Fatti:
A. Con atto pubblico dell'8 giugno 2001 A.A._ e B.A._ hanno venduto a C.D._ e E.D._ la particella n. xxx RFD (nonché alcune quote coattive su altre particelle) sulla quale sorge una casa di abitazione edificata nel 1989, per un prezzo complessivo di fr. 450'000.--.
I coniugi D._ hanno preso possesso del fondo nel mese di luglio, mentre il trapasso di proprietà è stato iscritto a registro fondiario il 25 settembre 2001.
B. Nel maggio 2002 si sono verificate delle infiltrazioni d'acqua riconducibili all'insufficiente tenuta del tetto dell'edificio, che è stato pertanto rifatto.
Postulando il risarcimento del minor valore dell'oggetto venduto, quantificato in fr. 10'000.--, il 28 agosto 2002 C.D._ e E.D._ hanno adito la Pretura del Distretto di Bellinzona. Avversata la petizione, in via riconvenzionale A.A._ e B.A._ hanno chiesto il pagamento di fr. 677.90, pari all'importo trattenuto dal notaio sul prezzo di vendita.
Il 19 maggio 2003 l'azione principale è stata accolta, mentre quella riconvenzionale è stata respinta. Il Pretore ha infatti ammesso l'esistenza di un difetto ai sensi dell'<ref-law>, suscettibile di ingenerare la responsabilità dei convenuti ex <ref-law>, non potendosi rimproverare agli attori di aver avuto conoscenza del difetto al momento della stipulazione del contratto (<ref-law>) né tantomeno di aver tardato nel notificarlo (<ref-law>). Posto che il minor valore della casa corrispondeva alle spese di rifacimento del tetto - che l'istruttoria ha permesso di quantificare in fr. 12'500.-- - il giudice ha in definitiva concluso per l'integrale accoglimento della pretesa attorea.
C. Adita dai soccombenti, il 5 agosto 2004 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha riformato la pronunzia di primo grado, accogliendo la domanda riconvenzionale. Il giudizio sull'azione principale è stato per contro condiviso.
D. Contro questa decisione A.A._ e B.A._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale, il 14 settembre 2004, sia con ricorso di diritto pubblico che con ricorso per riforma. Con il secondo rimedio, fondato sulla violazione dell'<ref-law> e delle norme che regolano la garanzia del venditore per i difetti della cosa (art. 197 segg. CO), essi hanno chiesto la modifica della sentenza cantonale nel senso di un integrale accoglimento del loro appello.
Nella risposta del 27 ottobre 2004 C.D._ e E.D._ hanno proposto la reiezione del gravame.

Diritto:
1. In data odierna il parallelo ricorso di diritto pubblico è stato dichiarato inammissibile, per cui nulla osta all'esame del ricorso per riforma.
2. Prima di trattare gli argomenti proposti nell'impugnativa appare utile rammentare che il ricorso per riforma è ammissibile per violazione del diritto federale (art. 43 cpv. 1 OG); nel quadro di tale rimedio non possono invece essere invocate la violazione di un diritto costituzionale (art. 43 cpv. 1 seconda frase OG) o la violazione del diritto cantonale (cfr. art. 55 cpv. 1 lett. c OG).
Nella giurisdizione di riforma, il Tribunale federale fonda il suo giudizio sui fatti così come sono stati accertati dall'ultima autorità cantonale, a meno che siano state violate disposizioni federali in materia di prove (quale ad esempio l'<ref-law>), debbano venire rettificati accertamenti di fatto derivanti da una svista manifesta (art. 63 cpv. 2 OG) o si renda necessario un complemento degli stessi a norma dell'art. 64 OG (<ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140). Tutte queste critiche e gli atti cui si riferiscono devono essere debitamente specificati (art. 55 cpv. 1 lett. b e d OG).
Fatte salve queste eccezioni, censure contro l'accertamento dei fatti e l'apprezzamento delle prove eseguiti dall'autorità cantonale sono improponibili, così come non si può far riferimento a circostanze non accertate nel giudizio impugnato, trattandosi di fatti nuovi (art. 55 cpv. 1 lett. c OG; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 106 con rinvii).
Giovi infine ricordare che, chiamato a determinarsi su di un ricorso per riforma il Tribunale federale non può pronunciare oltre i limiti delle domande delle parti; esso non è per contro vincolato dai motivi ch'esse invocano (art. 63 cpv. 1 OG) né dal valore giuridico attribuito ai fatti dall'autorità cantonale (art. 63 cpv. 3 OG). Il Tribunale federale può dunque accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli di cui si prevale la parte che ricorre, così come può respingerlo adottando un'argomentazione giuridica differente da quella esposta nel giudizio impugnato (<ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140 con rinvii).
3. Fatte queste premesse si può passare all'esame del rimedio, che verte su di una controversia relativa ad una compravendita immobiliare.
Orbene, le regole sulla garanzia per i difetti della cosa venduta (art. 197 segg. CO) sono applicabili anche nell'ambito della compravendita immobiliare in virtù del rinvio di cui all'<ref-law>. La responsabilità del venditore presuppone innanzitutto l'esistenza di un difetto ai sensi dell'<ref-law> (assenza di una qualità promessa o difetto che, materialmente o giuridicamente, diminuisce il valore della cosa o l'attitudine all'uso cui è destinata), sorto prima del trasferimento dei rischi e ignorato dal compratore al momento della vendita (<ref-law>). In tal caso, quest'ultimo può prevalersi dei diritti fondati sulla garanzia per i difetti della cosa venduta (<ref-law>), a patto che abbia notificato tempestivamente il difetto (<ref-law>) ed introduca l'azione di garanzia entro i termini di cui all'<ref-law> (cfr. Huguenin, Obligationenrecht - Besonderer Teil, 2a ed., Zurigo 2004, n. 266 segg. pag. 40 segg.).
4. Dinanzi al Tribunale federale i convenuti non contestano la nozione di difetto ai sensi dell'<ref-law> ritenuta in concreto dalla Corte ticinese, la quale ha ravveduto nell'insufficiente tenuta del tetto piano l'assenza di una qualità che gli acquirenti, secondo le regole della buona fede, potevano legittimamente attendersi.
Essi ribadiscono piuttosto, da un canto, la tesi secondo cui le infiltrazioni d'acqua non costituirebbero un difetto perché da ricondurre alla normale usura del tetto e, dall'altro, quella per cui le parti avrebbero tenuto conto della situazione del tetto al momento della fissazione del prezzo di compravendita.
Sennonché si tratta di questioni concernenti l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, insindacabili nel quadro del presente rimedio (cfr. quanto esposto al consid. 2), sicché su questo punto il ricorso per riforma, che non concerne l'applicazione del diritto federale, va dichiarato inammissibile.
5. Ai fini della corretta valutazione giuridica della fattispecie, merita di essere considerato un altro accertamento contenuto nella sentenza impugnata. Si tratta di quello concernente il momento in cui si sono verificate le prime infiltrazioni d'acqua riconducibili all'insufficiente tenuta del tetto piano dell'edificio.
Nella sentenza impugnata, al consid. 2 (pag. 2) si legge infatti: "Verso la metà di luglio 2001 si sono verificate alcune infiltrazioni d'acqua dal tetto piano dell'edificio. Prontamente avvertiti dagli acquirenti, i venditori hanno interpellato il tecnico della ditta Y._SA F._, il quale, recatosi sul posto, dopo aver constatato danneggiamenti nella cupola del tetto e sul camino dove il manto impermeabile era strappato, ha provveduto, gratuitamente, alla relativa riparazione, avvertendo contestualmente i presenti che il manto si sarebbe potuto strappare altrove".
6. Richiamandosi a questa circostanza, i convenuti hanno ritenuto di poter escludere la loro responsabilità in applicazione dell'<ref-law>, giusta il quale il venditore non risponde dei difetti noti al compra tore al momento della vendita (cpv. 1), rispettivamente dei difetti ch'egli avrebbe dovuto conoscere usando l'ordinaria diligenza (cpv. 2). A torto.
6.1 Innanzitutto, come rettamente stabilito dai giudici cantonali, il momento determinante per l'applicazione del citato disposto di legge è quello della conclusione del contratto (<ref-ruling> consid. 1 pag. 262; Giger: in Berner Kommentar, n. 6 ad <ref-law>) e non quello del trapasso della proprietà, come sembrano voler continuare a sostenere i convenuti.
6.2 Che all'epoca della sottoscrizione dell'atto di compravendita gli attori ignorassero i problemi al tetto è pacifico, né i convenuti hanno dimostrato il contrario. Contrariamente a quanto paiono voler asserire nel gravame, toccava a loro provare che il difetto esisteva già al momento della stipulazione dell'accordo e che gli attori ne erano a conoscenza (Schumacher/Rüegg, Die Haftung des Grundstückverkäufers, in: Der Grundstückkauf, 2a ed., Berna 2001, pag. 175-292, in particolare n. 235 pag. 252; Giger, op. cit., n. 29 ad <ref-law>).
6.3 Anche la tesi per cui gli attori avrebbero potuto venire a conoscenza dei noti difetti usando l'ordinaria diligenza risulta infondata. I giudici ticinesi hanno evidenziato come, localizzato in un punto inaccessibile dall'interno (il tetto), il difetto fosse chiaramente di carattere occulto (prova ne sia anche il fatto che per accertarlo si è dovuto asportare parte del rivestimento in ghiaia) per cui non sarebbe stato verosimilmente scoperto nemmeno se essi, non esperti del ramo, avessero effettuato un sopralluogo.
Va detto che i convenuti non contestano, di per sé, queste considerazioni. Essi sembrano piuttosto voler sostenere che gli attori avrebbero dovuto far ispezionare la casa da uno specialista prima della firma dell'accordo, pena l'accettazione degli eventuali difetti. Sennonché non esiste un obbligo legale a procedere in tal senso (cfr. Honsell in: Basler Kommentar, n. 3 ad <ref-law>) né i convenuti hanno dimostrato che l'intervento di un esperto prima della stipulazione del contratto costituisce la regola in Svizzera. Nulla muta il fatto che lo sia in Germania, come esposto da Giger (op. cit., n. 6 ad <ref-law>) richiamato nell'impugnativa. Per quanto concerne infine l'asserita ammissione, da parte degli attori (in sede di replica) del carattere manifesto del difetto, si può rinviare a quanto esposto nel quadro dell'esame del parallelo ricorso di diritto pubblico (al consid. 4.4), trattandosi di una questione concernente i fatti.
7. L'accertamento secondo cui le prime infiltrazioni d'acqua si sono verificate nel luglio 2001, ovverosia dopo che gli attori hanno preso possesso della casa, appare per contro rilevante sotto il profilo dell'<ref-law>.
Chi - come gli attori - intende prevalersi di una garanzia per i difetti deve infatti avvisarne subito il venditore, altrimenti la cosa venduta si ritiene accettata (art. 201 cpv. 1 e 2 CO). In caso di difetti apparsi più tardi, dev'esserne data notizia al venditore subito dopo la scoperta, altrimenti la cosa si ritiene accettata anche rispetto ad essi (<ref-law>).
7.1 L'onere di verifica e di avviso ai sensi dell'<ref-law> scatta con la consegna della cosa, ovverosia con l'entrata in possesso (Schumacher/Rüegg, op.cit., n. 76 pag. 207; Honsell, op. cit., n. 3 ad <ref-law>).
7.2 Dato che al committente nel quadro del contratto d'appalto incombe un onere di notifica analogo a quello del compratore (<ref-law>), per definire le esigenze poste all'obbligo di notificare i difetti "subito dopo la scoperta", ci si può fondare anche sulla giurisprudenza in materia di appalto. Determinanti sono sempre le circostanze specifiche del caso concreto e in particolare il tipo di difetto riscontrato. I difetti occulti di una cosa si ritengono scoperti al momento in cui il compratore acquista la certezza della loro esistenza. I difetti che appaiono progressivamente, nel senso che la loro estensione e la loro intensità aumentano poco a poco, non si reputano dunque scoperti già quando si manifestano i primi indizi, bensì solo quando il compratore sia in grado di rilevarne l'importanza e la portata (sentenza 4C.205/2003 del 17 novembre 2003, consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 3b pag. 148 seg.). In altre parole, il compratore è tenuto a segnalare il difetto solo quando gli sia noto (o debba essergli noto, secondo la buona fede) ch'esso costituisce un inadempimento del contratto (<ref-ruling> consid. 2 pag. 427; cfr. anche Schumacher/Rüegg, op. cit., n. 286 segg. pag. 271).
7.3 Nel caso in esame è stato accertato che gli attori sono entrati in possesso del fondo nel mese di luglio 2001. Ciò significa che quando si sono verificate le prime infiltrazioni essi occupavano già la casa; sono stati loro, infatti, ad avvertire i convenuti, i quali a loro volta hanno interpellato il tecnico della ditta Y._SA, F._. In tale occasione, come già spiegato, il tecnico non solo ha "constatato danneggiamenti nella cupola del tetto e sul camino dove il manto impermeabile era strappato" ma ha anche avvertito i presenti, fra cui gli attori, "che il manto si sarebbe potuto strappare altrove".
In simili circostanze gli attori erano in grado - o perlomeno avrebbero dovuto esserlo, secondo la buona fede - di comprendere l'importanza e la portata del difetto al tetto sin dal luglio 2001. Di conseguenza, la decisione di segnalare la presenza di un difetto suscettibile di dar luogo alla garanzia del venditore solamente nel maggio 2002, quando si sono verificate nuove infiltrazioni, non può essere tutelata. La notifica del difetto va considerata tardiva.
Poco importa che i convenuti, in relazione ai succitati fatti, non abbiano accennato esplicitamente al tema giuridico della tempestività della notifica ai sensi dell'<ref-law>; avendo essi allegato i fatti rilevanti, il giudice deve applicare d'ufficio il diritto federale (cfr. consid. 2 e Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. II, n. 1.3.2.9 ad art. 43 OG, pag. 121).
7.4 Da tutto quanto esposto discende che la sentenza impugnata viola il diritto federale, segnatamente l'<ref-law>, laddove nega la tardività della notifica dei difetti da parte degli attori.
8. Ciò non comporta tuttavia ancora la sua modifica nel senso auspicato dai convenuti. Giusta l'<ref-law> il venditore che abbia intenzionalmente ingannato il compratore, dissimulando con astuzia dei difetti o assicurando determinate qualità, non può infatti invocare la limitazione dell'obbligo della garanzia per omessa o tardiva notifica.
8.1 Avendo ammesso la tempestività della notifica dei difetti, la Corte cantonale non ha esaminato la fattispecie sotto il profilo dell'<ref-law>, fatto salvo un accertamento circa l'assenza di prove a sostegno della tesi, addotta dagli attori in occasione dell'interrogatorio formale, secondo cui i venditori avrebbero assicurato il perfetto stato del tetto.
Sennonché il venditore non agisce dolosamente solamente quando fornisce indicazioni false sulla qualità della cosa bensì anche quando tace delle circostanze che la buona fede negli affari gli imponeva di segnalare al compratore in occasione delle trattative precedenti alla stipulazione dell'accordo (cfr., benché riferiti all'<ref-law>, <ref-ruling> consid. 6a pag. 228; <ref-ruling> consid. 3a pag. 434). In altre parole, il dolo viene ammesso qualora il venditore abbia consapevolmente omesso di comunicare l'esistenza di un difetto al compratore - il quale lo ignorava e non avrebbe potuto scoprirlo a causa della sua natura occulta - pur sapendo che per lui si trattava di un elemento importante (DTF 66 II 132 consid. 6 pag. 139; Schumacher/Rüegg, op. cit., n. 168 pag. 233). Incombe al compratore l'onere di dimostrare il dolo (Honsell, op. cit., nota 3 ad <ref-law>).
8.2 In concreto i giudici del Tribunale d'appello hanno stabilito che l'informazione circa l'insufficiente tenuta del tetto avrebbe sicuramente influito se non già per la decisione di stipulare il contratto quanto meno per la fissazione del prezzo di vendita.
I convenuti ne sono consapevoli, visto che hanno sempre addotto che il prezzo pattuito era modesto proprio a causa della situazione del tetto. Sennonché non sono riusciti a dimostrare la veridicità di questa affermazione (cfr. quanto esposto al consid. 3 del ricorso di diritto pubblico).
Dal canto loro gli attori sin dall'inizio della causa hanno dichiarato di essere stati ingannati dai venditori, i quali seppur al corrente dell'esistenza del difetto, hanno sottaciuto tale inconveniente, affrettandosi a vendere la casa (petizione, pto 5 pag. 3). Gli attori hanno rincalzato tale tesi sia in sede di osservazioni all'appello che in sede di risposta al ricorso per riforma, richiamandosi alla deposizione del tecnico della Y._SA, F._, il quale avrebbe dichiarato di essere intervenuto per rimediare ad analoghe infiltrazioni d'acqua del tetto già nel maggio 2001, poco prima della firma dell'atto di compravendita.
Per le ragioni già spiegate al consid. 8.1 la Corte cantonale non si è soffermata su questo aspetto. Alla luce di quanto sopra esposto si tratta di una circostanza suscettibile di influire sull'esito della controversia. Qualora fosse vero che i convenuti erano all'oscuro del difetto, la petizione dovrebbe venire respinta a causa della tardività della sua notifica. Se invece si dovesse concludere ch'essi ne erano a conoscenza e lo hanno consapevolmente taciuto agli attori, la finzione legale dell'accettazione della cosa nonostante il difetto verrebbe a cadere e la garanzia per i difetti della cosa venduta ammessa, con conseguente conferma della decisione del Pretore.
8.3 Sono dunque riunite le condizioni per poter applicare l'art. 64 cpv. 1 OG (<ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140) che prevede la possibilità di rinviare la causa all'autorità cantonale per completare la fattispecie mediante fatti allegati da una parte in sede cantonale in modo conforme alle norme sulla procedura, ma ritenuti a torto dall'autorità cantonale come irrilevanti o da essa negletti a causa dell'errata comprensione del diritto federale.
Non trattandosi di questioni accessorie (cfr. art. 64 cpv. 2 OG; Poudret, op. cit., n. 3.1 ad art. 64 OG, pag. 583), il Tribunale federale non può pronunciarsi su questo punto. La causa va pertanto rinviata all'autorità cantonale affinché proceda ad un completamento degli accertamenti di fatto e ad un nuovo apprezzamento delle prove, per poi emanare un nuovo giudizio.
9. Resta da esaminare la censura concernente l'entità del danno. Prevalendosi della violazione dell'<ref-law> i convenuti rimproverano all'autorità cantonale di aver ammesso l'importo di fr. 10'000.-- nonostante gli attori - gravati dall'onere probatorio - non l'abbiano provato, la deposizione di F._ non potendo essere tenuta in nessuna considerazione.
Anche su questo punto il gravame si avvera d'acchito inammissibile. L'<ref-law> regola per tutti i rapporti giuridici retti dal diritto civile federale la ripartizione dell'onere probatorio e, pertanto, le conseguenze dell'assenza di ogni prova. Contrariamente a quanto paiono credere i convenuti, tale disposto non trova applicazione quando - come nel caso in rassegna - l'apprezzamento delle prove convince il giudice dell'esposizione dei fatti e che un fatto è accertato, poiché la questione dell'onere della prova diviene allora senza oggetto (<ref-ruling> consid. 3c pag. 223 con rinvii; Corboz, Le recours en réforme au Tribunal fédéral in: SJ 2000 II pag. 41). Chiamato a statuire quale istanza di riforma il Tribunale federale non può rivedere questo apprezzamento delle prove, che compete al giudice del merito (<ref-ruling> consid. 3a, 368 consid. 3 in fine).
Anche su questo punto il gravame si avvera d'acchito inammissibile. L'<ref-law> regola per tutti i rapporti giuridici retti dal diritto civile federale la ripartizione dell'onere probatorio e, pertanto, le conseguenze dell'assenza di ogni prova. Contrariamente a quanto paiono credere i convenuti, tale disposto non trova applicazione quando - come nel caso in rassegna - l'apprezzamento delle prove convince il giudice dell'esposizione dei fatti e che un fatto è accertato, poiché la questione dell'onere della prova diviene allora senza oggetto (<ref-ruling> consid. 3c pag. 223 con rinvii; Corboz, Le recours en réforme au Tribunal fédéral in: SJ 2000 II pag. 41). Chiamato a statuire quale istanza di riforma il Tribunale federale non può rivedere questo apprezzamento delle prove, che compete al giudice del merito (<ref-ruling> consid. 3a, 368 consid. 3 in fine).
10. In conclusione, per i motivi esposti al consid. 8 la sentenza impugnata deve venire annullata e la causa rinviata all'autorità cantonale.
Ai fini del giudizio sugli oneri processuali occorre tenere conto del fatto che l'accoglimento del ricorso non trova origine negli argomenti proposti dai convenuti - perlopiù inammissibili - e che la causa viene rinviata per l'accertamento di un fatto addotto dagli attori, che l'autorità cantonale non ha esaminato perché ha fondato la sua decisione, a torto, su di un'altra norma. In simili circostanze appare adeguato porre la tassa di giustizia a carico di entrambe le parti, in ragione di metà ciascuno, e prescindere dall'assegnazione di spese ripetibili della sede federale (cfr. art. 156 cpv. 3 e 159 cpv. 3 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso per riforma è accolto. Di conseguenza la sentenza impugnata viene annullata e la causa è rinviata al Tribunale d'appello del Cantone Ticino per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. La tassa di giustizia di fr. 2'000.-- è posta a carico delle parti, in ragione di metà ciascuno.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.