Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Mit Zahlungsbefehl vom 8. Juli 2004 liess die Y._ AG (Beklagte) die Z.X._ AG (Klägerin) für Fr. 104'769.75 nebst Zins zu 6 % seit 1. Oktober 2002 und Verzugsschaden von Fr. 5'855.-- betreiben und erlangte am 7. Oktober 2004 provisorische Rechtsöffnung für Fr. 104'769.75 nebst Zins zu 5 % seit 1. Oktober 2002. Dabei stützte sie sich auf folgende, von der einzelzeichnungsberechtigten Geschäftsführerin der Klägerin, A._, unterzeichnete Schuldanerkennung:
"Z.X._ AG, vertreten durch Frau A._, bestätigt hiermit, dass der Betrag von CHF 104'769.75 (...) gemäss beiliegender Zusammenstellung geschuldet wird an Herrn B._, ... "
Die der Schuldanerkennung zu Grunde liegende Forderung hatte B._ als ursprünglicher Gläubiger der Beklagten abgetreten.
Die der Schuldanerkennung zu Grunde liegende Forderung hatte B._ als ursprünglicher Gläubiger der Beklagten abgetreten.
B. Am 22. November 2004 erhob die Klägerin beim Kantonsgericht Nidwalden Aberkennungsklage und beantragte, es sei festzustellen, dass die gesamte von der Beklagten in Betreibung gesetzte Forderung nicht bestehe. Das Kantonsgericht wies die Klage ab. Es kam zum Ergebnis, gemäss der Schuldanerkennung schulde die Klägerin, vertreten durch A._, B._ den Betrag von Fr. 104'769.75. Ein Verpflichtungsgrund werde nicht genannt, so dass es sich um ein abstraktes Schuldbekenntnis handle, welches mit Bezug auf den Schuldgrund zu einer Umkehr der Beweislast führe. In materiellrechtlicher Hinsicht seien nur zwei Punkte zu prüfen. Erstens stelle sich die Frage, ob B._ gestützt auf den Eintrag im Handelsregister von A._ als alleinzeichnungsberechtigter Geschäftsführerin auf deren Berechtigung, die Klägerin zu vertreten, habe schliessen dürfen. Daraus folge dann ohne Weiteres, ob sich die Beklagte auf die im Namen der Klägerin unterzeichnete Schuldanerkennung berufen dürfe. Nur wenn die Klägerin im vorliegenden Verfahren den vollen Beweis erbracht hätte, dass A._ die Klägerin entgegen dem Handelsregisterauszug nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen, müsste sie die Schuldanerkennung nicht gegen sich gelten lassen. Dieser Beweis sei der Klägerin indessen nicht geglückt.
In einem nächsten Schritt sei das der Schuldanerkennung zugrunde liegende Rechtsverhältnis zu prüfen. Mit Datum vom 31. Januar 2000 sei zwischen der Klägerin und B._ eine Vereinbarung abgeschlossen worden, welche von diesem und A._ als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführerin unterzeichnet worden sei. Basis der Vereinbarung bildete ein E-Mail, welches A._ am 18. Januar 2000 an B._ gesandt habe. Darin ging es um einen Vorschlag für die beabsichtigte Zusammenarbeit. Es werde eine Zahlung von Fr. 50'000.-- erwähnt, die B._ zur Sicherung seiner Loyalität zu leisten habe. A._ schrieb in ihrem E-Mail, sie habe die Angelegenheit mit ihrem Verwaltungsrat der X._ AG besprochen. Nach Auffassung des Kantonsgerichts ist nicht ersichtlich, inwiefern B._ an der Berechtigung der Geschäftsführerin zu diesem Vorgehen hätte zweifeln müssen. Er habe in der Zeugenbefragung glaubhaft ausgesagt, dass er die Geschäftsführerin mit der Klägerin gleichgesetzt habe. Die Geschäftsführerin habe den Eindruck erweckt, die Klägerin sei ihre Gesellschaft. Sie selbst - die Geschäftsführerin - sei nur wegen der Nationalitätsvorschriften nicht Verwaltungsrätin. Aus dem Umstand, dass seine Zahlungen teilweise auf das Konto der Geschäftsführerin geflossen seien oder im Namen der Geschäftsführerin erfolgten, kann die Klägerin nach Auffassung des Kantonsgerichts nichts ableiten, da das Konto in der ursprünglichen Vereinbarung ausdrücklich als Geschäftskonto angegeben werde. Auf die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Einzelpositionen sei nicht einzugehen, da aufgrund der unterzeichneten Vereinbarung hinreichend erstellt sei, dass zwischen B._ und der Klägerin ein Zusammenarbeitsverhältnis bestand und er in guten Treuen habe davon ausgehen dürfen, alle Zahlungen zu Gunsten der Klägerin vorzunehmen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich. Damit habe die Klägerin den Beweis, dass die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Forderungen nicht bestünden, nicht erbringen können, weshalb die Forderung ausgewiesen sei. Selbst wenn man davon ausgehe, durch die Schuldanerkennung habe die Klägerin persönliche Schulden ihrer Geschäftsführerin übernommen, so dass eine Doppelvertretung vorliege, helfe dies der Klägerin nicht, da B._ immer der Ansicht gewesen sei, seine Leistungen zu Gunsten der Klägerin zu erbringen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich.
In einem nächsten Schritt sei das der Schuldanerkennung zugrunde liegende Rechtsverhältnis zu prüfen. Mit Datum vom 31. Januar 2000 sei zwischen der Klägerin und B._ eine Vereinbarung abgeschlossen worden, welche von diesem und A._ als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführerin unterzeichnet worden sei. Basis der Vereinbarung bildete ein E-Mail, welches A._ am 18. Januar 2000 an B._ gesandt habe. Darin ging es um einen Vorschlag für die beabsichtigte Zusammenarbeit. Es werde eine Zahlung von Fr. 50'000.-- erwähnt, die B._ zur Sicherung seiner Loyalität zu leisten habe. A._ schrieb in ihrem E-Mail, sie habe die Angelegenheit mit ihrem Verwaltungsrat der X._ AG besprochen. Nach Auffassung des Kantonsgerichts ist nicht ersichtlich, inwiefern B._ an der Berechtigung der Geschäftsführerin zu diesem Vorgehen hätte zweifeln müssen. Er habe in der Zeugenbefragung glaubhaft ausgesagt, dass er die Geschäftsführerin mit der Klägerin gleichgesetzt habe. Die Geschäftsführerin habe den Eindruck erweckt, die Klägerin sei ihre Gesellschaft. Sie selbst - die Geschäftsführerin - sei nur wegen der Nationalitätsvorschriften nicht Verwaltungsrätin. Aus dem Umstand, dass seine Zahlungen teilweise auf das Konto der Geschäftsführerin geflossen seien oder im Namen der Geschäftsführerin erfolgten, kann die Klägerin nach Auffassung des Kantonsgerichts nichts ableiten, da das Konto in der ursprünglichen Vereinbarung ausdrücklich als Geschäftskonto angegeben werde. Auf die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Einzelpositionen sei nicht einzugehen, da aufgrund der unterzeichneten Vereinbarung hinreichend erstellt sei, dass zwischen B._ und der Klägerin ein Zusammenarbeitsverhältnis bestand und er in guten Treuen habe davon ausgehen dürfen, alle Zahlungen zu Gunsten der Klägerin vorzunehmen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich. Damit habe die Klägerin den Beweis, dass die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Forderungen nicht bestünden, nicht erbringen können, weshalb die Forderung ausgewiesen sei. Selbst wenn man davon ausgehe, durch die Schuldanerkennung habe die Klägerin persönliche Schulden ihrer Geschäftsführerin übernommen, so dass eine Doppelvertretung vorliege, helfe dies der Klägerin nicht, da B._ immer der Ansicht gewesen sei, seine Leistungen zu Gunsten der Klägerin zu erbringen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich.
C. Die gegen das Urteil des Kantonsgerichts gerichtete Appellation wies das Obergericht des Kantons Nidwalden ab. Es erkannte, die Schuldanerkennung sei dann nicht wirksam, wenn ein Interessenkonflikt vorlag, der für B._ erkennbar gewesen sei oder hätte erkennbar sein müssen. Allein aus der Tatsache, dass A._ einzelzeichnungsberechtigte Geschäftsführerin der Klägerin gewesen sei, habe B._ zwar noch nicht darauf schliessen können, dass sie Alleineigentümerin der Aktien sei. Dadurch, dass sie als solche auftrat, sich gegenüber Dritten als solche ausgab und der Verwaltungsrat nie in Erscheinung trat, habe sie den Eindruck erweckt, sie habe in der Firma die volle Kompetenz und auch das Sagen. Aus dem Umstand allein, dass B._ Zahlungen, insbesondere den Betrag von Fr. 50'000.--, auf ein privates Konto der Geschäftsführerin getätigt hatte, könne keine Bösgläubigkeit abgeleitet werden. Er habe, wie das Kantonsgericht richtig ausgeführt habe, davon ausgehen dürfen, diese Zahlungen an die Klägerin zu leisten. Nur wenn die Klägerin den vollen Beweis erbringe, dass B._ gewusst habe, dass die Geschäftsführerin die Klägerin nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen, müsste sie die Schuldanerkennung nicht gegen sich gelten lassen. Die Argumentation des Kantonsgerichts, insbesondere was die Glaubwürdigkeit der Zeugenaussage des B._ betreffe, sei insgesamt schlüssig und nachvollziehbar, weshalb darauf, zusätzlich zu den eigenen Erwägungen des Obergerichts, abgestützt werden könne.
C. Die gegen das Urteil des Kantonsgerichts gerichtete Appellation wies das Obergericht des Kantons Nidwalden ab. Es erkannte, die Schuldanerkennung sei dann nicht wirksam, wenn ein Interessenkonflikt vorlag, der für B._ erkennbar gewesen sei oder hätte erkennbar sein müssen. Allein aus der Tatsache, dass A._ einzelzeichnungsberechtigte Geschäftsführerin der Klägerin gewesen sei, habe B._ zwar noch nicht darauf schliessen können, dass sie Alleineigentümerin der Aktien sei. Dadurch, dass sie als solche auftrat, sich gegenüber Dritten als solche ausgab und der Verwaltungsrat nie in Erscheinung trat, habe sie den Eindruck erweckt, sie habe in der Firma die volle Kompetenz und auch das Sagen. Aus dem Umstand allein, dass B._ Zahlungen, insbesondere den Betrag von Fr. 50'000.--, auf ein privates Konto der Geschäftsführerin getätigt hatte, könne keine Bösgläubigkeit abgeleitet werden. Er habe, wie das Kantonsgericht richtig ausgeführt habe, davon ausgehen dürfen, diese Zahlungen an die Klägerin zu leisten. Nur wenn die Klägerin den vollen Beweis erbringe, dass B._ gewusst habe, dass die Geschäftsführerin die Klägerin nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen, müsste sie die Schuldanerkennung nicht gegen sich gelten lassen. Die Argumentation des Kantonsgerichts, insbesondere was die Glaubwürdigkeit der Zeugenaussage des B._ betreffe, sei insgesamt schlüssig und nachvollziehbar, weshalb darauf, zusätzlich zu den eigenen Erwägungen des Obergerichts, abgestützt werden könne.
D. Gegen das Urteil des Obergerichts führt die Klägerin beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde und eidgenössische Berufung. Auf die Beschwerde ist das Bundesgericht nicht eingetreten. Mit der Berufung verlangt die Klägerin im Wesentlichen die Gutheissung der Klage. Die Beklagte schliesst auf kostenfällige Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht (SR 173.110; BGG) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Nach <ref-law> ist dieses Gesetz auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist. Massgebend ist das Urteilsdatum, also der Tag, an dem der angefochtene Entscheid gefällt worden ist, und nicht das fristauslösende Eröffnungsdatum. Da der angefochtene Entscheid vor dem 1. Januar 2007 erging, richtet sich das Verfahren noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation des Bundesgerichts (Bundesrechtspflegegesetz [OG]).
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht (SR 173.110; BGG) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Nach <ref-law> ist dieses Gesetz auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist. Massgebend ist das Urteilsdatum, also der Tag, an dem der angefochtene Entscheid gefällt worden ist, und nicht das fristauslösende Eröffnungsdatum. Da der angefochtene Entscheid vor dem 1. Januar 2007 erging, richtet sich das Verfahren noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation des Bundesgerichts (Bundesrechtspflegegesetz [OG]).
2. Die Klägerin macht zunächst geltend, die Schuldanerkennung sei für sie unverbindlich, da sie durch die Geschäftsführerin in einem für den Gläubiger erkennbaren Interessenkonflikt unterzeichnet worden sei. Den Interessenkonflikt sieht die Klägerin insbesondere darin, dass die Beträge, welche der Gläubiger zurückfordere, nicht an die Klägerin gegangen seien, sondern an die Geschäftsführerin persönlich oder an Dritte. Wenn eine Forderung der Aktiengesellschaft durch Zahlung auf das private Konto der Geschäftsführerin erfüllt werden solle, erzeuge dies ein Dreipersonenverhältnis. Damit sei die Frage des Interessenkonflikts bereits verbindlich beantwortet. Die Klägerin beruft sich aber auch darauf, dass B._ die Abrechnungen zunächst an die Geschäftsführerin persönlich gerichtet habe, und leitet daraus ab, er habe ursprünglich die Geschäftsführerin persönlich als Vertragspartnerin betrachtet und nicht die Klägerin. Mit Bezug auf die Relevanz eines allfälligen Interessenkonflikts ist nach Auffassung der Klägerin nicht massgeblich, ob B._ nach Treu und Glauben davon habe ausgehen dürfen, die Geschäftsführerin sei Alleinaktionärin der Klägerin oder beherrsche diese zumindest wirtschaftlich. Da die Geschäftsführerin tatsächlich nicht Alleinaktionärin sei, wäre ein erkennbarer Interessenkonflikt nur unbeachtlich, wenn eine Genehmigung der einzigen Verwaltungsrätin vorläge, welche gemäss den Vorbringen der Klägerin im kantonalen Verfahren auch sämtliche Aktien der Klägerin besitzt.
2.1 Vorab ist festzuhalten, dass entgegen der Auffassung des Kantonsgerichts keine abstrakte Schuldanerkennung vorliegt, verweist die Schuldanerkennung doch ausdrücklich auf die beiliegende "Zusammenstellung", welche beispielsweise auf die Vereinbarung vom 31. Januar 2000 Bezug nimmt. Diese nennt als Grund für die Zahlung von Fr. 50'000.-- die Loyalitätssicherung und regelt die Voraussetzung der Rückzahlung. Insoweit ergibt sich der Rechtsgrund der Forderung unter Berücksichtigung der gesamten Umstände aus der Schuldanerkennung, die damit nicht abstrakt im Sinne von <ref-law> ist (Jäggi, Zürcher Kommentar, N. 70 f. zu <ref-law>).
2.2 Während beim Selbstkontrahieren und der Doppelvertretung die Vertretungsmacht grundsätzlich fehlt und nur ausnahmsweise aufgrund besonderer Umstände besteht, schliesst der blosse Interessenkonflikt aus Gründen der Verkehrssicherheit die Vertretungsmacht nicht von vornherein aus, sondern lässt sie nur entfallen, wenn der Dritte den Interessenkonflikt auch erkannt hat bzw. hätte erkennen müssen. Dann aber fehlt es an der Vertretungsmacht, selbst wenn sich der Interessenkonflikt im konkreten Fall nicht zum Nachteil der vertretenen Person ausgewirkt hat (<ref-ruling> E. 3a S. 363 f. mit Hinweisen). Ein Schutzbedürfnis entfällt aber, wenn der sich im Interessenkonflikt befindliche Vertreter zugleich Alleinaktionär ist, da unter diesen Umständen zwingend zu folgern ist, der Abschluss des betreffenden Geschäftes entspreche zugleich dem Willen der Generalversammlung und werde deshalb von der Vertretungsmacht des Organs gedeckt. Sind neben dem handelnden Organ keine weiteren Aktionäre vorhanden, fehlt es von vornherein an gegenläufigen Interessen. Anders verhält es sich, wenn das Organ nicht Allein-, sondern bloss Mehrheitsaktionär ist. Ein Interessenkonflikt ist diesfalls nicht ausgeschlossen. Zum Schutze der Minderheit muss eine Ermächtigung bzw. Genehmigung mittels eines anfechtbaren Beschlusses erteilt werden (<ref-ruling> E. 5a S. 366).
2.3 Die Klägerin macht geltend, die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, es liege kein erkennbarer Interessenkonflikt vor, wenn B._ in guten Treuen davon habe ausgehen dürfen, A._ sei Alleinaktionärin der Gesellschaft.
2.3.1 Das Vertrauen auf die Vertretungsbefugnis wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur geschützt, soweit der Vertragspartner den Interessenkonflikt nicht erkannt hat oder hätte erkennen müssen (<ref-ruling> E. 3a S. 363 mit Hinweisen). Ist kein Interessenkonflikt ersichtlich, soll sich der Vertragspartner auf die Vertretungsbefugnis gemäss Handelsregistereintrag verlassen können. Erkennt er aber den Interessenkonflikt oder hätte er ihn erkennen können, muss er grundsätzlich davon ausgehen, dass das unter einem Interessenkonflikt handelnde Organ nicht zur Vertretung der Gesellschaft befugt ist (vgl. Claire Huguenin, Basler Kommertar, 3. Aufl., N. 26 zu Art. 54/55 ZGB). Von einer Genehmigung durch ein über- oder gleichgeordnetes Organ kann unter diesen Umständen nur abgesehen werden, wenn das handelnde Organ tatsächlich Alleinaktionär ist. Dass der Vertragspartner gutgläubig davon ausgeht, genügt nicht.
2.3.2 B._ wusste, dass die Geschäftsführerin nicht Verwaltungsrätin war. Damit hätte er auch wissen müssen, dass die Verwaltungsrätin zumindest über eine Pflichtaktie verfügen musste und die Geschäftsführerin formell nicht Alleinaktionärin sein konnte. Ob es zur Beseitigung eines Interessenkonflikts genügt, dass das handelnde Organ wirtschaftlicher Eigentümer des gesamten Aktienkapitals ist und nur wegen der Nationalitätsbestimmungen dem Verwaltungsrat nicht angehört, erscheint zweifelhaft, da die Verwaltungsräte allfälligen Gläubigern verantwortlich sind (<ref-ruling> E. 5a S. 367) und daher ein Interesse daran haben, dass mit Interessenkonflikten belastete Geschäfte nicht ohne formelle Genehmigung durchgeführt werden. Die Frage braucht aber nicht vertieft behandelt zu werden, da nicht festgestellt ist, dass die Geschäftsführerin die Klägerin tatsächlich wirtschaftlich beherrscht hätte, und es auf die diesbezüglichen Annahmen von B._ nicht ankommt.
2.3.3 Die Vorinstanz hält zwar fest, B._ habe davon ausgehen dürfen, die Geschäftsführerin habe im Unternehmen das Sagen. Sie prüfte aber dennoch, ob er nicht aus anderen Umständen, namentlich der auf ein Privatkonto erfolgten Zahlung der Fr. 50'000.-- auf das Vorliegen eines Interessenkonfliktes schliessen musste. Die Vorinstanz hat das Vorliegen eines Interessenkonflikts entgegen den Ausführungen der Klägerin nicht allein gestützt darauf verneint, dass B._ davon habe ausgehen dürfen, die Geschäftsführerin beherrsche die Klägerin wirtschaftlich. Als nicht bundesrechtskonform erweist sich allerdings die Annahme der Vorinstanz, die Klägerin müsse die Schuldanerkennung gegen sich gelten lassen, sofern sie nicht beweise, B._ habe gewusst, dass die Geschäftsführerin die Klägerin nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen. Es genügt nach dem Gesagten vielmehr, wenn es der Klägerin gelingt nachzuweisen, dass bezüglich der Schuldanerkennung objektiv ein Interessenkonflikt bestand, den B._ erkannt hat oder hätte erkennen müssen. Vorbehalten bleibt eine allfällige Genehmigung (oder ein Verhalten, welches B._ nach Treu und Glauben als Genehmigung interpretieren durfte) durch die Gesellschaft beziehungsweise ein gleich- oder übergeordnetes Organ.
2.3.3 Die Vorinstanz hält zwar fest, B._ habe davon ausgehen dürfen, die Geschäftsführerin habe im Unternehmen das Sagen. Sie prüfte aber dennoch, ob er nicht aus anderen Umständen, namentlich der auf ein Privatkonto erfolgten Zahlung der Fr. 50'000.-- auf das Vorliegen eines Interessenkonfliktes schliessen musste. Die Vorinstanz hat das Vorliegen eines Interessenkonflikts entgegen den Ausführungen der Klägerin nicht allein gestützt darauf verneint, dass B._ davon habe ausgehen dürfen, die Geschäftsführerin beherrsche die Klägerin wirtschaftlich. Als nicht bundesrechtskonform erweist sich allerdings die Annahme der Vorinstanz, die Klägerin müsse die Schuldanerkennung gegen sich gelten lassen, sofern sie nicht beweise, B._ habe gewusst, dass die Geschäftsführerin die Klägerin nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen. Es genügt nach dem Gesagten vielmehr, wenn es der Klägerin gelingt nachzuweisen, dass bezüglich der Schuldanerkennung objektiv ein Interessenkonflikt bestand, den B._ erkannt hat oder hätte erkennen müssen. Vorbehalten bleibt eine allfällige Genehmigung (oder ein Verhalten, welches B._ nach Treu und Glauben als Genehmigung interpretieren durfte) durch die Gesellschaft beziehungsweise ein gleich- oder übergeordnetes Organ.
3. Damit bleibt zu prüfen, ob für B._ ein erkennbarer Interessenkonflikt vorlag. Dies wäre der Fall, wenn das fragliche Rechtsgeschäft für die Gegenpartei ersichtlich das handelnde Organ persönlich in wirtschaftlicher Hinsicht positiv oder negativ betrifft und die Interessen der Gesellschaft mit denjenigen des handelnden Organs kollidieren (Huguenin, a.a.O., N. 26 zu Art. 54/55 ZGB).
3.1 Vorliegend ist ein Interessenkonflikt auf zwei Ebenen denkbar. Einerseits kann bezüglich der Schuldanerkennung selbst ein Interessenkonflikt bestehen. Diesfalls wäre die Schuldanerkennung als solche unwirksam. Erkennbare Interessenkonflikte können aber auch mit Bezug auf die einzelnen anerkannten Forderungen bestehen. Der Nachweis eines erkennbaren Interessenkonflikts bezüglich einer einzelnen Forderung hätte primär zur Folge, dass die Schuldanerkennung bezüglich dieser Forderung entkräftet wäre und die Klägerin diesbezüglich nichts schuldet. Nur wenn der Interessenkonflikt bezüglich des Einzelgeschäfts zu einem Interessenkonflikt bezüglich der Schuldanerkennung führen würde, wären auch die übrigen Positionen betroffen.
3.2 In ihren Vorbringen vermengt die Klägerin die unterschiedlichen Ebenen, auf denen Interessenkonflikte entstehen können. Wenn sie ausführt, B._ habe ursprünglich A._ als Vertragspartnerin angesehen, kann der behauptete Interessenkonflikt nur die Schuldanerkennung als solche betreffen. Soweit die Klägerin den Interessenkonflikt dagegen damit begründet, dass die Zahlungen auf das Privatkonto von A._ oder an Dritte erfolgten, betrifft dies die einzelnen anerkannten Positionen, was voraussetzt, dass die Klägerin diesbezüglich Vertragspartnerin ist. Mit dieser Problematik setzt sich die Klägerin nicht auseinander und legt auch nicht im Einzelnen dar, inwiefern ein Interessenkonflikt hinsichtlich einzelner der anerkannten Posten die Schuldanerkennung als solche mit einem Interessenkonflikt belasten. Ob die Berufungsschrift in diesem Punkt den Begründungsanforderungen genügt (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 748 f.), erscheint daher fraglich, kann aber offen bleiben.
3.2.1 Für die Annahme der Erkennbarkeit eines Interessenkonfliktes genügt es entgegen der Auffassung der Klägerin nicht, dass Zahlungen auf ein Privatkonto der Geschäftsführerin erfolgten. Mit Blick auf einen möglichen Interessenkonflikt ist grundsätzlich nicht massgeblich, auf welche Art die Zahlung geleistet wurde, sondern ob die Zahlung für die Gesellschaft oder das handelnde Organ persönlich bestimmt war. Ein massgeblicher Interessenkonflikt liegt vor, wenn Geldleistungen, zu deren Rückzahlung sich die Gesellschaft verpflichtet, erkennbar nicht für die Gesellschaft sondern für private Zwecke des handelnden Organs bestimmt sind.
3.2.2 Die Fr. 50'000.-- wurden im Rahmen einer im Namen der Klägerin eingegangenen Vereinbarung bezahlt und sollten nach deren klarem Wortlaut der Klägerin als Sicherheit für die Loyalität von B._ dienen. Dass die Zahlung auf das private Konto der Geschäftsführerin erfolgte, ändert nichts daran, dass das Geld nach dem in der Vereinbarung genannten Zweck der Klägerin zukommen sollte. Daraus ergibt sich ohne Weiteres, dass die Geschäftsführerin nicht befugt war, das Geld für sich selbst zu verwenden, und daher als Privatperson vom Geschäft nicht betroffen war (vgl. Huguenin, a.a.O. N. 26 zu Art. 54/55 ZGB). Verbrauchte die Geschäftsführerin das ihr übergebene Geld für private Zwecke, handelte sie jedenfalls ihren Pflichten gegenüber der Klägerin zuwider. Auch unter strafrechtlichen Gesichtspunkten erscheint ein derartiges Vorgehen nicht unbedenklich. Der Vertragspartner muss aber grundsätzlich nicht damit rechnen, dass die Geschäftsführerin das Geld zweckentfremdet. Er darf davon ausgehen, dass sie das Geld vereinbarungsgemäss der Vertragspartnerin zukommen lassen wird. Die Gefahr der Zweckentfremdung besteht auch, wenn das Geld der Geschäftsführerin in bar übergeben würde. Diese Gefahr begründet aber noch keinen Interessenkonflikt.
3.2.3 Die Klägerin behauptet, die Gelder seien teilweise als Mietzinszahlungen im Namen der Geschäftsführerin überwiesen worden. Auch diesbezüglich wird ein allfälliger Interessenkonflikt indessen nur relevant, wenn B._ aufgrund der gesamten Umstände hätte erkennen müssen, dass die Mietzinszahlung mit der Klägerin nichts zu tun hatte und den privaten Interessen der Geschäftsführerin diente. Entsprechende Umstände sind nicht festgestellt, und die Klägerin erhebt bezüglich der angeblichen Mietzinszahlungen keine rechtsgenüglich begründete Sachverhaltsrüge, die dem Bundesgericht eine Ergänzung des Sachverhalts in tatsächlicher Hinsicht erlauben würde (Art. 63 Abs. 2, 64 und 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106; <ref-ruling> E. 2a S. 485 f., je mit Hinweisen).
3.3 Was die Schuldanerkennung selbst anbelangt, verweist die Klägerin zwar auf eine Empfangsbestätigung vom 7. September 2000 (über Zahlungen von insgesamt Fr. 44'419.65), aus welcher hervorgehen soll, dass B._ A._ für diese Beträge persönlich als Schuldnerin ansah. Sie fährt aber selbst fort, die Vorinstanz habe dieser Zusammenstellung mangels Unterzeichnung durch A._ die Beweiskraft abgesprochen. Der Klägerin erscheint dies zwar willkürlich, nachdem die Beklagte die Beweiskraft dieser Urkunde nicht bestritten habe. Ihre Ausführungen belegen aber, dass die Vorinstanz die entsprechende Zusammenstellung nicht etwa übersehen (Art. 63 Abs. 2 OG), sondern in ihre Beweiswürdigung einbezogen hat, welche das Bundesgericht im Berufungsverfahren nicht überprüft (<ref-ruling> E. 6a S. 81; <ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 3 S. 85).
3.3.1 Die Klägerin rügt diesbezüglich allerdings eine Verletzung von <ref-law>. Sie beruft sich darauf, dass auch die Abrechnung vom 27. Januar 2002 an die Privatadresse von A._ gerichtet worden sei, was ein klares Indiz dafür bilde, dass B._ diese persönlich als Schuldnerin betrachtet habe. Die Beklagte habe behauptet, B._ habe dies getan, weil die Post auf ihn umgeleitet worden sei, und ein an die Klägerin adressiertes Schreiben wieder an ihn zurückgekommen wäre. Die Umleitung bei der Post habe die Klägerin bestritten und Beweismittel genannt. Diese habe die Vorinstanz nicht abgenommen und dadurch <ref-law> verletzt.
3.3.2 Die erste Instanz, auf deren Erwägungen die Vorinstanz verweist, hält fest, B._ habe in guten Treuen annehmen dürfen, dass er sämtliche Zahlungen und Leistungen zu Gunsten der Klägerin vornahm und nicht zu Gunsten von A._ persönlich. Die kantonalen Instanzen hielten mithin für erwiesen, dass B._ selbst annahm, an die Klägerin zu leisten. Diesbezüglich liegt daher keine Beweislosigkeit vor, deren Folgen <ref-law> regelt. Eine Verletzung dieser Bestimmung kommt insoweit nicht in Betracht (<ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f.; <ref-ruling> E. 4c S. 117; <ref-ruling> E. 3a S. 147, je mit Hinweisen).
3.3.2 Die erste Instanz, auf deren Erwägungen die Vorinstanz verweist, hält fest, B._ habe in guten Treuen annehmen dürfen, dass er sämtliche Zahlungen und Leistungen zu Gunsten der Klägerin vornahm und nicht zu Gunsten von A._ persönlich. Die kantonalen Instanzen hielten mithin für erwiesen, dass B._ selbst annahm, an die Klägerin zu leisten. Diesbezüglich liegt daher keine Beweislosigkeit vor, deren Folgen <ref-law> regelt. Eine Verletzung dieser Bestimmung kommt insoweit nicht in Betracht (<ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f.; <ref-ruling> E. 4c S. 117; <ref-ruling> E. 3a S. 147, je mit Hinweisen).
4. Eine weitere Verletzung von <ref-law> sieht die Klägerin darin, dass die Vorinstanz die beantragte Parteibefragung ihrer Verwaltungsrätin betreffend die Überwachung der Geschäftsführerin abgelehnt habe. Sie führt jedoch selbst zutreffend aus, dem Mangel an Überwachung komme für die Frage des Vorliegens eines Interessenkonfliktes keine Bedeutung zu. Die Vorbringen der Klägerin sind nicht prozessrelevant, weshalb keine Verletzung von <ref-law> vorliegt (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299 mit Hinweisen).
5. Da den tatsächlichen Feststellungen keine Umstände zu entnehmen sind, aus denen auf das Vorliegen eines erkennbaren Interessenkonflikts geschlossen werden könnte, erweist sich der angefochtene Entscheid im Ergebnis als bundesrechtskonform. Die Berufung ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. August 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber: