Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht Werdenberg-Sargans verurteilte X._ am 12. Juli 2005 wegen mehrfacher Geiselnahme, Nötigung, mehrfacher versuchter sexueller Nötigung, sexueller Nötigung und sexueller Handlungen mit einem Kind zu 6 Jahren Zuchthaus abzüglich 177 Tage Untersuchungshaft. Strafbegleitend ordnete es eine ambulante Massnahme an.
Das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen wies am 4. Dezember 2009 das Gesuch von X._ um bedingte Entlassung ab. Gleichzeitig stellte es beim Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland den Antrag auf Anordnung einer stationären Behandlung von X._ unter Aufschub des Vollzugs der Freiheitsstrafe. Das Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland ordnete am 25. Februar 2010 gestützt auf <ref-law> eine stationäre Massnahme an und schob den Vollzug der Reststrafe auf. Gegen dieses Urteil gelangte X._ mit Beschwerde an das Kantonsgericht St. Gallen.
B. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen beantragte am 16. März 2010 gestützt auf den Antrag des kantonalen Amtes für Justizvollzug vom 12. März 2010 beim Haftrichter des Kreisgerichts Rheintal die Anordnung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs. Das Kreisgericht gab dem Antrag am 23. März 2010 statt und wies X._ im Anschluss an den ordentlichen Strafvollzug, welcher am 3. April 2010 endete, in den vorzeitigen Massnahmenvollzug ein. Die von X._ gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde hiess die Anklagekammer des Kantons St. Gallen am 29. April 2010 gut und wies die Sache zur Durchführung einer mündlichen Verhandlung und Neubeurteilung an das Kreisgericht zurück. Bereits am 19. April 2010 reichte die Staatsanwaltschaft einen Antrag auf Verlängerung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs um drei Monate ein. Das Kreisgericht Rheintal bestätigte am 30. April 2010, im Anschluss an die mündliche Verhandlung vom gleichen Tag, den Entscheid vom 23. März 2010 betreffend die Anordnung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs und verlängerte diesen bis vorläufig längstens den 29. Juli 2010. Dem Eventualantrag von X._ auf Entlassung mit der Weisung, sich einer ambulanten Massnahme zu unterziehen, und dessen Subeventualantrag, die Verlängerung maximal auf einen Monat zu befristen, gab es nicht statt. Die Anklagekammer des Kantons St. Gallen wies die Beschwerde von X._ gegen diesen Entscheid am 29. Juni 2010 ab.
C. X._ führt Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, er sei umgehend aus dem vorzeitigen Massnahmenvollzug zu entlassen. Eventualiter sei der Entscheid der Anklagekammer vom 29. Juni 2010 aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer beanstandet, der Haftrichter habe das ihm zustehende Ermessen nicht ausgeübt. Er machte vor dem Kreisgericht geltend, es sei nicht zulässig, die Verhandlung aufgrund der Rückweisung durch die Anklagekammer und die Verlängerung gleichzeitig zu beurteilen. Vielmehr müsse zunächst über die Anordnung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs entschieden werden und einen Monat später über eine allfällige Verlängerung. Dem hielt das Kreisgericht im Entscheid vom 30. April 2010 entgegen, dies sei nicht möglich, da dem Beschwerdeführer diesfalls beinahe ein Monat ohne Titel die Freiheit entzogen gewesen wäre. Hinzu komme, dass der Entscheid vom 23. März 2010 von der Anklagekammer nicht in materieller, sondern lediglich in formeller Hinsicht gerügt worden sei. Hätte der Beschwerdeführer in Freiheit entlassen werden müssen, hätte bereits die Anklagekammer entsprechend entschieden. Damit soll der Haftrichter nach Auffassung des Beschwerdeführers angeblich zum Ausdruck gebracht haben, dass er sich ganz generell nicht befugt fühle, über eine Freilassung zu entscheiden. Die Vorinstanz sei auf diese Rüge in Verletzung von <ref-law> nicht eingegangen (Beschwerde Ziff. 1 S. 5 f.).
Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers setzt sich die Vorinstanz mit dieser Rüge auseinander (angefochtener Entscheid S. 5). Das Kreisgericht und die Vorinstanz prüften die Zulässigkeit des vorzeitigen Massnahmenvollzugs frei, wobei sie zum Ergebnis gelangten, die Voraussetzungen hierfür seien erfüllt. Aus dem blossen Verweis auf den Rückweisungsentscheid der Anklagekammer kann nicht der Schluss gezogen werden, der Haftrichter hätte sein Ermessen nicht ausgeschöpft. Eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör nach <ref-law> ist zu verneinen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die im Hauptverfahren erstinstanzlich angeordnete, aber noch nicht rechtskräftige stationäre Massnahme entbinde den Haftrichter nicht davon, den speziellen Haftgrund der Wiederholungs- und Fortsetzungsgefahr zu prüfen. Ansonsten würde die noch nicht rechtskräftig angeordnete Massnahme stets auch die Sicherheitshaft bzw. den vorzeitigen Massnahmenvollzug rechtfertigen. Die für die Anordnung einer stationären Massnahme erforderliche allgemeine Rückfallgefahr oder die rein hypothetische Möglichkeit weiterer Delikte reiche nicht aus. Erforderlich sei vielmehr eine hohe Wahrscheinlichkeit eines Rückfalls. Die Vorinstanz habe den Haftgrund der Wiederholungsgefahr in willkürlicher Weise bejaht (Beschwerde Ziff. 2 S. 6 ff.).
2.2 Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit wegen der Anordnung von Untersuchungs- oder Sicherheitshaft erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs die Auslegung und Anwendung des kantonalen Prozessrechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 mit Hinweis).
2.3 Ist die Anordnung einer freiheitsentziehenden Massnahme zu erwarten oder gefährdet der Angeschuldigte sich selbst oder andere, kann der Haftrichter gestützt auf Art. 133 Abs. 1 des Strafprozessgesetzes des Kantons St. Gallen vom 1. Juli 1999 (StP/SG) den vorzeitigen Massnahmenvollzug anordnen. Im Nachverfahren bedarf es gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung für die Anordnung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs bzw. von Sicherheitshaft einer hinreichenden Wahrscheinlichkeit, dass das Verfahren zu einer Massnahme führt, welche die Sicherstellung des Betroffenen erfordert (<ref-ruling> E. 2.3.2; Urteil 6B_160/2010 vom 1. Juni 2010 E. 1.1). Im Unterschied zum vorzeitigen Strafvollzug kann der vorzeitige Massnahmenvollzug nach Art. 133 Abs. 1 StP/SG auch gegen den Willen des Betroffenen angeordnet werden. Zuständig zum Entscheid ist der Haftrichter (NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 2. Aufl. 2005, N. 1130 S. 495).
2.4 Ist der Täter psychisch schwer gestört, so kann das Gericht gestützt auf <ref-law> eine stationäre Behandlung anordnen, wenn dieser ein Verbrechen oder Vergehen begangen hat, das mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht und zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen. Bei Aufhebung einer ambulanten vollzugsbegleitenden Behandlung kann eine stationäre Massnahme nach <ref-law> grundsätzlich auch nachträglich angeordnet werden (Urteil des Bundesgerichts 6B_160/2010 vom 1. Juni 2010 E. 1.2). Nach vollständiger Verbüssung der Strafe ist die Umwandlung einer ambulanten Therapie in eine stationäre Massnahme nach der unter dem alten Recht (Art. 43 Ziff. 3 aStGB) ergangenen Rechtsprechung nur in klaren Ausnahmefällen und unter strenger Berücksichtigung des Verhältnismässigkeitsgebots zulässig. Eine solche Ausnahmesituation ist etwa anzunehmen, wenn ein entlassener Straftäter nach dem Scheitern der Therapie die öffentliche Sicherheit in schwerer Weise gefährden würde und nur eine langfristige stationäre Behandlung die Rückfallgefahr vermindern könnte (Urteile des Bundesgerichts 6P.130/2005 vom 23. Januar 2006 E. 2; 1P.359/2005 vom 4. Juli 2005 E. 3.1.1; 6S.265/2003 vom 21. November 2003 E. 4). Diese Rechtsprechung hat auch unter dem neuen Recht (<ref-law>) Gültigkeit (vgl. Urteil des Bundesgerichts 6B_375/2008 vom 21. Oktober 2008 E. 4).
2.5 Aufgrund des erstinstanzlichen Urteils des Kreisgerichts Werdenberg-Sarganserland vom 25. Februar 2010 ist eine hinreichende Wahrscheinlichkeit für die Anordnung einer stationären Massnahme gegeben. Ob die Voraussetzungen für die Umwandlung der ambulanten in eine stationäre Massnahme tatsächlich erfüllt sind, wird das Kantonsgericht St. Gallen entscheiden müssen, angesichts der vom Beschwerdeführer gegen den erstinstanzlichen Entscheid des Kreisgerichts Werdenberg-Sarganserland erhobenen Beschwerde. Im vorliegenden Verfahren genügt es, dass eine solche Umwandlung hinreichend wahrscheinlich erscheint.
2.6 Das Vorliegen eines spezifischen Haftgrunds wird in Art. 133 Abs. 1 StP/SG, anders als beispielsweise in der zürcherischen Strafprozessordnung für die Anordnung von Sicherheitshaft (§ 67 i.V.m. <ref-law>/ZH, vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2), nicht ausdrücklich vorausgesetzt. Der besondere Haftgrund einer Wiederholungsgefahr im Sinne von Art. 113 Abs. 1 lit. c StP/SG ergibt sich jedoch bereits aus <ref-law>, wonach eine stationäre Massnahme nur zulässig ist, wenn die Gefahr weiterer Taten besteht.
Die Vorinstanz durfte in Anbetracht des Gutachtens des forensischen Dienstes des Kantons Luzern vom 19. Oktober 2009 (kantonale Akten HR 2.4) und der Ergebnisse der ambulanten Behandlung des Psychiatrisch-Psychologischen Dienstes des Justizvollzugs des Kantons Zürich vom 25. November 2009 (HR 2.5) eine erhebliche Rückfallgefahr im Sinne von Art. 113 Abs. 1 lit. c StP/SG als gegeben betrachten (vgl. angefochtenen Entscheid S. 8). Der Therapiebericht vom 25. November 2009 kommt zur legalprognostischen Einschätzung, beim Beschwerdeführer bestehe ein moderates bis deutliches Risiko, dass er erneut eine sexuelle Nötigung begehen werde. Auch der forensische Dienst des Kantons Luzern geht im Gutachten vom 19. Oktober 2009 davon aus, der Beschwerdeführer sei nicht austherapiert, und empfiehlt daher die Anordnung einer stationären Massnahme nach <ref-law>. Eine besonders hohe Wahrscheinlichkeit eines Rückfalls wird für die vorliegend zu beurteilende Frage des vorläufigen Massnahmenvollzugs nicht vorausgesetzt. Zulässig ist es sodann, wenn sich der Haftrichter für die Therapieprognose auch an der diesbezüglichen Einschätzung des erkennenden erstinstanzlichen Gerichts orientiert, sofern - wie hier - bereits ein (noch nicht rechtskräftiges) gerichtliches Urteil über die Anordnung der stationären Massnahme vorliegt (vgl. <ref-ruling> E. 5e). Ob der Beschwerdeführer die öffentliche Sicherheit in schwerer Weise gefährdet, was in der Regel Voraussetzung für die Umwandlung der ambulanten Therapie in eine stationäre Massnahme nach vollständiger Verbüssung der Strafe ist (supra E. 2.4), wird vom Sachgericht mit dem Entscheid in der Hauptsache abschliessend zu prüfen sein.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt Willkür im Sinne von <ref-law> und eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör nach <ref-law>, da seinem Antrag auf Befragung des Gutachters A._ und des Therapeuten B._ nicht stattgegeben worden sei (Beschwerde Ziff. 3 S. 9 ff.).
3.2 Die Vorinstanz befasst sich, entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers, mit dieser Rüge. Sie führt dazu aus, ein Beweisverfahren zum Vorliegen von besonderen Haftgründen könne grundsätzlich nicht zum Vornherein ausgeschlossen werden. Art. 126 Abs. 2 zweiter Satz StP/SG gelte in dieser absoluten Form nicht. Angesichts des bereits am 25. Februar 2010 ergangenen erstinstanzlichen Urteils sei es vorliegend jedoch nicht Aufgabe des Haftrichters, die beantragten Beweisabnahmen vorzunehmen. Dies umso weniger als es im Ergebnis um die gleiche Rechtsfrage gehe, nämlich ob die Voraussetzungen für die Anordnung einer stationären Behandlung wegen Rückfallgefahr in Bezug auf die Sexualstraftatbestände gegeben seien. Eine abschliessende Beurteilung dieser Frage sei daher im Verfahren vor dem Sachrichter vorzunehmen (angefochtener Entscheid S. 6).
3.3 Diese Auffassung ist nicht zu beanstanden, zumal der Beschwerdeführer im Hauptverfahren vor dem Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland bereits Gelegenheit hatte, Beweisanträge zu stellen. Sein Antrag auf Einvernahme seines Therapeuten B._ wurde vom Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland in dem Sinne gutgeheissen, als dieser aufgefordert wurde, schriftlich zu den vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Fragen Stellung zu nehmen (Urteil des Kreisgerichts Werdenberg-Sarganserland S. 3). Die schriftliche Eingabe von B._ lag der Vorinstanz vor (kantonale Akten HR 4.1).
4. 4.1 Im Eventualantrag macht der Beschwerdeführer geltend, sein Begehren auf Entlassung mit der Auflage, sich einer ambulanten Massnahme zu unterziehen, sei zu Unrecht abgewiesen worden. Er rügt auch in diesem Punkt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und eine willkürliche Ermessensausübung (Beschwerde Ziff. 4 S. 12 f.).
4.2 Das Verhältnismässigkeitsprinzip gebietet, dass die Person, die sich aufgrund einer zu erwartenden stationären therapeutischen Massnahme in Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft befindet, grundsätzlich - d.h. unter Vorbehalt des Haftzwecks - nicht schlechter gestellt wird, als wenn die Massnahme bereits angeordnet worden wäre. Der Haftrichter hat daher auch zu prüfen, ob der Inhaftierte in analoger Anwendung von <ref-law> unter der Verpflichtung zu ambulanter Behandlung entlassen werden kann. Kann mit der Anordnung einer stationären Massnahme gerechnet werden, ist das Interesse an einer wirksamen Therapie und Resozialisierung verstärkt zu berücksichtigen (Urteil des Bundesgerichts 1B_4/2010 vom 21. Januar 2010 E. 3.5.1 mit Hinweisen). Kein Raum für die Anordnung einer ambulanten Massnahme besteht, wenn die Fortführung der ambulanten Behandlung zuvor von der Vollzugsbehörde gestützt auf <ref-law> wegen Aussichtslosigkeit aufgehoben wurde (<ref-ruling> E. 3.4; Urteil 6B_375/2008 vom 21. Oktober 2008 E. 3).
4.3 Die Vorinstanz setzt sich mit der Frage einer ambulanten Ersatzmassnahme auseinander. Sie führt dazu aus, angesichts der erheblichen Rückfallgefahr müsse eine Entlassung gegen Auflage von Weisungen im Sinne einer Ersatzmassnahme verneint werden. Indem das Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland die Voraussetzungen für eine stationäre Behandlung im Sinne von <ref-law> bejaht habe, habe es geradezu ausgeschlossen, dass eine ambulante Behandlung bei der Freilassung in Frage kommen könnte. Bei der gegebenen Ausgangslage würde es vielmehr dem Zweck der vom Sachrichter (wenn auch noch nicht rechtskräftig) angeordneten stationären Behandlung gemäss <ref-law> widersprechen, wenn der Beschwerdeführer aus der Haft entlassen würde. Diese Begründung der Vorinstanz genügt den Anforderungen an eine rechtsgenügliche Entscheidmotivation und lässt keine Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips erkennen. Liegt die erstinstanzliche Anordnung einer stationären Massnahme bereits vor, ist es zulässig, diesem Umstand im Interesse einer wirksamen Therapie auch bei der Beurteilung des vorzeitigen Massnahmenvollzugs Rechnung zu tragen.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. August 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld