Faits:
A. Par décision du 10 juin 2004, la Commission fédérale des maisons de jeu (ci-après: la Commission fédérale) a ouvert une procédure afin de déterminer si les distributeurs "tactilo", respectivement "touchlot", devaient être assujettis à la loi fédérale du 8 juin 1923 sur les loteries et les paris professionnels (LLP ou loi sur les loteries; RS 935.51) ou à celle du 18 décembre 1998 sur les jeux de hasard et les maisons de jeu (LMJ ou loi sur les maisons de jeu; RS 935.52) et interdit par mesures provisionnelles notamment à la Loterie Romande et à Swisslos interkantonale Landeslotterie d'exploiter d'autres appareils du même type que ceux qui étaient déjà en exploitation. Sur recours de Swisslos interkantonale Landeslotterie, le Tribunal fédéral a confirmé la compétence de la Commission fédérale pour mener une telle procédure et prendre de telles mesures provisionnelles (arrêt 2A.438/2004 du 1er décembre 2004).
Par mémoire du 19 juillet 2004, la Fédération suisse des casinos, qui regroupe 17 des 19 casinos suisses au bénéfice d'une concession, a requis de la Commission fédérale qu'elle lui reconnaisse la qualité d'intervenant dans la procédure et lui accorde le droit d'être entendue. La Loterie Romande et Swisslos interkantonale Landeslotterie ont conclu au rejet de cette requête. Le 2 septembre 2004, la Commission fédérale a informé la Fédération que, pour l'heure, elle n'avait l'intention ni de rendre une décision ni de l'inclure dans la procédure.
Le 23 mai 2005, la Commission fédérale a rejeté la requête d'intervention comme parties dans la procédure administrative des cantons de Fribourg, Vaud, Valais, Neuchâtel et Jura. Le 5 septembre 2005, la Commission fédérale de recours en matière de maison de jeu a rejeté un recours des cantons contre cette décision. Par arrêt 2A.597/2005 du 4 avril 2006, le Tribunal fédéral leur a reconnu sur recours la qualité de partie à la procédure. Le 12 mai 2006, la Commission fédérale a donné le droit de participer à la procédure aux autres cantons, qui ont finalement tous accepté de prendre part à celle-ci et déposé des observations.
B. Par décision incidente non datée mais néanmoins rendue le 21 décembre 2006, la Commission fédérale a reconnu la qualité de partie à la Fédération suisse des casinos, sans pour autant l'inviter à se déterminer, la décision sur le fond ayant été rendue immédiatement après la décision incidente dans le sens, selon elle, des conclusions présumées de la Fédération suisse des casinos.
Le 19 janvier 2007, la Loterie Romande et tous les cantons suisses ont interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral. La Fédération suisse des casinos ne pouvait se voir reconnaître la qualité de partie, parce que les exploitants de "tactilo" n'étaient pas soumis à la même réglementation économique que les casinos. Il n'y avait pas de rapport de concurrence. Il ne s'agissait que de trancher un conflit de compétence entre cantons et Confédération, ce qui excluait les particuliers. Il fallait également sauvegarder le secret des affaires qui était menacé par le droit de la Fédération suisse des casinos de prendre connaissance du dossier en qualité de partie.
C. Par décision du 21 décembre 2006 également, la Commission fédérale a interdit "l'exploitation d'appareils à sous de type "tactilo" ainsi que d'appareils présentant les mêmes caractéristiques techniques à l'extérieur des maisons de jeu au bénéfice d'une concession et ordonné leur mise hors service et leur retrait du marché dans les six mois.
Par mémoires du 7 et 8 février 2007, complétés par mémoires du 7 mars, la Loterie Romande et les cantons suisses ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral, concluant en substance à ce que les appareils "tactilo" soient soumis à la loi sur les loteries et à ce que la Fédération ne soit admise dans la procédure ni en qualité de partie ni en qualité d'intervenante. Ces procédures, que le Tribunal administratif fédéral a jointes par décision incidente du 30 octobre 2007, sont encore pendantes.
D. Par décision du 12 décembre 2007, le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevables les recours de la Loterie Romande et des cantons contre la décision du 21 décembre 2006, reconnaissant la qualité de partie à la Fédération suisse des casinos devant la Commission fédérale. Dans cette même décision, il a également admis d'office la qualité de partie de cette Fédération dans les procédures de recours devant lui-même.
A l'appui de sa décision d'irrecevabilité, le Tribunal administratif fédéral a exposé que la décision attaquée était une décision incidente au sens de l'art. 46 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021), même si elle avait été rendue immédiatement avant la décision finale. Comme elle ne portait ni sur la compétence ni sur une demande de récusation, un recours à son encontre n'était recevable que si la voie de droit était ouverte contre la décision finale et qu'elle causait un préjudice irréparable, ce qui n'était pas le cas en l'espèce. La décision finale ayant été prise le même jour, la Fédération suisse des casinos n'avait jamais été en mesure de faire usage de ses droits de parties, notamment d'accéder au dossier. Il ressortait de manière suffisamment explicite de la requête de la Fédération suisse des casinos qu'elle entendait appuyer une interdiction d'exploiter le "tactilo" en dehors des maisons de jeu, mais cela ne suffisait pas pour considérer que cette conclusion avait influencé le résultat auquel était parvenu la Commission fédérale.
A l'appui de sa décision de reconnaître à la Fédération suisse des casinos la qualité de partie dans la procédure de recours devant lui-même, le Tribunal administratif fédéral a retenu que les statuts de la Fédération suisse des casinos l'autorisaient à défendre les intérêts de ses membres. Comme la décision de la Commission fédérale donnait à ses membres l'occasion de requérir une autorisation d'exploiter les appareils en cause, la Fédération suisse des casinos était fondée à participer à la procédure de recours. Elle était en outre destinataire de la décision finale ou, à tout le moins, intéressée dans une mesure et avec une intensité plus grandes que les autres administrés en raison de la ressemblance entre les distributeurs "tactilo" et les appareils exploités par les membres de la Fédération suisse des casinos.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public (2C_86/2008), la Loterie Romande demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer la décision rendue le 12 décembre 2007 par le Tribunal administratif fédéral en ce sens que son recours du 19 janvier 2007 est déclaré recevable et admis, la demande de participation à la procédure d'assujettissement des appareils "tactilo" formulée par la Fédération suisse des casinos étant déclarée irrecevable ou rejetée en tant qu'elle est recevable.
Agissant également par la voie du recours en matière de droit public (2C_87/2008), tous les cantons suisses demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer la décision rendue le 12 décembre 2007 par le Tribunal administratif fédéral en ce sens que leurs recours déposés les 19 janvier et 7 février 2007 sont recevables et admis, la requête de participer à la procédure d'assujettissement des appareils "tactilo" formulée par la Fédération suisse des casinos étant rejetée en tant qu'elle est recevable et de dire que la Fédération suisse des casinos n'est ni intervenante ni partie à la procédure administrative relative aux distributeurs "tactilo", à quelque phase de la procédure que ce soit.
La Loterie Romande et les cantons développent une argumentation en substance similaire. Selon eux, la décision incidente de la Commission fédérale et celle du Tribunal administratif fédéral, en tant qu'elles reconnaissent la qualité de partie de la Fédération suisse des casinos, leur causent un préjudice irréparable, puisqu'elle ont pour conséquence de donner accès à cette dernière à des informations confidentielles relevant du secret des affaires et des relations entre les cantons et la Loterie Romande; elles auraient également pour effet de prolonger excessivement la procédure sur le statut des appareils en cause. Sur le fond, ils soutiennent en résumé que la Fédération suisse des casinos ne remplit pas les conditions auxquelles la loi et la jurisprudence subordonnent la qualité de partie d'une association, qu'elle n'est pas destinataire de la décision finale de la Commission fédérale, qu'elle n'a pas le statut de tiers spécialement atteint par cette décision et enfin que l'arrêt du Tribunal administratif fédéral viole le principe ne ultra petita, du moment que la Fédération suisse des casinos n'avait requis la reconnaissance que de la qualité d'intervenante.
La Commission fédérale conclut au rejet des recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position et informe le Tribunal fédéral qu'il a suspendu, jusqu'à droit connu sur la qualité de partie de la Fédération suisse des casinos, l'instruction des recours dont il est saisi sur le fond de l'affaire. La Fédération suisse des casinos conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.

Considérant en droit:
1. Les recours ont été déposés contre la même décision. Par économie de procédure, il convient de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (<ref-law> et 71 LTF).
Dans la décision attaquée, le Tribunal administratif a, d'une part, déclaré irrecevables les recours interjetés par les recourants contre la décision de la Commission fédérale reconnaissant la qualité de partie de la Fédération suisse des casinos et il a, d'autre part, reconnu la qualité de partie à cette Fédération devant lui-même. Les griefs des recourants sont dirigés contre les deux volets de la décision attaquée; il convient d'examiner leur recevabilité et leur bien-fondé séparément.
I. Reconnaissance de la qualité de partie de la Fédération suisse des casinos devant le Tribunal administratif fédéral
2. 2.1 D'après la loi sur le Tribunal fédéral, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>) ou contre les décisions partielles (<ref-law>), notamment qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (lettre a). En revanche, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Si le recours n'est pas recevable au regard de ces conditions ou s'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci (<ref-law>).
Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de la procédure: en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral ne devrait en principe connaître qu'une seule fois de la même affaire, à la fin de la procédure, à moins que l'on se trouve dans l'un des cas où la loi autorise exceptionnellement, précisément pour des raisons d'économie de la procédure, un recours immédiat contre une décision préjudicielle ou incidente (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 631 et les références citées).
La notion de préjudice irréparable étant calquée sur celle que posait l'ancien art. 87 al. 2 OJ pour le recours de droit public, la jurisprudence rendue à propos de cette norme peut être reprise pour l'interprétation de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 632). Selon la jurisprudence relative à l'art. 87 al. 2 OJ, un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un inconvénient de nature juridique; tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable au recourant ne le ferait pas disparaître entièrement, en particulier lorsque la décision incidente contestée ne peut plus être attaquée avec la décision finale, rendant ainsi impossible son contrôle par le Tribunal fédéral; en revanche, un dommage de pur fait, tel que la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue (<ref-ruling> consid. 1). En conférant des garanties de procédure étendues telles que l'accès à un dossier qui contient des informations confidentielles, une décision incidente relative à la qualité de partie peut causer un dommage irréparable, du moment qu'une décision finale favorable à celui qui s'y oppose ne pourrait faire disparaître complètement le dommage (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 187 s.). Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 p. 403 s. et les références).
2.2 En l'espèce, conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law>, la Loterie Romande et les cantons ont allégué, en se référant à l'<ref-ruling>, que la décision incidente du Tribunal administratif fédéral reconnaissant la qualité de partie à la Fédération suisse des casinos conférait à cette dernière un droit étendu de consulter le dossier judiciaire et les pièces confidentielles qu'il contient et dont ils donnent une liste non exhaustive. Dans leur liste, ils ont désigné le rapport d'expertise "Nmi" et son rapport complémentaire, qui comprennent les descriptions techniques détaillées du système informatisé de gestion du réseau "tactilo", le rapport de l'expert technique "GLI", qui comprend les descriptions techniques détaillées du système informatisé de gestion du réseau "tactilo", les données statistiques ainsi que l'audit de sécurité, le texte des contrats de la Loterie Romande avec ses dépositaires, le rapport quantitatif Ladouceur/Cantinotti sur l'évaluation des modérateurs installés sur les distributeurs et enfin le rapport qualitatif Osiek/Carrard, produit par les cantons. Les recourants affirment à juste titre qu'il s'agit de secrets de nature commerciale, mais également de secrets touchant aux relations entre la Loterie Romande et les cantons, qui ne doivent pas être portés à la connaissance de la Fédération suisse des casinos.
On ne saurait toutefois suivre l'opinion des recourants sur ce point. S'il est vrai, comme le rappellent à bon droit les recourants, que l'<ref-law> accorde à la partie ou à son mandataire le droit de consulter notamment les mémoires, les actes servant de moyens de preuve et la copie des décisions notifiée, il n'en demeure pas moins que, d'après l'art. 27 al. 1 lettres a et b PA, l'autorité peut également refuser la consultation de pièces en particulier lorsque des intérêts publics importants des cantons ou des intérêts privés importants, en particulier ceux d'une partie adverse, exigent que le secret soit gardé devant le Tribunal administratif fédéral. En pareille hypothèse, l'<ref-law> prévoit qu'une pièce dont la consultation a été refusée à la partie ne peut être utilisée à son désavantage que si l'autorité lui en a communiqué, oralement ou par écrit, le contenu essentiel se rapportant à l'affaire et lui a donné en outre l'occasion de s'exprimer et de fournir des contre-preuves.
En l'espèce, vu les art. 27 et 28 PA auxquels le Tribunal administratif fédéral, la Commission fédérale, les recourantes et la Fédération suisse des casinos doivent être spécialement attentifs, notamment en ce qui concerne les exceptions en matière de consultation du dossier, la décision attaquée qui porte exclusivement sur la qualité de partie de la Fédération suisse des casinos ne cause pas de dommage irréparable car le Tribunal administratif fédéral devra aménager l'accès au dossier par des décisions séparées et spécifiques en application de ces dispositions légales. Il est ainsi prématuré d'affirmer, comme le font les recourants, qu'il est matériellement impossible de séparer les pièces confidentielles du reste du dossier pour leur offrir une protection particulière. Les conditions de la lettre a de l'<ref-law> ne sont donc pas remplies.
2.3 Le recours est également ouvert contre les décisions préjudicielles ou incidentes, notifiées séparément, si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). La première des deux conditions cumulatives (cf. <ref-ruling> consid. 4.1) requises par l'<ref-law> est réalisée si le Tribunal fédéral peut mettre fin une fois pour toutes à la procédure en jugeant différemment la question tranchée dans la décision préjudicielle ou incidente (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 et les arrêts cités).
Tel n'est manifestement pas le cas en l'espèce. Quelle que soit l'issue du présent recours en matière de droit public, elle ne déterminera pas le régime juridique des appareils "tactilo" en cause et ne mettra pas fin à la procédure. La première condition n'étant pas réalisée, il n'est pas nécessaire d'examiner la seconde condition.
2.4 Par conséquent, les griefs dirigés contre la décision rendue le 12 décembre 2007 par le Tribunal administratif fédéral en tant qu'elle reconnaît la qualité de partie de la Fédération suisse des casinos sont irrecevables.
II. Irrecevabilité des recours déposés contre la décision incidente rendue le 21 décembre 2006 par la Commission fédérale
3. 3.1 Dans une procédure administrative régie par le droit fédéral, l'auteur d'un recours déclaré irrecevable pour défaut de qualité pour agir est habilité à contester ce prononcé par la voie du recours en matière de droit public lorsque, comme en l'espèce (cf. <ref-ruling> consid. 1b p. 502), la décision de l'autorité précédente peut, sur le fond, faire l'objet d'un tel recours auprès du Tribunal fédéral.
Déposés en temps utile et dans les formes prévues par la loi (art. 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) par leurs destinataires (<ref-law>) contre un arrêt rendu par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>), les griefs des recourants dirigés contre la décision du Tribunal administratif fédéral déclarant irrecevables leurs recours contre la décision rendue par la Commission fédérale sont recevables pour violation du droit fédéral (cf. <ref-law>).
3.2 D'après l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007), applicable à la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral en vertu de l'<ref-law>, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours que si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. La teneur de l'<ref-law> est identique à celle de l'<ref-law>. Toutefois, à la différence de ce qui prévaut pour l'<ref-law>, un dommage de fait, notamment économique, constitue déjà un dommage irréparable au sens de l'<ref-law> (arrêt 1A.100/2006 du 2 octobre 2006, consid. 1.2.1, publié in: DEP 2007 p. 511; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 153).
Tel n'est pas le cas en l'espèce. Comme indiqué ci-dessus (cf. consid. 2.2), les recourants ne peuvent invoquer un dommage irréparable de nature juridique. A supposer en effet que le Tribunal administratif fédéral renvoie la cause pour nouvelle décision sur le fond à la Commission fédérale - ce qui ne peut être d'emblée exclu, comme le soulignent à juste titre les recourants - cette dernière devra faire application des art. 27 et 28 PA. Ses décisions incidentes sur la consultation des actes et des pièces figurant au dossier pourront, le cas échéant, faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral. En outre, la reconnaissance de la qualité de partie de la Fédération suisse des casinos ne provoque pas à elle seule un dommage de pur fait et ne modifie pas l'objet du litige contrairement à ce que soutiennent les recourants à cet égard.
Enfin, l'admission du recours contre la décision incidente du 21 décembre 2006 ne permettrait pas non plus de conduire immédiatement à une décision finale (cf. ci-dessus consid. 2.3).
Par conséquent en déclarant irrecevables les recours du 19 janvier 2007 dirigés contre la décision incidente rendue le 21 décembre 2006 par la Commission fédérale, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé l'<ref-law>.
4. Dans ces conditions, il n'est pas nécessaire d'examiner le bien-fondé des griefs des recourants tendant à démontrer que la Fédération suisse des casinos n'était ni destinataire de la décision sur le statut des appareils en cause ni touchée directement, qu'elle n'est pas en rapport de concurrence avec eux et enfin qu'elle n'est pas non plus représentative de la majorité de ses membres. Il ne s'impose pas non plus d'examiner si la Commission fédérale a violé le principe ne ultra petita en reconnaissant la qualité de partie à la Fédération suisse des casinos par décision du 21 décembre 2006.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet des recours 2C_86/2008 et 2C_87/2008 dans la mesure où il sont recevables.
Succombant, la Loterie Romande et les cantons doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 et 4 LTF). La Loterie Romande et les cantons verseront solidairement entre eux une indemnité de dépens à La Fédération suisse des casinos, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'une mandataire professionnelle (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_86/2008 et 2C_87/2008 sont jointes.
2. Les recours 2C_86/2008 et 2C_87/2008 sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourants, soit 2'500 fr. à charge de la Société de la Loterie de la Suisse Romande et 2'500 fr. à charge des cantons de Zurich, Berne, Lucerne, Uri, Schwyz, Obwald, Nidwald, Glaris, Zoug, Fribourg, Soleure, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Shaffhouse, Appenzell Rhodes-Exterieures, Appenzell Rhodes-Interieures, St-Gall, Grisons, Argovie, Thurgovie, Tessin, Vaud, Valais, Neuchâtel, Genève et Jura, solidairement entre eux.
4. La Société de la Loterie de la Suisse Romande et les cantons de Zurich, Berne, Lucerne, Uri, Schwyz, Obwald, Nidwald, Glaris, Zoug, Fribourg, Soleure, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Shaffhouse, Appenzell Rhodes-Extérieures, Appenzell Rhodes-Intérieures, St-Gall, Grisons, Argovie, Thurgovie, Tessin, Vaud, Valais, Neuchâtel, Genève et Jura verseront solidairement entre eux une indemnité de dépens de 5'000 fr. à la Fédération suisse des casinos.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Fédération suisse des casinos, à la Commission fédérale des maisons de jeux et au Tribunal administratif fédéral, Cour II.
Lausanne, le 23 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey