Sachverhalt:
A. Der 1953 geborene J._ war ab 1. April 1985 als Lagermitarbeiter in einem Transportunternehmen erwerbstätig. Ab 14. Dezember 2002 arbeitete er krankheitsbedingt nicht mehr. Auf Ende Juni 2003 wurde das Arbeitsverhältnis aufgrund der schlechten Wirtschaftslage aufgelöst. Im Januar 2004 meldete sich J._ bei der Invalidenversicherung an und beantragte u.a. eine Rente. Nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse und nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen den Anspruch auf eine Invalidenrente (Verfügung vom 14. November 2007).
B. In Gutheissung der Beschwerde des J._ hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Verfügung vom 14. November 2007 auf und sprach dem Versicherten im Sinne der Erwägungen mit Wirkung ab 1. April 2006 eine Viertelsrente zu (Entscheid vom 13. August 2009).
C. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 13. August 2009 sei aufzuheben.
J._ beantragt die Abweisung, das Bundesamt für Sozialversicherungen Gutheissung der Beschwerde, welcher aufschiebende Wirkung zuzuerkennen sei. Das kantonale Versicherungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat durch Einkommensvergleich (Art. 16 ATSG in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 IVG) einen Invaliditätsgrad von 44 % ermittelt, was Anspruch auf eine Viertelsrente gibt (Art. 28 Abs. 2 IVG). Das Invalideneinkommen hat es auf der Grundlage der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung 2006 des Bundesamtes für Statistik (LSE 06) berechnet. Dabei hat es einen Abzug vom Tabellenlohn von 15 % gemäss <ref-ruling> vorgenommen. Die trotz gesundheitlicher Beeinträchtigung zumutbare Arbeitsfähigkeit für die Zeit ab April 2006 hat es gestützt auf die Gutachten des Instituts B._ vom 16. August 2005 und 3. Juli 2007 festgesetzt. Danach sind körperlich leichte bis mittelschwere Tätigkeiten mit wechselnden Positionen aus somatischer Sicht ohne Einschränkung, aus psychiatrischer Sicht mit einer Leistungseinbusse von 20 % zumutbar.
2. Die Beschwerde führende IV-Stelle rügt einzig, ein Abzug vom Tabellenlohn gemäss <ref-ruling> sei nicht gerechtfertigt.
2. Die Beschwerde führende IV-Stelle rügt einzig, ein Abzug vom Tabellenlohn gemäss <ref-ruling> sei nicht gerechtfertigt.
2.1 2.1.1 Wird das Invalideneinkommen auf der Grundlage von statistischen Durchschnittswerten ermittelt, ist der entsprechende Ausgangswert (Tabellenlohn) allenfalls zu kürzen. Damit soll der Tatsache Rechnung getragen werden, dass persönliche und berufliche Merkmale, wie Art und Ausmass der Behinderung, Lebensalter, Dienstjahre, Nationalität oder Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad (vgl. LSE 94 S. 51) Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 323) und je nach Ausprägung die versicherte Person deswegen die verbliebene Arbeitsfähigkeit auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann (<ref-ruling> E. 5b/aa in fine S. 80). Der Abzug ist unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen. Er darf 25 % nicht übersteigen (<ref-ruling> E. 5b/bb-cc S. 80; Urteil 9C_368/2009 vom 17. Juli 2009 E. 2.1).
Unter dem Titel Beschäftigungsgrad im Besonderen wird bei Männern, welche gesundheitlich bedingt lediglich noch teilzeitlich erwerbstätig sein können, ein Abzug anerkannt. Damit soll dem Umstand Rechnung getragen werden, dass bei Männern statistisch gesehen Teilzeitarbeit vergleichsweise weniger gut entlöhnt wird als eine Vollzeittätigkeit (Urteile I 69/07 vom 2. November 2007 E. 5.1 und I 793/06 vom 4. Oktober 2007 E. 2; vgl. auch Urteile 8C_664/2007 vom 14. April 2008 E. 8.3 und I 101/07 vom 3. Januar 2008 E. 6.2; anders dagegen bei den Frauen: Urteil 9C_382/2007 vom 13. November 2007 E. 6.2 sowie Urteile des Eidg. Versicherungsgerichts U 454/05 vom 6. September 2006 E. 6.6.2 und I 704/03 vom 28. Dezember 2004 E. 4.1.2).
2.1.2 Ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen ist, stellt eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage dar (Urteil 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4 in fine, nicht publiziert in: <ref-ruling>). Die Frage nach der Höhe des (im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten) Abzuges vom Tabellenlohn dagegen ist eine Ermessensfrage. Deren Beantwortung ist letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung (vgl. zu diesen Rechtsbegriffen Urteil I 793/06 vom 4. Oktober 2007 E. 2.3; <ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 9C_368/2009 vom 17. Juli 2009 E. 2.1).
2.2 Die Vorinstanz hat den Abzug vom Tabellenlohn von 15 % wie folgt begründet: Der Beschwerdeführer sei darauf angewiesen, wechselnde Positionen einnehmen, längerdauernde Zwangshaltungen der Wirbelsäule und der unteren Extremitäten vermeiden und eine Limite für Hebe- und Trageleistungen von 15 kg einhalten zu können. Aufgrund der psychischen Beeinträchtigung bedürfe er sodann der Rücksichtnahme seitens der Vorgesetzten und Arbeitskollegen. Er müsse ärztlich verschriebene Medikamente, vor allem Antidepressiva in hohen Dosen einnehmen, was zu Konzentrationsproblemen führen könne und ein allfälliges Sicherheitsrisiko darstelle. Der Versicherte sei zudem behinderungsbedingt weniger flexibel einsetzbar (etwa in Bezug auf Überstunden, kurzfristige Einsätze an einem nicht adaptierten Arbeitsplatz). Ebenfalls bestehe ein höheres Risiko, aus krankheitsbedingten Gründen dem Arbeitsplatz fernbleiben zu müssen. Um diese Nachteile zu kompensieren und konkurrenzfähig zu bleiben, müsse der Versicherte daher seine Arbeitskraft zu einem entsprechend tieferen Lohn anbieten.
Im Weitern bestehe nach den medizinischen Vorgaben eine um 20 % reduzierte Leistungsfähigkeit (begründet mit einem leicht erhöhten Pausenbedarf und einer gewissen Verlangsamung des Arbeitstempos) für eine ganztägige Präsenz. Kein Arbeitgeber sei bereit, einem ganztägig anwesenden Arbeitnehmer für eine Leistung von 80 % einen höheren Lohn zu bezahlen als dem zeitlich nur 80 % Anwesenden ohne Leistungseinbusse. Tendenziell dürfte eher das Gegenteil der Fall sein, was statistisch jedoch nicht belegbar sei. Es rechtfertige sich daher, den statistisch ausgewiesenen Lohnnachteil von Teilzeit arbeitenden Männern auch bei vollzeitlich mit eingeschränkter Leistung arbeitsfähigen Versicherten im Rahmen des Abzugs vom Tabellenlohn nach <ref-ruling> zu berücksichtigen. Der standardisierte Bruttolohn von Männern in einfachen und repetitiven Tätigkeiten des privaten Sektors mit einem Arbeitspensum zwischen 75 % und 89 % sei verglichen mit einem Vollzeitpensum um 5,86 % (recte: 6,14 %) tiefer (LSE 06 Tabelle T2* S. 16).
Insgesamt erscheine ein Abzug von 15 % vom Tabellenlohn als angemessen.
Insgesamt erscheine ein Abzug von 15 % vom Tabellenlohn als angemessen.
2.3 2.3.1 Die IV-Stelle bringt zu Recht vor, dass behinderungsbedingt aus somatischer Sicht kein Abzug vom Tabellenlohn gerechtfertigt ist. Dem Beschwerdegegner sind grundsätzlich alle leichten bis mittelschweren Arbeiten zumutbar, und zwar zeitlich und leistungsmässig uneingeschränkt, wie das Bundesamt unter Hinweis auf das Gutachten des Instituts B._ vom 3. Juli 2007 festhält (vgl. auch Urteile 8C_559/2008 vom 15. Dezember 2008 E. 4, 9C_343/2008 vom 21. August 2008 E. 3.2 und 9C_813/2008 vom 8. April 2009 E. 4.3.2). Anforderungs- und Belastungsprofil, wie das Einnehmen wechselnder Positionen, Vermeiden von Zwangshaltungen der Wirbelsäule sowie Hebe- und Traglimiten bestimmen das Spektrum der erwerblichen Tätigkeiten, welche unter Berücksichtigung der Fähigkeiten, Ausbildung und Berufserfahrung der versicherten Person realistischerweise noch in Frage kommen (Urteil 9C_624/2009 vom 7. Oktober 2009 E. 4.1.1). Davon zu unterscheiden ist die Frage, ob mit Bezug auf eine konkret in Betracht fallende Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage verglichen mit einem gesunden Mitbewerber nur bei Inkaufnahme einer Lohneinbusse reale Chancen für eine Anstellung bestehen. Der Beschwerdegegner hält denn auch selber fest, dass seine Beschäftigungsmöglichkeiten verglichen mit einem Gesunden in sonst vergleichbarer Lage behinderungsbedingt eingeschränkt sind. Es steht ihm indessen immer noch ein genügend grosses Arbeitsmarktsegment offen.
2.3.2 Das Vorstehende gilt grundsätzlich auch in Bezug auf einen allfälligen psychisch bedingten Abzug vom Tabellenlohn. Es kommt dazu, dass den Auswirkungen des psychischen Leidens (rezidivierende depressive Störung, gegenwärtig leichte Episode [ICD-10 F33.0] gemäss Gutachten des Instituts B._ vom 3. Juli 2007) auf die Arbeitsfähigkeit mit einer anerkannten Leistungsverminderung um 20 % Rechnung getragen wurde. Eine psychisch bedingt verstärkte Rücksichtnahme seitens Vorgesetzter und Arbeitskollegen ist bisher von der Gerichtspraxis nicht als eigenständiger abzugsfähiger Umstand anerkannt worden (vgl. Urteile 8C_221/2009 vom 27. Mai 2009 E. 4.2.2 und 9C_362/2008 vom 14. November 2008 E. 3.2.4, wonach es hierbei in erster Linie um die realen Chancen, auf dem freien Arbeitsmarkt eine Stelle zu finden, geht). In Anbetracht von Art und Schweregrad der Störung besteht vorliegend kein Anlass, anders zu entscheiden.
Sodann führt die Vorinstanz nicht näher aus, inwiefern die Einnahme von Medikamenten in hoher Dosis zu einem für die Abzugsfrage beachtlichen Sicherheitsrisiko führen soll. Im Gutachten des Instituts B._ vom 3. Juli 2007 jedenfalls finden sich keine diesbezüglichen Anhaltspunkte, wie auch die IV-Stelle einwendet. Der Beschwerdegegner mutmasst, die Experten hätten sich mit diesem Aspekt gar nicht auseinandergesetzt, da ihre Aufgabe die generelle Umschreibung der Arbeitsfähigkeit, nicht aber auch einzelner Tätigkeiten gewesen sei. Es ist jedoch überwiegend wahrscheinlich, dass die Gutachter die möglichen Nebenwirkungen der Medikamente angesprochen und diskutiert hätten, wenn sie für die Frage der Arbeitsfähigkeit von Relevanz gewesen wären. Sind als Folge der medikamentösen Therapie die Reaktionsfähigkeit, die Fahrtüchtigkeit oder die Fähigkeit, Werkzeuge oder Maschinen zu bedienen, möglicherweise beeinträchtigt, wie der Beschwerdegegner vorbringt, fallen Tätigkeiten, welche diese Eigenschaften verlangen, ausser Betracht. Es geht auch hier in erster Linie um die realen Chancen, auf dem freien Arbeitsmarkt eine Stelle zu finden resp. um das Spektrum der gesundheitlich bedingt noch in Betracht fallenden Erwerbstätigkeiten.
Im Weitern kann auch ein angeblich höheres Risiko, aus krankheitsbedingten Gründen der Arbeit fernbleiben zu müssen, jedenfalls unter den gegebenen Umständen nicht als Abzugsgrund anerkannt werden. Anders zu entscheiden wäre nur, wenn statistisch belegt Erwerbstätige mit gesundheitlich bedingt eingeschränkter Arbeitsfähigkeit längere krankheitsbedingte Absenzen vom Arbeitsplatz aufwiesen als uneingeschränkt arbeitsfähige Erwerbstätige. Schliesslich mag zutreffen, dass der Beschwerdegegner psychisch bedingt weniger flexibel einsetzbar ist etwa in Bezug auf das Leisten von Überstunden. Dieser Umstand kann indessen nicht als abzugsrelevant anerkannt werden. Stellen, welche eine solche Flexibilität verlangen, fallen vorweg ausser Betracht, ohne dass gesagt werden könnte, das aufgrund des Anforderungs- und Belastungsprofils in Frage kommende Arbeitsmarktsegment werde dadurch entscheidend verkleinert.
2.3.3 Es bestehen somit keine direkt mit der Art der gesundheitlichen Beeinträchtigung in Zusammenhang stehende lohnwirksame Umstände, welche einen (behinderungsbedingten) Abzug vom Tabellenlohn rechtfertigten.
2.4 Der Beschwerdegegner bringt vor, um seine gesundheitliche Situation einigermassen stabil zu halten, habe er während eines Monats zwischen 13 und 14 Arzttermine, davon zwei Kontrollen beim Hausarzt, einzuhalten und Therapiesitzungen zu besuchen. Da er seine ihm verbliebene Arbeits- und Leistungsfähigkeit von 80 % nur bei einer ganztägigen Präsenz erbringen könne, müssten die Arztbesuche und Therapien notwendigerweise während der Arbeitszeit stattfinden. Es könne nicht erwartet werden, dass selbst ein toleranter Arbeitgeber ihm diese regelmässigen Absenzen ohne Lohneinbussen gestattete.
Die Vorinstanz hat sich zu den selben Vorbringen in der Beschwerde und in der Replik nicht geäussert. Ob sie damit implizit diesen Umständen keine Bedeutung für die Abzugsfrage beimessen wollte, ist unklar. Wie es sich damit verhält, kann jedoch offenbleiben. Im Gutachten des Instituts B._ vom 3. Juli 2007 wurden aus orthopädischer Sicht aktivierende Massnahmen grundsätzlich als sinnvoll bezeichnet, idealerweise in Form einer regelmässigen Arbeitstätigkeit, alternativ dazu auch durch Absolvierung eines täglichen Ertüchtigungsprogramms. Auf psychiatrischer Ebene wurde eine Fortsetzung der Gesprächstherapie und eine weitere konsequente Einnahme der verordneten Medikation empfohlen. Ebenfalls sollte die enzymmässige Hepatopathie kontrolliert und allfällige weitere Massnahmen je nach Befund durchgeführt werden. Daraus ergibt sich, dass bei Ausübung einer regelmässigen Erwerbstätigkeit die offenbar aktuell zwei Mal in der Woche durchgeführte Physiotherapie nicht zwingend erforderlich ist. Somit reduziert sich die Anzahl Arzttermine, worunter zwei Kontrollen beim Hausarzt, und (Gesprächs-)Therapiesitzungen auf vier bis maximal fünf im Monat. Sodann ist davon auszugehen, dass (die behandelnden) Ärzte auch während Randzeiten, nicht selten sogar darüber hinaus, insbesondere samstags arbeiten. Unter diesen Umständen lässt sich ein Abzug vom Tabellenlohn wegen behandlungs- und therapiebedingten Fehlens am Arbeitsplatz nicht begründen.
2.5 Wie die IV-Stelle zu Recht geltend macht, widerspricht die vorinstanzliche Anerkennung eines Abzugs vom Tabellenlohn beim vollzeitlich arbeitsfähigen, psychisch bedingt lediglich zu 80 % leistungsfähigen Versicherten in Analogie zum Teilzeitabzug bei Männern, welche gesundheitlich bedingt nicht mehr vollzeitlich erwerbstätig sein können (vgl. E. 2.1.1), der Rechtsprechung. Das kantonale Gericht ist sinngemäss aus Gründen der Gleichbehandlung (und unter Hinweis auf das Urteil 9C_603/2007 vom 8. Januar 2008, welches indessen nicht einschlägig ist, wie die Verwaltung zu Recht vorbringt) davon abgewichen (E. 2.2).
2.5.1 Im Urteil I 69/07 vom 2. November 2007 E. 5.2 hat das Bundesgericht, I. sozialrechtliche Abteilung, die Gründe dargelegt, weshalb in Bezug auf einen allfälligen Abzug vom Tabellenlohn eine gesundheitlich bedingte Teilzeittätigkeit sich nicht mit einer Vollzeittätigkeit mit gesundheitlich bedingt eingeschränkter Leistungsfähigkeit vergleichen lässt. Es hat Folgendes erwogen:
Die Ursachen, weshalb Teilzeittätigkeiten in der Regel überproportional niedriger entlöhnt werden als Vollzeittätigkeiten, sind höchstens teilweise bekannt. Daher kann eine Gleichbehandlung der beiden Tätigkeitsarten beim Leidensabzug auch nicht damit begründet werden, bei Vollzeittätigkeiten mit eingeschränkter Leistungsfähigkeit wirkten sich regelmässig die selben ökonomischen Gesichtspunkte aus wie bei Teilzeittätigkeiten. Zwar mag in Einzelfällen eine solche Vollzeittätigkeit tatsächlich mit einem überproportionalen Minderverdienst verbunden sein. Dass dies in gleicher Weise wie bei den Teilzeittätigkeiten den Regelfall darstellt, lässt sich aber nicht zuverlässig sagen, zumal auch Faktoren angeführt werden könnten, welche eine Vollzeittätigkeit mit eingeschränktem Leistungsvermögen für einen Arbeitgeber attraktiver erscheinen lassen als eine Teilzeittätigkeit. Zu erwähnen ist hier etwa, dass eine vollzeitliche Anwesenheit grössere Flexibilität bei der Einsatzplanung bietet.
2.5.2 Der Umstand allein, dass die Ursachen für die in der Regel vergleichsweise tiefere Entlöhnung von Teilzeitarbeit gegenüber Vollzeittätigkeiten höchstens teilweise bekannt sind, stellt keinen ersichtlichen Grund dar, um vollzeitlich arbeitsfähige, aber lediglich eingeschränkt leistungsfähige Männer anders zu behandeln als gesundheitlich bedingt Teilzeit arbeitende, in diesem im Rahmen aber voll leistungsfähige Männer. Die innerhalb eines Normalarbeitspensums erbrachte Leistung ist bei beiden Kategorien von (behinderten) Arbeitnehmern grundsätzlich dieselbe. Dass die vergleichsweise tiefere Entlöhnung von Teilzeitarbeit statistisch belegt ist (vgl. dazu die nach dem Beschäftigungsgrad differenzierenden Tabellen in den seit 1994 vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebungen [LSE], zuletzt LSE 06 Tabelle T2* S. 16), solche Angaben in Bezug auf Vollzeitarbeit bei eingeschränkter Leistungsfähigkeit hingegen fehlen, kann sich nicht zu Ungunsten der betroffenen Versicherten auswirken, wie die Vorinstanz zu Recht dafürhält (E. 2.2). Deswegen ändert sich jedoch im Ergebnis nichts, wie sich aus dem Nachfolgenden ergibt, weshalb die Frage einer Änderung der mit dem erwähnten Urteil I 69/07 begründeten und seither mehrfach bestätigten (Urteile 8C_765/2007 vom 11. Juli 2008 E. 4.3.3, 9C_344/2008 vom 5. Juni 2008 E. 4, 9C_980/2009 vom 4. März 2009 E. 3.1.2) Gerichtspraxis offenbleiben kann.
2.6 2006 erzielten Männer in einfachen und repetitiven Tätigkeiten (Anforderungsniveau des Arbeitsplatzes 4) bei einem Arbeitspensum zwischen 75 % und 89 % ein aufgerechnet auf ein Vollzeitpensum um 6,14 % tieferes Einkommen als Vollzeitbeschäftigte (LSE 06 S. 16 Tabelle T 2*). Ein Abzug vom Tabellenlohn in dieser Höhe ergäbe gemäss vorinstanzlichem Einkommensvergleich bei sonst gleichen Berechnungsfaktoren einen Invaliditätsgrad von 38,7 % ([[Fr. 73'690.- - [Fr. 60'145.- x 0,9386] x 0,8]/Fr. 73'690.-] x 100%). Es besteht somit kein Rentenanspruch. Die Beschwerde ist begründet.
3. Mit dem sofortigen Entscheid in der Sache ist die Frage der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde gegenstandslos (Urteil 9C_515/2009 vom 14. September 2009 E. 4).
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 13. August 2009 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. November 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler