Sachverhalt:
A. A._ und B._ züchteten ab 1994/95 im Elsass Pferde und verkauften diese auch in die Schweiz. Eine Untersuchung der Zollkreisdirektion Basel ergab, dass zwischen 1996 und 1999 zahlreiche dieser Pferde illegal über Grenzübergänge oder für den Warenverkehr geschlossene Zollstrassen zwischen Boncourt und Basel St. Louis in die Schweiz eingeführt wurden.
Die Zollkreisdirektion Basel nahm gegen A._ und B._ sowie zahlreiche weitere Personen, darunter C._ und D._, Schlussprotokolle auf, in denen sie ihnen Widerhandlungen gegen das Zollgesetz, das Tierseuchengesetz, die Mehrwertsteuerverordnung und das Mehrwertsteuergesetz zur Last legte.
Mit Verfügungen vom 31. Januar 2002 wurden A._, B._, C._, D._ und weitere Personen für die hinterzogenen Abgaben leistungspflichtig erklärt.
B._, C._ und D._ fochten diese Verfügungen an. Über die Beschwerden von B._ und C._ entschied die Oberzolldirektion am 19. Mai 2004 bzw. am 17. November 2004; die Entscheide erwuchsen in Rechtskraft. In Sachen D._ entschied die Eidgenössische Zollrekurskommission am 29. September 2005 letztinstanzlich.
Am 11. Oktober 2006 überwies die Eidgenössische Oberzolldirektion die Anklageschrift gegen A._, B._ und C._ an das zuständige Gericht des Kantons Basel-Landschaft zur gerichtlichen Beurteilung. Alle übrigen Fälle wurden durch verwaltungsstrafrechtlichen Entscheid der Zollverwaltung erledigt.
Am 27. September 2007 gab das Strafgerichtspräsidium Basel-Landschaft dem Verfahren gegen A._ wegen eingetretener Verjährung keine weitere Folge.
Gegen B._ und C._ erliess das Strafgericht Basel-Landschaft am 31. Januar 2008 Urteile, welche in Rechtskraft erwachsen sind.
Am 16. Juni 2008 wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft die Beschwerde der Oberzolldirektion gegen die vorinstanzliche Verfügung ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Eidgenössische Zollverwaltung, das kantonsgerichtliche Urteil aufzuheben, festzustellen, dass noch nicht sämtliche A._ vorgeworfenen Straftaten verjährt seien und die Sache zur Neubeurteilung ans Kantonsgericht zurückzuweisen.
A._ beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Die in dieser Konstellation bereits bisher von der Praxis zugelassene Beschwerde in Strafsachen der Eidgenössischen Zollverwaltung (Entscheide 6B_205/2007 vom 27. Oktober 2007, E. 1 mit Hinweisen auf die entsprechenden Botschaften; 6B_153/2007 vom 9. November 2007, E. 2) wird nunmehr vom Gesetzgeber in Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 7 BGG, welcher am 1. August 2008 in Kraft getreten ist (AS 2008 3437, 3452), ausdrücklich vorgesehen. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Strittig ist einzig, ob die dem Beschwerdegegner vorgeworfenen Taten verjährt sind oder nicht.
2.1 Die dem Beschwerdegegner angelasteten Delikte wurden zwischen März 1997 und Juli 1999 begangen und sollen nach der Überweisungsverfügung der Oberzolldirektion als Zollübertretung, Bannbruch und Steuerhinterziehung strafbar sein. Soweit das Verwaltungsstrafrecht keine besonderen Regelungen kennt, ist der Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches anwendbar (Art. 2 VStrR). Art. 83 des im Deliktszeitpunkt geltenden Zollgesetzes vom 1. Oktober 1925 bestimmte, dass die Verfolgungsverjährung gemäss Art. 11 Abs. 2 VStrR auch für den Bannbruch und die Zollhehlerei gelte. Im aktuellen Zollgesetz vom 18. März 2005 (SR 631.0; ZG) bestimmt Art. 129, dass Art. 11 Abs. 2 VStrR für alle Zollwiderhandlungen gilt. Die im Deliktszeitpunkt geltende Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 enthielt keine spezielle Regelung der Verfolgungsverjährung; Art. 64 Abs. 1 verwies allgemein auf das Verwaltungsstrafrecht. Daran hat sich im heute geltenden Mehrwertsteuergesetz vom 2. September 1999 (SR 641.20, MWSTG) nichts geändert, Art. 88 Abs. 1 erklärt lapidar das Verwaltungsstrafrecht für anwendbar. Mangels abweichender spezialgesetzlicher Bestimmungen richtet sich somit die Verfolgungsverjährung nach dem Verwaltungsstrafrecht und dem Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches, dessen revidierte Fassung auf den 1. Januar 2007 in Kraft gesetzt wurde. Verjährungsfristen und deren Ablauf sind für die Übertretungen in Art. 11 VStrR speziell geregelt. Die Verjährungsfristen für Vergehen richten sich nach den allgemeinen strafrechtlichen Bestimmungen, deren Ablauf nach Art. 11 Abs. 3 VStrR.
Altrechtlich verjährten die dem Beschwerdegegner vorgeworfenen Übertretungen relativ in 5, absolut in 7 1/2 Jahren (Art. 11 Abs. 2 VStrR). Für Vergehen galten altrechtlich im Ergebnis die gleichen Fristen (Art. 70 und 72 Ziff. 2 Abs. 2 aStGB).
Neurechtlich verjähren Vergehen in 7 Jahren (<ref-law>), wobei die Verjährung nicht mehr unterbrochen und nach dem erstinstanzlichen Urteil nicht mehr eintreten kann (<ref-law>). Fraglich ist, ob darunter nur Verurteilungen zu verstehen sind oder auch Freisprüche und Verfahrenseinstellungen. Der Wortlaut lässt beides zu. Die Verjährung bezweckt aus verschiedenen prozessualen und materiell-strafrechtlichen Gründen, die Strafverfolgung nach Ablauf einer bestimmten Zeitspanne einzustellen. Mit einem Freispruch wird festgestellt, dass der Angeklagte wegen der gegen ihn erhobenen Vorwürfe nicht verurteilt werden kann. Es widerspräche jeder Logik, an diese Feststellung die Rechtsfolge zu knüpfen, dass der Freigesprochene wegen eben dieser Vorwürfe zeitlich unbegrenzt weiter verfolgt werden kann, weil die beurteilte Straftat nicht mehr verjährt. Unter "erstinstanzlichen Urteilen" im Sinne von Art. 97 Abs. 3 und Art. 333 Abs. 6 lit. d StGB sind daher ausschliesslich verurteilende Erkenntnisse zu verstehen.
Art. 11 Abs. 2 VStrR, welcher die Verjährung der hier zu beurteilenden Übertretungen regelt, ist noch nicht ans neurechtliche Verjährungssystem angepasst worden, welches keine Unterbrechung mehr kennt. Bis dies erfolgt ist, gilt, dass die Verfolgungsverjährungsfristen um die ordentliche Dauer verlängert werden (Art. 333 Abs. 1 i.V.m. Abs. 6 lit. b StGB). Ausgehend von der fünfjährigen Verjährungsfrist von Art. 11 Abs. 2 VStrR ergäbe diese eine Verfolgungsverjährung von 10 Jahren. Es kann indessen nicht sein, dass für Übertretungen eine längere Verjährungsfrist gilt als für nach dem gleichen Gesetz zu ahndende Vergehen; diese ist daher auf das für letztere geltende Mass zu verringern. Daraus folgt, dass neurechtlich sowohl die dem Beschwerdegegner vorgeworfenen Übertretungen als auch die Vergehen innert 7 Jahren verjähren. Das neue Verjährungsrecht ist somit vorliegend das mildere und damit anwendbare.
2.2 Nach Art. 11 Abs. 3 VStrR ruht die Verjährung "bei Vergehen und Übertretungen während der Dauer eines Einsprache-, Beschwerde- oder gerichtlichen Verfahrens über die Leistungs- oder Rückleistungspflicht oder über eine andere nach dem einzelnen Verwaltungsgesetz zu beurteilende Vorfrage oder solange der Täter im Ausland eine Freiheitsstrafe verbüsst". Das Kantonsgericht vertritt im angefochtenen Entscheid die Auffassung, der Beschwerdegegner habe die Verfügung vom 31. Januar 2002, mit welcher seine Leistungspflicht festgelegt worden sei, nicht angefochten, weshalb die Verjährung nicht geruht habe und damit eingetreten sei. Die Beschwerdeführerin sieht dadurch Art. 11 Abs. 3 VStrR verletzt, da ihrer Auffassung nach die Anfechtung der Leistungspflicht durch einen Pflichtigen genügt, um die Verjährung gegen alle Mitangeklagten ruhen zu lassen. Gegen die Verfügungen vom 31. Januar 2002, mit welchen der Beschwerdeführer und die weiteren am illegalen Pferdeimport Beteiligten leistungspflichtig erklärt wurden, wurden drei Rechtsmittel erhoben. Als letztes von ihnen wurde dasjenige von D._ am 17. November 2005 endgültig erledigt. Die Verjährungsfrist im Strafverfahren gegen den Beschwerdegegner hätte somit nach dieser Auffassung rund 2 3/4 Jahre geruht, würde sich um diese Dauer verlängern und wäre damit jedenfalls in Bezug auf einzelne Delikte auch heute im Zeitpunkt des bundesgerichtlichen Entscheids noch nicht abgelaufen.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin führt aus, bei Fiskaldelikten hänge der Entscheid im Strafpunkt von demjenigen über die Leistungspflicht bzw. über die Abgabenberechnung und die Tarifeinreihung ab und werde dementsprechend erst nach dessen rechtskräftiger Erledigung gefällt. Aufgrund dieser Abhängigkeit des Strafverfahrens von der Abgabenberechnung sei das Bundesgericht (<ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 6; <ref-ruling> E. 2d) bereits vor dem Inkrafttreten von Art. 11 Abs. 3 VStrR davon ausgegangen, dass die Beschwerde gegen die Leistungspflicht die Verfolgungsverjährung ruhen lasse, und zwar gegen alle am Strafverfahren Beteiligten. Der Entscheid über die Leistungspflicht betreffe sowohl die Frage, wer leistungspflichtig sei (subjektive Leistungspflicht) als auch diejenige, ob überhaupt eine Leistungspflicht entstanden sei (objektive Leistungspflicht). Da die Beurteilung der Straftat u.a. von diesem Punkt abhange, es sich somit um eine nach dem einzelnen Verwaltungsgesetz zu beurteilende Vorfrage im Sinne von Art. 11 Abs. 3 VStrR handle, ergebe sich die verjährungshemmende Wirkung in Bezug auf die Strafverfahren gegen alle Tatbeteiligte bereits aus dem Gesetzeswortlaut.
3.2 Unter der Herrschaft des alten Zollgesetzes in seiner bis Ende Mai 1973 geltenden Fassung (AS 1973 644) war die Rechtslage gemäss expliziter gesetzlicher Regelung in Art. 110 Abs. 2 aZG insofern klar, als die Beschwerde eines Tatbeteiligten gegen die Festsetzung der Leistungspflicht Wirkung hatte für alle beschwerdebefugten Personen. Daraus hat das Bundesgericht in den aus den Jahren 1962 und 1963 (<ref-ruling> und <ref-ruling>) stammenden Entscheiden den nahe liegenden Schluss gezogen, dass die Beschwerde eines Beteiligten die strafrechtliche Verjährung gegen sämtliche Beschwerdebefugten ruhen lässt. Aus den Materialien (BBl 1972 II 228 ff.) ergibt sich kein Hinweis, dass diese Regelung materiell geändert werden sollte; vielmehr diente die erwähnte Revision dazu, eine Vielzahl spezialgesetzlicher Verfahrensbestimmungen ins neue Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht zu überführen, Art. 110 Abs. 2 aZG konkret in Art. 11 Abs. 3 VStrR. Für die Beschwerdeführerin hat sich dadurch die Rechtslage nicht geändert. Für sie ergibt sich auch aus der neuen Bestimmung, dass eine Beschwerde gegen die Festsetzung der Leistungspflicht die strafrechtliche Verjährung auch gegenüber den Mitbeteiligten ruhen lässt.
3.3 Im Rechtsmittelsystem des Verwaltungsstrafrechts sind Strafverfahren (Art. 62 VStrR) und Leistungs- bzw. Rückleistungsverfahren (Art. 63 VStrR), die gleiche oder sich zumindest teilweise überschneidende Sachverhalte betreffen und sich gegen mehrere Beteiligte richten, wechselseitig voneinander abhängig. Fusst ein Strafbescheid auf einem Entscheid über die Leistungs- oder Rückleistungspflicht und wird dieser erfolgreich angefochten, so erlässt die Verwaltung einen neuen Strafbescheid (Art. 63 Abs. 3 VStrR). Einsprachen gegen einen Strafbescheid haben zur Folge, dass dieser mit Wirkung für alle Beteiligten zu überprüfen ist, wobei das Einspracheverfahren auszusetzen ist, bis - soweit mitangefochten - über die Leistungspflicht befunden ist (Art. 69 Abs. 1 und 2 VStrR). Nicht anders verhält es sich, wenn einer der Beteiligten ans Strafgericht zu überweisen ist (Art. 62 Abs. 1 und Art. 21 Abs. 1 VStrR). Auch in diesem Fall muss davon ausgegangen werden, dass die - für den Strafrichter nach Art. 77 Abs. 4 VStrR grundsätzlich verbindliche - Änderung eines Leistungsentscheides zu einer Überprüfung bzw. Anpassung der Strafbescheide und Strafurteile gegenüber allen Beteiligten führt. Daher ist mit der Überweisung an den Strafrichter solange zuzuwarten, als ein Verfahren über die Leistungspflicht hängig ist, das sich auf die Strafverfahren gegen die Mitbeteiligten auswirken kann (Art. 69 Abs. 2 VStrR; KURT HAURI, Verwaltungsstrafrecht, Bern 1998, S. 150 mit Hinweis auf die Materialien). Dies setzt voraus, dass die Verjährung für diesen Zeitraum nach Art. 11 Abs. 3 VStrR ruht, ansonsten sie bei langwierigen Verwaltungsverfahren bereits vor der Überweisung des Strafverfahrens an die kantonalen Strafgerichte eintreten könnte. Dieses aus der Logik des Rechtsmittelsystems zwingende Auslegungsergebnis wird vom Wortlaut der Bestimmung ohne weiteres gedeckt, womit Art. 11 Abs. 3 VStrR auch unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> ("Keine Strafe ohne Gesetz") eine taugliche gesetzliche Grundlage bildet, die strafrechtliche Verjährung ruhen zu lassen.
Dazu kommt, dass es unter Umständen verfassungsrechtlich geboten sein kann, Strafverfahren gegen Mittäter zu vereinigen, insbesondere wenn die Gefahr besteht, dass die Art und der Umfang der Beteiligung wechselseitig bestritten werden und somit die Gefahr besteht, dass ein Teilnehmer die Schuld dem anderen zuweisen will (<ref-ruling> E. 4b S. 313; vgl. auch 115 Ia 34 E. 2c/cc S. 40). Dies stand vorliegend umso mehr zu befürchten, als die beiden Haupttäter in eine Kampfscheidung gerieten. Auch unter diesem Titel erscheint es sachgerecht, Art. 11 Abs. 3 VStrR dahingehend auszulegen, dass die Beschwerde eines Tatbeteiligten gegen seine Leistungspflicht die Verjährung der Strafverfahren gegen alle Mitbeteiligten ruhen lässt, weil sonst eine möglicherweise gebotene Vereinigung der Strafverfahren jedenfalls bei einer längeren Dauer der Rechtsmittelverfahren faktisch verunmöglicht würde.
3.4 Hat somit die strafrechtliche Verjährungsfrist für den Beschwerdegegner während der Dauer der von einzelnen Mitbeteiligten gegen die Festsetzungen ihrer Leistungspflicht angehobenen Rechtsmittelverfahren geruht, so waren im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids jedenfalls nicht alle Delikte des Beschwerdegegners absolut verjährt, und sie sind es auch heute im Zeitpunkt des bundesgerichtlichen Entscheids noch nicht (oben E. 2.2). Die Beschwerde ist daher gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache dem Kantonsgericht Basel-Landschaft zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Angesichts der weiter laufenden Verjährung wird dieses die Angelegenheit ohne Rückweisung an die erste Instanz beförderlich selber zu entscheiden haben.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdegegner die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid vom 16. Juni 2008 aufgehoben und die Sache dem Kantonsgericht Basel-Landschaft zu neuem Entscheid zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi