Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 892, Grundbuch Berneck. Nach dem Zonenplan der Politischen Gemeinde Berneck vom 3. März 1989 / 24. April 2003 liegt das Grundstück in der Landwirtschaftszone und im Wald. Es befindet sich an einem Nordhang und hat eine Fläche von rund zwei Hektaren. Im oberen, südlichen Teil befindet sich rund eine Hektare Wald, im unteren, nördlichen Teil rund eine Hektare Wiesland. Ungefähr in der Mitte des Grundstücks verläuft von Nordost nach Südwest ansteigend das unbefestigte Schlossbüchelsträsschen. Im Norden grenzt die Parzelle an den Littenbach.
Der Landwirt A._ hat das Grundstück in Pacht. Im Bereich des Wieslands nutzt er es als ökologische Ausgleichsfläche. Der Landwirtschaftsbetrieb des Pächters umfasst insgesamt eine landwirtschaftliche Nutzfläche von rund 17 Hektaren und einen Nutztierbestand von 18 Grossvieheinheiten. Es wird vorwiegend Gras- und Milchwirtschaft betrieben.
Am 25. August 2006 reichte X._ ein Baugesuch für Geländeveränderungen auf seinem Grundstück im Bereich des Wieslandes ein. Beabsichtigt wird, an zwei Stellen Erdreich abzutragen und den Aushub an drei anderen Stellen für Geländeauffüllungen zu verwenden. Am 20. November 2006 verweigerte das Amt für Raumentwicklung (heute: Amt für Raumentwicklung und Geoinformation, AREG) die Zustimmung zur Baubewilligung und am 5. Dezember 2006 lehnte der Gemeinderat Berneck das Baugesuch ab.
X._ rekurrierte erfolglos bei der Regierung des Kantons St. Gallen gegen die Abweisung der Baubewilligung. Mit Urteil vom 3. April 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde von X._ ebenfalls ab, soweit es darauf eintrat. Es schützte die Begründung des Rekursentscheids, wonach die geplanten Geländeveränderungen nicht betriebsnotwendig im Sinn von Art. 16a des Bundesgesetzes über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700) und deshalb nicht zonenkonform seien. Sodann seien die Voraussetzungen für eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG nicht erfüllt.
B. X._ hat gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Bewilligung seines Baugesuchs. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Das Verwaltungsgericht schliesst unter Verweis auf die Begründung im angefochtenen Urteil auf Beschwerdeabweisung. Das kantonale Baudepartement beantragt ebenfalls, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat Berneck hat unter Verweis auf seine Stellungnahme im Rekursverfahren auf Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Raumentwicklung als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde lässt sich vernehmen, ohne Antrag zu stellen. Der Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht und das Baudepartement haben je nochmals Stellung genommen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG) bestätigt die Verweigerung einer Baubewilligung. Hiergegen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG). Der Beschwerdeführer ist als Baugesuchsteller und Grundeigentümer zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist somit grundsätzlich einzutreten.
1.2 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Soweit der Beschwerdeführer sich mit dem Sachverhalt befasst, legt er nicht rechtsgenüglich dar, inwieweit die Vorinstanz diesen offensichtlich unrichtig festgestellt hätte. Auf reine Behauptungen ist nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer beanstandet eine Verletzung des Raumplanungsgesetzes. Zwar bejaht er die Bewilligungspflichtigkeit der von ihm geplanten Geländeanpassung. Im Widerspruch dazu ist er aber der Auffassung, dass die beabsichtigte Terrainveränderung keine erheblichen Auswirkungen auf das Erscheinungsbild des heute stark strukturierten, teilweise buckligen Geländes habe.
2.2 Ausgangspunkt für die Beurteilung der Bewilligungspflicht für die Terrainveränderung ist Art. 22 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700), der grundsätzlich alle Bauten und Anlagen als bewilligungspflichtig erklärt. Diese Bestimmung ist unmittelbar anwendbar. Den Kantonen bleibt es vorbehalten, über den bundesrechtlichen Mindeststandard hinauszugehen und weitere Vorgänge der Bewilligungspflicht zu unterstellen. Hingegen können die Kantone nicht von der Bewilligungspflicht ausnehmen, was nach Art. 22 RPG einer Bewilligung bedarf. Der Ausschluss der Bewilligungspflicht ist Regelungsgegenstand von Art. 22 RPG und damit bundesrechtlich geordnet (Urteil des Bundesgerichts 1C_414/2007 vom 22. Februar 2008 E. 2.2; Bernhard Waldmann/Peter Hänni, Raumplanungsgesetz, 2006, Art. 22 Rz. 9 ff.; ALEXANDER RUCH, Kommentar RPG, N. 4 zu Art. 22).
2.3 Bauten und Anlagen im Sinne von Art. 22 Abs. 1 RPG sind jene künstlich geschaffenen und auf Dauer angelegten Einrichtungen, die in fester Beziehung zum Erdboden stehen und geeignet sind, die Vorstellung über die Nutzungsordnung zu beeinflussen, sei es, dass sie den Raum äusserlich erheblich verändern, die Erschliessung belasten oder die Umwelt beeinträchtigen. Massstab dafür, ob eine bauliche Massnahme erheblich genug ist, um sie dem Baubewilligungsverfahren zu unterwerfen, ist die Frage, ob mit der Realisierung des Vorhabens im allgemeinen, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, so wichtige räumliche Folgen verbunden sind, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle besteht (Urteil des Bundesgerichts 1C_414/2007 vom 22. Februar 2008 E. 2.2; <ref-ruling> E. 3 S. 259; Waldmann/Hänni, a.a.O., N. 10 zu Art. 22).
Mit Bezug auf Terrainveränderungen bejahte das Bundesgericht - noch unter Anwendung von Art. 4 Abs. 2 des Bundesbeschlusses vom 17. März 1972 über dringliche Massnahmen auf dem Gebiete der Raumplanung (BMR; AS 1972 I 644 ff.) - die Bewilligungspflicht bezüglich einer 50 cm hohen Aufschüttung im wegen seiner landschaftlichen Bedeutung geschützten Ufergebiet des Lauerzersees (Urteil des Bundesgerichts A.232/1979 vom 12. Dezember 1979, in: ZBl 81/1980 S. 364 ff.). Gleich entschied es im Falle einer rund 75 cm hohen Terrainauffüllung mit circa 400 m3 Aushubmaterial (Urteil 1A.175/1991 vom 14. August 1992 E. 3d und 4, nicht publ in: <ref-ruling>). Ebenfalls der Bewilligungspflicht unterwarf es eine 50 cm hohe Aufschüttung bei einem als Magazin genutzten Stallgebäude (Urteil 1A.113/1992 vom 9. Februar 1993 E. 4a).
2.4 Die Frage, ob eine Geländeveränderung erheblich sei, ist vom Bundesgericht grundsätzlich frei zu prüfen. Der unbestimmte Rechtsbegriff der "erheblichen Geländeveränderung" belässt jedoch der kantonalen Behörde einen gewissen Beurteilungsspielraum. Das Bundesgericht prüft deshalb die Auslegung und Anwendung unbestimmter Rechtsbegriffe nur mit Zurückhaltung, insbesondere dann, wenn - wie hier - örtliche Verhältnisse zu würdigen sind (<ref-ruling> E. 2b S. 265).
2.5 Das Verwaltungsgericht führte im vorliegenden Zusammenhang Folgendes aus: Anlässlich des Augenscheins des Verwaltungsgerichts habe sich bestätigt, dass die geplanten Eingriffe in den natürlichen Terrainverlauf insgesamt eine "erhebliche Veränderung des Raums" im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Folge habe. Das Gelände solle in zwei Gebieten in einer Höhe von maximal 1,5 m abgetragen und in drei Gebieten in einer Höhe von maximal 1,5 m aufgefüllt werden. Diese Terrainveränderungen in verschiedenen landwirtschaftlich genutzten Bereichen des Grundstücks hätten zweifellos erhebliche Auswirkungen auf das Erscheinungsbild des heute stark strukturierten, teilweise buckligen Geländes.
2.6 Vor dem Hintergrund der bundesgerichtlichen Praxis ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden. Die Geländeanpassung erscheint bereits von ihrem Ausmass her als bewilligungspflichtig. Die Nivellierung des Terrains durch Aufschüttungen und Abtragungen in der Höhe von 1,5 m umfasst nach den Angaben des Beschwerdeführers ein Volumen von 340 m3. Hinzu kommt, dass die Anpassung eine relativ kleine Fläche von rund 1 Hektare Wiesland betrifft, so dass die Terrainveränderung im geplanten höhen- und volumenmässigen Ausmass das Landschaftsbild umso stärker prägen würde. Die Ansicht des Verwaltungsgerichts, durch das Vorhaben würde der natürliche Verlauf des stark strukturierten und teilweise buckligen Geländes erheblich verändert, ist mit Sinn und Zweck des RPG vereinbar (vgl. Art. 1 Abs. 2 lit. a, Art. 3 Abs. 2 lit. d RPG). Das Bundesgericht sieht sich daher nicht veranlasst, in den Beurteilungsspielraum der kantonalen Behörden einzugreifen und die Erheblichkeit der Terrainanpassung resp. die Bewilligungspflichtigkeit des Vorhabens zu verneinen.
2.7 Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die Vorinstanz habe unter Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips nicht geprüft, ob die Bewilligung zur Terrainanpassung wenigstens für einzelne Teilflächen hätte erteilt werde dürfen. Er verkennt, dass sich der Verfahrensgegenstand nach dem Baubewilligungsgesuch und somit nach dem von ihm selbst bezeichneten Gebiet bestimmt (vgl. Ulrich Häfelin/ Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl. 2006, Rz. 1620 f.). Hätte er die Beurteilung einzelner Teilflächen anstreben wollen, hätte er diese im Baubewilligungsgesuch spezifizieren und einen entsprechenden Antrag stellen müssen.
2.8 In E. 4.4 führte das Verwaltungsgericht aus, dass nach der kantonalen Praxis Terrainanpassungen von bis zu 100 m3 in der Regel nicht bewilligungspflichtig seien. Dem Beschwerdeführer sei es unbenommen, abzuklären, inwiefern das Gelände ohne Bewilligung verändert werden dürfe. In seiner Vernehmlassung bezeichnete das Bundesamt für Raumentwicklung diese Erwägung als bundesrechtswidrig. Eine Praxis, die von einer Kubikmeter-Grenze ausgehe, sei geeignet, die Prüfung eines Bauvorhabens auf seine Übereinstimmung mit der raumplanerischen Nutzungsordnung und den übrigen einschlägigen Gesetzen zu vereiteln.
In seiner diesbezüglichen Stellungnahme wendete das Verwaltungsgericht ein, die Festlegung einer volumenmässigen Untergrenze für Geländeveränderungen sei zweckmässig, damit unbedeutende und in ihren Auswirkungen unerhebliche Eingriffe von der Bewilligungspflicht befreit seien. Im angefochtenen Urteil habe es ausgeführt, dass die kantonale Praxis für den Regelfall gelte. Dies schliesse nicht aus, dass kleinere Geländeänderungen als bewilligungspflichtig taxiert werden, wenn sie räumlich erhebliche Auswirkungen hätten.
Dieser Präzisierung der Erwägung 4.4 des angefochtenen Urteils ist zu folgen. Kleinere Geländeanpassungen, die keine erheblichen Auswirkungen auf Raum und Umwelt haben, sind nicht bewilligungspflichtig. Es bleibt aber darauf hinzuweisen, dass die Kantone Art. 22 RPG nicht unterschreiten und eine Baute oder Anlage von der Bewilligungspflicht ausnehmen dürfen, wenn diese nach Art. 22 RPG einer Bewilligung bedarf (vgl. E. 2.2.1 hiervor).
3. 3.1 Weiter beanstandet der Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe die Frage, ob die von ihm geplante Terrainveränderung zonenkonform ist, bundesrechtswidrig nach Art. 16a RPG anstatt nach Art. 16 RPG beurteilt. Art. 16a RPG kommt nach Ansicht des Beschwerdeführers nur bei einer neuen Baute oder Anlage zur Anwendung, jedoch nicht bei einer Geländeanpassung. Sein Vorhaben entspreche dem Zweck der Landwirtschaft und sei damit zu bewilligen.
3.2 Bauten und Anlagen dürfen gemäss Art. 22 Abs. 1 RPG nur mit behördlicher Bewilligung errichtet oder geändert werden. Nach Absatz 2 dieser Bestimmung ist Voraussetzung der Baubewilligung, dass die Bauten und Anlagen dem Zweck der Nutzungszone entsprechen (lit. a) und das Land erschlossen ist (lit. b). Die vorliegend zur Diskussion stehende Terrainveränderung betrifft die Landwirtschaftszone.
Mit der Teilrevision des Raumplanungsgesetzes im Jahr 1998 wurden die Vorschriften über die Landwirtschaftszone neu gefasst. Kernstück der Revision bildete einerseits die Neuumschreibung der Zonenkonformität von Bauten in der Landwirtschaftszone, indem auf die Unterscheidung der bodenabhängigen und der bodenunabhängigen Bewirtschaftung verzichtet wurde, und anderseits die Erreichung einer gewissen Lockerung für das Bauen ausserhalb der Bauzone (Botschaft vom 22. Mai 1996 zu einer Teilrevision des Bundesgesetzes über die Raumplanung, BBl 1996 III 513 ff., 514, 519, 523 f.).
Art. 16 Abs. 1 RPG definiert die Landwirtschaftszonen: Diese dienen der langfristigen Sicherung der Ernährungsbasis des Landes, der Erhaltung der Landschaft und des Erholungsraums oder dem ökologischen Ausgleich und sollen entsprechend ihren verschiedenen Funktionen von Überbauungen weitgehend freigehalten werden. Sie umfassen Land, das sich für die landwirtschaftliche Bewirtschaftung oder den produzierenden Gartenbau eignet und zur Erfüllung der verschiedenen Aufgaben der Landwirtschaft benötigt wird (lit. a), oder im Gesamtinteresse landwirtschaftlich bewirtschaftet werden soll (lit. b). Die Vorschrift richtet sich an die für die Nutzungsplanung zuständigen Behörden von Kantonen und Gemeinden und gibt ihnen die für die Festsetzung der Landwirtschaftszonen massgebenden Kriterien vor (WALDMANN/HÄNNI, a.a.O., N. 1 zu Art. 16).
Art. 16a RPG umschreibt die Zonenkonformität. Nach Abs. 1 sind in der Landwirtschaftszone gelegene Bauten und Anlagen zonenkonform, die zur landwirtschaftlichen Bewirtschaftung oder für den produzierenden Gartenbau nötig sind. Vorbehalten bleibt eine engere Umschreibung der Zonenkonformität im Rahmen von Art. 16 Abs. 3. Die Regelung von Art. 16a RPG wird durch Art. 34-38 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) konkretisiert.
Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers ist den Gesetzesmaterialien nicht zu entnehmen, dass Art. 16a RPG von einem von Art. 22 Abs. 1 RPG abweichenden Begriff der Bauten und Anlagen ausgehen würde. Die vom Beschwerdeführer zitierten Passagen aus der bundesrätlichen Botschaft (BBl 1996 III 514, 528, 531 f.) beschreiben den erwähnten Hauptzweck der Gesetzesrevision. Daraus, dass in diesem Zusammenhang nur die Neubautätigkeit und nicht ausdrücklich auch Vorhaben zur Änderung bestehender Bauten und Anlagen erwähnt wurde, kann nicht der Schluss gezogen werden, der in Art. 16a RPG verwendete Begriff der Bauten und Anlagen sei nicht deckungsgleich mit demjenigen von Art. 22 Abs. 1 RPG. Eine solche Schlussfolgerung würde der wörtlichen und systematischen Auslegung von Art. 16a RPG widersprechen und sich auch nicht aus dessen Sinn und Zweck heraus erklären lassen. Art. 16a RPG kommt in allen Bewilligungsverfahren betreffend die Errichtung neuer oder die Änderung bestehender Bauten und Anlagen zur Anwendung (vgl. WALTER HALLER/PETER KARLEN, Raumplanungs-, Bau- und Umweltrecht, 3. Aufl. 1999, Rz. 264).
3.3 Das Verwaltungsgericht hat somit kein Bundesrecht verletzt, wenn es die Frage der Zonenkonformität der geplanten Terrainanpassung in Anwendung von Art. 22 Abs. 2 i.V.m Art. 16a RPG und den dazu gehörigen bundesrechtlichen Verordnungsbestimmungen beurteilte.
4. 4.1 Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, dass die Terrainanpassung für eine ertragsorientierte Bewirtschaftung des Grundstücks erforderlich und deshalb zonenkonform sei.
4.2 Art. 16a Abs. 1 RPG stellt für die Frage der Zonenkonformität einer baulichen Massnahme darauf ab, ob diese für die landwirtschaftliche Bewirtschaftung oder für den produzierenden Gartenbau nötig ist. Art. 34 Abs. 4 RPV präzisiert diese Bedingung: Danach darf die Baubewilligung nur erteilt werden, wenn die Baute oder Anlage für die in Frage stehende Bewirtschaftung nötig ist (lit. a), der Baute oder Anlage am vorgesehenen Standort keine überwiegenden Interessen entgegenstehen (lit. b) und der Betrieb voraussichtlich längerfristig bestehen kann (lit. c). Nach der Rechtsprechung beurteilt sich die Frage der Notwendigkeit der Erstellung oder der Veränderung einer Baute oder Anlage nach objektiven Kriterien. Sie hängt ab von der bestellten Oberfläche, von der Art des Anbaus und der Produktion sowie von der Struktur, Grösse und Erforderlichkeit der Bewirtschaftung (nicht publizierte Urteile des Bundesgerichts 1C_372/2007 vom 11. August 2008 E. 3.1; 1C_27/2008 vom 25. Juni 2008 E. 2.3; 1A.106/2003 vom 12. Januar 2004 E. 3.2).
4.3 Das Verwaltungsgericht anerkennt, dass die maschinelle Bewirtschaftung der zur Diskussion stehenden landwirtschaftlich genutzten Fläche nicht durchwegs problemlos möglich sei. Gesamthaft betrachtet müssten jedoch nur einige wenige kleine Flächen mit der Sense gemäht werden. Der Mehraufwand für das Mähen mit der Sense anstelle der maschinellen Bewirtschaftung betrage zwei Arbeitstage pro Jahr. Nach Ansicht des Verwaltungsgerichts ist ein Zeitgewinn von zwei Arbeitstagen pro Jahr im Verhältnis zum gesamten zeitlichen Betriebsaufwand des Vollerwerbsbauern von untergeordneter Bedeutung und steht zu den dafür erforderlichen Eingriffen in den natürlichen Geländeverlauf in einem krassen Missverhältnis. Die geplanten Terrainanpassungen würden keine ins Gewicht fallende Möglichkeit für den Pächter darstellen, den landwirtschaftlichen Betrieb kostengünstiger zu führen. Entgegen den Behauptungen des Beschwerdeführers könne durch Geländeanpassungen auch nicht mit wesentlichen Ertragssteigerungen gerechnet werden, da es sich bei der betroffenen Fläche um an einem Nordhang liegendes feuchtes Wiesland handle, das nur zweimal pro Jahr gemäht werde.
4.4 Diese Beurteilung ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Ins Gewicht fällt als erstes, dass die Grundstücksfläche an allen Stellen bewirtschaftet werden kann, wenn auch nicht überall maschinell, sondern teilweise mit der Sense. Gemäss den Feststellungen im angefochtenen Urteil handelt es sich nur um wenige kleine Flächen, die nicht mit der Maschine bewirtschaftet werden können. Eine Vergandung oder Verwaldung der betroffenen Flächen kann damit verhindert werden.
Der Beschwerdeführer rechnet mit einem Zeitgewinn von jährlich zwei Arbeitstagen, wenn sämtliche Flächen maschinell bewirtschaftet werden können. Ein Zeitgewinn von zwei Arbeitstagen pro Jahr ist zwar nicht unbeachtlich. Der Beschwerdeführer rechnet mit Einsparungen von jährlich CHF 1'120.-- (2 Arbeitstage à 8 Stunden bei einem Stundenlohn für einen Landschaftsgärtner von CHF 70.--).
Der Beschwerdeführer erwartet durch die Geländeanpassung eine Ertragssteigerung in der Futtermittelproduktion. Er macht aber nicht geltend, der Landwirtschaftsbetrieb sei auf den Ertrag angewiesen. Der Pächter verzichtet bereits heute auf die Bewirtschaftung der maschinell nicht bewirtschaftbaren Flächen. Nach Massgabe einer vernünftigen bäuerlichen Betriebsführung erscheint das Vorhaben daher nicht unumgänglich.
Das Verwaltungsgericht stuft das öffentliche Interesse am Erhalt des natürlichen Geländeverlaufs (Art. 1 Abs. 2 lit. a, Art. 3 Abs. 2 lit. d RPG) höher ein als die privaten Interessen an einer durchgehend maschinellen Bewirtschaftung der gesamten Grundstücksfläche. Der Beschwerdeführer wendet ein, an der maschinellen Bewirtschaftung bestehe nicht nur ein privates, sondern auch ein öffentliches Interesse. Dies zeige sich daran, dass der Pächter für die Bewirtschaftung des Grundstücks Direktzahlungen im Sinne von Art. 44 ff. der Verordnung über die Direktzahlungen an die Landwirtschaft (Direktzahlungsverordnung, DZV; SR 910.13) erhalte. Der Beschwerdeführer lässt dabei ausser acht, dass das Grundstück an allen Stellen wenn nicht maschinell, so doch mit der Sense bewirtschaftbar ist. Das Bundesgericht sieht sich in keiner Hinsicht veranlasst, in den Beurteilungsspielraum der Vorinstanz einzugreifen.
Aus Sicht des Bundesrechts ist somit nicht zu beanstanden, dass das Verwaltungsgericht die Zonenkonformität des Bauvorhabens verneinte und die Verweigerung einer ordentlichen Baubewilligung nach Art. 22 i.V.m. Art. 16a RPG und Art. 34 Abs. 4 RPV schützte. Ebenso lehnte es die Erteilung einer Ausnahmebewilligung im Sinn von Art. 24 RPG ab. In diesem Punkt ficht der Beschwerdeführer das Urteil nicht an.
4.5 Ob das Bauvorhaben den Wald- und Gewässerabstand einhält, musste das Verwaltungsgericht in Anbetracht dessen, dass es die Zonenkonformität zu Recht verneinte, nicht prüfen. Die diesbezüglichen Ausführungen des Beschwerdeführers sind demzufolge unerheblich.
4.6 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Eigentumsgarantie. Vorliegend beruht die Grundrechtsbeschränkung auf einer gesetzlichen Grundlage (E. 2-3 hiervor), liegt im öffentlichen Interesse (E. 4.4 hiervor) und ist als verhältnismässig zu betrachten (E. 4.4 hiervor). Eine Verletzung der Eigentumsgarantie liegt damit nicht vor.
5. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Ausgangsgemäss hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Zusprechung einer Parteientschädigung fällt ausser Betracht (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Politischen Gemeinde Berneck, der Regierung und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder