(Einstellung eines Strafverfahrens), hat sich ergeben:
A.- X._ wird u.a. vorgeworfen, sich in der Schweiz im Drogenhandel betätigt und einen Teil des Erlöses ins Ausland überwiesen zu haben. Er wurde am 18. August 1998 im Hauptbahnhof Zürich verhaftet, als er aufgrund eines ausgefüllten Beleges im Begriffe war, Fr. 11'000.-- an A._ zu transferieren. Tags zuvor soll er insgesamt Fr. 15'000.-- an B._ und C._ überwiesen haben; dieser Betrag wurde sichergestellt. Bei seiner Verhaftung war X._ im Besitz von rund Fr. 7'000.--. Gemäss weiteren Ermittlungen soll X._ zudem knapp Fr. 200'000.-- ins Ausland überwiesen haben. Hinsichtlich des ihm vorgeworfenen Drogenhandels liegt neben anderen Indizien insbesondere eine Belastung durch D._ vor. Nach ihren Aussagen soll sie in Genf eine Drogentransporteurin abgeholt haben, die X._ 2.8 kg Kokain hätte übergeben sollen. Nach seiner Festnahme am 18. August 1998 wurde X._ bis zum 21. Juni 1999 in Untersuchungshaft behalten.
Mit Strafbefehl vom 21. Juni 1999 wurde X._ von der Bezirksanwaltschaft Zürich wegen mehrfacher Widerhandlung gegen Art. 23 Abs. 1 al. 4 ANAG mit zwei Monaten Gefängnis bestraft. Am 9. August 1999 verfügte die Bezirksanwaltschaft, das wegen Geldwäscherei und Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz eingeleitete Strafverfahren sei einstweilen zu sistieren, weil eine Konfrontation mit D._ infolge ihres derzeit unbekannten Aufenthalts einstweilen nicht möglich sei. Gleichzeitig hielt die Bezirksanwaltschaft die am 3. September 1998 und am 25. Mai 1999 verfügten Beschlagnahmungen förmlich aufrecht. Auf den am 15. September 1999 gegen diese Anordnungen erhobenen Rekurs trat die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich mit Entscheid vom 31. Januar 2000 infolge Rechtskraft des Strafbefehls vom 21. Juni 1999 und mangelnder Beschwer von X._ nicht ein.
Am 31. August 2000 beantragte X._ die definitive Einstellung des Verfahrens. Die Bezirksanwaltschaft Zürich wies diesen Antrag am 19. September 2000 ab. Gegen diese Verfügung rekurrierte X._ an das Bezirksgericht Zürich wegen Verletzung des in Art. 6 Ziff. 1 EMRK garantierten Rechts auf eine gerichtliche Anhörung und Beurteilung innert angemessener Frist. Der Einzelrichter für Zivil- und Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich trat mit Verfügung vom 4. Dezember 2000 auf den Rekurs wegen Unzuständigkeit nicht ein und überwies die Sache der Staatsanwaltschaft zur Beurteilung. Die Staatsanwaltschaft wies den Rekurs am 18. Dezember 2000 ab, soweit sie darauf eintrat.
B.- Gegen den Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft führt X._ staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht.
Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids wegen Verletzung von Art. 8, 9 und 29 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Weiter ersucht er um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Die Bezirksanwaltschaft und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwieweit auf eine Beschwerde einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
b) In ihrem Rekursentscheid vom 18. Dezember 2000 lehnt es die Staatsanwaltschaft ab, das gegen den Beschwerdeführer hängige Strafverfahren definitiv einzustellen.
Gleichzeitig bestätigt sie die von der Bezirksanwaltschaft am 9. August 1999 verfügte einstweilige Sistierung der wegen Verdachts auf Geldwäscherei und Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz geführten Strafuntersuchung. Die Staatsanwaltschaft schliesst mit ihrem Entscheid das Strafverfahren nicht endgültig ab, weshalb dieser als Zwischenentscheid im Sinn von Art. 87 Abs. 2 OG in Betracht fällt (zum Begriff des Zwischenentscheids: <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1a/aa S. 41; <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 1a). Allerdings würde eine solche prozessrechtliche Qualifikation zusätzlich voraussetzen, dass der angefochtene Entscheid das Verfahren einen Schritt weiterführt oder einen solchen Schritt zeitlich festlegt, was vorliegend gerade nicht der Fall ist: In ihrem Rekursentscheid hält die Staatsanwaltschaft vielmehr fest, vorläufig werde die Untersuchung weder definitiv eingestellt noch wieder aufgenommen, da eine wichtige Belastungszeugin noch immer nicht auffindbar sei und eine Konfrontation mit dem Beschwerdeführer deshalb noch nicht stattfinden könne. Damit erklärt die Staatsanwaltschaft, dass die Untersuchung auf unbestimmte Zeit still stehe. Für den Beschwerdeführer ist daher nicht absehbar, ob und wann die Untersuchung fortgesetzt wird. Unter diesen Umständen ist der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft als Endentscheid zu betrachten.
c) Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des verfassungsmässigen Beschleunigungsgebots (Art. 6 Ziff. 1 EMRK, <ref-law>) geltend. Zu dieser Rüge ist er nach Art. 88 OG legitimiert, da ihm die Verdachtsgründe anlässlich der Haftanordnung amtlich mitgeteilt wurden und er als Angeschuldigter im Sinn von Art. 6 Ziff. 1 EMRK ein recht-lich geschütztes Interesse an einer zügigen Fortsetzung resp. Beendigung des ihn belastenden Verfahrens hat.
d) Nicht einzutreten ist demgegenüber auf das Vorbringen, die kantonalen Zuständigkeitsvorschriften seien willkürlich (<ref-law>) angewendet worden resp. an sich verfassungswidrig, und es hätte ein Gericht über die Frage der definitiven Einstellung befinden müssen: Der Beschwerdeführer hat keine konkreten kantonalen Normen bezeichnet, die nach seiner Auffassung Art. 6 Ziff. 1 EMRK widersprechen sollen, und die beanstandeten Mängel an der kantonalen Zuständigkeitsordnung sind sehr allgemein gehalten. Die Beschwerde erfüllt insofern die in Art. 90 Abs. 1 lit. b OG aufgestellten Begründungsanforderungen nicht.
e) Im Übrigen sind die Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt.
2.- a) Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids wegen Verletzung des Beschleunigungsgebots.
Er ist der Auffassung, das Verfahren hätte längst definitiv eingestellt werden müssen, weil die Verdachtsgründe zu wenig konkret seien und die von den Behörden beabsichtigte Konfrontation mit D._ mangels Kenntnis ihres Aufenthaltsorts nicht erfolgen könne. Nachdem die Behörden nicht anderweitig aktiv geworden seien, sei ihm nicht zuzumuten, bis zum Eintritt der Verfolgungsverjährung auf den verfahrensbeendenden Entscheid zu warten. Eine Verfahrensverschleppung rügt der Beschwerdeführer auch in Bezug auf den Zeitraum vor der Abreise von D._ ins Ausland.
Er wirft den Behörden vor, diese nicht bereits im Dezember 1998 vorgeladen zu haben, als er eine Gegenüberstellung ausdrücklich verlangt habe. Unverständlich sei weiter, dass nicht unverzüglich eine polizeiliche Zuführung angeordnet worden sei, nachdem D._ zu der auf den 23. März 1999 angesetzten Konfrontationseinvernahme nicht erschienen war.
b) Das in den Art. 6 Ziff. 1 EMRK und <ref-law> gewährleistete Beschleunigungsgebot, auf das sich der Beschwerdeführer beruft, ist verletzt, wenn die Strafverfolgungsbehörden das Verfahren nicht mit der gebotenen Beförderung behandeln. Es soll verhindern, dass ein Angeschuldigter länger als notwendig den Belastungen eines Strafverfahrens, insbesondere der quälenden Ungewissheit über den Ausgang der Sache, ausgesetzt ist (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen; Andreas Donatsch, Das Beschleunigungsgebot im Strafprozess gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK in der Rechtsprechung der Konventionsorgane, in: Thürer/Weber/Zäch, Aktuelle Fragen zur EMRK, S. 76 und 81 f.). Für die Angemessenheit der Verfahrensdauer hat die Rechtsprechung zahlreiche Kriterien herausgebildet, jedoch darauf verzichtet, starre Zeitgrenzen für einzelne Verfahrensphasen festzulegen.
Massgebend sind Umfang und Schwierigkeit der einzelnen Strafsache, deren Bedeutung für den Angeschuldigten sowie die weiteren Umstände des Einzelfalles. Dabei ist auch in Betracht zu ziehen, inwiefern die Behörden oder der Angeschuldigte mit ihrem Verhalten zur Verfahrensverzögerung beigetragen haben (<ref-ruling> E. 2c S. 142; vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 325; Frowein/Peukert, EMRK-Kommentar,
2. Aufl. , Art. 6, Rz. 144).
Die Frist, deren Angemessenheit zu beurteilen ist, beginnt nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK im Zeitpunkt der "Anklage".
Hinsichtlich der Berechnung der Frist wird der Anklagebe-griff in der Praxis weit ausgelegt: Abgestellt wird regelmässig auf den Zeitpunkt, in dem die zuständige Behörde dem Betroffenen erstmals offiziell mitteilt, welche Vorwürfe gegen ihn erhoben werden (<ref-ruling> E. 5a S. 323 f.; <ref-ruling> E. 3; Theo Vogler, in: Internationaler Kommentar zur EMRK, 1986, Art. 6, Rz. 204). Das Beschleunigungsgebot ist in allen Stadien eines Strafverfahrens zu beachten. Weil das Strafverfahren bei rückwirkender Betrachtung eine Einheit bildet, ist es jedoch schwierig, einzelne Verfahrens-abschnitte zu beurteilen (vgl. Stefan Trechsel, Die Verteidigungsrechte in der Praxis zur Europäischen MRK, in: ZStrR 96/1979 S. 391). Je früher eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gerügt wird, umso tiefgreifender müssen deshalb die Gründe sein, die für einen Verstoss sprechen.
c) Der Beschwerdeführer wurde im Rahmen der Anordnung der Untersuchungshaft im August 1998 von den ihm angelasteten Straftaten in Kenntnis gesetzt. Anschliessend nahmen die Behörden verschiedene Untersuchungshandlungen vor, bis sie das Verfahren im August 1999 zufolge Unauffindbarkeit von D._ sistierten. Seitdem diese im Juli 1999 zur Aufenthaltsnachforschung ausgeschrieben wurde, sind die Ermittlungen eingestellt worden, und es darf aufgrund der Akten sowie der Sistierungsverfügung der Bezirksanwaltschaft davon ausgegangen werden, dass weitere Untersuchungshandlungen vorläufig nicht stattfinden werden. Aus dem angefochtenen Entscheid ist zu schliessen, dass die Strafverfolgungsbehörden die konkreten Tatindizien zwar als eher knapp, jedoch einschlägig betrachten. Die gerügte Verletzung des Beschleunigungsgebots kann daher in diesem Stadium des Verfahrens einstweilen nur unter dem beschränkten Gesichtspunkt geprüft werden, ob eine Sistierung der Untersuchung überhaupt zulässig war und, gegebenenfalls, ob ihre Aufrechterhaltung noch als verfassungsmässig erachtet werden kann.
d) Im Licht des Beschleunigungsgebots erscheinen formelle Sistierungen einer Strafuntersuchung schon im Grundsatz problematisch, solange sie keinerlei Anhaltspunkte für den ungefähren Zeitpunkt der Wiederaufnahme enthalten; denn die Behörde bringt damit zum Ausdruck, dass sie ihre Bemühungen, das Verfahren vorwärts zu bringen, auf unbestimmte Zeit einstellt. Der Angeschuldigte leidet in einer solchen Situation nicht nur unter der Ungewissheit über den Ausgang des Verfahrens, sondern zugleich unter der fehlenden Aussicht auf eine Beendigung innert angemessener Frist. Vorliegend erübrigt es sich jedoch, die nach Zürcher Praxis gehandhabten einstweiligen Sistierungen in allgemeiner Weise auf ihre Verfassungsmässigkeit hin zu prüfen, da sie in der Regel aus Gründen erfolgen, die der Angeschuldigte zu verantworten hat (vgl. Niklaus Schmid, Strafprozessrecht,
3. Aufl. , Rz. 799; Denise Proff Hauser, Die Bedeutung des Beschleunigungsgebots im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK für das zürcherische Strafverfahren, Diss. Zürich 1998, S. 113), was hier nicht zutrifft.
Der Beschwerdeführer weist zu Recht darauf hin, dass die Untersuchung im August 1999 einzig wegen der noch ausstehenden Konfrontationseinvernahme sistiert wurde und seither keine neuen Erkenntnisse vorliegen. Die Behörden haben selbst ausgeführt, sie hätten bereits alles Notwendige in die Wege geleitet, um die Belastungszeugin ausfindig zu machen. Es ist unbestritten, dass diese in der Zwischenzeit nicht aufgefunden werden konnte. Das Verfahren steht somit seit bald zwei Jahren still, und weder die Bezirks- noch die Staatsanwaltschaft haben hier je einen zeitlichen Rahmen festgesetzt, innert welchem mit dem Auffinden der Zeugin vernünftigerweise gerechnet werden kann. Die oberste Begrenzung der Untersuchungsdauer ergibt sich aus der absoluten Verfolgungsverjährung (<ref-law>), weshalb der Beschwerdeführer zu Recht befürchtet, möglicherweise noch jahrelang über den weiteren Verlauf des Verfahrens im Ungewissen zu bleiben. Da er selbst keine Möglichkeit hat, auf die Fortsetzung resp. definitive Einstellung des Verfahrens hinzuwirken und die Tatvorwürfe relativ schwer sind, kann dem Beschwerdeführer eine Aufrechterhaltung dieses Zustands nicht zugemutet werden.
3.- Somit ist festzustellen, dass das Beschleunigungsgebot in der Untersuchungsphase verletzt wurde. Dies führt zur Gutheissung des Antrags um Aufhebung des angefochtenen Sistierungsentscheids. Die Staatsanwaltschaft hat darüber zu befinden, ob sie auf der Grundlage des bisherigen Beweisergebnisses entweder förmlich Anklage beim zuständigen Strafgericht erheben oder mit Rücksicht auf die seit den Tatvorwürfen verstrichene Zeit und die damit verbundene Belastung des Beschwerdeführers sowie mit Blick auch auf die strafprozessualen Massnahmen (Beschlagnahmungen) sogleich die definitive Einstellung der Untersuchung verfügen muss; dies wird nur unterbleiben können, wenn konkrete Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die Konfrontationseinvernahme mit der Zeugin durchgeführt oder das Untersuchungsverfahren auf andere Weise einem Abschluss zugeführt werden kann.
4.- Demnach ist die staatsrechtliche Beschwerde gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 OG). Sein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung ist damit gegenstandslos geworden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und der Entscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 18. Dezember 2000 wird aufgehoben.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich wird verpflichtet, den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'855. 70 zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Bezirksanwaltschaft Zürich, Büro C-5, und der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 1. Juni 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: