Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Das Bezirksamt Zofingen verurteilte den Beschwerdeführer mit Strafbefehl vom 26. Oktober 2006 wegen Ungehorsams des Schuldners im Betreibungs- und Konkursverfahren im Sinne von <ref-law> zu einer Busse von Fr. 300.--. Dagegen erhob der Beschwerdeführer rechtzeitig Einsprache. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau erliess daraufhin am 6. Dezember 2006 eine Anklageverfügung. Am 10. September 2007 sprach der Gerichtspräsident des Bezirksgerichts Zofingen den Beschwerdeführer in Anwendung von <ref-law> des Ungehorsams im Betreibungs- und Konkursverfahren schuldig und büsste ihn mit Fr. 300.-- (Ersatzfreiheitsstrafe 6 Tage). Mit Urteil vom 23. Juli 2008 trat das Obergericht des Kantons Aargau auf das Ablehnungsbegehren des Beschwerdeführers betreffend den Gerichtspräsidenten des Bezirksgerichts Zofingen nicht ein und wies seine Berufung ab. Der Beschwerdeführer wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er verlangt die Aufhebung des angefochtenen Urteils, die Freisprechung von Schuld und Strafe sowie die Ausrichtung einer angemessenen Parteientschädigung.
2. Was der Beschwerdeführer in seiner Beschwerde vorbringt, betrifft zum Teil nicht den angefochtenen Entscheid oder geht sonst an der Sache vorbei. Sein gegen den Gerichtspräsidenten des Bezirksgerichts Zofingen erhobenes Ablehnungsgesuch ist mit Entscheid des Obergerichts vom 3. August 2007 bzw. mit Entscheid des Bundesgerichts vom 4. Oktober 2007 (Verfahren 1B_218/2007) rechtskräftig beurteilt worden. Darauf ist, wie im angefochtenen Entscheid zu Recht ausgeführt wird, nicht mehr zurückzukommen. Im Übrigen erschöpfen sich die Vorbringen des Beschwerdeführers in unzulässiger appellatorischer Kritik, aus der sich nicht ergibt, dass das Obergericht von einem offensichtlich unrichtigen und damit willkürlichen Sachverhalt im Sinne von <ref-law> bzw. <ref-law> ausgegangen wäre. Insbesondere äussert sich der Beschwerdeführer auch nicht ansatzweise zur Erwägung, er hätte - falls ihm das persönliche Erscheinen auf dem Betreibungsamt unzumutbar gewesen wäre - einen Vertreter bestellen und diesen an der Pfändung teilnehmen lassen können. Dass und inwieweit sodann die Schlussfolgerung des Obergerichts, wonach die Pflicht des Schuldners, bei der Pfändung anwesend zu sein, unberührt davon bestehen bleibe, ob das Betreibungsamt mit dem Erstellen einer Abrechnung in Verzug sei oder nicht, gegen das Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnte, ergibt sich aus der Beschwerde ebenfalls nicht. Insoweit vermag sie den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law> nicht zu genügen. Darauf ist daher im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
3. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill