Faits:
A.
Par ordonnances du 13 novembre 2012, le Ministère public genevois a refusé la qualité de parties plaignantes à A._ Ltd et B._ Company et d'entrer en matière sur leur plainte pénale conjointe contre notamment X._ pour escroquerie, faux dans les titres et blanchiment.
B.
Statuant par arrêt du 10 mai 2013 sur les recours de A._ Ltd et B._ Company, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise les a rejetés.
En substance, il ressort les éléments suivants de cet arrêt.
A._ Ltd et B._ Company, sociétés actives dans le commerce international d'acier, reprochent à X._ d'avoir indûment perçu et abrité en Suisse des commissions sur leurs ventes d'acier acquis en Russie pendant les années 2000 à 2008 et revendu à une entreprise norvégienne. Celui-ci aurait agi de concert avec le représentant de la société norvégienne qui aurait été condamné, en Norvège, à six ans de prison. En raison des agissements de X._, A._ Ltd aurait subi un dommage de 8'000'000 USD et 10'000'000 Euros et B._ Company de 2'000'000 Euros. Ces montants correspondraient aux 3% de différence entre le prix facturé à la société norvégienne et le prix, inférieur, auquel elles avaient été amenées à conclure.
A._ Ltd, société de droit chypriote, a exposé qu'elle avait conclu en 2001 un partenariat de droit écossais (« limited Partnership Agreement ») avec C._ entité qui avait conclu les contrats de vente d'acier. A ce titre, elle pouvait valablement gérer et engager cette dernière. A la dissolution de C._ le 31 décembre 2010, tous les droits et obligations de cette dernière étaient passés à A._ Ltd, en sa qualité d'unique « general partner ». Quant à B._ Company, elle avait remplacé C._, dès 2007, dans le négoce d'acier entre la Russie et notamment la Norvège.
A._ Ltd a expliqué que la société norvégienne acquittait en Suisse, plus particulièrement à Genève, les montants facturés par C._. B._ Company a, quant à elle, indiqué que c'était sa succursale de Lugano qui vendait l'acier à la société norvégienne, laquelle en acquittait également le prix en Suisse, sur un compte bancaire à Genève.
C.
A._ Ltd et B._ Company forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elles concluent, avec suite de frais et dépens, principalement à la réforme de la décision entreprise en ce sens qu'elles sont admises comme parties plaignantes et que le Ministère public doit entrer en matière sur leur plainte. Subsidiairement, elles concluent à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Invités à déposer des observations sur le recours, la cour cantonale y a renoncé se référant aux considérants de son arrêt, cependant que X._ et le Ministère public ont conclu à son rejet. A._ Ltd et B._ Company ont renoncé à se déterminer sur ces écritures.

Considérant en droit:
1.
La décision attaquée dénie la qualité de parties plaignantes aux recourantes et confirme en conséquence le refus d'entrer en matière. Il s'agit ainsi d'une décision finale (<ref-law>).
Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Indépendamment de sa qualité pour recourir sur le fond, la partie plaignante peut invoquer la violation de droits que la loi de procédure applicable ou le droit constitutionnel lui reconnaît comme partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44, 29 consid. 1.9 p. 40 et les références citées). Il en va notamment ainsi de la décision qui, comme en l'espèce, rejette une demande de constitution de partie plaignante dans le procès pénal. Le recours est dès lors recevable sur le principe.
2.
Les recourantes soutiennent qu'elles auraient dû être admises en qualité de parties plaignantes.
2.1. Selon l'<ref-law>, on entend par partie plaignante le lésé qui déclare expressément vouloir participer à la procédure pénale comme demandeur au pénal ou au civil. La notion de lésé est définie à l'<ref-law>. Il s'agit de toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction.
En règle générale, seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 263; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 98 s. et les références citées). Les droits touchés sont les biens juridiques individuels tels que la vie et l'intégrité corporelle, la propriété, l'honneur, etc. (Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1148 ch. 2.3.3.1 [ci-après : Message CPP]). En revanche, lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 263; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 99 et les références citées).
Pour être directement touché, le lésé doit en outre subir une atteinte en rapport de causalité directe avec l'infraction poursuivie, ce qui exclut les dommages par ricochet (arrêt 1B_294/2013 du 24 septembre 2013 consid. 2.1; MAZZUCCHELLI/POSTIZZI, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n° 28 ad <ref-law>; CAMILLE PERRIER, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 13 ad <ref-law>). La déclaration de partie plaignante doit avoir lieu avant la clôture de la procédure préliminaire (<ref-law>), soit à un moment où l'instruction n'est pas encore achevée. Dès lors, tant que les faits déterminants ne sont pas définitivement arrêtés sur ce point, il y a lieu de se fonder sur les allégués de celui qui se prétend lésé pour déterminer si tel est effectivement le cas (arrêt 1B_678/2011 du 30 janvier 2012 consid. 2.1; CAMILLE PERRIER, op. cit., n° 8 ad <ref-law>). Celui qui entend se constituer partie plaignante doit toutefois rendre vraisemblable le préjudice et le lien de causalité entre celui-ci et l'infraction dénoncée (arrêt 1B_678/2011 précité consid. 2.1 et les références citées).
2.2.
2.2.1. Dans la systématique du Code pénal, l'escroquerie est incorporée dans le Titre deuxième, soit dans les infractions contre le patrimoine. A ce titre, l'<ref-law> vise à protéger, en tant que bien juridique, les intérêts pécuniaires du lésé (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 57 s. et les références citées).
2.2.2. L'<ref-law> protège, en tant que bien juridique, d'une part la confiance particulière placée dans un titre ayant valeur probante dans les rapports juridiques et, d'autre part, la loyauté dans les relations commerciales (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 58). Cette disposition vise d'abord un bien juridique collectif. Toutefois, le faux dans les titres peut également porter atteinte à des intérêts individuels. Une personne peut être considérée comme lésée par un faux dans les titres lorsque le faux vise précisément à lui nuire (<ref-ruling> consid. 2b p. 346 s. et les références citées). Un faux dans les titres peut constituer une atteinte aux intérêts individuels, notamment lorsqu'il est l'un des éléments d'une infraction contre le patrimoine (<ref-ruling> consid. 2b p. 346 s.)
2.2.3. Quant à l'art. 305 bis CP, il vise en premier lieu à protéger l'administration de la justice. Toutefois, la jurisprudence a précisé que le blanchiment d'argent protégeait également les intérêts patrimoniaux de ceux qui sont lésés par le crime préalable, lorsque les valeurs patrimoniales proviennent d'actes délictueux contre des intérêts individuels (<ref-ruling> consid. 2.2.4 p. 325 ss).
2.3. Une lésion du patrimoine, constitutive d'un dommage, peut prendre la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif, mais aussi d'une mise en danger du patrimoine telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique (<ref-ruling> consid. 3d p. 22; <ref-ruling> consid. 2a p. 281; <ref-ruling> consid. 2c p. 107).
3.
3.1. Concernant la recourante 1, la cour cantonale a retenu que celle-ci n'était lésée que de façon indirecte par les actes qu'elle reprochait à l'intimé. Ce n'était pas elle qui était partie prenante dans les ventes d'acier négociées par lui, mais une entité dont elle se déclarait « general partner » et détenteur de 99,99% des parts. Sa position ne se différenciait pas de celle d'un actionnaire, fût-il unique, ou d'un ayant droit économique. Peu importait que ladite entité soit dissoute: que la recourante 1 en ait repris les actifs et passifs ou qu'elle se soit fait céder des créances contre l'intimé - elle n'avait du reste établi ni l'une ni l'autre de ces qualités - ou qu'elle ait le droit de l'engager encore après la dissolution, en vertu du droit écossais, le préjudice qu'elle affirmait éprouver restait indirect.
3.2. La recourante 1 ne soutient pas avoir été directement lésée par les agissements reprochés à l'intimé et il n'apparaît pas que tel soit le cas dès lors qu'elle n'a fait que reprendre l'ensemble des actifs et passifs de la société C._. Elle prétend toutefois que la figure juridique du « limited partnership » de droit écossais serait comparable à une fusion. S'appuyant sur un avis de doctrine, elle soutient que l'<ref-law> devrait s'appliquer par analogie dans le cadre d'une succession de sociétés de type fusion et lui permettrait de fonder sa qualité de partie plaignante. A titre subsidiaire, elle fait valoir qu'elle serait subrogée à la société C._ en raison de la succession de sociétés et que l'<ref-law> lui permettrait de se substituer à cette dernière société.
3.2.1. Aux termes de l'<ref-law>, si le lésé décède sans avoir renoncé à ses droits de procédure, ceux-ci passent à ses proches au sens de l'<ref-law>, dans l'ordre de succession. Les proches d'une personne sont son conjoint, son partenaire enregistré, ses parents en ligne directe, ses frères et soeurs germains, consanguins ou utérins ainsi que ses parents, frères et soeurs et enfants adoptifs (<ref-law>). La liste est exhaustive et doit faire l'objet d'une interprétation restrictive ( ANDREAS ECKERT, in Basler Kommentar, Strafrecht I, 3 e éd. 2013, n o 3 ad <ref-law>; YVAN JEANNERET, in Commentaire Romand, Code pénal I, 2009, n o 2 ad <ref-law>P).
L'<ref-law> règle les effets de la subrogation, autrement dit du transfert de par la loi de droits déterminés à des personnes qui ne sont pas elles-mêmes des lésés (Message CPP, FF 2006 1151 ch. 2.3.3.3). Il prévoit ainsi que la personne qui est subrogée de par la loi aux droits du lésé n'est habilitée qu'à introduire une action civile et ne peut se prévaloir que des droits de procédure qui se rapportent directement aux conclusions civiles. Sont en particulier visés le cas de l'Etat qui a versé des indemnités à la victime en application de l'<ref-law> (RS 312.5) ou encore les cas de subrogation relevant du droit des assurances tels qu'ils sont prévus par exemple aux <ref-law> (RS 221.229.1) ou 72 al. 1 LPGA (RS 830.1) ou dans certains cantons pour les prestations de l'assurance immobilière lors d'incendies (Message CPP, FF 2006 1151 ch. 2.3.3.3; repris par la doctrine, cf. parmi d'autres : MAZZUCCHELLI/POSTIZZI, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n° 12 ad <ref-law>; JEANDIN/MATZ, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n o 12 ad <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2 e éd. 2013, n o 5 ad <ref-law>). Aux termes de l'<ref-law>, seule la subrogation légale est concernée, à l'exclusion du transfert volontaire au sens des <ref-law> (MAZZUCCHELLI/POSTIZZI, op. cit., n o 4 ad <ref-law>; JEANDIN/MATZ, op. cit., n o 12 ad. <ref-law>; JEANNERET/KUHN, Précis de procédure pénale, 2013, n o 7036 p. 170).
3.2.2. Il est manifeste que la société issue de la fusion de deux entreprises n'est pas un proche au sens de l'<ref-law>. De plus, l'<ref-law> fait référence au lésé décédé, soit à une personne physique. Le texte légal de l'<ref-law> est clair et ne permet pas une interprétation extensive. Par conséquent, bien que l'on parle de succession à titre universel dans le cadre d'une fusion de sociétés (cf. Message du 13 juin 2000 concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine, FF 2000 4046 ch. 2.1.2.1), l'<ref-law> n'est pas applicable à ce type de situation. La recourante 1 ne peut ainsi pas fonder sa qualité de partie plaignante sur l'<ref-law>.
La fusion est une transaction volontaire qui se fonde toujours sur un contrat ( RITA TRIGO TRINDADE, Commentaire LFus, 2005, n o 3 ad <ref-law>). Par conséquent, même si l'<ref-law> prévoit que l'ensemble des actifs et passifs de la société transférante sont transférés de par la loi à la société reprenante dès l'inscription de la fusion au registre du commerce, ladite fusion se fonde toujours sur un acte volontaire de la part des sociétés concernées. Or, l'<ref-law> s'applique à la subrogation légale et non à la transmission volontaire de la créance fondée sur le dommage causé par l'infraction (cf. supra consid. 3.2.1 in fine). Quand bien même la transmission concernerait l'ensemble du patrimoine du lésé, il n'en reste pas moins qu'il s'agit d'une transmission fondée sur la volonté des parties. La fusion n'implique par conséquent pas une subrogation légale au sens de l'<ref-law>, lequel ne peut être appliqué à ce type de situation. La recourante 1 ne peut pas fonder sa qualité de partie sur cette disposition.
Dès lors que la recourante 1 n'a pas été directement lésée par les infractions reprochées à l'intimé, elle ne peut fonder sa qualité de partie plaignante sur l'<ref-law>. Au vu de ce qui précède, elle ne peut pas non plus se fonder sur l'art. 121 al. 1 ou 2 CPP. C'est donc à bon droit que la cour cantonale a refusé sa qualité de partie à la recourante 1.
4.
4.1. S'agissant de la recourante 2, la cour cantonale a relevé que celle-ci faisait reposer son dommage sur un manque à gagner. Pour la cour cantonale, ce dommage n'était qu'indirect. Le résultat des actes que la recourante 2 reprochait à l'intimé avait directement appauvri la société norvégienne acquéreuse de l'acier négocié par celui-ci. Ce n'était que par ricochet que la recourante 2 aurait obtenu davantage, soit si les prix convenus, demeurés les mêmes, n'avaient pas englobé le montant des commissions que le représentant de la société norvégienne directement lésée et l'intimé s'était réparti. Dans ces circonstances, il n'était pas nécessaire de déterminer si « B._ » pouvait valablement ester en justice ou si, par une simple déclaration au détour d'un mémoire judiciaire, sa maison mère pouvait sans autre s'y substituer dans la présente instance.
4.2. Tout en niant la qualité de lésée de la recourante 2, la cour cantonale a laissé entendre que la plainte pourrait ne pas être valide dès lors qu'elle émanait de la succursale et non de la « maison mère ». Cet aspect doit être traité préalablement avant d'examiner la question de la qualité de lésée.
4.2.1. Aux termes de l'art. 5 al. 3 Cst., les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi. De ce principe général découle notamment le droit fondamental du particulier à la protection de sa bonne foi dans ses relations avec l'État, consacré à l'art. 9 in fine Cst., dont le Tribunal fédéral contrôle librement le respect (<ref-ruling> consid. 8.3.1 p. 53 et les références citées). On retrouve la même idée à l'<ref-law>.
En tant que l'interdiction du formalisme excessif sanctionne un comportement répréhensible de l'autorité dans ses relations avec le justiciable, elle poursuit le même but que le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.). A cet égard, elle commande à l'autorité d'éviter de sanctionner par l'irrecevabilité les vices de procédure aisément reconnaissables qui auraient pu être redressés à temps, lorsque celle-ci pouvait s'en rendre compte assez tôt et les signaler utilement au plaideur (<ref-ruling> consid. 3a p. 170; <ref-ruling> consid. 4a p. 270 et les références citées).
4.2.2. La plainte pénale du 7 juin 2012 a été déposée au nom de « B._ Company, prise dans sa succursale de Lugano » (cf. pièce 100238 dossier cantonal). Si l'autorité cantonale estimait que l'utilisation de cette expression prêtait à confusion et ne permettait pas de savoir si c'était B._ Company (à Edimbourg) qui se portait partie plaignante, avec adresse à la succursale, ou si c'était cette dernière qui se portait elle-même partie plaignante, il lui appartenait d'interpeler la recourante 2 pour qu'elle précise ce point. A défaut, elle devait interpréter la plainte en faveur de sa validité. En effet, conformément aux principes de la bonne foi en procédure et de l'interdiction du formalisme excessif, l'autorité doit partir du principe que la partie plaignante a voulu déposer une plainte valable (cf. <ref-ruling> consid. 3a/bb p. 152 s.). Au demeurant, l'obligation faite aux parties ayant leur siège à l'étranger d'indiquer un domicile de notification en Suisse (<ref-law>) plaide pour une interprétation dans le sens d'une plainte déposée au nom de la société à Edimbourg avec adresse de notification en Suisse au sein de sa succursale. Quoi qu'il en soit, la recourante 2 a adressé un courrier, en date du 19 septembre 2012, au Ministère public afin de préciser que la plainte pénale du 7 juin 2012 était également déposée à son nom. Par conséquent, il convient de considérer que la plainte pénale a été déposée au nom de la recourante 2, société capable d'ester en justice. C'est d'ailleurs ce qu'a fait, à raison, le Ministère public dès lors qu'il a refusé la constitution de partie plaignante à « B._ Co et sa succursale de Lugano » (cf. ordonnance de non-entrée en matière et de refus de constitution de partie plaignante du 13 novembre 2012). La plainte pénale ayant été déposée au nom de la recourante 2, il convient d'examiner si cette dernière est bien lésée par les infractions en cause.
4.3. La recourante 2 soutient qu'elle aurait été amenée, par l'intimé, à conclure des contrats de vente à un prix inférieur à celui du marché, la différence entre le prix du marché, payé par la société norvégienne acheteuse, et le montant accepté par la recourante 2 constituant la commission indûment touchée par l'intimé. Le dommage subi par la recourante 2 résulterait de l'allocation d'une partie du prix payé par la société norvégienne à l'intimé sous forme de commission, alors qu'il aurait dû revenir de plein droit à la recourante 2.
4.4. L'état de fait, tel qu'il ressort de l'arrêt entrepris, ne permet pas de savoir si la cour cantonale a retenu que la commission versée à l'intimé venait en sus du prix du marché ou en déduction de celui-ci. Quoi qu'il en soit, il n'est pas déterminant, à ce stade, de connaître cet élément. En effet, l'examen doit se faire sous l'angle des allégations de la partie qui se prétend lésée (cf. supra consid. 2.1). A cet égard, la recourante 2 soutient que l'entier du prix (soit le prix accepté par cette dernière augmenté de la commission touchée par l'intimé) aurait dû lui revenir de plein droit. Or, la société norvégienne a bien accepté d'acheter l'acier au prix versé à la recourante 2 augmenté de la commission versée à l'intimé. Au vu du succinct état de fait figurant dans la décision entreprise, faits qui n'ont d'ailleurs pas été définitivement arrêtés à ce stade, il n'est pas exclu que, comme le soutient la recourante 2, la société norvégienne aurait reversé l'entier du montant qu'elle a payé pour l'acquisition de l'acier (prix versé à la recourante 2 + commission) à la recourante 2 si l'intimé n'avait pas touché la commission. Par conséquent, la recourante 2 pourrait avoir subi un dommage du fait de la non-augmentation de son actif. Ce dommage serait directement lié au comportement reproché à l'intimé par la recourante 2, c'est-à-dire de l'avoir astucieusement amenée à accepter un prix de vente inférieur au prix réellement convenu avec l'acheteur.
Au stade de l'examen de la qualité de lésé, il faut se fonder sur les allégués de la recourante 2, afin de lui permettre de défendre sa position et de participer à la suite de l'instruction. Sa qualité de partie plaignante doit ainsi être reconnue en relation avec l'éventuelle infraction d'escroquerie reprochée. S'agissant du blanchiment, il concernerait des valeurs patrimoniales provenant de l'infraction d'escroquerie, c'est-à-dire d'actes délictueux contre les intérêts de la recourante 2. A ce titre et selon la jurisprudence (cf. surpa consid. 2.2.3), la qualité de partie plaignante doit, à ce stade, être reconnue à la recourante 2 en relation avec l'infraction de blanchiment reprochée. Quant au faux dans les titres, les faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt cantonal ne permettent pas de se prononcer. Toutefois, dans la mesure où la recourante 2 prétend que l'intimé aurait fait usage de faux dans le cadre de l'escroquerie dont elle aurait été victime (cf. jurisprudence citée supra consid. 2.2.2), il convient, à ce stade et au vu du peu d'éléments de faits à disposition, de reconnaître également sa qualité de partie plaignante pour cette infraction.
4.5. Au vu de ce qui précède, la qualité de partie plaignante doit être reconnue à la recourante 2 cependant que la recourante 1 n'en remplit pas les conditions. Il incombera à la cour cantonale, à qui la cause est renvoyée, d'annuler la décision de première instance et de renvoyer le dossier au Ministère public à qui il appartiendra de garantir le respect des droits procéduraux découlant de la qualité de partie plaignante de la recourante 2.
5.
Vu le sort des recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par les recourantes qui deviennent sans objet. Il convient toutefois, par économie de procédure, de relever ce qui suit s'agissant du for de la poursuite en Suisse en ce qui concerne l'infraction d'escroquerie, étant précisé que la cour cantonale a relevé que le Ministère public avait implicitement admis la compétence répressive de la Suisse pour poursuivre d'éventuels faux dans les titres et actes de blanchiment (cf. arrêt entrepris consid. 2 in fine).
5.1. En vertu de l'<ref-law>, le code pénal est applicable à quiconque commet un crime ou un délit en Suisse. Conformément à cette disposition, la Suisse revendique la compétence de ses tribunaux en cas d'infraction commise sur son territoire (<ref-ruling> consid. 2 p. 146). Aux termes de l'<ref-law> (art. 7 aCP), un acte est réputé commis tant au lieu où l'auteur a agi ou aurait dû agir qu'au lieu où le résultat s'est produit.
Afin d'éviter des conflits de compétence négatifs, il convient en principe dans le cadre de problématiques internationales d'admettre la compétence des autorités pénales suisses, même en l'absence de lien étroit avec la Suisse. A été jugé suffisant le fait que l'argent obtenu à l'étranger par le biais d'une escroquerie soit crédité sur un compte ouvert dans un établissement bancaire suisse (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 177 et les références citées) ou le fait qu'un compte ouvert en Suisse appartenant à une société ayant son siège en Suisse ne soit pas, à la suite d'une escroquerie, crédité des actifs convenus (<ref-ruling> consid. 3d p. 245).
5.2. Les faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt cantonal ne permettent pas de trancher la question du for de la poursuite s'agissant de l'infraction d'escroquerie. Toutefois, il semble ressortir de ceux-ci que les commissions prétendument indues, soit l'enrichissement résultant de l'escroquerie reprochée, ont été versées sur un compte en Suisse. De plus, le prix de vente de l'acier était, selon la recourante 2, versé sur son compte en Suisse. Par conséquent, le résultat consistant en la non-augmentation de ses actifs se serait produit en Suisse, tout comme l'enrichissement. Si ces faits s'avéraient établis, il appartiendra à la cour cantonale de tenir compte de la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 5.1), le cas échéant, lors du réexamen de la compétence à raison du lieu des autorités suisses.
6.
La recourante 2 obtient gain de cause. Elle ne supporte pas de frais (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Elle peut prétendre à de pleins dépens à la charge, pour moitié chacun, d'une part du canton de Genève, d'autre part de l'intimé (<ref-law>), qui devra également supporter une part des frais (<ref-law>).
Le recours de la recourante 1 doit être rejeté. Les frais y relatifs sont mis à la charge de la recourante 1 qui succombe (<ref-law>), de même qu'une indemnité de dépens allouée à l'intimé qui obtient gain de cause.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours de B._ Company est admis, l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il concerne celle-ci et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Le recours de A._ Ltd est rejeté.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge de la recourante A._ Ltd et de l'intimé X._, par moitié chacun.
4.
Une indemnité de dépens de 3000 fr. est allouée à B._ Company, à la charge de X._ et de l'Etat de Genève, par moitié chacun.
5.
Une indemnité de dépens de 1500 fr. est allouée à X._, à la charge de A._ Ltd.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 24 février 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet