Sachverhalt:
A.
A._ machte in der Steuererklärung 2008 Fahrkosten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte von Fr. 11'544.-- geltend.
B.
Mit Veranlagungsverfügung vom 31. August 2009, bestätigt mit Einspracheentscheid datierend vom 1. bzw. 14 Oktober 2009, liess das Kantonale Steueramt Zürich lediglich Kosten in der Höhe von Fr. 2'676.-- zum Abzug zu.
B.a. Am 9. Juni 2010 trat die Steuerrekurskommission auf die am 14. April 2010 erhobene Beschwerde nicht ein. Die Staatsgebühr von Fr. 338.-- wurde A._ auferlegt. Am 25. August 2010 wies das Verwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde ab und auferlegte die Gerichtskosten von Fr. 1'100.-- A._. Die anschliessende Beschwerde des nunmehr anwaltlich vertretenen A._ hiess das Bundesgericht am 21. März 2011 gut und wies die Sache zur weiteren Behandlung an die kantonale Steuerrekurskommission sowie zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurück (Urteil 2C_780/2010 vom 21. März 2011).
Am 5. Mai 2011 wies das Steuerrekursgericht die Sache zur Eröffnung des Einspracheentscheids an das Kantonale Steueramt Zürich zurück. Die Gerichtskosten von Fr. 160.-- wurden der Schweizerischen Eidgenossenschaft auferlegt. Sie wurde verpflichtet, A._ eine Parteientschädigung von Fr. 100.-- zu entrichten.
Am 20. April 2011 auferlegte das Verwaltungsgericht die Kosten der kantonalen Beschwerdeverfahren von insgesamt Fr. 1'438.-- den Parteien je zur Hälfte. Die Gerichtskosten von Fr. 620.-- wurden auf die Gerichtskasse genommen, eine Parteientschädigung wurde nicht zugesprochen. Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht am 15. Juni 2011 nicht ein (Urteil 2C_480/2011 vom 15. Juni 2011).
B.b. Am 20. September 2011 wies das Steuerrekursgericht die gegen den korrekt eröffneten Einspracheentscheid erhobene Beschwerde ab. Die Gerichtskosten von Fr. 530.-- wurden A._ auferlegt, eine Parteientschädigung wurde nicht zugesprochen. Die anschliessende Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht am 27. Juni 2012 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung sowie zum Neuentscheid an das Steuerrekursgericht zurück. Die Gerichtskosten von Fr. 620.-- wurden den Parteien je zur Hälfte auferlegt, eine Parteientschädigung wurde nicht zugesprochen. Die Rekursinstanz wurde angewiesen, über die Kosten- und Entschädigungsfolgen der Beschwerde vor Steuerrekursgericht im Neuentscheid zu befinden.
B.c. Am 22. Oktober 2012 wies das Steuerrekursgericht die Beschwerde ab. Das Verwaltungsgericht hiess die anschliessende Beschwerde am 10. Juli 2013 teilweise gut und liess Fahrkosten von Fr. 11'232.-- zum Abzug zu. Die Kosten des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens wie auch die Gerichtskosten vor Verwaltungsgericht von Fr. 300.-- wurden der Schweizerischen Eidgenossenschaft auferlegt. Sie wurde verpflichtet, A._ für die Verfahren vor Steuerrekurs- und Verwaltungsgericht eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 300.-- (inkl. MWST) zu bezahlen.
C.
Vor Bundesgericht beantragt A._, die Entscheide des Verwaltungsgerichts vom 10. Juli 2013, 27. Juni 2012 und 20. April 2011 dahin gehend zu ändern, dass die Kosten aller vorangegangener Beschwerdeverfahren vor Steuerrekurskommission, Steuerrekursgericht und Verwaltungsgericht der Gegenseite auferlegt werden. Dem Beschwerdeführer seien die Gerichtskosten von total Fr. 1'029.-- zu erstatten. Weiter sei ihm für die Beschwerdeverfahren vor Steuerrekurs- und Verwaltungsgericht eine angemessene Parteientschädigung von insgesamt Fr. 2'952.80 zu zahlen, eventuell die Festsetzung der Parteientschädigung der Vorinstanz zu übertragen.
Das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das Kantonale Steueramt Zürich schliesst auf Abweisung.
D.
Der Beschwerdeführer hat am 27. November 2013 eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1.
1.1. Die auf das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 10. Juli 2013 hin erhobene Beschwerde richtet sich gegen die Kosten- und Entschädigungsfolgen im genannten Entscheid, im Urteil des Verwaltungsgerichts vom 27. Juni 2012 und im Beschluss des Verwaltungsgerichts vom 20. April 2011. Eine direkte Anfechtung der beiden letztgenannten Entscheide innert damaliger Rechtsmittelfrist war dem Beschwerdeführer prozessual verwehrt (vgl. insb. das den Beschwerdeführer betreffende Urteil 2C_480/2011 vom 15. Juni 2011; ferner jüngst Urteil 9C_722/2013 vom 15. Januar 2014 E. 4 und 5 mit Hinweisen). Indes ist der Beschwerdeführer befugt, die früheren Kostenentscheide zusammen mit dem Endentscheid vom 10. Juli 2013 anzufechten (<ref-law>; Urteil 2C_759/2008 vom 6. März 2009 E. 2 mit Hinweisen, in: ASA 79 S. 595). Auf seine frist- und formgerecht erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher grundsätzlich einzutreten (Art. 42 Abs. 2, Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 und 100 Abs. 1 BGG). Ein Ausschlussgrund (<ref-law>) liegt nicht vor.
1.2. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; Urteil 2C_124/2013 vom 25. November 2013 E. 1.6).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (<ref-law>; <ref-ruling> E. 10.1 S. 445; <ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f.).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt die Verlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen sowie die Bemessung der Parteientschädigung. Mit Bezug auf die Verlegung macht er geltend, die Rückweisung sei als volle Gutheissung zu behandeln, was das Verwaltungsgericht in den Entscheiden vom 27. Juni 2012 und 20. April 2011 ausser Acht gelassen habe. Zur Bemessung der Parteientschädigung sei der Streitwert bei allen angefochtenen Entscheiden nicht an der ungefähren Steuerersparnis, sondern an der Korrektur des steuerbaren Einkommens auszurichten. Schliesslich habe es das Verwaltungsgericht im Urteil vom 10. Juli 2013 unterlassen, dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung für das Rekursverfahren mit der Verfahrensnummer "1 DB.2011.102" zuzusprechen. Bei einer gesamthaften Betrachtung über alle Verfahren hinweg zeige sich, dass der Beschwerdeführer praktisch vollumfänglich obsiegt habe.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von 144 Abs. 1 DBG, Art. 5 Abs. 2 und 3, Art. 8 Abs. 1, Art. 9 und Art. 29 Abs. 1 und 2 BV sowie eine offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>), wobei die Sachverhaltsrügen bei richtiger Betrachtung Rechtsfragen betreffen und daher dort behandelt werden (unten E. 4).
2.2. Das Verwaltungsgericht weist in der Vernehmlassung darauf hin, der Streitwert vor Verwaltungsgericht habe sich auf rund Fr. 1'000.-- belaufen.
3.
3.1. Für den Bereich der direkten Bundessteuer ist die Verlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht und dem Verwaltungsgericht bundesrechtlich geregelt (Art. 144 und 145 Abs. 2 DBG). <ref-law> lautet wie folgt:
Art. 144 Kosten
1 Die Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission werden der unterliegenden Partei auferlegt; wird die Beschwerde teilweise gutgeheissen, so werden sie anteilmässig aufgeteilt.
2 Dem obsiegenden Beschwerdeführer werden die Kosten ganz oder teilweise auferlegt, wenn er bei pflichtgemässem Verhalten schon im Veranlagungs- oder Einspracheverfahren zu seinem Recht gekommen wäre oder wenn er die Untersuchung der kantonalen Steuerrekurskommission durch trölerisches Verhalten erschwert hat.
3 Wenn besondere Verhältnisse es rechtfertigen, kann von einer Kostenauflage abgesehen werden.
4 Für die Zusprechung von Parteikosten gilt Artikel 64 Absätze 1-3 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968 sinngemäss.
5 Die Höhe der Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission wird durch das kantonale Recht bestimmt.
3.2. Die Kosten des Verfahrens sind nach <ref-law> in der Regel der unterliegenden Partei aufzuerlegen (Erfolgs- bzw. Unterliegerprinzip). Zur Kostenverlegung bei einer Rückweisung enthält die Bestimmung keine ausdrückliche Regelung. In der Lehre wird ausgeführt, bei einer Rückweisung zur Neubeurteilung sei als obsiegend zu betrachten, wer die Fehlerhaftigkeit des Entscheids geltend gemacht und die Rückweisung erwirkt habe (Ulrich Cavelti, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2b, DBG, 2. Aufl. 2008, N. 1b zu 144 DBG; Casanova/Zweifel, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, 2008, § 24 Rz. 63; Felix Richner et. al., Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 9 zu <ref-law>). Es rechtfertigt sich, die für die Verlegung der Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 65 und 68 BGG) massgebliche Rechtsprechung auf die vorliegende Konstellation zu übertragen und vom Grundsatz auszugehen, wonach die Rückweisung zu erneutem Entscheid bei offenem Ausgang als Obsiegen gilt (<ref-ruling> E. 7.1 S. 271; Urteil 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 2.4 und 2.5; vgl. dazu jüngst im Bereich der direkten Bundessteuern Urteil 2C_368/2013 / 2C_369/2013 vom 2. Februar 2014 E. 8.1). Dabei spielt es grundsätzlich keine Rolle, ob die Rückweisung beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 7.1 S. 271). Soweit die zuständige Behörde nach dem massgeblichen Recht reformatorisch oder kassatorisch entscheiden kann (vgl. z.B. <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>) und sich im konkreten Fall mit der Aufhebung und Rückweisung der Sache begnügt, ist dies nicht der beschwerdeführenden Person anzulasten. Sie wird im Zweifel einen Antrag in der Sache zu stellen haben, vermag das Gericht damit aber nicht zu binden (vgl. Urteile 1C_697/2013 vom 13. Januar 2014 E. 3.3; 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 2.4 und 2.5; ferner Marco Donatsch, in: Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich [VRG], 3. Aufl. 2014, N. 5 zu § 64 VRG/ZH). Entscheidend ist in diesen Fällen, ob die infolge der Rückweisung vorzunehmende Neubeurteilung noch zu einer vollständigen Gutheissung des Antrages führen kann. Trifft dies zu, gilt die beschwerdeführende Person mit Blick auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen gegenüber der Verwaltung als obsiegend. Besondere Umstände bleiben vorbehalten (vgl. Urteil 1C_697/2013 vom 13. Januar 2014 E. 3.4).
3.3. Diese Grundsätze für die Verlegung der Verfahrenskosten nach <ref-law> gelten sinngemäss auch für die Zusprache einer Parteientschädigung nach <ref-law> i.V.m. <ref-law>. Das Verhältnis zwischen Obsiegen und Unterliegen entspricht demjenigen bei den Gerichtskosten.
Die Beschwerde- bzw. Rekursinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Die als Kann-Bestimmung formulierte Regelung wird nach ständiger Praxis als "Muss-Vorschrift" verstanden. Es besteht somit ein Anspruch auf Parteientschädigung, wenn die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> E. 1 S. 508 f.; Urteile 2C_445/2009 vom 23. Februar 2010 E. 3; 2C_715/2008 vom 15. April 2009 E 2.1 mit Hinweisen). "Notwendig" sind Parteikosten dann, wenn sie zur sachgerechten und wirksamen Rechtsverfolgung oder Rechtsverteidigung unerlässlich erscheinen (<ref-ruling> E. 7.2 S. 214; Urteil 2A.740/2005 vom 3. Januar 2006 E. 2.1). Der vom Gesetzgeber verwendete Begriff der "notwendigen und verhältnismässig hohen Kosten" gewährt der urteilenden Instanz einen erheblichen Beurteilungsspielraum. Sie hat ausgehend von den konkreten Umständen des Einzelfalls bzw. der jeweiligen Prozesslage frei zu würdigen, ob und in welcher Höhe eine Parteientschädigung geschuldet ist (<ref-ruling> E. 2 S. 509 ff.; Urteil 2A.468/2005 vom 7. April 2006 E. 3.2; ferner Urteile 8C_329/2011 vom 29. Juli 2011 E. 6.1; 9C_108/2010 vom 15. Juni 2010 E. 7.2). Wichtige Kriterien sind neben der Komplexität von Sach- und Rechtslage namentlich die in Frage stehenden Folgen für die steuerpflichtige Person, deren Fähigkeiten und prozessuale Erfahrungen sowie die Vorkehren der Behörden (Urteil 2A.58/1997 vom 17. November 1998 E. 3b mit Hinweisen; René Rhinow et al., Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl. 2010, Rz. 1700).
3.4. Gemäss <ref-law> bestimmt sich die Höhe der Verfahrenskosten und der Parteientschädigung nach kantonalem Recht. Auch wenn der Wortlaut von <ref-law> unbestimmt von den "Kosten des Verfahrens" ("frais de la procédure"; "spese procedurali") spricht, ist die Parteientschädigung mitumfasst und ermöglicht so eine abgestimmte Regelung der Bemessung der Kosten- und Entschädigungsfolgen. Dies ergibt sich im Übrigen ohne Weiteres aus <ref-law>, der für die Zusprache einer Parteientschädigung grundsätzlich auf die VwVG-Ordnung (<ref-law>) verweist, von diesem Verweis jedoch die Rechtsgrundlage (n) zur Bemessung der Parteientschädigung ausnimmt (<ref-law> i.V.m. Art. 64 Abs. 1-3 VwVG und <ref-law>; vgl. ferner Art. 2 und 104 Abs. 4 DBG; Xavier Oberson, Le contentieux fiscal, in: Les procédures en droit fiscal, 2. Aufl. 2005, S. 711 ff., 741; Richner et al., Handkommentar zum DBG, a.a.O., N. 46 zu <ref-law>).
Innerhalb des erwähnten Rahmens (vgl. insb. oben E. 3.3 am Ende) ist es den Kantonen in der vorliegenden vermögensrechtlichen Angelegenheit unbenommen, die Bedeutung der Streitsache als Funktion des Streitwerts aufzufassen und Kosten- wie Entschädigungsfolgen streitwertabhängig auszugestalten (vgl. sinngemäss Urteil 2C_25/2008 vom 18. Juni 2008 E. 4.2.1). Als Streitwert gilt dabei im Bereich der direkten Steuern praxisgemäss jener Steuerbetrag, der vom Streit betroffen ist ( Urteil 2A.272/2006 vom 19. Mai 2006 E. 2.3). Eine streitwertabhängige Bemessung geht mit einer gewissen Pauschalisierung des abzugeltenden Aufwands einher. Wäre unabhängig vom Streitwert in jedem Fall nicht mehr und nicht weniger als der tatsächliche Stundenaufwand zu vergüten, würde ein Streitwerttarif von vornherein keinen Sinn machen. Ihre Schranke findet die Pauschalisierung namentlich dort, wo sie zu stossenden Ergebnissen führt. Die Parteientschädigung darf daher nicht ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zur Wichtigkeit und Schwierigkeit der Sache sowie zu der damit für den Anwalt verbundenen Verantwortung und der von ihm in gebotener Weise aufgewendeten Zeit stehen (vgl. sinngemäss <ref-ruling> E. 2b S. 134; Urteile 4A_667/2010 vom 5. April 2011 E. 4.4.1; 5A_44/2009 vom 20. Mai 2009 E. 4.5). Auch bei Parteientschädigungen am unteren Rand ist darauf zu achten, dass kein offensichtliches Missverhältnis zwischen dem Streitwert und dem notwendigen Zeitaufwand der Vertretung resultiert, indem etwa nur mehr symbolische Entschädigungen ausgerichtet werden, die den konkreten Verhältnissen in keiner Weise gerecht werden.
4.
4.1. Die Beschwerde ist teilweise begründet, soweit sie sich gegen die Verlegung der Verfahrenskosten und der Parteientschädigung im Rückweisungsentscheid vom 27. Juni 2012 und im Kostenentscheid vom 20. April 2011 bezieht. Beim letztgenannten Entscheid fällt weiter ins Gewicht, dass sich die Rechtsmittelverfahren auf die Eintretensfrage beschränkten, wobei der Beschwerdeführer mit seinem Antrag auf Eintreten und materielle Beurteilung vor Bundesgericht obsiegte. Mit Blick auf diesen Streitgegenstand ist zweifelhaft, ob überhaupt auf den (weiterhin) offenen Ausgang in der Sache selbst abgestellt werden durfte. Jedenfalls gilt eine Rückweisung mit offenem Ausgang nach dem Gesagten als Obsiegen des Beschwerdeführers. Dieser konnte denn auch den von ihm geltend gemachten Steuerabzug am Ende praktisch vollständig (zu 96%) durchsetzen. Zu Unrecht hat die Vorinstanz mit der Begründung des offenen bzw. unentschiedenen Ausgangs die Gerichtskosten zur Hälfte dem Beschwerdeführer auferlegt und auf die Zusprache einer Parteientschädigung verzichtet. Da die Vorinstanz die Notwendigkeit des Beizug eines Rechtsvertreters im Endentscheid vom 10. Juli 2013 ohne Weiteres bejaht hat, ist darauf nicht näher einzugehen.
Allerdings ist zu beachten, dass der Beschwerdeführer im ersten Rechtsgang in den Verfahren vor der Steuerrekurskommission (1 DB.2010.89) und vor Verwaltungsgericht (SB.2010.00076) nicht anwaltlich vertreten war. Von Bundesrechts wegen steht einer nicht anwaltlich vertretenen Partei nur ausnahmsweise, bei Vorliegen besonderer Verhältnisse, eine Parteientschädigung zu (<ref-law> i.V.m. <ref-law>; MICHAEL BEUSCH, in: Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], 2008, N. 14 zu <ref-law> mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5 S. 304). Inwiefern diese Voraussetzungen hier vorliegen sollen, legt der Beschwerdeführer nicht rechtsgenügend dar (<ref-law>). Ebenfalls ist weder ersichtlich noch dargetan, inwiefern dem Beschwerdeführer im Verfahren vor Verwaltungsgericht im Nachgang des bundesgerichtlichen Entscheids vom 21. März 2011 entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden sein soll. Die Regelung der Entschädigungsfolgen im Entscheid vom 20. April 2011 ist daher im Ergebnis nicht zu beanstanden.
4.2. Bei der Bemessung der Parteientschädigung hat die Vorinstanz zu Recht nicht auf die Höhe des geltend gemachten Steuerabzugs, sondern auf den im Streit liegenden Steuerbetrag abgestellt. Das Verwaltungsgericht hat dabei einen Streitwert von rund Fr. 1'000.-- angenommen. Die für die Verfahren vor Steuerrekurs- und Verwaltungsgericht zugesprochene Parteientschädigung von insgesamt Fr. 300.-- (inkl. MWST) erscheint auf den ersten Blick sehr niedrig, darf jedoch nicht isoliert betrachtet werden. Einzubeziehen ist das parallele Verfahren betreffend die Kantonssteuern, wobei die zu entscheidende Rechtsfrage im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt ist (Abzug für Fahrkosten; vgl. Urteil 2C_343/2011 vom 25. Oktober 2011 E. 2.2, in: StR 67/2012 S. 43). Bei einer Gesamtbetrachtung der direkten Bundessteuer und der Staats- und Gemeindesteuern resultiert für die Verfahren vor Steuerrekurs- und Verwaltungsgericht bei einem Streitwert von insgesamt rund Fr. 3'400.-- (Fr. 1'000.-- [direkte Bundessteuer] + Fr. 2'400.-- [Staats- und Gemeindesteuern]) eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 1'000.-- (Fr. 300.-- [direkte Bundessteuer] + Fr. 700.-- [Staats- und Gemeindesteuern]). Diese Parteientschädigung erweist sich zwar immer noch als niedrig, aber nicht als im Ergebnis geradezu stossend. Dem Beschwerdeführer hätte es im Übrigen freigestanden, im vorinstanzlichen Verfahren eine Kostennote einzureichen, womit das Verwaltungsgericht die Angemessenheit der Parteientschädigung näher hätte prüfen können. Dass der Beschwerdeführer den erstrittenen Steuerabzug auch in künftigen Steuerperioden geltend machen will, ändert an der Streitwertberechnung vorliegend nichts.
4.3. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer, ihm sei für das Verfahren vor Steuerrekursgericht (1 DB.2011.102) keine separate Parteientschädigung zugesprochen worden. Dies ist jedoch nicht erforderlich. Es ist zulässig, die Kostenverlegung so vorzunehmen, wie wenn der erste Entscheid vor Steuerrekursgericht nicht erfolgt wäre, und damit das Verfahren erst mit dem Neuentscheid im Rechtsgang nach der Rückweisung als abgeschlossen zu betrachten (vgl. BEUSCH/BÄRTSCHI, Rechtsschutz bei den harmonisierten Staats- und Gemeindesteuern und der direkten Bundessteuer, Steuerrecht 2007, Best of zsis, 2007, S. 27 ff., 68 f.). Entscheidend ist, dass die steuerpflichtige Person insgesamt nicht schlechter gestellt wird, als wenn der richtige Entscheid von Anfang an getroffen worden wäre ( KASPAR PLÜSS, in: Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich [VRG], a.a.O., N. 68 zu § 13 VRG/ZH).
5.
5.1. Die Beschwerde erweist sich als teilweise begründet. Der angefochtene Entscheid vom 27. Juni 2012 ist insoweit aufzuheben, als die Vorinstanz dem Beschwerdeführer Gerichtskosten auferlegte und eine Parteientschädigung verweigerte. Ebenfalls aufzuheben ist der Entscheid vom 20. April 2011, soweit die Vorinstanz dem Beschwerdeführer Gerichtskosten auferlegte. Die Sache ist zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.2. Der Beschwerdeführer dringt mit seinen Anträgen nur teilweise durch. Bei diesem Verfahrensausgang rechtfertigt es sich, die Verfahrenskosten zu zwei Dritteln dem Beschwerdeführer und zu einem Drittel dem Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen, ohne selbst Anspruch auf eine Parteientschädigung zu haben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Ziff. 4 und 5 des angefochtenen Entscheids vom 27. Juni 2012 sowie Ziff. 1 des angefochtenen Beschlusses vom 20. April 2011 werden aufgehoben. Die Sache wird zur Neuentscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden zu Fr. 500.-- dem Kanton Zürich und zu Fr. 1'000.-- dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Egli