Sachverhalt:
A. A.X._ und B.X._ sind Eigentümer einer 5 1/2-Zimmer-Eigentumswohnung in Kloten. Die Liegenschaft befindet sich an der V._strasse in Kloten am östlichen Ortsrand in der Anflugschneise der Piste 28 des Flughafens Zürich-Kloten. Anlässlich der Neubewertung 1999 wurde der Vermögenssteuerwert der Liegenschaft von der kantonalen Steuerverwaltung auf Fr. 417'000.-- und der Eigenmietwert auf Fr. 22'900.-- festgesetzt. Diese Festlegung erfolgte nicht aufgrund einer individuellen Schätzung der Liegenschaft, sondern in Anwendung der schematischen, formelmässigen Bewertung, wie sie in der Weisung 1999 des Regierungsrates vorgeschrieben war (Weisung des Regierungsrates des Kantons Zürich vom 3. März 1999 an die Steuerbehörden über die Bewertung von Liegenschaften und die Festsetzung der Eigenmietwerte ab Steuerperiode 1999, in: Zürcher Steuerbuch I/1 Nr. 15/500, im Folgenden: Weisung 1999).
Für das Steuerjahr 2001 deklarierten die Eheleute A. und B.X._ einen gegenüber den Formelwerten um einen Drittel verminderten (Brutto-)Eigenmietwert von Fr. 15'267.-- und einen im gleichen Umfang herabgesetzten Vermögenssteuerwert von Fr. 278'800.--. Zur Begründung führten sie Lärmimmissionen an, welchen ihre Liegenschaft wegen verstärkten Flugbewegungen insbesondere zur Nachtzeit aufgrund des Staatsvertrages mit Deutschland vom 18. Oktober 2001 ausgesetzt sei.
Mit Einschätzungsentscheid vom 27. Juni 2002 und Einspracheentscheid vom 25. Juli 2002 hielt das kantonale Steueramt an den genannten Formelwerten fest und schätzte die Steuerpflichtigen mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 112'500.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 35'000.-- ein.
B. Im Rekursverfahren holte die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich ein amtliches Gutachten ein. Dieses ergab einen Marktmietwert für das Jahr 2001 von Fr. 27'828.-- (einschliesslich Autoabstellplatz) und einen Verkehrswert der Liegenschaft per Ende 2001 von Fr. 590'000.-- (Gutachten Dr. rer. pol. Z._ vom 20. Februar 2004 und Nachtragsgutachten vom 7. Juli 2004). Mit Entscheid vom 12. April 2005 nahm die Rekurskommission eine reformatio in peius vor, indem sie den Vermögenssteuerwert auf Fr. 590'000.-- festsetzte.
Eine von den Steuerpflichtigen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 26. Oktober 2005 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zu neuem Entscheid an die Rekurskommission zurück. Es bemängelte das Erstgutachten und wies die Rekurskommission an, ein Zweitgutachten zum Verkehrswert und zum Marktmietwert einzuholen. Das neue Gutachten habe hauptsächlich auf die Vergleichsmethode abzustellen.
Auf eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Steuerpflichtigen trat das Bundesgericht mit Urteil 2A.713/2005 vom 11. Mai 2006 nicht ein.
C. Die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich ordnete in der Folge ein neues Gutachten an. Darin ermittelte der Gutachter einen Verkehrswert der Liegenschaft per 31. Dezember 2001 von Fr. 550'000.-- und einen Marktmietwert von Fr. 27'240.-- einschliesslich Einstellplatz (Gutachten lic. iur Y._, dipl. Immobilientreuhänder, vom 9. März 2007 und Nachtrag vom 2. November 2007). Am 27. Februar 2008 wies die Rekurskommission den Rekurs der Steuerpflichtigen vollumfänglich ab.
D. Mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht stellten die Steuerpflichtigen u.a. die folgenden reformatorischen Begehren:
"Für das Steuerjahr 2001 seien für die Liegenschaft (...)
Hauptbegehren:
auf der Basis des Verkehrswertes von CHF 430'000 sowie der Marktmiete von CHF 25'800 im Sinne einer ausserordentlichen Neubewertung der Vermögenssteuerwert auf 75 %, mithin CHF 322'000, und der Eigenmietwert ab dem 1. November 2001 auf 70 %, mithin CHF 18'100 pro Jahr, herabzusetzen.
Eventualbegehren:
auf der Basis des Verkehrswertes von CHF 430'000 sowie der Marktmiete von CHF 25'800 im Sinne von Ziffer 82 und 86 der Weisung 2003 aufgrund der individuellen Neueinschätzung der Vermögenssteuerwert auf 90 %, mithin CHF 387'000, und der Eigenmietwert ab dem 1. November 2001 auf 70 %, mithin CHF 18'100 pro Jahr, herabzusetzen.
Subeventualbegehren:
auf der Basis des Verkehrswertes von CHF 550'000 sowie der Marktmiete von CHF 27'240 im Sinne einer ausserordentlichen Neubewertung der Vermögenssteuerwert auf 75 %, mithin CHF 412'000, und der Eigenmietwert ab dem 1. November 2001 auf 70 %, mithin CHF 19'000 pro Jahr, herabzusetzen.
Subsubeventualbegehren:
auf der Basis der Marktmiete von CHF 27'240 im Sinne von Ziffer 82 der Weisung 2003 aufgrund der individuellen Neueinschätzung der Eigenmietwerte ab dem 1. November 2001 auf 70 %, mithin CHF 19'000 pro Jahr, herabzusetzen."
Mit Entscheid vom 3. September 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen A. und B.X._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. September 2008 sei aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem erneuern sie die bereits im verwaltungsgerichtlichen Verfahren gestellten reformatorischen Anträge gemäss lit. D hiervor.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch den Entscheid besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht worden. Sie richtet sich gegen einen von einer letzten oberen kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor.
1.2 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht prüft frei, ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt (<ref-law>). Soweit sich die Besteuerung nach kantonalem Recht richtet, prüft es dessen Anwendung nur unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten, namentlich auf Willkür (<ref-law>) hin. Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht nach <ref-law>, das heisst, das Bundesgericht prüft nur die ausdrücklich erhobenen und ausreichend begründeten Rügen (s. auch Urteil 2C_10/2007 vom 8.10.2007, E. 1 und 2).
Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht, das heisst, wenn sie willkürlich ist (<ref-law>) oder beispielsweise auf einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör beruht (<ref-law>).
2. 2.1 Angefochten ist eine Steuerveranlagung betreffend die direkten Steuern des Kantons. Der kassatorische Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung ist zulässig (<ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2).
2.2 Die Beschwerdeführer stellen zudem reformatorische Anträge. Solche sind seit dem Inkrafttreten des Bundesgerichtsgesetzes (BGG; SR 173.110) auf den 1. Januar 2007 im Bereich des harmonisierten kantonalen Steuerrechts zulässig. 107 Abs. 2 BGG geht als neueres Recht dem Art. 73 Abs. 3 StHG vor (vgl. <ref-ruling> E. 1.5.3).
Allerdings ist zu beachten, dass die Beschwerdeführer mit ihren reformatorischen Anträgen teilweise von den gutachterlich festgestellten Werten abweichende Werte vertreten und verlangen, dass das Bundesgericht seinem allfälligen reformatorischen Urteil diese Werte zugrunde lege. Das fällt von vornherein ausser Betracht, weil es sich um Werte handelt, die in einem Fachgutachten ermittelt worden sind und das Bundesgericht nicht sein Wissen an die Stelle des Fachwissens des Experten setzen kann. Vielmehr müssten im Falle fehlerhafter Annahmen des Experten oder anderer Unzulänglichkeiten des Gutachtens weitere Abklärungen zum Sachverhalt vorgenommen und gegebenenfalls ein weiters Gutachten angeordnet werden. Das kann nur die Vorinstanz. Das betrifft Hauptbegehren und Eventualbegehren.
Subeventualbegehren und Subsubeventualbegehren haben demgegenüber eine vom Bundesgericht zu entscheidende Rechtsfrage zum Gegenstand (Verfassungsmässigkeit der Weisung 1999 des Regierungsrates) und sind grundsätzlich einer Beurteilung durch das Bundesgericht zugänglich (vgl. <ref-ruling> E. 5c für die Weisung 1997). Das Bundesgericht kann aber schwerlich an Stelle der kantonalen Instanzen und des Regierungsrates durch Korrektur der regierungsrätlichen Weisung in der Sache selbst entscheiden.
Aus diesen Gründen sind die gestellten reformatorischen Anträge vorliegend ohne praktische Relevanz.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer rügen unter Berufung auf das Willkürverbot (<ref-law>), das Verbot der Rechtsverweigerung (<ref-law>) und den Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) in verschiedener Hinsicht die Sachverhaltsfeststellungen als offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law>. Sie beanstanden, dass die Vorinstanz auf die vom Gutachter errechneten Werte abgestellt habe, obschon das Gutachten relevantes Zahlenmaterial nicht berücksichtige, das Resultat nur durch "ergebnisorientiertes Spiel mit den Parametern Kapitalisierungssatz und Diskontierungssatz" zu erreichen sei und der Gutachter die ungeeignete Lageklassenmethode angewendet habe ("Erste" bis "Vierte Rüge").
3.2 Die Rekurskommission ordnete im zweiten Rechtsgang - entsprechend den Anweisungen der Vorinstanz im Rückweisungsentscheid vom 26. Oktober 2005 - ein neues Gutachten zur Frage des Verkehrswerts und des Marktmietwerts der Liegenschaft an. Die Beschwerdeführer erhoben keine Einwendungen gegen die Person des neubestellten Experten oder dessen fachliche Befähigung. Am 9. März 2007 erstattete der Experte das Gutachten. Die Beschwerdeführer konnten sich dazu äussern. Im Nachtrag zum Gutachten vom 2. November 2007 nahm der Experte zu den Bemerkungen der Beschwerdeführer ausführlich Stellung. Diese konnten damit ihre Parteirechte umfassend wahren.
3.3 Ein Gutachten unterliegt als Beweismittel der freien richterlichen Prüfung. Das Abstellen auf nicht schlüssige Gutachten kann gegen <ref-law> verstossen (<ref-ruling> E. 2 S. 86). In Fachfragen darf der Richter nicht ohne triftige Gründe vom Gutachten abweichen und muss allfällige Abweichungen begründen (<ref-ruling> E. 5.4.2 S. 345 f.; <ref-ruling> E. 4.4.1). Ein Abweichen ist zulässig, wenn die Glaubwürdigkeit des Gutachtens erschüttert ist. Bestehen Zweifel an der Richtigkeit des Gutachtens und werden dennoch keine ergänzenden Abklärungen vorgenommen, kann sich das als rechtswidrig erweisen (BGE <ref-ruling> E. 4.4.2).
Wenn daher die Vorinstanz die Expertise daraufhin prüfte, ob sie "vollständig, klar, gehörig begründet, frei von Lücken und Widersprüchen ist, auf zutreffenden tatsächlichen Feststellungen beruht sowie, ob der Gutachter hinreichende Sachkenntnisse und die erforderliche Unbefangenheit hat" (angefochtenes Urteil E. 3), schränkte sie ihre Kognition nicht in verfassungswidriger Weise ein. Diese Prüfungsbeschränkung entspricht vielmehr der Funktion des Gutachtens, dem Gericht die fachspezifischen Informationen zu liefern, über welche es nicht selbst verfügt, wie die Vorinstanz zu Recht dargelegt hat. Ebenso kann darin - entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer - keine Ermessensunterschreitung erblickt werden.
3.4 Die Vorinstanz erachtete das erste Gutachten als nicht gehörig begründet, weshalb sie die Sache an die Rekurskommission zurückwies. Einerseits sei fraglich, ob das vom Gutachter verwendete hedonische Modell - eine auf ökonometrischen Grundlagen und umfangreichem, elektronisch verwaltetem Datenmaterial beruhende Methode zur Bündelung der Eigenschaften von Liegenschaften und Bestimmung des Transaktionswerts dieser Eigenschaften im Hinblick auf die Bestimmung des Verkehrswerts des Objekts (vgl. <ref-ruling> E. 14 S. 74/75) - für den vorliegend zu beurteilenden Fall eine taugliche Bewertungsmethode darstelle. Es seien Handänderungen von Eigentumswohnungen berücksichtigt worden, von denen nur ein kleiner Teil in Kloten liege. Damit werde dem besonderen Standort Kloten, in unmittelbarer Nähe zu einem Flughafen, zu wenig Rechnung getragen. Andererseits könne das Gutachten den Einfluss des Fluglärms auf die Wertentwicklung von Liegenschaften in Kloten nicht schlüssig aufzeigen. Nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung müsse der Verkehrswert von Liegenschaften primär anhand von Vergleichspreisen ermittelt werden. Andere Schätzungsmethoden, wie etwa die Rückwärtsrechnung oder die Lageklassenmethode, dürften nur subsidiär herangezogen werden, wenn die statistische Methode im konkreten Falle versage. Die Rekurskommission habe daher ein neues amtliches Gutachten über den Verkehrswert und den Marktmietwert der fraglichen Liegenschaft einzuholen, welches auf anerkannten Bewertungsgrundsätzen beruhe, sich eingehend mit der betroffenen Liegenschaft auseinandersetze und insbesondere auch die Entwicklung der Immobilienpreise in der Gemeinde Kloten gebührend berücksichtige (Entscheid vom 26. Oktober 2005, E. 5.3, 5.3.2, 5.4).
Gegen diese Rückweisung zur Anordnung eines neuen Gutachtens haben die Beschwerdeführer nichts einzuwenden. Auch sie berufen sich auf Vergleichsdaten, welche vermehrt berücksichtigt werden müssten.
3.5 Im neuen Gutachten erläuterte der Zweitgutachter zunächst die von ihm angewendeten Methoden und seine Vorgehensweise. Er nahm auch auf die Schwierigkeiten Bezug, die den einzelnen Methoden anhaften. Angesichts des Auftrags der Vorinstanz, die Schätzung im Wesentlichen anhand von Vergleichspreisen durchzuführen, ermittelte er den Verkehrswert primär über den Vergleich der Transaktionspreise. Er erhob die Daten einer Vielzahl von Handänderungen in Kloten der Jahre 2001 und 2002 und wertete die Zahlen aus (Bewertungsbericht S. 8-10, Beilage zum Gutachten vom 9. März 2007).
Allerdings sind auch die gehandelten Preise (Marktpreise) nicht immer zuverlässig, worauf der Gutachter hinweist. Das fängt bereits bei der Vergleichbarkeit der Objekte an und wird durch die Tatsache, dass die auf dem Markt gehandelten Preise subjektiven (persönlichen) und anderen momentanen Einflüssen unterliegen (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 249), noch unterstrichen. Preis und Wert eines Gegenstandes können daher durchaus auseinanderfallen.
Diesen Unsicherheiten trug der Gutachter dadurch Rechnung, dass er den über die Transaktionspreise gefundenen Verkehrswert mit den anhand weiterer Schätzungsmethoden gefundenen Werten verglich (Gutachten, a.a.O., S. 8 f.). Einerseits ermittelte er den Sachwert (auch Substanzwert) im Sinne der Beschaffungskosten (Landwert und Kosten der Baute) und schätzte den Zeitwert des Grundstücks unter Berücksichtigung der technischen und wirtschaftlichen Entwertung (Gutachten, a.a.O., S. 10, und Bewertungsbericht, a.a.O., S. 6 und 11). Andererseits bestimmte er den Ertragswert, d.h. den Wert des kapitalisierten Bruttomietertrages (Bewertungsbericht, a.a.O., S. 7 und 11), welche Berechnung er durch eine Barwertberechnung ergänzte (Bewertungsbericht, a.a.O., S. 7). Das entspricht der Schätzerpraxis: Da der Ertragswert ein kapitalisierter Wert ist und hierfür der Kapitalisierungsfaktor festgelegt werden muss, was mit Unsicherheiten behaftet ist und viel Erfahrung voraussetzt, wird empfohlen, den gewählten Ansatz mindestens durch eine Barwertrechnung zu überprüfen (KASPAR FIERZ, Der Schweizer Immobilienwert, 5. Aufl. 2005, S. 113 f.). Es handelt sich beim Barwert um die auf den Bewertungszeitpunkt diskontierten, über die Nutzungsdauer zu erwartenden Einnahmenüberschüsse aus der Liegenschaft (vgl. Das Schweizerische Schätzerhandbuch, Ausgabe 2005, S. 75).
Im Ergebnis stellte der Experte hauptsächlich auf den anhand der Transaktionspreise am Markt ermittelten Verkehrswert ab, den er aufgrund der stellvertretenden und ergänzenden Werte (Sachwert, Ertragswert, Barwert) leicht korrigierte (Bewertungsbericht, a.a.O., S. 11). Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden. Es beruht auf nachvollziehbaren Methoden und Bewertungsverfahren und orientiert sich im Ergebnis am Verkehrswert (der ein Marktwert ist). Die Kontrolle anhand weiterer Bewertungsmethoden gibt die Gewähr, dass das gefundene Ergebnis zuverlässig ist. Die Lärmzunahme, soweit sie sich infolge der Kündigung des Staatsvertrags durch Deutschland und des neuen Anflugregims auf die Liegenschaftspreise auswirkte, sind in den Vergleichspreisen enthalten. Inwiefern das Abstellen auf ein derart begründetes Gutachten willkürlich sein könnte, ist nicht ersichtlich und wird im Übrigen auch von den Beschwerdeführern nicht substanziert dargelegt.
3.6 Die Vorbringen der Beschwerdeführer sind nicht geeignet, die Schlüssigkeit des Gutachtens in Frage zu stellen.
3.6.1 Die Beschwerdeführer haben bereits im vorinstanzlichen Verfahren bemängelt, dass der Gutachter für die Vergleichsobjekte einerseits praktisch ausschliesslich auf Handänderungen abgestellt habe, die vor dem Oktober 2001 lägen; andererseits habe der Experte Transaktionen vom Februar 2002, die sich aufgrund der zeitlichen Nähe zum Beurteilungsstichtag zum Vergleich geradezu aufdrängen würden, unberücksichtigt gelassen.
Diese Rüge betrifft die Auswahl der Vergleichsobjekte. Der Experte ermittelte die Vergleichspreise gestützt auf Transaktionen in Kloten, die in die Jahre 2000 bis 2002 fielen. Wenn die Beschwerdeführer demgegenüber geltend machen, bei der Wertermittlung dürften im Wesentlichen nur Transaktionen berücksichtigt werden, bei denen sowohl das Verpflichtungsgeschäft (Kaufvertrag) wie auch das Verfügungsgeschäft (Grundbucheintrag) nach dem Stichtag am 19. Oktober 2001 liegen, räumen sie selbst ein, dass sich das neue Anflugregime auf Piste 28 und die damit verbundenen Immissionen seit dem 19. Oktober 2001 für den Rest der Steuerperiode noch nicht massgeblich auf die Marktpreise durchschlagen konnten.
Für die Steuerperiode 2001 sind nur die bereits eingetretenen Tatsachen wie die Kündigung des Staatsvertrags durch Deutschland und die bis dahin getroffenen flugtechnischen Massnahmen sowie die Prognosen und Markterwartungen, die sich daraus ergeben, als preisbestimmend zu betrachten. Auch der Ostanflug auf Piste 28 war möglicherweise bereits absehbar. Solche Tatsachen und Erwartungen sind aber in die Transaktionspreise der vom Experten herangezogenen Objekte bereits eingeflossen und sind vorliegend berücksichtigt. Der Umstand, dass am 19. Oktober 2001 Ostanflüge auf die Piste 28 aufgenommen wurden, konnte daher nicht unmittelbar sofort auf das Preisniveau durchschlagen.
3.6.2 Die Beschwerdeführer beanstanden den vom Gutachter für die Ertragswertberechnung verwendeten Kapitalzinssatz von 4 Prozent (Bewertungsbericht, a.a.O., S. 7) als zu niedrig. Richtigerweise sei vom langfristigen Zinssatz für 1. Hypotheken von 5 Prozent auszugehen.
Zum Kapitalisierungsfaktor nahm der Experte im Nachtragsgutachten (S. 4 f.) Stellung. Er begründete, weshalb nach seiner Ansicht ein Kapitalzinssatz von 4 Prozent angemessen sei. Er setzte sich mit der Lehrmeinung auseinander und liess sich von sachlichen Überlegungen leiten. Seine Schätzung könnte zwangsläufig nur in Relation mit Schätzungen des gleichen Objekts durch andere Schätzer verifiziert oder widerlegt werden. Wenn daher die Beschwerdeführer ausführlich darlegen, weshalb andere Faktoren zu verwenden seien und diese herzuleiten versuchen, so widerlegen sie damit nicht die Plausibilität des vom Gutachter gefundenen Ergebnisses, sondern setzen ihr eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen des Gutachters. Hierzu sind sie nicht berufen. Der vom Gutachter ermittelte Ertragswert scheint im übrigen auch im Ergebnis als plausibel. Er weicht nach unten nicht wesentlich von dem nach der Barwertmethode gefundenen Ergebnis ab. Im Übrigen hat der Gutachter den Unsicherheiten der Ertragswertmethode dadurch Rechnung getragen, dass er diese in der Wertbilanz (Bewertungsbericht, a.a.O., S. 11) nur schwach gewichtete.
3.6.3 Was den Diskontierungssatz betrifft, der in die Bewertung nach der Barwertmethode Eingang gefunden hat (Bewertungsbericht, a.a.O., S. 7), legte der Gutachter im Nachtragsgutachten (S. 5) ausführlich dar, weshalb er diesen relativ niedrig ansetzte. Dass für die Ermittlung der Zeitpräferenzrate die durchschnittliche langfristige Teuerung betrachtet werden muss, erhellt bereits daraus, dass in der Zeitpräferenz die Erwartung über den Nutzen eines Gutes über seine gesamte Lebensdauer zum Ausdruck kommen muss (vgl. FIERZ, a.a.O., S. 305 f.). Da zudem der Barwert - wie auch Ertrags- und Sachwert - vom Gutachter nur kontrollweise zur Überprüfung des Gesamtergebnisses herangezogen und in untergeordneter Weise gewichtet wurden (vgl. Bewertungsbericht S. 11), darf ihnen ohnehin nicht zu grosse Bedeutung beigemessen werden. Entscheidend sind nach den Vorgaben der Vorinstanz, denen das Gutachten zu genügen hat, die tatsächlich gehandelten Marktpreise.
3.6.4 Die weiteren Einwände der Beschwerdeführer gegen das Gutachten sind nicht besser begründet. Die Beschwerdeführer setzen ihr eigenes Ermessen der Ermessensbetätigung des Gutachters entgegen, was das Gutachten indessen nicht als falsch erscheinen lässt. Vielmehr ist davon auszugehen, dass der Gutachter aufgrund seiner Erfahrung besser in der Lage ist als die Beschwerdeführer, das Ermessen auszuüben. Die Wichtigkeit der Erfahrung des Liegenschaftenschätzers wird in der Schätzungslehre durchwegs betont. Es deutet auch nichts darauf hin, dass der Schätzer bei der Betätigung seines Ermessens sich nicht der Gutachteraufgabe, d.h. der Ermittlung des Verkehrswerts als ein objektiver Marktwert der streitbetroffenen Liegenschaft, verpflichtet fühlte oder sachfremde Überlegungen in seine Schätzung einfliessen liess. Zudem überprüfte der Gutachter die gefundenen Werte anhand eines redundanten Systems.
3.7 Wenn daher die Vorinstanz auf die vom Gutachter errechneten Werte abstellte, hat sie den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör nicht verletzt und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig oder willkürlich festgestellt. Die Sachverhaltsrügen ("Erste" bis "Vierte Rüge") sind unbegründet.
4. Zu prüfen bleibt die Rechtsanwendung. Zum besseren Verständnis der von den Beschwerdeführern erhobenen Rügen sind vorab die Regelung und Praxis zur Bemessung des Vermögenssteuerwerts von Liegenschaften und des Eigenmietwerts im Kanton Zürich darzustellen.
4.1 Gemäss § 21 Abs. 2 des Zürcher Steuergesetzes (StG) in der hier noch anwendbaren alten Fassung vom 8. Juni 1997 erlässt der Regierungsrat die für die durchschnittlich gleichmässige Bemessung des Eigenmietwerts selbstbewohnter Liegenschaften oder Liegenschaftsteile notwendigen Dienstanweisungen. Er kann dabei eine schematische, formelmässige Bewertung der Eigenmietwerte vorsehen. Es sind jedoch folgende Leitlinien zu beachten:
a) der Eigenmietwert ist unter Berücksichtigung der Förderung von Eigentumsbildung und Selbstvorsorge in der Regel auf 60 Prozent des Marktwertes festzulegen;
b) Qualitätsmerkmalen der Liegenschaften oder Liegenschaftsteile, die im Falle der Vermietung auch den Mietzins massgeblich beeinflussen würden, ist im Rahmen einer schematischen, formelmässigen Bewertung der Eigenmietwerte angemessen Rechnung zu tragen;
c) bei am Wohnsitz selbstbewohnten Liegenschaften ist die tatsächliche Nutzung zu berücksichtigen.
Mit Gesetz vom 8. Januar 2001, in Kraft seit 1. Januar 2003, wurde § 21 Abs. 2 lit. a StG wie folgt geändert:
"a) der Eigenmietwert ist unter Berücksichtigung der Förderung von Eigentumsbildung und Selbstvorsorge auf maximal 70 Prozent des Marktwerts festzulegen."
Der Gesetzgeber hat damit einem Urteil des Bundesgerichts vom 20. März 1998 Rechnung getragen. Das Bundesgericht erkannte, dass die Festsetzung des Eigenmietwerts auf ""in der Regel" 60 Prozent des Marktwertes verfassungswidrig sei, und hob die Vorschrift in § 21 Abs. 2 lit. a StG a.F. auf. Es hielt fest, unter Berücksichtigung der bisher ergangenen Urteile für die Bemessung der Eigenmietwerte bildeten 60 Prozent des effektiven Marktwertes in jedem Fall die untere Grenze dessen, was mit dem verfassungsmässigen Gebot der rechtsgleichen Behandlung (Art. 4 aBV) noch vereinbar sei. Der Wortlaut der Vorschrift ("in der Regel") lasse indessen Abweichungen nach unten zu, was nicht angehe (<ref-ruling> E. 4d, 5a S. 156 f.).
Bereits mit Urteil vom 31. Oktober 1995 war das Zürcher Verwaltungsgericht zum Schluss gekommen, dass eine der "Formelmethode" (§ 21 Abs. 2 lit. b StG) allseitig entsprechende Bewertung des Eigenmietwertes verfassungskonform sei, wenn das Ergebnis vom Methodenziel von 70 Prozent des Marktmietwertes um höchstens 20 Prozent nach oben und 10 Prozent nach unten abweiche, also zwischen 60 und 90 Prozent des Marktwertes betrage (Verwaltungsgericht Zürich, Urteil vom 31. Oktober 1995 in: StE 1996 A 21.11 Nr. 39).
Der Regierungsrat des Kantons Zürich hat in der Weisung an die Steuerbehörden über die Bewertung von Liegenschaften und die Festsetzung der Eigenmietwerte ab Steuerperiode 1999 (im Folgenden: Weisung 1999) dieser Rechtsprechung Rechnung getragen und festgelegt, dass der formelmässig festgelegte Eigenmietwert innerhalb der Bandbreite von 60 bis 90 Prozent der Marktmiete liegen müsse (Weisung 1999 Rz. 86). Auf die hier in Frage stehende Steuerperiode 2001 findet noch diese Weisung Anwendung.
4.2 Gemäss der Weisung 1999 wird der Vermögenssteuerwert (d.h. der steuerlich massgebende Verkehrswert, vgl. § 39 Abs. 1 StG) des einzelnen Objekts nicht individuell, sondern aus Landwert und Zeitbauwert ermittelt. Der Landwert ergibt sich aus den in jeder Gemeinde gebildeten Lageklassen, der Zeitbauwert wird aus dem von der Gebäudeversicherung festgelegten Basispreis hergeleitet (Weisung 1999 Rz. 20 ff., 23 ff., 30 ff.; vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N 65 ff. und 69 ff. zu § 39 StG). Der Eigenmietwert wird sodann als Prozentsatz des Vermögenssteuerwerts festgelegt (Weisung 1999 Rz. 59 ff.). Es handelt sich nicht um eine individuelle Bewertung des einzelnen Objekts, das der steuerpflichtigen Person gehört, sondern um eine "schematische, formelmässige Ermittlung" des steuerlich massgebenden Verkehrswerts und des Eigenmietwerts (Weisung 1999 Rz. 79 und 83; s. auch <ref-ruling> E. 2.6; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 80 zu § 21 und N. 58 zu § 39 StG).
Eine Kontrolle und gegebenenfalls Anpassung des formelmässig ermittelten Eigenmietwerts in der laufenden Steuerperiode ist aber anhand einer individuellen Schätzung möglich. Für diese Schätzung kann namentlich auf Mietpreise, die für vergleichbare Objekte an ähnlicher Lage bezahlt werden, oder auf ein Privatgutachten, welches von der steuerpflichtigen Person beigebracht wird und das auf "anerkannten Bewertungsgrundsätzen" beruht, abgestellt werden (Weisung 1999 Rz. 84). Ergibt die individuelle Schätzung, dass der schematisch, formelmässig ermittelte Eigenmietwert innerhalb der Bandbreite von 60 bis 90 Prozent der geschätzten Marktmiete liegt, bleibt es beim Formelwert. Liegt er darunter, wird er automatisch auf den Minimalwert von 60 Prozent angehoben, liegt er darüber, wird er auf 90 Prozent festgelegt (Weisung 1999 Rz. 86). Die Eigenmietwerte sollten damit theoretisch allesamt innerhalb einer Bandbreite von 60 bis 90 Prozent der Marktmietwerte liegen.
4.3 In Bezug auf den Vermögenssteuerwert für Liegenschaften sieht die Weisung 1999 für den Formelwert eine Bandbreite von 70 bis 100 Prozent des Verkehrswertes vor. Ergibt eine individuelle Schätzung (z.B. auf der Grundlage des Kaufpreises einer gerade erworbenen Liegenschaft oder aufgrund des Anlagewerts einer neu erstellten Liegenschaft), dass der Formelwert ausserhalb der erwähnten Bandbreite liegt, ist eine Anpassung vorzunehmen. Liegt der Formelwert unterhalb der Bandbreite, wird er auf 70 Prozent angehoben, beträgt er mehr als der Verkehrswert, ist er auf 100 Prozent festzusetzen (Weisung 1999 Rz. 79-82).
Mit der zulässigen Bandbreite von 70 bis 100 Prozent des Verkehrswerts hat der Regierungsrat dem Urteil des Bundesgericht vom 20. März 1998 Nachachtung verschafft, wonach ein Vermögenssteuerwert von "in der Regel 60 Prozent des Marktwertes", den § 39 Abs. 2 StG in der alten Fassung vom 8. Juni 1997 noch vorsah, mit dem Steuerharmonisierungsgesetz nicht vereinbar sei und das Gebot der Rechtsgleichheit im Steuerrecht <ref-law> (Art. 4 aBV) verletze (<ref-ruling> E. 6a-c S. 158 f.).
4.4 Im vorliegenden Fall ergab die individuelle Schätzung des Experten im Falle des Objekts der Beschwerdeführer eine Marktmiete von Fr. 27'240.-- und einen Verkehrswert von Fr. 550'000.--. Damit liegen der von der Vorinstanz bestätigte Eigenmietwert von Fr. 22'900.-- und der Vermögenssteuerwert von Fr. 417'000.-- mit 84 resp. 76 Prozent innerhalb der durch Rz. 82 und 86 der Weisung 1999 definierten Bandbreiten (oben E. 4.2 und 4.3) und besteht kein Anlass für eine individuelle Anpassung.
5. 5.1 Die schematisch, formelmässig ermittelte Vermögenssteuer und der Eigenmietwert bleiben bestehen bis zu einer allgemeinen Neubewertung in einer folgenden Steuerperiode (RICHNER/FREI/KAUFMANN/ MEUTER, a.a.O., N. 61 f. zu § 39 StG). Eine ausserordentliche Neubewertung einzelner Liegenschaften in der laufenden Steuerperiode findet gemäss der Weisung 1999 (Rz. 90 ff.) nur statt:
- für neu erstellte Liegenschaften,
- nach umfassenden Totalrenovationen von Gebäuden,
- nach Abbruch von Gebäuden,
- nach Handänderungen.
Hierauf berufen sich die Beschwerdeführer und machen geltend, die Voraussetzungen für eine ausserordentliche Neubewertung im Sinne der Weisung 1999 seien erfüllt. Die Übertragung von Rechten im Rahmen einer Enteignung sei der zivilrechtlichen Handänderung gleichgestellt (§ 216 Abs. 2 lit. b StG). Auch die Eingriffe durch übermässige Immissionen in nachbarrechtliche Abwehrrechte gemäss Art. 679 i.V.m. <ref-law> kämen einer Enteignung und damit einer Handänderung im Sinne von Rz. 90 der Weisung 1999 gleich. Mit der Einführung des neuen Anflugregimes (Ostanflüge) und den damit verbundenen Immissionen habe der Flughafen Kloten das ihm zustehende Recht auf Enteignung faktisch in Anspruch genommen und die nachbarrechtlichen Abwehrrechte zurückgedrängt. Hierfür bedürfe es nicht der Einleitung des formellen Enteignungsverfahrens oder der Bezahlung einer Enteignungsentschädigung. Vielmehr könne das Unternehmen das Recht auf Enteignung analog Art. 76 Abs. 1 EntG (SR 711) schon früher geltend machen .
Soweit sich die Beschwerdeführer allerdings auf das Enteignungsrecht des Bundes berufen und eine Bundesrechtsverletzung geltend machen, ist dem entgegenzuhalten, dass eidgenössisches Recht im vorliegenden Zusammenhang nicht direkt, sondern nur als stellvertretendes kantonales Recht Anwendung findet, welches das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür prüft. Die Rüge wegen Verletzung von Bundesrecht hat - neben der ebenfalls erhobenen Willkürrüge (vgl. Beschwerde Ziff. 245 und 246) - somit keine eigenständige Bedeutung.
5.2 Als Handänderung im grundsteuerlichen Sinn gilt allgemein die Übertragung von Eigentum oder eigentumsähnlichen Befugnissen an Grundstücken. Wirtschaftlicher Eigentümer ist derjenige, der über ein Grundstück wie ein Eigentümer verfügen kann (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 60 ff. zu § 216 StG). Die Vorinstanz setzte sich im Rückweisungsentscheid vom 26. Oktober 2005 mit der Frage der wirtschaftlichen Handänderung und den bereits damals vorgebrachten Einwendungen der Beschwerdeführer umfassend auseinander. Sie erwog unter Hinweis auf die Rechtsprechung (<ref-ruling> ff.; <ref-ruling> E. 8), dass das Recht des Nachbarn, sich gegen von einem öffentlichen Werk ausgehenden Immissionen zu wehren, durch formelle Enteignung entzogen werden könne. Ebenso sei anerkannt, dass Rechtsgeschäfte, die ihren Grund in einer Enteignung hätten, grundsätzlich zivilrechtliche Handänderungen darstellen würden (mit Hinweis auf RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 37 ff. zu § 216 StG). Gemäss der Rechtsprechung komme die Enteignung nachbarrechtlicher Abwehrrechte für den betroffenen Grundeigentümer der Errichtung einer Grunddienstbarkeit mit dem Inhalt der Pflicht zur Duldung der übermässigen Immissionen gleich (<ref-ruling> E. 4b S. 355 f.). Indessen sei vorliegend von den zuständigen Behörden noch nicht entschieden worden, ob die fraglichen Immissionen einer formellen Enteignung gleichzusetzen seien. Eine Handänderung im Sinne von § 216 Abs. 2 lit. b StG erfordere zudem die Entrichtung eines Entgelts (Verwaltungsgerichtsentscheid vom 26. Oktober 2005 E. 3.2.2, 3.2.3).
5.3 Diese Begründung kann offensichtlich nicht als willkürlich bezeichnet werden. In der Tat sind mindestens zur Zeit den Beschwerdeführern ihre Abwehrrechte nicht völlig entzogen. Zudem besteht weiterhin ein Anspruch auf Entschädigung, sofern eine zu entschädigende Enteignung nach Bundesrecht vorliegen sollte. Es lässt sich daher mit sachlichen Gründen nachvollziehen, wenn die Vorinstanz die Frage der Enteignung und ob diese überhaupt eine Handänderung im Sinne der Weisung 1999 bewirke, offen liess. Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zudem nur vor, wenn der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211; <ref-ruling> E. 2.1 S. 219; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Davon kann vorliegend keine Rede sein, nachdem die von der Vorinstanz bestätigten Formelwerte mit einem Eigenmietwert von Fr. 22'900.-- und einem Vermögenssteuerwert von Fr. 417'000.-- innerhalb der durch Rz. 82 und 86 der Weisung 1999 definierten Bandbreiten liegen, wie die Schätzung des Experten ergeben hat (oben E. 4.4). Es ist auch nicht ersichtlich (und wird von den Beschwerdeführern nicht dargelegt), inwiefern eine ausserordentliche Neubewertung zu wesentlich anderen Ergebnissen führen könnte oder sollte.
6. Die Beschwerdeführer rügen, dass der Regierungsrat mit der Weisung 1999 das Legalitätsprinzip verletze. Der Gesetzgeber habe aus sozialpolitischen Gründen nicht gewollt, dass die Eigenmietwerte über 70 Prozent der Marktmieten liegen würden. Folglich dürfe der Eigenmietwert nicht erst angepasst werden, wenn er 90 Prozent überschreite ("Sechste Rüge"). Eine Besteuerung, welche sich nicht an den "Zielkorridor" von 60 bis 70 Prozent der Marktmiete halte, sei zudem harmonisierungswidrig ("Siebte Rüge").
Die Rügen sind unbehelflich. Inwiefern das Legalitätsprinzip verletzt sein könnte, ist nicht ersichtlich. § 21 Abs. 2 lit. a StG in der alten Fassung, wonach der Mietwert "in der Regel" auf 60 Prozent der Marktmiete festgelegt werden muss, wurde vom Bundesgericht als verfassungswidrig erklärt (oben E. 4.1). Der Regierungsrat musste daher in der Weisung 1999 die entsprechenden Anpassungen vornehmen. Ein Prozentsatz von 70 Prozent würde jeglicher gesetzlichen Grundlage entbehren, wie das Bundesgericht bereits mit Entscheid 2P.311/2001 vom 5. April 2002 (E. 3.4) dargelegt hat. § 21 Abs. 2 räumt dem Regierungsrat ausdrücklich die Kompetenz ein, "die für die durchschnittlich gleichmässige Bemessung des Eigenmietwerts selbstbewohnter Liegenschaften oder Liegenschaftsteile notwendigen Dienstanweisungen" zu erlassen. Es ist daher nicht zu sehen, inwiefern die Festsetzung der zulässigen Eigenmietwerte auf 60 bis 90 Prozent der Marktmieten das Legalitätsprinzip verletzen soll. Mit einem Eigenmietwert von 84 Prozent der Marktmiete (oben E. 4.4) befinden sich die Beschwerdeführer innerhalb dieser Bandbreite.
Die Beschwerdeführer legen auch nicht dar, inwiefern die harmonisierten Vorschriften dieser Besteuerung entgegenstehen könnten. Art. 7 StHG, auf den sich die Beschwerdeführer berufen, schreibt jedenfalls nicht vor, dass der Eigenmietwert auf höchstens 70 Prozent der Marktmiete festgesetzt werden darf (vgl. MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, 2. Aufl. 2002, N. 44 zu Art. 7 StHG).
7. 7.1 Etliche Rügen der Beschwerdeführer beziehen sich auf das Verfahren der individuellen Schätzung, die gemäss der Weisung 1999 (Rz. 79 ff. und 83 ff.) dann zum Zug kommt, wenn der schematische, formelmässig ermittelte Vermögenssteuerwert bzw. Eigenmietwert die vom Regierungsrat festgelegte Bandbreite verlässt und angepasst werden muss. Konkret rügen die Beschwerdeführer:
(1) Die Eigentümer der vom Fluglärm betroffenen Liegenschaften würden gegenüber anderen Eigentümern, bei denen das nicht der Fall sei, krass benachteiligt. Der Grund liege darin, dass der vom Fluglärm betroffene Steuerpflichtige, der eine individuelle Schätzung verlangt habe, keinen Wert innerhalb der Bandbreite (bzw. des gesetzgeberischen "Zielkorridors") zugestanden erhalte, sondern sich mit einer Korrektur auf 90 bzw. 100 Prozent des Marktmietwerts bzw. des Verkehrswerts begnügen müsse. Schuld sei der in der Weisung 1999 vorgesehene "Anpassungsmechanismus". Der Grundsatz der Gleichmässigkeit der Besteuerung gemäss <ref-law> sei verletzt ("Achte Rüge").
(2) Weil die Vorinstanz es zugelassen habe, dass der Wertverminderung des Grundstücks infolge des Fluglärms keine Rechnung getragen werde, sei auch der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit gemäss <ref-law> verletzt. Eine Ursache hierfür erblicken die Beschwerdeführer ebenfalls im untauglichen Anpassungsmechanismus, wie er in den Ziffern 82 und 84 der Weisung 1999 enthalten sei ("Neunte Rüge").
(3) Eine Verletzung des Verhältnismässigkeitsgebots (<ref-law>) folge sodann daraus, dass das Verfahren der individuellen Schätzung faktisch und rechtlich untauglich, mithin unverhältnismässig sei ("Zehnte Rüge").
(4) Schliesslich sei der Staat, der infolge einer verunglückten Politik den Fluglärm selbst geschaffen bzw. geduldet habe, aufgrund seiner Garantenstellung verpflichtet, den Schaden für die betroffenen Eigentümer möglichst gering zu halten. Indem er nicht für eine adäquate Anpassung des Eigenmiet- und Verkehrswerts sorge, verletze er seine Garantenpflicht ("Elfte Rüge").
7.2 Diese Rügen beziehen sich alle direkt oder indirekt auf die individuelle Schätzung des Verkehrswerts, wie sie in der Weisung 1999, Rz. 79 ff. und 83 ff., des Regierungsrates vorgesehen ist und die zu einer Anpassung des Formelwertes führt, sofern sich dieser ausserhalb der vordefinierten Bandbreite bewegt. Aufgrund des Gutachtens steht indessen fest, dass sich die Formelwerte der Immobilie der Beschwerdeführer (Vermögenssteuerwert und Eigenmietwert) mit 76 resp. 84 Prozent innerhalb der Bandbreiten bewegen, wie sie vom Regierungsrat in der Weisung 1999 festgelegt worden sind. Es kommt mithin bei den Beschwerdeführern von vornherein nicht zu einer individuellen Schätzung im Sinne von Rz. 82 und 86 der Weisung 1999.
Abgesehen davon befasste sich das Bundesgericht bereits im Entscheid 2P.311/2001 vom 5. April 2002 mit der von den Beschwerdeführern aufgeworfenen Frage: Wenn die Bandbreite der Eigenmietwerte - zulässigerweise - 60 bis 90 Prozent betrage, so müsse eine gewisse Streubreite der Ergebnisse hingenommen werden. Der Grundeigentümer habe keinen Anspruch, dass der Eigenmietwert im Rahmen einer individuellen Bewertung auf einen bestimmten Wert festgesetzt würde. Den Eigenmietwert auf 60 bis 70 Prozent herabzusetzen (sog. "Zielkorridor"), wenn der Formelwert über 90 Prozent der Marktmiete betrage, würde bedeuten, dass ein Formelwert von 90 Prozent hinzunehmen wäre, ein solcher von 91 Prozent aber zu einer Besteuerung von 70 Prozent führen würde. Das könne unter dem Gesichtswinkel der Rechtsgleichheit nicht hingenommen werden (Urteil 2P.311/2001 vom 5. April 2002, E. 3.4).
Von dieser Rechtsprechung abzuweichen, besteht kein Anlass. Die Rügen der Beschwerdeführer sind unbegründet.
8. Die Beschwerdeführer berufen sich auf ihren Anspruch auf ein wohlfeiles Verfahren gemäss Art. 18 Abs. 1 der Zürcher Kantonsverfassung (KV). Einerseits sei das Verfahren der individuellen Schätzung, wie es in der Weisung 1999 (Ziff. 79 ff. und 83 ff.) vorgesehen sei, nicht wohlfeil ("Zwölfte Rüge"). Andererseits stünden die ihnen von den Vorinstanzen auferlegten Kosten in keinem vernünftigen Verhältnis zum Streitwert ("Dreizehnte Rüge").
8.1 Gemäss Art. 18 Abs. 1 KV hat jede Person vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf rasche und wohlfeile Erledigung des Verfahrens. "Wohlfeil" bedeutet, dass das Verfahren für den Rechtsuchenden grundsätzlich bezahlbar sein muss. Jede Person soll ohne allzu grosses finanzielles Risiko Zugang zu den Gerichten und Verwaltungsinstanzen finden können. Vor allem muss die Belastung mit Verfahrenskosten in einem vernünftigen Verhältnis zum Streitwert stehen (vgl. Giovanni Biaggini, in: Kommentar zur Zürcher Kantonsverfassung, 2007, N 19 zu Art. 18 KV).
8.2 Das Verfahren der individuellen Schätzung ist im vorliegenden Verfahren kostenmässig nicht zu beanstanden. Eigenmiet- und Vermögenssteuerwert werden schematisch, formelmässig ermittelt, was günstig ist. Die Schätzung ist zulässig, eine mathematisch exakte Gleichbehandlung der Steuerpflichtigen nicht möglich (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 ff. S. 249 ff.; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N. 80 zu § 21 und N. 58 zu § 39 StG). Dennoch muss die Möglichkeit einer Korrektur vorgesehen sein, um Fälle, die ausserhalb der zulässigen Bandbreite liegen, auf vertretbare Werte zurückzuführen. Das erfolgt durch die individuelle Schätzung. Verlangt der Steuerpflichtige eine solche Prüfung, so kann er selbst die entsprechenden Belege beibringen (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N. 77 zu § 21 StG). Die Steuerbehörden sind aber nicht verpflichtet, auf ein Privatgutachten abzustellen, sofern sie eigene Sachkenntnis besitzen (s. auch Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, a.a.O., N. 213 f. zu § 220 StG). Die Steuerbehörden können auch einen Sachverständigen beiziehen. Die Kosten für das Sachverständigengutachten sind grundsätzlich von den Steuerbehörden zu tragen, weil das Einschätzungs- und Einspracheverfahren kostenfrei sind. Ausnahmsweise können sie nach dem Verursacherprinzip ganz oder teilweise dem Steuerpflichtigen überbunden werden (Zweifel/Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, 2008, § 21 Rz. 20 S. 278).
Die Regeln, die der Kanton Zürich für die individuelle Schätzung eingeführt hat, gewähren auf diese Weise dem Steuerpflichtigen durchaus ein wohlfeiles Verfahren.
Die Regeln, die der Kanton Zürich für die individuelle Schätzung eingeführt hat, gewähren auf diese Weise dem Steuerpflichtigen durchaus ein wohlfeiles Verfahren.
8.3 8.3.1 Zu prüfen bleibt die effektive Kostenauflage. Den Beschwerdeführern wurden im ersten und im zweiten Rechtsgang vor der Rekurskommission Expertenkosten von Fr. 24'970.-- (bei Gerichtskosten von total Fr. 27'185.--) auferlegt. Die Vorinstanz bestätigte unter Nennung des Verursacherprinzips den Kostenentscheid. Sie führte aus, diese Kostenauflage, insbesondere die Auflage der Kosten der beiden Expertisen, sei die Folge des von den Beschwerdeführern eingeleiteten Verfahrens und daher nicht zu beanstanden.
8.3.2 Gemäss § 151 Abs.1 StG werden die Kosten des Verfahrens vor der Rekurskommission der unterliegenden Partei auferlegt; bei teilweiser Gutheissung des Rekurses werden sie anteilmässig aufgeteilt. Nach Absatz 2 dieser Vorschrift werden auch einem obsiegenden Rekurrenten die Kosten ganz oder teilweise auferlegt, wenn er bei pflichtgemässem Verhalten schon im Einschätzungs- oder Einspracheverfahren zu seinem Recht gekommen wäre oder die Untersuchung der Rekurskommission durch trölerisches Verhalten erschwert hat. § 151 StG liegt somit das Verursacherprinzip zu Grunde.
8.3.3 Zu den Kosten des Verfahrens vor der Rekurskommission gemäss § 151 Abs. 1 StG gehören auch die Barauslagen für Sachverständige und Zeugen (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N. 5 ff. zu § 151 StG/ZH). Vorliegend wurden die beiden Expertisen, deren Kosten streitig sind, nicht oder jedenfalls nicht in erster Linie von den Beschwerdeführern beantragt. Diese beriefen sich vielmehr auf das von ihnen eingereichte Privatgutachten. Die Rekurskommission ordnete ein amtliches Gutachten an. Sie begründete das in ihrer Verfügung vom 10. Januar 2003 damit, dass das Verwaltungsgericht in einem Fall, wo der Eigentümer einer Liegenschaft infolge Änderung des Abflugregimes auf dem Flughafen Zürich-Kloten ab Herbst 1996 ("4. Welle") eine starke Zunahme der Lärmbelastung hinzunehmen hatte, ebenfalls die Einholung eines Schätzungsgutachtens verlangt hatte (Entscheid SB.2000.00021 vom 4. Oktober 2000).
In der Stellungnahme vom 21. Oktober 2002 nahm zudem der Chef des Kantonalen Steueramtes Zürich im Hinblick auf die "präjudizielle Bedeutung des vorliegenden Falles" gegenüber der Rekurskommission Stellung. Er wies auch darauf hin, dass die der Weisung 1999 zugrunde liegenden Landwerte auf der Basis von Daten aus den Jahren 1997 und 1998 ermittelt worden seien. Für die Gemeinde Kloten hätten sich nach Kenntnis des Steueramtes aufgrund aktueller Daten bis 2001 keine wesentlichen Veränderungen ergeben. Sollten sich die Lärmimmissionen wesentlich verändern, wäre dem durch Neueinschätzung der Lageklassen Rechnung zu tragen. Das kantonale Steueramt erwäge denn auch, in Zukunft jährliche Neueinschätzungen der Lageklassen vorzunehmen.
8.3.4 Unter diesen Umständen ist davon auszugehen, dass nach der Praxis des Verwaltungsgerichts bei starker Zunahme der Lärmbelastung aufgrund der Änderung des Anflugregimes eine Begutachtung durchzuführen ist. Es ist auch unbestritten, dass im Jahr 2001 die neuesten Daten in die Landwerte noch nicht Eingang gefunden haben. Diesbezügliche Unsicherheiten sind aber vorab durch die Steuerbehörden, nicht durch die Steuerpflichtigen zu beseitigen. Es geht nicht um die Beweisführungslast der Steuerpflichtigen, sondern um diejenige der Steuerbehörde.
Es kann daher nicht primär den Beschwerdeführern angelastet werden, wenn im Verfahren vor der Rekurskommission die erforderlichen Daten erst noch beschafft werden mussten. Dass mit der Einführung der Ostanflüge auf Piste 28 eine wesentliche Zunahme der Lärmbelastung verbunden war, wurde nicht nur von den Beschwerdeführern behauptet; davon ging vielmehr auch die Rekurskommission in der erwähnten Verfügung vom 10. Januar 2003 aus, wenn sie mit Berufung auf den Entscheid des Verwaltungsgerichts ein Gutachten anordnete. Es handelt sich somit um Abklärungen, die der Veranlagungsbehörde im Taxationsverfahren, spätestens aber im Einspracheverfahren obliegen. Mit der jährlichen Anpassung der Lageklassen sollte diesem Problem nunmehr Rechnung getragen worden sein. Für das Steuerjahr 2001 war das aber offenbar noch nicht der Fall. Unabhängig davon, was aus dem Grundsatz des wohlfeilen Verfahrens im Einzelnen folgt, lässt sich die Auflage der gesamten Gutachterkosten auf die Beschwerdeführer daher mit sachlichen Gründen nicht aufrecht erhalten und ist willkürlich.
Es kommt dazu, dass das kantonale Steueramt mit seinem Antrag auf reformatio in peius (Entscheid Steuerrekurskommission III vom 12. April 2005, S. 3) unterlag. Dennoch wurden den Beschwerdeführern im Urteil der Rekurskommission im zweiten Rechtsgang vom 27. Februar 2008 die gesamten Kosten auferlegt. Auch aus diesem Grund muss der Kostenentscheid aufgehoben werden.
9. Die Beschwerde ist teilweise (vgl. E. 8.3.4 hiervor) gutzuheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 3. September 2008 insoweit aufzuheben, als er die (solidarische) Verpflichtung der Beschwerdeführer zur Tragung der gesamten Kosten der Rekurskommission (Entscheid der Steuerrekurskommission III vom 27. Februar 2008, Dispositiv Ziffer 3) bestätigt, und die Angelegenheit zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>). Diese wird über die Neuverlegung der Kosten der Rekurskommission (einschliesslich Gutachterkosten) selbst befinden oder die Sache zu neuem Entscheid an die Rekurskommission überweisen. Die Vorinstanz wird zudem über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des Beschwerdeverfahrens neu befinden müssen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen und der vorinstanzliche Entscheid zu bestätigen.
Der Entscheid des Verwaltungsgerichts im ersten Rechtsgang (Urteil vom 26. Oktober 2005) ist mit der vorliegenden Beschwerde weder in der Sache noch hinsichtlich der Kosten- und Entschädigungsfolgen explizit angefochten worden.
10. Da die Beschwerdeführer teilweise obsiegen, sind die Gerichtskosten (<ref-law>) auf die beiden Parteien anteilsmässig zu verlegen (<ref-law>) und ist den Beschwerdeführern eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Gutheissung betrifft zwar einen Nebenpunkt, der aber betragsmässig den grösseren Teil des Streitwerts der Sache vor Bundesgericht ausmacht. Das ist bei der Verteilung der Gerichtskosten angemessen zu berücksichtigen (<ref-law>). Bei der Bemessung der Gerichtskosten ist andererseits dem Umstand Rechnung zu tragen, dass der Anwalt der Beschwerdeführer durch die unnötig lange und weitschweifige Rechtsschrift von 94 Seiten den Gang des Verfahrens unnötig behindert hat. <ref-law> verlangt nicht vergeblich eine Begründung "in gedrängter Form".
Die Beschwerdeführer haften für die ihnen auferlegten Gerichtskosten solidarisch (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 3. September 2008 insoweit aufgehoben, als er die solidarische Verpflichtung der Beschwerdeführer zur Tragung der gesamten Kosten der Rekurskommission (Entscheid der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich vom 27. Februar 2008, Dispositiv Ziffer 3) bestätigt hat, und die Angelegenheit zur weiteren Behandlung an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen und der angefochtene Entscheid bestätigt.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern, diesen unter solidarischer Haftung, mit Fr. 1'500.-- und dem Kanton Zürich mit Fr. 1'500.-- auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann