Sachverhalt:
A. A._ reichte am 17. März 2011 als Geschäftsführer der Schuhläden X._ GmbH Strafanzeige gegen den ehemaligen Leiter der Zürcher Filiale Y._ ein. Er wirft diesem vor, zwischen dem 31. August 2010 und dem 24. Januar 2011 in der Zürcher Filiale der X._ Tageseinnahmen in Höhe von Fr. 13'278.80 veruntreut zu haben. Gemäss Strafanzeige werden jeden Abend ein Tagesabschluss erstellt, die Einnahmen gezählt und in einem Couvert in einer verschlossenen Schublade aufbewahrt. Es gehört zu den Aufgaben des Filialleiters, die Einnahmen auf das Konto der X._ einzuzahlen.
B. Am 4. Oktober 2011 stellte die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl das Verfahren ein. Die gegen die Einstellung erhobene Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Zürich am 6. Januar 2012 gut. Die Staatsanwaltschaft stellte das wieder aufgenommene Verfahren am 19. Juni 2012 erneut ein. Das Obergericht wies die Beschwerde der X._ mit Beschluss vom 6. Dezember 2012 ab.
C. Die X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl sei anzuweisen, das Strafverfahren weiterzuführen und gegen Y._ Anklage zu erheben. Eventualiter sei der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Sache zur erneuten Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung. Y._ beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin hat sich als Privatklägerschaft konstituiert und Zivilansprüche geltend gemacht. Sie ist legitimiert (<ref-law>).
1.2 Der Beschwerdegegner bringt im Rahmen des Vernehmlassungsverfahrens vor, die Beschwerdeführerin sei am 19. September 2012 aus dem Handelsregister des Kantons Luzern gelöscht und in eine Aktiengesellschaft umgewandelt worden. Die Parteibezeichnung und die Geschäftsadresse seien in der Beschwerde ans Bundesgericht falsch angegeben. Zudem sei A._, der die Anwaltsvollmacht unterschrieben habe, für die neue X._ AG nicht zeichnungsberechtigt (act. 13).
1.3 Das Bundesgericht gab der Beschwerdeführerin Gelegenheit zu diesen Vorbringen Stellung zu nehmen. Sie legt dar (act. 16), dass sie in eine Aktiengesellschaft umgewandelt worden, dadurch jedoch nicht untergegangen sei, sondern in einer geänderten Rechtsform weiterbestehe. Ein Parteiwechsel habe nicht stattgefunden. Sie legt ausserdem eine aktualisierte Vollmacht, unterschrieben von den zeichnungsberechtigten Organen, bei (act. 17).
1.4 Nach Art. 53 des Bundesgesetzes über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (Fusionsgesetz, FusG) vom 3. Oktober 2003 (SR 221.301) kann eine Gesellschaft ihre Rechtsform ändern (Umwandlung). Ihre Rechtsverhältnisse werden davon nicht berührt. An der Legitimation der Beschwerdeführerin zur Beschwerde in Strafsachen gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG ändert sich nichts. Der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin ist im Übrigen ordnungsgemäss bevollmächtigt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.1 2.1.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro duriore". Das Strafverfahren dürfe nur bei klarer Straflosigkeit bzw. offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen eingestellt werden. Sei eine Verurteilung gleich wahrscheinlich oder wahrscheinlicher als ein Freispruch, sei Anklage zu erheben. Es sei zwar zutreffend, dass jeder Mitarbeiter Gelegenheit gehabt hätte, Geld aus dem Couvert zu entwenden. Das bedeute jedoch nicht, dass alle anderen Indizien, die für die Täterschaft des Beschwerdegegners sprächen, deswegen unbeachtlich seien. Die Vorinstanz habe nicht berücksichtigt, dass die veruntreuten Beträge exakt den Einnahmen an bestimmten Tagen entsprochen hätten. Da der Beschwerdegegner als einziger an all diesen Tagen in der Zürcher Filiale beschäftigt gewesen sei, bestehe nur gegen ihn ein konkreter Tatverdacht. Weder die Staatsanwaltschaft noch die Vorinstanz hätten sich mit diesen Indizien auseinandergesetzt und die Ergebnisse der delegierten Ermittlungen nicht gewürdigt, obwohl der ermittelnde Polizeibeamte zum Schluss gekommen sei, die Täterschaft des Beschwerdegegners sei faktisch nachgewiesen (Beschwerde, S. 8 f.).
2.1.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, es bestehe für die Periode zwischen dem 24. und dem 30. Dezember 2010 ein konkreter Tatverdacht. Sie habe in dieser Zeit Fr. 280.-- Bareinnahmen erzielt, am 31. Dezember 2010 seien allerdings lediglich Fr. 61.-- einbezahlt worden. Der Differenzbetrag entspreche den Einnahmen vom 29. Dezember 2010. An diesem Tag (und bis zur Einzahlung auf der Bank zwei Tage später) hätten nur der Beschwerdegegner und B._ in der Filiale gearbeitet. Diese habe ausgesagt, dass er bei seiner Anwesenheit die Tagesabrechnungen erstellt und die Einnahmen in den Umschlag gelegt habe. Der Täterkreis umfasse den Beschwerdegegner und B._, nicht jedoch sämtliche Mitarbeiter. Indizien auf die Täterschaft von B._ hätten sich in den Untersuchungen nicht ergeben. Ausser dem Beschwerdegegner habe nur A._, Alleininhaber der Beschwerdeführerin, vereinzelt das Geld zur Bank gebracht. Es sei allerdings sinnlos, sich durch Veruntreuung von Geldern der eigenen Unternehmung selber zu schädigen und anschliessend Strafanzeige zu erheben (Beschwerde, S. 9 ff.).
2.1.3 In der Periode zwischen dem 31. Dezember 2010 und dem 13. Januar 2011 seien Fr. 936.50 Bareinnahmen erzielt, jedoch lediglich Fr. 698.-- einbezahlt worden. Der veruntreute Betrag von Fr. 238.-- entspreche den Bareinnahmen vom 31. Dezember 2010. An diesem Tag sei lediglich der Beschwerdegegner in der Filiale präsent gewesen. An den übrigen Tagen hätten der Beschwerdegegner, B._ sowie vereinzelt C._ und D._ gearbeitet. Letztere beiden fielen jedoch ausser Betracht, da sie in der ersten Periode der Veruntreuungen von Mitte Oktober bis Mitte Dezember 2010 in der Zürcher Filiale keine Arbeitseinsätze geleistet hätten. Zudem stehe fest, dass C._ bereits vor der jeweiligen Tagesabrechnung wieder nach Zug gefahren sei (Beschwerde, S. 12 f.).
2.1.4 Nach der Beschwerdeführerin entsprach auch in der Periode vom 14. bis 27. Januar 2011 die veruntreute Summe den Bareinnahmen vom 21. Januar 2011, an welchem Tag der Beschwerdegegner und B._ im Einsatz standen (Beschwerde, S. 13 f.). Zwischen dem 17. und dem 24. Dezember seien Fr. 570.20 veruntreut worden. Der Beschwerdegegner habe am 27. Dezember 2010 Fr. 200.-- in bar auf sein Konto bei der Migros Bank einbezahlt. Ziehe man diesen Betrag von der veruntreuten Summe ab, ergäben sich Fr. 370.20. Diese Summe entspreche den Tageseinnahmen vom 17. Dezember 2010. An diesem Tag habe er mit E._ gearbeitet, die jedoch weder die Tageseinnahmen abgerechnet noch die Einnahmen zur Bank gebracht habe (Beschwerde, S. 16 f.).
2.1.5 Die Beschwerdeführerin weist schliesslich darauf hin, dass nach dem Ausscheiden des Beschwerdegegners aus dem Arbeitsverhältnis keine Veruntreuungen mehr festgestellt wurden. Zudem sei dieser einschlägig vorbestraft, habe sich bei A._ über den zu tiefen Lohn beklagt und sich ungerecht behandelt gefühlt. Er habe deshalb bereits im September 2010 gekündigt, die Kündigung jedoch einen Monat später wieder zurückgezogen. Der Beschwerdegegner weise überdies sehr hohe Schulden auf (Beschwerde, S. 17 f.).
2.2 Die Vorinstanz legt die Grundsätze für die Einstellung eines Strafverfahrens dar. Sie erwägt, alle Mitarbeiter der Zürcher Filiale der X._ hätten Zugang zur Schublade mit dem Couvert der Tageseinnahmen gehabt. Aus den Einvernahmen ergebe sich, dass nicht nur der Beschwerdegegner die Tageseinnahmen abgerechnet habe. Entscheidend sei, dass das Couvert in einer allen Mitarbeitern zugänglichen Schublade aufbewahrt worden sei. Es sei nicht anzunehmen, dass dem Beschwerdegegner anklagegenügend ein strafbares Verhalten nachgewiesen werden könne. Es stehe fest, dass mehrere Personen Gelegenheit und die Möglichkeit gehabt hätten, Geld zu entwenden. Die Beschwerdeführerin habe nichts vorgebracht, das an dieser Beurteilung etwas zu ändern vermöchte. Weitere zielführende Untersuchungshandlungen seien nicht ersichtlich. Die Einstellung der Strafuntersuchung sei gerechtfertigt (Urteil, S. 11 ff.).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-law>). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 7.1; <ref-ruling> E. 4.2; je mit Hinweisen). Eine entsprechende Rüge muss klar und substantiiert begründet werden (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.3.1; je mit Hinweisen).
2.4 Die Staatsanwaltschaft verfügt die vollständige oder teilweise Einstellung des Verfahrens, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (<ref-law>).
Die Vorinstanz erachtet den Umstand, dass die Tageseinnahmen in einer allen Mitarbeitern zugänglichen Schublade aufbewahrt wurden und mehrere Personen die Möglichkeit hatten, Geld zu entwenden, als entscheidend. Dies schliesst jedoch nicht aus, dass bei gerichtlicher Beurteilung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit kein anderes Ergebnis als ein Freispruch in Frage kommen könnte. Die Beschwerdeführerin zeigt in ihrer Eingabe ausführlich auf, weshalb der Beschwerdegegner mehrere Teilbeträge der Deliktssumme mit hoher Wahrscheinlichkeit zu seinen Gunsten verwendet haben könnte. Dies begründet sie einerseits damit, dass die einzelnen veruntreuten Beträge mehrfach genau den Tageseinnahmen entsprachen, an denen der Beschwerdegegner alleine oder mit einer weiteren Mitarbeiterin, die jedoch aus verschiedenen Gründen jeweils nicht für die Tat in Frage kam, in der Zürcher Filiale anwesend war. Die Beschwerdeführerin erwähnt weitere Indizien, die sich auch aus den Akten ergeben. So etwa, dass die Beziehung zwischen dem Beschwerdegegner und A._ aus verschiedenen Gründen angespannt war. So war er mit seinem Lohn unzufrieden, hatte wegen einer verbalen Auseinandersetzung mit seinem Vorgesetzten unmittelbar vor Beginn der Veruntreuungshandlungen gekündigt, die Kündigung jedoch später zurückgezogen, und ist einschlägig vorbestraft. Zudem wies er im Deliktszeitraum offene Betreibungen in Höhe von Fr. 130'000.-- und offene Verlustscheine von über Fr. 102'000.-- auf (act. 11/31). Konkrete Indizien für die Täterschaft anderer Mitarbeiter liegen nicht vor. Die Vorinstanz verletzt Bundesrecht, indem sie den Einstellungsbeschluss der Staatsanwaltschaft schützt und einen Tatverdacht im Sinne von <ref-law> als nicht erhärtet erachtet.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 6. Dezember 2012 ist aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind dem Beschwerdegegner die hälftigen Verfahrenskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdegegner unterliegt mit seinem Antrag auf Nichteintreten, eventualiter kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Er hat, zusammen mit dem Kanton Zürich, der Beschwerdeführerin eine angemessene Entschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 6. Dezember 2012 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner und der Kanton Zürich haben der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von je Fr. 1'500.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Mai 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Schneider
Der Gerichtsschreiber: Keller