Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 16. April 2007 lehnte die IV-Stelle des Kantons Zürich das Gesuch des 1961 geborenen R._ um Zusprechung einer Invalidenrente nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren ab.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Februar 2009 ab.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm für die Zeit vom 1. Februar 2007 bis 31. Juli 2008 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen; eventuell sei die Sache zu neuer Entscheidung an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist aufgrund des gestellten Rechtsbegehrens einzig, ob der Beschwerdeführer, der vom 1. November 2006 bis 31. Januar 2007 im Rahmen der Einarbeitung als Allrounder bei der Firma C._ Taggelder bezogen hatte, ab 1. Februar 2007 bis 31. Juli 2008 Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung hat. Zwar sind im Beschwerdeverfahren grundsätzlich nur die Verhältnisse bis zum Zeitpunkt der Verwaltungsverfügung (hier: 16. April 2007) zu beurteilen (<ref-ruling> E. 1 S. 169). Ausnahmsweise kann das Gericht aber aus prozessökonomischen Gründen das Prozessthema über den Verfügungszeitpunkt hinaus ausdehnen, wenn die Sache spruchreif ist und die Verfahrensrechte der Parteien respektiert worden sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 140 mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen sind hier erfüllt: Der Beschwerdeführer hatte bereits im kantonalen Verfahren mit Eingabe vom 14. August 2008 geltend gemacht, er erziele ab 1. August 2008 ein rentenausschliessendes Einkommen, und das Rechtsbegehren auf Rentenzusprechung bis 31. Juli 2008 beschränkt. Die Beschwerdegegnerin konnte sich im kantonalen Verfahren wie auch vor Bundesgericht dazu äussern. Es wird von keiner Seite geltend gemacht, die Verhältnisse hätten sich im Zeitraum vom 16. April 2007 bis 31. Juli 2008 geändert. Es steht daher nichts entgegen, das gestellte Begehren bis 31. Juli 2008 zu beurteilen, zumal nur eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage zur Diskussion steht.
3. 3.1 Für die Ermittlung des beim Einkommensvergleich nach <ref-law> heranzuziehenden hypothetischen Einkommens ohne Invalidität (Valideneinkommen) stellte die Vorinstanz auf den Durchschnitt des vom Versicherten in den Jahren 1998 bis 2002 bei der Frima B._ AG erzielten Lohnes ab. Dabei resultierte ein Erwerbseinkommen von Fr. 103'464.-. Gestützt auf die Lohnstrukturerhebung 2006 des Bundesamtes für Statistik (TA 1, Männer, Anforderungsniveau 3 [Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt]), legte das kantonale Gericht das Invalideneinkommen sodann nach Vornahme eines behinderungsbedingten Abzuges vom Tabellenlohn von 10 % auf Fr. 63'140.- fest, womit sich ein Invaliditätsgrad von aufgerundet 39 % ergab.
3.2 Demgegenüber vertritt der Beschwerdeführer die Auffassung, das Valideneinkommen, resultierend aus dem Durchschnittslohn der Jahre 1998 bis 2002, sei der Nominallohnentwicklung anzupassen; dies habe die Vorinstanz ohne Grund unterlassen, obwohl sie für die Festsetzung des Invalideneinkommens die Tabellenlöhne 2006 als massgebend erachtete. Unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung von 2002 bis 2006 ergebe sich ein Valideneinkommen von Fr. 107'877.80. Verglichen mit dem Invalideneinkommen von Fr. 63'140.- resultiere ein Invaliditätsgrad von 41,4 %, der den Anspruch auf die beantragte Viertelsrente begründe.
4. 4.1 Bei der Feststellung der beiden hypothetischen Vergleichseinkommen handelt es sich um eine Tatfrage, soweit sie auf konkreter Beweiswürdigung beruht, hingegen um eine Rechtsfrage, soweit sich der Entscheid nach der allgemeinen Lebenserfahrung richtet (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Dementsprechend ist die Frage, welche hypothetischen Erwerbseinkommen im Rahmen des Einkommensvergleichs nach <ref-law> miteinander in Beziehung zu setzen sind, eine Rechtsfrage, die vom Bundesgericht frei zu prüfen ist, dies analog zur Frage, ob Tabellenlöhne anwendbar sind und welches die massgebende Tabelle ist (SVR 2009 IV Nr. 6 S. 11). Ohne Bindung an die Darlegungen der Vorinstanz zu prüfen ist somit auch die hier interessierende Rechtsfrage, ob im angefochtenen Entscheid richtigerweise von einer Anpassung des Valideneinkommens an die Nominallohnentwicklung abgesehen wurde.
4.2 Eine Anpassung des Valideneinkommens an die Nominallohnentwicklung erfolgt rechtsprechungsgemäss nicht nur in Fällen, in welchen vom hypothetischen Einkommen eines einzelnen Jahres ausgegangen wird (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224), sondern auch dann, wenn das hypothetische Einkommen ohne Invalidität - wie im vorliegenden Fall - nach Massgabe eines Durchschnittslohnes ermittelt wird (Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts I 316/04 vom 23. Dezember 2004). Andernfalls wäre die Anforderung, dass die beiden hypothetischen Einkommen auf zeitidentischer Grundlage zu erheben sind (<ref-ruling> E. 4.1 S. 223 mit Hinweis), nicht erfüllt, wenn das Invalideneinkommen auf Grund der Verdienstverhältnisse in einem einzigen Jahr oder eines Tabellenlohnes ermittelt wird. Die Vorinstanz hat denn auch ihre Feststellung, dass es bei der gewählten Vorgehensweise nicht gerechtfertigt sei, die Nominallohnentwicklung zu berücksichtigen, nicht begründet. In der Tat besteht kein Anlass, die dem Anstieg der Lebenshaltungskosten entsprechende Lohnentwicklung ausser Acht zu lassen, wenn dem Valideneinkommen ein Durchschnittslohn zugrunde liegt; denn dieser ist ebenso wenig der Nominallohnentwicklung angepasst wie ein in einem einzelnen zurückliegenden Jahr erzieltes Einkommen, das selbstverständlich auf den für den Einkommensvergleich massgebenden Zeitpunkt der eingetretenen Teuerung angeglichen wird.
4.3 Unter Einbezug der Nominallohnentwicklung der Jahre 2002 - 2006 ergibt sich gemäss Schweizerischem Lohnindex des Bundesamtes für Statistik ein Valideneinkommen von rund Fr. 107'877.-. Der Invaliditätsgrad beläuft sich damit auf abgerundet 41 %. Nachdem der Beschwerdeführer auf den 1. August 2008 eine neue Anstellung mit einem höheren Verdienst gefunden hat, liegt der Invaliditätsgrad ab diesem Zeitpunkt zufolge des höheren Invalideneinkommens unter 40 %. Die Viertelsrente ist demzufolge antragsgemäss für die Zeit vom 1. Februar 2007 bis 31. Juli 2008 zuzusprechen, ohne dass zu prüfen wäre, ob die Invalidenrente, bezüglich deren Befristung die Revisionsbestimmungen analog anwendbar wären (<ref-law>; <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 126), allenfalls länger ausgerichtet werden müsste (<ref-law>).
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden IV-Stelle aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. Februar 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 16. April 2007 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer für die Zeit vom 1. Februar 2007 bis 31. Juli 2008 Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Borella Widmer