Faits:
A. Entre octobre 2003 et octobre 2005, X._ a perçu, pour l'ensemble de sa famille, le revenu minimum d'insertion (RMR) et, en novembre et décembre 2005, l'aide sociale vaudoise.
Lorsqu'il a rempli sa première demande, il a affirmé que son épouse ne travaillait pas et ne percevait aucun revenu, tout en sachant que cette dernière venait de signer un contrat temporaire avec une entreprise. Par la suite, lorsqu'il a dû remplir le questionnaire mensuel pour les bénéficiaires du RMR, X._ a toujours répondu par la négative à la question de savoir si son conjoint avait obtenu un revenu, alors que son épouse avait un emploi depuis le mois de novembre 2003. L'aide sociale vaudoise s'est fondée sur les renseignements transmis par le Service de prévoyance et d'aide sociale (SPAS) pour accorder son assistance et c'est un total de 47'131 fr. 45 francs qui a été indûment perçu par l'intéressé.
B. Par jugement du 27 février 2007, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a libéré X._ de l'accusation d'escroquerie, considérant que l'élément constitutif de l'astuce n'était pas réalisé. Il l'a en revanche condamné pour contravention à la loi sur l'action sociale vaudoise (LASV) à une amende de 5'000 fr., peine partiellement complémentaire à celle prononcée le 27 mai 2005 par le Juge d'instruction de l'Est vaudois et a dit qu'à défaut de paiement de l'amende, la peine privative de liberté de substitution serait de cinquante jours.
Statuant sur recours du Ministère public, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a confirmé cet arrêt le 30 mars 2007. Le 9 octobre 2007, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis le recours du Ministère public et renvoyé l'affaire à l'autorité cantonale pour qu'elle complète l'état de fait et statue à nouveau.
C. Par jugement du 13 janvier 2009, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a notamment constaté que la prescription était acquise et libéré X._ de l'accusation de contravention à la loi sur l'action sociale vaudoise, constaté que celui-ci s'était rendu coupable d'escroquerie, l'a condamné à une peine pécuniaire de 90 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 70 fr., a suspendu l'exécution de la peine pécuniaire et fixé au condamné un délai d'épreuve de trois ans, a condamné X._ à une amende de 1'500 fr. et dit qu'à défaut de paiement de l'amende, la peine privative de liberté de substitution sera de 20 jours.
Le 30 mars 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de X._.
D. Ce dernier forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme de l'arrêt cantonal et à son acquittement de la prévention d'escroquerie, car les éléments constitutifs de l'astuce et de la volonté d'enrichissement illégitime ne sont pas réalisés, subsidiairement à une exemption de peine et plus subsidiairement à ce que la peine infligée soit réduite. Il demande aussi à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recourant conteste sa condamnation pour escroquerie.
1.1 Aux termes de l'<ref-law>, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais, ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
1.1.1 L'astuce est réalisée non seulement lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il se borne à donner de fausses informations dont la vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire, par exemple en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 4.4.3; <ref-ruling> consid. 3a p. 20).
L'astuce n'est toutefois pas réalisée si la dupe pouvait se protéger avec un minimum d'attention ou éviter l'erreur avec le minimum de prudence que l'on pouvait attendre d'elle. Il n'est pas nécessaire, pour qu'il y ait escroquerie, que la dupe ait fait preuve de la plus grande diligence et qu'elle ait recouru à toutes les mesures de prudence possibles. La question n'est donc pas de savoir si elle a fait tout ce qu'elle pouvait pour éviter d'être trompée. L'astuce n'est exclue que lorsque la dupe est coresponsable du dommage parce qu'elle n'a pas observé les mesures de prudence élémentaires que commandaient les circonstances (ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 20).
1.1.2 Du point de vue subjectif, l'auteur doit avoir agi intentionnellement et dans un dessein d'enrichissement illégitime, un résultat correspondant n'étant cependant pas une condition de l'infraction (<ref-ruling> consid. 4b p.214).
1.2 Le recourant conteste la réalisation de l'astuce.
1.2.1 Selon les faits retenus, la déclaration d'impôts 2003, obtenue par le SPAS, ne mentionne pas d'activité lucrative pour l'épouse du recourant. Cette déclaration indique uniquement « femme au foyer » sous la rubrique « profession de l'épouse ». Elle ne comprend pas les justificatifs, notamment la fiche de salaire de cette dernière. Elle ne fait donc aucune allusion au revenu de celle-ci. En revanche, la déclaration que le recourant a produite au fisc contenait les justificatifs de travail de l'épouse et ne mentionnait rien sous la rubrique « profession de l'épouse.
Le recourant conteste ces constatations, les considérant comme arbitraires. Il prétend que la déclaration qu'il a produite au fisc est la même que celle obtenue par le SPAS, mais que le fisc a corrigé sa déclaration et a laissé vide la rubrique « profession de l'épouse ». Ce faisant, le recourant ne motive pas l'arbitraire conformément aux exigences découlant des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF. Il se limite à opposer sa version des faits à celle retenue par l'autorité cantonale sans aucunement démontrer l'arbitraire de cette dernière décision, qui ne saurait découler de simples allégués de l'intéressé. Dès lors, faute pour le recourant d'invoquer et de motiver conformément aux exigences légales le grief d'arbitraire des faits constatés, il n'y a pas lieu de s'écarter de l'état de fait cantonal pour examiner si l'élément constitutif de l'astuce est réalisé.
1.2.2 Dans le cas particulier, le recourant a signé chaque mois, d'octobre 2003 à septembre 2005, le questionnaire, mentionnant faussement que l'épouse ne réalisait aucun revenu, alors qu'il avait été expressément informé qu'il devait renseigner l'autorité sur tout fait de nature à modifier le montant des prestations qui lui étaient allouées ou à justifier leur suppression, en particulier un début d'activité lucrative ou les variations relatives au revenu des personnes vivant dans le ménage.
Le SPAS a demandé en octobre 2004, la déclaration d'impôt 2003. Cette déclaration ne fait pas état du revenu de l'épouse dans les rubriques idoines et indique sous la profession de cette dernière « femme au foyer ». Le recourant n'a transmis aucune information sur les revenus de son épouse. Il est même établi que la déclaration fiscale 2003 que le recourant a remise au SPAS, ne correspond pas à celle versée au fisc, qui comprenait des attestations de salaire et n'indiquait rien sous profession de l'épouse. De ces éléments, il ressort qu'il y a eu tromperie de la part du recourant. Pour admettre que cette tromperie est astucieuse, il faut encore qu'on ne puisse reprocher de négligence à la dupe.
Le recourant prétend qu'on peut reprocher au SPAS de ne pas avoir réclamé au fisc sa déclaration 2003 corrigée avec les pièces justificatives ou les décomptes de chômage, ce qui aurait permis de comparer les revenus du couple en 2002 et en 2003 avec les montants déclarés et de demander des explications sur la raison de l'augmentation. Le recourant prétend que s'agissant d'une personne peu familière des formulaires et démarches administratives, il a correctement renseigné l'autorité fiscale sur tous les revenus de la famille et a produit tous les justificatifs et n'a pas trompé les services sociaux qui pouvaient se renseigner aisément auprès des autorités fiscales. Cependant, en présence des déclarations très claires signées du recourant et de ses déclarations d'impôts 2002 et 2003, on ne pouvait exiger du SPAS qu'il procède à d'autres vérifications et notamment qu'il s'enquiert des pièces justificatives jointes à la déclaration d'impôt. En effet, faute d'indiquer un revenu de l'épouse, le fait de mentionner ce salaire, qui était d'environ 2'300 fr. pour l'année 2003, avec celui du recourant sous la rubrique « assurance chômage et service militaire », ne permettait pas, vu son peu d'importance, de susciter des interrogations à propos des prestations sociales versées. En réalité, le recourant, en trompant systématiquement les services d'aide sociale sur l'activité lucrative et les revenus réalisés par son épouse, a profité du fait qu'il savait que sur la base des questionnaires mensuels et des pièces produites, les services sociaux renonceraient à procéder à de plus amples vérifications au vu du nombre de demandes qui leur sont adressées. Dans ces conditions, peu importe que les lésés n'aient pas tout entrepris pour éviter la tromperie. L'élément constitutif de l'astuce est donc bien réalisé.
1.3 Le recourant conteste la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction.
Selon l'arrêt attaqué, le recourant savait que sur la base des pièces et renseignements produits, l'autorité renoncerait à procéder à de plus amples investigations. Il a indûment perçu le montant de 47'131 fr. 45. Au regard de ces éléments, les éléments subjectifs de l'infraction sont réalisés.
1.4 Dès lors et au vu de ce qui précède, la condamnation du recourant pour escroquerie ne viole pas le droit fédéral.
2. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant soutient qu'il aurait dû être exempté de toute peine du fait qu'il avait accepté immédiatement le remboursement des indemnités perçues indûment avant le dépôt de la plainte. Le dommage étant réparé, il n'y aurait plus d'intérêt à punir.
2.1 Aux termes de l'<ref-law>, lorsque l'auteur a réparé le dommage ou accompli tous les efforts que l'on pouvait raisonnablement attendre de lui pour compenser le tort qu'il a causé, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine si les conditions du sursis à l'exécution de la peine sont remplies (let. a) et si l'intérêt public et l'intérêt du lésé à poursuivre l'auteur pénalement sont peu importants (let. b).
2.1.1 Cette disposition vise avant tout l'intérêt du lésé qui préfère en général être dédommagé que de voir l'auteur puni. Cette possibilité fait appel au sens des responsabilités de l'auteur en le rendant conscient du tort qu'il a causé; elle doit contribuer à améliorer les relations entre l'auteur et le lésé et à rétablir ainsi la paix publique. La réparation du dommage justifie une exemption de peine et l'intérêt à punir est réduit à néant parce que l'auteur effectue de façon active une prestation sociale à des fins de réconciliation et de rétablissement de la paix publique. L'intérêt public à la poursuite pénale doit être minime, voire inexistant. Il est ainsi tenu compte des cas dans lesquels aucun particulier n'est lésé. Par ailleurs, il convient d'éviter de privilégier les auteurs fortunés susceptibles de monnayer leur sanction (<ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 21).
2.1.2 L'exemption de la peine suite à la réparation n'est possible que si les conditions du sursis sont réalisées. Il s'ensuit qu'elle n'est envisageable que dans le cadre d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou une peine privative de liberté inférieure à deux ans (cf. <ref-law>). Au delà des deux ans d'emprisonnement, l'intérêt public à la poursuite de l'infraction ne peut plus être considéré comme étant de peu d'importance. En revanche jusqu'à deux ans, l'intérêt à la poursuite pénale peut être considéré comme étant moindre si et dans la mesure où l'auteur a entrepris de réparer le préjudice commis. Toutefois, le fait que la gravité des faits se situe dans le cadre de l'<ref-law> et que le dommage ait été entièrement réparé ne conduit pas nécessairement à la suppression de tout intérêt public à la poursuite pénale. En effet, il faut encore examiner si une peine avec sursis ne serait pas non plus utile ou nécessaire pour des questions de prévention (<ref-ruling> consid. 3.4.3 p. 22).
Dans la perspective de la prévention générale, la confiance de la collectivité peut être renforcée, lorsque l'auteur reconnaît avoir violé une norme pénale et s'efforce de rétablir la paix publique. Comme l'impératif de prévention spéciale est déjà au centre de la question de l'octroi du sursis (pour lequel la réparation du dommage constitue également un élément pertinent [<ref-law>]), que présuppose l'exemption de peine selon l'<ref-law>, il ne joue, en règle générale, qu'un rôle de second plan dans l'appréciation de l'intérêt public (<ref-ruling> consid. 3.4.3 p. 23).
Une réparation du dommage ne peut conduire à un classement de la procédure et à une exemption de peine que si l'intérêt public ou celui du lésé à la poursuite pénale sont de peu d'importance. Pour déterminer ce qu'il en est, il y a lieu de tenir compte des buts du droit pénal et des biens juridiques concernés. Lorsque l'infraction lèse des intérêts privés et plus particulièrement un lésé, qui a accepté la réparation de l'auteur, l'intérêt à la poursuite pénale fait alors la plupart du temps défaut. En cas d'infractions contre l'intérêt public, il faut en revanche aussi examiner si l'équité et le besoin de prévention appellent une sanction (<ref-ruling> consid. 3.4.3 p. 23).
2.2 Certes, le recourant a commencé à rembourser les sommes perçues de manière indue, ce avant même le prononcé de sa condamnation pénale. De plus, il réalise les conditions à l'octroi du sursis. Reste qu'il persiste à prétendre qu'il n'a jamais eu l'intention de tromper les services sociaux et à nier tout comportement incorrect. Il prétend que la mention de la profession de son épouse était sans influence, qu'il a correctement indiqué ses revenus et rejette la responsabilité de cette affaire sur les lésés qui auraient dû, selon lui, réclamer sa déclaration fiscale corrigée et les pièces justificatives aux autorités compétentes. Au regard de ces éléments, le recourant ne reconnaît, ni n'assume sa faute dans une mesure telle que l'intérêt public au prononcé d'une sanction, même assortie du sursis, serait devenu si ténu que l'on puisse y renoncer. Par ailleurs, le prononcé d'une sanction dans un cas comme celui-ci où il est en définitive reproché au recourant d'avoir trompé une autorité se justifie aussi dans l'optique de la prévention générale. Le simple remboursement des montants touchés sans droit et l'absence de punition favoriseraient la tromperie. Tant l'intérêt public que celui des contribuables justifient que le recourant soit puni. Le prononcé d'une peine ne viole donc pas le droit fédéral en l'espèce.
3. Le recourant se plaint de la peine infligée. Il soutient qu'il n'y avait aucune raison d'augmenter la sanction par rapport à l'ordonnance de condamnation, ce d'autant moins qu'un long délai s'est écoulé depuis les faits, que la contravention à la LPAS est prescrite et que le recourant s'acquitte régulièrement des acomptes convenus pour rembourser sa dette au SPAS.
Ces arguments ont déjà été examinés par la cour cantonale, qui a relevé que le tribunal n'était pas lié par l'ordonnance de condamnation, que l'état de fait complété n'était pas rigoureusement le même que celui sur lequel s'est basé le juge d'instruction, que le temps écoulé avait été dicté par le cours de la procédure qui s'est déroulée tout à fait normalement et finalement que les premières décisions tenaient déjà compte de la volonté du recourant de rembourser sa dette et que la concrétisation de cette volonté ne change rien à la fixation de la peine. On ne peut, sur la base de la brève motivation de son grief par le recourant, qui n'apporte aucun argument nouveau, que renvoyer aux considérations de l'autorité cantonale.
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 26 octobre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani