A.- Der in Deutschland wohnhafte deutsche Staatsangehörige R._ (geboren 1959) hatte in den Jahren 1984 bis 1990 mit Unterbrüchen in der Schweiz gearbeitet und in dieser Zeit Beiträge an die schweizerische AHV/IV bezahlt.
Am 10. Juli 1990 erlitt er einen Motorradunfall, bei welchem er sich eine offene Tibiakopffraktur links zuzog, welche gleichentags im Spital X._ operativ behandelt wurde. In der Folge wurden weitere Knieoperationen erforderlich.
Seine Tätigkeit als Baggerführer in der O._ & Co. konnte der Versicherte nicht mehr aufnehmen.
Am 29. November 1991 meldete sich R._ zum Bezug einer Rente der schweizerischen Invalidenversicherung an.
Ein weiterer Unfall ereignete sich am 12. Mai 1994, als er beim Absteigen vom Pferd eine Fersenbeinfraktur erlitt. Die Invalidenversicherungs-Kommission des Kantons Basel-Landschaft klärte unter Beizug verschiedener ärztlicher Berichte und Gutachten sowie der Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) die medizinischen Verhältnisse ab und prüfte die beruflichen Möglichkeiten und die erwerblichen Gegebenheiten. Mit Vorbescheid vom 12. Januar 1995 teilte die IV-Stelle Basel-Landschaft dem Versicherten mit, er habe Anspruch auf eine ganze Invalidenrente für die Zeit vom 1. Juli 1991 bis 30. Juni 1992 und auf eine halbe Rente für die Zeit vom 1. Juli bis 30. September 1992; vom 1. März bis 31. Mai 1993 bestehe erneut Anspruch auf eine halbe und vom 1. Juni bis 31. Oktober 1993 auf eine ganze, sowie vom 1. bis 30. November 1993 auf eine halbe Invalidenrente. Am 10. Februar 1995 übermittelte sie die Akten zur Prüfung der versicherungsmässigen Voraussetzungen und zur Rentenberechnung der IV-Stelle für Versicherte im Ausland. In der Folge teilte die Landesversicherungsanstalt (LVA) mit, der Rentenleistungsantrag sei mit Bescheid vom 29. November 1995 wegen fehlender Berufsunfähigkeit abgewiesen worden. Nach Beizug von Berichten der Ärzte in Deutschland sprach die IV-Stelle R._ mit Verfügungen vom 30. September 1996 für die Zeit vom 1. Juli 1991 bis 30. Juni 1992 eine ganze und für die Zeit vom 1. Juli bis 30. September 1992 eine halbe Invalidenrente zu. Diese Verfügungen erwuchsen unangefochten in Rechtskraft.
Die IV-Stelle zog sodann eine Bescheinigung der LVA über den Versicherungsverlauf in der Bundesrepublik Deutschland bei und nahm den Bericht des Dr. med.
F._ vom 15. Dezember 1996 und das Gutachten des Dr.
med. E._ vom 13. Juni 1997 zu den Akten und unterbreitete diese ihrer Vertrauensärztin, Dr. med. I._.
Diese hielt in ihrer Stellungnahme vom 10. Juli 1997 eine Verschlechterung des gesundheitlichen Zustandes im Laufe des Jahres 1996 fest. Mit Vorbescheid vom 15. Juli 1997 teilte die IV-Stelle dem Versicherten mit, die versicherungsmässigen Voraussetzungen bei Wiederaufleben des Rentenanspruches im März 1993 seien erfüllt, weshalb ab dem
1. März 1993 Anspruch auf eine halbe, ab 1. Juni 1993 Anspruch auf eine ganze und ab 1. November 1993 wiederum auf eine halbe Invalidenrente bestehe, welche bis zum 30. November 1993 zu befristen sei. Auf Anfrage hin teilte die LVA mit, der Versicherte habe am 15. Dezember 1996 weder eine Beitragszeit noch eine Ausfallzeit der deutschen Rentenversicherung zurückgelegt und auch keine Leistungen im Sinne des Schlussprotokolls zum deutsch-schweizerischen Sozialversicherungsabkommen erhalten; die letzte bekannte Beitragszeit habe am 8. November 1995 geendet. Mit Verfügungen vom 18. September 1997 hielt die IV-Stelle an der Beurteilung gemäss Vorbescheid fest.
B.- Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess die Eidgenössische Rekurskommission der AHV/IV für die im Ausland wohnenden Personen insofern teilweise gut, als sie die IV-Stelle verpflichtete, auch für die Zeit vom 1. bis
30. November 1993 eine ordentliche einfache ganze Invalidenrente auszurichten (Entscheid vom 29. Dezember 1999).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt R._ beantragen, es sei ihm mit Wirkung ab 1. November 1993 (recte wohl: 1. Dezember 1993) eine ganze Rente zuzusprechen.
Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen.
D.- Im Nachgang zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde hat R._ eine Mitgliedschaftsbescheinigung der Gesundheitskasse Y._/D vom 8. Februar 2000 und eine Bescheinigung des Versicherungsverlaufs der LVA vom 21. Juni 2000 einreichen lassen.
In der Folge wurde ein zweiter Schriftenwechsel durchgeführt.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Rekurskommission hat unter Hinweis auf Art. 3 und 4 in Verbindung mit Art. 2 Ziff. 2 lit. b des Abkommens zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Bundesrepublik Deutschland über Soziale Sicherheit vom 25. Februar 1964 (nachfolgend: Abkommen) zutreffend festgestellt, dass der Beschwerdeführer als deutscher Staatsangehöriger mit Wohnsitz in Deutschland unter den gleichen Voraussetzungen Anspruch auf eine ordentliche Rente der schweizerischen Invalidenversicherung hat wie ein Schweizer Bürger. Die Vorinstanz hat sodann die massgebenden Bestimmungen über den Umfang und die Bemessung des Rentenanspruchs und über die Rentenrevision bei wesentlicher Veränderung der tatsächlichen Verhältnisse und das Wiederaufleben der Invalidität nach Aufhebung der Rente innerhalb von drei Jahren (Art. 28 Abs. 1 und Abs. 2 IVG, Art. 41 IVG; Art. 29bis und Art. 88a IVV) richtig dargelegt.
Darauf kann verwiesen werden.
b) Beizufügen ist, dass nach Art. 6 Abs. 1 IVG (in der bis Ende 2000 gültig gewesenen Fassung) Anspruch auf Leistungen der schweizerischen Invalidenversicherung hat, wer im Zeitpunkt des Versicherungsfalles versichert war. Unter Vorbehalt abweichender staatsvertraglicher Vereinbarungen - und weiterer hier nicht in Betracht fallender Ausnahmen - gelten Ausländer nur als anspruchsberechtigt, solange sie ihren zivilrechtlichen Wohnsitz in der Schweiz haben und sofern sie bei Eintritt der Invalidität während mindestens 10 vollen Jahren Beiträge geleistet oder ununterbrochen während 15 Jahren in der Schweiz zivilrechtlichen Wohnsitz gehabt haben (Art. 6 Abs. 2 IVG in der bis Ende 1996 gültig gewesenen Fassung). Soweit nach den Rechtsvorschriften über die schweizerische Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung der Anspruch auf ordentliche Renten vom Bestehen eines Versicherungsverhältnisses abhängig ist, gelten als Versicherte im Sinne der schweizerischen Rechtsvorschriften auch deutsche Staatsangehörige, die im Zeitpunkt des Versicherungsfalles nach den schweizerischen Rechtsvorschriften der deutschen Rentenversicherung angehören (Art. 19 Abs. 1 lit. a des Abkommens in der Fassung des am 1. November 1976 in Kraft getretenen Zusatzabkommens vom 9. September 1975). Als der deutschen Rentenversicherung angehörend gelten deutsche Staatsangehörige laut Ziff. 10f des Schlussprotokolls zum Abkommen in der Fassung vom 9. September 1975, wenn (a) der Eintritt des Versicherungsfalles nach den schweizerischen Rechtsvorschriften in einen Monat fällt, für den ein Beitrag zur deutschen gesetzlichen Rentenversicherung wirksam entrichtet wird, oder (b) der Eintritt des Versicherungsfalles nach den schweizerischen Rechtsvorschriften in eine Zeit fällt, die nach den deutschen Rechtsvorschriften eine Ausfallzeit ist, oder (c) sie eine Versichertenrente aus der deutschen Rentenversicherung beziehen oder Anspruch auf eine solche haben, oder (d) Eingliederungsmassnahmen gewährt werden.
2.- Auf Grund der Umschreibung des Streitgegenstandes in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer über den 30. November 1993 hinaus Anspruch auf eine ganze Invalidenrente hat oder ob zumindest ab Dezember 1996 ein Rentenanspruch erneut entstanden ist.
a) Die Vorinstanz kam in einlässlicher und sorgfältiger Würdigung der umfassenden medizinischen Unterlagen zum Schluss, der Versicherte sei ab August 1993 wiederum in der Lage gewesen, eine leichte bis mittelschwere Tätigkeit in wechselnder Körperhaltung und ohne Heben und Tragen von Lasten über 10 bis 15 kg, ohne Zwangshaltungen und auf ebenem Gelände vollschichtig auszuüben. Dieses Leistungsprofil habe - mit Ausnahme der dreimonatigen Gipsbehandlung als Folge der Fersenbeinfraktur vom 12. Mai 1994 - bis ins Jahr 1996 vorgelegen. Gestützt auf Art. 88a Abs. 1 IVV sei die bisherige ganze Invalidenrente jedoch noch während drei Monaten auszurichten. Entgegen dem Vorgehen der Verwaltung stehe dem Beschwerdeführer somit auch für den Monat November 1993 noch eine ganze Rente zu.
Nach der transarthroskopischen Synovektomie und Metallentfernung am lateralen Tibiakopf vom 3. März 1993 und einer Röntgenkontrolle vom 29. März 1993 führte SUVA-Kreisarzt Dr. med. W._ am 24. August 1993 eine Schlussuntersuchung durch. Dabei stellte er als verbleibende Unfallrestfolge ein reizloses und genügend stabiles Genu valgum links fest. Bezüglich der Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit führte er aus, ein moderner Bagger mit entsprechenden ergonomischen Erleichterungen könne zwar noch bedient werden, jedoch müsse wiederholtes Auf- und Absteigen von Maschinen vermieden werden. Alle leichten bis mittelschweren industriellen oder handwerklichen Männerarbeiten auf flachem Boden unter wechselbelastenden Bedingungen (sitzende Verrichtungen während der Hälfte der Arbeitszeit) kämen jedoch in Betracht. Die Traglimite betrage stehend 25 kg und gehend 10 kg, wobei auch gehäuftes Knien und Kauern zu vermeiden sei. Der Betrachtungsweise, wonach leichte bis mittelschwere Tätigkeiten, die einen häufigen Stellungs- und Lagewechsel erlauben und bei denen keine schweren Lasten zu heben sind, ganztags möglich sind, haben sich in der Folge grundsätzlich auch Dres. med. N._ und P._ vom Spital X._ (Gutachten vom 23. Dezember 1994), der Arzt der Reha-Klinik A._ (Bericht vom 25. September 1995) und Dr. med. S._, Gutachter der LVA (Expertise vom 13. Oktober 1995) angeschlossen. Dem Gutachten des Dr. med. F._ vom 15. Dezember 1996 lässt sich alsdann erstmals eine eindeutige Verschlechterung des Gesundheitszustandes entnehmen, welche Auffassung auch von Dr. med. E._ (Bericht vom 13. Juni 1997) und der Ärztin der IV-Stelle, Dr. med. I._, (Stellungnahmen vom 10. Juli 1997 und 13. Februar 1998) geteilt wird. Während Dr. med. E._ den Versicherten wegen des chronischen Schmerzsyndroms als in praktisch allen Tätigkeiten erheblich behindert erachtete, gingen Dr. med.
F._ und Dr. med. I._ von einer 50 %igen Arbeitsunfähigkeit aus. Dr. med. C._ hat den Beschwerdeführer im Gutachten vom 14. August 1997 für alle leichten Tätigkeiten sogar als vollschichtig einsatzfähig betrachtet, ausgenommen Arbeiten mit häufigem Heben und Tragen von Lasten, häufigem Bücken, in überwiegend fixierten, vornübergebeugten körperlichen Stellungen, im Stehen und Gehen. Die Rekurskommission ging gestützt auf diese Unterlagen davon aus, dass der Beschwerdeführer ab dem
15. Dezember 1996 nunmehr auch in einer leichteren Verweisungstätigkeit lediglich noch zu 50 % arbeitsfähig sei.
b) Die Betrachtungsweise der Vorinstanz lässt sich nicht beanstanden. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden keine neuen Tatsachen vorgebracht, welche die Feststellungen der Rekurskommission entkräften könnten.
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kann angesichts der Aussagen der medizinischen Experten für die Zeit von August 1993 bis Mitte Dezember 1996 nicht von einem nur zu 50 % möglichen Einsatz an einem dem Gesundheitsschaden angepassten Arbeitsplatz ausgegangen werden. Etwas Gegenteiliges lässt sich auch der Stellungnahme des Kreisarztes Dr. med. B._ vom 20. Januar 1993 in Verbindung mit den Berichten der Reha-Klinik A._ vom 25. September 1995 und des Dr. med. F._ vom 15. Dezember 1996 nicht entnehmen. Was die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit des Dr. med. B._ vom Januar 1993 betrifft, gilt es zu beachten, dass diese in einem Zeitpunkt erging, als die Behandlung noch nicht abgeschlossen und ein stabilisierter Zustand noch nicht eingetreten war.
3.- Anhand eines Einkommensvergleichs gestützt auf die Oktoberlohnerhebung 1993 des damaligen Bundesamtes für Industrie, Gewerbe und Arbeit hat die Vorinstanz sodann ab August 1993 einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von weniger als 50 % ermittelt. Während der Beschwerdeführer die vorgenommene Berechnungsweise an sich nicht beanstandet, vertritt er die Auffassung, für ungelernte Hilfskräfte mit derart weitgehenden körperlichen Einschränkungen, wie sie bei ihm vorlägen, bestehe auf dem modernen Arbeitsmarkt keine Einsatzmöglichkeit mehr. Diesbezüglich ist ihm entgegenzuhalten, dass für die Invaliditätsbemessung nach Art. 28 Abs. 2 IVG massgebend ist, inwiefern sich das der versicherten Person verbliebene Leistungsvermögen auf dem für sie in Frage kommenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt wirtschaftlich verwerten lässt. Die Verwaltung hat den Beschwerdeführer auf Tätigkeiten wie Portier, Tankwart und Fabrikarbeiten verwiesen (vgl. auch Stellungnahme von Dr. med. I._ vom 27. Dezember 1995), bei denen davon ausgegangen werden kann, dass es auch wechselbelastende Tätigkeiten gibt, und dadurch die ihm offen stehenden Arbeitsgelegenheiten konkretisiert. Beispiele weiterer zumutbarer Tätigkeiten werden im Bericht der Regionalstelle für Berufliche Eingliederung vom 11. Dezember 1992 (Metallverarbeitung/Kleingerätemonteur), im Bericht des Dr. med.
B._ vom 20. Januar 1993 (Überwachungsarbeiten, Portiertätigkeit, Lagerist, Büroarbeiten, Archivarbeiten) und im Vorbescheid der IV-Stelle Basel-Landschaft vom 12. Januar 1995 (Montage-, Überwachungs-, Stanz- und Kontrollarbeiten) bezeichnet. Ausserdem ist aus der ärztlichen Umschreibung der Anforderungen an dem Versicherten zumutbaren Erwerbsmöglichkeiten zu schliessen, dass dieser trotz der attestierten Einschränkungen noch über eine beträchtliche Restarbeitsfähigkeit verfügt, deren zumutbare Verwertbarkeit auf dem Arbeitsmarkt auch ohne ergänzende Abklärungen bejaht werden darf (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 28 Erw. 4a). Praxisgemäss sind an die Konkretisierung von Arbeitsgelegenheiten und Verdienstaussichten nicht übermässige Anforderungen zu stellen; vielmehr hat die Sachverhaltsabklärung nur so weit zu gehen, dass im Einzelfall eine zuverlässige Ermittlung des Invaliditätsgrades gewährleistet ist (AHI 1998 S. 290 f.), was vorliegend zutrifft.
Bei den genannten Tätigkeitsfeldern sind Arbeitsstellen, die die erforderlichen leichteren Beschäftigungen anbieten, nicht bloss theoretischer Natur und im als ausgeglichen unterstellten Arbeitsmarkt durchaus verbreitet.
Aus dem theoretischen und abstrakten Begriff des Arbeitsmarktes (<ref-ruling> Erw. 4b; ZAK 1991 S. 320 Erw. 3b) folgt, dass für die Invaliditätsbemessung nicht darauf abzustellen ist, ob eine invalide Person unter den konkreten Arbeitsmarktverhältnissen tatsächlich vermittelt werden kann, sondern einzig darauf, ob und in welchem Rahmen sie die ihr verbliebene Arbeitskraft noch wirtschaftlich nutzen könnte, wenn die verfügbaren Arbeitsplätze dem Angebot an Arbeitskräften entsprechen würden (AHI 1998 S. 291). Das restliche erwerbliche Leistungsvermögen hat sich somit in einem fiktiven Arbeitsmarkt zu bewähren, der definitionsgemäss unter anderem konjunkturell ausgeglichen ist. Da dem Versicherten grundsätzlich alle wechselbelastenden Tätigkeiten (ohne Tragen grösserer Gewichte) zumutbar sind, er aber nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine neue Erwerbstätigkeit aufgenommen hat, sind Verwaltung und Vorinstanz zur Bemessung des Invalideneinkommens zu Recht von statistischen Tabellenlöhnen ausgegangen (<ref-ruling> Erw. 3b/bb).
4.- a) Für die Zeit ab Dezember 1996 stellte die Vorinstanz auf Grund der nur noch 50 %igen Arbeitsfähigkeit im umschriebenen Leistungsprofil gestützt auf einen Einkommensvergleich einen Invaliditätsgrad von über 50 % fest. Da der Beschwerdeführer gemäss einer Bescheinigung der LVA vom 29. Juli 1997 zuletzt bis 8. November 1995 Beitragszeiten zurückgelegt habe, erfülle er im Zeitpunkt des Wiederauflebens des Rentenanspruchs die versicherungsmässigen Voraussetzungen nicht, weshalb keine Leistungen zu erbringen seien.
Gemäss den Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde hat das Sozialgericht Leipzig die Bundesanstalt für Arbeit mit Urteil vom 10. April 1997 dazu verpflichtet, dem Beschwerdeführer ab 11. Dezember 1995 Arbeitslosengeld nach den gesetzlichen Bestimmungen zu gewähren. Auf den zugesprochenen Arbeitslosengeldern seien Rentenversicherungsbeiträge abgezogen worden. Somit sei er mindestens bis Ende 1996 rentenversichert gewesen und gestützt auf Art. 19 Abs. 1 lit. a des deutsch-schweizerischen Sozialversicherungsabkommens als versichert zu betrachten. Der bei den Akten liegende Versicherungsverlauf, welcher ab 8. November 1995 keine Beiträge mehr vorsehe, entspreche deshalb nicht den Tatsachen.
b) Endet ein Rentenanspruch infolge Rentenrevision gemäss Art. 41 IVG, lebt dieser nicht wieder auf, wenn sich die materiellen Anspruchsvoraussetzungen der Art. 28 und Art. 29 IVG bei gleichem Grundsachverhalt wieder erfüllen (vgl. <ref-ruling>). Ein neuerlicher Rentenanspruch setzt den Eintritt eines neuen Versicherungsfalles voraus, wobei gleichzeitig die versicherungsmässigen Erfordernisse erfüllt sein müssen. Wurde der Beschwerdeführer nach schweizerischem Recht erneut in rentenbegründendem Ausmass invalid (Invaliditätsgrad von über 50 %) und besteht keine Versicherteneigenschaft nach innerstaatlichem Recht (mangels Wohnsitz oder Erwerbstätigkeit in der Schweiz), ist zu prüfen, ob nach staatsvertraglichem Recht der Versicherungsfall während der Zugehörigkeit zur deutschen Rentenversicherung im Sinne von Art. 19 Abs. 1 lit. a des Abkommens in Verbindung mit Ziff. 10f des Schlussprotokolls entstanden ist.
Wie der Bestätigung der LVA vom 14. Januar 1998 zu entnehmen ist, bezieht der Beschwerdeführer keine Rente wegen Erwerbsunfähigkeit. Die Voraussetzungen von Ziff. 10f lit. c des Schlussprotokolls sind somit zum Vornherein nicht erfüllt. Hingegen fragt es sich, ob der Eintritt des Versicherungsfalles in einen Monat fällt, für den ein Beitrag zur deutschen gesetzlichen Rentenversicherung im Sinne von Ziff. 10f lit. a wirksam entrichtet wurde. Dabei müssen die versicherungsmässigen Anspruchsvoraussetzungen bei Fehlen anderslautender zwischenstaatlicher Bestimmungen vor dem Eintritt des Versicherungsfalles erfüllt sein; die Versicherteneigenschaft kann nicht nachträglich durch Bezahlung freiwilliger Beiträge geschlossen werden (ZAK 1989 S. 402 Erw. 2b mit Hinweisen).
Am 29. Juli 1997 hatte die LVA mitgeteilt, dass der Beschwerdeführer am 15. Dezember 1996 weder eine Beitragszeit noch eine Ausfallzeit der deutschen Rentenversicherung zurückgelegt und auch keine Leistungen bezogen habe; vielmehr habe die letzte bekannte Beitragszeit am 8. November 1995 geendet. Mit Urteil vom 10. April 1997 hat das Sozialgericht Leipzig dem Beschwerdeführer jedoch rückwirkend ab
11. Dezember 1995 Arbeitslosengelder zugesprochen. Gemäss Bewilligungs-Bescheid des Arbeitsamtes L._/D vom 20. August 1997 richtete dieses vom 11. bis 31. Dezember 1995 und vom 1. Januar bis 3. Juni 1996 Arbeitslosengeld aus. Vom 8. bis 31. Dezember 1996 zahlte es zudem Arbeitslosenhilfe aus. Laut Bewilligungsbescheid vom 29. April 1999 leistete das Arbeitsamt O._ vom 4. Juni 1999 bis 3. Juni 2000 Arbeitslosenhilfe. Wie die IV-Stelle in ihrer Vernehmlassung zutreffend festhält, begründet die Arbeitslosenhilfe gemäss Vermerk auf dem Bewilligungsbescheid des Arbeitsamtes O._ keine Pflichtversicherung bei der deutschen Rentenversicherung. Der Beschwerdeführer reichte jedoch Leistungsnachweise des Arbeitsamtes O._ ein, aus denen sich ergibt, dass während der Dauer des Bezugs von Arbeitslosenhilfe vom 9. Dezember 1996 bis 31. Dezember 1999 - namentlich auch für die Zeit vom 9.
bis 31. Dezember 1996 - ein Entgelt für die Rentenversicherung abgezogen wurde. Im Versicherungsverlauf vom 21. Juni 2000 bestätigte die LVA sodann die Leistung von Pflichtbeiträgen bis Dezember 1999. Damit liegt ein Widerspruch zwischen den Angaben der LVA und jenen des Arbeitsamtes O._ vor, welcher der Klärung bedarf. Die Sache ist daher an die IV-Stelle für Versicherte im Ausland zurückzuweisen, damit sie bei den zuständigen deutschen Verbindungsstellen abkläre, ob die im Abkommen genannte versicherungsmässige Voraussetzung erfüllt ist (vgl. <ref-ruling>) und darüber befinde, ob der Beschwerdeführer nach dem
30. November 1993 erneut Anspruch auf Leistungen der Schweizerischen Invalidenversicherung hat.
5.- Da es im vorliegenden Verfahren um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht, sind gemäss Art. 134 OG keine Gerichtskosten zu erheben. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung erweist sich daher als gegenstandslos.
Weil der Beschwerdeführer mit Bezug auf die versicherungsmässigen Voraussetzungen obsiegt, ist ihm zu Lasten der IV-Stelle eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen.
Soweit er unterliegt, kann dem Begehren um unentgeltliche Verbeiständung entsprochen werden, da der Prozess nicht als aussichtslos zu bezeichnen, die Bedürftigkeit aktenkundig und die Verbeiständung durch einen Anwalt geboten ist (Art. 152 Abs. 2 OG; <ref-ruling> Erw. 4a und 372 Erw. 5b, je mit Hinweisen). Die Entschädigung ist entsprechend der Kostennote vom 21. Juni 2000 auf insgesamt Fr. 3138. 25 (Fr. 2800.- Honorar zuzüglich Fr. 119. 30 Auslagen und Fr. 218. 95 Mehrwertsteuer) zuzuerkennen.
Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid der Eidgenössischen
Rekurskommission der AHV/IV für die im
Ausland wohnenden Personen vom 29. Dezember 1999 und
die Verfügungen der IV-Stelle für Versicherte im Ausland
vom 18. September 1997 aufgehoben werden, soweit
sie die Rentenbefristung bis 30. November 1993 betreffen,
und es wird die Sache an die IV-Stelle für
Versicherte im Ausland zurückgewiesen, damit sie, nach
erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den
Leistungsanspruch ab 1. Dezember 1993 neu befinde.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle für Versicherte im Ausland hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 1000.- auszurichten.
IV.Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Advokat Erik Wassmer, Liestal, für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht aus der
Gerichtskasse eine Entschädigung (Honorar, Auslagenersatz
und Mehrwertsteuer) von Fr. 2138. 25 ausgerichtet.
V.Die Eidgenössische Rekurskommission der AHV/IV für die
im Ausland wohnenden Personen wird über eine Neuverlegung
der Parteientschädigung im vorinstanzlichen
Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen
Prozesses zu befinden haben.
VI.Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Rekurskommission der AHV/IV für die im Ausland wohnenden Personen, der Schweizerischen Ausgleichskasse und
dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 4. September 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
i.V.
Die Gerichtsschreiberin: