Faits:
A. Le 9 mars 2004, le Ministère public de la Confédération (MPC) est entré en matière sur une demande d'entraide judiciaire formée par la République des Philippines, pour les besoins d'une procédure dirigée contre les dénommés P._, E._, A._ et d'autres, soupçonnés d'actes de corruption. Le MPC a admis partiellement la demande dans la mesure où elle tendait à la production d'informations relatives à des comptes détenus auprès de la banque X._, à Genève; il a estimé la demande investigatoire, et donc irrecevable, dans la mesure où les recherches devaient s'étendre à l'ensemble des établissements bancaires de Suisse, et s'est déclaré incompétent pour ordonner des recherches auprès d'un établissement de Guernsey.
Par ordonnance de clôture du 3 mai 2004, le MPC a décidé de transmettre à l'autorité requérante les documents d'ouverture et les relevés et avis relatifs à un compte détenu du 5 mars au 31 octobre 2001 notamment par A._ auprès de la banque X._, ainsi qu'une lettre de cette banque du 10 janvier 2003. Les documents figuraient dans le dossier d'une procédure nationale et pouvaient sans autre être versés au dossier d'entraide. Cette ordonnance a été notifiée au seul Office fédéral de la justice (OFJ), car les titulaires du compte étaient domiciliés à l'étranger, et le compte avait été clôturé.
B. L'OFJ forme un recours de droit administratif contre les décisions d'entrée en matière et de clôture précitées. Il conclut à leur annulation, en tant qu'elles n'ont pas été notifiées à la banque.
Le MPC conclut au rejet du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le recours est interjeté dans le délai et les formes utiles contre une décision de clôture prise par l'autorité fédérale d'exécution (art. 80g al. 1 et 80k EIMP). L'OFJ a qualité pour recourir, en tant qu'autorité de surveillance (<ref-law>). A ce titre, il peut exiger une application correcte de l'EIMP et des conventions applicables dans ce domaine, quand bien même son intervention peut aussi servir les intérêts de tierces personnes. Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral dispose d'un large pouvoir d'examen et de décision; il n'est pas lié par la conclusion tendant à l'annulation pure et simple des décisions attaquées (<ref-law>; cf. consid. 3 ci-dessous).
2. Le MPC a omis de notifier ses décisions à l'établissement bancaire en considérant qu'il disposait déjà des documents requis, que les titulaires du compte étaient domiciliés à l'étranger (<ref-law>) et que le compte bancaire avait été clôturé, ce qui le dispensait d'agir sur la base de l'<ref-law>.
2.1 L'OFJ relève que selon l'<ref-law>, le détenteur de documents - soit en l'occurrence la banque - a le droit d'informer son mandant de l'existence de la demande, sous réserve d'une interdiction stipulée par l'autorité compétente. Ce droit d'information serait le corollaire des obligations de renseigner découlant du contrat de mandat, et le mandataire pourrait en faire usage même après la fin des relations contractuelles. Dans le cas où les documents requis doivent être saisis en mains de la banque, la décision doit lui être notifiée, et il n'y aurait pas lieu de procéder différemment au motif que les documents bancaires ont déjà été saisis à un autre titre.
Pour le MPC, il n'existerait plus aucun devoir de diligence de la banque à l'égard de son ancien client, après la clôture du compte. On ne saurait permettre à la banque d'informer son client alors qu'il n'existe aucun pouvoir de représentation. Le droit d'être entendu de la personne poursuivie pourrait s'exercer dans la procédure pénale à l'étranger, et le secret bancaire ne saurait justifier une obligation de notification.
2.2 Selon l'<ref-law>, les décisions de l'autorité d'exécution sont notifiées à l'ayant droit, domicilié ou ayant élu domicile en Suisse. Par ailleurs, le détenteur d'informations a le droit, selon l'<ref-law>, d'informer son mandant de l'existence de la demande d'entraide, à moins d'une interdiction faite à titre exceptionnel par l'autorité compétente. La décision de clôture entrée en force ne peut plus être attaquée (<ref-law>).
2.3 Lorsque l'autorité compétente s'adresse à une banque pour obtenir les documents nécessaires à l'exécution d'une requête d'entraide judiciaire, elle doit évidemment notifier à l'établissement bancaire sa décision d'entrée en matière, puis sa décision de clôture, quel que soit le domicile du titulaire du compte visé. Lorsque le titulaire est domicilié à l'étranger, c'est à la banque qu'il appartient d'informer son client afin de permettre à celui-ci d'élire domicile (<ref-law>) et d'exercer en temps utile le droit de recours qui lui est reconnu selon les <ref-law> et 9a let. a OEIMP. Lorsque le compte bancaire a été clôturé, on ignore en principe si le titulaire a conservé des relations avec la banque, et s'il existe encore un devoir de renseigner. Il n'en demeure pas moins que les décisions doivent être notifiées à l'établissement bancaire, détenteur des documents, à charge pour ce dernier de décider s'il entend faire usage de la faculté que lui reconnaît l'<ref-law>. Dans certaines circonstances, la banque dispose d'ailleurs d'un droit de recours propre (<ref-ruling>) dont elle ne peut, elle aussi, faire usage qu'après notification des décisions. Aussi la pratique considère-t-elle que la transmission de pièces remises par une banque ne peut avoir lieu qu'après notification de la décision de clôture à l'établissement bancaire. Les arrêts relatifs au dies a quo du délai de recours, lorsque le titulaire est domicilié à l'étranger (<ref-ruling> s'agissant d'un compte avec convention de banque restante; arrêt 1A.221/2002 du 25 novembre 2002 s'agissant d'un compte clôturé) sont eux aussi fondés sur la prémisse d'une notification obligatoire à l'établissement bancaire.
Le MPC considère que dès le moment où les pièces remises par la banque sont incorporées dans le dossier de la procédure pénale nationale, ni la banque, ni le titulaire du compte ne pourraient s'opposer à leur transmission à l'étranger. Ce point de vue ne saurait être suivi: les deux procédures ont des objets distincts, et des incidences différentes sur les droits des personnes touchées, dès lors que l'octroi de l'entraide a pour conséquence la divulgation des informations à un Etat étranger. Le MPC ne s'y est d'ailleurs pas trompé, puisqu'il a reconnu la nécessité de rendre une décision de clôture formelle pour les besoins de la procédure d'entraide. En effet, lorsque l'autorité suisse décide de remettre, en exécution d'une demande d'entraide judiciaire, des pièces qu'elle détient déjà à un autre titre, elle ne peut le faire qu'en vertu d'une décision de clôture dûment notifiée. La notification doit donc en tout cas être adressée à la banque, de la même manière que si les documents étaient saisis directement en ses mains, afin de permettre à cette dernière de réagir, soit en recourant dans les cas où elle a qualité pour le faire, soit en informant le titulaire du compte visé.
Au demeurant, la solution préconisée par le MPC ne lève pas l'incertitude qui découle de la possibilité d'une intervention de l'ancien titulaire du compte, après avoir été informé par sa banque: l'ayant droit domicilié à l'étranger peut en effet prendre connaissance de tout autre manière des mesures d'exécution prises à propos de son compte bancaire, et manifester son opposition en élisant domicile en Suisse, tant que la décision de clôture n'est pas définitivement entrée en force.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours de droit administratif doit être admis. Cela ne signifie pas que les décisions (d'entrée en matière et de clôture) doivent être annulées, mais seulement que le MPC devra procéder à leur notification à la banque, avant toute transmission à l'Etat requérant. Selon l'art. 156 al. 2 OJ, il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le Ministère public de la Confédération est invité à notifier ses décisions d'entrée en matière et de clôture à la banque X._, à Genève, avant toute transmission de renseignements à l'autorité requérante.
2. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire, ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie à l'Office fédéral de la justice (B 139710) et au Ministère public de la Confédération.
Lausanne, le 5 août 2004
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: