Sachverhalt:
A.
Mit Baugesuch vom 31. Juli/3. August 2012 beantragte X._ die Erteilung einer Baubewilligung für den Abbruch des bestehenden Wohnhauses und den Neubau eines Mehrfamilienhauses mit 7 Wohnungen auf Parzelle Nr. 790 in Disentis/Mustér.
Gegen das Gesuch erhob die Helvetia Nostra Einsprache. Am 3. Dezember 2012 trat der Gemeindevorstand von Disentis/Mustér auf die Einsprache mangels Legitimation nicht ein und auferlegte der Einsprecherin Verfahrenskosten von Fr. 650.--.
Dagegen erhob die Helvetia Nostra am 3. Januar 2013 Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerde am 15. Januar 2013 ab; dabei ging es davon aus, dass die Baubewilligung bereits erteilt worden sei.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid erhob die Helvetia Nostra am 18. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtllichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Sie beantragte, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zum Entscheid im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen. Eventualiter sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts dahingehend abzuändern, dass die dem Projekt von X._ in Disentis/Mustér erteilte Baubewilligung aufgehoben werde.
B.
Mit Verfügung vom 20. März 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt. Das Verfahren wurde bis zum Vorliegen eines Grundsatzentscheids des Bundesgerichts zur Frage der Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra und der Anwendbarkeit von <ref-law> und <ref-law> sistiert.
C.
Am 22. Mai 2013 fällte das Bundesgericht die ersten Leitentscheide: Es bejahte die Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra (<ref-ruling>) sowie die direkte Anwendbarkeit von <ref-law> und <ref-law> ab dem 11. März 2012 (<ref-ruling> und 263).
Mit Verfügung vom 1. Juli 2013 wurde das Verfahren wieder aufgenommen.
D.
Am 15. August 2013 teilte X._ mit, dass er sich am Beschwerdeverfahren nicht beteiligen wolle, weil die Gemeinde sein Baugesuch nicht bewilligt habe, sondern ihm im Gegenteil mitgeteilt habe, dass es in der vorgelegten Form nicht bewilligungsfähig sei. Er habe daher kein Interesse am Ausgang des Verfahrens und gehe davon aus, dass ihm auch keine Kosten überbunden würden.
Mit Schreiben vom 6. September 2013 bestätigte die Gemeinde Disentis/Mustér, dass sie das Baugesuch nicht bewilligt, aber auch nicht abgewiesen habe. Der Gemeindevorstand habe X._ am 11. März 2013 mitgeteilt, dass er aufgrund der zwischenzeitlich eingeholten Überbauungsstudie zwei Möglichkeiten sehe, um auf der Parzelle 790 einen Neubau zu realisieren, nämlich einerseits die Durchführung eines Arealplanverfahrens und andererseits die Projektrealisierung aufgrund eines überarbeiteten Projekts. Am 24. März 2013 habe X._ geantwortet, dass die Durchführung eines Arealplanverfahrens für ihn keine Option sei, und er ein neues Projekt gemäss Baugesetz ausarbeiten wolle. Daraufhin habe der Gemeindevorstand mit Schreiben vom 11. April 2013 festgehalten, dass das bereits eingereichte Projekt vorläufig sistiert bleibe.

Erwägungen:
1.
Die Plafonierung des Zweitwohnungsbaus gemäss <ref-law> stellt eine Bundesaufgabe dar, die der Schonung der Natur und des heimatlichen Landschaftsbildes dient. Die nach Art. 12 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) beschwerdebefugten Organisationen im Bereich des Natur- und Heimatschutzes - zu denen auch die Helvetia Nostra gehört - können daher Baubewilligungen wegen Verletzung von <ref-law> und seiner Übergangs- und Ausführungsbestimmungen anfechten (<ref-ruling> E. 11 S. 276 ff.)
Das Verwaltungsgericht Graubünden hat demnach (wie die Gemeinde) die Einsprachebefugnis der Beschwerdeführerin zu Unrecht verneint. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts und die Nichteintretensverfügung der Gemeinde Disentis/Mustér vom 3. Dezember 2012 sind daher aufzuheben. Da das Baubewilligungsverfahren noch auf Ebene der Gemeinde hängig ist, ist die Sache an die Gemeinde Disentis/Mustér zurückzuweisen. Sollte X._ ein modifiziertes Baugesuch einreichen, müsste der Helvetia Nostra im Einspracheverfahren dazu das rechtliche Gehör gewährt werden.
2.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt die Helvetia Nostra. Die Angelegenheit ist zur Neuverlegung der Kosten des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Vor Bundesgericht ist auf die Kostenerhebung zu verzichten (<ref-law>).
Da die Beschwerdeführerin weder vor Bundesgericht noch vor Verwaltungsgericht anwaltlich vertreten war, hat sie praxisgemäss keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 15. Januar 2013 und die Verfügung des Gemeindevorstands Disentis/Mustér vom 3. Dezember 2012 werden aufgehoben. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahrens an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2.
Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Disentis/Mustér und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. September 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Die Gerichtsschreiberin: Gerber