Faits:
A. Par jugement du 3 septembre 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a reconnu X._ coupable de lésions corporelles simples (art. 123 ch. 1 et 2 al. 4 CP) et l'a condamné à une peine pécuniaire de 30 jours-amende à 30 fr. le jour, avec sursis durant 3 ans. Une indemnité pour tort moral de 1'000 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 22 novembre 2008 a été allouée à A._.
B. Par arrêt du 6 septembre 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel de X._ et confirmé le jugement.
En bref, il est reproché à celui-ci d'avoir, le 19 novembre 2008, donné des coups de poing au visage de son épouse et de l'avoir traînée par terre, lui causant diverses blessures.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de dépens, à son acquittement. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'arbitraire et invoque une violation du principe "in dubio pro reo".
Le grief d'arbitraire et de violation du principe in dubio pro reo, tels qu'ils sont motivés en l'espèce, n'ont pas de portée distincte. A l'appui de l'un comme de l'autre, le recourant fait valoir que les faits retenus l'ont été ensuite d'une appréciation arbitraire des preuves.
Dans le recours en matière pénale, les faits constatés par l'autorité précédente lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'ils n'aient été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, c'est-à-dire de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.). Le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 5).
2. 2.1 En substance, le recourant relève que les certificats médicaux ne confirment pas qu'il est lui-même l'auteur des coups. Il évoque les différences entre les deux certificats médicaux établis à quelques jours d'intervalle. Il se plaint de ce que les témoignages évoquant une auto-mutilation de l'intimée n'aient pas été pris en compte. Il met en cause le crédit prêté aux déclarations des intervenantes sociales, qui ont rencontré l'intimée 6 mois après les faits, alors que le médecin qui a vu celle-ci 3 jours après les faits n'a pas évoqué l'existence d'un état de choc, l'intimée étant qualifiée de "calme, collaborante".
2.2 L'essentiel de l'argumentation du recourant relève d'une libre discussion des faits, celui-ci se contentant d'opposer sa version des faits à celle retenue. Purement appellatoire, son argumentation est irrecevable.
2.3 Au demeurant, supposés recevables, les griefs ne seraient pas fondés. Le médecin qui est amené à constater des lésions corporelles occasionnées lors d'un événement dont il n'a pas été témoin ne peut, à l'évidence, attester de leur origine. Cela n'enlève pas sa valeur probante au rapport qu'il établit quant à la réalité des lésions dont il a été amené à constater l'existence. La cour cantonale s'est expliquée sur les divergences entre les 2 certificats médicaux établis à quelques jours d'intervalle. Elle a relevé qu'un médecin avait rédigé son certificat à la suite de son intervention en urgence au domicile, alors que l'autre avait été élaboré en milieu hospitalier quelques jours après les faits (cf. arrêt attaqué, p. 9 in fine et 10). Il n'y a rien d'arbitraire à retenir que le contexte distinct dans lequel chaque examen médical avait eu lieu pouvait aboutir à quelques différences dans les constatations. La cour cantonale a exclu l'hypothèse d'une "auto-agression" de l'intimée. Elle a relevé que la violence des coups était certifiée par les photographies figurant au dossier, que les intervenantes sociales avaient attesté que l'intimée ressentait une réelle crainte de son mari et que, selon l'une des intervenantes, la peur exprimée et les détails de ce que l'intimée avait subi ne pouvaient être inventés. Elle a encore mentionné que les témoignages recueillis devant elle n'avaient pas d'utilité dès lors qu'aucun des témoins n'était présent le jour des événements et que l'on pouvait tout au plus déduire des déclarations que le couple vivait dans un climat conflictuel (cf. arrêt attaqué, p. 8 et 9). Il n'apparaît ainsi pas que la cour cantonale aurait omis un témoignage. Elle a expressément exclu une auto-agression. Cette déduction tirée de la violence des coups résultant des photographies et des témoignages des intervenantes sociales n'est pas arbitraire, c'est-à-dire manifestement insoutenable. Que l'intimée ait été décrite comme "calme, collaborante" dans le rapport médical établi quelques jours après les faits n'est pas non plus de nature à ôter tout crédit aux constats et à l'appréciation des intervenantes sociales, quand bien même celles-ci ont rencontré l'intimée plusieurs mois après les faits. Au vu de l'ensemble des éléments, il n'était pas arbitraire de considérer les faits litigieux comme suffisamment établis.
3. Comme les conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 19 janvier 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Paquier-Boinay