Sachverhalt:
A. Im Zusammenhang mit einem Verkehrsunfall vom 28. November 2007 kontrollierte die Stadtpolizei Zürich um ca. 02.45 Uhr X._ an seinem Wohnort in Zürich. Da sie ihn verdächtigte, den Unfall mit seinem Personenwagen in angetrunkenem Zustand verursacht zu haben, wurde ihm auf der Polizeiwache zwangsweise eine Blutprobe entnommen. Anschliessend verbrachte man ihn in die Ausnüchterungszelle. Die spätere Blutanalyse ergab einen Blutalkoholgehalt zum Zeitpunkt der Blutentnahme von 2.44 - 2.70 Gewichtspromille.
B. Am 6. Dezember 2007 erstattete X._ bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich Strafanzeige gegen die beteiligten Funktionäre der Stadtpolizei Zürich. Er warf ihnen vor, sich des Hausfriedensbruchs, der Freiheitsberaubung, der Körperverletzung, der Amtsanmassung, der Nötigung, der "unterlassenen Hilfestellung" sowie weiterer Tatbestände schuldig gemacht zu haben.
C. Am 27. August 2008 trat die Anklagekammer des Obergerichtes des Kantons Zürich auf die Strafanzeige nicht ein, weshalb gegen die Angezeigten keine Strafuntersuchung eröffnet wurde. Ein von X._ dagegen erhobener Rekurs wies die II. Zivilkammer des Obergerichtes des Kantons Zürich mit Beschluss vom 30. September 2008 ab.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ sinngemäss, der Beschluss der II. Zivilkammer sei aufzuheben, und es sei die Untersuchung entsprechend seiner Strafanzeige durchzuführen. Er stellt zudem das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b; <ref-ruling> E. 1.1 S. 123). Zu den grundsätzlich beschwerdelegitimierten Personen gehört auch das Opfer, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Nach ständiger Rechtsprechung gilt nicht als in seinen Zivilansprüchen tangiertes Opfer, wer durch Amtshandlungen von Beamten geschädigt wird, die öffentlich-rechtlichen Haftungsvorschriften unterstehen (<ref-ruling> S. 191 E. 2.2 mit Hinweisen). Gemäss § 6 des kantonalen Haftungsgesetzes vom 14. September 1969 (Haftungsgesetz; LS ZH 170.1) haftet der Staat für den Schaden, den ein Beamter in Ausübung amtlicher Verrichtungen einem Dritten widerrechtlich zufügt (Abs. 1). Dem Geschädigten steht kein Anspruch gegen den Beamten zu (Abs. 4). Mangels Zivilansprüchen gegen die seiner Ansicht fehlbaren Polizeibeamten ist der Beschwerdeführer vorliegend nicht gestützt auf Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG zur Beschwerde befugt (vgl. Entscheid 6B_654/ 2007 vom 1. Juli 2008 E. 1.1 und 1.2 mit Hinweis).
Der blosse Geschädigte ist grundsätzlich nicht legitimiert, Beschwerde in Strafsachen zu erheben (<ref-ruling>). Soweit sich der Beschwerdeführer auf Straftatbestände beruft, bei denen ihm keine Opfer-, sondern lediglich Geschädigtenstellung zukommt, ist auf seine Beschwerde deshalb an sich nicht einzutreten.
Unbekümmert um die fehlende Legitimation kann der Geschädigte beim Bundesgericht diejenigen Parteirechte geltend machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 253 mit Hinweis). Das nach Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Ist der Beschwerdeführer in diesem Sinne nach kantonalem Recht Partei, kann er die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihm nach dem kantonalen Verfahrensrecht, der Bundesverfassung oder der EMRK zustehen und deren Missachtung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft ("Star-Praxis"; <ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 253 mit Hinweis; Entscheid 6B_380/2007 vom 13. November 2007 E. 2.1).
2. Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, indem er wie schon bei der Vorinstanz vorbringt, er habe keine Gelegenheit gehabt, seine Sicht der Ereignisse zu schildern. Dem hält die Vorinstanz zu Recht entgegen, dass der Beschwerdeführer bei der Strafanzeige Gelegenheit hatte, seine Darstellung zu präsentieren. Sein Einwand, es habe keine formelle Einvernahme stattgefunden, ist unbehelflich. Aus dem Polizeirapport vom 9. Mai 2008 geht hervor, dass der Beschwerdeführer Vorladungen zur Einvernahme zweimal keine Folge leistete, was den rapportierenden Polizeibeamten zur Bemerkung veranlasste, es sei davon auszugehen, "dass X._ nicht willens ist, bei der Stadtpolizei Zürich auszusagen" (Polizeirapport S. 11). Jedenfalls kann keine Rede davon sein, der Beschwerdeführer habe seine Sicht der Dinge nicht darlegen können. Der Anspruch auf rechtliches Gehör wurde ihm deshalb nicht verweigert.
Im Übrigen beschränkt sich die Beschwerdeschrift auf eine Kritik an der vorinstanzlichen Feststellung, es bestehe kein genügender Anfangsverdacht, um eine Strafuntersuchung gegen die am Vorfall beteiligten Polizeibeamten einzuleiten. Auf diese Vorbringen ist nicht einzutreten, da der Beschwerdeführer dafür - wie dargelegt - nicht beschwerdelegitimiert ist.
3. Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da sein Rechtsbegehren von vornherein als aussichtslos erschien, ist sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Seinen eingeschränkten finanziellen Verhältnissen kann bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung getragen werden (Art. 65 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz