Sachverhalt:
A. Die X._ AG wurde 1990 gegründet und hat ihren Sitz in A._/ZH. Sie ist auf dem Geld- und Kapitalmarkt sowie in damit verwandten Bereichen als Vermittlerin tätig. Ihr Aktienkapital beträgt Fr. 1,5 Mio. (1'500 Namenaktien à je Fr. 1'000.--). Es ist vollständig liberiert. Die Übertragbarkeit der Aktien ist nach Massgabe der Statuten beschränkt.
Die X._ AG besass am 31. Dezember 2000 50 eigene Aktien; im März 2001 erwarb sie weitere 275 hinzu, worauf sie in der Jahresrechnung per 31. Dezember 2001 325 eigene Papiere auswies (21.67 % des Aktienkapitals). Im März 2002 veräusserte sie 125 Aktien, womit sie Ende 2002 noch deren 200 (13,33 % des Aktienkapitals) besass. Am 30. März 2003 befanden sich noch 190 eigene Aktien in ihrem Besitz (12.66 % des Aktienkapitals). Ende 2003 verfügte die X._ AG noch über 185 Aktien, welche sie per Ende 2005 auf 70 reduzierte.
Am 2. Mai 2005 teilte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) der X._ AG mit, dass per 30. März 2003 eine Verrechnungssteuerforderung von Fr. 60'200.-- aus einer Teilliquidation entstanden sei, da sie zu diesem Zeitpunkt die 10%-Limite von eigenen Aktien für eine Dauer von zwei Jahren überschritten habe (Art. 4a Abs. 1 [in der Fassung vom 10. Oktober 1997] des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer [VStG; SR 642.21] in Verbindung mit <ref-law> [in der Fassung vom 4. Oktober 1991]). Die Abgabe berechne sich wie folgt:
Bestand über Limite von 10 % = 40 Aktien à Fr. 5'300.00
Fr. 212'000.--
Abzüglich des Nominalwertes der Aktien
(je Fr. 1'000.--)
- Fr. 40'000.--
= Liquidationsüberschuss
Fr. 172'000.--
Davon 35 % Verrechnungssteuer
Fr. 60'200.--
Die Eidgenössische Steuerverwaltung bestätigte ihre Forderung am 13. Juni 2005 und 23. Mai 2007 (Einspracheentscheid).
B. Mit Urteil vom 19. März 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht die von der X._ AG hiergegen eingereichte Beschwerde ab. Es begründete seinen Entscheid im Wesentlichen damit, dass sich aus dem Verweis in <ref-law> auf Art. 659 Abs. 1 und 2 OR eine Art "Teilliquidationsfiktion" ergebe, weshalb nicht mehr zu prüfen sei, ob das Vorgehen tatsächlich zu einer Entreicherung der Gesellschaft geführt habe. Die Überschreitung des handelsrechtlich Zulässigen beim Rückkauf der eigenen Aktien der X._ AG ergebe sich aus ihrer Jahresrechnung bzw. den Anhängen dazu; die Vorinstanz habe deshalb zum Schluss kommen dürfen und müssen, dass die Gesellschaft zumindest in der Zeitspanne vom 30. März 2001 bis zum 30. März 2003 gegen die handelsrechtlichen Vorschriften verstossen habe und insofern verrechnungssteuerpflichtig geworden sei. Entgegen der Ansicht der X._ AG sei, obwohl sie die Aktien für künftige neue Aktionäre gehalten haben wolle, ein entsprechendes Treuhandverhältnis nicht dargetan; aus "den im Recht liegenden Aktionärsbindungsverträgen" sei "keine Risikoübertragung ersichtlich"; auch enthielten die geprüften Jahresrechnungen "keinen Hinweis auf eine Treuhand".
C. Die X._ AG beantragt vor Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 19. März 2009 aufzuheben und von der Erhebung der Verrechnungssteuer abzusehen. Sie macht geltend, die Verrechnungssteuer werde von ihr gestützt auf eine falsche Auslegung von <ref-law> und damit ohne gesetzliche Grundlage erhoben.
Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
D. Mit Verfügung vom 29. Mai 2009 hat der Abteilungspräsident der Eingabe antragsgemäss aufschiebende Wirkung beigelegt.

Erwägungen:
1. Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts bezüglich der Verrechnungssteuer steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (<ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Eingabe der hierzu legitimierten Beschwerdeführerin ist einzutreten (vgl. die Art. 89 Abs. 1, 110 und 42 BGG). Da diese nicht mehr geltend macht, die eigenen Aktien lediglich fiduziarisch gehalten bzw. diese treuhänderisch übernommen zu haben (vgl. hierzu das Urteil 2A.9/2005 vom 27. Oktober 2005 E. 2.3, publ. in: RDAF 2008 II 266 ff.), bildet nur noch die Frage Verfahrensgegenstand, wie <ref-law> beim Erwerb von vinkulierten Namenaktien auszulegen ist.
2. 2.1 Der Bund erhebt gestützt auf <ref-law> unter anderem eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens (<ref-law>) und insbesondere auf Zinsen, Renten, Gewinnanteilen und sonstigen Erträgen der von einem Inländer ausgegebenen Aktien (<ref-law>). Der Erwerb eigener Beteiligungsrechte galt bis zur Unternehmenssteuerreform von 1997 als verrechnungssteuerpflichtige direkte Teilliquidation, soweit damit im Hinblick auf eine beabsichtigte Kapitalherabsetzung über den Nennwert der Titel hinaus eine Entreicherung der Gesellschaft (Ausschüttung von Reserven einschliesslich zurückbehaltener Gewinne) verbunden war (vgl. zum Begriff der Teilliquidation auch: MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I/2a, 2. Aufl., 2008, N. 87 ff. zu <ref-law>). Den bestehenden Beweisschwierigkeiten bei "verkappten" Teilliquidationen, d.h. solchen, bei denen die Gesellschaft darauf verzichtet, das in der Bilanz ausgewiesene Kapital ihrem Rückkauf entsprechend auf den de facto reduzierten Stand herabzusetzen, trug die Praxis mit der Einführung von Haltefristen Rechnung: Die Eidgenössische Steuerverwaltung behandelte den Erwerb eigener Beteiligungsrechte verrechnungssteuerrechtlich als Teilliquidation, wenn diese nicht innert Jahresfrist mindestens zum Anschaffungspreis wieder veräussert wurden. Im Jahre 1995 dehnte sie den Zeitraum auf zwei Jahre aus; bei Publikumsgesellschaften, die regelmässig mit eigenen Beteiligungsrechten handelten und während mehreren aufeinanderfolgenden Jahren eine derartige Bilanzposition auswiesen, sah sie zudem von der Besteuerung ab, falls gestützt auf den Anhang zur Bilanz ein tatsächlicher Handel nachgewiesen war (vgl. BBl 1997 II 1164 Ziff. 251 S. 1197 f.; KS EStV Nr. 25, Ziff. 2.2; CONRAD STOCKAR, Gesetzliche Regelung des Erwerbs eigener Aktien, in: ASA 66 S. 685 ff.; VON AH/DUSS, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2005, N. 8 ff. zu <ref-law>).
2. 2.1 Der Bund erhebt gestützt auf <ref-law> unter anderem eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens (<ref-law>) und insbesondere auf Zinsen, Renten, Gewinnanteilen und sonstigen Erträgen der von einem Inländer ausgegebenen Aktien (<ref-law>). Der Erwerb eigener Beteiligungsrechte galt bis zur Unternehmenssteuerreform von 1997 als verrechnungssteuerpflichtige direkte Teilliquidation, soweit damit im Hinblick auf eine beabsichtigte Kapitalherabsetzung über den Nennwert der Titel hinaus eine Entreicherung der Gesellschaft (Ausschüttung von Reserven einschliesslich zurückbehaltener Gewinne) verbunden war (vgl. zum Begriff der Teilliquidation auch: MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I/2a, 2. Aufl., 2008, N. 87 ff. zu <ref-law>). Den bestehenden Beweisschwierigkeiten bei "verkappten" Teilliquidationen, d.h. solchen, bei denen die Gesellschaft darauf verzichtet, das in der Bilanz ausgewiesene Kapital ihrem Rückkauf entsprechend auf den de facto reduzierten Stand herabzusetzen, trug die Praxis mit der Einführung von Haltefristen Rechnung: Die Eidgenössische Steuerverwaltung behandelte den Erwerb eigener Beteiligungsrechte verrechnungssteuerrechtlich als Teilliquidation, wenn diese nicht innert Jahresfrist mindestens zum Anschaffungspreis wieder veräussert wurden. Im Jahre 1995 dehnte sie den Zeitraum auf zwei Jahre aus; bei Publikumsgesellschaften, die regelmässig mit eigenen Beteiligungsrechten handelten und während mehreren aufeinanderfolgenden Jahren eine derartige Bilanzposition auswiesen, sah sie zudem von der Besteuerung ab, falls gestützt auf den Anhang zur Bilanz ein tatsächlicher Handel nachgewiesen war (vgl. BBl 1997 II 1164 Ziff. 251 S. 1197 f.; KS EStV Nr. 25, Ziff. 2.2; CONRAD STOCKAR, Gesetzliche Regelung des Erwerbs eigener Aktien, in: ASA 66 S. 685 ff.; VON AH/DUSS, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2005, N. 8 ff. zu <ref-law>).
2.2 2.2.1 Im Rahmen der Unternehmenssteuerreform von 1997 regelte der Gesetzgeber die Problematik der verrechnungssteuerrechtlichen Folgen des Erwerbs eigener Beteiligungsrechte neu: Nach <ref-law> unterliegt seither die Differenz zwischen dem Erwerbspreis und dem einbezahlten Nennwert der eigenen Beteiligungsrechte der Verrechnungssteuer, falls eine Gesellschaft sie gestützt auf einen Beschluss über die Herabsetzung des Kapitals oder im Hinblick auf eine Herabsetzung ihres Kapitals erwirbt; dasselbe gilt, "soweit der Erwerb eigener Beteiligungsrechte den Rahmen von Art. 659 oder 783 des Obligationenrechts überschreitet" (<ref-law>). Erwirbt die Gesellschaft im Rahmen von Art. 659 (bzw. Art. 783) des Obligationenrechts eigene Beteiligungsrechte, ohne anschliessend ihr Kapital herabzusetzen, gilt Art. 4a Absatz 1 VStG, "wenn die Gesellschaft oder die Genossenschaft diese Beteiligungsrechte nicht innerhalb von sechs Jahren wieder veräussert" und damit einen negotiablen Gegenwert realisiert (<ref-law>; STOCKAR, a.a.O., S. 687 f.; REICH, a.a.O., N. 87 ff. zu <ref-law>). Nach <ref-law> darf eine Gesellschaft eigene Aktien erwerben, wenn frei verwendbares Eigenkapital in der Höhe der dafür nötigen Mittel vorhanden ist und der gesamte Nennwert dieser Aktien 10 Prozent des Aktienkapitals nicht übersteigt (Abs. 1). Werden im Zusammenhang mit einer Übertragungsbeschränkung Namenaktien erworben, so beträgt die Höchstgrenze 20 Prozent. Die über 10 Prozent des Aktienkapitals hinaus erworbenen Aktien sind in diesem Fall innert zweier Jahre zu veräussern oder durch eine Kapitalherabsetzung zu vernichten (Abs. 2).
2.2.2 Beim Rückkauf eigener Beteiligungsrechte bestehen steuerrechtlich demnach zwei unterschiedlich geregelte Situationen: Der Erwerb eigener Beteiligungsrechte stellt immer eine unmittelbare bzw. unbedingte Teilliquidation dar, falls die Gesellschaft die Beteiligungsrechte zum Zweck der (zivilrechtlichen) Kapitalherabsetzung zurückkauft oder die prozentual zulässigen Limiten von Art. 659 Abs. 1 und 2 OR überschreitet, d.h. mehr als 10 Prozent und bei vinkulierten Namenaktien mehr als 20 Prozent der Beteiligungsrechte kauft (<ref-law>; JAUSSI/GHIELMETTI, Die eidg. Verrechnungssteuer, 2007, S. 41; VON AH/DUSS, a.a.O, N. 28 ff. zu <ref-law>). Was diese Werte übersteigt, löst unverzüglich, d.h. bereits im Zeitpunkt des Rückkaufs, die Steuerfolgen einer Teilliquidation aus (KS EStV Nr. 5: Unternehmenssteuerreform 1997 - Neuregelung des Erwerbs eigener Beteiligungsrechte, Ziff. 2.1). Eine mittelbare bzw. suspensiv bedingte Teilliquidation liegt vor, falls die zurückkaufende Gesellschaft oder Genossenschaft zwar die Prozentlimiten von <ref-law> respektiert, die Beteiligungsrechte jedoch nicht innerhalb der steuerlich zulässigen Haltefristen wieder veräussert (VON AH/DUSS, a.a.O., N. 50 ff. zu <ref-law>). Diese betragen nach Ansicht der Eidgenössischen Steuerverwaltung für die ersten 10 Prozent der zurückgekauften Beteiligungsrechte sechs Jahre und bei vinkulierten Aktien für den Anteil von 10 bis 20 Prozent zwei Jahre. Zu den vinkulierten Namenaktien hält das Kreisschreiben Nr. 5 als Konsequenz hieraus fest, dass deren Rückkauf im Zusammenhang mit einer Kapitalherabsetzung immer zur Besteuerung nach <ref-law> führe. Komme es zu keiner Kapitalherabsetzung, unterliege der Erwerb der ersten zehn Prozent der Regelung von <ref-law>, womit eine Besteuerung erst nach Ablauf der Haltefrist von sechs Jahren vorzunehmen sei. Für den Erwerb weiterer vinkulierter Namenaktien gelte es hingegen zu unterscheiden: Die zweiten zehn Prozent gelangten nach Ablauf der zweijährigen Frist gemäss <ref-law> zur Besteuerung, während bei jedem Erwerb, der 20 Prozent übersteige, unverzüglich, d.h. bereits im Zeitpunkt des Rückkaufs, gestützt auf <ref-law> die Verrechnungssteuer geschuldet sei (Ziff. 2.1).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass sie am 30. März 2003 über 190 eigene vinkulierte Aktien (12.66 % des Aktienkapitals) verfügt und damit nicht innerhalb der nach <ref-law> gebotenen zwei Jahren (ab März 2001) ihren Eigenbestand auf weniger als 10 Prozent reduziert hat. Sie macht indessen geltend, für die Praxis der EStV, dass zwischen 10 und 20 Prozent der im Eigenbestand gehaltenen vinkulierten Aktien die obligationenrechtliche Haltefrist von zwei Jahren gelte, fehle eine gesetzliche Grundlage. Wortlaut und Systematik von <ref-law> zeigten klar, dass mit "Rahmen von <ref-law>" (nur) die quantitativen Schranken beim Erwerb der eigenen Aktien gemeint seien, d.h. die 10 %- bzw. die 20 %-Schranke. Würden diese Quoten eingehalten, gelte <ref-law>. Die Limitierung auf die aktienrechtliche Zweijahresfrist zum Abbau der selbstgehaltenen vinkulierten Namenaktien auf 10 Prozent lasse sich <ref-law> nicht entnehmen. Aus den Materialien ergäben sich keine Hinweise darauf, dass steuerrechtlich diesbezüglich ein Unterschied zwischen den "normalen" Aktien und den vinkulierten Namenaktien gemacht werden sollte. Die Länge der Haltefrist von sechs Jahren beruhe auf praktischen und wirtschaftlichen Erwägungen. Da sich weder im Wortlaut von <ref-law> noch in den Materialien ein Hinweis auf die handelsrechtliche Zweijahresfrist finde, sei diese vom Normzweck nicht gedeckt. Der Steuergesetzgeber habe autonom - ohne Rückgriff auf das Zivilrecht - entschieden, wann von einer Teilliquidationsfiktion auszugehen sei, solange sich der Bestand an eigenen Aktien innerhalb der aktienrechtlichen Quoten bewege. Die für Steuerzwecke massgebliche Haltefrist sei mithin "abschliessend" in <ref-law> geregelt.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass sie am 30. März 2003 über 190 eigene vinkulierte Aktien (12.66 % des Aktienkapitals) verfügt und damit nicht innerhalb der nach <ref-law> gebotenen zwei Jahren (ab März 2001) ihren Eigenbestand auf weniger als 10 Prozent reduziert hat. Sie macht indessen geltend, für die Praxis der EStV, dass zwischen 10 und 20 Prozent der im Eigenbestand gehaltenen vinkulierten Aktien die obligationenrechtliche Haltefrist von zwei Jahren gelte, fehle eine gesetzliche Grundlage. Wortlaut und Systematik von <ref-law> zeigten klar, dass mit "Rahmen von <ref-law>" (nur) die quantitativen Schranken beim Erwerb der eigenen Aktien gemeint seien, d.h. die 10 %- bzw. die 20 %-Schranke. Würden diese Quoten eingehalten, gelte <ref-law>. Die Limitierung auf die aktienrechtliche Zweijahresfrist zum Abbau der selbstgehaltenen vinkulierten Namenaktien auf 10 Prozent lasse sich <ref-law> nicht entnehmen. Aus den Materialien ergäben sich keine Hinweise darauf, dass steuerrechtlich diesbezüglich ein Unterschied zwischen den "normalen" Aktien und den vinkulierten Namenaktien gemacht werden sollte. Die Länge der Haltefrist von sechs Jahren beruhe auf praktischen und wirtschaftlichen Erwägungen. Da sich weder im Wortlaut von <ref-law> noch in den Materialien ein Hinweis auf die handelsrechtliche Zweijahresfrist finde, sei diese vom Normzweck nicht gedeckt. Der Steuergesetzgeber habe autonom - ohne Rückgriff auf das Zivilrecht - entschieden, wann von einer Teilliquidationsfiktion auszugehen sei, solange sich der Bestand an eigenen Aktien innerhalb der aktienrechtlichen Quoten bewege. Die für Steuerzwecke massgebliche Haltefrist sei mithin "abschliessend" in <ref-law> geregelt.
3.2 3.2.1 Die Argumentation überzeugt nicht: Zwar wird - wie das Bundesgericht bereits ausgeführt hat (Urteil 2A.9/2005 vom 27. Oktober 2005 E. 2.2, in: RDAF 2008 II 266 ff.) - die undifferenzierte steuerliche "Teilliquidations- bzw. Entreicherungsfiktion" von <ref-law> (bzw. von Art. 20 Abs. 1 lit. c des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]) in der Doktrin kritisiert, doch hat der Gesetzgeber das Überschreiten der obligationenrechtlichen Obergrenzen "als unbedingten Teilliquidationstatbestand" gesetzlich verankert (VON AH/DUSS, a.a.O., N. 39 zu <ref-law>; vgl. zu den Kritiken: VON AH/DUSS, a.a.O., N. 28 ff. zu <ref-law>; BUCHSER/JAUSSI, Zivil- und steuerrechtliche Probleme beim direkten und indirekten Rückkauf eigener Aktien, in: ASA 70 S. 619 ff., insbesondere S. 642 ff.). Er hat bei der steuerrechtlichen Regelung des Erwerbs eigener Aktien, der aus seiner Sicht immer eine "Entreicherung der AG" bewirkt (BBl 1997 II 1164 ff. Ziff. 251 S. 1197), eine einfache Lösung angestrebt, die den Bedürfnissen der Wirtschaft Rechnung trägt, gleichzeitig aber auch dem Interesse der Steuerbehörden an einem effizienten Vollzug entgegenkommt. Der Gesetzgeber hat es in diesem Rahmen - abweichend von gewissen Vorschlägen im Vernehmlassungsverfahren - abgelehnt, auf die Motive für den Rückkauf abzustellen, da dies mit "heiklen Abgrenzungsfragen" verbunden wäre, den Vollzug "sehr aufwendig" gestalten würde und der Rechtssicherheit nicht dienlich erschiene (vgl. BBl 1997 II 1165 ff. Ziff. 251 S. 1198). Bei der Anwendung von <ref-law> ist deshalb nicht noch einmal zu prüfen, ob das gewählte Vorgehen wirtschaftlich tatsächlich zu einer Entreicherung der Gesellschaft führt und aus welchen Gründen es zum Rückkauf der eigenen Aktien gekommen ist (Urteil 2A.9/2005 vom 27. Oktober 2005 E. 2.2, in: RDAF 2008 II S. 266 ff.).
3.2.2 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin regelt <ref-law> die verrechnungssteuerrechtliche Rechtsfolge aller Tatbestände, bei denen die handelsrechtlichen Vorgaben von <ref-law> nicht eingehalten sind, da die Gesellschaft mit dem Rückkauf der eigenen Aktien - so der Bundesrat in seiner Botschaft - nichts erwirbt, "das nicht schon ihr gehörte" (BBl 1997 1164 ff. Ziff. 251 S. 1197). Die Bestimmung erfasst nicht nur den Erwerb der eigenen Papiere, sondern auch deren anschliessendes Halten. Ein Verstoss gegen die entsprechenden Vorgaben löst die (unwiderlegbare) steuerrechtliche Fiktion der Teilliquidation aus. Der Verweis in Absatz 2 von <ref-law>, wonach Abs. 1 "sinngemäss" gilt, verdeutlicht das Prinzip von Grundsatz und Ausnahme: Absatz 1 sieht die sofortige Besteuerung vor, falls der Rahmen von <ref-law> nicht eingehalten ist; Absatz 2 erfasst jene Fälle, in denen der Erwerb der eigenen Aktien zwar handelsrechtlich korrekt erfolgt ist und die Titel auch handelsrechtskonform gehalten werden, es - in Abweichung vom OR - nach Ablauf der 6jährigen Haltedauer dennoch zur Besteuerung kommen soll (so auch PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl., 2009, § 4 N. 322 und 326; JAUSSI/GHIELMETTI, a.a.O., S. 41 f. und 100 f.; OBERSON/MERLINO, Le traitement fiscal du rachat par une société de ses propres actions, in: Journée 1999 de droit bancaire et financier, Bern 2000, S. 77 ff., dort S. 84 f.).
3.2.3 Die verrechnungssteuerrechtliche Regelung in <ref-law> verweist generell auf <ref-law>, somit auch auf die dort verankerte Pflicht, die über 10 Prozent des Aktienkapitals hinaus erworbenen eigenen Aktien mit Übertragungsbeschränkungen innert zweier Jahre zu veräussern oder durch Kapitalherabsetzung zu vernichten. Für die von der Beschwerdeführerin vertretene Auffassung, <ref-law> verweise nur teilweise, nämlich bezüglich der Quoten, nicht jedoch bezüglich des in <ref-law> vorgesehenen Abbaus, auf die handelsrechtliche Regelung, bestehen keine Anhaltspunkte. Der Wortlaut von <ref-law> spricht eher hiergegen. Zwar vertreten VON AH/DUSS die Ansicht, dass <ref-law> die Zweijahresfrist nicht erwähne und gerade nicht auf <ref-law> verweise, woraus sie ableiten, dass deren Verletzung keinen suspensiv bedingten Teilliquidationstatbestand bilde, weshalb ausschliesslich die sechsjährige Haltefrist zur Anwendung komme (a.a.O., N. 54 zu <ref-law>). Die Argumentation ist indessen nicht zwingend: Indem der Gesetzgeber generell auf <ref-law> verwiesen hat, ist vielmehr davon auszugehen, dass er damit auch dessen Satz 2 von Absatz 2 in die steuerrechtliche Gesetzgebung einbezogen und zu deren Bestandteil gemacht hat. Hätte der Gesetzgeber in diesem Punkt abweichend von der handelsrechtlichen Regelung entscheiden wollen, hätte er dies ausdrücklich so formuliert, nachdem er grundsätzlich davon ausgegangen ist, dass aus steuerrechtlicher Sicht jeder Rückkauf eigener Aktien eine Entreicherung der Gesellschaft und steuerrechtlich dementsprechend eine Teilliquidation darstellt (vgl. BBl 1997 1164 ff. Ziff. 251 S. 1197). Trotz der von der Beschwerdeführerin beanstandeten Regelung im Rundschreiben Nr. 5 der Eidgenössischen Steuerverwaltung hat der Gesetzgeber im Rahmen der Anpassung von <ref-law> bei der Revision des GmbH-Rechts vom 16. Dezember 2005 (in Kraft seit 1. Januar 2008) denn auch keine Veranlassung gesehen, hinsichtlich der verrechnungssteuerrechtlichen Konsequenzen bei der Missachtung der Rückführungspflicht auf 10 % die Praxis der Steuerverwaltung zu korrigieren (vgl. BBl 2002 3148 Ziff. 2.1.1.13 S. 3183).
3.2.4 Für deren kritisierte Auslegung sprechen neben dem Wortlaut, der Systematik und der Entstehungsgeschichte auch Sinn und Zweck der Regelung sowie die Einheitlichkeit der Rechtsordnung: <ref-law> erfasst grundsätzlich verrechnungssteuerrechtlich die Teilliquidation im Zeitpunkt der effektiven Entreicherung der Gesellschaft, d.h. beim Erwerb der eigenen Aktien. Sofern handelsrechtlich grosszügigere Regeln bestehen, sollen diese auch verrechnungssteuerrechtlich gelten. Sind deren Voraussetzungen nicht mehr erfüllt, treten die verrechnungssteuerrechtlichen Folgen - bis zur Wiederherstellung des handelsrechtlich Gebotenen - sofort ein (Abs. 1). Es entspricht nicht dem Zweck von <ref-law>, einen handelsrechtswidrigen Sachverhalt, der ohne Sonderreglung eine unmittelbare steuerrechtliche Teilliquidation auslösen würde, trotz ausdrücklichen Hinweises auf die Regelungen in Art. 659 bzw. <ref-law> fortgelten und während zusätzlicher 4 Jahre ohne steuerrechtliche Konsequenzen zu lassen. Hieran ändert nichts, dass <ref-law> handelsrechtlich lediglich als Ordnungsvorschrift gilt und seine Verletzung in der Praxis oft sanktionslos bleibt bzw. lediglich haftungsrechtliche Folgen seitens des Verwaltungsrats nach sich zieht (vgl. MYRIAM SENN, Gesellschaftsrecht, 2001, S. 164; RITA TRIGO TRINDADE, in: Tercier/Amstutz [Hrsg.], Commentaire romand, CO II, 2008, N. 26 zu Art. 659-659a OR). <ref-law> lehnt sich mit dem Hinweis auf <ref-law> umfassend an die handelsrechtlichen Bestimmungen an und verankert nicht in Abweichung von diesen eine steuerrechtlich günstigere eigene Regelung. Im Umfang, in dem die Beschwerdeführerin nach zwei Jahren ihre zurückgekauften vinkulierten Namenaktien über 10 Prozent des Aktienkapitals nicht weiter veräussert hat, schuldet sie deshalb hierauf die von ihr eingeforderte Verrechnungssteuer (vgl. auch BÖCKLI, a.a.O., § 4 N. 322; BUCHSER/JAUSSI, a.a.O., S. 648).
4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist deshalb abzuweisen. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar