Faits:
A. Par ordonnance du 21 mars 2011, le Ministère public de la République et canton de Genève a classé la procédure P/719/2001 pour le motif que la domiciliation et la nationalité russes des personnes mises en cause s'opposaient à leur extradition. Nonobstant l'empêchement de procéder, il a en revanche prononcé la confiscation de 1'096'455 dollars américains au détriment de M._ Ltd (ci-après : M._), mesure fondée sur des actes de blanchiment d'argent par métier commis en Suisse et imputables aux ayants droit économiques successifs - A._, B._, puis C._ - de cette société.
B. La Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours de la société M._ contre l'ordonnance de confiscation, par arrêt du 29 novembre 2011 fondé sur les principaux éléments de fait suivants.
En octobre 1999, le Ministère public genevois a ouvert l'information pénale P/12365/1999 donnant suite aux poursuites pénales menées aux USA pour faux dans les titres et blanchiment d'argent par métier à l'encontre de D._ et E._. Les autorités américaines leur reprochaient d'avoir favorisé le transfert d'importants montants frauduleux en provenance ou à destination de la Fédération de Russie grâce aux comptes bancaires des sociétés N._ et O._ qu'ils contrôlaient. Sur ordres de ces sociétés, les comptes n°s xxx et yyy de la banque S._ auprès de la banque T._ avaient été crédités d'un montant total de 1'096'455 dollars américains (recte : 1'128'255 dollars américains). Cette somme avait ensuite été virée sur le compte bancaire n° zzz de la société M._ auprès de la banque U._ à Genève, moyennant quinze versements opérés entre les 7 juillet 1997 et 12 février 1998.
C. La société M._ interjette un recours en matière pénale contre l'arrêt cantonal dont elle requiert, sous suite de frais et dépens, l'annulation et la levée de la confiscation.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée a été rendue en matière pénale et la recourante dispose de la qualité pour recourir (cf. arrêt 6B_1035/2008 du 11 mai 2009 cond. 1.1 et 1.4). Le recours en matière pénale est ainsi ouvert.
2. 2.1 La confiscation litigieuse est fondée sur plusieurs transferts de valeurs patrimoniales d'un montant total de 1'128'255 dollars américains effectués entre les 7 juillet 1997 et 12 février 1998 depuis les comptes américains des sociétés N._ et O._ sur celui de la société M._ à Genève, considérés comme constitutifs de blanchiment d'argent par métier au sens de l'art. 305bis ch. 2 al. 2 let. c CP. Les crimes préalables aux USA sont des faux dans les titres (aussi punissables en Suisse en vertu de l'<ref-law>) et des actes de blanchiment d'argent par métier (aussi punissables en Suisse en vertu de l'<ref-law>) retenus à l'encontre de E._ et D._.
2.2 La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas s'être prononcée sur la provenance illicite des fonds confisqués. Elle considère que celle-ci n'est pas établie, dès lors que les magistrats cantonaux ont omis de qualifier juridiquement l'infraction préalable au blanchiment d'argent par métier en se bornant à traduire sommairement les termes « organized crime » ou « other criminal activities » utilisés par les autorités américaines, pour en déduire que les agissements coupables de E._ et D._ répondaient à la notion de crime prévue par le droit suisse. Elle invoque aussi une violation de son droit d'être entendue et de la présomption d'innocence.
2.3 Ce faisant, la recourante se plaint en réalité de la violation de l'<ref-law> et non pas de celle de son droit d'être entendue comme elle le donne à penser, dont elle n'a subi aucune atteinte dès lors que, comme le confirme son recours, elle a été à même d'apprécier correctement la portée de l'arrêt cantonal et de l'attaquer à bon escient (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236). Pour le même motif, la violation de la présomption d'innocence qu'elle invoque n'a pas de portée supplémentaire par rapport à la violation de l'<ref-law>. Tout du moins, la recourante n'invoque aucun grief tiré de la violation de la présomption d'innocence qui soit recevable au regard de l'<ref-law>.
3. 3.1 Conformément à l'<ref-law>, le juge prononce la confiscation des valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits (al. 1). La confiscation n'est pas prononcée lorsqu'un tiers a acquis les valeurs dans l'ignorance des faits qui l'auraient justifiée, et cela dans la mesure où il a fourni une contre-prestation adéquate ou si la confiscation se révèle d'une rigueur excessive (al. 2).
3.2 Soumise aux <ref-law>, la confiscation ne peut être ordonnée que si l'infraction d'où proviennent les valeurs ressortit à la compétence de la juridiction suisse (cf. <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2d). Il convient de ne pas minimiser la compétence territoriale du juge suisse en matière de confiscation, en particulier telle qu'elle peut découler de l'<ref-law> ou encore de l'<ref-law>, qui prévoit que les avoirs issus d'un crime à l'étranger peuvent constituer un blanchiment en Suisse. Par ce biais, les fonds blanchis peuvent être considérés comme le résultat au sens de l'<ref-law> d'une infraction commise en Suisse et ainsi être confisqués (ATF <ref-ruling> consid. 2d).
3.3 L'infraction doit être la cause essentielle, respectivement adéquate, de l'obtention des valeurs patrimoniales et celles-ci doivent typiquement provenir de l'infraction en question. Il doit donc exister, entre l'infraction et l'obtention des valeurs patrimoniales, un lien de causalité tel que la seconde apparaît comme la conséquence directe et immédiate de la première. C'est en particulier le cas lorsque l'obtention des valeurs patrimoniales est un élément objectif ou subjectif de l'infraction ou lorsqu'elle constitue un avantage direct découlant de la commission de l'infraction. En revanche, les valeurs patrimoniales ne peuvent pas être considérées comme le résultat de l'infraction lorsque celle-ci n'a que facilité leur obtention ultérieure par un acte subséquent sans lien de connexité immédiat avec elle (arrêt 6S.819/1998 du 4 mai 1999 publié in SJ 1999 I p. 417).
4. 4.1 L'<ref-law> prévoit que celui qui aura commis un acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales dont il savait ou devait présumer qu'elles provenaient d'un crime, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire (ch. 1). Dans les cas graves, la peine sera une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou une peine pécuniaire. En cas de peine privative de liberté, une peine pécuniaire de 500 jours-amende au plus est également prononcée. Le cas est grave, notamment (a) lorsque le délinquant agit comme membre d'une organisation criminelle, (b) agit comme membre d'une bande formée pour se livrer de manière systématique au blanchiment d'argent, (c) réalise un chiffre d'affaires ou un gain importants en faisant métier de blanchir de l'argent (ch. 2). Le délinquant est également punissable lorsque l'infraction principale a été commise à l'étranger et lorsqu'elle est aussi punissable dans l'Etat où elle a été commise (ch. 3).
Les valeurs patrimoniales blanchies doivent provenir d'un crime au sens de l'<ref-law>, soit d'une infraction passible d'une peine privative de liberté de plus de trois ans. Peuvent constituer un acte préalable au blanchiment d'argent, les infractions prévues par le CP aussi bien que par la législation pénale accessoire. Comme en l'espèce, le blanchiment d'argent qualifié prévu à l'<ref-law> peut ainsi notamment constituer un acte préalable au blanchiment. En revanche, il n'y a pas de crime préalable lorsqu'une escroquerie fiscale est commise par le biais de faux dans les titres, car dans ce cas l'<ref-law> est absorbé par la disposition de droit pénal fiscal (TRECHSEL/PIETH, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2ème éd. 2013, n° 10 ad <ref-law>). Lorsque l'infraction principale a été commise à l'étranger, il faut qu'elle soit aussi punissable dans l'Etat où elle l'a été (<ref-law>), ce qui suppose l'existence dans cet Etat d'une réglementation abstraitement comparable à la règle pénale suisse (<ref-ruling> consid. 2 p. 180 s.). Le juge évalue à l'aune du droit suisse si l'acte préalable commis à l'étranger constitue un crime. La punissabilité de l'acte préalable commis à l'étranger se détermine en revanche selon le droit du lieu de commission (TRECHSEL/PIETH, op. cit., n° 10 ad <ref-law>).
L'exigence de la provenance criminelle des valeurs patrimoniales blanchies suppose qu'il puisse être établi de quelle infraction principale (ou préalable) les valeurs patrimoniales proviennent. Dans la plupart des cas, cette preuve est difficile à apporter, surtout lorsqu'il s'agit d'infractions commises à l'étranger (cf. URSULA CASSANI, Commentaire du droit pénal suisse, Partie spéciale, vol. 9, n° 9 ad <ref-law>; STRATENWERTH/BOMMER, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II, Straftaten gegen Gemeininteressen, 6ème éd. 2008, § 51, N° 27). Compte tenu de ces difficultés, la jurisprudence admet qu'en matière de blanchiment d'argent, comme dans le domaine du recel, la preuve stricte de l'acte préalable n'est pas exigée. Il n'est pas nécessaire que l'on connaisse en détail les circonstances du crime, singulièrement son auteur, pour pouvoir réprimer le blanchiment. Le lien exigé entre le crime à l'origine des fonds et le blanchiment d'argent est volontairement ténu (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 5).
L'exigence de la provenance criminelle des valeurs patrimoniales blanchies suppose qu'il puisse être établi de quelle infraction principale (ou préalable) les valeurs patrimoniales proviennent. Dans la plupart des cas, cette preuve est difficile à apporter, surtout lorsqu'il s'agit d'infractions commises à l'étranger (cf. URSULA CASSANI, Commentaire du droit pénal suisse, Partie spéciale, vol. 9, n° 9 ad <ref-law>; STRATENWERTH/BOMMER, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II, Straftaten gegen Gemeininteressen, 6ème éd. 2008, § 51, N° 27). Compte tenu de ces difficultés, la jurisprudence admet qu'en matière de blanchiment d'argent, comme dans le domaine du recel, la preuve stricte de l'acte préalable n'est pas exigée. Il n'est pas nécessaire que l'on connaisse en détail les circonstances du crime, singulièrement son auteur, pour pouvoir réprimer le blanchiment. Le lien exigé entre le crime à l'origine des fonds et le blanchiment d'argent est volontairement ténu (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 5).
4.2 4.2.1 Il ressort des constatations cantonales que les fonds confisqués proviennent en totalité des comptes bancaires des sociétés N._ et O._. De 1996 à 1999, près de 7 milliards de dollars américains détournés au détriment du Fonds Monétaire International (ci-après : FMI) y ont transité, avant d'être transférés sur les comptes bancaires de sociétés sises dans des endroits réputés pour cacher de l'argent. A l'appui de ces transactions, de fausses déclarations fiscales et des factures commerciales fictives ont été établies par E._ et D._ afin de conférer aux sociétés N._ et O._ l'apparence de parties à des contrats commerciaux fictifs, alors que ces sociétés n'avaient jamais participé à la moindre transaction commerciale effective, mais servi à blanchir de l'argent et transférer des fonds à des personnes et groupes de personnes réputées ou soupçonnées d'être liées au crime organisé russe ou à d'autres activités criminelles, nombre de sociétés bénéficiaires étant domiciliées dans des endroits connus pour cacher de l'argent.
Devant les instances cantonales, la recourante a justifié sa détention des valeurs patrimoniales litigieuses en produisant une convention intitulée « promissory notes purchase agreement », passée le 1er mai 1997 entre elle-même et une société nommée P._. Selon les considérations cantonales, cette convention présente toutes les caractéristiques d'un montage typique de blanchiment d'argent, à savoir un contrat insolite et sans justification, sans véritable logique économique et/ou commerciale, passée entre deux entités juridiques domiciliées dans des « paradis fiscaux » abritant notoirement des sociétés pouvant être qualifiées d' « exotiques», ladite opération portant sur des virements de fonds provenant de personnes physiques ou morales inconnues, effectuées par le biais des comptes de deux sociétés, N._ et O._, utilisées comme paravent par des blanchisseurs d'argent condamnés comme tels aux USA.
La recourante ne discute pas les constatations cantonales selon lesquelles les fonds en cause proviennent de détournements de fonds avérés au détriment du FMI (cf. ch. 15 et 33 de l'ordonnance de confiscation; cf. arrêt attaqué p. 17 § 2, p. 18 § 1). Afin de légitimer sa propre détention des fonds en question, elle s'est prévalue d'un contrat d'affaires présentant toutes les caractéristiques d'un montage typique de blanchiment d'argent, selon les constatations cantonales dont la recourante ne démontre pas qu'elles seraient arbitraires. Aucun élément ne permet d'infirmer la provenance illicite des fonds en les faisant apparaître comme légitimement acquis. Compte tenu de leur nature et de leur importance, ces détournements de fonds présentent la gravité d'infractions qualifiées contre le patrimoine, de sorte que c'est en vain que la recourante met en cause l'origine criminelle des valeurs patrimoniales confisquées. L'infraction préalable de blanchiment d'argent par métier commise aux USA n'apparaît ainsi pas critiquable.
4.2.2 L'infraction préalable de blanchiment d'argent par métier étant acquise, il n'est pas nécessaire d'entrer en matière sur les considérations de la recourante afin de déterminer si l'infraction de faux dans les titres vaut également acte préalable aux actes de blanchiment d'argent retenus en Suisse.
4.3 La recourante, qui se prévaut du changement successif de son actionnariat, conteste avoir connu, par l'intermédiaire de ses ayants droit successifs, l'origine criminelle des fonds confisqués. Elle reproche également à la cour cantonale d'avoir considéré qu'elle n'avait fourni aucune explication satisfaisante, ni document justificatif au sujet du contrat du 1er mai 1997 et de sa logique commerciale et/ou économique, ni aucunement étayé les développements ressortant sur ce point de ses écritures.
Ce que l'auteur savait, voulait ou ce dont il acceptait l'avènement fait partie du contenu de la pensée et la constatation de celui-ci relève de l'établissement des faits que le Tribunal fédéral n'examine donc également que sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 4). La recourante n'expose pas en quoi les magistrats cantonaux auraient procédé à une appréciation insoutenable des preuves en considérant que dès le début, la recourante, par le biais de son premier ayant droit économique déclaré A._, avait participé sciemment au transfert de fonds d'origine criminelle, le contrat conclu entre les sociétés M._ et P._ présentant toutes les caractéristiques d'une opération typique de blanchiment d'argent. Celui-ci avait du reste toujours refusé sans raison valable de s'expliquer. Il résultait en outre des déclarations confuses et contradictoires de B._ qu'il ne pouvait pas ignorer la provenance illicite des fonds détenus par la recourante avant de l'avoir acquise. Il en était de même de C._ qui avait déclaré savoir que lesdits avoirs avaient été séquestrés, avant de préciser ensuite qu'il n'était cependant pas prouvé que ces avoirs provenaient de détournements opérés au détriment du FMI. C._ avait ainsi connaissance des circonstances faisant naître le soupçon pressant que les fonds saisis à Genève étaient le produit d'infractions graves et s'en était manifestement accommodé. En opposant sa propre version des faits à celle retenue par l'autorité précédente, la recourante se borne à développer des considérations purement appellatoires qui sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5), partant inaptes à mettre en doute l'intention requise par l'<ref-law> et à fonder la bonne foi du tiers acquéreur au sens de l'<ref-law>.
4.4 Au vu de ce qui précède, c'est à juste titre que la cour cantonale a considéré que la façon d'agir de la recourante correspondait aux critères légaux et jurisprudentiels du blanchiment d'argent par métier au sens de l'art. 305bis ch. 2 let. c CP, à savoir l'obtention de gains importants par le biais de multiples et systématiques opérations de blanchiment d'argent exercées durant 8 mois à la manière d'une profession, afin d'en retirer des revenus réguliers et de contribuer ainsi à la satisfaction non négligeable des besoins de ses ayants droit. Fondée sur ce qui précède, la confiscation prononcée en vertu de l'<ref-law> n'est pas critiquable.
5. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 11 mars 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Gehring