Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 24 aprile 1995 la banca C._SA ha concesso ai fratelli D.B._ e E.B._ un mutuo di fr. 850'000.-- "per il completamento del finanziamento dell'acquisto del mappale xxx", indicando quali garanzie la cartella ipotecaria al portatore del 2 ottobre 1987 di fr. 600'000.-- in primo rango e quella del 9 dicembre 1988 di fr. 300'000.-- in secondo rango, di cui la banca C._SA è divenuta proprietaria il 9 agosto 1996.
2. Il 21 gennaio 1999 la bancaC._SA ha notificato ai fratelli B._ la disdetta del mutuo e ne ha chiesto il rimborso entro il 30 giugno 1999, interessi inclusi.
Non essendo intervenuto alcun pagamento, nel luglio 2000 la banca ha avviato una procedura esecutiva in via di realizzazione del pegno immobiliare, per l'incasso di fr. 921'959.60 oltre interessi al 5.75 % dal 1° luglio 2000. L'opposizione interposta dai debitori è per finire stata respinta in via definitiva il 3 agosto 2004, con la reiezione della loro azione di disconoscimento di debito. L'appello presentato contro questo giudizio è stato stralciato dai ruoli per versamento tardivo dell'anticipo, decisione che il Tribunale federale ha confermato il 7 dicembre 2004.
3. Il 29 dicembre 2004 E.B._ ha ceduto alla A._Sagl la comproprietà di 1/20 di cinque quote PPP costituite sul fondo base xxx.
3.1 Poiché il trapasso di proprietà è stato iscritto a registro fondiario prima della restrizione della facoltà di disporre, iscritta il 19 gennaio 2005, la banca C._SA non ha potuto ottenere l'auspicata vendita del fondo gravato dal diritto di pegno. Conformemente a quanto prescritto dall'art. 88 cpv. 1 RFF, il 13 maggio 2005 la banca ha dovuto far spiccare un "nuovo" precetto esecutivo nei confronti di A._Sagl, terza comproprietaria dell'immobile con "facoltà di sollevare opposizione".
3.2 A seguito del rigetto in via provvisoria dell'opposizione da lei interposta contro questo precetto esecutivo, il 2 marzo 2006 A._Sagl ha adito la Pretura del Distretto di Bellinzona con un'azione di disconoscimento di debito nell'ambito della quale ha contestato sia l'esistenza del credito sia quella del diritto di pegno immobiliare della banca. In sede di replica ha in particolare asseverato la nullità assoluta dei titoli ipotecari, siccome emessi dai proprietari pro tempore del fondo base xxx "su semplice istanza, allorquando già era pendente quantomeno una richiesta di finanziamento ipotecario", violando così l'art. 799 cpv. 2 CC per il quale "l'obbligazione contrattualmente assunta di costituire, in garanzia di un credito, un pegno immobiliare deve essere stipulata necessariamente per la sua validità nella forma dell'atto pubblico".
Statuendo il 27 febbraio 2007, il Pretore ha respinto la petizione. Egli ha infatti ritenuto che l'eccezione di nullità assoluta per vizio di forma dei titoli ipotecari sollevata dall'attrice in replica costituiva un abuso di diritto; questo perché l'accordo di costituire le cartelle ipotecarie e di consegnarle in pegno alla banca era stato pacificamente perfezionato e l'istituto bancario, sulla base delle garanzie così fornite, aveva erogato il credito richiesto. Nel contratto di compravendita fra E.B._ e A._Sagl, l'attrice aveva inoltre preso atto al punto 3 del rogito, senza contestazioni e reclami, dell'esistenza delle cartelle ipotecarie con riserva di non assumere i debiti garantiti da pegno immobiliare. Il primo giudice ha quindi evidenziato il comportamento contraddittorio della società, che nulla ha eccepito fino alla replica.
3.3 L'impugnativa inoltrata dalla soccombente contro questa decisione è stata respinta, nella ridotta misura in cui ammissibile, con sentenza del 5 settembre 2007. Gli argomenti della II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino verranno esposti nel prosieguo di questo giudizio, in quanto necessario.
4. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione degli art. 2, 8 e 799 CC nonché dell'art. 965 CO, A._Sagl postula la modifica della sentenza emanata dalla massima istanza cantonale nel senso di accogliere l'appello e, di conseguenza, l'azione di disconoscimento di debito.
Nella risposta del 10 dicembre 2007 la banca C._SA ha proposto di dichiarare il gravame irricevibile, rispettivamente, in via subordinata, di respingerlo. ll Tribunale d'appello ha invece rinunciato a presentare osservazioni.
5. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
5.1 Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF), il ricorso risulta ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
5.2 Come verrà meglio spiegato nei considerandi che seguono, esso solleva infatti non poche perplessità sotto il profilo della motivazione giacché, in contrasto con quanto prescritto dall'art. 42 cpv. 2 LTF, a più riprese la ricorrente contesta la decisione cantonale senza prendere veramente posizione sugli argomenti che hanno indotto i giudici ticinesi a disattendere le sue tesi.
6. La ricorrente censura l'applicazione dell'art. 8 CC sotto vari punti di vista.
6.1 In primo luogo la Corte cantonale avrebbe violato questa norma dispensando, a torto, la banca dall'onere di provare l'esistenza del credito posto in esecuzione.
Si tratta di una critica pretestuosa giacché, come specificato nella sentenza impugnata, la pretesa posta in esecuzione è già stata oggetto di una procedura giudiziaria, sfociata nella sentenza 3 agosto 2004 - che ha acquisito forza di cosa giudicata (cfr. quanto esposto al consid. 2) - con la quale l'azione di disconoscimento di debito di D.B._ e E.B._ è stata definitivamente respinta.
6.2 La ricorrente ravvede un'ulteriore violazione dell'art. 8 CC, così come dell'art. 965 CO, nella decisione dei giudici ticinesi di ammettere quale prova del diritto di pegno la fotocopia delle cartelle ipotecarie, senza pretendere gli originali.
Oltre che pretestuosa, in questo caso la censura è anche inammissibile, dato che la ricorrente non prende minimamente posizione sugli argomenti - di ordine processuale - che hanno indotto la Corte cantonale a dichiarare inammissibile l'analoga censura formulata in sede di appello. Nella sentenza impugnata si legge infatti che la mancata conformità delle copie con gli originali delle cartelle ipotecarie è stata eccepita per la prima volta in sede di conclusioni e quindi - per il diritto processuale cantonale (cfr. art. 78 CPC/TI) - tardivamente. Su questo punto, come detto, la ricorrente non si esprime.
Sia come sia, hanno precisato i giudici ticinesi, l'eccezione era in ogni caso temeraria visto che nella risposta di causa la banca si era dichiarata pronta a produrre gli originali in caso di contestazione e che contestazione non c'è stata - perlomeno non nei tempi previsti dalla procedura cantonale, di cui la ricorrente era ben consapevole visto che era patrocinata da un avvocato.
7. Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente ribadisce poi ancora una volta la "nullità dei titoli ipotecari perché emessi senza la causa giuridica nella forma dell'atto pubblico imposto dall'art. 799 cpv. 2 CC" e contesta che il suo richiamo a tale circostanza possa costituire un abuso di diritto.
7.1 Premesso che l'eccezione di nullità riguarda il contratto di costituzione di pegno venuto in essere tra la precedente proprietaria del fondo F._SA e la qui opponente, ciò che di per sé preclude alla qui ricorrente la facoltà di sollevare eccezioni di sorta in merito alla sua validità, la Corte ticinese ha in ogni caso ricordato la giurisprudenza del Tribunale federale secondo cui non è detto che l'eventuale nullità di tale accordo per vizio di forma comporti la nullità del titolo di pegno. La questione non è stata ancora decisa definitivamente, poiché nei casi sottoposti all'esame del Tribunale federale al debitore che si richiamava a tale circostanza era imputabile un abuso di diritto.
Per i giudici cantonali questa eventualità si è realizzata anche nella fattispecie in rassegna. Dato che la banca ha ossequiato gli obblighi assunti contrattualmente, mediante l'erogazione del mutuo, i fratelli B._/debitori non potrebbero infatti eccepire la nullità delle cartelle ipotecarie, perché così facendo commetterebbero un abuso di diritto. Lo stesso vale per la qui ricorrente, poiché giusta l'art. 845 cpv. 2 CC al terzo proprietario competono le eccezioni del debitore riguardo alla cartella ipotecaria.
Per quel che riguarda più da vicino la qui ricorrente, hanno proseguito i giudici ticinesi, il fatto di eccepire la nullità dei due titoli ipotecari risulta inoltre abusivo in considerazione del prezzo da lei pagato per la quota di comproprietà. Con l'acquisto perfezionato il 29 dicembre 2004 al prezzo stracciato di fr. 47'000.-- - addirittura inferiore al valore commerciale globale (fr. 60'000.--) che aveva quella quota nel 1995, prima dell'esecuzione dei lavori finanziati dalla banca - senza assunzione dei debiti del venditore, essa ha infatti beneficiato degli effetti del finanziamento, dato che l'attuale effettivo valore globale di stima della quota parte da lei acquistata ammonta a fr. 85'477.95. L'abuso di diritto appare tanto più evidente se si tien conto del fatto che questa vendita a prezzo stracciato è stata eseguita da E.B._ a una società - la qui ricorrente - di cui egli stesso è socio (con una quota di fr. 1'000.--) assieme alla moglie (con una quota di fr. 19'000.--), con un rogito coincidente nel tempo con la crescita in giudicato della procedura già pendente nei suoi confronti per il medesimo debito, che avrebbe determinato la realizzazione forzata dell'intero immobile. Alla luce di tutto quanto esposto, la II Camera civile del Tribunale d'appello è giunta alla conclusione che l'acquisto della quota di comproprietà da parte della ricorrente altro non era che una manovra di disturbo per impedire o quantomeno posticipare la realizzazione forzata dell'immobile, manovra che non merita tutela, poiché altrimenti si avvallerebbe un abuso di diritto e la violazione del principio della buona fede negli affari commerciali.
7.2 Nell'allegato sottoposto all'esame del Tribunale federale la ricorrente contesta recisamente questa conclusione, ma non si confronta criticamente con le ragioni che hanno indotto i giudici ticinesi ad ammettere l'abuso di diritto.
L'unica affermazione chiaramente riferita alle considerazioni del giudizio impugnato è quella con cui la ricorrente si dichiara "terza entità che nulla ha da spartire con la resistente o i fratelli B._ escussi". Si tratta di un'affermazione temeraria giacché la stretta relazione fra la ricorrente e E.B._ riportata nel giudizio querelato trova incontrovertibile riscontro nel registro di commercio.
7.3 Sia come sia, tenuto conto del fatto che le norme invocate nel ricorso fanno parte del diritto privato federale (art. 95 lett. a LTF), che il Tribunale federale applica d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF), si deve precisare che la sentenza del Tribunale cantonale è perfettamente conforme al diritto federale.
Tenuto conto dei fatti addotti nella pronunzia impugnata, ai quali il Tribunale federale - salvo eccezioni non realizzate in concreto - è vincolato (art. 105 cpv. 1 LTF), l'atteggiamento assunto dalla ricorrente nell'intera vicenda è manifestamente abusivo. Secondo la giurisprudenza, vi è un abuso di diritto manifesto non protetto dalla legge (art. 2 cpv. 2 CC) qualora un istituto giuridico venga utilizzato ad un fine diverso di quello per cui è stato creato (cfr. ad esempio <ref-ruling> consid. 4a), qualora un diritto venga esercitato senza scopo (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 497) oppure nell'intento di procurarsi un beneficio manifestamente sproporzionato, tenuto conto degli interessi in gioco (<ref-ruling> consid. 2b pag. 203), infine, a determinate condizioni, qualora una persona assuma un comportamento contraddittorio (venire contra factum proprium: cfr. <ref-ruling> consid. 2a con rinvii; <ref-ruling> consid. 3c pag. 75). In concreto la ricorrente ha fatto prova di un comportamento contraddittorio in sede processuale, laddove - preso atto della disponibilità dell'opponente a presentare la documentazione originale - nulla ha eccepito quo alla produzione delle cartelle ipotecarie in fotocopia, salvo poi contestarne nel memoriale conclusivo la valenza probatoria per questo motivo. E ha eccepito la nullità delle cartelle ipotecarie nel chiaro intento di procurare un beneficio manifestamente sproporzionato a uno dei debitori del mutuo - E.B._, al quale è innegabilmente strettamente legata - e a sé stessa, tenuto conto del fatto che, acquistando la quota di comproprietà ad un prezzo assai ridotto e senza assunzione di debiti, anch'essa ha tratto un evidente vantaggio economico.
8. Nella misura in cui è ammissibile il ricorso deve pertanto venire respinto siccome privo di ogni fondamento.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 12'000.-- è posta a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 14'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione alla ricorrente, al patrocinatore dell'opponente e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.