Sachverhalt:
A.
Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts sprach G._ neben weiteren Beschuldigten mit Urteil vom 21. März 2012 (von den Vorwürfen der Beteiligung an einer kriminellen Organisation beziehungsweise der Unterstützung einer solchen sowie der qualifizierten Geldwäscherei) frei. Sie bestätigte den Freispruch gemäss ihrem Entscheid vom 8. Juli 2009, welchen das Bundesgericht mit Urteil vom 22. Februar 2011 in Gutheissung der Beschwerde der Bundesanwaltschaft aufgehoben hatte. Sie auferlegte G._ die auf diesen entfallenden Verfahrenskosten im Umfang von Fr. 27'305.20. Sie sprach dem amtlichen Verteidiger Entschädigungen von Fr. 389'808.15 respektive Fr. 73'283.90 zu und verpflichtete G._, der Eidgenossenschaft hiefür Ersatz zu leisten. Sie verweigerte G._ die Ausrichtung einer Entschädigung. Sie ordnete an, dass die Kaution von Fr. 200'000.-- bei Eintritt der Rechtskraft des Urteils freigegeben und zur Deckung der Kosten und der Entschädigung verwendet und dass ein allfälliger Überschuss an den Einleger zurückerstattet wird.
B.
G._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil der Strafkammer des Bundesstrafgerichts vom 21. März 2012 sei in Bezug auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen sowie die Verwendung der Kaution aufzuheben. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
C.
Das Bundesstrafgericht stellt in seiner Vernehmlassung den Antrag, die Beschwerde sei, soweit die Verwendung der Kaution zur Deckung der Verfahrenskosten betreffend, gutzuheissen. Im Übrigen sei die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Bundesanwaltschaft hat auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Vorinstanz begründet die Kostenauflage trotz Freispruchs sehr ausführlich. Sie stellt zunächst Erwägungen an, die für alle von ihr freigesprochenen Beschuldigten gelten (Urteil E. 9.2.4 bis E. 9.2.6 S. 401 ff.), und legt sodann dar, weshalb dem Beschwerdeführer trotz Freispruchs Kosten aufzuerlegen sind (Urteil E. 9.2.13 S. 406).
Die Vorinstanz erwägt unter anderem Folgendes:
"Für alle Beschuldigten ... gilt in genereller Hinsicht was folgt: In der anklagerelevanten Periode waren weder die Steuerhinterziehung zum Nachteil eines ausländischen Staates noch die einfachen oder qualifizierten Zollwiderhandlungen als strafrechtliche Tatbestände ausgestaltet. Damit war es möglich, sich an Steuervergehen zum Nachteil eines ausländischen Staates zu beteiligen, ohne sich in der Schweiz strafbar zu machen. Der Grund für diese gesetzliche Regelung hatte indes nicht den Zweck, in der Schweiz eine Basis der Straflosigkeit für die systematische finanzielle Schädigung anderer Staaten zu schaffen. ... Die Beschuldigten haben die Schweiz als Basis für die Organisation des Zigarettenschwarzhandels gewählt im Wissen darum, dass sie sich in allen umliegenden Staaten als Kriminelle strafbar machen, in der Schweiz jedoch straflos bleiben würden. Sie agierten deshalb von der Schweiz aus und sie taten dies in systematischer Weise, im Wissen darum, dass sie den italienischen Fiskus in enormem Umfang schädigen. Mit dem Aufbau einer Geschäftsinfrastruktur in der Schweiz einzig zum Zwecke der den italienischen Staat massiv schädigenden eigenen Bereicherung haben sie insoweit die schweizerische Rechtsordnung in zweckwidriger Weise benutzt, um straflos zu bleiben. Indirekt schädigten sie damit auch die in <ref-law> rechtlich verankerten (politischen) Interessen der offiziellen Schweiz gegenüber einem Nachbarstaat ... und verletzten hiermit ihre individuelle Pflicht zur Verantwortung gegenüber dem Staat (<ref-law> ...) ..." (Urteil E. 9.2.4 S. 401 f.)
"Die Beschuldigten unterhielten bewusst und in systematischer Weise Geschäftskontakte zu notwendig kriminellen Milieus, d.h. zu einer Vielzahl von Personen, gegen welche in Italien Strafverfahren wegen (z.T. organisierten) Schmuggels, aber auch wegen mafiöser Vereinigung (Art. 416bis CPI) liefen ... Damit bewegten sie sich bewusst im Grenzbereich, welcher die Gefahr mit sich brachte, dass früher oder später auch gegen sie selbst strafrechtlich vorgegangen würde. Diese Gefahr war ihnen stets bewusst und sie haben sie in Kauf genommen. Das ergibt sich u.a. aus ihren Rückfragen bei Fachleuten ..., aber auch aus dem Umstand, dass die Schweizer und Tessiner Presse bereits in den frühen 90-er Jahren immer wieder von den Verknüpfungen des Zigarettenschmuggels mit dem Drogenhandel und anderer Kriminalität berichtete ..." (Urteil E. 9.2.5 S. 402 f.)
"... Durch das Verwenden von Decknamen und das Verschleiern der Waren- und Geldflüsse ... handelten die Beschuldigten in konspirativer Art und Weise, obschon dies in der Schweiz - im Ausland dagegen schon - nicht notwendig gewesen wäre ... Dadurch provozierten sie regelrecht die Aufnahme der Strafverfolgung durch die schweizerischen Behörden ... Mit der Verschleierung und der unterlassenen Feststellung der Identitäten der Lieferanten, der Bargeldboten, der wirtschaftlich Berechtigten an Konten und Sitzgesellschaften, der Geschäftspartner überhaupt wurde gegen Pflichten nach <ref-law>, welche mindestens A._ und B._ trafen, aber auch gegen Regeln der transparenten Buch- und Geschäftsführung (<ref-law>) verstossen. Die Beschuldigten ... haben überdies mit der Lieferung nach Montenegro bzw. den damit zusammenhängenden Finanzdienstleistungen systematisch die vom 3. Juli 1992 bis 1998 geltenden Wirtschaftsmassnahmen gegenüber Jugoslawien (Serbien und Montenegro) verletzt, insb. Art. 3 und 4 der Verordnung über Wirtschaftsmassnahmen gegenüber Jugoslawien vom 3. Juni 1992 ... Im Zusammenhang mit der Verschleierung der Warenflüsse wurden überdies irreführende Rechnungen ... und Zollpapiere ... erstellt. Solche haben das Verfahren wenn nicht veranlasst, so doch wesentlich erschwert ..." (Urteil E. 9.2.6 S. 403).
In Bezug auf den Beschwerdeführer im Besonderen erwägt die Vorinstanz Folgendes.
"... Er hat von den gesetzwidrigen Dienstleistungen von A._ profitiert und hat dessen modus operandi gekannt. Zudem arbeitete auch er mit doppelten Zollpapieren beziehungsweise zweifacher Rechnungsstellung für ein und dieselben Waren. Damit steht er unter Verdacht der Begehung von Urkundendelikten. Dies im Wissen darum, dass so die ausländischen Behörden im grossen Stil um Abgaben betrogen wurden. Dies und der daraus resultierende Rechtshilfeverkehr mit Italien führten zur Einleitung einer Strafuntersuchung. Auch ihm ist zudem die Verletzung der Embargobestimmungen vorzuwerfen ..." (Urteil E. 9.2.13 S. 406).
1.2. Der Beschwerdeführer erhebt gegen die Kostenauflage und ihre Begründung zahlreiche Einwände. Er rügt Verletzungen seines Anspruchs auf rechtliches Gehör, der Begründungspflicht, des Anklagegrundsatzes sowie der Bestimmungen betreffend die Kostenauflage bei Freispruch und ferner willkürliche Beweiswürdigung.
1.3. Wird das Verfahren eingestellt oder die beschuldigte Person freigesprochen, so können ihr die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Die schweizerische Strafprozessordnung übernimmt den gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts und der EMRK-Organe geltenden Grundsatz, dass bei Verfahrenseinstellung und bei Freispruch die Verfahrenskosten der beschuldigten Person nur auferlegt werden dürfen, wenn sie die Einleitung des Strafverfahrens in widerrechtlicher und schuldhafter Weise veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (Botschaft des Bundesrates vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1085 ff., 1326; Begleitbericht des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements vom Juni 2001 zum Vorentwurf für eine Schweizerische Strafprozessordnung, S. 286 f.). Nach der Rechtsprechung handelt es sich bei der Kostenpflicht im Falle einer Verfahrenseinstellung oder eines Freispruchs nicht um eine Haftung für ein strafrechtliches Verschulden, sondern um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für ein fehlerhaftes Verhalten, durch welches die Einleitung oder Erschwerung eines Strafverfahrens verursacht wurde. Eine Kostenauflage bei Verfahrenseinstellung oder bei Freispruch verstösst gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, sie habe sich strafbar gemacht beziehungsweise es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2; Urteil 1P.805/2006 vom 14. September 2007 E. 4.2, in: Pra 2008 Nr. 34 S. 235; Urteil 6B_835/2009 vom 21. Dezember 2009 E. 1.2). Die Kostenauflage darf sich in tatsächlicher Hinsicht nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen (<ref-ruling> E. 2a; Urteil 1B_180/2012 vom 24. Mai 2012 E. 2.2). Zwischen dem zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten und den durch die Untersuchung entstandenen Kosten muss ein Kausalzusammenhang bestehen (BGE <ref-ruling> E. 2; Urteil 6B_835/2009 vom 21. Dezember 2009 E. 1.2). Das Sachgericht muss die Kostenauflage bei Freispruch begründen. Es muss darlegen, inwiefern die beschuldigte Person durch ihr Handeln in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen hat (Urteil 1P.164/2002 vom 25. Juni 2002 in: Pra 2002 Nr. 203 S. 1067).
1.4.
1.4.1. Die Vorinstanz legt nicht dar, durch welche Verhaltensweisen der Beschwerdeführer inwiefern gegen Pflichten nach <ref-law> respektive gegen Regeln der transparenten Buch- und Geschäftsführung (<ref-law>) beziehungsweise gegen Art. 3 und 4 der Verordnung über Wirtschaftsmassnahmen gegenüber Jugoslawien (Serbien und Montenegro) vom 3. Juni 1992 (AS 1992 1203) verstiess.
Im Übrigen wären Verstösse gegen die genannten Bestimmungen strafbar (siehe <ref-law>, Art. 6 der Verordnung über Wirtschaftsmassnahmen gegenüber Jugoslawien, <ref-law>). Gegen den Beschwerdeführer wurden indessen keine Verfahren wegen derartigen Straftaten eingeleitet.
1.4.2. Die Rechtswidrigkeit des Verhaltens des Beschwerdeführers kann nicht damit begründet werden, dass dieser durch seine Beteiligung am Zigarettenschmuggel nach Italien, durch welchen der italienische Fiskus geschädigt wurde, seine Pflicht zur individuellen Verantwortung gegenüber dem schweizerischen Staat (<ref-law>) verletzt hat. Die gesetzliche Regelung, nach welcher ein solches Verhalten keine Straftat darstellte, entsprach dem Willen des schweizerischen Gesetzgebers. Sie wurde aufrechterhalten, obschon auf der Hand lag und bekannt war, dass davon Personen profitierten, die von der Schweiz aus den Zigarettenschwarzhandel im Ausland organisierten.
1.4.3. Die Vorinstanz erwägt, dass auch der Beschwerdeführer mit doppelten Zollpapieren beziehungsweise zweifacher Rechnungsstellung für ein und dieselben Waren arbeitete und damit unter dem Verdacht der Begehung von Urkundendelikten steht. Mit einem solchen Argument, wonach der Verdacht einer Straftat bestehe, darf gemäss der zitierten Rechtsprechung die Kostenauflage nicht begründet werden.
1.4.4. Es trifft zu, dass der Beschwerdeführer, entsprechend den Ausführungen der Vorinstanz, Geschäftskontakte zu kriminellen Milieus unterhielt, d.h. zu Personen, gegen welche in Italien Strafverfahren wegen (z.T. organisierten) Schmuggels, aber auch wegen mafiöser Vereinigung (Art. 416bis CPI) liefen. Die Vorinstanz legt indessen nicht dar, inwiefern solche Geschäftskontakte sowie das Verwenden von Decknamen und das Verschleiern von Waren- und Geldflüssen gemäss dem damals geltenden schweizerischen Recht rechtswidrig waren. Die Geschäftstätigkeit im Zusammenhang mit dem Zigarettenschmuggel war nicht schon rechtswidrig, weil der Beschwerdeführer sich in den Worten der Vorinstanz in einem Grenzbereich bewegte, welcher die Gefahr mit sich brachte, dass früher oder später auch gegen ihn strafrechtlich vorgegangen würde, und auch nicht, weil er in konspirativer Art und Weise handelte.
1.5.
1.5.1. Die Vorinstanz begründet nicht, inwiefern zwischen dem ihres Erachtens normwidrigen Verhalten des Beschwerdeführers und der übrigen Beschuldigten und der Einleitung einer Strafuntersuchung ein Kausalzusammenhang besteht. Ein solcher ist auch nicht ersichtlich. Die Strafuntersuchung wurde nicht eingeleitet, weil der Beschwerdeführer und die übrigen Beschuldigten durch ihre Geschäftstätigkeit im Rahmen des Zigarettenschmuggels angeblich gegen irgendwelche Normen (<ref-law>, <ref-law>, Art. 3 und 4 der Verordnung über Wirtschaftsmassnahmen gegenüber Jugoslawien) verstiessen respektive ihre individuelle Pflicht zur Verantwortung gegenüber dem Staat (<ref-law>) verletzten. Die fragliche Geschäftstätigkeit wurde von den schweizerischen Behörden, obschon ihnen diese in den Grundzügen bekannt war, während vieler Jahre nicht verfolgt. Erst nachdem die Geschäftstätigkeit längst aufgegeben worden war, eröffnete die schweizerische Bundesanwaltschaft am 7. Januar 2003 ein Ermittlungsverfahren zunächst gegen Unbekannt. Dies geschah offenkundig in der Überlegung, dass italienische kriminelle Organisationen in den lukrativen Zigarettenschmuggel involviert sein könnten und dass durch die fragliche Geschäftstätigkeit einerseits der Tatbestand der Beteiligung an einer kriminellen Organisation respektive der Unterstützung einer kriminellen Organisation (<ref-law>) und andererseits der Tatbestand der Geldwäscherei (<ref-law>) durch Waschen von Vermögenswerten krimineller Organisationen erfüllt worden sein könnte.
1.5.2. Die Vorinstanz begründet auch nicht, inwiefern und in welchem Umfang durch welches ihres Erachtens normwidrige Verhalten des Beschwerdeführers die Untersuchung zumindest erschwert wurde und dadurch zusätzliche Kosten entstanden.
1.6. Die Kostenauflage verstösst gegen Bundesrecht, da nicht ersichtlich ist beziehungsweise im angefochtenen Urteil nicht hinreichend begründet wird, inwiefern welches Verhalten des Beschwerdeführers normwidrig war und inwiefern respektive in welchem Umfang durch welches normwidrige Verhalten das Verfahren eingeleitet beziehungsweise dessen Durchführung erschwert wurde.
Die Beschwerde ist in Bezug auf die Kostenauflage gutzuheissen und der angefochtene Entscheid in diesem Punkt (Dispositiv Ziff. VII/3) aufzuheben.
2.
2.1. Die Vorinstanz entschied, dass der amtliche Verteidiger des Beschwerdeführers im Verfahren SK. 2008.18 mit Fr. 389'808.15 und im Verfahren SK. 2011.5 mit Fr. 73'283.90 durch die Eidgenossenschaft entschädigt wird (Dispositiv Ziff. VII/4.1 und VII/4.2). Sie verpflichtete den Beschwerdeführer, der Eidgenossenschaft dafür Ersatz zu leisten (Dispositiv Ziff. VII/4.3).
2.2. Der Beschwerdeführer macht unter Hinweis auf seine Einwände gegen die Kostenauflage geltend, er sei zu Unrecht dazu verpflichtet worden, der Eidgenossenschaft für die Kosten seiner amtlichen Verteidigung Ersatz zu leisten. Diese Verpflichtung verletze den Grundsatz der Unschuldsvermutung (<ref-law>) sowie Art. 429 und <ref-law> und zudem, mangels ausreichender Begründung, seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Daher sei Dispositiv Ziff. VII/4.3 aufzuheben (Beschwerde S. 17 f.).
2.3. Wer letztlich für die Kosten der amtlichen Verteidigung aufzukommen hat, bestimmt sich, im Unterschied zu den Kosten für die freigewählte Verteidigung, entgegen den Andeutungen des Beschwerdeführers nicht nach Art. 429 f. StPO betreffend die Entschädigung, weshalb Dispositiv Ziff. VII/4.3 des angefochtenen Entscheids diese Bestimmungen nicht verletzen kann.
Die Kosten für die amtliche Verteidigung gehören zu den Verfahrenskosten (Art. 422 Abs. 1 und Abs. 2 lit a StPO). Sie sind allerdings auch im Falle der Verurteilung der beschuldigten Person nicht gemäss <ref-law> von dieser, sondern, wie sich aus Art. 426 Abs. 1 Satz 2 und Art. 135 StPO ergibt, vom Bund oder vom Kanton zu tragen. Die beschuldigte Person, die zu den Verfahrenskosten verurteilt wird, ist aber, sobald es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben, gemäss <ref-law> verpflichtet, dem Bund oder dem Kanton die Entschädigung zurückzuerstatten. <ref-law> gilt nicht nur für die beschuldigte Person, die zufolge ihrer Verurteilung gemäss <ref-law> die Kosten zu tragen hat. <ref-law> findet auch Anwendung auf die beschuldigte Person, welcher trotz Freispruchs oder Verfahrenseinstellung die Verfahrenskosten gemäss <ref-law> ganz oder teilweise auferlegt werden, weil sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat. Wird die beschuldigte Person hingegen nicht zu den Verfahrenskosten verurteilt und ist somit die Voraussetzung von <ref-law> nicht erfüllt, so ist sie, auch wenn es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben, nicht verpflichtet, dem Bund oder dem Kanton die Entschädigung für die amtliche Verteidigung zurückzuzahlen.
2.4. Da eine Kostenauflage ausser Betracht fällt, ist die Voraussetzung von <ref-law> nicht erfüllt. Deshalb verstösst auch die Verpflichtung des Beschwerdeführers, der Eidgenossenschaft für die Kosten der amtlichen Verteidigung Ersatz zu leisten, ungeachtet von dessen wirtschaftlichen Verhältnissen gegen Bundesrecht. Zur Begründung kann auf die vorstehenden Erwägungen (E. 1) verwiesen werden. Dispositiv Ziff. VII/4.3 ist daher aufzuheben.
Bei diesem Ergebnis kann dahingestellt bleiben, ob der Beschwerdeführer, wie er im Weiteren vorbringt (Beschwerde S. 18), auch deshalb nicht verpflichtet werden kann, dem Bund die Entschädigung der amtlichen Verteidigung zurückzuzahlen, weil es seine wirtschaftlichen Verhältnisse nicht erlauben.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer beantragte im vorinstanzlichen Verfahren, es sei ihm für die Untersuchungshaft von 133 Tagen eine Entschädigung von Fr. 300.-- pro Tag, ausmachend total Fr. 39'900.--, auszurichten und es seien ihm Schadenersatz und Genugtuung im Ermessen des Gerichts zuzusprechen (Urteil S. 19).
3.2. Die Vorinstanz entschied, dass dem Beschwerdeführer keine Entschädigung ausgerichtet wird (Dispositiv Ziff. VII/5). Zur Begründung hält sie unter Hinweis auf die diesbezüglichen Erwägungen fest, dass der Beschwerdeführer als kostenpflichtig erkannt worden ist (siehe Urteil E. 10.3 S. 410 in Verbindung mit E. 9.2.13 S. 406).
3.3. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Verweigerung der Entschädigung für ausgestandene Haft und einer Genugtuung für erlittene Unbill trotz Freispruchs verletze die Unschuldsvermutung sowie Art. 429 und <ref-law> und zudem mangels ungenügender Begründung seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Dispositiv Ziff. VII/5 sei daher aufzuheben (Beschwerde S. 19 f.).
3.4. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren eingestellt, so hat sie gemäss <ref-law> Anspruch auf (a) Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verteidigungsrechte; (b) Entschädigung für wirtschaftliche Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind; (c) Genugtuung für besonders schwere Verletzungen ihrer persönlichen Verhältnisse, insbesondere bei Freiheitsentzug. Die Strafbehörde prüft gemäss <ref-law> den Anspruch von Amtes wegen. Sie kann die beschuldigte Person auffordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen. Die Strafbehörde kann gemäss <ref-law> die Entschädigung oder Genugtuung herabsetzen oder verweigern, wenn die beschuldigte Person rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat. Somit können bei Verfahrenseinstellung und Freispruch Entschädigung und Genugtuung unter den gleichen Voraussetzungen herabgesetzt oder verweigert werden, unter welchen gemäss <ref-law> bei Verfahrenseinstellung und Freispruch der beschuldigten Person die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden können.
3.5. Es ist nicht ersichtlich beziehungsweise wird im angefochtenen Urteil nicht hinreichend begründet, inwiefern welches Verhalten des Beschwerdeführers normwidrig war und inwiefern respektive in welchem Umfang durch welches normwidrige Verhalten das Verfahren eingeleitet beziehungsweise dessen Durchführung erschwert wurde. Zur Begründung kann auf die vorstehenden Erwägungen zur Kostenauflage (E. 1.4 und 1.5) verwiesen werden. Dispositiv Ziff. VII/5 betreffend Verweigerung einer Entschädigung ist aufzuheben.
4.
4.1. Die Vorinstanz entschied in Anwendung von <ref-law>, dass die Kaution in der Höhe von Fr. 200'000.-- bei Eintritt der Rechtskraft des Urteils freigegeben, zur Deckung der Kosten und der Entschädigung verwendet und ein allfälliger Überschuss an den Einleger zurückerstattet wird (Dispositiv Ziff. VII/2.1 und 2.2).
4.2. Die Sicherheitsleistung wird unter anderem freigegeben, wenn das Strafverfahren durch Freispruch rechtskräftig abgeschlossen wurde (<ref-law>). Wird die von der beschuldigten Person geleistete Sicherheitsleistung freigegeben, so kann sie unter anderem zur Deckung von Kosten und Entschädigungen verwendet werden, die der beschuldigten Person auferlegt worden sind (<ref-law>). Zur Deckung von Kosten und Entschädigungen etc. gemäss <ref-law> kann unstreitig nur die von der beschuldigten Person, nicht auch die von Dritten gestellte Sicherheitsleistung verwendet werden.
Die Vorinstanz geht davon aus, dass die Kaution von Fr. 200'000.-- nicht durch den Beschwerdeführer, sondern durch Dritte, nämlich dessen Brüder, geleistet wurde (Urteil E. 7.4.3 S. 396 f.). Gleichwohl zog sie die Kaution zur Deckung von Verfahrenskosten einschliesslich der Entschädigung der amtlichen Verteidigung heran (Urteil E. 13.5 S. 420). Dies ist, wie die Vorinstanz anerkennt, ein Fehlentscheid, der ihres Erachtens allerdings nicht im Verfahren der Berichtigung nach <ref-law> behoben werden kann (Urteil E. 7.4.4 S. 397).
Die Frage der Verwendung der Sicherheitsleistung gemäss Dispositiv Ziff. VII/2.2 zur Deckung der Kosten und der Entschädigung stellt sich indessen nicht mehr, da die Kostenauflage (Dispositiv Ziff. VII/3) und die Verpflichtung des Beschwerdeführers, der Eidgenossenschaft für die Kosten der amtlichen Verteidigung Ersatz zu leisten (Dispositiv Ziff. VII/4.3), gemäss den vorstehenden Erwägungen (E. 1 und E. 2) aufzuheben sind und aus diesem Grunde auch Dispositiv Ziff. VII/2.2 betreffend die Verwendung der Kaution aufzuheben ist.
5.
Zusammenfassend ergibt sich, dass das Urteil der Vorinstanz, soweit den Beschwerdeführer betreffend, in den Dispositiv Ziff. VII/2.2 (Verwendung der Kaution), VII/3 (Kostenauflage), VII/4.3 (Verpflichtung des Beschwerdeführers, der Eidgenossenschaft für die Entschädigung der amtlichen Verteidigung Ersatz zu leisten) und VII/5 (Verweigerung einer Entschädigung) in Gutheissung der Beschwerde aufzuheben ist.
6.
Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer meint, das Bundesgericht könne über die in der Beschwerde gestellten Begehren, die ausschliesslich den Kosten- und Entschädigungspunkt betreffen, reformatorisch selbst entscheiden. Eine Rückweisung an die Vorinstanz sei auch aus prozessökonomischen Gründen nicht sinnvoll.
Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Es ist im Gegenteil sachgerecht, dass die Vorinstanz als Sachgericht über die Entschädigung für die ausgestandene Untersuchungshaft und über die Genugtuung entscheidet.
7.
Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Rechtspflege. Das Gesuch ist zufolge Gutheissung der Beschwerde gegenstandslos geworden.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben. Die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat dem Vertreter des Beschwerdeführers, Fürsprecher Peter von Ins, eine Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil der Strafkammer des Bundesstrafgerichts vom 21. März 2012, soweit den Beschwerdeführer betreffend, aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen. Die Entschädigung ist dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Fürsprecher Peter von Ins, auszurichten.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Näf