A.- Die 1966 geborene H._ arbeitet seit Januar 1988 als Bürohilfe im elterlichen Schlosserei- und Metallbaubetrieb X._, einem der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) unterstellten Betrieb. Am 28. April 1989 erlitt sie als Lenkerin eines Personenwagens einen Verkehrsunfall. Der erstbehandelnde Arzt, Dr. med. R._, stellte gleichentags keine Schmerzen und eine frei bewegliche Halswirbelsäule (HWS) fest. In der Nacht erbrach die Versicherte gemäss eigenen Angaben jedoch und verspürte am darauffolgenden Tag Kopfweh diffus über den Augen, Schläfen und occipital. Den Hausarzt suchte sie erst am 14. Juni 1989 wieder auf und erwähnte dabei Kopfschmerzen, verschwommenes Sehen und Erbrechen. Anlässlich der Untersuchung war die Nackenmuskulatur verspannt und die Muskelansätze occipital waren druckdolent. Dies veranlasste Dr. med. R._ zur Diagnose einer HWS-Distorsion mit protrahierten vegetativen Symptomen (Zeugnis vom 28. Juni 1989). Die neurologische Untersuchung bei Dr. med. B._ ergab ein cervikales Kopfweh bei Funktionsstörung C4 oder 5 (Bericht vom 20. Juli 1989). Dieselbe Diagnose stellte auch der Rheumatologe Dr. med. T._ (Bericht vom 24. August 1989). In der Folge nahm die Häufigkeit der Kopfschmerzen ab und die Versicherte konnte gemäss Bericht des Dr. med. R._ vom 29. November 1989 die Erwerbstätigkeit ab 1. November 1989 - mit Unterbruch vom 8. bis 15. November 1989 - wieder vollumfänglich aufnehmen.
Am 7. Januar 1992 suchte die Versicherte erneut den Hausarzt auf, da die nach der seinerzeitigen Physiotherapie nur noch selten aufgetretenen Kopfschmerzen in den letzten Monaten wieder häufiger geworden seien und sie fast täglich darunter leide. Dies wurde der SUVA am 10. Januar 1992 als Rückfall gemeldet. Dr. med. T._ diagnostizierte erneut cervikale Kopfschmerzen (Bericht vom 12. Mai 1992), während der Neurochirurge Dr. med. S._ vom Spital X._ im Bericht vom 5. August 1992 von einem ungewöhnlichen Kopfschmerztyp sprach, der an eine Migraine accompagnée erinnere. Dr. med. I._ von der Neurologischen Klinik und Poliklinik des Spitals Y._ diagnostizierte am 9. September 1992 chronische posttraumatische Kopfschmerzen nach Schleuder- bzw. Torsionstrauma und Kopfkontusion. Kreisarzt Dr. med. C._ ging in der ärztlichen Abschlussuntersuchung vom 25. März 1994 davon aus, dass kein Schleudermechanismus stattgefunden hat, sondern eine Schädigung der HWS bei Kopfanprall, wobei er sich bezüglich Diagnose Dr. med. S._ anschloss; die Unfallkausalität bezeichnete er als fraglich. Nachdem am 27. Mai 1994 Dr. med. R._ von der SUVA-Abteilung Unfallmedizin eine ärztliche Beurteilung abgegeben hatte, verneinte die SUVA, welche bis Ende Juni 1994 für die Heilkosten aufgekommen und ein Taggeld ausgerichtet hatte, mit Verfügung vom 11. Juli 1994 ihre Leistungspflicht ab 1. Juli 1994. Daran hielt sie nach Beizug weiterer medizinischer Unterlagen mit Einspracheentscheid vom 7. November 1994 fest.
Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 4. Oktober 1995 teilweise gut, indem es den natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 28. April 1989 und den geltend gemachten Beschwerden bejahte und die Sache zur Beurteilung des Leistungsanspruchs im Sinne der Erwägungen an die SUVA zurückwies. Die daraufhin von der SUVA eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 6. September 1996 in dem Sinne gut, dass es die Sache in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids an das kantonale Gericht zurückwies, damit dieses nach erfolgter Aktenergänzung neu entscheide. Zur Begründung führte es im Wesentlichen an, angesichts der teilweise erheblichen Beurteilungsdiskrepanz der beteiligten Ärzte drängten sich beweismässige Weiterungen bezüglich des Unfallherganges wie auch zum natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den als Rückfall geltend gemachten Beschwerden auf.
B.- Im Anschluss an das Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 6. September 1996 holte die Vorinstanz die Fotodokumentation zum Polizeirapport vom 14. Mai 1989 und Fotos über den Fahrzeugschaden sowie die Reparaturkostenberechnung des Unfallfahrzeuges ein und beauftragte Dr. med. N._ von der Klinik Z._ mit der medizinischen Begutachtung der Versicherten, über deren Ergebnisse am 9. Februar 1999 eine Expertise erstellt wurde.
C.- Mit Entscheid vom 6. April 2000 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, unter Verneinung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen Unfall und geltend gemachtem Gesundheitsschaden, die Beschwerde ab.
D.- H._ lässt mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen, es seien ihr auch über den 30. Juni 1994 hinaus Versicherungsleistungen in Form von Taggeld, Heilungskosten, Rente und Integritätsentschädigung zuzusprechen; eventuell sei die Sache an die Vorinstanz oder die SUVA zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Zur Stützung ihres Begehrens lässt sie eine Stellungnahme des Dr. med. R._ vom 8. Juni 2000 zum Gerichtsgutachten einreichen.
Das kantonale Gericht und die SUVA beantragen Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Im Entscheid vom 4. Oktober 1995 wurde der Begriff des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen Unfall, Gesundheitsschaden und gesundheitlich bedingten Einschränkungen der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit als einer Voraussetzung der Leistungspflicht des Unfallversicherers zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist, dass nach der Praxis bei Gerichtsgutachten nicht ohne zwingende Gründe von der Einschätzung des medizinischen Experten abgewichen werden soll. Nicht auf dessen Beurteilung abzustellen, rechtfertigt sich grundsätzlich nur, wenn sie widersprüchlich ist oder wenn Meinungsäusserungen anderer Spezialisten dem Richter als triftig genug erscheinen, die Schlüssigkeit des Gerichtsgutachtens in Frage zu stellen (<ref-ruling> Erw. 3b/aa mit Hinweisen; RKUV 2000 Nr. U 377 S. 185 Erw. 4a).
2.- Zentrale Frage im Hinblick auf die Streitgegenstand bildende Leistungspflicht der SUVA für die Zeit nach dem 30. Juni 1994 ist, ob die Kopfschmerzen in (teil-) ursächlichem Zusammenhang mit dem Unfall vom 28. April 1989 stehen.
a) Das kantonale Gericht hat gestützt auf das Gerichtsgutachten vom 9. Februar 1999 die natürliche Kausalität zwischen den Beschwerden und dem Unfallereignis ab 7. Januar 1992 verneint. Das Gutachten sei geeignet, über die gestellten Fragen den Beweis zu erbringen. Gemäss Expertise entspricht das Beschwerdebild einer Migraine accompagnée, welche sich in Form von anfallsweise manifestierenden Kopfschmerzsyndromen mit im Anfall auftretender Lärm- und Lichtempfindlichkeit, Schwellungen im Gesicht sowie vermehrtem Speichelfluss äussert. Den Unfall betrachtet der Facharzt als auslösenden Faktor der Kopfschmerzen, wobei diese parallel zu nuchalen Verspannungen stünden, welche als leichtes Cervikalsyndrom interpretiert werden könnten und von denen offenbar ein provozierender Faktor zur Auslösung der Kopfschmerzen ausgehe. Für die Beurteilung der Unfallkausalität ab dem Zeitpunkt der Rückfallmeldung von entscheidender Bedeutung war für ihn alsdann, dass in den Jahren 1990 und 1991 ein beschwerdefreies bis beschwerdearmes Intervall vorlag, die für ein Schleudertrauma typischen Konzentrations- und Gedächtnisstörungen nicht beschrieben und bezüglich der kopfschmerzarmen Perioden keine Angaben über relevante Leistungsausfälle gemacht werden und dass seit November 1989 - ab welchem Zeitpunkt der Hausarzt wieder eine volle Arbeitsfähigkeit attestiert hatte - der SUVA bis zum 7. Januar 1992 keine Behandlungen, Abklärungen oder Arztbesuche gemeldet worden waren. Die Beschwerden ab 7. Januar 1992 hätten mit überwiegender Wahrscheinlichkeit keinen Zusammenhang mehr mit dem Unfallereignis und es handle sich auch nicht um sogenannte Spätfolgen, welche bei nachgewiesenen strukturellen Schädigungen im Bereich der Halswirbelsäule, des Gehirns und des Rückenmarks in gewissen Fällen angenommen werden können und müssen.
b) Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Gutachten sei in verschiedenen Punkten nicht nachvollziehbar und nicht einleuchtend, unvollständig, in sich widersprüchlich und stehe im Widerspruch mit weiteren Arztberichten und den in der Rechtsprechung angeführten aktuellen medizinischen Erkenntnissen. Die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorgebrachten Einwände halten allerdings einer Überprüfung nicht stand. Bei seiner Beurteilung stellte der Experte nicht nur auf die bereits vorhandenen medizinischen Unterlagen seit dem Unfallereignis, sondern auch auf die Schilderungen der Versicherten zur Beschwerdesituation in den Jahren 1990 bis 1992 ab. Wenn im Gutachten in der Anamnese festgehalten wird, erst Tage nach dem Unfall hätten sich Schmerzen eingestellt, welche nuchal nach oben bis in die Vertexregion ausstrahlten, handelt es sich dabei um die Wiedergabe einer Aussage der Versicherten, welche indessen insofern nicht von entscheidender Bedeutung für die Beurteilung der Unfallkausalität war, als im Gutachten für die Zeit bis November 1989 der Unfall als auslösender Faktor für die Kopfschmerzen betrachtet wurde und für die Beurteilung der - hier massgebenden - Zeit ab Januar 1992 andere Faktoren ausschlaggebend waren. Mit Blick auf die in den Berichten von Dr. med. B._ vom 20. Juli 1989 und Dr. med. R._ vom 12. Juli 1989 festgehaltenen Angaben etwas unklar ist allerdings der Hinweis des Gutachters, die Versicherte habe erstmals Wochen nach dem Unfall Kopfschmerzen mit vegetativer Begleitsymptomatik gehabt. Die Kopfschmerzen traten offenbar nicht erst nach einer Latenzzeit auf, sondern es wurde deswegen erst nach einigen Wochen ein Arzt aufgesucht. Als wesentlich bezeichnet der Gutachter dann aber, dass die Schmerzen kurz nach dem Unfall begonnen haben, weshalb nicht gesagt werden kann, er sei von falschen Tatsachen ausgegangen. Nicht als aktenwidrig bezeichnet werden kann die Feststellung, die Versicherte leide nicht an für ein Schleudertrauma typischen Konzentrationsstörungen. Wenn Dr. med. R._ in seiner Stellungnahme vom 12. Juli 1989 erwähnt, die Versicherte könne sich beim Sehen nicht konzentrieren, bezieht sich dies auf den Zustand bei den damals fast täglich aufgetretenen Kopfschmerzen mit langanhaltendem Erbrechen und nicht auf eine allgemeine Konzentrationsschwäche, wie sie nach Schleudertraumen typischerweise häufig anzutreffen ist. Gegenüber dem Gutachter verneinte die Beschwerdeführerin zudem ausdrücklich, unter neuropsychologischen Einbussen wie Konzentrationsstörungen, Schwindel und Gedächtnisverlust zu leiden. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, hat der Gutachter sehr wohl zur Kenntnis genommen, dass in der Zeit zwischen 1990 und 1992 Beschwerden bestanden haben, weshalb es sich erübrigt, darüber Zeugen zu befragen. Nur gaben die Beschwerden jeweils zu keiner speziellen Arztkonsultation oder Behandlung Anlass. Auf Grund der Schilderungen der Beschwerdeführerin ebenfalls bekannt war dem Gutachter, dass die Schmerzen durch mechanische Irritationen im Bereich der Nackenregion ausgelöst oder verstärkt werden können. Obwohl die Provokation von der Halswirbelsäule her gemäss Prof. Dr. med. S._ (Bericht vom 5. August 1992) für eine Migräne nicht typisch ist, kann daraus nicht ohne weiteres auf eine Unfallfolge geschlossen werden. Der Neurochirurge präzisiert denn auch in seiner Stellungnahme vom 2. August 1994, er habe selber keinen Zusammenhang der Kopfschmerzen mit dem Unfall angenommen. Dr. med. I._, an welchen Dr. med. S._ die Beschwerdeführerin verwies, führte am 30. Dezember 1992 aus, die posttraumatischen chronischen Kopfschmerzen seien, wie dies öfters besonders nach Schleudertraumata angetroffen werde, durch migräneähnliche Exazerbationen kompliziert. Aus der Tatsache, dass Kopfschmerzen nach dem Unfall (posttraumatisch) auftreten, kann nicht ohne weiteres darauf geschlossen werden, dass diese auch durch den Unfall entstanden sind (vgl. dazu Maurer, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, Bern 1985, S. 460 Fn 1205). Daher kann aus der erwähnten ärztlichen Aussage nicht auf die natürliche Kausalität geschlossen werden. Dr. med. I._ führte am 17. August 1994 zudem aus, er habe die Versicherte nicht begutachtet und die medizinischen Akten nicht durchgearbeitet, weshalb seine Darlegungen mit Vorbehalt zu werten sind. Das Gutachten vom 9. Februar 1999 ist sorgfältig abgefasst und der Experte, welcher die Beschwerdeführerin persönlich befragt und untersucht hat, legt die für die Kausalitätsbeurteilung massgebenden medizinischen Gesichtspunkte dar. Die seiner Meinung nach daraus sich ergebenden Schlussfolgerungen sind nachvollziehbar und in sich widerspruchsfrei. Da das Gutachten ausreichend Klarheit schafft bezüglich des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen den Kopfschmerzen und dem Unfall, ist auf zusätzliche Beweismassnahmen, insbesondere die Anordnung eines weiteren Gutachtens, zu verzichten, zumal hievon angesichts der umfassenden bisherigen Abklärungen keine neuen Erkenntnisse zur Kausalität der geklagten Beschwerden erwartet werden können.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 21. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: