Sachverhalt:
A. N._ arbeitet seit 1. September 1999 beim Amt X._ der Stadt Zürich, anfänglich als Sachbearbeiterin, ab 1. April 2002 als Kanzleichefin. Mit Verfügung vom 18. Juni 2007 wurde N._ per 1. Juli 2007 ins teilrevidierte Lohnsystem überführt, indem sie unter Berücksichtigung einer nutzbaren Erfahrung von 13 Jahren auf dem Lohnband in Funktionsstufe 7 in der Funktionskette 1503 (Sachbearbeitung) eingereiht wurde. Die dagegen erhobene Einsprache wies die Stadt Zürich am 15. Februar 2008 ab. In der Zwischenzeit war N._ mitgeteilt worden, sie sei ihrer Funktion als Kanzleichefin enthoben und werde - ohne Auswirkungen auf den Lohn oder die Einstufung - als Sachbearbeiterin weiter beschäftigt. Der Bezirksrat hiess den von N._ gegen die Verfügung vom 15. Februar 2008 erhobenen Rekurs am 15. Januar 2009 teilweise gut und verpflichtete die Stadt Zürich zu einer höheren Einstufung und entsprechenden Lohnnachzahlungen sowie Ausrichtung einer Abfindung.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde der Stadt Zürich am 18. November 2009 gut und hob antragsgemäss den Entscheid des Bezirksrats vom 15. Januar 2009 auf, soweit damit N._ Leistungen zugesprochen wurden.
C. N._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese gemäss den Anweisungen des Bundesgerichts einen neuen Entscheid fälle.
Die Stadt Zürich lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf einzutreten sei.
D. N._ liess die Eingabe vom 10. Januar 2010 nachreichen.

Erwägungen:
1. 1.1 Anfechtungsgegenstand bildet ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid betreffend die Einstufung der Beschwerdeführerin ab 1. Juli 2007 in das teilrevidierte Lohnsystem der Stadt Zürich. Es handelt sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse (<ref-law>). Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig, wenn der Streitwert (gemäss <ref-law>) weniger als Fr. 15'000.- beträgt.
1.2 Die Vorinstanz ist von einem Streitwert von über Fr. 20'000.- ausgegangen. Dies wird von den Parteien nicht beanstandet und erscheint angesichts der strittigen Lohnerhöhung als zutreffend. Die Streitwertgrenze gemäss <ref-law> ist somit überschritten. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten.
2. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Rechtsverletzungen im Sinne von <ref-law> prüft das Bundesgericht grundsätzlich frei, einschliesslich die Frage, ob die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts zu einer Bundesrechtswidrigkeit führt respektive den Grundsatz der derogatorischen Kraft des Bundesrechts verletzt (<ref-law>). Im Übrigen prüft das Bundesgericht die Handhabung des kantonalen Rechts - vorbehältlich der in Art. 95 lit. c und d BGG genannten Fälle - bloss auf Willkür hin (<ref-law>; Urteil 8C_211/2010 vom 19. August 2010 E. 2.1 mit Hinweisen).
3. 3.1 Das am 1. Juli 2002 in Kraft getretene Besoldungssystem der Stadt Zürich in der Verordnung über das Arbeitsverhältnis des städtischen Personals vom 6. Februar 2002 (PR; AS 177.100) hat am 1. Juli 2007 insbesondere hinsichtlich seiner Lohnnormierungen (Art. 47 PR ff., Art. 56 ff. der Ausführungsbestimmungen zur Verordnung über das Arbeitsverhältnis des städtischen Personals vom 27. März 2002 [AB PR; AS 177.101]) gewisse Modifikationen erfahren. So richtet sich beispielsweise der Verdienst der städtischen Angestellten nunmehr - neben dem Schwierigkeitsgrad der Funktion, der nutzbaren Erfahrung und dem Leistungsbeitrag - gemäss Art. 47 PR zusätzlich auch nach deren Verhalten.
3.2 Das städtische Personalrecht sieht vor, dass der Stadtrat unter Berücksichtigung des Schwierigkeitsgrades der einzelnen Funktionen einen Funktionsraster und Funktionsumschreibungen festlegt. Der Funktionsraster umfasst 18 Funktionsstufen, von Funktionsstufe 1 mit dem geringsten bis zu Funktionsstufe 18 mit dem höchsten Schwierigkeitsgrad (Art. 48 PR). Die Funktionsumschreibungen zeigen modellhaft den Schwierigkeitsgrad der einzelnen Funktionen auf. Sie basieren auf analytischen Arbeitsplatzbewertungen, mit denen die Anforderungen an die Fach-, Selbst-, Sozial-, Führungs- und Beratungskompetenz sowie die Arbeitsbedingungen erfasst werden (Art. 49 PR).
Gemäss diesen Vorgaben hat die Stadt Zürich unter Beizug eines privaten Unternehmens (Unternehmensberatung Y._) Arbeitsplatzbewertungen durchgeführt und Modellprofile für sämtliche Tätigkeiten entwickelt. Es wurde der Kriterienkatalog definiert (fünf Haupt- und 13 Unterkriterien) sowie die Gewichtung der Stufenwerte und der einzelnen Unterkriterien festgelegt. Um einen Funktionsraster anzufertigen, werden regelmässig nicht sämtliche der tangierten Berufe bewertet. In casu haben die Unternehmensberatung Y._ und die Stadt Zürich rund 150 Referenzfunktionen bestimmt. Pro Funktionskette konnten so ein bis zwei Funktionen analytisch bewertet werden, von welchen alle anderen Funktionen der Kette abgeleitet wurden (vgl. zum Ganzen Urteil 8C_31/2009 vom 4. Januar 2010 E. 5.1 und 5.2).
3.3 Vor Bundesgericht ist nur noch strittig, ob die Beschwerdeführerin in der Funktionsstufe 7 oder 8 der Funktionskette 1503 (Sachbearbeitung) einzureihen ist. Die Beschwerdeführerin stützt ihren Antrag auf Einordnung in die Funktionsstufe 8 auf eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung, die Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör sowie auf rechtsungleiche und willkürliche Rechtsanwendung.
4. 4.1 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 288; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt nicht richtig abgeklärt; unrichtig sei namentlich, dass die Vorinstanz ihre Beurteilung im Wesentlichen auf die Frage der Selbstkompetenz eingeschränkt und damit einen wichtigen Teil des zu beurteilenden massgebenden Sachverhalts ausgeblendet hatte. Sie unterlässt es jedoch darzulegen, inwiefern die angeblich unrichtige Sachverhaltsfeststellung willkürlich oder unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Vorschrift zustande gekommen ist. Da der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist, sondern die entscheidrelevanten Kriterien der ausgeübten Funktion (Selbstkompetenz und Führung) vollständig erhoben wurden, ist er für die weitere Beurteilung durch das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>).
5. 5.1 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
5.2 Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern der vorinstanzliche Entscheid der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessenden Begründungspflicht nicht genüge, insbesondere mit welchem entscheidwesentlichen Punkt sich die Vorinstanz nicht befasst haben soll. Der allgemeine Verweis auf frühere Rechtsschriften zur geltend gemachten eher dispositiven Natur der strittigen Tätigkeit vermag der Begründungspflicht vor Bundesgericht nicht zu genügen (<ref-law>). Somit erübrigen sich weitere Ausführungen dazu.
6. 6.1 Das Gebot der rechtsgleichen Behandlung (<ref-law>) ist verletzt, wenn ein Erlass hinsichtlich einer entscheidwesentlichen Tatsache rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder wenn er Unterscheidungen unterlässt, die sich aufgrund der Verhältnisse aufdrängen. Die Rechtsgleichheit ist verletzt, wenn Gleiches nicht nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nicht nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Die Frage, ob für eine rechtliche Unterscheidung ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen ersichtlich ist, kann zu verschiedenen Zeiten unterschiedlich beantwortet werden, je nach den herrschenden Anschauungen und Zeitverhältnissen. Dem Gesetzgeber bleibt im Rahmen dieser Grundsätze und des Willkürverbots ein weiter Spielraum der Gestaltung, den das Bundesgericht nicht durch eigene Gestaltungsvorstellungen schmälert (<ref-ruling> E. 9.1 S. 42 mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Nach der Rechtsprechung ist eine Entscheidung willkürlich, wenn sie eine Norm oder einen klaren und unumstrittenen Rechtsgrundsatz offensichtlich schwer verletzt, sich mit sachlichen Gründen schlechthin nicht vertreten lässt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Willkürliche Rechtsanwendung liegt zudem nicht schon vor, wenn eine andere Lösung vertretbar oder sogar vorzuziehen wäre (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153 mit Hinweisen).
6.2 Die Beschwerdeführerin stützt ihre Rüge der willkürlichen Beurteilung vor allem darauf ab, das kantonale Gericht sei fälschlicherweise davon ausgegangen, ihre Tätigkeit sei im Wesentlichen ausführender Natur, obwohl sie in ihren Rechtsschriften im kantonalen Verfahren einlässlich dargelegt habe, ihre Arbeit sei vornehmlich dispositiv.
Die Vorinstanz hat zutreffend festgestellt, dass der Stadt Zürich gestützt auf die in der Kantonsverfassung zugestandene Gemeindeautonomie (Art. 85 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 [KV/ZH; LS 101] in Verbindung mit § 72 des Gemeindegesetzes vom 6. Juni 1926 [GG; LS 131.1]) ein grosser Spielraum betreffend die Ausgestaltung ihrer Anstellungsbedingungen zukommt (vgl. dazu auch Urteil 8C_31/2009 vom 4. Januar 2010 E. 4.2). Diesen hat die Stadt Zürich mit dem Erlass des Personalrechts (PR) wahrgenommen. Eine Grenze ist dort zu ziehen, wo eine Unterscheidung oder Festlegung sachlich nicht nachvollziehbar, mithin willkürlich ist. Dies trifft auf die vorinstanzliche Festlegung der massgeblichen Funktionsstufe jedoch nicht zu:
Die Vorinstanz hat ausführlich dargelegt, auf welche Kriterien sie sich bei der Abgrenzung der Funktionsstufe 7 zu den Funktionsstufen 6 und 8 sowie bei der Einreihung der Tätigkeit der Beschwerdeführerin gestützt hat. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist mit der Stadt Zürich festzuhalten, dass die Handlungsebene, welche die Funktion charakterisiert (ausführend/dispositiv/konzeptionell), eine Frage der Selbstkompetenz, insbesondere der Selbstständigkeit, ist. Auch ist das Abstützen auf das Stellenprofil (einschliesslich der Protokolle der Mitarbeitergespräche) nicht zu beanstanden, geschweige denn als willkürlich zu bezeichnen. Vielmehr ergeben sich daraus die für die zu beurteilende Tätigkeit massgebenden Aufgaben und Kompetenzen und damit die Möglichkeit zu beurteilen, inwiefern der angestellten Person noch Handlungsspielräume zustehen bzw. inwiefern ihre Tätigkeit dispositiver Natur ist. Die Beschwerdeführerin anerkennt denn auch, dass angesichts des grossen Personalbestandes nicht jede einzelne Funktion erfasst werden kann, und zitiert Ziff. 2.1.6 des Handbuchs zum städtischen Lohnsystem, wonach bei der Einreihung geprüft werden soll, mit welcher der aufgeführten Funktionen die einzureihende Tätigkeit am ehesten übereinstimme. Insgesamt kann somit nicht gesagt werden, die Begründung der Einreihung durch die Vorinstanz sei nicht nachvollziehbar oder beruhe nicht auf sachlichen Gründen. Allein der Umstand, dass allenfalls auch eine andere Einreihung zu Gunsten der Beschwerdeführerin vertretbar gewesen wäre, stellt noch keine Willkür dar.
6.3 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe sie rechtsungleich behandelt, indem sie anders als andere im selben oder ähnlichen Bereich tätige Mitarbeitende mit Führungsfunktion nur in der Funktionsstufe 7 statt 8 eingereiht sei. Diesbezüglich ist mit der Stadt Zürich hingegen festzuhalten, dass die übrigen Mitarbeiter der Kanzlei in den Funktionsstufen 5 und 6 und damit unterhalb der Beschwerdeführerin eingereiht sind sowie dass jegliche Anhaltspunkte für eine konkrete Ungleichbehandlung mit Personen in vergleichbaren Positionen fehlen. Eine rechtsungleiche Beurteilung durch die Vorinstanz ist somit nicht erstellt.
7. Die unterliegende Beschwerdeführerin hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die Stadt Zürich obsiegt in ihrem amtlichen Wirkungskreis, weshalb ihr kein Anspruch auf Parteientschädigung zusteht (<ref-law>; Urteile 8C_31/2009 vom 4. Januar 2010 E. 11 und 8C_151/2010 vom 31. August 2010 E. 6.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 7 S. 119).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. November 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold