Faits:
A. A la suite d'une altercation ayant opposé X._ à Y._ le 1er juillet 2009, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a condamné le premier pour voies de fait et injure, le second pour voies de fait, par ordonnance pénale du 10 mai 2011. Il a notamment retenu que Y._ avait saisi X._ par le bras avant de le projeter au sol et de lui donner des coups, notamment avec une savate, au niveau du haut du corps et du visage. Il a spécifié ne pas retenir l'existence d'un traumatisme crânien chez X._. X._ a formé opposition contre sa condamnation et contre celle de Y._, arguant à cet égard que la commotion cérébrale qu'il avait subie n'était pas constitutive de voies de fait, mais de lésions corporelles simples.
Le 26 septembre 2011, le Ministère public a porté l'accusation de X._ devant le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne. En revanche, il a considéré que l'ordonnance pénale était devenue exécutoire à l'encontre de Y._, attendu que ce dernier n'y avait pas fait opposition et que cette voie de droit n'était pas ouverte à la partie plaignante. X._ a objecté qu'il avait qualité comme plaignant pour former opposition à l'ordonnance pénale de Y._ et sollicité le renvoi de celui-ci devant le Tribunal de police.
Par prononcé du 19 octobre 2011, le Tribunal de police a considéré qu'il existait une connexité étroite entre les chefs d'accusation pesant sur les prénommés, que la qualification juridique du comportement de Y._ n'était pas sans incidence sur les éventuelles prétentions civiles de X._, de sorte que celui-ci avait qualité pour former opposition à l'ordonnance pénale condamnant Y._. Partant, il a suspendu la procédure pendante devant lui et renvoyé le dossier au Ministère public afin qu'il procède conformément à l'<ref-law>.
Par courrier du 19 octobre 2011, le Ministère public a décidé de maintenir l'ordonnance pénale telle que prononcée à l'encontre de Y._.
Par lettre du 16 novembre 2011, X._ a alors requis le Tribunal de police de retourner le dossier au Ministère public afin que celui-ci inculpe Y._ du chef de lésions corporelles simples. Statuant par prononcé du 24 novembre 2011, le Tribunal de police s'est considéré saisi d'une opposition qu'il a déclarée irrecevable, pour le motif que la décision du Ministère public du 19 octobre 2011 valait classement implicite du chef de lésions corporelles simples attaquable par voie de recours et non d'opposition.
B. Par arrêt du 15 décembre 2011, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par X._ contre le prononcé rendu le 24 novembre 2011 par le Tribunal de police.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre l'arrêt cantonal, dont il requiert l'annulation en concluant, sous suite de dépens, au renvoi de la cause à l'instance cantonale.
Invités à se déterminer sur le recours, Y._ y a renoncé, de même que la Chambre des recours pénale qui s'est référée à son arrêt, tandis que le Ministère public a conclu au rejet.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 142). L'arrêt attaqué a été rendu le 15 décembre 2011. Conformément à l'<ref-law>, la qualité pour recourir s'examine au regard de l'<ref-law> dans sa teneur en vigueur au 1er janvier 2011.
1.2 Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Au 1er janvier 2011, le champ d'application de cette disposition, visant auparavant uniquement la victime, a été étendu à la partie plaignante. La condition que la décision attaquée puisse avoir des effets sur le jugement des prétentions civiles a toutefois été maintenue. La jurisprudence rendue sous l'ancien droit concernant cette exigence garde donc toute sa portée (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
A la lumière de cette jurisprudence, la partie plaignante n'est habilitée à recourir contre un jugement prononçant l'acquittement du prévenu que si elle a, autant que cela pouvait raisonnablement être exigé d'elle, exercé l'action civile, en prenant des conclusions chiffrées en réparation de tout ou partie de son dommage matériel ou de son tort moral. Lorsqu'elle n'a pas pris de conclusions civiles, il lui incombe d'expliquer quelles prétentions elle entend faire valoir, dans quelle mesure la décision attaquée a une incidence sur elles et pourquoi elle n'a pas été en mesure d'agir dans le cadre de la procédure pénale. Le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort, de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées (<ref-ruling> consid. 1.1.1 p. 196; <ref-ruling> consid. 1a p. 187).
1.3 En l'espèce, la procédure n'a pas été menée jusqu'à un stade permettant au recourant de prendre des conclusions civiles. Sous l'angle de la recevabilité du recours, il lui incombe donc de démontrer en quoi la décision attaquée pourrait avoir une incidence sur ses prétentions civiles. La seule évocation de la qualification de lésions corporelles simples qu'il invoque par rapport à celle de voies de fait retenue ne suffit pas. Déterminer si la partie plaignante a qualité pour contester devant le Tribunal fédéral la qualification juridique retenue dépend des circonstances d'espèce et il incombe à celle-ci de démontrer en quoi une autre qualification lui serait plus favorable (cf. arrêt 6B_65/2011 du 8 septembre 2011 consid. 1.4 et les réf. cit.). Le recourant ne consacre pas de développements à cet égard dans la partie de son mémoire relative à la recevabilité de son recours. Dans le reste de son mémoire, il se limite plutôt à affirmer qu'une autre qualification juridique aurait une incidence sans établir en quoi cela serait le cas dans les circonstances d'espèce. Il est ainsi douteux que les explications fournies soient suffisantes. Quoi qu'il en soit, ce point n'a pas à être tranché, la qualité pour agir du recourant devant lui être reconnue sous un autre angle.
1.4 Le recourant peut en effet être habilité à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.9 et les réf. cit.). En l'occurrence, il se plaint d'avoir été privé indûment d'une voie de droit, ce qui équivaut à une violation de ses droits de partie. En ce sens, il a qualité pour former un recours en matière pénale au Tribunal fédéral.
2. 2.1 Les griefs du recourant ne sont pas des plus clairs. On comprend néanmoins qu'il met en cause l'absence de prise en compte du traumatisme crânien (mémoire p. 8) et qu'il soutient que la voie de l'opposition lui était ouverte à cet égard.
2.2 L'autorité précédente a considéré que lorsqu'une ordonnance pénale contient un classement implicite sur certains chefs d'accusation, la partie plaignante doit dans un premier temps former opposition au sens de l'<ref-law> contre ce classement, à la suite de quoi le ministère public procède selon l'<ref-law>. Si celui-ci décide de maintenir l'ordonnance pénale en application de l'<ref-law>, autrement dit de maintenir le classement implicite, sa décision équivaut à une décision de classement et peut faire l'objet d'un recours selon les art. 322 al. 2 et 393 al. 1 let. a CPP. L'autorité précédente a ainsi considéré que le courrier du ministère public du 19 octobre 2011 maintenant en application de l'<ref-law> l'ordonnance pénale prononcée le 10 mai 2011 valait classement partiel implicite, de sorte que le recourant aurait dû former, dans cette mesure, un recours contre cette décision. Faute de l'avoir fait, il était désormais forclos.
2.3 Selon le CPP, le ministère public rend une ordonnance pénale si, durant la procédure préliminaire, le prévenu a admis les faits ou que ceux-ci sont établis et que, incluant une éventuelle révocation d'un sursis ou d'une libération conditionnelle, il estime suffisante l'une des peines énumérées aux lettres a-d de l'<ref-law>. Si le prévenu a reconnu des prétentions civiles de la partie plaignante, mention en est faite dans l'ordonnance pénale. Les prétentions qui n'ont pas été reconnues sont renvoyées au procès civil (<ref-law>). L'ordonnance pénale est immédiatement notifiée par écrit aux personnes et aux autorités qui ont qualité pour former opposition (<ref-law>). Peuvent former opposition contre elle devant le ministère public, par écrit et dans les dix jours, le prévenu, les autres personnes concernées et, si cela est prévu, le premier procureur ou le procureur général de la Confédération ou du canton, dans le cadre de la procédure pénale pertinente (art. 354 al. 1 let. a-c CPP). Si aucune opposition n'est valablement formée, l'ordonnance pénale est assimilée à un jugement entré en force (<ref-law>). En cas d'opposition, le ministère public administre les autres preuves nécessaires au jugement de l'opposition (<ref-law>). Après l'administration de celles-là, le ministère public décide de maintenir l'ordonnance pénale, de classer la procédure, de rendre une nouvelle ordonnance pénale ou de porter l'accusation devant le tribunal de première instance (art. 355 al. 3 let. a-d CPP). Lorsqu'il décide de maintenir l'ordonnance pénale, il transmet sans retard le dossier au tribunal de première instance en vue des débats. L'ordonnance pénale tient lieu d'acte d'accusation (<ref-law>). Le tribunal de première instance statue sur la validité de l'ordonnance pénale et de l'opposition (<ref-law>). Si l'ordonnance pénale n'est pas valable, le tribunal l'annule et renvoie le cas au ministère public en vue d'une nouvelle procédure préliminaire (<ref-law>).
2.4 Par ordonnance pénale du 10 mai 2011 confirmée le 19 octobre 2011, le ministère public a condamné l'intimé pour voies de fait. Il a constaté que celui-ci avait saisi le recourant par le bras, avant de le projeter au sol, de le frapper notamment avec une savate sur le haut du corps ainsi que le visage et de lui causer ainsi des égratignures et des hématomes à la main et à l'avant-bras gauche. Le ministère public a expressément écarté l'existence d'un traumatisme crânien qui, selon lui, ne ressortait pas des constatations médicales objectives. Ce faisant, il a rendu une ordonnance pénale pour une partie des faits - à savoir pour les coups assénés sur le haut du corps et le visage, ainsi que les égratignures et les hématomes causés à la main et à l'avant-bras gauche - et il a ordonné l'abandon des poursuites pénales pour le surplus, soit pour le traumatisme crânien. De la sorte, il n'a pas écarté la qualification juridique proposée pour lui en substituer une autre, mais il a renoncé à poursuivre l'intimé pour une partie des faits, à savoir le traumatisme crânien. Le litige ne porte donc pas uniquement sur un problème de qualification juridique des mêmes faits, mais sur l'abandon d'une partie des faits.
Lorsque le ministère public estime que seule une partie des faits présente une prévention suffisante d'infraction et rend une ordonnance pénale pour les faits précités, cela implique, pour les autres faits, pour lesquels les charges sont insuffisantes, que l'ordonnance pénale vaut alors classement partiel implicite. Comme exemple de classement partiel implicite, la doctrine se réfère à l'arrêt publié aux <ref-ruling>, où, s'agissant d'une victime décédée des suites d'un accident de la circulation, l'auteur avait été condamné par ordonnance pénale pour lésions corporelles graves, le ministère public ayant considéré que le lien de causalité adéquate avec la mort avait été rompu. Le Tribunal fédéral a relevé que ce faisant, le ministère public avait implicitement prononcé un classement partiel sur l'élément de fait lié au décès de la victime, limitant les poursuites aux blessures consécutives à l'accident. Comme autre exemple, on peut envisager une procédure pour différents propos attentatoires à l'honneur, qui aboutit à une ordonnance pénale pour un seul des propos, les autres propos étant ainsi implicitement classés par le ministère public, faute d'être considérés comme attentatoires à l'honneur (cf. YVAN JEANNERET, Les procédures spéciales dans le Code de procédure pénale suisse, in La procédure pénale fédérale, Berne 2010, p. 137 ss, 146 et 154; LAURENT MOREILLON, L'ordonnance pénale: simplification ou artifice ? in RPS 2010 p. 22 ss, FRANZ RIKLIN, in Basler Kommentar, Strafrecht, 2e éd., 2007, n. 10 ad <ref-law>).
En l'espèce, en condamnant pour une partie des faits mais en abandonnant ceux relatifs au traumatisme crânien, le ministère public a inclus dans son ordonnance pénale un classement partiel implicite.
2.5 Selon le CPP, une ordonnance de classement doit être rendue par écrit et motivée (<ref-law>). Comme elle ne constitue pas une ordonnance simple d'instruction, elle doit nécessairement être rédigée séparément (cf. art. 80 al. 3 1ère phrase CPP a contrario; ALAIN MACALUSO, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 17 et 22 ad <ref-law>). En tant que prononcé de clôture de la procédure, elle contient une introduction, un exposé des motifs, un dispositif et l'indication des voies de droit (cf. <ref-law>), dès lors qu'elle est sujette à recours dans les 10 jours devant l'autorité de recours (cf. <ref-law>).
Le CPP subordonne ainsi l'abandon de la poursuite pénale au prononcé d'une ordonnance formelle de classement mentionnant expressément les faits que le ministère public renonce à poursuivre, de manière à en définir clairement et formellement les limites. Une telle formalisation de l'abandon des charges constitue le préalable essentiel à l'exercice du droit de recours aménagé à l'<ref-law>. Dès lors que le classement doit faire l'objet d'un prononcé séparé, écrit et motivé, il ne saurait être glissé et mélangé au contenu d'une ordonnance pénale. Si le ministère public n'entend réprimer qu'une partie des faits dans le contexte d'une ordonnance pénale, il doit statuer conformément aux formes prévues par le CPP, c'est-à-dire prononcer simultanément une ordonnance pénale d'une part et une ordonnance de classement d'autre part.
2.6 Lorsque, comme en l'espèce, le ministère public s'écarte à tort de l'approche précitée et ne rend pas deux décisions séparées, soit une ordonnance pénale et une ordonnance de classement, mais une ordonnance pénale qui contient un classement implicite, il convient de déterminer la voie de droit ouverte à la partie plaignante pour contester ce classement implicite. La doctrine évoque deux voies possibles, un courant préférant la voie de l'opposition (cf. MICHAEL DAPHINOFF, Das Strafbefehlsverfahren in der Schweizerischen Strafprozesssordnung, p. 588), l'autre celle du recours selon l'<ref-law> (cf. YVAN JEANNERET, op. cit., p. 154; LAURENT MOREILLON, op. cit., p. 36). Aucun développement particulier n'est cependant donné en faveur d'une voie de droit plutôt que d'une autre.
Quoique le CPP n'ouvre pas expressément la voie de l'opposition à la partie plaignante, une large majorité de la doctrine admet que la partie plaignante peut conserver un intérêt juridique à contester une ordonnance pénale, par exemple en mettant en cause la qualification juridique retenue pour le cas où celle-ci serait trop clémente (par exemple voies de fait à la place de lésions corporelles simples). Elle est ainsi d'avis que la qualité pour former opposition est ouverte à la partie plaignante sur la base de l'<ref-law>, qui donne la qualité pour former opposition aux "autres personnes concernées" (cf. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxis-kommentar, n. 6 ad <ref-law>; YVAN JEANNERET, L'ordonnance pénale et la procédure simplifiée selon le CPP, in Procédure pénale suisse, Neuchâtel 2010, p. 73 ss, 94-95; FRANZ RIKLIN, op. cit., n. 6 et 11 ad <ref-law>; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, Kommentar zur StPO, Donatsch/Hansjakob/Lieber éditeurs, n. 5 ad <ref-law>; GWLADYS GILLIÉRON/MARTIN KILLIAS, Commentaire romand, n. 3 in fine ad <ref-law>; GÉRARD PIQUEREZ/ALAIN MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3ème éd., n. 1727 in fine; MICHAEL DAPHINOFF, op. cit, p. 574).
Cette voie de l'opposition concerne cependant le cas où la partie plaignante dispose d'un intérêt juridique à faire prévaloir à l'égard du condamné une qualification juridique plutôt qu'une autre par rapport à un état de fait non contesté. En revanche, la voie de l'opposition n'apparaît pas adaptée au cas d'un classement implicite. En effet, comme on l'a vu (supra consid. 2.5), si le ministère public n'entend réprimer qu'une partie des faits, il doit rendre une ordonnance pénale doublée d'une ordonnance de classement, chaque décision ouvrant une voie de droit spécifique, en particulier celle du recours de l'<ref-law> contre le classement. En cas de classement implicite, une autre voie de droit serait ouverte contre le classement si l'on admettait celle de l'opposition. Pourtant, la nature et la portée d'un classement, qu'il soit explicite ou implicite, sont les mêmes. Rien ne justifie d'ouvrir une voie de droit particulière - celle de l'opposition - contre un classement implicite, laquelle n'est pas prévue par le CPP, qui ouvre uniquement un recours (<ref-law>). De surcroît, la voie de l'opposition aurait pour effet de renvoyer le prévenu devant le tribunal de première instance sans qu'il existât un acte d'accusation complet, le prévenu se voyant alors reprocher des faits non retenus pour lesquels le classement implicite a été prononcé. Cette situation pourrait rendre confus ce qui est exactement reproché au prévenu.
Il résulte de ce qui précède que la voie ordinaire du recours prévue à l'<ref-law> doit être préférée à l'encontre d'un classement implicite.
2.7 Le recourant aurait dès lors dû recourir contre la décision du 19 octobre 2011 confirmant le classement implicite. Cette décision ne comportait cependant aucune voie de droit s'agissant du classement, au mépris de l'art. 81 al. 1 let. d CPP. Vu les incertitudes liées à un classement implicite telles qu'exposées ci-dessus, il n'apparaît pas que le recourant ou son mandataire pouvait se rendre compte de la voie de droit à suivre. Dans ces conditions, le recourant n'a pas à subir de préjudice de l'absence d'indication de la voie de droit (<ref-ruling> consid. 2, 421 consid. 2c). Il doit donc être mis en situation de pouvoir exercer un recours contre la décision du 19 octobre 2011. Cela justifie l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause en instance cantonale.
3. Vu l'issue de la procédure, il ne sera pas perçu de frais (<ref-law>) et le canton de Vaud versera au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à verser au recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Vaud.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 13 août 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Gehring