Art. 47 Abs. 1 lit. a und e, <ref-law>), (eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau, 1. Strafkammer, vom 14. Dezember 2000), hat sich ergeben:
A.- Von Sommer 1998 bis März 1999 handelte A._ zusammen mit anderen Beteiligten unter einer dafür gegründeten Firma mit Marihuana, Ecstasy, psilocybin- und psilocinhaltigen Pilzen sowie anderen Betäubungsmitteln und Substanzen.
Insgesamt wurden 8'655g psilocybinhaltige Pilze aus dem Ausland eingeführt und 3'794g verkauft.
B.- Am 29. Oktober 1999 verurteilte das Bezirksgericht Bremgarten A._ wegen mehrfacher, teilweise banden- und gewerbsmässigen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz, gewerbsmässiger Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz und mehrfacher Widerhandlung gegen die kantonale Heilmittelverordnung zu drei Jahren Zuchthaus, unter Anrechnung von 208 Tagen Untersuchungshaft, sowie zu einer Busse von Fr. 1'500.--.
Auf Berufung von A._ und der Staatsanwaltschaft hin hob das Obergericht mit Urteil vom 14. Dezember 2000 die Verurteilung wegen mehrfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz auf, bestätigte im Übrigen aber die Schuldsprüche wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, das Lebensmittelgesetz und die kantonale Heilmittelverordnung. Es setzte die ausgefällte Strafe auf 2 1/2 Jahre Zuchthaus herab.
C.- A._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, Ziff. 1 (Schuldsprüche) und Ziff. 2 (Strafe) des angefochtenen Urteils aufzuheben, ihn vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz freizusprechen und die Sache zu neuer Entscheidung betreffend Strafzumessung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Er stellt Gesuch um aufschiebende Wirkung, dem mit Präsidialverfügung vom 4. Mai 2001 entsprochen wurde.
Das Obergericht hat unter Verweis auf das angefochtene Urteil auf Gegenbemerkungen verzichtet. Die Staatsanwaltschaft hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung des Schuldspruchs wegen Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz und die Rückweisung zur Neubemessung der Strafe. Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde in Strafsachen ist kassatorischer Natur (Art. 277ter Abs. 1 BStP). Soweit der Beschwerdeführer mehr als die Aufhebung des angefochtenen Urteils verlangt, ist auf die Beschwerde daher nicht einzutreten.
Der Kassationshof darf nicht über die Anträge des Beschwerdeführers hinausgehen (Art. 277bis BStP). Die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz ist somit nicht zu überprüfen.
Die Nichtigkeitsbeschwerde kann nur damit begründet werden, dass der angefochtene Entscheid eidgenössisches Recht verletze (Art. 269 Abs. 1 BStP). Die Verurteilung wegen Widerhandlung gegen die kantonale Heilmittelverordnung verstösst nicht gegen Bundesrecht und ist somit nicht zu überprüfen.
2.- a) Der Beschwerdeführer wendet sich gegen seine Verurteilung wegen Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz (Bundesgesetz über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände vom 9. Oktober 1992 [LMG; SR 817. 0]). Das Lebensmittelgesetz sei keine Auffangnorm für alles Essbare, vielmehr würden Lebensmittel nach <ref-law> abschliessend definiert.
Die vom Beschwerdeführer vertriebenen psilocybinhaltigen Pilze seien keine Nahrungsmittel im Sinne von <ref-law>, da sie nicht dem Aufbau oder dem Unterhalt des Körpers dienten; sie hätten aus diesem Grund auch nicht Eingang in die Positivliste der Verordnung über Speisepilze vom 26. Juni 1995 gefunden (Pilzverordnung, VSp; SR 817. 022.291).
Ebensowenig fielen die psilocybinhaltigen Pilze unter die abschliessende Liste der Genussmittel von <ref-law>.
Die Pilze würden vom LMG somit nicht erfasst.
Der Beschwerdeführer habe die psilocybinhaltigen Pilze zudem nie als Nahrungsmittel angeboten und verkauft; im Gegenteil habe er die Packungen mit einer Warnung versehen, dass sie giftig und weder für Mensch noch Tier einnehmbar seien. Damit habe er weder vorsätzlich noch fahrlässig gegen das LMG verstossen können.
b) Die Vorinstanz hält fest, dass zwar die Wirkstoffe Psilocin und Psilocybin in der Verordnung des BAG über die Betäubungsmittel und psychotropen Stoffe vom 12. Dezember 1996 aufgeführt sind (Betäubungsmittelverordnung BAG, BetmV-BAG, SR 812. 121.2, Anhang a und d), nicht aber die wildwachsenden Pilze, welche diese Wirkstoffe enthalten.
Bei den Pilzen handle es sich auch nicht um ein "Präparat" im Sinne von <ref-law>, da sie auch in getrockneter Form kein künstliches Produkt darstellten.
Trotz ihres Gehaltes an verbotenen Stoffen widerspräche es dem Legalitätsprinzip von <ref-law>, die Pilze selber als "Stoff" im Sinne des Betäubungsmittelgesetzes zu betrachten.
Die Liste von Anhang a der BetmV-BAG trage den Titel "Verzeichnis aller Betäubungsmittel" und habe konstitutive Wirkung.
Hingegen würden die psilocybinhaltigen Pilze gegessen, die Wirkstoffe würden über Magen- und Verdauungstrakt aufgenommen. Damit handle es sich um Nahrungsmittel.
Nach <ref-law> mache sich strafbar, wer vorsätzlich Nahrungsmittel so abgebe, dass sie bei ihrem üblichen Gebrauch die Gesundheit gefährden. Der Tatbestand umfasse auch das Abgeben von Nahrungsmitteln, die schon aufgrund ihrer Beschaffenheit gesundheitsgefährdend seien. Die in den Pilzen enthaltenen Wirkstoffe könnten unzweifelhaft die Gesundheit schädigen. Die körperlichen Nebenwirkungen seien geringfügig, doch könnten sie zu psychotischen Zuständen mit Verkennen der Wirklichkeit und Selbstgefährdung oder Gefährdung Dritter führen; auch bleibende psychische Schädigungen seien möglich. Die Wirkung sei etwa hundertmal schwächer als diejenige des LSD, aber hundertmal stärker als diejenige von Meskalin. Damit habe der Beschwerdeführer gewerbsmässig die Tatbestände von Art. 47 Abs. 1 lit. a (Abgabe) und e (Einfuhr von gesundheitsgefährdenden Lebensmitteln) erfüllt.
3.-a/aa) Nach <ref-law> werden Halluzinogene wie Lysergid und Meskalin Betäubungsmitteln im Sinne des Gesetzes gleichgestellt. Sie dürfen nicht angebaut, eingeführt, hergestellt oder in Verkehr gebracht werden (<ref-law>). Das Bundesamt für Gesundheit hat im Rahmen seiner Zuständigkeit die nicht abschliessende Aufzählung des Betäubungsmittelgesetzes vervollständigt (<ref-ruling> E. 1f) und die Wirkstoffe Psilocin und Psilocybin sowohl in die Liste der Betäubungsmittel wie in diejenige der verbotenen Stoffe aufgenommen, ohne aber die Pilze selber zu erwähnen (Anhänge a und d BetmV-BAG, gemäss Liste I / Art. 7 des Übereinkommens über psychotrope Stoffe vom 21. Februar 1971 [SR 0.812. 121.02]). Dasselbe Vorgehen wurde z.B. beim Meskalin gewählt (Wirkstoff in Anhang a und d BetmV-BAG aufgeführt, nicht aber die meskalinhaltigen Kakteensorten), wogegen einige andere Halluzinogene weder in ihrer Naturform noch als Wirkstoff erwähnt werden. Die verschiedenen halluzinogenen Wirkstoffe werden somit einzeln beurteilt.
Art. 5 Abs. 1 der Verordnung über die Betäubungsmittel und die psychotropen Stoffe vom 29. Mai 1996 (Betäubungsmittelverordnung, BetmV; SR 812. 121.1) stellt alkaloidhaltige Pilze entsprechenden Pflanzen gleich, soweit es um Bewilligungen für die rechtmässige Herstellung und den Handel mit Betäubungsmitteln geht; doch bewirkt diese Sondervorschrift zum Bewilligungsverfahren nicht, dass psilocybinhaltige Pilze generell unter die Definitionen von <ref-law> fallen. Nach dem Vorschlag des Bundesrates sollen aufgrund des Entwurfs zur Änderung des BetmG "Rohmaterialien wie Pflanzen, Pilze oder Teile davon" als "Stoffe" im Sinne des Gesetzes gelten (Art. 2 Abs. 5 des Entwurfs zum BetmG). Massgebend soll aber auch in Zukunft eine vom Eidgenössischen Departement des Innern zu erstellende Liste sein (Art. 2 Abs. 7 des Entwurfs zum BetmG, Botschaft über die Änderung des Betäubungsmittelgesetzes vom 9. März 2001, BBl 2001 S. 3715, 3813, 3757).
bb) Die Regelungstechnik in Bezug auf psilocybinhaltige Pilze (Aufführen der Wirkstoffe, nicht aber der sie enthaltenden Pilze) weicht ab von der in Bezug auf andere Betäubungsmittel gewählten Technik. Bei den harten Drogen werden die Erscheinungsformen in Gesetz und Verordnung möglichst umfassend aufgezählt. Beim Hanf bestimmt der Gesetzestext, dass die gesamte Pflanze unter die vorgesehenen Verbote fällt, wenn sie zur Gewinnung von Betäubungsmitteln dient (<ref-law>, "Cannabis zur Betäubungsmittelgewinnung" in BetmV-BAG Anhang a und d; <ref-ruling>, 198).
Keine dieser Regelungstechniken lässt sich ohne weiteres auf die psilocybinhaltigen Pilze übertragen. Eine generelle Unterstellung psilocybinhaltiger Pilze unter das Betäubungsmittelgesetz liefe angesichts der zahlreichen, zum Teil schwer zu unterscheidenden Pilzsorten mit unterschiedlichem Gehalt an Wirkstoffen Gefahr, über das Ziel hinauszuschiessen (Thomas Geschwinde, Rauschdrogen, 4. Aufl. , Berlin 1998, N. 584 und 596 erwähnt über 80 einheimische Pilzsorten).
Eine qualifizierte Unterstellung nach dem Verwendungszweck könnte sich im Fall der psilocybinhaltigen Pilze nicht auf Grenzwerte an psychoaktiven Substanzen und einen Katalog zugelassener Sorten wie beim Hanf abstützen.
Unter diesen Umständen stellt das Fehlen der wirkstoffhaltigen Pilze in den Listen der BetmV-BAG keine einfache Unschärfe dar, welche der Richter nach Art. 7 EMRK und <ref-law> präzisieren kann (Europäischer Gerichtshof für Menschenrechte, Cantoni c. France, Reports 1996-V § 29 ff.; Mark E. Villiger, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention,
2. Aufl. , Zürich 1999, N. 536). Da sie in der massgebenden Verordnung nicht erwähnt werden, unterstehen die psilocybinhaltigen Pilze somit nicht dem Betäubungsmittelgesetz, mit Ausnahme der Verarbeitung zu "Präparaten" im Sinne von <ref-law>.
b) In Bezug auf Betäubungsmittel stellt das Betäubungsmittelgesetz eine Spezialnorm dar, die den Vorschriften über Lebensmittel vorgeht. Dies gilt jedoch nur für Betäubungsmittel im Sinne des Gesetzes. Die psilocybinhaltigen Pilze werden in der massgeblichen BetmV-BAG nicht erwähnt, weshalb ihre Unterstellung unter das Betäubungsmittelgesetz eine angesichts der Strafnormen unzulässige, ausweitende Auslegung dieser Vorschriften bedeuten würde. Es ergeben sich aber keine Hinweise darauf, dass das Fehlen der Pilze eine ausdrückliche Freistellung von jeder Kontrollnorm bedeuten soll. Wird ein Stoff nicht vom Betäubungsmittelgesetz erfasst, muss dies nicht bedeuten, dass er nicht in den Anwendungsbereich des Lebensmittelrechts fallen könnte.
Dies ergibt sich auch aus Ziel und Zweck der Gesetze.
Sowohl das Betäubungsmittelgesetz wie das Lebensmittelgesetz haben im weiteren Sinn den Schutz der Gesundheit der Bevölkerung zum Ziel. Schutzziel und Vorgehensweise sind aber nicht deckungsgleich. Das Betäubungsmittelgesetz will die Gefährdung der Gesundheit durch Stoffe verhindern, die Abhängigkeit erzeugen oder eine ähnliche Wirkung haben (<ref-law>). Zu diesem Zweck unterstellt es den Verkehr mit diesen Stoffen der Kontrolle. Gegebenenfalls verbietet es Verkehr, Anbau, Herstellung oder auch den Eigenkonsum (Art. 2ff. , <ref-law>). Das Lebensmittelgesetz bezweckt, die Konsumenten vor Lebensmitteln zu schützen, welche die Gesundheit gefährden, den hygienischen Umgang mit Lebensmitteln sicherzustellen und die Konsumenten im Zusammenhang mit Lebensmitteln vor Täuschungen zu schützen.
Hauptanliegen des Gesetzgebers ist die Qualität der angebotenen Lebensmittel (Art. 1, 6ff. , 13 Abs. 1 LMG; Botschaft vom 30. Januar 1989, BBl 1989 I 893, 913, 917). Es ist somit zu prüfen, ob das Inverkehrbringen psilocybinhaltiger Pilze gegen das Lebensmittelrecht verstösst.
c) Qualitätssicherung und Konsumentenschutz bedingen, dass der Begriff der Lebensmittel weit gefasst wird. Durch jedes Produkt, das wie ein Lebensmittel konsumiert wird, aber nicht den entsprechenden Vorschriften untersteht, wird die angestrebte Sicherheit wieder untergraben.
Ausgeschlossen vom Geltungsbereich des Lebensmittelgesetzes sind lediglich die Heilmittel sowie Lebensmittel, die für den Eigengebrauch bestimmt sind (Art. 2 Abs. 4 lit. a und b LMG; zur Abgrenzung von Lebens- und Heilmitteln vgl. <ref-ruling> E. 3a/bb). Für die eng definierten Genussmittel gelten Sondervorschriften (im Wesentlichen alkoholische Getränke sowie Tabak und Raucherwaren, Art. 3 Abs. 3, Art. 13 Abs. 2 und 3 LMG). <ref-law> bedroht mit Gefängnis und Busse, wer vorsätzlich Nahrungsmittel so herstellt, behandelt, lagert, transportiert oder abgibt, dass sie bei ihrem üblichen Gebrauch die Gesundheit gefährden (lit. a), oder wer gesundheitsgefährdende Lebensmittel ein- oder ausführt (lit. e). Der Strafdrohung unterliegt auch, wer gesundheitsgefährdende Nahrungsmittel in Verkehr bringt (<ref-ruling> E. 2).
Der Beschwerdeführer hat Pilze in Verkehr gebracht, die ohne Zweifel die Gesundheit gefährden (vor allem die psychische Gesundheit, Geschwinde N. 620f.). Die psilocybinhaltigen Pilze sind oral einzunehmen, das heisst zu essen wie andere Pilze. Der Drogenpilz unterscheidet sich von einem Speisepilz nur durch Geschmack und Wirkung, nicht durch die Art des Konsums und auch nicht notwendigerweise durch das Aussehen. Damit sind die psilocybinhaltigen Pilze als Lebensmittel zu behandeln und müssen den Vorschriften über Nahrungsmittel entsprechen, wenn sie in Verkehr gebracht werden. Die auf Speisepilze anwendbaren Vorschriften finden sich in Art. 197ff. der Lebensmittelverordnung vom 1. März 1995 (LMV; SR 817. 02). Insbesondere dürfen nur jene Pilze in Verkehr gebracht werden, die auf der Positivliste der Verordnung über Speisepilze vom 26. Juni 1995 aufgeführt sind (Pilzverordnung, VSp, SR 817. 022.291); wildgewachsene Pilze sind zu kontrollieren (Art. 201, 198 LMV).
Die vom Beschwerdeführer eingeführten und in Verkehr gebrachten Pilze entsprechen diesen Anforderungen in keiner Weise. Dass sie weder dem Aufbau noch dem Unterhalt des menschlichen Körpers dienen, entlässt sie nicht aus dem Geltungsbereich des Lebensmittelgesetzes, wie der Beschwerdeführer meint, sondern spricht im Gegenteil für die Anwendung von dessen Kontrollnormen. Dasselbe gilt für die Positivliste der Pilzverordnung. Wenn ein Pilz, der nicht auf dieser Liste aufgeführt ist, nicht mehr dem Lebensmittelgesetz unterstehen würde und frei handelbar wäre, hätte die Liste ihren Sinn eingebüsst.
Der Beschwerdeführer hat die Pilze vorsätzlich und im Wissen um ihre Anwendungsweise und Wirkung in Verkehr gebracht. Er hat selber zweimal psilocybinhaltige Pilze konsumiert und war sich bewusst, dass die Käufer diese konsumieren würden. Die von ihm auf der Ware angebrachten Warnungen vermögen unter diesen Umständen nichts daran zu ändern. Vorsätzliches Handeln im Sinne von <ref-law> verlangt nicht, dass der Täter im Einzelnen wusste, gegen welche Vorschriften er verstiess (<ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 1a). Die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz verletzt somit kein Bundesrecht.
4.- Der Beschwerdeführer macht geltend, der Schuldspruch wegen Widerhandlung gegen das LMG habe sich massgeblich auf die Strafzumessung ausgewirkt. Die Vorinstanz habe es als besonders verwerflich erachtet, dass er die psilocybinhaltigen Pilze verkauft und dazu auch Dritte eingesetzt habe, obschon er um die Gefährlichkeit der Pilze gewusst habe. Falle der Schuldspruch bezüglich der Pilze dahin, so sei der angefochtene Entscheid auch bezüglich der Strafzumessung aufzuheben. Die Strafe für die verbleibenden, unbestrittenen Tatbestände sei auf höchstens 18 Monate festzusetzen und dem Beschwerdeführer der bedingte Vollzug zu gewähren, da er sich in Ausbildung zum Maschinenbauingenieur an einer Fachhochschule befinde; durch den unbedingten Vollzug würden seine Anstrengungen seit der zweiten Haftentlassung zunichte gemacht und seine Zukunft gefährdet.
Da der Schuldspruch wegen Widerhandlung gegen das LMG nicht gegen Bundesrecht verstösst, bleiben die Grundlagen für die Strafzumessung unverändert. Dem Sachrichter steht bei der Gewichtung der zu beachtenden Komponenten ein erheblicher Spielraum des Ermessens zu. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Gesichtspunkten ausgegangen ist oder wenn sie wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. falsch gewichtet hat oder wenn die Strafe in einem Masse unverhältnismässig streng bzw. mild erscheint, dass von einer Überschreitung oder einem Missbrauch des Ermessens gesprochen werden muss (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 2a, 150 E. 2a; <ref-ruling> E. 1).
Die Vorinstanz geht von einem schweren Verschulden des Beschwerdeführers aus, der zwar nicht mit harten Drogen, dafür aber bandenmässig und mit beachtlichen Mengen von Ephedrin, psilocybinhaltigen Pilzen, Marihuana und Ecstasy-Tabletten gehandelt habe, dies zwecks Geldgewinn und im Wissen um die mögliche gesundheitsschädigende Wirkung der Produkte. Er habe eine führende Funktion inne gehabt und Dritte und Kolleginnen in sein kriminelles Tun hineingezogen.
Nach seiner ersten Entlassung aus der Untersuchungshaft habe er weiter delinquiert. Zu seinen Gunsten spreche, dass er seine Schuld schliesslich anerkannt und Reue gezeigt habe. Die Vorinstanz zieht auch seine durch die Berufsausbildung erhöhte Strafempfindlichkeit in Betracht.
Die Strafzumessung lässt keine Verletzung des Bundesrechts erkennen. Die Vorinstanz hat die wesentlichen Gesichtspunkte berücksichtigt und ihr Ermessen nicht überschritten.
5.- Damit ist die Beschwerde unbegründet und abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist. Die durch Präsidialverfügung vom 4. Mai 2001 gewährte aufschiebende Wirkung der Beschwerde wird hinfällig. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 278 Abs. 1 BStP).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Obergericht des Kantons Aargau und der Bundesanwaltschaft schriftlich mitgeteilt.
--------- Lausanne, 4. Juli 2001
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: