Faits:
A. Par contrat du 19 novembre 1997, la société V._ SA - à laquelle a succédé la société Y._ AG - a cédé à X._ - pour qu'il y exerce son activité de photographe - l'usage d'un local d'environ 170 m2 et d'une place de parc, à l'adresse ..., sur le site de l'ancienne usine A._. Conclu pour une durée de cinq ans, le contrat - qui prévoit un loyer de 1'400 fr. par mois - est renouvelable ensuite tacitement de six mois en six mois, avec échéance au 31 décembre et au 30 juin.
Par jugement du 13 juillet 2006, le Président du Tribunal des baux de la Sarine a rejeté une demande déposée par Y._ AG (ci-après: la bailleresse) et tendant à obtenir l'expulsion du locataire X._. Ce jugement n'a fait l'objet d'aucun recours.
Par lettres et formules officielles du 31 juillet 2007, la bailleresse a résilié l'ensemble des baux en vigueur sur le site de l'ancienne usine A._, en expliquant à ses locataires qu'elle avait, après "évaluation de la situation et compte tenu de sa stratégie d'entreprise, décidé d'opter pour une modification et une refonte complète de l'ancienne usine A._". A l'égard de X._, le bail a été résilié pour son échéance contractuelle du 30 juin 2008.
Le locataire s'est opposé à ce congé, donné dans les trois ans à compter de la fin d'une procédure judiciaire relative au bail et dans lequel le bailleur a succombé (art. 271a al. 1 let. e ch. 1 CO).
B. La Commission de conciliation en matière d'abus dans le secteur locatif du district de la Sarine a admis la validité des congés et a prolongé tous les baux jusqu'au 30 septembre 2009.
Saisi par X._, le Tribunal des baux de la Sarine, par jugement du 21 décembre 2009, a déclaré la résiliation valable, mais a prolongé le bail jusqu'au 30 septembre 2010.
Saisie d'un recours de X._, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois, par arrêt du 29 septembre 2010, a déclaré valable le congé donné au locataire et a prolongé le bail jusqu'au 31 octobre 2010, statuant par ailleurs sur les frais et dépens. La cour cantonale a retenu que la bailleresse se trouvait dans une situation exceptionnelle parce que les locaux ne répondaient plus aux normes de sécurité et qu'un assainissement aurait entraîné des frais disproportionnés; elle a estimé qu'il s'agissait d'un congé pour de justes motifs au sens de l'<ref-law>, ce qui, en application de l'art. 271a al. 3 let. e CO, conduisait à écarter l'argument tiré du fait que le congé avait été donné dans le délai de protection légal.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 29 septembre 2010. Invoquant une violation de l'<ref-law>, il conclut, avec suite de frais et dépens, à ce que les décisions cantonales soient annulées, à ce que le congé soit déclaré nul et à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité précédente pour fixer les dépens de la procédure cantonale.
L'intimée a conclu au rejet du recours avec suite de dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 Lorsque - comme c'est le cas en l'espèce - le litige porte sur la validité d'un congé donné au locataire, la valeur litigieuse ne saurait être inférieure au loyer dû pendant la période de trois ans durant laquelle le bail ne pourra pas être résilié si le locataire obtient gain de cause (art. 271a al. 1 let. e CO; cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 197; <ref-ruling> consid. 1 p. 386). Il n'est donc pas douteux que la valeur litigieuse permettant un recours en matière civile dans le domaine du droit du bail est ici atteinte (<ref-law>).
Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions tendant à l'annulation du congé (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 314; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4 et 6.2). Le recourant ne peut d'ailleurs demander une rectification de l'état de fait que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>). S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond ou renvoyer l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision (<ref-law>).
En l'espèce, le recourant a conclu à tort à ce que le jugement de première instance soit également annulé, puisque seule la décision prise par la dernière instance cantonale fait l'objet du recours au Tribunal fédéral (<ref-law>).
2. 2.1 Il résulte à l'évidence des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) - que les parties ont conclu un contrat de bail à loyer au sens de l'<ref-law>. Ce contrat a pour objet un local commercial, de sorte que le locataire peut invoquer la protection contre les congés prévue par les <ref-law>.
La bailleresse a résilié le contrat et le litige porte sur l'application de l'<ref-law>.
Selon l'art. 271a al. 1 let. e ch. 1 CO, le congé est annulable lorsqu'il est donné par le bailleur dans les trois ans à compter de la fin d'une procédure de conciliation ou d'une procédure judiciaire au sujet du bail si le bailleur a succombé dans une large mesure.
Il ressort des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral et qui ne sont d'ailleurs pas contestées - que la bailleresse a succombé entièrement dans une procédure en expulsion du locataire qu'elle avait introduite devant le Tribunal des baux et qui s'est terminée par un jugement de déboutement rendu le 13 juillet 2006, qui est entré en force. Il y a donc déjà eu précédemment une procédure judiciaire entre les parties au sujet du bail, dans laquelle la bailleresse a succombé. Le délai de protection de trois ans prévu par l'art. 271a al. 1 let. e CO a commencé à courir à compter de la fin de cette procédure judiciaire, c'est-à-dire de l'entrée en force du jugement rendu le 13 juillet 2006.
Il a été également constaté - sans que cela ne soit remis en cause par le recourant - que le congé actuellement litigieux a été donné sur formule officielle du 31 juillet 2007, soit moins de trois ans après l'entrée en force du jugement du 13 juillet 2006.
Il en résulte que ce congé est en principe annulable en vertu de l'art. 271a al. 1 let. e CO.
Il n'est pas contesté que le locataire s'est adressé en temps utile à l'autorité de conciliation compétente pour demander l'annulation du congé (cf. <ref-law>) et qu'il a saisi le juge en temps utile après n'avoir pas obtenu satisfaction en conciliation (<ref-law>). L'annulation ayant été demandée conformément au droit, le juge devait en principe la prononcer.
2.2 Contrairement à ce que semble penser l'intimée, il est ici sans pertinence que le congé ait été donné pour un motif sérieux et légitime. En effet, l'annulation n'est pas demandée parce que le congé contreviendrait aux règles de la bonne foi selon le principe général de l'<ref-law>, en particulier parce qu'il ne répondrait pas à un intérêt objectif, sérieux et digne de protection (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 119; <ref-ruling> consid. 4a p. 32 s.). L'annulation est demandée parce que le congé est intervenu durant le délai de protection prévu par l'art. 271a al. 1 let. e CO, ce qui constitue un motif particulier d'annulation.
Il est également sans importance que le congé n'ait pas été donné dans un esprit de représailles à la suite de l'échec de la procédure ayant conduit au jugement du 13 juillet 2006. Il n'est en effet pas nécessaire, pour l'application de l'art. 271a al. 1 let. e CO, d'établir un lien de causalité entre la procédure précédente et le congé (PHILIPPE CONOD, in Droit du bail à loyer, 2010, n° 33 ad <ref-law>; DAVID LACHAT, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, n. 5.6.2 p. 750). L'annulabilité résulte du seul fait qu'il s'est écoulé moins de trois ans depuis l'échec de la précédente procédure.
Pour tempérer la rigueur de ce principe, l'<ref-law> énumère un certain nombre de cas dans lesquels le locataire ne peut pas se prévaloir du fait que le congé lui a été donné durant le délai de protection légal. Cette liste est exhaustive (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 37). Dès lors que le locataire défend ses intérêts de bonne foi, sans recourir à un procédé déloyal (<ref-law>), la bailleresse qui a donné congé en temps prohibé ne peut pas échapper à l'annulation de la résiliation par des arguments qui se situeraient en dehors de la liste figurant à l'<ref-law>.
2.3 Les parties ont évoqué l'hypothèse d'un besoin du bailleur. Selon l'<ref-law>, la disposition sur le délai de protection n'est pas applicable lorsqu'un congé est donné en raison du besoin urgent que le bailleur ou ses proches parents ou alliés peuvent avoir d'utiliser eux-mêmes les locaux. Il ne ressort cependant pas des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) - que la bailleresse aurait besoin d'utiliser elle-même les locaux loués et encore moins que ce besoin serait pressant. En conséquence, l'application de l'<ref-law> n'entre pas en considération.
La seule question qui se pose - comme l'a vu la cour cantonale - est de savoir si l'on se trouve en présence d'un congé donné pour de justes motifs. En effet, l'art. 271a al. 3 let. e CO prévoit que la règle sur la durée de protection n'est pas applicable si le congé est donné pour de justes motifs au sens de l'<ref-law>.
Selon l'<ref-law>, chacune des parties peut résilier le bail à n'importe quel moment en observant le délai de congé légal si, pour de justes motifs, l'exécution du contrat lui devient intolérable.
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il est indispensable que le destinataire de la manifestation de volonté puisse comprendre qu'il ne s'agit pas d'une résiliation ordinaire, mais que le résiliant veut mettre fin au contrat pour de justes motifs (<ref-ruling> consid. 4a p. 186; arrêt 4C.202/1994 du 3 octobre 1995 consid. 2b/aa); l'allégation ultérieure de justes motifs dans la procédure ne peut pas valider une résiliation pour justes motifs qui n'a pas été donnée (arrêt 4C.202/1994 déjà cité consid. 2b/bb).
En l'espèce, le congé a été donné simultanément et dans les mêmes termes pour tous les locataires de l'ancienne usine, sans aucune référence à l'<ref-law> ou à de justes motifs; il était tout simplement indiqué que l'immeuble devait être assaini et que, pour éviter des frais excessifs, sa démolition avait été décidée, sans que l'on puisse discerner en quoi celle-ci serait urgente. De surcroît, la formule officielle adressée au recourant ne prévoyait pas un congé dans le délai légal, mais respectait le terme contractuel, de telle sorte que le destinataire des documents devait penser à un congé ordinaire et que rien ne lui permettait d'envisager qu'il s'agisse d'un congé extraordinaire. L'argument tiré d'un congé pour justes motifs n'est manifestement intervenu que plus tard, lorsque l'intimée s'est rendue compte que le congé était donné, dans le cas particulier du recourant, en temps prohibé. En décidant de transformer un congé ordinaire (tel qu'il devait être compris de bonne foi) en un congé extraordinaire qui n'a pas été donné, la cour cantonale n'a pas respecté la jurisprudence du Tribunal fédéral. Il faut encore rappeler que le congé qui a été donné, en tant qu'acte formateur, ne peut en principe pas être converti par le juge en un congé qui n'a pas été donné (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 444). Par ailleurs, un congé extraordinaire n'a pas été notifié ultérieurement sur la formule officielle exigée par la loi (art. 266l et 266o CO).
De toute manière, on ne parvient pas à discerner le juste motif au sens de l'<ref-law> et la cour cantonale a perdu de vue les conditions d'application de cette disposition.
Le droit de congé extraordinaire prévu par l'<ref-law> correspond au principe général selon lequel les contrats de durée peuvent être résiliés de manière anticipée pour de justes motifs; ne peuvent cependant constituer de justes motifs que des circonstances d'une gravité exceptionnelle, qui n'étaient pas connues ni prévisibles lors de la conclusion du contrat et qui ne résultent pas d'une faute de la partie qui s'en prévaut (<ref-ruling> consid. 2a/aa p. 265 s.). Les circonstances invoquées doivent être si graves qu'elles rendent la poursuite du bail jusqu'à son terme objectivement intolérable; une intolérance ressentie de manière purement subjective ne suffirait pas. Par ailleurs, la partie doit résilier immédiatement le bail après la survenance du juste motif, faute de quoi elle montre, par son attitude, que celui-ci ne lui rend pas insupportable la continuation du contrat (arrêt 4A_536/2009 du 2 février 2010 consid. 2.4 publié in SJ 2010 I p. 412).
La bailleresse a fait valoir que l'immeuble devait être assaini. Il n'apparaît pas qu'elle ait démontré, par un document émanant d'un service officiel ou d'un laboratoire scientifique, qu'il existait, au moment de la résiliation, un danger concret et immédiat pour les occupants; en tout cas, la cour cantonale, qui ne s'exprime que d'une manière vague à ce sujet, n'a pas constaté un tel danger. L'intimée ne se fonde pas non plus sur une décision exécutoire d'une autorité administrative qui l'obligerait à évacuer les lieux. La cour cantonale ne constate pas qu'une telle décision ait existé au moment du congé et l'intimée admet elle-même, dans ses observations au Tribunal fédéral, qu'une décision exécutoire n'existe pas encore. Il ressort des constatations cantonales que la bailleresse, au moment du congé, n'avait aucune obligation pressante de faire évacuer les lieux, ni même une autorisation de démolir. On ne voit donc pas qu'elle se trouvait dans une situation telle qu'elle ne pouvait attendre l'expiration ordinaire du contrat de bail, en tenant compte du délai de protection légal.
En perdant de vue que l'<ref-law> exige des circonstances exceptionnelles qui rendent intolérable le maintien du contrat jusqu'à son échéance, la cour cantonale a violé cette disposition et elle a appliqué à tort l'art. 271a al. 3 let. e CO, ce qui l'a conduite à ne pas annuler le congé, comme l'exigeait pourtant, dans les circonstances d'espèce, l'art. 271a al. 1 let. e CO.
Le recours doit donc être admis et, par voie de réforme, le congé doit être annulé.
Dès lors qu'il n'y avait de toute manière pas de juste motif pour une résiliation extraordinaire, il n'est pas nécessaire de se demander si les motifs ont été invoqués immédiatement, comme l'exige la jurisprudence.
3. Les frais judiciaires et les dépens doivent être mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
La cause sera renvoyée à l'autorité précédente pour statuer à nouveau sur les dépens relatifs à la procédure cantonale (<ref-law>), étant observé qu'il n'a pas été perçu de frais judiciaires pour la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. Le congé notifié par l'intimée au recourant le 31 juillet 2007 pour le 30 juin 2008, relatif aux locaux et place de parc qu'il occupe à ..., est annulé.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
L'intimée versera au recourant une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour statuer sur les dépens relatifs à la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 12 janvier 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Le Greffier :
Klett Piaget