Faits:
A. Le divorce de dame Y._, née en 1968, et de X._, né en 1964, a été prononcé le 8 décembre 2010.
La mère a obtenu l'autorité parentale et la garde des enfants A._ et B._, nés respectivement en 1999 et en 2000.
B. Le 9 juillet 2012, X._ a introduit une procédure de modification du jugement de divorce, réclamant que l'autorité parentale et la garde de A._ lui soient transférées. Il a également requis le transfert de la garde à titre provisionnel.
Statuant le 17 août 2012, après détermination écrite de la mère sur la requête de mesures provisoires et audition de l'enfant A._, le Président du Tribunal civil de la Broye a fait droit à la requête du père, attribuant ainsi immédiatement à celui-ci la garde de A._.
Les motifs de cette décision ont été communiqués à dame Y._ le 14 septembre 2012. Celle-ci a formé appel le 24 septembre 2012, requérant le bénéfice de l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal a octroyé l'effet suspensif à l'appel par arrêt du 18 octobre 2012.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile le 23 octobre 2012, X._ conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal du 18 octobre 2012 et, principalement, au maintien du caractère exécutoire de la décision de mesures provisionnelles rendue le 17 août 2012 par le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye; subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
D. Le recourant requiert que l'effet suspensif soit octroyé à son recours, requête à laquelle s'oppose l'intimée.
Par ordonnance du 24 octobre 2012, la Présidente de la Cour de céans a accordé l'effet suspensif à titre superprovisoire.

Considérant en droit:
1. La décision querellée suspend une décision de mesures provisionnelles retirant à l'intimée la garde de son fils pour l'attribuer à son père, décision contre laquelle l'intimée a fait appel. Il s'agit là d'une décision incidente en matière civile (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1 et les références).
Hormis les décisions mentionnées à l'<ref-law>, une décision préjudicielle ou incidente peut être entreprise immédiatement si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Selon la jurisprudence, la décision entreprise entraîne un préjudice irréparable: puisque la garde est en effet arrêtée pour la durée de la procédure, même si le père obtient finalement gain de cause au fond, aucune réparation ne sera possible pour la période écoulée (<ref-ruling> consid. 1 et les références).
Le Tribunal cantonal n'a pas statué sur recours mais en qualité d'instance cantonale unique sur l'effet suspensif requis dans le cadre d'une procédure d'appel; le recours en matière civile est cependant admissible en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.1).
Interjeté en temps utile par une partie qui a succombé dans ses conclusions en instance cantonale, contre une décision rendue dans une contestation non pécuniaire, le recours est également recevable au regard des art. 100 al. 1, 76, et 74 al. 1 LTF.
2. 2.1 La décision accordant l'effet suspensif, comme celle d'exécution provisoire ou de retrait de l'effet suspensif (<ref-ruling> consid. 2 et les références), est une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, de sorte que seule la violation de droits constitutionnels peut être invoquée. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés conformément au principe d'allégation («Rügeprinzip», <ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4). Le recourant qui se plaint de la violation d'un droit fondamental ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3.2).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans le contexte d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre que celles-ci sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. et ont une influence sur le résultat de la décision (arrêts 5A_567/2011 du 10 février 2012 consid. 2.2; 5A_909/2010 du 4 avril 2011 consid. 2.2).
3. Le recourant soutient d'abord que la décision entreprise serait arbitraire (art. 9 Cst.), constitutive d'abus de droit (<ref-law>) et qu'elle violerait le droit à la liberté personnelle (art. 10 Cst.) ainsi que le droit à la protection des enfants et des jeunes (art. 11 Cst.).
3.1 Le Tribunal cantonal a fait droit à la requête d'effet suspensif présentée par l'intimée en se fondant essentiellement sur l'arrêt 5A_303/2012, rendu le 30 août 2012 par la Cour de céans. Relevant avant tout que l'appel formé par la mère n'était pas dépourvu de toute chance de succès, la juridiction a ensuite souligné que les enfants avaient toujours vécu avec elle depuis la séparation de leurs parents, intervenue en mars 2005 et qu'il n'apparaissait pas, a priori, que A._ et son frère courraient un danger s'ils continuaient à être confiés à leur mère pendant la durée de la procédure de modification du jugement de divorce: les parties avaient à cet égard des versions diamétralement opposées, qu'il n'était pas possible de départager en l'état. La cour cantonale a également observé que, dans la mesure où la procédure risquait de durer un certain temps, il importait d'éviter de placer les parties et la justice devant un fait accompli. Consciente du désagrément lié au fait que A._ soit contraint de changer à nouveau de cadre de vie, de canton et d'environnement scolaire, la juridiction a néanmoins conclu que cet inconvénient ne devait pas l'emporter sur le souci de ne pas préjuger le fond de la cause, lequel impliquait le maintien en l'état de la situation existant avant l'introduction de la procédure.
3.2 Le recourant soutient avant tout que l'exécution de mesures provisionnelles ne peut être suspendue qu'exceptionnellement et reproche pour l'essentiel à la juridiction cantonale d'avoir appliqué la jurisprudence fédérale sans tenir compte des circonstances du cas concret, à savoir celles d'un jeune homme de 13 ans, apte à comprendre, saisir et apprécier la portée du choix de son lieu de vie. En lui imposant, contre son gré, de changer celui-ci, son environnement scolaire et son cercle d'amis pour aller vivre dans un endroit où ses intégrités psychique et physique ne seraient pas respectées, la décision attaquée serait non seulement arbitraire et constitutive d'abus de droit, mais elle porterait également atteinte à sa liberté personnelle ainsi qu'à son intégrité et à son développement.
3.2 Le recourant soutient avant tout que l'exécution de mesures provisionnelles ne peut être suspendue qu'exceptionnellement et reproche pour l'essentiel à la juridiction cantonale d'avoir appliqué la jurisprudence fédérale sans tenir compte des circonstances du cas concret, à savoir celles d'un jeune homme de 13 ans, apte à comprendre, saisir et apprécier la portée du choix de son lieu de vie. En lui imposant, contre son gré, de changer celui-ci, son environnement scolaire et son cercle d'amis pour aller vivre dans un endroit où ses intégrités psychique et physique ne seraient pas respectées, la décision attaquée serait non seulement arbitraire et constitutive d'abus de droit, mais elle porterait également atteinte à sa liberté personnelle ainsi qu'à son intégrité et à son développement.
3.3 3.3.1 L'appel n'a en principe pas d'effet suspensif lorsqu'il a pour objet des décisions portant sur des mesures provisionnelles (<ref-law>). À teneur de l'<ref-law>, l'exécution des mesures provisionnelles peut exceptionnellement être suspendue si la partie concernée risque de subir un préjudice difficilement réparable. Les mesures protectrices de l'union conjugale, comme les mesures provisionnelles rendues dans une procédure de divorce, constituent des mesures provisionnelles au sens de l'art. 315 al. 4 let. b et 5 CPC (<ref-ruling> consid. 4.1 et les références). Tel est également le cas des mesures provisionnelles rendues dans le cadre d'une procédure de modification d'un jugement de divorce.
3.3.2 Selon la jurisprudence rendue en matière de procédures de mesures protectrices ou de mesures provisionnelles pour la durée de la procédure de divorce, les principes suivants sont applicables:
Lorsqu'en vertu de la décision de première instance, l'enfant demeure chez le parent qui prenait principalement soin de lui avant l'introduction de la procédure (parent de référence/Bezugsperson), l'instance d'appel doit rejeter la requête d'effet suspensif du parent sollicitant un changement de garde, des motifs sérieux devant toutefois être réservés, notamment lorsque la décision attaquée menace le bien de l'enfant et apparaît manifestement infondée (arrêt 5A_303/2012 du 30 août 2012 consid. 4.3.2 destiné à la publication).
Il en va différemment lorsque le juge de première instance statue sur la garde ou modifie celle-ci de sorte que l'enfant devrait être séparé du parent qui prend actuellement soin de lui. Le bien de l'enfant commande alors, dans la règle, de maintenir les choses en l'état et de laisser celui-ci auprès de la personne qui lui sert de référence. La requête d'effet suspensif du parent qui entend conserver la garde doit ainsi généralement être admise, sauf si l'appel paraît sur ce point d'emblée irrecevable ou manifestement infondé (arrêts 5A_194/2012 du 8 mai 2012 consid. 5.1.3; 5A_303/2012 du 30 août 2012 consid. 4.3.2 destiné à la publication). Le fait que la décision querellée ne paraisse pas insoutenable n'est en revanche pas suffisant pour refuser l'effet suspensif (arrêt 5A_303/2012 précité consid. 4.3.2). Le refus d'attribuer l'effet suspensif ne saurait s'appuyer sur des faits nouveaux, survenus postérieurement à la décision entreprise: en effet, l'instance de recours statuant sur l'effet suspensif à bref délai, l'enfant ne devrait pas être déplacé tant que celle-ci n'a pas statué, des changements successifs n'étant manifestement pas dans son intérêt.
3.3.3 Lorsqu'un jugement de divorce est en force, et que l'un des parents demande sa modification en ce sens que la garde des enfants lui soit transférée, le juge appelé à statuer à titre provisionnel doit appliquer les principes sus-exposés, en gardant cependant à l'esprit que seuls des faits nouveaux, importants et durables peuvent justifier une modification de la situation créée par le jugement de divorce. Le magistrat doit ainsi faire preuve d'une certaine retenue lorsqu'il s'agit de déterminer si les circonstances de fait invoquées justifient, pour la durée de la procédure, une modification dans l'attribution de la garde telle qu'elle a été décidée à l'issue de la procédure de divorce.
3.4 En l'espèce, les faits sur lesquels le recourant se fonde pour obtenir la levée de l'effet suspensif - violences psychiques et physiques prétendument exercées par l'intimée sur son fils - sont contestés par son ex-épouse; ils ne peuvent donc nullement être tenus pour établis. Conformément aux principes sus-exposés et en tant qu'il n'a pas été démontré que l'enfant encourrait un danger en restant chez sa mère, c'est ainsi sans arbitraire que le juge cantonal a admis la requête d'effet suspensif présentée par l'intimée. Que l'enfant se soit installé chez son père depuis une date non établie et qu'il doive en conséquence quitter son cercle scolaire et amical n'est à cet égard pas suffisant pour refuser la mesure sollicitée par sa mère.
S'agissant de la prétendue violation du droit à la liberté personnelle (art. 10 Cst.), le recourant omet que, si l'avis de l'enfant doit certes être pris en considération autant que possible (<ref-law>), il ne lui appartient toutefois pas de décider de son attribution à l'un ou l'autre parent. Quant au grief lié à la violation du droit à la protection de son fils (art. 11 Cst.), il se fonde sur des faits dont il vient d'être retenu qu'ils ne sont pas établis (consid. 2.2 supra).
4. Le recourant soulève également une violation du principe de la bonne foi, soutenant que l'arrêt querellé lui imposerait de modifier toutes les dispositions prises sur la base de la décision rendue par le Président du Tribunal civil de la Broye. Dès lors que le recourant a pris l'initiative d'exécuter la décision du premier juge sans attendre la décision sur l'effet suspensif, son grief est infondé.
5. Le recourant soutient enfin que l'arrêt entrepris instituerait un formalisme excessif en considérant que, dans la mesure où les parties n'avaient pas été citées en première instance, l'appel de l'intimée n'était pas dénué de chance de succès.
Contrairement à ce que paraît penser le recourant, ce n'est pas en se référant à cette circonstance que le juge cantonal a fait droit à la requête d'effet suspensif présentée par l'intimée, le magistrat émettant simplement des doutes quant au mode de procéder du premier juge. Au demeurant, le grief tel qu'il est développé par le recourant concerne en réalité la procédure d'appel au fond et non directement la question de l'octroi de l'effet suspensif; il est donc sans objet.
6. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, les frais judiciaires étant mis à la charge de son auteur (<ref-law>). Vu l'issue du recours, la requête d'effet suspensif présentée par le recourant devient sans objet; l'intimée, qui s'est déterminée à cet égard, a droit à une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'effet suspensif est sans objet.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Une indemnité de 400 fr., à verser à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, Ie Cour d'appel civil.
Lausanne, le 8 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso