Sachverhalt:
A. Die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) übertrug der Y._ AG (Beschwerdegegnerin) mit zwei Werkverträgen Fensterarbeiten zu Preisen und Mengen gemäss Leistungsverzeichnissen vom 9. Dezember 2004. Der Pauschalpreis für die Fenster von drei Doppeleinfamilienhäusern "A._" in B._ betrug laut Werkvertrag vom 4. März 2005 Fr. 61'747.-- und für das Doppeleinfamilienhaus "C._" an der D._-Strasse in E._ laut Werkvertrag vom 11. März 2005 Fr. 42'603.--.
Zwischen den Parteien entstand in der Folge Streit über den Umfang der vereinbarten Werkleistungen bzw. ausserhalb des Pauschalpreises anrechenbare Bestellungsänderungen.
B. Die Beschwerdegegnerin beantragte dem Bezirksgericht Höfe mit Klage vom 13. November 2006 im Wesentlichen, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 77'714.10 nebst Zins und Betreibungskosten zu bezahlen, und der Rechtsvorschlag in der angehobenen Betreibung sei aufzuheben. Das Bezirksgericht hiess die Klage mit Urteil vom 20. März 2008 im Betrag von Fr. 77'714.10 gut, wobei die Bezahlung eines Teilbetrages von Fr. 13'065.70 von der Übergabe der Garantiescheine abhängig gemacht wurde. Den Rechtsvorschlag beseitigte es in der Höhe von Fr. 64'648.40 nebst Zins zu 5 % ab dem 4. Juli 2006.
Eine dagegen erhobene Berufung der Beschwerdeführerin schrieb das Kantonsgericht Schwyz am 21. Oktober 2008 infolge einer Teilzahlung von Fr. 8'033.75 teilweise als erledigt ab. Im Übrigen wies es das Rechtsmittel ab, soweit es darauf eintrat. Das angefochtene Urteil bestätigte es mit der Abänderung, dass der Rechtsvorschlag (infolge der Teilzahlung) für nur noch Fr. 62'775.45 nebst Zins von 5 % seit 20. Mai 2008 beseitigt wurde.
C. Die Beschwerdeführerin erhob gegen dieses Urteil Beschwerde in Zivilsachen. Sie beantragt dessen Aufhebung und die Abweisung der Klage. Die Teilzahlung der Beschwerdeführerin von Fr. 8'033.75 sei vollständig an die Forderung anzurechnen. Eventualiter sei die Klage im Betrag von Fr. 13'065.70 abzuweisen, subeventualiter der Prozess zur Durchführung eines Beweisverfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonsgericht und die Beschwerdegegnerin schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Präsidentin der I. zivilrechtlichen Abteilung gewährte der Beschwerde mit Verfügung vom 24. Februar 2009 die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin hat im vorinstanzlichen Verfahren die vollständige Klageabweisung beantragt. Die Vorinstanz trat auf diesen Antrag insoweit nicht ein, als sie damit auf die teilweise Klageanerkennung im Betrag von Fr. 10'664.45 vor der Erstinstanz zurückkam, und schrieb das Verfahren aufgrund einer in der Folge geleisteten Teilzahlung von Fr. 8'033.75 als gegenstandslos ab. Soweit die Beschwerdeführerin ohne jegliche Begründung beantragt, das angefochtene Urteil sei auch insoweit aufzuheben und die Klage abzuweisen, als die Vorinstanz auf ihre Berufung nicht eintrat, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
Im Übrigen sind die Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt. Unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 1 und 2 und <ref-law>) ist demnach auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig, mithin willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2.2) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten oder ergänzen will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4; <ref-ruling> E. 6.2).
Soweit die Beschwerdeführerin in ihren Darlegungen von den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz abweicht oder diese ergänzt, ohne eine Ausnahme nach <ref-law> zu substantiieren, ist sie somit nicht zu hören.
3. Zwischen den Parteien ist streitig, welche Leistungen die Pauschalpreise der beiden Werkverträge abdecken. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe bei der Feststellung des Vertragsinhalts <ref-law> und den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie verweigert habe, den in diesem Zusammenhang angerufenen Zeugen F._ einzuvernehmen, um das Ergebnis einer Besprechung vom 9. Dezember 2004 festzustellen, in der die ursprünglichen Offerten modifiziert worden seien. Zudem habe sie den normativen Konsens der Parteien falsch festgestellt, weil sie nicht auf die den Werkverträgen beiliegenden Pläne 1:50 abgestellt bzw. diese bei der Auslegung nicht berücksichtigt habe.
3.1 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Ob ein übereinstimmender wirklicher Parteiwille besteht, kann das Bundesgericht, da die Beweiswürdigung betreffend, nur unter dem Blickwinkel der Willkür prüfen (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2). Nur wenn dieser unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611; <ref-ruling> E. 3.2).
3.2 Die Vorinstanz folgte der Erstinstanz darin, dass für die Eruierung, welche Leistungen die Pauschalpreise der beiden Werkverträge abdeckten, auf die den Verträgen beigelegten Offerten als Leistungsverzeichnisse abzustellen sei, denen gegenüber es auf beiden Baustellen zu Mehrvergütungen auslösenden Bestellungsänderungen gekommen sei. Nach Art. 1 der beiden Werkverträge bestimmten die Offerten vom 16. November bzw. 1. Dezember 2004 den Umfang der vereinbarten Leistungen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin bestehe zur Berücksichtigung der Pläne zwecks Bestimmung des Leistungsumfangs kein Anlass. Angesichts des klaren Wortlautes des Art. 1 der beiden Werkverträge, wonach "Gegenstand des Vertrages" die beigelegten Offerten mit durch F._ mit Datum "9.12.04" handschriftlich visierten Preisreduktionen seien, bestehe kein Grund zur Annahme, die Parteien hätten aufgrund davon abweichender Pläne andere Fensterlisten vereinbart. Art. 40 Abs. 2 SIA-Norm 118, wonach es unter anderem auch auf die von der Beschwerdeführerin monierten Pläne ankommen solle, gelte vorliegend angesichts dieser individuellen, ranghöheren Vertragsabreden nicht. Überdies ergebe sich die Anzahl und Grösse der (Vertragsgegenstand bildenden) Fenster nicht einfach aus den Fensteröffnungen in den Plänen. Eine Einvernahme von F._ bringe sodann, selbst wenn mit diesem am 9. Dezember 2004 andere Fensterlisten abgemacht worden wären, keine neuen Erkenntnisse zum Vertragsgegenstand und -umfang, da die bestrittenen Verhandlungsergebnisse nicht in die Werkverträge eingeflossen seien.
3.3 Aus diesen Erwägungen ergibt sich, dass es die Vorinstanz als erwiesen erachtete, dass die Parteien vereinbart hatten, der Umfang der vereinbarten Leistungen solle sich allein nach den Offerten bestimmen. Damit hat sie gestützt auf ihre Beweiswürdigung den übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen festgestellt und bleibt kein Raum für eine Ermittlung des Vertragsinhalts nach dem Vertrauensprinzip (Erwägung 3.1 vorne). Dies verkennt die Beschwerdeführerin, wenn sie rügt, die Vorinstanz habe den normativen Konsens falsch festgestellt, indem sie nur den Wortlaut des Vertrages berücksichtigt und den weiteren Umständen nicht Rechnung getragen habe (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.2). Die entsprechende Rüge stösst ins Leere.
3.4 Das Bundesgericht leitet aus <ref-law> als Korrelat zur Beweislast insbesondere das Recht der beweisbelasteten Partei ab, zum ihr obliegenden Beweis zugelassen zu werden, soweit entsprechende Anträge im kantonalen Verfahren form- und fristgerecht gestellt worden sind. Der bundesrechtliche Beweisführungsanspruch gilt indessen nur für rechtserhebliche Tatsachen und schliesst insbesondere die vorweggenommene Beweiswürdigung nicht aus (<ref-ruling> E. 2.6; <ref-ruling> E. 4a, je mit Hinweisen). Es bleibt daher dem Sachgericht unbenommen, von beantragten Beweiserhebungen deshalb abzusehen, weil es sie von vornherein nicht für geeignet hält, die behaupteten Tatsachen zu beweisen oder weil es seine Überzeugung bereits aus anderen Beweisen gewonnen hat und davon ausgeht, dass weitere Abklärungen am massgeblichen Beweisergebnis nichts mehr zu ändern vermöchten (<ref-ruling> E. 3c S. 223 f. mit Hinweisen). Ist der Richter nach einer beschränkten Beweisabnahme zur Überzeugung gelangt, eine Tatsachenbehauptung sei bewiesen oder widerlegt, wird die Beweislastverteilung nach <ref-law> gegenstandslos und der damit korrelierende Beweisführungsanspruch durch die Nichtabnahme weiterer Beweismittel nicht berührt (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 291, 2. Absatz; <ref-ruling> f., 440 E. 6b S. 450).
Die Vorinstanz erachtete es aufgrund der abgenommenen Urkundenbeweise als erwiesen, dass sich der Vertragsinhalt allein nach den Leistungsverzeichnissen in den Offerten bestimme, und betrachtete den vertraglich vereinbarten Leistungsumfang danach als erstellt. Angesichts dieses positiven Beweisergebnisses fällt eine Verletzung von <ref-law> wegen Verletzung des daraus fliessenden Beweisabnahmeanspruchs ausser Betracht.
3.5 Auch der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessende Anspruch auf Abnahme und Würdigung der angebotenen Beweise (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 242 mit Hinweisen) schliesst eine antizipierte Beweiswürdigung nicht aus (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 4a). Das Recht auf Beweis hindert das Gericht nicht daran, die Beweise antizipiert zu würdigen, wenn es zum Schluss kommt, dass weitere Beweismassnahmen an seinem Urteil nichts zu ändern vermöchten, weil die entsprechenden Beweisanträge offensichtlich untauglich sind oder eine rechtsunerhebliche Tatsache betreffen oder weil das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht erschüttert (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429; <ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 4a S. 469).
Das Bundesgericht greift in eine antizipierte Beweiswürdigung nur ein, wenn sie willkürlich und damit offensichtlich unhaltbar ist, namentlich wenn sie eine prozessuale Vorschrift oder einen unumstrittenen Grundsatz des Beweisrechts krass verletzt oder sonst wie in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3 S. 157, 217 E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4a). Die Verletzung von Grundrechten kann das Bundesgericht zudem nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 6, 439 E. 3.2). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 352; <ref-ruling> E. 5.5 S. 5; <ref-ruling> E. 3.1/3.2; <ref-ruling> E. 3.2).
Die Vorinstanz hat mit der vorstehend (Erwägung 3.2) dargestellten Begründung nachvollziehbar dargelegt, weshalb sie aufgrund der abgenommenen Urkundenbeweise zur Auffassung kam, der vertragliche Leistungsumfang sei vorliegend allein nach den Offerten zu bestimmen und er sei nach diesen als erstellt zu betrachten. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass die Vorinstanz damit in Willkür verfallen sei, sondern beschränkt sich im Wesentlichen darauf, dem Bundesgericht seine Sicht der Dinge zu unterbreiten, wonach die Pläne Bestandteil des Werkvertrags bildeten und die Verhandlungsergebnisse vom 9. Dezember 2004 sehr wohl in dieselben eingeflossen seien, wobei sie sich auf verschiedene Sachverhaltsbehauptungen stützt, die im angefochtenen Urteil keinen Halt finden, ohne dazu eine Sachverhaltsrüge zu substantiieren (Erwägung 2 vorne). Damit vermag sie keine Verletzung des aus dem rechtlichen Gehör fliessenden Beweisführungsanspruchs wegen willkürlicher antizipierter Beweiswürdigung darzutun. Auf die Beschwerde kann insoweit mangels genügender Begründung nicht eingetreten werden.
Eine willkürliche antizipierte Beweiswürdigung ist ohnehin nicht erkennbar. Zunächst enthalten die von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang angerufenen Art. 2 der Werkverträge keinen Hinweis darauf, dass die Pläne, in welche die Ergebnisse der Besprechung vom 9. Dezember 2004 angeblich eingeflossen sein sollen, Vertragsbestandteil bilden würden. So sind in den entsprechenden Artikeln der Verträge keinerlei Planbeilagen erwähnt, die als "Bestandteile des Vertrages" zu berücksichtigen seien. Auch die Begründungen der Vorinstanz, Art. 40 Abs. 2 SIA-Norm 118 (Ausgabe 1977/1991) gelte vorliegend angesichts der individuellen, ranghöheren Vertragsabreden, die keine Übernahme der Pläne in den Vertrag vorsähen, nicht (vgl. dazu Gauch, Kommentar zur SIA-Norm 118, 1992, N. 10 zu Art. 40), und die Anzahl und Grösse der Fenster ergebe sich nicht einfach aus den Fensteröffnungen in den Plänen, halten einer Willkürprüfung ohne weiteres stand. Es erscheint damit keineswegs als willkürlich, bei der Feststellung des Vertragsinhalts keine Pläne zu berücksichtigen und auf die ergänzende Einvernahme von F._ zu verzichten. Es erübrigt sich bei dieser Sachlage, auf eine weitere Eventualbegründung der Vorinstanz einzugehen, in deren Zusammenhang die Beschwerdeführerin eine Aktenwidrigkeitsrüge erhebt, zu der sie allerdings keine Aktenhinweise macht und die sie somit ohnehin nicht genügend begründet.
4. Die Vorinstanz schützte die Klage hinsichtlich eines geltend gemachten Teilbetrags von Fr. 5'958.90 für Podestabschlussbleche. Sie hielt dazu fest, die Erstinstanz habe die Bestreitung der Beschwerdeführerin, dass diese Arbeiten Bestandteil des für Schlosserarbeiten gemäss Vertrag vom 11. August 2005 bezahlten Werklohns seien, mangels Vorlage des entsprechenden Leistungsverzeichnisses verworfen. Die Vorinstanz folgte dem Bezirksgericht darin, dass nicht einzusehen sei, weshalb die Beschwerdeführerin nicht anhand eines Leistungsverzeichnisses nachweise, dass die Podestabschlussbleche als Bestandteil des Werkvertrags für die Schlosserarbeiten unter die belegte Saldoklausel (über eine Zahlung von Fr. 107'868.40, welche für die Schlosserarbeiten offenbar nachträglich vereinbart wurde) fallen würden. Gründe, dass ihr dieser Beweis nicht möglich sein solle, führe die Beschwerdeführerin im Berufungsverfahren nicht auf. Unter solchen Umständen sei anzunehmen, dass die zu diesem Streitpunkt beantragten Zeugen für den Beweis (dass die Podestabschlussbleche unter die Schlosserarbeiten bzw. die dafür abgeschlossene Saldoklausel fallen) ungeeignet seien.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie die beantragten Zeugen nicht befragt habe, da es den Parteien überlassen sei, wie sie ihre Behauptungen beweisen wollten, wobei Zeugen- und Urkundenbeweis grundsätzlich gleichwertig seien. Soweit sie damit eine unzulässige Beweismittelbeschränkung geltend machen will, die - was hier nicht gerügt wird - gegen den Gehörsanspruch verstossen würde (<ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 2a S. 291) und bezüglich der in der Lehre auch vertreten wird, sie verstosse gegen <ref-law> (SCHMID, Basler Kommentar, N. 7 zu <ref-law>), geht die Rüge an der Sache vorbei. Die Vorinstanz hat nicht ausgeführt, es könne vorliegend von vornherein nur ein Urkundenbeweis geführt werden und nicht ein Zeugenbeweis. Vielmehr hat sie mit der vorstehend wiedergegebenen Begründung in antizipierter Beweiswürdigung entschieden, unter den gegebenen Umständen, insbesondere mangels hinreichender Auseinandersetzung mit der erstinstanzlichen Begründung im Berufungsverfahren, sei anzunehmen, dass die beantragten Zeugen für die Abnahme (recte wohl: Erbringung) des verlangten Beweises nicht geeignet seien. Angesichts des positiven Beweisergebnisses fällt auch eine Verletzung des Beweisführungsanspruchs nach <ref-law> ausser Betracht (vgl. die vorstehende Erwägung 3.4).
5. Die Vorinstanz folgte der Erstinstanz darin, dass die in der Überbauung "C._" erfolgte Ausführung mit einer Glasart, die gegenüber der im Leistungsverzeichnis vorgesehenen Art einen erhöhten Schalldämmwert aufweise, eine Bestellungsänderung darstelle, für die ein Mehrpreis geschuldet sei.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Parteien hätten sich anlässlich der Besprechung vom 9. Dezember 2004 dahingehend geeinigt, dass die Glasart mit höherem Schalldämmwert zum vereinbarten Preis eingebaut werde. Sie rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie die von der Beschwerdeführerin zum Beweis offerierten Zeugen nicht einvernommen habe. Die Vorinstanz hat insoweit auf ihre Begründung zur Feststellung des Vertragsinhalts im Allgemeinen verwiesen, die sich in den vorstehenden Erwägung 3.4 und 3.5, auch soweit die Beschwerdeführerin eine Gehörsverletzung geltend machen will, als bundesrechtskonform herausgestellt hat. Auf die entsprechenden Erwägungen kann verwiesen werden.
Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang die Feststellung der Vorinstanz als aktenwidrig, wonach sie die Überprüfung der vom vereinbarten Leistungsumfang abweichenden Fensterlisten durch G._ nicht bestritten habe. Sie habe bloss ausgeführt, dass G._ der Beschwerdegegnerin lediglich Masskorrekturen mitgeteilt habe. Darauf ist nicht einzutreten. Denn die Beschwerdeführerin lässt jeden Hinweis darauf vermissen, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein soll. Überdies genügt ihre Rüge den Begründungsanforderungen an eine Aktenwidrigkeitsrüge insoweit nicht, als sie die Aktenstelle, mit der die gerügte Feststellung im Widerspruch stehen soll, nicht bezeichnet und nicht darlegt, weshalb es offensichtlich unrichtig sein soll, dass damit keine Bestreitung erfolgt ist (vgl. die vorstehende Erwägung 2).
6. Ein weiterer Streitpunkt betrifft den Aufwand für den Austausch des in der Überbauung "C._" in zwei Fenstern eingebauten Kathedralglases gegen Klarglas. Die Vorinstanz erwog dazu, dieser Aufwand sei ausgewiesen, da der Einbau von Kathedralglas gemäss der von G._ für die Beschwerdeführerin überprüften Fensterliste vorgesehen gewesen sei.
Die Beschwerdeführerin beharrt im vorliegenden Verfahren auf ihrer Behauptung, der Einbau von Kathedralglas sei im Werkvertrag nicht vereinbart gewesen und die Beschwerdegegnerin habe ursprünglich falsches Glas geliefert. Sie hält dafür, die Vorinstanz habe auch insoweit <ref-law> verletzt, indem sie ohne Durchführung eines Beweisverfahrens die Behauptung der Beschwerdegegnerin als erstellt ansehe.
Die Vorinstanz hat aufgrund einer beschränkten Beweisabnahme geschlossen, der von der Beschwerdegegnerin geltend gemachte Aufwand für den Austausch mit Klarglas sei ausgewiesen. Eine Verletzung des Beweisführungsanspruchs nach <ref-law> fällt in diesem Zusammenhang schon aus diesem Grund ausser Betracht (Erwägung 3.4 vorne). Ohnehin würde es zu diesem Punkt insoweit an einer genügenden Beschwerdebegründung fehlen, als es die Beschwerdeführerin darzulegen unterlässt, welche tauglichen und prozessrechtskonform angebotenen Beweismittel die Vorinstanz zu Unrecht nicht abgenommen haben soll und aus welchen Gründen (vgl. dazu die vorstehende Erwägung 3.4). Damit verfehlt sie die Begründungsanforderungen an eine geltend gemachte Bundesrechtsverletzung im Rahmen einer Beschwerde in Zivilsachen (<ref-law>) klar und ist auf die Rüge nicht einzutreten. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, mangels entsprechender Ausführungen in der Beschwerdeschrift aus den kantonalen Akten herauszulesen, welche prozesskonform beantragten Beweismittel zur strittigen Frage ungerechtfertigter Weise nicht abgenommen worden sein sollen.
7. Die Vorinstanz entschied, die Beschwerdeführerin schulde der Beschwerdegegnerin den eingeklagten Betrag von Fr. 77'714.12, wovon Fr. 64'648.40 sofort fällig und Fr. 13'065.70 erst nach Übergabe der Garantiescheine zu bezahlen seien.
7.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Beschwerdegegnerin habe auf sofortige Bezahlung des geschuldeten Betrags geklagt. Mit der bedingten Zusprechung des erst nach Lieferung der Garantiescheine zu zahlenden Teils der Forderung habe die Vorinstanz ihr willkürlich etwas anderes zugesprochen als sie beantragt habe.
Die Beschwerdeführerin rügt damit sinngemäss eine Verletzung der Dispositionsmaxime, bei der es sich um einen kantonalrechtlichen Grundsatz handelt (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 360). Sie bezeichnet indessen keine Bestimmung des kantonalen Rechts, gegen welche die Vorinstanz willkürlich verstossen haben soll, und legt nicht dar, inwiefern eine offensichtlich unhaltbare Rechtsanwendung vorliegen soll. Damit genügt sie den Anforderungen an eine Rüge der willkürlichen Rechtsanwendung nicht (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 3 f.; <ref-ruling> E. 5.1 S. 18).
Ohnehin kann die bedingte Zusprechung einer Teilsumme in maiore minus vom Antrag auf deren unbedingte Zusprechung ohne weiteres als umfasst betrachtet werden, weshalb auch nicht ersichtlich ist, inwiefern eine willkürliche Anwendung einer kantonalrechtlich statuierten Dispositionsmaxime vorliegen könnte.
7.2 Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, die Vorinstanz hätte die Klage im Umfange der nicht fälligen Fr. 13'065.70 abweisen oder jedenfalls "zur Zeit" abweisen müssen. Die Beschwerdegegnerin könne bis zur Übergabe der Garantiescheine die Leistung nicht verlangen. Der Betrag sei damit noch nicht fällig, weshalb es an einer Voraussetzung der Klagbarkeit der Forderung fehle. Mit ihrem gegenteiligen Entscheid habe die Vorinstanz <ref-law> verletzt.
Die Rüge ist unbegründet. Es trifft zwar zu, dass die Klagbarkeit einer Forderung deren Fälligkeit voraussetzt (LEU, Basler Kommentar, N. 4 zu <ref-law>). Die Beschwerdeführerin verkennt indessen, dass das Bundesrecht nach der Rechtsprechung bei einem aufschiebend bedingten Anspruch ein Leistungsurteil mit entsprechender Bedingung nicht ausschliesst und es dem kantonalen Prozessrecht überlassen ist, die Zulässigkeit eines solchen zu regeln (<ref-ruling> E. 5a S. 113 f.). Die Vorinstanz hat sich für ihr bedingtes Leistungsurteil auf <ref-law>/SZ gestützt, nach dem das Gericht die Verpflichtung einer Partei von einer Bedingung abhängig machen könne und künftige Leistungen nicht prinzipiell uneinklagbar seien. Dass sie diese Bestimmung willkürlich angewendet hätte, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend.
8. Die Beschwerdeführerin leistete nach Einlegung der kantonalrechtlichen Berufung für den anerkannten Teil der Klage eine Teilzahlung von Fr. 8'033.75. Die Vorinstanz erwog, mangels Erklärungen der Parteien sei die Teilzahlung nach Art. 85 f. OR zunächst an die Betreibungskosten und Zinsen anzurechnen, womit noch Fr. 1'872.95 auf die Forderung entfielen und bei der Beseitigung des Rechtsvorschlages zu berücksichtigen seien.
8.1 Die Beschwerdeführerin hält dafür, die Vorinstanz habe damit <ref-law> verletzt. Es sei der Beschwerdegegnerin nach dem Verfahren vor dem Bezirksgericht Höfe bekannt gewesen, dass es sich bei dem mit der Teilzahlung geleisteten Betrag um den unbestrittenen Forderungsbetrag gehandelt habe, hinsichtlich dessen die Beschwerdeführerin die Klage anerkannt habe. Sodann sei in der Ziffer 49 der Berufungsbegründung ausdrücklich ausgeführt worden, dass es sich beim fraglichen Betrag um eine Zahlung an die Hauptforderung gehandelt habe, wogegen die Beschwerdegegnerin nicht opponiert habe. Wenn nun die Vorinstanz die Teilzahlung zunächst an die bestrittenen Zinsen und Kosten und lediglich im Restbetrag von Fr. 1'872.95 an die Hauptforderung angerechnet habe, sei ihr entgangen, dass der Gläubiger nach <ref-law> das unbestrittene Kapital entgegennehmen müsse, wenn Zinsen und Kosten bestritten seien. Art. 69 Abs. 2 gehe insoweit als lex specialis <ref-law> vor.
8.2 Die Rüge ist teilweise begründet. Nach <ref-law> braucht der Gläubiger eine Teilzahlung grundsätzlich nicht anzunehmen, wenn die gesamte Schuld feststeht und fällig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 602 f.). Kommt er dem Schuldner entgegen, indem er dennoch eine Teilleistung annimmt, soll er dadurch keinen Schaden erleiden, sondern ist die Leistung auf die für ihn günstigste Weise anzurechnen. <ref-law> sieht daher für diesen Fall vor, dass der Schuldner eine Teilzahlung nur insoweit auf das Kapital anrechnen kann, als er nicht mit Zinsen oder Kosten im Rückstand ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 604).
Es verhält sich indessen anders, wenn die Kosten und Zinsen für die Hauptforderung vom Schuldner bestritten werden, ohne dass die Bestreitung rechtsmissbräuchlich erfolgt. In diesem Fall ist der Gläubiger gehalten, eine Teilzahlung für den anerkannten Teil der Hauptforderung anzunehmen und muss die Teilzahlung nach der Spezialbestimmung von <ref-law> auf den anerkannten Teil der Hauptforderung angerechnet werden (<ref-ruling> E. 4.1.2 und 4.2.2).
Im vorliegenden Fall anerkannte die Beschwerdeführerin in der Klageantwort ein Guthaben der Beschwerdegegnerin in der Höhe von Fr. 21'099.45. Sie bestritt indessen die Fälligkeit dieser Forderung im Teilbetrag von 10'435.-- mangels Übergabe der Garantiescheine (Erwägung 7 vorne). Sie beantragte daher, die Klage im Umfang von Fr. 10'664.45 gutzuheissen und im Mehrumfang abzuweisen. Damit bestritt sie auch die geltend gemachten Verzugszinsen für den nicht anerkannten Teil der Forderung, wogegen keine Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass sie ihre Bestreitung der Betreibungskosten und Verzugszinsen für den anerkannten Teil der Forderung aufrecht erhielt.
Das Bezirksgericht hiess die Klage im Wesentlichen gut, wobei es Fr. 13'065.70 (10 % des in Rechnung gestellten Gesamtwerklohns), und nicht nur Fr. 10'435.--, von der Übergabe der Garantiescheine abhängig machte. Daraufhin beantragte die Beschwerdeführerin bei Erhebung ihrer gegen diesen Entscheid gerichteten Berufung zwar die vollumfängliche Klageabweisung, leistete aber in der Folge dennoch eine Teilzahlung in der Höhe von Fr. 8'033.75. Es ist ohne weiteres erkennbar, dass es sich dabei um den nach dem erstinstanzlichen Urteil fälligen Teil des anerkannten Guthabens handelte (Fr. 21'099.45 - Fr. 13'065.70 = Fr. 8'033.75), zumal nicht anzunehmen ist, die Beschwerdeführerin hätte während des hängigen Berufungsverfahrens einen von ihr bestrittenen Teil der Forderung bezahlen wollen.
8.2.1 Die Zahlung von Fr. 8'033.75 ist nach den vorstehend dargelegten Regeln insoweit auf die Verzugszinsen anzurechnen, als diese zum anerkannten und fälligen Teilbetrag von Fr. 8'033.75 gehören, mit dem sich die Beschwerdeführerin in Verzug befand, und die nach dem vorstehend Gesagten nicht mehr als bestritten zu betrachten sind, so dass <ref-law> zum Zuge kommt und <ref-law> nicht anwendbar ist. Soweit sich die Beschwerdeführerin sinngemäss auf eine Erklärung nach <ref-law> beruft, nach der sie die ganze Zahlung von Fr. 8'033.75 auf die Hauptforderung angerechnet haben will, übersieht sie, dass <ref-law> nur anwendbar und der Schuldner nur zur Abgabe einer Erklärung nach dieser Bestimmung berechtigt ist, wenn mehrere selbständige Schulden bestehen, die ihr eigenes rechtliches Schicksal haben, andernfalls die Regelung von <ref-law> zum Tragen kommt (WEBER, Berner Kommentar, N. 4 und 16 f. zu <ref-law>; SCHRANER, Zürcher Kommentar, N. 2 und 4 zu <ref-law>). Bei Verzugszinsen - im Gegensatz zu fortlaufenden Darlehenszinsen - und Betreibungskosten, wie sie hier zur Diskussion stehen, liegt indes keine selbständige Schuld vor (BECKER, Berner Kommentar, N. 4 zu <ref-law>; WEBER, N. 10 f. zu <ref-law>). Einer Anrechnungserklärung der Beschwerdeführerin kommt somit in diesem Zusammenhang keine Wirkung zu.
Die Beschwerdeführerin befindet sich nach den unbestrittenen Feststellungen im angefochtenen Urteil seit dem 4. Juli 2006 in Verzug. Die Teilzahlung von Fr. 8'033.75 erfolgte mit Valuta 19. Mai 2008, somit 675 Tage verspätet, so dass darauf bei 360 Zinstagen/Jahr und einem Zinssatz von 5 % (<ref-law>) ein Verzugszins von Fr. 753.15 anfällt. Dieser Betrag sowie die Betreibungskosten von Fr. 100.-- sind durch den Teilzahlungsbetrag vorab zu decken.
8.2.2 Der verbleibende Betrag von Fr. 7'180.60 (Fr. 8'033.75 - Fr. 753.15 - Fr. 100.--) ist nach den vorstehend dargestellten Regeln nicht auf die weiterhin bestrittenen Zinsen, sondern nach <ref-law> auf den anerkannten Teil der Hauptforderung anzurechnen. Dies hat die Vorinstanz verkannt. Der Umfang, in dem der Rechtsvorschlag in der angehobenen Betreibung von der Erstinstanz beseitigt wurde, ist somit entsprechend zu reduzieren.
9. Die Beschwerde ist somit insoweit teilweise gutzuheissen, als der Antrag der Beschwerdeführerin, die Teilzahlung von Fr. 8'033.75 sei in vollem Umfang und nicht bloss für Fr. 1'872.95 an die Hauptforderung anzurechnen, im Betrag von Fr. 7'180.60 entsprochen wird. Dies hat zur Folge, dass das angefochtene Urteil in Ziff. 1 des Dispositivs aufzuheben und durch folgende Fassung zu ersetzen ist:
"Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten und sie nicht als durch Teilzahlung von Fr. 8'033.75 erledigt abzuschreiben ist, und das angefochtene Urteil mit der Abänderung bestätigt, dass der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 75978 Höfe für Fr. 57'467.80 nebst Zins zu 5 % seit 4. Juli 2006 beseitigt wird."
Im Mehrumfang ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Beschwerdeführerin obsiegt lediglich im Nebenpunkt über die Anrechnung der erfolgten Teilzahlung an die Hauptforderung teilweise, unterliegt aber mit ihrer Bestreitung der Werklohnmehrforderung vollumfänglich. Bei diesem Ausgang wird sie für das bundesgerichtliche Verfahren voll kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil des Kantonsgerichts Schwyz vom 21. Oktober 2008 in Ziffer 1 Dispositiv aufgehoben und durch folgende Fassung ersetzt:
"Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten und sie nicht als durch Teilzahlung von Fr. 8'033.75 erledigt abzuschreiben ist, und das angefochtene Urteil mit der Abänderung bestätigt, dass der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 75978 Höfe für Fr. 57'467.80 nebst Zins zu 5 % seit 4. Juli 2006 beseitigt wird."
Im Mehrumfang wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer