Faits:
A. Mme A.X._, née en 1967, et M. B.X._, né en 1962, se sont mariés en 1992. De cette union sont nés C._, en 1998, et D._, en 2003.
Les époux se sont séparés en mars 2008. Depuis lors, M. B.X._ verse une contribution d'entretien de 750 fr. en faveur de Mme A.X._ et, en sus des allocations familiales de 250 fr., de 1'054 fr. en faveur de chaque enfant, contribution qui a été augmentée à 1'250 fr. depuis janvier 2012. C._ ayant été placé dans un foyer à Fribourg depuis septembre 2011, la contribution d'entretien en faveur de cet enfant est versée directement à l'Etat de Berne.
B. B.a Le 10 février 2009, M. B.X._ a introduit une action en divorce fondée sur l'<ref-law> devant le Tribunal régional du Jura bernois, les parties étant en désaccord sur les effets accessoires du divorce. L'assistance judiciaire a été accordée à l'épouse, par décision du 22 juin 2010, puis du 24 février 2012.
Le 12 mars 2012, Mme A.X._ a requis, à titre de mesures provisionnelles pour la durée de la procédure de divorce, que son époux soit condamné à lui verser, rétroactivement pour un an et pour la durée de la procédure en divorce, une contribution d'entretien mensuelle d'au moins 1'300 fr. M. B.X._ a conclu dans sa réponse à ce qu'il soit condamné à verser en faveur de son épouse une contribution d'entretien mensuelle n'excédant pas 250 fr., dès le 1er juin 2012.
Par décision du 19 septembre 2012, le Président du Tribunal régional du Jura bernois a partiellement admis la requête. Il a condamné M. B.X._ à verser à son épouse, déduction faite des contributions déjà versées, une contribution d'entretien mensuelle de 1'380 fr. du 1er octobre 2011 au 31 décembre 2011, de 750 fr. du 1er janvier 2012 au 31 mai 2012, et de 740 fr. dès le 1er juin 2012 jusqu'à l'entrée en force du jugement de divorce. En substance, ce magistrat a retenu que M. B.X._ avait constamment réalisé un revenu mensuel net de 9'683 fr. et que ses charges mensuelles - contributions d'entretien effectivement versées comprises - étaient de 7'755 fr. 15 du 15 mars 2011 au 30 septembre 2011, de 8'215 fr. 15 du 1er octobre 2011 au 31 décembre 2011, puis de 8'412 fr. 40 dès le 1er janvier 2012, de sorte que, pour ces mêmes périodes, il bénéficiait d'un disponible de 1'927 fr. 85, 1'467 fr. 85 puis 1'270 fr. 60. Quant à Mme A.X._, elle avait réalisé des revenus mensuels - contributions d'entretien effectivement versées comprises - de 7'484 fr. du 15 mars 2011 au 30 septembre 2011, de 6'180 fr. du 1er octobre 2011 au 31 décembre 2011, puis de 5'671 fr. dès le 1er janvier 2012, et que ses charges mensuelles étaient de 5'504 fr. 95 du 15 mars 2011 au 30 septembre 2011, de 5'543 fr. 65 du 1er octobre 2011 au 31 décembre 2011, puis de 5'609 fr. 65 dès le 1er janvier 2012, de sorte que, sur ces mêmes périodes, elle bénéficiait d'un disponible de 1'979 fr. 05, 636 fr. 35, puis 61 fr. 35. Admettant qu'une contribution d'entretien supérieure à celle déjà versée de 750 fr. était due dès le 1er octobre 2011, le juge a alors additionné les bénéfices de chaque époux puis a réparti l'excédent - soit 2'104 fr. 20 du 1er octobre 2011 au 31 décembre 2011, puis 1'331 fr. 95 - à raison de 40% en faveur de M. B.X._ et de 60% en faveur de Mme A.X._, qui assumait la garde d'enfants mineurs, déduction faite du bénéfice réalisé par celle-ci - soit 636 fr. 35 du 1er octobre 2011 au 31 décembre 2011, puis 61 fr. 35 -, pour fixer les contributions d'entretien. M. B.X._ ayant requis une diminution de la contribution d'entretien qu'il versait déjà à partir de juin 2012 seulement, le juge a maintenu le montant de 750 fr. entre le 1er janvier 2012 au 31 mai 2012, bien que, selon ce magistrat, la méthode de calcul appliquée eût dû le conduire à accorder à l'épouse 740 fr. uniquement pour l'entier de l'année 2012.
B.b Par acte posté le 27 septembre 2012, Mme A.X._ a interjeté un appel devant la Cour suprême du canton de Berne contre cette décision. Elle a conclu à sa réforme, en ce sens qu'une contribution d'entretien de 1'300 fr. lui soit versée dès le 1er janvier 2012. Par écriture séparée postée le même jour, elle a requis d'être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure de recours.
Par ordonnance du 22 octobre 2012, le Juge instructeur de la cour cantonale a rejeté la requête d'assistance judiciaire et imparti un délai de 20 jours à Mme A.X._ pour effectuer l'avance de frais de 1'500 fr., sous réserve d'un éventuel recours au Tribunal fédéral.
C. Par acte posté le 21 novembre 2012, Mme A.X._ interjette un recours en matière civile contre cette décision. Elle conclut à sa réforme, en ce sens que l'assistance judiciaire lui soit accordée dans la procédure d'appel. Elle requiert également que cette assistance lui soit accordée pour la procédure fédérale. En substance, elle invoque la violation des art. 8 et 9 Cst.

Invitée à se déterminer, l'autorité cantonale n'a pas pris de conclusions mais on peut déduire de son argumentation qu'elle considère que le recours doit être rejeté.
D. Par ordonnance du 3 décembre 2012, la requête d'effet suspensif de la recourante a été rejetée, la cour cantonale ayant précisé qu'elle n'exécuterait pas l'ordonnance du 22 octobre 2012 tant que durerait la procédure fédérale.
Considérant en droit:
1. Le refus de l'assistance judiciaire constitue une décision incidente en tant qu'elle est l'accessoire de la demande principale (<ref-law>; arrêt 5A_496/2009 du 21 octobre 2009 consid. 1.1). De jurisprudence constante, une telle décision est susceptible de causer un préjudice irréparable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 1.1, 129 consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2a).
Le recours contre une décision incidente est soumis à la même voie de droit que celle qui est ouverte contre la décision principale (<ref-ruling> consid. 1.2; arrêts 5D_55/2011 du 23 septembre 2011 consid. 1.1; 5A_491/2007 du 15 novembre 2007 consid. 1.2). La cause pour laquelle l'assistance judiciaire est requise se rapporte à une procédure de mesures provisionnelles ordonnées pour la durée de la procédure de divorce, à savoir une décision en matière civile (<ref-law>), portant sur la contribution d'entretien due en faveur de l'épouse. Il s'ensuit que la cause est de nature pécuniaire; il est constant que la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>). Par ailleurs, le recours a été déposé en temps utile (art. 46 al. 2 et 100 al. 1 LTF) et dans la forme requise (<ref-law>), par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). La décision a été prise par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale, même si celui-ci n'a pas statué "sur recours" (art. 75 al. 1 et 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.1 et 2.2). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2. Conformément à l'<ref-law>, lorsque le recours est formé à l'encontre d'une décision portant sur des mesures provisionnelles, seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine la violation de tels droits que si le recourant a invoqué et motivé son grief conformément à l'<ref-law>, à savoir s'il l'a expressément soulevé et exposé d'une manière claire et détaillée ("principe d'allégation"; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 3.1, 589 consid. 2 et les références).
3. 3.1 Statuant sur la base de l'<ref-law>, l'autorité cantonale a jugé que l'appel interjeté par l'épouse paraissait dépourvu de toute chance de succès, raison pour laquelle elle a rejeté la requête d'assistance judiciaire.
La recourante reprochant au juge de première instance d'avoir ignoré les changements intervenus dans ses revenus et mal évalué ses charges, l'autorité cantonale a retenu qu'il ressortait effectivement des fiches de salaires que la recourante avait subi une diminution de ses revenus de l'ordre de 400 fr. par mois, qu'il était possible de prendre en compte, dans ses charges, un montant forfaitaire de 400 fr. à titre de frais de transport, en lieu et place de 280 fr., au vu des trois emplois de la recourante et qu'une augmentation de loyer de 100 fr. devrait être admise étant donné que l'acompte de charges prévu à l'origine, soit 180 fr., ne permettait de toute évidence pas à la recourante de couvrir tous les frais accessoires. En revanche, au vu de la convention conclue entre le canton de Berne et les parties, la prise en compte d'un montant de base de 300 fr. pour C._, dans les charges de la recourante, semblait peu probable. Par ailleurs, la recourante n'avait produit aucun justificatif du paiement effectif d'impôts courants ou arriérés, de sorte que ni le montant de 587 fr. qu'elle alléguait à ce titre, ni celui de 525 fr. retenu par le premier juge ne pourrait être admis. Celui-ci avait en outre ignoré à tort que la recourante bénéficiait d'un subside cantonal pour sa caisse maladie dès le 1er janvier 2012, de sorte qu'il fallait tenir compte de cette réduction dans les charges de la recourante. De plus, au vu de la lettre C.2.b de la Circulaire n° 1 de la Section civile de la Cour suprême et du Tribunal administratif du canton de Berne sur l'établissement et la preuve de l'indigence au sens de l'<ref-law> et de l'art. 111 al. 1 LPJA, il ne fallait pas prendre en compte les primes d'assurance maladie privée d'un montant mensuel de 135 fr. dans les charges de la recourante. De même, les frais médicaux de 185 fr. par mois allégués par la recourante se rapportant à l'année 2011, et non 2012, ils devaient également être ignorés. L'autorité cantonale a alors considéré que les éléments qui pourraient probablement être pris en compte en faveur de la recourante - soit un montant de 620 fr. au total - , correspondaient approximativement ou étaient même légèrement inférieurs à ceux qui devraient vraisemblablement être pris en compte en sa défaveur - soit un montant de 725 fr. au total. Compte tenu de ces éléments, et dans la mesure où la recourante ne faisait valoir qu'une modification de l'ordre de 90 fr. dans la situation financière de l'intimé, à laquelle devait s'ajouter la soustraction du montant de 45 fr. retenu à tort dans les charges de l'époux à titre de primes d'assurance maladie privée, l'autorité cantonale a considéré qu'une modification sensible de la contribution d'entretien en faveur de la recourante semblait très peu probable. Au vu des conclusions visant à augmenter la contribution d'entretien de 550 fr. puis 560 fr., il apparaissait, selon cette autorité, que les chances de la recourante d'obtenir gain de cause en appel étaient sensiblement inférieures aux risques de succomber.
La recourante reprochant au juge de première instance d'avoir ignoré les changements intervenus dans ses revenus et mal évalué ses charges, l'autorité cantonale a retenu qu'il ressortait effectivement des fiches de salaires que la recourante avait subi une diminution de ses revenus de l'ordre de 400 fr. par mois, qu'il était possible de prendre en compte, dans ses charges, un montant forfaitaire de 400 fr. à titre de frais de transport, en lieu et place de 280 fr., au vu des trois emplois de la recourante et qu'une augmentation de loyer de 100 fr. devrait être admise étant donné que l'acompte de charges prévu à l'origine, soit 180 fr., ne permettait de toute évidence pas à la recourante de couvrir tous les frais accessoires. En revanche, au vu de la convention conclue entre le canton de Berne et les parties, la prise en compte d'un montant de base de 300 fr. pour C._, dans les charges de la recourante, semblait peu probable. Par ailleurs, la recourante n'avait produit aucun justificatif du paiement effectif d'impôts courants ou arriérés, de sorte que ni le montant de 587 fr. qu'elle alléguait à ce titre, ni celui de 525 fr. retenu par le premier juge ne pourrait être admis. Celui-ci avait en outre ignoré à tort que la recourante bénéficiait d'un subside cantonal pour sa caisse maladie dès le 1er janvier 2012, de sorte qu'il fallait tenir compte de cette réduction dans les charges de la recourante. De plus, au vu de la lettre C.2.b de la Circulaire n° 1 de la Section civile de la Cour suprême et du Tribunal administratif du canton de Berne sur l'établissement et la preuve de l'indigence au sens de l'<ref-law> et de l'art. 111 al. 1 LPJA, il ne fallait pas prendre en compte les primes d'assurance maladie privée d'un montant mensuel de 135 fr. dans les charges de la recourante. De même, les frais médicaux de 185 fr. par mois allégués par la recourante se rapportant à l'année 2011, et non 2012, ils devaient également être ignorés. L'autorité cantonale a alors considéré que les éléments qui pourraient probablement être pris en compte en faveur de la recourante - soit un montant de 620 fr. au total - , correspondaient approximativement ou étaient même légèrement inférieurs à ceux qui devraient vraisemblablement être pris en compte en sa défaveur - soit un montant de 725 fr. au total. Compte tenu de ces éléments, et dans la mesure où la recourante ne faisait valoir qu'une modification de l'ordre de 90 fr. dans la situation financière de l'intimé, à laquelle devait s'ajouter la soustraction du montant de 45 fr. retenu à tort dans les charges de l'époux à titre de primes d'assurance maladie privée, l'autorité cantonale a considéré qu'une modification sensible de la contribution d'entretien en faveur de la recourante semblait très peu probable. Au vu des conclusions visant à augmenter la contribution d'entretien de 550 fr. puis 560 fr., il apparaissait, selon cette autorité, que les chances de la recourante d'obtenir gain de cause en appel étaient sensiblement inférieures aux risques de succomber.
3.2 3.2.1 La recourante se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application de l'<ref-law>. Elle soutient que, dans l'appréciation sommaire des chances de succès de son appel, l'autorité cantonale a appliqué à tort les règles sur l'assistance judiciaire pour établir sa situation financière au lieu de celles du droit de la famille. Elle explique qu'en se référant à la Circulaire n° 1 précitée (cf. supra consid. 3.1), l'autorité cantonale n'a pas pris en compte ses impôts mensuels courants de 521 fr., faute de payement effectif, alors que ces montants sont dus tout comme les arriérés des années 2011 et 2012; cette autorité n'a pas non plus pris en compte la prime d'assurance maladie privée, de sorte que son minimum vital a été réduit de 656 fr. par mois. Elle reproche aussi à l'autorité cantonale de n'avoir pas majoré de 30% son minimum vital alors que la Circulaire n° 1 le prévoyait. La recourante conclut que, si l'autorité cantonale s'était basée sur les règles du droit de la famille, et non sur celles visant à déterminer l'indigence en matière d'assistance judiciaire, pour déterminer sa situation financière, elle aurait admis qu'elle subissait un déficit de 491 fr., de sorte qu'elle aurait jugé que son appel n'était pas dénué de chances de succès.
3.2.2 Dans ses observations, l'autorité cantonale intimée soutient, en réponse aux arguments précités, qu'elle ne s'est pas prononcée sur la méthode applicable pour calculer la contribution d'entretien, pas plus qu'elle n'a établi les budgets des parties en se basant sur des méthodes différentes pour chacune d'elles, mais qu'elle n'a fait qu'examiner sommairement les arguments de la recourante tendant à réformer le jugement de première instance. S'agissant des charges de la recourante, elle ajoute que, concernant les impôts, la recourante n'a pas contesté qu'elle n'en payait pas et que, concernant le supplément de 30%, elle n'avait pas à en tenir compte. Elle précise enfin qu'elle n'a pas procédé à un examen détaillé des budgets des parties et que certains arguments de la recourante sont par ailleurs nouveaux.
3.3 Il s'agit d'examiner si l'autorité cantonale a violé l'art. 9 Cst. dans l'application de l'<ref-law>.
3.3.1 Aux termes de l'<ref-law>, une personne a droit à l'assistance judiciaire si elle ne dispose pas de ressources suffisantes (let. a) et si sa cause ne paraît pas dépourvue de toute chance de succès (let. b).
Les conditions de l'assistance judiciaire selon cette norme ne sont pas différentes de celles prévues, en tant que garantie minimale, par l'art. 29 al. 3 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.2.3). C'est pourquoi, il faut se référer à la jurisprudence développée, notamment, au sujet de la notion de "dépourvue de toute chance de succès" pour interpréter la lettre b de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2.4; arrêt 5A_265/2012 du 30 mai 2012 consid. 2.2). Néanmoins, la recourante ne se plaignant, en l'occurrence, que d'arbitraire, il demeure que seule sera examinée la violation de l'art. 9 Cst. dans l'application de cette jurisprudence (<ref-law>, cf. supra consid. 2).
3.3.1.1 Un procès est dépourvu de chances de succès lorsque les perspectives de le gagner sont notablement plus faibles que les risques de le perdre et que, dès lors, elles ne peuvent être considérées comme sérieuses, de sorte qu'un plaideur raisonnable et aisé renoncerait à s'y engager en raison des frais qu'il serait exposé à devoir supporter. A l'inverse, il ne l'est pas lorsque les chances de succès et les risques d'échec s'équilibrent à peu près ou que les premières n'apparaissent que légèrement inférieures aux secondes. L'élément déterminant réside dans le fait que l'indigent ne doit pas se lancer, parce qu'il plaide aux frais de la collectivité, dans des démarches vaines qu'une personne raisonnable n'entreprendrait pas si, disposant de moyens suffisants, elle devait les financer par ses propres deniers. La situation dans le cas concret doit être appréciée à la date du dépôt de la requête et sur la base d'un examen sommaire (<ref-ruling> consid. 2.2.4; <ref-ruling> consid. 5). Cet examen sommaire des chances de succès résulte déjà du simple fait qu'il doit en principe avoir lieu au début de la procédure. La décision d'assistance judiciaire doit certes être rendue avec une certaine précision; elle ne doit toutefois pas conduire à déplacer à ce stade le procès au fond (arrêt 5A_842/2011 du 24 février 2012 consid. 5.3, non publié in <ref-ruling>).
3.3.1.2 Pour déterminer les chances de succès d'un recours, le juge peut prendre en considération la décision de première instance, en comparant celle-ci avec les griefs soulevés. De la sorte, l'examen sommaire des chances de succès auquel il doit procéder est simplifié. Cet examen ne doit toutefois pas conduire à ce qu'une partie voit quasiment rendu impossible le contrôle d'une décision qu'elle conteste. Ce n'est que lorsque le recourant n'oppose aucun argument substantiel contre la décision de première instance qu'il risque de voir son recours considéré comme étant dénué de chance de succès, en particulier si l'instance de recours n'a qu'une cognition limitée ou que le recourant doit motiver ses griefs en respectant le principe d'allégation (arrêts 5A_265/2012 du 30 mai 2012 consid. 2.3; 6B_1093/2010 du 24 mai 2011 consid. 6.2.1; 5A_145/2010 du 7 avril 2010 consid. 3.3; 5A_54/2010 du 19 mars 2010 consid. 2.5). La perspective concrète du recourant d'obtenir entièrement gain de cause n'est pas déterminante; pour que la condition soit remplie, il suffit qu'il existe une chance d'admission même partielle des conclusions (arrêt 5A_107/2010 du 30 avril 2010 consid. 2.3).
3.3.2 En l'espèce, à plusieurs égards, l'autorité cantonale a violé l'art. 9 Cst. dans l'application de la jurisprudence précitée sur la notion des chances de succès. Tout d'abord, admettant que la recourante avait soulevé des critiques vraisemblablement fondées à l'encontre de la décision de première instance, ce n'est qu'en corrigeant d'autres éléments de cette décision, qui n'étaient pas pour autant manifestement erronés, qu'elle a considéré que l'appel était dénué de chances de succès. Ainsi, non seulement elle a méconnu que la recourante avait soulevé des griefs substantiels à l'encontre de la décision attaquée, ce qui était en soi déjà suffisant pour admettre que la condition matérielle de l'assistance judiciaire était remplie, mais elle a aussi, de manière inadmissible, pratiquement anticipé sur le procès au fond au stade de la décision d'assistance judiciaire pour déterminer si ces griefs, bien que vraisemblablement fondés, lui permettaient de réformer la décision attaquée. Ensuite, en affirmant que, compte tenu d'une différence d'une centaine de francs, les éléments qui pourraient probablement être pris en compte en faveur de la recourante "correspond[aient] approximativement ou [étaient] même légèrement inférieurs, quant à leur montant global, à ceux qui devront vraisemblablement être pris en sa défaveur" et que, au vu des conclusions de la recourante qui requérait une augmentation de 550 fr. et de 560 fr. de sa pension, ses chances d'obtenir gain de cause étaient "sensiblement inférieures aux risques de succomber", l'autorité cantonale a manifestement méconnu qu'un recours n'est dénué de toute chance de succès que lorsque les perspectives de le gagner sont "notablement" - et non "sensiblement" - plus faibles que les risques de le perdre et qu'il ne l'est pas lorsque les chances de succès n'apparaissent que légèrement inférieures aux risques de le perdre. Elle a aussi méconnu que la condition matérielle est remplie dès qu'il existe une chance d'admission même partielle des conclusions. En aucun cas l'autorité cantonale ne pouvait exiger qu'il soit vraisemblable que la recourante obtienne pleinement gain de cause sur l'augmentation de sa contribution d'entretien.
Par ailleurs, pour écarter des charges des parties leurs primes d'assurance maladie privée, à raison de 135 fr. pour la recourante et de 45 fr. pour l'intimé, l'autorité cantonale ne s'est pas fondée sur les règles du droit de la famille mais sur une circulaire cantonale visant à déterminer les critères pertinents pour établir l'indigence d'un requérant à l'assistance judiciaire. Ce critère d'appréciation est manifestement erroné pour apprécier sommairement les chances de succès d'un recours tendant à réformer des contributions d'entretien dues entre époux à titre provisionnel durant une procédure de divorce. Au vu de la situation financière relativement confortable des parties, qui réalisent vraisemblablement des revenus totaux de 13'500 fr. environ, l'autorité cantonale ne pouvait pas, déjà au stade de la décision d'assistance judiciaire, considérer que le premier juge avait vraisemblablement violé le droit en considérant que cette prime pouvait être prise en compte dans le budget de chaque époux. Le maintien de cette charge dans leur budget qui augmente pratiquement de 100 fr. les besoins de la recourante par rapport à ceux de l'intimé, fait d'autant plus apparaître comme arbitraire le raisonnement de l'autorité cantonale qui a nié que la condition de l'<ref-law> était remplie.
Au vu de ce qui précède, l'autorité cantonale a violé l'art. 9 Cst. en considérant que la condition de l'<ref-law> n'était pas remplie. Il convient dès lors de lui renvoyer la cause afin qu'elle examine si la condition posée à l'<ref-law>, à savoir l'indigence, est remplie.
Les autres griefs soulevés par la recourante deviennent par conséquent sans objet.
4. En conclusion, le recours est admis. La décision attaquée est annulée. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Le canton de Berne ne peut se voir imposer de frais judiciaires (cf. <ref-law>). Il doit néanmoins verser à la recourante une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire pour la procédure fédérale qu'a déposée la recourante devient dès lors sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. La décision attaquée est annulée. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Berne versera à la recourante une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué à la recourante et à la Cour suprême du canton de Berne, Section civile, 2e Chambre civile.
Lausanne, le 4 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Achtari