verfallen wäre, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Ebenso wenig wird hinreichend dargelegt, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hätte, wenn sie gestützt auf die kantonale Praxis Verweise in den Rechtsschriften auf entsprechende Beilagen genügen liess, wenn daraus klar ersichtlich wurde, wie sich die geltend gemachten Forderungen zusammensetzen.
3.3.3 Die Vorinstanz erachtete die klägerischen Forderungen bereits deshalb für ausgewiesen, weil sie von der Beschwerdeführerin nicht genügend substanziiert bestritten worden seien. Die Beschwerdeführerin ortet hier den zentralen Mangel des angefochtenen Entscheids. Dieser Vorwurf der Vorinstanz sei unberechtigt und könne keine Entscheidgrundlage darstellen, weil der angeblich zu wenig substanziierten Bestreitung von vornherein keine genügend substanziierte Behauptung vorausgegangen sei. Was nicht behauptet sei, könne und müsse nicht bestritten werden. Im Übrigen habe sich die Beschwerdeführerin keineswegs mit pauschalen Bestreitungen begnügt.
Dieser Einwand greift nicht, weil die Vorinstanz die klägerischen Vorbringen als hinreichend substanziiert qualifizierte, was die Beschwerdeführerin nicht umzustossen vermochte (vgl. Erwägung 3.3.2). Sie durfte deshalb auch eine substanziierte Bestreitung verlangen. Dass eine solche erfolgt wäre, wird von der Vorinstanz verneint. Die Beschwerdeführerin vermag mit der gegenteiligen Behauptung den vorinstanzlich verbindlich festgestellten Sachverhalt betreffend die Parteivorbringen nicht hinreichend anzufechten (vgl. Erwägung 2.2).
Letztlich ist dieser Punkt aber nicht ausschlaggebend für den angefochtenen Entscheid. Denn die Vorinstanz hat in einer Eventualbegründung erwogen, selbst wenn die Einwendungen der Beschwerdeführerin gegen die Forderungen der Beschwerdegegnerin als ausreichend substanziiert zu betrachten wären, wären die klägerischen Forderungen gleichwohl gutzuheissen. Sie begründete dies mit dem Verhalten von K._, der im Hinblick auf die Endabrechnung 2006 mit der Nachforderung von EUR 19'329.-- in seiner E-Mail vom 28. Februar 2007 mitgeteilt habe, er werde sich einige zusätzliche Kontrollen erlauben und er werde sich bei Unklarheiten bei L._ melden. In der Folge habe sich K._ indessen nie mehr gemeldet. Daraus sei zu folgern, dass K._ bei der Kontrolle der Endabrechnung 2006 keine Unstimmigkeiten bemerkt habe, sondern diese Rechnung als in Ordnung betrachtet habe, ansonsten er sie gerügt hätte. Ebenso wenig seien der Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin bei der Kontrolle der Endabrechnung von Januar bis April 2007 irgendwelche Unstimmigkeiten aufgefallen. Im Gegenteil müsse sie diese für richtig befunden haben, ansonsten sie diese bei der Beschwerdegegnerin gerügt hätte, was die Beschwerdeführerin aber nicht geltend mache. Die erst Jahre später mit der Klageantwort bzw. Duplik erfolgten Bestreitungen der Beschwerdeführerin würden unter diesen Umständen unglaubhaft erscheinen.
Die Beschwerdeführerin stellt in Abrede, dass das Verhalten von K._ bzw. der Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin die von der Vorinstanz gezogenen Schlüsse zuliessen. Nach ihrer Meinung hätte gerade der umgekehrte Schluss gezogen werden müssen. Mit dieser Meinungskundgabe tut sie indessen nicht in rechtsgenüglicher Weise dar, dass und inwiefern die Würdigung der Vorinstanz willkürlich sein soll; wenn sie rügt, die Vorinstanz habe das Verhalten von K._ in Verletzung des Vertrauensprinzips als Anerkennung der Forderung gewertet, geht dies an der Sache vorbei, hat die Vorinstanz doch nicht in Anwendung des Vertrauensprinzips auf eine Anerkennung der Forderung geschlossen, sondern den Bestand der behaupteten Forderungen aufgrund des Verhaltens von K._ beweismässig als erstellt betrachtet. Mit ihrer neuen Behauptung, K._ und I._ hätten die mangelnde Leistungserbringung bemängelt, ist sie ohnehin nicht zu hören (vgl. Erwägung 3.2.1).
3.3.4 Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin als willkürlich und gegen Art. 8 ZGB verstossend, dass die Vorinstanz erwog, der von der Beschwerdegegnerin für die vier Monate Januar bis April 2007 ausgewiesene, auf ein Jahr hochgerechnete Gesamtnettoumsatz sei im Vergleich zum Vorjahresumsatz nicht erheblich höher und erscheine somit glaubhaft. Die Beschwerdeführerin bringt vor, eine Klage dürfe nicht schon dann geschützt werden, wenn sie glaubhaft erscheine, sondern nur, wenn sie bewiesen sei.
Letzteres hat die Vorinstanz nicht verkannt, sprach sie doch die eingeklagten Forderungen zu, weil sie diese für erwiesen hielt. Mit der beanstandeten Erwägung parierte sie lediglich dem Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach der erwähnte Umsatz nicht auf die Erfüllung des Kooperationsvertrags zurückzuführen sei. Sie hielt dazu fest, dieses Vorbringen sei nicht weiter begründet und es lägen dafür keine Anhaltspunkte vor. Demgegenüber erschien ihr die klägerische Darstellung mit Blick auf die ähnlichen Umsatzzahlen wie im Vorjahr glaubhaft. Weder Willkür noch eine Verletzung von Art. 8 ZGB ist ersichtlich.
3.3.5 Zusammenfassend kann den Einwänden der Beschwerdeführerin gegen die von der Vorinstanz für ausgewiesen erachtete Höhe der Klageforderungen nicht gefolgt werden, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Oktober 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer