Sachverhalt:
A. A._ und B._ (Beklagte, Beschwerdeführer) beauftragten die X._ AG als Generalunternehmerin mit der Erstellung eines Einfamilienhauses in Y._. Dabei ist es zu massiven Problemen gekommen, weshalb sie im August 2007 C._ (Kläger, Beschwerdegegner) als ihren Bauherrenvertreter gegenüber der X._ AG mandatierten, damit dieser die Fertigstellung des Einfamilienhauses bewirke. In der Folge war C._ nicht nur mit der Fertigstellung des Baus und der damit verbundenen Mängelbehebung, sondern auch in verschiedenen Gerichtsverfahren für A._ und B._ tätig.
B. B.a Am 18. Januar 2010 reichte C._ beim Bezirksgericht Kriens Klage ein mit dem Begehren, A._ und B._ seien zu verpflichten, ihm in solidarischer Haftbarkeit Fr. 41'282.85 zuzüglich 5 % Zins seit dem 6. August 2009 sowie Fr. 100.-- Betreibungskosten zu bezahlen und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. zzz._ des Betreibungsamtes Root-Gisikon-Honau aufzuheben.
Mit Urteil vom 30. August 2011 hiess das Bezirksgericht Kriens die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagten, dem Kläger in solidarischer Haftbarkeit einen Betrag von Fr. 35'394.60 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 6. August 2009 zu bezahlen und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. zzz._ des Betreibungsamtes Root-Gisikon-Honau in diesem Umfang auf.
B.b Gegen dieses Urteil legten die Beklagten Berufung ein und beantragten die Aufhebung des Urteils vom 30. August 2011 und die Rückweisung der Sache an das Bezirksgericht, eventualiter die Abweisung der Klage.
Mit Urteil vom 14. März 2012 hiess das Obergericht des Kantons Luzern die Berufung teilweise gut und verpflichtete die Beklagten, dem Kläger unter solidarischer Haftbarkeit einen Betrag von Fr. 32'776.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 6. August 2009 zu bezahlen und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. zzz._ des Betreibungsamtes Root-Gisikon-Honau in diesem Umfang auf.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beklagten dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 14. März 2012 sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventualiter sei die Klage abzuweisen.
Der Kläger beantragt die Abweisung der Beschwerde; die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
D. Mit Präsidialverfügung vom 1. Juni 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 35'394.60, womit der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert erreicht ist (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
2.2 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
3. 3.1 Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), dürfen sich die Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern müssen einen Antrag in der Sache stellen. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig (<ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f. mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführer beantragen in ihrer Beschwerde die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung. Nur im Eventualbegehren beantragen sie die Abweisung der Klage. Ob die Rechtsbegehren damit den hievor dargelegten gesetzlichen Anforderungen genügen, kann offenbleiben, da sich erweisen wird, dass die Beschwerde ohnehin unbegründet ist.
3.2 Die Beschwerdeführer stellen den Antrag, die Gerichtskosten und die Parteientschädigung (der kantonalen Verfahren) seien je nach Ausgang des Verfahrens neu festzusetzen. Soweit die Beschwerdeführer mit diesem Antrag verlangen wollten, die Kosten der kantonalen Verfahren seien auch bei Abweisung der Beschwerde anders zu verlegen, fehlt jede Begründung (<ref-law>). Auf diesen Antrag ist nicht einzutreten.
4. Die Beschwerdeführer machen unter dem Titel "Vorbemerkungen" geltend, die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz müsse zunächst in genereller Hinsicht bemängelt werden. Die Vorinstanz begnüge sich damit, die gerade mal vier Zeilen umfassende Sachverhaltsdarstellung der ersten Instanz zu übernehmen, weshalb über weite Strecken unklar bleibe, von welchem rechtserheblichen Sachverhalt die Vorinstanz bei ihrer Rechtsanwendung ausgegangen sei. Eine solche rudimentäre Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts genüge den Mindestanforderungen von <ref-law> offenkundig nicht, weshalb die Sache unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids an die Vorinstanz zurückzuweisen sei.
4.1 Nach <ref-law> müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten. Aus dem Entscheid muss klar hervorgehen, von welchem festgestellten Sachverhalt die Vorinstanz ausgegangen ist und welche rechtlichen Überlegungen sie angestellt hat. Nur so kann das Bundesgericht die korrekte Rechtsanwendung im Einzelfall überprüfen (<ref-ruling> E. 8.2 S. 153 mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 4A_267/2007 vom 24. Oktober 2007 E. 3). Die klare Feststellung des massgebenden Sachverhalts ist namentlich im Hinblick auf die grundsätzliche Bindung des Bundesgerichts an die Feststellungen der Vorinstanz und die stark eingeschränkte Sachverhaltskontrolle erforderlich (Art. 97 und 105 BGG). Einen Entscheid, der diesen Anforderungen nicht genügt, kann das Bundesgericht an die kantonale Behörde zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben (<ref-law>). Hingegen ändert sich nichts an der bundesgerichtlichen Kognition hinsichtlich des Sachverhalts, weshalb es nicht angeht, den Sachverhalt frei entsprechend den eigenen Vorbringen im kantonalen Verfahren zu ergänzen. Ansonsten liefe es darauf hinaus, dass das Bundesgericht in die ihm nicht zustehende Rolle einer Appellationsinstanz gedrängt würde.
4.2 Den Beschwerdeführern kann nicht gefolgt werden. An der von ihnen genannten Stelle, auf Seite 2 des angefochtenen Entscheids unter Buchstabe A, schildert die Vorinstanz die Prozessgeschichte; aus diesem Grund ist nur eine kurze Darstellung des Sachverhalts wiedergegeben. In den darauffolgenden Erwägungen des angefochtenen Entscheids finden sich jedoch weitere tatsächliche Feststellungen sowie Präzisierungen, die den Anforderungen von <ref-law> durchaus genügen, weshalb eine Rückweisung ausser Betracht fällt.
5. Die Beschwerdeführer machen eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs sowie eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben geltend.
5.1 Den Parteien wurde am 27. April 2011 durch das Bezirksgericht mitgeteilt, dass eine Hauptverhandlung nur stattfinde, wenn diese von einer Partei schriftlich verlangt werde; für den Fall des Verzichts wurde den Parteien die Gelegenheit gegeben, zum Beweisergebnis schriftlich Stellung zu nehmen. Die Beschwerdeführer haben mit Schreiben vom 6. Mai 2011 auf eine Hauptverhandlung verzichtet, sich jedoch vorbehalten, nebst einer Stellungnahme zum Beweisergebnis die Streitigkeit auch rechtlich zu erörtern. In ihrer Stellungnahme vom 20. Juni 2011 haben die Beschwerdeführer sodann ausgeführt, dass das Beweisverfahren ergeben habe, dass der Beschwerdegegner sich nicht als Ingenieur mit Hochschuldiplom ausweisen könne, was für den Vertragsabschluss eine notwendige Grundlage gewesen sei, weshalb ein Grundlagenirrtum vorliegen würde.
5.2 Das Bezirksgericht hat festgehalten, dass diese neuen Vorbringen der Beschwerdeführer betreffend die Anfechtung des Vertrages infolge Grundlagenirrtums, erst nach Schluss des Beweisverfahrens erfolgt seien. Da die Bedingungen für eine ausserordentliche Noveneingabe gestützt auf das (damals noch anwendbare) kantonale Prozessrecht nicht erfüllt gewesen seien, haben diese nicht mehr berücksichtigt werden können.
Die Vorinstanz ist dem gefolgt und hat ausgeführt, dass es sich bei den Ausführungen der Beschwerdeführer in ihrer Stellungnahme nicht (nur) um eine rechtliche Erörterung gehandelt habe. Die Vorbringen der Beschwerdeführer, welche die objektive Wesentlichkeit des Irrtums indizieren würden, seien tatsächlicher Natur. Es sei den Beschwerdeführern möglich und zumutbar gewesen, im erstinstanzlichen Verfahren diese neuen Tatsachen geltend zu machen. Es habe ihnen offen gestanden, eine Hauptverhandlung zu verlangen, worauf sie jedoch ausdrücklich verzichtet haben. Damit seien die Voraussetzungen von Art. 317 Abs. 1 lit. a und b ZPO nicht erfüllt, weshalb eine Prüfung des behaupteten Grundlagenirrtums im Berufungsverfahren nicht in Betracht komme.
5.3 Die Beschwerdeführer bringen vor, indem die Vorinstanz den vorgebrachten Grundlagenirrtum bzw. die absichtliche Täuschung materiell nicht geprüft habe, habe sie das damals noch anwendbare kantonale Prozessrecht willkürlich angewendet und zudem ihr rechtliches Gehör verletzt. Es treffe zwar zu, dass sie auf die Hauptverhandlung verzichtet haben, ihre schriftliche Stellungnahme trete jedoch funktional an die Stelle einer mündlichen Hauptverhandlung, womit es nach Prozessrecht noch möglich gewesen sei, neue Tatsachen vorzubringen.
Die Nichtberücksichtigung der Willensmängel durch die Vorinstanz verstosse denn auch gegen den Grundsatz des Handelns nach Treu und Glauben; das erstinstanzliche Gericht habe den Parteien den Verzicht auf eine mündliche Hauptverhandlung vorgeschlagen und dabei gleichzeitig auf die Möglichkeit einer schriftlichen Stellungnahme hingewiesen. Dabei wäre zwingend notwendig gewesen, die Parteien auf die Unzulässigkeit neuer Vorbringen hinzuweisen, was das erstinstanzliche Gericht jedoch unterlassen habe.
Schlussendlich handle es sich ohnehin nicht um neue Vorbringen, da sie die fragwürdige berufliche Qualifikation des Beschwerdegegners - insbesondere das Vorliegen eines anerkannten Abschlusses als Ingenieur - bereits in ihrer Klageantwort sowie in ihrer Duplik vorgebracht haben.
5.4 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich das Recht der Betroffenen, sich vor Erlass eines Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 293; <ref-ruling> E. 3.2 S. 494; <ref-ruling> E. 2b S. 56; <ref-ruling> E. 4b S. 268; je mit Hinweisen). Der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessende Anspruch auf Beweis bezieht sich nur auf die Abnahme und Würdigung rechtzeitig und formrichtig angebotener Beweismittel (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 242).
5.5 Die Beschwerdeführer bringen erstmals vor Bundesgericht vor, es handle sich bei der fraglichen beruflichen Qualifikation des Beschwerdegegners nicht um ein neues Vorbringen. Die Beschwerdeführer legen jedoch nicht dar, weshalb sie dies nicht bereits vor den Vorinstanzen vorgebracht haben oder weshalb es ihnen nicht möglich gewesen wäre dies bereits früher vorzubringen. Die Vorinstanz hat vielmehr festgehalten, dass die Unverbindlichkeit des Vertrages, aufgrund der fehlenden beruflichen Qualifikation des Beschwerdegegners erstmals und einzig in der Stellungnahme der Beschwerdeführer vom 20. Juni 2011 vorgebracht wurde.
Der Anspruch auf rechtliches Gehör verpflichtet die Gerichte nur zur Entgegennahme und Prüfung rechtzeitig und formrichtig vorgebrachter Tatsachen und Beweismittel (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 242). Den Beschwerdeführern wurde unbestrittenermassen vor der ersten Instanz Gelegenheit gegeben eine Hauptverhandlung zu verlangen, wobei sie unbeschränkt neue Tatsachen hätten vortragen können. Es wurde ihnen angekündigt, dass im Falle eines Verzichts auf eine Hauptverhandlung das Beweisverfahren geschlossen werde. Die Beschwerdeführer haben ausdrücklich auf eine Hauptverhandlung verzichtet, weshalb neue Tatsachen nur noch unter den Voraussetzungen von § 207 lit. a - c der damals anwendbaren ZPO/LU (Gesetz vom 27. Juni 1994 über die Zivilprozessordnung; SRL Nr. 260a) hätten vorgebracht werden können. Dass diese Voraussetzungen erfüllt gewesen seien, bringen die Beschwerdeführer nicht vor. Die Vorinstanzen durften demnach ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs der Beschwerdeführer diese Vorbringen unberücksichtigt lassen.
5.6 Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs kann auch nicht aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum sogenannten Replikrecht (vgl. <ref-ruling>) abgeleitet werden, welche die Vorinstanz nach Auffassung der Beschwerdeführer falsch angewendet haben soll. Die Beschwerdeführer verkennen, dass sie aus der genannten Rechtsprechung kein Recht ableiten können, zu jedem beliebigen Zeitpunkt neue Tatsachen vorzutragen. Die Vorinstanz hat richtig ausgeführt, dass ein Verzicht auf ein Verfahrensrecht wirksam sei, wenn Mindestgarantien eingehalten werden, wozu namentlich die Möglichkeit zur Stellungnahme gehöre. Die Beschwerdeführer haben nicht nur die Möglichkeit zur Stellungnahme erhalten, worin sie sich zum Beweisergebnis haben äussern können, sondern auch, eine Hauptverhandlung zu verlangen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist nicht ersichtlich.
5.7 Auch eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben ist weder dargetan noch ersichtlich. Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründetes Verhalten (<ref-ruling> E. 7.1 S. 381; <ref-ruling> E. 3a S. 387). Der Beschwerde ist nicht zu entnehmen, auf welche Rechtsgrundlage sich eine angebliche Pflicht des Gerichts ergeben sollte, die Parteien, insbesondere die rechtskundig vertretenen Parteien, auf die Unzulässigkeit oder die beschränkte Möglichkeit der Zulassung neuer Tatsachen nach dem Schluss des Beweisverfahrens hinzuweisen.
6. Strittig ist der Vergütungsanspruch des Beschwerdegegners. Die Beschwerdeführer machen im Wesentlichen geltend, dass dem Beschwerdegegner für seine Tätigkeiten - infolge fehlender Beauftragung oder Schlechterfüllung seines Mandats - entweder gar kein oder nur ein gekürztes Honorar zustehe.
Sie machen dabei in verschiedener Hinsicht eine Verletzung von Bundesrecht geltend. Allerdings erschöpfen sich ihre jeweiligen Ausführungen weitgehend in appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid. Sie vermengen in ihrer Beschwerdeschrift ihre verschiedenen Rügen und es ist nur schwer ersichtlich, was sie unter welchem Titel geltend machen und was sie daraus ableiten wollen. Auf die Rügen der Beschwerdeführer ist deshalb nur insoweit einzugehen, als eine klare Rüge erhoben oder zumindest erkennbar ist.
7. Die Beschwerdeführer machen in erster Linie eine falsche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz geltend.
7.1 Die Vorinstanz hat festgestellt, es sei unbestritten, dass der Beschwerdegegner neben seinen Pflichten als Bauherrenvertreter auch juristische Tätigkeiten für die Beschwerdeführer ausgeführt habe. Mit der Unterzeichnung der jeweiligen Rechtsschriften durch die Beschwerdeführer sei hinreichend bewiesen, dass diese die Ausdehnung des ursprünglichen Auftrags zumindest konkludent vereinbart haben. Die Beschwerdeführer haben nicht bestritten, um die Abfassung der Rechtsschriften durch den Beschwerdegegner gewusst zu haben, weshalb aus ihrem Wissen auf ihre Zustimmung geschlossen werden müsse.
7.2 Die Beschwerdegegner bringen dagegen vor, die "Behauptung der Vorinstanz bezüglich des Wissens bzw. Nichtwissens der Beschwerdeführer um die unstreitig fehlende Qualifikation des Beschwerdegegners als Jurist" sei falsch. Der Beschwerdegegner habe sich ihnen gegenüber stets als rechtskundig ausgegeben; ausschliesslich unter der Annahme einer derartigen Ausbildung hätten sie die "juristischen Leistungen" des Beschwerdegegners hingenommen.
7.3 Die Vorinstanz hat festgehalten, dass die Beschwerdeführer die Feststellung der ersten Instanz, wonach ihnen der Unterschied zwischen einem Rechtsanwalt und einem juristischen Laien durchaus bekannt gewesen sei, nicht angefochten haben. Die erhobene Sachverhaltsrüge erweist sich demnach als verspätet.
Ohnehin vermögen die Beschwerdeführer mit ihrem Vorbringen die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanzen nicht als willkürlich auszuweisen. Sie haben die Rechtsschriften des Beschwerdegegners in eigenem Namen unterschrieben, was sie auch nicht bestreiten. Durch ihre Unterschrift haben sie die Rechtsschriften genehmigt, weshalb es gar nicht darauf ankommt was für eine Ausbildung der Beschwerdegegner nun hatte oder eben nicht hatte und ob die Beschwerdeführer über diese (fehlende) Ausbildung wussten.
8. Die Beschwerdeführer machen sodann in verschiedener Hinsicht geltend, der Beschwerdegegner habe den ihm erteilten Auftrag schlecht erfüllt.
8.1 Unter dem Titel "unzutreffende Beweislastverteilung bezüglich Schlechterfüllung des Auftrags" bringen die Beschwerdeführer vor, der Beschwerdegegner habe die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen. Er habe nicht nachweisen können, dass er die "Spesenzusammenstellungen" den jeweiligen Rechnungen beigefügt habe, weshalb sich der geltend gemachte Honoraranspruch ausschliesslich nach den Rechnungen beurteile, welche den auftragsrechtlichen Rechenschaftsablegungspflichten nicht genügen.
8.1.1 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdegegner den Beschwerdeführern über den Zeitraum vom 22. August 2007 bis zum 17. März 2009 insgesamt sechs Rechnungen für seine Leistungen zugestellt habe. Dabei habe er in seinen Rechnungen stets die "Spesenblätter" als Beilage erwähnt, auf welche sich die in der Rechnung genannten Rechnungspositionen beziehen; die Beschwerdeführer haben demnach gewusst, dass der Beschwerdegegner seine Rechnungen gestützt auf die "Spesenblätter" erstellt habe. Demnach verhalten sie sich treuwidrig, wenn sie erst im Prozess betreffend das Honorar des Beschwerdegegners, die Zustellung der jeweiligen Spesenblätter bestreiten. Selbst wenn angenommen werden müsse, dass die Zustellung nicht erfolgt sei, haben es sich die Beschwerdeführer selber zuzuschreiben, wenn sie die Rechnungen nicht überprüft haben und den Beschwerdegegner im Vertrauen auf eine vorbehaltlose Entgegennahme seiner Leistungen weiter arbeiten liessen. Der Beschwerdegegner durfte gestützt auf das Verhalten der Beschwerdeführer davon ausgehen, dass die Beschwerdeführer seine Leistungen als vertragskonform entgegengenommen haben.
8.1.2 Wohl gibt <ref-law> der beweisbelasteten Partei in allen bundesrechtlichen Zivilstreitigkeiten einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Sachvorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag form- und fristgerecht vorgebracht wird (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299 mit Hinweisen). Wo allerdings das Gericht in Würdigung von Beweisen zur Überzeugung gelangt, eine Tatsachenbehauptung sei bewiesen oder widerlegt, wird die Beweislastverteilung gegenstandslos (<ref-ruling> E. 5.4 S. 602). Diesfalls liegt freie Beweiswürdigung vor (<ref-law>).
Die Vorinstanz konnte demnach, gestützt auf die von ihr als positives Beweisergebnis festgestellten Tatsachen, bundesrechtskonform davon ausgehen, dass die Beschwerdeführer die Leistungen des Beschwerdegegners vertragskonform entgegengenommen haben. Damit kommt der Beweislastverteilung keine Bedeutung zu.
8.2 Die Beschwerdeführer bringen sodann vor, der Beschwerdegegner habe bezüglich seiner juristischen Tätigkeiten seine Abmahnungspflichten verletzt. Er habe es unterlassen, die Beschwerdeführer darauf aufmerksam zu machen, dass die verschiedenen Gerichtsverfahren allesamt aussichtslos gewesen seien bzw. dass die ihm erteilte Weisung unzweckmässig gewesen sei.
8.2.1 Die Vorinstanz hat es als nicht erstellt angesehen, dass der Beschwerdegegner über die Ausarbeitung von Rechtsschriften und den Stellungnahmen gegenüber der X._ AG hinaus, mit einer juristischen Beratungstätigkeit beauftragt worden sei. Es sei vielmehr davon auszugehen, dass die Beschwerdeführer den eingeschlagenen Rechtsweg selber gewählt haben und der Beschwerdegegner einzig beauftragt wurde, die entsprechenden Rechtsschriften zu verfassen. Somit könne dem Beschwerdegegner nicht vorgeworfen werden, die Beschwerdeführer falsch beraten zu haben. Eine Sorgfaltspflichtverletzung im Zusammenhang mit den juristischen Tätigkeiten des Beschwerdegegners sei demnach nicht erstellt.
8.2.2 Gemäss der auftragsrechtlichen Abmahnungspflicht, hat der Beauftragte bei unsachgemässen und unzweckmässigen Weisungen, welche die Erreichung des Auftragszweckes in Frage stellen, den Auftraggeber darauf hinzuweisen. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz bestand der Auftragszweck darin, für die Beschwerdeführer verschiedene Rechtsschriften zu verfassen und gerade nicht, diese in juristischer Hinsicht oder bezüglich des einzuschlagenden Rechtswegs zu beraten. Inwiefern die Beschwerdeführer dem Beschwerdegegner dabei unsachgemässe oder unzweckmässige Weisungen erteilt haben, welche der Beschwerdegegner hätte abmahnen sollen, tun die Beschwerdeführer nicht dar. Allein aus der Aussage des Beschwerdegegners, wonach "die von den Beschwerdeführern (Beklagten) angesprochenen Fälle alle von vornherein aussichtslos" gewesen seien, können solche nicht abgeleitet werden.
8.3 Auch bezüglich seinen Tätigkeiten als Bauherrenvertreter machen die Beschwerdeführer geltend, der Beschwerdegegner habe eine Sorgfaltspflichtverletzung begangen. Er habe einerseits die Mängelliste nicht gehörig erstellt, da ein Auseinandersetzen mit den jeweiligen Fachnormen fehle und andererseits habe er seine ihm obliegende Pflicht zur Überwachung der Fertigstellungs- und Mängelbehebungsarbeiten nicht richtig erfüllt.
Den Beschwerdeführern kann dabei nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdegegner nicht mit einem Gutachten beauftragt worden sei. Es sei nicht ersichtlich, weshalb der Beschwerdegegner in seiner "Mängelauflistung" auf fachtechnische Normen hätte verweisen müssen. Dies tun die Beschwerdeführer auch in ihrer Beschwerde ans Bundesgericht nicht dar; es ist insbesondere nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdegegner eine Sorgfaltspflichtverletzung begangen haben soll, nur weil ein solcher Verweis gefehlt hat; dass die Mängelliste lückenhaft gewesen sei, machen die Beschwerdeführer nicht geltend.
Bezüglich der ungenügenden Überwachung der Mängelbehebung durch den Beschwerdegegner, hielt die Vorinstanz fest, dass die Beschwerdeführer die Feststellung des erstinstanzlichen Gerichts, wonach der Beschwerdegegner nicht einen Erfolg, sondern ein Tätigwerden geschuldet habe, nicht angefochten und insbesondere nicht dargelegt haben, inwiefern der Beschwerdegegner seine Überwachungstätigkeit unsorgfältig ausgeübt habe. Was die Beschwerdeführer in ihrer Beschwerde dagegen aufbringen vermag die vorinstanzliche Feststellung nicht als willkürlich auszuweisen. Sie bringen vor, sie hätten in ihrer Berufung zwei konkrete Beispiele einer mangelhaften Überwachung durch den Beschwerdegegner genannt; so sei der Bodenbelag im Untergeschoss nicht fachgerecht wiederhergestellt und der Kantenschutz nicht fachgerecht ausgeführt worden. Allein damit vermögen sie jedoch nicht aufzuzeigen, inwiefern der Beschwerdegegner seine Überwachungstätigkeit mangelhaft ausgeübt resp. inwiefern die Feststellung der Vorinstanz willkürlich sein soll.
8.4 Nach dem Gesagten, kann dem Beschwerdegegner keine Sorgfaltspflichtverletzung vorgeworfen werden; eine Verletzung von Bundesrecht ist nicht ersichtlich.
9. Die Beschwerdeführer rügen schliesslich die Berechnung des Honoraranspruchs des Beschwerdegegners.
9.1 Sie machen geltend, die Feststellung der Vorinstanz, wonach sie aus ihrem Vorbringen der nicht erfolgten Zustellung der Spesenblätter keine Rechtsfolge abgeleitet haben, sei unzutreffend. Dabei wiederholen sie ihre Ausführungen vor der Vorinstanz und machen geltend, dass sie damit hinreichend deutlich zum Ausdruck gebracht haben, dass sie den vom Beschwerdegegner geltend gemachten Aufwand bestreiten würden und damit die erstinstanzliche Beweiswürdigung für einseitig und willkürlich halten. Sie bringen erneut vor, dass der Beschwerdegegner den auftragsrechtlichen Rechenschaftspflichten nicht genügt habe und demnach sein Aufwand nicht genügend detailliert beziffert wurde. Die Beschwerdeführer verkennen dabei jedoch, dass die Vorinstanz verbindlich festgestellt hat, dass die Beschwerdeführer während rund zwei Jahren, die Zustellung der jeweiligen Spesenblätter nie beanstandet haben, obwohl sie gewusst haben, dass der Beschwerdegegner seine Rechnungen darauf abgestützt hat. Ohnehin hätten es sich die Beschwerdeführer selber zuzuschreiben, wenn sie die Rechnungen des Beschwerdeführers nicht überprüft haben und den Beschwerdegegner im Vertrauen auf eine vorbehaltlose Entgegennahme seiner Leistungen weiter arbeiten liessen. Die Rüge der Beschwerdeführer stösst damit ins Leere.
9.2 Unter dem Titel "inhaltliche Stellungnahme zu den Spesenzusammenstellungen", bringen die Beschwerdeführer alsdann vor, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie den Verweis in ihrer Berufungsschrift auf die erstinstanzliche Eingabe als nicht rechtsgenügend begründet erachtet habe. Die erste Instanz habe sich nicht im Einzelnen mit den Ausführungen der Beschwerdeführer zu den "Spesenzusammenstellungen" in ihrer erstinstanzlichen Eingabe auseinandergesetzt, deshalb hätten sie nochmals auf ihre erstinstanzliche Eingabe verwiesen.
9.2.1 Nach <ref-law> muss die Berufung eine Begründung enthalten. Begründen im Sinne der genannten Vorschrift bedeutet aufzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid als fehlerhaft erachtet wird. Dieser Anforderung genügt der Berufungskläger nicht, wenn er lediglich auf die vor erster Instanz vorgetragenen Vorbringen verweist, sich mit Hinweisen auf frühere Prozesshandlungen zufriedengibt oder den angefochtenen Entscheid in allgemeiner Weise kritisiert. Die Begründung muss hinreichend genau und eindeutig sein, um von der Berufungsinstanz mühelos verstanden werden zu können. Dies setzt voraus, dass der Berufungskläger im Einzelnen die vorinstanzlichen Erwägungen bezeichnet, die er anficht, und die Aktenstücke nennt, auf denen seine Kritik beruht (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 375). Die Begründung ist eine gesetzliche, von Amtes wegen zu prüfende Zulässigkeitsvoraussetzung für die Berufung. Fehlt sie, so tritt das obere kantonale Gericht nicht auf die Berufung ein (Urteil 4A_659/2011 vom 7. Dezember 2011 E. 3). Gleiches muss gelten, wenn der Berufungskläger lediglich auf Vorakten verweist oder wenn die Berufung den umschriebenen Anforderungen in anderweitiger Hinsicht nicht genügt (zum Ganzen: vgl. Urteil 5A_438/2012 vom 27. August 2012 E. 2.2 mit Hinweisen).
9.2.2 Die Vorinstanz hat dabei keineswegs überhöhte und damit verletzende Anforderungen an <ref-law> gestellt, indem sie auf die Rügen der Beschwerdeführer wegen ungenügender Begründung nicht eingetreten ist. Es wäre den Beschwerdeführern durchaus möglich gewesen ihre Rüge genügend substanziiert vorzubringen und darzulegen, inwiefern die erste Instanz eine Rechtsverletzung begangen haben soll, indem sie sich nur ungenügend mit ihren Vorbringen bezüglich der Substanziierung der Spesenzusammenstellung auseinandergesetzt hat.
9.3 Schliesslich bringen die Beschwerdeführer unter dem Titel "unzutreffende Auslegung der Honorarabrede" vor, der Beschwerdegegner könne für Sekretariatsarbeiten seiner Mitarbeiter keine separate Vergütung verlangen und für seine Büroarbeiten nur den reduzierten Stundenansatz von Fr. 85.50 anstelle des "Ingenieur-Honorars". Sodann könne der Beschwerdegegner zu seiner "Autoentschädigung" von Fr. 2.-- pro Kilometer nicht auch noch zusätzlich ein Zeithonorar für die Fahrzeit geltend machen. Schliesslich könne der Auffassung der Vorinstanz, wonach das Äquivalenzprinzip nicht zum Tragen komme, nicht zugestimmt werden. Unter Äquivalenzgesichtspunkten sei der Tarif für das Ingenieur-Honorar nur dann gerechtfertigt, wenn der Beschwerdegegner über eine entsprechende Ausbildung verfüge. Da dies jedoch offenbar nicht der Fall sei, müsse das vereinbarte Honorar entsprechend gekürzt werden.
9.3.1 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Wenn dieser unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind, verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611; je mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen).
9.3.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdegegner den Beschwerdeführern mit Schreiben vom 24. August 2007 seine ("meine") Kostensätze bekannt gegeben habe, nämlich ein Ingenieurhonorar von Fr. 146.50 pro Stunde, ein Stundenansatz von Fr. 85.50 für "Büroarbeit" und eine "Autoentschädigung" von Fr. 2.--. Eine Vergütung für Sekretariatsarbeiten sei dann geschuldet, wenn eine solche vereinbart wurde. Dies sei mit der Bekanntgabe der Kostenansätze des Beschwerdegegners klar der Fall, weshalb darunter nach Treu und Glauben nichts anderes habe verstanden werden dürfen. Bezüglich der eigenen Büroarbeit des Beschwerdegegners hielt die Vorinstanz fest, dass der Beschwerdegegner in seiner Spesenzusammenstellung nicht von "Büroarbeit", sondern von "Büro-Stunden" spreche und diese zusätzlich in "Sekretariat" und "C._" unterteile. Es sei offensichtlich, dass mit "Sekretariat" die eigentliche Büroarbeit zum Tarif von Fr. 85.50 pro Stunde und mit "C._" die im Büro verrichtete Ingenieurarbeit des Beschwerdegegners zum Tarif von Fr. 146.50 pro Stunde gemeint sei.
Aus dem Kostenansatz könne jedoch nicht herausgelesen werden, dass die Autoentschädigung bei Fahrten an die Stelle des Zeithonorars trete. Es sei üblich, dass der Beauftragte, für die von ihm persönlich verrichtete Tätigkeit, unabhängig von der Art derselben, ein Honorar nach Zeitaufwand verlange; deshalb sei der Beschwerdegegner nicht verpflichtet gewesen, darauf hinzuweisen. Schliesslich könne sich der Beschwerdegegner nicht auf das Äquivalenzprinzip berufen, da dieses nur bei Nicht- oder nichtgehöriger Erfüllung zum Tragen komme, was dem Beschwerdegegner nicht habe nachgewiesen werden können. Da die Parteien eine Honorarvereinbarung getroffen haben, bestehe für eine Festsetzung des Honorars nach Üblichkeit keine Rechtsgrundlage, weshalb die Ausbildung des Beschwerdegegners keine Rolle spiele.
9.3.3 Diese Ausführungen sind nicht zu beanstanden. Soweit die Beschwerdeführer davon ausgehen, es sei keine Sekretariatsvergütung geschuldet, weil sie nicht gewusst haben, dass der Beschwerdegegner - als Einzelfirma - Mitarbeiter beschäftigte, erweisen sich ihre Vorbringen geradezu als abwegig; nur weil der Beschwerdegegner eine Einzelfirma betreibt, heisst dies noch lange nicht, dass er alles alleine verrichtet. Auch aus ihren weiteren Vorbringen können die Beschwerdeführer nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die Auslegung der Honorarvereinbarung vom 24. August 2007 nach dem Vertrauensprinzip verletzt kein Bundesrecht.
10. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens werden die Beschwerdeführer dafür unter solidarischer Haftbarkeit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG, Art. 68 Abs. 1 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. September 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze