Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 20. Oktober 2006 hob die IV-Stelle des Kantons St. Gallen die E._ seit 1. Januar 2006 ausgerichtete ganze Invalidenrente auf. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 3. April 2008 teilweise gut, hob die Verfügung vom 20. Oktober 2006 auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung und zur neuen Verfügung im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurück. Am Entscheid wirkte Gerichtsschreiber X._ mit.
B. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das kantonale Gericht anzuweisen, über die Sache in anderer Besetzung neu zu entscheiden.
Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. E._ lässt den Antrag auf Abweisung der Beschwerde stellen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von Art. 92 und 93 BGG (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Ein solcher Rückweisungsentscheid bewirkt rechtsprechungsgemäss in der Regel keinen irreversiblen Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG. Wird hingegen gegen einen solchen Vor- und Zwischenentscheid Beschwerde geführt mit der Rüge, das Gericht habe nicht in verfassungsmässiger Besetzung entschieden, ist auf die Beschwerde einzutreten. Zum einen ergibt sich dies daraus, dass gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über Ausstandsbegehren die Beschwerde zulässig ist (Art. 92 Abs. 1 BGG). Anderseits sind die Ablehnungs- und Ausstandsgründe so früh wie möglich geltend zu machen, ansonsten der Anspruch auf spätere Anrufung der vermeintlich verletzten Ausstandsbestimmungen verwirkt ist (<ref-ruling> E. 4.3 S. 496 mit Hinweisen; vgl. auch Art. 92 Abs. 2 BGG). Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung, <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
2.2 Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 lit. a und b BGG prüft das Bundesgericht grundsätzlich frei, einschliesslich die Frage, ob die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts zu einer Bundesrechtswidrigkeit führt. Im Übrigen prüft das Bundesgericht die Handhabung kantonalen Rechts - vorbehältlich der in Art. 95 lit. c und d BGG genannten Fälle - bloss auf Willkür hin (Art. 9 BV; vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f.). Mit freier Kognition beurteilt es indessen die Frage, ob die als vertretbar erkannte Auslegung des kantonalen Prozessrechts mit den Garantien der Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK vereinbar ist.
3. 3.1 Nach Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem unbefangenen, unvoreingenommenen und unparteiischen Richter beurteilt wird. Es soll garantiert werden, dass keine sachfremden Umstände, welche ausserhalb des Prozesses liegen, in sachwidriger Weise zugunsten oder zulasten einer Partei auf das gerichtliche Urteil einwirken. Art. 30 Abs. 1 BV soll zu der für einen korrekten und fairen Prozess erforderlichen Offenheit des Verfahrens im Einzelfall beitragen und damit ein gerechtes Urteil ermöglichen. Die Garantie des verfassungsmässigen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen (<ref-ruling> E. 3b und 3c S. 53 ff., 134 I 20 E. 4.2 S. 21, 131 I 24 E. 1.1 S. 25, 131 I 113 E. 3.4 S. 116, mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung sind die Garantien von Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK auch auf die Gerichtsschreiberinnen und Gerichtsschreiber einer richterlichen Behörde anwendbar, sofern sie - wie dies für den Kanton St. Gallen zutrifft (Art. 67 Abs. 1 lit. b des Gerichtsgesetzes des Kantons St. Gallen vom 2. April 1987; sGS 941.1) - an der Willensbildung des Spruchkörpers mitwirken. Dies ist der Fall, wenn sie im Hinblick auf ihre Redaktionstätigkeit an der Beratung teilnehmen und ihre Auffassung äussern können, weil sie so, auch wenn sie nicht stimmberechtigt sind, unter Umständen auf den Entscheid des Gerichts Einfluss nehmen können (<ref-ruling>, 119 V 309 E. 4c S. 317, 119 Ia 84, 115 Ia 224 E. 7 mit Hinweisen S. 227; SVR 2001 UV Nr. 11 S. 41).
3.2 Eine Befangenheit liegt vor, wenn Umstände dargetan sind, die bei objektiver Betrachtung geeignet erscheinen, Misstrauen in die Unparteilichkeit eines Richters zu erwecken (<ref-ruling> E. 5.2 und 6.2, 131 I 113 E. 3.4 S. 116, 24 E. 1.1 S. 25). Solche Hinweise können in einem bestimmten Verhalten oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischen Natur begründet liegen. Nicht entscheidend ist das subjektive Empfinden der Parteien (<ref-ruling> E. 1.1 S. 25, mit Hinweisen); das Misstrauen in die Unbefangenheit muss in objektiver Weise gerechtfertigt erscheinen. Der Richter hat nicht tatsächlich befangen zu sein; es genügt, wenn hinreichende Anhaltspunkte hierfür sprechen (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3a, je mit weiteren Hinweisen). Da die Ausstandsregelung in einem gewissen Spannungsverhältnis zum Anspruch auf den gesetzlichen Richter steht, muss sie eine Ausnahme bleiben, soll die Zuständigkeitsordnung nicht ausgehöhlt werden. Die persönliche Unbefangenheit des gesetzlichen Richters ist deshalb im Grundsatz zu vermuten (vgl. <ref-ruling> E.3b S. 55); von der regelhaften Zuständigkeitsordnung darf nicht leichthin abgewichen werden (Urteil 1P.711/2004 vom 17. März 2005, E. 3.1, publ. in: ZBl 107/2006 S. 393 ff.; Urteil 2C_171/2007 vom 19. Oktober 2007, E. 5.1).
3.3 Die gleichzeitige Ausübung einer teilamtlichen Richter- und einer Anwaltstätigkeit ist mit Blick auf die Garantie der richterlichen Unabhängigkeit und Unparteilichkeit nicht an sich problematisch; es darf praxisgemäss davon ausgegangen werden, dass ein Richter im Teilamt regelmässig zwischen seiner amtlichen Funktion und seiner privaten beruflichen Tätigkeit zu unterscheiden vermag (<ref-ruling> E. 6.4.2; <ref-ruling> E. 3b S. 124). Ob die richterliche Unabhängigkeit und Unparteilichkeit beeinträchtigt erscheint, ist indessen jeweils zusätzlich aufgrund der Umstände des Einzelfalles zu prüfen: So hat das Bundesgericht erkannt, dass ein Anwalt nicht als nebenamtlicher Richter in einem Fall tätig sein darf, wenn er zu einer Partei in einem noch offenen Mandatsverhältnis steht oder aufgrund mehrfacher Mandate eine Art Dauerbeziehung zu dieser pflegt (<ref-ruling> E. 3b S. 489). Ebenso hat es das Bundesgericht als unzulässig bezeichnet, dass ein Anwalt als Richter in einer Sache tätig wird, die für ein gleichgelagertes Verfahren, in dem er eine Partei vertritt, eine erhebliche präjudizielle Bedeutung haben kann (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2). Ein einzelnes abgeschlossenes Mandat schliesst eine nebenamtliche Richtertätigkeit hingegen nicht aus (<ref-ruling> E. 3b S. 489). Auch darf ein früher für eine Mietervereinigung tätiger Anwalt in einem Mietgericht als Richter in Fällen mitwirken, in denen die Mietervereinigung, für die er tätig war, eine der Parteien vertritt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3a in fine).
4. 4.1 Die Beschwerde führende IV-Stelle erachtet den am vorinstanzlichen Entscheid mitwirkenden Gerichtsschreiber X._ als befangen. Er sei bis vor kurzem als selbstständiger Anwalt tätig gewesen und habe unter anderem davon gelebt, gegen die IV zu prozessieren. Im 1. Quartal dieses Jahres, vermutlich per 1. März 2008, habe er die Stelle bei der Vorinstanz angetreten. Es lägen gegenwärtig drei von X._ verfasste IV-Urteile in Rentensachen vor, die mit vergleichbarer Begründung die Verfügungen der IV-Stelle aufheben würden, und die den Anschein der Befangenheit erwecken würden. X._ sei in IV-Sachen befangen, dies insbesondere dann, wenn es um die Würdigung von Gutachten des Instituts Z._ gehe. Seit Herbst 2006 würde das Institut Z._ in den Medien, namentlich im Kassensturz, bekanntlich unter heftigen Beschuss genommen. Immer wieder hätten Versichertenvertreter die in der Öffentlichkeit kolportierten Bemängelungen aufgegriffen, um "ungünstige" Abklärungsergebnisse in Frage zu stellen. Obwohl das kantonale Gericht die Beweiskraft der Gutachten des Instituts Z._ bejaht habe, habe X._ in seinen Rechtsschriften bis zuletzt auf seiner Auffassung insistiert, nach der die genannten Gutachten grundsätzlich nicht zum Beweis zuzulassen seien. In den drei ans Bundesgericht weitergezogenen Entscheide, in denen X._ als Gerichtsschreiber geamtet habe, springe ins Auge, dass in allen drei Fällen dem Gutachten des Instituts Z._ die Beweiskraft abgesprochen worden sei und die Sache zur ergänzenden Abklärung an die IV-Stelle zurückgewiesen worden sei. Dabei sei zwar nicht der Standpunkt vertreten worden, die Gutachten seien grundsätzlich nicht zu verwerten. Aber die Gutachten würden mit auffallender Strenge geprüft, und es sei mit einseitigen Begründungen ein klares Beweisergebnis umgestossen worden. Es sei offensichtlich, dass die Gutachten des Instituts Z._ unter der Federführung von X._ zwar mit anderer Begründung, aber doch grundsätzlich nicht mehr zum Beweis zugelassen werden sollen. Zusammenfassend zeige es sich, dass X._ auf Grund seiner bis unmittelbar vor Stellenantritt bei der Vorinstanz innegehabten Stellung und der dabei vertretenen Auffassungen, aber auch auf Grund der in der Entscheidbegründung vertretenen Argumentation den Anschein der Befangenheit erwecke. Damit sei erstellt, dass die Vorinstanz Bundesrecht (Art. 30 BV) nach Art. 95 lit. a BGG verletzt habe.
4.2 Das kantonale Gericht bringt in tatsächlicher Hinsicht vor, X._ sei nie als selbstständiger Anwalt tätig gewesen, sondern während rund 1 1/3 Jahren (vom November 2006 bis Ende März 2008) bei einer Rechtsanwaltskanzlei in Y._ angestellt gewesen. Seit 1. März 2008 sei er zunächst zu 50 % und seit 1. April 2008 zu 80 % beim Versicherungsgericht als Gerichtsschreiber beschäftigt. Daneben arbeite er an seiner Dissertation im Bereich der Unfallversicherung. Er sei somit seit 1. April 2008 nicht mehr als Anwalt tätig, weder in selbstständiger noch in angestellter Funktion. Es verhalte sich hier nicht anders, als bei einem weiteren Gerichtsschreiber, der vor seiner Tätigkeit beim Versicherungsgericht mehrere Jahre im Rechtsdienst bei der Beschwerde führenden IV-Stelle angestellt gewesen sei. Im Übrigen sei X._ als angestellter Anwalt in einem breiten Spektrum der unterschiedlichsten Rechtsgebiete tätig gewesen. Insbesondere habe er auch regelmässig die Interessen von Sozial- und Privatversicherern vertreten.
4.3 Aus diesen tatsächlichen Ausführungen des kantonalen Gerichts in der Vernehmlassung, auf welche abzustellen ist, geht hervor, dass X._ nur kurze Zeit als Rechtsanwalt im Angestelltenverhältnis tätig war und diese Tätigkeit seit der Aufnahme der Arbeit als Gerichtsschreiber bei der Vorinstanz nicht mehr versieht. Namentlich bestehen keine Anhaltspunkte, dass er nach wie vor laufende Mandate, insbesondere gegen die Invalidenversicherung führt. Dass ein Rechtsanwalt zuweilen pointiert die Interessen seiner Klientschaft vertreten hatte, lässt ihn in einer späteren Tätigkeit am Gericht nicht als befangen erscheinen. Im vorliegenden Fall kommt hinzu, dass die Anwaltstätigkeit lediglich knapp 1 1/3 Jahre gedauert hat. Damit ist objektiv kein Anschein der Befangenheit ersichtlich. Eine solche Befangenheit ergibt sich auch nicht aus der Begründung des angefochtenen Entscheides und der beiden andern angeführten vorinstanzlichen Entscheide. Das kantonale Gericht begründet einlässlich und in objektiver Weise, weshalb auf das Gutachten des Instituts Z._ vom 6. Juni 2006 nicht abgestellt werden kann. Eine Befangenheit oder Voreingenommenheit des Gerichtsschreibers ist daher zu verneinen.
5. Als unterliegende Partei hat die IV-Stelle die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und überdies den Beschwerdegegner zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen hat den Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Bundesgericht mit Fr. 500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, der Ausgleichskasse der Textil- und Bekleidungsindustrie und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Oktober 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer