Sachverhalt:
A. Die X._ AG hat Sitz in A._/AG und verfügt über ein Aktienkapital von Fr. 300'000.--. Sie bezweckt die Konzeption, Implementierung und Umsetzung von Verkaufsmanagement-Strategien im In- und Ausland in den Bereichen Industrie, Handel und Dienstleistungen, wobei der Gesellschaftszweck auch die damit verbundene Beratung, Ausbildung und Schulung umfasst. Die X._ AG wird zu 100 % von A.A._ und A.B._ gehalten, die in B._/ZH und Las Vegas/USA wohnhaft sind. Neben der X._ AG hielten sie während der hier massgeblichen Zeitspanne sämtliche Aktien der C._, einer Aktiengesellschaft mit einem Grundkapital von Fr. 100'000.-- und mit Sitz in A._/AG und Zweigniederlassung in B._/ZH, die zugleich die Arbeitgeberin von A.A._ und A.B._ war, sowie sämtliche Aktien der D._ AG mit Sitz in Zürich und einem Aktienkapital von Fr. 100'000.--. Ausserdem hielten sie sämtliche Aktien der E._ mit einem Stammkapital von USD 25'000.-- sowie der F._ mit einem Stammkapital von USD 2'000.--, beide mit Sitz in Las Vegas/USA. A.A._ und A.B._ sind daneben Eigentümer von zwei Liegenschaften in den USA.
B. Für die Steuerperiode 2002 deklarierte die X._ AG für die Kantons- und Gemeindesteuern einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 28'807.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. 1'370'874.-- bzw. für die Steuerperiode 2003 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 33'730.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. 1'480.665.--. Am 26. und 27. April 2005 führte der Revisor des Kantonalen Steueramtes Aargau am Domizil der X._ AG eine steueramtliche Revision für die Steuerjahre 2002 und 2003 durch. In der Folge fanden diverse Besprechungen mit Vertretern der X._ AG statt und wurde die Steuerpflichtige mehrere Male aufgefordert, fehlende Unterlagen einzureichen. Mit Verfügung vom 13. August 2007 veranlagte das Kantonale Steueramt Aargau die X._ AG betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern für die Steuerperiode 2002 auf einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 1'034'438.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. 590'874.--. Anlass zu den Aufrechnungen gaben aus der Sicht der Steuerbehörde nicht begründbarer Aufwand bzw. geldwerte Leistungen der X._ AG an Nahestehende. Dagegen erhob die steuerpflichtige Person Einsprache, und im Rahmen dieses Verfahrens (bzw. während des Veranlagungsverfahrens für die Steuerperiode 2003) wurden erneut Vertreter der X._ AG mehrfach angehört. Eine letzte Aussprache vom 15. Februar 2008 fand im Beisein des Vorstehers des Finanzdepartements des Kantons Aargau statt. Mit Schreiben vom 20. Februar 2008 stellte das Kantonale Steueramt Aargau hinsichtlich des Einspracheentscheids für die Steuerperiode 2002 in Aussicht, angesichts der formellen Mängel der Jahresrechnung 2002 werde man den entsprechenden steuerbaren Reingewinn "ermessensweise" festsetzen, und die noch offene Veranlagung 2003 werde unverzüglich entsprechend dem Veranlagungsvorschlag eröffnet. Mit Verfügung vom 20. Februar 2008 veranlagte das Kantonale Steueramt Aargau die X._ AG betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern für die Steuerperiode 2003 auf einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 925'291.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. 300'000.--. Auch dagegen erhob die X._ AG Einsprache. Mit Entscheiden vom 15. Mai 2008 wies das Kantonale Steueramt Aargau die Einsprachen ab und bestätigte die "ermessensweise" festgesetzten steuerbaren Reingewinne. Die Rekurse bzw. Beschwerden hiergegen wiesen das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 21. Oktober 2010 und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau am 17. August 2011 ab.
Gegen diese Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 17. August 2011 (versandt am 22. September 2011) erhebt die X._ AG mit Eingaben vom 21. Oktober 2011 Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 17. August 2011 seien aufzuheben und die Sachen seien zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid über die Veranlagung für die Steuerperiode 2002 bzw. 2003 an das Kantonale Steueramt Aargau bzw. an das Steuerrekursgericht Aargau bzw. an das Verwaltungsgericht Aargau zurückzuweisen. Eventualiter sei das Kantonale Steueramt Aargau anzuweisen, ein amtliches Gutachten zur Klärung der Frage, ob die Jahresrechnung der X._ AG für das Geschäftsjahr 2002 bzw. 2003 ordnungsgemäss sei, einzuholen; gegebenenfalls habe sich dieses Gutachten auch über die geschäftsmässige Begründetheit der strittigen Aufwendungen im Geschäftsjahr 2002 bzw. 2003 zu äussern. Zudem beantragt sie, den Beschwerden sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Sie rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>), eine unrichtige Rechtsanwendung sowie eine offensichtlich unvollständige Sachverhaltsfeststellung.
C. Das Kantonale Steueramt Aargau und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragen die Abweisung der Beschwerden, während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Stellungnahme verzichtet.


D. Mit Verfügungen vom 20. Februar 2012 erkennt der Präsident der Il. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts den Beschwerden aufschiebende Wirkung zu.
Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleichlautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Angefochten sind zwei Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>), die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fallen und daher mit Beschwerden an das Bundesgericht weitergezogen werden können (Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>) geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und es legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
1.4 Im vorliegenden Verfahren ist die Anwendung des kantonalen Rechts streitig, so insbesondere § 68 sowie § 191 Abs. 3 bzw. § 193 Abs. 2 des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Januar 1998 (StG/AG; SAR 651.100). Diese Normen stimmen inhaltlich mit Art. 24 Abs. 1 sowie Art. 46 Abs. 3 bzw. Art. 48 Abs. 2 StHG überein. Ein Gestaltungsspielraum zugunsten des kantonalen Gesetzgebers, welcher zur Willkürkognition führte, ist nicht ersichtlich. Demnach prüft das Bundesgericht auch die Anwendung des harmonisierten kantonalen Rechts mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2 S. 210; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 1.3 mit Hinweisen, in: StR 67 S. 128). Soweit die harmonisierungsrechtliche und die bundessteuergesetzliche Regelung übereinstimmen, ist aus Gründen der vertikalen Steuerharmonisierung eine identische Auslegung geboten. Die Praxis zu Art. 58 sowie Art. 130 Abs. 2 bzw. Art. 132 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) kann analog berücksichtigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 116; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 1.3 mit Hinweisen, in: StR 67 S. 128).
1.5 Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerdeschrift nur teilweise. Soweit sie nicht erfüllt sind, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (vgl. E. 4.2 und E. 5).
2. 2.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss <ref-law> bzw. § 68 StG/AG (sowie Art. 24 Abs. 1 StHG) zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c). Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z. B. über eine ihm nahestehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (<ref-ruling> E. 5.1 S. 607; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.1 und 3.2.1; 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.1, in: StR 64, S. 915, 916; je mit Hinweisen). Als geldwerte Leistungen gelten insbesondere Ertragsverzichte zugunsten des Aktionärs oder einer ihm nahestehenden Person, die bei der Gesellschaft zu einer entsprechenden Kürzung des in der Erfolgsrechnung ausgewiesenen Gewinnes führen. Solche Ertragsverzichte liegen vor, wenn die Gesellschaft auf ihr zustehende Einnahmen ganz oder teilweise zugunsten des Aktionärs oder diesem nahestehenden Personen verzichtet bzw. wenn diese nicht jene Gegenleistung erbringen, welche die Gesellschaft von einem unbeteiligten Dritten fordern würde (<ref-ruling> E. 2.2 S. 59 f.; Urteil 2C_680/2011 und 2C_681/2011 vom 16. Januar 2012 E. 2.1; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.3.1).
2.2 Bei diesem Drittvergleich hat die Beurteilung vom Standpunkt der jeweiligen steuerpflichtigen Person aus zu erfolgen (PETER BRÜLISAUER/FLURIN POLTERA, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 54 zu <ref-law>; ROBERT DANON, in: Commentaire Romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 107 zu Art. 57-58 DBG; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 98 zu <ref-law>). Hingegen ist eine Beurteilung vom Konzern aus, dem die steuerpflichtige juristische Person angehört, nicht zulässig; Rechtsgeschäfte zwischen Konzerngesellschaften sind zu den gleichen Bedingungen abzuwickeln, wie sie auch mit aussenstehenden Dritten vereinbart würden (<ref-ruling> E. 4.1 S. 61; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.2.2, in: StR 67 S. 129; 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.3, in: StR 64 S. 917). Bei geldwerten Leistungen zwischen Schwestergesellschaften fliesst der Vorteil unmittelbar von einer Schwestergesellschaft zur anderen; der an den Gesellschaften beteiligte Alleinaktionär ist mittelbar betroffen, indem der Wert der Beteiligung an der leistenden Gesellschaft abnimmt, während sich der Wert der empfangenden Gesellschaft entsprechend erhöht. Eine solche geldwerte Leistung zwischen Schwestergesellschaften fusst regelmässig auf dem gemeinsamen Beteiligungsverhältnis, weshalb sich Zuwendungen an Schwestergesellschaften als (verdeckte) Gewinnausschüttungen an den Alleinaktionär einerseits und von diesem als (verdeckte) Kapitaleinlage an die empfangende Gesellschaft andererseits erweisen, d. h., es gilt die Dreieckstheorie (<ref-ruling> E. 4.2 S. 62; 2C_84/2011 und 2C_85/2011 vom 18. Mai 2011 E. 2.2; je mit Hinweisen).
2.3 Die Frage, ob ein Aufwand geschäftsmässig begründet ist, beantwortet die Betriebs- oder Unternehmungswirtschaftslehre. Geschäftsmässig begründet sind Kosten, wenn sie aus unternehmungswirtschaftlicher Sicht vertretbar erscheinen; nach der Rechtsprechung sind Aufwendungen dann geschäftsmässig begründet, wenn sie mit dem erzielten Erwerb unternehmungswirtschaftlich in einem unmittelbaren und direkten (organischen) Zusammenhang stehen (<ref-ruling> E. 3c S. 33; 113 lb 114 E. 2c S. 118 f.; Urteil 2C_104/2010 vom 23. Juni 2010 E. 2.2.1). Somit muss alles, was nach kaufmännischer Auffassung in guten Treuen zum Kreis der Unkosten gerechnet werden kann, steuerlich als geschäftsmässig begründet anerkannt werden. Dabei spielt es keine Rolle, ob ein Betrieb auch ohne den infrage stehenden Aufwand ausgekommen wäre und ob dieser Aufwand im Sinne einer rationellen und gewinnorientierten Betriebsführung zweckmässig war (vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 118 f.; Urteil 2P.153/2002 vom 29. November 2002 E. 3.2). Die Frage, ob ein Aufwand geschäftsmässig begründet ist, lässt sich damit namentlich anhand des Gesellschaftszwecks beurteilen (BRÜLISAUER/POLTERA, a.a.O., N. 49 zu <ref-law>; DANON, a.a.O., N. 3 zu Art. 59 LIFD; LOCHER, a.a.O., Rz. 2 zu <ref-law>).
2.4 Was schliesslich die Beweislast anbetrifft, so gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen und die steuerpflichtige Person für steueraufhebende oder -mindernde Tatsachen trägt (<ref-ruling> E. 4.3 S. 158; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.4; 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.4 mit Hinweisen, in: StR 64/2009 S. 915 und StE 2010 B 72.13.22 Nr. 52). Bei einem von der steuerpflichtigen Gesellschaft erfolgswirksam verbuchten Aufwandposten ist es grundsätzlich an dieser, den Nachweis zu erbringen, dass diese Erfolgsminderung geschäftsmässig begründet ist. Kann sie hierfür sachliche Gründe, d. h. genügende Tatsachen für den Nachweis der geschäftsmässigen Begründetheit (Urteil 2C_392/2009 vom 23. August 2010 E. 3.2, in: ASA 79 S. 710) anführen, kommt der aus <ref-law> abgeleitete Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die Steuerbilanz zum Tragen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 359 f.; vgl. auch Urteil 2C_290/2011 vom 12. September 2011 E. 5.3). Allerdings gelten höhere Beweisanforderungen, wenn Abzüge für Leistungen ins Ausland geltend gemacht werden. Es sind genauere und vollständigere Angaben erforderlich, weil sich die Verhältnisse des ausländischen Leistungsempfängers der Kontrolle durch die inländischen Steuerbehörden entziehen. Es genügt daher nicht, nur den Zahlungsempfänger zu nennen, sondern es sind die gesamten Umstände darzulegen, die im konkreten Fall zu deren Ausrichtung geführt haben (Grundgeschäfte, weitere Vereinbarungen mit Zahlungsempfängern, lückenlose Korrespondenz mit Zahlungsempfängern und allenfalls involvierten Banken; vgl. Urteil 2C_524/2010 und 2C_525/2010 vom 16. Dezember 2010 E. 2.4; 2C_421/2010 vom 2. November 2010 E. 2.1, in: StR 66 S. 204).
3. 3.1 Alle vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, sind aufzurechnen (vgl. E. 2.1). Diese sog. Aufrechnungen erfolgen im Rahmen des ordentlichen Veranlagungsverfahrens, wo die Steuerbehörde den Umfang der Steuerforderung feststellt. Dabei hat die Veranlagungsbehörde die für die Existenz der Steuerforderung massgeblichen Tatsachen von Amtes wegen festzustellen. Die steuerpflichtige Person hat diejenigen Handlungen vorzunehmen, welche die für die vom Gesetz vorgesehene Mitwirkung an der Veranlagung darstellen (<ref-law>). Bestehen - unabhängig einer allfälligen Verletzung von Mitwirkungspflichten durch die steuerpflichtige Person - Unklarheiten über die tatsächliche Höhe der Steuerforderung, so hat die Steuerbehörde die entsprechende Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen zu schätzen.
3.2 Das Steuerrekursgericht stellt in seinen Urteilen vom 21. Oktober 2010 richtigerweise klar, dass es sich materiell nicht um Ermessensveranlagungen im Sinne von <ref-law> handle, wenn bestimmten Ausgaben die geschäftsmässige Begründetheit abgesprochen wird und diese infolge dessen aufzurechnen sind; die auf eine rechtliche Qualifikation gestützte Aufrechnung braucht nicht vorgängig mittels Mahnung angedroht zu werden. Demgegenüber beanstandet die Vorinstanz wiederum (wie schon die Veranlagungsbehörde) die Ordnungsmässigkeit der Buchhaltung der Beschwerdeführerin und scheint damit von einer Ermessensveranlagung zufolge unzuverlässiger Unterlagen auszugehen. Dabei qualifiziert sie das Schreiben vom 27. (recte: 20.) Februar 2008 als rechtsgenügende Mahnung, sieht allerdings von einer bloss eingeschränkten Überprüfung ab. Dieses Vorgehen der Vorinstanz erweist sich als unklar, und insoweit ist die Kritik der Beschwerdeführerin am "widersprüchlichen Veranlagungsprozedere" gerechtfertigt. In der Sache ist die Kritik jedoch unbegründet: Wenn es um blosse "Aufrechnungen" geht, liegen keine Ermessensveranlagungen im Sinne von <ref-law> vor; vielmehr handelt es sich dabei um die Würdigung der Steuerfaktoren, daran ändert auch nichts, wenn im Gegenzug - im Interesse der steuerpflichtigen Gesellschaft - für einen Teil des verbuchten Aufwands die geschäftsmässige Begründetheit anerkannt wird und man diese Komponente schätzt.
3.3 So besehen zielen die Rügen der Beschwerdeführerin am Kern der Sache vorbei, soweit sie sich mit einer "Ermessensveranlagung" befassen. Eine solche liegt hier - entgegen der Veranlagungsbehörde und offenbar auch der Vorinstanz - mit dem Steuerrekursgericht nicht vor, sodass eine vorgängige Mahnung entbehrlich war und auch die Überprüfungsmöglichkeiten intakt sind: Da man sich nie ausserhalb des ordentlichen Veranlagungsverfahrens befand, brauchte das Steuerrekursgericht die Beschwerdeführerin nicht erneut anzuhören und das Steuerrekursgericht war nicht gehalten, weitere Unterlagen einzufordern, nachdem dies im vorinstanzlichen Verfahren wiederholt erfolglos geschehen war. Auch soweit die Beschwerdeführerin eine offensichtlich unvollständige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz geltend macht, bezieht sie diese Rüge wieder auf die Frage der Mahnung und des Verfahrens, ein eigentlicher Sachverhaltsmangel liegt damit nicht vor.
4. 4.1 Bei der Frage, ob die umstrittenen Ausgaben der Beschwerdeführerin als geschäftsmässig begründeter Aufwand zu qualifizieren sind, knüpft die Beschwerdeführerin an die (zunächst) allgemeinen Ausführungen der Veranlagungsbehörde bzw. Vorinstanz an, welche die Ordnungsmässigkeit der Buchhaltung der Beschwerdeführerin beanstanden. Das Steuerrekursgericht hat dagegen richtigerweise keine Globalbetrachtung bezüglich der Qualität der Bücher angestellt, sondern die geschäftsmässige Begründetheit ganz bestimmter Zahlungen der Beschwerdeführerin im Einzelnen direkt untersucht und durchwegs verneint. Im Ergebnis gehen auch die Veranlagungsbehörde und die Vorinstanz bezüglich dieser Zahlungen gleich vor und untersuchen im Einzelnen, ob sie zu Recht erfolgswirksam verbucht wurden. Dabei ist offensichtlich, dass diese Beurteilung nur aus der Sicht der Beschwerdeführerin und im Lichte ihres Gesellschaftszwecks zu erfolgen hat (vgl. E. 2.2 f.). Da es sich um Zahlungen an ausländische Gesellschaften handelt, waren zudem qualifizierte Beweisanforderungen zu beachten (vgl. E. 2.4).
4.2 Im vorliegenden Verfahren rügt die Beschwerdeführerin nur noch die steuerliche Behandlung der Zahlungen an die Schwestergesellschaften, womit die übrigen Aufrechnungen nicht mehr Streitgegenstand bilden. Bezüglich der umstritten gebliebenen Zahlungen bringt die Beschwerdeführerin vor, die Buchhaltungen der (ausländischen) Schwestergesellschaften seien zu Unrecht nicht überprüft und deshalb sei nicht erkannt worden, dass diese nur gerade Leistungen an die Beschwerdeführerin erbracht hätten. Dabei verkennt sie aber, dass der Drittvergleich vom Standpunkt der steuerpflichtigen Gesellschaft aus und nicht aus der Optik des Konzerns oder einer Konzerngesellschaft zu erfolgen hat (vgl. E. 2.2). Unter diesem Gesichtswinkel wurden die Vorbringen der Beschwerdeführerin von der Vorinstanz genügend gewürdigt; es liegt damit auch mit Blick auf die Überprüfung der Buchhaltung weder eine Verletzung des rechtlichen Gehörs noch eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung vor. Mit ihren allgemein gehaltenen Vorbringen legt die Beschwerdeführerin auch nicht im Einzelnen dar, inwiefern die beiden Aspekte verletzt sein sollen, weshalb ihre Beschwerde die Begründungsanforderungen insoweit nicht erfüllt.
5. Die Beschwerden betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2002 und 2003 erweisen sich damit als unbegründet und sind entsprechend abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Mit der Bestätigung des angefochtenen Entscheids wird auch der (im Übrigen nicht substanziierte) Eventualantrag auf Einholung eines amtlichen Gutachtens gegenstandslos.
6. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_862/2011 und 2C_863/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 6'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Hänni