Faits:
A. C._ et D._ sont propriétaires d'un immeuble dans lequel est sis un bar. Le 5 septembre 1994, B._ a acquis de C._ le fonds de commerce dudit bar. Le 8 novembre 1994, il a conclu avec C._ et D._ un contrat de bail à loyer portant sur les locaux du bar, pour une durée initiale de cinq ans et un loyer mensuel de 2'200 francs.
De novembre 1994 à avril 1995, le bar a été exploité par un employé de B._.
Le 24 mars 1995, B._ a invoqué la nullité de la remise de commerce convenue avec C._, au motif qu'il s'agissait d'une opération assimilable à une transaction couplée. C._ a contesté cette manière de voir.
Le 11 avril 1995, B._ et son employé ont conclu avec A._ un contrat de gérance libre portant sur l'exploitation et la location du bar, pour un loyer-gérance mensuel de 6'000 fr. Ce montant se composait de 3'700 fr. pour la gérance, 2'200 fr. pour le loyer et 100 fr. pour les charges. Cette sous-location ayant été faite sans leur autorisation préalable, C._ et D._ ont résilié le bail avec B._ pour le 19 mai 1995. Celui-ci a contesté la résiliation.
Informé de la résiliation du bail principal, A._ a, par courrier du 12 juin 1995, résilié le contrat de gérance libre avec effet immédiat. Depuis lors, il a continué d'exploiter le bar, mais sans jamais verser le moindre denier ni à C._ et D._, ni à B._ ou son employé. Il a mis un terme à l'exploitation après l'incendie du bar le 18 juin 1997.
Dans le cadre du litige opposant B._ à C._ et D._ au sujet de la résiliation du bail principal, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève a, par arrêt du 16 mars 1998, confirmé la validité de la résiliation, refusé une demande de prolongation du bail et confirmé la validité du contrat de remise de commerce.
Dans le cadre du litige opposant A._ à B._ au sujet de la résiliation du contrat de gérance libre, ladite autorité a, par arrêt du 16 mars 1998, confirmé le prononcé d'évacuation de celui-là pour défaut de paiement du fermage.
Le 12 juillet 2004, B._ a fait notifier à A._ un commandement de payer portant sur les montants de 102'000 fr. (loyers et gérance pour les mois de mai 1995 à octobre 1996) et 48'000 fr. (indemnité pour occupation illicite pour la période postérieure à fin octobre 1996). Le poursuivi y a fait opposition.
B. Par requête du 5 janvier 2005, A._ a ouvert action devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, concluant à ce qu'il soit constaté qu'il n'est pas le débiteur de B._ des montants de 102'000 fr. ainsi que 48'000 fr. et à ce que celui-ci soit condamné à lui payer le montant de 18'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 3 avril 1995 (garantie versée à la signature du contrat de gérance libre).
Par jugement du 13 septembre 2007, le Tribunal des baux et loyers a débouté A._ de son action en libération de dette, l'a condamné à verser à B._ les montants de 102'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 15 décembre 1995 ainsi que 45'600 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 1er avril 1997, sous déduction de 18'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 18 juin 1997, et a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition dans cette mesure.
Par arrêt du 16 juin 2008, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers a rejeté l'appel interjeté par A._ contre le jugement du 13 septembre 2007.
C. A._ (le recourant) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il concluait principalement à ce qu'il soit dit qu'il ne doit pas à B._ les montants de 102'000 fr. ainsi que 45'600 fr. et à ce que celui-ci soit condamné à lui payer 18'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 3 avril 1995, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt du 16 juin 2008 et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, avec suite de frais et dépens. Il a en outre demandé l'octroi de l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 2 septembre 2008.
B._ (l'intimé) a proposé le rejet du recours, sous suite de dépens.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 466 s.).
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Les parties n'ont donc pas la faculté de compléter les faits constatés par l'autorité cantonale, sous prétexte qu'un complètement desdits faits conduirait à une solution juridique différente du litige. Un complément des faits n'entre en ligne de compte que si la décision attaquée ne contient pas les constatations nécessaires à l'application du droit fédéral, alors que les faits pertinents passés sous silence ont été allégués en conformité avec les règles fixées par la procédure cantonale. Il appartient au recourant de démontrer que ces faits ont été allégués correctement, à défaut de quoi ils sont considérés comme nouveaux (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 486).
En l'espèce, le recourant allègue avoir été trompé sur le chiffre d'affaires du bar et sur les possibilités de gain, ce qui l'aurait amené à accepter un loyer-gérance trop élevé. Ce faisant, il introduit des faits nouveaux qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué, sans toutefois démontrer pourquoi cela serait exceptionnellement licite; il n'y a pas à entrer en matière. Au demeurant, le recourant soulève ainsi une question de dol ou d'erreur essentielle lors de la conclusion du contrat de gérance; il ne soutient toutefois pas avoir dénoncé le contrat de gérance pour vice du consentement sur ce point et il a été jugé, par arrêt du 16 mars 1998, que le contrat était valable.
2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 9 Cst. et l'<ref-law> en admettant à tort l'existence d'arriérés de loyers-gérance pour un montant de 102'000 fr. En ne retenant pas un abus de droit, elle serait tombée dans l'arbitraire.
2.1 Le Tribunal fédéral examine librement l'application du droit fédéral, notamment de la règle selon laquelle l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé (<ref-law>), et dans ce contexte, l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire est sans pertinence (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 383).
2.2 Le recourant reproche à l'intimé un comportement abusif, consistant à conclure un contrat de gérance libre du bar alors que lui-même contestait la validité du contrat par lequel il avait repris le fonds de commerce du bar. L'intimé aurait ainsi eu l'intention de se faire payer une chose qu'il savait, à l'époque, ne pas lui appartenir.
Ainsi que la cour cantonale l'a relevé à bon escient, il a été jugé, par arrêt du 16 mars 1998, que le contrat de remise de commerce du 5 septembre 1994 était valable et devait être exécuté, et l'intimé a été condamné à payer le prix d'achat. Il en résulte que l'intimé, quoi qu'il ait pu en penser lui-même, était bien propriétaire du fonds de commerce, aussi bien en avril 1995 lors de la conclusion du contrat de gérance libre avec le recourant qu'après la résiliation du bail principal par les propriétaires de l'immeuble en mai 1995, et il pouvait donc valablement en disposer. Dans la mesure où le recourant soutient que le contrat de reprise du fonds de commerce par l'intimé n'était pas valable, il s'écarte de l'état de fait retenu; sa critique est irrecevable.
2.3 Le recourant allègue qu'il est abusif d'exiger le loyer-gérance convenu, au motif qu'il aurait été trompé sur le chiffre d'affaire du bar et ainsi amené à accepter un loyer-gérance trop élevé; ces allégués nouveaux sont irrecevables. Au demeurant, il soulève ainsi une question de vice de consentement et non d'abus de droit; or, il n'y a en principe rien d'abusif à demander l'exécution d'une contre-prestation fixée dans un contrat valable.
3. Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé l'<ref-law> en admettant une indemnité de 45'600 fr. pour occupation illicite dès le 1er novembre 1996. Il relève que le bail principal entre l'intimé et les propriétaires de l'immeuble avait été résilié, qu'il avait lui-même résilié le contrat de gérance libre et que la continuation de l'exploitation du bar ne lui avait pas apporté de gain.
Le contrat de gérance liant le recourant à l'intimé et à son employé a été résilié par ceux-ci pour le 31 octobre 1996. Le recourant a néanmoins continué d'exploiter l'établissement, sans verser de contrepartie financière à qui que ce soit; il s'est ainsi enrichi.
Le recourant objecte ne pas avoir tiré d'avantage financier de l'exploitation du bar; il introduit ainsi encore une fois des faits nouveaux, ce qu'il n'est pas habilité à faire. Quoi qu'il en soit, l'enrichissement existe nonobstant une éventuelle perte d'exploitation; celle-ci aurait simplement été encore plus élevée s'il avait payé le loyer-gérance. Le non-accroissement du passif est constitutif d'un enrichissement.
Le contrat de bail principal entre l'intimé et les propriétaires de l'immeuble avait certes été résilié par ceux-ci, mais l'intimé a judiciairement contesté le congé et continué à régulièrement verser le montant du loyer aux propriétaires jusqu'en juin 1997. Il était en outre propriétaire du fonds de commerce. Sans contre-prestation du recourant, il a donc bien été appauvri.
4. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 6'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 10 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz