Faits:
A. D._ est propriétaire des parcelles 4326 et 4853 de la commune de Corsier, sises en zone agricole. Sur ces parcelles se trouvent une porcherie, construite en 1956, ainsi qu'un hangar pour le stockage du fumier de porc, servant en outre à la fabrication de compost, construit en 1975 et agrandi par autorisation du 7 octobre 1996. Il était précisé dans la décision que l'apport de déchets verts était limité à 1'000 tonnes par an.
Les quantités de déchets traités dans l'installation augmentant et dépassant les 1'000 tonnes par an, D._ a présenté, le 11 mars 1999, une nouvelle demande d'autorisation de construire pour une installation de traitement de déchets organiques. Le 1er octobre 1999, il a déposé une requête en autorisation d'exploiter une installation d'élimination des déchets, conformément à la loi genevoise du 20 mai 1999 sur la gestion des déchets (ci-après: LGD; RSG L 1 20), entrée en vigueur le 5 août 1999. Par courrier du 9 novembre 1999, le Service cantonal de gestion des déchets l'a informé que l'instruction des deux requêtes seraient coordonnées.
Le 20 décembre 1999, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail a rendu une décision d'assainissement des installations, en application de l'ordonnance fédérale du 16 décembre 1985 sur la protection de l'air (OPair; RS 814.318.142.1). Les plaintes réitérées du voisinage avaient été objectivées par une enquête de l'Office cantonal d'écotoxicologie du 7 septembre 1999, qui concluait à une gêne significative de la population voisine du site. Les installations devaient être assainies et les émissions olfactives réduites dans la mesure que permettaient l'état de la technique et les conditions d'exploitation et pour autant que cela soit économiquement supportable.
Le 10 octobre 2000, le Service cantonal d'écotoxicologie a évalué le rapport d'enquête préliminaire joint à la demande d'autorisation de construire et imposé la production d'un plan d'assainissement concernant les émissions olfactives.
Le 13 mars 2001, le Conseil d'Etat du canton de Genève a modifié le plan cantonal de gestion des déchets 1998-2002. Les déchets de compostage des communes d'Anières, Corsier, Hermance, Gy et Jussy seraient traités dans l'installation de D._ jusqu'à une capacité annuelle limitée à 2'000 tonnes. La porcherie prendrait en charge annuellement 3'000 tonnes de lavures de restaurant et 4'000 tonnes de petit lait pour la soupe des porcs, ainsi que du fumier de cheval amené par les manèges genevois. Lors du processus de compostage, les déchets verts seraient arrosés avec le purin des porcs.
Le 4 septembre 2001, D._ a produit un nouveau rapport d'impact sur l'environnement et un plan d'assainissement. Un complément à ce document a été déposé le 13 juin 2002.
Le 16 octobre 2002, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a donné un préavis favorable au projet de porcherie et de station de traitement des déchets organiques de l'entreprise de D._, sous réserve qu'un certain nombre de conditions relatives aux odeurs et à l'épandage du compost soient prévues par l'autorisation d'exploiter.
Le 28 mars 2003, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail a rendu une nouvelle décision d'assainissement définissant les mesures devant être mises en place pour que l'installation soit conforme à l'OPair.
Dans les mois qui ont suivi, D._ a cédé son entreprise à la société X._, dont la filiale, la société C._, était chargée d'assurer l'exploitation des installations. Le 22 octobre 2003, X._ a transmis au Service cantonal de gestion des déchets et à l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail un concept d'aménagement et de transformation des installations, que ces autorités ont considéré conforme aux décisions d'assainissement des 20 décembre 1999 et 28 mars 2003.
Le 6 avril 2004, C._ a déposé une requête en autorisation d'exploiter l'installation d'élimination des déchets ainsi qu'une demande d'autorisation de construire, portant sur la transformation et la mise en conformité de la porcherie et de l'installation de traitement des déchets verts. Elle a joint à sa demande un rapport d'impact du 30 mars 2004, lequel s'inscrivait dans la continuité des analyses figurant dans les rapports fournis par D._ et précise les installations projetées.
Le 29 juin 2004, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a rendu son évaluation sur le rapport d'impact précité. Ce document devait être considéré comme un rapport d'enquête préliminaire d'impact. La délivrance du préavis de synthèse était soumise à la production d'un rapport d'impact qui devait être élaboré en fonction des différents préavis sectoriels annexés à l'évaluation.
Le 22 octobre 2004, la société a communiqué au Département cantonal des constructions et technologies de l'information un rapport d'impact sur l'environnement. Les deux principaux objectifs du projet de transformation et de mise en conformité de l'installation étaient de maintenir les activités actuelles en garantissant leur mise en conformité (porcherie et traitement des déchets verts) et d'assainir la situation en matière de nuisances olfactives selon les exigences définies par le canton. Le 17 décembre 2004, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a communiqué son évaluation et prié la société de s'engager à prendre différentes mesures visant notamment à l'assainissement des nuisances pour le voisinage. Les compléments demandés ont été fournis les 18 décembre 2004 et 31 mars 2005.
Le 25 mai 2005, les compléments apportés au rapport d'impact par la société répondant aux voeux formés par les différents services concernés, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a émis un préavis favorable aux autorisations demandées, sous réserve d'un certain nombre de conditions.
B. Par décision globale du 20 juin 2005, le Département cantonal du territoire a délivré à la société C._ les autorisations demandées et assorti la validité de ces dernières au respect de plusieurs conditions figurant dans les préavis émis sous réserves. Les travaux de transformation et de mise en conformité de la porcherie étaient ceux figurant dans le rapport d'impact du 22 octobre 2004. La société était en outre autorisée à traiter 1'500 tonnes par an de déchets verts ménagers compostables (à l'exclusion des déchets de cuisine) et 500 tonnes par an de déchets verts horticoles. De plus, 600 tonnes de verre usagé et 200 tonnes de ferraille pouvaient être déposées sur le site. L'autorisation d'exploiter était délivrée pour une durée de cinq ans renouvelable.
Par décision du 25 octobre 2006, la Commission cantonale de recours en matière de constructions a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision du 20 juin 2005.
C. Le 18 juin 2007, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a procédé à une vision locale en présence des parties. Par arrêt du 27 mai 2008, il a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision précitée. Il a considéré pour l'essentiel que ni l'exploitation de la porcherie, ni celle de la compostière n'étaient conformes à la zone agricole. Les bâtiments abritant la porcherie bénéficiaient toutefois de la situation acquise. Quant au hangar servant au compostage des déchets, qui ne pouvait bénéficier de la situation acquise, il avait été dûment autorisé par une décision entrée en force dont la validité matérielle ne pouvait plus être examinée aujourd'hui. L'augmentation de la quantité de déchets pouvant être traités sur le site, de 1'000 à 2'000 tonnes par an, était en outre conforme au plan de gestion des déchets 2003-2007.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 27 mai 2008 ainsi que l'autorisation globale du 20 juin 2005. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour qu'il annule l'autorisation globale précitée. Les recourantes font valoir une constatation inexacte des faits et une mauvaise application du droit fédéral. A l'appui de leurs griefs, elles invoquent les art. 2, 16, 24 et 25a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) ainsi que l'art. 15 de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011).
Par ordonnance du 4 août 2008, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public (<ref-law>) est ouverte contre une décision prise par une autorité cantonale de dernière instance dans une contestation portant sur l'application du droit de l'aménagement du territoire et de la protection de l'environnement. Les recourantes, qui ont pris part à la procédure devant le Tribunal administratif, habitent entre 100 et 200 mètres des installations litigieuses; il ressort du dossier que ces dernières produisent des nuisances sur un rayon atteignant au moins 200 mètres. Les recourantes ont donc manifestement qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Au surplus, le recours ayant été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>), il y a lieu d'entrer en matière.
2. Les recourantes reprochent au Tribunal administratif d'avoir établi l'historique de la construction du hangar sis sur la parcelle de D._ de manière manifestement inexacte et en violation du droit.
2.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans l'établissement de celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135), ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'<ref-law>, respectivement de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). L'existence de faits constatés de manière inexacte ou en violation du droit doit en outre être susceptible d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure (art. 97 al. 1 in fine LTF).
2.2 Selon les recourantes, c'est à tort que le Tribunal administratif a retenu que D._ avait obtenu, en 1975, l'autorisation de construire un hangar "destiné au compostage des déchets".
Au début de son arrêt (ch. 2, p. 3), le Tribunal administratif rappelle à quelles dates les constructions sises aujourd'hui sur les parcelles en cause ont été autorisées, en précisant leur destination actuelle. C'est ainsi qu'il indique qu'une autorisation a été délivrée, en 1975, pour "(le) dallage de la porcherie, (les) fosses à purin, (la) partie nord-ouest du hangar destiné au compostage des déchets". Contrairement à ce qu'allèguent les recourantes et malgré une formulation qui pourrait paraître ambiguë, la cour cantonale n'affirme pas que D._ aurait obtenu à ce moment-là l'autorisation d'ériger un hangar pour y fabriquer du compost; au demeurant, au consid. 7 de l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif retient que la première autorisation concernant l'utilisation du hangar pour le compostage des déchets date du 7 octobre 1996. Le grief est donc infondé sur ce point.
2.3 Par ailleurs, les recourantes soutiennent que l'affectation du hangar telle qu'autorisée le 7 octobre 1996 ne consistait pas en l'exploitation d'un site de compostage industriel, mais permettait seulement le traitement des déjections des porcs de l'exploitation.
L'autorisation du 7 octobre 1996, libellée "hangar pour le stockage du fumier", précise que la quantité des déchets traités annuellement ne doit pas dépasser 1'000 tonnes; à cet effet, un registre des quantités des déchets traités doit être tenu par l'exploitant à disposition de l'autorité (ch. 6 de la décision). Cette autorisation se fonde notamment sur le préavis favorable du Service cantonal de l'agriculture du 4 avril 1996. Il ressort de ce préavis que D._ souhaitait construire un hangar pour le stockage de son fumier, constitué de fumier de porc, de fumier de cheval repris à un manège et de déchets verts récoltés par le service de voirie dans les diverses communes de la région. La quantité de déchets verts récoltés étant en augmentation et le volume existant pour abriter le fumier et les déchets verts qui lui sont mélangés n'étant plus suffisant, la nécessité de construire un nouvel hangar provenait essentiellement du fait que l'intéressé compostait de plus en plus de déchets verts; l'effectif porcin et chevalin restait en effet inchangé. Dans un courrier du 16 août 1996, D._ a confirmé ces éléments, précisant qu'il n'envisageait pas d'avoir un site de compostage industriel, puisque la quantité des déchets traités ne devrait pas dépasser 850 tonnes.
Vu ce qui précède, il apparaît que l'autorisation du 7 octobre 1996 permettait explicitement à D._ de traiter des déchets verts sur son site à concurrence de 1'000 tonnes par an. A cet égard, les déclarations de l'intéressé, selon lesquelles il ne souhaitait pas exploiter un site de compostage industriel, ne sont pas déterminantes. D'ailleurs, en 1999, comme il traitait 2'400 tonnes de déchets verts par an, l'intéressé a été invité par les autorités à déposer une nouvelle demande d'autorisation portant sur l'augmentation du volume autorisé. C'est donc sans arbitraire que le Tribunal administratif a retenu que l'autorisation du 7 octobre 1996 ne portait pas uniquement sur la construction d'un nouvel hangar pour le stockage du fumier mais également sur l'exploitation d'un site de compostage. Le grief des recourantes doit également être rejeté sous cet angle et il n'y a pas lieu de compléter l'état de fait de l'arrêt attaqué.
3. Les recourantes font valoir que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en considérant que l'autorisation du 7 octobre 1996 aurait accordé une dérogation permettant l'implantation d'une installation industrielle de traitement des déchets hors de la zone à bâtir en vertu de l'art. 24 LAT. C'est également de façon insoutenable que le Tribunal administratif aurait renoncé à examiner si les conditions de l'art. 24 LAT étaient actuellement réalisées.
Selon l'arrêt attaqué, l'affectation du hangar au compostage des déchets a été autorisée, le 7 octobre 1996, sur la base de l'art. 24 LAT; l'implantation du hangar, comme son affectation, ont été considérées à l'époque comme imposées par leur destination du fait de la synergie qui existait entre l'exploitation de la porcherie et la fabrication du compost. Le Tribunal administratif estime qu'elles ont ainsi été dûment autorisées par une décision entrée en force dont la validité matérielle ne peut plus être examinée aujourd'hui.
3.1 En vertu de l'art. 22 al. 2 let. a LAT, une autorisation de construire n'est en principe octroyée que si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone. L'art. 24 LAT - correspondant à l'ancien art. 24 al. 1 LAT, en vigueur jusqu'au 31 août 2000 - dispose qu'en dérogation à cette disposition, des autorisations peuvent être délivrées pour de nouvelles constructions ou installations, ou pour tout changement d'affectation, si l'implantation de ces constructions ou installations hors de la zone à bâtir est imposée par leur destination (let. a) et si aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose (let. b). Les règles du droit cantonal à ce sujet (cf. art. 27 de la loi genevoise d'application de la LAT du 4 juin 1987 [LaLAT; RSG L 1 30]) n'ont pas une portée différente.
Selon la jurisprudence, la première des deux conditions cumulatives de l'art. 24 LAT n'est réalisée que dans certaines situations particulières. Il en va ainsi lorsque l'ouvrage projeté ne peut être employé conformément à sa destination qu'en un endroit déterminé hors de la zone à bâtir, pour des raisons d'ordre technique, ou bien pour des motifs liés aux conditions d'exploitation économique d'une entreprise, ou encore à cause de la configuration ou des particularités du sol; de même, l'implantation hors de la zone à bâtir peut se justifier si l'ouvrage en question ne peut être édifié à l'intérieur de celle-ci en raison des nuisances qu'il occasionne. Il s'agit de critères objectifs, les points de vue subjectifs du constructeur ou les motifs de convenance personnelle n'entrant pas en considération dans l'appréciation (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 68; <ref-ruling> consid. 5a p. 261, 499 consid. 3b/cc p. 508 et les arrêts cités).
3.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a retenu, sans être contredit par les recourantes, que la porcherie n'était pas conforme à la zone agricole. Il ne pouvait donc logiquement considérer que le hangar litigieux, destiné à traiter les déchets provenant de ladite porcherie, était, quant à lui, conforme à la zone et que sa construction avait été autorisée en vertu de l'art. 22 LAT. On peut d'ailleurs relever que le préavis du Service cantonal de l'agriculture du 4 avril 1996, sur lequel se base l'autorisation du 7 octobre 1996, faisait notamment référence à l'art. 26 LaLAT qui, dans sa version en vigueur à l'époque, traitait des dérogations hors des zones à bâtir; la motivation développée dans le préavis semble en outre plutôt se référer à une dérogation qu'à une autorisation ordinaire. Dans ces circonstances, il n'est pas arbitraire de retenir que l'autorisation de construire du 7 octobre 1996 a été délivrée sur la base de l'art. 24 LAT.
Certes, cette décision ne mentionne pas les bases légales sur lesquelles elle repose ni ne précise que la nouvelle affectation du hangar a été autorisée en dérogation à l'art. 22 LAT. La publication dans la Feuille d'avis officielle du 11 octobre 1996 est également muette à ce sujet. Ces irrégularités formelles ne sont toutefois pas si importantes qu'elles entraîneraient la nullité de l'autorisation (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 27; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 363 s. et les références), ce que les recourantes ne prétendent du reste pas. L'autorisation du 7 octobre 1996, définitive, bénéficie donc de l'autorité de la chose décidée. C'est par conséquent à juste titre que la cour cantonale a renoncé à examiner son bien-fondé et à vérifier si les conditions de l'art. 24 LAT étaient actuellement réalisées. Mal fondé, le présent grief doit être rejeté.
4. Les recourantes sont d'avis qu'une procédure de planification au sens de l'art. 2 LAT était nécessaire dans le cadre de la décision globale du 20 juin 2005.
4.1 Certains projets non conformes à l'affectation de la zone non constructible peuvent avoir des effets importants sur l'organisation du territoire et la protection de l'environnement. Dans ce cas, l'obligation de planifier (art. 2 LAT) impose que la pesée des intérêts se fasse dans le cadre de la procédure de planification, avec la participation de la population, et non dans le cadre d'une autorisation exceptionnelle (<ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 196; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 65 s. et les références). Il en va ainsi notamment des installations soumises à l'étude d'impact sur l'environnement (<ref-ruling> consid. 3 p. 255), des ouvrages s'étendant sur une vaste surface (gravières, <ref-ruling>; installations de gestion des déchets, <ref-ruling>; centres sportifs, <ref-ruling> consid. 3c/b p. 186; installations d'enneigement artificiel, arrêt 1A.23/1994 du 21 décembre 1994, publié in RDAT 1995 II n. 63 p. 165), ou d'ouvrages de moindre surface, mais ayant des effets importants sur l'environnement (augmentation du trafic, <ref-ruling> consid. 3b p. 54).
Lorsqu'il s'agit d'assainir des installations préexistantes, le Tribunal fédéral a jugé que les modifications à entreprendre à cet effet ne devaient pas nécessairement faire l'objet d'une procédure de planification (<ref-ruling> consid. 5.2. p. 196 s.).
4.2 Dans le cas particulier, l'autorisation du 20 juin 2005 concerne la transformation et l'assainissement de la porcherie et de l'installation de traitement des déchets organiques. Il ne s'agit dès lors pas d'autoriser de nouvelles installations, mais de rétablir l'exploitation existante en conformité avec le droit fédéral et cantonal de protection de l'environnement. Les autorités cantonales n'étaient par conséquent pas tenues de procéder à une planification au sens de l'art. 2 LAT.
On pourrait certes se demander si la première autorisation d'exploiter le site de compostage litigieux du 7 octobre 1996 n'aurait pas dû donner lieu, à l'époque, à une modification des plans d'affectation relatifs aux parcelles concernées. Cette question peut toutefois rester indécise dans la mesure où ladite autorisation est entrée en force et ne peut plus être remise en cause. On peut néanmoins relever qu'initialement la quantité de déchets autorisée était limitée à 1'000 tonnes par an et que la LGD, qui règle la gestion de l'ensemble des déchets éliminés à Genève, n'était pas encore entrée en vigueur. Il semble par ailleurs qu'avant l'entrée en vigueur de cette loi, la pratique cantonale était d'autoriser l'implantation des sites de stockage et de traitement des déchets en zone agricole par le biais de l'art. 24 LAT, alors qu'actuellement, le canton procède à un changement d'affectation avec création d'une zone spécifique pour ce genre de sites (cf. mémorial du Grand Conseil genevois relatif au projet de loi du Conseil d'Etat ouvrant un crédit d'étude autofinancé de 780'000 fr. visant à assurer les besoins futurs de stockage en décharge contrôlée bioactive, PL8269, séance 41 du 21 septembre 2000).
5. Les recourantes font grief au Tribunal administratif de n'avoir pas retenu que la procédure ayant abouti à la décision du 20 juin 2005 a violé les art. 25a al. 2 let. b LAT et 15 al. 1 et 2 OEIE.
5.1 L'art. 25a al. 2 let. b LAT prévoit que l'autorité chargée de la coordination veille à ce que toutes les pièces du dossier de requête soient mises en même temps à l'enquête publique. En vertu de l'<ref-law>, l'autorité compétente veille à ce que le rapport d'impact soit accessible au public (al. 1); si la demande de construction ou de modification d'une installation doit être mise à l'enquête, l'avis d'enquête doit préciser que le rapport d'impact peut être consulté (al. 2).
5.2 Selon les recourantes, la requête en autorisation de construire et d'exploiter l'installation de traitement des déchets a été publiée dans la Feuille d'avis officielle du 21 avril 2004 sous le libellé "avis de consultation" et n'a donc pas été mis à l'enquête publique. La publication ne faisait au demeurant aucune référence au rapport d'impact et ne mentionnait pas que celui-ci pouvait être consulté. De plus, les compléments au rapport d'impact produits les 18 décembre 2004 et 31 mars 2005 n'ont pas été mis à la disposition du public, lequel n'a jamais été averti, par une quelconque publication, du dépôt de ces documents. L'obligation de mettre à l'enquête publique simultanément toutes les pièces du dossier de requête, une fois celui-ci complet, n'a par ailleurs pas été respectée.
Il ressort du dossier qu'un avis de consultation relatif à la requête de transformation et mise en conformité de la porcherie et de l'installation des déchets verts a été publié dans la Feuille d'avis officielle du 21 avril 2004. Parallèlement à cet avis et dans la même Feuille d'avis officielle, la requête a été publiée sous la rubrique "demandes préalables ou définitives soumises à la procédure d'impact sur l'environnement". Il était précisé sous le texte que le dossier ainsi que les éventuels rapports d'impact pouvaient être consultés dans les trente jours et que les observations éventuelles devaient être présentées dans le même délai. Il sied dès lors de constater que la requête a fait l'objet d'une mise à l'enquête publique en bonne et due forme et que l'art. 15 al. 1 et 2 OEIE a été respecté.
En ce qui concerne les compléments au rapport d'impact initial, déposés les 18 décembre 2004 et 31 mars 2005, ils ont été requis par le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement, qui invitait la société à prendre différentes mesures visant notamment à l'assainissement des nuisances pour le voisinage; ces compléments répondant aux voeux du Service en question, celui-ci a émis un préavis favorable à l'autorisation de construire et d'exploiter, sous réserve de certaines conditions. Les art. 25a al. 2 let. b LAT et 15 OEIE n'exigent pas une nouvelle mise à l'enquête du projet chaque fois que des compléments au rapport d'impact sont demandés par un service spécialisé. Ceux-ci ont justement pour but de compéter le dossier afin de répondre aux remarques faites, pendant l'enquête publique, par les personnes et les services concernés, et de permettre une meilleure évaluation des effets de l'installation sur l'environnement. Les opposants doivent néanmoins être informés de l'existence des nouveaux documents versés au dossier et avoir la possibilité d'en prendre connaissance (cf. <ref-ruling> consid. 6.2 p. 391). Or, les recourantes n'allèguent pas qu'elles n'auraient pas eu connaissance des rapports complémentaires ni qu'elles auraient été privées de la possibilité de s'exprimer à leur sujet. Il s'ensuit que les autorités cantonales ont respecté leur droit d'être entendues et ont appliqué correctement les art. 25a al. 2 let. b LAT et 15 al. 1 et 2 OEIE.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté. Les recourantes, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). En outre, elles verseront à l'intimée C._ une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3. Une indemnité de 3'000 fr. est allouée à C._, à titre de dépens, à la charge des recourantes.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département des constructions et des technologies de l'information, au Département du territoire et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 30 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard