Sachverhalt:
A. Die 1966 geborene L._ arbeitete in einem Teilzeitpensum als Mitarbeiterin Warenausgang bei der Firma A._ AG und war bei der Gerling Allgemeine Versicherungs-AG (nunmehr HDI-Gerling Industrie Versicherung AG, nachfolgend: HDI-Gerling) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 27. Juni 2003 erlitt sie als Beifahrerin einen Auffahrunfall. Der am Unfalltag konsultierte Dr. med. G._, allgemeine Medizin FMH, stellte die Diagnose einer HWS-Distorsion. Zum Unfallzeitpunkt war die Versicherte krankheitsbedingt arbeitsunfähig. In der Folge weilte sie während drei Wochen in Campingferien und nahm danach für weitere drei Wochen ihre angestammte Arbeit wieder auf. Da diese auch Überkopfbewegungen beinhaltete, kam es zu einer Verschlechterung der Cervicalbeschwerden, weshalb L._ ab 23. August 2003 wieder zu 100 % arbeitsunfähig war. Am 23. Oktober 2003 berichtete der behandelnde Hausarzt Dr. med. U._ von neu aufgetretenen lumbalen Schmerzen und dem Umstand, dass seine Patientin schon vor dem Unfall an degenerativen Veränderungen der HWS gelitten habe. Nachdem die HDI-Gerling auf Einsprache hin eine verfügte Einstellung der Versicherungsleistungen widerrufen hatte (Einspracheentscheid vom 23. Dezember 2005), liess sie die Versicherte an der Klinik C._ begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 22. März 2006 der Prof. med. D._, Chefarzt Neurologie, und R._, Leitender Arzt des Schmerz-/Gutachtenzentrums, hielt die Unfallversicherung mit Verfügung vom 3. Mai 2006 fest, es bestehe mangels eines natürlichen Kausalzusammenhanges kein Leistungsanspruch mehr. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 8. September 2006).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher ein zusätzliches Gutachten des Dr. med. H._, Facharzt FMH für Neurologie, vom 3. Januar 2007 eingereicht wurde, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 4. Juli 2008 ab.
C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ein polydisziplinäres Gutachten anzuordnen und ihre Leistungsfähigkeit zu prüfen; eventuell sei ihr eine Rente von mindestens 10 % und eine Integritätsentschädigung von mindestens 5 % nebst Verzugszins zu gewähren. In prozessualer Hinsicht ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung.
Die HDI-Gerling schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig ist, ob die HDI-Gerling ihre Leistungen für die Folgen des Unfalls vom 27. Juni 2003 zu Recht eingestellt hat.
Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Bestimmung über die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers bei Berufsunfällen, Nichtberufsunfällen und Berufskrankheiten (<ref-law>) richtig wiedergegeben. Gleiches gilt für die Grundsätze über den für einen Leistungsanspruch nebst anderem erforderlichen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen), hinsichtlich der Bedeutung ärztlicher Angaben für die Kausalitätsbeurteilung und der Beweistauglichkeit medizinischer Berichte (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Ebenfalls zutreffend dargelegt ist die Rechtsprechung über den zusätzlich zum natürlichen Kausalzusammenhang erforderlichen adäquaten Kausalzusammenhang. Danach spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112, 115 V 133 E. 6 S. 138 ff.).
3. 3.1 Im Gutachten der Klinik C._ vom 22. März 2006 wird die Diagnose eines Status nach leichter Halswirbelsäulen-Distorsion am 27. Juni 2003 bei vorbestehendem intermittierend auftretendem Cervicalsyndrom und vorbestehender Fehlhaltung der Halswirbelsäule mit bereits 1999 im Spital G._ beschriebenen degenerativen Veränderungen im Bereiche der unteren Halswirbelsäule gestellt. Die Ärzte erachteten das Unfallereignis vom Juni 2003 nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit als ursächlich für die Beschwerden der Explorandin. Spätestens sechs Monate nach dem Ereignis sei "ein status quo sine eher anzunehmen". Zum Zeitpunkt der Untersuchung gab die Beschwerdeführerin an, unter bewegungs- und belastungsabhängigen Nacken-Kopfschmerzen, einem Schweregefühl in den Armen, einem Kribbeln im rechten Arm, einem Druckgefühl hinter den Augen und gelegentlich auftretenden Ohrengeräuschen zu leiden. Die Untersuchung habe ergeben, dass die HWS in vollem Umfang beweglich, jedoch endphasig mit weichem Bewegungsstopp schmerzhaft, begleitet durch eine diffuse paravertebrale Druckdolenz ohne eigentlichen muskulären Hartspann sei. In der radiologischen Untersuchung falle die bereits 1999 beschriebene Fehlform der HWS mit Kyphosierung im mittleren Abschnitt und Scheitel auf Höhe C3/4 sowie leichten Osteochondrosen C4/C5 und C5/C6 auf. Diese Fehlform stelle eine ungünstige Situation dar und erkläre auch die bereits 1999 aufgetretene HWS-Schmerzsymptomatik und das Auftreten von über das Alter hinausgehenden Abnützungserscheinungen im Bereiche der mittleren HWS. In Anbetracht des Verlaufs und unter Berücksichtigung der prätraumatischen Anamnese und Symptomatik, wie auch der Entwicklung nach dem Unfall, erachteten die Gutachter die aktuell präsentierte Symptomatik überwiegend wahrscheinlich nicht als eine Folge des Ereignisses vom 27. Juni 2003.
3.2 Dr. med. H._, auf dessen Gutachten vom 3. Januar 2007 sich die Beschwerdeführerin beruft, beschreibt klinisch und radiologisch die gleichen Vorzustände wie im Gutachten der Klinik C._. Hingegen kommt er zum Schluss, diese hätten überwiegend wahrscheinlich quantitativ und qualitativ ohne Unfall nicht zum aktuellen Beschwerdebild geführt. Es lägen typische Beschwerden nach HWS-Distorsion in Form von muskuloskelettalen Symptomen, Nacken- und Kopfschmerzen vor, die organischer Genese seien.
4. Umstritten ist zunächst, ob organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolgen vorliegen, bei denen sich die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112).
4.1 Organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolgen liegen vor, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 9 S. 122, 117 V 359 E. 5d/aa S. 363; SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 5.4 mit Hinweisen, U 479/05; Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit weiteren Hinweisen). Die Untersuchungsmethoden müssen zudem wissenschaftlich anerkannt sein (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232 mit Hinweisen). So sind beispielsweise das Thoracic-outlet-Syndrom, myofasziale und tendinotische bzw. myotendinotische Befunde für sich allein nicht als organisch hinreichend nachweisbare Unfallfolgen zu betrachten (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 E. 4.1 mit Hinweisen, U 339/06; Urteile U 36/00 vom 1. März 2001 und U 172/97 vom 18. Juni 1999). Auch Verhärtungen und Verspannungen der Muskulatur, Druckdolenzen im Nacken sowie Einschränkungen der HWS-Beweglichkeit können für sich allein nicht als klar ausgewiesenes organisches Substrat der Beschwerden qualifiziert werden. Gleiches gilt für Nackenverspannungen bei Streckhaltung der HWS mit Retrohaltung (Urteil 8C_744/2007 vom 5. November 2008 E. 4.5 mit Hinweisen).
4.2 Auch Dr. med. H._ beschreibt in seinem Gutachten keine objektiven organischen Befunde im definierten Sinne, die auf den Unfall zurückzuführen sind. Zwar weist die Beschwerdeführerin solche röntgenologisch nachgewiesene Veränderungen ihrer HWS auf. Diese waren aber schon vor dem Unfall vorhanden. Strittig ist letztlich, ob die heutigen Beschwerden auch vorhanden wären, wenn der versicherte Unfall weggedacht würde (Gutachten der Klinik C._) oder ob der Vorzustand nur wegen des Unfalls zu Beschwerden geführt hat (Dr. med. H._). Die Frage, ob der Unfall mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nicht immerhin eine Teilursache des aktuellen Beschwerdebildes setzte, wurde den Gutachtern der Klinik C._ gar nicht gestellt. Die auf Seite 22 gewählte Formulierung des Gutachtens: "Schätzungsweise ab Juni 2003 ist ein Status quo sine eher anzunehmen" lässt zumindest daran zweifeln, ob diese hätte verneint werden können. Die Antwort darauf kann indessen offenbleiben - und es sind keine weiteren Sachverhaltsabklärungen zu treffen -, falls die Adäquanz zu verneinen ist.
5. Es ist vorliegend unbestritten, dass sich die Beschwerdeführerin anlässlich des Auffahrunfalls vom 27. Juni 2003 eine HWS-Distorsion zugezogen hat. In der Folge traten zumindest teilweise die typischen Beschwerden nach einem solchen Unfall auf. Eine psychiatrische Diagnose steht nicht zur Diskussion und wird auch von keiner Seite geltend gemacht. Die Adäquanzprüfung hat in Anwendung der Rechtsprechung von <ref-ruling> zu erfolgen.
5.1 Ausgangspunkt der Adäquanzbeurteilung bildet das (objektiv erfassbare) Unfallereignis. Abhängig von der Unfallschwere sind je nachdem weitere Kriterien in die Beurteilung einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 138 ff.; <ref-ruling> E. 10.1 S. 126; E. 2 hievor). Massgebend für die Beurteilung der Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.2 und 5.3.1, [U 2, 3 und 4/07]; Urteil 8C_536/2007 vom 11. Juni 2008 E. 6.1). Die Auffahrkollision vom 27. Juni 2003, bei der das Auto, in dem die Beschwerdeführerin sass, angefahren wurde, als es nach einem ersten Stopp vor einem Bahnübergang vor der Einmündung in eine andere Strasse nochmals gestoppt wurde, ist den mittelschweren Unfällen an der Grenze zu den leichten Unfällen zuzuordnen. Von den weiteren massgeblichen Kriterien müssten für eine Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhanges demnach entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein (<ref-ruling> E. 6c S. 140 f.; <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff.).
5.1 Ausgangspunkt der Adäquanzbeurteilung bildet das (objektiv erfassbare) Unfallereignis. Abhängig von der Unfallschwere sind je nachdem weitere Kriterien in die Beurteilung einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 138 ff.; <ref-ruling> E. 10.1 S. 126; E. 2 hievor). Massgebend für die Beurteilung der Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.2 und 5.3.1, [U 2, 3 und 4/07]; Urteil 8C_536/2007 vom 11. Juni 2008 E. 6.1). Die Auffahrkollision vom 27. Juni 2003, bei der das Auto, in dem die Beschwerdeführerin sass, angefahren wurde, als es nach einem ersten Stopp vor einem Bahnübergang vor der Einmündung in eine andere Strasse nochmals gestoppt wurde, ist den mittelschweren Unfällen an der Grenze zu den leichten Unfällen zuzuordnen. Von den weiteren massgeblichen Kriterien müssten für eine Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhanges demnach entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein (<ref-ruling> E. 6c S. 140 f.; <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff.).
5.2 5.2.1 Die Kriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls sowie der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert haben, stehen hier nicht zur Diskussion.
5.2.2 Das Kriterium der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzungen liegt ebenso wenig vor. Es bedürfte hiefür einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.). Was die Versicherte vorträgt, rechtfertigt kein anderes Ergebnis. Die geltend gemachte beim Unfall eingenommene besondere Körperhaltung, weil sie gerade eine SMS schreiben wollte - was im Übrigen nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit belegt ist, da die Aussage der Nachricht-Empfängerin den Schluss nahelegt, dass die SMS vor der Kollision geschrieben und abgeschickt wurde - kann daran nichts ändern. Weitere Abklärungen hiezu lassen keinen verlässlichen neuen Aufschluss erwarten.
5.2.3 Die Heilbehandlung bestand in erster Linie in Physio- sowie Cranio-Sacraltherapie und Schmerzmedikation. Die Beschwerdeführerin musste nicht stationär behandelt werden. Eine fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung ist damit nicht gegeben. Praxisgemäss werden an dieses Kriterium deutlich höhere Anforderungen gestellt (vgl. etwa SVR 2009 UV Nr. 22 S. 80 E. 5.4 [8C_209/2008]; Urteil 8C_144/2008 vom 8. August 2008 E. 7.3). Ohne weiteres zu verneinen ist auch das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblicher Komplikationen.
5.2.4 Damit der adäquate Kausalzusammenhang bejaht werden könnte, müsste von den verbleibenden zwei Kriterien mindestens eines in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sein. Das ist nicht der Fall. Das Kriterium der erheblichen Beschwerden ist aufgrund der glaubhaften Schmerzen und der Beeinträchtigung, welche die Versicherte durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt, wenn überhaupt, höchstens in der einfachen Form zu bejahen. Was das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, ist der Einsatz, den die Beschwerdeführerin bezüglich Wiedereingliederung in den Arbeitsprozess gezeigt hat, anerkennenswert. In besonders ausgeprägter Weise liegt das Kriterium aber nicht vor. Ob es in der einfachen Form erfüllt wäre, muss nicht abschliessend geprüft werden. Denn auch bejahendenfalls würde dies nicht genügen, um den adäquaten Kausalzusammenhang als erfüllt zu betrachten.
5.3 Nach dem Gesagten hat das kantonale Gericht zu Recht einen rechtserheblichen Zusammenhang zwischen dem Unfall vom 27. Juni 2003 und den über den verfügten Zeitpunkt der Leistungseinstellung hinaus bestandenen Beschwerden und damit die Leistungspflicht der HDI-Gerling verneint. Es kann daher offenbleiben, ob der natürliche Kausalzusammenhang gegeben wäre.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die unterliegende Beschwerdeführerin hat die Gerichtskosten zu tragen. Ihr Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen, da ihre Bedürftigkeit (<ref-law>) nicht ausgewiesen ist.
Gemäss dem von der Beschwerdeführerin eingereichten Erhebungsbogen für die unentgeltliche Rechtspflege vom 21. Oktober 2008 samt Beilagen verfügt das Ehepaar L._ über ein monatliches Nettoerwerbseinkommen inklusive Kinderzulagen von Fr. 6'442.50. Dazu kommen Prämienverbilligungen von insgesamt Fr. 374.- und ein Haushaltsbeitrag der erwachsenen Tochter nebst Freund von Fr. 600.-. Als anrechenbare Einnahmen sind damit Fr. 7'416.50 zu verzeichnen. Denen stehen anerkannte Ausgaben in Form des Grundbetrages von Fr. 3'187.50 (Ehepaar Fr. 1550.- + zwei Kinder von je Fr. 500.- inklusive einem Zuschlag von 25 %), einem Hypothekarzins inklusive Nebenkosten von Fr. 1'695.- (nach Angaben im Erhebungsbogen) und Krankenkassenprämien für die Grundversicherung von Fr. 625.30 (zwei Erwachsene eine junge Erwachsene und ein Kind gemäss Belegen), insgesamt also Fr. 5'207.80 gegenüber. Das ergibt einen monatlichen Überschuss von Fr. 2'208.70. Selbst wenn monatliche Berufsauslagen in Form der steuerlich anerkannten Kosten für beruflich bedingte Fahrtspesen und die auswärtige Verpflegung von Fr. 7'490.-/Jahr, also Fr. 624.- pro Monat und die Leasinggebühren für das Auto von Fr. 426.50 berücksichtigt werden, verbleiben für die Begleichung der Prozesskosten Fr. 1'158.- pro Monat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer