Faits:
A. Les époux A._ se sont mariés le 5 janvier 1986 à Lausanne. Ils ont eu deux enfants : B._, née en 1995, et C._, née en 2006.
L'épouse a déposé une requête de mesures protectrices de l'union conjugale le 26 juillet 2011. Lors de l'audience du 8 septembre suivant, les parties sont notamment convenues, «dans l'attente de l'avis de l'expert et sauf urgence», de confier la garde de C._ à la mère et celle de B._ au père; la jouissance du logement conjugal a été attribuée à celui-ci.
Par prononcé du 11 octobre 2011, le Service de protection de la jeunesse (SPJ) a été mandaté aux fins d'établir un rapport d'enquête sur la situation des enfants et de les entendre au plus vite. Il a rendu son rapport d'évaluation le 8 mai 2012, après entretiens avec les membres de la famille sur une période allant du 21 octobre au 23 novembre 2011 et après audition d'autres intervenants. Par courrier du 31 mai 2012, la mère a critiqué ce rapport, sollicitant une actualisation et un complément de celui-ci. Le 25 mai 2012, la Consultation «Les Boréales» a délivré un rapport sur la situation des enfants. Ceux-ci ont par ailleurs été entendus par un juge délégué le 30 mai 2012. Les parents ont quant à eux été entendus à l'audience du 7 juin 2012, ainsi qu'une amie de la mère, en qualité de témoin. Les parties se sont encore déterminées sur le rapport des «Boréales» les 28 et 29 juin ainsi que le 2 juillet 2012.
B. Par ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale du 12 juillet 2012, la Présidente du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois (ci-après: la Présidente du Tribunal d'arrondissement) a, notamment, confié la garde des deux enfants à leur père, institué une mesure de curatelle d'assistance éducative au sens de l'<ref-law> et ordonné une expertise pédopsychiatrique par une fondation, avec pour mission de se déterminer sur la situation des enfants, sur les capacités éducatives respectives des parents et sur les relations de ceux-ci avec leurs enfants.
Chaque partie a appelé de cette décision. Dans son recours du 26 juillet 2012, la mère a notamment conclu, en substance, à l'annulation de l'ordonnance querellée dans la mesure où celle-ci confiait la garde de la cadette des enfants au père. Elle a en outre requis que l'exécution des mesures provisionnelles prises soit suspendue.
Par décision du 6 août 2012, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après : le Juge délégué) a rejeté la requête d'effet suspensif précitée.
C. Par acte du 24 août 2012, l'épouse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à la réforme de la décision du 6 août 2012 en ce sens que l'effet suspensif est accordé à son recours en appel. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
Des déterminations n'ont pas été demandées.

Considérant en droit:
1. La décision querellée refuse de suspendre l'exécution d'un jugement de mesures protectrices de l'union conjugale, objet d'un appel - notamment - de la recourante, attribuant la garde des deux enfants du couple à l'intimé. Il s'agit là d'une décision incidente en matière civile (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2b; arrêts 5A_834/2010 du 17 décembre 2010 consid. 1; 5D_16/2008 du 10 mars 2008 consid. 4).
Hormis les décisions mentionnées à l'<ref-law>, une décision préjudicielle ou incidente peut être entreprise immédiatement si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Selon la jurisprudence, la décision entreprise entraîne un préjudice irréparable, la garde étant en effet arrêtée pour la durée de la procédure et, même si la recourante obtient finalement gain de cause au fond, aucune réparation ne sera possible pour la période écoulée (<ref-ruling> consid. 1 et les références).
Le Tribunal cantonal n'a pas statué sur recours mais en qualité d'instance cantonale unique sur l'effet suspensif requis dans le cadre d'une procédure d'appel; le recours en matière civile est cependant admissible en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2).
Interjeté en temps utile par une partie qui a succombé dans ses conclusions en instance cantonale, contre une décision rendue dans une contestation non pécuniaire, le recours est également recevable au regard des art. 46 al. 2 et 100 al. 1 ainsi que 76 LTF.
2. La décision refusant l'effet suspensif, comme celle d'exécution provisoire, et celle de retrait ou d'octroi de l'effet suspensif (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5 et les références), est une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, de sorte que seule la violation de droits constitutionnels peut être invoquée.
Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (<ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 1.4). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2; cf. ATF 136 I précité et 134 II 244 consid. 2.1). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 et les références).
3. Dans un premier grief, la recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue, considérant que la motivation extrêmement sommaire de la décision querellée ne répond nullement à l'argumentation formulée à l'appui de sa requête d'effet suspensif. Elle expose en outre ne pas comprendre à quelles attestations médicales il est fait référence dans ladite décision.
3.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. - dont le Tribunal fédéral examine librement le respect (ATF 127 III 192 consid. 3 et les références) - le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre et la contester utilement s'il y a lieu, et que la juridiction de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les moyens invoqués par les parties; il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité n'a pas satisfait à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (<ref-ruling> consid. 3.3.1; <ref-ruling> consid. 5.2 et les arrêts cités).
3.2 Se référant au mémoire d'appel de la recourante, le Juge délégué a rejeté la requête d'effet suspensif «au vu des conclusions du SPJ et des attestations médicales versées au dossier», considérant que l'intérêt de la cadette des enfants commandait en l'état un transfert du droit de garde de la mère au père. Il a ainsi considéré, en définitive, qu'il n'y avait pas lieu de surseoir à l'exécution de la décision rendue par la Présidente du Tribunal d'arrondissement, laquelle suivait les conclusions du rapport du SPJ; tenant également compte «des attestations médicales versées au dossier» et après un premier examen de celui-ci, il a estimé ne pas avoir de raison de s'écarter du principe selon lequel l'exécution de telles mesures provisionnelles n'est pas suspendue par un appel. Ce faisant, le Juge délégué a brièvement exposé les motifs qui ont guidé sa décision, même s'il n'a pas mentionné et discuté tous les éléments invoqués par la recourante. La motivation du recours déposé par celle-ci démontre d'ailleurs qu'elle a compris le raisonnement tenu et été en mesure de contester la décision querellée, étant au demeurant précisé qu'elle fait elle aussi référence aux différents intervenants en procédure, et en particulier à des rapports médicaux comme, par exemple, l'évaluation des «Boréales». Dans ces conditions, le grief de violation du droit d'être entendu est infondé.
4. Dans un second grief, la recourante se plaint d'arbitraire dans l'application de l'<ref-law>. Elle reproche à l'autorité cantonale d'avoir suivi les conclusions d'un rapport obsolète et lacunaire du SPJ. Selon elle, l'investigation de ce service a été précipitée, le rapport litigieux ayant été établi sur une très courte période, soit du 21 octobre au 23 novembre 2011, au surplus sans qu'elle ait été rencontrée à son domicile. Le rapport, lacunaire, ne se prononcerait pas sur certains points, comme la «parentification» de l'aînée, laquelle entretiendrait une relation fusionnelle avec son père. La recourante soutient aussi que certains médecins lui reconnaissent une pleine capacité éducative, et considère que les «prétendues» observations d'autres intervenants, ainsi que l'évaluation des «Boréales» telle qu'elle a été prise en considération, ne sont pas déterminantes en l'espèce, la complexité de la situation exigeant une grande prudence et des investigations supplémentaires.
4.1 Selon l'<ref-law>, l'appel n'a pas d'effet suspensif lorsqu'il a pour objet des décisions portant sur des mesures provisionnelles. L'exécution des mesures provisionnelles peut exceptionnellement être suspendue si la partie concernée risque de subir un préjudice difficilement réparable (<ref-law>). Les mesures protectrices de l'union conjugale constituent des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.1 et les nombreuses références).
La notion de préjudice difficilement réparable se retrouve dans les conditions matérielles du prononcé de mesures provisionnelles (cf. <ref-law>) et dans celles de la suspension de l'exécution de ces mesures durant la procédure d'appel (cf. <ref-law>). Dans les deux cas, le préjudice difficilement réparable peut être de nature factuelle; il concerne tout préjudice, patrimonial ou immatériel, et peut même résulter du seul écoulement du temps pendant le procès. Le dommage est constitué, pour celui qui requiert les mesures provisionnelles, par le fait que, sans celles-ci, il serait lésé dans sa position juridique de fond et, pour celui qui recourt contre le prononcé de telles mesures, par les conséquences matérielles qu'elles engendrent (<ref-ruling> consid. 6.3 et les références; 5A_194/2012 du 8 mai 2012 consid. 5.1.2).
Saisie d'une demande d'effet suspensif, l'autorité de recours doit faire preuve de retenue et ne modifier la décision de première instance que dans des cas exceptionnels; elle dispose cependant d'un large pouvoir d'appréciation permettant de tenir compte des circonstances concrètes du cas d'espèce (<ref-ruling> consid. 4.1).
4.2 La décision querellée confirme l'appréciation de la Présidente du Tribunal d'arrondissement, qui a considéré que le bien de la cadette commandait que la garde de celle-ci soit confiée au père. Dans son ordonnance, la première juge a tenu compte de l'ensemble des éléments du dossier et, notamment, de l'audition des enfants. Les conclusions du rapport du SPJ - dont l'élaboration a nécessité plus de temps que ne le relève la recourante -, corroborées par d'autres éléments de preuve, ont donc été suivies, dans l'intérêt de l'enfant concerné. Il a en particulier été tenu compte de la nécessité de réunir à nouveau la fratrie, vu les excellentes et intenses relations entre s?urs, et de réintégrer la cadette au sein du domicile conjugal. La recourante, qui reprend l'essentiel de la motivation de son mémoire d'appel, entend en fin de compte substituer son appréciation à celle du juge cantonal, proposant sa perception de différents éléments du dossier et mettant l'accent sur sa lecture des avis exprimés par les intervenants. Cette argumentation n'est pas de nature à démontrer l'arbitraire de la décision querellée, le fait d'opposer sa propre pesée des intérêts en présence n'étant pas suffisante à cet égard (consid. 2). Autant que recevable, le grief doit par conséquent être rejeté. Au surplus, la recourante n'explique pas plus avant sa conclusion subsidiaire tendant - dans le cadre de l'examen de l'effet suspensif déjà - au renvoi de la cause en première instance pour nouvelle instruction; en particulier, elle ne remet pas en cause l'appréciation des autorités cantonales, qui considèrent que l'intérêt des enfants commande un transfert de la garde, et la réintégration de la cadette au sein du domicile conjugal, avant la rentrée scolaire d'août 2012, soit dès le 1er août 2012.
5. En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires seront par conséquent mis à la charge de la recourante, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 21 septembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Mairot