Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Aargau erkannte in den beiden Verfahren SST.2008.164 und SST.2008.165 mit zwei Urteilen vom 12. Februar 2009 unter anderem, die Beschwerdeführerin habe die Kosten der Berufungsverfahren zu bezahlen und ihre Parteikosten selber zu tragen (je E. 4). Vor Bundesgericht macht die Beschwerdeführerin mit zwei Beschwerden vom 16. bzw. 20. April 2009 geltend, das Obergericht habe ihr den grundrechtlichen Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege verweigert (6B_313/2009 und 6B_322/2009, je act. 1 Ziff. 8.1.). In seinen Vernehmlassungen vom 7. Mai 2009 führt das Obergericht unter Beilage von zwei Berichtigungsurteilen ebenfalls vom 7. Mai 2009 aus, es habe in seinen Urteilen vom 12. Februar 2009 versehentlich nicht berücksichtigt, dass der Beschwerdeführerin mit Verfügung des Präsidenten des Bezirksgerichts vom 28. Februar 2008 die unentgeltliche Rechtspflege gewährt worden sei. Dabei handle es sich um einen offensichtlichen Irrtum, der von Amtes wegen durch den Richter zu berichtigen sei (je act. 8 und 9). Demgemäss beantragt das Obergericht, die Beschwerden seien durch das Bundesgericht zufolge Gegenstandslosigkeit abzuschreiben (je act. 8). Die Beschwerdeführerin widersetzt sich dem mit Stellungnahme vom 12. Mai 2009 nicht, überlässt indessen die Erledigung der Beschwerdeverfahren dem Bundesgericht, wobei das Obergericht ihrer Ansicht nach die Beschwerden anerkannt habe (je act. 10). Der Mangel der angefochtenen Entscheide ist indessen mit den Berichtigungsurteilen vom 7. Mai 2009 behoben worden, weshalb die Beschwerden 6B_313/2009 und 6B_322/2009 im Verfahren nach <ref-law> gegenstandslos geworden und abzuschreiben sind. Praxisgemäss wird in solchen Fällen auf eine Kostenauflage verzichtet.
2. Die Beschwerdeführerin hat in beiden Verfahren die unentgeltliche Verbeiständung beantragt (je act. 1 Ziff. 14.1.). Da sie indessen im Ergebnis obsiegt, ist das Gesuch gegenstandslos geworden.
Im Übrigen war es entgegen der Auffassung des Obergerichts für die Beschwerdeführerin nicht sicher, dass sie mit einem Berichtigungsbegehren durchgedrungen wäre, denn es stand nicht fest, ob der vorliegende Fehler des Obergerichts unter die "Missschreibungen und Missrechnungen sowie offenbaren Irrtümer" des § 169 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kanton Aargau (StPO/AG) fällt. Im von der Beschwerdeführerin in ihrer Stellungnahme vom 12. Mai 2009 zitierten Präjudiz hat das Obergericht jedenfalls noch ausgeführt, gestützt auf § 169 Abs. 2 StPO/AG sei es dem Richter nicht gestattet, am Entscheidungsinhalt seines Urteils ändernde Korrekturen vorzunehmen, was dann der Fall sei, wenn dadurch etwas Neues ausgedrückt werde. Vielmehr sei eine Änderung nur insoweit zulässig, als durch die neue Formulierung etwas besser ausgedrückt werde, was der Richter bereits mit der zuerst gewählten Formulierung habe ausdrücken wollen. Dies sei beispielsweise der Fall, wenn ein offensichtlicher Widerspruch zwischen Begründung und Urteilsformel bestehe (AGVE 1973, Nr. 40, S. 122 E. 4). Unter diesen Umständen ist es verständlich und nachvollziehbar, dass sich die Beschwerdeführerin mit Beschwerde ans Bundesgericht gewandt hat. Der Kanton Aargau hat sie folglich für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen.

Demnach verfügt der Präsident:
1. Die Beschwerden 6B_313/2009 und 6B_322/2009 werden als gegenstandslos geworden vom Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren (6B_313/2009 und 6B_322/2009) mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Diese Verfügung wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn