Faits:
A. Y._, de nationalité française, a vécu auprès de sa mère, à Ajaccio (Corse), jusqu'au décès de celle-ci, survenu au mois de décembre 2004. En 2005 et 2006, il a résidé dans un appartement dont sa mère était locataire à Paris, ainsi qu'aux Iles Baléares (Espagne), au bénéfice d'une carte de résident étranger.
Le 25 novembre 2006, il a pris à bail, avec effet au 15 décembre 2006, un appartement à la rue xxx à D._. Son adresse était alors celle de l'appartement de la rue bbb à Paris, dont il a résilié le bail le 28 novembre 2006 avec effet au mois de janvier 2007. Au 1er janvier 2007, les autorités du canton du Valais lui ont délivré une autorisation de séjour pour prise de résidence sans activité lucrative, valable pour toute la Suisse jusqu'au 31 décembre 2011.
B. B.a A la fin de l'année 2006 ou au début de l'année 2007, Y._ a confié à A._, animateur de B._ Ltd, la gestion d'un capital de 2'500'000 euros. Au mois de mars 2007, A._ lui a expliqué avoir connaissance d'une affaire qui pourrait lui procurer un rendement plus important s'il était en mesure d'investir des montants supplémentaires. Il lui a proposé le financement d'un tiers à concurrence de 1'500'000 fr.
Par acte authentique du 27 mai 2007, X._ a prêté à Y._ la somme de 1'500'000 euros. L'art. 2 du contrat précise qu'il s'agit d'un prêt "in fine" à taux d'intérêt fixe - à savoir 8% selon l'art. 4 - d'une durée de trente-six mois, dont les intérêts sont remboursés mensuellement pendant toute la durée du prêt, le capital étant remboursé lors de la dernière échéance. L'art. 5 du contrat prévoit l'engagement pour l'emprunteur de contracter à titre personnel un contrat d'assurance pour couvrir les risques liés à l'invalidité, l'incapacité ou le décès, condition nécessaire à l'octroi du prêt, avec l'obligation pour l'emprunteur de justifier de ce contrat "dans les dix jours de la demande qui pourrait lui en être faite par le Prêteur". En cas de résiliation anticipée, l'emprunteur devait verser, en sus du capital et des intérêts, une indemnisation correspondant à 10% des sommes en capital et intérêts restant à régler pour solder le prêt. Ce contrat mentionne que l'emprunteur est domicilié rue zzz à Ajaccio, alors que sur un projet figurait son adresse à D._.
B.b Par lettre recommandée du 30 mai 2007, X._ a mis en demeure l'emprunteur de lui remettre une copie du contrat d'assurance couvrant les risques précités.
Le 2 juillet 2007, X._ a "notifié" à l'emprunteur "la déchéance du contrat de prêt"; elle lui a imparti un délai de huit jours pour verser le capital et les intérêts, ainsi que l'indemnité de résiliation anticipée, à savoir un montant total de 1'617'000 euros.
B.c Le 17 septembre 2007, X._ a obtenu du Tribunal de première instance de Genève le séquestre des avoirs de l'emprunteur auprès de la Banque Z._ SA. Le 13 mars 2008, la Cour de justice de Genève a admis l'opposition formée par l'emprunteur et révoqué l'ordonnance de séquestre. Le recours au Tribunal fédéral interjeté le 17 avril 2008 par X._ a été déclaré irrecevable le 24 juin suivant, la société n'ayant pas versé l'avance de frais dans le délai imparti.
Parallèlement à son recours au Tribunal fédéral, X._ a déposé, le 16 avril 2008, une nouvelle requête de séquestre portant sur les mêmes avoirs, rejetée le lendemain par le Tribunal de première instance de Genève.
B.d A la suite du séquestre de ses avoirs en septembre 2007, l'emprunteur a résilié le 4 février 2008, avec effet au 15 mars 2008, le bail de l'appartement sis à la rue xxx à D._. Un tiers lui a mis à sa disposition, dès le 1er mai 2008, un appartement situé à la rue yyy, à D._.
B.e Le 15 octobre 2008, la Cour d'Appel de Bastia a déclaré recevable l'appel de l'emprunteur contre un jugement rendu le 15 octobre 2007 par le Tribunal de Grande Instance d'Ajaccio, réputé contradictoire, prononçant la résiliation du prêt de 1'500'000 euros et le condamnant à payer les montants de 1'500'000 euros en capital, 330'000 euros d'intérêts, 183'000 euros à titre d'indemnité de résiliation et 1'500 euros en application de l'art. 700 du Code de procédure civile français, le tout avec exécution provisoire du jugement. La Cour de Bastia a admis la nullité de la signification du jugement intervenue le 31 octobre 2007, l'impossibilité d'une signification à personne, prévue par l'art. 654 du Code de procédure civile français, n'étant pas caractérisée, X._ connaissant l'adresse que l'emprunteur revendiquait comme étant celle de son domicile.
C. Entre-temps, le 10 juin 2008, X._ a saisi le Tribunal de première instance de Genève d'une troisième requête de séquestre des avoirs de l'emprunteur auprès de la même banque, à concurrence de 2'014'500 euros, avec intérêts à 5% dès le 3 juillet 2007. Le séquestre a été ordonné le même jour et l'opposition formée par l'emprunteur rejetée le 3 novembre 2008.
Par arrêt du 29 janvier 2009, la Cour de justice du canton de Genève, statuant sur appel de l'emprunteur, a admis l'opposition au séquestre et révoqué celui-ci.
D. X._ interjette le 5 mars 2009 un recours en matière civile contre cet arrêt, concluant à son annulation et au rejet de l'opposition au séquestre formée par l'emprunteur. Elle se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves, ainsi que dans l'application de l'<ref-law>, et d'une violation de son droit d'être entendue, plus particulièrement de son droit d'obtenir une décision motivée (art. 29 al. 2 Cst.).
Par ordonnance du 27 mars 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours.
L'emprunteur n'a pas été invité à se déterminer sur le fond du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 La décision sur opposition au séquestre rendue par l'autorité judiciaire supérieure au sens de l'<ref-law> est une décision finale au sens de l'<ref-law>, prise en dernière instance cantonale (<ref-law>), qui peut faire l'objet d'un recours en matière civile selon l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 p. 590), pour autant que la valeur litigieuse soit supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), ce qui est manifestement le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (<ref-law>).
1.2 La décision sur opposition au séquestre constitue une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 p. 590). Seule peut par conséquent être invoquée la violation des droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (art. 106 al. 2 et 117 LTF), c'est-à-dire expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), les exigences de motivation correspondant à celles de l'art. 90 al. 1 let. b aOJ (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 3. p. 399/400). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 p. 352).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (<ref-law>); le recourant doit donc rendre vraisemblable que la décision finale eût été différente si les faits avaient été établis de façon conforme au droit.
2. La recourante soutient que les juges précédents n'ont manifestement pas compris le sens et la portée des preuves qui leur ont été soumises lorsqu'ils ont admis que l'intimé habite en Suisse (<ref-law>); ils auraient omis, "sans motivation et sans motifs sérieux", de tenir compte d'éléments pertinents, et effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables au vu de ses contre-preuves et explications, qu'elle fait grief à la cour cantonale de n'avoir pas examinées dans l'arrêt entrepris; elle y voit aussi une violation de son droit d'obtenir une décision motivée.
3. 3.1 Vu la nature formelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 3d/aa p. 437), il convient d'examiner en priorité le moyen relatif à ce droit (<ref-ruling> consid. 1).
Le droit d'être entendu est garanti en premier lieu par le droit cantonal; comme la recourante n'invoque pas la violation de telles normes, c'est à la lumière des garanties offertes directement par l'art. 29 al. 2 Cst. qu'il y a lieu d'examiner le grief (<ref-ruling> consid. 2a).
3.2 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, apparaissent pertinents (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 540; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236 et les arrêts cités).
3.3 En l'espèce, la motivation de la cour cantonale (cf. infra, consid. 4.1) permet de comprendre les éléments sur lesquels celle-ci s'est fondée pour juger, au niveau de la vraisemblance (<ref-law>), que le domicile de l'intimé se trouve en Suisse. Par sa critique, la recourante s'en prend en réalité à l'établissement des faits et à l'appréciation des preuves - qu'elle estime arbitraire -, griefs qui ne sauraient être confondus avec celui de violation du droit d'être entendu.
4. 4.1 Après avoir listé les éléments mis en avant par chacune des parties à l'appui de leur théorie respective, la cour cantonale a retenu que l'intimé s'est vu délivrer au 1er janvier 2007 une autorisation de séjour en Suisse, valable jusqu'au 31 décembre 2011, et qu'il est enregistré comme résident sur le territoire de la commune de D._, avec un domicile à la rue xxx, puis, depuis le 1er mai 2008, au chemin yyy, à D._. Autorisé à prendre résidence en Suisse sans activité lucrative, il a été imposé par sa commune de résidence sur un revenu fiscal de 170'000 fr. en 2007. Il a immatriculé un véhicule automobile sous plaques du canton du Valais. Ces éléments établissent, selon les juges précédents, une sérieuse présomption de fait d'une domiciliation en Suisse de l'intimé, dès le mois de janvier 2007. Parallèlement, celui-ci a résilié, en novembre 2006, le bail de l'appartement dont sa mère avait été locataire à Paris et, en novembre 2007, celui de l'appartement dont il disposait aux Iles Baléares. A suivre les attestations de ses voisins d'immeuble à Ajaccio, l'intimé a cessé d'y vivre depuis le début de l'année 2005; il ne s'y trouvait pas les 12 juillet, 24 octobre, 31 octobre et 7 novembre 2007, lorsque les huissiers de justice se sont présentés rue zzz à Ajaccio. Il a contracté en Suisse une assurance-maladie, dont il a produit les certificats 2008 et 2009; il a acquis au mois de juillet 2008 un abonnement demi-tarif, valable jusqu'au 29 juillet 2009, et sollicité, au mois de novembre 2008, l'échange de son permis de conduire français pour un permis suisse.
Cela étant, la cour cantonale a jugé que les éléments apportés par la recourante ne permettaient pas de renverser la présomption de domicile en Suisse établie par les éléments qui précèdent. Ainsi, la présence de l'intimé, dans l'appartement du troisième étage de l'immeuble sis aaa à Ajaccio, constatée par huissier le 18 octobre 2007, n'est pas significative d'une résidence prolongée dans cette ville; il ne s'y trouvait plus le 24 octobre 2007, cette adresse ne correspondant pas, au demeurant, à celle de son précédent domicile en Corse (rue zzz). La facture de consommation d'électricité et de gaz, pour la période de septembre 2006 à juillet 2007, se réfère également à l'appartement sis aaa, qui n'est pas le domicile prétendu de l'intimé, mais un local loué par la société F._ Sàrl pour ses activités commerciales et le logement de sa gérante, C._. Certes, la recourante a établi que, le 13 mars 2008, l'intimé et C._ ont constitué une société à responsabilité limitée en vue de l'acquisition et de l'exploitation d'un établissement public à G._. Or, l'acte constitutif indique que l'intimé est domicilié à la rue xxx à D._; de plus, à teneur des rapports d'enquêtes produits par la recourante, le nom de l'intimé ne figure pas sur la boîte aux lettres à l'extérieur de l'immeuble où est domiciliée C._ à G._. Pour autant, le passage, voire le séjour de l'intimé dans cette localité et l'ouverture d'un compte bancaire dans cette ville ne suffisent pas à renverser la présomption de fait du domicile de l'intimé en Suisse; il s'est, en effet, décrit comme un "proche" de C._ et a constitué avec elle une société. Ces circonstances justifient ainsi qu'il séjourne à G._, sans impliquer qu'il y ait désormais le centre de sa vie. La recourante a également produit un rapport d'un agent privé de renseignements daté du 6 juin 2008, selon lequel le nom de l'intimé ne figurait ni sur la porte, ni sur la boîte aux lettres de l'appartement rue yyy à D._; le logement n'était, selon les indications d'une voisine, pas occupé en permanence. Ces informations sont néanmoins contredites par la voisine qui habite l'appartement mitoyen, qui a déclaré avoir croisé à plusieurs reprises l'intimé lors de ses passages répétés à D._. Enfin, la présence de l'intimé lors de l'assemblée générale de la copropriété de la rue zzz, le 13 décembre 2007, n'est pas davantage déterminante, dès lors que, s'il avait vendu un lot lui appartenant, il demeurait propriétaire de deux autres lots. En définitive, la cour cantonale a estimé que les éléments apportés par la recourante ne permettaient pas de renverser la présomption de domicile en Suisse.
4.2 La recourante fait valoir, en substance, que le titre de séjour dont bénéficie l'intimé ne saurait constituer une preuve de domicile en Suisse, dès lors qu'il ne produit "aucune preuve de paiement de facture, ni relevé de compte sur lequel il pourrait être constaté des débits démontrant qu'il paie réellement un loyer en Suisse, des assurances-maladie en Suisse, des impôts et d'autres charges en Suisse". L'intimé n'a par ailleurs fourni aucune preuve valable d'une annonce officielle de changement d'adresse aux autorités françaises. En outre, la cour cantonale aurait omis de tenir compte du permis de conduire français de l'intimé, renouvelé le 28 juillet 2008, "avec mention de son domicile réel en Corse". De même, elle aurait négligé de prendre en considération le fait que sa demande d'échange du permis de conduire a été adressée tardivement, le 8 novembre 2008, à une autorité inexistante, à savoir le "Service de l'Habitant et de la circulation" à D._; au surplus, l'intimé a coché sur ce formulaire la case "modification de nom, prénom, d'origine", de sorte que c'est à tort que les juges précédents ont retenu cet élément en faveur de la vraisemblance d'un domicile en Suisse. L'immatriculation du véhicule de l'intimé dans le canton du Valais n'était pas non plus pertinente, dans la mesure où l'intimé - qui affirme être domicilié à D._ depuis le 1er janvier 2007 - n'a pas fait le changement d'immatriculation dans le délai d'un mois dès son déménagement, comme le lui impose la loi française. En outre, le formulaire de réexpédition du courrier envoyé à son adresse parisienne mentionne que les personnes concernées sont l'intimé et C._, laquelle est sa compagne et associée, domiciliée à G._, en France; il n'existe pas de formulaire de réexpédition du courrier pour les autres adresses que l'intimé aurait quittées, à savoir aux Iles Baléares et en Corse. Enfin, la cour cantonale a omis de retenir les déclarations de l'huissier judiciaire qui a constaté, le 31 octobre 2007, que le nom de l'intimé figurait sur la boîte aux lettres et sur la porte d'entrée de l'immeuble sis rue zzz à Ajaccio et que le courrier envoyé ensuite à cette adresse par l'huissier n'a jamais été retourné avec la mention "n'habite pas à l'adresse indiquée".
4.3 Selon l'<ref-law>, le créancier d'une dette échue et non garantie par gage peut requérir le séquestre des biens du débiteur lorsque celui-ci n'habite pas en Suisse, s'il n'y a pas d'autre cas de séquestre, pour autant que la créance ait un lien suffisant avec la Suisse ou qu'elle se fonde sur un jugement exécutoire ou sur une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law>.
Selon la jurisprudence, la notion "d'habiter en Suisse" se définit en rapport avec l'existence d'un for de poursuite ordinaire en Suisse (<ref-law>; arrêt 5P.472/2008 du 23 février 2005 consid. 5.2); pour déterminer celui-ci, les principes généraux de l'<ref-law> sont appliqués (arrêt 5A_583/2008 du 19 décembre 2008 consid. 5.2). Le moment déterminant est celui du dépôt de la requête de séquestre (GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. IV, 2003, n° 54 ad <ref-law>).
En l'espèce, la cour cantonale s'est fondée sur une notion de domicile du séquestré selon le CC ou la LDIP, sans trancher entre l'un et l'autre, et n'a pas examiné la question du domicile au 10 juin 2008, mais sur une longue période (dès le 1er janvier 2007), pour conclure à la vraisemblance d'un domicile en Suisse de l'intimé. Le Tribunal fédéral n'étant autorisé à examiner, dans le cadre du recours en matière civile au sens de l'<ref-law>, que les griefs de violation de droits constitutionnels expressément soulevés et motivés (cf. supra, consid. 1.2), il ne peut revoir ces points, faute de griefs formulés à ce sujet.
4.4 L'autorité saisie d'un recours contre le rejet de l'opposition au séquestre (cf. <ref-law>) ne dispose pas d'un pouvoir d'examen plus large que celui du juge de l'opposition; elle statue pareillement sous l'angle de la vraisemblance de la réalisation des conditions du séquestre (YVONNE ARTHO VON GUNTEN, Die Arresteinsprache, 2001, p. 146; BERTRAND REEB, Les mesures provisoires dans la procédure de poursuite, in: RDS 116/1997 II p. 482). Il suffit ainsi que le juge, se fondant sur des éléments objectifs, acquière l'impression que les faits pertinents se sont produits, mais sans qu'il doive exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (WALTER A. STOFFEL, in Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. III 1998, n. 3 ad <ref-law> et la doctrine citée; cf. pour les mesures provisionnelles: <ref-ruling> consid. 4 p. 413).
Le point de savoir si le degré de vraisemblance requis par le droit fédéral est atteint dans le cas particulier ressortit à l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5 p. 327 et les arrêts cités). Dans ce domaine, le Tribunal fédéral reconnaît une ample latitude aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b p. 40). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables; encore faut-il que la décision attaquée en soit viciée dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2a p. 41 et la jurisprudence citée).
4.5 En l'espèce, les griefs de la recourante apparaissent dans une large mesure de nature appellatoire, dès lors qu'elle se borne à opposer sa propre appréciation des preuves à celle de la cour cantonale, sans démontrer en quoi celle-ci serait insoutenable. Il en va ainsi lorsqu'elle dénie toute valeur probante au titre de séjour délivré par les autorités valaisannes ou tire des déductions contraires à celles des juges précédents en raison de l'absence de certains documents. Insuffisamment motivées, ces critiques sont irrecevables (cf. supra, consid. 1.2). De même, ses griefs relatifs à l'immatriculation tardive du véhicule de l'intimé dans le canton du Valais, respectivement à la mention de C._, domiciliée à G._, dans le formulaire de réexpédition du courrier adressé à l'intimé à Paris ne suffisent pas à démontrer que le raisonnement des juges précédents serait arbitraire; autant qu'ils sont suffisamment motivés, ils sont infondés. Lorsque la recourante invoque, pour conclure à l'inexistence d'un domicile en Suisse de l'intimé, le renouvellement en juillet 2008 de son permis de conduire français, ainsi que l'envoi d'une demande d'échange de permis inadéquate à une autorité qui serait inexistante, elle se fonde sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué, sans parvenir à démontrer que ceux-ci sont de nature à influencer le sort de la cause (cf. supra, consid. 1.3); l'échange du permis de conduire français de l'intéressé en un permis suisse ne constitue, en effet, qu'un élément parmi d'autres pris en considération par les juges précédents dans leur examen, limité à la vraisemblance. Il n'est ainsi pas décisif à lui seul. Enfin, contrairement à ce qu'affirme la recourante, la cour cantonale a retenu que, le 7 novembre 2007, un huissier de justice a confirmé s'être présenté à la rue zzz à Ajaccio, où il a relevé que le nom de l'intimé figurait sur la boîte aux lettres et la porte d'entrée de l'immeuble. Elle a néanmoins considéré que cet élément, au même titre que les autres apportés par la recourante, ne permettait pas de renverser la présomption de domicile en Suisse. A nouveau, la recourante ne démontre pas que cette appréciation serait arbitraire. Partant, sa critique, autant qu'elle est suffisamment motivée, est infondée.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé, qui s'est opposé à la requête d'effet suspensif et n'a pas été invité à se déterminer sur le fond.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 25'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens à l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève et à l'Office des poursuites de Genève.
Lausanne, le 23 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet