Fatti:
A. Il 22 giugno 2007 la A._SA ha presentato al Municipio di Ascona una domanda di costruzione per la demolizione degli edifici esistenti e l'edificazione di un complesso residenziale di 16 appartamenti sui fondi part. n. 1732 e 3138 di Ascona, situati su un terreno parzialmente in pendio. Il progetto prevede la realizzazione di cinque stabili distinti, di cui tre compatti (A, B e C), situati nella parte superiore del terreno, e due longilinei (D ed E), inseriti nel pendio a sud. La parte est della particella n. 3138 è parzialmente ricoperta da due aree boschive, l'una di 1'305 m2 e l'altra di 579 m2. Una porzione di questa superficie boschiva è toccata dal progetto, segnatamente per quanto riguarda gli edifici C e D.
Contestualmente alla domanda di costruzione, allo scopo di rispettare per tutti gli edifici la distanza minima di 10 m dal bosco, la società interessata ha presentato un'istanza di dissodamento, con un progetto di rimboschimento compensativo, concernente una superficie boschiva di complessivi 467 m2.
B.B._ e C.B._, proprietari di un fondo confinante, si sono opposti alla domanda. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 29 febbraio 2008 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo nel contempo l'opposizione dei vicini. Con decisione del 22 aprile 2009, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha respinto un loro ricorso contro la risoluzione municipale.
B. Adito dagli opponenti, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha parzialmente accolto il ricorso con sentenza del 10 agosto 2009, annullando la decisione governativa e la licenza edilizia nella misura in cui concerneva gli edifici C e D e rinviando gli atti al Governo perché si pronunciasse nuovamente dopo avere completato gli accertamenti sull'impianto di riscaldamento. La Corte cantonale ha in particolare negato l'esistenza dei requisiti per il dissodamento, non essendo dati gravi motivi preponderanti rispetto alla conservazione della foresta, né essendo adempiuta la condizione dell'ubicazione vincolata.
C. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullare i dispositivi sul diniego della licenza edilizia per gli edifici C e D e sulla ripartizione della tassa di giustizia e delle ripetibili. La ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, ritenendo in particolare che in concreto sarebbero realizzati gli estremi per rilasciare l'autorizzazione di dissodamento richiesta.
D. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Municipio di Ascona si rimettono al giudizio del Tribunale federale, mentre gli opponenti postulano la reiezione del gravame. Invitato ad esprimersi sul ricorso, l'Ufficio federale dell'ambiente comunica di ritenere conforme al diritto federale la sentenza impugnata.

Diritto:
1. 1.1 Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio e forestale, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d LTF, come pure in virtù dell'art. 46 cpv. 1 della legge federale sulle foreste, del 4 ottobre 1991 (LFo; RS 921.0).
1.2 Secondo l'art. 90 LTF, il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Giusta l'art. 91 LTF, il ricorso è inoltre ammissibile contro le decisioni parziali, ossia che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a), o che pongono fine al procedimento soltanto per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'art. 92 LTF, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è per contro ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF).
Con il giudizio impugnato, la Corte cantonale ha rinviato gli atti al Consiglio di Stato per gli accertamenti e una nuova decisione riguardo all'impianto di riscaldamento limitatamente agli edifici A, B ed E. Relativamente agli edifici C e D, che interessano la superficie boschiva, la precedente istanza ha per contro negato definitivamente l'autorizzazione a costruire. Per questa parte di progetto, la procedura edilizia si è quindi conclusa in modo definitivo con il diniego della licenza. Si tratta pertanto di una decisione parziale ai sensi dell'art. 91 lett. a LTF, contro la quale il rimedio esperito è di principio ammissibile.
1.3 La ricorrente ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (art. 89 cpv. 1 lett. a LTF). Istante nella procedura edilizia e richiedente del permesso di dissodare, essa è direttamente toccata dalla decisione impugnata, che le nega la possibilità di realizzare tutti gli edifici progettati e ha quindi un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF).
2. 2.1 La ricorrente fa essenzialmente valere la violazione dell'art. 5 LFo. Sostiene che il dissodamento richiesto sarebbe indispensabile per garantire un'edificazione gradevole ed armoniosa di un'area pregiata, di indiscusso valore paesaggistico e turistico sulle pendici del Monte Verità. Adduce che, pur non pregiudicando le possibilità edificatorie dei fondi in discussione, l'attuale limite del bosco le imporrebbe di optare per un progetto alternativo, in cui la sostanza edificata verrebbe concentrata verso la parte nord-ovest del terreno, a discapito della qualità estetica e dell'armonia dell'insediamento. La ricorrente rileva inoltre che il previsto rimboschimento compensativo permetterebbe di riunire in un unico comparto le due distinte aree boschive esistenti. Rimprovera infine alla Corte cantonale di avere negato il requisito dell'ubicazione vincolata, contraddicendo un suo precedente giudizio concernente una fattispecie analoga, incorrendo quindi in un abuso del potere di apprezzamento.
2.2 La LFo ha, tra l'altro, lo scopo di conservare la foresta nella sua estensione e ripartizione geografica, di proteggerla come ambiente naturale di vita e di garantire che possa svolgere le sue funzioni, in particolare protettive, sociali ed economiche (art. 1 cpv. 1 lett. a-c LFo). L'area forestale non va diminuita (art. 3 LFo) e i dissodamenti sono vietati (art. 5 cpv. 1 LFo), la legge stessa prevedendo tuttavia deroghe al divieto. Così, secondo l'art. 5 cpv. 2 LFo, una deroga può essere concessa se il richiedente comprova l'esistenza di gravi motivi preponderanti rispetto all'interesse alla conservazione della foresta; occorre tuttavia che l'opera per la quale è chiesto il dissodamento sia attuabile soltanto nel luogo previsto (lett. a), che essa soddisfi materialmente le condizioni della pianificazione del territorio (lett. b) e che il dissodamento non comporti seri pericoli per l'ambiente (lett. c). Gli interessi finanziari, quali un più redditizio sfruttamento del suolo o l'acquisizione di terreno a buon mercato per scopi non forestali, non sono considerati motivi gravi (art. 5 cpv. 3 LFo); l'art. 5 cpv. 4 LFo impone inoltre che si tenga conto della protezione della natura e del paesaggio. Il quesito di sapere se una deroga vada concessa oppure negata dev'essere oggetto di un'ampia analisi e di un'approfondita ponderazione dei contrapposti interessi (<ref-ruling> consid. 6d/dd; <ref-ruling> consid. 5; sentenza 1A.305/1996 del 10 agosto 2000 consid. 3a, in: RDAT I-2001, n. 75, pag. 309 segg.).
La nozione di ubicazione vincolata secondo l'art. 5 cpv. 2 lett. a LFo non deve essere intesa in senso assoluto, ritenuto che v'è quasi sempre la possibilità di una certa scelta. È piuttosto determinante il fatto che i motivi, che hanno condotto all'ubicazione contestata, prevalgano sull'interesse alla conservazione della foresta (DTF <ref-ruling> consid. 4c; <ref-ruling> consid. 2 e rinvii). Occorre comunque che siano state ampiamente esaminate le ubicazioni alternative (DTF <ref-ruling> consid. 4c; <ref-ruling> consid. 6a; sentenze 1A.305/1996, citata, consid. 3b e 1A.168/2005 del 1° giugno 2006 consid. 3.1, in: ZBl 108/2007 pag. 338 segg.).
2.3 La ricorrente riconosce che, come peraltro risulta dagli atti, i fondi interessati possono essere edificati senza procedere a un dissodamento. La decisione impugnata ha d'altra parte annullato la licenza edilizia limitatamente agli edifici C e D. Come già si è rilevato, l'interesse privato del proprietario, volto a una migliore utilizzazione economica del fondo, non può essere considerato un grave motivo preponderante ai sensi dell'art. 5 LFo: questo interesse non è pertanto idoneo a compensare l'opposto interesse pubblico, volto alla conservazione del bosco (cfr. sentenza 1A.387/1996 del 25 agosto 1997 consid. 3b in: RDAT I-1998, n. 89, pag. 350 segg.). La ricorrente adduce a sostegno del dissodamento motivi di inserimento del complesso edilizio nel paesaggio. Tuttavia, anche un progetto alternativo può essere elaborato in modo da rispettare queste esigenze di protezione, pur se lo sfruttamento economico del fondo potrebbe non risultare ottimale. La ricorrente sostiene inoltre, che la vocazione turistica del Comune di Ascona e l'interesse pubblico allo sviluppo turistico della regione rivestirebbero una rilevanza notevole nella ponderazione degli interessi. La fattispecie in esame non concerne tuttavia un impianto turistico o sportivo e, d'altra parte, la rilevanza di un complesso residenziale di 16 appartamenti per lo sviluppo turistico di un Comune quale Ascona, già qualificato sotto questo profilo, è dubbia (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 6d pag. 408). La giurisprudenza richiamata al riguardo dalla ricorrente (<ref-ruling> consid. 7 pag. 499 seg.) è peraltro parzialmente superata dai giudizi emanati successivamente, fondati sugli intervenuti mutamenti legislativi e sulla migliore presa di coscienza dei problemi ambientali. Il Tribunale federale dà pertanto prova di maggior riserbo nella valutazione di dissodamenti in vista della realizzazione di impianti turistici (<ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 2c). Sulla base della prassi attuale, in tale contesto, un'autorizzazione può quindi essere rilasciata soltanto eccezionalmente, quando la superficie da dissodare è relativamente ridotta e se gli effetti dell'opera progettata sono d'importanza primordiale e vitale per una località o per una regione (cfr. sentenze 1A.33/1992 del 21 luglio 1994 consid. 4c/aa e 1A.173/1988 del 9 dicembre 1994 consid. 3d/bb). Ora, sia il progetto edilizio nel suo complesso sia gli edifici in discussione non rivestono una simile importanza. Quanto alla qualità del rimboschimento compensativo proposto, esso non consente di eliminare la protezione delle superfici boschive esistenti sulla particella n. 3138. L'interesse al mantenimento dell'area forestale è infatti stabilito dall'ordinamento giuridico senza riferimento alcuno alla condizione o al valore della stessa (cfr. art. 2 LFo; sentenza 1A.387/1996, citata, consid. 3b).
2.4 Nelle esposte circostanze, è quindi a ragione che la Corte cantonale ha pure negato l'adempimento del requisito dell'ubicazione vincolata ai sensi dell'art. 5 cpv. 2 lett. a LFo. Come visto, i fondi possono essere edificati anche senza invadere la zona boschiva, adottando altre soluzioni, e il solo fatto che il progetto in esame si inserirebbe armoniosamente nel paesaggio, non fonda l'attuabilità di una parte degli edifici unicamente nel comparto boschivo del fondo. La ricorrente sostiene che la Corte cantonale si sarebbe scostata a torto da un suo precedente giudizio del 15 febbraio 2006, con il quale è stato ammesso un dissodamento di un'area boschiva che ostacolava l'ampliamento di un complesso alberghiero. Per completezza, va rilevato che detta sentenza è stata impugnata dai vicini opponenti dinanzi al Tribunale federale, che non si è tuttavia pronunciato sul dissodamento, essendo censurata unicamente l'altezza della costruzione (cfr. sentenza 1P.173/2006 del 24 ottobre 2006 in: RtiD I-2007 pag. 112 segg.). Premesso che la ricorrente non fa valere esplicitamente, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, una violazione del principio della parità di trattamento (art. 29 cpv. 1 Cost.; cfr. <ref-ruling> consid. 3.6 e rinvii), non risulta che si sia in presenza di due casi analoghi, trattati dai giudici cantonali in modo diverso senza motivi oggettivi. In quella fattispecie si trattava infatti dell'ampliamento di un complesso alberghiero esistente e il dissodamento riguardava una superficie boschiva di 78 m2, che impediva del tutto di ampliare l'edificio presente rispettandone l'impostazione rigorosamente ortogonale. Il caso in esame concerne per contro una nuova edificazione di un comparto sostanzialmente libero da costruzioni e, per gli esposti motivi, negando il dissodamento, la Corte cantonale non ha affatto abusato del proprio potere di apprezzamento, né ha altrimenti violato il diritto forestale.
3. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF), che rifonderà agli opponenti un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà agli opponenti un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Ascona, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dell'ambiente.