Faits:
A.
A.a. D._ SA, dont l'actionnaire est E._, d'une part, et F._ et G._ AG, d'autre part, étaient actionnaires à raison de 50% chacun des trois sociétés A._ SA, B._ SA et C._ SA, actives notamment dans le domaine immobilier.
A.b. F._ et G._ AG ont ouvert action contre les trois sociétés devant le Tribunal civil de la Veveyse et demandé la dissolution de celles-ci pour justes motifs. A l'audience du 2 mai 2012, les parties et D._ SA ont passé une transaction, convenant notamment de demander au tribunal de prononcer la dissolution des trois sociétés et de nommer H._ en qualité de liquidateur, ce dont le Tribunal a pris acte par jugement du 11 mai 2012.
A.c. Le 1er octobre 2012, dans le cadre de la liquidation de B._ SA, le liquidateur H._ a versé une somme de 1'052'394 fr. à G._ AG et F._, à titre de remboursement anticipé des fonds propres apportés par ceux-ci. C'est ce versement qui est reproché au liquidateur.
A.d. Une procédure pénale oppose désormais F._ à E._.
B. Le 4 janvier 2013, D._ SA a requis du Président du Tribunal civil de la Veveyse la révocation du liquidateur H._, sur la base de l'<ref-law>, et la désignation d'un nouveau liquidateur. En substance, elle reproche au liquidateur de favoriser systématiquement à son détriment les actionnaires F._ et G._ SA.
Par jugement du 30 mai 2013, le Président du tribunal a rejeté la demande de révocation du liquidateur H._.
Statuant par arrêt du 12 novembre 2013, la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a admis l'appel de D._ SA en tant qu'il est dirigé contre les trois sociétés, a annulé le jugement attaqué, a révoqué le liquidateur H._ et a renvoyé la cause au Président du tribunal pour complément de l'état de fait et nouvelle décision en ce qui concerne la désignation du nouveau liquidateur des trois sociétés.
C. Contre cet arrêt, A._ SA en liquidation, B._ SA en liquidation et C._ SA en liquidation, représentées par H._, ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 20 janvier 2014. Elles concluent à l'annulation de cet arrêt et, principalement, à la confirmation de H._ dans sa fonction de liquidateur, subsidiairement, au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elles se plaignent d'établissement inexact des faits et de violation de l'<ref-law>. Elles sollicitent également l'octroi de l'effet suspensif.
D._ SA a déposé une réponse le 25 février 2014, concluant au rejet du recours, et le Tribunal cantonal a déclaré n'avoir pas d'observations à formuler le 28 janvier 2014. Les trois sociétés recourantes ont déposé des observations sur la réponse le 13 mars 2014 et la société intimée a formulé ses dernières observations le 31 mars 2014.

Considérant en droit:
1.
1.1. La décision par laquelle le juge prononce la révocation d'un liquidateur pour justes motifs en vertu de l'<ref-law> - qu'il s'agisse d'un liquidateur nommé par l'assemblée générale (<ref-law>) ou d'un liquidateur désigné par le juge (<ref-law>) - peut faire l'objet d'un recours en matière civile (<ref-law>); la distinction qui prévalait sous l'ancienne OJ entre juridiction contentieuse et juridiction gracieuse, le recours en réforme étant exclu en matière gracieuse (<ref-ruling> consid. 1a; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, 1990, n. 1.2.68 ad Titre II, p. 22-23), n'a plus de portée sous l'empire de la LTF ( FRANÇOIS RAYROUX, in Commentaire romand, Code des obligations II, 2008, no 6 ad <ref-law>; CHRISTOPH STÄUBLI, in Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 4e éd. 2012, no 10 ad art. 740/741 CO). La cause est de nature pécuniaire et la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>). Comme la décision attaquée révoque le liquidateur et renvoie la cause à l'autorité précédente pour nomination d'un nouveau liquidateur, il s'agit d'une décision partielle, qui doit faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral conformément à l'<ref-law>. Les trois sociétés recourantes, qui avaient la qualité pour défendre en première instance cantonale et la qualité d'intimées en appel, demeurent valablement représentées dans la présente procédure par le liquidateur H._, dès lors que le jugement qui prononce la révocation du liquidateur est un jugement formateur ( MAX GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3e éd. 1979, p. 212 note 26), qui n'acquiert pas force de chose jugée, ni force exécutoire s'il est remis en cause par un recours en matière civile au Tribunal fédéral (<ref-law>). Interjeté en temps utile et dans les formes prescrites (art. 100 al. 1 en relation avec l'art. 48 al. 1 let. c LTF et 42 al. 1 et 2 LTF), contre une décision rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>), le recours en matière civile est donc recevable.
1.2. Les faits nouveaux et pièces nouvelles présentés de part et d'autre sont irrecevables (<ref-law>).
2. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4).
3. Les recourantes reprochent à la cour cantonale, qui a admis que le liquidateur devait être révoqué pour justes motifs, d'avoir méconnu cette dernière notion figurant à l'<ref-law>.
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, à la requête d'un actionnaire et s'il existe de justes motifs, le juge peut révoquer des liquidateurs et, au besoin, en nommer d'autres.
Dans l'<ref-ruling>, consid. 3.2, le Tribunal fédéral a tout d'abord défini la notion de justes motifs. Par justes motifs, il entend toutes circonstances desquelles on peut déduire objectivement que la liquidation ne sera pas exécutée de manière régulière, de telle sorte que les intérêts des actionnaires et de la société pourraient être mis en péril ou lésés. Puis, le Tribunal fédéral a énuméré différentes circonstances qui réalisent cette condition, en particulier l'existence d'un conflit avec un actionnaire ou un groupe d'actionnaires. Il a relevé que le liquidateur dispose d'une marge de manoeuvre étendue, mais que celle-ci est limitée par le fait qu'il doit garantir les intérêts de la société, qu'il ne doit pas agir dans l'intérêt d'actionnaires déterminés, mais doit veiller à un traitement égal de tous les actionnaires.
3.2. Se référant à la notion de justes motifs utilisée dans d'autres dispositions du CO, les recourantes soutiennent que les motifs ne doivent pas seulement être " justes ", mais doivent surtout être " importants ", comme cela résulte du texte allemand qui parle de " wichtige Gründe ". Il faut qu'il y ait des circonstances présentant un certain caractère de gravité; il doit s'agir de circonstances exceptionnelles, dans lesquelles on ne saurait imposer à une partie le maintien d'une situation juridique donnée. Selon elles, pour admettre de justes motifs au sens de l'<ref-law>, le juge doit tenir compte de toutes les circonstances particulières du cas concret. Or, la cour cantonale aurait fait totalement abstraction des circonstances dans lesquelles le paiement litigieux est intervenu. De plus, elle n'aurait pas tenu compte de l'intérêt social à maintenir en place le liquidateur, en particulier pour les deux autres sociétés.
Dès lors que les recourantes ne critiquent pas les considérants de droit de l'<ref-ruling>, ni ceux de l'arrêt 4C.92/2005, mais estiment que les circonstances de la présente espèce ne présentent pas d'analogie avec les circonstances exceptionnelles à la base de ces arrêts, il n'y a pas lieu d'examiner plus avant la notion de justes motifs telle que définie par la jurisprudence. Il suffira de contrôler la subsomption effectuée par la cour cantonale (cf. infra consid. 4.3).
4.
4.1. A l'instar du premier juge, la cour cantonale a considéré que seuls des faits postérieurs à l'entrée en fonction du liquidateur peuvent être pris en considération pour décider s'il y a juste motif de révocation dès lors que l'actionnaire de la demanderesse, E._, savait que le liquidateur avait déjà fait beaucoup d'affaires avec F._, l'autre actionnaire des trois sociétés, qu'il avait confiance en ce liquidateur et que, par conséquent, si ces relations d'affaires avaient dû être un obstacle à la nomination de celui-ci, il aurait dû les invoquer au moment de sa nomination.
A propos du versement de 1'052'394 fr. à G._ SA/F._ le 1er octobre 2012, le premier juge a considéré qu'il s'agissait d'un remboursement de fonds propres (et non du remboursement d'un prêt). Ce faisant, le liquidateur a anticipé sur le remboursement de fonds propres apportés et sur la répartition du bénéfice. Or, toujours selon le premier juge, le liquidateur ne pouvait ignorer que le montant était contesté, puisque le comptable de la société avait estimé nécessaire de retraiter la question, que, dans le cadre de la procédure pénale, le procureur lui avait demandé d'établir un rapport et que le représentant de la demanderesse lui avait enjoint de ne procéder à aucun versement. Le premier juge a toutefois tenu compte du contexte particulier dans lequel a agi le liquidateur: les comptes avaient été approuvés et transmis aux autorités fiscales; la demanderesse s'était déjà remboursé certains montants. Il a donc estimé que, dans ces circonstances, il était compréhensible que le liquidateur n'ait pas été convaincu par les déclarations du comptable, ni impressionné par l'injonction de ne pas effectuer de versement. Il n'y avait certes pas urgence à effectuer ce versement et le liquidateur aurait mieux fait d'attendre la fin des décomptes.
En revanche, la cour cantonale a estimé qu'elle ne pouvait pas suivre le premier juge, qui ne reprochait au liquidateur que d'avoir agi quelque peu précipitamment, dans un contexte particulier de confusion, sans que son impartialité pût être mise en doute. Pour elle, le liquidateur a remboursé des fonds propres à un actionnaire alors qu'il ne pouvait ignorer que le montant des apports respectifs des actionnaires était contesté et que l'autre actionnaire lui avait expressément enjoint de ne procéder à aucun versement ni aucune distribution en faveur d'un actionnaire. Elle a estimé que, dès lors que la situation financière des projets immobiliers effectués par E._ et F._ est complexe, qu'il est difficile d'établir le montant de leurs apports respectifs et que l'ensemble du dossier fait l'objet d'une procédure pénale (ce qui souligne la complexité du dossier et ne favorise pas sa transparence), le liquidateur aurait dû, en l'état, attendre la fin des décomptes avant de procéder à un remboursement en faveur d'un actionnaire. En versant la somme de 1'052'394 fr., le liquidateur n'a pas rempli sa fonction et a favorisé - même si c'est temporairement - l'un des actionnaires alors que l'autre s'y opposait. Il importe peu que l'autre actionnaire ait bénéficié précédemment de versements en sa faveur ou que la société dispose encore des fonds nécessaires à la liquidation des comptes courants actionnaires et au versement d'un bénéfice. Ce versement constitue à lui seul un juste motif de révocation au sens de l'<ref-law>, et il est donc superflu d'examiner les autres griefs.
4.2. Les recourantes formulent tout d'abord une série de critiques sous le titre d'" Établissement manifestement inexact des faits " (p. 9 ss).
4.2.1. Elles reprochent à la cour cantonale de s'être fondée sur un seul acte, qui ne concerne que l'une des sociétés, d'avoir retenu isolément certains faits et d'en avoir ignoré ou passé sous silence d'autres, pourtant déterminants et établis, pour admettre l'existence d'un juste motif de révocation. Elles lui font grief d'avoir admis que la situation financière était complexe et l'établissement des apports respectifs difficiles à établir sur la base du rapport I._ (p. 11 4e par.), d'avoir ignoré que E._ avait été seul administrateur des trois sociétés, qu'il avait établi les comptes de celles-ci avec son comptable I._ et que les motifs pour lesquels le premier juge a écarté les griefs de la demanderesse fournissent des informations importantes concernant le contexte de l'affaire et démontrent le véritable acharnement de la demanderesse à l'encontre du liquidateur H._, en vue d'empêcher celui-ci de découvrir les faits justifiant les préventions d'escroquerie et de faux dans les titres qui pèsent sur E._. Selon elles, si la cour cantonale avait examiné le dossier dans son ensemble, elle aurait constaté que le liquidateur a toujours cherché des solutions en respectant les intérêts des deux actionnaires (p. 11 in fine et 12). Elles reprochent aussi à l'autorité précédente de n'avoir pas examiné le travail du liquidateur dans les deux autres sociétés pour prononcer la révocation en relation avec ces dernières (p. 12 2e par. in fine). Elles exposent ainsi différents faits concernant la société A._, dont il résulterait un montage financier, que le liquidateur allait mettre à jour (p. 13). Enfin, elles relèvent différentes circonstances qui ont entouré le paiement du montant de 1'052'394 fr. à G._ SA, notamment que celui-ci a été effectué sur la base des comptes, qui ont servi à établir les déclarations fiscales, et soutiennent que ce paiement n'a occasionné aucun dommage (p. 13 ss).
4.2.2. En tant qu'elles estiment que c'est contre toute attente que la cour cantonale a retenu, d'une part, que le rapport du comptable I._ n'est pas l'objet du présent litige et n'est pas fiable et, d'autre part, s'est fondée sur ce même rapport pour affirmer que la situation financière des projets immobiliers des actionnaires est complexe et qu'il est difficile d'établir leurs apports respectifs (p. 11 4e par.), les recourantes se méprennent sur le sens de la motivation cantonale. La cour cantonale s'est limitée à relever que le dossier comptable semble être d'une grande complexité et que le comptable I._ a dû s'y rependre à trois reprises pour remettre un rapport final au Procureur, chargé du dossier pénal, en ce qui concerne les apports des actionnaires, le Procureur ne semblant d'ailleurs pas satisfait de ces rapports et ayant mandaté un expert comptable externe. Par leur critique, les recourantes ne démontrent nullement en quoi la constatation de la cour cantonale serait arbitraire.
Pour le reste, il est vrai que, sur nombre de points relevés par les recourantes, il n'y a pas de constatations dans l'arrêt cantonal. Une telle absence de constatations de fait ne relève toutefois pas de l'établissement inexact (arbitraire) des faits. En effet, si la motivation, par laquelle la cour a retenu un juste motif de révocation, se révèle conforme au droit fédéral, ces faits ne seront pas pertinents en droit.
4.3. Les recourantes s'en prennent également à l'application du droit aux faits constatés dans l'arrêt cantonal (p. 20 ss).
4.3.1. L'appréciation de l'existence d'un juste motif de révocation relève du pouvoir d'appréciation du juge cantonal (<ref-law>; dans l'application de l'<ref-law>, cf. <ref-ruling> consid. 3.3). Le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec réserve la décision d'équité prise par celui-ci. Il n'intervient que si le juge a excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation; tel est notamment le cas si la décision attaquée s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle ou lorsqu'elle ignore des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; le Tribunal fédéral redresse en outre les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 51, 109 consid. 2 p. 111 s. et les arrêts cités).
4.3.2. Les recourantes soutiennent que les liens existant entre le liquidateur et les deux groupes d'actionnaires et leurs représentants ne présentent pas le caractère de gravité des situations ayant donné lieu aux deux arrêts du Tribunal fédéral (<ref-ruling> et 4C.92/2005). Elles estiment que, si le liquidateur a versé le montant litigieux, il l'a fait conformément aux comptes de la société et aux déclarations d'impôts, que l'autre actionnaire avait déjà prélevé des montants de 931'336 fr. et 2'000'000 fr. et que le solde à disposition de 3'646'620 fr. était suffisant pour la liquidation des comptes courants actionnaires et au versement d'un bénéfice. En substance, elle fait valoir que l'ancien administrateur des sociétés, E._, n'est pas parvenu à téléguider le liquidateur et que, désormais, il met tout en oeuvre pour l'éliminer, ce que le premier juge avait parfaitement compris. Selon elles, alors que le premier juge avait procédé à une analyse détaillée de toute l'affaire, la cour cantonale ne s'est fondée que sur un acte, hors contexte, et a admis un juste motif de révocation, semblant considérer que le remplacement du liquidateur et la personne de celui-ci importent peu et qu'il n'y a donc pas lieu de se montrer trop exigeant pour admettre un juste motif (p. 16 ss).
Force est tout d'abord d'admettre que si le liquidateur a effectivement favorisé l'un des actionnaires dans le cadre de la liquidation de l'une des trois sociétés, comme l'a admis la cour cantonale, le même motif de révocation peut valoir pour les deux autres, et cela même si aucun acte spécifique de favorisation n'a pu être retenu en relation avec celles-ci, dès lors que c'est la personne du liquidateur qui fait problème.
En ce qui concerne le paiement litigieux, constituant pour elle le juste motif de révocation, la cour cantonale a retenu que le liquidateur a remboursé le montant de 1'052'394 fr. correspondant à un apport de l'un des actionnaires alors qu'il savait que le montant des apports était contesté, que l'autre actionnaire s'opposait à ce versement, que les projets immobiliers étaient complexes, l'établissement des apports difficiles et une procédure pénale pendante. En tant qu'elles considèrent que cet acte ne présente pas un degré de gravité comparable à celui visé par les arrêts précités, les recourantes méconnaissent qu'il suffit, au sens de la jurisprudence, que le liquidateur ait favorisé l'un des actionnaires et n'ait, de ce fait, pas veillé à un traitement égal de ceux-ci pour qu'un juste motif de révocation soit réalisé, ce qui est le cas en l'espèce. Les recourantes ne parviennent à établir aucun abus ou excès du pouvoir d'appréciation de la cour cantonale à cet égard.
5. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, et les frais et dépens mis solidairement à la charge des recourantes (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF). Le présent arrêt rend la requête d'effet suspensif - au demeurant inutile, le recours ayant effet suspensif de par la loi (cf. supra consid. 1.1) - sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3.
Une indemnité de dépens de 7'000 fr. à verser à l'intimée est mise solidairement à la charge des recourantes.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Ie Cour d'appel civil.
Lausanne, le 15 avril 2014
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget