Faits:
A. A._, né le 18 juin 1987, est titulaire du permis de conduire à l'essai pour les véhicules de catégorie B depuis le 6 juillet 2009. Le fichier des mesures administratives (ADMAS) fait état d'un retrait du permis de conduire de trois mois prononcé le 21 septembre 2010 et exécuté du 3 janvier au 2 avril 2011. Le 27 janvier 2012 vers 13h05, A._ est entré en collision avec un bus des Transports publics lausannois (TL). Il circulait derrière ce bus, lorsque celui-ci s'est arrêté, au vu de la configuration des lieux (chicane formée par des véhicules en stationnement sur la droite de la chaussée), pour laisser passer un véhicule qui arrivait en sens inverse. A._ a alors entrepris le dépassement par la gauche du bus TL. Ce faisant, il a contraint l'automobiliste arrivant en face à un freinage d'urgence pour éviter une collision. Avec l'avant droit de son véhicule, il a heurté l'avant gauche du bus TL qui venait de redémarrer en se déportant sur la gauche pour contourner la chicane et poursuivre sa route.
Par ordonnance pénale du 23 mars 2012, le Préfet de l'Ouest lausannois a constaté que A._ s'était rendu coupable d'infraction simple à la LCR et à l'OCR et l'a condamné à une amende de 500 francs. L'intéressé n'a pas fait opposition à ce prononcé.
B. Par décision du 19 avril 2012, le Service des automobiles et de la navigation (SAN) a annulé le permis de conduire à l'essai de A._ pour avoir commis une infraction légère au sens de l'<ref-law>. Celui-ci a formé une réclamation contre cette décision, qui a été écartée par le SAN par décision du 22 mai 2012. A._ s'est pourvu contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal qui, par arrêt du 5 novembre 2012, a rejeté le recours. Elle a en substance considéré que A._ avait commis une infraction légère, et non "particulièrement légère", et que, son permis lui ayant déjà été retiré au cours des deux années précédentes, il devait être annulé.
C. A._ recourt contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à la révocation de l'annulation de son permis de conduire à l'essai. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, le SAN à sa décision. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours.
Par ordonnance du 16 janvier 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif déposée par le recourant.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des <ref-law>, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale au sujet d'une mesure administrative de retrait ou d'annulation du permis de conduire dans la mesure où aucun motif d'exclusion au sens de l'<ref-law> n'entre en considération. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le présent recours est recevable.
2. Le recourant conteste avoir violé les art. 34 et 35 LCR et 10 de l'ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière (OCR; RS 741.11), au contraire de ce qu'a retenu la cour cantonale. Il fait valoir qu'il n'a commis qu'une infraction "particulièrement légère" et non légère. La distinction floue entre ces deux notions devrait conduire à une application du principe de proportionnalité qui devrait lui être favorable. La faute particulièrement légère ainsi retenue ne devrait par conséquent donner lieu à aucune sanction administrative.
2.1 La cour cantonale a retenu qu'en l'absence de tout indice pouvant laisser penser que le bus faisait halte pour laisser descendre et monter des passagers et en la présence d'un véhicule qui venait en sens inverse, un conducteur raisonnable devait envisager le fait que le bus s'était arrêté en raison de la présence d'un obstacle de son côté de la chaussée. En entreprenant un dépassement dans un tel cas, le recourant a enfreint l'art. 10 OCR. Il n'a au surplus pas observé les distances suffisantes pour croiser le véhicule venant en sens inverse puisque celui-ci, gêné par la man?uvre, a été contraint d'effectuer un freinage d'urgence. Il a ainsi contrevenu aux art. 34 al. 3 et 4, ainsi que 35 al. 2 et 3 LCR.
Le recourant prétend pour sa part que le principal fautif de l'accident est le chauffeur de bus, qui a démarré et légèrement viré à gauche sans l'apercevoir. Quant à lui, il n'aurait fait qu'une man?uvre d'évitement et non de dépassement du bus. Les art. 10, 34 et 35 LCR ne lui seraient dès lors pas applicables.
2.1.1 A teneur de l'<ref-law>, le conducteur qui veut modifier sa direction de marche, par exemple pour obliquer, dépasser, se mettre en ordre de présélection ou passer d'une voie à l'autre, est tenu d'avoir égard aux usagers de la route qui viennent en sens inverse ainsi qu'aux véhicules qui le suivent (al. 3). Le conducteur observera une distance suffisante envers tous les usagers de la route, notamment pour croiser, dépasser et circuler de front ou lorsque des véhicules se suivent (al. 4 ). Selon l'<ref-law>, il n'est permis d'exécuter un dépassement ou de contourner un obstacle que si l'espace nécessaire est libre et bien visible et que si les usagers de la route venant en sens inverse ne sont pas gênés par la man?uvre (al. 2). Celui qui dépasse doit avoir particulièrement égard aux autres usagers de la route, notamment à ceux qu'il veut dépasser (al. 3). Le dépassement d'un véhicule est interdit lorsque le conducteur manifeste son intention d'obliquer à gauche ou lorsqu'il s'arrête devant un passage pour piétons afin de permettre à ceux-ci de traverser la route (al. 5). L'art. 10 al. 1 in fine OCR précise que le conducteur ne dépassera pas lorsque, devant le véhicule qui le précède, se trouve un obstacle tel qu'un chantier, un véhicule en ordre de présélection ou des piétons traversant la chaussée. Selon la jurisprudence, la notion de dépassement ne présuppose pas nécessairement que les deux véhicules soient en mouvement. Celui qui passe à côté d'un véhicule arrêté à cause du trafic entreprend un dépassement au sens de la loi (<ref-ruling>).
2.1.2 En contournant par la gauche le bus qui venait de s'arrêter devant lui pour laisser passer, aux abords d'une chicane située sur sa droite, le véhicule circulant en sens inverse prioritaire, le recourant a entrepris un dépassement au sens de la jurisprudence précitée. Ce faisant, il n'a eu d'égards ni envers le conducteur de bus circulant devant lui, dont il n'a pas été capable de comprendre les raisons de son arrêt, ni envers le conducteur arrivant en face qui, sur sa propre voie, a dû effectuer un freinage d'urgence: en effet, alors que la rue était bordée de places de parc latérales, que le bus ne se trouvait pas sur un arrêt officiel et n'avait pas enclenché de feu clignotant pour indiquer un arrêt complet, la situation ne pouvait prêter à confusion pour un conducteur attentif. Le recourant a ainsi effectué cette man?uvre de dépassement quand bien même elle était expressément proscrite, le véhicule dépassé s'étant arrêté devant un obstacle. Si le recourant ne pouvait apercevoir l'obstacle en question, il devait à tout le moins, au vu du contexte peu équivoque, le présumer. En définitive, il a successivement commis l'erreur de ne pas comprendre la situation, celle de s'élancer dans une man?uvre de dépassement en dépit de cette incompréhension, en enfin celle de forcer le passage à l'égard du véhicule arrivant en sens inverse. La cour cantonale a dès lors correctement appliqué le droit fédéral en retenant que le recourant avait violé les art. 34 et 35 LCR ainsi que 10 OCR.
2.2 Compte tenu de ces infractions, il y a lieu de déterminer si la constatation d'une infraction légère, avec pour conséquence une annulation du permis de conduire à l'essai, était justifiée.
2.2.1 A teneur de l'<ref-law>, le permis de conduire est tout d'abord délivré à l'essai pour trois ans (al. 1). Lorsque le permis de conduire à l'essai est retiré au titulaire parce qu'il a commis une infraction, la période probatoire est prolongée d'un an (al. 3). Le permis de conduire à l'essai est caduc lorsque son titulaire commet une seconde infraction entraînant un retrait (al. 4). Selon l'<ref-law>, commet une infraction légère, la personne qui, en violant les règles de la circulation, met légèrement en danger la sécurité d'autrui et à laquelle seule une faute bénigne peut être imputée (al. 1). Après une infraction légère, le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire est retiré pour un mois au moins au conducteur qui a fait l'objet d'un retrait de permis ou d'une autre mesure administrative au cours des deux années précédentes (al. 2). En cas d'infraction particulièrement légère, il est renoncé à toute mesure administrative (al. 4). Les conditions de reconnaissance de la faute particulièrement légère résultent de celles de l'infraction légère de l'<ref-law>. La faute particulièrement légère se caractérise en conséquence par le fait que la violation des règles de la circulation n'a créé un danger que particulièrement minime pour la sécurité d'autrui et que seule une faute particulièrement légère peut être imputée au conducteur responsable (arrêt 6A.52/2005 du 2 décembre 2005 consid. 2.2.3).
2.2.2 Par son comportement, le recourant a mis en danger la sécurité d'autrui. C'est le conducteur du véhicule, prioritaire, arrivant en face de lui, qui a évité une collision par un freinage d'urgence. Alors même qu'il empruntait la chaussée en sens inverse et devait ainsi être particulièrement sur ses gardes, il ne ressort pas de l'état de fait - non contesté - que le recourant ait lui-même contribué à éviter l'accident. S'agissant du bus, peu importe que ce soit ce véhicule qui a heurté celui du recourant et non l'inverse. C'est le recourant qui a créé la situation dangereuse en doublant le bus qui respectait les règles de priorité et dont le chauffeur n'avait à aucun moment manifesté l'intention de quitter le trafic. Celui-ci, en vertu du principe de la confiance (cf. 26 al. 1 LCR), n'avait pas à s'attendre à voir surgir soudainement, de l'arrière sur sa gauche, dans son angle mort, un véhicule circulant dans le même sens que lui. Quoi qu'il en soit, le recourant s'en prend à une éventuelle faute du chauffeur de bus, qui aurait été insuffisamment élucidée. Or, ces objections, qui se rapportent exclusivement au comportement d'un autre usager de la route, ne permettent pas de remettre en cause l'appréciation concernant la propre faute du recourant qui doit être examinée pour elle-même (cf. 1C_384/2008 du 2 décembre 2008 consid. 3). C'est ainsi à juste titre que la cour cantonale a exclu une faute "particulièrement légère" au sens de l'<ref-law>. Il s'ensuit que les infractions en cause entraînent un second retrait, avec pour conséquence la caducité du permis de conduire à l'essai.
3. Pour le surplus, le recourant renvoie, dans son recours, à l'argumentation qu'il a développée devant la cour cantonale. Ces éléments ne sont pas recevables au regard de la jurisprudence qui exige que la motivation d'un acte de recours doit être entièrement contenue dans l'acte de recours lui-même (arrêt 4A_659/2011 du 7 décembre 2010 consid. 5 publié in SJ 2012 I 231; arrêt 1B_183/2012 du 20 novembre 2012 consid. 2).
4. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté aux frais du recourant qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service des automobiles et de la navigation et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 25 mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
La Greffière: Sidi-Ali