Sachverhalt:
A.
Die Mitglieder der Baugesellschaft A._ reichten am 3. April 2002 bei der Einwohnergemeinde Muri ein generelles Baugesuch ein für den Neubau eines Gewerbehauses mit einem Anteil Büronutzung und zwei Dienstwohnungen auf der Parzelle Gbbl. Nr. 2565 an der Thunstrasse 235 in Muri. Das Areal liegt nach dem kommunalen Zonenplan in der Zone mit Planungspflicht (ZPP) "Tannental II". Nachdem das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern dem Verzicht auf Erlass einer Überbauungsordnung zugestimmt hatte, erteilte die Einwohnergemeinde Muri am 23. Januar 2003 die generelle Baubewilligung. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern am 3. Juni 2003 ab. Dieser Entscheid blieb unangefochten.
Gestützt auf die generelle Baubewilligung stellte die X._ AG am 24. Februar 2005 bei der Einwohnergemeinde Muri ein Baugesuch für den Neubau eines Gewerbegebäudes mit einem Anteil Büronutzung auf der Parzelle Nr. 2565 (Ausführungsprojekt). Gegen das Vorhaben gingen keine Einsprachen ein. Die Einwohnergemeinde Muri erteilte dafür am 9. Februar 2006 die Gesamtbaubewilligung. Im Rahmen der Nebenbestimmungen (Ziff. 2 der Bewilligung) regelte sie unter anderem den Verkehr und die Verkehrszählung (Ziff. 2 der Nebenbestimmungen). Danach gilt für das ganze Gebäude bzw. die darin angesiedelten Betriebe eine Beschränkung auf 1'100 Fahrten im durchschnittlichen täglichen Verkehr (DTV). Hinsichtlich der Nutzung ordnete die Gemeinde Folgendes an (Ziff. 4 der Nebenbestimmungen) :
"Die Nutzung muss mit den Bestimmungen in Artikel 51 des Baureglements 1994 der Gemeinde Muri bei Bern vereinbar sein. Die Baupolizeibehörde behält sich diesbezüglich ausdrücklich entsprechende Massnahmen vor (z.B. Verweigern der Betriebsbewilligung für Vorhaben mit grösserem Publikumsfahrverkehr)."
Die erwähnte Vorschrift des Baureglements der Einwohnergemeinde Muri vom 6. Juni 1993 (GBR), in Kraft seit dem 1. Oktober 1994, lautet wie folgt:
Art. 51 ZPP "Tannental II"
1 Die Zone mit Planungspflicht "Tannental II" bezweckt eine ausgewogene Nutzung für Produktions- und Dienstleistungsbetriebe (Werkhof, Werkstatt, Produktion, Lager, Büro).
2 Zulässig sind Bauten für Gewerbe- und Dienstleistungsbetriebe ohne grösseren Publikums-Fahrverkehr (insbesondere keine Einkaufszentren, Freizeitanlagen und dergleichen). Im Attika sind Wohnungen für das betriebsnotwendig an den Standort gebundene Personal gestattet.
3 Das Mass der Nutzung hat sich an der Verträglichkeit mit den umgebenden Verkehrsbauten und der nahen Landschaft zu orientieren und darf eine BGF von 12'400 m2 nicht übersteigen. Davon dürfen höchstens 20 % für Büronutzung verwendet werden. Die maximale Gebäudehöhe beträgt 13,5 m.
4 Es gelten die Bestimmungen für die Empfindlichkeitsstufe III (<ref-law>); längs der Autobahn kann ein Streifen der Empfindlichkeitsstufe IV zugeordnet werden.
Die Gesamtbaubewilligung der Einwohnergemeinde Muri vom 9. Februar 2006 blieb unangefochten.
Die X._ AG ersuchte am 20. Oktober 2006 bei der Einwohnergemeinde Muri um eine Zusatzbewilligung für eine erste Projektänderung. Nachdem sich ein Einsprecher dagegen zur Wehr gesetzt hatte, änderte die X._ AG das Projekt am 15. Januar 2007 ein zweites Mal ab. Für diese zweite Projektänderung erteilte die Einwohnergemeinde Muri am 30. März 2007 die Zusatzbewilligung. Gemäss den Nebenbestimmungen (Ziff. 3 der Bewilligung) behalten die im Gesamtbauentscheid vom 9. Februar 2006 verfügten Auflagen ihre Gültigkeit (Ziff. 1 der Nebenbestimmungen). Weiter ordnete die Gemeinde folgendes an (Ziff. 4 der Nebenbestimmungen) :
"Vor dem Verkauf oder der Vermietung von Räumlichkeiten ist die jeweilige Firma mit ihrem Tätigkeitsfeld (Nutzung) der Gemeinde bekanntzugeben und eine Genehmigung einzuholen."
Gegen diesen Entscheid wurden keine Rechtsmittel ergriffen. Am 24. April 2007 gab die X._ AG die folgenden zukünftigen Mieterinnen (Firmen) und deren Nutzung für das Gewerbegebäude bekannt:
Mieter 1: B._ AG, Nutzung: Cash & Carry Grossmarkt
Mieter 2: C._ GmbH, Nutzung: Betten-, Möbel-, Wohnfachmarkt
Mieter 3: D._ AG, Nutzung: Tierfachmarkt.
Die Einwohnergemeinde Muri erteilte am 28. Juni 2007 eine Betriebsbewilligung für diese drei Betriebe.
Im Sommer 2007 unternahm die SP Muri-Gümligen rechtliche Schritte gegen die gerüchteweise bekannt gewordene Zulassung von Fachmärkten im Gewerbegebäude auf der Parzelle Nr. 2565. Mit Entscheid vom 9. Januar 2008 stellte die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) fest, dass die Betriebsbewilligung vom 28. Juni 2007 nichtig sei; sie trat deshalb auf die Beschwerde der SP Muri-Gümligen nicht ein und wies die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde zurück.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen gerichtete Beschwerde mit Urteil vom 21. April 2008 dahin gehend gut, dass es den Entscheid der BVE aufhob und die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückwies. Das Verwaltungsgericht erwog unter anderem, bei der "Betriebsbewilligung" handle es sich der Sache nach um eine (Teil-) Baubewilligung.
In der Folge lud die BVE die Stiftung Y._ - die Eigentümerin der Parzelle Nr. 2565 - zum Verfahren bei.
Mit Entscheid vom 21. April 2009 hiess die BVE die Beschwerde der SP Muri-Gümligen gut und hob die "Betriebsbewilligung" der Einwohnergemeinde Muri vom 28. Juni 2007 auf.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen erhobenen Beschwerden der X._ AG und der Stiftung Y._ teilweise gut. Unter anderem änderte es Ziff. 1 der Betriebsbewilligung wie folgt:
"a) Soweit die B._ AG betreffend, wird auf die nachträgliche Baubeschwerde nicht eingetreten.
b) Soweit die C._ GmbH und die D._ AG betreffend, wird die nachträgliche Baubeschwerde gutgeheissen und die Betriebsbewilligung der Einwohnergemeinde Muri vom 28. Juni 2007 aufgehoben. Für diese beiden Betriebe wird die Bewilligung verweigert."
Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerden ab und verlegte die Kosten des kantonalen Verfahrens neu.
Am 8. Juni 2010 wies das Bundesgericht die gegen dieses Urteil erhobenen Beschwerden der X._ AG und der Stiftung Y._ ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 1C_497/2009 // 1C_499/2009).
B.
Die EG Muri eröffnete daraufhin ein Verfahren zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Mit Wiederherstellungsverfügung vom 23. Februar 2011 untersagte die EG Muri der D._ AG und der C._ GmbH nach Ablauf von neun Monaten ab Rechtskraft der Verfügung jegliche Verkaufsnutzung im Erdgeschoss des Gewerbehauses an der Thunstrasse 235. Sie wies zudem auf die Möglichkeit hin, ein nachträgliches Bau- und Ausnahmegesuch einzureichen. Die C._ GmbH, die D._ AG, die X._ AG und die Stiftung Y._ erhoben gegen diese Verfügung Beschwerde bei der BVE. Am 25. bzw. 28. März 2011 reichten sie nachträgliche Bau- und Ausnahmegesuche ein. Die BVE schrieb das Beschwerdeverfahren deshalb am 7. September 2011 als erledigt ab.
Mit Verfügung vom 27. April 2012 wies die EG Muri die nachträglichen Bau- und Ausnahmegesuche der Stiftung Y._, der D._ AG und der C._ GmbH ab und trat auf dasjenige der X._ AG nicht ein. Sie untersagte sodann der Stiftung Y._, der D._ AG und der C._ GmbH, im Erdgeschoss des Gewerbegebäudes an der Thunstrasse 235 nach Ablauf von einem Jahr ab Rechtskraft der Verfügung eine Verkaufsnutzung auszuüben oder ausüben zu lassen.
Dagegen erhoben die Stiftung Stiftung Y._ und die C._ GmbH Beschwerde bei der BVE. Diese lud die X._ AG auf deren Antrag hin zum Verfahren bei und wies die Rechtsmittel mit Entscheid vom 22. Oktober 2012 ab.
C.
Gegen diesen Entscheid erhob die C._ GmbH am 21. November 2012 beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Am 15. Januar 2013 wurde die Stiftung Y._ als Eigentümerin der Parzelle Nr. 2565 in das kantonale Verfahren einbezogen. Mit Entscheid vom 3. Juli 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
D.
Gegen dieses Urteil führt die C._ GmbH mit Eingabe vom 28. August 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht mit den folgenden Anträgen:
"Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 3. Juli 2013 sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei der Wiederherstellungsentscheid im Baugesuchsverfahren aufzuheben und es sei von einer Wiederherstellung abzusehen. Subeventualiter sei eine Wiederherstellungsfrist bis zum 30. November 2022 anzusetzen."
Die BVE verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Einwohnergemeinde Muri schliesst in ihrer Eingabe auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Stiftung Y._ beantragt in ihrer Vernehmlassung die Gutheissung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hält in einer weiteren Eingabe an ihrem Standpunkt fest.
E.
Mit Verfügung vom 26. September 2013 legte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung bei.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid öffentlich-rechtlicher Natur (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Ein Ausschlussgrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hatte im vorinstanzlichen Verfahren Parteistellung (<ref-law>). Als Baugesuchstellerin, deren nachträgliches Baugesuch abgewiesen worden ist und als Mieterin des von der Wiederherstellung betroffenen Grundstücks ist sie durch das angefochtene Urteil besonders berührt (lit. b) und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (lit. c). Sie ist zur Beschwerdeführung legitimiert.
1.2. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich - ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels ausserdem für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann. Der Betroffene hat darzulegen, dass und inwiefern dies klar und eindeutig der Fall ist (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 187 mit Hinweisen).
1.3. Das Eintreten auf zulässige Beschwerdegründe hängt weiter vom Erfüllen der Anforderungen an die Begründung der einzelnen Rügen ab. Das Bundesgericht prüft, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht behandelt eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; Urteil 2C 594/2012 vom 22. November 2012 E. 1.5). Ob diese Anforderungen erfüllt sind, wird im entsprechenden Sachzusammenhang zu prüfen sein.
2.
2.1.
2.1.1. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, die Sachverhaltsermittlung sei unter Verletzung des rechtlichen Gehörs zustande gekommen. Die Vorinstanzen hätten zu Unrecht auf einen Augenschein verzichtet. Das Ausmass der Bauarbeiten im Innern des Gebäudes und die Übereinstimmung mit den baubewilligten Plänen könnten nicht vom Schreibtisch aus beurteilt werden. Mit einem Augenschein hätte sich die Vorinstanz von den örtlichen Begebenheiten überzeugen können und müssen. Vor Ort hätte auch dargelegt werden können, dass von ihrem Betrieb keine übermässigen Immissionen ausgingen und keine Nachbarn beeinträchtigt würden. Ebenfalls hätte sich die Vorinstanz persönlich davon überzeugen können, dass es durch die Wiederherstellungsverfügung gar nicht möglich sei, den von den Zonenvorschriften geforderten Nutzungsmix herzustellen. Eine sachgerechte Beurteilung des öffentlichen Interesses und der privaten Interessen sowie eine rechtmässige Verhältnismässigkeitsprüfung seien gar nicht möglich gewesen.
2.1.2. Die Parteien haben im verwaltungs- sowie im verwaltungsgerichtlichen Verfahren Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Dazu gehört, dass die Behörde ihren Entscheid in einer nachvollziehbaren Weise begründet, sodass er sachgerecht angefochten werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 88), alle erheblichen und rechtzeitigen Vorbringen der Parteien würdigt und die ihr angebotenen Beweise abnimmt, wenn diese zur Abklärung des Sachverhalts tauglich erscheinen. Umgekehrt folgt daraus, dass keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vorliegt, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f. mit Hinweisen).
2.1.3. Die Vorinstanz hat die Durchführung eines Augenscheins mit der Begründung abgelehnt, die entscheidwesentlichen tatsächlichen Verhältnisse ergäben sich mit genügender Klarheit aus den Akten. Ein Augenschein erübrige sich demnach. Die Vorinstanz hat damit den Beweisantrag, wenn auch antizipiert, gewürdigt, weshalb die Rüge der Gehörsverletzung insoweit unbegründet ist. Fraglich ist einzig, ob der in antizipierter Beweiswürdigung vorgenommene Verzicht auf den Augenschein willkürlich ist. Hierzu ist festzuhalten, dass der massgebliche Sachverhalt aus den Akten hinreichend hervorgeht: Die lokalen Begebenheiten sind aus den eingereichten Verfahrensakten mit umfassenden Plänen und diversen Amts- und Fachberichten genügend ersichtlich. Die Ausführungen im angefochtenen Entscheid zeigen auch, dass sich die Vorinstanz mit den von der Beschwerdeführerin angesprochenen Fragen hinreichend auseinandergesetzt hat. Die Vorinstanz durfte ohne Verfassungsverletzung davon ausgehen, dass ein Augenschein zu keiner anderen Beurteilung führen würde. Strittig waren und sind in erster Linie die verfügte Wiederherstellung sowie die angesetzte Wiederherstellungsfrist. Soweit sich Fragen in Bezug auf allfällige übermässige Immissionen sowie die Möglichkeit einer reglementskonformen Nutzung des Gewerbegebäudes stellen, handelt es sich im Wesentlichen um Rechtsfragen, die von der Vorinstanz ohne Vornahme eines Augenscheins beurteilt werden konnten, zumal sich die tatsächlichen Umstände als in genügendem Masse erstellt und aktenkundig erweisen. Die Vorinstanz ist deshalb nicht in Willkür verfallen, indem sie die Durchführung eines Augenscheins abgelehnt hat.
2.1.4. Soweit die Beschwerdeführerin mit ihrem Antrag, es sei ein behördlicher Augenschein im Gewerbegebäude Tannental gerichtlich anzuordnen, implizit auch einen Augenschein im bundesgerichtlichen Verfahren fordert, besteht nach dem Gesagten auch keine Veranlassung für das Bundesgericht, einen Augenschein durchzuführen.
2.2.
2.2.1. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie hätte eine Verletzung der Begründungspflicht durch die BVE bejahen müssen.
2.2.2. Die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, bedeutet nicht, dass sie sich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, damit er gegebenenfalls den Entscheid sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.1 S. 277, je mit Hinweisen).
2.2.3. Die Vorinstanz hat erwogen, die BVE habe sich zu sämtlichen entscheidwesentlichen Vorbringen der Beschwerdeführerin geäussert. Aus der Begründung sei klar ersichtlich, auf welche Überlegungen die BVE ihren Entscheid gestützt habe, und es sei der Beschwerdeführerin offensichtlich ohne Weiteres möglich gewesen, ihn sachgerecht anzufechten. Dass die BVE nicht im Sinn der Beschwerdeführerin entschieden habe, bedeute keine Gehörsverletzung.
2.2.4. Soweit diese Erwägungen von der Beschwerdeführerin überhaupt rechtsgenüglich im Sinne von <ref-law> angefochten werden, sind sie nicht zu beanstanden. Wie dem Entscheid der BVE vom 22. Oktober 2012 entnommen werden kann, hat sich diese mit sämtlichen von der Beschwerdeführerin aufgeworfenen Fragen auseinandergesetzt (E. 3 [Vertrauensschutz], E. 4 [Ausnahmebewilligung] und E. 5 [Wiederherstellung]). Damit kommen die von der Beschwerdeführerin erwähnten Gesichtspunkte im Urteil der BVE in ausreichender Weise zur Sprache, weshalb die Vorinstanz eine Verletzung der Begründungspflicht zu Recht verneint hat. Die Rüge der Gehörsverletzung geht auch in diesem Punkt fehl.
2.3.
2.3.1. Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, indem die Vorinstanz die rechtmässig baubewilligte Nutzung im Erdgeschoss (Fachmarktnutzung und nicht Gewerbenutzung) nicht berücksichtigt habe, habe sie nicht nur den Sachverhalt willkürlich festgestellt, sie habe zwangsläufig auch eine widerrechtliche Verhältnismässigkeitsprüfung und bundesrechtswidrige Interessenabwägung vorgenommen. In der Gesamtbaubewilligung der Einwohnergemeinde Muri vom 9. Februar 2006 sei als rechtmässige Nutzung von der Baubewilligungsbehörde "Fachmarkt" abgestempelt und diese Nutzung damit rechtskräftig bewilligt worden. Darauf habe die Beschwerdeführerin vertrauen und ihre Investitionen tätigen dürfen. Die angestrebte Gewerbenutzung sei im Erdgeschoss gar nicht rechtmässig und widerspreche den baubewilligten Plänen. Diese Tatsache sowie der Umstand, dass die behördliche Planeintragung ein berechtigtes Vertrauen zu begründen vermöge, sei bei der Wiederherstellung des angeblich rechtmässigen Zustands zu Unrecht nicht geprüft worden.
2.3.2. Die Beschwerdeführerin verkennt mit ihrer Argumentation, dass die Vorinstanz das Vorliegen eines Vertrauensschutztatbestands geprüft, aber verneint hat (E. 4.8 des angefochtenen Urteils). Somit ist in dieser Hinsicht nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz den Sachverhalt offensichtlich unzutreffend festgestellt hat.
2.3.3. In Anbetracht dieser Sachlage ist die Vorinstanz auch nicht gehalten gewesen, bei der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands die Frage nochmals zu prüfen, ob die behördliche Planeintragung ein berechtigtes Vertrauen zu begründen vermochte.
Dies gilt umso mehr, als das Bundesgericht im Urteil 1C_497/2009 // 1C_499/2009 vom 8. Juni 2010 E. 3.3 und 3.4 erkannt hat, dass im Rahmen der Gesamtbaubewilligung die Nutzung des Gewerbehauses nur in ihren Grundzügen festgelegt worden war, und die konkrete Nutzung durch die jetzige Beschwerdeführerin und die D._ AG erstmals mit der Betriebsbewilligung vom 28. Juni 2007 verbindlich geregelt wurde. Die Gemeinde hatte somit weder mit der Gesamtbaubewilligung vom 9. Februar 2006 noch mit der Zusatzbewilligung vom 30. März 2007 über die konkreten Nutzungen des Gewerbegebäudes entschieden. Vielmehr hatte sie nur die zulässigen Nutzungen (Fachmarkt, Kundenzone, Dienstleistung) verbindlich umschrieben und gleichzeitig angeordnet, die konkreten Nutzungen seien ihr zu einem späteren Zeitpunkt zur Genehmigung zu unterbreiten. Es trifft folglich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht zu, dass die Nutzung des Erdgeschosses als Fachmarkt rechtskräftig bewilligt worden war.
Die Vorinstanz hat im angefochtenen Urteil darauf hingewiesen, dass die Bezeichnung in den baubewilligten Plänen sowie der Entscheid und die Stellungnahmen der Gemeinde im Bewilligungsverfahren betreffend die hier streitige Nutzung sich nicht an die Beschwerdeführerin selbst, sondern an die Beteiligten der damaligen Verfahren, d.h. insbesondere an die Eigentümerin und Vermieterin (Stiftung Y._) bzw. die damalige Bauherrin (X._ AG), richteten. Die Beschwerdeführerin habe somit von der Haltung der Gemeinde nur indirekt - über ihre Vermieterin - Kenntnis erhalten. Deren Wissen habe sie sich jedoch als Mieterin anrechnen zu lassen, ebenso wie sich Rechtsnachfolgerinnen und Rechtsnachfolger von Adressatinnen und Adressaten einer Auskunft deren bösen Glauben anrechnen lassen müssten. Die Beschwerdeführerin habe den Mietvertrag mit der Stiftung Y._ am 30. Mai 2007 und somit erst nach Vorliegen der Zusatzbewilligung vom 30. März 2007 (vgl. Sachverhalt lit. A. hiervor) abgeschlossen. Es habe daher zumindest der Vermieterin in jenem Zeitpunkt bekannt sein müssen, dass mit der Gesamtbewilligung vom 9. Februar 2006 über die Möglichkeit der Nutzung des Gewerbehauses als Fachmarkt noch nicht abschliessend entschieden worden war.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, es sei willkürlich, dass sich eine Mieterin das Wissen der Vermieterin anrechnen lassen müsse, denn Erstere sei keine Hilfsperson der Vermieterin. Mit ihren Ausführungen vermag die Beschwerdeführerin indessen keine Willkür aufzuzeigen, übersieht sie doch, dass zwischen ihr und der Stiftung Y._ ein Vertragsverhältnis bestand, und es Sache der Vermieterin gewesen wäre, die Beschwerdeführerin über die rechtlichen Verhältnisse des Mietobjekts zu orientieren. Dementsprechend hat sich die Beschwerdeführerin das Wissen ihrer Vermieterin anrechnen zu lassen.
2.4. Soweit die Beschwerdeführerin darüber hinaus den Sachverhalt aus eigener Sicht schildert und dabei von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht oder diese erweitert, erhebt sie keine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge. Es besteht insofern kein Anlass, vom Sachverhalt abzuweichen, den die Vorinstanz festgestellt hat.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Wiederherstellung sei bundesrechtswidrig, weil die Voraussetzungen für eine Wiederherstellung fehlen würden.
3.2. Im Zusammenhang mit der Anordnung eines Wiederherstellungsbefehls sind die massgebenden allgemeinen verfassungs- und verwaltungsrechtlichen Prinzipien zu berücksichtigen. Zu ihnen gehören namentlich die in Art. 5 Abs. 2 und 3 sowie <ref-law> festgehaltenen Grundsätze der Verhältnismässigkeit und des Schutzes des guten Glaubens. So kann die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder die Wiederherstellung nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, die von ihm ausgeübte Nutzung stehe mit der Baubewilligung im Einklang, und ihre Fortsetzung nicht schwerwiegenden öffentlichen Interessen widerspricht. Ein Wiederherstellungsbefehl erweist sich dann als unverhältnismässig, wenn die Abweichung vom Gesetz gering ist und die berührten allgemeinen Interessen den Schaden, der dem Eigentümer durch die Wiederherstellung entstünde, nicht zu rechtfertigen vermögen (Urteil des Bundesgerichts 10_397/2007 vom 27. Mai 2008 E. 3.4, in: URP 2008 S. 590).
Eine Berufung auf den guten Glauben fällt nur in Betracht, wenn die Bauherrschaft bei zumutbarer Aufmerksamkeit und Sorgfalt annehmen durfte, sie sei zur Bauausführung oder Nutzung berechtigt. Es darf vorausgesetzt werden, dass die grundsätzliche Bewilligungspflicht für Bauvorhaben allgemein bekannt ist. Grundsätzlich kann sich auch die Bauherrschaft, die nicht gutgläubig gehandelt hat, gegenüber einem Abbruch- oder Wiederherstellungsbefehl auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit berufen. Sie muss indessen in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beimessen und die der Bauherrschaft erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Mass berücksichtigen (<ref-ruling> E. 6.4 S. 40).
3.3. Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die Wiederherstellung scheitere bereits am Vertrauensschutz, erweist sich ihre Argumentation in unzulässiger Weise als appellatorisch, zumal sich die Beschwerdeführerin darauf beschränkt, die vor den kantonalen Instanzen vorgebrachten Argumente zu wiederholen, ohne sich substanziiert mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen.
3.4.
3.4.1. Die Beschwerdeführerin bestreitet das öffentliche Interesse an der Wiederherstellung. Es liege weder ein krasser Verstoss gegen baurechtliche Vorschriften vor, noch würden von ihrem Betrieb zonenwidrige Immissionen ausgehen. Des Weiteren habe die D._ AG das Gewerbezentrum bereits verlassen. Das Verhältnis zwischen Produktion und Verkauf könne, dem geforderten "Nutzungsmix" entsprechend, auch ohne ihren Auszug aus dem Gewerbehaus verbessert werden.
3.4.2. Die Vorinstanz hat erwogen, die Rechtsprechung anerkenne die Durchsetzung der grundlegenden Nutzungsordnung als gewichtiges öffentliches Interesse, und zwar auch dann, wenn es nicht um die Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet gehe. Das öffentliche Interesse könne ausnahmsweise im konkreten Fall fehlen, etwa wenn das angestrebte Ziel gar nicht zu erreichen sei. Die Wiederherstellung sei indes im vorliegenden Fall geeignet, den baurechtswidrigen Zustand zu beseitigen. Es sei nicht ersichtlich und werde auch nicht geltend gemacht, dass die geforderte reglementskonforme Nutzung aufgrund von Besonderheiten der Parzelle nicht möglich sei. Die Beschwerdeführerin und die Stiftung Y._ brächten vielmehr vor, die Nutzung durch Produktionsbetriebe werde aufgrund der baulichen Ausgestaltung des Gebäudes und der Bedürfnisse der Mieterin des oberen Stockwerks sowie aus wirtschaftlichen Überlegungen erschwert oder verunmöglicht. Diese Umstände vermöchten am öffentlichen Interesse jedoch nichts zu ändern, da die Eigentümerin des Gebäudes sie in Kenntnis der Nutzungsvorschriften selbst geschaffen habe und es demnach in ihrer Verantwortung liege, soweit nötig für Abhilfe zu sorgen. Das öffentliche Interesse an der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei somit im vorliegenden Fall gegeben. Es sei insbesondere auch deshalb von grossem Gewicht, weil die Gemeinde die zulässige Nutzung für die Parzelle Nr. 2565 in Art. 51 GBR ausdrücklich geregelt habe.
Die Abweichung von der gesetzlichen Ordnung sei sodann keineswegs gering: Zwar habe die D._ AG inzwischen das Gewerbegebäude verlassen, doch werde mit der von der Beschwerdeführerin und der B._ AG für Dienstleistungen beanspruchten Fläche die in Art. 51 GBR vorgesehene ausgewogene Nutzung nach wie vor verunmöglicht, da mehr als 70 % der bestehenden Bruttogeschossfläche durch die rechtskräftig bewilligte Nutzung der B._ AG belegt würden. Das öffentliche Interesse bestehe darin, den in Art. 51 Abs. 1 GBR vorgesehenen Nutzungsmix im Rahmen des rechtlich noch Möglichen herzustellen (vgl. auch Urteil 1C_497/2009 // 1C_499/2009 vom 8. Juni 2010 E. 4.2).
3.4.3. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin sind nicht geeignet, die von ihr geltend gemachten Verfassungsverletzungen (Eigentumsgarantie gemäss <ref-law> sowie Verhältnismässigkeitsgrundsatz nach <ref-law>) darzutun. Die Vorinstanz hat ausführlich dargelegt, weshalb ein öffentliches Interesse an der Wiederherstellung besteht. Es reicht nicht aus, wenn die Beschwerdeführerin dies bestreitet, ohne dabei im Einzelnen eine willkürliche Anwendung der massgebenden kantonalen Normen oder eine Verfassungswidrigkeit aufzuzeigen. Auf diese Rüge ist daher nicht einzutreten (vgl. E. 1.3 hiervor).
3.5.
3.5.1. Schliesslich erachtet die Beschwerdeführerin die Wiederherstellungsmassnahme als unverhältnismässig. Die Beibehaltung des bisherigen Zustands sei jedenfalls nicht "schlechter" als die Durchsetzung des rechtmässigen Zustands. Mit der Schliessung der Filiale könne die ausgewogene Nutzung der ZPP Tannental II nicht erreicht werden. Es fehle an der Eignung der Massnahme, weil die Wiederherstellungsmassnahme nicht dazu führe, dass anstelle ihres Betriebs ein Produktionsbetrieb angesiedelt werden könne. Des Weiteren sei die Massnahme unzumutbar, da ihr ein erheblicher wirtschaftlicher Schaden drohe.
3.5.2. Die Vorinstanz hat erwogen, bei Bösgläubigkeit und in Fällen, in denen wie vorliegend auch die Erteilung einer nachträglichen Ausnahmebewilligung ausscheide, hätten rein wirtschaftliche Interessen nach der Rechtsprechung kaum je ausschlaggebendes Gewicht. Das Verbot der Verkaufsnutzung sei zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands geeignet und auch erforderlich; eine mildere, gleich wirksame Massnahme sei nicht ersichtlich.
3.5.3. Die Vorinstanz verweist auf das allgemeine öffentliche Interesse an der Durchsetzung des materiellen Baurechts. Diesem kommt im vorliegenden Fall ein erhebliches Gewicht zu, wurde doch alleine für dieses Grundstück eine spezielle Nutzungsordnung erlassen, welche einen ausgewogenen Mix zwischen Dienstleistung und Produktion verlangt. Die Beschwerdeführerin lässt ausser Acht, dass ihre Räumlichkeiten weiterhin genutzt werden können, wenn auch nicht zu Verkaufszwecken, so doch durch einen Produktionsbetrieb. Inwiefern es unmöglich sein sollte, einen Gewerbebetrieb anzusiedeln, ist nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführerin verweist zur Begründung ihrer gegenteiligen Auffassung auf die Erwägung des Bundesgerichts im erwähnten Urteil 1C_497/2009 // 1C_499/2009 vom 8. Juni 2010 E. 4.1, wonach aufgrund der aktuellen planerischen und baulichen Situation die (Um-) Nutzungs- und Erweiterungsmöglichkeiten zur Ansiedlung von Produktionsbetrieben auf der Parzelle Nr. 2565 sehr beschränkt seien. Diese Aussage bezog sich jedoch auf die Möglichkeiten, das Gebäude um zusätzliche Produktionsflächen zu erweitern und die damals leer stehenden (verhältnismässig kleinen) Flächen umzunutzen, um trotz der drei eingemieteten Dienstleistungsbetriebe eine ausgewogene Nutzung zu erreichen. Es ging nicht darum, dass nach dem Auszug der Beschwerdeführerin oder der D._ AG in den bestehenden Räumen kein Produktionsbetrieb angesiedelt werden könnte.
Die Einhaltung der baurechtlichen Nutzungsordnung und die konsequente Verhinderung von Bauten, die der baurechtlichen Ordnung widersprechen, liegen wie erwähnt generell im öffentlichen Interesse. Dass mit der angeordneten Wiederherstellung das von Art. 51 GBR verlangte ausgewogene Nutzungsverhältnis aufgrund der rechtskräftig bewilligten Verkaufsnutzung des anderen Fachmarkts im fraglichen Gewerbegebäude nicht erreicht werden kann, lässt die getroffene Massnahme nicht als unverhältnismässig erscheinen. Ausschlaggebend ist, dass mit der umstrittenen Wiederherstellung bewirkt werden kann, dass der Art. 51 Abs. 1 GBR zugrunde liegenden gesetzgeberischen Intention im Rahmen des rechtlich Möglichen zum Durchbruch verholfen wird (vgl. Urteil 1C_497/2009 // 1C_499/2009 vom 8. Juni 2010 E. 4.2).
Die voraussichtlichen Kosten für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands wiegen nicht besonders schwer. Gleiches gilt für die nutzlos gewordenen Investitionen, zumal die Gewerbenutzung (als Produktionsbetrieb) zulässig bleibt. Die angeordneten Massnahmen sind der Beschwerdeführerin zuzumuten, namentlich weil sie bösgläubig gehandelt hat.
3.6.
3.6.1. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich, es sei eine unverhältnismässig kurze Wiederherstellungsfrist angesetzt worden. Die Vorinstanz habe bei der Fristansetzung die Problematik des Findens neuer Fachmarktstandorte verkannt. Planerisch seien deutlich längere Vorlaufszeiten nötig, bevor ein neuer Standort gefunden, die Planung bewilligt, die Baubewilligung erteilt, das Rechtsmittelverfahren durchlaufen und die Verträge unterschrieben seien. Es sei nicht einzusehen, weshalb die der Beschwerdeführerin zugesicherte Vertragslaufzeit bis 30. November 2022 nicht gewährt werden solle. Der Entscheid laufe in diesem Punkt in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwider, verstosse gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit und sei willkürlich.
3.6.2. Die Vorinstanz hat erwogen, die Beschwerdeführerin werde verpflichtet, die Nutzung des bisherigen Verkaufslokals aufzugeben, was ohne bauliche Veränderungen möglich sei. Der langjährige Mietvertrag stehe der Wiederherstellung nicht entgegen. Hingegen seien die gesetzlichen Kündigungsfristen bei der Festsetzung der Wiederherstellungsfrist zu beachten. Dem sei vorliegend Rechnung getragen worden. Die Beschwerdeführerin habe auch angesichts des mehrjährigen Bewilligungsverfahrens nicht ohne Weiteres davon ausgehen können, die Mietvertragsdauer einschliesslich der zweiten Verlängerungsoption voll ausschöpfen zu können. So gesehen treffe sie die Wiederherstellung nicht unvorbereitet. Sie hätte bereits während des Wiederherstellungsverfahrens Gelegenheit gehabt, sich nach einem neuen Standort umzusehen. Die Wiederherstellungsfrist erscheine schliesslich selbst dann nicht als unverhältnismässig kurz, wenn es der Beschwerdeführerin nicht gelingen sollte, das Geschäft ohne Unterbruch an einem neuen Standort weiterzuführen, zumal sie zahlreiche weitere Filialen betreibe. Eine Wiederherstellungsfrist bis 30. November 2022, wie von der Beschwerdeführerin beantragt, würde die Durchsetzung der Nutzungsordnung illusorisch machen.
3.6.3. Diese Ausführungen sind aus verfassungsrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, ist es für die Beschwerdeführerin zumutbar, die Nutzung des bisherigen Verkaufslokals innert eines Jahres nach Eintreten der Rechtskraft des Entscheids aufzugeben. Inwiefern vertragliche Verpflichtungen bestehen würden, die dem entgegenstünden, führt die Beschwerdeführerin nicht weiter aus. Der Einwand, dass die Option bestehe, das Mietverhältnis bis 30. November 2022 zu verlängern, ist nicht geeignet, die Wiederherstellungsfrist als unverhältnismässig erscheinen zu lassen. Schliesslich trifft die Beschwerdeführerin die Wiederherstellungsfrist nicht unvorbereitet. Durch die aufschiebende Wirkung der ergriffenen Rechtsmittel wurde die Frist im Ergebnis um rund drei Jahre verlängert.
Nachdem sich die Wiederherstellungsfrist als verhältnismässig erweist, rechtfertigt sich mit der Vorinstanz keine Fristverlängerung bis zur Ausschöpfung der zweiten Verlängerungsoption des Mietvertrags, d.h. bis 30. November 2022. Der entsprechende (Sub-) Eventualantrag ist daher abzuweisen.
4.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang trägt die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Der privaten Verfahrensbeteiligten, die mit ihren Anträgen unterliegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen. Eine Entschädigung an die Gemeinde fällt ausser Betracht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 118).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Einwohnergemeinde Muri b. Bern, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern, der Stiftung Y._ und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner