Faits:
A. Statuant sur les appels déposés contre un jugement rendu le 10 décembre 2010 par le juge pénal du Tribunal de première instance de Porrentruy par X._, d'une part, et par Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA, d'autre part, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a réformé la décision attaquée par jugement du 14 juin 2011 en libérant X._ de l'infraction d'obtention frauduleuse d'une prestation (<ref-law>) et d'infraction à la loi fédérale du 19 décembre 1986 contre la concurrence déloyale (LCD; RS 241) et en le déclarant coupable de fabrication et mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés (<ref-law>). Elle l'a en outre reconnu coupable d'infraction par métier aux art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g de la loi fédérale du 9 octobre 1992 sur le droit d'auteur et les droits voisins (loi sur le droit d'auteur, LDA; RS 231.1) en considérant qu'il avait retransmis les programmes de Canal+ et de Canal Satellite (Canal Sat). La Cour pénale a condamné X._ à une peine pécuniaire de 100 jours-amende à 70 francs, avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'à une amende de 3'000 francs et au paiement aux parties plaignantes et civiles d'une indemnité à titre de remise de gain de 98'435 francs 80 avec intérêts à 5% dès le 10 décembre 2010.
B. Cette condamnation se fonde, en substance, sur les éléments de fait suivants.
B.a Société d'Edition de Canal Plus (anciennement Canal+ SA) et Canal+ Distribution SAS proposent des abonnements à Canal+ en Suisse depuis 1996 et à Canal Sat depuis le 1er octobre 2008. Les chaînes concernées sont cryptées et payantes. Pour les réceptionner, l'abonné doit disposer d'un décodeur. Lorsque celui-ci reçoit les données, il envoie un signal à la carte numérique fournie au client, qui l'identifie techniquement et qui, si elle contient les droits, va donner accès aux chaînes qui pourront être visionnées sur le téléviseur. Les données envoyées par satellite au décodeur sont cryptées par un système développé et commercialisé par Nagravision SA.
B.b Depuis le mois de février 2005, X._ a exploité sous la raison individuelle A._ un commerce dont le but était la vente de matériel satellite. D'abord installé à son domicile, il a ouvert un magasin le 4 août 2007. Il a mis en place un système de partage de carte ("card sharing") qui permettait à ses clients de visionner les chaînes de Canal+ et Canal Sat contre une rémunération dont le coût était inférieur à celui d'un abonnement obtenu directement auprès de Société d'Edition de Canal Plus ou de Canal+ Distribution SAS. Pour ce faire, il vendait à ses clients un appareil de type Dreambox 500 S qui faisait office de récepteur. Il programmait celui-ci en ajoutant dans le système un logiciel téléchargé sur internet. Cette modification permettait à l'appareil de se connecter automatiquement à un serveur installé chez lui, qui décryptait les données grâce à la dizaine d'abonnements qu'il avait contractés auprès d'un distributeur français. Les chaînes de Canal+ et de Canal Sat pouvaient alors être regardées par ses clients bien qu'ils ne disposassent pas d'un abonnement officiel.
B.c La vente des appareils Dreambox représentait 70% du chiffre d'affaires de X._. Selon lui, seuls 70 à 80% d'entre eux étaient modifiés. Il facturait un appareil 580 francs ou 380 francs selon qu'il était équipé ou pas du système de partage de carte. L'abonnement lui-même était à 200 francs la première année, puis 160 francs les années suivantes. Certains clients ont acheté à X._ des accès à son serveur uniquement, qu'ils ont ensuite revendus à plusieurs personnes qui modifiaient elles-mêmes leur appareil afin de se connecter au serveur du précité. X._ a vendu des appareils et des abonnements jusqu'en octobre 2007. Il a encore perçu par la suite plusieurs montants de 160 francs, correspondant au prix de la prolongation d'abonnement, voire de 180 francs à titre de "service Dreambox". Il a coupé le serveur auquel ses clients se connectaient à la fin du mois de janvier 2008. Environ 450 clients ont bénéficié de son système.
C. X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 14 juin 2011. Il conclut à son acquittement des chefs d'accusation de violation des <ref-law> ainsi que des dispositions pénales de la loi sur le droit d'auteur.
Invitées à se déterminer sur le recours, Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA ont conclu au rejet de celui-ci dans la mesure de sa recevabilité, sous suite de frais et dépens. La Cour pénale du Tribunal cantonal a conclu au rejet du recours et à la confirmation de son arrêt. Le Ministère public n'a pas déposé d'observations dans le délai imparti.
Après communication de ces réponses à X._, celui-ci a persisté dans ses conclusions aux termes de ses déterminations du 1er mars 2012. Au vu de ces dernières, Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA ont également persisté aux termes de leur "duplique" du 20 mars 2012.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre un jugement final (<ref-law>), en matière pénale, prononcé par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours, déposé dans le délai (<ref-law>), est recevable au regard des dispositions précitées.
1.2 Les intimées ont déposé à l'appui de leur réponse au recours, dans le délai qui leur avait été imparti, un avis de droit. La production d'expertises juridiques ou de précédents visant uniquement à renforcer et à développer le point de vue du recourant ou de l'intimé est admissible (arrêt 4A_332/2010 du 22 février 2011 consid. 3; cf. déjà, sous l'ancienne OJ, <ref-ruling> consid. 4b p. 96; <ref-ruling> consid. 1 p. 71). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en revanche être présenté devant le Tribunal fédéral à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. Le recourant invoque une violation des art. 98, 109 et 150bis CP. Il soutient que la cour cantonale a enfreint le droit fédéral en retenant que l'infraction de fabrication et mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés n'était pas prescrite.
2.1 L'<ref-law> réprime, sur plainte, le comportement de celui qui aura fabriqué, importé, exporté, transporté, mis sur le marché ou installé des appareils dont les composants ou les programmes de traitement des données servent à décoder frauduleusement des programmes de télévision ou des services de télécommunication cryptés ou sont utilisés à cet effet.
2.1.1 Cette disposition vise des actes préparatoires érigés en infraction distincte, alors que le comportement de celui qui utilise le dispositif pour obtenir le service crypté sans payer la somme due tombe sous le coup de l'<ref-law> (Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3ème éd., 2010, n. 3 ad <ref-law>; Jörg Rehberg, Änderungen im Strafgesetzbuch durch das Fernmeldegesetz, PJA 1998, p. 562). L'infraction a pour objet un dispositif, soit un appareil, quel qu'il soit, qui permet le décryptage de programmes de télévision sans payer la somme due (Corboz, op. cit., n. 2 ad <ref-law>).
2.1.2 Le recourant a commis les actes qui lui sont reprochés entre les mois de septembre 2005 et janvier 2008 selon la cour cantonale, soit avant et après l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du code pénal le 1er janvier 2007. Les règles en matière de prescription n'ont cependant pas été modifiées de sorte qu'il n'est pas nécessaire d'examiner quelle est la loi la plus favorable au recourant (lex mitior, <ref-law>). Selon l'<ref-law> (art. 71 aCP, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006), la prescription court dès le jour où l'auteur a exercé son activité coupable (let. a), dès le jour du dernier acte si cette activité s'est exercée à plusieurs reprises (let. b) ou dès le jour où les agissements coupables ont cessé s'ils ont eu une certaine durée (let. c). La prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu (<ref-law>; art. 70 al. 3 aCP).
L'infraction à l'<ref-law> est punie d'une amende. Il s'agit donc d'une contravention (<ref-law>; art. 101 aCP) pour laquelle l'action pénale se prescrit par trois ans (<ref-law>; art. 109 aCP).
2.2 La cour cantonale a considéré que l'infraction à l'<ref-law>, à l'instar d'une atteinte à l'honneur sur internet, était un délit continu et que l'art. 98 let. c CP était applicable à la question de la prescription. Le recourant avait cessé de vendre des abonnements en octobre 2007, mais il avait encore reçu par la suite plusieurs paiements à titre de renouvellement d'abonnements et il n'avait coupé son serveur qu'en janvier 2008. Pour fonctionner, le dispositif mis en place par le recourant nécessitait un décodeur, un abonnement ainsi qu'un accès au serveur. Il fallait considérer que le procédé formait un tout. La prescription n'avait donc commencé à courir qu'en janvier 2008 et l'infraction à l'<ref-law> n'était pas prescrite au moment où le jugement de première instance avait été rendu, soit le 10 décembre 2010.
2.3 Les appareils Dreambox vendus par le recourant permettaient à ses clients, compte tenu des modifications apportées, de décoder sans droit des programmes cryptés. Un tel équipement tombe ainsi sous le coup de l'<ref-law>. Cette disposition vise six comportements punissables déterminés (fabrication, importation, exportation, transport, mise sur le marché et installation). L'<ref-law> ne sanctionne en revanche pas la fourniture d'un service permettant la réception des programmes décodés au moyen de l'appareil visé par cette disposition. La mise à disposition d'un serveur internet auquel les appareils Dreambox pouvaient se connecter pour décrypter des programmes constitue un acte distinct et indépendant, qui n'est visé par aucune des hypothèses prévues par l'<ref-law>. Certains clients n'ont d'ailleurs acheté que l'accès audit serveur, mais pas l'appareil lui-même pour profiter du système de partage de carte du recourant. Ainsi, contrairement à ce que la cour cantonale a retenu et à ce que les intimées soutiennent, la mise à disposition des clients d'un serveur internet, respectivement sa mise hors service en janvier 2008, ou le paiement des renouvellements des abonnements pour pouvoir continuer à s'y connecter ne sont pas des éléments pertinents pour déterminer quand le délai de prescription de l'action pénale a débuté à courir en relation avec l'infraction à l'<ref-law>.
Le recourant a mis sur le marché, soit vendu, des appareils jusqu'en octobre 2007. Les sommes encaissées après cette date étaient d'un montant de 160 francs, correspondant au prix d'une prolongation d'abonnement, sous réserve de quelques versements de 180 francs à titre de "service Dreambox" (cf. jugement du 14 juin 2011 consid. 4.2.2 p. 24). Ces sommes ne correspondent pas au prix de vente d'un appareil modifié, destiné à décoder frauduleusement les programmes diffusés par les intimées, qui s'élevait à lui seul à 380 francs. Il n'est par ailleurs pas constaté par l'autorité cantonale que le recourant aurait fabriqué, importé, exporté, transporté ou installé chez ses clients des appareils Dreambox après le mois d'octobre 2007.
Le délai de prescription de l'action pénale a donc commencé à courir au plus tard en novembre 2007. D'une durée de trois ans, il est venu à échéance en novembre 2010, soit avant que le jugement de première instance soit rendu le 10 décembre 2010. L'infraction à l'<ref-law> était donc prescrite à cette date, indépendamment de la question de savoir s'il y a unité juridique ou naturelle entre les différentes ventes auxquelles le recourant a procédé, question qu'il n'y a dès lors pas besoin d'examiner ici. La cour cantonale a violé le droit fédéral en retenant le contraire. Le recours doit être admis à cet égard.
3. Le recourant conteste s'être rendu coupable d'une infraction à la loi sur le droit d'auteur. Il soutient d'abord que celle-ci n'est pas applicable en l'espèce, se référant à l'arrêt publié aux <ref-ruling>.
3.1 Il s'agissait de déterminer dans cette affaire si la diffusion d'?uvres par un signal satellite nécessitait l'autorisation des titulaires du droit exclusif d'utilisation desdites ?uvres, autorisation dont l'absence consacrerait une violation du droit d'auteur selon la LDA. A cette occasion, le Tribunal fédéral a admis l'application de la théorie de l'Etat d'émission en matière de radiodiffusion par satellite (consid. 6.4 p. 242) et il a considéré que la loi suisse sur le droit d'auteur ne s'appliquait pas à la diffusion depuis la France, via un signal satellite, d'un programme télévisé (consid. 6.6 p. 245).
3.2 En l'espèce, le droit de diffusion des intimées n'est pas litigieux. Il s'agit de déterminer si le recourant pouvait mettre en place un système de partage de carte permettant à ses clients de visionner les programmes diffusés par les intimées sans s'abonner auprès d'elles. La présente cause diffère ainsi du précédent invoqué, dont le recourant ne peut tirer aucun argument. Le recourant a agi en Suisse et ses clients y étaient également domiciliés. Les dispositions pénales de la loi suisse sur le droit d'auteur ainsi que les dispositions générales du code pénal sont applicables (art. 3 al. 1 et 8 al. 1 CP, par renvoi de l'<ref-law>).
4. Le recourant invoque une violation des art. 10 al. 2 let. e, 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 LDA ainsi que 69a LDA.
4. Le recourant invoque une violation des art. 10 al. 2 let. e, 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 LDA ainsi que 69a LDA.
4.1 4.1.1 L'art. 67 al. 1 let. h LDA réprime, à titre de violation du droit d'auteur, le comportement de celui qui, intentionnellement et sans droit, diffuse une ?uvre par la radio, la télévision ou des moyens analogues, soit par voie hertzienne, soit par câble ou autres conducteurs ou la retransmet par des moyens techniques dont l'exploitation ne relève pas de l'organisme diffuseur d'origine.
L'art. 67 al. 1 let. h LDA réprime pénalement la violation du droit accordé à l'auteur par les art. 10 al. 2 let. d et let. e LDA (cf. Denis Barrelet/Willi Egloff, Le nouveau droit d'auteur, 3ème éd., 2008, n. 4 ad <ref-law>; Manfred Rehbinder/Adriano Viganò, Urheberrechtsgesetz, Kommentar, 3ème éd., 2008, n. 15 ad <ref-law>). Selon ces dispositions, parmi les différents droits exclusifs d'utilisation d'une ?uvre, figurent ceux, pour l'auteur, de diffuser celle-ci (let. d) ou de la retransmettre par des moyens techniques dont l'exploitation ne relève pas de l'organisme diffuseur d'origine (let. e).
La diffusion est une première transmission, soit une transmission primaire, par rapport à la retransmission (Rehbinder/Viganò, op. cit., n. 20 ad <ref-law>; François Dessemontet, Le droit d'auteur, 1999, n. 235 p. 184). Ce droit vise la transmission simultanée de l'?uvre par des moyens techniques de télécommunication à un nombre indéterminé de personnes. Les signaux émis par le satellite constituent une diffusion lorsque les émissions ont été conçues pour le public, qu'elles lui sont destinées et qu'elles sont accessibles au public au moyen d'une installation pouvant être acquise sur le marché sans frais excessifs (<ref-ruling> consid. 2c. p. 60; Barrelet/Egloff, op. cit., n. 29 ad <ref-law>). La diffusion d'émissions codées, dans le cadre de la télévision par abonnement ("pay per channel") ou de la télévision sur demande ("pay per view"), tombe sous le coup de l'art. 10 let. d LDA lorsqu'un nombre important de personnes disposent d'un décodeur leur permettant d'assister simultanément aux émissions (Barrelet/ Egloff, op. cit., n. 26 ad <ref-law>; Rehbinder/Viganò, op. cit., n. 21 ad <ref-law>).
Il y a retransmission lorsqu'un programme diffusé est répercuté simultanément par un tiers autre que l'organisme responsable de la diffusion originale (Barrelet/Egloff, op. cit., n. 33 ad <ref-law>). Il n'est pas nécessaire que cette personne soit un radiodiffuseur ou une entreprise de télécommunication. Il peut s'agir d'une personne physique. La retransmission peut notamment intervenir au moyen d'internet (Barrelet/Egloff, op. cit., n. 33 ad <ref-law>; Rehbinder/Viganò, op. cit., n. 21 ad <ref-law>). L'hôtelier qui capte des programmes et les diffuse dans les chambres de ses clients procède à une retransmission (<ref-ruling> consid. 2c; François Dessemontet, Inhalt des Urheberrechts in SIWR II/1, Urheberrecht und verwandte Schutzrechte, 2ème éd., 2006, p. 207).
4.1.2 A la différence de l'<ref-law>, l'<ref-law> n'assure pas la protection du droit d'auteur, mais des droits voisins, soit ceux des artistes interprètes, des producteurs de phonogrammes ou de vidéogrammes ainsi que des organismes de diffusion (cf. <ref-law>; <ref-law>). L'<ref-law>, qui définit les droits des organismes de diffusion, protège le travail de production de la création d'un signal de diffusion d'une émission destinée à être reçue par le public, ce qui inclut la télévision par abonnement (Barrelet/Egloff, op. cit., n. 4 ad <ref-law>; Rehbinder/Viganò, op. cit., n. 3 ad <ref-law>). La nature de ce qui est diffusé importe peu. Il n'est notamment pas nécessaire que le contenu soit protégeable par le droit d'auteur (Rolf Auf der Mauer, in Müller/Oertli, Urheberrechtsgesetz (URG), Stämpflis Handkommentar, n. 5 ad <ref-law>).
L'art. 69 al. 1 let. g LDA réprime le comportement de celui qui, intentionnellement et sans droit, retransmet une émission.
Cette disposition sanctionne une infraction au droit exclusif de l'organisme de diffusion de retransmettre son émission, consacré par l'<ref-law> (Barrelet/Egloff, op. cit., n. 3 ad <ref-law>). La notion de retransmission ne diffère pas de celle de l'art. 10 al. 2 let. e LDA (cf. Barrelet/Egloff, op. cit., n. 5 ad <ref-law>; supra consid 4.1.1). La retransmission au sens de cette disposition consiste ainsi en la transmission d'une émission au moyen d'installations techniques par un autre que l'organisme de diffusion d'origine (Auf der Mauer, op. cit., n. 10 ad <ref-law>). La retransmission est "technologiquement neutre" en ce sens qu'elle comprend toutes les techniques et méthodes de retransmission (Rehbinder/Viganò, op. cit., n. 7 ad <ref-law>).
4.1.3 Amené à se prononcer sur le cas d'un prévenu qui avait vendu des appareils permettant de décoder des programmes de télévision par abonnement, le Tribunal fédéral a retenu que le vendeur qui connaissait l'usage auquel était destiné l'appareil qu'il vendait se rendait coupable de complicité de tentative d'infraction à l'<ref-law> (<ref-ruling>, lequel est antérieur à l'adoption de l'<ref-law>). Une éventuelle infraction à la loi sur le droit d'auteur n'a en revanche été ni envisagée ni retenue.
4.2 La cour cantonale a considéré que l'intéressé agissait comme un retransmetteur au sens de l'art. 10 al. 2 let. e LDA puisque la réception des programmes cryptés par les clients du recourant nécessitait une installation particulière mise en ?uvre par ce dernier, à savoir un serveur internet (cf. jugement du 14 juin 2011 consid. 7.3.1 p. 37).
4.3 Le recourant ne conteste pas que Société d'Edition de Canal Plus et Canal+ Distribution SAS doivent être qualifiées d'organismes de diffusion au sens de l'<ref-law> et que leur travail bénéficie de la protection des droits voisins. Il ne conteste pas davantage que les programmes diffusés par les précitées, à tout le moins certains d'entre eux, constituent des ?uvres au sens de l'<ref-law> et que Société d'Edition de Canal Plus et Canal+ Distribution SAS sont titulaires des droits qui y sont attachés. La cour cantonale l'a implicitement retenu en considérant que leurs droits exclusifs protégés par les art. 10 et 67 LDA avaient été violés, alors même qu'en principe seule la personne physique qui a créé l'?uvre peut être auteur (cf. <ref-law>), sous réserve d'un transfert ultérieur des droits (cf. <ref-law>; François Dessemontet, Le droit d'auteur, n. 308, p. 233). Le recourant invoque en revanche que le procédé de partage de carte ne génère pas une diffusion d'image ou de donnée. La cour cantonale n'a pas retenu qu'il procédait à un acte de diffusion, mais de retransmission. Or, il s'agit de deux notions distinctes (cf supra consid. 4.1.1). Il convient ainsi d'examiner si le recourant a retransmis des ?uvres protégées à ses clients en violation des droits des intimées.
Les images étaient réceptionnées directement par les clients du recourant, grâce à l'appareil de type Dreambox installé chez eux, ainsi que cela ressort de l'avis de droit produit par les intimées elles-mêmes. Cet appareil communiquait ensuite avec le serveur internet mis en place par le recourant pour décrypter les données. Le recourant ne transmettait pas à ses clients, par câble, par internet ou par d'autres conducteurs, le signal diffusé par les intimées qu'il aurait préalablement capté. Le recourant n'a ainsi pas répercuté les émissions diffusées par les intimées auprès de tiers. Le procédé utilisé permettait uniquement un partage de code. Il consistait à déchiffrer les mots de contrôle au moyen de l'abonnement régulièrement acquis par le recourant, mais pas à réceptionner le signal satellite diffusé par les intimées, à le décoder puis à l'envoyer chez ses clients. Le système du recourant permettait de contourner des mesures techniques destinées à limiter l'accès aux programmes des intimées à leurs seuls abonnés, mais pas à communiquer à ses clients les images diffusées par les intimées. Le recourant n'a ainsi pas procédé à une retransmission des émissions produites ou diffusées par les intimées au sens des art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g LDA, contrairement à ce que la cour cantonale a retenu. Les intimées ne soutiennent d'ailleurs pas aux termes de leur réponse au recours que les films ou émissions qui étaient diffusés étaient retransmis par le recourant, mais uniquement des messages de contrôle des droits (Entitlement Control Message, ECM) contenus dans le flux diffusé. Elles définissent ceux-ci comme des paquets de données cryptés diffusés sur le support de transmission, contenant les mots de contrôle. L'état de fait cantonal, qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>), ne contient toutefois aucune constatation relative à de tels messages de contrôle et les intimées ne sont pas recevables à alléguer des faits nouveaux qui ne résultent pas de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Au surplus, il a été reproché au recourant, à titre de violation de la loi sur le droit d'auteur, d'avoir retransmis les émissions diffusées par les intimées et la cour cantonale a examiné cette seule question. L'argumentation des intimées selon laquelle le recourant aurait violé la loi précitée en retransmettant des ECM outrepasse l'objet du litige tel qu'il est circonscrit par la décision attaquée. Elle est donc irrecevable, faute d'épuisement des voies de droit cantonales (cf. <ref-law>; voir également <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93).
4.4 Les intimées font par ailleurs valoir que le recourant a fait voir ou entendre au sens de l'art. 10 al. 2 let. f LDA les films ou émissions diffusés. Une violation du droit accordé à l'auteur par cette disposition est sanctionnée pénalement par l'<ref-law> (cf. Barrelet/ Egloff, op. cit., n. 4 ad <ref-law>). En considérant que le recourant avait retransmis sans droit les programmes diffusés par les intimées, la cour cantonale s'est fondée sur l'art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g LDA pour le condamner. Les intimées soutiennent ainsi qu'une infraction supplémentaire doit être retenue à la charge du recourant. Elles ne réclament donc pas uniquement un rejet du recours par une substitution des motifs, à laquelle le Tribunal fédéral pourrait procéder (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine p. 140, 297 consid. 3.1 p. 298 s.). Dans la mesure où les intimées n'ont pris aucune conclusion tendant à la condamnation du recourant pour infraction à l'<ref-law> - elles ne pouvaient d'ailleurs pas demander, après l'échéance du délai de recours, que la décision soit modifiée à leur avantage (cf. Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 33 ad <ref-law>) - et où le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>), leur argumentation est irrecevable.
4.5 Le recourant indique que la cour cantonale aurait violé l'<ref-law>. Cette disposition réprime pénalement le comportement de celui qui propose au public un dispositif qui est principalement conçu, fabriqué, adapté ou réalisé dans le but de permettre ou de faciliter le contournement de mesures techniques efficaces (art. 69a al. 1 let. b ch. 3 LDA). Selon l'<ref-law>, le cryptage constitue, notamment, une telle mesure, ce qui comprend le codage permettant le contrôle d'accès en matière de télévision par abonnement (cf. Dominik P. Rubli, Das Verbot der Umgehung technischer Massnahmen zum Schutz digitaler Datenangebote, 2009, n. 16 p. 12). Le recourant n'a toutefois pas été reconnu coupable d'une infraction à cette disposition, entrée en vigueur le 1er juillet 2008 (RO 2008 2497, p. 2502), soit après les faits qui lui sont reprochés. Le grief est sans objet.
Il peut néanmoins être relevé que l'adoption de dispositions spécifiques dans la loi sur le droit d'auteur n'aurait pas été nécessaire si le comportement visant à contourner une mesure de cryptage mise en place par celui qui diffuse des émissions de télévision par abonnement était déjà réprimé, ce qui tend à confirmer qu'avant l'entrée en vigueur des art. 39a et 69a LDA, un tel comportement ne constituait pas une violation des dispositions de la loi sur le droit d'auteur.
4.6 Au vu de ce qui précède, il doit être considéré que le système de partage de carte mis en place par le recourant ne constitue pas un acte de retransmission au sens de la loi sur le droit d'auteur, contrairement à ce que la cour cantonale a retenu en violation du droit fédéral.
5. Le recours doit être admis tant en ce qui concerne le grief de violation de l'<ref-law> que des art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g LDA. La décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale (<ref-law>) pour qu'elle statue à nouveau sur les prétentions civiles et sur les frais et dépens des instances cantonales.
Vu le sort du recours, les frais judiciaires sont mis pour moitié à la charge des intimées, solidairement entre elles, le canton du Jura n'ayant pas à en supporter (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le recourant peut prétendre à une indemnité de dépens, à la charge pour moitié chacun, d'une part du canton du Jura, d'autre part des intimées, solidairement entre elles (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires sont mis pour moitié à la charge des intimées Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA, solidairement entre elles, soit 1'000 francs.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise pour moitié à la charge du canton du Jura et pour moitié à la charge des intimées Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA, solidairement entre elles.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 11 octobre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben