Faits:
A. Par arrêt du 29 août 2008, la Cour correctionnelle sans jury du canton de Genève a condamné C.X._ à deux ans de peine privative de liberté avec sursis pour actes d'ordre sexuel avec une enfant.
Cette décision repose, en bref, sur les éléments suivants.
A.a Dans sa requête en mesures protectrices de l'union conjugale du 18 février 1998, B.X._ a fait état de gestes déplacés de son mari, C.X._, sur sa fille A.X._, née le 6 septembre 1990. Elle a précisé qu'elle avait surpris son mari à deux reprises en train de se faire nettoyer le sexe par A.X._ alors qu'ils prenaient le bain ensemble. Elle a également fait état d'une scène où son époux se trouvait avec sa fille dans le lit conjugal et où elle avait entendu celle-ci dire « comme ça, tu me descends ma culotte ».
Entendue par le Tribunal de première instance en avril 1998, D._ a déclaré que A.X._ lui avait été adressée pour faire un bilan complet de sa psychomotricité en mai ou juin 1997. Dès le début, elle avait eu des soupçons d'attouchements sexuels. Entendu par la même autorité en mai 1998, le pédopsychiatre E._ a déclaré que A.X._ lui avait dit avec des mots d'enfants que son père lui avait à plusieurs reprises touché le sexe.
Chargée d'une expertise de crédibilité, la doctoresse F._ a indiqué, dans son rapport du 3 mars 1999, que A.X._ avait mentionné, lors des entretiens, les attouchements sexuels, qu'elle s'était montrée cohérente tant au niveau du discours que des attitudes et qu'elle n'avait présenté aucun signe de fabulation ni d'activité délirante, ou autre pathologie pouvant amener à une distorsion de sa perception de la réalité. L'expert a conclu qu'il n'y avait pas d'élément médico-psychologique susceptible de diminuer la crédibilité des déclarations de A.X._.
C.X._ a été inculpé le 24 mars 1999 d'infractions à l'<ref-law> pour avoir, à réitérées reprises, touché le sexe de sa fille et s'être fait laver son sexe par celle-ci. Il a catégoriquement contesté ces faits.
A.b Dans un certificat médical du 14 août 2002, la doctoresse G._ a indiqué que A.X._ lui avait relaté quelques scènes, se situant dans le cadre d'abus sexuels à répétition, survenant en général les jours de congé, alors qu'elle avait entre 4 et 6 ans.
Le 14 avril 2003, B.X._ a répondu au juge d'instruction, à la question de savoir si A.X._ lui avait expliqué pour quelle raison elle n'avait pas parlé plus tôt de ces autres abus, qu'en fait sa fille lui en avait sans doute déjà parlé à l'époque, mais qu'elle-même n'avait pas compris. Par exemple, sa fille lui avait dit il y a longtemps que son père lui avait fait un petit trou qui avait saigné, mais que celui-ci s'était rebouché. A une autre reprise, elle l'avait surprise en train de lécher l'entrejambe de son lapin en peluche et A.X._ lui avait expliqué que tous les parents nettoyaient leurs enfants de cette manière.
Au regard notamment de ces nouvelles révélations, le juge d'instruction a ordonné une seconde expertise de crédibilité de l'enfant. Dans son rapport du 5 mai 2004, la doctoresse H._ a relevé que la fillette ne lui avait pas parlé des actes d'ordre sexuel - tels qu'une tentative de pénétration et une fellation - relatés dans le certificat médical établi par la doctoresse G._. En revanche, A.X._ avait relaté des attouchements sur son sexe, sans précision temporelle. Selon l'expert, il n'y avait pas de raison de contester la crédibilité de la jeune fille, du point de vue de son fonctionnement psychique. En revanche, la durée du temps écoulé, l'influence de l'entourage, l'image négative du père, les interrogatoires multiples et répétés auprès des différents interlocuteurs engendraient un doute concernant la crédibilité des déclarations de A.X._, qui apparaissaient ainsi comme moyennement crédibles.
Le 16 décembre 2005, le juge d'instruction a inculpé à titre complémentaire C.X._ d'infractions à l'<ref-law> pour avoir tenté sans succès de pénétrer sa fille, étant précisé qu'il a appuyé son sexe avec force contre son vagin au point qu'elle a eu mal, pour l'avoir léché entre les jambes, pour lui avoir demandé de lécher son sexe, étant précisé qu'il lui a également demandé de le caresser, jusqu'à éjaculation, et pour avoir à plusieurs reprises demandé à sa fille d'introduire son sexe dans sa bouche, étant précisé qu'à certaines occasions, il a éjaculé. C.X._ a catégoriquement contesté ces accusations.
B. Par arrêt du 19 décembre 2008, la Cour de cassation genevoise a annulé l'arrêt de la Cour correctionnelle sans jury et acquitté C.X._ du chef d'accusation d'actes d'ordre sexuel avec un enfant. Elle a admis l'existence d'un doute sérieux quant à la culpabilité de l'intéressé.
C. A.X._ et B.X._ ont déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une application arbitraire des art. 340, 350 et 352 CPP/GE et une violation des art. 9 et 29 al. 2 Cst., elles ont conclu à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de l'affaire à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.

Considérant en droit:
1. Les recourantes se plaignent d'une application arbitraire des art. 340, 350 et 352 CPP/GE.
1.1 L'application du droit cantonal est examinée par le Tribunal fédéral sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 219). Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153).
1.2 En procédure cantonale genevoise, les arrêts de la Cour correctionnelle peuvent être attaqués par la voie d'un pourvoi auprès de la Cour de cassation genevoise (art. 339 al. 1 let. c CPP/GE). Voie de droit extraordinaire, le pourvoi est ouvert notamment pour violation de la loi pénale (art. 340 let. a CPP/GE), question que la Cour de cassation genevoise examine librement.
S'agissant en revanche de l'établissement des faits et de l'appréciation des preuves, cette autorité n'est pas fondée à substituer, à la manière d'une instance d'appel, sa propre appréciation à celle de la Cour correctionnelle. Elle ne peut annuler l'arrêt attaqué que si la Cour correctionnelle a attribué aux faits une force probante ensuite d'une interprétation absurde, déraisonnable ou incompréhensible. Le pouvoir d'examen de la Cour de cassation genevoise sur ces points est ainsi limité à l'arbitraire. Elle ne doit pas s'engager dans une analyse complète de l'affaire qui lui est soumise; il ne lui appartient pas de remettre en cause le déroulement de l'instruction ni de se livrer à une nouvelle appréciation des témoignages, et elle n'a pas à dire si elle aurait jugé comme l'autorité de jugement. Elle jouit donc du même pouvoir d'examen que le Tribunal fédéral en ce qui concerne l'appréciation de preuves et l'établissement des faits. C'est dire qu'elle est en principe liée par les faits constatés et par les preuves retenues dans la décision attaquée et ne peut donc compléter l'état de fait (<ref-ruling> consid. 2 p. 182).
La procédure genevoise prévoit que le recourant doit motiver son pourvoi par écrit (art. 344 CPP GE) et que la Cour de cassation examine si les motifs de cassation invoqués sont fondés (art. 350 CPP GE). Selon la jurisprudence et la doctrine genevoises, les motifs examinés sont exclusivement ceux contenus dans le mémoire du recourant, sous réserve des motifs d'ordre public sur lesquels la Cour doit se prononcer d'office.
Si les motifs de cassation invoqués sont fondés, la Cour de cassation annule la décision attaquée dans la mesure où elle le juge nécessaire (art. 350 CPP/GE) et renvoie la cause à la juridiction dont la décision est annulée pour qu'elle statue à nouveau (art. 352 al. 1 CPP/GE), étant précisé que la juridiction de renvoi est liée par les considérants de droit de l'arrêt rendu par la Cour de cassation (art. 356 CPP/GE). Cette dernière se prononce sans renvoi si celui-ci n'aboutirait qu'à faire entériner sa décision par la juridiction de jugement, à savoir s'il y a un acquittement, si l'action est prescrite ou si la personne condamnée doit être déclarée irresponsable et non punissable; dans ce dernier cas, elle peut ordonner en même temps les mesures prévues par le code pénal ou renvoyer la cause à la juridiction compétente (art. 352 al. 2 CPP/GE).
1.3 Les recourantes reprochent à la Cour de cassation d'avoir complété les faits - en se référant en particulier à l'expertise de l'accusé - afin d'appuyer sa propre conviction quant à l'innocence de ce dernier.
1.3.1 L'autorité de recours a constaté qu'en l'absence de preuves matérielles, la condamnation de l'intimé reposait exclusivement sur les déclarations de l'enfant jugées crédibles par l'expert F._. Elle a toutefois estimé que cette expertise ne répondait pas aux exigences méthodologiques formulées par la jurisprudence et ne pouvait par conséquent fonder un verdict de culpabilité. Elle a conclu qu'une appréciation objective des preuves recueillies conduisait à constater l'existence d'un doute sérieux quant à la culpabilité du père. Elle a admis que ce doute était d'autant plus insurmontable que l'expert qui avait examiné l'intimé n'avait diagnostiqué aucun élément permettant de considérer que celui-ci était pédophile ou paraphile (pièce n° 524). Cet expert avait mis en évidence les particularités du système familial. A ce titre, il avait noté que l'épouse de l'intimé, qui s'inquiétait depuis longtemps des difficultés d'apprentissage de A.X._, avait probablement cru aux abus sexuels de son époux sur sa fille. Il avait également relevé qu'un enfant confronté à un milieu familial hostile pouvait se sentir obligé intérieurement de se liguer avec un parent contre l'autre ce qui pouvait avoir des conséquences graves sur le développement de sa personnalité.
Au regard de ces éléments, la Cour de cassation a annulé le verdict de culpabilité s'agissant des faits décrits sous le consid. A.a.
1.3.2 La critique des recourantes est vaine. En effet, la Cour de cassation a tout d'abord jugé que les éléments retenus par les premiers juges étaient insuffisants pour fonder un verdict de culpabilité. Elle a ensuite relevé qu'une appréciation objective des preuves recueillies, et plus particulièrement de l'expertise de l'intimé, conduisait à admettre un doute sérieux quant à la culpabilité du mis en cause. Ce faisant, l'autorité de recours n'a pas outrepassé son pouvoir dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits tel que défini ci-dessus et qui, dans ce domaine, correspond d'ailleurs à celui du Tribunal fédéral (cf. supra consid. 1.1 et 1.2). En effet, l'arbitraire peut également être constaté lorsque l'autorité inférieure n'a pas pris en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision (<ref-ruling> consid. 2.1); or, dans son pourvoi en cassation, l'accusé s'est précisément plaint du fait que la Cour correctionnelle n'avait pas pris en considération la teneur du rapport le concernant (cf. recours cantonal p. 8, 37 et 38). Par ailleurs, la référence à l'expertise de l'intimé est un élément superfétatoire dans l'appréciation des preuves telle qu'effectuée par l'autorité de recours.
Pour le reste, le fait que la Cour de cassation ait statué sans renvoyer l'affaire à l'autorité inférieure pour tenir compte de cet élément - à savoir de l'expertise de l'accusé - ne constitue pas une application arbitraire du droit cantonal, l'art. 352 al. 2 CPP/GE prévoyant expressément que l'autorité de recours peut s'abstenir d'une telle formalité au cas où les premiers juges n'auraient plus qu'à entériner sa décision notamment en cas d'acquittement (cf. supra consid. 1.2).
1.4 Les recourantes reprochent à la Cour de cassation d'avoir examiné d'office la force probante d'un élément du verdict de culpabilité, soit des soupçons des thérapeutes sur l'existence des abus.
1.4.1 La Cour de cassation, après avoir écarté l'expertise de crédibilité de la doctoresse F._, a admis que le seul élément qui subsistait dans le verdict de culpabilité était la référence au fait que plusieurs thérapeutes avaient soupçonné l'existence d'abus. Elle a toutefois considéré que ces soupçons ne suffisaient pas à justifier à eux seuls une condamnation, le docteur E._ ayant déclaré à l'instruction qu'il n'avait pas de formation particulière pour apprécier la crédibilité des déclarations d'enfant et le témoin D._ ayant confirmé à l'audience de jugement que l'information relative aux soupçons d'attouchement avait son origine dans des déclarations de la mère de A.X._.
1.4.2 La critique des recourantes tombe à faux. En effet, dans son mémoire cantonal, l'accusé, alléguant l'arbitraire, a expliqué que, s'agissant du premier volet des accusations, les déclarations de sa fille avaient manifestement été inspirées ou, à tout le moins, influencées par sa mère, laquelle avait décidé de séparer complètement A.X._ de son père. Dans ce cadre, il a relevé toute une série d'indices corroborant sa thèse de la manipulation de l'enfant par la mère, expliqué de quelle manière les premières déclarations avaient eu lieu auprès des thérapeutes et souligné en particulier que ceux-ci n'avaient jamais eu de soupçons avant le mois d'octobre 1997 (cf. recours cantonal p. 11 ss). Ce faisant, il a critiqué, de manière suffisante, l'indice retenu à charge, à savoir les soupçons des thérapeutes, attaquant en particulier l'origine de ceux-ci.
1.5 Les recourantes font grief à l'autorité précédente d'avoir violé les limites de son pouvoir d'examen en prononçant directement l'acquittement de l'accusé. Elles estiment que les juges cantonaux ne pouvaient procéder à une nouvelle appréciation des preuves et devaient renvoyer la cause à la Cour correctionnelle.
1.6 Selon l'art. 352 al. 2 let. a CPP/GE, la Cour de cassation se prononce sans renvoi s'il y a lieu à acquittement; il en va de même lorsqu'un renvoi n'aboutirait qu'à faire entériner par la juridiction de jugement la décision de la Cour de cassation (cf. supra consid. 1.2; SJ 1963 p. 551; G. Rey, Procédure pénale genevoise, ad art. 352 n° 2.2). Tel est le cas en l'occurrence, l'autorité de recours ayant estimé, dans les limites de son pouvoir (cf. supra consid. 1.2 et 1.3), que l'appréciation des premiers juges était arbitraire et que l'appréciation objective des preuves recueillies conduisait à constater l'existence d'un doute sérieux quand à la culpabilité de l'accusé et à prononcer par conséquent un acquittement. On ne discerne donc pas d'arbitraire dans l'application du droit cantonal.
2. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., les recourantes reprochent à la Cour de cassation d'avoir violé leur droit d'être entendu en se livrant à une nouvelle appréciation des preuves, sans qu'elles aient pu se prononcer sur celle-ci, ni sur les nouveaux éléments retenus, ni demander une nouvelle expertise de crédibilité.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277).
Ce droit ne s'étend toutefois qu'aux éléments pertinents pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 6c/cc in fine p. 135, 417 consid. 7b p. 430; <ref-ruling> consid. 4a p. 211).
2.2 Les recourantes ne prétendent pas que la Cour de cassation se serait fondée sur des éléments nouveaux qui n'auraient pas figuré au dossier et sur lesquels elles n'auraient donc pu se prononcer. Elles n'affirment pas davantage ne pas avoir pu répondre au recours cantonal déposé par l'intimé ou se déterminer sur les nouveaux moyens avancés par ce dernier, comme par exemple le rapport d'expertise le concernant (cf. supra consid. 1.3). Enfin, elles ne soutiennent pas non plus que les autorités cantonales les auraient injustement empêchées de faire valoir leurs moyens et en particulier de requérir les expertises qu'elles pouvaient estimer nécessaires.
Dans ces conditions, on ne discerne aucune violation du droit d'être entendu tel que défini ci-dessus, étant encore rappelé que ce droit ne peut être exercé que sur les preuves du dossier avant leur appréciation par l'autorité.
3. Invoquant l'arbitraire et une violation du principe « in dubio pro reo », les recourantes reprochent à la Cour de cassation d'avoir écarté le rapport de la doctoresse F._.
3. Invoquant l'arbitraire et une violation du principe « in dubio pro reo », les recourantes reprochent à la Cour de cassation d'avoir écarté le rapport de la doctoresse F._.
3.1 3.1.1 Dans la mesure où, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves est critiquée en référence avec le principe « in dubio pro reo», celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid 2a p. 41). Cette dernière notion a été rappelée récemment dans l'<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, auquel on peut donc se référer. En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
3.1.2 Une expertise de crédibilité doit permettre au juge d'apprécier la valeur des déclarations de l'enfant, en s'assurant que ce dernier n'est pas suggestible, que son comportement trouve son origine dans un abus sexuel et n'a pas une autre cause, qu'il n'a pas subi l'influence de l'un de ses parents et qu'il ne relève pas de la pure fantaisie de l'enfant. Pour qu'une telle expertise ait une valeur probante, elle doit répondre aux standards professionnels reconnus par la doctrine et la jurisprudence récente (<ref-ruling> consid. 5 p. 58; <ref-ruling> consid. 2 p. 85).
Si l'expert judiciaire est en principe libre d'utiliser les méthodes qui lui paraissent judicieuses, sa méthode doit toutefois être fondée, suivre les critères scientifiques établis, séparer soigneusement les constatations de faits du diagnostic et exposer clairement et logiquement les conclusions. En cas de suspicion d'abus sexuel sur des enfants, il existe des critères spécifiques pour apprécier si leurs déclarations correspondent à la réalité. L'expert doit examiner si la personne interrogée, compte tenu des circonstances, de ses capacités intellectuelles et des motifs du dévoilement, était capable de faire une telle déposition, même sans un véritable contexte expérientiel. Dans ce cadre, il analyse le contenu et la genèse des déclarations et du comportement ainsi que les caractéristiques du témoin, son vécu, son histoire personnelle notamment, ainsi que divers éléments extérieurs. Lors de l'expertise de la validité d'un témoignage, il faut toujours avoir à l'esprit que la déclaration peut ne pas être fondée sur la réalité (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 85 s.).
Concernant plus particulièrement l'appréciation du résultat d'une expertise, le juge n'est en principe pas lié par ce dernier. Mais s'il entend s'en écarter, il doit motiver sa décision et ne saurait, sans motifs déterminants, substituer son appréciation à celle de l'expert, sous peine de verser dans l'arbitraire. En d'autres termes, le juge qui ne suit pas les conclusions de l'expert n'enfreint pas l'art. 9 Cst. lorsque des circonstances bien établies viennent en ébranler sérieusement la crédibilité (<ref-ruling> consid. 4 p. 57 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 86). Tel est notamment le cas lorsque l'expertise contient des contradictions et qu'une détermination ultérieure de son auteur vient la contredire sur des points importants, ou lorsqu'elle se fonde sur des pièces et des témoignages dont le juge apprécie autrement la valeur probante ou la portée (<ref-ruling> consid. 3a in fine p. 130). Si, en revanche, les conclusions d'une expertise judiciaire apparaissent douteuses sur des points essentiels, celui-ci doit recueillir des preuves complémentaires pour tenter de dissiper ses doutes. A défaut, en se fondant sur une expertise non concluante, il pourrait commettre une appréciation arbitraire des preuves et violer l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1c p. 146). La nécessité d'une nouvelle expertise dépend ainsi d'une appréciation de celle versée au dossier et des autres éléments de preuves.
3.2 A.X._ a été entendue par les autorités en juillet 1998 (pièces n° 152 ss). Il ressort de cette audition (pièces n° 146 ss) que le père touchait le sexe de son enfant, que celle-ci était restée assez vague sur les circonstances dans lesquelles ces attouchements s'étaient produits et qu'elle avait précisé qu'elle avait lavé deux fois la « zigounette » de son père dans la baignoire. Toutefois, dans son rapport, la police a également noté que A.X._ avait parfois tenu des propos qui semblaient peu spontanés et qu'à force d'être répétées depuis plus d'une années, les révélations semblaient perdre une certaine crédibilité, l'influence des personnes impliquées dans cette affaire n'y étant certainement pas étrangère. Lors des débats (jugement de la Cour correctionnelle p. 10), le témoin qui avait procédé à l'audition de la fillette, a encore mentionné avoir été surpris de certains propos, l'enfant paraissant avoir été « préparée » à l'audition.
L'expertise de crédibilité du 3 mars 1999 effectuée par la doctoresse F._ (pièce n° 186 ss) est composée des éléments suivants: les sept premières pages résument les entretiens de l'expert avec les parents de A.X._; les pages 7 à 9 décrivent le statut psychiatrique de l'intéressée; les pages 10 et 11 relatent les renseignements médicaux et le parcours scolaire de l'enfant; les pages 12 et 13 résument les entretiens de l'expert avec les praticiens qui ont suivi la jeune fille; les pages 13 à 16 concernent la discussion du médecin. Cette dernière partie débute par les impressions de l'expert sur la personnalité des parents de l'enfant avant de s'étendre, sur une page seulement, sur A.X._; elle se conclut par un diagnostic de trouble de la personnalité névrotique, avec des symptômes importants d'inhibition de la pensée et de l'apprentissage, justifiant la poursuite d'un traitement pédopsychiatrique.
3.3 Selon la Cour de cassation, l'expertise précitée ne répond pas aux exigences méthodologiques posées par la jurisprudence. Cette appréciation n'est pas arbitraire. En effet, à la lecture du rapport de la doctoresse F._ (pièces n° 188 ss) et de ses déclarations au juge d'instruction (pièces n° 207 ss), on constate que cet expert a entièrement axé son examen sur les éléments psychopathologiques, tels que signes de délire, signes de fabulation ou toute autre pathologie pouvant amener à la distorsion de la perception de la réalité de l'enfant telles que psychose, paranoïa ou disharmonie psychotique. En revanche, on ne discerne, dans le rapport d'expertise, aucune analyse du contenu et de la genèse des premières déclarations de l'enfant auprès de la police ou même d'ailleurs des intervenants. Or, il s'agit-là d'éléments essentiels dans le cadre d'un examen de crédibilité. En effet, la déclaration de l'enfant doit faire l'objet d'une analyse, que le juge confie à un expert, et qui a pour but précisément de déterminer la validité, c'est-à-dire la crédibilité du récit. Dans ce contexte, l'expert doit nécessairement examiner la déclaration de l'enfant (cf. supra consid. 3.1.2; cf. CLAUDIO MASCOTTO, La vérité sort-elle de la bouche des enfants, in Plädoyer 4/2008 p. 56 ss; cf. VOLKER DITTMANN, Die Begutachtung der Glaubhaftigkeit bei Verdacht auf sexuellen Missbrauch auf psychologisch-psychiatrischer Sicht, Jeunesse et droit pénal, Chur/Zürich 1998).
Le fait que l'expert ait seulement lu le dossier et ait pris connaissance des déclarations de A.X._ à la police est insuffisant, aucune analyse de ces premières révélations aux autorités ne figurant dans le rapport. La doctoresse F._ a certes exposé certains éléments au sujet du contexte du dévoilement en résumant ses entretiens avec divers intervenants tels que la psychomotricienne ou la logopédiste de l'enfant. Elle n'a toutefois procédé à aucune analyse des circonstances et motifs de ce dévoilement, alors que l'autorité qui a recueilli les révélations de la fillette a pour sa part émis des réserves quant à la spontanéité de l'enfant et révélé certaines influences que la fillette aurait pu subir. La spécialiste a également constaté, lors des débats (pièce n° 209), que la fillette n'était pas influençable. Il ne s'agit cependant que d'une affirmation, sans analyse ni discussion sur les éventuels facteurs d'influence possible.
Dans ces conditions, la Cour de cassation a, à juste titre, écarté l'expertise de la doctoresse F._, celle-ci étant clairement lacunaire.
4. Les recourantes expliquent que, mise à part l'expertise de crédibilité, l'autorité de première instance a admis la culpabilité de l'intimé en se fondant sur un faisceau d'indices suffisants, à savoir les soupçons des thérapeutes, l'absence de manipulation de la mère et les difficultés d'apprentissage de la fillette, éléments que la Cour de cassation ne pouvaient écarter sans tomber dans l'arbitraire et violer le principe « in dubio pro reo ».
4.1 La Cour correctionnelle a fondé la culpabilité de l'accusé sur les éléments suivants. D'une part, les déclarations de l'enfant ont été jugées crédibles par l'expert F._. D'autre part, plusieurs thérapeutes ont suspecté l'existence d'abus avant que la fillette n'en fasse état. De plus, la thèse de la machination plaidée par la défense devait être écartée dès lors qu'il ne ressortait pas de la chronologie des faits, ni du dossier que la mère avait poussé sa fille à faire des fausses déclarations pour en tirer un avantage dans la procédure en mesures protectrices ou en divorce. Enfin, A.X._ avait connu et connaissait encore des difficultés d'apprentissage importantes, même si le lien entre les abus et les difficultés ne pouvait être établi avec certitude.
L'autorité de recours a écarté, sans arbitraire, l'expertise de crédibilité pour les motifs exposés au consid. 3. Pour le reste, elle a constaté qu'il n'était pas possible d'établir un lien entre les difficultés de la fillette et les abus imputés à l'intimé, de sorte que le seul élément subsistant dans le verdict était la référence au fait que plusieurs thérapeutes avaient soupçonné l'existence d'abus. Elle a toutefois estimé que ces soupçons étaient insuffisants pour justifier à eux seuls une condamnation. En effet, le pédopsychiatre avait déclaré à l'instruction qu'il n'avait pas de formation particulière pour apprécier la crédibilité des déclarations d'enfant; la psychomotricienne avait confirmé à l'audience de jugement que l'information relative aux soupçons d'attouchement avait son origine dans des déclarations de la mère de l'enfant.
4.2 Les recourantes se prévalent de l'absence de manipulation de la mère comme indice de culpabilité.
Cette constatation de fait ne ressort pas de l'arrêt attaqué. Par ailleurs, les éléments allégués par les recourantes, comme le fait que la mère ait souvent confié l'enfant à des proches ou le fait qu'elle n'ait pas elle-même directement déposé plainte contre son ex-époux, ne permettent pas d'exclure une éventuelle manipulation, d'autres éléments tels que le rapport de police (pièces n° 146 ss) ou l'expertise de la doctoresse H._ (pièces n° 756 ss) tendant au contraire à confirmer une influence des tiers sur les déclarations de A.X._. Le grief est donc infondé.
4.3 Les recourantes soutiennent que les difficultés d'apprentissage de A.X._ constituent un indice de culpabilité.
Tant la Cour correctionnelle que la Cour de cassation ont admis qu'il n'était pas possible d'établir avec certitude un lien entre les difficultés d'apprentissage de A.X._ et les abus imputés à l'intimé, de sorte que les problèmes relevés ne sauraient constituer un indice à charge. Les recourantes ne démontrent pas, conformément aux exigences légales (cf. <ref-law>), en quoi cette appréciation serait arbitraire. Leur critique est donc irrecevable.
4.4 Les recourantes relèvent que les thérapeutes qui suivaient l'enfant ont eu des soupçons d'abus bien avant que la mère en parle avec eux. Elles estiment que ces soupçons ainsi que les révélations que leur a faites ensuite A.X._ constituent des indices de culpabilité.
La Cour de cassation n'a pas ignoré que certains thérapeutes avaient des soupçons et que l'enfant leur avait révélé des abus. Elle a toutefois jugé que ces éléments étaient insuffisants pour justifier à eux seuls une condamnation. La critique des recourantes est purement appellatoire, puisqu'elles se contentent d'opposer leur appréciation des preuves à celle de l'autorité cantonale. Une telle argumentation est toutefois insuffisante pour démontrer l'arbitraire, lequel n'existe pas du simple fait qu'une autre solution eût été possible ou serait apparue plus justifiée.
5. Les recourantes soutiennent que l'interprétation de l'expertise de la doctoresse H._ par la Cour de cassation est arbitraire et viole le principe « in dubio pro reo ».
5.1 L'autorité de première instance a relevé que, selon cet expert, les nouvelles déclarations que A.X._ avait faites à la doctoresse G._ (cf. consid. A.b) étaient moyennement crédibles, ce qui avait été confirmé, lors des débats, par un autre médecin, consignataire du rapport. Elle a toutefois observé qu'il n'était pas établi que la jeune fille avait été influencée ou contaminée, qu'en 1997 déjà elle avait parlé, avec ses mots, d'abus plus sérieux, qu'elle avait expliqué de façon convaincante au juge d'instruction les raisons pour lesquelles elle n'avait pas voulu parler des abus à la doctoresse H._ en qui elle n'avait pas eu confiance et qu'elle avait d'ailleurs répété, lors de l'instruction, les abus révélés initialement à la doctoresse G._. Sur la base de ces éléments, elle a conclu à la culpabilité de l'accusé.
La Cour de cassation a admis que les juges de première instance étaient tombés dans l'arbitraire en s'écartant sans motif de l'expertise de crédibilité de la doctoresse H._ pour prononcer un verdict de culpabilité s'agissant des faits dénoncés au consid. A.b. Selon l'autorité de recours, la doctoresse H._, dans son rapport du 5 mai 2004 (pièce n° 756 ss) et à la différence du premier expert, s'est penchée sur les circonstances dans lesquelles A.X._ a fait ses révélations relatives aux abus. L'expert a admis, après une analyse approfondie, que le laps de temps écoulé, les interrogatoires à répétition, les diverses interventions psychothérapeutiques ainsi que l'influence de son entourage avaient provoqué une contamination secondaire des souvenirs de l'enfant. Elle a également noté que les actes imputés au père de A.X._, que cette dernière avait décrit à la doctoresse G._ (cf. supra consid. A.b), n'ont pas été mentionnés dans le cadre de l'expertise. Elle a conclu son rapport en émettant un doute concernant la crédibilité des déclarations de l'enfant. Entendue par le juge d'instruction, la doctoresse H._ a explicitement évoqué la possibilité que l'enfant souffre d'une victimisation secondaire, à savoir que la personne se sent victime sans qu'un traumatisme réel n'ait eu lieu (pièce n° 779) Elle a estimé que, dans le souvenir de A.X._, il y avait une contamination par le récit, c'est-à-dire par tous les facteurs contextuels influençant les souvenirs (pièce n° 780).
5.2 L'appréciation de la Cour de cassation est dénuée de tout arbitraire. Certes, la doctoresse H._ est d'accord avec le premier expert lorsque celui-ci indique, dans son rapport, n'avoir observé aucun signe de fabulation ou d'activité délirante ou autre pathologie pouvant amener une distorsion de la réalité (pièce n° 779). Il est également vrai que ce médecin a écrit que les éléments mentionnés avaient « probablement » contaminé les souvenirs de l'enfant, formulant ainsi une hypothèse plus qu'une affirmation. Par ailleurs, elle n'a pas conclu que A.X._ n'était absolument pas crédible, mais uniquement estimé que l'influence des facteurs susmentionnés l'amenait à attribuer une crédibilité modérée à ses déclarations récentes (pièces n° 773 et 772). Cela étant, lors de son audition devant le juge d'instruction, la doctoresse H._ a confirmé que, dans le cas d'espèce, l'enfant présentait des signes évidents d'une victimisation secondaire (pièce n° 779). Elle a expliqué qu'elle avait conclu à une crédibilité moyenne car elle pensait que, dans les souvenirs de l'enfant, il y avait une contamination par le récit (pièce n° 780). En fin d'audition, elle a maintenu que la contamination de A.X._ l'amenait à penser qu'il existait un doute quant à la crédibilité des secondes déclarations de la jeune fille (pièce n° 784). De plus, tant dans son rapport que dans ses déclarations, le médecin a clairement analysé et exposé les motifs de contamination possibles, détaillant plus particulièrement l'influence possible des nombreuses rencontres thérapeutiques, des multiples intervenants, de la mère ou encore du contexte familial (pièces n° 771 ss et 781). Elle a également mentionné que A.X._ avait précisé que sa mère tenait à ce qu'elle soit au courant de tous les détails de la procédure et que certaines des nouvelles allégations de la jeune fille à la doctoresse G._ faisaient déjà partie du dossier judiciaire - témoignage de la mère - avant que A.X._ ne fasse part de ses flashs de souvenirs à la doctoresse G._ (pièce n° 771).
Au regard de ces éléments, l'autorité de première instance ne pouvait, sans arbitraire, écarter l'expertise de la doctoresse H._ pour admettre l'absence d'indices sérieux de contamination et se contenter de relever, comme élément à charge, que l'enfant avait déjà parlé à sa mère d'abus plus sérieux, alors que cette dernière est précisément, aux dires d'expert, un des facteurs possibles de contamination des souvenirs de A.X._. Enfin, le fait que l'enfant n'ait pas eu confiance en la doctoresse H._ est sans pertinence, dès lors qu'il ne permet pas de mettre en doute la crédibilité, ni le sérieux de la seconde expertise. Le grief est donc rejeté.
6. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les recourantes, qui succombent, supporteront les frais (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé, qui n'a pas eu à déposer de réponse.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 9 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani