Fatti:
A. A._ è promotore di un complesso immobiliare sito a Minusio, denominato X._, composto di quattro stabili: A, formato di due blocchi, B, C e D. Dopo l'approvazione dei progetti fra il 1974 e il 1975, autorizzate alcune modifiche, sono stati costruiti i blocchi B, C e D. In seguito, il piano attico dello stabile D è stato oggetto di un ordine di demolizione, cresciuto in giudicato (sentenza 1P.368/1992 e 1P.526 e 552/1993 del 3 febbraio 1994).
B. Riguardo allo stabile A, sito sulla particella yyy, il promotore ha realizzato solo la struttura portante dell'edificio, l'autorimessa sotterranea e i muri di ancoraggio. Il cantiere si è fermato all'inizio del 1991. Nel 2004 il Municipio ha revocato la licenza edilizia rilasciata nel 1975, ordinando il ripristino del fondo. Con risoluzione del 9 novembre 2004 il Consiglio di Stato ha annullato l'ordine di ripristino, siccome formulato in termini troppo generici, mentre gli altri provvedimenti, segnatamente la revoca della licenza edilizia e l'ordine di allontanare le infrastrutture di cantiere, sono stati confermati anche dal Tribunale cantonale amministrativo. Un ricorso del promotore avverso quel giudizio è stato dichiarato inammissibile dal Tribunale federale, poiché rivolto contro un ordine di ripristino parziale che non poneva fine alla procedura (sentenza 1P.206/2006 del 25 luglio 2007).
C. Con decisione del 31 gennaio 2008 il Municipio ha ordinato al promotore di sistemare la particella yyy conformemente a determinati piani approvati nel 1998 e nel 1989/1990, indicando dettagliatamente i provvedimenti necessari. Contro questa decisione il promotore e B._ sono insorti al Consiglio di Stato, chiedendo di accertare la nullità di tutte le decisioni dipendenti dalla sentenza 3 febbraio 1994 del Tribunale federale, gravame respinto il 16 dicembre 2008. Adito dai soccombenti, con giudizio del 14 aprile 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto, in quanto ammissibile, l'impugnativa.
D. Avverso questa decisione A._ e B._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono di concedere effetto sospensivo ai gravami, di annullare, in via principale, l'impugnata decisione e, in via subordinata, di rinviare gli atti alla Corte cantonale.
Non sono state chieste osservazioni.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale emanata in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). Il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF) è quindi manifestamente inammissibile, non essendo in presenza di nessuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF (<ref-ruling> consid. 2, 249 consid. 1.2).
1.3 La Corte cantonale ha ritenuto dubbia la legittimazione di B._. I ricorrenti, contrariamente al loro obbligo di dimostrare la propria legittimazione (<ref-ruling> consid. 2), pacifica per A._, non la provano per l'altro ricorrente che, siccome non manifesta, dev'essere pertanto negata. In effetti, l'accenno ricorsuale a un asserito interesse generale al mantenimento di insediamenti di alta qualità non può chiaramente fondarla (<ref-ruling> consid. 1, 249 consid. 1.1).
1.4 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.4). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling>). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (DTF <ref-ruling> consid. 1.4.1). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 2.1). Come si vedrà, l'atto di ricorso disattende pressoché integralmente queste esigenze.
2. 2.1 Il Tribunale cantonale amministrativo ha ricordato che la licenza edilizia per la realizzazione dello stabile A è stata revocata con decisione municipale del 22 gennaio 2004, cresciuta in giudicato, per cui il Municipio ha ordinato al promotore di sistemare la particella yyy conformemente ai piani approvati nel 1988 e nel 1990.
Il ricorrente, dilungandosi semplicemente sulla cronistoria del complesso immobiliare in questione, che del resto ha già occupato più volte anche il Tribunale federale, non contesta questa conclusione, limitandosi a proporre, per di più in maniera meramente generica e appellatoria, censure già esaminate e respinte dal Tribunale federale, mischiando e confondendo in maniera inammissibile diverse procedure, ormai concluse (vedi per esempio sentenza 1P.76/1999 del 22 marzo 2000). Egli si diffonde inoltre sulla situazione dello stabile D: questa questione, come rettamente stabilito nella sentenza impugnata, esula però chiaramente dall'oggetto del litigio.
2.2 Il ricorrente si limita poi ad addure un diniego di giustizia, poiché, a suo dire, la sentenza impugnata sarebbe motivata in maniera insufficiente, la Corte cantonale non avendo evaso la sua richiesta volta a far accertare la nullità delle decisioni che poggiano sulla sentenza 3 febbraio 1994 del Tribunale federale, a suo dire errata.
2.2.1 Ora, al riguardo, egli non contesta del tutto che la Corte cantonale ha ritenuto, in maniera vincolante per il Tribunale federale considerato che il ricorrente non critica questo accertamento fattuale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3; <ref-ruling> consid. 6.2), ch'egli, in quella sede, per lo meno a livello di dispositivo, non chiedeva più di accertare la nullità di dette decisioni. Del resto, ciò che è decisivo, i giudici cantonali hanno ritenuto che quella richiesta esulava comunque dall'oggetto del litigio. Ora, a prescindere dal fatto che questa conclusione è chiaramente corretta, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 6.3).
2.2.2 D'altra parte, limitandosi a ribadire che qualora il Municipio avesse evase le domande inerenti allo stabile D egli avrebbe potuto ultimare lo stabile A, il ricorrente neppure tenta di dimostrare perché la conclusione dei giudici cantonali, secondo cui la licenza per lo stabile A è stata revocata e che quindi la relativa decisione è definitiva, sarebbe arbitraria (sulla nozione di arbitrio, <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.2). Essa è del resto manifestamente corretta.
2.3 Giova rilevare infine che il ricorrente nemmeno si esprime sull'unico oggetto del litigio, segnatamente l'ordine di sistemare la particella yyy.
3. Nella minima misura della sua ammissibilità, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai ricorrenti, al Municipio di Minusio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.