Fatti:
A. Il 15 maggio 1997 l'Autorità di I.a Istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE) ha autorizzato la B._SA, con sede a Lugano, ad acquistare per scopi commerciali - cioè la produzione e la vendita di gioielli - il mappale xxx di Lugano, sul quale sorge uno stabile di sei piani. Il trapasso di proprietà è stato iscritto a registro fondiario il 28 luglio 1997. Alla proprietaria sono stati imposti diversi oneri: destinare il fondo allo svolgimento della sua attività commerciale; non venderlo per la durata di dieci anni; notificare la disdetta per la prima scadenza possibile dei contratti di locazione per i primi tre piani entro dieci giorni dall'iscrizione del trapasso; iniziare l'attività commerciale entro sei mesi dall'uscita degli inquilini.
Il 3 dicembre 2001 la B._SA ha chiesto la revoca di questi oneri, assicurando la continuazione dell'utilizzazione per scopi economico-commerciali e impegnandosi a comunicare preventivamente eventuali cambiamenti di destinazione. Il 17 dicembre 2001 l'Autorità di I.a istanza ha accertato che la proprietaria non era assoggettata ad autorizzazione e ha ordinato la cancellazione degli oneri posti al momento dell'acquisto, imponendo però nel contempo il nuovo onere di usare o fare usare ogni parte del fondo xxx per scopi commerciali-amministrativi, con esclusione di qualsiasi destinazione abitativa diretta o indiretta. La decisione poggiava sulla revisione della LAFE entrata in vigore il 1° ottobre 1997, segnatamente sul nuovo art. 2 cpv. 2 lett. a, il quale esclude dall'obbligo autorizzativo l'acquisto di un fondo destinato a uso commerciale.
B. Il 7 marzo 2006 l'Autorità di I.a istanza ha accertato che parte dell'immobile era vuota e ha ordinato alla proprietaria di rimetterla "in uso" entro sei mesi. Con scritto del 30 marzo successivo, la B._SA ha ammesso che i piani alti erano vuoti, perché la vetustà dello stabile rendeva difficile trovare inquilini, e ha spiegato di avere l'intenzione di effettuare una ristrutturazione. A seguito di tali osservazioni l'Autorità di I.a istanza ha confermato il 28 aprile 2006 la diffida e ha impartito alla proprietaria le seguenti scadenze: il 31 luglio 2006 per presentare la domanda di costruzione, due mesi dal rilascio della licenza per avviare il cantiere e otto mesi dall'inizio per ultimare i lavori. Questa decisione non è stata impugnata.
C. Il 19 dicembre 2006 l'Autorità di I.a istanza ha constatato che la B._SA non aveva rispettato le scadenze impartitele e le ha notificato una decisione il cui dispositivo aveva il seguente tenore:
"1. È accertato l'obbligo dell'autorizzazione all'acquisto della parte dal secondo piano al tetto della part. xxx di Lugano, sezione di Lugano.
2. L'autorizzazione è negata, non essendovi motivo di autorizzazione e pertanto
2.1 La decisione 14102 del 17 dicembre 2001 di non-assoggettamento è revocata relativamente ai piani dal secondo al tetto.
3. Tosto cresciuta in giudicata la presente decisione, l'incarto completo sarà trasmesso all'Autorità cantonale di sorveglianza per l'avvio dell'azione di rimozione dello stato illecito ai sensi dell'<ref-law>.
4. È ordinato il blocco della part. xxx di Lugano, sezione Lugano.
4.1 Il blocco è immediatamente esecutivo."
Il 13 giugno 2007 la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE del Cantone Ticino ha respinto il gravame esperito dalla B._SA, la quale nel frattempo ha mutato la ragione sociale in A._SA.
D. Il 10 agosto 2007 la A._SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che le decisioni delle due istanze cantonali siano annullate. Adduce, in sostanza, la violazione degli art. 5 cpv. 2, 26 cpv. 1 e 36 cpv. 3 Cost. nonché dell'<ref-law>.
Chiamate ad esprimersi l'Autorità di I.a istanza, senza formulare osservazioni, e la Commissione cantonale di ricorso propongono la reiezione del gravame. L'Ufficio federale di giustizia si è limitato a condividere sia la decisione contestata sia la risposta dell'autorità cantonale di ricorso.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2).
2. 2.1 La decisione impugnata è stata pronunciata in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) e emana dall'ultima istanza cantonale (art. 15 cpv. 1 lett. c LAFE combinato con gli art. 18 e 19 della legge cantonale di applicazione alla legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero, del 21 marzo 1988; art. 86 cpv. 1 lett. d LTF). Non essendovi motivi di esclusione (<ref-law>), il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>), tempestivo (<ref-law>) e presentato da una persona giuridica indubbiamente legittimata ad agire (<ref-law>), è quindi di massima ammissibile.
2.2 La ricorrente si prevale della violazione del diritto federale (<ref-law>). Anche se applica il diritto d'ufficio (<ref-law>) il Tribunale federale, tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, esamina in linea di principio solo le censure adeguatamente sollevate. Esso fonda invece il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti eseguito dall'autorità inferiore (<ref-law>), riservati i casi previsti dall'<ref-law>. Questa disposizione gli conferisce la possibilità di rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti della decisione impugnata nella misura in cui lacune o errori dovessero apparire d'acchito come manifesti. La ricorrente può quindi contestare l'accertamento dei fatti determinanti per il giudizio solo se siano stati stabiliti in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in maniera manifestamente inesatta, vale a dire arbitraria, ciò che deve dimostrare con una motivazione conforme alle esigenze poste dall'<ref-law>, analogamente alla prassi in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (DTF <ref-ruling> consid. 1.4.2 e 1.4.3). Inoltre, l'esistenza di fatti accertati in modo inesatto o lesivo del diritto non è di per sé una condizione sufficiente per condurre all'annullamento o alla modifica della decisione contestata, occorrendo pure che sia suscettibile di avere un'influenza determinante sull'esito del procedimento (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.4).
3. La ricorrente osserva che il giudizio querelato non indica in modo corretto le vie di ricorso. Effettivamente la cifra 3 del dispositivo disattende l'art. 112 cpv. 1 lett. d LTF, poiché menziona il ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale. L'informazione errata non ha tuttavia causato nessun pregiudizio alla ricorrente la quale, come detto, è insorta tempestivamente con il rimedio appropriato.
4. 4.1 La Commissione cantonale di ricorso ha rimproverato alla ricorrente di avere fornito informazioni inesatte o incomplete su fatti rilevanti in occasione della domanda di revoca degli oneri originari presentata il 3 dicembre 2001. All'epoca l'istante aveva dichiarato d'impegnarsi "a continuare l'utilizzazione diretta e indiretta per scopi economico-commerciali, ad esclusione di scopi abitativi". In realtà, secondo l'autorità, non ne aveva la volontà sin dall'inizio o perlomeno non a corto e medio termine poiché l'immobile, sfitto nei piani alti, non era già più utilizzato interamente per fini commerciali. Le intenzioni dichiarate non si erano concretizzate neppure in seguito, dato che la domanda di costruzione non era stata presentata e che, di conseguenza, la proprietaria non aveva rispettato le scadenze fissate nelle due diffide del 7 marzo e del 28 aprile 2006. A parere dell'autorità le condizioni per l'esenzione dall'obbligo autorizzativo non erano quindi state mantenute, per cui il giudizio di prima istanza risultava conforme agli art. 25 cpv. 1 e cpv. 1bis nonché 23 LAFE, oltre che rispettoso del principio della proporzionalità.
4.2 Da parte sua la ricorrente nega che le sue informazioni fossero inesatte o incomplete. Afferma, d'un canto, che l'immobile non è mai stato utilizzato per l'abitazione, dall'altro che la ricerca d'inquilini per gli spazi rimasti liberi, attuata dalla fine del 2001 in poi, è rimasta infruttuosa a causa delle difficoltà congiunturali del mercato. Solo nel 2003, vista l'impossibilità di locare, avrebbe deciso di ristrutturare i locali per migliorare l'offerta. L'insorgente precisa di essersi attivata in questa direzione dopo la diffida del 7 marzo 2006, facendo intervenire il proprio architetto. Sottolinea di avergli affidato formalmente il mandato per la ristrutturazione il 4 ottobre 2006 e di aver presentato la domanda di costruzione, che allega al gravame, il 7 agosto 2007. Aggiunge che i lavori non sono potuti iniziare perché l'area pubblica che occorre utilizzare è occupata da un altro cantiere, per cui l'Autorità di I.a istanza esige una "prestazione impossibile". A mente della ricorrente ciò significa che le condizioni poste dall'<ref-law> per l'accertamento successivo dell'obbligo dell'autorizzazione non sono adempiute e che l'<ref-law> non è applicabile, perché si riferisce al caso in cui l'autorizzazione di acquisto è stata rilasciata, non invece a quello di un acquirente che ha beneficiato di un non-assoggettamento. Essa contesta poi la proporzionalità della decisione impugnata, rispettivamente delle misure adottate nei suoi confronti dall'Autorità di I.a istanza. Infine, con scritto del 18 ottobre 2007 in cui si riallaccia alla domanda di costruzione, produce la licenza edilizia rilasciata dal Municipio di Lugano il 17 settembre 2007.
5. 5.1 Innanzitutto occorre soffermarsi sulle allegazioni e sulle nuove prove proposte dalla ricorrente la quale, nell'impugnativa e nella successiva lettera, spiega che si tratta di fatti intervenuti dopo l'emanazione del giudizio impugnato, addotti per contestarne le motivazioni.
5.2 Nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale non possono di principio essere presentati fatti e mezzi di prova nuovi. Giusta l'<ref-law>, un'eccezione a questa regola è possibile soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Al riguardo spetta al ricorrente spiegare i motivi per cui si giustificherebbe l'inoltro di nuove prove (<ref-ruling> consid. 3). Questa limitazione è il corollario della regola secondo la quale il Tribunale federale, fatte salve le riserve di cui si è detto (cfr. consid. 2.2), si attiene ai fatti accertati dall'autorità inferiore. Tra i fatti nuovi possono tuttavia essere considerati, entro i limiti dell'<ref-law>, solo quelli verificatisi prima del giudizio impugnato: i fatti posteriori - che la ricorrente stessa definisce come "echte Noven" - non possono per loro natura avere relazione con quest'ultimo (<ref-ruling> consid. 2.1 con rinvii). Discende da quanto precede che le allegazioni e le prove relative alla procedura di licenza edilizia sono inammissibili, come eccepito a ragione dalle autorità ticinesi.
6. Gli accertamenti della Commissione cantonale di ricorso riguardanti l'uso dell'immobile e il comportamento della ricorrente dal 2001 in poi (cfr. consid. 4.1) attengono ai fatti. L'interessata vi contrappone la propria versione, come se agisse dinanzi a un'istanza d'appello, senza motivare l'arbitrio come esige l'<ref-law> (cfr. consid. 2.2) proponendo prove inequivocabili e confrontandosi puntualmente con le argomentazioni dell'istanza inferiore. La motivazione è un poco più circostanziata a proposito dei contatti avuti con l'architetto in vista della ristrutturazione dello stabile. Sennonché la ricorrente medesima afferma di averlo "sollecitato" solo dopo la diffida del 7 marzo 2006, per cui i fatti addotti non sono comunque suscettibili d'influire sugli accertamenti concernenti le intenzioni che essa aveva al momento della decisione di non-assoggettamento (dicembre 2001) e l'inattività manifestata nei quattro anni successivi.
Se è appurato in fatto che i piani alti dello stabile non erano già più utilizzati commercialmente nel 2001 e che la ricorrente non aveva neppure l'intenzione di rimediarvi a breve o medio termine, non può essere messo in dubbio che la dichiarazione d'impegnarsi a "continuare l'utilizzazione" del fondo per scopi commerciali, rilasciata in occasione del non-assoggettamento, contenesse informazioni inesatte e incomplete. I presupposti per l'accertamento successivo dell'obbligo dell'autorizzazione secondo l'<ref-law> sono pertanto adempiuti. Questa norma permette di porre rimedio ai trapassi di proprietà iscritti nell'erronea convinzione che si trattasse di negozi non soggetti ad autorizzazione e mira, in particolare, al caso in cui sono fornite indicazioni inesatte o incomplete, intenzionalmente o per negligenza, circa la destinazione commerciale del fondo (cfr. Messaggio del 26 marzo 1997 concernente particolari misure di politica congiunturale volte a mantenere la qualità dell'infrastruttura pubblica, a promuovere gli investimenti privati in ambito energetico [programma d'investimento] e a facilitare gli investimenti esteri, in: FF 1997 II 1022 segg., segnatamente pag. 1069). Prima della revisione entrata in vigore il 1° ottobre 1997 tale possibilità era del resto dedotta per analogia dall'<ref-law> (sentenza 2A.27/2000 del 22 maggio 2000, parzialmente pubblicata in: ZBGR 83/2002 pag. 30 segg., consid. 4a e richiami).
Ne discende che la Commissione cantonale di ricorso, confermando l'accertamento dell'obbligo dell'autorizzazione per l'acquisto della part. xxx di Lugano e la conseguente revoca della decisione di non-assoggettamento del 17 dicembre 2001 pronunciati dall'Autorità di I.a istanza, ha applicato correttamente l'<ref-law>.
7. L'esame della vertenza alla luce dell'<ref-law> conduce alla medesima conclusione. È pacifico che la ricorrente non ha adempiuto l'onere, imposto con la decisione di non-assoggettamento del 17 dicembre 2001, di utilizzare interamente la part. xxx a scopo commerciale-amministrativo. Non ha nemmeno dato seguito alle due diffide impartite in tal senso dall'Autorità di I.a istanza il 7 marzo e il 28 aprile 2006: la ricorrente non ha ripristinato l'uso commerciale né ha presentato la licenza edilizia o aperto il cantiere entro i termini fissati e non si è peraltro premurata di chiedere una protrazione delle scadenze fissatele. Questa era la situazione di fatto determinante quando è stata emanata la decisione impugnata e la ricorrente non può ora rimetterla in discussione adducendo un'asserita impossibilità di rispettare le diffide fondata su fatti accaduti successivamente.
In simili circostanze la revoca della decisione di non-assoggettamento s'imponeva. Il mantenimento durevole della destinazione commerciale per la quale un immobile è stato acquistato è, infatti, essenziale e irrinunciabile anche nel regime del non-assoggettamento (<ref-ruling> consid. 5.2). La revoca della decisione di non-assoggettamento per il mancato rispetto di tale onere non è esplicitamente prevista nella legge. La sanzione amministrativa è però insita nell'irrinunciabilità del mantenimento durevole della destinazione dichiarata al momento dell'acquisto ed è deducibile dall'<ref-law>: sebbene la norma si riferisca espressamente solo alla non-osservanza di un onere nel regime autorizzativo, essa permette anche la revoca della decisione di non-assoggettamento, per analogia, laddove l'acquisto sia stato possibile senza autorizzazione (Urs Mühlebach/Hanspeter Geissmann, Lex F., Kommentar zum Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland, Brugg/Baden 1986, n. 3 ad art. 25). Contrariamente a quanto obietta la ricorrente, le autorità ticinesi hanno quindi fondato correttamente le loro decisioni anche sull'<ref-law>.
8. Infine risulta priva di pertinenza anche l'asserita violazione del principio della proporzionalità avanzata dalla ricorrente, la quale si richiama agli art. 5 cpv. 2, 26 cpv. 1 e 36 Cost. Non possono d'acchito apparire sproporzionate delle sanzioni amministrative volute dal legislatore, pronunciate dalle autorità cantonali per sussunzione corretta del diritto federale (l'art. 25 cpv. 1 e 1bis LAFE) e i cui effetti sono peraltro stati limitati alla parte non usata per fini commerciali dello stabile in questione (cioè dal secondo piano al tetto). La pretesa sproporzione delle conseguenze che avrà la decisione impugnata - la ricorrente allude alla nullità civile del negozio di compravendita (<ref-law>) e all'azione di rimozione dello stato illecito (<ref-law>) - è tema che esula dalla presente procedura, circoscritta alle sanzioni amministrative (<ref-law>).
9. La Commissione cantonale di ricorso ha altresì confermato la decisione dell'Autorità di I.a istanza in quanto negava l'autorizzazione (cifra 2 del dispositivo) così come il blocco della part. xxx di Lugano, ordinato in applicazione dell'<ref-law>. Questi punti non sono stati rimessi in discussione davanti al Tribunale federale (e non erano d'altronde stati contestati neanche in sede cantonale). Non occorre pertanto soffermarsi ora su questi aspetti.
9. La Commissione cantonale di ricorso ha altresì confermato la decisione dell'Autorità di I.a istanza in quanto negava l'autorizzazione (cifra 2 del dispositivo) così come il blocco della part. xxx di Lugano, ordinato in applicazione dell'<ref-law>. Questi punti non sono stati rimessi in discussione davanti al Tribunale federale (e non erano d'altronde stati contestati neanche in sede cantonale). Non occorre pertanto soffermarsi ora su questi aspetti.
10. Visto quanto precede il ricorso, in quanto ammissibile, si rivela infondato e deve quindi essere respinto.
10. Visto quanto precede il ricorso, in quanto ammissibile, si rivela infondato e deve quindi essere respinto.
11. Secondo soccombenza, le spese giudiziarie vanno poste a carico della ricorrente (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti intervenute in causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori della ricorrente, all'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE, alla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE del Cantone Ticino e al Dipartimento federale di giustizia e polizia.