Faits:
A. La Caisse Inter-Entreprises de Prévoyance Professionnelle (la caisse) s'est vu délivrer le 10 août 2005 un acte de défaut de biens d'un montant de 17'742 fr. 80 correspondant aux cotisations LPP impayées de mars à décembre 1997 par la société X._ déclarée en faillite par prononcé du 24 mars 1998.
En qualité d'administrateur unique avec signature individuelle de la société prénommée du 26 mars 1997 au 24 mars 1998, M._ était assuré en prévoyance professionnelle auprès de la caisse. Le 28 juin 2005, il a sollicité de celle-ci, le paiement en espèces de sa prestation de sortie, au motif qu'il entendait s'établir à son compte. Par courrier du 7 septembre 2005, la caisse a accepté de libérer la somme de 14'718 fr. 95 correspondant à la prestation de libre passage résiduelle, valeur au 30 septembre 2005, après déduction de 17'742 fr. 80 correspondant à l'arriéré des cotisations LPP de X._.
B. Contestant la compensation ainsi opérée, M._ a actionné la caisse en paiement d'un montant de 17'742 fr. 80 sous suite d'intérêts à 5% dès le 5 octobre 2005. Par jugement du 15 mars 2007, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève a rejeté la demande.
C. M._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert l'annulation en renouvelant, sous suite de frais et dépens, les conclusions formées en première instance.
La caisse conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Comme en instance cantonale, le recourant conteste la compensation entre l'arriéré des cotisations LPP de la société faillie X._ avec le versement en espèces de sa prestation de sortie, au motif qu'elle serait prohibée par la jurisprudence au regard de l'<ref-ruling>. Il ajoute que la compensation se justifie d'autant moins que la caisse intimée subit un dommage indirect dont elle ne serait pas valablement légitimée à demander réparation, faute d'une cession corrélative par la masse en faillite conformément aux <ref-law> et 260 LP. Enfin, il dénie toute responsabilité envers la caisse à raison de l'arriéré des cotisations LPP de X._, dès lors qu'il n'aurait manqué à aucun des devoirs de diligence lui incombant comme administrateur.
2. Le litige porte sur le droit de la caisse intimée de compenser le versement en espèces de la prestation de sortie du recourant avec une créance en dommages-intérêts qu'elle prétend détenir à l'encontre de ce dernier en sa qualité d'administrateur.
2.1 En bref, les premiers juges ont estimé, qu'en demandant réparation du dommage correspondant à l'arriéré des cotisations LPP de X._, la caisse se prévalait d'un dommage direct, respectivement d'une créance propre et non pas cédée par l'employeur, de sorte que l'<ref-law> était inapplicable au cas d'espèce et que la compensation opérée par la caisse était admissible aux conditions posées par les <ref-law>. Se prononçant ensuite à titre préjudiciel sur le bien-fondé de la créance en dommages-intérêts invoquée en compensation, ils ont considéré le dommage comme étant établi à hauteur de 17'742 fr. 80. En outre, ils ont admis l'existence d'un lien de causalité naturelle et adéquate entre celui-ci et le chef de responsabilité imputable au recourant dès lors que ce dernier avait été inscrit au registre du commerce en qualité d'administrateur unique - avec signature individuelle - de X._ du 26 mars 1997 au 24 mars 1998; qu'en tant que tel, il avait été légitimé à prendre toutes les décisions concernant la société dont il avait assumé seul la gestion; que lors de son entrée en fonction, il avait eu connaissance des difficultés financières importantes auxquelles l'entreprise s'était trouvée confrontée, mais qu'il ne s'en était cependant pas particulièrement préoccupé, espérant redresser la situation au gré d'affaires dont il attendait une prochaine conclusion; que cependant, il avait rapidement réalisé qu'il ne parviendrait pas à assumer l'intégralité des charges en souffrance et qu'il avait alors décidé de s'acquitter en priorité du paiement des créances salariales et de reporter celui des cotisations LPP. Les premiers juges en ont inféré que la société X._ n'avait pas été confrontée à une crise passagère de liquidités mais qu'elle s'était trouvée en proie à des difficultés financières qui avaient perduré sans que l'intéressé n'ait pris les mesures d'assainissement idoines et que ce dernier avait ainsi contrevenu par une négligence grave à ses devoirs d'administrateur et en particulier à ceux lui imputant de veiller au respect des prescriptions en matière d'assurances sociales.
2.2 Ce faisant, le Tribunal cantonal a développé une argumentation convaincante, à laquelle le Tribunal fédéral renvoie (<ref-law>), sous réserve des précisions suivantes apportées en réponse aux griefs invoqués en dernière instance.
Comme autorité connaissant des contestations opposant institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit (<ref-law>), l'instance précédente est compétente pour statuer à titre préjudiciel sur l'action en responsabilité du droit des sociétés anonymes au sens de l'<ref-law> - en l'occurrence celle de l'administrateur - , en tant que prémisse à la compensation avec la prestation de sortie (arrêt du 1er septembre 1998 [B 45/97], RSAS 2002 p. 260 consid. 2b et 4). Dans de tels cas, les restrictions à la compensation prévues à l'<ref-law> ne sont pas applicables (<ref-ruling> consid. 3b p. 315) dès lors que la contre-prestation invoquée en compensation n'est pas cédée par l'employeur - sinon la compensation serait exclue, même en cas de dommage intentionnel (<ref-ruling>, 114 V 33; RSAS 2004 p. 378, CGSS 1994 n° 12 p. 112) - mais consiste en un droit propre fondé sur l'<ref-law> dont l'institution de prévoyance est titulaire en qualité de créancière sociale au bénéfice d'un acte de défaut de biens. Cela étant, la jurisprudence a en outre expressément admis la compensation dans les cas de figure tels qu'en l'espèce (arrêt L. du 29 décembre 2000 [B 20/00]) et même si dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a exclu toute compensation entre une prestation de sortie et une créance originaire en dommages-intérêts respectivement une action récursoire (selon les art. 52 et 56a LPP), le recourant ne saurait rien en déduire en sa faveur dès lors que dans ce cas, il ne s'agissait pas du versement en espèces d'une prestation de libre passage mais du transfert de celle-ci à une nouvelle institution de prévoyance, de sorte que la protection du capital de prévoyance demeurait prioritaire. Sur le vu de ce qui précède, le grief du simple dommage indirect peut être écarté d'emblée. Indépendamment de ce moyen, il convient d'ajouter que l'<ref-law> est inapplicable au cas d'espèce du fait que cette norme règle les prétentions des créanciers sociaux dans la faillite de la société lésée. En l'occurrence, l'arriéré LPP porte clairement préjudice à l'institution de prévoyance, soit à la caisse, et non pas au débiteur des cotisations, soit à l'employeur. Au demeurant, les constatations des premiers juges admettant la responsabilité du recourant - qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) - ne sont pas critiquables, non pas tant en raison de la condamnation pénale de celui-ci pour soustraction fautive des cotisations de prévoyance professionnelle, mais du fait que la violation par négligence des devoirs de diligence suffit pour engager la responsabilité de l'administrateur au regard de l'<ref-law>.
Sur le vu de ce qui précède, le jugement entrepris n'est pas contestable et le recours se révèle en tous points mal fondés.
3. La procédure est onéreuse (<ref-law>). Le recourant qui succombe doit en supporter les frais (<ref-law>) et ne saurait prétendre à une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 8 mai 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Gehring