Sachverhalt:
A. Unter der Firma Helsana Versicherungen AG besteht seit 1996 eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Dübendorf/ZH. Sie übernahm von den Vereinen Krankenkasse Helvetia und Artisana Kranken- und Unfallversicherung einen Teil der Aktiven sowie sämtliche Passiven. Im Jahre 2000 wurden die Bereiche Grund- und Zusatzversicherung rechtlich getrennt, indem das Zusatzversicherungsgeschäft im Rahmen einer Sacheinlage (bewegliches Vermögen, Wertschriften) auf die Helsana Zusatzversicherungen AG übertragen wurde. Das Grundeigentum blieb gesamtschweizerisch bei der Helsana Versicherungen AG. Dasselbe galt für die Mitarbeiter, die weiterhin privatrechtlich von der Helsana Versicherungen AG angestellt wurden. Die Kosten für deren Leistungen werden gemäss einer "Dienstleistungsvereinbarung" vom 30. Oktober 2000 nach einem Verteilschlüssel auf die beiden Gesellschaften verlegt.
B. Am 6. Oktober 2004 reichte die Helsana Versicherungen AG die Steuererklärungen für die Jahre 2000-2003 bei der Kantonalen Steuerverwaltung Wallis ein. Soweit ihre Geschäftstätigkeit im Kanton Wallis betreffend, berief sie sich auf die Befreiung von der Steuerpflicht nach Art. 79 Abs. 1 lit. e des Steuergesetzes des Kantons Wallis vom 10. März 1976 (StG). Für ihre vier Betriebsliegenschaften im Kanton Wallis, die gemäss Art. 79 Abs. 3 StG der Grundsteuer unterliegen, beanspruchte sie Steuerfreiheit nach Bundesrecht (<ref-law> [SR 832.10]; <ref-law> [SR 830.1]).
Die Kantonale Steuerverwaltung Wallis gewährte die Steuerbefreiung für die Gewinn- und Kapitalsteuer. Sie veranlagte jedoch die Helsana Versicherungen AG für die Grundstücksteuer von 1o/oo auf dem Steuerwert der im Kanton Wallis gelegenen Grundstücke (Veranlagungsverfügungen vom 19. November bzw. 18. Dezember 2004). Die Einsprachen gegen diese Veranlagungsverfügungen wies die Kantonale Kommission für die Einschätzung der juristischen Personen am 20. Mai 2009 ab. Sie erwog, bei der Grundstücksteuer nach Art. 79 Abs. 3 StG handle es sich um eine Steuer, welche nicht unter <ref-law> bzw. <ref-law> falle.
Mit Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis machte die Helsana Versicherungen AG geltend, <ref-law> bezwecke nach dem Willen des Gesetzgeber die Befreiung der Krankenversicherer von allen direkten Steuern. Darunter falle auch die Grundstücksteuer gemäss Art. 79 Abs. 3 StG.
Die Steuerrekurskommission wies die Beschwerde mit Urteil vom 20. Mai 2009 ab. Nach Ansicht des Gerichts dient die Helsana Versicherungen AG nicht "ausschliesslich der Durchführung der sozialen Krankenversicherung" resp. Sozialversicherung, weshalb es an den Voraussetzungen für die Steuerbefreiung nach Bundesrecht fehle.
C. Hiergegen führt die Helsana Versicherungen AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis vom 20. Mai 2009 und die vorangegangenen Entscheide seien aufzuheben. Es seien für die Jahre 2000-2003 keine Grundstücksteuern zu erheben.
Die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Steuerverwaltung des Kantons Wallis und die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichteten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss den geänderten Bestimmungen über die Rechtspflege im Kanton Wallis entscheidet die Steuerrekurskommission über Beschwerden hinsichtlich der Staatssteuer als letzte kantonale Instanz (Art. 150 Abs. 2 StG in der Fassung gemäss Gesetz betreffend die Änderung der Rechtspflegeordnung vom 9. November 2006). Der angefochtene Entscheid erweist sich somit als kantonal letztinstanzlich (<ref-law>) und unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid beschwert und zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law>). Auf die auch den weiteren formellen Anforderungen genügende Beschwerde ist einzutreten.
Unzulässig ist der Antrag, auch die Veranlagungsverfügungen und der Einspracheentscheid seien aufzuheben. Diese wurden durch das angefochtene Urteil ersetzt (Devolutiveffekt) und gelten nur inhaltlich als mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann gemäss <ref-law> die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden. Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts und namentlich das Verbot von Willkür (<ref-law>) oder gegen kantonale verfassungsmässige Rechte (Art. 95 lit. a und c BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 158; <ref-ruling> E. 3 S. 351; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382 f.).
Im Streit steht vorliegend die Walliser Grundstücksteuer gemäss Art. 79 Abs. 3, Art. 101 und Art. 181 StG. Es handelt sich um eine reine Objektsteuer (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 322) des nicht harmonisierungsbedürftigen kantonalen Rechts (Urteil 2C_734/2008 vom 29. Januar 2009 E. 1.1). Dessen Auslegung und Anwendung prüft das Bundesgericht nur auf Willkür hin. Andererseits geht es hier um die Vereinbarkeit dieser Grundstücksteuer mit den bundesrechtlichen Vorschriften über die Steuerfreiheit der Versicherungsträger (<ref-law> bzw. <ref-law>), deren Anwendung das Bundesgericht wiederum mit voller Kognition überprüft.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, die Sachverhaltsfeststellung sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
2. 2.1 Der Kanton Wallis erhebt von den juristischen Personen u.a. eine Grundstücksteuer auf dem Steuerwert der Grundstücke ohne Abzug von Schulden (Art. 1 Abs. 1 lit. b und Art. 101 StG). Diese Grundstücksteuer schulden auch die von der Gewinn- und Kapitalsteuer ausgenommenen Einrichtungen der beruflichen Vorsorge und die Sozialversicherungskassen (Art. 79 Abs. 1 lit. d und e in Verbindung mit Abs. 3 StG). Art. 79 StG Abs. 1 und 3 StG bestimmen im Einzelnen (soweit hier von Interesse):
"Art. 79 V. Ausnahmen von der Steuerpflicht
1 Von der Steuerpflicht sind befreit:
1 Von der Steuerpflicht sind befreit:
... d) Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahestehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der beruflichen Vorsorge dienen;
e) inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden-, Hinterlassenenversicherungs- und Familienzulagenkassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
2 ...
3 Die in Absatz 1, Buchstaben d bis g genannten juristischen Personen unterliegen für ihre Grundstücke der Grundstücksteuer und der Grundstückgewinnsteuer. Diese Steuern werden nach Artikel 44 und folgende und nach den Artikeln 101 und 181 erhoben. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 26), über Abschreibungen (Art. 24), über Rückstellungen (Art. 25) und über den Verlustabzug (Art. 27) gelten sinngemäss."
2.2 Mit dem am 1. Januar 1996 in Kraft getretenen KVG wurde neu eine Zweiteilung in die soziale Krankenversicherung (obligatorische Grundversicherung) einerseits und die Zusatzversicherung (freiwillige Ergänzungsversicherung) andererseits vorgenommen (vgl. Urteil 2A.623/1998 vom 29. August 2000 E. 3a, in: StE 2001 B 71.64 Nr. 5). An diese Unterscheidung knüpfte <ref-law> an und statuierte eine Regelung über die Steuerbefreiung, die wie folgt lautete (AS 1995 1332):
"Die Versicherer sind, soweit ihre Einkünfte und Vermögenswerte ausschliesslich der Durchführung der sozialen Krankenversicherung und der Erbringung oder der Sicherstellung ihrer Leistungen dienen, von den direkten Steuern des Bundes, der Kantone und der Gemeinden sowie von Erbschafts- und Schenkungssteuern der Kantone und Gemeinden befreit."
Diese Bestimmung wurde per 1. Januar 2003 durch <ref-law> abgelöst, welcher den folgenden Wortlaut hat (Abweichungen gegenüber <ref-law> kursiv):
"Die Versicherungsträger und Durchführungsorgane sind, soweit ihre Einkünfte und Vermögenswerte ausschliesslich der Durchführung der Sozialversicherung, der Erbringung oder der Sicherstellung von Sozialversicherungsleistungen dienen, von den direkten Steuern des Bundes, der Kantone und der Gemeinden und von Erbschafts- und Schenkungssteuern der Kantone und Gemeinden befreit".
Abgesehen davon, dass sich <ref-law> nicht nur auf die soziale Krankenversicherung bezieht, sondern auf den gesamten Bereich der vom ATSG erfassten Sozialversicherungen, hat er den gleichen Wortlaut wie <ref-law> (Urteil 2P.12/2004 vom 28. April 2005 E. 3.2, in: StR 60/2005 S. 681). Für die hier interessierenden Steuerperioden 2000-2002 ist formell noch auf <ref-law>, für die Steuerperiode 2003 hingegen auf <ref-law> abzustellen. Materiell ergeben sich praktisch keine Abweichungen (vgl. Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2003, N 3 ff. zu <ref-law>).
3. 3.1 Die Einsprachebehörde vertrat noch die Auffassung, bei der Walliser Grundstücksteuer gemäss Art. 79 Abs. 3, 101 und 181 StG würde es sich um eine Steuer handeln, auf welche <ref-law> bzw. <ref-law> nicht anwendbar sei. Wenn die bundesrechtlichen Steuerbefreiungsnormen zwar die Erbschafts- und Schenkungssteuer, nicht aber die Grundstücksteuer aufführen, zeige dies, dass die Erhebung der Grundstücksteuer in der Kompetenz der Kantone verblieben sei. Der Gesetzgeber habe es nicht mehr für nötig befunden, die zu erhebenden Steuern zu präzisieren, weil diese nach dem Steuerharmonisierungsgesetz (StHG; 642.14) klar in die kantonale Autonomie fallen würden. Art. 80 Abs. 3 BVG (SR 831.40), wonach Liegenschaften von Vorsorgeeinrichtungen trotz Steuerfreiheit der Vorsorgeeinrichtungen mit Grundsteuern, insbesondere Liegenschaftssteuern, ausdrücklich belastet werden dürften, sei diesbezüglich klarer.
3.2 Die Vorinstanz ist dieser Argumentation zu Recht nicht gefolgt:
Bei der Walliser Grundstücksteuer als Objektsteuer ohne Schuldabzug handelt es sich wie bei einer kommunalen Liegenschaftssteuer nach Lehre und Praxis um eine direkte Steuer des Kantons (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 8; <ref-ruling> E. 2 S. 3; vgl. auch Urteil A.368/1987 vom 17. März 1989 E. 3, in: ASA 59 S. 208 f.; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 169). Wenn in <ref-law> bzw. <ref-law> die Erbschafts- und Schenkungssteuern speziell erwähnt werden, so deshalb, weil diese Rechtsverkehrssteuern nach herrschender Lehre indirekte Steuern sind (Blumenstein/Locher, a.a.O., S. 205; Adrian Rufener, Besteuerungsnormen für den Bereich des KVG, in: LAMal-KVG Recueil de travaux en l'honneur de la Société suisse de droit des assurances, Lausanne 1997, S. 761 ff., insbesondere S. 765). Ihre ausdrückliche Erwähnung neben den "direkten Steuern des Bundes, der Kantone und Gemeinden" ist daher erforderlich, wenn für sie ebenfalls die Steuerbefreiung gelten soll.
Es ist denn auch unbestritten, dass Grundstück- oder Liegenschaftssteuern grundsätzlich (d.h. wenn die übrigen Befreiungsvoraussetzungen erfüllt sind) unter die Steuerbefreiungsnorm von <ref-law> bzw. <ref-law> fallen. Dies anerkennt etwa das Kreisschreiben Nr. 12 der Schweizerischen Steuerkonferenz vom 23. März 2000 betreffend "Steuerpflicht der Krankenkassen nach dem Krankenversicherungsgesetz (KVG)" ausdrücklich (Ziffer 2 in fine): "Liegenschaften, die zum Vermögen der sozialen Krankenversicherung gehören, sind von der Liegenschaftssteuer befreit". Aber auch verschiedene kantonale Verwaltungsgerichte haben diese Steuerfreiheit bestätigt, so die Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello des Kantons Tessin in einem Urteil vom 5. November 2004 betreffend die "Helsana Assicurazioni SA" E. 5.2 (RtiD I-2005, 651 S. 655) oder das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheiden vom 21. Oktober 2003 (s. Urteil des Bundesgerichts 2P.303/2003 vom 1. Juli 2004 unter Sachverhalt B). Dabei darf die Grundstücksart, d.h. ob es sich um eine Betriebs- oder um eine Kapitalanlageliegenschaft handelt bzw. ob sie mittel- oder unmittelbar dem Betrieb dienen, keine Rolle spielen. Entscheidend ist vielmehr, ob die Vermögenswerte dem Bereich der sozialen Krankenversicherung zugewiesen sind (Urteil 2P.12/2004 vom 28. April 2005 E. 3.3, in StR 60/2005 S. 681; Urteil 2A.623/1998 vom 29. August 2000 E. 4b, in: StE 2001 B 71.64 Nr. 5; vgl. auch Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 26. April 1999 i.S. W. Versicherungen E. 4, in: BVR 1999 S. 401 ff. sowie die beiden zitierten Urteile der Camera di diritto tributaria del Tribunale d'appello des Kantons Tessin und des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen). Bei den hier fraglichen Liegenschaften in den Gemeinden Sitten, Siders, Monthey und Visp geht es ohnehin um solche, wo sich die Betriebsräumlichkeiten der Beschwerdeführerin befinden und wo sie ihre Geschäftstätigkeit abwickelt (angefochtenes Urteil I. Ziffer 1), so dass die Steuerbefreiung auf der Hand liegt.
3.3 Dieses Ergebnis wird mit Blick auf die Regelung nach Art. 80 BVG bestätigt. Art. 80 Abs. 2 BVG sieht eine Steuerbefreiung für Personalvorsorgeeinrichtungen vor, die in etwa jener von <ref-law> bzw. <ref-law> entspricht, nämlich die Befreiung "von den direkten Steuern des Bundes, der Kantone und Gemeinden und von Erbschafts- und Schenkungssteuern der Kantone und Gemeinden".
Im Gegensatz zu <ref-law> bzw. <ref-law> sieht nun aber Art. 80 Abs. 3 BVG ausdrücklich vor, dass Liegenschaften "mit Grundsteuern, insbesondere Liegenschaftssteuern vom Bruttowert der Liegenschaft" belastet werden dürfen. Unzulässig ist es einzig, Grundstücksteuern nur gerade von den - an sich von den Gewinn- und Kapitalsteuern befreiten - Personalvorsorgeeinrichtungen zu erheben (<ref-ruling> E. 2 S. 78 ff.). Wenn nun <ref-law> bzw. <ref-law> keine vergleichbare Norm besitzt, welche die Grundstücksteuer bzw. Liegenschaftssteuer ausdrücklich als zulässig erklärt, folgt daraus durch Umkehrschluss, dass diese Objektsteuer grundsätzlich nicht erhoben werden darf. Daraus erhellt nun auch die spezielle Problematik von Art. 79 Abs. 3 StG: Indem die Vorsorgeeinrichtungen und die Sozialversicherungskassen gemeinsam aufgeführt werden, wird der bundesrechtlichen Regelung, welche Grundsteuern bei den Personalvorsorgeeinrichtungen ausdrücklich zulässt (Art. 80 Abs. 3 BVG), nicht aber bei den Sozialversicherungskassen (<ref-law>), keine Rechnung getragen. Das entspricht auch der Auffassung der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid.
4. 4.1 Dennoch wies die Vorinstanz die Beschwerde ab: Sie stellte fest, dass die Beschwerdeführerin gemäss der mit der Helsana Zusatzversicherungen AG geschlossenen Dienstleistungsvereinbarung vom 30. Oktober 2000 auch Dienstleistungen erbringe, die dem Zusatzversicherungsgeschäft zuzurechnen seien. Gemäss Anhang 1 des Vertrags müsse die Helsana Zusatzversicherungen AG die Beschwerdeführerin für die bezogenen Dienstleistungen im Bereich des Versicherungsvertragsgesetzes (VVG; SR 221.229.1) entschädigen. Nach den verschiedenen Verteilschlüsseln entfielen über 60% der Kosten auf den steuerlich nicht privilegierten Zusatzversicherungsbereich. Knapp 40% der Kosten beträfen die Grundversicherung. Unter den Kosten, die Gegenstand der Aufteilung sind, befänden sich "natürlich auch Kosten im Zusammenhang mit Grundgütern" und daher müsse logischerweise festgestellt werden, "dass diese letzteren zum Teil dem Bereich der Zusatzversicherungen und nicht ausschliesslich der Durchführung der sozialen Krankenversicherung dienen". Die Beschwerdeführerin sei daher ebenfalls im Bereich der Zusatzversicherung tätig, auch wenn sie im Auftrag der Helsana Zusatzversicherungen AG auftrete.
Wie es sich damit verhält, ist im Folgenden zu prüfen.
4.2 Unbestritten ist, dass die Beschwerdeführerin im "Verzeichnis der zugelassenen Krankenversicherer" (www.bag.admin.ch) des Bundesamtes für Gesundheit (BAG) aufgeführt wird und der Aufsicht dieser Amtsstelle untersteht (Art. 13, Art. 21 ff. KVG). Damit steht fest, dass sie Grund- und Taggeldversicherungen anbietet. Allerdings folgt daraus nicht zwingend, dass ihre Einkünfte und Vermögenswerte tatsächlich "ausschliesslich der Durchführung der sozialen Krankenversicherung" bzw. "Sozialversicherung" dienen (<ref-law>, <ref-law>). Trotz Aufsicht durch das Departement des Innern kann es der Steuerbehörde nicht verwehrt sein, diese Frage im Hinblick auf die Steuerbefreiung speziell zu prüfen.
4.3 Dem auf den 1. Januar 1996 in Kraft gesetzten KVG liegt eine Zweiteilung in soziale Krankenversicherung (Grundversicherung) und Zusatzversicherung zugrunde. Das KVG hat mit der Einführung der obligatorischen Grundversicherung, der Verankerung alternativer Versicherungsmodelle, der Zulassung reiner Kapitalgesellschaften als Krankenversicherer und Unterstellung der nicht obligatorischen Zusatzversicherung unter das VVG neue Rahmenbedingungen für die Branche der Krankenversicherer geschaffen. Es steht einerseits den Krankenkassen frei, neben der sozialen Krankenversicherung auch die Zusatzversicherungen anzubieten, die dem VVG unterstehen (Art. 12 Abs. 2 und 3 KVG); andererseits können auch private Versicherungsunternehmen, die dem Versicherungsaufsichtsgesetz vom 17. Dezember 2004 (VAG; SR 961.01) unterstehen und über eine Bewilligung verfügen, nach <ref-law> die obligatorische Krankenversicherung betreiben (s. dazu das Urteil 2A.623/1998 vom 29. August 2000 E. 3a, in: StE 2001 B 71.64 Nr. 5).
Allein aufgrund der mit der Helsana Zusatzversicherungen AG geschlossenen Dienstleistungsvereinbarung vom 30. Oktober 2000 kann deshalb nicht geschlossen werden, die Einkünfte und Vermögenswerte der Beschwerdeführerin dienten nicht "ausschliesslich der Durchführung der sozialen Krankenversicherung" bzw. "Sozialversicherung" im Sinne von <ref-law> und <ref-law>.
4.4 Zweck der genannten Dienstleistungsvereinbarung ist es, die Verwaltungskosten nach betriebswirtschaftlichen Überlegungen unter den Vertragspartnern zu verrechnen (Anhang zur Jahresrechnung 2000, 2001). Damit sollen - zulässigerweise - konzernintern Kosten eingespart werden, indem gewisse Leistungen nur von einer Gesellschaft zugunsten der anderen Gesellschaft erbracht werden. Ab dem Jahr 2002 waren auch die Helsana Unfall AG sowie die Progrès Caisse Maladie und ab 2003 noch weitere Versicherungsträger in diese Unkostengemeinschaft eingebunden. Diese Verlegung von Kosten auf die einzelnen Dienstleistungsempfänger muss aber nach sachgerechten Kriterien erfolgen. Wäre dem nicht so, lägen "Quersubventionierungen" vor, was als verdeckte Gewinnverlagerungen zu qualifizieren wäre (so auch die Beschwerdeschrift, Rz. 20). Die Verwaltungskosten sind bereits durch die Aufsichtsbehörde genau zu prüfen (<ref-law>, vgl. Alfred Maurer/Gustavo Scartazzini/Marc Hürzeler, Bundessozialversicherungsrecht, 3. Aufl. Basel 2009, S. 297). Sie sind gemäss <ref-law> (SR 832.102) auf die Bereiche obligatorische Krankenversicherung, Taggeldversicherung und Zusatzversicherungen zu verteilen. Die Kostenverlegung hat zudem nach dem tatsächlichen Aufwand zu erfolgen (<ref-law>). Diese Aufsicht sollte Gewähr bieten, dass der "sozialen Krankenversicherung" bzw. der "Sozialversicherung" keine geschäftsfremden Verwaltungskosten belastet werden.
Wohl ist anzunehmen, dass in gewissen Immobilien der Beschwerdeführerin Personal arbeitet, das nur für die Helsana Zusatzversicherungen AG (oder andere Konzerngesellschaften) tätig ist. Dabei bleibt offen, ob dies auch für die vier im Kanton Wallis gelegenen Büroliegenschaften zutrifft. Das ist bei einer Unkostengemeinschaft indessen nicht ungewöhnlich. Insofern verhält es sich bei den fraglichen Liegenschaften nicht anders als bei Kapitalanlageliegenschaften, welche, wie bereits dargelegt (E. 3.2), als Vermögenswert ebenfalls ausschliesslich der Durchführung der sozialen Krankenkasse bzw. Sozialversicherung dienen können.
4.5 Ein besonderer Fall liegt hier allerdings insofern vor, als der gesamte Liegenschaftsbesitz schweizweit bei der Beschwerdeführerin verblieben ist. Zwischen den diversen Konzerngesellschaften bestehen zudem gegenseitige Abhängigkeiten in Form von Forderungs- und Schuldverhältnissen in Millionenhöhe (wobei die konkrete Zuordnung aus den Jahresrechnungen nicht hervorgeht). Das rechtfertigt es speziell zu prüfen, ob verdeckte Gewinnverlagerungen vorliegen.
Über einen ähnlichen Fall hatte bereits das Verwaltungsgericht des Kantons Bern im Urteil vom 26. April 1999 i.S. Wincare Versicherungen (BVR 1999 S. 355 ff.) zu befinden. Dort lag zwar für die Grundversicherung und die Zusatzversicherung nur ein Rechtsträger vor, der aber die beiden Bereiche rechnungsmässig klar getrennt hatte. Ein solches Vorgehen reicht an sich für die Steuerbefreiung nach <ref-law> und 80 Abs. 1 ATSG aus (<ref-law>; Rundschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 27. September 1996 betreffend steuerliche Auswirkungen des neuen Krankenversicherungsgesetzes sowie Rundschreiben der gleichen Amtsstelle vom 20. März 1998 betreffend Steuerpflicht der Krankenkassen nach dem Krankenversicherungsgesetz; s. auch Urteil 2P.12/2004 vom 28. April 2005 E. 2.4.3, in: StR 60/2005 S. 685 f.; Urteil 2A.623/1998 vom 29. August 2000 E. 3b in fine, in: StE 2001 B 71.64 Nr. 5). Als einziges Aktivum des Zusatzversicherungsgeschäfts hatte jedoch der Versicherer eine verzinsliche, nicht rückzahlbare Forderung von mehreren Millionen Franken gegenüber dem Grundversicherungsgeschäft ausgewiesen. Mit dem Ertrag, der dem Grundversicherungsgeschäft zugeteilten Liegenschaften wurde u.a. auch die dem Zusatzversicherungsgeschäft zugewiesene Forderung verzinst. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern kam daher zum Schluss, dass die Liegenschaft nicht ausschliesslich der Durchführung der sozialen Krankenkasse diente (Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 26. April 1999 i.S. Wincare Versicherungen E. 5, in: BVR 1999 S. 407).
Im vorliegenden Fall geht es indessen nicht um derart krasse Verhältnisse wie im Fall der Wincare Versicherungen (einziges Aktivum). Zudem lässt sich eine solche Begründung nur im Zusammenhang mit Kapitalanlageliegenschaften rechtfertigen, wo Erträge generiert werden, die zur Verzinsung der Schuld gegenüber der Konzerngesellschaft verwendet werden. Sobald es sich aber - wie hier - um Betriebsliegenschaften handelt, gilt das oben Ausgeführte sinngemäss, dass nämlich die Verwaltungskosten nach betriebswirtschaftlichen Gesichtspunkten nach dem tatsächlichen Aufwand verlegt werden (vgl. E. 4.3). In Bezug auf die vier im Kanton Wallis gelegenen Büroliegenschaften trifft das zu.
4.6 Ein ungerechtfertigter Wettbewerbsvorteil kann sich mit der gewählten Rechtsgestaltung, wonach alle Grundstücke eigentumsrechtlich der Beschwerdeführerin zugewiesen sind, allerdings auch daraus ergeben, dass sämtliche Grundstücke von der Grundstücksteuer befreit sind. Auf diese Weise würde der Kostenfaktor "Grundstücksteuer" nicht nur für die soziale Krankenkasse wegfallen, wo das erwünscht ist, sondern auch bei der Helsana Zusatzversicherungen AG, was sie gegenüber den Mitbewerbern auf dem freien Zusatzversicherungsmarkt bevorteilt. Diese Konsequenz ist aber im KVG selbst angelegt, weil es auch den Krankenkassen erlaubt, Zusatzversicherungen anzubieten (<ref-law>). Es ist daher nicht Sache des kantonalen Steuergesetzgebers, diese Auswirkung durch eine eigenwillige Auslegung der Steuerbefreiungsnorm - und erst noch wenig zielgenau - rückgängig zu machen, indem er die Krankenkassen der Grundstücksteuer unterstellt. Einem Hauptziel beim Erlass des heutigen KVG, nämlich der Eindämmung der Kostensteigerung im Gesundheitswesen, liefe das zuwider (vgl. auch Botschaft über die Revision der Krankenversicherung vom 6. November 1991, BBl 1992 I 126).
Derselbe Zielkonflikt bestünde übrigens nach dem kantonalen Recht auch bei der Grundstückgewinnsteuer im Falle eines Verkaufs von Liegenschaften durch die Beschwerdeführerin (s. Art. 79 Abs. 3 StG). Würde sie davon befreit, profitierte zwangsläufig auch die Helsana Zusatzversicherungen AG als Zusatzversicherer davon, dass dieser Kostenfaktor entfällt.
Hier kommt freilich noch der - bereits im Bundesrecht angelegte - Normenkonflikt hinzu. Während das Steuerharmonisierungsgesetz die Besteuerung vorschreibt (Art. 23 Abs. 4 StHG), befreien <ref-law> und 80 Abs. 1 ATSG die Krankenkassen bzw. die Sozialversicherung von den direkten Steuern der Kantone und Gemeinden und somit auch von der Grundstückgewinnsteuer. Die Frage, wie dieser Widerspruch zu lösen sei, wird in der Literatur kontrovers diskutiert. Diesbezüglich überzeugen die Schlussfolgerungen von Felix Richner, der dem <ref-law> als das neuere Recht den Vorrang einräumt (Felix Richner, Steuerbefreiung von Krankenversicherern, ZStP 5 (1996), S. 159 ff., insbesondere S. 179 f., gleicher Meinung Reto Kuster, Steuerbefreiung von Institutionen mit öffentlichen Zwecken, 1998, S. 184; a.M. Rufener, a.a.O., S. 765 f. und derselbe in: Maute/ Steiner/Rufener, Steuern und Versicherungen, 2. Aufl. 1999, S. 232).
5. Zusammenfassend darf für die Liegenschaften der Beschwerdeführerin keine Grundstücksteuer nach Art. 79 Abs. 3 StG erhoben werden. Die Beschwerde ist daher gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Sache ist zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Steuerrekurskommission zurückzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Wallis, der Vermögensinteressen wahrnimmt, aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Dieser hat der Beschwerdeführerin zudem eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis vom 20. Mai 2009 aufgehoben. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Steuerrekurskommission zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Kanton Wallis auferlegt.
3. Der Kanton Wallis hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann