Sachverhalt:
A. Die Baubehörde der Gemeinde St. Moritz erteilte der X._ AG am 1. April 1980 die Bewilligung für eine Überbauung der Parzelle Nr. 2216. Das Bauprojekt sah gewisse sog. disponible Räume vor, die mit einer Nutzungsbeschränkung belegt waren (nicht als Wohn- oder Schlafräume etc. benutzbar). In Folge einer Änderung des kommunalen Baugesetzes bewilligte die Baubehörde der X._ AG am 7. August 1985 die Nutzung der genannten Räume als Gewerbeflächen.
Am 8. Juni 1990 erwarben die Eheleute A._ und B._ einen Teil dieser Gewerbefläche (Stockwerkeinheit Nr. 52407). Mit Abtretungsvertrag vom 8. Februar 1992 übernahm Frau B._ den Miteigentumsanteil ihres Ex-Ehegatten und erwarb Alleineigentum an der Stockwerkeinheit.
B. Im Herbst 2011 stellte die Baubehörde fest, dass die Stockwerkeinheit zu Wohnzwecken genutzt wird. Nach einem mehrfachen Schriftenwechsel verfügte der Gemeindevorstand:
1. "Die Nutzung der StWE-Einheit Nr. 52407 zu Wohnzwecken wird bis 31.12.2014 geduldet.
2. Ab 1.1.2015 ist es der Eigentümerin der StWE-Einheit Nr. 52407 untersagt, die Räumlichkeiten zu Wohnzwecken zu nutzen. Sie dürften nurmehr im Sinne der Baubewilligungsauflage genutzt werden
3. B._ wird verpflichtet, der Gemeinde innert 30 Tagen seit Rechtskraft der vorliegenden Verfügung die mit dem Verfahren verbundenen Kosten im Betrage von Fr. 2'200.-- zu bezahlen.
..."
B._ gelangte mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerde am 30. Oktober 2012 ab. Es führte im Wesentlichen aus, dass der Durchsetzung des materiellen Baurechts in Anbetracht der gesamten Umstände Vorrang zukomme.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts hat B._ beim Bundesgericht am 7. Dezember 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils und der Verfügung des Gemeindevorstands und ersucht um Bewilligung für eine dauernde und unbegrenzte Nutzung der besagten Räumlichkeiten zu Wohn- und Ferienzwecken. Sie macht im Wesentlichen geltend, ihr guter Glaube und die allgemeine Verwirkungsfrist stünden dem Verbot der Nutzung zu Wohnzwecken ab dem 1. Januar 2015 entgegen.
Die Gemeinde St. Moritz und das Verwaltungsgericht haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer Materie des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund fällt. Die Beschwerde ist rechtzeitig erhoben. Insoweit erweist sich die vorliegende Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 100 Abs. 1 BGG).
Nicht einzutreten ist auf den Antrag, auch den Entscheid des Gemeindevorstands aufzuheben. Dieser ist durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt, gilt immerhin inhaltlich als mitangefochten (sog. Devolutiveffekt, <ref-ruling> E. 1.4 S. 144). Im Falle der Gutheissung der Beschwerde entscheidet das Bundesgericht in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an eine Vorinstanz zurück (<ref-law>).
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann laut <ref-law> die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich von Bundesverfassungsrecht, geltend gemacht werden. Die Rüge der Verletzung von kantonalem Recht wird ausschliesslich anhand des Verfassungsrechts geprüft.
In der Beschwerdeschrift ist gemäss <ref-law> in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nach <ref-law> nur, soweit solche Rügen präzis vorgebracht und begründet werden. Ob diese Anforderungen erfüllt sind, wird im entsprechenden Sachzusammenhang zu prüfen sein.
2. In sachverhaltlicher Hinsicht ist von folgenden Gegebenheiten auszugehen:
Die Überbauung der Parzelle Nr. 2216 wurde am 1. April 1980 bewilligt. Die Bewilligung sah sog. disponible Räume vor, die nicht als Wohn- oder Schlafräume benutzt werden durften. Die Baubehörde erteilte am 7. August 1985 die Bewilligung für eine Nutzung als Gewerbefläche. Es finden sich in den Akten keine Grundbuchauszüge. Es ist davon auszugehen, dass im Grundbuch eine Anmerkung über eine Nutzungsbeschränkung aufgenommen worden ist. Im Kaufvertrag vom 8. Juni 1990 ist einerseits die Rede von "diritto esclusivo all'ufficio e negozio" (Ziff. 1); andererseits heisst es in den "Disposizioni contrattuali": Gli acquirenti prendono atto che l'immobile del presente contratto secondo il permesso di costruzione... del 7 agosto 1985 ... può essere usato quale ufficio, negozio o per altri scopi professionali, non però quale abitazione o per altri scopi. ... il Comune di St. Moritz ha fatto iscrivere nel Registro Fondario ... la seguente menzione: 'limitazione dello scopo d'uso'" (Ziff. 5). Im Abtretungsvertrag vom 8. Februar 1992 ist unter den Anmerkungen ein "Zweckentfremdungsverbot (01.11.1985)" erwähnt. Unter den weitern Vertragsbestimmungen ist festgehalten: "Die Übernehmerin erklärt hiermit, von allen Eintragungen auf dem Blatt der Liegenschaft als Ganzes Nr. 2216, sowie von den Bestimmungen der Begründungserklärung samt Nachträgen und des Reglements der Stockwerkeigentümergemeinschaft Kenntnis zu haben" (Ziff. 2). "Die Erwerberin erklärt, vom Inhalt des im Grundbuch angemerkten Zweckentfremdungsverbots ... Kenntnis zu haben" (Ziff.5).
Das Verwaltungsgericht geht explizit davon aus, dass die unrechtmässige Nutzung zu Wohn- und Ferienzwecken zumindest seit der Bewilligung vom 7. August 1985 anhalte. Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass die fraglichen Räume von allem Anfang an ab 1980 zu Wohn- und Ferienzwecken genutzt wurden, und verweist auf ein entsprechendes Schreiben des damaligen Bauunternehmers. Implizit anerkennt auch das Verwaltungsgericht diese unrechtmässige Nutzung ab dem Jahr 1980.
Von Seiten der Beschwerdeführerin wird der Sachverhalt nicht in Frage gestellt (<ref-law>).
3. Das Verwaltungsgericht ist im angefochtenen Entscheid von Art. 94 des kantonalen Raumplanungsgesetzes (KRG; Gesetzessammlung 801.100) ausgegangen. Danach sind vorschriftswidrige Zustände auf Anordnung hin und unabhängig von einem Bussverfahren zu beseitigen (Abs. 1). Zuständig für den Erlass und die Durchsetzung von Wiederherstellungsverfügungen sind bei vorschriftswidrigen Zuständen innerhalb der Bauzone die kommunalen Baubehörden (Abs. 2). Die Pflicht zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands obliegt sowohl den Eigentümerinnen oder Eigentümern als auch Personen, die den rechtswidrigen Zustand herbeigeführt haben (Abs. 3). Sieht die zuständige Behörde aus Gründen der Verhältnismässigkeit oder des Vertrauensschutzes von der Anordnung von Wiederherstellungsmassnahmen ganz oder teilweise ab, erlässt sie eine Duldungsverfügung (Abs. 4).
Zu diesen Bestimmungen führte das Verwaltungsgericht aus, Zwangsmassnahmen rechtfertigten sich erst dann, wenn sie notwendig sind und verhältnismässig erscheinen. Erforderlich sei ein gewichtiges öffentliches Interesse an der Einhaltung der baurechtlichen Ordnung; dies treffe im vorliegenden Fall zu. Von einer Wiederherstellung könne abgesehen werden, wenn die rechtswidrige Baute nachträglich bewilligt werden könnte, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend sei oder wenn der Schutz des Vertrauens vorgehe; im vorliegenden Fall könne sich die Beschwerdeführerin nicht auf Treu und Glauben berufen. Überdies könne der Zeitablauf einer Wiederherstellung entgegenstehen; die Verwirkungsfrist von dreissig Jahren sei im vorliegenden Fall noch nicht abgelaufen.
Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Frage, dass ein materiell vorschriftswidriger Zustand besteht, dass die Baubehörde von St. Moritz für die Anordnung einer Wiederherstellung zuständig ist und dass sie selber für die Wiederherstellung ins Recht gefasst werden kann. Sie macht indes geltend, sie sei in ihrem Anspruch auf Treu und Glauben zu schützen, die Wiederherstellung sei wegen Ablaufs der Verwirkungsfrist von dreissig Jahren (bezogen auf die rechtswidrige Nutzung seit 1980) unzulässig und die zugrunde liegende Massnahme sei mit dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit nicht vereinbar.
Diese Rügen sind ausschliesslich unter dem Gesichtswinkel von <ref-law> zu prüfen. Danach hat jede Person Anspruch auf Behandlung nach Treu und Glauben. Das Gebot der Wiederherstellung stellt in Bezug auf Bauten innerhalb der Bauzone ein kantonales Rechtsinstitut dar, das ausschliesslich vor dem Willkürverbot gemäss <ref-law> zu prüfen ist. Schliesslich stellt das Verhältnismässigkeitsgebot gemäss <ref-law> einen allgemeinen Verfassungsgrundsatz, indes kein eigentliches Grundrecht dar. Es kann bei der Anwendung von kantonalem Recht - ausserhalb des Schutzbereichs spezieller Grundrechte und der Anforderungen an deren Einschränkung gemäss <ref-law> - nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots nach <ref-law> angerufen werden (vgl. <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 251).
4. Aufgrund dieser Grundsätze und Beurteilungskriterien ergibt sich das Folgende.
4.1 Unter dem Gesichtswinkel von Treu und Glauben bringt die Beschwerdeführerin vorerst vor, sie habe erstmals im Laufe des vorliegenden Verfahrens von einer auf ihrer Wohnung liegenden Nutzungsbeschränkung Kenntnis erhalten. Wie es sich mit der tatsächlichen Kenntnis verhält, ist nicht ausschlaggebend. Vielmehr ist darauf abzustellen, was sie bei gebotener Sorgfalt und Aufmerksamkeit ohne weiteres hätte erkennen müssen. Unter diesem Gesichtswinkel zeigt sich, dass im Kaufvertrag vom 8. Juni 1990 klar auf die Nutzungsbeschränkung und auf die Verwendung für Büro, Laden oder andere (ähnliche) Zwecke hingewiesen wurde (oben E. 2). Diese Hinweise im Kaufvertrag, von dem die Beschwerdeführerin eine Exemplar erhalten hat, muss sie sich als bekannt anrechnen lassen. Im Abtretungsvertrag vom 8. Februar 1992, mit dem sie Alleineigentum an der Stockwerkeigentumseinheit erwarb, erklärte die Beschwerdeführerin, als Erwerberin von dem im Grundbuch angemerkten Zweckentfremdungsverbot Kenntnis zu haben. Auch diese Erklärungen muss sie sich entgegen halten lassen. Bei dieser Sachlage kann nicht gesagt werden, die Beschwerdeführerin hätte in guten Treuen von der Nutzungsbeschränkung keine Kenntnis haben müssen. Vielmehr durfte das Verwaltungsgericht der Beschwerdeführerin den guten Glauben mit haltbaren Gründen absprechen.
Auf der andern Seite kann der Gemeinde St. Moritz kein treuwidriges Verhalten vorgeworfen werden. Die von der Beschwerdeführerin während Jahren bezahlte Kurtaxe wurde bis vor kurzem vom örtlichen Kur- und Verkehrsverein erhoben, sodass die entsprechende Kenntnis nicht der Gemeinde zugerechnet werden kann. Die Entrichtung von Steuern ist für sich genommen ebenfalls unerheblich, weil eine solche unabhängig davon geschuldet ist, ob die fraglichen Räumlichkeiten Dritten entgeltlich zu Wohn- und Ferienzwecken oder aber entgeltlich für eine gewerbliche Nutzung zur Verfügung gestellt werden. Die Gemeinde St. Moritz hat der Beschwerdeführerin gegenüber auch keine Zusicherungen gemacht: Im Schreiben vom 24. November 2011 hielt sie die Unrechtmässigkeit der Nutzung klar fest. Am 8. März 2012 bestätigte sie, dass die baugesetzlichen Vorgaben eingehalten werden müssen und Gewerberäume nicht in Zweitwohnungen umgenutzt werden dürfen; daher könne die derzeitige Wohnnutzung auf Dauer nicht gestattet werden; immerhin sei die Gemeinde zur Duldung der derzeitigen Wohnnutzung bis Ende 2014 bereit, da der rechtswidrige Zustand mehr oder weniger geduldet und die entsprechenden Abgaben eingezogen worden sind.
Bei dieser Sachlage kann sich die Beschwerdeführerin nicht auf den Grundsatz von Treu und Glauben berufen.
4.2 Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, die zweckwidrige Nutzung halte seit 1980 nunmehr schon mehr als dreissig Jahre an, sodass die allgemeine Verwirkungsfrist längst eingetreten sei. Sie übersieht allerdings, dass im Jahre 1985 ein wesentlich neues Nutzungsregime in Kraft trat. Aufgrund einer Änderung des kommunalen Baugesetzes wurde der Rechtsvorgängerin damals mit einer förmlichen Bewilligung eine gewerbliche Nutzung zugestanden. In diesem Zusammenhang wurde eine entsprechende Anmerkung im Grundbuch vorgenommen. Es ist mit guten Gründen vertretbar, den Beginn der noch heute unzulässigen Nutzung auf das Jahr 1985 festzulegen und auf die entsprechende Periode abzustellen, gleichzeitig das wesentlich anders geartete Nutzungsregime der Jahre 1980-1985 ausser acht zu lassen. Somit durfte ohne weiteres angenommen werden, dass die Verwirkungsfrist von dreissig Jahren - beginnend im Jahre 1985 - noch nicht abgelaufen ist (vgl. zur Verwirkung von Wiederherstellungsmassnahmen allgemein <ref-ruling> E. 7 f. S. 365 ff.; <ref-ruling> E. 6. S. 39). Es ist nicht ersichtlich, dass im Kanton Graubünden eine kürzere Verwirkungsfrist gelten würde. Bei dieser Sachlage kann dem Verwaltungsgericht kein Verstoss gegen das Willkürverbot gemäss <ref-law> vorgeworfen werden, wenn es die Verwirkungsfrist als noch nicht abgelaufen betrachtete.
4.3 Schliesslich erachtet die Beschwerdeführerin die Wiederherstellungsmassnahme als unverhältnismässig. Hierfür macht sie geltend, die Durchsetzung einer gewerblichen Nutzung in einer Wohnzone erscheine absurd, das Ausmass der Rechtswidrigkeit sei gering, die umstrittene Massnahme zeitige nachteilige Folgen für Eigentum sowie regionale Wirtschaft und Tourismus, das öffentliche Interesse an der Wiederherstellung erscheine klein und private Dritte würden keine Nachteile erleiden. Umgekehrt werde sie durch den angefochtenen Entscheid schwer getroffen, weil sie die Räumlichkeiten bisher mit ihrer Familie regelmässig ferienhalber benutzte bzw. sie an Dritte vermietete.
Das Verwaltungsgericht verweist auf das allgemeine öffentliche Interesse an der Durchsetzung des materiellen Baurechts. Diesem kommt im vorliegenden Fall ein erhebliches Gewicht zu, wurde doch im Jahre 1980 keine reine Wohnnutzung bewilligt, im Jahre 1985 ausdrücklich eine gewerbliche Nutzung vorgesehen und hierfür eine Anmerkung im Grundbuch vorgenommen. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den Hintergründen dieser Vorkehren nicht auseinander. Insbesondere unterlässt sie jegliche Hinweise auf die kommunale Nutzungsordnung im Allgemeinen und die konkrete Situation im Besondern, welche die Wiederherstellung möglicherweise als unverhältnismässig erscheinen lassen könnten. Sie lässt ausser Acht, dass ihre Räumlichkeiten weiterhin genutzt werden können, wenn auch nicht zu Wohn- und Ferienzwecken, so doch für Büros, Läden oder Ähnliches. Aus Gründen der Verhältnismässigkeit ist die Wiederherstellung erst auf den 1. Januar 2015 angesetzt worden. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kann aus dieser längeren Duldungsperiode umgekehrt nicht geschlossen werden, dass kein öffentliches Interesse an der Wiederherstellung bestehe und diese an sich unverhältnismässig sei.
Bei dieser Sachlage durfte das Verwaltungsgericht mit guten Gründen ein Überwiegen der öffentlichen Interessen an der Wiederherstellung und damit die Einhaltung des Grundsatzes der Verhältnismässigkeit bejahen.
4.4 Damit erweist sich die Beschwerde in allen Punkten als unbegründet.
5. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde St. Moritz und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Steinmann