Faits:
A. A.a Dame A._, née en 1968, et A._, né en 1966, tous deux originaires de Genève, se sont mariés le 7 mars 1989 sans conclure de contrat de mariage.
Le couple a trois enfants: B._, C._ et D._, nés respectivement les 7 décembre 1991, 26 octobre 1993 et 3 mai 2005.
Les époux se sont séparés en décembre 2008.
A.b La situation financière des parties s'établit ainsi:
A.b.a A._ est associé de l'entreprise X._ Sàrl pour une part de 19'000 fr. et gérant avec signature individuelle. Le 11 janvier 2010, A._, son fils B._ ainsi qu'un dénommé E._ ont fondé la société Y._ SA. Dite société a été inscrite au registre du commerce le 25 janvier 2010; le 29 janvier suivant, les pouvoirs d'administrateur de A._ ont été radiés, E._ demeurant seul administrateur de la société avec signature individuelle. Les revenus de A._, de même que ses activités au sein de la seconde société de nettoyage sont contestés.
Jusqu'au 15 décembre 2011, les charges incompressibles de A._ se chiffraient à 4'310 fr. (montant arrondi). Du 16 au 31 décembre 2011, en raison de la prise en location d'un appartement pour lui et ses fils, elles ont augmenté à 6'480 fr. (montant arrondi); elles se chiffrent à 6'180 fr. à compter du 1er janvier 2012, l'intéressé percevant désormais pour ses fils 300 fr. supplémentaires à titre d'allocations familiales.
A.b.b Dame A._ est associée de l'entreprise X._ Sàrl pour une part de 1'000 fr. Il a été établi, sans que cela ne soit contesté par les parties, que, durant le mariage, l'épouse recevait un salaire fictif de ladite société, revenu correspondant à un taux d'activité de 80%. Elle a été licenciée sur instruction de A._ le 28 janvier 2009 pour le 31 mars suivant. Dame A._ effectue actuellement des heures de ménage pour un salaire mensuel de 1'820 fr. Depuis septembre 2010, elle exerce également l'activité de couturière, dont elle prétend toutefois ne retirer aucun revenu, ce que son mari conteste.
Jusqu'au 31 décembre 2011, les charges incompressibles de dame A._ ont été mensuellement arrêtées à 4'530 fr. Dès le 1er janvier 2012, elles se chiffrent à 4'430 fr., le montant des allocations familiales perçues pour D._ augmentant de 100 fr. par mois.
B. B.a Le 25 novembre 2009, dame A._ a sollicité du Tribunal de première instance du canton de Genève le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale.
Par ordonnance sur mesures préprovisoires urgentes du 14 décembre 2009, le Tribunal, statuant d'entente entre les parties, a attribué la garde de D._ à sa mère, celle de C._ à son père, réservé aux parties un droit de visite usuel sur l'enfant dont ils n'avaient pas la garde, attribué la jouissance du domicile conjugal à l'épouse et donné acte au mari de son engagement de payer le loyer dudit domicile ainsi que les primes d'assurance-maladie de sa femme et de sa fille. Le montant de la contribution à l'entretien de la famille est resté litigieux.
Par jugement du 11 juillet 2011, le Tribunal de première instance a notamment condamné A._ au paiement d'une contribution à l'entretien de la famille d'un montant de 3'350 fr. dès le 1er décembre 2009, allocations familiales et d'études non comprises et sous déduction des montants versés depuis lors au titre du paiement du loyer de l'appartement conjugal et des primes d'assurance-maladie de son épouse et de sa fille (ch. 8).
Statuant le 27 avril 2012 sur appel des deux parties, la Cour de justice a, entre autres, annulé le chiffre 8 du jugement entrepris et condamné A._ à verser en mains de son épouse, à titre de contribution à l'entretien de sa famille, la somme de 4'450 fr. du 25 novembre 2009 au 31 décembre 2011 et celle de 3'750 fr. dès le 1er janvier 2012, allocations familiales et d'études non comprises.
B.b Parallèlement à la procédure de mesures protectrices de l'union conjugale, A._ a déposé une demande de divorce devant le Tribunal de première instance le 27 mai 2011.
C. Agissant le 4 juin 2012 par la voie du recours en matière civile, A._ conclut principalement à la réforme de l'arrêt rendu le 27 avril 2012 par la Cour de justice en ce sens qu'il ne doit aucune contribution d'entretien en faveur de son épouse, qu'il ne doit plus verser les primes d'assurance-maladie de son épouse et de sa fille et qu'il lui soit donné acte qu'il s'engage à verser à l'intimée la somme de 400 fr. par mois pour l'entretien de sa fille jusqu'à ses 10 ans et de 600 fr. jusqu'à sa majorité; subsidiairement le recourant sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale et, plus subsidiairement encore, la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que le montant de la contribution destinée à l'entretien de sa femme et de sa fille est dû sous déduction des sommes versées depuis le 25 novembre 2009 au titre du paiement du loyer de l'appartement conjugal et des primes d'assurance-maladie de son épouse et de sa fille.
Invitées à se déterminer, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimée conclut au rejet du recours et sollicite de surcroît le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D. Le 20 juin 2012, la Présidente de la Cour de céans a accordé au recours l'effet suspensif s'agissant des contributions dues jusqu'au 31 mai 2012.

Considérant en droit:
1. La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2). Elle est finale selon l'<ref-law>, dès lors qu'elle met fin à l'instance sous l'angle procédural (<ref-ruling> consid. 4). Le recours a en outre pour objet une décision rendue par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (<ref-law>), dans une affaire de nature exclusivement pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>, <ref-law>), et il a été interjeté dans le délai légal (<ref-law>), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente (<ref-law>), de sorte qu'il est recevable au regard de ces dispositions.
2. Dès lors que les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 p. 396), seule peut être invoquée à leur encontre la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine un tel grief que s'il a été dûment invoqué et motivé (<ref-law>), à savoir exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités). Lorsque le recourant se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.), il ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours dispose d'une libre cognition; il ne saurait se contenter d'opposer son opinion à celle de la juridiction précédente, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application du droit ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (<ref-ruling> et les arrêts cités). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2).
3. Dans un premier grief, le recourant se plaint de la violation de l'art. 9 Cst. ainsi que de celle de son droit d'être entendu en tant que la cour cantonale n'aurait pas déduit du montant de la contribution d'entretien les sommes dont il se serait acquitté pour couvrir le loyer de l'appartement conjugal et les primes d'assurance-maladie de son épouse et de sa fille.
3.1 La cour cantonale a jugé à cet égard qu'il n'y avait pas lieu d'ordonner l'imputation sollicitée par le recourant dès lors qu'il n'avait pas clairement chiffré et justifié ces sommes.
3.2 Le recourant estime avant tout que la cour cantonale aurait violé l'art. 9 Cst. L'intimée avait en effet reconnu, par ses conclusions déposées en première instance, qu'il s'était acquitté des frais de loyers et d'assurances-maladie obligatoire pour elle-même et sa fille; de même, le juge de première instance avait tenu compte desdits versements en retenant leur déduction. Refuser celle-ci, au demeurant sans aucune justification, le contraindrait à payer à double les montants litigieux.
L'intimée indique ne pas s'opposer à ce que le dispositif de l'arrêt soit corrigé dans le sens voulu par le recourant.
3.3 Lorsque le dispositif du jugement condamne le débiteur au paiement de contributions d'entretien d'un montant déterminé, tout en réservant néanmoins les prestations d'entretien déjà versées, et que le montant qui reste dû sur l'arriéré ne peut pas être déduit des motifs, ce jugement ne vaut pas titre de mainlevée, faute d'une obligation de payer claire (<ref-ruling> consid. 2; arrêt 5A_217/2012 du 9 juillet 2012 consid. 6.1.1 destiné à la publication). Il en découle que, si le débirentier prétend avoir déjà versé des prestations d'entretien au créditrentier depuis la séparation, il appartient au juge du fond de statuer sur les montants qui doivent être déduits de l'arriéré, sur la base des allégués et des preuves offertes en procédure. Il ne peut pas se contenter de réserver dans sa décision l'imputation des prestations déjà versées sans en chiffrer le montant; à défaut, le jugement rendu ne serait pas susceptible d'exécution forcée, ce qui est insatisfaisant (arrêt 5A_217/2012 précité consid. 6.1.1 destiné à la publication et la référence).
En revanche, lorsque le dispositif du jugement condamne le débiteur au paiement de contributions d'entretien d'un montant déterminé, sans réserver les prestations d'entretien déjà versées, et qu'il ressort des motifs que c'est faute de preuves que le juge du fond n'a pas pu arrêter le montant déjà versé depuis la séparation, ce jugement vaut alors titre de mainlevée définitive pour le montant total de l'arriéré de pensions, cette dette étant claire et chiffrée (arrêt 5A_217/2012 précité consid. 6.1.2 destiné à la publication).
3.4 En l'espèce, dans sa requête de mesures protectrices de l'union conjugale du 25 novembre 2009, l'intimée a reconnu que son époux s'acquittait des frais d'assurance-maladie et de loyer. Par ordonnance du 14 décembre 2009, le Tribunal de première instance a retenu que, depuis la séparation, le recourant s'était en tout temps acquitté, en mains de son épouse, du loyer de l'appartement familial ainsi que des primes d'assurance-maladie de sa femme et de sa fille; le premier juge a en conséquence donné acte à l'intéressé de son engagement à payer ces frais en mains de l'intimée. Dans ses conclusions motivées adressées au Tribunal de première instance le 6 juin 2011, celle-ci a conclu au versement d'une pension alimentaire d'un montant de 4'285 fr. par mois à compter du 1er novembre 2009, sous déduction du montant du loyer et des primes d'assurance-maladie obligatoire déjà versé depuis cette dernière date, reconnaissant ainsi que son mari s'en était acquitté, du moins partiellement. Par jugement du 11 juillet 2011, le Tribunal de première instance a expressément déduit de la contribution d'entretien, certes sans les chiffrer, les montants versés par le recourant au titre du paiement du loyer et de l'assurance-maladie de l'intimée et de sa fille. Enfin, dans ses écritures d'appel, l'intimée a à nouveau réclamé le versement d'une pension sous déduction des montants versés par son mari au titre de ces derniers postes. Dès lors que le principe de cette déduction n'a jamais été contesté par les parties, ni été mis en doute par les décisions antérieures à l'arrêt attaqué, la Cour de justice ne pouvait ainsi la refuser, sauf à violer le principe général de l'interdiction de la reformatio in pejus. Arbitraire sur ce point (<ref-ruling> consid. 3.2 et les références), la décision entreprise doit dès lors être annulée et la cause renvoyée à la cour cantonale afin que, conformément à la jurisprudence publiée aux <ref-ruling> consid. 2, elle détermine le montant exact des versements effectués par le recourant, cas échéant en interpellant les parties à cet égard, pour ensuite le déduire du montant de la contribution d'entretien à sa charge.
Dans la mesure où le recourant obtient gain de cause sur ce point, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur le moyen tiré de la violation de son droit d'être entendu.
4. Le recourant invoque ensuite la violation de l'art. 9 Cst. concernant l'établissement de son revenu et celui de son épouse.
4. Le recourant invoque ensuite la violation de l'art. 9 Cst. concernant l'établissement de son revenu et celui de son épouse.
4.1 4.1.1 La Cour de justice a déterminé le revenu du recourant en procédant à différentes déductions.
La juridiction cantonale a avant tout retenu que le recourant percevait des revenus complémentaires de la société Y._ SA, les explications fournies par l'intéressé sur ses liens et ceux de ses fils avec cette dernière société étant en effet incomplètes et sujettes à caution. La cour cantonale a ensuite relevé que différents éléments plaidaient en faveur du transfert d'une partie de l'activité de X._ Sàrl à Y._ SA - chute du bénéfice de la première société coïncidant avec une réduction des effectifs engagés à la date de constitution de la seconde; exploitation des mêmes locaux; logo similaire; activité des fils des parties pour chacune d'elles en 2010. A cela s'ajoutait que le recourant ne s'était jamais plaint, tout au long de la procédure, d'une diminution de ses revenus, alors que le salaire qu'il avait déclaré recevoir de X._ Sàrl en 2011 était moins important que celui perçu antérieurement et que le bilan de cette société affichait une perte en fin d'année 2011. Les juges cantonaux ont également observé qu'avant la constitution de la société Y._ SA, l'entreprise X._ Sàrl générait un bénéfice annuel net relativement important, de l'ordre de 150'000 fr. Cela laissait fortement supposer qu'en transférant une partie de son activité à une nouvelle société, le recourant entendait optimiser, ou à tout le moins maintenir ses ressources et profits. Il pouvait ainsi être considéré que les revenus tirés de Y._ SA, cumulés à ceux perçus actuellement de X._ Sàrl, étaient au moins équivalents à ceux qu'il réalisait lorsqu'il ne possédait qu'une seule entreprise. Déterminant les revenus obtenus par le recourant de la société X._ Sàrl jusqu'en décembre 2009, la cour cantonale a noté que le recourant recevait, du temps de la vie commune, un salaire minimum de 9'190 fr. par mois. Il n'était en outre pas contesté qu'il versait en sus à son épouse, par le biais de sa société, un revenu mensuel en majeure partie fictif de 3'700 fr. à 4'800 fr. nets. La juridiction en a ainsi conclu que le recourant était en mesure de tirer de sa seule activité des revenus de l'ordre de 12'200 fr. au minimum (9'190 fr. + 3'000 fr.), qu'il décidait de répartir entre les époux. Cette somme correspondait au demeurant au salaire net qu'il s'était versé en 2010 par l'intermédiaire de la société X._ Sàrl.
4.1.2 Le recourant n'établit nullement l'arbitraire du raisonnement cantonal. Il n'attaque ainsi aucun des éléments sur lesquels la juridiction s'est fondée pour conclure à un éventuel transfert d'activités de la première des sociétés de nettoyage à la seconde, conclusion centrale de son raisonnement lui permettant de retenir que le salaire du recourant était au moins équivalent à celui perçu alors qu'il n'exploitait que la première entreprise. L'intéressé se limite à simplement affirmer que son salaire résulterait des pièces produites devant la Cour de justice, pièces que celle-ci a précisément préféré écarter en jugeant qu'elles n'attestaient pas la situation financière réelle de la société. Le recourant ne nie pas non plus le versement d'un salaire fictif à son épouse, qui n'exerçait, de fait, aucune activité, voire qu'une activité limitée au sein de la société X._ Sàrl; le fait qu'elle en soit associée ne change rien à cet égard, le recourant n'alléguant pas que le revenu perçu mensuellement par celle-ci correspondrait à d'éventuels dividendes ou bénéfices. Le recourant ne conteste pas non plus ne s'être jamais plaint d'une diminution de ses revenus, ni ne démontre en quoi il serait arbitraire d'additionner le montant de ceux-ci au salaire fictif de l'intimée pour déterminer les revenus minimums que lui rapportaient ses activités de nettoyage. L'argument selon lequel le train de vie antérieur des parties ne permettrait pas de retenir que son revenu annuel net serait de 146'400 fr. n'est en outre nullement pertinent. Le recourant ne saurait enfin prétendre que l'arrêt cantonal révélerait clairement « deux poids et deux mesures » entre les parties: le fait que la décision aboutisse à une solution qui ne lui convient pas ne permet pas d'en déduire qu'elle favorise nécessairement son adverse partie.
4.1.2 Le recourant n'établit nullement l'arbitraire du raisonnement cantonal. Il n'attaque ainsi aucun des éléments sur lesquels la juridiction s'est fondée pour conclure à un éventuel transfert d'activités de la première des sociétés de nettoyage à la seconde, conclusion centrale de son raisonnement lui permettant de retenir que le salaire du recourant était au moins équivalent à celui perçu alors qu'il n'exploitait que la première entreprise. L'intéressé se limite à simplement affirmer que son salaire résulterait des pièces produites devant la Cour de justice, pièces que celle-ci a précisément préféré écarter en jugeant qu'elles n'attestaient pas la situation financière réelle de la société. Le recourant ne nie pas non plus le versement d'un salaire fictif à son épouse, qui n'exerçait, de fait, aucune activité, voire qu'une activité limitée au sein de la société X._ Sàrl; le fait qu'elle en soit associée ne change rien à cet égard, le recourant n'alléguant pas que le revenu perçu mensuellement par celle-ci correspondrait à d'éventuels dividendes ou bénéfices. Le recourant ne conteste pas non plus ne s'être jamais plaint d'une diminution de ses revenus, ni ne démontre en quoi il serait arbitraire d'additionner le montant de ceux-ci au salaire fictif de l'intimée pour déterminer les revenus minimums que lui rapportaient ses activités de nettoyage. L'argument selon lequel le train de vie antérieur des parties ne permettrait pas de retenir que son revenu annuel net serait de 146'400 fr. n'est en outre nullement pertinent. Le recourant ne saurait enfin prétendre que l'arrêt cantonal révélerait clairement « deux poids et deux mesures » entre les parties: le fait que la décision aboutisse à une solution qui ne lui convient pas ne permet pas d'en déduire qu'elle favorise nécessairement son adverse partie.
4.2 4.2.1 Concernant les revenus de l'intimée, la cour cantonale a retenu que celle-ci percevait des revenus de l'ordre de 1'820 fr. nets par mois, perçus en contrepartie d'activités de nettoyage, refusant ainsi de tenir compte d'un salaire supplémentaire pour ses travaux de couture. Il n'avait en effet pas été rendu vraisemblable que ces derniers lui procureraient des revenus significatifs réguliers et il semblait que l'épouse n'avait plus exercé son activité de couturière depuis sa venue en Suisse. Les frais de cuisine scolaire ne permettaient pas, de surcroît, de retenir que sa fille était gardée plus que ne l'exigeait l'horaire de travail de l'intéressée; le fait qu'elle se soit contentée d'une pension moindre durant l'année suivant la séparation des parties ne suffisait pas, au demeurant, à admettre qu'elle réalisait des revenus supplémentaires. Il ne pouvait enfin être exigé de l'intimée une augmentation de son temps de travail, compte tenu de l'âge de D._.
4.2.2 Le recourant observe que la cour cantonale a constaté que son épouse effectuait des travaux de couture depuis septembre 2010; il rappelle également que l'intéressée disposait d'une carte de visite, indiquant l'adresse du domicile actuel ainsi que la profession de « couturière styliste ». Ces éléments attestaient de l'exercice de l'activité contestée, de sorte que la cour cantonale ne pouvait simplement en déduire que dite occupation ne permettait pas à l'intimée de percevoir des revenus significatifs, mais se devait au contraire de lui imputer au moins un revenu à temps partiel à ce titre. Cette conclusion permettait également d'expliquer que l'intéressée avait pu aisément absorber le découvert subi depuis la séparation des parties.
4.2.3
4.2.3.1 La cour cantonale a retenu que l'activité de couturière ne permettait pas à l'intimée d'en retirer des revenus significatifs. Le recourant ne fournit aucune indication précise sur les revenus que son épouse percevrait du fait de cette activité et ne démontre ainsi nullement l'arbitraire de la conclusion cantonale sur ce point.
4.2.3.2 A supposer que, par son argumentation, le recourant entende en réalité qu'un revenu hypothétique soit imputé à l'intimée, ses prétentions sont infondées. Il est en l'espèce établi que l'intéressée réalise un revenu de 1'820 fr. nets par mois, salaire qui, pour une femme de ménage, correspond environ à un taux d'activité de 40% (salaire horaire de 25 fr.; PHILIPP MÜLHAUSER, Das Lohnbuch 2010, Mindestlöhne sowie orts- und berufübliche Löhne in der Schweiz, Zurich 2010, p. 603). Dès lors qu'elle a la garde d'un enfant âgé de 7 ans, il n'est pas arbitraire de ne pas lui imputer un taux d'activité supérieur et, ainsi, un salaire plus élevé (<ref-ruling> consid. 4.2.2.2 et la référence).
5. L'intimée sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire. Selon une jurisprudence constante, le devoir de l'Etat d'accorder l'assistance judiciaire à un plaideur impécunieux dans une cause non dénuée de chances de succès est subsidiaire par rapport à l'obligation d'entretien qui résulte des rapports entre époux. L'assistance judiciaire n'est donc pas octroyée à une partie qui est en mesure d'avancer les frais de procès grâce à la contribution d'entretien que lui doit son ex-conjoint (cf. arrêt 5C.42/2002 consid. 6 non publié aux <ref-ruling> et les références). Il appartenait dès lors à l'intimée d'établir que le recourant ne pouvait satisfaire à son obligation d'entretien en lui procurant les moyens nécessaires à sa participation à la procédure fédérale de recours. En tant que cette preuve n'a pas été apportée, la première condition posée par l'<ref-law>, à savoir l'indigence de la partie requérante, n'est pas réalisée, ce qui suffit à rejeter la requête d'assistance judiciaire présentée par l'intimée.
6. En définitive, le recours est partiellement admis, l'arrêt cantonal est annulé en tant qu'il refuse de déduire du montant de la contribution d'entretien les montants du loyer et de l'assurance-maladie dont le mari s'est d'ores et déjà acquitté, et la cause est renvoyée sur ce point à la cour cantonale. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr. sont mis pour 2'000 fr. à la charge du recourant et pour 500 fr. à la charge de l'intimée. Même si celle-ci s'est en effet abstenue de prendre des conclusions formelles sur le point pour lequel le recourant obtient gain de cause, elle est considérée avoir succombé au recours à cet égard (<ref-ruling> consid. 3 6; <ref-law>). La requête d'assistance judiciaire de l'intimée est rejetée (<ref-law>; consid. 5 supra), mais celle-ci a droit à des dépens réduits, à charge du recourant (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il refuse de déduire du montant de la contribution d'entretien due par le recourant les sommes qu'il a versées depuis le 25 novembre 2009 au titre du paiement du loyer de l'appartement conjugal et des primes d'assurance-maladie de l'intimée et de sa fille, la cause étant renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelles instruction et décision au sens des considérants. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire de l'intimée est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à raison de 2'000 fr. à la charge du recourant et à raison de 500 fr. à la charge de l'intimée.
4. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 20 septembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso