Sachverhalt:
A. S._, geboren 1978, meldete sich unter Hinweis auf Kopf- und Rückenschmerzen sowie Schmerzen am linken Bein, bestehend seit einem (Auto-) Unfall im Juli 2006, am 14. August 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Arbeitsvermittlung, Rente). Die IV-Stelle des Kantons Zürich führte erwerbliche Abklärungen durch, zog die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) betreffend den Verkehrsunfall vom 24. Juli 2006, eine am 26. Juli 2006 erlittene Meniskusläsion und betreffend weitere Abklärungen der Unfallversicherung sowie von dieser eingeholte Berichte bei. Mit Verfügung vom 28. September 2007 stellte die SUVA ihre Leistungen per 31. Oktober 2007 ein (bestätigt mit Einspracheentscheid vom 12. Dezember 2007). Nach Eingang eines Berichtes des behandelnden Psychiaters Dr. med. L._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 20. Oktober 2007, dem weitere medizinische Unterlagen beigefügt waren, und zusätzlichen erwerblichen Abklärungen veranlasste die IV-Stelle am 28. April 2009 eine orthopädisch-psychiatrische Abklärung im medizinischen Gutachtenzentrum X._ (Gutachten vom 27. Mai/5. Juli 2009; Dres. med. N._ [Spezialarzt Orthopädie FMH] und J._ [Eidg. Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie]). Hiezu holte sie eine Stellungnahme ein des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD; Dr. med. T._, FMH Allgemeinmedizin) vom 25. August 2009. Nachdem S._ gegen einen leistungsablehnenden Vorbescheid vom 30. September 2009 Einwände hatte erheben lassen, liess die IV-Stelle bei Dr. med. C._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, ein weiteres Gutachten vom 19. März 2010 erstellen, gegen welches S._ wiederum Bedenken vortragen liess. Am 8. Juli 2010 verfügte die IV-Stelle die Zusprechung einer ganzen Rente ab 1. Juli 2007 sowie einer befristeten halben Rente vom 1. Juli 2009 bis 31. Dezember 2009.
B. In teilweiser Gutheissung der hiegegen erhobene Beschwerde des S._ hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Verfügung vom 8. Juli 2010 mit Entscheid vom 29. Februar 2012 auf und stellte fest, S._ habe vom 1. Juli 2007 bis 31. Dezember 2009 Anspruch auf eine befristete ganze Rente. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. S._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm auch nach dem 1. Januar 2010 mindestens eine halbe Rente zuzusprechen. Eventualiter sei eine neue polydisziplinäre Abklärung zu veranlassen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist der Rentenanspruch ab 1. Januar 2010. Die Vorinstanz hat die für die Beurteilung dieses Anspruches einschlägigen Rechtsgrundlagen und die dazu ergangene Rechtsprechung zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Das kantonale Gericht stellte fest, für die Beurteilung von Juli 2007 bis mindestens März 2009 bestehe unbestrittenermassen eine vollständige Arbeitsunfähigkeit. Indes sei die IV-Stelle basierend auf einer Stellungnahme der RAD-Ärztin Dr. med. T._ zu Unrecht bereits ab April 2009 von einer relevanten gesundheitlichen Verbesserung und einer Arbeitsfähigkeit von 50 % ausgegangen. Gestützt auf das Gutachten des Dr. med. C._ vom 19. März 2010 und den insoweit übereinstimmenden Angaben des Dr. med. L._ falle eine relevante Besserung frühestens ab Oktober 2009 in Betracht. Dr. med. C._ lege gestützt auf seine eigenen Untersuchungen vom 21. Januar, 1. Februar und 1. März 2010 sowie auf eine telefonische Bestätigung des Dr. med. L._ vom 16. März 2010 nachvollziehbar dar, dass sich die depressive Erkrankung und Entwicklung ab Oktober 2009 stabil zurückgebildet habe und auch die mit der depressiven Störung verbunden gewesenen aggressiv-gereizten Züge rückläufig gewesen seien. Weil nach einleuchtender Begründung des Dr. med. C._ die Arbeitsfähigkeit einzig durch die depressive Erkrankung und Entwicklung beeinträchtigt gewesen sei, könne ab Oktober 2009 von einer vollständigen Arbeitsfähigkeit (in adaptierten Tätigkeiten) ausgegangen werden. Auszuschliessen seien - mangels Erfüllung der einschlägigen Diagnosekriterien - insbesondere eine andauernde Persönlichkeitsänderung nach psychischer Erkrankung (ICD-10 F62.1), eine andauernde Persönlichkeitsänderung nach Extrembelastung (ICD-10 F62.0) sowie eine posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10 F43.1). Dass Dr. med. C._ die Unterlagen betreffend die Kriegserlebnisse des Versicherten nicht vorgelegen hätten, vermöge angesichts der von diesem zutreffend gewürdigten übrigen Akten und der auch andernorts ausgewiesenen gesundheitlichen Verbesserung nichts zu ändern. Eine von Dr. med. L._ als Verdachtsdiagnose erhobene somatoforme Schmerzstörung habe Dr. med. C._ ebenfalls in beweistauglicher Weise ausgeschlossen. Selbst wenn eine solche Störung hätte diagnostiziert werden können, wäre dem Versicherten eine willentliche Schmerzüberwindung zumutbar gewesen. Die gegen den Beweiswert des Gutachtens Dr. med. C._ angeführten Verständigungsschwierigkeiten würden nicht näher konkretisiert und auch dem Gutachten selbst liessen sich keine diesbezüglichen Hinweise entnehmen. Nicht zu beanstanden sei schliesslich die antizipierte Beweiswürdigung. Damit sei ab Oktober 2009 von einer um 10 % verminderten Arbeitsfähigkeit als Kurier/Chauffeur bei voller Stundenpräsenz auszugehen, in einer adaptierten Tätigkeit bestehe ab diesem Zeitpunkt keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit mehr. Da Validen- und Invalideneinkommen auf derselben lohnstatistischen Basis zu ermitteln seien, resultiere in jedem Fall ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss eine Verletzung der Beweiswürdigungsregeln durch das kantonale Gericht. Er bringt vor, Dr. med. C._ habe die Begutachtungsregeln krass verletzt, indem er die Schilderungen der erlittenen Kriegstraumatisierungen als unglaubwürdig erachtet und den Eingang der entsprechenden Dokumentation nicht abgewartet habe. Sein Gutachten sei daher nicht beweistauglich. Indem Vorinstanz und Beschwerdegegnerin nach Erhalt der Kriegs- und Lagerdokumentation darauf verzichtet hätten, diese an Dr. med. C._ weiterzuleiten, damit er eine aktualisierte Einschätzung abgebe, seien sie in Willkür verfallen. Die diesbezüglichen Unterlagen seien spätestens im letztinstanzlichen Verfahren zu berücksichtigen. Zu Unrecht sei die Beurteilung des Dr. med. J._ als nicht schlüssig beurteilt worden. Eine gesundheitliche Verbesserung ergebe sich nicht daraus, dass Dr. med. L._ mit der Zeit besseren Zugang zu ihm gefunden habe und widerspreche auch dem medizinisch bekannten Umstand, dass schwere Misshandlungen und Gräueltaten zwar eine Zeit lang unterdrückt werden könnten, nach "geeigneten Vorfällen" (hier sein Verkehrsunfall vom 24. Juli 2006) aber wieder hervorbrechen könnten, was die Vorinstanz zu Unrecht missachtet habe. Selbstredend sei er einverstanden mit einer Aufarbeitung der neuen medizinischen Dokumentation durch eine ausdrücklich beantragte Oberbegutachtung.
4. Der Gutachter Dr. med. C._ erachtete die beschwerdeführerischen Schilderungen der Kriegserlebnisse zwar als "nicht ohne weiteres stimmig und hinsichtlich Plausibilität nicht einfach nachvollziehbar". Indes war für ihn nicht deren Wahrheitsgehalt entscheidend, sondern wichtiger sei die Art der Traumaschilderung. Der Beschwerdeführer habe "direkt, spontan, ohne Umschweife, aber auch ohne seelische Belastung, ohne vegetative Begleitreaktionen, ohne Überwachheit, ohne Schreckhaftigkeit, ohne Kontrollverlust oder vermehrte Angst" berichtet. Dies spreche "gegen ein Wiedererleben der schrecklichen, traumatischen Ereignisse, gegen Vermeidungsverhalten und gegen anhaltende Symptome erhöhter Erregbarkeit, wie sie für die Diagnosestellung [der posttraumatischen Belastungsstörung] notwendig wären". Auch für die anderen von Dr. med. C._ verworfenen Diagnosen sind der Umgang des Versicherten mit dem Erlebten und sein Verhalten nach dem Unfall im Jahre 2006 massgeblich, nicht die Einzelheiten der zweifellos schrecklichen Kriegserlebnisse. Mit sorgfältiger, nachvollziehbarer Begründung, auf welche die Vorinstanz in bundesrechtskonformer Beweiswürdigung abgestellt hat, legte Dr. med. C._ dar, weshalb weder eine anhaltende Persönlichkeitsänderung nach Extrembelastung noch eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung noch eine andauernde Persönlichkeitsänderung nach psychischer Erkrankung diagnostiziert werden konnten. Es ist nach dem Gesagten nicht wahrscheinlich, dass der Gutachter zu einer anderen Beurteilung gekommen wäre, wenn er in die Akten des Roten Kreuzes Einsicht genommen und die Schilderungen des Beschwerdeführers betreffend die Kriegsgräuel für zweifellos und vollumfänglich zutreffend erachtet hätte. Dass das kantonale Gericht dem Gutachten Dr. med. C._ vollen Beweiswert zuerkannte und mit sorgfältiger Begründung, auf die verwiesen werden kann, namentlich nicht auf die Beurteilung des Dr. med. J._ abgestellt hat, sondern mit Dr. med. C._ von einer gesundheitlichen Verbesserung ab Oktober 2009 ausging (welche nicht zuletzt auch der behandelnde Psychiater bestätigte, dessen - telefonische - Auskünfte vom 16. März 2010 der Beschwerdeführer nicht ausreichend substanziiert bestreitet), ist weder willkürlich noch sonst wie bundesrechtswidrig. Für eine Oberbegutachtung besteht kein Raum, auch unter dem Aspekt des beschwerdeweise vorgebrachten Argumentes nicht, wonach die Erinnerung an erlittene schwere Misshandlungen und Gräueltaten unter bestimmten Voraussetzungen Jahre später reaktiviert werden kann (vgl. hiezu bspw. Kunzke/Güls, Diagnostik einfacher und komplexer posttraumatischer Störungen im Erwachsenenalter, in: Psychotherapeut 2003, S. 51), was nach dem Gesagten im Falle des Beschwerdeführers für die Zeit nach Oktober 2009 nicht (mehr) zutrifft.
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. August 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle