Sachverhalt:
A. A._ gründete 1971 die "B._ Stiftung" und die "C._ Stiftung" sowie 1986 die "Fondation D._". Am 29. August 2007 gingen die Aktiven und Passiven der Fondation D._ zufolge Fusion auf die Medizinalstiftung über, die in "E._ Stiftung" umbenannt wurde. Die Kunststiftung ist seit 16. November 2004 in Liquidation.
B. Y._ war im Sinn von Art. 393 Ziff. 4 aZGB als Beistand der Fondation D._ eingesetzt. Am 30. November 2006 erstattete er der Vormundschaftsbehörde der Stadt Zürich seinen Schlussbericht.
Mit Beschluss vom 7. Juni 2007 setzte die Vormundschaftsbehörde einerseits die Entschädigung für den Beistand fest und leitete andererseits den geprüften Schlussbericht an den Bezirksrat weiter, der diesen am 12. Juli 2007 ohne Begründung genehmigte, unter Fristansetzung zur Beanstandung des Schlussberichts und zur Anforderung eines begründeten Entscheids.
Dies tat die E._ Stiftung, indem sie am 15. Februar 2008 umfangreiche Beanstandungen vorlegte und einen begründeten Entscheid verlangte. Mit Beschluss vom 24. April 2008 genehmigte der Bezirksrat den Schlussbericht mit einlässlicher Begründung.
Dagegen erhob die E._ Stiftung Rekurs, den das Obergericht des Kantons Zürich am 27. Juni 2008 unter Bestätigung des angefochtenen Beschlusses des Bezirksrats abwies.
C. Gegen den obergerichtlichen Beschluss hat die E._ Stiftung am 2. September 2008 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Angelegenheit zur Neubeurteilung. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Entscheid über die Genehmigung des Schlussberichtes eines Stiftungsbeistandes, auf den die Vorschriften über den Vormund anwendbar sind (<ref-law>).
Im Unterschied zur periodischen Berichterstattung im Sinn von <ref-law>, die primär ein Steuerungsinstrument für die Vormundschaftsbehörde im Rahmen der Weisungskompetenz gegenüber dem Vormund bzw. Beistand ist, dient der Schlussbericht gemäss <ref-law> der Information und nicht der Überprüfung der Vormundschaftsführung; mit der Genehmigung, die auszusprechen ist, soweit der Schlussbericht der Informationspflicht genügt, wird dem Vormund bzw. Beistand keine Décharge erteilt, und entsprechend bleiben allfällige Rechtsansprüche (insbesondere Haftungsansprüche gemäss <ref-law>) unberührt (Good, Das Ende des Amtes des Vormundes, Diss. Freiburg 1992, S. 181; Geiser, Basler Kommentar, N. 5 zu <ref-law>, N. 28 und 33 zu Art. 451-453 ZGB; Egger, Zürcher Kommentar, N. 27 zu <ref-law>).
Kantonale letztinstanzliche Endentscheide auf dem Gebiet der Aufsicht über die Vormundschaftsbehörden unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 5, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG); die sich gegen den Genehmigungsbeschluss des Obergerichts des Kantons Zürich richtende Beschwerde ist somit grundsätzlich zulässig.
2. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Begründung hat aus der Beschwerdeschrift selber hervorzugehen, weshalb insoweit Verweise auf Eingaben im kantonalen Verfahren unbeachtlich sind (<ref-ruling> E. 2 S. 93 f.; <ref-ruling> E. 1d S. 201).
Dies erfordert, dass aus der Beschwerde einerseits hervorgehen müsste, in welchen Punkten sich der Schlussbericht als unhaltbar erweist, und andererseits, inwiefern die kantonalen Instanzen deshalb den Schlussbericht vor dem Hintergrund seiner Funktion (dazu E. 1) nicht hätten genehmigen dürfen bzw. mit der Genehmigung gegen Bundesrecht verstossen haben. Dazu äussert sich die Beschwerdeführerin nicht bzw. einzig durch unzulässigen Verweis auf ihre kantonalen Eingaben, weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann; Ausnahme bilden die im Schlussbericht zusammengestellten Honorarforderungen, an denen die Beschwerdeführerin auch in der an das Bundesgericht gerichteten Beschwerde explizit Anstoss nimmt (dazu E. 3).
3. Wie die Beschwerdeführerin selbst festhält (S. 3 oben), ist die Frage der Entschädigung des Beistandes Gegenstand eines separaten Verfahrens. Sie fürchtet jedoch, dass die Genehmigung des Schlussberichtes, in welchem sich der Beistand auch zu seinen Forderungen äussert, die Entschädigungsfrage präjudiziere. Dies ist indes nicht der Fall:
Der Bezirksrat hat in seinem Beschluss vom 24. April 2008 ausdrücklich festgehalten (S. 5 Mitte), dass die Entschädigungsfrage umfassender zu prüfen sei und nicht mit der Genehmigung des Schlussberichtes zusammenhänge, weshalb die beiden Verfahren entgegen dem Antrag der Beschwerdeführerin nicht zu vereinigen seien. Das Obergericht hat diesen Beschluss im eigenen Dispositiv bestätigt und zudem in der Begründung ebenfalls festgehalten (S. 5 Mitte), dass die Honorierung im diesbezüglichen Verfahren im Einzelnen zu prüfen sein wird.
Wird aber die Entschädigungsfrage im betreffenden Verfahren eigenständig und umfassend geprüft, ist die Frage, ob der Schlussbericht gleichzeitig Schlussrechnungssurrogat sei, gegenstandslos. Vor dem Hintergrund, dass die Genehmigung des Schlussberichtes auszusprechen ist, wenn der Bericht die Informationspflicht erfüllt (vgl. E. 1 und Geiser, Basler Kommentar, N. 33 zu Art. 451-453 ZGB), präjudiziert der Genehmigungsentscheid in der vorliegenden Konstellation zweier separater Verfahren die Entschädigungsfrage - wie die kantonalen Instanzen zutreffend festgehalten haben - in keiner Weise, weshalb auch unter dem Aspekt der Entschädigung des Beistandes nicht ersichtlich ist, inwiefern mit der Genehmigung des Schlussberichtes hätte Bundesrecht verletzt werden können.
4. Zusammengefasst ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenpartei ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Möckli