Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Winterthur verurteilte X._ am 11. August 2010 unter dem Präsidium von Dr. Sager wegen Vergewaltigung (<ref-law>), versuchter Nötigung (Art. 181 i.V.m. <ref-law>), mehrfachen Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz (<ref-law>) und mehrfachen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen (<ref-law>) zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten und einer Busse von Fr. 500.--. Es ordnete zudem den Vollzug des bedingten Teils von 16 Monaten der vom Obergericht des Kantons Zürich am 2. April 2007 ausgesprochenen 28-monatigen Freiheitsstrafe an. Es hielt u.a. für erwiesen, dass X._ am frühen Morgen des 8. November 2009 auf einem Parkdeck des Parkhauses beim Bahnhof Winterthur die 17-jährige Y._ mit Gewalt zum Geschlechtsverkehr gezwungen hatte. Gleichentags verhängte der Bezirksgerichtspräsident wegen Kollusionsgefahr Sicherheitshaft gegen den grösstenteils ungeständigen X._.
Am 12. August 2010 meldete X._ Berufung gegen dieses Urteil des Bezirksgerichts an.
B. Mit Eingabe vom 24. August 2010 beantragte X._, ihn aus der Sicherheitshaft zu entlassen.
Mit Verfügung vom 29. September 2010 wies der Bezirksgerichtspräsident das Haftentlassungsgesuch ab.
C. Mit Beschwerde vom 21. Oktober 2010 beantragt X._, diese Präsidialverfügung aufzuheben und ihn aus der Haft zu entlassen. Ausserdem sei festzustellen, dass der Bezirksgerichtspräsident das Beschleunigungsgebot von Art. 5 EMRK verletzt habe und befangen gewesen sei. Allenfalls sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Staatsanwaltschaft und das Bezirksgericht verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Strafsachen nach den <ref-law> ist gegeben. Der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Haftentlassung ist zulässig (<ref-ruling> E. 1). Da die Befangenheit des Bezirksgerichtspräsidenten ohne Weiteres die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zur Folge hätte, ist der Antrag auf Feststellung seiner Befangenheit allerdings sinnlos. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde eingetreten werden kann.
2. Das Haftentlassungsgesuch wurde vom Bezirksgerichtspräsidenten beurteilt, welcher auch am Strafurteil vom 11. August 2010 gegen den Beschwerdeführer beteiligt war. Der Beschwerdeführer rügt, die Personalunion von Sach- und Haftrichter verstosse vorliegend gegen <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK (dass sich der Beschwerdeführer hier auf die alte, bis Ende 1999 in Kraft stehende Verfassung bezieht, schadet ihm insofern nicht, als auch die geltende Bundesverfassung in Art. 30 Abs. 1 den Parteien eines Gerichtsverfahrens Anspruch auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht einräumt). Das Bezirksgericht habe im Strafurteil verbindlich festgestellt, dass er nach seiner Entlassung aus der Untersuchungshaft zweimal versucht habe, über Drittpersonen mit der Geschädigten Kontakt aufzunehmen, um sie zum Rückzug ihrer Belastungen zu bewegen, obwohl ihm jeder Kontakt zu ihr verboten war. Es könne nicht erwartet werden, dass der am Strafurteil beteiligte Gerichtspräsident das Vorliegen von Kollusionsgefahr unter diesen Umständen unbefangen beurteilen könne.
Zuständig für die Anordnung von Sicherheitshaft nach der erstinstanzlichen Verurteilung ist der Präsident des urteilenden Strafgerichts (§ 69 Abs. 1 der Strafprozessordung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919; StPO). Über deren Aufrechterhaltung entscheidet der Präsident des Berufungsgerichts binnen dreier Tage nach dem Eingang der Akten (§ 69 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Aufgrund dieser klaren gesetzlichen Zuständigkeitsregelung musste der Beschwerdeführer (bzw. sein Verteidiger) von vornherein davon ausgehen, dass das vor der Überstellung der Akten vom Bezirks- ans Obergericht gestellte Haftentlassungsgesuch vom Bezirksgerichtspräsidenten behandelt werden würde. Unter diesen Umständen wäre er aber verpflichtet gewesen, dessen Ausstand unverzüglich, d.h. bereits bei der Einreichung des Haftentlassungsgesuchs, zu verlangen. Es ist mit Treu und Glauben nicht vereinbar bzw. rechtsmissbräuchlich, ein Haftprüfungsverfahren einzuleiten und nach dessen ungünstigem Verlauf einen vorher bekannten Ausstandsgrund im Nachhinein geltend zu machen (<ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2). Auf die Befangenheitsrüge ist nicht einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer rügt, der Bezirksgerichtspräsident habe das Beschleunigungsgebot verletzt, da er das am 24. August 2010 gestellte Haftentlassungsbegehren erst am 29. September 2010, mithin nach 34 Tagen, beurteilt habe.
3.1 Nach <ref-law> und Art. 5 Ziff. 4 EMRK hat der sich in Sicherheitshaft befindende Beschwerdeführer Anspruch darauf, dass ein Haftentlassungsgesuch "so rasch wie möglich" beurteilt wird. Dabei kann die zulässige Behandlungsdauer nicht abstrakt bestimmt werden; der Entscheid hängt vielmehr von der Würdigung der konkreten Umstände des Einzelfalles ab. Der Anspruch auf raschestmögliche Prüfung des Entlassungsgesuchs wird nicht verletzt, wenn dem Richter aufgrund der Umstände des Falles ein früherer Entscheid vernünftigerweise nicht möglich war. Eine Behandlungsdauer von 30 Tagen in einem Fall ohne besondere verfahrens- oder materiellrechtliche Schwierigkeiten ist nach der Rechtsprechung übermässig, wenn der Gesuchsteller nicht selber zu Verzögerungen Anlass gab (<ref-ruling> E. 3c mit Hinweisen).
3.2 Das Haftentlassungsgesuch des Beschwerdeführers vom 24. August 2010 ging am 25. August 2010 beim Bezirksgericht Winterthur ein. Tags darauf setzte der Bezirksgerichtspräsident der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland eine Frist von 10 Tagen an, um zum Gesuch Stellung zu nehmen. Die Präsidialverfügung wurde gemäss Ausgangsstempel gleichentags - am Donnerstag, dem 26. August 2010 - versandt und ging am 30. August 2010 (gemäss Eingangsstempel) oder am 31. August 2010 (gemäss Unterschrift auf dem Empfangsschein) bei der Staatsanwaltschaft ein. Mit Eingabe vom 9. September 2010 (Donnerstag), welche am 13. September 2010 (Montag) beim Bezirksgericht einging, gab die Staatsanwaltschaft eine kurze Stellungnahme von 15 Zeilen zum Entlassungsgesuch ab, worauf der Bezirksgerichtspräsident das Gesuch am Mittwoch, dem 29. September 2010 ohne Weiterungen abwies. Die Staatsanwaltschaft sowie der Beschwerdeführer und sein Verteidiger erhielten die Verfügung am 4. Oktober 2010 zugestellt.
3.3 Diese schleppende Behandlung des Haftentlassungsgesuchs ist mit dem Beschleunigungsgebot klarerweise nicht vereinbar. Der Bezirksgerichtspräsident war mit dem Fall vertraut, und es wurden im Haftentlassungsverfahren von keiner Seite neue oder überraschende Aspekte ins Verfahren eingebracht, die zeitraubender Abklärungen bedurft hätten. Dass er sich nach Eingang der staatsanwaltschaftlichen Stellungnahme noch über zwei Wochen Zeit liess mit der Behandlung des Gesuchs, ist mit dem verfassungs- und konventionsrechtlichen Beschleunigungsgebot nicht zu vereinbaren. Dies umso weniger, als das Verfahren auch administrativ wenig beförderlich vorangetrieben wurde, dauerte doch jede Zustellung mehrere Tage, ohne dass dafür nachvollziehbare Gründe ersichtlich wären. Die Rüge, der Gerichtspräsident habe bei der Beurteilung des Haftentlassungsgesuchs das Beschleunigungsgebot verletzt, ist begründet. Da die materiellen Haftgründe gegeben sind (unten E. 4), führt dies - entsprechend dem Antrag des Beschwerdeführers - nicht zu seiner Freilassung, sondern zu einer entsprechenden Feststellung im Urteilsdispositiv (Entscheid des Bundesgerichts 1B_165/2009 vom 30. Juni 2009 E. 5.3).
4. 4.1 Sicherheitshaft kann im Kanton Zürich nach § 67 Abs. 2 i.V.m. § 58 Abs. 1 Ziff. 1 und 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO) unter anderem angeordnet werden, wenn der Beschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und ernsthaft zu befürchten ist, er werde sich der weiteren Strafverfolgung durch Flucht entziehen oder Spuren oder Beweismittel beseitigen, Dritte zu falschen Aussagen zu verleiten suchen oder die Abklärung des Sachverhalts auf andere Weise gefährden. Liegt ausser dem allgemeinen Haftgrund des dringenden Tatverdachts Flucht- oder Kollusionsgefahr vor, steht einer Inhaftierung auch unter dem Gesichtspunkt der persönlichen Freiheit von <ref-law> grundsätzlich nichts entgegen.
4.2 Aufgrund der erstinstanzlichen Verurteilung steht der dringende Tatverdacht ausser Zweifel. Fragen kann sich daher nur, ob auch Kollusionsgefahr besteht, wie der Gerichtspräsident im angefochtenen Entscheid vorab gestützt auf einen Nebenpunkt der erstinstanzlichen Verurteilung annimmt. Danach hat sich der Beschwerdeführer, dem die Staatsanwaltschaft am 10. Februar 2010 unter Androhung der Straffolgen von <ref-law> im Widerhandlungsfall jeglichen direkten und indirekten Kontakt mit der Geschädigten verboten hatte, nach der Entlassung aus der Untersuchungshaft zweimal über die Kontaktsperre hinweggesetzt: Einmal liess er ihr durch einen Kollegen ausrichten, er würde ihr gegen eine Rücknahme der Belastungen "2 Finger" Kokain liefern, das andere Mal liess er ihr negative Konsequenzen androhen für den Fall, dass sie ihre Beschuldigungen nicht zurückziehe. Diese Vorfälle, die der Beschwerdeführer bis auf die Bedrohung der Geschädigten, wovon er nichts wissen will, nicht bestreitet, lassen offensichtlich ernsthaft befürchten, dass er in Freiheit erneut versucht sein könnte, die Geschädigte zu beeinflussen, umso mehr, als seine Verurteilung wegen Vergewaltigung entscheidend von deren Aussage abhängt. Es ist keineswegs ausgeschlossen, dass das Obergericht sich ein eigenes Bild von der Hauptbelastungszeugin machen und sie selber befragen will. Auch wenn sich diese bisher von den Beeinflussungsversuchen des Beschwerdeführers unbeeindruckt zeigte, könnte der Beschwerdeführer in Freiheit versucht sein, sie erneut kontaktieren zu lassen und beispielsweise den Druck auf sie zu erhöhen, um sie doch noch zu einer Rücknahme oder wenigstens einer Relativierung ihrer Anschuldigungen zu bewegen bzw. nötigen. Es ist daher verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass im Haftentscheid Kollusionsgefahr angenommen wurde.
4.3 Im Übrigen wäre auch die Annahme von Fluchtgefahr vertretbar. Zwar kam der türkische Beschwerdeführer bereits 1987 - mit gut drei Jahren - in die Schweiz, er verfügt über eine Bewilligung "Jahresaufenthalter B", spricht deutsch und ist mit einer Schweizerin verheiratet, mit der er zwei kleine Kinder hat. Sein engeres familiäres Umfeld lebt auch in der Schweiz. Es handelt sich um einen typischen "Secondo", der jedenfalls vordergründig in der Schweiz gut integriert ist und kaum die Absicht hat, freiwillig in seine Heimat zurückzukehren. Im Falle der Bestätigung der erstinstanzlichen Verurteilung muss er allerdings ernsthaft damit rechnen, seine Aufenthaltsberechtigung in der Schweiz zu verlieren, was ihn dazu verleiten könnte, sich bereits vor dem Vollzug der Strafe abzusetzen.
4.4 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers besteht somit nebst dem dringenden Tatverdacht zumindest ein besonderer Haftgrund. Überhaft droht zurzeit nicht. Die Fortführung der Sicherheitshaft ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden.
5. Somit ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und die Verletzung des Beschleunigungsgebotes im Urteilsdispositiv festzustellen. Im Übrigen ist die Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, abzuweisen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der (in einem Nebenpunkt) teilweise unterliegende Kanton Zürich keine Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>), indessen dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Der Beschwerdeführer hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches im Rahmen seines Obsiegens teilweise gegenstandslos geworden und im Übrigen gutzuheissen ist, da seine Bedürftigkeit ausgewiesen scheint und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Dementsprechend trägt der Beschwerdeführer keine Gerichtskosten und erhält aus der Bundesgerichtskasse eine reduzierte Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird festgestellt, dass im kantonalen Haftprüfungsverfahren das Beschleunigungsgebot verletzt wurde. Im Übrigen wird die Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, ebenso wie das Haftentlassungsgesuch abgewiesen.
2. Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen.
3. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist, gutgeheissen:
3.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.2 Rechtsanwalt Marcel Bossonet wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtlicher Verteidiger des Beschwerdeführers eingesetzt und mit Fr. 1'000.-- aus der Kasse des Bundesgerichts entschädigt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland und dem Bezirksgericht Winterthur, Präsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. November 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi