Sachverhalt:
A. Y._ (Kläger, Beschwerdegegner) arbeitete bei der X._ SA (Beklagte, Beschwerdeführerin) als externer Verkaufsberater.
Mit Klagebewilligung vom 14. Dezember 2011 erhob Y._ am 28. Dezember 2011 beim Bezirksgericht Arbon Klage gegen die X._ SA und machte eine Lohnforderung von Fr. 6'161.85 brutto geltend.
Der Einzelrichter des Bezirksgerichts Arbon trat mit Entscheid vom 3. März/ 5. April 2012 auf die Klage wegen Unzuständigkeit nicht ein. Er erwog, gemäss Schiedsklausel im Arbeitsvertrag sei ein Schiedsgericht in Lausanne zuständig. Diese Klausel sei zulässig. Die Beschwerdeführerin habe sich nicht vorbehaltlos auf die Klage eingelassen, sondern habe schon im Vermittlungsverfahren die örtliche Zuständigkeit bestritten.
Dagegen erhob der Beschwerdegegner Beschwerde an das Obergericht des Kantons Thurgau. Dieses hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 18. Juni 2012 gut und wies die Sache zur materiellen Beurteilung an das Bezirksgericht zurück. Es befand, die Beschwerdeführerin habe sich vor dem Bezirksgericht auf die Sache eingelassen, indem sie dem Gericht am 31. Januar 2012 ein Zwischenzeugnis, ein Arbeitszeugnis und das Personalreglement, mithin Beweismittel, eingereicht habe. Jedenfalls habe sie sich spätestens dann eingelassen, als sie unaufgefordert am 17. Februar 2012 die Beweismittel mit einem "Rapport" ergänzt habe, in dem sie den Sachverhalt dargestellt und damit Ausführungen zum Sachverhalt aus ihrer Sicht gemacht und sich zur Sache geäussert habe.
B. Die Beschwerdeführerin beantragt mit "Beschwerde in Zivilsachen", den Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 18. Juni 2012 aufzuheben.
Der Beschwerdegegner und die Vorinstanz beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Die Beschwerdeführerin reichte unaufgefordert eine Replik ein. Der Beschwerdegegner verzichtete auf Gegenbemerkungen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 147; <ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472).
1.2 Im angefochtenen Entscheid wird die Zuständigkeit des angerufenen staatlichen Gerichts bejaht und daher die Sache zur materiellen Beurteilung an das Bezirksgericht Arbon zurückgewiesen. Die Vorinstanz entschied auf kantonaler Ebene endgültig über die Zuständigkeit. Der angefochtene Entscheid stellt demnach einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid über die Zuständigkeit im Sinne von <ref-law> dar, gegen den die Beschwerde zulässig ist.
1.3 Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens sind Vor- und Zwischenentscheide mit dem in der Hauptsache zulässigen Rechtsmittel anzufechten (<ref-ruling> E. 3 S. 144; <ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.). Vorliegend beträgt der Streitwert der Hauptsache Fr. 6'161.85. Die für die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen in arbeitsrechtlichen Fällen geltende Grenze von Fr. 15'000.-- (<ref-law>) ist demnach nicht erreicht. Die Beschwerdeführerin macht auch nicht geltend, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von <ref-law>. Da die Beschwerde in Zivilsachen in der Hauptsache nicht zulässig ist, scheidet diese auch gegen den vorliegenden Zwischenentscheid aus. Die erhobene Beschwerde ist als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen (<ref-law>).
2. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Die Verletzung dieser Rechte kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Der Beschwerdeführer muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 234; <ref-ruling> E. 2 S. 591 f.).
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe mit ihrer Annahme, dass sich die Beschwerdeführerin auf das staatliche Verfahren eingelassen habe, Art. 17 und Art. 61 ZPO verletzt. Sie beanstandet damit lediglich die Verletzung von einfachem Bundesgesetzesrecht. Die Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts, wie etwa des Willkürverbots, rügt und begründet sie nicht. Sie erhebt damit keine zulässigen Beschwerdegründe, weshalb auf die Beschwerde auch nicht als subsidiäre Verfassungsbeschwerde eingetreten werden kann.
Damit kann offen bleiben, ob auf die Beschwerde auch mangels rechtsgenüglichen Antrags nicht einzutreten wäre, nachdem die Beschwerdeführerin lediglich die Aufhebung des angefochtenen Entscheids beantragt (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 383 mit Hinweis).
3. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Der Rechtsvertreter des Beschwerdegegners reichte eine Honorarnote über Fr. 2'028.80 (inkl. MWST) ein. Angesichts des tiefen Streitwerts und der geringen Schwierigkeit des Falles, der mit einem Nichteintreten erledigt wird, rechtfertigt sich indessen praxisgemäss eine Parteientschädigung von lediglich Fr. 1'000.--.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze