Faits:
A. Par jugement du 7 mai 2007, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a reconnu X._ coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, contrainte sexuelle et viol. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de trente-six mois dont dix-huit avec sursis pendant cinq ans ainsi qu'au versement de 5000 fr. d'indemnité pour tort moral.
B. Le condamné a formé appel contre ce prononcé. Invités à se déterminer, le Ministère public et A._ ont tous deux déposé des observations et conclu au rejet du recours. Par arrêt du 26 novembre 2008, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a déclaré le pourvoi irrecevable, faute d'argumentation démontrant que le jugement attaqué serait erroné sur l'un ou l'autre point de son contenu.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre ce jugement dont il requiert l'annulation en concluant, sous suite de frais et dépens, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle entre en matière.
D. Le Tribunal cantonal et le Ministère public ont renoncé à des observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant fait valoir une application arbitraire des art. 200 et 214 du Code de procédure pénale fribourgeois (CPP/FR) fondée sur le refus des juges cantonaux d'entrer en matière sur son recours en appel. En particulier, il leur reproche de lui opposer un défaut de motivation alors que dans son mémoire, il aurait invoqué la violation des art. 187, 189 et 190 CP, respectivement requis son acquittement des chefs d'inculpation pour contrainte sexuelle et viol ainsi que sa libération de toute indemnité pour tort moral et réclamé le prononcé d'une sanction pécuniaire en lieu et place d'une peine privative de liberté. En outre, il leur fait grief de ne lui avoir imparti aucun délai afin de remédier aux informalités constatées.
1.2 Le Tribunal fédéral revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 219; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 315 et les arrêts cités). Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 219; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9 et les arrêts cités). En outre, l'annulation de la décision attaquée ne se justifie que si celle-ci est arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3 p. 178), ce qu'il appartient au recourant de démontrer (<ref-ruling> consid. 5 p. 250).
1.2.1 Aux termes du code de procédure pénale fribourgeois, le mémoire d'appel doit exposer clairement les conclusions et les motifs du recourant (<ref-law>/FR). Il doit contenir la désignation du jugement attaqué, les conclusions, en particulier l'indication exacte des points du jugement qui sont attaqués et des modifications qui sont demandées, les motifs à l'appui des conclusions, y compris les nouvelles allégations et, le cas échéant, les moyens de preuve dont l'administration est requise (<ref-law>/FR). Selon la jurisprudence fribourgeoise, le législateur prescrit un minimum de formalités, soit l'exposé clair des conclusions du recours et des motifs justifiant ces dernières. Une simple déclaration de recours ne suffit pas. La partie recourante doit définir les modifications qui devraient être apportées au jugement attaqué et décrire les raisons qui justifieraient de telles modifications. Ce minimum de formalités tend à éviter un excès de formalisme (D. Piller et al., Commentaire du code de procédure pénale du canton de Fribourg du 14 novembre 1996, éd. 1998, ad ch. 199.1, p. 310). Le recourant ne peut pas se contenter de propos généraux critiquant le jugement. Il est dans l'obligation d'en séparer les divers éléments qui sont attaqués, en prenant soin de présenter de manière distincte les différents points. Il doit démontrer en quoi le droit matériel a été violé, quelles sont les règles de procédure qui n'ont pas été respectées et les conséquences de ces violations sur les fondements du jugement (cf. Piller, op. cit., ad. ch. 214.8 p. 330 et ch. 214.9 p. 331).
1.2.2 Le mémoire qui ne comprend pas de conclusions ou de motifs est déclaré irrecevable (<ref-law>/FR). Si les conclusions ou les motifs ne sont pas exprimés avec une clarté suffisante ou si le mémoire ne satisfait pas aux exigences de l'<ref-law>/FR, l'autorité impartit au recourant un bref délai pour remédier aux informalités constatées, à moins que le mémoire ne soit manifestement irrecevable (<ref-law>/FR). L'autorité avise le recourant que, à défaut de régularisation dans le délai fixé, elle statuera sur la base du dossier ou, si la signature manque, qu'elle déclarera le mémoire irrecevable (<ref-law>/FR). La jurisprudence fribourgeoise précise que lorsque le mémoire contient des conclusions et des motifs mais que ceux-ci sont mal exprimés ou ne sont pas exposés avec suffisamment de clarté, l'autorité saisie peut impartir un bref délai à la partie recourante ou remédier au défaut de clarté (cf. Piller, op. cit., ad. ch. 200.2 p. 311).
1.3 Dans son mémoire en appel, le recourant a conclu à son acquittement des préventions de contrainte sexuelle et viol, à l'annulation de l'indemnité pour tort moral et au prononcé d'une sanction pécuniaire en lieu et place d'une peine privative de liberté. Pour motifs, il a, en bref, contesté avoir usé de contrainte, menaces, violence ou pression psychique au sens des art. 189 et 190 CP à l'encontre de B._ et A._, se fondant notamment sur certaines de leurs déclarations. Il a également nié s'être rendu coupable d'actes d'ordre sexuel au sens de l'<ref-law> sur la personne de cette dernière. Il a en outre mis en cause la fixation de la peine, plus particulièrement l'appréciation du risque de récidive à laquelle les premiers juges ont procédé, ainsi que le bien-fondé des conclusions civiles.
Ce faisant, il a désigné les points du jugement attaqués ainsi que les modifications demandées, exposé les motifs à l'appui de ses conclusions et indiqué les déclarations des victimes sur lesquelles il s'appuyait. Il ne s'est pas exprimé en termes généraux mais il a tenté de démontrer en quoi, selon son appréciation, les considérations de l'arrêt entrepris étaient fausses sur tel et tel points. Il ne s'est pas contenté d'énumérer une liste de questions, pas plus qu'il n'a renvoyé aux raisonnements tenus dans d'autres écritures. Si sa démonstration peut paraître quelque peu maladroite, il n'en demeure pas moins que les éléments de réflexion de l'appelant y figurent et permettent de suivre et de comprendre les développements de celui-ci, soit de fixer l'objet du litige. Le seul fait que le recourant se réfère à de rares occasions au jugement attaqué et qu'il expose son argumentation sans reproduire celle des premiers juges n'est pas critiquable en soi, dès lors que la motivation de l'appel se révèle suffisamment explicite.
En l'occurrence, elle l'a précisément été pour les intimés qui, en concluant au rejet - et non pas à l'irrecevabilité - du pourvoi, se sont déterminés sur son contenu sans faire état de difficultés particulières de compréhension. En outre, dès lors que le mémoire en appel n'était pas d'emblée irrecevable et que de surcroît les parties intimées ont été à même d'y répondre, on ne saisit pas le motif pour lequel la Cour d'appel pénal n'a pas imparti à l'appelant un bref délai pour remédier aux informalités qu'elle aurait constatées (cf. consid. 1.2.2 supra). En déclarant le recours irrecevable faute de véritable motivation, la juridiction cantonale a ainsi privé, sans motifs objectifs, le recourant de son droit de faire appel du jugement prononcé à son encontre le 7 mai 2007 par le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine. Ce faisant, elle a refusé à tort d'entrer en matière sur le recours cantonal et commis un déni de justice formel. Le présent recours se révèle ainsi bien fondé.
2. Le recourant qui obtient gain de cause peut prétendre une indemnité de dépens (<ref-law>). En revanche, il ne sera pas perçu de frais (<ref-law>), ni alloué d'indemnité à l'intimée.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la juridiction cantonale pour nouveau jugement.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Fribourg versera au recourant une indemnité de 2000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 31 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffière:
Favre Gehring