A.- Die 1929 geborene S._ ist bei der SWICA Gesundheitsorganisation (nachfolgend SWICA) obligatorisch krankenpflegeversichert. Am 29. Januar 1997 unterzog sie sich bei Dr. med. et Dr. med. dent. X._, einem ambulanten Eingriff mit postoperativer Überwachung auf der Tageschirurgie des Spitals, anlässlich welchem eine Osteotomie der Zähne 38 und 48 durchgeführt wurde.
Mit Verfügung vom 16. November 1998 lehnte die SWICA nach Beizug ihres Vertrauenszahnarztes Dr. med. dent.
Y._, die Übernahme der Kosten für diesen Eingriff im Gesamtbetrag von Fr. 1054. 65 ab. An ihrem Standpunkt hielt sie mit Einspracheentscheid vom 31. Mai 1999 fest.
B.- Mit Beschwerde liess S._ beantragen, die SWICA sei zu verpflichten, die im Einspracheentscheid vom 31. Mai 1999 abgelehnten Kosten zuzüglich der Gutachterhonorare des Dr. med. et Dr. med. dent. X._ von Fr. 98.- und Fr. 294. 50 sowie des Honorars der M._ GmbH von Fr. 2180.- zu erstatten.
Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 15. Dezember 1999 in dem Sinne gut, dass es den Einspracheentscheid der SWICA vom 31. Mai 1999 aufhob und die Sache zur ergänzenden Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts durch ein neutrales Gutachten eines Spezialarztes FMH für Kiefer- und Gesichtschirurgie und zu neuer Verfügung an die SWICA zurückwies. Es hielt zudem fest, dass die SWICA gleichzeitig über den Ersatz der Kosten der Parteigutachten im Umfang von Fr. 392. 50 zu befinden haben werde. Das Begehren um Ausrichtung einer Parteientschädigung wies es ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die SWICA, es sei Ziff. 1 des Dispositivs des Entscheids des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1999 aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung bzw. zur Durchführung der erforderlichen ergänzenden Sachverhaltsabklärungen an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückzuweisen. Insbesondere sei anzuordnen, dass das Versicherungsgericht des Kantons Aargau allfällige weitere Expertisen selber einzuholen habe. Eventualiter sei Ziff. 1 des Dispositivs des vorinstanzlichen Entscheids in dem Sinne zu berichtigen, dass die Rückweisung an die Beschwerdegegnerin "zur ergänzenden Abklärung des rechtserheblichen Sachverhaltes durch ein Gutachten eines geeigneten Spezialisten" erfolge.
S._ hat zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht Stellung genommen. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D.- Am 28. März 2000 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht eine Expertengruppe mit der Erstellung eines zahnmedizinischen Grundsatzgutachtens im Zusammenhang mit der Leistungspflicht der Krankenkassen bei zahnärztlichen Behandlungen beauftragt. Um sicherzustellen, dass keine Widersprüche in der Rechtsprechung zu den Leistungsbestimmungen der Verordnung über Leistungen in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (Krankenpflege-Leistungsverordnung [KLV]) ergehen, wurde neben anderen Beschwerdeverfahren auch das vorliegende Verfahren mit Verfügung vom 3. April 2000 sistiert. Das Grundsatzgutachten ging am 31. Oktober 2000 beim Gericht ein und wurde am 16. Februar 2001 mit den Experten erörtert. Am 21. April 2001 erstellten die Experten einen Ergänzungsbericht.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nachdem das Grundsatzgutachten erstellt ist, kann die Sistierung des vorliegenden Verfahrens aufgehoben werden.
2.- a) Die Leistungen, deren Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung bei Krankheit zu übernehmen sind, werden in Art. 25 des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung (KVG) in allgemeiner Weise umschrieben.
Im Vordergrund stehen die Leistungen der Ärzte und Ärztinnen, dann aber auch der Chiropraktoren und Chiropraktorinnen sowie der Personen, die im Auftrag von Ärzten und Ärztinnen Leistungen erbringen.
Die zahnärztlichen Leistungen sind in der genannten Bestimmung nicht aufgeführt. Die Kosten dieser Leistungen sollen im Krankheitsfalle der obligatorischen Krankenpflegeversicherung - wie die Vorinstanz zutreffend darlegt - nur in eingeschränktem Masse überbunden werden, nämlich wenn die zahnärztliche Behandlung durch eine schwere, nicht vermeidbare Erkrankung des Kausystems (<ref-law>) oder durch eine schwere Allgemeinerkrankung oder ihre Folgen bedingt (<ref-law>) oder zur Behandlung einer schweren Allgemeinerkrankung oder ihrer Folgen notwendig ist (<ref-law>).
b) Gestützt auf Art. 33 Abs. 2 und 5 KVG in Verbindung mit Art. 33 lit. d der Verordnung über die Krankenversicherung (KVV) hat das Departement - wie das kantonale Gericht ebenfalls zutreffend darlegt - in der KLV zu jedem der erwähnten Unterabsätze von <ref-law> einen eigenen Artikel erlassen, nämlich zu lit. a den <ref-law>, zu lit. b den <ref-law> und zu lit. c den <ref-law>. In <ref-law> werden die schweren, nicht vermeidbaren Erkrankungen des Kausystems aufgezählt, bei denen daraus resultierende zahnärztliche Behandlungen von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmen sind. In <ref-law> werden die schweren Allgemeinerkrankungen und ihre Folgen aufgelistet, die zu zahnärztlicher Behandlung führen können und deren Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu tragen sind. In <ref-law> schliesslich hat das Departement die schweren Allgemeinerkrankungen aufgezählt, bei denen die zahnärztliche Massnahme notwendiger Bestandteil der Behandlung darstellt.
c) In <ref-ruling> hat das Eidgenössische Versicherungsgericht entschieden, dass die in Art. 17-19 KLV erwähnten Erkrankungen, welche von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmende zahnärztliche Behandlungen bedingen, abschliessend aufgezählt sind. Daran hat es in ständiger Rechtsprechung festgehalten (<ref-ruling> Erw. 3a und 343 Erw. 3b).
3.- Unbestritten und aus den Akten ersichtlich ist, dass sich die Beschwerdegegnerin am 29. Januar 1997 bei Dr.
med. et Dr. med. dent. X._ einer Osteotomie der Zähne 38 und 48 unterzog, wobei diese Behandlung mit Fr. 1054. 65 in Rechnung gestellt worden ist. Streitig ist, ob diese Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmen sind.
4.- a) Die Krankenkasse ersuchte vor Verfügungserlass Dr. med. et Dr. med. dent. X._ zwecks Abklärung der Leistungspflicht um nähere Angaben zur Behandlung der Versicherten.
Der Facharzt legte im Schreiben vom 9. Dezember 1997 dar, es habe sich um pericoronale Infekte und Zysten bei verlagerten Weisheitszähnen im Unterkiefer beidseits gehandelt. Die histopathologische Untersuchung habe den Befund von knochenhaltigen Wandstücken follikulärer Zysten der Kiefergegend beidseits mit derzeit deutlicher entzündlicher Aktivität ergeben. Der Eingriff sei in Allgemeinnarkose ambulant an der Tageschirurgie des Spitals erfolgt.
Die Kriterien bezüglich Krankheitswert für eine Pflichtleistung seien erfüllt. Gleichzeitig seien im Rahmen einer Herdabklärung mehrere beherdete Zähne extrahiert worden, wobei es sich dabei um Nichtpflichtleistungen handle.
b) Die Krankenkasse verneinte in ihrer Verfügung vom 16. November 1998 eine Leistungspflicht. Zur Begründung verwies sie im wesentlichen auf die Stellungnahme ihres Vertrauenszahnarztes vom 9. Mai 1998, wonach es sich bei der Extraktion der Zähne 38 und 48 nicht um eine Pflichtleistung handle, da erstens die Zähne nicht verlagert seien und zweitens die histopathologische Untersuchung des Zahnsäckchens immer die Diagnose "Zyste" ergebe. Auf Einsprache hin hat die Krankenkasse die Sache Dr. P._, Zentrum für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde der Universität, unterbreitet.
Dieser stellte am 11. März 1999 die Diagnose "retinierter 48 mit chronischem perokoronarem Infekt, retinierter 38". Er hielt fest, weitere Aussagen seien nur mit klinischem Befund möglich, und wies darauf hin, dass er keine Anzeichen einer Zyste erkennen könne. Nachdem Dr.
med. et Dr. med. dent. X._ der Beschwerdeführerin seine medizinischen Unterlagen trotz mehrerer Anfragen nicht zukommen liess, hielt diese mit Einspracheentscheid vom 31. Mai 1999 an der Ablehnung ihrer Leistungspflicht fest. Zur Begründung wies sie darauf hin, dass es sich auch laut Dr. P._ nicht um verlagerte, sondern um retinierte Weisheitszähne handle, deren Behandlung nicht kassenpflichtig sei. Zudem habe der beigezogene Spezialist keine Anzeichen einer Zyste erkennen können, wobei darüber einzig der nicht herausgegebene Operationsbericht weiteren Aufschluss liefern könnte.
c) Die Vorinstanz weist auf die Notwendigkeit der Unterscheidung zwischen zahnärztlichen und ärztlichen Behandlungen hin. Zudem legt sie dar, dass die Begriffe Zahnverlagerung und Zahnretention synonym verwendet würden, weshalb die Voraussetzung der Verlagerung der Zähne 38 und 48 als erwiesen zu betrachten sei. Die streitigen Rechnungen beinhalteten jedoch zur Hauptsache Kosten im Zusammenhang mit der direkten Behandlung von Zysten. Da sich die medizinischen Akten hinsichtlich des Vorliegens von Zysten gegensätzlich äusserten, könne der Fall nicht abschliessend beurteilt werden. Das kantonale Gericht weist daher die Sache an die Krankenkasse zurück mit dem Auftrag, ein unabhängiges Gutachten einzuholen zur Frage, ob follikuläre Zysten mit Krankheitswert vorgelegen haben.
5.- Der Vorinstanz ist zunächst darin beizupflichten, dass für die Frage der Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zwischen ärztlichen und zahnärztlichen Behandlungen zu unterscheiden ist. Sowohl <ref-law> wie auch die Art. 17 - 19 KLV sprechen von "zahnärztlichen Behandlungen", die durch bestimmte Erkrankungen bedingt sind oder die Behandlung bestimmter Erkrankungen unterstützen. Zahnärztliche Behandlungen einerseits und die Erkrankungen andererseits stehen in einer Wechselwirkung.
Die von der sozialen Krankenversicherung zu übernehmenden zahnärztlichen Behandlungen müssen entweder die Folge ("bedingt") und die bestimmten Erkrankungen die Ursache sein (Art. 17 und 18 KLV) oder die zahnärztlichen Behandlungen müssen die Behandlung bestimmter Erkrankungen unterstützen (<ref-law>). Keineswegs verhält es sich so, dass die Behandlungen aller aufgeführten Erkrankungen zu zahnärztlichen Behandlungen geworden sind. <ref-law> in Verbindung mit Art. 17 - 19 KLV regeln somit nur die Kostenübernahme von zahnärztlichen Behandlungen, nicht diejenige der damit in Zusammenhang stehenden Erkrankungen des Kausystems oder der Allgemeinerkrankungen (zur Publikation in der Amtlichen Sammlung vorgesehenes Urteil M. vom 28. März 2002, K 84/00).
6.- Soweit zahnärztliche Behandlungen im Zusammenhang mit einer Erkrankung des Kausystems zur Diskussion stehen, ist darauf hinzuweisen, dass in <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> die schweren, nicht vermeidbaren Erkrankungen des Kausystems aufgezählt werden, bei denen daraus resultierende zahnärztliche Behandlungen von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmen sind. Die Enumeration dieser Krankheiten wird gegliedert.
In lit. a werden die Erkrankungen der Zähne genannt, in lit. b die Erkrankungen des Zahnhalteapparates (Parodontopathien), in lit. c die Erkrankungen des Kieferknochens und der Weichteile, in lit. d die Erkrankungen des Kiefergelenkes und des Bewegungsapparates, in lit. e die Erkrankungen der Kieferhöhle und in lit. f die Dysgnathien, die zu Störungen mit Krankheitswert führen.
a) Die Umschreibung der Erkrankungen in <ref-law> ist unterschiedlich. So begnügt sich der Verordnungsgeber teils mit einzelnen Krankheitsbezeichnungen wie etwa der Kiefergelenksarthrose (<ref-law>) oder der Mund-Antrumfistel (<ref-law>), teils verwendet er Umschreibungen wie in <ref-law>, wo ihm die Begriffe "Verlagerung und Überzahl von Zähnen und Zahnkeimen" für sich allein zu unbestimmt erscheinen, sodass er nur solche darunter verstanden wissen will, die "Krankheitswert (z.B. Abszess, Zyste)" erreichen. Damit stellt sich die Frage, ob dieser Krankheitswert ein anderer ist als jener Krankheitswert, der nach <ref-law> zur allgemeinen Voraussetzung dafür erhoben wird, dass die aus den in dieser Bestimmung aufgezählten Erkrankungen des Kausystems hervorgehenden Zahnleiden in den Leistungsbereich der sozialen Krankenversicherung fallen. Weiter ist danach zu fragen, ob der Krankheitswert, wie er in <ref-law> allgemein oder in dessen lit. a Ziff. 2 bei verlagerten und überzähligen Zähnen und Zahnkeimen verwendet wird, mit dem in <ref-law> definierten Begriff der Krankheit übereinstimmt.
b) Das Gericht hat dazu die von zwei verschiedenen Berufsgruppen zur Leistungspflicht der sozialen Krankenversicherung im Sinne von <ref-law> herausgegebenen Leitfäden zu Rate gezogen (Atlas der Erkrankungen mit Auswirkungen auf das Kausystem [SSO-Atlas], herausgegeben von der Schweizerischen Zahnärzte-Gesellschaft SSO, 1996; KVG-Leitfaden, Leistungspflicht im Fachbereich Kiefer- und Gesichtschirurgie, herausgegeben von der Gesundheitspolitischen Kommission der Schweizerischen Gesellschaft für Kiefer- und Gesichtschirurgie, 1999). In der Erkenntnis, dass diese Unterlagen einerseits auf die sich stellenden Fragen wenig grundsätzliche Antworten geben und die Thematik mehr kasuistisch angehen und andererseits in vielen Einzelfragen zu unterschiedlichen Schlussfolgerungen gelangen, sowie angesichts der grossen praktischen Bedeutung mit allfällig weit reichenden finanziellen Folgen für die Versicherten und die Versicherer hat das Gericht eine Expertengruppe mit der Ausarbeitung eines Grundsatzgutachtens beauftragt. Dieses hatte die gestellten Fragen grundsätzlich, d.h. losgelöst von den anstehenden Einzelfällen, zu beantworten und so dem Gericht eine Grundlage zu bieten, welche es ihm erlaubt, den gesetzlichen Bestimmungen einen Inhalt zu geben, der auf einem zutreffenden Verständnis des der Regelung zu Grunde liegenden medizinischen Fachwissens beruht. Bei den drei Mitgliedern der Expertengruppe handelt es sich um PD Dr. med. dent. Urs Gebauer, Klinik für Kieferorthopädie, Bern, Dr. med. dent. Martin Chiarini, Ecole de Médecine Dentaire, Genève, und Dr. med. dent. Wanda Gnoinski, Klinik für Kieferorthopädie, Zürich. Diese Experten durften andere Fachpersonen kontaktieren.
c) Gestützt auf das Grundsatzgutachten vom 31. Oktober 2000 und den Ergänzungsbericht vom 21. April 2001 sieht das Gericht im Krankheitswert, der nach <ref-law> bei den aus allen darin aufgeführten Erkrankungen hervorgehenden Zahnleiden erreicht sein muss, damit die Behandlung der Leistungspflicht unterliegt, einen gegenüber dem allgemein definierten Begriff der Krankheit gemäss <ref-law> qualifizierten Begriff. Ihm kommt Abgrenzungsfunktion zu in dem Sinne, dass er das Mass der Schwere der Erkrankung als Voraussetzung für die Leistungspflicht der sozialen Krankenversicherung gemäss <ref-law> ausdrückt und so nicht schwere Leiden davon ausschliesst (vgl. <ref-ruling> Erw. 5b und 345 Erw. 6b).
7.- a) Für die streitige Behandlung der Beschwerdegegnerin ist demzufolge zunächst zu prüfen, wieweit eine zahnärztliche und wieweit eine ärztliche Behandlung vorliegt.
Während die Kosten für eine ärztliche Behandlung vom Krankenversicherer nach Massgabe des <ref-law> zu übernehmen sind, richtet sich die Kostenübernahme für zahnärztliche Behandlungen, die aus einer Erkrankung des Kausystems resultieren, nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>. Für den vorliegenden Fall gibt es in der erwähnten Verordnungsbestimmung zwei zu prüfende Anknüpfungspunkte.
So sind in <ref-law> die Verlagerung und Überzahl von Zähnen und Zahnkeimen mit Krankheitswert (z.B. Abszess, Zyste) erwähnt, wobei darunter gemäss Rechtsprechung entgegen der Auffassung der Vorinstanz nur verlagerte Zähne fallen, die von Platz und Achsenrichtung abweichen, nicht hingegen retinierte Zähne im Sinne von "noch nicht durchgebrochen", die jedoch richtig positioniert sind (vgl. nicht veröffentlichtes Urteil Z. vom 26. September 2001, K 89/98). <ref-law> erwähnt sodann die Zysten (ohne Zusammenhang mit Zahnelementen).
b) Aufgrund der zur Verfügung stehenden medizinischen Akten können die sich stellenden Fragen nicht abschliessend beurteilt werden. So verwendet Dr. med. et Dr. med. dent.
X._ die Begriffe "verlagert" und "retiniert" synonym, wohingegen sowohl der Vertrauenszahnarzt der Krankenkasse wie auch der von ihr beigezogene Spezialist in ihren Berichten vom 9. Mai 1998 und 11. März 1999 die Auffassung vertreten, die Zähne 38 und 48 seien wohl retiniert, aber nicht verlagert. Während Dr. med. et Dr. med. dent.
X._ sodann die Diagnose follikuläre Zysten stellte, konnte Dr. P._ in den ihm zur Verfügung stehenden Unterlagen keine Anzeichen einer Zyste erkennen. Insoweit ist die Schlussfolgerung der Vorinstanz, es seien weitere Sachverhaltsabklärungen erforderlich, zutreffend. Nicht richtig ist jedoch die Rückweisung an die Krankenkasse zur ergänzenden Abklärung des rechtserheblichen Sachverhaltes.
Aus den Akten geht deutlich hervor, dass sich die Beschwerdeführerin wiederholt um Herausgabe der medizinischen Unterlagen bemüht hatte, Dr. med. et Dr. med. dent.
X._ jedoch die Auffassung vertreten hatte, er sei lediglich gehalten, dem Krankenversicherer "Angaben" zu machen, die dieser zur Beurteilung der Leistungspflicht benötige. Der Operationsbericht gehe schon darüber hinaus, ebenso die genaue Diagnose sowie die allgemeinen Unterlagen wie etwa Röntgenbilder. Mit der Rückweisung zu weiteren Sachverhaltsabklärungen stünde die Beschwerdeführerin erneut der ablehnenden Haltung des Arztes gegenüber und hätte, wie sie in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zutreffend und sorgfältig ausführt, ungenügende Handhabe, Dr. med. et Dr. med. dent. X._ zur Herausgabe der für die Erstellung eines Obergutachtens erforderlichen Unterlagen zu verpflichten. Dieses Gutachten hat deshalb die Vorinstanz selber einzuholen, stehen ihr doch die notwendigen prozessualen Mittel zur Verfügung. Dabei wird sie den Arzt, der für seine Haltung Datenschutzgründe geltend macht, darauf aufmerksam zu machen haben, dass das Gesetz dem Datenschutz sehr wohl Rechnung trägt (<ref-law>, Art. 57 Abs. 7 und 8 KVG), dass seine Meinung betreffend Herausgabe von Unterlagen an den Krankenversicherer indessen irrig sei.
Nach Ergänzung der Sachverhaltsabklärungen wird die Vorinstanz im Sinne der obigen Erwägungen über die Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu befinden haben.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Sistierung wird aufgehoben.
II.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1999 aufgehoben, und es wird
die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie
im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Leistungsanspruch
der Beschwerdegegnerin entscheide.
III. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 8. April 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: