A.- Par arrêt du 16 octobre 1995, la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a prononcé un avertissement à l'encontre de E._, ressortissant français né en 1963 et titulaire d'une autorisation d'établissement, en ce sens qu'une décision d'expulsion (art. 10 al. 1 lettre d de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers [LSEE; RS 142. 20]) ou de rapatriement (art. 11 al. 3 LSEE) serait prononcée s'il devait à nouveau tomber à la charge de l'assistance publique dans un délai déterminé.
Constatant que la situation financière de l'intéressé s'était péjorée à l'échéance du délai d'épreuve imparti, la Section jurassienne de l'état civil et des habitants (ci-après: la Section cantonale) a rendu une décision d'expulsion le 21 mars 1997, confirmée le 24 avril suivant.
E._ a déféré cette décision devant le Tribunal cantonal. Selon le dispositif du jugement rendu sur ce recours le 25 novembre 1997, le Tribunal cantonal a "admis partiellement le recours, annulé la décision d'expulsion et renvoyé le dossier à la Section cantonale pour procéder dans le sens des considérants". A cet égard, le considérant 6 retenait que la mesure d'expulsion devait être remplacée par le rapatriement et le considérant 9 invitait la Section cantonale à "rendre une décision de rapatriement après avoir effectué les démarches nécessaires avec les autorités françaises en vue du transfert (de l'intéressé)".
B.- A la suite de ce jugement, la Section cantonale a prononcé une "décision de rapatriement" à l'encontre de l'intéressé, les 26 janvier et 5 mars 1998.
E._ a saisi le 9 avril 1998 le Tribunal cantonal d'un nouveau recours contre cette décision, faisant valoir qu'il ne se trouvait plus durablement et dans une large mesure à la charge de l'assistance publique et que les conditions d'un rapatriement n'étaient plus réalisées.
Par arrêt du 16 juillet 1998, le Tribunal cantonal a déclaré ce recours irrecevable, estimant que la décision attaquée devant lui ne constituait qu'une simple mesure d'exécution de son arrêt du 25 novembre 1997, entré en force de la chose jugée. Seules les modalités d'exécution du rapatriement pouvaient encore faire l'objet d'un recours, soit d'un recours administratif au Gouvernement, auquel il transmettait le dossier.
Statuant le 21 juin 1999 suite à une requête en interprétation de l'intéressé, le Tribunal cantonal a précisé le dispositif de son arrêt du 16 juillet 1998 en ce sens qu'il déclarait irrecevable le recours de droit administratif déposé le 9 avril 1998 en raison de l'autorité de la chose jugée de la décision de rapatriement qu'il avait lui-même rendue le 25 novembre 1997.
C.-Agissant le 25 août 1999 par la voie du recours de droit administratif, E._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 21 juin 1999 et de renvoyer le dossier à celui-ci pour qu'il entre en matière sur le recours formé le 9 avril 1998.
L'autorité intimée et la Section cantonale concluent au rejet du recours. Le Département fédéral de justice et police propose de rejeter le recours dans la mesure où il est recevable.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1a p. 254; <ref-ruling> consid. 1a p. 299 et la jurisprudence citée).
Selon l'art. 101 lettre a OJ, si le recours de droit administratif est irrecevable contre une décision de fond, il n'est pas non plus recevable contre les décisions incidentes ou les décisions sur recours pour déni de justice ou retard injustifié, ni contre les décisions de non-entrée en matière qui doivent être traitées comme celles qui sont visées par cette disposition (<ref-ruling> consid. 2a p. 414; <ref-ruling> consid. 2b p. 199).
En l'espèce, le Tribunal cantonal déclare irrecevable un recours, formé contre une "décision de rapatriement" de la Section cantonale, en raison de l'autorité de la chose jugée. Dès lors que le recours de droit administratif serait ouvert contre la décision finale prononçant le rapatriement - celle-ci se fondant sur la loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers à l'exclusion de l'art. 121 al. 2 Cst. (cf. art. 70 de l'ancienne Constitution et art. 100 al. 1 lettre b ch. 4 OJ) -, le recours de droit administratif est également recevable contre l'arrêt d'irrecevabilité attaqué, les autres conditions formelles des art. 97 ss OJ étant respectées.
2.- Le recourant soutient que l'autorité intimée n'a pas rendu une décision formelle de rapatriement dans son arrêt initial du 25 novembre 1997, seul le prononcé de la Section cantonale des 26 janvier et 5 mars 1998 constituant une telle décision. En conséquence, l'arrêt initial n'a pas acquis la force de la chose jugée sur le principe du rapatriement, si bien qu'un recours formé contre le prononcé précité de la Section cantonale ne peut se heurter à l'exception de l'autorité de la chose jugée.
a) Il y a autorité de la chose jugée quand la prétention litigieuse est identique à celle qui a déjà fait l'objet d'un jugement passé en force. Tel est le cas lorsque, dans l'un et l'autre procès, les parties ont soumis au juge la même prétention en se fondant sur les mêmes motifs juridiques et les mêmes faits. L'autorité de la chose jugée s'attache en principe au seul dispositif du jugement. Cela n'empêche toutefois pas qu'il faille parfois recourir aux motifs pour déterminer la portée exacte du dispositif (<ref-ruling> consid. 2a p. 18; <ref-ruling> consid. 4a p. 477; <ref-ruling> consid. 2a p. 90; <ref-ruling> consid. 3b p. 189 ss; <ref-ruling> consid. 1 p. 118; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2e éd., Berne 1983, p. 320 ss). De plus, lorsque le dispositif du jugement se réfère expressément aux considérants, ceux-ci en deviennent partie intégrante, partant, acquièrent la force de la chose jugée. Ainsi, lorsqu'un tel dispositif conclut un jugement de renvoi, les considérants lient les autorités auxquelles la cause est renvoyée (<ref-ruling> consid. 1a p. 237; <ref-ruling>; Gygi, op. cit. p. 323).
b) En l'espèce, c'est à juste titre que le Tribunal administratif a déclaré irrecevable le recours formé par le recourant contre le prononcé de la Section cantonale des 26 janvier et 5 mars 1998 en raison de l'autorité de la chose jugée.
Certes, le dispositif de l'arrêt initial du 25 novembre 1997 peut prêter le flanc à la critique au sens où il ne mentionne pas expressément une décision de rapatriement. Cette absence ne permet toutefois pas d'affirmer que l'autorité de première instance n'était pas liée par une telle mesure. En effet, le dispositif se réfère expressément aux considérants et ceux-ci expriment clairement la volonté du Tribunal cantonal de prononcer une décision de rapatriement. De plus, l'arrêt initial ne laisse aucune latitude d'appréciation sur le principe du rapatriement, mais uniquement sur les modalités de celui-ci. Ainsi, l'arrêt initial constitue une décision finale de rapatriement qui, en l'absence de recours auprès du Tribunal fédéral, a acquis la force de la chose jugée. La décision de la Section cantonale rendue à la suite de cet arrêt ne peut donc qu'être une simple mesure d'exécution de celui-ci. En conséquence, un recours formé contre cette décision doit, dans la mesure où il conteste le principe même du rapatriement, être écarté en raison de l'autorité de la chose jugée.
3.- Le recourant reproche également à l'autorité intimée de n'avoir pas examiné les faits invoqués à l'appui de ses lettres adressées les 23 janvier et 2 mars 1998 à la Section cantonale au sujet de sa situation financière.
Toutefois, ces arguments tendent uniquement à remettre en cause la décision de rapatriement, de sorte que l'autorité intimée était fondée à écarter le grief y relatif.
4.- Vu ce qui précède, le recours est mal fondé et doit être rejeté. les conclusions du recourant étant dénuées de chances de succès, il convient de refuser l'assistance judiciaire qu'il avait requise (art. 152 OJ). Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires, qui seront fixés compte tenu de sa situation financière (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ). Il n'est pas alloué de dépens (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours.
2. Rejette la demande d'assistance judiciaire.
3. Met à la charge du recourant un émolument judiciaire de 500 fr.
4. Communique le présent arrêt en copie au mandataire du recourant, à la Chambre administrative du Tribunal cantonal et à la Section de l'état civil et des habitants du canton du Jura, ainsi qu'au Département fédéral de justice et police.
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Lausanne, le 10 janvier 2000
RED/odi
Au nom de la IIe Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
La Greffière,