Sachverhalt:
A. Der 1978 geborene S._ war als Monteur der Genossenschaft M._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 29. September 2005 als Beifahrer eines Autos einen Auffahrunfall erlitt. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 15. Juni 2007 ein, da die anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Ereignis verursacht worden seien. Mit Einspracheentscheid vom 28. Oktober 2008 bestätigte sie ihre Verfügung.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus mit Entscheid vom 31. März 2010 ab.
C. Mit Beschwerde lässt S._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Ergänzung des Sachverhalts bzw. zur Leistungsfestsetzung beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Unter Berücksichtigung der für Beschwerden bestehenden allgemeinen Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese letztinstanzlich nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Das kantonale Gericht legte die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181) zutreffend dar. Darauf wird verwiesen.
Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.).
3. Die Vorinstanz hat in Würdigung der medizinischen Akten erwogen, beim Beschwerdeführer seien als Folgen des Auffahrunfalls vom 29. September 2005 keine organischen Gesundheitsschäden ersichtlich.
Diese Schlussfolgerungen erweisen sich als rechtens. Die am Unfalltag, am 29. September 2005, erstellten Röntgenaufnahmen der HWS, BWS und LWS zeigten keine unfallbedingten Verletzungen. Am 31. Oktober 2005 nahmen die Ärzte im Spital Y._ MRI-Untersuchungen des Schädels und der HWS vor, welche normale Befunde ergaben bis auf eine minime Protrusion der Bandscheibe C5/C6. Es wurde festgestellt, die Abklärungen hätten keinen Nachweis von Traumafolgen ergeben. Am 12. Januar 2007 nahmen die Ärzte beim Beschwerdeführer in der Rehaklinik B._ unter anderem eine radiologische Verlaufskontrolle vor, welche im Vergleich zu den konventionell-radiologischen Aufnahmen vom 29. September 2005 unveränderte Verhältnisse zeigte. Organisch objektivierbare Folgen des Unfalls vom 29. September 2009 konnten insgesamt somit nicht festgestellt werden. Die vom Beschwerdeführer letztinstanzlich neu eingereichten weiteren Berichte stellen unzulässige Noven gemäss <ref-law> dar (vgl. zur Geltung dieses Grundsatzes im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung: <ref-ruling> E. 3.4 S. 199 f.). Selbst wenn sie Beachtung fänden, könnten ihnen keine unfallbedingten organischen Befunde zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung entnommen werden. Wenn die dort neu festgehaltenen Diskushernien durch das Unfallereignis vom 29. September 2005 verursacht worden wären, was allerdings der bereits zuvor vorgenommenen bildgebenden Abklärungen, insbesondere der MRI-Aufnahme der HWS vom 31. Oktober 2005 widerspräche, wären sie zum Zeitpunkt der Einstellung der Unfallversicherungsleistungen am 15. Juni 2007 nicht mehr als unfallkausal zu beurteilen. Der Status quo sine vel ante wäre zu diesem Zeitpunkt praxisgemäss wieder erreicht gewesen (vgl. SVR 2009 IV Nr. 1 S. 1, 8C_677/2007 E. 2.3 und 2.3.2 mit Hinweisen).
4. Sind die anhaltenden Beschwerden nicht auf einen organisch hinreichend nachweisbaren Gesundheitsschaden zurückzuführen, so ist die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Ereignis vom 29. September 2005 und diesen Beschwerden speziell zu prüfen. Auf weitere Abklärungen zur Frage, ob der Beschwerdeführer Verletzungen erlitten hat, welche eine Prüfung nach den Kriterien der sog. "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130) rechtfertigen, kann verzichtet werden, da die Adäquanz selbst bei Anwendung dieser für den Versicherten günstigeren Kriterien zu verneinen ist. Aus demselben Grund kann auch von näheren Abklärungen zum Bestand des natürlichen Kausalzusammenhanges Umgang genommen werden (<ref-ruling> E. 5.1 S. 472).
5. Die Einwände des Beschwerdeführers gegen die Aäquanzbeurteilung der Vorinstanz erweisen sich als unbegründet. Unter Berücksichtigung, dass einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug regelmässig dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zugeordnet werden (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06 E. 5.2), ist der Unfall vom 29. September zu Recht als mittelschweres, im Grenzbereich zu den leichten Unfällen liegendes Ereignis qualifiziert worden. Das Auto des Beschwerdeführers hielt kurz an, als ein anderes Fahrzeug von hinten auffuhr. Gemäss biomechanischer Beurteilung vom 21. Juli 2006 lag die kollisionsbedingte Geschwindigkeitsänderung (sog. Delta-v) des Fahrzeugs, in dem der Beschwerdeführer sass, bei höchstens ca. 12 km/h. Eine von diesem gerügte ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat, ist aus den Akten nicht ersichtlich. Beim letztinstanzlich neu eingereichten Bericht des Spitals Y._ vom 30. März 2009 handelt es sich um ein unzulässiges neues Beweismittel (<ref-law>), welchem im Übrigen keine entsprechende ärztliche Fehlbehandlung entnommen werden kann. Dem Beschwerdeführer wurde von den Ärzten weder Aggravation noch Simulation vorgeworfen, wie eingewendet wird, noch kann aus diesem Umstand eine fortgesetzte spezifische, belastende ärztliche Behandlung gemäss <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128 gefolgert werden. Hierfür sind andere und höhere Anforderungen vorausgesetzt (vgl. SVR 2009 UV Nr. 22 S. 80, 8C_209/2008 E. 5.4). Auch die übrigen Adäquanzkriterien sind zu verneinen, mit Ausnahme des Kriteriums der erheblichen Beschwerden, welches unter Mitberücksichtigung der nicht organischen Beschwerden als erfüllt betrachtet werden kann. Da dieses Kriterium jedoch nicht in ausgeprägter Weise gegeben ist, muss ein adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 29. September 2005 und den über den 15. Juni 2007 anhaltend geklagten Beschwerden verneint werden. Die Beschwerde ist somit abzuweisen.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird infolge Aussichtslosigkeit abgewiesen (<ref-law>). Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. August 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner