Faits :
A.
A._ a travaillé dès le 28 juin 2004 en qualité d'isoleur au service de B._ SA. A ce titre, il était assuré auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) contre les accidents professionnels et non professionnels. Le 21 juillet 2006, il a chuté d'une échelle et subi un traumatisme crânio-cérébral. La CNA a pris en charge le cas.
Le 27 février 2007, l'assuré a signalé à la CNA qu'il exerçait une activité accessoire d'entraîneur de football auprès du Football Club C._ avant son accident.
Par décision du 21 septembre 2011, confirmée sur opposition le 31 octobre 2012, la CNA a alloué à A._ une rente d'invalidité de 25 % à partir du 1 er mai 2011 ainsi qu'une indemnité pour atteinte à l'intégrité de 20 %. Elle a estimé que l'assuré était en mesure d'exercer, avec une diminution de rendement de 10 %, toute activité ne mettant pas à contribution ses facultés cognitives, tels qu'ouvrier d'usine, collaborateur de production ou gestionnaire en logistique. Se fondant sur cinq descriptions de postes de travail (DPT), elle a fixé le revenu d'invalide à 4'038 fr. par mois. Elle a comparé ce montant à un revenu sans invalidité de 5'352 fr. L'activité en tant qu'entraîneur de football n'étant pas contre-indiquée, elle n'en a pas tenu compte pour la comparaison des revenus.
B.
A._ a déféré la décision sur opposition à la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Statuant le 3 septembre 2013, la juridiction cantonale a partiellement admis le recours en ce sens qu'elle a alloué à l'assuré une rente d'invalidité de 32 % dès le 1 er mai 2011 et rejeté le recours pour le surplus.
C.
La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation en même temps que le rétablissement de sa décision sur opposition.
A._ conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
Le recours porte sur le taux de la rente d'invalidité de l'assurance-accidents à laquelle a droit l'intimé depuis le 1 er mai 2011, singulièrement sur le montant du revenu sans invalidité déterminant pour la comparaison des revenus selon l'<ref-law> (RS 830.1), qui est seul contesté par la recourante.
La procédure portant sur l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>).
3.
Dans sa réponse au recours, l'intimé demande que son revenu accessoire d'entraîneur de football soit pris en compte dans le calcul de son revenu sans invalidité. Bien que le recours joint ait été aboli avec l'entrée en vigueur de la LTF, rien n'empêche l'intimé d'envisager l'admission du recours et de proposer son rejet par une substitution de motifs ( BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2 e éd. 2014, n° 34 ad <ref-law>).
4.
4.1. Pour évaluer le taux d'invalidité, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (<ref-law>). La comparaison des revenus s'effectue, en règle générale, en chiffrant aussi exactement que possible les montants de ces deux revenus et en les confrontant l'un avec l'autre, la différence permettant de calculer le taux d'invalidité (méthode générale de comparaison des revenus; <ref-ruling> consid. 1 p. 30; voir également SVR 2010 IV n° 11 p. 35, 9C_236/2009, consid. 3.1).
4.2. Pour fixer le revenu sans invalidité, il faut établir ce que l'assuré aurait, au degré de la vraisemblance prépondérante, réellement pu obtenir au moment déterminant s'il n'était pas invalide. Le revenu sans invalidité doit être évalué de la manière la plus concrète possible. C'est pourquoi il se déduit en principe du salaire réalisé en dernier lieu par l'assuré avant l'atteinte à la santé, en tenant compte de l'évolution des salaires (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 224 et la référence).
5.
Dans sa décision sur opposition du 31 octobre 2012, la CNA a fixé le revenu sans invalidité à 5'352 fr. en se fondant sur les renseignements fournis par la société B._ SA, selon laquelle l'intimé aurait perçu en 2011 (année de la naissance du droit à la rente) un salaire horaire de 28 fr. 50, auquel devait être ajouté 8,33 % (13 ème salaire) pour 2'080 (40 x 52) heures de travail ([28.5 + 8.33 %] x 2'080) = 64'218.024 / 12 = 5'351.502, arrondi à 5'352).
Les premiers juges ont quant à eux retenu au titre du revenu sans invalidité un montant de 70'976 fr. (recte: 70'926 fr.), soit 5'915 fr. (recte: 5'910 fr. 50) par mois. Ce montant correspond au gain assuré déterminant pour le calcul de la rente de l'intimé dans son activité d'isoleur au sein de la société B._ SA durant l'année ayant précédé l'accident (cf. <ref-law>; RS 832.20). Cependant, le revenu sans invalidité ne saurait être confondu avec le gain assuré. Comme le relève la CNA, le gain assuré comprend les allocations familiales, lesquelles ne sont pas prises en compte dans le calcul du revenu sans invalidité (cf. arrêt U 283/01 du 25 octobre 2002 consid. 4.4.3).
Il en découle que le revenu sans invalidité de l'intimé dans l'activité d'isoleur n'est pas de 5'915 fr. (recte: 5'910 fr. 50) comme l'ont retenu les premiers juges dans leur décision mais de 5'352 fr.
6.
S'agissant de son activité accessoire d'entraîneur de football, l'intimé soutient qu'il n'est plus en mesure d'exercer cette activité dès lors qu'elle requiert la mise en oeuvre de ses facultés cognitives. Selon l'appréciation du docteur D._ (spécialiste FMH en neurologie), du 15 octobre 2010, sur laquelle se sont fondés les premiers juges pour évaluer la capacité résiduelle de travail de l'intimé, l'atteinte neuropsychologique et cognitive "modérée" ne justifiait pas de limitations dans l'activité d'entraîneur de football. L'affirmation contraire de l'intimé ne saurait être retenue dès lors qu'elle n'est pas étayée sur le plan médical. Il en découle qu'il n'y a pas lieu de prendre en compte le revenu que l'intimé pourrait réaliser dans cette activité au titre du revenu sans invalidité. On notera cependant que la CNA a tenu compte à juste titre d'un montant de 8'322 fr. 60 pour le calcul du gain assuré, lequel correspond au revenu réalisé par l'intimé dans son activité d'entraîneur de football durant l'année ayant précédé l'accident.
7.
En conclusion, la comparaison d'un revenu sans invalidité de 5'352 fr. avec un revenu d'invalide non contesté de 4'038 fr. donne un taux d'invalidité de 24,5 %, arrondi à 25 %. Le recours de la CNA est dès lors bien fondé.
8.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de l'intimé qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le jugement de la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 3 septembre 2013 est annulé et la décision sur opposition de la CNA du 31 octobre 2012 est confirmée.
2.
Les frais judiciaires, d'un montant de 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 5 septembre 2014
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : La Greffière :
Leuzinger Fretz Perrin