Faits:
A. Par arrêt du 13 décembre 2007, la Cour correctionnelle genevoise siégeant sans le concours du jury a reconnu X._ coupable d'infraction à l'art. 19 ch. 2 let. a de la loi fédérale sur les stupéfiants (LStup) et de faux dans les certificats (art. 252 et 255 CP). X._ a été condamné à une peine privative de liberté de six ans. Les sursis prononcés le 27 janvier 2004 et le 12 janvier 2005 ont été révoqués. La Cour a ordonné la confiscation et la destruction de la drogue, du faux passeport et des téléphones portables saisis, ainsi que la confiscation et la dévolution à l'Etat de l'argent saisi.
B. Statuant le 3 septembre 2008, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi formé par X._. Cet arrêt retient pour l'essentiel les faits suivants:
B.a Le 6 novembre 2006, X._ a été arrêté à l'office postal de Balexert, alors qu'il prenait livraison d'un colis en provenance de Sao Paulo, au Brésil; ce colis était adressé à un nommé A._ et contenait 1,938 kg de cocaïne. X._ avait présenté une pièce d'identité au nom de B._ et avait indiqué avoir à plusieurs reprises récupéré des colis pour le compte de A._.
La suite de l'enquête pénale a permis d'établir que B._, identité utilisée par X._, était le destinataire désigné de trois autres paquets expédiés à Genève, à savoir:
- un paquet provenant de Chine, d'un poids d'env. 1 kg, censé contenir des fermetures éclair et réceptionné le 13 septembre 2006,
- un colis provenant du Nigéria et reçu le 12 octobre 2006,
- un paquet provenant de Trinidad et Tobago, contenant 500 grammes de cocaïne dissimulée dans des amortisseurs de voiture.
Par ailleurs, une dame F._ était l'expéditrice mentionnée sur un paquet à destination de Bienne, contenant un kilo de cocaïne, ainsi que sur un paquet à destination de la République Tchèque contenant 1,4 kg de cocaïne dissimulée dans des pieds de lampe. Le numéro usuel du téléphone portable de X._ était inscrit sur le premier paquet expédié à Bienne. Le numéro de référence du second colis était mentionné dans un message SMS relevé sur le téléphone portable en possession de X._ lors de son arrestation.
B.b Le 18 janvier 2007, le Juge d'instruction genevois a ordonné une commission rogatoire, confiée aux inspecteurs de police C._ et D._, à mener à Trinidad et Tobago. Dans sa commission rogatoire, le juge d'instruction exposait les divers éléments recueillis au sujet d'un envoi de Trinidad et Tobago adressé à B._ à Genève, expédié par E._ et finalement réceptionné par G._, dans le canton des Grisons. Cette dernière avait été arrêtée et elle était détenue.
La commission rogatoire s'est déroulée du 9 au 26 mars 2007. Les renseignements recueillis sur place à l'occasion d'une investigation secrète ont été retirés du dossier au motif qu'ils l'avaient été en violation de la loi fédérale sur l'investigation secrète (LFIS) et de la loi sur l'entraide internationale en matière pénale (EIMP).
C. Contre l'arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il dénonce la violation de l'art. 18 al. 5 LFIS; il se plaint de la violation du droit à un procès équitable, du principe de l'égalité des armes et du droit à une défense effective (art. 29 et 32 Cst.; art. 6 CEDH) et s'en prend à la peine qui lui a été infligée (<ref-law>). Il conclut à ce que la Tribunal fédéral renvoie le dossier à l'autorité cantonale et dise qu'il doit être jugé à nouveau pour les faits qui lui sont reprochés et être assisté d'un avocat inscrit à un registre cantonal. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recourant soutient que les éléments de preuve résultant de l'investigation secrète menée par un agent de la police genevoise à Trinidad et Tobago sont illicites. Il en conclut que la Cour cantonale ne pouvait pas s'appuyer sur ceux-ci pour motiver la culpabilité et la peine.
Ce grief est dénué de tout fondement dès lors que la Cour cantonale avait déjà considéré que les éléments recueillis lors de l'investigation secrète étaient illicites et, en conséquence, écarté ces preuves du dossier. Elle a cependant refusé de renvoyer la cause au premier juge pour nouveau jugement au motif que ces éléments de preuves n'avaient pas joué un rôle central ou décisif dans la condamnation et que la procédure dans son ensemble était équitable. Dans la mesure où ces preuves n'ont pas été utilisées, ce refus n'est pas critiquable.
2. En réalité, la culpabilité du recourant repose essentiellement sur les faits suivants, retenus indépendamment de l'opération d'enquête menée à Trinidad et Tobago. Le 6 novembre 2006, il a été arrêté, alors qu'il prenait livraison d'un paquet contenant près de 2 kg de cocaïne expédié du Brésil. Sa participation à d'autres livraisons de paquets contenant de la cocaïne a été établie sur la base, d'une part, de l'utilisation de l'identité de B._, citoyen sud africain, et, d'autre part, en raison du SMS relevé sur le téléphone portable trouvé en sa possession lors de son arrestation. Plus généralement, l'analyse des correspondances téléphoniques extrêmement nombreuses entre le recourant et différentes personnes, en Suisse et hors de Suisse, impliquées dans le trafic de cocaïne a permis de retenir le rôle joué par le recourant dans ce trafic. Dans ces conditions, les éléments recueillis lors de l'investigation secrète, qui sont, d'une part, l'identité du trafiquant qui s'est trouvé en correspondance étroite avec le recourant et, d'autre part, le fait qu'il s'agissait de son frère, n'étaient pas centraux ou décisifs dans l'établissement des faits qui ont conduit à la condamnation du recourant. On ne saurait donc reprocher à la Cour cantonale d'avoir confirmé la condamnation du recourant, tout en écartant du dossier les preuves résultant de l'investigation secrète menée à Trinidad et Tobago.
3. Le recourant reproche aux autorités cantonales d'avoir violé l'art. 6 § 3 let. c CEDH, en acceptant qu'il soit assisté d'un avocat stagiaire comme avocat d'office. Selon lui, il n'aurait de la sorte pas bénéficié d'une défense effective.
La nomination d'un avocat stagiaire comme défenseur d'office ne viole pas en soi les garanties déduites de l'art. 6 § 3 let. c CEDH (<ref-ruling> consid. 3b p. 196). Au demeurant, le recourant ne formule pas de critiques concrètes quant à l'activité des stagiaires qui l'ont assisté. L'art. 127 al. 5 du futur code de procédure pénale suisse, invoqué par le recourant, n'est pour le surplus pas encore applicable, puisqu'il n'est pas entré en vigueur. Mal fondé, le grief soulevé par le recourant doit être rejeté.
4. Le recourant se plaint de la sévérité de la peine qui lui a été infligée. Il soutient qu'expurgé des preuves illicites, le dossier ne permettait pas de lui infliger une peine aussi sévère. Selon lui, sa participation à un trafic d'envergure internationale, qui justifierait pour la Cour cantonale la sévérité de la peine, reposerait sur les éléments résultant de l'investigation secrète.
4.1 Le critère essentiel pour fixer la peine selon l'<ref-law> est la faute de l'auteur. Selon l'alinéa 2 de cet article, le juge devra prende en compte la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, ainsi que le caractère répréhensible de l'acte. Sur le plan subjectif, le texte légal cite la motivation et les buts de l'auteur et la mesure dans laquelle l'auteur aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, qui se réfère au libre choix de l'auteur entre licéité et illicéité.
En matière de stupéfiants, le critère de la quantité de drogue, sur laquelle porte le trafic, ne joue pas un rôle fondamental dans l'appréciation de la gravité de la faute; ce critère perd en outre de son importance au fur et à mesure que l'on s'éloigne de la limite à partir de laquelle le cas doit être considéré comme grave au sens de l'<ref-law>. L'appréciation est également différente selon que l'auteur ait agi de manière autonome ou comme membre d'une organisation. Si l'auteur agit au sein d'une organisation, il faut déterminer la nature de sa participation et sa position au sein de l'organisation: la faute d'un simple passeur est moins grave que celle de celui qui joue un rôle décisif dans la mise sur pied des opérations et qui participe de manière importante au bénéfice illicite. L'étendue du trafic entrera également en considération. Enfin, le nombre d'opérations constitue un indice pour mesurer l'intensité du comportement délictueux (arrêt du Tribunal fédéral 6S.21/2002 du 17 avril 2002 consid. 2c).
4.2 En l'espèce, la Cour cantonale a retenu que le recourant était mêlé à un trafic de cocaïne d'envergure internationale, bien organisé et usant d'une routine sophistiquée pour acheminer la drogue sur le marché européen, la drogue étant expédiée par voie postale habilement dissimulée à l'intérieur d'objets d'apparence inoffensifs. La Cour cantonale a relevé que la quantité de drogue était importante et que les mobiles du recourant relevaient de l'appât du gain. Elle a ajouté que ses antécédents étaient mauvais.
Comme vu au considérant 2, la participation du recourant à cet important trafic international et le rôle important qu'il a joué au sein de l'organisation reposent, pour l'essentiel, sur l'utilisation du nom d'emprunt de B._, l'inscription du numéro de son téléphone portable sur un des paquets, le message SMS relevé sur son téléphone portable ainsi que sur l'analyse de ses appels téléphoniques.
Au vu des éléments qui précèdent, la faute du recourant apparaît lourde, de sorte qu'une peine privative de liberté de six ans n'apparaît pas sèvère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la Cour cantonale. Cette peine résulte au surplus d'une évaluation complète de l'ensemble des circonstances et de la situation personnelle du recourant. Mal fondé, le grief tiré de la violation de l'<ref-law> doit être rejeté.
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF), réduits à 800 fr. compte tenu de sa situation financière actuelle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 5 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Kistler Vianin