(Strafverfahren), hat sich ergeben:
A.- Der Kantonsgerichtspräsident des Kantons Glarus schrieb am 16. November 1999 die zivil- und betreibungsrechtlichen Verfahren betreffend "Einsprachen gegen Arrestbefehle, Rechtsöffnungen" als durch Vergleich per Saldo aller Ansprüche erledigt ab. Verfahrensgegenstand waren Lohnforderungen von A._ und B._ als Arbeitnehmerinnen gegen X._ als Arbeitgeberin, wofür die Klägerinnen die Verarrestierung eines Personenwagens der Beklagten erwirkt hatten. Ziffer 9 dieser ohne Begründung erlassenen Verfügung lautet:
"X._ und Y.Y._ werden aufgefordert,
innert 20 Tagen ab Zustellung dieser Verfügung folgende
Tatsachen bzw. Rechtsverhältnisse nachzuweisen:
- Existenz und Organe der "Firma C._";
- Verbuchung der Rechnungen vom 31. August 1999,
30. September 1999 und 22. Oktober 1999 bei der "Firma C._"; - Bezahlung der drei Rechnungen;
- Existenz, Eigentümer und Halter des vermieteten
Fahrzeuges;
- Versicherungsvertrag und Mietvertrag für das
vermietete Fahrzeug;
- Mehrwertsteuer-Nummer der "Firma C._";
- Abrechnung über die Mehrwertsteuer.
Bei Säumnis bleibt die Ausfällung einer Ordnungsbusse
nach Art. 40 GOG vorbehalten.. "
X._ ersuchte den Kantonsgerichtspräsidenten, seine Verfügung in Bezug auf Dispositiv-Ziffer 9 zu begründen.
Am 1. Dezember 1999 erliess der Kantonsgerichtspräsident eine mit Ziffer 9 seines Entscheides vom 16. November 1999 identische Verfügung, wobei er die angesetzte Frist auf 10 Tage verkürzte. Zur Begründung führte er im Wesentlichen an, die Beschwerdeführerin habe an der Verhandlung vom 25. Oktober 1999 vorbringen lassen, sie habe wegen der Verarrestierung ihres Personenwagens einen Ersatzwagen mieten und dafür Fr. 17'786. 55 Mietkosten aufwenden müssen, welche sie als Schadenersatzforderung im Sinne von <ref-law> geltend mache. Als Beweismittel dafür habe sie Rechnungen der "Firma C._", welche ihr das Ersatzfahrzeug vermietet habe, ins Recht gelegt. An der Echtheit dieser Rechnungen bestünden erhebliche Zweifel. So gebe es gemäss elektronischem Telefonverzeichnis an der angegebenen Domiziladresse keine "Firma C._". Auf den Rechnungen würden zwar 7,5 % Mehrwertsteuer in Rechnung gestellt, eine Mehrwertsteuernummer sei indessen nicht angegeben und unter der "Firma C._" würden auch keine Mehrwertsteuern abgerechnet.
Aus der Rechnung sei nicht ersichtlich, um welchen Typ Mercedes es sich handle, und der Mietpreis von Fr. 1'750.-- erscheine eher hoch, zumal der verarrestierte Mercedes nicht betriebsbereit gewesen sei und habe abgeschleppt werden müssen. Schliesslich laute die auf dem Lieferschein der nicht im Handelsregister eingetragenen "Firma C._" angegebene Telefonnummer auf Z.Y._, Oetwil.
X._ und Y.Y._ fochten diesen Entscheid mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Glarus an. Das Obergericht sistierte das Verfahren am 26. Mai 2000 wegen Verdachts auf Urkundenfälschung und Prozessbetrug und überwies die Akten "zur entsprechenden Abklärung" dem Verhörrichter.
B.- Der Verhörrichter leitete am 5. Juni 2000 gegen X._ und Y.Y._ eine Strafuntersuchung wegen Urkundenfälschung und Prozessbetrugs ein und stellte diese mit Verfügung vom 22. November 2000 wieder ein. Er befand, dass zwar der dringende Verdacht bestünde, dass die beiden Angeschuldigten gemeinsam beschlossen hätten, dem Gericht die Existenz eines tatsächlich gar nicht bestehenden Automietvertrages vorzugaukeln, dass die Angeschuldigten dies indessen bestreiten würden und es ihm nicht gelungen sei, die vermuteten deliktischen Zusammenhänge rechtsgenüglich nachzuweisen.
Nach Ablauf der Anfechtungsfrist retournierte er die Akten ans Obergericht.
C.- Mit Urteil vom 30. März 2001 wies das Obergericht die Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Es befand, X._ und Y.Y._ seien in der angefochtenen Verfügung zwar angehalten worden, verschiedene Unterlagen nachzureichen. Allein dadurch seien sie indessen nicht beschwert, habe sich doch der Kantonsgerichtspräsident für den Fall einer allfälligen Säumnis das Verhängen einer Ordnungsbusse lediglich vorbehalten. Beschwert wären sie erst dann, wenn der Kantonsgerichtspräsident tatsächlich eine Ordnungsbusse aussprechen würde. Demzufolge sei auf die Nichtigkeitsbeschwerde mangels Beschwer bzw. aktuellen Rechtsschutzinteresses nicht einzutreten. Selbst wenn auf die Beschwerde einzutreten wäre, wäre sie aber abzuweisen, da keine Verletzung von klarem Recht auszumachen sei. Der Kantonsgerichtspräsident sei auch nicht gehalten gewesen, X._ und Y.Y._ vor Erlass seiner Verfügung anzuhören, bezwecke diese doch "erst die Klärung der Frage, ob namentlich X._ in der rechtlichen Auseinandersetzung mit ihren ehemaligen Arbeitnehmerinnen treuwidrig prozessiert hat".
In der Erwägung 4 hielt das Obergericht schliesslich fest, die ganze Angelegenheit hinterlasse "unbekümmert um diesen Verfahrensausgang" einen "schalen Nachgeschmack", weil der Verhörrichter die vom Obergericht initiierte Strafuntersuchung gegen X._ und Y.Y._ "mit einer insgesamt sehr oberflächlichen und wenig überzeugenden Begründung eingestellt hat". In der Folge begründet es eingehend, weshalb es diese Verfahrenserledigung als stossend empfinde, und brachte sein Urteil - unter Hinweis auf E. 4 - der Strafkammer des Kantonsgerichts als Aufsichtsinstanz über das Verhöramt zur Kenntnis.
D.- Mit Urteil vom 6. Juni 2001 beschloss die Strafkammer des Kantonsgerichts als Aufsichtsinstanz:
"1. Die verhöramtliche Einstellungsverfügung vom 22. November 2000 im Verfahren VA.2000. 00842
wird aufgehoben und die Akten werden an das
Verhöramt zurückgewiesen mit der Weisung, das
Strafverfahren gegen die Angeschuldigten
X._ und Y.Y._ ordnungsgemäss
durchzuführen und abzuschliessen".
Das Kantonsgericht erwog, der Verhörrichter habe in der Vernehmlassung verlauten lassen, dass er trotz der herben Kritik des Obergerichts an der Einstellungsverfügung festhalte und insbesondere mangels neuer Beweise nicht beabsichtige, sie in Wiedererwägung zu ziehen. Zwar sei richtig, dass der Staatsanwalt - aus welchen Gründen auch immer - gegen die fragliche Einstellungsverfügung keine Beschwerde erhoben habe. Verhörrichter und Staatsanwalt unterstünden indessen in Bezug auf Sachfragen der Aufsicht der Strafkammer des Kantonsgerichts (Art. 114 Abs. 3 der Verfassung des Kantons Glarus vom 1. Mai 1988; KV und Art. 10 Abs. 3 des Gerichtsorganisationsgesetzes vom 6. Mai 1990; GOG) und in Bezug auf personelle und administrative Belange der Aufsicht der Verwaltungskommission der Gerichte (Art. 114 Abs. 4 KV und Art. 58 Abs. 3 GOG). Es sei daher nach Art. 48 GOG das Recht und die Pflicht der Strafkammer, den Geschäftsgang des Verhöramtes zu überwachen und bei Missständen auf Anzeige hin oder von Amtes wegen einzuschreiten. In der Sache schliesse es sich vorbehaltlos der Meinung des Obergerichts an, wonach es schlicht unverständlich sei, dass der Verhörrichter das Verfahren eingestellt habe, ohne auch nur zu versuchen, den lediglich von der Polizei befragten Angeschuldigten den ihnen zur Last gelegten Sachverhalt zu beweisen.
Es gehe natürlich nicht an, keine oder nur ungenügend viele belastende Tatsachen zu sammeln und dann lakonisch festzustellen, die Belastungstatsachen würden für eine Anklageerhebung nicht ausreichen. Der Verhörrichter habe sein Ermessen überschritten, indem er das Verfahren mit ungenügender bzw. fehlender Begründung eingestellt habe, nämlich ohne zuvor den belastenden Umständen mit gleicher Sorgfalt nachgeforscht zu haben wie den entlastenden. Mit dieser Aufhebung der Einstellungsverfügung sei der Verhörrichter entgegen seinen Befürchtungen nach wie vor frei, das Verfahren nach durchgeführter Untersuchung im Rahmen des Gesetzes in eigener Kompetenz einzustellen.
E.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 13. Juli 2001 wegen Verletzung von Art. 9 und Art. 16 Abs. 2 KV sowie <ref-law> i.V.m. Art. 6 EMRK beantragen X._ und Y.Y._, den Beschluss des Kantonsgerichts vom 6. Juni 2001 aufzuheben. Ausserdem ersuchen sie, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
F.- Mit Verfügung vom 29. August 2001 erkannte der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
G.- Der Kantonsgerichtspräsident beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Verhörrichter beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. Das Obergericht liess sich innert Frist nicht vernehmen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Angefochten ist einzig der Entscheid des Kantonsgerichts vom 6. Juni 2001, mit welchem es die Einstellungsverfügung des Verhörrichters aufsichtsrechtlich aufhob und diesen anwies, das Strafverfahren weiter zu führen. Nicht Verfahrensgegenstand bildet der damit in einem gewissen Widerspruch stehende Entscheid des Obergerichts vom 30. März 2001, mit welchem es das Vorgehen des Kantonsgerichtspräsidenten schützte, der in seiner Eigenschaft als Zivilrichter nach dem vergleichsweisen Abschluss des bei ihm hängigen Forderungsprozesses bei den Beschwerdeführern Akten edieren liess, um den von ihm vermuteten Prozessbetrugsversuch selber weiter abzuklären.
b) Beim angefochtenen Urteil des Kantonsgerichts handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 OG). Die Beschwerdeführer sind durch die aufsichtsrechtliche Aufhebung der formell rechtskräftigen Einstellungsverfügung des Verhörrichters in ihren rechtlich geschützten Interessen berührt (Art. 88 OG) und machen die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten geltend (Art. 84 Abs. 1 lit. b OG). Da diese und auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
2.- a) Die Beschwerdeführer werfen dem Kantonsgericht Willkür vor. Rechtskräftige Verfügungen dürften aufsichtsrechtlich nur aufgehoben werden, wenn die Voraussetzungen des Widerrufs erfüllt seien, das heisse, wenn das Interesse an der richtigen Rechtsanwendung dasjenige am Vertrauensschutz bzw. an der Rechtssicherheit überwiege. Nach Art. 86c Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Glarus vom 2. Mai 1965 (StPO) sei eine definitive Einstellungsverfügung vom Verhöramt dann wieder aufzunehmen, "wenn sich neue Anhaltspunkte für ein strafbares Verhalten oder die Täterschaft ergeben".
Neue Anhaltspunkte hätten sich vorliegend keine ergeben, weshalb die Wiederaufnahme der Strafuntersuchung unzulässig sei. Selbst wenn sich nachträglich Zweifel an der Richtigkeit der Erwägungen ergäben, die zur Einstellung führten, dürfe das Verfahren nur wieder aufgenommen werden, wenn sich neue Verdachtsgründe ergäben. Die Prüfung der Einstellungsverfügung obliege zudem dem Staatsanwalt, der nach <ref-law> das Recht habe, sie innert 10 Tagen beim Kantonsgerichtspräsidenten anzufechten. Das Kantonsgericht sei daher in Willkür verfallen, indem es die Einstellungsverfügung vom 22. November 2000 aufgehoben habe.
b) Willkürlich ist ein Entscheid, der mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft.
Dabei genügt es nicht, dass die Begründung unhaltbar ist, der Entscheid muss sich vielmehr im Ergebnis als willkürlich erweisen (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3a; 129 E. 5b; <ref-ruling> E. 3a, je mit Hinweisen).
c) Unbestritten ist, dass der Verhörrichter die Strafuntersuchung gegen die Beschwerdeführer am 22. November 2000 definitiv einstellte und dass diese Verfügung formell rechtskräftig wurde, weil sie von keiner Seite - auch vom Staatsanwalt nicht - angefochten wurde. Unbestritten ist auch, dass der Verhörrichter selber nicht mehr auf seine Verfügung hätte zurückkommen und das Verfahren wieder aufnehmen dürfen, da dies nach der klaren Regel von <ref-law> nur zulässig ist, wenn sich nach der Einstellung neue Verdachtsmomente ergeben, was vorliegend nicht zutrifft.
Umstritten ist daher einzig, ob das Kantonsgericht befugt ist, eine endgültige Verfahrenseinstellung aufsichtsrechtlich aufzuheben, weil es von ihr inhaltlich nicht überzeugt ist und es findet, der Verhörrichter sei seiner Untersuchungspflicht nur ungenügend nachgekommen und habe das Verfahren leichtfertig eingestellt.
3.- a) Nach herrschender und soweit ersichtlich unbestrittener Lehre kommt die Aufhebung einer endgültigen (definitiven) Einstellungsverfügung und die Wiederaufnahme eines Strafverfahrens nur in Betracht, wenn nach deren Ergehen neue Tatsachen oder Verdachtsmomente bekannt werden. Es kommt ihr insoweit eine beschränkte materielle Rechtskraft zu, als eine Wiederaufnahme gestützt auf eine neue Bewertung von Beweismitteln, die bei der Einstellung des Verfahrens bereits bekannt waren - oder bei sorgfältiger Untersuchung hätten bekannt sein müssen - ausgeschlossen ist. Grundsätzlich unzulässig ist danach die Wiederaufnahme des Verfahrens, wenn nachträglich Zweifel an der sachlichen Begründetheit der Einstellungsverfügung auftauchen (Bernard Cloetta, Nichtanhandnahme und Einstellung der Strafuntersuchung in der Schweiz, Zürcher Diss. 1984, S. 114 ff.; Niklaus Schmid, Die Wiederaufnahme des Verfahrens nach Nichtanhandnahme oder Einstellung des Strafverfahrens, in ZStr 108/1991 S. 251 ff.; insbesondere S. 259 ff.; Robert Hauser/Erhard Schweri, Schweizerisches Strafprozessrecht, 4.A. Basel/Genf/München 1999, S. 347 N. 24). Diese Rechtslage wird für das Glarner Recht in <ref-law> ausdrücklich festgehalten.
Der Verhörrichter lehnt denn eine Aufhebung seiner Einstellungsverfügung auch folgerichtig ab.
b) Darf somit der Verhörrichter selber ein von ihm endgültig eingestelltes Verfahren aufgrund von Tatsachen oder Verdachtsmomenten, die er im Zeitpunkt der Einstellung bereits kannte oder bei sorgfältiger Untersuchung hätte kennen können, nicht wieder aufnehmen, so muss dies auch der Aufsichtsbehörde verwehrt sein, hat doch auch sie die (beschränkte) materielle Rechtskraft der Einstellungsverfügung zu beachten. Aus dem allgemeinen Aufsichtsrecht - "Aufsicht über den Geschäftsgang" nach Art. 114 Abs. 3 KV bzw. Art. 48 Abs. 1 GOG - lässt sich jedenfalls kein die gesetzliche Zuständigkeitsordnung durchbrechendes Recht zur (voraussetzungslosen) Aufhebung rechtskräftiger Entscheide der beaufsichtigten Instanz durch die Aufsichtsbehörde ableiten. Eine solche Kompetenz müsste gesetzlich ausdrücklich verankert sein. Das ist im Glarner Recht nicht der Fall. Die Auffassung des Kantonsgerichts, als Aufsichtsbehörde sei es jederzeit befugt, eine nicht überzeugende Einstellungsverfügung aufzuheben, lässt sich mit keinen sachlichen Gründen vertreten und ist daher offensichtlich unhaltbar. Die Willkürrüge ist begründet.
c) Unter diesen Umständen brauchen die weiteren Rügen nicht geprüft zu werden. Der Vollständigkeit halber sei immerhin angefügt, dass auch die Gehörsverweigerungsrüge begründet wäre, da das Kantonsgericht die Beschwerdeführer vor dem Widerruf der formell rechtskräftigen Einstellungsverfügung hätte anhören müssen.
4.- Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Hingegen hat der Kanton Glarus den Beschwerdeführern eine angemessen Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts vom 6. Juni 2001 aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Glarus hat den Beschwerdeführern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern sowie dem Verhöramt, dem Obergericht und dem Kantonsgericht des Kantons Glarus, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 28. September 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: