Sachverhalt:
A. Mit dem Bundesgesetz über die Rüstungsbetriebe des Bundes vom 10. Oktober 1997 (BGRB; SR 934.21) wurde die Rechtsgrundlage für die Überführung der vormaligen Rüstungsunternehmen von unselbständigen öffentlich-rechtlichen Anstalten in Aktiengesellschaften des privaten Rechts geschaffen. Die Überführung in die neue Rechtsform wurde mit Stichtag 1. Januar 1999 vollzogen, indem der Bund sämtliche Aktiven und Passiven sowie Rechte und Verpflichtungen der bisherigen Rüstungsunternehmen mittels Sacheinlage in die vorher zu diesem Zweck gegründeten Aktiengesellschaften einbrachte. Anschliessend wurden die Aktien in die ebenfalls neu gegründete RUAG Schweiz AG (heute RUAG Holding) eingebracht. Der neue Konzern umfasste damit nebst der Holdinggesellschaft im Wesentlichen die vier operativen Unternehmungen SE Schweizerische Elektronikunternehmung AG, SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG, SM Schweizerische Munitionsunternehmung AG und SW Schweizerische Unternehmung für Waffensysteme AG.
Die erforderlichen Massnahmen wurden rückwirkend mit Bundesratsbeschluss vom 26. Mai 1999 getroffen. Dieser Beschluss enthält auch die Genehmigung der Eröffnungsbilanz der neuen Firmengruppe per 1. Januar 1999, welche erstmals nach den Schweizer Fachempfehlungen zur Rechnungslegung (FER) erstellt wurde.
Für den Konzernabschluss wechselte die RUAG Gruppe im Jahre 1999 zum Rechnungslegungsstandard nach Swiss GAAP FER (Swiss Generally Accepted Accounting Principles / Fachempfehlung zur Rechnungslegung) und im Jahre 2001 zu den International Financial Reporting Standards (IFRS).
B. Die SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG übernahm per 1. Januar 1999 den Betrieb des ehemaligen Flugzeugwerks Emmen mit den Betriebsstätten in der Schweiz. Als ehemaliger Rüstungsbetrieb des Bundes war das Flugzeugwerk Emmen von der Steuer befreit. Mit der Aufnahme der Geschäftstätigkeit wurde die neu gegründete Gesellschaft steuerpflichtig.
In der Eröffnungsbilanz nach Handelsrecht und nach FER per 1. Januar 1999 war eine Rückstellung von Fr. _ für Sozialplankosten zu Gunsten des überführten Personals enthalten.
Im Hinblick auf den Konzernabschluss nach Swiss GAAP FER per 31. Dezember 1999 musste die SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG die Rückstellung für die Sozialplankosten nach Handelsrecht von Fr. _ um Fr. _ auf Fr. _ kürzen. Im Übergang zur Konzernrechnungslegung nach den IFRS musste die Rückstellung für Sozialplankosten per 31. Dezember 2001 ein weiteres Mal erheblich um Fr. _ reduziert werden. In den Abschlüssen nach Handelsrecht wurde die Rückstellung für Sozialplankosten jeweils beibehalten. Der Gewinnausweis in den Steuererklärungen erfolgte gemäss den handelsrechtlichen Abschlüssen.
Seit dem 26. April 2001 firmiert die SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG als RUAG Aerospace AG und seit dem 8. Mai 2009 als RUAG Schweiz AG.
C. Am 20. März 2006 beantragte die RUAG Aerospace AG der Steuerverwaltung des Kantons Luzern (heute Dienststelle Steuern des Kantons Luzern) die erfolgsneutrale Auflösung der Rückstellung für Sozialplankosten im Umfang der darin enthaltenen stillen Reserven von Fr. _ durch Ausbuchung über das Eigenkapital per 31. Dezember 2006. Zudem ersuchte sie, für die Steuerperioden 1999 bis 2005 die Kapitalsteuer auf dem zusätzlich steuerbaren Kapital nachzahlen zu können. Nachdem die kantonale Steuerverwaltung nach Abklärungen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung dem Antrag auf erfolgsneutrale Auflösung der Rückstellung nicht stattgegeben hatte, beantragte die RUAG Aerospace AG am 15. Januar 2007, die "überhöhten Sozialplanrückstellungen" im genannten Betrag gestaffelt in Raten in den Jahren 2006 bis 2010 sowohl handelsrechtlich wie auch steuerlich erfolgswirksam aufzulösen.
Mit Veranlagungsverfügung vom 15. Juni 2007 für die Staats-, Gemeinde- und direkte Bundessteuer 2005 (Periode vom 1. Januar bis 31. Dezember) nahm die Steuerverwaltung des Kantons Luzern in der Höhe der Differenz zwischen der nach Handelsrecht bilanzierten und der nach IFRS massgebenden Rückstellung für Sozialplankosten eine Aufrechnung von Fr. _ beim steuerbaren Reingewinn und Kapital vor. Mit Einspracheentscheid vom 6. Dezember 2007 hielt die Steuerkommission juristische Personen an dieser Besteuerung fest.
D. Mit Urteil vom 7. Mai 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Steuerpflichtigen hinsichtlich der Staats-, Gemeinde- und direkten Bundessteuer 2005 ab.
E. Hiergegen führt die Steuerpflichtige mit Eingabe vom 12. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Rechtsbegehren, es sei unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 7. Mai 2009 die Sache zur Neuveranlagung auf der Grundlage eines steuerbaren Gesamtgewinns von Fr. _ und eines steuerbaren Gesamtkapitals von Fr. _ (gemäss Steuererklärung) bei der Staats-, Gemeinde- und direkten Bundessteuer an die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern und zur Neuverlegung der Kosten und Entschädigung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Zulässigkeit der Aufrechnung der angeblich nicht mehr geschäftsmässig begründeten Rückstellung für Sozialplankosten.
Die Dienststelle Steuern beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Sie bestreitet die Sachdarstellung in der Beschwerde, soweit sie von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht. Im Übrigen verzichtete sie auf eine Stellungnahme. Das Verwaltungsgericht beantragt mit Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer. In Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern verzichtete sie auf die Stellung eines Antrags.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen den von einer letzten, oberen kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Sie wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde nach <ref-law> können Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 bis 98 BGG gerügt werden, insbesondere wegen Verletzung von Bundesrecht einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte (<ref-law>). Obschon das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet (<ref-law>), prüft es den angefochtenen Entscheid nur im Rahmen der geltend gemachten Rechtsverletzungen (Art. 42 Abs. 2 Satz BGG). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann im Wesentlichen nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (<ref-law>), hier über die Steuerharmonisierung. Inwiefern das der Fall sein soll, ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen (<ref-law>). Im Übrigen kann die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts lediglich im Lichte der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, namentlich des Verbots von Willkür (<ref-law>), oder der kantonalen verfassungsmässigen Rechte (<ref-law>) geprüft werden (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 158; <ref-ruling> E. 3 S. 351; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382 f.). Solche Rügen sind ausdrücklich zu erheben und zu begründen (<ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 3 S. 352).
1.3 Das gilt auch für die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz. Die Sachverhaltsfeststellung, soweit rechtserheblich, kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Das ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich (<ref-law>) oder anderweitig unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte oder in verfassungswidriger Verletzung von Verfahrensregeln festgestellt worden ist, was in der Beschwerde in einer <ref-law> genügenden Weise zu rügen ist (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; ferner 133 III 393 E. 7.1 S. 398).
1.4 Die im vorliegenden Fall zur Anwendung gelangenden bundesrechtlichen und kantonalen Vorschriften über die Behandlung der in Frage stehenden Rückstellung sind harmonisiert und stimmen in den hier relevanten Punkten überein, weshalb es sich für die Beschwerdeführerin erübrigte, für die Kantons- und Gemeindesteuern und für die direkte Bundessteuer zwei unterschiedliche Begründungen für die Beschwerde abzufassen (<ref-ruling> E. 1.3).
1.5 Eine mündliche, in der Regel öffentliche Beratung des Urteils des Bundesgerichts findet nur in den vom Gesetz vorgesehenen Fällen statt, insbesondere wenn sich keine Einstimmigkeit ergibt oder dies von einem Richter, einer Richterin verlangt wird (<ref-law>). Der vorliegende Fall gibt keinen Anlass, ausnahmsweise eine mündliche öffentliche Beratung anzuordnen. Dem diesbezüglichen Verfahrensantrag der Beschwerdeführerin ist nicht stattzugeben.
2. 2.1 Gemäss <ref-law> (SR 642.11) sind Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung zulässig für: (lit. a) im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist; (lit. b) Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere Waren und Debitoren, verbunden sind; (lit. c) andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen, sowie (mit gewissen Einschränkungen) künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge (lit. d). Der Rückstellungsbegriff von <ref-law> erfasst damit nebst eigentlichen Rückstellungen (vgl. <ref-law>) zusätzlich auch Wertberichtigungen und Rücklagen zu Sonderzwecken (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, 1. Teil, 2001, N. 2 ff. zu <ref-law>; Robert Danon, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 7 f. zu <ref-law>).
Echte Rückstellungen im Sinne von lit. a und teilweise lit. c werden vorgenommen für Verbindlichkeiten, meist Schulden, der Unternehmung, die am Ende des Geschäftsjahres bestehen, die aber ihrer Höhe nach noch ungewiss sind oder geschätzt werden müssen. Sie werden als Fremdkapitalposten durch Verbuchung unter den Passiven in der Jahresschlussbilanz zu Lasten der Erfolgsrechnung ausgewiesen. Mit der Rückstellung wird ein Aufwand erfolgswirksam berücksichtigt, der noch nicht zur Ausgabe geworden ist und bei dem ungewiss ist, in welcher Höhe er entsteht. Nach dem Grundsatz der Periodizität ist dieser Aufwand derjenigen Periode zuzuweisen, in der er entstanden ist. Durch die periodengerechte Verbuchung wird die Vermögenslage der Unternehmung am Bilanzstichtag richtig dargestellt (Karl Blumer, Die kaufmännische Bilanz, 10. Aufl. 1989, S. 225; Boemle/Lutz, Der Jahresabschluss, 5. Aufl. 2008, S. 370 ff.).
Rückstellungen gehören zum Fremdkapital und vermindern dadurch das Eigenkapital. In dem Ausmass, als sie nicht mehr benötigt werden, erhöht sich handelsrechtlich das Eigenkapital entweder still, wenn sie buchmässig fortgeführt werden, oder offen, wenn sie erfolgswirksam aufgelöst werden (vgl. Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 8 Rz. 832 ff. S. 1077 ff.). Aktienrechtlich ist die Auflösung hinfälliger Rückstellungen nicht zwingend. Sie können "zu Wiederbeschaffungszwecken" als stille Reserven weitergeführt werden (<ref-law>; vgl. Boemle/Lutz, a.a.O., S. 375).
2.2 Die Vorinstanz legt im angefochtenen Entscheid (S. 7) zutreffend dar, dass nicht nur die handelsrechtlich vorgeschriebenen, sondern alle geschäftsmässig begründeten Rückstellungen steuerlich zuzulassen sind. <ref-law> spricht nämlich von den "geschäftsmässig nicht begründeten Abschreibungen und Rückstellungen", die steuerlich zu korrigieren sind. Die Rückstellungen, die das Handelsrecht vorschreibt (<ref-law>), sind ohnehin geschäftsmässig notwendig.
Geschäftsmässig begründet sind Rückstellungen, die unternehmungswirtschaftlich gerechtfertigt sind (vgl. Locher, a.a.O., N. 18 zu <ref-law>; vgl. BGE 75 I 255 E. 2). Rückstellungen in diesem Sinne werden im Hinblick auf drohende gegenwärtige Verlustgefahren in die Bilanz eingeführt und bringen zum Ausdruck, dass das im Unternehmen gebundene Vermögen nicht als definitiv erworben angesehen werden darf. Es sind Rückstellungen, die gemacht werden müssen, um die Bilanz der Unternehmung nicht unrichtig (zu günstig) erscheinen zu lassen (BGE 75 I 255 E. 2 S. 260). Die Rückstellung begegnet der Verlustgefahr insofern, als sie verhindert, dass später ein Verlust erscheint, der schon beim Buchabschluss bestanden hat und in diesem früheren Zeitpunkt hätte verbucht werden müssen (Karl Käfer, in: Berner Kommentar, 1981, N. 560 zu <ref-law>).
2.3 Das Bundesgericht hat in seiner Rechtsprechung zum Bundessteuerrecht Rückstellungen stets zugelassen, wenn sie im Hinblick auf gegenwärtige, drohende Verlustgefahren in die Bilanz eingeführt werden (BGE 75 I 255; <ref-ruling> E. 4 S. 370 f.; Urteil vom 3. Juli 1980, ASA 54 S. 660 E. 6a; je mit weiteren Nachweisen; ferner Urteil 2C_553/2007 vom 29. September 2008 E. 2.1, in: StE 2009 B 72.14.1 Nr. 25 = StR 63/2008 S. 883; betreffend Bankenaufsicht, s. <ref-ruling> E. 6a S. 63). In diesem Sinne bilden die steuerlich anzuerkennenden "geschäftsmässig begründeten Rückstellungen" (so bereits die Umschreibung in Art. 49 Abs. 1 lit. c BdBSt) die natürliche und notwendige Ergänzung zu den "geschäftsmässig begründeten Abschreibungen", die als Wertberichtigung zum Ausgleich von eingetretenen Wertverminderungen vorgenommen werden. Mit der Rückstellung wird dem laufenden Geschäftsjahr eine als Geschäftsaufwand zu würdigende Verbindlichkeit gewinnmindernd angerechnet, die am Bilanzstichtag zwar tatsächlich oder mindestens wahrscheinlich bestanden hat, aber in ihrer Höhe erst im nächsten oder in einem folgenden Geschäftsjahr geldmässig genau feststeht (vgl. Ernst Känzig, Die eidgenössische Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], I. Teil, 2. Aufl. 1982, N. 129 und 131 ff. zu Art. 22 BdBSt). Die Ereignisse, welche Ursache eines derartigen tatsächlichen oder wahrscheinlichen, am Bilanzstichtag ungewissen Aufwands sind, müssen im laufenden Geschäftsjahr eingetreten sein. Zudem können Rückstellungen regelmässig nur dann steuerlich anerkannt werden, wenn sie mit sachgerechter Kontierung verbucht und offen ausgewiesen werden (Känzig, a.a.O., N. 132 zu Art. 22).
2.4 Rückstellungen, die nicht mehr geschäftsmässig begründet sind, werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet. Das Steuerrecht verlangt diese erfolgswirksame Auflösung ausdrücklich. Das Bundessteuerrecht schreibt diese Auflösung zwingend vor (Art. 29 Abs. 2 bzw. 63 Abs. 2 DBG; Locher, a.a.O., N. 50 zu <ref-law>; Danon, a.a.O., N. 43 zu Art. 63). Die Berechtigung von Rückstellungen ist daher laufend zu überprüfen. Soll die zuverlässige Beurteilung des Periodenerfolgs nicht gestört werden, sind überflüssig gewordene Rückstellungen wieder aufzulösen (Böckli, a.a.O., § 8 Rz. 853 S. 1083). Das Periodizitätsprinzip verbietet eine Schmälerung des steuerbaren Gewinns durch übersetzte Rückstellungen (Urteil 2C_553/2007 vom 29. September 2008 E. 2.1, in: StR 63/2008 S. 883 = StE 2009 B 72.14.1 Nr. 25; 2A.464/2006 vom 15. Januar 2007 E. 5.1 in: RtiD 2007 II S. 622). Es dürfen demnach nicht die Ergebnisse der Geschäftsperioden untereinander ausgeglichen werden, indem diejenigen einer Periode zugunsten oder zu Lasten einer anderen Periode vermindert oder erhöht werden. Liegt eine Verletzung des Periodizitätsprinzips vor, so ist eine steuerliche Korrektur vorzunehmen (vgl. Urteil 2A.549/2005 vom 16. Juni 2006 E. 2.2, in: StE 2007 B 72.11 Nr. 14; dort E. 2.1 auch zur steuerrechtlichen Verbindlichkeit der handelsrechtlichen Bilanz).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe die Beweislast dafür, dass die Rückstellungen geschäftsmässig begründet seien, bundesrechtswidrig verteilt. Wohl sei die steuerpflichtige Person zur Mitwirkung bei der Sachverhaltsfeststellung verpflichtet. Dieser Mitwirkungspflicht stehe jedoch die Abklärungspflicht der Veranlagungsbehörde gegenüber. Sehe diese von einer Prüfung ab, erwachse die Veranlagung in Rechtskraft; unterlasse gar die Veranlagungsbehörde die Prüfung während längerer Zeit, so begründe dies einen Anspruch der steuerpflichtigen Person auf Schutz ihres Vertrauens gemäss <ref-law> in die Richtigkeit der über längere Zeit dem Grundsatze nach unverändert deklarierten Faktoren. Verneine sie dies nun, könne sie sich zwar durchaus darauf berufen, dass der Steuersachverhalt in jeder Periode neu beurteilt werde. Dieses reine Prüfungsrecht mit einer Beweispflicht der steuerpflichtigen Person zu verstärken, sei jedoch bundesrechtswidrig. Dazu komme, dass ein Rückstellungsbedarf sich nicht streng rechtlich beweisen lasse. Eine steuerrechtliche Korrektur sei nur am Platz, sofern die handelsrechtlich bestehende Rückstellung "ganz offensichtlich und unzweideutig einer betriebswirtschaftlichen Grundlage entbehre".
Die Regeln über die Beweislast sind eng mit der Sachverhaltsfeststellung (s. oben E. 1.3) verknüpft. Sie greifen ein, wenn eine rechtserhebliche zu beweisende Tatsache unbewiesen geblieben ist. Die diesbezügliche Rüge ist daher vorab zu prüfen.
3.2 Die Aufrechnung von bilanzierten Rückstellungen wirkt sich steuerbegründend aus, weshalb gemäss der allgemeinen Regel über die Verteilung der Beweislast im Steuerrecht nach Lehre und Rechtsprechung die tatsächlichen Voraussetzungen von der Steuerbehörde zu beweisen sind. Im Hinblick auf den besonderen Charakter der Rückstellungen ist indessen Folgendes zu beachten (s. dazu auch Locher, a.a.O., 2. Teil, 2004, N. 14 zu <ref-law>; Zweifel/Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, § 14 Rz. 28 ff. S. 126 f.):
Rückstellungen sind vorläufige Korrekturen, weshalb steuerrechtlich deren geschäftsmässige Begründetheit in jeder Periode zu prüfen ist (auch wenn sie handelsrechtlich zulässig sein mögen, vgl. <ref-law>). Es gibt folglich keinen Anspruch oder gar ein wohlerworbenes Recht auf Fortführung von Rückstellungen nach Belieben, auch wenn deren geschäftsmässige Begründetheit der Höhe nach oder im Bestand (bei gleichbleibender Berechnungsmethode, vgl. Reich/Züger, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2. Aufl. 2008, N. 46 zu <ref-law>) weggefallen ist. Die steuerpflichtige Unternehmung muss somit auf Verlangen der Behörde über die geschäftsmässige Begründetheit Auskunft geben können. Aus dem gleichen Grund liegt auch keine Verletzung des Vertrauensgrundsatzes (Art. 5 Abs. 3, <ref-law>) vor, wenn die Steuerbehörde zu einer Prüfung der geschäftsmässigen Begründetheit der Rückstellung schreitet, obschon im Vorjahr eine Prüfung unterblieb. Verweigert die Unternehmung die Auskunft oder kann sie keine genügenden Tatsachen für den Nachweis der geschäftsmässigen Begründetheit nennen, kann die Rückstellung steuerrechtlich nicht als geschäftsmässig begründet anerkannt werden.
Nach diesen Regeln sind vorliegend auch die Vorinstanzen verfahren. Sie legten umfassend und detailliert dar, dass die im Jahre 1999 geltend gemachten Gründe für die Rückstellung nicht mehr erfüllt seien. Sie haben dabei die Vorbringen der Beschwerdeführerin geprüft und festgestellt, dass ihre Argumente rechtlich auf eine Umqualifizierung der geltend gemachten Rückstellungen hinauslaufen würden (was nicht zulässig sei). Die Argumente seien zudem nicht geeignet, die geschäftsmässige Begründetheit darzutun. Damit haben die Behörden die Beweislast nicht der Beschwerdeführerin zugeschoben, wie diese behauptet, sondern deren Vorbringen geprüft (sie aber für den Nachweis der geschäftsmässigen Begründetheit als unzureichend oder untauglich befunden, weshalb die Rückstellung steuerlich zu korrigieren sei).
Ihre Mitwirkungspflicht anerkennt die Beschwerdeführerin übrigens zu Recht. Auch der Feststellung der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin habe keine Sachdarstellung geliefert, wonach noch im Jahre 2005 Leistungen aufgrund der Sozialpläne des Jahres 1999 aktuell gewesen seien, hat die Beschwerdeführerin nicht widersprochen. Offenbar ist es nicht möglich, aus jenen Sozialplänen noch Auswirkungen für das Jahr 2005 herzuleiten. Auch insoweit hat die Vorinstanz die rechtserheblichen Tatsachen nicht offensichtlich falsch (willkürlich) festgestellt oder Regeln über die Beweislast verletzt.
4. 4.1 Es ist zwischen den Parteien unbestritten, dass die Rückstellung für Sozialplankosten im Überführungszeitpunkt, d.h. bei der Umwandlung des ehemaligen Regiebetriebs des Bundes in eine Aktiengesellschaft des privaten Rechts per 1. Januar 1999, geschäftsmässig begründet und der Höhe nach angemessen war:
Bereits in den Jahren 1997 bis 1999 musste im ehemaligen Regiebetrieb des Bundes der Personalbestand um über 10 Prozent abgebaut werden. Aufgrund der im Konzern geplanten weiteren Redimensionierungsmassnahmen war nach der Umstrukturierung mit einem weiteren erheblichen Personalabbau zu rechnen. In der Eröffnungsbilanz des Konzerns nach FER per 1. Januar 1999 mussten deshalb die am Ende des Jahres 1998 noch bestehenden Rückstellungen von Fr._ auf den Stichtag 1. Januar 1999 um Fr. _ auf total Fr. _ erhöht werden. Diese Rückstellung sollte gemäss Antrag des Departementsvorstehers an den Gesamtbundesrat vom 18. Mai 1999 die zusätzlichen "Kosten für die Frühpensionierungen in den nächsten drei Jahren (1999 bis und mit 2001) sowie die Beschäftigungsgarantie bis Ende des Jahres 2000" abdecken (so auch die konsolidierte Eröffnungsbilanz des RUAG-Konzerns, Erläuterungen Ziff. 8). Die Sozialplanrückstellung der Beschwerdeführerin belief sich per 1. Januar 1999 auf Fr. _ und war bestimmt zur "Deckung von Frühpensionierungen in den Jahren 1999 bis und mit 2001 sowie der Kosten der Beschäftigungsgarantie bis Ende 2000".
4.2 In den folgenden Jahren wurde die Rückstellung für Sozialplankosten von der SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG für Zahlungszwecke nur teilweise beansprucht. Der Personalbestand blieb bis Ende 2004 annähernd konstant. Er pendelte sich in den Jahren 1999 bis 2004 innerhalb einer Bandbreite von 1'793 und 1'889 Mitarbeitenden ein. Im Jahre 2005 erlitt der Mitarbeiterbestand einen Einbruch (1'641 Mitarbeitende), der primär durch die Abtretung des Geschäftsbereichs Führungs- und Übermittlungssystem an die Schwestergesellschaft RUAG Electronics und durch die Zusammenfassung von Informatikbereichen in der RUAG IT Services bedingt war. Bereits im Folgejahr wurde dieser Rückgang aber durch die Integration verschiedener Bereiche von Schwestergesellschaften in die Beschwerdeführerin mehr als kompensiert (2006: 1'853 Mitarbeitende).
Ob ein Rückstellungsbedarf in den Jahren 2000 bis 2004 noch bestand, ist daher fraglich. Das ändert freilich nichts daran, dass aus damaliger Sicht, per 1. Januar 1999, die Rückstellung für Sozialplankosten geschäftsmässig begründet war: Zum einen war damit zu rechnen, dass der Mitarbeiterbestand abgebaut werden muss. Dazu kamen Unwägbarkeiten, die mit der Neuausrichtung des bisherigen Rüstungsbetriebs des Bundes zu einem privatrechtlichen Unternehmen und dessen Positionierung im Markt verbunden waren. Das liess die Rückstellungen historisch gerechtfertigt scheinen.
4.3 Spätestens im Jahre 2005 war aber die geschäftliche Notwendigkeit der Rückstellung zu prüfen.
In der Beilage zur Jahresrechnung 2005 "Entwicklung der Rückstellungen im Geschäftsjahr 2005" teilte die Beschwerdeführerin die Rückstellung für Sozialplankosten per 31. Dezember 2005 im Betrag von Fr. _ wie folgt auf:
"Sozialplankosten der ehemaligen F & W Mitarbeiter Fr. _
Rückstellungen EMD 95/SF2K MA Abbau - Massnahmen Fr. _
Kosten aus 'Profil' / Reorganisation Strukturbau Fr. _
Fr. _"
Es handelt sich um Rückstellungen, welche - mit Ausnahme der "Kosten aus 'Profil' / Reorganisation Strukturbau" - bereits für die Jahre 1999 bis 2001 gebildet wurden und zur "Deckung der Frühpensionierungen" und der "Beschäftigungsgarantie" bis Ende 2001 resp. 2000 (oben E. 4.1) bestimmt waren, die jedoch überwiegend nicht in Anspruch genommen werden mussten.
4.4 Die Beschwerdeführerin versucht den Rückstellungsbedarf im Betrag von rund Fr. _ per 31. Dezember 2005 damit zu rechtfertigen, dass die damalige Strategie des Bundesrats, die Kosten der Logistikbasis der Armee (LBA) um mindestens 30 Prozent zu senken, sich auch auf ihre Geschäftsentwicklung ungünstig ausgewirkt habe: Es sei absehbar gewesen, dass auch sie die Kosten senken und Personal abbauen werden müsse, zumal es sich bei der LBA um eine Grosskundin handle.
Ob diese rückwirkende Umqualifikation des Rückstellungsbedarfs für neue Zwecke handelsrechtlich zulässig ist, kann hier offen bleiben. Jedenfalls hat die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 BGG) festgestellt, dass aus der Perspektive der Bilanzerrichtung auf den Stichtag 31. Dezember 2005 die Geschäftsleitung der Beschwerdeführerin die gesamtwirtschaftliche Aussichten günstig und die Nachfragesituation namentlich in der Flugzeugbranche "mit deutlich anziehendem Geschäft" positiv beurteilt habe. Wie die Dienststelle Steuern zudem mit Recht bemerkt, muss die Beschwerdeführerin als privatwirtschaftliche Unternehmung in der Lage sein, abnehmende Aufträge des Bundes durch Drittaufträge am Markt zu kompensieren. Allfällige Ertragseinbrüche, welche durch Sparmassnahmen der Armee bewirkt werden können, gehören bei einem privatwirtschaftlich ausgerichteten Unternehmen zum allgemeinen Unternehmerrisiko, das steuerlich nicht quantifiziert werden kann und grundsätzlich nicht rückstellbar ist (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 370; Urteil vom 3. Juli 1980 E. 6a, in: ASA 54 S. 672). Rücklagen für solche künftigen Zwecke werden vielmehr bei den Reserven ausgewiesen, sofern sie nicht über Abschreibungen als stille Reserven gebildet werden (BGE 75 I 255 E. 2 S. 259 f.).
Das erlaubt es nicht, den geltend gemachten Rückstellungsbedarf von rund Fr. _ per 31. Dezember 2005 anzuerkennen. Im Veranlagungsverfahren vertrat denn auch die Revisorin und damalige Vertreterin der Beschwerdeführerin die Ansicht, dass in den Rückstellungen per Ende 2005 stille Reserven von Fr. _ enthalten seien (Ergebnis der Besprechung mit der kantonalen Steuerverwaltung Luzern vom 20. März 2006, verfasst durch PricewaterhouseCoopers). Erst die neue Vertreterin der Beschwerdeführerin stellte sich auf den Standpunkt, dass die Rückstellungen per Ende 2005 geschäftsmässig immer noch begründet seien. Das trifft nach dem Gesagten offensichtlich nicht zu.
5. Der Aufrechnung der im Jahre 2005 nicht mehr geschäftsmässig begründeten Sozialplankosten hält die Beschwerdeführerin entgegen, dass die Rückstellung schon vor dem 1. Januar 1999 im Regiebetrieb des Bundes und damit in einem steuerfreien Bereich gebildet worden sei. Sie leitet daraus ab, dass deren Auflösung gewinnsteuerneutral erfolgen müsse. Dabei müsse der passende Zeitpunkt für die Auflösung dem Verwaltungsrat überlassen werden, welcher zuständig sei, den betriebswirtschaftlich richtigen Zeitpunkt festzulegen. Die Beschwerdeführerin beruft sich zur Stützung ihrer Ansicht auf ein privates Rechtsgutachten von Prof. Dr. Madeleine Simonek vom 19. Dezember 2007.
5.1 Rückstellungen werden, sobald sie nicht mehr geschäftsmässig begründet sind, dem steuerbaren Gewinn zugerechnet (Art. 29 Abs. 2 bzw. 63 Abs. 2 DBG). Das verlangt auch das Periodizitätsprinzip (vgl. oben E. 2.4). Die steuerpflichtige Person kann die nicht mehr geschäftsmässig begründete Rückstellung in der Handelsbilanz bzw. damit organisch zusammenhängenden Erfolgsrechnung erfolgswirksam auflösen. Sie kann, sofern das handelsrechtlich zulässig ist (vgl. <ref-law>), davon auch absehen und nur in der Steuerbilanz eine Aufrechnung vornehmen. Die spätere buchmässige Realisation in der Handelsbilanz wäre dann steuerrechtlich nicht mehr beachtlich (vgl. Reich/Züger, a.a.O., Rz. 50 zu <ref-law>).
Löst die steuerpflichtige Person die geschäftlich nicht mehr benötigte Rückstellung in der Handelsbilanz nicht auf und nimmt sie auch in der Steuerbilanz keine Aufrechnung vor, so kann die Steuerbehörde eine entsprechende Aufrechnung vornehmen, womit die Steuerbilanz in Zukunft von der Handelsbilanz abweicht. Diese Aufrechnung erfolgt nach der Praxis in der Periode, in welcher die geschäftsmässige Unbegründetheit der Rückstellung von der Steuerbehörde festgestellt wird (vgl. Reich/Züger, a.a.O., N. 49 zu <ref-law>; Richner/ Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 23 zu <ref-law>). Der Steuerpflichtige kann nicht einwenden, die geschäftsmässige Rechtfertigung sei schon in einer früheren Periode weggefallen oder die Rückstellung müsse über mehrere Perioden aufgelöst werden (vgl. BGE 75 I 255 E. 2; Locher, a.a.O., Rz. 50 zu <ref-law>).
5.2 Die Steuerpflicht einer juristischen Person in der Schweiz beginnt mit deren Gründung und endet mit dem Abschluss der Liquidation oder deren Übernahme (vgl. Art. 54 Abs. 1 und 2 DBG). Die Aktiengesellschaft erlangt das Recht der Persönlichkeit erst durch die Eintragung im Handelsregister (<ref-law>). Aus praktischen Gründen lässt die Praxis der Steuerbehörden bei Umwandlungen ausnahmsweise eine Vorverlegung des Beginns der Steuerpflicht innert einer gewissen Zeitspanne auf den Stichtag der Übernahmebilanz zu. Damit kann die Übernahmebilanz, welche den Anmeldungsunterlagen beizulegen ist (<ref-law>), zeitlich mit der Schlussbilanz in Übereinstimmung gebracht werden (Urteil vom 13. Oktober 1992 E. 3a, in: ASA 62 S. 674; Locher, a.a.O., N. 10 zu <ref-law>; Reich/Duss, Unternehmensumstrukturierungen im Steuerrecht, 1996, S. 97, 99 f.).
Als Rüstungsbetrieb des Bundes war die Vorgängerorganisation "SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme" der Beschwerdeführerin bis zu ihrer Überführung in eine privatrechtliche Aktiengesellschaft gemäss <ref-law> von der subjektiven Steuerpflicht befreit. Mit der Gründung der Beschwerdeführerin als privatrechtliche Aktiengesellschaft nach <ref-law> und der Überführung des ehemaligen Regiebetriebs mit Aktiven und Passiven in die neue Gesellschaft rückwirkend per 1. Januar 1999 trat sie neu in die Steuerpflicht ein (<ref-law>; s. auch Botschaft vom 16. April 1997 zum BGRB, BBl 1997 III 806 Ziff. 312).
5.3 Was die Bewertung der einzelnen Bilanzpositionen betrifft, so war wegen der Umstellung auf den Rechnungslegungsstandard FER eine umfassende Neubewertung der Aktiven und Passiven erforderlich. Zudem wurden neue Rückstellungen für die Sozialplankosten gebildet. Wie bereits erwähnt, bestanden Ende 1998 für die gesamte Gruppe Rückstellungen für Sozialplanmassnahmen in der Höhe von Fr. _ welche bei der Gründung der neuen Gesellschaften durch die zusätzlichen Fr. _ auf Fr. _ erhöht werden mussten (vgl. oben E. 4.1). Daraus ist zu schliessen, dass ein Teil der Rückstellung bereits in den Regiebetrieben unter der Steuerbefreiung gebildet wurde, mithin im steuerfreien Bereich.
In der Eröffnungsbilanz der Beschwerdeführerin per 1. Januar 1999 wurden die per Ende 1998 ausgewiesenen Rückstellungen für Sozialplanmassnahmen in der "Überleitung" von "IST 31.12.1998" (Fr. _) auf "FER 1.1.99" (Fr. _) um einen Betrag von Fr. _ erhöht. Auch wenn die Vorinstanz die Frage der Bildung von Sozialplanrückstellungen durch die ehemaligen Rüstungsbetriebe ausdrücklich offen lässt, weil die Beschwerdeführerin den Nachweis hierfür nicht erbracht oder angeboten habe (Urteil S. 14 oben), muss aufgrund der gesamten Umstände davon ausgegangen werden, dass ein Teil der Sozialplanrückstellungen bereits im früheren Regiebetrieb gebildet wurde. Die Rüstungsbetriebe waren zwar nicht zur Buchführung nach Obligationenrecht verpflichtet, führten aber dennoch Jahresrechnungen im Sinne des Aktienrechts (BBl 1997 III S. 797 Ziff. 25, 803 Ziff. 311).
5.4 Sowohl bei der Rekapitalisierung wie auch bei der Sacheinlagegründung handelt es sich um die Kapitalausstattung und nicht um betriebliche Vorgänge. Diese setzen erst mit der Existenz der juristischen Person und der Aufnahme der Geschäftstätigkeit ein. Steuerrechtlich relevant sind daher die Verhältnisse der Gesellschaft erst ab dem Eintritt in die Steuerpflicht. Da die "Rechtsvorgängerin" der Beschwerdeführerin nicht steuerpflichtig war, sind auch alle betriebswirtschaftlichen Vorgänge, welche die Vorgängerin betrafen, für die Veranlagung der Beschwerdeführerin unbeachtlich.
Das schliesst nicht aus, dass stille Reserven, die im Rahmen des Rüstungsbetriebs im steuerfreien Bereich gebildet worden sind, vorgängig der Privatisierung realisiert oder in geeigneter Form in die neue Gesellschaft eingebracht werden. Bei der Überführung einer Institution des öffentlichen Rechts in privatrechtliche Rechtsform müssen Anpassungen vorgenommen werden können. Es ist allerdings Sache der öffentlich-rechtlichen Institution bzw. des Anteileigners - hier der Bund - stille Reserven vorgängig der Privatisierung im steuerbefreiten Bereich aufzuwerten und in der handelsrechtlichen Eröffnungsbilanz entsprechend hohe Wertansätze einzustellen (s. auch Peter Gurtner, Umwandlungen im Recht der direkten Steuern, ASA 71 S. 758). Auch die kantonale Dienststelle Steuern weist darauf hin, dass der Bund als Aktionär die benötigten Mittel der Beschwerdeführerin in Form von Eigenkapital hätte zuführen können. Solche Zuschüsse beruhen nicht auf Gewinnen, welche die Unternehmung aus eigener Kraft erwirtschaftet hat, sondern bilden Kapitaleinlagen im Sinne von <ref-law>. In diesem Sinne ist die mit Bundesratsbeschluss vom 26. Mai 1999 genehmigte (vgl. Botschaft vom 1. März 2000 zur Änderung des BGRB, BBl 2000 2262 Ziff. 1.1) Eröffnungsbilanz nach dem Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die Steuerpflichtige und die Veranlagungsbehörde grundsätzlich verbindlich. Korrekturen sind nur unter der Voraussetzung, dass handelsrechtlich zwingende Bestimmungen oder Vorschriften über die steuerrechtliche Gewinnermittlung missachtet wurden, zulässig. Abgesehen davon ist eine Durchbrechung der Massgeblichkeit der Handelsbilanz nur in engen Grenzen möglich, namentlich aus steuersystematischen Gründen.
Grundsätzlich kann ein den liberierten Nennwert übersteigender Anteil einer Sacheinlage steuerneutral als Agio bilanziert werden (s. auch Locher, a.a.O., N. 16 zu Art. 60, N. 120 zu rev.<ref-law>). Das hat jedoch unmittelbar, nach der Praxis der Steuerbehörden in der Regel im gleichen Jahr, in dem die Sacheinlage erfolgte, zu geschehen (Agner/Jung/Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 1 zu <ref-law>). Wenn daher bei der Sacheinlagegründung stille Reserven bestanden haben sollten, hätten diese damals offengelegt werden müssen. Ob das auch noch für die Auflösung der Rückstellung auf Ebene der Konzernrechnung im Abschluss per 31. Dezember 2001 möglich gewesen wäre, wie die kantonale Dienststelle Steuern annimmt, muss hier nicht entschieden werden. Jedenfalls erfolgte eine solche Offenlegung damals nicht. Im Abschluss per Ende 2005 kommt eine solche Bilanzänderung nicht in Frage und ist die Beschwerdeführerin bei ihrer in der Bilanz zum Ausdruck kommenden Wissens- und Willenserklärung zu behaften (zum Massgeblichkeitsprinzip, vgl. Urteil 2A.324/1991 vom 22. Oktober 1992, in: ASA 63 S. 208 E. 2c; Locher, a.a.O., N. 69 zu <ref-law> mit weiteren Hinweisen zur Rechtsprechung).
5.5 Daran vermögen auch die Ausführungen im privaten Rechtsgutachten (a.a.O.) nichts zu ändern: Die Gutachterin kommt aufgrund des "Periodizitätsprinzips und weiterer Grundprinzipien der steuerrechtlichen Gewinnermittlung" (Titel vor Abschnitt 5) zum Schluss, dass eine Besteuerung vorliegend nicht angezeigt sei, wenn die Bildung der Rückstellung seinerzeit im steuerfreien Bereich erfolgte und sich damit nicht steuerwirksam ausgewirkt habe. Sie postuliert eine "kongruente steuerliche Behandlung der Bildung wie der Auflösung von Rückstellungen". Ansonsten würde die steuerpflichtige Person auf einem zu hohen Totalgewinn besteuert und der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit verletzt.
Die genannten Grundsätze gelten indessen nur "prinzipiell". Wie die Vorinstanz im angefochtenen Erkenntnis zutreffend erwogen hat, setzt die Anwendung des Leistungsfähigkeits- und das Totalgewinnprinzips erst mit dem Eintritt der Beschwerdeführerin in die Steuerpflicht ein. Betriebswirtschaftliche Ereignisse, welche den ehemaligen Regiebetrieb betreffen, müssen ausser Acht gelassen werden. Sie beziehen sich auf die Zeit vor der Steuerpflicht und können hier nicht berücksichtigt werden.
6. Die Vorinstanz betrachtete die Rückstellung per 31. Dezember 2005 im Umfang von Fr. _ als geschäftsmässig nicht mehr notwendig. Es handelt sich um die Differenz aus den handelsrechtlich verbuchten Sozialplankosten von Fr. _ und den nach dem Rechnungslegungsstandard IFRS zulässigen Rückstellungen von Fr. _. Die Revisorin und seinerzeitige Vertreterin der Beschwerdeführerin selbst erklärte gegenüber der kantonalen Steuerverwaltung, dass in der Rückstellung in diesem Umfang stille Reserven enthalten seien (oben E. 4.4 in fine). Auf diese Bewertung durch die Vertreterin durfte die Veranlagungsbehörde abstellen, ohne verpflichtet gewesen zu sein, die verbleibende Rückstellung von Fr. _ auf ihre geschäftliche Notwendigkeit im Einzelnen zu prüfen. Im Einspracheentscheid, Beilage zum Einschätzungsprotokoll, wurde die Abweichung erklärt. Es ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin nicht begründet (vgl. <ref-law>), inwiefern die "Verknüpfung" der geschäftsmässig notwendigen Rückstellung mit der nach IFRS-Standard verbleibenden Rückstellung Bundesrecht verletzen könnte.
Wenn folglich die Vorinstanz lediglich die Rückstellung nach IFRS von Fr. _ per Ende 2005 als geschäftsmässig begründet anerkannte und die Differenz von Fr. _ zu den handelsrechtlich verbuchten Sozialplankosten (Fr. _) beim steuerbaren Gewinn aufrechnete, hat sie weder den Sachverhalt unter Verletzung bundesrechtlicher Vorschriften festgestellt noch Bundesrecht verletzt. Die Beschwerde ist bezüglich der direkten Bundessteuer abzuweisen.
7. Die Zulässigkeit von Rückstellungen bei juristischen Personen ergibt sich für die kantonalen Steuern aus Art. 24 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 10 Abs. 1 lit. b des Steuerharmonisierungsgesetzes (StHG; SR 642.14) und § 77 des Luzerner Steuergesetzes vom 22. November 1999 (StG). Art. 10 Abs. 1 lit. b StHG erlaubt Rückstellungen "für Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist, oder für unmittelbar drohende Verlustrisiken". Das Steuerharmonisierungsgesetz lässt damit (echte) Rückstellungen grundsätzlich im gleichen Umfang zu wie das DBG. Die Beschwerdeführerin erhebt in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern keine Rügen, welche nicht bereits für die direkte Bundessteuer zu behandeln waren. Sie macht auch nicht geltend, kantonales (Steuer)Recht sei willkürlich oder in anderer Weise verfassungswidrig ausgelegt oder angewendet worden (<ref-law>, vgl. vorstehende E. 1.2 und 1.3). Die Beschwerde erweist sich folglich auch in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern als unbegründet.
8. Die Beschwerde ist sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer wie auch der Staats- und Gemeindesteuern abzuweisen. Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Für die Übernahme eines Teils der Kosten auf die Staatskasse, wie die Beschwerdeführerin beantragt, besteht kein Anlass, nachdem sie vollumfänglich unterliegt, es um ihre Vermögensinteressen geht und sich das Bundesgericht schon wiederholt zur Frage der steuerlichen Behandlung von Rückstellungen geäussert hat. Allein aus Billigkeitsgründen rechtfertigt sich hier keine von der Regel abweichende Kostenverlegung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. August 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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