der Tösstalbahn, hat sich ergeben:
A.-Mit Beschluss vom 11. März 1981 bewilligte der Regierungsrat des Kantons Zürich der Gemeinde Turbenthal, am Unterlauf des Chämibachs (öffentliches Gewässer im Grundeigentum des Kantons Zürich) verschiedene bauliche Veränderungen vorzunehmen. Der Bach sollte auf einer Länge von 960 m ausgebaut werden. Bewilligt wurde dabei unter anderem die Erstellung eines neuen, ca. 36 m langen Bachdurchlasses aus Stahlbeton mit rechteckförmigem lichtem Durchflussquerschnitt von mindestens 3,80 m Breite und mindestens 1,70 m Höhe für die Kreuzung mit der von den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) betriebenen Tösstalbahn (Kreuzungspunkt Bahn/Bach). Die Gemeinde wurde für die Prüfung und Genehmigung der Pläne an die SBB verwiesen, und es wurde ihr vorgeschrieben, dass die Bauausführung im engsten Einvernehmen mit den zuständigen Organen der SBB zu erfolgen habe. Vorgesehen wurden Staatsbeiträge an die Kosten des Ausbaus des offenen Bachgerinnes, nicht hingegen an die Kosten für die Erstellung, Verlegung oder Anpassung von Kunstbauten (wie insbesondere der Bachdurchlass unter der Tösstalbahn); die entsprechenden Aufwendungen sollten ausschliesslich von den Eigentümern solcher Bauten getragen werden. Im Beschluss wurde festgehalten, dass der Unterhalt des Bachdurchlasses Sache der Gemeinde Turbenthal sei, soweit dieser nicht durch die SBB selbst vorgenommen werde.
B.-Die Gemeinde Turbenthal und die SBB konnten sich über die Tragung bzw. Aufteilung der durch den Ausbau des Bachdurchlasses unter der Tösstalbahn entstandenen Kosten nicht einigen. Die Gemeinde leitete daher beim Bundesamt für Verkehr ein Anstandsverfahren im Sinne von Art. 40 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG; SR 742. 101) ein. Sie stellte am 10. April 1995 das Begehren, die SBB hätten ihr die Kosten für einen neuen Durchlass, einschliesslich Anpassungs- und Nebenarbeiten, in der Höhe von Fr. 800'000. -- nebst Zins (von 5% für Fr. 140'000. -- ab 15. März 1991 und für Fr. 660'000. -- ab 1. Januar 1993) zu vergüten. Die SBB lehnten das Begehren vollumfänglich ab. Im Laufe des Verfahrens, am 24. Januar 1996, stellte die Gemeinde zusätzlich das Begehren, die SBB seien zu verpflichten, die Kosten von Unterhalt und Erneuerung des Bauwerks zu tragen, eventuell sei die entsprechende Kostentragungspflicht festzustellen. Mit Verfügung vom 27. Januar 1997 stellte das Bundesamt für Verkehr fest, dass die SBB die Kosten für den (künftigen) Unterhalt und für die (künftige) Erneuerung des neuen Chämibachdurchlasses bei der Tösstalbahn tragen müssten. Darüber hinausgehend wurde die Klage abgewiesen, also insbesondere das Begehren um Vergütung der Kosten für den (Neu-)Bau des Durchlasses sowie der Anpassungs- und Nebenarbeiten.
Die Gemeinde Turbenthal erhob am 27. Februar 1997 gegen diese Verfügung Beschwerde beim Eidgenössischen Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (heute: Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation) mit dem Begehren, die Klage vollumfänglich gutzuheissen. Die SBB beantragten am 23. Juni 1997, die angefochtene Verfügung sei in dem Sinne modifiziert zu bestätigen, dass festgestellt werde, dass die Gemeinde nebst den Kosten für die Änderung auch diejenigen für den Unterhalt des Chämibachdurchlasses bei der Tösstalbahn tragen müsse.
Mit Entscheid vom 21. Januar 1999 wies das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation die Beschwerde der Gemeinde Turbenthal ab (Ziff. 1 des Dispositivs). In teilweiser Gutheissung des Antrags der SBB vom 23. Juni 1997 stellte es zudem fest, dass die Gemeinde die (allfälligen Mehr-)Kosten für den (künftigen) Unterhalt zu tragen habe, die auf die geänderte Kreuzung zurückzuführen sind (Ziff. 2 des Dispositivs).
C.-Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 19. Februar 1999 beantragt die Gemeinde Turbenthal, den Departementsentscheid aufzuheben, die Verfügung des Bundesamtes für Verkehr vom 27. Januar 1997 insoweit aufzuheben, als darin ihre Klage abgewiesen wurde, und ihr Begehren vom 10. April 1995 in vollem Umfang gutzuheissen.
Das Departement beantragt kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Die SBB stellen den Antrag, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen und den Departementsentscheid vom 21. Januar 1999 vollumfänglich zu bestätigen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Beim Durchlass des Chämibachs unter der Tösstalbahn handelt es sich um eine Anlage, welche im Sinne von <ref-law> als Kreuzung gilt (Kreuzung zwischen der Bahn und einem öffentlichen Gewässer). Die daran vorgenommenen Bauarbeiten (massgebliche Vergrösserung des Durchlasses) sind nicht als blosse Erneuerungsarbeiten zu qualifizieren; vielmehr liegt eine eigentliche Änderung einer bestehenden Kreuzung vor. Wie die bei der Erstellung oder Änderung einer bestehenden Kreuzung anfallenden Kosten zu verteilen sind, wird im Vierten Abschnitt (Planung, Bau und Betrieb) des Eisenbahngesetzes (Art. 24 bis 32 EBG) geregelt. Die aus den Bestimmungen des Vierten Abschnittes erwachsenden Streitigkeiten über Kosten und deren Verteilung beurteilt die Aufsichtsbehörde (<ref-law>). Aufsichtsbehörde ist gemäss <ref-law> das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation, wobei das diesem Departement unterstellte Bundesamt für Verkehr als erste Instanz über das Begehren um Kostenaufteilung entscheidet.
Gegen Verfügungen des Bundesamtes kann nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege Beschwerde geführt werden (<ref-law>). Vorerst kann mit Beschwerde an das Departement gelangt werden. Gegen den auf Bundesrecht gestützten Beschwerdeentscheid des Departements steht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht offen (Art. 97 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. b OG); ein Ausschlussgrund im Sinne von Art. 99 ff. OG liegt nicht vor. Insbesondere ist nach der vorliegend massgeblichen Fassung von <ref-law> für Streitigkeiten zwischen den SBB und einer Gemeinde nicht mehr der Klageweg vorgesehen (vgl. noch <ref-ruling>). Die Gemeinde Turbenthal ist durch den angefochtenen Departementsentscheid in ihren Vermögensrechten berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung; sie ist damit zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG; vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 115 ff.).
2.-Gemäss <ref-law> gehen die durch Erstellung einer neuen Kreuzung oder Änderung einer bestehenden Kreuzung entstehenden Kosten für Bau, Unterhalt und Erneuerung sowie für alle vorübergehenden und dauernden Massnahmen im Interesse der Verhütung von Schäden an der Kreuzungsstelle zu Lasten des jeweiligen Bauherrn.
Art. 31 Abs. 2 regelt somit einerseits die Kostentragungspflicht bezüglich der Kosten für die Änderung des Durchlasses selber sowie die Frage, wer nach erfolgter Änderung für die Kosten von Unterhalt und Erneuerung aufzukommen haben wird. Der vorliegende Rechtsstreit betrifft beide Gesichtspunkte. Es ist nachfolgend zuerst zu prüfen, wer für die Kosten der Änderungsarbeiten (von insgesamt Fr. 800'000. --) aufzukommen hat (E. 3 bis 5); die Frage der Kostentragung für Unterhalt und Erneuerung wird anschliessend behandelt (E. 6).
Klarzustellen ist, dass das Eisenbahngesetz die Kostentragungspflicht abschliessend regelt. Kantonalrechtliche Bestimmungen, so § 20 des Zürcher Wasserwirtschaftsgesetzes vom 2. Juni 1991 (WWG), welcher den Inhaber einer Wasserbau-Anlage dazu verpflichtet, die Kosten der aus Gründen des Hochwasserschutzes angeordneten Änderung der Anlage zu tragen, sind nicht direkt anwendbar. Unerheblich ist darum, dass kantonale Subventionen für die Änderung der Kreuzungsanlage mit der Begründung abgelehnt wurden, dass nach kantonalem Recht die Kosten solcher Aufwendungen allein von den Eigentümern von Kunstbauten zu tragen seien (Ziff. 3 der "Massgebenden Bedingungen", S. 5 des Regierungsratsbeschlusses vom 11. März 1981). Immerhin wird im Folgenden nicht ausser Acht bleiben können, dass die Zürcher Gemeinden den Hochwasserschutz auch an unter kantonaler Hoheit stehenden Gewässern sicherzustellen haben (§ 13 Abs. 2 WWG).
3.-a) Nach Auffassung der Beschwerdeführerin haben die SBB für die Änderungskosten aufzukommen. Diese seien Eigentümer des Durchlasses, einer nach der kantonalen Wasserbaugesetzgebung bewilligungspflichtigen Wasserbaute. Der bisherige Durchlass sei im Hinblick auf den Hochwasserschutz ungenügend dimensioniert gewesen. Wasserbauten unterlägen von Gesetzes wegen der Pflicht zur Anpassung an die Anforderungen des Hochwasserschutzes; die entsprechenden Pflichten träfen den Bewilligungsinhaber und Eigentümer der polizeiwidrigen Anlage, und dieser habe insofern als Verursacher der Anpassungsarbeiten bzw. als Störer zu gelten. Der anpassungspflichtige Eigentümer der Wasserbaute sei Bauherr im Sinne von <ref-law> (Anmeldung des Begehrens vom 10. April 1995 und ergänzende Stellungnahme vom 24. Januar 1996 im Anstandsverfahren, Beschwerde an das Departement vom 27. Februar 1997, Verwaltungsgerichtsbeschwerde Ziff. III. 14 S. 9 ff.).
Die SBB gehen ebenfalls davon aus, dass als Bauherr der Verursacher der Anpassungsarbeiten zu betrachten sei; Verursacher sei derjenige, der die Veränderung auslöse, also zu einer Veränderung des bisherigen Zustandes Anlass gebe. Vorliegend habe die Gemeinde als Wasserbaupflichtige den Chämibach unabhängig vom Bestehen der Kreuzungsstelle saniert; massgeblich für die Notwendigkeit der Sanierung sei insbesondere die zunehmende Bodenversiegelung auf Gemeindegebiet. Die Änderung des Kreuzungswerks sei allein durch die allgemeine Bachsanierung bedingt. Die Gemeinde sei auch diesbezüglich Verursacherin und Bauherrin (Stellungnahme vom 16. August 1995 im Anstandsverfahren, Beschwerdeantwort an das Departement vom 23. Juni 1997, Vernehmlassung zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde).
b) Das Bundesamt stellt sich (Verfügung vom 27. Januar 1997) auf den Standpunkt, dass der Wortlaut von <ref-law> den wahren Sinn der Norm nicht wiedergebe (grammatikalische Auslegung). Es beschreibt sodann ausführlich die verschiedenen weiteren Auslegungsmethoden (systematische, historische, zeitgemässe, teleologische Auslegung) und kommt zum Schluss, dass weder die grammatikalische noch die systematische Auslegung es erlaube, die Regeln von <ref-law> sinngemäss auf <ref-law> zu übertragen. Nun seien aber nach der historischen, zeitgemässen und teleologischen Auslegungsmethode für die Frage der Kostenverteilung bei Kreuzungsbauwerken zwischen Schiene und Gewässern die zwei - sich aus <ref-law> ergebenden - eisenbahnrechtlichen Prinzipien (Verursacherprinzip und Vorteilsanrechnungsprinzip) anwendbar; es rechtfertige sich, vom Wortlaut von <ref-law> abzuweichen. Dies bedeute für die Kreuzung zwischen einem (natürlichen) Gewässer und der Bahn, dass die Kosten bei der Neu-Erstellung eines Kreuzungswerks der Bahn, bei einer wasserbaurechtlich bedingten Änderung eines - bestehenden - Gewässerdurchlasses dagegen dem Inhaber der Gewässerhoheit aufzubürden seien. Da vorliegend die Änderung aus wasserbaurechtlichen Gründen vorgenommen worden sei, seien die SBB nicht kostenpflichtig; wer nach kantonalem Recht die Gewässerhoheit innehabe, Gemeinde oder Kanton, könne offen bleiben.
Anders als das Bundesamt nimmt die Vorinstanz an, dass kein Anlass bestehe, vom Wortlaut von <ref-law> abzuweichen. Sie erachtet es als sinnvoll, bei Änderungen bestehender Kreuzungsanlagen den "Bauherrn" für kostenpflichtig zu erklären; dieser Begriff sei in Berücksichtigung der Regelungen für übrige Kreuzungswerke auszulegen, was eine "sinngemässe" Anwendung "mit Einschränkungen" von <ref-law> erlaube, wie dies die bundesrätliche Botschaft zum Eisenbahngesetz vorsehe (Botschaft vom 8. Februar 1956, BBl 1956 I 213 ff., S. 247). Die Beschwerdeführerin habe sich in jeder Hinsicht, auch gegenüber den SBB, als Bauherrin manifestiert, weshalb sie für die Kosten des Änderungsbaus aufzukommen habe.
4.-a) Die seinerzeitige Erstellung eines Bachdurchlasses wurde ausschliesslich wegen des Baus der Bahnlinie erforderlich. Dies hatte zur Folge, dass sämtliche Kosten für die Erstellung des Durchlasses von der Bahnunternehmung zu tragen waren; es kann kein Zweifel daran bestehen, dass die Bahnunternehmung im Hinblick auf die Erstellung der Kreuzung auch heute als Bauherrin im Sinne von <ref-law> zu betrachten wäre. Dies ist jedoch unerheblich. Der Umstand, dass der Gesetzgeber für die Änderung von Kreuzungen eine eigene Regelung geschaffen hat (vgl. Art. 25 bzw. <ref-law>), zeigt, dass es für die Tragung der Kosten nachträglicher Veränderungen grundsätzlich nicht auf die ursprüngliche Verursachung der Kreuzungsanlage ankommen soll.
b) Zu <ref-law> bzw. darüber, wer als "Bauherr" für die bei der Änderung einer Kreuzung zwischen der Bahn und einem Gewässer anfallenden Kosten aufzukommen hat, gibt es keine Rechtsprechung. Der einzige publizierte Bundesgerichtsentscheid zu <ref-law> betrifft die Kosten für die Verbesserung der Sicherheitseinrichtungen auf einer Niveaukreuzung zwischen einer öffentlichen Strasse und einer Bahn (<ref-ruling>). Massgeblich dafür waren die Art. 25, 26, 28 und 29 EBG; in keinem dieser Artikel wird der Begriff "Bauherr" verwendet. Im Folgenden ist nach der Bedeutung dieses Begriffs zu fragen.
c) In den Art. 24 bis 32 EBG sind die sich im Zusammenhang mit Kreuzungen zwischen der Bahn und anderen Anlagen ergebenden Probleme geregelt. <ref-law> lässt sich nicht losgelöst von den für andere Kreuzungsarten geltenden Regeln auslegen. In der Botschaft wird denn auch ausdrücklich festgehalten, dass die für die Verteilung der Kosten bei Kreuzungen zwischen Bahnen und öffentlichen Strassen massgeblichen Grundsätze mit einigen Einschränkungen sinngemäss auch für Kreuzungen zwischen Bahnen und anderen öffentlichen und privaten Anlagen (wozu auch Gewässer gehören) Geltung beanspruchen dürfen (BBl 1956 I 247).
Im Einzelnen hat der Gesetzgeber folgende Regeln aufgestellt: Wird eine neue Bahnlinie oder eine neue Strasse erstellt und muss die neue Bahnlinie eine bestehende öffentliche Strasse bzw. die Strasse eine bestehende Bahnlinie kreuzen, so trägt der Eigentümer des neuen Verkehrsweges die Kosten der ganzen Anlage an der Kreuzungsstelle (<ref-law>). Muss ein Niveauübergang durch eine Über- oder Unterführung ersetzt oder infolge Verlegung der Strasse aufgehoben werden, so trägt die Kosten aller Änderungen an der Bahn- und Strassenanlage die Bahnunternehmung, wenn die Änderung vorwiegend durch die Bedürfnisse des Bahnverkehrs, der Strasseneigentümer, wenn die Änderung vorwiegend durch die Bedürfnisse des Strassenverkehrs bedingt sind (<ref-law>). Bei allen andern Änderungen einer Kreuzung haben Bahnunternehmung und Strasseneigentümer die Kosten aller Änderungen der Bahn- und Strassenanlage in dem Verhältnis zu tragen, als die Entwicklung des Verkehrs auf ihren Anlagen sie bedingt (<ref-law>). <ref-law> (Marginale "Vorteilsanrechnung") hält fest, dass in allen Fällen jede Partei in dem Umfange an die Kosten beizutragen hat, als ihr aus der Umgestaltung der Anlage Vorteile erwachsen. Gemäss <ref-law> finden sodann die vorstehend genannten Artikel sinngemäss Anwendung auf die Kosten für Unterhalt und Erneuerung sowie für alle vorübergehenden und dauernden Massnahmen zur Verhütung von Unfällen an der Kreuzungsstelle mit Einschluss der Bedienung der dazu bestimmten Anlagen.
Dieser gesetzlichen Regelung liegen die Prinzipien der Ebenbürtigkeit der Verkehrswege, der Verursachung und der Vorteilsanrechnung zu Grunde (BBl 1956 I 247 ff., Enrico Riva, Kostentragung für den Unterhalt und die Erneuerung von Kreuzungsbauwerken Schiene-Strasse, in ZBl 94/1993, S. 333 ff., insbesondere S. 335-340). Nach dem Ebenbürtigkeitsprinzip sind die öffentlichen Verkehrswege gleichgestellt; die Kosten sind nicht zum Vornherein einer Seite aufzubürden, z.B. grundsätzlich der Bahnunternehmung, wie dies nach der früheren Regelung tendenziell der Fall war (vgl. Riva, a.a.O., S. 336). Aus der grundsätzlichen Ebenbürtigkeit der öffentlichen Verkehrswege ergibt sich als zweiter Grundsatz das eisenbahnrechtliche Verursacherprinzip, wonach diejenige Partei, die eine Veränderung des bestehenden Zustandes auslöst, die daraus herrührenden Kosten zur Gänze zu tragen hat. Nach dem Vorteilsanrechnungsprinzip sodann ergibt sich, dass der Verursacher von der Finanzierung der Umgestaltung auf der anderen Anlage soweit befreit wird, als der Nichtverursacher dieser Anlage daraus Vorteile zieht. Bei Berücksichtigung dieser Prinzipien bleibt an sich unerheblich, wo - bei der Bahn oder bei der anderen Anlage - die Änderung konkret anfällt (Riva, a.a.O., S. 337); der Eigentümerstellung kommt damit bloss untergeordnete Bedeutung zu.
d) Was den Gesetzestext anbelangt, so sind auch die Formulierungen der französischen und der italienischen Fassung von <ref-law> zu berücksichtigen. Nach dem italienischen Text trägt die Kosten für die Änderung einer bestehenden Kreuzung zwischen der Bahn und einem öffentlichen Gewässer der "committente", nach dem französischen Gesetzeswortlaut "celui qui entreprend les travaux". Der Begriff "committente" entspricht demjenigen des Bestellers nach Werkvertragsrecht. Wenn auch der Gesetzgeber weder im deutschen noch im französischen Gesetzestext den werkvertraglichen Begriff verwendete, kann nicht vermutet werden, dass mit Bauherr etwas völlig Anderes gemeint sei.
Mit der Vorinstanz lässt sich jedenfalls annehmen, Bauherr sei derjenige, der ein konkretes Bauvorhaben ausführen will und die dafür notwendigen Vorkehren trifft oder jemanden mit der Durchführung beauftragt, kurz, wer Herr des gesamten Baugeschehens ist. Vorausgesetzt ist, dass er die tatsächliche und rechtliche Verfügungsgewalt besitzt, eine Sache durch bauliche Massnahmen zu ändern. Diese Umschreibung des Begriffs liegt vom üblichen Sprachgebrauch her nahe und lässt sich sowohl mit dem italienischen als auch mit dem französischen Gesetzeswortlaut vereinbaren. Vor allem berücksichtigt diese Auslegung - sinngemäss - sowohl das Verursacher- wie auch das Vorteilsanrechnungsprinzip. Als Bauherr im beschriebenen Sinn aktiv wird nämlich regelmässig derjenige, der ein Interesse an der Ausführung eines Bauprojekts hat. In seinem Bereich liegt üblicherweise die Ursache für eine bauliche Änderung, und er zieht den hauptsächlichen Nutzen (Vorteil) daraus. Schliesslich bestimmt auch er den wesentlichen Umfang des Projekts und damit das Ausmass der Kosten.
Dass der Gesetzgeber bei (der Änderung von) Kreuzungen zwischen der Bahn und einem Gewässer letztlich doch eine Sonderregelung mit abweichender Terminologie getroffen hat und die üblichen bahnrechtlichen Kostenverteilungsprinzipien nur sinngemäss gelten, hängt damit zusammen, dass - der Natur der Sache entsprechend - das Ebenbürtigkeitsprinzip nicht spielen kann. In der Tat treffen bei solchen Kreuzungen nicht zwei - gleichwertige - Verkehrswege aufeinander. Es lässt sich denn auch nicht leichthin durch Gegenüberstellung von (geänderten) Bedürfnissen von Bahnunternehmung und Gewässereigentümer ermitteln, wer die Änderung verursacht hat, wie dies bei der Kreuzung zwischen zwei Verkehrswegen auf der Hand liegt (Entwicklung des Verkehrsaufkommens auf dem jeweiligen Verkehrsweg, vgl. <ref-law>). Damit aber ist es naheliegend, die Kosten der Änderung einer Kreuzung zwischen der Bahn und "anderen Anlagen" im Sinne einer vereinfachten Abwägung demjenigen aufzubürden, der konkret und aus nachvollziehbaren Gründen als Bauherr auftritt. Der Umstand allein, dass in gewissem Masse auch eine Mitwirkung des Eigentümers der anderen Anlage bzw. der Bahnanlage erforderlich ist, legt keine andere Kostenverteilung nahe; insbesondere kommt es, wie dargelegt, nicht wesentlich darauf an, wer Eigentümer der Kreuzungsparzelle ist. Auch dem Begriff des Störers, worauf insbesondere die Beschwerdeführerin besonderen Wert legt, kommt nach dem Gesagten keine selbständige Bedeutung zu.
Für die vom Gesetzeswortlaut nahegelegte Lösung (grammatikalische Auslegung), vollumfänglich die das Bauprojekt auslösende und vorantreibende Partei für die Kosten aufkommen zu lassen, sprechen damit auch die systematische und die teleologische Auslegung. Soll eine differenziertere Lösung Platz greifen, besteht dazu Raum: <ref-law> gibt allfälligen abweichenden Vereinbarungen zwischen den Beteiligten über die Kosten den Vorrang gegenüber der im Einzelfall möglicherweise zu rudimentären gesetzlichen Lösung, welche aber bei Fehlen einer individuellen Abmachung grundsätzlich zum Tragen kommt.
5.-a) Im konkreten Fall ist offensichtlich die Beschwerdeführerin als Bauherrin aufgetreten. Grundsätzlich oblag die Sanierung des Chämibaches ihr (§ 13 Abs. 2 WWG). Sie liess ein Ausbauprojekt für den Unterlauf des Chämibaches ausarbeiten, da das Abflussprofil auf weiten Strecken nicht (mehr) den Anforderungen genügte. Das Projekt betraf schliesslich eine Bachstrecke von 960 m. Die Beschwerdeführerin stellte das Baugesuch in ihrem Namen. Auch die Initiative zur Änderung der Kreuzungsstelle mit der Bahn ging von der Beschwerdeführerin aus. Diesbezüglich suchte sie wohl das Einvernehmen mit den SBB. Diese selber befassten sich nur in geringem Masse mit der Baute, entfällt doch von den an der Kreuzungsstelle insgesamt entstandenen Kosten von Fr. 800'000. -- auch nach Darstellung der Beschwerdeführerin höchstens ein Anteil von rund Fr. 140'000. -- auf Arbeiten, auf welche die SBB massgeblich Einfluss nahm. Diese traten, soweit überhaupt, nur in ganz untergeordnetem Masse als Bauherrin auf. Sodann wurden sie weder von der Gemeinde noch vom Kanton förmlich als im Sinne von § 20 WWG hochwasserschutzpflichtig behandelt. Die Beschwerdeführerin erschien damit als Herrin des Bauvorhabens auch im Bereich des Kreuzungswerks. In ihr die kostenpflichtige Bauherrin zu sehen, verträgt sich insbesondere mit den erwähnten eisenbahnrechtlichen Prinzipien:
Die Notwendigkeit der Bachsanierung (das Abflussprofil genügte auf weiten Strecken nicht mehr den Anforderungen) beruht im Wesentlichen auf Umständen, die im Bereich der Gemeinde liegen. Beim Bachdurchlass unter der Tösstalbahn handelt es sich nur um einen geringen (wenn auch kostenträchtigen) Teil des Projekts. Die Änderung des Durchlasses ist in keiner Weise durch (allenfalls) vermehrtes Verkehrsaufkommen auf der Bahnlinie bedingt. Es ist denn auch nicht ersichtlich, inwiefern die Notwendigkeit der fraglichen Änderung auf den Bahnbetrieb zurückgeführt werden könnte, nachdem der Durchlass schon während über 100 Jahren besteht (Eröffnung der Tösstalbahn im Jahr 1875). Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich auch ohne nähere Abklärungen (z.B. über das Ausmass der behaupteten Bodenversiegelung), die Änderung als wasserbaurechtlich bedingt zu betrachten und damit dem Kanton bzw. der die entsprechende kantonale Hoheit - entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin (Verwaltungsgerichtsbeschwerde S. 3 oben) durchaus direkt im Eigeninteresse - wahrnehmenden Gemeinde zuzurechnen. Es sei immerhin auf die Ausführungen des Vertreters der Beschwerdeführerin an einer Besprechung vom 13. Mai 1980 hingewiesen, welcher die dichte Überbauung als wichtiges Element für die vom Bach zunehmend verursachten Schäden und damit für die Dringlichkeit des Projekts erwähnt. Davon, dass vorab die Vergrösserung des Baugebiets ausschlaggebend für die Sanierung war, ging offensichtlich auch der Regierungsrat in seinem Bewilligungsbeschluss vom 11. März 1981 aus (S. 1 zweiter Absatz). Auch das von der Beschwerdeführerin aufgelegte Schreiben des Amtes für Gewässerschutz und Wasserbau des Kantons Zürich vom 7. November 1995 ist nicht geeignet, die Verhältnisse am Bachdurchlass bei der Tösstalbahn als auslösendes Element des Sanierungsprojekts erscheinen zu lassen. Wenn dort festgehalten wird, dass das Schluckvermögen des Durchlasses weit unter der "Ausbauwassermenge" lag, bedeutet dies insbesondere, dass gerade - auch - der (aus anderen Gründen notwendig gewordene) gesamte Bachausbau eine Anpassung des Durchlasses erforderlich machte.
Es besteht jedenfalls kein Grund, auch nicht unter dem Gesichtspunkt der Störereigenschaft, im konkreten Fall jemanden anderen als die Beschwerdeführerin als massgebliche Bauherrin im Sinne von <ref-law> zu betrachten.
b) Die Beschwerdeführerin macht geltend, in ihrem Fall bestehe eine abweichende Regelung, welche die Bahnunternehmung zur Übernahme von Änderungskosten verpflichte. Sie nimmt an, von einer solchen Abmachung müsse schon angesichts der seit jeher geltenden kantonalrechtlichen Grundlagen ausgegangen werden. Konkret erwähnt sie sodann die "Konzession des Standes Zürich für eine Tössthalbahn von Winterthur bis Bauma" (Konzessionsbeschluss des Kantonsrats vom 25. Oktober 1870, Bundesbeschluss vom 22. Dezember 1870 über die Bundesgenehmigung der Konzession). Sie geht davon aus, dass die Verpflichtungen aus der Konzessionsurkunde auch heute noch gelten, nach der Übernahme der Tösstalbahn durch die Schweizerische Eidgenossenschaft am 29. September/12. Oktober 1917.
c/aa) Was (alte) kantonalrechtliche Bestimmungen bzw. Gepflogenheiten betrifft, sind diese als solche nicht geeignet, die Kostentragung entgegen der bundesgesetzlichen Regelung zu ordnen (s. vorne E. 2, dritter Absatz); es kann aus dem Bestehen solcher Regeln nicht einfach geschlossen werden, entsprechende Abmachungen zwischen dem Kanton und konzessionierter Bahnunternehmung seien getroffen worden. Es ist daher einzig zu prüfen, ob die von der Beschwerdeführerin angerufene Konzession aus dem Jahr 1870 eine für die Verlegung der vorliegenden Änderungskosten anwendbare Regelung bzw. eine für die SBB als Rechtsnachfolgerin der Tösstalbahn massgebliche Verpflichtung enthält.
bb) Die Beschwerdeführerin leitet die Zahlungspflicht aus § 16 der fraglichen Konzession ab. Dieser lautet:
"Wenn nach Erbauung der Eisenbahn neue Strassen, Kanäle oder Brunnenleitungen, welche die Bahn kreuzen, von Staats oder Gemeinde wegen, ebenso wenn solche Brunnenleitungen durch Korporationen oder Privaten angelegt werden, so hat die Gesellschaft für die daherige Inanspruchnahme ihres Eigenthums, sowie für die Vermehrung der Bahnwärter, Bahnwarthäuser und der Barrieren, welche dadurch notwendig gemacht werden dürfte, keine Entschädigung zu fordern.
Dagegen fallen diejenigen Vorrichtungen, welche in der Folge solcher Bauten auf dem Gebiete der Bahn zur Wiederherstellung des Bahnkörpers und zur Sicherung des Betriebs erstellt werden, zur Hälfte dem Staat, beziehungsweise den betreffenden Gemeinden, Korporationen oder Privaten und zur Hälfte der Gesellschaft, die Unterhaltung aber ganz der letztern zur Last.
Wird die Ausführung derartiger Bauten im Interesse von Korporationen oder einzelnen Privaten verlangt, so darf dieselbe von der Gesellschaft nur mit Zustimmung des Regierungsrathes verweigert werden.
Die in diesem Paragraphen bezeichneten Bauten führt die Gesellschaft aus und stellt dafür detaillierte Rechnung. "
Während sich aus dem hier nicht wiedergegebenen Text von § 15 der Konzession zwangslos die Pflicht der Bahngesellschaft ergibt, vollumfänglich für die Kosten von durch die Erstellung der Bahnlinie notwendigen Kreuzungswerken aufzukommen, betrifft § 16 der Konzession die Errichtung von Kreuzungen zwischen (bestehender) Eisenbahn und neuen Strassen, Kanälen und Brunnenleitungen. Nach § 16 Abs. 1 hat die Bahn die Kosten selber zu tragen, soweit wegen der Kreuzung im Bereich der Bahnlinie neue Anlagen wie Bahnwarthäuser oder Barrieren errichtet oder neue Bahnwärterstellen geschaffen werden müssen. Gemäss § 16 Abs. 2 hingegen hat die Bahn nur die Hälfte der Kosten für diejenigen (anderen) Vorrichtungen zu übernehmen, die wegen der neuen Kreuzung erstellt werden müssen; die andere Hälfte geht zu Lasten des Eigentümers von Strasse, Kanal bzw. Brunnenleitung.
Ist § 15 der Konzession mit dem eisenbahnrechtlichen Verursacherprinzip und dem Vorteilsanrechnungsprinzip sowie der heutigen Regelung gemäss <ref-law> vereinbar, weicht § 16 der Konzession offensichtlich davon ab. Selbst wenn die sich aus der Konzession ergebenden Verpflichtungen der Tösstalbahn bei der Übernahme der Bahn durch den Bund (vgl. Bundesgesetz vom 10. Juni 1918 betreffend den freihändigen Ankauf der Tösstalbahn und der Wald- Rüti Bahn durch den Bund, AS Band XXXIV [1918] S. 957 f.) grundsätzlich auf die SBB übergegangen sein sollten (s. aber Art. 9 des Bundesgesetz vom 15. Oktober 1897 betreffend die Erwerbung und den Betrieb von Eisenbahnen für Rechnung des Bundes und die Organisation der Verwaltung der schweizerischen Bundesbahnen, AS Band XVI [1897] S. 553 ff.), steht keineswegs fest, dass die Kosten einer neuen, nicht durch die Bahn verursachten Kreuzung auch nach Inkrafttreten des neuen Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (Inkrafttreten am 1. Juli 1958) tatsächlich der Bahn aufgebürdet werden könnten (s. dazu Riva, a.a.O., S. 353 ff. betreffend Geltung und Auslegung alter öffentlichrechtlicher Verträge). Dem könnte übrigens, nebst Art. 9 des erwähnten Bundesgesetzes vom 15. Oktober 1897, auch § 2 der Konzession entgegenstehen, wonach diese ohne Verlängerung spätestens am 1. Januar 1969 erlischt. Wie es sich damit verhält, kann aber offen bleiben. Es könnte nämlich jedenfalls höchstens dann angenommen werden, eine vor dem Inkrafttreten des Eisenbahngesetzes (1. Juli 1958) getroffene Vereinbarung schliesse im Sinne von <ref-law> die Anwendung der neuen gesetzlichen Regelung aus, wenn unmissverständlich eine davon abweichende Lösung getroffen worden ist. Für eine ausdehnende Auslegung des Textes einer alten Konzession über deren Wortlaut hinaus und entgegen der vom Gesetzgeber getroffenen Interessenabwägung besteht kein Raum (Riva, a.a.O., S. 357 f.).
§ 16 Abs. 1 und 2 der Konzession betrifft die Frage der Kostentragung bei neuen Kreuzungsanlagen, welche die Bahn entschädigungslos dulden muss, wobei sie die Kosten der Anpassung der Bahnanlage zur Hälfte selber zu tragen hat. Im zu beurteilenden Streitfall geht es aber um die Kostentragungspflicht im Zusammenhang mit der Änderung einer bestehenden Kreuzung. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist es keineswegs naheliegend, die für den Bau neuer Kreuzungswerke geltenden Grundsätze auf diesen Sachverhalt zu übertragen. Selbst wenn es sich nämlich nach den Vorstellungen im letzten Jahrhundert offenbar rechtfertigte, die Bahngesellschaft schon wegen der blossen Existenz ihrer Bahnlinie im Hinblick auf die Kostenregelung als Mitverursacherin einer Kreuzungsanlage zu betrachten, ist daraus nicht zwingend zu schliessen, dass der Gesellschaft auch im Falle einer nicht von ihr veranlassten Änderung an der bereits bestehenden, von ihr finanzierten Kreuzungsanlage die Kosten aufgebürdet werden sollten. In § 16 der Konzession kann schon deshalb keine der gesetzlichen Lösung von <ref-law> vorgehende Vereinbarung im Sinne von <ref-law> erblickt werden.
cc) Andere Vereinbarungen oder Konzessionsurkunden mit Kostentragungsregeln sind weder von der Beschwerdeführerin vorgelegt worden, noch konnten solche ausfindig gemacht werden. Es greift somit die Regelung von <ref-law> Platz.
d) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich in Bezug auf die Tragung der Kosten für den Neubau des Bachdurchlasses (Ziff. 1 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids) als unbegründet.
6.-a) Zum Gegenstand des Verfahrens ist von den Beteiligten auch die Frage gemacht worden, wer für die Kosten künftiger Erneuerungs- und Unterhaltskosten an der geänderten Kreuzungsanlage aufzukommen habe. Wie bereits das Bundesamt für Verkehr erkannt hat, handelt es sich beim Entscheid darüber um einen Feststellungsentscheid. In der Tat geht es um die Tragung künftiger, der Höhe und selbst der Art nach noch unbestimmte und nicht einmal bestimmbare Kosten. Bloss bei Vorliegen eines konkreten Projekts bzw. nach Ausführung von Erneuerungs- oder Unterhaltsarbeiten lässt sich mit genügender Klarheit, direkt im Rahmen einer Leistungsverfügung, darüber befinden, wer welche Kosten zu tragen hat. Eine Feststellung zu einem früheren Zeitpunkt ist letztlich vorwiegend abstrakter Natur, wie auch der angefochtene Entscheid zeigt. So lässt sich einem Entscheid zu diesem Zeitpunkt über die im Einzelfall möglicherweise durchaus heikle Frage betreffend die Abgrenzung von Unterhalts- und Erneuerungskosten (vgl. Riva, a.a.O., S. 340 ff.) nichts entnehmen. Ob unter diesen Umständen die Voraussetzungen von <ref-law> für eine Feststellungsverfügung erfüllt sind, ob insbesondere ein schutzwürdiges Interesse im Sinne von <ref-law> an einer solchen Verfügung besteht und mit einer Feststellung für den zukünftigen konkreten Fall viel präjudiziert werden kann, ist fraglich. Wie es sich damit verhält, soll jedoch vorliegend offen bleiben, da die Verfahrensbeteiligten von Anfang an und durch sämtliche Verfahrensstadien hindurch davon ausgingen, es liege ein schutzwürdiges Feststellungsinteresse vor. Über die Streitfrage liegt denn auch ein materieller Entscheid vor, wozu auch vor Bundesgericht ausschliesslich materiell argumentiert wird.
b) Das Bundesamt stellte fest, dass die SBB die Kosten von Unterhalt und Erneuerung des Chämibachdurchlasses zu tragen haben. Es begründete dies damit, dass diese Kosten sich als Folgekosten der seinerzeitigen Verursachung des Kreuzungsbauwerks durch die Eisenbahn erwiesen. Im Beschwerdeverfahren vor dem Departement war die vom Bundesamt festgestellte Kostentragungspflicht der SBB in Bezug auf die Erneuerung des geänderten Kreuzungswerks nicht bestritten. Das Departement befasste sich daher, wie es in seiner Vernehmlassung (S. 4, Ziff. 3.3) bestätigte, nicht mehr mit dieser Frage und entschied bloss über die künftigen Unterhaltskosten. Einen förmlichen Antrag auf Übernahme von Kosten einer künftigen Erneuerung durch die Gemeinde haben die SBB im bundesgerichtlichen Verfahren nicht gestellt. Da das Bundesgericht nicht über die gestellten Anträge hinausgehen kann (Art. 114 Abs. 1 OG), hat es die Richtigkeit der Auffassung, Erneuerungskosten seien dem Grundsatz nach den SBB aufzuerlegen, nicht zu überprüfen.
c) Anders als das Bundesamt hielt das Departement dafür, dass die SBB nicht vollständig für die Unterhaltskosten aufzukommen hätten; vielmehr habe die Beschwerdeführerin die Kosten von zusätzlichen Unterhaltsarbeiten zu tragen, die wegen der vorgenommenen Änderung am Kreuzungswerk erforderlich würden. Dem vom Bundesamt hervorgehobenen Aspekt, dass ursprüngliche Verursacherin der Kreuzung die Bahn ist, trug das Departement insofern Rechnung, als es die Gemeinde hinsichtlich des Unterhalts eben nur teilweise für kostenpflichtig erklärte.
Wie gesehen, steht nicht die Bewertung konkreter Unterhaltsarbeiten bzw. die Festlegung der diesbezüglichen Kostenfolgen zur Diskussion. Mit dem Entscheid des Departements wird denn auch im Ergebnis bloss eine Feststellung über allgemein zu befolgende Kostenverteilungs-Regeln getroffen. Das Bundesgericht kann bei dieser Ausgangslage denn auch bloss prüfen, ob diese grundsätzliche Feststellung mit der gesetzlichen Ordnung übereinstimmt. Dies ist der Fall:
<ref-law> bestimmt, dass die Kosten des Unterhalts sowohl bei der Erstellung einer neuen Kreuzung als auch bei der Änderung einer bestehenden Kreuzung zu Lasten des jeweiligen "Bauherrn" gehen. Bei der Erstellung der Kreuzung war die Tösstalbahn als Vorgängerin der SBB Bauherrin, bei der Änderung des Bachdurchlasses die Beschwerdeführerin (vorne E. 5). Es ist daher im Grundsatz richtig, die Kosten für den Unterhalt des Bachdurchlasses an sich den SBB aufzuerlegen, hingegen die Beschwerdeführerin als für den Unterhalt insofern kostenpflichtig zu erklären, als dieser wegen der Änderung teurer wird.
Damit ist allerdings nicht viel gewonnen, weil die massgebliche Ausscheidung zukünftig anfallender Kosten schwierig sein dürfte. Der Beschwerdeführerin und den SBB ist daher jedenfalls nahezulegen, im Sinne von <ref-law> eine Vereinbarung zu treffen. Dies ändert aber nichts daran, dass die Verwaltungsgerichtsbeschwerde auch hinsichtlich der Frage der Unterhaltskosten (Ziff. 2 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids) unbegründet ist.
7.-Der angefochtene Entscheid erweist sich damit in jeder Hinsicht als bundesrechtskonform, und die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist vollumfänglich abzuweisen.
Diesem Verfahrensausgang entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten der in ihren Vermögensinteressen betroffenen Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 15'000. -- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, den Schweizerischen Bundesbahnen und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 5. Januar 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: