Faits :
A.
Entre mars 2009 et août 2010, B._ (ci-après également: le lésé) a fait construire une villa sur son bien-fonds situé sur la commune de Plan-les-Ouates (Genève). Il a mandaté, par son architecte, la société C._ SA pour la pose de nombreux vitrages, laquelle a procédé aux travaux d'un coût total de 706'925 fr. 45.
En juillet 2010, D._ SA, société dont l'administrateur unique est B._, a confié à A._ SA (ci-après: la société de nettoyage) le nettoyage des baies vitrées et des vitres de la villa appartenant à B._, pour un prix forfaitaire de 3'200 fr., hors taxes. Le nettoyage a été effectué les 9, 10, 11, 12 et 17 août 2010.
B._, par son représentant, a alors constaté la présence d'importantes rayures sur les vitres de sa villa.
La société de nettoyage contestant sa responsabilité, un constat d'huissier a été effectué, pour un coût de 7'868 fr.39, les 4 et 8 novembre 2010. Selon ce constat, 89 vitrages sur 109 comportaient des rayures plus ou moins importantes, présentes sur la face externe des vitres. Elles étaient si nombreuses qu'il n'était pas possible d'en faire un inventaire exhaustif. Elles étaient visibles et même manifestes par temps ensoleillé et pouvaient être ressenties au toucher.
Le 19 novembre 2010, C._ SA a établi une offre concernant le remplacement de 78 fenêtres pour un montant total de 411'010 fr.
Les rayures ont été examinées par un expert, en la personne de E._, docteur en sciences de l'EPFZ. Selon lui, les rayures, qui résultent d'un nettoyage inadapté, n'avaient pas de conséquences sur la charge utile des vitres, lesquelles pouvaient toujours supporter la force du vent et leur propre poids, mais elles constituaient un point faible en cas d'apparition de futures fissures. Elles engendraient au surplus une forte détérioration de l'aspect de l'édifice, exposé au rayonnement solaire, ainsi que de la transparence des vitrages de l'intérieur vers l'extérieur. Les honoraires de l'expert se sont élevés à 9'019 fr.45.
Le 27 janvier 2011, le lésé a invité la société de nettoyage à l'indemniser à concurrence de 411'010 fr., montant auquel s'ajoutent les frais d'huissier et d'expert.
Le 7 mars 2011, un commandement de payer a été notifié, sur réquisition du lésé, à la société de nettoyage. Celle-ci a formé opposition.
B.
Le 29 décembre 2011, B._ a ouvert une action, devant le Tribunal de première instance de Genève, contre la société de nettoyage, concluant au paiement de 411'010 fr., 9'019 fr.45 et de 7'868 fr.39 avec intérêts à 5% l'an dès le 7 février 2011, ainsi qu'à la mainlevée de l'opposition à la hauteur de ces montants.
Par jugement du 21 novembre 2013, le Tribunal de première instance a débouté le demandeur de toutes ses conclusions.
Par arrêt du 17 décembre 2014, la Chambre civile de la Cour de justice de Genève, sur appel du demandeur, a annulé le jugement entrepris et condamné la société de nettoyage à verser au lésé les montants de 411'010 fr., 9'019 fr.45 et de 7'868 fr.39 avec intérêts à 5% l'an dès le 7 février 2011. Elle a prononcé la mainlevée de l'opposition.
C.
La société de nettoyage exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 17 décembre 2014. Sous suite de frais et dépens, elle conclut principalement à son annulation, à ce que l'action en paiement soit rejetée, à ce que la poursuite correspondante n'aille pas sa voie et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Elle invoque une violation des art. 41, 42 et 55 CO.
L'intimé conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la recourante soit déboutée de toutes ses conclusions et que l'arrêt cantonal soit confirmé.
Les parties ont encore chacune déposé des observations.
La requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été rejetée par ordonnance présidentielle du 19 mars 2015.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant sur recours (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. c, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc également être formé pour violation d'un droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247). Le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'argumentation des parties (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 336) et apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant d'ordinaire aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 584).
2.
2.1. Le Tribunal de première instance a considéré que l'existence d'un dommage était exclue, dans la mesure où le lésé n'avait pas procédé au changement des vitres endommagées et que la présence des rayures n'avait aucune conséquence sur la capacité des vitres à supporter la force du vent ou leur propre poids, de sorte qu'elles étaient toujours aptes à remplir leur fonction première de protection et de support. Selon cette autorité, indemniser le lésé du montant total de la valeur de remplacement reviendrait dès lors à l'enrichir. En définitive, elle a retenu que le lésé avait subi un dommage limité à l'aspect esthétique des vitrages, dont l'étendue n'avait pas été établie, dans la mesure où il s'était limité à produire un simple devis, non contresigné, portant sur le remplacement total des vitrages. Le premier juge a également écarté un dommage résultant de la diminution de la valeur de l'immeuble, non allégué ni prouvé.
2.2. La Cour de justice retient quant à elle que les rayures en question portent atteinte à la substance même du bien du lésé et qu'elles constituent dès lors un dommage. Elle considère que celui-ci ne peut être supprimé ni par un procédé de polissage, ni par la pose de films protecteurs sur les vitrages, mais que seul leur remplacement permet d'y remédier. Elle rappelle qu'il n'est pas pertinent que le lésé ait effectivement fait remplacer ses vitres, respectivement qu'il ait l'intention de le faire, le dommage résultant de l'atteinte même à son bien-fonds et non de l'exécution de la réparation.
La cour cantonale, considérant que les autres conditions de la responsabilité sont réalisées, retient, au moment de déterminer le montant du dommage, que le coût du remplacement résulte du devis de la société C._ SA du 19 novembre 2010 qui fait état d'un montant de 411'010 fr. A cette somme, elle ajoute les frais d'huissier et d'expertise privée engagés par le lésé, pour aboutir à un montant total de 427'897 fr.84.
3.
En l'espèce, seule est encore litigieuse la question du mode de calcul du dommage matériel subi par le lésé.
Faisant état d'une violation de l'<ref-law>, la recourante soutient en effet qu'en déterminant la quotité du dommage matériel en se basant sur un mode de calcul erroné, les juges précédents ont méconnu la notion juridique du dommage. Ce dernier ne correspondrait pas à la valeur de remplacement, mais à une valeur (par hypothèse) moindre (soit la diminution de valeur des vitrages endommagés mais, selon elle, toujours utilisables), non prouvée par le lésé.
3.1. Selon le principe de la réparation intégrale, qui s'inscrit dans la fonction indemnitaire du droit de la responsabilité civile, l'auteur doit réparer l'entier du dommage (c'est-à-dire l'atteinte causée au patrimoine) subi (e) par le lésé en lien avec le fait générateur de responsabilité qui lui est imputable (cf. <ref-ruling> consid. 4b p. 179; OFTINGER/STARK, Schweizerisches Haftpflichtrecht, Allg. Teil, 5e éd. 1995, n. 354 ad § 6).
Le dommage juridiquement reconnu réside dans la diminution involontaire de la fortune nette; il correspond à la différence entre le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant qu'aurait ce même patrimoine si l'événement dommageable ne s'était pas produit (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 11a et les arrêts cités).
On distingue traditionnellement deux catégories de dommage matériel.
Si la chose est totalement détruite, perdue ou que les frais de réparation sont disproportionnés par rapport à la valeur vénale au moment de l'endommagement, le dommage matériel correspond à la valeur de remplacement de cette chose (cf. arrêt 4C.184/2005 du 4 mai 2006 consid. 4.3.1; sur l'ensemble de la question: CHRISTOPH MÜLLER, La responsabilité civile extracontractuelle, 2013, n. 630 ss p. 205 s.).
Le dommage matériel est partiel lorsque l'atteinte à la chose peut être réparée, de sorte que celle-ci peut ensuite à nouveau remplir sa fonction d'origine ( ROLAND BREHM, Berner Kommentar, 4e éd. 2013, no 21e ad <ref-law>). Le dommage comprend alors les frais de réparation et la dépréciation due au fait que l'objet, même réparé, n'a plus la même valeur qu'un objet resté intact (pour les détails: MÜLLER, op. cit., n. 635 ss p. 206 s.).
3.2. Que le dommage soit total ou partiel, il convient, dans la détermination de son montant (cf. <ref-law>), de procéder à l'imputation des avantages (en faveur du lésé) générés par l'événement dommageable (sur l'ensemble de la question: BREHM, op. cit., nos 27 ss ad <ref-law>).
La valeur résiduelle d'un objet totalement détruit représente en principe un avantage financier à imputer (cf. ATF 35 II 315 consid. 7 p. 325 s. cité par HEINZ REY, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 4e éd. 2008, n. 216 p. 50; DESCHENAUX/TERCIER, La responsabilité civile, 2e éd. 1982, n. 29 ad § 23; BREHM, op. cit., no 31 ad <ref-law>; pour les détails: VON TUHR/PETER, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, vol. I, 1979, p. 101 s. et les renvois).
L'existence d'avantages financiers devant être imputés sur le montant du dommage est un fait dirimant qui doit être prouvé par l'auteur du dommage (cf. arrêt 4A_307/2008 du 27 novembre 2008 consid. 3.1.4).
3.3. En l'occurrence, les vitrages ne sont pas totalement détruits dans leur substance, mais le dommage n'est pas limité à leur aspect esthétique; il a également trait aux fonctions de ces vitrages, soit celle de support (les vitrages étant potentiellement plus fragiles), ainsi que celle consistant à laisser passer la lumière à l'intérieur du bâtiment (diminution de la transparence des vitrages de l'intérieur vers l'extérieur). Selon les constatations cantonales, les vitrages sont irréparables.
Il s'agit donc de savoir dans laquelle des deux catégories (cf. supra consid. 3.1) ce dommage doit être classé, soit de déterminer si le dommage est total (auquel cas le lésé pourrait être indemnisé en fonction de la valeur de remplacement) ou si, comme le prétend la recourante, le dommage est partiel, le lésé ne pouvant alors prétendre qu'à la moins-value (dépréciation des vitrages qui gardent toutefois une valeur résiduelle) (cf. infra consid. 3.4).
Il s'agira ensuite, toujours dans la détermination du dommage, de dire s'il convient de procéder à l'imputation d'avantages (cf. infra consid. 3.5).
3.4. Le raisonnement de la recourante, qui vise la détermination du montant du dommage, ne convainc pas car il ne tient pas compte de l'élément essentiel sous-tendant le litige, soit la constatation de la cour cantonale selon laquelle la réparation de la chose n'est pas possible. La recourante fait ainsi abstraction de la fonction principale du droit de la responsabilité civile, qui est de réparer totalement l'atteinte au patrimoine subie par le lésé (cf. supra consid. 3.1). Or, si le lésé ne pouvait obtenir qu'une indemnisation pour la dépréciation de la chose (par hypothèse inférieure à la valeur de remplacement), il serait appauvri puisque, pour écarter totalement le dommage (soit une dépense qui, de fait, lui a été imposée par le comportement illicite de l'auteur de l'acte dommageable), il serait nécessairement contraint - une réparation n'étant pas envisageable - de remplacer la chose (valeur de remplacement). La solution préconisée par la société de nettoyage reviendrait à pénaliser le lésé et à le remettre dans une situation moins favorable que celle qui était la sienne avant le fait générateur de responsabilité (cf. VITO ROBERTO, Haftpflichtrecht, 2002, n. 691 ad § 28).
Ainsi, si la chose est irréparable, le lésé peut exiger - comme en cas de destruction totale - son remplacement, peu importe à cet égard que la chose ne soit pas totalement détruite dans sa substance (cf. VON TUHR/PETER, op. cit., p. 120 s.; a contrario : OFTINGER/STARK, op. cit., n. 366 p. 368; cf. HELMUT KOZIOL, Österreichisches Haftpflichtrecht, Allg. Teil, 3e éd. 1997, n. 10/19 p. 316; même résultat en droit allemand: GERHARD KNERR, in Geigel, Der Haftpflichtprozess, 25e éd. 2008, n. 40 p. 70 et n. 50 p. 74 s.). Cela étant, c'est à bon droit que la cour cantonale a calculé l'indemnisation en fonction de la valeur de remplacement.
Il n'y a en l'occurrence pas lieu de réfléchir sur la base du principe connu sous la locution " neu für alt " (selon lequel il faut tenir compte, dans l'indemnisation à accorder, que l'espérance de vie de l'objet nouveau est supérieure à celle de l'objet détruit), puisque les vitrages étaient neufs au moment de l'acte dommageable (cf. à ce sujet: arrêt 4C.87/2007 du 26 septembre 2007 consid. 5.2 et les auteurs cités).
3.5. Dans l'hypothèse où les vitrages endommagés devraient encore avoir une valeur sur le marché, on ne saurait a prioriexiger en l'espèce d'un particulier (propriétaire de la villa) qu'il procède à leur vente et, partant, on ne saurait lui imposer l'imputation de l'avantage financier qui résulte de la valeur résiduelle. On peut toutefois admettre que s'il prend l'initiative de les réaliser, il doit alors se laisser imputer cet avantage. Il n'y a toutefois pas lieu d'approfondir ces questions en l'espèce, la société recourante n'ayant présenté aucune motivation à cet égard (cf. supra consid. 1.2), ni d'ailleurs apporté les éléments de preuves nécessaires, dont la charge lui incombait (cf. supra consid. 3.2).
Il s'ensuit que le grief doit être rejeté, par substitution partielle des motifs qui précèdent.
4.
4.1. S'agissant du moyen tiré de la violation de l'<ref-law> (mauvaise application des règles régissant le fardeau de la preuve), celui-ci repose sur la prémisse - erronée (cf. supra consid. 3) - que le lésé ne pouvait obtenir une indemnité fondée sur la valeur de remplacement des vitrages, mais qu'il lui incombait plutôt de démontrer que ceux-ci ont subi une dépréciation, ce qu'il n'a pas fait. Le moyen se révèle donc sans consistance.
4.2. Quant à la critique selon laquelle le devis non contresigné pour accord ne permettait pas de prouver un quelconque dommage, celle-ci doit être déclarée mal fondée.
Le coût de remplacement des vitres endommagées résulte d'un devis précisant la taille et les caractéristiques techniques des vitres à remplacer. La recourante ne conteste pas le contenu du devis.
Le fait que celui-ci n'ait pas été contresigné par le lésé n'est pas pertinent dès lors que l'évaluation du dommage n'est pas subordonnée à l'exécution de la réparation de la chose endommagée par le lésé (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 428, cité par MÜLLER, op. cit., n. 634 p. 206), qu'une facture liée à la réparation effective ne sera pas nécessairement établie et qu'un devis peut parfaitement, en tant que tel, servir de base de calcul d'un dommage ( BREHM, op. cit., no 24 ad <ref-law>; BENOÎT CHAPPUIS, Le moment du dommage, 2007, n. 484 ss p. 231 ss).
4.3. La recourante reproche enfin à la cour cantonale d'avoir omis d'examiner, dans le calcul du dommage, le critère de l'aspect subjectif de celui-ci, respectivement de l'intérêt du lésé à la réparation de ce dommage.
En l'occurrence, si la recourante relève des extraits de la décision du Tribunal de première instance, elle n'indique par contre pas en quoi le droit aurait été violé par les juges cantonaux dans la décision attaquée en lien avec le calcul du dommage (et notamment s'agissant de la prise en compte de l'intérêt subjectif du lésé). Elle se limite à affirmer, de manière lapidaire, que ce critère n'a pas été examiné dans le cadre de l'arrêt attaqué. La critique de la recourante est irrecevable, pour défaut de motivation (cf. supra consid. 1.2).
S'agissant enfin du paragraphe de l'arrêt attaqué mis en évidence par la recourante, on ne saurait en contester le bien-fondé, l'affirmation de la cour cantonale (selon laquelle il n'est pas pertinent que le lésé ait effectivement fait remplacer ses vitres) étant conforme à la jurisprudence (cf. supra consid. 4.2).
5.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 CO).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 25 juin 2015
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget