Sachverhalt:
A.
Gegenüber A. und B.A._ rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Schaffhausen mit Veranlagungsentscheid vom 19. April 2013 für die Kantons- und Gemeindesteuern der Periode 2009 im Einkommen einen Betrag von Fr. 72'579.-- als verdeckte Gewinnausschüttung aus der von ihnen beherrschten GmbH auf. Dieselbe Aufrechnung war zuvor auch bei der Gesellschaft vorgenommen worden.
B.
Mit Einsprache und danach mit Beschwerde an das Obergericht des Kantons Schaffhausen beantragten die Eheleute A._ vergeblich, bei der Besteuerung der verdeckten Gewinnausschüttung den halben Steuersatz anzuwenden.
C.
Am 7. Mai 2014 haben A. und B.A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen, den obergerichtlichen Entscheid vom 14. März 2014 aufzuheben und die Sache zur neuen Veranlagung unter Anwendung der Teilbesteuerung an die kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen.
Die Kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Entscheid wurde von einer kantonal letztinstanzlichen Gerichtsbehörde in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts erlassen, welche unter keinen Ausschlussgrund nach <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden kann (<ref-law> i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], <ref-law>, <ref-law>). Die Beschwerdeführer sind als Steuerpflichtige zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law>). Auf ihr Rechtsmittel ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition. In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_95/2013 / 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 1.6 in: StE 2013 B 22.2 Nr. 28).
2.
2.1. Im Bundessteuerrecht wird die wirtschaftliche Doppelbelastung von Erträgen aus Beteiligungen seit dem 1. Januar 2009 gemildert (Art. 20 Abs. 1bis des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11; in der Fassung vom 1. Januar 2009]). Die Milderung gilt für "Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile" und somit für sämtliche Erträge aus Beteiligungen, einschliesslich verdeckter Gewinnausschüttungen (vgl. das Kreisschreiben Nr. 22 der ESTV "Teilbesteuerung der Einkünfte aus Beteiligungen im Privatvermögen und Beschränkung des Schuldzinsenabzugs", Ziff. 2.2.3. S. 3).
2.2. Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG (eingefügt per 1. Januar 2009 im Zuge der Unternehmenssteuerreform II) gibt den Kantonen die Möglichkeit, die wirtschaftliche Doppelbelastung der Anteilsinhaber und ihrer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ebenfalls zu mildern. Die Bestimmung lautet: "Bei Dividenden, Gewinnanteilen, Liquidationsüberschüssen und geldwerten Vorteilen aus Beteiligungen aller Art, die mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ausmachen (qualifizierte Beteiligungen), können die Kantone die wirtschaftliche Doppelbelastung von Körperschaften und Anteilsinhabern mildern."
2.2.1. Erreicht wird die Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung dadurch, dass die Beteiligungserträge auf Ebene der Anteilsinhaber in vermindertem Umfang erfasst werden. Den Kantonen steht es nach Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG frei, davon Gebrauch zu machen. Ergreifen die Kantone die Möglichkeit, müssen sie die Vorgaben des Bundesrechts einhalten.
2.2.2. Das Harmonisierungsrecht schreibt eine Mindestbeteiligungsquote von zehn Prozent vor. Was das Ausmass und die Methode der Teilbesteuerung betrifft, bestehen keine harmonisierungsrechtlichen Vorgaben (Urteile 2C_750/2013 vom 9. Oktober 2014 E. 2.4.2 in: ASA 83 S. 305; 2C_599/2012 vom 16. August 2013 E. 2.3 in: ASA 82 S. 145; je mit weiteren Hinweisen). Hinsichtlich der Methode stehen zwei Modelle im Vordergrund: Beim Teileinkünfteverfahren wird die Milderung der Doppelbelastung dadurch erreicht, dass das Steuerobjekt nicht vollumfänglich in die Steuerbemessung einbezogen wird. Möglich ist aber auch ein Teilsatzverfahren (Urteil 2C_599/2012 vom 16. August 2013 E. 2.3), für das sich der Kanton Schaffhausen entschieden hat, und zwar in Form des Halbsatzverfahrens.
2.3. Art. 38 Abs. 3a des Gesetzes des Kantons Schaffhausen vom 20. März 2000 über die direkten Steuern (StG/SH; SHR 641.100; in der vorliegend massgebenden, bis zum 31. Dezember 2010 gültigen Fassung) lautete: "Für ausgeschüttete Gewinne aus Kapitalgesellschaften und Genossenschaften mit Sitz in der Schweiz wird die Steuer zum halben Satz des steuerbaren Gesamteinkommens berechnet, sofern die steuerpflichtige Person eine Beteiligungsquote von mindestens 20% am Kapital hält oder die Beteiligung einen Verkehrswert von mindestens 2 Millionen Franken aufweist."
Per 1. Januar 2011 hat der Kanton Schaffhausen seine Regelung auf dem Verordnungsweg geändert und wendet seither das Halbsatzverfahren auch auf verdeckte Gewinnausschüttungen an. Auf den 1. Januar 2012 hin wurde das kantonale Steuergesetz entsprechend angepasst. Für das hier streitige Steuerjahr 2009 ist indes die Bestimmung von Art. 38 Abs. 3a StG/SH noch in der damaligen Fassung massgebend.
2.4. Die Beschwerdeführer beantragen, die Teilbesteuerung, die ihnen bei der direkten Bundessteuer gewährt wurde, auch bei den Kantons- und Gemeindesteuern zur Anwendung zu bringen. Die Beschwerdegegnerin hält dem entgegen, dass der kantonale Gesetzgeber bei der Beratung und Gutheissung von Art. 38 Abs. 3a StG/SH stets nur Dividendenauszahlungen im Blick gehabt habe, weshalb die Bestimmung nur die offenen Gewinnausschüttungen betreffe.
Eine solche Auslegung der kantonalen Bestimmung halten die Beschwerdeführer für unvereinbar mit Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG. Dagegen argumentieren sowohl die Kantonale als auch die Eidgenössische Steuerverwaltung, die genannte Bestimmung des Harmonisierungsgesetzes enthalte einen Gestaltungsspielraum, der es den Kantonen erlaube, verdeckte Gewinnausschüttungen von der Milderung der wirtschaftlichen Doppelbesteuerung auszunehmen.
Die Vorinstanz wiederum legt Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG so aus, dass die Milderung zwingend auch verdeckte Gewinnausschüttungen erfasse, vertritt aber - gleich wie die Beschwerdegegnerin und die Eidgenössische Steuerverwaltung - die Ansicht, dass die Bestimmung für das vorliegend streitige Jahr 2009 noch gar nicht anwendbar sei, weil Art. 72h StHG eine zweijährige Übergangsfrist vorsehe. Deshalb sei es bis zum 31. Dezember 2010 hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuern noch möglich und zulässig gewesen, verdeckte Gewinnausschüttungen von der Milderung auszunehmen.
2.5. Somit ist zuerst zu fragen, ob Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG den Kantonen einen Gestaltungsspielraum dahingehend lässt, dass sie die Teilbesteuerung nur für offene Gewinnausschüttungen einführen, für verdeckte Gewinnausschüttungen aber ausschliessen können (vgl. unten E. 2.6). Danach wird zu prüfen sein, ob Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG auf das hier betroffene Steuerjahr 2009 bereits anwendbar ist (E. 2.7).
2.6. Die Beschwerdegegnerin argumentiert, angesichts der Kann-Formulierung in Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG sei den Kantonen nach dem Grundsatz "a maiore ad minus" nicht nur die Freiheit belassen, eine Privilegierung überhaupt im kantonalen Recht vorzusehen; vielmehr dürfe die Privilegierung auch auf Teilbereiche der in Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG genannten Bemessungsgrundlagen beschränkt werden. Diesem Standpunkt kann indessen nicht gefolgt werden.
2.6.1. Gemäss <ref-law> sind "Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) " steuerbar, was verdeckte Gewinnausschüttungen mitumfasst. Mit dieser Aufzählung stimmt diejenige in Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG überein: Die Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung von Körperschaften und Anteilsinhabern erstreckt sich auf "Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile" aus Beteiligungen aller Art, die mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ausmachen.
Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG belässt den Kantonen somit zwar die Wahl, ob auf welche Weise und in welchem (prozentualem) Ausmass sie die wirtschaftliche Doppelbelastung mildern wollen. Vom Harmonisierungsgesetzgeber wird hingegen sowohl umschrieben, wer Anspruch auf eine allfällige Milderung hat (Anteilsinhaber von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften mit einer Quote von mindestens 10 %), als auch, worauf sich die Milderung erstreckt (Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art). Subjekt und Objekt der steuerlichen Entlastung sind für die Kantone mithin durch den Bundesgesetzgeber verbindlich vorgegeben.
Das Harmonisierungsgesetz verlangt also zwingend, dass sämtliche - nach kantonalem Recht steuerbaren - Beteiligungserträge aus Privatvermögen im gleichen Ausmass für eine allfällige Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung qualifizieren. Das schliesst alle geldwerten Leistungen ein, insbesondere die verdeckten Gewinnausschüttungen. Eine Unterscheidung nach Arten von Beteiligungserträgen ist nicht statthaft (gl. M. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl., 2013, Rz 48 zu § 35; Stefan Oesterhelt, Verfassungsrechtliche Aspekte des Dividendenprivilegs, ST 3/2010, 145; Rolf Benz, Kantonale Halbsatzverfahren für Dividenden von mindestens 10 Prozent sind bundesrechtskonform, Best Case zsis 11/2009, Ziff. 1.2; Erich Ettlin/Jakob Rütsche, Interkantonale Fragen bei der Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung, ST 8/2008, 602). Daraus folgt, dass der den Kantonen belassene Freiraum sich nur darauf bezieht, die Doppelbelastung zu mildern, nicht auf den Anwendungsbereich dieser Milderung. Dasselbe ergibt sich unter gesetzessystematischen Gesichtspunkten (vgl. dazu u.a. Rebecca In-Albon-Sennrich, Die Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung der Kapitalgesellschaften und ihrer Anteilsinhaber unter besonderer Berücksichtigung der Teilbesteuerung, Diss. Luzern 2014, S. 240 f.). Aus den Materialien ergibt sich ebenfalls deutlich, dass die Kantone lediglich entscheiden dürfen, ob sie ein Teilbesteuerungsverfahren einführen wollen; machen sie von dieser Möglichkeit Gebrauch, so schreibt das Harmonisierungsrecht ihnen vor, hinsichtlich welcher Beteiligungserträge sie die Doppelbelastung mildern müssen (vgl. Amtl. Bull. NR 2007 S. 313 ff. u. SR 2007 S. 217 f.). Für eine Anwendungsfreiheit vom Typ "a maiore ad minus" (vgl. oben E. 2.6 einleitend) verbleibt kein Raum.
2.7. Weiter ist zu prüfen, ob Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG auf das vorliegend betroffene Steuerjahr 2009 bereits anwendbar ist.
2.7.1. Die Bestimmung ist am 1. Januar 2009 als Bestandteil der Unternehmenssteuerreform II in Kraft getreten. Gemäss Art. 72h Abs. 1 StHG hatten die Kantone zwei Jahre Zeit, ihre Bestimmungen den geänderten StHG-Vorschriften anzupassen. Seit Ablauf der Zwei-Jahres-Frist, d.h. seit dem 1. Januar 2011, finden die geänderten StHG-Vorschriften direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Recht widerspricht (Art. 72h Abs. 2 StHG).
2.7.2. Die Beschwerdegegnerin vertritt die Auffassung, dass den Kantonen in der zweijährigen Anpassungsfrist ein erheblicher Gestaltungsspielraum zugestanden habe, da die Bestimmung von Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG erst nach Ablauf der zweijährigen Übergangsfrist von Art. 72h StHG direkt Anwendung finde.
2.7.3. Diese Argumentation, der sich auch die Vorinstanz angeschlossen hat, vermag nicht zu überzeugen: Art. 72h Abs. 1 zweiter Satz StHG ordnet zwar an, dass die Anpassungen der kantonalen Gesetzgebung an die Änderung des Steuerharmonisierungsgesetzes infolge der Unternehmenssteuerreform II ihre Wirkung spätestens zwei Jahre nach Inkrafttreten, also per 1. Januar 2011, entfalte. Das bedeutet aber lediglich, dass kantonale Regelungen bis zu diesem Zeitpunkt ihre Gültigkeit behalten, sofern sie mit der bis zum 31. Dezember 2008 gültigen Fassung des Steuerharmonisierungsgesetzes übereinstimmten. Dagegen kann die zweijährige Anpassungsfrist von den Kantonen nicht dafür angerufen werden, für die Zeitspanne von zwei Jahren vorübergehend Vorschriften einzuführen oder - wie im Falle von Art. 38 Abs. 3a StG/SH - bestehende Normen anzuwenden, die weder mit dem alten Bundesrecht (in Kraft bis zum 31. Dezember 2008) noch mit dem neuen (in Kraft seit dem 1. Januar 2009) vereinbar sind.
Die Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung für qualifizierte Anteilsinhaber war vor der Einführung von Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG verfassungswidrig (<ref-ruling> E. 5.5 S. 77 f.). Die Gesetzesnovelle bezweckte, den Kantonen die Möglichkeit zur Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung in einem klar bestimmten und genau eingegrenzten harmonisierungsrechtlichen Rahmen zu eröffnen, weshalb die Regelung trotz Verfassungswidrigkeit dem Anwendungsgebot von <ref-law> unterliegt (<ref-ruling> E. 5.6 S. 78 f.). Seit dem 1. Januar 2009 sind aber nur solche kantonale Milderungsmassnahmen inhaltlich durch übergeordnetes Bundesrecht gedeckt, die mit Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz StHG übereinstimmen.
Somit gab es eine bundesrechtliche Grundlage für davon abweichende kantonale Vorschriften weder vor noch nach der Einführung der harmonisierungsrechtlichen Bestimmung. Daher erweist sich der Ausschluss verdeckter Gewinnausschüttungen von der Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung auch für die Jahre 2009 und 2010 als bundesrechtswidrig. Das ist hier mit freier Kognition zu beurteilen, da es sich auch nicht um einen Bereich handelt, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen Gestaltungsspielraum belässt und die bundesgerichtliche Überprüfung auf Willkür beschränkt ist (vgl. oben E. 1.2).
3.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen. Die Angelegenheit ist zur Neuveranlagung im Sinne der vorstehenden Erwägungen an die Kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen.
Der Kanton Schaffhausen trägt die Gerichtskosten, da er Vermögensinteressen wahrnimmt (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 4 BGG), und hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Im gleichen Sinne wird die Vorinstanz die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens neu festzusetzen haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 14. März 2014 aufgehoben.
2.
Die Angelegenheit wird zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Schaffhausen und zur Neuregelung der Kosten- sowie Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Schaffhausen zurückgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Schaffhausen auferlegt.
4.
Der Kanton Schaffhausen hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. November 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter