Sachverhalt:
A. Z._, geboren 1970, arbeitete seit 1. Dezember 2000 für die R._ AG, und war in dieser Eigenschaft bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft AG (nachfolgend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 6. September 2005 war er in einen Auffahrunfall verwickelt. Noch am Unfalltag wurde er im Spital V._ untersucht. In der Folge wurde ihm eine Arbeitsunfähigkeit von anfänglich 100 %, ab 26. Oktober 2005 von 90 %, ab 14. November 2005 von 80 % und ab 28. November 2005 von 75 % attestiert. Die Zürich erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Am 28. November 2005 ereignete sich an derselben Stelle erneut ein Auffahrunfall. Dr. med. O._, Facharzt für Allgemeine Medizin, bescheinigte eine Arbeitsfähigkeit von 33 1/3 % ab 25. Januar 2006. Vom 8. Mai bis 3. Juni 2006 hielt sich Z._ in der Klinik Y._ stationär auf. Seit 23. Juni 2006 befindet er sich in ambulanter psychotherapeutischer Behandlung bei Dr. med. E._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie. Ab 14. August 2006 erachtete Dr. med. O._ ihn als zu 50 % arbeitsfähig. Am 5. Oktober 2007 erstattete die Medizinische Abklärungsstelle X._ ein polydisziplinäres Gutachten. Gestützt darauf stellte die Zürich ihre Leistungen am 4. Dezember 2007 per 31. Oktober 2007 ein. Mit Einspracheentscheid vom 21. April 2008 hielt die Zürich nach weiteren Abklärungen an der Leistungseinstellung fest. In der Zwischenzeit hatte die IV-Stelle des Kantons Zürich mit Verfügung vom 3. April 2008 das Leistungsbegehren von Z._ abgewiesen.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die von Z._ gegen die Leistungseinstellung der Zürich erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 31. März 2010 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid vom 21. April 2008 aufhob und die Sache an die Zürich zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen und neuer Verfügung zurückwies.
C. Die Zürich führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Z._ lässt auf Abweisung der Beschwerde, eventualiter auf Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs unter Anwendung der Schleudertraumapraxis, subeventualiter auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs unter Anwendung der Schleudertraumapraxis schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Das Bundesgericht gewährt mit Verfügung vom 16. August 2010 der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide, das heisst gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481).
Anders verhält es sich nur dann, wenn die untere Instanz, an welche zurückgewiesen wird, durch einen kantonalen Rückweisungsentscheid gezwungen wird, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen, zu deren Anfechtung sie in der Folge nicht befugt wäre (<ref-ruling> E. 2.1 S. 647; <ref-ruling> E. 5.2.4 S. 484). Der Beschwerdeführer ist gehalten darzulegen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), dass der Rückweisungsentscheid für ihn einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil zur Folge hat (<ref-ruling> E. 1.2 S. 429).
1.2 Der vorinstanzliche Entscheid vom 31. März 2010 ist ein Zwischenentscheid, da er die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheids zum Vorgehen im Sinne der Erwägungen und erneutem Verfügungserlass an die Zürich zurückweist. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sollten sich bei der angeordneten medizinischen Neubegutachtung keine nachweisbaren Unfallfolgen ergeben, sei gemäss Vorinstanz davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer eine HWS-Distorsion erlitten habe und eine natürliche Teilkausalität zwischen dieser und seinen Beschwerden bestehe sowie dass die Adäquanz nach der Schleudertraumarechtsprechung zu beurteilen sei. Damit schränke die Vorinstanz ihren Beurteilungsspielraum unzulässig ein. Diese Rüge genügt knapp den Begründungsanforderungen (oben E. 1.1). In der Tat ist die Rückweisung mit der für den Unfallversicherer verbindlichen Feststellung verbunden, der natürliche Kausalzusammenhang sei gegeben. Diesbezüglich belässt der vorinstanzliche Entscheid der Zürich keinen Entscheidungsspielraum. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. 2.1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling>). Solche Umstände können namentlich in formellrechtlichen Mängeln des angefochtenen Entscheides liegen, mit denen die Partei nicht rechnete und nach Treu und Glauben nicht zu rechnen brauchte, oder darin, dass die Vorinstanz materiell in einer Weise urteilt, dass bestimmte Sachumstände neu und erstmals rechtserheblich werden. Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass im Sinne von <ref-law> für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können. Das Vorbringen von Tatsachen, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereigneten oder entstanden (echte Noven), ist vor Bundesgericht unzulässig (Urteil 8C_449/2010 vom 30. November 2010 E. 2.1 mit Hinweis).
2.2 Die vom Versicherten letztinstanzlich erstmals eingereichten Unterlagen stellen unzulässige Noven im Sinne von <ref-law> dar, da sie nicht nur in Zusammenhang mit Begebenheiten stehen, die nach Erlass des Einspracheentscheids eingetreten sind, sondern sich auch auf Rechtsfragen beziehen, die bereits vor der Vorinstanz strittig waren. Es wird somit nicht weiter darauf eingegangen.
3. Die Vorinstanz hat die Grundsätze über die Leistungsvoraussetzungen des natürlichen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis), insbesondere nach einem Schleudertrauma der HWS ohne organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht und dessen Beweiswert (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232 mit Hinweis). Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Die Parteien sind sich einig, dass - entgegen der Feststellung der Vorinstanz - keine weiteren Abklärungen zur Beurteilung der Leistungspflicht notwendig sind. Während die Zürich bereits in der Verfügung vom 4. Dezember 2007 den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den dannzumal noch bestehenden Beschwerden und den Unfallereignissen verneint und jedenfalls das Vorliegen des adäquaten Kausalzusammenhangs bestreitet, sind nach Ansicht des Versicherten beide Leistungsvoraussetzungen gestützt auf die vorhandenen Abklärungsergebnisse gegeben.
4.2 Soweit es um den Nachweis organischer Unfallfolgen geht, sind Vorinstanz und Beschwerdegegner darauf hinzuweisen, dass bei Vorliegen einer Verletzung, welche die Anwendung der sogenannten Schleudertraumapraxis rechtfertigt, nicht allfällige organische Folgen separat beurteilt werden; diese gehören vielmehr zum typischen Beschwerdebild und es wird - anders als bei der Psychopraxis nach <ref-ruling> - auch nicht zwischen organischen und psychischen Unfallfolgen unterschieden (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 in fine S. 112 und E. 8.4 S. 121). In diesem Zusammenhang bleibt anzumerken, dass nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung eine funktionelle Magnetresonanztomographie (nachfolgend: fMRT; englisch: functional magnetic resonance imaging, fMRI) nach dem aktuellen Stand der medizinischen Wissenschaft kein geeignetes Beweismittel zur Beurteilung der Organizität von Beschwerden darstellt (<ref-ruling> E. 5.2 bis 5.5 S. 233; vgl. zur Identität von fMRT und fMRI Urteil 8C_321/2010 vom 29. Juni 2010 E. 4.1.2). Schliesslich kann auch im Rahmen antizipierter Beweiswürdigung davon ausgegangen werden, dass aktuelle medizinische Abklärungen, fünf Jahre nach den Auffahrunfällen, keine organischen Beschwerden objektivieren können, die angesichts der bereits erfolgten medizinischen Abklärungen neue Erkenntnisse bringen, welche mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit auf die Unfälle vom 6. September und 28. November 2005 zurückzuführen sind. Somit ist mangels objektivierbarer organischer Unfallfolgen der natürliche Kausalzusammenhang nicht mit dem adäquaten identisch, so dass der Kausalzusammenhang nach einer speziellen Adäquanzformel zu prüfen ist. Dabei kommt - entgegen der Ansicht der Zürich - nicht die Psychopraxis nach <ref-ruling> zur Anwendung, da weder gestützt auf die Feststellungen des psychiatrischen Gutachtens der Medizinischen Abklärungsstelle X._ noch auf jene des behandelnden Dr. med. E._ gesagt werden kann, es habe ein eigenständiges psychisches Leiden im Sinne der Rechtsprechung vorgelegen.
4.3 Streitig ist damit der natürliche wie der adäquate Kausalzusammenhang. Wie es sich mit dem natürlichen Kausalzusammenhang verhält, kann allerdings offen bleiben, da der adäquate - wie nachfolgend gezeigt wird - zu verneinen ist.
5. Die Vorinstanz hält das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ vom 5. Oktober 2007 nicht für beweiskräftig. Dem kann nicht gefolgt werden. Das interdisziplinäre Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ ist umfassend, beruht auf allseitigen Untersuchungen, berücksichtigt die geklagten Beschwerden, erging in Kenntnis der Vorakten, enthält begründete Schlussfolgerungen der Experten und leuchtet sowohl in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge als auch der medizinischen Situation ein. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass der rheumatologische Experte offensichtlich das Ausmass der Arbeits-(un-)fähigkeit im Zeitpunkt des zweiten Unfalls verwechselt hat. Soweit die Vorinstanz geltend macht, dem Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ könne nicht gefolgt werden, weil kein Neurologe miteinbezogen wurde, ist ihr nicht zuzustimmen. Einerseits ist dies auch im Zusammenhang mit der Beurteilung eines Schleudertraumas nicht unabdingbare Voraussetzung (vgl. die Aufzählung in <ref-ruling> E. 9.5 S. 125: "... empfehlenswert, dass die Begutachtung durch mit diesen Verletzungsarten besonders vertraute Spezialärzte erfolgt ... Im Vordergrund stehen dabei Untersuchungen neurologisch/orthopädischer [...] und psychiatrischer sowie gegebenenfalls auch neuropsychologischer Fachrichtung."). Andererseits legt Dr. med. H._, Facharzt für Neurologie, in seinem Bericht vom 15. Februar 2008 nachvollziehbar dar, weshalb der Beizug eines Neurologen im konkreten Fall nicht notwendig war; etwas anderes legen auch die übrigen neurologischen Berichte nicht nahe (vgl. die Berichte des Dr. med. W._, Facharzt für Neurologie, vom 19. Dezember 2005 und 4. Januar 2006 sowie das Gutachten des Dr. med. A._, Facharzt für Neurologie, vom 19. Mai 2008). Schliesslich ist es - entgegen der Ansicht der Vorinstanz auch bezüglich der Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit überzeugend; zwar attestiert Dr. med. M._, Chefarzt, des Zentrums X._ in seinem Gutachten vom 4. Juni 2007 eine Arbeitsfähigkeit von 60 % in der angestammten Tätigkeit, während die Gutachter der Medizinischen Abklärungsstelle X._ von einer vollen Arbeitsfähigkeit im bisherigen Beruf ausgingen; in einer angepassten Tätigkeit - welche entgegen der Vorinstanz angesichts der seit den Unfällen verstrichenen Zeit und der Schadenminderungspflicht massgebend ist (vgl. <ref-ruling> E. 9.5 in fine S. 126 und E. 10.2.7 S. 129) - geht Dr. med. M._ ebenfalls von einer vollen Arbeitsfähigkeit aus.
6. 6.1 In der Verfügung vom 4. Dezember 2007 hat die Zürich das erste Unfallereignis praxisgemäss als mittelschwer an der Grenze zu den leichten Fällen und das zweite als von bagatellärem Charakter qualifiziert. Dem ist angesichts des augenfälligen Geschehensablaufs beizupflichten. Der Beschwerdegegner macht denn auch nichts Abweichendes geltend. Somit müssten für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs mehrere Kriterien oder eines in besonders ausgeprägter oder auffallender Weise erfüllt sein.
6.2 Unbestrittenermassen sind die drei Kriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls, der ärztlichen Fehlbehandlung sowie des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen nicht gegeben. Das Kriterium der besonderen Art oder Schwere der Verletzungen ist entgegen der Ansicht der Zürich für den zweiten Unfall zu bejahen; allerdings nicht infolge einer besonderen Sitzposition im Unfallzeitpunkt, sondern angesichts der durch den ersten Unfall bereits vorgeschädigten Wirbelsäule (vgl. etwa SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 E. 3.4.2 [U 39/04] oder Urteil 8C_266/2008 vom 22. August 2008 E. 4.2.3). Hingegen ist das Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung zu verneinen. Massnahmen wie Physiotherapie und die Verabreichung von Medikamenten sind im Rahmen eines Schleudertraumas weder aussergewöhnlich noch besonders belastend (vgl. etwa die Urteile 8C_402/2007 vom 23. April 2008 E. 5.2.3 oder 8C_470/2007 vom 15. Mai 2008 E. 5.2.3). Dies gilt auch für die psychotherapeutische Behandlung durch Dr. med. E._, zumal diese nicht bloss durch die Unfälle bedingt ist, sondern auch der Bewältigung von Problemen am Arbeitsplatz dient. Was schliesslich die geltend gemachte Ozon-Sauerstofftherapie betrifft, ist nicht ersichtlich, inwiefern diese Bestandteil eines spezifischen Therapieplanes ist. Insgesamt kann somit nicht von einer fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung gesprochen werden. Das Kriterium der erheblichen Beschwerden ist - entgegen der Ansicht des Versicherten nicht bereits gegeben, wenn die Beschwerden seit dem Unfall andauern. Mit <ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128 wurde gerade präzisiert, dass nicht allein die Dauer der Beschwerden, sondern deren Erheblichkeit und die daraus folgenden Beeinträchtigungen massgeblich sind. Der Versicherte ist nicht mehr in der Lage, allen früher ausgeübten (Freizeit-)Tätigkeiten nachzugehen; aus den Akten ergeben sich aber auch nach den beiden Unfallereignissen noch zahlreiche (Freizeit-)Aktivitäten (Reisen, Tauchen, Halten von zwei Hunden, Pflege sozialer Kontakte) und es wäre ihm weniger als zwei Jahre nach dem ersten Unfall zuzumuten gewesen, im Rahmen einer angepassten Tätigkeit voll zu arbeiten (vgl. das Gutachten des Dr. med. M._ vom 4. Juni 2007). Die geklagten Beeinträchtigungen in den alltäglichen Verrichtungen sind demnach nicht derart erheblich, als dass sie den Anforderungen des Kriteriums zu genügen vermöchten (vgl. etwa Urteil 8C_470/2007 vom 15. Mai 2008 E. 5.2.5). Schliesslich ist auch das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen nicht gegeben. Zwar war der Versicherte stets im Umfang der vom Hausarzt attestierten Arbeitsfähigkeit im angestammten Beruf tätig; angesichts der nicht einmal zwei Jahre nach dem ersten Unfall gegebenen vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit (vgl. das Gutachten des Dr. med. M._ vom 4. Juni 2007) kann jedoch nicht von einer andauernden erheblichen Arbeitsunfähigkeit die Rede sein. Nachdem lediglich zwei der Kriterien gegeben sind und keines in besonders ausgeprägter oder auffallender Weise vorliegt, ist der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den im Zeitpunkt des Einspracheentscheids noch geklagten Beschwerden und den Ereignissen vom 6. September resp. dem 28. November 2005 zu verneinen (vgl. SVR 2010 UV Nr. 25 S. 102 E. 4.5 mit Hinweisen [8C_897/2009]).
7. 7.1 Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdegegner hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).
7.2 Nach <ref-law> wird obsiegenden Behörden oder mit öffentlichrechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen. In Anwendung dieser Bestimmung hat das Bundesgericht der SUVA und den privaten UVG-Versicherern keine Parteientschädigungen zugesprochen, weil sie als Organisationen mit öffentlichrechtlichen Aufgaben zu qualifizieren sind (<ref-ruling> E. 4a S. 150 mit Hinweisen). Die Zürich hat im Rahmen ihrer Tätigkeit als obligatorischer Unfallversicherer keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. März 2010 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Februar 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold