Sachverhalt:
A. Der 1962 geborene K._ arbeitete als Assistenzarzt am Spital X._ und war auf Grund dieses Arbeitsverhältnisses obligatorisch bei den Elvia Versicherungen (heute: Allianz Suisse Versicherungen; nachfolgend: Allianz) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 29. Juni 2000 meldete die Arbeitgeberin einen Unfall vom 24. Juni 2000. Demnach war K._ beim Tischtennisspielen in Rotationsbewegung auf den Rücken gestürzt. Er habe sich nicht mehr bewegen und aufstehen können und einen überschiessenden Schmerz im Lendenbereich mit Ausstrahlung in den rechten Oberschenkel verspührt. Er habe nach Hause getragen werden müssen. Eine Computertomographie der LWS vom 3. Juli 2000 ergab eine Osteochondrose L5/S1 mit einer grossen mediolateralen Diskushernie mit Kompression der Nervenwurzel S1 und des Duralsacks rechtsseitig sowie eine kleine mediolaterale Diskushernie L4/L5 rechtsseitig ohne Kompression der Nervenwurzeln. Nach einer erfolglosen konservativen Therapie wurde am 15. August 2000 eine mikrochirurgische Dekompression vorgenommen. Der Versicherte konnte seine Arbeit als Assistenzarzt in der Anästhesie bereits vier Wochen nach dem Eingriff wieder aufnehmen. Es kam jedoch zu einem Rezidiv, weshalb am 17. November 2000 erneut operiert werden musste. Ab 9. April 2001 konnte der inzwischen zum Oberarzt ernannte Versicherte seine Arbeit wieder zu 50 % aufnehmen. Er wurde in der Folge mehrfach dazu begutachtet, ob seine Rückenbeschwerden in einem natürlichen Kausalzusammenhang zum Ereignis vom 24. Juni 2000 stehen würden (Prof. Dr. med. B._, Facharzt für Wirbelsäulen- und Rückenmarkschirurgie, Klinik H._, vom 23. Oktober 2002; Aktengutachten des PD Dr. med. A._, Facharzt für Chirurgie FMH, vom 22. November 2004; Prof. Dr. med. S._, Direktor der Klinik Neurochirurgie, Spital Y._, vom 13. Februar 2006; Aktengutachten des Dr. med. R._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, vom 5. Juli und 27. Dezember 2006). Mit Verfügung vom 16. Januar 2007 teilte die Allianz dem Versicherten mit, unter Würdigung aller zur Verfügung stehender Unterlagen sei das Ereignis vom 24. Juni 2000 geeignet gewesen, die Diskushernien auszulösen, nicht aber sie zu verursachen. Die Dauer des unfallbedingten Beschwerdeschubes werde mit längstens zwei Jahren veranschlagt, womit die aktuellen Beschwerden nicht mehr unfallkausal seien. Leistungen aus der Unfallversicherung seien daher bis zum 24. Juni 2002 geschuldet. Auf eine Rückforderung der darüber hinaus gewährten Leistungen werde verzichtet. Die dagegen erhobene Einsprache lehnte die Allianz mit Entscheid vom 23. Oktober 2007 ab, wobei nunmehr auch in Frage gestellt wurde, ob sich am 24. Juni 2000 überhaupt ein Unfall im Rechtssinne ereignet habe.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies eine gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 9. April 2008 ab.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es seien ihm in Aufhebung des Einspracheentscheides und des vorinstanzlichen Entscheides auch über den 25. Juni 2002 hinaus Versicherungsleistungen zu erbringen.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Rechtsgrundlagen bezüglich des Unfallbegriffs (Art. 4 ATSG) und die Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung im Allgemeinen (Art. 6 Abs. 1 UVG) sowie die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 1 S. 337; neueren Datums: <ref-ruling> E. 3.1 S. 181; <ref-ruling> E. 2a S. 45, je mit Hinweisen) im Besonderen zutreffend dargelegt. Gleiches gilt in Bezug auf die Ausführungen zum Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des Status quo sine vel ante und zu den sich dabei stellenden Beweisfragen (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328, U 180/93; siehe ebenso <ref-ruling> E. 3b in fine S. 264; RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45, U 355/98. Richtig sind auch die vorinstanzlichen Erwägungen zum Beweiswert und zur Würdigung medizinischer Berichte und Stellungnahmen (RKUV 1991 Nr. U 133 S. 311, U 8/91; neuer: <ref-ruling> E. 3a S. 352; <ref-ruling> E. 1c S. 160 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob der Versicherte aus dem Ereignis vom 24. Juni 2000 über den 23. Juni 2002 hinaus Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung hat. Im Einspracheentscheid und auch in der Vernehmlassung im bundesgerichtlichen Verfahren vertritt die Allianz die Ansicht, am 24. Juni 2000 habe sich kein Unfall im Rechtssinne ereignet. Das kantonale Gericht hat diese Frage offen gelassen. Zu beantworten ist daher in erster Linie die Frage, ob die Diskushernien und die nach zweifacher Operation noch fortbestehenden Beschwerden in einem natürlichen Kausalzusammenhang zum fraglichen Ereignis stehen. Während der Beschwerdeführer dies bejaht, verneinen Unfallversicherer und Vorinstanz den natürlichen Kausalzusammenhang.
4. 4.1 Gemäss Allianz sei die beschwerdeführerische Schilderung des Sachverhaltes, wonach er am 24. Juni 2000 beim Tischtennisspielen durch eine Rotationsbewegung beim "Fischen" eines Balles nach rechts ausgerutscht und auf den Rücken gestürzt sei, "durch nichts belegt". Bezweifelt wird insbesondere der Sturz auf den Rücken.
4.2 Die Zweifel der Unfallversicherung über den Hergang des Unfalls rühren insbesondere davon, dass ein Sturz in verschiedenen Arztzeugnissen keine Erwähnung findet. Dabei wird nicht beachtet, dass der Beschwerdeführer selbst in seiner Schilderung äusserst konstant blieb. So wird in der Unfallmeldung vom 29. Juni 2000 bereits festgehalten: "In Rotationsbewegung gestürzt (auf Rücken) ... Konnte mich nicht mehr bewegen und aufstehen ... wurde nach Hause getragen". Es werden Zeugen des Vorgangs angegeben. Mit anderen Worten, aber mit gleichem Inhalt wurde der Unfall am 24. November 2000 auf Befragen auch einem Versicherungsinspektor geschildert. Dieses Protokoll ist vom Beschwerdeführer unterzeichnet. Die Tatsache, dass der erstbehandelnde Arzt den Sturz in der Anmeldung zur radiologischen Untersuchung nicht erwähnte und bei den klinischen Angaben "ohne Trauma" anführte, besagt nicht, dass der Sturz gegenüber den Arzt nicht erwähnt worden ist, und dass dieser unter "Trauma" den rechtlichen Unfallbegriff verstand. Der Versicherung wäre es offen gestanden, die angegebenen Zeugen über den Vorgang zu befragen, um sich darüber Klarheit zu verschaffen, ob der Beschwerdeführer tatsächlich gestürzt ist oder nicht. Ebenso hätten die Ärzte, die den Sturz in ihren Berichten nicht erwähnten, darüber befragt werden müssen, ob ein solcher vom Beschwerdeführer angeführt worden sei und woher sie ihre Schilderung des Vorganges vom 20. Juni 2000 haben. Das wurde aber offenbar nicht für notwendig erachtet, da die Unfallversicherung nach anfänglichen Zweifeln - die von Beginn weg auch hinsichtlich des Vorliegens eines Unfalles bestanden - während Jahren Versicherungsleistungen erbracht hatte. Damit besteht eine faktische Verfügung hinsichtlich der grundsätzlichen initialen Leistungspflicht, auf die nur mittels prozessualer Revision oder einer Wiedererwägung aufgrund einer zweifellosen Unrichtigkeit zurückgekommen werden könnte. Beides wird auch von Seiten der Allianz nicht vorgebracht, sodass im weiteren davon auszugehen ist, dass sich am 24. Juni 2000 ein Unfall im Rechtssinne ereignete.
5. Damit bleibt zu prüfen, ob die Versicherungsleistungen zu Recht zwei Jahre nach dem Unfall eingestellt wurden.
5. Damit bleibt zu prüfen, ob die Versicherungsleistungen zu Recht zwei Jahre nach dem Unfall eingestellt wurden.
5.1 5.1.1 Es entspricht einer medizinischen Erfahrungstatsache im Bereich des Unfallversicherungsrechts, dass praktisch alle Diskushernien bei Vorliegen degenerativer Bandscheibenveränderungen entstehen und ein Unfallereignis nur ausnahmsweise, unter besonderen Voraussetzungen, als eigentliche Ursache in Betracht fällt. Als weitgehend unfallbedingt kann eine Diskushernie betrachtet werden, wenn das Unfallereignis von besonderer Schwere und geeignet war, eine Schädigung der Bandscheibe herbeizuführen, und die Symptome der Diskushernie (vertebrales oder radikuläres Syndrom) unverzüglich und mit sofortiger Arbeitsunfähigkeit auftreten. In solchen Fällen hat die Unfallversicherung praxisgemäss auch für Rezidive und allfällige Operationen aufzukommen (RKUV 2000 Nr. U 379 S. 192 E. 2a, U 138/99, mit Hinweis auf das nicht veröffentlichte Urteil U 159/95 vom 26. August 1996, E. 1b, und medizinische Literatur; aus jüngster Zeit etwa: Urteile 8C_344/2008 vom 13. Oktober 2008, 8C_637/2007 vom 11. August 2008, E. 2.2, 8C_239/2007 vom 7. August 2008, E. 5.3, und 8C_614/2007 vom 10. Juli 2008, E. 4.1.1).
5.1.2 Ist indessen die Diskushernie bei degenerativem Vorzustand durch den Unfall nur aktiviert, nicht aber verursacht worden, so hat die Unfallversicherung nur Leistungen für das unmittelbar im Zusammenhang mit dem Unfall stehende Schmerzsyndrom zu erbringen (a.a.0.). Solange der Status quo sine vel ante noch nicht wieder erreicht ist, hat der Unfallversicherer diesfalls gestützt auf Art. 36 Abs. 1 UVG in aller Regel neben den Taggeldern auch Pflegeleistungen und Kostenvergütungen zu übernehmen, worunter auch die Heilbehandlungskosten nach Art. 10 UVG fallen. Demnach hat die versicherte Person auch Anspruch auf eine - operative Eingriffe mit einschliessende - zweckmässige Behandlung (vgl. Urteile U 351/04 vom 14. Februar 2006, publ. in: ASS 2006 2 S. 14; U 266/99 vom 14. März 2000).
5.1.3 Nach derzeitigem medizinischen Wissensstand kann das Erreichen des Status quo sine bei posttraumatischen Lumbalgien und Lumboischialgien nach drei bis vier Monaten erwartet werden, wogegen eine allfällige richtunggebende Verschlimmerung röntgenologisch ausgewiesen sein und sich von der altersüblichen Progression abheben muss; eine traumatische Verschlimmerung eines klinisch stummen degenerativen Vorzustandes an der Wirbelsäule ist in der Regel nach sechs bis neun Monaten, spätestens aber nach einem Jahr als abgeschlossen zu betrachten (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts U 354/04 vom 11. April 2005, E. 2.2, mit Hinweisen auch auf die medizinische Literatur).
5.2 Aufgrund der zahlreichen klinischen- und Akten-Begutachtungen und dem Ereignis an sich steht fest, dass die nach dem Unfall diagnostizierte Diskushernie L5/S1 von diesem nur ausgelöst und nicht verursacht wurde. Auch wenn der Beschwerdeführer vor dem 24. Juni 2000 keine Rückenbeschwerden hatte, wird seine Wirbelsäule als "vorgeschädigt" und "übermässig verschleissverändert" beschrieben. Es handelt sich daher um einen klassischen Fall, bei dem der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den bleibenden Restbeschwerden nur für einen begrenzten Zeitraum bejaht werden kann. Dem hat die Unfallversicherung Rechnung getragen, indem sie ihre Leistungspflicht für die Dauer von zwei Jahren nach dem Ereignis anerkannte. Der Beschwerdeführer wendet ein, die Allianz habe mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zu beweisen, dass der natürliche Kausalzusammenhang auf diesen Zeitpunkt weggefallen sei, also der status quo sine eingetreten sei. Wie in Erwägung 5.1 ausgeführt, hat die Rechtsprechung im Falle traumatisch ausgelöster Diskushernien den konkreten medizinischen Beleg des natürlichen Verlaufs durch eine richterliche Vermutung - die sich ihrerseits auf die medizinische Literatur stützt - ersetzt. Demnach ist eine traumatische Verschlimmerung eines klinisch stummen degenerativen Vorzustandes an der Wirbelsäule in der Regel nach sechs bis neun Monaten, spätestens aber nach einem Jahr, als abgeschlossen zu betrachten (E. 5.1.3 mit Hinweis). Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was diese Vermutung vorliegend in Zweifel ziehen würde. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
6. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. November 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer