Sachverhalt:
A. Mit Kaufvertrag bzw. "Vertrag über eine Betriebsübereignung" vom 7. April 2003 veräusserte A._ (Beschwerdeführer), schwedischer Staatsangehöriger, das Unternehmen X._ an die Y._ Corporation, gegründet nach dem Recht und mit Sitz in den British Virgin Islands. Für die Y._ Corporation handelte B._ (Beschwerdegegner), ebenfalls schwedischer Staatsangehöriger.
Der Kaufvertrag enthielt in Ziffer 18 folgende Schiedsgerichtsklausel:
"18. Streitigkeiten
18.1 Streitigkeiten anlässlich dieses Vertrags werden nicht durch ein Gericht, sondern endgültig durch Schiedsspruch gemäss dem Schiedsverfahrensgesetz entschieden.
18.2 Es gilt Schwedisches Recht und das Schiedsgericht setzt sich aus schwedischen Juristen zusammen.
18.3 Das Schiedsgericht tritt in Zürich zusammen."
Der Beschwerdeführer behauptet, der Beschwerdegegner habe die Y._ Corporation pflichtwidrig liquidieren lassen. Im Unwissen darüber habe der Beschwerdeführer gegen die Y._ Corporation ein Schiedsverfahren in Schweden eingeleitet, das in der Folge nicht habe durchgeführt werden können.
B. Am 27. März 2007 reichte der Beschwerdeführer beim Kantonsgericht Nidwalden Klage ein und beantragte im Wesentlichen, den Beschwerdegegner zu verpflichten, ihm SEK 13'000'000.-- nebst Zins zu bezahlen, entsprechend der Restkaufpreisforderung. Der Beschwerdegegner bestritt die Zuständigkeit des Kantonsgerichts, indem er die Schiedseinrede erhob, worauf das Kantonsgericht mit Urteil (Vorentscheid) vom 21. November 2007 auf die Klage nicht eintrat. Das Obergericht des Kantons Nidwalden wies die vom Beschwerdeführer dagegen erhobene Appellation mit Urteil vom 10. Juli 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts aufzuheben, die Zuständigkeit der kantonalen Instanzen festzustellen sowie das Verfahren zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer ficht unter Hinweis auf die Dorénaz-Praxis auch den erstinstanzlichen Entscheid an. Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig, die das Verfahren abschliessen (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Aufgrund des Vorbehalts in <ref-law> ist es übergangsrechtlich zwar möglich, dass der Vorinstanz entgegen <ref-law> nicht sämtliche Rügen unterbreitet werden können. In diesem Fall wäre die Anfechtung des erstinstanzlichen Entscheids zulässig (<ref-ruling> E. 2 S. 143). Der Beschwerdeführer verweist aber selbst darauf, dass nach Art. 237 Abs. 6 des Gesetzes vom 20. Oktober 1999 über den Zivilprozess (ZPO; NG 262.1) die Appellation die Überprüfung des erstinstanzlichen Entscheids in tatbeständlicher und rechtlicher Hinsicht zum Gegenstand hat. Inwiefern die Vorinstanz im zu beurteilenden Fall eine eingeschränkte Kognition gehabt haben soll, legt der Beschwerdeführer nicht dar und ist auch nicht ersichtlich. Das Obergericht konnte als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts das angefochtene Urteil frei überprüfen, so dass die Voraussetzungen für eine Mitanfechtung des erstinstanzlichen Entscheids nicht gegeben sind. Demnach ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, soweit sie sich gegen den erstinstanzlichen Entscheid richtet.
2. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt, was voraussetzt, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Diesen Begründungsanforderungen genügen insbesondere die Vorbringen des Beschwerdeführers zum anwendbaren Recht, zur Einrede der Rechtshängigkeit sowie zur Kompetenzattraktion bei Anspruchskonkurrenz nicht, da er diesbezüglich nicht dartut, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzen soll. Ebenfalls ist auf die Beschwerde insoweit nicht einzutreten, als der Beschwerdeführer auf die Akten des kantonalen Verfahrens verweist, hat die Begründung der Beschwerde doch in der Eingabe selbst enthalten zu sein (vgl. <ref-ruling> E. 1d S. 201 mit Hinweis).
3. Nach Abschluss des doppelten Schriftenwechsels im erstinstanzlichen Verfahren wurde dem Beschwerdeführer irrtümlicherweise die Eingabe des Beschwerdegegners vom 9. Oktober 2007 zur "Duplik" zugestellt. Obwohl die erste Instanz dieses Versehen berichtigt und dem Beschwerdeführer die angesetzte Frist abgenommen hatte, reichte er am 24. Oktober 2007 unaufgefordert eine Stellungnahme zu dieser Eingabe ein, worauf der Beschwerdegegner seinerseits am 30. Oktober 2007 Stellung nahm. Die erste Instanz wies die beiden Eingaben vom 24. und 30. Oktober 2007 in der Folge aus dem Recht.
3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, bei der Eingabe vom 24. Oktober 2007 habe es sich von der Sache her um eine Duplik bezüglich der erhobenen Unzuständigkeitseinrede gehandelt. Indem seine Stellungnahme aus dem Recht gewiesen worden sei, habe die Vorinstanz seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt. Die Vorinstanz erachtete diese Rüge als unbegründet. Es sei nicht ersichtlich, inwiefern das rechtliche Gehör verletzt sein sollte, zumal der Beschwerdeführer in seiner Stellungnahme vom 10. Juli 2007 Gelegenheit gehabt habe, sich zur Zuständigkeitsfrage umfassend zu äussern und dies auch getan habe. Es stehe nicht im Belieben der Parteien, das Gericht nach Ende des Schriftenwechsels unter dem Deckmantel des rechtlichen Gehörs mit weiteren Eingaben zu beliefern; solche Schriftenwechsel seien von Gesetzes wegen nicht vorgesehen. Zudem hielt die Vorinstanz mit der ersten Instanz fest, die Eingabe des Beschwerdeführers vom 24. Oktober 2007 enthalte keine neuen entscheidrelevanten Vorbringen.
3.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verlangt insbesondere, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2 S. 242). Der Anspruch einer Partei, im Rahmen eines Gerichtsverfahrens zu replizieren, bildet einen Teilgehalt des Gehörsanspruchs. Die Partei ist vom Gericht nicht nur über den Eingang einer Eingabe zu orientieren, sondern sie muss auch die Möglichkeit zur Replik haben (<ref-ruling> E. 2.1 S. 99 mit Hinweis).
3.3 Die kantonalen Instanzen haben die Eingabe des Beschwerdeführers vom 24. Oktober 2007 aus dem Recht gewiesen, jedoch festgestellt, dass sie keine entscheidrelevanten Vorbringen enthalte. Damit haben sie die Eingabe zur Kenntnis genommen und geprüft. Unter diesen Umständen müsste der Beschwerdeführer zur Begründung der Rüge der Verletzung seines Gehörsanspruchs darlegen, inwiefern die Annahme, seine Eingabe enthalte keine entscheidrelevanten Tatsachen, nicht zutrifft. Dazu genügen seine Vorbringen, wie zu zeigen sein wird, nicht.
4. Die Parteien sind sich einig, dass im Kaufvertrag vom 7. April 2003 zwischen der Y._ Corporation und dem Beschwerdeführer eine Schiedsklausel vereinbart wurde. Streitig ist, ob sie im zu beurteilenden Verfahren zur Anwendung gelangt.
4.1 Die Vorinstanz stellte fest, es handle sich um einen internationalen Sachverhalt, da der Beschwerdeführer Wohnsitz in Italien und der Beschwerdegegner Wohnsitz in der Schweiz habe. Sie ging davon aus, die Schiedsvereinbarung sehe ein internationales Schiedsverfahren vor, wobei der Sitz des Schiedsgerichts in der Schweiz sei. Die Vorinstanz beurteilte daher die Frage, ob die Schiedsklausel die sachliche Zuständigkeit der angerufenen Instanz ausschliesse, zu Recht nach <ref-law> (SR 291), da das New Yorker Übereinkommen vom 10. Juni 1958 über die Anerkennung und Vollstreckung ausländischer Schiedssprüche (SR 0.277.12) in diesem Fall nicht anwendbar ist (<ref-ruling> E. 2a S. 141 mit Hinweisen) und das Lugano Übereinkommen vom 16. September 1988 über die gerichtliche Zuständigkeit und die Vollstreckung gerichtlicher Entscheidungen in Zivil- und Handelssachen (LugÜ; SR 0.275.11) die Schiedsgerichtsbarkeit nicht regelt (<ref-law>; vgl. Felix Dasser, in: Kommentar zum Lugano-Übereinkommen [LugÜ], 2008, N. 93 zu <ref-law>; Jan Kropholler, Europäisches Zivilprozessrecht, Kommentar zu EuGVO, Lugano-Übereinkommen und Europäischem Vollstreckungstitel, 8. Aufl. 2005, N. 42 zu Art. 1 EuGVO). Die Vorinstanz gelangte sodann zum Schluss, Grundlage des Klagefundaments bilde der Kaufvertrag vom 7. April 2003, woraus der Beschwerdeführer gegenüber dem Beschwerdegegner als eigentlichem Käufer diverse Ansprüche aus Vertrag geltend mache, vorab die Bezahlung des restlichen Kaufpreises. Sei aber der Beschwerdegegner eigentliche Vertragspartei, sei die im Kauvertrag enthaltene Schiedsklausel konsequenterweise auch auf ihn anzuwenden. Der Beschwerdeführer habe die Klage hilfsweise mit einem Durchgriff auf den die Y._ Corporation angeblich beherrschenden Beschwerdegegner begründet. Sofern die entsprechenden Voraussetzungen erfüllt wären, müssten die Vertragswirkungen des Kaufvertrags vom 7. April 2003 und die darin vereinbarte Schiedsklausel - in analoger Anwendung des Urteils 4P.330/1994 vom 29. Januar 1996, in: ASA Bulletin 1996 S. 496 ff. - für den Beschwerdegegner ebenfalls beachtet werden.
4.2 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine ungenügende Begründung bzw. eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) vor. Sie habe das zitierte Bundesgerichtsurteil 4P.330/1994 zwar zusammengefasst, aber nicht erwähnt, welche Sachverhaltselemente dafür massgebend seien, dass bei einem Durchgriff die Schiedsklausel auch für den Beschwerdegegner gelten soll.
4.2.1 Teilgehalt des rechtlichen Gehörs nach <ref-law> bildet die Pflicht des staatlichen Gerichts, seinen Entscheid zu begründen, damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
4.2.2 Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich ohne weiteres die Auffassung der Vorinstanz, bei einem Durchgriff gelte die Schiedsklausel nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung auch für den die Y._ Corporation angeblich beherrschenden Beschwerdegegner. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern ihm angesichts dieser Begründung eine sachgerechte Anfechtung des Entscheids nicht möglich gewesen sein soll. Dass der Beschwerdeführer zu einem anderen Schluss kam als die Vorinstanz, begründet keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör.
4.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei mit den Grundsätzen des Vertragsrechts nicht zu vereinbaren, dass eine vertragliche Schiedsabrede auch für Dritte gelte, welche "keine Rechtsnachfolger von einzelnen Rechten und Pflichten aus dem Vertrag" seien. Da der Beschwerdegegner nicht Vertragspartei des Kaufvertrags sei, könne er sich auch im Fall eines Durchgriffs nicht auf die Schiedsklausel berufen.
4.3.1 Nach bundesgerichtlicher Praxis ist es bei wirtschaftlicher Identität zweier Gesellschaften (oder einer natürlichen Person und einer Gesellschaft) zulässig, die rechtliche Selbständigkeit ausser Acht zu lassen und vom einen Rechtssubjekt auf das andere "durchzugreifen", wenn die Berufung auf die Selbständigkeit des einen oder des anderen Rechtssubjekts rechtsmissbräuchlich ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 493; <ref-ruling> E. 2.4 S. 333; <ref-ruling> E. 5a/aa S. 321; je mit Hinweisen). Wo durchgriffsrechtlich die Selbständigkeit der Tochtergesellschaft als juristischer Person verneint wird, rechtfertigt sich im Allgemeinen, die Verbindlichkeit der Schiedsklausel ohne weiteres auf die Muttergesellschaft auszudehnen, weil hier die Vertragswirkungen gleichsam verlagert werden (Urteil 4P.330/1994 vom 29. Januar 1996 E. 6b, in: ASA Bulletin 1996 S. 506). Diese Überlegungen gelten auch, wenn hinter dem sogenannten "corporate veil" ein Aktionär steht, auf welchen durchgegriffen wird (vgl. dazu BERGER/KELLERHALS, Internationale und interne Schiedsgerichtsbarkeit in der Schweiz, 2006, Rz. 528 und KAUFMANN-KOHLER/RIGOZZI, Arbitrage international, 2006, Rz. 260).
4.3.2 Dies verkennt der Beschwerdeführer, wenn er einerseits einen Durchgriff geltend macht und anderseits behauptet, die Schiedsklausel könne nicht für den Beschwerdegegner gelten. Als Folge des Durchgriffs würde die Selbständigkeit der Y._ Corporation verneint und die Verbindlichkeit der Schiedsklausel auf den hinter dem "corporate veil" stehenden Beschwerdegegner verlagert. Aus dem Urteil 4C.40/2003 vom 19. Mai 2003, worauf sich der Beschwerdeführer beruft, kann er nichts zu seinen Gunsten ableiten, da das Bundesgericht auch in diesem Entscheid davon ausging, eine Schiedsklausel finde beim Durchgriff auf die dahinter stehende Person Anwendung. Sofern die Voraussetzungen für einen Durchgriff erfüllt sind, ist für die Geltung der Schiedsklausel daher unerheblich, dass der Beschwerdeführer den Kaufvertrag nicht mit dem Beschwerdegegner als Käufer, sondern mit der Y._ Corporation abgeschlossen hat.
5. Der Beschwerdeführer behauptet, der Beschwerdegegner habe die Y._ Corporation bewusst und pflichtwidrig liquidieren lassen. Im Unwissen über diese Tatsache habe sein Rechtsvertreter in Schweden ein Schiedsverfahren gegen die Y._ Corporation eingeleitet. Der Vertreter der Y._ Corporation habe keine gültige Vollmacht vorlegen und mithin das Begehren um Durchführung eines Schiedsgerichtsverfahrens nicht entgegennehmen können. Aber auch die Y._ Corporation selbst oder der Beschwerdegegner hätten die Einleitungsanzeige nicht entgegengenommen. Somit sei die Schiedsklausel nach schwedischem Recht untergegangen. Die Vorinstanz habe diese Tatsachen, die gegen eine Ausdehnung der Schiedsklausel auf den Beschwerdegegner sprechen, missachtet und somit nicht geprüft, ob ein rechtsmissbräuchliches Verhalten vorliege: Mit der Liquidation der Y._ Corporation habe der Beschwerdegegner dafür gesorgt, dass das Schiedsverfahren gegen die Y._ Corporation nicht erfolgreich habe eingeleitet werden können und vereitelt worden sei. Nun versuche er, der Haftung vor dem staatlichen Richter zu entgehen, indem er behaupte, die im Kaufvertrag enthaltene Schiedsklausel sei auch ihm gegenüber anwendbar. Der Beschwerdegegner könne sich schliesslich auch deshalb nicht auf die Schiedsklausel berufen, weil er vor einem staatlichen Gericht in Schweden eine Klage eingeleitet habe, um feststellen zu lassen, dass er aus dem Kaufvertrag nicht hafte. Damit habe er zumindest sinngemäss darauf verzichtet, diese Frage durch ein Schiedsgericht beurteilen zu lassen. Indem er sich nun auf die Schiedsklausel berufe, handle er widersprüchlich.
5.1 Die Vorinstanz hielt mit der ersten Instanz fest, der Beschwerdegegner sei aus seiner Sicht nicht Partei des Kaufvertrags und somit nicht an die Schiedsklausel gebunden, weshalb es nicht widersprüchlich sei, dass er vor einem staatlichen Gericht in Schweden eine negative Feststellungsklage eingereicht habe. Diese Auffassung ist nicht zu beanstanden. Dass der Beschwerdegegner anstatt der negativen Feststellungsklage in Schweden kein Schiedsverfahren eingeleitet hat, ist nicht rechtsmissbräuchlich, sondern konsequent, da er nicht gegen sich selbst einen Durchgriff geltend macht. Es ist vielmehr der Beschwerdeführer, der sich widersprüchlich verhält, soweit er seinen Anspruch einerseits auf den Kaufvertrag stützt, anderseits aber die Schiedsklausel nicht gelten lassen will. Zu prüfen bleibt allerdings, ob der Beschwerdeführer aus der behaupteten Vereitelung des Schiedsverfahrens in Schweden etwas zu seinen Gunsten ableiten kann.
5.2 Die Vorinstanz kam mit der ersten Instanz zum Schluss, der Beschwerdeführer habe in Schweden ein Schiedsverfahren gegen die Y._ Corporation als Beklagte, nicht aber gegen den Beschwerdegegner eingeleitet. Aus diesem Grund erachtete sie den Einwand als nicht stichhaltig, die hinsichtlich der Konstituierung des Schiedsgerichts Obstruktion betreibende Partei könne sich nicht auf die Schiedsvereinbarung berufen und in solchen Fällen sei vielmehr die Gegenpartei zur Kündigung aus wichtigen Gründen berechtigt. Die Schiedsklausel sei mithin nicht erloschen, und es liege auch sonst kein Ablehnungsgrund im Sinne von Art. 7 lit. a - c IPRG vor. Die Frage der rechtsgenügenden Einleitung des Schiedsverfahrens und damit einhergehend nach dem anwendbaren Schiedsverfahrensrecht könne offen bleiben. Damit begründet die Vorinstanz, weshalb ihrer Ansicht nach <ref-law> nicht anwendbar ist. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt auch insoweit nicht vor. Zu prüfen bleibt jedoch, ob die Auffassung der Vorinstanz zutrifft.
5.2.1 Haben die Parteien über eine schiedsfähige Streitsache eine Schiedsvereinbarung getroffen, lehnt das angerufene schweizerische Gericht seine Zuständigkeit nach <ref-law> ab, es sei denn, das Gericht stelle fest, die Schiedsvereinbarung sei hinfällig, unwirksam oder nicht erfüllbar (lit. b) oder das Schiedsgericht könne nicht bestellt werden aus Gründen, für die der im Schiedsverfahren Beklagte offensichtlich einzustehen hat (lit. c). Mit <ref-law> soll verhindert werden, dass eine Prozesspartei dem Kläger den Weg zum Richter doppelt versperren kann, indem sie einerseits die Bestellung des vereinbarten Schiedsgerichts verhindert und anderseits bei Klage vor einem staatlichen Gericht die Einrede des (von ihr selbst torpedierten) Schiedsverfahrens erhebt (PAUL VOLKEN, in: Zürcher Kommentar zum IPRG, 2. Aufl. 2004, N. 45 zu <ref-law>). Die Frage, ob das durch eine Partei verschuldete vollständige Scheitern der Bestellung des Schiedsgerichts bereits unter <ref-law> subsumiert werden kann (Walter/Bosch/Brönnimann, Internationale Schiedsgerichtsbarkeit in der Schweiz, 1991, S. 89 f.), ist angesichts der gleichen Rechtsfolgen von Art. 7 lit. b und c IPRG nicht entscheidrelevant.
5.2.2 Gemäss dem angefochtenen Entscheid hatte der Beschwerdeführer geltend gemacht, der Beschwerdegegner habe die Bestellung des Schiedsgerichts vereitelt und die Schiedsklausel sei nach schwedischem Recht erloschen. Da bei einem Durchgriff die Selbständigkeit der Y._ Corporation verneint und die Schiedsklausel auf den Beschwerdegegner verlagert würde, kann dieser Argumentation nicht entgegengehalten werden, das Schiedsverfahren sei nur gegen die Y._ Corporation, nicht aber gegen den Beschwerdegegner eingeleitet worden. Wenn der Beschwerdegegner das Verfahren tatsächlich obstruierte bzw. die Schiedsklausel unterging und die Voraussetzungen eines Durchgriffs gegeben sind, ist die Schiedsklausel angesichts von <ref-law> unbeachtlich. Das behauptete, den Durchgriff begründende Verhalten ist als doppelrelevante Tatsache zu beachten, weshalb es einstweilen als nachgewiesen zu unterstellen ist (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 252 f. mit Hinweisen). Indem die Vorinstanz fälschlicherweise darauf abstellte, gegen wen das Schiedsverfahren eingeleitet wurde, obwohl dies im Rahmen des Durchgriffs unerheblich ist, hat sie Bundesrecht verletzt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, welche die Vorbringen des Beschwerdeführers im Zusammenhang mit der Einleitung des Schiedsverfahrens in Schweden zu prüfen hat.
6. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe bereits in der Klage Tatsachen behauptet, die ausreichen, um auch einen ausservertraglichen Anspruch zu begründen, für welchen die Schiedsklausel nicht gelte. Indem die Vorinstanz festgestellt habe, er habe ausdrücklich und ausschliesslich aus Vertrag geklagt, liege sowohl eine willkürliche Tatsachenfeststellung als auch eine Rechtsverletzung vor, zumal nach <ref-law>/NW das Recht von Amtes wegen anzuwenden sei.
6.1 Die Vorinstanz hielt fest, der Beschwerdeführer habe zwar auch die ausservertragliche Haftung des Beschwerdegegners (gesellschaftsrechtliche Organhaftung; Verantwortlichkeit) thematisiert. Dies sei aber lediglich rudimentär erfolgt und habe in erster Linie der Begründung der vertraglichen Anspruchsgrundlage gedient. Die Verletzung von Organpflichten als eigenständige Anspruchsgrundlage sei indessen zu keiner Zeit geltend gemacht worden. Es sei nicht zu beanstanden und entspreche der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, dass die erste Instanz für die Beurteilung ihrer Zuständigkeit auf die Angaben sowie Behauptungen des Beschwerdeführers abgestellt und die von ihm vorgetragenen Tatsachen zur Organhaftpflicht nicht als eigenständiges Klagefundament betrachtet habe. Die im Zusammenhang mit der Berufung erfolgte Berichtigung, wonach die Verletzung von Organpflichten zur selbständigen Anspruchsgrundlage herangezogen worden sei, stehe im Widerspruch zu den Ausführungen vor der ersten Instanz. Auch unter dem Gesichtspunkt des Novenrechts lasse sich die neu vorgetragene Anspruchsgrundlage nicht ins Rechtsmittelverfahren einbringen.
6.2 Im Rahmen eines selbständigen Zuständigkeitsentscheids gilt der allgemeine prozessrechtliche Grundsatz, wonach beim Entscheid über die Zuständigkeitsfrage auf den vom Kläger eingeklagten Anspruch und dessen Begründung abgestellt wird (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 252 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 67 f.; je mit Hinweisen). Rechtsschriften sind wie alle Prozesshandlungen objektiv nach allgemeinen Grundsätzen unter Berücksichtigung von Treu und Glauben auszulegen (<ref-ruling> E. 2a S. 152 mit Hinweisen). Das Gericht ist gehalten, auf die von den Parteien dargelegten Tatsachen alle in Betracht fallenden Rechtssätze anzuwenden. Bei Rechtsbegriffen, die einen Tatbestand nicht näher umschreiben, wie z.B. beim Schaden, hat das Gericht aufgrund der Tatsachenbehauptungen zu prüfen, ob der Tatbestand unter den in Frage kommenden Rechtsbegriff fällt (vgl. Max Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 1979, S. 156 und S. 162).
6.3 Neben dem Kaufvertrag und dem Durchgriff machte der Beschwerdeführer in seiner Klage geltend, die Y._ Corporation sei im Handelsregister in den British Virgin Islands gelöscht worden, obwohl dies nur hätte geschehen dürfen, wenn sämtliche Schulden der Gesellschaft sichergestellt bzw. bezahlt worden wären. Diese Pflicht treffe nicht nur das gesetzliche Organ der Y._ Corporation, sondern auch den Beschwerdegegner als faktisches Organ. Beide würden somit auch nach schweizerischem Recht (<ref-law>/<ref-law>) bzw. nach dem Recht der British Virgin Islands haften. Damit ist eine Pflichtverletzung des Beschwerdegegners, der als faktisches Organ gehandelt habe, behauptet. Auch wenn der Beschwerdeführer den Schaden nicht explizit bezifferte, wird aus dem Zusammenhang klar, dass dieser nach seiner Auffassung dem eingeklagten Restkaufpreis von SEK 13'000'000.-- entsprach und dass die pflichtwidrige Liquidation der Y._ Corporation dazu führte, dass er diesen Betrag nicht gegenüber der Y._ Corporation geltend machen konnte. Nach Treu und Glauben können seine Ausführungen nur so verstanden werden, dass er eventualiter einen Verantwortlichkeitsanspruch gegenüber dem Beschwerdegegner geltend machte. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, die auch diesbezüglich zu prüfen hat, ob ihre Zuständigkeit gegeben ist.
7. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 10. Juli 2008 aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdeführer beantragt, die Zuständigkeit der kantonalen Instanzen festzustellen sowie das Verfahren zurückzuweisen, dringt aber nur mit seinem Rückweisungsantrag durch. Mit Blick auf den Ausgang des Verfahrens erscheint es daher gerechtfertigt, die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 10. Juli 2008 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann