Sachverhalt:
A. Die 1949 geborene C._ war seit 1972 in der Gemeinde X._ als Primarlehrerin angestellt. Am 25. Juni 1999 erlitt sie eine Subarachnoidalblutung. Mit Verfügung vom 6. September 2000 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Luzern wegen Hirnfunktionsstörungen eine halbe Rente der Invalidenversicherung bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 51 % zu. Nachdem eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes geltend gemacht worden war, erstattete lic. phil. H._, Fachpsychologe für Neuropsychologie, am 14. Januar 2005 im Auftrag der IV-Stelle ein neuropsychologisches Gutachten. Mit Verfügungen vom 19. Mai und 3. Juni 2005 sprach die IV-Stelle C._ bei einem Invaliditätsgrad von 65 % eine Dreiviertelsrente zu. Nachdem sie bei der Neurologischen Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals Y._ am 3. November 2006 ein weiteres neurologisch-neuropsychologisches Gutachten eingeholt hatte, hielt sie mit Einspracheentscheid vom 31. August 2007 an ihrer Verfügung fest.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 13. Mai 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt C._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung einer ganzen IV-Rente beantragen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Im vorinstanzlichen Entscheid werden nebst den Grundsätzen zur zeitlichen Grenze der gerichtlichen Überprüfungsbefugnis und den intertemporalrechtlichen Grundsätzen, die gesetzlichen Bestimmungen zur Rentenanpassung (<ref-law>), die Voraussetzungen und der Umfang des Rentenanspruchs (aArt. 28 Abs. 1 IVG) sowie die unterschiedlichen Methoden der Invaliditätsbemessung (aArt. 28 Abs. 2 IVG) zutreffend dargelegt.
3. Streitig und zu prüfen ist die Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit und die damit zusammenhängende Frage nach dem Umfang der Invalidenrente.
3.1 Während die Beschwerdegegnerin in ihrem Einspracheentscheid vom 31. August 2007 noch eine Tätigkeit als Lehrerin für Kleingruppen oder in einer Kleinklasse im Umfang von 16 Stunden pro Woche als zumutbar erachtete, ging die Vorinstanz im Entscheid vom 13. Mai 2009 gestützt auf das Gutachten der Neurologischen Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals Y._ von einer Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin von 50 % in einer leidensangepassten Tätigkeit aus. Diese lasse sich in schulnahen administrativen Bereichen verwerten, z.B. als Lektorin oder in einem Lehrmittelverlag. Eine Tätigkeit als Kleinklassenlehrerin sei wegen fehlender Ausbildung und eine Tätigkeit in einer Schulbibliothek wegen fehlenden Stellenangebots hingegen nicht mehr zumutbar.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung von Bundesrecht sowie die Verletzung von Verfassungsrechten durch die Vorinstanz. Sie macht im Wesentlichen geltend, der vorinstanzliche Entscheid verkenne in krasser Weise die Ergebnisse der eingeholten Gutachten und der allgemeinen Lebenserfahrung. Die vorhandenen Defizite seien mit den angegebenen Verweistätigkeiten nicht vereinbar. Die angenommenen Tätigkeiten bedingten eine Umschulung, wovon namentlich lic. phil. H._ abrate. Die Abklärungen der Beschwerdegegnerin hätten sich lediglich auf die Frage der Zumutbarkeit als Kleinklassenlehrerin konzentriert. Der Umschulungsaufwand in einen anderen Bereich sei nicht abgeklärt worden.
4. 4.1 Der neuropsychologische Gutachter lic. phil. H._ beurteilte die bisherige Tätigkeit als Primarlehrerin in seinem Gutachten vom 14. Januar 2005 unter bestimmten Einschränkungen noch während 16 Stunden pro Woche als zumutbar. In Bezug auf alternative Tätigkeiten sei darauf zu achten, dass die Beschwerdeführerin ihr vorhandenes Wissen weiterhin einsetzen und von ihrer bisherigen Berufserfahrung profitieren könne. Von einer Umschulung in einen gänzlich neuen Bereich sei abzuraten. In Frage kämen mit dem jetzigen Beruf verwandte Tätigkeiten wie z.B die Mitarbeit in einer Schulbibliothek / -videothek, in der Schuladministration, in einem Verlag für Lehrmittel etc. Möglich wären ferner Stützunterricht, Einzelunterricht und Unterricht in Kleingruppen. Solche Tätigkeiten seien besser geeignet als die Tätigkeit als Primarlehrerin in einer regulären Schulklasse, weil von der Anforderungssituation her die Belastungen geringer seien und teilweise eine bessere Anpassung an die bestehenden Schwierigkeiten möglich sei.
4.2 Der Regionale Ärztliche Dienst (RAD) der Beschwerdegegnerin stellte bei einem Triagegespräch am 19. Juli 2006 aus fachärztlicher Sicht gute psychische Ressourcen fest und veranlasste hierauf bei der Neurologischen Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals Y._ ein neurologisch-neuropsychologisches Gutachten. In diesem gaben die Ärzte am 3. November 2006 an, als Folgen der Subarachnoidalblutung vom Juni 1999 bestünden noch subjektive Einbussen in den Bereichen Konzentration und Leistungsfähigkeit sowie Kopfschmerzen. Die neuropsychologische Untersuchung zeige ein verlangsamtes Arbeitstempo, eine verminderte Fehlerkontrolle und eine leichte Schwäche des figuralen Gedächtnisses. Diese neuropsychologischen Defizite seien im Vergleich zur neuropsychologischen Untersuchung durch lic. phil. H._ vom Januar 2006 verbessert. Auf das Ausmass der Beschwerden und Befunde dürften zusätzliche Schmerzinterferenzen im Rahmen der chronischen Kopfschmerzen mitursächlich sein. Anhaltspunkte für massgebliche interagierende psycho-reaktive Faktoren ergäben sich nicht. Auf die Frage nach der Leistungsfähigkeit der Beschwerdeführerin in ihrem angestammten Beruf oder einer anderen behinderungsangepassten Tätigkeit berichteten die Gutachter, die neuropsychologischen Defizite führten zu einer verminderten Leistungsfähigkeit und Belastbarkeit im angestammten Beruf als Primarlehrerin. Des weiteren interferiere die verminderte Aufmerksamkeit mit der Aufsichtspflicht über Kinder in diesem Beruf, sodass eine Tätigkeit als Primarlehrerin nicht mehr realistisch sei. Ein 50 % Pensum (idealerweise halbtags) sei z.B. in Tätigkeitsbereichen wie Nachhilfeunterricht für lernschwache Kinder oder Führen der Schulbibliothek realistisch.
5. 5.1 Das trotz der gesundheitlichen Beeinträchtigung zumutbarerweise erzielbare Einkommen ist bezogen auf einen ausgeglichenen Arbeitsmarkt zu ermitteln. Ein solcher ist gekennzeichnet durch ein gewisses Gleichgewicht zwischen Angebot und Nachfrage nach Arbeitskräften und weist einen Fächer verschiedenster Tätigkeiten auf und zwar sowohl bezüglich der dafür verlangten beruflichen und intellektuellen Voraussetzungen wie auch hinsichtlich des körperlichen Einsatzes (<ref-ruling> E. 4b S. 276; ZAK 1991 S. 321 E. 3b). Dabei ist nicht von realitätsfremden Einsatzmöglichkeiten auszugehen. Es können nur Vorkehren verlangt werden, die unter Berücksichtigung der gesamten objektiven und subjektiven Gegebenheiten des Einzelfalles zumutbar sind. Anderseits sind an die Konkretisierung von Arbeitsgelegenheiten und Verdienstaussichten keine übermässigen Anforderungen zu stellen (AHI 1998 S. 290 E. 3b; Urteil 9C_121/2008 vom 4. August 2008 E. 5.1).
5.2 Die von der Vorinstanz angenommenen Verweistätigkeiten im schulnahen administrativen Bereich finden ihre Stütze in den beiden eingeholten neuropsychologischen und neurologisch-neuropsychologischen Gutachten. Zwar konzentrierten sich die Abklärungen der Beschwerdegegnerin vorwiegend auf die Tätigkeit als Kleinklassenlehrerin, doch wurden in beiden Gutachten neben dem Beruf als Lehrerin auch alternative Tätigkeiten beurteilt. Aus fachlicher Sicht wurde die bisherige Tätigkeit als Primarlehrerin von lic. phil. H._ als weniger geeignet und von den Ärzten des Universitätsspitals Y._ als ungeeignet eingestuft, während jeweils schulnahe Tätigkeiten als zumutbar angesehen wurden. Die aus medizinischer Sicht zunächst ebenfalls noch als zumutbar beurteilte Tätigkeit als Kleinklassenlehrerin erachtete die Vorinstanz schliesslich wegen fehlender Zusatzausbildung der Beschwerdeführerin zu Recht als ungeeignet. Als nicht offensichtlich unrichtig erweist sich auch der Hinweis der Vorinstanz, als Verweistätigkeiten nicht mehr die der Beschwerdeführerin medizinisch grundsätzlich zumutbare Tätigkeit als Nachhilfelehrerin heranzuziehen bzw. dies offen zu lassen, nachdem die Beschwerdeführerin sich dagegen wehrte und eine Lehrertätigkeit von den Ärzten nicht mehr als ideal angesehen wurde. Ausdrücklich als zumutbar erwähnt werden von lic. phil. H._ jedoch Tätigkeiten in einem Lehrmittelverlag oder in der Schuladministration, wovon die Vorinstanz schliesslich ausging. Wenn in der Beschwerde zur Begründung einer fehlenden Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit auf die von den Gutachtern attestierte verminderte Leistungsfähigkeit hingewiesen wird, so übersieht die Beschwerdeführerin, dass eben gerade diese Fachpersonen - trotz der verminderten Leistungsfähigkeit - eine Arbeitsfähigkeit in alternativen Tätigkeiten teilzeitlich weiterhin als zumutbar erachteten, die Leistungsfähigkeit somit nicht soweit eingeschränkt ist, dass die Beschwerdeführerin überhaupt keiner Tätigkeit mehr nachgehen könnte. Zutreffend ist auch der Hinweis der Vorinstanz auf die umfangreichen Hobbys der Beschwerdeführerin (Hausarbeit, Walken, Aquafit, Kochen, Lesen, Gestaltung von Garten und Terrasse, Englischkurs), welche die Beurteilungen der Gutachter stützen. Eine eigentliche Umschulung bei der gut qualifizierten Beschwerdeführerin für schulnahe administrative Tätigkeit ist dabei nicht notwendig. Unbestritten ist, dass es auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt hinreichend Stellen im schulnahen administrativen Bereich gibt. Dass die Vorinstanz von der Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit von 50 % in einer schulnahen administrativen Tätigkeit ausgegangen ist, beruht somit jedenfalls weder auf einer offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts noch verstösst dies sonst wie gegen Bundesrecht. Die Beschwerde ist demgemäss abzuweisen.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegende Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Oktober 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner