Sachverhalt:
A. F._, geboren 1976, hatte im Jahr 1994 eine Lehre als Goldschmiedin begonnen und diese nach einem Unterbruch im Juni 2000 fortgesetzt. Am 2. September 2000 war sie als Beifahrerin in einem Auto unterwegs, als es beim Rückwärtsfahren auf einem Parkplatz zu einer Kollision mit einem anderen Fahrzeug kam. Nach den Untersuchungen im Spital Z._ am darauffolgenden Tag wurde eine Distorsion der Halswirbelsäule diagnostiziert. F._ litt in der Folge unter persistierenden Beschwerden und meldete sich am 31. Januar 2002 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an.
Die IV-Stelle Bern gewährte am 18. Juli 2003 eine Umschulung zur Kauffrau. Zwar konnte F._ das Handelsdiplom erfolgreich abschliessen; im Juli 2005 wurde die kaufmännische Ausbildung jedoch abgebrochen, nachdem ihr die Praktikumsstelle gekündigt worden war. In der Folge verfügte die IV-Stelle Bern am 12. Januar 2006 die Kostengutsprache für einen Jahreskurs zur Erlangung der kaufmännischen Berufsmaturität mit eigenössischem Fähigkeitsausweis. Im Februar 2007 wurde auch diese Ausbildung abgebrochen. Die IV-Stelle Bern schloss die beruflichen Massnahmen am 18. Juli 2007 ab. F._ arbeitete zwischenzeitlich wieder als Goldschmiedin; das Arbeitsverhältnis wurde jedoch bereits per 30. November 2007 erneut aufgelöst.
Gemäss Bericht des behandelnden Arztes Dr. med. B._, Allgemeine Medizin FMH, vom 27. Juli 2007, welchen die IV-Stelle Bern eingeholt hatte, litt F._ unter rezidivierenden Nacken-/ Schulterbeschwerden sowie deutlich verminderter psychischer Belastbarkeit verbunden mit Konzentrationsstörungen. Er bescheinigte ihr ab dem 12. März 2007 eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit. Gestützt auf die Stellungnahmen ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 5. Dezember 2007 und vom 16. Mai 2008 lehnte die IV-Stelle Bern den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 3. Juni 2008 ab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 10. August 2010 ab.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
1.3 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung, die gestützt darauf gestellte Diagnose, die ärztliche Stellungnahme zu dem noch vorhandenen Leistungsvermögen oder (bei psychischen Gesundheitsschäden) zur Verfügbarkeit von Ressourcen der versicherten Person sowie die aufgrund der medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit betreffen Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398), welche sich nach der dargelegten Regelung der Kognition einer Überprüfung durch das Bundesgericht weitgehend entziehen.
1.4 Bei der Beurteilung der Arbeits(un)fähigkeit der versicherten Person hat sich das Gericht auf schlüssige medizinische Berichte zu stützen. Sofern solche nicht vorliegen oder widersprüchlich sind, sind weitere Abklärungen unabdingbar, ansonsten der Untersuchungsgrundsatz verletzt wird (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 2 S. 195, 122 V 157 E. 1a S. 158, 130 I 180 E. 3.2 S. 183). Dieser zählt zu den in <ref-law> erwähnten bundesrechtlichen Vorschriften (E. 1.1). Hat das kantonale Gericht die rechtserheblichen tatsächlichen Feststellungen in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes getroffen, sind sie für das Bundesgericht nicht verbindlich (Urteile I 828/06 vom 5. September 2007 E. 3.2.3; 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.3).
2. Das kantonale Gericht bestätigt die ablehnende Rentenverfügung im Wesentlichen gestützt auf die "echtzeitlichen" Akten des Unfallversicherers, wobei der letzte ärztliche Bericht (des Dr. med. R._, Physikalische Medizin und Rehabilitation FMH) vom 26. November 2002 datiert. Des Weiteren hat die Vorinstanz den einzigen von der IV-Stelle eingeholten Bericht des Dr. med. B._ vom 27. Juli 2007, die Stellungnahmen des RAD sowie ein Arztzeugnis der Frau Dr. med. S._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 31. Januar 2008 zuhanden der Arbeitslosenkasse in ihre Würdigung einbezogen. Anhand der Berichte namentlich aus dem Jahr 2001 geht die Vorinstanz davon aus, dass das Beschwerdebild nach dem Unfall von offensichtlich im Vordergrund stehenden psychosozialen Umständen massgeblich mitbestimmt worden sei, wobei teilweise auch die Diagnosen einer somatoformen Schmerzstörung sowie einer Depression gestellt wurden. Das Verhalten der Versicherten, das zur Kündigung des Praktikumsverhältnisses und damit letztlich zum Abbruch der Umschulung zur Kauffrau geführt habe, sei jedoch nicht überwiegend wahrscheinlich auf eine Krankheit zurückzuführen. Eine entsprechende Diagnose sei damals, das heisst im Jahr 2001, nicht gestellt worden. In der Folge habe keine psychiatrische Behandlung mehr stattgefunden. Dem Zeugnis der Frau Dr. med. S._ lasse sich weder eine psychiatrische Diagnosestellung noch eine Begründung der Arbeitsunfähigkeit entnehmen.
3. Wie das Bundesgericht jüngst entschieden hat, ist zur Klärung der Frage nach der invalidisierenden Wirkung (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) einer spezifischen und unfalladäquaten HWS-Verletzung (Schleudertrauma) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle sinngemäss die Rechtsprechung zur anhaltenden somatoformen Schmerzstörung (<ref-ruling>) anwendbar (BGE 9C_510/2009 vom 30. August 2010 E. 3.2.3).
Die ärztlichen Stellungnahmen zum psychischen Gesundheitszustand und zu dem aus medizinischer Sicht (objektiv) vorhandenen Leistungspotential bilden unabdingbare Grundlage für die Beurteilung der Rechtsfrage, ob und gegebenenfalls inwieweit einer versicherten Person unter Aufbringung allen guten Willens die Überwindung ihres Leidens und die Verwertung ihrer verbleibenden Arbeitskraft zumutbar ist (BGE 9C_510/2009 vom 30. August 2010 E. 3.2.3). Die Annahme eines invalidisierenden Gesundheitsschadens setzt grundsätzlich eine fachärztliche, lege artis auf die Vorgaben eines anerkannten Klassifikationssystems abgestützte Diagnose voraus (<ref-ruling> E. 6 S. 399 ff.; BGE 9C_510/2009 vom 30. August 2010 E. 3.2.1).
4. Die behandelnden Ärzte nehmen eine beträchtliche Einschränkung der Arbeitsfähigkeit an, wobei der Hausarzt von einem persistierenden Beschwerdebild nach HWS-Distorsion ausgeht, während die Psychiaterin in ihrem Attest zuhanden der Arbeitslosenkasse keine Diagnose anführt.
Davon abweichend ist für den Stellung nehmenden RAD-Arzt, Innere Medizin FMH, nicht ersichtlich, weshalb die Versicherte in der Arbeitsfähigkeit hinsichtlich einer der erlernten Berufe eingeschränkt sein soll.
5. Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> erkannt hat, haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsrichter die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Für das Beschwerdeverfahren bedeutet dies, dass das Sozialversicherungsgericht alle Beweismittel, unabhängig davon, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten. Insbesondere darf es bei einander widersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, warum es auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellt. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind. Ausschlaggebend für den Beweiswert ist grundsätzlich somit weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
Die Rechtsprechung hat sich auch zum Beweiswert eines RAD-Berichts verschiedentlich geäussert. Die Funktion interner RAD-Berichte besteht darin, aus medizinischer Sicht - gewissermassen als Hilfestellung für die medizinischen Laien in Verwaltung und Gerichten, welche in der Folge über den Leistungsanspruch zu entscheiden haben - den medizinischen Sachverhalt zusammenzufassen und zu würdigen, wozu namentlich auch gehört, bei widersprüchlichen medizinischen Akten eine Wertung vorzunehmen und zu beurteilen, ob auf die eine oder die andere Ansicht abzustellen oder aber eine zusätzliche Untersuchung vorzunehmen sei. Sie würdigen die vorhandenen Befunde aus medizinischer Sicht (SVR 2009 IV Nr. 50 S. 153, 8C_756/2008 E. 4.4; Urteil 9C_589/2010 vom 8. September 2010 E. 2).
6. Zu prüfen ist die entscheidwesentliche Frage, ob es im Fall der Versicherten nach einer HWS-Verletzung zu einem invalidisierenden Leiden gekommen ist - wovon der Hausarzt ausgeht - beziehungsweise ob, mit Blick auf das psychiatrische Attest, allenfalls invalidisierende psychische Beschwerden vorliegen.
Diese lässt sich jedoch - nachdem nach Auffassung der Vorinstanz auf die Berichte der behandelnden Ärzte nicht abzustellen war - nicht ohne Beizug des Fachwissens von Expertinnen und Experten anhand von bald zehnjährigen Akten beurteilen, und es kann auch nicht auf die von den hausärztlichen Stellungnahmen abweichende Einschätzung des RAD-Arztes abgestellt werden, der die Beschwerdeführerin nicht persönlich untersucht hat (oben E. 5). Mangels schlüssiger Berichte bestand weiterer medizinischer Abklärungsbedarf.
Die IV-Stelle wird daher ein neues Gutachten einholen müssen, welches diese massgeblichen Fragen beantwortet.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der IV-Stelle auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 10. August 2010 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 3. Juni 2008 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle Bern zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine Invalidenrente neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. November 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo