Faits:
A. Le 7 mai 2012, l'Office des poursuites du district de Lausanne (ci-après: l'office) a délivré à Y._ Assurances SA un certificat d'insuffisance de gage d'un montant de 155'519 fr. 90 contre X._.
A la réquisition de Y._ Assurances SA, l'office a notifié à X._ une commination de faillite (N° xxx) pour ce même montant en date du 16 mai 2012.
B. B.a Le 8 juin 2012, Y._ Assurances SA a déposé devant le Président du Tribunal d'arrondissement de Lausanne (ci-après: le président), autorité de première instance en matière sommaire de poursuites, une requête tendant au prononcé de la faillite de X._.
B.b Il ressort du dossier cantonal que le débiteur a déposé une demande d'annulation de la poursuite devant le Tribunal d'arrondissement de Lausanne le 3 juillet 2012, que le juge de la faillite a tenu son audience le 5 juillet 2012, que le débiteur s'y est fait représenter par son père, qui a été entendu et qu'un délai au 23 juillet 2012, prolongé sur sa demande au 15 août 2012, lui a été imparti pour produire une décision sur effet suspensif dans le cadre de la procédure en annulation de la poursuite (art. 85a LP). Relancé par la requérante, le président a fixé au débiteur un ultime délai au 17 septembre 2012 pour produire ladite décision, l'informant qu'à son échéance il statuerait sur la requête de faillite sans nouvelle audience.
B.c Le 24 septembre 2012, le débiteur a retiré sa requête de mesures provisionnelles dans la procédure en annulation de la poursuite.
B.d Par jugement du 28 septembre 2012, le président a prononcé la faillite avec effet au 28 septembre 2012 à 10h.00, aux motifs que le débiteur n'a pas justifié par titre que la créance aurait été acquittée ou qu'un sursis lui aurait été accordé.
B.e Statuant par arrêt du 23 novembre 2012 sur le recours formé par le débiteur, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: la cour) a confirmé le jugement de première instance et dit que la faillite prenait effet ce même 23 novembre 2012 à 16h.15, considérant que les deux conditions cumulatives posées par l'art. 174 al. 2 LP n'étaient pas remplies.
C. Le 21 décembre 2012, X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt cantonal et au rejet de la requête de faillite.
Par ordonnance présidentielle du 8 janvier 2013, l'effet suspensif à l'octroi duquel l'intimée s'est opposée a été attribué au recours, mais uniquement en ce qui concerne le caractère exécutoire de la décision.
Des réponses sur le fond n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai légal (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2) qui confirme, en dernière instance cantonale et sur recours (art. 75 LTF), l'ouverture de la faillite du recourant (art. 72 al. 2 let. a LTF), le recours en matière civile est en principe recevable, indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. d LTF); le failli, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (art. 95 let. a LTF; <ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2). Il ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant ("principe d'allégation"; art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF); le recourant ne peut critiquer les constatations de fait que si ces faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend se plaindre d'un établissement manifestement inexact - c'est-à-dire arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 1.5) - des faits doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné, étant rappelé que l'appréciation des preuves n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF; arrêts 5A_115/2012 du 20 avril 2012 consid. 2 et 4.2.2 et 5A_826/2010 du 1er mars 2011 consid. 3.6). Ainsi, il n'est pas possible de se prévaloir devant le Tribunal fédéral de faits qui n'ont pas été allégués en procédure cantonale, alors qu'ils auraient pu et dû l'être, et dont par conséquent l'autorité précédente n'a pas été en mesure de tenir compte (cf. arrêts 5A_679/2008 du 9 décembre 2008 consid. 2 et 4A_36/2008 du 18 février 2008 consid. 4.1). Des pièces postérieures à l'arrêt entrepris sont d'emblée irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.1; arrêt 5A_571/2010 du 2 février 2011 consid. 1.2 in fine).
3. En bref, la cour cantonale a considéré que le créancier au bénéfice d'un certificat d'insuffisance de gage peut requérir la faillite (art. 158 al. 2 LP) et que c'est à raison que le premier juge a prononcé la faillite comme le lui prescrit l'art. 171 LP, les cas mentionnés aux art. 172 à 173a LP n'étant pas réalisés en l'espèce, et le débiteur n'ayant pas établi, ni même allégué, que les conditions cumulatives de l'art. 174 al. 2 LP permettant d'annuler la faillite seraient remplies.
4. Saisi d'une requête de faillite, le juge statue sans retard et même en l'absence des parties; il doit prononcer la faillite sauf dans les cas mentionnés aux art. 172 à 173a LP (art. 171 LP).
4.1 Aux termes de l'art. 173 al. 1 LP, lorsque la suspension de la poursuite a été ordonnée, notamment, par le juge selon les art. 85 ou 85a al. 2 LP, le juge de la faillite ajourne sa décision sur le jugement de faillite. Selon la jurisprudence, si le poursuivi a ouvert action en annulation ou en suspension de la poursuite et demandé la suspension provisoire de la poursuite (art. 85a al. 2 LP), le juge de la faillite ne doit pas ouvrir la faillite avant de connaître le sort de la requête de suspension de la poursuite (<ref-ruling> consid. 3.2).
En effet, l'action en annulation de la poursuite de l'art. 85a LP a été introduite pour éviter que le débiteur ne fasse l'objet d'une exécution forcée sur son patrimoine alors que sa dette est inexistante ou non exigible. Le législateur a ainsi voulu offrir un moyen de défense supplémentaire au poursuivi qui a omis de former opposition et qui ne peut ni demander la restitution du délai d'opposition, ni prouver par titre l'extinction de sa dette, afin de lui épargner la voie de l'action en répétition de l'indu (<ref-ruling> consid. 2c; arrêts 5A_712/2008 du 2 décembre 2008 consid. 2.2; 5P.69/2003 du 4 avril 2003 consid. 5.3.1). La suspension provisoire au sens de l'art. 85a al. 2 LP et l'ajournement de la faillite qui s'ensuit (art. 173 al. 1 LP) constituent le seul moyen dont dispose le poursuivi pour sauvegarder son droit à l'examen de sa demande d'annulation de la poursuite (<ref-ruling> consid. 2c; arrêt 5P.69/2003 du 4 avril 2003 consid. 4.1.2). Ce droit à la suspension provisoire n'est toutefois pas inconditionnel, le juge n'ordonnant la suspension provisoire que si la demande en annulation ou en suspension de la poursuite de l'art. 85a al. 1 LP est très vraisemblablement fondée (arrêt 5P.69/2003 du 4 avril 2003 consid. 5.3.1 et les références citées). Il en va de même du droit à la suspension à titre de mesures superprovisionnelles, qui poursuit le même but de sauvegarde du droit du débiteur lorsque l'autorité saisie n'est pas en mesure de statuer en contradictoire - comme l'exige l'art. al. 2 LP - avant l'audience de faillite (arrêt 5P.69/2003 du 4 avril 2003 consid. 5.2.2); lorsque la demande est manifestement mal fondée ou dilatoire, le juge ne saurait en effet mettre le poursuivi au bénéfice d'une telle suspension (arrêt 5P.69/2003 du 4 avril 2003 consid. 5.3.1).
Il incombe au poursuivi qui entend obtenir une suspension provisoire de la poursuite afin de bénéficier d'un ajournement de la faillite de déposer sa requête avant l'audience de faillite (<ref-ruling> consid. 3.2).
4.2 La procédure de faillite est soumise à la procédure sommaire (art. 251 let. a CPC). En vertu de l'art. 255 let. a CPC, le tribunal doit établir d'office les faits. Il a donc le devoir d'éclaircir les faits et de prendre en considération tous les faits d'office, mais cela ne dispense pas les parties de collaborer activement à la procédure. Le tribunal doit simplement interpeller les parties et leur signaler qu'elles doivent coopérer à la constatation des faits ainsi qu'à l'administration des preuves. Il peut leur fixer des délais à cet effet. Il doit s'assurer que leurs allégations et leurs offres de preuves sont complètes s'il a des motifs objectifs d'éprouver des doutes à cet égard. Si, contrairement à ce qu'on serait en droit d'attendre d'elle, une partie renonce à exposer son point de vue et à collaborer, le tribunal peut clore l'administration des preuves. La maxime inquisitoire n'oblige en effet pas le tribunal à étendre la procédure probatoire et à administrer tous les moyens de preuve possibles (<ref-ruling> consid. 4a).
4.2 La procédure de faillite est soumise à la procédure sommaire (art. 251 let. a CPC). En vertu de l'art. 255 let. a CPC, le tribunal doit établir d'office les faits. Il a donc le devoir d'éclaircir les faits et de prendre en considération tous les faits d'office, mais cela ne dispense pas les parties de collaborer activement à la procédure. Le tribunal doit simplement interpeller les parties et leur signaler qu'elles doivent coopérer à la constatation des faits ainsi qu'à l'administration des preuves. Il peut leur fixer des délais à cet effet. Il doit s'assurer que leurs allégations et leurs offres de preuves sont complètes s'il a des motifs objectifs d'éprouver des doutes à cet égard. Si, contrairement à ce qu'on serait en droit d'attendre d'elle, une partie renonce à exposer son point de vue et à collaborer, le tribunal peut clore l'administration des preuves. La maxime inquisitoire n'oblige en effet pas le tribunal à étendre la procédure probatoire et à administrer tous les moyens de preuve possibles (<ref-ruling> consid. 4a).
4.3 4.3.1 Dans un premier grief, le recourant invoque qu'il a déposé sa première requête de suspension de la faillite - du 3 juillet 2012 - devant le tribunal d'arrondissement, conformément aux indications reçues du greffe du tribunal cantonal, et que c'est parce que cette information s'est révélée inexacte, pour défaut de compétence du tribunal d'arrondissement en raison de la valeur litigieuse, qu'il a accepté de retirer sa requête lors de l'audience du 24 septembre 2012. Il estime qu'étant de bonne foi et ne poursuivant pas un but chicanier ou dilatoire, l'entier de la procédure qui a conduit à sa faillite est entaché de vices incompatibles avec les art. 5 et 29 al. 1 Cst. et 52 CPC.
Dans son recours au sens des art. 319 ss CPC interjeté le 10 octobre 2012, le débiteur a certes invoqué que sa faillite n'avait pas de raison d'être déclarée dès lors qu'une procédure avait été introduite à l'encontre de la poursuite dirigée contre lui. Sa motivation était toutefois si peu claire que la motivation standard développée par la cour cantonale selon laquelle les exceptions mentionnées aux art. 172 à 173a LP n'étaient pas réalisées en l'espèce se justifiait. Le recourant ne lui fait d'ailleurs pas grief d'un défaut de motivation à cet égard (art. 106 al. 2 LTF et 29 al. 2 Cst.).
Dès lors qu'il résulte du dossier cantonal que le juge de la faillite a imparti au défendeur trois délais successifs, dont le dernier échoyait le 17 septembre 2012, pour produire une décision de suspension au sens de l'art. 85a al. 2 LP et que le défendeur n'a ni produit une telle décision dans le délai, ni demandé une prolongation de délai, ni réagi de quelqu'autre manière dans le délai, le juge de la faillite n'a pas violé le droit fédéral en statuant sans plus ample instruction. Le recourant admet d'ailleurs lui-même qu'il a retiré sa demande d'annulation de la poursuite datée du 3 juillet 2012, le 24 septembre 2012. Même à supposer qu'il ait obtenu de faux renseignements du greffe du tribunal cantonal, sur la base desquels il aurait introduit son action devant une autorité incompétente, il ne saurait se prévaloir du principe de la bonne foi, alors qu'il n'a pas répondu au juge de la faillite dans le délai que celui-ci lui avait imparti. Il en va de même lorsqu'il reproche au tribunal d'arrondissement, saisi de l'action en annulation, de l'avoir convoqué de manière viciée.
4.3.2 Dans un deuxième grief, le recourant invoque une violation de l'art. 173 LP, au motif qu'il a déposé une nouvelle requête tendant à la suspension de la poursuite le 19 septembre 2012, soit avant le prononcé de sa faillite le 28 septembre 2012, et que, par conséquent, le juge de la faillite aurait dû attendre avant de statuer. Même si la suspension n'avait pas encore été "ordonnée par le juge" comme l'exige l'art. 85a LP, le juge de la faillite aurait selon lui dû attendre avant de statuer car le tribunal (de l'action en annulation) était l'unique responsable des multiples reports d'audiences mentionnés. Il soutient, pour sa part, avoir toujours agi avec célérité et estime que le tribunal ne saurait dès lors, "sans violer le principe de la bonne foi, se prévaloir de son propre retard pour [lui] refuser la protection de l'art. 173 LP".
Comme exposé ci-dessus, le juge de la faillite a fixé au défendeur trois délais successifs, dont le dernier échoyait le 17 septembre 2012, l'informant qu'il statuerait alors sur la requête de faillite sans nouvelle audience. Contrairement à ce qu'il affirme, le défendeur n'a pas agi avec célérité, puisqu'il a laissé s'écouler ce dernier délai sans réagir et sans même solliciter une prolongation de délai ou informer le juge de ce qu'il entendait déposer une nouvelle demande d'annulation. Dans ces circonstances, on ne discerne aucune violation de l'art. 173 LP.
4.3.3 Dans un troisième grief, le recourant invoque avoir déposé plainte pénale le 5 juillet 2012 contre la créancière poursuivante, plainte dans laquelle il dénonce le comportement de celle-ci dans la procédure précédente de réalisation forcée, soutenant qu'elle aurait refusé des acheteurs potentiels et finalement racheté sa maison à bas prix, lui faisant supporter frauduleusement l'insuffisance de la réalisation du gage. Un tel motif ne justifie toutefois pas une suspension de la faillite au sens de l'art. 173 LP.
4.3.4 En tant qu'il fait valoir qu'il n'a jamais été convoqué par le juge de la faillite pour être interrogé sur sa solvabilité, il ignore qu'il a été convoqué le 5 juillet 2012 par le premier juge et que l'autorité de recours lui a fixé un délai au 26 octobre pour se déterminer sur l'extrait de ses poursuites.
5. Le recourant ne remettant par ailleurs nullement en cause la motivation de la cour cantonale fondée sur la non-réalisation des conditions de l'art. 174 al. 2 LP, son recours contre le prononcé de sa faillite doit en définitive être rejeté, frais à sa charge (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée n'a pas droit à une indemnité de dépens pour sa détermination sur l'effet suspensif dès lors qu'elle a succombé sur ce point et n'a en outre pas été invitée à se déterminer sur le fond (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois, au Registre du commerce du canton de Vaud, Moudon, au Conservateur du Registre foncier de Lausanne, à l'Office des faillites de Lausanne et à l'Office des poursuites du district de Lausanne.
Lausanne, le 30 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Hildbrand