Faits:
Faits:
A. Par jugement du 3 octobre 2003, le Tribunal correctionnel de première instance jurassien a reconnu X._, fondé de pouvoir de la Coopérative agricole Y._, coupable de gestion déloyale, faux dans les titres, escroquerie au fisc, complicité d'escroquerie au fisc et obtention frauduleuse d'une constatation fausse. Le tribunal l'a condamné à une peine de treize mois d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans. En outre, il a adjugé en principe l'action civile intentée par la partie plaignante et civile, Coopérative agricole Y._ en liquidation.
Le Tribunal correctionnel a également condamné Z._, directeur de Y._, ainsi que B._ et C._, respectivement président et vice-président du conseil d'administration.
Statuant le 16 mars 2004 sur les appels interjetés par Z._ et X._, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a confirmé le jugement de première instance.
Statuant le 16 mars 2004 sur les appels interjetés par Z._ et X._, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a confirmé le jugement de première instance.
B. En substance, les faits à la base de la condamnation de X._ sont les suivants:
B.a La Coopérative agricole Y._ était une coopérative inscrite au Registre du commerce depuis 1965. Cette coopérative était issue notamment de la fusion, en 1995, de deux sociétés coopératives. Son but était de sauvegarder les intérêts d'ordre économique et social de ses membres par le moyen de l'entraide coopérative, notamment par l'achat coopératif des marchandises nécessaires à l'exploitation agricole, par la mise en valeur en commun des produits agricoles, par l'exploitation d'un centre collecteur et de conditionnement de céréales et par le développement des connaissances professionnelles et de l'esprit coopératif de ses membres.
Au début de l'année 2000, Y._ comptait plus de 250 membres. Les organes de la coopérative étaient l'assemblée générale, le conseil d'administration, la direction, le comité et l'organe de contrôle. La direction était confiée à Z._ et à X._. Alors que le premier s'occupait de la gestion générale et technique de la coopérative, du personnel et des études de marchés, le second était responsable des questions comptables et financières.
Organe informel, non prévu par les statuts, le bureau était composé du directeur, du fondé de pouvoir, du président et du vice-président de la coopérative agricole. Cet organe pouvait se réunir chaque fois que cela s'avérait nécessaire. Il se réunissait en général chaque mois avant le conseil d'administration.
B.b D'un commun accord, Z._ et X._ ont accordé, de 1995 à 1998, des remises d'intérêts aux grands débiteurs de Y._, ce dont le bureau était au courant. X._ a en outre accordé seul "selon son estimation" des remises d'intérêts à certains débiteurs pour faire un "geste commercial" envers les bons clients, en contrepartie d'un engagement de remboursement de tout ou partie du capital de la dette ou, encore, à l'occasion d'un événement particulier ou tragique (incendie, décès, etc.). Enfin, chargé du suivi des débiteurs, il a laissé certains clients débiteurs de Y._ s'endetter de manière très importante vis-à-vis de la coopérative agricole.
B.c En tant que responsable des questions comptables et financières, X._ a également faussé la comptabilité de la coopérative agricole sur divers points. Il a diminué, par compensation, le poste "débiteurs" pour les exercices 1995 et 1996. Il a surévalué des stocks pour 405'000 francs, augmentant ainsi le résultat de l'exercice 1997. Il n'a pas fait figurer, de 1989 à 1999, dans le poste "prêts" les prêts de tiers; comme l'argent prêté n'était pas déclaré au fisc, les intérêts sur ces prêts ont été payés par des notes de crédit ou des pièces de caisse comptabilisées en charges, en particulier sous "achats céréales". Enfin, X._ a caché des montants de dessous de table, d'un montant total de 635'243 fr. 40, qui avaient été versés dans le cadre de transactions immobilières.
B.c En tant que responsable des questions comptables et financières, X._ a également faussé la comptabilité de la coopérative agricole sur divers points. Il a diminué, par compensation, le poste "débiteurs" pour les exercices 1995 et 1996. Il a surévalué des stocks pour 405'000 francs, augmentant ainsi le résultat de l'exercice 1997. Il n'a pas fait figurer, de 1989 à 1999, dans le poste "prêts" les prêts de tiers; comme l'argent prêté n'était pas déclaré au fisc, les intérêts sur ces prêts ont été payés par des notes de crédit ou des pièces de caisse comptabilisées en charges, en particulier sous "achats céréales". Enfin, X._ a caché des montants de dessous de table, d'un montant total de 635'243 fr. 40, qui avaient été versés dans le cadre de transactions immobilières.
C. X._ forme un pourvoi en nullité au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Invoquant notamment une violation des art. 158 et 251 CP ainsi que des <ref-law>, il conclut à l'annulation de la décision attaquée.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Saisi d'un pourvoi en nullité, le Tribunal fédéral contrôle l'application du droit fédéral (art. 269 PPF) sur la base exclusive de l'état de fait définitivement arrêté par l'autorité cantonale (cf. art. 277bis et 273 al. 1 let. b PPF). Le raisonnement juridique doit se fonder sur les faits retenus dans la décision attaquée, dont le recourant ne peut s'écarter. Le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs invoqués, mais il ne peut aller au-delà des conclusions du recourant (art. 277bis PPF). Celles-ci, qui doivent être interprétées à la lumière de leur motivation, circonscrivent les points litigieux (<ref-ruling> consid. 1 p. 66).
1. Saisi d'un pourvoi en nullité, le Tribunal fédéral contrôle l'application du droit fédéral (art. 269 PPF) sur la base exclusive de l'état de fait définitivement arrêté par l'autorité cantonale (cf. art. 277bis et 273 al. 1 let. b PPF). Le raisonnement juridique doit se fonder sur les faits retenus dans la décision attaquée, dont le recourant ne peut s'écarter. Le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs invoqués, mais il ne peut aller au-delà des conclusions du recourant (art. 277bis PPF). Celles-ci, qui doivent être interprétées à la lumière de leur motivation, circonscrivent les points litigieux (<ref-ruling> consid. 1 p. 66).
2. Selon l'<ref-law>, celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constaté ou fait constater faussement dans un titre un fait ayant une portée juridique, ou aura pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre, sera puni de la réclusion pour cinq ans au plus ou de l'emprisonnement.
Le recourant a été condamné pour avoir faussé les comptes de la coopérative (<ref-ruling> consid. 3d p. 206; <ref-ruling> consid. 5c/cc p. 131). On ne se trouve pas dans l'hypothèse d'un document dont l'auteur apparent ne coïncide pas avec l'auteur réel (faux matériel), mais dans celle d'un document qui est simplement mensonger dans son contenu (faux intellectuel). Selon la jurisprudence, pour qu'un mensonge écrit soit propre à servir de preuve, il faut qu'il inspire une confiance particulière en raison de la personne dont il émane ou de la valeur que lui attribue la loi (<ref-ruling> consid. 2a p. 28).
2.1 Selon la jurisprudence constante, la comptabilité constitue un titre, doté d'une garantie objective de véracité (<ref-ruling> consid. 2b p. 28/29). Il a été en effet déduit des art. 957 et 963 CO que la comptabilité commerciale est apte à prouver l'exactitude de la situation et des opérations qu'elle présente. Une comptabilité claire et complète est de l'intérêt des associés - afin que ceux-ci puissent exercer efficacement leur droit de contrôle sur la gestion confiée à l'administration - ainsi que dans l'intérêt des créanciers et, d'une manière plus générale, du public qu'elle vise à renseigner sur l'entreprise.
2.2 Pour qu'il y ait faux intellectuel, encore faut-il que la comptabilité soit effectivement fausse. En l'espèce, il est constant que les manipulations opérées par X._ ont faussé la comptabilité de Y._, qui ne présentait dès lors plus clairement la situation économique de la coopérative, contrairement à l'exigence posée par l'<ref-law>. En compensant le poste "débiteurs" par des montants créditeurs et en éliminant provisoirement certains débiteurs sur le plan comptable, X._ a diminué le montant réel des débiteurs et caché ainsi au conseil d'administration et à l'assemblée générale les risques que présentait ce poste. En surévaluant le stock d'orge, il a augmenté artificiellement la fortune de la coopérative et amélioré ainsi le résultat du bilan. La manière de comptabiliser les prêts des agriculteurs a aussi permis durant certains exercices de diminuer l'importance du poste "débiteurs". Enfin, la comptabilisation des dessous de table sous des rubriques fausses ne permettait pas à l'assemblée générale de connaître l'investissement réel pour les terrains agricoles acquis par la coopérative.
2.3 Sur le plan subjectif, il a été établi que le recourant savait qu'il donnait, par ses manipulations, une fausse vision de la santé économique de la coopérative et qu'il avait agi ainsi dans le dessein de se procurer un avantage illicite, à savoir d'échapper à ses responsabilités de directeur, chargé de la gestion de la coopérative.
2.4 En conclusion, c'est à juste titre que la cour cantonale a considéré que les éléments constitutifs de l'infraction de faux dans les titres étaient réalisés.
2.4 En conclusion, c'est à juste titre que la cour cantonale a considéré que les éléments constitutifs de l'infraction de faux dans les titres étaient réalisés.
3. Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts ou aura permis qu'ils soient lésés sera puni de l'emprisonnement (ch. 1 al. 1). Si l'auteur a agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, le juge pourra prononcer la réclusion pour cinq ans au plus (ch. 1 al. 3). L'infraction de gestion déloyale suppose donc la réunion de trois éléments, à savoir un devoir de gestion ou de sauvegarde, la violation de ce devoir et un dommage.
3.1 Le devoir de gestion implique un pouvoir sur les biens d'autrui comportant une indépendance suffisante, un droit de disposition autonome, une certaine latitude qui caractérise le devoir de fidélité dont la violation est punissable (<ref-ruling> consid. 3b p. 21). Le devoir de sauvegarde vise le devoir de veiller à la gestion des intérêts pécuniaires (FF 1991 II 1018). Un tel devoir incombe notamment au directeur, gérant ou membre du comité d'une société coopérative (Graven, Gestion déloyale (<ref-law>), FJS 1035 p. 3). En l'espèce, il est établi que le recourant était membre de la direction de la coopérative et qu'il s'occupait à ce titre des questions comptables et financières. Il est donc manifeste - et du reste non contesté - qu'il avait la qualité de gérant.
3.2 Il est reproché au recourant d'avoir procédé à des remises d'intérêts et de ne pas avoir pris les mesures nécessaires vis-à-vis des débiteurs de la coopérative agricole, laissant ces derniers s'endetter de manière très importante à l'égard de Y._. Pour dire si le recourant a ainsi violé son devoir de gestion, il convient de définir le contenu de son devoir, c'est-à-dire le comportement que le recourant aurait dû adopter en tant que directeur de la coopérative agricole.
3.2.1 L'<ref-law> détermine le contenu du devoir des personnes chargées de la gestion de la société coopérative. Selon cette disposition, les membres de l'administration doivent exercer leurs attributions avec toute la diligence nécessaire et contribuer de toutes leurs forces à la prospérité de l'entreprise commune. Selon l'<ref-law>, les statuts peuvent autoriser l'assemblée générale ou l'administration à confier tout ou partie de la gestion et la représentation à un ou plusieurs gérants ou directeurs qui n'ont pas nécessairement la qualité d'associé. Les personnes autorisées à représenter la société ont le droit de faire au nom de celle-ci tous les actes que peut impliquer le but social (<ref-law>), c'est-à-dire ceux rentrant dans le cercle de son activité normale. En règle générale, les libéralités ne rentrent pas dans ce but.
Selon l'art. 29 des statuts de la coopérative, il appartenait à la direction de se charger de la gestion des affaires, d'exécuter les décisions des organes supérieurs, de préparer les séances du conseil d'administration, d'assister à toutes les séances du comité et du conseil d'administration avec voix consultative, de prendre toutes les décisions qui ne sont pas réservées à un autre organe et de donner connaissance au conseil d'administration de toutes ses décisions importantes. Les statuts de la coopérative ne prévoient pas la possibilité d'accorder à ses membres des remises d'intérêts fondées sur la seule appréciation ou sur le bon vouloir d'un des membres de la direction ou même de la direction en tant que telle. Au contraire, les statuts disposent que "l'excédent restant après avoir fait face aux dépenses et effectué les amortissements nécessaires sera affecté à la constitution du fond de réserve, ainsi qu'au versement éventuel de ristournes" qui "se calculent d'après le montant des achats de marchandises".
3.2.2 En l'espèce, le recourant a accordé des remises d'intérêts à certains débiteurs selon son bon vouloir. Il ne saurait justifier sa pratique par sa volonté de faire un "geste commercial" envers les bons clients, puisque, selon les constatations cantonales, il ne s'était pas fixé de règles précises pour l'octroi de ces remises, mais agissait "selon son estimation". En outre, les remises d'intérêts ont occasionné à la coopérative agricole une perte de recettes financières importantes, même si celle-ci n'a pas pu être chiffrée, de sorte que ces remises se rapprochaient plus de simples libéralités, contraires au but social de la coopérative. Dans ces circonstances, la cour cantonale a retenu à juste titre que le recourant avait violé son devoir de gestion. Le fait que le bureau, voire même le conseil d'administration, a été informé de ces remises ne change rien à la violation du devoir de gestion. En effet, étant admis que les remises d'intérêts étaient contraires au but social, les administrateurs n'étaient pas non plus autorisés à les accorder sans violer leurs devoirs de gestion et engager leur responsabilité pénale pour gestion déloyale. Le recourant ne saurait dès lors se disculper en soutenant qu'il a agi en commun accord avec les administrateurs, ceux-ci étant tout au plus punissables comme coauteurs.
Le recourant a en outre violé son devoir de gestion en ne prenant pas les mesures nécessaires vis-à-vis de certains clients débiteurs de Y._ et en les laissant s'endetter de manière très importante à l'égard de la coopérative. En effet, chargé des questions comptables et financières, le recourant était compétent pour le suivi des débiteurs et devait renseigner le conseil d'administration de façon régulière, suffisante et véridique sur le poste "débiteurs" et, en cas de doute, solliciter son avis sur les éventuelles mesures à prendre. Au lieu de cela, il a laissé la dette des débiteurs augmenter de manière constante, jusqu'à ce que l'existence même de l'entreprise soit mise en danger. En outre, la provision pour clients douteux n'a jamais été adaptée à un niveau suffisant, malgré les remarques dans les rapports de révision des exercices antérieurs et dans les lettres de recommandation. Le recourant soutient que le conseil d'administration connaissait le montant indiqué sous débiteurs au bilan, mais ne voulait pas connaître les noms des débiteurs par discrétion. Une telle information n'était manifestement pas suffisante, puisqu'elle n'a pas permis au conseil d'administration de se rendre compte de la situation. L'argument du recourant, selon lequel certains grands débiteurs étaient membres du conseil d'administration et étaient donc au courant de la situation, n'est pas pertinent, dans la mesure où une éventuelle faute de ceux-ci ne saurait le disculper.
3.3 L'infraction de gestion déloyale n'est consommée que s'il y a eu un préjudice patrimonial. Tel est le cas lorsqu'on se trouve en présence d'une véritable lésion du patrimoine - c'est-à-dire d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-diminution du passif ou d'une non-augmentation de l'actif -, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique (<ref-ruling> consid. 2c p. 107). Il y a ainsi un préjudice patrimonial lorsque, contrairement aux espérances éveillées, l'emprunteur offre dès le début pour le remboursement contractuel de la somme si peu de garanties que la créance issue du prêt est mise en péril au point de perdre une part importante de sa valeur (<ref-ruling> consid. 4 p. 88). Un préjudice temporaire suffit (<ref-ruling> consid. 2c p. 108).
En l'espèce, les remises d'intérêts ont occasionné un dommage - ne serait-ce que temporaire - du fait qu'elles ont privé la société coopérative de rentrées financières dues par ses débiteurs. En outre, en augmentant de manière inconsidérée les prêts aux débiteurs, le recourant a également porté atteinte aux intérêts économiques de la coopérative, dans la mesure où, dans de nombreux cas, la dette des agriculteurs était plus importante que leur chiffre d'affaires et que, partant, le recouvrement des créances devenait incertain.
3.4 Il faut enfin que l'auteur ait agi intentionnellement, mais le dol éventuel suffit. Ce que l'auteur savait, voulait ou ce dont il s'accommodait relève du contenu de la pensée, soit de faits "internes" qui, en tant que faits, ne peuvent en principe pas être revus dans le cadre d'un pourvoi en nullité (art. 273 al. 1 let. b et 277bis PPF; <ref-ruling> consid. 3c p. 252).
En l'occurrence, le recourant conteste avoir agi intentionnellement. Il soutient n'avoir jamais voulu causer un dommage à la société coopérative et prétend qu'il croyait que la pratique des remises d'intérêts était licite (<ref-law>). Par cette argumentation, le recourant s'écarte de l'état de fait cantonal, de sorte que ses griefs sont irrecevables. En effet, la cour cantonale a retenu qu'il n'avait pas pu raisonnablement échapper au recourant qu'il n'était pas en droit d'accorder des remises d'intérêts, selon son seul bon vouloir. De par son expérience et sa formation, le recourant ne pouvait pas ignorer que les remises d'intérêts allaient entraîner des pertes financières à la coopérative. Il devait également savoir que le manque de suivi des débiteurs et l'augmentation de leurs dettes vis-à-vis de Y._ pouvaient entraîner de sérieux problèmes de recouvrement et un ducroire insuffisant. Au vu de ces constatations de fait, qui lient la cour de céans, il y a lieu d'admettre que le recourant a agi avec conscience et volonté.
3.5 Au vu de ce qui précède, les éléments constitutifs objectifs et subjectifs du délit de gestion déloyale sont réalisés.
3.5 Au vu de ce qui précède, les éléments constitutifs objectifs et subjectifs du délit de gestion déloyale sont réalisés.
4. Le recourant fait valoir que les faits qui lui sont reprochés au titre de gestion déloyale sont prescrits dans la mesure où ils remontent à 1996 et que le délai de prescription est de sept ans selon le nouveau droit (lex mitior).
4.1 Les nouvelles dispositions sur la prescription sont entrées en vigueur le 1er octobre 2002. Conformément à l'<ref-law>, la nouvelle réglementation déploie ses effets pour les infractions commises après la date de son entrée en vigueur. Les infractions perpétrées sous l'empire de l'ancien droit seront en revanche jugées selon l'ancien droit, sous réserve de l'application de la lex mitior. En l'espèce, le recourant a été condamné pour gestion déloyale pour des faits commis entre 1995 et 1998. L'ancien droit sera donc en principe applicable, à moins que la nouvelle loi soit plus favorable.
L'ancien droit fixe, pour une infraction punissable comme en l'espèce de l'emprisonnement, la prescription ordinaire à cinq ans (art. 70 al. 3 aCP) et la prescription absolue à sept ans et demi (art. 72 ch. 2 aCP). Il s'ensuit qu'en l'espèce, le jugement de dernière instance ayant été rendu le 16 mars 2004, tous les actes commis avant le 16 septembre 1996 sont prescrits.
S'agissant d'un délit frappé comme en l'espèce d'une peine d'emprisonnement, les nouvelles dispositions sur la prescription fixent le délai de prescription à sept ans (art. 70 al. 1 let. c CP). S'écartant de l'ancien droit, l'<ref-law> prévoit que la prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu. Le jugement de première instance ayant été prononcé le 3 octobre 2003, tous les faits commis avant le 3 octobre 1996 sont donc prescrits. Le nouveau droit est dès lors plus favorable que l'ancien droit et sera donc applicable en l'espèce.
4.2 Dans un arrêt du 10 novembre 2004 (6S.163/2004), destiné à la publication, la cour de céans a renoncé à la figure de l'unité sous l'angle de la prescription (verjährungsrechtliche Einheit).
4.2.1 Selon l'ancienne jurisprudence, plusieurs infractions doivent être considérées comme une entité au regard de l'art. 71 al. 2 aCP (<ref-law>), si elles sont identiques ou analogues, si elles ont été commises au préjudice du même bien juridiquement protégé et si elles procèdent d'un comportement durablement contraire à un devoir permanent de l'auteur, sans que l'on soit toutefois en présence d'un délit continu au sens de l'art. 71 al. 3 aCP (art. 71 let. c CP). Ce facteur - comportement durablement contraire à un devoir permanent - doit, expressément ou implicitement, faire partie des éléments constitutifs de l'infraction (<ref-ruling> consid. 2c p. 318). Il n'est pas possible d'énoncer dans une formule abstraite les conditions d'un tel comportement durablement illicite. Pour savoir si les conditions de ce comportement sont réalisées, le juge devra trancher en fonction du cas concret, en tenant compte du sens et du but de la prescription ainsi que des circonstances de l'état de fait du cas d'espèce (<ref-ruling> consid. 1b p. 54; <ref-ruling> consid. 1a p. 142 s.; <ref-ruling> consid. 2b p. 7). Certaines décisions insistent sur la nécessité d'interpréter restrictivement la notion d'unité sous l'angle de la prescription pour éviter de réintroduire sous une autre forme la figure du délit successif, supprimée dans l'<ref-ruling> consid. 2d (<ref-ruling> consid. 1b p. 54; <ref-ruling>9 consid. 3b/aa p. 61).
Le Tribunal fédéral avait admis - partiellement aussi compte tenu des circonstances concrètes du cas d'espèce - la réunion de plusieurs infractions en une seule entité sous l'angle de la prescription en cas de gestion déloyale (<ref-ruling> consid. 2g p. 414); en cas d'infractions à la loi sur les douanes commises habituellement ou professionnellement (<ref-ruling> consid. 2d p. 79 s.); en cas d'actes d'ordre sexuel commis par un enseignant sur ses élèves (<ref-ruling> consid. 2c p. 9); en cas d'abus de confiance perpétrés par un responsable financier portant sur des sommes d'argent qui lui avaient été confiées par son employeur (ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 8); en cas de corruption (ATF <ref-ruling> consid. 1c p. 143 s.; 6S.413/1999 du 19 décembre 2000); en cas d'abus de confiance perpétrés en violation d'un devoir permanent de l'auteur d'utiliser les avoirs confiés conformément aux instructions et au but prévus (<ref-ruling> consid. 1d p. 57) ainsi qu'en cas d'infraction à la loi sur les loteries (arrêt 6S.677/2001 du 16 mars 2002). En revanche, le Tribunal fédéral avait nié l'unité de prescription en cas d'acceptation d'avantages (<ref-ruling> consid. 2c p. 317); d'atteintes à l'honneur (<ref-ruling> consid. 2 p. 201); d'escroquerie par métier (ATF <ref-ruling>9 consid. 3 p. 60 ss); de concurrence déloyale au moyen d'indications fallacieuses (<ref-ruling> consid. 1 non publié); d'infractions répétées au sens de l'art. 105 al. 1 de la loi sur le chômage (arrêt 6S.19/2002 du 13 mai 2002).
4.2.2 La doctrine a critiqué en partie cette jurisprudence, sans toutefois - à une exception près - la remettre en cause (cf. Gunther Arzt, Zur Verjährung des sexuellen Missbrauchs von Kindern, in: Festgabe für Bernhard Schnyder, Fribourg 1995, p. 13 ss, en particulier p. 20 ss; Martin Killias, Précis de droit pénal général, 2e éd., Berne 2001, n. 1645; Peter Müller, in: Marcel Niggli/Hans Wiprächtiger (Hrsg.), Basler Kommentar StGB I, art. 71, n. 18; Mark Pieth, Die verjährungsrechtliche Einheit gemäss Art. 71 Abs. 2 aStGB bei den Bestechungsdelikten, BJM 1996, p. 57 ss, en particulier p. 72; GünterStratenwerth, Strafrecht Allgemeiner Teil I, 2e éd., Berne 1996, § 19 n.17 ss; Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2e éd., Zurich 1997, art. 71, n. 4; plus critique en revanche Markus Hug, in: Andreas Donatsch (Hrsg.), Schweizerisches Strafgesetzbuch mit den zugehörigen Verordnungen und weiteren einschlägigen Erlassen, Kommentar, Zurich 2004, art. 71, p. 183 s., qui se demande si la figure juridique de l'unité du point de vue de la prescription qui est difficilement compatible avec l'énoncé de l'art. 71 al. 2 aCP et de l'<ref-law>, ne devrait pas être abandonnée avec la nouvelle réglementation de l'<ref-law>).
4.2.3 La figure juridique de l'unité du point de vue de la prescription a remplacé la notion du délit successif, abandonnée dans l'<ref-ruling> en rapport avec le concours (<ref-law>) et dans l'<ref-ruling> en ce qui concerne la prescription (art. 71 al. 2 aCP; cf. aussi <ref-ruling> consid. 317; <ref-ruling> p. 77; <ref-ruling> p. 8). Cette figure trouve son fondement à l'<ref-law>. Mis à part le délai de prescription, elle joue aussi un rôle pour déterminer le point de départ du délai pour porter plainte (<ref-ruling> consid. 2b p. 328 s.).
Pour déterminer si les actes forment une unité du point de vue de la prescription, il faut se fonder sur des critères qui correspondent largement aux critères du délit successif, abandonné par la jurisprudence. Pour l'unité de prescription, il faut toutefois s'en remettre à des critères objectifs et non subjectifs (<ref-ruling> consid. 2c p. 317).
Dans sa jurisprudence récente, le Tribunal fédéral a parfois attribué très peu de poids à la condition, selon laquelle le comportement durablement contraire à un devoir permanent devait, expressément ou, à tout le moins, implicitement, faire partie des éléments constitutifs de l'infraction. Il a ainsi étendu le champ d'application des dispositions sur la prescription. Si l'unité sous le point de vue de la prescription est admise, le délai de prescription de l'action pénale commence à courir seulement du jour où le dernier acte a été commis. Il s'agit d'une décision en défaveur de l'accusé, qui nécessite en conséquence une base légale. Tant selon l'ancien droit que sous le nouveau droit, l'<ref-law>, qui fixe le point de départ de la prescription, prévoit que, lorsque l'auteur a exercé son activité coupable à plusieurs reprises, la prescription commence à courir le jour du dernier acte délictueux. Cette description est trop vague pour que l'on puisse en tirer une définition des infractions pour lesquelles la prescription court dès le dernier acte punissable. Il faut trouver des critères selon les infractions en cause.
4.2.4 Le Tribunal fédéral a déjà mentionné que la notion de comportement durablement contraire à un devoir n'était pas claire (arrêt 6S.184/2003 du 16 septembre 2003, in <ref-ruling>, consid.1.2.1 non publié). Il n'apparaît plus justifié de réunir, dans certains cas et non dans d'autres, plusieurs infractions dans une entité sous le point de vue de la prescription, au moyen d'un critère peu clair. Les difficultés rencontrées pour définir cette unité de prescription parlent en faveur d'un abandon de cette figure. L'application des règles sur la prescription s'en trouve ainsi simplifiée et la sécurité juridique mieux garantie, ce qui correspond aux buts poursuivis par le législateur lors de la récente révision sur les dispositions sur la prescription (cf. message du 21 septembre 1998, FF 1999 p. 1939).
4.2.5 L'abandon de la figure juridique de l'unité sous le point de vue de la prescription ne conduit pas cependant à renoncer totalement à qualifier, dans certains cas, plusieurs infractions juridiquement comme un tout.
En premier lieu, il convient de penser à l'unité juridique d'action (tatbestandliche Handlungseinheit, ou encore rechtliche oder normative Handlungseinheit; cf. à ce sujet <ref-ruling> consid. 4c p.93; Jürg-Beat Ackermann, Basler Kommentar, Stragesetzbuch, art.68, n. 11; Claus Roxin, Strafrecht, Allgemeiner Teil, vol. II, Münich 2003, § 33 n. 19 ss). Une telle unité existe si le comportement défini par la norme présuppose, par définition, de fait ou typiquement, la commission d'actes séparés (Roxin, op. cit. p. 801 ss). Selon les circonstances, certaines infractions supposent par définition l'accomplissement de deux actes au moins (mehraktige Delikte). Ainsi, seul commet un brigandage celui qui utilise la contrainte physique ou psychique et qui vole (<ref-law>). En outre, la disposition légale peut définir un comportement durable qui se compose de plusieurs actes, tels les délits de gestion fautive (<ref-law>) ou de services de renseignements politiques ou économiques (art. 272 et 273 CP). Dans ces cas, la prescription commence à courir avec la commission du dernier acte délictueux (<ref-law>). Enfin, en cas de délit continu (Dauerdelikte), l'acte qui est à l'origine de l'état illicite forme une unité avec les autres actes nécessaires pour maintenir la situation illicite. Selon l'art. 71 let. c CP, la prescription court du jour où cesse cette situation.
Outre les cas types de l'unité juridique d'action, des actes séparés peuvent constituer un tout lorsqu'ils procèdent d'une décision unique et qu'ils apparaissent objectivement comme des événements appartenant à un ensemble en raison de leur étroite relation dans le temps et dans l'espace (unité naturelle d'action, natürliche Handlungseinheit; cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 92 s.; Peter Noll/Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil I, 6e éd., Zurich 2004, p.285 s.; Roxin, op. cit., § 33, n. 29 ss). L'unité naturelle vise la commission répétée d'infractions (iterative Tatbestandsverwirklichung; par exemple une volée de coups) ou la perpétration d'une infraction par étapes successives (sukzessive Tatbestandsverwirklichung; par exemple sprayer un mur avec des graffitis pendant plusieurs nuits successives). Une unité naturelle sera cependant exclue si un laps de temps assez long sépare les différents actes, même si ceux-ci sont liés les uns aux autres. Ainsi le Tribunal fédéral a nié l'existence d'une unité d'action naturelle dans le cas où plus d'un mois séparait les actes préparatoires délictueux (<ref-law>) de la prise d'otage (<ref-law>) et a retenu concurremment les art. 260bis et 185 CP (<ref-ruling> consid. 3 p. 147 ss). Sur le plan de la prescription, l'unité d'action naturelle a pour effet que le délai de prescription ne commence à courir que le jour où le dernier acte a été perpétré (art.71 let. a et b CP).
Hormis les cas d'unité (juridique ou naturelle) d'action, le délai de prescription doit être calculé pour chaque infraction de manière séparée. Une extension de la notion d'unité d'action spécifiquement pour le délai de prescription, comme cela était le cas pour la figure de l'unité au point de vue de la prescription, n'est plus compatible avec le principe de la légalité (<ref-law>). Cette vision plus stricte apparaît aussi défendable sur le plan des conséquences pratiques. La révision du droit de la prescription limite la prescription non seulement en introduisant des délais partiellement plus longs (<ref-law>), mais aussi en faisant cesser le délai de prescription à la suite du jugement de première instance, si bien qu'il n'est plus possible d'obtenir la prescription par le dépôt d'un recours.
4.3 En l'espèce, le recourant a accordé des remises d'intérêts de 1995 à 1998. Il existe certes une analogie entre les différents actes incriminés, dans la mesure où ils lèsent le même bien juridique protégé, à savoir la coopérative. On ne saurait toutefois retenir une unité d'action entre ceux-ci, car chaque remise constitue un acte séparé, qui s'adresse à des débiteurs distincts et ce à des moments différents. Dès lors, faute d'unité d'action, la prescription court du jour où chaque remise a été accordée.
En outre, il est reproché au recourant de ne pas avoir renseigné le conseil d'administration de façon régulière, suffisante et véridique de l'évolution du poste débiteurs. Comme pour empêcher le résultat délictueux (en l'espèce, le défaut d'information du conseil d'administration), il aurait fallu procéder à différentes annonces, donc à des actes séparés, il faut admettre que ces omissions ne procèdent pas de la violation continue d'un devoir, mais constituent des omissions distinctes des unes des autres, de sorte qu'elles ne forment pas non plus une unité (juridique ou naturelle). L'<ref-law> n'est donc pas non plus applicable en ce qui concerne le suivi des débiteurs.
Le pourvoi est ainsi admis sur la question de la prescription. Le jugement de première instance ayant été prononcé le 3 octobre 2003, tous les faits commis avant le 3 octobre 1996 sont prescrits (cf. consid. 4.1). L'annulation partielle de l'arrêt attaqué ne fera pas toutefois courir à nouveau la prescription, la condamnation pour les actes de gestion déloyale non prescrits au moment du jugement de première instance cantonale étant acquise avec ce jugement (cf. <ref-ruling> consid. 6.2.2 p. 313 s.).
Le pourvoi est ainsi admis sur la question de la prescription. Le jugement de première instance ayant été prononcé le 3 octobre 2003, tous les faits commis avant le 3 octobre 1996 sont prescrits (cf. consid. 4.1). L'annulation partielle de l'arrêt attaqué ne fera pas toutefois courir à nouveau la prescription, la condamnation pour les actes de gestion déloyale non prescrits au moment du jugement de première instance cantonale étant acquise avec ce jugement (cf. <ref-ruling> consid. 6.2.2 p. 313 s.).
5. S'agissant des conclusions civiles, le recourant doit présenter une motivation spécifique. Dans la mesure où sa critique se recouvre avec celle présentée dans le pourvoi contre le prononcé pénal, le rejet de ce dernier entraîne l'irrecevabilité du pourvoi contre le prononcé civil (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 80/81). En l'espèce, le recourant se borne à soutenir qu'il ne s'est pas rendu coupable de gestion déloyale, ni de faux dans les titres et que les remises d'intérêt étaient profitables à la coopérative. Ce faisant, il ne fait que reprendre les griefs qu'il a soulevés dans son pourvoi contre le prononcé pénal et qui ont été rejetés, de sorte que son argumentation est irrecevable.
5. S'agissant des conclusions civiles, le recourant doit présenter une motivation spécifique. Dans la mesure où sa critique se recouvre avec celle présentée dans le pourvoi contre le prononcé pénal, le rejet de ce dernier entraîne l'irrecevabilité du pourvoi contre le prononcé civil (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 80/81). En l'espèce, le recourant se borne à soutenir qu'il ne s'est pas rendu coupable de gestion déloyale, ni de faux dans les titres et que les remises d'intérêt étaient profitables à la coopérative. Ce faisant, il ne fait que reprendre les griefs qu'il a soulevés dans son pourvoi contre le prononcé pénal et qui ont été rejetés, de sorte que son argumentation est irrecevable.
6. Au vu de ce qui précède, le pourvoi doit être admis sur la question de la prescription des actes de gestion déloyale (consid. 4.3), la cause étant renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur ce point et, par voie de conséquence, sur la peine. Pour le surplus, le pourvoi est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant voit un de ses griefs admis. Dans ces conditions, il doit supporter un émolument judiciaire réduit (art. 278 al. 1 PPF) et la Caisse du Tribunal fédéral lui versera une indemnité réduite à titre de dépens (art. 278 al. 3 PPF); ces montants seront compensés.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le pourvoi est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale; pour le surplus, il est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1. Le pourvoi est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale; pour le surplus, il est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Il n'est pas perçu de frais ni alloué d'indemnité.
2. Il n'est pas perçu de frais ni alloué d'indemnité.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Procureur général du canton du Jura et à la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien.
Lausanne, le 18 février 2005
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: