(Strafverfahren: Kostenspruch), hat sich ergeben:
A.- X._ wurde vorgeworfen, zwischen August 1993 und September 1994 für den "European Kings Club" (EKC) gegen Provision sogenannte "Letters" verkauft zu haben, wobei sie den Käufern tatsachenwidrige Angaben über Renditen, Anlagen des investierten Geldes und Risiken gemacht habe. Die meisten Käufer kamen später zu Schaden. Mit Urteil der Gerichtskommission St. Gallen vom 4. November 1997 wurde X._ von der Anklage des gewerbsmässigen Betrugs für die genannte Periode freigesprochen, jedoch für den Zeitraum von Mitte November bis Ende Dezember 1994 für schuldig erklärt und zu einer bedingten Gefängnisstrafe von vier Monaten verurteilt. Die Verfahrenskosten von Fr. 15'177. 55 wurden ihr auferlegt. Auf ihre Berufung hin hat sie das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 1. September 1999 auch für die zweite Periode freigesprochen, weil durch die betreffende Verurteilung das Anklageprinzip verletzt worden sei. Die Kostenregelung der Gerichtskommission wurde hingegen in Ziffer 2 des Entscheids bestätigt, weil X._ sich nach zivilrechtlichen Grundsätzen widerrechtlich und schuldhaft verhalten habe und damit die Einleitung des Strafverfahrens verursacht habe.
B.- Gegen Ziffer 2 des kantonsgerichtlichen Entscheids vom 1. September 1999 führt X._ staatsrechtliche Beschwerde, soweit darin der Kostenspruch der Gerichtskommission bestätigt wird. Sie rügt eine Verletzung von Art. 4 aBV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK und beantragt, diese Ziffer 2 sei insoweit aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
Die Staatsanwaltschaft und das Kantonsgericht St. Gallen verzichten darauf, zur staatsrechtlichen Beschwerde Stellung zu nehmen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid, der auf kantonalem Recht beruht und daher mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden kann (Art. 84 Abs. 1, 86 Abs. 1 und 87 OG). Die Beschwerdeführerin ist durch die Auflage der Verfahrenskosten in ihren rechtlich geschützten Interessen betroffen und somit zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert (Art. 88 OG). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf das Rechtsmittel einzutreten.
2.- Die Beschwerdeführerin rügt, die angefochtene Kostenauflage verletze die Unschuldsvermutung, die in Art. 6 Ziff. 2 EMRK und in Art. 32 Abs. 1 der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) gewährleistet ist. Ausserdem beruhe der angefochtene Entscheid auf einer willkürlichen und daher Art. 4 aBV (Art. 9 BV) verletzenden Auslegung kantonalen Rechts.
a) Nach der Praxis des Bundesgerichtes ist es mit der Unschuldsvermutung nicht vereinbar, einer nicht verurteilten Angeschuldigten Verfahrenskosten aufzuerlegen, gestützt auf den - direkten oder indirekten - Vorwurf, sie habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es zulässig, ihr die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise (d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus Art. 41 OR ergebenden Grundsätze) gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die aus der gesamten schweizerischen Rechtsordnung stammen kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b S. 334; <ref-ruling> E. 2e S. 175, je mit Hinweisen). Widerrechtlich im Sinne von Art. 41 Abs. 1 OR ist ein Verhalten, wenn es gegen Normen verstösst, die direkt oder indirekt Schädigungen untersagen bzw. ein Schädigungen vermeidendes Verhalten vorschreiben (<ref-ruling> E. 1b S. 334).
b) Gemäss Art. 209 Abs. 1 Ziff. 2 des Gesetzes über die Strafrechtspflege des Kantons St. Gallen vom 9. August 1954 (StPO/SG; sGS 962. 1) hat der nicht verurteilte Angeschuldigte die Kosten des Strafverfahrens nur zu tragen, wenn und soweit er durch sein Benehmen begründeten Anlass zur Durchführung der Untersuchung und des Gerichtsverfahrens gegeben hat. Die Beschwerdeführerin bringt nicht vor, diese Bestimmung stelle strengere Anforderungen an eine Kostenauflage als das Bundesgericht gestützt auf die Unschuldsvermutung. Daher ist im Folgenden einzig zu prüfen, ob die angefochtene Kostenauflage mit dieser rechtsstaatlichen Garantie vereinbar ist. Gegebenenfalls ist der Kostenentscheid in quantitativer Hinsicht unter dem Blickwinkel von Art. 209 Abs. 2 StPO/SG zu prüfen, der festlegt, dass einem Angeschuldigten keine Kosten auferlegt werden dürfen, die er weder unmittelbar noch mittelbar verursacht hat; in diesem Fall beschränkt sich die Prüfung auf Willkür.
c) Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung des Grundsatzes der Unschuldsvermutung mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob der Text des Kostenentscheids einen direkten oder indirekten Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld enthält. Nur auf Willkür hin untersucht es dagegen, ob die Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Norm verstossen und daher das Strafverfahren veranlasst hat (BGE <ref-ruling> E. 2f S. 175). Willkürlich ist ein Entscheid, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5b S. 134 mit Hinweis).
3.- Die Beschwerdeführerin kritisiert, das Kantonsgericht habe ihr Verhalten ausschliesslich unter vertragsrechtlichen, nicht aber unter haftpflichtrechtlichen Gesichtspunkten gewürdigt. Es habe keinen Nachweis ihres Verschuldens verlangt, sondern durch Berufung auf die vertragsrechtliche Exkulpation nach Art. 97 Abs. 1 OR sinngemäss von ihr den Beweis verlangt, dass sie kein Verschulden treffe. Dies sei willkürlich und verletze die Unschuldsvermutung.
Eine Kostenauflage setzt ein aus zivilrechtlicher Sicht widerrechtliches und schuldhaftes, für die auferlegten Kosten kausales Verhalten voraus. Im Folgenden ist zu prüfen, ob der Beschwerdeführerin ein solches vorgeworfen werden konnte.
4.- Das Kantonsgericht führt aus, die Beschwerdeführerin habe den Käufern von "Letters" gestützt auf Art. 398 OR für sorgfältige und getreue Geschäftsführung gehaftet, wozu auch die Nebenpflicht gehört hätte, über die vorgeschlagenen Anlagen zu informieren. Dieser sei die Beschwerdeführerin auch nicht ansatzweise nachgekommen. Kantonsgericht und Gerichtskommission haben aufgrund zahlreicher Beweiselemente festgestellt, dass die Beschwerdeführerin in der Zeit bis September 1994 den Kunden, denen sie im Namen des EKC "Letters" verkaufte, falsche Angaben über die Bestimmung der Anlagen und die dafür bestehenden Sicherheiten gemacht hat. Die Beschwerdeführerin wendet ein, ihre Kunden hätten im Sommer 1993 angesichts der unüberhörbaren öffentlichen Warnungen wissen müssen, dass das System des EKC nicht funktionieren konnte, und daher nicht getäuscht werden können. Das Kantonsgericht hält aber zu Recht fest, dass die geschäftsunerfahrenen Kunden keine Möglichkeit gehabt hätten, sich selbst ein zuverlässiges Bild über die Anlagetätigkeit des EKC zu machen, da dieser der Öffentlichkeit jegliche Informationen vorenthalten habe. Damit seien die Kunden auf die Beschwerdeführerin und ihre Angaben angewiesen gewesen. Solange die Kunden nicht wussten, dass entgegen den Versprechungen der Beschwerdeführerin keine Anlagen getätigt wurden und keine Sicherheiten bestanden, bestand die Aufklärungspflicht der Beschwerdeführerin. Sie stand dem EKC jedenfalls näher als ihre Kunden. Sie selbst hat auch Kunden versichert, dass der EKC nicht nach dem Pyramiden- oder Schneeballprinzip handle (vgl. Hinweise im Urteil Gerichtskommission vom 4. November 1997, S.7).
Indem die Beschwerdeführerin ihren Kunden falsche Angaben über die Anlage des Geldes und die bestehenden Sicherheiten machte, hat sie Pflichten verletzt, die den Partnern von Vertragsverhandlungen aus dem Treu- und Glaubensprinzip objektiv auferlegt sind (so Ernst A. Kramer, Berner Kommentar, 1986, Allgemeine Einleitung in das schweizerische OR, N. 139; Peter Jäggi, Zürcher Kommentar, 1973, Art 1, N. 592). Selbst wenn ihr, wie sie vorbringt, nicht die Stellung einer Anlageberaterin zugekommen sein sollte, hatte sie diese Pflichten auch als blosse Vermittlerin der "Letters" und Vertreterin des EKC. Nach der Praxis bestehen diese auch aufgrund einer blossen Raterteilung in vorvertraglichen Verhandlungen (<ref-ruling> E. 3b S. 89; <ref-ruling> E. 5a S. 333, je mit Hinweisen) oder aus Gefälligkeit (<ref-ruling> E. 4 S. 699). Dass die Beschwerdeführerin ihren Kunden zumindest zum Kauf von "Letters" geraten hat, bestreitet sie nicht und ist erstellt. Sie verletzte somit Pflichten, die unabhängig vom Willen des Verpflichteten entstehen (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 269; Peter Jäggi, Zum Begriff der vertraglichen Schadenersatzforderung, in: Privatrecht und Staat, 1976, S. 166) und handelte daher in einer Weise widerrechtlich, die zu einer Kostenauflage an den nicht verurteilten Angeschuldigten führen kann.
5.- a) Zum Verschulden der Beschwerdeführerin führt das Kantonsgericht aus, da sie gegen die vertraglich geschuldete und nach dem Berufsstand gebotene Sorgfalt des Anlagevermittlers bzw. -beraters verstossen habe, bleibe "für eine Exkulpation im Sinne des Art. 97 Abs. 1 OR ... kein Raum mehr" (so angefochtenes Urteil S. 7). Wenn es damit die Auffassung vertritt, die Beschwerdeführerin sei zum Exkulpationsbeweis nicht zuzulassen oder sie hätte diesen führen müssen, wäre dies unhaltbar. Zwar liegt keine Verletzung der Unschuldsvermutung als Beweislastregel vor, da diese nur für strafrechtliche Vorwürfe gilt und die Argumentation des Kantonsgerichts durch Verweis auf das OR eindeutig auf einen zivilrechtlichen Vorwurf verweist. Hingegen verkennt das Kantonsgericht, dass es sich bei der Kostenpflicht des nicht verurteilten Angeschuldigten zwar um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für fehlerhaftes Verhalten handelt, materiell aber um eine öffentlich-rechtliche Verpflichtung. Daher kann die im Zivilrecht vorgesehene Beweislastumkehr in vertraglichen Beziehungen nicht auch für den öffentlich-rechtlichen Anspruch gelten, der nicht auf einem Vertrag beruht. Nach einem unumstrittenen Rechtsgrundsatz liegt die Beweislast für das Bestehen der Voraussetzungen einer solchen Verpflichtung, zu denen für eine Kostenpflicht auch das Verschulden gehört, bei demjenigen, der sich darauf beruft, im vorliegenden Falle also beim Staat (vgl. Art. 8 ZGB; Pierre Moor, Droit administratif, Band 2, 1991, S. 178). Eine Verletzung dieses Grundsatzes ist - im vorliegenden Zusammenhang - mit der Unschuldsvermutung nicht vereinbar.
b) Auch wenn die Begründung des Kantonsgerichts so zu verstehen und daher verfassungswidrig ist, führt dies nicht ohne Weiteres zur Gutheissung der Beschwerde, da eine solche nur erfolgt, wenn der angefochtene Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist. Seiner Erwägung, dass für eine Exkulpation kein Raum mehr bleibe, fügt das Kantonsgericht bei, es stehe fest, dass die Beschwerdeführerin, während sie "Letters" verkauft habe, eine Flut von Anzeichen der Illegalität des EKC gekannt habe. Angesichts dieser Anzeichen hätte sie sich um realistische Auskünfte über die Anlagen kümmern oder ihre Tätigkeit einstellen müssen. Kantonsgericht und Gerichtskommission haben aufgrund zahlreicher Beweiselemente festgestellt, dass die Beschwerdeführerin in der Zeit bis September 1994 ihren Kunden grobfahrlässig - wenn auch nicht wissentlich - falsche Angaben gemacht habe. Auch wenn ihr zu Gute zu halten sei, dass sie das System der EKC-Letters nicht durchschaut habe, sei ihr vorzuwerfen, dass sie alles, was sie vom EKC erfahren habe, kritiklos weitergegeben habe. Sie habe nie gewusst, wohin das Geld geflossen sei und auch nie abgeklärt, ob es die "EKC-Re-Insurance" in Dublin überhaupt gebe. Mit diesen Ausführungen hat das Kantonsgericht zum Ausdruck gebracht, es halte das Verschulden der Beschwerdeführerin für nachgewiesen. Im Ergebnis hat es ihr somit nicht die Beweislast für das Fehlen ihres Verschuldens auferlegt und daher Art. 4 aBV (Art. 9 bzw. Art. 32 Abs. 1 BV) nicht verletzt.
6.- Die Beschwerdeführerin kritisiert schliesslich die Höhe der ihr auferlegten Untersuchungskosten. Weder der Überweisungsverfügung vom 25. August 1997 noch dem Urteil der Gerichtskommission lasse sich entnehmen, wie sich diese zusammensetzen würden. Sie nehme an, dass dazu die Kosten einer Telephonüberwachung vom 8. November 1994 bis zum 8. Januar 1995 gehören würden. Diese - so bringt sie vor - dürften ihr aber nicht auferlegt werden, da die Überwachung nicht zur Abklärung der Straftaten im Zeitraum August 1993 bis September 1994 gedient habe, wegen derer sie schliesslich angeklagt worden sei.
Zu Recht kritisiert die Beschwerdeführerin nicht, das angefochtene Urteil sei bezüglich der Höhe der auferlegten Kosten nicht genügend begründet. Es ist nach der Praxis zulässig, Kostenentscheide unter Umständen gar nicht zu begründen, wenn bezüglich der Höhe des Kostenbetrags alle tatbeständlichen und rechtlichen Berechnungsgrundlagen klar sind (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2). Im vorliegenden Fall zeigt das Dossier VIII der Untersuchungsakten, in das die Beschwerdeführerin Einblick nehmen konnte, dass die Untersuchungskosten tatsächlich im Umfang von Fr. 5'585. 45 aus den Kosten der Telephonüberwachung bestehen.
Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin steht nicht fest, dass diese Telephonüberwachung nicht auch oder hauptsächlich dazu diente, sie der ihr für die Periode vor September 1994 vorgeworfenen Straftaten zu überführen, insbesondere den subjektiven Tatbestand abzuklären, was auch zu einer Strafuntersuchung gehört.
Mit ihrem Vorbringen verkennt die Beschwerdeführerin im Weiteren, dass sie zwar nur für ihr in der Anklage vorgeworfene Sachverhalte verurteilt werden konnte, dass sich die Strafuntersuchung hingegen nicht auf Sachverhalte zu beschränken braucht, die später zu einer Anklage führen. Solange sie durch diese Sachverhalte zivilrechtliche Pflichten verletzte, können ihr die entsprechenden Untersuchungskosten auch dann auferlegt werden, wenn schliesslich keine Anklage erhoben wird. Kosten können auferlegt werden, sobald eine Strafuntersuchung eröffnet wird (vgl. Niklaus Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, 1994, S. 590). Mit ihrem gegen allgemeine zivilrechtliche Pflichten verstossenden Verhalten bis zum September 1994 hat die Beschwerdeführerin die Strafuntersuchung verursacht. Im Rahmen dieser Strafuntersuchung war es vertretbar und daher von ihr verursacht, mittels Telephonüberwachung zu untersuchen, ob sie ihre Tätigkeit auch nach ihrer Entlassung aus der Untersuchungshaft fortsetzt. Angesichts der Ergebnisse der Überwachung (vgl. Hinweise im Urteil der Gerichtskommission, S. 15 und 16) ist auch deren Dauer nicht zu beanstanden. Es ist somit nicht willkürlich anzunehmen, sie habe die betreffenden Kosten zumindest mittelbar verursacht, weshalb es nach Art. 209 Abs. 2 StPO/SG zulässig sei, ihr diese zu überbinden.
7.- Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde als unbegründet abzuweisen ist. Die Beschwerdeführerin stellt das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Die gesetzlichen Voraussetzungen dafür sind erfüllt (Art. 152 OG). Namentlich erschien die Beschwerde nicht zum Vornherein aussichtslos, und auch die Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin ist ausreichend glaubhaft gemacht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben.
b) Rechtsanwalt Dr. Niklaus Oberholzer wird als unentgeltlicher Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit einem Honorar von Fr. 1'500. -- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen und dem Kantonsgericht (Strafkammer) von St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 26. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: