Faits:
A. A.X._, ressortissant albanais né en 1962 (ci-après: l'intéressé), est arrivé en Suisse le 22 avril 1991 avec son épouse et leur fille, née en 1989, pour y déposer une demande d'asile. Leur fils est né en Suisse le 22 février 1992. Par décision du 30 juillet 1992, l'Office fédéral des réfugiés (actuellement: Office fédéral des migrations) a rejeté cette demande et prononcé le renvoi de Suisse.
Par décision du 18 décembre 1992, l'Office fédéral des migrations a annulé sa décision de renvoi et prononcé le même jour l'admission provisoire de l'intéressé, de son épouse et de leurs deux enfants.
Par jugement du 1er novembre 2001, confirmé sur recours par la Cour de Cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois le 20 juin 2002 et par arrêts du 5 mai 2003 du Tribunal fédéral, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de la Côte a condamné A.X._ à deux ans et demi d'emprisonnement et à dix ans d'expulsion du territoire suisse, avec sursis pendant cinq ans, pour blanchiment d'argent par métier. Il lui était reproché d'avoir contribué, entre juillet 1998 et mars 1999, à écouler le produit d'un trafic de stupéfiants portant sur des sommes allant de 185'000 à 200'000 fr. et d'en avoir tiré un bénéfice représentant le dixième de cette somme. Le 31 août 2006, la Cour européenne des droits de l'homme a déclaré irrecevable la requête dont l'intéressé l'avait saisie le 16 novembre 2001 en invoquant la violation de la présomption de son innocence au cours de la procédure pénale engagée en Suisse.
B. Par décision du 15 janvier 2003, l'Office fédéral des migrations a levé l'admission provisoire de A.X._ en application de l'art. 14a al. 6 de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 113). Le comportement délictueux de ce dernier, sanctionné par sa condamnation à deux ans et demi de réclusion pour blanchiment d'argent par métier, avait compromis la sécurité et l'ordre publics. Cette décision a fait l'objet d'un recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière d'asile.
Par jugement du 4 février 2004, le Tribunal de première instance de la République et canton de Genève a prononcé le divorce des époux X._.
Depuis le 13 septembre 2004, l'intéressé a pu travailler grâce à un régime de semi-détention. Par décision du 7 décembre 2004, la Commission de libération du Département de la sécurité et de l'environnement du canton de Vaud lui a accordé la liberté conditionnelle dès le 9 janvier 2005.
C. Le 30 décembre 2004, A.X._ a déposé une demande d'autorisation de séjour auprès de l'Office de la population du canton de Genève (ci-après: Office cantonal de la population), qui a été rejetée par décision du 31 octobre 2005 en raison de sa condamnation pénale. Cette décision n'a pas fait l'objet de recours.
Le 14 décembre 2006, la Commission fédérale de recours en matière d'asile a rejeté le recours interjeté contre la décision du 15 janvier 2003 levant l'admission provisoire et imparti à l'intéressé un délai au 15 janvier 2007 pour quitter la Suisse.
Le 11 janvier 2007, A.X._ a déposé une nouvelle demande d'autorisation de séjour auprès de l'Office cantonal de la population, fondée sur les relations étroites qu'il entretenait avec ses deux enfants, entre-temps devenus ressortissants suisses, ainsi que sur sa bonne réintégration professionnelle depuis sa libération.
Le 5 mars 2007, A.X._ a contracté mariage à Genève avec son ex-épouse, également devenue suisse entre-temps.
D. Par décision du 13 mars 2007, l'Office cantonal de la population a rejeté la nouvelle demande d'autorisation de séjour de A.X._, au motif que celui-ci avait violé de manière grave l'ordre public suisse. Par décision du 9 octobre 2007, la Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève a admis le recours que A.X._ avait interjeté le 5 avril 2007 contre la décision de l'Office cantonal de la population du 13 mars 2007. Le 9 novembre 2007, l'Office cantonal de la population a transmis le dossier de l'intéressé à l'Office fédéral des migrations pour approbation. Le 29 janvier 2008, l'Office fédéral des migrations a informé A.X._ qu'il entendait refuser de donner son approbation à l'autorisation de séjour que les autorités cantonales étaient disposées à lui accorder, tout en lui donnant l'occasion de se déterminer à ce sujet avant le prononcé d'une décision.
E. Le 3 avril 2008, après avoir pris connaissance des observations de l'intéressé, l'Office fédéral des migrations a refusé son approbation et prononcé le renvoi de Suisse. L'intérêt public à l'éloignement de l'intéressé l'emportait sur son intérêt privé à la poursuite de ses relations avec son épouse et ses enfants, lesquels étaient d'ailleurs sur le point d'entrer dans la vie active.
A.X._ a recouru contre cette décision le 6 mai 2008 auprès du Tribunal administratif fédéral. Par décision du 15 mai 2008, le Tribunal administratif fédéral a restitué l'effet suspensif.
F. Par arrêt du 5 juin 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours. Le droit à l'octroi de l'autorisation de séjour s'était éteint en raison de la condamnation pénale pour infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants. Le risque de récidive était élevé en raison du manque de repentir de l'intéressé. La durée de son séjour légal en Suisse devait être ramenée à sept ans. Son épouse, d'origine albanaise, connaissait la situation de l'intéressé avant de se remarier de sorte qu'elle devait accepter le risque d'une telle séparation. L'un de ses enfants étant majeur, il ne pouvait déduire de ses relations avec lui aucun droit de séjour en Suisse. Le deuxième était né le 22 février 1992. Comme il était encore mineur et qu'il entretenait avec lui des relations effectives et étroites, il pouvait invoquer un droit mais pour une période limitée de quelques mois de sorte que l'intérêt privé du recourant à pouvoir séjourner en Suisse ne l'emportait pas sur l'intérêt public à renvoyer un délinquant présentant un danger pour l'ordre et la sécurité publics, même si les faits ayant donné lieu à sa condamnation remontaient désormais à dix ans. Enfin, aucun obstacle n'empêchait le renvoi.
G. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 5 juin 2009 par le Tribunal administratif fédéral et de renvoyer la cause à ce dernier pour approbation de l'octroi de l'autorisation de séjour. Il se plaint de la violation du droit national et international ainsi que du principe de proportionnalité.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. L'Office fédéral des migrations conclut au rejet du recours.
H. Par ordonnance du 21 juillet 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par l'intéressé.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2008 (RO 2007 5487). En vertu de l'art. 126 al. 1 LEtr, les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de la loi sont régies par l'ancien droit. La demande d'autorisation de séjour en raison du mariage du recourant avec une ressortissante suisse date de mars 2007. Elle doit donc être examinée à la lumière de l'ancienne loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007).
2. 2.1 Selon l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit. En vertu de l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Pour juger de la recevabilité du recours en matière de droit public, seule est déterminante la question de savoir si un mariage au sens formel existe (arrêt 2C_362/2009 du 24 juillet 2009 consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 148).
Le recourant est marié à une Suissesse. Le Tribunal a en outre constaté qu'il entretenait des liens étroits et effectifs avec son fils mineur de sorte qu'il peut également se prévaloir de l'art. 8 CEDH. Son recours est donc recevable sous cet angle.
2.2 Au surplus, interjeté par une partie directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (<ref-law>), dirigé contre un jugement final rendu par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) et déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, le recours en matière de droit public est recevable.
3. 3.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte, ou autrement dit arbitraire, ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Enfin, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3.2 A l'appui de ses conclusions, le recourant produit une pièce établie le 3 juillet 2009, postérieure au jugement attaqué. Il expose également sa situation récente. Nouveaux au sens de l'<ref-law>, ces faits et preuves sont par conséquent irrecevables.
Le recourant fait encore état de nombreux faits qui ne ressortent pas des constatations retenues par le Tribunal administratif fédéral, sans exposer conformément aux exigences de l'<ref-law>, en quoi l'arrêt attaqué est arbitraire à cet égard. Il n'est par conséquent pas possible de s'écarter des faits retenus par l'instance précédente.
4. 4.1 Selon l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Après un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans, il a droit à une autorisation d'établissement. Ce droit s'éteint lorsqu'il existe un motif d'expulsion.
Selon l'art. 10 al. 1 LSEE, l'étranger peut être expulsé de Suisse notamment s'il a été condamné par une autorité judiciaire pour crime ou délit (let. a) ou si sa conduite, dans son ensemble, et ses actes permettent de conclure qu'il ne veut pas s'adapter à l'ordre établi dans le pays qui lui offre l'hospitalité ou qu'il n'en est pas capable (let. b). Le refus d'octroyer une autorisation de séjour en cas de motif d'expulsion suppose toutefois une pesée des intérêts en présence, ainsi que l'examen de la proportionnalité de la mesure (cf. art. 11 al. 3 LSEE; <ref-ruling> consid. 3.3.4 p. 182; <ref-ruling> consid. 4a p. 12 s.).
De même, le droit au respect de la vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH n'est pas absolu. Une ingérence dans l'exercice de ce droit est possible selon l'art. 8 par. 2 CEDH, pour autant qu'elle soit prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale, ou à la protection des droits et libertés d'autrui. Il y a donc également lieu de procéder à une pesée des intérêts en présence sous cet angle (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 22 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 529).
5. Pour apprécier ce qui est équitable, l'autorité tiendra notamment compte de la gravité de la faute commise par l'étranger, de la durée de son séjour en Suisse et du préjudice qu'il aurait à subir avec sa famille du fait de l'expulsion (cf. art. 16 al. 3 du règlement d'exécution de la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, du 1er mars 1949 [RSEE; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007; RO 1949 p. 243]). Lorsque le motif de l'expulsion est la commission d'un délit ou d'un crime, la peine infligée par le juge pénal est le premier critère servant à évaluer la gravité de la faute et à peser les intérêts. Sous l'empire de la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, une condamnation à deux ans de privation de liberté constitue la limite à partir de laquelle, en général, il y a lieu de refuser une autorisation de séjour du conjoint étranger d'un ressortissant suisse, du moins quand il s'agit d'une demande d'autorisation initiale ou d'une requête de prolongation déposée après un séjour de courte durée (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 23; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 185; <ref-ruling> consid. 4b p. 14). On considère alors que l'intérêt public à l'éloignement de cet étranger est prépondérant, même lorsqu'on ne peut pas - ou difficilement - exiger de son épouse suisse qu'elle quitte sa patrie, ce qui empêche de fait les conjoints de vivre ensemble de manière ininterrompue (<ref-ruling> consid. 3e-f p. 358 ss). La durée de présence en Suisse d'un étranger constitue un autre critère important; plus la durée de ce séjour aura été longue, plus les conditions pour prononcer l'expulsion administrative doivent être appréciées restrictivement. On tiendra en outre particulièrement compte, pour apprécier la proportionnalité de la mesure, de l'intensité des liens de l'étranger avec la Suisse et des difficultés de réintégration dans son pays d'origine (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 190; <ref-ruling> consid. 2b p. 523 s.; <ref-ruling> consid. 2c p. 436). Toutefois, il existe un intérêt public prépondérant à expulser des étrangers qui ont, en particulier, commis des infractions graves à la loi fédérale sur les stupéfiants, même lorsque ces étrangers vivent en Suisse depuis de nombreuses années. En pareil cas, seules des circonstances exceptionnelles permettent de faire pencher la balance des intérêts en faveur de l'étranger (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 436).
6. 6.1 Le recourant a été condamné à une peine privative de liberté de deux ans et demi pour blanchiment d'argent de la drogue par métier. Il réalise ainsi un des motifs d'expulsion énumérés à l'art. 10 al. 1 LSEE. Son comportement doit être sanctionné avec rigueur pour deux motifs. D'une part, la protection de la collectivité publique face au développement du marché de la drogue constitue incontestablement un intérêt public prépondérant justifiant l'éloignement d'un étranger qui s'est rendu coupable d'infractions graves à la loi sur les stupéfiants. Les étrangers qui sont mêlés au commerce des stupéfiants doivent donc s'attendre à faire l'objet de mesures d'éloignement (arrêts 2C_530/2007 du 21 novembre 2007, consid. 5; 2A.87/2006 du 29 mai 2006, consid. 2). D'autre part, le recourant a commis ses infractions alors qu'il était un hôte de la Suisse au bénéfice d'une admission provisoire. Sa demande d'autorisation du 13 mars 2007 constitue par conséquent une demande initiale.
Eu égard à la sévère condamnation pénale qui lui a été infligée avant de formuler sa demande initiale d'autorisation, non seulement le recourant ne peut pas se prévaloir de la durée de son séjour en Suisse, mais encore, en pareil cas, seules des circonstances exceptionnelles permettraient de faire pencher la balance des intérêts en sa faveur.
6.2 Les arguments que le recourant fait valoir en sa faveur ne constituent pas des circonstances exceptionnelles.
6.2.1 Le recourant soutient qu'il ne présente plus de risque de récidive. En effet, l'infraction a eu lieu il y a dix ans et depuis sa condamnation, il a adopté un comportement irréprochable qui lui a permis de travailler durant son régime de semi-détention puis de bénéficier d'une libération conditionnelle. A l'instar du Tribunal administratif fédéral, qui a fondé son appréciation du risque de récidive sur l'attitude du recourant durant son procès pénal niant les faits jusqu'à l'absurde et multipliant les procédures de recours, on ne peut exclure de la part du recourant une tendance à dénier la gravité de ses actes. Son comportement exempt de reproche depuis sa condamnation n'est sous cet angle pas à lui seul décisif.
6.2.2 Le recourant soutient que la durée de son séjour en Suisse plaide en sa faveur. Il est vrai que le recourant a passé 17 ans de sa vie en Suisse et qu'il bénéficie d'une bonne intégration professionnelle. Toutefois, conformément à la jurisprudence, en présence, comme en l'espèce, d'infractions graves à la la loi sur les stupéfiants, même de nombreuses années en Suisse ne suffisent pas à faire pencher la balance en faveur de l'intérêt privé du recourant à rester en Suisse.
6.2.3 Le recourant fait valoir qu'il perdra le contact avec ses enfants, qui ne pourront plus bénéficier d'une famille unie et de son soutien économique. Il faut à cet égard remarquer que les enfants du recourants sont, pour l'un, adulte et, pour l'autre, en passe de le devenir (en février 2010). Le recourant ne peut par conséquent se prévaloir que de la relation qu'il entend conserver avec son enfant mineur. S'il est vrai qu'actuellement ces enfants bénéficient du soutien en particulier économique et financier de leurs parents remariés, il n'en demeure pas moins que, au vu leur âge, la relation que le recourant cherche à conserver avec eux ne revêt pas une importance telle qu'il devrait pour ce motif recevoir un permis de séjour en Suisse. Quant à la relation qu'il entend maintenir avec son épouse, devenue suisse, il suffit de rappeler que, lorsqu'elle a épousé pour la deuxième fois le recourant, elle n'ignorait pas que ce dernier s'était vu refuser le 31 octobre 2005 une autorisation de séjour en raison des infractions commises à l'époque, de sorte qu'elle savait qu'elle risquait de devoir faire sa vie à l'étranger ou de vivre séparée de lui. Au surplus, si elle devait décider de suivre son conjoint, son origine albanaise rendrait moins difficile un éventuel départ.
6.3 Compte tenu de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, en particulier de la gravité des infractions commises, l'intérêt public à éloigner le recourant de Suisse l'emporte sur l'intérêt privé de celui-ci à rester dans ce pays. Dès lors, le Tribunal administratif fédéral a respecté le droit, en particulier les art. 7, 10 LSEE et 8 CEDH, ainsi que le principe de la proportionnalité et il n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation en refusant l'octroi d'une autorisation de séjour au recourant.
7. La convention du 20 novembre 1989 relative aux droits de l'enfant (CDE; RS 0.107) vise à garantir à l'enfant - c'est-à-dire à tout être humain âgé de moins de dix-huit ans (art. 1 CDE) - une meilleure protection en fait et en droit. Elle exige que toute demande d'entrée ou de sortie du pays en vue de réunir la famille soit considérée par les Etats parties dans un esprit positif, avec humanité et diligence (art. 10 al. 1 CDE), l'intérêt supérieur de l'enfant devant être une considération primordiale (art. 3 al. 1 CDE). Elle n'accorde toutefois ni à l'enfant ni à ses parents un droit à la réunion de la famille (arrêt 2C_372/2008 du 25 septembre 2008, consid. 3.4 et la jurisprudence citée), comme l'a dûment constaté le Tribunal administratif fédéral dans l'arrêt attaqué.
Au demeurant, les griefs qui, comme en l'espèce, tendent à reprocher à l'instance précédente de n'avoir pas suffisamment pris en considération les intérêts de l'enfant ou de n'avoir pas examiné la cause dans un esprit positif, avec humanité et diligence, reviennent à se plaindre d'une mauvaise pesée des intérêts en présence et se confondent par conséquent avec les moyens tirés de la violation des art. 7 LSEE et 8 CEDH (arrêt 2A.195/2006 du 7 février 2007, consid. 3), qui ont été rejetés (cf. consid. 6 ci-dessus).
8. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au représentant du recourant, à l'Office fédéral des migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour III.
Lausanne, le 21 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey