Faits:
A.
D._ était assurée en 2012 auprès de Supra Caisse-maladie (ci-après: la caisse) pour l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie et d'accident.
Par déclaration d'accident du 19 juin 2012, elle a annoncé à la caisse qu'elle s'était cassé une dent le matin du 16 juin 2012. Elle a décrit le déroulement de l'incident comme suit: "en mangeant de la confiture de cerise, un morceau de noyau avait du rester et cela m'a cassé une dent en deux". Par la suite, l'assurée a précisé qu'elle avait "clairement mordu sur un bout de noyau de cerise" (courrier du 26 juillet 2012). Dans un courrier du 25 octobre 2012, elle a ajouté que la confiture avait été confectionnée avec des cerises dénoyautées.
Par décision du 10 décembre 2012, la caisse a refusé de prendre en charge le traitement prévu pour la lésion dentaire. L'assurée s'est opposée à cette décision. Par décision du 29 janvier 2013, la caisse a rejeté l'opposition, en précisant notamment que dans une confiture " faite maison", soit préparée avec des cerises dénoyautées manuellement ou mécaniquement, la présence d'un morceau de noyau de cerise n'avait rien d'inhabituel ou d'extraordinaire.
B.
Par jugement du 10 juin 2013, le Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, a admis le recours formé par D._ à l'encontre de la décision sur opposition du 29 janvier 2013 et condamné la caisse à prendre en charge les coûts relatifs aux soins dentaires rendus nécessaires par l'incident du 16 juin 2012.
C.
La caisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. En substance, elle conclut à la confirmation de sa décision sur opposition du 29 janvier 2013.

Considérant en droit:
1.
Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF - sanctionnée par l'irrecevabilité des recours dont la motivation est manifestement insuffisante (<ref-law>) -, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués. Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
2.
2.1. Devant le Tribunal fédéral, la recourante ne conteste plus le fait que lors de l'incident du 16 juin 2012, l'intimée s'est cassé une dent en mordant sur un morceau de noyau provenant de la confiture aux cerises qu'elle était en train de manger, comme l'ont admis les premiers juges au degré de la vraisemblance prépondérante. Demeure donc seul litigieux le point de savoir si cet événement doit être qualifié d'accident, singulièrement si la condition de la cause extérieure extraordinaire est réalisée dans le cas particulier.
2.2. Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales, notamment en ce qui concerne la prise en charge par l'assurance-maladie sociale des coûts du traitement de lésions du système de mastication causées par un accident (cf. art. 1a al. 2 lit. b et 31 al. 2 LAMal), la notion d'accident (<ref-law>), ainsi que les conditions auxquelles la jurisprudence admet le caractère accidentel d'un dommage dentaire à la suite d'un acte de mastication normal.
La décision attaquée rappelle notamment que le bris d'une dent est considéré comme accidentel lorsqu'il s'est produit au contact d'un élément dur extérieur à l'aliment consommé, de nature à causer la lésion incriminée. La dent ne doit pas être parfaitement saine mais il suffit qu'elle remplisse normalement sa fonction de mastication (<ref-ruling> consid. 3b p. 170). Le Tribunal fédéral des assurances a par exemple admis, dans ce contexte, que la présence d'un fragment de coquille de noix ou de noisette dans un pain aux noix, un gâteau aux noix, un croissant fourré ou un chocolat aux noisettes, est extraordinaire en dépit du fait qu'on ne peut jamais exclure totalement la présence d'un fragment de coquille dans un aliment (arrêt K 1/88 du 15 août 1988, consid. 2b, publié in RAMA 1988 n° K 787 p. 419; cf. également TURTÈ BAER, Die Zahnschädigung als Unfall in der Sozialversicherung, in: RSJ 88/1992, p. 321 ss et les renvois). Dans un arrêt récent non publié 9C_985/2010 du 20 avril 2011, le Tribunal fédéral a retenu que cette jurisprudence s'appliquait par analogie aux olives. Ainsi, lorsqu'une personne achetait un sachet d'olives dénoyautées, elle ne devait pas s'attendre à y trouver des noyaux, la présence d'un tel corps dur représentant dès lors une cause extérieure extraordinaire.
3.
La juridiction cantonale a admis le caractère accidentel de l'événement du 16 juin 2012. Elle a indiqué que ce n'était pas parce qu'une confiture était "faite maison" qu'il fallait s'attendre à y trouver des morceaux de noyaux. Appliquant a contrario la jurisprudence de l'<ref-ruling> selon laquelle lorsqu'une personne mange un gâteau, qu'elle sait avoir été fait avec des fruits non dénoyautés, elle doit s'attendre à la présence de noyaux, la juridiction cantonale a considéré que tel n'était pas le cas pour un gâteau - respectivement une confiture - confectionné avec des fruits dénoyautés.
4.
La recourante soutient que la probabilité qu'il reste des noyaux ou des morceaux de noyaux est plus grande lorsqu'une confiture est "faite maison". Selon elle, il conviendrait d'opérer une distinction entre le dénoyautage industriel des fruits et celui auquel on procède manuellement ou mécaniquement.
5.
En l'occurrence, il n'y a pas lieu de s'écarter de l'appréciation des premiers juges, selon laquelle malgré un risque résiduel existant, la recourante ne pouvait, ni ne devait, compte tenu des circonstances, s'attendre à ce que la confiture confectionnée par sa belle-mère avec des cerises dénoyautées contienne des noyaux ou des éclats de noyaux de cerises. L'expérience générale de la vie enseigne, en effet, qu'un tel produit confectionné à base de fruits dénoyautés ne contient en principe pas de noyaux. Et l'intimée, qui avait consommé à plusieurs reprises les confitures de sa belle-mère par le passé sans avoir trouvé un morceau de noyau, pouvait raisonnablement partir de l'idée que le pot de confiture nouvellement reçu n'en comportait pas non plus. Contrairement à ce que soutient la recourante, il importe peu de savoir si les cerises ont été dénoyautées industriellement ou mécaniquement, voire manuellement. On ne voit, en effet, pas en quoi le dénoyautage industriel serait plus fiable que le dénoyautage mécanique ou manuel, lequel requiert au contraire la présence et l'attention constantes d'un individu. Comme l'ont relevé les premiers juges, le dénoyautage manuel ou mécanique se fait régulièrement, sans qu'il ne reste de noyaux. Finalement, le fait que l'intimée n'avait pas elle-même procédé au dénoyautage des fruits n'accentuait pas son devoir d'attention et ne permettait pas de dénier l'existence d'un facteur extérieur extraordinaire.
6.
Compte tenu de ce qui précède le recours se révèle mal fondé et doit être rejeté.
7.
La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 17 octobre 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
La Greffière: Reichen