Faits:
A. Par décision du 4 février 2009, la direction générale de l'office pénitentiaire genevois a prolongé pour une durée de six mois le placement en régime de sécurité renforcée de X._, lequel purge actuellement une peine de 20 ans de réclusion.
B. Statuant le 22 juin 2009 sur le recours formé par X._, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a confirmé cette décision.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué ainsi que de la décision de la direction de l'office pénitentiaire, à ce que soit ordonnée sa libération immédiate du régime d'isolement cellulaire et constaté que l'autorité cantonale n'a pas respecté son droit à l'examen du recours dans un délai raisonnable. Subsidiairement, il conclut à ce que soit constaté le fait que l'office pénitentiaire a violé son droit d'être entendu.
Le recourant sollicite en outre l'assistance judiciaire.
Il a ultérieurement, par l'intermédiaire de son mandataire, informé la cour de céans qu'il avait été transféré au pénitencier cantonal de la Stampa, à Lugano, et placé en régime ordinaire de détention.
D. Invitée à présenter des observations, la direction générale de l'office pénitentiaire a conclu à ce que le recours soit déclaré irrecevable. Pour sa part, la cour cantonale, se référant aux considérants de son arrêt, a déclaré n'avoir pas d'observations à formuler.
Sans y avoir été invité, le mandataire du recourant a produit une réplique, dans laquelle il avance certaines rectifications relatives à des points de fait.

Considérant en droit:
1. Conformément à l'<ref-law>, le recours en matière pénale est recevable contre les décisions sur l'exécution de peines et de mesures. Lorsque, comme en l'espèce, la décision attaquée a été rendue en application de règles cantonales régissant les modalités d'exécution des peines, seule peut être invoquée une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law>. En conséquence, la recevabilité d'un tel recours est soumise aux règles accrues de motivation découlant de l'<ref-law>, ce qui implique que le Tribunal fédéral ne peut examiner que les griefs invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours.
Par ailleurs, l'<ref-law> fait dépendre la qualité pour former un recours en matière pénale notamment de l'existence d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. Cet intérêt doit en principe être encore actuel au moment où le Tribunal fédéral statue, à moins que la contestation puisse se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permette pas de la soumettre à une autorité judiciaire avant qu'elle ne perde son actualité et qu'en raison de leur portée de principe il existe un intérêt public suffisamment important à la solution des questions litigieuses (voir <ref-ruling> consid. 1.1 p. 81 et l'arrêt cité).
Le recourant, dont la sanction disciplinaire a été levée, n'a plus d'intérêt actuel et pratique à l'admission de son recours. Toutefois, dans le cas d'un détenu dont la sanction disciplinaire avait déjà été exécutée mais qui était encore incarcéré, le Tribunal fédéral a admis que le recours était recevable car on ne pouvait exclure qu'une nouvelle sanction disciplinaire soit prononcée contre lui et exécutée dans les mêmes conditions. Comme par ailleurs ce type de mesure est en règle générale d'une durée relativement courte, le Tribunal ne pourrait jamais se prononcer à ce propos si on s'en tenait strictement à l'exigence de l'intérêt actuel (<ref-ruling> consid. 1b p. 233). La situation est cependant passablement différente en l'espèce. En effet, non seulement la mesure de placement en régime de sécurité renforcée infligée au recourant a été levée, mais celui-ci a en outre été transféré dans un autre pénitencier, au Tessin, où il poursuit l'exécution de sa peine. Comme le concordat sur l'exécution des peines privatives de liberté et des mesures concernant les adultes et les jeunes adultes dans les cantons latins prévoit, à son art. 19, que les détenus placés dans un établissement concordataire sont soumis aux prescriptions légales et réglementaires du canton où l'établissement a son siège, notamment en matière disciplinaire, ce changement modifie considérablement la situation du recourant dans ce domaine. Il n'y a donc pas de raison de considérer a priori que le recourant soit exposé au risque de se voir infliger une nouvelle sanction disciplinaire dans des conditions analogues à celles dans lesquelles la mesure attaquée par le présent recours a été prononcée. Il y a dès lors lieu d'admettre que le recours n'est pas recevable faute d'un intérêt actuel du recourant à l'annulation de l'arrêt attaqué.
2. Au moment où le recours a été formé, il n'était pas dénué d'un intérêt actuel, de sorte qu'il faut, pour déterminer le sort des frais de la cause, examiner la situation à cette époque-là.
Le recourant émet divers griefs à l'encontre de l'arrêt attaqué. Compte tenu du caractère passablement succinct de celui-ci, qui ne se prononce pas ou alors très brièvement sur certains points, notamment la question, pourtant soulevée devant l'autorité cantonale, de la violation du droit d'être entendu, on ne saurait considérer que les conclusions du recourant étaient d'emblée vouées à l'échec. Toutefois, certains moyens, tel celui tiré de l'absence de base légale suffisante pour justifier la mesure contestée, apparaissent de prime abord dénués de chances de succès, de sorte que l'assistance judiciaire sera partiellement accordée au recourant (<ref-law>). Celui-ci peut ainsi prétendre à des dépens réduits à la charge du canton de Genève (<ref-law>). Il n'y a en revanche pas lieu de charger ce dernier de frais (<ref-law>), alors que le recourant supportera des frais réduits à raison du sort de la requête d'assistance judiciaire et de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est partiellement admise.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 21 décembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay