Sachverhalt:
A. Die im Jahre 2001 gegründete X._ GmbH mit ursprünglichem Sitz in G._ weist ein Stammkapital von Fr. 20'000.-- auf. Gesellschafterin ohne Zeichnungsberechtigung mit einer Stammeinlage von Fr. 19'000.-- ist A._; ihr Ehemann B._ ist Gesellschafter mit einer Stammeinlage von Fr. 1'000.-- sowie Geschäftsführer mit Einzelunterschrift. Die X._ GmbH bezweckt im Wesentlichen die Erstellung von Buchhaltungen und Abschlüssen, die Durchführung von Revisionen, Steuerberatungen, Unternehmensbegleitungen, Firmengründungen und Unternehmensbewertungen.
In den Jahren 2002 bis 2006 betrieb A._ zudem die Einzelfirma Y._ mit Sitz in F._. Deren Zweck bestand in der Erstellung von Buchhaltungen und Abschlüssen sowie im Durchführen von Revisionen, Steuerberatungen und Unternehmensbegleitungen.
B. Für die Steuerperiode 2003 deklarierte die X._ GmbH einen Reingewinn von Fr. 2'056.--. Mit Veranlagungsverfügung vom 12. Dezember 2005 setzte die kantonale Steuerverwaltung Schwyz resp. die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer den steuerbaren Reingewinn für die Kantons- sowie für die direkte Bundessteuer 2003 auf Fr. 66'500.-- fest. Nebst diversen kleineren Aufrechnungen erfasste sie insbesondere eine geldwerte Leistung von Fr. 57'243.-- aus Ertragsverzicht zugunsten der Einzelfirma von A._. Eine dagegen erhobene Einsprache wies die kantonale Steuerkommission mit Entscheid vom 7. Juli 2008 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hiess mit Entscheid vom 4. März 2009 eine Beschwerde insoweit gut, als es die Aufrechnung der geldwerten Leistungen von Fr. 57'243.-- aufhob und den steuerbaren Reingewinn der X._ GmbH auf Fr. 9'331.-- herabsetzte.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 4. März 2009 führen die Steuerverwaltung und die Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz mit Eingabe vom 28. April 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 4. März 2009 sei aufzuheben und der Einspracheentscheid der kantonalen Steuerkommission vom 7. Juli 2008 sei zu bestätigen. Sie rügen die Verletzung von Bundesrecht und eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts.
D. Während die Beschwerdegegnerin die Abweisung der Beschwerde und die Eidgenössische Steuerverwaltung deren Gutheissung beantragen, verzichtet das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) bzw. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer gemäss <ref-law> bzw. Art 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit <ref-law> legitimierten Behörde eingereicht worden. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, soweit er nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss <ref-law> zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c).
Zum steuerbaren Reingewinn gehören namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn
(a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält,
(b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahe stehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und
(c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (<ref-ruling> E. 5.1 S. 607; Urteile 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I pag. 946; 2A.263/2003 vom 19. November 2003 E. 2.1, in: ASA 74 S. 660; je mit Hinweisen).
2.2 Als geldwerte Leistungen gelten insbesondere Ertragsverzichte zugunsten des Aktionärs oder einer ihm nahe stehenden Person, die bei der Gesellschaft zu einer entsprechenden Kürzung des in der Erfolgsrechnung ausgewiesenen Gewinnes führen. Diese Form der geldwerten Leistung wird als "Gewinnvorwegnahme" bezeichnet, obwohl handelsrechtlich gar keine Gewinne "vorweggenommen" werden können. Solche Ertragsverzichte liegen vor, wenn die Gesellschaft auf ihr zustehende Einnahmen ganz oder teilweise verzichtet und die entsprechenden Erträge direkt dem Aktionär oder diesem nahestehenden Personen zufliessen bzw. wenn diese nicht jene Gegenleistung erbringen, welche die Gesellschaft von einem unbeteiligten Dritten fordern würde (Urteile 2C_335/2008 vom 13. Oktober 2008 E. 2.2; 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I pag. 946; 2A.263/2003 vom 19. November 2003 E. 2.2, in: ASA 74 S. 660; je mit Hinweisen).
2.3 Bei diesem Drittvergleich (sog. Grundsatz des "dealing at arm's length") wird bei Vermögensgegenständen auf den Verkehrswert und bei Dienstleistungen auf den Marktwert abgestellt. Dabei hat die Beurteilung bei verbundenen Unternehmen vom Standpunkt der jeweiligen steuerpflichtigen Gesellschaft aus zu erfolgen (Peter Brülisauer/ Flurin Poltera, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 54 zu <ref-law>; Robert Danon, in: Commentaire Romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 107 zu Art. 57-58 DBG; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 98 zu <ref-law>), was ebenso der Rechtsprechung des Bundesgerichts entspricht (Urteil 2A.263/2003 vom 19. November 2003 E. 2.3, in: ASA 74 S. 660; vgl. auch Urteile 2C_335/2008 vom 13. Oktober 2008 E. 2.2; 2A.588/2006 vom 19. April 2007 E. 4.2; 2P.168/1998 vom 9. Juli 1999 E. 1b/cc, in: StR 54/1999 S. 679).
2.4 Was die Beweislastverteilung betrifft, so gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen und die steuerpflichtige Person für steueraufhebende oder -mindernde Tatsachen trägt (<ref-ruling> E. 4c/aa S. 266). Bei geldwerten Leistungen ist es grundsätzlich an der Steuerbehörde, den Nachweis zu erbringen, dass einer Leistung der Gesellschaft keine oder keine angemessene Gegenleistung gegenübersteht. Gelingt ihr dies nicht, so trägt sie die Folgen der Beweislosigkeit (vgl. Urteil 2C_76/2009 vom 23. Juli 2009 E. 2.2 mit Hinweis; vgl. auch Locher, a.a.O., N. 170 zu <ref-law>).
3. 3.1 Vorliegend rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz den gesamten Gewinn 2003 der Einzelfirma in der Höhe von Fr. 57'243.-- der Beschwerdegegnerin zu. Zur Begründung brachte sie vor, die Firmeninhaberin A._ sei mit 19/20-Anteil beherrschende Gesellschafterin und gleichzeitig Teilzeitbeschäftigte der Beschwerdegegnerin. Die Dienstleistungen der Einzelfirma und der Beschwerdegegnerin seien identisch und durch die - parallele - selbständige Erwerbstätigkeit der beherrschenden Gesellschafterin konkurrenziere sie die Beschwerdegegnerin unzulässigerweise und in Verletzung ihrer Treuepflicht.
Dabei stützte sich die Steuerverwaltung insbesondere auf zwei den Kanton Schwyz betreffende Urteile des Bundesgerichts (Urteile 2A.247/1996 vom 27. Oktober 1997, in: ASA 67, S. 216; 2A.255/1996 vom 27. Oktober 1997), wonach eine Aktiengesellschaft, die zulässt, dass ihr Hauptaktionär im gleichen Geschäftsbereich wie sie tätig ist, diesem eine geldwerte Leistung erbringt, die aufzurechnen ist. Das Bundesgericht bejahte eine geldwerte Leistung bei einer Treuhandgesellschaft, die zuliess, dass ihr Hauptaktionär ihren Kunden (unter Inanspruchnahme der Infrastruktur der Gesellschaft) den Kauf von Immobilien vermittelte und von diesen dafür direkt Provisionen erhielt.
In einer AG besteht eine Treuepflicht für Angestellte (<ref-law>), Prokuristen und Handlungsbevollmächtigte (<ref-law>) sowie Mitglieder des Verwaltungsrates (<ref-law>). Wenn die Aktiengesellschaft diesen Personen dennoch erlaubt, Geschäfte zu tätigen, die ihrer Natur nach der Gesellschaft zukommen, muss sie von ihnen die Gewinne daraus herausverlangen. Verzichtet sie auf diese Einnahmen, so erbringt sie eine geldwerte Leistung, wenn der Grund dafür im Beteiligungsverhältnis liegt. "Das ist namentlich bei einem geschäftsführenden Allein- oder Hauptaktionär zu bejahen, der einzelne in den Geschäftsbereich der Gesellschaft fallende Geschäfte auf eigene Rechnung abschliesst, ist doch davon auszugehen, dass die Gesellschaft eine solche zu einer Gewinnvorwegnahme [gemäss hier verwendeter Terminologie: zu einem Ertragsverzicht] führende Tätigkeit einem Angestellten, der an ihr keine Anteilsrechte hat, nicht gestatten würde" (Urteile 2A.247/1996 vom 27. Oktober 1997 E. 2b/bb, in: ASA 67, S. 216; 2A.255/1996 vom 27. Oktober 1997 E. 2b/bb).
An dieser Rechtsprechung, welche in der Lehre kontrovers beurteilt worden ist (kritisch: RETO HEUBERGER, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, S. 77 ff.; zustimmend: PETER LOCHER/URS BEHNISCH, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 1997, in: ZBJV 135/1999 S. 76) ist hier grundsätzlich festzuhalten (vgl. dazu auch das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 26. April 2007 in: StE 2007 B 72.13.22 Nr. 48, wonach in bestimmten Fällen, unabhängig von der Frage, ob zivilrechtlich tatsächlich eine Verletzung einer arbeits- oder gesellschaftsrechtlichen Konkurrenzklausel erfolgt ist, steuerrechtlich ein Verstoss gegen das "dealing at arm's length"-Prinzip vorliegen kann).
3.2 Die Vorinstanz erachtete die oben zitierte Rechtsprechung im vorliegenden Fall jedoch als nicht anwendbar, weil die Hauptgesellschafterin der Beschwerdegegnerin für diese nur im Rahmen eines Teilzeitpensums von rund 30% tätig gewesen sei; zudem habe sie nicht in leitender Stellung bzw. nicht als Geschäftsführerin gewirkt, da sie nicht einmal über eine Zeichnungsberechtigung verfügte. Im Rahmen von 70% sei sie für ihre Einzelfirma tätig gewesen, wobei sich die tatsächlichen Geschäftstätigkeiten der involvierten Firmen nicht gedeckt hätten. Während die Einzelfirma vor allem im Bereich der Administration und Buchhaltung tätig gewesen sei, lägen die Tätigkeitsschwergewichte der Beschwerdegegnerin bei der Revision, den Steuern sowie bei der Unternehmensberatung. Schliesslich dürfe nicht nur der Gewinn der Einzelfirma zum Ergebnis der Beschwerdegegnerin gerechnet werden, sondern es müsse auch ein entsprechender Saläraufwand für ein - fingiertes - Vollpensum in der Beschwerdegegnerin in Rechnung gestellt werden.
3.3 Es stellt sich zunächst die Frage, ob die Hauptgesellschafterin der Beschwerdegegnerin, die nicht mit der Geschäftsführung betraut war und keine Zeichnungsberechtigung besass, einem Konkurrenzverbot im Sinne der unter E. 3.1 zitierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung unterlag.
3.3.1 Gemäss Art. 16 der Statuten der Beschwerdegegnerin vom 17. Juli 2001 und dem hier noch anwendbaren aArt. 818 Abs. 1 OR (in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) galt das Konkurrenzverbot grundsätzlich nur für "geschäftsführende Gesellschafter", was für die Hauptgesellschafterin zweifellos nicht zutrifft. Eine Ausdehnung des Konkurrenzverbotes im Sinne von aArt. 818 Abs. 2 OR ist in den Statuten nicht vorgesehen. Die Beschwerdeführerinnen wollen das Konkurrenzverbot der Ehefrau aus der "familiären Bande (Ehe)" ableiten und das Handeln des Ehemannes der Hauptgesellschafterin als "geschäftsführendem Gesellschafter" der Ehefrau zurechnen. Es entspreche "allgemeiner Lebenserfahrung, dass Ehegatten untereinander sich das wirtschaftliche Fortkommen kaum von dieser Seite her gefährden". Diese "allgemeine Lebenserfahrung" vermag jedoch das im GmbH-Recht verankerte Konkurrenzverbot des geschäftsführenden Gesellschafters nicht auf seine im Unternehmen in beschränktem Umfang mitwirkende Ehefrau in rechtsverbindlicher Weise auszudehnen. Eine solche "Familienhaft" ist der Schweizerischen Rechtsordnung fremd.
3.3.2 Es bleibt zu prüfen, ob die Hauptgesellschafterin der Beschwerdegegnerin in ihrer Eigenschaft als Teilzeitbeschäftigte gestützt auf <ref-law> einem Konkurrenzverbot unterlag. Weil sich die Ehefrau als Hauptgesellschafterin gegenüber ihrem geschäftsführenden Ehemann kaum in einem Abhängigkeitsverhältnis befand und - soweit ersichtlich - keine Weisungen empfing, ist die Annahme eines Arbeitsverhältnisses fraglich, zumal die Ehefrau ihre Funktionen nur auf Teilzeitbasis ausübte (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 216 f.). Selbst wenn für die Hauptgesellschafterin der Beschwerdegegnerin ein arbeitsvertragsrechtliches Konkurrenzverbot bejaht werden sollte, so könnte es einer Teilzeitbeschäftigten mit einem Pensum von bloss 30% kaum untersagt werden, die restliche Zeit in ihrem angestammten Beruf anderswo tätig zu sein: Eine Buchhalterin oder Treuhänderin erbringt keine Dienstleistungen, welche nur durch hoch qualifizierte und spezialisierte Fachkräfte geleistet werden können und damit automatisch den "Teilzeitarbeitgeber" schädigen, wenn die Dienstleistungen nicht für ihn erbracht werden.
3.3.3 Die Beschwerdeführerinnen vermögen mithin nicht darzutun, dass vorliegend ein Konkurrenzverbot für die Hauptgesellschafterin der Beschwerdegegnerin bestand, welches hätte verletzt werden können.
3.4 Schliesslich ist noch zu untersuchen, ob überhaupt ein Konkurrenzverhältnis zwischen der Beschwerdegegnerin und der Einzelfirma Y._ bestand. Die Beschwerdeführerinnen argumentieren, dass sich die statutarischen bzw. registrierten Geschäftsbereiche der beiden Firmen deckten, was an sich zutrifft. Immerhin war der Tätigkeitsbereich der Beschwerdegegnerin etwas weiter gefasst als das Aktivitätsfeld der Einzelfirma.
Die Vorinstanz stellte jedoch auf die tatsächlich ausgeübten Geschäftsbereiche der beiden Firmen ab und erachtete die Geschäftstätigkeiten der involvierten Firmen als nicht deckungsgleich. Während die Einzelfirma vor allem im Bereich Administration und Buchhaltung tätig war, befasste sich die Beschwerdegegnerin vorab mit Revisionen, Steuer- und Unternehmensberatung (angefochtenes Urteil E. 4.2 in fine). Diese vorinstanzliche Feststellung qualifizieren die Beschwerdeführerinnen als offensichtlich unrichtig. Sie vermögen allerdings nicht darzulegen, dass - abgesehen von den Handelsregistereinträgen - die faktischen Geschäftsbereiche der beiden Firmen deckungsgleich waren. Wohl verweisen sie auf nicht näher konkretisierte "Feststellungen des Bücherrevisors" und berufen sich auf "Identitäten im Kundenstamm" bei der Beschwerdegegnerin und der Einzelfirma. Letzteres deutet jedoch eher darauf hin, dass die beiden Firmen denselben Kunden unterschiedliche Dienstleistungen erbracht haben, da kaum anzunehmen ist, dass diese identische Leistungen von beiden Firmen beziehen wollten.
3.5 Daraus ergibt sich, dass selbst bei Bestehen eines Konkurrenzverbots rein faktisch keine offensichtliche Konkurrenzierung bestanden hätte. Eine privatrechtliche Forderung, auf deren Herausgabe die Beschwerdegegnerin in der Absicht einer Begünstigung der Inhaber ihrer Beteiligungsrechte verzichtet hätte, ist demnach nicht ersichtlich. Damit fehlt es an einer geldwerten Leistung aufgrund eines Ertragsverzichts seitens der Beschwerdegegnerin, womit die Beschwerdeführerinnen die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen haben (vgl. E. 2.4).
4. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer als unbegründet und ist abzuweisen.
III. Kantonssteuer
5. 5.1 § 64 Abs. 1 lit. c des Steuergesetzes [des Kantons Schwyz] vom 9. Februar 2000 (StG/SZ; SRSZ 172.200) sowie Art. 24 Abs. 1 lit. b StHG entsprechen im Wesentlichen <ref-law>. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die kantonalen Steuern analog massgebend sind. Damit ergibt sich für die Kantonssteuer dasselbe Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
5.2 Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantonssteuer gleichermassen als unbegründet und ist ebenfalls abzuweisen.
IV. Kosten und Entschädigung
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführerinnen, die Vermögensinteressen verfolgen, aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Die Beschwerdeführerinnen haben der Beschwerdegegnerin zudem eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantonssteuer wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Schwyz auferlegt.
4. Der Kanton Schwyz hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger