Sachverhalt:
A. Am 13. August 1999 kaufte die A._ AG (Käuferin) bei der B.X._ AG (Verkäuferin) als "Z._-Glas" bezeichnetes Brandschutzglas. Die Verkäuferin bestellte das Glas bei der C._ AG in Bern, welche es im Jahr 1999 direkt der Käuferin lieferte, die es in die Fassade der Bank D._ einbaute. Im Dezember 2001 meldete diese Bank der Käuferin, dass auf dem Glas in Abständen von ca. 2 cm Flecken entstanden seien. Nachdem feststand, dass diese auf Fehler bei der Produktion des Glases in der Floatglashütte in F._ (F) zurückzuführen waren, lieferte die Verkäuferin der Käuferin neues Z._-Glas. Die Käuferin baute dieses an Stelle des alten Glases in die Fassade der Bank D._ ein und verlangte von der Verkäuferin mit Rechnung vom 25. März 2002 den Ersatz der Umglasungskosten von Fr. 15'480.-- (ohne Mehrwertsteuer).
Die C._ Holding AG hatte mit der E._ Versicherungsgesellschaft, Bern, eine Betriebshaftpflichtversicherung abgeschlossen, welche auch die Haftung der C._ AG, Bern, einschloss. Das versicherte Risiko wurde mit "Verarbeitung, Vertrieb und Montage von Glas aller Art" umschrieben. Gemäss Art. 7 lit. d der Allgemeinen Versicherungsbedingungen waren vertraglich übernommene - über die gesetzliche Haftung hinausgehende - Ansprüche nicht versichert.
Mit öffentlich beurkundetem Vertrag vom 19. Juni 2003 übertrug die C._ AG den Geschäftsbereich Brandschutz und alle Rechte und Forderungen aus bestehenden Rechtsverhältnissen betreffend diesen Bereich auf die B.Y._ AG mit Sitz in Bern. Diese übernahm mit Fusionsvertrag vom 19. Juni 2003 zudem die Verkäuferin.
B. Am 31. Januar 2005 klagte die B.Y._ AG beim Gerichtspräsidenten 7 des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen gegen die E._ Versicherungsgesellschaft auf Zahlung von Fr. 15'480.-- nebst Zins zu 5 % seit Klageeinreichung. Zur Begründung der Klage führte die Klägerin insbesondere an, die C._ AG sei bezüglich ihrer Haftung für Umglasungskosten der Käuferin bei der Beklagten versichert gewesen, weshalb diese dafür aufzukommen habe. Die Forderung der C._ AG gegenüber der Beklagten sei mit Vertrag vom 19. Juni 2003 auf die Klägerin übergegangen.
Mit Urteil vom 4. November 2005 wies der Gerichtspräsident 7 des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen die Klage ab. Dagegen appellierte die Klägerin an das Obergericht des Kantons Bern (Appellationshof, 2. Zivilkammer), welches die Appellation mit Urteil vom 13. Juni 2006 abwies.
C. Die Klägerin erhebt eidgenössische Berufung mit den Anträgen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 13. Juni 2006 sei aufzuheben und die Klage gutzuheissen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (<ref-law>).
1.2 Der angefochtene Entscheid ist berufungsfähig, da er eine Zivilrechtsstreitigkeit mit einem Streitwert von über Fr. 8'000.-- betrifft und er mit keinem ordentlichen kantonalen Rechtsmittel angefochten werden kann (Art. 46 und Art. 48 Abs. 1 OG). Auf die form- und fristgerecht erhobene Berufung ist daher einzutreten.
2. 2.1 Vor Bundesgericht ist nicht mehr strittig, dass die Klägerin als Rechtsnachfolgerin der C._ AG aktivlegitimiert ist, dieser vor dem 19. Juni 2003 zustehende Versicherungsforderungen gegenüber der Beklagten zu erheben. Umsztritten ist dagegen, ob die C._ AG gesetzlich zum Ersatz der Umglasungskosten verpflichtet war und ihr damit gegenüber der Beklagten Versicherungsschutz zustand. Das Obergericht verneinte dies, weil es annahm, eine entsprechende Schadenersatzforderung falle unter den in den Allgemeinen Versicherungsbedingungen vorgesehenen Deckungsausschluss, da innert der Jahresfrist gemäss <ref-law> keine Mängelrügen erhoben worden und damit die Ansprüche aus Sachgewährleistung verjährt gewesen seien. Zwar könnten nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung neben diesen Ansprüchen konkurrierend auch Ansprüche wegen nicht gehöriger Erfüllung gemäss <ref-law> geltend gemacht werden. Das Bundesgericht setze der Alternativität dieser Rechtsbehelfe jedoch Schranken, da es Schadenersatz- und Gewährleistungsansprüche, die der Käufer aus Mängeln der Kaufsache ableite, in Bezug auf seine Prüfungs- und Rügepflichten und die Verjährung den gleichen Vorschriften unterstelle. Diese Rechtsprechung sei zu billigen.
2.2 Die Klägerin anerkennt, dass ihre Ansprüche aus Sachgewährleistung (<ref-law>) bei Anwendbarkeit der einjährigen Frist gemäss <ref-law> verjährt sind. Sie ersucht jedoch das Bundesgericht, seine Praxis dahingehend abzuändern, dass es nunmehr die Untersuchugs- und Anzeigeobliegenheiten nach <ref-law> und die Verjährung nach <ref-law> nicht auf Schadenersatzforderungen anwendet, welche dem Käufer gestützt auf die allgemeine Vertragshaftung zustehen. Zur Begründung führt die Klägerin zusammengefasst an, der vom Bundesgericht anerkannte Grundsatz, dass sich der Käufer neben der Haftung aus Sachgewährleistung alternativ auch auf die allgemeine vertragliche Haftung berufen könne, sei nicht durch die Anwendung der kurzen gewährleistungsrechtlichen Rüge- und Verjährungsfristen wieder einzuschränken. Vielmehr seien die beiden alternativ anwendbaren Normenkomplexe dem wahlberechtigten Käufer integral zur Verfügung zu stellen, weil zwischen den Normen der beiden Komplexe ein ausgleichendes Verhältnis von Vor- und Nachteilen für den Käufer bzw. Gläubiger bestehe. So habe das Bundesgericht in <ref-ruling> S. 422 f. anerkannt, dass die in der Rügepflicht und in der kurzen Verjährung liegende Beschränkung lediglich das Gegenstück zu der weitgehenden Begünstigung sei, die dem Käufer durch das Gewährleistungsrecht eingeräumt werde. Daraus folge, dass bei der allgemeinen Vertragshaftung, wo dem Käufer die Begünstigung des Gewährleistungsrechts durch eine Kausalhaftung des Verkäufers und die Wahlmöglichkeit zwischen Wandelung und Minderung nicht gewährt werde, das "Gegenstück", nämlich die kurze Verjährung, entfalle. Der Verkäufer bedürfe nur bezüglich der verschuldensunabhängigen Gewährleistungsansprüche, nicht jedoch bezüglich der allgemeinen verschuldensabhängigen Schadenersatzansprüche des Schutzes durch kurze Fristen. Dass auf Schadenersatzansprüche <ref-law> nicht anwendbar sei, ergebe sich auch daraus, dass diese Bestimmung gemäss ihrem Wortlaut nur Klagen "auf Gewährleistung" wegen Mängel der Sache erfasse. Demnach komme im vorliegenden Fall die ordentliche zehnjährige Verjährung zur Anwendung, welche nicht eingetreten sei.
2.3 Die von der Klägerin verlangte Änderung der Rechtsprechung ist nicht von vornherein ausgeschlossen. Gerichten ist es nicht verwehrt, eine bisher geübte Praxis zu ändern, wenn sie zur Einsicht gelangen, dass eine andere Rechtsanwendung dem Sinn des Gesetzes oder veränderten Verhältnissen besser entspricht. Eine Praxisänderung muss sich jedoch auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die umso gewichtiger sein müssen, je länger die als nicht mehr richtig erkannte bisherige Praxis befolgt wurde (<ref-ruling> E. 3c S. 52; <ref-ruling> E. 5 S. 129; je mit Hinweisen). Ob die Voraussetzungen für eine Änderung der Rechtsprechung gegeben sind, ist im Folgenden zu prüfen.
2.3 Die von der Klägerin verlangte Änderung der Rechtsprechung ist nicht von vornherein ausgeschlossen. Gerichten ist es nicht verwehrt, eine bisher geübte Praxis zu ändern, wenn sie zur Einsicht gelangen, dass eine andere Rechtsanwendung dem Sinn des Gesetzes oder veränderten Verhältnissen besser entspricht. Eine Praxisänderung muss sich jedoch auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die umso gewichtiger sein müssen, je länger die als nicht mehr richtig erkannte bisherige Praxis befolgt wurde (<ref-ruling> E. 3c S. 52; <ref-ruling> E. 5 S. 129; je mit Hinweisen). Ob die Voraussetzungen für eine Änderung der Rechtsprechung gegeben sind, ist im Folgenden zu prüfen.
2.4 2.4.1 Die Bestimmungen über die Gewährleistung wegen Mängel der Kaufsache in <ref-law> regeln den Anspruch des Käufers auf Ersatz der durch die Lieferung mangelhafter Ware verursachten Schäden, d.h. so genannter Mangelfolgeschäden, nur bezüglich der Wandelung des Kaufvertrages (vgl. Art. 208 Abs. 2 und 3 OR). Ansonsten wird die Haftung des Verkäufers für Mangelfolgeschäden in den <ref-law> nicht geregelt (BGE 58 II 207 E. 1 S. 210; vgl. auch <ref-ruling> E. 3a S. 139). In der Lehre wird die Meinung vertreten, diese Lücke sei durch die analoge Anwendung von Art. 208 Abs. 2 und 3 OR zu schliessen (Silvio Venturi, in: Commentaire Romand, N. 13 zu <ref-law>; Giger, Berner Kommentar, N. 55 f. zu <ref-law>; Pierre Cavin, in: Schweizerisches Privatrecht VII/1, S. 104 f. und S. 112 f.; Gilles Petitpierre, L'acheteur-revendeur et la responsabilité de l'article 208/II du Code des obligations, in: Mélanges en l'honneur de Henri Deschenaux, Fribourg 1977, S. 329 ff., S. 332 f.; Alfred Schubiger, Verhältnis der Sachgewährleistung zu den Folgen der Nichterfüllung oder nicht gehörigen Erfüllung OR 197 ff. - OR 97 ff., Diss. Bern 1957, S. 94; Markus Neuenschwander, Die Schlechterfüllung im schweizerischen Vertragsrecht, Diss. Bern 1970, S. 78 f.). Das Bundesgericht lehnt eine analoge Anwendung von Art. 208 Abs. 2 und 3 OR auf Fälle, in denen der Käufer keine Wandelung verlangt, ab (BGE 63 II 401 E. 2; <ref-ruling> E. 7a S. 165 f.). Es räumt jedoch dem Käufer das Recht ein, aus einem Mangel der Sache nicht nur Gewährleistungsansprüche gemäss <ref-law>, sondern alternativ auch Schadenersatzansprüche gemäss der allgemeinen Regelung der Haftung für nicht gehörige Erfüllung gemäss <ref-law> abzuleiten, wobei es die Alternativität insoweit einschränkt, als der Käufer in beiden Fällen die Untersuchungs- und Anzeigeobliegenheiten gemäss <ref-law> erfüllen und die Verjährungsfrist gemäss Art. 210 bzw. <ref-law> wahren muss (BGE 58 II 207 E. 1 und 2; 63 II 401 E. 3 S. 405 ff.; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1a S. 134). Gemäss <ref-law> verjähren die Klagen auf Gewährleistung wegen Mängel der Sache mit Ablauf eines Jahres nach deren Ablieferung an den Käufer, selbst wenn dieser die Mängel erst später entdeckt hat. <ref-law> sieht für Kulturgüter im Sinne des Kulturgütertransfergesetzes vom 20. Juni 2003 eine Sonderregelung vor.
2.4.2 Die Anwendung der Art. 201 und Art. 210 bzw. <ref-law> auf alle aus Mängeln der Kaufsache abgeleiteten Schadenersatzansprüche wird von der herrschenden Lehre im Ergebnis befürwortet, zumal sie weitgehend annimmt, diese Ansprüche würden durch das Kaufrecht abschliessend geregelt, weshalb eine konkurrierende Anwendung von <ref-law> abzulehnen sei (Alfred Koller/Theo Guhl, in: Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl., S. 392 f. Rz. 62; Heinrich Honsell, Basler Kommentar, 3. Aufl., N. 6 der Vorbemerkungen zu Art. 197-210 OR; derselbe, Schweizerisches Obligationenrecht, Besonderer Teil, 8. Aufl., S. 110; Silvio Venturi, in: Commentaire Romand, Code des obligations I, N. 16 der Einführung zu Art. 197-210 OR; Pierre Engel, Contrats de droit suisse, S. 50; Pierre Tercier, Les contrats spéciaux, 3. Aufl., S. 94 Rz. 620 f.; Eugen Bucher, Obligationenrecht, Besonderer Teil, 3. Aufl., S. 105 ff.; von Tuhr/Escher, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, Bd. II, 3. Aufl., S. 97 f.; Katja Bähler, Das Verhältnis von Sachgewährleistungs- und allgemeinem Leistungsstörungsrecht, Diss. Basel 2005, S. 167; Petra Ginter, Verhältnis der Sachgewährleistung nach <ref-law> zu den Rechtsbehelfen in <ref-law>, Diss. St. Gallen 2004, S. 156; Hans-Peter Katz, Sachmängel beim Kauf von Kunstgegenständen und Antiquitäten, Diss. Zürich 1973, S. 148 f.; Schubiger, a.a.O., S. 110 f.; Neuenschwander, a.a.O., S. 88 f.; Rolf Furrer, Beitrag zur Lehre der Gewährleistung im Vertragsrecht, Diss. Zürich 1973, S. 86).
2.4.3 Demgegenüber vertritt namentlich Giger die Meinung, bei Lieferung mangelhafter Ware solle der Käufer neben den Gewährleistungsansprüchen auch Schadenersatz nach den allgemeinen Bestimmungen in <ref-law> geltend machen können, ohne die gewährleistungsrechtlichen Untersuchungs- und Anzeigeobliegenheiten und Verjährungsfristen einhalten zu müssen. Diese bildeten nach Systematik, Sinn und Geist des Gesetzes einfach das Korrelat dazu, dass die Sachgewährleistung verglichen mit den allgemeinen Rechtsbehelfen von <ref-law> eine für den Käufer materiell günstigere Sonderordnung sei. Es befriedige deshalb nicht, die auf die Sachgewährleistung zugeschnittenen besonderen formellen Voraussetzungen auf die Ansprüche von <ref-law> anzuwenden (Giger, Berner Kommentar, 2. Aufl., N. 26 ff. der Vorbem. zu Art. 197 - 210 OR; ihm folgend: Keller/Siehr, Kaufrecht, 3. Aufl., S. 106 f.; Thomas Alexander Schluep, Der Nachbesserungsanspruch und seine Bedeutung innerhalb der Mängelhaftung des Schweizer Kaufrechts, Diss. Bern 1989, S. 78; Robert Simmen, Die Einrede des nicht erfüllten Vertrags (OR 82) unter besonderer Berücksichtigung ihrer Problematik bei den Veräusserungsverträgen, Diss. Zürich 1981, S. 86 f.).
2.4.4 Im gleichen Sinne hat das Bundesgericht im Zusammenhang mit der Anfechtung eines Kaufvertrages wegen Grundlagenirrtums ausgeführt, die in der Rügepflicht und in der kurzen Verjährung liegende Beschränkung sei lediglich das Gegenstück zu der weitgehenden Begünstigung, die dem Käufer durch das Gewährleistungsrecht eingeräumt werde (<ref-ruling> E. 6c S. 422 f., vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 1b S. 136 f.). Daran kann jedoch nicht festgehalten werden, soweit damit ausgesagt wird, der Zweck der erwähnten Bestimmungen erschöpfe sich im betreffenden Interessenausgleich. Vielmehr ist gemäss der älteren Rechtsprechung des Bundesgerichts davon auszugehen, die kurze Verjährung gemäss <ref-law> bezwecke zudem, im Interesse der Verkehrs- und Rechtssicherheit bald nach der Ablieferung eine klare Rechtslage zu schaffen (BGE 78 II 367 E. 2 S. 368; <ref-ruling> E. 3b S. 102; vgl. auch BGE 58 II 207 E. 2 S. 213; 63 II 401 E. 3c S. 406 f.). Auch in der Lehre wird angenommen, nach Ablauf der kaufrechtlichen Verjährungsfrist solle der Verkäufer im Sinne des allgemeinen Verkehrsschutzgedankens davon ausgehen können, dass es mit der erfolgten Lieferung sein Bewenden hat und er das Geschäft endgültig "abbuchen" kann (Ernst A. Kramer, Noch einmal zur aliud-Lieferung beim Gattungskauf, recht 1997 S. 78 ff., S. 80; vgl. auch: Honsell, Basler Kommentar, 3. Aufl., N. 1 zu <ref-law>; Ginter, a.a.O., S. 96; Venturi, Commentaire Romand, N. 1 zu <ref-law>; Neuenschwander, a.a.O., S. 89; Schubiger, a.a.O., S. 109 ff.; Hans Merz, Sachgewährleistung und Irrtumsanfechtung, in: Festschrift zum 70. Geburtstag von Prof. Dr. Theo Guhl, S. 87 ff., S. 103 f.). Dieser Zweck des Verkehrsschutzes würde unterlaufen, wenn der Käufer aus Mängeln der gelieferten Sache Schadenersatzansprüche ableiten könnte, ohne die Verjährungsfrist gemäss <ref-law> einhalten zu müssen. Diese Bestimmung muss daher gemäss ihrem Zweck als vorrangige Spezialnorm qualifiziert werden, welche alle aus der mangelhaften Lieferung abgeleiteten vertraglichen Schadenersatzansprüche erfasst (vgl. BGE 58 II 207 E. 2 S. 213). Damit wird eine Harmonisierung mit dem Werkvertragsrecht erreicht, das die Schadenersatzansprüche des Bestellers wegen Mängel des Werkes in <ref-law> abschliessend regelt (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 32 f.; <ref-ruling> E. 4b/cc S. 553) und vorsieht, dass diese Ansprüche gleich den entsprechenden Ansprüchen des Käufers verjähren (<ref-law>). Demnach verjähren auch beim Werkvertrag alle aus Mängeln beweglicher Werke abgeleiteten Schadenersatzansprüche nach <ref-law>, was dem Gleichbehandlungsprinzip entspricht (vgl. Tercier, a.a.O., S. 94 Rz. 621). Auch bezüglich der Untersuchungs- und Rügeobliegenheiten gemäss <ref-law> ist von einem Vorrang gegenüber den Regeln des allgemeinen Teils auszugehen. Dies ist insbesondere daraus abzuleiten, dass nach Art. 201 Abs. 2 und 3 OR die Sache hinsichtlich der Mängel, welche nicht rechtzeitig angezeigt wurden, als genehmigt gilt. Aus dieser Genehmigungsfiktion ist zu schliessen, dass vertragliche Ansprüche aus nicht rechtzeitig angezeigten Mängeln verwirkt sind, soweit keine absichtliche Täuschung des Käufers durch den Verkäufer im Sinne von <ref-law> vorliegt (BGE 67 II 132 E. 2 S. 135 f.; vgl. auch Ginter, a.a.O., S. 95 f.; a.M. Keller/Siehr, a.a.O., S. 106, die annehmen, mit "Genehmigung" sei ausschliesslich gemeint, dass der Käufer seine Sachgewährleistungsansprüche verwirke, wenn er die Mängelrüge versäume). Nach dem Gesagten fehlen für die von der Klägerin beantragte Praxisänderung sachliche Gründe, weshalb die bisherige Rechtsprechung zu bestätigen ist. Das Obergericht hat daher bundesrechtskonform erkannt, allfällige vertragliche Schadenersatzansprüche der Klägerin aus Lieferung mangelhaften Glases durch die C._ AG seien verjährt.
3. 3.1 Vor den kantonalen Instanzen machte die Klägerin geltend, im Rahmen des B._-Konzerns habe eine Usanz bestanden, gegenseitig bei materiellrechtlich ausgewiesenen Ansprüchen auf die Einrede der Verjährung zu verzichten. Die C._ AG habe daher die Einrede der Verjährung nach dem Prinzip der Vertrauenshaftung auch dann nicht mit Aussicht auf Erfolg erheben können, wenn angenommen würde, die Forderung auf Ersatz der Umglasungskosten sei verjährt gewesen. Das Obergericht führte dazu aus, es möge zutreffen, dass die Konzerngesellschaften untereinander auf die Einrede der Verjährung verzichteten. Dabei handle es sich indes um eine konzerninterne Usanz, die nicht auf vertrauenserweckenden Erklärungen gegenüber einem vertragsfremden Dritten beruhe. Zudem bezwecke die Verjährung den Schutz des Schuldners, d.h. der Beklagten. Diese Schutzfunktion könne nicht durch einen vertrauensbildenden Prozess ausser Kraft gesetzt werden, an dem die Beklagte in keiner Art und weise beteiligt gewesen sei.
3.2 Die Klägerin rügt, das Obergericht habe missachtet, dass die Verjährungsfristen allein den Haftpflichtigen und nicht seine Haftpflichtversicherung gegen eine allzu lange Verzögerung der Geltendmachung von Ansprüchen schützten. Entscheidend sei daher nur, ob die haftpflichtversicherte C._ AG sich in ihrem Verhältnis zu ihrer Abnehmerin des Glases, der B.X._ AG, mit Erfolg auf die Verjährung hätte berufen können. Dies sei zu verneinen, da innerhalb des B._-Konzerns die Usanz des Verjährungsverzichts bestanden habe. Diese habe gestützt auf den Grundsatz von Treu und Glauben zu einer gesetzlichen und nicht zu einer vertraglichen Bindung geführt.
3.3 Gemäss Art. 7 lit. d der massgebenden Allgemeinen Versicherungsbedingungen waren vertraglich übernommene - über die gesetzliche Haftung hinausgehende - Ansprüche nicht versichert. Insoweit kann es entgegen der Annahme der Klägerin keine Rolle spielen, ob eine über die gesetzliche Haftung hinausgehende Verpflichtung durch ausdrückliche vertragliche Vereinbarungen oder Usanzen begründet wird, weil die C._ AG in beiden Fällen eine über die gesetzliche Verpflichtung hinausgehende Haftung übernimmt. Da die ihr gegenüber erhobenen Ansprüche auf Schadenersatz aus mangelhafter Lieferung gemäss der vorstehenden Erwägung verjährt waren, bestand insoweit keine gesetzliche Zahlungspflicht, so dass eine Haftung der Beklagten entfällt.
4. 4.1 Alsdann macht die Klägerin dem Sinne nach geltend, zutreffend sei, dass das Z._-Glas nur der Gattung nach bestimmt worden und das gelieferte Glas wegen seiner Fleckenbildung von unterdurchschnittlicher Qualität gewesen sei und damit <ref-law> verletzt habe. Das Obergericht habe jedoch nicht beachtet, dass das Glas mit dieser Fleckenbildung auch nicht der Gattung "Z._-Glas" entsprochen habe, weshalb eine aliud-Lieferung vorliege, welche nicht der Sachgewährleistung unterstehe.
4.2 Diese Rüge ist offensichtlich unbegründet, legt doch die Klägerin nicht dar, welche vereinbarten Gattungsmerkmale dem gelieferten Glas gefehlt haben sollen, was auch nicht ersichtlich ist. Damit liegt keine aliud-Lieferung vor (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 457).
5. 5.1 Das Obergericht nahm an, eine fristgerechte Irrtumsanfechtung durch die Käuferin sei weder behauptet noch bewiesen. Zudem habe die erste Instanz in diesem Zusammenhang zu Recht darauf hingewiesen, dass beim Gattungskauf die Irrtumsanfechtung nur erfolgversprechend sei, wenn die gesamte Gattung mangelhaft sei, sich also der Irrtum auf die Eigenschaft der ganzen Gattung beziehe. Davon könne hier keine Rede sein, weshalb nicht ein Irrtum bei Vertragsschluss, sondern nur eine mangelhafte Leistung vorliege.
5.2 Die Klägerin macht geltend, nach der Bundesgerichtspraxis könne auch ein Irrtum über künftige Tatsachen einen Grundlagenirrtum begründen, wenn eine Partei fälschlicherweise annehme, ein zukünftiges Ereignis sei sicher und die Gegenpartei hätte erkennen müssen, dass diese Sicherheit für die andere Partei Vertragsvoraussetzung war. Vorliegend habe die Käuferin mit Sicherheit angenommen, das künftig zu liefernde "Z._"-Glas werde keine Fleckenbildung aufweisen, was für die Käuferin erkennbare Vertragsvoraussetzung gewesen sei.
5.3 Wird eine bloss der Gattung nach bestimmte Sache geschuldet, so muss der Käufer im Zeitpunkt des Vertragsschlusses damit rechnen, dass die vom Verkäufer später zu spezifizierende Ware Mängel aufweisen könnte. Demnach kann beim Gattungskauf die Mängelfreiheit der künftigen Lieferung keine als sicher vorausgesetzte Vertragsgrundlage bilden (vgl. Honsell, Basler Kommentar, 3. Aufl. N. 9 der Vorbem. zu Art. 197-210 OR; Keller/Siehr, a.a.O., S. 108). Das Obergericht hat daher zutreffend angenommen, die mangelhafte Lieferung habe keinen Grundlagenirrtum begründen können.
6. Nach dem Gesagten ist die Berufung abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Klägerin dafür kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und 159 Abs. 2 OG). Bei der Bemessung der Parteientschädigung wird die Mehrwertsteuer im Rahmen des geltenden Tarifs pauschal berücksichtigt (Urteil 2P.69/1996 E. 2, SJ 1996, S. 275).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: