Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1960 geborene B._ war als Betonwerker bei der X._ Beton-Fertigteile AG tätig. Wegen starken Rückenschmerzen meldete er sich am 11. Mai 2009 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach verschiedenen medizinischen Abklärungen ermittelte die IV-Stelle des Kantons Aargau einen Invaliditätsgrad von 16 % und verneinte mit Verfügung vom 26. April 2010 einen Anspruch auf eine Invalidenrente. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 17. November 2010 ab, wohingegen das Bundesgericht mit Urteil 8C_73/2011 vom 1. April 2011 diesen und die Verfügung vom 26. April 2010 aufhob und die Sache zur Einholung eines polydisziplinären Gutachtens und neuer Verfügung an die IV-Stelle zurückwies.
A.b. Die IV-Stelle liess B._ beim Begutachtungszentrum Y._ gutachterlich untersuchen. Gestützt auf die Expertise vom 7. Februar 2012 sprach sie dem Versicherten mit Verfügung vom 27. September 2012 eine vom 1. November 2009 bis 30. April 2012 befristete Viertelsrente zu.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau, welches B._ zuvor eine mögliche Schlechterstellung im Vergleich zu seiner bisherigen Rechtsstellung (reformatio in peius) angezeigt und Gelegenheit zu einem allfälligen Beschwerderückzug gegeben hatte, mit Entscheid vom 5. Juni 2013 ab und stellte fest, es bestehe kein Rentenanspruch.
C.
B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Begehren, der kantonale Entscheid und die Verfügung der IV-Stelle seien aufzuheben. Die Sache sei zu weiteren medizinischen Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen, eventuell seien ihm ab 1. November 2009 bis mindestens 30. April 2012 Leistungen auf Grund eines Invaliditätsgrades von mindestens 44 % auszurichten.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Versicherungsgericht, die PK Rück Lebensversicherung für die betriebliche Vorsorge AG und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob der medizinische Sachverhalt rechtsgenüglich abgeklärt ist, und wenn ja, ob ein Anspruch auf eine (befristete) Invalidenrente besteht.
Die Vorinstanz hat die rechtlichen Grundlagen über die Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und die Invalidität (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zur invalidisierenden Wirkung psychischer Gesundheitsschäden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f. mit Hinweisen) richtig dargelegt. Gleiches gilt zu den Voraussetzungen und zum Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>) und zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. E. 5.1). Darauf wird verweisen.
Zu ergänzen ist, dass die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben wird (<ref-law>; <ref-law>), wenn sich der Invaliditätsgrad eines Rentenbezügers erheblich ändert. Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen seit Zusprechung der Rente, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Anspruch zu beeinflussen. Insbesondere ist die Rente bei einer wesentlichen Änderung des Gesundheitszustandes oder der erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes revidierbar (<ref-ruling> E. 3 S. 132). Nach der Rechtsprechung sind diese Revisionsbestimmungen bei der rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften oder befristeten Rente analog anwendbar, weil noch vor Erlass der ersten Rentenverfügung eine anspruchsbeeinflussende Änderung eingetreten ist mit der Folge, dass dann gleichzeitig die Änderung mitberücksichtigt wird. Wird rückwirkend eine abgestufte oder befristete Rente zugesprochen, sind einerseits der Zeitpunkt des Rentenbeginns und anderseits der in Anwendung der Dreimonatsfrist von <ref-law> festzusetzende Zeitpunkt der Anspruchsänderung die massgebenden Vergleichszeitpunkte (vgl. Urteil 8C_350/2013 vom 5. Juli 2013 E. 2.2 mit weiteren Hinweisen).
3.
3.1. Die Vorinstanz setzte sich einlässlich mit den medizinischen Akten auseinander und erwog, das Gutachten des Begutachtungszentrums Y._ erfülle die bundesgerichtlichen Anforderungen an eine Expertise. Aus somatischer Sicht bestehe spätestens seit dem 8. September 2009 eine volle Arbeitsfähigkeit für eine leichte bis mittelschwere, rückenadaptierte Tätigkeit. Bezüglich der psychisch bedingten Arbeitsunfähigkeit wich das kantonale Gericht vom genannten Gutachten ab. Die von Dr. med. A._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie attestierte Arbeitsunfähigkeit von 40 % seit April/Mai 2009 bis 16. Januar 2012 und von 20 % seit diesem Zeitpunkt sei im Rahmen der invalidenversicherungsrechtlichen Leistungszusprache nicht zu berücksichtigen. Sie werde durch psychosoziale Umstände bestimmt und unterhalten, weshalb nicht von einem invalidisierenden psychischen Gesundheitsschaden gesprochen werden könne. Entsprechend ermittelte das kantonale Gericht einen Invaliditätsgrad von 7 % seit November 2009 und verneinte einen Anspruch auf eine Rente.
3.2. Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie hinsichtlich des somatischen Gesundheitsschadens auf das Gutachten des Begutachtungszentrums Y._ abgestellt habe, obwohl dieses ohne neue bildgebende Untersuchungen verfasst worden sei; der Sachverhalt sei ungenügend abgeklärt. Willkürlich habe das kantonale Gericht entschieden, es sei bezüglich der psychisch bedingten Arbeitsunfähigkeit nicht auf die Einschätzung der Experten abzustellen. Indem es sich über die Beurteilung des Gesundheitszustandes und das Attest der Arbeitsunfähigkeit des Begutachtungszentrums Y._ hinweggesetzt habe, ohne weitere Abklärungen vorzunehmen, habe es den Untersuchungsgrundsatz und die Beweiswürdigungsregeln verletzt.
4.
4.1. Gemäss angefochtenem Entscheid hat der Gutachter Dr. med. W._, Facharzt FMH für Rheumatologie, überzeugend ausgeführt, weshalb er es nicht für notwendig erachtete, eine neue bildgebende Abklärung zu veranlassen. Die Vorinstanz begründet eingehend, weshalb die somatische Gesundheitsschädigung genügend untersucht worden und die sich aus dem Gutachten ergebende Einschätzung einer vollen Arbeitsfähigkeit in einer wechselbelastenden, leichten bis mittelschweren Tätigkeit nachvollziehbar ist. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringen lässt, vermag den Beweiswert des Gutachtens nicht in ernsthafte Zweifel zu ziehen. Es ist nicht rechtsverletzend, dass im angefochtenen Entscheid mit guten Gründen auf das Gutachten abgestellt wurde. Soweit der Beschwerdeführer inhaltliche Kritik am Gutachten übt und dieses nicht als beweistauglich hält, so trägt er lediglich die eigene Sicht der Dinge vor. Er setzt sich nicht mit den entsprechenden Erwägungen des kantonalen Gerichts auseinander und legt nicht dar, inwiefern die vorinstanzliche Argumentation Bundesrecht verletzt.
4.2.
4.2.1. Im psychiatrischen Teilgutachten stellte Dr. med. A._ die Diagnose einer leichtgradigen depressiven Episode ohne somatisches Syndrom (ICD-10: F32.0) und attestierte ab dem Untersuchungsdatum vom 16. Januar 2012 eine Arbeitsunfähigkeit von 20 %. Seit April/Mai 2009 habe eine mittelgradige depressive Episode bestanden, welche zu einer Arbeitsunfähigkeit von 40 % geführt, sich aber inzwischen gebessert habe. Gemäss Feststellung des kantonalen Gerichts erfüllt auch dieses Teilgutachten die bundesgerichtlichen Anforderungen, weshalb ihm grundsätzlich Beweiswert zukomme. Die Vorinstanz setzte sich nach eingehender Würdigung der medizinischen Unterlagen mit den Differenzen zwischen den Berichten der behandelnden Ärzte und Ausführungen des Gutachters des Begutachtungszentrums Y._ auseinander und begründete, weshalb eine retrospektive Beurteilung des Gesundheitszustandes und der Arbeitsfähigkeit entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers möglich ist und weswegen seines Erachtens nicht auf die im Gutachten attestierte Arbeitsfähigkeit abgestellt werden könne. Entgegen der Expertise bestehe in einer den somatischen Einschränkungen angepassten Tätigkeit eine volle Arbeitsfähigkeit.
4.2.2. Das kantonale Gericht wich in seiner Sachverhaltsfeststellung nicht nur bezüglich der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit, sondern auch hinsichtlich der Befunde vom Gutachten ab. Es führte aus, bei den beim Beschwerdeführer diagnostizierten psychischen Faktoren (wie Depressionen, Lust- und Freudlosigkeit, Schlaflosigkeit, Reizbarkeit und gedrückte Stimmung) handle es sich um ausgeprägte psychosoziale Faktoren, weshalb in Anwendung der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> nicht von einem invalidisierenden psychischen Gesundheitsschaden gesprochen werden könne. Es hat das Vorliegen einer zumindest mittelgradigen depressiven Episode seit dem Frühjahr 2009 entgegen aller echtzeitlichen medizinischen Akten und dem Gutachten vom 7. Februar 2012 verneint. Bei seiner Einschätzung, das Beschwerdebild werde von psychosozialen und demnach nicht von gesundheitlichen Faktoren aufrecht erhalten, stützt es sich auf punktuelle Angaben aus ärztlichen Berichten, blendet aber andere Ausführungen zum selben Thema aus. Entgegen der Darstellung im angefochtenen Entscheid besteht das klinische Beschwerdebild beim Beschwerdeführer nicht (einzig) in Beeinträchtigungen, welche von belastenden soziokulturellen Faktoren herrühren (vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 299). Vielmehr wurden eigenständige psychiatrische Befunde erhoben. Dr. med. A._ hat die psychosoziale Funktionsfähigkeit ausdrücklich abgeklärt und diese als intakt bezeichnet. Die Diagnose einer somatoformen Schmerzstörung wurde vom Gutachter ausdrücklich verneint. Das Gericht setzt seine eigene Einschätzung und damit die allgemeine Lebenserfahrung über die medizinische Fachmeinung. Die vorinstanzlichen Feststellungen sind aktenwidrig, weshalb die Beweiswürdigungsregeln verletzt wurden.
4.2.3. Aktenwidrige tatsächliche Feststellungen sind offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> (vgl. statt vieler <ref-ruling> E. 4.3 am Ende S. 317); in einem solchen Fall erfolgt eine Berichtigung oder Ergänzung des Sachverhalts auch von Amtes wegen. Das Bundesgericht legt seinem Entscheid daher den als zutreffend erkannten rechtserheblichen Sachverhalt zugrunde. Dabei ist auf die überzeugenden Ausführungen im Gutachten vom 7. Februar 2012 abzustellen. Demnach ist der Beschwerdeführer seit November 2008 in seiner angestammten Tätigkeit als Betonbauer zu 100 % arbeitsunfähig. Seit September 2009 besteht für eine leichte bis mittelschwere, den Rücken nicht belastende Arbeit eine 60 %ige Arbeitsfähigkeit, wobei die Einschränkung durch die im April/Mai 2009 aufgetretene mittelgradige Depression begründet ist. Diese hat sich bis zur Untersuchung durch die Gutachter des Begutachtungszentrums Y._ gebessert, sodass seit dem 16. Januar 2012 von veränderten gesundheitlichen Verhältnissen auszugehen ist. Seit diesem Zeitpunkt besteht in derselben Tätigkeit eine 80 %ige Arbeitsfähigkeit. Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, eine retrospektive Einschätzung der Arbeitsfähigkeit sei nicht möglich, weshalb vom Attest einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit des behandelnden Dr. med. U._, Oberarzt bei den Psychiatrischen Diensten, vom 12. Juli 2011 auszugehen sei, ist ihm nicht zu folgen. Dr. med. A._ hat nachvollziehbar dargelegt, weshalb bei der vom behandelnden Arzt diagnostizierten mittelgradigen Depression beim Beschwerdeführer höchstens von einer 40 %igen Einschränkung auszugehen ist, wohingegen die vollständige Arbeitsunfähigkeit für jegliche Tätigkeit nicht begründet wird.
4.3. Ausgehend von der Arbeitsfähigkeit von 60 % in einer zumutbaren Tätigkeit ab September 2009 hat die IV-Stelle nach Ablauf des Wartejahres (<ref-law>) per 25. November 2009 einen Invaliditätsgrad von 44 % festgestellt. Gegen die konkrete Ermittlung des Invaliditätsgrades und den von der Verwaltung festgesetzten Zeitpunkt des Rentenbeginns bringt der Beschwerdeführer keine Einwendungen vor, weshalb es damit sein Bewenden hat. Dasselbe gilt für die Terminierung des Anspruchs nach der spätestens per 16. Januar 2012 eingetretenen Verbesserung des psychischen Gesundheitszustandes (nurmehr leichte depressive Episode) und der damit verbundenen Erhöhung der Arbeitsfähigkeit. Wie von der IV-Stelle verfügt, hat der Beschwerdeführer in der Zeit vom November 2009 bis 31. März 2012 Anspruch auf eine Viertelsrente.
5.
Soweit der Beschwerdeführer um die Gewährung von Eingliederungsmassnahmen ersucht, hat das kantonale Gericht zu Recht festgestellt, dass solche nicht Gegenstand der angefochtenen Verfügung waren, weshalb es auf den entsprechenden Antrag nicht eintrat. Mit in Rechtskraft erwachsenen Verfügung vom 1. Februar 2010 hatte die IV-Stelle berufliche Massnahmen abgelehnt, da der Beschwerdeführer sich damals als nicht eingliederungsfähig erachtete. Falls inzwischen diesbezüglich veränderte Verhältnisse vorliegen, kann er sich erneut bei der IV-Stelle melden und ein Gesuch um Eingliederungsmassnahmen stellen. Das kantonale Gericht ist zu Recht nicht auf das entsprechende Rechtsbegehren eingetreten.
6.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin und dem Versicherten je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat nach Massgabe seines Obsiegens Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 5. Juni 2013 wird bezüglich des verneinten Rentenanspruchs aufgehoben und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Aargau vom 27. September 2012 bestätigt. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden zu Fr. 400.- dem Beschwerdeführer und zu Fr. 400.- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1400.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der PK Rück Lebensversicherungsgesellschaft für die betriebliche Vorsorge AG, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Januar 2014
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer