Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden befand X._ am 26. Juni 2007 zweitinstanzlich der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung, der mehrfachen Urkundenfälschung und der mehrfachen versuchten unwahren Angaben über kaufmännische Gewerbe schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 34 Monaten, teilbedingt vollziehbar, bei einer Probezeit von fünf Jahren. Den zu vollziehenden Teil der Strafe legte es auf 12 Monate fest. Von weiteren angeklagten Delikten sprach es ihn frei.
B. Das Bundesgericht hiess am 9. Oktober 2008 die gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde wegen Verjährungseintritts bezüglich einzelner Taten teilweise gut und wies die Sache an das Obergericht zurück.
C. Das Obergericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden verurteilte X._ am 28. April 2009 wegen mehrfacher qualifizierter Veruntreuung, mehrfacher Urkundenfälschung und mehrfacher versuchter unwahrer Angaben über kaufmännische Gewerbe zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 28 Monaten. Es schob den Vollzug im Umfang von 16 Monaten auf, bei einer Probezeit von 5 Jahren. Den Rest der Strafe erklärte es als vollziehbar.
D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei zu einer Freiheitsstrafe von maximal 20 Monaten zu verurteilen. Der Strafvollzug sei aufzuschieben, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Eventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Subeventualiter sei der teilbedingte Strafvollzug zu gewähren. Der vollziehbare Strafteil sei auf sechs Monate festzusetzen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze bei der Strafzumessung Bundesrecht (Art. 47 und <ref-law>).
1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze bei der Strafzumessung Bundesrecht (Art. 47 und <ref-law>).
1.1 1.1.1 Er macht geltend, der Vorinstanz sei bei der Strafzumessung ein Berechnungsfehler unterlaufen. Sie setze die Einsatzstrafe auf 32 Monate fest. Diese erhöhe sie aufgrund der mehrfachen Tatbegehung um sechs Monate. Strafmindernd werte sie das Geständnis um 4 Monate sowie vier weitere Strafzumessungskriterien um je um zwei Monate (Versuch, Vorstrafenlosigkeit/Leumund, Nachtatverhalten, Zeitablauf seit der Tat). Rechnerisch ergebe dies eine Freiheitsstrafe von 26 Monaten. Die Vorinstanz berücksichtige die Strafminderungs- bzw. milderungsgründe nicht in vollem Umfang, da sie die Strafe auf 28 Monate festsetze. Art. 47, <ref-law> sowie das Willkürverbot nach <ref-law> seien verletzt.
1.1.2 Der Beschwerdeführer wurde von der Vorinstanz wegen mehrfacher qualifizierter Veruntreuung (Taten vom 9. Dezember 1994 bis 2004), mehrfacher versuchter unwahrer Angaben über kaufmännische Gewerbe (Taten vom 9. Dezember 1999 bis 2002) sowie der mehrfacher Urkundenfälschung (Taten von 1996 bis 2002) verurteilt. Die Deliktssumme beträgt nach den vorinstanzlichen Erwägungen ca. Fr. 1.12 Mio. (Fr. 1.47 Mio. minus Fr. 348'330.--; angefochtenes Urteil S. 11 Mitte und S. 16 unten). Die Vorinstanz erachtet das Verschulden anhand der lang andauernden Delinquenz, der Vertrauensposition als Treuhänder, der Hilflosigkeit bzw. des Alters der Geschädigten und der fehlenden Ersatzwilligkeit betreffend die unrechtmässig bezogenen Gelder mindestens als mittelschwer. Sie setzt die Einsatzstrafe auf 32 Monate fest. Die Deliktsmehrheit und die mehrfache Tatbegehung wertet sie um 6 Monate straferhöhend. Aufgrund des Geständnisses reduziert sie die Strafe um 4 Monate. Seit dem Jahr 2004 habe er sich wohl verhalten. Er weise zudem einen guten Leumund und keine Vorstrafen auf. Dies sei mit einer Strafreduktion von 2 Monaten zu veranschlagen. Eine weitere Strafreduktion von je 2 Monaten sei angezeigt für das positive Nachtatverhalten, das deutlich verminderte Strafbedürfnis in Anbetracht der seit der Tat verstrichenen Zeit und des Wohlverhaltens des Täters seither sowie die Handlungen betreffend mehrfache unwahre Angaben im kaufmännischen Gewerbe, welche im Versuchsstadium stecken geblieben sind. Insgesamt erachtet die Vorinstanz eine Freiheitsstrafe von 28 Monaten als angemessen.
1.1.3 Das Bundesgericht greift in die Strafzumessung nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist, wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen). Alleine einer besseren Begründung wegen hebt es das angefochtene Urteil nicht auf, solange die Strafzumessung im Ergebnis bundesrechtskonform erscheint (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 105 mit Hinweisen). Zu den Anforderungen an die Begründungspflicht kann auf die bisherige Rechtsprechung verwiesen werden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19; <ref-ruling> E. 6.1 S. 20 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 104 f.; je mit Hinweisen).
1.1.4 Es trifft zu, dass rechnerisch eine Freiheitsstrafe von 26 Monaten (und nicht eine solche von 28 Monaten) resultiert, wenn man von den im vorinstanzlichen Urteil angegebenen Zahlen zu den einzelnen Strafzumessungskriterien ausgeht. Indessen erweist sich die Strafzumessung im Ergebnis als bundesrechtskonform. Die Vorinstanz reduziert die Strafe wegen des positiven Nachtatverhaltens. Der Beschwerdeführer habe seit der letzten Tat vor fast fünf Jahren keinen Anlass zu Klagen gegeben. Das übrige Verhalten nach der Tat, insbesondere das Geständnis sowie die Einsicht und Reue berücksichtigt die Vorinstanz separat. Sie gewährt eine weitere Reduktion innerhalb des ordentlichen Strafrahmens gestützt <ref-law>. Diese Norm setzt nebst dem verminderten Strafbedürfnis infolge Zeitablaufs ebenfalls das Wohlverhalten seit der Tat voraus. Die Vorinstanz berücksichtigt die Straffreiheit seit der zu beurteilenden Straftat zu Unrecht doppelt, einmal beim positiven Nachtatverhalten und einmal mit Hinweis auf <ref-law> (vgl. zum Doppelverwertungsverbot bei Zusammentreffen von Straferhöhungs- und Strafschärfungsgründen bzw. Strafminderungs- und Strafmilderungsgründen <ref-ruling> E. 2.b S. 347 mit Hinweisen). Wird dieses Kriterium nur einmal strafmindernd veranschlagt, ist die ausgefällte Strafe von 28 Monaten nicht zu beanstanden. Dies gilt umsomehr, als die von der Vorinstanz noch berücksichtigte Vorstrafenlosigkeit nach neuer bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht mehr zwingend eine Strafminderung nach sich zieht, sondern in der Regel neutral zu werten ist (BGE 6B_390/2009 vom 14. Januar 2010).
1.2 1.2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Begründung der Einsatzstrafe sei nicht nachvollziehbar und verletze <ref-law>. Er habe zumindest zu Beginn seiner deliktischen Handlungen bis im Jahre 1994 die Absicht gehabt, die bezogenen Gelder auf die Treuhandkonten zurückzuzahlen. Ausserdem habe er keine grosse kriminelle Energie aufgewendet. Die Geldbezüge seien ihm durch die Geschädigten leicht gemacht worden. Die Taten wiegten nicht schwer. Aufgrund des Deliktsbetrages sei das Verschulden nicht als mindestens sondern als höchstens mittelschwer anzusehen. Im Vergleich zum ersten Urteil der Vorinstanz vom 26. Juni 2007 sowie weiteren Vergleichsfällen sei die Einsatzstrafe unverhältnismässig hoch. Die Vorinstanz begründe nicht nachvollziehbar, weshalb sie die Einsatzstrafe gegenüber ihrem ersten Urteil lediglich um zwei Monate reduziere, obwohl gewisse Taten infolge Verjährung weggefallen und der Deliktsbetrag niedriger seien. Die geringere Deliktssumme sei bei der Einsatzstrafe in grösserem Umfang strafmindernd zu gewichten. Die Einsatzstrafe sei auf maximal 28 Monate festzusetzen.
1.2.2 Die Vorinstanz verweist zur Absicht des Beschwerdeführers betreffend Rückzahlung der unrechtmässig bezogenen Gelder auf ihr Urteil vom 26. Juni 2007 (angefochtenes Urteil S. 15 unten), welches auf das erstinstanzliche Urteil des Kantonsgerichts vom 5. Oktober 2006 weiterverweist (Beschwerdebeilage 6 S. 18). Die entsprechenden Ausführungen des Beschwerdeführers stimmen nicht mit den erstinstanzlichen Feststellungen überein (Beschwerdebeilage 5 S. 27 f.). Der Beschwerdeführer rügt nicht, die Vorinstanz habe durch den Verweis auf das erstinstanzliche Urteil die Tatsachen, wozu auch der Wille bzw. die Absicht zählt, willkürlich festgestellt (vgl. <ref-ruling> E. 4.1. S. 17; <ref-ruling> E. 8.5 S. 62). Auf diese Rüge ist nicht einzutreten, da sie den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht genügt (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f. mit Hinweisen). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers war die Vorinstanz nicht gehalten, mit abnehmendem Deliktsbetrag eine lineare Reduktion der Einsatzstrafe vorzunehmen bzw. eine davon abweichende Vorgehensweise speziell zu begründen. Dem Deliktsbetrag kommt nebst anderen Strafzumessungskriterien (z.B. dem Tatzeitraum, der Häufigkeit der Delikte, dem Tatmotiv, der persönlichen Situation des Täters) auch unter dem neuen Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches keine vorrangige Bedeutung zu (vgl. Urteil 6B_14/2007 vom 17. April 2007 E. 5.2), zumal die Aufzählung in <ref-law> nicht abschliessend ist. Ob das Verschulden als mindestens oder höchstens mittelschwer beurteilt wird, liegt im Ermessensspielraum der Vorinstanz. Die Gewichtung der Tatschwere ist nachvollziehbar begründet und nicht zu beanstanden. Darauf kann verwiesen werden.
1.2.2 Die Vorinstanz verweist zur Absicht des Beschwerdeführers betreffend Rückzahlung der unrechtmässig bezogenen Gelder auf ihr Urteil vom 26. Juni 2007 (angefochtenes Urteil S. 15 unten), welches auf das erstinstanzliche Urteil des Kantonsgerichts vom 5. Oktober 2006 weiterverweist (Beschwerdebeilage 6 S. 18). Die entsprechenden Ausführungen des Beschwerdeführers stimmen nicht mit den erstinstanzlichen Feststellungen überein (Beschwerdebeilage 5 S. 27 f.). Der Beschwerdeführer rügt nicht, die Vorinstanz habe durch den Verweis auf das erstinstanzliche Urteil die Tatsachen, wozu auch der Wille bzw. die Absicht zählt, willkürlich festgestellt (vgl. <ref-ruling> E. 4.1. S. 17; <ref-ruling> E. 8.5 S. 62). Auf diese Rüge ist nicht einzutreten, da sie den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht genügt (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f. mit Hinweisen). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers war die Vorinstanz nicht gehalten, mit abnehmendem Deliktsbetrag eine lineare Reduktion der Einsatzstrafe vorzunehmen bzw. eine davon abweichende Vorgehensweise speziell zu begründen. Dem Deliktsbetrag kommt nebst anderen Strafzumessungskriterien (z.B. dem Tatzeitraum, der Häufigkeit der Delikte, dem Tatmotiv, der persönlichen Situation des Täters) auch unter dem neuen Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches keine vorrangige Bedeutung zu (vgl. Urteil 6B_14/2007 vom 17. April 2007 E. 5.2), zumal die Aufzählung in <ref-law> nicht abschliessend ist. Ob das Verschulden als mindestens oder höchstens mittelschwer beurteilt wird, liegt im Ermessensspielraum der Vorinstanz. Die Gewichtung der Tatschwere ist nachvollziehbar begründet und nicht zu beanstanden. Darauf kann verwiesen werden.
1.3 1.3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz gewichte das Geständnis zu wenig strafmindernd. Die Strafminderung sei anhand der erhöhten Einsatzstrafe (gemäss der Vorinstanz 32 Monate Einsatzstrafe und 6 Monate Erhöhung wegen der Deliktsmehrheit) zu berechnen. Sie sei im Vergleich zum ersten Urteil der Vorinstanz zu gering ausgefallen. Er habe die Straftaten von Anfang an gestanden, bevor ihm grössere Vorhalte gemacht worden seien. Die Strafverfolgungsbehörden seien erst dadurch in der Lage gewesen, die nicht von der Strafanzeige erfassten Straftaten aufzuklären. Das Geständnis sei mit einer Strafreduktion von einem Drittel zu veranschlagen.
1.3.2 Die Vorinstanz berücksichtigt das zu Beginn der Strafuntersuchung abgelegte Geständnis strafmindernd. Sie hält aber fest, dass dieses wegen der Tatumstände und der Art der begangenen Delikte zu relativieren sei. Aufgrund der Strafanzeige wären die Taten nach Auffassung der Vorinstanz auch ohne Zutun des Beschwerdeführers zum Vorschein gekommen. Er habe das Geständnis angesichts der erdrückenden Beweislage abgelegt. Die Strafe sei um 4 Monate bzw. ungefähr einem Achtel der Einsatzstrafe von 28 Monaten zu mindern.
1.3.3 Ein Geständnis führt nicht zwingend zu einer Strafminderung (vgl. Urteil 6B_521/2008 vom 26. November 2008 E. 6.4; 6B_507/2008 vom 26. November 2008 E. 6.2 und 6.4). In welchem Umfang es strafmindernd berücksichtigt wird, ist Ermessensfrage. Die Vorinstanz trägt dem Geständnis mit einer erheblichen Strafminderung von mehreren Monaten Freiheitsstrafe Rechnung. Sie begründet nachvollziehbar, weshalb die Reduktion nicht höher ausfällt. Dabei hält sie sich an den Rahmen des ihr zustehenden Ermessens. Nicht entscheidend ist, anhand welcher Grundlage (Einsatzstrafe oder erhöhter Strafrahmen) die Strafminderung bemessen wird, weil die Strafzumessung keine mathematische Präzision aufweist. Es ist jedenfalls vertretbar, dass die Vorinstanz zur Einschätzung des Umfangs der Strafminderung die Einsatzstrafe heranzieht. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die Straftaten wären ohne sein Geständnis nicht ans Licht gekommen, behauptet er einen hypothetischen Sachverhaltsablauf, ohne darzutun, weshalb die gegenteilige Feststellung der Vorinstanz willkürlich sein soll. Darauf ist nicht einzutreten.
1.3.3 Ein Geständnis führt nicht zwingend zu einer Strafminderung (vgl. Urteil 6B_521/2008 vom 26. November 2008 E. 6.4; 6B_507/2008 vom 26. November 2008 E. 6.2 und 6.4). In welchem Umfang es strafmindernd berücksichtigt wird, ist Ermessensfrage. Die Vorinstanz trägt dem Geständnis mit einer erheblichen Strafminderung von mehreren Monaten Freiheitsstrafe Rechnung. Sie begründet nachvollziehbar, weshalb die Reduktion nicht höher ausfällt. Dabei hält sie sich an den Rahmen des ihr zustehenden Ermessens. Nicht entscheidend ist, anhand welcher Grundlage (Einsatzstrafe oder erhöhter Strafrahmen) die Strafminderung bemessen wird, weil die Strafzumessung keine mathematische Präzision aufweist. Es ist jedenfalls vertretbar, dass die Vorinstanz zur Einschätzung des Umfangs der Strafminderung die Einsatzstrafe heranzieht. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die Straftaten wären ohne sein Geständnis nicht ans Licht gekommen, behauptet er einen hypothetischen Sachverhaltsablauf, ohne darzutun, weshalb die gegenteilige Feststellung der Vorinstanz willkürlich sein soll. Darauf ist nicht einzutreten.
1.4 1.4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz lasse seine Einsicht und Reue bei der Strafzumessung unter Verletzung von Bundesrecht unberücksichtigt. Er habe in der Strafuntersuchung und vor Gericht sein Bedauern über die Taten ausgedrückt und die Forderungen der Geschädigten anerkannt. Er sei aber finanziell nicht in der Lage, nebst den familienrechtlichen Verpflichtungen Zahlungen an die Geschädigten zu leisten. Die Schadensregulierung sei auch nicht Voraussetzung der Reue. Immerhin habe er sich beruflich trotz einer Konkurseröffnung, seines Alters und des Strafverfahrens wieder eingegliedert. Er arbeite nun bei einer GmbH. Diese verfüge über gesetzliche Kontrollmechanismen, welche weiteren strafbaren Handlungen vorbeugten. Die Feststellung der Vorinstanz, er habe keine Vorbeugungsmassnahmen getroffen, sei willkürlich. Diese habe die Organisationsform, in welcher er arbeite, nicht gewürdigt.
1.4.2 Die Vorinstanz zieht den Schluss für fehlende Vorsichtsmassnahmen daraus, dass der Beschwerdeführer dieselben Dienstleistungen im gleichen Arbeitsumfeld anbietet wie bis anhin (angefochtenes Urteil S. 18 ff.). Sie verweist im Übrigen auf ihr erstes Urteil vom 26. Juni 2007 (angefochtenes Urteil S. 15 unten), worin sie auf das erstinstanzliche Urteil verwies (Beschwerdebeilage 6 S. 18). Daraus ergibt sich, dass die Gesellschaft, für welche der Beschwerdeführer derzeit tätig ist, neben ihm keine weiteren Angestellten aufweist (Beschwerdebeilage 5 S. 28). Bei zwei Aktiengesellschaften verfügt er nach den erstinstanzlichen Ausführungen über Einzelzeichnungsberechtigung (Beschwerdebeilage 5 S. 29). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz von fehlenden Vorsichtsmassnahmen ausgeht (vgl. zu den Voraussetzungen der Willkür vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen), zumal er bei den strafbaren Handlungen unter anderem als selbständiger Vermögensverwalter einer Aktiengesellschaft tätig war und in dieser Eigenschaft unrechtmässig Gelder bezog. Dies zeigt, dass die gesellschaftsrechtlichen Kontrollmechanismen keine absolute Sicherheit gegen strafrechtlich relevante Vermögensbezüge bieten.
Der Beschwerdeführer macht Ausführungen zu seiner finanziellen Lage und leitet daraus ab, er könne keine Zahlungen an die Geschädigten leisten. Er erhebt aber keine Willkürrüge gegen die Feststellungen der Vorinstanz zur Möglichkeit der Schadensregulierung. Deshalb ist auf seine Rüge nicht einzutreten (<ref-law>).
Im Ergebnis ist es bundesrechtskonform, wenn die Vorinstanz die Reue nicht strafmindernd wertet. Denn der Beschwerdeführer hat in seinem Arbeitsumfeld keine entscheidenden Veränderungen vorgenommen, den Schaden nicht im zumutbaren Umfang bezahlt und keine Pläne über die künftige Schuldensanierung nach Wegfall seiner Unterhaltspflichten gemacht. Diesbezüglich kann auf das angefochtene Urteil (S. 20) verwiesen werden.
Im Ergebnis ist es bundesrechtskonform, wenn die Vorinstanz die Reue nicht strafmindernd wertet. Denn der Beschwerdeführer hat in seinem Arbeitsumfeld keine entscheidenden Veränderungen vorgenommen, den Schaden nicht im zumutbaren Umfang bezahlt und keine Pläne über die künftige Schuldensanierung nach Wegfall seiner Unterhaltspflichten gemacht. Diesbezüglich kann auf das angefochtene Urteil (S. 20) verwiesen werden.
1.5 1.5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verletze die Begründungspflicht, weil sie nicht auf seine Strafempfindlichkeit eingehe. Das Kantonsgericht habe ihm im Urteil vom 5. Oktober 2006 aufgrund des Alters eine leicht erhöhte Strafempfindlichkeit zugebilligt und diese strafmindernd gewertet. Zudem sei ein bösartiger Blasentumor diagnostiziert worden und er müsse sich einer Operation unterziehen. Die Vorinstanz habe die Strafempfindlichkeit zu Unrecht nicht berücksichtigt.
1.5.2 Die Vorinstanz verweist ausdrücklich auf ihr erstes Urteil vom 26. Juni 2007 (angefochtenes Urteil S. 15 unten). Sie nahm Bezug auf das Urteil des Kantonsgerichts vom 5. Oktober 2006 (Urteil des Obergerichts vom 26. Juni 2007 S. 18 unten). Darin wurde das Alter des Beschwerdeführers leicht strafmindernd berücksichtigt (S. 30 Mitte). Durch den Verweis übernimmt die Vorinstanz die Argumentation der ersten Instanz hinsichtlich der altersbedingten leicht erhöhten Strafempfindlichkeit. Die Rüge, die Vorinstanz berücksichtige diesen Umstand nicht, ist verfehlt. Die Vorinstanz reduziert die Einsatzstrafe aufgrund der Tat- und Täterkomponenten erheblich. Sie ist nicht gehalten, in Zahlen anzugeben, wie sie einzelne Strafzumessungskriterien bewertet (<ref-ruling> E. 2c S. 104 f. mit Hinweisen). Die nach dem angefochtenen Urteil aufgetretenen gesundheitlichen Probleme des Beschwerdeführers sind als unzulässige echte Noven nicht zu berücksichtigen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 342 f.). Das Bundesgericht prüft lediglich die korrekte Rechtsanwendung durch die Vorinstanz. Tatsachen, die im Zeitpunkt des vorinstanzlichen Urteils nicht bekannt waren, wie die Blasenoperation des Beschwerdeführers, sind deshalb unerheblich.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze ihre Begründungspflicht nach <ref-law>, indem sie nicht ausdrücklich festhalte, weshalb eine Sanktion von unter 24 Monaten und damit der vollbedingte Strafvollzug nicht möglich sei. Ebenso äussere sie sich nicht, warum sie den zu vollziehenden Strafteil gleich wie im ersten Urteil bemesse.
2.2 Führt die Strafzumessung unter Würdigung aller wesentlichen Umstände zu einer Freiheitsstrafe, welche im Bereich eines Grenzwertes zum bedingten bzw. teilbedingten Strafvollzugs liegt, hat sich der Richter zu fragen, ob zugunsten des Beschuldigten eine Sanktion, welche die Grenze nicht überschreitet, noch innerhalb des Ermessensspielraumes liegt. Bejaht er die Frage, hat er die Strafe in dieser Höhe festzulegen. Verneint er sie, ist es zulässig, auch eine nur unwesentlich über der Grenze liegende Freiheitsstrafe auszufällen (<ref-ruling> E. 3.6 S. 25). Dabei hat der Richter die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung zu begründen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen; <ref-law>).
2.3 Die Vorinstanz prüft unter dem Titel "bedingter oder unbedingter Strafvollzug" den vom Beschwerdeführer bereits im vorinstanzlichen Verfahren beantragten vollbedingten Strafvollzug. Aufgrund des Strafmasses von 28 Monaten Freiheitsstrafe geht sie vorwiegend auf die Möglichkeit des teilbedingten Strafvollzugs ein. Sie trägt dem nicht leichten Verschulden des Beschwerdeführers und den fehlenden Bemühungen betreffend Schadensbehebung Rechnung. Die Prognose ist nach ihren Erwägungen nicht ungetrübt, da der Beschwerdeführer wieder im selben Arbeitsumfeld tätig ist. Sie setzt eine Probezeit von 5 Jahren für den bedingt ausgesprochenen Teil der Strafe an, weil sich der Beschwerdeführer seit der annähernd fünf Jahre zurückliegenden letzten deliktischen Handlung nicht mehr strafbar gemacht habe, und sie verweist im Übrigen auf ihr erstes Urteil vom 26. Juni 2007 (angefochtenes Urteil S. 22).
2.4 Die Vorinstanz bringt mit ihrer Argumentation zum Verschulden, zum Nachtatverhalten und der auf die Maximaldauer angesetzten Probezeit zum Ausdruck, dass sie eine vollbedingte Freiheitsstrafe ausschliesst. In ihrem ersten Urteil gewährte sie dem Beschwerdeführer den teilbedingten Strafvollzug lediglich, um ihm die bestehende Erwerbstätigkeit weiterhin zu ermöglichen. Sie erwog, aufgrund des kriminellen Hintergrundes und seines Alters wäre es für ihn nicht mehr möglich, eine Stelle zu finden. Sie setzte den vollziehbaren Teil auf 12 Monate fest, weil dies die maximal mögliche Strafe sei, welche der Beschwerdeführer noch in Halbgefangenschaft verbüssen bzw. dabei arbeiten könne (S. 19 f.). Die Vorinstanz berücksichtigt bei der Festsetzung des bedingten Strafteils sowohl die Prognose in Form des Nachtatverhaltens wie auch das Tatverschulden. Ihre Begründung ist in Bezug auf die Höhe des vollziehbaren Strafteils nachvollziehbar und bundesrechtskonform (vgl. <ref-ruling> E. 2d/bb S. 102). Abgesehen davon ist es fraglich, ob die ausgefällte Strafe von 28 Monaten überhaupt noch im Grenzbereich zum vollbedingten Strafvollzug liegt. Diese Frage kann offen bleiben.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze <ref-law>, indem sie ihm statt des vollbedingten Strafvollzugs lediglich den teilbedingten Strafvollzug gewähre. Er habe sich beruflich und sozial vollständig integriert. Ihm sei eine günstige Prognose zu stellen. Eventualiter sei im Falle einer teilbedingten Strafe der zu vollziehende Teil auf maximal 6 Monate festzusetzen. Die Vorinstanz müsse den vollziehbaren Teil gegenüber ihrem ersten Urteil reduzieren. Sie orientiere sich bei der Bemessung des vollziehbaren Teils von 12 Monaten lediglich am Ergebnis, d.h. der Möglichkeit der Halbgefangenschaft. Dies sei nicht zulässig.
3.2 Nach <ref-law> muss der unbedingt vollziehbare Teil mindestens sechs Monate betragen (Abs. 3), darf aber die Hälfte der Strafe nicht übersteigen (Abs. 2). Innerhalb des gesetzlichen Rahmens liegt die Festsetzung im pflichtgemässen Ermessen des Gerichts. Als Bemessungsregel ist das "Verschulden" zu beachten, dem in genügender Weise Rechnung zu tragen ist (Abs. 1). Das Verhältnis der Strafteile ist so festzusetzen, dass darin die Wahrscheinlichkeit der Legalbewährung des Täters einerseits und dessen Einzeltatschuld anderseits hinreichend zum Ausdruck kommen. Je günstiger die Prognose und je kleiner die Vorwerfbarkeit der Tat, desto grösser muss der auf Bewährung ausgesetzte Strafteil sein. Der unbedingte Strafteil darf dabei das unter Verschuldensgesichtspunkten (<ref-law>) gebotene Mass nicht unterschreiten (<ref-ruling> E. 5.6 S. 15).
3.3 Die Vorinstanz berücksichtigt bei der Gewährung des teilbedingten Strafvollzugs unter anderem die Wirkung der Strafe auf den Beschwerdeführer. Daneben bezieht sie das Verschulden, das Nachtatverhalten und die Prognose in ihre Beurteilung ein (vgl. E. 2.3). Sie nimmt zu den massgeblichen Kriterien für die Höhe des zu vollziehenden Strafteils Stellung. Dass sich der Wegfall von Straftaten infolge Verjährung gegenüber ihrem ersten Urteil zwar strafreduzierend auswirkt, aber keine Herabsetzung des unbedingt zu vollziehenden Strafteils nach sich zieht, ist angesichts des nach wie vor erheblichen Verschuldens und der getrübten Prognose im Ergebnis nicht zu beanstanden. Insbesondere gewährte sie dem Beschwerdeführer in ihrem ersten Urteil nur ganz knapp den teilbedingten Strafvollzug, um die vollzogene berufliche Wiedereingliederung nicht in Frage zu stellen. Die Vorinstanz verletzt das ihr zukommende Ermessen nicht, wenn sie 12 Monate der teilbedingt ausgesprochenen Strafe von 28 Monaten für vollziehbar erklärt.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht von Appenzell Ausserrhoden, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch