Faits:
A. Le 13 septembre 2011, le Juge I du district de Sion a condamné A.X._ pour voies de fait et injure à une peine pécuniaire de 10 jours-amende à 75 fr., avec sursis pendant 2 ans, et à une amende de 300 fr., la peine privative de liberté de substitution étant fixée à 3 jours.
B. Par jugement du 4 décembre 2012, le Juge de la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a rejeté l'appel formé par A.X._, a admis celui du Ministère public, condamné A.X._ pour mise en danger de la vie d'autrui et injure, à une peine pécuniaire de 120 jours-amende à 75 fr., avec sursis pendant 2 ans.
En bref, il ressort les éléments suivants de ce jugement.
Le 31 mai 2010, une dispute a éclaté entre B.X._ et son père, A.X._, au sujet de la gestion de l'entreprise dont ils possédaient chacun des parts et pour laquelle ils travaillaient tous deux. A.X._ s'est énervé et a insulté B.X._ la traitant de « toxicomane » et de « salope qui sort avec des hommes mariés ». Il l'a saisie une première fois par le cou pour la faire sortir du bureau. Un employé de l'entreprise, frère de A.X._, est intervenu pour les séparer et a suggéré à B.X._ de quitter les lieux. Celle-ci a refusé craignant que son père ne lui reproche un abandon de poste. Quelques instants plus tard, ce dernier s'est à nouveau approché d'elle l'enjoignant de quitter les lieux. Devant le refus de B.X._, il l'a saisie par le cou, l'a poussée contre la fenêtre et lui a serré le cou jusqu'à qu'elle s'évanouisse, s'urine dessus et s'effondre. Elle a ensuite repris ses esprits alors que son oncle lui tapotait les joues et a été raccompagnée chez elle par celui-ci et le fils de ce dernier, également employé de l'entreprise.
Le constat médical établi le 31 mai 2010 fait état d'un hématome au niveau du cou, de marques de pouces, de traces de strangulation, et de douleurs de la mandibule et des cervicales. Il indique que l'examen au scanner n'a pas révélé d'hémorragie cérébrale, ni de fracture cervicale, les vaisseaux du cou étant par ailleurs normaux.
C. A.X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à son acquittement.

Considérant en droit:
1. Le recourant consacre plus de dix pages de son mémoire de recours à une inutile présentation personnelle des faits. Il ne formule de la sorte aucun grief recevable au regard des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement établi les faits et d'avoir violé le principe in dubio pro reo.
2.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5). Ce dernier reproche se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; 10 CPP; art. 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2a p. 88). L'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 105). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les références citées).
2.2 En substance, la cour cantonale a retenu que les déclarations de l'intimée, contrairement à celles du recourant, n'avaient pas varié durant toute la procédure. Le constat médical du 31 mai 2010 relevait la présence d'un hématome au niveau du cou de l'intimée. Le médecin avait constaté la marque des pouces et des traces de strangulation ainsi que des douleurs cervicales et de la mandibule. Il ressortait des photographies jointes au rapport que ces traces étaient visibles sur le cou de l'intimée et que le constat médical déposé semblait fondé. De telles traces étaient tout à fait compatibles avec les explications fournies par l'intimée. Les déclarations successives du recourant étaient, quant à elles, en partie contradictoires. Il avait, dans son premier interrogatoire, prétendu que l'intimée était tombée toute seule au sol; lorsqu'elle était entrée la seconde fois dans le bureau elle s'était cachée contre la fenêtre, derrière son bureau, endroit où elle avait glissé. Interrogé quelques mois plus tard, il avait prétendu qu'ils s'étaient poussés l'un l'autre, qu'il avait ainsi empêché l'intimée d'aller derrière son bureau et qu'elle était tombée lors de leur contact. Même s'il avait nié, lors de ce deuxième interrogatoire, avoir saisi l'intimée par le cou, il avait admis que celle-ci avait chu après qu'il l'avait poussée. Les deux versions ne concordaient manifestement pas sur un point essentiel. Par ailleurs, on peinait à comprendre comment l'intimée avait pu tomber au sol si, comme l'avait soutenu le recourant lors de son deuxième interrogatoire, il l'avait prise par le bras pour lui faire quitter la pièce. Quant aux déclarations du frère du recourant, témoin d'une partie des faits, la cour cantonale a retenu qu'il avait soutenu ne pas avoir vu le recourant frapper l'intimée, mais qu'il supposait que tel était le cas. Il était pour le moins étrange qu'il ne se soit pas renseigné auprès du recourant pour savoir pour quel motif l'intimée se trouvait au sol après la seconde dispute, ou que le recourant ne lui ait pas spontanément expliqué que l'intimée était tombée à la suite d'une glissade malencontreuse. Le témoin avait par ailleurs déclaré que les deux protagonistes s'étaient insultés. Or, le recourant avait explicitement déclaré que l'intimée ne l'avait pas injurié durant la dispute. Le témoin avait déclaré, dans sa première audition, avoir vu depuis l'atelier que le recourant et l'intimée s'étaient empoignés. Entendu une seconde fois, il était revenu sur cette explication en relevant qu'il avait observé que « les mains bougeaient » et que le recourant voulait mettre l'intimée dehors. Le recourant lui-même n'avait jamais soutenu que l'intimée l'avait empoigné. Dans ces circonstances, on pouvait légitimement douter que le témoin, vraisemblablement affecté par les ennuis rencontrés par son frère, ait véritablement relaté de manière fidèle et fiable tout ce qu'il avait vu le jour en question. La version des faits de l'intimée selon laquelle le témoin lui avait tapoté les joues pour qu'elle reprenne ses esprits, après qu'elle avait perdu connaissance, semblait, en comparaison, beaucoup plus plausible. Sur la base des explications fournies par les deux protagonistes, il était retenu que l'intimée n'avait pas insulté le recourant. Ce dernier avait en revanche admis l'avoir qualifiée de « toxicomane » et de « salope qui sort avec des hommes mariés ». On pouvait toutefois douter qu'il l'ait traitée de « pute ».
2.3 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement retenu que l'intimée s'était évanouie et urinée dessus à la suite de la strangulation. Les témoins, soit le frère du recourant et son neveu, n'auraient pas fait état de ces éléments, ni de rougeur sur le cou de l'intimée. Les policiers n'auraient pas non plus fait état de marques sur le cou de l'intimée. Le résultat du scanner, qui ne révélait aucune lésion, serait d'emblée incompatible avec une prétendue strangulation avec perte de connaissance, laquelle entraînerait assurément des lésions internes perceptibles au scanner. L'argumentation du recourant consiste uniquement à opposer sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale. Purement appellatoire, elle est irrecevable. Au demeurant, la cour cantonale a retenu que les déclarations de l'intimée étaient crédibles, alors que celles du frère du recourant ne l'étaient pas en raison des variations de celles-ci et des liens de famille qui les unissaient. Le recourant ne démontre pas en quoi cette appréciation serait arbitraire et il n'apparaît pas que tel soit le cas. Quant aux résultats du scanner, ils permettent d'établir que l'intimée n'a subi aucune lésion interne, mais ne sont pas de nature à remettre en cause le constat de lésions sur le cou, soit à l'extérieur du corps, par ailleurs visibles sur les photographies, et on ne voit pas sur la base de quelles connaissances médicales le recourant affirme qu'une strangulation avec perte de connaissance impliquerait nécessairement des lésions internes. On ne voit enfin pas sur quoi se fonde le recourant pour affirmer que les policiers n'auraient, au moment du dépôt de plainte, aucunement constaté la présence d'hématome sur le cou ou toute autre lésion sur le corps de l'intimée et il ne l'expose pas.
2.4 Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir arbitrairement retenu que l'intimée ne l'avait pas insulté le 31 mai 2010 et que lui-même l'avait traitée de « salope ». Encore une fois, le recourant ne fait qu'opposer sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale dans une démarche purement appellatoire. Son grief est irrecevable. Au demeurant, la cour cantonale a exposé pour quelles raisons elle ne retenait pas les déclarations du frère du recourant (cf. consid. 2.2) et a relevé que le recourant avait lui-même expressément admis, dans sa seconde audition, que l'intimée ne l'avait pas insulté. Quant à l'interprétation de ses propres déclarations au sujet des insultes qu'il a proférées, le recourant ne démontre pas en quoi il serait insoutenable de retenir qu'il a admis avoir traité l'intimée de « salope ». L'appréciation des preuves n'a rien d'arbitraire.
3. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>.
3.1 Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, sans scrupules, aura mis autrui en danger de mort imminent sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
La notion de danger de mort imminent implique d'abord un danger concret, c'est-à-dire un état de fait dans lequel existe, d'après le cours ordinaire des choses, la probabilité ou un certain degré de possibilité que le bien juridique protégé soit lésé, sans toutefois qu'un degré de probabilité supérieur à 50% soit exigé. Le danger de mort imminent représente cependant plus que cela. Il est réalisé lorsque le danger de mort apparaît si probable qu'il faut être dénué de scrupules pour négliger sciemment d'en tenir compte. Quant à la notion d'imminence, elle n'est pas aisée à définir. Elle implique en tout cas, outre la probabilité sérieuse de la réalisation du danger concret, un élément d'immédiateté qui est défini moins par l'enchaînement chronologique des circonstances que par le lien de connexité directe unissant le danger et le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 70 et les références citées).
S'agissant plus précisément de la strangulation, la jurisprudence a admis qu'il pouvait y avoir danger de mort lorsque l'auteur étranglait sa victime avec une certaine intensité. Ainsi, dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a retenu une mise en danger de la vie d'autrui à la charge d'un auteur qui avait étranglé sa victime, sans pour autant lui causer de sérieuses lésions et sans qu'elle ait perdu connaissance. Il relevait que, selon les médecins légistes, la violence décrite pouvait entraîner, bien que rarement, une mort par réflexe cardio-inhibiteur, ou par asphyxie, si elle était suffisamment forte et longue (cf. aussi arrêt 6B_996/2009 du 15 mars 2010 consid. 3.3; 6S.40/2004 du 6 avril 2004 consid. 2.1; 6P.96/2001 du 15 octobre 2001 consid. 6b).
3.2 Dans la mesure où les critiques du recourant ne se fondent pas sur l'état de fait tel qu'il a été retenu, sans arbitraire (cf. supra consid. 2), par la cour cantonale, elles sont irrecevables. Il en va en particulier ainsi lorsque le recourant prétend ne pas avoir étranglé l'intimée ou qu'il conteste qu'elle se soit évanouie.
3.3 Le recourant soutient qu'il ne serait pas établi que la strangulation dont aurait été victime l'intimée serait suffisamment intense pour avoir causé un danger de mort imminent.
La cour cantonale a constaté, sans arbitraire (cf. supra consid. 2), que le recourant avait saisi l'intimée par le cou, l'avait poussée contre la fenêtre et lui avait serré le cou jusqu'à ce qu'elle s'évanouisse, s'urine dessus et s'effondre. Elle a relevé qu'il avait vigoureusement serré le cou de l'intimée, au point de laisser des traces de strangulation encore observables plusieurs heures plus tard. Ces éléments, en particulier l'évanouissement de l'intimée, établissent de manière suffisante qu'il s'agit d'une strangulation d'une certaine force, propre à entraîner un danger concret pour la vie de la victime. Il n'est pas nécessaire que la victime ait subi des lésions sérieuses. Le fait que le scanner n'ait pas révélé de lésions internes n'est ainsi pas déterminant. En conséquence, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en estimant que l'acte de strangulation incriminé revêtait une intensité suffisante pour créer un danger imminent pour la vie d'autrui au sens de l'<ref-law>. Quant à la condition d'imminence, on ne discerne pas davantage qu'elle ne serait pas réalisée, faute d'éléments extérieurs à la strangulation qui auraient pu causer le danger. Au vu de ce qui précède, on ne voit pas en quoi, contrairement à ce qu'affirme le recourant, le fait que l'intimée ne se soit pas rendue immédiatement après les faits chez le médecin et que le constat médical ait été établi par un médecin assistant et non par un spécialiste puisse avoir une influence sur l'examen de la question du danger de mort imminent. Mal fondé, le grief du recourant doit être rejeté.
3.4 Du point de vue subjectif, pour que l'infraction de mise en danger de la vie d'autrui soit réalisée, il faut que l'auteur ait agi intentionnellement et que l'acte ait été commis sans scrupules. L'auteur doit avoir conscience du danger de mort imminent pour autrui et adopter volontairement un comportement qui le crée (<ref-ruling> consid. 2d p. 75 in fine). Le dol éventuel ne suffit pas (arrêt 6B_251/2007 du 7 septembre 2007 consid. 2.1.1 et les références citées). A noter que l'auteur ne veut pas, même à titre éventuel, la réalisation du risque (<ref-ruling> consid. 3 p. 165). Selon la jurisprudence, un acte est commis sans scrupules au sens de l'<ref-law> lorsque, compte tenu des moyens utilisés, des mobiles et de l'état de l'auteur ainsi que des autres circonstances, il apparaît comme contraire aux principes généralement admis des bonnes moeurs et de la morale (<ref-ruling> consid. 2a p. 108). L'absence de scrupules caractérise toute mise en danger dont les motifs doivent être moralement désapprouvés; plus le danger connu de l'auteur est grand et moins ses mobiles méritent attention, plus l'absence de scrupules apparaît comme évidente (<ref-ruling> consid. 3).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 4).
3.5 Le recourant soutient qu'il avait comme unique intention de mettre l'intimée hors du bureau. Outre qu'on ne comprend pas comment le recourant entendait mettre l'intimée hors du bureau en la poussant contre la fenêtre et en l'étranglant jusqu'à l'évanouissement, il se borne à proposer sa propre appréciation des faits dans une démarche purement appellatoire, donc irrecevable. Il ne démontre pas en quoi il était manifestement insoutenable de retenir, comme l'a fait la cour cantonale, qu'il était conscient du danger de mort imminent qu'il faisait courir à l'intimée (cf. jugement p. 13). Par ailleurs, c'est à bon droit que la cour cantonale a retenu que le recourant avait agi sans scrupules, ce qui n'est pas critiqué par le recourant.
3.6 Au vu de ce qui précède, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en reconnaissant le recourant coupable de mise en danger de la vie d'autrui au sens de l'<ref-law>.
4. Le recourant conteste la réalisation de l'infraction d'injure.
4.1 Se rend coupable d'injure celui qui aura, par la parole, l'écriture, l'image, le geste ou par des voies de fait, attaqué autrui dans son honneur (<ref-law>). Le juge pourra exempter le délinquant de toute peine si l'injurié a directement provoqué l'injure par une conduite répréhensible (<ref-law>). Si l'injurié a riposté immédiatement par une injure ou par des voies de fait, le juge pourra exempter de toute peine les deux délinquants ou l'un d'eux (<ref-law>). L'honneur que protège l'<ref-law> est le sentiment et la réputation d'être une personne honnête et respectable, c'est-à-dire le droit de ne pas être méprisé en tant qu'être humain ou entité juridique (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 115; <ref-ruling> consid. 1a p. 58).
4.2 Dans la mesure où les critiques du recourant ne se fondent pas sur l'état de fait tel qu'il a été retenu, sans arbitraire (cf. supra consid. 2), par la cour cantonale, elles sont irrecevables. Il en va en particulier ainsi lorsque le recourant prétend qu'il n'a pas traité l'intimée de « salope », que celle-ci l'a injurié et qu'elle lui a déclaré qu'il était responsable de la mort de sa mère. S'agissant de cette dernière affirmation, la cour cantonale a retenu que l'intimée n'avait pas tenu ces propos le jour de l'altercation, mais à une autre occasion et le recourant ne démontre pas en quoi cette appréciation serait arbitraire.
4.3 A juste titre, le recourant ne conteste pas le caractère attentatoire à l'honneur des expressions adressées à l'intimée (« toxicomane » et « salope »), qui remplissent les conditions d'une telle atteinte.
S'agissant de l'expression « toxicomane », le recourant prétend toutefois qu'il aurait dû être mis au bénéfice de la preuve libératoire de la vérité.
A cet égard, la cour cantonale a relevé, se référant à l'<ref-law>, que l'auteur n'était pas admis à faire la preuve libératoire de ses allégations si celles-ci ont été articulées ou propagées sans égard à l'intérêt public ou sans autre motif suffisant, principalement dans le dessein de dire du mal d'autrui, notamment lorsqu'elles ont trait à la vie privée ou à la vie familiale. En l'espèce, il y avait lieu de constater que les termes méprisants utilisés par le recourant avaient été employés avec l'intention de blesser l'intimée et dans le dessein de nuire. Ils avaient par ailleurs été articulés sans motif suffisant, notamment sans égard à un quelconque intérêt public. On ne discernait pas quel but le recourant pouvait poursuivre, en traitant sa propre fille de « toxicomane » et de « salope qui sort avec des hommes mariés », si ce n'est celui de l'offenser. L'intention de nuire était patente. Il n'y avait pas de place pour les preuves libératoires. Le raisonnement de la cour cantonale ne prête pas le flanc à la critique et peut être suivi. Le recourant ne formule, par ailleurs, aucun grief à cet égard, se contentant d'affirmer qu'il a fait la preuve de la vérité de son allégation. Son grief, dont il apparaît douteux qu'il soit suffisamment motivé au regard de l'<ref-law>, est infondé.
4.4 Le recourant soutient que l'autorité cantonale aurait dû faire application de l'<ref-law>.
Selon la jurisprudence, cette disposition s'applique lorsque l'injure consiste en une réaction immédiate à un comportement répréhensible qui a provoqué chez l'auteur un sentiment de révolte. Il peut s'agir d'une provocation ou d'un autre comportement blâmable. Celui-ci ne doit pas nécessairement viser l'auteur de l'injure; une conduite grossière en public peut suffire (<ref-ruling> consid. 2c p. 273; <ref-ruling>). La notion d'immédiateté doit être comprise comme une notion de temps dans le sens que l'auteur doit avoir agi sous le coup de l'émotion provoquée par la conduite répréhensible de l'injurié, sans avoir eu le temps de réfléchir tranquillement (ATF <ref-ruling>).
L'autorité cantonale a constaté d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>), qu'aucun comportement répréhensible ne pouvait être reproché à l'intimée. Elle a en particulier relevé que le fait que l'intimée refuse de quitter son poste de travail ne constituait nullement une conduite répréhensible qui pouvait justifier qu'elle soit traitée de « salope » et de « toxicomane ». C'est donc à juste titre qu'elle n'a pas appliqué l'<ref-law>. Le grief du recourant se révèle infondé.
5. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens au Ministère public (<ref-law>), ni à l'intimée qui n'a pas été invitée à procéder (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 13 mai 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet