Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ AG (Klägerin und Beschwerdeführerin) wurde im September 1997 durch das Ehepaar B._, das Ehepaar D._, F._ und G._ rückwirkend auf den 1. April 1997 gegründet. Am Aktienkapital beteiligten sich die Ehepaare D._ und B._ mit je 48 %. Je zwei Prozent des Aktienkapitals zeichneten G._ und F._. Als Verwaltungsrat bestellten die Gründeraktionäre G._ als Präsidenten, F._, D.D._ und B.B._ (Beklagter und Beschwerdegegner) als Mitglieder. B.B._ wurde zudem von der Gesellschaft als Geschäftsführer angestellt.
A.b. Bis zur Gründung der A._ AG betrieb B.B._ einen Landwirtschaftsbetrieb mit Milchwirtschaft und Ackerbau. Hierzu gehörte einerseits die Parzelle Nr. xxx (Grundbuch U._), die im Eigentum von B.B._ steht, sowie die Parzelle Nr. yyy (Grundbuch U._), welche 12,36 Hektaren Land umfasst. Diese Parzelle pachtete B.B._ von der Ortsgemeinde U._. Das Ehepaar D._ war seinerseits Pächter der Parzelle Nr. zzz (Grundbuch U._), welche 6,2 Hektaren umfasst und ebenfalls im Eigentum der Ortsgemeinde U._ steht. Auf dieser Parzelle betrieb das Ehepaar D._ bereits vor der Gründung der A._ AG intensiven Bio-Obstanbau.
Infolge der von den Ehepaaren B._ und D._ geplanten Zusammenarbeit gab B.B._ seinen Landwirtschaftsbetrieb auf und brachte die von ihm bewirtschafteten Grundstücke ein. Daraufhin betrieb die A._ AG insbesondere auf der Parzelle Nr. yyy Obstbau und übernahm die entsprechenden Investitionen. Parzelle Nr. xxx, auf der sich das Wohnhaus und die Ökonomiegebäude des Ehepaars B._ befinden, wurde als sogenannte Ausgleichsfläche ausgewiesen.
A.c. Im Verlauf der weiteren Zusammenarbeit ergaben sich bald Differenzen zwischen den Hauptaktionären der A._ AG u.a. im Zusammenhang mit der Entlöhnung von B.B._ als Geschäftsführer. Im Jahre 2004 zeichnete sich ein Ende der Zusammenarbeit ab, indem der gemeinsame Betrieb wieder aufgelöst werden sollte. Die Aktionäre beschlossen daraufhin, landwirtschaftliche Experten beizuziehen und es wurden Varianten und Möglichkeiten für eine Betriebsaufteilung vorgeschlagen und diskutiert. Diese Verhandlungen zogen sich in der Folge dahin.
Am 17. Dezember 2004 kündigte B.B._ zusammen mit seiner Ehefrau gegenüber der A._ AG die Pacht der Parzellen Nr. yyy und Nr. xxx per 1. April 2006. Die A._ AG widersetzte sich diesen Kündigungen. Mit Bezug auf die Parzelle Nr. yyy bestritt sie, dass B.B._ ihr gegenüber als Verpächter anzusehen sei. Mit Bezug auf die Parzelle Nr. xxx hielt sie eine Kündigung frühestens auf den 11. November 2022 für möglich.
Das Kreisgericht Werdenberg-Sargans stellte im Entscheid vom 3. November 2005 die Gültigkeit der Kündigung der Pachtverhältnisse per 31. März 2007 fest. Im Übrigen wurde die Klage, insbesondere ein entsprechendes Erstreckungsbegehren der A._ AG, abgewiesen. Die dagegen erhobene Berufung wurde mit Urteil des Kantonsgerichtes St. Gallen vom 17. Januar 2007 vollumfänglich abgewiesen. Mit Urteil 4A_10/2007 vom 18. April 2007 wies das Bundesgericht die daraufhin von der A._ AG erhobene Beschwerde ebenfalls ab, soweit es darauf eintrat.
A.d. Nach dem Ende der Verfahren betreffend Kündigung des Pachtverhältnisses und Rückgabe der Betriebsflächen an das Ehepaar B._ nahmen die Parteien im Sommer 2007 Verhandlungen auf über den Austritt des Ehepaars B._ als Aktionäre, die Ausgleichung der gegenseitig vorhandenen Forderungen sowie über die Abgeltung der Investitionen, welche die A._ AG auf dem vormals von B.B._ an die Gesellschaft verpachteten Land getätigt hatte.
Nachdem sich die Parteien nicht einigen konnten, reichte die Klägerin am 31. Juli 2008 beim Kreisgericht Werdenberg-Sargans eine entsprechende Klage ein. Am 3. Juni 2009 schlossen die Parteien diesbezüglich einen Vergleich ab: Als Abgeltung der Wertvermehrung gemäss Art. 23 des Bundesgesetzes über die landwirtschaftliche Pacht verpflichtete sich B.B._, die A._ AG mit über einer halben Million Franken zu entschädigen. Diese Entschädigung basierte auf einem Schätzungsbericht, den die Parteien gemeinsam in Auftrag gegeben hatten. Mit der Entschädigungsforderung der A._ AG wurden verschiedene Gegenansprüche von B.B._ bzw. dessen Ehefrau verrechnet. Zur Abgeltung der Restforderung von Fr. 88'000.-- wurde vereinbart, dass die Aktien des Ehepaars B._ zu einem Preis von Fr. 33'000.-- auf E.D._, den Sohn von Aktionär und Verwaltungsrat D.D._, übertragen werden und B.B._ innert 10 Tagen noch den Betrag von Fr. 55'000.-- an die A._ AG bezahlt. Zudem trat B.B._ eigenes Pachtland an die A._ AG ab. Im Weiteren enthält der Vergleich Regelungen über die Eigentumsverhältnisse an Gerätschaften und eine Saldoklausel.
Mit Entscheid vom 21. Juli 2009 schrieb das Kreisgericht Werdenberg-Sargans das hängige Verfahren infolge Vergleichs als erledigt ab. Diese Vergleichsvereinbarung wurde von den daran Beteiligten vollzogen.
B.
Mit Klage vom 15. Dezember 2010 stellte die A._ AG die folgenden Begehren gegen B.B._:
"1. Der Beklagte sei zu verpflichten, der A._ AG Fr. 900'000.-- nebst 5 % Zins seit dem 30. April 2007 zu bezahlen.
2. Die Klägerin behält sich das Nachklagerecht vor.
3. Unter Kosten- und Entschädigungsfolge."
Die A._ AG machte im Wesentlichen geltend, der Beklagte habe als Verwaltungsrat und Geschäftsführer der Klägerin Sorgfalts- und Treuepflichten verletzt. Dies habe zu einem Schaden geführt, der durch die Vereinbarung vom 3. Juni 2009 nicht gedeckt sei. Das Ehepaar D._ als Gesellschafter und Aktionäre sowie weitere Aktionäre hätten ihre Schadenersatzansprüche gegen den Beklagten an die Klägerin abgetreten. Insbesondere mache sie die in den Pachtstreitverfahren aufgelaufenen Prozesskosten in der Höhe von Fr. 107'697.-- als auch einen entgangenen Gewinn in der Höhe von Fr. 1'860'533.-- als Schaden geltend. Der entgangene Gewinn ergebe sich als Folge aus der durch die Kündigung des Pachtverhältnisses verminderten Produktionsfläche. Unter Berücksichtigung sog. "disproportionaler " Mehrkosten für Personal und Maschinen von Fr. 238'497.-- bzw. Fr. 177'867.-- belaufe sich der entstandene Schaden auf total Fr. 2'276'877.--.
Mit Entscheid vom 14. Januar 2014 wies das Handelsgericht die Klage ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Handelsgerichts aufzuheben und der Beklagte sei zu verpflichten, der A._ AG Fr. 900'000.-- nebst 5 % Zins seit dem 30. April 2007 zu bezahlen; eventualiter sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zur Abnahme der offerierten Beweise zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführerin hat innert gesetzlicher Frist (<ref-law>) eine von ihr als "vorläufige fehlerhafte Notfassung " bezeichnete Beschwerde eingereicht und ersucht nun um Erstreckung bzw. Wiederherstellung der Frist zur Einreichung einer verbesserten Beschwerdeeingabe. Ihr Gesuch begründet sie unter Einreichung ärztlicher Atteste damit, dass ihr Rechtsvertreter, Rechtsanwalt Kurath, kurz vor Fristende am 21. Mai 2014 plötzlich an Fieber und Bauchschmerzen erkrankt sei. Die Ärzte hätten bei Rechtsanwalt Kurath ein Darmleiden diagnostiziert und diesen vom 21. Mai bis 31. Mai 2014 zu 100% arbeitsunfähig geschrieben. Diese Behauptung wird durch die eingereichten Arztzeugnisse belegt, womit nachgewiesen ist, dass der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers unverschuldeterweise davon abgehalten worden ist, fristgerecht zu handeln (<ref-law>). Die verbesserte Beschwerde ging beim Bundesgericht am 3. Juni 2014 ein, womit auch die Voraussetzung erfüllt ist, wonach die Partei unter Angabe des Grundes innert 30 Tagen nach Wegfall des Hindernisses die Fristwiederherstellung zu ersuchen und die versäumte Rechtshandlung nachzuholen hat (<ref-law>). Die Frist ist damit wiederherzustellen und die vom 2. Juni 2014 datierte, verbesserte Beschwerdeeingabe entgegenzunehmen.
2.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
2.1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>), der von einem oberen kantonalen Gericht erging, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten und einzige kantonale Instanz eingesetzt ist (<ref-law>), sie ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden und bei der Streitsache handelt es sich um eine Zivilsache (<ref-law>). Eine Streitwertgrenze besteht für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2).
2.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungspflicht der Beschwerdeführerin (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, namentlich die Parteivorbringen in denselben (<ref-ruling> E. 1.3.1). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit die Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies hat sie darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 3 S. 395). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3, 396 E. 3.1 S. 399).
2.4. Die Beschwerdeführerin lässt diese Grundsätze über weite Strecken ausser Acht. So stellt sie ihren rechtlichen Ausführungen unter dem Titel "B. Sachverhalt" zunächst eine ausführliche eigene Sachverhaltsdarstellung voran. Darin - wie auch in ihrer weiteren Beschwerdebegründung - erweitert sie in vielfacher Hinsicht die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz bzw. weicht von diesen ab, ohne dazu jedoch rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben, die dem Bundesgericht gegebenenfalls eine Korrektur oder Ergänzung des im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalts erlauben könnten. Auf entsprechende Vorbringen und darauf gestützte Rügen kann nicht eingegangen werden.
Dies gilt auch für die unter dem Titel "C. Beweisrechtliche Retouchen " präsentierten Vorbringen: Die Beschwerdeführerin kritisiert dort die Verwendung des Begriffs "Betriebsgemeinschaft " durch die Vorinstanz als "aktenwidrig und falsch". Weiter rügt sie die vorinstanzliche Feststellung als willkürlich, wonach die Beschwerdeführerin davon gewusst habe, dass für die Parzelle yyy keine Direktpacht mit der Ortsgemeinde U._ bestand. Schliesslich sei die Feststellung der Vorinstanz, wonach für den Beschwerdegegner im Jahr 2004 die Verlust der Existenz auf dem Spiel gestanden habe, offensichtlich falsch und den Akten widersprechend. Inwiefern die Behebung dieser angeblichen Mängel bei der Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann, legt die Beschwerdeführerin indessen mit keinem Wort dar und ist auch nicht ersichtlich. Darauf ist nicht weiter einzugehen.
3.
Unter dem Titel "D. Anspruchsverzicht durch Saldoklausel? Res judicata ?" wirft die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Art. 1 und Art. 18 OR vor, indem diese zum Schluss gelangt sei, die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsansprüche seien von der Saldoklausel gemäss Ziff. 7 der Vereinbarung vom 3. Juni 2009 miterfasst.
3.1. Im Nachgang zu den Kündigungsverfahren betreffend die Pachtverhältnisse legten die Parteien ihren Streit über den Austritt des Ehepaars B._ als Aktionäre der A._ AG, die Ausgleichung der gegenseitig vorhandenen Forderungen sowie über die Abgeltung der Investitionen, welche die Beschwerdeführerin auf dem vormals vom Beschwerdegegner an die Gesellschaft verpachteten Land getätigt hatte, mit Vereinbarung vom 3. Juni 2009 gütlich bei. Das Kreisgericht Werdenberg-Sargans schrieb in der Folge das bei ihm hängige Verfahren infolge Vergleichs ab.
Ziff. 7 der Vereinbarung vom 3. Juni 2009 lautet wie folgt:
"Damit erklären sich die Parteien per Saldo aller Ansprüche aus dem Pacht-, Arbeits- und Darlehensverhältnis als auseinandergesetzt und beantragen die Abschreibung des Verfahrens OV.2008.23-WS3K-RWI."
Die Vorinstanz konnte einen von einem tatsächlichen übereinstimmenden Parteiwillen getragenen Sinn dieser Ziffer nicht feststellen, weshalb sie eine objektivierte Auslegung vornahm. Dabei hielt sie fest, dass die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner eine Verletzung seiner Sorgfalts- und Treuepflichten im Zusammenhang mit den Pachtverhältnissen vorwerfe. Die geltend gemachten Verantwortlichkeitsansprüche stünden damit in einem direkten Zusammenhang mit den Pachtverträgen. Die Beschwerdeführerin mache zwar nicht Forderungen aus der Verletzung von Pachtverträgen geltend; die Anspruchsgrundlage der von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Forderung befinde sich im Aktienrecht und nicht im Pachtrecht. Es stelle sich aber die Frage, ob die Saldoklausel auch Ansprüche aus dem Aktienrecht umfasse, soweit diese in direktem Zusammenhang mit dem Pachtverhältnis stehen. Gemäss ihrem Wortlaut betreffe die Saldoklausel nicht nur Ansprüche aus dem Pachtvertrag sondern auch aus dem Pachtverhältnis. Der Begriff "Pachtverhältnis " umfasse mehr als nur den Pachtvertrag, welcher nur ein wesentlicher Bestandteil eines Pachtverhältnisses sei. Im Zusammenhang mit einem Pachtverhältnis könnten nicht nur vertragliche, sondern auch ausservertragliche Ansprüche geltend gemacht werden. Diese ausservertraglichen Ansprüche seien bei einer Saldoklausel, welche alle Ansprüche aus dem Pachtverhältnis betreffen, miterfasst. Es spreche somit einiges dafür, dass der Beschwerdegegner die Erklärung der Beschwerdeführerin in guten Treuen so auffassen durfte, dass ein umfassender Vergleich über sämtliche Ansprüche, die einen Zusammenhang mit dem Pachtverhältnis aufweisen, geschlossen werde und von der Saldoklausel auch allfällige diesbezügliche Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit erfasst seien.
Die Vorinstanz liess die Frage in der Folge jedoch offen, da sie den eingeklagten Anspruch dennoch einer Sachprüfung unterzog und zum Schluss kam, dass ohnehin keine Pflichtverletzung vorliege, welche eine Verantwortlichkeit nach <ref-law> begründen würde.
3.2. Gegen die vorinstanzliche Auslegung von Ziff. 7 der Vereinbarung vom 3. Juni 2009 wendet die Beschwerdeführerin ein, dass in der Saldoklausel von aktienrechtlicher Verantwortlichkeit keine Rede sei. Im damaligen Prozess vor dem Bezirksgericht Werdenberg-Sargans seien Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit denn auch nicht Prozessgegenstand gewesen. Weiter würden die hier eingeklagten aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsansprüche nicht direkt, sondern bestenfalls indirekt mit dem Pachtverhältnis zwischen den Parteien zusammenhängen. Die Beschwerdeführerin werfe dem Beschwerdegegner aus Gesellschaftsrecht eine unterlassene Warnung vor einem Geschäftsrisiko sowie die Schädigung der Interessen der eigenen Gesellschaft durch Entzug von Bodennutzungsrechten vor. Eine Verletzung eines Pachtvertrages werfe die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner dagegen nicht vor. Die Schadenersatzforderung aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit habe also keinen direkten Zusammenhang mit einem Pachtvertrag. Sodann könne der Begriff "Pachtverhältnis" keinesfalls ausservertragliche, gesellschaftsrechtliche Organhaftungsansprüche umfassen. Damit würde der Systematik der Rechtsordnung ebenso Gewalt angetan wie dem Wortlaut und dem Wortsinn der Vereinbarung. "Pachtverhältnis" meine nichts anderes als die Verbindung von Personen durch einen Pachtvertrag. Verantwortlichkeitsansprüche aus Aktienrecht seien etwas ganz anderes.
3.3. Demgegenüber macht der Beschwerdegegner geltend, dass die Parteien bei den Vergleichsverhandlungen alle gegenseitig vorhandenen Forderungen offen gelegt hätten. Mit der Einigungsvereinbarung seien diese gegeneinander abgeglichen und alle Nebenfolgen der Rückgabe des Pachtgegenstandes an die Partei B._ sowie deren Austritt aus der Gesellschaft geregelt worden. Mit dem Vergleich sei eine Betriebsaufteilung in gegenseitigem Einverständnis endgültig vereinbart und vollzogen sowie auch gerichtlich im Abschreibungsbeschluss des Kreisgerichtes Werdenberg-Sargans vom 21. Juli 2009 festgestellt worden. Entsprechend enthalte die Vereinbarung in Ziff. 7 eine Saldoklausel, wonach sich die Parteien per Saldo aller Ansprüche aus dem Pacht-, Arbeits- und Darlehensverhältnis als auseinandergesetzt bezeichnen. Die Einigung sei von beiden Parteien in Kenntnis aller Umstände abgeschlossen worden. Sie enthalte keinerlei Vorbehalte auf Forderungen, welche später noch vorgebracht würden. Die Beschwerdeführerin habe mit keinem Wort erwähnt, dass sie sich zusätzlich noch Schadenersatzansprüche vorbehalten wolle. Die Vereinbarung stelle damit eine umfassende Einigung der Parteien über die Betriebsteilung und den Austritt der Partei B._ aus der Betriebsgemeinschaft bzw. der A._ AG dar. Die Saldoklausel könne nur in der Weise verstanden werden, dass damit sämtliche Ansprüche aus dem Entzug des Pachtlandes erfasst seien. Die heute vorgetragenen Forderungen der Klägerin würden zwar auf Aktienrecht beruhen, deren Ursache und Anspruchsgrundlage liege indessen direkt im Pachtverhältnis, d.h. im Entzug des Pachtlandes. Diese Vereinbarung kann deshalb nur als umfassender Vergleich über alle Ansprüche, die im Zusammenhang mit dem Pachtverhältnis stehen, betrachtet werden. Darin seien auch Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit, welche eine direkte Beziehung zum Pachtverhältnis bzw. zum Entzug des Pachtlandes haben, einbezogen.
3.4. Der gerichtliche Vergleich hat die Wirkung eines rechtskräftigen Entscheids (<ref-law>; siehe <ref-ruling> E. 1.3).
Mit dem Vergleichsvertrag legen die beteiligten Parteien einen Streit oder eine Ungewissheit über ein Rechtsverhältnis mit gegenseitigen Zugeständnissen bei (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.2 S. 51). Das gilt auch, wenn der Vergleich eine gerichtliche Auseinandersetzung beendet (siehe <ref-ruling> E. 2c S. 404). Für die Auslegung des Vergleichsvertrags ist nach <ref-law> zunächst massgebend, was die Parteien tatsächlich gewollt haben. Hat das kantonale Gericht einen wirklichen Willen nicht feststellen können, so sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien im Rahmen der objektivierten Vertragsauslegung aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4.2.1 mit weiteren Hinweisen).
Das Ziel, einen Streit oder eine Ungewissheit über ein Rechtsverhältnis zu beenden, lässt sich regelmässig nur erreichen, wenn sämtliche mit dem Streit oder der Ungewissheit zusammenhängende Fragen geregelt werden. Dieses Anliegen ist bei der Auslegung zu berücksichtigen, auch wenn der Umfang einer vergleichsweisen Beilegung von Streitigkeiten oder Meinungsverschiedenheiten unterschiedlich weit gezogen werden kann. Wenn daher Fragen nicht ausdrücklich geregelt sind, die in engem Zusammenhang mit den vergleichsweise beigelegten Meinungsverschiedenheiten stehen und deren Beantwortung sich zur Beilegung des Streits aufdrängt, darf in der Regel davon ausgegangen werden, dass sie von den Parteien mangels eines ausdrücklichen Vorbehalts nicht vom Vergleich ausgenommen werden sollten (Urteile 4A_288/2014 vom 6. August 2014 E. 2.2; 5A_353/2010 vom 16. August 2010 E. 3.2.2; 5A_654/2008 vom 12. Februar 2009 E. 2.3; 4C.268/2005 vom 25. Oktober 2005 E. 2.2, in: SZZP 2006 S. 173). Nach dem mutmasslichen Willen der Parteien rechtfertigt sich daher in der Regel die Annahme, dass solche Fragen sinngemäss im Vergleich beantwortet sind (Urteil 4C.268/2005 vom 25. Oktober 2005 E. 2.2, in: SZZP 2006 S. 173). Bei der Auslegung des Vergleichsvertrags hat das Gericht schliesslich zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht anzunehmen ist, dass die Parteien eine unangemessene Lösung gewollt haben (<ref-ruling> E. 3a S. 424; <ref-ruling> E. 2c S. 121).
3.5. Die Beschwerdeführerin macht im vorliegend zu beurteilenden Verantwortlichkeitsstreit Ersatz für Schaden geltend, den ihr der Beschwerdegegner durch die Kündigung des Unterpachtvertrages sowie dadurch, dass dieser sie "vorher nicht vor diesem Geschäftsrisiko gewarnt habe", zugefügt habe . Unter "Geschäftsrisiko" versteht die Beschwerdeführerin die Möglichkeit der Kündigung des Unterpachtvertrages gestützt auf die einschlägigen Bestimmungen des Pachtrechts.
Der vorliegende Streit dreht sich damit ebenso wie die bisherigen Streitigkeiten um die Konsequenzen der Kündigung des Unterpachtverhältnisses durch den Beschwerdegegner und des damit einhergehenden "Entzugs der Bodennutzungsrechte ". In dieser Kündigung bzw. in diesem "Entzug der Bodennutzungsrechte " liegt die Wurzel der Auseinandersetzung zwischen den Parteien. Hat die Beschwerdeführerin zunächst (erfolglos) versucht, die vertragsrechtliche Gültigkeit der Kündigung in Frage zu stellen, so versucht sie nun auf aktienrechtlichem Wege vorzugehen und die Kündigungserklärung des Beschwerdegegners als Verstoss gegen die Treuepflicht nach <ref-law> auszuweisen. Der vorliegende Streit steht damit letztlich im gleichen sachlichen Kontext, in dem auch die Vereinbarung vom 3. Juni 2009 steht. Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz aber zutreffend geschlossen, dass aufgrund einer objektivierten Auslegung von Ziff. 7 der Vereinbarung vom 3. Juni 2009 sämtliche Ansprüche, die einen Zusammenhang mit dem Pachtverhältnis aufweisen, einschliesslich Ansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit als von der Saldoklausel miterfasst zu betrachten sind. Dies umso mehr, als in der Saldoklausel von Ansprüchen nicht nur aus dem Pachtverhältnis, sondern auch aus dem Arbeitsverhältnis die Rede ist und die dem Beschwerdegegner vorgeworfenen Treuepflichtverletzungen sowohl auf Aktienrecht (<ref-law>) als auch auf Arbeitsrecht (<ref-law>) abgestützt werden könnten.
Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist sodann bei der Auslegung eines Vergleichs zu berücksichtigen, dass das Ziel, einen Streit oder eine Ungewissheit über ein Rechtsverhältnis zu beenden, sich regelmässig nur erreichen lässt, wenn sämtliche mit dem Streit oder der Ungewissheit zusammenhängende Fragen geregelt werden (oben E. 3.4). Vorliegend sind aktienrechtliche Konsequenzen aus der Kündigung des Pachtverhältnisses nicht ausdrücklich von der Saldoklausel ausgenommen worden, obwohl diese in einem engen Zusammenhang mit den vergleichsweise beigelegten Meinungsverschiedenheiten stehen und deren Beantwortung sich zur Beilegung des Streits aufdrängt.
Es ist daher nicht nur in vertrauenstheoretischer Hinsicht richtig, sondern auch sachgerecht, sie als von der Saldoklausel der Vereinbarung vom 3. Juni 2009 jedenfalls sinngemäss miterfasst zu betrachten. Der von der Beschwerdeführerin vertretene Standpunkt überzeugt demgegenüber mit Blick auf den Zweck des Vergleichs nicht.
3.6. Gemäss Art. 241 Abs. 2 i.V.m. Art. 59 Abs. 1 und Abs. 2 lit. e ZPO tritt ein Gericht auf eine Klage nicht ein, welche eine vergleichsweise erledigte Sache zum Gegenstand hat. Die Prozessvoraussetzungen sind von Amtes wegen zu prüfen (<ref-law>).
Demzufolge hätte die Vorinstanz auf die von der Beschwerdeführerin gegen den Beschwerdegegner erhobene Klage nicht eintreten dürfen und das Verfahren mittels Prozessurteil beenden müssen, anstatt ein klageabweisendes Sachurteil zu fällen. Dabei handelt es sich indessen lediglich um einen Verfahrensfehler, der für die Beschwerdeführerin keine Nachteile zur Folge hat, da der Abweisungsentscheid keine weitergehenden Rechtskraftfolgen entfaltet als der gerichtlich genehmigte Vergleich vom 3. Juni 2009. Im Ergebnis spielt keine Rolle, ob das vorinstanzliche Verfahren mittels Prozessurteil oder klageabweisendem Sachentscheid beendet wurde; die Vorinstanz hat die Klage jedenfalls zu Recht nicht geschützt.
Die Beschwerde ist damit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und auf die weiteren Rügen betreffend die (zu Unrecht erfolgte) Sachprüfung durch die Vorinstanz braucht nicht weiter eingegangen zu werden.
4.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni