Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 11. Juli 2008 erklärte das Bundesstrafgericht X._ der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung zum Nachteil der Aeroflot Russian Airlines (Aeroflot) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 21 Monaten, mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu CHF 1'000.--.
Mit Urteilsergänzung vom 27. Oktober 2008 verpflichtete das Bundesstrafgericht die I._ Finance Ltd. und die M._ SA zur Zahlung von Ersatzforderungen in der Höhe von CHF 39'890'000.-- bzw. von CHF 3'442'800.-- an die Eidgenossenschaft. In beiden Fällen ordnete es an, dass zur Deckung dieser Forderungen die beschlagnahmten Bankkonten bei der UBS AG, lautend auf die I._ Finance Ltd., bzw. das Konto bei der Crédit Suisse, lautend auf die M._ SA, verwendet würden. Für die darüber hinausgehenden Beträge hob es die Beschlagnahmen im nationalen Strafverfahren auf. Schliesslich hielt es fest, dass über die Verwendung der eingezogenen Gelder und der realisierten Ersatzforderungen zugunsten der Aeroflot entschieden werde, wenn die Anspruchsvoraussetzungen erfüllt seien.
B. Die I._ Finance Ltd. und die M._ SA führen je Beschwerde beim Bundesgericht, mit denen sie beantragen, es sei ihnen gegenüber von der Erhebung einer Ersatzforderung abzusehen und es sei die Beschlagnahme der Konten aufzuheben. Die darauf befindlichen Beträge seien freizugeben und an sie zurückzuerstatten. Ferner sei von der Zuweisung der beschlagnahmten Vermögenswerte an die Aeroflot abzusehen. Eventualiter beantragen sie, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zur Einstellung des Verfahrens wegen örtlicher Unzuständigkeit sowie zur Freigabe der beschlagnahmten Konten zurückzuweisen. Subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> ist zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b; <ref-ruling> E. 1.1). Zur Erhebung der Beschwerde legitimiert sind insbesondere die beschuldigte Person (Ziff. 1), ihr gesetzlicher Vertreter oder ihre gesetzliche Vertreterin (Ziff. 2), die Staatsanwaltschaft (Ziff. 3), die Privatstrafklägerschaft, wenn sie nach dem kantonalen Recht die Anklage ohne Beteiligung der Staatsanwaltschaft vertreten hat (Ziff. 4), das Opfer, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Ziff. 5) sowie die Person, die den Strafantrag stellt, soweit es um das Strafantragsrecht als solches geht (Ziff. 6).
Die Beschwerdeführerinnen fallen nicht unter die in Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 1-6 BGG ausdrücklich genannten Beschwerdeberechtigten. Nach der Rechtsprechung wird der Inhaberin eines eingezogenen Kontos ein rechtliches Interesse an der Aufhebung des Entscheids zuerkannt (<ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1a). Die Beschwerdeführerinnen sind daher als Drittbetroffene zur Beschwerde gegen die Einziehung bzw. die Verurteilung zur Zahlung einer Ersatzforderung legitimiert.
Soweit sich die Beschwerdeführerinnen vorfrageweise gegen die Verurteilung von X._ wegen Gehilfenschaft zu ungetreuer Geschäftsbesorgung wenden und sie in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Anklagegrundsatzes und eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts rügen, sind sie zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen nicht berechtigt. Nach der Rechtsprechung steht die Durchsetzung des Strafanspruchs allein dem Staat zu. Der Einziehungsbetroffene hat wie der Geschädigte an der Bestrafung des Täters bzw. an seiner Freisprechung nur ein tatsächliches, nicht aber ein rechtlich geschütztes Interesse (<ref-ruling> E. 2.3; vgl. auch BGE 6B_540/2009 vom 22.10.2009 E. 1.7 in Bezug auf den Geschädigten). Auf die Beschwerde kann daher in diesem Punkt nicht eingetreten werden. Im Übrigen wären die erhobenen Rügen unbegründet (vgl. Urteil des Bundesgerichts 6B_86/2009 vom 29.10.2009 i.S. X._).
1.2 Gemäss <ref-law> wird das Verfahren vor Bundesgericht in einer der Amtssprachen, in der Regel in der Sprache des angefochtenen Entscheids, geführt. Im zu beurteilenden Fall ist das angefochtene Urteil in deutscher Sprache abgefasst, obwohl die Verfahrensakten in französischer Sprache geführt worden sind. Als Sprache im bundesgerichtlichen Verfahren wird daher Deutsch bestimmt und der bundesgerichtliche Entscheid in deutscher Sprache verfasst. Dass die Beschwerdeführerinnen ihre Beschwerdeschriften in französischer Sprache begründet haben, schadet nicht. Nach <ref-law> sind Rechtsschriften in einer Amtssprache abzufassen. In der Wahl der Sprache sind die Parteien indes frei (LAURENT MERZ, Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, Art. 42 N 3; PETER UEBERSAX, Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, Art. 54 N 14).
1.3 Die beiden Beschwerdeführerinnen wenden sich gegen die Einziehung bzw. die Verurteilung zu einer Ersatzforderung und die Verwendung der beschlagnahmten Konten zu deren Deckung. Beide Beschwerden beziehen sich auf denselben Sachverhalt und richten sich gegen dasselbe Urteil. Beide Beschwerdeführerinnen werfen ferner dieselben Rechtsfragen auf und rufen dieselben Rechtssätze an. Zudem lauten beide Beschwerdeschriften bis auf wenige geringfügige Abweichungen wörtlich gleich. Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich, die beiden Beschwerden zu vereinigen und in einem einzigen Entscheid zu beurteilen (vgl. <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1).
1.4 Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.2.2), ist oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts gemäss <ref-law> nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 je mit Hinweisen).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon vor, wenn eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen ist, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid schlechterdings unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 3.1 mit weiteren Hinweisen).
2. Dem angefochtenen Entscheid liegt in der Hauptsache folgender Sachverhalt zugrunde:
Anfangs 1994 wurde in Lausanne u.a. von dem im vorinstanzlichen Verfahren angeklagten X._ und dem russischen Geschäftsmann A._ die I._ SA gegründet. X._ war zu jenem Zeitpunkt unter anderem als Anwalt und als Vertreter von A._ bei dessen Geschäften in der Schweiz tätig.
Im Winter 1995/96 übernahm A._ die Stelle des stellvertretenden Generaldirektors der Aeroflot (im Folgenden: Geschädigte), als welcher er insbesondere mit der Devisenverwaltung des Unternehmens betraut war. In der Folge richtete A._ bei der I._ SA ein Treasury Centre ein, bei welchem die ausserhalb Russlands bei den weltweit verstreuten Niederlassungen der Gesellschaft dezentral vorhandenen Guthaben an harten Währungen zusammengeführt wurden und der Zahlungsverkehr für in Devisen fakturierte Forderungen abgewickelt werden sollte. Parallel zum Geschäftszweig Devisenverwaltung und Zahlungsabwicklung wurde in der ersten Hälfte 1996 ein zusätzlicher Geschäftsbereich aufgebaut, welcher den von der I._ SA erledigten Zahlungsverkehr im Verhältnis zu den Lieferanten der Geschädigten mit der Zentrale in Moskau in rechtlicher und buchhalterischer Hinsicht verknüpfte. Nach Auffassung der Beteiligten wurde mit dem Geschäftsmodell beabsichtigt, die Deviseneinnahmen der Geschädigten bei den Zahlungen an die westeuropäischen Lieferanten zusätzlich für Währungsabsicherungsgeschäfte bzw. für die Spekulation mit dem Zerfall der russischen Währung einzusetzen.
Zu diesem Zweck wurde die I._-Gruppe aufgebaut, die sich aus der I._ Holding SA, Luxemburg, der I._ Finance Ltd., der K._ Holdings Ltd., Dublin und der russischen Gesellschaft L._ Finance Corporation, Moskau, sowie der I._ SA zusammensetzte. Hauptaktionäre der I._ Holding SA waren A._ und sein Geschäftspartner B._. A._ und X._ waren Mitglieder des Verwaltungsrats bei der I._ SA, der I._ Holding SA und der I._ Finance Ltd..
Die Zahlungen der I._-Gruppe an die Lieferanten der Geschädigten, namentlich für den Bezug von Treibstoff, liefen in der Zeit von Juni 1996 bis Mai 1997 über diese Gesellschaften. Dabei übergab die Geschädigte von ihr periodisch erstellte Zahlungslisten an die L._ Finance Corporation, welche sich gegenüber der Geschädigten verpflichtete, die Rechnungen in harter Währung zu begleichen. Die Hartwährungsverpflichtungen der Geschädigten wurden zu diesem Zweck zum Tageskurs in Rubel umgerechnet. Die Geschädigte verpflichtete sich ihrerseits gegenüber der L._ Finance Corporation zur Rückzahlung des in der jeweiligen Zahlungsliste aufgeführten Gesamtbetrags in Rubeln zu einem späteren Zeitpunkt. Die L._ Finance Corporation gewährte der Geschädigten mithin im Umfang dieses Betrages Kredit. Die Verpflichtungen der Geschädigten wurden durch Wechsel (promissory notes) abgesichert. Die L._ Finance Corporation, welche selbst nicht über die nötigen Mittel verfügte, um die Gläubiger zu befriedigen, reichte die Listen in der Folge an die K._ Holdings Ltd. bzw. später an die I._ Finance Ltd. weiter, der gegenüber sie sich in analoger Weise in harter Währung verpflichtete. Schliesslich gelangten die Listen an die I._ SA, welche die Forderung aus den für die Geschädigte verwalteten Geldern beglich. Gleichzeitig gewährte die Geschädigte der I._-Gruppe aus ihren bei der I._ SA verwalteten Devisen ein entsprechendes Darlehen in USD. Das Darlehen der Gesellschaften der I._-Gruppe an die Geschädigte stammte mithin im Grunde aus deren eigenem Vermögen.
Die Darlehen wurden nach einer Laufzeit von ca. 6 Monaten abgerechnet. Die Geschädigte bezahlte in der ersten Periode einen für russische Verhältnisse zu jener Zeit marktkonformen Darlehenszins von 65 % p.a (Mechanismus I) bzw. in der zweiten Periode eine Konventionalstrafe von 15 % auf den Darlehensbetrag (Mechanismus II). Diesen Kosten stand auf der anderen Seite der während der Laufzeit der Darlehen eingetretene Wertverlust des Rubels gegenüber. Aus der Zahlungsabwicklung nach diesem Modell resultierten für die Geschädigte insgesamt Kosten in der Höhe von rund CHF 53,4 Mio..
In Folge eines vom Generalstaatsanwalt der Russischen Föderation am 5. Mai 1999 gestellten Rechtshilfegesuchs wurde das Konto der Beschwerdeführerin blockiert. Ferner eröffnete die Bundesanwaltschaft am 31. Januar 2002 ein Ermittlungsverfahren gegen X._, in dessen Verlauf sie die Beschlagnahme der auf dem Konto bei der Crédit Suisse gehaltenen Bankguthaben anordnete.
X._ wurde aufgrund dieses Sachverhalts der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung schuldig gesprochen. A._ und weitere Beteiligte waren am 3. Juli 2006 in Russland zweitinstanzlich wegen Betruges verurteilt worden (zu den Einzelheiten vgl. Parallelverfahren 6B_86/2009 i.S. X._).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerinnen machen zunächst geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbarkeit zur Beurteilung der Anklage und damit zur Erhebung einer Ersatzforderung bejaht. Es fehle an einer strafbaren Handlung des Haupttäters A._ in der Schweiz. Sie rügen, der Umstand, dass in der Schweiz ein Konto belastet werde, begründe keine Zuständigkeit der schweizerischen Behörden, solange die juristische Person als Kontoinhaberin nicht Sitz in der Schweiz habe. Der Sitz der Geschädigten liege in Moskau, und diese verfüge über keine Zweigniederlassung in der Schweiz. Ferner werde in der Anklageschrift nicht dargelegt, welche strafbaren Handlungen der Haupttäter A._ in der Schweiz begangen haben soll, zumal ein Teil der Zusammenarbeit zwischen der Geschädigten und der I._-Gruppe ausdrücklich von der Anklage ausgenommen sei. Soweit jener in der Schweiz Verträge unterzeichnet habe, beträfen diese nicht die angeklagten Geschäftsmechanismen, sondern die Gründung des Devisenverwaltungszentrums in Lausanne. Sofern eine Haupttat überhaupt vorliege, habe sich diese in Russland ereignet. Die formellen Voraussetzungen für die Strafverfolgung von X._ in der Schweiz wegen Gehilfenschaft zu ungetreuer Geschäftsbesorgung seien daher nicht erfüllt.
3.2 Die Vorinstanz führt aus, der Haupttäter A._ habe sowohl in Russland als auch in der Schweiz strafbare Handlungen begangen. Aus den Akten gehe hervor, dass er an Sitzungen in der Schweiz teilgenommen und dort im Namen der Geschädigten diverse mit den inkriminierten Taten im Zusammenhang stehende Verträge, namentlich am 9. Mai 1996 etwa das "Agreement ref. Nr. 9604-AFL01" sowie die "Interest, Fees and Commissions" unterzeichnet habe. Ausserdem sei A._ als Organ innerhalb der I._-Gruppe, von welcher Einzelgesellschaften ihren Sitz in der Schweiz gehabt hätten, mit der Schweiz verbunden gewesen. Damit wäre A._ gemäss <ref-law> in der Schweiz strafrechtlich verfolgbar. Selbst wenn er ausschliesslich im Ausland gehandelt hätte, ergäbe sich die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbarkeit aufgrund von <ref-law> (Art. 7 aStGB), da der Deliktserfolg in der Schweiz eingetreten sei. Die Geschädigte habe ihr Devisenvermögen auf Dauer von der I._ SA in Lausanne verwalten lassen, und der präsumtive Schaden sei auch dort eingetreten. Daraus folge, dass auch für die Gehilfenhandlungen des Beschwerdeführers die schweizerische Gerichtsbarkeit gegeben sei.
3.3 Die Einziehung von Vermögenswerten bzw. die Erhebung einer Ersatzforderung setzt nach der Rechtsprechung voraus, dass die Anlasstat unter die schweizerische Gerichtsbarkeit fällt (<ref-ruling> E. 2d; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2.1). Gemäss <ref-law> ist dem Schweizerischen Strafgesetzbuch unterworfen, wer in der Schweiz ein Verbrechen oder ein Vergehen verübt. Nach <ref-law> (Art. 7 Abs. 1 aStGB) gilt ein Verbrechen oder ein Vergehen als da begangen, wo der Täter es ausführt oder pflichtwidrig untätig bleibt, und da, wo der Erfolg eingetreten ist. Als Ausführung der Tat gilt jedes einzelne tatbestandsmässige Verhalten. Dabei genügt bereits eine teilweise Erfüllung des Tatbestandes auf schweizerischem Gebiet, nicht aber der Entschluss der Tat und die blosse Vorbereitungshandlung (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 1b [je zum interkantonalen Gerichtsstand i.S.v. Art. 346 aStGB]; URSULA CASSANI, Die Anwendbarkeit des schweizerischen Strafrechts auf internationale Wirtschaftsdelikte, ZStrR 114/1996 S. 245; vgl. auch CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, Handlungs- und Erfolgsort beim grenzüberschreitenden Betrug, in: Wirtschaft und Strafrecht, Festschrift für Niklaus Schmid zum 65. Geburtstag Zürich, 2001, S. 149 f.). Als Anknüpfungspunkt zur Schweiz genügt namentlich etwa, dass im Ausland ertrogene Gelder auf einem Schweizer Bankkonto gutgeschrieben werden (<ref-ruling> E. 6.3) bzw. sich die Aktiven auf einem Schweizer Bankkonto einer Gesellschaft, deren Sitz darüber hinaus in der Schweiz liegt, aufgrund einer Veruntreuung nicht vermehren (<ref-ruling> E. 4d; vgl. auch CASSANI, a.a.O., S. 252).
Eine in der Schweiz begangene Anstiftung (<ref-law>) oder Gehilfenschaft (<ref-law>) begründet nach der Rechtsprechung keinen eigenen Ausführungsort. Nach dem Grundsatz der Akzessorietät gilt die Teilnahme als dort verübt, wo der Haupttäter gehandelt hat (<ref-ruling> E. 5 a.E.; <ref-ruling> E. 7b mit Hinweisen; vgl. auch <ref-law> zum Gerichtsstand der Teilnehmer; krit. hiezu HANS SCHULTZ, Bericht und Vorentwurf zur Revision des Allgemeinen Teils und des Dritten Buches "Einführung und Anwendung des Gesetzes" des Schweizerischen Strafgesetzbuches, Bern 1987, S. 12 f.; JOSÉ HURTADO POZO, Droit pénal, Partie Générale I, 2. Aufl., Zürich 1996, § 2 N 389 f.; SCHWARZENEGGER, a.a.O., S. 158 f.; TRECHSEL/NOLL, Schweizerisches Strafrecht, Allg. Teil I, 6. Aufl., Zürich 2004, S. 59).
3.4 Das angefochtene Urteil verletzt in diesem Punkt kein Bundesrecht. Wie die Vorinstanz zu Recht erkennt, ergibt sich die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbehörden schon daraus, dass A._ als Organ verschiedener Gesellschaften der I._-Gruppe, welche ihren Sitz zum Teil in der Schweiz hatten, mit der Schweiz verbunden war, sowie daraus, dass er an verschiedenen, im Rahmen der Organisation der Devisenverwaltung und Zahlung der ausländischen Lieferanten der Geschädigten in der Schweiz abgehaltenen Sitzungen teilnahm und einzelne Verträge in der Schweiz unterzeichnete. Soweit die Vorinstanz in diesem Zusammenhang auf die Dokumente "Agreement ref. Number 9609-AFL01 (Untersuchungsakten act. 004097 ff.) sowie "Interest, Fees and Commissions" (Untersuchungsakten act. 004104) vom 9. Mai 1996 verweist, betreffen diese Dokumente primär die Schaffung eines Devisenzentrums der Geschädigten bei der I._ SA, welche für sich allein nicht Gegenstand der Anklage bildet. Auch wenn diese Vereinbarungen eine unabdingbar notwendige Voraussetzung für die spätere Errichtung der strafbaren Geschäftsmechanismen darstellen, vermöchten sie als blosse Vorbereitungshandlungen die Zuständigkeit der schweizerischen Behörden nicht zu begründen. Soweit die Beschwerdeführerinnen in diesem Zusammenhang eine aktenwidrige Feststellung geltend machen, erweist sich ihre Beschwerde als unbegründet. Bei dem von ihnen angerufenen, von A._ entgegen der Anklageschrift in Moskau unterzeichneten Dokument handelt es sich nicht um das von der Vorinstanz angeführte "Agreement ref. Number 9609-AFL01" (vgl. auch Anklageschrift S. 7), sondern um die "Authorisation ref. Number 9609-AFL01 vom 9./24. September 1996 (Untersuchungsakten act. 004109 f.; Anklageschrift S. 10). Im Übrigen ist nicht bestritten, dass A._ an wenigstens einer Sitzung in Lausanne teilgenommen hat. Insofern erlangt der Einwand, es sei kaum denkbar, dass A._ am selben Tag in Lausanne das Dokument "Confirmation du 10 juin 1996", welches als Ausstellungsort Lausanne aufführt (vgl. Anklageschrift S. 10), und in Moskau das Abkommen "Accord n. 249/1 (Untersuchungsakten act. 004196 f.) habe unterzeichnen können, keine Bedeutung. Die Annahme, die "Confirmation" sei tatsächlich in Lausanne unterzeichnet worden, wäre jedenfalls nicht willkürlich. Aus der blossen Behauptung, A._ sei stets von Russland aus tätig gewesen, ergibt sich keine offensichtlich falsche Feststellung des Sachverhalts, zumal nach ständiger Rechtsprechung für die Annahme von Willkür nicht genügt, dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Zu keinem anderen Ergebnis führt auch, dass C._ nach seinen Aussagen in der Untersuchung bei der Schaffung des Finanzverwaltungszentrums bei der I._ SA in Lausanne eine wesentliche Rolle gespielt hat.
Damit nimmt die Vorinstanz zu Recht an, dass der Haupttäter A._ auch in der Schweiz gehandelt hat. Ebenfalls zutreffend leitet sie daraus die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbehörden für die Beurteilung der angeklagten Teilnahmehandlungen des Beschwerdeführers und damit auch für die Einziehung von Vermögenswerten bzw. für die Verurteilung zur Zahlung einer Ersatzforderung ab. Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob sich die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichtsbarkeit auch daraus ergibt, dass der Deliktserfolg in der Schweiz eingetreten ist (vgl. hiezu <ref-ruling> E. 4c und d).
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
4.1 4.1.1 Die Beschwerdeführerinnen wenden sich im Weiteren gegen die Einziehung bzw. die Verurteilung zur Zahlung einer Ersatzforderung. Dabei beanstanden sie die Festsetzung der Deliktssumme auf den Betrag von CHF 53,4 Mio., zumal die Untersuchungsorgane die tatsächliche Buchhaltung der Geschädigten nicht hätten einsehen können. Ferner kritisieren sie die Umrechnung des aus den Geschäftsmechanismen resultierenden angeblichen Schadens in Schweizer Franken. Beim Geschäftsmechanismus I sei der Betrag von RUR 47'666'596.177 zu einem im Zeitpunkt der Zahlungen der promissory notes (2. und 17. Dezember 1996) gültigen Wechselkurs in CHF 11'336'513.03 umgerechnet worden. Ausgehend vom Wechselkurs, der am Datum des angefochtenen Urteils galt (27. Oktober 2008), belaufe sich der Schaden indes umgerechnet lediglich auf CHF 2'067'166.96. Das russische Urteil trage zudem dem Umstand nicht Rechnung, dass der I._ SA für ihre Verwaltungsdienste ein Anspruch auf Entschädigung zugestanden habe, welcher vom Bericht Nr. 7 des Eidg. Untersuchungsrichteramtes ("Analyse sur le dommage subi par Aeroflot", Untersuchungsakten, Ordner 21, act. 003670-4) auf USD 1'537'807.72 beziffert werde. Die gestützt hierauf errechneten Zahlen berücksichtigten zudem den Wechselkursgewinn der Geschädigten aus dem Mechanismus I nicht. Es sei unbestritten, dass die Geschädigte dank dem eingerichteten Mechanismus in der Lage gewesen sei, bei der I._ SA ein Depot in harten Währungen zu schaffen, während sie von der L._ Finance Corporation Rubel geborgt habe. Dadurch habe sie von der Abwertung des Rubels profitiert und Gewinne erzielt. Allein bei den drei im Jahre 1996 bezahlten promissory notes habe sich der Wechselkursgewinn auf USD 2'626'519.97 bzw. CHF 3'436'801.28 belaufen. In Anbetracht dieser Umstände reduziere sich der von der Geschädigten beim Mechanismus I erlittene Schaden auf lediglich CHF 54'945.56, eventualiter auf CHF 5'887'490.25 (Beschwerden Ziff. 128 ff. [Beschwerdeführerin 1] bzw. 128 und 139 ff. [Beschwerdeführerin 2]).
Beim Mechanismus II belaufe sich der Schaden auf RUR 167'322'283.50 bzw. gemäss dem Bericht des Eidg. Untersuchungsrichteramtes auf CHF 42'122'976.92. Bei Umrechnung zu dem im Zeitpunkt des angefochtenen Urteils gültigen Wechselkurs ergebe sich ein Betrag von CHF 7'256'299.45. Auch hier müsse berücksichtigt werden, dass die I._ SA für ihre nicht Gegenstand der Anklage bildenden Dienstleistungen mit USD 514'059.63 (CHF 672'647.02) entschädigt worden sei. Der Schaden betrage bei Berücksichtigung dieser Umstände demnach lediglich CHF 6'583'652.43.
Für beide Geschäftsmechanismen ergebe sich mithin in dem für die Geschädigte günstigsten Fall ein Schadensbetrag von CHF 12'471'142.68. Von diesem Betrag müssten die Wechselkursgewinne von USD 19'800'000.-- (CHF 22'968'000.--) gemäss dem Bericht der Bundeskriminalpolizei vom 19. Juni 2006 (Rapport complémentaire; Untersuchungsakten Ordner 6 act. 000412/418) abgezogen werden. Berücksichtige man zusätzlich die Gewinne aus den 3 promissory notes, resultiere ein Wechselkursgewinn von insg. CHF 19'531'198.62. Daraus erhelle, dass die Geschädigte in Wirklichkeit der I._-Gruppe einen Betrag von CHF 7'060'055.94 schulde. Damit verbleibe kein Raum für die Erhebung einer Ersatzforderung.
4.1.2 Die Beschwerdeführerin 2 macht darüber hinaus geltend, die Vorinstanz habe nicht im Einzelnen dargelegt, inwiefern das beschlagnahmte Geld aus einer strafbaren Handlung stamme und aus welchem Grund auf eine Ersatzforderung erkannt werden müsse. Sie habe sich lediglich auf den Schlussbericht des Eidg. Untersuchungsrichteramtes gestützt. In der Anklageschrift würden die Tatsachen, welche die Vorinstanz in diesem Zusammenhang feststelle, nicht genannt. Sie selbst (die Beschwerdeführerin 2) werde darin mit keinem Wort erwähnt. Sie sei als Drittbetroffene auch nie zu den strittigen Beträgen befragt worden. Damit sei ihr Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden. Darüber hinaus sei nicht klar, wie die Vorinstanz zur Annahme gelange, die Gelder seien zu etwa 76 % kontaminiert gewesen. Sie habe stets bestritten, dass das für die Kapitalerhöhung verwendete und von der I._ SA stammende Geld deliktischen Ursprungs sei. Auch hiezu habe sie sich nicht äussern können. Ausserdem seien B._ und A._ zum Zeitpunkt der Kapitalerhöhung nicht Aktionäre der Gesellschaft (sc. der Beschwerdeführerin 2) gewesen.
4.2 Die Vorinstanz geht davon aus, die I._-Gruppe habe in der Anklageperiode einen Betrag von insg. ca. CHF 53,4 Mio. illegal erwirtschaftet. In diesem Umfang sei sie durch die strafbaren Handlungen der Haupttäter, an welchen X._ als Gehilfe mitgewirkt habe, direkt begünstigt und bereichert worden. Dieser Betrag könne grundsätzlich bei der I._-Gruppe durch Einziehung oder über eine Ersatzforderung abgeschöpft werden. Soweit Teile der deliktischen Gelder an Dritte geflossen seien, seien sie bei diesen einzuziehen oder ersatzweise einzufordern. Die Vorinstanz geht weiter davon aus, dass maximal 87 % sämtlicher in der Deliktszeit an die I._ SA geflossenen Gelder kontaminiert gewesen seien. Die legalen und die illegalen Vermögenswerte seien in diesem Verhältnis vermischt gewesen. Sofern bei Dritten auf Ersatzforderungen zu erkennen sei, würden diese - abgesehen von einigen Ausnahmen - grundsätzlich auf 87 % der geflossenen Mittel beschränkt.
4.2.1 In Bezug auf die Beschwerdeführerin 1 nimmt die Vorinstanz an, da die I._ SA nach der Anklageperiode weiterhin mit der Aeroflot Geschäfte gemacht und für diese weiterhin Millionenbeträge umgesetzt habe, lasse sich nicht feststellen, ob das beschlagnahmte Geld überhaupt und gegebenenfalls in welchem Umfang auf den beschlagnahmten Konten noch vorhanden sei. Eine direkte Einziehung falle daher ausser Betracht. Aus diesem Grund rechtfertige sich, auf eine Ersatzforderung im Umfang der deutlich tieferen beschlagnahmten Summe von CHF 39,89 Mio. zu erkennen und für deren Begleichung die beschlagnahmten Konten der Beschwerdeführerin 1 in Anspruch zu nehmen.
4.2.2 In Bezug auf die Beschwerdeführerin 2 gelangt die Vorinstanz zum Schluss, diese habe von der I._ SA aus den in der Anklageperiode erwirtschafteten Geldern zur Aufstockung ihres Aktienkapitals einen Betrag von CHF 4,53 Mio. erhalten. Dieser Betrag sei mindestens im Umfang von rund 76 % kontaminiert gewesen. Verwaltungsratspräsident der Beschwerdeführerin 2 X._ und deren Hauptaktionäre seien A._ und B._ gewesen. Es stehe fest, dass die von der I._ SA erwirtschafteten Gelder im Wesentlichen deliktischer Herkunft gewesen seien. Andere Gründe, die einer Ersatzforderung im Sinne von Art. 59 Ziff. 2 aStGB (bzw. Art. 71 nStGB) entgegenstünden, seien weder ersichtlich noch würden solche geltend gemacht. Das Gericht erkenne deshalb auf eine Ersatzforderung, die nach dem genannten Schlüssel auf 76 % des erhaltenen Geldes zu bemessen sei. Zur Deckung dieser Forderung werde das auf die Beschwerdeführerin 2 lautende beschlagnahmte Bankkonto verwendet.
4.3 Nach Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB verfügt der Richter die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine strafbare Handlung erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, den Täter zu einer strafbaren Handlung zu veranlassen oder dafür zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden. Die Einziehung ist ausgeschlossen, wenn ein Dritter die Vermögenswerte in Unkenntnis der Einziehungsgründe erworben hat und soweit er für sie eine gleichwertige Gegenleistung erbracht hat oder die Einziehung ihm gegenüber sonst eine unverhältnismässige Härte darstellen würde (Art. 59 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt der Richter gemäss Art. 59 Ziff. 2 Abs. 1 aStGB auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe, gegenüber Dritten jedoch nur, soweit dies nicht nach Art. 59 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB ausgeschlossen ist (vgl. nunmehr die Art. 70 Abs. 1 und 1 sowie 71 Abs. 1 StGB).
Die Ersatzforderung stellt eine subsidiäre Massnahme dar. Lässt sich der Umfang der einzuziehenden Vermögenswerte nicht oder nur mit unverhältnismässigem Aufwand ermitteln, kann der Richter ihn nach Art. 59 Ziff. 4 aStGB (<ref-law>) schätzen.
Die Ersatzforderung stellt eine subsidiäre Massnahme dar. Lässt sich der Umfang der einzuziehenden Vermögenswerte nicht oder nur mit unverhältnismässigem Aufwand ermitteln, kann der Richter ihn nach Art. 59 Ziff. 4 aStGB (<ref-law>) schätzen.
4.4 4.4.1 Das angefochtene Urteil verletzt kein Bundesrecht. Die Vorinstanz geht von einer Deliktssumme von CHF 55,59 Mio. (CHF 14,47 Mio. für den Mechanismus I und CHF 41,12 Mio. für den Mechanismus II) aus. Diesen Betrag setzt sie auf den von der Anklageschrift festgesetzten Schadensbetrag von CHF 53,4 Mio. herab (angefochtenes Urteil S. 28 f., 37 [CHF 11'336'513.03 für den Mechanismus I und CHF 42'122'976.92 für den Mechanismus II]; vgl. Akten des Bundesstrafgerichts, Ordner 145/Nr. 1 act. 145100 018; vgl. auch Annexe 3 zur Anklageschrift, act. 145100 034). Aus den Erwägungen der Vorinstanz zur Beschlagnahme, Einziehung und den Ersatzforderungen ergeben sich indes andere Zahlen. Ausgehend vom Gesamtbetrag der von der Geschädigten an die I._-Gruppe in der Deliktsperiode geflossenen Gelder von CHF 14,473 Mio. für das Jahr 1996 und CHF 48,234 Mio. für das Jahr 1996 gelangt die Vorinstanz zu einem Anteil kontaminierter Gelder im Umfang von CHF 11,134 Mio. für 1996 und CHF 42,123 Mio. für 1997, was in etwa dem von der Anklageschrift errechneten Schadensbetrag entspricht (vgl. auch Bericht Nr. 6 des Eidg. Untersuchungsrichteramtes vom 31.3.2006, Untersuchungsakten, Ordner 20, act. 003504, 003510 und 003514). In diesem Betrag sind die rechtmässigen Einnahmen der I._ SA für die Verwaltung der Gelder und die Abwicklung des Zahlungsverkehrs nach den Feststellungen der Vorinstanz nicht enthalten. Daraus folgt, dass die Vorinstanz entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen die der I._ SA geschuldeten Entschädigungen ausgeschieden hat. Aus den im Bericht Nr. 7 des Eidg. Untersuchungsrichteramtes ("Analyse sur le dommage subi par Aeroflot", Untersuchungsakten, Ordner 21, act. 003670-3 bis 003670-7), welcher bei der Bemessung des Schadens die der I._ SA gemäss der Vereinbarung Nr. 9604-AFL01 geschuldeten Beträge berücksichtigt und nach Vornahme dieser Korrekturen zu einem Schadensbetrag von USD 46'387'192.85 gelangt (USD 7'095'985.70 für das Jahr 1996 und USD 29'150'009.29 für das Jahr 1997 zuzüglich 3 % Zins bis zum 31.12.2006; vgl. auch Schlussbericht URA vom 31.1.2007, Untersuchungsakten Ordner 58 act. 13759), ergibt sich jedenfalls bei Anwendung des im Untersuchungsverfahren angewendeten Umrechnungskurses (1.3085; vgl. Beschwerden Ziff. 132 [Beschwerdeführerin 1] bzw. 142 [Beschwerdeführerin 2]) kein geringerer Betrag in Schweizer Franken. Die Bemessung des Deliktsbetrages ist daher nicht schlechterdings unhaltbar.
Ausser Frage steht sodann, dass die Vorinstanz bei der Umrechnung der Rubelbeträge in Schweizer Franken zu Recht den Wechselkurs zum Zeitpunkt der Fälligkeit der promissory notes angewendet hat, da der Schaden auf diesen Zeitpunkt zu berechnen ist. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen ist auch nicht zu beanstanden, dass bei der Berechnung des Schadensbetrages beim Mechanismus I kein Wechselkursgewinn auf den promissory notes abgezogen wurde. Denn die strafbare Handlung liegt in der Einrichtung des Geschäftsmechanismus, so dass sich als Deliktssumme und strafrechtlich relevanter Schaden der gesamte von der Geschädigten als Zinsen bezahlte Betrag von CHF 11,337 Mio. ergibt (vgl. Annexe 3 zur Anklageschrift, Akten des Bundesstrafgerichts, Ordner 145/Nr. 1 act. 145100 034). Allfällige Wechselkursgewinne wirken sich in diesem Rahmen nicht aus.
4.4.2 Zu keinem anderen Ergebnis führt zuletzt, was die Beschwerdeführerin 2 zusätzlich vorbringt. Zunächst ergibt sich die deliktische Herkunft des der Beschwerdeführerin 2 von der I._ SA zur Erhöhung ihres Aktienkapitals ausgerichteten Betrages von CHF 4,53 Mio. zwanglos aus dem Umstand, dass dieses Geld aus den in der Anklageperiode mittels der strafbaren Geschäftsmechanismen erwirtschafteten Vermögenswerten stammt. Sodann legt die Vorinstanz gestützt auf den Schlussbericht des Eidg. Untersuchungsrichteramtes vom 31. Januar 2007 (Untersuchungsakten Ordner 58 act. 13770) ausführlich dar, gestützt auf welche Überlegungen sie in Bezug auf diesen Betrag zu einem Kontaminierungsanteil von 76 % gelangt. Auf diese Ausführungen kann ohne weiteres verwiesen werden. Unbegründet ist die Beschwerde ferner, soweit die Beschwerdeführerin 2 eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend macht. Die Beschwerdeführerin 2 war am vorinstanzlichen Verfahren als Drittbetroffene beteiligt. Sie hat in dieser Funktion Anträge gestellt und ist zu Wort gelangt. Inwiefern ihr Anspruch auf rechtliches Gehör unter diesen Umständen verletzt sein soll, ist unerfindlich. Ohne Grund beanstandet die Beschwerdeführerin 2 zuletzt die Feststellungen der Vorinstanz zum Aktionariat der Gesellschaft. Die Vorinstanz stützt sich für ihre Feststellung auf die Beilage 29 zum Bericht Nr. 1 des Eidg. Untersuchungsrichteramtes (Untersuchungsakten, Ordner 15 act. 002348 bis 002348-2). Dass diese Feststellung offensichtlich unhaltbar sein soll, macht die Beschwerdeführerin 2 nicht in einer den Anforderungen an die Beschwerdebegründung entsprechenden Art und Weise geltend.
Die Beschwerden sind daher auch in diesem Punkt unbegründet.
5. Die Beschwerden sind abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführerinnen die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von je Fr. 10'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog