Fatti:
A. A.a Il 26 settembre 1995, cinque zaffiri ed un rubino di grossa caratura (denominati "E._ Collection"), assicurati nel 1996 per un valore di US$ 53'339'000.--, vennero depositati in un safe della zona franca dell'aeroporto di Kloten intestato a nome della ditta individuale X._ di A._. Il 19 novembre 1996, la "E._ Collection" venne sequestrata dal Procuratore Pubblico del Cantone Ticino in esecuzione di una domanda belga. L'ipotesi di reato, semplificando, era che la società Y._ N. V. operasse il riciclaggio del provento di reati di vario genere, in particolare traffico di stupefacenti ed estorsioni, commessi allo scopo di finanziare una società attiva nella produzione e diffusione di programmi televisivi in lingua curda. Y._ N. V. aveva concluso con A._, in data 5 febbraio 1996, un contratto di prestito senza interessi di circa ECU 10'600'000, garantito appunto dalla "E._ Collection".
A.b Quando, in data 28 settembre 1999, la Pretura di Lugano ha decretato il fallimento di A._, la "E._ Collection" è stata annotata pro memoria nell'inventario. Nel fallimento si sono insinuati, la Y._ N. V. per un credito di fr. 36 milioni, il fisco ticinese per ca. fr. 12'000.--, il fratello del fallito B._ per un importo di ca. fr. 3,4 milioni e la società Z._ Ltd. per ca. US$ 1,85 milioni; le insinuazioni di altri creditori sono state nel frattempo ritirate.
A.c Annullato il sequestro penale in considerazione del lungo tempo trascorso senza che le autorità belghe confiscassero i beni, il Tribunale federale ha ordinato che la "E._ Collection" - apparentemente di proprietà di A._ - venisse messa a disposizione della massa fallimentare. Il 27 settembre 2006 la società canadese XX._, Vancouver, ha rivendicato la proprietà delle pietre; i già menzionati creditori vi si sono opposti. Con sentenza 13 marzo 2007, la Camera di esecuzione e fallimenti del Tirbunale di appello del Cantone Ticino (CEF) ha ordinato approfondimenti in merito al valore delle pietre; ulteriori stime fatte effettuare dall'Ufficio fallimenti hanno fatto emergere un valore assai inferiore al previsto (compreso fra fr. 2'160.-- e fr. 25'000.--).
B. B.a Contro il descritto operato dell'Ufficio sono insorti il fallito A._, con allegato 6 maggio 2008 diretto alla CEF, ed il fratello B._, in qualità di suo creditore, con allegato 14 giugno 2008. Il primo, dopo aver formulato varie critiche all'operato dell'Ufficio, ha chiesto, essenzialmente, la chiusura del fallimento entro 15 giorni, la sua piena riabilitazione, la consegna delle chiavi del deposito di Zurigo, l'adozione di sanzioni severe "contro quei personaggi che continuano a delinquere a spese del signor A._", la consegna a giro di posta "della graduatoria completa del dare e avere di A._", infine che Y._ N. V. venga obbligata in applicazione dell'<ref-law> a depositare una garanzia di fr. 4'640'556.--.
B.b Nel proprio allegato, B._ formula a sua volta varie critiche all'operato dell'Ufficio e conclude chiedendo la chiusura immediata del fallimento, l'esclusione di alcuni creditori e l'imposizione agli stessi di una garanzia di fr. 380'000.-- per i danni da lui personalmente subiti quale creditore, infine l'adozione di misure penali contro i funzionari dell'Ufficio.
B.c Sentiti gli interessati Ufficio fallimenti, Z._ Ltd., Y._ N. V. e, ancora, B._, il Tribunale di appello ha emanato la decisione 13 agosto 2008, qui impugnata, respingendo, nella misura della loro ricevibilità, entrambi i gravami.
C. Contro la pronuncia cantonale sono insorti, con due ricorsi separati datati rispettivamente 27 e 28 agosto 2008, A._ e B._. A._ chiede, previo accoglimento del proprio ricorso, la revoca immediata del proprio fallimento ai sensi dell'<ref-law> ed - implicitamente - di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria; B._, dal canto suo, oltre alla revoca immediata del fallimento chiede "l'annullamento definitivo dei creditori non riconosciuti [...]" Y._ N. V. e Z._ Ltd., un risarcimento per la perdita degli interessi sul proprio credito di fr. 3 milioni a contare da giugno 2006, infine "di considerare e chiedere a chi di diritto le conseguenze penali contro i responsabili in merito alla loro procedura illegale".
Non sono state chieste osservazioni.

Diritto:
1. 1.1 La decisione impugnata ha per oggetto l'attività dell'Ufficio fallimenti di Lugano nel quadro di una procedura fallimentare; essa è stata pertanto emanata in materia di esecuzione e fallimento. Contro decisioni di tale natura - finali ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2) - è dato il rimedio del ricorso in materia civile al Tribunale federale giusta l'<ref-law>. Pronunciata dall'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento, la decisione è impugnabile indipendentemente dal valore litigioso (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF). Il termine di ricorso (<ref-law>) è rispettato. Delle esigenze formali si dirà più avanti.
1.2 I due ricorsi sono diretti contro la medesima decisione, si fondano per l'essenziale sui medesimi argomenti e sollevano i medesimi quesiti giuridici. Sono pertanto date le condizioni per una loro evasione congiunta (<ref-ruling> consid. 1; sentenza 5A_207/2007 del 20 marzo 2008 consid. 1 non pubblicato in <ref-ruling>).
2. 2.1 Entrambi i ricorsi consistono, per l'essenziale, in una discussione dei considerandi in fatto della decisione impugnata.
2.2 Il Tribunale federale fonda la propria sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). L'accertamento dei fatti può essere censurato unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> oppure in maniera manifestamente inesatta (<ref-law>); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio vigente sotto l'egida dell'abrogata legge sull'organizzazione giudiziaria (art. 90 cpv. 1 lett. b OG; <ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (<ref-law>; in proposito, v. consid. 2.3 infra). Inoltre, la censura di arbitrio nell'accertamento dei fatti è ammissibile unicamente qualora l'eliminazione del vizio possa essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>), ciò che il ricorrente deve puntualmente allegare e dimostrare.
2.3 In applicazione dell'<ref-law>, il Tribunale federale esamina la pretesa violazione di diritti fondamentali soltanto se tale censura è stata espressamente invocata e motivata dal ricorrente. Come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, le cui esigenze restano determinanti per le censure sottoposte al principio dell'allegazione secondo l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2 pag. 639), il ricorrente che lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 262), bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione precisa, che la decisione impugnata si fonda su un'applicazione della legge od un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2 pag. 639; <ref-ruling> consid. 1.4). Non basta, in particolare, che il ricorrente affermi l'arbitrarietà della decisione impugnata adducendo considerazioni generiche (<ref-ruling> consid. 2 pag. 591 seg.; <ref-ruling> consid. 1b). Con riferimento particolare all'apprezzamento delle prove ed all'accertamento dei fatti, visto l'ampio potere che esso riconosce in proposito alle autorità cantonali, il Tribunale federale si mostra prudente: ammette una violazione dell'<ref-law> unicamente qualora il giudice non abbia manifestamente compreso il senso e la portata di un mezzo di prova, se ha omesso di considerare un mezzo di prova pertinente senza serio motivo, infine se, sulla base degli elementi fattuali raccolti, il giudice cantonale ha tratto delle deduzioni insostenibili (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9; <ref-ruling> consid. 2a pag. 41, con rinvii). Spetta al ricorrente dimostrare con precisione, e per ogni accertamento di fatto censurato, in quale modo, a suo avviso, le prove assunte avrebbero dovuto essere valutate, e per quale ragione l'apprezzamento da parte dell'autorità cantonale sia insostenibile (DTF <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 7a pag. 312; <ref-ruling> consid. 1b pag. 495, con rinvii). Il mancato rispetto di queste esigenze di motivazione conduce all'inammissibilità della censura (<ref-ruling> consid. 2 pag. 591 seg.).
2.4 Entrambi i ricorsi sono lungi dal soddisfare le severe esigenze di motivazione appena esposte. I ricorrenti si limitano a riproporre in tono polemico il proprio punto di vista, senza nemmeno tentare di dimostrare che la divergente opinione dei Giudici cantonali sia insostenibile. Peraltro, discutono esclusivamente l'istoriato processuale, senza affrontare gli accertamenti di fatto posti dalla Corte cantonale alla base dei considerandi in diritto, e sui quali si tornerà - nella misura del necessario - più avanti.
2.5 Nella misura in cui i ricorsi paiono diretti contro gli accertamenti fattuali del Tribunale di appello e segnatamente sul ruolo attribuito alla Y._ N. V., essi devono essere dichiarati inammissibili per manifesta insufficienza della motivazione.
3. 3.1 Con ricorso in materia civile il ricorrente può far valere la violazione del diritto svizzero rispettivamente estero ai sensi degli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Non è limitato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dalla motivazione dell'istanza inferiore. Può pertanto accogliere il gravame per un motivo diverso da quelli invocati, ma pure respingerlo con una motivazione diversa da quella adottata nella decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 2.2). In considerazione delle esigenze di motivazione esposte all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1), il Tribunale federale esamina tuttavia di principio unicamente le censure sollevate; non è tenuto, come lo è invece un'autorità di prima istanza, ad esaminare tutte le questioni giuridiche possibili, se queste non gli vengono (più) riproposte (<ref-ruling> consid. 1.4.1, 545 consid. 2.2).
3.2 In sunto, il Tribunale di appello ha argomentato come segue:
3.2.1 Esso ha dichiarato inammissibile la richiesta di chiusura immediata del fallimento, formulata dai ricorrenti senza riferimento alcuno ad una norma di legge, poiché decisione non di competenza dell'Ufficio.
3.2.2 Ha spiegato i motivi della protrazione del fallimento, segnatamente del termine per l'allestimento della graduatoria, con l'avvenuta tacita proroga implicita nella proroga del termine per chiudere il fallimento ai sensi dell'<ref-law>. L'avvenuto inoltro della terza perizia sul valore della "E._ Collection" sblocca ora la situazione ed apre la via per l'assegnazione del termine per promuovere l'azione di rivendicazione a XX._, sotto riserva di una decisione di sospensione del fallimento per mancanza di attivi.
3.2.3 Quanto all'opportunità rispettivamente necessità di nuove perizie sul valore della "E._ Collection", contestata da entrambi i ricorrenti, il Tribunale di appello ha spiegato che la censura è divenuta priva d'oggetto con la rassegnazione dell'ultima perizia, comunque non contestabile prima del deposito finale. Esso ha inoltre sollevato seri dubbi sulla tempestività dei ricorsi in proposito.
3.2.4 A proposito della domanda dei ricorrenti di obbligare Y._ N. V. a depositare una garanzia a copertura dei rispettivi danni, la Corte cantonale ha ritenuto la richiesta del fallito non rivolta contro un provvedimento o un'omissione dell'Ufficio, dunque inammissibile nell'ambito del ricorso ex <ref-law>; mentre quella dell'altro insorgente è stata ritenuta irricevibile perché presentata per la prima volta in sede di ricorso ed inoltre non suffragata da un qualsiasi riferimento di legge.
3.2.5 La pretesa vantata dal fallito contro Y._ N. V. è stata formulata pure solo con i ricorsi ed è pertanto pure inammissibile; va semmai rivolta all'Ufficio perché la iscriva nell'inventario.
3.2.6 Dalla conformità della procedura fallimentare con i dettami di legge e le decisioni dell'autorità di vigilanza segue che non vi è ragione di avviare alcuna procedura disciplinare o penale.
3.3 Il fallito non solleva del tutto eccezioni di diritto; suo fratello si limita a menzionare astrattamente il divieto d'arbitrio (<ref-law>) ed il principio di celerità (<ref-law>; in proposito v. <ref-ruling> consid. 8; <ref-ruling> consid. 5), senza porre alcuno di essi in relazione con i fatti di causa. L'ammissibilità formale di entrambi i ricorsi appare dunque assai discutibile (in proposito v. supra consid. 2.3). Ma anche volendo cercare, per scrupolo, nei meandri delle argomentazioni ricorsuali una qualsiasi critica in diritto, non si ravvisa alcun motivo per il quale la decisione impugnata non sarebbe conforme al diritto federale. In dettaglio si osserva quanto segue:
3.3.1 Sull'inammissibilità della richiesta di chiusura immediata del fallimento (supra consid. 3.2.1), nessuno dei due ricorrenti si è espresso. Non vi è pertanto ragioni di soffermarvisi oltre.
3.3.2 A proposito della durata della procedura di fallimento (supra consid. 3.2.2), se si considera formalmente ammissibile la censura del secondo ricorrente (supra consid. 3.3), essa è tuttavia priva di motivazione sufficiente ai sensi dell'<ref-law> (v. in proposito consid. 2.3 supra): il ricorrente, infatti, non si confronta del tutto con l'argomentazione dei Giudici d'appello, che hanno spiegato in dettaglio i motivi che li hanno condotti a protrarre la procedura fallimentare. Il richiamo del principio costituzionale in astratto, anche accompagnato dalle considerazioni soggettive relative all'interpretazione di non meglio precisate norme della LEF non è critica sufficientemente circostanziata. Senza poi dimenticare che incombe alla parte, o al terzo che se ne prevale, l'obbligo di intraprendere quanto in suo potere per accelerare la procedura (<ref-ruling> consid. 5.2), ciò che a (incontestato) giudizio dei Giudici cantonali sembra non essere qui avvenuto. Né i ricorrenti allegano e dimostrano essersi fatti parte attiva in tal senso.
3.3.3 Lo stesso vale per le censure sollevate contro l'erezione di nuove perizie a proposito del valore della "E._ Collection": i ricorrenti non mettono in discussione né l'ipotesi che la questione sia divenuta priva d'oggetto né i dubbi sulla tempestività dei loro ricorsi cantonali in proposito (supra consid. 3.2.3).
3.3.4 Anche in riferimento alle richieste dei ricorrenti di deposito di garanzia da parte di Y._ N. V. (supra consid. 3.2.4) va constatato che l'argomentazione cantonale non è stata assolutamente discussa.
3.3.5 Lo stesso dicasi per la pretesa vantata dal fallito contro Y._ N. V., considerata irricevibile dai Giudici cantonali (consid. 3.2.5 supra), rimasti incontestati su questo punto.
3.3.6 Il Tribunale di appello ha ritenuto che, accertata la conformità della procedura fallimentare con i dettami di legge e le decisioni dell'autorità di vigilanza, non sussiste motivo di avviare procedure disciplinari o penali (supra consid. 3.2.6). In riferimento a ciò, i ricorrenti hanno disseminato pesanti accuse nei confronti delle autorità cantonali ticinesi. Vanno al proposito fatte tre considerazioni: in primo luogo, nella misura in cui esse possono essere lette come censure relative agli accertamenti di fatto, non sono motivate sufficientemente (supra consid. 2.2 e 2.3). In secondo luogo, i ricorrenti non discutono la conclusione della Corte cantonale. Da ultimo, non va sottaciuto che quelle fatte dai ricorrenti sono affermazioni estremamente gravi che, a prescindere da conseguenze legali che esulano dalla competenza del Tribunale federale, avrebbero giustificato un rinvio dei rispettivi ricorsi ai ricorrenti per modifica (<ref-law>) e, se del caso, una decisione di inammissibilità senza ulteriore esame (<ref-law>).
Se si è rinunciato a procedere in tal senso è soltanto, come d'altronde ha pure fatto la Corte cantonale, per non protrarre ulteriormente la procedura.
4. In conclusione, entrambi i ricorsi si appalesano di primo acchito inammissibili e come tali vanno evasi, con conseguenza di tassa e spese a carico dei ricorrenti soccombenti in ragione di metà ciascuno e con responsabilità solidale (<ref-law>). Nella misura in cui la richiesta di A._, che lamenta difficoltà finanziarie, di considerare la causa pro bono debba essere interpretata come una richiesta di concessione dell'assistenza giudiziaria, essa va respinta per insufficiente probabilità di successo e mancata comprova dell'indigenza (<ref-law>). Non sono dovute ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. I ricorsi sono inammissibili.
2. La domanda di assistenza giudiziaria di A._ è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
4. Comunicazione alle parti, all'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Lugano e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.