Erwägungen:
1. Im Zusammenhang mit einem Verkehrsunfall stellte X._ am 4. Juni 2010 Strafantrag gegen A._. Mit Verfügung vom 20. Juni 2011 stellte die Staatsanwaltschaft Winterthur / Unterland das Verfahren mangels anklagegenügenden Nachweises der angezeigten fahrlässigen Körperverletzung gestützt auf Art. 319 Abs. 1 lit. a und Art. 320 StPO ein.
In der Folge gelangte X._ mit einer Beschwerde an das Obergericht des Kantons Zürich. Dessen III. Strafkammer hat die Beschwerde mit Beschluss vom 20. August 2012 abgewiesen.
2. Mit Eingabe vom 21. September 2012, die am 26. September 2012 beim Bundesgericht eingegangen ist, führt X._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht.
Das Bundesgericht hat darauf verzichtet, Stellungnahmen zur Beschwerde einzuholen.
3. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob bzw. inwieweit ein bei ihm eingereichtes Rechtsmittel zulässig ist (s. etwa <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
Nach <ref-law> ist die Beschwerde innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen. Diese gesetzliche Frist ist nicht erstreckbar (<ref-law>).
Gemäss Aktenlage ist der angefochtene obergerichtliche Beschluss dem Beschwerdeführer bzw. seiner damaligen Rechtsanwaltskanzlei bereits am Donnerstag, 23. August 2012, mittels Gerichtsurkunde via Postfach zugestellt worden. Also begann die Frist zur Anfechtung des nunmehr angefochtenen obergerichtlichen Beschlusses am Freitag, 24. August 2012 zu laufen (<ref-law>), und am Montag, 24. September 2012 endete sie (<ref-law>).
Die erst am Dienstag, 25. September 2012 der Schweizer Post übergebene Beschwerde ist daher verspätet eingereicht worden (vgl. <ref-law>), so dass auf sie nicht einzutreten ist.
Der Mangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Bei den gegebenen Verhältnissen rechtfertigt es sich, für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten zu erheben.
Dem Beschwerdegegner ist durch das bundesgerichtliche Verfahren kein Aufwand entstanden, weshalb ihm keine Parteientschädigung zuzusprechen ist.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Winterthur / Unterland und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Bopp