Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene T._ war als Informatik-Supporter bei der Helvetia Patria Versicherungen tätig und damit bei der Helsana Versicherungen AG (nachfolgend: Helsana) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 14. Mai 2005 rutschte er beim Spazieren aus, fiel auf die linke Hüfte und Schulter und verspürte sofort einen ziehenden Schmerz in der Halswirbelsäule (HWS). Der erstbehandelnde Arzt, welcher am 26. Mai 2005 aufgesucht wurde, stellte die Diagnose einer Zerrung der HWS mit einer radikulären Symptomatik C7 rechts. Der Röntgenbefund zeigte lediglich leichte degenerative Veränderungen, welche die Symptome nicht erklärten. Vorbestehend litt T._ seit Geburt an einer weitgehenden Parese des linken Armes mit Atrophie unter Mitbeteiligung der Schulter und einer Areflexie. Ab dem 30. Mai 2005 bestand eine volle Arbeitsunfähigkeit. Die Helsana erbrachte Versicherungsleistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeldern. Die Behandlung bestand weitgehend aus Physiotherapie und Medikamenten. Trotzdem verblieben ohne wesentliche Veränderung chronische Schmerzen, eine Einschränkung in der Leistungsfähigkeit und der Konzentration. Überdies wurde der Versicherte von verschiedenen Ärzten begutachtet. Der von der Helsana mit einer Begutachtung beauftragte Prof. Dr. med. W._, Facharzt für Neurologie FMH, stellte in der Expertise vom 29. September 2006 die Diagnosen einer chronifizierten Schmerzsymptomatik, mit Sicherheit myogen bedingt mit auch myogenen Kopfschmerzen unklarer Ätiologie hinsichtlich der Chronifizierung und der Intensität, eines Status nach geburtstraumatischer oberer Plexusparese links mit ausgeprägten Sekundärfolgen wie Fixation im Schulter- und Ellbogengelenk, einer deutlichen Fehlhaltung der Wirbelsäule mit Skoliose und angedeuteter Rippenbuckelbildung links, radiologisch nachgewiesenen deutlichen degenerativen HWS-Veränderungen im oberen Bereich und einer angeborenen Hämiangiomatose Th 10/11 und diffus am rechten Oberschenkel. Der Gutachter hielt den Endzustand als noch nicht erreicht und empfahl dringend weitere Heilbehandlungen und eine Beurteilung unter stationären Bedingungen. Die Helsana interpretierte das Gutachten dahingehend, dass die Beeinträchtigungen des Versicherten in keinem natürlichen Kausalzusammenhang zum Unfall vom 14. Mai 2005 mehr ständen und stellte ihre Leistungen mit Verfügung vom 20. Dezember 2006 auf den 30. November 2006 ein. Mit der hiegegen erhobenen Einsprache liess T._ ein polydisziplinäres Gutachten der Klinik X._ vom 27. Dezember 2006 einreichen und beantragen, es seien ihm weiterhin Versicherungsleistungen zu gewähren, eventuell seien weitere Abklärungen zur Unfallkausalität unter stationären Bedingungen anzuordnen. Eine solche Abklärung fand vom 19. Februar bis 10. März 2007 auf Kosten der Krankenkasse in der Klinik X._ statt. Beim Austritt und in Kenntnis einer umfassenden ergonomischen Abklärung erachteten die Experten eine berufliche Tätigkeit als EDV-Supporter oder in einer anderen leichten wechselbelastenden Arbeit für zwei Stunden täglich als zumutbar. Die Invalidenversicherung sprach T._ mit Verfügung vom 20. August 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 88 % eine volle Rente zu. Die Helsana hielt mit Einspracheentscheid vom 5. Oktober 2007 an ihrer Einstellungsverfügung fest, da es ihres Erachtens an der natürlichen, sicher aber an der adäquaten Kausalität zwischen dem Unfall und den bleibenden Beschwerden mangle.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden wies die dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 29. Februar 2008 ab.
C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und des Einspracheentscheides vom 5. Oktober 2007 seien über den 30. November 2006 hinaus Versicherungsleistungen zu erbringen; eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Helsana schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Strittig ist der von der Beschwerdegegnerin verfügte und vorinstanzlich bestätigte Fallabschluss (Einstellung sämtlicher Leistungen aus dem Ereignis vom 14. Mai 2005) auf den 30. November 2006.
2.1 Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung sowie die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen), zum im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit und zum Beweiswert sowie zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) richtig wiedergegeben. Ebenfalls zutreffend dargelegt ist die Rechtsprechung über den zusätzlich zum natürlichen Kausalzusammenhang erforderlichen adäquaten Kausalzusammenhang (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis). Danach spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 366 ff. und 369 E. 4 S. 382 ff., 115 V 133 E. 6 S. 138 ff.). Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen (<ref-ruling> E. 6a S. 367) und äquivalenten Verletzungen der HWS (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) sowie bei Schädel-Hirntraumen, soweit sich die Folgen mit denjenigen eines Schleudertraumas der HWS vergleichen lassen (<ref-ruling> E. 4b S. 383), auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f. mit Hinweisen).
2.2 Im erwähnten <ref-ruling> hat das Bundesgericht die Praxis zur Kausalitätsprüfung bei Unfall mit Schleudertrauma, äquivalenter Verletzung der HWS oder Schädel-Hirntrauma ohne organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden (sogenannte Schleudertrauma-Praxis), in mehrfacher Hinsicht präzisiert. Gemäss diesem Urteil ist am Erfordernis einer besonderen Adäquanzprüfung bei Unfällen mit solchen Verletzungen festzuhalten (E. 7 des erwähnten Urteils). Auch besteht keine Veranlassung, die bewährten Grundsätze über die bei dieser Prüfung vorzunehmende Einteilung der Unfälle nach deren Schweregrad und den abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls erforderlichen Einbezug weiterer Kriterien in die Adäquanzbeurteilung zu ändern (E. 10.1). Das Bundesgericht hat aber die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung der Schleudertrauma-Praxis rechtfertigt, erhöht (E. 9) und die adäquanzrelevanten Kriterien teilweise modifiziert (E. 10).
3. Während die Helsana sowohl den natürlichen als auch den adäquaten Kausalzusammenhang verneint und das kantonale Gericht hinsichtlich der über den genannten Zeitpunkt hinaus vom Versicherten geklagten Beschwerden die Frage nach der natürlichen Kausalität offenlässt, jedoch die Adäquanz des Kausalzusammenhanges mit dem Unfall negiert, macht der Beschwerdeführer geltend, der anhaltende Gesundheitsschaden stehe in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis.
3.1 Gemäss Austrittsbericht der Klinik X._ vom 20. März 2007 leidet der Beschwerdeführer an einem zervikozephalen und zervikobrachialen linksbetonten Syndrom mit/bei einem Status nach Sturzgeschehen vom 14. Mai 2005 mit abrupter Seitneigung der Halswirbelsäule nach rechts, einer muskulären Dysbalance des Schultergürtels, einem Status nach perinataler oberer Plexuslähmung links, teilweise kompensiert, einer zervikothorakalen liquorintenser Raumforderung von HWK 6/7 bis BWK 1/2 und degenerativen Veränderungen der mittleren und unteren HWS sowie an einer Faszitis plantaris rechts. Aufgrund des Sturzes sei es zu einer stärkeren Ausprägung der bereits bestehenden Invalidisierung des linken Armes gekommen. Die Beschwerdesymptomatik äussere sich in Schmerzen im Bereich der HWS mit Ausstrahlung nach okzipital und in die rechte obere Extremität. In der neuropsychologischen Teildiagnostik zeige sich ein leicht beeinträchtigtes kognitives Leistungsprofil mit Hauptschwierigkeiten in der geteilten Aufmerksamkeit, der figurativen Flexibilität und dem figurativen Gedächtnis. Es sei davon auszugehen, dass die Leistungsschwankungen in der Aufmerksamkeit schmerzbedingt seien. Eine im Dezember 2006 vorgenommene psychosomatische Untersuchung zeigte einen psychiatrischen Normalbefund ohne irgendeine Psychopathologie.
3.2 Die Helsana beruft sich zur Verneinung des natürlichen Kausalzusammenhanges einzig auf eine Notiz ihres beratenden Arztes, Dr. med. J._, vom 17. Mai 2006, worin dieser aufgrund der Akten "von einer vorübergehenden Verschlechterung eines Vorzustandes" ausgeht, welche seines Erachtens nach einem Jahr behoben sein sollte. Das kantonale Gericht ist nach eingehender Würdigung der ärztlichen Unterlagen zur Erkenntnis gelangt, die gesamte medizinische Aktenlage sei partiell widersprüchlich und lasse keine abschliessende Beurteilung der Frage nach dem ursächlichen Zusammenhang der fortbestehenden Gesundheitsschädigungen zu. Dieser vorinstanzlichen Einschätzung ist zu folgen. Insbesondere wurden die Ärzte der Klinik X._, von denen der Beschwerdeführer eingehend begutachtet und auch über eine längere Zeit stationär behandelt wurde, nicht über ihre Ansicht hinsichtlich der Kausalität der diagnostizierten Beschwerden befragt, was angesichts der Aktenlage grundsätzlich zu der der obligatorischen Unfallversicherung obliegenden Abklärungspflicht (<ref-law>) gehört hätte. Da die den Beschwerdeführer hauptsächlich beeinträchtigende Behinderung in den chronischen starken Schmerzen liegt, welche organisch nicht hinreichend nachweisbar oder erklärbar sind, erübrigt sich indessen eine weitere Abklärung der natürlichen Kausalität, wenn ohnehin der adäquate Kausalzusammenhang zu verneinen wäre, was vorerst zu prüfen ist.
4. Das kantonale Gericht hat die Adäquanz mittels der in <ref-ruling> begründeten Rechtsprechung geprüft. Die Beschwerdegegnerin hält in ihrer Beschwerdeantwort dafür, es sei die sogenannte "Psycho-Praxis" gemäss <ref-ruling> anzuwenden, da psychische Beschwerden diejenigen, welche von der HWS-Distorsion herrührten, ganz in den Hintergrund gedrängt hätten.
4.1 Im <ref-ruling> hat das Bundesgericht in Erwägung 9 (S. 121) festgehalten, dass an die Grundlagen für den Schluss auf das Vorliegen von Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen hohe Anforderungen zu stellen sind. Demnach ist bei Beschwerden, die länger und ohne deutliche Besserungstendenz bestehen, eine interdisziplinäre Abklärung und die Beurteilung durch Fachärzte angezeigt (E. 9.3, S. 124). Eine solche ist bereits in einer ersten Phase nach dem Unfall, also nach rund sechs Monaten Beschwerdepersistenz, vorzunehmen. Inhaltlich haben sich die Gutachter überzeugend darüber zu äussern, ob die geklagten Beschwerden überhaupt glaubhaft sind, und ob für diese trotz Fehlens objektiv ausgewiesener organischer Unfallfolgen eine beim Unfall erlittene Distorsion der HWS, eine äquivalente Verletzung oder ein Schädel-Hirntrauma überwiegend wahrscheinlich zumindest eine Teilursache darstellt. Darüber hinaus soll das Gutachten bei gefestigter Diagnose auch darüber Auskunft geben, ob eine bestehende psychische Problematik als Teil des für solche Verletzungen typischen, einer Differenzierung kaum zugänglichen somatisch-psychischen Beschwerdebildes zu betrachten ist, oder aber ein von diesem zu trennendes, eigenständiges psychisches Leiden darstellt. Nur wenn in der Expertise überzeugend dargetan wird, dass die psychische Störung nicht Symptom der Verletzung ist, kann dafür eine andere Ursache gesehen werden (E. 9.5, S. 125).
4.2 Vorliegend wurden beim Beschwerdeführer keinerlei psychische Beeinträchtigungen festgestellt. Ebenso wenig spielen in den Akten emotionale Konflikte oder psychosoziale Probleme, wie sie die Helsana in ihrer Beschwerdeantwort anführt, irgendeine Rolle. Das kantonale Gericht hat die Adäquanz daher zu Recht mittels der bei HWS-Distorsionen und vergleichbaren Verletzungen anzuwendenden Kriterien geprüft. Die Beschwerdegegnerin hat es unterlassen, den Gesundheitszustand durch eine interdisziplinäre Abklärung von Fachärzten beurteilen zu lassen. Aus dem Gutachten und dem Bericht über den stationären Aufenthalt in der Klinik X._ lässt sich hingegen folgern, dass die geklagten Beschwerden glaubhaft, wenn auch nicht organisch erklärbar sind und der Unfall wohl zumindest eine Teilursache des Beschwerdebildes darstellt. Die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> kommt daher zur Anwendung.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer ist am 14. Mai 2005 bei einem Spaziergang im Wald auf einer nassen Wurzel ausgerutscht und auf die linke Seite gestürzt. Die Vorinstanz hat das Ereignis zu Recht als grundsätzlich leichten Unfall klassiert, die Adäquanzkriterien aber wegen der besondern Begleitumstände (angeborene Armparese links, sodass der Sturz nicht hatte abgefangen werden können) trotzdem geprüft. Von den weiteren objektiv fassbaren und unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehenden oder als Folge davon erscheinenden Umständen, welche als massgebende Kriterien in die Gesamtwürdigung einzubeziehen sind, müssten demnach für eine Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhanges entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter Weise gegeben sein.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer ist am 14. Mai 2005 bei einem Spaziergang im Wald auf einer nassen Wurzel ausgerutscht und auf die linke Seite gestürzt. Die Vorinstanz hat das Ereignis zu Recht als grundsätzlich leichten Unfall klassiert, die Adäquanzkriterien aber wegen der besondern Begleitumstände (angeborene Armparese links, sodass der Sturz nicht hatte abgefangen werden können) trotzdem geprüft. Von den weiteren objektiv fassbaren und unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehenden oder als Folge davon erscheinenden Umständen, welche als massgebende Kriterien in die Gesamtwürdigung einzubeziehen sind, müssten demnach für eine Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhanges entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter Weise gegeben sein.
5.2 5.2.1 Weder aufgrund der Akten noch der Vorbringen in der letztinstanzlichen Beschwerde sind besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalles vom 14. Mai 2005 ersichtlich.
5.2.2 Gemäss <ref-ruling> genügt die Annahme eines HWS-Schleudertraumas für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der dafür typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06, E. 5.3; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04, E. 5.2.3 mit Hinweisen). Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06, E. 5.3; RKUV 2003 Nr. U 489 S. 357, U 193/01, E. 4.3 mit Hinweisen). Auch erhebliche Verletzungen, welche sich die versicherte Person neben dem Schleudertrauma, der äquivalenten Verletzung der HWS oder dem Schädel-Hirntrauma beim Unfall zugezogen hat, können bedeutsam sein (BGE V 109 E. 10.2.2 S. 127 f.). Solche Umstände liegen hier nicht vor. Da die besondere Körperhaltung, die der Beschwerdeführer aufgrund seiner Armplexuslähmung beim Sturz eingenommen hatte, bereits bei der Bejahung der Voraussetzungen für die ausnahmsweise Adäquanzprüfung bei einem leichten Unfall berücksichtigt wurde, fällt es hier ausser Betracht.
5.2.3 Auch für eine Bejahung der Kriterien der fortgesetzt spezifischen, den Versicherten belastenden ärztlichen Behandlung oder der ärztlichen Fehlbehandlung fehlen Anhaltspunkte. Dasselbe gilt für einen schwierigen Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen.
5.2.4 Adäquanzrelevant können im Weiteren in der Zeit zwischen dem Unfall und dem Fallabschluss nach <ref-law> ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4, S. 128). Gemäss Austrittsbericht der Klinik X._ vom 20. März 2007 leidet der Versicherte an starken HWS-Beschwerden mit okzipitaler Ausstrahlung bis in die Augengruben, mit Linksbetonung im Vordergrund. In einer Schmerz-Selbstbeurteilung schildert er das Spektrum in einer 10er Skala zwischen 4 und 10. Damit sind zwar Schmerzen vorhanden, schwanken aber in ihrer Intensität sehr stark von mässig bis intensiv. Gemäss Bericht der Klinik X._ vom 7. Mai 2007 bestehen überdies auch weitere Möglichkeiten zur Schmerzkontrolle. Bei Tests konnte sich der Beschwerdeführer trotz Schmerzen bis an die ergonomische Limite belasten. Insgesamt ist damit das Kriterium der erheblichen Beschwerden zwar zu bejahen, nicht aber in besonders ausgeprägter Weise.
5.2.5 Was schliesslich das Kriterium der Arbeitsunfähigkeit anbelangt, ist gemäss <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 dem Umstand Rechnung zu tragen, dass bei leichten bis mittelschweren Schleudertraumen der HWS (und punkto Adäquanzbeurteilung gleich zu behandelnden Verletzungen) ein längerer oder gar dauernder Ausstieg aus dem Arbeitsprozess vom medizinischen Standpunkt aus als eher ungewöhnlich erscheint. Nicht die Dauer der Arbeitsunfähigkeit ist daher massgebend, sondern eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt. Darin liegt der Anreiz für die versicherte Person, alles daran zu setzen, wieder ganz oder teilweise arbeitsfähig zu werden. Gelingt es ihr trotz solcher Anstrengungen nicht, ist ihr dies durch Erfüllung des Kriteriums anzurechnen. Konkret muss ihr Wille erkennbar sein, sich durch aktive Mitwirkung raschmöglichst wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern. Solche Anstrengungen der versicherten Person können sich insbesondere in ernsthaften Arbeitsversuchen trotz allfälliger persönlicher Unannehmlichkeiten manifestieren. Dabei ist auch der persönliche Einsatz im Rahmen von medizinischen Therapiemassnahmen zu berücksichtigen. Sodann können Bemühungen um alternative, der gesundheitlichen Einschränkung besser Rechnung tragende Tätigkeiten ins Gewicht fallen. Nur wer in der Zeit bis zum Fallabschluss nach <ref-law> in erheblichem Masse arbeitsunfähig ist und solche Anstrengungen auszuweisen vermag, kann das Kriterium erfüllen (<ref-ruling> E. 10.2.7, S. 129).
Solche spezifischen Anstrengungen liegen beim Beschwerdeführer nicht vor, sodass infolge der mit <ref-ruling> erfolgten Modifikation der Rechtsprechung das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz des entsprechenden Attests jedenfalls nicht in ausgeprägtem Ausmass gegeben ist.
5.2.6 Zusammenfassend hat das kantonale Gericht die Adäquanz zwischen den persistierenden, die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden Schmerzen und dem Unfall vom 14. Mai 2005 ab 1. Dezember 2006 zu Recht verneint.
6. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Mai 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer