Sachverhalt:
A. Der Gemeindevorstand Klosters-Serneus erteilte am 31. März 2009 Y._ unter Auflagen und Bedingungen die Bewilligung für den Abbruch des bestehenden Mehrfamilienhauses auf Parzelle Nr. 474 und den Bau zweier neuer Mehrfamilienhäuser. Gleichzeitig wies er die gegen das Baugesuch eingereichte Einsprache von X._ ab. Dagegen erhob X._ am 9. Mai 2009 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses hiess das Rechtsmittel mit Urteil vom 28. Januar 2010 teilweise gut und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Zusammenfassend führte es aus, dass die Beschwerde hinsichtlich der teilweisen Verletzung des Grenzabstandes zur Parzelle Nr. 475 des Beschwerdeführers begründet sei. Diesbezüglich sei die Sache an die Gemeinde zurückzuweisen, damit sie darüber befinde, ob dieser Mangel mit einer Auflage in der Baubewilligung behoben werden könne.
Auf eine gegen diesen Zwischenentscheid eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten trat das Bundesgericht mit Urteil 1C_141/2010 vom 8. März 2010 nicht ein, weil die Voraussetzungen von <ref-law> nicht erfüllt waren.
B. Am 12. August 2010 erliess der Gemeindevorstand eine Planungszone im Hinblick auf die Revision der Ortsplanung.
Am 11. März 2011 reichte Y._ ein Projektänderungsgesuch ein, gegen welches X._ am 7. April 2011 Einsprache erhob. Der Gemeindevorstand gelangte mit Entscheid vom 19. Juli 2011 zum Schluss, dass die Baubewilligung vom 31. März 2009 vollumfänglich zu bestätigen sei, allerdings ergänzt mit der Auflage, dass die südwestliche Ecke von Haus A (Messpunkt 10) parallel zur Grenze von Parzelle Nr. 475 um 24 cm zurückzuversetzen sei. Weiter legte der Gemeindevorstand dar, der untergeordnete Mangel in der Baubewilligung vom 31. März 2009 bezüglich des Grenzabstands könne nicht dazu führen, dass das damals beurteilte Vorhaben der erst am 12. August 2010 (also rund 11⁄2 Jahre später) erlassenen Planungszone unterstellt werde. Hingegen unterstehe das Vorhaben der Planungszone, soweit nach dem Projektänderungsgesuch einzelne Wohnungsgrundrisse und -grössen geändert werden sollten. Da sich jedoch an der gesamten Bruttowohnfläche der Zweitwohnungen nichts ändere und auch die übrigen nachgesuchten Projektänderungen sowohl dem geltenden kommunalen Baugesetz als auch dem der Planungszone zugrunde liegenden Entwurf für ein neues Baugesetz entsprächen, könnten sie trotz der Planungszone bewilligt werden. Der Gemeindevorstand erteilte somit am 19. Juli 2011 die Baubewilligung für das geänderte Bauvorhaben und wies die Einsprache von X._ ab, soweit er darauf eintrat.
Eine von X._ gegen die Baubewilligung vom 19. Juli 2011 erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Urteil vom 13. Dezember 2011 ab. Es führt in seinem Urteil im Wesentlichen aus, die von der Gemeinde mittels Auflage verfügte Änderung des Projekts wegen des Grenzabstands bei Haus A (Messpunkt 10) unterstehe nicht der Planungszone, da es sich um eine Korrektur handle, die die Gemeinde auf Anordnung des Verwaltungsgerichts im Rückweisungsentscheid vom 28. Januar 2010 habe vornehmen müssen und die sich auf den damaligen Rechtszustand bezogen habe. Zudem handle es sich um eine derart untergeordnete Änderung, dass diese dem vorgesehenen neuen Recht gar nicht widersprechen könne. Sie sei deshalb zu Recht verfügt worden, was nicht ernsthaft bestritten werde. Die übrigen Projektänderungen habe die Gemeinde zu Recht der Planungszone unterstellt und deren baurechtliche Zulässigkeit nach neuem Recht zutreffend bejaht. Dies habe der Beschwerdeführer auch nicht ernsthaft bestritten.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. März 2012 beantragt X._, die Urteile des Verwaltungsgerichts vom 28. Januar 2010 und 13. Dezember 2011 seien aufzuheben und die Sache sei zur Aufhebung der Baubewilligung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
In Bezug auf Urteil des Verwaltungsgerichts vom 28. Januar 2010 rügt der Beschwerdeführer Rechtsverletzungen bei der Messweise der Gebäudehöhe, hinsichtlich der Anwendung von Bestimmungen über die Sicherheit von Gebäuden und bei der Heilung von Mängeln mittels Nebenbestimmungen in der Baubewilligung. Zum Urteil des Verwaltungsgerichts vom 13. Dezember 2011 macht der Beschwerdeführer geltend, die kommunale Planungszone stehe der Realisierung des Vorhabens entgegen. Zudem könne das Vorhaben auch wegen des von Volk und Ständen am 11. März 2012 angenommenen <ref-law> nicht verwirklicht werden.
D. Das Verwaltungsgericht und die Gemeinde Klosters-Serneus beantragen die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Denselben Antrag stellt der Beschwerdegegner. Der Beschwerdeführer hält in einer weiteren Eingabe an der Beschwerde fest. In weiteren Eingaben nehmen die Gemeinde Klosters-Serneus und der Beschwerdeführer zu einzelnen Punkten Stellung. Mit Eingabe vom 5. November 2012 ersucht die Bauherrschaft im Hinblick auf die Zweitwohnungsinitiative (<ref-law> mit Übergangsbestimmung <ref-law>) um Beurteilung der Beschwerde vor Ende 2012.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid über die Erteilung einer Baubewilligung. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> an das Bundesgericht offen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 251). Der Beschwerdeführer ist als Eigentümer der westlich an die Bauparzelle angrenzenden Grundstücke Nrn. 475 und 641 und direkter Adressat des angefochtenen Entscheids grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 28. Januar 2010 ist mit der vorliegenden Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>).
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Die Anwendung des - vorliegend streitigen - kantonalen und kommunalen Baurechts kann das Bundesgericht nur unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten, namentlich unter dem Blickwinkel des Willkürverbots, überprüfen. Die Verletzung von Grundrechten wird vom Bundesgericht nur insoweit geprüft, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer ruft das Willkürverbot gemäss <ref-law> bei der Anwendung kantonaler und kommunaler baurechtlicher Bestimmungen an. Nach der genannten Verfassungsbestimmung hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; je mit Hinweisen).
3. Der Beschwerdeführer führt aus, für die Messung der Gebäudehöhe hätten bei Haus A nicht bloss drei Gebäudekörper berücksichtigt werden dürfen. Es sei willkürlich, dass bei "Punkt 9" nicht ein vierter Gebäudekörper berücksichtigt worden sei, denn dort sei ein Rücksprung von rund drei Metern vorhanden. Art. 27 Abs. 1 des kommunalen Baugesetzes (BauG) schreibe zwingend bei jedem Vor- und Rücksprung von mindestens zwei Metern eine separate Gebäudehöhenmessung vor. Sodann spreche Art. 27 Abs. 2 BauG nicht von "Hauptgebäudeecken", weshalb es - anders als in Abs. 1 - auch nicht massgeblich sei, ob eine Hauptgebäudeecke zur Diskussion stehe oder nicht.
3.1 Nach Art. 27 Abs. 1 BauG gilt als Gebäudehöhe das Mittel aller Hauptgebäudeecken, gemessen vom gewachsenen Boden bis Oberkant Wandpfette. Durch Terrainveränderungen dürfen die Vorschriften über die Gebäudehöhe nicht umgangen werden. Bei gegliederten Bauten wird die Gebäude- und Firsthöhe gemäss Art. 27 Abs. 2 BauG für jeden Baukörper ermittelt. Als Gliederung gilt nur ein Vor- und Rücksprung von mindestens 2 m, der vom Terrain bis zum Dach reicht.
3.2 Nach dem angefochtenen Entscheid vom 28. Januar 2010 soll es im Ermessen der Gemeinde liegen, Punkt 9 nicht als Hauptgebäudeecke zu betrachten. Der Gebäudeteil im Viereck der Punkte 7, 8 und 9 sowie einem weiteren gedachten Punkt stelle im Gesamtkontext keinen separaten Gebäudeteil dar. Dies werde auch dadurch unterstrichen, dass das Dach in diesem Bereich nicht zurückspringe. Die Gemeinde und der Beschwerdegegner stellen in Abrede, dass nach dem Wortlaut und der Systematik von Art. 27 BauG bei jedem Vor- oder Rücksprung von mindestens 2 m eine Messung der Gebäudehöhe vorzunehmen sei. Ob ein gegliederter Bau vorliege, hänge bei Vor- oder Rücksprüngen von mindestens 2 m davon ab, ob mehrere separate Gebäudekörper erkennbar seien. Dies habe die Gemeinde im Rahmen des ihr zustehenden Ermessens in Bezug auf die Südfassade von Haus A verneinen dürfen.
3.3 Die Beurteilung des Verwaltungsgerichts ist haltbar und erscheint keinesfalls als willkürlich. Die Südfassade von Haus A weist zwar mehrere Rücksprünge auf, doch ergeben sich dadurch nach der willkürfreien Beurteilung der Vorinstanz im Gesamtkontext keine separaten Baukörper oder Gebäudeteile, deren Höhe gesondert ermittelt werden müsste. Es ist somit nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz in Anwendung von Art. 27 Abs. 1 BauG bei der Beurteilung der Gebäudehöhe auf die Hauptgebäudeecken abstellte.
Der Beschwerdeführer behauptete vor Verwaltungsgericht, mit einer Abgrabung von 3 m bei Punkt 9 liege eine Umgehung der Höhenbeschränkung vor, was gegen Art. 27 Abs. 1 Satz 2 BauG verstosse. Er rügt eine Missachtung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV), weil das Verwaltungsgericht sich zu diesem Einwand nicht geäussert habe. Diese Rüge ist nicht in der nach <ref-law> erforderlichen Weise substanziiert, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann. Ebenso wenig ergibt sich aus der Beschwerde mit der notwendigen Klarheit, inwiefern die konkrete Berechnung der Gebäudehöhe durch die Gemeinde an den verschiedenen Messpunkten fehlerhaft sein soll.
4. Der Beschwerdeführer weist darauf hin, dass das Baugrundstück an einem rutschgefährdeten Hang in der Gefahrenzone 2 erstellt werden soll. Er macht geltend, die Gemeinde habe sich zu Unrecht damit begnügt, in der Baubewilligung mittels einer Auflage (Dispositiv-Ziff. 4d) zu verlangen, dass vor Inangriffnahme der Bauarbeiten dem Bauamt ein Gutachten vorzulegen sei, das aufzeige, dass der Anschnitt des Gotschnahangs durch den Baugrubenaushub unproblematisch sei. Diese Regelung sei mit den Art. 79 und 90 Abs. 1 des Raumplanungsgesetzes für den Kanton Graubünden vom 6. Dezember 2004 (KRG; BR 801.100) nicht vereinbar. Es sei angesichts des Ausmasses der notwendigen Abgrabungen fraglich, ob ein Bau der zur Diskussion stehenden Grösse überhaupt realisiert werden könne, ohne die anstossenden und insbesondere die obliegenden Grundstücke in untragbarer Weise zu gefährden. Bevor Klarheit über die Realisierungsmöglichkeit des Vorhabens sowie über allfällige Auflagen herrsche, hätte die Baubewilligung nicht erteilt werden dürfen.
4.1 Nach Art. 79 Abs. 2 KRG müssen Bauten und Anlagen den anerkannten Regeln der Baukunde genügen und dürfen weder bei der Erstellung noch durch ihren Bestand und ihre Nutzung Personen, Tiere und Sachen gefährden. Drängen sich Anordnungen zur Schaffung oder Erhaltung des rechtmässigen Zustands auf, sind mit der Bewilligung die gebotenen Nebenbestimmungen (Auflagen, Bedingungen, Befristungen) zu verknüpfen (Art. 90 Abs. 1 KRG). Die vom Beschwerdeführer beanstandete Bedingung in Dispositiv-Ziff. 4d der Baubewilligung verpflichtet die Bauherrschaft, "vor Inangriffnahme der Bauarbeiten dem Bauamt ein Gutachten vorzulegen, welches aufzeigt, dass der Anschnitt des Gotschnahangs durch Baugrubenaushub unproblematisch ist. Bevor diese Voraussetzung nicht erfüllt ist, darf mit dem Bau nicht begonnen werden."
4.2 Mit der Bedingung in Dispositiv-Ziff. 4d der Baubewilligung wird verhindert, dass mit der Bauausführung begonnen wird, bevor das verlangte Gutachten vorliegt. Damit ist sichergestellt, dass die Bauherrschaft von der Baubewilligung nur Gebrauch machen kann, wenn sie das verlangte Gutachten beibringt und somit Klarheit über die vom Beschwerdeführer behauptete Gefährdung besteht. Die Vorinstanz erachtet es in ihrem Entscheid vom 28. Januar 2010 als sinnvoll und sachgerecht, dass im Baubewilligungsverfahren zunächst abgeklärt wird, ob eine Überbauung im Sinne der Vorstellungen der Bauherrschaft überhaupt möglich ist, bevor ein aufwendiges geologisches Gutachten eingeholt wird. Zudem könne der Beschwerdeführer zum Gutachten wiederum Stellung nehmen und gegen einen daraufhin erlassenen anfechtbaren Entscheid ein Rechtsmittel ergreifen.
4.3 Die Bauparzelle Nr. 474 ist bereits heute mit einem Mehrfamilienhaus überbaut, welches durch eines der beiden neuen Mehrfamilienhäuser ersetzt werden soll. Zudem befinden sich angrenzend an das Baugrundstück andere in der Bauzone gelegene Gebäude in vergleichbarer Hanglage. Vor diesem Hintergrund erscheint es vertretbar, dass die detaillierte Beschaffenheit des Baugrunds aufgrund eines im Nachgang zur Baubewilligung einzureichenden Gutachtens geprüft wird. Die auf Art. 79 Abs. 2 KRG abgestützte Argumentation des Verwaltungsgerichts verstösst nicht gegen das Willkürverbot, da es der bereits bestehenden Überbauung des Gotschnahangs Rechnung trägt und mit der im kantonalen Recht vorgesehenen Bedingung in der Bewilligung die vom Beschwerdeführer befürchteten Nachteile in sachlich haltbarer Weise berücksichtigt werden können. Nichts anderes ergibt sich aus den Empfehlungen der kantonalen Gebäudeversicherungsanstalt, die eine genaue Abklärung der Baugrundverhältnisse nahelegte, damit vor allem die Untergeschosse entsprechend dimensioniert werden könnten. Aus diesen Empfehlungen lässt sich lediglich schliessen, dass das Bauvorhaben nicht ohne bessere Kenntnis des Baugrunds realisiert werden sollte. Über den Zeitpunkt der Vornahme der Abklärungen ist damit nichts gesagt. Mit der Bedingung in der Baubewilligung wird indessen verhindert, dass eine Art. 79 Abs. 2 KRG widersprechende Beeinträchtigung erfolgt. Die Beschwerde ist somit auch in diesem Punkt nicht stichhaltig.
5. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, die Vorinstanz habe die im August 2010 vom Gemeindevorstand im Hinblick auf die Revision der Ortsplanung erlassene Planungszone unzutreffend gewürdigt. Das Bauvorhaben sei beim Erlass der Planungszone noch nicht rechtskräftig bewilligt gewesen. Somit hätte die Baubewilligung nicht erteilt werden dürfen.
5.1 Das Verwaltungsgericht gelangt in seinem Entscheid vom 13. Dezember 2011 zum Schluss, dass das Bauvorhaben der im August 2010 erlassenen Planungszone nur in dem Umfang unterstehe, wie das Projekt nachträglich abgeändert und von der Gemeinde neu beurteilt worden sei. Diese Projektänderungen habe die Gemeinde als mit dem neuen Recht vereinbar bezeichnet, was vor Verwaltungsgericht nicht ernsthaft bestritten gewesen sei. Somit wurde diese Frage im angefochtenen Entscheid auch nicht näher geprüft. In Bezug auf die auflageweise verfügte Änderung des Projekts betreffend die Einhaltung des Grenzabstands beim Haus A (Punkt 10) verneinte das Verwaltungsgericht eine Unterstellung unter die Planungszone, weil es sich um eine Korrektur handle, die die Gemeinde in Erfüllung der Anordnung im Urteil des Verwaltungsgerichts vom 28. Januar 2010 habe vornehmen müssen und die sich auf die damalige Rechtslage bezogen habe. Selbst wenn dies anders wäre, handle es sich um eine derart untergeordnete Änderung, dass diese dem neu vorgesehenen Recht gar nicht widersprechen könne. Sie sei deshalb zu Recht verfügt worden, was nicht ernsthaft bestritten sei.
5.2 Wird der Erlass oder die Änderung der Grundordnung oder eines Quartierplans in die Wege geleitet, kann der Gemeindevorstand nach Art. 21 Abs. 1 KRG eine Planungszone festsetzen. In der Planungszone darf nichts unternommen werden, was die neue Planung erschweren oder dieser entgegenstehen könnte (Art. 21 Abs. 2 KRG; vgl. auch Art. 27 Abs. 1 Satz 2 RPG; SR 700). Insbesondere dürfen Bauvorhaben nur bewilligt werden, wenn sie weder den rechtskräftigen noch den vorgesehenen neuen Planungen und Vorschriften widersprechen (Art. 21 Abs. 2 Satz 2 KRG). Die Vorinstanz legt im angefochtenen Entscheid dar, dass Art. 21 Abs. 1 und 2 KRG nach ihrer Praxis so verstanden werde, dass bereits erteilte, aber noch nicht rechtskräftige Baubewilligungen nicht der Wirkung der Planungszone unterstünden. Anders zu beurteilen seien die Projektänderungen, die nach dem Erlass der Planungszone beantragt würden. Diese Praxis stimme entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers auch mit dem Urteil des Verwaltungsgerichts R 08 109 vom 1. September 2009 E. 5a überein.
5.3 Das Bundesgericht hat im Urteil 1C_91/2011 vom 26. Oktober 2011 eine Bestimmung im Baugesetz des Kantons Bern als bundesrechtskonform bezeichnet, nach welcher Bauvorhaben, für die mehr als drei Monate vor Erlass der Planungszone ein Gesuch oder ein Vorprojekt eingereicht wurde, nicht von der planerischen Vorwirkung erfasst werden, sondern nach geltendem Recht zu beurteilen sind. Die Praxis des Verwaltungsgerichts zu Art. 21 KRG entspricht im Grundsatz der genannten bundesgerichtlichen Rechtsprechung. Art. 21 KRG enthält keine Hinweise, dass die Planungszone auf alle im Zeitpunkt ihres Erlasses noch nicht rechtskräftig bewilligten Bauvorhaben anwendbar sein soll. Die Auslegung des Verwaltungsgerichts erscheint als haltbar und ist auch mit der Praxis des Bundesgerichts vereinbar. Der Argumentation des Beschwerdeführers kann somit auch in diesem Punkt nicht gefolgt werden.
6. 6.1 Mit einem "Exkurs" zu <ref-law> legt der Beschwerdeführer dar, dass mit dem umstrittenen Bauprojekt 184.13 m2 Erstwohnfläche und 1'914.3 m2 Zweitwohnfläche errichtet werden sollen. Nach der Annahme von <ref-law> durch Volk und Stände am 11. März 2012 seien nur noch Baubewilligungen gültig, die vor diesem Datum rechtskräftig erteilt worden seien. Der Gemeindevorstand von Klosters-Serneus werde gestützt auf die neue Verfassungsbestimmung nicht umhin kommen, die Realisierung des Vorhabens zu verweigern und die Baubewilligung zu widerrufen. Angesichts der noch bestehenden Unsicherheiten bezüglich der geologischen Beschaffenheit des Baugrunds sei die Realisierung des Bauvorhabens keineswegs gesichert. Unter diesen Umständen dränge sich eine klare Handlungsanweisung des Bundesgerichts an die Vorinstanzen auf. Andernfalls sei zu befürchten, dass die private Bauherrschaft in den Genuss einer Vorzugsbehandlung komme.
6.2 Das umstrittene Bauvorhaben wurde von der kommunalen Bewilligungsbehörde erstmals im März 2009 und ein zweites Mal nach Rückweisung durch das Verwaltungsgericht und Vornahme von Projektänderungen durch die Bauherrschaft im Juli 2011 nach dem damals geltenden Recht beurteilt. In den nachfolgenden Rechtsmittelverfahren wurde die Rechtmässigkeit der behördlichen Rechtsanwendung zunächst vom Verwaltungsgericht und im vorliegenden Verfahren vom Bundesgericht geprüft.
Nach der bundesgerichtlichen Praxis ist (mangels einer ausdrücklichen übergangsrechtlichen Regelung) bei der Prüfung eines Bauvorhabens regelmässig vom Rechtszustand auszugehen, der im Zeitpunkt der Baubewilligung galt. Eine Ausnahme ist dann zu machen, wenn zwingende Gründe dafür bestehen, das neue Recht sogleich anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 390; <ref-ruling> E. 5e/aa S. 598; <ref-ruling> E. 3 S. 362 f.; je mit Hinweisen; Urteile 1C_36/2011 vom 8. Februar 2012 E. 5.2; 1C_505/2011 vom 1. Februar 2012 E. 3.1 mit Hinweisen; ULRICH MEYER/PETER ARNOLD, Intertemporales Recht, ZSR 2005 I 115, 134). Solche zwingenden Gründe für die sofortige und erstmalige Anwendung der neuen Verfassungsbestimmung im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren liegen hier jedenfalls nicht vor. Das Bauvorhaben des Beschwerdegegners wurde längere Zeit vor der Einführung von <ref-law> aufgelegt und erweist sich mit dem im Zeitpunkt seiner Beurteilung durch die Vorinstanzen geltenden Recht vereinbar. Der Entscheid der letzten kantonalen Instanz erging am 13. Dezember 2011 und damit vor der Annahme von <ref-law> durch Volk und Stände. Es erscheint unter den gegebenen Umständen nicht gerechtfertigt, <ref-law> als neues, im Zeitpunkt der kantonalen Beurteilung noch nicht geltendes Recht im vorliegenden Rechtsmittelverfahren erstmals anzuwenden. Der Beschwerdeführer dringt demnach auch mit seiner auf <ref-law> abgestützten Argumentation nicht durch.
7. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dieser hat den privaten Beschwerdegegner angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat dem privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Klosters-Serneus und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag