Sachverhalt:
A.
X._ hat Wohnsitz in L._/OW. Er ist Alleinaktionär, einziges Mitglied des Verwaltungsrates und Arbeitnehmer der A._ AG. Deren Sitz befindet sich in M._/BL in einem Einfamilienhaus, dessen Eigentümer X._ ist. Die Aktiengesellschaft, gegründet am 16. November 1998, bezweckt statutengemäss den Verkauf und die Vermittlung von Anlagen der Lager- und Fördertechnik.
Zuvor, am 12. Januar 1998, hatte X._ die B._, ein Einzelunternehmen, in das Handelsregister eintragen lassen. Dessen Zweck besteht im Handel mit Gütern für den innerbetrieblichen Bewegungsablauf (Lagereinrichtungen, Förderanlagen, Anpassrampen und Hebebühnen). Das Einzelunternehmen legte seinen ersten Abschluss für das Geschäftsjahr 2006 vor. Bis dahin hatte es keine aktive Geschäftstätigkeit entfaltet.
A m 11. Juni 2007 reichte X._ in den Kantonen Obwalden und Basel-Landschaft die Steuererklärung für die Steuerperiode 2006 ein. Darin deklarierte er erstmals ein Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit.
B.
Die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden erliess ihre Veranlagungsverfügung am 31. Juli 2009. Die Steuerverwaltung zog sämtliche Steuerfaktoren zur Besteuerung heran, mit Ausnahme jener, die im Zusammenhang mit der ausserkantonalen Liegenschaft stehen. Diese berücksichtigte sie lediglich satzbestimmend. Die Veranlagungsverfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft erliess ihre Veranlagungsverfügung am 21. Januar 2010. Neben den Faktoren im Zusammenhang mit der Liegenschaft in M._/BL beanspruchte der Kanton Basel-Landschaft auch das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit. Mit Einspracheentscheid der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft vom 20. Januar 2011, Entscheid des Steuer- und Enteignungsgerichts des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Steuergericht, vom 19. August 2011 sowie Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, vom 25. April 2012 wurden die von X._ gegen die Veranlagungsverfügung ergriffenen Rechtsmittel abgewiesen.
C.
Mit Eingabe vom 15. Juli 2012 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Kantone Basel-Landschaft und Obwalden. Er beantragt sinngemäss, der Entscheid des Kantonsgerichts des Kantons Basel-Landschaft vom 25. April 2012 sei aufzuheben, und von der Besteuerung des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit durch diesen Kanton für die Steuerperiode 2006 sei abzusehen. Eventualiter sei die Veranlagungsverfügung des Kantons Obwalden vom 31. Juli 2009 aufzuheben und von der Besteuerung des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit durch diesen Kanton abzusehen. X._ (hiernach: der Steuerpflichtige) rügt einen Verstoss gegen das interkantonale Doppelbesteuerungsverbot (<ref-law>).
D.
Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit sie sich gegen diesen Kanton richtet. Das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden schliesst auf Gutheissung der Beschwerde, soweit sie sich gegen den Kanton Basel-Landschaft richtet und erhebt eventualiter die Einrede der Verwirkung des Besteuerungsrechts des Kantons Basel-Landschaft.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 475; <ref-ruling> E. 1 S. 417).
1.2. Angefochten ist ein letztinstanzlicher (End-) Entscheid einer oberen kantonalen Gerichtsbehörde in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die allgemeinen Sachurteilsvoraussetzungen geben unter Vorbehalt des Nachfolgenden zu keinen Bemerkungen Anlass.
1.3. Auch auf dem Gebiet des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung (<ref-law>) ist der Instanzenzug in einem Kanton vollständig zu durchlaufen, ehe das Bundesgericht angerufen werden kann (Art. 86 Abs. 1 lit. d i.V.m. Abs. 2 BGG). Trifft dies zu, kann zusammen mit dem noch nicht rechtskräftigen letztinstanzlichen Entscheid des einen Kantons auch die bereits rechtskräftige Veranlagungsverfügung oder der bereits rechtskräftige Rechtsmittelentscheid eines weiteren Kantons bzw. mehrerer weiterer Kantone angefochten werden. In Bezug auf diese Verfügungen und Entscheide aus einem oder mehreren anderen Kantonen besteht praxisgemäss kein Erfordernis der Letztinstanzlichkeit (<ref-ruling> E. 2.4 S. 307 bzw. 308 E. 2.4 S. 313; Urteile 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.3, in: StR 67/2012 S. 828; 2C_397/2010 vom 6. Dezember 2010 E. 1.2, in: RDAF 2011 II 127 und StE 2011 A 24.21 Nr. 22). Die Beschwerdefrist bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt spätestens zu laufen, sobald in beiden (bzw. allen) Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann (<ref-law>; zum Ganzen zitiertes Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.3).
Im zu beurteilenden Fall herrscht hinsichtlich des Steuerjahrs 2006 zwischen den Kantonen Basel-Landschaft und Obwalden ein derartiger (positiver) interkantonaler Kompetenzkonflikt. Neben dem (nicht rechtskräftigen) Urteil des Kantonsgerichts des Kantons Basel-Landschaft vom 25. April 2012 kann damit auch die (längst rechtskräftige) Veranlagungsverfügung des Kantons Obwalden vom 31. Juli 2009 angefochten werden.
1.4. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 2.2 S. 540; <ref-ruling> E. 3 S. 386; <ref-ruling> E. 2.2. S. 550).
Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (<ref-law>), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur, soweit eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.4, in: StR 67/2012 S. 828 betreffend <ref-law>).
Der Steuerpflichtige fasst sich in seiner Eingabe vom 15. Juli 2012 an das Bundesgericht ausserordentlich kurz. Sein Begehren wird dennoch deutlich. Mit Blick auf die bundesgerichtliche Praxis zu den Laienbeschwerden genügt die Beschwerdeschrift den gesetzlichen Begründungsanforderungen gerade noch (<ref-law>; Urteil 2C_851/ 2011 vom 15. August 2012 E. 1.2). Damit sind sämtliche Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt, sodass auf das Rechtsmittel einzutreten ist.
1.5. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356; zum Willkürbegriff: <ref-ruling> E. 7.1 S. 51; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 8.1 S. 153). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
Die Bindung des Bundesgerichts an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (<ref-law>) und das Novenverbot (<ref-law>) gelten auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung. (<ref-ruling> E. 2.3 S. 306; Urteile 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.5, in: StR 67/2012 S. 828; 2C_514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1, in: StR 65/2010 S. 138 und Kurt Locher/Peter Locher, Die Praxis der Bundessteuern, III. Teil: Interkantonale Doppelbesteuerung, § 12, IV B, 3 Nr. 3).
2.
2.1. Ein Verstoss gegen das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn ein Steuersubjekt von zwei oder mehreren Kantonen (Steuerhoheiten) für das gleiche Steuerobjekt und dieselbe Steuerperiode zur Besteuerung herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton ein Steuersubjekt grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil es nicht im vollen Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge seiner territorialen Beziehungen auch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; <ref-ruling> E. 3.1 S. 300 f.; <ref-ruling>45 E. 2.2 S. 147; <ref-ruling> E. 2.1 S. 306 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 311; <ref-ruling> E. 2.1 S. 31 f.; Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 828).
2.2. Der steuerliche Wohnsitz und damit das Hauptsteuerdomizil des Steuerpflichtigen liegt in der Steuerperiode 2006 unstreitig im Kanton Obwalden. Ebenso steht fest, dass der Steuerpflichtige im Kanton Basel-Landschaft kraft Grundeigentums über ein Nebensteuerdomizil (Spezialsteuerdomizil des Liegenschaftsorts) verfügt. Streitgegenstand ist damit einzig, ob der Bestand der Einzelunternehmung dort ein weiteres Nebensteuerdomizil (Spezialsteuerdomizil des Geschäftsorts) begründet, sodass das mit ihr zusammenhängende Einkommen und Vermögen vom Kanton Basel-Landschaft erfasst werden kann, unter Progressionsvorbehalt in den beiden Kantonen. Nachdem diese Faktoren in beiden Kantonen zur Besteuerung herangezogen wurden, liegt offensichtlich eine aktuelle Doppelbesteuerung vor.
3.
3.1. Der Kanton Obwalden bringt als Eventualstandpunkt vor, der Kanton Basel-Landschaft habe sein Besteuerungsrecht hinsichtlich der Faktoren aus selbständiger Erwerbstätigkeit verwirkt. Die Verwirkungseinrede ist vorweg zu klären. Stellt sie sich als begründet dar, ist die Beschwerde von vornherein gutzuheissen. Andernfalls ist der Frage nachzugehen, ob die Geschäftstätigkeit der Einzelunternehmung im Sinne des interkantonalen Doppelbesteuerungsrechts ein Spezialsteuerdomizil (des Geschäftsorts) begründet. Dies hätte zur Folge, dass es zu einer interkantonalen Steuerausscheidung kommen muss, die dem Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung standzuhalten vermag.
3.2. Praxisgemäss verwirkt ein Kanton im interkantonalen Steuerverhältnis sein Besteuerungsrecht gegenüber der steuerpflichtigen Person, wenn:
a.a) dieser Kanton die für die Steuerpflicht erheblichen Tatsachen kennt oder zumindest kennen kann,
a.b)er dessen ungeachtet mit der Erhebung des Steueranspruchs ungebührlich lange zuwartet und
a.c) aufgrund des Bezugs des ungebührlich spät geltend gemachten Anspruchs ein anderer Kanton zur Rückerstattung von Steuern verpflichtet werden müsste, die er formell korrekt, in guten Treuen und in Unkenntnis des kollidierenden Steueranspruchs bezogen hat (<ref-ruling> E. 3.3.4 S. 279 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 33 ff. ).
Das Institut der Verwirkung des Besteuerungsrechts eines Kantons dient mithin dem Schutz des oder der anderen Kantone (siehe schon <ref-ruling> E. 4 S. 475 ff.). Deshalb kann die Verwirkung auch nur durch den anderen Kanton und nicht durch die steuerpflichtige Person geltend gemacht werden (Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 3.1 mit Hinweisen, in: StR 67/2012 S. 828).
3.3. Zur zeitlichen Komponente ("ungebührlich lange zuwartet") unter der heute herrschenden Postnumerandobesteuerung mit einjähriger Gegenwartsbemessung periodischer Steuern (vgl. Art. 41 i.V.m. Art. 208 ff. des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] bzw. Art. 16 i.V.m. Art. 62 ff. des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]) hat sich das Bundesgericht bereits einlässlich geäussert. Es erkannte, das Besteuerungsrecht des (säumigen) Kantons hinsichtlich seiner periodischen Steuern verwirke am Ende des Jahres, das der Veranlagungsperiode folgt (BGE <ref-ruling> E. 3.3, insb. S. 35: "... dans l'année qui suit la période de taxation - et non plus dans l'année qui suit la période fiscale"). Dies bedeutet Folgendes: Fallen die Steuerperiode und damit auch die Bemessungsperiode auf das Jahr "n", erstreckt sich die Veranlagungsperiode über das Jahr "n+1" und verwirkt das Besteuerungsrecht des untätigen Kantons damit am Ende des Jahres "n+2". Dabei blieb es in der genannten Konstellation, selbst wenn die Veranlagungsverfügung für das Jahr "n" hierauf (erst) im Jahr "n+4" erging ("Il est sans importance à cet égard que la procédure de taxation n'ait pas été terminée du moment qu'elle a suivi son cours et que le canton de [X] connaissait les prétentions ... [du canton de Y]"; BGE <ref-ruling> E. 3.4 S. 35).
Von der doppelbesteuerungsrechtlichen Verwirkung ( péremption) des Besteuerungsrechts des Kantons ist die harmonisierungsrechtliche Verjährung ( prescription ) des Veranlagungsrechts zu unterscheiden. Nach den üblichen Regeln ist zur Wahrung des Rechts auf Vornahme der Veranlagung erforderlich, dass die Verfügung vor Ablauf der relativen fünfjährigen Verjährungsfrist ergeht (Art. 47 Abs. 1 StHG für die kantonalen und kommunalen Steuern, <ref-law> für die direkte Bundessteuer ). Zur Unterbrechung des Laufs der Veranlagungsverjährung genügt die schriftliche Mitteilung der Steuerbehörde, worin diese die spätere Veranlagung der periodischen Steuer in Aussicht stellt und womit sie einstweilen lediglich beabsichtigt, den Lauf der Verjährung zu unterbrechen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4.3 S. 282; <ref-ruling> E. 2 S. 2 ff.; vgl. <ref-ruling> zur Vollstreckung verjährter periodischer Steueransprüche).
3.4. Dieselben Formerfordernisse gelten sinngemäss auch im Doppelbesteuerungsrecht. So ist es hinsichtlich der Form der "Erhebung" des Steueranspruchs nach der neueren Praxis des Bundesgerichts ausreichend, wenn die Steuerbehörde [positiv] das Veranlagungsverfahren innerhalb der (Verwirkungs-) Frist einleitet (<ref-ruling> E. 3.3.4 S. 279 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 32; <ref-ruling> E. 2c S. 266; Urteile 2C_396/2011 vom 26. April 2012 E. 3.1.1, in: StE 2012 A 24.1 Nr. 7; 2C_619/2010 vom 22. November 2011 E. 4.2, in: StR 66/2011 S. 419 und Locher/Locher, a.a.O., § 2, IVD, Nr. 44) und zudem hernach [negativ] den Abschluss der Veranlagungstätigkeit nicht ungebührlich lange verzögert, es sei denn, die Steuerbehörde vermöge sich hierzu auf hinreichende Gründe zu stützen. Auch das jüngst ergangene Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 3.1 ist nicht anders zu verstehen, wenngleich dort die Veranlagungsverfügung schon im Jahr "n+2" ergangen war.
Eingeleitet wird die Veranlagung periodischer Steuern mit der ersten, nach aussen wirksamen, d. h. in der Regel schriftlichen Handlung der Steuerbehörde, die auf die Veranlagung der steuerpflichtigen Person gerichtet ist. Zumeist besteht diese Einleitungshandlung in der Zustellung des Steuererklärungsformulars (<ref-ruling> E. 1 S. 90). Fristwahrend wirken etwa auch die Mahnung zur Einreichung einer Steuererklärung, die Ankündigung und Vornahme einer Buchprüfung, die Eröffnung der definitiven oder bloss provisorischen Steuerveranlagung, die Aufforderung oder Mahnung zur Zahlung usw. (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 3; Urteile 2C_426/2008 vom 18. Februar 2009 E. 6.6.2, in: ASA 79 S. 608 [zur Mehrwertsteuer]; 2A.25/2006 vom 9. Juni 2006 E. 2; 2A.227/1996 vom 26. September 1997 E. 3a; 2A.240/1994 vom 23. Dezember 1994 E. 1). Auch die Zustellung einer provisorischen Steuerrechnung aufgrund der Steuererklärung stellt eine solche Einforderungshandlung dar (BGE 75 I 174 E. 3 S. 178).
Die frühere Praxis, die noch innerhalb der Verwirkungsfrist den Erlass eines anfechtbaren Entscheides verlangte, handle es sich um einen Leistungs- (Veranlagungsverfügung) oder einen Feststellungsentscheid (Domizilverfügung), ist insoweit überholt (so namentlich noch <ref-ruling> E. 4b S. 477 mit Hinweisen und etwa das Urteil 2P.153/2000 vom 16. Mai 2001 E. 3b, in: RDAF 2001 II 521 und StR 56/2001 S. 813; vgl. Michael Beusch, in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Peter Mäusli-Allenspach (Hrsg.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band III/1, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 42 N. 4; ders., Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 273; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4. Aufl., 2012, § 20 N. 16; Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, 2005, N. 950; Ernst Höhn/Peter Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl., 2000, S. 573; Arnold Schlumpf, Bundesgerichtspraxis zum Doppelbesteuerungs-Verbot, 3. Aufl., 1963 [neu bearbeitet von Karl Dürr, inkl. Nachtrag 1969], S. 315 f.)
Dementsprechend hat ein Kanton seinen Anspruch auf periodische Steuern im interkantonalen Verhältnis bis spätestens zum Ende des Jahrs "n+2" gegenüber der steuerpflichtigen Person schriftlich und unmissverständlich anzumelden. Eine anfechtbare Verfügung ist für die Wahrung der doppelbesteuerungsrechtlichen Verwirkungsfrist entbehrlich (gl. M. Martin Arnold, Der steuerrechtliche Wohnsitz natürlicher Personen im interkantonalen Verhältnis, in: ASA 68 S. 449 ff., insb. 488, und Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl., 2009, S. 163). Sie spielt nach dem Gesagten eine Rolle, soweit es um die Wahrung der harmonisierungsrechtlichen Verjährungsfrist geht, welche allerdings unterbrochen werden kann.
3.5. lm vorliegenden Fall liess die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) dem Steuerpflichtigen die Steuererklärung für die Steuerperiode 2006 zu Beginn des Jahres 2007 ("n+1") zukommen. Dies geschah aufgrund des in diesem Kanton gelegenen Grundeigentums. In der Folge deklarierte der Steuerpflichtige erstmals ein Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit. Die Veranlagungsverfügung des Kantons Basel-Landschaft erging dann zwar erst im Jahr "n+4", nämlich am 21. Januar 2010. Damit wahrte der Kanton Basel-Landschaft freilich sein Besteuerungsrecht sowohl doppelbesteuerungs- (keine Verwirkung) als auch harmonisierungsrechtlich (keine Verjährung). Er hat seinen Anspruch auf die periodischen Steuern des Jahres 2006 rechtzeitig und formgültig im Sinne der geschilderten Praxis kundgetan. Ob er dies mit Blick auf das Grundeigentum oder auch den Geschäftsbetrieb tat, ist von keiner Bedeutung. Es liegt im Wesen der gemischten Veranlagung (<ref-law>) begründet, dass die Steuerbehörde bei Einleitung der Veranlagung noch nicht umfassend darüber Bescheid weiss, welche Einkommensquellen die steuerpflichtige Person im betreffenden Jahr hatte und welche Vermögenswerte ihr zur Verfügung standen. Dementsprechend ist dem Kanton Basel-Landschaft auch nicht vorzuwerfen, er sei beim Versand der Steuererklärung zu Unrecht davon ausgegangen, dass (lediglich) ein Nebensteuerdomizil zufolge des Liegenschaftsorts bestehe. Wenn die Vorinstanz in für das Bundesgericht verbindlicher Weise zudem festhält, die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft habe in der Folge eine Buchprüfung vorgenommen und dabei die Aktivitäten von Einzelunternehmung und Aktiengesellschaft untersucht, stellt dies eine weitere fristwahrende Tätigkeit dar.
Entgegen der Sichtweise des Kantons Obwalden lässt sich auch nicht sagen, der Kanton Basel-Landschaft habe (nach Anhebung der Veranlagungsarbeiten) mit dem Abschluss der Veranlagung ungebührlich lange zugewartet. Gegenteils ist darauf hinzuweisen, dass der Kanton Obwalden zum einen durchaus um die selbständige Erwerbstätigkeit wusste. So nahm die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden die Veranlagung 2006 unter Einbezug aller deklarierten Steuerfaktoren vor, ausser jenen, die im Zusammenhang mit der ausserkantonalen Liegenschaft stehen. Zum andern liess auch er sich mit der Veranlagung verhältnismässig viel Zeit, erging die Veranlagungsverfügung des Kantons Obwalden doch erst am 31. Juli 2009 ("n+3").
3.6. Damit ist die Verwirkungseinrede des Kantons Obwalden hinsichtlich der im Kanton Basel-Landschaft ausgeübten selbständigen Erwerbstätigkeit insoweit unbegründet. Gleichwohl ist nicht zu übersehen, dass die Koordination zwischen den beiden Kantonen nicht restlos geglückt ist, zumal sich die beiden Kantone in ihren Vernehmlassungen gegenseitig eine übermässig lange Verfahrensdauer vorwerfen. Der Kanton Obwalden bemängelt überdies, der Kanton Basel-Landschaft habe es unterlassen, ihm gegenüber einen Steueranspruch geltend zu machen. Gestützt auf Art. 39 Abs. 2 und Art. 74 StHG legt Art. 2 Abs. 3 der Verordnung vom 9. März 2001 über die Anwendung des Steuerharmonisierungsgesetzes im interkantonalen Verhältnis (SR 642.141) fest, die Steuerbehörde des Wohnsitz- oder des Sitzkantons habe den Steuerbehörden der anderen Kantone ihre Steuerveranlagung einschliesslich der interkantonalen Steuerausscheidung und allfälliger Abweichungen gegenüber der Steuererklärung kostenlos mitzuteilen (vgl. zur interkantonalen Sitzverlegung einer juristischen Person Urteil 2P.212/2004 vom 23. November 2004 E. 3.2, in: StR 60/2005 S. 113 und RtiD 2005 I 689 [Zusammenfassung]).
Aufgrund dieser Meldepflicht kommt dem Hauptsteuerdomizil "faktisch eine Führungsrolle" zu ( Martin Zweifel, in: Martin Zweifel/ Peter Athanas (Hrsg.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, StHG, 2. Aufl., 2002, N. 29 zu Art. 39 StHG). Im heutigen, von elektronischer Datenverarbeitung und ebensolchen Kommunikationsmitteln geprägten Veranlagungsumfeld ist es gerade in einem Fall der ausserkantonalen selbständigen Erwerbstätigkeit angezeigt, schon vor Erlass der Veranlagungsverfügung den Kontakt zu suchen. Veranlagt der Kanton des Nebensteuerdomizils, noch ehe das Hauptsteuerdomizil seine Veranlagungsverfügung erlassen hat, kann er dies praxisgemäss lediglich auf provisorischer Basis tun (vgl. zum Recht der direkten Bundessteuer <ref-law>), ansonsten bei abweichender Veranlagung des Hauptsteuerdomizils die Möglichkeit der Nachsteuererhebung entfällt (Urteil 2A.585/2005 vom 8. Mai 2006 E. 3.4.2, in: StE 2007 B 97.41 Nr. 19).
Dass der Kanton Basel-Landschaft die Veranlagung des Kantons Obwalden abwartete, ist auch unter diesem Gesichtspunkt nicht zu beanstanden. Hinzu kommt, dass der im Kanton Obwalden ansässige Steuerpflichtige Alleinaktionär, einziges Mitglied des Verwaltungsrats und Arbeitnehmer einer Aktiengesellschaft mit Sitz im Kanton Basel-Landschaft ist, wie die Vorinstanz in für das Bundesgericht verbindlicher Weise feststellte. Gesellschafter und Gesellschaft sind, anders als bei ausserkantonaler selbständiger Erwerbstätigkeit, zwei verschiedene Steuersubjekte (Urteile 2A.775/2006 vom 18. Juni 2007 E. 1.2; 2A.466/2006 vom 16. Januar 2007 E. 2.2). Allein dies erfordert einen amtshilfeweisen Datenaustausch und legt es dem Grundsatz nach nahe, dass der Kanton der Ansässigkeit des Aktionärs (hier: Obwalden) die Veranlagungsarbeiten des Kantons der Ansässigkeit der Aktiengesellschaft abwartet oder zumindest im Auge behält. Dies alles erfordert einen intensiven Austausch der beiden Steuerverwaltungen. Ihnen kommt wechselseitig die Quasi-Funktion einer Leitbehörde zu. Vor dem Hintergrund einer interkantonalen Struktur, wie sie der Steuerpflichtige gewählt hat, ist die Verwirkung des Besteuerungsrechts eines Kantons damit nicht leichthin anzunehmen.
4.
4.1. In der Sache selbst bringt der Kanton Obwalden in seiner Vernehmlassung sinngemäss vor, das angebliche Einkommen des Steuerpflichtigen aus selbständiger Erwerbstätigkeit beruhe auf einer konkurrenzierenden Tätigkeit der Einzelunternehmung ( B._ ) zum Nachteil der A._ AG. Tatsächlich liege eine geldwerte Leistung vor, die dem Hauptsteuerdomizil des Steuerpflichtigen (in seiner Eigenschaft als Aktionär) zuzuweisen sei. Die Tätigkeitsbereiche von Einzelunternehmung und Aktiengesellschaft seien faktisch identisch. Als Arbeitnehmer verletze der Steuerpflichtige seine Treuepflicht gegenüber dem Arbeitgeber ( A._ AG ), was steuerrechtlich als Verstoss gegen das Prinzip des "dealing at arm's length", also den Drittvergleich, zu würdigen sei. Die Einzelunternehmung könne sich lediglich über drei Kunden ausweisen, wovon einer die Aktiengesellschaft sei. Damit handle es sich nicht um Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit, sondern um Ertrag aus beweglichem Vermögen (Beteiligungsertrag). Der Kanton Obwalden beruft sich dabei auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (namentlich das Urteil 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2, in: StR 64/2009 S. 915 und StE 2010 B 72.13.22 Nr. 52).
Der Kanton Basel-Landschaft war im angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 25. April 2012 davon ausgegangen, es liege keine konkurrenzierende Tätigkeit des Steuerpflichtigen vor, wenngleich die Akten diesen "Anschein" erwecken könnten. Die Buchprüfung der Steuerverwaltung habe indessen deutlich gemacht, dass eine sachliche Abgrenzung der Geschäftstätigkeit der beiden Unternehmungen vorliege. So würden Dienstleistungen über die Einzelunternehmung, Materiallieferungen hingegen über die Aktiengesellschaft abgewickelt. Die beiden Unternehmen verfügten zudem über unterschiedliche Kundenstämme und Geschäftsmodelle. Die Steuerausscheidung des Kantons Obwalden für die Jahre 2006 und 2007 zeige auf, dass auch er das fragliche Einkommen als solches aus selbständiger Erwerbstätigkeit qualifiziere.
4.2. Bei der Beurteilung des steuerrechtlichen Verhältnisses zwischen dem Aktionär und seiner Aktiengesellschaft ist praxisgemäss vom Grundsatz der Gestaltungsfreiheit der steuerpflichtigen Person auszugehen. Soweit die Schranken der Gestaltungsfreiheit, bei deren Erreichen die Steuerbehörde zwingend einzuschreiten hat, gewahrt ist, bleibt es der Steuerbehörde verwehrt, ihr eigenes Ermessen an die Stelle jenes der verantwortlichen Organe zu setzen. Dementsprechend darf auch das Gericht nur mit Zurückhaltung in den erheblichen Ermessensspielraum eingreifen, der dem Unternehmen zukommt (Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.2.3, in: StR 67/2012 S. 127; ferner etwa Urteile 2C_30/2010 vom 19. Mai 2010 E. 2.2, in: RDAF 2011 II 53; 2C_421/2009 vom 11. Januar 2010 E. 3.1 und 2A.71/2004 vom 4. Februar 2005 E. 2, in: StE 2005 B 72.13.22 Nr. 44, wo es jeweils um die Höhe des Lohnes ging, welchen der für die AG arbeitstätige Anteilseigner beanspruchte).
4.3. In Bezug auf die geldwerten Leistungen, welche die Aktiengesellschaft ihrem Aktionär oder einer ihm nahestehenden Person erbringt, kennt die Praxis einen Grundtatbestand. Dieser ist erfüllt, wenn: (a) Die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahestehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erlangt, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugestanden worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (<ref-ruling> E. 5.1 S. 607; Urteile 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.2.1, in: StR 67/2012 S. 127; 2C_188/2008 vom 19. August 2008 E. 5.2, in: RDAF 2008 II 216; 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I 946, je mit Hinweisen).
Darüberhinaus besteht praxisgemäss ein Sondertatbestand der geldwerten Leistung. Dieser setzt bei der in einer Aktiengesellschaft herrschenden Treuepflicht für Angestellte (<ref-law>), Prokuristen und Handlungsbevollmächtigte (<ref-law>) sowie Mitglieder des Verwaltungsrates (<ref-law>) an. Wenn die Aktiengesellschaft Personen aus diesem Kreis erlaubt, Geschäfte zu tätigen, die "ihrer Natur nach" der Aktiengesellschaft zukommen, hat sie von ihnen die Gewinne daraus herauszuverlangen. Sieht sie davon ab, erbringt sie ihnen eine geldwerte Leistung, sofern der Grund dafür im Beteiligungsverhältnis liegt. Eine beteiligungsrechtliche Motivation ist gemäss ständiger Praxis des Bundesgerichts insbesondere bei einem geschäftsführenden Allein- oder Hauptaktionär anzunehmen, der einzelne, in den Geschäftsbereich der Gesellschaft fallende Geschäfte auf eigene Rechnung abschliesst. Macht er dies, kann nicht angenommen werden, die Gesellschaft würde eine derartige, zu einem Ertragsverzicht führende Tätigkeit auch einem an der AG unbeteiligten Angestellten gestatten (Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.2.2 mit zahlreichen Hinweisen, in: StR 67/2012 S. 127).
4.4. Zu prüfen ist mithin, ob im konkreten Fall ein Konkurrenzverhältnis vorliegt. Steht das Rechtsgeschäft "seiner Natur nach" der Gesellschaft zu, gebietet die aktienrechtliche Treuepflicht, dass das Rechtsgeschäft nicht über eine Drittpartei abgewickelt wird. Allgemein gültige Grenzlinien lassen sich indessen nur schwerlich ziehen. Die Vorinstanz hat in für das Bundesgericht verbindlicher Weise festgestellt (<ref-law>), der Steuerpflichtige sei Alleinaktionär der A._ AG und einziges Mitglied des Verwaltungsrates. Er verfüge über Einzelunterschrift und stehe zudem in einem Arbeitsverhältnis zu seiner Gesellschaft. Die B._ sei seit dem Geschäftsjahr 2006 aktiv tätig. Während die Aktiengesellschaft Materiallieferungen tätige, befasse sich die Einzelunternehmung mit dem Erbringen von Dienstleistungen, und zwar an drei Kunden. Die Kundenstämme und die Geschäftsmodelle der beiden Unternehmungen seien nicht deckungsgleich.
4.5. Kommt die Vorinstanz vor dem Hintergrund der willkürfrei erhobenen tatsächlichen Umstände zum Ergebnis, es fehle an einem Konkurrenzverhältnis, und verwirft sie mithin den (Sonder-) Tatbestand der geldwerten Leistung, geschieht dies in bundesrechtskonformer Weise. Dreh- und Angelpunkt der Konkurrenzsituation im hier massgebenden Sinne ist, dass der Angestellte, Prokurist, Handlungsbevollmächtigte oder Verwaltungsrat Geschäfte besorgt, die ausschliesslich in seinem eigenen Interesse liegen, weswegen die Aktiengesellschaft geschädigt wird. Abgesehen davon, dass allein die Anzahl der Kunden keinen zwingenden Rückschluss auf ein konkurrenzierendes Verhalten zulässt, begründet der Kanton Obwalden seine Sichtweise in erster Linie damit, dass die "Dienstleistungen der beiden Gesellschaften ... faktisch identisch" seien. Dies findet allerdings in den vorinstanzlichen Feststellungen keine Stütze: Gegenteils hat die Buchprüfung der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft aufgezeigt, wie die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festhält, dass die Tätigkeit im einen Fall im Handel mit Waren (Aktiengesellschaft), im andern Fall aber im Erbringen von Dienstleistungen liege (Einzelunternehmung). Die Abgrenzung erfolgt damit nach sachlichen Kriterien, was es bundesrechtlich verbietet, kurzerhand von identischen Geschäftsfeldern auszugehen. Verweist der Kanton Obwalden weiter auf das Datum der Kontoeröffnung, auf den Einkauf von Fremdleistungen durch die A._ AG und vermutet er, die Kunden der Aktiengesellschaft hätten von den "organisatorischen Veränderungen" nichts bemerkt, vermag er auch hiermit nicht aufzuzeigen, inwiefern der Steuerpflichtige Geschäfte besorgte, die "ihrer Natur nach" seiner Aktiengesellschaft zustünden.
4.6. Umso mehr ist mit Blick auf die Feststellungen der Vorinstanz, wonach die Einzelunternehmung seit 2006 aktiv sei, über drei Kunden verfüge und im Einfamilienhaus untergebracht sei, welches der Steuerpflichtige im Kanton Basel-Landschaft besitzt, von einem Geschäftsbetrieb im Sinne von Art. 4 Abs. 1 StHG (bzw. <ref-law>) auszugehen. Ein solcher setzt doppelbesteuerungs- und harmonisierungsrechtlich ständige Anlagen und Einrichtungen zum Ausüben einer selbständigen Erwerbstätigkeit voraus (Urteile 2C_396/ 2011 vom 26. April 2012 E. 2.2, in: StE 2012 A 24.1 Nr. 7; 2A.119/2007 vom 13. August 2007 E. 3.1, in: RDAF 2008 II 356 und StE 2008 A 32 Nr. 12; Oberson, a.a.O., § 6 N. 16; de Vries Reilingh, a.a.O. N. 291; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl., 2009, N. 10 zu <ref-law>; MAJA BAUER-BALMELLI/PHILIP ROBINSON, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, DBG, 2. Aufl., 2008, N. 4 zu <ref-law>; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 5 <ref-law>).
4.7. Damit führt die vom Steuerpflichtigen gewählte Doppelstruktur (Aktiengesellschaft und Einzelunternehmung) steuerlich zu keiner vom Handelsrecht abweichenden Beurteilung. Für doppelbesteuerungsrechtliche Zwecke ist massgebend, dass der Steuerpflichtige im Kanton Basel-Landschaft Grundeigentum hält; zudem ist er Inhaber eines dort ansässigen Geschäftsbetriebs. Harmonisierungsrechtlich ist er dem Kanton Basel-Landschaft aufgrund dieser beiden Anknüpfungspunkte wirtschaftlich zugehörig und demzufolge dort beschränkt steuerpflichtig (§ 6 Abs. 1 lit. a und d sowie Abs. 3 des Gesetzes [des Kantons Basel-Landschaft] vom 7. Februar 1974 über die Staats- und Gemeindesteuern [StG/BL; SGS 331] in der bis Ende 2007 geltenden Fassung). Doppelbesteuerungsrechtlich kann es sich nicht anders verhalten: Das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit, das in einer Geschäftsniederlassung mit ständigen Einrichtungen erzielt wird, und das dieser Tätigkeit dienende bewegliche Vermögen sind nach der Rechtsprechung zu <ref-law> ebenso am Ort des Geschäftsbetriebs zu versteuern ( Urteile 2C_396/ 2011 vom 26. April 2012 E. 2.2, in: StE 2012 A 24.1 Nr. 7; 2C_23/2009 vom 25. Mai 2009 E. 21, in: RDAF 2009 II 434; 2C_667/2008 vom 4. März 2009 E. 2.2; <ref-ruling> E. 2b S. 261).
4.8. Der Kanton Obwalden überschreitet seine Steuerhoheit, wenn er die im Zusammenhang mit dem ausserkantonalen Geschäftsbetrieb stehenden Steuerfaktoren erfasst. Diese hat er von seiner eigenen Besteuerung auszunehmen, mithin zu befreien. Vorbehalten bleibt eine Berücksichtigung für die Festsetzung des anwendbaren Steuersatzes (Art. 8 Abs. 1 des Steuergesetzes [des Kantons Obwalden] vom 30. Oktober 1994 [StG/OW; GDB 641.1] in der seit 1. Januar 2001 anwendbaren Fassung vom 21. September 2000).
5.
5.1. Damit ist die Beschwerde gegenüber dem Kanton Obwalden begründet und gutzuheissen. D ie Veranlagungsverfügung des Kantons Obwalden vom 31. Juli 2009 ist aufzuheben und die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden zurückgewiesen. Der Kanton Obwalden ist anzuweisen, dem Beschwerdeführer die zu viel bezahlten Steuern zurückzuerstatten.
5.2. Die Gerichtskosten im Sinne von <ref-law> werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (<ref-law>). Der Kanton Obwalden hat die Einrede der Verwirkung des Besteuerungsrechts des Kantons Basel-Landschaft erhoben und ist damit nicht durchgedrungen. Seine Veranlagungsverfügung erweist sich zudem inhaltlich als bundesrechtswidrig. Er hat die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen, zumal er mit seinen Anträgen Vermögensinteressen wahrnimmt (<ref-law>; Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 6.1, in: StR 67/2012 S. 828).
5.3. Eine Parteientschädigung an den Beschwerdeführer, der nicht anwaltlich vertreten ist, entfällt von vornherein (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 446; <ref-ruling> E. 5 S. 21 [zum OG]).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde gegen den Kanton Basel-Landschaft wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde gegen den Kanton Obwalden wird gutgeheissen, die Veranlagungsverfügung vom 31. Juli 2009 aufgehoben und die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden zurückgewiesen. Die zu viel bezahlten Steuern sind dem Beschwerdeführer zurückzuerstatten.
3.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Obwalden auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher