Sachverhalt:
A. Das Gemeindeamt des Kantons Zürich stellte mit Verfügung vom 10. Juni 2009 die massgeblichen Finanzdaten für den interkommunalen Steuerkraftausgleich für das Jahr 2009 der Gemeinde Oberrieden fest. Die Verfügung blieb unangefochten. Gestützt auf die festgestellten Finanzdaten auferlegte das Gemeindeamt des Kantons Zürich mit Verfügung vom 7. August 2009 der Gemeinde Oberrieden eine Steuerkraftabschöpfung für das Jahr 2009 im Betrag von Fr. 6'994'330.--.
B. Hiergegen gelangte die Gemeinde Oberrieden erfolglos mit Rekurs an die Direktion der Justiz und des Innern bzw. mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Mai 2011 beantragt die Gemeinde Oberrieden beim Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. März 2011 sei aufzuheben und der Betrag der Steuerkraftabschöpfung neu auf Fr. 4'896'657.-- festzulegen. Eventuell wird beantragt, die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen.
Das Gemeindeamt und die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten auf eine Stellungnahme. Die Gemeinde Oberrieden hält in ihrer Replik an den gestellten Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG); eine Ausnahme gemäss <ref-law> liegt nicht vor.
1.2 Der angefochtene Entscheid verpflichtet die Beschwerdeführerin zur Ablieferung der Steuerkraftabschöpfung von Fr. 6'994'330.-- für das Jahr 2009 an die kantonale Staatskasse. Sie ist dadurch in qualifizierter Weise in schutzwürdigen eigenen hoheitlichen Interessen berührt und aufgrund von <ref-law> zur Beschwerde legitimiert (<ref-ruling> E. 1.3 S. 46 f.; Urteil 2C_366/2009 vom 3. März 2010 E. 2.4).
1.3 Soweit sich die Beschwerdeführerin überdies auf die in <ref-law> geschützte Gemeindeautonomie beruft, ist sie gemäss <ref-law> ohne Weiteres zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Es genügt hierfür, dass sie durch den angefochtenen Entscheid in ihrer Stellung als Hoheitsträgerin berührt ist. Ob ihr die beanspruchte Autonomie tatsächlich zukommt, ist alsdann eine Frage der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 f. mit Hinweisen; vgl. E. 2 hiernach).
1.4 Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde (<ref-law>) ist - unter Vorbehalt der nachfolgenden Einschränkungen - grundsätzlich einzutreten.
1.5 Der angefochtene Entscheid stützt sich auf kantonales öffentliches Recht. Vor Bundesgericht kann die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte sowie kantonaler Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung gerügt werden (Art. 95 lit. c und d BGG), die Verletzung übrigen kantonalen Rechts jedoch nur insoweit, als sie zugleich eine Verletzung von Bundesrecht (mit Einschluss der Verletzung der Bundesverfassung), von Völkerrecht oder interkantonalem Recht darstellt (Art. 95 lit. a, b und e BGG, vgl. Urteil 2C_572/2010 vom 23. März 2011 E. 2.1). Das Bundesgericht prüft dabei die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.6 Die Beschwerdeführerin macht einen Verstoss gegen das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>), das Willkürverbot (<ref-law>) sowie das Verhältnismässigkeitsprinzip (<ref-law>) geltend. Letzterem kommt in der vorliegenden Konstellation neben dem hier ebenfalls angerufenen Willkürverbot indessen keine selbständige Tragweite zu (<ref-ruling> E. 1.3 S. 46; <ref-ruling> E. 4 S. 156 ff.), weshalb auf die diesbezüglichen Ausführungen nicht näher einzugehen ist.
2. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung der Gemeindeautonomie (<ref-law>). Dabei setzt die Anerkennung eines geschützten kommunalen Autonomiebereichs voraus, dass zum einen der Vollzug der in Frage stehenden Vorschriften den Gemeinden übertragen ist und zum anderen die Art der zu regelnden Materie überhaupt Raum für ein Selbstbestimmungsrecht der Gemeinden lässt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 f. mit Hinweisen). Diese beiden Kriterien sind beim hier in Frage stehenden Gesetz vom 11. September 1966 über die Staatsbeiträge an die Gemeinden und den Finanzausgleich (des Kantons Zürich; Finanzausgleichsgesetz; LS 132.1; im Folgenden: FAG/ZH) offensichtlich nicht erfüllt: Es geht in der Sache um einen Interessenkonflikt zwischen einander gleichgeordneten Rechtssubjekten, dessen verbindliche Regelung naturgemäss einem übergeordneten Organ vorbehalten sein muss. Deshalb sind die einschlägigen Vorschriften von den kantonalen Behörden und nicht von den betroffenen Gemeinden zu handhaben. Diesen Letzteren kann in Bezug auf die finanziellen Ausgleichsleistungen kein Selbstbestimmungsrecht zukommen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 46). Die Beschwerdeführerin bringt dagegen vor, die ausserordentlich hohe (einmalige) Steuerkraftausgleichszahlung habe zu finanziellen Schwierigkeiten bei der Erfüllung von autonomen Aufgabenbereichen und damit zu einem Eingriff in ihre Finanzautonomie geführt. Namentlich sei sie gezwungen gewesen, zur Finanzierung ihrer gesetzlich zugewiesenen Aufgaben das Eigenkapital im Umfang von rund zwei Millionen Franken zu reduzieren. Mit dieser Argumentation verkennt die Beschwerdeführerin allerdings, dass die Finanzautonomie der Gemeinden nicht absolut gilt, sondern nur innerhalb der vom übergeordneten Recht festgelegten Grenzen besteht. Insofern stellt die Steuerkraftabschöpfung als solches keinen Eingriff in den Autonomiebereich dar, zumal die Erfüllung der Gemeindeaufgaben hierdurch nicht unmittelbar betroffen ist (vgl. <ref-ruling> E. 3d S. 220). Mangels eines geschützten Autonomiebereichs ist die Rüge der Verletzung von <ref-law> unbegründet.
Im Folgenden bleibt nunmehr zu prüfen, ob und inwieweit der angefochtene Entscheid gegen das Rechtsgleichheitsgebot und das Willkürverbot verstösst.
3. 3.1 Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet die Bemessung einer Steuerkraftabschöpfung im Rahmen des Finanzausgleichs unter unterschiedlich finanzstarken Gemeinden des Kantons Zürich. Hierfür wurde ein Ausgleichsfonds eingerichtet, an welchen Gemeinden mit einer überdurchschnittlichen Steuerkraft ihren Beitrag leisten (§ 14 FAG/ZH). Ablieferungspflichtig sind Gemeinden, deren Steuerkraft pro Einwohner das Kantonsmittel um mehr als 15 Prozent übersteigt (§ 15 Abs. 1 FAG/ZH). Die Beitragshöhe der Gemeinden bestimmt sich nach Massgabe ihrer absoluten Steuerkraft. Dabei handelt es sich um den auf einen Steuerfuss von 100 Prozent umgerechneten Ertrag der allgemeinen Gemeindesteuern und der Quellensteuern des jeweils letzten Jahres, deren Ergebnisse bekannt sind (§ 39 Abs. 1 FAG/ZH und § 10 Abs. 1 der Verordnung vom 29. November 1978 [des Kantons Zürich] zum Finanzausgleichsgesetz [LS 132.11]; im Folgenden: FAV/ZH). Ersterer ergibt sich aus dem Brutto-Soll der per Ende des letzten Jahres vorläufig abgerechneten Steuern; dieser Betrag wird ergänzt durch den Mehr- oder Minderertrag zwischen der definitiven Steuerabrechnung des vorangegangenen Jahres und der dieser vorangegangenen vorläufigen Steuerabrechnung (§ 10 Abs. 2 FAV/ZH). Die Quellensteuer wird in gleicher Weise erfasst (§ 10 Abs. 3 FAV/ZH). Zum Bruttoertrag sind sodann die Soll-Änderungen aus früheren Jahren und die Einnahmen aus Steuerausscheidungen mit anderen Gemeinden hinzuzurechnen; abzuzählen sind hingegen Abzüge (Skonti, Herabsetzungen, Erlasse, Abschreibungen und Zinsausgaben) sowie die im Ausscheidungsverfahren ausbezahlten Nettobeiträge (§ 10 Abs. 4 FAV/ZH). Die Gemeinden melden den kantonalen Behörden bis Mitte März die für die Berechnung der absoluten Steuerkraft erforderlichen Angaben (§ 11 FAV/ZH in der zum Verfügungszeitpunkt in Kraft stehenden Fassung [GS I 107 ff., 109]). Die Direktion der Justiz und des Innern eröffnet den Gemeinden mittels Festsetzungsverfügung bis spätestens 31. Juli die massgeblichen Finanzdaten, namentlich die absolute Steuerkraft des Vorjahres (§ 17 FAG/ZH bzw. § 12 FAV/ZH). Diese rekursfähige Verfügung bildet die Grundlage für die bis Ende September erfolgende Berechnung der geschuldeten Steuerkraftabschöpfung, welche ihrerseits in Form einer Verfügung eröffnet wird (§ 17 FAG/ZH). Gemäss § 17 Satz 3 FAG/ZH berichtigt die für das Gemeindewesen zuständige Direktion "die Festsetzung nachträglich im Zusammenhang mit der Rechnungsprüfung durch die Bezirksräte".
3.2 Strittig ist im vorliegenden Verfahren die Höhe der Steuerkraftabschöpfung zu Lasten der Beschwerdeführerin für das Jahr 2009. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der am 7. August 2009 verfügte Steuerabschöpfungsbetrag von Fr. 6'994'330.-- sei zu berichtigen, da sich die zugrunde liegenden Finanzdaten seit Erlass der Festsetzungsverfügung vom 10. Juni 2009 zu ihren Ungunsten geändert hätten. Konkret seien sowohl eine Steuerrückforderung im Betrag von Fr. 4'605'613.95 als auch eine Reduktion der Einnahmen aus der Quellensteuer im Betrag von Fr. 3'438'143.-- unberücksichtigt geblieben. Die genannten Mindererträge sind betragsmässig nicht bestritten. Uneinigkeit besteht jedoch darüber, ob die Ausfälle nachträglich bei der Berechnung des Abschöpfungsbetrages im Rahmen der Verfügung vom 7. August 2009 hätten berücksichtigt werden müssen. Mit anderen Worten ist die Frage der korrekten buchhalterischen Abgrenzung der vorerwähnten Ertragsausfälle zu klären. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin hat sich die Abschöpfungsforderung für das Jahr 2009 um Fr. 3'503'427.-- erhöht, weil die vorgenannten Ertragsminderungen zu Unrecht unberücksichtigt geblieben seien.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht zunächst eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebotes gemäss <ref-law> geltend. Sie stützt sich dabei auf die im Schrifttum postulierte sog. Finanzgleichheit im Sinne einer Analogie zum allgemeinen Gleichheitsgebot ab (vgl. ANNA PIPPIG, Verfassungsrechtliche Grundlagen des Finanzausgleichs, 2002, S. 226 f., S. 231 f.). Demnach sollen Gemeinden in Bezug auf ihre Finanzverhältnisse nach Massgabe ihrer Gleichheit bzw. Ungleichheit behandelt werden. Das aus der Finanzgleichheit abzuleitende Gebot der Sachgerechtigkeit verlange die vollständige Erfassung der massgeblichen Faktoren, die Unbeeinflussbarkeit der Vergleichsmassstäbe sowie die Vergleichbarkeit der zahlenmässigen Grundlagen (PIPPIG, a.a.O., S. 242 f.).
4.2 Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung verlangt das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>), dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich und Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird; es ist verletzt, wenn rechtliche Unterscheidungen getroffen werden, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder Unterscheidungen unterlassen werden, die sich aufgrund der Verhältnisse aufdrängen (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 127 mit Hinweisen).
4.3 Wie die Vorinstanz zu Recht erkannt hat, bezieht sich die Bemessung des Steuerkraftausgleichs stets auf eine in der Vergangenheit liegende Rechnungsperiode. Massgebend sind dabei die zu einem bestimmten Zeitpunkt fixierten Finanzdaten. Es liegt in der Natur der Sache, dass sich zwischen diesen vorläufigen und den erst später vorliegenden definitiven Abrechnungen der Steuereinnahmen Differenzen ergeben können. Die nachträglich eingetretenen Differenzen werden bei der Steuerkraftberechnung in den Folgejahren berücksichtigt. Dieses Vorgehen führt einerseits zum vollständigen - wenn auch teilweise verzögerten - Einbezug aller massgeblichen Faktoren auf der Einnahmenseite, andererseits ermöglicht es die Vergleichbarkeit der zahlenmässigen Grundlagen, indem die Bemessungsbasis vereinheitlicht wird. So gesehen dient die Abstrahierung bzw. Objektivierung mittels Stichdatum geradezu der Verwirklichung des Gleichbehandlungsgebotes, indem die tatsächlichen Finanzverhältnisse der einzelnen Gemeinden - wenn auch provisorisch - vergleichbar werden.
Die Beschwerdeführerin macht nunmehr geltend, aufgrund der tiefen Steuerertragslage im Jahr 2010 habe sie von vornherein keine Steuerkraftabschöpfung für diese Steuerperiode leisten müssen. Somit sei die Kompensationsmöglichkeit weggefallen. Der Entlastungsmechanismus (Berücksichtigung des Mehr- oder Minderertrages zwischen der definitiven Steuerabrechnung des vorangegangenen Jahres und der dieser vorangegangenen vorläufigen Steuerabrechnung im Sinne von § 10 Abs. 2 FAV/ZH) wirke vorliegend gegen die Beschwerdeführerin, indem sie die im Jahr 2009 zu viel geleisteten Ausgleichsbeiträge im Jahr 2010 nicht zu ihren Gunsten habe verrechnen können. Deshalb sei sie im Vergleich zu den auch im Jahr 2010 ausgleichspflichtigen Gemeinden ohne sachlichen Grund und damit in Verletzung des Finanzgleichheitsgebotes benachteiligt worden.
Mit dieser Argumentation übersieht die Beschwerdeführerin jedoch, dass beim interkommunalen Finanzausgleich grundsätzlich eine periodische Betrachtungsweise angezeigt ist. Insbesondere liegt kein rechtliches Dauerverhältnis vor. Insofern ist unter dem Aspekt der Gleichbehandlung von Beginn weg nur ein Vergleich im Rahmen der jeweiligen Steuerperiode zulässig. Die massgebende Vergleichsgrösse bildet somit die Behandlung der anderen ausgleichspflichtigen Gemeinden in Bezug auf das Jahr 2009; der von der Beschwerdeführerin herangezogene periodenübergreifende Vergleich geht in Folge dessen an der Sache vorbei. In Bezug auf das Jahr 2009 ist keine Ungleichbehandlung ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin zu Recht auch nicht geltend gemacht. Zu berücksichtigen ist weiter, dass es der Beschwerdeführerin - wie jeder anderen Gemeinde - im Anschluss an die als fehlerhaft bezeichnete Festsetzungsverfügung vom 10. Juni 2009 freistand, ein Rechtsmittel zu ergreifen, was diese jedoch unterliess (vgl. E. 6 hiernach). Im Übrigen erschliesst sich aus den Ausführungen der Beschwerdeführerin nicht mit der nötigen Klarheit (vgl. E. 1.5 hiervor), ob sich die gesunkene Steuerkraft des Jahres 2010, welche letztlich zum Wegfall der Ausgleichspflicht geführt hat, aufgrund der Verrechnung der für das Vorjahr zu hoch in Rechnung gestellten Erträge ergab oder ob hierfür externe Gründe bestehen. Schliesslich gilt es festzuhalten, dass ohnehin sachliche Gründe für das dem interkommunalen Finanzausgleich zugrunde liegende Konzept, wonach die Ausgleichsbeiträge aufgrund der provisorischen Steuererträge zu einem bestimmten Stichtag bemessen werden, gegeben sind (vgl. E. 4.4 hiernach), weshalb von vornherein keine Verletzung des Gleichbehandlungsgebotes vorliegen würde.
4.4 Die Beschwerdeführerin macht in Anlehnung an die Literatur geltend, das Prinzip der Finanzgleichheit beinhalte auch ein Gebot der Zeitgerechtigkeit, verstanden im Sinne einer permanenten inhaltlichen Anpassung und Erneuerung des Finanzausgleichsrechts an die tatsächlichen Bedingungen (PIPPIG, a.a.O., S. 263 ff.). Dieses Gebot sei verletzt, indem nicht die aktuellsten Finanzdaten, sondern diejenigen im Zeitpunkt des Stichtages zur Bemessung des Abschöpfungsbeitrages für das Jahr 2009 verwendet worden seien. Materielle Gleichheit zwischen den Gemeinden lasse sich jedoch nur erzielen, wenn die relevanten Wertungen aufgrund der aktuellen Verhältnisse vorgenommen werden. Im Lichte des Gleichheitsgebotes sei namentlich § 17 Satz 3 FAG/ZH zu lesen. Diese Norm verlange "in maiore ad minus" nicht nur bei der Prüfung der Jahresrechnung durch den Bezirksrat eine Anpassung der Bezugsverfügung, sondern bereits dann, wenn zwischen der Festsetzungsverfügung und dem Bezug klar werde, dass die Finanzkraft der ablieferungspflichtigen Gemeinde nicht den ursprünglichen Annahmen entspreche.
Es trifft zu, dass die Festlegung eines bestimmten Stichtages in einem Spannungsverhältnis zum Gebot der Zeitgerechtigkeit steht und naturgemäss mit einer gewissen Pauschalierung einhergeht, welche im Einzelfall zu einer periodenbezogenen Mehrbelastung führen kann. Allerdings gebietet die Dynamik der Finanzverhältnisse bzw. das Gebot der Rechtssicherheit, Einfachheit, Planbarkeit und Transparenz des Finanzausgleichssystem die Festsetzung eines verbindlichen Stichtages bzw. einer Rechnungsperiode für die Berechnung des Abschöpfungsbetrages. Pauschalierung bzw. Schematisierung sind bei Finanzausgleichssystemen praktisch unvermeidlich und verfassungsrechtlich zulässig (vgl. Urteil 2C_572/2010 vom 23. März 2011 E. 5.5.4 mit Hinweis). Insbesondere ist es auch in anderen Verhältnissen mit finanziellen Auswirkungen (Steuern, Subventionen) nicht selten, dass Leistungen nach den Verhältnissen an einem bestimmten Stichtag oder nach denjenigen des Vorjahres bemessen werden. Eine exakt zeitgerechte Bemessung wäre zudem höchst unpraktikabel, da häufig infolge von Rechtsmittelverfahren der genaue Steuerbetrag erst etliche Jahre später feststeht. Das im Sinne der Beschwerdeführerin verstandene Gebot der Zeitgerechtigkeit mag eine Idealvorstellung sein, es kann aber nicht als geltendes Verfassungsrecht betrachtet werden. Zu berücksichtigen ist sodann, dass dem kantonalen Gesetzgeber unter dem Aspekt von <ref-law> ein grosser Gestaltungsfreiraum zuzugestehen ist (<ref-ruling> E. 6.2 S. 137 mit Hinweisen). Namentlich ist § 17 FAG/ZH bzw. dessen Auslegung durch die Vorinstanz, wonach nachträgliche Korrekturen der rechtskräftig festgesetzten Finanzdaten nur im Zusammenhang mit der Rechnungsprüfung durch den Bezirksrat, nicht aber auf einfaches Begehren der betroffenen Gemeinde zulässig sind, unter Gleichheitsaspekten nicht zu beanstanden, zumal sachliche Gründe für die Festlegung eines verbindlichen Stichtages sprechen und die Regelung für alle Gemeinden gleichermassen gilt. Somit erweist sich die Rüge der Verletzung des Gleichbehandlungsgebotes gemäss <ref-law> als unbegründet.
5. Die Beschwerdeführerin erachtet den vorinstanzlichen Entscheid in verschiedener Hinsicht als willkürlich.
5.1 Wer das Willkürverbot anruft, muss dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4.2 S. 48; <ref-ruling> E. 6 S. 397). Es genügt nicht, bloss die eigene Auffassung darzulegen und zu behaupten, die entgegengesetzte Auffassung sei willkürlich, ohne darzulegen, worin die offensichtliche Unhaltbarkeit der angefochtenen Entscheidung liegen soll (<ref-ruling> E. 3.2 S. 400). Willkür liegt sodann nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
5.2 Die Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, allein der Umstand, dass sie eine Steuerkraftabschöpfung zu leisten habe, die im Betrag von über zwei Millionen Franken keinerlei Grundlage in den tatsächlichen Finanzverhältnissen der Gemeinde habe, laufe in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwider. Indessen beschränken sich die Ausführungen der Beschwerdeführerin im Wesentlichen auf eine Darlegung der eigenen Auffassung. Entgegen ihrer Auffassung versteckt sich die Vorinstanz "nicht hinter einer den realen Sachverhalt ausblendenden formellen Gesetzeshörigkeit". Vielmehr legte diese im Einzelnen dar, inwiefern die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin unzutreffend ist. Wie die vorstehenden Erwägungen gezeigt haben, erweist sich der angefochtene Entscheid auch im Ergebnis als haltbar. Von einer geradezu stossenden Ungerechtigkeit kann somit nicht gesprochen werden.
5.3 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, das Zürcher Steueramt habe sich bei der Rückforderung der Quellensteuer unbegründet sehr viel Zeit gelassen und müsse demzufolge den Umstand vertreten, dass die Festsetzung der Finanzdaten per 10. Juni 2009 zu hoch ausgefallen sei. Indessen schreibt das einschlägige kantonale Recht vor, dass die definitive Abrechnung der Quellensteuer zuhanden der Gemeinden jeweils im zweiten und dritten Quartal des Nachjahres erfolgen soll (vgl. Rz. 99 der Weisung der Finanzdirektion [des Kantons Zürich] zur Durchführung der Quellensteuer für ausländische Arbeitnehmer vom 30. September 2005 [Zürcher Steuerbuch Teil 1 Nr. 28/051]). Diese Vorgabe wurde vorliegend eingehalten, indem die definitive Quellensteuerabrechnung am 22. Juni 2009 der Beschwerdeführerin mitgeteilt wurde. Hinzu kommt, dass die Mitteilung während der Rekursfrist der Festsetzungsverfügung vom 10. Juni 2009 zu liegen kam und es, wie bereits erwähnt, der Beschwerdeführerin offen stand, gegen die Festsetzungsverfügung fristgerecht zu rekurieren (vgl. E. 6 hiernach). In Folge dessen geht der Vorwurf des willkürlichen Handelns fehl.
6. Schliesslich ist der Schluss der Vorinstanz nicht zu beanstanden, die Beschwerdeführerin habe die Rekursfrist gegen die Festsetzungsverfügung vom 10. Juni 2009 ungenutzt verstreichen lassen, womit diese in Rechtskraft erwachsen sei: Zum Verfügungszeitpunkt waren der Gemeinde die Folgen der Steuerrückforderung vom Mai 2009 bereits bekannt, derweil ihr die definitive Quellensteuerabrechnung vom 22. Juni 2009 während der laufenden Rekursfrist zugestellt worden ist. Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin musste ihr klar gewesen sein, welche Bedeutung die Festsetzungsverfügung bzw. die im selben Zeitraum bekannt gewordenen Ertragsminderungen auf die Berechnung der Abschöpfung haben würde. Die festgelegten Finanzdaten sind demnach unangefochten in Rechtskraft erwachsen, weshalb sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auch aus diesem Grund als unbegründet erweist.
7. Die Beschwerde ist somit als unbegründet abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind entsprechend dem Verfahrensausgang und mit Blick auf die betroffenen Vermögensinteressen (<ref-law>) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Der Kanton Zürich erhält keine Parteientschädigung zugesprochen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeindeamt, der Direktion der Justiz und des Innern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger