Fatti:
A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito.
B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi <ref-ruling>). L'8 giugno 2006, considerata la voluminosa documentazione sequestrata e le divergenze sull'utilità o no della documentazione, il giudice delegato ha comunicato alle parti, le quali hanno aderito alla proposta, che la Corte avrebbe statuito autonomamente su tutti gli incarti sequestrati, rinunciando alla procedura in contraddittorio.
C. Con decisione del 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso concernenti la contabilità dello studio legale. Mediante sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale, ritenuta sbrigativa e superficiale detta tesi, ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale.
D. Il 16 ottobre 2007 la I CRP, comunicata alle parti la sua volontà di procedere a tappe, ha restituito agli indagati una ventina di incarti ritenuti inutili per l'inchiesta. Con giudizio del 12 novembre 2007 essa ha statuito sugli incarti bancari restanti. Ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e l'anonimizzazione dei relativi documenti avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, essa ha versato agli atti solo determinati atti bancari, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere, vietando all'AFC di utilizzarli o di trasmetterli a terzi per altre procedure senza il consenso della Corte. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata.
E. La I CRP, con decisione del 20 novembre 2007, si è pronunciata in particolare sui documenti concernenti il 1994. Rilevato che si tratta di migliaia di atti, in gran parte contenenti nomi di terzi, e richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, la I CRP ha ribadito che l'anonimizzazione dei documenti ritenuti utili all'inchiesta rappresenterebbe un lavoro sproporzionato, per cui ne ha ordinato la restituzione agli opponenti, decidendo quanto segue:
"1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S321 (parziale), S322 (parziale), S325 (parziale), S349, S359, S440 (parziale), 7307, 7309.
2. I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S318, S321 (parziale), S322 (parziale), S325 (parziale).
3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dall'incarto S318 di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali.
4. (spese)".
F. Avverso questo giudizio l'AFC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i susseguenti ricorsi che saranno inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e, in sostanza, di versare agli atti del procedimento penale in forma integrale e non anonimizzata i libri base (cassa, posta, banca, debitori e creditori) per verificare la completezza e la correttezza delle registrazioni contabili, il libro mastro delle relative registrazioni, le liste delle corrispondenti registrazioni di ogni singolo conto e le pezze giustificative, con il divieto di utilizzare le informazioni riguardanti terzi in altri procedimenti, salvo autorizzazione della I CRP; postula inoltre di versare agli atti tutte le fatture concernenti l'attività tipica e atipica dei legali in forma integrale; in via subordinata, chiede di versarli in maniera anonimizzata.
La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. I coniugi A._ postulano, proceduralmente, di stralciare dall'incarto gli allegati n. da 2 a 19 prodotti dalla ricorrente, in via principale, di dichiarare inammissibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.

Diritto:
1. 1.1 Come già stabilito dal Tribunale federale (sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 consid. 1.2), la domanda ricorsuale di congiungere le differenti cause dev'essere respinta, a maggior ragione visto che le motivazioni dei vari ricorsi sono differenti.
1.2 L'ammissibilità del gravame è pacifica. La legittimazione della ricorrente è stata ammessa nella citata sentenza del 30 settembre 2008 (consid. 1.4).
2. 2.1 La ricorrente, richiamando l'<ref-law>, secondo cui le persone fisiche con reddito da attività lucrativa indipendente devono allegare alla dichiarazione i conti annuali firmati (bilanci e conti profitti e perdite), precisa di possederli. Essa insiste nondimeno sulla necessità di poter accedere ai libri contabili dello studio legale dai quali sono state estratte le cifre riportate sul conto d'esercizio e sul bilancio, allo scopo di procedere alle necessarie verifiche (<ref-law>), ricordato che in ambito penale non sono ammesse le regole valide per la tassazione d'ufficio. Essa espone poi quattro esempi che dimostrerebbero l'impossibilità di proseguire nell'inchiesta fondandosi soltanto sulla documentazione messa a disposizione dalla I CRP. Sottolinea che il segreto professionale sarebbe venuto meno, per cui occorrerebbe poter disporre anche delle fatture relative alle prestazioni tipiche dell'attività d'avvocato. Critica infine l'assunto secondo cui l'anonimizzazione degli atti costituirebbe un lavoro sproporzionato, potendo procedere al loro annerimento automatico.
2.2 Nella risposta, i legali ripropongono l'argomentazione secondo cui la domanda principale del ricorso, segnatamente di versare agli atti tutti i documenti bancari in forma integrale e non anonimizzata, sarebbe inammissibile, siccome costitutiva di "res iudicata". Pure la domanda ricorsuale formulata in via subordinata sarebbe inammissibile, poiché la ricorrente sarebbe d'accordo per la prima volta con il principio dell'anonimizzazione. Contestano quindi la possibilità di esaminare l'apprezzamento compiuto dalla I CRP circa l'utilità o no di un documento per l'inchiesta. Nel merito, essi criticano l'asserita mancata separazione diligente dell'attività tipica dell'avvocato da quella commerciale e contestano il fatto che non potrebbero prevalersi del segreto professionale, rilevando infine che l'istanza precedente avrebbe proceduto a una cernita "quantomeno sommaria". Queste critiche, come pure le osservazioni della I CRP, sono già state respinte nelle sentenze del 30 settembre 2008. D'altra parte, come si vedrà, di massima, allo stadio attuale gli opponenti non possono più prevalersi del segreto professionale, per cui anche le loro ulteriori critiche, secondo cui l'apprezzamento operato dalla I CRP costituirebbe un accertamento fattuale insindacabile, non sono decisive (cause 1B_288/2007 e 1B_286/2007).
2.3 Come visto, la I CRP si è limitata in sostanza a ribadire che la cernita e l'eventuale anonimizzazione dei documenti comporterebbe un lavoro "totalmente sproporzionato".
Nel giudizio impugnato, la I CRP ha ripreso l'argomentazione esposta nella sua precedente decisione del 12 novembre 2007, secondo cui l'esame dell'effettiva esistenza di un segreto professionale e l'anonimizzazione dei relativi documenti costituirebbero misure troppo dispendiose e sproporzionate. Questa pronunzia è stata annullata dal Tribunale federale con la citata sentenza 1B_288/2007: è stato ribadito, come già esposto nella sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007, che detta tesi sbrigativa e superficiale non era condivisibile.
È stato rilevato che l'argomentazione della I CRP, secondo cui in caso di dubbio si sarebbe in presenza di documenti coperti dal segreto professionale, ma che, considerato il dispendio di tempo richiesto, la loro anonimizzazione non potrebbe essere pretesa, contraddiceva manifestamente quanto espresso dal Tribunale federale. In effetti, anche nell'ambito del procedimento in esame, l'unione nella medesima persona delle funzioni di amministratore e di avvocato non permette più di distinguere chiaramente quanto rientra in ciascun tipo di attività, per cui il richiamo alla tutela del segreto professionale dell'avvocato è di massima escluso. Visto il coinvolgimento dei legali nell'inchiesta e il fatto che gran parte dei documenti concernono attività estranee a quella tipica dell'avvocato e che tale distinzione non può essere operata in maniera chiara, nella fattispecie l'interesse pubblico a perseguire le gravi sospettate infrazioni prevale sulla tutela del segreto professionale, per di più invocato in modo generico ed essendo peraltro manifesto che A.A._ in nessun caso poteva invocarlo. Un'eventuale anonimizzazione potrebbe quindi limitarsi a determinati documenti: rientra comunque nel potere di apprezzamento della I CRP esprimersi al riguardo (consid. 3 e 4).
3. Riguardo all'analisi della documentazione in esame, la ricorrente rileva di non contestare, sebbene nell'ambito di altri ricorsi abbia contestato fattispecie analoghe, la decisione impugnata per quanto attiene agli incarti S318 e 7309. Per quanto concerne gli altri incarti, l'istanza precedente ha rilevato quanto segue:
S321/S322: gli incarti contengono centinaia di note d'onorario saldate nel 1994, la cui anonimizzazione, secondo la I CRP, rappresenterebbe un lavoro sproporzionato. Essa ha quindi deciso di versare agli atti solo le fatture che riguardano prestazioni manifestamente atipiche.
L'argomento della mole di lavoro non è decisivo e, inoltre, la tutela del segreto professionale è di massima esclusa nella fattispecie, per cui anche le note di onorario, decisive per l'inchiesta, devono essere versate agli atti, in principio in forma non anonimizzata.
S325 (parziale): l'incarto si compone di 16 documenti, tra i quali alcune note d'onorario. Secondo la I CRP, l'anonimizzazione di atti nei quali figurano nomi di clienti potenzialmente protetti dal segreto professionale è "ragionevolmente" possibile, per cui li ha versati agli atti oscurandone i nomi e restituito gli originali agli opponenti.
Anche per questi incarti valgono le considerazioni appena espresse.
S349/S359: gli incarti contengono centinaia di pagine di listati contabili del 1994 e parzialmente del 1995, la cui anonimizzazione sarebbe sproporzionata e la loro utilità per l'inchiesta esigua, visto che i bilanci e i conti economici, già versati agli atti, riportano i medesimi risultati. La I CRP ne ha quindi deciso la restituzione agli opponenti.
La tesi, sbrigativa, fondata su un criterio meramente quantitativo non può essere avallata. L'utilità dei documenti per l'inchiesta è comunque data e spetterà alla ricorrente effettuare tutte le verifiche necessarie. I listati devono pertanto essere versati agli atti, di massima in forma non anonimizzata.
S440 (parziale): l'incarto contiene quattro piccoli classificatori con avvisi e giustificativi di un conto postale per l'anno 1994. Poiché l'anonimizzazione di centinaia di documenti sarebbe sproporzionata, ritenuto il loro esiguo interesse per l'inchiesta, l'istanza precedente l'ha restituito agli opponenti.
Anche per questi atti valgono le conclusioni appena citate.
7307: si tratta del libro cassa per l'anno 1994, nel quale figurano molti nomi di terzi, la cui anonimizzazione sarebbe sproporzionata. Tutti i movimenti sono caratterizzati da una referenza a una rubrica contabile, per cui, secondo la I CRP, si può presumere che gli stessi siano stati correttamente contabilizzati. Ritenuto il loro esiguo interesse per l'inchiesta, essa ne ha deciso la restituzione agli opponenti.
Anche in questo caso è nella facoltà della ricorrente verificare compiutamente se le operazioni siano o no state correttamente contabilizzate sotto il profilo dei redditi imponibili.
4. 4.1 Ne segue, che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata nel senso dei considerandi.
4.2 Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili (<ref-law>).
4.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale il 20 novembre 2007 è annullata. La causa viene rinviata alla I Corte dei reclami penali per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico degli opponenti.
3. Comunicazione alla ricorrente, ai patrocinatori degli opponenti e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.