Sachverhalt:
A. X._ (Beklagter, Beschwerdeführer) beabsichtigte seine Liegenschaft an der Strasse A._ in B._ umzubauen, wozu er sich an die Gesellschaft Y._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) wandte.
Anlässlich der Besprechung vom 22. Dezember 2009 überreichte X._ der Gesellschaft Y._ AG Pläne und Skizzen seines Hauses zum Studium und erkundigte sich bezüglich der Höhe der Honorarforderung, welche ihm am 15. Januar 2010 bekannt gegeben wurde. Mit Schreiben vom 20. Januar 2010 liess X._ der Gesellschaft Y._ AG weitere Urkunden zukommen, welche daraufhin eine Ideenskizze erstellte.
B. B.a Mit Klage vom 28. September 2011 beantragte die Gesellschaft Y._ AG dem Bezirksgericht Kriens, X._ habe ihr den Betrag von Fr. 6'668.50 nebst Zins zu 5 % seit dem 26. Oktober 2011 zu bezahlen und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Horw zu beseitigen.
Mit Urteil vom 12. Januar 2012 hiess das Bezirksgericht Kriens die Klage im Umfang von Fr. 6'668.50 zuzüglich Zins seit dem 14. November 2010 gut und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Horw auf; weitergehende und anderslautende Begehren wies es ab.
B.b Dagegen erhob der Beklagte Beschwerde beim Obergericht des Kantons Luzern und beantragte, das Urteil des Bezirksgerichts Kriens vom 12. Januar 2012 sei aufzuheben, die Klage sei abzuweisen, soweit auf diese eingetreten werden könne und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Horw nicht aufzuheben.
Mit Entscheid vom 26. März 2012 wies das Obergericht des Kantons Luzern die Beschwerde ab. Es führte im Wesentlichen aus, dass zwischen den Parteien ein Werkvertrag über gewisse Projektierungsarbeiten zustande gekommen und deshalb ein Werklohn geschuldet sei.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt der Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Luzern vom 26. März 2012 sei aufzuheben und die Sache sei neu zu beurteilen.
Es wurden keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
1.2 Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wie die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 117 i.V.m. <ref-law>), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig (<ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f. mit Hinweisen).
Die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers enthalten keinen materiellen Antrag. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen obergerichtlichen Entscheids und "die Angelegenheit sei auf Grund der hier als verletzt gerügten Bundesrechte bzw. bundesrechtsgleichen Gesetze sowie der als verletzt gerügten Grundrechte bzw. grundrechtsgleichen Rechte neu zu beurteilen". In der Sache rügt der Beschwerdeführer in dreifacher Hinsicht eine Verletzung seines rechtlichen Gehörs. Sinngemäss moniert er das Zustandekommen eines Vertrages zwischen den Parteien und verlangt damit die Abweisung der Klage. Ob das Rechtsbegehren damit den hievor dargelegten gesetzlichen Anforderungen genügt, kann offenbleiben, da sich die Beschwerde ohnehin als unbegründet erweist.
1.3 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn der Streitwert Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>). Vorliegend beträgt der Streitwert Fr. 6'668.50. Somit erreicht der Streitwert den massgebenden Betrag nicht, weshalb sich die Beschwerde in Zivilsachen insofern als unzulässig erweist.
1.4 Die Beschwerde in Zivilsachen ist in diesem Fall nach <ref-law> dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, so ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>). Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung ist sehr restriktiv auszulegen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4; <ref-ruling> E. 1.2 S. 117).
Der Beschwerdeführer beruft sich auf diese Bestimmung und behauptet, es würden sich mehrere Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung stellen. Er unterlässt es jedoch aufzuzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.6 S. 494). Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist demnach nicht einzutreten.
1.5 Damit erweist sich die ebenfalls erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde als zulässig (<ref-law>). Mit dieser kann ausschliesslich die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechts nur prüfen, wenn eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Auf unzureichend begründete Beschwerden ist nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt in dreifacher Hinsicht eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>).
2.1.1 Er bringt vor, die Vorinstanz habe seine Rüge wegen "Amtspflichtverletzungen und Verfahrensfehlern im erstinstanzlichen Prozess" zu Unrecht als neu und damit als unzulässig qualifiziert. Es handle sich dabei nicht um neue Vorbringen, da sich diese aus den erstinstanzlichen Akten ergeben würden. Indem die Vorinstanz nicht darauf eingetreten sei, sei sein rechtliches Gehör verletzt worden.
Es ist nicht klar ersichtlich, worauf sich diese Rüge des Beschwerdeführers bezieht. Im angefochtenen Urteil wird einleitend festgehalten, dass "die weiteren Beweisanträge" des Beschwerdeführers unbeachtlich seien, da im Beschwerdeverfahren neue Anträge, neue Tatsachenbehauptungen und neue Beweismittel ausgeschlossen seien. Welche konkreten - angeblich zulässigen - Anträge der Beschwerdeführer vor der Vorinstanz gestellt haben will, ergibt sich aus seiner Begründung nicht, weshalb darauf nicht weiter eingegangen werden kann.
2.1.2 Im gleichen Zusammenhang bringt der Beschwerdeführer vor, der erstinstanzliche Richter habe die geltenden prozessualen Erfordernisse in keiner Weise erfüllt. Er wiederholt, dass er bereits in seiner Beschwerde ans Kantonsgericht gerügt habe, dass der erstinstanzliche Richter "Amtspflichtverletzungen und Verfahrensfehler" begangen habe, die Vorinstanz habe jedoch seine Vorbringen unter Berufung auf <ref-law> als unbeachtlich erklärt.
Das Gericht habe in verschiedener Hinsicht seine Pflichten nicht eingehalten. Dieses hätte spätestens an der Verhandlung eine formelle Beweisabnahme über die "Darstellung des Sachverhaltes in der Klageantwort vom 2. November 2011" vornehmen müssen. Ebenso hätte der Richter seine Fragepflicht erfüllen sollen und "mittels geeigneter Fragen an den Beschwerdeführer diesem auf die Sprünge helfen sollen". Der Beschwerdeführer habe nämlich in seiner Klageantwort detailliert die Vorbringen der Beschwerdegegnerin bezüglich des Hauptbeweises - das Zustandekommen und den Gegenstand eines Vertrages zwischen den Parteien - bestritten, wozu sich der erstinstanzliche Richter nicht geäussert habe. Sodann habe der Richter nie klar darauf hingewiesen, welche Verfahrensart auf den zu beurteilenden Fall angewendet werde, woraus dem Beschwerdeführer ein schwerwiegender Nachteil erwachsen sei.
Auch aus den Ausführungen des Beschwerdeführers vor Bundesgericht ergibt sich nicht, inwiefern das erstinstanzliche Gericht "Amtspflichtverletzungen und Verfahrensfehler" begangen haben soll. Der Beschwerdeführer scheint mit seinen Vorbringen eine Verletzung der richterlichen Fragepflicht zu rügen. Die gerichtliche Fragepflicht setzt voraus, dass die Vorbringen, d.h. die Rechtsbegehren, prozessualen Anträge, Sachverhaltsbehauptungen oder die Bezeichnung von Beweismitteln, unklar, widersprüchlich, unbestimmt oder offensichtlich unvollständig sind. Ist ein Sachverhalt jedoch klar, besteht auch keine Fragepflicht. Die richterliche Fragepflicht erlaubt es dem Richter nicht, Beweismittel zu erheben, die keine Partei beantragt hat. Der Beschwerdeführer bringt in seiner Beschwerdeschrift selber vor, dass die einschlägigen Dokumente, auf welche sich die Vorinstanz gestützt hat, von der Beschwerdegegnerin ins Recht gelegt worden waren. Er legt jedoch nicht dar, inwiefern der Sachverhalt dennoch unklar gewesen wäre und einer Klärung bedurft hätte. Der Beschwerdeführer geht mit seiner Auffassung fehl, dass der Richter ihm hätte helfen sollen, die "nötigen Angaben" zu machen und dafür zu sorgen, dass die "entsprechenden Beweismittel auch wirklich bezeichnet" werden.
Ebenso wenig ist dargetan, inwiefern der erstinstanzliche Richter hätte erkennen sollen, welche prozessualen Gegebenheiten der Beschwerdeführer nicht verstanden hat.
2.1.3 Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, durch die unrichtige Rechtsmittelbelehrung im erstinstanzlichen Entscheid sei ihm ein Nachteil erwachsen. Gegen den erstinstanzlichen Entscheid habe nicht die Berufung, sondern die Beschwerde ergriffen werden müssen, was die Vorinstanz mit Schreiben vom 6. Februar 2012 korrigiert habe. Die Vorinstanz habe jedoch die sich aus der falschen Rechtsmittelbelehrung ergebenden Nachteile nur unzureichend korrigieren können. Es habe sich zwangsläufig eine "völlig verschiedene Ausgangslage" ergeben, da die Gestaltung einer Beschwerde von der inhaltlichen und formellen Gestaltung einer Berufung abweiche; indem er für die Aufsetzung seiner Rechtsschrift nur noch 14 Tage Zeit gehabt habe, habe er keine "tiefere Recherchen" vornehmen können, womit Art. 29 Abs. 2 und Art. 8 BV verletzt worden seien.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die "verschiedene Ausgangslage" der Berufung einerseits und der Beschwerde andererseits für den Beschwerdeführer hätte nachteilig sein können. Zwar trifft zu, dass die Anforderungen an die Begründung des Rechtsmittels aufgrund der unterschiedlichen Kognition der Beschwerde- bzw. Berufungsinstanz anders sein können. Der Beschwerdeführer legt jedoch nicht dar, inwiefern ihm aus diesem Unterschied ein Nachteil erwachsen wäre und weshalb das eine Rechtsmittel "tiefere Recherchen" als das andere Rechtsmittel erfordert hätte.
2.2 Der Beschwerdeführer begründet schliesslich nicht, inwiefern die Vorinstanz verfassungsmässige Rechte verletzt haben könnte, indem sie ihn auf seinem Verhalten behaftete, welches die Beschwerdegegnerin als Vertragsofferte verstehen durfte.
3. Nach dem Gesagten erweist sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).
Der Beschwerdegegnerin wird keine Parteientschädigung zugesprochen, da ihr aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein Aufwand entstanden ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze