Sachverhalt:
A. G._, geboren 1949, war ab 1. Mai 1999 bei der X._ AG als Bauleiter angestellt und bei der Vorsorgestiftung Y._ (im Folgenden: Vorsorgestiftung; heute: Implenia Fondation de Prévoyance A), berufsvorsorgeversichert. Am 25. April 2000 unterzeichnete er eine Gesundheitserklärung. Sowohl die Frage 1 ("Leiden Sie zurzeit oder haben Sie an gesundheitlichen Störungen gelitten?") als auch die Frage 3 ("Haben Sie in den letzten fünf Jahren aus gesundheitlichen Gründen Ihre Arbeit länger als 4 Wochen unterbrechen müssen?") verneinte er. Jedoch gab er an, "gegenwärtig" in ärztlicher Behandlung oder unter ärztlicher Kontrolle zu stehen und präzisierte, er habe im März 2000 an einer Entzündung der Prostata gelitten und sei deswegen bei Dr. med. H._, FMH für Urologie, in Behandlung gewesen (Frage 2).
Am 11. August 2005 meldete sich G._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle sprach ihm nach erwerblichen und medizinischen Abklärungen mit Verfügungen vom 29. Januar und 9. Februar 2007 ab 1. September 2005 eine ganze Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % zu. Die Vorsorgestiftung zog die Akten der IV bei und teilte G._ am 14. Februar 2007 mit, nach Durchsicht seines Dossiers sei festgestellt worden, dass er sich bereits am 16. März 1999 erstmals bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug angemeldet, die damit zusammenhängende "gesundheitliche Vorgeschichte" aber in der Gesundheitserklärung vom 25. April 2000 nicht erwähnt habe. Der überobligatorische Vorsorgevertrag werde deshalb aufgelöst und die Leistungen würden auf das Minimum gekürzt (Schreiben vom 8. März 2007). An diesem Standpunkt hielt die Vorsorgestiftung in der Folge fest.
B. Die hierauf erhobene Klage des G._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 13. Juli 2009 ab.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Vorsorgestiftung zu verpflichten, ihm rückwirkend ab 1. September 2005 "die uneingeschränkte vertragsgemässe IV-Rente" zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Festsetzung des Rentenanspruches aus obligatorischer und überobligatorischer Vorsorge in masslicher und zeitlicher Hinsicht an die Vorsorgestiftung zurückzuweisen.
Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. Die Vorsorgestiftung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht überprüft Bundesrechtsverletzungen im Sinne von <ref-law> frei. Zum frei überprüfbaren Bundesrecht gehört auch das von einer Vorsorgeeinrichtung reglementarisch oder statutarisch (unter Einschluss der Stiftungsurkunde) erlassene Berufsvorsorgerecht (<ref-ruling> E. 2; Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 10 zu Art. 106; Markus Schott, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 46 zu Art. 95; Hansjörg Seiler, in: Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 27 zu Art. 95). In tatsächlicher Hinsicht ist die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts dahingehend eingeschränkt, dass es die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen kann, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>).
2. Es steht ausser Frage, dass der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Invalidenrente nach BVG hat. Streitig ist einzig, ob ihm eine Invalidenrente aus weitergehender (überobligatorischer) beruflicher Vorsorge zusteht und dabei insbesondere, ob die Vorinstanz diesen Anspruch zu Recht mit der Begründung verneint hat, infolge wahrheitswidrig ausgefüllter Gesundheitserklärung sei die Beschwerdegegnerin berechtigterweise vom überobligatorischen Vorsorgevertrag zurückgetreten.
3. 3.1 Das kantonale Gericht erwog in antizipierter Beweiswürdigung, nach Lage der medizinischen Akten sei erstellt, dass der Beschwerdeführer Jahre vor seinem Eintritt in die Vorsorgeeinrichtung unter einer depressiven Symptomatik sowie einer Alkoholerkrankung gelitten habe. Die Frage 1 der Gesundheitserklärung vom 25. April 2000 sei somit "klarerweise falsch" beantwortet worden; daran ändere die von der Beschwerdegegnerin verwendete offene Formulierung nichts. Die Kausalität zwischen den verschwiegenen Störungen und der Invalidität sei gegeben. Weiter sei nicht bestritten und ausgewiesen, dass der Rücktritt der Beschwerdegegnerin rechtzeitig erfolgte: Sie habe durch die Akten der Invalidenversicherung im November 2006 Kenntnis von "den Umständen" erhalten. Gestützt auf das zum Zeitpunkt der Rücktrittserklärung vom 8. März 2007 gültig gewesene Reglement vom 23. Oktober 2006 sei diese innerhalb der reglementarisch festgesetzten Frist von sechs Monaten (Art. 7 Ziff. 2 Abs. 8 Reglement [recte: Art. 6 Ziff. 2 Abs. 8]) und damit rechtzeitig erfolgt.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt insbesondere, indem die Vorinstanz auf teils nicht beweistaugliche medizinische Unterlagen abgestellt habe, handle sie willkürlich und verletze Bundesrecht. Ferner habe sie eine Würdigung der erst ein Jahr nach Arbeitsantritt ausgefüllten, vage formulierten Gesundheitserklärung unterlassen, deren Fragen er ohne Verletzung seiner Anzeigepflicht beantwortet habe. Weiter sei sie zu Unrecht davon ausgegangen, dass die Beschwerdegegnerin rechtzeitig den Rücktritt vom Vertrag erklärt habe. Massgeblich sei das bei seinem Eintritt in die Vorsorgestiftung am 1. Mai 1999 gültig gewesene Reglement vom 2. März 1999, welches keine Frist für die Rücktrittserklärung enthalte. Die subsidiär anwendbare Verwirkungsfrist von vier Wochen gemäss <ref-law> habe die Beschwerdegegnerin nicht eingehalten.
3.3 Die Beschwerdegegnerin bringt im Wesentlichen vor, der Beschwerdeführer erhebe teils unzulässige Sachverhaltsrügen und übe appellatorische Kritik. Die Beschwerde enthalte nichts, was auf eine Bundesrechtsverletzung der Vorinstanz schliessen liesse. Die Fragen 1 und 3 der Gesundheitserklärung seien unter Verletzung der Anzeigepflicht beantwortet worden und schliesslich werde im angefochtenen Entscheid zu Recht das Vorsorgereglement vom 23. Oktober 2006 für massgeblich erklärt.
4. Zunächst ist zu prüfen, ob das zum Zeitpunkt der behaupteten Anzeigepflichtverletzung vom 20. April 2000 anwendbar gewesene Reglement vom 23. März 1999 (Reglement 1999) oder aber das bei Vertragsrücktritt der Beschwerdegegnerin vom 8. März 2007 gültige Reglement massgeblich ist, welches am 23. Oktober 2006 in Kraft getreten war (Reglement 2006). Dies ist deshalb entscheidend, weil das Reglement 1999 keine Bestimmung betreffend Frist zur Geltendmachung der Rücktrittserklärung enthielt, während das Reglement 2006 vorsieht, die Stiftung habe "dem Versicherten innert sechs Monaten nach Feststellung der Verschweigung eine schriftliche Mitteilung" zu machen (Art. 6 Ziff. 2 letzter Absatz).
4.1 Der Beschwerdeführer stellt sich letztinstanzlich erstmals auf den Standpunkt, massgeblich sei das Reglement 1999. Weil er sich dabei auf aktenkundige Tatsachen beruft und gestützt darauf eine neue rechtliche Argumentation vorbringt, ist sein Vorbringen zulässig (<ref-law> e contrario; Urteil 5A_417/2009 vom 31. Juli 2009 E. 1.3 mit Hinweisen).
4.2 Die Vorinstanz hat unter Hinweis auf die Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2.1 S. 11) zutreffend dargelegt, dass sich die Verletzung der Anzeigepflicht und deren Folgen im Bereich der weitergehenden beruflichen Vorsorge nach den statutarischen und reglementarischen Bestimmungen der Vorsorgeeinrichtung beurteilen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 11, 119 V 283 E. 4 S. 286). Korrekt erwog sie, ein Rücktritt der Vorsorgeeinrichtung vom Vorsorgevertrag habe die rechtsgestaltende Wirkung, dass ab dem Zeitpunkt, in welchem die Aufnahme in die überobligatorische berufliche Vorsorge erfolgte, gar kein überobligatorisches Vorsorgeverhältnis bestehe und demzufolge auch kein Anspruch auf Leistungen daraus entstehen könne. Zwar hat das Eidg. Versicherungsgericht im Urteil B 69/00 und 70/00 vom 17. Dezember 2001 E. 3c entschieden, eine rückwirkende Auflösung des Vertrages sei untersagt, wenn das bei Abgabe der Rücktrittserklärung geltende Reglement der Vorsorgeeinrichtung eine solche Willenserklärung verbiete, weil der Rücktritt vom Vertrag neben der Rechtswirkung der Auflösung, welche in die Vergangenheit zurückwirkt, auch die Abgabe der Rücktrittserklärung als Willenserklärung auf Auflösung des Vertrages enthält. Abgesehen von diesem Sonderfall ist für die Zulässigkeit des Vertragsrücktritts und dessen Modalitäten aber die Rechtslage massgebend, welche Geltung hatte, als die versicherte Person in die überobligatorische Vorsorge aufgenommen wurde (vgl. den bereits angeführten <ref-ruling> a.a.O.; Urteile 9C_194/2008 vom 6. Oktober 2008 E. 3.1, B 125/06 vom 8. Mai 2007 E. 3, B 106/05 vom 7. Dezember 2006 E. 3.1, B 3/06 vom 6. Juni 2006 E. 2.2.1, B 69/00 vom 17. Dezember 2001 E. 3c und B 41/00 vom 26. November 2001 E. 4). Dies steht im Einklang mit dem Grundsatz, dass in zeitlicher Hinsicht diejenigen Rechtssätze massgeblich sind, die bei der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes Geltung haben (<ref-ruling> E. 2a S. 44 mit Hinweis), welcher im hier zu beurteilenden Fall in der Verletzung der Anzeigepflicht liegt (z.B. das bereits zitierte Urteil B 41/00 vom 26. November 2001 E. 4). Die Vorbringen der Beschwerdegegnerin führen zu keinem anderen Schluss. Soweit das Eidg. Versicherungsgericht in <ref-ruling> E. 1c erwog, dass bei der Festsetzung von Invalidenleistungen grundsätzlich die Reglementsbestimmungen massgebend sind, welche im Zeitpunkt der Entstehung des Leistungsanspruchs galten und nicht jene, die bei Beginn der Arbeitsunfähigkeit in Kraft standen, lässt sich daraus nicht ableiten, das zum Zeitpunkt der Rücktrittserklärung gültige Reglement sei anwendbar. Weil es für die hier streitige Frage - wie soeben dargelegt - auf den Zeitpunkt der Anzeigepflichtverletzung ankommt, als dem zu Rechtsfolgen führenden Tatbestand, kann schliesslich auch aus der Rechtsprechung zu den intertemporalrechtlich anwendbaren Bestimmungen bei einer reglementarischen Änderung der Überentschädigung (z.B. <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 68) nicht abgeleitet werden, dass die zum Zeitpunkt der Rücktrittserklärung anwendbaren Bestimmungen massgeblich wären. Die Beschwerdegegnerin hat den Vorsorgevertrag rückwirkend ab Beitritt zur Stiftung gekündigt und damit die Rechtsfolgen auf einen Zeitpunkt bezogen, in dem das alte Reglement in Kraft stand, so dass dieses anwendbar bleibt.
4.3 Der Versicherte trat unbestrittenermassen am 1. Mai 1999 der Vorsorgeeinrichtung bei und füllte die Gesundheitserklärung am 25. April 2000 aus. Die Verwirkungsfrist richtet sich demzufolge entgegen der von Vorinstanz und Beschwerdegegnerin vertretenen Ansicht nach dem Reglement 1999. Dessen einschlägiger Art. 6 enthält keine Frist für den Vertragsrücktritt, weshalb sich diese nach dem analogieweise heranzuziehenden <ref-law> bestimmt (<ref-ruling> E. 4 und 5a S. 287; vgl. auch Urteil B 41/00 vom 26. November 2001 E. 4 mit Hinweis auf Urteil B 75/99 vom 21. August 2001). Nach den letztinstanzlich verbindlichen und im Übrigen unbestritten gebliebenen Feststellungen im angefochtenen Entscheid stellte die IV-Stelle, nachdem die Beschwerdegegnerin am 16. November 2006 den Erhalt des IV-Vorbescheides bestätigt hatte, ihr auf entsprechenden Wunsch am 20. November 2006 die Akten zu. Die Rücktrittserklärung erfolgte am 8. März 2007 und damit lange nach Ablauf der vierwöchigen Verwirkungsfrist. Ob der Versicherte seiner Anzeigepflicht rechtsgenüglich nachgekommen ist, braucht unter diesen Umständen nicht weiter geprüft zu werden. Der Beschwerdeführer hat daher über die obligatorischen BVG-Leistungen hinaus Anspruch auf eine reglementarische Invalidenrente der weitergehenden beruflichen Vorsorge.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 13. Juli 2009 wird aufgehoben und die Fondation de Prévoyance Implenia A, Genf, wird verpflichtet, dem Beschwerdeführer zusätzlich zu den Leistungen aus der obligatorischen Vorsorge eine Invalidenrente aus der überobligatorischen beruflichen Vorsorge zu bezahlen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. April 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle