Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) ordnete am 1. November 2007 an, dass die Steinhalden AG (SAG) wegen unerlaubten Effektenhandels aufsichtsrechtlich zu liquidieren sei. Das Bundesgericht bestätigte diesen Entscheid am 22. September 2009. Es ging davon aus, dass die Steinhalden AG zwar ein Geschäftshaus von 5'000 m2 halte und sie nicht selber illegal als Emissionshaus tätig geworden sei, doch habe sie Teil einer entsprechend auftretenden Gruppe um die AFT Allgemeine Finanztreuhand AG gebildet. Ihre Immobilienverwaltung sei aufsichtsrechtlich eine untergeordnete Tätigkeit, welche weder dem Einbezug in die bewilligungspflichtige Gruppe noch ihrer aufsichtsrechtlichen Liquidation entgegenstehe (<ref-ruling> E. 6).
B. B.a Am 16. Oktober 2009 ersuchten X._ und seine Ehefrau A._ als Aktionäre der SAG (in aufsichtsrechtlicher Liquidation) die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) darum, die Liquidation der SAG mittels einer Absorption durch die Biological AG zu vollziehen. Die FINMA schloss am 26. April 2010 ein solches Vorgehen nicht aus, wenn vorgängig die offenen und fälligen Forderungen beglichen und die Interessen sämtlicher weiterer Gläubiger sichergestellt würden. Sie erwartete zu diesem Zweck bis Ende Mai 2010 einen Zahlungseingang von total Fr. 146'748.14 (bzw. Fr. 189'651.54). Nachdem es bei der Umsetzung der Absorption zu Verzögerungen gekommen war, eröffnete die FINMA am 28. Juni 2010 über die Steinhalden AG ab dem 29. Juni 2010 den aufsichtsrechtlichen Konkurs. Bei der Steinhalden AG in Liquidation stünden Aktiven von rund Fr. 14'420'000.-- Passiven von Fr. 19'994'000.-- gegenüber, womit eine Überschuldung von Fr. 5'574'000.-- bestehe. Entgegen den Vorbringen der Aktionäre lägen keine Hinweise dafür vor, dass die von der Steinhalden AG gehaltene Liegenschaft unter- und die Steuerforderungen überbewertet worden seien.
B.b X._ gelangte als ehemaliges Organ der Steinhalden AG hiergegen erfolglos an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses bejahte am 8. Dezember 2010 zwar seine von der FINMA bestrittene Vertretungsbefugnis, wies die Beschwerde in der Sache selber jedoch ab: Über die Steinhalden AG in Liquidation sei rechtskräftig die aufsichtsrechtliche Liquidation angeordnet worden; ihr sei damit die Fortführung jeglicher Geschäftstätigkeit, auch in fusioniertem Zustand, untersagt. Bezüglich der Überschuldung bestünden keine rechtsgenüglichen Zweifel an der Richtigkeit des vom Untersuchungsbeauftragten eingeholten Gutachtens zum Wert der von der Steinhalden AG in Liquidation gehaltenen Liegenschaft. Die FINMA habe sich bezüglich der Überschuldungseinschätzung insgesamt im Rahmen des ihr zustehenden "technischen" Ermessens gehalten.
C. C.a Die Steinhalden AG in Liquidation ist am 31. Januar 2011 mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 8. Dezember 2010 bzw. die Verfügung der Beschwerdegegnerin vom 28. Juni 2010 betreffend Konkurseröffnung aufzuheben; ihre Liquidation sei durch Fusion, d.h. eine Absorption durch die Biological AG, zu vollziehen; eventuell sei der Liquidator anzuweisen, die Liquidation nach den aktienrechtlichen Bestimmungen (Art. 742 ff. OR) vorzunehmen. Sie sei nicht überschuldet.
C.b Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich zur Beschwerde vernehmen zu lassen. Die FINMA beantragt, auf diese nicht einzutreten, allenfalls sie vollumfänglich abzuweisen; X._ sei persönlich kostenpflichtig zu erklären. Die Ermittlung des Werts der von der Steinhalden AG in Liquidation gehaltenen Liegenschaft sei vorsichtig, aber korrekt erfolgt; die Passiven seien ihrerseits sachgerecht ermittelt worden. Die Steinhalden AG in Liquidation hat am 21. März 2011 an ihren Ausführungen und Anträgen festgehalten.
C.c Der Instruktionsrichter ordnete am 5. Mai 2011 einen zweiten Schriftenwechsel an; gleichzeitig hiess er wiedererwägungsweise das Gesuch um aufschiebende Wirkung bzw. vorsorgliche Massnahmen in dem Sinne gut, als er die FINMA bzw. deren Konkursliquidator anhielt, von Vollstreckungsvorkehrungen abzusehen, die über sichernde Massnahmen hinausgingen und den Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens im Resultat vorwegnähmen.
C.d Die FINMA hielt am 23. Juni 2011 an ihren Anträgen fest und ersuchte darum, die der Beschwerde am 5. Mai 2011 erteilte aufschiebende Wirkung wieder zu entziehen. Eventuell sei eine vom Gericht als angemessen beurteilte Kaution einzuverlangen. Die Steinhalden AG in Liquidation beantragte am 5. Juli 2011, auf den Entscheid vom 5. Mai 2011 nicht zurückzukommen.
C.e Mit Verfügung vom 28. Juli 2011 wies der Instruktionsrichter die verfahrensrechtlichen Anträge der FINMA ab, soweit er darauf eintrat.

Erwägungen:
1.1 1.1.1 Gegen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich der Finanzmarktaufsicht kann grundsätzlich mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden (Art. 82 ff. BGG i.V.m. Art. 31 ff. VGG [SR 173.32]). Das Bundesgericht hat am 22. September 2009 entschieden, dass die noch von der Bankenkommission gegen die Steinhalden AG angeordnete aufsichtsrechtliche Liquidation rechtens sei. Das Urteil ist mit seiner Ausfällung rechtskräftig geworden; dies schliesst die Beschwerdelegitimation der in Liquidation versetzten Beschwerdeführerin gegen die umstrittene Konkurseröffnung entgegen den Einwänden der Finanzmarktaufsicht jedoch nicht aus: Kommt die FINMA (erst) nach Rechtskraft des Liquidationsentscheids zum Schluss, es sei der bankenrechtliche Konkurs zu eröffnen (vgl. hierzu THOMAS BAUER, in: Watter/Vogt/Bauer/Winzeler [Hrsg.], BSK Bankengesetz, 2005, N. 10 zu Art. 33 BankG mit Hinweisen), ist dieser Entscheid gegenüber der aufsichtsrechtlichen Liquidation, die unter Aufsicht der FINMA grundsätzlich nach den gesellschaftsrechtlichen Regeln erfolgt (vgl. Art. 739 ff. OR; <ref-ruling> E. 4.1.3), von eigenständiger Bedeutung. Die Anordnung regelt über die mit der (nachträglichen) Verweigerung der Bewilligung verbundene Liquidationsfolge hinaus, wie dies zu geschehen hat. Die entsprechende Frage bildet nur dann Gegenstand der (ursprünglichen) richterlichen Prüfung, wenn die FINMA die Konkurseröffnung bereits im Unterstellungsentscheid anstelle der (allgemeinen) aufsichtsrechtlichen Liquidation anordnet. Wird eine Überschuldung in einem separaten Konkurserkenntnis festgestellt, ist der betroffene, bereits in (aufsichtsrechtliche) Liquidation versetzte Intermediär berechtigt, das Vorliegen der für die Konkurseröffnung erforderlichen Voraussetzungen gegebenenfalls (noch) richterlich überprüfen zu lassen, selbst wenn der Liquidationsentscheid als solcher - wie hier - bereits getroffen und in Rechtskraft erwachsen ist.
1.1.2 Dies ergibt sich aus der Rechtsweggarantie, wonach jede Person bei Rechtsstreitigkeiten grundsätzlich Anspruch auf Beurteilung durch eine richterliche Behörde hat (Art. 29a BV). Ohne Beschwerdelegitimation der finanzmarktrechtlich bereits rechtskräftig in Liquidation versetzten Gesellschaft bestünde gegen die aufsichtsrechtliche Konkurseröffnung - abweichend vom ordentlichen Konkursverfahren, wo der Gemeinschuldner gegen den Entscheid des Konkursgerichts Beschwerde führen kann (vgl. MAGDALENA RUTZ, Weiterziehung des Konkursdekretes, in: Angst/Cometta/Gasser, Schuldbetreibung und Konkurs im Wandel, 2000, S. 343 ff.) - kein richterlicher Rechtsschutz. Es würde der FINMA damit ermöglicht, erst die aufsichtsrechtliche Liquidation anzuordnen und dann in einem zweiten Schritt den Konkurs zu eröffnen, womit sie diesen bzw. die entsprechenden Voraussetzungen der (verwaltungs-)richterlichen Kontrolle entziehen könnte, ohne dass über die im Bankenkonkurs zulässigen zivil- und SchKG-rechtlichen Rechtswege (vgl. Art. 24 BankG in der Fassung vom 3. Oktober 2003; <ref-ruling> E. 1.1.; BBl 2002 8060 Ziff. 2.2.1.6) ein hinreichender Ausgleich geschaffen würde.
1.1.3 Entgegen der Ansicht der FINMA geht es bei der Konkurseröffnung nach dem Liquidationsentscheid nicht um eine ausschliesslich ihr vorbehaltene Ermessensfrage über die Art der Auflösung, welche dem Liquidationsentscheid inhärent und damit richterlich bereits (mit-)beurteilt wäre (vgl. GIOVANNI BIAGGINI, Kommentar BV, 2007, N 10 zu Art. 29a BV). Der Finanzintermediär in Liquidation bzw. der Gemeinschuldner hat ein eigenständiges, schutzwürdiges Interesse daran, dass die Frage durch ein Gericht geprüft wird, in welchem Verfahren die (rechtskräftige) Liquidation abzuwickeln ist, d.h. ob durch (bankenrechtlichen) Konkurs oder Liquidation nach Obligationenrecht. Das Konkursverfahren ist formstrenger und daher teurer als die Liquidation nach den gesellschaftsrechtlichen Regeln, zudem führt es nicht immer zum höchstmöglichen Erlös für die Aktiven des Gemeinschuldners. Da das Ziel, einen möglichst günstigen Verwertungserlös zu erreichen, trotz der aufsichtsrechtlichen Liquidation nicht ausschliesslich in den Händen der Aufsichtsbehörde bzw. des Konkursliquidators liegt, sondern auch die Gesellschaft selber betrifft (vgl. <ref-ruling> E. 2a), hat diese ein schutzwürdiges, eigenes Interesse daran, die nachträgliche Konkurseröffnung durch die FINMA richterlich überprüfen zu lassen.
1.1.3 Entgegen der Ansicht der FINMA geht es bei der Konkurseröffnung nach dem Liquidationsentscheid nicht um eine ausschliesslich ihr vorbehaltene Ermessensfrage über die Art der Auflösung, welche dem Liquidationsentscheid inhärent und damit richterlich bereits (mit-)beurteilt wäre (vgl. GIOVANNI BIAGGINI, Kommentar BV, 2007, N 10 zu Art. 29a BV). Der Finanzintermediär in Liquidation bzw. der Gemeinschuldner hat ein eigenständiges, schutzwürdiges Interesse daran, dass die Frage durch ein Gericht geprüft wird, in welchem Verfahren die (rechtskräftige) Liquidation abzuwickeln ist, d.h. ob durch (bankenrechtlichen) Konkurs oder Liquidation nach Obligationenrecht. Das Konkursverfahren ist formstrenger und daher teurer als die Liquidation nach den gesellschaftsrechtlichen Regeln, zudem führt es nicht immer zum höchstmöglichen Erlös für die Aktiven des Gemeinschuldners. Da das Ziel, einen möglichst günstigen Verwertungserlös zu erreichen, trotz der aufsichtsrechtlichen Liquidation nicht ausschliesslich in den Händen der Aufsichtsbehörde bzw. des Konkursliquidators liegt, sondern auch die Gesellschaft selber betrifft (vgl. <ref-ruling> E. 2a), hat diese ein schutzwürdiges, eigenes Interesse daran, die nachträgliche Konkurseröffnung durch die FINMA richterlich überprüfen zu lassen.
1.2 1.2.1 Richtig ist, dass der Entzug der Vertretungsbefugnisse der bisherigen Organe mit der Rechtskraft des Liquidationsentscheids definitiv wird, weshalb sie an sich nicht mehr für die in Liquidation versetzte Gesellschaft handeln können. Mit der Vorinstanz ist indessen davon auszugehen, dass die suspendierten Organe befugt sind, wie gegen den Unterstellungs- bzw. Liquidationsentscheid (vgl. <ref-ruling> E. 1.2) auch gegen das nachträgliche Konkurserkenntnis zwar nicht im eigenen Namen, jedoch in jenem der Gesellschaft (in aufsichtsrechtlicher Liquidation) Beschwerde zu führen (vgl. zur Vertretungsbefugnis der Gesellschaft: <ref-ruling> E. 2a S. 35): Die FINMA eröffnet in solchen Fällen den Konkurs auf Antrag des von ihr eingesetzten und überwachten Liquidators; es kann von diesem nicht erwartet werden, dass er deren Entscheid und damit letztlich seinen eigenen Antrag für die Gesellschaft in Liquidation infrage stellt. Zu einer durch die Rechtsweggarantie gebotenen richterlichen Kontrolle des Handelns der FINMA kommt es in dieser Situation nur, wenn den ursprünglichen, nicht mehr zeichnungsberechtigten Organen eine auf diesen Zweck beschränkte Handlungsbefugnis zuerkannt bleibt. Anders zu entscheiden führte im Resultat zu einer Rechtsschutzlücke bzw. zu einer formellen Rechtsverweigerung gegenüber der zu liquidierenden Gesellschaft.
1.2.2 X._ war der bisherige einzelzeichnungsberechtigte Verwaltungsrat der Steinhalden AG; er kann die aufsichtsrechtliche Konkurseröffnung der FINMA vom 28. Juni 2010 und den diese schützenden Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts somit für sie beim Bundesgericht anfechten. Auf die im Namen der Steinhalden AG in Liquidation frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. Die FINMA macht geltend, die Frage der Fusionsabsorption habe nicht Verfahrensgegenstand gebildet, da sie hierüber nicht entschieden habe. Ihr Standpunkt ist überspitzt formalistisch (vgl. hierzu: <ref-ruling> E. 5 S. 253; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9): Gegenstand des Beschwerdeverfahrens kann bilden, was Objekt des erstinstanzlichen Entscheids war oder nach richtiger Gesetzesauslegung hätte sein müssen. Die Beschwerdeführerin hat der FINMA am 16. Oktober 2009 beantragt, die (aufsichtsrechtliche) Liquidation im Rahmen einer Absorptionsfusion zu gestatten. Die Aufsichtsbehörde hat dies am 26. April 2010 nicht ausgeschlossen und gewisse Bedingungen formuliert, unter denen sie der geplanten Fusion zustimmen könnte. Am 18. Juni 2010 wiederholte die Steinhalden AG in Liquidation ihr Gesuch, worauf die FINMA am 28. Juni 2010 den Bankenkonkurs eröffnete, ohne sich zu den Fusionsanträgen weiter zu äussern. Sie wies das entsprechende Gesuch damit implizit ab, auch wenn sie in ihrer Begründung nicht weiter darauf einging. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Problematik zu Recht geprüft. Sie ist auch im vorliegenden Verfahren zu behandeln; es liegt hierin keine unzulässige Erweiterung des Streitgegenstands.
3. 3.1 Das Bundesverwaltungsgericht ging davon aus, dass die vorgeschlagene Absorptionsfusion nach dem bundesgerichtlichen Entscheid vom 22. September 2009 ausgeschlossen sei. Das Urteil erscheine "klar" und biete keinen Raum für eine andere Auslegung. Das Bundesgericht sei davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführerin neben der bewilligungspflichtigen keine eigenständige, technisch klar abgrenzbare und finanzmarktrechtlich unbedenkliche Aktivität ausgeübt habe. Die Fortführung irgendeiner Geschäftstätigkeit sei der Beschwerdeführerin deshalb auch in fusioniertem Zustand verwehrt; sie müsse durch die FINMA liquidiert werden. Weder die Aufsichtsbehörde noch es selber seien befugt, den höchstrichterlichen Entscheid implizit zu widerrufen und der Beschwerdeführerin zu gestatten, sich als übertragende Gesellschaft an einer Fusion zu beteiligen.
3. 3.1 Das Bundesverwaltungsgericht ging davon aus, dass die vorgeschlagene Absorptionsfusion nach dem bundesgerichtlichen Entscheid vom 22. September 2009 ausgeschlossen sei. Das Urteil erscheine "klar" und biete keinen Raum für eine andere Auslegung. Das Bundesgericht sei davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführerin neben der bewilligungspflichtigen keine eigenständige, technisch klar abgrenzbare und finanzmarktrechtlich unbedenkliche Aktivität ausgeübt habe. Die Fortführung irgendeiner Geschäftstätigkeit sei der Beschwerdeführerin deshalb auch in fusioniertem Zustand verwehrt; sie müsse durch die FINMA liquidiert werden. Weder die Aufsichtsbehörde noch es selber seien befugt, den höchstrichterlichen Entscheid implizit zu widerrufen und der Beschwerdeführerin zu gestatten, sich als übertragende Gesellschaft an einer Fusion zu beteiligen.
3.2 Diese Überlegungen sind - entgegen der Kritik der Beschwerdeführerin - nicht zu beanstanden:
3.2.1 Die Frage, was mit einem illegal tätigen Finanzintermediär, dessen Aktivität nicht bewilligt werden kann, zu geschehen hat, ist Teil des Unterstellungs- und nicht des anschliessenden Liquidationsverfahrens. Das Bundesgericht hat festgehalten, dass die finanzmarktrechtlichen Massnahmen verhältnismässig sein müssen; sie sollen nicht über das hinausgehen, was zur Wiederherstellung des gesetzeskonformen Zustands erforderlich ist. Geht eine Gesellschaft sowohl einer bewilligungspflichtigen als auch einer finanzmarktrechtlich unbedenklichen Aktivität nach, ist nur der bewilligungspflichtige Teil zu liquidieren, falls dies technisch möglich und die erlaubte Geschäftstätigkeit von eigenständiger Bedeutung ist (<ref-ruling> E. 3.3). Beim aufsichtsrechtlichen (Unterstellungs-)Entscheid muss sowohl den Interessen der Anleger als auch jenen des Finanzplatzes Rechnung getragen werden. Die schärfste Massnahme - die aufsichtsrechtliche Liquidation - soll Gesellschaften treffen, die vorwiegend von finanzmarktrechtlich illegalen Tätigkeiten leben und Gläubiger gefährden, nicht Unternehmen, die (allenfalls) in punktueller Verkennung finanzmarktrechtlicher Pflichten eine legale Tätigkeit ausüben, soweit ihnen nicht unzweifelhaft nachgewiesen werden kann, dass sie einen wesentlichen Teil eines grösseren bewilligungspflichtigen Ganzen gebildet haben (<ref-ruling> E. 7.3.4). Wo es im Unterstellungsverfahren über eine Anpassung der Organisation oder der Tätigkeit der betroffenen Gesellschaft möglich ist, den gesetzeskonformen Zustand wiederherzustellen, soll auf die aufsichtsrechtliche Liquidation verzichtet werden, weil und soweit dadurch unnötigerweise wirtschaftliche Werte vernichtet werden, welche die Aufsichtsbehörde gerade zu schützen hat (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 und 7.3.3 [in fine]; Urteil 2C_571/2009 vom 5. November 2010 E. 4.1 und 4.5). Hierbei kann auch eine Absorptionsfusion - etwa mit einem finanzmarktrechtlich bewilligten Betrieb - infrage kommen.
3.2.2 Im vorliegenden Fall ist das Unterstellungsverfahren mit der angeordneten aufsichtsrechtlichen Liquidation indessen rechtskräftig abgeschlossen worden. Das Bundesgericht hat den Einwand der damaligen Beschwerdeführerin verworfen, sie sei eine reine Immobiliengesellschaft und könne als solche ohne Liquidation im Rahmen dieser Tätigkeit weitergeführt werden. Von einer Absorptionsfusion war keine Rede; die angeordnete aufsichtsrechtliche Liquidation wurde deshalb geschützt. Auf diese könnte heute - zugunsten einer Absorptionsfusion - nur bei Vorliegen ausserordentlicher (Revisions- bzw. Wiedererwägungs-)Gründe (hinsichtlich der Liquidation) zurückgekommen werden (vgl. Art. 123 BGG), zumal die Fusion einen "liquidationslosen Untergang der übertragenden Gesellschaft" zur Folge hat, was im Widerspruch zum rechtskräftig gewordenen Entscheid im Unterstellungsverfahren stünde (vgl. Art. 3 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung [Fusionsgesetz, FusG; SR 221.301]; AMSTUTZ/MABILLARD, Kommentar Fusionsgesetz, 2008, N. 2 zu Art. 3 FusG; RITA TRIGO TRINDADE, in: Peter/Trigo Trindade [Hrsg.], Commentaire LFus, 2005, N. 7 zu Art. 3 FusG; TSCHÄNI/PAPA, in: Watter/Vogt/Tschäni/Daeniker, BSK Fusionsgesetz, 2005, N. 6 zu Art. 3; VOGEL/HEIZ/BEHNISCH, Kommentar Fusionsgesetz, 2005, N. 3 zu Art. 3 FusG). Die Beschwerdeführerin bringt keine solchen Gründe vor, weshalb auf die aufsichtsrechtliche Liquidation nicht zurückzukommen und diese nicht nachträglich durch eine Absorptionsfusion zu ersetzen ist.
3.2.2 Im vorliegenden Fall ist das Unterstellungsverfahren mit der angeordneten aufsichtsrechtlichen Liquidation indessen rechtskräftig abgeschlossen worden. Das Bundesgericht hat den Einwand der damaligen Beschwerdeführerin verworfen, sie sei eine reine Immobiliengesellschaft und könne als solche ohne Liquidation im Rahmen dieser Tätigkeit weitergeführt werden. Von einer Absorptionsfusion war keine Rede; die angeordnete aufsichtsrechtliche Liquidation wurde deshalb geschützt. Auf diese könnte heute - zugunsten einer Absorptionsfusion - nur bei Vorliegen ausserordentlicher (Revisions- bzw. Wiedererwägungs-)Gründe (hinsichtlich der Liquidation) zurückgekommen werden (vgl. Art. 123 BGG), zumal die Fusion einen "liquidationslosen Untergang der übertragenden Gesellschaft" zur Folge hat, was im Widerspruch zum rechtskräftig gewordenen Entscheid im Unterstellungsverfahren stünde (vgl. Art. 3 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung [Fusionsgesetz, FusG; SR 221.301]; AMSTUTZ/MABILLARD, Kommentar Fusionsgesetz, 2008, N. 2 zu Art. 3 FusG; RITA TRIGO TRINDADE, in: Peter/Trigo Trindade [Hrsg.], Commentaire LFus, 2005, N. 7 zu Art. 3 FusG; TSCHÄNI/PAPA, in: Watter/Vogt/Tschäni/Daeniker, BSK Fusionsgesetz, 2005, N. 6 zu Art. 3; VOGEL/HEIZ/BEHNISCH, Kommentar Fusionsgesetz, 2005, N. 3 zu Art. 3 FusG). Die Beschwerdeführerin bringt keine solchen Gründe vor, weshalb auf die aufsichtsrechtliche Liquidation nicht zurückzukommen und diese nicht nachträglich durch eine Absorptionsfusion zu ersetzen ist.
3.3 3.3.1 Eine Fusionsabsorption wäre im vorliegenden Fall aber auch ohne diese verfahrensrechtliche Besonderheit unzulässig: Nach Art. 5 FusG ist zwar die Fusion einer Gesellschaft in Liquidation nicht ausgeschlossen, wenn mit der Vermögensverteilung noch nicht begonnen wurde und das oberste Leitungs-/Verwaltungsorgan bzw. die Liquidatoren diese Voraussetzung dem Handelsregisteramt gegenüber bestätigen. Die Frage, ob dies auch gilt, wenn die Auflösung der Gesellschaft wie hier richterlich verfügt bzw. bestätigt wurde, ist in der zivilrechtlichen Doktrin umstritten (vgl. MARCEL MEINHARDT, in: BSK Fusionsgesetz, a.a.O., N. 13 zu Art. 5 FusG mit weiteren Hinweisen; RITA TRIGO TRINDADE, in: Commentaire LFus, a.a.O., N. 14 ff. zu Art. 5 FusG; AMSTUTZ/MABILLARD, a.a.O., N. 6 zu Art. 5 FusG). Auf jeden Fall müsste bei einer solchen Fusion finanzmarktrechtlich sichergestellt sein, dass künftig keinerlei relevantes Risiko mehr besteht, dass erneut gesetzeswidrig bewilligungspflichtige Aktivitäten entfaltet werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 mit Hinweisen; KATJA ROTH PELLANDA, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz/Finanzmarktaufsichtsgesetz, N. 27 zu Art. 37 FINMAG).
3.3.2 Dies ist hier nicht der Fall: Der bisherige Verwaltungsrat und Alleinaktionär X._ schlägt die Absorption durch eine wiederum von ihm und seiner Gattin beherrschte Gesellschaft vor, obwohl die unzulässigen Finanzmarktaktivitäten gerade in seinem Firmengeflecht vorgekommen sind. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin ist damit nicht hinreichend gesichert, dass es im Rahmen der übernehmenden Gesellschaft nicht zu einer weiteren bewilligungslosen Tätigkeit bzw. zu neuen Gesetzesverletzungen kommt. In <ref-ruling> ff. E. 6.3.2 hielt das Bundesgericht fest, dass die Organe der AFT und der Steinhalden AG wiederholt versucht hatten, die Ermittlungen zu erschweren bzw. den Zugang zu den verschiedenen Unterlagen ihrer Geschäftstätigkeit zu vereiteln (Verschweigen von Verschlüsselungskoden, Konten, Archivräumlichkeiten sowie Erteilung widersprüchlicher Auskünfte). Unter diesen Umständen bestünde kein Anlass, einer Absorptionsfusion zwischen den beiden Firmen von X._ zuzustimmen, auch wenn dadurch - wie die Beschwerdeführerin geltend macht - massive Steuereinsparungen möglich wären und die Aktionäre (bzw. die Mieterin) eine Fusionslösung vorzögen.
4. Zu prüfen bleibt, ob die FINMA zu Recht davon ausgegangen ist, die Steinhalden AG in Liquidation sei überschuldet oder habe ernsthafte Liquiditätsprobleme, weshalb (nachträglich) der Bankenkonkurs anzuordnen sei, was die Beschwerdeführerin bestreitet.
4. Zu prüfen bleibt, ob die FINMA zu Recht davon ausgegangen ist, die Steinhalden AG in Liquidation sei überschuldet oder habe ernsthafte Liquiditätsprobleme, weshalb (nachträglich) der Bankenkonkurs anzuordnen sei, was die Beschwerdeführerin bestreitet.
4.1 4.1.1 Eine Überschuldung liegt vor, wenn die Zwischenbilanz ergibt, dass die Forderungen der Gesellschaftsgläubiger weder zu Fortführungs- noch zu Veräusserungswerten gedeckt sind (<ref-ruling> E. 4.3). Im Rahmen der Finanzmarktaufsicht ist der Nachweis einer formellen Überschuldung nicht nötig. Das Vorliegen vernünftiger, nachvollziehbarer Umstände, die auf eine bestehende oder unmittelbar bevorstehende Überschuldung schliessen lassen, genügt hierfür. Ernsthafte Liquiditätsprobleme liegen vor, wenn der Finanzintermediär nicht mehr in der Lage ist, seinen Zahlungsverpflichtungen nachzukommen; die bestehende Liquidität die fällig gewordenen oder in Kürze fällig werdenden Forderungen nicht mehr deckt (vgl. den EBK-Bankeninsolvenzbericht vom Januar 2008, S. 12; vgl. <ref-ruling> E. 3d S. 83). Das Konkursverfahren soll zu einer gleichmässigen Befriedigung aller Gläubiger führen, falls Zweifel daran bestehen, dass die berechtigten Forderungen gesamthaft beglichen werden können. Das Bundesgericht erachtet es dabei als zulässig, im Interesse der Gläubiger die Aktiven und die Forderungen der potenziellen Gemeinschuldnerin vorsichtig zu bewerten (<ref-ruling> E. 4.3.1), doch müssen die entsprechenden Einschätzungen jeweils dennoch nachvollziehbar begründet werden. Wann der kritische Punkt zur Besorgnis einer Überschuldung erreicht ist, lässt sich nicht allgemein sagen, weshalb der FINMA als Fachbehörde diesbezüglich ein nicht unerheblicher (technischer) Ermessensspielraum zukommt; sie muss ihren Entscheid aber im Einzelfall rechtsgenügend (vgl. Art. 35 Abs. 1 VwVG) begründen; die blosse abstrakte Vermutung einer Überschuldung genügt nicht (vgl. CHRISTIAN HAAS, in: Watter/Vogt/Bauer/Winzeler, BSK Bankengesetz, a.a.O., N. 20 und 30 zu Art. 25 BankG).
4.1.2 Das Bundesverwaltungsgericht ist als richterliche Vorinstanz gehalten, die Problematik der Überschuldung mit freier Kognition zu prüfen, auch wenn es sich dabei um eine technische Frage handelt und es sich insofern deshalb eine gewisse Zurückhaltung auferlegen darf (vgl. Art. 49 lit. c VwVG i.V.m. Art. 37 VGG; BGE 2C_199/2010 vom 12. April 2011 E. 11.3.1). Diese ist indessen nur dann gerechtfertigt, wenn im konkreten Fall keine Anhaltspunkte für eine unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts bestehen und die spezialisierte Vorinstanz die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte geprüft und ihre Abklärungen sorgfältig und umfassend vorgenommen hat (<ref-ruling> E. 2.2.1 [Swissmedic]). Bestehen begründete Zweifel hieran oder sollten solche bestehen, kann das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf den Anspruch auf rechtliches Gehör des Betroffenen gehalten sein, selber weitere Abklärungen vorzunehmen oder vornehmen lassen zu müssen; es darf sich dann nicht allein auf die Einschätzung der FINMA verlassen (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.2 [Swissmedic]).
4.1.3 Das Bundesgericht kann die Beurteilung des Bundesverwaltungsgerichts seinerseits nur korrigieren, soweit dieses den Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder gestützt auf eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG festgestellt oder aber die Beweise willkürlich gewürdigt hat (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; so BGE 2C_199/2010 vom 12. April 2011 E. 11.3.1). Neue Tatsachen und Beweismittel sind nur zulässig, wenn erst der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts zu diesen Anlass gibt (Art. 99 BGG). In einem neueren Urteil erachtete das Bundesgericht es als vertretbar, zur Beurteilung der Lage ergänzend auf den von der FINMA nachträglich angerufenen provisorischen Kollokationsplan abzustellen, der zwar nicht verbindlich sei, es aber doch erlaube, sich ein klareres Bild über die finanzielle Situation der betroffenen Gesellschaft zu machen (Urteil 2C_898/2010 vom 29. Juni 2011 E. 3.3).
4.1.3 Das Bundesgericht kann die Beurteilung des Bundesverwaltungsgerichts seinerseits nur korrigieren, soweit dieses den Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder gestützt auf eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG festgestellt oder aber die Beweise willkürlich gewürdigt hat (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; so BGE 2C_199/2010 vom 12. April 2011 E. 11.3.1). Neue Tatsachen und Beweismittel sind nur zulässig, wenn erst der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts zu diesen Anlass gibt (Art. 99 BGG). In einem neueren Urteil erachtete das Bundesgericht es als vertretbar, zur Beurteilung der Lage ergänzend auf den von der FINMA nachträglich angerufenen provisorischen Kollokationsplan abzustellen, der zwar nicht verbindlich sei, es aber doch erlaube, sich ein klareres Bild über die finanzielle Situation der betroffenen Gesellschaft zu machen (Urteil 2C_898/2010 vom 29. Juni 2011 E. 3.3).
4.2 4.2.1 Der von der FINMA eingesetzte Liquidator ersuchte im vorliegenden Fall am 4. Februar 2010 darum, über die Beschwerdeführerin den Konkurs zu eröffnen. Seinem Antrag lag ein "Arbeitspapier zur Ermittlung eines Status per 31. Januar 2010" zugrunde, wonach Aktiven von Fr. 14'420'000.-- Passiven von Fr. 19'994'000.-- gegenüberstünden und damit eine Überschuldung von Fr. 5'574'000.-- bestehe. Die FINMA stellte auf diese Zahlen ab, obwohl ein detaillierter Bericht seitens der Beschwerdeführerin vom 18. März 2010 nicht von einer Überschuldung, sondern einem minimalen Eigenkapital von Fr. 2'259'000.-- ausging. In ihrem Konkursentscheid begnügte sich die FINMA damit festzustellen: "Eine Überschuldung läge nur dann nicht vor, wenn tatsächlich von einem höheren Wert der Liegenschaft am Steinhaldenring 8 in 8954 Geroldswil ausgegangen werden" könnte; indes sei "nicht ersichtlich, inwiefern der vom Schätzungsexperten ermittelte Wert zu beanstanden wäre". Auf die diesbezüglichen Einwände der Beschwerdeführerin ging sie überhaupt nicht ein, womit sie deren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzte; aus ihren Ausführungen ist auch nicht ansatzweise ersichtlich, warum sie die Schätzung des Liquidators bzw. des von diesem beigezogenen Experten plausibler erachtete als diejenige des Experten der Beschwerdeführerin.
4.2.2 Das Bundesverwaltungsgericht hat sich in der Folge darum bemüht, die Überschuldung und den Liegenschaftswert selber zu objektivieren: Der Liquidator ging für die Liegenschaft von einem Verkehrswert von Fr. 14'000'000.-- aus, wobei er einen Mietwert von Fr. 1'094'361 p.a. mit 6.56 % kapitalisierte und verschiedene Abzüge vornahm (Fr. 2'393'417.-- für aufgelaufene Rückstellungen von 21 Jahren seit letzter Renovation, Fr. 60'000.-- wegen verschiedener Mängel [undichtes Flachdach, defekte Hebebühne usw.]). Die Beschwerdeführerin erachtete ihrerseits den Kapitalisierungssatz von 6.56 % als unzutreffend; vielmehr sei "von einem vorsichtig einzustufenden Kapitalisierungssatz von 5 % auszugehen", womit sich ein Ertrags- bzw. Verkehrswert von Fr. 21'887'000.-- bzw. Fr. 23'340'000.-- ergebe (Berechnungsformel für Ertragswertmethode: U = [Betriebsertrag mal 100]: Kapitalisierungszinssatz [hier: 6.56 % oder 5 %]). Das Bundesverwaltungsgericht hat die Frage nach dem anwendbaren Kapitalisierungszinssatz nicht weiter vertieft; im Gutachten der FINMA fehlt es - trotz entsprechender Rubriken - an einer Begründung für die gewählten Ansätze, womit es an der Nachvollziehbarkeit der Einschätzung und der Überprüfbarkeit der Einwände der Beschwerdeführerin im vorliegenden Verfahren fehlt. Verschiedene, von der Beschwerdegegnerin eingeholte Angebote für die umstrittene Liegenschaft lagen jeweils über Fr. 20 Mio. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz, wonach nicht klar sei, ob sich diese Offerten auf die Immobilie mit oder ohne Erweiterungsvorhaben bezögen, ergibt sich aus den entsprechenden Unterlagen, dass die Angebote "wie besichtigt" bzw. "nach örtlicher Begehung" unterbreitet worden waren. Ein Gutachten von Ernst&Young war im Jahre 2007 zu einem Verkehrswert von Fr. 18 Mio. gekommen, wobei wiederum nicht als erstellt gelten kann, dass dabei, wie das Bundesverwaltungsgericht angenommen hat, tatsächlich von massiv übertriebenen Marktmieten bzw. unterbewerteten Bewirtschaftungskosten ausgegangen wurde. In dieser Situation durfte sich die Vorinstanz zur Bejahung der Überschuldung nicht ohne vertiefte Abklärungen allein auf das Gutachten im Rahmen des Arbeitspapiers des Liquidators und auf die Behauptungen der FINMA stützen. Der Hinweis des Bundesverwaltungsgerichts auf den Versicherungswert 2002 von Fr. 13,2 Mio. erscheint seinerseits insofern nicht als zwingend, als dieser den Landwert nicht berücksichtigte und deshalb die Schätzungen der FINMA nicht bestätigen konnte.
4.2.3 Verkehrswert ist in erster Linie, was am Markt von unabhängigen Dritten geboten wird. Schätzungen sind immer nur Annäherungsversuche und vor allem dann beizuziehen, wenn keine Marktangebote bestehen. Solche lagen hier vor, ohne dass die FINMA nachgewiesen hätte, dass diese nicht ernst gemeint waren. Unter diesen Umständen musste die Vorinstanz - mit Blick auf die je nach Gutachten Millionen ausmachenden Differenzen - weitere gerichtliche Abklärungen einleiten, um den Liegenschaftswert per 25. Januar 2010 (nötigenfalls durch ein Obergutachten) objektivieren und die Überschuldung bzw. den Liquiditätsmangel allenfalls erhärten zu lassen. Zumindest hätte sie sich nachvollziehbar begründet zur Höhe des anwendbaren Kapitalisierungszinssatzes äussern müssen, nachdem bei der Ertragswertmethode die Schwierigkeit gerade bei dessen Ermittlung liegt und dieser sich hier massgeblich auf die Höhe des Liegenschaftswerts auswirkt.
4.2.4 Da der Entscheid in diesem Punkt aufzuheben und die Sache bereits aus diesem Grund zur Ergänzung des Sachverhalts im Sinne der Erwägungen an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen ist, erübrigt es sich, zu prüfen, ob die Steuerschulden - wie die Beschwerdeführerin geltend macht - ihrerseits willkürlich zu hoch eingesetzt wurden und die Untersuchungsbeauftragten für das Jahr 2010 fälschlicherweise davon ausgegangen sind, es seien im Jahr 2010 unter dem Titel der Verzinsung und Amortisation Fr. 908'000.-- an die Hypothekargläubigerin abzuführen. Die Vorinstanz wird die von der FINMA auf den 31. Januar 2010 behauptete Überschuldung als Ganzes neu zu prüfen haben. Dabei wird sie berücksichtigen dürfen, dass die von der Beschwerdeführerin angestrebte Absorptionsfusion zu Recht verweigert wurde, was sich auf den Liegenschaftswert auswirken dürfte. Sollte sich die Überschuldung in nachvollziehbarer Weise erhärten lassen, wird die Beschwerde abzuweisen sein; andernfalls muss sie gutgeheissen und die Konkurseröffnung der FINMA vom 28. Juni 2010 aufgehoben werden. Die Beschwerdeführerin ist dann antragsgemäss im ordentlichen Verfahren zu liquidieren; es sei denn, es liege eine neue - zwischenzeitliche - Überschuldung vor und die FINMA eröffne gestützt hierauf in einem weiteren Verfahren den aufsichtsrechtlichen Konkurs.
5. 5.1 Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die Beschwerdeführerin im Rahmen ihres Unterliegens die reduzierten bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Abs. 4 BGG). Entgegen dem Antrag der FINMA sind diese nicht X._ persönlich aufzuerlegen, da er den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts zulässigerweise für die Beschwerdeführerin in Liquidation angefochten hat.
5.2 Die FINMA hat die Beschwerdeführerin im Rahmen von deren Obsiegen für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG); ihr selber ist keine Parteientschädigung geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
5.3 Das Bundesverwaltungsgericht wird über die Kostenregelung seines Verfahrens neu zu befinden haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 8. Dezember 2010 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen (Überschuldungsfrage) an die Vorinstanz zurückgewiesen; im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. 2.1 Die reduzierten Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
2.2 Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht FINMA hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
2.3 Das Bundesverwaltungsgericht hat über die Kosten- und Entschädigungsfrage für sein Verfahren neu zu befinden.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. September 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar