Faits:
A. A.a A._, née en 1961, a été mise au bénéfice d'une rente entière d'invalidité à partir du 1er janvier 1999, en raison notamment d'une obésité morbide ayant entraîné la pose d'un bypass gastrique (décision du 15 octobre 1999). A l'issue d'une procédure de révision, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après; l'office AI) a informé l'assurée que son droit à une rente était maintenu (communication du 14 mars 2001).
A.b Initiant une nouvelle procédure de révision, en mai 2004, l'office AI a recueilli divers avis médicaux, dont il ressort, entre autres circonstances, que l'intéressée a subi plusieurs interventions chirurgicales (résection d'un mètre d'intestin grêle, colpomyorraphie postérieure étendue et colposuspension). Il a également soumis A._ à un examen rhumatologique auprès de son Service médical régional (SMR), où le docteur G._ a fait état d'une amélioration de l'état de santé depuis novembre 2004 et conclu à une capacité de travail de 70% dans l'activité habituelle (de lingère-repasseuse) et de 100% dans une activité adaptée (rapport du 4 août 2005). Fort de ces conclusions, l'office AI a rendu une décision, le 1er septembre 2005, par laquelle il a supprimé la rente d'invalidité à partir du 1er novembre suivant, au motif que le degré d'invalidité présenté par l'intéressée (1,2%) était insuffisant pour le maintien de la prestation.
A._ s'étant opposée à cette décision, l'office AI a procédé à des mesures d'instructions complémentaires, notamment en chargeant la doctoresse J._ d'une expertise en gynécologie (cf. rapport du 25 janvier 2007) et le docteur V._ d'une expertise en médecine interne. Dans son rapport du 7 septembre 2007, celui-ci a indiqué, au titre de diagnostics ayant une répercussion sur la capacité de travail, une périarthrite de hanche bilatérale, des rachialgies non spécifiques et des gonalgies bilatérales. En revanche, l'obésité et ses suites, ainsi que les complications de la chirurgie malabsorptive ne déterminaient pas de handicap significatif dans la vie professionnelle. Selon le médecin, les limitations fonctionnelles étaient essentiellement d'ordre rhumatologique, mais un accès facilité aux lieux d'aisance devait être assuré en raison des diarrhées dont souffrait l'assurée. Celle-ci disposait par ailleurs d'une capacité de travail de 100% dans une activité adaptée, tenant compte des limitations décrites. En avril 2008, A._ a subi une nouvelle hospitalisation. Par décision sur opposition du 4 juillet 2008, l'office AI a rejeté l'opposition de l'assurée, mais reconnu le droit à une aide au placement (sur demande écrite et motivée).
B. Celle-ci a déféré la décision sur opposition au Tribunal cantonal des assurances de la République et canton de Genève, qui l'a déboutée par jugement du 11 novembre 2008.
C. A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Sous suite de dépens, elle conclut en substance à la reconnaissance de son droit à une rente entière d'invalidité au-delà du mois de novembre 2005.
Tant l'office AI que son autorité de surveillance ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 sv. LTF. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation des faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.2 Les constatations de la juridiction cantonale sur l'atteinte à la santé (diagnostic, pronostic, etc.), l'évaluation de la capacité de travail (résiduelle) et l'exigibilité, ainsi que le point de savoir si l'état de santé ou la capacité de travail, respectivement l'incapacité de travail de l'assuré s'est modifiée d'une manière déterminante sous l'angle de la révision au cours d'une certaine période (arrêt 9C_270/2008 du 12 août 2008 consid. 2.2), sont en principe des questions de fait (<ref-ruling> consid. 3 p. 397).
1.3 Après l'échéance du délai de recours, la recourante a produit un certificat médical de son médecin traitant, la doctoresse B._, daté du 23 mars 2009. Il s'agit d'une preuve nouvelle au sens de l'art. 99 al. 1 LTF qui n'est pas recevable: établie postérieurement au jugement entrepris, elle ne peut par définition "résulter" du jugement entrepris (MEYER, in Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, ad art. 99 LTF, n. 43 p. 979).
2. Le litige porte sur la suppression, à partir du 1er novembre 2005, du droit de la recourante à la rente entière d'invalidité qui lui a été allouée depuis le 1er janvier 1999, par la voie de la révision. Le jugement entrepris expose correctement les règles légales et jurisprudentielles y relatives, de même que la jurisprudence sur le principe de la libre appréciation des preuves et la valeur probante des rapports médicaux. Il suffit donc d'y renvoyer.
3. Examinant l'évolution de la situation médicale de la recourante depuis 2001 (date à laquelle l'intimé s'est prononcé sur le droit à la rente après un examen matériel de celui-ci [<ref-ruling> consid. 5 p. 110]), la juridiction cantonale a constaté que si, à l'époque, la recourante présentait encore une incapacité totale de travail (cf. rapport de la doctoresse B._ du 22 février 2001), il n'en allait plus de même en 2005. Il ressortait en effet des expertises gynécologique (de la doctoresse J._), rhumatologique (du docteur G._) et en médecine interne (du docteur V._) - auxquelles elle a attribué pleine valeur probante - que l'assurée disposait depuis le mois de novembre 2004 d'une capacité de travail de 70% dans l'activité de lingère-repasseuse et de 100% dans une activité adaptée. En fonction de la modification notable de la capacité de travail ainsi constatée, les premiers juges ont confirmé le taux d'invalidité de 1,2% fixé par l'intimé et conclu, en conséquence, que le droit de la recourante à une rente d'invalidité devait être supprimé.
4. Les considérations développées par la recourante à l'appui de son écriture ne sont pas de nature à faire apparaître l'état de fait retenu par les premiers juges comme étant manifestement inexact ou incomplet, ni leur appréciation des faits comme arbitraire.
4.1 Tout d'abord, les critiques formulées à l'égard des trois expertises sur lesquelles s'est fondée l'autorité de recours de première instance sont dénuées de pertinence. Comme l'ont souligné à juste titre les premiers juges, les rapports des docteurs G._, J._ et V._ remplissent chacun les exigences auxquelles la jurisprudence soumet la valeur probante de tels documents. En particulier, contrairement à ce que prétend la recourante, les éléments et plaintes dont elle a fait état (opérations subies, douleurs, fatigue, fréquence des visites aux lieux d'aisance) ont été pris en compte par le médecin du SMR, qui s'est également référé aux diagnostics de cystocèle et rectocèle qu'elle invoque (cf. parties "anamnèse actuelle générale", "dossier radiologique" et "appréciation du cas" du rapport du 4 août 2005). Quant au reproche selon lequel les conclusions de la doctoresse J._ seraient hâtives, parce que le médecin aurait retenu l'absence d'une atteinte à la santé, qui est ensuite survenue moins de six mois après son expertise (fortes diarrhées et fissures anales), il est dénué de fondement. L'experte s'est en effet prononcée sur la base des données et renseignements recueillis au jour de son examen, sans qu'on puisse évidemment lui reprocher de n'avoir pas tenu compte d'un événement postérieur. Par ailleurs, comme la doctoresse J._ a été chargée d'une expertise gynécologique, son rapport se limite à traiter des aspects déterminants dans ce domaine de spécialisation, sans qu'il apparaisse pour autant incomplet au motif qu'il ne traite pas des éléments mentionnés par la recourante et qui sont étrangers à la problématique gynécologique. Enfin, les juges cantonaux ont dûment répondu aux objections de la recourante à l'encontre du rapport du docteur V._, de sorte qu'on peut renvoyer à leurs considérations y relatives. A leur instar, on soulignera que le fait que l'expert ne se réfère pas aux certificats médicaux de la doctoresse B._ ne suffit pas à considérer son rapport comme "partial" et "dirigé". ll a en effet indiqué l'ensemble des antécédents médicaux déterminants en se fondant sur les rapports des spécialistes que l'assurée avait consultés précédemment (par exemple, avis des docteurs M._, U._ ou encore R._).
4.2 En second lieu, c'est en vain que la recourante invoque une appréciation manifestement incomplète et arbitraire des faits en énumérant divers rapports médicaux et autres éléments dont la juridiction cantonale n'aurait à tort pas tenu compte. Ses critiques se limitent en effet à faire mention des circonstances omises selon elle par l'autorité cantonale de recours, sans expliquer en quoi celles-ci seraient susceptibles de remettre en cause les constatations et l'appréciation des premiers juges et, partant, d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF). Faute de motivation, on ne voit ainsi pas en quoi l'absence d'indication de faits tels qu'une carence martiale sévère - du reste traitée (cf. rapport du docteur S._ du 6 mai 2003) -, l'insuffisance de la perte de poids (ayant conduit à une intervention chirurgicale) ou le refus, par l'intimé, de faire suite à la demande de récusation des médecins du SMR (courrier du 9 octobre 2006) serait déterminante en l'espèce et relèverait de l'arbitraire. En tout état de cause, les pièces médicales mentionnées par la recourante ont dans une très large mesure été reprises (notamment) par l'expert V._, qui a dûment fait état des antécédents médicaux de l'assurée, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'écarter de ses conclusions, reprises par l'autorité cantonale de recours.
Par ailleurs, la recourante n'avance aucun argument qui permettrait d'expliquer en quoi l'appréciation de la doctoresse B._ serait objectivement mieux fondée que celle des trois experts aux conclusions desquelles la juridiction cantonale a donné la préférence. Quoi qu'en dise la recourante, s'il a conclu à une incapacité de travail totale de sa patiente, le médecin traitant n'a toutefois mis en évidence aucun élément qui aurait été ignoré dans le cadre des trois expertises mises en commun. A ce sujet, la doctoresse B._ a du reste précisé (dans un avis du 7 novembre 2007) qu'elle avait pris connaissance des rapports d'expertise des docteurs J._ et V._ et n'avait pas de "contestation notable objective à y apporter".
4.3 En conséquence de ce qui précède, il n'y a pas lieu de s'écarter des faits retenus par la juridiction cantonale, ni de l'appréciation qu'elle en a faite. Tout au plus, pourrait-on se demander si la limitation indiquée par le docteur V._ en plus des restrictions ostéo-articulaires (accès facilité aux lieux d'aisance), liée à la fréquence des diarrhées, n'aurait pas dû être prise en considération au titre d'une diminution de rendement. Toutefois, même en tenant compte d'une limitation du rendement de 10 à 15%, le degré d'incapacité de gain résultant de la comparaison des revenus déterminants - tels que constatés par la juridiction cantonale à la suite de l'intimé - ne serait pas suffisant pour nier une modification notable du taux d'invalidité au sens de l'art. 17 LPGA et maintenir le droit de la recourante à une rente d'invalidité.
5. Mal fondé, le recours doit être rejeté. Vu l'issue du litige, les frais de justice seront supportés par la recourante (art. 66 al. 1 en corrélation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF), qui ne peut prétendre de dépens (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 14 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Moser-Szeless