Sachverhalt:
A. Am 4. Januar 2011 stellte die X._ AG (Beschwerdeführerin) beim Bezirksgericht Uster ein Ausweisungsgesuch gegen A._ (Beschwerdegegner).
Da der Beschwerdegegner das Mietobjekt in der Zwischenzeit verlassen hatte, schrieb das Bezirksgericht Uster die Sache mit Verfügung vom 28. März 2011 als gegenstandslos geworden ab und auferlegte dem Beschwerdegegner eine Gerichtsgebühr von Fr. 3'300.--. Es ordnete an, dass die Gebühr von der Beschwerdeführerin unter Verrechnung des geleisteten Kostenvorschusses bezogen werde und der Beschwerdeführerin vom Beschwerdegegner zu erstatten sei.
B. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdeführerin beim Obergericht des Kantons Zürich Beschwerde mit dem sinngemässen Begehren, es sei für das erstinstanzliche Verfahren eine unter Fr. 3'300.-- liegende "angemessene" Gerichtsgebühr festzusetzen.
Mit Beschluss vom 21. Juni 2011 trat das Obergericht des Kantons Zürich auf die Beschwerde nicht ein.
C. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 29. August 2011 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner und die Vorinstanz haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; <ref-ruling> E. 1).
1.1 Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72-89 BGG zulässig ist (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin anerkennt, dass der für die Beschwerde in Zivilsachen notwendige Streitwert nicht gegeben ist (<ref-law>) und sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-law>) stellt. Die Beschwerde in Zivilsachen ist daher nicht gegeben. Die Vorinstanz hat als oberes kantonales Gericht in einem Rechtsmittelverfahren endgültig entschieden (Art. 114 i.V.m. Art. 75 und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin hat am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen (<ref-law>) und rügt die Verletzung verfassungsmässiger Rechte (<ref-law>). Die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 117 i.V.m. Art. 100 Abs. 1 und Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 117 i.V.m. <ref-law>), ist grundsätzlich ein materieller Antrag erforderlich. Hat die Vorinstanz hingegen - wie vorliegend - einen Nichteintretensentscheid gefällt und demnach die Sache materiell nicht beurteilt, so kann das Bundesgericht im Falle der Gutheissung der Beschwerde nicht reformatorisch entscheiden, sondern müsste die Angelegenheit zum Entscheid in der Sache an die Vorinstanz zurückweisen. Ein materieller Antrag ist daher in solchen Fällen nicht erforderlich (Urteil 4A_330/2008 vom 27. Januar 2010 E. 2.1 mit Hinweis, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 4A_618/2010 vom 7. März 2011 E. 1.3). Der Antrag der Beschwerdeführerin, das vorinstanzliche Urteil sei aufzuheben und die Sache sei zur materiellen Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen, ist daher zulässig. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist somit unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 117 i.V.m. <ref-law>) einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe gegen das Verbot des überspitzten Formalismus (<ref-law>) verstossen, indem diese mit der Begründung nicht auf die Beschwerde eingetreten sei, die Beschwerdeführerin habe ihren Antrag nicht beziffert. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz gehe aus der Beschwerdebegründung hervor, welchen Betrag die Beschwerdeführerin als "angemessene Gerichtsgebühr" betrachtet habe. In der Begründung sei der Streitwert mit Fr. 12'500.-- beziffert worden. Bei diesem Streitwert würde die Gerichtsgebühr nach § 4 der Gebührenverordnung des Obergerichts vom 8. September 2010 maximal Fr. 2'100.-- betragen. Die Beschwerdeführerin sei von einer Gerichtsgebühr um Fr. 1'000.-- ausgegangen. Es sei aber Sache des Gerichts, den angemessenen Betrag ausgehend vom korrekten Streitwert festzulegen. Die Beschwerdeführerin habe keinen genauen Betrag festlegen können, da das Gericht sein Ermessen in der Festsetzung der Gerichtsgebühr sehr frei ausüben könne.
2.1 Überspitzter Formalismus als besondere Form der Rechtsverweigerung (<ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK) ist gegeben, wenn für ein Verfahren rigorose Formvorschriften aufgestellt werden, ohne dass die Strenge sachlich gerechtfertigt wäre, wenn die Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit dem Bürger den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2a).
2.2 Die Vorinstanz hat ausgeführt, bei der Anfechtung der Höhe der Gerichtsgebühr komme ein Sachentscheid der Beschwerdeinstanz in Betracht. In der Beschwerdeschrift müsse daher ein Antrag in der Sache gestellt werden, der bei Gutheissung der Beschwerde zum Entscheid erhoben werden könne. Diesen Anforderungen genüge der Antrag der Beschwerdeführerin auf Festsetzung einer "angemessenen Gerichtsgebühr" nicht. Zumindest hätte sich der nach Auffassung der Beschwerdeführerin angemessene Betrag aus der Beschwerdebegründung ergeben müssen.
2.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet zu Recht nicht, dass sie ihren Antrag auch in der Beschwerdebegründung nicht mit einem genauen Betrag beziffert hat. Dies zu verlangen ist aber nicht überspitzt formalistisch. Denn es ist unerheblich, ob das Gericht die Gerichtsgebühr nach Ermessen festlegen kann. Wenn die Beschwerdeführerin schon die Festsetzung der Gerichtsgebühr durch das erstinstanzliche Gericht anficht, weil sie offenbar der Auffassung ist, diese sei nicht angemessen, so ist es ihr ohne weiteres zuzumuten, die ihrer Ansicht nach angemessene Gebühr zu beziffern. Es bleibt sodann Sache des Gerichts, darüber zu entscheiden, ob diesem Antrag gefolgt werden kann. Die Rüge erweist sich damit als unbegründet.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist hingegen nicht geschuldet, da der Beschwerdegegner nicht anwaltlich vertreten ist (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 446 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier