Faits:
A.
B._ et C._ sont copropriétaires de la parcelle n° 2'438 (5'913 m 2 ) du cadastre de la commune d'Hermance, parcelle contiguë à celle n° 1404 de 1'137 m 2 appartenant à A._. Ces deux bien-fonds, libres de toute construction, sont situés en 5 ème zone de construction et sont inclus dans le plan directeur communal (ci-après: PDCom) adopté le 8 mai 2007 par le Conseil municipal de la commune d'Hermance et approuvé par le Conseil d'Etat le 25 juillet 2007.
Le 17 novembre 2010, B._ et C._ ont déposé auprès du Département des constructions et des technologies de l'information, devenu le Département de l'urbanisme (ci-après: le Département), une demande d'autorisation de construire définitive aux fins de construire 9 habitations groupées à haut standard énergétique avec parkings souterrains et places de parc extérieures. Le projet prévoit la construction de 3 bâtiments de deux étages sur rez-de-chaussée comportant chacun 3 logements, chaque immeuble étant alimenté par une sonde géothermique.
Dans le cadre de l'instruction, le Département a recueilli les préavis nécessaires. La Commission d'architecture et la Commune ont accueilli favorablement le projet, approuvant une dérogation au coefficient d'utilisation du sol (cf. art. 59 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 [LCI]; RSG L 5 05).
Par décision du 21 avril 2011, le Département a délivré aux requérantes l'autorisation de construire 3 habitats groupés avec une densité de construction de 27,5 %, en raison du haut standard énergétique des habitations prévues. Le Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI) a rejeté, par jugement du 20 décembre 2011, le recours formé par A._ contre la décision. Le TAPI relevait que l'art. 59 al. 4 let. a LCI - dans sa teneur jusqu'au 25 janvier 2013 (cf. infra consid. 5.2) - permettait d'autoriser des projets de construction d'une surface de plancher de 27,5 % de la surface du terrain. Contrairement à ce que soutenait l'intéressée, il estimait que la disposition précitée ne s'appliquait pas exclusivement au projet de construction en ordre contigu, mais également à ceux sous forme d'habitat groupé; or cette disposition permettait d'autoriser une surface de plancher de 27,5 % de la surface du terrain.
B.
Par arrêt du 29 janvier 2013, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice ou la cour cantonale) a rejeté le recours déposé par A._. Selon l'instance précédente, le litige devait être examiné au vu de la nouvelle teneur de l'art. 59 al. 1 LCI, en vigueur depuis le 26 janvier 2013. Dans la mesure où le projet présenté respectait le pourcentage prévu par cette disposition, elle a confirmé l'autorisation de construire délivrée le 21 avril 2011.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice, de constater la nullité de la décision du Département et de débouter les intimées de toutes autres conclusions. Elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue ainsi que d'une violation du droit cantonal. Elle requiert en outre l'effet suspensif.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Aux termes de leurs déterminations respectives, le Département et les intimées concluent au rejet du recours. La recourante réplique.
Par ordonnance du 22 avril 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif.

Considérant en droit:
1.
Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>. Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée.
Selon la jurisprudence, le voisin a qualité pour agir lorsque son terrain jouxte celui du constructeur ou se trouve à proximité immédiate de celui-ci (<ref-ruling> consid. 2b p. 174; <ref-ruling> consid. 5c p. 511). Tel est le cas de la recourante, propriétaire de la parcelle contigüe à celle des intimées.
Les autres conditions de recevabilité étant par ailleurs remplies, il convient d'entrer en matière.
2.
Dans sa réplique, la recourante se plaint d'un déni de justice (<ref-law>). Elle fait grief à la cour cantonale d'avoir volontairement tardé à statuer afin d'appliquer la nouvelle teneur de l'art. 59 al. 1 LCI, entré en vigueur le 26 janvier 2013. Dans la mesure où ce grief - qui ne repose pas sur des faits ressortant de l'arrêt attaqué - aurait déjà pu figurer dans l'acte de recours, il est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.4 p. 47 et les réf. cit.).
3.
La recourante se plaint d'une double violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), à savoir en relation avec la motivation de la décision, d'une part, et avec l'administration des preuves, d'autre part.
3.1. Conformément à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, les motifs que doit contenir tout mémoire de recours doivent exposer succinctement en quoi l'arrêt attaqué viole le droit fédéral. Il doit exister un lien entre la motivation et la décision attaquée (arrêt 4A_72/2007 du 22 août 2007 consid. 4.1.1). Lorsque le mémoire de recours consiste à reprendre devant le Tribunal fédéral, mot pour mot, la même motivation que celle présentée devant l'instance inférieure, un tel lien n'existe pas et le recours est inadmissible sous l'angle de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 246 s.).
3.2. Dans le cas d'espèce, la recourante ne se conforme pas à ces exigences. Sa critique est en effet dirigée contre le jugement du TAPI et consiste, de surcroît, en une reprise pure et simple de l'argumentation présentée devant l'instance précédente. Insuffisamment motivé, le grief tiré d'une double violation de son droit d'être entendue est irrecevable.
Fût-il recevable, son grief aurait dû être rejeté. En effet, contrairement à ce que soutient la recourante, les instances précédentes se sont prononcées à satisfaction de droit sur les raisons pour lesquelles l'intéressée ne pouvait se prévaloir du PDCom (cf. infra consid. 5.3). Par ailleurs, est exempte d'arbitraire l'appréciation du TAPI, reprise par la cour cantonale, selon laquelle l'audition du maire de la Commune n'aurait pas permis d'influer sur le sort de la décision, les éléments figurant au dossier étant suffisants pour trancher le litige, en particulier s'agissant du grief invoqué en lien avec le PDCom.
4.
Invoquant le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.), la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir dressé un état de fait incomplet. Conformé ment à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral fonde en principe son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid 5.2.2 p. 322 s.). La recourante ne le fait pas en l'espèce. Sa critique se réduit en effet à la simple affirmation que l'état de fait de l'arrêt entrepris serait incomplet. La recourante ne prend en particulier pas la peine de mentionner les faits - prétendument allégués et prouvés en procédure cantonale - qui n'auraient pas été retenus par la Cour de justice. Tel qu'il est formulé, le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits est dès lors irrecevable.
5.
Sur le fond, la recourante invoque une violation de l'art. 59 al. 1 et al. 4 let. a LCI.
5.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 351 s. et les références). Le recourant doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. En outre, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 319; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
5.2. Le Grand Conseil du canton du Genève a adopté une modification des dispositions relatives au taux d'occupation du sol (PL 10891). La nouvelle teneur des alinéas 1 et 4 de l'art. 59 LCI entrée en vigueur le 26 janvier 2013 est la suivante:
1 La surface de la construction, exprimée en m2 de plancher, ne doit pas excéder 25% de la surface de la parcelle. Cette surface peut être portée à 27,5% lorsque la construction est conforme à un standard de haute performance énergétique, respectivement à 30% lorsque la construction est conforme à un standard de très haute performance énergétique, reconnue comme telle par le service compétent. Ces pourcentages sont également applicables aux constructions rénovées qui respectent l'un de ces standards.
(...)
4 Lorsque les circonstances le justifient et que cette mesure est compatible avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier, le département :
a) peut autoriser, après consultation de la commune et de la commission d'architecture, un projet de construction en ordre contigu ou sous forme d'habitat groupé dont la surface de plancher habitable n'excède pas 40% de la surface du terrain, 44% lorsque la construction est conforme à un standard de haute performance énergétique, 48% lorsque la construction est conforme à un standard de très haute performance énergétique, reconnue comme telle par le service compétent;
(...)
5.3. En l'occurrence, la recourante ne conteste pas que la densité de du projet autorisé s'élève à 27.5 %. Elle ne remet pas non plus en cause le fait que la conformité de l'autorisation du 21 avril 2011 a été examinée par la Cour de justice à la lumière du nouvel art. 59 al. 1 LCI, entré en vigueur le 26 janvier 2013. L'instance précédente a exposé que cette modification de la loi exprimait clairement le fait que le régime dérogatoire permettant de porter le taux de densification de 0.25 à 0.275 s'appliquait tant aux projets de construction en ordre contigu que sous forme d'habitat groupé; la volonté du législateur avait évolué pour favoriser le développement de l'habitat groupé densifié en zone villas. Selon l'instance précédente, le projet des intimées respectait dès lors le pourcentage prévu par l'art. 59 al. 1 LCI, en vigueur depuis le 26 janvier 2013.
On cherche en vain dans le mémoire de recours de l'intéressée une motivation qui permettrait de tenir ce raisonnement pour arbitraire ou d'une autre manière contraire au droit. La recourante ne soutient d'ailleurs plus, à ce stade de la procédure, que le projet excéderait le coefficient d'utilisation du sol autorisé par l'art. 59 LCI, comme elle le faisait sous l'empire de l'ancien droit en vigueur (cf. supra consid. A en fait).
En réalité, sous couvert d'une violation de l'art. 59 LCI, la recourante se plaint du refus de l'instance précédente d'examiner l'adéquation de l'autorisation de construire avec le PDCom. La recourante soutient en substance que le projet contrevient au PDCom dans la mesure où l'objectif visé était de réaliser un aménagement concerté et unitaire du secteur; à ses yeux, faute de concertation entre les propriétaires des parcelles alentours, l'autorisation délivrée transgresserait le droit cantonal. Cette objection doit être écartée dans la mesure où la jurisprudence retient qu'un projet de construction conforme - comme en l'espèce - au droit cantonal ne peut être refusé au seul motif qu'il contreviendrait à un plan directeur communal liant l'autorité (cf. arrêt 1A.154/2002 du 22 janvier 2003 consid. 4.1 publié in RDAF 2005 I 585).
Sur ce point, le recours de l'intéressée doit être rejeté.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Cette dernière versera une indemnité de dépens aux intimées qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimées une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'urbanisme ainsi qu'à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 13 janvier 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn