Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft stellte am 9. September 2010 das gerichtspolizeiliche Ermittlungsverfahren gegen Y._ und Konsorten wegen Verdachts auf qualifizierte Geldwäscherei und gewerbsmässigen Betrug zum Nachteil der X.A._, Finnland und der X.B._, USA ein (Dispositiv-Ziffer 1). Sie ordnete zudem an, dass die noch beschlagnahmten Beweismittel und Vermögenswerte mit separater Verfügung freigegeben würden (Dispositiv-Ziffer 2).
B. 1B_505/2011
B.a Die X.A._ focht die Einstellungsverfügung vom 9. September 2010 mit Beschwerde beim Bundesstrafgericht an mit den Anträgen, sie aufzuheben oder eventuell Dispositiv-Ziffer 2 aufzuheben und die Bundesanwaltschaft anzuweisen, ein selbstständiges Einziehungsverfahren im Sinn von Art. 73 BStP resp. <ref-law> zu eröffnen.
Das Bundesstrafgericht trat am 16. August 2011 auf die Beschwerde nicht ein.
B.b Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die X.A._, diesen Nichteintretensentscheid aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem beantragt sie, der Beschwerde superprovisorisch aufschiebende Wirkung zuzuerkennen und/oder die Bundesanwaltschaft anzuweisen, die Beschlagnahmeverfügung bezüglich der noch vorhandenen Beweismittel und Vermögenswerte bis zur rechtskräftigen Erledigung des Beschwerdeverfahrens durch das Bundesgericht aufrechtzuerhalten.
B.c Das Bundesstrafgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf mit Blick auf <ref-law> überhaupt eingetreten werden könne. Die Bundesanwaltschaft beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten oder sie eventuell abzuweisen. Die X.A._ hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.
C. 1B_515/2011
C.a Die X.B._ focht die Einstellungsverfügung vom 9. September 2010 mit Beschwerde beim Bundesstrafgericht an mit den Anträgen, sie aufzuheben oder eventuell Dispositiv-Ziffer 2 aufzuheben und die Bundesanwaltschaft anzuweisen, ein selbstständiges Einziehungsverfahren im Sinn von Art. 73 BStP resp. <ref-law> zu eröffnen. Im Laufe des Verfahrens verlangte die X.B._ zudem den Ausstand von Staatsanwältin Lucienne Fauquex und des Stellvertretenden Staatsanwaltes Markus Nyffenegger.
Das Bundesstrafgericht trat am 17. August 2011 auf die Beschwerde und das Ausstandsbegehren nicht ein.
C.b Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die X.B._, diesen Nichteintretensentscheid aufzuheben und das Bundesstrafgericht anzuweisen, auf die von ihr im Beschwerdeverfahren vorgebrachten Rügen einzutreten. Ausserdem beantragt sie, der Beschwerde superprovisorisch aufschiebende Wirkung zuzuerkennen und/oder die Bundesanwaltschaft anzuweisen, die Beschlagnahmeverfügung bezüglich der noch vorhandenen Beweismittel und Vermögenswerte bis zur rechtskräftigen Erledigung des Beschwerdeverfahrens durch das Bundesgericht aufrechtzuerhalten.
C.c Das Bundesstrafgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf mit Blick auf <ref-law> überhaupt eingetreten werden könne. Die Bundesanwaltschaft beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten oder sie eventuell abzuweisen. Die X.B._ hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Die beiden Beschwerden stehen in engem sachlichem Zusammenhang und richten sich gegen zwei über weite Strecken identische Entscheide. Die Verfahren sind dementsprechend zu vereinigen.
2. Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen (<ref-law>). Unzulässig ist die Beschwerde allerdings gegen Entscheide der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts, sofern es sich nicht um Entscheide über Zwangsmassnahmen handelt (<ref-law>). Soweit die Beschwerdekammer auf die Beschwerden gegen die Einstellung der Strafverfahren nicht eintrat, hat sie nicht über Zwangsmassnahmen entschieden. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen ausgeschlossen.
Fraglich kann nur sein, ob die Dispositiv-Ziffern 2 der angefochtenen Entscheide, mit denen die Freigabe beschlagnahmter Beweismittel und Vermögenswerte angeordnet wurden, anfechtbare Entscheide über Zwangsmassnahmen darstellen. Das ist nicht der Fall. Rechtskräftige Einstellungen kommen freisprechenden Endentscheiden gleich (<ref-law>), was auch für die Nebenpunkte solcher Entscheide gilt (Art. 320 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Es handelt sich bei den im Zusammenhang mit der Einstellung erfolgten Freigaben um Nebenpunkte von Endentscheiden. Diese sind als Bestandteile materieller Entscheide keine Entscheide über Zwangsmassnahmen im Sinn von <ref-law>; damit entfällt eine Anfechtbarkeit auch unter diesem Gesichtspunkt.
3. Auf die Beschwerden ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführerinnen die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_505/2011 und 1B_515/2011 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen je zur Hälfte auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Schweizerischen Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. April 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi