Sachverhalt:
A. S._ (geboren 26. Juli 1944) war zunächst über Jahre hinweg selbstständigerwerbender Generalagent, zuletzt für die Allianz Versicherungen (Schweiz). Ab 1. Januar 2003 war er als unselbstständiger Spezialagent bei der Allianz Suisse Generalagentur X._ angestellt. Laut Arbeitsvertrag beabsichtigten die Parteien, das Anstellungsverhältnis bis zur Erreichung des ordentlichen Rücktrittalters gemäss Vorsorgereglement (erster Tag des dem 64. Geburtstag folgenden Monats) aufrecht zu erhalten. Zudem erklärte sich die Arbeitgeberin bereit, das Vertragsverhältnis bei ordentlichem Verlauf auf Wunsch von S._ um ein Jahr oder Teile davon zu verlängern. Auf Ersuchen von S._ blieb das Arbeitsverhältnis nach Vollendung seines 64. Altersjahrs im Juli 2008 weiter bestehen. Mit der Begründung, das ordentliche Rücktrittsalter im Rahmen der obligatorischen beruflichen Vorsorge sei mit Vollendung des 64. Altersjahres erreicht worden und die Pflicht zur Leistung von Pensionskassenbeiträgen sei Ende Juli 2008 erloschen, verweigerten die Personalvorsorge-Stiftung für die Angestellten der Generalagenturen der Allianz Suisse (nachfolgend: Personalvorsorgestiftung) und die Arbeitgeberin weitere Beitragszahlungen für S._ entgegen zu nehmen oder zu bezahlen.
B. Mit Eingabe vom 10. September 2008 liess S._ Klage gegen die Personalvorsorgestiftung und seine Arbeitgeberin einreichen mit dem Antrag auf Bezahlung und Gutschreibung der gemäss dem ab 1. Januar 2003 gültigen Reglement für den Zeitraum vom 1. August 2008 bis 31. Juli 2009 von der Arbeitgeberin einzubezahlenden Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge. Des weitern sei die Personalvorsorgestiftung zu verpflichten, für das Jahr 2009 allfällige Einmaleinlagen im nach dem Reglement 2003 zulässigen Umfang vom Kläger entgegenzunehmen und seinem Altersguthaben gutzuschreiben. Eventuell seien die beiden Beklagten mindestens im Umfang der gesetzlich geschuldeten Beiträge für die berufliche Vorsorge zur Leistungserbringung zu verpflichten. Mit Entscheid vom 28. August 2009 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen die gegen die Personalvorsorgestiftung gerichtete Klage ab, hiess hingegen die Klage gegen die Arbeitgeberin in dem Sinne gut, dass diese gemäss den Erwägungen verpflichtet wurde, für den Kläger paritätische Pensionskassenbeiträge im Rahmen der obligatorischen Vorsorge gemäss BVG bis zur Erreichung seines 65. Altersjahrs oder bis zu einer allfällig vorausgehenden Auflösung seines Arbeitsverhältnisses an eine Vorsorgeeinrichtung zu überweisen.
C. C.a Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei in Bezug auf die Arbeitgeberin aufzuheben und die gegen diese gerichtete Klage abzuweisen.
C.b S._ lässt ebenfalls Beschwerde führen und die vor der Vorinstanz gestellten Begehren erneuern. Eventuell sei festzustellen, dass die Personalvorsorgestiftung und die Arbeitgeberin zum beantragten Verhalten verpflichtet gewesen wären und den Beschwerdeführer demgemäss so zu stellen haben, wie wenn die fraglichen Leistungen bereits in der Zeit vor dem 26. Juli 2009 tatsächlich erbracht worden wären.
C.c Die Allianz Suisse Generalagentur X._ lässt ebenfalls Beschwerde einreichen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die gegen sie gerichtete Klage abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und es seien die Parteikosten des erstinstanzlichen Verfahrens entsprechend dem Ausgang des Beschwerdeverfahrens zu verlegen. Ferner sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen.
D. Im Vernehmlassungsverfahren halten die beschwerdeführenden Parteien an ihren Standpunkten fest. Die Personalvorsorgestiftung für Angestellte der Generalagenturen der Allianz Suisse schliesst sich den Beschwerden des BSV und der Arbeitgeberin an.
E. Mit Verfügung vom 1. Dezember 2009 wurde der Beschwerde der Arbeitgeberin die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Da den drei Beschwerden derselbe Sachverhalt zugrunde liegt, sich die gleichen Rechtsfragen stellen und die Rechtsmittel den nämlichen vorinstanzlichen Entscheid betreffen, rechtfertigt es sich, die Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (<ref-ruling> E. 1 S. 126 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 1 S. 194).
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
3.
3.1 Nach Art. 13 Abs. 1 lit. a BVG haben Männer, die das 65. Altersjahr zurückgelegt haben, Anspruch auf Altersleistungen. Die reglementarischen Bestimmungen der Vorsorgeeinrichtung können abweichend davon vorsehen, dass der Anspruch auf Altersleistungen mit der Beendigung der Erwerbstätigkeit entsteht. In diesem Fall ist der Umwandlungssatz (Art. 14 BVG) entsprechend anzupassen (Art. 13 Abs. 2 BVG).
3.1 Nach Art. 13 Abs. 1 lit. a BVG haben Männer, die das 65. Altersjahr zurückgelegt haben, Anspruch auf Altersleistungen. Die reglementarischen Bestimmungen der Vorsorgeeinrichtung können abweichend davon vorsehen, dass der Anspruch auf Altersleistungen mit der Beendigung der Erwerbstätigkeit entsteht. In diesem Fall ist der Umwandlungssatz (Art. 14 BVG) entsprechend anzupassen (Art. 13 Abs. 2 BVG).
3.2 3.2.1 Gemäss Art. 4 des Reglements 2003 wird das ordentliche Rücktrittsalter am 1. Tag des dem 64. Geburtstag folgenden Monats erreicht (Abs. 1). Bleibt das Arbeitsverhältnis einer versicherten Person in Absprache mit dem Arbeitgeber über das ordentliche Rücktrittsalter hinaus aufrechterhalten, so wird das Rücktrittsalter auf den 1. Tag des der Beendigung des Arbeitsverhältnisses folgenden Monats, jedoch spätestens auf den 1. Tag des dem 65. Geburtstag folgenden Monats, verlegt (Abs. 2). Die Beitragspflicht besteht dabei bis zum Ablauf des Monats, in welchem das Rücktrittsalter erreicht wird (Art. 11 Abs. 2 des Reglements 2003).
Bleibt eine versicherte Person über das ordentliche Rücktrittsalter hinaus im Dienst des Arbeitgebers, entsteht der Anspruch auf die Altersrente im Zeitpunkt, in welchem das Arbeitsverhältnis endet, spätestens aber mit Vollendung des 65. Altersjahrs. In diesem Fall sind die im Alter 64 geschuldeten Beiträge weiterhin zu leisten. Die Sparbeiträge werden dem Alterskonto gutgeschrieben (Art. 19 Abs. 3 des Reglements 2003). Nach Art. 16 Abs. 2 des Reglements 2003 kann eine versicherte Person zusätzliche Einkaufssummen auf ihr Alterskonto leisten.
Gemäss Art. 52 Abs. 2 des Reglements 2003 kann das Reglement jederzeit im Rahmen der gesetzlichen Vorschriften und des Stiftungszwecks vom Stiftungsrat geändert werden, wobei die erworbenen Ansprüche der versicherten Personen und Rentner in jedem Fall gewährt bleiben müssen.
3.2.2 Nach Art. 11 Abs. 1 des ab 1. Januar 2008 geltenden Reglements wird das ordentliche Pensionierungsalter am ersten Monat nach dem 64. Geburtstag erreicht. Die Beitragspflicht endet am Ende desjenigen Monats, für den zum letzten Mal vom Arbeitgeber der Lohn ausgerichtet wird, spätestens jedoch am Ende des Monats, in dem das ordentliche Pensionierungsalter erreicht wird (Art. 12 Abs. 1 des Reglements 2008). Bleibt eine versicherte Person im Einvernehmen mit dem Arbeitgeber über das ordentliche Pensionierungsalter hinaus im Dienst des Arbeitgebers, entsteht der Anspruch auf die Altersrente spätestens am Monatsersten nach dem 65. Geburtstag (Art. 18 Abs. 6 des Reglements 2008). Im Weiteren sieht Art. 15 Abs. 2 des Reglements 2008 vor, dass eine versicherte Person während der Versicherungsdauer, längstens bis zum Eintritt eines Vorsorgefalls, ihre Altersleistungen im Rentenplan mit der Einzahlung zusätzlicher Einkaufssummen verbessern kann.
4. Zunächst ist streitig, ob der Versicherte bis zur Vollendung seines 65. Altersjahrs am 26. Juli 2009 der obligatorischen beruflichen Vorsorge untersteht und er sowie seine Arbeitgeberin zur Leistung von Beiträgen verpflichtet sind.
4. Zunächst ist streitig, ob der Versicherte bis zur Vollendung seines 65. Altersjahrs am 26. Juli 2009 der obligatorischen beruflichen Vorsorge untersteht und er sowie seine Arbeitgeberin zur Leistung von Beiträgen verpflichtet sind.
4.1 4.1.1 Nach Auffassung des kantonalen Gerichts untersteht der Versicherte trotz Erreichen des statutarischen Pensionsalters 64 weiterhin der Versicherungspflicht gemäss BVG-Obligatorium. Diese ende grundsätzlich erst und nur dann, wenn das gesetzlich vorgesehene ordentliche Rentenalter von 65 erreicht oder das Arbeitsverhältnis aufgelöst werde. Die obligatorische Versicherung erstrecke sich nicht nur auf die Risiken Tod und Invalidität, sondern ebenso auf den Leistungsfall Alter, und zwar für die gesamte Dauer der Versicherungspflicht. Versicherungspflicht bedeute auch Beitragspflicht, dass auf dem massgeblichen Lohn des obligatorisch versicherten Arbeitnehmers auch tatsächlich Beiträge erhoben und entsprechende Sparguthaben gebildet werden müssen, dies zumindest im Rahmen des BVG-Obligatoriums. Die blosse Fortschreibung der BVG-Schattenrechnung bis zur effektiven Pensionierung des Versicherten reiche nicht aus und stehe im Widerspruch zur Versicherungspflicht. Vielmehr müsse die Arbeitgeberin auf dem massgeblichen Lohn ihres Arbeitnehmers weiterhin Beiträge im Rahmen des BVG-Obligatoriums erheben und diese zusammen mit entsprechenden Arbeitgeberbeiträgen an eine Vorsorgeeinrichtung überweisen, die diese Beiträge dem Versicherten tatsächlich gutschreibe und dereinst verrente. Dies für solange als der Versicherte unter die Versicherungspflicht falle, das heisst, bis er das ordentliche Rentenalter 65 erreicht habe. Insoweit sei die Klage gegen die Arbeitgeberin gutzuheissen.
4.1.2 Eine Minderheit des kantonalen Gerichts vertrat die Auffassung, der Kläger bleibe bis zur Erreichung seines 65. Altersjahrs oder der vorzeitigen Aufgabe seiner unselbstständigen beruflichen Tätigkeit obligatorisch gegen die Risiken Alter, Invalidität und Tod bei seiner bisherigen Vorsorgeeinrichtung versichert. Die Beendigung der Beitragspflicht ändere hieran nichts. Würde der Versicherte für die gleichen Risiken einem zweiten Versicherungsträger unterstellt, dem Pensionskassenbeiträge zu bezahlen wären, bestünde eine unzulässige Doppelversicherung (Hinweis auf <ref-ruling> ff. E. 4 f. mit Hinweisen, Urteil B 46/02 des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 25. Februar 2003, E. 4.2). Die Arbeitgeberin könne daher nicht verpflichtet werden, einer Vorsorgeeinrichtung, der sie (noch) nicht angeschlossen sei, paritätische Beiträge für den Versicherten zu bezahlen. Dies gelte gerade auch für den Fall, dass die Ausrichtung der Altersrente aufgeschoben werde. Die Pflicht und das Recht des Versicherten zur Entrichtung paritätischer Lohnbeiträge an die berufliche Vorsorge sei mit Vollendung seines 64. Altersjahrs Ende Juli 2008 erloschen. Da die Finanzierung der Leistungen durch das Reglement der Vorsorgeeinrichtung geregelt werde und die gesetzlich vorgegebenen Mindestleistungen garantiert seien, könne auch dem Eventualbegehren des Klägers, seine Arbeitgeberin sei zu verpflichten, ihre Leistungen mindestens im Umfang der gesetzlich geschuldeten Beiträge für die berufliche Vorsorge zu erbringen, nicht entsprochen werden.
4.2 Zu Recht weist das BSV in seiner Beschwerde darauf hin, dass das BVG in Art. 13 Abs. 2 den Vorsorgeeinrichtungen in den Mindestvorschriften ausdrücklich erlaubt, das Rentenalter in den Reglementen abweichend von der gesetzlichen Lösung festzulegen, sofern die Mindestansprüche der Versicherten gewahrt bleiben (<ref-ruling> E. 5 S. 577). Dies gilt sowohl für den Vorbezug wie auch für den Aufschub von Altersleistungen über das ordentliche Schlussalter im obligatorischen Bereich (Urteil 9C_770/2007 vom 14. März 2008, E. 3.4 mit Hinweis auf die Materialien, auszugsweise publiziert in SZS 2008 S. 368). Diese Auffassung wird auch einhellig im Schrifttum vertreten (Jürg Brühwiler, Obligatorische berufliche Vorsorge, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Band XIV, Soziale Sicherheit, 2. Aufl. Basel 2007, S. 2034 f. Rz. 86 f.; Jürg Brechbühl, Der Übergang vom Erwerbsleben in den Ruhestand: Chancen und Stolpersteine de lege lata und de lege ferenda, in: BVG-Tagung 2007 Aktuelle Fragen der beruflichen Vorsorge, St. Gallen 2008 S. 59 ff., S. 71 f. und S. 101; Hans Michael Riemer/Gabriela Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl., Bern 2006, S. 108; Hermann Walser, Weitergehende berufliche Vorsorge, in: SBVR, a. a. O., S. 2115 Rz. 87). Dabei ist es im Rahmen der weitergehenden Vorsorge - wie das BSV zu Recht einwendet - angesichts des den Vorsorgeeinrichtungen im Bereich der Leistungen und Finanzierung nach Art. 49 BVG zukommenden Selbstständigkeitsbereichs auch zulässig, dass das ordentliche reglementarische Pensionsalter auf 64 Jahre angesetzt und zusätzlich die Möglichkeit des Rentenaufschubs vorgesehen wird, wenn die Erwerbstätigkeit über das im Reglement festgelegte Schlussalter hinaus weitergeführt wird. Entscheidend ist, dass der Versicherungsschutz während des Rentenaufschubs fortdauert. Dieser Konzeption würde es widersprechen, wenn der Arbeitgeber, der über eine umhüllende Kasse verfügt, für die Zeit bis zum Erreichen des gesetzlichen Schlussalters von 65 eine separate Versicherung, beschränkt auf das Obligatorium, abschliessen müsste. Der Versicherte hat - ohne anderslautende reglementarische Bestimmung - keinen Anspruch darauf, Beiträge bis zum gesetzlichen Schlussalter leisten zu können. Entscheidend ist, ob die ihm reglementarisch zustehende Altersleistung mindestens den Leistungen gemäss Obligatorium, bezogen auf das Schlussalter 65, entspricht. Dies ist im vorliegenden Fall klarerweise erfüllt, wie das kantonale Gericht unwidersprochen festgestellt hat. Die Beschwerden des BSV und der Arbeitgeberin sind daher begründet und gutzuheissen.
5. Streitig ist des weitern, ob der Versicherte gestützt auf das Vorsorgereglement Anspruch auf Leistung von Beiträgen und Einmalzahlungen bis zur Vollendung des 65. Altersjahres hat.
5.1 Das kantonale Gericht ging davon aus, dass die Vorsorgeeinrichtungen im Rahmen der gesetzlichen Vorgaben ihre Leistungen und deren Finanzierung frei gestalten und diesbezüglich reglementarische Bestimmungen erlassen können und insofern nicht an die Altersgrenze 65 gebunden sind. So bestehe aufgrund des Anrechnungsprinzips (Hinweis auf <ref-ruling> E. 4 S. 266 mit weiteren Hinweisen) unter anderem die Möglichkeit, eine beitragsfreie Versicherung zu führen, wenn die reglementarischen Leistungen bereits finanziert sind, so beispielsweise bei einer weiteren Erwerbstätigkeit nach Erreichen des reglementarischen, aber vor Erreichen des gesetzlichen Rücktrittsalters (Hinweis auf Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Rz. 1439 S. 544). In der Änderung des Reglements 2003 auf den 1. Januar 2008 könne auch kein Verstoss gegen zwingende Bestimmungen des BVG gesehen werden. Aufgrund des Reglements 2008 bestehe für den Versicherten nach Vollendung seines 64. Altersjahres kein Anspruch darauf, dass seine Vorsorgeeinrichtung Beiträge zur Äufnung seines Altersguthabens entgegennehme. Gestützt auf die Rechtsprechung des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 7.2 mit Hinweisen) könnten Regelungen betreffend die Dauer der Beitragspflicht bei einer Änderung des Reglements keine wohlerworbenen Rechte begründen. Des weitern bestünden keine Anhaltspunkte dafür, dass die Vorsorgeeinrichtung in diesem Zusammenhang mit dem Reglement 2008 willkürliche Regelungen getroffen hat.
5.2 Die Auffassung des kantonalen Gerichts steht in Einklang mit dem Bundesrecht. Die Vorsorgeeinrichtungen sind nach Art. 49 Abs. 1 BVG im Rahmen dieses Gesetzes in der Gestaltung ihrer Leistungen, in deren Finanzierung und in ihrer Organisation frei. Sie regeln das Beitragssystem und die Finanzierung so, dass die Leistungen im Rahmen dieses Gesetzes bei Fälligkeit erbracht werden können (Art. 65 Abs. 2 BVG). Sie legen die Höhe der Beiträge des Arbeitgebers und der Arbeitnehmer in den reglementarischen Bestimmungen fest (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BVG). Abgesehen von den in Art. 49 Abs. 2 BVG, namentlich in Ziff. 16 aufgeführten Vorschriften über die finanzielle Sicherheit, fehlen im Bereich der weitergehenden Vorsorge gesetzliche Regeln, die eine Vorsorgeeinrichtung bei der Finanzierung der Vorsorgepläne zu beachten hätte. Es ist daher ohne weiteres zulässig, den Sparprozess im Zeitpunkt der Vollendung des reglementarischen Schlussalters abzuschliessen. Eine Weiterversicherung (mit oder ohne Beitragszahlung) ist nur möglich, wenn dies die Vorsorgeeinrichtung reglementarisch vorgesehen hat und der Arbeitgeber mit der Weiterführung des Beschäftigungsverhältnisses einverstanden ist (Brechbühl, a.a.O., S. 71). Die im Reglement 2008 getroffene Lösung (E. 3.2.2 hievor) gibt zu keiner Beanstandung Anlass, wie das BSV zu Recht festhält. Dem Rentenaufschub trägt die Vorsorgeeinrichtung mit der Verzinsung des Alterskapitals und der Erhöhung des Umwandlungssatzes Rechnung. Es besteht daher keine gesetzliche oder im Reglement 2008 vorgesehene Grundlage für die vom Versicherten eingeklagten Beiträge und Einmaleinlagen.
5.3 Eine solche Grundlage hatte das im Zeitpunkt des Abschlusses des Arbeitsvertrages gültige Vorsorgereglement 2003 noch vorgesehen (E. 3.2.1 hievor). Dieses Reglement ist jedoch nicht anwendbar, wie das kantonale Gericht zu Recht erwogen hat. In übergangsrechtlicher Hinsicht sind die Reglementsbestimmungen anwendbar, welche im Zeitpunkt der Erreichung des Pensionsalters galten. Bei Vollendung des 64. Altersjahres am 26. Juli 2008 stand bereits das Reglement 2008 in Kraft, welches keine Möglichkeit mehr enthielt, über das Pensionsalter hinaus Beiträge oder Einkaufssummen zu leisten. Daran ändert die Weiterführung des Arbeitsverhältnisses und der Rentenaufschub nichts. Der Versicherte macht zwar geltend, das kantonale Gericht habe die Reglementsbestimmungen im Zusammenhang mit dem Einkauf zusätzlicher Leistungen unzutreffend ausgelegt. Das Alter 64 sei so zu verstehen, dass der Versicherte am 26. Juli 2008 64 Jahre alt geworden sei und damit in den folgenden 364 Tagen, d.h. während der ganzen Zeit seines 65. Altersjahres, im Alter 64 gestanden habe. Diese Auslegung lässt jedoch den auf dem Schlussalter 64 basierenden Vorsorgeplan ausser acht. Schliesslich ist mit der Reglementsänderung auch nicht in wohlerworbene Rechte eingegriffen worden. Wohlerworbene Rechte sind der Rentenanspruch als solcher und der bisher erworbene Bestand der Austrittsleistung, nicht aber - vorbehältlich qualifizierter Zusicherungen - während der Zugehörigkeit zur Vorsorgeeinrichtung und vor dem Eintritt des Vorsorgefalls das reglementarisch vorgesehene künftige Altersguthaben und die Anwartschaften bzw. die genaue Höhe der mit den Beiträgen finanzierten Leistungen (<ref-ruling> E. 7.2 S. 36 f. mit zahlreichen Hinweisen). Dies gilt auch für die Möglichkeit weiterer Beitragszahlungen und Einkäufe nach Erreichen des statutarischen Pensionsalters.
5.4 Der Beschwerde führende Versicherte beruft sich auf den Arbeitsvertrag und den darin enthaltenen Verweis auf das Reglement 2003. Hiezu hat das kantonale Gericht festgehalten, mit dem Arbeitsvertrag und den hierzu vereinbarten Ergänzungen werde in allgemeiner Weise bestimmt, dass der Versicherte aufgrund seines Anstellungsverhältnisses bei der Personalvorsorgestiftung gemäss deren Reglement vorsorgeversichert sei. Der Arbeitsvertrag und die vereinbarten Ergänzungen hierzu verwiesen lediglich zur Konkretisierung des Vertragsendes, einschliesslich der Möglichkeit einer allfälligen Erstreckung, auf das Reglement der Pensionskasse. Entgegen der Auffassung des Versicherten werde das Pensionskassenreglement aufgrund dieses Hinweises nicht zum Bestandteil des Arbeitsvertrages. Im Übrigen könne von keiner arbeitsvertraglichen Regelung ausgegangen werden, gemäss der das Vorsorgeverhältnis abweichend von dem im geltenden Reglement festgesetzten Rücktrittsalter beziehungsweise Pensionierungsalter hinaus und bei entsprechend weiterbestehender Beitragspflicht fortzusetzen wäre. Da der Vorsorgevertrag nicht Bestandteil des Arbeitsvertrags bilde, könnte selbst eine entsprechende Regelung kein wohlerworbenes Recht im Rahmen des Vorsorgeverhältnisses begründen, das bei einer Änderung des Reglements hätte gewahrt bleiben müssen. Schliesslich könne und dürfe die Vorsorgeeinrichtung durch die Abmachung zwischen Dritten nicht dazu gezwungen werden, eine versicherte Person entgegen den reglementarischen Bestimmungen der Beitragspflicht zu unterstellen.
Diese Auffassung des kantonalen Gerichts verletzt ebenfalls kein Bundesrecht. Der Vorsorgevertrag ist eine Vereinbarung zwischen dem versicherten Arbeitnehmer und der Vorsorgeeinrichtung. Wenn im Arbeitsvertrag eine individuelle Abweichung vom Vorsorgereglement zwischen dem Arbeitgeber und dem Arbeitnehmer vereinbart wird, so bedarf diese der Zustimmung durch die Vorsorgeeinrichtung (Urteil 9C_618/2007 vom 28. Januar 2008, E. 4.2.3). Eine solche Zustimmung ist hier weder geltend gemacht noch aufgrund der Akten erstellt. Im Übrigen kann im Hinweis auf das Reglement 2003 im Arbeitsvertrag nicht der Ausschluss künftiger Reglementsänderungen erblickt werden.
5.5 Hat der Versicherte mithin keinen Anspruch auf Leistung von Beiträgen und Einmalzahlungen bis zur Vollendung des 65. Altersjahres, ist das Feststellungsbegehren gemäss Ziff. 5 seiner Beschwerde obsolet.
6. Als unterliegende Partei hat der Versicherte die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und der obsiegenden Arbeitgeberin ihre Kosten zu ersetzen (<ref-law>). Der obsiegenden Personalfürsorgestiftung ist hingegen keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>). Es wird Sache des kantonalen Gerichts sein, über die Parteientschädigung für die Arbeitgeberin für das kantonale Verfahren aufgrund des Ausgangs des letztinstanzlichen Verfahrens neu zu befinden (Art. 68 Abs. 5 zweiter Satz am Ende BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 9C_808/2009, 9C_828/2009 und 9C_836/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden des Bundesamtes für Sozialversicherungen und der Allianz Suisse Generalagentur X._ werden gutgeheissen und Ziff. 1b und 3b des Entscheids des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 28. August 2009 aufgehoben. Die gegen die Arbeitgeberin gerichtete Klage wird ebenfalls vollumfänglich abgewiesen.
3. Die Beschwerde des S._ wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.- werden S._ auferlegt.
5. S._ hat die Allianz Suisse Generalagentur X._ für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
6. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des kantonalen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Schaffhausen zurückgewiesen.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Februar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer