Sachverhalt:
A. Die Gebrüder Z._ und X._ waren Eigentümer des Landwirtschaftsbetriebes "R._" in S._. Das Land stand teilweise in ihrem Gesamt-, teilweise in ihrem hälftigen Miteigentum. Eine Buchhaltung führten die beiden Landwirte nicht. Ab 1993 war der Betrieb an A._, Sohn von Z._, verpachtet. Mit Vertrag vom 26. Juni 2000 trennten Z._ und X._ von der Hofparzelle S._ Nr. _, Parz. _, einen Teil von 560 Aren ab und veräusserten die neue Parzelle zum Preis von Fr. 3'850'000.-- an eine lokale Bauunternehmung. Der Kaufpreis war wie folgt zu tilgen:
Anzahlung Fr. 430'000.--
Zahlung bei Vertragsunterzeichnung Fr. 1'295'000.--
Zahlung nach Abbau von 3 Hektaren Kies,
spätestens nach 5 Jahren Fr. 1'625'000.--
unverzinsliches Darlehen an die Käuferin Fr. 500'000.--
Den Verkäufern bzw. ihren Rechtsnachfolgern wurde das - im Grundbuch vorgemerkte - Recht eingeräumt, die Parzelle nach Beendigung des Kiesabbaus und der Rekultivierung zum Preis von Fr. 500'000.-- zurückzukaufen. Mit Kaufvertrag vom 30. Juni 2000 veräusserten Z._ und X._ den restlichen Betrieb für Fr. 400'000.-- dem bisherigen Pächter A._.
B. Mit Verfügung vom 4. Februar 2005 veranlagte die Steuerkommission S._ X._ und Y._ zu einer Sondersteuer auf einem Liquidationsgewinn von Fr. 853'700.-- für die Staats- und Gemeindesteuer 2000. Diesen Betrag erhöhte sie mit Einspracheentscheid vom 8. Juni 2006 auf Fr. 875'519.--. Einen dagegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 22. November 2007 teilweise gut und setzte den Liquidationsgewinn aufgrund folgender Berechnung auf Fr. 837'750.-- fest:
Erlös nach Vertrag vom 26. Juni 2000
(Diskontierung Teilentgelt) Fr. 3'698'923.--
Erlös nach Vertrag vom 30. Juni 2000 Fr. 400'000.--
Fr. 4'098'923.--
./. Restanlagewert Fr. 747'923.--
Liquidationsgewinn Fr. 3'351'000.--
Steuerbarer Liquidationsgewinn nach
50% Besitzesdauerabzug Fr. 1'675'500.--
Die Hälfte hiervon Fr. 837'750.--
Den Restanlagewert berechnete das Steuerrekursgericht wie folgt:
Jahr
Objekt
Nettoinvestition
Abschreibung
Restanlagewert
1948
Hofübernahme, Anteil Land
43'000
43'000
1998
Kauf Parzelle Nr. _
580'000
580'000
1952
Aussiedlung (Haus/Scheune)
72'516
58'013
14'503
1966
Bau Wohnhaus Nr. _
122'000
47'580
74'420
1984
Scheunenanbau/ Belagsarbeiten
0
0
1990
Siloanlage
40'000
4'000
36'000
Total
747'923
Eine gegen das Urteil des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, mit Urteil vom 6. Mai 2008 ab.
C. Dagegen führen X._ und Y._ mit Eingabe vom 2. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 6. Mai 2008 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung "an die Vorinstanzen" zurückzuweisen. Sie rügen sinngemäss eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, willkürliche Sachverhaltsfeststellung sowie unrichtige Rechtsanwendung.
D. Das Steueramt des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) auf einen Antrag verzichten.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.4).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Verfahrensgegenstand bilden kantonale Steuern des Jahres 2000. Auf diese ist das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) grundsätzlich noch nicht anwendbar, weil die Steuerperiode 2000 in die Übergangsfrist fällt, die den Kantonen gemäss Art. 72 Abs. 1 StHG zur Anpassung ihrer Steuergesetze offen stand (<ref-ruling> E. 2 S. 591 ff.). Die Sonderordnung von Art. 69 StHG zum Wechsel der zeitlichen Bemessung für natürliche Personen ist allerdings von den Kantonen bereits ab dem 1. Januar 1999 zu beachten (Art. 69 Abs. 7 StHG). Deshalb ist für die hier angefochtene besondere Jahressteuer auf einem Liquidationsgewinn bereits Bundesrecht massgebend (vgl. Urteil 2P.11/2007 und 2A.17/2007 vom 13. Juli 2007 E. 3.1 mit Hinweisen), während für die übrigen einkommenssteuerlichen Aspekte einzig die Schranken der verfassungsmässigen Rechte, namentlich das Willkürverbot (Art. 9 BV), zu beachten sind.
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. Im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist in der vorliegenden Beschwerde nur teilweise zu erkennen, insbesondere soweit die Beschwerdeführer der Vorinstanz mehrfach in pauschaler Weise willkürliches Verhalten vorwerfen. Soweit eine solche qualifizierte Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Vorliegend geht es um die aargauischen Staats- und Gemeindesteuern in der Steuerperiode 2000. Massgebend ist damit grundsätzlich noch nicht das ab 1. Januar 2001 anwendbare Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG; SAR 651.100), sondern das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 13. Dezember 1983 (aStG). Soweit es jedoch um ausserordentliche Einkünfte geht, die in den beiden Jahren vor dem Wechsel zur jährlichen Gegenwartsbemessung auf den 1. Januar 2001 im Kanton Aargau erzielt wurden, ist die Übergangsbestimmung von § 263 StG massgebend.
2.2 Gemäss § 22 Abs. 1 lit. b aStG waren alle Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit, einschliesslich der Gewinne aus der Veräusserung von Geschäftsvermögen, steuerbar. Aufgrund von § 29 aStG wurden die Kapital- bzw. Liquidationsgewinne nach Massgabe des Zeitraumes, in dem die veräusserten Gegenstände zum Geschäftsvermögen gehörten, herabgesetzt, und zwar nach mindestens fünfjähriger Zugehörigkeit um 10 % und für jedes weitere Jahr um 2 %, jedoch höchstens um 50 %. Nach § 263 Abs. 2 StG unterliegen u.a. Kapital- bzw. Liquidationsgewinne der Jahre 1999 und 2000 einer gesonderten Jahressteuer für das Steuerjahr, in dem sie zugeflossen sind. Diese Jahressteuer wird in Anwendung der Tarife des Steuergesetzes vom 13. Dezember 1983 berechnet (§ 263 Abs. 3 StG). Diese Regelung ist unter anderem auf in der Bemessungslücke (1999/2000) realisierte Kapitalgewinne zugeschnitten (DIETER WEBER, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 2. Aufl. 2004, N. 27 zu § 263 StG).
3. 3.1 Zunächst beanstanden die Beschwerdeführer die Heranziehung des gesamten vereinbarten Kaufpreises von Fr. 3'850'000.-- zur Ermittlung des Liquidationserlöses, weil ein Teilbetrag von Fr. 1'625'000.-- von der Käuferschaft erst dann zu bezahlen war, als drei Hektaren Kies abgebaut waren, spätestens jedoch fünf Jahre seit Abschluss des Kaufvertrages. Bei dieser Vertragsklausel handelt es sich aber nicht um eine Bedingung, welche einer Einkommensrealisation entgegensteht, sondern um ein blosses Hinausschieben des Fälligkeitszeitpunktes für diesen Teilbetrag. Dieser wurde deshalb richtigerweise mit 5 % diskontiert, und statt des Nominalwertes von Fr. 1'625'000.-- rechnete das Steuerrekursgericht bloss Fr. 1'473'923.-- zum Erlös. Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden. Aber auch die Fr. 500'000.--, die als unverzinsliches Darlehen zugunsten der Käuferschaft stehen blieben, bilden einen Bestandteil des Erlöses. Dass die Fr. 500'000.-- nach erfolgtem Kiesabbau und Rekultivierung zur Ausübung des vorgemerkten Rückkaufsrechtes vorgesehen sind, hat keinen Einfluss auf die Einkommensrealisation. Daran vermag der Umstand, dass die Beschwerdeführer mit der Hofaufgabe auf diesen Erlösbestandteil zugunsten des neuen Eigentümers verzichtet haben, nichts zu ändern. Die Vorgehensweise der Vorinstanzen erscheint korrekt und daraus lässt sich kein willkürliches Vorgehen ableiten.
3.2 Weiter beanstanden die Beschwerdeführer die Bewertung einzelner Positionen der Anlagekosten:
3.2.1 Zunächst wird die Rekonstruktion der Anlagekosten des Wohnhauses Nr. _ gerügt. Während die Vorinstanz von den Baukosten anlässlich der Aussiedlung 1951 ausgeht und diese für die 962 m3 des 1966 erstellten Wohnhauses anhand des Zürcher Baukostenindexes indexiert, möchten die Beschwerdeführer vom Gebäudeversicherungswert des Jahres 1986 ausgehen und hiervor anhand des Zürcher Baukostenindexes auf das Jahr 1966 zurückrechnen. Die Vorinstanz weist allerdings zu Recht darauf hin, dass so oder so mangels beweiskräftiger Unterlagen eine Schätzung vorgenommen werden muss. Sodann kann der Gebäudeversicherungswert des Aargauischen Versicherungsamtes höchstens hilfsweise zur Festsetzung der Anlagekosten herangezogen werden, wenn es an geeigneteren Grundlagen fehlt (WALTER KOCH in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 1991, N. 246 zu § 22 aStG). Dies trifft aber im vorliegenden Fall nicht zu.
Zudem fliessen auch Eigenleistungen in den Gebäudeversicherungswert ein, die aber nur dann als Anlagekosten anerkannt werden können, wenn sie als Einkommen deklariert und besteuert wurden. Daher erweist sich die Anordnung einer Expertise, mit welcher ohnehin nicht die effektiven Anlagekosten ermittelt werden könnten, als unnötig. Die tatsächlichen Verhältnisse sind nachträglich nicht mehr zuverlässig zu rekonstruieren, weshalb die Vorinstanz im Rahmen einer antizipierten Beweiswürdigung ohne Verletzung der Untersuchungspflicht und damit ohne Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) darauf verzichten durfte, die von den Beschwerdeführern geforderte Expertise durchführen zu lassen (vgl. Urteile 2P.57/2007 vom 5. Juni 2007 E. 3; 2P.131/2003 vom 3. Oktober 2003 E. 3.2).
3.2.2 Weiter beanstanden die Beschwerdeführer die Nichtberücksichtigung von Anlagekosten für den Scheunenanbau sowie die Belagsarbeiten. Die Vorinstanz begründet dies damit, dass hierfür Ersatz beschafft wurde, was die Sofortabschreibung auf dem angeschafften Ersatzgut zur Folge habe. Deshalb würden die Anlagekosten zu Recht mit Null Franken veranschlagt. Diese Folgerung ist zutreffend, deklarierten doch die Beschwerdeführer in ihrer Einsprache vom 11. Mai 2005 selbst Anlagekosten von Fr. 50'330.-- und auf der andern Seite Abschreibungen - zufolge Ersatzbeschaffung - in derselben Höhe, womit sich kein steuerlich relevanter Buchwert mehr ergibt. Die Beschwerdeführer beschränken sich darauf, die "Äusserungen im Verwaltungsgerichtsentscheid" als tatsachenwidrig zu bezeichnen. Diese unbelegte Behauptung ist aber nicht geeignet, die Annahme der Vorinstanz als willkürlich erscheinen zu lassen.
3.3 Schliesslich beanstanden die Beschwerdeführer, dass die nicht ganz hälftige Aufteilung des Liquidationserlöses auf die beiden Brüder (Z._ Fr. 15'000.-- mehr und X._ Fr. 15'000.-- weniger) nicht berücksichtigt worden sei. Die Vorinstanz erwog, die beiden Brüder seien an den Hofgrundstücken hälftig berechtigt gewesen und hätten das landwirtschaftliche Einkommen stets hälftig deklariert. Es erscheine daher sachlich richtig, ebenso den Liquidationsgewinn hälftig aufzuteilen. Auch diese Feststellung hält der Willkürprüfung ohne Weiteres stand, sind doch singuläre, von der üblichen Gewinnaufteilung abweichende Absprachen über die Gewinnverwendung bei der Liquidationsgewinnbesteuerung nicht zu beachten.
4. Damit ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Winiger