Faits:
A. Par arrêt du 23 avril 2009, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) a déclaré irrecevable le recours formé par A._ contre une ordonnance de perquisition rendue par un juge d'instruction genevois, dans le cadre d'une procédure d'entraide judiciaire. La Cour des plaintes a considéré que la décision attaquée était incidente et que les conditions de recevabilité posées à l'<ref-law> n'étaient pas réunies, le recourant n'ayant pas démontré l'existence d'un préjudice irréparable. Cet arrêt a été notifié le 27 avril 2009.
B. Par acte du 12 mai 2009 (adressé au TPF et transmis par ce dernier au Tribunal fédéral), A._ forme un recours au Tribunal fédéral. Il estime que le préjudice irréparable ne pourrait pas être examiné indépendamment du fond; le refus d'entrer en matière ne serait pas suffisamment motivé et le droit d'accès à un juge ne serait pas garanti. Le recourant conclut principalement à l'annulation des décisions d'entrée en matière et de perquisition. Il n'a pas été demandé de réponse.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, la cour siège à trois juges lorsqu'elle refuse d'entrer en matière sur un recours soumis à l'exigence de l'<ref-law>.
En l'occurrence, les motifs de refus d'entrer en matière sont au nombre de trois.
1.1 Il apparaît en premier lieu que le recours est tardif. En effet, selon l'<ref-law>, le délai de recours est de dix jours, comme cela est rappelé dans l'indication des voies de recours figurant dans l'arrêt attaqué. L'acte de recours doit être remis au Tribunal fédéral ou à l'autorité précédente (<ref-law>), ou à l'attention de ceux-ci à la Poste Suisse, au plus tard le dernier jour du délai (<ref-law>). L'arrêt attaqué ayant été notifié le 27 avril 2009 au domicile du recourant - désigné comme domicile de notification - ce délai était donc échu lorsque le recours a été adressé, le 12 mai 2009, à l'autorité précédente.
1.2 Comme l'a relevé le TPF, le recours n'est recevable, en matière d'entraide judiciaire, que contre les décisions de clôture ou contre les décisions incidentes causant un préjudice irréparable (<ref-law>). Il en va de même devant le Tribunal fédéral (art. 93 al. 1 et 2 LTF). Lorsque l'autorité suisse entre en matière et saisit des pièces en exécution d'une demande d'entraide, il n'y a en principe pas de préjudice irréparable puisque ces dernières ne sont transmises à l'Etat étranger qu'au terme de la procédure, par une décision de clôture sujette à recours. Le recourant ne soutient pas qu'il en irait différemment en l'occurrence. Il se prévaut du droit à un procès équitable au sens de l'art. 6 CEDH, mais il méconnaît que la procédure administrative d'entraide judiciaire n'est pas soumise à cette disposition. Au demeurant, le droit de défense et le contrôle judiciaire pourront, le cas échéant, être exercés à l'occasion d'un recours contre la décision finale.
1.3 Enfin, le recours au Tribunal fédéral n'est recevable, à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'entraide judiciaire internationale, qu'en présence d'un cas particulièrement important (<ref-law>), "notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves" (al. 2). Selon l'<ref-law>, c'est au recourant qu'il appartient de démontrer que ces conditions sont réunies. Or, le recours ne contient aucune démonstration de ce genre.
2. Il s'ensuit que le recours est manifestement irrecevable. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont à la charge du recourant.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à son domicile élu, au Juge d'instruction du canton de Genève, au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes, et à l'Office fédéral de la justice, Unité Entraide judiciaire.
Lausanne, le 3 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz