Faits:
A. Dès le 9 septembre 1977, Y._ (ci-après: l'employée), ressortissante ... née le 29 juillet 1931, a travaillé comme secrétaire-standardiste à la Mission permanente de la République X._ (ci-après: l'employeuse) auprès des Nations-Unies à Genève. Ultérieurement, soit le 1er janvier 1985, les parties ont signé un "contrat d'engagement"; celui-ci disposait en particulier qu'"en matière d'assurances sociales, le contractant est assujetti au régime général de sécurité sociale en vigueur dans le pays où il exerce" (art. V); il prévoyait en outre que "le présent contrat peut à tout moment être dénoncé par l'une ou l'autre des parties, sous réserve d'un préavis de trois mois. La résiliation du présent contrat à l'initiative de l'employeur ouvre droit pour l'intéressé, le cas échéant, à une indemnité de licenciement dont le montant est fixé comme suit: a) moins de six mois d'activité: le contractant ne bénéficie d'aucune indemnité de licenciement; b) plus d'une année d'activité: le contractant bénéficie d'un mois de salaire par année de travail effectif. Le présent contrat peut également être résilié sans préavis, ni indemnité si: a) le contractant a fait l'objet d'une condamnation à une peine afflictive ou infamante; b) dans les trois premiers mois qui suivent l'installation du contractant dans ses fonctions s'il ne donne pas satisfaction; c) en cas de faute disciplinaire, de faute lourde, d'insuffisance professionnelle ou s'il travaille pour le compte de tiers sans l'autorisation écrite de l'autorité dont il relève" (art. VII). En dernier lieu, le salaire mensuel net de l'employée s'élevait à 4'598 francs.
Le 23 juillet 2001, l'employeuse a envoyé à l'employée une lettre intitulée "fin de contrat"; elle l'informait que comme elle avait atteint l'âge de la retraite de soixante-cinq ans le 5 décembre 1996 déjà et qu'en 1993, l'Administration centrale du Ministère X._des affaires étrangères avait expressément demandé la cessation de cette "situation dérogatoire", ce "délai supplémentaire de cinq années" ne pouvait malheureusement plus être prolongé, de sorte qu'il lui était notifié la "cessation de leurs relations contractuelles" au 30 août 2001.
Le 24 août 2001, l'employeuse a indiqué à l'employée qu'il lui appartenait, dès son retour (au pays), de se "rapprocher de la structure chargée du personnel à contrat à l'effet de la reconstitution de votre carrière et ce, pour vous permettre de faire valoir vos droits auprès des organismes de protection sociale (dudit pays)". Le 31 août 2001, l'employée a adressé un courrier à la Direction générale des Ressources du Ministère X._des affaires étrangères, à Z._, au sujet de la résiliation de son contrat, dans lequel elle exposait sa situation et demandait des explications relatives à ses droits, notamment quant à l'affiliation à une caisse de retraite et à l'indemnité de licenciement prévue à l'art. VII de son contrat de travail; l'employée affirme ne jamais avoir reçu de réponse à cette lettre. Par courriers des 13 septembre et 1er novembre 2001, l'employée a réclamé à son employeuse le paiement de divers montants auxquels elle estimait avoir droit et une détermination au sujet de ses droits concernant l'art. V de son contrat de travail; il ne résulte pas du dossier que l'employeuse ait répondu à ces lettres.
B. Le 29 novembre 2001, l'employée a assigné l'employeuse devant la Juridiction des prud'hommes du canton de Genève, concluant au paiement d'une somme de 633'110 fr., correspondant en particulier à 119'548 fr. à titre d'indemnité de départ et à 503'530 fr. à titre de dommages-intérêts - destinés à réparer le dommage subi en raison de sa non-affiliation au système de prévoyance professionnelle et d'assurance vieillesse en vigueur en Suisse -, avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 octobre 2001.
Par jugement du 9 juillet 2008 rendu ensuite notamment de l'annulation d'une précédente décision rendue par défaut (cf. arrêt 4P.33/2007 du 13 juillet 2007), le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné l'employeuse à payer à l'employée les sommes nettes de 1'602 fr. 40 et 621'025 fr. 40, soit notamment 503'530 fr. à titre de dommages-intérêts résultant de la violation de l'art. V du contrat de travail et 110'352 fr. à titre d'indemnité de licenciement prévue à l'art. VII dudit contrat, avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 octobre 2001.
Saisie par l'employeuse et statuant par arrêt du 15 mai 2009, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a annulé le jugement du 9 juillet 2008; statuant à nouveau, elle a condamné l'employeuse à verser à l'employée la totalité du montant des arriérés de cotisations sociales que celle-ci se verra réclamer par la Caisse nationale X._ des retraites, ou tout autre organisme similaire, afin de percevoir une pension de retraite correspondant à ses années d'activité auprès de l'employeuse pour la période allant du 5 septembre 1977 au 23 octobre 2001; elle a en outre condamné l'employeuse à payer à l'employée la somme nette de 33'745 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 octobre 2001, correspondant en particulier à 25'000 fr. à titre d'indemnité de licenciement.
C. L'employée (la recourante) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, auquel elle demande d'annuler l'arrêt du 15 mai 2009 et, cela fait, de condamner son adverse partie à lui payer la somme nette de 119'097 fr. 80 avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 octobre 2001 à titre d'indemnité de licenciement et de renvoyer pour le surplus la cause à la Cour d'appel pour nouvelle décision dans le sens des considérants sur la question de la rente de vieillesse, avec suite de frais et dépens. L'employeuse (l'intimée) propose le déboutement de la recourante de toutes ses conclusions, sous suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la recourante qui a partiellement succombé dans ses conclusions condamnatoires (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 15'000 fr. applicable en matière de droit du travail (<ref-law>), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai prévu par la loi (<ref-law>).
1.2 Selon l'<ref-law>, les mémoires doivent indiquer les conclusions des parties. Si le Tribunal fédéral admet le recours, il peut en principe statuer lui-même sur le fond (<ref-law>). La partie recourante ne peut dès lors se borner à demander l'annulation de la décision attaquée et le renvoi de la cause à l'autorité précédente, mais elle doit également prendre des conclusions sur le fond du litige; il n'est fait exception à cette règle que lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait de toute manière pas en situation de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 383).
En l'occurrence, la recourante conclut notamment au renvoi de la cause à la Cour d'appel pour qu'elle calcule la rente dont elle aurait pu bénéficier et en fixe le montant capitalisé. Pour trancher cette question, il semble y avoir lieu d'appliquer la loi X._ relative à la retraite; or, le Tribunal fédéral n'examine pas si le droit étranger a été ou non mal appliqué et la nécessité d'établir le contenu du droit étranger est une situation qui appelle typiquement un renvoi (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2b p. 300; Corboz, Commentaire de la LTF, n° 15 ad <ref-law> et n° 16 ad <ref-law>). Il apparaît donc que la Cour de céans ne pourrait a priori pas statuer sur le fond et qu'un renvoi s'imposerait, d'où la recevabilité de la conclusion. La question peut toutefois être laissée ouverte, le moyen de la recourante devant de toute façon être écarté, comme on le verra ci-dessous.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2.2 Le Tribunal fédéral n'est lié ni par les moyens invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par la juridiction cantonale; il peut dès lors admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par la partie recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104).
3. Se plaignant d'une violation des art. 18, 19, 339b et 339c CO - étant précisé que ces deux dernières dispositions concernent la question de l'indemnité à raison de longs rapports de travail -, la recourante critique l'interprétation que la Cour d'appel a faite de l'art. VII du contrat de travail, sur la base de laquelle elle a réduit à 25'000 fr. le montant de l'indemnité de départ que les premiers juges avaient fixé à 110'352 francs.
3.1 En présence d'un litige sur l'interprétation d'une disposition contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (<ref-law>); s'il y parvient, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'<ref-law>. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances; le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement (<ref-law>); pour trancher cette question, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 681 s.). Les circonstances déterminantes sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté (<ref-ruling> consid. 2.2.1).
Le sens d'un texte, apparemment clair, n'est pas forcément déterminant, de sorte que l'interprétation purement littérale est prohibée. Même si la teneur d'une clause contractuelle paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres conditions du contrat, du but poursuivi par les parties ou d'autres circonstances que le texte de ladite clause ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu. Il n'y a cependant pas lieu de s'écarter du sens littéral du texte adopté par les cocontractants lorsqu'il n'existe aucune raison sérieuse de penser qu'il ne correspond pas à leur volonté (<ref-ruling> consid. 2.2.1).
3.2 Appliquant le principe de la confiance, les premiers juges ont en l'occurrence considéré en bref que l'octroi d'une indemnité de départ était lié à la résiliation signifiée par l'employeuse, à l'exclusion d'autres circonstances particulières, par exemple l'âge de l'employée; ayant accompli vingt-quatre années complètes d'activité, la recourante avait droit à une indemnité de (24 x 4'598 fr. =) 110'352 francs.
Pour sa part, la Cour d'appel a jugé en substance que la recourante ne pouvait de bonne foi pas s'attendre à percevoir en cas de licenciement la pleine et entière indemnité prévue à l'art. VII du contrat de travail, les conséquences de son congé sur le plan économique n'étant en rien comparables à celles subies par un employé remercié avant l'âge de la retraite, respectivement les inconvénients économiques d'un licenciement étant très fortement atténués, voire quasi-inexistants, pour un employé qui continuait à travailler au-delà de l'âge de la retraite s'il était en droit, comme en l'espèce, de percevoir une pension de retraite; en revanche, l'intimée pouvait escompter recevoir une indemnité de licenciement la dédommageant pour sa fidélité sans faille et ininterrompue de vingt-quatre ans, qu'il convenait de fixer, en application de l'<ref-law>, à 25'000 fr., solution à laquelle on aboutirait du reste également en appliquant les art. 339b et 339c CO.
3.3 En l'occurrence, il est patent que les parties ne s'accordent pas quant au sens à donner à l'art. VII du contrat, de sorte qu'il y a lieu d'appliquer le principe de la confiance. Cela étant, il apparaît que l'interprétation de la disposition litigieuse à laquelle la Cour d'appel s'est livrée n'est guère convaincante, comme on va le voir ci-après.
La lecture de la clause en question permet d'en inférer que l'indemnité est due en cas de licenciement - par opposition à une démission -signifié par l'employeuse. A cet égard, les précédents juges ont retenu que tel était bien le cas en l'espèce, la lettre du 23 juillet 2001 valant notification de congé pour le 31 octobre suivant. Dans sa réponse au recours au Tribunal fédéral, l'intimée persiste à soutenir qu'il ne s'agissait pas d'un licenciement, mais d'une mise à la retraite; son argumentation ne résiste toutefois pas à l'examen, dans la mesure où elle se limite à confronter le résultat de l'interprétation objective qu'elle propose à celui auquel la Cour d'appel est parvenue, d'une manière qui ne prête pas le flanc à la critique; au demeurant, l'intimée joue sur les mots lorsqu'elle oppose "licenciement" et "mise à la retraite", car le fait pour un travailleur d'atteindre l'âge de la retraite ne signifie pas automatiquement la fin du contrat et la mise à la retraite suppose donc un licenciement, sauf mention expresse dans le contrat qui fait défaut en l'espèce, où la recourante avait d'ailleurs en tout état précisément dépassé l'âge de la retraite au moment où il a été mis fin aux rapports de travail (cf. Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6e éd. 2006, n° 4 ad <ref-law>).
In fine, l'art. VII du contrat prévoit trois cas dans lesquels le versement d'une indemnité est exclu; il n'est pas contesté que ceux-ci n'entrent en l'occurrence pas en considération. A teneur de son texte, la clause litigieuse ne comporte aucun autre cas d'exclusion du paiement de l'indemnité, en particulier ni l'âge du collaborateur bénéficiaire, ni la proximité de la retraite. L'emploi des termes "ouvre droit" puis "le cas échéant" pourrait donner l'impression que le versement revêt un caractère discrétionnaire, mais l'on ne voit pas, et il n'a nullement été établi, de quelles conditions ledit paiement pourrait dépendre, et il est impensable que le versement soit lié à la réalisation d'éléments dont la bénéficiaire n'était pas en mesure d'avoir connaissance; peut-être faut-il mettre les mots en question en relation avec les trois cas d'exclusion susmentionnés; en tout état, ils ne sauraient s'opposer à l'application de la clause litigieuse dans le cas particulier.
Ce qui précède porte à croire, à l'instar de ce que les premiers juges ont considéré, que le versement de l'indemnité n'était en l'espèce soumis à aucune condition. A cet égard, l'opinion de la Cour d'appel selon laquelle, en application du principe de la confiance, les conséquences économiques du licenciement, plus particulièrement en rapport avec la proximité de l'âge de la retraite et, partant, de la potentielle obtention d'une rente de vieillesse, s'agissant singulièrement d'une collaboratrice qui aurait de surcroît travaillé au-delà de l'âge de la retraite, seraient un élément déterminant, ne repose sur aucun fondement sérieux. Le rapport entre le montant de l'indemnité de départ et la proximité de la retraite ne ressort pas du texte du contrat et l'on ne voit en particulier pas que les art. V et VII du contrat devraient d'une quelconque manière être mis en relation l'un avec l'autre; ces dispositions figurent au contraire à des emplacements distincts dans le contrat et sont au demeurant séparés par un autre article. Pour le surplus, l'on ne saurait objectivement admettre que le but poursuivi par les parties était de réduire le montant de l'indemnité en fonction du montant de la probable rente de vieillesse que l'employée pourrait toucher; les deux questions étaient au contraire indépendantes; d'ailleurs, le point n'a pas été rediscuté, ni la clause litigieuse remise en cause, lorsque les parties ont décidé que la recourante continuerait à travailler après l'âge de la retraite.
En définitive, il apparaît que la clause litigieuse devait de bonne foi être comprise en ce sens que l'indemnité en question avait pour vocation de récompenser la fidélité des collaborateurs - et cela non pas seulement suite à de longs rapports de travail, puisque l'indemnité était due au bout d'une seule année de service -, sans qu'aucun autre critère que le nombre d'années passées au sein de l'intimée, ni d'ailleurs aucun facteur de réduction du montant, n'entrent en ligne de compte; dès lors, les premiers juges avaient à juste titre considéré qu'il convenait d'allouer à la recourante une indemnité d'un montant de 110'352 fr. Partant, le dispositif de l'arrêt attaqué doit être réformé à cet égard.
4. Se plaignant d'une violation des <ref-law>, 16 LDIP, 18, 20, 42 ainsi que 97 CO, la recourante reproche à la Cour d'appel d'avoir jugé comme elle l'a fait en rapport avec la question de "l'indemnisation pour assurances sociales inexistantes".
4.1 Sur ce point, pour allouer le montant de 503'530 fr. à titre de dommages-intérêts résultant de la violation par l'intimée de l'art. V du contrat de travail, les premiers juges avaient considéré en bref que cette disposition pouvait et devait être comprise par un destinataire raisonnable et de bonne foi comme impliquant un assujettissement nécessaire au régime existant au lieu de travail; alors que l'intimée aurait dû faire part immédiatement à son employée d'une impossibilité d'assujettissement, elle n'avait abordé cette question qu'à l'issue des relations de travail, soit par courrier du 24 août 2001; par ailleurs, l'intimée n'avait pas établi que la recourante était en droit de bénéficier de prestations de la Caisse de pension X._, les courriers produits à cet égard n'ayant le caractère que de simples allégations; de plus, de l'aveu même de l'intimée, l'une des conditions légales de l'octroi d'une rente - à savoir le paiement par l'employée de cotisations - n'était pas réalisée; à cela s'ajoutait l'apparente impossibilité de l'intéressée d'obtenir à ce jour-là des renseignements fiables, voire une décision en sa faveur, de sorte que l'éventualité du paiement d'une telle rente à son profit ne pouvait être prise en compte, car elle revêtait un caractère "hautement incertain".
A cet égard, les juges d'appel ont préalablement relevé que sur le plan de la perception par la recourante d'une pension de retraite X._, la situation avait sensiblement évolué depuis le prononcé du jugement de première instance ainsi que les écritures des parties produites dans le cadre de l'appel. En effet, il était apparu qu'en date du 31 mai 2005, l'avocat de l'intimée avait écrit à celui de la recourante pour l'informer, notamment, que sa cliente avait droit à une retraite selon la législation X._ et que pour obtenir une telle rente, il lui suffisait qu'elle se rende dans son pays. Par ailleurs, lors de l'audience du 27 novembre 2008, l'intimée avait produit une lettre que son Ambassadeur auprès de l'Organisation des Nations Unies à Genève avait reçue le 19 novembre 2008 de la Caisse nationale des retraites de Z._, indiquant que la recourante ayant atteint l'âge légal de la retraite et satisfaisant aux conditions fixées par l'art. 6 de la loi ... relative à la retraite, elle avait droit à une pension auprès de la Caisse nationale des retraites, au titre des années d'activité du 5 septembre 1977 au 31 août 2001; l'intéressée était aussi invitée à se présenter au service de la Caisse nationale des retraites à Z._, afin de déposer son dossier ou, à ce défaut, de lui transmettre par simple courrier son dossier complet. Enfin, lors de la même audience, l'intimée avait fourni diverses précisions concrètes au sujet des conditions pour que la recourante touche sa pension de retraite annuelle, en particulier qu'elle se rende une fois par année (au pays); pour sa part, la recourante avait notamment déclaré qu'elle transmettrait à la Caisse nationale des retraites un dossier contenant les pièces nécessaires pour toucher une pension de retraite, précisant qu'elle attendait encore l'attestation de non-perception de retraite qu'elle avait sollicitée auprès de la Caisse de compensation genevoise par le biais de son avocat. Il apparaissait ainsi que l'on ne pouvait suivre aveuglément les considérations des premiers juges - et les conséquences qu'ils en avaient tirées - relatives à l'absence de preuve quant à la transmission d'informations à la recourante par l'intimée concernant sa pension de retraite X._.
Cela étant, la Cour d'appel a en substance considéré que le premier paragraphe de l'art. V du contrat était nul, car il avait pour objet une prestation prohibée tant par le droit international public que par le droit suisse, en ce sens que l'affiliation de la recourante au système de sécurité sociale helvétique n'était pas possible; l'intimée avait ainsi créé une situation dont elle était seule responsable, de sorte qu'elle devait réparer l'éventuel préjudice qui en était résulté pour la recourante; celui-ci consistait en l'absence de réception d'une pension de retraite X._ depuis sa cessation d'activité au service de l'intimée; les deux premières conditions d'obtention d'une pension de retraite au sens de l'art. 6 de la loi X._ n° ... relative à la retraite, à savoir être âgée de cinquante-cinq ans au moins pour une femme et avoir travaillé pendant au moins quinze années, étaient réalisées; quant à la troisième condition, consistant en l'obligation d'avoir cotisé à la Sécurité sociale durant au moins quinze ans, l'intimée avait indiqué que la Caisse nationale des retraites était disposée à servir à l'intéressée sa pension dès que celle-ci aura réglé l'arriéré de ses cotisations; cet arriéré de cotisations constituait un élément du dommage de la recourante dont l'intimée devait entièrement s'acquitter.
Enfin, les juges d'appel ont relevé qu'ils étaient arrivés à cette conclusion notamment parce qu'il résultait de l'attitude de l'intimée, ayant valeur d'engagement de sa part, ainsi que des documents qu'elle avait produits, en particulier ceux émanant de la Caisse nationale X._ des retraites, que la recourante percevrait une pleine pension de retraite calculée sur toutes ses années d'activité auprès de son ancienne employeuse, laquelle était intervenue auprès de ladite Caisse - qui était l'un de ses organes et, à ce titre, lui était entièrement subordonnée - afin que son ancienne employée obtienne les prestations auxquelles elle avait droit. Si, pour une raison ou une autre, la recourante ne devait pas percevoir de telles prestations, il n'était pas inutile de rappeler l'existence de l'art. 157 let. d de la loi genevoise du 10 avril 1987 de procédure civile (LPC/GE; RSG E 3 05), qui permet de former une demande de révision dans les cas où une décision de justice civile a été obtenue par "surprise ou machination frauduleuse", et ce afin de remédier à des situations particulièrement choquantes et insatisfaisantes.
4.2 Dans son recours au Tribunal fédéral, la recourante ne remet en soi pas en cause le fait que son affiliation au système de prévoyance suisse était impossible et se place pour fonder ses prétentions dans la perspective du droit au versement d'une rente X._. Cela étant, elle est d'avis notamment que l'intimée n'aurait pour ainsi dire effectué aucun acte préparatoire concret pour qu'elle puisse espérer avoir une décision favorable de la Caisse de retraite; elle soutient qu'"en se basant sur les allégations non prouvées de (l'intimée), la Cour d'appel a fini par croire que (la recourante) obtiendrait la pension X._, alors que tous les éléments rationnels indiquent clairement que (la recourante) ne perçoit pas la pension depuis sept ans et ne remplit pas des conditions légales imposées par la Loi X._ pour en obtenir une à l'avenir"; en procédant de la sorte, les juges d'appel auraient violé l'<ref-law>.
A cet égard, il sied de souligner que lorsque la Cour d'appel dit que la recourante peut être affiliée à la caisse X._ et toucher des prestations, elle applique le droit X._, spécifiquement la loi n° ... relative à la retraite, dont elle estime que les deux premières conditions sont remplies et la troisième sera considérée comme telle une fois les arriérés de cotisation versés, compte tenu de la dérogation concédée; or, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de revoir l'application que le juge cantonal a faite du droit étranger, le grief de mauvaise application du droit étranger n'étant d'ailleurs pas recevable dans les causes pécuniaires (cf. <ref-law>; Corboz, op. cit., n° 8 ad <ref-law>); concrètement, la Cour de céans n'a en l'espèce pas à dire si la recourante pouvait être affiliée à l'institution X._ ou si cela n'était plus possible - hypothèse dans laquelle l'intimée pourrait le cas échéant être appelée à pallier l'absence de versement d'une rente X._ -, ni quel est le montant auquel la recourante aura droit au titre de rente selon le droit X._.
Pour le surplus, dans la mesure où la recourante semble soutenir que les juges d'appel ont acquis à tort la conviction qu'une rente X._ lui serait effectivement versée, compte tenu singulièrement de l'engagement de l'intimée à cet égard, elle critique en réalité l'appréciation des preuves à laquelle ceux-ci se sont livrés pour aboutir à cette conclusion, soit en particulier l'analyse des différents courriers échangés entre la procédure de première instance et celle d'appel; or, la recourante se contente de discuter les faits, mais ne démontre pas en quoi la Cour d'appel aurait commis arbitraire dans l'établissement de ceux-ci, de sorte que son grief est sous cet angle irrecevable. Au demeurant, les juges d'appel ont spécifiquement rappelé la possibilité de la demande de révision, étant relevé que l'intimée a expressément affirmé, dans sa réponse au Tribunal fédéral, qu'elle entendait appliquer l'arrêt de la cour cantonale.
4.3 Cela étant, la recourante plaide que son dommage correspondrait non pas aux cotisations arriérées afin d'obtenir "une rente qui reste très hypothétique", mais à la capitalisation de cette rente dont elle aurait déjà bénéficié depuis plus de sept ans si l'intimée avait respecté ses obligations contractuelles. En tant qu'elle part de l'idée que l'obtention de la rente demeure hypothétique, l'argumentation de la recourante repose comme précédemment exposé sur une prémisse erronée. Pour le surplus, il y a lieu de déterminer si la Cour d'appel a méconnu la notion juridique de dommage (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 471). En l'occurrence, la recourante doit être replacée dans la situation qui aurait été la sienne si elle avait été correctement assurée, c'est-à-dire si elle avait obtenu une rente dès le moment où elle avait cessé de travailler. A cet égard, il a été jugé que l'employée allait toucher une rente dès que les arriérés de cotisations seraient versés, et ce avec effet rétroactif; de surcroît, les juges d'appel ont relevé que l'on ne pouvait exiger de la recourante qu'elle rattrape le paiement de ses cotisations, ni que celles-ci soient imputées sur le montant des pensions qu'elle allait toucher, mais que le paiement du montant des arriérés devait être assumé par l'intimée. Par conséquent, dès lors que la recourante recevra une rente versée rétroactivement sans avoir besoin de payer des cotisations, elle ne subit pas de dommage.
Reste la question des intérêts de retard éventuellement dus en raison du fait que la rente n'aura pas été versée au fur et à mesure depuis 2001; la recourante en avait demandé en première instance et le Tribunal lui en avait alloué; la Cour d'appel n'a en revanche pas tranché la question; faute pour la recourante de s'en être plainte devant le Tribunal fédéral, ne serait-ce qu'à titre subsidiaire, il n'y a toutefois pas lieu d'y revenir. En définitive, le second moyen de la recourante doit donc être écarté.
5. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être partiellement admis, dans la mesure de sa recevabilité, et les chiffres 2 et 3 du dispositif de l'arrêt du 15 mai 2009 annulés; le chiffre 2 sera réformé en ce sens que l'intimée est condamnée à payer à la recourante la somme nette de 119'097 fr., correspondant à l'addition du montant de 110'352 fr. dû à titre d'indemnité de départ et de celui de 8'745 fr. (arrondi de 80 centimes) relatif à différents postes qui n'étaient plus contestés devant le Tribunal fédéral.
Pour le surplus, il appartiendra à la Cour d'appel de statuer à nouveau sur les frais et éventuels dépens de la procédure cantonale (<ref-law>).
6. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (<ref-ruling> consid. 5b p. 41), dépasse le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif ordinaire (<ref-law>) et non réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, il se justifie de mettre les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., par moitié à charge de chacune des parties (<ref-law>) et de compenser les dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable et les chiffres 2 et 3 du dispositif de l'arrêt du 15 mai 2009 sont annulés.
2. Le chiffre 2 du dispositif de ladite décision est réformé en ce sens que l'intimée est condamnée à payer à la recourante la somme nette de 119'097 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 octobre 2001.
La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et éventuels dépens de la procédure cantonale.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis par moitié à la charge de chacune des parties.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 8 octobre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz