Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 13. November 2006 gewährte die Vizepräsidentin des Bezirksgerichts Z._ Y._ eine definitive Nachlassstundung von sechs Monaten. Als Sachwalterin wurde die X._ AG ernannt. Auf deren Ersuchen wurde die Nachlassstundung um sechs Monate verlängert. Am 2. Juli 2007 kündigte Y._ das Mandat der Sachwalterin. Die anschliessenden Vergleichsverhandlungen über die Fortführung dieses Mandates führten nicht zum Erfolg. In einer ersten Verfügung vom 6. September 2007 setzte der Präsident I des Bezirksgerichts Z._ dem Sachwalter eine Frist von zehn Tagen zur Einreichung einer detaillierten Aufstellung über die entstandenen Sachwalterkosten samt den notwendigen Belegen. Im Anschluss werde das Sachwalterhonorar festgesetzt, bei Säumnis ermessensweise. In einer weitern Verfügung gleichen Datums wurde das Nachlassverfahren zufolge Rückzug des Gesuchs richterlich geschlossen. Auf die gegen die Schliessung des Nachlassverfahrens von der X._ AG eingereichte Beschwerde trat das Obergericht des Kantons Aargau am 21. Januar 2008 wegen fehlender Legitimation nicht ein.
B. Mit Eingabe vom 12. September 2007 machte die X._ AG ein Sachwalterhonorar von Fr. 47'878.50 geltend. Der Präsident I des Bezirksgerichts Z._ wies das Ersuchen ab und setzte das Sachwalterhonorar mit Verfügung vom 19. September 2007 auf Fr. 3'324.85 fest (Fr. 3'000.-- Honorar, Fr. 90.-- Kleinspesenpauschale und Fr. 234.85 Mehrwertsteuer). Zudem verpflichtete er die X._ AG, Y._ die Differenz zum bereits bezogenen Betrag, nämlich Fr. 38'155.30, zurückzuerstatten.
C. Die X._ AG gelangte daraufhin an das Obergericht des Kantons Aargau mit dem Begehren, ihr Sachwalterhonorar für die Zeit vom 8. November 2006 bis 30. Juli 2007 in der Höhe von insgesamt Fr. 27'918.-- vollumfänglich zu genehmigen. Die Beschwerde wurde am 21. Januar 2008 abgewiesen.
D. Die X._ AG (nachfolgend: Beschwerdeführerin) ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 27. Februar 2008 an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt die Aufhebung des bezirksgerichtlichen und des obergerichtlichen Entscheides sowie die Neubeurteilung der geltend gemachten Sachwalterkosten von Fr. 47'878.50 durch das Bezirksgericht.
Mit Verfügung vom 18. März 2008 gewährte der Präsident der II. zivilrechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
In der Sache sind keine Antworten eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid des Nachlassgerichts über das Sachwalterhonorar, mithin eine Zwangsvollstreckungssache, die unabhängig von einem Streitwert mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden kann (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. d in Verbindung mit Art. 55 Abs. 1 GebVSchKG).
1.2 Im kantonalen Rechtsmittelverfahren hatte die Beschwerdeführerin für die Zeit vom 8. November 2006 bis 30. Juli 2007 ein Sachwalterhonorar von Fr. 27'918.-- geltend gemacht. Vor Bundesgericht fordert sie den Betrag von Fr. 47'878.50. Darauf ist nicht einzutreten, soweit ein höheres als das vor der Vorinstanz geltend gemachte Honorar verlangt wird (<ref-law>).
2. Im Nachlassverfahren wird das Honorar des Sachwalters vom Nachlassgericht festgesetzt. Dabei hat es namentlich die Schwierigkeit und die Bedeutung der Sache, den Umfang der Bemühungen, den Zeitaufwand und die Auslagen zu berücksichtigen (Art. 55 Abs. 1 und 3 GebVSchKG).
2.1 Die Vorinstanz überprüfte das Honorar der Beschwerdeführerin vorerst anhand des gesetzlich festgelegten Aufgabenbereichs des Sachwalters. Sie wies darauf hin, dass das Nachlassgericht der Beschwerdeführerin weder die Vertretungsbefugnis noch die Geschäftsführungsbefugnis über das Unternehmen des Nachlassschuldners übertragen hatte. Abgesehen von der Mitwirkung in einem Zivilprozess vor Handelsgericht habe sie lediglich die Geschäftstätigkeit des Nachlassschuldners überwachen, das Inventar aufnehmen, den Schuldenruf erlassen und die Gläubigerversammlung vorbereiten müssen. Hingegen gehörten die Buchführung sowie weitere Aktivitäten, die dem Nachlassschuldner selber oblägen, nicht zu ihrem Auftrag, weshalb ihr dafür auch kein Sachwalterhonorar zustehe. Im Hinblick auf die Bemessung des Honorars berücksichtigte die Vorinstanz, dass es sich um ein einfaches und überschaubares Verfahren gehandelt habe. Die angemeldeten Forderungen der 30 Gläubiger von insgesamt Fr. 240'000.-- seien gemäss den Angaben der Beschwerdeführerin voll gedeckt gewesen. Dass das gesetzlich vorgesehene Inventar erstellt wurde, sei nicht aktenkundig. Aufgrund der ausgewiesenen Vorkehren stehe der Beschwerdeführerin eine Entschädigung für 20 Arbeitsstunden zu dem von ihr genannten Stundenansatz von Fr. 150.-- zu. Die Differenz zwischen dem Sachwalterhonorar zum bereits erfolgten Bezug sei dem Nachlassschuldner zurückzuerstatten.
2.2 Hinsichtlich der Höhe des geforderten Sachwalterhonorars wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz vor, ihre Vorbringen im kantonalen Rechtsmittelverfahren willkürlich gewürdigt zu haben. Sie habe ihr Begehren keineswegs reduziert, wie im angefochtenen Entscheid festgehalten werde, sondern nach wie vor auch die Entschädigung für die Buchhaltungsarbeiten gefordert.
Angesichts des Beschwerdeantrags an die Vorinstanz von Fr. 27'918.-- statt des in der Eingabe an das Bezirksgericht geforderten Honorars von Fr. 47'878.50 erfolgt die an dieser Stelle erhobene Kritik wider besseres Wissen.
2.3 Die Beschwerdeführerin weist auf ihr Recht auf einen Vorschuss für ihre Tätigkeit hin und schildert, wie sie die entsprechenden Beträge bezogen habe. Nach ihrer Darstellung geschah dies über einen der Y._ Verwaltungs GmbH eingeräumten Bankkredit, deren Gesellschafter der Nachlassschuldner sei. Sie wehrt sich gegen den Vorhalt, die Vorschüsse eigenmächtig bezogen zu haben.
Dass die strittigen Vorschüsse von einem Dritten bezogen worden sind, womit sie vom Nachlassrichter nicht zu bewilligen waren, ergibt sich weder aus dem vorinstanzlichen Sachverhalt noch den Vorbringen im kantonalen Rechtsmittelverfahren. Dass diese neuen Tatsachen durch den angefochtenen Entscheid veranlasst werden, wird nicht behauptet und ist auch nicht ersichtlich (<ref-law>). Die eingereichten Belege und der Hinweis auf die Akten werden daher nicht berücksichtigt. Nicht strittig und daher vorliegend nicht von Belang ist im Übrigen, ob der Bezug von Vorschüssen zu Lasten des schuldnerischen Vermögens vom Nachlassrichter zu bewilligen ist. Da es vorliegend einzig um die Höhe des der Beschwerdeführerin zustehenden Honorars geht, kann diese Frage offen gelassen werden.
2.4 Nach Ansicht der Beschwerdeführerin konnte sie ihre Verantwortung als Sachwalterin nur wahrnehmen, indem sie vorerst die Buchhaltung des Schuldners für die Jahre 2004-2006 erstellt habe. Zudem habe es im Interesse der Gläubiger und des Schuldners gelegen, die Liquidation des Unternehmens zügig an die Hand zu nehmen.
Soweit die Beschwerdeführerin für die Buchhaltungsarbeiten entschädigt werden will, ist sie an die diesbezügliche Herabsetzung ihres Antrags im kantonalen Rechtsmittelverfahren zu erinnern (E. 2.2 hiervor). Die Vorinstanz hielt denn auch im angefochtenen Entscheid fest, dass die Beschwerdeführerin nun offenbar eingesehen habe, dass die Nachführung der Buchhaltung nicht zu den gesetzlichen Aufgaben der Sachwalterin gehöre. Zu diesem Vorhalt nimmt die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht Stellung, womit sich eine nähere Prüfung der gesetzlichen Aufgaben der Sachwalterin im Hinblick auf eine mangelhafte Buchführung des Schuldners erübrigt.
Was die Liquidation des schuldnerischen Unternehmens betrifft, so übergeht die Beschwerdeführerin, dass der Aufgabenbereich des Sachwalters vom Gesetz umschrieben wird und sich nicht nach seiner Einschätzung der konkreten Bedürfnisse richtet. Demnach überwacht er die Handlungen des Schuldners, erstattet auf Anordnung des Nachlassrichters Zwischenberichte, orientiert die Gläubiger über den Verlauf der Stundung und erfüllt weitere Aufgaben wie die Inventaraufnahme (<ref-law>). Daraus folgt, dass der Sachwalter nicht für das allfällige Unvermögen des Schuldners einzustehen hat, seinen Betrieb entweder weiterzuführen oder zu liquidieren, sondern sich auf die Überwachung seiner Tätigkeit zu beschränken hat. Der allgemein gehaltene Hinweis der Beschwerdeführerin, sie habe in guten Treuen sich mit der Liquidation des schuldnerischen Betriebes befassen dürfen, da der Nachlassrichter auf ihre im Zwischenbericht erwähnte Tätigkeit nicht reagiert habe, geht angesichts der klaren Rechtslage fehl.
2.5 Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass es sich beim vorliegenden Nachlassverfahren um einfache und überschaubare Verhältnisse gehandelt habe. Sie besteht auf der Entschädigung ihres ganzen Arbeitsaufwandes und aller Auslagen, welche für den Schuldner getätigt wurden.
Dem Nachlassrichter steht - wie der kantonalen Aufsichtsbehörde gegenüber der ausseramtlichen Konkursverwaltung - ein erhebliches Ermessen bei der Festlegung der Pauschalentschädigung des Sachwalters zu. Das Bundesgericht greift nur bei einer Überschreitung dieses Ermessens ein. Dies ist insbesondere der Fall, wenn die Vorinstanz von nicht sachgerechten Kriterien ausgegangen ist oder massgebliche Umstände des Einzelfalles nicht berücksichtigt hat (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E.1.2).
Zwar ist die vorinstanzliche Feststellung, dass die Forderungen der rund 30 Gläubiger voll gedeckt seien, aufgrund des Zwischenberichts des Sachwalters nicht ohne weiteres nachvollziehbar, wie die Beschwerdeführerin denn auch betont. Dessen ungeachtet ist vorliegend die Entschädigung des Sachwalters für ein einfaches Nachlassverfahren festzulegen. Die Vorinstanz hat auf die Angaben der Beschwerdeführerin verwiesen, wonach es sich beim schuldnerischen Unternehmen um eine Kleinstdruckerei handle, die nicht mehr aktiv gewesen sei. Dazu nimmt die Beschwerdeführerin so wenig Stellung wie zur Feststellung der Vorinstanz, die geforderte Entschädigung beziehe sich auch auf Tätigkeiten, welche nicht zum Aufgabenbereich des Sachwalters gehörten. Statt dessen besteht sie auf der Abgeltung ihres gesamten durch Arbeitsrapporte und Honorarrechnungen belegten Aufwandes, ohne auf die von der Vorinstanz festgestellten Vorkehren einzugehen. Die Beschwerdeführerin macht insbesondere nicht geltend, im Rahmen ihrer gesetzlichen Kompetenzen mehr als das Nachlassgesuch mit einer kurzen Übersicht über die Situation des Schuldners, den Entwurf des Nachlassvertrages, die Sicherstellung durch die Bank und einen Dritten, die Teilnahme an der Verhandlung, den Antrag nach <ref-law> und den Zwischenbericht getätigt zu haben. Hinsichtlich des Inventars räumt sie selber ein, ein solches nicht eingereicht zu haben. Damit kann insgesamt von einer Ermessensüberschreitung bei der Festlegung des zeitlichen Aufwandes keine Rede sein. Der von der Vorinstanz angewandte Stundenansatz beruht zudem auf den eigenen Angaben der Beschwerdeführerin.
3. Nach dem Gesagten ist der Beschwerde insgesamt kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss werden die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Schett