Sachverhalt:
A. X._ wurde von Österreich den st. gallischen Behörden zugeführt und am 2. November 2007 in Untersuchungshaft versetzt. Die Haft wurde mehrmals verlängert. Das Kantonsgericht St. Gallen sprach ihn am 16. Juni 2009 des mehrfachen Raubes und mehrfachen Hausfriedensbruchs schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren. Mit Verfügung vom 9. September 2009 wurde X._ in den vorzeitigen Strafvollzug versetzt.
Mit Urteil vom 6. Januar 2010 hiess das Bundesgericht die Beschwerde in Strafsachen von X._ teilweise gut, hob das Urteil des Kantonsgerichts auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück.
B. X._ ersuchte mit Schreiben vom 17. Dezember 2009 um Haftentlassung. Der Haftrichter des Kreisgerichts See-Gaster hob den vorzeitigen Strafvollzug am 11. Januar 2010 auf und ordnete bis längstens 10. April 2010 Untersuchungshaft an.
In Folge des Bundesgerichtsurteils vom 6. Januar 2010 reichte X._ am 13. Januar 2010 erneut ein Haftentlassungsgesuch ein. Der Haftrichter wies dieses am 25. Januar 2010 ab.
Daraufhin erhob X._ bei der Anklagekammer des Kantons St. Gallen Rechtsverweigerungsbeschwerde mit dem Antrag um Entlassung aus der Haft. Die Anklagekammer wies die Beschwerde am 24. Februar 2010 ab, soweit darauf einzutreten war. Sie bejahte den hinreichenden Tatverdacht, die Fluchtgefahr und die Verhältnismässigkeit der Haft.
C. Gegen diesen Entscheid der Anklagekammer hat X._ beim Bundesgericht am 31. März 2010 Beschwerde erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Entlassung aus der Haft. Er hält die Aufrechterhaltung der Haft als unverhältnismässig und verneint Fluchtgefahr, nachdem er im letzten Herbst in den vorzeitigen Strafvollzug versetzt worden ist.
Staatsanwaltschaft und Anklagekammer haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Haftrichter hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> ist zulässig. Die Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Es ist im entsprechenden Sachzusammenhang zu prüfen, ob die Beschwerdeschrift den Begründungsanforderungen nach Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG genügt.
2. Nach Art. 113 des Strafprozessgesetzes des Kantons St. Gallen (StP) kann Untersuchungshaft angeordnet oder aufrecht erhalten werden, wenn der Angeschuldigte dringend eines Verbrechens oder Vergehens verdächtig ist und soweit u.a. Fluchtgefahr angenommen werden darf und die Haft als verhältnismässig bezeichnet werden kann. Der Beschwerdeführer bestreitet das Vorliegen dieser Voraussetzungen.
2.1 Als Erstes macht der Beschwerdeführer geltend, die Anklagekammer habe in Missachtung der Unschuldsvermutung angenommen, die vom Bundesgericht verlangten zusätzlichen Beweisabklärungen würden im Schuld- und Strafpunkt nicht ohne Weiteres zu einer Entlastung führen. Die Auffassung der Anklagekammer trifft vor dem Hintergrund des Bundesgerichtsurteils vom 6. Januar 2010 tatsächlich zu. Es ist nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz damit die Unschuldsvermutung gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verletzt und den erforderlichen Tatverdacht in willkürlicher Beweiswürdigung bejaht hätte.
2.2 Weiter zieht der Beschwerdeführer das Vorliegen von Fluchtgefahr in Frage. Hierfür müssen konkret Gründe dargetan werden, die eine Flucht nicht nur als möglich, sondern als wahrscheinlich erscheinen lassen (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 3d S. 36; <ref-ruling> E. 4a S. 70; <ref-ruling> E. 5 S. 6; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den zahlreichen Erwägungen der Anklagekammer zur Fluchtgefahr nicht auseinander. Diese erwähnte insbesondere den fehlenden Wohnsitz in der Schweiz, den Wohnsitz der (geschiedenen) Ehefrau und des gemeinsamen Kindes im Ausland, die bekundete Absicht auszureisen, die empfindliche zu erwartende Freiheitsstrafe und den Umstand, dass keine Gewähr für eine Rückkehr in die Schweiz bestehe. Der Beschwerdeführer beschränkt sich auf den Hinweis, dass er bei Vorliegen von Fluchtgefahr nicht in den vorzeitigen Strafvollzug hätte versetzt werden dürfen. Überdies kritisiert er die kantonale Praxis, wonach ein Haftentlassungsgesuch zum Widerruf des vorzeitigen Strafvollzuges und zu einer Rückversetzung in die Untersuchungshaft führe. Diese beiden Punkte sind nicht geeignet, die Fluchtgefahr in Zweifel zu ziehen. In dieser Hinsicht ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.3 Im angefochtenen Entscheid wird eingehend ausgeführt, dass auch Ersatzmassnahmen die bejahte Fluchtgefahr nicht zu bannen vermöchten. Der Beschwerdeführer bestreitet dies, gibt dazu aber keinerlei Begründung ab.
2.4 Schliesslich legt der Beschwerdeführer auch hinsichtlich der Verhältnismässigkeit der Haft nicht dar, inwiefern die Aufrechterhaltung Verfassungsrecht verletzen sollte.
3. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht. Diese kann nach <ref-law> gewährt werden, soweit die Beschwerdesache nicht aussichtslos ist und der Beschwerdeführer auf einen Rechtsbeistand angewiesen ist. Die vorstehenden Erwägungen haben gezeigt, dass die Beschwerde als aussichtslos zu bezeichnen ist. Demnach ist das Ersuchen abzuweisen. Es rechtfertigt sich indes, auf Kosten zu verzichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kreisgericht See-Gaster sowie der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Untersuchungsamt Uznach, und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann