Sachverhalt:
A. Der nigerianische Staatsangehörige X._ (geb. 1965) reiste am 18. Februar 1998 ohne Visum in die Schweiz ein und stellte gleichentags ein Asylgesuch. Am 3. Juni 1998 zog er das Asylgesuch zurück und verliess die Schweiz am 14. Juni 1998.
Am 11. November 2001 reiste X._ erneut ohne Visum in die Schweiz und stellte wiederum ein Asylgesuch, das mit Entscheid vom 25. Januar 2002 abgewiesen wurde. Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat die Asylrekurskommission am 26. März 2002 nicht ein, worauf das Bundesamt für Flüchtlinge (heute Bundesamt für Migration) X._ aufforderte, die Schweiz bis zum 16. April 2002 zu verlassen. Nach Vorliegen des Reisepasses wies das Migrationsamt des Kantons Aargau X._ an, die Schweiz am 19. August 2005 zu verlassen und via Nairobi nach Lagos auszureisen. X._ trat den gebuchten Rückflug nicht an und tauchte unter.
B. Am 31. August 2006 reichte X._ beim Amt für Migration des Kantons Zug ein Gesuch um Erteilung einer Einreisebewilligung zwecks Vorbereitung der Heirat bzw. betreffend Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei der schweizerischen Ehefrau ein. Am 15. Oktober 2006 reiste X._ sodann von Frankreich in die Schweiz ein und heiratete am 3. November 2006 in Cham die Schweizer Bürgerin Y._. Gestützt auf die Heirat wurde ihm rückwirkend ab 3. November 2006 eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei der Ehefrau erteilt.
Am 4. Mai 2007 bestrafte das frühere Einzelrichteramt des Kantons Zug X._ mit Strafbefehl wegen Drohung und Tätlichkeiten gegen seine Ehefrau zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und einer Busse von Fr. 300.--. In der Folge erhielt das Amt für Migration Kenntnis von weiteren Verurteilungen wegen illegaler Einreise, geringfügigen Diebstahls, Grenzübertritts ohne gültige Ausweispapiere und Widerhandlung gegen das Transportgesetz. Mit Verfügung vom 28. Juni 2007 verwarnte das Amt für Migration X._ und drohte ihm die Ausweisung an, falls er erneut zu Klagen Anlass geben bzw. straffällig werden sollte.
Nachdem die Ehefrau auf Anfrage hin am 13. November 2007 dem Amt für Migration des Kantons Zug telefonisch erklärt hatte, die eheliche Beziehung habe sich normalisiert und es gebe keine Probleme mehr, verlängerte dieses am 14. November 2007 die Aufenthaltsbewilligung von X._ bis zum 3. November 2008. Am 15. November 2007 erhielt das Amt für Migration Kenntnis vom Polizeirapport der Kantonspolizei Luzern vom 12. November 2007 betreffend am 31. Oktober 2007 durch X._ verübte häusliche Gewalt gegen seine Ehefrau, die deswegen gegen ihren Ehemann gleichentags Strafanzeige erstattet hatte. Bei der darauf erfolgten Befragung sagte die Ehefrau aus, seit dem Vorfall im Oktober habe ihr Ehemann sein Verhalten wirklich verändert.
Am 14. Januar 2008 zog die Ehefrau aus der gemeinsamen Wohnung aus. Am 11. Juni 2008 sprach X._ beim Amt für Migration vor und teilte mit, seine Ehe sei definitiv gescheitert. Am 25. Juni 2008 verfügte das Kantonsgericht Zug die Aufhebung des gemeinsamen Haushalt per 14. Januar 2008.
C. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs widerrief das Amt für Migration am 5. August 2008 die Aufenthaltsbewilligung von X._ und verpflichtete den Betroffenen, die Schweiz bis zum 30. Oktober 2008 zu verlassen. Dagegen beschwerte sich X._ ohne Erfolg beim Regierungsrat und darauf beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. September 2009 beantragt X._, die Verfügung vom 5. August 2008 aufzuheben, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 6. August 2009 "nicht zu bestätigen und zurückzuweisen" und die Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung zu prüfen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zug beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zug und das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 3). Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet des Ausländerrechts unzulässig gegen Entscheide betreffend Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt.
1. 1.1 Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 3). Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet des Ausländerrechts unzulässig gegen Entscheide betreffend Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt.
1.2 1.2.1 Am 1. Januar 2008 ist das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer [Ausländergesetz, AuG; SR 142.20]) in Kraft getreten, womit das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; BS 1 121) aufgehoben wurde.
Die Aufenthaltsbewilligung des Beschwerdeführers, die von der kantonalen Fremdenpolizeibehörde am 5. August 2008 und somit nach Inkrafttreten des Ausländergesetzes widerrufen wurde, ist am 3. November 2008 abgelaufen. Schon im Zeitpunkt des Erlasses des angefochtenen Urteils konnte es daher nur noch um die Verlängerung der abgelaufenen Bewilligung gehen. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist somit die Verlängerung der fraglichen Aufenthaltsbewilligung, wobei die Bestimmungen des neuen Ausländergesetzes (Art. 126 Abs. 1 a contrario AuG) anwendbar sind.
1.2.2 Gemäss Art. 42 Abs. 1 AuG haben ausländische Ehegatten von Schweizerinnen und Schweizern grundsätzlich Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit diesen zusammenwohnen. Der Beschwerdeführer, der unbestrittenermassen seit dem 14. Januar 2008 von seiner schweizerischen Ehegattin getrennt lebt und die Ehe im Übrigen als definitiv gescheitert betrachtet, kann sich somit für seinen weiteren Verbleib in der Schweiz nicht mehr auf diese Gesetzesbestimmung berufen.
1.2.3 Nach Art. 50 Abs. 1 AuG hat der ausländische Ehegatte auch nach Auflösung der Ehe oder der gemeinsamen Wohnung weiter Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung nach Art. 42 AuG, wenn die Ehegemeinschaft mindestens drei Jahre gedauert hat und eine erfolgreiche Integration besteht (lit. a) oder wenn wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (lit. b).
Unbestrittenermassen hat das eheliche Zusammenleben des Beschwerdeführers mit seiner Ehefrau weniger als 15 Monate gedauert. Da die Voraussetzung der dreijährigen Mindestdauer der Ehegemeinschaft somit nicht erfüllt ist, fällt eine Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung gestützt auf Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG schon deshalb ausser Betracht. Da aufgrund der strafrechtlichen Verurteilungen ohnehin auch nicht von einer erfolgreichen Integration des Beschwerdeführers ausgegangen werden kann, erübrigt es sich, auf die Einwände des Beschwerdeführers betreffend die gesetzlich verlangte Mindestdauer der Ehegemeinschaft einzugehen.
Der Beschwerdeführer macht zudem geltend, wichtige persönliche Gründe im Sinne von Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG räumten ihm ein Anwesenheitsrecht ein. Unter diesen Umständen ist von einem grundsätzlichen Bewilligungsanspruch auszugehen, weshalb sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als zulässig erweist (<ref-law> a contrario). Die Frage, ob die Verlängerung der Bewilligung verweigert werden durfte, weil die Voraussetzungen für deren Verlängerung nach Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG vorliegend nicht erfüllt sind, betrifft nicht das Eintreten, sondern bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (vgl. Urteil 2C_460/2009 vom 4. November E. 2.1.2 mit Hinweis).
1.3 Das angefochtene Urteil ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid. Der Beschwerdeführer ist gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel kann daher grundsätzlich eingetreten werden. Nicht eingetreten werden kann auf die Beschwerde, soweit die Aufhebung der Verfügung des Amts für Migration vom 5. August 2008 beantragt wird. Diese ist durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt inhaltlich als mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweist (<ref-law>).
2. 2.1 Wie erwähnt bestimmt Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG, dass nach Auflösung der Familiengemeinschaft der Anspruch des Ehegatten auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung nach Art. 42 AuG weiter besteht, wenn wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen.
Gemäss Art. 50 Abs. 2 AuG, dessen Wortlaut im Übrigen in Art. 77 Abs. 2 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit (VZAE; RS 142.201) für Bewilligungen nach Art. 44 AuG übernommen wurde, können wichtige persönliche Gründe nach Absatz 1 lit. b namentlich vorliegen, wenn der Ehegatte Opfer ehelicher Gewalt wurde und die soziale Wiedereingliederung im Herkunftsland stark gefährdet erscheint. Dabei ist nicht erforderlich, dass diese Voraussetzungen kumulativ erfüllt sind. Die Gründe, die den weiteren Aufenthalt in der Schweiz zu rechtfertigen vermögen, sind zudem nicht erschöpfend aufgelistet ("namentlich"), weshalb den Behörden ein gewisser Beurteilungsspielraum verbleibt (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil 2C_460/2009 vom 4. November E. 5.3).
Wie die Botschaft vom 8. März 2002 zum Ausländergesetz (BBl 2002 S. 3709 ff., S. 3754) festhält, soll der Weiterbestand des Aufenthaltsrechts Härtefälle vermeiden. Dies kann sich etwa dann als erforderlich erweisen, wenn der in der Schweiz lebende Ehegatte verstorben ist oder wenn aufgrund der gescheiterten Ehe die familiäre und soziale Wiedereingliederung im Herkunftsland stark erschwert wird. Dasselbe gilt auch, wenn gemeinsame Kinder vorhanden sind, zu denen eine enge Beziehung besteht und die in der Schweiz gut integriert sind. Zu berücksichtigen sind stets auch die Umstände, die zur Auflösung der Gemeinschaft geführt haben. Wird eheliche Gewalt geltend gemacht, ist jedoch erforderlich, dass diese einen gewissen Schweregrad aufweist (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil 2C_460/2009 vom 4. November E. 5.3). Dies ist der Fall, wenn die im Familiennachzug zugelassene Person durch das Zusammenleben in ihrer Persönlichkeit ernstlich gefährdet ist und ihr eine Fortführung der ehelichen Beziehung nicht länger zugemutet werden kann. In der Regel gilt eine Rückkehr ins Heimatland als zumutbar, wenn der Aufenthalt in der Schweiz nur kürzere Zeit gedauert hat, keine engen Beziehungen zur Schweiz geknüpft wurden und die erneute Integration im Herkunftsland keine besonderen Probleme stellt (BBl 2002 S. 3754).
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer behauptet, er habe eheliche Gewalt erlitten. In den Akten finden sich jedoch keine konkreten Hinweise, die diese Vorbringen zu untermauern vermöchten. Dass die Feststellungen des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug zum Sachverhalt offensichtlich unrichtig wären, ist nicht ersichtlich und geht namentlich auch nicht aus den Ausführungen des Beschwerdeführers hervor. Aktenkundig ist hingegen das gewalttätige Verhalten des Beschwerdeführers gegenüber seiner Ehefrau. Es ist erstellt, dass er sie wiederholt geschlagen und ihr mit dem Tod gedroht hat. Er wurde daher wegen Tätlichkeiten und Drohung rechtskräftig verurteilt. Der Schluss der Vorinstanz, bei den Vorbringen des Beschwerdeführers betreffend angeblich erlittene eheliche Gewalt handle es sich um reine Schutzbehauptungen, ist unter diesen Umständen nicht zu beanstanden. Weitere Ausführungen dazu erübrigen sich. Es genügt, ergänzend auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil zu verweisen (<ref-law>).
2.2.2 Im Übrigen steht der Rückkehr des Beschwerdeführers in sein Heimatland nichts entgegen. Er ist in Nigeria aufgewachsen und hat dort gelebt, bis er 1998 im Alter von 36 Jahren erstmals illegal in die Schweiz einreiste. Nach wenigen Monaten kehrte er in sein Heimatland zurück, bevor er dann während seines zweiten erfolglosen Asylverfahrens bis zu seinem Untertauchen bzw. bis zur erneuten Ausreise wiederum in der Schweiz weilte. Im Zeitpunkt der Verfügung des Amtes für Migration hielt sich der Beschwerdeführer hier weniger als zwei Jahre ordnungsgemäss im Rahmen des Familiennachzugs auf. Bereits aufgrund der kurzen Aufenthaltsdauer kann von einer eigentlichen Verwurzelung des Beschwerdeführers in der schweizerischen Gesellschaft nicht die Rede sein. Ferner hat er - wie erwähnt - verschiedentlich zu Klagen und strafrechtlichen Verurteilungen Anlass gegeben. Selbst wenn er seit 2001 nicht mehr in Nigeria gelebt hat, ändert dies nichts daran, dass er mit den heimatlichen kulturellen und sozialen Verhältnissen weiterhin bestens vertraut ist und sich wieder in die nigerianische Gesellschaft wird eingliedern können. Zudem leben auch seine zwei Töchter aus einer früheren Ehe in Nigeria. Dass gesundheitsbedingte Hindernisse bestünden, macht der Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren zu Recht nicht mehr geltend. Wie die Vorinstanz zutreffend feststellt hat, wurde vom Beschwerdeführer nicht dargetan, dass sich erhöhter Blutdruck in Nigeria nicht angemessen behandeln liesse.
3. 3.1 Die Beschwerde erweist sich somit als offensichtlich unbegründet und ist im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.2 Dem Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege kann wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren nicht entsprochen werden. Der Beschwerdeführer wird somit kostenpflichtig (<ref-law>). Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr wird jedoch seiner finanziellen Lage Rechnung getragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Amt für Migration, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Verwaltungsrechtliche Kammer, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs