Faits:
A. Suite à un contrôle effectué le 9 mai 2000, X._ a, par lettre du 9 juin 2000, reproché à Y._ SA d'avoir violé, durant les années 1998 à 2000, des prescriptions de la Convention collective cadre pour l'industrie de la plâtrerie et de la peinture (ci-après: CCT), et l'a sanctionnée d'une amende de 10'000 fr.
B. Les 15 août 2002, X._ a ouvert action contre Y._ SA devant le Président 2 de l'arrondissement judiciaire Z._, concluant à ce qu'il lui ordonne, ainsi qu'à son administrateur, de se conformer à sa décision du 9 juin 2000, d'établir un décompte rectificatif dans un délai à fixer par le Juge et de procéder au paiement des montants dus aux travailleurs, sous menaces des sanctions pénales prévues aux <ref-law> et 404 du Code de procédure civile du canton de Berne du 7 juillet 1918, la condamne à lui payer la somme de 10'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 7 décembre 2000 à titre d'amende et, partant, prononce la mainlevée de l'opposition au commandement de payer qui lui avait été notifié. Le Magistrat susmentionné a rejeté la demande par jugement du 16 août 2005, de même que la IIe Chambre civile de la Cour d'appel du canton de Berne, statuant par jugement du 16 mars 2006.
C. Contre ce jugement, X._ (la demanderesse) interjette un recours en réforme au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle statue sur les conclusions de la demande, avec suite de frais et dépens des instances cantonales et fédérale. Y._ SA (la défenderesse) propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sous suite de frais et dépens.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Interjeté par la demanderesse, qui a été déboutée de ses conclusions, et dirigé contre un jugement final rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 48 OJ) sur une contestation civile (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 531; plus récemment arrêt 4C.45/2002 du 11 juillet 2002, consid. 1; 4C.391/2001 du 30 avril 2002, consid. 1.2) dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 8'000 fr. (art. 46 OJ), le recours en réforme soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé en temps utile (art. 32 et 54 al. 1 OJ) et dans les formes requises (art. 55 OJ).
1.2 Saisi d'un recours en réforme, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits contenus dans la décision attaquée, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il faille rectifier des constatations reposant sur une inadvertance manifeste (art. 63 al. 2 OJ) ou compléter les constatations de l'autorité cantonale parce que celle-ci n'a pas tenu compte de faits pertinents, régulièrement allégués et clairement établis (art. 64 OJ). Dans la mesure où une partie recourante présente un état de fait qui s'écarte de celui contenu dans la décision attaquée, sans se prévaloir avec précision de l'une des exceptions qui viennent d'être rappelées, il n'est pas possible d'en tenir compte (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 106, 136 consid. 1.4). Il ne peut être présenté de griefs contre les constatations de fait, ni de faits ou de moyens de preuve nouveaux (art. 55 al. 1 let. c OJ). Le recours en réforme n'est pas ouvert pour remettre en cause l'appréciation des preuves et les constatations de fait qui en découlent (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 3).
2. Dans son écriture, la demanderesse expose que le motif de son recours repose dans "le grief d'une violation des dispositions en matière de contrat de travail, de la violation du principe de l'unité du contrat de travail (<ref-law>) ainsi que de l'application manifestement erronée d'une convention collective de travail". Dans ce cadre, elle estime que la cour cantonale a faussement apprécié les faits constatés et subsidiairement que la constatation s'est avérée insuffisante.
En réalité, il apparaît que la question litigieuse est celle de savoir si, comme le soutient la demanderesse, la défenderesse est assujettie à la CCT. Dès lors que celle-ci n'est ni membre d'une organisation contractante, ni signataire à titre individuel, il s'agit plus précisément d'examiner si le champ d'application de la CCT lui a été étendu de façon contraignante.
2.1 Par arrêtés des 29 juillet 1996 (FF 1996 III 465), 17 novembre 1998 (FF 1998 4948) et 29 août 2000 (FF 2000 4455), dont la teneur est identique, le Conseil fédéral a étendu le champ d'application de la CCT à la branche de la plâtrerie-peinture dans différents cantons, dont celui de Berne et du Jura (art. 2 al. 1), avec effet respectivement du 1er septembre 1996 au 31 mars 1999, du 1er janvier 1999 au 31 mars 2001 et du 1er octobre 2000 au 31 mars 2003 (art. 5 al. 2). Il était prévu que l'arrêté s'applique à toutes les entreprises et aux secteurs d'entreprise qui exécutent ou font exécuter des travaux de peinture et de plâtrerie et qui appartiennent à la branche professionnelle des peintres ou des plâtriers (art. 2 al. 2). En outre, l'arrêté s'appliquait à tous les employeurs et à tous les travailleurs des branches mentionnées sous l'al. 2, à l'exception des employés de commerce, des travailleurs de la profession exerçant une fonction dirigeante supérieure, par exemple les directeurs, et des apprentis (art. 2 al. 3).
2.2 La décision d'extension permet l'application d'une CCT aux employeurs et aux travailleurs qui appartiennent à la branche économique ou à la profession visée et ne sont pas liés par cette convention (cf. art. 1 al. 1 de la loi fédérale du 28 septembre 1956 permettant d'étendre le champ d'application de la convention collective de travail; RS 221.215.311). Pour savoir si une entreprise appartient à la branche économique ou à la profession visée et entre, de ce fait, dans le champ d'application de la CCT étendue, il faut examiner de manière concrète l'activité généralement déployée par l'entreprise en cause (arrêt 4P.49/2006 du 24 avril 2006, consid. 3.3). Il va sans dire que seule doit être prise en considération, dans le cadre de cet examen, l'activité généralement exercée par l'employeur en question, c'est-à-dire celle qui caractérise son entreprise, et non pas une prestation de service exorbitante de sa sphère d'activité naturelle, qu'il pourra être amené à fournir à titre exceptionnel (arrêt 4C.409/1995 du 15 mai 1996, consid. 2b). Lorsqu'une entreprise exerce différents types d'activité, celle qui la caractérise est décisive pour décider de sa soumission à telle ou telle convention collective de travail (cf. arrêt 4C.409/1995 du 15 mai 1996, consid. 2b; 4C.311/1995 du 27 février 1996, consid. 2b/aa). Le but social inscrit au registre du commerce n'est pas déterminant pour trancher la question de l'applicabilité d'une CCT étendue à un employeur qui n'est pas lié par cette convention (arrêt 4P.49/2006 du 24 avril 2006, consid. 3.3; 4C.409/1995 du 15 mai 1996, consid. 2b). La jurisprudence a précisé que les entreprises visées par la déclaration d'extension doivent offrir des biens ou des services de même nature que les entreprises qui sont soumises contractuellement à la CCT; il doit exister un rapport de concurrence directe entre ces entreprises (arrêt 4P.49/2006 du 24 avril 2006, consid. 3.3; 4C.45/2002 du 11 juillet 2002, consid. 2.1.2; 4C.46/1995 du 11 octobre 1995, consid. 3a).
Les dispositions concernant l'extension d'une CCT ont un caractère normatif et sont en conséquence soumises aux règles régissant l'interprétation des textes de lois (<ref-ruling> consid. 2a; plus récemment arrêt 4P.49/2006 du 24 avril 2006, consid. 3.3; arrêt 4C.45/2002 du 11 juillet 2002, consid. 2.1.2). Ainsi, ces dispositions doivent être interprétées en premier lieu selon leur lettre. Lorsque leur sens littéral est clair et univoque, l'autorité qui doit les appliquer est en principe liée (cf. <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 3.2).
Rien ne justifie d'interpréter extensivement une convention étendue, dès lors que la décision d'extension constitue déjà en soi une atteinte à la liberté du commerce et de l'industrie ainsi qu'à la liberté contractuelle (arrêt 4C.409/1995 du 15 mai 1996, consid. 2b et les références citées; plus récemment Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6e éd., Zurich 2006, n. 11 ad <ref-law>).
2.3 Dans la présente cause, la cour cantonale a considéré que, s'agissant en l'espèce d'une convention de branche, le fait que la défenderesse emploie des peintres ne suffisait pas pour l'assujettir à la CCT. En outre, la formation ou la profession des employés de l'entreprise n'était pas déterminante, pas plus que l'inscription au Registre du commerce. Procédant à l'examen concret de l'activité effectivement déployée par la défenderesse, elle a retenu que l'administration des preuves avait permis d'établir que les travaux de peinture constituaient au maximum moins de la moitié des activités de celle-ci, qui pouvait ainsi clairement être qualifiée d'entreprise mixte. De plus, il fallait prendre en considération l'ensemble des activités de la défenderesse pour estimer la part afférente à la peinture. En effet, tous les salariés participaient à l'activité mercantile de la société. En outre, étant donné qu'elle ne pouvait être divisée en secteurs, il fallait prendre en considération l'entreprise dans son ensemble. L'engagement de se conformer à la CCT exprimé oralement par un membre de la défenderesse envers le secrétaire de la demanderesse ne jouait pas non plus de rôle particulier, seul l'administrateur de la défenderesse étant habilité à représenter et engager la société. De même, il n'était pas déterminant que la défenderesse, cas échéant partant de l'idée erronée de l'applicabilité de la CCT, se soit parfois conformée à celle-ci et qu'elle ait occasionnellement payé les cotisations prévues par cette dernière.
Examinant la possibilité d'une application limitée de la CCT étendue à un seul secteur de l'entreprise, conformément à l'art. 2 al. 2 de l'arrêté d'extension, en dépit du fait que cette entreprise exerçait une part prédominante de ses activités dans d'autres domaines, les juges cantonaux ont considéré qu'il aurait fallu, pour qu'on puisse parler de secteurs, que l'un de ces derniers forme une entité au niveau de l'organisation. Ceci présupposait que les travailleurs soient clairement attribués à un secteur et, cumulativement, que celui-ci apparaisse comme tel à l'égard de la clientèle, même s'il n'était pas nécessaire qu'il dispose d'une administration propre et d'une comptabilité indépendante. En l'espèce, tel n'était manifestement pas le cas de la partie plâtrerie-peinture de la défenderesse. En effet, il ressortait du dossier que celle-ci occupait un nombre trop modeste de personnes pour que la constitution de plusieurs secteurs soit envisageable. Elle se présentait au public comme une entreprise mixte, ce que confirmait par ailleurs la consultation du Registre du commerce et la structure de l'entreprise dans laquelle chacun faisait un peu de tout dans des proportions variables.
Par ailleurs, l'administration des preuves avait conduit à admettre que la demanderesse n'avait pas pu établir que la défenderesse se trouvait en concurrence avec des entreprises de peinture de sa ville, respectivement qu'elles se partageaient le même marché.
En définitive, la cour cantonale est parvenue à la conclusion que la défenderesse n'était pas soumise à la CCT étendue.
Enfin, les précédents juges ont laissé indécise la question de la qualité pour agir de la demanderesse, dès lors que l'issue du litige n'en dépendait pas.
2.4 Dans la mesure où la cour cantonale a retenu en fait, de manière à lier le Tribunal fédéral saisi d'un recours en réforme (art. 63 al. 2 OJ), d'une part que la défenderesse était une entreprise mixte, d'autre part qu'il n'existait pas de rapport de concurrence entre celle-ci et les entreprises de peinture de sa ville, l'on ne voit pas qu'elle ait violé le droit fédéral en retenant que la défenderesse n'était pas concernée par l'extension du champ d'application de la CCT litigieuse.
Cela étant, l'argumentation de la demanderesse, qui tente en substance d'imposer sa propre version des faits quant à la nature de l'activité déployée par la défenderesse, tombe à faux, lorsqu'elle n'est pas irrecevable dans un recours en réforme parce qu'elle revient à remettre en cause l'appréciation des preuves et les constatations de fait (cf. consid. 1.2).
Ainsi, lorsqu'elle soutient que le pourcentage de 46 % auquel la cour cantonale est parvenue pour retenir que les travaux de peinture constituaient au maximum moins de la moitié des activités de la défenderesse est erroné, parce qu'il tiendrait à tort compte de l'activité des employés de commerce, du directeur et des apprentis, en dépit de l'art. 2 al. 3 de l'arrêté, elle confond la question de l'assujettissement d'une entreprise à une CCT étendue avec celle du champ d'application personnel de celle-ci. La teneur de la disposition invoquée n'empêchait ainsi nullement de tenir compte de l'activité du type d'employés qui y sont mentionnés pour résoudre la question de savoir qu'elle était l'activité caractéristique de la défenderesse. Au demeurant, l'instruction a fait apparaître que le dirigeant de celle-ci oeuvrait également comme peintre. En outre, la cour cantonale a envisagé une variante ne tenant pas compte d'une collaboratrice, du fait qu'elle ne travaillait qu'occasionnellement dans l'entreprise, hypothèse dans laquelle le pourcentage des activités de la défenderesse dévolues à la peinture était encore inférieur. En tout état, le pourcentage exact retenu n'est pas déterminant - la cour cantonale a d'ailleurs précisé qu'il était impossible de déterminer avec exactitude la part représentée par la peinture dans les activités de la défenderesse -, dès lors qu'il ressort de l'appréciation de l'ensemble des preuves que celle-ci est une entreprise mixte qui n'est pas principalement active dans le domaine de la peinture. Dans le même ordre d'idées, la demanderesse joue vainement sur les mots en soutenant qu'"une activité représentant le 46 % de toute l'activité de l'entreprise pourrait parfaitement représenter l'activité principale de celle-ci" ou que "même une activité à 30 % exercée par une entreprise peut être considérée comme activité prépondérante et ainsi être soumise à la force obligatoire d'une CCT, dans la mesure où aucune autre activité de l'entreprise ne rejoint ou ne dépasse ce taux-là".
Par ailleurs, la demanderesse erre lorsqu'elle plaide que les précédents juges auraient dû se demander si l'entreprise exerçait une autre activité dans une proportion supérieure à 46 %, ce qui l'obligerait à respecter une autre convention collective. Là n'était en effet pas la question et il incombait à la demanderesse de prouver que l'activité concrète prépondérante de la défenderesse entrait dans le champ d'application de la CCT dont elle poursuit l'application, ce en quoi elle a échoué.
Toujours selon la demanderesse, la cour cantonale aurait omis de prendre en compte que la CCT de la peinture englobe aussi le domaine de la plâtrerie, qui représenterait environ 5% de l'activité de la défenderesse. Sur ce point, la demanderesse se heurte aux constatations de fait souveraines de la cour cantonale, qui a expressément précisé que l'administration de la preuve n'avait porté que sur l'activité de peinture déployée par la défenderesse et qu'en effet, la demanderesse n'avait produit aucun moyen de preuve portant sur l'éventuelle activité de plâtrerie de celle-là, si bien que la cour cantonale considérait que ce point n'était pas établi à suffisance de droit.
C'est en outre à tort que la demanderesse souligne qu'il n'est "pas sans importance de constater que l'entreprise engageait des peintres qualifiés", car elle méconnaît ainsi que la cour cantonale a retenu qu'il ressortait de l'administration des preuves qu'il était clair dès leur engagement que les ouvriers de la défenderesse seraient chargés de tous types de travaux qui entraient dans le domaine d'activité de l'entreprise, qu'aucun employé n'effectuait uniquement des travaux de peinture mais qu'au contraire, chacun devait être considéré comme un homme à tout faire. Dans le même sens, la demanderesse tombe à faux en plaidant que la défenderesse formait uniquement des apprentis peintres et que cet élément serait de nature à démontrer une activité essentielle dans la plâtrerie-peinture. Dans son jugement, la cour cantonale a en effet retenu qu'il y avait lieu d'admettre que les apprentis peintres étaient principalement actifs dans les travaux de peinture, mais que ceux-ci ne pouvaient toutefois représenter leur unique activité du fait qu'ils travaillaient avec les autres employés de la défenderesse et que ces derniers s'occupaient de tous types de travaux.
La demanderesse revient en outre en vain sur des éléments dont la cour cantonale a considéré qu'ils n'étaient pas déterminants, en se limitant à affirmer leur contraire, s'agissant en particulier du versement occasionnel de cotisations prévues par la CCT, de la participation de l'administrateur de la défenderesse à une séance de l'association patronale des peintres de sa région, de la formation de peintre de celui-ci et enfin d'une nouvelle annonce passée par la défenderesse dans la presse.
En définitive, force est de constater que la demanderesse n'a pas prouvé que la défenderesse était principalement active dans le domaine de la plâtrerie-peinture, ni qu'elle se trouvait dans un rapport de concurrence avec les entreprises de plâtrerie-peinture de sa région, de sorte que c'est à juste titre que la cour cantonale a considéré que la CCT étendue ne lui était pas applicable.
3. Dès lors qu'elle n'a pas d'incidence sur l'issue de la cause, la question de la légitimation active de la demanderesse peut demeurer indécise.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens seront mis à la charge de la demanderesse, qui succombe (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de la demanderesse.
3. La demanderesse versera à la défenderesse une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties et à la IIe Chambre civile de la Cour d'appel du canton de Berne.
Lausanne, le 17 août 2006
Au nom de la Ire Cour civile
du Tribunal fédéral suisse
La juge présidant: La greffière: