Faits:
A. A la requête de A._, l'Office des poursuites de Genève a notifié à B._ un commandement de payer les montants de 18'800 fr. plus intérêts à 5 % dès le 1er novembre 2002, 1'900 fr., 500 fr., 166 fr. 55, 500 fr., 147 fr. 10 et 80 fr. 85, moins 640 fr. Le poursuivi a fait opposition totale.
B. A._ a sollicité la mainlevée définitive de l'opposition pour les deux montants de 500 fr. Le 9 janvier 2009, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté cette requête.
Par arrêt du 7 mai 2009, communiqué aux parties le 12 et reçu par le créancier le 14, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le premier jugement et prononcé, pour les deux montants de 500 fr., la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer.
C. Le 12 juin 2009, A._ a requis la continuation de la poursuite.
Par courrier du 2 juillet 2009, l'office a informé le créancier qu'il ne pouvait donner suite à sa réquisition, la poursuite étant périmée.
D. A._ a porté plainte contre la décision de l'office en demandant qu'il soit constaté que la poursuite n'est pas périmée et qu'il soit ordonné à l'office de la continuer.
Par décision du 1er octobre 2009, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève a débouté le plaignant.
E. A._ forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette décision. A titre principal, il reprend les conclusions formulées devant la Commission de surveillance. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision et encore plus, subsidiairement, de "l'acheminer à prouver par toutes voies de droit les faits allégués" dans son recours.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Déposé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2) prise en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>) par une autorité de surveillance statuant en dernière (unique) instance cantonale (<ref-law> et 13 LP), le présent recours en matière civile est recevable, indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. Le recourant estime que la poursuite n'était pas périmée et que, partant, l'office devait donner suite à sa réquisition de continuer la poursuite. Il se plaint d'une application arbitraire de l'<ref-law>.
2. Le recourant estime que la poursuite n'était pas périmée et que, partant, l'office devait donner suite à sa réquisition de continuer la poursuite. Il se plaint d'une application arbitraire de l'<ref-law>.
2.1 2.1.1 Le droit de requérir la continuation de la poursuite se périme par un an à compter de la notification du commandement de payer. Si opposition a été formée, ce délai ne court pas entre l'introduction de la procédure judiciaire ou administrative et le jugement définitif (<ref-law>). Ainsi, le délai est suspendu pendant le procès en reconnaissance, en libération de dette ou en contestation du retour à meilleure fortune dès l'ouverture de l'action, de même que pendant la procédure en mainlevée dès le dépôt de la requête (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 2).
Le jugement de mainlevée est définitif au sens de l'<ref-law> lorsqu'il ne peut plus être attaqué par une voie de recours ordinaire, qui a, de par la loi, un effet suspensif; le créancier doit être en mesure d'obtenir l'attestation d'entrée en force du jugement rendu. Si la voie du recours n'a pas d'effet suspensif, le jugement de mainlevée entre en force dès sa notification (<ref-ruling> consid. 2a).
2.1.2 Il faut donc déterminer à quel moment un prononcé de mainlevée d'opposition rendue en dernière instance cantonale est définitif. Cette question se détermine exclusivement au regard du droit fédéral, soit de la loi sur le Tribunal fédéral (ci-après : LTF; cf. <ref-ruling> consid. 3b et les références citées).
Selon la LTF, le prononcé de mainlevée (définitive ou provisoire) de l'opposition peut faire l'objet d'un recours en matière civile (<ref-law>) lorsque la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3) ou, exceptionnellement et pour autant que cela soit démontré (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2.2.2.1), lorsque la contestation soulève une question juridique de principe (<ref-law>). Lorsqu'aucune de ces conditions n'est remplie, le prononcé de mainlevée doit être attaqué par la voie du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
En matière de mainlevée, aucun de ces recours n'a, ex lege, d'effet suspensif (art. 103 al. 1, 2 a contrario et 117 LTF; ANDREA BRACONI, Le recours en matière de poursuite pour dettes selon la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) : compendium des premiers cas d'application in : JT 2009 II 78 p. 91-92).
2.2 En l'espèce, le commandement de payer a été notifié le 3 août 2007. Le délai d'un an de l'<ref-law> a commencé à courir à cette date. Il a été interrompu par le dépôt de la requête de mainlevée, le 2 août 2008, qui a suspendu ce délai jusqu'au prononcé d'un jugement définitif dans la procédure de mainlevée.
Il s'agit ainsi de déterminer, au regard de la LTF, quand l'arrêt rendu par la Cour de justice le 7 mai 2009 est devenu définitif, autrement dit, quand il est entré en force de chose jugée. Dès lors que la valeur litigieuse de la mainlevée était inférieure à 30'000 fr., seul entrait en ligne de compte le recours constitutionnel subsidiaire. Ce recours n'ayant pas, de par la loi, d'effet suspensif automatique, l'arrêt de la Cour de justice est entré en force et est devenu exécutoire au moment de sa notification, soit le 14 mai 2009. Dans ces circonstances, le délai d'un an de l'<ref-law> est arrivé à échéance le lendemain. L'autorité précédente a donc correctement appliqué le droit fédéral en concluant que la réquisition de continuer la poursuite, déposée le 12 juin 2009, était tardive et que l'office ne pouvait y donner suite.
3. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 4 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet