Sachverhalt:
A. X._ war Verwaltungsrat der A._ SA, welche in der Vermögensverwaltung tätig war. Die A._ SA nahm in der Zeit von Dezember 1997 bis August 1998 Anlagegelder von insgesamt rund Fr. 3,5 Mio. entgegen. Den Anlegern wurde eine seriöse, sichere und überdurchschnittlich gewinnbringende Anlage über die B._ vorgespiegelt. X._ wusste spätestens ab April 1998, dass C._ und D._ die Gelder nicht wie vereinbart anlegten. In Wahrheit wurden diese teils für hochspekulative Investitionen mit dem Risiko eines Totalverlusts und teils zur Bereicherung von C._ und D._ verwendet. X._ selber bezog für seine Tätigkeit als Verwaltungsrat der A._ SA einen Lohn von Fr. 5'000.-- bis 6'000.-- pro Monat, ohne dass er dafür eine annähernd gleichwertige Gegenleistung erbringen musste. Dennoch unterstützte er C._ und D._, indem er sein Mandat als Verwaltungsrat der A._ SA weiterführte. Die Anlagegelder gingen weitgehend verlustig. Auszahlungen bzw. Kapitalrückzahlungen erfolgten lediglich im Umfang von rund Fr. 300'000.--. Der Schaden aufgrund der zwischen April und August 1998 einbezahlten Gelder betrug Fr. 286'790.--.
Am 22. Juni 1999 reichte X._ der Schaffhauser Polizei eine Kopie eines gefälschten Schreibens der E._, unterzeichnet von F._, CEO, vom 14. Juni 1999 ein. Die E._ sichert C._ darin zu, bis am 29. Juni 1999 einen ersten Betrag von USD 5 Mio. auf das Konto von Rechtsanwalt G._ in Lugano zuhanden der Anleger zu überweisen. X._ wusste, dass es sich dabei um eine Fälschung handelte. Er wollte damit das laufende Strafverfahren gegen ihn verhindern oder zumindest verzögern.
B. Das Kantonsgericht Schaffhausen sprach X._ am 9. September 2009 des gewerbsmässigen Betrugs und der Urkundenfälschung schuldig. Es verurteilte ihn, als Zusatzstrafe zum Urteil des Amtsgerichts Chemnitz/D vom 6. März 2007 wegen vorsätzlicher Insolvenzverschleppung (§ 401 Abs. 1 Nr. 2 AktG/D), zu einer Freiheitsstrafe von 15 Monaten, davon 9 Monate bedingt.
Das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies die Berufung von X._ und die Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft am 13. April 2011 ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil vom 13. April 2011 aufzuheben, ihn vom Vorwurf der Urkundenfälschung freizusprechen und zu einer bedingten Freiheitsstrafe von maximal 12 Monaten zu verurteilen, dies als Zusatzstrafe zum Urteil des Amtsgerichts Chemnitz vom 6. März 2007. Eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um Erteilung der aufschiebenden Wirkung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Schuldspruch wegen Urkundenfälschung. Das gefälschte Schreiben vom 14. Juni 1999 sei keine Urkunde im Sinne von <ref-law>, da ihm keine erhöhte Glaubwürdigkeit zukomme. Die Vorinstanz gehe zu Unrecht davon aus, die E._ sei ein amerikanisches Finanzinstitut und stelle diese einer Bank gleich. Er habe das Schreiben nicht genau gelesen und sei auch nicht gehalten gewesen, dieses auf seine Richtigkeit zu überprüfen.
1.2 Die Vorinstanz führt aus, das Schreiben vom 14. Juni 1999 sei dazu bestimmt gewesen, zu beweisen, dass ein schon früher zur Sprache gekommenes Zahlungsversprechen tatsächlich eingetroffen sei. Darüber hinaus habe es den Zweck gehabt, den Beweis zu erbringen, dass die umstrittenen Anlagen sicher und gewinnbringend gewesen seien und die Rückzahlung der investierten Gelder keine Probleme böte. Da als Aussteller ein amerikanisches Finanzinstitut angegeben werde und das Papier mit dem "Corporate Seal" von Arizona versehen sei, habe es den Charakter eines offiziellen Dokuments mit einer höheren Anforderung an die Beweiseignung. Es geniesse daher erhöhte Glaubwürdigkeit und sei eine Urkunde. Es sei vergleichbar mit brieflich falschen Angaben eines leitenden Bankangestellten oder einer Bankbescheinigung (angefochtenes Urteil S. 32).
1.2 Die Vorinstanz führt aus, das Schreiben vom 14. Juni 1999 sei dazu bestimmt gewesen, zu beweisen, dass ein schon früher zur Sprache gekommenes Zahlungsversprechen tatsächlich eingetroffen sei. Darüber hinaus habe es den Zweck gehabt, den Beweis zu erbringen, dass die umstrittenen Anlagen sicher und gewinnbringend gewesen seien und die Rückzahlung der investierten Gelder keine Probleme böte. Da als Aussteller ein amerikanisches Finanzinstitut angegeben werde und das Papier mit dem "Corporate Seal" von Arizona versehen sei, habe es den Charakter eines offiziellen Dokuments mit einer höheren Anforderung an die Beweiseignung. Es geniesse daher erhöhte Glaubwürdigkeit und sei eine Urkunde. Es sei vergleichbar mit brieflich falschen Angaben eines leitenden Bankangestellten oder einer Bankbescheinigung (angefochtenes Urteil S. 32).
1.3 1.3.1 Der Urkundenfälschung nach <ref-law> macht sich strafbar, wer in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen (Abs. 1), eine Urkunde fälscht oder verfälscht, die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützt oder eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt (Abs. 2) oder eine Urkunde dieser Art zur Täuschung gebraucht (Abs. 3). Urkunden sind u.a. Schriften, die bestimmt und geeignet sind, eine Tatsache von rechtlicher Bedeutung zu beweisen (<ref-law>). Die Tatbestände des Urkundenstrafrechts schützen das Vertrauen, welches im Rechtsverkehr einer Urkunde als einem Beweismittel entgegengebracht wird (<ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen).
1.3.2 Die Urkundenfälschung im engeren Sinne erfasst das Herstellen einer unechten Urkunde. Eine Urkunde ist unecht, wenn deren wirklicher Urheber nicht mit dem aus ihr ersichtlichen Aussteller übereinstimmt bzw. wenn sie den Anschein erweckt, sie rühre von einem anderen als ihrem tatsächlichen Urheber her. Wirklicher Aussteller einer Urkunde ist derjenige, dem sie im Rechtsverkehr als von ihm autorisierte Erklärung zugerechnet wird. Dies ist gemäss der insoweit vorherrschenden sogenannten "Geistigkeitstheorie" derjenige, auf dessen Willen die Urkunde nach Existenz und Inhalt zurückgeht (<ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen).
1.3.3 Eine Falschbeurkundung begeht demgegenüber insbesondere, wer eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt, in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Die Falschbeurkundung betrifft die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen. Die Falschbeurkundung erfordert eine qualifizierte schriftliche Lüge. Eine solche wird nur angenommen, wenn der Urkunde eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihr daher ein besonderes Vertrauen entgegenbringt. Das ist der Fall, wenn allgemeingültige objektive Garantien die Wahrheit der Erklärung gegenüber Dritten gewährleisten, die gerade den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen. Blosse Erfahrungsregeln hinsichtlich der Glaubwürdigkeit irgendwelcher schriftlicher Äusserungen genügen dagegen nicht, mögen sie auch zur Folge haben, dass sich der Geschäftsverkehr in gewissem Umfang auf die entsprechenden Angaben verlässt (<ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
1.4 Die Einwände des Beschwerdeführers sind unbegründet.
1.4.1 Vorliegend geht es nicht um eine Falschbeurkundung, sondern um eine Urkundenfälschung im engeren Sinne, da das Schreiben entgegen dessen Anschein nicht vom CEO der E._ verfasst wurde. Die restriktive bundesgerichtliche Rechtsprechung im Bereich der Falschbeurkundung, wonach der Urkunde erhöhte Glaubwürdigkeit zukommen und der Adressat ihr ein besonderes Vertrauen entgegenbringen muss, gelangt daher nicht zur Anwendung. Es genügt, wenn das Dokument dazu bestimmt und geeignet ist, eine Tatsache von rechtlicher Bedeutung zu beweisen (<ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 2e mit Hinweis). Dies war der Fall und auch der Grund, weshalb der Beschwerdeführer das Schreiben der Polizei einreichte. Die E._ ist eine tatsächlich existierende und im Finanzbereich tätige amerikanische Unternehmung. Mit dem vom Beschwerdeführer im hängigen Strafverfahren eingereichten Dokument sollte der Beweis erbracht werden, dass die von den Anlegern investierten Gelder nicht verloren waren, da darin zuhanden von C._ die bevorstehende Überweisung eines Betrags von USD 5 Mio. bestätigt wird. Unerheblich ist, dass die Täuschung nicht gelang (vgl. Beschwerde Ziff. 26 S. 7).
Nicht weiter einzugehen ist auf den Einwand, die E._ könne nicht mit einer Bank verglichen werden, da dies für die rechtliche Beurteilung irrelevant ist.
1.4.2 In subjektiver Hinsicht geht die Vorinstanz davon aus, der Beschwerdeführer habe gewusst, dass das Schreiben vom 14. Juni 1999 gefälscht war. Er habe in der Absicht gehandelt, sich einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen.
Der Beschwerdeführer macht sinngemäss geltend, er habe nicht gewusst, dass es sich beim Schreiben um eine Fälschung handelte. Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft innere Tatsachen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 3c S. 252; je mit Hinweisen), welche das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür prüft (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Die Rüge der Willkür muss anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und begründet werden, ansonsten darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer setzt sich mit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung nicht auseinander und legt nicht dar, diese sei willkürlich. Auf die Sachverhaltsrüge ist daher nicht einzutreten.
1.5 Die vorinstanzliche Verurteilung wegen Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> ist bundesrechtskonform.
2.
2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Beschleunigungsgebots.
2.2 Das in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK festgeschriebene Beschleunigungsgebot verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren voranzutreiben, um den Beschuldigten nicht unnötig über die gegen ihn erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen (<ref-ruling> E. 8; <ref-ruling> E. 3.3.1; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen). Gegenstand der Prüfung, ob ein Verfahren zu lange gedauert hat, ist das Verfahren in seiner Gesamtheit. Die Beurteilung der Verfahrensdauer entzieht sich starren Regeln. Es ist vielmehr in jedem Einzelfall unter Würdigung aller konkreten Umstände zu prüfen, ob sich diese als angemessen erweist. Zu berücksichtigen sind insbesondere die Komplexität des Falls, das Verhalten des Angeschuldigten und die Behandlung des Falls durch die Behörden (BGE <ref-ruling> E. 3.3.3; <ref-ruling> E. 2c; je mit Hinweisen).
Von den Behörden und Gerichten kann nicht verlangt werden, dass sie sich ständig einem einzigen Fall widmen. Zeiten, in denen das Verfahren stillsteht, sind unumgänglich. Wirkt keiner dieser Zeitabschnitte stossend, ist eine Gesamtbetrachtung vorzunehmen. Dabei können Zeiten mit intensiver behördlicher oder gerichtlicher Tätigkeit andere Zeitspannen kompensieren, in denen aufgrund der Geschäftslast keine Verfahrenshandlungen erfolgten. Eine Strafminderung drängt sich auf, wenn eine krasse Zeitlücke (im Ablauf) seitens der Strafbehörde zutage tritt. Dazu genügt es nicht, dass diese oder jene Handlung ein bisschen rascher hätte vorgenommen werden können (BGE <ref-ruling> E. 3.3.3; <ref-ruling> E. 2c mit Hinweisen; Urteile 6B_670/2009 vom 17. November 2009 E. 2.2; 6B_105/2007 vom 2. November 2007 E. 3.3).
2.3 Das Kantonsgericht gewährte dem Beschwerdeführer wegen Verletzung des Beschleunigungsgebots eine Strafreduktion von 50 %, was von diesem nicht beanstandet wird. Er macht jedoch geltend, vor dem Obergericht sei es erneut zu einer Verfahrensverzögerung gekommen. Diesem Umstand hätte durch einen Verzicht auf eine Bestrafung oder zumindest durch eine weitere Strafreduktion Rechnung getragen werden müssen.
2.4 Der Beschwerdeführer beanstandet zu Recht nicht, die lange Verfahrensdauer bis zum erstinstanzlichen Urteil hätte zu einer Strafreduktion von mehr als 50 % führen müssen. Entgegen dessen Auffassung wurde das Beschleunigungsgebot im Verfahren vor dem Obergericht nicht verletzt. Das begründete Urteil des Kantonsgerichts wurde am 26. Mai 2010 versandt. Den Parteien wurde im Berufungsverfahren Frist zur Stellung von Beweisergänzungsanträgen angesetzt. Die Anträge des Beschwerdeführers vom 30. Juli 2010 wiesen der Präsident des Obergerichts am 17. August 2010 und das Obergericht im Einspracheverfahren am 6. Dezember 2010 ab. Die Berufungsverhandlung fand am 13. April 2011 statt (angefochtenes Urteil S. 11 ff.). Die Urteilsbegründung wurde dem Beschwerdeführer am 28. September 2011 zugestellt. Die Dauer des obergerichtlichen Verfahrens von rund 16 Monaten ist mit dem Beschleunigungsgebot vereinbar. Die Verfahrensdauer war in Berücksichtigung der Komplexität des Verfahrens nicht übermässig lange. Auch kann dem Obergericht keine längere Untätigkeit vorgeworfen werden. Es war daher nicht gehalten, die vom Kantonsgericht ausgesprochene Strafe weiter zu reduzieren, zumal es die Berufung des Beschwerdeführers als unbegründet abwies.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung von Art. 47 und Art. 49 i.V.m. <ref-law> geltend. Entgegen den Ausführungen der Vorinstanz entspreche die Misswirtschaft nach <ref-law> nicht der deutschen Insolvenzverschleppung nach § 401 Abs. 1 Nr. 2 AktG/D. Der Strafrahmen gemäss dieser Bestimmung betrage maximal drei Jahre, während die Misswirtschaft nach <ref-law> mit einer Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren bestraft werden könne. Die Vorinstanz dürfe im Rahmen von <ref-law> nicht von einer höheren Strafandrohung als am Begehungsort ausgehen. Er sei mit einer Freiheitsstrafe von 12 Monaten in Deutschland schon sehr hart bestraft worden. Eine Bestrafung mit einem Drittel der deutschen "Gesamtstrafe" sei härter als eine Bestrafung mit einem Fünftel der "Gesamtstrafe" aus schweizerischer Optik. Die Strafzumessung im angefochtenen Urteil sei klar zu streng. Angemessen sei eine Zusatzstrafe von höchstens 12 Monaten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung von Art. 47 und Art. 49 i.V.m. <ref-law> geltend. Entgegen den Ausführungen der Vorinstanz entspreche die Misswirtschaft nach <ref-law> nicht der deutschen Insolvenzverschleppung nach § 401 Abs. 1 Nr. 2 AktG/D. Der Strafrahmen gemäss dieser Bestimmung betrage maximal drei Jahre, während die Misswirtschaft nach <ref-law> mit einer Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren bestraft werden könne. Die Vorinstanz dürfe im Rahmen von <ref-law> nicht von einer höheren Strafandrohung als am Begehungsort ausgehen. Er sei mit einer Freiheitsstrafe von 12 Monaten in Deutschland schon sehr hart bestraft worden. Eine Bestrafung mit einem Drittel der deutschen "Gesamtstrafe" sei härter als eine Bestrafung mit einem Fünftel der "Gesamtstrafe" aus schweizerischer Optik. Die Strafzumessung im angefochtenen Urteil sei klar zu streng. Angemessen sei eine Zusatzstrafe von höchstens 12 Monaten.
3.2 3.2.1 Die Vorinstanz verfügt auf dem Gebiet der Strafzumessung über einen Ermessensspielraum. Die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts greift auf Beschwerde in Strafsachen hin nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. durch Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6; <ref-ruling> E. 5.3.1; <ref-ruling> E. 2.1). Alleine einer besseren Begründung wegen hebt das Bundesgericht das angefochtene Urteil nicht auf, solange die Strafzumessung im Ergebnis bundesrechtskonform ist (vgl. <ref-ruling> E. 2c mit Hinweisen).
3.2.2 Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so verurteilt ihn das Gericht zu der Strafe der schwersten Straftat und erhöht sie angemessen. Es darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen (<ref-law>). Hat das Gericht eine Tat zu beurteilen, die der Täter begangen hat, bevor er wegen einer andern Tat verurteilt worden ist, so bestimmt es die Zusatzstrafe in der Weise, dass der Täter nicht schwerer bestraft wird, als wenn die strafbaren Handlungen gleichzeitig beurteilt worden wären (<ref-law>). <ref-law> will im Wesentlichen das Asperationsprinzip auch bei retrospektiver Konkurrenz gewährleisten. Der Täter, der mehrere Freiheitsstrafen verwirkt hat, soll nach einem einheitlichen, für ihn relativ günstigen Prinzip der Strafschärfung beurteilt werden, unabhängig davon, ob die Verfahren getrennt durchgeführt werden oder nicht (<ref-ruling> E. 8.2). Zusatzstrafen gemäss <ref-law> können nach der Rechtsprechung auch zu einer im Ausland ausgesprochenen Strafe ausgefällt werden (<ref-ruling> E. 8.2; <ref-ruling> E. 2c). Für das Vorgehen bei der Festsetzung der Zusatzstrafe bei retrospektiver Konkurrenz und die Anforderungen an die Begründung der Strafzumessung kann auf die ausführliche bundesgerichtliche Rechtsprechung verwiesen werden (<ref-ruling> E. 8; <ref-ruling> E. 1.1; je mit zahlreichen Hinweisen).
3.3 Die Vorinstanz geht vom gewerbsmässigen Betrug als schwerster Tat aus. In Berücksichtigung der langen Verfahrensdauer gelangt sie zu einer Gesamtfreiheitsstrafe von 27 Monaten, was nach Abzug der Freiheitsstrafe von 12 Monaten gemäss Urteil des Amtsgerichts Chemnitz eine Zusatzfreiheitsstrafe von 15 Monaten ergibt. Diese Strafe ist nicht unzulässig hart. Namentlich kann der Vorinstanz keine Verletzung von <ref-law> durch Missbrauch des ihr auf dem Gebiet der Strafzumessung zustehenden Ermessens vorgeworfen werden.
3.4 Das Unterlassen der Überschuldungsanzeige im Sinne von <ref-law> kann nach schweizerischem Recht unter den Tatbestand der Misswirtschaft von <ref-law> fallen (vgl. Urteile 6B_492/2009 vom 18. Januar 2010 E. 2; 6S.1/2006 vom 21. März 2006 E. 8). Im Rahmen der retrospektiven Konkurrenz gemäss <ref-law> ist unerheblich, dass der schweizerische Tatbestand der Misswirtschaft, welcher als Auffangtatbestand ausgestaltet und entsprechend weit gefasst ist, mit dem deutschen Tatbestand der Insolvenzverschleppung nicht identisch ist und anders als § 401 Abs. 1 Nr. 2 AktG/D eine Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren vorsieht. Der Beschwerdeführer verkennt, dass er in der Schweiz nicht wegen Misswirtschaft verurteilt wurde. <ref-law> gelangt daher nicht zur Anwendung. Der deutschen Verurteilung wegen Insolvenzverschleppung wurde lediglich bei der Strafzumessung Rechnung getragen. Dies wirkt sich zugunsten des Beschwerdeführers aus, da die deutsche und die schweizerische Strafe nicht kumuliert werden. Dass die Vorinstanz bei der Bildung der Gesamtstrafe bzw. bei der angemessenen Erhöhung der Einsatzstrafe für den gewerbsmässigen Betrug als schwerster Tat zuungunsten des Beschwerdeführers von falschen tatsächlichen oder rechtlichen Gesichtspunkten ausgegangen wäre, wird von diesem nicht gerügt. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer mit dem Einwand, die vom Amtsgericht Chemnitz ausgesprochene Strafe von 12 Monaten sei sehr hart, da die Vorinstanz diese nicht auf ihre Angemessenheit zu überprüfen hatte (vgl. Urteil 6S.849/1998 vom 4. März 1999 E. 4c; JÜRG-BEAT ACKERMANN, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, N. 64 zu <ref-law>). Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird mit dem Entscheid in der Sache gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Januar 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld