Fatti:
A. L._, cittadino portoghese, attivo quale muratore indipendente dal 2001, in data 5 gennaio 2009 ha presentato istanza all'Ufficio dell'assicurazione invalidità del Cantone Ticino (UAI) tendente all'assegnazione di prestazioni di invalidità per adulti in relazione alle conseguenze di un infortunio intervenuto il 16 febbraio 2007.
Con decisione del 16 settembre 2010 l'amministrazione ha respinto la richiesta, adducendo, tra l'altro, che l'interessato risultava inabile nella misura del 50% in qualsiasi attività dal 1° marzo 2010. L'UAI ha pure precisato che avrebbe rivalutato il diritto a prestazioni durante il mese di marzo 2011, trascorso l'anno di attesa, qualora l'incapacità lavorativa fosse perdurata.
B. Con pronuncia del 7 febbraio 2011 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto ai sensi dei considerandi il gravame presentato dall'assicurato, rappresentato dalla X._, riconoscendogli il diritto a tre quarti di rendita (grado d'invalidità del 63%) con effetto dal 1° marzo 2010.
C. Contro il giudizio cantonale l'UAI insorge con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo preliminarmente la concessione dell'effetto sospensivo e, nel merito, l'attribuzione a L._ di un quarto di rendita dal 1° marzo 2010.
Chiamato a prendere posizione, l'assicurato, sempre rappresentato dalla X._, propone di respingere sia il ricorso che la richiesta di attribuzione dell'effetto sospensivo, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) ha rinunciato ad esprimersi.
Con decreto del 31 maggio 2011 il Giudice incaricato dell'istruzione ha respinto la richiesta di attribuire effetto sospensivo al ricorso.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezione del cpv. 2) e non è pertanto vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità precedente. Nondimeno, in considerazione delle esigenze di motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, esso esamina di principio unicamente le censure sollevate; non è tenuto, come lo è invece un'autorità di prima istanza, ad esaminare tutte le questioni giuridiche possibili, se queste non gli vengono (più) riproposte (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254). Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>) e vi si può scostare solo qualora questo accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'autorità giudiziaria di primo grado ha già esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti che devono essere adempiuti per conferire a una persona assicurata il diritto a una rendita dell'assicurazione invalidità. Dopo avere esposto i concetti d'incapacità al lavoro (<ref-law>), al guadagno (<ref-law>) e d'invalidità (<ref-law> e <ref-law>), i primi giudici, ricordati i limiti temporali del potere cognitivo del giudice nel caso di specie (<ref-ruling> consid. 3.1.1 pag. 220; <ref-ruling> consid. 1b pag. 366), hanno pertinentemente precisato a quali condizioni è concessa una rendita d'invalidità (<ref-law>), indicato il valore probatorio generalmente riconosciuto ai referti medici fatti allestire da un tribunale o dall'amministrazione conformemente alle regole di procedura applicabili (<ref-ruling> consid. 4 pag. 261, 351 consid. 3b/ee) nonché descritto il sistema di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (<ref-law>).
3. Non essendo (più) contestata in concreto la decorrenza della rendita, litigioso è unicamente il grado di invalidità. Fondata secondo l'UAI, come proposto pendente causa di ricorso in prima sede, è infatti soltanto l'assegnazione di un quarto di rendita.
3.1 L'amministrazione censura in particolare l'applicazione ai lavoratori indipendenti della giurisprudenza sul parallelismo dei redditi (<ref-ruling>; <ref-ruling>). Secondo l'Ufficio ricorrente infatti i dati estrapolati dall'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari (ISS), edita dall'Ufficio federale di statistica, si riferiscono soltanto a redditi percepiti da lavoratori dipendenti e pertanto non possono essere raffrontati con introiti percepiti da lavoratori in proprio. Nell'ipotesi in cui tuttavia il Tribunale federale ritenesse ammissibile applicare il principio del parallelismo dei redditi anche ai lavoratori indipendenti, l'UAI censura un accertamento incompleto dei fatti rilevanti con conseguente violazione del diritto federale, non esistendo la presunzione secondo cui l'assicurato non si accontenterebbe di un reddito basso. L'Ufficio ricorrente adduce infine che sarebbero stati erroneamente raffrontati redditi di anni diversi (da valido 2010 e da invalido 2009).
3.2 Nel proprio giudizio il Tribunale cantonale ha stabilito in fr. 48'750.60 il reddito da valido che l'assicurato avrebbe percepito nel 2010 quale muratore indipendente (invece del reddito percepito nel 2008, come considerato dall'UAI). A titolo di reddito da invalido la Corte cantonale ha computato fr. 18'019.71 (tenuto conto di un'abilità lavorativa del 50%), ricavandone un grado di invalidità del 63%. Il dato è stato estrapolato dalla tabella TA1 elaborata dall'Ufficio federale di statistica, livello di qualificazione 4 (fr. 57'672.-) e adattato all'evoluzione dei salari del 2009 e 2010 (reddito pari a fr. 59'413.06), tenuto conto di 41.7 ore settimanali (fr. 61'938.11 annui). L'importo è stato quindi ridotto del 21.37% per tener conto del fatto che il reddito da valido percepito quale muratore indipendente risultava inferiore del 26.37% a quello statistico svizzero (fr. 48'701.93, tabella TA1, punto 45 "costruzioni"). Infine, per tener conto delle circostanze specifiche del caso concreto, è stato dedotto un importo pari al 13%.
4. 4.1 Giusta l'<ref-law>, possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. La memoria ricorsuale deve in particolare esporre le ragioni per cui la condizione di cui all'<ref-law> sarebbe adempiuta (<ref-ruling> consid. 3 pag. 395). Eccezionalmente ammissibili, in quanto indotti dal giudizio impugnato, sono segnatamente quei fatti e quei mezzi di prova nuovi relativi a vizi formali della decisione contestata che l'interessato non doveva, in buona fede, attendersi, come pure quei fatti e quei mezzi di prova nuovi riguardanti circostanze che assumono rilevanza giuridica per la prima volta alla luce del giudizio impugnato (sentenza 8C_285/2010 del 6 settembre 2010 consid. 2.2; Ulrich Meyer, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, n. 46 seg. ad <ref-law>).
4.2 Nel ricorso l'UAI adduce che l'assicurato avrebbe lavorato quale dipendente prima di avviare l'attività in proprio, percependo un reddito più elevato rispetto a quello conseguito con l'attività indipendente di muratore (fr. 60'832 annui nel 1999 e fr. 32'832.- per sette mesi nel 2000, pari a fr. 56'283.42 annui). Tale fatto comproverebbe che l'assicurato si sarebbe accontentato di un reddito più modesto e che pertanto il reddito da valido non può essere adeguato ai valori medi nazionali.
Tale circonstanza, nuova, in quanto mai sollevata in precedenza, va ammessa in questa sede. Il fatto che l'assicurato avesse svolto attività dipendente in precedenza, percependo un reddito più elevato rispetto a quello conseguito con l'attività indipendente, ha assunto rilevanza giuridica per la prima volta alla luce di quanto esposto nel giudizio impugnato e meglio in seguito all'applicazione in concreto del principio relativo al parallelismo dei redditi rispettivamente all'affermazione secondo cui "non emergono indizi a favore del fatto che fosse intenzione dell'assicurato accontentarsi di un guadagno modesto".
5. 5.1 Per giurisprudenza, gli accertamenti dell'autorità giudiziaria di ricorso in merito al danno alla salute (diagnosi, prognosi, eziologia [nella misura in cui questo accertamento si rende necessario, segnatamente per le infermità congenite]), alla capacità lavorativa dell'assicurato e all'esigibilità di un'attività professionale - nella misura in cui quest'ultimo giudizio non si fonda sull'esperienza generale della vita - riguardano questioni di fatto che possono essere esaminate da questa Corte solo in maniera molto limitata (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 398).
5.2 Le regole legali e giurisprudenziali relative al modo di effettuare il raffronto dei redditi, comprese quelle riguardanti l'applicazione dei dati statistici dell'ISS, sono per contro questioni di diritto. In quest'ottica, la determinazione dei due redditi da porre a confronto costituisce una questione di diritto se si fonda sull'esperienza generale della vita; rappresenta invece un accertamento di fatto nella misura in cui si fonda su un apprezzamento concreto delle prove. Stabilire se si applicano i salari statistici dell'ISS, quale tabella utilizzare all'interno dell'ISS, rispettivamente se si impongono delle deduzioni in ragione di circostanze particolari (legate all'handicap della persona o ad altri fattori) sono questioni di diritto. Per contro, l'applicazione delle cifre riportate nelle tabelle determinanti dell'ISS è un accertamento di fatto. Infine, la questione relativa al grado di deduzione indicato nel caso concreto per tenere conto delle particolarità personali e professionali è una tipica questione di apprezzamento che può essere corretta solo se il giudice di primo grado ha esercitato questo apprezzamento in maniera giuridicamente errata, vale a dire solo in caso di eccesso o abuso del potere di apprezzamento (<ref-ruling> consid. 3.2 e 3.3 pag. 398 seg.).
6. Il tasso di invalidità va stabilito confrontando il reddito da lavoro che l'assicurato potrebbe conseguire dopo l'insorgenza dell'invalidità, e dopo l'esecuzione di eventuali provvedimenti d'integrazione, nell'esercizio di un'attività esigibile da lui in condizioni equilibrate del mercato del lavoro (reddito da invalido), con quello che avrebbe potuto conseguire se non fosse diventato invalido (reddito da valido; <ref-law>).
6.1 Per determinare il reddito ipotetico da valido occorre stabilire quanto guadagnerebbe la persona assicurata, secondo il grado di verosimiglianza preponderante, quale persona sana al momento della decorrenza del diritto alla rendita (<ref-ruling> consid. 4.3.1 pag. 224 con riferimento). Tale reddito dev'essere determinato il più concretamente possibile. Di regola ci si fonda sull'ultimo reddito conseguito prima dell'insorgenza del danno alla salute, se del caso adeguato al rincaro e all'evoluzione reale dei salari (<ref-ruling> consid. 4.3.1 pag. 224).
Nel caso di lavoratori indipendenti, il guadagno senza invalidità è determinato considerando l'evoluzione dell'azienda nell'ipotesi in cui non fosse subentrata l'invalidità, tenuto conto delle attitudini professionali e personali come pure del genere di attività, nonché della situazione economica e dell'andamento dell'azienda prima dell'insorgere dell'invalidità (RCC 1963 pag. 427, 1961 pag. 338). Il reddito medio o il risultato d'esercizio di aziende simili possono fungere da base per valutare il reddito ipotetico (RCC 1962 pag. 125; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 782/03 del 24 maggio 2006 consid. 3.1.3).
Se il reddito ipotetico che l'assicurato avrebbe potuto conseguire senza l'invalidità non è quantificabile in maniera attendibile, si farà riferimento a valori empirici o statistici (VSI 1999 pag. 248 consid. 3b).
Per il resto, occorre tenere conto del principio secondo cui - in assenza di indizi concreti che impongano una diversa valutazione - la persona assicurata avrebbe di regola, e conformemente all'esperienza generale della vita, continuato l'attività precedentemente svolta senza invalidità (RAMI 2000 no. U 400 pag. 381 consid. 2a).
6.2 Secondo la giurisprudenza, inoltre, se, per motivi non imputabili all'invalidità (quali scarsa formazione scolastica, formazione professionale carente, conoscenze linguistiche lacunose, limitate possibilità di assunzione a causa dello statuto di residenza rispettivamente problematiche legate al mercato del lavoro: <ref-ruling> consid. 4c pag. 277; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 32/04 del 6 agosto 2004 consid. 3; sentenza 9C_310/2009 del 14 aprile 2010 consid. 4.1.1 concernente il Cantone Ticino), il reddito percepito dalla persona assicurata prima dell'insorgenza del danno alla salute era considerevolmente inferiore alla media dei salari erogati per un'attività simile nel settore interessato (cioè divergeva di almeno il 5% dal salario statistico usuale nel settore: <ref-ruling> consid. 6.1.2 pag. 302 seg.) e altresì non vi è motivo di ritenere che fosse intenzionata ad accontentarsi di un reddito modesto, i medesimi fattori che hanno influenzato negativamente il reddito da valido devono essere considerati anche per fissare il reddito da invalido (cosiddetto principio del "parallelismo" dei dati da porre a confronto: DTF <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 326; <ref-ruling> consid. 4.4 pag. 225; RAMI 1993 no. U 168 pag. 103 consid. 5a e b; RCC 1989 pag. 485 consid. 3b; sentenze 8C_399/2007 del 23 aprile 2008 consid. 6.1 e U 493/05 dell'11 gennaio 2007 consid. 3.2; sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni I 801/03 del 20 luglio 2004 consid. 3.1.2, I 630/02 del 5 dicembre 2003 consid. 2.2.2 e giurisprudenza citata).
Alla base della citata giurisprudenza vi è la riflessione secondo cui un invalido non potrà realisticamente percepire il salario medio previsto dalle tabelle se già nell'attività svolta senza il danno alla salute conseguiva un reddito nettamente inferiore alla media per determinati motivi estranei all'invalidità (<ref-ruling> consid. 3.4.3 pag. 62; sentenza 9C_488/2008 del 5 settembre 2008 consid. 6.4, riassunta in RSAS 2008 pag. 570; sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni I 428/04 del 7 giugno 2006 consid. 7.2.2 e I 630/02 del 5 dicembre 2003 consid. 2.2.2).
6.3 La giurisprudenza sul parallelismo dei redditi è stata ulteriormente precisata nella sentenza pubblicata in <ref-ruling>. In tale occasione il Tribunale federale ha evidenziato che, laddove un reddito da invalido appartenente alla fascia media appare realisticamente conseguibile rispettivamente ragionevolmente esigibile, un reddito da valido inferiore alla media per motivi economici non va adeguato al valore medio di tale reddito, in quanto il potenziale economico non sfruttato non è assicurato. (<ref-ruling> consid. 3.4.1 - 3.4.3 pag. 60 segg.). Tale procedere non discrimina inoltre le persone a basso reddito, poiché per la determinazione del grado di invalidità è rilevante unicamente la perdita di guadagno causata da un danno alla salute (sentenza citata consid. 3.4.1-3.4.6 pag. 60 segg.).
6.4 Il parallelismo dei redditi può realizzarsi in particolare a livello del reddito da valido, tramite adeguato aumento oppure facendo capo ai valori statistici, o ancora a livello del reddito da invalido, mediante una riduzione adeguata del valore statistico (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 59; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 326).
In una seconda fase, occorre poi esaminare la questione di un'eventuale deduzione dal reddito da invalido ottenuto sulla base dei valori medi statistici. I fattori estranei all'invalidità di cui si è già tenuto conto tramite il parallelismo dei redditi non possono essere presi in considerazione nell'ambito della deduzione per circostanze personali e professionali (DTF <ref-ruling> consid. 5.2 e 6.2 pag. 328 e 329 seg.).
7. Per determinare il reddito da invalido fa stato in primo luogo la situazione salariale concreta dell'assicurato, a condizione che, cumulativamente, il rapporto di lavoro sia particolarmente stabile, egli sfrutti in maniera completa e ragionevole la capacità lavorativa residua, il reddito derivante dall'attività effettivamente svolta sia adeguato e non costituisca un salario sociale (<ref-ruling> consid. 3b/aa pag. 76 e la giurisprudenza ivi citata). Qualora difettino indicazioni economiche effettive, possono essere ritenuti i dati forniti dalle statistiche salariali, come risultano dall'ISS (<ref-ruling> consid. 3b/bb pag. 76 con riferimenti), oppure quelli deducibili dalla documentazione dell'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI) relativa ai posti di lavoro (DPL; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 40/98 del 1° marzo 1999, in RAMI 1999 no. U 343 pag. 412).
Se e in quale misura, nel singolo caso, i salari fondati su dati statistici debbano essere ridotti dipende dall'insieme delle circostanze personali e professionali concrete (limitazione addebitabile al danno alla salute, età, anni di servizio, nazionalità e tipo di permesso di dimora, grado di occupazione), criteri, questi, che l'amministrazione è tenuta a valutare globalmente. La Corte ha precisato al riguardo che una deduzione globale massima del 25% del salario statistico permette di tenere conto delle varie particolarità suscettibili di influire sul reddito del lavoro. Tale deduzione non è tuttavia automatica, ma deve essere valutata di caso in caso. È in ogni modo compito dell'amministrazione e, nell'eventualità di ricorso, del giudice del merito motivare l'entità della deduzione, fermo restando che quest'ultimo non può scostarsi dalla valutazione dell'amministrazione senza fondati motivi (<ref-ruling> consid. 5b/dd e 6 pag. 80 seg.; i principi sono stati confermati in <ref-ruling>).
8. 8.1 In casu, il Tribunale cantonale ha applicato all'intimato, che svolgeva attività indipendente, i principi sviluppati dalla giurisprudenza sul parallelismo dei redditi, ritenuto che il reddito percepito senza l'invalidità era inferiore al salario medio erogato nel settore interessato.
A titolo di premessa va posto in evidenza che la situazione dei lavoratori in proprio non è identica a quella dei lavoratori dipendenti, già per il fatto che non esistono dati statistici sufficienti da porre a confronto (su questo tema vedi Hardy Landolt, Invaliditätsbemessung bei Schlechtverdienenden - Ein Methoden- oder auch ein Gerechtigkeitsproblem?, in Sozialversicherungsrechtstagung 2006, San Gallo 2006, pag. 31 segg., in particolare pag. 59 e 64-65). Inoltre nel primo caso il successo dell'attività e quindi anche l'ammontare degli introiti dipende in gran parte dall'impegno, dalle doti imprenditoriali e dalla volontà del titolare dell'azienda, rispettivamente dipende da tali fattori in misura nettamente superiore rispetto alla seconda categoria (RCC 1981 pag. 40 consid. 2, 1962 pag. 125; si confronti anche sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 696/01 del 4 aprile 2002 consid. 4b). Tuttavia si deve senz'altro riconoscere che anche il reddito da indipendente viene influenzato da fattori estranei all'invalidità, quali ad esempio le condizioni del mercato del lavoro, oppure le carenze linguistiche o di formazione. Il mancato adeguamento di un reddito da valido quale indipendente potrebbe pertanto discriminare ingiustamente un lavoratore in proprio rispetto ad un dipendente, nella misura in cui l'importo esiguo del reddito è riconducibile a motivi estranei all'invalidità - rilevanti - (si veda in proposito <ref-ruling>; <ref-ruling>; sentenza 9C_488/2008 del 5 settembre 2008 consid. 6.4, riassunta in RSAS 2008 pag. 570), quali ad esempio la citata situazione del mercato del lavoro (Hardy Landolt, op. cit., pag. 56).
D'altro canto, accertare quale parte del reddito dipende dalle condizioni del mercato del lavoro e quale dall'impegno dell'assicurato, rispettivamente dall'uso che egli fa del proprio potenziale economico o da altri fattori (si confronti sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 696/01 del 4 aprile 2002 consid. 4b), risulta impresa alquanto ardua (malgrado ne sia stata negata l'applicazione diretta, potrebbe essere eventualmente d'aiuto, a titolo di indizio, la tabella TA13 relativa alle grandi regioni: si veda in proposito sentenza 9C_310/ 2009 consid. 4.1.1, in cui si fa espresso riferimento, alla luce della citata tabella, alla diversa realtà del mercato del lavoro nel Cantone Ticino).
8.2 Nel merito, la fattispecie in esame sembra di primo acchito simile a quelle descritte in <ref-ruling> e nella sentenza 9C_683/2010 del 10 dicembre 2010. Anche in quei casi veniva esercitata da diversi anni un'attività indipendente - anche se in un settore differente, in particolare in quello della ristorazione, da quello esercitato in precedenza e meno redditizio - con introiti chiaramente sotto la media. I redditi percepiti sono stati tuttavia computati senza procedere ad alcun adeguamento, ritenuto che gli assicurati non realizzavano appieno la propria capacità economica. In entrambi i casi infatti in precedenza essi avevano svolto altri lavori, meglio rimunerati, a titolo dipendente, i cui redditi non risultavano sotto la media. Malgrado l'invalidità, il conseguimento di un reddito medio è stato pertanto ritenuto ammissibile.
8.3 La situazione in esame si scosta tuttavia dai casi summenzionati. Da un lato dagli atti non emergono indizi secondo cui l'assicurato non avrebbe sfruttato appieno la propria capacità economica (<ref-ruling>). Egli svolgeva infatti a titolo indipendente l'attività appresa, seppur empiricamente, non un'attività diversa (e quindi neppure meno redditizia). In simili circostanze si può quindi affermare che egli ha tentato di mettere a frutto il proprio potenziale economico, lavorando nel settore di cui si era sempre occupato, seppur senza disporre di una vera e propria formazione professionale.
Quale motivo lo abbia spinto ad avviare un'attività indipendente (apparentemente meno redditizia) non è noto. Dagli atti risulta unicamente che l'intimato ha lavorato come dipendente nel 1999 e per sette mesi nel 2000 in due ditte diverse. Se è vero che nel 1999/2000 sembra aver percepito un reddito più elevato, è anche vero che lo svolgimento di attività dipendente non sembra essere stato costante. Di tale irregolarità non sono tuttavia noti i motivi. In proposito si potrebbero azzardare diverse ipotesi e meglio da un lato che non essendo stato in grado di percepire regolarmente un reddito da dipendente di tale portata (per ragioni inerenti il mercato del lavoro, per carenze di formazione o altro), l'interessato abbia deciso di mettersi in proprio. Dall'altro, potrebbe essersi effettivamente accontentato di un reddito meno elevato per poter beneficiare dei vantaggi che un'attività indipendente offre.
Va inoltre evidenziato che l'amministrazione non ha motivato la riduzione del 13% apportata al reddito da invalido, la quale potrebbe dare un'indicazione sui motivi estranei all'invalidità considerati rilevanti in concreto e quindi anche sul fatto se per l'assicurato sarebbe realisticamente ammissibile, malgrado l'invalidità, percepire un reddito medio come indicato nella sentenza pubblicata in <ref-ruling>. Essa si è infatti limitata a precisare che si tratterebbe di "svantaggi salariali derivanti da contingenze particolari" oppure a indicare genericamente "altri fattori di riduzione", rispettivamente ad escludere il motivo inerente alla capacità di svolgere unicamente attività leggere.
In simili circostanze le sentenze citate al considerando 8.2 non possono giustificare un eventuale mancato adeguamento del reddito da valido, ritenuto che le fattispeci non sono paragonabili e che motivi estranei all'invalidità, rilevanti per il calcolo del grado di invalidità, potrebbero aver influenzato l'importo del reddito dell'interessato.
8.4 La questione se anche i redditi da indipendente vadano o meno adeguati in base al principio del parallelismo dei redditi va inoltre esaminata, come nel caso dei dipendenti, soltanto se è comprovato che l'assicurato non intendeva accontentarsi di un introito limitato, ritenuto che, come indicato dall'UAI, non vi è una presunzione in tal senso.
Secondo la Corte cantonale non vi sarebbero indizi secondo cui l'opponente si sarebbe accontentato di tale reddito. Tale affermazione non risulta tuttavia provata con il grado della verosimiglianza preponderante valido nelle assicurazioni sociali e viene messa in dubbio dalle affermazioni addotte dall'amministrazione in questa sede, secondo cui l'intimato nel corso del 1999 e del 2000 ha percepito redditi da dipendente superiori a quelli conseguiti quale indipendente. Tali circostanze potrebbero avvalorare la tesi secondo cui l'assicurato si sarebbe accontentato di un reddito inferiore pur di lavorare in proprio. Come già accennato al considerando precedente, dagli atti emerge tuttavia che l'assicurato ha lavorato quale dipendente unicamente per due brevi periodi; altresì non è dato di sapere per quale ragione avrebbe deciso di intraprendere un'attività indipendente.
Il fatto che l'interessato svolgeva precedentemente un'attività dipendente meglio remunerata non permette quindi, forzatamente, di concludere, in assenza di ulteriori approfondimenti, che egli si sia accontentato di un reddito esiguo. Potrebbe infatti anche significare che l'assicurato, eventualmente per motivi estranei all'invalidità, non era in grado di mantenere tali lavori. Gli stessi motivi potrebbero poi aver influito anche sull'attività indipendente.
Da quanto sopra discende che questa Corte non dispone di elementi sufficienti per statuire sul grado di invalidità dell'assicurato, segnatamente sull'ammontare degli elementi da porre a confronto; di conseguenza il ricorso dell'amministrazione dev'essere accolto, in quanto il giudizio impugnato si fonda su un accertamento incompleto dei fatti rilevanti, violando il principio inquisitorio e quindi il diritto federale (sentenza 9C_409/2009 dell'11 dicembre 2009 consid. 3.3).
Il giudizio impugnato e la decisione amministrativa vanno pertanto annullati e l'incarto rinviato all'amministrazione affinché stabilisca se l'assicurato intendeva o meno accontentarsi di un reddito inferiore alla media. In caso di risposta negativa, andrà ancora esaminato se è ammissibile ritenere che da invalido l'assicurato possa percepire un reddito medio oppure se motivi estranei all'invalidità non permettono di concludere in tal senso. Alla luce degli accertamenti esperiti, l'UAI statuirà nuovamente sul grado di invalidità dell'intimato, tenuto conto del fatto che il diritto ad un quarto di rendita non è contestato.
Al riguardo va precisato che pure la questione della deduzione da apporre al reddito da invalido va rivista, in quanto la riduzione del 13% non è motivata e pertanto non è conforme al diritto federale (in particolare al diritto di essere sentito di cui all'<ref-law>); non è infatti dato di sapere quali motivi sono stati posti alla base della riduzione e quindi non è neppure possibile contestare correttamente il provvedimento.
9. Le spese seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dell'opponente (<ref-law>), in quanto il rinvio della causa equivale a un pieno successo (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 235; cfr. inoltre sentenza 8C_671/2007 del 13 giugno 2008 consid. 4.1).
L'UAI, vittorioso in causa, non ha diritto all'assegnazione di spese ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto nel senso che, annullati il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 7 febbraio 2011 e la decisione impugnata dell'Ufficio dell'assicurazione invalidità del Cantone Ticino del 16 settembre 2010, la causa è rinviata all'amministrazione perché proceda conformemente ai considerandi e si pronunci di nuovo sul grado di invalidità dell'opponente, fermo restando il diritto di quest'ultimo ad un quarto di rendita con effetto dal 1° marzo 2010.
2. Le spese giudiziare di fr. 500.- sono poste a carico dell'opponente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.