Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft wirft Y._ vor, im Jahr 1999 anlässlich einer Übernachtung im Elternhaus seines Freundes A._ die damals 14-jährige X._ in ihrem Zimmer sexuell missbraucht bzw. vergewaltigt zu haben. Er habe ihre Brüste berührt, sich neben sie gelegt und sei mit seinen Fingern in ihre Scheide eingedrungen. Sie habe sein Glied reiben und in den Mund nehmen müssen. Daraufhin habe er ihr die Pyjamahosen heruntergezogen und sich auf sie gelegt. Er habe versucht mit seinem Glied vaginal in sie einzudringen. X._ habe Y._ gebeten, ein Kondom zu verwenden. Nachdem er sich eines übergezogen habe, habe er den Geschlechtsverkehr bis zum Samenerguss vollzogen. Ein Jahr später habe er mehrmals ihre Trainerjacke geöffnet, worunter sie nackt gewesen sei.
B.
Das Kreisgericht Wil SG verurteilte Y._ am 29. Februar 2012 wegen sexueller Handlung mit einem Kind und Vergewaltigung zu einer bedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 24 Monaten, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit einem Kind im Jahr 2000 sprach es ihn frei. Es verpflichtete ihn zur Leistung einer Genugtuung von Fr. 15'000.-- an X._.
Das Kantonsgericht St. Gallen sprach Y._ am 24. April 2013 von den Vorwürfen der Vergewaltigung, der sexuellen Handlungen mit einem Kind und der sexuellen Nötigung zum Nachteil von X._ frei. Es wies ihre Zivilklage ab und verpflichtete den Staat, Y._ eine Genugtuung von Fr. 5'000.-- zu bezahlen.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen sei aufzuheben, und das Urteil des Kreisgerichts Wil SG zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführerin ist durch die angezeigten Straftaten in ihren Rechten unmittelbar verletzt. Sie hat sich als Privatklägerin konstituiert. Der angefochtene Entscheid wirkt sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche aus. Sie ist gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG zur Beschwerde berechtigt.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo". Obwohl die Vorinstanz ihre Aussagen in Bezug auf das Rahmengeschehen für glaubhaft, konstant und in sich stimmig halte, versuche sie mit Nebensächlichkeiten Zweifel zu begründen. Es sei willkürlich, wenn sie den angeklagten Sachverhalt insgesamt für nicht bewiesen halte, nur weil angeblich ihre Äusserungen in Details voneinander abweichen würden. Die Vorinstanz schliesse eine gezielte Falschbezichtigung mit hoher Wahrscheinlichkeit aus. Die anhand eines teilweise unrichtigen Sachverhalts bzw. einer unhaltbaren Beweiswürdigung willkürlich herausgesuchten Ungereimtheiten würden keine unüberwindlichen Zweifel begründen (Beschwerde S. 6-22).
2.2. Die Vorinstanz würdigt die Aussagen und das Aussageverhalten der Beschwerdeführerin sowie die Äusserungen des Beschwerdegegners und von weiteren Personen aus dem Umfeld der beiden. Die Aussagen der Beschwerdeführerin wiesen einen beträchtlichen Detailreichtum sowohl äusserer Geschehensabläufe als auch innerer Gefühlsregungen auf. Sie seien, was das Rahmengeschehen und den zeitlichen Ablauf des Vorfalls betreffe, konstant und in sich stimmig. Die eingeräumten Erinnerungslücken störten das Gesamtbild nicht wesentlich. Sie sei aus dem Tiefschlaf geweckt worden. Für ihre Glaubwürdigkeit spreche auch, dass die Strafanzeige nicht von ihr ausgegangen sei. Die Erklärung ihres Bruders, wonach sie sich jeweils gegen Besuche des Beschwerdegegners gewehrt habe, füge sich stimmig in ihre Schilderung ein. In Bezug auf einzelne sexuelle Handlungen würden die Aussagen der sprachlich gewandten Beschwerdeführerin aber Fragen aufwerfen. Deren Äusserungen wiesen zwar zahlreiche Realkennzeichen auf. Suggestive Einflüsse seien jedoch nicht auszuschliessen. Ferner vermöge die Qualität einzelner Realkennzeichen nicht vollends zu überzeugen, weshalb die Aussagequalität nicht als hoch eingestuft werden könne. Für einen Schuldspruch fehle die nötige Überzeugungskraft. Letztlich ergäben sich zu viele Zweifel, inwieweit die Erinnerung der Beschwerdeführerin mit tatsächlich Erlebtem übereinstimme. Anhaltspunkte für eine bewusste Falschaussage seien nicht ohne weiteres erkennbar. Trotzdem könne der Auffassung der ersten Instanz, wonach ein nachvollziehbares Motiv für eine falsche Anschuldigung nicht ersichtlich sei, nicht uneingeschränkt gefolgt werden. Selbst wenn eine gezielte Falschbezichtigung mit hoher Wahrscheinlichkeit auszuschliessen sei, lasse dies noch nicht den Schluss zu, dass es sich um die Schilderung eines realen Erlebnisses handle. Die Aussagen des Beschwerdegegners seien nicht unglaubhaft. Es bestünden keine Anzeichen für ein taktisches oder berechnendes Aussageverhalten. Getrübt werde dieses Bild einzig durch die widersprüchlichen Aussagen in Bezug auf die Alarmanlage. Dies alleine sei aber nicht geeignet, seine Glaubwürdigkeit in Frage zu stellen. In einer Gesamtwürdigung könne nicht mit der erforderlichen Gewissheit festgestellt werden, dass der Beschwerdegegner das ihm vorgeworfene Fehlverhalten begangen habe. Letztlich gäbe es zu viele Umstände, die ernsthafte Zweifel daran nährten, dass sich der Sachverhalt dergestalt abgespielt habe, wie er in der Anklageschrift bzw. durch die Beschwerdeführerin geschildert werde. Der Beschwerdegegner sei nach dem Grundsatz "in dubio pro reo" freizusprechen (Urteil S. 6-15).
2.3. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Willkür liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2.4; je mit Hinweisen). Eine entsprechende Rüge muss klar und substanziiert begründet werden (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.3.1; je mit Hinweisen). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen). Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
2.4.
2.4.1. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin hält die Vorinstanz weder ihre Aussagen für sehr glaubhaft noch den angeklagten Sachverhalt als grundsätzlich in sich stimmig (Beschwerde S. 7 und S. 22). Ausserdem erachtet sie nicht die Verwendung eines Präservativs für ungewohnt (Beschwerde S. 11), sondern, dass der Beschwerdegegner mit mehreren Kondomen zur Beschwerdeführerin geschlichen sei, dort zuerst versucht habe, ungeschützt in sie einzudringen, ehe er sich - auf ihre Aufforderung hin - ein Kondom überzog (Urteil S. 8).
2.4.2. Soweit die Beschwerdeführerin einzig ihre Sicht der Dinge vorträgt, ohne zu erörtern, inwiefern der angefochtene Entscheid schlechterdings unhaltbar sein soll, erschöpfen sich ihre Ausführungen in appellatorischer Kritik. Darauf ist nicht einzutreten. Das ist beispielsweise der Fall, wenn sie vorbringt, es hätten keine knappen Platzverhältnisse vorgelegen (Urteil S. 7 unten; fotografische Dokumentation, kantonale Akten act. A11 S. 3), weshalb nicht unklar sei, wie sich der Oralverkehr hätte abspielen sollen (Beschwerde S. 8 und S. 10 f.), oder wenn sie darlegt, wie die Aussagen der Zeugin B._ oder ihre eigenen richtigerweise zu würdigen wären, z.B. dass ihre Präzisierung "zugeknöpftes Kondom" keine inhaltliche Besonderheit darstelle (Beschwerde S. 12 und S. 17). Mit ihr ist festzuhalten, dass diese Angabe weder ein zentrales Detail noch das Kerngeschehen betrifft (vgl. Urteil S. 8 f. und Beschwerde S. 12 f.). Es ist aber nicht ersichtlich, inwiefern diese Klarstellung der vorinstanzlichen Erwägung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnte.
2.4.3. Die Beschwerdeführerin wendet ein, die vorinstanzliche Feststellung, in ihren Aussagen zum Oralverkehr fänden sich gewichtige Divergenzen, sei willkürlich und beruhe teilweise auf einer aktenwidrigen Beweiswürdigung (Beschwerde S. 8-10).
Der Beschwerdeführerin ist zuzustimmen, dass sie den Oralverkehr an der zweiten Einvernahme nicht erst auf Nachfrage hin erwähnte (kantonale Akten act. E2 Fragen 50 ff. S. 9 ff.), wovon die Vorinstanz auszugehen scheint (Urteil S. 7 Mitte), sondern bereits auf eine offene Frage hin andeutete (kantonale Akten act. E2 Frage 26 S. 5). Ihr ist weiter beizupflichten, dass die Vorinstanz ihre Aussagen unrichtig zitiert, wenn sie festhält, an der polizeilichen Befragung habe sie angegeben, der Beschwerdegegner sei hinaufgerutscht und habe seinen Penis zu ihrem Kopf gedrückt (Urteil S. 7 Mitte und am Ende). Ihre diesbezügliche Äusserung lautete, "Er rutschte zu mir hinauf und drückte meinen Kopf zu seinem Penis" (kantonale Akten act. A4 Frage 30 S. 10 bzw. Antwort zur Frage 51 S. 13, "Er drückte meinen Kopf hinunter zu seinem Penis."). Ob die Vorinstanz bereits damit einen Widerspruch zu den Aussagen der Beschwerdeführerin in den weiteren Einvernahmen belegen will, ist unklar. Dies kann offen bleiben, da sie diese Ausführung der Beschwerdeführerin zusammen mit den nachfolgenden wiedergibt, wonach er es geschafft habe, seinen Penis für einen kurzen Moment in ihren Mund einzuführen (Urteil S. 7 Mitte; kantonale Akten act. A4 Frage 30 S. 10). Die Vorinstanz weist zutreffend darauf hin, dass dies im Widerspruch zu den Äusserungen der Beschwerdeführerin an der zweiten Einvernahme steht, wonach sie sein Glied nicht im Mund, aber einen kurzen Moment an den Lippen gehabt habe (Urteil S. 7 Mitte; kantonale Akten act. E2 Fragen 56 ff. S. 11). Eine weitere Unstimmigkeit besteht zwischen der Aussage der Beschwerdeführerin an der ersten Einvernahme, der Beschwerdegegner habe keine Auf- und Abbewegungen gemacht, ihren Kopf aber so gehalten, dass sie nicht habe "retour können" (Urteil S. 7 Mitte; kantonale Akten act. A4 Frage 53 S. 14), und derjenigen an der untersuchungsrichterlichen Befragung, wonach er sein Glied nicht in ihren Mund habe einführen können, weil sie sich abgewendet, das nicht gewollt und die Bewegungen nicht mitgemacht habe (kantonale Akten act. E2 Frage 58 S. 11). Im Ergebnis ist die Feststellung der Vorinstanz, in den Aussagen der Beschwerdeführerin zum Oralverkehr seien gewichtige Divergenzen, nicht zu beanstanden.
2.4.4. Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die vorinstanzlichen Ausführungen zu ihren Aussagen zum Verhalten des Beschwerdegegners am Ende der Tat seien willkürlich (Beschwerde S. 13 f.), reisst sie diese Erwägung aus dem Kontext. Die Vorinstanz hält fest, Zweifel würden sich auch hinsichtlich weiterer Gesichtspunkte ergeben. Einerseits habe die Beschwerdeführerin an der ersten Befragung ausgesagt, der Beschwerdegegner habe ihr nach der Vergewaltigung nochmals unter das T-Shirt gegriffen und ihr über die Brust gestrichen, während sie sich in den übrigen Einvernahmen auf die Äusserung beschränkt habe, der Beschwerdegegner habe einen Moment lang seinen Kopf bei ihr hingelegt, als er fertig gewesen sei. Andererseits sei zu bedenken, dass sich dieser einer grossen Gefahr entdeckt zu werden hätte aussetzen müssen. Im Gang hätten sich Bewegungsmelder befunden, die gegebenenfalls hätten umgangen werden müssen. Zwar sei davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner die Alarmanlage und deren Funktionsweise gekannt habe, doch habe damit per se eine erhöhte Entdeckungsgefahr bestanden. Die Beschwerdeführerin habe sodann angegeben, der Beschwerdegegner habe während der inkriminierten Handlungen Geräusche von sich gegeben, etwa gestöhnt und laut geatmet. Auch dies hätte - angesichts der räumlichen Verhältnisse - das Risiko einer Entdeckung markant erhöht (Urteil S. 9 Mitte).
2.4.5. Die Vorinstanz hält willkürfrei fest, weitere Zweifel ergäben sich auch bei den Aussagen der Beschwerdeführerin, sie habe ihrer Freundin B._ erstmals im Jahr 2004 [im zweiten oder dritten Jahr an der Kantonsschule] von den Vorfällen berichtet. Jene habe glaubhaft dargelegt, dass ihr die Beschwerdeführerin etwa ein halbes Jahr nach dem Vorfall davon erzählt habe. Dies müsse vor dem Sekundarschulabschluss, wohl im 2001, gewesen sein (Urteil S. 9). Die Beschwerdeführerin wendet zu Unrecht ein, sie habe diese vermeintliche Diskrepanz an ihrer Befragung im erstinstanzlichen Verfahren auflösen können, was die Vorinstanz in willkürlicher Weise ignoriere. Sie habe erklärt, das Gespräch mit B._ habe sie damit begonnen, dass sich der Vorfall an Weihnachten ereignet habe, worauf diese wohl geschlossen habe, sie habe ihr vor dem Abschluss der Sekundarschule das erste Mal davon (im Jahr 2001) berichtet, weil sie fälschlicherweise gemeint habe, mit Weihnachten seien die der Aussage vorangehenden gemeint gewesen (Beschwerde S. 14; kantonale Akten ge. act. 14 S. 10 f.). Da der Vorfall indes im Jahr 1999 und nicht im Jahr 2003 stattfand, lassen sich mit dieser Erklärung die Unterschiede zwischen der von der Zeugin genannten Jahreszahl und der von der Beschwerdeführerin angegebenen bzw. die ungleiche Einbettung im schulischen Werdegang nicht auflösen.
2.4.6. Die Rüge der Beschwerdeführerin, die vorinstanzliche Erwägung, suggestive Einflüsse könnten nicht ausgeschlossen werden, sei willkürlich (Beschwerde S. 15 f.), ist unbegründet. Die Vorinstanz hält zur Entstehungsgeschichte der Aussage fest, es sei auffallend, dass es erst im Laufe der Zeit zu gewissen Erinnerungen gekommen sei. So wolle die Beschwerdeführerin das Bild des Oralverkehrs lange verdrängt haben. Diese Erinnerung sei erst vor einem Jahr zum Vorschein gekommen, als sie mit ihrem damaligen Freund zusammen gewesen sei. Diese Situation sei dann auch in der Nacht in Träumen wieder vorgekommen. Bei der ersten Instanz habe die Beschwerdeführerin angegeben, hinsichtlich der Erinnerungen habe es Bruchstücke gehabt, wo etwas gefehlt habe. Auch habe es einen Teil gegeben, der ihr im Traum in Erinnerung gekommen sei. Doch sie wisse und müsse davon ausgehen, dass es auch passiert sei (Urteil S. 10). Ferner würdigt die Vorinstanz die weiteren Begleitumstände. Gemäss Angaben der Beschwerdeführerin habe sie sich vor dem Vorfall in einer schwierigen persönlichen Lage befunden und psychologische Beratung in Anspruch genommen. Zu dieser Zeit sei sie auch für vier Wochen zu einer Pflegefamilie gekommen. Die damalige Therapeutin der Beschwerdeführerin spreche von einer "massiven Pubertätskrise", erwähne zwar eine Eskalation der Situation Ende August 1999, beschreibe für die Zeit bis zum Abbruch der Therapie im Sommer 2000 allerdings keine weiteren Veränderungen oder Auffälligkeiten, die auf ein traumatisches Erlebnis schliessen liessen. Auch wenn die Beschwerdeführerin diesbezüglich ausführe, sie habe nichts über den Vorfall erzählt, erscheine es doch ungewöhnlich, dass weder einer ausgebildeten Person noch ihrer Freundin B._ Veränderungen aufgefallen seien. Dies erstaune umso mehr, als die Beschwerdeführerin ausgesagt habe, sie sei in der Schule zwei bis drei Monate nach dem Vorfall aufgeklärt worden, was für sie schwierig gewesen sei (Urteil S. 11).
2.5. Insgesamt ergibt sich aus der Beschwerde nicht, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich oder der Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt sein soll.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. November 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini