Bundeshaftung für Militärunfall mit Personenschaden, hat sich ergeben:
A.-S._ absolvierte vom 25. Mai bis 12. Juni 1998 seinen militärischen Wiederholungskurs. Im Rahmen dieser Dienstleistung erlitt er am 28. Mai 1998 einen Unfall. Zwei Angehörige der Armee manipulierten an der Toröffnungsvorrichtung des Tarntores der Festung Anstein. Das Tor senkte sich unverhofft und traf S._, der zufällig dort vorbeiging, am Kopf. Er erlitt dabei gravierende Kopf- und Rückenverletzungen, welche zunächst einen Aufenthalt im Spital Walenstadt und anschliessend eine Überführung in das Paraplegikerzentrum Nottwil erforderten. S._, der als Selbständigerwerbender die Einzelfirma "X._" betreibt, war als Folge des Unfalls bis Ende September 1998 zu 100%, dann rund ein Jahr zu 50% und schliesslich bis zum 10. Januar 2000 zu 25% arbeitsunfähig. Seither bestand volle Arbeitsfähigkeit.
Die Militärversicherung anerkannte im Zusammenhang mit dem Unfall ihre Leistungspflicht gemäss Bundesgesetz vom 19. Juni 1992 über die Militärversicherung (Militärversicherungsgesetz, MVG; SR 833. 1) und zahlte S._ für Behandlungskosten, Taggelder sowie für weiterlaufende Fixkosten seines Betriebs insgesamt Fr. 188'507.-- aus. S._ beantragte der Militärversicherung weiter die Ausrichtung einer zusätzlichen Entschädigung für Selbständigerwerbende gemäss Art. 32 Abs. 2 MVG. Das Bundesamt für Militärversicherung lehnte dieses Begehren mit Verfügung vom 28. Januar 2000 und mit Einspracheentscheid vom 9. Juni 2000 ab. Die gegen diesen Einspracheentscheid erhobene Beschwerde ist zur Zeit vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern hängig.
Am 8. Februar 1999 teilte S._ dem Generalsekretariat des Eidgenössischen Departements für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) mit, dass der wegen des Unfalls entstandene Schaden durch die Leistungen der Militärversicherung nicht vollumfänglich abgedeckt werde; die Differenzforderung sei durch das Departement zu begleichen.
Nachdem das Generalsekretariat VBS das Begehren abgelehnt hatte, verlangte S._ diesbezüglich eine formelle Verfügung. Nach vorübergehender Sistierung und anschliessender Begrenzung des Verfahrens auf die Frage der Haftung, unter Ausschluss der Frage nach der Schadenshöhe, entschied das Generalsekretariat VBS am 11. Oktober 2000, die Haftung des Bundes für den geltend gemachten, die Leistungen der Militärversicherung übersteigenden Schaden werde abgelehnt. Zur Begründung wurde auf Art. 135 des Bundesgesetzes vom 3. Februar 1995 über die Armee und die Militärverwaltung (Militärgesetz, MG; SR 510. 10) verwiesen, wonach der Bund zwar grundsätzlich für Schäden hafte, die Angehörige der Armee Dritten durch dienstliche Verrichtungen zufügten, wobei jedoch dann, wenn der Bund auf Grund anderer (spezialgesetzlicher) Haftungsbestimmungen hafte, die Haftung sich nach diesen Bestimmungen richte; bei den Vorschriften des Militärversicherungsgesetzes aber handle es sich um eigentliche Haftpflichtbestimmungen; da die Militärversicherung ihre Haftung anerkannt habe, sei der Schadenfall ausschliesslich nach diesem Gesetz zu regeln.
S._ gelangte gegen diesen Entscheid an die Rekurskommission VBS, deren II. Abteilung die Beschwerde mit Urteil vom 26. Februar 2001 unter Kostenfolge für den Beschwerdeführer abwies.
B.-Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 3. April 2001 beantragt S._ dem Bundesgericht, das Urteil der Rekurskommission VBS vom 26. Februar 2001 aufzuheben und die Schweizerische Eidgenossenschaft zu verurteilen, die Haftung aus dem Ereignis vom 28. Mai 1998 anzuerkennen.
Das Generalsekretariat VBS, welches die Eidgenossenschaft im vorliegenden Verfahren vertritt, beantragt kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Die Rekurskommission VBS hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gegen eine auf öffentliches Recht des Bundes gestützte Anordnung im Einzelfall (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 5 VwVG).
Die angefochtene Verfügung stammt von einer eidgenössischen Rekurskommission, einer Vorinstanz des Bundesgerichts im Sinne von Art. 98 lit. e OG. Ein Ausschliessungsgrund gemäss Art. 99 - 102 OG oder nach der Spezialgesetzgebung ist nicht gegeben. Der Beschwerdeführer ist durch den angefochtenen Entscheid berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung; er ist somit gemäss Art. 103 lit. a OG zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert. Auf die fristgerecht erhobene Beschwerde ist einzutreten.
2.-Der Beschwerdeführer will die Eidgenossenschaft gestützt auf Art. 135 MG für Schäden haftbar machen, soweit diese durch Leistungen der Militärversicherung nicht vollständig gedeckt sind. Nach Art. 135 Abs. 1 MG haftet der Bund ohne Rücksicht auf das Verschulden für den Schaden, den Angehörige der Armee oder die Truppe widerrechtlich zufügen:
durch eine besonders gefährliche Tätigkeit (lit. a); oder in Ausübung einer andern dienstlichen Tätigkeit (lit. b). Die Beschwerdegegnerin stellt nicht in Abrede, dass für den dem Beschwerdeführer durch den Unfall erwachsenen Schaden an sich ein Schadenersatzbegehren gemäss Art. 135 Abs. 1 MG gestellt werden könnte. Indessen lehnt sie eine Haftung gestützt auf diese Norm unter Hinweis auf Art. 135 Abs. 3 MG ab. Danach richtet sich die Haftung des Bundes bei Tatbeständen, die unter andere Haftungsbestimmungen fallen, nach diesen Bestimmungen.
Nach Auffassung der Beschwerdegegnerin handelt es sich bei den Vorschriften des Militärversicherungsgesetzes, gestützt worauf dem Beschwerdeführer vorliegend Leistungen ausgerichtet werden, um eigentliche Haftungsbestimmungen im Sinne von Art. 135 Abs. 3 MG, was eine Haftung nach Militärgesetz ausschliesse. Der Beschwerdeführer bestreitet dies; er macht geltend, das Militärversicherungsgesetz sei ein Gesetz (sozial-)versicherungsrechtlicher Natur.
Es ist nachfolgend zu prüfen, ob die Bestimmungen des Militärversicherungsgesetzes als "andere Haftungsbestimmungen" im Sinne von Art. 135 Abs. 3 MG zu gelten haben.
3.-a) Art. 135 Abs. 3 MG übernimmt die Regelung des durch das Militärgesetz abgeschafften Bundesgesetzes vom 12. April 1907 über die Militärorganisation (MO; BS 5, 3), und zwar von Art. 22 Abs. 2 MO in der Fassung vom 5. Oktober 1967 (AS 1968 S. 73), wobei dort nicht von anderen Haftungs-, sondern von anderen Haftpflichtbestimmungen die Rede war.
Das Bundesgericht hatte sich in einem Urteil vom 30. September 1977 mit dem Dahinfallen des Haftungsanspruchs gemäss Art. 22 Abs. 2 MO zu befassen. Es hielt insbesondere fest:
Die Militärversicherung bestehe in der Übernahme des Schadenersatzes durch den Bund in Formen, die für Versicherungsleistungen charakteristisch seien. Sie sei indessen keine Versicherung im technischen Sinn, denn sie gewähre keinen durch eigene finanzielle Leistungen erworbenen Anspruch des Versicherten auf eine beim Eintritt eines bestimmten Ereignisses fällige Leistung des Versicherers; die für den Begriff der Versicherung wesentliche Prämienleistung des Anspruchsberechtigten fehle. Die Militärversicherung werde ausschliesslich durch das Bundesbudget finanziert. Es wäre daher korrekter, statt von einer Versicherung von einer staatlichen Haftung gegenüber dem Wehrmann zu sprechen. Die Bezeichnung "Versicherung" sei bloss aus historischen Gründen und darum beibehalten worden, weil sie zum allgemeinen Sprach- und Rechtsgut geworden sei. Aufgrund der Rechtsnatur der Militärversicherung sei daher nicht fraglich, dass es sich bei den Vorschriften des Militärversicherungsgesetzes um eigentliche Haftpflichtbestimmungen handle und dass insofern der Anwendung des Vorbehalts von Art. 22 Abs. 2 MO nichts entgegenstehe (<ref-ruling> E. 4 S. 279). Das Bundesgericht führte weiter aus, dass diese Auslegung mit der Entstehungsgeschichte von Art. 22 Abs. 2 MO (E. 5 S. 279 ff.) sowie mit den übrigen gesetzlichen Sonderregelungen betreffend die Militärhaftpflicht (E. 6 S. 281) vereinbar sei und dass schliesslich auch das Rechtsgleichheitsgebot keine andere Interpretation gebiete (E. 7 S. 281 f.).
Der Beschwerdeführer macht geltend, an dieser Auffassung könne nicht festgehalten werden. Er beantragt mit anderen Worten eine Änderung der Rechtsprechung. Die Änderung einer Rechtsprechung muss sich auf ernsthafte, sachliche Gründe stützen können, die - vor allem im Hinblick auf das Gebot der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erkannte Rechtsanwendung für zutreffend erachtet worden ist.
Eine Praxisänderung lässt sich grundsätzlich nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht; andernfalls ist die bisherige Praxis beizubehalten (<ref-ruling> E. 5 S. 129; <ref-ruling> E. 4a S. 471; <ref-ruling> E. 7 S. 321; <ref-ruling> E. 2 S. 207; <ref-ruling> E. 4c S. 387).
b) Die Militärversicherung ist ein Versicherungs- und Haftungssystem des Bundes für Dienstleistende in Armee, Zivilschutz und Zivildienst sowie einen engen Kreis weiterer Personen (Jürg Maeschi, Das Bundesgesetz über die Militärversicherung [MVG] vom 19. Juni 1992 und die Koordination des Sozialversicherungsrechts, in: SZS 2001 S. 270). Sie wird daher entsprechend ihrer Natur von der einhelligen Lehre sowohl dem Sozialversicherungsrecht als auch dem Staatshaftungsrecht zugerechnet (Maeschi, a.a.O.; derselbe, Kommentar zum Bundesgesetz über die Militärversicherung [MVG] vom 19. Juni 1992, Bern 2000, S. 8 ff.; Christof Steger-Bruhin, Die Haftungsgrundsätze der Militärversicherung, Diss. St. Gallen, Zürich 1996, S. 20 ff.; Alexandra Rumo-Jungo, Haftpflicht und Sozialversicherung, Freiburg 1998, S. 42 ff.). Wenn der Beschwerdeführer mit ausführlichen Darlegungen und Hinweisen die versicherungsrechtlichen Komponenten der Militärversicherung aufzeigt, welche auch das Bundesgericht in <ref-ruling> nicht übersehen und durchaus anerkannt hat, bedeutet dies darum noch nicht, dass es sich bei den Bestimmungen des Militärversicherungsgesetzes nicht (auch) um Haftungsbestimmungen im Sinne von Art. 135 Abs. 3 MG handelt, welche eine - zusätzliche - Haftung des Bundes nach dem Militärgesetz ausschliessen würden. Dies könnte nur dann angenommen werden, wenn die haftpflichtrechtlichen Charakteristika der Militärversicherung nur von untergeordneter Bedeutung wären.
Vorerst kann auch heute nicht ausser Acht gelassen werden, dass die Militärversicherung in enger Beziehung zur Wehrpflicht steht; ihr Hauptzweck besteht nicht nur gemäss Art. 18 Abs. 2 aBV, sondern auch nach Art. 59 Abs. 5 BV im Schutz von Personen, die Militär- oder Ersatzdienst leisten und dabei gesundheitlichen Schaden erleiden oder ihr Leben verlieren. Sie sowie ihre Angehörigen sollen gegen solche während des Dienstes erlittene Schäden geschützt werden (Maeschi, Kommentar, a.a.O., S. 8). Selbst wenn einzelne gedeckte Risiken sich nicht ausschliesslich auf diesen Aspekt zurückführen lassen, hat die Leistungspflicht des Bundes im Rahmen der Militärversicherung ihre Grundlage doch vorab darin, dass jemand vom Bund zu einer Dienstleistung verpflichtet wird, die mit erhöhten Risiken verbunden ist (Maeschi, Kommentar, a.a.O., S. 9; Steger-Bruhin, a.a.O., S. 23; Botschaft des Bundesrats vom 27. Juni 1990 zum (neuen) Bundesgesetz über die Militärversicherung, BBl 1990 III 201, S. 207; s. auch B. Schatz, Kommentar zur Eidgenössischen Militärversicherung, Zürich 1952, S. 20). Der Bund soll die Verantwortung für Schädigungen übernehmen, die im Zusammenhang stehen mit der Situation, in die der Geschädigte wegen der vom Bund angeordneten Dienstleistung versetzt worden ist.
Dahinter steckt die Idee einer haftpflichtrechtlichen Kausalität (Steger-Bruhin, a.a.O., S. 9). Charakteristisch dafür ist, dass bei Feststellung einer Gesundheitsschädigung nach dem Dienst eine überwiegende Wahrscheinlichkeit für eine Verursachung oder Verschlimmerung der Schädigung während des Dienstes glaubhaft gemacht werden muss (Art. 6 MVG), und dass auch bei Feststellung der Gesundheitsschädigung während des Dienstes die Militärversicherung sich von der Haftung befreien kann, wenn sie den Beweis dafür erbringt, dass die Schädigung sicher vordienstlich ist und sicher während des Dienstes sich weder verschlimmert hat noch in ihrem Ablauf beschleunigt worden ist (Art. 5 Abs. 2 MVG). Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers (Beschwerdeschrift S. 9 oben) unterscheidet sich die Militärversicherung denn auch gerade unter dem Gesichtspunkt der Kausalität durchaus von der Unfallversicherung.
Letztere setzt als Versicherung einzig einen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall (schädigendes Ereignis) und dem Gesundheitsschaden der versicherten Person voraus. Im Haftpflichtrecht ist ein Kausalzusammenhang zwischen dem (schuldhaften, gefahrenträchtigen) Verhalten eines Dritten und dem schädigenden Ereignis (haftungsbegründende Ursache) einerseits sowie zwischen diesem und dem Schaden andererseits erforderlich; es setzt demnach eine Kausalitätsstufe mehr voraus als die Unfallversicherung (Rumo-Jungo, a.a.O., S. 91 f.). Die Leistungspflicht der Militärversicherung entsteht nicht schon bei Nachweis einer unfall- oder krankheitsbedingten Schädigung, sondern nur bei Bestehen einer weiteren Kausalitätsstufe, nämlich unter der Voraussetzung, dass ein Konnex zu einer im Interesse des Bundes absolvierten (regelmässig mit einem erhöhten Gefährdungspotential behafteten) Dienstleistung besteht. Nicht einschlägig sind die Ausführungen des Beschwerdeführers zur Tatsache, dass in der Militärversicherung keine Prämien erhoben werden (Beschwerdeschrift S. 12). Es trifft offensichtlich nicht zu, dass diesbezüglich kein Unterschied zur AHV oder IV bestehe; diese Versicherungseinrichtungen werden gerade auch durch Beiträge (Prämien) der Versicherten finanziert.
Somit werden dort die Leistungen, wenn die Voraussetzungen erfüllt sind, vom Versichertenkollektiv mitgetragen, während bei der Militärversicherung der Bund (als Verursacher im weitesten Sinn) haftet (vgl. Rumo-Jungo, a.a.O., S. 54, Rz. 95). Auch Art und Umfang der Leistungen der Militärversicherung sprechen in vielerlei Hinsicht für den Haftpflichtcharakter der Institution. So sind nebst den vom Beschwerdeführer erwähnten, in Art. 57 MVG vorgesehenen Entschädigungen für Sachschäden die in Art. 30 und 32 MVG erwähnten, gegebenenfalls umfangreichen Leistungen für die Verzögerung der Berufsausbildung bzw. an Selbständigerwerbende typische Haftpflichtleistungen (Maeschi, SZS 2001 S. 270); der Beschwerdeführer hat zurzeit übrigens noch ein Verfahren betreffend Leistungen nach Art. 32 Abs. 2 MVG hängig. Wenn auch die Taggelder nach Prozenten begrenzt (Art. 28 Abs. 2 MVG) und nach oben plafoniert sind (Art. 28 Abs. 4 MVG), so sind doch die Leistungen wesentlich höher als bei den Sozialversicherungen; diese Besserstellung ist ein Merkmal einer Haftpflichtregelung (Maeschi, SZS 2001 S. 271 und S. 278 ff.; Rumo-Jungo, a.a.O., S. 37, Rz. 64). Dies gilt auch für die vom Beschwerdeführer aus Art. 59 Abs. 5 BV herausgelesene "Akzentverschiebung von der Bedürftigkeit des Geschädigten zur Angemessenheit der Entschädigungsleistung" (Beschwerdeschrift S. 14 oben), die sich bei der Ausgestaltung der Militärversicherung feststellen lässt.
Jedenfalls weist die Militärversicherung massgebliche Elemente einer Haftpflichteinrichtung auf. Unter dem Gesichtspunkt ihrer rechtlichen Natur gibt es keinen stichhaltigen Grund, von der mit <ref-ruling> konsolidierten Rechtsprechung abzuweichen.
c) Anlass für eine Praxisänderung besteht auch nicht in anderer Hinsicht:
Dass nunmehr Art. 135 Abs. 3 MG auf andere Haftungsbestimmungen, und nicht mehr wie Art. 22 Abs. 2 MO auf andere Haftpflichtbestimmungen verweist, ist im Hinblick auf die vom Beschwerdeführer beantragte Gesetzesauslegung unerheblich.
Sodann schliessen sowohl das Strassenverkehrsgesetz wie auch das Luftfahrtgesetz nach wie vor die Anwendung der in diesen Erlassen vorgesehenen Haftpflichtregelungen ausdrücklich aus, wenn ein Versicherter der Militärversicherung durch ein Militärfahrzeug bzw. durch ein Militärluftfahrzeug verletzt oder getötet wird; diesfalls hat der Bund den Schaden ausschliesslich nach dem Militärversicherungsgesetz zu decken (Art. 81 SVG [SR 741. 01] bzw. Art. 78 LFG [SR 748. 0]). Dabei werden die Leistungen der Militärversicherung vom Gesetzgeber offensichtlich als vollumfängliche Haftpflichtleistungen betrachtet. Insofern spricht gerade das vom Beschwerdeführer angerufene Rechtsgleichheitsgebot dafür, die Bestimmungen der Militärversicherung auch im Verhältnis zu Art. 135 MG als Haftungsbestimmungen zu werten; es fällt in der Tat schon darum ausser Betracht, die vom Beschwerdeführer beantragte Auslegung von Art. 135 Abs. 3 MG aus dem Rechtsgleichheitsgebot abzuleiten (vgl. <ref-ruling> E. 6 letzter Satz S. 281 sowie E. 7 S. 281). Im Übrigen ist nicht einzusehen, warum für die Beurteilung der Vereinbarkeit der von der Vorinstanz vorgenommenen Gesetzesauslegung mit dem Rechtsgleichheitsgebot nicht darauf abgestellt werden sollte, ob die Schadensregelung durch die Militärversicherung unter Berücksichtigung verschiedener Konstellationen insgesamt zu vergleichsweise befriedigenden Lösungen führt. An den Ausführungen in <ref-ruling> E. 7 S. 281 f.
ist jedenfalls festzuhalten. Es kann denn auch offen bleiben, ob der Beschwerdeführer in Anwendung von Art. 135 Abs. 1 MG tatsächlich in den Genuss von massgeblich höheren Entschädigungszahlungen gelangen könnte, als sie ihm nach dem Militärversicherungsgesetz auszurichten sind. Was schliesslich die Entstehungsgeschichte von Art. 135 Abs. 3 MG betrifft, so lässt die Botschaft des Bundesrats vom 8. September 1993 betreffend das Bundesgesetz über die Armee und die Militärverwaltung sowie den Bundesbeschluss über die Organisation der Armee (BBl 1993 IV 1 ff.) keine Zweifel daran aufkommen, dass der Gesetzgeber eine zusätzliche Bundeshaftung wie bis anhin im Wesentlichen ausschliessen wollte, soweit ein Leistungsanspruch gegen die Militärversicherung besteht (S. 112).
d) Die Bestimmungen des Militärversicherungsgesetzes sind somit "andere Haftungsbestimmungen" im Sinne von Art. 135 Abs. 3 MG, und der Beschwerdeführer kann keine Ansprüche gegen den Bund gestützt auf Art. 135 MG geltend machen.
4.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich als unbegründet, und sie ist abzuweisen.
Dementsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.-Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Schweizerischen Eidgenossenschaft (Generalsekretariat VBS) und der Rekurskommission VBS, II. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 24. Juli 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: