Faits:
A. Par avis publié au Bulletin officiel du canton du Valais du 17 octobre 2008, l'Association de la station d'épuration (STEP) d'Evionnaz et environs (ci-après: l'Association) a mis en soumission, par voie de procédure ouverte, les travaux d'adaptation des installations électriques de la STEP, marché non soumis à l'Accord international sur les marchés publics du 15 avril 1994 (AMP-OMC; RS 0.632.231.422).
Les critères d'adjudication retenus et leur pondération faisaient état:
1) du prix (60%)
2) de la qualité et de la bienfacture (30%)
3) des délais d'exécution (10%).
Parmi les huit offres déposées, celle de Y._ SA (212'553 fr.25) et de X._ SA (252'583 fr.70) étaient les plus basses. Sur une échelle culminant à 10 points, la grille de notation établie le 3 décembre 2008 a attribué à Y._ SA 6 points pour le critère no 1, 2,4 points pour le critère no 2 et 0,6 point pour le critère no 3, le total des points ascendant à 9,0. Les points attribués à X._ SA ont été respectivement de 4,98, 3,0 et 0,40, soit un total de 8,38.
Le 9 décembre 2008, le mandataire de l'Association pour le réfection de la STEP d'Evionnaz et environs s'est adressé à Y._ SA en invitant celle-ci à justifier son offre, particulièrement en ce qui concerne le coût des câbles. Y._ SA a répondu, le 11 décembre 2008, que son offre couvrait ses prix de revient, que le coût des câbles était fondé sur une offre de son fournisseur et que les temps de tirage avaient été estimés en fonction de sa large expérience dans ce domaine.
Par décision du 16 février 2009, communiquée à X._ SA le 25 février 2009, le Comité de direction de l'Association a adjugé le marché à Y._ SA.
B. Le 12 mars 2009, X._ SA a recouru auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais, (ci-après: le Tribunal cantonal). Elle a conclu à l'annulation de la décision d'adjudication et, principalement, à l'adjudication du marché à son profit, subsidiairement, au renvoi du dossier à l'Association pour nouvelle décision d'adjudication dans le sens des considérants. Elle a soutenu que l'offre de Y._ SA ne permettait pas la couverture du prix de revient, qui devait être calculée sur la base de la Convention collective de travail des installateurs-électriciens et des monteurs de lignes du canton du Valais du 19 novembre 2007 (ci-après: la CCT) et sur le catalogue des articles normalisés de l'Union suisse des installateurs électriciens (ci-après: le CAN). En présence d'une offre anormalement basse, constitutive de concurrence déloyale, l'adjudicateur aurait dû exclure l'offre de Y._ SA.
Statuant par arrêt du 29 mai 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a retenu, en substance, que Y._ SA avait répondu affirmativement à la question de l'adjudicateur portant sur le respect des conditions de travail de la CCT et de l'adéquation de ses prestations avec celles contenues dans cette convention et que l'allégation de X._ SA, selon laquelle Y._ SA devrait sous-payer son personnel pour tenir les prix annoncés, ne reposait sur aucun indice plausible. Enfin, même dans l'hypothèse où l'offre de l'adjudicataire était inférieure au prix de revient, X._ SA n'avait pas établi que Y._ SA serait dans l'incapacité d'exécuter correctement le marché litigieux.
C. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision d'adjudication et l'arrêt du Tribunal cantonal du 29 mai 2009, principalement de renvoyer le dossier au Tribunal cantonal ou à l'Association pour nouvelle décision d'adjudication dans le sens des considérants, subsidiairement, de constater l'illicéité de la décision d'adjudication litigieuse. Elle se plaint de la violation du droit d'être entendu et d'arbitraire dans l'application du droit cantonal.
Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le recours. L'Association et Y._ SA concluent, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3 et la jurisprudence citée).
1.2 La cause relève du droit des marchés publics (art. 82 let. a et 83 let. f LTF). L'arrêt attaqué émane d'un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale, sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, à condition qu'il ne tombe pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>, en particulier à l'art. 83 let. f LTF. Selon cette disposition, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à la double condition que la valeur estimée du mandat à attribuer soit égale ou supérieure aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 194 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 398). Il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 398 s.).
1.3 L'existence d'une question juridique de principe s'apprécie en fonction du contenu de l'objet litigieux soumis au Tribunal fédéral et doit n'être admise que de manière restrictive. Ainsi, lorsque le point soulevé ne concerne que l'application de principes jurisprudentiels à un cas particulier, il ne peut être qualifié de question juridique de principe. La seule circonstance que la question n'ait encore jamais été tranchée ne suffit pas non plus à réaliser cette condition. Il faut encore qu'il s'agisse d'une question juridique dont l'importance pratique est telle qu'elle nécessite d'être éclaircie par la plus haute instance judiciaire statuant avec plein pouvoir d'examen. A l'inverse, il peut arriver qu'une question déjà résolue par le Tribunal fédéral revête néanmoins la qualité d'une question juridique de principe. Tel est notamment le cas si la jurisprudence rendue sur le sujet n'est pas claire, n'est pas constante ou qu'elle suscite d'importantes critiques dans la doctrine (cf. 134 III 354 consid. 1.3 p. 357 et les références citées; arrêt 2C_484/2008 du 9 janvier 2009, consid. 1.3.2, non publié aux <ref-ruling>).
Il est en l'espèce constant que l'arrêt attaqué ne soulève pas de question juridique de principe au sens de la jurisprudence précitée. Par ailleurs, le marché en cause n'est pas soumis aux valeurs-seuils de l'AMP-OMC, dont l'application a été exclue dans l'appel d'offres du 17 octobre 2008. C'est donc à bon droit que la recourante a agi par la voie du recours constitutionnel subsidiaire.
1.4 Formé contre un arrêt d'un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 114 ainsi que 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), le présent recours a été déposé en temps utile (art. 117, 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 et 106 al. 2 LTF) par une partie à la procédure cantonale disposant d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de cet acte (<ref-law>). Il est donc en principe recevable.
2. 2.1 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant conformément à l'<ref-law>, applicable par renvoi de l'<ref-law>, c'est-à-dire selon le principe d'allégation (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254). En application de ce dernier, le recourant ne peut, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., se contenter de critiquer l'acte attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit au contraire préciser en quoi cet acte serait contraire au droit constitutionnel et, le cas échéant, arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 265; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 399 et la jurisprudence citée).
C'est à la lumière de ces exigences de motivation que seront examinés les griefs de la recourante.
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>), ce que le recourant doit démontrer d'une manière circonstanciée et précise, conformément aux exigences de motivation posées à l'<ref-law> (applicable par renvoi de l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444).
3. La recourante se plaint en premier lieu de la violation du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., dans la mesure où le Tribunal cantonal a refusé d'ordonner l'expertise requise au sujet du temps et du matériel indispensables à l'exécution des travaux mis en soumission, et jugé que les conditions pour exiger le contrôle par la Commission professionnelle paritaire prévue par la CCT du respect des conditions de travail applicables n'étaient pas remplies. Elle soutient que la mise en oeuvre de ces moyens de preuve aurait permis d'établir que le temps pris en compte par l'adjudicataire pour réaliser les travaux était insuffisant, que le prix du matériel indispensable à l'exécution de ces travaux était sous-évalué et que la rémunération versée aux employés de l'adjudicataire ne respectait pas les minima de la CCT, de sorte que l'offre présentée par Y._ SA était inférieure au prix de revient et devait par conséquent être exclue de la procédure d'adjudication en application de l'art. 23 let. g de l'ordonnance cantonale du 11 juin 2003 sur les marchés publics (ci-après: OMP/VS; RSVS 726.100).
3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à des offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277 et la jurisprudence citée). Le droit de faire administrer des preuves suppose que le fait à prouver soit pertinent, que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait et que la demande soit présentée selon les formes et délais prescrits par le droit cantonal (<ref-ruling> consid. 5b/bb p. 505). Par ailleurs, la garantie constitutionnelle n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
3.2 En procédure cantonale, la recourante a soutenu que le CAN lui permettait de fixer le prix d'achat du matériel payé par les soumissionnaires et de connaître le nombre d'heures nécessaires à l'exécution des travaux d'installation. En déduisant le coût du matériel du montant global de l'offre de l'adjudicataire, il lui était possible d'arrêter le coût d'installation qui, divisé par le nombre d'heures de travail à exécuter, déterminait le prix de l'heure des ouvriers. Elle a déduit des chiffres articulés que l'adjudicataire était contrainte d'offrir à son personnel une rémunération inférieure à celle prévue par la CCT pour ne pas travailler à perte. Ce raisonnement l'a amenée à requérir, dans son mémoire-réplique du 22 avril 2009, une expertise portant sur la fiabilité des données du CAN et à solliciter, dans son écriture du 30 avril 2009, l'édition d'un contrôle par la Commission professionnelle paritaire du respect par l'adjudicataire des dispositions de la CCT.
3.2.1 Le Tribunal cantonal pouvait, sans arbitraire, considérer que l'offre de preuve sous forme d'expertise était dépourvue de pertinence. En effet, le CAN, destiné à faciliter l'établissement de devis, fournit des données standardisées et moyennes qui sont dépourvues de caractère obligatoire. Chaque entreprise est donc libre d'adapter ces données à sa situation particulière. Or, l'adjudicataire a démontré qu'elle avait élaboré sa propre base de données, incluant les prestations répertoriées par le CAN, lui permettant de soumettre chaque prestation à son facteur de calcul de prix spécifique tenant compte de sa propre estimation du temps d'installation et de la marge bénéficiaire qu'elle entendait appliquer au coût des fournitures. Il ressort ainsi du tableau qu'elle a produit que certaines de ses prestations sont plus chères que celles de la recourante, et d'autres meilleur marché (coût de la fourniture et du temps nécessité par le tirage des câbles). Dans la mesure où les coûts spécifiques à l'adjudicataire étaient clairement exposés, il était superflu de mandater un expert chargé de se prononcer sur la valeur probante des données du CAN auxquelles l'adjudicataire n'était de toute façon pas soumise.
Pour le surplus, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a rappelé la règle selon laquelle une offre particulièrement favorable - le cas échéant, même inférieure au prix de revient - n'était pas impérativement à exclure si les renseignements fournis par le soumissionnaire permettaient de conclure qu'il était capable d'exécuter à satisfaction les travaux mis en soumission (cf. arrêt 2P.70/2006 et 2P.71/2006, du 23 févier 2007, consid. 4.3, non publié). Ce principe était de nature à conforter le Tribunal cantonal dans sa décision de refuser l'expertise requise.
3.2.2 L'<ref-law>/VS prévoit que lors de la passation de marchés, seules doivent être prises en considération les offres de soumissionnaires qui respectent les dispositions de protection des travailleurs de même que les conditions de travail fixées dans les conventions collectives de travail, les contrats type ou, en leur absence, les prescriptions usuelles de la branche applicables sur le lieu d'exécution des travaux ou au lieu de leur siège ou domicile en Suisse.
En tant que soumissionnaire non inscrite sur les listes permanentes d'entreprises, de bureaux et de fournisseurs qui remplissent les exigences d'aptitudes professionnelles ainsi que les exigences sociales et économiques au sens de l'<ref-law>/VS, l'adjudicataire a été invitée à compléter un formulaire du Service social cantonal de protection des travailleurs et des relations du travail dans lequel elle s'est engagée à respecter totalement, d'une part, les conditions de travail contenues dans la CCT ou à défaut dans le contrat type de travail de la profession concernée du canton du Valais (CTT) ou les normes usuelles applicables à la profession et, d'autre part, l'adéquation des prestations sociales à celles prévues par la CCT, le CTT ou les normes usuelles.
En retenant que la recourante n'avait pas établi que l'adjudicataire ne respecterait pas ses engagements et que son affirmation selon laquelle l'adjudicataire sous-paierait son personnel afin de tenir ses prix ne reposait sur aucun indice sérieux, le Tribunal cantonal n'a pas fait preuve d'arbitraire. En particulier, le fait que l'adjudicataire soit soumise à une convention collective de travail différente de celle des installateurs-électriciens et des monteurs en ligne du canton du Valais ne signifiait pas que les conditions de rémunération offertes s'écartaient des minima prévus dans le canton. Au surplus, la législation cantonale prévoit des contrôles, après l'adjudication des marchés, destinés à vérifier l'application des engagements souscrits par les soumissionnaires en matière de conditions de travail et de rémunération. Ces contrôles incombent aux organes de surveillance mentionnés à l'<ref-law>/VS, soit à la Commission professionnelle paritaire dans les secteurs où existent des conventions collectives de travail et, dans les autres secteurs, au Service social de protection des travailleurs et des relations de travail.
Le Tribunal cantonal était dès lors fondé à refuser l'édition du contrôle requis par la recourante sans violer son droit d'être entendu.
4. La recourante invoque également la violation de l'art. 9 Cst., en relation avec l'art. 23 al. 1 let. g OMP/VS, selon lequel un soumissionnaire est exclu de la procédure d'adjudication lorsqu'il a déposé une offre qui ne couvre par le prix de revient.
Sur ce point, le Tribunal cantonal a retenu que le devoir de vérification de l'adjudicateur, en cas d'offres anormalement basses, tel que le prévoit l'<ref-law>/VS, et le motif d'exclusion de la procédure d'adjudication de l'art. 23 al. 1 let. g OMP/VS, lorsque les offres ne couvrent pas le prix de revient, devaient être interprétés au regard de l'art. 1 al. 3 de l'Accord intercantonal sur les marchés publics des 25 novembre 1994 et 15 mars 2001 (AIMP; RS 172.056.5). Cette disposition assigne comme objectifs aux marchés publics d'assurer une concurrence efficace entre les soumissionnaires, en garantissant l'égalité de traitement entre eux et l'impartialité de l'adjudication, de même que la transparence de la procédure (art. 1 al. 3 let. a à c AIMP). La juridiction cantonale en a déduit qu'une concurrence efficace supposait que les soumissionnaires aient la possibilité d'articuler des prix de sous-enchères, en s'abstenant de toute illégalité, et que, de son côté, l'adjudicateur pouvait agréer une offre dont les investigations évoquées à l'<ref-law>/VS avaient établi que son montant était inférieur au prix de revient, à condition que cette offre soit économiquement la plus avantageuse au regard des critères découlant des art. 13 let. f AIMP et 31 al. 1 OMP/VS, en particulier sous l'angle du rapport prix/ prestations. Par conséquent, l'art. 23 al. 1 let. g OMP/VS ne signifiait pas que toute offre inférieure au prix de revient devait être exclue, mais uniquement qu'en présence d'une offre anormalement basse, l'adjudicateur était tenu, selon l'<ref-law>/VS, de demander des renseignements au soumissionnaire pour s'assurer que ce dernier respectait les conditions de participation et pouvait satisfaire les conditions du marché.
En l'espèce, la recourante soutient seulement que l'argumentation du Tribunal cantonal serait contraire au texte clair de l'art. 23 al. 1 let. g OMP/VS. Elle relève aussi que les premiers juges ont retenu à tort qu'elle n'avait pas contesté que l'adjudicataire soit capable de s'acquitter des travaux attribués par la décision qu'elle critiquait, mais ne développe aucun argument pour le démontrer. Comme devant la juridiction cantonale, elle se borne à prétendre que les travaux en cause ne peuvent pas être réalisés pour le prix de l'offre, ce qui ne trouve aucun appui dans le dossier cantonal (cf. supra consid. 3.2). Se référant uniquement au texte même de l'art. 23 al. 1 let. g OMP/VS, elle ne dit pas pourquoi l'interprétation que le Tribunal cantonal a faite des art. 22 et 23 al. 1 let. OMP/VS, en relation avec les objectifs poursuivis par l'AIMP (art. 1 al. 3), serait arbitraire. Il s'ensuit que la recourante soulève essentiellement des critiques de nature appellatoire, irrecevables au regard de l'art. de l'<ref-law> (cf. supra consid. 2.1). Pour le reste, la seule critique du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours recevable au sens des <ref-law>.
Au demeurant, même si le Tribunal fédéral entrait en matière sur ce grief, il devrait constater que le droit cantonal avait été appliqué sans arbitraire. En effet, l'argumentation de la recourante repose sur la prémisse erronée que l'offre présentée par l'adjudicataire, examinée à l'aune des données ressortant du CAN, ne couvrirait par le prix de revient. Or, l'adjudicataire a exposé dans le cadre de la procédure cantonale, le détail de son offre, établie en fonction de sa propre base de données (cf. consid. 3.2.1 ci-dessus), et a démontré que cette offre non seulement couvrait le prix de revient, mais lui permettait de dégager une marge bénéficiaire. Pour le reste, les critiques de la recourante relatives au manque d'expérience de l'adjudicataire dans les travaux d'installations électriques ne sont nullement étayées et ne reposent sur aucun fondement.
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (<ref-law>). Elle versera une indemnité à titre de dépens à l'adjudicataire, qui obtient gain de cause (art. 68 al. 1 et 2 LTF). En revanche, l'adjudicateur, en sa qualité d'organisation chargée d'une tâche de droit public, n'a en principe pas droit à des dépens (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de faire une exception à la règle de l'<ref-law> dès lors que l'adjudicateur est une association regroupant quatre communes (<ref-ruling> consid. 7 p. 118).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à la société intimée, Y._ SA, une indemnité de 2'500 fr., à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 30 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat