Sachverhalt:
A. Die 1965 geborene Z._ arbeitete bis zum 5. März 1996 zu 100 % als Kosmetikberaterin und erlitt am 6. März 1996 einen Unfall, für welchen ein Reklinationstrauma der Halswirbelsäule (HWS), eine Kontusion des Nasenbeins, ein lumbalbetontes Panvertebralsyndrom und ein beginnendes Fibromyalgie-Syndrom diagnostiziert wurden. Am 17. Juli 1996 erlitt sie einen Verkehrsunfall, wobei die Ärzte der Notfallstation des Kantonsspitals X._ eine HWS-Distorsion-Distension diagnostizierten. Am 12. Mai 1997 meldete sich Z._ unter Hinweis auf seit 7. März 1996 bestehende Rückenschmerzen und Konzentrationsstörungen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Im September 1998 erlitt sie erneut einen Verkehrsunfall. Mit Verfügung vom 10. Januar 2000 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich der Versicherten aufgrund einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung mit neuropsychologischer Symptomatik nach HWS-Traumatisierungen mit Wirkung ab 1. März 1997 eine ganze Rente zu. Dabei stützte sie sich hauptsächlich auf ein Gutachten von Dres. med. K._ und L._, Psychiatrie-Zentrum Y._, vom 13. April 1999. Die im Jahr 2001 und im Jahr 2004/5 durchgeführten amtlichen Revisionen haben keine rentenbeeinflussende Änderung ergeben. Im Januar 2008 leitete die IV-Stelle erneut eine revisionsweise Überprüfung des Rentenanspruchs in die Wege und holte insbesondere ein polydisziplinäres MEDAS-Gutachten der W._ AG vom 18. September 2008 ein. Gestützt auf dieses Gutachten stellte sie die Invalidenrente mit Verfügung vom 14. September 2009 ab 1. November 2009 ein, weil sie neu von einem rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von nur noch 20 % ausging.
B. Die von der Versicherten dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 19. August 2011 ab.
C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihr unter Kosten- und Entschädigungsfolgen weiterhin eine ganze Invalidenrente auszurichten, eventualiter seien ihr berufliche Massnahmen zu gewähren.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Invalidenrente ab 1. November 2009. Die Vorinstanz legte die Bestimmungen über die Rentenrevision (Art. 17 Abs. 1 ATSG, Art. 88a IVV) und die Grundsätze zur Aufgabe der Ärztinnen und Ärzte bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 4 S. 261) zutreffend dar. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Das kantonale Gericht stützt seinen Entscheid grundsätzlich auf das MEDAS-Gutachten der W._ AG und hält fest, darin werde u.a. erklärt, einer erneuten neuropsychologischen Diagnostik habe es nicht bedurft, weil sich weder anlässlich der neurologischen noch anlässlich der psychiatrischen Begutachtung Zeichen für eine nachhaltige Beeinträchtigung der kognitiven und mnestischen Funktionen gefunden hätten. Ferner würden neuropsychologische Untersuchungen in hohem Masse abhängig sein von Motivation und Mitarbeit der Beschwerdeführerin. Nach vorinstanzlicher Betrachtungsweise ist das Gutachten der W._ AG trotz Mangels an einer neuropsychologischen Abklärung umfassend, weil der Teilgutachter der W._ AG Dr. med. M._, Spezialarzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, festhielt, die Beschwerdeführerin habe die gesamte Exploration und Untersuchung alert verfolgt, ein Nachlassen der Konzentration finde sich in der ungefähr 90minütigen Exploration nicht. Anlässlich der psychiatrischen Untersuchung habe ein Motivationsdefizit angeklungen. Der Verzicht der Gutachter der W._ AG auf eine zusätzliche neuropsychologische Untersuchung sei nachvollziehbar und nicht zu kritisieren. Denn es sei anzunehmen, die diversen fachärztlichen Untersuchungen hätten weiter bestehende neuropsychologische Defizite durchaus zu Tage gefördert. Das Gutachten sei auch nicht deshalb widersprüchlich, weil die Gutachter der W._ AG annahmen, zu einer Verbesserung der Arbeitsfähigkeit sei es vor ungefähr zwei Jahren wegen einer durchgeführten Ozontherapie gekommen.
3.2 Demgegenüber macht die Beschwerdeführerin geltend, es sei unzulässig, Ungleiches miteinander zu vergleichen. Anlässlich der Begutachtung in der Klinik Y._ vom 13. April 1999 habe erst die neuropsychologische Testung kognitive Funktionseinbussen und eine psychomotorisch und kognitive Verlangsamung ergeben, wobei die Diagnose auf eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung mit neuropsychologischer Symptomatik gelautet habe. Die Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit sei daher mit der neuropsychologischen Diagnosestellung begründet worden. Wenn sich das MEDAS-Gutachten der W._ AG vom 18. September 2008 auf diese Akten stütze, selbst aber keine neuropsychologische Testung durchgeführt habe, liessen sich die beiden Gutachten nicht miteinander vergleichen, da sie auf ungleichen Grundlagen fussen. Das Gutachten der W._ AG erweise sich deshalb als unvollständig und zudem in sich widersprüchlich. Zwar behaupte die Vorinstanz, dieses Gutachten genüge den rechtlichen Anforderungen; völlig ausser Acht gelassen worden sei dabei aber, dass auch das Gutachten des Psychiatrie-Zentrums Y._ vom 13. April 1999 im Auftrag der Beschwerdegegnerin erstellt worden war und ebenfalls den rechtlichen Anforderungen an ein Gutachten genügt hatte. Wenn einerseits im April 1999 eine neuropsychologische Testung stattgefunden und diese dazu Anlass gegeben habe, wegen einer neuropsychologischen Symptomatik eine volle Arbeitsunfähigkeit festzustellen, andererseits trotz Fehlens einer solchen Abklärung im 2008 eine Arbeitsunfähigkeit von lediglich 20 % bestehen sollte, stelle sich die Frage, wie die Gutachter und mit ihnen auch die Vorinstanz zum Schluss kommen könnten, die neuropsychologischen Befunde hätten sich deutlich gebessert. Entweder erweise sich nämlich eine neuropsychologische Abklärung als unnötig und sie werde nicht durchgeführt, dann verbiete es sich allerdings auch, deutlich bessere neuropsychologische Befunde zu postulieren. Oder aber es werde eine Besserung behauptet, dann allerdings müsste sich dies auf entsprechende Abklärungen resp. Testungen stützen lassen, um einen Revisionstatbestand zu begründen. Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, die Frage des von den Gutachtern der W._ AG erwähnten Motivationsdefizits anlässlich der psychiatrischen Untersuchung hätte ohne weiteres mit einer neuropsychologischen Begutachtung abgeklärt werden können.
3.3 Es stellt sich somit die Frage, ob das kantonale Gericht aufgrund des MEDAS-Gutachtens vom 18. September 2008 die rentenaufhebende Verfügung der IV-Stelle vom 14. September 2009 bei gegebenem Revisionsgrund zu Recht geschützt hat oder ob es angesichts der fehlenden Eindeutigkeit des Administrativgutachtens und der insoweit unklaren Aktenlage weitere Abklärungen über die verbleibende Leistungsfähigkeit der Beschwerdeführerin hätte in die Wege leiten müssen.
3.3.1 Anlässlich der Begutachtung im Psychiatrie-Zentrum Y._ vom 13. April 1999 zeigten sich - zur somatoformen Schmerzstörung - neuropsychologische Symptome, ohne dass eine selbstständige neuropsychologische Diagnose erfolgte. Dabei ist nicht ersichtlich, ob und inwieweit es sich bei der psychiatrischen Untersuchung um eine "neuropsychologische Testung" handelte, wie die Beschwerdeführerin behauptet. Die konkrete Ausgestaltung der testpsychologischen Untersuchung bleibt somit im Dunkeln. Fest steht, dass im Gutachten des Psychiatrie-Zentrums Y._ eine gesundheitliche Veränderung gegenüber der letztmaligen neurologischen bzw. neuropsychologischen Begutachtung (dort ohne relevanten Befund) am Universitätsspital V._ festgestellt wurde und die ursprüngliche Rentenzusprache - unbestrittenermassen - auf dieser Feststellung basiert.
Die W._ AG legte in einer Stellungnahme vom 8. April 2009 dar, dass auf eine neuropsychologische Testung verzichtet worden sei, weil sich weder anlässlich der neurologischen noch psychiatrischen Begutachtung Zeichen für eine nachhaltige Beeinträchtigung der kognitiven und mnestischen Funktionen gefunden hätten. Gemäss Gutachten vom 18. September 2008 hat die Beschwerdeführerin die gesamte neurologische Exploration und Untersuchung alert verfolgt und ein Nachlassen der Konzentration hat sich in der Exploration nicht finden lassen. Ferner wurde in der Stellungnahme vom 8. April 2009 darauf hingewiesen, dass insbesondere neuropsychologische Untersuchungen in hohem Mass abhängig seien von Motivation und Mitarbeit der Versicherten.
3.3.2 Die antizipierte Beweiswürdigung durch die Vorinstanz, wonach es auf Grund des Gutachtens der W._ AG keiner zusätzlichen neuropsychologischen Abklärung bedurfte, ist - unabhängig von der Frage, ob die Motivation in einer solchen Abklärung ebenfalls überprüft wird, wie die Beschwerdeführerin meint - nicht offensichtlich unrichtig. Die psychiatrische und neurologische Begutachtung der W._ AG fand an unterschiedlichen Tagen statt, so dass nicht davon gesprochen werden kann, die Beschwerdeführerin habe einfach einen guten Tag gehabt bzw. eine Untersuchung von 90 Minuten sei nicht repräsentativ. Dies gilt umso mehr, als die Beschwerdeführerin selber eine gewisse Verbesserung der Symptome angab. Im Übrigen sind nicht die Gutachten als solche miteinander zu vergleichen, insbesondere nicht in dem Sinne, dass beide zwingend die gleichen Abklärungen zu enthalten haben. Vielmehr stellt sich im Rahmen einer Revision die Frage, ob sich eine relevante Änderung des Gesundheitszustandes ergeben hat. Eine solche ist hier zu bejahen, weil fachärztlicherseits u.a. keine neuropsychologischen Symptome mehr festgestellt wurden. Ob und inwieweit die Verbesserung auf die durchgeführte Ozontherapie zurückgeführt werden kann, braucht nicht beantworten zu werden. Zum einen ist eine Verbesserung des Gesundheitszustands nicht nur dann von Bedeutung, wenn sie sich infolge einer wissenschaftlich anerkannten Therapie eingestellt hat. Zum andern hat sich eine Verbesserung auch bezüglich des psychopathologischen Befundes ergeben. So hat eine in der Vergangenheit berichtete schwere depressive Entwicklung keinen Fortgang gefunden.
3.3.3 Aus dem Gesagten ergibt sich, dass das kantonale Gericht die rentenaufhebende Verfügung der IV-Stelle zu Recht ohne Durchführung einer neuropsychologischen Abklärung geschützt hat und dass seine Feststellung, wonach sich eine rentenrelevante gesundheitliche Verbesserung eingestellt hat, im Rahmen der bundesgerichtlichen Kognition im Sinne von Art. 95 lit. a und Art. 97 Abs. 1 BGG rechtsgenüglich abgeklärt wurde.
3.4 Hinsichtlich der Frage der von der Versicherten beanspruchten Wiedereingliederungsmassnahmen beruflicher Art wird im Gutachten der W._ AG festgehalten, mit Blick auf die langjährige Absenz vom Arbeitsmarkt sei eine berufliche Wiedereingliederung angezeigt, wobei die Gutachter aber - limitierend für die Reintegration der Versicherten - ein spürbares Motivationsdefizit festgestellt haben, welches ihrer Ansicht nach anlässlich der psychiatrischen Untersuchung angeklungen war. Dabei ist zu beachten, dass sich die fehlende Motivation der Beschwerdeführerin nicht auf die Begutachtung im Sinne eines interpersonellen Prozesses (vgl. <ref-ruling> E. 6.1.2 S. 268 oben), sondern auf eine Rückkehr in eine berufliche Tätigkeit bezieht. Zudem hat die Beschwerdeführerin weitere Umstände zu vertreten, die gegen die Durchführung entsprechender Massnahmen sprechen. So hatte sie gegenüber der IV-Stelle nach Lage der Akten erst im Rahmen des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens ausdrücklich Eingliederungsleistungen beantragt und hatte zuvor von sich aus auf die Fortsetzung des im Frühjahr 2009 angebotenen Arbeitsversuchs verzichtet. Die Vorinstanz hat demzufolge die Ablehnung von Wiedereingliederungsmassnahmen zu Recht bestätigt.
4. Bei diesem Verfahrensausgang hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Mai 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Scartazzini