Faits:
A. Par jugement du 2 mai 2012, le Tribunal de police d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a retenu que X._ s'est rendu coupable de dommages à la propriété et l'a condamné à une peine pécuniaire de 10 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 50 francs. Le Tribunal de police a suspendu l'exécution de la peine pécuniaire et a fixé au condamné un délai d'épreuve de deux ans. Il a reconnu ce dernier débiteur de A._ de la somme de 2'540 francs 20.
B. Le 13 septembre 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a confirmé le jugement du Tribunal de police, constatant que X._ avait donné un coup de cutter dans la capote du cabriolet de A._, son ancienne compagne. En bref, elle a considéré comme établis les faits suivants.
Le 15 avril 2010 aux alentours de 21h00, à Suchy, A._ s'est installée dans son véhicule afin de se rendre à Genève. X._ a alors parqué sa voiture dans la cour de l'immeuble dont les précités sont copropriétaires, de manière à empêcher A._ d'en sortir. Il a transporté des cartons entre son dépôt et sa voiture, passant à plusieurs reprises à côté de la voiture de son ex-amie, muni d'un cutter. A._ a pris peur et elle a téléphoné à son voisin, B._, qui est sorti pour observer depuis son jardin ce qui se passait, en particulier les allées et venues de X._. A un certain moment, A._ l'a vu lever le bras, le cutter à la main, en passant à côté de sa voiture. Après le départ de X._, B._ et A._ ont constaté que la capote de la voiture présentait une déchirure dont il a été établi qu'elle avait été causée volontairement, et non par accident.
C. X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à son acquittement, à l'annulation du jugement de la Cour d'appel pénale ainsi qu'à une indemnité de 4'000 francs à titre de participation pour ses frais de défense. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Sous couvert d'une violation des droits de la défense, le recourant se plaint du refus de la cour d'appel pénale de procéder à l'audition des témoins C._ et D._, dont les dépositions seraient lacunaires. L'audition du premier aurait permis de déterminer l'heure à laquelle l'intimée l'avait rencontré à l'aéroport de Genève. Le second aurait pu confirmer qu'elle s'était présentée au poste de police en compagnie du témoin C._, et non du témoin B._. Il critique également le refus du Procureur de ne pas avoir donné suite à certaines réquisitions de preuve, dont l'établissement du jour et de l'heure de l'arrivée du témoin C._. Enfin, il se plaint du refus de la suspension de la procédure d'appel jusqu'à l'issue de l'enquête pénale ouverte à l'encontre de l'intimée pour dommages à la propriété à la suite d'une plainte qu'il a déposée le 29 mars 2012.
1.1 Aux termes de l'<ref-law>, le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci, sous peine d'irrecevabilité. Les conclusions doivent indiquer sur quels points la décision est attaquée et quelles sont les modifications demandées (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités). Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (<ref-law>). Pour satisfaire ces exigences, la partie recourante doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi elle estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 245 s.; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 60; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). En particulier, la motivation doit se rapporter à l'objet du litige tel qu'il est circonscrit par la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 6.4 p.121). Le fait de discuter du fond de l'affaire ne satisfait pas à cette exigence lorsque l'autorité précédente n'est pas entrée en matière pour des motifs formels (<ref-ruling> consid. 1b p. 336; <ref-ruling> consid. 2 p. 135).
1.2 Autant que le recourant soutient que les preuves ont été administrées en violation des règles fédérales sur les preuves, en particulier de l'<ref-law>, sa critique est irrecevable, faute de respecter les exigences de l'<ref-law>. Il n'expose pas en quoi l'autorité cantonale, qui a partiellement rejeté sa requête en réquisition de preuve, aurait fait un usage critiquable de son pouvoir d'appréciation dans l'administration des preuves (sur cette notion, voir arrêt 6B_484/2012 du 11 décembre 2012 consid. 1.2 et les références citées) et n'expose pas davantage en quoi elle aurait dû ordonner d'office l'administration des preuves qui lui ont été refusées par le Procureur au stade de l'instruction préliminaire. Le grief est irrecevable. En tout état, on comprend de la solution de la cour cantonale qu'elle a jugé inutile de procéder à une instruction complémentaire, respectivement à une réadministration des preuves en vertu de l'art. 389 al. 2 et 3 CPP, dès lors qu'à ses yeux, les éléments de preuve à disposition étaient suffisants. Ce faisant, elle a procédé à une appréciation anticipée des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236 s.), qui ne peut être contestée devant le Tribunal fédéral qu'en invoquant et en démontrant l'arbitraire (art. 9 Cst.).
1.3 Le recourant est également irrecevable à se plaindre du refus de la cour d'appel pénale de suspendre la procédure d'appel devant elle au motif que les conditions d'application d'une suspension de procédure n'étaient pas réunies (<ref-law>), faute de toute critique établissant une violation du droit à ce propos (<ref-law>).
2. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits ainsi que de la violation du principe in dubio pro reo.
2.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si les faits ont été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, voir <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379, 138 I 49 consid. 7.1 p. 51; <ref-ruling> consid. 7 p. 82). Le Tribunal fédéral n'est en effet pas une autorité d'appel. Il n'a pas à procéder à nouveau librement à l'appréciation des preuves ou à la constatation des faits comme le fait l'autorité de première instance (arrêts 6B_118/2009 et 6B_12/2011 du 20 décembre 2011 consid. 7.2.1, non publié in <ref-ruling>). S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 560). Au stade de l'appréciation des preuves, le grief d'arbitraire se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (ATF <ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2a p. 88).
Lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant. L'appréciation des preuves doit être examinée dans son ensemble. Il n'y a pas d'arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices. De même, il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs sont fragiles, si la solution retenue peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction (arrêts 6B_689/2011 du 1er mars 2012 consid. 1.1; 6B_992/2008 du 5 mars 2009 consid. 1.2).
Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5; <ref-ruling> c. 5.1 p. 365).
2.2 Le recourant conteste s'être trouvé sur les lieux de l'infraction le jour en question. Il fait valoir que les déclarations du témoin B._ et de l'intimée ne sont pas crédibles au vu de leurs divergences et contradictions ainsi que des autres témoignages. Il ne conteste pas que la déchirure sur la capote de la voiture a été causée volontairement.
2.2.1 La cour d'appel pénale a tenu pour établie la présence du recourant sur les lieux, les déclarations de B._ et de l'intimée étant constantes sur ce point. En outre, son amie, E._, avait affirmé dans un premier temps avoir été présente à ses côtés ce jour-là et ce n'était que plus tard, rectifiant son témoignage, qu'elle avait soutenu qu'elle ne se trouvait pas sur les lieux. Or, si le témoignage de F._, fille de E._, permettait de confirmer la présence de sa mère à Saint-Barthélémy le soir des faits au motif qu'elle était venue la chercher avec le véhicule du recourant sur son lieu de travail aux alentours de 21h00, il ne permettait toutefois pas d'exclure la présence du recourant à Suchy, sur les lieux de l'infraction. Les événements avaient très bien pu se passer avant que E._ ne se rende à Saint-Bartélémy, les deux villages se situant à une courte distance et l'heure exacte des faits n'étant pas connue.
Le recourant ne tente pas de démontrer que, sur ce point, les déclarations de l'intimée ou du témoin B._, qui a constamment affirmé avoir vu le jour en question le recourant bloquer la voiture de l'intimée et soutenu que celle-ci se trouvait dans son véhicule à ce moment-là, ne sont pas crédibles. Il se borne à rediscuter, de manière appellatoire et partant irrecevable, la motivation cantonale pour affirmer qu'il était impossible que son véhicule et E._ se trouvassent en même temps à Suchy et Saint Barthélémy à 21h00. Or, contrairement à ce qu'il allègue, l'heure exacte des faits n'a pas été établie, la plaignante les ayant situés autour de 21h00 (cf. pièce 4 dossier cantonal).
2.2.2 La cour cantonale a relevé que le témoin B._, lors de sa première audition, avait affirmé avoir vu le recourant donner un coup de cutter, pour ensuite soutenir devant les juges du tribunal d'arrondissement, puis devant la cour d'appel, qu'il était certain de l'avoir vu ce soir-là déambuler avec un cutter à la main et avoir constaté les dégâts sur la capote du véhicule aussitôt après avoir rejoint l'intimée. Elle a considéré que le motif avancé par le témoin B._, à savoir l'écoulement du temps, pour expliquer les divergences dans ses déclarations, était plausible. En outre, le fait qu'il ait nuancé son propos initial en défaveur de l'intimée était une circonstance qui plaidait en faveur de sa crédibilité et allait à l'encontre de l'affirmation du recourant selon laquelle il avait pris fait et cause pour l'intimée. Il avait également admis avoir eu accès au dossier avant l'audience d'appel, ce qui attestait de sa franchise.
A l'appui de sa critique, le recourant se borne à réaffirmer que les déclarations du témoin ne sont pas crédibles, sans exposer en quoi l'appréciation de la crédibilité du témoin par la cour d'appel serait arbitraire. Quand le recourant affirme que celui-ci avait pour but de lui nuire, ou ne pouvait rien voir depuis son jardin, ou encore qu'il n'y avait plus de visibilité à 21h00, il avance des faits qui ne ressortent pas du jugement attaqué sans satisfaire aux exigences de motivation de l'<ref-law>, étant rappelé que l'heure exacte des événements n'a pas pu être précisément déterminée.
2.2.3 S'agissant de l'intimée, la cour d'appel cantonale, qui s'est également référée à la motivation du tribunal d'arrondissement, a relevé que ses déclarations n'avaient pas varié pour l'essentiel. Il était concevable que l'intimée, qui s'était rendue le soir en question au poste de la police municipale d'Yverdon-les-Bains en compagnie du témoin C._, ait été renvoyée à la gendarmerie, s'agissant de faits qui s'étaient déroulés à Suchy, où elle s'était présentée le lendemain avec le témoin B._. Elle était crédible lorsqu'elle expliquait avoir déposé plainte plus tard, sur conseil des agents de police qui lui avaient dit qu'elle avait trois mois pour porter plainte et qu'elle pouvait être conseillée par son avocat. La seule circonstance que le journal du poste de police ait mentionné qu'elle avait découvert les dommages à son véhicule à Genève ne suffisait pas à mettre en doute son affirmation selon laquelle le constat des dégâts avait eu lieu le soir même sur place, déclaration corroborée par le témoin B._ qui l'avait rejointe juste après le départ du recourant. Un tel document n'avait pas la valeur d'une audition et n'était pas signé par la plaignante. Il ne ressortait pas davantage de la déclaration du témoin C._ qu'elle se serait rendu compte du dégât à Genève seulement, comme le prétendait le recourant.
Le recourant se limite à opposer son appréciation des preuves à celle de la cour cantonale, affirmant notamment qu'il ressort des témoignages de C._ et de l'agent D._ que le constat des dégâts par l'intimée a eu lieu à Genève seulement. Un tel procédé est irrecevable. Outre le fait que cette circonstance n'est pas susceptible d'établir l'arbitraire dans l'appréciation de l'ensemble des preuves qui ont conduit la cour d'appel à retenir que le recourant était l'auteur du dommage incriminé, le recourant se méprend sur la portée du témoignage de C._ qui s'est borné à déclarer qu'après avoir constaté le dégât sur la voiture de l'intimée, celle-ci lui avait répondu que ce ne pouvait qu'être le fait du recourant. C'est donc sans arbitraire que la cour cantonale a inféré de cette déclaration que l'on ne pouvait en tirer la conclusion que l'intimée aurait vu le dégât seulement à ce moment-là. Le recourant ne discute pas davantage la motivation cantonale selon laquelle le journal d'un poste de police qui n'est pas signé par le déclarant n'a pas la valeur d'une audition, en sorte qu'il n'était donc pas exclu que le gendarme ait mal compris ou mal retranscrit les propos de l'intimée sur le moment de la découverte des dégâts et n'ait pas noté qui l'avait accompagnée ce jour-là.
2.3 En définitive, au vu de l'ensemble des éléments pris en compte, dont la constatation non contestée par le recourant que la déchirure de la capote de la voiture de l'intimée avait été causée volontairement, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en retenant que les déclarations de l'intimée et du principal témoin étaient crédibles et a considéré que les faits qu'elle avait dénoncés étaient suffisamment établis. Le grief d'arbitraire est rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
3. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à se déterminer (<ref-law>) ni au Ministère public (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 février 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben