Sachverhalt:
A. Die Parteien besassen Kiesabbaurechte an benachbarten Grundstücken in der Gemeinde C._. Durch den Kiesabbau bildete sich zwischen der Grube X._ der B._ AG (Beschwerdegegnerin, Klägerin) und der Grube Y._ der A._ AG (Beschwerdeführerin, Beklagte) eine Krete. Betreffend deren Abbau schlossen die Parteien am 9. Juli 1980 einen Vertrag. Die wesentlichen Vertragsbestimmungen lauteten wie folgt:
"7. Die A._ AG baut auf ihre Rechnung und unter den nachstehend aufgeführten Bedingungen die Krete zwischen den beiden Gruben ab und besorgt das Aufladen. Die Kosten des Abbaues und des Aufladens gehen vollumfänglich zu Lasten der Firma A._ AG.
8. Die Firma A._ AG stellt der Firma B._ AG täglich eine Zusammenstellung samt Kopien der Lieferscheine über Kubatur und Klasse der am Vortag ab ihrer Grube abtransportierten Materialien zu.
9. Für das von der Firma A._ AG in der Grube der Firma B._ AG gemäss Ziff. 7 und 8 abgebaute Wandkies wird folgende Entschädigung vereinbart:
a) Die Firma B._ AG bezieht von der Firma A._ AG ab der Grube Y._ dieselbe Menge Kies von der gleichen Qualität, wie die Firma A._ AG gemäss Ziff. 7 und 8 oben in der Grube der Firma B._ AG abgebaut und aufgeladen hat.
Das Abbauen und Aufladen erfolgt in diesem Falle grundsätzlich durch die Firma A._ AG auf ihre Kosten. Ist pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 vorgesehen, so ist das Aufladen Sache der Firma B._ AG.
b) Die Firma A._ AG bezahlt der Firma B._ AG neben der Leistung gemäss Ziff. 9 lit. a für das gemäss Ziff. 7 in der Grube der Firma B._ AG abgebaute Kies 1. Klasse eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3, zahlbar monatlich auf Ende des auf den Abbau folgenden Monats.
Als Grundlage für die Auszahlungen gelten die Lieferscheine gemäss Ziff. 8 dieser Vereinbarung.
c) Die Firma B._ AG bezahlt der Firma A._ AG für die Kiesbezüge gemäss Ziff. 9 lit. a dieser Vereinbarung eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3 bezogenen Wandkieses 1. Klasse, zahlbar monatlich auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats."
Im Rahmen dieser Vertragsbestimmungen bezog die Beschwerdeführerin ab März 1980 bis September 1984 190'525.5 m3 Kies ab dem Abbaugebiet der Beschwerdegegnerin, wobei sie diese mit Fr. 2.-- pro m3 vergütete.
B. Am 20. Februar 2004 reichte die Beschwerdegegnerin beim Amtsgericht Willisau Klage ein und stellte folgende Anträge:
"1. Die Beklagte habe der Klägerin jeweils auf Verlangen ab ihrer Kiesgrube in C._ insgesamt 103'339.8 m3 Wandkies 1. Qualität zu liefern, unter folgenden Bedingungen:
a) Das Abbauen und Aufladen hat durch die Beklagte auf deren Kosten zu erfolgen. Soweit pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 Kies erfolgt, sei die Beklagte in Bezug auf die 300 m3 übersteigende Menge Kies von der Pflicht zum Aufladen zu entbinden.
b) Das Kies kann von der Klägerin zu den üblichen Geschäftszeiten der Beklagten (Montag bis Freitag von 06.30 Uhr bis 11.45 Uhr und von 13.00 Uhr bis 17.15 Uhr, an Samstagen nach vorheriger Vereinbarung) bezogen werden.
c) Die Klägerin hat der Beklagten eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3 Wandkies 1. Klasse zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats.
2. Es sei festzustellen, dass das Bezugsrecht der Klägerin gemäss Ziff. 1 auf Dritte übertragbar ist.
3. Soweit die vertragskonforme Lieferung von Wandkies 1. Qualität für die Beklagte unmöglich sein sollte, habe sie der Klägerin pro m3 Wandkies, der noch nicht bezogen wurde, den Betrag von Fr. 26.-- (Fr. 28.-- gemäss aktueller Preisliste der Beklagten abzüglich Fr. 2.--) zu vergüten."
Die Beschwerdeführerin beantragte die Abweisung der Klage. Eventuell habe sie der Beschwerdegegnerin für die gerichtlich festzulegende ausstehende Menge Erstklasswandkies maximal Fr. 7.-- pro m3 zu bezahlen, wobei ein Betrag von Fr. 172'261.97 zuzüglich 5 % Verzugszins seit 1. Januar 2003 in Verrechnung abzuziehen sei. In einem zweiten Rechtsschriftenwechsel hielten die Parteien an ihren Anträgen fest. Die Beschwerdeführerin modifizierte ihren Eventualantrag dahingehend, dass sie neu einen Betrag von Fr. 355'778.-- nebst 5 % Zins seit 1. Januar 2005 zur Verrechnung stellte.
Mit Urteil vom 12. Juli 2007 entschied das Amtsgericht wie folgt:
"1. Die Beklagte hat der Klägerin jeweils auf Verlangen ab ihrer Kiesgrube in C._ insgesamt 103'339.80 m3 Wandkies 1. Qualität - unter nachfolgenden Modalitäten - zu liefern:
1.1. Das Abbauen und Aufladen hat durch die Beklagte auf deren Kosten zu erfolgen. Soweit pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 Kies erfolgt, ist die Beklagte in Bezug auf die 300 m3 übersteigende Menge Kies von der Pflicht zum Aufladen entbunden.
1.2. Das Kies kann von der Klägerin zu den üblichen Geschäftszeiten der Beklagten (Montag bis Freitag vom 06.30 Uhr bis 11.45 Uhr und von 13.00 Uhr bis 17.15 Uhr, an Samstagen nach vorheriger Vereinbarung) bezogen werden.
1.3. Die Klägerin hat der Beklagten eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3 Wandkies 1. Klasse zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats.
2. Es wird festgestellt, dass das Bezugsrecht der Klägerin gemäss Ziff. 1 dieses Rechtsspruchs auf Dritte übertragbar ist.
3. Die anderslautenden und weitergehenden Anträge der Parteien werden abgewiesen."
Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Appellation an das Obergericht des Kantons Luzern und begehrte im Hauptpunkt die Abweisung der Klage. Eventualiter beantragte sie, bei grundsätzlicher Bejahung der Leistungspflicht durch das Gericht habe sie dieser Leistungspflicht durch Bezahlung von Fr. 723'168.60 nachzukommen. Subeventualiter verlangte sie die Bestätigung der Dispositiv-Ziffern 1, 1.1 und 1.2 des angefochtenen Urteils. Zusätzlich beantragte sie, die Beschwerdegegnerin habe ihr eine Entschädigung von mindestens Fr. 7.40 pro m3 Wandkies erster Klasse zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats; vorbehältlich richterlichen Ermessens. Der Bezug dürfe 5'000 m3 pro Monat nicht übersteigen, vorbehalten blieben die Liefermöglichkeiten. In der Appellationsbegründung vom 5. Mai 2008 erhöhte die Beschwerdeführerin ihre eventualiter beantragte Leistungspflicht auf Fr. 902'927.65. Die Beschwerdegegnerin beantragte die Abweisung der Appellation. Eventuell habe ihr die Beschwerdeführerin pro m3 Wandkies, der noch nicht bezogen worden sei, Fr. 26.-- zu vergüten.
Das Obergericht wies mit Urteil vom 13. Januar 2009 die Appellation ab, soweit es auf sie eintrat, und bestätigte das Urteil des Amtsgerichts.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen Folgendes:
"1. Das Urteil des Obergerichts Luzern vom 13. Januar 2009 in Sachen A._ AG gegen B._ AG sei aufzuheben.
2. Der vorliegenden Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
3. Die Beschwerdeführerin habe der Beschwerdegegnerin jeweils auf Verlangen ab ihrer Kiesgrube in C._ insgesamt maximal 103'339.80 m3 Wandkies 1. Qualität unter den nachfolgenden Modalitäten zu liefern:
3.1 Das Abbauen und Aufladen durch die Beschwerdeführerin hat auf deren Kosten zu erfolgen. Soweit pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 Kies erfolgt, ist die Beschwerdeführerin in Bezug auf die 300 m3 übersteigende Menge Kies von der Pflicht zum Aufladen entbunden.
3.2 Der Kies kann von der Beschwerdegegnerin zu den üblichen Geschäftszeiten der Beklagten, Montag bis Freitag von 06.30 Uhr bis 11.45 Uhr und von 13.00 Uhr bis 17.15 Uhr (an Samstagen nach vorheriger Vereinbarung), bezogen werden.
3.3 Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin eine Entschädigung in der Höhe der Fremdkosten (zurzeit mind. Fr. 7.40 pro m3 Wandkies erster Klasse) zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des den Bezug folgenden Monats; vorbehalten bleibt das richterliche Ermessen.
4. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen."
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Mit Präsidialverfügung vom 30. März 2009 wurde das Gesuch, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, abgewiesen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert übersteigt die Grenze von Fr. 30'000.-- nach <ref-law> bei Weitem. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung der erhobenen Rügen (<ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1).
3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 8.1 S. 153).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar un d substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 462 E. 2.4 S. 466 f.).
Die Beschwerdeführerin stellt in ihrer Beschwerdeschrift den rechtlichen Ausführungen einen eingehenden Sachverhaltsteil voran. Soweit sie darin oder in ihren Ausführungen zur Rechtslage vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweicht oder diesen ergänzt, ohne hinlängliche Sachverhaltsrügen zu erheben, kann darauf nicht abgestellt werden.
4. Die Parteien streiten sich um die Auslegung des Vertrags vom 9. Juli 1980. Dabei bekämpft die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht ihre Kieslieferungspflicht nicht mehr. Sie beschränkt ihren Antrag darauf, dass die Beschwerdegegnerin anstatt des von den kantonalen Instanzen erkannten Preises von Fr. 2.-- pro m3 eine Entschädigung in der Höhe der Fremdkosten (zurzeit mind. Fr. 7.40 pro m3) bezahlen müsse.
4.1 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Während das Bundesgericht die objektivierte Vertragsauslegung als Rechtsfrage prüfen kann, beruht die subjektive Vertragsauslegung auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist. Dasselbe gilt für die Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten im Rahmen der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip. Für die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip ist der Zeitpunkt des Vertragsabschlusses massgeblich. Nachträgliches Parteiverhalten ist dafür nicht von Bedeutung; es kann höchstens - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen).
4.2 Das Amtsgericht stellte zum vor Bundesgericht noch streitigen Preis der Kieslieferungen den tatsächlichen Parteiwillen dahingehend fest, dass auch heute noch von einem Kubikmeterpreis von Fr. 2.-- auszugehen sei. Die Vorinstanz folgte dem und verwarf die von der Beschwerdeführerin dagegen vorgebrachten Einwendungen bzw. trat teilweise mangels hinlänglicher Begründung auf die Appellation nicht ein.
4.3 Die Beschwerdeführerin behauptet, dass die gelebte Praxis zwischen den Parteien von 1980 bis 2000 dergestalt gewesen sei, dass die Lieferung von Kies - entgegen dem Wortlaut des Vertrags - vom 9. Juli 1980 aus all ihren Gruben erfolgt sei und die Beschwerdegegnerin für den gelieferten Kies - ebenfalls entgegen dem Wortlaut des Vertrags - jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt habe. Obwohl die Vorinstanz das Verhalten der Parteien nach Vertragsschluss (namentlich die Erfüllungshandlungen), durchaus als geeignetes Auslegungsmittel anerkannt habe, um den wirklichen Parteiwillen zu eruieren, habe sie den Vertrag in willkürlicher, rechtsungleicher Art ausgelegt. Einerseits solle - zulasten der Beschwerdeführerin - auf die Erfüllungshandlungen abgestellt werden, indem Kies aus allen Gruben zu liefern sei, andererseits aber - zulasten der Beschwerdeführerin - entgegen zwanzigjähriger Praxis Fr. 2.-- pro m3 Kies bezahlt werden. Damit verletze die Vorinstanz <ref-law>. Sollte der Vertrag wie von der Vorinstanz ausgelegt werden, müsste angenommen werden, dass die Beschwerdeführerin nach Treu und Glauben davon habe ausgehen dürfen und müssen, dass die Parteien durch die jahrelange stetige Praxis den Vertrag bewusst abgeändert hätten, indem beliebiger Kies nur gegen den Fremdkostenpreis geliefert werden musste.
4.4 Die Beschwerdeführerin stützt ihre Argumentation auf die Behauptung, dass in der Praxis die Lieferung von Kies - entgegen dem Wortlaut des Vertrags vom 9. Juli 1980 - aus all ihren Gruben erfolgt sei und die Beschwerdegegnerin für den gelieferten Kies - ebenfalls entgegen dem Wortlaut des Vertrags - jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt habe. Entsprechende tatsächliche Feststellungen hat die Vorinstanz jedoch nicht getroffen. Sie hielt namentlich nicht fest, die Beschwerdegegnerin habe jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt. Die Beschwerdeführerin erhebt in diesem Zusammenhang keine rechtsgenüglich begründete Sachverhaltsrüge. Indem sie vorbringt, sie habe die entsprechenden Fakten der Vorinstanz klar ausgewiesen, und auf ihre Appellationsbegründung verweist, zeigt sie keine willkürliche Sachverhaltsfeststellung auf. Die Behauptung, dass die Beschwerdegegnerin jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt habe, soll nach der Beschwerdeführerin aufgrund der beklagtischen Belege 22 und 56 bewiesen sein. Dieser Auffassung folgte die Vorinstanz nicht:
4.4.1 Betreffend den Beleg 22 ("Aufstellung der gegenseitigen Verrechnung 1991-1995") verwies die Vorinstanz auf die Erwägung 6.4.4 des Urteils des Amtsgerichts, wonach die Verrechnungsaufstellung eine zeitlich klar umgrenzte Modifizierung des Kubikmeterpreises beinhalte, die nicht beweise, dass der Vertrag vom 9. Juli 1980 abgeändert werden sollte. Die Beschwerdeführerin nehme auf die Darlegung des Amtsgerichts keinen Bezug. Laut Beschwerdeführerin sind diese Ausführungen der Vorinstanz falsch und missachten die Begründungspflicht. Beide Vorwürfe sind unbegründet. Aus den Ziffern 34.1 und 34.2 der Appellationsbegründung, auf welche die Beschwerdeführerin hinweist, ergibt sich nicht, dass sich die Beschwerdeführerin darin rechtsgenüglich mit den Ausführungen des Amtsgerichts auseinander gesetzt hätte. Von daher ist nicht ersichtlich, zu welchen rechtsgenüglich vorgetragenen, erheblichen Vorbringen die Vorinstanz keine Stellung genommen und damit ihre Begründungspflicht verletzt haben soll. Auch zeigt die Beschwerdeführerin in keiner Weise auf, weshalb es willkürlich sein soll, dass die Vorinstanz (mit dem Amtsgericht) im Beleg 22 keinen Beweis dafür erblicken konnte, dass die Beschwerdegegnerin jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt habe.
4.4.2 Nach der Beurteilung der Vorinstanz beweist der Sammelbeleg 56 (OG bekl. Beleg 6; diverse Rechnungen von 1985-2000) ebenfalls nicht, dass der Vertrag vom 9. Juli 1980 so auszulegen sei, dass die Beschwerdegegnerin jeweils die Fremdkosten zu bezahlen habe. Auf dem Deckblatt stehe wortwörtlich: "Die weiteren Bezüge erfolgten auf freiwilliger, unpräjudizieller und rechtlich nicht bindender Basis". Die Beschwerdeführerin will den auf dem Deckblatt angebrachten Vorbehalt nur für die Lieferpflicht, nicht aber für den Preis gelten lassen. Sie legt jedoch nicht dar, weshalb es geradezu unhaltbar sei anzunehmen, dass er auch für die Konditionen der Lieferungen, mithin unter anderem für den Preis, gelte. Sie beharrt stattdessen auf ihrem Standpunkt, der Beleg beweise, dass die Beschwerdegegnerin stets über 15 Jahre den Fremdkostenpreis bezahlt habe. Damit vermag sie keine willkürliche Beweiswürdigung zu begründen. Ohnehin verkennt die Beschwerdeführerin mit ihren appellatorischen Ausführungen einmal mehr, dass das Bundesgericht keine letzte Appellationsinstanz ist, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte.
4.4.3 Es bleibt demnach dabei, dass die Vorinstanz nicht festgestellt hat, die Beschwerdegegnerin habe in der Praxis jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt. Davon hat das Bundesgericht auszugehen (<ref-law>).
4.5 Zum Vorwurf der "rechtsungleichen" bzw. widersprüchlichen Auslegung des Vertrags betreffend die Fragen der räumlichen Geltung des Kiesbezugs und des Preises führte die Vorinstanz aus, dass die beiden Fragen voneinander zu unterscheiden und die entsprechenden Vertragsbestimmungen je für sich auszulegen seien. Der Vertrag vom 9. Juli 1980 sei bezüglich dieser beiden Fragen unterschiedlich abgefasst. So sei in Ziff. 9 lit. b die Entschädigung pro abgebauten m3 Kies zahlenmässig bestimmt angegeben (Fr. 2.--), während der Begriff "Grube Y._" geografisch nicht näher umschrieben sei (keine Beschreibung der Begrenzung, keine Erwähnung der Grundstücknummer). Von daher könne dem Amtsgericht kein widersprüchliches Verhalten vorgeworfen werden, indem es bezüglich des Preises zugunsten der Beschwerdegegnerin am Wortlaut festgehalten habe und bezüglich des Umfangs der begrenzten Gattungsschuld zugunsten der Beschwerdegegnerin vom Vertragswortlaut abgewichen sei.
Die Beschwerdeführerin kritisiert diese Beurteilung der Vorinstanz als willkürlich. Die Auslegung müsse sich bezüglich beider Fragen entweder konsequent am Wortlaut orientieren oder die gelebte Praxis berücksichtigen. Sie übergeht damit, dass der Vertragswortlaut betreffend den Preis eindeutig war, betreffend den räumlichen Geltungsbereich des Kiesbezugs hingegen offenbar auslegungsbedürftig. Letzteres bestreitet die Beschwerdeführerin zwar und macht geltend, dem dem Vertrag von 1980 als integrierter Bestandteil beiliegenden Rekultivierungsplan Nr. 811-1 sei das Ausmass der Grube Y._ zu entnehmen. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben. Der Argumentation der Beschwerdeführerin zur "rechtsgleichen" Auslegung im Sinne einer konsequenten Berücksichtigung der gelebten Praxis ist der Boden nämlich schon im Grundsatz entzogen, da nicht bewiesen werden konnte, dass die Beschwerdegegnerin jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt hat. Demnach musste auch nicht eine solche nachträgliche Praxis bezüglich des Preises berücksichtigt werden.
4.6 Wenn die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin vorhält, sich widersprüchlich zu verhalten und gegen Treu und Glauben zu verstossen, weil sie während über 15 Jahren immer einverständlich den Selbstkostenpreis bezahlt habe, nun aber plötzlich nur noch Fr. 2.-- pro m3 bezahlen wolle, so gebricht es bei diesem Vorwurf von vornherein wiederum am fehlenden Beweis der behaupteten jahrelangen Bezahlung des Fremdkostenpreises bzw. - wie die Beschwerdeführerin an dieser Stelle vorträgt - des Selbstkostenpreises. Im Übrigen ist nicht klar, welchen Beschwerdegrund die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang erheben will.
5. Da nicht festgestellt ist, dass die Beschwerdegegnerin für den gelieferten Kies entgegen dem Wortlaut des Vertrags in der gelebten Praxis jeweils den Fremdkostenpreis bezahlt hat, kann von vornherein nicht auf eine dahingehende spätere Änderung des Vertrags vom 9. Juli 1980 geschlossen werden. Auch im Eventualstandpunkt vermag die Beschwerdeführerin somit nicht durchzudringen.
6. Sodann erblickt die Beschwerdeführerin im angefochtenen Urteil eine Aktenwidrigkeit. Entgegen den Ausführungen der Vorinstanz treffe es mit Blick auf die Ziffern 32.6 und 34.7 der Appellationsbegründung nicht zu, dass die Beschwerdeführerin nicht auf die clausula rebus sic stantibus Bezug genommen habe.
Diese Rüge geht fehl. Das Amtsgericht hatte in der Erwägung 6.3.4 ausgeführt, eine richterliche Vertragsanpassung - insbesondere eine Indexierung - gestützt auf die Veränderung der Marktpreise (clausula rebus sic stantibus) komme wegen der Voraussehbarkeit nicht in Frage. Die Vorinstanz hielt der Beschwerdeführerin vor, dass sie nicht auf die Begründung des Amtsgerichts eingegangen sei. Dieser Vorhalt ist zutreffend und nicht aktenwidrig, geht doch die Beschwerdeführerin in den angerufenen Ziffern 32.6 und 34.7 der Appellationsbegründung nicht auf die amtsgerichtliche Begründung ein, sondern erwähnt lediglich - in anderem Zusammenhang - den Begriff der clausula rebus sic stantibus. Mit ihren tatsächlichen Ausführungen, die sie nunmehr in der Beschwerde an das Bundesgericht zu gewissen, angeblich nicht voraussehbaren veränderten Verhältnissen (Grundeigentümerentschädigung, Immissionsabgabe, Durchfahrtsentschädigung) vorträgt, kann sie nicht gehört werden (vgl. <ref-law>), zumal sie auch nicht dartut, dass diese Behauptungen nicht neu seien (<ref-law>).
7. Schliesslich beanstandet die Beschwerdeführerin, dass bei der Kostenverteilung der Vergleichsvorschlag von Fr. 1'100'000.-- im Rahmen von § 121 des Gesetzes des Kantons Luzern vom 27. Juni 1994 über die Zivilprozessordnung (ZPO/LU; SRL 260a) nicht berücksichtigt worden sei. Die Vorinstanz bemängelte in dieser Hinsicht eine substantiierte Auseinandersetzung mit der amtsgerichtlichen Eventualbegründung.
Die Beschwerdeführerin kritisiert die entsprechende Erwägung der Vorinstanz zu Unrecht als "unbegründet, aktenwidrig und falsch". In Ziffer 36 der Appellationsbegründung behandelte die Beschwerdeführerin zwar das Thema der Kostenverteilung. Sie legte aber nicht substantiiert dar, weshalb die Annahme des Amtsgerichts nicht zutreffen sollte, dass es mangels Aufsplittung des Pauschalbetrags auf die einzelnen "Differenzen und Problempunkte" nicht feststellbar sei, ob ein nach <ref-law>/LU zu berücksichtigendes Vergleichsangebot unterbreitet wurde. Vor allem hielt die Beschwerdeführerin der Eventualbegründung des Amtsgerichts nichts entgegen, wonach selbst bei Berücksichtigung des gesamten Betrags von Fr. 1'100'000.-- in Anbetracht des Streitwertes von über Fr. 2'600'000.-- nicht behauptet werden könnte, die vollumfänglich obsiegende Beschwerdegegnerin erhalte nicht wesentlich mehr, als ihr von der Beschwerdeführerin für die gütliche Beilegung des Streits vor Klageeinreichung angeboten worden sei. Die Vorinstanz hat dies richtig gesehen. Somit liegt keine Aktenwidrigkeit vor. Eine willkürliche Anwendung von <ref-law>/LU macht die Beschwerdeführerin nicht geltend.
8. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Entgegen der von der Beschwerdegegnerin eingereichten Kostennote, mit der sie ein Honorar von Fr. 18'000.-- verlangt, wird die Parteientschädigung entsprechend der Praxis des Bundesgerichts auf Fr. 9'000.-- festgesetzt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, I. Kammer als Appellationsinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer