Sachverhalt:
A. Am 9. Dezember 1998 beschloss der Regierungsrat des Kantons Zürich, dass bei den Angestellten im Lehrbereich per 1. Juli 1999 Beförderungen vorgenommen werden könnten. Den hierfür vorgesehenen Betrag setzte er auf 0.4 % der Grundbesoldung fest. Mit Schreiben vom 21. Juni 1999 teilte der Prorektor der Zürcher Hochschule Winterthur (ZHW; seit 1. Januar 2008 Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften, ZHAW) A._, B._, C._ und D._ sowie weiteren Dozenten mit, dass ihnen im Gegensatz zu anderen Kollegen kein lohnwirksamer Stufenanstieg gewährt werden könne.
B. In einem ersten Rechtsmittelverfahren wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Angelegenheit an die ZHW zurück, da der Sachverhalt nicht rechtsgenügend erstellt war.
Nachdem die ZHW und die Rekurskommission der Zürcher Hochschulen die Begehren erneut abgewiesen hatten, hiess der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts die dagegen gerichtete Beschwerde am 9. Dezember 2005 gut und verpflichtete die ZHW zu Lohnnachzahlungen: A._ sollte nachträglich Fr. 837.-- erhalten, B._, C._ und D._ je Fr. 3'348.--.
C. Am 28. März 2006 gelangten die vorgenannten Lehrpersonen an die ZHW mit der Forderung, bei ihnen infolge des Verwaltungsgerichtsentscheids vom 9. Dezember 2005 ab 1. Juli 1999 die gesamte Lohnentwicklung nachzuvollziehen, wie wenn die ZHW damals korrekt gehandelt hätte. Vorab ersuchten sie um die Zustellung anfechtbarer Verfügungen. Nach weiteren Briefwechseln verfügte die ZHW am 22. August 2006 gegenüber A._ und C._ die Lohnnachzahlungen von Fr. 837.-- resp. 3'348.--, unter Abrechnung der Sozialversicherungsbeiträge. Weitergehende Lohnansprüche, Schadenersatzansprüche und Ansprüche auf Verzinsung wies die ZHW ab.
D. Zuvor hatte die ZHW C._ am 3. September 2001 per 1. Oktober 2001 neu eingereiht. Die Einreihung erfolgte in die Lohnklasse 23, Jahresstufe 13 des neuen Besoldungssystems. Der Bruttolohn betrug Fr. 157'997.--.
E. Das von C._ gegen die Einreihung vom 1. Oktober 2001 angestrengte Rekursverfahren wurde zunächst sistiert und dann durch die Rekurskommission der Zürcher Hochschulen übernommen. Sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wies der Vorsitzende der Rekurskommission ab. Das dagegen angerufene Verwaltungsgericht schützte diesen Entscheid. Im Übrigen wies die Rekurskommission den Rekurs am 9. November 2006 ab, soweit sie darauf eintrat.
F. Zuvor rekurrierten A._, B._, C._ und D._ am 2. Oktober 2006 gemeinsam bei der Rekurskommission der Zürcher Hochschulen mit dem Antrag, die Verfügung der ZHW vom 22. August 2006 (lit. C hiervor) aufzuheben und ihnen den Lohn ab 1. Juli 1999 nachzuzahlen. Mit Beschluss vom 7. Juni 2007 trat die Rekurskommission auf die Eingaben von B._ und D._ nicht ein. Die Rekurse von A._ und C._ wies sie ab, soweit sie darauf eintrat.
G. Mit Beschwerde vom 5./6. August 2007 beantragten A._, B._, C._ und D._ dem Verwaltungsgericht die Aufhebung der Verfügung der ZHW vom 22. August 2006 und des dazu erlassenen Rekursentscheids vom 7. Juni 2007. Das Urteil des Einzelrichters vom 9. Dezember 2005 sei so zu vollziehen, dass die Beschwerdeführer in finanzieller Hinsicht so gestellt würden, wie wenn sie den individuellen Stufenanstieg per 1. Juli 1999 korrekt erhalten hätten. C._ schliesslich ersuchte um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung (kantonales Verfahren PB.2007.00024).
H. Am 10./11. Januar 2007 stellte C._ dem Verwaltungsgericht zudem Antrag auf Aufhebung der mit Anstellungsverfügung vom 3. September 2001 erlassenen Einreihung sowie des Rekursentscheids vom 9. November 2006 (lit. E hiervor, kantonales Verfahren PB.2007.00002).
I. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich vereinigte mit Urteil vom 14. Mai 2008 die beiden Verfahren, wies das Gesuch von C._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ab und trat auf die Beschwerden von B._ und D._ nicht ein. Deren Eingaben wurden an die ZHAW (als Rechtsnachfolgerin der ZHW) zur Behandlung weitergeleitet. Weiter verpflichtete das Verwaltungsgericht die ZHAW, A._ auf der geschuldeten Lohnnachzahlung von Fr. 837.-- Zinsen zu 5 % ab 28. März 2001 zu bezahlen. Im Übrigen wies es A._s Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. In Bezug auf C._ wurde die ZHAW mit dem Entscheid verpflichtet, dem Beschwerdeführer auf der geschuldeten Lohnnachzahlung von Fr. 3'348.-- Zinsen zu 5 % ab 28. März 2001 zu bezahlen. Im Übrigen wurden beide Beschwerden C._s abgewiesen, soweit das Verwaltungsgericht darauf eintrat.
J. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. Juli 2008 wenden sich A._ (Beschwerdeführerin 1), B._ (Beschwerdeführer 2), C._ (Beschwerdeführer 3) und D._ (Beschwerdeführer 4) gegen das Urteil des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 14. Mai 2008. Sie stellen auf ca. 17 Seiten 20 Anträge (u.a. Feststellungsbegehren und Ersuchen um Vormerkungen), auf deren Wiedergabe hier verzichtet wird. Im Wesentlichen beantragen sie die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, des Beschlusses der Rekurskommission vom 7. Juni 2007 sowie der Verfügungen der ZHAW vom 22. August 2006. Sie fordern zusammengefasst, in finanzieller und versicherungstechnischer Hinsicht so gestellt zu werden, wie wenn sie den lohnwirksamen Stufenanstieg per 1. Juli 1999 korrekt erhalten hätten, wozu die gesamte gesetzlich geregelte Lohnentwicklung rückwirkend nachzuvollziehen sei.
Die Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften (ZHAW) als Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne, während das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts, ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG), betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von <ref-law>. Bei der Beschwerde geht es um aufgelaufene Lohnforderungen, weshalb es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit handelt und ein Ausschlussgrund nicht vorliegt (<ref-law>). Die Höhe des Streitwerts ist umstritten, das Streitwerterfordernis von 15'000 Franken ist indes bei Weitem erfüllt (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde ist somit zulässig. Die Beschwerdeführer als (z.T. ehemalige) öffentlich-rechtlich angestellte Dozierende der ZHAW sind ohne Weiteres zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist darum - unter Vorbehalt von E. 1.2 ff. hiernach - grundsätzlich einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
1.3 Der angefochtene Entscheid stützt sich in der Sache weitgehend auf kantonales Recht, nämlich u.a. auf die Personalverordnung der Zürcher Fachhochschulen vom 29. August 2000 (PV ZFH/ZH; LS 414.112) und auf die zuvor noch geltende Mittelschullehrerverordnung vom 7. Dezember 1988 (MSV/ZH; LS 413.110 - Historische Fassung, Band 6, Nachtragsnummer 028, http://www.zhlex.zh.ch). Als Beschwerdegrund kommt im Wesentlichen die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht, insbesondere von verfassungsmässigen Rechten der Bundesverfassung in Frage (<ref-law>). Die Anwendung des kantonalen bzw. kommunalen Rechts als solches bildet nicht Beschwerdegrund. Überprüft werden kann insoweit nur, ob der angefochtene Entscheid auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder ob das Gesetz oder seine Anwendung sonstwie gegen übergeordnetes Recht verstossen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S.251 f.). In den genannten Fällen gelten strengere Anforderungen an die Begründungspflicht: Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde aufgestellt worden sind (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.4 Unzulässig ist der Antrag der Beschwerdeführer, auch den Entscheide der Rekurskommission vom 7. Juni 2007 und die Verfügungen der ZHAW vom 22. August 2006 aufzuheben. Diese sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
1.5 Nicht zu hören sind die Beschwerdeführer mit ihren Anträgen, von gewissen Umständen "Vormerk zu nehmen" (bspw. in Antrag 7 der Beschwerde). Die Beschwerde hat entweder reformatorische oder kassatorische Wirkung (vgl. <ref-law>). Das Institut der "Vormerknahme" kennt das BGG nicht.
1.6 Sodann ist vorab festzuhalten, dass vorliegend einzig das angefochtene Urteil vom 14. Mai 2008 Gegenstand des Verfahrens bildet. Soweit sich die Beschwerdeführer zu anderen im Kanton angestrengten Verfahren äussern, ist auf ihre Ausführungen nicht einzutreten.
2. Des Weitern gilt es, sich Folgendes vor Augen zu halten:
2.1 Die Beschwerdeführer berufen sich auf das Urteil des Einzelrichters am Verwaltungsgericht vom 9. Dezember 2005, mit welchem der Beschwerdeführerin 1 ein Lohn von Fr. 837.-- und den Beschwerdeführern 2 bis 4 eine Summe von Fr. 3'348.-- zugesprochen worden war. Im Urteil war festgehalten worden, dass die Beschwerdeführenden nicht geltend gemacht hätten, dass der per 1. Juli 1999 nicht erfolgte Anstieg der Jahresstufe nach altem Recht Auswirkungen auf die Lohneinstufung nach neuem Recht gezeitig habe. Hinzu komme, dass die Löhne der Beschwerdeführenden auch schon nach altem Recht im Jahr 2000 erhöht worden seien. Dies sei einerseits bei der Berechnung des Streitwerts und andererseits bei der Bestimmung des Streitgegenstands zu berücksichtigen (E. 2.2 des Urteils vom 9. Dezember 2005). Gestützt auf diese Überlegungen hat der Einzelrichter sodann in E. 3.2 und 3.3 die Beträge ausgerechnet, welche seiner Auffassung nach den Beschwerdeführenden noch zustanden. Für die Beschwerdeführerin 1 galt die Lohnerhöhung nur für drei Monate, da sie im September 1999 aus dem Dienst der Beschwerdegegnerin ausschied. Für die übrigen drei Beschwerdeführer berechnete der Einzelrichter die ausstehende Lohnsumme entsprechend den obigen Ausführungen für die Dauer eines Jahres. Im Folgenden hat er im Dispositiv die Beschwerdegegnerin "im Sinne der Erwägungen" zu den Lohnnachzahlungen an die heutigen vier Beschwerdeführer verpflichtet. Aus Erwägung 6 des Urteils vom 9. Dezember 2005 ergibt sich klar, dass der Lohn gemäss den Berechnungen in den E. 3.2-4 nachzuzahlen ist.
2.2 Dieses Urteil wurde von den Beschwerdeführern nicht angefochten und ist in Rechtskraft erwachsen. Über weite Teile bringen die Beschwerdeführer Rügen vor, über welche mit dem Urteil des Einzelrichters im Dezember 2005 abschliessend entschieden wurde. Wenn sie argumentieren, anfechtbar und rechtsverbindlich sei nur das Dispositiv, verkennen sie, dass die Erwägungen durch den Verweis im Dispositiv Teil der verbindlichen Anordnung werden (THOMAS MERKLI/ARTHUR AESCHLIMANN/RUTH HERZOG, Kommentar zum Gesetz vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern, Bern 1997, N. 15 zu Art. 49). Dem heute angefochtenen Urteil liegt demnach nur der Vollzug des Einzelrichterentscheids zu Grunde. Soweit die Beschwerdeführer stets von Neuem auf die bereits vom Einzelrichter beurteilten Fragen Bezug nehmen, sind sie nicht zu hören. Auf diese Vorbringen ist bereits die Vorinstanz zu Recht nicht eingetreten.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer machen wiederholt geltend, das Verwaltungsgericht, insbesondere der Abteilungspräsident und die Gerichtssekretärin, sei befangen. Auch die Rekurskommission erachten sie als parteiisch. Diese Befangenheit begründen sie sinngemäss mit der offensichtlichen Fehlerhaftigkeit verschiedener Entscheide sowohl der Rekurskommission wie auch des Verwaltungsgerichts, respektive einzelner Mitglieder dieser Instanzen. Beim angefochtenen Urteil beispielsweise führen sie als Zeichen der Befangenheit die aus ihrer Sicht klar falsche Kostenverteilung an. Einen Beleg für die offensichtliche Befangenheit der Vorinstanz scheinen sie auch im Umstand zu erblicken, dass das Verwaltungsgericht den Beschwerdeführer 4 in E. 5.3 des angefochtenen Urteils namentlich nennt.
3.2 Die Garantie des verfassungsmässigen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Voreingenommenheit und Befangenheit in diesem Sinne werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn sich im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Gegebenheiten Umstände ergeben, die bei objektiver Betrachtung geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken (<ref-ruling> E. 1.1. S. 25, 113 E. 3.4 S. 116; je mit Hinweisen).
3.3 Die Beschwerdeführer legen nicht rechtsgenüglich dar, dass <ref-law> verletzt wäre. Der Umstand, dass die Vorinstanz nicht der Rechtsauffassung der Beschwerdeführer gefolgt ist, ist keineswegs geeignet, den Anschein von Befangenheit zu erwecken. Zwar können richterliche Verfahrensfehler ausnahmsweise die Unabhängigkeit bzw. Unbefangenheit einer Gerichtsperson in Frage stellen. Dabei müssen objektiv gerechtfertigte Gründe zur Annahme bestehen, dass sich in Rechtsfehlern gleichzeitig eine Haltung manifestiert, die auf fehlende Distanz und Neutralität beruht. Es muss sich um besonders krasse Fehler oder wiederholte Irrtümer handeln, die eine schwere Verletzung der Richterpflichten darstellen (<ref-ruling> E. 3e S. 124). Dass diese Voraussetzungen vorliegend erfüllt wären, ist in keiner Weise ersichtlich, noch wurde dies rechtsgenüglich dargetan. Auch ist die Tatsache, dass die Gerichtspersonen in unterschiedlichen Verfahren, die allesamt das Arbeitsverhältnis zwischen den Beschwerdeführern und der Beschwerdegegnerin betreffen, beteiligt sind, nicht geeignet, deren Unparteilichkeit im Grundsatz in Frage zu stellen. Soweit auf die Rügen der Beschwerdeführer überhaupt einzutreten ist, sind sie abzuweisen.
4. Insgesamt erschöpfen sich die Vorwürfe der Beschwerdeführer hauptsächlich in appellatorischer Kritik am angefochtenen Urteil. Damit wird jedoch keine Verfassungswidrigkeit dargetan. Die Beschwerde lässt eine rechtsgenügliche Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid praktisch gänzlich vermissen:
4.1 So ist das Verwaltungsgericht auf die Beschwerden der Beschwerdeführer 2 und 4 gar nicht eingetreten, sondern hat diese an die ZHAW weitergeleitet, weil diese beiden Beschwerdeführer noch gar keine anfechtbare Verfügung erhalten hatten. Falls die Beschwerdeführer dieses Vorgehen als Rechtsverweigerung erachten, erfüllen ihre Rügen die Begründungsanforderungen nicht.
4.2 Was den Beschwerdeführer 3 anbelangt, hat sich das Verwaltungsgericht eingehend mit seiner Rüge der rechtsungleichen Behandlung auseinander gesetzt. Die diesbezüglichen Vorbringen in der Beschwerde stellen wiederum appellatorische Kritik dar und geben den Standpunkt des Beschwerdeführers wieder; dies genügt indessen nicht, um eine willkürliche Anwendung der kantonalen Normen oder eine Verfassungswidrigkeit aufzuzeigen.
4.3 Soweit die Beschwerdeführer schliesslich den Kosten- und Entschädigungsentscheid des Verwaltungsgerichts rügen, ist nicht einzusehen, inwiefern Letzteres willkürlich gehandelt haben sollte:
4.3.1 Die Höhe der Gerichtsgebühr bemisst sich gemäss der Verordnung über Gebühren, Kosten und Entschädigungen im Verfahren vor Verwaltungsgericht vom 26. Juni 1997 (GebV VGr/ZH; LS 175.252). Weiter sehen die §§ 80b ff. des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG/ZH; LS 175.2) i.V.m. § 13 Abs. 2 VRG/ZH vor, dass mehrere Beteiligte die Kosten in der Regel entsprechend ihrem Unterliegen tragen. Das Verwaltungsgericht zeigt detailliert auf, wie es zu seiner Kostenverteilung gelangt: Zunächst berücksichtigt es, dass auf die Beschwerden zu weiten Teilen nicht eingetreten werden konnte. Insoweit sind die Beschwerdeführer aus seiner Sicht als unterliegende Partei zu qualifizieren. Daran ändere auch nichts, dass die Rekurskommission eine Weiterleitung der Eingaben an die Beschwerdegegnerin unterlassen habe. Es trägt dem Umstand des Nichteintretens jedoch bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr im Sinn von § 6 der GebV VGr/ZH Rechnung. Danach kann die Gerichtsgebühr bei summarischer Begründung auf die Hälfte und bei formellen Erledigungen bis auf einen Fünftel der Ansätze gemäss §§ 3 und 4 GebV VGr/ZH herabgesetzt werden.
4.3.2 Sodann gilt es sich vor Augen zu halten, dass einzig die Beschwerdeführer 1 und 3 mit ihren Begehren teilweise durchdrangen, indem das Verwaltungsgericht ihnen die Verzinsung der per Urteil vom 9. Dezember 2005 festgesetzten Lohnnachzahlungen zuspricht. Im Übrigen wurden die Rügen abgewiesen, soweit das Verwaltungsgericht darauf eintrat. Es auferlegt der Beschwerdeführerin 1 keine Kosten, weil ihre Lohnnachforderung von Fr. 837.-- im Vergleich zu denjenigen der anderen drei Beschwerdeführer kaum ins Gewicht gefallen sei. Was das Verhältnis der drei Übrigen anbelangt, zieht das Verwaltungsgericht in Erwägung, dass der Beschwerdeführer 3 die weitaus grösste Forderung gestellt habe und dass nur sein Begehren materiell zu beurteilen gewesen sei. Sodann sei die Forderung von Beschwerdeführer 2 deutlich grösser als diejenige des Beschwerdeführers 4. Es auferlegt darum dem Beschwerdeführer 3 17/20 der Kosten, während der Beschwerdeführer 2 2/20 und der Beschwerdeführer 4 1/20 zu übernehmen haben. Weshalb diese Aufschlüsselung willkürlich sein soll, ist nicht ersichtlich.
4.3.3 § 17 Abs. 2 lit. a VRG/ZH sieht vor, das im Rekursverfahren und im Verfahren vor Verwaltungsgericht die unterliegende Partei oder Amtsstelle zu einer angemessen Entschädigung für die Umtriebe ihres Gegners verpflichtet werden kann, namentlich wenn die rechtsgenügende Darstellung komplizierter Sachverhalte und schwieriger Rechtsfragen besonderen Aufwand oder den Beizug eines Rechtsbeistandes erforderte. Das Verwaltungsgericht führt dazu unter Hinweis auf seine Praxis aus, einem obsiegendem Gemeinwesen werde zwar nur mit Zurückhaltung eine Entschädigung zugesprochen. Dennoch könne selbst ein grösseres, leistungsfähigeres und insofern in der Regel nicht anspruchsberechtigtes Gemeinwesen eine Parteientschädigung erhalten für einen Aufwand, welcher den ordentlichen übersteigt, oder wenn es durch das prozessuale Verhalten und die Vorbringen der Gegenpartei über Gebühr belastet werde. Das Verwaltungsgericht erachtet diese Voraussetzungen in Bezug auf den Beschwerdeführer 3 als erfüllt und verpflichtet ihn zu einer Entschädigung in der Höhe von Fr. 1'000.--. Auch dies ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, insbesondere mit Blick auf den komplizierten Sachverhalt und die ausführlichen Rechtsschriften mit unzähligen Anträgen des Beschwerdeführers 3.
4.3.4 In diesem Zusammenhang durfte das Verwaltungsgericht auch das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung des Beschwerdeführers 3 abweisen: Wie es zu Recht festgestellt hat, genügt der Hinweis auf dessen Arbeitslosigkeit nicht, um Mittellosigkeit im Sinne von § 16 VRG/ZH darzutun.
5. Insgesamt ist die Beschwerde darum abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang tragen die Beschwerdeführer auch die Kosten im bundesgerichtlichen Verfahren (<ref-law>). Die nicht anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Aemisegger Scherrer