Sachverhalt:
A. Am 22. Januar 2001 stellte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine besoldungsmässige Diskriminierung der beim Kanton Zürich angestellten Krankenpflegenden gegenüber den kantonalen Polizisten fest. Daraufhin gelangten verschiedene Berufsorganisationen aus dem Gesundheitsbereich an die Stadt Zürich. Sie machten geltend, auch die Einreihung der städtischen Krankenpflegenden und weiterer Berufe im Gesundheitswesen sei diskriminierend und verlangten Lohnnachzahlungen für die letzten fünf Jahre.
Nachdem die Stadt Zürich die Begehren abgewiesen hatte, gelangten die Berufsorganisationen an den Bezirksrat Zürich. Dieser hiess den Rekurs teilweise gut und stellte fest, dass die Entlöhnung der Krankenpflegenden, Unterrichtsassistenten und Kliniklehrer in der Zeit vom 1. Januar 1997 bis zum 30. Juni 2002 gegen <ref-law> und Art. 3 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Gleichstellung von Frau und Mann (Gleichstellungsgesetz [GlG; SR 151.1]) verstossen habe. Er hielt eine Anhebung um je zwei Besoldungsklassen für geboten, um eine diskriminierende Entlöhnung zu vermeiden.
Mit Entscheid vom 20. Dezember 2006 bestätigte das Verwaltungsgericht den bezirksrätlichen Entscheid im Wesentlichen. Es hielt allerdings fest, dass die Lohndiskriminierung in dem Umfang beseitigt worden sei, als den Betroffenen vom 1. Juli 2001 bis 30. Juni 2002 Zulagen ausbezahlt worden seien. Das Bundesgericht wies die dagegen erhobenen Beschwerden ab (Urteil 2A.97 und 98/2007 vom 20. November 2007).
B. Auf den 1. Juli 2002 setzte der Stadtrat von Zürich die Verordnung über das Arbeitsverhältnis des städtischen Personals vom 28. November 2001 (Personalrecht; PR) sowie die entsprechenden Ausführungsbestimmungen vom 27. März 2002 (AB PR) in Kraft. Damit führte die Stadt Zürich ein neues Lohnsystem ein, das unter anderem im Pflegebereich zu besser entlöhnten Einreihungen führte.
Nach dem neuen Besoldungssystem richtet sich der Lohn der städtischen Angestellten im Wesentlichen nach dem Schwierigkeitsgrad der Funktion, der nutzbaren Erfahrung und dem Leistungsbeitrag (Art. 47 PR). Jede Stelle ist aufgrund der betreffenden Funktionsumschreibung einer von 18 Funktionsstufen (FS 1-18) zuzuordnen (Art. 48 ff. PR). Jeder Funktionsstufe wird gemäss einer Lohnskala ein Jahreslohn als Mittelwert zugeordnet, wobei sich die konkreten Löhne der Angestellten innerhalb eines von diesem Mittelwert abhängigen Lohnbands bewegen. Die Bandbreite des Lohnbands beträgt +/-5 %, ausgehend vom Mittelwert (Art. 52 PR). Die Zunahme an nutzbarer Erfahrung führt innerhalb einer Funktionsstufe in 15 Schritten zu einem Lohnanstieg von höchstens 22.5 % (Art. 52 Abs. 3 PR).
C. X._ arbeitet seit 1973 im Stadtspital Triemli, zunächst als Krankenschwester und seit 1990 als Stationsleiterin. Bis zum 30. Juni 2002 erzielte sie ein monatliches Einkommen von Fr. 7'033.55 (Grundlohn Fr. 6'479.70 + Zulage Fr. 553.85; alle Angaben zum Monatslohn sind in 13tel des Jahresgehalts angegeben).
Mit Schreiben vom 10. Juni 2002 wurde ihr mitgeteilt, dass sie in die Funktionskette 305, Funktionsstufe 9, angerechnete nutzbare Erfahrung 12 Jahre, Lage im Lohnband 95 % eingereiht werde, was einem Monatslohn von Fr. 7'805.45 und einer Lohnerhöhung von 10.97 % entspreche.
Nach Durchführung eines Abklärungs- und Überprüfungsgesprächs verfügte der Direktor des Stadtspitals Triemli am 14. April 2003 die Einreihung in die Funktionsstufe 10, angerechnete nutzbare Erfahrung 4 Jahre, Lage im Lohnband 96.84 %. Dies entsprach einem Monatslohn von Fr. 7999.45.
X._ verlangte fristgemäss eine Begründung, welche mit Verfügung vom 23. Juli 2003 erfolgte. Darin wurde die nutzbare Erfahrung auf 5 Jahre und die Lage im Lohnband auf 95 % korrigiert. Daraus resultierte eine Lohnerhöhung von 12.98 % auf monatlich Fr. 7'946.30. Eine dagegen erhobene Einsprache wies der Stadtrat von Zürich am 8. Februar 2006 ab.
D. Mit Rekurs an den Bezirksrat Zürich verlangte X._ per 1. Juli 2002 die Einreihung in Funktionsstufe 11, unter Anrechnung einer nutzbaren Erfahrung von 12 Jahren; zudem sei die Lage im Lohnband auf 100 % festzulegen. Am 30. August 2007 hiess der Bezirksrat den Rekurs teilweise gut und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Stadt Zürich zurück, um X._ nach Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids bezüglich ihres Lohns im alten Lohnsystem nochmals per 1. Juli 2002 ins neue Lohnsystem überzuleiten. Aus den Erwägungen ergibt sich, dass die Anträge auf Einreihung in Funktionsstufe 11 und eine höhere Platzierung im Lohnband abgewiesen wurden; die Rückweisung erfolgte zur Neufestsetzung der anrechenbaren Erfahrung.
E. Gegen diesen Beschluss gelangte X._ am 4. Oktober 2007 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie wandte sich gegen die Rückweisung der Angelegenheit durch den Bezirksrat und beantragte, sie sei in die Funktionsstufe 10, nutzbare Erfahrung 11 Jahre, Lage im Lohnband 100 %, einzureihen.
Am 11. Juni 2008 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde insoweit gut, als die angeordnete Rückweisung an die Stadt Zürich aufgehoben wurde. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Es wies den Rekurs auch bezüglich der angerechneten nutzbaren Erfahrung ab und bestätigte die Verfügung des Direktors des Stadtspitals Triemli vom 23. Juli 2003 betreffend die Einreihung der Beschwerdeführerin per 1. Juli 2002.
F. Dagegen hat X._ am 25. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und eventualiter subsidiäre Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, Ziff. 1 und 4 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben und sie sei ab dem 1. Juli 2002 in die Funktionsstufe 10, nutzbare Erfahrung 11 Jahre, Lage im Lohnband 100 %, einzureihen.
Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Stadt Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Eidgenössische Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann (EBG) schliesst auf Gutheissung der Beschwerde.
Mit Eingaben vom 10. und 11. Dezember 2008 haben sich die Parteien zur Vernehmlassung des EBG geäussert. Die Beschwerdeführerin hat gleichzeitig auf die Vernehmlassung der Stadt Zürich repliziert.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid betreffend die Überleitung der Beschwerdeführerin in das neue Lohnsystem der Stadt Zürich. Es handelt sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse. Das Verwaltungsgericht hat den Streitwert auf Fr. 71'000.-- beziffert, unter Berücksichtigung der streitigen Lohndifferenz (Fr. 1'067.-- monatlich) und des Termins der nächstmöglichen Auflösung des Dienstverhältnisses Ende Januar 2008 (Zeitraum von 67 Monaten). Die Streitwertgrenze gemäss <ref-law> ist somit überschritten.
Da auch alle übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten.
2. Streitig ist zunächst, ob die Beschwerdeführerin auf die Lage 95 % im Lohnband überführt werden durfte oder Anspruch auf eine Platzierung auf 100 % des Lohnbands hat.
2.1 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass der Anfangslohn gemäss Art. 62 Abs. 2 AB PR (in der am 1. Juli 2002 geltenden Fassung) grundsätzlich auf dem Mittelwertsverlauf der Funktionsstufe, also auf 100 %, liegt. Ein Anfangslohn unter dem Mittelwertsverlauf der Funktionsstufe könne nur festgelegt werden, soweit noch nicht alle an die Funktion gestellten Anforderungen erfüllt seien (Art. 62 Abs. 4 AB PR). Erfolge die Überführung bisheriger Angestellten zur Vermeidung von grösseren Lohnerhöhungen auf 95 % im Lohnband, so ergebe sich - bei gleicher Qualifikation - die unerträgliche Konstellation, dass der Lohn einer neu eintretenden Angestellten bei gleicher Qualifikation auf 100 % zu liegen kommen müsse. In der Festlegung auf 95 % liege deshalb eine Kürzungsmassnahme bzw. eine Etappierung des Lohnanstiegs, die nach Art. 89 Abs. 3 Satz 2 PR (in der am 1. Juli 2002 geltenden Fassung) nur zulässig sei, wenn der bisherige Lohn deutlich vom ermittelten Lohn abweicht. Gestützt auf diese Bestimmung dürfe der nach neuem Recht ermittelte Lohn nur soweit abgesenkt werden, dass kein deutlicher Unterschied mehr zum bisherigen Lohn vorliege. Nach der verwaltungsgerichtlichen Praxis sei hierfür bei Berufen mit Aufholbedarf eine Lohndifferenz von mindestens 10 % erforderlich, während bei Berufen ohne Aufholbedarf (sog. "unechte Aufholer") eine Lohndifferenz von 5 % genüge.
Laut Überleitungsverfügung vom 23. Juli 2003 sei der Beschwerdeführerin gegenüber der altrechtlichen Besoldung (mit Zulagen) eine Lohnerhöhung von 12.98 % gewährt worden; ohne Berücksichtigung der Zulagen belaufe sich der Ausgangslohn auf monatlich Fr. 6'479.70. Gegenüber diesem Betrag bedeute das ab 1. Juli 2002 bezahlte Salär von monatlich Fr. 7'946.30 eine Erhöhung um 22.6 %. Diese Lohnerhöhung liege somit deutlich über der in einem ersten Schritt minimal zu gewährenden Lohnerhöhung von 10 %. Das Verwaltungsgericht bestätigte daher die Überleitungsverfügung vom 23. Juli 2003.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass die Überführung auf der Basis des bisherigen Lohns bzw. auf 95 % Lage im Lohnband überwiegend die vor der Besoldungsrevision tief eingereihten Angehörigen von weiblich identifizierten Berufen betreffe und als indirekte Diskriminierung nach dem Geschlecht i.S.v. <ref-law> zu würdigen sei. Diese könne nur dadurch beseitigt werden, dass die Aufholenden auf 100 % Lage im Lohnband platziert werden.
Die zu tiefe Einreihung sei nicht schrittweise behoben worden; insbesondere sei auch bei der auf den 1. Juli 2007 in Kraft getretenen neuen Besoldungsrevision aufgrund der alten Löhne überführt worden. In diesem Zusammenhang rügt die Beschwerdeführerin die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts als offensichtlich unrichtig, wonach die Stadt Zürich die Löhne stufenweise in das neue System hineinführe.
2.3 Die Stadt Zürich bestreitet das Vorliegen einer indirekten Diskriminierung. Der Anteil der Mitarbeitenden pro Geschlecht, die auf 95 % übergeleitet worden seien, bewege sich in der Grössenordnung von 31.7 % bei den Männern und 44 % bei den Frauen (ohne Berücksichtigung der sogenannten unechten Aufholenden, d.h. der Angehörigen typisch männlicher Berufe, die einzig wegen systemwidriger Kettenverschiebungen zu Aufholenden geworden seien). Die Stadt habe mehrfach zugesichert, dass für die Überführung an den alten nicht diskriminierenden Lohn angeknüpft werde. Müssten die Beschwerdeführerin und mit ihr alle Angehörigen der Pflegeberufe auf eine Lage im Lohnband von 100 % überführt werden, würden sie deutlich besser behandelt als zahlreiche Mitarbeitende im Bereich Allgemeine Verwaltung und Führung, Informatik, Ärztinnen, Sozialarbeiterinnen oder Reinigungspersonal mit Lage im Lohnband 95 %.
Die Stadt verweist darauf, dass neben der einmaligen Anhebung auf 96 % im Jahre 2003 weitere Lohnmassnahmen getroffen bzw. bereits bekannt gegeben worden seien, die dazu führten, dass im Jahr 2010 beinahe alle Mitarbeitenden die ihrer Leistung entsprechende Lage im Lohnband erreicht haben werden.
Sowohl die Beschwerdeführerin als auch die Stadt Zürich verweisen auf ihre Ausführungen in den Verfahren 1C_54-68/2008, die ebenfalls die Überleitung von Angehörigen der Pflegeberufe per 1. Juli 2002 in das neue Lohnsystem der Stadt Zürich, insbesondere die Platzierung auf 95 % des Lohnbands, betreffen.
2.4 Diese Verfahren sind zwischenzeitlich mit Urteilen vom 3. März 2009 (1C_54/ und 68/2008) und vom 5. Mai 2009 (1C_56, 58, 60 und 62/2008) abgeschlossen worden (vgl. zudem Urteil 1C_414/2008 vom 14. Mai 2009). Das Bundesgericht hiess die Beschwerden der Stadt Zürich wegen Verletzung der Gemeindeautonomie gut, weil die Überleitung in das neue Lohnsystem nach dem klaren Wortlaut der Übergangsbestimmungen und dem Willen des Gesetzgebers auf der Basis des bisherigen Jahreslohns erfolgen sollte. Die Einstufung auf 95 % des Lohnbands der jeweiligen Funktionsstufe stelle keine Kürzungsmassnahme i.S.v. Art. 89 Abs. 3 Satz 2 PR dar, und sei deshalb nicht erst dann zulässig, wenn der altrechtliche Lohn deutlich vom ermittelten Lohn nach der Verordnung abweiche. Vielmehr sollte die Überleitung grundsätzlich zu keinen Lohnerhöhungen führen, von den Fällen abgesehen, in denen der altrechtliche Lohn unterhalb des Minimums des neuen Lohnbands (95 %) lag (Urteil 1C_54/2008 vom 3. März 2009 E. 4).
Das Bundesgericht entschied, dass die gegenteilige Auslegung des Verwaltungsgerichts auch aus verfassungsrechtlichen Gründen nicht geboten sei. Insbesondere stelle eine frankenmässige Überführung nach der bundesgerichtlichen Praxis keine indirekte Diskriminierung nach dem Geschlecht dar, wenn an den altrechtlichen diskriminierungsfreien Lohn angeknüpft werde (Urteil 1C_54/2008 vom 3. März 2009 E. 5.4 und 5.5 mit Hinweisen). Dies sei gewährleistet, nachdem die Stadt Zürich in allen Verfahren die Verpflichtung anerkannt habe, die Betroffenen mindestens auf den nicht-diskriminierenden Lohn gemäss Entscheid des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 20. Dezember 2006 (Anhebung des altrechtlichen Lohns um 2 Lohnklassen) überzuleiten. Unerheblich sei in diesem Zusammenhang, ob die Angestellten einen Anspruch auf Nachzahlung des altrechtlichen diskriminierungsfreien Lohns für die Vergangenheit haben: Für die Überleitung in das neue Lohnsystem müsse jedenfalls an den diskriminierungsfreien Altlohn angeknüpft werden, dessen Höhe in allen bisher beurteilten Fällen unstreitig war.
Die lohnmässige Schlechterstellung von übergeleiteten gegenüber neu eintretenden Angestellten mit gleicher Erfahrung hielt das Bundesgericht zumindest für eine gewisse Übergangszeit für verfassungsrechtlich haltbar. Insofern sei es nicht von verfassungswegen geboten, alle bisherigen Angestellten schon zum Zeitpunkt der Überleitung am 1. Juli 2002 auf 100 % des Lohnbands überzuleiten bzw. ihnen Anspruch auf eine 5- bzw. 10-prozentige Lohnerhöhung zuzusprechen (Urteil 1C_54/2008 vom 3. März 2009 E. 6.4). Da nur die Überleitungsverfügung Streitgegenstand war, musste das Bundesgericht nicht prüfen, ob die zwischenzeitlich erfolgten Lohnmassnahmen vor dem Gleichheitsgebot standhalten.
Das Bundesgericht konnte in der Platzierung auf 95 % im Lohnband auch keine verfassungswidrige Ungleichbehandlung der Krankenpflegenden gegenüber anderen, nach der verwaltungsgerichtlichen Rechtsprechung übergeleiteten Berufsgruppen erkennen (Urteil 1C_54/2008 vom 3. März 2009, E. 7.1 und E. 7.2).
Auf die Begründung des zitierten Urteils, das der Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin zugestellt wurde und auch auf Internet zugänglich ist, wird verwiesen.
2.5 Aus dieser Rechtsprechung ergibt sich für den vorliegenden Fall, dass die Platzierung der Beschwerdeführerin auf 95 % des nach den neurechtlichen Bestimmungen massgeblichen Lohnbands nicht zu beanstanden ist, weil der sich daraus ergebende Lohn über dem altrechtlichen diskriminierungsfreien Lohn liegt.
Das Verwaltungsgericht hat festgehalten, dass zur Beseitigung der Diskriminierung eine Erhöhung des altrechtlichen Lohns (ohne Zulagen) von monatlich rund Fr. 6'480.-- um 2 Lohnklassen, d.h. um 8 %, auf rund Fr. 7'000.-- geboten gewesen sei; dies wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Die Diskriminierung wurde somit bereits durch die seit 1. Januar 2002 gewährte monatliche Zulage von Fr. 554.-- ausgeglichen. Gemäss Überleitungsverfügung wurde dieser nicht-diskriminierende Lohn (samt Zulagen) um knapp 13 % auf monatlich Fr. 7'946.-- angehoben. Damit liegt der Lohn gemäss Überleitungsverfügung deutlich über dem diskriminierungsfreien Altlohn.
Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist nur die Überleitungsverfügung. Die Verfassungsmässigkeit der seither getroffenen (oder unterlassenen) Lohnmassnahmen ist daher nicht zu prüfen. Auf die diesbezügliche Sachverhaltsrüge der Beschwerdeführerin ist deshalb nicht einzutreten.
3. Noch nicht zu beurteilen hatte das Bundesgericht die Kürzung der anrechenbaren nutzbaren Erfahrung.
3.1 Unstreitig hätte die Beschwerdeführerin nach der für die Überleitung der städtischen Angestellten verwendeten Formel Anspruch auf Anrechnung von 11 Jahren nutzbarer Erfahrung. Daraus ergäbe sich (bei Platzierung auf 95 % des Lohnbands) nach den von den Parteien nicht bestrittenen Berechnungen des Bezirksrats ein Jahreslohn von Fr. 110'648.-- bzw. ein Monatslohn von Fr. 8'511.38. Dies würde zu einer Lohnerhöhung gegenüber dem bisherigen Lohn (mit Zulagen) von rund 21 % führen. Durch die Kürzung der nutzbaren Erfahrung von 11 auf 5 Jahren wurde der neue Lohn auf jährlich Fr. 103'302.-- bzw. monatlich 7'946.30 reduziert, was einer Lohnerhöhung von 12.98 % entspricht.
3.2 Diese Kürzung stützt sich auf Art. 89 Abs. 3 PR (unter Berücksichtigung der Umnummerierung gemäss Gemeinderatsbeschluss vom 27. Februar 2002) und Ziff. 3 des Stadtratsbeschlusses Nr. 828 vom 12. Juni 2002. Diese Bestimmungen lauten:
Art. 89 Übergangsbestimmungen
[...]
3. Der Stadtrat regelt die Überleitung der Angestellten ins Lohnsystem gemäss dieser Verordnung. Er trifft Massnahmen zur Lohnanpassung bei denjenigen Angestellten, deren bisheriger Lohn deutlich vom ermittelten Lohn gemäss dieser Verordnung abweicht. Insbesondere kann er die Löhne dieser Angestellten schrittweise erhöhen bzw. senken und Ausnahmeregelungen bei den jährlichen Lohnanpassungen gemäss Art. 56 vorsehen.
[...]
Stadtratsbeschluss Nr. 828 vom 12. Juni 2002
3. Gestützt auf Art. 89 Abs. 3 nPR werden, zusätzlich zu den Übergangsbestimmungen des Personalrechts und den Ausführungsbestimmungen, die folgenden übergangsrechtlichen Vollzugsbestimmungen zur Überleitung erlassen:
Der aufgrund der Funktionsstufenzuordnung und der angerechneten nutzbaren Erfahrung ermittelte individuelle Überleitungslohn darf im Einzelfall zu keiner unverhältnismässigen, in dieser Form nicht beabsichtigten Lohnerhöhung führen. Überleitungen, die diesem Erfordernis nicht entsprechen, werden entsprechend korrigiert. Solche Ergebniskorrekturen stützen sich auf Art. 89 Abs. 3 PR. Sie gehen insbesondere Art. 187 AB PR vor und erfolgen in erster Linie bei der angerechneten nutzbaren Erfahrung.
3.3 Das Verwaltungsgericht führte im angefochtenen Entscheid seine Rechtsprechung zur Überführung vom alten zum neuen Lohnsystem der Stadt Zürich fort. Danach sind Kürzungsmassnahmen nach Art. 89 Abs. 3 Satz 2 PR bzw. Ziff. 3 des Stadtratsbeschlusses Nr. 828 nur zulässig, wenn der bisherige Lohn deutlich vom ermittelten Lohn abweicht. Gestützt auf diese Bestimmung dürfe der nach neuem Recht ermittelte Lohn nur soweit abgesenkt werden, dass kein deutlicher Unterschied mehr zum bisherigen Lohn vorliege.
In einem Urteil vom 26. Januar 2005 betreffend Kundenberater eines öffentlichen Transportbetriebs (PB.2004.00054 E. 2.5 und 2.6) hielt das Verwaltungsgericht hierfür eine Lohndifferenz von mindestens 5 % für erforderlich, unter Berücksichtigung der Tatsache, dass es sich bei den Kundenberatern um sog. "unechte Aufholer" handle, d.h. eine Berufsgruppe, die in eine Funktionsstufe gelangt sei, die über den Resultaten der Arbeitsbewertung liege.
Anders beurteilte es die Lage bei "echten Aufholern", d.h. vorwiegend weiblich identifizierten Tätigkeiten, die aufgrund einer höheren Bewertung ihrer Arbeitstätigkeit höher eingereiht wurden. Die Verbesserung der internen Lohngerechtigkeit und somit die Besserstellung der sogenannten aufholenden Berufe sei eine Zielsetzung der Besoldungsrevision gewesen; von ihr profitierten insbesondere Personen aus dem Gesundheits- und Sozialbereich. Würden diese Personen gleich behandelt wie die unechten Aufholer, d.h. würde die mit dem Inkrafttreten des neuen Personalrechts verbundene Lohnerhöhung ebenso stark gekürzt bzw. etappiert, so wirke sich dies diskriminierend im Sinne des Gleichstellungsgesetzes aus. Die formal geschlechtsneutrale Regelung, wonach der neue Lohn erst nach Jahren greife, treffe die Angehörigen weiblich besetzter Berufe mit grossem, durch den Wert ihrer Arbeit bedingtem Aufholbedarf weit härter als die unechten Aufholer. Bei solchen Personen seien daher Korrekturen erst zulässig, wenn das neue Besoldungsrecht eine Lohnerhöhung von über 10 % ergebe (Urteile betreffend Hortleiterinnen vom 8. September 2006 PB.2005.00060 E. 4 und PB.2005.00059 E. 3).
Ausgangspunkt hierfür sei - so das Verwaltungsgericht - der altrechtliche Lohn ohne die gemäss Stadtratsbeschluss vom 21. November 2001 geleisteten Zulagen. Mit diesen sei der Aufholbedarf des Pflegepersonals bereits teilweise abgegolten worden; würden diese Zulagen für die Berechnung des neuen Lohns mitberücksichtigt, würde der Aufholbedarf zweimal berücksichtigt. Ebenso unberücksichtigt bleibe die nachträgliche Erhöhung des altrechtlichen Lohns wegen Diskriminierung: Eine festgestellte Diskriminierung würde lediglich den angenommenen Aufholbedarf (teilweise) manifestieren, würde indessen nicht etwa den Umfang des Aufholbedarfs begrenzen, denn ein Aufholbedarf könne auch dort bestehen, wo die Lohnhöhe im Vergleich zum Arbeitswert zwar tief sei, jedoch die gesetzlichen Voraussetzungen für die Annahme einer Diskriminierung noch nicht erfüllt seien.
Im vorliegenden Fall sei der Beschwerdeführerin gegenüber der altrechtlichen Besoldung (mit Zulagen) eine Lohnerhöhung von 12.98 % gewährt worden; ohne Berücksichtigung der Zulagen bedeute das ab 1. Juli 2002 bezahlte Salär von monatlich Fr. 7'946.30 eine Erhöhung um 22.6 %. Diese Lohnerhöhung liege deutlich über der in einem ersten Schritt minimal zu gewährenden Lohnerhöhung von 10 %. Das Verwaltungsgericht bestätigte daher die in der Überleitungsverfügung erfolgte Kürzung der nutzbaren Erfahrung von 11 auf 5 Jahre und hob insoweit den Rekursentscheid des Bezirksrats auf, der die Sache diesbezüglich zu neuer Beurteilung an die Stadt zurückgewiesen hatte.
4. Die Beschwerdeführerin rügt in erster Linie eine Diskriminierung i.S.v. <ref-law> und <ref-law>.
4.1 Sie macht geltend, die vom Verwaltungsgericht vertretene Beschränkung der Lohnerhöhung auf 10 % bei den aufholenden typisch weiblichen Berufen sei willkürlich und diskriminierend, nachdem selbst Funktionen ohne Aufholbedarf (sog. unechte Aufholer) eine Lohnerhöhung von 5 % zugesprochen worden sei. Damit sei der Aufholbedarf der echten Aufholenden effektiv auf 5 % reduziert worden, was sich gegenüber den neutral oder männlich identifizierten Berufen als diskriminierend i.S.v. <ref-law> erweise.
Die Kürzung der Lohnerhöhung führe zu dem stossenden, nicht haltbaren Resultat, dass die Beschwerdeführerin einen Lohn erhalte, welcher - unter Berücksichtigung der korrekt berechneten nutzbaren Erfahrung - nicht der Funktionsstufe 10, sondern der Funktionsstufe 9 entspreche. Somit dienten die von der Stadt angewandten Überführungsregeln dazu, das Resultat der Arbeitsbewertung, welches die Einreihung in Funktionsstufe 10 gebiete, zu umgehen. Dies zeige auch die Prozessgeschichte: Die Beschwerdeführerin sei zunächst (nicht ihrer Funktion entsprechend) in die Funktionsstufe 9 eingereiht worden. Dies sei dann rückgängig gemacht worden; dafür sei die nutzbare Erfahrung soweit gekürzt worden, dass ihr Lohn sogar noch unter den Lohn nach Funktionsstufe 9 zu liegen gekommen sei.
4.2 Das EBG betont in seiner Vernehmlassung, dass die Überführung von einem alten in ein neues Lohnsystem eine hoch komplexe Angelegenheit sei. Aus Sicht des Gleichstellungsgesetzes dürfe sie nicht dazu führen, dass typische Frauenberufe weiterhin oder neu im Vergleich zu neutralen oder männlichen Funktionen zu tiefe Löhne erzielen. Eine zuvor bestehende Lohndiskriminierung dürfe nicht fortgeschrieben werden und es dürfe auch nicht zu einer neuen Diskriminierung kommen.
Das neue Lohnsystem der Stadt Zürich sei mit dem Anspruch eingeführt worden, die bisher zu tief eingereihten typischen Frauenberufe angemessen zu entlöhnen; weitere Vorgaben seien die grundsätzliche Kostenneutralität des Wechsels und eine gewisse Besitzstandswahrung gewesen. Letztere Vorgaben liessen sich jedoch nicht mit einer diskriminierungsfreien Überführung vereinbaren, denn die bessere Entlöhnung der aufholenden Berufe bewirke eine Kostensteigerung, und die Besitzstandswahrung komme den Berufen zugute, die bisher gut bezahlt worden seien.
Es sei daher für alle sogenannten Frauenberufe problematisch, wenn die Überführung am altrechtlichen Lohn anknüpfe und dieser den Effekt des neuen Lohnsystems bremse. Die Forderung des verfassungsmässigen Anspruchs auf gleichen Lohn für gleichwertige Arbeit verlange mehr als nur eine kleine Nachbesserung; geschuldet sei der nicht-diskriminierende Lohn, basierend auf dem Arbeitswert, welcher der Funktion zugeschrieben werde. Wenn unter dem alten Lohnsystem typischen Frauenberufen zu tiefe Löhne bezahlt wurden, dann treffe die formal geschlechtsneutrale Regelung, wonach der neue Lohn erst nach Jahren greife, die Angehörigen weiblich besetzter Berufe härter als die unechten Aufholer. Für sogenannt typische Frauenberufe müssten daher bei der Überführung in ein neues Lohnsystem besondere Regeln eingeführt werden. Falls die Überführung auch gestützt auf den bisherigen Lohn errechnet werde, müsse für typische Frauenberufe der diskriminierungsfrei ermittelte Arbeitswert massgeblich sein.
Das EBG hält den Ansatz des Verwaltungsgerichts, wonach aufholende Frauenberufe formell nicht völlig gleich zu behandeln seien wie unechte Aufholer, für richtig. Willkürlich erscheine jedoch die gerichtliche Festsetzung auf 5 % bzw. 10 % Lohnerhöhung, die weder im Rahmen des Lohnsystems noch sonst wie von der Stadt Zürich so festgelegt worden sei.
Zudem müsse gewährleistet werden, dass auch im neuen Lohnsystem gleichwertige Tätigkeiten gleich entlöhnt werden, wie im vorliegenden Fall die als gleichwertig anerkannten Tätigkeiten der Stadtpolizisten und der Krankenpflegenden. Dies sei nicht der Fall, wenn beide Tätigkeiten zwar in dieselbe Lohnklasse eingereiht werden, diese jedoch breite Bänder (+/- 5 %) zuliessen und zudem die anrechenbaren Erfahrungsjahre verschieden angepasst werden könnten, womit der Effekt des neuen Lohnsystems verzerrt werde. Die Arbeitnehmerin habe Anspruch auf einen nicht-diskriminierenden Lohn. Die korrekte Einreihung müsse auch entsprechende Auswirkungen auf das der Arbeitnehmerin ausbezahlte Geld haben. Es reiche nicht aus, zwar eine höhere Einreihung vorzunehmen, aber die daraus folgende lohnerhöhende Wirkung mittels geringerer Anrechnung der Erfahrungsjahre zu reduzieren. Hierfür verweist das EBG auf BGE 2A.48/2002 vom 14. August 2002 (E. 2.4.1).
4.3 Im zitierten Entscheid ging es um die Berechnung des nachzuzahlenden Lohns der Zürcher Handarbeitslehrerinnen, nachdem rechtskräftig festgestellt worden war, dass deren Einreihung in die Lohnklasse 17 diskriminierend war und sie eine Klasse besser eingereiht werden mussten. In diesem Zusammenhang, d.h. bei der Ermittlung des diskriminierungsfreien Lohns, hielt das Bundesgericht fest, dass nicht an die per 1. Juli 1991 anwendbare Überführungsregelung angeknüpft werden dürfe, wonach die Überführung vom alten in das neue (ab 1. Juli 1991) geltende Besoldungssystem für alle ausgehend vom frankenmässigen bisherigen Lohn erfolge: Zwar sei diese Überführungsregelung an sich nicht diskriminierend, wenn sie innerhalb eines Systems angewendet werde, das selbst diskriminierungsfrei sei. Gehe es aber um die Korrektur einer ursprünglich falsch vorgenommenen Einteilung in eine Lohnklasse, so sei für die damit verbundene Einreihung in eine Gehaltsstufe (innerhalb der korrekten Lohnklasse) diese Übergangsregelung untauglich: Sie führe, da sie an den frankenmässigen altrechtlichen Lohn anknüpfe, die bestehende altrechtliche Diskriminierung weiter.
Diese Rechtsprechung bedeutet, dass keine Kürzungen bei der Ermittlung des altrechtlichen diskriminierungsfreien Lohns der Beschwerdeführerin vorgenommen werden dürfen. Vielmehr muss der altrechtliche Lohn (unter Berücksichtigung der damals richtigen Erfahrungsstufe) um 2 Lohnklassen erhöht werden; die Einreihung in eine höhere Lohnklasse darf nicht durch die Kürzung der nutzbaren Erfahrung kompensiert werden, weil ansonsten die Diskriminierung im Ergebnis nicht behoben wird (Urteil 2A.48/2002 vom 14. August 2002 E. 2.4.1 - 2.4.4). Im vorliegenden Fall ist jedoch unstreitig, dass der neue Lohn der Beschwerdeführerin gemäss Überleitungsverfügung deutlich über ihrem alten diskrimierungsfreien Lohn liegt. Insoweit wird die frühere, im alten Lohnsystem bestehende Diskriminierung, namentlich gegenüber den Polizisten, nicht fortgeführt.
Erfahren die Angestellten der Pflegeberufe dagegen durch die neue Arbeitsbewertung eine über den Ausgleich der Diskriminierung hinausgehende Aufwertung, so ist es nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zulässig, die dadurch bewirkten Lohnerhöhungen nicht auf einmal, sondern schrittweise zu gewähren, indem für die Überleitung an den altrechtlichen (diskrimierungsfreien) Lohn angeknüpft wird. Sofern auch den Polizisten durch die neue Arbeitsbewertung ebenfalls eine Aufwertung erfahren haben sollten, unterliegen sie denselben Überleitungsregeln wie die Pflegenden (Einreihung auf weniger als 100 % im Lohnband und evtl. Kürzung der nutzbaren Erfahrung). Falls dies dagegen nicht der Fall ist, behalten sie zunächst ihren bisherigen Lohn (Einordnung bei 100 %; keine Kürzung der nutzbaren Erfahrung), haben aber für die Zukunft beschränkte Lohnentwicklungsmöglichkeiten. Die Benachteilung bei der Überführungsregelung ist somit die Konsequenz einer Bevorzugung bei der Besoldungsrevision und stellt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung grundsätzlich keine Diskriminierung dar (<ref-ruling> E. 8.2 S. 410 f. mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass die Polizisten bei der Anwendung der Überleitungsregeln privilegiert worden seien, insbesondere dass ihnen vergleichbare Lohnerhöhungen ohne Kürzung der anrechenbaren Erfahrung gewährt worden seien.
5. Weiter zu prüfen ist, ob die Kürzung der anrechenbaren Erfahrung sich ohne Willkür auf Ziff. 3 des Stadtratsbeschlusses Nr. 828 vom 12. Juni 2002 i.V.m. Art. 89 Abs. 3 PR stützen kann.
5.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Stadtratsbeschluss sehe Kürzungen der anrechenbaren Erfahrung vor, wenn der ermittelte individuelle Überleitungslohn zu unverhältnismässigen, in dieser Form nicht beabsichtigten Lohnerhöhungen führe. Die Lohnerhöhung bei den Pflegenden sei jedoch - im Gegensatz zu derjenigen der unechten Aufholenden - vom Gesetzgeber beabsichtigt gewesen. Es sei auch nicht nachvollziehbar, weshalb die Lohnerhöhung, die sich bei korrekter Berechnung der anrechenbaren Erfahrung der Beschwerdeführerin ergebe (27 % bei Platzierung auf 100 % des Lohnbands bzw. 21 % bei Platzierung auf 95 % im Lohnband) unverhältnismässig sein solle.
Willkürlich sei überdies die Praxis des Verwaltungsgerichts, für die Berechnung der Lohnerhöhung auf den alten Lohn ohne Zulagen abzustellen. Richtigerweise sei als Ausgangslohn vom alten Lohn mit den dem Pflege- und Therapiepersonal gewährten Zulagen auszugehen. Dies ergebe sich aus Art. 187 Abs. 3 AB PR, wonach die Überleitung auf der Grundlage des bisherigen Jahreslohns unter Berücksichtigung der wegfallenden Zulagen zu erfolgen habe. An diese Bestimmung habe sich die Stadt bei allen anderen Berufsgruppen gehalten. Es sei willkürlich, diskriminierend und verletze das Rechtsgleichheitsgebot, nur beim Gesundheitspersonal andere Regeln anzuwenden.
5.2 Art. 89 Abs. 3 PR ermächtigt den Stadtrat, Massnahmen zur Lohnanpassung bei denjenigen Angestellten zu treffen, deren bisheriger Lohn deutlich vom ermittelten Lohn gemäss neuem Besoldungsrecht abweicht. Diese Bestimmung wurde in Ziff. 3 Stadtratsbeschluss Nr. 828 dahingehend präzisiert, dass der individuelle Überleitungslohn nicht zu unverhältnismässigen, in dieser Form nicht beabsichtigten Lohnerhöhungen führen dürfe, und dass die Kürzung in erster Linie bei der angerechneten nutzbaren Erfahrung erfolge.
Hierzu findet sich im Stadtratsbeschluss folgende Erwägung:
3. Erlass zusätzlicher finanzieller Rahmenbedingungen
Gemäss Art. 52 des neuen Personalrechts beträgt die Bandbreite jedes Lohnbandes +/- 5 Prozent, und die nutzbare Erfahrung wird mit höchstens 22,5 Prozent innerhalb vom 15 Jahren berücksichtigt. Beantragt waren vom Stadtrat ursprünglich Lohnbänder von +/- 10 Prozent für Kader und von +/- 5 % für Nicht-Kader, während die nutzbare Erfahrung mit 15 Prozent anzurechnen gewesen wäre. Die vom Gemeinderat vorgenommene Änderung führte in Kombination mit der Anhebung des Mindestlohnes auf Fr. 44'000.-- (Fr. 44'400.-- einschliesslich Teuerung ab 1. Januar 2002) und mit einigen Korrekturen bei den Funktionsketten bei der Überleitung teilweise zu Ergebnissen, welche in dieser Form nicht beabsichtigt waren. Es ergaben sich auch bei Funktionen, welche nicht zu den Aufholenden gehören, zum Teil unangemessen grosse Lohnerhöhungen, die in ihrer Gesamtheit auch die durch den Gemeinderat gesetzte Budgetlimite sprengen würden. Der Stadtrat sieht sich deshalb gezwungen, neben den bereits bestehenden Übergangsregelungen im Personalrecht und in den Ausführungsbestimmungen zusätzliche finanzielle Rahmenbedingungen zu setzen. Überall dort, wo unangemessene, in dieser Form nicht beabsichtigte Lohnerhöhungen eintreten, sind Korrekturen - in erster Linie bei der angerechneten nutzbaren Erfahrung - vorzunehmen.
Kürzungsmassnahmen wurden vom Stadtrat einerseits vorgenommen, um Lohnerhöhungen bei sog. "unechten Aufholern" zu reduzieren, d.h. bei Personen, die - gemessen an der Arbeitsbewertung - einer zu hohen Funktionsgruppe zugeteilt worden waren.
Kürzungen der anrechenbaren Erfahrung wurden aber auch bei "echten Aufholern" vorgenommen, wo das neue Besoldungssystem zu besonders grossen Lohnerhöhungen führte, welche die finanziellen Rahmenbedingungen der Überleitung zu sprengen drohten. Wie der Stadtrat in seinem Einspracheentscheid ausgeführt hat, legten die Departemente jeweils die maximale gesamte Lohnsumme fest. Für das Pflege- und Therapiepersonal lautete die Vorgabe des Gesundheits- und Umweltdepartements, die gesamte Lohnsumme dürfe um höchstens 8 % ansteigen. Zudem sei nach den Anweisungen des Vorstehers zu beachten gewesen, dass der vorhandene Aufholbedarf in der Regel beim Kader höher sei als beim übrigen Personal. Bei der Interpretation des verbleibenden Spielraums seien die Dienstabteilungen angehalten worden, besonders den Faktor der Lohngerechtigkeit innerhalb eines Arbeitsbereichs oder Teams zu berücksichtigen.
5.3 Wie die Erwägungen zu Ziff. 3 Stadtratsbeschluss Nr. 828 zeigen, reagierte der Stadtrat mit dieser übergangsrechtlichen Bestimmung nicht nur auf die vom Gemeinderat vorgenommenen Änderungen der Funktionsketten. Vielmehr befürchtete er, dass die Besoldungsrevision auch aufgrund weiterer Änderungen (beim Lohnband, der nutzbaren Erfahrung und dem Mindestlohn) finanziell aus dem Ruder laufen werde. Insofern erscheint es nicht willkürlich, gestützt auf diese Bestimmung auch Kürzungen der anrechenbaren Erfahrung bei "echten Aufholern" vorzunehmen, die durch die Besoldungsrevision eine besonders grosse Lohnerhöhung erhalten haben. Diese Interpretation ist auch mit Art. 89 Abs. 3 PR vereinbar, der den Stadtrat zu Lohnanpassungen bei Angestellten ermächtigt, deren bisheriger Lohn "deutlich" vom ermittelten Lohn gemäss neuem Besoldungsrecht abweicht, unabhängig davon, worauf dieser Lohnunterschied zurückzuführen ist.
Bei der Beschwerdeführerin hätte die Überleitung in das neue Lohnsystem (trotz Platzierung auf 95 % des Lohnbands) zu einer Lohnerhöhung von rund 21 % geführt. Es erscheint nicht willkürlich, darin eine "deutliche", angesichts der finanziellen Vorgaben "unverhältnismässige" Lohnerhöhung zu erblicken.
Trotz der Kürzung verblieb der Beschwerdeführerin eine Lohnerhöhung von rund 13 % gegenüber ihrem bisherigen Lohn samt Zulagen. Dies erscheint jedenfalls im Ergebnis nicht willkürlich. Es kann daher offen bleiben, ob die Praxis des Verwaltungsgerichts haltbar ist, wonach die Lohnerhöhung bis auf 10 % des altrechtlichen Lohns ohne Berücksichtigung der den Gesundheitsberufen zuvor entrichteten Zulagen gekürzt werden dürfte.
5.4 Schliesslich ist auch kein Rechtsmissbrauch seitens der Stadt Zürich erkennbar. Die Kürzung der anrechenbaren Erfahrung diente nicht dazu, die Ergebnisse der Arbeitsbewertung der Beschwerdeführerin zu umgehen, sondern sollte die Finanzierbarkeit des neuen Besoldungssystems für alle städtischen Angestellten sicherstellen. Dies hat auch das Verwaltungsgericht - zumindest sinngemäss - zum Ausdruck gebracht, weshalb es den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör nicht verletzt hat.
6. Die Beschwerdeführerin rügt weiter die Verletzung des allgemeinen Rechtsgleichheitsgebots.
Sie legt allerdings nicht dar, inwiefern sie schlechter behandelt worden sei als andere Personen (der Pflegeberufe oder anderer Berufsgruppen) in vergleichbarer Situation.
Die ihr gewährte Lohnerhöhung von 13 % (ausgehend von ihrem alten Lohn mit Zulagen) liegt auch deutlich höher als die den "unechten Aufholern" belassenen Lohnerhöhungen von 5 %. Insofern wurde - im Rahmen der finanziellen Möglichkeiten - dem unterschiedlichen Aufholbedarf der Pflegeberufe als "echte Aufholer" einerseits und der "unechten Aufholern" andererseits Rechnung getragen. Zwar mag es fragwürdig erscheinen, dass Berufsgruppen ohne Aufholbedarf überhaupt eine Lohnsteigerung erfahren haben. Dies war jedoch eine Folge der vom Gemeinderat vorgenommenen "Kettenverschiebungen" (vgl. dazu Urteil 1C_54/2008 vom 3. März 2009 E. 7.1), die durch individuelle Korrekturmassnahmen des Stadtrats nicht vollständig rückgängig gemacht werden konnten.
Nach dem Gesagten ist keine Verletzung des allgemeinen Rechtsgleichheitsgebots erkennbar.
7. Schliesslich beantragt die Beschwerdeführerin eine Korrektur des vorinstanzlichen Kostenentscheids hinsichtlich der Parteientschädigung: Sie habe vor Verwaltungsgericht teilweise obsiegt, insoweit als die Rückweisung der Sache an die Stadt aufgehoben worden sei. Es sei daher willkürlich gewesen, die Parteikosten wettzuschlagen, nachdem die Stadt Zürich gemäss der verwaltungsgerichtlichen Praxis ohnehin keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung gehabt habe.
Gemäss § 17 Abs. 2 des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG/ZH) kann die unterliegende Partei oder Amtsstelle zu einer Entschädigung für die Umtriebe der Gegenseite verpflichtet werden. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die Stadt Zürich überwiegend obsiegt habe und deshalb nicht entschädigungspflichtig sei. Diese Betrachtung erscheint jedenfalls nicht willkürlich: Das Verwaltungsgericht hat die Überleitungsverfügung der Stadt vollständig bestätigt. Es gibt auch keine Hinweise dafür, dass die Stadt die (vom Bezirksrat angeordnete und vom Verwaltungsgericht aufgehobene) Rückweisung nutzen wollte, um die angefochtene Verfügung zulasten der Beschwerdeführerin abzuändern (vgl. dazu Vernehmlassung der Stadt an das Verwaltungsgericht, S. 2 unten). Die Beschwerdeführerin hat daher in einem formalen Punkt von untergeordneter Bedeutung obsiegt, weshalb die Zusprechung einer Parteientschädigung nicht zwingend erscheint.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 65 Abs. 4 lit. b und Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Stadt Zürich obsiegt in ihrem amtlichen Wirkungskreis und hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 7 S. 119).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, und dem Eidgenössischen Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber