A.- Die 1955 geborene W._ war ab 1. Juni 1995 als Geschäftsleiterin bei der X._ AG angestellt. Am 29. Juli 1995 war sie von einem Verkehrsunfall betroffen, bei welchem sie sich gemäss Arztzeugnis UVG des Dr. med.
Z._, Allgemeine Medizin FMH, vom 10. August 1995 eine Nasenbeinfraktur, eine commotio cerebri mit HWS-Schleudertrauma sowie Verletzungen an der linken Hand und am linken Unterschenkel zuzog. Die Tätigkeit bei der X._ AG übte sie in der Folge nur noch mit einem stark reduzierten Pensum aus. Ab 3. Januar 1996 war sie zunächst aushilfsweise, ab 1. April 1998 zu 70 % und ab
1. November 1998 zu 50 % bei der Y._ AG angestellt.
Am 16. Juni 1997 meldete sich die Versicherte unter Hinweis auf seit dem Unfall bestehende Beschwerden (Gedächtnisstörungen, welche die Folge eines Schleudertraumas der Halswirbelsäule [HWS] bildeten, und Rückenschmerzen, welche eine normale Bürotätigkeit [acht Stunden pro Tag] verhinderten) bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte Auskünfte der Arbeitgeberin vom 20. Juni und 10. November 1997, des obligatorischen Unfallversicherers Q._ vom 12. August 1997, ein dem Unfallversicherer Q._ erstattetes Gutachten des Dr. med. J._, Neurologie FMH, vom 26. August 1997, Auskünfte der Versicherten vom 8. September 1998 (mit Unterlagen zur Tätigkeit bei der Y._ AG), einen Arztbericht des Dr. med. Z._ vom 30. Juni 1997, eine weitere Stellungnahme dieses Arztes vom 30. September 1997 sowie eine ergänzende Auskunft des Dr. med. J._ vom 29. Mai 1998 ein. Zudem wurden die den Unfall betreffenden Akten des Unfallversicherers Q._ beigezogen. Diese enthalten unter anderem ein Gutachten des Neuropsychologischen Instituts A._ vom 23. Juni 1997, einen Zwischenbericht des Dr. med.
G._, Allgemeine Medizin FMH, vom 6. März 1996, einen Bericht von Frau Dr. med. U._, Augenärztin FMH, vom 24. Oktober 1995, eine Unfallmeldung vom 7. August 1995, Unfallscheine mit Eintragungen des Dr. med. Z._ vom 3. August 1995 bis 30. Mai 1997, diverse Behandlungsausweise von Frau L._, Dipl. Physiotherapeutin, Zeugnisse des Dr. med. Z._ vom 3., 10. und 15. August 1995 sowie Berichte dieses Arztes vom 1. und 26. September,
13. Dezember 1995, 31. Januar, 14. März und 1. April 1996.
Anschliessend sprach die IV-Stelle der Versicherten - nach Einholung eines weiteren Berichts des Dr. med. Z._ vom 24. November 1998 und Durchführung des Vorbescheidverfahrens - mit drei separaten Verfügungen vom 10. Januar 2000 für die Zeit vom 1. Juli 1996 bis 30. Juni 1998 eine ganze Invalidenrente (nebst Kinderrenten), für die Zeit vom 1. Juli 1998 bis 31. Mai 1999 eine Viertelsrente mit drei Kinderrenten und für die Zeit ab 1. Juni 1999 eine Viertelsrente mit zwei Kinderrenten zu.
B.- Die Versicherte erhob Beschwerde mit dem Antrag auf Zusprechung einer halben Rente für die Zeit ab 1. Juli 1998. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess das Rechtsmittel in dem Sinne gut, dass es die die Zeit ab 1. Juli 1998 bzw. ab 1. Juni 1999 betreffenden Verfügungen aufhob und die Sache an die IV-Stelle zurückwies, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Rentenanspruch neu verfüge (Entscheid vom 11. Januar 2001).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt W._ das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren erneuern.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 1bis IVG), die Rentenrevision (<ref-law>) und die dabei zu vergleichenden Sachverhalte (<ref-ruling> Erw. 2 mit Hinweis) sowie die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen nach der Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>; <ref-ruling> Erw. 2a und b), bei Nichterwerbstätigen im Sinne von <ref-law>, namentlich im Haushalt beschäftigten Versicherten, nach der spezifischen Methode (<ref-law> in Verbindung mit Art. 27 Abs. 1 und 2 IVV; <ref-ruling> Erw. 2a; AHI 1997 S. 291 Erw. 4a) und bei teilerwerbstätigen Versicherten nach der gemischten Methode (<ref-law>; <ref-ruling> Erw. 2a; ZAK 1992 S. 128 Erw. 1b mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die Erwägungen zum Grundsatz, wonach einer rückwirkend verfügten abgestuften und/oder befristeten Rente Revisionsgründe unterlegt sein müssen (<ref-ruling>), wobei sich der Zeitpunkt der Herauf-, Herabsetzung oder Aufhebung der Rente nach <ref-law> bestimmt (<ref-ruling> Erw. 6b/dd mit Hinweis), sowie zum Beweiswert medizinischer Berichte (<ref-ruling>). Darauf wird verwiesen.
2.- a) Wird gleichzeitig eine Rente zugesprochen und diese revisionsweise, in sinngemässer Anwendung von <ref-law> und <ref-law>, herauf- oder herabgesetzt oder aufgehoben, liegt ein zwar komplexes, im Wesentlichen jedoch einzig durch die Höhe der Leistung und der Anspruchsperioden definiertes Rechtsverhältnis vor. Der Umstand allein, dass Umfang und allenfalls Dauer des Rentenanspruchs über den verfügungsweise geregelten Zeitraum hinweg variieren, ist unter anfechtungs- und streitgegenständlichem Gesichtspunkt belanglos. Wird nur die Abstufung oder die Befristung der Leistungen angefochten, wird damit die gerichtliche Überprüfungsbefugnis nicht in dem Sinne eingeschränkt, dass unbestritten gebliebene Bezugszeiten von der Beurteilung ausgeklammert bleiben (<ref-ruling> f. Erw. 2d mit Hinweisen).
Ob diese Grundsätze auch gelten, wenn die ursprüngliche und die zeitlich direkt anschliessende, höhere oder tiefere Rente in zwei separaten Verfügungen zugesprochen werden, wurde im Urteil P. vom 22. August 2001 (I 11/00) offen gelassen und ist auch im vorliegenden Fall nicht zu entscheiden, da der Versicherten, wie nachstehend darzulegen ist, für die Zeit ab 1. Juli 1996 zu Recht eine ganze Rente zugesprochen wurde.
b) Die IV-Stelle legte der Rentenverfügung für die Zeit ab 1. Juli 1996 einen Invaliditätsgrad von 95 % zu Grunde. Faktisch nahm sie jedoch, wie die Vorinstanz zu Recht festhält, keinen ziffernmässigen Einkommensvergleich vor, sondern begnügte sich mit der Gegenüberstellung blosser Prozentzahlen im Sinne eines Prozentvergleichs. Die Invaliditätsbemessung basierte einerseits auf den Angaben der Arbeitgeberin vom 10. November 1997, wonach der im Arbeitgeberbericht vom 20. Juni 1997 angegebene Jahreslohn 1996 von Fr. 27'544.- ausschliesslich aus Unfall-Taggeldleistungen bestand und das Pensum der Versicherten auf 5 % einer Vollzeitanstellung reduziert worden sei, weil die Versicherte wegen ihrer Arbeitsunfähigkeit kaum Kunden habe akquirieren können und deshalb der Umsatz sehr niedrig geblieben sei. Andererseits stützte sich die Verwaltung auf die Bescheinigungen des Dr. med. Z._, wonach die Versicherte vom 29. Juli bis 29. Oktober 1995 zu 100 %, vom 30. Oktober bis 29. November 1995 zu 70 %, vom 30. November bis 19. Dezember 1995 zu 100 % und ab 20. Dezember 1995 jedenfalls bis zum Ablauf des Wartejahres (<ref-law>) im Juli 1996 zu 70 % arbeitsunfähig war. Es ist nicht zu beanstanden, dass die Verwaltung gestützt auf diese Unterlagen ausserdem auf eine Erwerbsunfähigkeit schloss, welche den für den Anspruch auf eine ganze Rente erforderlichen Invaliditätsgrad von 66 2/3 % klarerweise erreichte. Unter diesen Umständen konnte sie auf eine exakte ziffernmässige Ermittlung der beiden Vergleichseinkommen verzichten und stattdessen einen Prozentvergleich vornehmen (vgl. <ref-ruling> Erw. 2b). Ebenso ist nichts dagegen einzuwenden, dass der Invaliditätsgrad nach der Methode des Einkommensvergleichs bestimmt wurde. Es stand mit rechtsgenüglicher Sicherheit fest, dass die Beschwerdeführerin vor dem Unfallereignis vom 29. Juli 1995 vollzeitlich erwerbstätig war, und hinreichende Anzeichen für eine Reduktion dieses Pensums bestanden nicht.
3.- Strittig ist, ob die IV-Stelle die der Versicherten für die Zeit ab 1. Juli 1996 zugesprochene ganze Rente zu Recht mit Wirkung per 1. Juli 1998 auf eine Viertelsrente herabgesetzt hat.
4.- a) Gemäss dem auf die vorliegende Konstellation sinngemäss anwendbaren (vgl. <ref-ruling> Erw. 6b/dd mit Hinweis) <ref-law> ist bei einer Verbesserung der Erwerbsfähigkeit die anspruchsbeeinflussende Änderung für die Herabsetzung oder Aufhebung der Leistung von dem Zeitpunkt an zu berücksichtigen, in dem angenommen werden kann, dass sie voraussichtlich längere Zeit dauern wird. Sie ist in jedem Fall zu berücksichtigen, nachdem sie ohne wesentliche Unterbrechung drei Monate angedauert hat und voraussichtlich weiterhin andauern wird. Zu prüfen ist, ob diese Voraussetzungen (im Sinne einer Herabsetzung der ganzen Rente auf eine Viertelsrente) am 1. Juli 1998 erfüllt waren.
b) aa) Die IV-Stelle betrachtete die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der Beurteilung des Rentenanspruchs für die Zeit ab 1. Juli 1998 als vollzeitlich erwerbstätig und ermittelte den Invaliditätsgrad auf der Grundlage eines reinen Einkommensvergleichs. Bei einem Valideneinkommen von Fr. 70'200.- und einem Invalideneinkommen von Fr. 40'690.- gelangte sie zu einem Invaliditätsgrad von 42 %.
bb) Die Beschwerdeführerin geht ebenfalls von einer Invaliditätsbemessung auf der Grundlage eines reinen Einkommensvergleichs aus. Sie verlangt jedoch eine Berechnung auf der Grundlage eines Invalideneinkommen von Fr. 26'325.- (Stand 1998) bzw. Fr. 26'438.- (Stand 1999) und eines Valideneinkommens von Fr. 70'408.- pro Jahr.
cc) Die Vorinstanz gelangte demgegenüber zum Ergebnis, der Sachverhalt erscheine hinsichtlich der Frage, ob die Beschwerdeführerin ohne Behinderung vollzeitlich erwerbstätig wäre, als nicht hinreichend geklärt. Deshalb fehlten auch die Grundlagen, um beurteilen zu können, ob der Invaliditätsgrad nach der Einkommensvergleichsmethode oder der gemischten Methode zu bemessen sei. Zudem sei der Sachverhalt auch in medizinischer Hinsicht nicht genügend abgeklärt.
Aus diesem Grund wies das kantonale Gericht die Sache zur Vornahme weiterer Abklärungen an die Verwaltung zurück.
c) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird zu Recht darauf hingewiesen, dass bei rückwirkender Zusprechung einer abgestuften Rente die für den späteren Teil-Zeitraum zugesprochene Rente nicht nach den für eine erstmalige Rentenzusprechung geltenden Grundsätzen, sondern den Regeln über die Rentenrevision festzusetzen ist (<ref-ruling>).
Dementsprechend ist von den der ursprünglichen Rentenberechnung zu Grunde gelegten tatsächlichen Annahmen auszugehen, und diese ist, entsprechend der Praxis zu <ref-law>, einzig den seither eingetretenen Veränderungen anzupassen.
Dies gilt auch in Bezug auf die Methode zur Bestimmung des Invaliditätsgrades. Da der Invaliditätsgrad für die Zeit ab
1. Juli 1996 auf Grund eines reinen Einkommensvergleichs bestimmt wurde, ist ein Wechsel zur gemischten Methode nur dann vorzunehmen, wenn sich die tatsächlichen Verhältnisse in dieser Hinsicht geändert haben. Vorliegend bestehen, wie die Beschwerdeführerin zu Recht ausführen lässt, keine diesbezüglichen Hinweise. Der Umstand, dass die Kinder inzwischen älter geworden sind, spricht vielmehr dafür, dass die vollzeitliche Erwerbstätigkeit fortgesetzt worden wäre.
Andere Gesichtspunkte, welche geeignet wären, eine spätere Pensenreduktion als überwiegend wahrscheinlich erscheinen zu lassen, sind nicht ersichtlich. Insbesondere rechtfertigt die Tatsache, dass die Versicherte die vollzeitliche Erwerbstätigkeit erst relativ kurz vor dem Unfall vom 29. Juli 1995 aufgenommen hatte, nicht die Annahme, diese sei von vornherein auf beschränkte Dauer angelegt gewesen.
Von zusätzlichen, die frühere Berufstätigkeit betreffenden Abklärungen sind deshalb keine für die Bestimmung der Methode der Invaliditätsbemessung relevanten weiteren Erkenntnisse zu erwarten. Der Invaliditätsgrad ist, auch soweit der Rentenanspruch für die Zeit ab 1. Juli 1998 betroffen ist, auf Grund eines reinen Einkommensvergleichs zu bestimmen.
5.- a) Zum Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin, dessen Entwicklung und den Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit enthalten die Akten insbesondere die folgenden ärztlichen Aussagen:
aa) Gemäss Bescheinigungen des Dr. med. Z._ war die Versicherte vom 29. Juli bis 29. Oktober 1995 zu 100 %, vom 30. Oktober bis 29. November 1995 zu 70 %, vom 30. November bis 19. Dezember 1995 zu 100 %, vom 20. Dezember 1995 bis 30. September 1997 zu 70 % und ab 1. Oktober 1997 bis 29. November 1998 (letzte Eintragung) zu 50 % arbeitsunfähig.
bb) Dem Gutachten des Neuropsychologischen Instituts A._ vom 23. Juni 1997 ist zu entnehmen, dass eine objektivierbare minimale bis leichte neuropsychologische Funktionsstörung mit rechtshemisphärischem Schwerpunkt vorliege. Rein auf Grund dieser Schwächen, ohne Einbezug körperlicher Beschwerden, sei die Arbeitsunfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit auf 15 % zu beziffern.
cc) Laut Gutachten des Dr. med. J._ vom 26. August 1997 bestehen als aktuelle funktionelle Diagnosen ein leichtes bis mässiges Zervikalsyndrom, eine minimale bis leichte neuropsychologische Funktionsstörung sowie eine diskret eingeschränkte Flexion des kleinen Fingers der linken Hand. Die Arbeitsfähigkeit im bisherigen Beruf betrage (unter Mitberücksichtigung der neuropsychologischen Defizite) 75 %, entsprechend einem Pensum von 8 Stunden pro Tag mit vermehrten Pausen.
dd) Dr. med. Z._ führt in seiner Stellungnahme vom 30. September 1997 aus, die Arbeitsfähigkeit habe sich gegenüber seinen früheren Bescheinigungen sicher leicht erhöht und könne derzeit auf maximal 50 % angehoben werden.
Bezüglich konkreter Tätigkeit sehe er einen Arbeitsbereich, bei dem die Patientin nach einem ein- bis zweistündigen Einsatz eine Ruhephase von rund einer halben Stunde einlegen könne. Bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit dürfe die Funktion der Doppelrolle (Erwerbstätigkeit und Haushalt) nicht unterschätzt werden.
ee) Dr. med. J._ erklärt in seinen Ergänzungen vom 29. Mai 1998, die Arbeitsfähigkeit im bisherigen Beruf seit dem 1. Oktober 1997 schätze er auf 50 % ein, wobei eine Verbesserung dieser Arbeitsfähigkeit nicht mehr zu erwarten sei. Die Abweichung von seiner Beurteilung vom 26. August 1997 (Arbeitsunfähigkeit von nur 25 %) erkläre sich insbesondere dadurch, dass neu die hohe Arbeitsbelastung in der ausgeübten Tätigkeit, das dabei erreichte hohe Leistungsniveau sowie die Doppelbelastung mit berücksichtigt worden seien.
ff) Gemäss Arztbericht des Dr. med. Z._ vom 24. November 1998 betrug die Arbeitsunfähigkeit im bisherigen Beruf bis 30. September 1997 70 % und ab 1. August (richtig wohl: Oktober) 1997 50 %. Erläuternd führt der Arzt aus, die Arbeitsfähigkeit habe seit 1. September (richtig wohl: Oktober) 1997 nicht mehr gesteigert werden können wegen Konzentrationsschwierigkeiten, rascher Ermüdbarkeit und des chronischen Schulter-Nacken-Syndroms. Die eingeschränkte Arbeitsfähigkeit beziehe sich vor allem auch auf die Arbeit im Haushalt als Mutter von drei Kindern.
gg) Laut einer Telefon-Notiz der IV-Stelle vom 30. November 1998 erklärte Dr. med. Z._, ganzheitlich (bezogen auf die Erwerbstätigkeit und die Tätigkeit als Hausfrau und Mutter von drei Kindern) bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 50 %, im Erwerbsbereich "eindeutig" eine solche von 70 %.
b) Die vorstehenden medizinischen Stellungnahmen lassen eine zuverlässige Beurteilung der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit der Beschwerdeführerin während des relevanten Zeitraums nicht zu. Wohl ist den Berichten zu entnehmen, dass sich der Gesundheitszustand und die Arbeitsfähigkeit gegenüber dem Zeitraum ab 29. Juli 1995, als die Versicherte gemäss den Attesten des Dr. med. Z._ zu 100 % bzw. 70 % arbeitsunfähig war, erheblich verbessert hat.
Welches Ausmass diese Verbesserung erreichte und welche Tätigkeiten der Beschwerdeführerin in welchem Umfang zumutbar waren, geht aus den ärztlichen Aussagen jedoch nicht mit hinreichender Bestimmtheit hervor. Die Aussagen des Dr. med. J._ beziehen sich ausdrücklich einzig auf den vor dem Eintritt des Gesundheitsschadens ausgeübten Beruf, während den Angaben des Dr. med. Z._ insbesondere nicht zu entnehmen ist, wie stark die Doppelbelastung Beruf-Haushalt gewichtet wurde und ob die Beurteilung der Bedeutung des neuropsychologischen Beschwerdebildes mit dem entsprechenden Gutachten vom 23. Juni 1997 übereinstimmt.
Insgesamt erfüllen die vorliegenden Berichte die von der Rechtsprechung formulierten Anforderungen an beweiskräftige ärztliche Stellungnahmen (<ref-ruling> Erw. 3a) nicht. Unter diesen Umständen kann der für die Rentenfestsetzung ab 1. Juli 1998 massgebende Invaliditätsgrad nicht mit hinreichender Zuverlässigkeit beurteilt werden. Die Vorinstanz hat die Sache daher zu Recht an die Verwaltung zurückgewiesen, damit diese ergänzende Abklärungen treffe. Diese haben sich allerdings nicht auf die Methode der Invaliditätsbemessung, sondern einzig auf die medizinische Beurteilung der Arbeitsfähigkeit zu beziehen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 10. April 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: