Faits:
A. X._ est domicilié à Arbaz en Valais. Durant les années 2005 et 2006, il a travaillé en qualité de comptable auprès de la société Y._ SA à Lausanne. Il a effectué les déplacements entre son domicile et son lieu de travail en voiture privée jusqu'à Sion, où il louait une place de parc, puis en train jusqu'à Lausanne en première classe.
Dans sa déclaration pour l'impôt fédéral direct, l'impôt cantonal et communal de la période 2005, il a demandé la déduction de 21'550 fr. soit 4'700 fr. pour l'abonnement général de train en 1ère classe, 1'040 fr. de frais de voiture (soit 80 j. x 20 km x 65 ct.), 600 fr. pour location de place de parc à la gare de Sion, 3'000 fr. de frais de repas hors domicile, 1960 fr. de frais de deuxième repas hors domicile (pour 140 jours), 7'200 fr. de frais de logement et 3'050 fr. pour les autres dépenses professionnelles.
Par décision de taxation du 13 septembre 2006, la Commission d'impôt de district d'Arbaz n'a admis que 18'150 fr. de dépenses professionnelles. Elle n'a admis que 3'100 fr. d'abonnement de train en 2ème classe, 6'000 fr pour les frais de logement et refusé les frais de place de parc. Le revenu imposable 2005 a été arrêté à 85'325 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 85'851 fr. pour l'impôt fédéral direct.
Dans sa déclaration pour l'impôt fédéral direct, l'impôt cantonal et communal de la période 2006, il a demandé la déduction de 21'714 fr. soit 4'700 fr. pour l'abonnement général de train en 1ère classe, 1'040 fr. de frais de voiture (soit 80 j. x 20 km x 65 ct.), 600 fr. pour location de place de parc à la gare de Sion, 3000 fr. de frais de repas hors domicile, 1960 fr. de frais de deuxième repas hors domicile (pour 140 jours), 7'200 fr. de frais de logement et 3'214 fr. pour les autres dépenses professionnelles.
Par décision de taxation du 5 janvier 2008, la Commission d'impôt de district d'Arbaz n'a admis que 18'314 fr. de dépenses professionnelles. Elle n'a admis que 3'100 fr. d'abonnement de train en 2ème classe, 6'000 fr pour les frais de logement et refusé les frais de place de parc. Le revenu imposable 2006 a été arrêté à 112'932 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 110'502 fr. pour l'impôt fédéral direct.
Par décisions du 30 janvier 2008 respectivement du 16 juin 2008, la Commission d'impôt de district d'Arbaz a rejeté les réclamations déposées par l'intéressé contre les décisions de taxation des 13 septembre 2006 et 5 janvier 2008. Ce dernier a interjeté recours contre les décisions sur réclamation des 30 janvier 2008 et 16 juin 2008 auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours).
B. Par décisions séparées du 20 mai 2009, la Commission de recours a partiellement admis les recours et fixé le revenu imposable pour la période fiscale 2005 à 79'413 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 81'427 fr. pour l'impôt fédéral direct. Pour la période fiscale 2006, elle l'a fixé à 109'608 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 107'178 fr. pour l'impôt fédéral direct. Elle a jugé que l'on pouvait exiger de l'intéressé qu'il se rende en véhicule privé d'Arbaz à Sion, puis de Sion à Lausanne en train, ce qui conduisait à lui accorder une déduction pour les déplacements hebdomadaires en voiture entre Arbaz et Sion (20 km x 48 sem. x 65 ct. soit 624 fr.), pour l'abonnement de train en 2ème classe entre Sion et Lausanne (3'100 fr.) et pour la location d'une place de parc à la Gare de Sion. Constatant que la déduction des frais de véhicule privé entre Arbaz et Sion s'élevait à 624 fr. et ne dépassait que de peu les 600 fr. annuels de location de la place de parc de Sion, la Commission de recours a accordé une déduction, "tout bien considéré", de 300 fr. pour dite location en sus des 624 fr. de frais kilométriques forfaitaires pour chaque période fiscale.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral dans un premier mémoire (2C_440/2009) d'annuler le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2005 et de fixer le revenu imposable à 81'727 fr. et, dans un deuxième mémoire (2C_441/2009), d'annuler le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2006 et de fixer le revenu imposable à 107'478 fr. Elle conteste la déduction de 300 fr. accordée par la Commission de recours. Selon elle, pareille déduction viole le système des forfaits de l'<ref-law>, parce qu'elle revient à l'admettre une fois en frais effectifs et une fois en frais forfaitaires.
La Commission de recours conclut au rejet des recours sous suite de frais. Le Service cantonal des contributions conclut à l'admission des recours. X._ n'a pas donné suite à l'invitation à déposer des observations.

Considérant en droit:
1. Les recours dans les causes 2C_440/2009 et 2C_441/2009 sont dirigés contre les décisions d'une même autorité, concernent le même contribuable et des questions juridiques identiques. Pour des raisons d'économie de procédure, il convient de prononcer leur jonction et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF; <ref-ruling> consid. 1 p. 60 s.).
2. Dirigés contre des décisions finales (<ref-law>) rendues par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RSVS 642.1]) dans des causes de droit public (<ref-law>), les présents recours en matière de droit public ne tombent pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'<ref-law>. Déposés en temps utile (art. 100 al. 1 et 5 ainsi que 46 al. 1 let. c LTF) et en la forme prévue (<ref-law>) par l'Administration fédérale des contributions (<ref-law> et art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct, [LIFD; RS 642.11]), ils sont en principe recevables.
3. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254 s.).
Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
4. 4.1 Selon l'<ref-law>, le contribuable exerçant une activité lucrative dépendante peut déduire les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail. Les frais d'entretien du contribuable et de sa famille, y compris les dépenses privées résultant de sa situation professionnelle, ne peuvent toutefois pas être déduits (<ref-law>).
Selon l'<ref-law>, les frais de déplacement sont estimés forfaitairement; le contribuable peut néanmoins justifier de frais de déplacement plus élevés. La réglementation de l'<ref-law> est complétée par l'ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'Ordonnance; RS 642.118.1), par l'Appendice des 22 juillet 2004 et 23 septembre 2005 à l'Ordonnance (ci-après: l'Appendice; RO 2004 3559 s. et 2005 4815 s.) et par la Circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 22 septembre 1995: Déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante (Archives 64, p. 701 ss).
4.2 La notion de dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu recoupe celle développée par la jurisprudence sous l'empire de l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (RO 56 2021), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1994 (arrêt 2C_445/2008 du 26 novembre 2008, consid. 5.2 in RDAF 2008 II p. 528; StE 2003 B 22.3 n° 76, 2P.254/2002 consid. 3.2). Sont des frais d'acquisition du revenu les frais que le contribuable ne peut raisonnablement éviter (<ref-ruling> consid. 3a p. 32) et qui sont essentiellement occasionnés par la réalisation du revenu (arrêts 2C_14/2009 du 22 avril 2009, consid. 2.1 in RF 64/2009 p. 571; 2A.224/2004 du 26 octobre 2004 consid. 6.3 in RDAF 2005 II 123; 2P.254/2002 du 12 mai 2003, consid. 3.2 in StE 2003 B 22.3 n° 76 et les arrêts cités). En d'autres termes, il suffit que la dépense soit économiquement nécessaire à l'obtention du revenu et que l'on ne puisse exiger du contribuable qu'il s'en abstienne (arrêt 2C_445/2008 du 26 novembre 2008, consid. 5.2 in RDAF 2008 II p. 528; <ref-ruling> consid. 3a p. 32).
4.3 Au sens de l'art. 5 de l'Ordonnance, le contribuable qui utilise les transports publics pour les déplacements entre le domicile et le lieu de travail peut déduire ses dépenses effectives. En cas d'utilisation d'un véhicule privé, il peut déduire les dépenses qu'il aurait eues en utilisant les transports publics. Exceptionnellement, si l'on ne peut raisonnablement exiger du contribuable qu'il utilise un moyen de transports publics lorsqu'il établit qu'il ne dispose d'aucun moyen de transports publics ou qu'il n'est pas en mesure de les utiliser, il peut déduire les frais d'utilisation d'un véhicule privé d'après les forfaits de l'art. 3 de l'Ordonnance ou justifier de frais professionnels plus élevés (art. 5 al. 3 de l'Ordonnance). Tel est notamment le cas lorsque le contribuable est infirme ou en mauvaise santé, lorsque la prochaine station de transports publics se trouve très éloignée de son domicile ou de son lieu de travail, lorsque le début ou la fin de l'activité lucrative a lieu à des heures qui ne sont pas compatibles avec l'horaire des transports publics ou si le contribuable dépend d'un véhicule pour l'exercice de sa profession (arrêts 2C_445/2008 du 26 novembre 2008, consid. 5.3 in RDAF 2008 II p. 528; 2A.479/1995 du 14 mai 1996, consid. 2 et les références citées).
Si le contribuable fait valoir des frais plus élevés, il doit justifier la totalité des dépenses ainsi que leur nécessité sur le plan professionnel (art. 4 de l'Ordonnance). Le Département fédéral des finances fixe les déductions forfaitaires pour chaque année de calcul et les publie dans un appendice joint à l'Ordonnance (art. 3 de l'Ordonnance); pour les années de calcul 2005 et 2006, la déduction forfaitaire pour les frais de déplacement avec une voiture privée s'élevait à 65 ct. par kilomètre parcouru (Appendice, RO 2004 3559 s. et 2005 4815 s.). Le canton du Valais n'a pas fait usage de la possibilité de fixer un barème échelonné des déductions forfaitaires en fonction du nombre de kilomètres parcourus (art. 5 al. 4 de l'ordonnance), contrairement à d'autres cantons (par exemple, le canton de Vaud; cf. arrêt 2A.4/2006 du 26 juin 2006).
Fixé à 65 ct/km pour 2005 et 2006, le prix forfaitaire correspond au coût moyen pour 15'000 km par année d'une voiture d'environ 1'600 cm3 environ. Il comprend les frais fixes annuels, tels que l'amortissement du véhicule, les taxes, assurances RC et casco partielle, le loyer du garage (place de parc), la vignette ainsi que les frais variables par 1'000 km, tels que carburant, huile, pneus et service. Comme l'a déjà constaté le Tribunal fédéral (cf. arrêt 2C_263/2008 du 24 octobre 2008, consid. 3), le loyer annuel de la place de parc est inclus dans le forfait. L'Administration fédérale des contributions a démontré que le prix de la place de parc compris dans le forfait s'élève à 1'200 fr. par année.
4.4 Lorsque le lieu de domicile et de travail sont trop distants l'un de l'autre, le parcours journalier jusqu'au lieu de travail apparaît inadapté aux circonstances, conformément au critère de "ce qui peut être raisonnablement exigé du contribuable" ("Zumutbarkeit"), de sorte que les frais de transport qui en résultent ne peuvent être qualifiés de nécessaires (arrêt 2C_445/2008 du 26 novembre 2008, consid. 5.3 in RDAF 2008 II p. 528). Dans ce cas, il peut raisonnablement être exigé du contribuable qu'il séjourne la semaine à proximité de son lieu de travail et ne rentre à son domicile qu'en fin de semaine. Le surplus des frais déductibles est alors réglé par l'art. 9 de l'Ordonnance. Selon l'al. 4 de cette disposition, "au titre de frais nécessaires de déplacement, le contribuable peut déduire les dépenses résultant du retour régulier au domicile fiscal ainsi que les frais nécessités au lieu de séjour par le déplacement entre le logement et le lieu de travail, conformément à l'art. 5 (de l'Ordonnance)".
4.5 En matière fiscale, l'autorité établit les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (arrêts 2C_199/2009 du 14 septembre 2009, consid. 3.1; 2C_47/2009 du 26 mai 2009, consid. 5.4 et les références citées).
5. Le principe de la praticabilité de l'impôt permet au législateur, dans une certaine mesure, de simplifier les situations imposables et de renoncer à des réglementations de détail afin d'édicter des normes fiscales d'application efficace et facilitée, à l'instar de l'<ref-law>, qui prévoit la fixation forfaitaire des frais de transport déductibles entre le domicile et le lieu de travail (arrêt 2A.4/2006 du 26 juin 2006, consid. 6; cf. aussi Peter Locher, Praktikabilität im Steuerrecht - unter besonderer Berücksichtigung des materiellen Rechts der direkten Steuern -, in Steuerrecht: Festschrift zum 65. Geburtstag von Ernst Höhn, Berne 1995, p. 189 ss, p. 190 et les références citées). L'effet de simplification voulu par le législateur serait supprimé et par conséquent l'<ref-law> relatif à la déduction forfaitaire des frais de transport serait violé si, d'une manière générale, le contribuable pouvait déduire tout à la fois des frais forfaitaires et des frais effectifs pour une même dépense d'acquisition de son revenu imposable (cf. Jean-Blaise Eckert, Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, n° 24 ad <ref-law>). En règle générale, le contribuable a le choix soit d'utiliser les déductions forfaitaires, soit, s'il encourt des frais supérieurs aux montants fixés, de présenter les pièces justificatives, ce qui implique l'établissement détaillé de l'ensemble des coûts fixes et variables, en particulier du véhicule utilisé, sous déduction d'une part privée pour les kilomètres effectués à titre privé et pour le choix d'un véhicule plus luxueux conformément à l'<ref-law> (Bruno Knüssel, in: Zweifel/Athanas [éd.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Vol. I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Bâle/Genève/Monaco 2000, n. 18 ad <ref-law>; Jean-Blaise Eckert, op. cit., n° 31 ad <ref-law>). Ceci explique qu'il n'est pas admissible de combiner frais forfaitaires et frais effectifs pour calculer le même poste de dépenses (Peter Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Bâle 2001, n° 75 ad <ref-law>).
Les forfaits constituent du reste des moyennes qui sont réputées correspondre aux dépenses effectives des contribuables, lesquels peuvent se trouver aussi bien favorisés que défavorisés par le système. Ainsi, le contribuable qui s'estime défavorisé doit prouver les frais qui allègent son imposition et supporter les conséquences de l'absence de justificatif (arrêt 2A.4/2006 du 26 juin 2006, consid. 7.3; cf. Jean-Blaise Eckert, op. cit., n° 23 s. ad <ref-law>; Denis Berdoz/ Marc Bugnon, La procédure mixte en matière d'impôts directs, in Les procédures en droit fiscal, 2e éd., Berne 2005 p. 527 ss, p. 656).
6. 6.1 En l'espèce, c'est à juste titre que l'Administration fédérale des contributions dénonce le fait que la Commission de recours a procédé à un calcul contraire à l'<ref-law>. En effet, le contribuable qui entend renoncer aux frais forfaitaires est tenu en particulier de justifier "la totalité des dépenses effectives" (art. 4 de l'Ordonnance) et ne peut combiner pour le même poste dépenses forfaitaires et effectives, ce que la Commission de recours en se fondant pour partie sur le coût kilométrique forfaitaire et pour partie sur le coût effectif n'a pas respecté. Le calcul hybride effectué par la Commission de recours réduit à néant l'effet de simplification des forfaits voulu par le législateur fédéral lorsqu'il a édicté l'<ref-law>. Au surplus, il ouvre la porte à de nombreuses incertitudes et à des inégalités de traitement, comme le montre la décision attaquée. En effet pour éviter une double déduction des mêmes frais, la Commission de recours s'est trouvée contrainte de réduire ex aequo et bono ("tout bien considéré") de 600 à 300 fr. le coût annuel de la place de parc ajouté au coût kilométrique forfaitaire. Ce faisant, elle s'est octroyée un pouvoir d'appréciation que l'<ref-law> ne lui confère aucunement.
6.2 En effectuant un calcul hybride pour déterminer les déductions relatives aux frais de transport du contribuable, la Commission de recours a violé l'art. 26 al. 2 in fine LIFD. Le contribuable n'ayant pas démontré, nonobstant les frais de location de la place de parc déjà compris dans le forfait (arrêt 2C_623/2008 du 24 octobre 2008, consid. 3), les dépenses effectives qu'il a encourues en voyageant en voiture entre Arbaz et Sion en 2005 et 2006 selon les exigences de la jurisprudence (cf. consid. 5 in fine ci-dessus), seul un montant forfaitaire de 624 fr. peut être déduit pour chacune des périodes fiscales 2005 et 2006.
7. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission des recours. Le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours est annulé en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2005 et le revenu imposable nouvellement fixé à 81'727 fr. Le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours est annulé en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2006 et le revenu imposable nouvellement fixé à 107'478 fr.
Succombant, le contribuable intimé doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours en matière de droit public 2C_440/2009 et 2C_441/2009 sont joints.
2. Les recours sont admis.
3. Les décisions attaquées sont modifiées en ce sens que le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours est annulé en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2005, le revenu imposable étant nouvellement fixé à 81'727 fr. et que le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours est annulé en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2006, le revenu imposable étant nouvellement fixé à 107'478 fr.
4. Les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de X._.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais.
Lausanne, le 8 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey