Sachverhalt:
A. Mit Eingabe vom 16. November 2010 erhob K._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) beim Bezirksgericht Weinfelden Klage gegen I._ (Beklagter, Beschwerdeführer) und beantragte im Wesentlichen, der Beklagte sei zur Zahlung von insgesamt rund Fr. 145'000.-- zu verurteilen. Der Beklagte ersuchte am 2. März 2011 um Kautionierung der Klägerin.
B. B.a Mit Entscheid vom 4. April 2011 setzte der Einzelrichter des Bezirksgerichts Weinfelden der Klägerin eine einmal erstreckbare Frist bis am 29. April 2011, um für die Parteientschädigung eine Kaution von Fr. 10'250.-- zu leisten. Eine spätere Erhöhung der Kaution wurde vorbehalten.
B.b Gegen diesen Entscheid erhob die Klägerin Rekurs beim Obergericht des Kantons Thurgau und beantragte die Aufhebung der Kaution. Mit Entscheid vom 13. Juli 2011 schützte das Obergericht des Kantons Thurgau den Rekurs teilweise und reduzierte die Kaution auf Fr. 300.--. Zur Begründung führte das Obergericht aus, der Beklagte trete in eigener Sache auf und eine allfällige Parteientschädigung werde daher bloss in einer Umtriebsentschädigung bestehen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 29. September 2011 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau sei aufzuheben und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, einstweilen eine Kaution von Fr. 10'250.-- zu bezahlen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; <ref-ruling> E. 1).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>).
1.2 Der angefochtene Beschluss des Obergerichts ist ein Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Da die Gutheissung der Beschwerde keinen Endentscheid in der Sache herbeiführen könnte (<ref-law>), ist die Beschwerde gegen den angefochtenen Entscheid nur unter der Voraussetzung zulässig, dass dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>). Ein Nachteil im Sinne dieser Bestimmung muss konkreter rechtlicher Natur sein, er muss mithin auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nachträglich nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden können (<ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen).
1.3 Die Sicherstellung der Parteientschädigung soll verhindern, dass die Durchsetzung einer im Falle des Obsiegens zugesprochenen Entschädigung an der Insolvenz der Gegenpartei scheitert. Der Beschwerdeführer bringt denn auch vor, er riskiere, dass eine ihm allenfalls zugesprochene Entschädigung aufgrund der finanziellen Verhältnisse der Beschwerdegegnerin ungedeckt bleiben könnte. Darin kann grundsätzlich ein Nachteil im Sinne von <ref-law> gesehen werden. Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe § 78 Abs. 1 der hier noch massgebenden ZPO/TG willkürlich angewendet. Nach dieser Bestimmung wird der Betrag der Sicherstellung nach summarischer Prüfung der Verhältnisse festgesetzt und kann im Laufe des weiteren Verfahrens erhöht oder herabgesetzt werden. Der Beschwerdeführer bringt vor, das Obergericht habe nicht beachtet, dass er schon in seinem Kautionsbegehren vom 2. März 2011 darauf hingewiesen habe, er möchte einen Anwalt mit der Wahrung seiner Interessen betrauen. Dies setze aber voraus, dass die von der Beschwerdegegnerin allenfalls zu leistende Entschädigung am Ende auch tatsächlich beglichen werde. Das Obergericht habe Sinn und Zweck der Kaution verkannt, wonach damit die voraussichtlichen Kosten des gesamten Verfahrens gedeckt und die Gefahr der Uneinbringlichkeit beseitigt werden solle. Wenn er nun einen Anwalt mit der Vertretung im Hauptprozess beauftrage, so werde ihm weiterhin das Risiko der Uneinbringlichkeit einer Parteientschädigung nach Anwaltstarif überlassen. Daran ändere auch die Möglichkeit der Heraufsetzung der Kaution nichts, da ihm entgegengehalten werden könnte, es handle sich bei den Anwaltskosten um ursprünglich erwartete Kosten.
2.1 Die Vorinstanz hat die Kaution auf Fr. 300.-- herabgesetzt. Zur Begründung wurde ausgeführt, die Sicherstellung habe sämtliche, allenfalls bereits entstandene, aber noch nicht gerichtlich auferlegte Kosten und Entschädigungen abzudecken. Bei der Bemessung der Kaution sei der allgemeine Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu berücksichtigen. Da der Beschwerdeführer in eigener Sache auftrete und nicht anwaltlich vertreten sei, werde die Parteientschädigung nicht gestützt auf die Bestimmungen des Anwaltstarifs zu berechnen sein, sondern sie werde die wirklichen Bemühungen des Beschwerdeführers zu decken haben, wobei der objektiv notwendige Aufwand massgebend sei. Die Umtriebsentschädigung schätzte die Vorinstanz ermessensweise auf Fr. 300.-- und setzte die Kaution entsprechend herab.
2.2 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Praxis nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint. Willkür in der Rechtsanwendung liegt nur vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft; dabei ist erforderlich, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; je mit Hinweisen).
2.3 Davon kann vorliegend nicht die Rede sein. Es ist weder in der Beschwerde dargetan noch erkennbar, inwiefern sachlich nicht vertretbar sein sollte, auf die aktuelle Situation der Gegenpartei abzustellen und mutmassliche Anwaltskosten bei der gesetzlich vorgeschriebenen summarischen Prüfung der Verhältnisse nur dann zu berücksichtigen, wenn tatsächlich ein Anwalt die Vertretung der gesuchstellenden Partei übernommen hat. Dass allenfalls ebenfalls vertretbar gewesen wäre, die blosse Absicht des Beizugs eines Anwalts genügen zu lassen, vermag jedenfalls keine Willkür auszuweisen.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist hingegen nicht geschuldet, da bei der Beschwerdegegnerin keine Vernehmlassung eingeholt wurde (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. November 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier