Faits:
A. R._ exploite depuis 1994 un garage sous la forme d'une entreprise individuelle. Souffrant de problèmes lombaires (canal lombaire étroit), il a déposé le 22 décembre 2004 une demande de prestations de l'assurance-invalidité auprès de l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI). L'instruction du dossier a permis d'établir sur le plan médical que la capacité de travail de l'assuré dans l'exercice de son activité habituelle était nulle s'agissant de la part consacrée aux travaux de mécanique et de 50 % s'agissant de la part consacrée aux tâches administratives et de direction. La capacité de travail était également de 50 % dans toute autre activité adaptée. L'office AI a également fait verser au dossier les bilans et comptes d'exploitation de l'entreprise relatifs aux années 2000 à 2006 et réaliser une enquête pour activité professionnelle indépendante (rapport du 21 novembre 2007). Par décision du 6 juin 2008, l'office AI a mis l'assuré au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité à compter du 1er novembre 2004.
B. Par jugement du 3 février 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a admis le recours formé par l'assuré, annulé la décision litigieuse et mis l'assuré au bénéfice d'une rente entière d'invalidité à compter du 1er novembre 2004.
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, concluant à la confirmation de sa décision du 6 juin 2008. Il assortit son recours d'une requête d'effet suspensif.
R._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales en propose l'admission.
D. Par ordonnance du 11 mai 2009, le juge instructeur a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF).
2. Le litige porte sur le droit de l'assuré à une rente de l'assurance-invalidité, singulièrement sur le taux d'invalidité à la base de cette prestation.
2.1 Dans la mesure où aucun facteur extérieur n'influençait les données comptables versées au dossier, le Tribunal cantonal des assurances sociales a estimé qu'il convenait d'appliquer la méthode générale de comparaison des revenus pour déterminer le degré d'invalidité de l'assuré. Pour ce faire, il a comparé la moyenne des bénéfices d'exploitation réalisés entre les années 2000 et 2002 (86'381 fr.) avec la moyenne de ceux réalisés entre 2004 et 2006 (35'430 fr.), montants dont il convenait de déduire la part relative à la collaboration de l'épouse de l'assuré dans l'entreprise, soit 12'957 fr. entre 2000 et 2002 et 19'435 fr. entre 2004 et 2006. Le taux d'invalidité ainsi obtenu s'élevait à 78,2 %.
2.2 L'office recourant fait grief au Tribunal cantonal des assurances sociales d'avoir violé le droit fédéral en omettant de tenir compte dans son analyse de l'obligation de réduire le dommage à laquelle sont astreints tous les assurés. La baisse significative de revenus subie par l'entreprise de l'assuré et, partant, par l'assuré lui-même résulterait de ce que ce dernier n'a pas pris les mesures nécessaires pour réorganiser au mieux son entreprise. En premier lieu, la poursuite d'une activité profitable était soumise à la condition impérative que l'assuré engage un mécanicien expérimenté, à la fois pour encadrer de manière convenable les deux apprentis occupés par l'entreprise et pour générer une activité facturable et des revenus suffisants. En second lieu, il appartenait à l'assuré de reprendre les tâches administratives accomplies par son épouse. De plus, compte tenu de la capacité résiduelle de travail de 50 % dans une activité adaptée, la juridiction cantonale n'aurait pas dû se prononcer sur le droit à la rente sans examiner au préalable si l'assuré, qui reconnaissait lui-même que son entreprise n'était pas viable, avait pris des mesures tendant à sa réadaptation ou à son reclassement.
3. 3.1 Chez les assurés actifs, le degré d'invalidité doit être déterminé sur la base d'une comparaison des revenus. Pour cela, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2007: art. 28 al. 2 LAI en corrélation avec l'art. 16 LPGA; depuis le 1er janvier 2008: art. 28a al. 1 LAI en corrélation avec l'art. 16 LPGA). La comparaison des revenus s'effectue, en règle générale, en chiffrant aussi exactement que possible les montants de ces deux revenus et en les confrontant l'un avec l'autre, la différence permettant de calculer le taux d'invalidité. Dans la mesure où ces revenus ne peuvent être chiffrés exactement, ils doivent être estimés d'après les éléments connus dans le cas particulier, après quoi l'on compare entre elles les valeurs approximatives ainsi obtenues. Lorsqu'on procède à une évaluation, celle-ci ne doit pas nécessairement consister à chiffrer des valeurs approximatives; une comparaison de valeurs exprimées simplement en pour-cent peut aussi suffire. Le revenu hypothétique réalisable sans invalidité équivaut alors à 100 %, tandis que le revenu d'invalide est estimé à un pourcentage plus bas, la différence en pour-cent entre les deux valeurs exprimant le taux d'invalidité (comparaison en pour-cent; <ref-ruling> consid. 3a et les références).
3.2 Si l'on ne peut déterminer ou évaluer sûrement les deux revenus en cause, il faut, en s'inspirant de la méthode spécifique pour personnes sans activité lucrative (du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2007: art. 28 al. 2bis LAI en corrélation avec les art. 27 RAI et 8 al. 3 LPGA; depuis le 1er janvier 2008: art. 28a al. 2 LAI en corrélation avec les art. 27 RAI et 8 al. 3 LPGA), procéder à une comparaison des activités et évaluer le degré d'invalidité d'après l'incidence de la capacité de rendement amoindrie sur la situation économique concrète (procédure extraordinaire d'évaluation de l'invalidité). La différence fondamentale entre la procédure extraordinaire d'évaluation et la méthode spécifique réside dans le fait que l'invalidité n'est pas évaluée directement sur la base d'une comparaison des activités; on commence par déterminer, au moyen de cette comparaison, quel est l'empêchement provoqué par la maladie ou l'infirmité, après quoi l'on apprécie séparément les effets de cet empêchement sur la capacité de gain. Une certaine diminution de la capacité de rendement fonctionnelle peut certes, dans le cas d'une personne active, entraîner une perte de gain de la même importance, mais n'a pas nécessairement cette conséquence. Si l'on voulait, dans le cas des personnes actives, se fonder exclusivement sur le résultat de la comparaison des activités, on violerait le principe légal selon lequel l'invalidité, pour cette catégorie d'assurés, doit être déterminée d'après l'incapacité de gain (<ref-ruling> consid. 1 p. 30 et les références).
3.3 Chez une personne de condition indépendante, la comparaison des résultats d'exploitation réalisés dans son entreprise avant et après la survenance de l'invalidité ne permet de tirer des conclusions valables sur la diminution de la capacité de gain due à l'invalidité que dans le cas où l'on peut exclure au degré de vraisemblance prépondérante que les résultats de l'exploitation aient été influencés par des facteurs étrangers à l'invalidité. En effet, les résultats d'exploitation d'une entreprise dépendent souvent de nombreux paramètres difficiles à apprécier, tels que la situation conjoncturelle, la concurrence, l'aide ponctuelle des membres de la famille, des personnes intéressées dans l'entreprise ou des collaborateurs. Généralement, les documents comptables ne permettent pas, en pareils cas, de distinguer la part du revenu qu'il faut attribuer à ces facteurs - étrangers à l'invalidité - et celle qui revient à la propre prestation de travail de l'assuré (arrêts I 83/97 du 16 octobre 1997 consid. 2c, in VSI 1998 p. 121, et I 432/97 du 30 mars 1998 consid. 4a, in VSI 1998 p. 255).
3.4 Le point de savoir selon quelle méthode le degré d'invalidité d'un assuré doit être évalué est une question de droit sur laquelle le Tribunal fédéral se prononce librement. En l'espèce, aussi bien l'office recourant que le Tribunal cantonal des assurances sociales ont considéré qu'il convenait d'appliquer la méthode générale de comparaison des revenus pour déterminer le degré d'invalidité de l'assuré. Au regard des faits retenus par la juridiction cantonale, ce choix ne peut être suivi. Les données comptables de l'entreprise de l'assuré ne sauraient constituer une base valable pour évaluer son incapacité de gain, car elles ne permettent pas de distinguer la part du revenu qui résulte exclusivement de la prestation personnelle de travail de l'assuré de celle qu'il faut attribuer à des facteurs étrangers. En tant que l'assuré a été contraint d'engager un employé qualifié entre les mois d'août 2003 et avril 2006, lequel a contribué de manière prépondérante - sinon exclusive - à la réalisation du chiffre d'affaires de l'entreprise et, partant, de son bénéfice d'exploitation, il n'est pas possible de tirer de ces chiffres une appréciation pertinente des effets sur la capacité personnelle de gain de l'assuré de la diminution de sa capacité de rendement due à l'invalidité. En tout état de cause, l'incapacité de gain de l'assuré ne saurait se confondre avec la diminution du bénéfice d'exploitation de son entreprise, dans la mesure où ce raisonnement fait fi des circonstances - étrangères à l'invalidité - qui ont influencé celui-ci comme notamment l'engagement de personnel supplémentaire ou la perte d'une partie de la clientèle. En l'occurrence, seule la procédure extraordinaire d'évaluation de l'invalidité est de nature à permettre, dans le cas particulier, une évaluation conforme au droit fédéral des effets de l'atteinte à la santé sur la capacité de gain de l'assuré. Il convient dès lors d'annuler le jugement attaqué et de renvoyer la cause à l'administration pour qu'elle applique la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité.
4. Quand bien même le recours doit être admis pour les motifs qui précèdent, le principe de l'économie de la procédure impose d'examiner la question de savoir si l'assuré a mis en oeuvre au cours de la procédure tout ce qui était raisonnablement exigible de sa part pour diminuer son dommage, ce que conteste l'office recourant.
4.1 Dans le domaine de l'assurance-invalidité, on applique de manière générale le principe selon lequel un invalide doit, avant de requérir des prestations, entreprendre de son propre chef tout ce qu'on peut raisonnablement attendre de lui, pour atténuer le mieux possible les conséquences de son invalidité; c'est pourquoi un assuré n'a pas droit à une rente lorsqu'il serait en mesure, au besoin en changeant de profession, d'obtenir un revenu excluant une invalidité ouvrant droit à une rente. La réadaptation par soi-même est un aspect de l'obligation de diminuer le dommage et prime aussi bien le droit à une rente que celui à des mesures de réadaptation. L'obligation de diminuer le dommage s'applique aux aspects de la vie les plus variés. Toutefois le point de savoir si une mesure peut être exigée d'un assuré doit être examiné au regard de l'ensemble des circonstances objectives et subjectives du cas concret (<ref-ruling> consid. 4a p. 28 et les références). Par circonstances subjectives, il faut entendre en premier lieu l'importance de la capacité résiduelle de travail ainsi que les facteurs personnels tels que l'âge, la situation professionnelle concrète ou encore l'attachement au lieu de domicile. Parmi les circonstances objectives doivent notamment être pris en compte l'existence d'un marché du travail équilibré et la durée prévisible des rapports de travail (arrêts I 750/04 du 5 avril 2006 consid. 5.3, in SVR 2007 IV n° 1 p. 1; I 11/00 du 22 août 2001 consid. 5a/bb, in VSI 2001 p. 274).
4.2 Ainsi doit-on pouvoir exiger de celui qui requiert des prestations qu'ils prennent toutes les mesures qu'un homme raisonnable prendrait dans la même situation s'il ne pouvait attendre aucune indemnisation de tiers. Parmi les exigences qui peuvent être posées à un assuré au titre de son obligation de réduire le dommage, l'administration ne doit pas se laisser guider uniquement par l'intérêt général à une gestion économique et rationnelle de l'assurance, mais doit également tenir compte de manière appropriée du droit de chacun au respect de ses droits fondamentaux. La question de savoir quel est l'intérêt qui doit l'emporter dans un cas particulier ne peut être tranchée de façon définitive. Cela étant, plus la mise à contribution de l'assureur est importante, plus les exigences posées à l'obligation de réduire le dommage devront être sévères. C'est le cas, par exemple, lorsque la renonciation à des mesures destinées à réduire le dommage conduirait à l'octroi d'une rente ou au reclassement dans une profession entièrement nouvelle. Conformément au principe de la proportionnalité, il convient en revanche de faire preuve de prudence dans l'invocation de l'obligation de réduire le dommage lorsqu'il s'agit d'allouer ou d'adapter certaines mesures d'ordre professionnel afin de tenir compte de circonstances nouvelles relevant de l'exercice par l'assuré de ses droits fondamentaux. Demeurent réservés les cas où les dispositions prises par l'assuré doivent être considérées, au regard des circonstances concrètes, comme étant tout simplement déraisonnables ou abusives (<ref-ruling> consid. 4d p. 32; MARC HÜRZELER, Prävention im Haftpflicht- und Sozialversicherungsrecht, in Prävention im Recht, 2007, p. 172 sv.).
4.3 Dans le cas d'un assuré de condition indépendante, on peut exiger, pour autant que la taille et l'organisation de son entreprise le permettent, qu'il réorganise son emploi du temps au sein de celle-ci en fonction de ses aptitudes résiduelles. Il ne faut toutefois pas perdre de vue que plus la taille de l'entreprise est petite, plus il sera difficile de parvenir à un résultat significatif sur le plan de la capacité de gain. Au regard du rôle secondaire des activités administratives et de direction au sein d'une entreprise artisanale, un transfert de tâches d'exploitation proprement dites vers des tâches de gestion ne permet en principe de compenser que de manière très limitée les répercussions économiques résultant de l'atteinte à la santé (arrêt 9C_580/2007 du 17 juin 2008 consid. 5.4). Aussi, lorsque l'activité exercée au sein de l'entreprise après la survenance de l'atteinte à la santé ne met pas pleinement en valeur la capacité de travail résiduelle de l'assuré, celui-ci peut être tenu, en fonction des circonstances, de mettre fin à son activité indépendante au profit d'une activité salariée plus lucrative (arrêt I 840/81 du 26 avril 1982, in RCC 1983 p. 246; voir également arrêt 8C_748/2008 du 10 juin 2009 consid. 4).
4.4 L'office recourant et l'OFAS estiment que l'on peut raisonnablement exiger d'un assuré de condition indépendante, au titre de son obligation de réduire le dommage, qu'il engage un employé dans le but d'améliorer le bénéfice d'exploitation de son entreprise et, indirectement, son revenu.
4.4.1 Le rôle principal de l'assurance-invalidité consiste à éliminer ou à atténuer au mieux les effets préjudiciables d'une atteinte à la santé sur la capacité de gain de la personne assurée, en privilégiant au premier plan l'objectif de réinsertion dans la vie professionnelle active ou dans le secteur d'activité initial, et au second plan le versement de prestations en espèce (Message du 22 juin 2005 concernant la modification de la loi fédérale sur l'assurance-invalidité [5e révision de l'AI], FF 2005 4223, n. 1.1.1.2). L'examen d'un éventuel droit à des prestations de l'assurance-invalidité doit par conséquent procéder d'une démarche inquisitive au centre de laquelle figure avant tout la valorisation économique des aptitudes résiduelles - fonctionnelles et/ou intellectuelles - de la personne assurée. Les mesures qui peuvent être exigées d'un assuré doivent être aptes à atténuer les conséquences de l'atteinte à la santé.
4.4.2 Dans le cas d'espèce, on ne voit guère en quoi la mesure préconisée par l'office recourant et l'OFAS permettrait d'améliorer ou de développer l'aptitude à travailler de l'assuré. L'office recourant et l'OFAS ont à cet égard perdu de vue la situation individuelle et personnelle de l'assuré pour la confondre avec celle de son entreprise. En effet, le moyen en cause vise avant tout à stimuler la rentabilité économique de l'entreprise de l'assuré, tâche qui ne fait manifestement pas partie des attributions des organes de l'assurance-invalidité. Une telle mesure ne sert pas les objectifs assignés à l'assurance-invalidité et, partant, ne saurait entrer dans le catalogue des mesures que les organes d'exécution de cette assurance peuvent raisonnablement exiger de la part d'une personne assurée au titre de son obligation de réduire le dommage. Qui plus est, la jurisprudence a clairement posé qu'il convenait de faire abstraction d'un facteur tel que celui de l'aide des collaborateurs pour évaluer la diminution de la capacité de gain d'un assuré de condition indépendante (cf. supra consid. 3.3). Au surplus, on peut s'interroger - sans trancher définitivement cette question - sur le point de savoir si la mesure exigée ne constitue pas une forme d'ingérence illicite de la part de l'administration dans l'exercice de la liberté économique de l'assuré (art. 27 Cst.).
4.5 En revanche, en tant que l'office recourant reproche à la juridiction cantonale de n'avoir pas examiné la question de savoir si l'assuré avait pris des mesures tendant à son reclassement, le grief doit être admis. Ainsi qu'on l'a vu précédemment, un changement d'activité professionnelle peut d'après les circonstances être considéré comme raisonnablement exigible, si on doit s'attendre à une diminution importante du dommage (cf. supra consid. 4.3). Or, force est de constater que ni la juridiction cantonale ni d'ailleurs l'office recourant n'ont porté le moindre intérêt à cette question, alors même que de jurisprudence constante, la réadaptation par soi-même et le droit à des mesures de réadaptation priment celui à une rente. Un tel examen se justifiait d'autant plus que l'assuré avait reconnu au cours de la procédure que son entreprise n'était, à terme, plus viable économiquement. Cet oubli est constitutif d'une violation du droit fédéral et doit être sanctionné.
5. Sur le vu de ce qui précède, il convient de renvoyer la cause à l'office recourant pour qu'il procède à une nouvelle instruction au sens des considérants. Il lui appartiendra notamment d'examiner si l'assuré peut mettre en valeur sa capacité résiduelle de travail, au sein et en dehors de l'entreprise, dans une activité adaptée à ses limitations fonctionnelles et, le cas échéant, d'apprécier dans quelle mesure un changement d'activité professionnelle serait raisonnablement exigible au vu de l'ensemble des circonstances objectives et subjectives du cas d'espèce.
6. Vu l'issue du litige, l'intimé qui succombe supportera les frais de justice afférents à la présence procédure (art. 66 al. 1 première phrase en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF), sans qu'il ait droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis en ce sens que le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 3 février 2009 et la décision de l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité du 6 juin 2008 sont annulés, la cause étant renvoyée audit office pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 7 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Piguet