Faits :
A.
Par jugement du 13 mars 2013, le Tribunal correctionnel de la République et Canton de Genève a condamné X._ pour actes d'ordre sexuel avec des enfants et contrainte sexuelle à une peine privative de liberté de trente mois sous déduction de la détention avant jugement, avec sursis partiel, la partie ferme étant fixée à six mois et la durée du délai d'épreuve à trois ans, a subordonné le maintien du sursis à la règle de conduite consistant en un suivi psychothérapeutique en rapport avec le trouble du développement psychosexuel, la pédophilie et la personnalité dépendante de X._, l'a condamné au paiement en faveur de A._ d'un montant de 15'000 fr., avec intérêt à 5 % dès le 29 mars 2003 pour le tort moral et d'un montant de 24'000 fr. avec intérêt à 5 % dès le 13 mars 2013, à titre de remboursement des honoraires de son conseil et mis les frais de procédure à sa charge par 10'142 fr. 85.
B.
Par arrêt du 27 février 2014, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a admis les appels de A._ et du Ministère public et rejeté celui de X._. Elle a condamné ce dernier pour actes d'ordre sexuel avec des enfants et contrainte sexuelle à une peine privative de liberté de trois ans, sous déduction de onze jours de détention avant jugement, peine prononcée sans sursis à raison de dix-huit mois et avec sursis pour le solde, le délai d'épreuve étant fixé à cinq ans et ordonné un traitement ambulatoire au sens de l'<ref-law>, sous forme d'un suivi psychothérapeutique, pour une durée de cinq ans. Elle a en outre fixé le montant dû à A._ à titre de tort moral à 20'000 fr. et celui dû au titre du remboursement des honoraires de son conseil à 31'760 fr. plus TVA, sous déduction des montants déjà versés et mis les frais de deuxième instance par 4000 fr. à la charge de X._.
En bref, il ressort les éléments suivants de cet arrêt.
Entre 1997 et 2001, X._, profitant de l'ascendant physique et psychique qu'il avait sur sa nièce A._ née le 29 mars 1989, a, lors de cours de soutien scolaire dispensés à celle-ci et de visites de courtoisie à sa famille, caressé les fesses, la poitrine et/ou le sexe de la fillette en la masturbant, ressentant à ces occasions de l'excitation sexuelle. Il a agi à une vingtaine de reprises entre 1997 et 1999 et à une dizaine de reprises entre 1999 et 2001. A cinq reprises, il a introduit son doigt dans le vagin de A._.
Entre 2001 et 2003, X._ a caressé les fesses de A._ à cinq reprises.
A._ a révélé les faits à son père au mois de juin 2011 dès lors que celui-ci s'interrogeait sur les motifs pour lesquels elle n'avait pas invité son oncle, X._, à son mariage. Celui-ci a reconnu les faits au cours d'un entretien téléphonique avec le mari de A._ lors duquel une forme de compensation a également été évoquée. X._ a été interpellé le 23 août 2011.
B._, née en 1981, demi-soeur de A._, a également porté plainte contre X._ en raison d'attouchements dont elle avait été victime à l'âge de dix ou onze ans. Par ordonnance du 26 mars 2012, le Ministère public a classé cette procédure, les faits reprochés par B._ étant atteints par la prescription et un accord étant intervenu entre les parties.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais, principalement à son annulation et au prononcé d'une peine privative de liberté de deux ans, avec sursis et délai d'épreuve de trois ans. Subsidiairement, il conclut au prononcé d'une peine privative de liberté de trente mois, sous déduction de onze jours de détention avant jugement, la part ferme étant fixée à six mois, le solde prononcé avec sursis et délai d'épreuve de trois ans et la peine étant suspendue au profit d'un traitement ambulatoire.
Invités à déposer des observations sur le recours, la cour cantonale y a renoncé cependant que le Ministère public a conclu à son rejet. X._ a renoncé à se déterminer sur ces écritures.

Considérant en droit :
1.
Le recourant s'en prend à l'établissement des faits invoquant la violation de l'interdiction de l'arbitraire et du principe in dubio pro reo.
1.1. Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313 ; sur la notion d'arbitraire : <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205 ; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5). Ce dernier reproche se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst. ; <ref-law> ; art. 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 7 p. 82 ; <ref-ruling> consid. 2a p. 88). L'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 105). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les références citées).
1.2. En substance, la cour cantonale a retenu que les faits s'étaient déroulés entre 1997 et 2003, ces dates étant corroborées par les souvenirs des différentes parties. S'agissant de la question du nombre d'actes commis, la cour cantonale a souligné que c'était à tort que le tribunal de première instance avait retenu qu'ils s'étaient limités à onze pour les caresses sur le sexe et sur les fesses. Le recourant avait agi à trente reprises entre 1997 et 2001 (vingt de 1997 à 1999 et dix de 1999 à 2001) et à cinq reprises entre 2001 et 2003.
Se basant sur les déclarations du recourant et de son épouse, de la mère de l'intimée, sur les bulletins scolaires de celle-ci attestant de ses difficultés en 1998-1999, et enfin sur la période documentée de rédaction de la thèse du recourant, durant laquelle sa disponibilité était moindre, la cour cantonale a considéré comme établi que le recourant avait donné des cours de soutien à l'intimée durant deux ans, soit de janvier 1997 à juin 1999, à raison d'une fois par semaine. Durant cette période, le recourant avait agi très régulièrement, soit au moins une fois par mois. Il n'y avait pas lieu de s'écarter des déclarations de l'intimée, mesurées et retenues, décrivant une régularité des agissements délictueux, et non des gestes isolés. Son enfermement durant son enfance et son adolescence (confirmé par sa mère) et l'importance des séquelles (aussi décrites par son époux) parlaient également en faveur d'une fréquence soutenue des actes traumatisants subis. Les troubles dont souffrait le recourant, son attitude décrite par plusieurs témoins de " très tactile ", ses agissements antérieurs envers B._, la variation dans ses déclarations et le black out allégué, dont on comprenait sa difficulté à admettre l'inadmissible, ainsi que l'avait confirmé son épouse, étaient autant d'éléments qui permettaient de n'accorder qu'une crédibilité limitée à ses aveux minimalistes. Le processus d'auto-flagellation et la surprise de son arrestation, allégués pour justifier l'admission de faits prétendument non commis, n'emportaient pas conviction, si l'on se souvenait que, dès le mois de juin 2011, le recourant connaissait les accusations portées contre lui et qu'il avait donc eu plusieurs semaines pour y penser et envisager qu'une procédure serait engagée avant son interpellation le 23 août 2011.
Au vu des mêmes éléments, la cour cantonale a retenu que, dès l'automne 1999 et jusqu'en décembre 2001, date du déménagement en France du recourant, les parties s'étaient vues moins souvent, soit une fois par mois en moyenne, les cours d'appui ayant cessé, limitant d'autant les actes délictueux du recourant.
La cour cantonale a ensuite relevé qu'après 2001, compte tenu des éléments déjà mentionnés relatifs à la crédibilité des déclarations de l'intimée au regard de celles du prévenu, ainsi que du fait que dès cette date les parties se voyaient encore moins et que l'intimée n'était plus vraiment une petite enfant " à chatouiller " , il était établi que le recourant avait caressé les fesses de la victime à cinq reprises dans la maison en France, tel que mentionné dans l'acte d'accusation.
Enfin, la cour cantonale a souligné qu'il ressortait des déclarations tant du recourant que de l'intimée (y compris les flashs décrits), que l'introduction d'un doigt dans le vagin avait lieu bien moins souvent que les caresses. La moindre fréquence de cet acte odieux pouvait également s'expliquer par la douleur décrite par l'intimée dans ces moments et la réticence, dont il n'y avait pas lieu de douter, du recourant à agir lorsqu'il sentait une crispation chez sa victime. Il convenait ainsi de retenir que le recourant avait introduit son doigt dans le vagin de sa nièce, à cinq reprises, durant la période où il donnait des cours d'appui.
1.3. En tant que l'argumentation du recourant consiste à opposer sa propre appréciation des faits et des preuves à celle de la cour cantonale sans démontrer en quoi celle-ci serait manifestement insoutenable, elle est appellatoire, partant irrecevable. Il en va notamment ainsi lorsqu'il conteste le nombre d'actes commis et l'appréciation de la crédibilité de ses déclarations et de celles de l'intimée. Pour le surplus, dans la mesure où le recourant se réfère à l'appréciation des juges de première instance, il perd de vue que la cour d'appel cantonale dispose d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit (cf. <ref-law>). C'est ainsi en vain qu'il cite le jugement de première instance pour contester les faits retenus et l'appréciation de ceux-ci. De la sorte, il ne formule aucun grief recevable sous l'angle de l'<ref-law>.
1.4. Pour le surplus, le recourant ne conteste pas la qualification des actes commis, ni sa condamnation pour actes d'ordre sexuel avec des enfants et contrainte sexuelle. Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner ces questions.
2.
Invoquant l'art. 48 let. d CP, le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas l'avoir mis au bénéfice de la circonstance atténuante du repentir sincère.
2.1. Selon l'art. 48 let. d CP, le juge atténue la peine si l'auteur a manifesté par des actes un repentir sincère, notamment s'il a réparé le dommage autant qu'on pouvait l'attendre de lui. Le repentir sincère n'est réalisé que si l'auteur a adopté un comportement désintéressé et méritoire, qui constitue la preuve concrète d'un repentir sincère. L'auteur doit avoir agi de son propre mouvement dans un esprit de repentir, dont il doit avoir fait la preuve en tentant, au prix de sacrifices, de réparer le tort qu'il a causé. Celui qui ne consent à faire un effort particulier que sous la menace de la sanction à venir ne manifeste pas un repentir sincère, il s'inspire de considérations tactiques et ne mérite donc pas d'indulgence particulière (<ref-ruling> consid. 1 p. 99 ; plus récemment arrêt 6B_532/2012 du 8 avril 2013 consid. 5). Le seul fait qu'un délinquant a passé des aveux ou manifesté des remords ne suffit pas. Il n'est en effet pas rare que, confronté à des moyens de preuve ou constatant qu'il ne pourra échapper à une sanction, un accusé choisisse de dire la vérité ou d'exprimer des regrets. Un tel comportement n'est pas particulièrement méritoire (<ref-ruling> consid. 1 p. 113 s. ; plus récemment arrêt 6B_532/2012 du 8 avril 2013 consid. 5). En revanche, des aveux impliquant le condamné lui-même et sans lesquels d'autres auteurs n'auraient pu être confondus, exprimés spontanément et maintenus malgré des pressions importantes exercées contre l'intéressé et sa famille, peuvent manifester un repentir sincère (cf. <ref-ruling> consid. 2d/cc p. 206). La bonne collaboration à l'enquête peut, par ailleurs, même lorsqu'elle ne remplit pas les conditions d'un repentir sincère, constituer un élément favorable pour la fixation de la peine dans le cadre ordinaire de l'<ref-law>. Un geste isolé ou dicté par l'approche du procès pénal ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 1 p. 99). Savoir si le geste du recourant dénote un esprit de repentir ou repose sur des considérations tactiques est une question d'appréciation des faits. Les constatations des autorités cantonales sur ce point lient en principe le Tribunal fédéral (<ref-law>).
2.2. La cour cantonale a retenu, faisant siens les considérants du jugement de première instance, que le recourant ne pouvait être mis au bénéfice de la circonstance atténuante du repentir sincère. Elle a en outre relevé qu'alors même que le recourant savait que l'intimée avait décidé de révéler les actes dont elle avait été victime, il ne s'était pas rendu à la police, mais avait attendu son arrestation, dont il disait de surcroît avoir été surpris. Il avait déployé davantage d'énergie à reconstituer les faits pour les minimiser qu'à se soucier du sort de sa victime et lui présenter de franches excuses. La seule lettre adressée en janvier 2012 ne pouvait valoir repentir sincère. Enfin, les montants versés à l'intimée étaient ceux fixés par le tribunal de première instance, même si la décision n'était pas encore en force sur ce point. Il n'y avait, là non plus, aucun acte particulièrement méritoire et spontané.
2.3. Le recourant se contente d'affirmer qu'il n'a eu de cesse de se soucier du sort de sa victime, qu'il a exprimé ses regrets à de nombreuses reprises, qu'il n'a pas cherché à minimiser les faits et qu'il a pris pleinement conscience du caractère répréhensible de ses actes. Ce faisant, il ne fait qu'introduire des faits non constatés sans démontrer en quoi leur omission serait arbitraire. Quant à sa collaboration à l'enquête, il soutient que sa reconstitution des faits aurait permis à la justice de le condamner pour un plus grand nombre d'actes que ceux dont l'intimée se souvenait. Cette affirmation va toutefois à l'encontre de ce que la cour cantonale a constaté. Celle-ci a en effet retenu que le recourant avait certes déployé de l'énergie pour reconstituer les faits mais pour les minimiser. Le recourant ne démontre pas en quoi ce fait aurait arbitrairement été établi et son grief est insuffisamment motivé au regard des exigences accrues de l'<ref-law>.
2.4. Enfin, le recourant soutient qu'il aurait proposé le versement de 15'000 fr. à l'intimée avant le jugement de première instance mais qu'elle aurait refusé cette somme. Il ressort à cet égard du jugement de première instance, auquel se réfère la cour cantonale, que le recourant a notamment proposé à l'intimée un tel montant à titre de réparation morale. Toutefois, cette proposition n'avait pas été faite spontanément au prix de sacrifice mais plutôt devant l'inéluctabilité d'une sanction pénale. De plus, le recourant avait tenté d'apaiser les esprits en proposant diverses discussions depuis le moment où il avait appris, en juin 2011, que l'intimée avait finalement parlé des abus mais cela apparaissait constituer plus une manoeuvre pour résoudre hors procédure judiciaire les conséquences de ses actes que pour réparer le tort causé (jugement de première instance, p. 27). Le recourant ne soutient, ni ne démontre que ces faits auraient été arbitrairement établis. Pour le surplus, il soutient avoir versé en tout 22'812 fr. 50 à l'intimée, soit un montant plus élevé que celui auquel il avait été condamné. A cet égard, le recourant produit deux pièces dont il ressort qu'il a effectué deux versements, l'un de 15'000 fr., l'autre de 7812 fr. 50 sur le compte du conseil de l'intimée, le 27 août 2013, soit postérieurement au jugement de première instance. Indépendamment de savoir si ces pièces figurent au dossier cantonal - faute de quoi elles seraient irrecevables (<ref-law>) - le recourant perd de vue qu'il a été condamné non seulement à payer 15'000 fr. à l'intimée à titre de réparation du tort moral, mais également un montant de 24'000 fr. en remboursement des honoraires de son conseil. Il n'établit ainsi pas avoir versé davantage que ce à quoi il a été condamné en première instance, contrairement à ce qu'il affirme. Par conséquent, il ne démontre pas qu'il était manifestement insoutenable de retenir que les montants versés à l'intimée étaient ceux fixés par le tribunal de première instance, même si la décision n'était pas encore en force sur ce point, comme l'a fait la cour cantonale. Supposé recevable, son grief est infondé.
2.5. Pour le surplus, le recourant ne discute pas de la motivation de l'arrêt attaqué. Sur la base des faits retenus, à propos desquels le recourant ne formule aucun grief recevable tiré d'une appréciation arbitraire des preuves, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a retenu que le recourant ne remplissait pas les conditions d'un repentir sincère.
3.
Le recourant se plaint de ce que la cour cantonale n'a pas retenu la circonstance atténuante du long temps écoulé au sens de l'art. 48 let. e CP.
3.1. Aux termes de l'art. 48 let. e CP, le juge atténue la peine si l'intérêt à punir a sensiblement diminué en raison du temps écoulé depuis l'infraction et que l'auteur s'est bien comporté dans l'intervalle.
Cette disposition ne fixe pas de délai. Selon la jurisprudence, l'atténuation de la peine en raison du temps écoulé depuis l'infraction procède de la même idée que la prescription. L'effet guérisseur du temps écoulé, qui rend moindre la nécessité de punir, doit aussi pouvoir être pris en considération lorsque la prescription n'est pas encore acquise, si l'infraction est ancienne et si le délinquant s'est bien comporté dans l'intervalle. Cela suppose qu'un temps relativement long se soit écoulé depuis l'infraction. Cette condition est en tout cas réalisée lorsque les deux tiers du délai de prescription de l'action pénale sont écoulés. Le juge peut toutefois réduire ce délai pour tenir compte de la nature et de la gravité de l'infraction (<ref-ruling> consid. 6.1 et 6.2 p. 2 ss). Pour déterminer si l'action pénale est proche de la prescription, le juge doit se référer à la date à laquelle les faits ont été souverainement établis, et non au jugement de première instance (moment où cesse de courir la prescription selon l'<ref-law>). Ainsi, lorsque le condamné a fait appel, il faut prendre en considération le moment où le jugement de seconde instance a été rendu dès lors que ce recours a un effet dévolutif (cf. <ref-law> ; cf. <ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 30).
3.2. S'agissant d'infractions imprescriptibles au sens de l'<ref-law>, l'alinéa 2 de cette disposition prévoit que le juge peut atténuer la peine dans le cas où l'action pénale est prescrite en vertu des art. 97 et 98 CP. Cette disposition précise l'art. 48 let. e CP en ce qui concerne les infractions imprescriptibles. Elle fixe ainsi le délai à partir duquel le juge peut atténuer la peine dans ce cadre. L'art. 48 let. e CP n'est par conséquent pas applicable aux crimes imprescriptibles.
3.3. Aux termes de l'art. 101 al. 1 let. e CP, sont imprescriptibles notamment les actes d'ordre sexuel avec des enfants (<ref-law>) et la contrainte sexuelle (<ref-law>), lorsqu'ils ont été commis sur des enfants de moins de 12 ans. Cette disposition est applicable si l'action pénale ou la peine n'était pas prescrite le 30 novembre 2008 en vertu du droit applicable à cette date (art. 101 al. 3, 3 e phrase CP).
3.4. Le 30 novembre 2008, l'<ref-law> avait la même teneur qu'actuellement. Son alinéa premier prévoit notamment que l'action pénale se prescrit par 15 ans si la peine maximale encourue est une peine privative de liberté de plus de trois ans, ce qui est le cas des infractions d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (<ref-law>) et de contrainte sexuelle (<ref-law>) en cause en l'espèce. Selon l'<ref-law> en cas notamment d'actes d'ordre sexuel avec des enfants et de contrainte sexuelle dirigée contre un enfant de moins de 16 ans, la prescription de l'action pénale court en tout cas jusqu'au jour où la victime a 25 ans.
3.5. La cour cantonale a retenu que les infractions reprochées au recourant n'étaient pas prescrites le 30 novembre 2008, de sorte que les nouvelles dispositions trouvaient application et les actes commis par le recourant tombaient sous le coup de la règle de l'imprescriptibilité au sens de l'art. 101 al. 1 let. e CP. Cette imprescriptibilité avait pour effet que la circonstance atténuante du long temps écoulé ne devait être admise qu'avec une grande retenue, à supposer qu'elle soit encore envisageable. C'était en effet pour protéger les victimes d'abus, qui laissaient souvent des années s'écouler avant de déposer plainte, que le législateur avait nouvellement introduit l'imprescriptibilité de ces infractions. Admettre que ce long temps profite aux agresseurs, en les mettant au bénéfice de la circonstance atténuante de l'art. 48 let. e CP, mettrait à néant cette volonté de protection. Les faits dont le recourant s'était rendu coupable remontaient à 1997 et pour les derniers à 2003. La dizaine d'années qui s'était écoulée jusqu'au jour du jugement d'appel, au regard de l'imprescriptibilité, ne pouvait en aucun cas justifier l'application de la circonstance atténuante du long temps écoulé. Il pourrait être tenu compte du bon comportement du recourant depuis 2003 sous l'angle de l'appréciation de la faute.
3.6. L'intimée est née le 29 mars 1989. Elle a ainsi atteint l'âge de 12 ans le 29 mars 2001. Les actes commis par le recourant sur celle-ci entre 1997 et le 28 mars 2001 l'ont ainsi été avant ses 12 ans. Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, seuls ceux-ci peuvent entrer dans le champ d'application de l'art. 101 al. 1 let. e CP. Au regard du droit applicable au 30 novembre 2008 (cf. art. 101 al. 3, 3 e phrase CP), le délai de prescription selon l'<ref-law> n'était pas atteint à cette dernière date car il courait jusqu'au 29 mars 2014 (soit jusqu'au 25 ans de l'intimée) pour ce qui est des actes commis entre 1997 et 1999, jusqu'en 2015 pour les actes commis en 2000 (délai de prescription de 15 ans) et jusqu'en 2016 pour ceux commis en 2001 (délai de prescription de 15 ans). Par conséquent, les actes commis entre 1997 et le 28 mars 2001 sont imprescriptibles en vertu de l'art. 101 al. 1 let. e et al. 3, 3 e phrase CP.
Il s'ensuit que la question de l'atténuation de la peine pour ces actes s'examine à l'aune de l'<ref-law>. Il convient d'appliquer par analogie la jurisprudence rendue au sujet de l'art. 48 let. e CP s'agissant de la date déterminante pour l'examen de la prescription (cf. supra consid. 3.1 i.f.). Ainsi, la date déterminante est celle où les faits ont été souverainement établis, c'est-à-dire la date du jugement sur appel. En l'occurrence, il s'agit du 27 février 2014. A cette date, la prescription calculée selon l'<ref-law> n'était atteinte pour aucun des actes commis entre 1997 et le 28 mars 2001. Le recourant ne peut ainsi pas bénéficier d'une atténuation de la peine en application de l'<ref-law> pour ceux-ci.
3.7. Les faits commis dès le 29 mars 2001 (soit après les 12 ans de l'intimée) ne peuvent entrer dans le champs d'application de l'art. 101 al. 1 let. e CP. Par conséquent, la question de l'atténuation de la peine pour le long temps écoulé s'examine à l'aune de l'art. 48 let. e CP et la prescription à celle des règles générales de l'<ref-law>. Ainsi, les actes commis par le recourant se prescrivaient par 15 ans, en application de l'<ref-law>. Lorsque la cour cantonale a statué le 27 février 2014, plus des deux tiers du délai de prescription étaient passés s'agissant de l'ensemble des faits commis entre le 29 mars 2001 et 2003. En application de la jurisprudence (cf. supra consid. 3.1), le recourant devait bénéficier d'une atténuation de la peine pour ces faits. La cour cantonale a ainsi violé le droit fédéral en refusant l'application de l'art. 48 let. e CP aux faits commis entre le 29 mars 2001 et 2003. L'arrêt attaqué sera donc annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle fixe à nouveau la peine en tenant compte de cet élément.
4.
Invoquant l'<ref-law>, le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir suspendu la part ferme de sa peine au profit du traitement ambulatoire.
4.1. Selon l'<ref-law>, si la peine n'est pas compatible avec le traitement, le juge peut suspendre, au profit d'un traitement ambulatoire, l'exécution d'une peine privative de liberté ferme prononcée en même temps que le traitement. Il peut ordonner une assistance de probation et imposer des règles de conduite pendant la durée du traitement.
Le principe est que la peine est exécutée et que le traitement ambulatoire est suivi en même temps. La suspension de la peine est l'exception (<ref-ruling> consid. 4.1 et 4.3 p. 162 ss ; en application du nouveau droit : v. arrêts 6B_335/2012 du 13 août 2012 consid. 2.1 ; 6B_807/2010 du 7 juillet 2011 consid. 4.1 ; 6B_141/2009 du 24 septembre 2009 consid. 4). Celle-ci doit se justifier suffisamment par des motifs thérapeutiques. Une suspension doit être ordonnée si la perspective du succès du traitement est considérablement compromise par l'exécution de la peine privative de liberté prononcée. La thérapie doit être privilégiée lorsqu'un traitement immédiat offre de bonnes chances de réinsertion, lesquelles seraient clairement entravées ou réduites par l'exécution de la peine. En outre, il faut tenir compte, d'une part, des effets de l'exécution de la peine, des perspectives de succès du traitement ambulatoire et des efforts thérapeutiques déjà consentis mais également, d'autre part, de l'exigence de politique criminelle de réprimer les infractions proportionnellement à la faute, respectivement d'exécuter en principe les peines qui ont force de chose jugée. Sous l'angle du principe de l'égalité de traitement, le besoin de traitement doit être d'autant plus marqué que la peine suspendue est d'une longue durée. Un traitement ambulatoire ne saurait être ordonné pour éviter l'exécution d'une peine ou la différer indéfiniment (<ref-ruling> consid. 4.1 et 4.3 p. 162 ss ; en application du nouveau droit v. arrêts 6B_95/2014 du 16 octobre 2014 consid. 3 ; 6B_335/2012 du 13 août 2012 consid. 2.1).
4.2. En substance, la cour cantonale a retenu que le traitement ambulatoire pouvait se dérouler en milieu pénitencier. Les éléments environnementaux stabilisateurs évoqués par l'expert et qui auraient pu justifier d'une suspension de la peine n'existaient plus, le recourant ayant perdu son travail de référence et ne vivant plus qu'épisodiquement avec son épouse.
Lorsque le recourant soutient qu'il vit avec son épouse, passe la plupart de son temps avec elle et qu'il travaille, il ne fait qu'opposer sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale, dans une démarche purement appellatoire. Il ne démontre ainsi pas en quoi il était manifestement insoutenable de retenir que les éléments environnementaux stabilisateurs évoqués par l'expert n'existaient plus. Au demeurant, il ne discute pas de la motivation de l'arrêt entrepris qui apparaît, pour le surplus, conforme aux principes exposés ci-dessus et au droit fédéral.
5.
Au vu de ce qui précède, les autres griefs du recourant deviennent sans objet.
6.
Le recours doit être partiellement admis et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, il doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant succombant sur plusieurs aspects déterminants, il doit supporter une partie des frais judiciaires (<ref-law>). Il a droit à des dépens réduits, à la charge du canton de Genève (<ref-law>).
Dès lors que le point sur lequel le recours est admis concerne la peine, seul le Ministère public et la cour cantonale ont été invités à se déterminer, l'intimée n'ayant pas d'intérêt à pouvoir se déterminer à cet égard.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 800 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 27 novembre 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Mathys
La Greffière : Livet