Faits:
A. Le 30 avril 2009, X._, paysan dans le canton de Zurich, a été informé par le vétérinaire cantonal fribourgeois des conditions auxquelles était soumis l'estivage des bovins dans le canton de Fribourg et avisé des conséquences administratives et pénales d'un refus de s'exécuter. Le 26 mai 2009, X._ a néanmoins conduit à l'alpage, dans les hauts de Neirivue, un troupeau de 28 vaches non vaccinées contre la maladie de la langue bleue. Par décision du 27 mai 2009, le Service de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires du canton de Fribourg (ci-après SAAV) a astreint X._ à faire vacciner ses bêtes jusqu'au soir du 28 mai 2009, subsidiairement à reconduire le troupeau à sa ferme, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'<ref-law>. X._ n'a pas obtempéré. Au contraire, les 28 mai et 9 juin 2009, il a conduit 96 autres vaches non vaccinées à l'alpage. Par décision du 9 juin 2009, le SAAV a interdit à X._ de permettre des contacts directs entre ses bêtes et celles d'autres exploitations, respectivement l'a obligé à vacciner ses vaches avant le départ de celles-ci de leur lieu d'estivage. Le recours interjeté par X._ contre les deux décisions du SAAV a été rejeté.
B. Par jugement du 9 novembre 2010, la Juge de police de Gruyère a, sur opposition de X._ à l'ordonnance pénale rendue à son encontre, reconnu ce dernier coupable de contravention à la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur les épizooties (LFE; RS 916.40) et d'insoumission à une décision de l'autorité. Appliquant notamment les art. 10 et 47 al. 1 LFE, 292 CP et 11 al. 9 de l'ordonnance fribourgeoise du 7 avril 2009 fixant les conditions d'estivage, elle l'a condamné au paiement d'une amende de 1'300 fr., à laquelle s'ajoutaient des frais de procédure à hauteur de 728 fr, la peine de substitution étant fixée à 13 jours de peine privative de liberté.
C. Par arrêt du 21 juin 2011, la Cour d'appel pénale du canton de Fribourg a rejeté l'appel formé par X._. En bref, elle a estimé que le risque que la vaccination faisait courir à son bétail, invoqué par X._, ne constituait pas un état de nécessité au sens de l'<ref-law> rendant licite le refus de respecter l'obligation de vacciner, refus constitutif d'une contravention au sens de l'art. 47 LFE et d'insoumission à une décision de l'autorité au sens de l'<ref-law>.
D. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, sous suite de dépens, à son acquittement.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. En vertu de l'<ref-law>, la procédure est conduite dans l'une des langues officielles, en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Si les parties utilisent une autre langue officielle, celle-ci peut être adoptée. En l'espèce, et malgré la demande formulée par le recourant, il ne se justifie pas de conduire la procédure dans une autre langue que le français, utilisé par l'autorité précédente.
2. 2.1 La loi fédérale sur les épizooties prévoit que le Conseil fédéral édicte les prescriptions générales de lutte contre les épizooties hautement contagieuses et les autres épizooties et fixe l'objectif de la lutte contre les autres épizooties en tenant compte du coût et du bénéfice de la lutte (art. 10 al. 1 LFE). En vertu de l'art. 10 al. 3 ch. 3 LFE, le Conseil fédéral édicte les dispositions particulières qui permettent de prévenir et de combattre les épizooties lorsque des animaux de rente sont exploités en grands troupeaux, en ce qui concerne l'hygiène et la prophylaxie des épizooties, y compris les vaccinations. L'ordonnance fédérale du 27 juin 1995 sur les épizooties (OFE; RS 916.401) classe parmi les épizooties à combattre la fièvre catarrhale du mouton (blue tongue ou maladie de la langue bleue; art. 4 let. gbis OFE). Son art. 239g prévoit qu'après avoir entendu les cantons, l'Office vétérinaire fédéral peut ordonner que les animaux réceptifs soient vaccinés contre des virus de la fièvre catarrhale du mouton. Il fixe dans une ordonnance les régions où la vaccination est obligatoire, le type de vaccin à utiliser et les modalités de la vaccination. Selon l'art. 2 al. 1 de l'ordonnance de l'Office vétérinaire fédéral du 14 janvier 2009 concernant la vaccination contre la fièvre catarrhale du mouton en 2009 (RO 2009 p. 455 ss), en vigueur du 1er février 2009 au 31 décembre 2009 (art. 9), les bovins et les ovins de toute la Suisse doivent être vaccinés avant le 1er juin 2009, sous réserve des exceptions prévues par l'art. 2 al. 2 (exemption) et al. 3 (vaccination facultative) de cette ordonnance. En vertu de l'art. 11 al. 9 de l'ordonnance fribourgeoise du 7 avril 2009 fixant les conditions d'estivage, seuls les bovins correctement vaccinés contre la maladie de la langue bleue peuvent monter à l'alpage. Exception est faite pour les jeunes animaux âgés de moins de 3 mois lors de la vaccination dans leur exploitation d'origine.
2.2 L'art. 47 LFE sanctionne celui qui, intentionnellement, aura enfreint les dispositions de l'art. 10 LFE, des prescriptions édictées pour l'exécution de cette disposition par les autorités de la Confédération ou des cantons ou une décision particulière se référant à l'art. 47 LFE. La peine est les arrêts ou une amende jusqu'à 20'000 fr. et, dans les cas graves, l'emprisonnement jusqu'à huit mois (peine à convertir selon l'<ref-law>).
L'<ref-law> réprime quant à lui de l'amende l'insoumission à une décision de l'autorité, soit le comportement de celui qui ne se sera pas conformé à une décision à lui signifiée, sous la menace de la peine prévue par cet article, par une autorité ou un fonctionnaire compétents.
2.3 A juste titre, le recourant ne conteste pas que son refus de vacciner ses bêtes violait les dispositions fédérales susmentionnées et notamment l'art. 2 al. 1 de l'ordonnance de l'Office vétérinaire fédéral du 14 janvier 2009, contravention sanctionnée par l'art. 47 LFE. Il ne conteste pas non plus que ce refus ainsi que celui de reconduire son troupeau à sa ferme malgré la décision du 27 mai 2009 prononcée sous la menace de la peine d'amende prévue par l'<ref-law>, contrevenaient à cette décision. Il fait en revanche valoir qu'il se trouvait dans un état de nécessité licite au sens de l'<ref-law> ou, du moins, excusable selon l'<ref-law>, subsidiairement l'<ref-law>. Selon lui, seul le refus de vacciner ses bêtes lui permettait d'éviter les graves effets secondaires découlant de la vaccination. La reconduction de ses bêtes à sa ferme n'était pas non plus possible, faute de nourriture en suffisance et la même menace de vaccination y existant également.
2.4 En vertu de l'<ref-law>, quiconque commet un acte punissable pour préserver d'un danger imminent et impossible à détourner autrement un bien juridique lui appartenant ou appartenant à un tiers agit de manière licite s'il sauvegarde ainsi des intérêts prépondérants. Aux termes de l'<ref-law>, si l'auteur commet un acte punissable pour se préserver ou préserver autrui d'un danger imminent et impossible à détourner autrement menaçant la vie, l'intégrité corporelle, la liberté, l'honneur, le patrimoine ou d'autres biens essentiels, le juge atténue la peine si le sacrifice du bien menacé pouvait être raisonnablement exigé de lui (al. 1). L'auteur n'agit pas de manière coupable si le sacrifice du bien menacé ne pouvait être raisonnablement exigé de lui (al. 2).
L'<ref-law> se distingue essentiellement de l'<ref-law> par la valeur des intérêts en conflit. L'acte nécessaire n'est licite que si le bien protégé est plus précieux que le bien lésé. Si ceux-ci sont d'importance équivalente ou comparable, l'acte demeure illicite, mais est excusable (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 4; arrêt 6B_176/2010 du 31 mai 2010 consid. 2 et références citées).
2.5 L'autorité précédente a pris acte que le recourant estimait que la vaccination faisait courir des risques à ses bêtes et qu'il invoquait la réalisation de tels risques à Zurich en 2008. Elle a toutefois relevé que le recourant admettait lui-même que l'administration fédérale à qui cela avait été rapporté avait refusé de prendre au sérieux les effets secondaires dénoncés par d'autres paysans. L'autorité précédente a ensuite retenu que le SAAV avait reconnu que chaque intervention menée à grande échelle sur des animaux pouvait avoir des répercussions sur la santé des animaux traités. Elle a toutefois estimé que le risque d'enregistrer une éventuelle perte économique ou de voir une bête succomber lors de la vaccination était théorique et contesté (arrêt, p. 6). Il s'agit là de constatations de fait dont le Tribunal fédéral ne saurait s'écarter, le recourant n'ayant pas invoqué, encore moins démontré, le caractère insoutenable de celles-ci (art. 97 et 105 LTF; sur la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; 58 consid. 4.1.2 p. 62).
Par ailleurs, l'autorité précédente a estimé que la législation sur les épizooties poursuivait un motif d'ordre sanitaire de première importance, en plus de chercher à protéger les agriculteurs contre les atteintes susceptibles de leur causer un dommage de nature patrimoniale. La loi a en effet pour but d'éviter le risque de contagion à grande échelle en cas de non vaccination contre une maladie comme la fièvre catarrhale du mouton, avec les dommages collatéraux importants qui pourraient en résulter pour les exploitations. L'autorité précédente s'appuyait ce faisant sur l'avis du SAAV qui rappelait que la maladie de la langue bleue s'était rapidement propagée vers la Suisse, causant de lourdes pertes animalières et financières dans les pays voisins. Le vétérinaire cantonal avait en outre encore précisé que cette maladie ne se transmettait pas d'un animal à un autre, mais que le seul vecteur de transmission était un moucheron. Comme il n'était pas possible de retenir le moucheron en question, le risque de transmission pour les autres troupeaux devait être considéré comme réel (arrêt, p. 6).
Au vu de ces éléments, l'autorité précédente a estimé que le but d'intérêt public et les biens juridiques collectivement protégés par la législation sur les épizooties étaient clairement prépondérants à ceux, individuels, défendus par le recourant, ce d'autant plus que le vétérinaire cantonal, sur la base de la réserve prévue par l'art. 33 al. 1 LFE, avait proposé d'examiner au cas par cas les situations de dommages causés à la santé d'un troupeau par la vaccination (arrêt, p. 6).
2.6 Cette appréciation ne prête pas flanc à la critique. Il apparaît en effet que l'intérêt d'éviter la propagation d'une épizootie à combattre (art. 4 let. gbis OFE) et les conséquences notamment pécuniaires graves qu'une telle propagation peut entraîner pour la collectivité priment de loin les prétendus risques individuels invoqués par le recourant, qui plus est dans la mesure où ces risques n'ont pas été considérés comme établis par l'autorité précédente. Les contestations que formule le recourant à cet égard dans l'exposé des faits de son recours sont purement appellatoires, partant irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5). Le recourant ne démontre aucun arbitraire quant au refus de considérer comme établis les risques précités. Par conséquent, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en niant l'existence d'un état de nécessité rendant le comportement punissable du recourant licite au sens de l'<ref-law>.
L'autorité précédente n'a pas examiné si l'<ref-law> trouvait application. L'intérêt public étant en l'occurrence clairement prépondérant sur l'intérêt individuel du recourant, tel n'est pas le cas. L'acte de vaccination pouvait et devait être exigé du recourant, comme il devait et doit l'être de toute personne décidant de détenir des bêtes soumises à vaccination.
3. Le recourant estime que l'obligation de vacciner constitue une restriction de la garantie de la propriété, de la liberté économique et de la liberté personnelle, restriction illégale faute de base légale et d'intérêt public suffisant et étant disproportionnée. Il soutient ensuite que l'Office vétérinaire fédéral a violé le principe d'égalité de traitement en imposant l'obligation de vacciner pour certaines bêtes et non pour d'autres. Il invoque également que l'exclusion de toute indemnité pour les dommages résultant de la vaccination contre des virus de la fièvre catarrhale du mouton, prévue par l'<ref-law>, constitue une importante lésion des droits fondamentaux et est partant illicite faute de base légale suffisante. Il en irait de même selon lui du séquestre ordonné.
3.1 Le cadre du recours est délimité par l'arrêt entrepris. Cette décision porte uniquement sur la question de savoir si le recourant pouvait être mis au bénéfice d'un état de nécessité malgré les actes punissables commis. Il n'y a dès lors pas lieu de réexaminer ici la question de l'indemnisation des propriétaires de bétail pour les dommages prétendument subis suite à une vaccination, de même que la légalité du séquestre éventuellement ordonné dans une autre procédure. Les griefs du recourant y relatifs sont dès lors irrecevables.
3.2 Il découle du principe de l'épuisement préalable des voies de droit cantonal, consacré à l'<ref-law>, que seuls sont recevables devant le Tribunal fédéral les griefs qui, pouvant l'être, ont été présentés à l'autorité cantonale de dernière instance (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). La jurisprudence admet toutefois la recevabilité de moyens de droit nouveaux lorsque l'autorité cantonale de dernière instance disposait d'un pouvoir d'examen libre et devait appliquer le droit d'office (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 33). Cela vaut plus particulièrement pour les moyens fondés sur le droit matériel. En revanche, les nouveaux moyens de droit fondés sur le droit constitutionnel, qui sont soumis au principe d'allégation (<ref-law>), sont exclus en vertu des principes de la bonne foi et de l'épuisement des griefs (<ref-ruling> consid. 2; arrêt 6B_435/2011 du 6 octobre 2011 consid. 1.3.1).
Il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que les garanties constitutionnelles susmentionnées (garantie de la propriété, libertés économique et personnelle, égalité de traitement) auraient été invoquées devant l'autorité précédente. Du moins cette dernière ne les a-t-elle pas examinées, sans que le recourant ne se plaigne de déni de justice, ni ne prétende, et moins encore ne démontre, qu'il les aurait valablement fait valoir en vertu du droit cantonal de procédure, applicable en l'espèce (cf. art. 454 al. 2 CPP/FR). Ces moyens sont donc nouveaux et partant irrecevables faute d'épuisement des instances cantonales.
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal du canton de Fribourg et à l'Office vétérinaire fédéral.
Lausanne, le 5 janvier 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod