Faits:
A. Par arrêt du 16 mai 2008, la Cour de justice du canton de Genève a condamné Y._, solidairement avec deux autres personnes, à verser à X._ Inc. (ci-après: X._) la somme de 5'900'000 USD avec intérêts à 18 % dès le 20 avril 1993.
Contre cette décision, Y._ a interjeté un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral (cause 4A_302/2008), lequel a, par arrêt du 20 novembre 2008, admis le recours dans la mesure où il était recevable et rejeté l'action en paiement introduite par X._ contre Y._. La cour de céans a tout d'abord relevé que la cause portait uniquement sur l'exécution du sale agreement et de son addendum conclus les 14 et 16 avril 1993 entre X._, d'une part, et Y._ et deux autres personnes, d'autre part. Contrairement à l'autorité cantonale, le Tribunal fédéral a jugé ensuite qu'interprétée à la lumière du principe de la confiance, la convention des 14/16 avril 1993 ne constituait pas un contrat de prêt assorti d'une cession d'actions à titre de garantie, mais bien une vente d'actions, combinée avec un droit de réméré de durée limitée, pour le vendeur Y._ et ses partenaires, et avec une option de revente illimitée dans le temps, pour l'acheteuse X._. Selon la convention des parties, X._ se trouvait ainsi, depuis la mi-juillet 1993, devant l'option consistant soit à conserver les actions W._ acquises en avril 1993 et non rachetées par les vendeurs, soit à revendre à ces derniers lesdites actions pour le prix prédéterminé de 9'500'000 USD. Le choix de revendre supposait toutefois que X._ puisse disposer des actions en tout temps et ait la possibilité de les retransférer aux vendeurs simultanément au paiement du prix de revente. Or, tel n'était pas le cas lorsque X._ avait exercé à quatre reprises son droit d'option entre le 29 mai 1996 et le 27 juin 1997. Par la suite, les actions en cause avaient été frappées d'incessibilité pour dix ans au moins à la suite d'une décision judiciaire, de sorte que toute restitution se révélait impossible pour une longue durée, à l'échéance imprévisible. Dans ces conditions, X._ ne disposait contre Y._ d'aucune prétention fondée sur le contrat des 14/16 avril 1993.
L'arrêt du Tribunal fédéral a été notifié à X._ le 29 janvier 2009.
B. Par mémoire déposé le 27 février 2009, X._ demande la révision de l'arrêt du 20 novembre 2008. Invoquant deux inadvertances au sens de l'art. 121 let. d LTF, elle conclut à l'annulation de la décision précitée et à la condamnation de Y._, conjointement et solidairement avec les deux autres vendeurs selon la convention d'avril 1993, à lui payer 9'500'000 USD avec intérêts à 5% dès le 30 mai 1996; à titre subsidiaire, la requérante reprend contre Y._ la conclusion de sa demande du 13 juillet 1999, tendant au paiement d'un montant de 5'900'000 USD avec intérêts à 18% dès le 20 avril 1993.
Par ordonnance présidentielle du 18 mars 2009, la demande d'effet suspensif présentée par la requérante a été rejetée.
Y._ conclut au rejet de la demande de révision dans la mesure de sa recevabilité.

Considérant en droit:
1. 1.1 La demande de révision fondée sur l'art. 121 let. d LTF entre dans le cas prévu à l'<ref-law> et doit ainsi être déposée dans les trente jours qui suivent la notification de l'expédition complète de l'arrêt du Tribunal fédéral. Ce délai a été respecté en l'espèce.
1.2 La requérante fonde sa demande de révision sur un motif prévu par la loi. Par conséquent, cette demande est recevable. En effet, savoir si le Tribunal fédéral a commis l'inadvertance qui lui est imputée est une question qui relève du fond, et non de la recevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1 p. 478).
2. 2.1 Aux termes de l'art. 121 let. d LTF, la révision d'un arrêt du Tribunal fédéral peut être demandée si, par inadvertance, le tribunal n'a pas pris en considération des faits pertinents qui ressortent du dossier. Les conditions ainsi posées correspondent à celles de l'art. 136 let. d OJ, de sorte que la jurisprudence relative à cette norme de l'ancien droit de procédure conserve toute sa valeur.
L'inadvertance suppose que le tribunal ait omis de prendre en considération une pièce déterminée, versée au dossier, ou l'ait mal lue, s'écartant par mégarde de sa teneur exacte. Elle implique toujours une erreur grossière et consiste soit à méconnaître, soit à déformer un fait ou une pièce. Elle doit se rapporter au contenu même du fait, à sa perception par le tribunal, et non pas à son appréciation juridique. La révision n'entre pas en ligne de compte lorsque le tribunal a refusé sciemment de tenir compte d'un certain fait, considéré comme non décisif, car un tel refus relève du droit. Enfin, le fait doit être pertinent, c'est-à-dire susceptible d'entraîner une décision différente et plus favorable au requérant (<ref-ruling> consid. 3 p. 18/19 et les références).
2.2 Selon la requérante, le Tribunal fédéral a commis une première inadvertance en retenant qu'elle n'était pas en mesure de disposer des actions W._ acquises de Y._ et des deux autres vendeurs lorsqu'elle a exercé son droit d'option à quatre reprises entre le 29 mai 1996 et le 27 juin 1997. Elle fait valoir que si elle n'était effectivement plus titulaire desdites actions du fait de leur transfert à B._ SA, elle était toutefois en mesure d'en disposer aux dates déterminantes dès lors que son actionnaire unique - C._ - était également l'actionnaire unique de B._ SA.
Le fait pertinent que le Tribunal fédéral, par inadvertance, n'aurait pas pris en considération est la circonstance selon laquelle C._ était à la fois actionnaire unique de X._ et de B._ SA, société à laquelle les actions W._ litigieuses avaient été transférées à fin août 2003, soit avant l'exercice de l'option de revente pour la première fois par l'acheteuse. A cet égard, la requérante - dont, faut-il le rappeler, la personnalité juridique est indépendante de celle de son actionnaire unique - n'était plus actionnaire de W._ depuis fin août 1993, les actions susmentionnées ayant été transférées à B._ SA. Lorsqu'elle a exercé son option à quatre reprises entre le 29 mai 1996 et le 27 juin 1997, l'acheteuse ne disposait pas des actions litigieuses et n'avait donc pas la possibilité de les restituer aux vendeurs simultanément au paiement du prix de revente; il aurait fallu pour cela une opération supplémentaire, à savoir le transfert des actions de B._ SA à X._. La composition de l'actionnariat respectif de X._ et de B._ SA n'y change rien, de sorte que le fait présenté comme déterminant par la requérante n'est pas pertinent.
Au surplus, il convient de relever les points suivants. X._ a acquis, sur la base du contrat des 14/16 avril 1993, des actions W._ représentant 50% du capital social de cette société. A la suite d'autres opérations, la requérante détenait, en février 1994, 63,5% du capital-actions de W._. Or, il résulte des faits relatés dans l'arrêt dont la révision est demandée qu'en juillet 1995, B._ SA a transféré à D._ des actions représentant 20% du capital social de W._. C'est dire que le 29 mai 1996, lorsque X._ a exercé son droit d'option pour la première fois, B._ SA, qui se confondrait avec la requérante en raison de son actionnariat identique selon la théorie défendue dans la demande de révision, ne disposait pas du 50% du capital social de W._ et, par conséquent, n'était en tout cas pas en mesure de remettre aux vendeurs les actions acquises sur la base du contrat des 14/16 avril 1993.
En ne tenant pas compte du fait que l'actionnaire unique de la requérante coïncidait avec celui de B._ SA, le Tribunal fédéral n'a commis dès lors aucune inadvertance au sens de l'art. 121 let. d LTF.
2.3 La requérante se plaint d'une seconde inadvertance. Si on la comprend bien, le Tribunal fédéral n'aurait pas pris en considération le fait, constaté dans l'arrêt cantonal entrepris, que l'opposant a eu connaissance en février 2003 de la contestation de l'aval du billet à ordre émis par l'un de ses deux autres partenaires et n'en a pas informé C._ au moment des pourparlers.
Contrairement à ce que la requérante prétend, cette circonstance figure dans l'état de fait de l'arrêt du 20 novembre 2008, sous le point A.b; en relatant le raisonnement développé dans l'arrêt cantonal du 16 mai 2008, le Tribunal fédéral a également mentionné, sous le point B, qu'après avoir admis une obligation contractuelle de remboursement de ce qu'elle tenait pour un prêt, la cour cantonale avait fixé au 20 avril 2003 le point de départ des intérêts moratoires, au motif que l'opposant aurait commis un acte illicite en violant, par tromperie, son devoir de renseigner C._ au sujet de la contestation de l'aval du billet à ordre.
Cela étant, le Tribunal fédéral n'a pas considéré la circonstance invoquée comme décisive, puisqu'il a jugé qu'une invalidation pour dol du contrat des 14/16 avril 1993 n'entrait pas en ligne de compte et que la cause portait uniquement sur l'exécution de cette convention. C'est donc à l'appréciation juridique du fait invoqué que la requérante s'en prend, et non à sa perception même par le tribunal. Comme relevé plus haut (consid. 2.1), une telle critique n'a pas sa place dans une demande de révision basée sur l'art. 121 let. d LTF. Le moyen est manifestement mal fondé.
3. Le motif pris d'inadvertances au sens de l'art. 121 let. d LTF se révélant dénué de fondement, la demande de révision sera rejetée.
Comme elle succombe, la requérante prendra à sa charge les frais judiciaires (<ref-law>) et versera à l'opposant une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF), laquelle sera fixée selon l'art. 7 du règlement sur les dépens alloués à la partie adverse et sur l'indemnité pour la représentation d'office dans les causes portées devant le Tribunal fédéral (RS 173.110.210.3).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. La demande de révision est rejetée.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 25'000 fr., sont mis à la charge de la requérante.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à payer à titre de dépens à l'opposant, est mise à la charge de la requérante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 mai 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Godat Zimmermann