Fatti:
A. Mediante decisione del 7 novembre 2008 e con effetto dal 1° gennaio 2009 l'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero (UAIE) ha ridotto in via di revisione, da intera a metà, la rendita d'invalidità di cui beneficiava R._ dal 1° novembre 1997. Dopo avere ravvisato un miglioramento del suo stato di salute e avere accertato un grado di incapacità lavorativa residua del 60% nella sua professione abituale di operaio non qualificato nel settore edile e industriale e del 50% (per riduzione dell'orario di lavoro [6 ore giornaliere] nonché per riduzione di rendimento) in attività sostitutive rispettose di alcuni limiti funzionali, l'amministrazione ha stabilito un grado di invalidità del 55% sulla base di un reddito senza invalidità di fr. 59'920.- e di un reddito da invalido di fr. 26'794.-, ottenuto dopo deduzione di una quota del 50% per tenere conto del tasso di inabilità residua e del 10% per le circostanze personali e professionali del caso (5% per attività leggera e 5% per il lungo periodo di inattività perdurante dal 1996).
B. Adito dall'interessato, il Tribunale amministrativo federale ne ha parzialmente accolto il ricorso riducendo, con effetto dal 1° gennaio 2009, a tre quarti la rendita intera fin lì assegnatagli (pronuncia del 25 febbraio 2011). I primi giudici hanno confermato il tasso di incapacità lavorativa residua come pure i dati economici relativi al reddito senza invalidità e al reddito base da invalido applicati dall'amministrazione. Contrariamente all'UAIE, però, hanno aumentato al 20% la deduzione dal reddito base da invalido per meglio tenere conto delle circostanze personali e professionali del caso (tasso di occupazione parziale in attività sostitutiva, età dell'interessato [nato nel 1953] e lungo periodo di inattività). In questo modo hanno accertato un reddito da invalido di fr. 24'059.20 che raffrontato a quello da valido di fr. 59'920.- dava un tasso d'invalidità, arrotondato, del 60%.
C. L'UAIE ha presentato ricorso al Tribunale federale al quale, previa concessione dell'effetto sospensivo al ricorso, chiede di annullare il giudizio di primo grado e di confermare la decisione amministrativa di revisione. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. Controversa in questa sede è unicamente l'entità della riduzione operata dal Tribunale amministrativo federale sul salario statistico da invalido ricavato dall'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari [ISS] dell'Ufficio federale di statistica (<ref-ruling> consid. 4.2.3 pag. 481; <ref-ruling>).
1.1 Il giudizio impugnato espone correttamente le disposizioni legali relative alla nozione di invalidità, alla valutazione dell'incapacità di guadagno di assicurati esercitanti un'attività lucrativa e alla revisione del diritto alla rendita. A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
1.2 Il tema di sapere se si debba procedere a una riduzione del salario statistico in considerazione di circostanze particolari (legate all'handicap della persona o ad altri fattori) è una questione di diritto liberamente riesaminabile dal Tribunale federale. Per contro, l'estensione di tale riduzione in un caso concreto costituisce una questione attinente al potere di apprezzamento e, in quanto tale, soggiace all'esame del giudice di ultima istanza solo se la giurisdizione di primo grado ha esercitato il proprio potere di apprezzamento in violazione del diritto, commettendo un eccesso positivo ("Ermessensüberschreitung") o negativo ("Ermessensunterschreitung") del proprio potere di apprezzamento oppure abusando di tale potere ("Ermessensmissbrauch"; <ref-ruling> consid. 5.1 pag. 72 seg.; <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 399). Un abuso del potere di apprezzamento si verifica se l'autorità, pur rispettando i limiti di tale suo potere, si lascia guidare da considerazioni non pertinenti, estranee allo scopo della normativa applicabile, oppure viola principi generali del diritto, quali in particolare il divieto di arbitrio e della disparità di trattamento nonché le regole della buona fede e della proporzionalità (<ref-ruling> consid. 2 pag. 152 con riferimenti). Commette un eccesso positivo del proprio potere di apprezzamento l'autorità che esercita il suo apprezzamento quando invece la legge lo esclude o che anziché scegliere fra due soluzioni sostenibili, ne adotti una terza (<ref-ruling> consid. 2 pag. 310 e riferimenti). Si registra ugualmente un eccesso del potere di apprezzamento nel caso in cui esso è negativo, ossia se l'autorità si reputa vincolata quando invece la legge l'autorizza a statuire secondo il proprio apprezzamento, oppure se rinuncia d'acchito in tutto o in parte a esercitare il suo potere di apprezzamento (<ref-ruling> consid. 2 pag. 310 con riferimenti).
1.3 Contrariamente al potere di apprezzamento del Tribunale federale, quello dell'autorità giudiziaria di primo grado non è per contro limitato alla violazione del diritto (compresi l'eccesso e l'abuso del potere di apprezzamento), ma si estende ugualmente all'esame di adeguatezza della decisione amministrativa ("Angemessenheitskontrolle"). In tale contesto l'esame verte sulla questione di sapere se un'altra soluzione non sarebbe stata più opportuna rispetto a quella adottata, in un caso concreto, dall'autorità nell'ambito del proprio potere di apprezzamento e pur nel rispetto dei principi generali del diritto. A tal proposito, il giudice delle assicurazioni sociali non può, senza valido motivo, sostituire il suo apprezzamento a quello degli organi dell'assicurazione; deve piuttosto fondarsi su circostanze tali da fare apparire il proprio apprezzamento come quello maggiormente appropriato (DTF <ref-ruling> consid. 6 pag. 81; <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 73 seg.). Ne discende che il Tribunale amministrativo federale (v. <ref-law> in relazione con l'<ref-law>), quando è chiamato a verificare il potere di apprezzamento esercitato dall'amministrazione per fissare l'estensione della riduzione sul reddito da invalido, deve dirigere la propria attenzione sulle differenti soluzioni che si offrivano agli organi esecutivi dell'AI e domandarsi se una deduzione più o meno elevata (ma comunque limitata al 25% [DTF <ref-ruling>]) sia maggiormente appropriata e si imponga per un valido motivo, ma senza altrimenti sostituire il proprio apprezzamento a quello dell'amministrazione (DTF 9C_280/2010 citata consid. 5.2 in fine).
2. 2.1 Nell'aumentare, dal 10% al 20%, il tasso di riduzione sul reddito base da invalido, i primi giudici hanno effettuato un legittimo controllo di adeguatezza della decisione amministrativa fondandosi peraltro su motivi pertinenti, riconosciuti dalla giurisprudenza. Ora, per potere validamente contestare questa valutazione, l'UAIE avrebbe dovuto spiegare perché e in quale misura l'istanza giudiziaria di primo grado avrebbe commesso un eccesso o un abuso del potere di apprezzamento. Ciò che però l'amministrazione nemmeno pretende, limitandosi piuttosto a richiamare sentenze - neppure troppo recenti - del Tribunale federale delle assicurazioni a sostegno della soluzione da lei adottata. Il che però non basta ancora per riformare il giudizio impugnato e per ritenerlo contrario al diritto.
2.2 In via abbondanziale si osserva comunque che la decisione dell'UAIE di accordare una riduzione complessiva del 10% (5% per attività leggera e 5% in considerazione del lungo periodo di inattività perdurante dal 1996) poteva effettivamente essere qualificata come troppo severa nel caso di specie. Già solo a causa della doppia riduzione del grado di occupazione e di rendimento (v. sopra, Fatti ad A), si sarebbe in effetti giustificata una deduzione di queste proporzioni (cfr. ISS 2006, pag. 16 Tabella T 2*; v. inoltre sentenze 9C_721/2008 del 14 ottobre 2008 consid. 1.3 e 1.4; SVR 2011 IV n. 31 pag. 90 [9C_728/2009] consid. 4.3.2; 2010 IV n. 28 pag. 87 [9C_708/2009] consid. 2.6; Plädoyer 2008/1 pag. 69 [I 793/06] consid. 2.4). Inoltre, nel ritenere il tasso di riduzione del 20% i primi giudici si sono espressamente richiamati a una sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni (I 870/05) del 2 maggio 2007. Il che rafforza la validità della soluzione dell'istanza precedente e questo anche senza prendere in considerazione l'eventualità di una ulteriore deduzione (ancorché minima: v. pronuncia impugnata pag. 15) per gap salariale (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4 pag. 325). In tali condizioni, il Tribunale amministrativo federale non si è reso responsabile di un esercizio abusivo o eccessivo del proprio potere di apprezzamento e non ha dunque violato il diritto federale.
3. Le spese seguono la soccombenza e sono poste a carico del ricorrente (<ref-law>). Per contro non si attribuiscono ripetibili di ultima istanza federale, ritenuto che l'assicurato non è stato invitato a esprimersi (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF). L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata dall'UAIE.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale, Corte III, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.