Faits:
A. Le 26 septembre 2005, la commune de A._ (ci-après: la Commune) a publié dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève un appel d'offres, soumis à la procédure ouverte, concernant une partie des travaux de construction d'un pavillon scolaire provisoire de six classes d'étude (lot no 2); les travaux comprenaient l'ossature en bois préfabriquée (planchers, façades), les menuiseries intérieures et extérieures et le cloisonnement intérieur en bois; ils devaient débuter en janvier 2006 et leur coût était estimé à 1,5 million fr. L'avis précisait que les offres devaient être remises le 1er novembre 2005, avant 11 heures, et qu'elles seraient évaluées selon les critères d'adjudication suivants, par ordre d'importance décroissant:
a) montant et crédibilité du prix;
b) capacité à respecter les délais d'exécution;
c) organisation du soumissionnaire;
d) expérience dans le domaine du bois/préfabrication
e) présentation et qualité des dossiers.
Le cahier des charges remis aux soumissionnaires contenait, au titre des "exigences particulières", notamment les indications suivantes:
"Au vu des délais impartis à la réalisation de l'ouvrage, les architectes et ingénieurs sont très favorables à recevoir des offres d'associations ou consortiums d'entreprises.
La garantie des délais selon planning ci-joint, ou variante optimisée par l'entrepreneur, sera un critère déterminant pour le choix de l'adjudicataire."
Quatre offres ont été déposées dans les délais, dont celle de la société B._ AG, (ci-après citée: la Société), d'un montant de 1'789'598 fr. (hors taxes), et celle d'un consortium de trois entreprises piloté par la société X._ SA, (ci-après cité: le Consortium), d'un montant de 2'020'000 fr (hors taxes). Dans la lettre accompagnant son offre, datée du 31 octobre 2005, le Consortium a fait état d'une "proposition de variante" devant permettre de réaliser une économie de l'ordre de 249'800 fr. (hors taxes); cette variante n'était toutefois pas documentée et "devait encore être soumise à l'ingénieur et [faire] l'objet d'une discussion au préalable". Sous la rubrique "Dates et délais d'exécution et effectifs prévus par l'entreprise", les soumissionnaires précités ont fourni les renseignements suivants:
La Société
Prestations-travaux Délais nécessaires àl'entrepreneurEffectifprévu Dates
Débutd'intervention
Fin
Etablissement des plans, etc. 10 semaines 1+1 15.12.05 24.02.06
Préfabrication en atelier11 semaines 1+10 06.02.06 21.04.06
Montage ossature bois 7 semaines 1+6
27.02.0612.05.06
Montage ossature métal 1 semaine 1+2 12.05.06
Le Consortium
Prestations-travaux Délais nécessaireàl'entrepreneurEffectifprévu Dates
Débutd'intervention
Fin
Etablissement des plans, etc.  1 semaine etdemie
Préfabrication en atelier A convenirselon
Montage ossature bois  2 mois etdemi planning
Montage ossature métal
B. L'ouverture des offres a eu lieu le 1er novembre 2005, un quart d'heure après l'échéance du délai fixé pour leur remise. Le 4 novembre suivant, la Commune a reçu le descriptif technique de la variante évoquée par le Consortium dans sa soumission, ainsi que son plan de principe; par rapport à l'offre initiale, la variante présentait une moins-value de 249'845 fr. Selon un tableau comparatif établi le 15 décembre 2005 par le bureau d'architectes mandaté par la Commune pour mener à bien la procédure d'adjudication (ci-après cité: le Bureau), le Consortium s'est classé en tête des soumissionnaires en lice, avec un prix, après contrôle, de 1'958'066 fr. (toutes taxes comprises), tandis que l'offre de la Société, malgré un prix, légèrement plus avantageux, de 1'954'811 fr. était écartée, car son planning a été jugé incompatible avec le programme du maître de l'ouvrage.
Par décision du 20 décembre 2005, la Commune a adjugé le marché au Consortium, conformément à la proposition du Bureau.
B. Le 1er février 2006, le Bureau a informé la Société qu'elle s'était classée en deuxième position sur quatre offres évaluées et que le marché avait été adjugé au Consortium pour le prix de 1'783'176 fr. (hors TVA); il précisait que ce montant correspondait "à une variante d'entreprise répondant en tout point au cahier des charges de soumission et admise selon les conditions générales décrites en page 2 du cahier d'appel d'offre"; le Bureau indiquait également qu'aucune voie de recours n'était ouverte contre cette décision, car la procédure n'était "pas soumise à l'accord GATT/OMC sur les marchés publics et à l'AIMP."
La Société a recouru contre cette décision.
Par arrêt du 11 avril 2006, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a admis le recours, implicitement annulé la décision attaquée, et adjugé le marché à la Société, au motif que la procédure d'adjudication litigieuse avait été entachée de trois irrégularités au regard des garanties et principes consacrés par la loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le marché intérieur (LMI; RS 943.02).
C. Agissant par la voie du recours de droit public, la Commune demande au Tribunal fédéral d'annuler, sous suite de frais et dépens, l'arrêt précité du Tribunal administratif, et de renvoyer la cause à cette autorité pour nouveau jugement au sens des considérants. Elle invoque la violation de son autonomie communale, de son droit d'être entendue, et des principes d'égalité et d'interdiction de l'arbitraire. Elle requiert également des mesures superprovisionnelles et provisionnelles immédiates visant à empêcher la construction des pavillons scolaires provisoires par la Société.
Le Tribunal administratif a déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt et se rapporter à justice quant à la requête d'effet suspensif, tandis que le Consortium a indiqué qu'il adhérait à l'ensemble des conclusions contenues dans le recours de droit public formé par la Commune, y compris la requête d'effet suspensif. La Société s'est opposée à la requête d'effet suspensif, en précisant qu'elle avait engagé des pourparlers avec la Commune en vue de trouver une solution transactionnelle au litige.
Par ordonnances présidentielles des 8 et 27 juin 2006, le Tribunal fédéral a rejeté la requête de mesures (super-)provisionnelles et d'effet suspensif formée par la Commune.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Rendu par la dernière autorité judiciaire cantonale, l'arrêt attaqué met définitivement fin au litige dans la mesure où il adjuge le marché à la Société. Dans cette mesure, le recours satisfait aux conditions des art. 86 et 87 OJ.
1.2 Selon l'art. 88 OJ, le recours de droit public est ouvert aux particuliers et aux collectivités lésés par des arrêtés ou des décisions qui les concernent personnellement ou qui sont d'une portée générale.
D.a Le recours de droit public est conçu pour la protection des droits constitutionnels des citoyens (art. 84 al. 1 lettre a OJ). Il doit permettre à ceux qui en sont titulaires de se défendre contre toute atteinte à leurs droits de la part de la puissance publique. De tels droits ne sont normalement reconnus qu'aux citoyens, à l'exclusion des collectivités publiques. Ainsi, les communes ne peuvent, en principe, pas agir par la voie du recours de droit public en matière de marchés publics, car elles n'ont pas la possibilité, comme le ferait un particulier, de demander des offres et d'adjuger des travaux en toute liberté, mais sont tenues d'appliquer les procédures et les principes prévus en la matière et de se soumettre à un contrôle juridictionnel. Il y a toutefois lieu de faire une exception lorsque, par la voie du recours de droit public, elles se plaignent d'une violation de leur autonomie garantie par la Constitution fédérale dans les limites fixées par le droit cantonal (cf. art. 50 al. 1 en relation avec l'art. 189 al. 1 lettre b Cst.); il suffit alors qu'elles allèguent une telle violation, la question de savoir si elles sont réellement autonomes dans le domaine en cause étant une question de fond et non de recevabilité. En ce cas, elles peuvent aussi se prévaloir, mais à titre accessoire seulement, de la violation des droits constitutionnels autrefois déduits de l'art. 4 aCst. (interdiction de l'arbitraire, égalité, bonne foi, ...), dans la mesure où ces moyens sont en relation étroite avec l'atteinte à leur autonomie (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 93; <ref-ruling> consid. 4.1 et 4.2 p. 318/319; <ref-ruling> consid. 1b p. 175 et les arrêts cités).
En l'espèce, dès l'instant où la recourante se plaint d'une violation de son autonomie, elle est recevable à agir sous l'angle de l'art. 88 OJ; par ailleurs, on peut admettre que les autres moyens qu'elle soulève sont directement en relation avec cette violation, si bien qu'il y a également lieu d'entrer en matière sur ceux-ci.
1.3 Pour le surplus, formé en temps utile et dans les formes prescrites, le recours est recevable, sous réserve de la conclusion portant sur le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants: de nature purement cassatoire, le recours de droit public ne peut, en effet, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, tendre qu'à l'annulation de la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 1.5 p. 71; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 294; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 169 et les arrêts cités).
2. La Constitution du 24 mai 1874 du canton de Genève (Cst./GE) règle l'organisation des communes et des autorités communales aux art. 144 ss. Le principe de l'autonomie communale n'y est pas expressément mentionné, mais est consacré par l'art. 2 de la loi cantonale du 13 avril 1984 sur l'administration des communes (LAC) par la formule suivante: "l'autonomie communale s'exerce dans les limites de l'ordre juridique et plus particulièrement des compétences cantonales et fédérales, ainsi que du pouvoir de surveillance auquel la commune est soumise." Aux termes de l'art. 162 al. 1 Cst./GE, chaque commune doit être pourvue d'établissements pour l'instruction primaire et subvient, concurremment avec l'Etat, aux frais de leur création et de leur entretien. La loi cantonale du 6 novembre 1940 sur l'instruction publique (LIP) précise que les communes doivent avoir au moins une école enfantine et une école primaire (art. 34) et fournir les bâtiments, les terrains accessoires et le mobilier nécessaires à l'enseignement et à la gymnastique (art. 36). Le règlement cantonal du 19 novembre 1997 sur la passation des marchés publics en matière de construction (RMPC) s'applique notamment à la passation des marchés publics de construction de bâtiments (cf. art. 1er RMCP en relation avec son annexe 1) adjugés par les communes genevoises (cf. art. 3 RMCP en relation avec son annexe 2). Il pose un certain nombre de principes généraux applicables à tous les marchés publics (cf. art. 7 ss RMCP), mais laisse à l'adjudicateur une grande liberté d'appréciation, notamment dans le choix de la procédure (cf. art. 14 ss RMCP) et des critères d'adjudication (cf. art. 39 RMCP), ainsi que dans l'adjudication proprement dite (cf. art. 36, 37, 40, et 41 RMCP).
En conséquence, il faut admettre que la recourante dispose d'une véritable autonomie pour organiser et conduire la procédure d'adjudication litigieuse, si bien qu'elle peut se plaindre tant des excès de compétence du Tribunal administratif que de l'application arbitraire des règles applicables en matière de marchés publics.
3. 3.1 Le Tribunal administratif a constaté que l'Accord intercantonal du 25 novembre 1994 sur les marchés publics (AIMP), entré en vigueur le 9 décembre 1997 pour le canton de Genève, ne s'appliquait pas au présent litige, la valeur seuil prévue à l'art. 7 al. 1 lettre a dudit accord n'étant pas atteinte par le marché en cause. Il s'est, par ailleurs, estimé incompétent pour examiner la conformité de la décision d'adjudication litigieuse avec les dispositions légales ou réglementaires cantonales, car l'art. 50 RMCP prévoit que les décisions rendues dans le cadre de l'adjudication d'un marché non soumis à l'accord intercantonal ne sont pas sujettes à recours. Néanmoins, il a jugé qu'en matière de marchés publics de grande importance portant sur des fournitures ou des travaux, l'<ref-law> institue à la charge des communes une obligation de transparence afin, notamment, de garantir un degré de publicité adéquat favorisant l'ouverture du marché à la concurrence et permettant le contrôle de l'impartialité des procédures d'adjudication. Lorsqu'un marché doit faire l'objet d'un appel d'offres selon la disposition précitée, le pouvoir adjudicateur est ainsi tenu, toujours selon le Tribunal administratif, d'énumérer par avance tous les critères d'aptitude et d'adjudication qui seront pris en considération et de spécifier clairement d'emblée l'ordre de priorité des critères, de telle sorte que la manière dont l'évaluation a été effectuée par le pouvoir adjudicateur puisse être contrôlée par l'autorité de recours.
A la lumière de ces principes, les premiers juges ont retenu trois irrégularités. Premièrement, ils ont constaté que le Consortium avait complété sa soumission après l'ouverture des offres, en déterminant le contenu de la variante finalement choisie par la Commune directement avec cette dernière, en violation du principe d'égalité de traitement entre soumissionnaires. Deuxièmement, ils ont estimé qu'en écartant l'offre de la Société, pourtant la meilleur marché, pour le seul motif que le planning proposé lui convenait moins que celui de son concurrent, la Commune avait privilégié ce critère d'une manière inadmissible et contraire au principe de la transparence. Enfin, ils ont jugé que la manière dont la Commune avait évalué le critère du planning consacrait un abus manifeste de son large pouvoir d'appréciation.
3.2 Selon la recourante, la loi sur le marché intérieur ne constitue qu'une loi-cadre orientée vers la protection des soumissionnaires externes et l'unification du marché suisse, mais ne vise pas à s'immiscer dans les réglementations cantonales; elle se borne à garantir le respect de certains principes généraux, tels l'impartialité, la transparence et l'égalité de traitement entre soumissionnaires, et ne prévoit "en aucun cas, s'agissant d'une loi-cadre, des processus stricts et des protocoles à mettre en place". Aussi bien la recourante estime-t-elle qu'en "mentionnant globalement les principes émanant de la LMI mais sans réellement expliquer dans quelle mesure ils auraient été violés, le Tribunal administratif retient à tort une violation des principes de transparence et d'égalité de traitement entre soumissionnaires [... et] exige en réalité l'application des processus définis par les Accords OMC et l'AIMP, respectivement de l'intégralité des règlements d'application fédéraux et cantonaux y relatifs, alors précisément que ces normes ne s'appliquent pas au marché public litigieux".
Dans la mesure où la recourante chercherait par cette argumentation à mettre en cause la compétence des premiers juges de se saisir du litige, il est douteux que son grief, articulé sur un mode appellatoire et de manière confuse, réponde aux exigences de motivation déduites de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261, 26 consid. 2.1 p. 31; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 120; <ref-ruling> consid. 1c p. 76 et les arrêts cités), surtout lorsque le Tribunal fédéral est, comme en l'espèce, saisi d'un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 7a p. 312; <ref-ruling> consid. 1b p. 495 et les arrêts cités). La question peut cependant rester indécise. En effet, même si elle n'était pas soumise à l'Accord intercantonal sur les marchés publics, la procédure litigieuse n'échappait pas, contrairement à l'opinion de la recourante, à toute réglementation: elle devait notamment respecter les dispositions générales des art. 7 ss RMCP, ainsi que les art. 48 à 50 RMCP. Certes, les premiers juges ont estimé qu'ils ne pouvaient pas vérifier l'application de ces dispositions en vertu de l'art. 50 RMCP, qui exclut tout recours contre les décisions rendues dans le cadre de l'adjudication de marchés non soumis à l'accord intercantonal. Ils se sont toutefois déclarés compétents pour vérifier la conformité de l'attribution du marché litigieux avec les art. 3 et 5 LMI. Or, cette compétence découle effectivement de l'art. 9 al. 1 et 2 LMI, dans sa teneur en vigueur, s'agissant du présent cas, jusqu'au 30 juin 2006 (RO 1996 II 1741; cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 408 ss; Evelyne Clerc, in: Commentaire Romand, Concurrence, ch. 3, 35, 46 et 79 ad <ref-law>). Le moyen tiré de l'incompétence du Tribunal administratif est donc mal fondé.
3.3 La recourante conteste également avoir violé les principes de la transparence et de l'égalité de traitement entre soumissionnaires. Elle soutient que le projet de variante sur lequel s'est porté son choix a été déposé en temps utile par le Consortium, en ce sens que "seuls ne figuraient pas au dossier les détails techniques de la variante", mais que le prix y était annoncé et que la présentation des autres critères (délais d'exécution, organisation, expérience, présentation et qualité des dossier) ne différait pas par rapport à la soumission principale. Quoi que laisse entendre la recourante, les "détails techniques" ne sont pas des éléments de peu d'importance quand il s'agit d'apprécier une offre portant sur la construction d'un ouvrage tel que celui en cause, même si son implantation est prévue pour être provisoire. Les premiers juges pouvaient dès lors sans arbitraire considérer que le Consortium avait déposé une offre de variante incomplète, d'autant que le cahier des charges précisait expressément ceci (p. 2): "Toute variante aux systèmes structures ou assemblages proposés devra être décrite et chiffrée séparément en complément du présent document. La proposition de variante ne désoblige pas le soumissionnaire de remplir totalement la soumission." Qu'avant l'ouverture des offres un fournisseur ou un sous-traitant du Consortium ait envoyé à ce dernier, comme le soutient la recourante, la description technique qui faisait défaut dans la soumission, ne change rien au fait qu'à l'échéance du délai fixé pour sa remise, l'offre du Consortium était incomplète.
La recourante critique aussi l'appréciation selon laquelle l'offre de la Société était plus précise et, partant, meilleure, que celle déposée par le Consortium sur la question du planning. Elle se défend aussi d'avoir privilégié ce critère d'une manière excessive et contraire au principe de la transparence; à cet égard, elle souligne que la durée prévue des travaux allait "quasiment du simple au double" entre l'offre du Consortium (deux mois et trois semaines) et celle de la Société (cinq mois).
Il est douteux que ce grief, formulé d'une manière appellatoire, soit recevable au regard de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ. Quoi qu'il en soit, dans la mesure où elle fixe un agenda précis des travaux à effectuer, avec les dates du début et de la fin des différentes interventions et la mention, comme exigé, des effectifs prévus en matière de personnel, l'offre de la Société pouvait sans arbitraire être considérée, sur ce point, comme meilleure que celle du Consortium, qui se contente d'indiquer ceci pour les dates d'intervention, sans même préciser les effectifs prévus: "A convenir selon planning" (sur ce point, cf. mutatis mutandis arrêt du 17 juin 2005, 2P.219/2003, consid. 3). Au demeurant, le montage du pavillon préfabriqué devait, selon le cahier des charges (cf. ch. 10.3.1), se faire entre le 27 février et le 12 mai 2006. Or, la Société a expressément indiqué qu'elle était en mesure de respecter ce planning, soit d'entreprendre dès la date prévue à cet effet par le maître de l'ouvrage les travaux de montage, et de les mener à bien dans des délais respectivement de sept semaines pour l'ossature en bois et d'une semaine pour l'ossature en métal. De son côté, le Consortium a simplement indiqué que ces deux étapes du montage ainsi que l'étape précédente portant sur la préfabrication des structures en atelier exigeaient, au total, deux mois et demi de travail. En l'absence d'autres indications, rien ne permet donc d'affirmer que le Consortium pouvait finir plus tôt que sa concurrente les travaux ici mis en soumission qui ne pouvaient de toute façon, selon le propre planning de la Commune, pas débuter en chantier avant le 27 février 2006.
3.4 La recourante fait encore valoir que la soumission de la Société aurait dû être écartée, car elle était incomplète au moment de son dépôt, contenant des attestations périmées qui n'ont été régularisées que plus tard. Comme les premiers juges n'ont pas examiné ce point, elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Toutefois, contrairement à ce qu'elle affirme, la recourante n'a pas soulevé ce moyen devant le Tribunal administratif, mais s'est contentée, dans la partie "En fait" de sa réponse au recours, de relever qu'elle avait "fait preuve de beaucoup de souplesse vis-à-vis [de la Société], acceptant de sa part qu'elle fournisse des attestations conformes dans les jours suivant [sic] l'ouverture publique des soumissions". La recourante est dès lors malvenue de se plaindre d'un prétendu vice qu'elle n'a pas contesté, mais a semble-t-il elle-même considéré comme réparé en procédure cantonale.
Quoi qu'il en soit, le droit d'être entendu n'oblige pas l'autorité judiciaire saisie d'un recours de répondre à chacun des motifs allégués; elle peut, au contraire, se limiter aux points essentiels pour la décision à rendre (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236 et les arrêts cités). Or, les premiers juges pouvaient, d'une manière exempte d'arbitraire, implicitement considérer que la prétendue informalité affectant l'offre de la Société était peu grave et que, comme telle, elle n'était pas de nature à justifier la mise à l'écart de ce soumissionnaire, conformément à une saine et juste application du principe de la proportionnalité (cf. arrêt du 28 juin 2006, 2P.97/2005, consid. 2).
3.5 Enfin, la recourante voit une application arbitraire de l'art. 63 al. 3 de la loi cantonale du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA) dans le fait que le Tribunal administratif a admis le recours et réformé la décision attaquée au lieu de lui renvoyer l'affaire pour nouvelle décision. Cette disposition a la teneur suivante: "si la juridiction administrative admet le recours, elle réforme la décision attaquée ou l'annule. Si elle le juge nécessaire, elle peut renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué pour nouvelle décision." Cette formulation laisse assurément une marge d'appréciation importante au Tribunal administratif pour décider, en cas d'admission du recours, s'il statue lui-même sur la cause ou s'il renvoie celle-ci à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Cette marge d'appréciation reste dans les limites de l'<ref-law>, qui autorise le juge des marchés publics tenu d'annuler une décision de se passer d'un renvoi lorsque les faits sont établis et que la nouvelle décision peut être prise directement (cf. Clerc, op. cit., ch. 88 ad <ref-law>). Du moment que les premiers juges s'estimaient suffisamment renseignés et que la recourante n'établit pas qu'ils ne le fussent pas, on ne voit dès lors pas en quoi ils seraient tombés dans l'arbitraire en statuant directement eux-mêmes sur le recours, d'autant que la recourante avait elle-même particulièrement insisté sur l'importance à réaliser au plus vite les travaux, de manière à respecter le planning prévu.
4. En tous points mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Succombant dans une procédure d'adjudication où elle est intervient comme pouvoir adjudicateur, la Commune doit supporter les frais de justice, car son intérêt pécuniaire est en cause (cf. art. 156 al. 2 OJ; arrêt du 31 mai 2000, 2P.342/1999, consid. 6 reproduit in Zbl 2001 p. 312 ss, p. 319). Vu son rôle limité en procédure fédérale, le Consortium est dispensé de payer des frais de justice. Quant à la Société, qui n'est plus représentée devant le Tribunal fédéral et s'est contentée de déposer une brève détermination concernant la requête d'effet suspensif, elle n'a pas droit à des dépens (cf. art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, à B._ AG, au Tribunal administratif du canton de Genève et au mandataire des entreprises formant le Consortium X._/Y._/Z._.
Lausanne, le 2 octobre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le juge présidant: Le greffier: