Sachverhalt:
A.
Am 14. Dezember 2010 erteilte die Baubehörde Meilen den Grundeigentümerinnen X._ AG und Y._ AG eine Baubewilligung für die Arealüberbauung "Z._" auf den Grundstücken Kat.-Nrn. "...", "...", "..." und "..." am Z._weg und an der S._strasse in der Gemeinde Meilen/ZH. Gleichzeitig eröffnete sie den von der Baudirektion des Kantons Zürich im Koordinationsverfahren gefällten Entscheid vom 6. September 2010 betreffend eine wasserbaupolizeiliche Bewilligung.
B.
B.a. Gegen die beiden Bewilligungen erhoben A._ und weitere Nachbarn Rekurs an das Baurekursgericht. Während des Verfahrens zogen einzelne Beteiligte ihren Rekurs zurück. Die übrigen beschränkten den Rekurs auf die Anfechtung des Ersatzbaus für das Ökonomiegebäude Vers.-Nr. 188 mit der neuen Adresse am Z._weg 100.
B.b. Vom 20. Juni 2011 bis zum 12. Januar 2012 wurde das Rekursverfahren wegen eines Rechtsstreites über die Unterschutzstellung des bestehenden Wohnhauses Vers.-Nr. 189 am Z._weg 110 und der anschliessenden Überarbeitung des entsprechenden Schutzvertrages sistiert. Diese später rechtskräftig gewordene Vereinbarung regelt in erster Linie den Schutz des Wohnhauses Vers.-Nr. 189, enthält aber auch vereinzelte Bestimmungen zum Ökonomiegebäude Vers.-Nr. 188.
B.c. Am 6. März 2012 hiess das Baurekursgericht den Rekurs im verbliebenen Umfang gut und hob die kommunale Baubewilligung insoweit auf, als damit der Ersatzbau Z._weg 100 für das Ökonomiegebäude Vers.-Nr. 188 bewilligt worden war. Gleichzeitig erledigte es in teilweiser Gutheissung einen von den Bauherrinnen eingereichten Rekurs gegen einzelne Bestimmungen der Baubewilligung.
C.
Dagegen führten die Bauherrinnen X._ AG und Y._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde mit dem Hauptantrag, der Entscheid des Baurekursgerichts sei aufzuheben, soweit er sich auf die Baubewilligung für den Ersatzbau des Ökonomiegebäudes Vers.-Nr. 188 am Z._weg 100 beziehe. Am 27. November 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. Januar 2013 an das Bundesgericht stellen die X._ AG und die Y._ AG die folgenden Anträge:
"1. Der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Baubewilligung der Baubehörde Meilen vom 14. Dezember 2011 für den Ersatzbau Z._weg 100 für das Ökonomiegebäude Vers.-Nr. 188 zu bestätigen;
2. Die Sache sei zur Beurteilung des Bauherrinnenrekurses betreffend Disp.-Ziff. I.8 lit. b der Baubewilligung vom 14. Dezember 2011 an das Baurekursgericht zurückzuweisen;
3. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung durch das Verwaltungsgericht Zürich im Sinne der bundesgerichtlichen Erwägungen zurückzuweisen;
..."
Zur Begründung wird im Wesentlichen eine Verletzung der Eigentumsgarantie (Art. 26 BV), des Vertrauensschutzes (Art. 5 und 9 BV), des Willkürverbots (Art. 9 BV) und der Gemeindeautonomie (Art. 50 BV sowie Art. 85 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 [KV/ZH; SR 131.211]) geltend gemacht.
E.
A._ und zehn Mitbeteiligte einerseits sowie das Verwaltungsgericht andererseits schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Baubehörde Meilen stellt das Rechtsbegehren, in Gutheissung des Antrags 1 der Beschwerde das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Baubewilligung der Baubehörde Meilen vom 14. Dezember 2010 für den Nachfolgebau Z._weg 100 zu bestätigen; auf eine Rückweisung der Sache zur erneuten bzw. ergänzenden Prüfung von Nebenbestimmungen zur Baubewilligung gemäss Antrag 2 sei hingegen zu verzichten. Die Gebäudeversicherung Kanton Zürich hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
F.
Die X._ AG und die Y._ AG haben sich am 6. Mai 2013, die Beschwerdegegner am 27. Mai 2013, nochmals zur Sache geäussert. Weitere Stellungnahmen gingen beim Bundesgericht nicht ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Gestützt auf Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251). Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen anfechtbaren kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerinnen sind als Bauherrinnen und direkte Adressatinnen des angefochtenen Entscheides zur Beschwerde an das Bundesgericht legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden Möglichkeiten abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht, unter Einschluss des Bundesverfassungsrechts, und von kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (vgl. Art. 95 lit. a und c BGG).
1.2. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann ein zur Beschwerde legitimierter Nachbar die Überprüfung eines Bauvorhabens im Lichte all jener Rechtssätze verlangen, die sich rechtlich oder tatsächlich auf seine Stellung auswirken könnten (<ref-ruling> E. 2.2.3 S. 33). Gleiches muss für die Bauherrschaft gelten, die Beschwerde gegen die Aufhebung einer Baubewilligung führt: Sie kann ihre Beschwerde auf alle Normen stützen, die zur Wiederherstellung der Baubewilligung bzw. zur Neubeurteilung des Baugesuchs führen könnten. Dazu gehört nebst anderen Grundrechten grundsätzlich auch die Verletzung der Gemeindeautonomie.
1.3. Im Unterschied zur Rechtsprechung zur staatsrechtlichen Beschwerde können sich Private somit stets auf die Gemeindeautonomie berufen, soweit diese Garantie eine Auswirkung auf ihre rechtliche oder tatsächliche Stellung haben kann. Voraussetzung hierfür ist lediglich, dass die Gemeinde hoheitlich gehandelt hat bzw. in ihrer Stellung als Hoheitsträgerin berührt ist; ob ihr im fraglichen Bereich Autonomie zusteht und ob diese verletzt worden ist, ist eine Frage der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 f. mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 1C_53/2013 vom 7. Mai 2013 E. 1.1).
2.
2.1. Die Beschwerdeführerinnen machen unter Berufung auf Art. 50 BV sowie Art. 85 Abs. 1 KV/ZH eine Verletzung der Gemeindeautonomie geltend. Sie legen allerdings nicht dar, inwieweit ihnen bzw. der Gemeinde das kantonale Verfassungsrecht einen weitergehenden Schutz verschaffen würde als die Bundesverfassung, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist. Hingegen ist zu prüfen, ob der angefochtene Entscheid gegen Art. 50 BV verstösst.
2.2. Strittig ist vor Bundesgericht nicht, ob das Bauprojekt der Beschwerdeführerinnen das kantonale und kommunale ordentliche Baurecht einhält, sondern einzig, ob es mit dem zwischen der Gemeinde und der Bauherrschaft geschlossenen Schutzvertrag vereinbar ist. Wie das Verwaltungsgericht festgehalten hat, steht nach zürcherischem Recht der Gemeinde bei der Anwendung kommunaler Schutzmassnahmen des Denkmalschutzes sowie bei deren Festlegung ein qualifizierter Beurteilungsspielraum zu. Das Baurekursgericht ist grundsätzlich zur Ermessenskontrolle befugt, darf jedoch seine eigene Ermessensausübung nicht an die Stelle derjenigen der örtlichen Baubehörde setzen, wenn deren Entscheid auf einer vertretbaren Würdigung der massgebenden Sachumstände beruht. Die kommunale Behörde kann sich allerdings nur dann auf ihren geschützten Beurteilungsspielraum berufen, wenn sie spätestens in der Rekursvernehmlassung die geforderte nachvollziehbare Begründung vorbringt. Fehlt eine solche, ist die Rekursinstanz berechtigt und verpflichtet, die Einordnung des Bauvorhabens im Licht der erhobenen Rügen uneingeschränkt zu überprüfen. Diese Rechtslage als solche ist an sich unter den Verfahrensbeteiligten unumstritten und entspricht im Wesentlichen auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Autonomie der Gemeinden nach zürcherischem Baurecht (vgl. insbes. das Urteil des Bundesgerichts 1C_53/2013 vom 7. Mai 2013 E. 5.4).
2.3. Umstritten ist die Tragweite des Schutzvertrags zwischen der Gemeinde und den Beschwerdeführerinnen als Bauherrinnen für das Bauprojekt und damit die Auslegung der fraglichen Vereinbarung. Die Beschwerdeführerinnen und die Gemeinde sind der Ansicht, bei der vertraglichen Festlegung der Schutzgarantien im Autonomiebereich der Gemeinde gehandelt zu haben, weshalb die Gerichtsinstanzen die Auslegung des Vertrags lediglich mit eingeschränkter Kognition hätten überprüfen dürfen. Das Verwaltungsgericht ging demgegenüber davon aus, die kommunale Baubehörde habe in ihrer Vernehmlassung an das Baurekursgericht keine nachvollziehbare Begründung des Bewilligungsentscheides vorgebracht, weshalb dieser frei überprüfbar gewesen sei. In Übereinstimmung mit dem Baurekursgericht gelangte die Vorinstanz zur Einschätzung, das Bauprojekt sei in Anbetracht seiner Ausmasse und Lage mit dem vertraglich geregelten Schutz nicht vereinbar.
2.4. Wie das Verwaltungsgericht in E. 2.6.2 seiner Urteilsbegründung nachzeichnet, enthielt indessen bereits die Baubewilligung eine recht ausführliche Begründung des Entscheides. Namentlich wurden die volumetrische Gestaltung des Baukörpers mit einem Satteldach sowie der murale Charakter und die einfache, ruhige Befensterung der Fassaden gewürdigt. Festgestellten Mängeln begegnete die Bewilligungsbehörde mit der Anordnung von Nebenbestimmungen. In der Stellungnahme an das Baurekursgericht führte die Bewilligungsbehörde weiter aus, die geplante Ersatzbaute erdrücke das Schutzobjekt in keiner Weise, und zwar weder durch ihre Höhe noch durch ihre Gestaltung, was überdies näher dargelegt wurde. Sodann sehe das Projekt entsprechend dem Schutzvertrag zwischen den beiden Gebäuden anstelle des früheren Hofes einen Freiraum vor, wobei auf die Platzierung der Besucherparkplätze an diesem Ort verzichtet worden sei, um die beabsichtigte Wirkung nicht zu beeinträchtigen.
2.5. Weshalb in diesen insgesamt recht ausführlichen Erläuterungen keine nachvollziehbare Begründung liegen sollte, ist nicht ersichtlich. Der Standpunkt der kommunalen Bewilligungsbehörde wie auch insbesondere die Rechtfertigung des Baubewilligungsentscheides gehen daraus mit genügender Deutlichkeit hervor. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz können sich daher die Beschwerdeführerinnen anstelle der Gemeinde, wobei sie insofern immerhin von der Gemeinde in deren Vernehmlassung an das Bundesgericht unterstützt werden, im Zusammenhang mit der Tragweite des Schutzvertrages für die strittige Baubewilligung auf die Gemeindeautonomie berufen.
3.
3.1. Was die Rechtmässigkeit des Bauprojekts betrifft, so wird von keiner Seite bestritten, dass dieses die eigentlichen Bau- und Zonenvorschriften einhält. Strittig ist einzig, ob es auch mit dem zwischen der Gemeinde und den Bauherrinnen geschlossenen Schutzvertrag vereinbar ist. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen schliesst der Grundsatz von Treu und Glauben (nach Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV) nicht aus, dass sich beschwerdeberechtigte Dritte wie insbesondere Nachbarn auf die vertraglich vereinbarten Schutzbestimmungen berufen können, was zumindest soweit gelten muss, als diese im öffentlichen Interesse ergangen sind. Hingegen hat die Auslegung der als öffentlich-rechtlicher Vertrag konstituierten Vereinbarung grundsätzlich dem Vertrauensprinzip zu folgen, d.h. insbesondere dem Verständnis, das ihr bei Vertragsabschluss von den Vertragsparteien beigemessen wurde, wobei immerhin davon auszugehen ist, dass dadurch kein Widerspruch zu den betroffenen öffentlichen Interessen beabsichtigt wurde (vgl. HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., 2010, Rz. 1103 f.).
3.2. Konkret regelt der Vertrag in erster Linie den Schutz des Wohnhauses Vers.-Nr. 189 am Z._weg 110. Für das hier strittige Ökonomiegebäude Vers.-Nr. 188 am Z._weg 100 enthält die Vereinbarung nur folgende Bestimmungen:
"Geschützt ist:
"Geschützt ist:
... Ökonomiegebäude Vers.-Nr. 188
- Die Lage und die Positionierung, mit der hofbildenden Funktion zum Wohnhaus;
- Ein Ersatzbau ist unter Berücksichtigung des Ortsbildes möglich.
Umgebung, Aussenräume
- Der nordwestliche Hofplatz zwischen dem Wohnhaus und dem ehemaligen Ökonomiegebäude;
- ...
- Das Umgebungskonzept gemäss Plan Umgebung vom 23. Oktober 2011 (231011) im Massstab 1:100 ad acta ist mit dem Schutz vereinbar, Detaillierungen im Rahmen eines Baubewilligungsverfahrens bleiben vorbehalten."
3.3. Das Verwaltungsgericht führt im Wesentlichen aus, nach den massgeblichen Bestimmungen des Vertrages seien Lage und Positionierung des Ökonomiegebäudes sowie dessen hofbildende Funktion zum Wohnhaus geschützt. Der Ersatzbau werde praktisch ebenso gross wie das Wohnhaus und verfüge über ein vergleichbares Volumen. Dies werde den im Schutzvertrag umschriebenen Anforderungen nicht gerecht. Die Beschwerdegegner vertreten einen ähnlichen Standpunkt und verweisen zusätzlich darauf, dass ein Ersatzbau schon begrifflich an das Volumen der ursprünglichen Baute gebunden sei. Die Beschwerdeführerinnen und die Gemeinde legen demgegenüber dar, von einem anderen Verständnis ausgegangen zu sein. Lage und Positionierung des Neubaus entsprächen der früheren Situation, und auch die räumlichen Dimensionen des Hofes würden beachtet.
3.4. Nach der als Ausgangspunkt für die Auslegung des Schutzvertrages massgeblichen übereinstimmenden Auffassung der Vertragsparteien war eine genaue Regelung der räumlichen Dimensionen in der Vereinbarung nicht vorgesehen und bildete mithin nicht Gegenstand des Vertrages. Insbesondere sei nie die Meinung gewesen, die Neubaute dürfe nicht grösser ausfallen als das frühere Ökonomiegebäude.
3.4.1. Die Beschwerdegegner berufen sich darauf, dass der Schutzvertrag den Begriff "Ersatzbau" und nicht "Nachfolgebau" verwende. Sie belegen allerdings nicht, dass dem Begriff "Ersatzbau" im zürcherischen Baurecht einzig die Bedeutung eines in der volumetrischen Gestaltung mit der zu ersetzenden Baute vergleichbaren Gebäudes zukommt. Die Beschwerdeführerinnen verweisen dazu darauf, dies treffe nur ausnahmsweise beim so genannten "Brandstattrecht" nach § 207 Abs. 1 (richtig: § 307 Abs. 1) des zürcherischen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) zu, wo es um den Ersatz einer abgebrannten Baute gehe, wohingegen dem Begriff "Ersatzbau" im Übrigen kein eindeutiger Gehalt im engen Sinne der Beschwerdegegner zugemessen werde. Genau genommen kommt dieser Begriff ansonsten im Planungs- und Baugesetz gar nicht mehr vor. Selbst wenn dies so wäre, vermöchte das aber auch nicht auszuschliessen, dass in einem öffentlich-rechtlichen Vertrag, wie er zwischen der Gemeinde und den Beschwerdeführerinnen geschlossen wurde, von einem anderen Verständnis ausgegangen würde. Genau das behaupten die Vertragsparteien übereinstimmend. Diese Auffassung wird weder durch die Argumentation der Beschwerdegegner noch durch die Erwägungen in der Begründung des angefochtenen Entscheides widerlegt.
3.4.2. Das entsprechende Verständnis steht auch nicht im Widerspruch zu öffentlichen Interessen, bildet doch das zu ersetzende Ökonomiegebäude selbst kein Schutzobjekt und hält sich das Bauprojekt, wie bereits erwähnt, offenbar an das öffentliche Baurecht. Öffentliche Interessen stehen demnach der Auslegung der das Ökonomiegebäude betreffenden Bestimmungen der Schutzvereinbarung im Sinne der Beschwerdeführerinnen und der Gemeinde, wonach der Vertrag insbesondere keine volumetrischen Vorgaben mache, nicht entgegen.
3.4.3. Schliesslich beachtet das Bauprojekt die von der Vereinbarung verlangten Anforderungen wie insbesondere eine dem alten Ökonomiegebäude entsprechende Lage und Positionierung der Ersatzbaute sowie die Erhaltung eines dem früheren Hof nachgebildeten Freiraumes zwischen den beiden Bauten. Dabei durfte die Baubewilligungsbehörde die Vereinbarung so verstehen, dass diese nicht zwingend eine mit dem alten Ökonomiegebäude vergleichbare volumetrische Gestaltung der Ersatzbaute verlangt, sondern lediglich, dass die Ersatzbaute das frühere Wohngebäude nicht erdrückt. Die Einschätzung, dies treffe nicht zu, wird von keiner Seite begründet widerlegt. Dasselbe gilt für die im Schutzvertrag geforderte grundsätzliche Vereinbarkeit mit dem Ortsbild.
3.5. Damit verstösst der angefochtene Entscheid, der vor allem für die Grösse der Ersatzbaute des früheren Ökonomiegebäudes zusätzliche Anforderungen stellt als die kommunale Baubewilligungsbehörde, gegen den im zürcherischen Recht anerkannten qualifizierten Beurteilungsspielraum der Gemeinde bei der Festlegung und Umsetzung kommunaler Schutzmassnahmen des Denkmalschutzes. Das Verwaltungsgericht hat mithin die Autonomie der Gemeinde Meilen verletzt, worauf sich die Beschwerdeführerinnen berufen können. Der angefochtene Entscheid ist insoweit aufzuheben.
3.6. Unter diesen Umständen kann offen bleiben, ob der angefochtene Entscheid auch gegen weitere verfassungsmässige Rechte wie die Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) oder das Willkürverbot (Art. 9 BV) verstösst.
4.
Nebst dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben, stellen die Beschwerdeführerinnen das Rechtsbegehren, die Sache zur Beurteilung ihres Rekurses hinsichtlich der Nebenbestimmungen an das Baurekursgericht zurückzuweisen. Zu diesem Punkt fehlt in der Beschwerdebegründung an das Bundesgericht jedoch jegliche Erläuterung, weshalb darauf in Anwendung von Art. 42 Abs. 2 BGG mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht eingetreten werden kann.
5.
5.1. Die Beschwerde erweist sich demnach im Hauptpunkt als begründet und ist gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben, und die Baubewilligung der Baubehörde Meilen vom 14. Dezember 2011 ist insoweit zu bestätigen, als damit der hier einzig noch strittige Ersatzbau des Ökonomiegebäudes Vers.-Nr. 188 am Z._weg 100 erlaubt wird. Im Übrigen ist die Baubewilligung mit den vom Baurekursgericht daran angebrachten Korrekturen bereits rechtskräftig geworden und wird sie vom vorliegenden Urteil nicht berührt. Die Sache ist an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungen im kantonalen Verfahren.
5.2. Bei diesem Verfahrensausgang obsiegen die Beschwerdeführerinnen zu sieben Achteln. Die bundesgerichtlichen Kosten von Fr. 4'000.-- sind damit je unter Solidarhaft den Beschwerdegegnern im Betrag von Fr. 3'500.-- und den Beschwerdeführerinnen im Umfang von Fr. 500.-- aufzuerlegen (vgl. Art. 65 f. BGG). Die Beschwerdegegner haben überdies in solidarischer Haftung den Beschwerdeführerinnen als Solidargläubigerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten (vgl. Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
1.1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, vom 27. November 2012 wird aufgehoben.
1.2. Die Baubewilligung der Baubehörde Meilen vom 14. Dezember 2011 wird insoweit bestätigt, als damit der Ersatzbau des Ökonomiegebäudes Vers.-Nr. 188 am Z._weg 100 bewilligt wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden jeweils unter Solidarhaft zu 7/8, ausmachend Fr. 3'500.--, den Beschwerdegegnern und zu 1/8, ausmachend Fr. 500.--, den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegner haben unter Solidarhaft den Beschwerdeführerinnen als Solidargläubigerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4.
Die Sache geht zurück an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zur Neuverlegung der Kosten und Entschädigungen im kantonalen Verfahren.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Baubehörde Meilen, der Gebäudeversicherung Kanton Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax