Fatti:
A. D._, nato nel 1966, al momento dei fatti impiegato quale aiuto fabbro presso la Ditta B._ SA, con sede a G._, e, come tale, assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (in seguito INSAI), in data 11 luglio 2002 è stato colpito al volto dal gancio di una gru, riportando un trauma bulbare e una ferita palpebrale superiore a livello dell'occhio sinistro.
Il caso è stato assunto dall'assicuratore infortuni, che ha corrisposto le prestazioni previste dalla LAINF, segnatamente indennità giornaliere e rimborso spese per le cure mediche.
Esperiti gli accertamenti del caso, con decisione del 22 maggio 2006, confermata il 29 settembre 2006 in seguito all'opposizione presentata dall'assicurato, patrocinato dall'avv. Paola Bottinelli Raveglia, l'INSAI ha negato il diritto a ulteriori prestazioni LAINF con effetto dal 28 febbraio 2006, in quanto non vi era nesso di causalità tra disturbi psichici e infortunio né i disturbi all'occhio sinistro, i cui costi di cura andavano a carico dell'INSAI, causavano inabilità lavorativa.
B. Sempre patrocinato dall'avv. Bottinelli Raveglia l'interessato si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo preliminarmente un complemento istruttorio, in particolare l'esperimento di una perizia psichiatrica da parte del medico curante rispettivamente di una perizia pluridisciplinare in cui l'assicurato fosse esaminato da un punto di vista oftalmologico, psichiatrico e neurologico e altresì venisse fissato il grado di capacità lavorativa complessivo. Nel merito ha postulato l'accoglimento del gravame, con conseguente annullamento della decisione su opposizione impugnata e concessione di una rendita di invalidità intera dall'11 luglio 2003, così come l'assunzione da parte dell'INSAI delle spese di cura, comprese quelle psichiatriche, in nesso causale con l'infortunio.

Con giudizio del 13 giugno 2007 il Presidente del Tribunale cantonale, statuente in qualità di giudice unico, ha accolto il ricorso ai sensi dei considerandi, annullato la decisione su opposizione impugnata nella misura in cui l'INSAI aveva negato ulteriori prestazioni relativamente ai disturbi di cui l'assicurato soffriva al capo e rinviato la causa all'INSAI affinché procedesse conformemente al considerando 2.13 (recte 2.12) e rendesse una nuova decisione (anche conformemente a quanto indicato ai considerandi 2.8 e 2.10).
C. D._, rappresentato dall'avv. Paola Bottinelli Raveglia, interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendone l'accoglimento con conseguente annullamento del giudizio impugnato rispettivamente riforma come esposto ai punti 3 (concessione di una rendita di invalidità dall'11 luglio 2003) e 4 (spese di cura, comprese quelle psichiatriche, a carico dell'INSAI). Il ricorrente postula nuovamente un complemento istruttorio e meglio l'erezione di una perizia pluridisciplinare. Delle motivazioni si dirà, se necessario, in seguito.
Chiamato a pronunciarsi sul gravame, l'intimato ne ha proposto la reiezione, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Oggetto del contendere è il diritto dell'assicurato di percepire prestazioni dell'assicurazione infortuni anche dopo il 28 febbraio 2006; segnatamente contestata è la carenza di nesso di causalità naturale tra problemi psichici e infortunio, la mancata ammissione della riduzione dell'abilità lavorativa per i disturbi all'occhio sinistro e l'omissione di ordinare una perizia medica pluridisciplinare. Non censurato è per contro il rinvio degli atti per procedere ad ulteriori accertamenti medici in relazione ai problemi al capo.
1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti (<ref-law>; cfr. pure <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 142 e rinvii).
1.2 Secondo l'<ref-law> il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Giusta l'<ref-law>, il ricorso è inoltre ammissibile contro le decisioni che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a) o che pongono fine al procedimento solo per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'<ref-law>, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se possono causare un danno irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF).
1.3 Il giudizio della Corte cantonale che accoglie il ricorso ai sensi dei considerandi, annulla parzialmente la decisione su opposizione emanata dall'INSAI e rinvia gli atti per ulteriori accertamenti non conclude la procedura e non è quindi di natura finale giusta l'<ref-law>.
La pronunzia non costituisce nemmeno una decisione parziale ai sensi dell'<ref-law> poiché la Corte cantonale non ha deciso sul diritto ad una rendita di invalidità rispettivamente al rimborso delle spese di cura derivanti dall'infortunio dell'11 luglio 2002 - oggetti della lite in concreto - bensì solo su aspetti materiali parziali di tali rapporti giuridici (si veda in proposito <ref-ruling>), segnatamente l'assenza di un nesso di causalità naturale con i disturbi psichici e l'assenza di incapacità lavorativa in relazione ai disturbi all'occhio sinistro (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 482; si vedano per quanto riguarda il nesso di causalità quale presupposto della responsabilità, <ref-ruling> nonché sentenze 4A_7/2007 del 18 giugno 2007, consid. 2.1, 4A_85/2007 dell'11 giugno 2007, consid. 3.3, e 6B_71/2007 del 31 maggio 2007, consid. 2.2), su cui non si può statuire indipendentemente da essi.
Anche decisioni di rinvio che statuiscono su una questione materiale parziale non costituiscono decisioni parziali, ma decisioni incidentali. Il giudizio impugnato può pertanto essere oggetto di ricorso al Tribunale federale solo alle condizioni poste dall'<ref-law> (cfr. <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 481; sentenza 1C_109/2007 del 30 agosto 2007, consid. 2.5.2; Messaggio del Consiglio federale concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria, del 28 febbraio 2001, FF 2001 pag. 3889).
1.4 In concreto la questione dell'applicabilità dell'<ref-law> può tuttavia rimanere irrisolta. Il gravame va infatti esaminato nel merito, in quanto è stato presentato precedentemente alla pubblicazione del <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 479, avvenuta il 25 luglio 2007, in cui è stata chiarita la qualifica delle decisioni di rinvio quali decisioni incidentali e non quali decisioni finali, come in precedenza (sentenza 8C_37/2007 dell'8 gennaio 2008, consid. 2.3).
2. 2.1 Così come determinato dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso può essere presentato per violazione del diritto. Per l'<ref-law> inoltre se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto per quanto riguarda il rifiuto di assegnare indennità giornaliere, non però per le prestazioni di cura (Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Kommentar zur Bundesgerichtsgesetz, Berna 2007, no. 28 all'art. 97) - può essere censurato anche qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti. In tale ipotesi l'<ref-law> prevede infatti che il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.
2.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Esso non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può dunque accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte insorgente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella esposta nel giudizio impugnato (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140). Tenuto conto dell'esigenza di motivazione di cui all'<ref-law>, sotto pena d'inammissibilità (<ref-law>), il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto ad esaminare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono se queste ultime non sono più oggetto di discussione in sede federale. Il Tribunale infine non può entrare nel merito sulla pretesa violazione di un diritto costituzionale o su questioni attinenti al diritto cantonale o intercantonale se la censura non è stata sollevata né motivata in modo preciso dalla parte ricorrente (<ref-law>).
3. 3.1 Nel giudizio impugnato il Presidente del Tribunale cantonale ritiene, alla luce della documentazione medica agli atti, in particolare del rapporto del dottor A._, che tra i disturbi psichici e l'infortunio non vi è alcun nesso di causalità naturale. Alla luce delle constatazioni della dottoressa B._ ha inoltre concluso che i disturbi agli occhi non provocano inabilità lavorativa.
3.2 Con il proprio ricorso a questa Corte D._ ritiene per contro che in base ai certificati medici del dottor O._ (in via subordinata di una perizia psichiatrica da ordinare) il nesso di causalità naturale tra disturbi psichici e infortunio va riconosciuto, mentre inattendibili sono i rapporti del dottor A._ e della dottoressa Z._. Il ricorrente chiede pure l'esperimento di una perizia medica, meglio se pluridisciplinare, che attesti l'entità dei disturbi agli occhi e le conseguenze sulla capacità lavorativa.
4. Nel merito, nei considerandi del querelato giudizio, cui si rinvia, il primo giudice ha già correttamente ed esaustivamente indicato le disposizioni applicabili per stabilire il diritto all'erogazione di prestazioni da parte dell'assicurazione contro gli infortuni (segnatamente: art. 10, 16 e 18 LAINF, art. 6-8 e 16 LPGA).
È d'uopo inoltre ribadire che il diritto a prestazioni a dipendenza di un infortunio presuppone in primo luogo l'esistenza di un nesso di causalità naturale fra l'evento infortunistico e il danno alla salute. Questo presupposto è da considerarsi adempiuto qualora sia lecito ammettere che, senza l'evento infortunistico, il danno alla salute non si sarebbe potuto verificare del tutto o comunque non nel modo in cui si è prodotto. Non occorre, viceversa, che l'infortunio sia stato la sola o immediata causa del danno alla salute; è sufficiente che l'evento, se del caso unitamente ad altri fattori, abbia comunque provocato un danno all'integrità corporale o psichica dell'assicurato, vale a dire che l'evento appaia come una condizione sine qua non del danno. È questione di fatto lo stabilire se tra evento infortunistico e danno alla salute esista un nesso di causalità naturale; su detta questione amministrazione e giudice, fondandosi essenzialmente su indicazioni di natura medica, si determinano secondo il principio della probabilità preponderante applicabile generalmente nell'ambito dell'apprezzamento delle prove in materia di assicurazioni sociali. Ne discende che ove l'esistenza di un nesso di causalità tra infortunio e danno sembri possibile, ma essa non possa essere reputata probabile nel caso di specie, il diritto a prestazioni derivato dall'infortunio assicurato dev'essere negato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
4.1 Se uno stato patologico preesistente è aggravato oppure si manifesta in seguito a un infortunio, l'obbligo dell'assicurazione contro gli infortuni di corrispondere le prestazioni decade se l'evento non costituisce più la causa naturale (e adeguata) del danno, ossia se quest'ultimo è da ricondurre soltanto ed esclusivamente a fattori extra-infortunistici. Ciò si verifica in particolare con il ripristino dello stato di salute esistente immediatamente prima dell'infortunio (status quo ante) oppure con il raggiungimento di quello stato che, prima o poi, secondo l'evoluzione ordinaria, sarebbe intervenuto anche senza l'infortunio (status quo sine; cfr. RAMI 1994 no. U 206 pag. 329, 1992 no. U 142 pag. 75 consid. 4b e riferimenti). L'estinzione del nesso di causalità deve essere stabilita con il grado della verosimiglianza preponderante richiesto in materia di assicurazioni sociali. Per contro, la semplice possibilità che l'evento non esplichi più effetto causale non è sufficiente. Trattandosi nel caso di specie della soppressione del diritto a prestazioni, l'onere della prova non incombe all'assicurato, bensì all'assicuratore (RAMI 2000 no. U 363 pag. 46 consid. 2, 1994 no. U 206 pag. 329, 1992 no. U 142 pag. 76 consid. 4b).
4.2 Per determinarsi sull'esistenza ed estinzione di un rapporto di causalità naturale, il Tribunale deve ricorrere, in ambito medico, per necessità di cose, alle indicazioni del personale sanitario specializzato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
Quanto alla valenza probatoria di un rapporto medico, determinante, secondo la giurisprudenza, è che i punti litigiosi importanti siano stati oggetto di uno studio approfondito, che il rapporto si fondi su esami completi, che consideri parimenti le censure espresse, che sia stato approntato in piena conoscenza dell'incarto (anamnesi), che la descrizione del contesto medico sia chiara e che le conclusioni del perito siano ben motivate. Determinante quindi per stabilire se un rapporto medico ha valore di prova non è tanto né l'origine del mezzo di prova, né la denominazione, ad esempio, quale perizia o rapporto (<ref-ruling> consid. 3a pag. 352; <ref-ruling> consid. 1c pag. 160; Hans-Jakob Mosimann, Zum Stellenwert ärztlicher Beurteilungen, in: Aktuelles im Sozialversicherungsrecht, Zurigo 2001, pag. 266). Nella sentenza pubblicata in VSI 2001 pag. 106 segg. la Corte ha però ritenuto conforme al principio del libero apprezzamento delle prove (<ref-law> e <ref-law>, art. 95 cpv. 2, art. 113 e 132 OG) definire delle direttive in relazione alla valutazione di determinate forme di rapporti e perizie.
Così, in particolare, i referti affidati dagli organi dell'amministrazione a medici esterni oppure ad un servizio specializzato indipendente che fondano le proprie conclusioni su esami e osservazioni approfondite, dopo aver preso conoscenza dell'incarto, e che giungono a risultati concludenti, dispongono di forza probatoria piena, a meno che non vi siano indizi concreti a mettere in discussione la loro attendibilità (VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/bb e pag. 110 consid. 3c).
Per quel che riguarda invece le perizie di parte, il Tribunale ha precisato che esse contengono considerazioni specialistiche che possono contribuire ad accertare i fatti da un punto di vista medico. Malgrado esse non abbiano lo stesso valore, da un punto di vista probatorio, di una perizia giudiziaria, il giudice deve valutare se questi referti medici sono atti a mettere in discussione la perizia giudiziaria oppure quella ordinata dall'amministrazione (<ref-ruling>; VSI 2001 pag. 110 consid. 3c).
Se infine vi sono dei rapporti medici contraddittori il giudice non può evadere la vertenza senza valutare l'intero materiale e indicare i motivi per cui egli si fonda su un rapporto piuttosto che su un altro (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 673/00 dell'8 ottobre 2002, consid. 3.3). Al riguardo va tuttavia precisato che non si può pretendere dal giudice che raffronti i diversi pareri medici e parimenti esponga correttamente da un punto di vista medico, come farebbe un perito, i punti in cui si evidenziano delle carenze precisando qual è l'opinione più adeguata (SVR 2000 UV no. 10 pag. 35 consid. 4b).
5. Nel caso esaminato dagli atti dell'incarto emerge che in data 11 luglio 2002 la lamiera che l'assicurato stava spostando con la gru, da lui manovrata manualmente, si è improvvisamente sganciata ed egli è stato repentinamente colpito alla parte sinistra del volto dal gancio che tratteneva la catena ed è caduto. L'incidente ha provocato un trauma bulbare e la lacerazione della palpebra. Trasportato all'Ospedale Z._ da un collega, è stato sottoposto immediatamente ad un intervento di sutura palpebrale. In seguito alla diagnosi di lacerazione retinica traumatica in data 17 luglio 2002 D._ è stato sottoposto a criocoagulazione transcongiuntivale. Durante il mese di ottobre era ancora presente uno stato infiammatorio, mentre nel mese di novembre secondo la dottoressa B._, oftalmologa dell'INSAI, la situazione era passiva sia di miglioramento che di peggioramento. Durante il mese di maggio 2003 l'interessato ha quindi dovuto essere sottoposto ad un terzo intervento chirurgico per caduta della cataratta. Nell'ottobre 2003 è stata attestata un'infiammazione cronica, motivo per cui l'assicurato è stato inviato alla Clinica X._ di S._, che lo ha sottoposto ad un nuovo intervento chirurgico, il quale non ha apportato miglioramenti. Anzi a partire da detto intervento (il quarto) l'interessato ha ripetutamente dichiarato di avere la sensazione che vi fosse un corpo estraneo nell'occhio. Neppure la quinta operazione, eseguita ancora a S._ nell'aprile 2004, allo scopo di migliorare il visus (a quel momento pari allo 0.2), ha ottenuto i risultati sperati. Pure lo stato infiammatorio ha continuato a persistere. In data 16 novembre 2004 l'assicurato è stato quindi esaminato dal dottor H._, presso l'ospedale L._, il quale ha proposto a sua volta un intervento chirurgico consistente nella "Explantation des Expressimplants" (a suo tempo impiantato a S._), essendo quest'ultimo la possibile causa della sensazione di corpo estraneo nell'occhio rispettivamente dei dolori cui faceva riferimento l'assicurato. In effetti esso si presentava quale "disloziertes Expressimplant, welches einerseits gegen aussen fast die Bindehaut perforiert, andererseits auf der Innenseite einen Endotheltouch verursacht". L'intervento è stato eseguito nel marzo 2005. In seguito si è verificato un nuovo distacco della retina.
In data 6 ottobre 2005 il dottor P._ dell'Ospedale Y._ ha attestato una situazione stabile dell'occhio sinistro con visus 0.2 e una capacità lavorativa quale magazziniere, custode, oppure in attività che non implicano l'utilizzo di martelli (pneumatici), attrezzi molto rumorosi o rischiosi per l'integrità del bulbo. Malgrado la disponibilità del datore di lavoro, l'assicurato non ha ritenuto di essere in grado di riprendere a lavorare.
Tenuto conto della sola problematica agli occhi, l'INSAI ha quindi dichiarato l'assicurato abile al lavoro al 100% nelle professioni suindicate.
Immediatamente dopo l'infortunio l'interessato ha inoltre manifestato un dolore tipo parestesia fronto-occipitale sinistra, per cui è stato ripetutamente visitato anche da specialisti in neurologia e neurochirurgia. Il dolore è tuttavia persistito e peggiorato nel tempo, malgrado medicazione e infiltrazioni ed ha creato sensibilità al rumore.
Dal mese di marzo 2005 l'assicurato risulta essere anche in cura psichiatrica, secondo il medico curante per motivi riconducibili all'infortunio, motivo per cui in data 25 luglio 2005 è stato esaminato per conto dell'INSAI dal dottor A._, psichiatra, mentre dalla dottoressa Z._, anch'essa psichiatra, su incarico della cassa malati C._. Entrambi non hanno ammesso un nesso di causalità naturale con l'incidente.
6. Da quanto suesposto emerge che l'infortunio di cui è rimasto vittima l'assicurato ha provocato gravi danni all'occhio sinistro, il cui visus è attualmente ridotto allo 0.1 (0.2 in procedura amministrativa) e che è stato sottoposto a ben sette interventi chirurgici, i cui risultati non appaiono soddisfacenti. Oltre a non aver provocato grossi miglioramenti hanno altresì causato nuovi disturbi, come ad esempio la sensazione di corpo estraneo nell'occhio, e necessitato di interventi correttivi (espianto dell'impianto inserito a S._).
Per quanto riguarda la capacità lavorativa residua, se è vero che da un punto di vista puramente oftalmologico l'assicurato potrebbe svolgere alcune attività che non necessitano un'acuità visiva più accentuata (non trattandosi di lavori di precisione) e quindi sia quelle proposte dal suo precedente datore di lavoro che dall'INSAI, è pur vero che i disturbi dell'assicurato non si limitano agli occhi. Sin dall'infortunio egli lamenta continui mal di testa che provocano sensibilità al rumore e la cui eziologia e le conseguenze sull'abilità lavorativa devono ancora essere chiarite dall'INSAI, come ordinato dalla Corte cantonale. In simili condizioni secondo questo Tribunale la valutazione della capacità lavorativa residua dell'assicurato non può essere eseguita settorialmente, ma va esaminata complessivamente, alla luce di tutti i disturbi residui originati dall'infortunio. In effetti potrebbe risultare che i soli difetti oftalmologici non provocano limitazioni nelle attività lucrative indicate, mentre combinati con le affezioni neurologiche, riducano sostanzialmente la capacità lavorativa oppure rendano inammissibili determinate attività, come quelle da svolgere su cantiere, ad esempio proprio per l'intolleranza al rumore. Una valutazione della capacità lavorativa a questo stadio risulta pertanto prematura e potrà intervenire solo dopo verifica dell'origine e delle conseguenze sulla capacità lavorativa dei disturbi neurologici al capo. Poiché inoltre la situazione valetudinaria dopo l'intervento agli occhi a U._ non risulta del tutto chiara, l'esperimento di una perizia pluridisciplinare, che esamini l'assicurato anche da un punto di vista oftalmologico, appare adeguata.
7. 7.1 Da ultimo per quanto riguarda il nesso di causalità naturale tra disturbi psichici e infortunio, va rilevato che l'assicurato è in cura psichiatrica dal marzo 2005, anche per la necessità di un sostegno in vista dell'ennesimo intervento chirurgico. Il medico curante, professor O._, psichiatra, ha in particolare diagnosticato una complessa problematica psicopatologica e sociale in relazione diretta con l'incidente. Pendente causa di ricorso presso il Tribunale cantonale lo specialista ha precisato che l'assicurato soffre di una grave sindrome mista ansioso-depressiva posttraumatica, aggravata da disadattamento e fobie, disturbi psicosomatici e complicazioni somatopsichiche, mettendosi a disposizione in caso di necessità per la stesura di una perizia. Il rapporto del curante, succinto e non motivato, non è senz'altro sufficiente a rendere verosimile l'esistenza di nesso di causalità naturale tra incidente e disturbi psichici e non può pertanto essere considerato.
7.2 Il dottor A._ dal canto suo ha diagnosticato un'elaborazione di sintomi fisici per ragioni psicologiche (F68.0), precisando che "il decorso è stato inizialmente favorevole" e indicando un "peggioramento sintomatologico soggettivo dopo un successivo intervento all'occhio. A suo dire "con grande probabilità, a livello psichiatrico, si tratta di una condizione in cui i sintomi fisici originariamente dovuti all'incidente in questione, vengono esagerati e prolungati per lo stato psicologico del soggetto, insoddisfatto per i risultati del trattamento e degli interventi operatori, preoccupato per le possibilità di un nuovo intervento (per intanto non programmato) e per la possibilità che i disturbi si prolunghino. Esistono dei segni che postulano per un aggravamento dei sintomi".

Esaminato alla luce delle circostanze del caso concreto, e meglio delle gravi conseguenze provocate dall'infortunio all'occhio sinistro, il rapporto del dottor A._ non può senz'altro essere considerato convincente. In effetti dagli atti emerge che non si può parlare unicamente di peggioramento sintomatologico soggettivo, bensì di interventi che non hanno di certo comportato grandi benefici all'assicurato, bensì problemi ulteriori. Pure i dolori alla testa non appaiono soggettivi, sono comparsi subito dopo l'incidente e risultano localizzati esattamente sopra e lateralmente all'occhio sinistro. Essi sono stati altresì esaminati ripetutamente da specialisti in neurologia e neurochirurgia, i quali hanno messo i disturbi in relazione con l'infortunio e non hanno mai negato un'origine neurologica dei dolori in favore di una causa psichiatrica. In simili condizioni non appare corretto affermare che i sintomi sono stati esagerati e prolungati, perlomeno non prima di aver approfondito la questione neurologica. Per questi motivi il rapporto, che risulta succinto nell'anamnesi e incompleto, non può essere posto alla base del presente giudizio, quale prova della mancanza di nesso causale naturale tra disturbi psichici e infortunio.
7.3 La dottoressa Z._, infine, ha diagnosticato una reazione mista ansioso-depressiva (ICD 10, F 43.22) ed elaborazione di sintomi fisici per ragioni psicologiche (ICD 10, F 68.0), concordando in parte con la diagnosi del dottor O._ e parzialmente con quella del dottor A._. A proposito del nesso di causalità naturale dei disturbi psichici con l'infortunio il perito ha dapprima affermato che "la sintomatologia psichiatrica accusata è insorta conseguente all'infortunio e ... più che l'infortunio stesso la sintomatologia psichica sia insorta concomitantemente alle cure effettuate e ai numerosi interventi chirurgici eseguiti a volte non coronati con il successo sperato" precisando in seguito di ritenere che "al momento attuale non sussista più un nesso causale certo fra la malattia psichica lamentata e l'infortunio. La mia impressione che lo stato depressivo ansioso che si è generato dopo l'infortunio, sia attualmente sostenuto più da un aspetto rivendicativo" e aggiunto "in altre parole il periziando soffre del trattamento considerato inadeguato della sua affezione traumatica e soprattutto non si sente sufficientemente riconosciuto per quelli che sono i sintomi residui accusati (come per esempio la cefalea o le sensazioni di anestesia in zona fronto-temporale sinistra)".
La perizia riconosce quindi da un lato un nesso di causalità naturale tra disturbi psichici e - soprattutto - i numerosi interventi chirurgici, tuttavia conclude dall'altro che l'aspetto rivendicativo intervenuto in seguito va considerato prevalente.
Al riguardo va tuttavia rilevato che i trattamenti non sono stati considerati parzialmente inadeguati soltanto dall'assicurato ma lo erano concretamente. Inoltre a ragione egli ha ritenuto che le sue rivendicazioni non fossero state riconosciute per quanto concerne i disturbi al capo. In effetti l'INSAI ha erroneamente omesso di approfondire questa questione che l'assicurato ha fatto valere sin dall'inizio.
Alla luce di questi fatti la motivazione della psichiatra circa le cause dei disturbi psichici non appare convincente; di conseguenza neppure questo rapporto peritale va considerato ai fini del giudizio. In simili condizioni la perizia pluridisciplinare che verrà ordinata dall'INSAI dovrà esaminare anche l'eziologia dei disturbi psichici e le eventuali conseguenze sulla capacità lavorativa.
8. Ne consegue che il ricorso in materia di diritto pubblico dev'essere accolto, mentre la pronuncia impugnata va annullata nella misura in cui non rinvia gli atti all'INSAI per ulteriori accertamenti, confermando la decisione su opposizione. L'incarto viene quindi retrocesso all'assicuratore infortuni affinché proceda ad una perizia pluridisciplinare che esamini l'assicurato non solo da un punto di vista neurologico (disturbi al capo), ma anche oftalmologico e psichiatrico (esistenza o meno di un nesso di causalità naturale) e valuti complessivamente le conseguenze dello stato di salute sulla capacità lavorativa dell'interessato, pronunciandosi poi nuovamente su un eventuale diritto a prestazioni, eventualmente dopo avere statuito sull'adeguatezza dei disturbi psichici.
9. In quanto soccombente, le spese giudiziarie vengono poste a carico dell'INSAI (<ref-law>), che rimborserà a D._ fr. 2'500.- a titolo di spese ripetibili (<ref-law>).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In annullamento della decisione su opposizione del 29 settembre 2006 e del giudizio del 13 giugno 2007 nella misura in cui non rinvia gli atti all'INSAI per ulteriori accertamenti, il ricorso in materia di diritto pubblico è accolto. L'incarto è pertanto rinviato all'INSAI affinché proceda ai sensi dei considerandi e si pronunci nuovamente sul diritto a prestazioni di D._ dopo il 28 febbraio 2006.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'INSAI.
3. L'INSAI verserà al ricorrente la somma di fr. 2'500.- (comprensiva dell'imposta sul valore aggiunto) a titolo di spese ripetibili per la sede federale.
4. L'autorità giudiziaria cantonale statuirà sulla questione delle spese ripetibili di prima istanza, tenuto conto dell'esito del processo in sede federale.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.