Faits:
A. La Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA), sise à Lucerne, est un établissement de droit public ayant la personnalité morale.
Par acte authentique du 5 mai 2004, instrumenté par Me Valérie Marti, notaire à Genève, la CNA a acquis les parcelles 2571 et 2572, feuille 17, de la commune de Genève/Eaux-Vives, pour le prix de 6'500'000 fr.
Par courrier du 13 mai 2004, le notaire prénommé a requis le Conseil d'Etat du canton de Genève d'exonérer la transaction mentionnée ci-dessus des droits de mutation et des émoluments d'inscription au registre foncier.
B. Par décision du 23 juin 2004, prise sur délégation du Conseil d'Etat, la Conseillère d'Etat chargée du Département des finances du canton de Genève a rejeté la demande. Elle a considéré que l'art. 80 de la loi fédérale du 6 octobre 2000 sur la partie générale du droit des assurances sociales (LPGA, entrée en vigueur le 1er janvier 2003; RS 830.1) ne prévoyait pas l'exonération des impôts fonciers tels que les « impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et les droits de mutation ».
Le 29 juin 2004, le Service de l'enregistrement de l'Administration fiscale du canton de Genève a adressé au notaire prénommé un bordereau de 184'550 fr. 40 au titre des droits de mutation (par 184'500 fr.), autres droits et centimes additionnels afférents à la transaction mentionnée ci-dessus. La CNA et Me Marti ont formé une réclamation à l'encontre de cette taxation.
Le 30 juin 2004, le Registre foncier du canton de Genève a facturé à Me Marti pour la transaction en cause des émoluments d'inscription de 18'555 fr. La CNA et Me Marti ont également interjeté une réclamation à l'encontre de cette taxation.
C. Agissant par la voie du recours de droit public, la CNA et le notaire prénommé demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 23 juin 2004 par la Conseillère d'Etat chargée du Département des finances du canton de Genève. Ils dénoncent une violation de leur droit d'être entendus, la décision entreprise n'étant pas suffisamment motivée, une violation du principe de la force dérogatoire du droit fédéral ainsi qu'une application du droit cantonal contraire au principe d'égalité de traitement et arbitraire.
Le Département des finances du canton de Genève conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
La procédure de réclamation contre le bordereau du 29 juin 2004 et celle ayant pour objet les émoluments du registre foncier ont été suspendues dans l'attente de l'issue de la présente procédure.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 60; <ref-ruling> consid. 1 p. 317).
1.1 La décision attaquée délimite le « cadre » matériel admissible de l'objet du litige. Ainsi, l'autorité de recours, en l'espèce le Tribunal fédéral, ne peut en principe pas examiner les prétentions et les griefs qui n'ont pas fait l'objet du prononcé de l'instance inférieure et le recourant ne peut pas prendre des conclusions qui sortent de ce cadre (Benoît Bovay, Procédure administrative, Berne 2000, p. 390-391; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, nos 404-405 et les références).
En l'occurrence, les recourantes soutiennent que la décision entreprise porte non seulement sur les droits de mutation, mais également sur les émoluments du registre foncier, alors que l'autorité intimée prétend avoir statué uniquement sur l'exonération des droits de mutation.
Au premier paragraphe de la décision attaquée, l'autorité intimée se réfère à la requête tendant à l'exonération « des droits d'enregistrement et des émoluments du registre foncier » afférents à la transaction immobilière mentionnée ci-dessus. Au deuxième paragraphe, elle rejette la demande en faisant valoir que l'<ref-law> ne prévoit pas « l'exonération d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation ». Cette motivation mentionne donc expressément les droits de mutation, mais non les émoluments du registre foncier, de sorte qu'il y a lieu d'admettre que la décision ne porte que sur les premiers. La Conseillère d'Etat chargée du Département des finances n'était d'ailleurs pas compétente pour statuer sur l'exonération des émoluments du registre foncier, comme ledit Département l'indique dans la détermination sur le recours et comme les recourantes le relèvent, en dénonçant une application arbitraire des règles de compétence matérielle du droit cantonal. Dès le moment où la décision attaquée porte uniquement sur l'exonération des droits de mutation, le grief tombe à faux. Il n'empêche que l'autorité intimée aurait dû expressément décliner sa compétence et, en vertu de l'art. 11 al. 3 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (RS/GE E 5 10), transmettre d'office la requête à l'autorité compétente pour ce qui est des émoluments du registre foncier. Son omission ne change cependant rien au fait que la décision entreprise ne se prononce pas matériellement sur l'exonération des émoluments du registre foncier. Partant, à cet égard, les recourantes ne peuvent prendre de conclusions et le recours doit être déclaré irrecevable.
1.2 Selon l'art. 88 OJ, le recours de droit public est ouvert uniquement à celui qui est atteint par l'acte attaqué dans ses intérêts personnels et juridiquement protégés (<ref-ruling> consid. 1 p. 309, 82 consid. 1.3 p. 85). Le recours formé pour sauvegarder l'intérêt général ou ne visant qu'à préserver des intérêts de fait est en revanche irrecevable (<ref-ruling> consid. 1a p. 44; cf. également <ref-ruling> consid. 3b p. 85). Sont des intérêts personnels et juridiquement protégés ceux qui découlent d'une règle de droit fédéral ou cantonal ou directement d'une garantie constitutionnelle spécifique pour autant que les intérêts en cause relèvent du domaine que couvre ce droit fondamental (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 117, 217 consid. 1 p. 219).
En l'occurrence, tant la CNA, qui, étant acquéreur des immeubles, doit supporter les droits de mutation (art. 163 al. 1 de la loi genevoise du 9 octobre 1969 sur les droits d'enregistrement, LDE; RS/GE D 3 30) que le notaire, en sa qualité de débiteur des droits pour les actes de son ministère (art. 161 al. 1 lettre a LDE), ont qualité pour recourir.
1.3 Au demeurant, la décision attaquée a été rendue en dernière instance cantonale, comme elle le mentionne expressément. Par ailleurs, le grief selon lequel une décision de dernière instance concernant la taxation des impôts cantonaux est contraire à des dispositions de droit public fédéral prévoyant une exonération ne peut être soulevé dans le cadre d'un recours de droit administratif, mais bien en procédant par la voie du recours de droit public pour violation de la force dérogatoire du droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 4; <ref-ruling> consid. 2a p. 244).
Enfin, le recours a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites, de sorte qu'il est recevable pour le surplus.
2. 2.1 Les recourantes dénoncent une violation de leur droit d'être entendues, dans la mesure où la décision entreprise ne serait pas suffisamment motivée. Elles reprochent en particulier à l'autorité intimée de n'avoir pas interprété l'<ref-law> en relation avec l'ancien art. 67 de la loi fédérale du 20 mars 1981 sur l'assurance-accidents (LAA; RS 832.20), qui a été abrogé par la loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales, et de ne pas avoir tenu compte de la situation particulière de la CNA au regard de son but et de ses activités.
2.2 Selon la jurisprudence relative à l'art. 4 aCst. (art. 29 al. 2 Cst.), la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236).
2.3 En l'occurrence, la motivation de la décision entreprise est particulièrement succincte. Elle satisfait toutefois aux exigences rappelées ci-dessus, dans la mesure où elle se réfère à la disposition légale qui, interprétée littéralement, suffit à rejeter la requête d'exonération. Les recourantes ont d'ailleurs été pleinement en mesure de saisir le sens et la portée de cette décision, comme l'attestent les arguments qu'elles développent dans leur mémoire de recours. Le grief de violation du droit d'être entendu doit donc être rejeté.
3. 3.1 Dénonçant une violation du principe de la force dérogatoire du droit fédéral, les recourantes soutiennent que la décision attaquée serait contraire à l'<ref-law>, qui exonère les assureurs notamment des impôts directs. En relation avec la loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales, le texte légal revêtirait une importance moindre. L'étude de la genèse de cette disposition montrerait que le législateur n'a pas entendu s'écarter de l'ancien <ref-law>, qui exemptait la CNA plus largement de tous les impôts. La référence aux impôts directs proviendrait de ce que le législateur s'est inspiré de l'ancien art. 94 de la loi fédérale du 20 décembre 1946 sur l'assurance-vieillesse et survivants (LAVS; RS 831.10), dans un but purement rédactionnel et sans vouloir introduire une limitation par rapport à l'ancien <ref-law>. Une interprétation large de l'<ref-law> se justifierait aussi d'un point de vue téléologique (éviter que les collectivités publiques s'imposent mutuellement, ne pas grever les assurances sociales). Il faudrait de plus tenir compte du fait que la Confédération et ses établissements ont été et sont exonérés de tous les impôts cantonaux, auparavant en vertu de l'art. 10 de la loi fédérale du 26 mars 1934 sur les garanties politiques et de police en faveur de la Confédération (RO 50 p. 529 ss), dans sa teneur du 5 mai 1977 (RO 1977 p. 2250), et désormais de l'art. 62d de la loi fédérale du 21 mars 1997 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration (LOGA, qui a abrogé la loi fédérale sur les garanties politiques et de police en faveur de la Confédération avec effet au 1er décembre 2003; RS 172.010). Au demeurant, en relation avec l'<ref-law>, les impôts indirects devraient être définis comme ceux dont le débiteur n'est pas identique à la personne qui supporte l'impôt. Les droits de mutation mis à la charge de la CNA ne répondraient pas à cette définition, car ils ne peuvent pas être répercutés sur quelqu'un d'autre. Il s'agirait donc d'impôts directs, de sorte que la CNA devrait être mise au bénéfice de l'exonération, contrairement à ce que prévoit la décision attaquée.
3.2 Selon le principe de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 49 al. 1 Cst.), la législation fédérale l'emporte sur la réglementation cantonale, quel que soit leur niveau respectif. Il est notamment interdit au législateur ou à l'exécutif cantonal d'intervenir dans les matières que le législateur fédéral a entendu réglementer de façon exhaustive, d'éluder le droit fédéral ou d'en contredire le sens ou l'esprit (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 230; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 86-87; <ref-ruling> consid. 2 p. 404). Le Tribunal fédéral examine en principe librement, dans chaque cas d'espèce, si les normes de droit cantonal ou communal sont compatibles avec le droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 98; <ref-ruling> consid. 3 p. 70).
La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Selon la jurisprudence, il n'y a lieu de déroger au sens littéral d'un texte clair par voie d'interprétation que lorsque des raisons objectives permettent de penser que ce texte ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause. De tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi. Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 31; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 484, 472 consid. 6.5.1 p. 475).
3.3 L'<ref-law> dispose ce qui suit:
« Les assureurs et les organes d'exécution sont exonérés des impôts directs fédéraux, cantonaux et communaux ainsi que des impôts cantonaux et communaux sur les successions et donations dans la mesure où leur revenu et leur fortune servent exclusivement à mettre en oeuvre les assurances sociales, ou à allouer ou à garantir des prestations d'assurances sociales. »
Cette disposition règle de manière uniforme l'exonération fiscale de toutes les institutions d'assurances sociales et de tous les organes d'exécution, exonération qui, avant l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales, était prévue dans les différentes lois spéciales (rapport de la Commission du Conseil des Etats sur l'initiative parlementaire en vue de l'adoption d'une loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales, FF 1991 II p. 181 ss, 266). La loi fédérale sur l'assurance-accidents réglait l'exonération fiscale de la CNA à l'art. 67 et celle des autres assureurs à l'art. 71.
L'ancien <ref-law> avait la teneur suivante (RO 1982 p. 1697):
« La CNA est exempte d'impôts, sauf pour sa fortune immobilière en tant qu'elle n'est pas directement affectée à la gestion de l'assurance ou au placement de réserves mathématiques ».
L'ancien <ref-law> disposait ce qui suit (RO 1982 p. 1698):
« Les assureurs sont exonérés des impôts directs fédéraux, cantonaux et communaux pour les montants qu'ils affectent aux réserves mathématiques, à condition que celles-ci soient exclusivement destinées à garantir des droits fondés sur la présente loi ».
Ainsi, en ce qui concerne l'exonération fiscale, la CNA et les autres assureurs autorisés à pratiquer l'assurance-accidents n'étaient pas soumis au même régime. L'exonération avait une portée différente notamment dans la mesure où la CNA était en principe exemptée de tous les impôts, alors que les autres assureurs étaient affranchis des seuls impôts directs. L'<ref-law> limite désormais lui aussi l'exonération aux impôts directs. Lors des travaux préparatoires, la Commission de la sécurité sociale et de la santé du Conseil national a proposé d'abroger l'<ref-law> - proposition qui a été suivie par les Chambres -, en considérant que l'exonération de la CNA était désormais prévue par la règle générale de l'<ref-law>, devenu par la suite l'<ref-law> (rapport de ladite commission, FF 1999 p. 4168 ss, 4354). C'est dire que le législateur a expressément envisagé le cas de la CNA, en décidant de la soumettre au régime général de l'<ref-law>. Dans ces conditions, l'argumentation des recourantes, selon laquelle le législateur n'aurait pas voulu s'écarter de l'<ref-law>, ne peut être suivie. Il y a lieu au contraire de s'en tenir au texte clair de l'<ref-law>, qui limite l'exemption aux impôts directs.
3.4 Les critères de distinction entre les impôts directs et indirects sont nombreux et, pour certains, controversés. Le critère traditionnel est tiré de l'incidence économique de l'impôt: les impôts directs sont ceux qui frappent immédiatement les contribuables qui les supportent économiquement, alors que les impôts indirects sont généralement répercutés sur des tiers. Actuellement, la doctrine majoritaire fonde la distinction sur le rapport existant entre l'objet de l'impôt et sa base de calcul: les impôts directs sont ceux dont l'objet et la base de calcul sont identiques, alors que les impôts indirects sont calculés sur des éléments différents de leur objet (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 2ème éd., Genève/Bâle/Munich 2002, § 1 nos 19 ss; Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4ème éd., Berne 2002, p. 18; Ernst Höhn/Robert Waldburger, Steuerrecht, vol. I, 9ème éd., Berne/ Stuttgart/Vienne 2001, § 3 nos 73 ss). Une autre approche est basée sur le rapport existant entre l'objet de l'impôt (notion juridique) et l'état de fait économique qui est frappé par celui-ci (« Steuergut », notion économique). Dans le cas des impôts directs, les deux notions coïncident, alors qu'elles sont différentes pour les impôts indirects (Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6ème éd., Zurich 2002, p. 154).
Dans un sens large, le droit de mutation est un impôt frappant les transferts juridiques et économiques, à titre onéreux ou gracieux, entre vifs ou pour cause de mort, d'immeubles ou de parts d'immeubles (Olivier Thomas, Les droits de mutation, th. Lausanne 1991, p. 29). Il a pour objet le transfert en tant que tel; de manière générale et en particulier dans le canton de Genève (art. 9 al. 1 en relation avec l'art. 33 LDE), il est calculé sur la base du prix d'acquisition. Il est par conséquent qualifié sans discussion d'impôt indirect (Höhn/Waldburger, op. cit., § 3 no 37; Oberson, op. cit., § 17 no 21; <ref-ruling> consid. 4a p. 8; 2P.89/1999, RDAT 2000 II n. 1t p. 371, RNRF 82/2001 p. 118 consid. 2b/bb). Quant au critère de l'incidence économique qui vaut avant tout pour les impôts de consommation, il est vrai que, dans le cas particulier, le transfert de l'impôt à un tiers n'est pas prévu en tant que tel; les droits de mutation font toutefois partie des charges qui sont soit activées dans un compte « Immeubles », soit comptabilisées comme frais généraux de l'entreprise.
Au vu de ce qui précède, le droit de mutation genevois constitue bien un impôt indirect qui n'entre pas dans le champ d'application de l'<ref-law>. Partant, la décision attaquée n'est pas contraire à cette disposition et le grief de violation du principe de la force dérogatoire du droit fédéral doit être rejeté.
4. 4.1 Les recourantes soutiennent finalement que la décision entreprise fait une application contraire au principe d'égalité de traitement et arbitraire du droit cantonal. Elles relèvent que les art. 28 al. 1 lettres a à p et 42 LDE exonèrent des droits de mutation le canton de Genève et ses établissements, les communes genevoises et leurs établissements ainsi que d'autres institutions à but exclusivement social. Selon elles, il est choquant, contraire au principe d'égalité de traitement et arbitraire de traiter la CNA différemment.
4.2 Le principe d'égalité (art. 8 Cst.) et la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) sont étroitement liés. Une décision est arbitraire lorsqu'elle ne repose pas sur des motifs sérieux et objectifs ou n'a ni sens ni but. Elle viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et lorsque ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 6-7; <ref-ruling> consid. 6 p. 357 ss; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 125). L'inégalité de traitement apparaît ainsi comme une forme particulière d'arbitraire, consistant à traiter de manière inégale ce qui devrait l'être de manière semblable ou inversement (ATF <ref-ruling> consid. 6 p. 357 ss; 1 consid. 3 p. 3; <ref-ruling> consid. 5 p. 192 et les références citées).
4.3 Intitulé « Exemptions », l'art. 28 LDE fait partie du titre IV « Donations entre vifs ». Son texte est le suivant:
«1 Sont exemptes de tous droits, les donations faites:
a) aux Eglises, pour les besoins des cultes si celles-ci exercent leur activité dans le canton de Genève;
b) à l'Etat de Genève, ainsi qu'aux établissements qui en dépendent;
c) aux communes du canton de Genève, ainsi qu'aux établissements qui en dépendent;
d) à l'Hospice général, au bureau central d'aide sociale et aux institutions qui en dépendent;
e) aux Hôpitaux universitaires de Genève;
f) (abrogé)
g) (abrogé)
h) aux cliniques genevoises de Joli-Mont et de Montana;
i) à la maison de retraite du Petit-Saconnex créée par la loi du 17 septembre 1993;
j) à la fondation officielle de la jeunesse;
k) à l'office des allocations aux personnes âgées, veuves, orphelins et invalides créé par la loi du 25 octobre 1968;
l) aux caisses de secours des sapeurs-pompiers visées par la loi du 22 mars 1899;
m) à la fondation de secours mutuels aux orphelins;
n) (abrogé)
o) à la Croix-Rouge suisse ou à sa section genevoise;
p) au Comité international de la Croix-Rouge;
q) aux sociétés et institutions ayant la personnalité civile et leur siège dans le canton de Genève, qui exercent une activité d'utilité publique, culturelle ou de bienfaisance, dont les bénéficiaires, en règle générale, résident dans le canton de Genève ou sont de nationalité genevoise;
r) aux sociétés et institutions ayant la personnalité civile et leur siège dans un autre canton qui exercent sur l'ensemble du territoire de la Confédération l'une ou l'autre des activités mentionnées sous lettre q;
s) aux sociétés et institutions ayant la personnalité civile et leur siège dans un autre canton et qui exercent essentiellement dans ce canton, l'une ou l'autre des activités mentionnées sous lettre q. L'exemption de l'enregistrement et du paiement des droits n'est accordée dans ce cas que sous réserve de réciprocité.
2 En outre, le Conseil d'Etat peut exempter de l'enregistrement ou du paiement partiel ou total des droits d'autres sociétés et institutions ayant la personnalité civile et qui exercent soit dans le canton, soit hors de celui-ci, dans une mesure prépondérante, l'une ou l'autre des activités mentionnées sous lettre q de l'alinéa 1.
[...]».
L'art. 42 LDE fait partie du titre V « Ventes ». Intitulé « Acquisition d'immeubles par une commune ou des institutions énumérées à l'article 28, alinéa 1, lettres a à p », il dispose ce qui suit:
« 1 Les acquisitions d'immeubles faites dans un but d'utilité publique par les communes ou les institutions énumérées à l'article 28, alinéa 1, lettres a à p, sont exemptées des droits prévus au présent titre.
2 Le Conseil d'Etat constate, dans chaque cas, par un arrêté spécial, si l'acquisition a un but d'utilité publique et remplit les conditions exigées ».
L'art. 42 LDE limite ainsi l'exemption des droits de mutation aux corporations, établissements et institutions énumérés aux lettres a à p de l'art. 28 LDE, soit à ceux qui exercent une activité d'utilité publique ou d'intérêt général en principe en relation avec le canton de Genève. Or, la CNA n'en fait pas partie. Même dans le cadre de son monopole partiel, elle a une activité commerciale qui se distingue nettement de celle à laquelle se vouent ces corporations, établissements et institutions. Au vu des dispositions précitées - dont les recourantes ne prétendent pas qu'elles seraient elles-mêmes contraires au principe de l'égalité de traitement ni arbitraires -, l'autorité intimée n'a pas violé les droits constitutionnels en refusant d'exempter la CNA des droits de mutation en relation avec la transaction en cause. Partant, le grief tiré d'une application contraire au principe d'égalité de traitement et arbitraire du droit cantonal est mal fondé.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourantes supportent les frais judiciaires (art. 156 al. 1 OJ) et n'ont pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des recourantes et à la Conseillère d'Etat chargée du Département des finances du canton de Genève.
Lausanne, le 8 août 2005
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: