(Grundsatz von Treu und Glauben), hat sich ergeben:
A.- Die X._ AG ist in St. Gallen domiziliert und bezweckt den Handel mit Textilien aller Art. Am 16. Dezember 1994 liess sie - gestützt auf eine Warenverkehrsbescheinigung für den Präferenzverkehr zwischen Ungarn und der EFTA - eine Ladung Rohgewebe zollfrei in die Schweiz einführen. Dabei handelte es sich um ein Jacquard-Gewebe, das in Ungarn aus Schweizer Zwirn und slowakischer Viskose hergestellt worden war. In der Folge ersuchte die Eidgenössische Oberzolldirektion die ungarischen Zollbehörden um Nachprüfung des betreffenden Ursprungsnachweises. Am 13. Juni 1996 teilten diese mit, das gelieferte Gewebe falle nicht in den Anwendungsbereich des Abkommens vom 29. März 1993 zwischen den EFTA-Staaten und Ungarn (SR 0.632. 314.181; nachfolgend:
Freihandelsabkommen). Am 28. Oktober 1996 informierten die ungarischen Behörden die Oberzolldirektion weiter darüber, dass für den betreffenden ungarischen Lieferanten eine Vielzahl von Warenverkehrsbescheinigungen zu Unrecht ausgestellt worden sei.
Die Schweizer Zollbehörden kündigten der X._ AG daraufhin an, dass sie - mangels Anwendbarkeit des Freihandelsabkommens - für 25 aus Ungarn eingeführte Sendungen nachträglich Zoll einfordern würden. Im Anschluss an einige Korrespondenz verfügte die Kreisdirektion Schaffhausen am 26. August 1997 einen Zollnachbezug in der Höhe von Fr. 45'123. 35, was die X._ AG erfolglos bei der Oberzolldirektion anfocht (Entscheid vom 7. März 2001).
B.- Die daraufhin von der X._ AG angerufene Eidgenössische Zollrekurskommission hob den Entscheid der Oberzolldirektion am 29. August 2001 auf; sie ging davon aus, die Pflichtige habe sich auf eine unrichtige Auskunft der Zollbehörden verlassen und sei in ihrem Vertrauen in diese zu schützen.
C.- Am 28. September 2001 hat die Oberzolldirektion Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, den Entscheid der Eidgenössischen Zollrekurskommission aufzuheben und ihren eigenen Entscheid in der Sache zu bestätigen.
Mit Formularverfügung der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 1. Oktober 2001 wurde der X._ AG Gelegenheit gegeben, bis zum 31. Oktober eine Vernehmlassung einzureichen. Sie hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen. Am 14. November 2001 stellte sie dann ein Gesuch um Wiederherstellung der versäumten Vernehmlassungsfrist (Postaufgabe am 16. November, Eingang beim Bundesgericht am 19. November), weil sie infolge eines Zustellungsfehlers der Post erst jetzt Kenntnis von der Einladung zur Vernehmlassung erhalten habe. Mit Schreiben vom 20. November 2001 erkundigte sich der Instruktionsrichter bei der Hauptpost St. Gallen nach dem Vorfall und wies gleichzeitig die X._ AG darauf hin, dass sie ihre Beschwerdeantwort gemäss Art 35 Abs. 1 OG binnen zehn Tagen seit dem Wegfall des behaupteten Hindernisses bzw. seit dem nachträglichen Erhalt der Vernehmlassungsaufforderung einzureichen habe; die Beschwerdegegnerin hat sich in der Folge nicht vernehmen lassen.
Die Eidgenössische Zollrekurskommission hat auf Stellungnahme verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Entscheid der Rekurskommission stützt sich auf öffentliches Bundesrecht und unterliegt, da die Voraussetzungen gemäss Art. 97 ff. OG erfüllt sind - und insbesondere keine Ausnahme nach Art. 100 Abs. 1 lit. h OG gegeben ist - der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
b) Das Eidgenössische Finanzdepartement steht der Zollverwaltung vor (Art. 129 Abs. 1 des Zollgesetzes vom 1. Oktober 1925 [ZG; SR 631. 0]) und ist mithin für Zollstreitigkeiten ohne weiteres zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht legitimiert (vgl. Art. 103 lit. b OG). Art. 5 in Verbindung mit Art. 19 der Organisationsverordnung vom 11. Dezember 2000 für das Eidgenössische Finanzdepartement (OV-EFD; SR 172. 215.1) delegiert diese Beschwerdebefugnis an die Eidgenössische Zollverwaltung.
Nachdem deren Leitung der Oberzolldirektion obliegt (<ref-law>), ist diese vorliegend zur Anfechtung des Entscheids der Zollrekurskommission legitimiert.
c) Im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann ein Verstoss gegen Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und lit. b OG).
An die Sachverhaltsfeststellung des angefochtenen Entscheids ist das Bundesgericht allerdings dann gebunden, wenn es sich - wie im vorliegenden Fall - bei der Vorinstanz um eine richterliche Behörde handelt; vorbehalten bleibt, dass der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Das erwähnte Freihandelsabkommen sieht vor, dass die EFTA-Staaten grundsätzlich alle Einfuhrzölle auf Ursprungserzeugnissen aus Ungarn beseitigen (Art. 4 Ziff. 2 lit. a; die Ausnahmen werden im Anhang zum Abkommen aufgeführt).
Der Begriff des Ursprungs und die Form des Ursprungsnachweises sind im "Protokoll B über die Bestimmung des Begriffs 'Erzeugnisse mit Ursprung in' oder 'Ursprungserzeugnisse' und über die Methoden der Zusammenarbeit der Verwaltungen" (SR 0.632. 314.181. 1; nachfolgend: Protokoll) geregelt.
a) Art. 1 Abs. 1 lit. a (der vorliegend anwendbaren, bis zum 1. Juli 1997 gültigen [unveröffentlichten] Fassung) des Protokolls bestimmt, dass als Erzeugnis mit Ursprung in einem Vertragsstaat gilt, was vollständig in diesem erzeugt worden ist. Art. 4 lit. j des Protokolls verlangt diesbezüglich weiter, dass für die Herstellung nur Materialien verwendet werden, die aus dem Vertragsstaat stammen; in Art. 4 lit. a - lit. i sind die entsprechenden Regeln für die einzelnen Warengattungen näher umschrieben.
Weiter können Produkte als Ursprungserzeugnis eines Vertragsstaates gelten, die aus Vormaterialien bestehen, die nicht vollständig im fraglichen Staat erzeugt worden sind, sofern eine der folgenden Bedingungen gemäss Art. 1 Abs. 1 lit. b des Protokolls erfüllt ist: Die ausländischen Materialien wurden in einem Vertragsstaat ausreichend (im Sinn von Art. 5 des Protokolls) be- oder verarbeitet (Ziff. I), oder sie sind nach den Regeln des Protokolls Ursprungserzeugnisse eines anderen Vertragsstaates (Ziff. II) oder sie sind Ursprungserzeugnisse der Slowakei, Tschechiens oder Polens; Letzteres beurteilt sich nach den Freihandelsabkommen, welche die EFTA mit den fraglichen Staaten geschlossen hat, wobei die anwendbaren Regeln nicht von jenen des vorliegenden Protokolls abweichen dürfen (Ziff. III).
Für in Ungarn hergestellte Produkte ist Art. 1 Abs. 1 lit. b Ziff. III jedoch nur anwendbar, soweit die für die Durchführung dieser Bestimmungen notwendige Zusammenarbeit zwischen den Verwaltungen Ungarns, der Slowakei, Tschechiens und Polens geregelt worden ist (Art. 1 Abs. 2 des Protokolls).
Dadurch soll die Nachprüfung von Ursprungsnachweisen auch im Verhältnis zu den letztgenannten Staaten sichergestellt werden.
b) Der Ursprung einer Ware ist primär mittels einer "Warenverkehrsbescheinigung EUR. 1" nachzuweisen; auf Vorlage einer solchen gewähren die Zollbehörden des Einfuhrstaates die Vorzugsbehandlung gemäss Freihandelsabkommen (Art. 8 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit Art. 9 Abs. 4 und Art. 10 Abs. 2 des Protokolls). Die Warenverkehrsbescheinigung wird von den Zollbehörden des Ausfuhrstaates auf schriftlichen Antrag des Exportierenden ausgestellt, wenn ein Ursprungserzeugnis im Sinne des Protokolls vorliegt (Art. 9 Abs. 1 und Abs. 2 sowie Art. 10 Abs. 1 des Protokolls). Bei der Überprüfung der Echtheit und Richtigkeit der Bescheinigungen leisten sich die Zollverwaltungen der Vertragsstaaten gegenseitig Amtshilfe (Art. 17 Abs. 1 des Protokolls). Insbesondere können die Zollbehörden des Einfuhrstaates bei jenen des Ausfuhrstaates eine nachträgliche Prüfung der Warenverkehrsbescheinigung verlangen, wenn sie begründete Zweifel an der Echtheit des Dokuments oder an der Richtigkeit der Ursprungsangaben der Waren haben (Art. 18 Abs. 1 des Protokolls).
Die Ergebnisse dieser Prüfung sind für die Behörden des Einfuhrstaates verbindlich (vgl. <ref-ruling> E. 1d S. 172).
3.- a) Das eingeführte Gewebe wurde aus schweizerischem und slowakischem Garn gefertigt. Deshalb ist nach Art. 1 Abs. 1 lit. b des Protokolls zu beurteilen, ob es sich um ein Erzeugnis ungarischen Ursprungs handelt; die ungarischen Zollbehörden haben dies - für die Schweizer Behörden verbindlich - verneint: Das Gewebe sei kein Erzeugnis im Sinne von Ziff. I, weil die slowakische Viskose nicht Art. 5 Abs. 3 des Protokolls entsprechend verarbeitet worden sei, und Ziff. III finde keine Anwendung, weil im Zeitpunkt der Ausfuhr zwischen Ungarn und der Slowakei kein Abkommen über die administrative Zusammenarbeit nach Art. 1 Abs. 2 des Protokolls bestanden habe. Gestützt hierauf hat Ungarn die streitigen Warenverkehrsbescheinigungen für ungültig erklärt.
Mithin bleibt für die Schweizer Behörden kein Raum, das Freihandelsabkommen anzuwenden. Die Vorinstanz hat die Einfuhr dennoch für zollfrei erklärt: Sie ging davon aus, dass die Beschwerdegegnerin auf eine inhaltlich falsche (schriftliche) "Richtlinie" der Oberzolldirektion habe vertrauen dürfen, nachdem diese dem schweizerischen Textilverband zugestellt worden sei und konkrete Antworten auf die sich hier stellenden spezifischen Fragen enthalte. Nach den gegebenen Umständen sei die falsche schriftliche Auskunft, welche zudem gegenüber dem Präsidenten des Schweizerischen Textilverbands noch mündlich bestätigt worden sei, genügend individuell gefasst gewesen, um eine Vertrauensgrundlage zu schaffen.
b) Nach dem aus Art. 4 aBV abgeleiteten, heute in <ref-law> ausdrücklich verankerten Grundsatz von Treu und Glauben kann eine (selbst unrichtige) Auskunft, welche eine Behörde dem Bürger erteilt, unter gewissen Umständen Rechtswirkungen entfalten. Voraussetzung dafür ist, dass sich die Auskunft der Behörde auf eine konkrete, den betreffenden Bürger berührende Angelegenheit bezieht, dass die Amtsstelle, welche die Auskunft gegeben hat, hiefür zuständig war oder der Bürger sie aus zureichenden Gründen als zuständig betrachten durfte, dass der Bürger die Unrichtigkeit der Auskunft nicht ohne weiteres hat erkennen können, dass er im Vertrauen hierauf nicht ohne Nachteil rückgängig zu machende Dispositionen getroffen hat und dass die Rechtslage zur Zeit der Verwirklichung des Tatbestandes noch die gleiche ist wie im Zeitpunkt der Auskunftserteilung (<ref-ruling> E. 2c S. 479, mit Hinweis).
c) Der angefochtene Entscheid wirft im Hinblick auf die dargestellten Grundsätze verschiedene Fragen auf: Zum einen ist zweifelhaft, ob überhaupt eine behördliche Auskunft vorliegt. Bei der angesprochenen "Richtlinie" ("die Ursprungsregeln und ihre Anwendung im textilen Bereich") handelt es sich offenbar lediglich um die schriftliche Zusammenfassung eines Referats, das Pius Tröndle als Ursprungsexperte der Oberzolldirektion am 10. März 1994 an einer Tagung des Schweizerischen Textilverbands gehalten hat. Die Vorinstanz hat sich nicht mit der Frage auseinandergesetzt, inwieweit Ausführungen, welche ein Beamter im Rahmen eines solchen Referats macht, als verbindliche Äusserung der Behörde gelten können, für welche er tätig ist. Zum anderen ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin nie die konkrete Zusicherung erhalten hat, Waren, die in Ungarn aus schweizerischen und slowakischen Rohstoffen gefertigt werden, zollfrei in die Schweiz einführen zu können. Im Dokument, auf welches sich die Beschwerdegegnerin berufen hat, wird einzig abstrakt erörtert, inwiefern die Präferenzbehandlung für Produkte aus Vertragsstaaten mit Erzeugnissen anderen Ursprungs "kumuliert" werden kann. Mithin ist ungeachtet des Umstands, dass unter gewissen besonderen Umständen auch andere als individuell-konkrete Äusserungen der Verwaltung eine Vertrauenssituation begründen können (vgl.
BGE 101 Ia 116 E. 2b S. 120 ff., mit Hinweisen; Beatrice Weber-Dürler, Vertrauensschutz im öffentlichen Recht, Basel 1983, S. 89 u. S. 250 ff.), fraglich, ob tatsächlich, wie es die Vorinstanz annimmt, eine genügend konkrete und individualisierte Auskunft vorliegt. Weiter hat sich die Vorinstanz nicht mit der Tatsache auseinandergesetzt, dass die Beschwerdegegnerin einen nicht unwesentlichen Teil der nachträglich mit Zoll belegten Waren aus Ungarn importiert hat, bevor Pius Tröndle am 10. März 1994 die vorliegend streitigen Äusserungen gemacht hat. Zumindest die betreffenden Importe stellen mit Sicherheit keine Dispositionen dar, welche die Beschwerdegegnerin gestützt auf eine behördliche Zusicherung getroffen hat. Unter diesen Umständen fragt sich aber auch, inwieweit die restlichen Lieferungen durch die streitigen Äusserungen veranlasst worden sind.
d) Letztlich können die oben aufgeworfenen Fragen jedoch offen bleiben. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz ergibt sich aus dem fraglichen Text nämlich nicht (fälschlicherweise), dass das Freihandelsabkommen zwischen der EFTA und Ungarn auch auf ungarische Produkte Anwendung findet, zu deren Herstellung slowakische Materialien verwendet worden sind:
aa) Unter dem Titel "Zusätzliche Kumulationsmöglichkeiten" (Ziff. 4.51; Seite 18 unten) wird vielmehr ausdrücklich darauf hingewiesen, dass eine "Kumulation" von Produkten aus Vertragsstaaten und solchen anderer Herkunft, soweit in den Freihandelsabkommen vorgesehen, den Abschluss eines Abkommens über die administrative Zusammenarbeit zwischen den betreffenden Staaten voraussetzt. Daraus war für die Beschwerdegegnerin ersichtlich, dass in Ungarn (abgesehen vom Tatbestand einer ausreichenden Weiterverarbeitung; vgl. E. 2a) aus slowakischen Materialien nur dann ein ungarisches Ursprungserzeugnis hergestellt werden kann, wenn die beiden Staaten ein Abkommen über die Zusammenarbeit gemäss Art. 1 Abs. 2 des Protokolls geschlossen haben. Angesichts dieses Hinweises lässt sich die anschliessende Darstellung der "Kumulationsmöglichkeiten" (Seite 19 oben) nicht missverstehen:
Es handelt sich um eine generelle Aufzählung jener Staaten, deren Produkte nach dem jeweiligen Freihandelsabkommen mit Ursprungserzeugnissen aus Vertragsstaaten kombiniert werden können, ohne dass diese der ihnen zustehenden Präferenzbehandlung verlustig gehen. Dabei ist klar, dass keine Aussagen darüber gemacht werden, welche Kombinationsmöglichkeiten nach dem damaligen Stand der Dinge (insb.
im Hinblick auf das Erfordernis eines Abkommens über die verwaltungsmässige Zusammenarbeit) tatsächlich genutzt werden können.
bb) Näherer Erörterung bedarf einzig der letzte Absatz der einschlägigen Textpassage der "Richtlinie". Er lautet wie folgt:
"Die genannten Bedingungen zur verwaltungsmässigen
Zusammenarbeit sind vorderhand zwischen Polen, Ungarn,
der Tschechischen und der Slowakischen Republik
(welche untereinander ein Freihandelsabkommen,
das Central European Free Trade Agreement 'CEFTA'
unterzeichnet haben) und ab 1.4.94 zwischen den
Färöer Inseln und den EFTA-Staaten gegeben.. "
Der Sinn dieser Ausführungen erschliesst sich dem Leser nicht ohne weiteres. In der Tat könnte der erste Teil des Satzes bei oberflächlicher Lektüre so verstanden werden, dass die genannten Staaten untereinander ein Abkommen über die administrative Zusammenarbeit geschlossen haben. Diesfalls wäre die Voraussetzung von Art. 1 Abs. 2 des Protokolls erfüllt und eine Kombination von slowakischen Materialien mit solchen von Vertragsstaaten gemäss Art. 1 Abs. 1 lit. b Ziff. III des Protokolls zulässig (vgl. E. 2a). Erst ein genaueres Lesen des ganzen Satzes zeigt, dass lediglich klargestellt wird, dass die verwaltungsmässige Zusammenarbeit zwischen den EFTA-Staaten auf der einen Seite und jedem einzelnen der aufgezählten Staaten auf der anderen Seite geregelt ist (und in Kürze auch mit den Färöer Inseln aufgenommen werden wird). Darüber, ob die administrative Zusammenarbeit der genannten Staaten untereinander geregelt ist, wird nichts ausgesagt, auch nicht etwa durch den - zugegebenermassen an dieser Stelle etwas unglücklich plazierten - Hinweis auf das CEFTA-Abkommen. Der Oberzolldirektion ist zuzustimmen, wenn sie geltend macht, einziger Zweck der entsprechenden, in Klammern gesetzten Bemerkung sei es, über die Existenz des Zentraleuropäischen Freihandelsabkommens zu informieren; dem Hinweis kommt keine weitergehende Bedeutung zu. Insbesondere lässt er sich nicht - jedenfalls nicht ohne Mühe - so auslegen, dass er das CEFTA-Abkommen als Vereinbarung über die administrative Zusammenarbeit zwischen Ungarn und der Slowakei im Sinne des Freihandelsabkommen mit der EFTA darstellt.
cc) Gestützt auf die angeblich unbestrittene Argumentation der Beschwerdegegnerin hat die Vorinstanz weiter angenommen, Pius Tröndle habe die falsche Auskunft bezüglich des slowakischen Viskosegarns nicht nur in der streitigen "Richtlinie", sondern zusätzlich mündlich abgegeben. In der Eingabe der Beschwerdegegnerin an die Zollrekurskommission findet sich indessen keine entsprechende Behauptung; nur im Verfahren vor der Oberzolldirektion - im als Beschwerde entgegengenommenen Schreiben vom 11. September 1997 sowie in einer Aktennotiz des Untersuchungsdienstes Heerbrugg vom 12. September 1997 - ist von einer mündlichen Zusicherung die Rede: Pius Tröndle habe gegenüber dem Präsidenten des Schweizerischen Stickereiverbands (bzw. des Verbands Schweizerischer Garn- und Gewebe-Exporteure) erklärt, die Schweizer Zollbehörden liessen die Einfuhr von in Ungarn mit slowakischem Viskosegarn hergestellten Stoffen zollfrei zu. Die Oberzolldirektion hat in der Folge verneint, dass eine Vertrauenssituation vorliege. Aus dem Umstand, dass sie dabei nicht ausdrücklich auch auf die angebliche mündliche Zusicherung eingegangen ist, lässt sich keineswegs ableiten, sie habe die entsprechende Behauptung der Pflichtigen anerkannt.
Im Übrigen bestritt bereits der Chef des Untersuchungsdienstes Heerbrugg in der erwähnten Aktennotiz vom 12. September 1997 ausdrücklich, dass die Darstellung der Beschwerdegegnerin zutreffend sei. Diese Umstände hat die Vorinstanz offensichtlich übersehen, als sie insoweit ohne nähere Erörterung auf die vermeintlich unbestrittenen Ausführungen der Beschwerdegegnerin abgestellt hat; ihre diesbezügliche Sachverhaltsfeststellung ist deshalb für das Bundesgericht nicht verbindlich (vgl. E. 1c). Zusätzliche Abklärungen betreffend die angebliche mündliche Zusicherung - welche im Übrigen ohnehin nicht der Beschwerdegegnerin sondern einem Dritten erteilt worden wäre - sind jedoch nicht erforderlich: Die Beschwerdegegnerin hatte ihre Darstellung vor der Rekurskommission nicht wiederholt und sich vor Bundesgericht überhaupt nicht vernehmen lassen; nachdem sie ihre Vorbringen nicht durch Beweise zu bekräftigen gesucht und im Übrigen gar nie Beweismittel angeboten hat, handelt es sich dabei um eine blosse unbelegte Parteibehauptung, auf die nicht weiter einzugehen ist.
4.- a) Nach dem Gesagten waren die Voraussetzungen für eine zollfreie Einfuhr des Rohgewebes nicht gegeben, weder gestützt auf das Freihandelsabkommen noch auf den Grundsatz von Treu und Glauben. Die Beschwerdegegnerin hätte als Auftraggeberin den geschuldeten Zoll bezahlen müssen (Art. 9 in Verbindung mit <ref-law>), weshalb sie gestützt auf Art. 12 Abs. 1 und Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313. 0) zur Nachzahlung der Abgabe samt Zins verpflichtet ist (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 221). Die streitigen Importe betreffen den Zeitraum vom Oktober 1993 bis zum Februar 1995, womit die Zollnachforderung am 26. August 1997 rechtzeitig vor Ablauf der Verjährungsfrist von fünf Jahren erfolgt und demnach heute nicht verjährt ist (Art. 12 Abs. 4 und Art. 11 Abs. 3 VStrR in Verbindung mit Art. 74 Ziff. 9 und Art. 64 ZG; vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 222). In betragsmässiger Hinsicht wird die Nachbezugsverfügung über Fr. 45'123. 35 (sich zusammensetzend aus Fr. 43'330. 55 Zoll, Fr. 1'299. 95 statistische Gebühren und Fr. 492. 85 Mehrwertsteuer) nicht beanstandet.
Mithin verstösst der angefochtene Entscheid gegen Bundesrecht; er ist in Gutheissung der Beschwerde aufzuheben und der Entscheid der Oberzolldirektion zu bestätigen.
b) Entsprechend diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdegegnerin die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Parteientschädigung ist keine geschuldet (vgl. Art. 159 OG). Die Kostenfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens sind von der Eidgenössischen Zollrekurskommission neu zu regeln.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid der Eidgenössischen Zollrekurskommission vom 29. August 2001 aufgehoben und der Entscheid der Oberzolldirektion vom 7. März 2001 bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.- Die Kostenfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens sind von der Eidgenössischen Zollrekurskommission neu zu regeln.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Eidgenössischen Rekurskommission schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 7. Januar 2002
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: