Sachverhalt:
A. Der X._ Club (Beschwerdegegner) ist ein Verein im Sinne von <ref-law>. Anfangs 1992, als er von A._ (Beschwerdeführer) präsidiert wurde, liess er an sein bestehendes Clubhaus mit Bootshalle einen Anbau planen, der eine weitere Bootshalle, einen Fitnessraum und Nebenräume umfassen sollte. Im Herbst 1992 führte die Y._ AG die für den Anbau notwendigen Pfählungsarbeiten aus. Weitere Bauarbeiten verrichtete die A._ Bau AG. Im März 1993 trat der Beschwerdeführer als Präsident des Vereins zurück.
Am 4. Oktober 1999 stellte die Q._ AG anlässlich einer Gebäudebeurteilung Setzungen aussergewöhnlichen Ausmasses fest, die sie auf eine falsche Platzierung der Pfähle und auf die Wahl eines falschen Pfahlsystems zurückführte. Bei einer weibelamtlichen Tatbestandsaufnahme vom 25. März 2002 wurden diverse Mängel am Anbau festgestellt und darauf hingewiesen, dass aufgrund der ungenügenden Dachkonstruktion Einsturzgefahr drohe. Am 27. März 2002 einigte sich der Beschwerdegegner mit dem Haftpflichtversicherer der Y._ AG auf die Zahlung einer Abfindung von Fr. 35'000.-- in Sachen Anbau Bootshaus.
B. Am 3. Mai 2002 erhob der Beschwerdegegner Klage gegen den Beschwerdeführer und die A._ Bau AG auf Zahlung von Fr. 22'000.-- nebst Zins als Teilforderung unter solidarischer Haftbarkeit. In der Folge wurde das Verfahren gegen den Beschwerdeführer von jenem gegen die A._ Bau AG abgetrennt. Der Beschwerdeführer erhob die Einrede der Verjährung, welche das Kantonsgericht Nidwalden am 27. April 2005 abwies und darüber hinaus feststellte, dass die Haftungsansprüche des Beschwerdegegners nicht verwirkt seien. Die gegen dieses Urteil vom Beschwerdeführer eingereichte Appellation wies das Obergericht des Kantons Nidwalden am 20. April 2006 ab, soweit es darauf eintrat. Hierauf schützte das Kantonsgericht Nidwalden die Klage gegen den Beschwerdeführer am 21. März 2007 und sprach dem Beschwerdegegner die eingeklagte Teilforderung von Fr. 22'000.-- nebst Zins zu. Das Obergericht wies am 15. Dezember 2009 auch die gegen dieses Urteil eingereichte Appellation ab. Es kam zum Ergebnis, zufolge mangelhafter Pfählung sei dem Beschwerdegegner ein Schaden entstanden, der den Betrag von Fr. 22'000.- weit übersteige. Diesen Schaden habe der Beschwerdeführer zu verantworten, weil er sich gegenüber dem Beschwerdegegner verpflichtet habe, die statischen Berechnungen vorzunehmen, die Berechnung des gewählten Pfahlsystems jedoch sorgfaltspflichtwidrig vernachlässigt habe. Die Vorinstanz hielt sodann dafür, die Verjährung richte sich nach <ref-law> und sei nicht eingetreten.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen sowie mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde im Wesentlichen, die Urteile des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 20. April 2006 und vom 15. Dezember 2009 aufzuheben und die Klage abzuweisen. Seinem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht mit Präsidialverfügung vom 22. November 2010 statt. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der vom Beschwerdeführer ergriffenen Rechtsmittel. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 521 mit Hinweis). Dies erscheint mit Blick auf den Streitwert (<ref-law>) hinsichtlich der Beschwerde in Zivilsachen fraglich, da lediglich Fr. 22'000.-- eingeklagt wurden, was der Beschwerdeführer denn auch erkennt. Er macht allerdings geltend, der Beschwerdegegner habe im kantonalen Verfahren seinen erklärten Willen bekräftigt, nach Beurteilung der "Teilforderung" weitere Ansprüche zu stellen, welche sich auf das Zehnfache des eingeklagten Betrages belaufen würden. Anstelle des formell eingeklagten Betrages, welcher die in <ref-law> festgelegte Streitwertgrenze nicht erreiche, müsse daher jener Betrag massgeblich sein, den der Beschwerdegegner nach eigenem Bekunden vom Beschwerdeführer zu verlangen gedenke.
1.1 Der Streitwert bemisst sich bei Beschwerden gegen Endentscheide nach den Begehren, wie sie vor Vorinstanz noch streitig waren, soweit darauf eingetreten werden konnte (<ref-law>; Urteile des Bundesgerichts 4A_629/2009 vom 10. August 2010 E. 1.2.1 und 5A_765/2008 vom 29. Juni 2009 E. 1.2.1). Darunter sind die Anträge zu verstehen, die Gegenstand des Urteilsspruchs sein sollen und, wenn gutgeheissen, an dessen Rechtskraft teilhaben. Ein allfälliges darüber hinaus reichendes Interesse einer Partei fällt nicht darunter (RUDIN, in: Basler Kommentar, 2008, N. 25 zu <ref-law>) und darf somit bei der Berechnung des Streitwerts nicht berücksichtigt werden. Der Streitwert beträgt mithin Fr. 22'000.-- und erreicht die für eine Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Grenze von Fr. 30'000.-- nicht.
1.2 Für diesen Fall beruft sich der Beschwerdeführer auf <ref-law> (recte: <ref-law>) und macht geltend, es stelle sich die Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, nach welcher Norm und in welcher Frist die Haftpflicht eines Vereinsvorstandes verjähre, namentlich, ob das Rechtsverhältnis zwischen Verein und Vorstandsmitglied in jedem Fall oder nur unter besonderen Umständen vertraglicher Natur sei.
1.2.1 Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung ist sehr restriktiv auszulegen. Soweit es bei der aufgeworfenen Frage lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht, handelt es sich nicht um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung. Die Voraussetzung ist hingegen erfüllt, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen. Eine neue Rechtsfrage kann vom Bundesgericht sodann beurteilt werden, wenn dessen Entscheid für die Praxis wegleitend sein kann, namentlich wenn von unteren Instanzen viele gleichartige Fälle zu beurteilen sein werden. Auch eine vom Bundesgericht bereits entschiedene Rechtsfrage kann unter der Voraussetzung von grundsätzlicher Bedeutung sein, dass sich die erneute Überprüfung aufdrängt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 mit Hinweisen). Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>).
1.2.2 Die Vorinstanz hielt in ihrem Urteil vom 15. Dezember 2009 fest, dem Beschwerdeführer sei anlässlich der Generalversammlung vom 7. März 1992 volle Kompetenz für die Vorbereitungsarbeiten des Anbaus und an der ausserordentlichen Generalversammlung vom 8. Juli 1992 Einzelunterschriftsberechtigung zur Ausführung des Anbaus eingeräumt worden. Diesbezüglich habe sich der Beschwerdeführer zur Bauleitung verpflichtet. Zudem habe der Vereinsvorstand dem Beschwerdeführer am 27. März 1992 den Auftrag für die statischen Berechnungen erteilt, welchen der Beschwerdeführer angenommen habe. Diese Tatsachenfeststellungen weist der Beschwerdeführer nicht als willkürlich aus. Gestützt darauf hat die Vorinstanz in ihrem letzten Urteil zu Recht bejaht, dass der Beschwerdeführer zusätzliche auftragsrechtliche Pflichten übernommen hat, die sich nicht bereits aus seiner Stellung als Organ des Vereins ergeben. Da der Beschwerdegegner die Haftung des Beschwerdeführers aus der Verletzung eben dieser zusätzlich übernommenen Pflichten ableitet, stellt sich die vom Beschwerdeführer als grundsätzlich ausgegebene Rechtsfrage nicht.
1.2.3 Daran ändert nichts, dass der Beschwerdeführer in Abrede stellt, dass er mit dem Beschwerdegegner vertraglich verbunden war, anerkennt er doch selbst, dass sich diese Frage aufgrund der konkreten Gegebenheiten entscheidet. Zwar führt er zutreffend an, die Vorinstanz habe im Urteil vom 20. April 2006 noch angenommen, ein zusätzliches Vertragsverhältnis zwischen den Parteien, das Pflichten begründet hätte, die nicht bereits die Funktion des Beschwerdeführers als Vereinspräsident mit sich gebracht hätten, sei nicht zustande gekommen. Insoweit stimmen die beiden Entscheide in der Tat nicht überein. Da aber aufgrund des für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhalts rechtlich auf eine vertragliche Übernahme zusätzlicher, über die aus der blossen Organstellung hinausreichender Pflichten zu schliessen ist, bleibt es dabei, dass sich die vom Beschwerdeführer aufgeworfene Grundsatzfrage nicht stellt. Auf die Beschwerde in Zivilsachen kann daher nicht eingetreten werden. Dem Beschwerdeführer steht einzig die subsidiäre Verfassungsbeschwerde zur Verfügung.
2. 2.1 Der Beschwerdegegner macht geltend, der Entscheid des Obergerichts vom 20. April 2006 sei mangels Anfechtung bereits in Rechtskraft erwachsen. Der Entscheid des Obergerichts vom 20. April 2006 stellt indessen nicht einen Teil-, sondern einen (selbständig eröffneten) Zwischenentscheid dar. Das erstinstanzliche Gericht hatte die Verjährungseinrede abgewiesen. Damit stand eine materiell relevante Vorfrage zur Debatte, ohne dass bereits über eines der Rechtsbegehren entschieden worden wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 217 mit Hinweisen). Eine spätere Anfechtung dieser Entscheidpunkte mit einer Beschwerde gegen den Endentscheid bleibt zulässig, soweit sich deren Beurteilung auf den Inhalt des Endentscheids auswirkt (<ref-law>).
2.2 Mit der Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde, und substanziiert darlegen, worin die Verletzung besteht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 143; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444 mit Hinweis). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechtes nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. <ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann davon nur abweichen, wenn die Sachverhaltsfeststellung unter Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts zustande kam (Art. 118 Abs. 2 und <ref-law>), was der Beschwerdeführer präzise geltend zu machen hat (Art. 117 i.V.m. <ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 445 mit Hinweis).
2.3 Führt eine Partei gegen einen Entscheid sowohl ordentliche Beschwerde als auch Verfassungsbeschwerde, so hat sie zwar beide Rechtsmittel in der gleichen Rechtsschrift einzureichen (<ref-law>). Die blosse Verletzung von Bundesrecht kann mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde aber nicht gerügt werden. Soweit der Beschwerdeführer Bundesrechtsverletzungen rügt, ohne hinreichend darzulegen, inwiefern dadurch seine verfassungsmässigen Rechte verletzt werden, genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht und ist nicht darauf einzutreten. Dies gilt namentlich für die Ausführungen des Beschwerdeführers, wonach der Schadenersatz mit Blick auf die Verantwortung des Beschwerdegegners für die "Beschneidung der Regressrechte" zu kürzen sei.
2.4 Nicht einzutreten ist sodann auf die Beschwerde, soweit der Beschwerdeführer die Feststellung, er habe die Pfählung geplant, als unwahr und willkürlich beanstandet und sich darauf beruft, Architekt B._ habe die Lage und Länge der Pfähle bestimmt. Die Vorinstanz hielt fest, der Beschwerdeführer habe zugegeben, dass er auf dem Plan handschriftliche Korrekturen angebracht habe. Inwiefern diese Feststellung willkürlich sein sollte, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf. Insoweit genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht. Auch in seiner Argumentation, soweit ein Auftragsverhältnis bestehe, sei er befugt gewesen, Dritte (i.e. B._ und die Y._ AG) beizuziehen, womit er nur für die gehörige Sorgfalt bei Wahl und Instruktion hafte, geht der Beschwerdeführer nicht auf die Korrekturen ein, die er selbst vorgenommen hat. Er beschränkt sich darauf, seine eigen Rechtsauffassung kundzutun, ohne rechtsgenüglich aufzuzeigen, inwiefern die Annahme, ihn treffe ein Mitverschulden, seine verfassungsmässigen Rechte verletzt. Derartige appellatorische Kritik ist nicht zulässig.
2.5 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, im Entscheid vom 20. April 2006 habe sie eindeutig festgestellt, nebst der Rechtsbeziehung zwischen Verein und Vorstand sei kein zusätzliches Rechtsverhältnis zustande gekommen. Im Entscheid vom 15. Dezember 2009 führe sie dagegen aus, die Frage könne offen gelassen werden, bejahe aber implizit dieses Rechtsverhältnis, denn daraus leite sie den Haftungsanspruch ab. Damit zeigt der Beschwerdeführer indessen nur auf, dass die Begründungen der beiden Entscheide nicht übereinstimmen. Willkür und damit eine Verletzung eines verfassungsmässigen Rechtes ist aber nicht schon dann gegeben, wenn die Begründung des Entscheides mangelhaft ist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211). Dass die Vorinstanz nicht an ihrer ursprünglichen Auffassung festhielt, ist im Ergebnis nicht zu beanstanden, da rechtlich auf eine vertragliche Übernahme zusätzlicher Pflichten zu schliessen ist (vgl. E.1.2.3 hiervor). Inwiefern es verfassungsmässige Rechte verletzen könnte (<ref-law>), wenn die Vorinstanz diese Vereinbarungen mit Blick auf die Unentgeltlichkeit als Auftrag qualifiziert (<ref-law>; vgl. demgegenüber Art. 319 und Art. 363 OR) und nicht die fünfjährige Verjährung des Werkvertragsrechts (<ref-law>), sondern die zehnjährige Verjährungsfrist (<ref-law>) zur Anwendung bringt (<ref-ruling> E. 6.3 S. 366), ist nicht ersichtlich. Damit wirkt sich die Unstimmigkeit in der Begründung im Ergebnis nicht aus und erweist sich die Willkürrüge als unbegründet.
3. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer eine willkürliche Belastung mit Gerichtskosten, namentlich bestehend in den Kosten von Fr. 1'678.55 für die Ergänzung des bei C._ eingeholten Obergutachtens. Gegen deren Anordnung hatte sich der Beschwerdeführer bereits vor Vorinstanz gewehrt. Diese liess jedoch die Ergänzungsfragen des Beschwerdegegners zu, weil sie im Zusammenhang mit der Berechnung des Schadens zufolge Gebäudesenkung gestanden hätten. Nach Auffassung des Beschwerdeführers war die Ergänzung der Expertise unnötig, denn es sei im Prozess unbestritten gewesen, dass der Beschwerdegegner einen Schaden in der eingeklagten Höhe erlitten hatte. Der vom Beschwerdegegner behauptete Schaden im Umfang von Fr. 220'000.-- sei nicht Prozessthema gewesen, weshalb es diesbezüglich an einem Rechtsschutzinteresse des Beschwerdegegners gefehlt habe, zumal eine Fr. 22'000.-- übersteigende Forderung ohnehin verjährt wäre. Gleichzeitig habe die Vorinstanz offensichtlich und in schwer wiegender Weise gegen die Dispositionsmaxime verstossen, indem sie für einen weder streitigen noch erheblichen Umstand einen Beweis erhoben habe. Schliesslich habe die Vorinstanz auch den Gehörsanspruch des Beschwerdeführers verletzt. Dieser habe nie die Gelegenheit erhalten, sich zum Ergänzungsbegehren und zu den vom Beschwerdegegner neu eingereichten Unterlagen zu äussern. Ungeachtet des Erfolgs der Beschwerde in der Sache müssen nach Auffassung des Beschwerdeführers jedenfalls die erwähnten Kosten von Fr. 1'678.55 zulasten des Beschwerdegegners gehen.
3.1 Zunächst ist festzuhalten, dass der Beschwerdeführer nach dem - insoweit unangefochtenen - Urteil der Vorinstanz die Gelegenheit erhielt, zum Ergänzungsgutachten Stellung zu nehmen. Dies schloss auch die Möglichkeit ein, sich vor Erlass des angefochtenen Entscheids zum Ergänzungsbegehren und zu den vom Beschwerdegegner neu eingereichten, vom Gericht dem Gutachter weitergeleiteten Dokumenten vernehmen lassen. Ein Verstoss gegen <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.2 S. 190; <ref-ruling> E. 2b S. 56) liegt nicht vor.
3.2 Im Ergebnis ist der Vorinstanz auch im Übrigen keine Verfassungsverletzung vorzuwerfen. Wie der Beschwerdeführer verschiedentlich anführt, kann mit Bezug auf den Umfang der Ersatzpflicht berücksichtigt werden, ob es sich bei der Tätigkeit, in deren Rahmen die Schädigung erfolgt, um eine entgeltliche oder eine unentgeltliche handelt. In dieser Hinsicht ist relevant, auf welchen Betrag sich der im Rahmen der Erfüllung des (unentgeltlichen) Auftrags dem Beschwerdegegner zugefügte Schaden insgesamt beläuft. Da aufgrund des Beweisergebnisses feststeht, dass der Beschwerdeführer lediglich etwa für einen Zehntel des Gesamtschadens haftbar wird, ist damit zugleich seiner mehrfach erhobenen Rüge, die Vorinstanz habe zu Unrecht ausser Acht gelassen, dass er für die von ihm versprochenen Leistungen keine Entschädigung verlangte, der Boden entzogen.
4. Aus den dargelegten Gründen ist auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht einzutreten, und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak