Sachverhalt:
A. Die 1950 geborene Z._ meldete sich am 5. Juli 2002 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach verschiedenen medizinischen und erwerblichen Abklärungen, unter anderem einem Gutachtensauftrag an Dr. med. K._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 15. März 2003 sowie einer Haushaltabklärung (Bericht vom 12. November 2003) sprach ihr die IV-Stelle mit Verfügung vom 24. Februar 2004 bei einem Anteil Erwerbs-/Haushalttätigkeit von 80% / 20% gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 42% eine Viertelsrente ab 1. August 2002 zu. Daran hielt die IV-Stelle auf Einsprache hin mit Einspracheentscheid vom 9. September 2004 fest. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn mit Entscheid vom 16. Juni 2005 teilweise gut und wies die Sache zur Einholung eines ergänzenden Berichts bei Dr. med. K._ an die IV-Stelle zurück. Die von der IV-Stelle hiegegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wurde vom Eidg. Versicherungsgericht mit Urteil vom 16. Dezember 2005 abgewiesen.
Daraufhin holte die IV-Stelle den ergänzenden Bericht des Dr. med. K._ vom 22. März 2006 ein und stellte Z._ mit Vorbescheid vom 25. Juli 2007 die Einstellung der Invalidenrente bei einem Gesamtinvaliditätsgrad von 37% in Aussicht, was sie am 28. November 2006 verfügte.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf Festsetzung des Invaliditätsgrades auf 50% und Zusprache einer halben Invalidenrente wies das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn mit Entscheid vom 18. November 2008 ab.
C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erheben und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihr gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 50% eine halbe Rente auszurichten. Eventualiter seien die Akten zur medizinischen Neubeurteilung an die IV-Stelle zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; ohne Beschwerden gemäss <ref-law> und <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde an das Bundesgericht (<ref-law>) nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hiezu gehört insbesondere auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteile 9C_534/2007 vom 27. Mai 2008, E. 1 mit Hinweis auf Ulrich Meyer, N 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008; Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97). Eine Prüfung der Ermessensbetätigung nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (<ref-ruling> E. 6 S. 81 zu Art. 132 lit. a OG [in der bis 30. Juni 2006 gültig gewesenen Fassung] entfällt).
2. Streitig und zu prüfen ist der Rentenanspruch. Während die Verwaltung mit Verfügung vom 28. November 2006 einen Rentenanspruch verneinte und dabei auch die Einstellung der seit 1. August 2002 ausgerichteten Viertelsrente verfügte (welche gemäss vorinstanzlichem Entscheid vom 16. Juni 2005 auf unzureichenden Grundlagen beruht hatte), beantragt die Beschwerdeführerin ab 1. Juni 2004 die Ausrichtung einer halben Rente. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung des streitigen Anspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.1 Gemäss kantonalem Entscheid ist der Invaliditätsgrad nach der für Teilerwerbstätige geltenden gemischten Methode zu ermitteln (<ref-law> in der von 1. Januar 2004 bis Ende 2007 in Kraft gestandenen Fassung; ab 1. Januar 2008: <ref-law>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>), wobei von einer prozentualen Aufteilung Erwerbstätigkeit/Haushalt von 80% / 20% auszugehen sei. Entgegen den Einwänden der Beschwerdeführerin ist diese Tatsachenfeststellung (vgl. Urteil I 693/06 vom 20. Dezember 2006, E. 4.1) unter dem Blickwinkel von <ref-law> nicht zu beanstanden, konnte sich die Vorinstanz doch dafür auf die Angaben der Versicherten im Bericht der Haushaltabklärung vom 12. November 2003 und den bisherigen Verlauf der Erwerbskarriere stützen. Daran ändern die Vorbringen der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit dem Auszug ihres Sohnes aus der elterlichen Wohnung nichts. Die Annahme, nach allgemeiner Lebenserfahrung gehe eine Mutter zufolge der Verkleinerung eines Drei- in einen Zweipersonenhaushalt zu 100% arbeiten, ist als solche nicht beweisend und vermag deshalb die vorinstanzliche Tatsachenfeststellung nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen. Die Frage, in welchem Ausmass die versicherte Person ohne gesundheitliche Beeinträchtigung erwerbstätig oder im Aufgabenbereich tätig wäre, ist als Beurteilung hypothetischer Geschehensabläufe eine Tatfrage, soweit sie auf Beweiswürdigung beruht, selbst wenn darin auch Schlussfolgerungen aus der allgemeinen Lebenserfahrung berücksichtigt werden, hingegen nur dann eine Rechtsfrage, soweit sie ausschliesslich auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird (Urteil I 708/2006 vom 23. November 2006), was hier nicht der Fall ist. Schliesslich ist entgegen der offenbaren Auffassung der Beschwerdeführerin nicht massgeblich, welches Pensum der versicherten Person im Gesundheitsfall zumutbar wäre, sondern welches Pensum sie ausüben würde (BGE <ref-ruling> E. 3.3).
2.2 Soweit die Beschwerdeführerin sodann rügt, die vorinstanzliche Tatsachenfeststellung (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398) einer erwerblich verwertbaren Restarbeitsfähigkeit von 50% als kaufmännische Angestellte und einer Einschränkung im Haushalt von 11,5% sei offensichtlich unrichtig, ist die Beschwerde ebenfalls unbegründet. Das kantonale Gericht hat unter Berücksichtigung der rechtserheblichen medizinischen Aktenlage und des Abklärungsberichts Haushalt und in rechtsgenüglicher Auseinandersetzung mit den Vorbringen der Versicherten pflichtgemäss (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 396) die Gründe angegeben, weshalb es das Gutachten des Dr. med. K._ und den im Nachgang zum Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts bei diesem Arzt eingeholten Ergänzungsbericht vom 22. März 2006 als beweiskräftig erachtet und hinsichtlich der Frage der Restarbeitsfähigkeit bzw. der Einschränkung im Haushalt darauf abgestellt hat. Es hat dargelegt, weshalb die abweichenden fachärztlichen Einschätzungen des Dr. med. P._ die Schlussfolgerungen im Gutachten und dem Ergänzungsbericht des Dr. med. K._ nicht in Zweifel zu ziehen vermögen. Daran ändert nichts, dass sich dieser nicht zu allen einzelnen häuslichen Verrichtungen geäussert hat, sind doch seine Ausführungen im Gegensatz zu den kaum begründeten Angaben des Dr. med. P._, der zudem keine Angaben zu Verweisungstätigkeiten macht, nachvollziehbar.
2.3 Schliesslich ist auch die Kritik in erwerblicher Hinsicht unbegründet. So beschlägt die Höhe des Leidensabzug eine typische Ermessensfrage und ist letztinstanzlicher Korrektur damit nur dort zugänglich, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat (E. 1). In der Festlegung des Abzugs von 10% ist keine solche Fehlerhaftigkeit zu erblicken, zumal eine zusätzliche Einschränkung in der Leistungsfähigkeit durch die Allergien gerade nicht ausgewiesen ist. Ebensowenig ist die vorinstanzliche Ermittlung des Invaliditätsgrades zu beanstanden, handelt es sich doch beim angegebenen Invaliditätsgrad im ausserhäuslichen Bereich von 47.75% offensichtlich um einen Verschrieb (recte: 43.75) und wurde tatsächlich mit 43.75% gerechnet, wie sich aus dem zugrunde gelegten Vergleichseinkommen und dem Resultat des Gesamtinvaliditätsgrades ohne Weiteres ergibt.
3. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke