Faits:
A. A.a B.X._ exploite une entreprise individuelle sous l'enseigne « Café W._, B.X._ », dont le but est l'exploitation du Café W._.
Par contrat de travail écrit du 30 avril 2000, B.X._ a engagé Y._ dès le 1er avril 2000, en qualité d'exploitant responsable du Café W._, pour un salaire mensuel brut de 4'250 francs. B.X._ et Y._ se connaissaient de longue date.
Dès 2003, le fils de B.X._, A.X._, a commencé à s'intéresser à l'exploitation du Café W._; il a été inscrit ultérieurement comme le second exploitant de l'établissement, avec signature individuelle.
Au cours de l'année 2005, l'entente entre Y._, d'une part, et B.X._ et A.X._, d'autre part, s'est fortement dégradée et les tensions sont devenues très importantes.
A.b Les rapports de travail liant B.X._ à Y._ ont pris fin le 31 janvier 2006, à la suite de la résiliation du contrat valablement notifié à l'employé le 1er novembre 2005.
A.c Le 16 janvier 2006, Y._ a été mis en demeure de quitter la villa de ... et de restituer le véhicule ..., qu'il occupait et utilisait durant la relation contractuelle.
B. B.a Le 7 juillet 2006, Y._ a assigné conjointement et solidairement B.X._ et A.X._ en paiement de 1'218'982 fr., plus intérêts, à titre de différence de salaire (335'480 fr.), d'indemnité pour vacances non prises (18'372 fr.), de paiement des heures supplémentaires effectuées (757'440 fr.), de treizième salaire (23'590 fr.) et de pourboires (52'000 fr.), le tout pour la période du 1er avril 2000 au 31 août 2005 et, enfin, à titre de tort moral (32'100 fr.). Y._ concluait également à ce qu'il soit constaté que le licenciement qui lui a été notifié par lettre du 26 octobre 2005 était nul, d'une part, et qu'il bénéficiait du libre usage du véhicule ... et du logement sis à ..., tous deux mis à sa disposition par le Café W._.
Par mémoire réponse du 29 août 2006, les défendeurs ont conclu au déboutement du demandeur. Ils ont également formé une demande reconventionnelle tendant à ce que Y._ soit condamné à leur verser la somme de 59'452 fr.20 à titre de dommages-intérêts correspondant aux loyers versés en rapport avec l'utilisation du véhicule ... et aux loyers payés depuis le 1er janvier 2006 pour l'occupation de la villa de .... Ils concluaient également à ce que le Tribunal dise et prononce « que le montant de leur dommage sera susceptible d'amplification jusqu'à la restitution effective du véhicule ... et la libération de la villa à ... » et sollicitaient enfin que Y._ soit condamné à restituer le véhicule et à libérer la villa.
Le 27 septembre 2006, Y._ a pris des conclusions additionnelles en paiement de 52'995 fr., plus intérêts. Les défendeurs ont conclu à leur rejet.
Par jugement du 30 août 2007, le Tribunal des prud'hommes a déclaré irrecevable une partie des conclusions de la demande du 7 juillet 2006, ainsi que la demande reconventionnelle des défendeurs. Pour le surplus, le Tribunal a statué sur le fond.
B.b Le demandeur, ainsi que les défendeurs, ont appelé de ce jugement.
Par arrêt du 11 juillet 2008, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé le jugement entrepris en tant qu'il condamnait, solidairement, les défendeurs à payer au demandeur les sommes de 70'394 fr.55 à titre de salaire et de 15'203 fr.25 à titre d'indemnité pour vacances non prises, avec intérêts et sous déduction des sommes reçues de l'assurance perte de gain.
Statuant à nouveau, l'autorité cantonale a condamné, solidairement, les défendeurs à payer au demandeur les sommes de 63'483 fr.80 bruts, avec intérêts moyens à 5% l'an à compter du 1er mars 2003, sous déduction des sommes reçues de l'assurance perte de gain en lieu et place du salaire pour la période allant du 6 septembre 2005 au 31 janvier 2006, et de 20'608 fr. bruts, avec intérêts à 5% l'an à compter du 1er février 2006. Le jugement a été confirmé pour le surplus et les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions.
C. C.a Les défendeurs exercent un recours en matière civile sur la seule question de l'exception de compensation. Préalablement, ils requièrent l'octroi de l'effet suspensif. A titre principal, ils invitent le Tribunal fédéral à suspendre les effets de l'arrêt de la Cour d'appel des prud'hommes du 11 juillet 2008 et à leur impartir un délai pour faire valoir leurs créances compensantes devant l'autorité compétente. Ils demandent aussi de débouter le demandeur de toutes autres et contraires conclusions.
C.b Dans sa réponse, le demandeur conclut au déboutement des défendeurs. La cour cantonale a formulé des observations, en concluant qu'elle persistait dans les termes de l'arrêt querellé.
C.c Par ordonnance présidentielle du 13 octobre 2008, l'effet suspensif a été accordé au recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 236).
En l'espèce, la Cour d'appel a constaté, dans les considérants de l'arrêt attaqué, que les parties ont élevé entre elles des prétentions sans aucun rapport avec le contrat de travail, de telle sorte qu'elle a considéré que le premier Tribunal s'est à bon droit déclaré incompétent ratione materiae pour en connaître. Cela étant, l'arrêt attaqué doit être interprété en ce sens qu'il liquide les relations entre les parties exclusivement sous l'angle du contrat de travail. Il en découle que la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a statué sur les créances de droit du travail, mais non pas sur leur extinction par compensation avec des créances ne relevant pas de cette juridiction, mais d'une autre juridiction.
Les recourants reprochent à la Cour d'appel de les avoir empêchés de faire valoir leurs créances compensantes au sens de l'<ref-law> et soutiennent que l'autorité cantonale aurait dû leur impartir un délai pour faire valoir leurs créances devant l'autorité compétente. Ils concluent ainsi à ce que le Tribunal fédéral suspende les effets de l'arrêt de la Cour d'appel des prud'hommes et leur impartisse un délai pour faire valoir leurs créances compensantes devant l'autorité compétente.
Cette manière de faire peut s'appuyer sur la jurisprudence, puisqu'il a été jugé par le Tribunal fédéral que, pour être conforme au droit fédéral, la juridiction cantonale, si elle se déclare incompétente pour se prononcer sur l'exception de compensation, doit impartir un délai au défendeur pour faire valoir sa prétention devant l'autorité compétente et déclarer son jugement non exécutoire, dans l'intervalle, à concurrence de la somme opposée en compensation (<ref-ruling> consid. 2c p. 108; 76 II 43 consid. 4 p. 44; voir aussi l'arrêt 4P.8/2006 du 4 mai 2006, consid. 2.3).
Il faut toutefois observer que les recourants n'ont pas demandé cette manière de procéder devant la cour cantonale, de sorte qu'ils formulent dans le cadre du présent recours une conclusion nouvelle, qui est irrecevable (<ref-law>; cf. Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4137 ch. 4.1.4.3).
En concluant au déboutement de l'intimé de toutes autres ou contraires conclusions, les recourants ont exprimé leur position sur d'éventuelles conclusions formées par la partie adverse devant le Tribunal fédéral; on ne saurait en tirer une quelconque prise de position quant au fond du litige. Il s'ensuit que le recours, qui ne porte que sur la conclusion nouvellement formulée, est irrecevable.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les recourants, qui succombent, doivent acquitter l'émolument judiciaire et les dépens à allouer à l'intimé (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 24 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Crittin