Sachverhalt:
A. Der 1942 geborene B._ schloss als Geschäftsführer der Y._ GmbH am 15. Januar 1996 mit der Sammelstiftung BVG der ELVIA Leben Schweizerische Lebensversicherungs-Gesellschaft (heute: Sammelstiftung BVG der Allianz Suisse Lebensversicherungs-Gesellschaft [nachfolgend: Sammelstiftung]) einen Anschlussvertrag zur Durchführung der beruflichen Vorsorge ab 1. Oktober 1995.
Am 20. April 1996 erlitt B._ einen Unfall. In der Folge richtete ihm die Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft aus der obligatorischen Unfallversicherung und aus einer betrieblichen UVG-Zusatzversicherung bis 31. März 2005 Taggelder aus. Bei einem Invaliditätsgrad von 100 % bezog er ab 1. April 1997 eine ganze Rente der Invalidenversicherung sowie ab 1. April 2005 eine Komplementärrente der Unfallversicherung. Die Sammelstiftung anerkannte den Anspruch von B._ auf eine Invalidenrente aus beruflicher Vorsorge in der Höhe von jährlich Fr. 11'158.00.- (zuzüglich Teuerungsrente) mit Wirkung ab 1. April 2005.
B. Am 20. Februar 2006 liess B._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage erheben mit folgenden Rechtsbegehren:
1. Es seien dem Kläger zu Lasten der Beklagten die reglementarischen und gesetzlichen Leistungen bei Invalidität aus beruflicher Vorsorge zuzusprechen; dies insbesondere für die Vergangenheit ab Eintritt der Invalidität des Klägers.
2. Es sei die Beklagte zu verpflichten, die nachzuzahlenden Rentenbetreffnisse mit Wirkung ab jeweiligem Fälligkeitstag mit 5 % p.a. zu verzinsen.
Mit Antwort und Widerklage vom 4. Mai 2006 stellte die Sammelstiftung folgende Rechtsbegehren:
1. Hauptantrag
1.1 Die Klage sei vollumfänglich abzuweisen.
1.2 Es sei widerklageweise festzustellen, dass dem Kläger gegenüber der Beklagten für die seit 20.4.1997 bestehende Invalidität keine Invalidenrente aus beruflicher Vorsorge zusteht.
2. Eventualantrag
Die Klage sei abzuweisen, soweit der Kläger für die seit 20.4.1997 bestehende Invalidität anderes oder mehr fordert als die Mindestleistungen gemäss BVG ab 1.4.2005.
3. Subeventualantrag
Die Klage sei abzuweisen, soweit der Kläger für die seit 20.4.1997 bestehende Invalidität anderes oder mehr fordert als die Mindestleistungen gemäss BVG ab 20.2.2001."
Mit Entscheid vom 31. Dezember 2007 trat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich auf die Widerklage nicht ein. In teilweiser Gutheissung der Klage verpflichtete es die Sammelstiftung, B._ ab 20. Februar 2001 eine auf einem Invaliditätsgrad von 100 % basierende Invalidenrente der obligatorischen beruflichen Vorsorge auszurichten, zuzüglich Verzugszins von 5 % seit 20. Februar 2006 für die bis zu diesem Zeitpunkt fällig gewordenen (und noch nicht verjährten) Rentenbetreffnisse sowie für die übrigen (nicht verjährten) Rentenbetreffnisse ab dem jeweiligen Fälligkeitsdatum. Ferner sprach es dem Kläger eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 3'400.- (inklusive Barauslagen und Mehrwertsteuer) zu.
C. C.a Die Sammelstiftung führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Rechtsbegehren, der Entscheid vom 31. Dezember 2007 sei aufzuheben und die Sache sei zur vollständigen Feststellung des Sachverhaltes und zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei der Entscheid insoweit aufzuheben, als sie zur Ausrichtung einer Invalidenrente der obligatorischen beruflichen Vorsorge vor dem 1. April 2005 verpflichtet worden sei und die Sache sei zur Neufestsetzung der Prozessentschädigung für das kantonale Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen.
B._ lässt die Abweisung der Beschwerde beantragen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
C.b B._ lässt ebenfalls Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der Entscheid vom 31. Dezember 2007 sei insoweit aufzuheben, als damit Leistungsansprüche der weitergehenden Berufsvorsorge verneint werden und es seien ihm solche zu anerkennen; weiter seien ihm auf den nachzuzahlenden Leistungen Zinsen von 5 % ab Klageerhebung vor Vorinstanz (bis Datum des letztinstanzlichen Entscheids) zuzusprechen; ferner sei ihm für das kantonale Verfahren eine volle, dem effektiven Aufwand angemessene Parteientschädigung zuzusprechen, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung im Entschädigungspunkt an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Sammelstiftung schliesst auf Nichteintreten, eventuell Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
C.c Mit Verfügung vom 13. Mai 2008 ist das Gesuch der Sammelstiftung um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen worden.

Erwägungen:
1. Da den beiden Beschwerden derselbe Sachverhalt zu Grunde liegt und die Rechtsmittel den nämlichen vorinstanzlichen Entscheid betreffen, rechtfertigt es sich, die beiden Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (<ref-ruling> E. 1 S. 126 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
3. Zu beurteilen sind ausschliesslich Leistungen der obligatorischen beruflichen Vorsorge. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid zutreffend festgehalten, dass kein Anspruch auf überobligatorische Leistungen besteht, weil solche gemäss Ziff. 3.2.1 Abs. 3 des Vorsorgereglements der Sammelstiftung ausgeschlossen sind, wenn - was vorliegend unbestritten ist - der Versicherungsfall auf einen Unfall zurückzuführen ist (in Bezug auf die vom Versicherten als überobligatorisch bezeichneten Ansprüche s. hinten E. 6).
4. 4.1 Nach Art. 2 Abs. 1 BVG unterstehen Arbeitnehmer, die das 17. Altersjahr vollendet haben und bei einem Arbeitgeber einen über dem Grenzbetrag von Art. 7 Abs. 1 BVG liegenden Jahreslohn beziehen, der obligatorischen Versicherung. Die Vorinstanz hat zutreffend dargelegt, dass der Mindestlohn nach Art. 7 Abs. 1 BVG in den Jahren 1995 und 1996 Fr. 23'280.- betrug. Diesbezüglich hat sie festgestellt, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich seien für September bis Dezember 1995 Lohnzahlungen von Fr. 4'000.- und für Januar bis April 1996 von Fr. 22'336.- deklariert worden. Daraus hat sie gefolgert, für das Jahr 1996 sei von einem hochgerechneten Jahreseinkommen von Fr. 67'008.- auszugehen. Dies liege deutlich über dem Mindesteinkommen für die obligatorische Berufsvorsorgeversicherung und entspreche überdies ziemlich genau dem nach dem Prinzip der Vorausdeklaration in der Anmeldung zur Kollektivversicherung vom 5. Oktober 1995 geschätzten und am 15. März 1996 bestätigten Lohn.
4.2 Die Sammelstiftung rügt, das kantonale Gericht habe die Bestimmungen von Art. 3 Abs. 1 lit. b BVV 2 in Verbindung mit Ziff. 2.4.1 und 2.4.4 des Vorsorgereglementes verletzt, indem es den ab 1. Januar 1996 geltenden Jahreslohn dem am 5. Oktober 1995 selbst deklarierten Lohn gleichgestellt und dabei ausser Acht gelassen habe, dass im Vorjahr (1995) ein Lohn in dieser deklarierten Höhe nie tatsächlich erzielt und auch nicht mit der AHV abgerechnet worden sei.
4.3 Gemäss Art. 3 Abs. 1 lit. b BVV 2 kann die Vorsorgeeinrichtung in ihrem Reglement vom massgebenden Lohn der AHV abweichen, indem sie den koordinierten Jahreslohn zum Voraus aufgrund des letzten bekannten Jahreslohnes bestimmt; sie muss dabei die für das laufende Jahr bereits vereinbarten Änderungen berücksichtigen (so genannte Pränumerando-Festsetzung des koordinierten Lohnes). Macht eine Vorsorgeeinrichtung von dieser Möglichkeit Gebrauch, so entspricht der versicherte (koordinierte) Jahreslohn nicht zwangsläufig dem während des Versicherungsjahres tatsächlich ausgerichteten massgebenden AHV-Lohn. Vielmehr gilt der koordinierte Lohn auch dann unverändert weiter, wenn während des laufenden Versicherungsjahres der massgebende AHV-Lohn erhöht oder reduziert wird. Eine Anpassung an die tatsächlichen und für die AHV massgebenden Lohnverhältnisse erfolgt diesfalls erst wieder im Folgejahr (Urteil B 21/02 des Eidg. Versicherungsgericht vom 11. Dezember 2002 E. 4.1.2, auszugsweise publiziert in SZS 2003, 500).
Im Vorsorgereglement der Sammelstiftung vom 24. Oktober 1995 wird mit folgenden Bestimmungen zwischen gemeldetem und koordiniertem Lohn unterschieden sowie von der Kompetenz, den letzteren nach der Pränumerando-Methode festzusetzen, Gebrauch gemacht:
2.4.1. Gemeldeter Jahreslohn
Als gemeldeter Jahreslohn gilt der am Stichtag bzw. bei Aufnahme in die Vorsorgekasse vom Arbeitgeber mitgeteilte mutmassliche jährliche AHV-Lohn des Versicherten. Der gemeldete Jahreslohn gilt grundsätzlich für das ganze Versicherungsjahr. Bei unterjährigen Eintritten ist der auf ein Jahr aufgerechnete Lohn massgebend.
2.4.2. Versicherter (koordinierter) Jahreslohn
Als versicherter Jahreslohn gilt der gemeldete Jahreslohn, im Maximum jedoch der 3-fache Betrag der jeweils gültigen maximalen einfachen AHV-Altersrente, vermindert um den entsprechenden Koordinationsabzug; der versicherte Jahreslohn entspricht mindestens 1/8 der jeweils gültigen maximalen einfachen AHV-Altersrente.
Der Koordinationsabzug entspricht dem Betrag der jeweils gültigen maximalen einfachen AHV-Altersrente.
2.4.4. Lohnanpassung
Jährlich auf den 1. Januar werden die Vorsorgeleistungen den zu Beginn des Versicherungsjahres geltenden Löhnen angepasst.
4.4 Der Versicherte nahm seine unselbständige Erwerbstätigkeit als Geschäftsführer der Y._ GmbH mit deren Gründung im September 1995 auf. Am 5. Oktober 1995 meldete er der Sammelstiftung einen ab Inkrafttreten der Berufsvorsorgeversicherung am 1. Oktober 1995 massgebenden AHV-Jahreslohn von Fr. 67'000.-. Am 15. März 1996 bestätigte er dessen unveränderte Weitergeltung ab dem 1. Januar 1996. Damit wurde in Übereinstimmung mit Art. 3 Abs. 1 lit. b BVV 2 und dem Reglement die obligatorische Berufsvorsorge des Versicherten mit Wirkung ab 1. Oktober 1995 für einen koordinierten Lohn von Fr. 43'720.- (Fr. 67'000.- minus Fr. 23'280.-) begründet und für das Versicherungsjahr 1996 unverändert weitergeführt.
Dass gerade zu Beginn der Berufsvorsorgeversicherung eines Geschäftsführers, der ein eigenes Unternehmen gegründet hat, der erwartete Jahreslohn unter Umständen erheblich vom in der Folge tatsächlich erwirtschafteten AHV-rechtlich massgebenden Lohn abweicht, beruht auf üblichen wirtschaftlichen Gegebenheiten und ändert nichts daran. Die Vorinstanz hat daher zu Recht den für 1995 und 1996 gemeldeten AHV-Jahreslohn von je Fr. 67'000.- als für die obligatorische Berufsvorsorgeversicherung massgebend erachtet.
4.5 Bei dieser Rechtslage sind die von der Sammelstiftung beantragten Beweise betreffend die "echtzeitlichen Lohnverhältnisse" in den Jahren 1995 und 1996 für Bestand und Umfang der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung nicht rechtserheblich. Der Verzicht auf entsprechende Abklärungen ist daher nicht zu beanstanden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 371).
5. 5.1 Nach Art. 26 Abs. 1 BVG gelten für den Beginn des Anspruchs auf Invalidenleistungen sinngemäss die entsprechenden Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 19. Juni 1959 über die Invalidenversicherung (<ref-law> in der hier noch massgebenden, bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung). Die Vorsorgeeinrichtung kann in ihren reglementarischen Bestimmungen vorsehen, dass der Anspruch auf eine Invalidenrente aufgeschoben wird, solange der Versicherte den vollen Lohn erhält (Art. 26 Abs. 2 BVG). Überdies kann die Vorsorgeeinrichtung den Anspruch auf Invalidenleistung bis zur Erschöpfung des Taggeldanspruches aufschieben, wenn der Versicherte anstelle des vollen Lohnes Taggelder der Krankenversicherung erhält, die mindestens 80 % des entgangenen Lohnes betragen und die Taggeldversicherung vom Arbeitgeber mindestens zur Hälfte mitfinanziert wurde (Art. 27 BVV 2 in Verbindung mit Art. 34 Abs. 2 BVG in der bis 31. Dezember 2004 resp. bis 31. Dezember 2002 gültig gewesenen Fassung [heute: Art. 26 BVV 2 und Art. 34a Abs. 1 BVG]).
Das kantonale Gericht hat zutreffend dargelegt, dass die Vorsorgeeinrichtungen die Invalidenleistungen nicht nur bei Ausrichtung von Taggeldern der Krankenversicherung, sondern auch von solchen der Unfallversicherung aufschieben können, sofern dies die reglementarischen Bestimmungen ausdrücklich vorsehen (<ref-ruling> E. 5 c/cc S. 199). Nach Auffassung der Vorinstanz ist dem Reglement der Sammelstiftung keine solche Bestimmung zu entnehmen. Sie hat daher einen Aufschub der Invalidenrente aus obligatorischer beruflicher Vorsorge zufolge Ausrichtung von Taggeldern der Unfallversicherung bis 31. März 2005 verneint und den Beginn des Anspruchs auf den 1. April 1997 festgesetzt, die fünf Jahre vor Klageerhebung fällig gewordenen Invalidenrentenbetreffnisse aber als verjährt erachtet.
5.2 Die Sammelstiftung macht geltend, sie habe in Ziff. 3.4.1 des Vorsorgereglements von der Möglichkeit, die Invalidenleistungen aus beruflicher Vorsorge aufzuschieben, Gebrauch gemacht. Der Aufschub gelte, solange der Versicherte den vollen Lohn beziehe. Dabei sei es unerheblich, von wem die Zahlungen ausgerichtet würden. Die Taggeldleistungen aus der Unfallversicherung hätten das deklarierte Jahreseinkommen des Beschwerdegegners übertroffen. Das kantonale Gericht habe die Reglementsbestimmung zu Unrecht nicht angewendet und ausserdem gegen den Sinn und Zweck der gesetzlichen Regelung von Art. 26 Abs. 2 BVG in Verbindung mit Art. 27 BVV 2 (in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung) verstossen.
5.3 Ziff. 3.4.1 Abs. 2 Satz 1 und 2 des Vorsorgereglementes der Sammelstiftung lautet wie folgt:
Die Bestimmungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (<ref-law>) kommen sinngemäss für den Beginn des Leistungsanspruches zur Anwendung. Der Anspruch auf Leistungen wird jedoch aufgeschoben, solange der Versicherte den vollen Lohn oder vom Arbeitgeber mindestens zur Hälfte finanzierte Krankentaggelder in der Höhe von 80 % des entgangenen Lohnes bezieht.
5.4 Nach dem unmissverständlichen Wortlaut des zweiten Satzes sieht das Reglement lediglich den Aufschub der Invalidenleistungen während des Bezugs von Lohn oder von Ersatzleistungen in Form von Krankentaggeldern vor. Überdies entspricht die Bestimmung in ihrem Regelungsgehalt Art. 26 Abs. 2 BVG und Art. 27 BVV 2 (in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung). Taggelder der Unfallversicherung sind nicht als Lohn (vgl. <ref-law>), sondern als entsprechende Ersatzleistung aufzufassen. Das kantonale Gericht hat daher zu Recht erkannt, dass es im vorliegenden Fall an einer ausdrücklichen reglementarischen Regelung des Aufschubs des Invalidenrentenanspruchs während des Bezugs von Taggeldern der Unfallversicherung bis am 31. März 2005 fehlt.
Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob der Rechtssinn von Art. 27 BVV 2 (in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung) abweichend vom Wortlaut nebst Taggeldern der Krankenversicherung auch solche der Unfallversicherung umfasse. Hingegen stellt sich die von Amtes wegen zu prüfende Frage der Überentschädigung (Art. 24 BVV 2). Dazu hat sich die Vorinstanz trotz entsprechender Vorbringen der Sammelstiftung nicht geäussert, und die Sache ist diesbezüglich nicht liquid.
5.5 Die Beschwerde der Sammelstiftung ist unbegründet und daher abzuweisen. Der Klarheit halber ist festzuhalten, dass der Rentenanspruch des Versicherten unter dem Vorbehalt der Überentschädigung steht.
6. 6.1 Als die mit eigener Beschwerde geltend gemachten überobligatorischen (weitergehenden) Ansprüche bezeichnet der Versicherte die Beitragszahlungen für das Alterssparguthaben in voller reglementarischer Höhe nach dreimonatiger Wartefrist gemäss Ziff. 3.2.1 Abs. 5 in Verbindung mit Ziff. 3.4.4 des Vorsorgereglementes sowie die Zinsgutschriften auf dem bestehenden überobligatorischen Alterssparkapital gemäss Ziff. 3.3.1 Abs. 3 des Vorsorgereglements. Nach Auffassung der Sammelstiftung ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die Frage der Befreiung von der Beitragszahlung zufolge Eintritt des Invaliditätsfalles bilde nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Ausserdem habe der Versicherte bereits vor Erlass des angefochtenen Entscheids das 65. Altersjahr vollendet, weshalb es an einem Rechtsschutzinteresse in Bezug auf die Weiterführung des BVG-Altersguthabens fehle.
6.2 Entsprechend dem vom Versicherten gestellten Klagebegehren bildeten "die reglementarischen und gesetzlichen Leistungen bei Invalidität aus beruflicher Vorsorge" den Streitgegenstand des kantonalen Verfahrens. Zwar wurden die Leistungsansprüche zufolge Invalidität in den drei dem kantonalen Gericht eingereichten Rechtsschriften mit Bezug auf die Altersgutschriften und die Verzinsung nicht substantiiert begründet. Dementsprechend wurden diese beiden Teilelemente des streitigen Rechtsverhältnisses im angefochtenen Entscheid auch nicht geprüft und beurteilt. Jedoch sind sowohl Streit- als auch Anfechtungsgegenstand nach Massgabe des im konkreten Einzelfall richterlich zu beurteilenden Rechtsverhältnisses festzulegen. Die davon erfassten einzelnen Anspruchselemente sind der richterlichen Überprüfung erst entzogen, wenn über den Streitgegenstand insgesamt rechtskräftig entschieden worden ist (<ref-ruling> E. 2a und b S. 415 f. mit Hinweisen). Als Anfechtungsgegenstand für das bundesgerichtliche Verfahren umfasst der angefochtene Entscheid auch die beiden erwähnten Teilaspekte. Das diesbezügliche Rechtsbegehren des Versicherten ist deshalb nicht neu im Sinne von <ref-law> (vgl. Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 54 in Verbindung mit N 58 zu Art. 99; Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 11 zu Art. 99).
6.3 Zieht das Bundesgericht ein vom vorinstanzlichen Streitgegenstand erfasstes, jedoch im kantonalen Verfahren nicht beurteiltes Teilelement des streitigen Rechtsverhältnisses aufgrund der Rechtsmittelbegehren in die materielle Beurteilung mit ein, so hat es das aus dem verfassungsmässigen Gehörsanspruch fliessende Anhörungsrecht der von einer möglichen Schlechterstellung bedrohten Partei zu beachten (<ref-ruling> E. 2c S. 417 mit Hinweisen). Diese muss sich zu dieser Streitfrage zumindest in Form einer Prozesserklärung äussern können (<ref-ruling> E. 2a S. 36 mit Hinweisen).
Die Sammelstiftung hat im Rahmen ihrer Vernehmlassung zur Beschwerde des Versicherten Gelegenheit erhalten, sowohl formell- als auch materiell-rechtlich Stellung zu nehmen. Ihr Gehörsanspruch ist damit gewahrt worden.
6.4 Die Invalidenrente berechnet sich aufgrund des Alterskapitals, welches sich aus dem bis zum Rentenanspruch erworbenen Altersguthaben sowie den Altersgutschriften ohne Zinsen zusammensetzt (Art. 24 Abs. 2 und 3 BVG; E. 5.2). Aufgrund der im vorliegenden Fall gegebenen, soeben dargelegten Verfahrenslage (vgl. oben E. 6.1 und 6.2) hat der Versicherte ein schutzwürdiges Feststellungsinteresse in Bezug auf die konkrete Zusammensetzung des Alterskapitals und damit die Grundlage der Rentenbemessung.
6.5 Ob ein geltend gemachter Leistungsanspruch in den obligatorischen oder überobligatorischen Bereich fällt, ist eine frei überprüfbare Rechtsfrage (E. 2). Es gereicht daher dem Versicherten nicht zum Nachteil, dass er in seiner Beschwerde die Ansprüche auf Zins- und Altersgutschriften als überobligatorisch bezeichnet. Auf seinen Hauptantrag ist einzutreten.
7. 7.1 Gemäss Art. 24 Abs. 2 Satz 1 BVG wird die Invalidenrente nach dem gleichen Umwandlungssatz berechnet wie die Altersrente im 65. Altersjahr. Das der Berechnung zugrunde liegende Alterskapital besteht aus dem Altersguthaben, das der Versicherte bis zum Beginn des Anspruches auf die Invalidenrente erworben hat sowie der Summe der Altersgutschriften für die bis zum ordentlichen Rentenalter fehlenden Jahre, ohne Zinsen (Art. 24 Abs. 2 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung; heute: Art. 24 Abs. 3 BVG). Diese Altersgutschriften werden auf dem koordinierten Lohn des Versicherten während seines letzten Versicherungsjahres in der Vorsorgeeinrichtung berechnet (Art. 24 Abs. 3 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung; heute: Art. 24 Abs. 4 BVG). Bei Eintritt der Invalidität entspricht der koordinierte Lohn während des letzten Versicherungsjahres dem letzten koordinierten Jahreslohn, der für die Altersgutschriften festgelegt wurde (Art. 18 Abs. 1 BVV 2 in Verbindung mit Art. 34 Abs. 1 lit. a BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung). War der Versicherte während des Jahres vor dem Versicherungsfall wegen Krankheit, Unfall oder aus ähnlichen Gründen nicht voll erwerbsfähig, so wird der koordinierte Lohn aufgrund des Lohnes bei voller Erwerbsfähigkeit berechnet (Art. 18 Abs. 3 BVV 2). Das Valideneinkommen ist für die Berechnung des koordinierten Lohnes nur bis zu der in Art. 8 Abs. 1 BVG festgelegten Obergrenze zu berücksichtigen.
Der Anspruch auf Invalidenleistungen erlischt mit dem Tode des Anspruchsberechtigten oder mit dem Wegfall der Invalidität (Art. 26 Abs. 3 Satz 1 BVG). Im Bereich der obligatorischen beruflichen Vorsorge ist die Invalidenrente demnach eine Leistung auf Lebenszeit; sie wird nicht durch die BVG-Altersrente abgelöst, wenn der Bezüger einer Invalidenrente das gesetzliche Rücktrittsalter erreicht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 370 mit Hinweisen).
7.2 Beim Versicherten ist das Invaliditätsrisiko am 1. April 1997 eingetreten. Die ab diesem Zeitpunkt bis zum Erreichen des 65. Altersjahres beitragsfrei zu berücksichtigenden Altersgutschriften sind nach Massgabe seines Jahreseinkommens, das er als Gesunder vom 1. April 1996 bis 31. März 1997 hätte erzielen können, zu bemessen. Die damals gültige Obergrenze zur Berechnung des koordinierten Lohnes betrug Fr. 69'840.- (Art. 5 BVV 2 in der ab 1. Januar 1995 geltenden Fassung). Die Invalidenversicherung legte das massgebende Valideneinkommen für das Jahr 1997 auf Fr. 115'000.- fest. Es liegt nichts dafür vor, dass diese Annahme offensichtlich unrichtig sowie das Valideneinkommen ab April 1996 geringer gewesen wäre als das Maximum des zu versichernden Lohnes. Für die Rentenberechnung sind daher - nebst dem bis 1. April 1997 geäufneten Alterskapital - ab 1. April 1997 bis zur Vollendung des 65. Lebensjahres Altersgutschriften (ohne Zins) nach Massgabe des koordinierten Lohnes, welcher mit einer Obergrenze von Fr. 69'840.- zu berechnen ist, zu berücksichtigen.
7.2 Beim Versicherten ist das Invaliditätsrisiko am 1. April 1997 eingetreten. Die ab diesem Zeitpunkt bis zum Erreichen des 65. Altersjahres beitragsfrei zu berücksichtigenden Altersgutschriften sind nach Massgabe seines Jahreseinkommens, das er als Gesunder vom 1. April 1996 bis 31. März 1997 hätte erzielen können, zu bemessen. Die damals gültige Obergrenze zur Berechnung des koordinierten Lohnes betrug Fr. 69'840.- (Art. 5 BVV 2 in der ab 1. Januar 1995 geltenden Fassung). Die Invalidenversicherung legte das massgebende Valideneinkommen für das Jahr 1997 auf Fr. 115'000.- fest. Es liegt nichts dafür vor, dass diese Annahme offensichtlich unrichtig sowie das Valideneinkommen ab April 1996 geringer gewesen wäre als das Maximum des zu versichernden Lohnes. Für die Rentenberechnung sind daher - nebst dem bis 1. April 1997 geäufneten Alterskapital - ab 1. April 1997 bis zur Vollendung des 65. Lebensjahres Altersgutschriften (ohne Zins) nach Massgabe des koordinierten Lohnes, welcher mit einer Obergrenze von Fr. 69'840.- zu berechnen ist, zu berücksichtigen.
7.3 7.3.1 Die Sammelstiftung erhebt in Bezug auf die Altersgutschriften, soweit sie die Zeit vor dem 21. Februar 2001 betreffen, die Einrede der Verjährung. Die verfahrensrechtliche Frage, ob und unter welchen Voraussetzungen die erstmals vor Bundesgericht erhobene Verjährungseinrede als neue Tatsache oder neues Begehren im Sinne von <ref-law> überhaupt zulässig ist (vgl. dazu zur Publikation bestimmtes Urteil 9C_568/2007 vom 14. April 2008 E. 2.2), stellt sich nicht. Bei der hier gegebenen Verfahrenskonstellation - Ausweitung des Prozessthemas auf ein zum Streitgegenstand gehörendes, jedoch im vorinstanzlichen Verfahren nicht beurteiltes Teilelement im Verfahren vor Bundesgericht (E. 5.1.2) - hatte die Sammelstiftung im kantonalen Verfahren noch keinerlei Anlass, sich mit der Frage der Verjährung zu befassen.
7.3.2 Forderungen auf periodische Beiträge und Leistungen verjähren nach fünf Jahren, andere nach zehn Jahren. Die Art. 129 bis142 des Obligationenrechts sind anwendbar (Art. 41 Abs. 2 BVG in der seit 1. Januar 2005 geltenden Fassung). Die Verjährung beginnt mit der Fälligkeit der Forderung (<ref-law>). Die Fälligkeit einer berufsvorsorgerechtlichen Forderung tritt in dem Zeitpunkt ein, in dem der Leistungsanspruch nach den anwendbaren gesetzlichen und reglementarischen Regeln entsteht (<ref-ruling> E. 3 S. 162 mit Hinweisen). Die Fälligkeit ist von der Erfüllbarkeit zu unterscheiden. Diese besteht darin, dass der Schuldner eine geschuldete Leistung zwar erbringen darf, aber noch nicht muss (Weber, Berner Kommentar, N 40 zu <ref-law>; Schraner, Zürcher Kommentar, N 28 zu <ref-law>; Schwenzer, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, 4. Aufl., Bern 2006, Rz. 7.17). In diesem Sinne kann eine Forderung schon vor ihrer Fälligkeit erfüllbar sein.
7.3.3 Die Vorsorgeeinrichtung muss für jeden Versicherten ein Alterskonto führen, auf dem das Altersguthaben nach Art. 15 Abs. 1 BVG ersichtlich ist (Art. 11 Abs. 1 BVV 2). Am Ende des Kalenderjahres muss die Vorsorgeeinrichtung dem individuellen Alterskonto den jährlichen Zins auf den Altersguthaben nach dem Kontostand am Ende des Vorjahres und die unverzinsten Altersgutschriften für das abgelaufene Kalenderjahr gutschreiben (Art. 11 Abs. 2 BVV 2). Das Altersguthaben des Invaliden ist zu verzinsen (Art. 14 Abs. 2 BVV 2). Das in dieser Weise geäufnete Kapital bildet das Vorsorgevermögen, das dem einzelnen Versicherten bei Eintritt des Vorsorgefalles Alters zwecks Finanzierung seiner Altersrente zur Verfügung steht (Riemer/Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl., Bern 2006, § 1 Rz. 14; Brühwiler, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, Bern 1989, 201). Die Finanzierung der Altersgutschriften eines invaliden Versicherten erfolgt nicht wie bei Gesunden durch eigene Beiträge (resp. solche des Arbeitgebers), sondern durch - nach versicherungstechnischen Grundsätzen bemessene - Solidaritätszuschläge auf den von den übrigen Versicherten zu leistenden Beiträgen (Riemer/Riemer-Kafka, a.a.O., § 1 Rz. 16).
Daraus folgt, dass es sich beim Anspruch auf die entsprechenden Gutschriften auf dem individuellen Alterskonto vor dem Eintritt des Vorsorgefalles Alter nicht um eine fällige, sondern lediglich erfüllbare Forderung handelt. Denn ein klagbarer Anspruch auf Leistung der Altersgutschriften steht dem invaliden Versicherten bis zum Erreichen des 65. Altersjahres nicht zu, sondern nur ein Anspruch auf Verbuchung der drittfinanzierten Gutschriften. Eine fällige Forderung auf Leistung der dem verbuchten Altersguthaben äquivalenten Altersrente entsteht erst mit dem Eintritt des Vorsorgefalles Alter.
7.3.4 Der Versicherte hat am 10. September 2007 das 65. Altersjahr vollendet und damit das BVG-Rentenalter erreicht. Bis zu diesem Zeitpunkt war sein invaliditätsbedingter Anspruch auf Altersgutschriften entsprechend einem koordinierten Lohn mit Obergrenze von Fr. 69'840.- noch nicht fällig. Vor der am 20. Februar 2006 erhobenen Klage hat die Verjährungsfrist für diesen Anspruch, unbekümmert, ob hiefür die fünf- oder zehnjährige Verjährungsfrist von Art. 41 Abs. 2 BVG (in der seit 1. Januar 2005 gültigen Fassung) gilt, noch gar nicht zu laufen begonnen. Die von der Sammelstiftung erhobene Verjährungseinrede ist daher unbegründet.
8. 8.1 Der Versicherte lässt die Zusprechung von 5 % Zins auf den nachzuzahlenden Leistungen ab Klageerhebung vor Vorinstanz (bis Datum des letztinstanzlichen Entscheides) beantragen. Das kantonale Gericht hat ihm 5 % Verzugszins ab 20. Februar 2006 für die bis zu diesem Zeitpunkt fällig gewordenen (und noch nicht verjährten) Rentenbetreffnisse und für die übrigen (nicht verjährten) ab dem jeweiligen Fälligkeitsdatum zugesprochen.
8.2 Es ist nicht ersichtlich und in der Beschwerde wird auch nicht substantiiert, inwiefern der Versicherte mit Bezug auf die Verzugszinse mehr verlangt, als ihm die Vorinstanz zugesprochen hat. Im Gegenteil, soweit er eine Beendigung des Zinsenlaufes im Zeitpunkt des bundesgerichtlichen Urteils und nicht in demjenigen der effektiven Leistung der Rentenbetreffnisse verlangt, beantragt er eine Verschlechterung seiner Nebenforderung. Eine reformatio in peius kann aber nicht sein wirklicher Rechtsmittelwille gewesen sein. Auf seine Beschwerde ist daher, soweit sie den Verzugszins betrifft, mangels Rechtsschutzinteresse nicht einzutreten.
9. 9.1 Der Versicherte verlangt sodann die Überprüfung der von der Vorinstanz zugesprochenen Parteientschädigung. Der kantonale Prozess betreffend Leistungen der beruflichen Vorsorge untersteht nicht den Verfahrensregeln der Art. 56 bis 62 ATSG (vgl. <ref-law>), und die Rechtspflegebestimmungen von Art. 73 BVG enthalten keine zu <ref-law> analoge Regelung des Parteikostenersatzes. Daher sind sowohl die Voraussetzungen als auch die Bemessung der einem obsiegenden Kläger zustehenden Parteientschädigung ausschliesslich dem kantonalen Recht überlassen. Damit hat sich das Bundesgericht grundsätzlich nicht zu befassen. Es darf die Zusprechung resp. Nichtzusprechung und die Höhe einer Parteientschädigung für das vorinstanzliche Verfahren nur daraufhin überprüfen, ob die Anwendung der einschlägigen kantonalen Bestimmungen zu einer Verletzung von Bundesrecht geführt hat (<ref-law>; E. 2). Dabei fällt praktisch nur das Willkürverbot von <ref-law> in Betracht (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 408 f. mit Hinweisen).
9.2 Der Versicherte erhebt mit Bezug auf die ihm mit dem angefochtenen Entscheid zugesprochene (reduzierte) Parteientschädigung von Fr. 3'400.- keinerlei Willkürrügen und macht auch sonst keinen zulässigen Anfechtungsgrund geltend. Weitere Ausführungen erübrigen sich daher.
9.2 Der Versicherte erhebt mit Bezug auf die ihm mit dem angefochtenen Entscheid zugesprochene (reduzierte) Parteientschädigung von Fr. 3'400.- keinerlei Willkürrügen und macht auch sonst keinen zulässigen Anfechtungsgrund geltend. Weitere Ausführungen erübrigen sich daher.
10. Da die Sammelstiftung mit ihrer Beschwerde vollständig unterliegt und der Versicherte mit seiner Beschwerde teilweise obsiegt, hat die Sammelstiftung die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Versicherten eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde der Sammelstiftung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist. In Präzisierung von Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheides des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Dezember 2007 wird festgestellt, dass die zugesprochene Invalidenrente unter dem Vorbehalt einer Überentschädigung steht.
2. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde des Versicherten wird in Ergänzung von Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheides festgestellt, dass ab dem Jahre 1997 bis zum Rücktrittsalter des Versicherten die gesetzlichen Altersgutschriften auf einem koordinierten Lohn mit Obergrenze von Fr. 69'840.- zu berücksichtigen sind. Im Übrigen wird die Beschwerde des Versicherten abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden der Sammelstiftung auferlegt.
4. Die Sammelstiftung hat dem Versicherten eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.- zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Juli 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Dormann