Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Zug ermittelte gegen mehrere Personen, darunter X._, im Zusammenhang mit Vermögensdelikten zum Nachteil des Verbands A._ und weiterer Geschädigter. Das Strafgericht des Kantons Zug sprach X._ am 26. Juni 2008 vom Vorwurf der mehrfachen Veruntreuung (<ref-law>), ev. des mehrfachen Betrugs (<ref-law>) zum Nachteil des Verbands A._, des Betrugs zum Nachteil der B._ Inc. und der mehrfachen Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung (<ref-law>) frei. Es entschädigte ihn für die entstandenen Prozessumtriebe mit Fr. 185'500.-- und für die unbegründete Untersuchungshaft mit Fr. 4'500.--.
Die von X._ gegen dieses Urteil im Entschädigungspunkt erhobene Beschwerde wies die Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug am 29. April 2010 ab, soweit sie darauf eintrat.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 29. April 2010 aufzuheben und ihm eine Prozessumtriebsentschädigung von Fr. 569'815.60 zuzusprechen, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer beantragt den Beizug der Akten des Strafgerichts (vgl. Beschwerde S. 8-11). Indessen zeigt er nicht auf, inwiefern diese für die Beurteilung der Beschwerde relevant sein könnten. Die seines Erachtens wesentlichen Aktenstücke legt er der Beschwerde bereits bei. Soweit er sich darüber hinaus, wenn auch nur in globo und ohne Angabe von Fundstellen, auf die Akten des Untersuchungs- und Hauptverfahrens beruft, können seine Ausführungen in den entscheidrelevanten Punkten gestützt auf die Akten der Vorinstanz als unbestritten gelten. Dass der Aktenumfang erheblich war (rund 80 Bundesordner, vgl. Beschwerde S. 6), wird ebenfalls nicht in Frage gestellt. Da das Bundesgericht im Zusammenhang mit der vorliegend zu beurteilenden Entschädigungsfrage nicht von Amtes wegen nach allfälligen Unzulänglichkeiten forscht (vgl. <ref-law>), erübrigt sich der Beizug der Akten des Strafgerichts. Gleiches gilt bezüglich des Antrags des Beschwerdeführers auf Beizug der Beschwerde des Mitbeschuldigten M._ vom 11. Januar 2010 an das Bundesgericht (vgl. Beschwerde S. 13). Auf den in dieser Angelegenheit ergangenen Entscheid 6B_30/2010 vom 1. Juni 2010 wird in rechtlicher Hinsicht Bezug genommen.
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Nicht stattzugeben ist daher dem Antrag auf Befragung des a.o. Untersuchungsrichters U._ (vgl. Beschwerde S. 8).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Anwendung von § 57 StPO/ZG, da die Vorinstanz für die Entschädigung nicht auf den für das Untersuchungs- und Hauptverfahren tatsächlich getätigten und ausgewiesenen Aufwand seines Rechtsvertreters von insgesamt 1'179 Stunden abgestellt habe.
2.1 Das Strafgericht entschädigte den Beschwerdeführer nach Ermessen, wobei es den angemessenen Stundenaufwand für das Untersuchungsverfahren auf 250 Stunden, jenen im Zusammenhang mit dem Begehren um Einstellung des Verfahrens auf 40 Stunden, für das Überweisungs- und Hauptverfahren auf 120 Stunden und für das eigentliche Hauptverfahren auf 210 Stunden festsetzte. Die Vorinstanz führt dazu aus, der von den Verteidigern der Mitbeschuldigten N._ und O._ getätigte Stundenaufwand betrage rund einen Drittel bzw. einen Viertel des vom Beschwerdeführer geltend gemachten Aufwands von 1'179 Stunden. Aus den von ihm eingereichten Rechnungen seien aber keine speziellen Aufwendungen ersichtlich, welche die enormen Unterschiede im Zeitaufwand rechtfertigen würden. Auch lasse er in seiner Beschwerdeschrift Ausführungen hierzu vermissen. Angesichts der im Vergleich zu den Beschuldigten N._ und O._ exorbitanten Höhe des geltend gemachten Zeitaufwands sei es nicht zumutbar, sämtliche in den eingereichten Rechnungen aufgeführten Positionen auf ihre Angemessenheit zu überprüfen. Unter diesen Umständen sei das Vorgehen des Strafgerichts, keine nähere Prüfung der Honorarnoten vorzunehmen, sondern den notwendigen Verteidigungsaufwand nach Ermessen festzusetzen, angemessen und vertretbar. Im Übrigen falle auf, dass allein für das Plädoyer und das damit zusammenhängende Aktenstudium über 400 Stunden verrechnet worden seien. Dieser Aufwand erscheine aber verglichen mit den von den Verteidigern der Beschuldigten N._ und O._ hierfür geltend gemachten Bemühungen als weit überzogen, zumal sich die Verteidigung zuvor bereits über mehrere Jahre hinweg mit dem Straffall eingehend befasst habe und sie den Fall für die Hauptverhandlung nicht von Grund auf habe erarbeiten müssen (angefochtenes Urteil E. 2.1.3 S. 3 f.).
2.2 Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, die Vorinstanz habe aus retrospektiver Sicht und in der offenkundigen Absicht, dem Staat Kosten zu ersparen, Verteidigungsaufwand nachträglich als unnötig deklariert. Dabei habe sie den konkreten Umständen und den Besonderheiten der Untersuchung und der Anklage, die u.a. auf falschen Behauptungen basiert habe, sowie der Schwere der Vorwürfe und den exorbitanten Strafanträgen der Staatsanwaltschaft keine Rechnung getragen (S. 4). Die Vorinstanz habe den Stundenaufwand seines Rechtsanwalts nur mit jenem der Verteidiger der Mitbeschuldigten N._ und O._ verglichen. Willkürlich habe sie dabei den ebenfalls sehr hohen Verteidigungsaufwand der übrigen drei Mitangeklagten ausser Acht gelassen. Ausserdem habe sie bei ihrem willkürlichen Aufwandvergleich die arbeitsteilige Vorgehensweise und den Umstand völlig unberücksichtigt gelassen, dass sich der amtliche Verteidiger von O._ auf die Arbeit seiner Mitverteidiger verlassen habe, sich darauf auch explizit in seinem Plädoyer bezogen habe und den meisten Einvernahmen ferngeblieben sei (Beschwerde S. 13).
2.3 Wird der Beschuldigte freigesprochen, so trägt gemäss Art. 56bis Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zug vom 3. Oktober 1940 (StPO/ZG) in der Regel der Staat die Untersuchungs- und Gerichtskosten. Werden dem Freigesprochenen keine Kosten auferlegt, so ist ihm - wenn ihm durch das Strafverfahren wesentliche Kosten und Umtriebe erwachsen sind - eine Entschädigung zulasten des Staates auszurichten (§ 57 Abs. 1 StPO/ZG). Das von den Justizbehörden festzulegende Honorar für die Parteivertretung durch Rechtsanwälte vor den Strafgerichten sowie vor den Untersuchungs- und Anklagebehörden ist im Kanton Zug in der Verordnung des Obergerichts vom 3. Dezember 1996 über den Anwaltstarif (AnwT) geregelt. Danach bemisst sich das Honorar in Strafsachen nach dem angemessenen Zeitaufwand des Rechtsanwalts (§ 15 Abs. 1 AnwT). Es wird festgesetzt, nachdem der Rechtsanwalt eine spezifizierte Aufstellung über seine Tätigkeit und die Barauslagen vorgelegt hat (§ 15 Abs. 2 i.V.m. § 14 Abs. 3 AnwT).
2.4 Das Bundesgericht prüft die Anwendung der kantonalen Kosten- und Entschädigungsbestimmungen nur auf Willkür (<ref-law>; <ref-law>). Bei der Bemessung der Parteientschädigung steht dem Richter ein weiter Ermessensspielraum zu. Willkür liegt vor, wenn die Festsetzung des Anwaltshonorars ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu den mit Blick auf den konkreten Fall notwendigen anwaltlichen Bemühungen steht und in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstösst (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). In Fällen, in denen eine kantonale Behörde den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet, greift das Bundesgericht nur mit grosser Zurückhaltung ein. Es ist Sache der kantonalen Instanzen, die Angemessenheit anwaltlicher Bemühungen zu beurteilen, wobei sie über ein beträchtliches Ermessen verfügen. Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn der Ermessensspielraum klarerweise überschritten wurde und Bemühungen nicht honoriert wurden, die zweifelsfrei zu den Obliegenheiten eines Verteidigers gehören (<ref-ruling> E. 2d). Diese zur amtlichen Verteidigung ergangene Rechtsprechung gelangt auch zur Anwendung, soweit es um die Entschädigung im Falle einer Einstellung oder eines Freispruchs im Umfang der Kosten der erbetenen Verteidigung geht (vgl. Urteil 6B_799/2007 vom 19. Juni 2008 E. 3.1).
2.4 Das Bundesgericht prüft die Anwendung der kantonalen Kosten- und Entschädigungsbestimmungen nur auf Willkür (<ref-law>; <ref-law>). Bei der Bemessung der Parteientschädigung steht dem Richter ein weiter Ermessensspielraum zu. Willkür liegt vor, wenn die Festsetzung des Anwaltshonorars ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu den mit Blick auf den konkreten Fall notwendigen anwaltlichen Bemühungen steht und in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstösst (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). In Fällen, in denen eine kantonale Behörde den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet, greift das Bundesgericht nur mit grosser Zurückhaltung ein. Es ist Sache der kantonalen Instanzen, die Angemessenheit anwaltlicher Bemühungen zu beurteilen, wobei sie über ein beträchtliches Ermessen verfügen. Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn der Ermessensspielraum klarerweise überschritten wurde und Bemühungen nicht honoriert wurden, die zweifelsfrei zu den Obliegenheiten eines Verteidigers gehören (<ref-ruling> E. 2d). Diese zur amtlichen Verteidigung ergangene Rechtsprechung gelangt auch zur Anwendung, soweit es um die Entschädigung im Falle einer Einstellung oder eines Freispruchs im Umfang der Kosten der erbetenen Verteidigung geht (vgl. Urteil 6B_799/2007 vom 19. Juni 2008 E. 3.1).
2.5 2.5.1 Die von der Vorinstanz vorgenommene Kürzung des Verteidigungsaufwands kann nicht als offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich bezeichnet werden. Der Aufwand des Verteidigers muss in einem vernünftigen Verhältnis zur erbrachten Leistung stehen (Urteil 6B_799/2007 vom 19. Juni 2008 E. 3.3.3). Nicht zu entschädigen sind nutzlose, überflüssige und verfahrensfremde Aufwendungen (<ref-ruling> E. 4b). Erscheint der getätigte Aufwand in Anbetracht der sich im Strafverfahren stellenden Probleme offensichtlich unverhältnismässig, ist ein Vergleich mit dem Verteidigungsaufwand der Mitbeschuldigten zulässig. Die Vorinstanz trägt hierfür dem Umstand Rechnung, dass einzelne Beschuldigte nicht in allen fünf Sachverhaltskomplexen angeklagt waren, und dass die Verteidigung in einzelnen Anklagepunkten mit mehr Aufwand verbunden war als in anderen, wobei sie willkürfrei zum Schluss kommt, die notwendige Verteidigung des Beschwerdeführers sei mit jener der Angeklagten N._ und O._ vergleichbar, welche von der Anklage in ähnlichem bzw. in wenig höherem Ausmass betroffen waren (vgl. angefochtenes Urteil S. 4).
Zutreffend ist, dass auch die Beschuldigten M._ (Fr. 559'513.85), P._ (Fr. 382'787.40) und Q._ (Fr. 214'089.10), welcher im Vergleich zum Beschwerdeführer in weniger Anklagepunkten zu verteidigen war, sehr hohe Prozesskostenentschädigungen beantragten (vgl. Urteil des Strafgerichts S. 148). Gelangt das Gericht zur Überzeugung, die Verteidiger mit dem tiefen Stundenaufwand seien ihren Pflichten als Strafverteidiger vollumfänglich nachgekommen, während andere einen unverhältnismässigen und teilweise unnötigen Aufwand betrieben, ist ein Honorarvergleich auch unter diesen Umständen nicht willkürlich. Zu berücksichtigen ist zudem, dass weder die Beschuldigten M._ und P._ noch der Beschuldigte Q._ eine detaillierte Leistungsaufstellung ihrer Rechtsvertreter im Sinne von § 14 Abs. 3 Satz 1 AnwT einreichten, weshalb auch diese nach Ermessen zu entschädigen waren. Indem die Vorinstanz den schliesslich veranschlagten Stundenaufwand immer noch weit über jenem der Rechtsvertreter der Beschuldigten N._ und O._ ansetzt, trägt sie dem Umstand Rechnung, dass dem Verteidiger bei der Beurteilung der Frage, ob ein bestimmter Verteidigungsaufwand notwendig ist, seinerseits ein weiter Ermessensspielraum eingeräumt werden muss.
Die Vorinstanz lässt die vom Beschwerdeführer eingereichten Leistungsaufstellungen seines Rechtsvertreters schliesslich nicht gänzlich unberücksichtigt. Vielmehr prüft sie diese, wobei sie zum Schluss kommt, daraus seien keine speziellen Aufwendungen ersichtlich, welche den enorm hohen Zeitaufwand erklären könnten. Die Kürzung des Verteidigungsaufwands von 1'179 auf 620 Stunden ist zwar erheblich. Zu beachten ist jedoch, dass dieser im Vergleich zum Stundenaufwand der Verteidiger der Mitangeklagten N._ und O._ rund das Drei- bzw. Vierfache betrug. Auch wenn man mit dem Beschwerdeführer davon ausgeht, der amtliche Verteidiger des Beschuldigten O._ habe nur einen minimalen Aufwand betrieben und nicht an allen Einvernahmen teilgenommen (Beschwerde S. 21 f.), so beträgt der schliesslich entschädigte Aufwand von 620 Stunden im Vergleich zu den vom amtlichen Verteidiger von O._ geltend gemachten und entschädigten 282,77 Stunden immer noch mehr als das Doppelte. Im Übrigen verkennt der Beschwerdeführer, dass beispielsweise der blosse Seitenumfang der Plädoyernotizen nicht zwingend Rückschlüsse auf den für die Vorbereitung der Hauptverhandlung getätigten Aufwand zulassen, nachdem weitschweifige Ausführungen und Wiederholungen nicht mit einem grossen Arbeitsaufwand verbunden sein müssen, während umgekehrt die Vorbereitung eines bewusst kurz gefassten und auf das Wesentliche beschränkten Plädoyers viel Zeit in Anspruch nehmen kann. Der Umstand, dass die Plädoyernotizen des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers rund 162 Seiten umfassten und jene des Verteidigers von O._ nur 32 Seiten (Beschwerde S. 14), lässt daher nicht den Schluss zu, die Vorinstanz habe den Umfang des notwendigen Verteidigungsaufwands offensichtlich verkannt.
2.6 Der Beschwerdeführer rügt (S. 27), die Rechnung seines Rechtsvertreters vom 31. März 2002 für die Zeit vom 1. Juli 2001 bis 31. März 2002 über Fr. 32'615.80 sei bei der Festsetzung der Entschädigung unberücksichtigt geblieben. Die Einleitung des Strafverfahrens sei durch den Verband A._ im Mai 2001 öffentlich bekannt geworden, worauf er seinen Rechtsanwalt beauftragt habe, sich in die Angelegenheit aufgrund der zur Verfügung stehenden Akten einzuarbeiten. Am 4. November 2002 sei er überfallartig verhaftet worden, dies entgegen der mit der damaligen Untersuchungsrichterin getroffenen Absprache, wonach er bei Bedarf kontaktiert und als Zeuge befragt werden sollte. Die Vorinstanz führt dazu aus (E. 2.2.2 S. 4), der Aufwand von knapp 88 Stunden vor Tätigwerden im Rahmen des eigentlichen Strafverfahrens müsse fraglos als aussergewöhnlicher Aufwand bezeichnet werden. Die vom Beschwerdeführer hierfür vorgebrachte Begründung, ohne Dossierkenntnis wäre schon die telefonische Kontaktaufnahme mit der Untersuchungsrichterin nicht möglich gewesen, überzeuge nicht.
Diese Würdigung der Vorinstanz ist nicht willkürlich. Der Rechnung vom 31. März 2002 liegt auch keine detaillierte Leistungsaufstellung bei. Die Bemühungen im Zusammenhang mit der Verhaftung des Beschwerdeführers vom 4. November 2002 und der Gefängnisbesuch vom darauffolgenden Tag bilden demgegenüber Bestandteil der Rechnung vom 17. Dezember 2002 über Fr. 20'528.65 für die Zeit ab 1. April bis 15. Dezember 2002 und blieben entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers nicht unberücksichtigt.
2.7 Kein Anlass zu Kritik gibt die Auffassung der Vorinstanz, der Aufwand im Zusammenhang mit den drei vom Beschwerdeführer im Rahmen des Untersuchungs- und Hauptverfahrens an die Justizkommission des Obergerichts erhobenen Beschwerden sei nicht zu entschädigen, da diese jeweils entschädigungslos abgewiesen worden seien und in dieser Sache daher bereits ein Entschädigungsentscheid vorliege (vgl. Beschwerde S. 30, angefochtenes Urteil S. 5).
2.8 Was der Beschwerdeführer weiter gegen die Kürzung des Stundenaufwands vorbringt, vermag ebenfalls keine Willkür zu begründen. An der Sache vorbei gehen insbesondere seine Einwände, er sei, obschon offensichtlich unschuldig, zu Unrecht in das Verfahren einbezogen worden und seinen Anträgen auf Einstellung des Verfahrens sowie, nach Anklageerhebung, auf Abtrennung des Verfahrens hätte stattgegeben werden müssen (S. 4-8, 17 f. und 20). Insgesamt kann der Vorinstanz keine offensichtliche Überschreitung des ihr zustehenden Ermessens vorgeworfen werden, zumal der vom Beschwerdeführer geltend gemachte Aufwand auch unabhängig vom markant geringeren Verteidigungsaufwand der Beschuldigten N._ und O._ als unverhältnismässig hoch erscheint.
2.9 Die Vorinstanz begründet die Kürzung des Stundenaufwands ausreichend, wobei sie auf alle Vorbringen des Beschwerdeführers eingeht. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor (vgl. Beschwerde S. 13 und 25-28).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, es sei der zwischen ihm und seinem Rechtsvertreter vereinbarte Stundenansatz von Fr. 400.-- verbindlich, welcher im Raume Zürich und Zug für einen erfahrenen Strafverteidiger in komplexen Verfahren üblich und jedenfalls nicht unangemessen sei. Die Verordnung des Obergerichts vom 3. Dezember 1996 (AnwT) gelange aufgrund des mit seinem Verteidiger vereinbarten höheren Stundenansatzes nicht zur Anwendung. Diese Verordnung sei zudem überholt, da sie seit über zehn Jahren nie der Teuerung und den gerichtsnotorisch inzwischen allgemein angestiegenen Honoraransätzen der Rechtsanwälte angepasst worden sei. Das Beharren auf den tiefen Ansätzen gemäss Verordnung verletzte das Recht auf freie Wahl des Verteidigers nach Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK (Beschwerde S. 16 ff. und 31 ff.).
3.2 § 15 Abs. 2 AnwT sieht einen Stundenansatz von Fr. 180.-- bis Fr. 300.-- vor. Für die Bestimmung des Honoraransatzes ist im Einzelfall auf die allgemeinen Regeln von § 2 AnwT zurückzugreifen, wonach die Honorare innerhalb der im Tarif festgelegten Grenzen nach der Schwierigkeit des Falles sowie nach dem Umfang und der Art der angemessenen Bemühungen festzulegen sind. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers gilt dies auch für private Mandate mit einem vereinbarten höheren Honoraransatz (Urteile des Bundesgerichts 6B_30/2010 vom 1. Juni 2010 E. 5.4.2; 6B_497/2007 vom 13. November 2007 E. 2.5.1). Die Entschädigung von Fr. 250.-- pro Stunde ist im Verhältnis zu den heute unter Strafverteidigern im freien Dienstleistungsverkehr praktizierten Ansätzen eher tief. Das Bundesgericht erachtete jedoch einen Stundenansatz von Fr. 250.-- in Fällen mittlerer Komplexität bzw. von Fr. 200.-- oder Fr. 220.-- in weniger komplexen Verfahren auch in unlängst ergangenen Entscheiden als mit dem Willkürverbot vereinbar (vgl. Urteil 6B_30/2010 vom 1. Juni 2010 E. 5.4.2 und die dort zitierten Entscheide). Die Entschädigung eines tieferen Stundenansatzes als den mit dem privaten Verteidiger vereinbarten verstösst nicht gegen Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK, wenn auch ein Rechtsanwalt mit einem durchschnittlichen oder relativ tiefen Stundenansatz Gewähr für eine wirksame Verteidigung bietet (Urteil 6B_30/2010 vom 1. Juni 2010 E. 5.4.3).
3.3 Die Vorinstanz legt willkürfrei dar, weshalb vorliegend ein Stundenansatz von Fr. 250.-- angemessen erscheint. Sie führt unter Verweis auf die Erwägungen des Strafgerichts im Wesentlichen aus (E. 3 S. 6 f.), der Minimalansatz von Fr. 180.-- bzw. seit 1. Januar 2007 von Fr. 200.-- decke nicht nur leichte, sondern bis zu einem gewissen Grad auch anspruchsvollere Fälle ab. Massgebend sei die objektive Schwierigkeit. Der vorliegende Fall sei als grundsätzlich recht komplex und aktenmässig sehr umfangreich anzusehen. In sachverhaltlicher und rechtlicher Hinsicht biete er jedoch keine allzu grossen Schwierigkeiten. Sie berücksichtigt zudem, dass auch weniger anspruchsvolle Tätigkeiten wie Reisen und Teilnahme an Einvernahmen abzugelten waren und auch der amtliche Verteidiger mit Fr. 200.-- pro Stunde entschädigt werde. Der Einwand des Beschwerdeführers, es handle sich angesichts der besonderen Schwierigkeiten keineswegs um einen Standardfall (S. 19 und 33 f.), lässt den vorinstanzlichen Entscheid nicht als offensichtlich unhaltbar erscheinen.
4. Die Beschwerde ist auch unbegründet, soweit darin geltend gemacht wird, es sei die mit dem Verteidiger vereinbarte Unkosten- und Spesenpauschale von 3 % zu entschädigen (Beschwerde Ziff. 14.4.2 S. 35). Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, weshalb die von der Vorinstanz als angemessen bezeichnete Pauschale von 2.5 % willkürlich sein soll. Die Vorinstanz ist nicht an die vom Beschwerdeführer mit seinem Anwalt vereinbarte höhere Pauschale gebunden. Sie legt im angefochtenen Entscheid zudem dar, weshalb auch die vom Beschwerdeführer angerufenen Honorarempfehlungen des Zürcher Anwaltsverbands nicht massgeblich sind. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers ist ihr Entscheid auch in diesem Punkt ausreichend begründet.
5. Der Beschwerdeführer wendet ein, es sei gerichtsnotorisch, dass er als Privatmann Zuschläge aus der Mehrwertsteuer selbst zu tragen habe und nicht als Vorsteuer abziehen könne. Auf dem Honorar sei daher zusätzlich die Mehrwertsteuer von 7,6 % zu entschädigen. Die Vorinstanz habe sich in Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör nach <ref-law> mit diesem Einwand nicht auseinandergesetzt (Beschwerde Ziff. 14.4.1 S. 35).
Ob der Beschwerdeführer diesen Punkt im vorinstanzlichen Verfahren korrekt rügte und die Vorinstanz darauf zu Unrecht nicht eingeht, kann offen bleiben, nachdem aus den Erwägungen und Berechnungen des Strafgerichts (S. 155) klar hervorgeht, dass auch die Mehrwertsteuer von 7,6 % entschädigt wurde und die Rüge sich demnach als unbegründet erweist.
6. Der Beschwerdeführer verlangt die Rückerstattung der Kosten von Fr. 4'950.-- für ein bei Prof. P._ in Auftrag gegebenes Rechtsgutachten. Die Vorinstanz erwägt dazu, einem Gericht müsse zugemutet werden können, dass es das massgebliche Recht kenne und auch ohne Rechtsgutachten anzuwenden vermöge bzw. bei weiteren Problemfeldern und Fragestellungen selbst ein Rechtsgutachten anordne. Die Aufwendungen für das Rechtsgutachten würden keine Auslagen darstellen, welche im Zusammenhang mit einer angemessenen Verteidigung notwendig gewesen seien. Die Kosten des Rechtsgutachtens seien daher nicht zu erstatten (angefochtenes Urteil E. 5.2 S. 8).
Der Beschwerdeführer hält dem entgegen (S. 36), diese Begründung erweise sich als eine retrospektive Beurteilung. Angesichts der extensiven Vorwürfe in der Anklage, die sich auf ein von der Anzeigeerstatterin vorgelegtes Rechtsgutachten gestützt habe, sei die nachträgliche Beurteilung der Vorinstanz unhaltbar. Es widerspreche dem Prinzip der Waffengleichheit, Verteidigungsgutachten als unnötig zu bezeichnen, wenn Anzeigeerstatter und Untersuchungsbehörden Gutachten ins Feld führten, die mit Gegengutachten widerlegt werden müssten.
Auch wenn die Anzeigeerstatterin ihrerseits ein Rechtsgutachten einreichte, so ist die Auffassung der Vorinstanz, wonach das Gericht das Recht von Amtes wegen anwendet und gegebenenfalls bei Unklarheiten auf Antrag der Parteien oder von Amtes wegen selber ein Gutachten hätte einholen können, unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden. Wendet das Gericht das Recht falsch an, stehen den Betroffenen die gesetzlichen Rechtsmittel zur Verfügung (vgl. Urteil 6B_30/2010 vom 1. Juni 2010 E. 5.6). Die Rüge ist unbegründet.
7. Die Gesamtkosten von Fr. 100'000.-- für das von den fünf Beschuldigten in Auftrag gegebene Gutachten G._/H._ erstattet die Vorinstanz im Umfang von insgesamt Fr. 25'000.--, d.h. von Fr. 5'000.-- pro Angeschuldigter. Sie erwägt, Kosten für Gutachten im sachverhaltsmässigen Bereich seien grundsätzlich zu ersetzen. Dies setze jedoch voraus, dass diese notwendig erschienen. Das Gutachten G._/H._ könne nur soweit als notwendig bezeichnet werden, als es sich zur grundsätzlichen Fragestellung im Zusammenhang mit der nicht einfachen Frage einer möglichen Überschuldung und Illiquidität äussere. Die selbständige Einholung eines vollständigen und umfassenden Gutachtens sei nicht notwendig gewesen (angefochtenes Urteil E. 5.2 S. 8).
Entgegen den Einwänden des Beschwerdeführers (S. 36) ist auch diesbezüglich keine unzulässige retrospektive Beurteilung oder eine Verletzung des Prinzips der Waffengleichheit auszumachen. Hätte das Gericht das Gutachten, beschränkt auf die rechtserheblichen Fragen, selbst eingeholt, ist anzunehmen, dass sich die Kosten dafür nicht auf Fr. 100'000.-- belaufen hätten. Nicht willkürlich ist es, den Beschuldigten nur die mutmasslichen Kosten eines gerichtlichen Gutachtens zu erstatten.
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, Strafrechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. September 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Unseld