Sachverhalt:
A. Die U._ SA (Klägerin) ist eine Gesellschaft mit Sitz in D._, welche insbesondere den Kauf, den Verkauf und die Erstellung von Immobilien bezweckt.
Die V._ AG (Beklagte) betreibt in E._ ein Architektur- und Planungsbüro.
Am 25. Januar 1999 schlossen die Parteien eine als "Generalplaner-Vertrag" bezeichnete Vereinbarung. Darin übertrug die Klägerin als Bauherrin der Beklagten als Generalplanerin die Erstellung der Villa A._, eines mehrgeschossigen Gebäudes mit 34 Eigentumswohnungen inklusive Parkplätze und Gartenanlagen, in F._ zu einem Pauschalhonorar von Fr. 2'325'000.-- zuzüglich Mehrwertsteuer. Die Beklagte verpflichtete sich, die Planungsleistungen gemäss vertraglichem Leistungsbeschrieb zu erbringen.
Im April 1999 wurde mit den Vorbereitungsarbeiten für den Bau begonnen. In der Folge verzögerte sich der Baufortschritt gegenüber dem ursprünglich vorgesehenen Terminplan erheblich. Am 19. Januar 2002 löste die Klägerin den Vertrag mit der Beklagten vorzeitig auf, bevor die Erstellung der Villa A._ abgeschlossen war.
B. Am 15. Oktober 2003 reichte die Klägerin beim aufgrund einer Gerichtsstandsvereinbarung örtlich zuständigen Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein und beantragte, die Beklagte sei unter Vorbehalt des Nachklagerechts zu verpflichten, ihr Fr. 2'500'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 27. September 2002 zu bezahlen. Mit der Klage forderte die Klägerin die vereinbarten Konventionalstrafen für Terminverzögerung und Kostenüberschreitung, die Rückerstattung eines Teils des bereits bezahlten Honorars und Schadenersatz wegen diverser Mängel. Die Beklagte verlangte die Abweisung der Klage.
Mit Urteil vom 4. Februar 2008 hiess das Handelsgericht die Klage im Umfang von Fr. 826'046.60 nebst 5 % Zins seit 27. September 2002 gut und wies sie im Mehrbetrag ab.
Das Handelsgericht bejahte einen Anspruch der Klägerin auf eine Konventionalstrafe wegen Terminverzögerung, wie sie von den Parteien in Ziffer 5.2 des zweiten Teils des Generalplanervertrags vereinbart worden war. Danach schuldet der Generalplaner bei Überschreitung des vertraglich vereinbarten Fertigstellungstermins für das Bauwerk eine Konventionalstrafe von Fr. 100'000.-- für jeden angebrochenen Monat der Verzögerung. Das Handelsgericht ging von einem massgebenden Fertigstellungstermin per Ende November 2000 und einem effektiven verspäteten Übergabetermin am 14. Juni 2002 aus. Für 18 Monate Verspätung à Fr. 100'000.-- ergab sich somit eine Konventionalstrafe von Fr. 1,8 Mio. Diese Summe erachtete das Handelsgericht als krass übersetzt und setzte die geschuldete Konventionalstrafe auf Fr. 800'000.-- herab. Die von der Klägerin im Weiteren geltend gemachte Forderung wegen Kostenüberschreitungen wies das Handelsgericht als ungenügend begründet ab. Als ungenügend substanziiert und daher abzuweisen erachtete das Handelsgericht die Klage auch bezüglich der von der Klägerin geforderten Rückerstattung von zu viel bezahltem Honorar. Umgekehrt verwarf es auch die Forderung der Beklagten, die der Auffassung war, sie habe noch einen offenen Honoraranspruch gegen die Klägerin, den sie mit allfälligen Gegenforderungen der Klägerin verrechnen wolle. Auch insoweit fehlte es an einer hinlänglichen Substanziierung. Die von der Klägerin geforderten Schadenersatzpositionen wegen Mängeln sprach das Handelsgericht in drei Punkten zu: Fr. 16'500.-- Planungsfehler bei Sichtblende, Fr. 3'600.-- Planungsfehler bei Lüftungsflügel und Fr. 5'946.60 Bauführungsfehler bei Duschen, total Fr. 26'046.60.
Gegen das Urteil des Handelsgerichts erhoben beide Parteien kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies mit Zirkulationsbeschluss vom 23. März 2009 beide Beschwerden ab, soweit es darauf eintrat.
C. Die Beklagte reichte mit Eingabe vom 14. März 2008 gegen das Urteil des Handelsgerichts auch Beschwerde in Zivilsachen ein (Verfahren 4A_141/2008). Sie beantragt, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Das bundesgerichtliche Verfahren wurde bis zum Entscheid des Kassationsgerichts sistiert.
Die Klägerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.
D. Die Klägerin erhob mit Eingabe vom 15. Mai 2009 gegen das Urteil des Handelsgerichts vom 4. Februar 2008 und den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts vom 23. März 2009 ebenfalls Beschwerde in Zivilsachen (Verfahren 4A_231/2009). Sie beantragt mit präzisierten Rechtsbegehren, die Dispositiv-Ziffern 2-5 des Beschlusses des Kassationsgerichts seien insoweit aufzuheben, als die Beschwerde der Klägerin abgewiesen worden ist, die Abweisung der Klage im Mehrbetrag gemäss Dispositiv-Ziffer 1 Absatz 2 des Urteils des Handelsgerichts sei im Umfang von Fr. 1'500'297.-- aufzuheben und die Klage sei auch in diesem Umfang zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 27. September 2002 gutzuheissen. Eventuell seien die Dispositiv-Ziffern 2-5 des Beschlusses des Kassationsgerichts insoweit aufzuheben, als die Beschwerde der Klägerin abgewiesen worden ist, die Abweisung der Klage im Mehrbetrag gemäss Dispositiv-Ziffer 1 Absatz 2 des Urteils des Handelsgerichts sei im Umfang von Fr. 1'500'297.-- aufzuheben und die Sache sei in diesem Umfang zur Neuentscheidung an das Handelsgericht, subeventuell an das Kassationsgericht zurückzuweisen.
Die Beklagte beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Das Kassationsgericht und das Handelsgericht verzichteten auf eine Vernehmlassung.
E. Mit Verfügung vom 22. Juni 2009 wurde den Beschwerden in den Verfahren 4A_141/2008 und 4A_231/2009 die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerden in den Verfahren 4A_141/2008 und 4A_231/2009 richten sich gegen das gleiche Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 4. Februar 2008. Die Beschwerde im Verfahren 4A_231/2009 richtet sich zusätzlich gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts des Kantons Zürich vom 23. März 2009, mit dem die beiden Nichtigkeitsbeschwerden gegen das besagte Handelsgerichtsurteil abgewiesen wurden, soweit darauf einzutreten war. Es rechtfertigt sich demnach, die beiden Verfahren 4A_141/2008 und 4A_231/2009 zu vereinigen (wie dies die Beklagte beantragt) und die beiden Beschwerden in einem einzigen Entscheid zu beurteilen.
2. Die Beklagte wehrt sich gegen die zugesprochene Konventionalstrafe von Fr. 800'000.-- wegen Terminüberschreitung. Im Eventualstandpunkt verlangt sie eine Herabsetzung auf Null. Die Klägerin wendet sich gegen die vorgenommene Herabsetzung der Konventionalstrafe und beharrt auf der Zusprechung des vollen Betrages. Es rechtfertigt sich, zuerst die Einwände der Beklagten gegen die Konventionalstrafe an sich zu beurteilen. Sollten sie sich als begründet erweisen, erübrigt sich eine Überprüfung der vom Handelsgericht vorgenommenen Herabsetzung.
Beschwerde der Beklagten
3. Damit ein kantonaler Entscheid mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden kann, muss der Instanzenzug im Kanton erschöpft sein (<ref-law>). Für Rügen, die mit der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden können, darf kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stehen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527).
Gegen das angefochtene Urteil des Handelsgerichts war die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich nach § 281 des Gesetzes über die Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 [Zivilprozessordnung, ZPO/ZH; LS 271] zulässig, weshalb es insoweit nicht kantonal letztinstanzlich ist, als es vom Kassationsgericht hätte überprüft werden können. Nach <ref-law>/ZH kann mit Nichtigkeitsbeschwerde geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid beruhe zum Nachteil des Nichtigkeitsklägers auf einer Verletzung eines wesentlichen Verfahrensgrundsatzes (Ziff. 1), auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme (Ziff. 2) oder auf einer Verletzung klaren materiellen Rechts (Ziff. 3). Ausgeschlossen ist die Nichtigkeitsbeschwerde, wenn das Bundesgericht einen Mangel frei überprüfen kann, wobei sie gemäss <ref-law>/ZH stets zulässig ist, wenn eine Verletzung von Art. 8, 9, 29 oder 30 BV oder von Art. 6 EMRK geltend gemacht wird.
Das angefochtene Urteil des Handelsgerichts stellt daher insoweit keinen letztinstanzlichen Entscheid dar, als geltend gemacht wird, das Handelsgericht habe darin willkürliche tatsächliche Feststellungen getroffen, den Anspruch der Beklagten auf rechtliches Gehör verletzt oder kantonale Verfahrensbestimmungen willkürlich angewendet. Soweit die Beklagte entsprechende Rügen erhebt, kann auf die Beschwerde mangels Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheids nicht eingetreten werden. Die Beklagte hätte für solche Rügen den insoweit letztinstanzlichen Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts anfechten müssen.
Soweit die Beklagte die Verletzung von Bundeszivilrecht rügt, ist das Handelsgerichtsurteil ein letztinstanzlicher Entscheid. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist insoweit - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (<ref-law>) - auf die Beschwerde der Beklagten einzutreten.
4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Vorliegend ist die Beklagte nach dem in vorstehender Erwägung 3 Ausgeführten mit ihrer mehrfach erhobenen Rüge ausgeschlossen, das Handelsgericht habe willkürliche oder aktenwidrige Feststellungen getroffen oder kantonale Verfahrensvorschriften unrichtig angewendet. Einzig zulässig sind ihre Rügen, das Handelsgericht habe bei der Sachverhaltsermittlung <ref-law> verletzt. Vorbehältlich solcher Rügen ist somit durchwegs vom Sachverhalt auszugehen, wie ihn das Handelsgericht festgestellt hat. Soweit die Beklagte ihrer Beschwerdebegründung einen davon abweichenden Sachverhalt zugrunde legt, ohne eine Verletzung von <ref-law> zu begründen, kann darauf nicht eingetreten werden.
5. 5.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Es ist unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287; <ref-ruling> E. 3.3 ). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1. S. 399).
5.2 Diese Grundsätze lässt die Beklagte über weite Strecken ausser Acht. Sie unterbreitet dem Bundesgericht in weitschweifigen Ausführungen, die sich in vielen Teilen mit denjenigen der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde decken, ihre im kantonalen Verfahren eingenommenen Standpunkte. Dabei setzt sie sich mit den Erwägungen der Vorinstanz nicht hinlänglich auseinander, sondern begnügt sich grösstenteils damit, diese als willkürlich oder gegen das Vertrauensprinzip oder gegen <ref-law> verstossend zu bezeichnen. Inwiefern das angefochtene Urteil Bundesrecht verletzt, zeigt sie jedoch nicht rechtsgenüglich auf. Auch ihre zahlreichen Willkürrügen verfehlen die strengen Begründungsanforderungen, wobei Rügen der willkürlichen Anwendung von Bundeszivilrecht ohnehin keine selbständige Bedeutung zukommt, da das Bundesgericht die Anwendung von Bundesrecht frei prüft. Mit ihren auch insoweit weitgehend appellatorischen Vorbringen scheint sie aber zu verkennen, dass das Bundesgericht keine letzte Appellationsinstanz ist, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte. Darauf ist ohne weitere Erwägungen nicht einzutreten. Soweit wenigstens ansatzweise hinlänglich begründete Rügen einer Bundesrechtsverletzung auszumachen sind, ist dazu was folgt auszuführen:
6. In einem ersten Argumentationsstrang stellte sich die Beklagte auf den Standpunkt, das im Generalplanervertrag vereinbarte Terminprogramm sei nicht anwendbar, weil seine Gültigkeit unter Vorbehalten und Bedingungen gestanden habe, die nicht erfüllt gewesen seien.
6.1 So bestreitet die Beklagte, dass die Parteien einen für die Konventionalstrafe massgebenden Fertigstellungstermin vereinbart haben. Der massgebende Termin hätte nach Abschluss des Vertrags nach Ausräumung der Vorbehalte erst noch festgelegt werden müssen, was aber nicht geschehen sei. Die Vorinstanz verwarf diesen Standpunkt. Sie ging davon aus, dass eine gemeinsame Definition von Baubeginn und Bezugstermin erfolgt sei und zwar im ersten Teil des Vertrags unter Ziffer 3, der ein Terminprogramm festlege, zu dessen Einhaltung sich die Beklagte verpflichtet habe. Darin hätten die Parteien vereinbart, dass der Baubeginn im Mai 1999 erfolgen und das Bauwerk im November 2000 vollendet sein sollte. Sämtliche von der Beklagten angeführten Umstände, wie das Vorliegen der Gesamtfinanzierung, das Fehlen einer gültigen Baubewilligung und auch das Bevorstehen zumindest einer Projektüberarbeitung, seien bei Vertragsschluss bekannt gewesen. Es sei daher anzunehmen, dass die Parteien bei der konkreten vertraglichen Terminvereinbarung einen entsprechenden Vorbehalt formuliert hätten, wenn sie diese Umstände hätten vorbehalten wollen. Für diese Annahme spreche namentlich auch, dass dies in Bezug auf die Gesamtfinanzierung geschehen sei, indem ein entsprechender Vorbehalt bei den festgehaltenen Terminen ausdrücklich vermerkt sei. Von weiteren Vorbehalten oder Erfordernissen, von denen die Termine abhängen sollten, sei im Rahmen des vereinbarten Terminplans aber nicht die Rede. Nach Treu und Glauben dürfe davon ausgegangen werden, das ohne Vorbehalte vereinbarte Terminprogramm sei vor dem Hintergrund der damals bekannten Umstände verbindlich.
Die Beklagte rügt eine Verletzung des Vertrauensprinzips, vermag indessen keine solche aufzuzeigen, indem sie der überzeugenden Auslegung der Vorinstanz einfach die ihre eigene Sicht der Dinge gegenüber stellt. Ebenso wenig ist eine Verletzung von <ref-law> ersichtlich. Da die Auffassung der Beklagten nicht zutrifft, dass der massgebende Termin erst nach Abschluss des Vertrags und nach Ausräumung von Vorbehalten hätte definiert werden müssen, kann der Klägerin diesbezüglich von vornherein keine Beweislast obliegen.
Es ist demnach bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz von einem massgebenden Fertigstellungstermin per Ende November 2000 ausging.
6.2 Nach Ziffer 3 des ersten Teils des Generalplanervertrags verpflichtete sich die Beklagte "unter Vorbehalt des Vorliegens einer ausreichenden Gesamtfinanzierung des Vertragsobjektes" das dort vereinbarte Terminprogramm für die Erstellung des Bauwerks einzuhalten. Die Beklagte erblickt in diesem Vorbehalt eine Suspensivbedingung dergestalt, dass das Terminprogramm erst und ab dann verbindlich sei, wenn die ausreichende Gesamtfinanzierung vorliege. Sie wirft der Vorinstanz eine Verletzung von <ref-law> vor, weil sie den zitierten Vertragspassus nicht im Sinne einer Suspensivbedingung interpretierte.
Der Vorwurf verfängt nicht. Die Vorinstanz stellte auf das nachträgliche Parteiverhalten ab, nämlich darauf, dass die Beklagte mit dem Bau der Villa begann und ihn fortsetzte, ohne je die fehlende Gesamtfinanzierung gerügt oder abgemahnt zu haben. Darin ist die Feststellung des tatsächlichen Parteiwillens in dem Sinn zu erblicken, dass die Parteien den genannten Vorbehalt nicht als Voraussetzung für die Verbindlichkeit des vereinbarten Terminprogramms verstanden, sondern dahingehend, dass die Beklagte für Terminverschiebungen, die durch eine ungenügende Gesamtfinanzierung bedingt sind, nicht verantwortlich gemacht werden könnte. Die Feststellung des tatsächlichen Parteiwillens ist vom Bundesgericht im vorliegenden Verfahren nicht überprüfbar (<ref-law>; vorstehende Erwägung 4; zur Bedeutung nachträglichen Parteiverhaltens vgl. <ref-ruling> E. 2.2.2.2 S. 69; <ref-ruling> E. 2.3 S. 680). Da somit nicht von einer Bedingung im Sinn von <ref-law> auszugehen ist, kann der Vorinstanz keine Missachtung dieser Bestimmung vorgeworfen werden. Ebenso scheidet eine Verletzung von <ref-law> aus, welche die Beklagte darin erblickt, dass die Vorinstanz der Klägerin nicht den Beweis für das Vorliegen der Bedingung auferlegte.
6.3 Was die Beklagte unter dem Titel "Baubeginn (freie Verfügbarkeit des Baugrundstücks und Baufreigabe)" vorträgt, lässt keine rechtsgenügende Rüge einer Bundesrechtsverletzung erkennen. Die Vorinstanz leitete aus den einschlägigen Bestimmungen des Generalplanervertrags ab und gestand der Beklagten zu, dass sie im Frühling 1999 den Beginn der Bauarbeiten hätte verweigern können, da die rechtskräftige Baubewilligung noch nicht vorlag. Weiter stellte die Vorinstanz aber - für das Bundesgericht verbindlich - fest, dass die Beklagte mit den Bauarbeiten begann bzw. die Bauarbeiten nach Vergabe des Aushubs durch die Klägerin fortführte, bevor eine gültige Baubewilligung vorlag. Dadurch habe sie zumindest konkludent auf das Erfordernis einer gültigen Baubewilligung verzichtet und sich so mit dem Baubeginn einverstanden erklärt. Der Baubeginn sei demnach gerade nicht verschoben worden. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern bei diesen Gegebenheiten die weitere Erwägung der Vorinstanz bundesrechtlich zu beanstanden wäre, dass die Beklagte der Klägerin konkret hätte Mitteilung machen müssen, wenn sie der Auffassung gewesen wäre, die fehlende Baubewilligung habe Auswirkungen auf ihre terminlichen Pflichten. Eine ausdrückliche Abmahnung sei aber nicht erfolgt. Die Bedeutung des Schreibens von B._ vom 24. Februar 1999 in diesem Zusammenhang beschlägt die Beweiswürdigung, die vom Bundesgericht hier nicht überprüft werden kann (vorstehende Erwägungen 3 und 4).
7. In einem weiteren Argumentationsstrang vertrat die Beklagte die Auffassung, die ursprünglich getroffene Terminvereinbarung, die der Konventionalstrafe zugrunde liegt, sei dahingefallen, da sich deren Grundlagen bereits kurz nach Vertragsschluss und im weiteren Verlauf der Vertragserfüllung komplett verändert hätten. Dabei berief sie sich auf mehrere umfassende Projektüberarbeitungen und "zahlreiche weitere Sachverhalte".
7.1 Die Beklagte stützt sich für ihre These, die vereinbarten Termine seien dahingefallen, auf Art. 98 Abs. 2 und Art. 90 SIA-Norm 118 und wirft der Vorinstanz eine Missachtung dieser Bestimmungen vor.
Nach Art. 98 Abs. 2 SIA-Norm 118 ist die Konventionalstrafe nicht geschuldet, wenn der Unternehmer Anspruch auf Fristerstreckung hat. Art. 90 SIA-Norm 118 bestimmt: Erfordert eine Bestellungsänderung die Anpassung vertraglicher Fristen, so hat der Unternehmer Anspruch auf angemessene neue Fristen. Die Vertragspartner setzen die neue Frist durch Vereinbarung fest.
Die Beklagte ist der Ansicht, da sie namentlich wegen der Projektänderungen Anspruch auf Fristerstreckung gehabt habe, und entgegen Art. 90 SIA-Norm 118 keine neuen Termine vereinbart worden seien (was die Klägerin hätte beweisen müssen, aber nicht getan habe), sei die Konventionalstrafe dahingefallen.
Die Vorinstanz hielt demgegenüber dafür, die Konventionalstrafe falle nicht einfach vollständig dahin, wenn die Parteien bei Bestehen eines Anspruchs auf Fristerstreckung keinen neuen Termin verabredet hätten. Im Streitfall habe der Richter über die Frage der Fristanpassung zu entscheiden.
Nach Art. 98 Abs. 2 SIA-Norm 118 beurteilt sich die Frage, ob eine Konventionalstrafe, die der Unternehmer für die Überschreitung einer vertraglichen Frist versprochen hat, geschuldet ist, unter Mitberücksichtigung eines allfälligen Anspruchs auf Fristerstreckung. Demnach ist die Konventionalstrafe nur und erst dann geschuldet, wenn auch die zusätzliche Zeit, auf die der Unternehmer Anspruch hat, überschritten ist (SCHUMACHER, Kommentar zur SIA-Norm 118, 1992, N. 14 zu Art. 98). Im Falle des Anspruchs auf Fristerstreckung sind die neuen Fristen durch Vereinbarung zu treffen. Können sich die Parteien über die angemessene Fristanpassung nicht einigen, so entbindet dies sie nicht von der Pflicht zur gewissenhaften Erfüllung des Vertrags. Insbesondere ist der Unternehmer nicht befugt, die Arbeiten bis zu einer Einigung einzustellen. Kommt es dann später zu einem Prozess, für dessen Ausgang die Frage der Fristanpassung erheblich ist (zum Beispiel, wenn die Parteien über den Verfall der vereinbarten Konventionalstrafe streiten), so hat der Richter darüber zu entscheiden (EGLI, Kommentar zur SIA-Norm 118, 1992, N. 6c zu Art. 90).
Daraus erhellt, dass die Beklagte nicht einfach behaupten kann, sie hätte Anspruch auf angemessene neue Fristen im Sinn von Art. 90 SIA-Norm 118 gehabt und mangels Vereinbarung solcher neuer Fristen sei die Konventionalstrafe nicht geschuldet. Vielmehr hat die Beklagte zunächst zu beweisen, dass sie effektiv Anspruch auf Fristerstreckung hatte. Erst wenn dies zu bejahen wäre, stellte sich die - im Streitfall vom Gericht zu entscheidende - Frage, welche neuen Fristen gelten. Vorliegend hat nun aber die Vorinstanz einen Anspruch der Beklagten auf Fristerstreckung bezüglich allen von ihr hiefür angerufenen Umständen abgelehnt. Die Frage nach neuen Fristen oder gar eines gänzlichen Dahinfallens der Konventionalstrafe stellte sich daher nicht. Eine Missachtung von Art. 98 Abs. 2 und Art. 90 SIA-Norm 118 ist nicht gegeben.
Da es der Beklagten obliegt, einen Anspruch auf Fristerstreckung zu beweisen, ist die von ihr im vorliegenden Zusammenhang verschiedentlich geltend gemachte Verletzung von <ref-law> wegen einer falschen Beweislastverteilung nicht nachvollziehbar.
7.2 Die Vorinstanz verlangte von der Beklagten, sie habe konkret darzulegen, welche Verzögerungen von welcher Dauer durch wen bzw. welche Umstände verursacht worden seien und weshalb sie dafür nicht einzustehen habe. Sie erkannte, dass die Beklagte dieser Substanziierungspflicht betreffend mehrere der geltend gemachten Sachverhalte, namentlich betreffend die Projektänderungen, nicht genügend nachgekommen sei, was die Beklagte rügt.
Die Pflicht einer Prozesspartei, ihre Sachdarstellungen zu substanziieren, bedeutet, dass sie die Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen hat, dass darüber Beweis abgenommen werden kann. Dabei bestimmt das Bundesrecht, wie weit ein Sachverhalt zu substanziieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 339; seither <ref-ruling> E. 3.3 S. 162; <ref-ruling> E. 2b S. 368; <ref-ruling> E. 3e S. 187 f.).
Vorliegend geht es um die Frage, ob die Beklagte Anspruch auf Fristerstreckung hat. In diesem Zusammenhang ist es nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz substanziierte Behauptungen dazu verlangte, welche konkreten Umstände zu welchen Verzögerungen von welcher Dauer geführt hätten und dass die Beklagte dafür nicht verantwortlich sei. Die Beklagte zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz überhöhte Anforderungen an die Substanziierungspflicht gestellt hätte und welche von ihr geforderten Angaben nicht nötig wären, um den Anspruch auf Fristerstreckung zu substanziieren. Eine Verletzung von Bundesrecht durch überhöhte Substanziierungsanforderungen ist nicht dargetan.
Soweit die Beklagte durch zahlreiche Hinweise auf die Akten zu belegen will, dass sie die Substanziierungsanforderungen erfüllt habe, versucht sie, den von der Vorinstanz verbindlich festgestellten Sachverhalt in Bezug auf die Parteivorbringen im Prozess zu ergänzen, ohne aber dazu eine vorliegend zulässige Sachverhaltsrüge im Sinne von <ref-law> zu erheben. Mit den entsprechenden, von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Vorbringen ist sie nicht zu hören (Erwägungen 3 und 4 vorne).
Es kann der Beklagten auch nicht gefolgt werden, wenn sie eine Verletzung des Beweisführungsanspruchs nach <ref-law> rügt, namentlich weil die Vorinstanz die beantragte Expertise nicht anordnete. Die Ausführung der Vorinstanz ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, wonach die Durchführung eines Beweisverfahrens konkrete Behauptungen voraussetzt und nicht dazu dienen kann, eine ungenügende Sachdarstellung zu vervollständigen (<ref-ruling> E. 3 S. 341 f.; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 2c S. 369).
7.3 Die Beklagte machte im vorinstanzlichen Verfahren geltend, die Klägerin habe - ausserhalb des vorliegenden Prozesses - anerkannt, dass zumindest ein Teil der Verzögerungen nicht der Beklagten angelastet werden könnte. So sei sie in ihrem Schreiben an die Wohnungskäufer vom 25. Juni 2002 zum Schluss gekommen, dass insgesamt 14 Monate der Verzögerung objektiv begründbar gewesen seien. Der Beklagten sei lediglich noch die Verantwortung für eine Bauverzögerung von zehn Monaten angelastet worden. Auf dieser Zugabe sei die Klägerin zu behaften. Es sei widersprüchlich und rechtsmissbräuchlich, wenn die Klägerin im vorliegenden Prozess die erwähnten 14 Monate nun doch der Beklagten anlasten wolle.
7.3.1 Die Vorinstanz lehnte eine Behaftung der Klägerin auf ausserprozessualen Erklärungen ab. Massgebend seien allein die Behauptungen im Prozess. Ein aussergerichtliches Zugeständnis mache die prozessuale Bestreitung nicht unwirksam. Das aussergerichtliche Zugeständnis einer rechtserheblichen Tatsache sei blosse Erkenntnisquelle der Beweiswürdigung. Komme es bei rechtserheblichen, substanziiert dargelegten und im Prozess bestrittenen Tatsachen zu einem Beweisverfahren, so sei das aussergerichtliche Zugeständnis im Rahmen der Beweiswürdigung ein Indiz für die Wahrheit der fraglichen Tatsache. Diese Ansicht der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Soweit die Beklagte dagegen überhaupt eine hinreichend begründete Rüge einer Bundesrechtsverletzung erhebt, kann dazu auf das in der vorstehenden Erwägung 7.2 in fine Ausgeführte verwiesen werden.
7.3.2 Die Beklagte wirft der Vorinstanz in diesem Zusammenhang eine Verletzung von <ref-law> vor, weil sie ein rechtsmissbräuchliches Verhalten der Klägerin verneinte.
<ref-law> gewährt offenbarem Rechtsmissbrauch keinen Rechtsschutz. Ob eine Berechtigung missbräuchlich ausgeübt wird, hängt stets von den Umständen des Einzelfalles ab (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 169; <ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 3d S. 63). Dabei sind die von der Lehre und Rechtsprechung gebildeten Fallgruppen zu beachten (BGE <ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 2a S. 259) wie die Rechtsausübung, die ohne schützenswertes Interesse erfolgt oder zu einem krassen Missverhältnis berechtigter Interessen führen würde (<ref-ruling> E. 2.4 S. 118; <ref-ruling> E. 5.1 S. 497, je mit Hinweis). Rechtsmissbrauch liegt auch vor, wenn ein Rechtsinstitut zweckwidrig zur Verwirklichung von Interessen verwendet wird, die nicht in dessen Schutzbereich liegen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 151 mit Hinweisen). Die Geltendmachung eines Rechts ist ferner missbräuchlich, wenn sie im Widerspruch zu einem früheren Verhalten steht und dadurch erweckte berechtigte Erwartungen enttäuscht (BGE <ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 2a S. 259).
<ref-law> setzt nicht allgemein für bestimmte Arten von Fällen die Bestimmungen des Zivilrechts ausser Kraft, sondern weist das Gericht bloss an, den besonderen Umständen des Einzelfalls Rechnung zu tragen. Die Norm dient als korrigierender "Notbehelf" für die Fälle, in denen formales Recht zu materiell krassem Unrecht führen würde. Rechtsmissbrauch ist restriktiv anzunehmen (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 169; <ref-ruling> E. 2.1. S. 58 f.).
Die Vorinstanz verneinte, dass sich die Klägerin im Sinne eines venire contra factum proprium widersprüchlich verhalten hätte. Dies beanstandet die Beklagte nicht. Hingegen wirft sie der Vorinstanz vor, sie hätte aufgrund des unethischen Verhaltens der Klägerin auf einen Rechtsmissbrauch erkennen müssen. Die Klägerin mache einen zweckwidrigen Gebrauch nicht nur der Rechtsinstitute der prozessualen Bestreitungsmöglichkeiten im Prozess, der Substanziierungspflicht und der Beweislastverteilung sondern auch desjenigen auf Einforderung der Konventionalstrafe. Die Beklagte gründet ihre Argumentation auf der Annahme, dass die Klägerin im Prozess bewusst unwahre Angaben gemacht habe. Diese Annahme findet jedoch im verbindlich festgestellten Sachverhalt des angefochtenen Urteils keine Stütze. Das Verhalten der Klägerin, von dem die Vorinstanz ausging, bestand darin, dass sie auf der einen Seite gegenüber den Käufern durch angeblich unwahre Äusserungen sich von entsprechenden Schadenersatzforderungen entlastet hat und auf der anderen Seite von der Beklagten trotzdem die volle Konventionalstrafe einfordert, die derartige Schäden abgelten sollte. Entgegen der Meinung der Beklagten ist der Vorinstanz beizupflichten, dass deswegen die Schwelle zum Rechtsmissbrauch nicht erreicht ist, zumal eine Konventionalstrafe ohne gegenteilige Abrede auch dann verfallen ist, wenn dem Gläubiger kein Schaden erwachsen ist (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 437). Eine zweckwidrige Verwendung des Instituts der Konventionalstrafe ist nicht anzunehmen. Hingegen hat die Vorinstanz jenes Verhalten der Klägerin und die Tatsache, dass dadurch allenfalls ein gewisses Missverhältnis der Interessen entstand, zu Recht im Rahmen der Herabsetzung der Konventionalstrafe berücksichtigt (dazu hinten Erwägung 15).
7.4 In Bezug auf einen allfälligen Fristerstreckungsanspruch im Zusammenhang mit den "Vorbereitungsarbeiten (Aushub, Hangsicherung, Fundation, Baugrund, Kanal)" erhebt die Beklagte kaum hinlänglich begründete Rügen einer Bundesrechtsverletzung. Ihre Ausführungen erschöpfen sich weitgehend in appellatorischen Darlegungen und in Vorbringen, die in den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz keine Stütze finden, auf die nicht einzutreten ist. Auch soweit sie ihre wiederholte Rüge einer Verletzung des Beweisführungsanspruchs nach <ref-law> einigermassen sachdienlich begründet, vermag sie nicht durchzudringen. Sie wirft der Vorinstanz vor, über ihre substanziierte Behauptung, dass alle Vorbereitungsarbeiten an die W._ AG übertragen worden seien, und die diesbezüglichen Beweisanträge ohne ein Wort hinweggegangen zu sein. Der Vorwurf trifft nicht zu. Die Vorinstanz hat diese Behauptung der Beklagten durchaus gesehen (Urteil S. 51 zweiter Absatz). Sie mass aber letztlich der Frage, ob die Beklagte für einen Teil des Aushubs verantwortlich gewesen sei, keine entscheidende Bedeutung bei und liess sie offen, da die Entlastung der Beklagten bereits an ihrer Pflicht zur Erstellung der Aushubpläne scheitere, die sie nicht einmal nach eigenen Behauptungen rechtzeitig abgeliefert habe, und unklar geblieben sei, welcher Anteil der Verzögerung darauf zurückzuführen sei. Kam aber jener Behauptung der Beklagten keine Entscheidrelevanz zu, bedeutete es auch keine Verletzung von <ref-law>, dass darüber keine Beweise abgenommen wurden.
Auch der Vorwurf einer Verletzung von <ref-law> entbehrt der Grundlage. Die Beklagte vertritt die Meinung, die Ingenieurbüro CX._ AG sei ihr von der Klägerin "aufgezwungen" worden. Es liege eine schadensstiftende Anordnung der Klägerin vor. Die Beklagte hafte daher nicht für Verzögerungen, die Ingenieur C._ anzulasten wären. Die Vorinstanz stellte fest, die Ingenieurbüro CX._ AG sei die Vertragspartnerin der Beklagten gewesen; diese habe dem Büro das Ingenieurmandat erteilt. Dafür, dass ihr dieses Büro von der Klägerin aufgezwungen worden wäre, finden sich im angefochtenen Urteil keine Anhaltspunkte. Vielmehr ist nur die Rede von einem allenfalls geäusserten Wunsch der Klägerin, dem aber die Beklagte nach der vertraglichen Regelung nicht hätte nachkommen müssen. Ist aber in tatsächlicher Hinsicht nicht festgestellt, dass der Beizug der Ingenieurbüro CX._ AG auf Weisung der Klägerin erfolgte, geht der Vorwurf einer Verletzung von <ref-law> von vornherein ins Leere.
7.5 Betreffend die Verzögerung durch die Firma Y._ macht die Beklagte wiederum geltend, die Vorinstanz habe "überspitzt formalistische Ansprüche" an die Substanziierungspflicht der Beklagten gestellt. Dem kann nicht gefolgt werden. Nachdem zwar unbestritten war, dass durch das Verhalten der Firma Y._ eine Verzögerung von zwei Monaten entstanden war, die Klägerin aber behauptete, die Verspätung sei nur im Rahmen der Umgebungsarbeiten relevant gewesen, habe sich aber nicht auf den Bauvollendungstermin im Sinne der Konventionalstrafenregelung ausgewirkt, durfte die Vorinstanz von der Beklagten verlangen, dass sie konkretisiere, welche Arbeiten die Firma Y._ hätte ausführen sollen. Nur so hätte sie beurteilen können, ob die Firma tatsächlich im Rahmen der Erstellung der Wohnungen hätte tätig werden sollen. Überhöhte Anforderungen an die Substanziierungspflicht stellte die Vorinstanz damit nicht.
7.6 Dasselbe gilt in Bezug auf die "Witterungsverhältnisse". Die Vorinstanz hielt die diesbezüglichen Behauptungen der Beklagten für zu unbestimmt. Indem die Beklagte einfach entgegnet, dem sei offensichtlich nicht so, tut sie keine bundesrechtswidrigen Anforderungen an die Substanziierungspflicht dar. Wenn sie sich für diesen Fristerstreckungsgrund wiederum auf das Schreiben der Klägerin an die Wohnungskäufer beruft und die Klägerin auf ihren ausserprozessualen Ausführungen behaften will, so gab die Vorinstanz dem zu Recht nicht statt (vgl. Erwägungen 7.2 in fine und 7.3). Entsprechendes gilt für die geltend gemachte Verzögerung wegen "Arbeitsstillstandes". Auch diesbezüglich konnte der Beklagten die Berufung auf ausserprozessuale Äusserungen der Klägerin nicht weiterhelfen. Die Vorinstanz folgte zu Recht der klägerischen Auffassung, nach der die Beklagte hätte wissen müssen, dass im Kanton Tessin gewisse Arbeitsstillstandszeiten gelten und an Feiertagen keine Bauarbeiten zulässig seien. Sie schloss zutreffend, es habe sich dabei nicht um einen unvorhersehbaren Umstand gehandelt und die Beklagte hätte dies im Rahmen ihrer Terminplanung von Anfang an berücksichtigen können, weshalb nicht einsichtig sei, inwiefern sie sich diesbezüglich entlasten könne. Schliesslich verlangte die Vorinstanz auch im Zusammenhang mit den Käuferwünschen zu Recht, dass die Beklagte die Verzögerungen zufolge von Käuferwünschen im Einzelnen zu substanziieren habe und sich nicht stattdessen auf ausserprozessuale Zugeständnisse der Klägerin berufen könne oder auf eingelegte Beweismittel, aus denen sich die geltend gemachten Verzögerungen ergäben.
Die Ausführung der Vorinstanz ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, wonach die Durchführung eines Beweisverfahrens konkrete Behauptungen voraussetzt und nicht dazu dienen kann, eine ungenügende Sachdarstellung zu vervollständigen (<ref-ruling> E. 3 S. 341 f.; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 2c S. 369).
7.7 Zusammenfassend hält die vorinstanzliche Ablehnung der geltend gemachten Fristerstreckungsansprüche den Einwänden der Beklagten stand.
8. Die Beklagte stellte sich in einer weiteren Argumentationslinie auf den Standpunkt, die Parteien hätten sich auf neue Termine geeinigt bzw. die Klägerin habe jeweils nicht gegen die in den Bausitzungsprotokollen enthaltenen Terminangaben und Terminverschiebungen protestiert und diese damit akzeptiert. Die Vorinstanz folgte dieser Argumentation nicht. Sie erwog, die Parteien hätten im Generalplanervertrag eine Konventionalstrafe für die Nichteinhaltung des Fertigstellungstermins durch die Beklagte vereinbart. Somit könne eine Änderung dieser Regelung nur durch eine Vereinbarung zwischen den Parteien vorgenommen werden. Hingegen könne eine solche Vertragsänderung nicht aus den einseitig verfassten Sitzungsprotokollen hergeleitet werden. Allein aus dem fehlenden Protest einer Partei gegen den Inhalt solcher Protokolle könne keine Zustimmung zu einer Vertragsänderung abgeleitet werden, selbst wenn das Protokoll eine Klausel enthalte, dass es bei fehlendem Gegenbericht als genehmigt gelte. Werde gegen ein Protokoll nicht protestiert, könne höchstens davon ausgegangen werden, dieses gebe die an der Sitzung gemachten Feststellungen richtig wieder. Inwiefern die Vorinstanz mit dieser Auffassung Bundesrecht verletzt haben soll, zeigt die Beklagte nicht auf. Mit ihren Ausführungen begründet sie keine Bundesrechtsverletzung, sondern beharrt lediglich auf ihrem Standpunkt, das Nichtbeanstanden der Sitzungsprotokolle durch die Klägerin bewirke entsprechende Terminverschiebungen. Dass dem jedoch nicht zu folgen ist, hat die Vorinstanz zutreffend dargelegt.
Wenn die Beklagte unter dem Titel "Blosse Vertragsanwendung" ausführt, die Vorinstanz anerkenne, dass es sich bei den vorgenommenen Terminverschiebungen jeweils gar nicht um eine Vertragsänderung, sondern um eine Vertragsanwendung gehandelt habe, weshalb sie ihr nicht die Behauptungs- und Beweislast für eine Vertragsänderung hätte auferlegen dürfen, so beruht dies auf einer ungenauen Lektüre des angefochtenen Urteils. Die Vorinstanz gibt an der von der Beklagten angerufenen Stelle (S. 90/91) lediglich den Standpunkt der Beklagten wieder, ohne sich diesen aber zu eigen zu machen. Davon, dass es sich vorliegend um eine blosse Vertragsanwendung handle, sprach die Vorinstanz nicht. Die Vorbringen der Beklagten gehen daher ins Leere.
Auch soweit die Vorinstanz die Auffassung der Beklagten verworfen hat, die Klägerin handle missbräuchlich, weil sie die Terminverschiebungen zur Kenntnis genommen, gegen die Protokolle nicht protestiert, dann aber doch die Konventionalstrafe geltend gemacht habe, ist keine Bundesrechtsverletzung dargetan. Wie ausgeführt, muss aus dem Nichtbeanstanden der Sitzungsprotokolle nicht auf das Einverständnis zu einer Vertragsänderung betreffend den Fertigstellungstermin oder gar auf einen Verzicht auf die Konventionalstrafe geschlossen werden. Die Vorinstanz hat mit Rücksicht auf <ref-law> zu Recht angenommen, dass der Gläubiger nicht gehalten ist, bereits vor der vollständigen Annahme der Erfüllungshandlungen die Strafe einzufordern oder einen entsprechenden Vorbehalt anzubringen. Ist aber die Vollendung des Werkes bzw. die letzte Erfüllungshandlung massgebend, spielt es entgegen der Auffassung der Beklagten keine Rolle, ob bei Annahme bloss einzelner Teilerfüllungshandlungen der vereinbarte Termin schon verstrichen ist oder nicht.
9. Die Beklagte machte sodann geltend, die Konventionalstrafe sei nach <ref-law> verwirkt. Die Klägerin habe während der gesamten Vertragsdauer nie die verspätete Erfüllung moniert und gestützt darauf die Konventionalstrafe vorbehalten. Insbesondere habe sie die gemäss Terminplan verlaufene Ablieferung der Eigentumswohnungen an die Käufer ab September 2001 vorbehaltlos hingenommen.
Wurde die Strafe für die Nichteinhaltung der Erfüllungszeit oder des Erfüllungsortes versprochen, so kann sie nebst der Erfüllung des Vertrages gefordert werden, solange der Gläubiger nicht ausdrücklich Verzicht leistet oder die Erfüllung vorbehaltlos annimmt (<ref-law>). Die Vorinstanz erwog dazu, der Vorbehalt müsse spätestens bei der Erfüllung - allenfalls unter Einrechnung einer kurzen Reaktionszeit - geschehen. Im Rahmen eines Werkvertrags stelle die Ablieferung des Werks den spätesten Zeitpunkt für die Anbringung des Vorbehalts dar. Erfolge der Erfüllungsvorgang gestreckt, könne der Vorbehalt bis zu dessen Beendigung angebracht werden. Vorliegend habe die Klägerin demnach die Möglichkeit gehabt, den Vorbehalt bis zum Ende des Erfüllungsvorgangs, also bis zur Übergabe der letzten Wohnung an den Käufer, anzubringen. Da aber infolge der vorzeitigen Vertragsbeendigung die Beklagte die Erfüllung nicht mehr vollständig habe vornehmen können, trete die vorzeitige Vertragsbeendigung am 19. Januar 2002 an die Stelle der Erfüllung. Die Klägerin habe mit Schreiben vom 15. Januar 2002 die Geltendmachung der Konventionalstrafe vorbehalten.
Die Beklagte unterzieht diese Erwägungen keiner vorliegend zu hörenden Kritik. Sie baut ihre dagegen vorgebrachten Einwände auf abweichenden Annahmen auf, nämlich wiederum auf ihrer Auffassung, dass der vertragliche Fertigstellungstermin aus den verschiedenen angerufenen Gründen nicht verbindlich sei. Nachdem sie damit jedoch nicht durchzudringen vermochte, gehen auch ihre darauf aufgebauten Vorbringen im Zusammenhang mit einer allfälligen Verwirkung der Konventionalstrafe fehl.
10. Betreffend den Umfang der Konventionalstrafe ermittelte die Vorinstanz in objektiver Vertragsauslegung, wie der "Fertigstellungstermin" gemäss Ziffer 5.2 Absatz 2 des zweiten Teils des Generalplanervertrags zu definieren sei bzw. mit welcher Erfüllungshandlung dieser eingehalten werde. Dabei gelangte sie zum Ergebnis, dass die schlüsselfertige Übergabe der letzten Wohnung gemeint sei, wobei deren Bezugsbereitschaft (und nicht erst die effektive Bezugnahme durch den Käufer) entscheidend sei.
Die dagegen von der Beklagten vorgebrachte Kritik verfängt nicht. Sie ist der Meinung, sie habe das Verhalten der Klägerin (Einigung auf ein Übergabeprogramm bezüglich der Wohnungen; kein Vorbehalt nach Verstreichen des ursprünglichen Termins; Nichtbeanstanden der Sitzungsprotokolle) dahingehend verstehen dürfen, dass eine gestaffelte Erfüllung vertragskonform sei, kein zu Lasten der Beklagten gehender Verzug vorliege und die Konventionalstrafe deshalb nicht geschuldet sei. Damit trägt die Beklagte jedoch nichts dazu bei, wie der vertragliche Begriff des "Fertigstellungstermins" objektiv richtig auszulegen sei. Denn nachträgliches Parteiverhalten ist bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht von Bedeutung; es kann höchstens - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 2.2.2.2 S. 69; <ref-ruling> E. 2.3 S. 680). Dass die Auslegung der Vorinstanz gegen das Vertrauensprinzip verstossen würde, ist nicht dargetan.
Aus dem Gesagten folgt, dass auf die Vorbringen der Beklagten gegen den von der Vorinstanz bejahten Verfall der Konventionalstrafe grösstenteils nicht eingetreten werden kann bzw. dass sich die dagegen erhobenen Rügen als unbegründet erweisen, soweit auf sie einzutreten ist.
11. Die Beklagte rügt eine Verletzung von <ref-law> und einen Ermessensmissbrauch, weil die Vorinstanz die Strafe nicht auf Null herabgesetzt habe. Der Klägerin sei überhaupt kein Schaden entstanden. Sie habe folglich auch keinerlei Interesse, auch nur in reduziertem Umfang an der Strafe festzuhalten. Die Vorinstanz habe nicht begründet, weshalb ein Betrag von Fr. 800'000.-- nicht mehr als krass übersetzt zu gelten habe. Der Betrag sei aber übersetzt. Auf Seiten der Klägerin sei kein schutzwürdiges Interesse vorhanden, sondern nur Bereicherungsstreben. Die Krassheit ergebe sich auch aus der Art und Weise, wie die Klägerin vorgegangen sei. Nämlich dass sie sich jeglicher Schadenersatzforderungen entledigt habe, indem sie die Wohnungskäufer auf objektive Verzögerungsursachen und auf die Verträge verwiesen habe, wonach gar keine verbindlichen Übergabetermine zugesichert worden seien, dass sie nun aber im vorliegenden Verfahren durch "bewusst unwahre Behauptungen" dennoch die volle Strafe zu erlangen versuche.
Die Beklagte ist mit dieser Argumentation nicht zu hören, soweit sie darauf basiert, dass die Klägerin die Konventionalstrafe durch bewusst unwahre Behauptungen zu erlangen versuche. Diese Behauptung findet im angefochtenen Urteil, wie schon ausgeführt (Erwägung 7.3.2), keine Stütze. Wie es sich mit dieser Rüge im Übrigen verhält, wird im Rahmen der Beschwerde der Klägerin, die sich gegen die Herabsetzung der Konventionalstrafe wehrt, geprüft (Erwägung 15, insb. 15.1.4).
12. Die Beklagte führt in ihrer Beschwerde aus, der unter dem Titel Schadenersatz wegen Mängeln zugesprochene Betrag von Fr. 26'046.60 werde akzeptiert, jedoch mit der Honorarnachforderung verrechnet. Sie begründet jedoch mit keinem Wort, weshalb eine Honorarnachforderung, die sie zur Verrechnung bringen könnte, zu Recht bestehen soll. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt ohne weiteres als haltlos bzw. es kann insofern mangels Begründung nicht darauf eingetreten werden.
Beschwerde der Klägerin
13.
13.1 Wenn der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts mit einem Rechtsmittel, das nicht alle Rügen nach Art. 95-98 BGG zulässt, bei einer zusätzlichen kantonalen Gerichtsinstanz angefochten worden ist, so beginnt die Beschwerdefrist erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz (<ref-law>). Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann unter dieser Voraussetzung auch das Urteil der oberen kantonalen Instanz angefochten werden, soweit im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen zulässige Rügen dem höchsten kantonalen Gericht nicht unterbreitet werden konnten (<ref-ruling> E. 1.1). Die innert 30 Tagen seit Eröffnung des Zirkulationsbeschlusses des Kassationsgerichts auch gegen das Urteil des Handelsgerichts vom 4. Februar 2008 eingereichte Beschwerde wurde somit rechtzeitig erhoben.
Die Beklagte ist allerdings der Ansicht, <ref-law> sei nicht anwendbar, da das Kassationsgericht auf alle Rügen der Klägerin nicht eingetreten sei.
<ref-law> kommt nur zur Tragen, wenn das anwendbare kantonale Prozessrecht die Möglichkeit vorsieht, den Entscheid der oberen kantonalen Instanz an eine zusätzliche kantonale Rechtsmittelinstanz mit beschränkter Kognition weiterzuziehen (<ref-ruling>). Tritt die angerufene kantonale Instanz mangels Zulässigkeit des Rechtsmittels darauf nicht ein, sind die Voraussetzungen für eine Mitanfechtung des Entscheids der unteren Instanz nicht gegeben (<ref-ruling> E. 1.4). Fälle, in denen <ref-law> trotz Weiterzug nicht zur Anwendung gelangt, sind indessen mit Zurückhaltung anzunehmen. Zu denken ist neben dem Fall, in dem gegen den Entscheid des oberen kantonalen Gerichts nach kantonalem Prozessrecht für den Rechtssuchenden erkennbar gar kein Rechtsmittel an eine weitere kantonale Instanz mit beschränkter Kognition offensteht, auch an die Konstellation, in der die Kassationsinstanz wegen zu spät ergriffener kantonaler Beschwerde auf diese nicht eintritt, sowie an den offenbaren Rechtsmissbrauch (<ref-ruling> E. 1.3 S. 340; Urteil 4A_216/2008 vom 20. August 2008 E. 1.2).
In casu liegt kein solcher Fall vor. So steht ausser Frage, dass der Entscheid des Handelsgerichts nach dem anwendbaren kantonalen Zivilprozessrecht mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht angefochten werden konnte. Soweit das Kassationsgericht auf die Beschwerde der Klägerin nicht eintrat, erfolgte dies nicht etwa, weil das Rechtsmittel an sich unzulässig gewesen wäre, sondern weil sich das Kassationsgericht zur Prüfung der erhobenen Rügen nicht zuständig erachtete oder die Rügen ungenügend begründet waren. In einem solchen Fall bleibt <ref-law> anwendbar (<ref-ruling> E. 1.3).
Die Beschwerde der Klägerin ist damit rechtzeitig erhoben worden, auch soweit sie sich gegen das Handelsgerichtsurteil richtet.
13.2 Soweit sich die Beschwerde gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts richtet, kann allerdings nicht auf sie eingetreten werden.
Die Klägerin verlangt mit ihren präzisierten Rechtsbegehren ausdrücklich nur insoweit die Aufhebung desselben, als die Beschwerde der Klägerin abgewiesen wurde. Nun ist aber das Kassationsgericht auf nahezu sämtliche Rügen der Klägerin nicht eingetreten. Die Klägerin hätte diesbezüglich beantragen müssen, der Zirkulationsbeschluss sei (auch) insoweit aufzuheben, als auf ihre Beschwerde nicht eingetreten wurde. Dies hat sie nicht getan, was die Unzulässigkeit der Beschwerde zur Folge hat, da das Bundesgericht nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen darf (<ref-law>).
Das Kassationsgericht hat - soweit seine Entscheidgründe vorliegend gerügt wurden - einzig die Rüge einer Verletzung der Verhandlungsmaxime (<ref-law>-ZH) als unbegründet beurteilt und entsprechend im Dispositiv die Beschwerde der Klägerin abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann. Insofern ist das Rechtsbegehren der Klägerin, welche die Aufhebung des Zirkulationsbeschlusses verlangt, soweit die Beschwerde der Klägerin abgewiesen wurde, gedeckt und zulässig. Indessen kann auf die Beschwerde insoweit mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht eingetreten werden. Die Klägerin bringt zwar vor, das Kassationsgericht habe die Rüge der Verletzung der Verhandlungsmaxime in willkürlicher Weise verworfen. Was sie aber zur Begründung vorträgt genügt den strengen Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge nicht (<ref-law>; oben Erwägung 5.1), sondern stellt blosse appellatorische Kritik dar.
13.3 Hinsichtlich der Frage, welche Rügen gegen das Urteil des Handelsgerichts zulässig sind, kann auf die vorstehende Erwägung 3 verwiesen werden.
Dies gilt auch uneingeschränkt für die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs wegen angeblich mangelhafter Begründung des angefochtenen Entscheids. Insoweit ist auf Folgendes hinzuweisen: Die Klägerin erhebt solche Rügen gegen das Urteil des Handelsgerichts mit dem Hinweis, das Kassationsgericht des Kantons Zürich trete in konstanter Praxis auf die Rüge der Verletzung von <ref-law> nicht ein, wenn eine Verletzung der Begründungspflicht mit Bezug auf die Anwendung von Bundesrecht geltend gemacht werde, weshalb insoweit der kantonale Instanzenzug (<ref-law>) erschöpft sei . Die Klägerin versucht, den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts vom 23. März 2009 bezüglich dieser Nichteintretenspraxis wegen willkürlicher Anwendung von <ref-law>/ZH anzufechten, worauf indessen mangels sachdienlichem Antrag nicht eingetreten werden kann (vorstehende Erwägung 13.2; die entsprechende Willkürrüge wäre überdies auch nicht hinlänglich begründet [<ref-law>; Erwägung 5.1 vorne]).
Dass sich vorliegend eine Aufhebung des Zirkulationsbeschlusses des Kassationsgerichts insoweit verbietet, weil dies vom Rechtsbegehren der Klägerin nicht gedeckt wäre, bedeutet indessen nicht, dass Rügen zu behandeln sind, auf die das Kassationsgericht offensichtlich zu Unrecht nicht eingetreten ist (Urteil 4A_398/2008 vom 18. Dezember 2008 E. 1.2.2, nicht publ. in <ref-ruling>). Dies ist bezüglich der fraglichen Rügen der Fall. Denn <ref-law>/ZH sieht ausdrücklich die Zulässigkeit der Nichtigkeitsbeschwerde vor, wenn eine Verletzung von <ref-law> geltend gemacht wird (Erwägung 3 vorne). Wird eine Verletzung von <ref-law> durch mangelnde Entscheidbegründung in Bezug auf die Anwendung von Bundeszivilrecht gerügt, beschlägt dies entgegen der Ansicht des Kassationsgerichts nicht die korrekte Anwendung von Bundeszivilrecht, sondern einzig den Anspruch auf rechtliches Gehör und muss die Nichtigkeitsbeschwerde daher nach dem klaren Wortlaut von <ref-law>/ZH zugelassen werden. Denn die grundrechtliche Gehörsgarantie verleiht keinen Anspruch auf einen sachlich richtigen Entscheid (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2b, je mit Hinweisen), und ob ein Entscheid dem aus dem rechtlichen Gehör fliessenden Anspruch auf Begründung zu genügen vermag, entscheidet sich einzig nach dem formellen Gesichtspunkt, ob kurz die wesentlichen Überlegungen genannt werden, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236, je mit Hinweisen). Demgegenüber ist die materielle Richtigkeit der Begründung, namentlich die Bundesrechtskonformität derselben, keine Frage, ob der Entscheid den formellen Anforderungen an die Begründung genügt, wie sie aus <ref-law> fliessen, sondern Gegenstand der materiellen Beurteilung (vgl. Urteil 4A_106/2009 vom 1. Oktober 2009 E. 4.4, nicht publ. in BGE 135 III XXX; <ref-ruling> E. 4.3 S. 540; <ref-ruling> E. 2d in fine S. 242).
13.4 Unter Vorbehalt dieser Ausführungen und einer rechtsgenüglichen Begründung (Erwägung 5.1 vorne) ist auf die Beschwerde der Klägerin gegen das Urteil des Handelsgerichts einzutreten.
14. Das Handelsgericht errechnete für 18 Monate Verspätung à Fr. 100'000.-- eine Konventionalstrafe von Fr. 1,8 Mio. Diese Summe erachtete es als krass übersetzt und setzte die geschuldete Konventionalstrafe auf Fr. 800'000.-- herab. Während die Beklagte eine Herabsetzung auf Null fordert (vgl. Erwägung 11 vorne), hält die Klägerin jegliche Herabsetzung für unberechtigt.
14.1 Nach <ref-law> hat der Richter eine übermässig hohe Konventionalstrafe nach seinem Ermessen herabzusetzen. Dabei ist aus Gründen der Vertragstreue und der Vertragsfreiheit Zurückhaltung geboten, denn die Strafe kann von den Parteien an sich in beliebiger Höhe festgesetzt werden (<ref-law>). Ein richterlicher Eingriff in den Vertrag rechtfertigt sich nur, wenn der verabredete Betrag so hoch ist, dass er das vernünftige, mit Recht und Billigkeit noch vereinbare Mass übersteigt. Eine Herabsetzung der Konventionalstrafe rechtfertigt sich insbesondere, wenn zwischen dem vereinbarten Betrag und dem Interesse des Ansprechers, daran im vollen Umfang festzuhalten, ein krasses Missverhältnis besteht. Ob diese Voraussetzung gegeben ist, entscheidet sich nicht allgemein, sondern hängt von den Umständen des Einzelfalles ab. Dazu gehören insbesondere die Art und Dauer des Vertrags, die Schwere des Verschuldens und der Vertragsverletzung, das Interesse des Ansprechers an der Einhaltung des Verbots sowie die wirtschaftliche Lage der Beteiligten, namentlich des Verpflichteten. Zu berücksichtigen sind ferner allfällige Abhängigkeiten aus dem Vertragsverhältnis und die Geschäftserfahrungen der Beteiligten. Gegenüber einer wirtschaftlich schwachen Partei rechtfertigt sich eine Herabsetzung eher als unter wirtschaftlich gleichgestellten und geschäftskundigen Vertragspartnern (<ref-ruling> E. 3.3.1/3.3.2 S. 48 f., 201 E. 5.2 S. 209 f.; <ref-ruling> E. 1a S. 264 f. mit Hinweisen).
14.2 Nicht der Gläubiger hat die Angemessenheit der Konventionalstrafe darzutun, sondern der Schuldner hat die tatsächlichen Voraussetzungen einer Herabsetzung zu behaupten und zu beweisen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 53 f., 201 E. 5.2 S. 210; <ref-ruling> E. 1b).
14.3 Das Ermessen des Richters (<ref-law>; <ref-law>) bezieht sich sowohl auf die Frage der Übermässigkeit der Strafe als auch auf den Umfang der Herabsetzung. Beide Mal hat der Richter nach Recht und Billigkeit zu entscheiden (<ref-ruling> E. 5.2 S. 210).
14.4 Diesen Ermessensentscheid überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2 S. 123 f.; <ref-ruling> E. 5.4 S. 211 mit Hinweisen).
15. Im Lichte dieser Grundsätze sind die Vorbringen der Parteien zu prüfen.
15.1 Die Vorinstanz erachtete die Konventionalstrafe von 1,8 Mio. angesichts der beidseitigen Interessen als geradezu krass übersetzt. Sie rechtfertigte die Herabsetzung zunächst mit dem Umstand, dass sich die Klägerin mit der Zusprechung der vollen Konventionalstrafe bereichern würde. Die Klägerin anerkenne, dass sie durch ihre - angeblich unwahren - Angaben gegenüber den Käufern Schadenersatzforderungen habe entgehen können. Einen gleichwohl entstandenen Verspätungsschaden habe sie nicht ansatzweise begründet, einen gar gravierenden solchen nicht einmal glaubhaft gemacht. Dass es gewisse Mehrkosten gegeben haben dürfte, bezweifelte die Vorinstanz hingegen nicht.
15.1.1 Die Klägerin sieht zunächst <ref-law> verletzt, weil die Vorinstanz ihr den Beweis für einen Verspätungsschaden auferlegt habe, obwohl doch die Beklagte die Voraussetzungen für eine Herabsetzung hätte behaupten und beweisen müssen. Die Beklagte habe aber nur oberflächlich und damit unsubstanziiert behauptet, es sei der Klägerin kein Schaden entstanden. Deshalb hätte die Vorinstanz dieses Kriterium (kein Schaden) gar nicht heranziehen dürfen. Indem sie es trotzdem getan habe, habe sie <ref-law> und <ref-law> verletzt, wonach die Konventionalstrafe trotzdem verfalle, wenn dem Gläubiger kein Schaden erwachsen sei. Gleichzeitig würden <ref-law> und <ref-law> verletzt, da in diesem Vorgehen eine offensichtlich stossende Ermessensausübung liege.
15.1.2 Die tatsächlichen Voraussetzungen einer Herabsetzung und damit auch das Missverhältnis zum Erfüllungsinteresse sind nicht vom Gläubiger, sondern vom Schuldner zu behaupten und nachzuweisen (Erwägung 14.2 vorne). Allerdings kann der Schuldner in Bezug auf den Schaden, der dem Gläubiger entstanden ist, aus eigener Kenntnis oft nichts darlegen, weshalb vom Gläubiger verlangt werden darf, seinen Schaden zu beziffern und die Behauptung, es liege kein oder bloss ein geringer Schaden vor, substanziiert zu bestreiten. Der Gläubiger muss sein Interesse aber nicht ziffernmässig nachweisen; denn damit würde <ref-law> umgangen. Ebensowenig darf sich der Richter bei der Prüfung, ob ein Missverhältnis vorliege und die Strafe deshalb herabzusetzen sei, mit dem eingetretenen Schaden begnügen, da dieser dem Interesse des Ansprechers, an der Konventionalstrafe im vollen Umfang festzuhalten, nicht entsprechen muss. Eine Konventionalstrafe kann mithin nicht schon deshalb als übermässig bezeichnet werden, weil sie den Betrag übersteigt, den der Gläubiger als Schadenersatz wegen Nichterfüllung beanspruchen könnte; diesfalls verlöre die Strafe ihren Sinn (<ref-ruling> E. 4.1 S. 54; <ref-ruling> E. 1b).
Soweit in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung auf den höchstmöglichen Schaden als Bezugsgrösse verwiesen wird (BGE <ref-ruling> E. 1b S. 265; <ref-ruling> S. 109), bedeutet dies nicht, das Gericht müsse abstrakt den grösstmöglichen Schaden bestimmen. Das Interesse des Gläubigers an der Beibehaltung der vollen Konventionalstrafe ist konkret im Zeitpunkt der Vertragsverletzung zu beurteilen, wobei die gesamten Umstände zu berücksichtigen sind. Daher kann gerade das Missverhältnis zwischen dem tatsächlichen bzw. wahrscheinlichen und dem von den Parteien als möglich vorausgesehenen Schaden einen Herabsetzungsgrund bilden (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen).
Bisweilen erlauben freilich nicht vorhersehbare günstige Umstände dem Gläubiger, den Schaden gering zu halten oder von der Vertragsverletzung gar zu profitieren, beispielsweise wenn der Beklagte mit einem anderen Vertragspartner trotz objektiv gleichbleibenden Verhältnissen einen vorteilhafteren Vertrag aushandeln kann. Ist aber im Zeitpunkt des Vertragsbruches nicht mit Sicherheit von deren Vorliegen auszugehen, bleibt es dabei, dass das Risiko eines weit höheren Schadens besteht. Der Gläubiger hat ein berechtigtes Interesse daran, derartige Risiken zu vermeiden. Die Angemessenheit der Konventionalstrafe ist daher nicht allein im Hinblick auf den tatsächlich entstandenen Schaden zu beurteilen, sondern es ist bei Würdigung der gesamten Umstände auch das Schadensrisiko, dem der Gläubiger im konkreten Fall ausgesetzt war, zu berücksichtigen sowie weitere Inkonvenienzen. Unterlässt es der Gläubiger aber bewusst, die ihm möglichen Angaben zum tatsächlichen Schaden oder zum konkreten Schadensrisiko zu machen, die der Schuldner aus eigener Kenntnis nicht beibringen kann, ist das Gericht nicht gehalten, abstrakt von einem möglichst hohen Schaden auszugehen, da sich das Schadensrisiko nicht unabhängig von den konkreten Umständen abschätzen lässt (<ref-ruling> E. 4.3 S. 54 f. mit Hinweisen).
15.1.3 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz hat die Beklagte sehr wohl behauptet, der Klägerin sei kein Schaden entstanden, namentlich dass sie erfolgreich allfällige Schadenersatzansprüche der Wohnungskäufer habe abwehren können. Lagen aber entsprechende Behauptungen der Beklagten vor, durfte die Vorinstanz, ohne <ref-law> oder <ref-law> zu verletzen, von der Klägerin verlangen, dass sie ihre Bestreitung substanziiere und ihren angeblichen Verspätungsschaden konkretisiere. Eine Bezifferung verlangte die Vorinstanz nicht. Die Vorinstanz stellte aber fest, die Klägerin habe noch nicht einmal versucht, einen solchen Verspätungsschaden zu konkretisieren. Im Gegenteil habe sie anerkannt, tatsächlich Schadenersatzforderungen der Wohnungskäufer entgangen zu sein. Die Klägerin behauptet mit Verweis auf ihre Klage (Rz. 56), den ihr durch die Bauverzögerung entstandenen Schaden substanziiert zu haben. Die von der Klägerin an besagter Stelle vorgetragene "Berechnung" von 380 zusätzlichen Tagen à Fr. 6'000.-- pro Tag liess die Vorinstanz nicht genügen, da diese Berechnung nicht auf behaupteten effektiven solchen Beträgen basiere, sondern auf einer Art fiktiven "Vorhaltezeitschätzung" für angeblich länger tätig gewesene Unternehmer. Nachdem diese Darlegung in der Tat in der Luft hing und zu Recht als weder plausibel noch der Bauwirklichkeit entsprechend beurteilt wurde, stellte die Vorinstanz keine zu hohen Anforderungen an die Substanziierungspflicht, wenn sie verlangte, die Klägerin hätte angeben müssen, welche Unternehmer konkret weshalb zu welchen Mehrkosten welche zusätzlichen oder Mehrleistungen wegen der Bauverzögerung hatten erbringen müssen. Die entsprechende Rüge der Klägerin ist unbegründet.
Die Klägerin verweist sodann auf ihre Ausführungen im Zusammenhang mit den geltend gemachten Mehrkosten aufgrund von Kostenüberschreitungen gestützt auf die in Ziffer 5.2 des zweiten Teils des Generalplanervertrags vereinbarte Bonus/Malusregelung. Damit habe sie ihren Verzögerungsschaden substanziiert, was die Vorinstanz unberücksichtigt gelassen habe. Diese Hinweise helfen der Klägerin nicht. Sie vermag damit nicht darzutun, dass sie ihren Verspätungsschaden in einer den vorstehend dargestellten, bundesrechtskonformen Substanziierungsanforderungen genügenden Weise dargetan hätte, zumal die Vorinstanz auch bezüglich der unter dem Titel "Kostenüberschreitung" geltend gemachten Mehrkosten festgestellt hat, dass es an einer genügenden Darlegung mangle und diese geforderten Mehrkosten auch andere Mehrkosten als verzögerungsbedingte umfassten .
Schliesslich wirft die Klägerin der Vorinstanz vor, nur geprüft zu haben, ob ein tatsächlicher Schaden dargetan sei, jedoch die Klage- und Reputationsrisiken ausser Acht gelassen zu haben. Was die Reputationsrisiken anbelangt, geht aus den verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil nicht hervor und wird von der Beklagten auch nicht mittels Hinweisen auf dieses belegt, dass sie solche im kantonalen Verfahren substanziiert geltend gemacht hätte. Was die Klagerisiken anbelangt, durfte die Vorinstanz die Klägerin auf ihrem Eingeständnis behaften, sie habe den Käufern mehrere Ursachen für die Bauverzögerung angegeben, welche nicht auf sie selbst zurückfallen konnten, um sich keinem Klagerisiko auszusetzen. Nachdem die Vorinstanz somit davon ausgehen konnte, dass bereits das Klagerisiko erfolgreich abgewehrt worden war, ist nicht einzusehen, inwiefern ein solches der Herabsetzung hätte entgegenstehen müssen. Die Klägerin tut nicht dar, dass sie - abgesehen vom abgewehrten Risiko von Klagen der Wohnungskäufer - Angaben zu einem konkreten Schadensrisiko gemacht hätte. Folglich musste auch kein solches beachtet werden.
Die Vorinstanz durfte daher als Herabsetzungsgrund berücksichtigen, dass der Klägerin - ausser "gewisser Mehrkosten" - kein Schaden aus der Verzögerung erwachsen resp. kein solcher dargetan war. Dass sie diesen Umstand - zusammen mit weiteren Elementen, wie namentlich dem nicht schweren Verschulden der Beklagten an der Vertragsverletzung (dazu Erwägung 15.2) - zum Anlass für eine erhebliche Herabsetzung der Konventionalstrafe um ca. 55 % nahm, muss nicht als stossend beurteilt werden. Vielmehr liegt dies noch im Rahmen des Ermessens, konnte doch mit einer solchen Herabsetzung erreicht werden, dass das angesichts des fast gänzlich fehlenden Schadens bestehende krasse Missverhältnis zwischen dem vereinbarten Betrag und dem Interesse der Klägerin, daran im vollen Umfang festzuhalten, auf ein vertretbares Mass reduziert wurde.
15.1.4 Das zuletzt Gesagte gilt aber auch nach der anderen Seite hin. Entgegen der Meinung der Beklagten kann kein Ermessensmissbrauch darin gesehen werden, dass die Vorinstanz wegen des nahezu fehlenden Schadens die Konventionalstrafe nicht auf Null herabgesetzt hat. Die Beklagte lässt zum einen ausser Acht, dass die Vorinstanz zwar nicht von Schadenersatzforderungen der Wohnungskäufer, aber doch von "gewissen Mehrkosten" der Klägerin ausging. Es trifft daher nicht zu, dass bei der Klägerin überhaupt kein schutzwürdiges Interesse an der Konventionalstrafe, sondern nur "Bereicherungsstreben" vorhanden war. Sodann ist eine Konventionalstrafe nicht einfach in dem Umfang als übermässig zu betrachten, als ihr betragsmässig kein entsprechender Schaden gegenüber steht (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 54). Die Konventionalstrafe ist Gegenstand einer selbständigen Verpflichtung, die von der Haftung für Schaden zu unterscheiden ist; das erhellt schon daraus, dass sie gemäss <ref-law> selbst dann verfällt, wenn dem Gläubiger kein Schaden erwachsen ist (BGE <ref-ruling> E. 1b S. 265). Sodann hat die Konventionalstrafe immer auch Straffunktion (<ref-ruling> E. 4a S. 468; Urteil 4C.241/2005 vom 25. Oktober 2005 E. 3.2). Die Vorinstanz verletzte daher <ref-law> nicht, indem sie die Strafe nicht auf Null herabsetzte, obwohl von erfolgreich abgewehrten Schadenersatzforderungen der Wohnungskäufer auszugehen war, worin im Zeitpunkt der Vertragsverletzung immerhin ein Schadensrisiko lag.
15.2 Die Vorinstanz zog sodann in Betracht, dass das Verschulden der Beklagten an der Vertragsverletzung nicht als schwer zu bezeichnen sei. Es hätten verschiedene, sie auch entlastende Faktoren mitgewirkt (verspätet eingetroffene Käuferwünsche, von der Klägerin gewünschte Projektüberarbeitungen, Witterung, schwieriger Baugrund, die auf Vorschlag der Klägerin erfolgte Auftragserteilung an Ingenieur C._).
15.2.1 Die Klägerin moniert eine bundesrechtswidrige Herabsetzung der Konventionalstrafe wegen des von der Vorinstanz angenommenen nicht schweren Verschuldens der Beklagten. Diese habe nirgends behauptet, dass sie ein bloss geringes Verschulden an der Vertragsverletzung treffe. Sie habe nicht behauptet und nachgewiesen, dass und inwiefern diverse äussere Umstände (Projektüberarbeitungen, Kundenwünsche, Witterung, Baugrund, Auftragserteilung an Bauingenieur C._) eingetreten seien, die ihr Verschulden als gering erscheinen lassen müssten. Die Vorinstanz stütze die vorgenommene Herabsetzung auf blosse Mutmassungen, und verstosse damit gegen <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>. Die Vorinstanz argumentiere widersprüchlich, wenn sie auf der einen Seite die geltend gemachten Umstände zur Rechtfertigung einer Fristerstreckung mangels Substanziierung nicht zulasse, auf der anderen Seite aber unter Zugrundelegung genau solcher Umstände ein bloss nicht schweres Verschulden der Beklagten an der Vertragsverletzung annehme. Das sei eine unhaltbare Ermessensausübung.
15.2.2 Soweit die Klägerin geltend macht, die Vorinstanz habe ein nicht schweres Verschulden der Beklagten berücksichtigt, obwohl die Beklagte nirgends entsprechende Behauptungen aufgestellt habe, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Denn diese Rüge beschlägt nicht die Verletzung von Bundeszivilrecht, sondern der Verhandlungsmaxime, bei der es sich um einen kantonalrechtlichen Grundsatz handelt (<ref-ruling> E. 1b S. 251; <ref-ruling> E. 2d S. 218; <ref-ruling> E. 3b). Zur Rüge von dessen Verletzung wäre die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich offen gestanden, weshalb die entsprechende Rüge gegen das Urteil des Handelsgerichts unzulässig ist (Erwägung 3 vorne).
Davon abgesehen stellte die Beklagte nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz ein Verschulden an der entstandenen Bauverzögerung konsequent in Abrede. In der Behauptung, gar kein Verschulden zu tragen, ist - a maiore minus - auch die Behauptung eingeschlossen, bloss ein geringes Verschulden zu tragen. Auch hat sich die Beklagte eingehend auf die genannten äusseren Umstände (verspätet eingetroffene Käuferwünsche, von der Klägerin gewünschte Projektüberarbeitungen, Witterung, schwieriger Baugrund, die auf Vorschlag der Klägerin erfolgte Auftragserteilung an Ingenieur C._) berufen, um sich von jeglicher Verantwortung zu entziehen.
Nun hat die Vorinstanz zwar - dies zu den weiteren Rügen der Klägerin - die Vorbringen der Beklagten zu den genannten Umständen nicht genügen lassen, um ihr deswegen einen Anspruch auf Fristerstreckung zuzuerkennen (vgl. oben Erwägung 7). Das verbot ihr aber nicht, diese Umstände bei der Gewichtung des Verschuldens heranzuziehen, vor allem, weil die Klägerin selber gegenüber den Wohnungskäufern die Verzögerung mit diversen Drittursachen begründet hatte. Die Vorinstanz hat daraus verbindlich auf eine gewisse Plausibilität der tatsächlichen Vorbringen der Beklagten geschlossen und durfte ihr damit zubilligen, dass auch äussere Umstände, wie die Witterung oder ein schwieriger Baugrund auf den Bauablauf eingewirkt haben.
Ebenso wenig ist es rechtswidrig, dass die Vorinstanz die von der Klägerin gewünschten Projektüberarbeitungen im Rahmen der Gewichtung des Verschuldens berücksichtigte. Sie erachtete es lediglich als nicht hinreichend substanziiert, dass die Projektüberarbeitungen derart umfassend gewesen seien, dass sie der Beklagten Anspruch auf Fristerstreckung gegeben und sie von jeglicher Verantwortung für die Bauverzögerung entlastet hätten. Dass hingegen gewisse Projektänderungen erfolgt waren, stand fest, und die Vorinstanz stellte verbindlich fest, dass diese Projektänderungen mit Sicherheit erhebliche zusätzliche Aufwendungen verursacht haben.
Auch kann der Vorinstanz keine pflichtwidrige Ermessensausübung vorgeworfen werden, wenn sie der Beklagten zugestand, dass die individuellen Käuferwünsche nicht einfach zu handhaben waren und dass die Berücksichtigung der - aus der Sicht der Beklagten verspätet eingetroffenen - Käuferwünsche letztlich auch der Klägerin zugute kam, indem dadurch die Kundenzufriedenheit erhöht worden sei. In der Tat entspricht es der allgemeinen Lebenserfahrung und war bereits im Zeitpunkt der Vertragsverletzung zu erwarten, dass die Käufer bei Berücksichtigung ihrer individuellen Ausbauwünsche zufriedener sind und dies dem Verkäufer zum Vorteil gereicht. Dies musste von der Beklagten nicht konkret nachgewiesen werden, und es scheidet daher auch eine Verletzung von <ref-law> aus.
Was schliesslich die Auftragserteilung an das Ingenieurbüro C._ anbelangt, so stellte die Vorinstanz fest, dass die Beklagte dazu zwar nicht gezwungen war, aber der Beizug dieses Büros doch auf Vorschlag der Klägerin erfolgte. Die Klägerin wendet ein, die Vorinstanz habe selbst "grosse Zweifel" daran geäussert, ob die Klägerin tatsächlich den Wunsch geäussert habe, das Ingenieurbüro C._ beizuziehen. Es trifft zu, dass die Vorinstanz auf Seite 55 eine offene Formulierung wählte ("- falls dieser [der Wunsch der Klägerin] tatsächlich geäussert wurde -"). Auf Seite 108 spricht sie dann aber klar vom "Vorschlag der Klägerin", das Ingenieurbüro C._ zu engagieren. Damit ist vorliegend in tatsächlicher Hinsicht verbindlich von einem entsprechenden Vorschlag der Klägerin auszugehen. Die Klägerin stellt denn auch nicht klar in Abrede, einen solchen Vorschlag gemacht zu haben. Sie vermag im Übrigen nicht darzutun, inwiefern es unhaltbar sein soll, wenn die Vorinstanz als Umstand für die Herabsetzung der Konventionalstrafe berücksichtigte, dass der Vorschlag der Klägerin, Ingenieur C._ zu engagieren, sich als unglückliche Lösung erwiesen habe, da dieser mangels zufriedenstellender Leistungen habe entlassen und ein neuer Ingenieur mit der Aufgabe habe betraut werden müssen.
15.2.3 Die Klägerin rügt, die Vorinstanz hätte auch Umstände in Betracht ziehen müssen, die gegen das Vorliegen eines "nicht schweren" Verschuldens sprechen. So spreche zum Beispiel für ein schweres Verschulden der Beklagten an der Vertragsverletzung, dass die vorgesehene Bauzeit von 23 Monaten um 18 Monate und somit um 78 % überschritten worden sei. Dem angefochtenen Urteil ist nicht zu entnehmen und die Klägerin belegt nicht Hinweisen auf dieses, dass die Klägerin diesen Umstand vor der Vorinstanz als gegen die Herabsetzung sprechenden Grund geltend gemacht hätte. Auch wenn das Sachgericht die Herabsetzung der Konventionalstrafe in Würdigung der Umstände des Einzelfalles vorzunehmen hat, ist es nicht gehalten, von sich aus nach Umständen, welche die Parteien nicht geltend gemacht haben, zu forschen. Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass die Vorinstanz die Dauer der Vertragszeitüberschreitung nicht einfach ausser Acht liess. Sie hat die vorgenommene Herabsetzung ergänzend damit begründet, dass die Beklagte von der Klägerin selbst gegenüber den mit der Terminverzögerung ebenso konfrontierten Wohnungskäufern nur in einem Umfang von 10 Monaten als für die Verspätung verantwortlich bezeichnet wurde.
15.2.4 Nach dem Gesagten ist die Beurteilung der Vorinstanz, das Verschulden der Beklagten an der Vertragsverletzung sei nicht als schwer zu bezeichnen, und die Berücksichtigung des nicht schweren Verschuldens als Herabsetzungsgrund bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
15.3 Die Klägerin leitet aus der Ausdrucksweise der Vorinstanz, wonach die Beklagte ein "nicht schweres" Verschulden treffe, allerdings ab, dass die Vorinstanz nicht von einem leichten, sondern von einem mittelschweren Verschulden ausgehe. Bei der Frage, ob ein mittelschweres Verschulden eine Herabsetzung der Konventionalstrafe rechtfertige, sei die zu <ref-law> ergangene Lehre und Rechtsprechung zu berücksichtigen. Danach sei eine Reduktion des Schadenersatzes ausgeschlossen, wenn das Verschulden des Schädigers als mittelschwer oder zumindest grob fahrlässig zu bezeichnen sei.
Es trifft zu, dass die Vorinstanz nicht von "leichtem Verschulden" sondern von "nicht schwerem Verschulden" spricht. Daraus muss aber nicht zwingend folgen, dass sie ein mittelschweres Verschulden meint. Im Gegenteil finden sich im angefochtenen Urteil keine Anhaltspunkte, und solche wurden von der Klägerin auch nicht dargetan, die für ein mittelschweres Verschulden der Beklagten sprechen. Die Frage einer analogen Anwendung von <ref-law> stellt sich daher in casu nicht. Immerhin ist anzumerken, dass der Richter entgegen der Meinung der Klägerin im Rahmen der Herabsetzung einer übermässig hohen Konventionalstrafe <ref-law> nicht in dem Sinn entsprechend anwenden muss, dass eine Herabsetzung nur bei leichtem Verschulden in Frage kommt (betreffend <ref-law> vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 240 mit Hinweis). Die Herabsetzung einer Konventionalstrafe nach <ref-law> ist vom Richter nach freiem, aber pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen und richtet sich nicht nach den für das Haftpflichtrecht aufgestellten Regeln. Gleichwohl sei angemerkt, dass sich in der Lehre auch Stimmen finden, die sich dafür aussprechen, dass der Richter im Rahmen von <ref-law> die Ersatzpflicht auch bei mittelschwerem Verschulden reduzieren darf (BREHM, Berner Kommentar, N. 79 zu <ref-law>; SCHNYDER, Basler Kommentar, N. 9 zu <ref-law>). Die Frage braucht hier nicht vertieft zu werden, da - wie gesagt - <ref-law> nicht analog anwendbar ist und ohnehin keine Anhaltspunkte für ein mittelschweres Verschulden dargetan sind. Die Vorinstanz hat weder <ref-law> noch <ref-law> verletzt, indem sie der Beklagten im Rahmen der Herabsetzung der Konventionalstrafe das "nicht schwere Verschulden" zugute hielt.
15.4 Die Klägerin wirft der Vorinstanz schliesslich vor, gewisse Umstände, die gegen eine Herabsetzung der Konventionalstrafe sprechen, nicht berücksichtigt zu haben, so die wirtschaftliche Lage der Parteien und ihre Geschäftserfahrenheit. Weder sei die finanzielle Lage der Beklagten angespannt oder sei sie von der Klägerin abhängig noch sei die Beklagte geschäftsunerfahren. Vielmehr habe sie die Vorinstanz als eine "im Bauwesen erfahrene Fachperson" bezeichnet.
Es trifft zu, dass die wirtschaftliche Lage und die Geschäftserfahrung der Beteiligten beim Ermessensentscheid über eine Herabsetzung der Konventionalstrafe berücksichtigt werden können (Erwägung 14.1). Die Möglichkeit der Herabsetzung übermässig hoher Konventionalstrafen dient dem Schutz des Schuldners. Hätte die Vorinstanz angenommen, bei der Beklagten handle es sich um eine wirtschaftlich schwache und geschäftsunerfahrene Partei, hätte sich die Berücksichtigung dieser Umstände zugunsten der Beklagten ausgewirkt. Dasselbe gilt, falls die Beklagte von der Klägerin wirtschaftlich abhängig gewesen wäre. Indem die Vorinstanz solches nicht festgestellt und demnach auch nicht durch eine weitergehende Herabsetzung berücksichtigt hat, wurde die Klägerin nicht belastet. Dass sich umgekehrt eine Herabsetzung der Strafe allein deshalb verbieten würde, weil die Beklagte als eine "im Bauwesen erfahrene Fachperson" gilt, kann nicht befürwortet werden. Die Behauptung der Klägerin, dass die finanzielle Lage der Beklagten nicht angespannt sei, ist neu. Im angefochtenen Urteil ist dazu nichts festgestellt. Es wäre aber Sache der Klägerin gewesen, die Umstände darzutun, die ihrer Meinung nach gegen eine Herabsetzung der Strafe sprechen.
Wenn die Klägerin schliesslich die Übermässigkeit der Konventionalstrafe mit dem Argument in Abrede stellt, dass die monatlich geschuldete Strafe lediglich 5/800 vom Total der Anlagekosten in der Höhe von Fr. 32'500'000.-- betrage, so kann ihr von vornherein nicht gefolgt werden, weil sie mit einer irrelevanten Relation operiert. Massgebend ist nicht das Verhältnis der Gesamtanlagekosten zum monatlich geschuldeten Strafbetrag. Bei der Prüfung der Frage, ob ein krasses Missverhältnis besteht, sind vielmehr der vereinbarte Betrag der Konventionalstrafe und das Interesse des Ansprechers, daran im vollen Umfang festzuhalten, miteinander zu vergleichen. Dazu hat die Vorinstanz zutreffend festgehalten, dass seitens der Klägerin mangels nennenswertem Schaden kaum ein wirtschaftliches Interesse am Erhalt der gesamten Konventionalstrafe auszumachen ist.
15.5 Insgesamt bringt die Klägerin, aber auch die Beklagte nichts vor, was das Bundesgericht veranlassen müsste, in das weite Ermessen der Vorinstanz einzugreifen. Die Vorinstanz orientierte sich bei ihrem Entscheid an anerkannten Grundsätzen und hielt sich innerhalb der zulässigen Ausübung des sachrichterlichen Ermessens. Mit der vorgenommenen Herabsetzung der Konventionalstrafe um rund 55 % hat sie weder <ref-law> noch <ref-law> verletzt.
15.6 Die Klägerin wirft der Vorinstanz verschiedentlich vor, im Rahmen der Herabsetzung der Konventionalstrafe in Willkür verfallen zu sein (Verletzung von <ref-law>). Der Willkürrüge kommt keine selbständige Bedeutung zu, da das Bundesgericht die Anwendung von <ref-law> grundsätzlich frei prüft (oben Erwägung 14.4).
16. Die Vorinstanz lehnte die von der Klägerin unter dem Titel "Kostenüberschreitung" geltend gemachte Forderung ab, da es bereits an der genügenden Darlegung der angefallenen Mehrkosten mangelte. Sie auferlegte der Klägerin die Behauptungs- und Beweislast dafür, dass die bis zur Vertragsauflösung (19. Januar 2002) angefallenen Kosten im Vergleich zu den Kosten, die in der ursprünglichen Planung für den bis dann erreichten Baufortschritt vorgesehen wurden, zu hoch waren und in welchem Umfang.
Die Klägerin rügt eine Verletzung von <ref-law>. Was sie zur Begründung ihrer Rüge vorträgt, verfängt nicht. Sie bringt nicht vor, die Vorinstanz habe bundesrechtswidrige Anforderungen an die Substanziierungspflicht gestellt. Vielmehr behauptet sie lediglich in appellatorischer Weise, es könne nicht die Rede davon sein, sie habe nicht genügend substanziiert, welche Mehrkosten bis zum Zeitpunkt der Vertragsauflösung entstanden seien. Dabei verweist sie - wie in der Klageschrift - auf die von der Beklagten berechnete Kostenkontrolle vom 18. Dezember 2001, worin keine Mehrkosten enthalten seien, die erst nach der Vertragsbeendigung entstanden seien. Sie will daraus ableiten, die Beklagte habe die darin berechneten Mehrkosten anerkannt. Die Vorinstanz hätte daher die Forderung wegen Kostenüberschreitung mindestens im Umfang von Fr. 500'297.-- ohne weitere Prüfung als richtig hinnehmen müssen. Laut dem angefochtenen Urteil hatte die Beklagte demgegenüber geltend gemacht, die entstandenen Mehrkosten seien nicht gleichbedeutend mit von der Beklagten zu vertretenden Kostenüberschreitungen. Es ist daher nicht nachvollziehbar, dass die Vorinstanz aus der Kostenkontrolle der Beklagten vom 18. Dezember 2001 eine Anerkennung der Forderung wegen Kostenüberschreitung hätte ableiten müssen. Vor allem aber, so die verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, ersetzte die Klägerin die Berechnung gemäss Kostenkontrolle der Beklagten vom 18. Dezember 2001, von der sie in der Klagschrift ausgegangen war, in der Replik durch eine neue Berechnung, bei der sie sich vollumfänglich auf die von der Z._ AG erstellte Bauabrechnung per 31. Dezember 2004 stützte. Sie kann deshalb vor Bundesgericht nicht wieder auf die Kostenkontrolle der Beklagten vom 18. Dezember 2001 zurückkommen und der Vorinstanz vorwerfen, sie hätte daraus eine Anerkennung der Beklagten ableiten müssen. Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht dargetan.
Das angefochtene Urteil hält demnach auch in Bezug auf die abgelehnte Forderung wegen Kostenüberschreitung der bundesgerichtlichen Überprüfung stand.
17. Auf die Beschwerde der Klägerin kann nicht eingetreten werden, soweit sie sich gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts richtet. Im Übrigen sind sowohl die Beschwerde der Klägerin als auch diejenige der Beklagten abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Parteien je für die von ihnen angestrengten Beschwerdeverfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren 4A_141/2008 mit 12'000.--, die Klägerin die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren 4A_231/2009 mit Fr. 16'000.-- zu entschädigen. Nach Kompensation resultiert eine Parteientschädigung zugunsten der Beklagten von Fr. 4'000.--.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 4A_141/2008 und 4A_231/2009 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerde der Klägerin wird nicht eingetreten, soweit sie sich gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts des Kantons Zürich vom 23. März 2009 richtet.
3. Die gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 4. Februar 2008 gerichtete Beschwerde der Klägerin und die Beschwerde der Beklagten werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- (Verfahren 4A_141/2008) werden der Beklagten, die Gerichtskosten von Fr. 14'000.-- (Verfahren 4A_231/2009) der Klägerin auferlegt.
5. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kassationsgericht des Kantons Zürich und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer