Sachverhalt:
A.
A.a. B._ (Kläger, Beschwerdegegner) führt das im Handelsregister eingetragene Einzelunternehmen B.B._ mit Sitz in U._ (Kanton Bern). Er betreibt ein Ingenieurbüro für erneuerbare und konventionelle Energietechnik.
Die A._ Sàrl (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine Gesellschaft französischen Rechts mit Sitz in V._, Frankreich. Sie bezweckt die Konstruktion, Realisierung und Finanzierung von Anlagen oder Kraftwerken für die Generierung von erneuerbaren Energien, insbesondere Solarkraftwerke zur Produktion von Strom und/oder Wärme und Kälte.
A.b. B._ und die A._ Sàrl beschlossen zum Zweck der Planung und Realisierung des Photovoltaikprojektes "C._" in V._, Frankreich, eine Zusammenarbeit.
A.c. Am 29. April 2011 schlossen die Parteien nachträglich eine Zusammenarbeitsvereinbarung (nachfolgend: Vereinbarung). Ziff. 1 dieser Vereinbarung lautet wie folgt:
"Die Parteien stellen fest, dass B.B._ im Rahmen der Planung und Realisierung des Photovoltaikprojektes "C._" seit letzter Rechnungsstellung bis und mit März 2008 weitere Dienstleistungen erbracht hat und bis zum Abschluss des Projektes, welcher im Sommer dieses Jahres erfolgt, sowie während der Garantiephase weitere Dienstleistungen erbringen wird und zwar während der Bauphase in zeitlicher Hinsicht im Umfange von einem Tag, exklusive Reisezeit, pro Woche und während der Garantiephase lediglich nach Bedarf."
Nach Ziff. 2 der Vereinbarung verpflichtete sich die A._ Sàrl, B._ für die "Mitwirkung an der Planung und Realisierung sowie Begleitung der Garantiephase" des Photovoltaikprojekts einen Betrag von pauschal Fr. 183'000.-- sowie für Spesen einen Betrag von pauschal Fr. 20'000.-- zu bezahlen. Geschuldet ist der Gesamtbetrag von Fr. 203'000.-- gemäss Vereinbarung "exkl. Mehrwertsteuer, sofern und soweit eine solche geschuldet sein sollte (wobei die Parteien davon ausgehen, dass aufgrund der Dienstleistungen im Ausland eine solche nicht geschuldet ist) ".
In Ziff. 4 der Vereinbarung unterstellten die Parteien "die Mitwirkung der B.B._ sowie die vorliegende Vereinbarung dem schweizerischen Recht".
A.d. Im Sommer 2011 kündigte B._ die Vereinbarung vom 29. April 2011. Zwischen den Parteien ist umstritten, ob B._ gestützt auf diese Vereinbarung Anspruch auf Zahlung des heute noch offenen Restbetrags von Fr. 153'000.-- hat.
B.
B.a. Am 9. April 2013 reichte B._ beim Handelsgericht des Kantons Bern gegen die A._ Sàrl Klage ein und beantragte, diese sei zur Zahlung von Fr. 153'000.-- nebst Zins zu verurteilen.
B.b. Die Beklagte bestritt in ihrer Eingabe vom 28. Mai 2013 die internationale Zuständigkeit des Handelsgerichts. Sie machte geltend, die Parteien hätten in ihrer Vereinbarung implizit V._, Frankreich, als Erfüllungsort vereinbart. Zudem bestritt sie die Ausführungen des Klägers, wonach dieser 70-75 % seiner Leistungen in der Schweiz erbracht habe. Das Projekt C._ habe in V._ stattgefunden.
B.c. Mit Verfügung vom 19. September 2013 beschränkte das Handelsgericht das Verfahren auf die Frage der Zuständigkeit.
B.d. Mit Zwischenentscheid vom 12. November 2013 bejahte das Handelsgericht des Kantons Bern seine Zuständigkeit. Es kam zum Schluss, die Parteien hätten keinen Erfüllungsort vereinbart. Die Zuständigkeit richte sich daher nach dem Erfüllungsort der charakteristischen Leistung (<ref-law>). Der Kläger habe seine Dienstleistungen überwiegend in U._ (Kanton Bern) und in Bern erbracht. Damit sei die Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Bern gegeben.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 6. Februar 2014 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei der Zwischenentscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern aufzuheben und es sei die Sache an das Handelsgericht zurückzuweisen mit der Anweisung, mittels eines Endentscheides auf die Klage nicht einzutreten.
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.1. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid über die Zuständigkeit (<ref-law>). Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
1.2.
1.2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18; <ref-ruling> E. 1.2 S. 511; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Soweit sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits im vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Überdies hat sie darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 395). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
1.2.2. Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, soweit sie ihrer Beschwerde eine Sachverhaltsdarstellung voranstellt und dabei ohne Erhebung von Sachverhaltsrügen die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid erweitert. Die entsprechenden Ausführungen sind für das Bundesgericht unbeachtlich.
2.
Zwischen den Parteien ist unbestritten, dass keine gültige Gerichtsstandsvereinbarung i.S.v. <ref-law> vorliegt. Umstritten ist hingegen, ob die Parteien eine gültige Erfüllungsortsvereinbarung i.S.v. <ref-law> abgeschlossen haben.
2.1. Die Bestimmungen über "Besondere Zuständigkeiten" nach Art. 5-7 LugÜ regeln, in welchen Fällen eine Person mit Wohnsitz oder Sitz in einem Vertragsstaat vor den Gerichten eines anderen Vertragsstaats verklagt werden kann. Art. 5 Ziff. 1 lit. b zweiter Spiegelstrich i.V.m. <ref-law> bestimmt, dass für (sämtliche) Klagen aus Dienstleistungsverträgen die Gerichte am Ort in einem durch dieses Übereinkommen gebundenen Staat zuständig sind, an dem die Dienstleistungen nach dem Vertrag erbracht worden sind oder hätten erbracht werden müssen. Zuständig sind mithin die Gerichte am Leistungsort der charakteristischen Vertragsleistung (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 172, 115 E. 3 S. 118). <ref-law> steht indessen unter dem Vorbehalt einer abweichenden, gerichtsstandsrelevanten Parteivereinbarung über den Leistungsort ("sofern nichts anderes vereinbart worden ist").
2.2. Die Vorinstanz hat ausgeführt, aus der Vereinbarung vom 29. April 2011, welche die Parteien offensichtlich nachträglich aufgesetzt hätten, würden sich keine stichhaltigen Hinweise auf einen ausdrücklichen oder mutmasslichen Erfüllungsort ergeben. In der Vereinbarung würden die Dienstleistungen nicht spezifiziert, die der Beschwerdegegner für die Beschwerdeführerin zu erbringen habe. Daran ändere auch ein von der Beschwerdeführerin nachträglich erstelltes Verzeichnis über die vom Beschwerdegegner geschuldeten Dienste nichts. Die massgeblichen tatsächlichen Umstände für die Bestimmung des Erfüllungsorts würden sich somit weder aus den Akten noch aus den Parteibefragungen ergeben. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin könne jedenfalls nicht gestützt auf die Umschreibung des Arbeitsumfangs in der Vereinbarung darauf geschlossen werden, dass sich der Erfüllungsort in V._ befinde. Die Erbringung von Leistungen "im Umfange von einem Tag, exklusive Reisezeit, pro Woche" halte lediglich fest, dass die Reisezeit nicht zur Arbeitsleistung zähle. Auch die Regelung über die Spesenpauschale in der Höhe von Fr. 20'000.-- erlaube keinen zweifelsfreien Rückschluss auf einen Erfüllungsort. Es sei davon auszugehen, dass die Parteien keinen Erfüllungsort vereinbart hätten.
2.3.
2.3.1. Die Beschwerdeführerin rügt vorab eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs durch die Vorinstanz, da diese ihrer Begründungspflicht nicht nachgekommen sei. Die Vorinstanz sei mit keinem Wort auf ihre Vorbringen eingegangen, wonach die Parteien in ihrer Vereinbarung ausdrücklich von "Dienstleistungen im Ausland" ausgegangen seien und wonach der Beschwerdegegner seine Leistungen bei der Rechnungsstellung selbst als Exportleistungen bezeichnet habe.
2.3.2. Die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law> und <ref-law>) fliessende Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, verlangt nicht, dass diese sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen).
2.3.3. Diesen Anforderungen genügt der angefochtene Entscheid. Die Vorinstanz hat ausgeführt, aus der Vereinbarung vom 29. April 2011 würden sich keine stichhaltigen Hinweise auf einen ausdrücklichen oder mutmasslichen Erfüllungsort ergeben. Sie ging zudem auf einzelne Punkte der Vereinbarung näher ein. Die Vorinstanz war aber nicht verpflichtet, jedes Vorbringen der Beschwerdeführerin ausdrücklich zu widerlegen. Was die Berücksichtigung der Rechnungsstellung durch den Beschwerdegegner angeht, so ist nicht ersichtlich, inwiefern die Beschwerdeführerin durch die fehlende Erwähnung dieses Argumentes an der sachgerechten Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids gehindert würde. Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist somit unbegründet.
2.4.
2.4.1. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, die Vorinstanz habe willkürlich einen vertraglich vereinbarten Erfüllungsort in V._ verneint. Sie wiederholt ihre Argumente, wonach die Parteien in Ziff. 2 der Vereinbarung ausdrücklich von "Dienstleistungen im Ausland" ausgegangen seien, die der schweizerischen Mehrwertsteuer nicht unterliegen würden, und wonach der Beschwerdegegner selbst seine Dienstleistungen bei der Rechnungsstellung als Export-Leistungen bezeichnet habe. Schliesslich würden auch die Vertragsklauseln für den Erfüllungsort V._ sprechen, wonach der Beschwerdegegner während der Bauphase an einem Tag pro Woche exklusive Reisezeit Dienstleistungen zu erbringen habe und wonach eine pauschale Spesenvergütung von Fr. 20'000.-- geleistet werde. Offensichtlich hätten die Parteien mit einem hohen Zeitbedarf und hohen Kosten für die Reisen gerechnet.
2.4.2. Ob die Parteien einen bestimmten Erfüllungsort vereinbart haben, ist auf der Grundlage der Bestimmungen des Vertrages ohne Rückgriff auf das materielle Recht zu bestimmen (Urteil 4A_113/2014 vom 15. Juli 2014 E. 4.4.1, zur Publikation vorgesehen). Die umstrittene Frage, ob die Gültigkeit einer Erfüllungsortsvereinbarung nach der lex causae zu beurteilen sei, kann vorliegend offenbleiben, da nicht die Gültigkeit der Vereinbarung, sondern deren Auslegung umstritten ist (vgl. Urteil 4A_113/2014 vom 15. Juli 2014 E. 4.1, zur Publikation vorgesehen). Es bedarf keiner ausdrücklichen Erfüllungsortsvereinbarung, der Erfüllungsort kann mithin durch Vertragsauslegung ermittelt werden (Urteil 4A_113/2014 vom 15. Juli 2014 2014 E. 4.4.2, zur Publikation vorgesehen). Sind mehrere Dienstleistungen in verschiedenen Staaten zu erbringen, so ist dort anzuknüpfen, wo nach dem Vertrag die Hauptdienstleistung zu erbringen ist (Urteil 4A_113/2014 vom 15. Juli 2014 E. 5.1, zur Publikation vorgesehen).
2.4.3. Den Ausschluss der Reisezeit von der Arbeitszeit legte die Vorinstanz als blosse Regelung aus, wonach die Reisezeit nicht zur Arbeitsleistung zähle. Zwischen den Parteien ist unbestritten, dass der Beschwerdegegner nicht sämtliche Dienstleistungen in der Schweiz erbracht hat, sondern durchaus einige Male nach V._ gereist ist (vgl. Vorinstanz, E. III.5 ff.). Es macht Sinn, für diesen Fall zu regeln, ob die Reisezeit zur Arbeitszeit zählt oder eben - wie in der Vereinbarung der Parteien vorgesehen - nicht. Aus dieser Regelung lässt sich nicht schliessen, wie oft der Beschwerdegegner nach V._ reisen sollte. Ein Indiz für diese Frage könnte die vereinbarte Spesenvergütung von Fr. 20'000.-- sein, die auf regelmässige Reisen hindeutet. Nach Auffassung der Vorinstanz erlaubt hingegen auch diese Regelung keinen zweifelsfreien Rückschluss auf einen Erfüllungsort. Der Betrag von Fr. 20'000.-- erscheint zwar hoch. Er wird aber relativiert durch die Tatsache, dass im Zeitpunkt des Abschlusses der Vereinbarung am 29. April 2011 die letzte Rechnungsstellung bereits mehrere Jahre zurücklag (Rechnung für Leistungen bis und mit März 2008). Der Beschwerdegegner war mithin schon über drei Jahre für die Beschwerdeführerin tätig und sollte auch weiterhin für diese tätig sein. Aus der Vereinbarung der Spesenvergütung lässt sich daher nicht mit hinreichender Deutlichkeit schliessen, die Parteien hätten einen Erfüllungsort i.S.v. <ref-law> vereinbaren wollen.
Was die Bezeichnung der Dienstleistungen als "Dienstleistungen im Ausland" und als "Export-Leistungen" angeht, so standen diese Ausdrücke klar im Zusammenhang mit der Mehrwertsteuer. Nach Art. 1 Abs. 2 lit. a des Bundesgesetzes vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG; SR 641.20) erhebt der Bund als Mehrwertsteuer eine Steuer auf den im Inland von steuerpflichtigen Personen gegen Entgelt erbrachten Leistungen (Inlandsteuer; vgl. auch <ref-law>). Als Ort der Dienstleistung gilt nach <ref-law> in erster Linie der Ort, an dem die Empfängerin der Dienstleistung den Sitz der wirtschaftlichen Tätigkeit oder eine Betriebsstätte hat, für welche die Dienstleistung erbracht wird. Bei Dienstleistungen im Zusammenhang mit einem Grundstück (u.a. Vorbereitung oder Koordinierung von Bauleistungen wie Architektur-, Ingenieur- und Bauaufsichtsleistungen) gilt als Ort der Dienstleistung der Ort, an dem das Grundstück gelegen ist (<ref-law>). Es kann vorliegend offenbleiben, ob die Dienstleistungen des Beschwerdegegners unter die Spezialregelung in <ref-law> zu subsumieren sind oder ob die allgemeine Regelung nach <ref-law> gilt. Denn sowohl der Sitz der Beschwerdeführerin als auch das Grundstück, auf welchem das Photovoltaikprojekt realisiert wurde, liegen in V._ (Frankreich). Unter dem Gesichtspunkt des Mehrwertsteuerrechts sind die Dienstleistungen des Beschwerdegegners somit in jedem Fall als im Ausland erbrachte Dienstleistungen zu betrachten, selbst wenn er diese faktisch im Kanton Bern erbringt. Wenn die Parteien somit die Dienstleistungen im Zusammenhang mit der Regelung der Mehrwertsteuer als "Dienstleistungen im Ausland" bezeichnen, muss daraus nicht geschlossen werden, die Parteien hätten vereinbart, der Erfüllungsort liege auch tatsächlich in V._. Nach dem Gesagten durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht zum Schluss kommen, es liege keine Erfüllungsortsvereinbarung i.S.v. <ref-law> vor.
2.4.4. Es kann somit offenbleiben, ob die von der Beschwerdeführerin behauptete Vereinbarung des Erfüllungsorts V._ überhaupt zulässig gewesen wäre. Dies wäre angesichts der vorinstanzlichen Feststellung, wonach der Beschwerdegegner seine Dienstleistungen überwiegend in U._ (Kanton Bern) und in Bern erbracht habe (dazu sogleich E. 3), zu prüfen gewesen. Denn Erfüllungsortsvereinbarungen sind nur gerichtsstandsrelevant, wenn sie einen Bezug zur Vertragswirklichkeit haben, d.h. die Leistung auch tatsächlich an dem vereinbarten Ort stattfindet (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 172).
3.
Die Beschwerdeführerin bringt weiter mehrere Rügen gegen die Ausführungen der Vorinstanz vor, wonach der Erfüllungsort nach Art. 5 Ziff. 1 lit. b zweiter Spiegelstrich LugÜ mangels Vorliegen einer Erfüllungsortsvereinbarung im Kanton Bern liege.
3.1. Die Vorinstanz hat ausgeführt, die charakteristische Leistung des Beschwerdegegners habe gemäss den Parteibefragungen in der Unterstützung und Beratung bei der Realisierung des Photovoltaikprojekts C._ bestanden. Konkret habe er Berechnungsarbeiten durchgeführt, die technischen Grundlagen für die Einholung von Offerten erarbeitet, diverse Konzepte erstellt, Arbeiten ausgeschrieben und bei Schulungen von Dachdeckern mitgewirkt. Der überwiegende Teil dieser Arbeiten hätten eine geistige Leistung des Beschwerdegegners vorausgesetzt, deren Erbringung gerade nicht an einen bestimmten Ort gebunden gewesen sei. Es erscheine als naheliegend, wenn ein freiberuflich tätiger Berater seine Hauptleistungen in seiner Arbeitsumgebung erbringe, sofern diese nicht vertraglich an einen bestimmten Ort gebunden würden. Vorliegend habe der Beschwerdegegner seine Dienstleistungen überwiegend in seinem Büro in U._ (Kanton Bern) und zu einem weiteren Teil im Büro der D._ SA in Bern erbracht. Für gewisse Dienstleistungen wie die sporadische Teilnahme an Sitzungen sowie die Schulung von Dachdeckern sei seine Anwesenheit in V._ erforderlich gewesen. Dies ändere aber nichts daran, dass der überwiegende Teil der Dienstleistungen tatsächlich in U._ (Kanton Bern) erbracht worden seien. Damit sei das Handelsgericht nach <ref-law> für die Beurteilung der Klage zuständig.
3.2.
3.2.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe die Beweise willkürlich gewürdigt und ihr rechtliches Gehör durch mangelnde Begründung des Entscheids verletzt. Sie habe nach einer blossen Rekapitulation der Parteistandpunkte ohne Beweiswürdigung und ohne eingehende Begründung kurzerhand die Version des Beschwerdegegners als die richtige bezeichnet. Die meisten Aufgaben des Beschwerdegegners seien lediglich vor Ort, also auf der Baustelle in V._ erfüllbar. Im Büro der D._ SA in Bern habe nur eine einzige Sitzung mit dem Beschwerdegegner stattgefunden. Es sei zudem nicht bewiesen, dass der Beschwerdegegner seine Arbeiten zu einem überwiegenden Teil in U._ (Kanton Bern) ausgeführt habe.
3.2.2. Das Bundesgericht greift in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur ein, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; <ref-ruling> E. 4.3 S. 319). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 88). Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er im Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 mit Hinweisen).
3.2.3. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung und Begründung ist in der Tat knapp ausgefallen. Es trifft aber nicht zu, dass eine Beweiswürdigung gänzlich fehlt. Aus dem Entscheid ergibt sich immerhin, von welchen durch den Beschwerdegegner erbrachten Dienstleistungen die Vorinstanz ausging und dass der überwiegende Teil dieser Dienstleistungen nach Einschätzung der Vorinstanz eine geistige Leistung des Beschwerdegegners vorausgesetzt habe, deren Erbringung nicht an einen bestimmten Ort gebunden gewesen sei. Die Möglichkeit der Beschwerdeführerin, den Entscheid sachgerecht anzufechten, ist daher zu bejahen. Es liegt somit keine Verletzung der Begründungspflicht vor.
3.2.4. Ein Eingriff des Bundesgerichts in die Beweiswürdigung der Vorinstanz setzt voraus, dass der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist. Diese Voraussetzung ist nicht erfüllt. Die Vorinstanz hat anerkannt, dass die Anwesenheit des Beschwerdegegners in V._ für gewisse Dienstleistungen wie die sporadische Teilnahme an Sitzungen sowie die Schulung von Dachdeckern erforderlich war. Sie kam aber zum Schluss, dass der überwiegende Teil der Dienstleistungen eine geistige Leistung erfordert habe und daher im Büro des Beschwerdegegners in U._ (Kanton Bern) erbracht worden sei. Die Beschwerdeführerin vermag nicht darzulegen, dass diese Beweiswürdigung (auch im Ergebnis) willkürlich wäre. Insbesondere sind ihre Ausführungen dazu, wie der Beschwerdegegner den Vertrag hätte erfüllen sollen, unbehelflich. Denn bei der umstrittenen Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz geht es lediglich darum, wo die Dienstleistungen tatsächlich erbracht worden sind. Selbst wenn die Sichtweise der Beschwerdeführerin vorzuziehen wäre, würde dies zum Nachweis von Willkür nicht ausreichen. Die Rüge ist unbegründet.
3.3.
3.3.1. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law>. Für den Erfüllungsort nach dieser Bestimmung sei nicht der Vorbereitungsort, sondern der Bestimmungsort der Dienstleistungen massgebend. Gerade Bau-Dienstleistungen seien spezifisch auf die Bedürfnisse eines individuell-konkreten Bauwerks ausgerichtet, womit sich in dieser Dienstleistungskategorie der Bestimmungsort immer am Ort der Baustelle, vorliegend V._, befinde. Zu berücksichtigen sei auch das Prinzip der Sach- und Beweisnähe. Würde man bei der Erstellung von Plänen oder Berechnungen für ein bestimmtes Bauvorhaben den Erfüllungsort am Ort der zeitlich überwiegenden Arbeiten situieren, so hätte es der Beauftragte in der Hand, im Streitfall Gerichtsstände weit ab vom Baustellenort ohne jegliche Sach- oder Beweisnähe zu erzwingen.
3.3.2. Kann der Ort der Leistungserbringung nach <ref-law> nicht anhand der Vertragsbestimmungen ermittelt werden, ist hilfsweise der Ort heranzuziehen, an dem die Leistung tatsächlich (hauptsächlich) erbracht wurde, vorausgesetzt, die Erbringung der Dienstleistungen an diesem Ort widerspricht nicht dem Parteiwillen, wie er sich aus den Vertragsbestimmungen ergibt (Urteil 4A_113/2014 vom 15. Juli 2014 E. 4.1, zur Publikation vorgesehen).
3.3.3. Der Beschwerdeführerin ist darin zuzustimmen, dass massgebend allein der Ort der Leistungserbringung ist und nicht der Ort, an dem allfällige Vorbereitungshandlungen vorgenommen wurden. Sie übersieht jedoch, dass der Beschwerdegegner nach den Feststellungen der Vorinstanz seine Dienstleistungen in U._ (Kanton Bern) nicht nur vorbereitet, sondern den überwiegenden Teil seiner geschuldeten geistigen Leistungen effektiv dort erbracht hat. Dazu gehörten etwa Berechnungsarbeiten, die Erarbeitung technischer Grundlagen für die Einholung von Offerten oder die Erstellung von Konzepten. Hier kann nicht gesagt werden, es handle sich um blosse Vorbereitungshandlungen. Vielmehr stellten etwa die in seinem Büro durchgeführten Berechnungsarbeiten gerade die vom Beschwerdegegner geschuldeten Dienstleistungen als solche dar. Die Erzwingung von Gerichtsständen ohne jegliche Sach- oder Beweisnähe wird dadurch eingeschränkt, dass die Erbringung der Dienstleistungen am entsprechenden Ort nicht dem Parteiwillen widersprechen darf, wie er sich aus den Vertragsbestimmungen ergibt. Vorliegend wurde indessen das Vorliegen einer Parteivereinbarung, wonach Erfüllungsort V._ sein sollte, von der Vorinstanz zutreffend verneint (oben E. 2). Es kann daher nicht gesagt werden, die Erbringung der Dienstleistungen im Kanton Bern widerspreche dem Parteiwillen. Die Rüge der Verletzung von <ref-law> ist unbegründet.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier