Sachverhalt:
Am 11. November 2003 erliess die Zollverwaltung gegenüber der X._ AG als Solidarschuldnerin eine Nachforderungsverfügung für Einfuhrabgaben (Zoll und Mehrwertsteuer) im Gesamtbetrag von Fr. 106'296.--, nachdem die Auftraggeberin in Konkurs gefallen war. Dagegen führte die X._ AG am 12. Dezember 2003 Beschwerde bei der Oberzolldirektion. Das Verfahren blieb bis zum Entscheid des Bundesgerichts in einem ähnlichen Fall sistiert. Am 28. Oktober 2005 zog die X._ AG die Beschwerde zurück, und am 2. November 2005 erging der Abschreibungsbeschluss der Oberzolldirektion.
Am 13. April 2006 stellte die X._ AG bei der Oberzolldirektion das Gesuch, es seien ihr wegen besonderer Härte die Einfuhrabgaben ganz oder teilweise zu erlassen. Die Oberzolldirektion trat mit Entscheid vom 13. Oktober 2006 auf das Gesuch nicht ein mit der Begründung, dieses sei verspätet erfolgt. Eine Beschwerde der X._ AG hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 3. September 2008 gut und wies die Sache zur (materiellen) Beurteilung des Zoll- und Mehrwertsteuernachlasses an die Oberzolldirektion zurück.
Hiergegen führt die Eidgenössische Zollverwaltung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, Ziffer 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und dahingehend zu ändern, dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werde.
Ein Schriftenwechsel ist nicht angeordnet worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht u.a. Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig gegen Entscheide über die Stundung und den Erlass von Abgaben. Der Begriff der Abgabe ist umfassend zu verstehen. Darunter fallen alle Arten von Steuern und Abgaben. Auch Umsatz- und Einfuhrsteuern sowie Zollabgaben gehören dazu (vgl. Hansjörg Seiler, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 84 zu <ref-law>; Thomas Häberli, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 216 zu <ref-law>). Der angefochtene Entscheid betrifft eine Verfügung über den Erlass von Zollabgaben (Art. 127 des Zollgesetzes vom 1. Oktober 1925, aZG) und der Mehrwertsteuer (Einfuhrsteuer, Art. 84 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999). Er fällt folglich unter den Ausschlussgrund von <ref-law>.
1.2 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, dass die Beschwerde zulässig sein müsse. Das Bundesgericht selbst habe eine teilweise grosszügigere Haltung eingenommen. Sie verweist auf die bundesgerichtlichen Entscheide 2C_82/2007 vom 3. Juli 2007 und 2C_355/2007 vom 19. November 2007. In den beiden Fällen ging es jedoch in der Sache um die Nichtanwendung des (privilegierten) Kontingentszollansatzes bzw. um eine Streitigkeit über Zollpräferenzen, was mit dem Ausschlussgrund von <ref-law> - Entscheide über Stundung oder Erlass von Abgaben - klarerweise nichts zu tun hat. Im vorliegenden Fall wurde denn auch über die Anwendung des Ausserkontingentszollansatzes schon vor dem Zollnachlassgesuch definitiv entschieden und eröffnete das Gesuch ein neues Verfahren.
Die Rechtsprechung zum alten Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (Art. 99 Abs. 1 lit. g OG) hilft nicht weiter. Danach war gegen die Verweigerung eines Zollnachlasses die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht unter der Voraussetzung zulässig, dass in der Sache nach der zugrundeliegenden zollrechtlichen Regelung ein Rechtsanspruch auf Zollnachlass bestand (ASA 74 S. 246, 2A.566/2003; Urteil 2A.534/2005 vom 17. Februar 2006, E. 2.3). Das BGG hat demgegenüber die altrechtlichen Ausnahmen von der Beschwerde nach Verfügungsgegenstand und Sachgebiet (vgl. Art. 99, 100, 129 OG) zusammengefasst und bereinigt. Sofern die Beschwerde entgegen der Ausnahme und unter der Voraussetzung, dass in der Sache ein Rechtsanspruch besteht, zulässig ist, kommt das im Gesetz zum Ausdruck (s. etwa lit. c, d und k zu <ref-law>). Wie die Beschwerdeführerin zu Recht bemerkt, gelten die Ausschlussgründe absolut (s. auch Heinz Aemisegger, Der Beschwerdegang in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in: Die Reorganisation der Bundesrechtspflege - Neuerungen und Auswirkungen auf die Praxis, 2006, S. 135). <ref-law> enthält für Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben keine Gegenausnahme. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts über den Nachlass von Zollabgaben ist daher unzulässig.
2. Auf die Beschwerde ist nach <ref-law> nicht einzutreten. Da die Eidgenössische Zollverwaltung unterliegt, die Streitsache zu ihrem amtlichen Wirkungskreis gehört und Vermögensinteressen des Bundes berührt, hat sie die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 in Verbindung mit <ref-law>). Der Beschwerdegegnerin sind keine entschädigungspflichtigen Auslagen entstanden.

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten im Betrag von Fr. 1'000.-- werden der Eidgenössischen Zollverwaltung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann