Sachverhalt:
A. B._ (Beschwerdegegner) vermietete A._ (Beschwerdeführer) mit Mietvertrag vom 4. Mai 2004 per 1. Mai 2004 rund 300 m2 Raum im 1. OG an der Strasse K._ in L._ zur Benützung als Gewerberaum/Atelier sowie einen Parkplatz an der selben Adresse. Der Mietvertrag war erstmals kündbar per 30. Juni 2009. Es bestand eine Option auf Verlängerung um weitere fünf Jahre. Als Mietpreis wurden Fr. 2'040.-- zuzüglich Nebenkosten von Fr. 250.-- pro Monat vereinbart.
Der Beschwerdeführer teilte dem Beschwerdegegner mit Schreiben vom 11. Juli 2006 u.a. mit, er erlaube sich, auf eigene Kosten eine Bodenprobe auf gesundheitsbedenkliche Stoffe untersuchen zu lassen, da er seit dem Einzug in das Mietobjekt vermehrt unter Kopfschmerzen und Schwindelanfällen leide. Mit weiterem Schreiben vom 5. März 2007 eröffnete er dem Beschwerdegegner, gemäss den Untersuchungsberichten der X._ AG und der Y._ AG seien hohe Konzentrationen an flüchtigen Teeröl-Komponenten in der Raumluft des Mietobjekts vorhanden, die gemäss Giftliste in beheizten Innenräumen nicht vorhanden sein dürften. Er forderte ihn zur sofortigen Mängelbehebung auf und setzte ihm Frist bis 20. März 2007 zur Erklärung betreffend Bereitschaft zur Mängelbeseitigung, Art derselben und Terminplan. Für den Unterlassungsfall drohte er ihm die ausserordentliche Kündigung gemäss <ref-law> an.
Der Beschwerdegegner bat mit Schreiben vom 20. März 2007 um einen Besprechungstermin mit dem Beschwerdeführer und der Y._ AG. Am 12. April 2007 besichtigten die Parteien das Mietobjekt zusammen mit Herrn C._ von der Y._ AG und am 18. April 2007 fand ein weiterer Augenschein mit den Parteien statt. Der Beschwerdeführer fasste das Ergebnis der Besprechungen im Schreiben vom 20. April 2007 zusammen und erklärte, er erwarte, dass der Beschwerdegegner das in Aussicht gestellte Sanierungskonzept in der Woche vom 30. April bis 4. Mai 2007 präsentiere. Die vorgeschlagene Laminatlösung könne dabei nicht akzeptiert werden, da sie gegenüber dem aktuellen Holzboden eine Verschlechterung darstelle.
Mit Schreiben vom 11. Juni 2007 forderte der Beschwerdeführer vom Beschwerdegegner erneut eine Sanierung des (angeblich) stark kontaminierten Bodens bis 29. Juni 2007 und einen Vorschlag für eine angemessene Herabsetzung des Mietzinses ab Meldung des Schadens bis zu dessen Beseitigung. Für den Unterlassungsfall drohte er erneut die Kündigung des Mietverhältnisses an. Der Beschwerdegegner sagte mit Schreiben vom 14. Mai (recte: Juni) 2007 die Sanierung des Bodens bis Ende Juni 2007 zu.
Der Beschwerdeführer verlangte vom Beschwerdegegner mit Schreiben vom 18. Juni 2007 eine Herabsetzung des monatlichen Mietzinses um 50 % ab Juli 2006 und setzte ihm Frist von 20 Tagen zur Bezahlung der bis dahin aufgelaufenen Forderung von Fr. 19'066.20. Im Antwortschreiben vom 26. Juli (recte: Juni) 2007 lehnte der Beschwerdegegner die Forderung ab und erklärte, er sei zur Ausführung der Bodensanierung bereit, aufgrund der Verhaltensweise des Beschwerdeführers dazu aber nicht in der Lage, was vom Beschwerdeführer mit Schreiben vom 27. Juni 2007 bestritten wurde.
Nach einem weiteren Briefwechsel kündigte der Beschwerdeführer den Mietvertrag mit Schreiben vom 1. August 2007 gestützt auf <ref-law> fristlos.
Vor der Schlichtungsbehörde für das Mietwesen des Bezirks Baden kam zwischen den Parteien keine Einigung über die in der Folge vom Beschwerdeführer gestellten Forderungen zustande.
B. Am 8. Januar 2009 erhob der Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Baden Klage gegen den Beschwerdegegner mit den folgenden Anträgen:
"1. Es sei in Bezug auf den Mietvertrag vom 4. Mai 2004 festzustellen, dass vom Juli 2006 bis Februar 2007 eine Mietzinsreduktion von 50 % pro Monat auf die Miete von Fr. 2'290.00 pro Monat und vom März 2007 bis und mit September 2007 eine Mietzinsreduktion von 100 % pro Monat auf die Miete von Fr. 2'290.00 pro Monat gerechtfertigt sei.
2. Es sei der Beklagte zu verpflichten, dem Kläger Fr. 187'045.90, zuzüglich Verzugszins zu 5 % ab 29. Dezember 2007, zu bezahlen.
3. (...)."
Das Bezirksgericht stellte am 13. Dezember 2011 in teilweiser Gutheissung der Klage fest, dass für die Zeit vom 6. März 2007 bis zum 30. September 2007 eine Mietzinsreduktion von 50 % auf dem monatlichen Mietzins von Fr. 2'040.-- gerechtfertigt sei. Sodann verpflichtete es den Beschwerdegegner, dem Beschwerdeführer als Schadenersatz für getätigte, nicht amortisierte Investitionen in das Mietobjekt den Betrag von Fr. 77'851.40 nebst Zins zu 5 % seit dem 29. Dezember 2007 zu bezahlen.
Mit Entscheid vom 14. November 2012 hiess das Obergericht des Kantons Aargau eine vom Beschwerdegegner dagegen eingelegte Berufung teilweise gut und hob das Urteil des Bezirksgerichts auf. Es trat auf Ziffer 1 des Klagebegehrens nicht ein. In teilweiser Gutheissung der Klage verpflichtete es den Beschwerdegegner, dem Beschwerdeführer infolge Herabsetzung des Mietzinses Fr. 5'151.50 nebst Zins zu 5 % seit 29. Dezember 2007 auf Fr. 3'855.40 und Zins zu 5 % seit 8. Januar 2008 auf Fr. 1'296.10 zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Klage ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, diesen Entscheid aufzuheben und den Beschwerdegegner zu verpflichten, ihm Fr. 5'151.50 sowie Fr. 77'851.40, beides nebst Zins zu 5 % seit 29. Dezember 2007 zu bezahlen. Eventuell sei die Klage zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Der Beschwerdegegner schliesst auf deren Abweisung.
Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.

Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Zivilsachen sind vorliegend erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) ist grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 3).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit die Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies hat sie darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, namentlich auf rein appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3, 396 E. 3.1 S. 399).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2, 467 E. 3.1). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn vom Sachrichter gezogene Schlüsse nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2b). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b).
Der Beschwerdeführer lässt diese Grundsätze über weite Strecken ausser Acht. So stellt er seinen rechtlichen Ausführungen zunächst eine ausführliche eigene Sachverhaltsdarstellung voran. Darin - wie auch in seiner weiteren Beschwerdebegründung - erweitert er in vielfacher Hinsicht die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz bzw. weicht von diesen ab, ohne dazu jedoch rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben, die dem Bundesgericht gegebenenfalls eine Korrektur oder Ergänzung des im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalts erlauben könnten. Auf entsprechende Vorbringen und darauf gestützte Rügen kann nicht eingegangen werden. Dies gilt namentlich auch, soweit sich der Beschwerdeführer in verschiedenen Punkten auf tatsächliche Feststellungen stützt, welche bloss die Erstinstanz traf und die von der Vorinstanz nicht übernommen wurden, ohne die entsprechende Unterlassung der Vorinstanz als Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> zu rügen.
3. Umstritten ist zunächst, ob ein schwerwiegender, vom Beschwerdegegner zu verantwortender Mangel des Mietobjekts vorlag, der den Beschwerdeführer zu einer fristlosen Kündigung des Mietverhältnisses gemäss <ref-law> berechtigte, so dass er in der Folge vom Beschwerdegegner gestützt auf Art. 259a Abs. 1 lit. c und <ref-law> Ersatz für seine nicht amortisierten Investitionen in das Mietobjekt fordern kann.
3.1 Kennt der Vermieter einen Mangel und beseitigt er ihn nicht innert angemessener Frist, so kann der Mieter gemäss <ref-law> fristlos kündigen, wenn der Mangel die Tauglichkeit einer unbeweglichen Sache zum vorausgesetzten Gebrauch ausschliesst oder erheblich beeinträchtigt.
Unter dem vorausgesetzten Gebrauch, der auch in Art. 256 Abs. 1 und Art. 258 Abs. 1 OR genannt wird, ist der Gebrauch bzw. die Nutzung zu verstehen, die der Mieter gemäss den Vereinbarungen mit dem Vermieter und den Umständen voraussetzen bzw. erwarten darf. Bei der Auslegung des Begriffs der erheblichen Beeinträchtigung des vorausgesetzten Gebrauchs ist zu berücksichtigen, dass <ref-law> eine Spezialregelung der Kündigung aus wichtigem Grund enthält, die voraussetzt, dass die Weiterführung des Dauerschuldverhältnisses für die kündigende Partei unzumutbar ist (vgl. <ref-law>; <ref-law>). Die Beeinträchtigung des vorausgesetzten Gebrauchs ist daher erheblich, wenn dieser dem Mieter objektiv nicht mehr zumutbar ist. Diesfalls liegt ein sogenannter "schwerer" Mangel vor. Ob ein Mangel schwer wiegt, bestimmt der Sachrichter unter Berücksichtigung der Umstände des Einzelfalles. Allgemein kann gesagt werden, dass das Bewohnen eines Mietobjekts unzumutbar wird, wenn es Mängel aufweist, welche die Gesundheit des Mieters oder seiner Familie in Gefahr bringen. Dabei genügt es, wenn wesentliche Räume des Mietobjekts unbenützbar werden. Ein schwerer Mangel ist demgegenüber grundsätzlich zu verneinen, wenn der Mieter ihn auf einfache und kostengünstige Weise zu Lasten des Vermieters gestützt auf <ref-law> selbst beheben lassen kann oder wenn die Beeinträchtigung nur von kurzer Dauer ist (Urteile 4C.384/2005 vom 22. März 2006 E. 3; 4C.168/2001 vom 17. August 2001 E. 4a; 4C.164/1999 vom 22. Juli 1999 E. 2d, in: Pra 2000 Nr. 49 S. 278 ff.; je mit zahlreichen Hinweisen).
Bei der Beurteilung der Schwere eines Mangels steht dem Sachrichter ein Ermessensspielraum zu (vgl. die vorstehend zit. Entscheide). Solche Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht mit Zurückhaltung. Es schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn Tatsachen berücksichtigt wurden, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn umgekehrt Umstände ausser Betracht geblieben sind, die zwingend hätten beachtet werden müssen. In derartige Ermessensentscheide wird ferner eingegriffen, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2.1.3., 669 E. 3.1 S. 671; <ref-ruling> E. 2 S. 123 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 432; je mit Hinweisen).
3.2 Was den vertraglich vorausgesetzten Gebrauch der Mietsache angeht, macht der Beschwerdeführer geltend, es sei beiden Parteien vor Vertragsschluss klar gewesen, dass er die in einem Industriegebäude mit dem Verwendungszweck "Gewerberaum/Atelier" überlassene Halle als "Loft", mithin als Wohnung nutzen und entsprechende Einbauten vornehmen wollte. Diese Tatsachenvorbringen werden indessen vom Beschwerdegegner bestritten und finden im vorinstanzlichen Urteil keine Stütze. Aus dem Urteil geht zwar hervor, dass die Erstinstanz angenommen habe, als Vertragsinhalt sei eine Art Rohbaumiete für eine Wohnung abgemacht gewesen und es sei dem Beschwerdegegner klar gewesen, dass der Beschwerdeführer das Mietobjekt zu einer Loft-Wohnung habe ausbauen wollen. Die Vorinstanz traf aber selber keine entsprechenden Feststellungen, sondern ging davon aus, das Mietobjekt sei als Atelier überlassen worden. Der Beschwerdeführer erhebt dagegen keine taugliche Sachverhaltsrüge, die dem Bundesgericht eine Ergänzung des im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalts erlauben würde (Erwägung 2 vorne), weshalb er mit seinem Vorbringen nicht gehört werden kann.
Im Zusammenhang mit der Frage, ob die fristlose Kündigung gerechtfertigt war, erscheint ohnehin einzig als wesentlich, dass die Räumlichkeiten mit der vertraglichen Überlassung als "Atelier" als Räume für den längeren Aufenthalt von Personen vorgesehen wurden, so dass eine Gefährdung der Gesundheit dieser Personen wegen der Belastung der Raumluft durch aus dem Boden stammende chemische Verbindungen in Betracht fällt.
3.3 Die Vorinstanz kam zum Schluss, die Erstinstanz hätte die vom Gesetz für eine fristlose Kündigung verlangte Schwere des Mangels verneinen müssen bzw. es könne nicht davon gesprochen werden, dass die Tauglichkeit der Mietsache zum vorausgesetzten Gebrauch wegen eines vom Beschwerdegegner zu vertretenden Mangels ausgeschlossen oder erheblich beeinträchtigt gewesen sei. Sie führte dazu aus, gemäss Einschätzung des Zeugen C._ seien die Räumlichkeiten für den Daueraufenthalt nicht geeignet gewesen. Dennoch habe er widersprüchlicherweise nur eine langfristige Sanierung des Bodens innerhalb etwa eines Jahres empfohlen. Wenn das Mietobjekt unbrauchbar sein sollte, wäre vernünftigerweise anzunehmen, dass es sofort saniert werden müsste. Die Geruchsbelastung durch Naphtaline sowie die Tatsache, dass die erhöhte Lösemittelkonzentration in der Raumluft zu reversiblen Augen- und Nasenschleimhautreizungen führen könne, vermindere die Gebrauchstauglichkeit des Mietobjekts zwar erheblich. Die Tatsache, dass der Beschwerdeführer nach der Mängelrüge vom 5. März 2007 noch knapp sieben Monate im Mietobjekt gewohnt habe, relativiere das Ganze jedoch wieder; der Beschwerdeführer habe sich auch gar nie über entsprechende Beschwerden beklagt. Der Beschwerdeführer sei überdies spätestens Ende 2004 in das Mietobjekt eingezogen und habe danach eineinhalb Jahre zugewartet, bis er sich im Juli 2006 erstmals mit den Beschwerden an den Beschwerdegegner gewandt habe. Mit Schreiben vom 5. März 2007 habe er dann dem Beklagten die Ergebnisse der von ihm in Auftrag gegebenen Untersuchungsberichte mitgeteilt und Frist bis 20. März 2007 zur Stellungnahme angesetzt, obwohl der Bericht der X._ AG vom 7. September 2006 und derjenige der Y._ AG vom 7. November 2006 datierten. Angesichts dieser Umstände könne nicht davon gesprochen werden, dass die Tauglichkeit der Sache zum vorausgesetzten Gebrauch ausgeschlossen oder erheblich beeinträchtigt gewesen sei. Auch sei nicht vollständig klar, zu wie viel Prozent der Boden für die Symptome des Beschwerdeführers ursächlich gewesen sei, da auch nach den Untersuchungsberichten neben dem Boden weitere (vom Beschwerdeführer zu vertretende) Faktoren für die Konzentration von Lösemitteln in der Luft verantwortlich gewesen seien, insbesondere das in den Mieträumen abgestellte Motorrad des Beschwerdeführers, der von ihm veranlasste Innenausbau des Mietobjekts und Emissionen aus dem "Tabaknebenstromraum" (Tabakrauch).
Weiter erwog die Vorinstanz, die Erstinstanz hätte den Nachweis eines schwerwiegenden, vom Beschwerdegegner zu verantwortenden Mangels durch den Beschwerdeführer auch aus weiteren Gründen verneinen müssen. Bei den vom Beschwerdeführer zum Beweis seiner Behauptungen über einen schweren, vom Beschwerdegegner zu vertretenden Mangel vorgelegten Untersuchungsberichten bzw. der Fragebeantwortung der X._ AG und der Y._ AG handle es sich um Privatgutachten, die den Beweis nicht zu erbringen vermöchten. Im Übrigen seien der Untersuchungsbericht und die Fragebeantwortung der Y._ AG auch inhaltlich nicht beweiskräftig. Soweit die Erstinstanz auf die Aussagen des sachverständigen Zeugen C._ abgestellt habe, sei zu beachten, dass sich dieser durch seine vorprozessualen Kontakte mit dem Beschwerdeführer sowie das Erstellen des Untersuchungsberichts und die Fragenbeantwortung als Angestellter der Y._ AG im Auftrag des Beschwerdeführers dem Verdacht der Parteilichkeit und Voreingenommenheit ausgesetzt habe. Seinen Aussagen komme daher nur ein geringer Beweiswert zu. Abgesehen davon seien seine Aussagen nicht beweiskräftig, weil sie verschiedene Widersprüche enthielten und der Zeuge die einzelnen (chemischen) Verbindungen nicht prozentual habe quantifizieren und dem Boden zuordnen können.
3.4 Der Beschwerdeführer ficht zunächst den vorinstanzlichen Schluss an, es hätten keine schweren Mängel im Zusammenhang mit der Bodenkonstruktion im Mietobjekt vorgelegen, weil der Beschwerdeführer nach der Mängelrüge vom 5. März 2007 noch knapp sieben Monate im Mietobjekt gewohnt und bereits vorher mehr als zwei Jahre darin verbracht habe. Er rügt, die Vorinstanz habe dabei verschiedene Sachverhaltselemente nicht beachtet, insbesondere, dass er erst im Jahre 2006 überhaupt eine Verbindung zwischen diversen gesundheitlichen Problemen und einer allfälligen Belastung der Wohnung mit problematischen Stoffen hergestellt habe. Damit, und mit weiteren angeführten Sachverhaltselementen beruft er sich indessen auf tatsächliche Umstände, die wohl im erstinstanzlichen Urteil, nicht aber im angefochtenen Entscheid eine Stütze finden, ohne dazu eine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge zu erheben. Er kann daher insoweit nicht gehört werden (Erwägung 2 vorne).
Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz habe ausser Acht gelassen, dass ein Mangel bereits dann als schwer zu qualifizieren sei, wenn dieser die Gesundheit des Mieters gefährde; es sei nicht erforderlich, dass ein Mangel sich in einer tatsächlichen Beeinträchtigung der Gesundheit manifestiere; würden also, wie vorliegend, gesundheitsgefährdende Stoffe in einem Mietobjekt festgestellt, so sei ganz grundsätzlich von einem schweren Mangel auszugehen. Diese Vorbringen sind unbehelflich. Dem angefochtenen Urteil sind keine Anhaltspunkte zu entnehmen, dass die Vorinstanz von einem unzutreffenden Begriff des schweren Mangels ausgegangen wäre, indem sie eine blosse Gefährdung der Gesundheit für einen solchen Mangel als nicht hinreichend betrachtet hätte. Sie kam indessen aufgrund ihrer Beweiswürdigung zum Schluss, es sei nicht dargetan, dass die in der Luft des streitbetroffenen Objekts (angeblich) konkret festgestellten chemischen Verbindungen einen schweren Mangel darstellten, der die Tauglichkeit zum vorausgesetzten Gebrauch ausschloss oder erheblich beeinträchtigte. Dabei berücksichtigte sie u.a., dass im Bericht der Y._ AG zwar ausgeführt worden sei, die Räume seien für den Daueraufenthalt nicht geeignet, im Widerspruch dazu aber bloss eine Empfehlung für eine langfristige Sanierung des Bodens innerhalb etwa eines Jahres abgegeben worden sei; kurzfristig sei nur die Entfernung des Motorrads aus der Wohnung und die regelmässige Lüftung derselben empfohlen worden. Ferner habe sich der Beschwerdeführer erst am 5. März 2007 mit der Mängelrüge an den Beschwerdegegner gewandt, obwohl die Untersuchungsberichte der Y._ AG und der X._ AG vom 7. September 2006 bzw. vom 7. November 2006 datierten. Auch nach der Mängelrüge habe er noch knapp sieben Monate im Mietobjekt gewohnt, nachdem er bereits vorher zwei Jahre darin verbracht habe.
Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was diese Beweiswürdigung im Ergebnis als willkürlich erscheinen liesse, sondern setzt ihr - wie ausgeführt, unter unzulässiger Ergänzung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts - bloss seine eigene Sicht der Dinge entgegen. Der Schluss, das Mietobjekt habe im massgeblichen Zeitpunkt der Kündigung keinen schweren Mangel aufgewiesen, kann nach den dargestellten Erwägungen nicht als offensichtlich unhaltbar bezeichnet werden. Zu bedenken ist dabei insbesondere, dass der Beschwerdeführer sich nach dem Vorliegen der von ihm eingeholten Untersuchungsberichte mehrere Monate Zeit liess, bevor er beim Beschwerdegegner schon nur eine Mängelrüge erhob und um Behebung der Mängel ersuchte. Der Beschwerdeführer konnte schon während dieser Zeitspanne die Empfehlungen der Y._ AG über die Entfernung des Motorrads aus dem Mietobjekt und über die regelmässige Lüftung, auch zur Verminderung der Emissionen aus dem "Tabaknebenstromraum", ohne weiteres umsetzen. Wenn er angesichts der verbleibenden Luftbelastungen - die nur soweit nicht durch den Innenausbau verursacht, vom Beschwerdegegner zu vertreten sind - so lange zuwartete, bis er nur eine Mängelrüge erhob, erscheint die Annahme, es habe kein schwerer, jedenfalls kein vom Beschwerdegegner zu vertretender schwerer Mangel bestanden, nicht willkürlich und nicht als Überschreitung des der Vorinstanz zustehenden Ermessens bei der Beurteilung des Mangels.
Es könnte sich allenfalls fragen, ob eine Weiterführung des Mietverhältnisses für den Beschwerdeführer nach Ablauf der rund einjährigen Frist, die der Bericht der Y._ AG für eine Bodensanierung genannt hatte, als unzumutbar erscheinen könnte. Wie es sich damit verhält, kann indessen offen bleiben, da die Kündigung des Mietverhältnisses durch den Beschwerdeführer bereits vor Ablauf dieser Frist erfolgte.
3.5 Nach dem Dargelegten verletzte die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie verneinte, dass die Tauglichkeit der Sache zum vorausgesetzten Gebrauch ausgeschlossen oder erheblich beeinträchtigt war und demnach ein schwerer Mangel vorlag, der den Beschwerdeführer zur fristlosen Kündigung des Mietverhältnisses berechtigte. Somit ist davon auszugehen, dass die fristlose Auflösung des Mietverhältnisses ungerechtfertigterweise erfolgte, ohne dass auf die in der Beschwerde erhobenen Rügen gegen die weiteren Erwägungen der Vorinstanz in diesem Zusammenhang (vgl. Erwägung 3.3 Absatz 2 vorne) eingegangen werden muss.
Der Beschwerdeführer bringt allerdings vor, die Vorinstanz habe die Tatsache unbeachtet gelassen, dass der Beschwerdegegner die Kündigung des Mietverhältnisses und die darauffolgende Rückgabe des Mietverhältnisses stillschweigend akzeptiert habe, woraus der Beschwerdeführer habe ableiten dürfen, dass der Beschwerdegegner die Wirksamkeit der Mängelkündigung anerkenne. Damit kann er indessen nicht gehört werden, sind dem angefochtenen Urteil doch keinerlei tatsächliche Umstände zu entnehmen, aus denen darauf geschlossen werden könnte, der Beschwerdegegner habe die Kündigung akzeptiert und damit deren Wirksamkeit anerkannt (Erwägung 2 vorne).
Dass bei dieser Sachlage ein Schadenersatzanspruch gestützt auf <ref-law> entfällt, weil kein adäquater Kausalzusammenhang zwischen einem Mangel, der zur Vertragsauflösung berechtigte, und dem geltend gemachten Schaden aus nicht mehr nutzbaren Investitionen in den Ausbau des Mietobjekts besteht, bestreitet der Beschwerdeführer nicht.
4. Die Vorinstanz verneinte mit einer doppelten Begründung, dass geprüft werden müsse, ob <ref-law> auf das streitbetroffene Mietverhältnis anwendbar sei. Zum einen sei Änderungen des Mietobjekts, welche für die Herstellung eines zum Gebrauch desselben als Atelier tauglichen Zustands notwendig waren, mit dem tiefen Mietzins und der langen Vertragsdauer Rechnung getragen worden und der Beschwerdeführer habe nicht substanziiert behauptet, dass dadurch kein zulänglicher Ausgleich geschaffen worden sei; für die Zusprechung einer Entschädigung für die darüber hinausgehenden Änderungen fehle die erforderliche schriftliche Zustimmung des Beschwerdegegners bzw. eine Vereinbarung über dessen Entschädigungspflicht. Zum anderen habe der Beschwerdeführer selbst die Beendigung des Mietverhältnisses ohne Recht herbeigeführt, so dass ihm auch aus diesem Grund kein Anspruch auf Entschädigung seiner Investitionen zustände.
Der Beschwerdeführer rügt in seiner Beschwerde nur die erstgenannte Begründung der Vorinstanz. Die zweite ficht er dagegen nicht, jedenfalls nicht rechtsgenügend an (<ref-law>). Da diese den angefochtenen Entscheid in diesem Punkt für sich selber zu stützen vermag, fehlt ihm das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gegen die erste Begründung erhobenen Rügen und kann in diesem Punkt auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.).
Auf die Rügen könnte überdies auch nicht eingetreten werden, weil sich der Beschwerdeführer dabei in unzulässiger Erweiterung des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts auf die tatsächlichen Behauptungen stützt, für beide Parteien sei bei Vertragsschluss klar gewesen, dass der Kläger das Mietobjekt als "Loft", mithin als Wohnung nutzen wollte, und die Nutzung als Wohnung bzw. eine Rohbaumiete habe Vertragsinhalt gebildet (vgl. dazu die vorstehenden Erwägungen 2 und 3.2).
5. Die Vorinstanz anerkannte mit Bezug auf die Herabsetzungsforderung ab Juli 2007 von Fr. 1'296.10 einen Verzugszinsanspruch erst ab dem 8. Januar 2008, statt - wie vom Beschwerdeführer gefordert - ab 29. Dezember 2007. Sie erwog dazu, für diese Forderung sei eine Mahnung des Beschwerdeführers erst im Schlichtungsbegehren zu sehen, das er am 29. Dezember 2007 eingereicht habe. In Verzug geraten sei der Beschwerdegegner jedoch nicht bereits ab Einreichung des Begehrens bei der Schlichtungsbehörde, sondern erst ab dessen Zustellung an ihn zur Stellungnahme, da die Mahnung eine empfangsbedürftige Erklärung sei.
Der Beschwerdeführer macht geltend, entgegen diesen Erwägungen sei Verzugszins bereits ab dem 29. Dezember 2007 geschuldet, ab Anhängigmachung des Schlichtungsbegehrens. Gemäss <ref-law> a minor ad maius gerate ein Schuldner mit Anhebung der gerichtlichen Klage in Verzug, ohne dass dieser gemahnt werden müsse. Der Grundsatz der Empfangsbedürftigkeit der Mahnung sei deshalb vorliegend nicht von Relevanz.
Mit dieser Rüge wird die Nichtzusprechung eines Zinsbetrages von weniger als Fr. 5.-- beanstandet. Es ist fraglich, ob deren Erhebung nicht als geradezu trölerisch bezeichnet werden muss und darauf überhaupt einzutreten ist (<ref-law>).
Ohnehin geht sie fehl. <ref-law> erleichtert bloss die Stellung des Schuldners bestimmter Forderungen insoweit, als dieser Verzugszinsen nicht bereits ab Verzugseintritt, sondern erst ab Betreibung bzw. Klageeinleitung zu leisten hat (WEBER, Berner Kommentar, 2000, N. 4 zu <ref-law>; WIEGAND, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. I, 5. Aufl. 2011, N. 1 f. zu <ref-law>). Die Verzugszinspflicht setzt allgemein, und auch soweit sie in <ref-law> geregelt ist, voraus, dass der Schuldner mit seiner Leistungspflicht in Verzug ist (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 597; s. auch den klaren Wortlaut von <ref-law>). Soweit kein Verfalltagsgeschäft vorliegt (<ref-law>), setzt der Verzugseintritt grundsätzlich (vgl. <ref-ruling> E. 6; s. auch <ref-ruling> E. 1b S. 143 f.) voraus, dass der Schuldner vom Gläubiger gemahnt wurde (vgl. <ref-law>; WIEGAND, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>). Als Mahnung gilt dabei u.a. auch die Erhebung einer Leistungsklage (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 597; <ref-ruling> E. 5a S. 236; WIEGAND, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>). Allemal ist aber zu beachten, dass die Mahnung eine empfangsbedürftige Erklärung ist, mithin dem Schuldner dergestalt zugehen muss, dass deren Kenntnisnahme nur noch von dessen Verhalten abhängig ist (WIEGAND, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>; WEBER, a.a.O., N. 64 und 103 f. zu <ref-law>). Dies gilt auch für den Fall der Klageerhebung, weshalb erforderlich ist, dass diese dem Schuldner notifiziert oder dass ihm vom Gläubiger eine Kopie der entsprechenden Rechtsschrift zugestellt wird (so ausdrücklich: THÉVENOZ, in: Commentaire romand, Code des obligations, Bd. I, 2. Aufl. 2012, N. 22 zu <ref-law> ["notification"]; vgl. auch BGE 56 II 212 E. 3 S. 220 f.). Erst ab Empfang der Mahnung, mit der ihm der Gläubiger zu erkennen gibt, dass er die Leistung wünscht, soll der Schuldner mit Verzugszinsen belastet werden (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 64; vgl. auch WEBER, a.a.O., N. 105 f. zu <ref-law>). Dies hat die Vorinstanz zutreffend erkannt. Nach ihren unbestrittenen Feststellungen erfolgte für die Herabsetzungsforderung ab Juli 2007 vor Einleitung des Schlichtungsverfahrens keine Mahnung. Sie entschied damit richtig, Verzugszinse seien erst ab Zustellung des Schlichtungsbegehrens an den Beschwerdegegner geschuldet.
6. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Mai 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer