Sachverhalt:
A. X._ ist Inhaber der nicht im Handelsregister eingetragenen Einzelfirma E._, welche Softwareleistungen produziert, vermittelt und verkauft. Er entwickelte zusammen mit seinem ausländischen Geschäftspartner A._ eine diesem gehörende Software weiter. Von den Lizenzgebühren des europäischen Marktes behielt X._ einen Drittel für sich und hatte die übrigen zwei Drittel auf ein Bankkonto in Dänemark zugunsten der B._ LLC (in Folgenden: B._) seines Geschäftspartners zu überweisen.
B. In ihrer Steuererklärung 2001 deklarierten X._ und Y._ Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit in der Höhe von Fr. 81'551.-- (steuerbares Vermögen Fr. 0.--). Nach Vornahme einer Buchprüfung veranlagte die Steuerkommission Böttstein am 12. August 2004 die Steuerpflichtigen nach Ermessen auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 970'583.-- und ein steuerbares Vermögen von Fr. 182'539.--. Im Einspracheverfahren reichten X._ und Y._ - nach mehrfacher Mahnung - die Buchhaltungen der Jahre 1999 bis 2002 inklusive Rechnungskopien ein. Mit Entscheid vom 24. Februar 2005 nahm die Steuerkommission Böttstein eine reformatio in peius vor und setzte das steuerbare Einkommen auf Fr. 979'074.-- fest (Vermögen unverändert). Ein gegen die Einkommensfestsetzung erhobener Rekurs wurde vom Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 31. Mai 2006 teilweise gutgeheissen und das steuerbare Einkommen auf Fr. 953'500.-- festgesetzt. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hiess eine hiergegen erhobene Beschwerde am 20. Oktober 2008 teilweise gut und setzte das steuerbare Einkommen auf Fr. 547'425.-- fest. Das Gericht hielt es für erwiesen, dass X._ zwei Drittel der Lizenzeinnahmen an die B._ weiterleiten musste.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 20. Oktober 2008 führen X._ und Y._ mit Eingabe vom 27. November 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie stellen sinngemäss den Antrag, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und das steuerbare Einkommen auf Fr. 203'402.-- herabzusetzen. Sie wehren sich gegen die Aufrechnung von Fr. 339'440.-- (für das Jahr 2000 betreffenden und falsch verbuchten Lizenzaufwand) und erklären, dass sie sich vor dem Steuerrekurs- und dem Verwaltungsgericht auf den nunmehr bereinigten "Anklagepunkt" konzentrieren mussten. Zudem beantragen sie die "Rückvergütung aller aufgelaufenen Kosten an die verschiedenen Instanzen und Rechtsvertretung" sowie eine angemessene Entschädigung der Kantonalen Steuerverwaltung resp. der Gemeinde Böttstein "für die wirtschaftlichen und psychischen Schäden", welche aus dem "ungerechtfertigten Vorgehen" dieser Behörden entstanden sei.
D. Das Kantonale Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme, weil sie sich dem angefochtenen Entscheid anschliessen kann.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber nachfolgend E. 1.3).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
1.3 Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. Im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist in der vorliegenden Beschwerde nur teilweise zu erkennen, insbesondere soweit die Beschwerdeführer die "Rückvergütung aller aufgelaufenen Kosten" sowie eine "angemessene Entschädigung" beantragen. Inwiefern die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen in den vorinstanzlichen Verfahren gegen Bundesrecht, namentlich das Willkürverbot, verstossen soll, begründen die Beschwerdeführer nicht näher. Soweit eine solche qualifizierte Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde somit nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Das angefochtene Urteil beruht auf einer Ermessensveranlagung gemäss § 191 Abs. 3 des Steuergesetzes [des Kantons Aargau] vom 15. Dezember 1998 (StG/AG; SAR 651.100). Eine solche ist vorzunehmen, wenn die steuerpflichtige Person trotz Mahnung ihre Verfahrenspflichten nicht erfüllt hat oder wenn die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden können. Dabei können Erfahrungszahlen, Vermögensentwicklung und Lebensaufwand der steuerpflichtigen Person berücksichtigt werden. Eine nach pflichtgemässem Ermessen vorgenommene Veranlagung kann nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden (§ 192 Abs. 2 StG/ AG). Offensichtlich unrichtig ist eine Schätzung, die einen wesentlichen Gesichtspunkt übergangen oder falsch gewürdigt hat. Das Bundesgericht ist an die Ermessenseinschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Sachverhaltsermittlung und auf einer sachgerechten Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht, wobei den zuständigen Behörden ein gewisser Spielraum für die zahlenmässige Auswertung der Untersuchungsergebnisse zusteht; so lange sich ihre Schätzung im Rahmen des so gegebenen Spielraums hält, kann das Bundesgericht nicht eingreifen (Urteil 2C_441/2008 vom 30. Januar 2009 E. 2.3 mit Hinweis).
2.2 Die Beschwerdeführer beanstanden nicht, dass eine Ermessensveranlagung vorgenommen wurde. Die im Einspracheverfahren eingereichten Unterlagen erachteten die Steuerbehörden für die Steuerperiode 2001 als nicht beweiskräftig. Materielle Korrekturen mussten unter anderem aufgrund der unklaren Belastungen in der Erfolgsrechnung für die an die B._ überwiesenen Beträge und aufgrund des massiven Vermögensvergleichsmankos vorgenommen werden. Selbst die Beschwerdeführer anerkennen, dass die Lizenzüberweisungen an die B._ oft verzögert erfolgten und buchhalterisch nie sauber abgegrenzt wurden. Aus der Lizenzabrechnung des Jahres 2000 ergibt sich, dass erst im Mai 2001 ein Betrag von $ 836'272.-- (ohne korrekte transitorische Verbuchung) an die B._ überwiesen wurde. Damit erweist sich die ermessensweise Aufrechnung eines unrichtig verbuchten Lizenzaufwands von Fr. 339'400.-- keineswegs als offensichtlich unrichtig (vgl. E. 2.1), zumal die Beschwerdeführer diesen Punkt weder im Rekurs- noch im Beschwerdeverfahren auch nur ansatzweise gerügt haben.
2.3 Im Übrigen hat die Vorinstanz im Sinne einer Kontrollrechnung überprüft, ob die vorgenommenen Aufrechnungen auch vor der Vermögensvergleichsrechnung standhalten (vgl. E. 9.1 des angefochtenen Entscheides). Danach ist vom Vermögenszuwachs auszugehen und dieser um den geschätzten Lebens- und Privataufwand zu vermehren (Urteile 2C_618/2007 vom 13. November 2007 E. 4.2; 2A.426/2004 vom 23. November 2004 E. 2.1 in: StR 60/S. 441; 2A.387/1997 vom 16. März 1999 E. 2b, in: Pra 88 Nr. 168). Im vorliegenden Fall machte die - von den Beschwerdeführern nicht angefochtene - Vermögensvermehrung Fr. 335'840.-- aus; hierzu wurde ein Lebens- und Privataufwand von Fr. 196'479.-- (Lebenshaltungskosten Fr. 120'000.--, Kauf von Mobiliar und Textilien Fr. 44'629.--, Privatanteile Fr. 22'600.-- und Lebensversicherung/Krankentaggeld Fr. 9'250.--) hinzugerechnet, was zusammen Fr. 532'319.-- ausmacht. Dieser Betrag liegt damit nur unwesentlich unter dem Betrag von Fr. 547'425.--, welcher aufgrund der - lückenhaften - Buchhaltungsunterlagen ermittelt wurde.
Zusammenfassend erweist sich das von der Vorinstanz ermittelte steuerbare Einkommen von Fr. 547'425.-- als nicht offensichtlich unrichtig im Sinne von § 192 Abs. 2 StG/AG.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich daher als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger