Faits:
A. A.a G._, née en 1971, a travaillé jusqu'en 2003 pour le compte de X._, d'abord à plein temps comme "cheffe de team" au sein de la direction régionale Y._, puis à 50 % comme employée de commerce au sein de l'agence générale Z._. Souffrant d'une affection psychique sous la forme d'un trouble affectif bipolaire en phase dépressive, elle a bénéficié durant la période courant du 1er juillet 1999 au 30 avril 2000 et depuis le 1er octobre 2000 d'une demi-rente de l'assurance-invalidité (décision du 20 juin 2001, confirmée après révision le 3 juin 2002).
A.b Au mois d'octobre 2005, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Neuchâtel (ci-après: l'office AI) a initié une procédure de révision de la rente d'invalidité. Dans le cadre de cette procédure, il a confié à la doctoresse M._ la réalisation d'une expertise psychiatrique. Dans son rapport du 25 avril 2006, ce médecin a retenu les diagnostics de personnalité anxieuse (évitante) présente depuis l'adolescence, mal compensée depuis octobre 1997, et de trouble affectif bipolaire, actuellement en rémission, présent depuis 1997, en rémission depuis 2004. L'assurée présentait de discrètes limitations quantitatives en lien avec les affections précitées; la capacité de travail était d'au moins 70 % dans l'activité d'employée de commerce exercée jusqu'alors et de 80 % dans une activité simple. Se fondant sur les constatations de cette expertise, l'office AI a, par décision du 29 octobre 2007, supprimé la demi-rente d'invalidité versée à l'assurée avec effet au premier jour du deuxième mois suivant la notification de la décision.
B. B.a Par jugement du 17 septembre 2009, le Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel, Cour des assurances sociales (aujourd'hui: le Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public) a rejeté le recours formé par l'assurée contre cette décision.
B.b Le Tribunal fédéral a admis le recours interjeté par l'assurée, annulé le jugement attaqué et renvoyé la cause à la juridiction cantonale pour complément d'instruction sur les éléments de la comparaison des revenus et nouveau jugement. Constatant que l'assurée n'était plus en mesure de reprendre l'activité qui était la sienne avant la survenance de l'atteinte à la santé ("cheffe de team"), il a considéré que les premiers juges s'étaient trompés en procédant à une comparaison en pour-cent pour évaluer le degré d'invalidité de l'assurée (arrêt 9C_900/2009 du 27 avril 2010).
B.c Reprenant l'instruction de ce dossier, la juridiction cantonale a adressé à X._ plusieurs questions relatives aux salaires que l'assurée aurait perçus en 2007 si elle avait continué à exercer l'une ou l'autre de ses anciennes activités au sein de cette entreprise. Par jugement du 29 novembre 2011, le Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a une nouvelle fois rejeté le recours de l'assurée.
C. G._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut, d'une part, à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité et, d'autre part, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement sur les frais et les dépens.
L'office AI et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. Comme lors de la procédure précédente, est uniquement litigieux le degré d'invalidité présenté par la recourante, la capacité de travail exigible fixée à 70 % dans l'ancienne activité d'employée de commerce n'étant pas remise en cause.
2.1 La juridiction cantonale a évalué le degré d'invalidité de la recourante en appliquant la méthode ordinaire de comparaison des revenus. Au titre de revenu sans invalidité, elle a retenu le montant de 93'380 fr. en se fondant sur le salaire que la recourante aurait réalisé en 2007 en qualité de "cheffe de team" au sein de X._. Au titre de revenu d'invalide, elle a pris en considération le salaire qu'elle aurait pu réaliser en 2007 en qualité d'employée de commerce si elle avait continué à travailler chez X._, soit 58'485 fr. (70 % de 83'550 fr.). La comparaison de ces deux revenus donnait un taux d'invalidité de 37 %, insuffisant pour le maintien du droit à la demi-rente d'invalidité.
2.2 La recourante reproche en substance à la juridiction cantonale d'avoir procédé à une constatation manifestement inexacte des faits pertinents consécutive à une mauvaise appréciation des preuves. Le revenu de cadre allégué (6'800 fr. par mois, 92'380 fr. par année avec 13ème salaire et gratification) serait calqué sur une progression linéaire d'un revenu d'employée de commerce qui ne tiendrait pas compte des spécificités et responsabilité liées à ce poste, des possibilités de promotion, de la progression qui aurait été celle de son salaire, de la gratification annuelle réelle d'un cadre et d'éventuels bonus, ainsi que des indemnités en remboursement de frais qu'elle aurait continué à percevoir. Comme cadre avec dix ans d'expérience, elle aurait pu espérer réaliser en 2007, un revenu global qui pouvait être estimé à 100'000 fr. Le revenu d'employée de commerce allégué (6'150 fr. par mois, 83'550 fr. avec 13ème salaire et gratification. 58'485 fr. pour un 70 %) n'était pas non plus raisonnablement réalisable pour un poste sans responsabilité et occupé par une personne partiellement handicapée. Il s'écartait très largement du montant calculé par l'office AI sur la base de l'Enquête suisse sur la structure des salaires éditée par l'Office fédéral de la statistique, soit 42'969 fr. pour un 70 %, ce qui démontrait qu'il ne correspondait pas à la réalité économique du marché du travail. C'est donc à ce dernier chiffre qu'il convenait de se référer. La comparaison de ces deux revenus (100'000 fr. et 42'969 fr.) donnait un taux d'invalidité de 57 %, qui ouvrait droit à une demi-rente d'invalidité.
3. 3.1 Chez les assurés actifs, le degré d'invalidité doit être déterminé sur la base d'une comparaison des revenus. Pour cela, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (art. 28a al. 1 LAI en corrélation avec l'art. 16 LPGA). La comparaison des revenus s'effectue, en règle générale, en chiffrant aussi exactement que possible les montants de ces deux revenus et en les confrontant l'un avec l'autre, la différence permettant de calculer le taux d'invalidité.
3.2 En règle générale, le revenu hypothétique de la personne valide se détermine en établissant au degré de la vraisemblance prépondérante ce qu'elle aurait effectivement pu réaliser au moment déterminant si elle était en bonne santé. Le revenu sans invalidité doit être évalué de la manière la plus concrète possible; c'est pourquoi il se déduit en principe du salaire réalisé en dernier lieu par l'assuré avant l'atteinte à la santé, en tenant compte de l'évolution des salaires jusqu'au moment de la naissance du droit à la rente (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 224 et la référence).
3.3 Le revenu d'invalide doit être évalué avant tout en fonction de la situation professionnelle concrète de la personne assurée. Lorsque l'activité exercée après la survenance de l'atteinte à la santé repose sur des rapports de travail particulièrement stables, qu'elle met pleinement en valeur la capacité de travail résiduelle exigible et que le gain obtenu correspond au travail effectivement fourni et ne contient pas d'éléments de salaire social, c'est le revenu effectivement réalisé qui doit être pris en compte pour fixer le revenu d'invalide. En l'absence d'un revenu effectivement réalisé - soit lorsque la personne assurée, après la survenance de l'atteinte à la santé, n'a pas repris d'activité lucrative ou alors aucune activité normalement exigible -, le revenu d'invalide peut être évalué sur la base de salaires fondés sur les données statistiques résultant de l'Enquête suisse sur la structure des salaires (ESS) ou sur les données salariales résultant des descriptions de postes de travail établies par la CNA (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 475).
4. 4.1 S'agissant du revenu sans invalidité, c'est à juste titre que les premiers juges ne se sont pas écartés des chiffres indiqués par l'ancien employeur de la recourante. C'est en vain que cette dernière allègue que sa carrière professionnelle aurait connu une évolution favorable. Selon la jurisprudence, des possibilités théoriques de développement professionnel ou d'avancement ne doivent être prises en considération que lorsqu'il est très vraisemblable qu'elles seraient advenues. Il convient d'exiger la preuve d'indices concrets que la personne assurée aurait obtenu dans les faits un avancement ou une augmentation corrélative de ses revenus, si elle n'était pas devenue invalide. Des indices concrets en faveur de l'évolution de la carrière professionnelle doivent exister, par exemple, lorsque l'employeur a laissé entrevoir une telle perspective d'avancement ou a donné des assurances en ce sens (arrêt B 80/01 du 17 octobre 2003 consid. 5.2.2 et les références, in REAS 2004 p. 239). En l'espèce, il n'existe aucun indice concret que la recourante aurait progressé dans la hiérarchie de l'entreprise et atteint, à brève ou moyenne échéance, un niveau supérieur au groupe de fonctions 4 dans lequel elle était classée. Dans ces conditions, il n'y avait pas lieu de s'écarter du salaire indiqué pour 2007 par l'employeur pour ce groupe de fonctions (88'400 fr.) et le montant de la gratification prise en considération (5 % du 90 % du salaire annuel, y compris le 13ème salaire, soit 3'980 fr.). C'est par ailleurs à juste titre que la juridiction cantonale n'a pas tenu compte du montant versé mensuellement à la recourante au titre de remboursement de frais (250 fr.), dès lors que ces frais ne faisaient pas partie, au vu des certificats de salaire remis par la recourante, du salaire soumis à cotisations et, partant, du revenu sans invalidité (arrêt I 923/05 du 30 mai 2006 consid. 2.1).
4.2 En revanche, en se fondant sur le salaire que la recourante aurait pu obtenir auprès de son ancien employeur pour fixer le revenu d'invalide, la juridiction cantonale a violé le droit fédéral. Outre que la recourante n'exerce depuis 2004 plus aucune activité au sein de cette entreprise, le salaire en question est nécessairement empreint des avantages acquis tout au long de sa carrière au sein de cette entreprise, avantages qu'elle ne peut guère escompter retrouver auprès d'un nouvel employeur. Malgré ce constat, il convient, par économie de procédure, de renoncer à renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision conforme au droit fédéral et de procéder d'office à la correction du vice. Compte tenu de ce qui précède, il se justifie de se référer aux données statistiques résultant de l'Enquête suisse sur la structure des salaires (ESS). Eu égard au caractère transversal de l'activité d'employée de commerce exigible de la part de la recourante, le recours aux données établies selon le domaine d'activité (TA7) semble plus approprié que le recours aux données établies selon les branches économiques (TA1). Dans ces conditions, le salaire de référence se montait en 2006 à 5'675 fr. par mois (Enquête suisse sur la structure des salaires 2006, [ESS], p. 29, TA7, chapitre 22 [secrétariat, travaux de chancellerie, backoffice], niveau de qualification 3 [eu égard à l'expérience précédemment acquise]). Comme les salaires bruts standardisés tiennent compte d'un horaire de travail de quarante heures, soit une durée hebdomadaire inférieure à la moyenne usuelle dans les entreprises en 2006 (41,7 heures; La Vie économique, 11/2011, p. 94, B 9.2), ce montant doit être porté à 5'916 fr. Après adaptation de ce chiffre à l'évolution des salaires selon l'indice des salaires nominaux pour les femmes de l'année 2007 (+ 1,5 %; La Vie économique, 11/2011, p. 95, B 10.3), on obtient un revenu mensuel de 6'005 fr. et annuel de 72'060 fr. Compte tenu d'une capacité résiduelle de travail de 70 %, il convient de fixer le revenu d'invalide à 50'442 fr. Il n'y a pas lieu de tenir compte en l'espèce d'un facteur de réduction sur le salaire statistique. Un tel abattement n'est pas automatique, mais est justifié dans les cas où il existe des indices suffisants pour admettre qu'en raison de différents facteurs (par exemple, limitations liées au handicap, âge, années de service) la personne assurée ne peut mettre à profit sa capacité de travail (résiduelle) sur le plan économique que dans une mesure inférieure à la moyenne (<ref-ruling> consid. 5b/aa p. 79), ce qui n'est pas le cas en l'espèce.
4.3 La comparaison d'un revenu sans invalidité de 93'380 fr. avec un revenu d'invalide de 50'442 fr. aboutit à un degré d'invalidité de 46 %, taux insuffisant pour conclure au maintien du droit à la demi-rente d'invalidité, mais néanmoins suffisant pour garantir le droit à un quart de rente d'invalidité.
5. 5.1 Vu ce qui précède, le recours doit être partiellement admis et le jugement attaqué ainsi que la décision administrative du 29 octobre 2007 réformés, en ce sens que la recourante a droit à un quart de rente d'invalidité à partir du 1er décembre 2007 (art. 88bis al. 2 let. a RAI).
5.2 La recourante n'obtenant que partiellement gain de cause, les frais judiciaires sont répartis à parts égales entre elle et l'intimé (art. 66 al. 1 LTF). Elle a en outre droit à une indemnité de dépens réduite à la charge de l'intimé (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
5.3 Il n'est pas utile d'entrer en matière sur le second grief de la recourante relatif à la fixation des frais et dépens de la procédure cantonale, dès lors que le Tribunal fédéral peut renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale eu égard à l'issue du litige en procédure fédérale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Le jugement du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, du 29 novembre 2011 et la décision de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Neuchâtel du 29 octobre 2007 sont réformés, en ce sens que G._ a droit à un quart de rente d'invalidité à partir du 1er décembre 2007. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis pour 250 fr. à la charge de la recourante et pour 250 fr. à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante la somme de 1'400 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 27 juin 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Piguet