Fatti:
A. L'11 novembre 1993 uno studio fiduciario ha chiesto al Municipio di Lugano il permesso di ristrutturare uno stabile sito nel centro cittadino (particella xxx). Il progetto prevedeva di destinare il primo piano interrato (livello - 1) a deposito e archivio, mentre il secondo piano interrato (livello - 2), di dimensioni ridotte rispetto alla pianta degli edifici sovrastanti, era destinato ai locali tecnici. Il 21 dicembre 1994 è stata inoltrata una variante, che prevedeva di formare al secondo piano interrato un posteggio meccanizzato per 31 veicoli, non previsto dal progetto iniziale, accessibile tramite una rampa di collegamento.
B. Dopo aver iniziato i lavori di costruzione nel 1999, il 7 maggio seguente i beneficiari della licenza edilizia hanno presentato al Municipio una nuova variante, che prevedeva di inserire al posto della rampa d'accesso un elevatore rotante, destinato a collegare il piano terreno al piano - 1. Alla domanda era allegata una pianta del piano terreno, una del secondo piano interrato e un piano sezione, dal quale risultava che il piano - 2 sarebbe stato suddiviso in due livelli collegati al piano - 1 da una torre traslante. Il 24 agosto 1999 il Municipio ha approvato anche questa variante, trattata secondo la procedura di semplice notifica, senza pubblicazione. Il 16 febbraio 2000 la progettista B._SA ha inoltrato un'ulteriore variante, poi approvata, concernente il tetto e gli abbaini.
C. L'11 maggio 2000 il dicastero del territorio ha chiesto alla citata società di inoltrare il progetto completo della ristrutturazione, che tenesse conto di tutte le varianti apportate ai piani iniziali. Il 3 agosto successivo, essa ha quindi inoltrato una serie di piani esecutivi dell'intervento, destinati a riepilogare le licenze accordate. Dai piani risultava che tanto il livello - 3, quanto il livello - 2 erano destinati a un'autorimessa automatizzata per 39, rispettivamente 36 veicoli, mentre ulteriori 3 posti erano previsti al livello - 1. Il 7 novembre 2000 il Municipio ha approvato questi piani, rilasciando, senza ulteriori formalità, una licenza edilizia riassuntiva per la ristrutturazione in corso dell'immobile. Il 19 novembre 2001 esso ha poi rilasciato il permesso di abitabilità, senza sollevare alcuna obiezione relativamente ai 78 posti auto dell'autorimessa automatizzata realizzata nel sottosuolo.
D. Il 10 marzo 2005 il Municipio ha comunicato al condominio A._ di aver constatato ch'erano stati realizzati 78 posti auto, mentre ne sarebbero stati autorizzati soltanto 33. L'interessato, consenziente in un primo tempo, si è poi rifiutato di inoltrare la richiesta domanda in sanatoria per i posteggi considerati abusivi, sostenendo che essi sarebbero stati autorizzati con la licenza riassuntiva. Il 13 luglio 2005 il Municipio si è sostituito alla comunione dei comproprietari e ha allestito e pubblicato una domanda di costruzione in sanatoria per i 45 posteggi ritenuti eccedenti. Alla domanda si è opposta l'Associazione Traffico Ambiente (ATA), mentre il Dipartimento del territorio ha espresso preavviso favorevole soltanto per un aumento di 11 posteggi. Con decisione del 16 maggio 2006, il Municipio ha rilasciato la licenza in sanatoria per 11 posteggi, ordinando nel contempo il blocco dei 34 restanti.
Il 21 novembre 2006 il Consiglio di Stato, adito dalla comunione dei comproprietari, ha annullato il provvedimento, ritenendo che non vi erano gli estremi per una revoca. Con giudizio del 9 gennaio 2008, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso del Comune di Lugano.
E. Avverso questa pronunzia il Comune di Lugano presenta al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Chiede di accogliere i gravami e di annullare la decisione impugnata.
Il Consiglio di Stato e l'Ufficio delle domande di costruzione si rimettono al giudizio del Tribunale federale, la Corte cantonale si riconferma nella decisione impugnata, mentre la comunione dei comproprietari conclude per la reiezione, in quanto ammissibile, del primo gravame e per l'inammissibilità del secondo.
Con decreto presidenziale del 14 marzo 2008 la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è stata respinta.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF. La ricorrente ha inoltrato sia un ricorso di diritto pubblico (recte: ricorso in materia di diritto pubblico, art. 82 e segg. LTF) sia, a titolo prudenziale, un ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF), fondandolo sull'asserita lesione del diritto di essere sentito, di altre garanzie procedurali e del principio della buona fede, nonché sull'autonomia comunale. Poiché in materia edilizia non si è manifestamente in presenza di nessuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>, quest'ultimo rimedio è chiaramente inammissibile (<ref-ruling> consid. 1.1, 353 consid. 2, 249 consid. 1.2). Giova comunque ribadire che l'indicazione nei rimedi di diritto della decisione impugnata dell'eventuale ammissibilità del ricorso sussidiario in materia costituzionale nel quadro del diritto pianificatorio ed edilizio è fuorviante.
1.3 Il ricorrente è tenuto, sulla base dell'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, a motivare in maniera sufficiente la sua legittimazione, contestata dai ricorrenti (<ref-ruling> consid. 2). In concreto esso si limita a richiamare la prassi relativa al previgente ricorso di diritto pubblico, adducendo che la decisione impugnata, confermativa di 78 parcheggi interrati, lo concerne direttamente nella misura in cui tale decisione è "antitetica alla sua volontà", accennando al riguardo al diritto generale di ricorso secondo l'<ref-law>. Chiaramente non si è in presenza delle condizioni previste dal cpv. 1 di questa norma, visto che il Comune non è toccato analogamente a un privato e che l'interesse pubblico a una corretta applicazione del diritto non è sufficiente a fondare la legittimazione dell'ente pubblico (<ref-ruling> consid. 2.2.1 e rinvii; <ref-ruling> consid. 2; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2.4), né sono adempiute le condizioni dell'art. 89 cpv. 2 lett. d LTF.
L'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF precisa che i Comuni hanno diritto di ricorrere se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale. In concreto il Comune accenna anche alla sua autonomia, notoriamente data ai comuni ticinesi in ambito edilizio. Esso può far valere anche una lesione del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), nella misura in cui questa censura sia strettamente connessa a quella della lesione dell'autonomia (DTF <ref-ruling> consid. 2.2).
1.4 Il ricorrente chiede semplicemente l'annullamento della decisione impugnata, senza formulare conclusioni di merito come imposto dall'<ref-law>. Dall'atto di ricorso risulta nondimeno ch'egli desidera che venga mantenuto il blocco di 34 posteggi. Sotto questo profilo il ricorso è quindi ammissibile (<ref-ruling> consid. 1.4 e 1.4.1; <ref-ruling> consid. 3.1; sentenza 1C_503/2008 del 10 febbraio 2009 consid. 1).
1.5 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.4). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling>). Per di più, quando il ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito e tutela della buona fede), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law> esamina le censure sollevate soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi fondata sull'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, applicabile nel quadro del previgente ricorso di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute. laddove il ricorrente lamenta, come nella fattispecie, l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> e del diritto federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 2.1). Come si vedrà, l'atto di ricorso, in larga misura di natura meramente appellatoria, come a ragione rilevato dall'opponente, adempie solo in minima parte queste esigenze di motivazione.
1.6 Riservati i casi dell'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale o comunale non costituisce di per sé un motivo di ricorso, ma può costituire una violazione del diritto federale ai sensi dell'<ref-law>, segnatamente qualora disattenda il divieto dell'arbitrio ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3). Chiamato a esaminare l'applicazione di una norma del diritto cantonale o comunale sotto il profilo dell'arbitrio, il Tribunale federale si scosta quindi dalla soluzione ritenuta dall'ultima istanza cantonale solo se appaia manifestamente insostenibile, in palese contraddizione con la situazione effettiva, non sorretta da ragioni oggettive e lesiva di un diritto certo. Non basta, inoltre, che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 5.1), ciò che spetta al ricorrente dimostrare conformemente all'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2).
2. 2.1 Il ricorrente accenna a una violazione del diritto di essere sentito, poiché il Tribunale amministrativo non ha assunto un mezzo di prova da lui proposto, segnatamente l'audizione di un architetto, che avrebbe permesso alla Corte cantonale di farsi un quadro molto più obiettivo della situazione. Con questo semplice accenno il ricorrente non dimostra affatto che il Tribunale amministrativo, negando, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii), la rilevanza del richiesto interrogatorio, sarebbe incorso nell'arbitrio.
2.2 Per quanto qui interessa, il Tribunale amministrativo ha rilevato che l'11 maggio 2000 il dicastero del territorio aveva chiesto alla promotrice di inoltrare i piani esecutivi dell'intervento di ristrutturazione in cantiere, sulla base della licenza iniziale e delle successive licenze in variante. Considerate le numerose varianti, lo scopo della richiesta era evidente: il Municipio si riproponeva di verificare con precisione i limiti dell'intervento in corso. La promotrice ha inoltrato all'autorità comunale i piani esecutivi, tra i quali figuravano anche le planimetrie dei tre livelli interrati, dalle quali, secondo l'accertamento dei giudici cantonali, "risultava in modo chiaro ed incontrovertibile che l'autorimessa sarebbe stata strutturata su tre livelli, comprendenti 39 posteggi al piano - 3, 36 posteggi al piano - 2 e 3 posteggi al piano - 1". La Corte cantonale ha constatato che, durante i tre mesi seguenti, l'autorità comunale non ha reagito né sollevato obiezioni di sorta di fronte ai piani esecutivi dell'autorimessa e alla capienza complessiva che ne risultava. In particolare, essa non ha segnalato alla beneficiaria delle licenze edilizie di non aver mai autorizzato la realizzazione di 78 posteggi. Al contrario, hanno precisato i giudici cantonali, il 7 novembre 2000 il Municipio ha rilasciato una licenza edilizia per il progetto esecutivo di ristrutturazione ed ampliamento dello stabile "di cui ai disegni inoltrati con istanza 3 agosto 2000". I lavori sono stati portati a termine in conformità di questi piani e, inoltre, il 19 novembre 2001 il Municipio ha rilasciato il permesso di abitabilità, senza formulare alcuna riserva circa la capienza dell'autorimessa.
Soltanto a distanza di quattro anni, il 10 marzo 2005, il Municipio ha poi contestato il numero di posteggi, ritenendo che ne fossero stati realizzati senza permesso 45 in più dei 33 autorizzati. Con la criticata decisione del 16 maggio 2006, il Municipio ha poi ordinato la messa fuori servizio di 34 posteggi. A torto, secondo la Corte cantonale, poiché, dopo il rilascio della licenza riassuntiva del 7 novembre 2000, la beneficiaria poteva ritenere che il Municipio avesse per finire approvato l'aumento da 33 a 78 posteggi. Se fino a quel momento essa poteva al massimo ritenere che l'autorità comunale avesse autorizzato solo la realizzazione di una soletta intermedia tra il primo e il secondo livello interrato, da utilizzare quale autorimessa, dopo la notifica della licenza riassuntiva la beneficiaria poteva legittimamente ritenere che il Municipio, approvando i piani esecutivi da esso richiesti, avesse in definitiva autorizzato l'aumento della capienza dell'autorimessa. Ciò poiché, da un lato, i piani esecutivi approvati indicavano chiaramente ed esattamente il numero e l'ubicazione dei 78 posteggi e, dall'altro, la licenza riassuntiva non conteneva alcuna riserva che ne limitasse la portata al solo volume dell'immobile.
2.3 Il ricorrente non contesta questi fatti, se non in maniera del tutto generica e parziale, né si confronta con le citate conclusioni. Esso si limita a rilevare che le domande inoltrate a partire dal 1993 e le successive varianti si sono sistematicamente intercalate, creando all'amministrazione comunale molte difficoltà di gestione e impossibilità di una visione d'insieme delle trasformazioni subite dallo stabile in questione. Proprio per far chiarezza esso ha chiesto la documentazione atta a riassumere le modifiche intervenute. Scopo di questa procedura era il loro riepilogo, non quello di ricontrollare in dettaglio i piani, che avrebbero dovuto rispettare le domande che ne erano alla base e le licenze poi concesse.
Al riguardo, il ricorrente si limita a richiamare l'art. 9 del regolamento di applicazione del 9 dicembre 1992 della legge edilizia (RLE), concernente il contenuto della domanda di costruzione, e a rilevare che si era in presenza di una semplice planimetria della destinazione futura dei tre piani interrati. Al suo dire, l'assenza di ulteriori documenti per il Municipio non poteva che indicare la volontà di non modificare l'uso e la destinazione dei vani sotterranei. La promotrice avrebbe approfittato dello zelo dei funzionari della Città, che avevano chiesto dei piani riassuntivi, per produrre la citata planimetria "debitamente cammuffata", indicante la nuova abusiva destinazione degli spazi sotterranei. Per i posteggi ritenuti abusivi non sarebbe stato allegato alcun documento, che potesse spiegare "a parole" quel che si voleva fare. Il Municipio avrebbe avallato quindi soltanto i volumi dell'edificio, ma non l'uso.
2.4 Limitandosi a riproporre il proprio punto di vista, il ricorrente non si confronta con le differenti motivazioni poste a fondamento dell'impugnato giudizio, insistendo semplicemente sull'assunto secondo cui un piano riassuntivo non dovrebbe "pesare" maggiormente rispetto alle sue antitetiche valutazioni relative alla mancanza di altri documenti necessari per una domanda di costruzione. Al suo dire, i giudici cantonali non avrebbero dimostrato perché la planimetria in questione poteva esentare l'opponente dal presentare una regolare domanda edilizia per l'occupazione degli spazi litigiosi. Essi avrebbero ignorato che il Municipio non era tenuto a esperire un'ulteriore minuziosa verifica di progetti già esaminati e approvati, che non prevedevano l'ampliamento dell'autorimessa a 78 posti.
2.5 Le critiche, di natura meramente appellatoria, manifestamente non reggono. Per di più, l'accenno di critica, sulla quale è incentrato il ricorso, secondo cui il Tribunale amministrativo non avrebbe compiutamente e correttamente apprezzato i fatti, è chiaramente infondato. Il ricorrente non dimostra per nulla che l'accertamento dei fatti sarebbe stato effettuato in modo manifestamente inesatto, come prescritto dall'<ref-law>, norma neppure richiamata nell'atto di ricorso. In effetti, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>): può scostarsene solo qualora l'accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law>, cioè in maniera arbitraria (<ref-law>, disciplina analoga a quella dell'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3). La parte ricorrente, che intende contestare i fatti accertati dall'autorità inferiore, deve quindi spiegare in maniera circostanziata per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> sarebbero realizzate; in caso contrario, come nella fattispecie, non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello posto a fondamento della decisione impugnata (DTF <ref-ruling> consid. 6.2).
2.5.1 Ora, il contestato numero dei parcheggi risulta chiaramente, come accertato in maniera vincolante dalla Corte cantonale, dai piani approvati dal Comune; né in tale ambito si è in presenza di un apprezzamento arbitrario delle prove. In effetti, risulta dagli atti che l'11 maggio 2000 la Città di Lugano ha invitato la B._SA a inoltrare il "progetto completo" della ristrutturazione dello stabile e che il 3 agosto successivo quest'ultima vi ha dato seguito, precisando che i piani prodotti corrispondono ai piani esecutivi di cantiere, rimanendo a disposizione per eventuali chiarimenti. Il 7 novembre successivo, il Municipio, senza chiedere ulteriori chiarimenti e senza alcuna riserva, ha rilasciato la licenza edilizia "di cui ai disegni inoltrati", nei quali figura espressamente l'indicazione "autorimessa". Come rettamente stabilito dal Tribunale amministrativo, dai chiari e precisi piani risulta immediatamente, essendo sufficiente contarli, il numero di 78 posteggi. Si può poi senz'altro assumere che la Città di Lugano disponga degli uffici competenti a esaminare e valutare la portata di una planimetria chiara e per nulla ambigua.
2.5.2 Per di più, proprio perché il Comune non disponeva di una visione globale delle trasformazioni subite dallo stabile, esso era tenuto a esaminare ancor più attentamente i piani prodotti, e il numero dei posteggi ritenuti abusivi doveva essere contestato immediatamente, prima del rilascio della licenza riassuntiva, o comunque al più tardi al momento della verifica dell'abilità dello stabile e non soltanto quattro anni dopo. D'altra parte, se il ricorrente riteneva che i documenti prodotti erano incompleti, avrebbe potuto e dovuto chiedere informazioni o completamenti supplementari (art. 11 cpv. 3 RLE) e non rilasciare semplicemente, senza alcuna riserva, la licenza edilizia. Come rettamente stabilito dai giudici cantonali, esso aveva infatti l'obbligo di verificare la conformità dei piani prodotti con le licenze accordate in precedenza. Questa conclusione non comporta affatto una lesione dell'autonomia comunale.
3. 3.1 Il Tribunale amministrativo ha poi rilevato che la licenza riassuntiva è stata rilasciata secondo la procedura di notifica e senza pubblicazione, formalità che per un aumento del numero di posteggi avrebbe dovuto essere ossequiata. Poiché la licenza tendeva a riepilogare i permessi accordati in precedenza, in particolare non autorizzava un'opera nuova, ma precisava l'uso della soletta intermedia approvata nel 1995, la mancata pubblicazione e l'omessa trasmissione all'autorità cantonale per preavviso non costituirebbero carenze (peraltro non imputabili all'opponente) tali da comportare la nullità del permesso (sulla nullità cfr. <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii). La violazione delle regole di procedura poteva semmai comportare l'annullamento della licenza, qualora il Dipartimento del territorio o l'ATA, che si erano opposti soltanto al permesso in sanatoria del 13 luglio 2005, l'avessero impugnata dinanzi al Consiglio di Stato entro 15 giorni da quando ne sono venuti a conoscenza. La Corte cantonale ha quindi ritenuto che anche sotto questo profilo il provvedimento di ripristino litigioso fondato sull'art. 43 LE è escluso.
3.2 Al riguardo il ricorrente adduce semplicemente che il rispetto della procedura ordinaria sarebbe imprescindibile, per cui il permesso sarebbe nullo. Ricordato che spettava al Municipio ossequiare tale procedura nell'ambito del rilascio della licenza riassuntiva, questa affermazione, che non si confronta con le motivazioni dei giudici cantonali, non adempie chiaramente le citate esigenze di motivazione (<ref-law>) ed è pertanto inammissibile.
4. 4.1 Il Tribunale amministrativo ha poi stabilito che l'ordine municipale di mettere fuori servizio 34 posteggi, non autorizzabili in sanatoria, sottintendesse un'implicita revoca, ai sensi dell'art. 18 LE, della licenza riassuntiva. Poiché le menzionate violazioni procedurali non costituiscono motivi di nullità, esse neppure possono rappresentare validi motivi per revocare, dopo oltre quattro anni, il permesso di costruzione, di cui la beneficiaria ha fatto compiutamente uso: ciò a maggior ragione visto che né l'ATA né il Dipartimento del territorio l'avevano impugnato dopo averne avuto conoscenza.
4.2 Il ricorrente si limita a sostenere che non sarebbe possibile revocare una licenza, segnatamente quella riferibile all'uso di 78 posteggi, mai richiesta e non oggetto di una procedura edilizia ordinaria, tanto più che al beneficiario farebbe difetto la buona fede. Come si è visto, questa argomentazione non regge: infatti il ricorrente non ha minimamente dimostrato l'arbitrarietà della portata della licenza riassuntiva e della sua validità. Il Municipio ha in effetti rilasciato una siffatta licenza: ch'esso non abbia sufficientemente esaminato i chiari piani prodotti dalla beneficiaria, non implica, come a ragione ritenuto dai giudici cantonali, la mala fede di quest'ultima o un suo modo di procedere abusivo, tesi sulla quale insiste il ricorrente senza tuttavia confrontarsi con quella contraria posta a fondamento dell'impugnato giudizio. Il Municipio misconosce infatti ch'esso doveva esaminare d'ufficio l'adempimento delle condizioni per il rilascio della licenza edilizia (art. 2, 3 e 48 LE). Inoltre, nel quadro del rilascio del permesso di abitabilità, esso deve confrontare la costruzione con il progetto approvato, ricordato che detto controllo si estende segnatamente anche ai posteggi (art. 49 cpv. 2 LE). Ora, lo scopo e l'uso dei piani interrati, indicati espressamente come autorimessa, e il numero dei posteggi erano chiaramente e facilmente accertabili nel contesto di questo controllo. Il ricorrente non sostiene d'altra parte, che in concreto sarebbero adempiute le severe condizioni per revocare la licenza litigiosa (cfr. su questo tema PETER HÄNNI, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 5a ed., pag. 336 segg.).
4.3 Il ricorrente insiste sull'asserita mala fede delle società interessate e dei loro rappresentanti, in particolare di un promotore immobiliare professionista, che non potrebbe trincerarsi, come ritenuto dai giudici cantonali, dietro una sua presunta misconoscenza delle procedure edilizie. Con quest'argomentazione il ricorrente disattende che il Tribunale amministrativo ha ritenuto, a ragione, per certi versi ambiguo e contraddittorio il comportamento di questa persona, dichiaratasi in un primo tempo disposta a inoltrare una domanda di costruzione in sanatoria: ciò attesterebbe tuttavia unicamente la sua scarsa dimestichezza con le procedure che regolano il rilascio delle licenze edilizie. Questa conclusione è opinabile, ma non addirittura insostenibile, e quindi arbitraria, e nulla toglie al fatto che spettava in primo luogo al ricorrente esaminare i piani sottopostigli e, se del caso, esigere ulteriori spiegazioni o complementi, prima di approvarli senza riserve. Certo, anche nel risultato, la decisione impugnata può apparire insoddisfacente, ma essa non è affatto insostenibile e quindi arbitraria.
Il ricorrente neppure dimostra l'arbitrarietà della tesi dei giudici cantonali secondo cui la questione della mala fede in altre persone coinvolte nel progetto immobiliare non è sconfessata dai regolamenti della PPP e di un altro scritto, dai quali risulta che il già menzionato promotore era al corrente che la licenza del 19 agosto 1995 non autorizzava un aumento del numero di posteggi oltre i 33 inizialmente approvati. Infatti, secondo la Corte cantonale, di fronte al rilascio della licenza riassuntiva, i motivi che hanno indotto gli interessati a inoltrare i piani di dettaglio dell'autorimessa in precedenza non sottoposti all'autorità, ma ch'essa doveva esaminare d'ufficio, sarebbero irrilevanti.
4.4 Il ricorrente accenna infine alla circostanza che l'immediata esecutività dell'impugnata sentenza lederebbe la LPamb (RS 814.01) e l'ordinanza del 16 dicembre 1985 contro l'inquinamento atmosferico (RS 814.41). Anche su questo punto esso nemmeno tenta di dimostrare perché il contestato giudizio, ritenendo che non era minimamente acquisito che la licenza riassuntiva al momento del suo rilascio ledesse determinate norme del diritto ambientale o del diritto cantonale o comunale, all'epoca non in vigore, comporti tale lesione. Del resto, ha aggiunto la Corte cantonale, con motivazione non contestata dal ricorrente, il Municipio non si è nemmeno confrontato con tali disposizioni, né il Dipartimento del territorio ha preteso che detta licenza dovesse essere revocata, perché manifestamente lesiva della LPAmb o della OIAt. Ora, quando la decisione impugnata si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>).
5. 5.1 Ne segue, che il ricorso in materia di diritto pubblico, in quanto ammissibile, dev'essere respinto, mentre il ricorso sussidiario in materia costituzionale dev'essere dichiarato inammissibile.
5.2 Non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>). Il ricorrente è nondimeno tenuto a versare all'opponente un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF). Al riguardo questi rileva ch'esso davanti al Consiglio di Stato aveva quantificato in fr. 100'000.-- il valore di ogni singolo posteggio che verrebbe ridotto, ossia per un importo totale di fr. 3'400'000.--, valore di causa non contestato in quella sede: chiede quindi ripetibili di fr. 30'000.-- per ciascun ricorso. La richiesta non può essere accolta. Da una parte, non si tratta di una causa civile, ma di una in materia di diritto pubblico, dall'altra si è in presenza di un solo ricorso, quello sussidiario in materia costituzionale essendo chiaramente inammissibile, nonostante l'errata indicazione nei rimedi di diritto della decisione impugnata. Occorre inoltre tener conto che non si era in presenza di una causa complessa e che si è trattato di formulare osservazioni su un ricorso appellatorio, la cui redazione non comportava un dispendio di tempo eccessivo per l'avvocato. Esiste pertanto una manifesta sproporzione tra il valore litigioso e l'impegno lavorativo effettivo dell'avvocato, peraltro non precisato, che impone una riduzione del suo onorario (art. 3 cpv. 2, art. 8 cpv. 2 del regolamento sulle spese ripetibili accordate alla parte vincente nelle procedure davanti al Tribunale federale, RD 173.110.210.3).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
2. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia di diritto pubblico è respinto.
3. Non si prelevano spese giudiziarie. Il ricorrente rifonderà all'opponente fr. 3'000.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al ricorrente, ai patrocinatori delle parti, al Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.