Sachverhalt:
A. H._ (geboren 1967), verheiratet und Mutter von vier zwischen 1992 und 1999 geborenen Kindern, zog sich bei einem Verkehrsunfall am 23. Dezember 2000 Verletzungen im Nackenbereich zu. Wegen einer anhaltenden cervicovertebralen Schmerzsymptomatik meldete sie sich am 6. Mai 2004 zum Bezug einer Rente bei der Invalidenversicherung an. Nach Abklärung der gesundheitlichen und häuslichen Verhältnisse, namentlich nach Einholung eines Gutachtens des medizinischen Zentrums X._ vom 18. September 2006 und eines Abklärungsberichts Haushalt vom 8. November 2004, ermittelte die IV-Stelle eine Invalidität von 30 % als Nichterwerbstätige für den Aufgabenbereich Haushalt. Dies teilte sie der Rechtsvertreterin von H._ mit Vorbescheid vom 20. November 2006 mit, welche mit Eingabe vom 8. Januar 2007 die Zusprechung einer Invalidenrente beantragte, zunächst während 5 Jahren aufgrund der gemischten Methode, hernach ab 2007 aufgrund einer vollen Erwerbstätigkeit. Mit Verfügung vom 8. Januar 2007 lehnte die IV-Stelle mit der identischen Begründung wie im Vorbescheid die Ausrichtung einer Invalidenrente ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde und das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 15. Februar 2008 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegen-heiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs an die IV-Stelle Schaffhausen zur korrekten Durchführung des Ein-wandverfahrens zurückzuweisen. Eventuell sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zwecks ergänzender Abklärung des Sachverhalts und anschliessender Neuverfügung durch die IV-Stelle zurückzuweisen. Ferner sei die Invalidenrente zu berechnen. Die IV-Stelle sei ferner zu verpflichten, die Verfahrens- und Parteikosten im Beschwerdeverfahren zu übernehmen. Andernfalls sei ihr für das Beschwerdeverfahren die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung einzuräumen. Schliesslich beantragt sie auch für das Verfahren vor Bundesgericht die unentgeltliche Rechtspflege.
Kantonales Gericht, IV-Stelle und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur be-richtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Bereich der Invaliditätsbemessung [<ref-law>] für die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach <ref-law> <ref-ruling>).
2. Die Beschwerdeführerin beantragt erstmals vor Bundesgericht, es sei das Vorbescheidverfahren wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör nochmals durchzuführen.
2.1 Nach der Rechtsprechung kann eine nicht besonders schwer-wiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Unter dieser Voraussetzung ist darüber hinaus - im Sinne einer Heilung des Mangels - selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des Gehörs von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (<ref-ruling> E. 2.2. S. 204, 132 V 387 E. 5.1 S. 390 mit Hinweis).
2.2 Unbestritten ist, dass die Beschwerdegegnerin im Verwaltungs-verfahren den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzt hat, weil sie den vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar dauernden Fristenstillstand (<ref-law>) übersehen und vor Eingang der rechtzeitigen Eingabe vom 8. Januar 2007 die rentenablehnende Verfügung vom 8. Januar 2007 erlassen hat. Die Beschwerdeführerin hat diesen Mangel in der vorinstanzlichen Beschwerde nur am Rande beanstandet und im Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege lediglich im Zusammenhang mit der Frage der Aussichtslosigkeit der Beschwerde. Erstmals beantragt sie nun im letztinstanzlichen Verfahren die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zur Durchführung eines korrekten Einwandverfahrens. Unter diesen Umständen und angesichts der umfassenden Kognition des kantonalen Gerichts, welches sich einlässlich mit der Statusfrage befasst hat, ist praxisgemäss eine Heilung des Mangels im vorinstanzlichen Verfahren zu bejahen und von einer Rückweisung der Sache an die IV-Stelle abzusehen. Bei dieser Vorgehensweise hätte das kantonale Gericht jedoch die Verletzung des rechtlichen Gehörs bei der Kosten- und Entschädigungsfrage berücksichtigen müssen (nachstehende E. 5.1), zumal der Beschwerdeführerin die nicht mit Verfahrenskosten verbundene Äusserungsmöglichkeit im Vorbescheidverfahren vorenthalten wurde.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in pflichtgemässer Würdigung der gesamten Aktenlage - insbesondere gestützt auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 18. September 2006 und des Abklärungsberichts Haushalt vom 8. November 2004 - mit einlässlicher und nachvollziehbarer Begründung erkannt, dass die Beschwerdeführerin ohne Gesundheitsschaden entweder weiterhin als Hausfrau oder allenfalls je zur Hälfte erwerbstätig und im Haushalt tätig wäre, dass sie im erwerblichen Bereich in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig sei und im (Teil-)bereich Haushalt ein Invaliditätsgrad von 30 % bestehe. Die entsprechenden tatsächlichen Feststellungen sind nicht mangelhaft im Sinne von <ref-law>. Auch die Ermittlung eines Invaliditätsgrades von weniger als 40 % als Hausfrau wie auch als Teilerwerbstätige nach der gemischten Methode durch das kantonale Gericht ist bundesrechtskonform.
3.2 An dieser Betrachtungsweise vermögen die Vorbringen der Beschwerdeführerin allesamt nichts zu ändern. Namentlich hat das kantonale Gericht eingehend und einleuchtend begründet, weshalb die Beschwerdeführerin als Mutter von vier noch nicht volljährigen Kindern lediglich im Umfang von höchstens 50 % einer Erwerbstätigkeit nachgegangen wäre. Von einer willkürlichen Beweiswürdigung durch die Vorinstanz kann ohnehin nicht gesprochen werden. Eine Beweiswürdigung ist nicht bereits willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (<ref-ruling> E. 2b S. 56). So verhält es sich hier indessen nicht. Dies gilt auch für die Frage der verspäteten Anmeldung und für die ohnehin nicht massgebende Frage des Ausmasses der Arbeitsfähigkeit in der früher einmal ausgeübten Tätigkeit als Spettfrau.
4. Die Beschwerdeführerin beanstandet schliesslich die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege im kantonalen Verfahren.
4.1 Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat nach <ref-law> Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, steht ihr überdies von Verfassungs wegen ein unentgeltlicher Rechtsbeistand zu. Die prozessuale Bedürftigkeit beurteilt sich nach der gesamten wirtschaftlichen Situation des Rechtsuchenden im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs (hier: 2007). Dazu gehören einerseits sämtliche finanziellen Verpflichtungen, andererseits die Einkommens- und Vermögensverhältnisse (<ref-ruling> E. 3a S. 181; <ref-ruling> E. 2a S. 2, je mit Hinweisen). Bei der Ermittlung des notwenigen Lebensunterhaltes soll nicht schematisch auf das betreibungsrechtliche Existenzminimum abgestellt, sondern den individuellen Umständen Rechnung getragen werden. Die Grenze für die Annahme der Bedürftigkeit im Sinne der Regeln über die unentgeltliche Rechtspflege liegt jedoch höher als diejenige des betreibungsrechtlichen Existenzminimums (SVR 2007 AHV Nr. 7 S. 19 mit zahlreichen Hinweisen; RKUV 2000 KV Nr. 119 S. 155 E. 2). Ein allfälliger Überschuss zwischen dem zur Verfügung stehenden Einkommen und dem Zwangsbedarf der Gesuch stellenden Partei ist mit den für den konkreten Fall zu erwartenden Gerichts- und Anwaltskosten in Beziehung zu setzen (<ref-ruling> E. 4a S. 370 f.); dabei sollte es der monatliche Überschuss ihr ermöglichen, die Prozesskosten bei weniger aufwendigen Prozessen innert eines Jahres, bei anderen innert zweier Jahre zu tilgen. Entscheidend ist zudem, ob die Gesuch stellende Partei mit dem ihr verbleibenden Überschuss in der Lage ist, die anfallenden Gerichts- und Anwaltskostenvorschüsse innert absehbarer Zeit zu leisten (<ref-ruling> E. 3a S. 9 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 4a S. 370).
4.2 Das kantonale Gericht begründete die Ablehnung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege mit den finanziellen Verhältnissen der Beschwerdeführerin aufgrund des Bedürftigkeitszeugnisses vom 27. Februar 2007 und deren Angaben vom 4. Februar 2008. Danach überschreite das der Familie der Beschwerdeführerin zur Verfügung stehende Einkommen die zu berücksichtigenden Ausgaben. Aufgrund der aktuellen Angaben für das Jahr 2007 übersteige das Einkommen das Existenzminimum monatlich um rund Fr. 1'200.-. Hierzu sei zu bemerken, dass gemäss der kantonalen Praxis dem Existenzminimum kein Zuschlag im Zusammenhang mit der unentgeltlichen Prozessführung angerechnet werden könne. Die Beschwerdeführerin verfüge danach über die erforderlichen Mittel, um die Kosten der Prozessführung aus ihrem realisierbaren Einkommen in angemessener Frist bezahlen zu können. Da die Erfordernisse für die Gewährung einer unentgeltlichen Rechtspflege kumulativ vorliegen müssten, sei das Gesuch abzuweisen, ohne dass die weiteren Voraussetzungen geprüft werden müssten.
4.2 Das kantonale Gericht begründete die Ablehnung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege mit den finanziellen Verhältnissen der Beschwerdeführerin aufgrund des Bedürftigkeitszeugnisses vom 27. Februar 2007 und deren Angaben vom 4. Februar 2008. Danach überschreite das der Familie der Beschwerdeführerin zur Verfügung stehende Einkommen die zu berücksichtigenden Ausgaben. Aufgrund der aktuellen Angaben für das Jahr 2007 übersteige das Einkommen das Existenzminimum monatlich um rund Fr. 1'200.-. Hierzu sei zu bemerken, dass gemäss der kantonalen Praxis dem Existenzminimum kein Zuschlag im Zusammenhang mit der unentgeltlichen Prozessführung angerechnet werden könne. Die Beschwerdeführerin verfüge danach über die erforderlichen Mittel, um die Kosten der Prozessführung aus ihrem realisierbaren Einkommen in angemessener Frist bezahlen zu können. Da die Erfordernisse für die Gewährung einer unentgeltlichen Rechtspflege kumulativ vorliegen müssten, sei das Gesuch abzuweisen, ohne dass die weiteren Voraussetzungen geprüft werden müssten.
4.3 4.3.1 Aus dem Bedürftigkeitszeugnis vom 27. Februar 2007 ergibt sich bei einem monatlichen Einkommen von Fr. 5'215.- im Jahre 2006 und Auslagen von Fr. 4'612.90 ein monatlicher Überschuss von rund 600 Franken. Dabei wurde bei den Ausgaben ein monatlicher Grundbetrag von Fr. 2'861.- gemäss SKOS/kantonale Richtlinien angerechnet. Zwar kann bei der Ermittlung der Bedürftigkeit im Rahmen von <ref-law> auf die SKOS-Richtlinien oder auf kantonale Sozialhilferichtlinien abgestellt werden. Eine auf solche Weise ermittelte Prozessarmut hat aber die nach der Rechtsprechung definierte Bedürftigkeit, welche über dem betreibungsrechtlichen Existenzminimum liegt (SVR 2007 AHV Nr. 7 S. 19 mit zahlreichen Hinweisen), zu respektieren, was im Folgenden zu prüfen ist.
4.3.2 Nach den gemäss Beschluss des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 15. Dezember 2006 massgebenden Richtlinien für die Berechnung des betreibungsrechtlichen Existenzminimums (Notbedarf) nach <ref-law> vom 24. November 2000 der Konferenz der Betreibungs- und Konkursbeamten der Schweiz, angepasst per 1. Januar 2007, beträgt der monatliche Grundbetrag für ein Ehepaar Fr. 1'550.-, für jedes Kind im Alter von sechs bis zwölf Jahren Fr. 350.- und für jedes Kind über zwölf Jahre Fr. 500.-. Die Kinder der Beschwerdeführerin sind 1992 (zweimal), 1994 und 1999 geboren. Zum Grundbetrag für das Ehepaar von Fr. 1'550.- kommt daher noch ein weiterer Grundbetrag für die Kinder von insgesamt Fr. 1'850.- hinzu, was einen monatlichen Grundbetrag für die Familie von Fr. 3'400.- ergibt. Das älteste Kind absolviert seit 13. August 2007 eine Lehre und erhielt für den Zeitraum vom 13. August bis 31. Dezember 2007 einen Nettolohn von Fr. 2'892.65, was pro Monat rund Fr. 628.- entspricht. Gemäss IV/Ziff. 2 der SchKG-Richtlinien ist das Erwerbseinkommen minderjähriger Kinder, die in Haushaltgemeinschaft mit dem Schuldner leben, mit einem Drittel des Nettoeinkommens, höchstens jedoch mit dem für sie geltenden Grundbetrag (hier Fr. 500.-) zu berücksichtigen (vgl. auch <ref-ruling>). Vom Grundbetrag ist daher wieder ein Betrag von Fr. 209.- in Abzug zu bringen. Insgesamt ergibt sich daher ein Grundbetrag von Fr. 3191.-. Zählt man sämtliche von der Beschwerdeführerin in der vorinstanzlichen Eingabe vom 4. Februar 2008 und im Gesuch vom 29. April 2008 geltend gemachten Ausgaben hinzu, so resultiert ein erweiterter Grundbedarf von insgesamt Fr. 4'344.80 (Mietzins Fr. 600.-, Krankenkassenprämien Fr. 177.60 [nach Abzug der Prämienverbilligung], Steuern Fr. 105.95, Versicherungsprämien Fr. 150.25 [Motorfahrzeugversicherung, Haushaltversicherung], Lebensversicherungsprämien Fr. 105.- und Fahrten zum Arbeitsplatz mit Velo Fr. 15.- [vgl. II/4.d der SchKG-Richtlinien]). Bei einem Nettomonatseinkommen des Ehemannes im Jahre 2007 von Fr. 5'700.50 beträgt der monatliche Überschuss Fr. 1'370.70. Wird des Weitern ein Zuschlag von 20 % zum Grundbetrag von Fr. 3'400.- in Höhe von Fr. 680.- gewährt (dazu Urteil 5P.295/2005 vom 4. Oktober 2005), verbleibt der Beschwerdeführerin ein monatlicher Betrag von rund Fr. 690.-. Dieser Betrag reicht aus, um die anfallenden Anwaltskosten und Gerichtskosten der ersten Instanz innert nützlicher Frist zu begleichen, selbst wenn weiter berücksichtigt wird, dass die Schwiegermutter im gleichen Haushalt lebt und von der Familie unterstützt wird. Das kantonale Gericht hat daher zu Recht die Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin verneint und das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abgewiesen.
5. 5.1 Nach Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG kann das Bundesgericht die Kosten und den Entscheid über die Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen. Das kantonale Gericht hat die Kosten von Fr. 400.- der Beschwerdeführerin auferlegt und ihr keine Prozessentschädigung zugesprochen. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts rechtfertigt sich indessen bei einer Verletzung des rechtlichen Gehörs durch die Verwaltung mit anschliessender Heilung im gerichtlichen Verfahren der Gehörsverletzung durch Zusprache einer reduzierten Parteientschädigung und teilweiser Auferlegung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Urteil 9C_127/2007 vom 12. Februar 2008 und Urteil I 718/05 vom 8. November 2006, E. 5.2). Im Lichte dieser Rechtsprechung wird das kantonale Gericht nochmals über die Verteilung der Gerichtskosten und die Frage der Parteientschädigung neu zu entscheiden haben.
5. 5.1 Nach Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG kann das Bundesgericht die Kosten und den Entscheid über die Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen. Das kantonale Gericht hat die Kosten von Fr. 400.- der Beschwerdeführerin auferlegt und ihr keine Prozessentschädigung zugesprochen. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts rechtfertigt sich indessen bei einer Verletzung des rechtlichen Gehörs durch die Verwaltung mit anschliessender Heilung im gerichtlichen Verfahren der Gehörsverletzung durch Zusprache einer reduzierten Parteientschädigung und teilweiser Auferlegung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Urteil 9C_127/2007 vom 12. Februar 2008 und Urteil I 718/05 vom 8. November 2006, E. 5.2). Im Lichte dieser Rechtsprechung wird das kantonale Gericht nochmals über die Verteilung der Gerichtskosten und die Frage der Parteientschädigung neu zu entscheiden haben.
5.2 5.2.1 Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin obsiegt hinsichtlich der Kosten für das kantonale Verfahren. Die in diesem Punkt unterliegende IV-Stelle hat daher einen Fünftel der Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Entschädigung zu entrichten (<ref-law>).
5.2.2 Mit Bezug auf die Invalidenrente und die unentgeltliche Rechtspflege im vorinstanzlichen Verfahren ist die Beschwerdeführerin unterlegen, weshalb sie vier Fünftel der Gerichtskosten zu tragen hat (<ref-law>). Da die Beschwerdeführerin mit dem monatlichen Überschuss von rund Fr. 690.- (vgl. E. 4.3.2 hievor) bereits einen Teil der vorinstanzlichen Gerichtskosten und teilweise das Honorar ihrer Rechtsvertreterin zu begleichen hat, verbleibt ihr kein genügender Restbetrag mehr, um zusätzlich die mit dem letztinstanzlichen Verfahren entstandenen Kosten in angemessener Frist zu bezahlen. Unter diesen Umständen sind die Vorraussetzungen für die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege (im Sinne unentgeltlicher Prozessführung und Verbeiständung) erfüllt (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; vergleiche <ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372, je mit Hinweisen), weshalb die der Beschwerdeführerin auferlegten Gerichtskosten einstweilen auf die Gerichtskasse zu nehmen sind. Es wird jedoch ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden die Ziffern 2 und 3 des vorinstanzlichen Entscheides vom 15. Februar 2008 aufgehoben und die Sache an das Obergericht des Kantons Schaffhausen zurückgewiesen, damit es über die Kosten und Parteientschädigung für das kantonale Verfahren im Sinne der Erwägungen neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen und Ziff. 1 und 4 des vorinstanzlichen Entscheides vom 15. Februar 2008 bestätigt.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden zu einem Fünftel der IV-Stelle Schaffhausen und zu vier Fünfteln der Beschwerdeführerin auferlegt. Der Anteil der Beschwerdeführerin wird indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Die IV-Stelle Schaffhausen hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 500.- (Mehrwertsteuer eingeschlossen) zu entrichten.
5. Rechtsanwältin Dr. Barbara Wyler, Frauenfeld, wird als unentgeltliche Rechtsbeiständin der Beschwerdeführerin bestellt und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung vom Fr. 2'000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) ausgerichtet.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. August 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer