(Margenbesteuerung), hat sich ergeben:
A.- Die Garage X._ AG handelt mit neuen und gebrauchten Motorfahrzeugen und führt Service- und Reparaturarbeiten an Motorfahrzeugen aus. Sie ist im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung eingetragen. Gestützt auf die Ergebnisse einer im Betrieb der Steuerpflichtigen vorgenommenen Kontrolle stellte ihr die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Ergänzungsabrechnung Nr. 17938 vom 17. September 1997 für die Mehrwertsteuer 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1997 Fr. 109'988.-- in Rechnung. Die Nachbelastung hat ihren Grund darin, dass die Steuerpflichtige beim Verkauf von gebrauchten Motorfahrzeugen in den Kundenrechnungen auf die Mehrwertsteuer hingewiesen hatte, obschon sie die Steuer aufgrund der Differenz zwischen Verkaufs- und Ankaufspreis abrechnete (sog. Differenzbesteuerung) und in diesen Fällen keine Hinweise auf die Steuer in den Rechnungen enthalten sein dürfen. Mit Entscheid vom 28. Mai 1998, bestätigt auf Einsprache hin am 2. August 1999, hielt die Eidgenössische Steuerverwaltung an der Steuerforderung, mit einer geringfügigen Korrektur beim Steuerbetrag, fest.
B.- Mit Entscheid vom 14. November 2000 hiess die Eidgenössische Steuerrekurskommission die Beschwerde der Garage X._ AG im Sinne der Erwägungen teilweise gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück.
Die Steuerrekurskommission erwog, die Anwendung der Differenzbesteuerung beim Verkauf eines gebrauchten Fahrzeuges könne nicht davon abhängig gemacht werden, dass die Kundenrechnung keinen Hinweis auf die Mehrwertsteuer enthalte. Art. 28 Abs. 4 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer bestimme, wie die Rechnung bei einem nach der Differenzmethode besteuerten Geschäft abgefasst werden müsse, nicht aber die Voraussetzungen für die Differenzbesteuerung.
Wohl müsse der Gefahr begegnet werden, dass der Abnehmer eines nach der Differenzmethode abgerechneten Geschäfts aufgrund des falschen Hinweises in der Rechnung auf die Mehrwertsteuer den Vorsteuerabzug vornehme. Diese Gefahr bestehe indessen nicht oder nicht mehr, wenn die fraglichen Rechnungen vor ihrer Verwendung durch den Abnehmer von der Garage wieder erlangt und vernichtet würden oder wenn die Lieferung an einen nicht der Mehrwertsteuer unterstehenden Abnehmer erfolgt sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung habe die Sache gemäss diesen Grundsätzen neu zu prüfen.
C.- Die Eidgenössische Steuerverwaltung führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, es sei der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 2. August 1999 zu bestätigen.
Die Garage X._ AG schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerrekurskommission verzichtete auf Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Anwendbar ist in materieller Hinsicht noch die Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 (MWSTV; SR 641. 201). Gemäss Art. 26 Abs. 1 dieser Verordnung wird die Steuer vom Entgelt berechnet. Für den Handel mit gebrauchten Fahrzeugen enthielt <ref-law> folgende Bestimmung:
"7Hat der Steuerpflichtige ein gebrauchtes Motorfahrzeug
für den Verkauf bezogen, so kann er für
die Berechnung der Steuer auf dem Verkauf den
Ankaufspreis vom Verkaufspreis abziehen, sofern
er auf dem Ankaufspreis keine Vorsteuer abziehen
durfte oder den möglichen Vorsteuerabzug nicht
geltend gemacht hat.. "
Die Vorschrift regelte die so genannte Differenz- oder Margenbesteuerung: Danach kann der steuerpflichtige Verkäufer eines gebrauchten Motorfahrzeuges für die Berechnung der Steuer auf dem Verkauf den Ankaufspreis vom Verkaufspreis abziehen. Die Steuer ist somit nur auf dem Betrag zu entrichten, um den der Verkaufspreis den Ankaufspreis übersteigt. Voraussetzung ist jedoch, dass der Steuerpflichtige beim Bezug des Motorfahrzeuges keine Vorsteuer abziehen konnte, namentlich beim Erwerb von einem nicht steuerpflichtigen Privaten, oder den möglichen Vorsteuerabzug nicht geltend machte, wie <ref-law> festhält. Die Differenzbesteuerung ist daher für den Gebrauchtwagenhändler im Allgemeinen günstiger, als wenn er die Mehrwertsteuer, mit Recht auf Vorsteuerabzug, auf dem vollen Verkaufspreis berechnen müsste.
Die Differenzbesteuerung, wie sie in <ref-law> vorgesehen ist, hat allerdings auch Auswirkungen auf das Vorsteuerabzugsrecht des (mehrwertsteuerpflichtigen) Abnehmers. Da bei der Differenzbesteuerung die Mehrwertsteuer nur auf dem Unterschiedsbetrag zwischen Verkaufspreis und Ankaufspreis berechnet wird und gar keine Steuer anfällt, wenn der Verkaufspreis den Ankaufspreis nicht übersteigt, könnte ein Abnehmer, sofern er der Mehrwertsteuer untersteht, nur die auf der Marge bezahlte Steuer als Vorsteuer in Abzug bringen. Die Mehrwertsteuerverordnung (vgl.
<ref-law>) und die Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung schliessen indes bei einem nach der Differenzbesteuerung abgewickelten Geschäft jeglichen späteren Vorsteuerabzug aus. Das ist zulässig, wie das Bundesgericht bereits im Urteil 2A.416/1999 vom 22. Februar 2001 (E. 5a) erkannt hat. Um jeglichen unrechtmässigen oder missbräuchlichen späteren Vorsteuerabzug auszuschliessen, darf aber der steuerpflichtige Garagist gegenüber dem Kunden weder in seiner Rechnung noch sonstwie auf eine Steuer hinweisen.
Deshalb bestimmt <ref-law> unter dem Titel "Rechnungsstellung und Überwälzung der Steuer" Folgendes:
"4Wer (...) die Steuer auf dem Verkauf gebrauchter
Motorfahrzeuge nach Art. 26 Abs. 7 berechnet, darf
weder in Preisanschriften, Preislisten und sonstigen
Angeboten noch in Rechnungen auf die Steuer
hinweisen.. "
2.- Zwischen den Parteien ist unbestritten, dass Hinweise auf die Steuer in Angeboten, Ausschreibungen, Rechnungen usw. das Steueraufkommen gefährden könnten. Die Gefahr bestünde, dass ein mehrwertsteuerpflichtiger Abnehmer aufgrund des Hinweises in der Rechnung auf die Mehrwertsteuer versuchen könnte, die Vorsteuer abzuziehen, oder in den Irrtum versetzt sein könnte, er sei zum Vorsteuerabzug berechtigt. Dem will <ref-law> entgegenwirken.
Umstritten sind indes die Folgen unrichtiger Rechnungsstellung.
In Frage steht, ob das Recht zur Anwendung der Differenzbesteuerung dahinfällt, wenn der Steuerpflichtige entgegen der Vorschrift von <ref-law> in der Kundenrechnung auf die Steuer hinweist.
An dem im zitierten Urteil 2A.416/1999 vom 22. Februar 2001 aufgestellten Grundsatz, dass <ref-law> (Verbot des gesonderten Steuerausweises bei Anwendung der Differenzbesteuerung) Gültigkeitsvorschrift für die Anwendung der Differenzbesteuerung bildet (E. 6), ist auch im vorliegenden Fall festzuhalten. Bei der Differenzbesteuerung muss verhindert werden, dass der Empfänger auf Grund unrichtiger Rechnungsstellung einen Vorsteuerabzug geltend machen kann. Hat der Lieferant <ref-law> nicht befolgt und in der Kundenrechnung einen Hinweis auf die Mehrwertsteuer angebracht, so ist die Differenzbesteuerung ausgeschlossen und greift die Regelbesteuerung ein. Das gilt jedenfalls immer dann, wenn in der Kundenrechnung eine Mehrwertsteuer erwähnt wird. Rechnungen mit dem Hinweis auf die Mehrwertsteuer oder mit separatem Ausweis der Mehrwertsteuer, sofern sie von einem Steuerpflichtigen ausgestellt wurden, berechtigen den Empfänger zum Abzug der Vorsteuer. Sie sind mehrwertsteuerrechtliche Urkunden. Die Differenzbesteuerung kann daher nicht mehr gestattet werden, wenn dem Empfänger eine solche Rechnung ausgestellt wird.
Dieser Formalismus ist streng, jedoch notwendig, um Fehlern bei der Steuerabrechnung vorzubeugen. Schon bei der Warenumsatzsteuer war die Eidgenössische Steuerverwaltung befugt, für die zuverlässige Ermittlung der Steuer Formvorschriften aufzustellen (statt vieler, vgl. ASA 55 S. 226 E. 1b, 53 S. 513 E. 1, für die Berechnung des Entgelts bei Eintauschgeschäften). Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Eidgenössische Steuerverwaltung verlangt, dass das Recht zur Differenzbesteuerung dahinfalle und die Regelbesteuerung eingreife, wenn in Rechnungen auf die Steuer hingewiesen wird.
Ob das auch gilt, wenn der Aussteller der Rechnung in Preislisten, Offerten oder sonstigen Angeboten Hinweise auf die Mehrwertsteuer angebracht hat, ist fraglich. Solche Unterlagen gelten nicht als Rechnungen und berechtigen nicht zum Vorsteuerabzug, weshalb die Gefahr eines unberechtigten Vorsteuerabzuges kleiner ist. Die Frage muss hier nicht entschieden werden, zumal der Beschwerdegegnerin nur vorgehalten wird, in Kundenrechnungen Hinweise auf die Steuer angebracht zu haben.
3.- Ist bei falscher Rechnungsstellung die Differenzbesteuerung nicht anwendbar, weil der Aussteller der Kundenrechnung auf die Mehrwertsteuer hingewiesen hat, stellt sich die Frage, ob die fehlerhafte Rechnung durch den Aussteller nachträglich berichtigt werden darf. Gegenstand des Urteils 2A.416/1999 vom 22. Februar 2001 war eine Feststellung der Eidgenössischen Steuerverwaltung über die allgemeinen Voraussetzungen der Differenzbesteuerung und die Anforderungen an die Rechnungsstellung. Die Frage, ob bei fehlerhafter Rechnungsstellung die Berichtigung zulässig sei, musste nicht beantwortet werden, weil es nicht um konkrete Steuerabrechnungen ging. Sie wurde im Urteil (E. 6) ausdrücklich offen gelassen.
Im vorliegenden Fall stehen indes konkrete Steuerabrechnungen in Frage. Die Beschwerdegegnerin wendete die Differenzbesteuerung an, obschon sie in ihren Rechnungen mehrheitlich auf die Mehrwertsteuer ("inkl. 6.5 % MWST") hingewiesen hat. Die Frage, ob die Berichtigung zulässig ist, ist somit zu entscheiden.
4.- Die Mehrwertsteuerverordnung und jetzt auch das Mehrwertsteuergesetz vom 2. September 1999 (MWSTG; SR 641. 20) enthalten keine Vorschriften darüber, ob und unter welchen Voraussetzungen eine Rechnung, die ein Steuerpflichtiger ausgestellt hat, berichtigt werden darf.
Die Frage ist deshalb gestützt auf allgemeine Rechtsgrundsätze und diejenigen des Mehrwertsteuerrechts zu lösen.
Die Vorinstanz behandelte im angefochtenen Urteil die Frage unter dem Gesichtswinkel der Steuergefährdung und des Grundsatzes der Steuerneutralität. Sie erwog, es müsse der Gefahr begegnet werden, dass der Abnehmer die Vorsteuer zurückverlange, wenn bei einem differenzbesteuerten Geschäft der Lieferant zu Unrecht auf die Steuer hingewiesen habe.
Diese Gefahr bestehe aber nicht, wenn die Lieferung an einen nicht der Mehrwertsteuer unterstehenden Abnehmer erfolge oder wenn der Lieferant die fehlerhafte Kundenrechnung vor ihrer Verwendung wiedererlange und vernichte. Versage man auch in solchen Fällen die Geltendmachung des Vorsteuerabzuges, komme es zu einer Steuerkumulation, weil der Wiederverkäufer die im Wert des vom Privaten erworbenen Gebrauchtwagens enthaltene Mehrwertsteuer nicht zum Abzug bringen könne. Das verletze den Grundsatz der Steuerneutralität (angefochtenes Urteil E. 4).
Diese Argumentation ist widersprüchlich, weil die Vorinstanz einerseits das Verbot des gesonderten Steuerausweises in der Rechnung gemäss <ref-law> als blosse Ordnungsvorschrift behandelt - ohne Auswirkungen auf die Steuer für den Fall der Missachtung der Vorschrift -, andererseits aber dennoch die Differenzbesteuerung als nicht anwendbar erklärt, wenn die Gefahr von Missbrauch droht, das heisst, wenn entgegen <ref-law> die Steuer in der Faktur offen ausgewiesen wurde und zudem die Lieferung an einen mehrwertsteuerpflichtigen Abnehmer erfolgte. Die Begründung vermag insoweit nicht zu befriedigen. Richtigerweise ist zu fragen, ob der Aussteller einer falschen Rechnung diese nachträglich noch berichtigen dürfe, so dass statt der Regelbesteuerung die Differenzbesteuerung eingreift.
Nur unter diesem Gesichtswinkel ist zu prüfen, ob eine Berichtigung, wie die Vorinstanz sie vorsieht, zulässig ist.
5.- Wie erwähnt ist die Berichtigung von Rechnungen weder in der Mehrwertsteuerverordnung noch im neuen Mehrwertsteuergesetz vorgesehen. Sie wird aber durch diese Erlasse auch nicht ausdrücklich ausgeschlossen.
a) Die Ausstellung einer Rechnung für eine Lieferung oder Dienstleistung ist handelsrechtlich nicht vorgeschrieben, sie entspricht jedoch den Gepflogenheiten im Geschäfts- und Handelsverkehr. Das Doppel der Rechnung dient als Buchungsbeleg und unterliegt dann wie die Geschäftsbücher der Aufbewahrungspflicht nach <ref-law>.
Im System der Mehrwertsteuer mit Vorsteuerabzug kommt der Rechnung indessen eine besondere, über den reinen Buchungsbeleg hinausgehende Bedeutung zu. Sie dient dem Empfänger der Leistung als Beleg, dass der Leistungserbringer die Mehrwertsteuer abgerechnet hat, und soll dem steuerpflichtigen Empfänger die Möglichkeit verschaffen, die Steuer als Vorsteuer von seiner Steuerschuld abzuziehen.
<ref-law> schreibt denn auch vor, dass auf Verlangen des steuerpflichtigen Empfängers der Steuerpflichtige über seine Lieferung oder Dienstleistung eine den Anforderungen für die Geltendmachung des Vorsteuerabzuges genügende Rechnung ausfertigen muss. Unterliegt der Leistungsempfänger der Mehrwertsteuer nicht, geht die Mehrwertsteuerverordnung auch in diesem Fall davon aus, dass der Steuerpflichtige im Regelfall eine Rechnung ausstellt (vgl. Art. 34 lit. a Ziff. 1 in Verbindung mit <ref-law>).
b) Es ist handelsrechtlich zulässig, Fehler der Buchhaltung zu berichtigen und eine neue Rechnung auszustellen, wenn sich ergibt, dass die Rechnung fehlerhaft ist. Zu beachten sind dabei die buchhalterischen Korrekturmethoden, bei denen es sich um Übung, teilweise um Gewohnheitsrecht handelt. Als Grundsatz gilt, dass die Korrektur aus der Buchhaltung ersichtlich bleiben muss. Die typischen buchhalterischen Korrekturmethoden sind die Umbuchung und die Gegenbuchung (Stornierung; vgl. Käfer, Berner Kommentar, N 523 ff. zu <ref-law>). Auf diese Weise lassen sich falsch oder irrtümlich fakturierte Beträge korrigieren.
Auch die Eidgenössische Steuerverwaltung lässt gemäss ihrer Verwaltungspraxis die Berichtigung von Rechnungen für die Mehrwertsteuer zu. Die Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige enthält diesbezüglich Vorschriften.
Danach hat der Kunde bei Erhalt der Rechnung zu kontrollieren, ob diese alle für die Geltendmachung des Vorsteuerabzugs notwendigen Angaben enthält. Ist die Rechnung mangelhaft, muss er sie zurückweisen, bevor er sie bezahlt hat.
Nach der Bezahlung dürfen Rechnungen nicht mehr abgeändert werden z.B. durch Stornierung und Neuerstellung, da es sich um einen abgeschlossenen Geschäftsfall handelt (Wegleitung 1997 Rz. 779a). Stellt sich nachträglich heraus, dass die dem Kunden fakturierte Mehrwertsteuer zu hoch oder zu niedrig berechnet worden ist, beispielsweise infolge eines Rechenfehlers, der Anwendung eines unrichtigen Steuersatzes oder einer falschen Berechnungsgrundlage, ist nach der Wegleitung 1997 eine Korrektur durch eine formell richtige Nachbelastung resp. Gutschrift möglich. Diese bewirkt einen neuen Zahlungsfluss oder eine Verrechnung. In der Nachbelastung oder Gutschrift ist auf den ursprünglichen Beleg hinzuweisen. Der steuerpflichtige Leistungsempfänger hat eine entsprechende Korrektur des Vorsteuerabzugs vorzunehmen.
Unterbleibt die Berichtigung, sind allenfalls zu Unrecht oder zuviel berechnete Steuerbetreffnisse in voller Höhe geschuldet (Wegleitung, a.a.O.).
c) Die durch die Verwaltung geschaffene Praxis, wonach fehlerhafte Rechnungen berichtigt werden können, erscheint sinnvoll und praktikabel. Sie gilt für Nachbelastungen wie auch für Gutschriften (Wegleitung 1997 Rz.
779b). Sie vermag sich formell auf <ref-law> abzustützen, wonach die Eidgenössische Steuerverwaltung für die Buchführung nähere Bestimmungen aufstellen kann.
Diese dürfen über die handelsrechtlich vorgeschriebenen Bestimmungen hinausgehen, dies aber nur, wenn es für die ordnungsgemässe Erhebung der Mehrwertsteuer unerlässlich ist.
6.- a) Um einen in der Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige geregelten Fall, wo der Steuerpflichtige seine Rechnung berichtigen kann, geht es hier indessen nicht. Die Beschwerdegegnerin irrte nicht bei der Steuerberechnung oder beim anwendbaren Steuersatz: Sie hat die Rechnungen richtig ausgestellt mit dem Hinweis auf den angewendeten Steuersatz. Es handelt sich um Rechnungen, die zum Vorsteuerabzug berechtigen und bei denen folglich die ordentliche Besteuerung, nicht die Margenbesteuerung anzuwenden ist.
b) Der Beschwerdegegnerin geht es vielmehr darum, die Rechnungen derart abzuändern, dass sie anstelle der ordentlichen Besteuerung die Margenbesteuerung anwenden kann. Eine derartige Möglichkeit der nachträglichen Änderung der einmal gewählten Besteuerungsart ist in der Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige nicht vorgesehen.
Es drängt sich auch nicht auf, sie zuzulassen. Die Mehrwertsteuer wird nach dem Prinzip der Selbstveranlagung erhoben. Das bedeutet, dass die mehrwertsteuerpflichtige Person selbst die Verantwortung für die richtige und vollständige Abrechnung der Steuer auf den in ihrem Geschäftsbetrieb vorkommenden Geschäftsvorfällen trägt (Dieter Metzger, Kurzkommentar zum Mehrwertsteuergesetz, Muri/Bern 2000, N 1 zu Art. 46). Sie entscheidet auch, ob sie die ordentliche Besteuerung oder die Margenbesteuerung anwenden will.
Sie wird dabei versuchen, die steuerlich günstigste Lösung zu wählen. Das ist zulässig und von der Steuerverwaltung zu akzeptieren. Das Motiv für die gewählte Methode ist dabei unerheblich. Darauf, ob die Besteuerung sich für das Unternehmen steuerlich günstig oder ungünstig auswirkt, kann es daher nicht ankommen. Ein Irrtum über die steuerlichen Folgen der gewählten Methode ist nur ein Motivirrtum, der an der Steuerbarkeit nichts ändert. Er kann nicht zur Folge haben, dass das Geschäft storniert und neu abgewickelt werden kann.
Im vorliegenden Fall hatte die Beschwerdegegnerin die Wahl, die Steuer auf dem Bruttoverkaufspreis zum ordentlichen Satz unter Angabe der Steuer auf der Rechnung zu fakturieren oder die Steuer lediglich auf der Marge zu berechnen, sofern sie in der Rechnung jeglichen Hinweis auf die Steuer unterliess. Sie hat in den meisten Rechnungen auf die Steuer hingewiesen und damit zum Ausdruck gebracht, dass sie in diesen Fällen die ordentliche Besteuerung angewendet wissen will. Dabei ist sie zu behaften. Es kann nicht dem Belieben der Steuerpflichtigen anheim gestellt werden, rückwirkend die Abrechnungsart zu wechseln, wenn sich die Steuerfolgen nachträglich als ungünstig erweisen. Würden solche "Berichtigungen" zugelassen, wäre die Erhebung der Mehrwertsteuer in der Tat ernsthaft gefährdet, zumal mit dem Steuerausweis auf der Rechnung dem Abnehmer die Möglichkeit eingeräumt wird, die Vorsteuer abzuziehen (s. auch <ref-ruling> E. 9 S. 460 f., für die Abrechnung nach Pauschalsteuersätzen; aus der kantonalen Praxis für die direkten Steuern, vgl. StE 1997 B 93.1 Nr. 4 hinsichtlich der Erklärung über die Privatentnahme; StE 1997 B 24.4 Nr. 24 für die Änderung von Geschäftsabschlüssen).
c) Es scheint zwar nicht zum Vornherein ausgeschlossen, dass einer steuerpflichtigen Person ein Irrtum bei der Rechnungsstellung unterlaufen kann, indem sie meint, das Geschäft nach der Margenbesteuerung abzuwickeln, während sie in der Rechnung versehentlich auf die Steuer hinweist.
Ob ein derartiges Versehen berichtigt werden kann, braucht hier indes nicht abschliessend beantwortet zu werden, da die Beschwerdegegnerin sich nicht in einem solchen Irrtum befand. Der überwiegende Teil der von der Beschwerdegegnerin ausgestellten Rechnungen enthält den Hinweis auf die Steuer ("inkl. 6.5 % MWST"). Bei 17 Rechnungen wurde auf die Differenzbesteuerung hingewiesen ("differenzbesteuert") oder fehlte ein Hinweis auf die Steuer. In diesen Fällen hat die Eidgenössische Steuerverwaltung die Differenzbesteuerung richtigerweise anerkannt. Alle Rechnungen wurden durch die gleiche Person auf der gleichen Maschine ausgefertigt. Der Beschwerdegegnerin war der Unterschied zwischen der ordentlichen Besteuerung und der Differenzbesteuerung somit bekannt und ebenso, dass für die beiden Besteuerungsarten unterschiedliche Anforderungen für die Rechnungsstellung gelten. Der Grund, weshalb die Beschwerdegegnerin einzelne Geschäfte nach der Differenzbesteuerung abwickelte und andere nicht, ist nicht bekannt. Sollte die Beschwerdegegnerin die Rechnungen in Unkenntnis der Sachlage und auf gut Glück ausgestellt haben, hätte sie die steuerlichen Folgen (auch nachteilige) bewusst in Kauf genommen. Sie befand sich somit allenfalls in einem Irrtum über die Steuerfolgen, auf den es nach dem Gesagten nicht ankommen kann, nicht aber darüber, dass ihr Handeln steuerrechtliche Konsequenzen haben würde.
Es geht hier um die Verantwortlichkeit des Steuerpflichtigen, der über die Steuer "in der vorgeschriebenen Form" (<ref-law>) abrechnen muss. Der Irrtum über die steuerlichen Folgen, in welchem sich die Beschwerdegegnerin möglicherweise befunden haben mag, kann daher nicht berichtigt werden.
d) Fragen kann sich allenfalls, ob im Jahre 1995 die Beschwerdegegnerin sich in einem Irrtum befand, weil die Branchenbroschüre mit dem entsprechenden Hinweis auf die Steuerfolgen bei offenem Ausweis der Steuer in der Rechnung erst im Jahre 1996 erlassen wurde und die beiden Rechnungen mit dem Vermerk "differenzbesteuert" aus dem Jahre 1996 stammen. In der Wegleitung 1994 für Mehrwertsteuerpflichtige war die Folge der Nichteinhaltung der offenen Überwälzung der Steuer noch nicht genannt (Wegleitung 1994 Rz. 775). Die bis Ende 1995 gültige Branchenbroschüre Autogewerbe (Ziff. 4.2) enthielt ebenfalls keinen Hinweis auf die Konsequenzen. Erst die Branchenbroschüre Motorfahrzeuggewerbe (Ziff. 5.3), gültig ab Anfang 1996, erwähnt ausdrücklich, dass bei offenem Ausweis der Steuer in der Rechnung die Differenzbesteuerung dahinfällt.
Selbst wenn für das Jahr 1995 ein Irrtum der Beschwerdegegnerin zu bejahen wäre, könnte aber die Korrektur schon deshalb nicht zugelassen werden, weil die Beschwerdegegnerin es unterliess, ihre Rechnungen sofort zu berichtigen, sondern es darauf ankommen liess, ob die Kontrolle der Eidgenössischen Steuerverwaltung die Unregelmässigkeiten hervorbringen würde.
7.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung ist nach dem Gesagten begründet und der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission aufzuheben. Der Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung ist zu bestätigen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).
Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht (Art. 159 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 14. November 2000 wird aufgehoben und der Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 2. August 1999 wird bestätigt.
2.- Die Kosten des Verfahrens vor der Eidgenössischen Steuerrekurskommission von Fr. 4'000.-- werden der Garage X._ AG auferlegt.
3.- Die Gerichtsgebühr für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 5'000.-- wird der Garage X._ AG auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Eidgenössischen Steuerrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 31. Mai 2002
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: