Faits:
A. Par demande du 25 novembre 2010, D._ a requis du Service des prestations complémentaires (ci-après: SPC), à Genève, la prise en charge d'un traitement dentaire afin de remédier à ses problèmes de mastication dus à une dentition défectueuse. Celui-ci portait sur la pose de deux implants dentaires sur le maxillaire supérieur gauche (dents 24 et 26) et la réalisation d'un pont céramo-métallique pour un montant de 5'545 fr. 10 (devis du 18 novembre 2010 du docteur L._).
Après avoir recueilli l'avis du docteur U._, le SPC a accepté de participer aux frais de traitement jusqu'à concurrence de 2'300 fr., montant correspondant à la pose d'une prothèse amovible conventionnelle; la pose d'une prothèse fixe sur implants telle qu'envisagée par l'assuré ne répondait pas au critère d'économicité (décision du 8 avril 2011, confirmée sur opposition le 21 mars 2012).
B. L'intéressé a déféré cette décision à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, qui l'a débouté par jugement du 19 juin 2012.
C. D._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut, en substance, au remboursement des frais de traitements dentaires nécessités par son état et produit, entre autres pièces, une lettre du 21 juin 2012 du SPC concernant des soins prodigués en urgence auprès de la Clinique dentaire X._ SA les 27 janvier et 23 mars 2012 en raison d'une parodontite periapicale aiguë de la dent 47 et de la pose d'une prothèse partielle en résine au niveau des dents 44 à 47 (certificat du 19 avril 2012). Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire en ce qui concerne le paiement des frais judiciaires.

Considérant en droit:
1. Saisi d'un recours en matière de droit public (<ref-law>), le Tribunal fédéral exerce un pouvoir d'examen limité. Il applique le droit d'office (<ref-law>) et statue sur la base des faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut néanmoins rectifier ou compléter d'office l'état de fait du jugement entrepris si des lacunes ou des erreurs manifestes lui apparaissent aussitôt (<ref-law>). Il examine en principe seulement les griefs motivés (<ref-law>) et ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer la constatation des faits importants pour le sort de l'affaire que si ceux-ci ont été établis en violation du droit ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire arbitraire. Aucun fait nouveau ni aucune preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. L'objet du litige tel que circonscrit par le jugement cantonal porte sur la question de savoir si les frais consécutifs à la pose de deux implants dentaires (dents 24 et 26) sur le maxillaire supérieur gauche et la réalisation d'un pont céramo-métallique doivent être pris en charge par le SPC.
2.1 Dans la mesure où les conclusions du recourant visent le remboursement des coûts liés à l'intervention d'urgence subie auprès de la Clinique dentaire X._ SA les 27 janvier et 23 mars 2012 au niveau des dents 44 à 47, elles sortent de l'objet du litige et sont irrecevables.
Concernant les moyens de preuve, et au vu de ce qui précède, il n'y a pas lieu de se déterminer sur le contenu de la lettre du 21 juin 2012, comme le requiert le recourant.
2.2 Le jugement entrepris expose correctement les dispositions et la jurisprudence applicables au remboursement des frais de traitement dentaire, à l'appréciation de rapports médicaux contradictoires et à leur valeur probante. Il suffit d'y renvoyer.
3. La juridiction cantonale a constaté qu'il n'existait aucun rapport médical propre à mettre en doute l'avis du docteur U._ selon lequel la réalisation d'une prothèse amovible pour un montant de 2'300 fr. répondait aux critères d'économicité et d'adéquation, contrairement à la pose d'implants, plus coûteuse, qui était uniquement prise en charge à défaut d'autre thérapie possible. Dans ces circonstances, il convenait de suivre ses conclusions.
4. Le recourant remet en cause la valeur probante du rapport du docteur U._ ainsi que l'indépendance de ce dernier. Ces griefs sont toutefois mal fondés pour les raisons qui suivent.
4.1 Dans son argumentation, le recourant ne démontre pas que l'expert aurait fait preuve d'une quelconque partialité dans la rédaction du rapport ou, par son comportement, dans le cadre de l'examen. Il se limite, au contraire, à faire valoir que l'expert se présentait comme le médecin-dentiste conseil du SPC. Or, le fait qu'un médecin indépendant se voit confier, même régulièrement, des mandats d'expertise par un assureur social ne constitue pas en soi un motif suffisant pour fonder un manque d'objectivité et d'indépendance (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 226 s.).
4.2 C'est également en vain que le recourant reproche l'absence de valeur probante du rapport médical en soutenant que l'expert aurait procédé à un examen sommaire de sa dentition. La durée de l'examen n'est pas en soi un critère de la valeur probante d'un rapport médical (arrêt du Tribunal fédéral 9C_133/2012 du 29 août 2012 consid. 3.2.1 et l'arrêt cité). Par ailleurs, le rapport, bien que succinct, a été établi à la suite d'un examen personnel de l'intéressé et contient la prise de position de l'expert sur le traitement envisagé par le recourant. Celui-ci y explique en effet les raisons pour lesquelles la pose d'une prothèse amovible doit être préférée à la pose d'implants. De plus, l'expert s'était entretenu avec le docteur L._ qui a été amené, de part sa fonction de médecin-dentiste traitant, à examiner l'intéressé à plusieurs reprises, depuis le 27 octobre 2010 au plus tôt, tel que cela ressort de son courrier du 19 mai 2011. Nonobstant ce suivi médical, et comme l'ont constaté les premiers juges, le docteur L._ n'a jamais fait part à l'expert d'une impossibilité pour le recourant de supporter une prothèse en raison de cicatrices aux gencives, d'un problème de salivation ou de toute autre cause médicale, ce que l'intéressé ne conteste pas. Dans ces circonstances, l'expert disposait de suffisamment d'éléments pour se forger sa propre opinion et lui permettre d'éviter des investigations autres que celles menées lors de l'examen personnel du recourant.
5. Le recourant reproche aussi à la juridiction cantonale d'avoir nié le caractère nécessaire, économique et adéquat du traitement qu'il envisageait et d'avoir ainsi violé le droit fédéral.
5.1 Selon la jurisprudence, l'adéquation d'une mesure s'examine sur la base de critères médicaux. L'examen consiste à évaluer, en se fondant sur une analyse prospective de la situation, la somme des effets positifs de la mesure envisagée et de la comparer avec les effets positifs de mesures alternatives ou par rapport à la solution consistant à renoncer à toute mesure; est appropriée la mesure qui présente, compte tenu des risques existants, le meilleur bilan diagnostique ou thérapeutique (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 146; Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2ème éd. 2007, n° 293 ss p. 494). La réponse à cette question se confond normalement avec celle de l'indication médicale; lorsque l'indication médicale est clairement établie, il convient d'admettre que l'exigence du caractère approprié de la mesure est réalisée (cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 99).
Par ailleurs, si plusieurs traitements entrent en considération, il convient, dans le domaine des prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse survivants et invalidité, comme dans celui de l'assurance-maladie, de comparer les coûts et bénéfices respectifs des traitements envisagés. Si l'un d'entre eux permet d'arriver au but recherché en étant sensiblement meilleur marché que les autres, l'assuré n'a pas droit au remboursement des frais du traitement le plus onéreux (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 200 et les références).
5.2 En l'espèce, les premiers juges ont relevé que la pose d'implants, plus coûteuse que celle d'une prothèse amovible, était uniquement prise en charge, au vu des directives sur le remboursement des frais de traitement dentaire en matière de prestations complémentaires établies par l'Office fédéral des assurance sociales, s'il n'existait aucune autre thérapie possible. Or, tel n'était pas le cas puisque le médecin traitant n'avait pas prétendu qu'il ne pouvait être remédié au problème de mastication que par la pose d'implants. Par ailleurs, l'expert avait affirmé que la réalisation d'une prothèse amovible répondait aux critères d'économicité et d'adéquation, ce que le docteur L._ avait confirmé, selon l'expert, en expliquant au recourant que seuls les coûts d'une prothèse seraient pris en charge (rapport d'expertise du 26 mai 2011). Enfin, il n'existait aucun devis d'un montant supérieur à celui proposé par l'expert pour la pose d'une prothèse amovible, à savoir 2'300 fr., de sorte que ce montant ne pouvait pas être remis en cause.
Au vu de ce qui précède, on ne voit pas en quoi les premiers juges auraient nié la nécessité pour le recourant de suivre un traitement dentaire. Il ne ressort pas non plus de leurs constations que la pose d'implants serait économiquement plus favorable que celle d'une prothèse amovible. Cette dernière solution doit enfin être considérée comme adéquate puisqu'elle a été proposée aussi bien par l'expert que par le médecin traitant et qu'aucune pièce médicale au dossier ne vient contester que la pose d'une prothèse amovible en lien avec les dents 24 et 26 serait impossible d'un point de vue odontologique. Cette solution constitue dès lors une alternative à la pose d'implants. Dans ces circonstances, l'argumentation du recourant selon laquelle la pose d'implants devait être prise en charge dans son intégralité, en raison de son caractère simple et économique, n'est pas pertinente, ce d'autant moins qu'il se fonde sur le site internet de la Fondation Implant Suisse pour aboutir à cette conclusion; or un simple renvoi à ce site et les déductions qu'il en tire sont insuffisants pour démontrer de manière probante que, dans son cas, l'intervention qu'il envisage doit être préférée à la pose d'une prothèse amovible. La juridiction cantonale n'a donc pas violé le droit lorsqu'elle a admis la prise en charge du traitement dentaire jusqu'à concurrence d'un montant de 2'300 fr. correspondant aux coûts liés à la pose d'une prothèse amovible puisque cette mesure est nécessaire, économique et adéquate au problème rencontré par le recourant. Mal fondé, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, et le jugement entrepris confirmé.
6. Vu les circonstances, il y a lieu de renoncer à la perception de frais judiciaires (art. 66 al. 1, 2ème phr., LTF), si bien que la requête d'assistance judiciaire devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 3 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Hichri