Sachverhalt:
A. Die 1964 geborene T._ war als Reinigungsangestellte der Firma X._ und der Firma Y._, bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 25. Januar 2002 als Beifahrerin einen Auffahrunfall erlitt. Im Spital A._, in dem sich die Versicherte am Unfalltag ambulant behandeln liess, wurde eine Kopfkontusion hochfrontal und eine HWS-Distorsion diagnostiziert; der Versicherten wurde ein weicher Halskragen (Halskrause) verordnet. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 29. Dezember 2006 und Einspracheentscheid vom 6. Juni 2007 per 31. Januar 2007 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht seien.
B. Die von T._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Oktober 2008 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt T._, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen auch über den 31. Januar 2007 hinaus zu erbringen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (Art. 6 Abs. 1 UVG). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar sind und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (zitiertes Urteil, E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (zitiertes Urteil, E. 9.4 und 9.5). Schliesslich wurden in E. 10 des zitierten Urteils die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
- besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls;
- die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
- fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
- erhebliche Beschwerden;
- ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert;
- schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
- erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
3. Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der SUVA für die über den 31. Januar 2007 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden der Versicherten.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die anhaltenden Beschwerden liessen sich insofern mindestens teilweise auf einen bildgebend nachgewiesenen Unfallschaden zurückführen, als vom neuroradiologischen und radiologischen Institut B._, am 5. Juli 2002, mithin etwa fünf Monate nach dem Ereignis, mittels MRI der Halswirbelsäule (HWS) eine sehr kleine Diskushernie auf dem Niveau C5/6 objektiviert wurde. Wie die Beschwerdegegnerin in ihrem Einspracheentscheid vom 6. Juni 2007 zutreffend erwogen hat, stellt diese Hernie überwiegend wahrscheinlich keine Unfallfolge dar. So hatte Dr. med. C._, Fachärztin FMH für Neurologie, Kenntnis von der Diskushernie, führte diese aber in ihrem Bericht vom 28. Juni 2002 nicht auf den Unfall zurück. Zudem entspricht es einer medizinischen Erfahrungstatsache im Bereich des Unfallversicherungsrechts, dass praktisch alle Diskushernien bei Vorliegen degenerativer Bandscheibenveränderungen entstehen und ein Unfallereignis nur ausnahmsweise, unter besonderen Voraussetzungen, als eigentliche Ursache in Betracht fällt. Als weitgehend unfallbedingt kann eine Diskushernie betrachtet werden, wenn das Unfallereignis von besonderer Schwere und geeignet war, eine Schädigung der Bandscheibe herbeizuführen, und die Symptome der Diskushernie (vertebrales oder radikuläres Syndrom) unverzüglich und mit sofortiger Arbeitsunfähigkeit auftreten (RKUV 2000 Nr. U 379 S. 192, U 138/99 E. 2a). Das Ereignis vom 25. Januar 2002 war indessen nicht von solch besonderer Schwere, dass die Bandscheibenveränderung als unfallbedingt anzusehen wäre.
4.2 Das kantonale Gericht bejahte einen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und den anhaltend geklagten Beschwerden; dieser sei aber nicht adäquat und damit nicht rechtsgenüglich. Die Versicherte rügt, die Adäquanzprüfung sei zu Unrecht nach der Rechtsprechung, welcher für psychische Unfallfolgeschäden entwickelt wurde (vgl. <ref-ruling>), vorgenommen worden; korrekterweise sei die Adäquanz nach der sog. "Schleudertrauma-Praxis" zu prüfen. Die Frage, nach welcher Praxis die Adäquanz zu beurteilen ist, kann jedoch offenbleiben, da - wie nachstehend gezeigt wird - selbst die Prüfung der Adäquanz nach den Kriterien gemäss <ref-ruling> E. 10.3 S. 130 zu einer Verneinung derselben führt.
5. Bezüglich der Adäquanz des Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 25. Januar 2002 und den über den 31. Januar 2007 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden ist Folgendes festzuhalten:
5.1 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Die entsprechende Qualifikation des Unfallereignisses vom 25. Januar 2002 durch die Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
5.2 Das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalles besteht unverändert weiter (<ref-ruling> E. 10.2.1 S. 127; Urteil 8C_402/2007 vom 23. April 2008 E. 5.2.1). Es ist objektiv zu beurteilen und nicht auf Grund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls der versicherten Person (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207, U 287/97 E. 3b/cc; Urteil U 56/07 vom 25. Januar 2008 E. 6.1). Zu beachten ist, dass jedem mindestens mittelschweren Unfall eine gewisse Eindrücklichkeit eigen ist, welche somit noch nicht für eine Bejahung des Kriteriums ausreichen kann (vgl. Urteil 8C_39/2008 vom 20. November 2008 E. 5.2). Der Umstand alleine, dass der Personenwagen, in welchem sich die Versicherte befand, durch die Wucht des Aufpralles in ein weiteres Fahrzeug hineingeschoben wurde, lässt dieses Kriterium noch nicht als erfüllt erscheinen (vgl. RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.1 und E. 5.2.1).
5.3 Die Beschwerdeführerin macht zu Recht nicht geltend, beim Unfall Verletzungen besonderer Schwere oder besonderer Art erlitten zu haben. Das entsprechende Kriterium ist nicht gegeben.
5.4 Eine fortgesetzt belastende ärztliche Behandlung wird von der Beschwerdeführerin zwar geltend gemacht, eine solche ist indessen in den Akten nicht ersichtlich. Auch dieses Kriterium liegt somit nicht vor.
5.5 Für die Adäquanzfrage von Bedeutung können im Weiteren in der Zeit zwischen Unfall und dem Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Die Glaubwürdigkeit der geltend gemachten, erheblichen Beschwerden wurde von keiner medizinischen Fachperson bezweifelt; das Kriterium ist somit als erfüllt zu betrachten.
5.6 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Kriterium der Fehlbehandlung zu erfüllen, da sie am Unfalltag im Spital A._ einen weichen Halskragen erhalten und diesen während etwa zehn Tagen getragen habe.
5.6.1 Das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, wurde unverändert beibehalten (<ref-ruling> E. 10.2.5 S. 129). Dessen Bejahung setzt rechtsprechungsgemäss keine Sorgfaltspflichtverletzung im Sinne des Haftpflichtrechts voraus (Urteil U 137/93 vom 26. Oktober 1994 E. 2d). Allerdings ist das Kriterium nicht bereits dann erfüllt, wenn eine angeordnete medizinische Massnahme sich nachträglich nicht als nutzbringend erweist. Da es nicht Aufgabe der Rechtsprechung ist, zu kontroversen medizinischen Streitfragen Stellung zu nehmen (<ref-ruling> E. 5.3 S. 234), ist nur dann von einer Fehlbehandlung im Sinne des Adäquanzkriteriums auszugehen, wenn in der medizinischen Wissenschaft und Praxis ein gewisser Konsens über die Schädlichkeit einer Therapiemethode besteht.
5.6.2 In seiner biomechanischen Kurzbeurteilung vom 19. Juli 2002 führt Dr. med. D._aus, es wäre nicht erstaunlich, wenn die Abgabe des Halskragens die Heilung negativ beeinflusst hätte; diese Therapiemethode sei fast nie sinnvoll und wirke sich in den meisten Fällen negativ aus. Tatsächlich finden sich in der medizinischen Literatur Stimmen, die vor der Abgabe von Halskragen nach HWS-Distorsionen ohne strukturell fassbare Verletzungen warnen (vgl. etwa THOMAS KRON, Nach einem Schleudertrauma ist Schonung out und Arbeit in - doch die Praxis sieht oft anders aus, in: Ärzte Zeitung vom 13. Juli 2004) oder doch die routinemässige Abgabe von weichen Schanz-Kragen für nutzlos halten (Strebel und andere, Diagnostisches und therapeutisches Vorgehen in der Akutphase nach kranio-zervikalem Beschleunigungstrauma [sog. Schleudertrauma], Empfehlungen einer schweizerischen Arbeitsgruppe, in: Schweizerisches Medizin-Forum 2002, S. 1119 ff., S. 1122). Demgegenüber empfehlen etwa Rüter/Trentz/Wagner (Hrsg.), Unfallchirurgie, 2. Aufl. 2004, S. 685, einen stundenweisen Einsatz solcher Kragen, während von anderen Unfallchirurgen eine kurzfristige Ruhigstellung des Halses mit dieser Methode befürwortet wird (Berchtold/Bruch/Trentz, Chirurgie, 6. Aufl. 2008, S. 390 und Alfred M. Debrunner, Orthopädie, Orthopädische Chirurgie, 4. Aufl. 2002, S. 805).
5.6.3 Aufgrund dieser medizinischen Stellungnahmen bestehen gewisse Zweifel, ob die Abgabe eines Halskragens nach einer HWS-Distorsion ohne strukturelle Verletzungen eine nutzbringende Therapiemassnahme darstellt. Demgegenüber herrscht in der medizinischen Wissenschaft und Praxis aber jedenfalls kein Konsens darüber, dass diese Methode nicht bloss allenfalls nutzlos, sondern gar schädlich wäre. Somit ist einzig aufgrund des Umstandes, dass der Beschwerdeführerin vom erstbehandelnden Spital ein weicher Halskragen verordnet wurde, das Kriterium noch nicht erfüllt. Da andere Umstände, die auf eine Fehlbehandlung schliessen liessen, vorliegend weder geltend gemacht, noch aus den Akten ersichtlich sind, ist das Kriterium zu verneinen.
5.7 Unverändert beibehalten wurde das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen (<ref-ruling> E. 10.2.6 S. 129) Diese beiden Teilaspekte müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben. Die Einnahme vieler Medikamente und die Durchführung verschiedener Therapien genügen nicht zur Bejahung dieses Kriteriums. Gleiches gilt für den Umstand, dass trotz regelmässiger Therapien weder eine Beschwerdefreiheit noch eine (vollständige) Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit erreicht werden konnten (Urteile 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008 E. 7.6, und 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1, je mit Hinweisen). Das Kriterium ist vorliegend somit ebenfalls zu verneinen.
5.8 Was schliesslich das durch <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f. präzisierte Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, gilt festzustellen, dass selbst wenn dies bejaht werden könnte, es jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben ist.
5.9 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zugunsten der Versicherten das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 25. Januar 2002 und den über den 31. Januar 2007 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden zu verneinen. Damit ist die Leistungseinstellung auf dieses Datum hin nicht zu beanstanden.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer