Faits:
A. X._, né en 1954 et dame X._, née en 1957, se sont mariés le 8 mai 1976 à Genève.
Deux enfants, aujourd'hui majeurs, sont issus de cette union : A._, né le 3 mars 1977 et B._, née le 10 septembre 1980. Souffrant d'une sclérose en plaques, A._ est invalide à 85 %.
Les époux vivent séparés depuis le mois de juillet 2002.
Le 19 juin 2003, le Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné des mesures protectrices de l'union conjugale, condamnant X._ à verser à l'épouse une contribution d'entretien de 900 fr. par mois, due dès le 1er juillet 2002.
B. Par jugement du 30 avril 2008, le Tribunal de première instance a prononcé le divorce des époux, attribué la jouissance exclusive du domicile conjugal à dame X._, procédé à la liquidation du régime matrimonial et ordonné le partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle accumulés par les parties. Il a débouté dame X._ de sa conclusion tendant au paiement par le mari d'une contribution d'entretien en sa faveur.
Sur appel de l'épouse, la Cour de justice du canton de Genève a réformé le jugement attaqué en ce sens qu'elle a condamné X._ à verser un montant de 600 fr. par mois à titre de contribution à l'entretien de l'épouse.
C. Le mari exerce un recours en matière civile. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué en tant qu'il le condamne à s'acquitter d'une contribution d'entretien.

Considérant en droit:
1. La décision concernant le divorce et ses effets accessoires est une décision en matière civile (<ref-law>). Comme le litige porte uniquement sur la contribution d'entretien allouée à l'intimée, il s'agit d'une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF). Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance par la Cour de justice du canton de Genève (<ref-law>), le recours est en principe recevable.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 5.2.2). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; ATF 133 I 393 consid. 3).
3. Pour fonder sa décision d'octroi d'une contribution d'entretien à l'intimée, la cour cantonale a constaté qu'à la date de l'entrée en force du jugement de divorce, le mariage avait duré près de 32 ans, les parties ayant vécu séparées les six dernières années. Durant les premières années du mariage, d'entente entre les époux, l'intimée s'est consacrée à l'éducation des enfants et à la tenue du ménage, alors que le recourant a contribué à l'entretien de la famille par son revenu. L'épouse a commencé à travailler à mi-temps en 1991 tout en continuant à prendre soin des enfants. La cour cantonale a considéré qu'il s'agissait ainsi d'un mariage ayant eu un impact sensible sur la situation économique de l'intimée. Au moment de la séparation, celle-ci était déjà âgée de 45 ans; son employeur n'a pas été en mesure à ce moment d'augmenter son temps de travail et elle s'occupait encore quotidiennement de son fils handicapé. Selon les constatations cantonales, l'intimée est âgée de 51 ans et son employeur a indiqué que le taux d'activité de 60 % ne pouvait être augmenté. L'autorité précédente a relevé que l'intimée travaille en tant qu'aide à domicile et doit pouvoir se rendre au chevet de ses patients en tout temps, ce qui l'empêche de prendre un second emploi. En outre, compte tenu du marché du travail et de l'âge de l'intéressée, on ne peut exiger d'elle qu'elle change d'emploi en vue d'augmenter son temps d'activité. En conclusion, la cour cantonale a estimé que la capacité de gain de l'épouse correspondait à ses revenus effectifs de 2'878 fr. 85, qui ne lui permettaient pas de couvrir ses charges mensuelles évaluées à 2'996 fr. Ainsi, une contribution d'entretien devait lui être allouée après le divorce.
4. Le recourant conteste le principe d'une contribution due pour l'entretien de l'épouse. Il reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que l'intimée ne pouvait augmenter sa capacité de gain et, partant, couvrir elle-même son entretien convenable au sens de l'<ref-law>.
4.1 En vertu de l'<ref-law>, qui concrétise notamment le principe de la solidarité entre époux, le conjoint dont la situation a été influencée de manière décisive par le mariage et qui n'est pas en mesure de subvenir lui-même à ses propres besoins a droit au maintien du train de vie mené pendant la vie commune, ou à tout le moins au même niveau de vie que l'époux débiteur, et ce même au-delà de l'âge de sa propre retraite. Pour fixer le principe, le montant et la durée de la contribution d'entretien, le juge doit tenir compte des critères énumérés non exhaustivement à l'<ref-law>, notamment de la répartition des tâches pendant le mariage (ch. 1), de la durée du mariage (ch. 2), de l'âge et de l'état de santé des époux (ch. 4), de leurs revenus et de leur fortune (ch. 5) et de leurs perspectives de gain (ch. 7; <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 9.1; arrêt 5A_132/2007 du 21 août 2007 consid. 4.1 et les arrêts cités).
Lors de la fixation de la contribution d'entretien, il faut se fonder en principe sur les revenus effectifs des époux. Un conjoint - y compris le créancier d'entretien (cf. <ref-ruling> consid. 2c) - peut toutefois se voir imputer un revenu hypothétique supérieur à celui qu'il obtient effectivement, pour autant qu'une augmentation correspondante soit possible et qu'elle puisse être raisonnablement exigée de lui. Les critères permettant de déterminer le montant du revenu hypothétique sont en particulier la qualification professionnelle, l'âge, l'état de santé et la situation du marché du travail (<ref-ruling> consid. 4a et les citations). Savoir si l'on peut raisonnablement exiger du conjoint concerné une augmentation de son revenu est une question de droit; en revanche, savoir quel revenu peut être effectivement réalisé relève du fait (<ref-ruling> consid. 4c/bb; <ref-ruling> consid. 2b).
Lors de la fixation de la contribution d'entretien, il faut se fonder en principe sur les revenus effectifs des époux. Un conjoint - y compris le créancier d'entretien (cf. <ref-ruling> consid. 2c) - peut toutefois se voir imputer un revenu hypothétique supérieur à celui qu'il obtient effectivement, pour autant qu'une augmentation correspondante soit possible et qu'elle puisse être raisonnablement exigée de lui. Les critères permettant de déterminer le montant du revenu hypothétique sont en particulier la qualification professionnelle, l'âge, l'état de santé et la situation du marché du travail (<ref-ruling> consid. 4a et les citations). Savoir si l'on peut raisonnablement exiger du conjoint concerné une augmentation de son revenu est une question de droit; en revanche, savoir quel revenu peut être effectivement réalisé relève du fait (<ref-ruling> consid. 4c/bb; <ref-ruling> consid. 2b).
4.2 4.2.1 Selon le recourant, il était arbitraire de retenir que l'intimée n'était pas en mesure d'augmenter son taux d'activité dans son emploi actuel en se fondant sur deux attestations établies par l'employeur de celle-ci le 8 septembre 2003 et le 24 mai 2006. Il ressort de la première que l'intimée travaille à temps partiel et que l'employeur ne peut donner une suite favorable à sa demande d'augmenter son temps de travail. Aux termes de la seconde attestation, l'intimée travaille à hauteur de 60 % et ce taux ne peut actuellement être augmenté. Le recourant estime que la cour ne pouvait se fonder sur ces pièces car celles-ci ne sont pas motivées et ne sont pas confirmées sous la foi du serment. L'absence de motivation relative au refus de la demande ne rend pas ces pièces moins crédibles. Il n'était en tous les cas pas arbitraire de ne pas les écarter pour ce motif. En prétendant que ces documents n'étaient pas fiables car ils n'ont pas été confirmés sous la foi du serment, le recourant semble soutenir que les moyens de preuve n'ont pas été administrés conformément aux exigences de la loi de procédure civile du canton de Genève du 10 avril 1987 qui réglemente les moyens de preuve admissibles et les règles de procédure à respecter pour leur obtention. A défaut d'indications précises de la disposition cantonale qui exigerait qu'un titre soit confirmé sous la foi du serment et sur les raisons pour lesquelles cette disposition aurait été appliquée de manière arbitraire, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur ce moyen, faute de motivation suffisante (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3).
Le recourant prétend encore que les attestations sont contredites par la réalité puisque pendant le laps de temps qui les sépare, soit entre septembre 2003 et mai 2006, l'intimée aurait augmenté son taux d'activité. Cette critique ne repose toutefois pas sur des faits constatés dans l'arrêt entrepris duquel il ne ressort pas que l'intéressée ait augmenté son temps de travail précisément dans l'intervalle qui sépare les deux attestations. A supposer que tel soit le cas, cela ne signifierait pas encore qu'il faille mettre en doute les déclarations écrites de l'employeur qui se rapportent en effet aux dates auxquelles les documents ont été délivrés mais n'excluent pas qu'entre-temps, l'employeur ait pu effectivement proposer à l'intimée un temps de travail plus élevé. En définitive, la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en retenant, sur la base des preuves administrées, que l'employeur actuel de l'intimée ne pouvait lui offrir plus qu'un taux d'activité de 60 %.
4.2.2 Le recourant estime que la cour cantonale a violé l'<ref-law> en constatant que l'intimée devait s'occuper de son fils quotidiennement. Le grief tombe à faux car la constatation incriminée ne ressort pas de l'arrêt cantonal. L'autorité précédente a certes retenu qu'au moment de la séparation des époux en juillet 2002, l'intimée s'occupait tous les jours de son fils atteint de la sclérose en plaques. Analysant la situation actuelle de l'intimée en vue de l'augmentation de son taux d'activité, elle a exclu la possibilité de l'augmenter. Elle ne s'est toutefois pas référée à la nécessité de prise en charge du fils mais à l'impossibilité pour l'employeur d'augmenter le temps de travail et à l'incapacité pour l'intimée, soit de prendre un second emploi puisqu'elle doit pouvoir se rendre en tout temps auprès de ses patients, soit de changer d'employeur, cette dernière perspective ayant été écartée en raison de son âge et de la situation du marché du travail.
4.2.3 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu sans aucune preuve, soit en violation de l'<ref-law>, que l'intimée n'était pas en mesure d'augmenter sa capacité de gain dans un autre emploi que celui qu'elle exerce actuellement. Le recourant se méprend sur le raisonnement de la cour cantonale qui n'a pas effectué cette constatation mais a considéré que, vu l'âge de celle-ci, la disponibilité qu'exigeait son premier emploi et la situation du marché du travail, on ne pouvait exiger d'elle qu'elle prenne un autre empIoi. Ce raisonnement procède d'une application du droit, de sorte que la critique tirée d'une violation de l'<ref-law> et d'une constatation arbitraire des faits tombe à faux. Pour le surplus, il n'apparaît pas et le recourant ne met d'ailleurs nullement en évidence que la cour cantonale aurait par ce raisonnement excédé son pouvoir d'appréciation par exemple en se référant à des critères dénués de pertinence ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2c).
5. Vu ce qui précède, le recours ne peut qu'être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 22 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: La Greffière:
Escher Rey-Mermet