Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Schwyz erklärte X._ mit Urteil vom 1. Juni 2007 des gewerbsmässigen Betrugs, der Misswirtschaft sowie der Widerhandlung gegen das Bankengesetz schuldig und verurteilte ihn zu 27 Monaten unbedingter Freiheitsstrafe, unter Anrechnung von 31 Tagen Untersuchungshaft. Die Zivilforderungen verwies es auf den Zivilweg.
Gegen dieses Urteil erhoben X._ Berufung sowie die Staatsanwaltschaft des Kantons Schwyz Anschlussberufung beim Kantonsgericht Schwyz, das am 26. August 2008 in Bestätigung der erstinstanzlichen Schuldsprüche die Berufung abwies, die Anschlussberufung jedoch guthiess und die erstinstanzlich ausgesprochene Freiheitsstrafe auf drei Jahre erhöhte.
B. Mit Urteil vom 30. Juni 2009 (Urteil 6B_83/2009) hob das Bundesgericht das kantonsgerichtliche Urteil auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung zurück.
Das Kantonsgericht Schwyz bestätigte am 2. September 2009 die ursprünglich ausgesprochene Freiheitsstrafe von drei Jahren, gewährte jedoch den teilbedingten Strafvollzug, unter Aufschub eines Strafanteils von 18 Monaten bei einer Probezeit von fünf Jahren.
C. X._ führt Beschwerde beim Bundesgericht, in der er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und die Sache sei im Sinne der Erwägungen zu neuer Beurteilung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Schwyz verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Dem zu beurteilenden Fall liegt folgender Sachverhalt zugrunde: Am 1. Oktober 2003 wurde gegen den Beschwerdeführer eine Strafanzeige zur Überprüfung der "Firmen-Gruppe X._" sowie weiterer Firmen in Wollerau eingereicht. Der Anzeige beigelegt war auch das Dispositiv eines Urteils des deutschen Landgerichts Hof, das den Beschwerdeführer und andere Mitangeschuldigte am 30. November 2001 wegen Betrugs in 409 Fällen zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren schuldig sprach. Der Beschwerdeführer nahm mit sogenannten Verwaltungsverträgen Anlegergelder entgegen, indem er mit Broschüren und Hochglanzprospekten sowie an Seminarien über ein Vermittlersystem die Firmengruppe als weltweit agierendes erfolgreiches Finanzdienstleistungsunternehmen darstellte. Die Kundengelder verwendete er allerdings nicht vertragsgemäss für Devisenspekulationsgeschäfte, sondern für die Firmenfortführung und zur Erhaltung des eigenen Lebensstandards.
Am 22. Juli 2002 wurde der Beschwerdeführer aus dem Strafvollzug in Deutschland entlassen. Er nahm anschliessend in der Schweiz wieder im Finanzbereich eine Tätigkeit auf. Wie in Deutschland bot er sogenannte Founderprogramme mit Seminaren und Partizipationsscheinen an. Die dem jetzigen Verfahren zugrundeliegenden Fälle datieren zwischen Dezember 2002 und März 2004.
1.2 Das Bundesgericht führt in seinem ersten Urteil in der vorliegend zu beurteilenden Sache aus, die Vorinstanz hätte bei Ausfällung der Freiheitsstrafe von drei Jahren die Gewährung des teilbedingten Strafvollzugs prüfen sollen. Ebenfalls habe die Vorinstanz zu Unrecht gemäss <ref-law> aus dem Strafregister entfernte Vorstrafen bei der Strafzumessung berücksichtigt. Die Vorinstanz bestätigt in ihrem neuen Urteil die ausgesprochene Freiheitsstrafe von drei Jahren, gewährt neu allerdings den teilbedingten Strafvollzug, unter Aufschub eines Strafanteils von 18 Monaten bei einer Probezeit von fünf Jahren. Die aus dem Strafregister entfernten Vorstrafen seien schon beim ersten Rechtsgang nicht in die Strafzumessung eingeflossen. Dies habe aufgrund eines Versehens allerdings keinen Eingang in die Urteilserwägungen gefunden.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die Vorinstanz habe erneut die ihr obliegende Begründungspflicht gemäss <ref-law> verletzt. So werde die Feststellung, es bestehe kein Anlass, vom bisherigen Strafmass abzuweichen, nicht weiter begründet, auch wenn er, mit Ausnahme des hängigen Zollverfahrens, nicht mehr straffällig geworden sei. Die Berücksichtigung dieses noch nicht entschiedenen Verfahrens verstosse gegen die Unschuldsvermutung (Beschwerde, S. 4). Eine deliktsfreie Zeit von zwischenzeitlich über fünf Jahren sei offensichtlich strafreduzierend zu berücksichtigen. Gleiches gelte für den Umstand der seit Jahren stabilen Familienverhältnisse. Im Weiteren macht der Beschwerdeführer sinngemäss geltend, die lange Verfahrensdauer müsse strafmindernd berücksichtigt werden (Beschwerde, S. 4 f.).
2.2 Die Vorinstanz begründet ihr Festhalten am Strafmass von drei Jahren damit, dass der Beschwerdeführer während noch laufender Untersuchung, die zur einschlägigen Vorstrafe des Landgerichts Hof führte, erneut delinquiert habe, eine Vielzahl von Geschädigten betroffen sei und eine hohe Deliktssumme von Fr. 13 Mio. in Frage stehe. Unter Ausklammerung der aus dem Strafregister entfernten Vorstrafen seien ferner die im ersten Rechtsgang festgehaltenen Umstände zu berücksichtigen.
Die persönliche familiäre Situation habe sich beim Beschwerdeführer nicht erst nach der Tat stabilisiert, habe er doch seine jetzige Frau bereits während der Tatzeit geheiratet, und seine drei Kinder seien zum damaligen Zeitpunkt auch schon auf der Welt gewesen. Von einer langen Verfahrensdauer könne angesichts des komplexen Sachverhalts und der zahllosen Geschädigten keine Rede sein (angefochtenes Urteil, S. 3 f.). Das hängige Zollverfahren könne mit Blick auf die Gewährung des teilbedingten Strafvollzugs die Legalprognose nicht so ins Gegenteil drehen, dass keine günstigen bzw. keine besonders günstigen Voraussetzungen mehr anzunehmen wären, sofern der unbedingte Strafanteil und die Probezeit ausreichend festgesetzt würden. Gleichwohl würden aufgrund der heutigen Berufstätigkeit und des eingestandenen Zollverfahrens Bedenken verbleiben (angefochtenes Urteil, S. 3 ff.).
2.3 Gemäss <ref-law> misst der Richter die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Er berücksichtigt das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Die Bewertung des Verschuldens wird in <ref-law> dahingehend präzisiert, dass dieses nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt wird, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Es liegt im Ermessen des Sachrichters, in welchem Umfang er die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts greift auf Beschwerde in Strafsachen hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat.
Nach <ref-law> hat der Richter die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten. Besonders hohe Anforderungen an die Begründung der Strafzumessung werden unter anderem gestellt, wenn die ausgesprochene Strafe ungewöhnlich hoch oder auffallend milde ist (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
2.4 Die Vorinstanz begründet entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers explizit und unter Erwähnung verschiedener Strafzumessungsfaktoren, weshalb sie am ursprünglich ausgefällten Strafmass der Freiheitsstrafe von drei Jahren festhält. Es ist nicht zu beanstanden, wenn sie die geordneten Familienverhältnisse, die bereits im Tatzeitpunkt bestanden, nicht strafmindernd berücksichtigt. Ebenso konnte die Vorinstanz eine überlange Verfahrensdauer verneinen. Die dem jetzigen Verfahren zugrundeliegenden Fälle ereigneten sich zwischen Dezember 2002 und März 2004. Die Staatsanwaltschaft überwies die Anklageschrift an die erste Instanz am 23. März 2006, die ihr Urteil am 1. Juni 2007 fällte. Der Entscheid der Vorinstanz im ersten Rechtsgang erging am 26. August 2008.
Das Bundesgericht bejahte einerseits Verletzungen des Beschleunigungsgebots bei einer Verfahrensdauer von sieben Jahren oder mehr und befand andererseits, eine Verfahrensdauer von rund drei Jahren und eine solche von über sechs Jahren begründeten keinen Verstoss gegen das Beschleunigungsgebot (Urteil 6B.440/2008 vom 11. November 2008 E. 6.1). Die einzelnen Verfahrensschritte sowie die Verfahrensdauer insgesamt sind im zu beurteilenden Fall somit nicht als überlang zu betrachten.
2.5 Die Vorinstanz berücksichtigt die mehr als fünfjährige deliktsfreie Zeit des Beschwerdeführers bei der Strafzumessung nicht, da aufgrund des hängigen Zollverfahrens sowie seiner heutigen beruflichen Tätigkeit Bedenken verblieben. Dies ist nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz trägt damit dem Umstand Rechnung, dass deliktsfreies Verhalten während eines laufenden Strafverfahrens vorausgesetzt werden darf. Eine Verletzung von <ref-law> liegt nicht vor.
2.6 Die Vorinstanz verletzt - entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers - auch nicht die Unschuldsvermutung. Die Vorinstanz berücksichtigt das Zollübertretungsverfahren lediglich als Bestätigung der "undurchsichtigen Tätigkeit im Diamantveredelungshandel". Zudem entschied das Bundesgericht in einem kürzlich ergangenen Urteil, dass der Einbezug der in einem hängigen Strafverfahren zugegebenen Tatsachen bei der Prognosebeurteilung zulässig ist (Urteil 6B_459/2009 vom 10. Dezember 2009 E. 1.2; so schon im Urteil 6P.31/2003 vom 8. August 2003 E. 1.3). Ebenso dürfen auch nicht abgeurteilte Vortaten, die Schlüsse auf das Vorleben und den Charakter eines Täters zulassen, mit der erforderlichen Zurückhaltung bei der Beurteilung der Bewährungsaussichten beachtet werden (Urteil 6S.145/2004 vom 6. Oktober 2004 E. 6.2). Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht dargelegt, inwiefern vorliegend anders zu entscheiden wäre.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. März 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller