Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene M._ war seit 1. April 2008 als Revisor bei der Abteilung X._ des Kantons Bern tätig. Mit Verfügung vom 26. März 2010 kündigte ihm die Abteilung X._ auf den 31. August 2010 wegen ungenügender Leistung hinsichtlich Qualität der schriftlichen Berichterstattung über die durchgeführten Revisionen.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern insoweit gut, als es die Kündigungsverfügung vom 26. März 2010 den Beendigungszeitpunkt betreffend, aufhob. Es stellte fest, dass das Arbeitsverhältnis mit M._ per 30. September 2010 als aufgelöst gelte. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 2. November 2011).
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern lässt Abweisung der Beschwerde beantragen und der Kanton Bern schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Der Beschwerdeführer hält in den Schlussbemerkungen vom 28. Februar 2012 an seinem Antrag fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG). Dieser bestätigt die Rechtmässigkeit der ausgesprochenen Kündigung im Rahmen eines öffentlich-rechtlichen Anstellungsverhältnisses und betrifft somit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von <ref-law>. Da mit dem Begehren um Weiterbeschäftigung des Arbeitsverhältnisses Lohnforderungen und allenfalls weitere geldmässige Ansprüche im Zusammenhang stehen, liegt eine vermögensrechtliche Streitigkeit vor, weshalb der Ausschlussgrund von <ref-law> nicht gegeben ist. Die Beschwerde ist auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse unter anderem zulässig, wenn der Streitwert nicht weniger als Fr. 15'000.- beträgt (<ref-law>). Der Streitwert ist im vorliegenden Verfahren offensichtlich erreicht, so dass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Der vorinstanzliche Entscheid stützt sich in der Sache auf kantonales Recht. Als Beschwerdegrund kommt im Wesentlichen die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere von verfassungsmässigen Rechten der Bundesverfassung in Frage (<ref-law>). Die Anwendung des kantonalen Rechts als solches bildet nicht Beschwerdegrund. Überprüft werden kann insoweit nur, ob der angefochtene Entscheid auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder ob das Gesetz oder seine Anwendung sonst wie gegen übergeordnetes Recht verstossen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 251 f.). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht (vgl. <ref-law>). Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 3.2 S. 400; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch einschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
3. 3.1 Streitgegenstand bildet letztinstanzlich die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht - in Verlängerung der Kündigungsfrist auf den 30. September 2010 - die Auflösung des Arbeitsverhältnisses vor dem Hintergrund des angeführten Kündigungsgrunds als sachlich gerechtfertigt beurteilte.
3.2 Gemäss Art. 25 des Personalgesetztes des Kantons Bern vom 16. September 2004 (PG; BSG 153.01; in der hier anwendbaren Fassung vom 2. April 2008) kann die Anstellungsbehörde das Arbeitsverhältnis unter Wahrung einer Frist von drei Monaten jeweils auf Ende eines Monats durch Verfügung kündigen. Der Regierungsrat kann durch Verordnung für besondere Personalkategorien abweichende Kündigungsfristen und -termine festlegen (Abs. 1). Die Anstellungsbehörde hat für die Kündigung triftige Gründe anzugeben (Abs. 2 Satz 1). Diese liegen insbesondere vor, wenn die oder der Angestellte ungenügende Leistungen erbringt (Abs. 2 lit. a), Weisungen der Vorgesetzten wiederholt missachtet hat (Abs. 2 lit. b), durch ihr oder sein Verhalten während der Arbeitszeit das Arbeitsklima nachhaltig stört oder (Abs. 2 lit. c) Arbeitskolleginnen, Arbeitskollegen oder in einem Betreuungs- oder Abhängigkeitsverhältnis stehende Personen sexuell belästigt (Abs. 2 lit. d).
4. 4.1 Das kantonale Gericht erwog, von keiner Partei sei das hohe Fachwissen des Beschwerdeführers in Frage gestellt worden, der als Revisor in der Abteilung X._ Leistungen in Zusammenhang mit der kantonalen Tätigkeit zu prüfen hatte. Die abzugebenden Prüfberichte hingegen seien von Beginn an bemängelt worden, namentlich hinsichtlich Gliederung, Satzaufbau und Ausdrucksweise. Als "Visitenkarte der Abteilung X._" müssten die Berichte durch ihre Sachlichkeit im Ton, durch Klarheit und Stringenz im Aufbau sowie in der Sache die geprüften Dienststellen überzeugen. Die Qualität der Prüfung würde unmittelbar anhand des Berichts gemessen. Die diesbezüglich notwendige Betreuung des Beschwerdeführers und insbesondere die Überarbeitung der Berichte habe schliesslich für den direkten Vorgesetzten ein unzumutbares Ausmass angenommen. Trotz engmaschiger Betreuung sei es dem Beschwerdeführer nicht gelungen, innerhalb zweier Jahre die Berichte so zu verfassen, wie es von ihm erwartet wurde und im Hinblick auf das Anforderungsprofil auch habe erwartet werden dürfen. Das Gericht gelangte zum Ergebnis, der Beschwerdeführer habe in einem wichtigen Punkt des Anforderungsprofils, nämlich in der Redaktion der Revisionsberichte, ungenügende Leistungen erbracht, weshalb ein triftiger Kündigungsgrund nach Art. 25 Abs. 2 Bst. a PG vorliege. Die Kündigung sei überdies, da keine milderen Massnahmen zur Verfügung gestanden hätten, auch verhältnismässig gewesen.
4. 4.1 Das kantonale Gericht erwog, von keiner Partei sei das hohe Fachwissen des Beschwerdeführers in Frage gestellt worden, der als Revisor in der Abteilung X._ Leistungen in Zusammenhang mit der kantonalen Tätigkeit zu prüfen hatte. Die abzugebenden Prüfberichte hingegen seien von Beginn an bemängelt worden, namentlich hinsichtlich Gliederung, Satzaufbau und Ausdrucksweise. Als "Visitenkarte der Abteilung X._" müssten die Berichte durch ihre Sachlichkeit im Ton, durch Klarheit und Stringenz im Aufbau sowie in der Sache die geprüften Dienststellen überzeugen. Die Qualität der Prüfung würde unmittelbar anhand des Berichts gemessen. Die diesbezüglich notwendige Betreuung des Beschwerdeführers und insbesondere die Überarbeitung der Berichte habe schliesslich für den direkten Vorgesetzten ein unzumutbares Ausmass angenommen. Trotz engmaschiger Betreuung sei es dem Beschwerdeführer nicht gelungen, innerhalb zweier Jahre die Berichte so zu verfassen, wie es von ihm erwartet wurde und im Hinblick auf das Anforderungsprofil auch habe erwartet werden dürfen. Das Gericht gelangte zum Ergebnis, der Beschwerdeführer habe in einem wichtigen Punkt des Anforderungsprofils, nämlich in der Redaktion der Revisionsberichte, ungenügende Leistungen erbracht, weshalb ein triftiger Kündigungsgrund nach Art. 25 Abs. 2 Bst. a PG vorliege. Die Kündigung sei überdies, da keine milderen Massnahmen zur Verfügung gestanden hätten, auch verhältnismässig gewesen.
4.2 4.2.1 Der Beschwerdeführer wendet ein, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig, weil unvollständig erhoben, da sie die angeblich qualitativ mangelhaften Revisionsberichtsentwürfe nicht ediert habe.
4.2.2 In beweisrechtlicher Hinsicht beantragte der Beschwerdeführer in der vorinstanzlichen Beschwerde vom 26. April 2010 und in den weiteren Eingaben im kantonalen Beschwerdeverfahren in Zusammenhang mit der beanstandeten Qualität der Prüfberichte die Einholung eines Gutachtens zur Frage der Quantität und Qualität seiner Leistungen im Zeitraum April 2008 bis März 2010 und die Zeugeneinvernahme (vgl. Eingabe des damaligen Rechtsvertreters des Beschwerdeführers vom 12. November 2010, Ziff. 4). In der Zwischenverfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 7. Januar 2011 wurde dementsprechend festgehalten, nebst den Parteiverhören habe der Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren Antrag auf Einholung eines Gutachtens sowie auf Zeugeneinvernahme gestellt, welche Beweisanträge abgewiesen würden, weil der rechtserhebliche Sachverhalt genügend dokumentiert sei. Der Beschwerdeführer hat es daher selbst zu verantworten, dass die Berichtsentwürfe nicht bei den Akten liegen, er hätte sie jederzeit einreichen oder edieren lassen können. Er gab sodann 23 von ihm verfasste und von seinem Vorgesetzten überarbeitete Revisionsberichte im vorinstanzlichen Verfahren ein. Überdies liegt ein vom direkten Vorgesetzten überarbeiteter Revisionsbericht mit sichtbaren Korrekturen (vom Dezember 2008) bei den Akten, der den hohen Korrekturbedarf ausweist. Angesichts der Aktenlage, aus welcher hervorgeht, dass seit Beginn des Arbeitsverhältnisses laufend Gespräche mit dem Beschwerdeführer stattfanden, die ausnahmslos die mangelhaften Prüfberichte zum Inhalt hatten (vgl. E. 4.3.2 hernach) und nachdem das kantonale Gericht eine Instruktionsverhandlung mit Parteiverhör als vollwertiges Beweismittel (<ref-ruling> E. 3) durchgeführt hatte, durfte es zur Überzeugung gelangen, der rechtserhebliche Sachverhalt sei hinreichend abgeklärt und in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung auf weitere Beweismassnahmen verzichten. In einem solchen Vorgehen liegt kein Verstoss gegen das rechtliche Gehör gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162). Inwiefern die Vorinstanz eine Ermessensunterschreitung im Sinne einer Bundesrechtsverletzung begangen haben soll, ist nicht ersichtlich.
4.2.2 In beweisrechtlicher Hinsicht beantragte der Beschwerdeführer in der vorinstanzlichen Beschwerde vom 26. April 2010 und in den weiteren Eingaben im kantonalen Beschwerdeverfahren in Zusammenhang mit der beanstandeten Qualität der Prüfberichte die Einholung eines Gutachtens zur Frage der Quantität und Qualität seiner Leistungen im Zeitraum April 2008 bis März 2010 und die Zeugeneinvernahme (vgl. Eingabe des damaligen Rechtsvertreters des Beschwerdeführers vom 12. November 2010, Ziff. 4). In der Zwischenverfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 7. Januar 2011 wurde dementsprechend festgehalten, nebst den Parteiverhören habe der Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren Antrag auf Einholung eines Gutachtens sowie auf Zeugeneinvernahme gestellt, welche Beweisanträge abgewiesen würden, weil der rechtserhebliche Sachverhalt genügend dokumentiert sei. Der Beschwerdeführer hat es daher selbst zu verantworten, dass die Berichtsentwürfe nicht bei den Akten liegen, er hätte sie jederzeit einreichen oder edieren lassen können. Er gab sodann 23 von ihm verfasste und von seinem Vorgesetzten überarbeitete Revisionsberichte im vorinstanzlichen Verfahren ein. Überdies liegt ein vom direkten Vorgesetzten überarbeiteter Revisionsbericht mit sichtbaren Korrekturen (vom Dezember 2008) bei den Akten, der den hohen Korrekturbedarf ausweist. Angesichts der Aktenlage, aus welcher hervorgeht, dass seit Beginn des Arbeitsverhältnisses laufend Gespräche mit dem Beschwerdeführer stattfanden, die ausnahmslos die mangelhaften Prüfberichte zum Inhalt hatten (vgl. E. 4.3.2 hernach) und nachdem das kantonale Gericht eine Instruktionsverhandlung mit Parteiverhör als vollwertiges Beweismittel (<ref-ruling> E. 3) durchgeführt hatte, durfte es zur Überzeugung gelangen, der rechtserhebliche Sachverhalt sei hinreichend abgeklärt und in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung auf weitere Beweismassnahmen verzichten. In einem solchen Vorgehen liegt kein Verstoss gegen das rechtliche Gehör gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162). Inwiefern die Vorinstanz eine Ermessensunterschreitung im Sinne einer Bundesrechtsverletzung begangen haben soll, ist nicht ersichtlich.
4.3 4.3.1 Ferner bringt der Beschwerdeführer vor, er habe - entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen - gestützt auf die aktenkundigen Mitarbeiterqualifikationen und Leistungsbeurteilungen, die an ihn gestellten Anforderungen bisweilen deutlich übertroffen, weshalb die Annahme, er habe ungenügende Leistungen im Sinne von Art. 25 Abs. 2 lit. a PG erbracht, willkürlich sei.
4.3.2 Als Grundsatz ist festzuhalten, dass eine Kündigung sachlich gerechtfertigt ist, wenn die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses dem öffentlichen Interesse an einer funktionierenden Verwaltung widerspricht und die Entlassung verhältnismässig ist. Wie die Vorinstanz festgestellt hat, ist die Revisionsberichterstattung über den gesamten Zeitraum seiner Anstellung von rund zwei Jahren seitens der Vorgesetzten als ungenügend bewertet worden. In den Qualitäts- und Leistungsbeurteilungen vom 5. Januar 2009, 6. Mai 2009, 11. November 2009, anlässlich des Standortgesprächs vom 11. Januar 2010, sowie in den Mitarbeitergesprächen (MAG) vom 24. Oktober 2008 und 24. November 2009 wurde jeweils festgehalten, dass die Qualität und Struktur der Revisionsberichte nicht den Vorgaben der Abteilung X._ entspreche. Die Qualität konnte im Laufe der Anstellung nicht oder nur unwesentlich gesteigert werden, sodass am 11. November 2009 die Leistung der Berichterstattung, welche 40 % der Revisionstätigkeit ausmache, mit "nicht erfüllt (C)" beurteilt und der Beschwerdeführer aufgefordert wurde, sich bis spätestens 11. Mai 2010 eine neue Arbeitsstelle ausserhalb der Abteilung X._ zu suchen.
Aus den Dokumenten geht hervor, dass der Beschwerdeführer wiederholt auf die entsprechenden Probleme mündlich wie schriftlich aufmerksam gemacht und durch seinen direkten Vorgesetzten "engmaschig begleitet" worden war. Dennoch gelang es ihm bis zum Schluss nicht, die geforderte Qualität in der Verfassung der Prüfberichte zu erreichen, sodass zeitaufwändige Überarbeitungen derselben durch seinen Chef notwendig waren, was zu dessen Überlastung führte (Protokoll der Instruktionsverhandlung vom 9. September 2010). Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass alle Berichte korrigiert werden mussten und ebenso wenig wird in Abrede gestellt, dass die Prüfberichtserstattung einen massgeblichen Teil des Aufgabenbereichs des Beschwerdeführers ausmachte. Dabei obliegt es der Arbeitgeberin, den Qualitätsstandard der Berichte festzusetzen. Es liegen detaillierte Einschätzungen der beruflichen Leistungen vor, die dokumentieren, dass die Prüfberichte des Beschwerdeführers diesem Standard nicht entsprachen. Hierauf durfte die Vorinstanz willkürfrei abstellen. Indem die Vorinstanz entschieden hat, dass damit ein sachlicher und somit triftiger Grund für die Kündigung vorlag, hat sie weder Bundesrecht verletzt noch kantonales Recht willkürlich angewendet.
5. Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 4 lit. a und Art. 66 Abs. 1 BGG). Der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Beschwerdegegner hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>; Urteil 8C_151/2010 vom 31. August 2010 E. 6.2).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Mai 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Polla