Sachverhalt:
A. Die Stimmberechtigten des Kantons Zürich nahmen am 30. November 2008 die Volksinitiative "Ja zur Wahlfreiheit beim Medikamentenbezug" an. Damit ist es auch den Ärztinnen und Ärzten der Städte Zürich und Winterthur generell gestattet, eine Privatapotheke zu führen und an Patientinnen und Patienten, die bei ihnen in Behandlung stehen, Medikamente abzugeben. Verschiedene Rechtsmittel hiergegen blieben erfolglos. Das Bundesgericht hat insbesondere im Verfahren der abstrakten Normenkontrolle die betreffende Bestimmung als rechtmässig erachtet (Urteil 2C_53/2009 vom 23. September 2011, publiziert in: ZBl 113/2012 S. 194). Die neue Regelung ist als § 25a des Gesundheitsgesetzes (Gesundheitsgesetz des Kantons Zürich vom 2. April 2007 [GesG/ZH]) seit dem 1. Mai 2012 in Kraft.
B. Die im Rubrum aufgeführten Personen führen alle eine Apotheke in Zürich oder in Winterthur. Bereits am 24. Oktober 2011 haben sie die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich (nachfolgend: Gesundheitsdirektion) darum ersucht, zu allen Verfahren beigeladen zu werden, in denen es um die Bewilligung einer Privatapotheke gehe. Die Gesundheitsdirektion überwies die Eingaben zuständigkeitshalber der Kantonalen Heilmittelkontrolle Zürich. Diese vereinigte die Gesuche und lehnte sie am 21. November 2011 ab. Einen dagegen eingereichten Rekurs wies die Gesundheitsdirektion am 24. Februar 2012 ab. Auch eine Beschwerde vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich blieb erfolglos (Urteil vom 8. Mai 2012).
C. Gegen diesen Entscheid erheben die Apothekerinnen und Apotheker (nachfolgend: Beschwerdeführende) am 11. Juni 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und sie seien als Partei, eventualiter als Beigeladene in alle Verfahren zur Bewilligung einer Privatapotheke in Zürich und Winterthur einzubeziehen. Sie stellen ausserdem den Subeventualantrag, ihnen sei Akteneinsicht für alle Verfahren zu erteilen, in welche Ärztinnen und Ärzte der Städte Zürich und Winterthur eine Bewilligung beantragen, um eine Privatapotheke führen zu können. Sub-subeventualiter sei das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. Während die Gesundheitsdirektion auf eine Vernehmlassung verzichtet hat, beantragen die kantonale Heilmittelkontrolle und das Verwaltungsgericht die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Endentscheid (<ref-law>) in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts, der nicht unter den Ausnahmekatalog von <ref-law> fällt, weshalb die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen steht (<ref-law>). Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ist zudem eine letzte kantonale Instanz im Sinne von <ref-law>. Sein Urteil kann nicht beim Bundesverwaltungsgericht angefochten werden.
1.2 Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hatte, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat. Diese Voraussetzung ist bei den Beschwerdeführenden erfüllt: Die Vorinstanz hat ihre Beschwerde abgewiesen und damit ihre Berechtigung zur Teilnahme an den Bewilligungsverfahren für Ärztinnen und Ärzte zur Führung einer Privatapotheke verneint. Zur Anfechtung eines solchen Entscheids sind sie ohne Weiteres befugt, denn sie haben ein berechtigtes Interesse an der Überprüfung ihrer Beschwerdebefugnis durch das Bundesgericht.
2. Die Beschwerdeführenden machen eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) sowie eine willkürliche Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts geltend. In der Sache handelt es sich um ein und denselben Beschwerdegrund, nämlich die Rüge, ihnen sei unzulässigerweise die Teilnahme am kantonalen Verfahren um Erteilung der Bewilligungen zur Führung einer Privatapotheke verweigert worden. Diesen Einwand prüft das Bundesgericht mit freier Kognition: Gemäss Art. 111 Abs. 1 und 3 BGG dürfen die Kantone die Legitimationsvoraussetzungen nicht enger umschreiben als <ref-law>. Die Formulierung von § 21 Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG/ZH), wonach derjenige zum Rekurs berechtigt ist, der durch eine Anordnung berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat, stimmt mit derjenigen von Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG überein. Wenn die Vorinstanz somit die Befugnis der Beschwerdeführenden zur Teilnahme am Verfahren in Anwendung des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich zu Unrecht verneint hätte, würde dies zugleich einen Verstoss gegen Bundesrecht darstellen. Falls die Beschwerdeführenden mit andern Worten gestützt auf <ref-law> legitimiert wären, die vorliegend strittigen Bewilligungen für die Medikamentenabgabe mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht anzufechten, dürfte die Befugnis zur Ergreifung der zur Verfügung stehenden kantonalen Rechtsmittel nicht verneint werden (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 149 f.; Urteil 2C_587/2012 vom 24. Oktober 2012 E. 2.1; vgl. zum alten Recht das Urteil 2A.59/2001 vom 14. Juni 2001 E. 2b).
3. 3.1 Die Beschwerdeführenden begründen ihre besondere Betroffenheit mit einer Beeinträchtigung in ihrer Wettbewerbsstellung. Mit der Zulassung des Medikamentenverkaufs durch die Ärzteschaft werde nicht nur der Markt für neue Konkurrenten im Sinne einer freiheitlichen Wirtschaftsordnung geöffnet, sondern das bereits bestehende ärztliche Monopol zum Ausstellen von Rezepten um eine Verkaufsberechtigung erweitert. Zugleich sehen die Beschwerdeführenden in § 25a GesG/ZH aber auch eine Schutznorm zugunsten der Apotheker, da der Medikamentenverkauf durch die Ärzteschaft beschränkt werde.
3.2 Bei der Prüfung der Legitimation der Beschwerdeführenden hat die Vorinstanz zunächst festgehalten, das Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetz definiere den Parteibegriff nicht. Es sei jedoch ausgehend von der Bestimmung der Beschwerdebefugnis in § 21 und 49 VRG/ZH vom selben Parteibegriff auszugehen, wie ihn Art. 6 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz; SR 172.021) für das Verwaltungsverfahren des Bundes umschreibe. Demnach sei als Partei zum Verfahren zuzulassen, wer vom Prozessausgang stärker als die Allgemeinheit betroffen sei und in einer besonderen, nahen Beziehung zur Streitsache stehe. Drittbetroffene müssten demnach durch die im Streit liegende behördliche Anordnung persönlich einen unmittelbaren rechtlichen oder faktischen Nachteil erleiden. Diese Ausführungen treffen zu und führen nicht zu einem engeren Legitimationsbegriff als dies <ref-law> vorgibt. Dies wird von den Beschwerdeführenden in der Sache auch nicht bestritten; insbesondere handelt es sich bei der von ihnen hervorgehobenen Unterscheidung zwischen "spezifischer, qualifizierter Beziehungsnähe" und "besonderer Beziehungsnähe" bloss um semantische, nicht um inhaltliche Differenzen.
3.3 Nach einer langjährigen Rechtsprechung vermag die Konkurrentenstellung allein noch keine Legitimation zur Beschwerdeführung gegen Bestimmungen zu begründen, die Andere begünstigen. Vielmehr folgt diese Art des Berührtseins aus dem Prinzip des freien Wettbewerbs und schafft deshalb noch keine besondere schutzwürdige Beziehungsnähe (<ref-ruling> E. 3d S. 9; <ref-ruling> E. 4d/e S. 202 f.; Urteil 2C_53/2009 vom 23. September 2011 E. 1.3). Anders verhält es sich nach der Rechtsprechung, wenn Bestimmungen mit wirtschaftspolitischer Zielsetzung in Frage stehen, die gerade das Konkurrenzverhältnis zwischen verschiedenen Gewerbetreibenden regeln wollen. Diesfalls ist eine besondere Beziehungsnähe und damit ein schutzwürdiges Interesse an der Beschwerdeführung zu bejahen. Das Gleiche gilt, wenn gesetzliche Vorschriften Konkurrenten ungleich behandeln oder in ungleicher Weise auf sie angewendet werden (<ref-ruling> E. 2c S. 269; <ref-ruling> E. 3e S. 9 f. und E. 3g/cc S. 12; Urteile 2C_94/2012 vom 3. Juli 2012 E. 2.3; 2C_53/2009 vom 23. September 2011 E. 1.3).
3.4 Das Bundesgericht hat in seinem Urteil 2C_53/2009 vom 23. September 2011 verschiedene Apothekerinnen und Apotheker als legitimiert erachtet, in einem Verfahren der abstrakten Normenkontrolle die hier im Anwendungsfall zur Diskussion stehende Bestimmung von § 25a GesG/ZH überprüfen zu lassen. Es hat dies damit begründet, die bisherige Norm (§ 17 aGesG/ZH) habe nur die Ärztinnen und Ärzte ausserhalb der Städte Zürich und Winterthur berechtigt, mit Bewilligung der Direktion des Gesundheitswesens eine Privatapotheke zu führen; es habe sich somit um eine Schutznorm zugunsten der Apotheken in den beiden Städten gehandelt (Urteil 2C_53/2009 vom 23. September 2011 E. 1.3 am Ende). Das Gericht hat aber an derselben Stelle auch festgehalten, mit der neuen Regelung von § 25a GesG/ZH solle der bis dahin bestehende Schutz vor Konkurrenz durch die Ärzteschaft dahinfallen.
Hat die Bestimmung von § 25a GesG/ZH (im Gegensatz zu § 17 aGesG/ZH) nicht mehr den Zweck, die Apotheken vor Konkurrenz durch Selbstdispensation der hierzu berechtigten Ärzte zu schützen, kommt ihr in dieser Hinsicht keine wirtschaftspolitische Zielsetzung mehr zu. Es fehlt mithin an einer speziellen Zulassungs- oder Kontingentierungsordnung, die spezifisch das Konkurrenzverhältnis zwischen Apotheker- und Ärzteschaft mit Bezug auf die (zu bewilligende) Selbstdispensation regelt und als solche die besondere, legitimationsbegründende Beziehungsnähe schafft. Was bleibt, ist demnach einzig die Betroffenheit der Apothekerinnen und Apotheker als Gewerbetreibende aufgrund einer möglicherweise verstärkten Konkurrenz. Diese ist indes dem Prinzip des freien Wettbewerbs eigen und vermag kein schutzwürdiges Interesse an der Beschwerdeführung zu begründen (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 269; <ref-ruling> E. 3d S. 9 mit Hinweisen; vgl. Urteil 2C_854/2011 vom 10. Mai 2012 E. 3.2).
3.5 Die Rechtsprechung betreffend die Legitimation von Konkurrenten ist in der Lehre kritisiert worden, worauf die Beschwerdeführenden hinweisen. Ihre Vorbringen geben jedoch keinen Anlass dazu, an dieser Stelle vertieft auf die Kritik einzugehen: Ihr Anliegen läuft darauf hinaus, in der Konstellation eines verschiedenen Berufskategorien geöffneten Marktes jedem Konkurrenten zu ermöglichen, gegen die Erteilung einer reinen Polizeibewilligung an einen grundsätzlich zur Marktteilnahme berechtigten Gesuchsteller Beschwerde zu erheben bzw. schon am entsprechenden Bewilligungsverfahren beteiligt zu werden. Eine derartige Ausweitung der Legitimation wäre jedenfalls schon aus Praktikabiliätsgründen nicht gerechtfertigt und ist abzulehnen. Das Rechtsmittel ist somit in Übereinstimmung mit der Vorinstanz als verpönte Konkurrentenbeschwerde zu qualifizieren.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerdeführenden nicht in schutzwürdigen Interessen betroffen und damit nicht befugt sind, die Erteilung von Bewilligungen für die Medikamentenabgabe an Ärztinnen und Ärzte anzufechten. Die Vorinstanz hat deshalb deren Gesuche zu Recht abgewiesen, die darauf abgezielt haben, als Partei oder als Beigeladene am kantonalen Verfahren teilnehmen zu dürfen (Eventualbegehren). Mangels Teilnahme am Verfahren waren ihnen auch weder ein Recht auf Akteneinsicht einzuräumen noch die erteilten Bewilligungen zuzustellen, weshalb sich das Subeventualbegehren als unbegründet erweist. Bei diesem Verfahrensausgang erübrigt sich ebenso eine Rückweisung an die Vorinstanz (Sub-Subeventualbegehren).
5. 5.1 Nach dem Gesagten ist die Beschwerde unbegründet und somit abzuweisen.
5.2 Bei diesem Verfahrensausgang tragen die Beschwerdeführenden die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens unter solidarischer Haftbarkeit (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zu sprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführenden unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Hänni