Faits:
A. Par arrêt du 28 février 2007, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a condamné X._, pour violation de l'art. 23 al. 2 LSEE, à une peine privative de liberté de neuf mois et à une peine pécuniaire de trente jours-amende, dont le montant n'a pas été fixé, avec sursis pendant deux ans. L'arrêt précisait que ces peines étaient entièrement couvertes par la détention préventive subie.
B. Par arrêt du 2 mai 2008 (ATF 6B_215/2007), le Tribunal fédéral a partiellement admis le pourvoi en nullité de X._, retenant que, pour ce qui était des sept personnes citées au consid. 19.3 p. 41 et 42 de l'arrêt entrepris, la condamnation du recourant pour violation de l'art. 23 al. 2 LSEE devait être confirmée mais qu'il en allait différemment s'agissant des autres personnes de la liste énoncée sous ch. 1.3 de l'acte d'accusation. Le jugement attaqué a ainsi été annulé sur ce point et la cause renvoyée au TPF pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours a été rejeté.
C. Par ordonnance du 9 juillet 2009, la Cour des affaires pénales du TPF a confirmé aux parties que la tenue de nouveaux débats n'était pas nécessaire et qu'elle avait l'intention de rendre une décision écrite.
Par arrêt du 10 août 2009, cette autorité a condamné X._, pour violation de l'art. 23 al. 2 LSEE, à une peine privative de liberté de cinq mois et à une peine pécuniaire de 20 jours-amende, à 20 fr./j, ces peines étant entièrement couvertes par la détention préventive subie. Elle l'a mis au bénéfice du sursis pendant deux ans. Elle lui a alloué une indemnité de 28'200 fr., dont à déduire 6'000 fr. à titre de participation aux frais de procédure. Elle a arrêté à 91'500 fr., TVA non comprise, dont à déduire les acomptes déjà reçus, l'indemnité due au défenseur d'office, cette indemnité étant à la charge de la Confédération.
D. X._ dépose un recours au Tribunal fédéral, concluant à ce qu'il soit acquitté, à ce que les frais de 6'000 fr. soient laissés à la charge de la Confédération et à ce qu'une indemnité de 150'000 fr. lui soit allouée, ceci sous réserve d'un préjudice ultérieur supérieur. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Y._ dépose également un recours, concluant à ce qu'une indemnité de 98'200 fr. (TVA non comprise) lui soit versée en qualité de défenseur d'office, sous déduction des acomptes déjà versés.

Considérant en droit:
I. Recours de Z._
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III I consid 1.1 p. 3; <ref-ruling> consid. 2 p. 630).
1.1 Dans la mesure où il statue sur les questions incidentes, l'action pénale et la quotité de la peine, l'arrêt de la Cour des affaires pénales du TPF peut faire l'objet d'un recours en matière pénale, au sens des art. 78 al. 1 et 80 al. 1 in fine LTF. En sa qualité d'accusé, acquitté partiellement mais néanmoins condamné en application de la LSEE, le recourant est habilité à former un tel recours au Tribunal fédéral au regard de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF.
1.2 Quant à la disposition par laquelle la Cour des affaires pénales a statué sur la demande d'indemnité (art. 122 en corrélation avec l'art. 176 PPF) du recourant, elle porte sur une prétention en responsabilité fondée sur le droit public fédéral, qui ressortit au recours en matière de droit public (<ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 46).
Le recourant conclut au versement d'une indemnité pour détention injustifiée et tort moral d'un montant de 150'000 fr. La valeur litigieuse excède par conséquent la limite fixée par l'<ref-law>. La cour de céans est, par ailleurs, compétente pour examiner cette question (art. 30 al. 1 let. c ch. 1 et <ref-law>).
1.3 Il s'ensuit que le présent recours est en principe recevable. Il sera traité suivant les <ref-law> en ce qui concerne l'action pénale et selon les <ref-law> pour ce qui est de la demande d'indemnité du recourant.
2. Le recourant reproche au TPF de ne pas avoir tenu une nouvelle audience de jugement suite à l'annulation partielle de son premier arrêt par le Tribunal fédéral. Il déduit cette obligation des art. 97, 179, 181 PPF et de son droit d'être entendu.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend en particulier le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de produire des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.).
Bien que la loi sur le Tribunal fédéral ne contienne pas de disposition semblable à l'art. 277ter PPF, l'autorité inférieure, à laquelle la cause est renvoyée à la suite de l'admission d'un recours en matière pénale, est liée par l'arrêt de renvoi, principe qui découle directement du rôle confié au Tribunal fédéral par la Constitution (art. 188 al. 1 Cst; Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4143 ch. 4.1.4.5 in fine).
Avant de statuer suite à un renvoi par une juridiction supérieure, l'autorité saisie doit respecter le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., ce qui implique notamment, en règle générale, qu'elle donne à l'accusé une nouvelle occasion de s'exprimer. Il ne peut être fait exception à ce principe que lorsque l'autorité inférieure ne dispose d'aucune latitude quant à la décision à rendre; tel n'est pas le cas lorsque la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a adopté une autre conception juridique qui modifie le cadre des faits pertinents ou encore lorsque la peine doit être fixée à nouveau, ce qui implique la prise en compte de la situation personnelle de l'accusé au moment du jugement (<ref-ruling> consid. 2e p. 139; <ref-ruling> consid. 2d).
2.2 En l'espèce, la Cour des affaires pénales du TPF n'avait nullement à se déterminer sur la culpabilité ou l'innocence du recourant, les infractions retenues contre lui ayant définitivement été arrêtées dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 2 mai 2008. Il lui incombait exclusivement de fixer à nouveau la peine compte tenu des infractions ainsi retenues et des critères posés par l'<ref-law> et d'arrêter le montant de l'indemnité due pour la détention injustifiée. Certes, sous réserve de l'interdiction de la reformatio in pejus, elle disposait, dans le cadre légal donné, d'un large pouvoir d'appréciation, ainsi que le lui reconnaît le droit fédéral. Cependant, les éléments pertinents pour fixer la peine, comme la situation personnelle du recourant, ses antécédents, ses mobiles, avaient déjà été établis par la Cour des affaires pénales dans sa décision du 28 février 2007 et le recourant avait alors été entendu devant elle en audience publique. En outre, par courrier du 13 novembre 2008, le recourant a été requis d'adresser au TPF ses conclusions brièvement motivées ainsi que d'actualiser sa situation personnelle et financière au moyen d'un formulaire qui était joint. Il a donc eu la possibilité et le temps nécessaire pour requérir des moyens, à savoir une expertise pour déterminer le dommage subi en raison de son arrestation et de sa détention, expertise que les juges ont estimée inutile, et de se prononcer sur sa situation personnelle et financière. Dans ces conditions, la Cour des affaires pénales disposait de tous les éléments nécessaires pour se prononcer, l'affaire ne soulevant aucune question de fait qui ne pût être résolue sur la base du dossier. La comparaison entre les arrêts successifs de la Cour atteste d'ailleurs de l'identité des éléments pris en compte pour fixer la peine et l'indemnité.
Vu l'ensemble de la procédure et les questions finalement soumises au TPF, le défaut d'audience publique n'a pas lésé le droit d'être entendu du recourant. Pour le reste, ce dernier ne saurait davantage se prévaloir des art. 97, 179 et 181 PPF, ces dispositions concernant la langue des débats (cf. art. 97 PPF), le contenu du jugement (cf. art. 179 PPF) et celui du procès-verbal (cf. art. 181 PPF), mais n'octroyant pas à l'accusé un droit absolu à de nouveaux débats suite à un arrêt de renvoi.
3. Le recourant se plaint du délai non prolongeable qui lui a été fixé au 20 juillet 2009 pour faire valoir ses moyens de preuves.
3.1 L'art. 6 par. 3 let. b CEDH garantit au prévenu le droit de disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense (cf. Harris/Boyle/Warbrick, Law of the European Convention on Human Rights, Londres 1995, p. 250; Frowein/Peukert, EMRK-Kommentar, 2ème éd., n. 175 ad art. 6 CEDH).
3.2 Le TPF a, par courrier du 9 juillet 2009, imparti au recourant et au ministère public de la Confédération un dernier délai non prolongeable au 20 juillet 2009, pour répéter éventuellement leurs moyens de preuves ou, cas échéant, pour en faire valoir de nouveaux. Certes, ce dernier délai est relativement bref. Reste que l'autorité de première instance a octroyé les premiers délais pour que les parties puissent déposer leurs conclusions dès le mois de novembre 2008 et qu'elle les a successivement prolongés sur demande notamment du recourant (cf. pièces n° 273410 001 ss). Par ailleurs, le litige était circonscrit à des points très limités suite à l'arrêt de renvoi du 2 mai 2008. Dans ces circonstances, on ne discerne aucune violation du droit d'être entendu ou des droits de la défense du recourant.
4. Le recourant voit une violation de son droit d'être entendu dans le fait que l'autorité de première instance a refusé d'ordonner une expertise médicale pour évaluer la détérioration de son état de santé et de celui de sa famille suite à son arrestation et sa longue détention.
4.1 Le droit d'être entendu selon l'art. 29 al. 2 Cst. comprend le droit de faire administrer des preuves, notamment d'obtenir une expertise. Ce droit suppose que le fait à prouver soit pertinent, que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait et que la demande soit présentée selon les formes et délais prescrits par le droit cantonal. Par ailleurs, la garantie constitutionnelle n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
4.2 La Cour des affaires pénales a estimé qu'il n'était pas nécessaire d'ordonner la mise en oeuvre d'une expertise psychiatrique. Elle a considéré qu'un rapport médical ainsi que les factures correspondantes suffisaient à établir la réalité des troubles de santé allégués, ainsi que les frais médicaux consentis pour les soigner, et leur lien de causalité avec la procédure pénale.
L'argumentation du recourant est purement appellatoire. En effet, il se contente d'affirmer que les circonstances très brutales de son arrestation et sa longue détention ont eu des incidences très négatives sur son état de santé et celui de sa famille et qu'une expertise s'imposait pour déterminer l'atteinte et le dommage subi, un simple rapport médical étant insuffisant à ce sujet. Cette critique est insuffisante pour démontrer en quoi l'appréciation du TPF selon laquelle un rapport médical aurait été suffisant serait arbitraire et donc irrecevable.
5. Le recourant soutient qu'il ne peut plus être condamné pour violation de l'art. 23 LSEE, l'abrogation de cette loi étant effective en tous les cas au 1er janvier 2009, soit antérieurement à la date du nouveau jugement. Il relève également que l'arrêt entrepris ne mentionne pas les dates de commission des infractions et estime que celles-ci pourraient être prescrites.
Ces griefs sont irrecevables. En effet, l'intéressé se contente de contester les infractions commises, alors même que le Tribunal fédéral avait confirmé, dans son arrêt du 2 mai 2008, sa condamnation pour ce qui était des sept personnes citées au consid. 19.3 p. 41 et 42 de l'arrêt entrepris et que le renvoi, pour réexamen de la situation, à l'autorité inférieure ne portait absolument plus sur ces questions.
6. Le recourant se plaint de la peine infligée.
6.1 Se prévalant d'une motivation insuffisante, il reproche à l'autorité de première instance de ne pas avoir expliqué pourquoi elle prononçait cumulativement une peine d'emprisonnement et une peine pécuniaire, alors que le seul prononcé de jours-amende aurait suffi à le sanctionner.
Cette critique est vaine, dès lors que c'est la loi elle-même, soit l'art. 28 al. 2 LSEE, qui prévoyait le cumul obligatoire entre la peine privative de liberté et la peine pécuniaire, sans autre appréciation possible par les autorités judiciaires.
6.2 Le recourant estime que la sanction prononcée à son encontre est trop sévère.
L'intéressé s'est rendu coupable de violation aggravée de la LSEE au sens de l'art. 23 al. 2 de cette loi, qui prévoit une peine privative de liberté cumulée avec une peine pécuniaire. Il a, au sein d'un groupe constitué de cinq autres personnes, porté assistance, contre rémunération, à sept étrangers qui ont séjourné en Suisse, sans droit, alors qu'il connaissait l'illégalité de leur présence dans le pays. Son activité d'entremetteur était essentielle dans le fonctionnement du réseau. Il a agi pour s'enrichir, à de nombreuses reprises, pendant plusieurs années. Sa situation ne saurait justifier son comportement; en effet, il était établi en Suisse avec son épouse et ses cinq enfants depuis de nombreuses années et toute la famille percevait des prestations de l'assistance sociale. Aucun élément ne justifiait qu'il violât les dispositions légales en vigueur dans le pays où il avait trouvé asile et qu'il participât aux activités d'un réseau d'immigration clandestine. En sa faveur, il n'a pas de casier judiciaire. De plus, il bénéficie de la circonstance atténuante du temps relativement long écoulé depuis l'infraction au sens de l'art. 48 let. e CP. Au regard de l'ensemble de ces éléments, l'arrêt attaqué ne viole pas le droit fédéral en fixant la sanction à une peine privative de liberté de cinq mois et à une peine pécuniaire de 20 jours-amende. Pour le reste, le recourant ne conteste pas le montant du jour-amende qui a été arrêté à 20 fr.
7. Le recourant requiert une indemnité de 150'000 fr., sous réserve d'un préjudice ultérieur supérieur, pour la détention injustifiée et le tort moral subi. Il reproche à la Cour des affaires pénales de ne pas avoir tenu compte de ses souffrances psychologiques ainsi que de celles de sa famille suite à son arrestation brutale et sa détention injustifiée.
7.1 Selon l'art. 176 PPF, en cas d'acquittement, la Cour statue conformément aux principes de l'art. 122 al. 1, sur l'allocation d'une indemnité à l'accusé acquitté. L'art. 122 PPF prévoit qu'une indemnité est attribuée sur demande, pour préjudice résultant de la détention préventive ou d'autres actes de l'instruction, à l'inculpé qui est mis au bénéfice d'une ordonnance de non-lieu. L'indemnité peut être refusée lorsque l'inculpé a provoqué ou entravé les opérations de l'instruction par son attitude répréhensible ou par sa légèreté.
Le droit à l'indemnisation est donné pour tout préjudice résultant de la détention ou d'autres actes d'instruction. L'atteinte et le dommage doivent, pour être indemnisés, être d'une certaine intensité (<ref-ruling> consid. 2c p. 47). En matière de détention injustifiée, la jurisprudence a confirmé que le montant de l'indemnité doit être fixé en fonction de la gravité de l'atteinte portée à la personnalité (<ref-ruling> consid. 3a p. 98). Il faut tenir compte de toutes les circonstances, notamment des effets négatifs de la détention sur l'intégrité physique, psychique ou encore sur la réputation (<ref-ruling> consid. 5b/aa p. 458). L'activité professionnelle du lésé doit également être prise en compte dans cette appréciation (<ref-ruling> consid. 3a p. 98). Il appartient au demandeur d'invoquer et de prouver les atteintes subies (<ref-ruling> consid. 4b p. 218). Le Tribunal fédéral considère en principe qu'un montant de 200 fr. par jour en cas de détention injustifiée de courte durée constitue une indemnité appropriée, dans la mesure où il n'existe pas de circonstances particulières qui pourraient fonder le versement d'un montant inférieur ou supérieur (ATF 8G.12/2001 du 19 septembre 2001 consid. 6b/bb). Lorsque la détention injustifiée s'étend sur une longue période, ce qui est le cas en l'espèce, puisque le recourant a été privé de liberté durant plus de 10 mois, la jurisprudence a précisé qu'une augmentation linéaire du montant accordé dans les cas de détentions plus courtes n'est pas adaptée, car le fait de l'arrestation et de la détention pèse d'un poids en tout cas aussi important que l'élément de durée pour apprécier l'atteinte que subit la personne incarcérée (cf. <ref-ruling> consid. 3b).
Une indemnité peut être refusée en tout ou partie au prévenu qui a provoqué l'instruction par sa faute ou qui a, sans raison, entravé ou prolongé la procédure, même s'il a subi un préjudice important. De façon générale, si un comportement contraire à la seule éthique ne peut justifier le refus d'indemniser le prévenu libéré des fins de la poursuite pénale, la jurisprudence a étendu la notion de comportement fautif à la violation de toute norme de comportement, écrite ou non, résultant de l'ordre juridique suisse dans son ensemble (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168). Le droit civil non écrit interdit de créer un état de fait propre à causer un dommage à autrui, sans prendre les mesures nécessaires afin d'en éviter la survenance. Celui qui contrevient à cette règle peut être tenu, selon l'<ref-law>, de réparer le dommage résultant de son inobservation (<ref-ruling> consid. 2a/aa p. 115). Or, les frais directs et indirects d'une procédure pénale, y compris l'indemnité qui doit éventuellement être payée au prévenu acquitté, constituent un dommage pour la collectivité publique. De même, le droit de procédure pénale interdit implicitement de créer sans nécessité l'apparence qu'une infraction a été ou pourrait être commise, car un tel comportement est susceptible de provoquer l'intervention des autorités répressives et l'ouverture d'une procédure pénale et, partant, de causer à la collectivité le dommage que constituent les frais liés à une instruction pénale ouverte inutilement. Il y a comportement fautif, dans ce cas, lorsque le prévenu aurait dû se rendre compte, sur le vu des circonstances et de sa situation personnelle, que son attitude risquait de provoquer l'ouverture d'une enquête pénale (ATF 1P.553/1993 du 31 mai 1994, cité par ANTOINE THÉLIN, L'indemnisation de prévenu acquitté en droit vaudois, in JdT 1995 III 103 s.).
7.2 La Cour des affaires pénales a refusé au recourant l'octroi d'une indemnité pour préjudice moral. Elle a tout d'abord constaté que l'accusé s'était borné à faire état de souffrances psychologiques intenses subies du fait de la procédure pénale, sans toutefois avoir cherché à étayer ses affirmations comme il lui appartenait de le faire. Elle a ensuite relevé que l'intéressé avait joué un rôle actif au sein d'un réseau d'immigration clandestine, en assurant la prise en charge et en favorisant le séjour, sur sol helvétique, de ressortissants étrangers qui avaient déposé leurs demandes d'asile au moyen de faux documents et dont il connaissait l'illégalité de l'entrée et du séjour en Suisse; ses activités s'étaient déroulées pendant plusieurs années, sans discontinuité. En agissant ainsi, il avait, de manière fautive, rendu nécessaire l'intervention des autorités répressives et l'ouverture d'une enquête pénale à son encontre.
Cette argumentation ne prête pas le flanc à critique. En effet, d'une part, le recourant n'a pas apporté la preuve des atteintes alléguées, alors qu'il aurait pu aisément demander à son médecin traitant de lui établir un certificat faisant état des troubles constatés suite à son arrestation et à sa détention. D'autre part, son comportement, soit les actes ayant mené à sa condamnation, justifie le refus de toute indemnité pour tort moral, ce que l'intéressé ne conteste d'ailleurs pas.
7.3 La Cour des affaires pénales a en revanche accordé au recourant une indemnité de 28'200 fr., équivalant à 141 jours à 200 fr., pour la détention préventive subie qui excédait la durée de la peine qui lui a été infligée. Elle a en effet tenu compte du fait que l'arrestation du recourant et sa longue détention préventive avaient été motivées par des préventions d'infractions - comme celle de participation ou soutien à une organisation criminelle - qu'il n'avait pas commises et n'était pas en mesure de prévoir. De plus, même pour ce qui concernait la violation de la LSEE, on constatait que l'ampleur de la culpabilité retenue à son égard était moindre que celle que lui imputait l'accusation. Enfin, il y avait lieu de penser que si l'enquête n'avait porté que sur les faits pour lesquels il avait été accusé, respectivement condamné, la détention aurait été beaucoup plus courte. L'autorité a dénié toute circonstance exceptionnelle permettant d'accorder au recourant une indemnisation supérieure au montant habituel de 200 fr par jour, relevant que le condamné n'avait fourni aucun rapport médical permettant d'apprécier la gravité des souffrances psychologiques alléguées et leur relation avec la procédure pénale.
Cette appréciation est conforme à la jurisprudence citée au consid. 7.1, le montant de la détention ayant été fixé à 200 fr. par jour, et aucune circonstance exceptionnelle, ni même particulière, ne justifie l'octroi d'une indemnité supérieure à la somme arrêtée. Le grief est donc rejeté.
8. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient dénuées de chance de succès, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (<ref-law> a contrario) et supporter les frais de justice (<ref-law>). Ceux-ci seront réduits pour tenir compte de la situation financière de l'intéressé.
II. Recours de Y._
9. L'arrêt attaqué, rendu par la Cour des affaires pénales du TPF, peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF). Le recourant est habilité à le former en sa qualité d'avocat d'office dont l'indemnité est litigieuse (<ref-law>). La Cour de droit pénal est compétente pour examiner le recours (<ref-law>).
10. Le recourant conteste le montant qui lui a été alloué en qualité de défenseur d'office suite à son intervention depuis l'ATF du 2 mai 2008, laquelle intervention aurait, selon ses dires, nécessité une trentaine d'heures de travail.
10.1 Aux termes de l'art. 3 du règlement sur les dépens et indemnités alloués devant le TPF, les honoraires sont fixés en fonction du temps effectivement consacré à la cause et nécessaire à la défense de la partie représentée. Le tarif horaire est de 200 francs au minimum et de 300 francs au maximum (al. 1). Lorsque l'avocat ne fait pas parvenir le décompte de ses prestations avant la clôture des débats ou dans le délai fixé par le tribunal, ou encore, dans la procédure devant la Cour des plaintes, avec son unique ou sa dernière écriture, le montant des honoraires est fixé selon l'appréciation de la cour (al. 2). Les indemnités allouées s'entendent hors TVA.
L'avocat d'office a contre l'Etat une prétention de droit public à être rétribué dans le cadre des prescriptions applicables. Il ne s'agit dès lors pas d'examiner à quelle rémunération l'avocat pourrait prétendre dans le cadre d'une activité librement consentie et pleinement rétribuée, mais de savoir ce que l'avocat peut exiger de l'Etat au titre de l'assistance judiciaire. Toutefois, l'avocat d'office a droit au moins au remboursement intégral de ses débours, ainsi qu'à une indemnité s'apparentant aux honoraires perçus par le mandataire plaidant aux frais de son client. Pour fixer cette indemnité, l'autorité doit tenir compte de la nature et de l'importance de la cause, des difficultés particulières que celle-ci peut présenter en fait et en droit, du temps que l'avocat lui a consacré, de la qualité de son travail, du nombre des conférences, audiences et instances auxquelles il a pris part, du résultat obtenu et de la responsabilité qu'il a assumée. L'autorité doit aussi prendre en considération les charges inhérentes à l'activité indépendante de l'avocat, telles les absences dues aux maladies, au service militaire et aux vacances, ainsi que la nécessité de s'assurer une retraite convenable. A condition d'être équitable, il est admis que la rémunération de l'avocat d'office puisse être inférieure à celle du mandataire choisi. En principe, l'indemnité allouée à l'avocat d'office devrait couvrir les frais généraux de ce praticien, dont on estime qu'ils correspondent d'ordinaire à au moins quarante pour cent du revenu professionnel brut, voire à la moitié. Une indemnité qui ne correspond pas au moins à cette fraction des honoraires de l'avocat choisi, normalement destinée à couvrir les frais généraux de l'étude, doit en principe être considérée comme inéquitable; à cet égard, on doit aussi tenir compte de la TVA à acquitter par l'avocat (<ref-ruling> consid. 7.3.4 p. 209; <ref-ruling> consid. 3a et 3c).
10.2 La Cour des affaires pénales du TPF a arrêté le montant de l'indemnité due au recourant à 500 fr. (TVA comprise) en se fondant sur son appréciation, le mandataire n'ayant pas présenté de note d'honoraires. Or, dans son argumentation, le recourant ne conteste pas sérieusement que l'activité utile à la cause depuis l'ATF du 2 mai 2008 puisse être évaluée à environ deux heures, conformément à l'appréciation de l'autorité de première instance. Cette appréciation apparaît d'ailleurs plausible à l'examen du dossier. Le recourant ne met pas non plus en doute que l'indemnité horaire perçue, qu'il évalue à 230 fr. l'heure, corresponde à peu près à la fraction des honoraires normalement destinée à couvrir les frais généraux de son étude d'avocat. Par conséquent, son recours se révèle entièrement privé de fondement.
11. En conclusion, le recours est rejeté. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
I. Recours de X._
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
II. Recours de Y._
4. Le recours est rejeté.
5. Les frais judiciaires, fixés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 12 novembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani