Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 10. Oktober 2000 wurde die Ehe der Parteien in Frankreich geschieden. Das Sorgerecht über die Kinder A._, geb. im Juni 1993, und B._, geb. im Februar 1999, wurde den Eltern gemeinsam, die Obhut der Mutter allein zugesprochen. Am 19. Mai 2006 verliess die Mutter trotz Widerstand des Vaters mit den beiden Kindern Frankreich und zog nach T._ (CH).
B. Mit Gesuch vom 9. Mai 2007 verlangte der Vater die sofortige Rückführung der Kinder nach Frankreich. In seinem Entscheid vom 13. Juni 2007 wies das Bezirksgerichtspräsidium Arlesheim das Gesuch ab. Mit Beschluss vom 4. September 2007 hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft die dagegen erhobene Beschwerde gut und verpflichtete die Mutter zur unverzüglichen Rückführung der Kinder, unter Androhung der Zwangsvollstreckung und Ungehorsamsstrafe.
C. Gegen den Beschluss des Kantonsgerichts hat die Mutter am 8. Oktober 2007 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung, eventualiter um Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung. Sodann verlangt sie die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 17. Oktober 2007 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. Das Kantonsgericht und der Vater haben in ihren Vernehmlassungen vom 9. bzw. 12. November 2007 auf Abweisung der Beschwerde geschlossen; der Vater verlangt ausserdem die unentgeltliche Rechtspflege.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der angefochtene Beschluss des Kantonsgerichts ist ein kantonal letztinstanzliches Endurteil (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG), das sich auf das Haager Übereinkommen über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführungen (HEntfÜ, SR 0.211.230.02) stützt. Dabei geht es um die Regelung der Rechtshilfe zwischen den Vertragsstaaten, die in unmittelbarem Zusammenhang mit der Respektierung und Durchsetzung ausländischen Zivilrechts steht (<ref-ruling> E. 2b S. 224; <ref-ruling> E. 1.2 S. 585). Die im Übrigen fristgerechte Beschwerde erweist sich somit als zulässig (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 1 und <ref-law>).
Nicht einzutreten ist jedoch auf die neuen Tatsachenbehauptungen und Beweismittel (<ref-law>). Massgeblich ist im bundesgerichtlichen Verfahren vielmehr der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt (<ref-law>), sofern er nicht offensichtlich unrichtig ist (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>).
2. Soweit nicht Ausschlussgründe im Sinn von Art. 12 Abs. 2, Art. 13 Abs. 1 und 2 oder Art. 20 HEntfÜ vorliegen, ist die Rückführung widerrechtlich verbrachter Kinder anzuordnen, ohne dass dem ersuchten Vertragsstaat dabei ein Ermessen zukäme. Widerrechtlich ist das Verbringen, wenn dadurch das Sorgerecht verletzt wird, das einer Person allein oder gemeinsam nach dem Recht des Staates zusteht, in dem das Kind unmittelbar vor dem Verbringen seinen gewöhnlichen Aufenthalt hatte (Art. 3 Abs. 1 lit. a HEntfÜ).
Dass diese Voraussetzungen vorliegend gegeben sind, stellt im Prinzip auch die Beschwerdeführerin nicht in Frage. Soweit sie immerhin geltend macht, der neue Aufenthaltsort sei nahe an Frankreich und der Vater könne seine Rechte besser wahrnehmen, als wenn sie mit den Kindern innerhalb von Frankreich weit weg gezogen wäre, kann ihren Ausführungen nicht gefolgt werden, stellt doch das Abkommen nicht auf die Entfernung des Verbringens, sondern auf die Verlegung des Aufenthaltsortes in einen anderen Vertragsstaat ab.
3. Die Beschwerde erschöpft sich weitgehend in allgemeinen Ausführungen zum Kindeswohl, in welchem Zusammenhang sich die Beschwerdeführerin auf die Präambel zum HEntfÜ und die allgemeine politische Diskussion beruft, sowie im Vorbringen, die Kinder hätten sich am neuen Ort gut eingelebt und würden auch in der Schule gut bestehen. Auf diese Rügen kann von vornherein nicht eingetreten werden: Die Präambel erwähnt die Vorrangigkeit des Kindeswohls, jedoch dahingehend, dass es durch widerrechtliches Verbringen vermutungsweise beeinträchtigt wird und deshalb das Kind im Grundsatz unverzüglich in den Herkunftsstaat zurückzuführen ist. Dieser Leitgedanke wird in den einzelnen Artikeln des Übereinkommens ausgeführt bzw. umgesetzt, indem diese sowohl die Voraussetzungen der Rückführung als auch die Ausnahmegründe detailliert regeln; vor diesen Bestimmungen muss der Rückführungsentscheid im positiven wie negativen Sinn standhalten. Verbietet aber das Übereinkommen in Art. 16 dem Rückführungsrichter ausdrücklich, eine Sachentscheidung über das Sorgerecht zu treffen, ist die Diskussion, in welchem Land und bei welchem Elternteil die Kinder besser aufgehoben wären und bessere Entwicklungsmöglichkeiten hätten, im Rückführungsverfahren unzulässig; sie ist vielmehr vor den Gerichten im Herkunftsstaat zu führen (<ref-ruling> E. 5.3 S. 341; <ref-ruling> E. 2.4 S. 149; vgl. auch Art. 19 HEntfÜ). Sodann legt das Übereinkommen in Art. 12 ausdrücklich fest, dass die Diskussion über das allfällige Einleben am neuen Ort nur dann überhaupt geführt werden kann, wenn das Rückführungsgesuch nicht innerhalb eines Jahres seit dem widerrechtlichen Verbringen gestellt worden ist; vorliegend ist das Gesuch binnen Jahresfrist erfolgt, weshalb auf die expliziten und impliziten Ausführungen zum Einleben nicht einzugehen ist.
4. Es bleibt die Prüfung von Ausschlussgründen, die im Übereinkommen vorgesehen sind. Die Beschwerdeführerin beruft sich diesbezüglich auf Art. 13 Abs. 2 HEntfÜ, wonach von einer Rückführung abgesehen werden kann, wenn sich die Kinder der Rückgabe widersetzen und sie ein Alter und eine Reife erreicht haben, angesichts deren es angebracht erscheint, ihre Meinung zu berücksichtigen.
Das Kantonsgericht hat diesbezüglich erwogen, B._ sei erst acht Jahre alt und im Übrigen sei es ihm egal, ob er in der Schweiz oder in Frankreich lebe, solange er mit seiner Mutter und seiner Schwester zusammenbleiben könne. A._ sei bereits 14-jährig und verfüge entsprechend über die nötige Reife für eine eigene Meinungsbildung. Gemäss dem von ihrer Anhörung erstellten Protokoll fühle sie sich am neuen Ort wohl, gehe es ihr in der Schweiz gut und wolle sie lieber bei der Mutter wohnen; demgegenüber seien keine ernsthaften und nachvollziehbaren Gründe oder sonstigen Willensäusserungen zum Ausdruck gebracht worden, woraus sich eine Aversion gegen Frankreich und ein eigentliches Widersetzen gegen die Rückführung ableiten liesse.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, diese Feststellungen seien falsch, da sie diametral den Schlussfolgerungen der ersten Instanz entgegenstünden, die auch die Anhörung durchgeführt habe. Aufgrund der Begebenheiten hätte das Kantonsgericht zum Schluss kommen müssen, dass zumindest A._ sich der Rückkehr widersetze und damit der Verweigerungsgrund von Art. 13 Abs. 2 HEntfÜ gegeben sei.
Die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid sind für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (<ref-law>). Das Bundesgericht kann jedoch den Sachverhalt von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig ist (<ref-law>); die Beschwerdeführerin erhebt auch eine dahingehende Sachverhaltsrüge (<ref-law>). Eigentlich würde hierfür das strikte Rügeprinzip im Sinn von <ref-law> gelten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.). Nun ist im vorliegenden Fall zu beachten, dass das Aussageprotokoll den Parteien auf ausdrücklichen Wunsch von A._ nicht zugestellt worden ist, weshalb es der Beschwerdeführerin gar nicht möglich war, anhand der betreffenden Aktenstelle eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch das Kantonsgericht aufzuzeigen. Dazu kommt, dass für den erstinstanzlichen Entscheid keine schriftliche Begründung vorliegt, weshalb das Kantonsgericht den Sachverhalt aufgrund des Aussageprotokolls selbst zu erstellen hatte. Aus diesem Grund drängt es sich auf, gestützt auf <ref-law> ausnahmsweise von Amtes wegen zu prüfen, ob eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung gegeben ist. Von vornherein gegenstandslos ist demgegenüber der Verweis auf angebliche Schlussfolgerungen des erstinstanzlichen Gerichts, liegt doch für dessen Entscheid keine Begründung vor und gibt es entsprechend keine Akten, welche das Kantonsgericht unrichtig hätte würdigen können.
Im Zusammenhang mit der Sachverhaltsbasis stellt sich vorweg die Frage, ob die Sache nicht zur erneuten Anhörung von A._ an das Kantonsgericht zurückzuweisen wäre, nachdem dieses die Art der Durchführung und der Protokollierung durch die erste Instanz kritisiert hatte. Indes ist das Protokoll relativ ausführlich und gibt die Motive von A._, weshalb sie lieber in der Schweiz bleiben würde, gut und nachvollziehbar wieder. Es ist nicht ersichtlich, was bei einer erneuten Anhörung im jetzigen Verfahrensstadium an zusätzlichen Erkenntnissen zu gewinnen wäre, zumal eine inquisitorische Befragung bei der Kindesanhörung nicht am Platz ist und diese im Grundsatz nur dann wiederholt durchgeführt werden sollte, wenn es unumgänglich erscheint (<ref-ruling> E. 4 S. 554 f.). Die dahingehende Gehörsrüge der Beschwerdeführerin ist jedenfalls unbegründet, umso mehr als sie vor Kantonsgericht keine erneute Anhörung verlangt, sondern vielmehr sinngemäss ausgeführt hatte, die erstinstanzliche Anhörung sei korrekt erfolgt und damit müsse es sein Bewenden haben.
Aus dem Anhörungsprotokoll ergibt sich, dass es A._ in T._ gut gefällt und sie ausser in Deutsch und Geschichte auch mit ihren schulischen Leistungen zufrieden ist. Sie habe schnell Freunde in T._ gefunden, habe aber auch noch Kontakt zu ihren Freundinnen in Frankreich. Im Übrigen äussert sie sich eingehend zum Verhältnis bzw. den Kontakten mit dem Vater, der ihr zum Vorwurf macht, dass sie nicht bei ihm wohnen will, und mit dessen neuer Frau sie auch nicht so gut zurecht kommt. In Frankreich könnte sie nicht in ihre alte Schule zurück, sondern müsste eine neue Schule besuchen, wo sie wiederum niemanden kennen würde.
Was die Aussagen zur Beziehung mit dem Vater anbelangt, ist festzuhalten, dass es im Rückführungsverfahren gerade nicht um Obhuts- und schon gar nicht um Sorgerechtsfragen, sondern einzig darum geht, den aufenthaltsrechtlichen status quo ante wiederherzustellen; mit anderen Worten steht nicht eine Platzierung beim Vater, sondern die Rückkehr nach Frankreich als solche zur Diskussion. Dass A._ diese Rückkehr grundsätzlich verweigern würde, lässt sich den protokollierten Aussagen nicht entnehmen und entsprechend liegt entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin auch keine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch das Kantonsgericht vor. Vielmehr spricht A._ von Problemen, die in der Natur einer jeden Rückführung liegen, so etwa, dass es (jedenfalls bei Ausschöpfung der Rechtsmittelwege) infolge Zeitablaufes regelmässig nicht mehr möglich ist, in der angestammten Schulklasse weiterzufahren. Dass A._ angesichts solcher Unannehmlichkeiten lieber in der Schweiz bleiben würde, wo sie inzwischen auch viele neue Freunde gefunden hat, ist nichts als normal und stellt für sich genommen noch kein "Widersetzen" im Sinn von Art. 13 Abs. 2 HEntfÜ dar. Dieses muss vielmehr qualifizierter Natur, d.h. mit nachvollziehbaren speziellen Gründen unterlegt sein und überdies mit einem gewissen Nachdruck vertreten werden, weil die betreffende Norm dem Kind kein freies Wahlrecht einräumt, mit welchem es gewissermassen über den Aufenthaltsort der Familie entscheiden könnte, sondern es sich dabei um einen Ausnahmetatbestand vom Grundsatz handelt, wonach widerrechtlich verbrachte Kinder bei entsprechendem Gesuch des anderen Elternteils in den Herkunftsstaat zurückzuführen sind.
Dass sodann der achtjährige B._ mit Bezug auf die relevante Fragestellung von vornherein noch nicht zu autonomer Willensbildung fähig ist (BGE <ref-ruling>), stellt die Beschwerdeführerin nicht in Frage und sie behauptet auch keine Verweigerung der Rückkehr. Gemäss den protokollierten Aussagen kennt er denn auch den genauen Zusammenhang der Anhörung nicht und will er mit Mutter und Schwester zusammenbleiben, wobei es für ihn keine Rolle spielt, ob dies in Frankreich oder in der Schweiz ist.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, sofern darauf eingetreten werden kann.
Das Rückführungsverfahren ist kostenlos (Art. 26 Abs. 2 HEntfÜ). Ebenso wenig dürfen für einen beigeordneten Anwalt Kosten erhoben werden (Art. 26 Abs. 2 HEntfÜ), zumal die Schweiz keinen Vorbehalt im Sinn von Art. 26 Abs. 3 i.V.m. Art. 42 Abs. 1 HEntfÜ erhoben hat. Die Kostenlosigkeit gilt aber nur bei Verbeiständung durch eine involvierte Behörde ("Beiordnung"); wer sich - wie vorliegend - freiwillig bzw. selbständig durch einen Anwalt vertreten lässt, hat für dessen Kosten aufzukommen, soweit er nicht nach nationalem Prozessrecht Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege hat.
Der prozessarmen Beschwerdeführerin ist die unentgeltliche Rechtspflege zu erteilen (<ref-law>), und es ist ihr Dr. Caroline Cron als unentgeltliche Rechtsanwältin beizugeben (<ref-law>). Weil sich die unentgeltliche Rechtspflege nur auf die eigenen Parteikosten erstreckt, hat die Beschwerdeführerin gemäss dem Ausgang des Verfahrens den Beschwerdegegner zu entschädigen (<ref-law>). Damit wird dessen (ohnehin nicht näher begründetes) Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, die Kinder A._ und B._ entweder selber unverzüglich, d.h. bis spätestens am 31. Januar 2008, auf ihre Kosten nach Frankreich zurückzuführen oder dem Beschwerdegegner auf erstes Verlangen zur Rückführung zu übergeben, soweit die Rückführung nach Frankreich zu jenem Zeitpunkt noch nicht erfolgt sein sollte, unter Androhung der Zwangsvollstreckung und der Bestrafung wegen Ungehorsams im Sinn von <ref-law> im Widerhandlungsfall.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege erteilt und es wird ihr Dr. Caroline Cron als Rechtsanwältin beigegeben.
3. Dr. Caroline Cron wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
4. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2007
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Möckli