Faits:
A. A.a X._, ressortissant portugais né en 1983, est entré en Suisse en 1991, dans le cadre d'un regroupement familial avec ses parents, et y a accompli sa scolarité obligatoire. En 1999, il est retourné vivre au Portugal avec ses parents.
En 2002, X._ est revenu en Suisse, au bénéfice d'une autorisation de séjour de courte durée (permis L), et y a occupé divers emplois dans les secteurs de la restauration, respectivement du bâtiment.
La dernière autorisation de séjour de X._ est arrivée à terme le 22 décembre 2006.
A.b Durant son séjour en Suisse, X._ a été condamné, le 5 novembre 2007, à une peine privative de liberté de 42 mois, notamment pour brigandage et infraction grave à la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121). Il s'est vu reprocher de s'être, entre avril 2005 et jusqu'à la fin de l'année 2006, livré à une consommation régulière d'héroïne, rendu à de nombreuses reprises à Berne et Genève, seul ou accompagné d'un revendeur, pour s'approvisionner en drogue, presque exclusivement destinée à son usage personnel, et d'avoir commis plusieurs braquages de petits commerces et stations-service en Valais, sous la menace d'une arme blanche, aux fins de financer sa consommation d'héroïne. X._ a bénéficié d'une libération conditionnelle à compter du 19 juin 2009.
B. B.a Le 12 avril 2007, X._ a déposé auprès du Service de la population et des migrations du canton du Valais (ci-après: le SPM) une demande de prolongation de son autorisation de séjour. Par courrier du 12 juin 2007, le SPM a informé X._ de son intention de refuser la prolongation de l'autorisation de séjour, en raison de l'enquête pénale dont il faisait l'objet. Après que l'intéressé se fut déterminé, le SPM a rendu la décision correspondante, le 10 juin 2008, motif pris que la condamnation de X._ démontrait que celui-ci représentait une menace réelle, actuelle et suffisamment grave pour l'ordre public, propre à justifier une mesure de limitation de son droit de séjour en Suisse. Par le même prononcé, le SPM a ordonné le renvoi de Suisse de X._, mesure qui devait intervenir à sa sortie de prison.
Le 9 mars 2009, le recours déposé contre cette décision a été rejeté par le Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après: le Conseil d'Etat). Saisi d'un recours contre cette décision, le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) l'a déclaré irrecevable, par arrêt du 8 juin 2009. Ce jugement est entré en force.
Invoquant, le 6 juillet 2009, une modification de sa situation personnelle, dictée tant par sa libération conditionnelle que par son évolution favorable sur les plans médical et professionnel, X._ a sollicité la reconsidération de la décision du 10 juin 2008, demande jugée irrecevable par le SPM, le 6 août 2009. X._ a alors déposé, le 26 août 2009, un recours contre cette décision par devant le Conseil d'Etat (cause CHE 241/09).
B.b Le 11 décembre 2009, X._ a épousé au Portugal Y._, ressortissante portugaise au bénéfice d'une autorisation de séjour en Suisse de type B CE/AELE valable jusqu'au 8 mars 2014, et domiciliée à Z._, dans le canton du Valais.
Quelques jours plus tard, le 28 décembre 2009, X._ a fait l'objet d'un contrôle positif aux opiacés, lors d'un contrôle routier effectué par la police bernoise.
B.c Le 21 janvier 2010, Y._ a déposé auprès du SPM une demande de regroupement familial en faveur de X._, avec lequel elle faisait ménage commun. Par décision du 22 juin 2010, le SPM a rejeté cette demande, au motif que l'intérêt public à l'éloignement de X._ l'emportait sur l'intérêt privé du couple à résider en Suisse. Par le même prononcé, le SPM a rejeté une nouvelle demande de reconsidération de la décision du 10 juin 2008 formée par X._ en raison de la modification de sa situation familiale.
Le 15 juillet 2010, X._ a recouru auprès du Conseil d'Etat contre cette décision (cause CHE 220/10), et produit un rapport médical du 5 juillet 2010, par lequel il démontrait s'être soumis à des examens de sang et d'urine inopinés, pratiqués à raison de deux fois par mois environ entre le 19 juin 2009 et le 19 juin 2010, dont aucun n'avait mis en exergue une éventuelle consommation de drogues illicites ou d'alcool. Le 23 novembre 2011, le Conseil d'Etat a joint les deux causes, classé la cause CHE 241/09 comme étant devenue sans objet et rejeté le recours dirigé contre la décision du 22 juin 2010 (cause CHE 220/10).
Par ordonnance pénale du 7 juillet 2011, le Ministère public du Bas-Valais a reconnu X._ coupable de transport et de consommation de stupéfiants, et l'a condamné à une peine pécuniaire de dix jours-amende à CHF 50.- et à une amende de CHF 200.-, pour avoir, à réitérées reprises entre le 1er décembre 2010 et le 31 janvier 2011, véhiculé des personnes entre le Valais et Genève, aux fins de s'approvisionner en héroïne. Pour ses services, X._ était rémunéré, à chaque opération, par un gramme d'héroïne.
B.d Le 4 janvier 2012, l'Office fédéral des migrations (ci-après: l'ODM) a prononcé à l'encontre de X._ une interdiction d'entrée en Suisse valable jusqu'au 3 janvier 2032.
C. Saisi d'un recours de X._ contre la décision du Conseil d'Etat du 23 novembre 2011, en tant qu'elle concernait la cause CHE 220/10, le Tribunal cantonal l'a rejeté par arrêt du 1er mars 2012. Tout en reconnaissant au mariage de ce dernier, de même qu'à son emploi fixe, un caractère stabilisateur, il n'en a pas moins relevé que le contrôle positif aux opiacés de X._ du 28 décembre 2009, ainsi que sa condamnation pénale du 7 juillet 2011, témoignaient d'un risque élevé de récidive chez ce dernier, de sorte que celui-ci devait être considéré comme une menace réelle et actuelle pour la sécurité et l'ordre public suisse.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du 1er mars 2012, à l'admission de la demande de regroupement familial présentée par Y._, ainsi qu'à la "reconsidération favorable du renouvellement de son autorisation de séjour", et requiert, à titre préalable, que son recours soit doté de l'effet suspensif. Il se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) et d'une violation de l'art. 5 par. 1 de l'annexe I à l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681). En substance, X._ fait valoir que le risque de récidive doit être relativisé, et qu'il ne représente pas une menace actuelle et suffisamment grave pour qu'il se justifie de lui refuser l'autorisation sollicitée.
Le Conseil d'Etat ainsi que l'ODM concluent au rejet du recours. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur ce dernier. Le SPM ne s'est pas manifesté.
Par ordonnance présidentielle du 10 avril 2012, la requête d'effet suspensif a été admise.
Par ordonnance de procédure du 31 août 2012, X._ a eu la possibilité de déposer d'éventuelles observations sur les prises de position relatives à son recours présentées par l'ODM, le Conseil d'Etat et le Tribunal cantonal. Déférant à cette ordonnance par courrier du 11 septembre 2012, il a réitéré n'avoir plus commis d'acte illicite "depuis plus de deux ans et demi, démontrant ainsi que cette page de sa vie était définitivement tournée".

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1 LTF); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 et les arrêts cités).
1.1 Selon l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions relatives à une autorisation de droit des étrangers à laquelle ni le droit fédéral, ni le droit international ne donnent droit. D'après la jurisprudence, il suffit qu'il existe un droit potentiel à l'autorisation, étayé par une motivation soutenable, pour que cette clause d'exclusion ne s'applique pas et, partant, que la voie du recours en matière de droit public soit ouverte (cf. <ref-ruling> consid. 1.1).
En principe, le conjoint d'un ressortissant de la Communauté européenne ayant un droit de séjour en Suisse dispose, en vertu des art. 7 let. d ALCP et 3 par. 1 et 2 annexe I ALCP, d'un droit (dérivé) à une autorisation de séjour en Suisse pendant toute la durée formelle de son mariage.
En l'espèce, le recourant est marié depuis décembre 2009 avec Y._, laquelle est titulaire d'une autorisation de séjour B CE/AELE valable jusqu'au 8 mars 2014. Au surplus, en sa qualité de ressortissant portugais, le recourant peut également prétendre à l'octroi d'une autorisation de séjour en Suisse, en vertu du droit à la libre circulation des personnes (cf. <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 4; arrêts 2C_238/2012 du 30 juillet 2012 consid. 1.1; 2C_492/2011 consid. 1.2). En pareilles circonstances, il convient donc d'admettre un droit potentiel, sous l'angle de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, permettant au recourant de former un recours en matière de droit public.
Le point de savoir si c'est ou non à juste titre que le Tribunal cantonal a confirmé le refus de prolonger l'autorisation de séjour du recourant au titre du regroupement familial ressortit au fond, et non à la recevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 1.1).
1.2 Pour le surplus, le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF), rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF) par un tribunal cantonal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt entrepris qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF, le recours en matière de droit public est par conséquent recevable.
1.3 Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.2) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué.
Dans la mesure où les pièces qui accompagnent le mémoire de recours ne ressortent pas déjà de la procédure cantonale, il s'agit de moyens nouveaux irrecevables (cf. art. 99 LTF, qui proscrit les novas). Il ne sera partant pas tenu compte de l'attestation médicale produite par le recourant par courrier recommandé du 13 juin 2012.
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF, qui reprend le principe de l'allégation (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2). Aux termes de cette disposition, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
2.1 Dans un premier grief, le recourant invoque la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.), sans toutefois motiver ce grief de façon détaillée (cf. art. 106 al. 2 LTF).
Or, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., la partie recourante ne peut se contenter de critiquer l'arrêt comme elle le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Elle doit au contraire préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités).
De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (cf. <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 4.1).
2.2 En l'espèce, le recourant ne démontre pas en quoi l'arrêt querellé serait arbitraire à la lumière de ces exigences, de sorte que le grief d'arbitraire qu'il soulève, de surcroît de manière purement appellatoire, est frappé d'irrecevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 1.5; ég. <ref-ruling> consid. 3).
3. Le litige porte sur le point de savoir si c'est à juste titre, sous l'angle des conditions dont l'ALCP fait dépendre la limitation aux droits qu'il confère, que le Tribunal cantonal a confirmé le rejet de la demande de regroupement familial en faveur du recourant, ainsi que celui de la requête tendant à la prolongation - par la voie de la reconsidération au vu de son mariage - de son autorisation de séjour.
3.1 Aux termes de son art. 2 al. 2, la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) n'est applicable aux ressortissants des Etats membres de la Communauté européenne, aux membres de leur famille et aux travailleurs détachés par un employeur ayant son siège ou son domicile dans un de ces Etats que dans la mesure où l'ALCP n'en dispose pas autrement, ou lorsque ladite loi contient des dispositions plus favorables.
Conformément à l'art. 3 al. 1 annexe I ALCP, les membres de la famille d'une personne ressortissante d'une partie contractante ayant un droit de séjour ont le droit de s'installer avec elle. Cela vaut notamment pour son conjoint, quelle que soit sa nationalité (cf. art. 3 par. 2 let. a annexe I ALCP).
3.2 L'ALCP ne réglemente pas en tant que tel le retrait de l'autorisation de séjour UE/AELE, de sorte que l'art. 62 LEtr trouve application (cf. art. 23 al. 1 de l'ordonnance fédérale du 22 mai 2002 sur l'introduction progressive de la libre circulation des personnes entre, d'une part, la Confédération suisse et, d'autre part, l'Union européenne et ses Etats membres, ainsi qu'entre les Etats membres de l'Association européenne de libre-échange [OLCP; RS 142.203]; ég. Laurent MERZ, Le droit de séjour selon l'ALCP et la jurisprudence du Tribunal fédéral, in RDAF 2009 I 248, 300 s.). Cette disposition prévoit que l'autorité compétente peut révoquer une autorisation, à l'exception d'une autorisation d'établissement, ou une autre décision fondée sur la présente loi, lorsque l'étranger a été condamné à une peine privative de liberté de longue durée [...], ou lorsqu'il intente de manière grave et répétée à la sécurité et l'ordre publics en Suisse ou à l'étranger, les met en danger ou représente une menace pour la sécurité intérieure ou extérieure de la Suisse.
3.3 A l'instar de l'ensemble des droits octroyés par l'ALCP, le droit de demeurer en Suisse pour y exercer une activité lucrative ne peut être limité que par des mesures d'ordre ou de sécurité publics, au sens de l'art. 5 par. 1 annexe I ALCP (celle-ci constituant une partie intégrante de ce dernier, en vertu de l'art. 15 ALCP; cf. arrêt 2C_664/2009 du 25 février 2010 consid. 4), dont le cadre et les modalités sont définis par les directives 64/221/CEE, 72/194/CEE et 75/35/CEE - la première s'avérant la plus importante (cf. arrêt 2C_238/2012 du 30 juillet 2012 consid. 2.3) -, ainsi que par la jurisprudence y relative de la Cour de justice des Communautés européennes (devenue la Cour de justice de l'Union européenne; ci-après: la Cour de Justice), rendue avant la signature de l'accord le 21 juin 1999 (cf. art. 5 par. 2 annexe I ALCP en relation avec l'art. 16 al. 2 ALCP; au sujet de la prise en considération des arrêts de la Cour de Justice postérieurs à cette date, cf. <ref-ruling> consid. 3.4; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.6; <ref-ruling>13 consid. 5.2).
Conformément à la jurisprudence de la Cour de Justice, les limites posées au principe de la libre circulation des personnes doivent s'interpréter de manière restrictive. Aussi, le recours par une autorité nationale à la notion d'"ordre public" pour restreindre cette liberté suppose, en dehors du trouble de l'ordre social que constitue toute infraction à la loi, l'existence d'une menace réelle et d'une certaine gravité affectant un intérêt fondamental de la société. La seule existence de condamnations pénales (antérieures) ne peut automatiquement motiver de telles mesures. Les autorités nationales sont tenues de procéder à une appréciation spécifique, portée sous l'angle des intérêts inhérents à la sauvegarde de l'ordre public, qui ne coïncide pas nécessairement avec les appréciations à l'origine des condamnations pénales. Autrement dit, ces dernières ne peuvent être prises en considération que si les circonstances les entourant laissent apparaître l'existence d'une menace actuelle pour l'ordre public (cf. <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3). Selon les circonstances, la jurisprudence admet néanmoins que le seul fait du comportement passé de la personne concernée puisse réunir les conditions de pareille menace actuelle (cf. ATF <ref-ruling>76 consid. 3.4.1). Dans ce cas, il ne doit pas être établi avec certitude que l'étranger commettra d'autres infractions à l'avenir; inversement, ce serait aller trop loin que d'exiger que le risque de récidive soit nul pour que l'on renonce à une telle mesure. Compte tenu de la portée que revêt le principe de la libre circulation des personnes, ce risque, qui est essentiel, ne doit, en réalité, pas être admis trop facilement. Il faut bien plutôt l'apprécier en fonction de l'ensemble des circonstances du cas et, en particulier, de la nature et de l'importance du bien juridique menacé, ainsi que de la gravité de l'atteinte qui pourrait y être portée. L'évaluation de ce risque sera d'autant plus rigoureuse que le bien juridique menacé est important (cf. <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 3.3 et les références).
Les mesures d'éloignement sont soumises à des conditions d'autant plus strictes que l'intéressé a séjourné longtemps en Suisse. Le renvoi d'étrangers ayant séjourné très longtemps en Suisse, voire de ceux qui y sont nés et y ont passé toute leur existence (étrangers de la "seconde génération"), n'est cependant exclu ni par l'ALCP, ni par la CEDH (cf. ATF <ref-ruling>76 consid. 4.4 et les références).
Pour évaluer la menace que représente un étranger condamné pénalement, le Tribunal fédéral se montre particulièrement rigoureux - suivant en cela la pratique de la Cour européenne des droits de l'homme - en présence d'infractions à la législation fédérale sur les stupéfiants, d'actes de violence criminelle et d'infractions contre l'intégrité sexuelle (cf. arrêts 2C_492/2011 du 6 décembre 2011 consid. 4.1; 2C_473/2011 du 17 octobre 2011 consid. 2.2; 2A.308/2004 du 4 octobre 2004 consid. 3.3). En tant qu'elles lèsent ou compromettent l'intégrité corporelle des personnes, qui est un bien juridique particulièrement important, les infractions à la LStup, en particulier le trafic de stupéfiants, constituent en effet en règle générale une atteinte "très grave" à la sécurité et à l'ordre publics.
3.4 La Cour de céans a confirmé récemment la révocation de l'autorisation d'établissement d'un ressortissant italien né en Suisse, et qui avait en particulier été condamné à deux reprises pour violation de la LStup, dont une grave, à une peine avec sursis de trois ans (cf. arrêt 2C_38/2012 du 1er juin 2012 consid. 4 et 5). Le Tribunal fédéral a fait de même s'agissant d'un ressortissant autrichien né en Suisse et souffrant d'alcoolisme, qui avait été, en l'espace de seize ans, condamné à six peines privatives de liberté oscillant entre 21 jours et 21 mois, pour avoir commis de nombreux vols et dommages à la propriété; si le recourant n'avait pas perpétré d'actes violents, d'ordre sexuel ou en matière de stupéfiants, les récidives justifiaient la révocation de son permis, étant précisé qu'un risque de réitération subsistait en dépit de sa libération conditionnelle (cf. arrêt du 28 février 2012 2C_839/2011 consid. 3.1 et 3.2). En outre, une menace suffisamment grave à l'ordre public, justifiant la révocation d'une autorisation d'établissement, a été retenue en rapport avec un ressortissant portugais vivant en Suisse depuis quinze ans qui, ayant occupé les forces de l'ordre pour vols, voies de fait et infractions à la LStup depuis l'âge de douze ans, a été condamné à l'âge adulte à 18 mois d'emprisonnement avec sursis pour infraction grave à la LStup, puis à une peine privative de liberté de 32 mois pour infraction grave à la LStup et blanchiment d'argent (cf. arrêt 2C_242/2012 du 23 septembre 2011 consid. 3 et 4). Le Tribunal fédéral a en revanche annulé la révocation de l'autorisation de séjour d'un ressortissant tunisien marié à une Française, dans la mesure où ce petit trafiquant et consommateur de haschich, condamné à des peines privatives de 5 mois environ, ne représentait pas en l'état une menace suffisamment grave au regard de l'art. 5 annexe I ALCP, mais tout en précisant que l'intéressé s'exposerait à des mesures d'éloignement en cas de récidive (cf. arrêt 2C_547/2010 du 10 décembre 2010 consid. 3 et 4).
3.4 La Cour de céans a confirmé récemment la révocation de l'autorisation d'établissement d'un ressortissant italien né en Suisse, et qui avait en particulier été condamné à deux reprises pour violation de la LStup, dont une grave, à une peine avec sursis de trois ans (cf. arrêt 2C_38/2012 du 1er juin 2012 consid. 4 et 5). Le Tribunal fédéral a fait de même s'agissant d'un ressortissant autrichien né en Suisse et souffrant d'alcoolisme, qui avait été, en l'espace de seize ans, condamné à six peines privatives de liberté oscillant entre 21 jours et 21 mois, pour avoir commis de nombreux vols et dommages à la propriété; si le recourant n'avait pas perpétré d'actes violents, d'ordre sexuel ou en matière de stupéfiants, les récidives justifiaient la révocation de son permis, étant précisé qu'un risque de réitération subsistait en dépit de sa libération conditionnelle (cf. arrêt du 28 février 2012 2C_839/2011 consid. 3.1 et 3.2). En outre, une menace suffisamment grave à l'ordre public, justifiant la révocation d'une autorisation d'établissement, a été retenue en rapport avec un ressortissant portugais vivant en Suisse depuis quinze ans qui, ayant occupé les forces de l'ordre pour vols, voies de fait et infractions à la LStup depuis l'âge de douze ans, a été condamné à l'âge adulte à 18 mois d'emprisonnement avec sursis pour infraction grave à la LStup, puis à une peine privative de liberté de 32 mois pour infraction grave à la LStup et blanchiment d'argent (cf. arrêt 2C_242/2012 du 23 septembre 2011 consid. 3 et 4). Le Tribunal fédéral a en revanche annulé la révocation de l'autorisation de séjour d'un ressortissant tunisien marié à une Française, dans la mesure où ce petit trafiquant et consommateur de haschich, condamné à des peines privatives de 5 mois environ, ne représentait pas en l'état une menace suffisamment grave au regard de l'art. 5 annexe I ALCP, mais tout en précisant que l'intéressé s'exposerait à des mesures d'éloignement en cas de récidive (cf. arrêt 2C_547/2010 du 10 décembre 2010 consid. 3 et 4).
3.5 3.5.1 D'après le Tribunal cantonal, la menace actuelle pour l'ordre et la sécurité publics qui caractérise le recourant ne doit pas être minimisée. Au terme d'une pesée des intérêts détaillée, les juges cantonaux ont estimé que, compte tenu de l'ensemble des circonstances, - en particulier de la lourde condamnation de X._ le 5 novembre 2007 à 42 mois de peine privative de liberté, du contrôle positif aux opiacés dont ce dernier a fait l'objet, le 28 décembre 2009, ainsi que de l'ordonnance pénale du 7 juillet 2011, lesquels démontrent que le recourant "n'est pas parvenu à vaincre ses démons" ni à "couper ses liens avec le monde de la drogue" (cf. arrêt du Tribunal cantonal, p. 9), et en dépit de son mariage et de son emploi stable depuis 3 ans -, cette menace n'en devait pas moins être considérée comme propre à justifier le rejet tant de la demande de regroupement familial présentée par Y._ que de la requête tendant à la prolongation - par voie de reconsidération - de l'autorisation de séjour de X._.
3.5.2 Selon les faits établis par l'autorité précédente, qui lient le Tribunal de céans (cf. art. 105 al. 1 LTF), le recourant a vécu en Suisse jusqu'en 1999, avant de retourner au Portugal, puis de revenir en Suisse en 2002, et d'être condamné, le 5 novembre 2007, à une peine privative de liberté de 42 mois, pour infraction grave à la LStup et brigandage. Or, et conformément à la jurisprudence constante développée en relation avec l'art. 62 let. b LEtr, cette condamnation à une peine privative de liberté supérieure à un an (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 et 135 II 377 consid. 4.2; arrêts 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.4.2; 2C_768/2011 du 4 mai 2012 consid. 3), indépendamment du fait que celle-ci ait été prononcée avec un sursis complet ou partiel, respectivement sans sursis (cf. arrêts 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.4.2; 2C_897/2011 du 13 mai 2012 consid. 3.1; 2C_972/2010 du 24 mai 2011 consid. 4.1), pour infraction grave à la LStup, constitue une "peine privative de longue durée" au sens de l'art. 62 let. b LEtr. De même, les infractions pour lesquelles le recourant a été condamné sont constitutives d'une atteinte très grave à la sécurité et l'ordre publics en Suisse (cf. arrêts 2C_238/2012 du 30 juillet 2012 consid. 3.3.1; 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.4.2; <ref-ruling> consid. 3.3). Il ne faut en effet pas perdre de vue que le recourant ne se livrait pas seulement à des activités liées au transport et à la consommation d'héroïne, mais qu'il s'est parallèlement rendu responsable de plusieurs brigandages dans le but de financer sa consommation de stupéfiants.
Si le recourant relève certes que le temps écoulé depuis sa lourde condamnation de 2007, de même que les effets stabilisateurs générés tant par son mariage le 11 décembre 2009 que par son activité professionnelle depuis trois ans, joueraient en sa faveur, force est toutefois de constater que ces éléments n'estompent pas le risque pour la sécurité et l'ordre public suisses émanant du recourant. En effet, il sied d'une part de relever que le contrôle positif aux opiacés, ainsi que les transports entre le Valais et Genève accomplis par le recourant aux fins d'approvisionnement en stupéfiants sont récents, s'étant produits moins d'un an et demi après le prononcé de l'arrêt entrepris, en mars 2012 (cf. <ref-ruling>). L'argument tiré de cet écoulement temporel relatif est par conséquent mal fondé. D'autre part, ces deux écarts de conduite dénotent clairement une dépendance persistante du recourant à l'égard de la drogue, qu'avait, au demeurant, déjà mis en exergue l'expertise psychiatrique ordonnée à l'époque de l'enquête pénale, ainsi que le relève à juste titre le Tribunal cantonal. Enfin, si l'appui et l'entourage du recourant par ses proches peuvent en général être considérés comme des facteurs de stabilité diminuant le risque de récidive pénale, cet encadrement n'a cependant pas détourné le recourant de ses agissements criminels. L'activité professionnelle de ce dernier s'avère également insuffisante pour admettre une diminution notable du risque émanant de l'intéressé. Les faits établis par le Tribunal cantonal démontrent ainsi que le recourant représente toujours une menace actuelle pour la sécurité et l'ordre public suisses, ainsi que le relève à bon droit l'arrêt attaqué (cf. arrêt du Tribunal cantonal, pp. 9 s.). Le recourant ne parvient du reste pas à établir le contraire.
3.6 Par conséquent, l'arrêt entrepris consacre une appréciation conforme à la pratique relative à l'art. 5 par. 1 annexe I ALCP du risque actuel que représente pour l'ordre public suisse le recourant. Compte tenu de la gravité des infractions commises et de la réalisation du risque de récidive pendant une période présentée par le recourant comme stable, ainsi que des circonstances précitées, un risque de récidive doit en effet être considéré comme demeurant très important et d'actualité.
3.6 Par conséquent, l'arrêt entrepris consacre une appréciation conforme à la pratique relative à l'art. 5 par. 1 annexe I ALCP du risque actuel que représente pour l'ordre public suisse le recourant. Compte tenu de la gravité des infractions commises et de la réalisation du risque de récidive pendant une période présentée par le recourant comme stable, ainsi que des circonstances précitées, un risque de récidive doit en effet être considéré comme demeurant très important et d'actualité.
3.7 3.7.1 Cela étant, le refus de l'autorisation ne se justifie que si la pesée des intérêts à effectuer dans le cas d'espèce fait apparaître la mesure comme proportionnée aux circonstances. Il convient donc de prendre en considération, dans la pesée des intérêts publics et privés en présence, la gravité de la faute commise par l'étranger, son degré d'intégration, respectivement la durée de son séjour en Suisse et le préjudice que l'intéressé et sa famille auraient à subir en raison de la mesure (cf. art. 96 al. 1 LEtr; <ref-ruling> consid. 4.3; arrêts 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.5.1; 2C_360/2011 du 18 novembre 2011 consid. 3; 2C_651/2009 du 1er mars 2010, consid. 4.2). Quand le refus d'octroyer une autorisation de séjour se fonde sur la commission d'une infraction, la peine infligée par le juge pénal est le premier critère servant à évaluer la gravité de la faute et à procéder à la pesée des intérêts en présence (cf. arrêts 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.5.1; 2C_972/2011 du 8 mai 2012 consid. 2.3; 2C_968/2011 du 20 février 2012 consid. 3.2). De plus, le comportement correct de l'étranger durant l'exécution de sa peine ne permet pas sans autre de conclure à sa reconversion durable; plus la violation des biens juridiques a été grave, plus il sera facile de retenir un risque de récidive. Il n'est pas non plus inutile de rappeler que les années passées en Suisse dans l'illégalité, en prison, ou au bénéfice d'une simple tolérance ne sont pas déterminantes dans la pesée des intérêts (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4.3). Enfin, il sied de relever que, lorsque l'autorité cantonale effectue une pesée soigneuse des intérêts, le Tribunal fédéral ne revoit celle-ci qu'avec retenue (cf. arrêt 2C_758/2010 du 22 décembre 2010 consid. 6.2). La pesée des intérêts effectuée au titre de la LEtr se confond largement avec celle que le juge doit accomplir lors de la mise en oeuvre de l'art. 8 par. 2 CEDH (cf. <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 5.5; arrêts 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.5.1; 2C_360/2011 du 18 novembre 2011 consid. 3; ACEDH Boultif c. Suisse, du 2 août 2001, req. 54273/00, Rec. 2001-IX, par. 47 ss), dont le recourant ne dénonce toutefois pas la violation.
3.7.2 En l'espèce, les juges cantonaux ont souligné que "l'intérêt privé du recourant ne saurait [...] prévaloir sur l'intérêt public commandant son éloignement", le mariage du recourant avec Y._ n'étant pas de nature à influencer la balance établie (cf. arrêt du Tribunal cantonal, pp. 10 s.). Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique.
S'il convient certes de retenir, en faveur du recourant, ses attaches personnelles avec son épouse, une certaine intégration professionnelle en Suisse par un emploi stable depuis trois ans, ainsi qu'un séjour en Valais pendant plusieurs années, il sied toutefois de tenir compte des faits suivants, lesquels s'opposent au renouvellement de l'autorisation de séjour du recourant. A juste titre, le Tribunal cantonal s'est attardé sur la condamnation du recourant pour infraction grave à la LStup. En dépit de cette première condamnation, le recourant n'en est pas moins resté lié au monde de la drogue, ainsi qu'en témoignent les deux écarts de conduite dont il s'est rendu coupable après sa lourde condamnation, et en dépit des éléments stabilisateurs qu'il évoque, tels son mariage et son activité professionnelle (cf. supra consid. 3.5.2). Par ailleurs, outre que la durée du séjour du recourant en Suisse doit être relativisée, dès lors qu'il n'a bénéficié, après l'échéance de son autorisation de séjour, fin 2006, que d'une simple tolérance (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 3.3), il ressort des faits retenus par le Tribunal cantonal que l'intégration en Suisse du recourant ne présente aucune intensité particulière. Les juges cantonaux ont en particulier constaté que ce dernier présente suffisamment de liens avec le Portugal, où il a vécu pendant des années et dont il maîtrise la langue, de sorte qu'un retour au Portugal ne constituera pas pour lui un sérieux obstacle. Le refus d'autoriser le recourant à séjourner en Suisse ne signifie pas pour autant la rupture complète des contacts avec son épouse, pas plus que des liens dont celui-ci se prévaut, à l'égard de son patron, ses collègues de travail, ou, plus largement, s'agissant de ses "nombreux liens d'amitié avec des personnes n'appartenant pas à son milieu professionnel" (cf. recours, p. 13). Si son épouse, de nationalité portugaise comme lui, ne désirait pas l'accompagner, il demeurerait possible pour le recourant de conserver avec elle, de même qu'avec ses patron, collègues de travail et divers amis, les liens que permet la distance géographique (téléphones, visites, etc.; cf. arrêts 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.5.3; 2C_758/2010 du 22 décembre 2010 consid. 6.3.2). Enfin, l'épouse du recourant savait, ou, à tout le moins, n'était pas censée ignorer, au moment du mariage, que le recourant avait fait l'objet d'une condamnation. Partant, elle était consciente du risque de renvoi auquel ce dernier était exposé, de même que de l'éventualité, pour le couple, de devoir vivre le mariage à l'étranger.
Au vu de ce qui précède, le raisonnement du recourant, aux dires duquel le refus de prolongation de son autorisation de séjour relèverait du "déracinement" (cf. recours, p. 13), ne saurait donc être suivi.
3.8 Compte tenu de l'ensemble des circonstances, il apparaît que l'intérêt public à éloigner le recourant l'emporte sur l'intérêt privé de celui-ci et de son épouse à pouvoir vivre ensemble en Suisse. En rendant l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal n'a violé ni l'art. 5 par. 1 annexe I ALCP, ni la législation fédérale sur les étrangers, et a en particulier procédé à une pesée des intérêts en présence correcte, qui s'inscrit dans les limites prévues par le droit conventionnel et fédéral. Par conséquent, l'autorité précédente a à juste titre confirmé le rejet de la demande de regroupement familial en faveur du recourant aussi bien que de la requête tendant à la prolongation - par voie de reconsidération - de son autorisation de séjour.
4. Les considérations qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
Succombant, le recourant supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la population et des migrations, au Conseil d'Etat, et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 17 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin