Faits:
A. X._, né en 1962, domicilié dans le canton de Genève, exerce la profession de chauffeur de taxi depuis une vingtaine d'années. Il y a environ trois ans, il s'est mis à son compte.
Le 4 janvier 2005 vers 09h30, il a circulé à 75 km/h dans le village de Coppet (Vaud) alors que la vitesse autorisée y est limitée à 50 km/h.
Le Préfet du district de Nyon a infligé à X._ une amende de 400 fr. pour violation grave des règles de circulation routière au sens de l'art. 90 ch. 2 LCR. Ce prononcé n'a fait l'objet d'aucune opposition.
B. Par décision du 29 juillet 2005 fondée sur l'art. 16c LCR, disposition entrée en vigueur au 1er janvier 2005 et relative au retrait du permis de conduire pour infraction grave, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Genève a ordonné à l'encontre de X._ un retrait du permis de conduire pour toutes les catégories et sous-catégories, d'une durée de trois mois. Il a cependant autorisé l'intéressé à conduire des véhicules des catégories spéciales F (véhicules automobiles dont la vitesse n'excède pas 45 km/h, à l'exception des motocycles), G (véhicules automobiles agricoles dont la vitesse maximale n'excède pas 30 km/h, à l'exception des véhicules spéciaux) et M (cyclomoteurs) ainsi que les véhicules pour lesquels un permis de conduire n'est pas nécessaire.
Par arrêt du 25 octobre 2005, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours de X._.
C. X._ interjette un recours de droit administratif auprès du Tribunal fédéral. Il conclut principalement au prononcé d'un avertissement. A titre subsidiaire, il demande que le retrait de trois mois soit limité à ses activités privées et à être autorisé, durant cette période, à conduire dans le cadre de ses activités professionnelles.
Invité à se déterminer, le Tribunal administratif a simplement déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Les décisions de dernière instance cantonale en matière de retrait de permis de conduire sont susceptibles de recours de droit administratif au Tribunal fédéral (art. 24 LCR). Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation. La notion de droit fédéral inclut les droits constitutionnels des citoyens, de sorte que le recourant peut également faire valoir la violation de droits de rang constitutionnel, le recours de droit administratif tenant alors lieu de recours de droit public (art. 104 OJ; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318). Le Tribunal fédéral ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties; il n'est par contre pas lié par les motifs que les parties invoquent (art. 114 al. 1 OJ).
Lorsque le recours est dirigé contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans l'arrêt attaqué, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de la procédure (art. 105 al. 2 OJ). En l'espèce, les faits ne sont pas contestés. Le recourant reconnaît en particulier avoir dépassé de 25 km/h la vitesse autorisée dans une localité.
2. Le recourant se plaint pour l'essentiel d'une inégalité de traitement entre les chauffeurs professionnels et les autres conducteurs.
2.1 Il objecte principalement que la réglementation légale, en prévoyant une durée de retrait minimale de trois mois pour tous les conducteurs sans distinction, viole les principes constitutionnels de l'égalité (art. 8 Cst.) et de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), au motif qu'elle soumettrait à un régime identique des situations de fait différentes exigeant un traitement différent. Concrètement, il estime que le principe de l'égalité exige des mesures de retrait différenciées pour les conducteurs professionnels et les autres conducteurs, au motif qu'un retrait du permis touche les premiers de manière plus importante que les seconds; le législateur n'ayant pas fait de différences, il considère que la loi en elle-même est arbitraire.
2.2 A teneur de l'art. 191 Cst., le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales. Il n'est donc pas habilité à en contrôler la constitutionnalité (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 566 et les références). Il peut tout au plus leur appliquer le principe dit de l'interprétation conforme à la constitution, si les (autres) méthodes d'interprétation laissent subsister un doute sur le sens d'une loi fédérale (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 263 et les références).
2.3 Une interprétation de l'art. 16c LCR dans le sens d'un traitement différencié en faveur des chauffeurs professionnels, tel que le postule le recourant, est clairement exclue. Il ressort en effet des débats parlementaires que les Chambres n'entendaient pas, en particulier, qu'il puisse être dérogé aux durées minimales de retrait prévues en faveur de certaines catégories de chauffeurs particulièrement touchées par ce genre de mesure.
Sous l'ancien droit, le Tribunal fédéral avait admis un retrait d'une durée inférieure au minimum légal en cas de circonstances particulières. Le Conseil fédéral a proposé aux Chambres fédérales d'exclure cette possibilité ouverte par la jurisprudence (Message du 31 mars 1999, FF 1999 IV 4131). Le Conseil des Etats, lors de la première lecture, a prévu la possibilité de réduire la durée minimale du retrait en faveur de conducteurs professionnels dont les chauffeurs de taxi, mais uniquement pour certaines infractions moyennement graves au sens de l'art. 16b al. 1 let. a LCR (BO CE 2000, 214/215). En revanche, il l'a exclue en cas d'infraction grave au sens de l'art. 16c LCR (BO CE 2000, 215). Le Conseil national par contre a été plus sévère et a opté pour la proposition du Conseil fédéral (BO CN 2001, 911). Le Conseil des Etats n'a alors pas insisté; il a adhéré à la solution du Conseil national et du Conseil fédéral, renonçant ainsi également à toute dérogation en faveur des chauffeurs professionnels (BO CE 2001, 562). La volonté du législateur de ne pas permettre au juge de prononcer un retrait de permis d'une durée inférieure à la durée minimale prévue par la loi est donc manifeste. Au demeurant, elle ressort clairement de l'art. 16 al. 3 LCR, où il est précisé que la nécessité professionnelle de conduire un véhicule doit être prise en considération pour fixer la durée du retrait, mais que la durée minimale du retrait ne peut pas être réduite.
En outre, le retrait pour la durée minimale légale s'applique à toutes les catégories de permis. Lors des débats devant le Conseil national, il a été proposé de permettre un retrait limité à certaines catégories de permis, dans le but qu'un chauffeur professionnel puisse se voir interdire de conduire un véhicule privé tout en conservant l'autorisation de conduire dans l'exercice de sa profession. Cette proposition a été rejetée (BO CN 2001, 911/912). En conséquence, la différenciation des durées de retrait selon les catégories, afin d'éviter une rigueur excessive, n'est possible que sous réserve d'observer pour toutes les catégories la durée minimale fixée par la loi (art. 33 al. 5 OAC; cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 175 s.).
3. Se pose encore la question de savoir si les critères développés par la jurisprudence pour définir le cas grave au sens de l'ancien droit (art. 16 al. 3 let. a aLCR) sont encore pertinents sous le nouveau droit.
3.1 Selon l'ancien art. 16 al. 3 let. a LCR, le cas était grave et le permis de conduire devait être retiré si le conducteur avait compromis gravement (in schwerer Weise) la sécurité de la route. Cela supposait une violation grossière d'une règle essentielle de la circulation créant un danger concret ou un danger abstrait accru. L'art. 16 al. 3 let. a aLCR correspondait à l'art. 90 ch. 2 LCR (<ref-ruling> consid. 1b p. 38 s.). Le cas était par contre moyennement grave et n'entraînait qu'un retrait dit facultatif si le conducteur avait, par des infractions aux règles de la circulation, compromis la sécurité de la route ou incommodé le public (art. 16 al. 2 phr. 1 aLCR).
Pour assurer l'égalité de traitement, la jurisprudence avait été amenée à fixer des règles précises dans le domaine des excès de vitesse. A l'intérieur des localités, le cas était considéré comme grave et le retrait était partant obligatoire dès que le dépassement atteignait 25 km/h, nonobstant les circonstances particulières du cas comme, notamment, des conditions de la circulation favorables ou une excellente réputation du conducteur en tant qu'automobiliste. Hors des localités et sur les autoroutes, le cas grave était retenu en cas de dépassements de respectivement 30 km/h et 35 km/h (<ref-ruling> consid. 2b p. 88, 126 II 202 consid. 1a p. 204, 124 II 475 consid. 2a p. 476 ss).
3.2 Aux termes de l'art. 16c al. 1 let. a LCR, dans sa nouvelle teneur, commet une infraction grave la personne qui, en violant les règles de la circulation, met sérieusement en danger la sécurité d'autrui (ernstliche Gefahr für die Sicherheit) ou en prend le risque. Elle ne commet par contre qu'une infraction moyennement grave lorsque, en violant les règles de la circulation, elle crée un danger pour la sécurité d'autrui ou en prend le risque (art. 16b al. 1 let. a LCR). Ces définitions du cas grave et du cas moyennement grave dans le nouveau droit correspondent à celles de l'ancien droit. Cela est au demeurant conforme à la volonté clairement exprimée par le législateur qui a notamment précisé que, sur le fond, l'art. 16c al. 1 let. a LCR ne subissait aucune modification par rapport à l'art. 16 al. 3 let. a aLCR, dont il ne s'agissait que d'adapter le libellé à celui de l'art. 90 ch. 2 LCR (FF 1999 IV 4134). Et pour ce qui concerne plus particulièrement les excès de vitesse, le législateur s'est expressément référé aux catégories fixées par la jurisprudence en la matière (FF 1999 IV 4131). Celles-ci se retrouvent au demeurant à l'art. 38 ch. 2 let. a OAC. Cette disposition, adoptée le 28 avril 2004 et mise en vigueur en même temps que la révision de la LCR au 1er janvier 2005, permet à la police de saisir sur-le-champ le permis de conduire lorsque le conducteur dépasse la limite de respectivement 30, 35 et 40 km/h à l'intérieur des localités, hors des localités et sur autoroutes. Il s'agit là des limites fixées par la jurisprudence précitée pour retenir le cas grave, augmentées chaque fois de 5 km/h.
La révision du droit de la circulation routière entrée en vigueur le 1er janvier 2005 ne touche donc pas à la définition du cas grave, qui reste la même à l'art. 16c LCR et à l'art. 90 ch. 2 LCR. Elle ne met pas non plus en cause la jurisprudence en matière de retrait de permis pour excès de vitesse. Il y a donc lieu de retenir que, sous le nouveau droit aussi, un dépassement de 25 km/h de la vitesse autorisée dans une localité constitue un cas grave. Certes, l'art. 16c al. 2 let. a LCR prévoit des sanctions massivement plus sévères que l'ancien droit avec une durée minimale du retrait trois fois plus longue. Mais cette sévérité accrue a été expressément voulue par le législateur afin de renforcer la sécurité et, partant, d'épargner des vies humaines et des blessés (FF 1999 IV 4130). Il ne peut qu'en être pris acte. Elle n'entraîne dès lors pas de modification de la notion de cas grave.
4. Le recours ne peut donc qu'être rejeté. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la procédure (art. 156 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, à la 2ème section du Tribunal administratif du canton de Genève, au Service des automobiles et de la navigation du canton de Genève et à la Division de la circulation routière de l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 13 mars 2006
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: