Faits:
A. Le 1er octobre 2007, A._ a déposé plainte pour abus de confiance et gestion déloyale contre X._. Il lui reprochait d'avoir détourné, à son profit, les avoirs de feu Ba._, alors que ceux-ci revenaient à sa pupille, Bb._, épouse du prénommé et mère de la dénoncée. Le Procureur général a classé cette plainte le 29 mai 2008, estimant que le dessein d'enrichissement illégitime ainsi que l'intention de porter atteinte aux intérêts successoraux faisaient défaut. A._ a recouru contre ce classement.
Le 28 juillet 2008, X._ a déposé plainte pour diffamation et tentative de contrainte contre A._. Elle a expliqué que l'époux de sa mère lui avait signé une procuration l'autorisant à prélever le solde de 210'916 euros d'un compte caché. Elle a procédé au retrait requis le 21 juin 2007 et rapporté l'argent à son beau-père, qui l'a alors réparti dans différentes enveloppes destinées aux enfants et petits-enfants de son épouse, à l'exclusion de cette dernière.
B. Par décision du 2 octobre 2008, le Procureur général a classé la plainte d'X._.
Par ordonnance du 3 décembre 2008, la Chambre d'accusation genevoise a rejeté dans la mesure de sa recevabilité le recours de la prénommée.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'ordonnance du 3 décembre 2008.

Considérant en droit:
1. A qualité pour former un recours en matière pénale, quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, soit en particulier la victime, au sens de l'<ref-law>, si la décision attaquée peut avoir un effet sur le jugement de ses prétentions civiles (cf. art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF).
1.1 Constituent des prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et en tort moral au sens des <ref-law>. Les prétentions de droit public, à plus forte raison lorsqu'elles ne peuvent être dirigées contre l'auteur lui-même mais uniquement contre la collectivité, et ne peuvent en conséquence être invoquées dans le procès pénal par voie d'adhésion, ne constituent, en revanche, pas des prétentions civiles au sens de ces dispositions (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 234).
1.2 La loi genevoise sur la responsabilité de l'Etat et des communes du 24 février 1989 est applicable aux actes effectués par les collaborateurs du service des tutelles d'adultes en exécution de leur mission (cf. art. 3 al. 1 du règlement sur le service des tutelles d'adultes). Selon l'art. 2 de cette loi, l'Etat de Genève et les communes du canton sont tenus de réparer le dommage résultant pour des tiers d'actes illicites commis soit intentionnellement, soit par négligence ou imprudence par leurs fonctionnaires ou agents dans l'accomplissement de leur travail (al. 1). Les lésés n'ont aucune action directe envers les fonctionnaires ou les agents (al. 2).
La recourante s'en prend aux comportements de A._, qui, dans le cadre de ses fonctions, a été dûment mandaté par le tribunal tutélaire pour représenter et défendre les intérêts de sa pupille, y compris par le biais du dépôt d'une plainte pénale. Or, sur le vu de ce qui précède, elle ne peut faire valoir aucune prétention civile à l'encontre du tuteur. Elle n'a donc pas la qualité de victime au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF.
2. Le lésé qui n'est pas une victime LAVI n'a en principe pas qualité pour former un recours en matière pénale. Il peut uniquement se plaindre d'une violation de ses droits de partie à la procédure, qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou constitutionnel, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 232 s.).
La recourante est donc légitimée à se plaindre d'une violation de son droit d'être entendu.
3. Invoquant une violation de l'art. 29 al. 1 Cst., la recourante se plaint d'un formalisme excessif dans l'application du droit cantonal, ce qui équivaudrait à un déni de justice formel.
La Chambre d'accusation a tout d'abord déclaré irrecevable le recours, celui-ci étant insuffisamment motivé. Elle l'a ensuite rejeté, estimant que les infractions dénoncées n'étaient pas réalisées. L'arrêt attaqué repose ainsi sur une double motivation. Or, si la recourante est légitimée à contester cette première argumentation (cf. supra consid. 2), elle n'a en revanche pas qualité pour contester la seconde motivation qui repose sur l'application de la partie spéciale du CP et qui suffit, à elle seule, pour sceller le sort du litige (cf. supra consid. 1; <ref-ruling> consid. 6.3 p. 120 s.).
4. En conclusion, le recours est irrecevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais de la cause (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 24 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani