Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Zollverwaltung (EZV) führt gegen die X._ AG, P.Y._ und Q.Y._ ein Verwaltungsstrafverfahren. Sie verdächtigt sie, Beihilfe zur illegalen Einfuhr von Uhren und Schmuck ins schweizerische Zollgebiet geleistet und dabei das Zoll- und das Mehrwertsteuergesetz verletzt zu haben. Gestützt auf Durchsuchungsbefehle des Direktors des Zollkreises Schaffhausen vom 29. Juni 2009 nahm die EZV am 7. Juli 2009 Hausdurchsuchungen in verschiedenen Geschäfts- und Privaträumen der Beschuldigten in Samnaun vor. Dabei wurden diverse Unterlagen als Beweismittel sichergestellt und, als sich die Betroffenen ihrer Durchsuchung widersetzten, versiegelt.
A.a Die X._ AG, P.Y._ und Q.Y._ erhoben am 10. Juli 2009 beim Oberzolldirektor Beschwerde und beantragten unter anderem, die Durchsuchungsverfügungen aufzuheben oder eventuell festzustellen, die Durchsuchungen seien widerrechtlich erfolgt, die Beschlagnahmeverfügungen der EZV vom 7. Juli 2009 seien aufzuheben und die mit Beschlag belegten Gegenstände herauszugeben.
Der Oberzolldirektor leitete die Beschwerde am 16. Juli 2009 ans Bundesstrafgericht weiter mit den Anträgen, sie abzuweisen und der X._ AG, P.Y._ und Q.Y._ im Rahmen des Beschwerdeverfahrens keine Akteneinsicht zu gewähren.
Am 15. Dezember 2009 hiess die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts (BK) den Antrag des Oberzolldirektors auf Einschränkung des Akteneinsichtsrechts teilweise gut und forderte ihn auf, bis zum 8. Januar 2010 hinsichtlich der bisher lediglich versiegelten und verwahrten Unterlagen ein Gesuch um Entsiegelung einzureichen.
A.b Am 8. Januar 2010 reichte die EZV der BK ein Entsiegelungsgesuch ein mit den Anträgen, die bei der X._ AG, P.Y._ und Q.Y._ sichergestellten und versiegelten Papiere und anderen Informationsträger zu entsiegeln und für die Auswertung im Rahmen der vorliegenden Untersuchung freizugeben und der X._ AG, P.Y._ und Q.Y._ auch im Entsiegelungsverfahren Akteneinsicht zu verweigern.
Die X._ AG, P.Y._ und Q.Y._ widersetzten sich dem Entsiegelungsgesuch und beantragten insbesondere, im Rahmen einer Triage alle den Geschäftsbereich Hotel S._ betreffenden Papiere auszusondern und ihnen zu retournieren und der EZV zu untersagen, sie zu durchsuchen und beweismässig zu verwerten.
A.c Am 10. März 2010 trat die BK auf die Beschwerde nicht ein und wies die prozessualen Anträge der X._ AG sowie von P.Y._ und Q.Y._ ab. Sie hiess das Entsiegelungsgesuch gut und ermächtigte die EZV, die sichergestellten und versiegelten Unterlagen und elektronischen Datenträger zu entsiegeln und zu durchsuchen.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragen die X._ AG, P.Y._ und Q.Y._, beide Entscheide der BK aufzuheben, das Entsiegelungsgesuch abzuweisen und die EZV anzuweisen, innert 5 Tagen die Siegel zu entfernen und ihnen sämtliche sichergestellten Beweismittel auszuhändigen. Eventualiter seien die beiden Entscheide aufzuheben und die Sache an die BK zurückzuweisen. Subeventualiter seien die am 7. und am 15. Juli 2009 sichergestellten Beweismittel zu entsiegeln, doch sei die EZV anzuweisen, die Durchsuchung unter Mitwirkung der X._ AG sowie von P.Y._ und Q.Y._ vorzunehmen und diesen sämtliche Beweismittel, die nicht den Uhren- und Schmuckhandel beträfen, zurückzugeben. Ausserdem ersuchen sie, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C. Am 17. Mai 2010 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
D. Die BK verzichtet auf Vernehmlassung. Die Oberzolldirektion beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
In ihrer Replik halten die X._ AG, P.Y._ und Q.Y._ an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem angefochtenen Entscheid vom 10. März 2010 tritt die BK auf die Einwände der Beschwerdeführer gegen das Vorgehen der EZV nicht ein und ermächtigt diese, die versiegelten Unterlagen zu entsiegeln, zu durchsuchen und, soweit sie tauglich sind, als Beweismittel zuhanden des Strafverfahrens gegen die Beschwerdeführer zu beschlagnahmen. Er schliesst das Strafverfahren gegen die Beschwerdeführer nicht ab, sondern ermöglicht vielmehr dessen Weiterführung. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid über eine strafprozessuale Zwangsmassnahme, gegen den die Beschwerde in Strafsachen an die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts offen steht (Art. 78 i.V.m. <ref-law>; Art. 29 Abs. 3 des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [SR 173.110.131]; <ref-ruling> E. 1.1). Mit der Entsiegelung der anlässlich der Hausdurchsuchungen sichergestellten Unterlagen erhält die EZV die Möglichkeit, sie zu durchsuchen, als Beweismittel zu beschlagnahmen und im Strafverfahren gegen die Beschwerdeführer zu verwenden; das kann einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinn von <ref-law> bewirken. Die Beschwerdeführer hatten im Verfahren vor der BK Parteistellung und sind als Beschuldigte und Inhaber der Unterlagen befugt, sich gegen deren Entsiegelung zur Wehr zu setzen (<ref-law>). Die von ihnen erhobenen Rügen, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht, sind zulässig (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist, soweit sie sich gegen den Entscheid vom 10. März 2010 richtet.
1.2 Den Entscheid der BK vom 15. Dezember 2009 haben die Beschwerdeführer nicht selbständig angefochten. Sie können ihn daher nach dem klaren Wortlaut von <ref-law> erst mit Beschwerde gegen den (noch ausstehenden) Endentscheid mitanfechten. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten, soweit sie sich gegen den Entscheid vom 15. Dezember 2009 richtet.
1.3 Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sind somit die Einwände der Beschwerdeführer gegen die Hausdurchsuchungen und die dabei erfolgten Sicherstellungen bzw. das Nichteintreten der BK auf diese Rügen einerseits sowie das von dieser gutgeheissene Entsiegelungsgesuch der EZV. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit die Beschwerdeführer weitere Vorwürfe gegen die Verfahrensführung der EZV erheben - etwa, sie setze unzulässigerweise verdeckte Ermittler ein -, die nicht zum Streitgegenstand gehören. Soweit im Folgenden auf Ausführungen in der Beschwerde nicht eingegangen wird, gehören sie nicht zum Prozessthema.
2. Auf den Antrag, die Hausdurchsuchungsverfügungen aufzuheben, trat die BK nicht ein mit der Begründung, diese seien längst durchgeführt und abgeschlossen, weshalb die Beschwerdeführer an diesem Antrag kein aktuelles Rechtsschutzinteresse hätten und die Voraussetzungen nicht erfüllt seien, um von dieser Sachurteilsvoraussetzung ausnahmsweise abzusehen (angefochtener Entscheid E 2.3 S. 5).
2.1 Die Beschwerdeführer halten dem entgegen (Beschwerde Ziff. 8 S. 8 ff.), nach der bundesgerichtlichen Praxis seien die Voraussetzungen erfüllt gewesen, um die Rüge auch ohne aktuelles Rechtsschutzinteresse zu behandeln und werfen der BK damit Rechtsverweigerung vor. Es habe kein ausreichender Tatverdacht für die Anordnung einer Hausdurchsuchung bestanden. Die EZV sei zudem unverhältnismässig vorgegangen und habe die Rechtsgleichheit in krasser und nicht zu verantwortender Weise verletzt. Gegen andere Uhren- und Schmuckgeschäfte in Samnaun hätten die gleichen Verdachtsgründe vorgelegen wie gegen die Beschwerdeführer, ohne dass die EZV Verfahren gegen sie eröffnet hätte. Es sei völlig unzulässig in einem Fall gegen einen Bürger schwere Eingriffe in Privat- und Geschäftssphäre anzuordnen und im anderen Fall nichts zu unternehmen. Es bestehe die Gefahr, dass die EZV im vorliegenden oder anderen Verfahren weitere rechtswidrige Hausdurchsuchungen anordne. Dem müsse Einhalt geboten werden.
2.2 Das Bundesgericht sah und sieht in Anwendung des für ihn geltenden Verfahrensrechts (<ref-law>, Art. 88 und Art. 103 lit. a OG) vom Erfordernis des aktuellen Rechtsschutzinteresses ab, wenn sich die mit der Beschwerde aufgeworfene Frage jederzeit und unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnte, an ihrer Beantwortung wegen ihrer grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und eine rechtzeitige verfassungsgerichtliche Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1a; 1B_156/2007 vom 23. August 2007 E. 2.1). Die BK scheint diese Praxis für sich übernommen zu haben, verneint aber ein öffentliches Interesse an einer ausnahmsweisen Überprüfung der in Frage stehenden Hausdurchsuchungen.
2.3 Es liegt in der Natur der Sache, dass die Anordnung einer Zwangsmassnahme, hier ein Hausdurchsuchungsbefehl, stets nur im Nachhinein gerichtlich überprüft werden kann, weil der Betroffene erst mit dem Vollzug von ihrer Existenz Kenntnis erlangt und den Eingriff zunächst zu erdulden hat. Demgegenüber steht dem Betroffenen im weiteren Verfahren voller gerichtlicher Rechtsschutz zu, er kann sich bis vor Bundesgericht dagegen zur Wehr setzen, dass die dabei im Sinne einer provisorischen Zwangsmassnahme zur Beweissicherung mit Beschlag belegten Gegenstände und Unterlagen entsiegelt, durchsucht und als Beweismittel zuhanden des Strafverfahrens (definitiv) beschlagnahmt werden. Dabei kann er auch die Rechtmässigkeit des Hausdurchsuchungsbefehls bestreiten, da es jedenfalls in der Regel unzulässig wäre, für ein Verwaltungsstrafverfahren rechtswidrig erlangte Unterlagen zu durchsuchen und zu beschlagnahmen. Die BK hat im Ergebnis kein Bundesrecht verletzt, indem sie auf den Antrag, die Hausdurchsuchungsverfügungen aufzuheben, nicht eintrat.
3. Auf die Rechtsbegehren, die Beschlagnahmeverfügungen der EZV aufzuheben und die beschlagnahmten Gegenstände herauszugeben, trat die BK nicht ein mit der Begründung, es habe noch gar keine Beschlagnahme stattgefunden (angefochtener Entscheid E 2.4 S. 5 f.).
3.1 Die Beschwerdeführer halten dem entgegen (Beschwerde Ziff. 9 S. 10 ff.), die BK stütze sich ausschliesslich auf die unzutreffende Bezeichnung "Beschlagnahmeverfügung". Die EZV sei nach wie vor der Überzeugung, Beschlagnahmeverfügungen erlassen und nicht bloss Sicherstellungsverzeichnisse erstellt zu haben; diese würden, wie auch die BK festgestellt habe, an einem Mangel leiden, und dieser sei derart schwer, dass von einer Nichtigkeit der Verfügungen auszugehen sei. Die BK wäre daher verpflichtet gewesen, die Beschlagnahmeverfügungen zu überprüfen.
3.2 Die Rüge ist nur vor dem Hintergrund des abweichenden Sprachgebrauchs von EZV und BK verständlich.
Die EZV führte im Rahmen eines Strafverfahrens gegen die Beschwerdeführer Hausdurchsuchungen durch und stellte dabei, im Sinne einer provisorischen prozessualen Zwangsmassnahme Unterlagen sicher, die anschliessend nach Art. 50 Abs. 3 VStrR in geschlossenen Räumen versiegelt wurden, nachdem sich die Beschwerdeführer einer Durchsuchung widersetzt hatten. Die EZV bezeichnet diese Sicherstellung als "Beschlagnahme", währenddem die BK diesen Begriff ausschliesslich für die (definitive) Beschlagnahme von Beweismitteln zuhanden des Verwaltungsstrafverfahrens verwenden will, welche erst nach der Entsiegelung erfolgen kann. Wichtiger als die Terminologie ist in diesem Zusammenhang, dass es sich bei dieser Beschlagnahme bzw. Sicherstellung unabhängig von der Bezeichnung um eine vorläufige prozessuale Zwangsmassnahme handelt, über deren Fortführung im Entsiegelungsverfahren entschieden wird.
3.3 Die BK hatte im Entsiegelungsverfahren über das weitere Schicksal (Herausgabe an die Beschwerdeführer oder Ermächtigung der EVZ, die sich darunter befindlichen Beweismittel für die Zwecke des Strafverfahrens zu beschlagnahmen) der von der EZV anlässlich der Hausdurchsuchungen sichergestellten bzw. provisorisch beschlagnahmten und versiegelten Gegenstände und Unterlagen zu befinden. Die Beschwerdeführer haben damit kein schützenswertes Interesse daran, dass unabhängig davon zusätzlich die Rechtmässigkeit der obenerwähnten "Beschlagnahmeverfügungen" oder "Sicherstellungsverzeichnisse" beurteilt wird. Es kann auf das unter E. 2.3 Gesagte verwiesen werden.
4. Schadenersatzbegehren waren im vorliegenden Verfahren von der BK nicht zu beurteilen, weshalb diese auf den Antrag der Beschwerdeführer, es sei davon Vormerk zu nehmen, dass sie sich Schadenersatzansprüche vorbehalten würden, zu Recht nicht eintrat. Es ist ohnehin nicht ersichtlich, inwiefern ein derartiger Vormerk die Rechtsstellung der Beschwerdeführer bei der Verfolgung allfälliger "Schadenersatzansprüche" - in Betracht fielen wohl ausschliesslich Staatshaftungsansprüche gegen den Bund - in irgendeiner Weise verbessern würde.
5. 5.1 In Bezug auf die Beschränkung des Akteneinsichtsrechts hat die BK im angefochtenen Entscheid ausgeführt (E. 3 S. 7), sämtliche im Entsiegelungsverfahren von der EZV neu oder erneut eingereichten Akten hätten den Beschwerdeführern zur Einsicht offen gestanden. Hinsichtlich der im Rahmen des Beschwerdeverfahrens eingereichten Akten bestehe kein Anlass, auf ihren Entscheid vom 15. Dezember 2009 zurückzukommen, auch wenn einige der entsprechenden Unterlagen zum Entscheid über das Entsiegelungsverfahren herangezogen worden seien; Art. 25 Abs. 3 VStR über die Beschränkung des Akteneinsichtsrechts gelte nach Art. 50 Abs. 3 VStR auch für das Entsiegelungsverfahren. Die der EZV ohne inhaltliche Kenntnisnahme durch die BK zurückgeschickten Akten seien im entsprechenden Beilagenverzeichnis aufgeführt, jedoch seien diese Beilagen in den Eingaben der EZV nicht erwähnt. Die übrigen, nach wie vor bei den Akten liegenden Gesuchsbeilagen seien den Beschwerdeführern teilweise zur Einsicht zur Verfügung gestellt worden, teilweise wegen Kollusionsgefahr nicht. Nachfolgend würden sämtliche Aktenstellen, welche die EZV für die Begründung verwende, und auf welche sich die BK bei ihrem Entscheid stütze, im Einzelnen wiedergegeben.
5.2 Die Beschwerdeführer bestreiten nicht (Ziff. 10 ff. S. 12 ff.), dass es nach den einschlägigen Verfahrensvorschriften des Verwaltungsstrafrechts grundsätzlich zulässig ist, sowohl im Beschwerde- als auch im Entsiegelungsverfahren die Akteneinsicht zu beschränken, sofern dies zur Wahrung wesentlicher öffentlicher Interessen geboten ist. Sie werfen der BK indessen vor, sich bei der Beschränkung des Akteneinsichtsrechts nicht an ihre eigene, für das Verfahren nach den Art. 214 ff. BStP geltende und hier analog anwendbare Weisung 08/2007 vom 19. November 2007 gehalten zu haben und unterstellen ihr zudem, von Akten, die sie an die EZV zurückschickte, entgegen ihrer anderslautenden Versicherung Kenntnis genommen zu haben.
Derartige Ausführungen sind nicht geeignet, eine Bundesrechtsverletzung nachzuweisen. Die Weisungen 08/2007 der BK sind dem Bundesgericht weder bekannt, noch vermögen sie es zu binden. Zu prüfen ist im Rahmen der erhobenen Rügen einzig, ob die Beschränkung der Akteneinsicht unter dem Gesichtspunkt des anwendbaren Verfahrensrechts und der verfassungsmässigen Verfahrensgarantien zulässig ist. Das ist der Fall. Die Beschwerdeführer behaupten nicht einmal, dass die vorgenommene Beschränkung der Akteneinsicht für die ordnungsgemässe Durchführung des Strafverfahrens entbehrlich war und damit nicht im überwiegenden öffentlichen Interesse lag. Und sie legen auch nicht dar, welche prozessualen Nachteile sie dadurch erlitten haben könnten; dazu hätten sie umsomehr Anlass gehabt, als die BK im angefochtenen Entscheid sämtliche Aktenstellen, auf die sich die EZV berief und auf die sie abstellte, im angefochtenen Entscheid anführte, und es bestehen keinerlei Anhaltspunkte dafür, dass ihre Ausführungen, wonach sie von gewissen Akten keine Kenntnis genommen habe, nicht den Tatsachen entspricht. Die Rüge ist unbegründet.
6. Die Entsiegelung und Durchsuchung der versiegelten Unterlagen ist nach Art. 50 Abs. 1 VStR zulässig, wenn ein hinreichender Tatverdacht sowie Grund zur Annahme besteht, dass sich darunter einschlägiges Beweismaterial befindet.
6.1 Der Tatverdacht gegen die Beschwerdeführer begründet sich einerseits im von der EZV festgestellten Umstand, dass in den Jahren 2007 und 2008 der Wert der von ihnen ins Zollfreigebiet Samnaun exportierten Uhren den Wert der ordnungsgemäss in die Schweiz und nach Österreich eingeführten Uhren um 11,7 bzw. 12,4 Mio. Franken überstieg. Anderseits hat T._ ausgesagt, dass er in den Geschäften der Beschwerdeführer beim Schmuggeln von Uhren unterstützt worden sei. Diese Indizien begründen offensichtlich einen ausreichenden Tatverdacht dafür, dass sich die Beschwerdeführer Zoll- und Mehrwertsteuervergehen schuldig gemacht haben. Ob sich dieser Verdacht zur Gewissheit verdichten oder ob er dahinfallen wird, wie die Beschwerdeführer geltend machen, indem sie darlegen, dass die Aussage von T._ völlig unglaubhaft sei und ihre Geschäfte entgegen dem Anschein legal waren, ist im Strafverfahren zu klären.
Die Beschwerdeführer werfen der EZV zwar einen Verstoss gegen das Rechtsgleichheitsgebot vor, indem sie behaupten, sie sei bei gleicher Verdachtslage nur gegen sie, nicht aber gegen ihre Konkurrenten vorgegangen. Es steht indessen keineswegs fest, dass der EZV gegen weitere Uhren- und Schmuckgeschäfte in Samnaun gleiche Verdachtsmomente vorlagen wie gegen die Beschwerdeführer. Vor allem aber bestehen keine Hinweise dafür, dass die EZV nicht gewillt wäre, im Rahmen ihrer personellen Möglichkeiten in anderen gleichartigen Verdachtsfällen ebenfalls Strafverfahren zu eröffnen. Die EZV war unter diesen Umständen keineswegs verpflichtet, aus Gründen der Rechtsgleichheit von der Einleitung eines Strafverfahrens gegen die Beschwerdeführer ausnahmsweise abzusehen (zu den hier offensichtlich nicht erfüllten Voraussetzungen der sogenannten Gleichbehandlung im Unrecht: <ref-ruling> E. 5.6; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 3f: 116 Ia 345 E. 6a/aa; <ref-ruling> E. 4c).
6.2 Zutreffend und nicht ernsthaft bestritten ist, dass sich unter den sichergestellten Geschäftsunterlagen mit einer gewissen Wahrscheinlichkeit Beweismittel befinden, die für das Strafverfahren gegen die Beschwerdeführer relevant sind. Zu Recht vertritt die BK die Auffassung, allfällige Zeugnisverweigerungsrechte zwischen Vater und Sohn Y._ stünden einer Durchsuchung nicht entgegen.
6.3 Damit steht einer Entsiegelung und Durchsuchung der sichergestellten Papiere, Datenträger und weiteren Gegenständen nichts im Weg. Dabei wird die EZV diejenigen Beweismittel, die sie für das Strafverfahren verwenden will, mittels beschwerdefähiger Verfügung zu beschlagnahmen und die anderen den Berechtigten zurückzugeben haben.
7. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. September 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi