Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zurzach sprach X._ am 26. Juni 2008 schuldig der mehrfachen versuchten vorsätzlichen Tötung, der qualifizierten einfachen Körperverletzung, des Angriffs, der mehrfachen Drohung, der mehrfachen Gewalt und Drohung gegen Beamte, der Sachbeschädigung und der mehrfachen Beschimpfung. Von weiteren angeklagten Delikten sprach es ihn frei. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 7 Jahren, zu einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und zu einer Busse von Fr. 250.--. Gleichzeitig widerrief es den bedingten Strafvollzug des Strafbefehls des Bezirksamtes Zurzach vom 7. Dezember 2005 für die Freiheitsstrafe von 30 Tagen. Es bildete zusammen mit der neuen Strafe eine Gesamtstrafe. Die ausgestandene Untersuchungshaft rechnete es auf die Freiheitsstrafe an.
B. Das Obergericht des Kantons Aargau bestätigte mit Urteil vom 12. März 2009 die erstinstanzlichen Schuldsprüche. Es bestrafte X._ mit einer Freiheitsstrafe von 6 Jahren und 11 Monaten, unter Anrechnung der Untersuchungshaft, sowie einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 30.--. Weiter widerrief es den mit Strafbefehl des Bezirksamtes Zurzach vom 7. Dezember 2005 gewährten bedingten Strafvollzug und erklärte die Strafe als vollziehbar. Die erstinstanzlich ausgesprochene Busse hob es auf.
C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 12. März 2009 sei vollumfänglich aufzuheben. Die Sache sei zur Neubeurteilung an das Obergericht des Kantons Aargau zurückzuweisen. Die Vorinstanz sei anzuweisen, ihn von den Vorwürfen der mehrfachen versuchten vorsätzlichen Tötung, des Angriffs und der mehrfachen Gewalt und Drohung gegen Beamte freizusprechen. Er stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz sei beim Schuldspruch der versuchten vorsätzlichen Tötung des Opfers A._ unter Verletzung von Bundesrecht von einem Eventualvorsatz ausgegangen. Ihm und seinem Bruder sei es durchaus bewusst gewesen, dass sie das Opfer durch volles Zuschlagen mit dem 1.4 kg schweren Drehmomentschlüssel auf den Kopf hätten töten können. Sie seien in der Überzahl und dem wehrlosen Opfer kräftemässig überlegen gewesen. Sie hätten aber den Angriff nicht mit voller Kraft ausgeführt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei es möglich gewesen, mit dem Tatwerkzeug einen dosierten Schlag abzugeben. Sie hätten dem Opfer lediglich eine Lehre erteilen wollen, welche weder eine schweren Körperverletzung noch den Tod bewirken sollte. Der Nichteintritt des Todes hange nicht vom Zufall ab, sondern sei beabsichtigt. Deshalb habe das Opfer lediglich eine einfache Körperverletzung davongetragen. Die Vorinstanz habe den Eventualvorsatz unter Verletzung von <ref-law> bejaht.
1.2 Nach den unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz waren der Beschwerdeführer und sein Bruder am 6. Oktober 2007 am Winzerfest Döttingen in einen Raufhandel mit einer Personengruppe verwickelt. Darunter befanden sich auch die Brüder B._. Der Beschwerdeführer und sein Bruder bewaffneten sich an ihrem Wohnort mit einem Messer und einem Drehmomentschlüssel, in der Absicht, sich für die Streitigkeit zu rächen. Um ca. 1.40 Uhr nachts kam es zu einer Auseinandersetzung mit verschiedenen Beteiligten, an welcher sich der Beschwerdeführer und sein mitangeklagter Bruder beteiligten. Letzterer setzte dabei den Drehmomentschlüssel gegen D._ ein. In der Folge machten sich der Beschwerdeführer und sein Bruder auf die Suche nach weiteren Personen der Gruppe B._. Um ca. 1.50 Uhr bremste der Beschwerdeführer A._ auf der Aarebrücke mit seinem Fahrzeug aus. Der Beschwerdeführer und sein Bruder schlugen mit dem Messer, dem Drehmomentschlüssel, Fäusten und Füssen gegen das Auto des Opfers und zerstachen einen Pneu. Als A._ aus dem Fahrzeug ausstieg, gingen sie gemeinsam auf das Opfer los. Der Beschwerdeführer packte es an der Brust und stiess es mit beiden Händen an das Auto zurück. Er schlug es mit den Fäusten und verletzte es mit dem Messer an der Lippe. Der Bruder versetzte dem Opfer mit dem Drehmomentschlüssel mindestens drei Schläge auf den Kopf. Das Opfer hatte nach den Feststellungen der Vorinstanz keine Chance zu fliehen. Durch die Heftigkeit der Schläge ging es zu Boden. Der Beschwerdeführer hielt ihm drohend das Messer vors Gesicht, worauf es bewusstlos wurde. Es trug von der Auseinandersetzung drei stark klaffende Rissquetschwunden am Kopf sowie eine Verletzung der Oberlippe davon. Die Wunden mussten genäht werden. Die Verletzungen stammen von den von oben herab geführten Schlägen.
1.3 Die Vorinstanz erwägt, die Schläge mit dem Drehmomentschlüssel seien wuchtig und unkontrolliert gewesen. Nach den Aussagen des Opfers habe der mitangeklagte Bruder den Schläger voll aufgezogen. Er habe in blinder Rachewut gehandelt. Auch nach seinen eigenen Aussagen sei er völlig durchgedreht. Er habe die Leute überfahren wollen, mit welchen sich die erste Streiterei ereignet habe. Deshalb sei davon auszugehen, dass er mit voller Wut und kräftig dreimal auf den Kopf des Opfers eingeschlagen habe. Jeder einzelne Schlag hätte tödlich sein können, da die Gefahr eines Schädelbruchs mit Hirnverletzungen bestanden habe. Dies habe der Arzt bestätigt, welcher das Opfer behandelt habe. Irrelevant seien die tatsächlich erlittenen Verletzungen. An der Willensseite ändere es nichts, dass der Tod von A._ nicht eigentliches Handlungsziel des Beschwerdeführers und seines Bruders gewesen sei. Der mitangeklagte Bruder habe gewusst, dass seine Schläge zum Tod des Opfers führen könnten. Wer trotz dieses Wissens mindestens dreimal unkontrolliert mit dem verwendeten Werkzeug auf den Kopf eines Opfers einschlage, dem müsse sich die Möglichkeit der tödlichen Verletzungen als derart wahrscheinlich aufdrängen, dass sein Verhalten nur als eine Inkaufnahme des Tötungserfolgs im Falle seines Eintritts gewertet werden könne. Indem der Mitangeklagte dennoch handelte, habe er sich gegen das Leben des Opfers entschieden. Die erste Instanz sei korrekterweise von Mittäterschaft ausgegangen, auf ihre Ausführungen sei zu verweisen. Die Handlungen seines Bruders seien dem Beschwerdeführer wie seine eigenen zuzurechnen.
1.4 Gemäss <ref-law> begeht ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt (Satz 1). Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (Satz 2). Beim Eventualvorsatz strebt der Täter den Erfolg nicht an, sondern weiss lediglich, dass dieser möglicherweise mit der willentlich vollzogenen Handlung verbunden ist. Der Eventualvorsatz ist zu bejahen, wenn der Täter den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt und sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 4.1 S. 3 mit Hinweisen). Die zu aArt. 18 StGB entwickelte Rechtsprechung ist auch auf das neue Recht anwendbar (vgl. Urteil 6B_344/2008 vom 6. März 2009 E. 3.2). Ob der Täter die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen hat, muss der Richter bei fehlendem Geständnis aufgrund der Umstände entscheiden. Dazu gehören die Grösse des dem Täter bekannten Risikos der Tatbestandsverwirklichung, die Schwere der Sorgfaltspflichtverletzung, die Beweggründe des Täters und die Art der Tathandlung. Je grösser die Wahrscheinlichkeit der Tatbestandsverwirklichung ist und je schwerer die Sorgfaltspflichtverletzung wiegt, desto näher liegt die Schlussfolgerung, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen. Der Richter darf vom Wissen des Täters auf den Willen schliessen, wenn sich dem Täter der Eintritt des Erfolgs als so wahrscheinlich aufdrängte, dass die Bereitschaft, ihn als Folge hinzunehmen, vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Erfolgs ausgelegt werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 3 f. mit Hinweisen).
Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft so genannte innere Tatsachen und ist damit Tatfrage. Rechtsfrage ist demgegenüber, ob nach den von der kantonalen Instanz festgestellten Tatsachen der Schluss auf Eventualvorsatz berechtigt erscheint. Das gilt grundsätzlich auch, wenn bei Fehlen eines Geständnisses des Täters aus äusseren Umständen auf jene inneren Tatsachen geschlossen werden muss (<ref-ruling> E. 4.1. S. 17; <ref-ruling> E. 8.5 S. 62; <ref-ruling> E. 3c S. 251 je mit Hinweisen).
Die Feststellungen der Vorinstanz zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>). Die Verletzung des Willkürverbots ist ausdrücklich in der Beschwerde vorzubringen und zu begründen (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss sich dazu mit den Entscheidgründen der Vorinstanz auseinandersetzen und präzise angeben, worin er die Rechtsverletzung erblickt bzw. inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid wird nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 3.3. S. 60 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen).
1.5 Zu prüfen ist nachfolgend ausschliesslich der Tatvorsatz des Beschwerdeführers. Nicht angefochten ist die Annahme des mittäterschaftlichen Handelns und das Wissen, dass unkontrollierte Schläge mit einem Drehmomentschlüssel auf den Kopf eines wehrlosen Opfers tödlich sein können. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, sein Bruder habe als Mittäter nicht mit voller Wucht zugeschlagen, erschöpft sich seine Beschwerde in appellatorischer Kritik. Er setzt sich nicht mit der Beweiswürdigung der Vorinstanz auseinander, welche sich zu dieser Frage auf die Aussagen des Opfers und des Mittäters stützt (angefochtenes Urteil S. 25 f.). Darauf ist nicht einzutreten.
1.6 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz führte der Beschwerdeführer mit seinem Bruder einen Rachefeldzug gegen Personen, welche in eine Schlägerei involviert waren. Sie bewaffneten sich zu diesem Zweck mit Messer und Drehmomentschlüssel und wirkten bei den nachfolgenden Auseinandersetzungen arbeitsteilig zusammen. Bereits vor dem Zusammentreffen mit A._ schlug der Bruder des Beschwerdeführers mit dem Drehmomentschlüssel auf D._ ein. Der Beschwerdeführer wirkte aktiv an dieser Schlägerei mit. Im darauf folgenden Kampf mit A._ gingen der Beschwerdeführer und sein Bruder gemeinsam auf ihr Opfer los. Der Beschwerdeführer hielt das Opfer mit Faustschlägen in Schach und verletzte es mit dem Messer an der Lippe, während sein Bruder unkontrolliert mit dem 1.4 kg schweren und 57 cm langen, aus Metall bestehenden Drehmomentschlüssel auf den Kopf des Opfers einschlug. Der Beschwerdeführer verhinderte eine Flucht des Opfers und ermöglichte die Tathandlung seines Bruders. Spätestens nach dem ersten Schlag war für den Beschwerdeführer die Wucht der Schläge erkennbar. Trotzdem beteiligte er sich weiter aktiv an der Auseinandersetzung. Bei dieser Sachlage durfte die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen, dem Beschwerdeführer hätten sich tödliche Verletzungen als derart wahrscheinlich aufgedrängt, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Todes gewertet werden könne, falls dieser eingetreten wäre.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze <ref-law>, indem sie beim Schuldspruch der versuchten vorsätzlichen Tötung von EB._ von einem Eventualvorsatz ausgehe. Er hätte sein Opfer zusammen mit seinem Bruder töten können, wenn er dies gewollt hätte. Das Opfer sei ihnen vollkommen ausgeliefert gewesen. Im Ergebnis hätten sie lediglich eine einfache Körperverletzung bewirkt. Daraus dränge sich der Schluss auf, dass dem Beschwerdeführer der Wille zu einer Tötung gefehlt habe.
2.2 Nach den vorinstanzlichen Feststellungen ereignete sich die tätliche Auseinandersetzung mit EB._ nach jener mit A._ um ca. 2 Uhr nachts. Der Beschwerdeführer und sein Bruder hätten das Opfer zu Fuss verfolgt. Dabei habe der Beschwerdeführer ein Messer mit einer Klingenlänge von 13 cm und der Bruder den Drehmomentschlüssel mitgeführt. Auf dem ansteigenden Weg hätten sie das flüchtende Opfer eingeholt. Der Beschwerdeführer habe waagrechte Stichbewegungen gegen das Opfer ausgeführt. Es habe ihn aufgefordert, das Messer wegzulegen. Bei der Abwehr der Stiche habe es sich am Handgelenk verletzt. Darauf habe der Bruder dem Opfer mit dem Drehmomentschlüssel einen Schlag auf das Handgelenk versetzt, worauf es zu Boden fiel. Der Beschwerdeführer sei mit Fusstritten und dem Messer auf das Opfer losgegangen. Dieses habe dem ersten Stich ausweichen können. Durch die Wucht des verfehlten Stichs sei der Beschwerdeführer in die Knie gegangen. Mit einer zweiten Stichbewegung gegen den Oberkörper habe er dem links ausweichenden Opfer in den Oberarm gestochen. Die Klinge sei ca. 7 bis 9 cm in den Arm eingedrungen und abgebrochen. Der Beschwerdeführer habe um die hohe Gefahr gewusst, dass er das Opfer durch ein Einstechen auf den Oberkörper mit einem Messer töten könne. Dies habe er selbst zugegeben. Zur Willensseite stellt die Vorinstanz fest, der Beschwerdeführer und sein Bruder hätten sich für die Rauferei am Winzerfest rächen und das Opfer verprügeln wollen. Aus diesem Grund hätten sie die Leute der gegnerischen Gruppe mit Messer und Drehmomentschlüssel angegriffen. Der Beschwerdeführer habe mit dem Messer in den Bereich des Oberkörpers des Opfers eingestochen. Durch die Drehbewegung des Opfers habe er damit rechnen müssen, lebenswichtige Organe zu treffen, was tödliche Folgen hätte haben können. Der Beschwerdeführer habe kräftig zugestochen, dies zeige der Stichkanal im Oberarm von 7 bis 9 cm und das Abbrechen des Messers. Unter den gegebenen Umständen habe sich dem Beschwerdeführer die Möglichkeit des Todes als derart wahrscheinlich aufgedrängt, dass sein Handeln trotz des Wissens um den möglichen Tod nur als Inkaufnahme des allfälligen Erfolgs gedeutet werden könne. Der Beweggrund der Rache und die Art der Tatausführung sprächen für einen Eventualvorsatz. Wer in der Art des Beschwerdeführers Stiche mit einem Messer gegen den Oberkörper eines Menschen ausführe, der finde sich mit der allfälligen Todesfolge ab.
2.3 Der Beschwerdeführer bestreitet die vorinstanzliche Feststellung nicht, wonach er wusste, dass er mit den Messerstichen gegen den Oberkörper sein Opfer hätte töten können. Er wendet sich lediglich gegen den von der Vorinstanz angenommenen Tötungswillen. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung drängt sich einem Täter, der mit einem Messer unkontrolliert fünfmal im Bereich des Oberkörpers auf ein wehrloses Opfer einsticht, die Möglichkeit der tödlichen Verletzung als derart wahrscheinlich auf, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme dieses Erfolgs ausgelegt werden kann (Urteil 6S.553/1991 vom 2. September 1992 E 5c/cc, nicht publ. in: <ref-ruling>). Der Beschwerdeführer stach nach den Feststellungen der Vorinstanz derart heftig in Richtung Oberkörper des Opfers ein, dass er selbst umfiel, die Klinge mit einer Gesamtlänge von 13 cm beim Einstich 7 bis 9 cm in den Arm des Opfers eindrang und abbrach. Während der Stichbewegungen bewegte sich das Opfer, um den Stichen auszuweichen. Von einer fehlenden Inkaufnahme des möglichen Todes des Opfers kann unter den gegebenen Umständen keine Rede sein.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz sei zu Unrecht von einer einfachen Körperverletzung von D._ im Sinne von <ref-law> ausgegangen. Das Opfer selbst habe eine Verletzung verneint. Die im Arztzeugnis festgestellten sichtbaren Prellmarken am Oberschenkel seien nicht als Verletzung im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren, auch wenn diese von einem Missbehagen begleitet seien. Da keine Körperverletzung vorliege, sei er auch vom Vorwurf des Angriffs nach <ref-law> freizusprechen.
3.2 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz traf der Beschwerdeführer D._ mit der Faust auf den Hinterkopf, während sein Bruder dem Opfer mit dem Drehmomentschlüssel zuerst auf den Rücken und anschliessend dreimal auf den Oberschenkel schlug. D._ habe auf die Frage nach den Verletzungen ausgesagt, er habe am Oberschenkel einen Muskelfaserriss und ein paar blaue Flecken erlitten. Die Aktenstelle, die der Beschwerdeführer zitiere, beziehe sich auf den Zwillingsbruder des Opfers, welcher seinerseits Verletzungen verneint habe. Der Arzt habe Prellmarken am rechten Oberschenkel festgestellt. Er sei vom Opfer notfallmässig und unmittelbar nach dem Vorfall aufgesucht worden. Das Opfer habe erhebliche Schmerzen erlitten, da die Schläge auf den Oberschenkel mit einem 57 cm langen und 1.4 kg schweren Drehmomentschlüssel erfolgten. Deshalb sei die Handlung nicht als Tätlichkeit sondern als Körperverletzung zu qualifizieren.
3.3 Die Unterscheidung zwischen Körperverletzung und Tätlichkeit ist schwierig, wo es sich um Schürfungen, Kratzer oder Prellungen handelt. In Grenzfällen ist das Ausmass des erlittenen Schmerzes ein mögliches Abgrenzungskriterium. Bei der Frage, ob eine Körperverletzung oder eine Tätlichkeit vorliegt, verfügt der kantonale Richter über einen Ermessensspielraum, weil die Feststellung der Tatsachen und die Interpretation der Rechtsbegriffes eng miteinander verbunden sind. Das Bundesgericht auferlegt sich eine Zurückhaltung bei der Überprüfung dieser vorinstanzlichen Würdigung (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 191 f. mit Hinweisen).
Soweit der Beschwerdeführer zur Frage der Körperverletzung dieselben Behauptungen aufstellt wie im vorinstanzlichen Verfahren, ohne auf die Erwägungen des angefochtenen Urteils einzugehen (Aussagen des Opfers zu seiner Verletzung, Strafantrag des Opfers), erschöpfen sich seine Rügen in appellatorischer Kritik. Darauf ist nicht einzutreten (vgl. E. 1.4). Gestützt auf die Feststellungen, wonach das Opfer mehrere Schläge an Rücken und Oberschenkel erhielt, notfallmässig den Arzt aufsuchte, selbst einen Muskelfaserriss vermutete und Prellmarken mit erheblichen Schmerzen erlitt, ist es vertretbar, wenn die Vorinstanz von einer einfachen Körperverletzung im Sinne von <ref-law> ausgeht. Die Rüge erweist sich als unbegründet.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei zu Unrecht wegen mehrfacher Gewalt und Drohung gegen Beamte nach <ref-law> verurteilt worden. Er habe sich unbestrittenermassen keines anständigen Tones bedient, als die Behörden bei ihm zu Hause am 4. Dezember 2006 eingetroffen seien. Sein Verhalten habe dazu geführt, dass die aufgebotenen Polizisten die Wohnung nicht sofort betreten konnten. Damit sei die Amtshandlung in gewissem Mass verzögert worden. Zu seinen Gunsten sei davon auszugehen, dass die Verzögerung sehr kurz gewesen sei. Jedenfalls hätten die zwei Polizeipatrouillen die Wohnung betreten, bevor die dritte aufgebotene Patrouille eingetroffen sei. Ob die Amtshandlung innerhalb der Amtsbefugnisse der Polizei gelegen habe, sei nicht abgeklärt worden. Der Tatbestand sei auch nicht mehrfach erfüllt.
4.2 Die Vorinstanz stellt fest, die Polizei sei gestützt auf das kantonale Strafprozessrecht zur Hausdurchsuchung berechtigt gewesen. Der Beschwerdeführer habe den Beamten während längerer Zeit den Zutritt zum Haus verwehrt und sie so an der Amtshandlung gehindert. Eine solche Hinderung liege bereits vor, wenn die Amtshandlung nicht reibungslos durchgeführt werden könne. Um 22.40 Uhr sei ein Notruf von einer Frau F._ eingetroffen, sie würde von ihrem Vater und ihrem Bruder verprügelt. Deshalb habe die Polizei eine Hausdurchsuchung veranlasst. Die Beamten hätten erst um 23.50 Uhr zu den Kinderzimmern vordringen können, wo sich zwei Mädchen verbarrikadiert hätten. Der Beschwerdeführer habe der Polizei gedroht. Er habe eine aggressive Haltung eingenommen und geradezu darauf gewartet, dass es zu Handgreiflichkeiten komme. Er habe die Polizisten angeschrien, niemand komme an ihm vorbei. Er würde jeden niederschlagen, der ihm zu nahe komme. Er habe dabei mit den Armen um sich geschlagen, eine Kampfstellung eingenommen und die Polizisten durch Hüftkontakte absichtlich berührt. Als das Gewaltpotential des Beschwerdeführers zu gross geworden sei, habe die Polizei Verstärkung angefordert. Durch sein Verhalten habe er den Polizisten die Anwendung von Gewalt in Aussicht gestellt. Nach seinen Aussagen habe der Beschwerdeführer nur darauf gewartet, einen der Polizisten krankenhausreif zu schlagen. Er habe mehrere Beamte an der Amtshandlung gehindert und den objektiven und subjektiven Tatbestand erfüllt.
4.3 Der Beschwerdeführer setzt sich in seiner Beschwerde nicht mit den tatsächlichen vorinstanzlichen Feststellungen auseinander. Er beschränkt sich darauf, dieselben Argumente wie vor Vorinstanz vorzutragen (angefochtenes Urteil S. 36). Seine Rügen beschränken sich auf appellatorische Kritik und genügen den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht (vgl. E. 1.4). Darauf ist nicht einzutreten.
5. Die Beschwerde ist insgesamt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch