Faits:
A. En été 2004, la famille de X._ s'est rendue en Macédoine pour les vacances. La fille du prénommé, Y._, a reçu un chiot mâle, de race Rottweiler, avec la queue coupée, d'un parent éloigné qui ne pouvait plus s'en occuper. Les certificats de santé et de vaccination du chien ont été remis à Y._. Dans la nuit du 29 août 2004, les vacanciers sont entrés en Suisse en voiture par la douane de Chiasso où aucun contrôle n'a été effectué. X._ se trouvait au volant de son véhicule. Le chien voyageait dans une cage dans le coffre.
Dans le courant du mois de septembre, Y._ s'est rendue chez un vétérinaire qui a constaté un titrage d'anticorps antirabiques insuffisant. Le Service vétérinaire du canton de Fribourg a placé le chien en quarantaine.
B. Le 7 novembre 2006, la Direction des douanes de Genève/Office des enquêtes de Neuchâtel (DIII) a dressé, à l'encontre de X._, un procès-verbal final le reconnaissant coupable d'infractions à la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20), ainsi qu'à la loi fédérale du 9 mars 1978 sur la protection des animaux (LPA, RS 455), pour avoir importé et omis d'annoncer, lors de son entrée en Suisse, le chiot caudectomisé qu'il transportait.
Par mandat de répression du 19 avril 2007, la Direction générale des douanes, se fondant sur les art. 87 de la loi fédérale du 1er octobre 1925 sur les douanes (RO 42.307), 85 et 88 LTVA, 29 et 32 LPA, a infligé à X._ une amende de 1'000 fr. pour avoir importé en Suisse sans annonce un chiot caudectomisé interdit à l'importation.
Le même jour, l'Administration fédérale des douanes a abandonné la procédure pénale administrative introduite à l'encontre de Y._ pour importation irrégulière du chien en question. Elle a considéré qu'en tant que père d'une très jeune femme et conducteur du véhicule où se trouvait l'animal, il appartenait avant tout à X._ d'assurer le respect des prescriptions légales relatives à l'importation dudit animal.
C. X._ a formé opposition au mandat de répression, alléguant qu'il n'était pas concerné par les reproches faits à son encontre, dès lors que sa fille était la propriétaire du chien, qu'elle ignorait, tout comme lui, les interdictions frappant l'importation de cet animal et qu'elle n'avait pas l'intention de cacher quoi que ce soit.
Le 20 août 2007, la Direction générale des douanes a rejeté cette opposition et confirmé l'amende infligée.
D. Par jugement du 21 avril 2008, le Juge de police de la Sarine a acquitté X._ des chefs de prévention d'infractions à la LD, LPA et LTVA.
Par arrêt du 5 février 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours de l'Administration fédérale des douanes et confirmé le jugement précité.
E. L'Administration fédérale des douanes a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle a conclu, principalement, à la condamnation de X._, pour infractions à la LPA et à la LTVA, à une amende de 1000 fr., et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouveau jugement.
Le Ministère public de la Confédération, celui du canton de Fribourg, la Cour d'appel pénal et X._ ont renoncé à déposer des observations.

Considérant en droit:
1. L'Administration fédérale des douanes a qualité pour recourir en matière pénale en application du nouvel art. 81 al. 1 let. a et b ch. 7 LTF.
2. Se référant à l'ancienne loi sur les douanes, la recourante soutient que X._ était assujetti au contrôle douanier, dès lors qu'au volant de son véhicule il a franchi la frontière sans s'arrêter et donc sans annoncer, au bureau de douane, le chien caudectomisé qu'il transportait.
2.1 Le 1er mai 2007 est entrée en vigueur la loi fédérale sur les douanes du 18 mars 2005 (LD; RS 631.0). Les faits litigieux se sont déroulés en 2004, soit sous l'empire de l'ancienne loi fédérale sur les douanes du 1er octobre 1925 (aLD; RO 42.307). L'art. 132 LD soumet à l'ancien droit les procédures douanières en cours lors de son entrée en vigueur, le 1er mai 2007. Toutefois, en application de l'<ref-law>, la nouvelle loi s'applique aux faits qui lui sont antérieurs si, d'une part, l'auteur est mis en jugement après son entrée en vigueur et si, d'autre part, elle est plus favorable à l'auteur que l'ancienne (exception de la lex mitior).
Dans le cas particulier, la nouvelle LD n'est pas plus favorable à X._, le cercle des assujettis et les obligations douanières n'ayant pas été modifiés par le nouveau texte légal (cf. consid. 2.1.1 et 2.1.2). L'ancienne LD reste donc applicable.
2.1.1 Aux termes de l'art. 1 aLD, toute personne qui franchit la ligne suisse des douanes ou fait passer des marchandises à travers cette ligne est tenue d'observer les prescriptions de la législation douanière. Les obligations douanières comportent l'observation des prescriptions concernant le passage de la frontière (assujettissement au contrôle douanier) et le paiement des droits prévus par la loi (assujettissement aux droits de douane). Selon l'art. 6 al. 1 aLD, toutes les marchandises importées ou exportées doivent être présentées au bureau de douane compétent, placées sous contrôle douanier et annoncées à la visite. L'art. 9 al. 1 aLD précise que sont assujetties au contrôle douanier les personnes qui transportent des marchandises à travers la frontière, ainsi que leurs mandants. Dans la même ligne, l'art. 29 al. 1 aLD impose aux personnes assujetties au contrôle douanier, soit notamment celles qui transportent des marchandises à travers la frontière, de prendre toutes les mesures prévues par la loi et les règlements pour assurer le contrôle de leur assujettissement aux droits de douanes.
L'art. 21 al. 1 LD dispose que quiconque introduit ou fait introduire des marchandises dans le territoire douanier ou les prend en charge par la suite doit les conduire ou les faire conduire sans délai et en l'état au bureau de la douane le plus proche. Cette nouvelle disposition reprend ainsi l'art. 9 al. 1 aLD, de sorte que le cercle des assujettis au contrôle douanier est identique sous l'ancien et le nouveau droit (cf. Message relatif à une nouvelle loi sur les douanes du 15 décembre 2003 in FF 2004 I 555; BARBARA HENZEN in Kocher/Clavadetscher, Zollgesetz, art. 21 n° 1 et 4). L'art. 75 de l'ordonnance sur les douanes du 1er novembre 2006 (RS 631.01) prévoit que sont notamment réputés personnes assujetties à l'obligation de conduire les marchandises: le conducteur de la marchandise (let. a), la personne chargée de conduire la marchandise au bureau de douane (let. b), l'importateur (let. c), le destinataire (let. d), l'expéditeur (let. e) et le mandant (let. f).
2.1.2 Au regard de ces dispositions, est donc assujettie au contrôle douanier la personne ayant un rapport réel avec le franchissement physique de la frontière, c'est-à-dire en premier lieu le conducteur de la marchandise (ERNST BLUMENSTEIN, Schweizerisches Zollrecht, Berne 1931 p. 17; Message relatif à une nouvelle loi sur les douanes du 15 décembre 2003 in FF 2004 I 555). Pour le conducteur de la marchandise, cette obligation découle du fait qu'il introduit personnellement la marchandise dans le territoire douanier. Il est juridiquement sans importance que celle-ci soit importée sur l'initiative du conducteur ou d'un tiers, pour son propre compte ou pour le compte d'autrui. Sous l'angle du droit privé, la qualité du conducteur peut être déterminée de trois manières: soit le propriétaire de la marchandise (<ref-law>) la transporte personnellement à travers la frontière, soit un tiers exécute cette tâche pour lui en son nom propre sur la base d'un mandat (transporteur), soit un tiers passe la marchandise à travers la frontière en tant qu'organe du propriétaire ou du transporteur (rapport de travail). Dans les trois cas, cependant, seul joue un rôle l'acte réel et non la légitimité économique ou de droit privé sur la marchandise. N'est conducteur que celui qui franchit personnellement la frontière avec la marchandise (cf. ERNST BLUMENSTEIN, Schweizerisches Zollrecht, Berne 1931 p. 17; BARBARA HENZEN in Kocher/Clavadetscher, Zollgesetz, art. 21 n° 6; Message relatif à une nouvelle loi sur les douanes du 15 décembre 2003 in FF 2004 I 555 et 556).
La loi et l'ordonnance ne règlent ni la relation entre les différentes personnes soumises à l'obligation de conduire les marchandises au bureau de douane, ni l'ordre ou la priorité dans leur responsabilité. Il y a toutefois lieu d'admettre un cumul de responsabilités desdites personnes. En effet, la volonté du législateur est d'élargir le cercle des assujettis aux droits de douane pour garantir le recouvrement de la créance douanière (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 310; <ref-ruling> consid. 6a p. 199; Message relatif à une nouvelle loi sur les douanes du 15 décembre 2003 in FF 2004 I 557). Dans le même sens, la doctrine admet que les personnes citées à l'art. 21 LD sont soumises cumulativement à l'obligation qui leur est faite par cette norme (BARBARA HENZEN in Kocher/Clavadetscher, Zollgesetz, art. 21 n° 11 ss).
2.1.3 Le régime douanier est fondé sur le principe de l'auto-déclaration (cf. art. 6 et 29 al. 1 aLD et supra consid. 2.1.1). Aussi le contribuable doit-il examiner lui-même s'il remplit les conditions d'assujettissement et, en cas de doute, se renseigner auprès des autorités. S'il s'abstient de requérir les éclaircissements nécessaires, il ne peut par la suite invoquer ses connaissances lacunaires ou la violation du principe de la bonne foi pour s'opposer à la perception de droits de douanes (ATF 2A.612/2003 consid. 2.3; cf. <ref-ruling>).
2.2 La Cour d'appel a jugé que la recourante s'était trompée de personne en dirigeant la procédure à l'encontre de X._. Elle a constaté que celui-ci n'était pas le propriétaire du chien, de sorte qu'on ne pouvait lui faire le grief de ne pas avoir accompli toutes les formalités en vue de l'importation de l'animal. Elle a relevé que Y._, fille du prénommé, était majeure au moment des faits, que c'était elle qui était assujettie au contrôle douanier puisqu'elle voyageait avec son chien et que l'argument pris de son très jeune âge pour abandonner la poursuite pénale administrative introduite à son encontre ne pouvait être opposé à son père.
Ce raisonnement ne saurait être suivi. En effet, lors de son entrée en Suisse, X._ était au volant de son véhicule dans lequel il savait qu'il transportait le chien de sa fille. Or, en sa qualité de conducteur de la marchandise, il était assujetti au contrôle douanier, conformément à la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 2.1.2), étant rappelé que cette obligation d'annonce n'incombe pas exclusivement au propriétaire de l'objet importé même si celui-ci est présent, mais également au conducteur de la marchandise, la propriété n'étant pas pertinente à ce sujet et les responsabilités étant cumulables. Il lui appartenait par conséquent de prendre toutes les mesures pour assurer le contrôle douanier, soit se demander s'il remplissait les conditions d'assujettissement et, en cas de doute, se renseigner auprès des autorités, ce qu'il n'a toutefois pas fait. Ainsi, en pénétrant sur le territoire suisse sans prendre les mesures requises pour assurer le contrôle douanier du chien qu'il savait importé par sa passagère, X._ a manifestement commis une infraction aux dispositions douanières.
3. Invoquant une violation du droit fédéral et l'arbitraire dans les constatations cantonales, la recourante estime que X._ s'est rendu coupable d'infractions à la LTVA et à la LPA.
3. Invoquant une violation du droit fédéral et l'arbitraire dans les constatations cantonales, la recourante estime que X._ s'est rendu coupable d'infractions à la LTVA et à la LPA.
3.1 3.1.1 Aux termes de l'art. 85 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20), quiconque, intentionnellement, s'est procuré ou a procuré à un tiers un avantage fiscal illicite, notamment s'est soustrait à l'impôt ou a obtenu une exonération, une bonification, une restitution ou un remboursement injustifié d'impôts est puni d'une amende pouvant atteindre le quintuple de l'impôt soustrait ou de la valeur de l'avantage illicite (al. 1). La tentative et la complicité sont punissables (al. 2). Quiconque, par négligence, a obtenu, pour lui ou pour un tiers, un avantage fiscal illicite est puni d'une amende pouvant atteindre la valeur de l'avantage illicite (al. 3).
3.1.2 Le 1er septembre 2008 est entrée en vigueur la loi sur la protection des animaux du 16 décembre 2005 (LPA; RS 455). Les faits litigieux se sont déroulés en 2004, soit sous l'empire de l'ancienne LPA du 9 mars 1978. En l'occurrence, cette dernière reste applicable, le nouvel art. 28 al. 3 LPA n'étant pas plus favorable à X._ que l'art. 28 al. 2 aLPA, que ce soit sous l'angle des conditions de l'infraction ou des sanctions infligées, seule une amende entrant en ligne de compte dans le cas particulier.
Selon l'art. 28 al. 2 aLPA, celui qui, intentionnellement, aura contrevenu aux dispositions prises en vertu de l'art. 9 al. 1 de la présente loi concernant le commerce international d'animaux, sera puni des arrêts ou d'une amende de 20'000 fr. au plus. La tentative et la complicité sont punissables. Si l'auteur a agi par négligence, il sera puni d'une amende. L'art. 9 al. 1 aLPA prévoit notamment que pour des raisons relevant de la protection des animaux, le Conseil fédéral peut subordonner à certaines conditions l'importation, l'exportation et le transit d'animaux ainsi que de produits d'origine animale, les limiter ou les interdire. Dans son ordonnance concernant l'importation, le transit et l'exportation d'animaux et de produits d'animaux (aOITE; RO ), le Conseil fédéral a précisément interdit l'importation de chiens aux oreilles ou à la queue coupées, interdiction qui a été reprise, sans modification, à l'art. 22 al. 1 let. d de l'ordonnance sur la protection des animaux du 23 avril 2008 (OPAn; RS 455.1). Les art. 78 al. 3 aOITE et 22 al. 2 OPAn autorisent uniquement l'importation temporaire de chiens aux oreilles ou à la queue coupées appartenant à des détenteurs résidant à l'étranger qui viennent en Suisse pour des vacances ou des séjours de courte durée, et l'importation de ces chiens à titre de biens de déménagement.
3.1.3 Agit sous l'emprise d'une erreur sur les faits, celui qui n'a pas connaissance ou qui se base sur une appréciation erronée d'un élément constitutif d'une infraction pénale. L'intention de réaliser la disposition pénale en question fait défaut dans ce cas. Dans une telle configuration, l'auteur doit être jugé selon son appréciation erronée, si celle-ci lui est favorable (art. 19 al. 1 aCP et 13 al. 1 CP). La punissabilité de la négligence entre éventuellement en ligne de compte lorsque l'erreur aurait pu être évitée en usant des précautions voulues et lorsque la commission par négligence de cet acte est réprimée par la loi (art. 19 al. 2 aCP et 13 al. 2 CP). En principe, ces règles ne font que mettre en évidence ce qui peut être déduit du concept de l'intention (art. 18 al. 2 aCP et 12 al. 2 CP) et du régime général de la négligence (art. 18 al. 3 aCP et 12 al. 3 CP; cf. <ref-ruling> consid. 3.1).
Agit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, commet un crime ou un délit sans se rendre compte des conséquences de son acte ou sans en tenir compte. L'imprévoyance est coupable quant l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (art. 18 al. 3 aCP et 12 al. 3 CP). Pour qu'il y ait négligence, il faut d'une part, d'un point de vue objectif, que l'auteur ait violé les règles de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et, d'autre part, d'un point de vue subjectif, qu'il n'ait pas déployé l'attention et les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à son devoir (<ref-ruling> consid. 3b/aa p. 147).
3.2 Dans une première argumentation, la Cour d'appel a estimé qu'on ne pouvait rendre X._ responsable du comportement de sa fille majeure et le considérer comme coauteur, puisque seule Y._ , en qualité de propriétaire du chien, était assujettie au contrôle douanier et que celle-ci ne connaissait ni l'obligation d'annoncer spontanément toutes les marchandises qu'elle importait en Suisse, ni la réglementation en matière de protection des animaux.
Dans une seconde argumentation, les juges cantonaux ont retenu que X._ n'était pas punissable, l'élément subjectif des infractions qui lui étaient reprochées faisant défaut.
3.3 La première argumentation de la Cour d'appel est erronée pour les motifs exposés au consid. 2; il n'y a donc pas lieu d'y revenir. Quant à la seconde motivation, elle ne saurait davantage être suivie, ce pour les motifs suivants.
3.3.1 S'agissant de l'infraction à la LTVA, la Cour d'appel a retenu que X._ ne savait pas que l'importation du chien devait être déclarée, ni qu'un impôt devait être payé, celui-ci ayant au demeurant été réglé sans contestation par Y._ qui en était la débitrice.
La constatation de fait selon laquelle l'intimé ne savait pas que l'animal devait être déclaré est arbitraire. En effet, elle ne repose sur aucun élément précis du dossier et vient au contraire être infirmée par les propres déclarations de X._, qui, lors de son audition du 1er novembre 2006, a confirmé savoir qu'il devait, lors de son entrée en Suisse, annoncer toutes les marchandises y compris les animaux importés.
Ainsi, l'intimé savait que l'animal acquis à l'étranger devait être déclaré, ce qu'il n'a toutefois pas fait. En contrevenant à son obligation d'annoncer le chien à la douane, obligation qui lui incombait en tant que conducteur de la marchandise, il a manifestement accepté le risque de soustraire les redevances dues sur l'importation de la bête. A ce sujet, il ne saurait d'ailleurs invoquer ses connaissances lacunaires compte tenu du principe de l'auto-déclaration. Partant, X._ a à tout le moins agi par négligence, laquelle est également punissable en application de l'<ref-law>.
3.3.2 S'agissant de l'infraction à la LPA, la Cour d'appel a considéré que X._ ne connaissait pas l'interdiction d'importer un chien caudectomisé au moment des faits.
Cette constatation de fait n'est pas manifestement insoutenable, l'intimé ayant effectivement déclaré, lors de son audition, qu'il ne connaissait pas l'interdiction de caudectomiser et/ou d'essoriller des chiens en Suisse, ni celle d'importer de tels animaux en Suisse. Reste que cette constatation ne permet d'exclure que la négligence consciente. Or, les art. 18 al. 3 aCP et 12 al. 3 CP traitent la négligence inconsciente de la même façon que la négligence consciente. Ainsi, le fait que l'intimé n'ait pas connu l'interdiction en cause ne l'exculpe pas s'il pouvait la percevoir et si on doit lui reprocher de ne pas l'avoir perçu. A ce sujet, la Cour d'appel a constaté qu'on ne pouvait reprocher à X._ de ne pas s'être renseigné sur les conditions de l'importation d'un chien, puisque celle-ci n'avait pas été prévue avant leur départ en vacances. Un tel raisonnement est incompatible avec le principe de l'auto-déclaration prévalant en matière douanière et selon lequel il appartient à celui qui transporte une mar-chandise à travers la frontière d'annoncer spontanément celle-ci et de collaborer à la procédure de dédouanement. Or, pour pouvoir ce faire, il lui incombe de se renseigner auprès de l'autorité compétente sur ses obligations d'assujetti au contrôle douanier.
Dans le cas particulier, X._, en qualité de conducteur, devait, de son propre chef, s'arrêter au poste de garde-frontière pour annoncer l'animal. Les douaniers l'auraient alors nécessairement informé de l'interdiction d'importer des chiens caudectomisés. Dans ces conditions, on doit lui reprocher de ne pas avoir déployé l'attention et les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à ses obligations. Il a ainsi agi à tout le moins par négligence inconsciente, laquelle est également réprimée par l'art. 28 al. 2 aLPA.
4. En conclusion, le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Vu l'issue de la procédure, il est statué sans frais. L'Administration fédérale des douanes n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 18 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani