Sachverhalt:
A. Aufgrund einer Strafanzeige des Bundesamtes für Sozialversicherung, des Krankenkassenverbands santésuisse und der Krankenkassen CSS Versicherung, Helsana Versicherungen AG und der SWICA Krankenversicherung AG eröffnete die Bezirksanwaltschaft Zürich (heute: Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat) eine Strafuntersuchung gegen die Verantwortlichen der Firmen Labor A._ und Labor B._.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat stellte das Strafverfahren mit Verfügung vom 31. Dezember 2006 ein. Das Gesuch um Akteneinsicht der nicht am Strafverfahren beteiligten Anzeigeerstatter - ihnen wurde keine Geschädigtenstellung zuerkannt - wies sie ab.
B. Das Bundesamt für Gesundheit rekurrierte am 14. Februar 2007 gegen die Einstellung des Strafverfahrens ans Obergericht des Kantons Zürich, bei welchem das Verfahren zur Zeit hängig ist. Die Strafakten befinden sich seit dem 8. März 2007 in dessen Händen.
Die durch die santésuisse vertretenen Krankenkassen CSS Versicherung, Helsana Versicherungen AG und SWICA Krankenversicherung AG rekurrierten gleichentags gegen die Verweigerung des Akteneinsichtsrechts an die Oberstaatsanwaltschaft. Diese wies den Rekurs am 20. August 2007 ab.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragen die durch santésuisse vertretenen Krankenkassen CSS Versicherung, Helsana Versicherungen AG und der SWICA Krankenversicherung AG, diesen Rekursentscheid der Oberstaatsanwaltschaft aufzuheben und "den Beschwerdeführern gestützt auf <ref-law> Amtshilfe durch Gewährung der Akteneinsicht gemäss ursprünglichem Begehren vom 17. November 2004 bzw. in einem eingeschränkterem Umfang zu gewähren".
D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Die vom angefochtenen Entscheid geschützte Abweisung des Akteneinsichtsgesuchs erging im Rahmen eines Strafverfahrens. Die Beschwerdeführerinnen waren daran nicht beteiligt, sondern verlangten, gestützt auf das Sozialversicherungsrecht des Bundes, Einsicht in die Strafakten. Der Entscheid darüber ist daher verwaltungs-, nicht strafrechtlicher Natur. Da die Verantwortung über die Herausgabe von Strafakten indessen dem zuständigen Untersuchungs- bzw. Strafrichter obliegt und die Beschwerdeführerinnen damit nicht befugt sind, gestützt auf Art. 32 und 49 des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (SR 830.1; ATSG) die Herausgabe der Akten selber zu verfügen, handelt es sich nicht um ein sozialversicherungsrechtliches Verfahren im Sinne von <ref-law>, welches einem speziellen Rechtsmittelzug nach Art. 56 ff. unterliegen würde. Im Kanton wurde daher zu Recht der strafprozessuale Rechtsmittelweg - Rekurs an die Oberstaatsanwaltschaft - zur Überprüfung des erstinstanzlichen Entscheids gewählt. Für das Verfahren vor Bundesgericht bedeutet dies, dass es sich um eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit aus dem Gebiet des Strafprozessrechts handelt. Da das Verfahren um Akteneinsicht mit deren Verweigerung abgeschlossen ist, handelt es sich beim angefochtenen Entscheid zudem um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Die Beschwerde ist somit als solche in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen und gemäss Art. 33 des Bundesgerichtsreglements (SR 173.110.131) von der strafrechtlichen Abteilung zu behandeln.
2. Die Strafakten wurden am 8. März 2007 und damit bereits vor dem Ergehen des angefochtenen Entscheids dem Obergericht überstellt und befinden sich seither in dessen Verfügungsgewalt. Die Staatsanwaltschaft war somit im Zeitpunkt, als die Beschwerdeführerinnen den Rekursentscheid der Oberstaatsanwaltschaft beim Bundesgericht anfochten, nicht mehr zuständig für die Gewährung von Akteneinsicht. Eine Gutheissung der Beschwerde würde somit den Beschwerdeführerinnen nichts nützen, da die Staatsanwaltschaft nicht in der Lage wäre, ihnen Einsicht in die sich nicht mehr in ihren Händen befindenden Akten zu gewähren, und das Obergericht wäre als nicht am Verfahren beteiligte Instanz nicht an den Bundesgerichtsentscheid gebunden. Den Beschwerdeführerinnen geht somit ein aktuelles Rechtsschutzinteresse an der Überprüfung des angefochtenen Entscheids ab, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
3. Die Beschwerdeführerinnen beantragen indessen nebst der Aufhebung des angefochtenen Entscheids auch die Gewährung von Akteneinsicht gemäss ihrem ursprünglichen Begehren. Dieses Gesuch ist antragsgemäss dem dafür zuständigen Obergericht zur Behandlung zu überweisen.
4. Der Entscheid, auf diese offensichtlich nicht zulässige Beschwerde nicht einzutreten, erfolgt im vereinfachten Verfahren nach <ref-law>. Es rechtfertigt sich unter den vorliegenden Umständen, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten (<ref-law>).

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Sache wird dem Obergericht des Kantons Zürich zur Behandlung des Akteneinsichtsgesuchs überwiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Dezember 2007
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
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