Sachverhalt:
Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen ordnete mit Zwischenverfügung vom 2. Februar 2009 gegenüber X._ eine verkehrsmedizinische-/verkehrspsychologische Untersuchung an. Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen wies den dagegen erhobenen Rekurs am 25. Juni 2009 ab. Unter Verweis auf ein bundesgerichtliches Urteil (2C_360/2009 vom 23. Juni 2009) gab sie an, dass gegen ihren Entscheid beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen Beschwerde geführt werden könne.
X._ erhob entsprechend dieser Rechtsmittelbelehrung beim Verwaltungsgericht am 17. Juli 2009 Beschwerde. In der Folge übermittelte der Präsident des Verwaltungsgerichts die Beschwerde samt Akten am 6. August 2009 dem Bundesgericht zum Entscheid.
Die Verwaltungsrekurskommission und das Verwaltungsgericht haben sich zur Zuständigkeitsfrage geäussert und sind der Auffassung, dass der Entscheid der Verwaltungsrekurskommission beim Bundesgericht angefochten werden könne.

Erwägungen:
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 96).
Nach <ref-law> setzen die Kantone in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein.
Auf der Grundlage der Entscheide <ref-ruling> und Urteil 2C_360/2009 vom 23. Juni 2009 hat die I. öffentlich-rechtliche Abteilung mit Urteil 1C_346/2009 vom 6. November 2009 erkannt, dass die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen auch auf dem Gebiete der Massnahmen im Strassenverkehr kein oberes Gericht im Sinne von <ref-law> sei.
Bei dieser Sachlage ist das Bundesgericht nicht zuständig, die gegen den Entscheid der Verwaltungsrekurskommission erhobene Beschwerde zu beurteilen.
Mit dem erwähnten Urteil 1C_346/2009 vom 6. November 2009 ist die Rechtslage geklärt worden. Somit kann die vorliegende Beschwerde im Verfahren gemäss <ref-law> behandelt werden.
Demnach kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Die Sache ist dem Verwaltungsgericht zur weitern Behandlung zu überweisen. Es sind keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde wird zur weitern Behandlung an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen überwiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, der Verwaltungsrekurskommission, Abteilung IV, und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann