Sachverhalt:
A. R._, geboren 1952, ist gelernter Maurer und verfügt über eine Zusatzausbildung als Hochbaupolier. Zufolge von Skiunfällen in den Jahren 1975 und 1977 leidet er an Kniebeschwerden. Später klagte er auch über Rückenschmerzen sowie Konzentrations- und Aufmerksamkeitsstörungen. Auf Anmeldung vom 2. April 1982 gewährte ihm die Invalidenversicherung u.a. berufliche Eingliederungsmassnahmen in Form einer Umschulung im kaufmännischen Bereich. Mit Wirkung ab 1. November 1985 wurde ihm eine halbe und ab 1. September 1987 eine ganze Rente zugesprochen (Verfügungen vom 23. Juli 1987 und 30. März 1990). In den Jahren 1990 und 1991 liess sich R._ zum Naturheilpraktiker ausbilden und nahm anfangs 1992 eine eigene Praxistätigkeit auf. Die IV-Stelle des Kantons Aargau, welche mit Verfügung vom 22. April 1991 das Begehren um Kostenübernahme der beruflichen Neuausbildung abgelehnt hatte, bestätigte am 11. Oktober 1993 und 18. September 1996 die Weitergewährung der bisherigen ganzen Rente. Am 10. Juli 2000 teilte der Versicherte der IV-Stelle mit, er habe die Praxis aus gesundheitlichen Gründen per 31. Dezember 1999 aufgegeben, sei nach der Trennung von der Ehefrau nach Deutschland gezogen, wo er indessen keine Berufsausübungsbewilligung erhalten habe. Er sei deshalb in die Schweiz zurückgekehrt, um eine neue Praxistätigkeit aufzunehmen. Die IV-Stelle des Kantons Aargau bestätigte am 22. September 2000 die Weiterausrichtung der bisherigen Rente und überwies die Akten der nunmehr zuständigen IV-Stelle Zug. Diese holte Steuer- und Geschäftsunterlagen ein und ordnete eine neuropsychologische Untersuchung durch Lic. phil. H._ sowie ein rheumatologisches Gutachten durch Dr. med. M._ an. Gestützt auf die Abklärungsergebnisse ermittelte sie einen Invaliditätsgrad von 53%. Am 5. November 2004 verfügte die IV-Stelle die Herabsetzung der bisherigen ganzen auf eine halbe Rente mit Wirkung ab 1. Januar 2005. Die gegen diese Verfügung erhobene Einsprache wies sie gestützt auf eine Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) der Invalidenversicherung ab (Einspracheentscheid vom 10. November 2005).
B. R._ liess gegen den Einspracheentscheid Beschwerde erheben und beantragen, in Aufhebung des Entscheids sei ihm weiterhin eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache zu ergänzender Abklärung und Neubeurteilung an die Verwaltung zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht verlangte er, es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen und es sei ihm für das Beschwerdeverfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.
Mit Verfügungen vom 17. Januar und 1. März 2006 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zug die prozessualen Begehren ab. Mit Entscheid vom 30. November 2006 erkannte es auf Abweisung der Beschwerde.
C. R._ lässt Beschwerde an das Bundesgericht führen und das materielle Rechtsbegehren erneuern. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung für das letztinstanzliche Verfahren.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zug und die IV-Stelle Zug lassen sich mit dem Antrag auf Abweisung der Beschwerde vernehmen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf Vernehmlassung.
D. Mit Entscheid vom 4. Juli 2007 hat die I. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts das Begehren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung abgewiesen und dem Beschwerdeführer Frist zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 500.- innert 14 Tagen ab Zustellung dieses Entscheids gesetzt. Der Beschwerdeführer ist dieser Aufforderung fristgerecht nachgekommen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Juli 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Gerichtsentscheid vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 395). Die eingereichte öffentlich-rechtliche Beschwerde ist als Verwaltungsgerichtsbeschwerde (Art. 97 ff. OG) zu behandeln.
2. 2.1 Nach Art. 132 Abs. 1 OG in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG (in Kraft seit 1. Juli 2006) kann das Bundesgericht in Verfahren um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen in Abweichung von den Art. 104 und 105 OG auch die Unangemessenheit der angefochtenen Verfügung beurteilen und ist an die vorinstanzliche Feststellung des Sachverhalts nicht gebunden. Gemäss Art. 132 Abs. 2 OG gelten diese Abweichungen nicht, wenn der angefochtene Entscheid Leistungen der Invalidenversicherung betrifft. Nach Ziff. II lit. c des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 gilt indessen bisheriges Recht für die im Zeitpunkt des Inkrafttretens der Änderung beim Gericht hängigen Beschwerden. Da die hier zu beurteilende Beschwerde erst nach dem 1. Juli 2006 eingereicht wurde, richtet sich die Kognition nach den neuen Bestimmungen. Zudem ist das Verfahren kostenpflichtig (Art. 134 Satz 2 OG in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes betreffend Änderung des IVG vom 16. Dezember 2005; AS 2006 2003).
2.2 Ist die neue Kognitionsregelung für die Invalidenversicherung intertemporalrechtlich anwendbar, so ist aufgrund der Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a OG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 105 Abs. 2 OG). Hingegen hat eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht (alt Art. 132 lit. b OG) ebenso zu unterbleiben wie eine Prüfung der Ermessensbetätigung (alt Art. 132 lit. a OG) nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle. Auch besteht (entgegen alt Art. 132 lit. c OG) Bindung an die Parteibegehren.
2.3 Zur Abgrenzung zwischen Tat- und Rechtsfragen hat das Eidgenössische Versicherungsgericht in <ref-ruling> ff. nähere Ausführungen gemacht. Darauf kann verwiesen werden.
3. Streitig ist zunächst, ob eine für die revisionsweise Herabsetzung der laufenden Rente relevante Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen eingetreten ist.
3.1 Anlass zur Rentenrevision nach alt <ref-law> und <ref-law> gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen. Die Invalidenrente ist somit nicht nur bei einer wesentlichen Veränderung des Gesundheitszustandes, sondern auch dann revidierbar, wenn sich die erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitsschadens erheblich verändert haben (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349 mit Hinweisen). Die Frage der wesentlichen Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen beurteilt sich durch Vergleich des Sachverhalts, wie er im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung bestanden hat, mit demjenigen zur Zeit der streitigen Revisionsverfügung (<ref-ruling> E. 3.5.2 S. 351 mit Hinweisen). Einer Verfügung, welche die ursprüngliche Verfügung bloss bestätigt, kommt dabei keine Rechtserheblichkeit zu (<ref-ruling> E. 4a S. 265; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 75).
3.2 Die am 30. März 1990 erfolgte Zusprechung einer ganzen Rente ab 1. September 1987 erfolgte laut Begründungsblatt zur Verfügung wegen einer Verschlechterung des Gesundheitszustandes und einer Verminderung des Erwerbseinkommens. Den Akten ist zu entnehmen, dass der Versicherte am 25. Februar 1988 eine Stelle als Aushilfskraft bei der Bauverwaltung der Gemeinde X._ angetreten hatte, wobei die tägliche Arbeitszeit aus gesundheitlichen Gründen auf drei Stunden festgesetzt worden war. Im Jahr 1989 bezog er einen Lohn von rund Fr. 21'000.-. Das Arbeitsverhältnis wurde von der Arbeitgeberin aus betriebsorganisatorischen Gründen per 30. April 1990 aufgelöst. Im März 1990 nahm der Versicherte die Ausbildung zum Naturheilpraktiker auf und war ab 1992 selbständig in dieser Eigenschaft tätig. Seinen Angaben zufolge arbeitete er während drei bis fünf Stunden im Tag. In den Fragebogen Rentenrevision gab er Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 15'538.95 (1992), Fr. 46'782.90 (1993), Fr. 43'335.- (1997), Fr. 70'401.- (1998), Fr. 43'887.50 (2001) und Fr. 49'076.32 (2002) an. Für die Jahre 1995 und 1996 wies er Verluste von Fr. 8'284.35 bzw. Fr. 26'544.50 aus. Im Jahr 2003 kam es erneut zu einem Verlust in Höhe von Fr. 6'104.19, nachdem der Beschwerdeführer aus der Naturärzte-Vereinigung der Schweiz (NVS) ausgeschlossen worden war mit der Folge, dass die Kosten seiner Behandlungen von den Krankenkassen nicht mehr übernommen wurden. Den Gesundheitszustand bezeichnete der Versicherte anlässlich der Rentenrevision vom Herbst 1993 als "zeitweise verbessert", in den späteren Revisionsverfahren als "gleich geblieben". Die Frage nach ärztlichen Behandlungen beantwortete er durchwegs mit "Selbstbehandlung". Wenn die Vorinstanz bei dieser Sachlage zum Schluss gelangt ist, es liege eine anspruchsbeeinflussende Änderung der tatsächlichen Verhältnisse vor, welche zu einer revisionsweisen Überprüfung des Rentenanspruchs Anlass gab, so beruht dies weder auf einer mangelhaften Feststellung des relevanten Sachverhalts noch sonstwie auf einer Verletzung von Bundesrecht. Die Arztberichte sprechen dafür, dass wenn auch nicht in neuropsychologischer, so doch in rheumatologischer Hinsicht eine Besserung des Gesundheitszustandes eingetreten ist. Selbst wenn sich der Gesundheitszustand nicht erheblich gebessert haben sollte, liegt jedenfalls eine erhebliche Änderung in den erwerblichen Verhältnissen vor, was auch vom Beschwerdeführer anerkannt wird.
4. Streitig ist des Weiteren, in welchem Mass der Beschwerdeführer in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt ist.
4.1 Die Vorinstanz ist aufgrund der medizinischen Akten davon ausgegangen, dass der Beschwerdeführer aus rheumatologischer Sicht zu 50% und aus neuropsychologischer Sicht zu einem Drittel arbeitsunfähig ist. Unter Hinweis darauf, dass der Neuropsychologe in der Tätigkeit als Naturheilpraktiker Kompensationsmöglichkeiten sah und der Beschwerdeführer als Selbständigerwerbender seinen Arbeitsrhythmus selbst bestimmen kann, sowie unter Berücksichtigung des Umstandes, dass keine bleibende psychische Erkrankung vorliegt, ist sie zum Schluss gelangt, dass kein Anlass zur Annahme einer über die rheumatologisch bedingte Einschränkung von 50% hinausgehenden Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit besteht.
4.2 Der Beschwerdeführer bringt gegen die für das Bundesgericht im Rahmen der eingeschränkten Kognition von Art. 132 Abs. 2 OG verbindlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 397 mit Hinweisen) nichts Stichhaltiges vor. Es trifft insbesondere nicht zu, dass es an einer ganzheitlichen und unter Berücksichtigung der konkreten Umstände sowie des allgemeinen Arbeitsmarktes erfolgten Beurteilung der Arbeitsfähigkeit fehlt. Abgesehen davon, dass die Gesamtarbeitsunfähigkeit nicht notwendigerweise der Summe der einzelnen Arbeitsunfähigkeiten entspricht, bestehen keine Anhaltspunkte dafür, dass sich die als leicht bis mittelschwer beurteilten neuropsychologischen Störungen auch im Rahmen einer reduzierten Erwerbstätigkeit zusätzlich auf die Arbeitsfähigkeit auswirken. Im neuropsychologischen Untersuchungsbericht wird eine Erwerbstätigkeit als Naturheilpraktiker in dem vom Versicherten angegebenen Umfang (von 4 - 8 Stunden täglich) als möglich und zumutbar bezeichnet. In der Beschwerde räumt der Beschwerdeführer denn auch ein, dass ihn die neuropsychologischen Störungen bei der Tätigkeit als Naturheilpraktiker (namentlich mit den Methoden der Radiästhesie und der Pathophysiognomik) nicht beeinträchtigten. Er macht lediglich geltend, dies treffe für andere Tätigkeiten insbesondere im kaufmännischen Bereich nicht zu. Im Untersuchungsbericht des Lic.phil H._ vom 11. März 2004 wird indessen ausdrücklich festgehalten, dass dem Versicherten aus neuropsychologischer Sicht auch eine kaufmännische Tätigkeit, wie er sie früher ausgeübt habe, möglich und zumutbar wäre, auch wenn eine Verwertung der Arbeitsfähigkeit in einer solchen Tätigkeit mangels entsprechender Berufserfahrung als wenig wahrscheinlich erscheine. Das Gleiche gilt aus rheumatologischer Sicht. Auch wenn sich das Gutachten vom 7. Mai 2004 nicht streng an die spezifische Fragestellung der IV-Stelle hielt, geht daraus doch klar hervor, dass sich die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit grundsätzlich auf jede der gesundheitlichen Beeinträchtigung angepasste Tätigkeit bezieht. Es verstösst daher nicht gegen Bundesrecht noch beruht es auf einer mangelhaften Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts, wenn die Vorinstanz von einer Arbeitsunfähigkeit von insgesamt 50% sowohl in der bisherigen Tätigkeit als Naturheilpraktiker als auch in einer angepassten anderen Tätigkeit ausgegangen ist.
5. Streitig ist schliesslich der für die Invaliditätsbemessung massgebende Einkommensvergleich (<ref-law>).
5.1 Die Verwaltung hat das hypothetische Einkommen ohne die Invalidität (Valideneinkommen) im Hinblick darauf, dass der Versicherte ursprünglich als Maurer-Polier tätig war, anhand der Tabellenlöhne der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE), Sektor Bauhauptgewerbe, Anforderungsniveau 1 + 2, für das Jahr 2004 auf Fr. 86'885.- festgesetzt. Wie schon im kantonalen Verfahren bringt der Beschwerdeführer hiegegen sinngemäss lediglich vor, bei der Festsetzung des Valideneinkommens seien auch berufliche Weiterentwicklungen zu berücksichtigen. Weshalb dieser Auffassung nicht gefolgt werden kann, hat die Vorinstanz in Erwägung 9.1 des angefochtenen Entscheids eingehend und zutreffend dargelegt. Diesen Erwägungen, auf welche verwiesen wird, ist nichts beizufügen.
5.2 Nicht gefolgt werden kann dem Beschwerdeführer auch, soweit er geltend macht, das hypothetische Einkommen, welches er trotz der Invalidität noch zu erzielen vermöchte (Invalideneinkommen) sei unter Annahme einer 50-prozentigen Tätigkeit auf höchstens Fr. 9'800.- im Jahr festzusetzen, weil durchschnittlich nicht mehr als drei Patienten im Monat bereit und in der Lage seien, die Behandlungskosten ohne Krankenkassendeckung zu bezahlen. Die wegen des Verlustes der Verbandszugehörigkeit und des damit verbundenen Rechts, Massnahmen zu Lasten der Krankenkassen durchzuführen, eingetretene Reduktion der Patientenzahl stellt eine invaliditätsfremde Tatsache dar, welche bei der Festsetzung des Invalideneinkommens unberücksichtigt zu bleiben hat. Im Übrigen stehen dem Beschwerdeführer in gesundheitlicher Hinsicht auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt zumutbarerweise andere Tätigkeiten offen, zumal er zu Lasten der Invalidenversicherung auf eine kaufmännische Tätigkeit umgeschult worden ist. Im Hinblick darauf, dass ihm die bisherige Tätigkeit als Heilpraktiker aus medizinischer Sicht weiterhin zu 50% zumutbar ist, diesbezüglich aber keine zuverlässigen Zahlen vorliegen, ist nicht zu beanstanden, dass die Verwaltung auch für die Festsetzung des Invalideneinkommens auf die statistischen Löhne der LSE abgestellt hat. Sie ist dabei vom Tabellenlohn für das Gesundheits- und Sozialwesen, Anforderungsniveau 1 + 2, ausgegangen und hat unter Berücksichtigung einer Arbeitsfähigkeit von 50% sowie eines sogenannten Leidensabzugs von 10% ein hypothetisches Einkommen von Fr. 41'155.- ermittelt. Der Beschwerdeführer bringt auch in diesem Punkt nichts Konkretes vor, weshalb sich weitere Ausführungen erübrigen. Es muss daher bei der Feststellung bleiben, dass die Invaliditätsbemessung mit 53% und die Rentenherabsetzung per 1. Januar 2005 zu Recht bestehen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 28. September 2007
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
i.V.