Sachverhalt:
A. Mit Ausschreibung im kantonalen Amtsblatt vom 11. Mai 2011 eröffnete das Tiefbauamt des Kantons Bern ein Submissionsverfahren für die Ausführung von Bauarbeiten am Ostast der N5-Umfahrung Biel, Verzweigung Brüggmoos. Es wurden fünf Angebote eingereicht, darunter dasjenige der X._ AG, Y._ AG und Z._ AG. Am 10. Oktober 2011 verfügte das Tiefbauamt den Ausschluss dieses Angebots, weil es in mehreren Punkten nicht den Ausschreibungskriterien entspreche.
B. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern wies am 6. Januar 2012 die dagegen erhobene Beschwerde der drei genannten Unternehmen ab. Sie erwog, es seien entgegen den Ausschreibungskriterien Leistungen pauschal anstatt zu Preisen pro Mengeneinheit offeriert worden; schon deshalb sei der Ausschluss aus dem Verfahren gerechtfertigt, so dass sich eine Prüfung der anderen Ausschlussgründe erübrige. Die Unternehmen erhoben am 19. Januar 2012 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern (Verfahren 100.2012.28U) mit dem Antrag, sie seien in die Evaluation der Offerten einzubeziehen. Am 1. März 2012 wies die Instruktionsrichterin des Verwaltungsgerichts das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab. Am 26. März 2012 erteilte das Tiefbauamt den Zuschlag für die ausgeschriebenen Arbeiten an ein Drittunternehmen. Dagegen erhoben die X._ AG, die Y._ AG und die Z._ AG ebenfalls Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern. Mit Urteil vom 15. Juni 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde im Verfahren 100.2012.28U ab. Am 18./20. Juni 2012 schloss das Tiefbauamt den Werkvertrag mit der Zuschlagsempfängerin.
C. Mit gemeinsamer Eingabe vom 21. August 2012 erheben die X._ AG, die Y._ AG und die Z._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache an die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern zurückzuweisen mit der Anordnung, die Rechtswidrigkeit des Ausschlusses festzustellen. Eventuell sei festzustellen, dass das Tiefbauamt die Beschwerdeführerinnen zu Unrecht vom Vergabeverfahren ausgeschlossen habe. Das Verwaltungsgericht und die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerinnen replizieren mit Eingabe vom 4. Dezember 2012.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid betreffend öffentliche Beschaffungen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 lit. d und Art. 86 Abs. 2 BGG sowie Art. 90 BGG) gemäss Art. 83 lit. f BGG nur zulässig, wenn der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrages den massgebenden Schwellenwert des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (BöB; SR 172.056.1) oder des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft über bestimmte Aspekte des öffentlichen Beschaffungswesens (SR 0.172.052.68) erreicht und wenn sich - kumulativ - eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-ruling> E. 1.1).
1.1.1 Die erste Voraussetzung (Schwellenwert) ist nach der unbestrittenen Feststellung der Vorinstanz (vgl. E. 6 des angefochtenen Entscheides) ohne Weiteres erfüllt.
1.1.2 Bei der zweiten Voraussetzung, der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, muss es sich um eine Rechtsfrage aus dem Gebiet des öffentlichen Beschaffungsrechts handeln und der Beschwerdeführer hat die Erfüllung dieser Voraussetzung darzutun (Art. 42 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.1.2). Die Anwendung rechtsprechungsgemässer Prinzipien auf einen Einzelfall stellt keine Grundsatzfrage dar. Der blosse Umstand, dass eine Rechtsfrage noch nie höchstrichterlich beantwortet wurde, begründet ebenfalls noch nicht deren grundsätzliche Bedeutung; zusätzlich ist vorausgesetzt, dass ein praktisches Interesse an einer höchstrichterlichen Beurteilung besteht (<ref-ruling> nicht publ. 1.3.2; <ref-ruling> E. 1.3).
Die Beschwerdeführerinnen unterbreiten dem Bundesgericht als Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, ob auch bei einem ausdrücklichen Verbot der Umlagerung von Einheitspreispositionen in andere Positionen formell und materiell geprüft werden müsse, ob die Auftraggeberin durch eine Umlagerung benachteiligt sei. Dass eine solche Umlagerung grundsätzlich nicht zulässig ist, hat das Bundesgericht im Urteil 2P.164/2002 vom 27. November 2002 (E. 3.3.2) bereits festgehalten. Dies entspricht der im Recht der öffentlichen Beschaffungen allgemein geltenden Regel, wonach Offerten, die der Ausschreibung nicht entsprechen, ausgeschlossen werden können (MARTIN BEYELER, Öffentliche Beschaffung, Vergaberecht und Schadenersatz, 2004, S. 222 f.; vgl. Art. 24 Abs. 1 lit. b der bernischen Verordnung vom 16. Oktober 2002 über das öffentliche Beschaffungswesen [ÖBV/BE; BSG 731.21]), namentlich auch dann, wenn Formvorschriften verletzt werden oder wenn deswegen das Angebot mit anderen Offerten nicht vergleichbar ist; von einem Ausschluss ist demgegenüber abzusehen, wenn der festgestellte Mangel relativ geringfügig ist und der Zweck, den die in Frage stehende Formvorschrift verfolgt, dadurch nicht ernstlich beeinträchtigt wird (Urteil 2D_34/2010 vom 23. Februar 2011 E. 2.2 und 2.3, mit zahlreichen Hinweisen). Der hier vorgetragene Grund, weshalb auf einen Ausschluss zu verzichten sein soll, gehört zu den Anwendungsfällen dieser Rechtsprechung und stellt keine Frage von grundsätzlicher Bedeutung dar. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher nicht zulässig. Auf dieses Rechtsmittel kann nicht eingetreten werden.
1.2 Zulässig ist die gleichzeitig erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde, soweit sie die dafür geltenden Anforderungen erfüllt:
Die Verfassungsbeschwerde ist zulässig wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte (Art. 116 BGG), im Bereich des öffentlichen Beschaffungswesens u.a. auch wegen willkürlicher Rechtsanwendung, da ein Rechtsanspruch auf Erteilung des Auftrags an denjenigen Anbieter besteht, der die wirtschaftlich günstigste Offerte eingereicht hat (Urteil 2D_49/2011 vom 25. September 2012 E. 1.3.1). Diese behauptete Verletzung muss qualifiziert gerügt werden (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.3 Nachdem der Vertrag mit der Konkurrentin nach dem Urteil des Verwaltungsgerichts abgeschlossen worden ist, haben die Beschwerdeführerinnen bloss noch ein Interesse an einer Feststellung der Widerrechtlichkeit (Art. 9 Abs. 3 BGBM [SR 943.02]).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat für das Bundesgericht verbindlich (Art. 118 BGG) festgestellt, dass gemäss der vorliegenden Ausschreibung Preisvarianten und insbesondere Umlagerungen von mengenabhängigen Einheitspreisen in Festpreispositionen unzulässig sind, dass aber die Beschwerdeführerinnen zahlreiche Positionen mit Einheitspreisen von weniger als einem Franken oder gar mit Minuspreisen angeboten haben, was auf Umlagerungen von Einheits- zu Festpreisen schliessen lasse. Sie hat daraus gefolgert, es liege ein Verstoss gegen die Ausschreibungsanforderungen vor. Sodann hat das Verwaltungsgericht geprüft, ob dieser Verstoss einen Ausschluss vom Vergabeverfahren rechtfertige. Es erwog, bei den von der Verschiebung betroffenen Positionen handle es sich nicht nur um vergleichsweise geringe Beträge. Es lasse sich somit nicht ermitteln, welche Auswirkungen die zu erwartenden Mehr- oder Minderaufwände auf die einzelnen Positionen haben würden. Das Vergaberisiko verschiebe sich somit zu Lasten der Vergabebehörde, da sie bei Minderaufwänden nicht von Kostenreduktionen profitieren könne. Nach der überzeugenden Darstellung der Auftraggeberin sei das geplante Bauprojekt mit einigen Unsicherheiten behaftet und seien Minder- bzw. Mehrmengen durchaus plausibel. Es sei demnach nicht auszuschliessen, dass sich die von den Beschwerdeführerinnen getätigten Umlagerungen zu Ungunsten der Vergabebehörde auswirken könnten. Wie es sich damit verhalte, könne aber letztlich offen bleiben, da durch das Vorgehen der Beschwerdeführerinnen die Vergleichbarkeit mit den anderen Offerten nicht nur massiv beeinträchtigt, sondern weitgehend verunmöglicht werde.
2.2 Die Beschwerdeführerinnen bestreiten nicht, dass sie einen Teil der Positionen entgegen der Ausschreibung mit Global- anstatt mit Einheitspreisen angeboten haben. Sie stellen auch nicht die für das Bundesgericht verbindliche (Art. 118 Abs. 1 BGG) Sachverhaltsfeststellung in Frage, dass es sich bei den betroffenen Positionen nicht nur um vergleichsweise geringe Beträge handle, so dass sich nicht ermitteln lasse, welche Auswirkungen die zu erwartenden Mehr- oder Minderaufwände auf die einzelnen Positionen hätten. Die Beschwerdeführerinnen machen aber eine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts geltend; sie bringen unter Berufung auf eine Lehrmeinung (MARTIN BEYELER, Umgelagert, gemischt und offeriert - Thesen zur Preisspekulation, in: Schweizerische Baurechtstagung 2011, Freiburg 2010, S. 125 ff., 150) vor, ein Ausschluss wegen Umlagerung von Einheitspreisen zu Global- oder Pauschalpreisen sei nicht zulässig, wenn Gewissheit oder zumindest eine erhebliche Wahrscheinlichkeit bestehe, dass sich die Umlagerung nicht zum Nachteil der Auftraggeberin auswirke. Die Auftraggeberin habe den ihr obliegenden Nachweis nicht erbracht, dass das globalisierte Angebot mit hoher Wahrscheinlichkeit für sie einen Nachteil zur Folge haben werde. Das ergebe sich auch daraus, dass die Auftraggeberin die Mengen realistisch berechnen müsse, um für die Anbieter faire Bedingungen zu schaffen. Das Risiko von Mengenreduktionen sei daher gering, so dass die Auftraggeberin mit hoher Wahrscheinlichkeit keinen Schaden erleiden könne, sondern im Gegenteil einen erheblichen Vorteil erziele. Der Ausschluss stelle daher eine willkürliche Auslegung des kantonalen Beschaffungsrechts dar, da die Beschwerdeführerinnen für ein rechtlich nicht zu beanstandendes Verhalten mit einem Ausschluss bestraft würden, obwohl sich die Preisumlagerung sehr wahrscheinlich nicht zum Nachteil des Tiefbauamts auswirken könne. Das führe zum paradoxen Ergebnis, dass demjenigen Angebot, das sich als das wirtschaftlich günstigste erweise, der Zuschlag verwehrt werde.
2.3 Es ist fraglich, ob die Beschwerdeführerinnen mit diesen Ausführungen in rechtsgenüglicher Weise darlegen, inwiefern das kantonale Recht willkürlich angewendet worden sein soll; jedenfalls ist die Rüge unbegründet: Die von den Beschwerdeführerinnen zitierte Lehrmeinung deckt sich im Wesentlichen mit dem rechtsprechungsgemässen Grundsatz, dass sich der Ausschluss eines Angebots dann nicht rechtfertigt, wenn die Abweichung geringfügig oder im Ergebnis so unbedeutend ist, dass ein Ausschluss unverhältnismässig oder überspritzt formalistisch wäre (vgl. Urteile 2D_49/2011 vom 25. September 2012 E. 5.8; 2C_197/2010 vom 30. April 2010 E. 6.4; 2P.176/2005 vom 13. Dezember 2005 E. 2.4): Der zitierte Autor führt wörtlich aus (a.a.O., S. 152):
"Ist praktisch sicher, dass jede erhebliche Mengenverminderung in der durch den Bieter abgepreisten Einheitspreisposition entgegen einer allfälligen Annahme des Bieters praktisch ausgeschlossen ist (...), so wäre es übertrieben und unverhältnismässig, die Offerte wegen des rein theoretischen Risikos eines Nachteils für den Auftraggeber auszuschliessen".
Genau ein solches Risiko kann aber nach den verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen (E. 2.1) nicht ausgeschlossen werden. Daran ändert auch das Argument der Beschwerdeführerinnen nichts, der Auftraggeber müsse die Mengen möglichst präzis angeben, um für die Anbieter faire Bedingungen zu schaffen. Gerichtsnotorisch hat die Präzision von ex-ante-Abschätzungen namentlich im Tiefbau ihre Grenzen. Die fairen Bedingungen für alle Anbieter schuf der Auftraggeber gerade dadurch, dass er unter diesen Umständen die Offerte von Einheitspreisen verlangte. Das Anbieten von Globalpreisen erschwert oder verhindert demgegenüber einen fairen Vergleich zwischen den Offerten.
2.4 Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die Ausschreibung der Leistungen sei von der Annahme ausgegangen, die Anbieter würden die erforderlichen Inventare und Geräte anmieten. Sie - die Beschwerdeführerinnen - hätten aber beabsichtigt, Inventar und Geräte anzuschaffen und nach Beendigung der Arbeiten wieder zu verkaufen. Sie hätten deshalb keine andere Möglichkeit gehabt als einen Globalpreis anzubieten, bestehend aus der Differenz zwischen dem Anschaffungspreis und dem Restwert. Diese Argumentation überzeugt nicht. Zwar bringen die Beschwerdeführerinnen mit Recht vor, dass es Sache der Anbieter ist, wie sie sich betriebswirtschaftlich organisieren, um die angebotene Leistung zu erbringen. So steht es ihnen selbstverständlich frei, ob sie die für die Auftragsausführung benötigten Geräte kaufen oder mieten wollen. Das schliesst aber keineswegs aus, Einheitspreise zu berechnen. Es ist nicht nur möglich, sondern auch allgemein üblich, dass Unternehmen auch für Geräte und Maschinen, die in ihrem Eigentum stehen, Einheitspreise (z.B. Stundenpreis) kalkulieren und diese offerieren.
2.5 Schliesslich wird der Ausschluss auch nicht deshalb willkürlich, weil er zur Folge hat, dass nicht das preisgünstigste Angebot berücksichtigt wird. Die Möglichkeit dieser Konsequenz liegt vielmehr im Wesen von Ausschlussgründen.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Verletzung des Gleichbehandlungsgebots: Das Tiefbauamt habe der nachmaligen Zuschlagsempfängerin nach Ablauf der Angebotsfrist erlaubt, fehlende Referenzen nachträglich zu ergänzen. Desgleichen hätte das Tiefbauamt auch ihnen - den Beschwerdeführerinnen - die Möglichkeit bieten müssen, die nach seinem Dafürhalten unzulässigen Globalpreise nachträglich in Einheitspreise umzurechnen.
3.2 Diese Rüge wurde im vorinstanzlichen Verfahren nicht vorgebracht. Vor Bundesgericht sind neue Begehren nicht und neue Tatsachen und Beweismittel nur eingeschränkt zulässig (Art. 99 i.V.m. Art. 117 BGG); neue rechtliche Begründungen sind hingegen im Rahmen des Streitgegenstandes zulässig, sowie sie sich auf einen vorinstanzlich festgestellten oder aktenkundigen Sachverhalt stützen; unzulässig ist eine neue rechtliche Argumentation, soweit sie sich auf neue Tatsachen stützt, die aufgrund von Art. 99 Abs. 1 BGG nicht zulässig sind (<ref-ruling> E. 3.4 und 4.1; <ref-ruling> E. 4.5).
3.3 Nach Lehre und Rechtsprechung ist eine nachträgliche Ergänzung unvollständiger Offerten zulässig, wenn der Mangel so unbedeutend ist, dass ein deswegen verfügter Ausschluss überspitzt formalistisch erscheint (vgl. Urteile 2C_197/2010 vom 30. April 2010 E. 6.1; 2D_50/2009 vom 25. Februar 2010 E. 2.4; weitere Hinweise auf die Judikatur bei HUBERT STÖCKLI, Das Vergaberecht der Schweiz, 7. A. 2008, S. 544 ff.; GALLI/MOSER/LANG, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 2003, S. 111 ff.). Eine solche Möglichkeit muss allen Anbietern in rechtsgleicher Weise geboten werden (Urteil 2P.339/2001 vom 12. April 2002 E. 5b, RDAT II n. 47).
3.4 Vorliegend hat die Vorinstanz keine Feststellungen darüber getroffen, in welcher Weise der Zuschlagsempfängerin gestattet worden sei, die Offerte nachträglich zu ergänzen. Dies ist auch nicht zu beanstanden, nachdem die Beschwerdeführerinnen eine solche Rüge vor der Vorinstanz nicht vorgebracht haben und es nicht Aufgabe des Gerichts ist, von Amtes wegen alle denkbaren Aspekte eines Submissionsverfahrens zu beleuchten. Es fehlen daher die sachverhaltlichen Grundlagen für die Beurteilung der Rüge. Soweit eine solche Beurteilung aufgrund der Vorbringen der Beschwerdeführerinnen möglich ist, erscheint die Rüge aber nicht als begründet: Die der Zuschlagsempfängerin angeblich gestattete nachträgliche Ergänzung einer Referenz für den Bauführer (was vom Beschwerdegegner bestritten und von den Beschwerdeführerinnen nicht bewiesen wird) und der Verfügbarkeit des technischen Leiters ist von anderer Natur als die Umrechnung von ausschreibungswidrig offerierten Globalpreisen in Einheitspreise, zumal die Beschwerdeführerinnen sich auf den Standpunkt stellen, eine solche Umrechnung sei ihnen gar nicht möglich. Die Rechtsgleichheit ist daher nicht verletzt, wenn die eine Ergänzung zugelassen wird, jene aber nicht. Nicht von Belang ist, dass das Tiefbauamt und die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion anfänglich - und offenbar ohne eine Nachfrist zur Verbesserung zu gewähren - beim vorgesehenen Bauführer der Beschwerdeführerinnen die Eignungskriterien als nicht erfüllt erachteten; denn ausgeschlossen wurden die Beschwerdeführerinnen letztlich nicht wegen dieses Mangels, sondern wegen der angebotenen Globalpreise.
Nach dem Gesagten erweist sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Die unterliegenden Beschwerdeführerinnen tragen die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 65 Abs. 3 lit. b und Art. 66 Abs. 1 BGG). Das obsiegende Tiefbauamt hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Januar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein