Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) und der inzwischen verstorbene C._, Vater des Rechtsnachfolgers B._ (Beschwerdegegner), kauften am 26. Mai 1983 als "Gesamteigentümer infolge einfacher Gesellschaft" ca. 4'880 m2 Bauland mit drei "darauf noch stehenden Gebäuden" zum Preis von Fr. 1'854'400.-- bzw. Fr. 380.-- pro m2. Im Kaufvertrag wurde u.a. festgehalten, dass die beiden Käufer untereinander eine einfache Gesellschaft gemäss <ref-law> bilden, das Kaufobjekt zu Gesamteigentum erwerben, für alle Vertragsverbindlichkeiten solidarisch haften und intern an der Gesellschaft je zur Hälfte beteiligt sind. Als Zweck der einfachen Gesellschaft wurde der Erwerb, die Überbauung sowie die Verwaltung des Kaufobjekts angegeben. Im Rahmen der Erstellung der geplanten Neubauten (Überbauung D._) oblag dem Beschwerdeführer im Wesentlichen die Planung, die Auftragsvergabe und der Zahlungsverkehr. Zudem übernahm er die Aufgabe, die neu erstellten Liegenschaften zu vermieten und die Mietzinse einzuziehen.
Der Beschwerdegegner wirft dem Beschwerdeführer vor, seine Position dazu missbraucht zu haben, "ihm Nahestehenden, insbesondere seinen Söhnen und seiner Architekturfirma, zulasten des Beschwerdegegners Vorteile jeglicher Art zuzuschanzen". Ferner wirft er ihm vor, nie über das Ergebnis der Liegenschaftsverwaltung abgerechnet zu haben.
Mit Schreiben seines Anwalts vom 15. August 1996 an den Beschwerdeführer monierte der Beschwerdegegner, dass der Beschwerdeführer seit Jahren mit der ihm obliegenden Erstellung der Bauabrechnung, der Liegenschaftsabrechnungen und der Abrechnungen unter den beiden Gesellschaftern im Verzug sei. Gleichzeitig kündigte der Beschwerdegegner den Gesellschaftsvertrag unter Hinweis auf <ref-law> per Ende Januar 1997. Er setze dem Beschwerdeführer Frist, um die Bauabrechnung der Überbauung D._, die Liegenschaftsabrechnungen der Jahre 1993 bis 1995 sowie die Abrechnungen unter den beiden Gesellschaftern vorzulegen. In der Folge einigten sich die beiden Gesellschafter darauf, die Liegenschaft zu veräussern und die Gesellschaft zu liquidieren.
Mit Vertrag vom 17. Dezember 1998 verkauften die beiden Gesellschafter gemeinsam als Verkäufer und "Gesamteigentümer infolge einfacher Gesellschaft" die Überbauung D._ der X._ zum Preis von Fr. 15'850'000.--. Der Beschwerdeführer leistete dem Beschwerdegegner aus dem Verkauf mit Valuta 31. Dezember 1998 Fr. 700'000.--; weitere Zahlungen erfolgten nicht. Die Festsetzung der aufgrund des getätigten Liegenschaftsverkaufs geschuldeten Grundstückgewinnsteuer war im Zeitpunkt der obergerichtlichen Entscheidfällung (nach Durchlaufens des kantonalen Rechtsmittelzuges) bei der Gemeinde E._ pendent.
B. Am 4. Oktober 2002 machte der Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Horgen eine "Rechnungslegungs- und Forderungsklage" gegen den Beschwerdeführer anhängig, wobei er mit seiner Replik die Klagbegehren änderte. Mit Urteil vom 6. Dezember 2006 wies das Bezirksgericht die Klage ab und verwies den Beschwerdegegner ins Liquidationsverfahren. Es hielt dafür, die äussere Liquidation der Gesellschaft sei nicht abgeschlossen und die Leistungsklage deshalb vorzeitig erfolgt. Auch sei unter den Gesellschaftern nicht geklärt, wer gegenüber dem Gesellschaftsvermögen welche Ansprüche stelle, weshalb die Klage auch unter diesem Gesichtspunkt verfrüht sei.
Gegen dieses Urteil erhob der Beschwerdegegner Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich. Dieses stellte mit "Vor-Urteil" vom 13. November 2007 fest, dass die äussere Liquidation der von den Parteien gebildeten einfachen Gesellschaft abgeschlossen ist und dass der Beschwerdegegner unter diesem Gesichtspunkt bezüglich der vom Beschwerdegegner erhobenen Leistungsklage passivlegitimiert ist. Weiter beschloss das Obergericht, dass das Urteil des Bezirksgerichts Horgen vom 6. Dezember 2006 aufgehoben und die Sache zur Ergänzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen und zu neuem Entscheid an dieses zurückgewiesen werde.
Gegen dieses "Vor-Urteil" und den "weiteren Beschluss" des Obergerichts gelangte der Beschwerdeführer mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. Januar 2008 an das Bundesgericht. Ferner erhob er kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Das bundesgerichtliche Verfahren wurde bis zum Entscheid des Kassationsgerichts sistiert.
Mit Sitzungsbeschluss vom 11. Mai 2009 wies das Kassationsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Am 2. Juli 2009 reichte der Beschwerdeführer erneut Beschwerde in Zivilsachen gegen das "Vor-Urteil" und den "weiteren Beschluss" des Obergerichts vom 13. November 2007 ein. Er ersuchte darum, die Beschwerdeschrift vom 4. Januar 2008 nicht zu beachten und es sei an ihrer Stelle die Beschwerdeschrift vom 2. Juli 2009 als einzig massgebende Beschwerde entgegen zu nehmen. Er beantragt, die Klage sei abzuweisen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz, eventualiter an das Bezirksgericht Horgen, zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Subeventualiter sei Ziffer 1 des weiteren Beschlusses (Rückweisung im Sinne der Erwägungen) insoweit aufzuheben, als damit das Bezirksgericht Horgen gemäss den Erwägungen in Ziffer 7.5 des angefochtenen Entscheids angewiesen wird, bei der Beurteilung der inneren Liquidation keine Belastung durch die Mäklergebühr der Y._ zuzulassen.
Der Beschwerdegegner beantragt, es sei die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Er reicht als echtes Novum den rechtskräftigen Veranlagungsentscheid des Gemeindesteueramtes E._ betreffend Grundstückgewinnsteuer vom 24. Oktober 2008 über Fr. 0.-- ein.
Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Am 28. September 2009 reichte der Beschwerdeführer eine Replik ein. Darin hält er dafür, die rechtskräftige Grundstückgewinnsteuerveranlagung dürfe im Verfahren vor Bundesgericht nicht berücksichtigt werden.
Mit Präsidialverfügung vom 1. September 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Wenn der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts mit einem Rechtsmittel, das nicht alle Rügen nach Art. 95-98 zulässt, bei einer zusätzlichen kantonalen Gerichtsinstanz angefochten worden ist, so beginnt die Beschwerdefrist erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz (<ref-law>). Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann unter dieser Voraussetzung auch das Urteil der oberen kantonalen Instanz angefochten werden, soweit im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen zulässige Rügen dem höchsten kantonalen Gericht nicht unterbreitet werden konnten (<ref-ruling> E. 1.1). Die gegen den Entscheid des Obergerichts vom 13. November 2007 erhobene Beschwerde in Zivilsachen vom 2. Juli 2009, welche diejenige vom 4. Januar 2008 ersetzt, wurde innert 30 Tagen seit Eröffnung des Sitzungsbeschlusses des Kassationsgerichts und somit rechtzeitig eingereicht.
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1); immerhin muss die Eingabe auch bezüglich der Eintretensvoraussetzungen hinreichend begründet werden (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 121).
2.1 Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen Endentscheide, mithin solche, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>). Das vorliegend angefochtene Vor-Urteil des Obergerichts vom 13. November 2007 trifft eine Feststellung zu einer Vorfrage, nämlich zur Frage, ob die äussere Liquidation der einfachen Gesellschaft trotz hängigem Verfahren betreffend Grundstückgewinnsteuer abgeschlossen ist oder nicht. Entscheide, die Vorfragen zum Gegenstand haben, sind Zwischenentscheide (<ref-ruling> E. 2 S. 789). Auch der im Weiteren angefochtene Beschluss des Obergerichts, womit es das Urteil des Bezirksgerichts Horgen aufhob und die Sache zur Ergänzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen und zu neuem Entscheid an dieses zurückwies, stellt einen Zwischenentscheid dar, gelten doch Rückweisungsentscheide als Zwischenentscheide (<ref-ruling> E. 1.2, 212 E. 1.2 S. 216).
Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn eine der folgenden alternativen Voraussetzungen erfüllt ist: Wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben. Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 in fine; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2).
2.2 Einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
2.3 Hingegen beruft sich der Beschwerdeführer auf <ref-law>.
Die erste Voraussetzung von <ref-law>, dass das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung des Beschwerdeführers teilen, einen verfahrensabschliessenden Endentscheid fällen könnte, ist insoweit formell erfüllt, als der Beschwerdeführer im Hauptantrag die Abweisung der Klage des Beschwerdegegners verlangt hat. Es mag sodann auch zutreffen, dass bei einer Qualifikation der (damals noch nicht rechtskräftig veranlagten) Grundstückgewinnsteuerschuld als gemeinschaftliche Schuld im Sinn von <ref-law>, die eine äussere Liquidationshandlung erforderlich machen sollte, die Leistungsklage des Beschwerdegegners als verfrüht (zur Zeit) abzuweisen wäre (vgl. Urteil 4C.416/2005 vom 24. Februar 2006 E. 3.3 und 3.4), so dass ein Endentscheid herbeigeführt werden könnte. Immerhin wäre zu prüfen, ob in einer Konstellation wie der vorliegenden aus prozessökonomischen Gründen ausnahmsweise das echte Novum des zwischenzeitlich ergangenen Veranlagungsentscheids, wonach keine Grundstückgewinnsteuer geschuldet ist, zu berücksichtigen wäre. Denn der Beschwerdeführer legt in seiner Replik selbst dar, dass das Bezirksgericht ohnehin, sowohl bei Abweisung der Beschwerde durch das Bundesgericht als auch bei deren Gutheissung mit Klagabweisung, den Prozess unter den Parteien nochmals von vorne aufrollen müsste.
Die Frage kann offen bleiben, denn es ist nicht dargetan, dass das vom Bezirksgericht durchzuführende Beweisverfahren weitläufig und der Aufwand an Zeit oder Kosten hierfür bedeutend sei. Der Beschwerdeführer verweist in diesem Zusammenhang lediglich auf S. 29 ff. des angefochtenen Entscheids, wo das Obergericht ausführt, dass zu mehreren Punkten ein Beweisverfahren durchzuführen ist. Der Beschwerdeführer begründet aber nicht, dass die anstehenden Beweiserhebungen weitläufig und der dafür anfallende Aufwand an Zeit oder Kosten bedeutend wären. Weder das eine noch das andere ist ohne weiteres ersichtlich. Zudem könnte bei Klagabweisung (zur Zeit) die Durchführung des Beweisverfahrens ohnehin bloss vorläufig erspart werden. Das Beweisverfahren müsste im Rahmen der erneuten Klage des Beschwerdegegners nach Abschluss der externen Liquidation dennoch durchgeführt werden, wie der Beschwerdeführer in seiner Replik selbst zugesteht. Die zweite Voraussetzung von <ref-law> kann daher nicht als gegeben betrachtet werden. Die Beschwerde erweist sich demnach als unzulässig und es kann nicht auf sie eingetreten werden.
3. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.--- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 20'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer