Sachverhalt:
A. Am 2. August 1992 fuhren A._ als Lenker und B._ als Beifahrerin in Schottland auf einem Motorrad auf der Strasse A835 von Inverness Richtung Ullapool. Auf dieser Strecke fuhr A._ in einer langgezogenen Rechtskurve auf der falschen (rechten) Strassenseite, wo er mit einem korrekt entgegenkommenden Personenwagen kollidierte. Er starb noch auf der Unfallstelle. B._ zog sich schwerste Verletzungen zu, die zur vollständigen Erwerbsunfähigkeit führten.
B. A._ war bei der Y._ Versicherungs-Gesellschaft (Beschwerdeführerin) haftpflichtversichert, B._ bei der X._ Versicherungen AG (Beschwerdegegnerin) unfallversichert. Diese erbrachte in der Folge Leistungen für Heilungskosten, Taggelder, Invalidenrenten sowie Invaliditätskapital und -entschädigung gemäss UVG und VVG. Mit Klage vom 2. Juni 2004 beantragte die Beschwerdegegnerin dem Handelsgericht des Kantons Zürich, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 1'685'760.20 nebst Zins zu bezahlen, wobei sie sich Mehrforderungen für künftigen Schaden vorbehielt (Ziff. 1). Weiter sei die Beschwerdeführerin zu verpflichten, ihr die ab Klageeinleitung bis zum Urteilszeitpunkt ausbezahlten monatlichen IV-Komplementärrenten von Fr. 6'000.-- zu ersetzen, wobei auch hier Mehrforderungen für Rentenleistungen nach dem Urteilszeitpunkt vorbehalten wurden (Ziff. 2).
C. Das Handelsgericht wies die Klage zunächst ab, da dem Geschädigten zwar gestützt auf Art. 9 Abs. 3 des Übereinkommens über das auf Strassenverkehrsunfälle anzuwendende Recht vom 4. Mai 1971 (SR 0.741.31; im Folgenden StVÜ) i.V.m. Art. 65 Abs. 1 SVG ein unmittelbares Forderungsrecht gegen den Haftpflichtversicherer zukomme, sich der regressierende Versicherer aber nicht auf dieses Privileg berufen könne, da der Normzweck von Art. 9 Abs. 3 StVÜ ausschliesslich darin bestehe, den Geschädigten besser zu stellen.
D. Das daraufhin mit der Sache befasste Bundesgericht erkannte mit Urteil vom 30. Mai 2008, da das StVÜ Regress und Subrogation nicht regle, bestimme sich nach Art. 144 IPRG (SR 291), ob der Beschwerdegegnerin ein Regressrecht zukomme. Nach Art. 144 Abs. 1 und 3 IPRG seien das schweizerische Recht als Kausalstatut und das schottische Recht als Forderungsstatut massgebend. Das schweizerische Recht lasse den Rückgriff der Beschwerdegegnerin kraft Subrogation grundsätzlich zu; das direkte Forderungsrecht der Geschädigten gehe als akzessorisches Nebenrecht auf die subrogierende Beschwerdegegnerin über. Es bleibe zu prüfen, ob das schottische Recht eine vergleichbare Regelung kenne. Da sich der Inhalt der massgebenden Normen des schottischen Rechts nicht ohne Weiterungen feststellen liess, wies das Bundesgericht die Sache an das Handelsgericht zurück. Dazu erwog es, die Durchführung des nach Art. 144 Abs. 1 IPRG zulässigen Rückgriffs erfolge gemäss Abs. 2 der Norm grundsätzlich nach dem Forderungsstatut; darunter falle insbesondere auch die Frage, ob ein unmittelbares Forderungsrecht des Geschädigten gegen den Haftpflichtversicherer auf den Rückgriffsberechtigten übergehe. Soweit der Rückgriff Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung betreffe, bestimme sich die Frage, ob ein Rückgriffsrecht besteht, gemäss Art. 144 Abs. 3 IPRG nach dem Recht, das auf den Sozialversicherungsträger anwendbar ist (Kausalstatut); für die Zulässigkeit und die Durchführung des Rückgriffs würden Art. 144 Abs. 1 und 2 IPRG gelten (<ref-ruling>).
E. Mit Urteil vom 25. Oktober 2011 sprach das Handelsgericht der Beschwerdegegnerin im Wesentlichen Fr. 1'617'720.20 nebst Zins (Ziff. 1) sowie Fr. 534'000.-- (Ziff. 2) zu. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, die Klage abzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, während das Handelsgericht auf Vernehmlassung verzichtet hat. Obwohl kein weiterer Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Beschwerdereplik und -duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist binnen der gesetzlich vorgesehenen Frist zu begründen (Art. 100 BGG). Die Bemerkungen zu der Beschwerdeantwort können nicht dazu dienen, in der Beschwerde Versäumtes nachzuholen. Nur soweit erst die Eingabe der Gegenpartei zu Vorbringen Anlass gibt, sind die dazu eingereichten Bemerkungen (Beschwerdereplik und -duplik) zu berücksichtigen.
1.1 Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann gerügt werden, ausländisches Recht sei nicht angewendet worden, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt (Art. 96 lit. a BGG). Die Rüge, das nach dem schweizerischen internationalen Privatrecht massgebende ausländische Recht sei nicht richtig angewendet worden, ist nur zulässig, sofern der Entscheid keine vermögensrechtliche Sache betrifft (Art. 96 lit. b BGG). In vermögensrechtlichen Streitigkeiten wie der zu beurteilenden kann nur gerügt werden, der angefochtene Entscheid wende ausländisches Recht willkürlich an (<ref-ruling> E. 3.1 S. 447 f.). Für eine derartige Rüge der Verletzung von Grundrechten (Art. 9 BV) gilt eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53; <ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.2 Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen).
1.3 Soweit die Beschwerdeführerin die Anwendung des schottischen Rechts kritisiert, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin begnügt sich in der Beschwerdeschrift damit, darzulegen, wie das schottische Recht gestützt auf das Rechtsgutachten ihrer Meinung nach korrekt hätte angewendet werden müssen, und sie wirft der Vorinstanz vor, ihren Ermessenspielraum überschritten zu haben. Dies genügt indessen nicht, um die Rechtsauffassung der Vorinstanz als offensichtlich unhaltbar und im Ergebnis willkürlich auszuweisen. Mangels hinreichender Begründung ist auf die Rügen nicht einzutreten.
1.4 Die Beschwerdeführerin erachtet ihren Anspruch auf rechtliches Gehör als verletzt, da Ziff. 2 des Dispositivs mit keinem Wort begründet sei. Es ist indessen die Rüge selbst, die nicht hinreichend begründet ist. In Ziff. 2 des angefochtenen Urteils wird die Beschwerdeführerin verpflichtet, der Beschwerdegegnerin Fr. 534'000.-- zu bezahlen. Auf S. 33 des angefochtenen Urteils wird unter "F. Fazit" unter Anderem festgehalten, dass es sich um die ab dem 1. Juni 2004 bis zum 25. Oktober 2011 ausbezahlten monatlichen IV-Komplementärrenten von Fr. 6'000.-- handle. Auf S. 6 ff. stellt das angefochtene Urteil den Sachverhalt und die geltend gemachten Ansprüche dar, verweist auf S. 7 unten auf die in Ziff. 2 des Rechtsbegehrens auch für den Zeitraum zwischen Klageeinleitung und Urteil verlangten Basis-IV-Komplementärrenten von Fr. 6'000.-- monatlich und kommt auf S. 8 oben zum Schluss, die Forderung der Beschwerdegegnerin sei in quantitativer Hinsicht unstreitig. Die Beschwerdeführerin setzt sich weder mit den genannten Erwägungen der Vorinstanz auseinander noch zeigt sie auf, inwiefern diese für eine sachgerechte Anfechtung unzureichend wären (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236; je mit Hinweisen). Mangels hinreichender Begründung ist auch auf diese Rüge nicht einzutreten.
2. Das Bundesgericht hat die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit diese den Inhalt der Normen des schottischen Rechts feststellt (<ref-ruling>). Die Vorinstanz hat dazu ein Rechtsgutachten in Auftrag gegeben.
2.1 Die Vorinstanz erkannte, das schottische Recht erachte für die Leistungen aus Schadenversicherung (anders als für die Integritätsentschädigung) den Regress der Beschwerdegegnerin für zulässig. Bezüglich der prozessualen Durchsetzung sehe die schottische Rechtsordnung keinen eigentlichen Rechtsübergang vor, sondern räume lediglich dem regressberechtigten Versicherer die Möglichkeit ein, im Namen des Versicherten den Prozess gegen den Regressverpflichteten zu führen. Dabei könne der Versicherer den Versicherten aber zur Mitwirkung zwingen - zumindest zum namentlichen Auftreten als Kläger im Prozess. Für den Regressverpflichteten mache es - im Ergebnis - wohl keinen Unterschied, ob er in einem in den allermeisten Fällen wohl bloss formaliter vom Geschädigten geführten Prozess zu einer Regresszahlung verpflichtet werde, welche dieser ohne Weiteres an den regressberechtigten Versicherer herauszugeben hat, oder ob er sich im Prozess direkt Letztgenanntem gegenübersehe. Der Umstand, dass nach schottischem Recht der Rückgriff nicht im eigenen Namen durchgesetzt werden könne, sondern der Versicherer für die prozessuale Geltendmachung auf den Geschädigten angewiesen bleibe, sei von untergeordneter Bedeutung, da der Geschädigte vom Versicherer (notfalls gerichtlich) zur Mitwirkung verpflichtet werden könne. Überdies offenbare das Rechtsgutachten, dass in diesen Fällen der Versicherer den Prozess führe und von der beklagten Drittpartei Schadenersatz erhalte ("If the insurer successfully conducts the proceedings and obtains compensations from the third party defendant [...]"), aus welchem er seine Aufwendungen decken dürfe ("[...] it has the right to retain so much of that compensation as corresponds to its indemnification payment to the insured and its legal costs"). Daher erachtete die Vorinstanz den Regressanspruch für begründet.
2.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, mit der vorgenommenen Gesetzesanwendung und -auslegung von Art. 144 IPRG verletze die Vorinstanz Bundesrecht und überschreite das ihr zustehende Ermessen. Sie rügt, gestützt auf Art. 144 Abs. 2 IPRG beurteile sich unter anderem nach dem anwendbaren schottischen Recht die Frage, welche Nebenrechte, namentlich ob ein unmittelbares Forderungsrecht des Geschädigten auf den Haftpflichtversicherer übergehe. Aus dem Gutachten gehe hervor, dass das der Geschädigten zustehende direkte Forderungsrecht nicht auf die Beschwerdegegnerin übergehe und auch nicht übergegangen sei, weshalb diese keine Rechtsansprüche gegenüber der Beschwerdeführerin geltend machen könne. Die Klage sei mangels Aktivlegitimation abzuweisen.
2.3 Mit Bezug auf die Durchführung des Regresses, welche schottischem Recht unterstehe, hielt die Vorinstanz unter Hinweis auf eine Kommentarstelle (KELLER/GIRSBERGER, in: Zürcher Kommentar, 2. Aufl. 2004, N. 25 zu Art. 144 IPRG) fest, es sei nicht eine Frage der Durchführung, sondern der Zulässigkeit des Rückgriffs, ob derjenige, der das Rückgriffsrecht geltend machen wolle, kraft der gesetzlichen Rückgriffsregelung dazu legitimiert sei. Mithin sei nicht von Bedeutung, dass die Beschwerdegegnerin - und nicht die Geschädigte gewissermassen als Prozessstandschafterin - die Regressklage im eigenen Namen führe.
2.4 Entgegen der Auffassung der Vorinstanz ist der Begriff "legitimiert" an der angegebenen Literaturstelle nicht in prozesstechnischem, sondern in materiellem Sinne zu verstehen. Dies belegt das am angeführten Ort erwähnte Beispiel, die Frage, ob der Haftpflichtversicherer des Geschädigten zum Rückgriff berechtigt ist, wenn er gezahlt hat. Damit muss die materielle Berechtigung gemeint sein. Die Frage ob der Haftpflichtversicherer zur Durchsetzung seines Anspruchs im eigenen Namen oder im Namen der Geschädigten vorzugehen hat, wird nicht thematisiert.
2.5 Gemäss Art. 144 Abs. 1 IPRG kann ein Schuldner auf einen anderen Schuldner unmittelbar oder durch Eintritt in die Rechtsstellung des Gläubigers insoweit Rückgriff nehmen, als es die Rechte zulassen, denen die entsprechenden Schulden unterstehen. Die Durchführung des Rückgriffs untersteht grundsätzlich dem gleichen Recht wie die Schuld des Rückgriffsverpflichteten (Art. 144 Abs. 2 Satz 1 IPRG).
2.5.1 Mit Art. 144 Abs. 1 und 2 IPRG wollte der Gesetzgeber die Stellung des im Wege des Regresses in Anspruch genommenen Schuldners schützen, dessen Rechtsstellung nicht durch ein ihm möglicherweise unbekanntes Recht verschlechtert werden sollte (Botschaft zum Bundesgesetz über das internationale Privatrecht vom 10. November 1982, BBl 1983 I 433 Ziff. 285.2). Durch die in Art. 144 Abs. 1 IPRG vorgesehene Anknüpfung wird einerseits erreicht, dass der den Gläubiger befriedigende Schuldner kein Rückgriffsrecht erhält, mit dem er nicht rechnen konnte, und andererseits, dass der Regresspflichtige nicht von unerwarteten Regressansprüchen überrascht wird.
2.5.2 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz kann der Versicherer nach schottischem Recht nur im Namen des Geschädigten vorgehen, er kann diesen aber zur Mitwirkung zwingen. Auch das schottische Recht verhilft dem Regressberechtigten mithin zur Deckung, auch wenn dies nicht über eine Regressforderung im engen Sinn geschieht, da der Regressberechtigte lediglich in Stellvertretung des Geschädigten gegen den Dritten vorgehen kann. Insoweit ist der Regressanspruch mit Blick auf Art. 144 Abs. 1 IPRG zuzulassen.
2.5.3 Nach der herrschenden Lehre ist Art. 144 Abs. 2 IPRG extensiv auszulegen und regelt insbesondere auch, wie sich der Rückgriff formell gestaltet, sei es durch Subrogation, unmittelbaren Rückgriff oder ein verwandtes Institut (DASSER, in: Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2. Aufl. 2007, N. 10 zu Art. 144 IPRG; KELLER/GIRSBERGER, a.a.O., N. 22 f. zu Art. 144 IPRG; BONOMI, in: Commentaire romand, Loi sur le droit international privé / Convention de Lugano, 2011, N. 11 zu Art. 144 IPRG; KREN KOSTKIEWICZ, Grundriss des schweizerischen internationalen Privatrechts, 2012, S. 631 Rz. 2627). Das Bundesgericht hielt denn im Rückweisungsentscheid auch fest, die Durchführung des nach Art. 144 Abs. 1 IPRG zulässigen Rückgriffs erfolge gemäss Abs. 2 der Norm grundsätzlich nach dem Forderungsstatut; darunter falle insbesondere auch die Frage, ob ein unmittelbares Forderungsrecht des Geschädigten gegen den Haftpflichtversicherer auf den Rückgriffsberechtigten übergehe. Es fragt sich daher, ob die Beschwerdegegnerin im Namen der Geschädigten klagen muss, welche Modalität das schottische Recht für den "Rückgriff" vorsieht.
2.5.4 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz unterscheidet sich das (schottische) Common Law System mit dem ihm innewohnenden Vorrang des Verfahrensrechts ganz grundsätzlich vom kontinentaleuropäischen Civil Law System. Da in der Schweiz prozessiert wird, kommt aber nicht das schottische, sondern das schweizerische Verfahrensrecht zur Anwendung. Dadurch darf die Stellung des Regressberechtigten im Vergleich zu einem in Schottland geführten Verfahren materiell nicht verschlechtert werden. Das schottische Recht räumt nach dem angefochtenen Entscheid dem regressberechtigten Versicherer die Möglichkeit ein, im Namen des Versicherten den Prozess gegen den Regressverpflichteten zu führen, wobei der regressberechtigte Versicherer den Versicherten zur Mitwirkung - zumindest zum namentlichen Auftreten als Kläger - zwingen kann. Dass auch nach dem schweizerischen Zivilprozessrecht eine gleichwertige Möglichkeit besteht, Versicherte zum namentlichen Auftreten als Kläger zu zwingen, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Damit gelingt es ihr nicht, den angefochtenen Entscheid, der im Ergebnis mit Blick auf die grundsätzlichen Unterschiede in der Stellung des Verfahrensrechts des Common Law Systems und des kontinentaleuropäischen Civil Law Systems die Klage des Versicherers im eigenen Namen vor Schweizer Gerichten für zulässig erachtet, als bundesrechtswidrig auszuweisen.
2.5.5 Das schottische Recht verfolgt mit der Klage im Namen der Geschädigten im Wesentlichen denselben Zweck wie das schweizerische Recht, gemäss welchem die Beschwerdegegnerin im eigenen Namen hätte klagen können. Mit der Berufung auf die mangelnde Aktivlegitimation versucht sich die Beschwerdeführerin ihrer nach beiden Rechten vorgesehenen Zahlungsverpflichtung zu entziehen, obwohl dem für Art. 144 IPRG zentralen Aspekt des Schutzes des im Wege des Regresses in Anspruch genommenen Schuldners vor einer Verschlechterung seiner Rechtsstellung durch ein ihm möglicherweise unbekanntes Recht für das Verfahren zwischen zwei schweizerischen Versicherungen keine massgebende Bedeutung zukommt. Dass die Beschwerdeführerin befürchten müsste, von der Geschädigten für denselben Schaden erneut belangt zu werden, zeigt sie nicht rechtsgenüglich auf. Daher ist im Ergebnis nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin bejaht hat.
3. Die Beschwerde erweist sich insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juni 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak