Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene S._ war als Aussendienstmitarbeiter bei der X._ Rechtsschutzversicherung AG bei der AXA Versicherungen AG gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 3. November 1996 kollidierte er als Lenker eines Personenwagens frontal-seitlich mit einem weiteren Personenwagen. Er erlitt ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule sowie Prellungen und Quetschungen. Ab 6. Januar 1997 bestand nach Abschluss der medizinischen Behandlungen wieder eine vollständige Arbeitsfähigkeit (Bericht des Hausarztes Dr. med. M._ vom 4. Januar 1997).
Ab 8. August 1998 war S._ wegen eines Lumbovertebral-syndroms sowie einer Erkrankung im Bereich der Harnblase und des Darms arbeitsunfähig. Am 23. Mai 1999 rutschte er bei einem Spazier-gang aus und zog sich eine Fraktur am linken Handgelenk zu. Ab 1. August 1999 sprach ihm die Invalidenversicherung eine ganze Rente zu.
Am 28. Juni 2002 meldete S._ der AXA Versicherungen AG einen Rückfall zum erlittenen Autounfall. Nach medizinischen Abklärungen, worunter ein polydisziplinäres Gutachten der Klinik A._ vom 29. Juni 2006 und eine Stellungnahme der beratenden Ärzte der AXA Versicherungen AG, Dres. med. H._, Facharzt FMH für Chirurgie, und C._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 20. und 27. Februar 2008, teilte die AXA Versicherungen AG S._ verfügungsweise am 14. August 2009 mit, es sei weder bewiesen noch beweisbar, dass die geklagten Beschwerden Folgen des Unfalls vom 3. November 1996 seien, weshalb für den geltend gemachten Rückfall keine Versicherungsleistungen erbracht würden. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 5. Oktober 2010).
B. Die hiegegen geführte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau nach Durchführung einer öffentlichen Verhandlung mit Entscheid vom 31. Mai 2012 ab, soweit darauf einzutreten war.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den folgenden Anträgen:
"1. Das Urteil des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 31. Mai 2012 sei vollumfänglich aufzuheben.
2. Es sei in Übereinstimmung mit dem verkehrsphysikalischen Gutachten der L._ AG vom 20. Mai 2012 gerichtlich festzustellen, dass vorliegend von einem mittelschweren Unfallereignis im Grenzbereich zu den schweren ausgegangen werden kann, womit die Adäquanzprüfung ohne Weiteres zu Gunsten des Versicherten auszufallen hat.
3. Es sei gerichtlich festzustellen, dass die Beweisanträge des Versicherten vom 20. September und vom 31. Mai 2012, welche ausdrücklich die Erstellung eines verkehrsphysikalischen Gutachtens verlangten, von der Vorinstanz formell nicht behandelt wurden, die Beweisverweigerungsverfügung vom 18. Januar 2012 nur auf die beantragte Partei- und Zeugenbefragung Bezug nimmt und deshalb die kantonale Vorinstanz den verfassungsmässigen Anspruch des Versicherten auf rechtliches Gehör (<ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK) derart verletzt hat, dass dieses Manko im nachfolgenden bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren nicht geheilt werden kann.
4. Es sei gerichtlich festzustellen, dass die kantonale Vorinstanz den verfassungsmässigen Anspruch des Versicherten auf Beurteilung durch ein unabhängiges und unparteiisches Gericht verletzt hat (<ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK), indem der Vertreter der Unfallversicherung - weil er es nicht für notwendig hielt, an der gerichtlichen Verhandlung vom 31. Mai 2012 zu erscheinen - zu erkennen gab, dass er spätestens im Zeitpunkt Beweisverweigerungsverfügung vom 18. Januar 2012 wusste, dass der Fall beim Gericht "in guten Händen" lag und dass das Gericht - was auch immer der Beschwerdeführer noch vorbringen würde - auf jeden Fall zu Gunsten der Unfallversicherung entscheiden würde und dass sich das Gericht - ohne zu wissen, was die Unfallversicherung zu den neuen Vorbringen des Versicherten (insbesondere zum neu eingereichten Gutachten der L._ AG vom 20. Mai 2012) zu sagen hat - von sich aus dazu überging, die Darstellung der Unfallversicherung zu übernehmen, indem es deren (präsumtiven) Standpunkt offensichtlich zu seinem eigenen machte, mithin das Gerichtsverfahren ab Januar 2012 zu einer Alibiübung verkam.
5. Es sei gerichtlich festzustellen, dass die Verweigerung der Vorinstanz in der Beweisverweigerungsverfügung vom 18. Januar 2012, eine Partei- und Zeugenbefragung durchzuführen, gegen Art. 6 Ziff. 1 EMRK verstösst, denn gerade die mündliche Befragung wäre vorliegend geeignet gewesen, zur Klärung allfälliger noch streitiger Punkte beizutragen.
6. Es sei gerichtlich festzustellen, dass für die von der Vorinstanz durchgeführte Adäquanzprüfung keine gesetzliche Grundlage und deshalb kein Rechtfertigungsgrund für den damit verbundenen Grundrechtseingriff besteht.
7. Es seien dem Versicherten ab dem Unfallzeitpunkt (3. November 1996) bis zum Zeitpunkt der Rentenprüfung (14. August 2009) die gesetzlichen Leistungen (Taggelder und Heilungskosten) nach Massgabe einer Arbeitsunfähigkeit von 100% zzgl. einem Verzugszins von 5% ab wann rechtens auszurichten; allfällige bisher erbrachte Leistungen sind anzurechnen.
8. Es seien dem Versicherten ab dem Zeitpunkt der Rentenprüfung (14. August 2009) und weiterhin die gesetzlichen Leistungen (Renten und Heilungskosten) nach Massgabe einer Erwerbsunfähigkeit von 100% sowie eine Integritätsentschädigung nach Massgabe eines Integritätsschadens von mindestens 40% zzgl. einem Verzugszins von 5% ab wann rechtens auszurichten.
9. Eventualiter zu (2.) und (3.) sei gerichtlich festzustellen, dass die Adäquanzprüfung des kantonalen Versicherungsgerichts (insbesondere die Qualifikation des Unfallereignisses) auf nichtwissenschaftlichen Erkenntnissen beruht, dass das Gericht seinen eigenen juristischen Sachverstand über denjenigen des verkehrsphysikalischen Sachverständigen erhoben hat - welcher das Unfallereignis selber als mittelschwer im Grenzbereich zu den schweren qualifizierte -, dass es sich mithin um eine Sachverhaltsfrage handelt, welche wegen des notwendigen Fachwissens nur gestützt auf ein Gutachten beantwortet werden kann, womit hiermit der Tatbestand der offensichtlich unrichtigen bzw. willkürlichen Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz erfüllt ist (vgl. BSK Schott, Art. 97 zu N 11 mit Verweis auf <ref-ruling>; BGE 122 I 397, 402 und <ref-ruling>, 309), weshalb die Beschwerdesache zur weiteren Abklärung - insbesondere zur Erstellung eines verkehrsphysikalischen Gutachtens - an die Vorinstanz zurückzuweisen ist.
10. Die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, die Kosten des Gutachtens von Dr. L._ in der Höhe von CHF 1'000.- zur Bezahlung zu übernehmen.
11. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Beschwerdegegner. ̈
Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegenstand der vorliegenden Beschwerde kann einzig die Frage der Adäquanz des Kausalzusammenhangs sein. Die weitschweifigen Ausführungen in der Beschwerdeschrift gehen in mancher Hinsicht darüber hinaus, sind teilweise sachfremd oder als Noven unzulässig (vgl. E. 2.1). Hierauf ist nicht weiter einzugehen. Der Beschwerdeführer ist darauf hinzuweisen, dass sich auch die Vorinstanz zu Recht nicht näher damit befasst, sondern sich auf die entscheidwesentliche Frage der Unfalladäquanz beschränkt hat. Dies ist nicht nur zulässig, sondern notwendig, damit sich das Verfahren nicht ungebührlich verzögert. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236, je mit Hinweisen). Von einer vorinstanzlichen Verletzung der Prüfungs- und Begründungspflicht kann daher keine Rede sein. Dies bewirkt auch keine Befangenheit oder vermag auch nicht zum Verlust der gerichtlichen Unabhängigkeit zu führen.
1.2 Für die Feststellungsanträge fehlt ein schutzwürdiges Interesse (vgl. 89 Abs. 1 lit. c BGG), wenn - wie hier - ein Antrag auf Leistung gestellt werden kann. Soweit es sich bei den Anträgen um neue Begehren handelt, sind diese ohnehin unzulässig (<ref-law>). Darauf ist nicht einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008 E. 2.2).
4. Streitig und zu prüfen ist, ob aus dem Unfall vom 3. November 1996 ein Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung für die im Juni 2002 als Rückfall gemeldeten Beschwerden besteht.
4.1 Hinsichtlich des grundsätzlichen Einwandes in der Beschwerde, die spezielle unfallrechtliche Adäquanzprüfung (sog. psycho- und Schleudertraumapraxis) entbehre einer gesetzlichen Grundlage, hielt das Bundesgericht im Urteil 8C_29/2010 vom 27. Mai 2010 in E. 6.1 fest, die von der Rechtsprechung erarbeiteten Kausalitätsgrundsätze stellten eine nähere Umschreibung des gesetzlichen Erfordernisses der Unfallbedingtheit des eingetretenen Schadens dar (<ref-law>). Das Bundesgericht erwog in E. 6.2.1 f. weiter, der Umstand, dass im Recht der sozialen Unfallversicherung der Adäquanz als Wertungselement im Hinblick auf eine versicherungsmässig vernünftige und gerechte Abgrenzung haftungsbegründender und haftungsausschliessender Unfälle andere Beurteilungskriterien und Massstäbe zu Grunde gelegt würden als beispielsweise im Haftpflichtrecht, sei sachlich begründet. Die besondere Adäquanzprüfung bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden nach Unfall (Schleudertrauma- und Psychopraxis) sei gerechtfertigt, weil eine solche Gesundheitsschädigung rechtlich weniger leicht einem Unfallereignis zugeordnet werden könne als eine organisch objektiv ausgewiesene. Den Einwand einer Diskriminierung hat das Bundesgericht daher verworfen. Es besteht kein Anlass, von dieser Betrachtungsweise abzuweichen.
4.2 Das kantonale Gericht erwog, die Frage der natürlichen Unfallkausalität der geklagten, organisch nicht erklärbaren Beschwerden müsse nicht abschliessend beantwortet werden, da ohnehin der adäquate Kausalzusammenhang zwischen diesen und dem Unfall vom 3. Oktober 1996 zu verneinen sei. Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden, wenn es in der Tat an der Adäquanz fehlt (<ref-ruling> E. 5.1 S. 472). Das ist nachfolgend zu prüfen.
4.3 Die Vorinstanz ist nach der Schleudertrauma-Praxis vorgegangen mit der Begründung, die Adäquanz sei auch nach deren Regeln, welche für den Beschwerdeführer günstiger seien als die der Psycho-Praxis, zu verneinen. Gegen dieses Vorgehen werden keine Einwände erhoben.
5. 5.1 Ausgangspunkt der Adäquanzprüfung bildet das (objektiv erfassbare) Unfallereignis. Abhängig von der Unfallschwere sind je nachdem weitere Kriterien in die Beurteilung einzubeziehen (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126). Die Qualifikation eines Unfalles als leicht, mittelschwer oder schwer ist eine Rechtsfrage, welche nicht durch den Unfallanalytiker, sondern durch den rechtsanwendenden Unfallversicherer oder gegebenenfalls das Sozialversicherungsgericht zu entscheiden ist (SVR 2009 UV Nr. 18 S. 69 E. 5.2, 8C_744/2007). Massgebend für die Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (SVR 2010 UV Nr. 3 S. 11, 8C_283/2009 E. 9.1; 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Hier sind von einem unfallanalytischen Gutachten keine neuen entscheidwesentlichen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb es nicht anzuordnen ist (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148).
5.2 Die Vorinstanz hat den Unfall vom November 1996 den mittelschweren Ereignissen zugeordnet, jedoch offen gelassen, ob ein im engeren Sinn mittelschwerer Unfall oder ein solcher im Grenzbereich zu den leichten Unfällen vorliegt. Der Beschwerdeführer geht von einem mittelschweren Unfall an der Grenze zu den schweren Unfällen aus.
5.3 Gemäss Polizeirapport vom 3. November 1996 ereignete sich der Unfall auf einer Hauptstrasse in einer ausgedehnten Kurve mit 4 %-igem Gefälle, indem ein mit rund 70 km/h entgegenkommendes Fahrzeug seitlich-frontal mit dem vom Versicherten gelenkten Personenwagen zusammenstiess. Der erstbehandelnde Dr. med. B._ stellte beim Beschwerdeführer multiple Kontusionen fest (Bericht vom 6. März 1997). Das kantonale Gericht hat mit Blick auf den Ausschluss eines mittelschweren Ereignisses im Grenzbereich zu den schweren Unfällen die sich aus den Akten ergebenden Umstände einlässlich und überzeugend, unter Berücksichtigung der aktuellen Kasuistik zur Einordnung vergleichbarer Ereignisse, gewürdigt. Bei Frontalkollisionen ist zu beachten, dass sich die kollisionsbedingten Kräfte nicht in gleicher Weise auf den Körper auswirken wie bei einem eigentlichen Schleudertrauma der HWS, wo der Kopf zunächst nach hinten flektiert wird, und die sog. Harmlosigkeitsgrenze für HWS-Beschwerden in einem Bereich von 20-30 km/h liegt (Urteile 8C_51/2007 vom 20. November 2007 E. 4.3.1; U 51/05 vom 21. April 2006 E. 4.1); zu frontalen oder frontal-seitlichen Kollisionen s. ferner nebst den im angefochtenen Entscheid genannten Präjudizien etwa: Urteile 8C_129/2009 vom 15. September 2009 E. 5.2.2; 8C_732/2008 vom 3. Dezember 2008 E. 4.2; U 105/00 vom 15. Dezember 2000 E. 5b [alle im Grenzbereich zu den schweren Unfällen liegend] sowie [betreffend mittelschwere Ereignisse im mittleren Bereich]: 8C_860/2008 vom 19. Dezember 2008 E. 3.2; 8C_821/2007 vom 28. Juli 2008 E. 5.1, 8C_331/2007 vom 13. Juni 2008 E. 4.1; U 64/07 vom 23. Januar 2008 E. 7.2; U 126/05 vom 8. November 2005 E. 6). Im vorliegenden Fall bestehen keine Anhaltspunkte dafür, dass der Unfall zu höheren Krafteinwirkungen führte als die soeben genannten Ereignisse. Selbst das im vorinstanzlichen Verfahren eingereichte verkehrsphysikalische Gutachten des Dr. med. L._, Sachverständiger für Unfallursachen, Institut für Unfallrekonstruktionen, vom 20. Mai 2012 nimmt eine innerhalb der Harmlosigkeitsgrenze liegende Geschwindigkeitsänderung (Delta-v) von 25 bis 50/km/h an. Unter den gegebenen Umständen und mit Blick auf die Kasuistik ist präzisierend von einem im engeren Sinn mittelschweren Unfall auszugehen.
6. 6.1 Bei dieser Unfallschwere müssten von den zusätzlich zu beachtenden Kriterien (gemäss <ref-ruling> E. 10.3 S. 130: besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls; Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen; fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung; erhebliche Beschwerden; ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert; schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen; erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen) mindestens drei in der einfachen Form oder aber eines in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sein, damit der adäquate Kausalzusammenhang bejaht werden könnte (SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100, 8C_897/2009 E. 4.5).
Während das kantonale Gericht einzig die Kriterien der Schwere und der besonderen Art der erlittenen Verletzungen sowie der erheblichen Beschwerden - wenn auch nicht in besonders ausgeprägter Weise - als gegeben erachtete, sieht der Beschwerdeführer mindestens vier der Kriterien (besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls; besondere Art der erlittenen Verletzungen in ausgeprägter Weise; fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung; erhebliche Beschwerden, ebenfalls in besonders ausgeprägter Form; schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen) als erfüllt an.
6.2 Ob besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls vorliegen, beurteilt sich objektiv und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls der versicherten Person. Entgegen den Darlegungen in der Beschwerde kann bei einer ausgedehnten Kurve von 6,25 m Breite, einem Gefälle von 4 % und einer signalisierten Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h nicht von einer engen Bergstrasse gesprochen werden, der per se eine besondere Eindrücklichkeit zukommt. In Berücksichtigung der Kasuistik (vgl. die Übersicht über die Praxis hierzu im Urteil 8C_398/2012 vom 6. November 2012 E. 6.1) und der konkreten Gegebenheiten (die Verletzungen des Versicherten bedingten keinen Spitalaufenthalt, er fuhr später wie geplant zu einem Kunden; es wurde niemand schwer verletzt) ist dieses Kriterium nicht erfüllt.
6.3 Eine Verletzung besonderer Art ist nicht schon deshalb anzunehmen, weil die versicherte Person bereits in der Vergangenheit Autounfälle erlitten hat. Vielmehr rechtfertigt sich eine entsprechende Qualifikation der erlittenen Verletzungen nur bei Vorliegen einer erheblich vorgeschädigten Wirbelsäule (SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105 E. 6.3.2; Urteil 8C_456/2011 vom 11. Juli 2011 E. 6.2). In der Regel wird vorausgesetzt, dass die versicherte Person aufgrund der Vorschädigung unmittelbar vor dem Unfall mindestens teilweise arbeitsunfähig war (Urteil 8C_759/2007 vom 14. August 2008 E. 5.3).
In den Akten erwähnt wird ein Vorunfall aus dem Jahr 1984, bei welchem der Versicherte ein schweres Schädelhirntrauma erlitten habe mit - seinen Angaben gemäss - vier- bis fünftägiger Bewusstlosigkeit. Er arbeitete danach nicht mehr auf dem Bau, sondern als Metallschleifer und in einem kunststoffverarbeitenden Betrieb. Weiter soll der Beschwerdeführer nach einem Autounfall aus dem Jahr 1988 mit starken Kopfschmerzen ins Spital N._ eingeliefert worden sein. Echtzeitliche medizinische Dokumente sowie Unfallrapporte liegen nicht bei den Akten, sodass der jeweilige Unfallhergang und hieraus resultierende Verletzungen unklar bleiben. Soweit die Vermutung eines erlittenen Schädelhirntraumas geäussert wurde (Gutachten der Klinik A._ vom 29. September 2006 und Gutachten des Dr. med. D._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, vom 18. Juni 2001), stützten sich die Ärzte einzig auf die subjektiven Angaben des Versicherten. Fest steht jedenfalls, dass er die frühere Tätigkeit später wieder vollständig aufnehmen konnte. Seit Juni 1996 arbeitete der Beschwerdeführer vollzeitlich als Aussendienstmitarbeiter einer Rechtsschutzversicherung. Das Arbeitsverhältnis wurde Ende August 1999 wegen der seit Jahren bestehenden chronischen Wirbelsäulenproblematik aufgelöst. Daraus erhellt, dass diese Vorunfälle zumindest keine nachhaltigen Folgen gezeitigt haben. Selbst wenn zu seinen Gunsten davon auszugehen wäre, dass die Halswirbelsäule dermassen erheblich vorgeschädigt war, dass das am 3. November 1996 erlittene HWS-Schleudertrauma als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren wäre (vgl. Urteil 8C_218/2010 vom 1. Juli 2010 E. 3.5), ist dieses Kriterium jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise erfüllt.
6.4 Die aufgetretenen Beschwerden übersteigen das Mass des bei derartigen Unfällen Üblichen nicht in einer Weise, dass das Kriterium in besonders ausgeprägter Form vorläge. Der Beschwerdeführer klagte rund zwei Monate nach dem Unfall nur noch über leichte Kopfschmerzen und Schwindel. Eine diesbezügliche Verschlechterung mit erneuter Inanspruchnahme hausärztlicher Behandlung trat in der Folge nicht ein, weshalb der Versicherte bis zur Zunahme der krankheitsbedingten lumbovertebralen Symptomatik, die zur Arbeitsaufgabe führte, vollzeitlich als Aussendienstmitarbeiter tätig geblieben war. Weitere Schmerzen kamen durch eine im Mai 1999 erlittene Handgelenksfraktur hinzu. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführte, leidet der Beschwerdeführer an einem Beschwerdekomplex, bei dem gemäss Gutachten der Klinik A._ vom 29. September 2006 nicht die klinischen Befunde, sondern die chronifizierte Schmerzproblematik in Form einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung sowie die chronifizierte mässig- bis schwergradige depressive Grundstimmung im Vordergrund stehen. Zu berücksichtigen ist, dass ein Rückfall zu einem bereits sechzehn Jahre zurückliegenden Unfallereignis zu beurteilen ist, und gesicherte medizinische Informationen zu beiden Unfällen in den Jahren 1984 und 1988, wie bereits erwähnt, fehlen, weshalb ihr ursächlicher Anteil an den vorhandenen Beschwerden nicht bestimmbar ist. Die diesbezügliche Beweislosigkeit geht indessen nicht zulasten der Unfallversicherung (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328 E. 3b, U 180/93). Gestützt auf die vorliegende medizinische Aktenlage ist jedenfalls davon auszugehen, dass die früheren Unfälle sowie unfallfremde Faktoren zur Beschwerdeproblematik beigetragen haben. Das Kriterium ist in einfacher Form erfüllt.
6.5 Die Unfallfolgen erforderten keine fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung (<ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128), wie die Vorinstanz aufgrund einer zutreffenden Würdigung der Akten zu Recht erkannte. Die initiale hausärztliche Behandlung konnte bereits anfangs Januar 1997 abgeschlossen werden. Weitere die HWS-Problematik betreffende Konsultationen fanden erst wieder im März 2000 und Anfang des Jahres 2001 statt, wobei ausgeprägte, degenerative Veränderungen in den Segmenten C3/4 und C4/5 festgestellt wurden (Bericht des Röntgeninstituts der Klinik E._ vom 10. März 2000). Entgegen den Vorbringen in der Beschwerde rechtfertigen die diesbezüglich durchgeführten Behandlungsmassnahmen nicht, das Kriterium als erfüllt zu betrachten.
6.6 Ein schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen sind ebenfalls nicht gegeben. Es bedürfte besonderer Umstände, welche die Heilung beeinträchtigt haben. Solche Umstände können nicht in der erfolglosen Durchführung verschiedener (auch fehlgeschlagener medikamentöser) Therapien gesehen werden (vgl. SVR 2009 UV Nr. 41, E. 5.7, 8C_1020/2008) und ergeben sich auch nicht aus den Akten. Eine Chronifizierung von Beschwerden genügt sodann nicht zur Bejahung des Kriteriums.
6.7 Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, dass die von der Vorinstanz verneinten Kriterien der ärztlichen Fehlbehandlung und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengun-gen erfüllt seien. Es wird auf die diesbezüglichen Erwägungen im angefochtenen Entscheid verwiesen.
Da mithin keines der massgebenden Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und die Kriterien auch nicht in gehäufter Weise gegeben sind, wäre ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 3. November 1996 und den im Juni 2002 geltend gemachten Rückfallbeschwerden nicht adäquat. Das kantonale Gericht verneinte die Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin zu Recht. Es durfte ohne Verletzung von Völker- oder Bundesrecht in antizipierter Beweiswürdigung von Beweisweiterungen - namentlich auch von der beantragten Parteibefragung und Zeugeneinvernahme - absehen (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 4b S. 94; Urteil 8C_491/2011 vom 7. Oktober 2011 E. 3.3).
7. Bei diesem Prozessausgang ist der Antrag des Beschwerdeführers, die AXA Versicherungen AG habe ihm die Kosten für das private verkehrsphysiologische Gutachten des Dr. L._ vom 20. Mai 2012 von Fr. 1'000.- zu bezahlen, abzuweisen (vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 63; Urteil 8C_673/2009 vom 22. März 2010 E. 8.2 mit Hinweisen).
8. Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat keinen Parteientschädigungsanspruch (<ref-law>; SVR 2009 UV Nr. 11 S. 45 E. 11, 8C_606/2007).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Februar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Polla