Sachverhalt:
A. X._ arbeitete von Juni 2007 bis September 2008 im Personalwesen der Z._ AG. Y._ kümmerte sich um die Finanz- und Lohnbuchhaltung des Unternehmens und engagierte sich persönlich finanziell in der Z._ AG.
Am 15. Januar 2009 erstattete X._ bei der Staatsanwaltschaft See/Oberland Strafanzeige gegen Y._ wegen Ausnützung einer Notlage (<ref-law>), übler Nachrede (<ref-law>) bzw. Verleumdung (<ref-law>) und sexueller Belästigung (<ref-law>). Sie wirft ihm vor, er habe ihre weitere Beschäftigung von seinem Goodwill abhängig gemacht und immer wieder damit gedroht, das Unternehmen hochgehen zu lassen. Er habe seine Stellung im Unternehmen ausgenützt, um sie sexuell zu belästigen und gegen ihren Willen am Körper zu berühren.
B. Mit Schreiben vom 27. April 2009 verwies die Staatsanwaltschaft die Verfolgung der Ehrverletzungsdelikte auf den Weg des Privatstrafklageverfahrens. Nachdem die Staatsanwaltschaft Y._, X._ sowie mehrere Zeugen befragt hatte, stellte sie das Verfahren mit Verfügung vom 22. März 2010 ein.
Dagegen führte X._ Rekurs beim Obergericht des Kantons Zürich. Dieses wies den Rekurs mit Beschluss vom 23. November 2010 ab.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt die Aufhebung der Verfügung der Staatsanwaltschaft sowie des Beschlusses des Obergerichts. Die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, beim Bezirksgericht Anklage zu erheben.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben je auf eine Vernehmlassung verzichtet. Y._ beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen gegeben.
1.2 Das Obergericht hat als oberes, kantonal letztinstanzliches Gericht entschieden. Gegen seinen Endentscheid ist die Beschwerde gemäss Art. 80 Abs. 1 und Art. 90 BGG zulässig.
Auf den Antrag auf Aufhebung der Verfügung der Staatsanwaltschaft ist nicht einzutreten, da deren Verfügung durch den Entscheid der Vorinstanz ersetzt worden ist (Devolutiveffekt) und als inhaltlich mitangefochten gilt (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
Auf den Antrag auf Aufhebung der Verfügung der Staatsanwaltschaft ist nicht einzutreten, da deren Verfügung durch den Entscheid der Vorinstanz ersetzt worden ist (Devolutiveffekt) und als inhaltlich mitangefochten gilt (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
1.3 1.3.1 Der Beschwerdegegner 1 macht geltend, die Beschwerdeführerin berufe sich nicht auf Opferrechte. Sie sei deshalb als Geschädigte zu betrachten und nicht beschwerdelegitimiert (<ref-ruling>). Zudem genüge die Beschwerde den Begründungsanforderungen hinsichtlich der Legitimation nicht.
1.3.2 Der angefochtene Entscheid datiert vom 23. November 2010. Betreffend die Frage der Legitimation sind das Bundesgerichtsgesetz sowie das Opferhilfegesetz in der bis zum 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung anwendbar (<ref-law>). Nach aArt. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG sind Opfer zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, wenn sich der Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann.
1.3.3 Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Sie wirft dem Beschwerdegegner 1 die Ausnützung der Notlage (<ref-law>) vor und fordert in ihrer Strafanzeige Schadenersatz und Genugtuung. Ihr kommt ohne weiteres die Stellung als Opfer zu. Aufgrund der Sachlage ergibt sich ohne Zweifel, welche Zivilforderungen sie geltend machen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 1.1.1 S. 196 f.), und es ist klar ersichtlich, inwiefern sich der angefochtene Entscheid negativ auf diese Forderungen auswirken kann (<ref-ruling> E. 1a S. 187). Sie ist zur Beschwerde berechtigt.
1.4 Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Unter welchen Voraussetzungen ein Strafverfahren eingestellt werden darf und wann Anklage zu erheben ist, ergibt sich vorliegend primär aus dem kantonalen Prozessrecht (vgl. Urteil 6B_995/2010 vom 21. März 2011 E. 3.1). Die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (StPO/CH; SR 312.0) gelangt (noch) nicht zur Anwendung (<ref-law>/CH; vgl. Urteil 1B_224/2010 vom 11. Januar 2011 E. 2; Urteil 1B_411/2010 vom 7. Februar 2011 E. 1.3; je mit Hinweisen).
2.2 Die Vorinstanz stützt ihre Bestätigung der staatsanwaltschaftlichen Einstellungsverfügung auf die §§ 35 ff. der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS ZH 321). Fehlt es nach durchgeführter Untersuchung an einem hinreichenden Tatverdacht bzw. ist das Vorliegen eines Straftatbestandes nicht genügend dargetan, so dass eine Verurteilung in der Hauptverhandlung nicht zu erwarten ist, darf die Untersuchungsbehörde das Verfahren einstellen. Sinn dieser Prüfung ist es, den Beschuldigten vor Anklagen zu schützen, die mit einiger Sicherheit zu Freisprüchen führen müssten. Da Untersuchungsbehörden jedoch nicht dazu berufen sind, über Recht und Unrecht zu befinden, dürfen sie nicht allzu rasch, gestützt auf eigene Bedenken, zu einer Einstellung schreiten. In Zweifelsfällen beweismässiger und vor allem rechtlicher Art soll Anklage erhoben und es dem Gericht überlassen werden, einen Entscheid zu fällen. Der Grundsatz "in dubio pro reo" gilt hier nicht. Vielmehr ist nach Massgabe der Maxime "in dubio pro duriore" im Zweifel - wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch - Anklage zu erheben (vgl. Urteil 6B_214/2010 vom 3. Juni 2010 E. 2; Urteil 6B_995/2010 vom 21. März 2011 E. 3.1).
2.3 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von kantonalem Recht nur auf Willkür (<ref-law>). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die unrichtige Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Die Rüge von Grundrechtsverletzungen, namentlich des Willkürverbots, bedarf besonderer Begründung (<ref-law>). Es besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
3. 3.1 Vorliegend nicht zu prüfen ist die Verfahrenseinstellung hinsichtlich des Vorwurfs der sexuellen Belästigung (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat die Strafantragsfrist versäumt (<ref-law>).
3.2 Gemäss <ref-law> macht sich der Ausnützung einer Notlage schuldig, wer eine Person veranlasst, eine sexuelle Handlung vorzunehmen oder zu dulden, indem er eine Notlage oder eine durch ein Arbeitsverhältnis oder eine in anderer Weise begründete Abhängigkeit ausnützt.
Die Rechtsprechung fordert in objektiver Hinsicht, dass die abhängige Person die sexuelle Handlung "eigentlich nicht wolle", dass sie sich, entgegen ihrer inneren Widerstände, nur unter dem Eindruck der Autorität des anderen füge. In subjektiver Hinsicht ist Vorsatz erforderlich. Der Täter muss wissen oder zumindest in Kauf nehmen, dass sich die betroffene Person nur deshalb auf die sexuellen Handlungen einlässt, weil sie von ihm abhängig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 119 mit Hinweis).
3.3 Die Vorinstanz erwog, es sei nicht anklagegenügend erstellt, dass die Beschwerdeführerin das Verhalten, das sie dem Beschwerdegegner 1 vorwerfe, tatsächlich abgelehnt und er dies gewusst habe. Dass die Beschwerdeführerin die oft sehr persönlichen Mitteilungen an den Beschwerdegegner 1 nur verfasst habe, um ihn bei Laune zu halten und seinen Erwartungen zu entsprechen, sei nicht nachvollziehbar.
3.4 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe die Beweise willkürlich gewürdigt und den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Der Entscheid sei aktenwidrig und willkürlich. Die Beschwerdeführerin habe dem Beschwerdegegner 1 zu verstehen gegeben, dass sie keinen privaten Kontakt mit ihm wünsche. Er habe dies gewusst.
3.5 Mit den Vorbringen der Beschwerdeführerin ist Willkür nicht darzutun, zumal Willkür nicht schon dann gegeben ist, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.). Am 18. Juni 2008 soll sich die Beschwerdeführerin am späteren Abend vom Beschwerdegegner 1 belästigt gefühlt haben. Er habe sie erst in Ruhe gelassen, nachdem sie weder ihr Festnetz- noch ihr Mobiltelefon abgenommen und in der Wohnung das Licht gelöscht habe. Nach der Auffassung der Vorinstanz zeige der Vorfall höchstens, dass die Beschwerdeführerin kein spontanes Treffen gewollt habe, da sie dem Beschwerdegegner 1 am gleichen Abend kurz vor Mitternacht und auch am nächsten Tag Kurzmitteilungen schrieb, die nicht abweisend gewesen seien. Der Vorwurf der Beschwerdeführerin, die Staatsanwaltschaft habe diesen Vorfall ignoriert, lässt die tatsächlichen Feststellungen und den Entscheid der Vorinstanz, die sich mit dem Vorfall auseinandersetzte (E. 4b), nicht als willkürlich erscheinen. Daran ändert auch der Hinweis auf die E-Mail des Beschwerdegegners 1 vom 19. Juni 2008 nichts, worin er den Vorfall anspricht. Dass er ihr dabei mit dem Satz "Eins ist sicher: Wir finden nie zusammen!" die Kündigung angedroht haben soll, ist bei Lektüre der gesamten E-Mail nicht nachvollziehbar.
Der Zeuge A._ beobachtete Anfangs Juli 2008, wie der Beschwerdegegner 1 die Beschwerdeführerin umarmt, sie rechts am Hals geknutscht und mit der linken Hand ihr Gesäss gegen sich gedrückt habe. Die Beschwerdeführerin habe ihn mit beiden Händen von sich weggestossen, um sich von ihm zu lösen. Die Vorinstanz betrachtet dies zwar als abweisendes Verhalten. Das Wegstossen könne aber verschiedenste Gründe gehabt haben, situationsbedingt erfolgt sein. Es könne nicht ausgeschlossen werden, dass die Beschwerdeführerin in der Öffentlichkeit keine Zärtlichkeiten mit dem verheirateten Beschwerdegegner 1 gewünscht habe (E. 4b S. 6). Weshalb diese Erwägungen mit der E-Mail vom 18. Juli 2008 des Beschwerdegegners 1 unverträglich sein sollen, wie die Beschwerdeführerin behauptet, ist nicht ersichtlich. Darin drohte der Beschwerdegegner 1 keine zukünftigen Umarmungen an, sondern schrieb in der Grussformel "eine zünftige Umarmung". Des Weiteren begründet die Beschwerdeführerin ihre Behauptung nicht, weshalb die Begründung der Vorinstanz, der Beschwerdegegner 1 hoffe mit seinen E-Mails vom 18. und 29. Juli 2008 lediglich auf weitere Träume, stossend sei. Verfällt die Vorinstanz nicht in Willkür, wenn sie ausführt, das Wegstossen könne aus verschiedensten Gründen erfolgt sein, ist - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - nicht relevant, ob sie den Zeugen bemerkte. Im Übrigen ist fraglich, ob das vom Zeugen geschilderte Verhalten des Beschwerdegegners überhaupt als sexuelle Handlung zu werten wäre (Urteil 6P.244/2006 vom 16. Februar 2007 mit Hinweisen).
Was die Beschwerdeführerin zur E-Mail vom 11. Juli 2008 des Beschwerdegegners 1 vorbringt, genügt den Anforderungen an die Beschwerdebegründung nicht. Nicht weiter einzutreten ist deshalb auf die Behauptung, die Ausführungen des Beschwerdegegners 1 seien unglaubhaft und widersprüchlich. Der Hinweis auf die E-Mail vom 20. September 2008 des Beschwerdegegners 1, worin er die Beschwerdeführerin fragt, ob sie ihm ein Programm erklären könne, ist unbehelflich. Auch wenn er ihr dabei anbot, sie mit dem Auto abzuholen und zurückzubringen, erscheint die Erwägung der Vorinstanz, dass es sich dabei um eine geschäftliche Anfrage gehandelt habe, nicht als willkürlich. Insofern ist auch nicht dargelegt, dass der Beschwerdeführerin gekündigt worden sei, weil sie dem Ansinnen des Beschwerdegegners 1 nicht nachgekommen sei.
Die Zeugin B._ sagte aus, die Beschwerdeführerin habe ihr gegenüber eine E-Mail des Beschwerdegegners 1 dahingehend kommentiert, dass es ihr zu viel werde und sie nicht wisse, wie sie damit umgehen solle. Die Beschwerdeführerin habe ihr gegenüber einmal erwähnt, dass der Beschwerdegegner 1 ihr die Hand auf den Arm gelegt habe. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführte, erklärte die Beschwerdeführerin der Zeugin gegenüber nicht, sie fühle sich sexuell belästigt und was ihr genau "zu viel" werde. Dass die Zeugenaussage auch anders gewürdigt werden könnte, genügt zur Geltendmachung von Willkür nicht. Die Vorinstanz verfällt demnach nicht in Willkür, wenn sie in der Zeugenaussage keine anklagegenügenden Hinweise erblickt.
Auch mit der Behauptung, der Beschwerdegegner 1 habe die Beschwerdeführerin entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht aus geschäftlichen oder familiären, sondern aus persönlichen Gründen aufgefordert, seine E-Mails zu löschen, da er gewusst habe, dass sie ihm Probleme bereiten würden, ist Willkür nicht darzutun. Die Erwägung der Vorinstanz, das Verhalten der Beschwerdeführerin gehe über ein Tolerieren und Dulden hinaus, erscheint durch die nicht weiter begründete Behauptung, die Mitteilungen der Beschwerdeführerin an den Beschwerdegegner 1 seien immer eine Reaktion auf entsprechende Aufforderungen gewesen, nicht als willkürlich. Schliesslich ist nicht ersichtlich, inwiefern sich die Vorinstanz rechtswidrig zur Kündigung geäussert haben soll. Zumal die Beschwerdeführerin dieses Thema in ihrer Eingabe an die Vorinstanz selbst ansprach und die Vorinstanz die Frage, ob die Kündigung rechtens sei, ausdrücklich offen gelassen hat.
3.6 Der Vorwurf der willkürlichen Feststellung des Sachverhalts ist unbegründet. Nach erfolgter Beweiswürdigung durfte die Vorinstanz ohne Willkür davon ausgehen, dass bei gegebener Sachlage mit einer Verurteilung nicht zu rechnen ist.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Kosten (<ref-law>). Sie hat den Beschwerdegegner 1 für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner 1 mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. April 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Christen