Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bezirksamt Zofingen verurteilte den Beschwerdeführer mit Strafbefehl vom 31. März 2008 wegen Überschreitung der signalisierten Höchstgeschwindigkeit innerorts zu einer Busse von Fr. 40.--. Der Beschwerdeführer erhob am 5. November 2008 fristgerecht Einsprache. Am 21. Juli 2009 verfügte das Gerichtspräsidium Zofingen, es werde festgestellt, dass der Beschwerdeführer die Einsprache gegen den Strafbefehl zurückgezogen habe und dieser somit rechtskräftig sei. Der Beschwerdeführer erhob dagegen fristgerecht Berufung. Das Obergericht des Kantons Aargau erkannte am 26. März 2010, das Urteil des Gerichtspräsidiums Zofingen werde von Amtes wegen aufgehoben und die Sache zur Durchführung des erstinstanzlichen Hauptverfahrens an das Gerichtspräsidium zurückgewiesen.
Am 11. Mai 2010 wurde der Beschwerdeführer auf den 22. Juni 2010 zur Hauptverhandlung vorgeladen. Am 21. Juni 2010 ersuchte er um Verschiebung, da er studienhalber im Ausland weile. Noch am selben Tag wurde er aufgefordert, innert zehn Tagen zu belegen, dass er den Termin vom 22. Juni 2010 nicht wahrnehmen könne, und Daten von August bis Oktober 2010 anzugeben, an denen er zur Verhandlung erscheinen könne. Am 4. Juli 2010 reichte er eine Kopie seines Reisepasses ein und teilte mit, dass die Abschlussprüfungen noch mindestens drei Monate dauern würden, weshalb er zurzeit nicht sagen könne, wann er wieder in der Schweiz sei. Am 14. Juli 2010 wurde ihm mitgeteilt, dass sich ein Einsprecher in einem Strafverfahren zur Verfügung halten müsse und die Verhandlung auf einen Termin nach Ablauf der Dreimonatsfrist endgültig im November 2010 festzulegen sei. Am 15. Juli 2010 wurde er auf den 23. November 2010 zur Hauptverhandlung vorgeladen. Am 15. November 2010 ersuchte er um Verschiebung. Noch am selben Tag wurde am Verhandlungstermin festgehalten. Am 23. November 2010 blieb er der Verhandlung fern.
Der Präsident II des Bezirksgerichts Zofingen erkannte am 23. November 2010, es werde festgestellt, dass die Einsprache gegen den Strafbefehl vom 31. März 2008 als zurückgezogen gelte. Der Strafbefehl sei somit rechtskräftig und vollstreckbar.
Eine dagegen gerichtete Berufung wurde durch das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 5. Mai 2011 abgewiesen.
Der Beschwerdeführer wendet sich ans Bundesgericht und beantragt sinngemäss die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, der Argumentation der Vorinstanz, wonach er unentschuldigt der Verhandlung ferngeblieben sei und dies als Rückzug der Einsprache zu gelten habe, könne nicht gefolgt werden. Es ist fraglich, ob seine Begründung den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law> genügt. Die Frage kann indessen offen bleiben. In Anwendung von <ref-law> kann auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (vgl. angefochtenen Entscheid S. 5-7 E. 4). Was daran gegen das Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnte, ergibt sich aus der Beschwerde nicht und ist auch nicht ersichtlich. Insbesondere hat der Beschwerdeführer zugegebenermassen im kantonalen Verfahren nur behauptet, nicht über die Mittel zu verfügen, um zur Verhandlung in die Schweiz zu reisen. Eine Bestimmung, die es vorgeschrieben hätte, dass die Vorinstanz von sich aus den Wahrheitsgehalt seiner Behauptung hätte abklären müssen, vermag er nicht anzugeben. Die Auffassung, dass die Vorinstanz von vornherein hätte davon ausgehen müssen, jeder Student sei in einer äusserst prekären finanziellen Situation, ist abwegig. Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juli 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Mathys C. Monn