Sachverhalt:
A. X._ war Alleinaktionär der X._ AG, mit Sitz in A._/ZG und Betrieb in B._/ZG. Diese Gesellschaft verfügte über ein voll liberiertes Aktienkapital von Fr. 100'000.-- und bezweckte den Betrieb einer mechanischen Werkstätte für Metallbearbeitungen aller Art; die Gesellschaft konnte sich an anderen Unternehmen beteiligen, gleichartige oder verwandte Unternehmen erwerben oder errichten sowie Grundstücke erwerben oder veräussern. Nachdem X._ im Verlaufe der Jahre verschiedene Ausgaben der Gesellschaft nicht belegen konnte, anerkannte deren Revisionsstelle diese nicht als Aufwand und verlangte, dass diese Ausgaben auf dem Aktionärskontokorrent bzw. als Darlehen der Gesellschaft an ihren Alleinaktionär zu verbuchen seien.
Dieses Konto und weitere Kennzahlen der Gesellschaft entwickelten sich im Laufe der Jahre wie folgt (in Franken):
Jahr
Konto
Zunahme
Anteil
Zins
Nettolohn
Aktiven AG
Erfolgsrechnung
1993
2'473'682
838'066
129'972
91'000
4'553'568
306'535
1994
3'003'430
856'151
148'057
341'000
5'116'418
899'128
1995
3'711'279
707'848
129'972
235'000
5'516'508
948'504
1996
4'050'944
339'666
148'057
235'000
5'708'558
513'391
1997
4'605'089
554'145
148'032
227'000
6'227'118
680'474
1998
4'891'742
286'652
147'728
235'000
6'248'988
669'372
1999
5'247'500
355'758
127'450
234'000
6'832'932
946'805
2000
5'855'652
608'152
178'500
140'000
7'600'288
575'068
2001
6'268'428
412'776
197'341
140'000
7'203'263
-311'433
Über die X._ AG wurde am 28. März 2006 der Konkurs eröffnet.
B. Am 21. September 2005 wurden X._ und Y._ für die direkten Steuern von Bund und Kanton der Steuerperioden 2002 und 2003 veranlagt. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug hiess eine dagegen erhobene Einsprache mit Entscheid vom 2. November 2006 teilweise gut, indem beim Vermögen bei der Kantons- und Gemeindesteuer eine Aufrechnung von je Fr. 500'000.-- pro 2002 und 2003 gestrichen wurde. Hingegen rechnete die Einsprachebehörde dem Alleinaktionär X._ weiterhin eine im Jahr 2002 bezogene geldwerte Leistung im Betrag von Fr. 4'891'742.-- infolge Darlehensverzichts seitens der Gesellschaft auf. Dieser Betrag ergab sich aus folgender Berechnung:
Guthaben der Gesellschaft gegenüber dem
Alleinaktionär Ende 2001 Fr. 6'268'428.--
Abzüglich Aufrechnungen der Jahre 1999,
2000 und 2001 Fr. 1'176'686.--
Abzüglich Lohnreduktionen der Jahre 2000
und 2001 (je Fr. 100'000) Fr. 200'000.--
Fr. 4'891'742.--
Aufgrund des Einspracheentscheids ergaben sich folgende Veranlagungen:
Steuerperiode
Kt/Gde
bzw. Bund
Einkommen in Fr.
Vermögen in Fr.
Steuerbar
Steuersatz
Steuerbar
Steuersatz
2002
Kt/Gde
5'080'421
5'080'400
1'806'293
1'806'000
2002
DBG
5'097'700
5'090'700
-
-
2003
Kt/Gde
243'425
243'400
1'297'185
1'297'000
2003
DBG
260'700
257'800
-
-
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Abgaberechtliche Kammer, hiess einen dagegen erhobenen Rekurs bzw. eine Beschwerde mit Urteil vom 20. Mai 2008 insoweit teilweise gut, als es die aufzurechnende geldwerte Leistung um Fr. 100'000.-- auf Fr. 4'791'742.-- herabsetzte.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 20. Mai 2008 (versandt am 20. Mai 2008) erheben X._ und Y._ mit Eingabe vom 20. Juni 2008 "Rekurs bzw. Beschwerde" an das Bundesgericht. Sie stellen die sinngemässen Anträge, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug aufzuheben und die geldwerte Leistung im Steuerjahr 2002 auf Fr. 0.-- festzusetzen (Direkte Bundessteuer sowie Kantons- und Gemeindesteuer). Eventuell sei das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug in dem Masse aufzuheben, "wie eine geldwerte Leistung in den Steuerjahren 2002 und 2003 als realisiert angenommen wurde. Es sei festzustellen, dass von der aufgerechneten geldwerten Leistung bereits Fr. 4'959'214.-- in früheren Jahren realisiert wurden, so dass im Steuerjahr 2002 bloss noch Fr. 1'109'214.-- als geldwerte Leistung besteuert werden darf." Gerügt werden diverse Rechtsverletzungen.
D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.3).
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>).
1.3 Gemäss <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Angefochten sind im vorliegenden Fall sowohl bei der direkten Bundessteuer als auch bei den Kantons- und Gemeindesteuern die Veranlagungen für die Steuerperiode 2002 und 2003. Allerdings beziehen sich die Beschwerdeführer in ihrer Beschwerde nur auf die Steuerperiode 2002, in welcher die geldwerte Leistung erfasst wurde. Sie legen aber nicht dar, inwiefern der angefochtene Entscheid bezüglich der Einschätzung für die Steuerperiode 2003 rechtsfehlerhaft sein soll. Weil somit insofern eine rechtsgenügliche Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde hinsichtlich der Steuerperiode 2003 nicht eingetreten werden.
Aber auch für die Steuerperiode 2002 äussert sich die Beschwerdebegründung nur rudimentär dazu, inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzen soll. Die beim Bundesgericht eingereichte Rechtsschrift unterscheidet sich mit Ausnahme einer Erwägung (Ziff. 2.4.2) nicht von der Eingabe, welche die Beschwerdeführer dem Verwaltungsgericht vorgelegt hatten. Die Beschwerdebegründung deckt sich im übrigen wortwörtlich mit der schon vor Verwaltungsgericht eingereichten. Es erscheint deshalb als höchst fraglich, ob überhaupt (zumindest für die Steuerperiode 2002) eine formgültige Beschwerde vorliegt (vgl. BGE 134 Il 244 E. 2.3 S. 246 f.). Die Frage kann jedoch offen bleiben, da die Beschwerde ohnehin abgewiesen werden muss.
Il. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Nach <ref-law> sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderen auch die so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten, denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Bei diesem Drittvergleich sind in jedem Einzelfall alle konkreten Umstände des zwischen der Gesellschaft und dem Anteilseigner abgeschlossenen Geschäfts zu berücksichtigen, und es muss davon ausgehend bestimmt werden, ob das Geschäft in gleicher Weise mit einer mit der Gesellschaft nicht verbundenen Person auch abgeschlossen worden wäre (Urteil 2C_72/2007 vom 23. August 2007 E. 2.1 mit Hinweisen).
Als Kriterien, die dafür sprechen, dass ein Dritter das Darlehen nicht gewährt hätte und damit ein simuliertes Darlehensverhältnis vorliegt, fallen unter anderen in Betracht: die Höhe der Darlehenssumme im Verhältnis zu den eigenen Mitteln des Darlehensnehmers, die fehlende Bonität der Schuldnerin, das Fehlen von Sicherheiten und von Bestimmungen über die Rückzahlung des Darlehens, die tatsächlich fehlende Rückzahlung, das Fehlen eines schriftlichen Darlehensvertrages, ein Klumpenrisiko bei der darlehensgebenden Gesellschaft sowie die Tatsache, dass die Darlehenszinsen nicht bezahlt bzw. zum Kapital geschlagen werden und die Gewährung des Darlehens mit dem statutarischen Zweck der darlehensgebenden Gesellschaft in keinerlei Zusammenhang steht. Zudem ist zu differenzieren zwischen ursprünglich und nachträglich simulierten Darlehensverhältnissen (Urteile 2C_72/2007 vom 23. August 2007 E. 2.1; 2P.280/2001 vom 30. April 2002 E. 3.2.1, in: StE 2002 B 24.4 Nr. 67; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, Therwil/Basel 2004, Rz. 114 zu <ref-law>; je mit Hinweisen).
2.2 Der steuerliche Zugriff beim Inhaber der Beteiligungsrechte kann bei nachträglich simulierten Darlehen erst dann erfolgen, wenn sich die Simulation aus den Indizien klar ergibt. Genügen diese zur Zeit noch nicht, ist zuzuwarten, bis sich diese zum eindeutigen Beweis verdichtet haben (Urteil 2A.79/2002 vom 27. Januar 2003 E. 2.2, in: ASA 72, 736 S. 740). Dies ist dann anzunehmen, wenn der Anteilsinhaber nach den Umständen den eindeutigen Willen äusserte, die Mittel der Gesellschaft zu entziehen und diese Absicht den Behörden erkennbar wird. Das ist vielfach erst dann der Fall, wenn Massnahmen auf Stufe der Gesellschaft eingeleitet werden, so wenn beispielsweise dort die nunmehr gefährdete Forderung abgeschrieben wird (Urteil 2A.111/2000 vom 10. November 2000 E. 3f., in: StE 2001 B 24.4 Nr. 58). Dabei gelten die Feststellungen über das Vorliegen von Simulationsindizien als solche über tatsächliche Umstände (Urteil 2P.64/2005 und 2A.93/2005 vom 25. August 2005 E. 4 am Ende), welche für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind.
3. 3.1 Die Vorinstanz geht davon aus, dass nicht ein von Anfang an simuliertes Darlehen vorgelegen habe. Zu diesem Schluss kommt sie aufgrund folgender Sachverhaltselemente:
Das Darlehen kam so zustande, dass der Beschwerdeführer - als Geschäftsführer - für Ausgaben der Gesellschaft keine Belege beizubringen vermochte, weshalb sie dieser nicht als Aufwand belastet werden konnten, sondern dem Kontokorrentkonto des Beschwerdeführers gutgeschrieben werden mussten;
Dieses besondere Zustandekommen erklärt auch, weshalb kein schriftlicher Darlehensvertrag abgeschlossen wurde und keine Sicherheiten bestellt wurden;
Ursprünglich bestand eine Verbindung zwischen Gesellschaftszweck und Kontokorrent des Aktionärs;
Die Höhe des Darlehens war anfänglich vertretbar und erwies sich im Verhältnis zu den eigenen Mitteln des Beschwerdeführers nicht als unverhältnismässig;
Die Mittel wurden dem Beschwerdegegner erst im Laufe der Zeit und nur partiell zur Deckung von Konsumausgaben gewährt;
Dank der guten Ertragskraft der Gesellschaft konnte ein Lohn bezahlt werden, der es meist erlaubte, Darlehenszinsen zu bezahlen, weshalb diese nicht kapitalisiert wurden;
Die Darlehensschuld wurde zeitweise sogar partiell abgebaut.
Gestützt auf diese Umstände ist der Schluss der Vorinstanz haltbar, das fragliche Darlehen sei jedenfalls nicht von Anfang an als simuliert zu bezeichnen und damit nicht von Beginn an als verdeckte Gewinnausschüttung im Sinne von <ref-law> zu erfassen gewesen.
3.2 Umstritten ist hingegen, ab wann dieses Darlehen als simuliert zu gelten hat, wodurch sich auch der Zeitpunkt bestimmt, in dem der Zufluss einer geldwerten Leistung beim Inhaber der Beteiligungsrechte anzunehmen ist. Auf das mit der Zeit unübersehbare Anwachsen der Darlehensschuld reagierte die Steuerbehörde insoweit, als sie bei Überschreiten der Grenze von vier Millionen Franken (1996/97) den Vorbehalt anbrachte, dass allfällige Verluste auf der Forderung gegenüber dem Aktionär als geldwerte Leistung behandelt werden müssten. Im Anschluss daran wurde der Steuerbehörde mehrmals zugesichert, der Rückzahlungswille bestehe, selbst wenn der Abbau der Darlehensschuld nur in kleinen Schritten erfolgen könne. In einer Besprechung vom 29. Juli 2003 kündigte die Steuerbehörde die Aufrechnung der geldwerten Leistungen in den Jahren 1999, 2000 und 2001 an, doch wurden auf Antrag des Beschwerdeführers vorerst nur die zusätzlichen Darlehensbezüge dieser Jahre als geldwerte Leistungen erfasst und Gehaltsreduktionen von je Fr. 100'000.-- in den Jahren 2000 und 2001 vorgenommen. Auch später wurde der Rückzahlungswille des Beschwerdeführers mehrmals - zuletzt am 27. Januar 2005 - bekräftigt.
Nach Ansicht der Vorinstanz wäre - abgesehen von den Darlehensbezügen der Jahre 1999, 2000 und 2001 - ein früherer steuerlicher Zugriff als im Jahr 2002 nicht möglich gewesen, zumal eine Meldung seitens der Veranlagungsbehörde für juristische Personen erst für diese Steuerperiode erfolgte. Dies muss umso mehr gelten, als die Beschwerdeführer bzw. ihre - wechselnden - Vertreter selbst den Zeitpunkt des steuerlichen Zugriffs möglichst lange hinausschieben wollten und die Steuerbehörde ihren Begehren weitest möglich Rechnung trug. Es verstösst somit gegen den - auch für Private im Verhältnis zu staatlichen Behörden beachtlichen (vgl. <ref-law>) - Grundsatz von Treu und Glauben, wenn die Beschwerdeführer nun rügen, der steuerliche Zugriff hätte viel früher erfolgen sollen. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz den Zufluss der geldwerten Leistung - reduziert um die im Jahr 1993 bereits aufgerechneten Fr. 100'000.-- - auf das Jahr 2002 ansetzt und sie damit noch auf Fr. 4'791'742.-- beziffert.
3.3 Was die Beschwerdeführer dagegen - in hier noch massgeblicher Weise (vgl. E. 1.3) - vorbringen, vermag daran nichts zu ändern. Sie wenden hauptsächlich ein, die Aufrechnung von Fr. 100'000.-- im Jahr 1993 beweise, dass die Problematik eines simulierten Darlehens schon zu diesem Zeitpunkt erfasst worden und damit das Zuwarten mit der vollen Besteuerung bis ins Jahr 2002 willkürlich sei und gegen das Realisations- und das Periodizitätsprinzip verstosse. Im jetzigen Zeitpunkt kann jedoch nicht mehr einwandfrei festgestellt werden, wie hoch die Bezüge im Jahr 1993 wirklich waren bzw. aus welchen Gründen damals die Aufrechnung von Fr. 100'000.-- erfolgt ist. Da es vielfache Gründe für das Anwachsen der Schuld gab, lässt sich aus der damaligen Aufrechnung nicht nachträglich schliessen, die Steuerbehörde sei schon zu diesem Zeitpunkt von einem simulierten Darlehen ausgegangen. Die Vorinstanz geht nur von einer bereits besteuerten "geldwerten Leistung" aus, die vom aufgerechneten Betrag des Jahres 2002 abzuziehen sei. Diese Würdigung erscheint korrekt und daraus lässt sich weder ein willkürliches Vorgehen noch ein Verstoss gegen einkommenssteuerrechtliche Besteuerungsprinzipien ableiten.
4. Damit ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
III. Kantons- und Gemeindesteuern
5. 5.1 § 19 lit. c Satz 1 des Steuergesetzes des Kantons Zug vom 25. Mai 2000 (StG, BSG 632.1) harmoniert mit Art. 7 Abs. 1 StHG und entspricht vollständig Art. 20 Abs. 1 lit. c Satz 1 DBG. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die kantonalen Steuern analog massgebend sind. Damit ergibt sich für die Kantons- und Gemeindesteuern dasselbe Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
5.2 Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern gleichermassen als unbegründet und ist ebenfalls abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
IV. Kosten und Entschädigung
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 14'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Abgaberechtliche Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Winiger