Sachverhalt:
A.
Die X._ AG absorbierte im Jahr 2006 die zu 100% ihrer Tochtergesellschaft Y._ AG gehörende Z._ AG. Für das Geschäftsjahr 2006 wies sie einen Reingewinn von Fr. 2'866'619.-- aus und verrechnete diesen mit den Vorjahresverlusten der fusionierten Z._ AG von Fr. 889'956.--. Der Verlustvortrag setzte sich aus zwei Forderungsverzichten der Y._ AG gegenüber ihrer damals notleidenden Tochtergesellschaft (Z._ AG) zusammen. Einerseits ging es um den Verzicht auf das seinerzeit gewährte Startdarlehen von Fr. 499'956.--, andererseits um die Aufgabe einer Forderung aus Lieferungen und Leistungen von Fr. 390'000.--.
B.
Der Steuerkommissär veranlagte die X._ AG am 19. Dezember 2008 für die direkte Bundessteuer der Steuerperiode 2006 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 2'866'600.--, wobei er keinen Verlustvortrag zuliess. Die hiergegen erhobene Einsprache hiess das Kantonale Steueramt Zürich am 30. Juni 2009 teilweise gut und setzte den steuerbaren Gewinn auf Fr. 2'366'600.-- herab, indem es den Darlehensverzicht von Fr. 499'956.-- zur Verrechnung zuliess. Auf Beschwerde hin erachtete die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich auch den Betrag von Fr. 390'000.-- als gewinnmindernd und wies die Sache mit Entscheid vom 20. Januar 2010 zur Überprüfung der Höhe des ganzen Verlustvortrags an die Vorinstanz zurück. Dagegen beschwerte sich die Eidgenössische Steuerverwaltung beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das die Beschwerde am 30. Juni 2010 abwies, soweit es darauf eintrat. Auf eine gegen dieses Urteil gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht am 13. Dezember 2010 nicht ein (Urteil 2C_712/2010).
C.
Aufgrund des Rückweisungsentscheides der Kantonalen Steuerrekurskommission vom 20. Januar 2010 liess das Kantonale Steueramt den gesamten Verlustvortrag im Betrag von Fr. 889'956.-- zur Verrechnung zu. Das wurde von der Eidgenössischen Steuerverwaltung angefochten, aber von allen kantonalen Instanzen bestätigt, zuletzt vom Verwaltungsgericht mit Urteil vom 9. Mai 2012.
D.
Am 28. Juni 2012 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie stellt den Antrag, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 9. Mai 2012 aufzuheben und den steuerbaren Reingewinn 2006 der X._ AG bei der direkten Bundessteuer auf Fr. 2'866'556.-- festzusetzen.
E.
Die X._ AG und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonale Steueramt Zürich hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde ist zulässig (vgl. <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG, SR 642.11]). Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> bzw. mit Art. 12 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 17. Februar 2010 (OV-EFD, SR 172.215.1) zur Beschwerde an das Bundesgericht legitimiert.
1.2. Mit ihrer Beschwerde vom 28. Juni 2012 ficht die Eidgenössische Steuerverwaltung nur das zweite verwaltungsgerichtliche Urteil vom 9. Mai 2012 an; sie hat darauf verzichtet, das erste Urteil, mit dem das Verwaltungsgericht am 30. Juni 2010 den Rückweisungsentscheid der kantonalen Steuerrekurskommission bestätigte, ebenfalls anzufechten (vgl. <ref-law>). Dieses Vorgehen ist zulässig. Denn in seinem ersten Urteil vom 14. Dezember 2010 (2C_712/2010) stellte das Bundesgericht fest, dass sich das Verwaltungsgericht nur mit der Zulässigkeit der Rückweisung zu befassen hatte, ohne auf die materiellrechtlichen Fragen eingehen zu müssen (vgl. dort E. 1.1). Daraus ergibt sich keine Bindungswirkung. Somit war die Beschwerdeführerin auch nicht gehalten, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 30. Juni 2010 mitanzufechten.
2.
Gemäss <ref-law> können vom Reingewinn der Steuerperiode Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
2.1. Diese Regeln über die Verlustverrechnung gelten grundsätzlich auch für die Verrechnungsmöglichkeit von Verlustvorträgen einer (gewinn-) steuerneutral übernommenen Gesellschaft durch die übernehmende Gesellschaft im Rahmen von Unternehmensstrukturierungen (vgl. dazu u.a. das Kreisschreiben Nr. 5 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 1. Juni 2004 Ziffer, 4.1.2.2.4). Bei einer Fusion zweier Kapitalgesellschaften kann somit die aufnehmende Gesellschaft die Verlustvorträge der absorbierten Gesellschaft an sich steuerwirksam geltend machen. Handelt es sich bei der absorbierten Gesellschaft mit Verlustvorträgen um ein Unternehmen, das vor der Fusion saniert worden ist, ist für die Zulassung der Verlustvorträge bei der aufnehmenden Gesellschaft allerdings zu prüfen, welche Sanierungsleistungen erbracht und wie diese steuerlich zu behandeln sind (vgl. u.a. Ernst Giger, Steuerfolgen bei der Sanierung notleidender Unternehmen, Insolvenz- und Wirtschaftsrecht 1998, S. 12; Peter Reinarz, Die Unternehmens-Sanierung im Lichte des Aktien- und des Steuerrechtes, AJP 1997, S. 451 f.; Daniela Schmucki/ Andrea Nordin, Sanierung und Steuern, in: Sprecher [Hrsg.], Sanierung und Insolvenz von Unternehmen IV, Zürich 2014, S. 28 ff.).
2.2. Daraus ergibt sich für den hier zu beurteilenden Fall folgende Alternative: Je nachdem, ob die von der damaligen Muttergesellschaft eingeleiteten Sanierungsmassnahmen bei der notleidenden Tochtergesellschaft zu echten (erfolgswirksamen) oder aber zu unechten (erfolgsneutralen) Gewinnen führten, ist darüber schon abgerechnet worden (echter Sanierungsgewinn) oder es liegt noch ein verrechenbarer Verlustvortrag vor (unechter Sanierungsgewinn).
3.
3.1. Gemäss der Rechtsprechung betrifft der Forderungsverzicht gegenüber einer Unternehmung ihr Fremdkapital und lässt ihr Eigenkapital unberührt. Der Gegenwert aus dem Forderungsverzicht begründet betriebswirtschaftlich einen betriebsfremden Ertrag. Dementsprechend ist er handelsrechtlich erfolgswirksam zu berücksichtigen und führt er auch steuerlich regelmässig zu einem "echten" Sanierungsertrag. Dies unterscheidet ihn vom "unechten" Sanierungsertrag, wie er sich namentlich im Fall von A fonds perdu-Beiträgen der Beteiligten einstellt. Die Behandlung als steuerwirksamer Ertrag ist unbestritten, soweit es sich bei den verzichtenden Gläubigern um unbeteiligte Dritte handelt (vgl. die Urteile 2C_104/2013 vom 27. September 2013 E. 3.4 in: ASA 82 S. 307; 2C_224/2008 vom 1. April 2009 E. 2.2 in: StE 2009 B 28 Nr. 8; 2A.321/1997 vom 23. September 1999 E. 2b in: NStP 53, S. 175; ausführlich <ref-ruling> E. 4b S. 272 f.; zum Forderungsverzicht zugunsten einer Privatperson: Urteile 2C_224/2008 vom 1. April 2009 E. 2.2 in: StE 2009 B 28 Nr. 8 E. 2.2 und 2C_120/2008 vom 13. August 2008 E. 2.2 in: StE 2008 B 21.1 Nr. 18; zum Forderungsverzicht als unentgeltliche Zuwendung unter nahen Verwandten: Urteil 2C_224/2008 vom 1. April 2009 E. 2 in: StE 2009 B 28 Nr. 8).
3.2. Anders stellt sich die Frage, wenn der Forderungsverzicht gegenüber einer Unternehmung nicht durch einen unbeteiligten Dritten, sondern im Verhältnis zwischen Gesellschaft und Anteilsinhaber erfolgt. Mit dieser Frage hatte sich das Bundesgericht in seinem Urteil 115 Ib 269 ff. vom 28. September 1989 zu befassen: Gegenüber ihrer unbestrittenermassen sanierungsbedürftigen Tochtergesellschaft leistete die Alleinaktionärin einen Forderungsverzicht. Wenn darin ein echter, erfolgswirksamer Sanierungsgewinn lag (vgl. dazu schon oben E. 2), so waren alle in den Vorjahren erlittenen Verluste der Tochtergesellschaft bereits zur Verrechnung gebracht. Stellte der Verzicht hingegen einen erfolgsneutralen Vermögenszugang dar, so konnte in der massgeblichen Steuerperiode noch ein Verlust berücksichtigt werden. Das veranlasste das Gericht zu den folgenden Erwägungen:
3.2.1. Nach der in der Lehre vorherrschenden Auffassung sollen Sanierungsleistungen von Aktionären, insbesondere auch Forderungsverzichte, nicht Ertrag, sondern Eigenkapital- oder Fremdkapitaleinlagen sein, die - entgegen Forderungsverzichten seitens an der Gesellschaft nicht beteiligter Gläubiger - nicht in die Erfolgsrechnung gehörten; für den Entscheid über deren Ertragswirksamkeit bzw. -unwirksamkeit könne es nicht auf die äussere Form der Leistung (Kapitaleinzahlung oder Forderungsverzicht) ankommen (E. 4b); es sei jede Sanierungsleistung eines Beteiligten als erfolgsneutraler Wertzugang zu behandeln, ausschlaggebend sei einzig, dass die Sanierungsleistung vom Anteilsinhaber in seiner Eigenschaft als Beteiligter erbracht worden sei (E. 4c).
3.2.2. Dem steht die Auffassung der Eidgenössischen Steuerverwaltung gegenüber, die auch der langjährigen Praxis zur Wehrsteuer entspricht, wonach Forderungsverzichte, gleichgültig ob der Verzicht von einem Aktionär oder einem nichtbeteiligten Gläubiger ausgesprochen wurde, in der Regel erfolgswirksam sind. An dieser Auffassung hat die Eidgenössische Steuerverwaltung auch im Kreisschreiben Nr. 14 vom 1. Juli 1981 (ASA 50 S. 63) dem Grundsatze nach festgehalten. Im Sinne einer Ausnahme werden Forderungsverzichte von Beteiligten nur dann dem Ertrag nicht zugerechnet, wenn und soweit es sich entweder um eine Darlehensforderung handelt, die vor der Sanierung steuerlich als verdecktes Eigenkapital behandelt wurde, oder um Aktionärsdarlehen, die erstmalig oder zusätzlich im Hinblick auf den schlechten Geschäftsgang gewährt wurden und die unter den gleichen Umständen von unabhängigen Dritten nicht zugestanden worden wären (Kreisschreiben, Ziff. 3 lit. b). (E. 4b).
3.2.3. Auf Sanierungsleistungen zurückgehende Buchgewinne gehören grundsätzlich zum steuerbaren Ertrag; Ausnahmen von diesem Prinzip sind nur zurückhaltend zuzulassen. Die in der Lehre vorherrschend vertretene Auffassung, es sei jede Sanierungsleistung eines Beteiligten ohne Rücksicht auf die Form als erfolgsneutraler Wertzugang zu behandeln, kann nicht geteilt werden. Sie schiesst übers Ziel hinaus, sowohl hinsichtlich der Regelung des Verlustabzugs, wie auch im Blick auf eine Ertragsbesteuerung nach den wirklichen wirtschaftlichen Verhältnissen bei der Sanierung der Gesellschaft durch Beteiligte. Sie grenzt zu wenig genau die erfolgsneutralen Kapitaleinlagen von den erfolgswirksamen Sanierungsleistungen ab, die auch ein Beteiligter - wie ein Dritter - erbringen kann. Mit der Tatsache allein, dass ein Aktionär auf eine ihm gegenüber der Aktiengesellschaft zustehende Forderung verzichtet hat, auch wenn die Forderung aus Darlehensgewährung stammt, ist nicht dargetan, dass der Aktionär eine Leistung erbracht hat, die steuerlich als Kapitaleinlage zu behandeln wäre. Das gilt umso mehr, wenn die Forderung auf Warenlieferung zurückzuführen ist. (E. 4b).
3.2.4. Demgemäss stellt der strittige Forderungsverzicht eine erfolgswirksame Sanierungsleistung dar und ist der entstandene (echte) Sanierungsgewinn steuerlich erfolgswirksam zu behandeln (E. 4c).
4.
Von der mit dem Urteil 115 Ib 269 ff. begründeten Rechtsprechung kann nur dann abgewichen werden, wenn die für eine Praxisänderung gültigen Voraussetzungen erfüllt sind. Eine solche Änderung lässt sich regelmässig nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelter Rechtsanschauung entspricht; andernfalls ist die bisherige Praxis beizubehalten. Eine Praxisänderung muss sich deshalb auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die - vor allem im Interesse der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erachtete Rechtsanwendung gehandhabt worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 8; <ref-ruling> E. 3 S. 82; <ref-ruling> E. 3.2 S. 85; <ref-ruling> E. 2.3 S. 338; je m.w.H.). Im hier zu beurteilenden Fall erachtet das Verwaltungsgericht diese Voraussetzungen als erfüllt:
4.1. Die Vorinstanz hebt hervor, dass während der Geltungszeit des früheren Bundesbeschlusses über die direkte Bundessteuer das Bundesgericht das Kreisschreiben Nr. 14 der Eidgenössischen Steuerverwaltung wohl geschützt und verlustverringernde unechte Sanierungsgewinne nur in den genannten zwei Ausnahmefällen angenommen habe. Inzwischen habe sich jedoch die Gesetzeslage geändert und sei <ref-law> in Kraft getreten. Gemäss lit. a dieser Bestimmung entsteht kein steuerbarer Gewinn durch Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu. Lit. b und c derselben Vorschrift erklären Gewinne aus Sitzverlegungen und Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung als steuerneutrale Vorgänge. Daneben ergäben sich aus weiteren gesetzlichen Vorschriften (Art. 61 u. 64 DBG) oder dem allgemeinen Realisationsgrundsatz Vorgänge, welche zu erfolgsneutralen Kapitalzuflüssen bei Kapitalgesellschaften führen könnten (vgl. E. 3.2 des angefochtenen Urteils, einleitend).
4.2. In Anwendung dieser neuen gesetzlichen Regelungen und im Einklang mit der überwiegenden Mehrheit der in der Lehre geäusserten Meinungen könne es nicht mehr allein auf die äussere Form der Sanierungsleistung oder die Funktion des Leistenden ankommen; massgeblich sei vielmehr, ob ein Beteiligter den Forderungsverzicht in seiner Eigenschaft als Beteiligter oder als Geschäftspartner vornehme; werde die Leistung als Beteiligter der Gesellschaft erbracht, gleich wie von den übrigen Beteiligten, so sei sie als steuerfreie Kapitaleinlage zu betrachten; werde die Leistung des Anteilsinhabers hingegen als Geschäftspartner im gleichen Ausmass wie von unabhängigen Drittgläubigern erbracht, so sei diese Leistung als steuerbarer Gewinn im Sinn von <ref-law> zu qualifizieren (vgl. E. 3.2.2 des angefochtenen Urteils).
4.3. Vorliegend, so das Verwaltungsgericht, sei der von der damaligen Tochtergesellschaft der Beschwerdegegnerin zugestandene Forderungsverzicht sowohl in Bezug auf das ursprüngliche Startdarlehen als auch auf die Forderung aus Lieferung und Leistung im Rahmen der Sanierung und Übernahme der notleidenden Gesellschaft erfolgt; der Verzicht sei in der Eigenschaft als Anteilsinhaberin und nicht als Geschäftspartnerin gewährt worden, ohne dass Dritte in die Sanierung einbezogen worden wären oder ihrerseits auf Forderungen verzichtet hätten; bei beiden Beträgen handle es sich somit um unechte, steuerneutrale Sanierungsgewinne, die der geltend gemachten späteren Verlustverrechnung gemäss <ref-law> nicht entgegenstehen würden (vgl. E. 3.3 des angefochtenen Urteils).
5.
5.1. Entgegen der Auffassung des Verwaltungsgerichts sind ernsthafte sachliche Gründe für eine Änderung der seit 1989 bestehenden Rechtsprechung hier nicht gegeben. Das besagte Bundesgerichtsurteil steht im Einklang mit der Praxis zur steuerlichen Beurteilung von Forderungsverzichten. Die in der Literatur vorgebrachten Einwendungen (zu einer Darstellung der verschiedenen Lehrmeinungen: vgl. insb. Robert Danon, in Yersin/Noël [éd.] Commentaire romand de la LIFD, 2008, Rz 27 ff. zu <ref-law>; Felix Schalcher, Die Sanierung von Kapitalgesellschaften im schweizerischen Steuerrecht, Bern 2008, S. 63 ff.; Stephan Kuhn/René Schreiber, Sanierung von Unternehmungen, Der Schweizer Treuhänder 2010, S. 698) sind nicht neu und wurden bereits vom Bundesgericht geprüft, bevor es das besagte Urteil erliess (vgl. oben E. 3.2.1 u. 3.2.3).
5.2. Eine andere Beurteilung ergibt sich auch nicht aufgrund der im Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer neu aufgenommenen Bestimmung von <ref-law>.
5.2.1. Diese Bestimmung bestätigt den betriebswirtschaftlich allgemein anerkannten Grundsatz, dass Kapitalzuschüsse erfolgsneutrale Vorgänge sind (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, Bd 2, Basel 2004, Rz 11 zu <ref-law>; siehe auch Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl., Zürich 2009, Rz 1 zu <ref-law>) und stellt so sicher, dass nur der eigentliche Vermögensstandsgewinn ausgewiesen wird (vgl. Locher, a.a.O., Rz 1 zu <ref-law>). Eine Einbringung von Wirtschaftsgütern von aussen in ein Unternehmen kann buchhalterisch nur Ertrag oder Kapitaleinlage sein (vgl. Peter Brülisauer/Andreas Helbing, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Bd. I/2a, 2. Aufl. 2008, Rz 5 zu <ref-law>; Remigius Kaufmann, Die steuerliche Behandlung des Schulderlasses, Bern 1986, Rz 202 S. 84; Marco Duss, Forderungsverzicht durch Aktionäre im Zusammenhang mit Sanierungen von Aktiengesellschaften, ASA 50 S. 278). Letzteres trifft zu, wenn die Zunahme des Eigenkapitals nicht auf Gewinne, die das Unternehmen aus eigener Kraft tatsächlich oder buchmässig realisiert hat, sondern auf eine externe Eigenfinanzierung zurückzuführen ist, die der Erhöhung oder zumindest der Erhaltung des Eigenkapitals dient (vgl. Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, Rz 1 zu <ref-law>). Diese Steuerneutralität der Kapitaleinlagen gilt unabhängig vom Vorliegen einer Sanierungsbedürftigkeit der Gesellschaft (vgl. Brülisauer/Helbing, a.a.O., Rz 39 zu <ref-law>; Locher, a.a.O., Rz 14 zu <ref-law>; Duss, a.a.O., S. 277; Agner/Jung/Steinmann. a.a.O., Rz 1 zu Art. 60).
5.2.2. Gemäss dem Wortlaut von Art. 60 lit. a DGB erstreckt sich der Begriff der Kapitaleinlage ausdrücklich auf Zuschüsse à fonds perdu, d.h. auf unentgeltliche Leistungen der Beteiligten an die Kapitalgesellschaft ausserhalb einer Kapitalerhöhung (vgl. Brülisauer/Helbing, a.a.O., Rz 39 zu <ref-law>), nicht aber auf Forderungsverzichte von Anteilsinhabern (vgl. Brülisauer/Helbing, a.a.O., Rz 44 zu <ref-law>; Agner/Jung/Steinmann. a.a.O., Rz 8 zu Art. 67). Daraus ist in der Lehre teilweise der zutreffende Schluss gezogen worden, dass eine solche Formulierung die durch das Bundesgericht bestätigte Praxis der EStV festigt und somit beide Kategorien von Leistungen unterschiedlich zu behandeln sind (vgl. dazu u.a. Stephan Kuhn, Sanierung von Aktiengesellschaften, Der Schweizer Treuhänder 1993, S. 883 f., Locher, a.a.O., Rz 24 zu <ref-law>; Frank Lampert, Die Verlustrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, Diss. Genf 2000, S. 132).
Vor diesem Hintergrund erweist es sich als ungenügend, wenn argumentiert wird, weder aus dem Gesetz noch aus den Materialien sei der eindeutige Schluss zu ziehen, dass <ref-law> eine abschliessende Aufzählung enthalte (vgl. Peter Riedweg, Steuerrechtliche Aspekte der Sanierung, Der Schweizer Treuhänder 1995, S. 249; Brülisauer/Helbing, a.a.O., Rz 44 zu <ref-law>). Ebenfalls nicht schlüssig ist der Hinweis darauf, dass es in der Praxis und neben den in der hier massgeblichen Bestimmung erwähnten Einlagen noch weitere erfolgsneutrale Vorgänge gebe, die entweder in einer speziellen Bestimmung geregelt seien (Art. 61 und 64 DBG) oder gemäss dem allgemeinen Realisationsgrundsatz keine Gewinnrealisation darstellen würden (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., Rz 1 zu Art. 60; siehe dazu auch Locher, a.a.O., Rz 3 u. 11 zu <ref-law>; Riedweg, a.a.O., S. 249). Ungeachtet anderer möglicher Problemstellungen bezieht sich <ref-law> gerade auf die hier wesentliche Frage und fasst dabei den Begriff der steuerneutralen Kapitaleinlagen so weit, dass er à fonds perdu-Zuschüsse mit einschliesst, nicht aber Forderungsverzichte.
Wenn eine sich von diesem Wortlaut entfernende Auslegung als "durchaus vertretbar" bezeichnet wird (vgl. u.a. Schalcher, a.a.O., S. 68, Peter Uebelhart/Thomas Linder/Felix Schalcher, Sanierung von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, Der Schweizer Treuhänder 2011, S. 184), so erweist sich das als unergiebig. Vielmehr ist aus dem Wortlaut, der Zwecksetzung und der Systematik von <ref-law> auf eine klare Grenzziehung zwischen Zuschüssen und Forderungsverzichten zu schliessen. Auf jeden Fall vermag eine nicht von vornherein unvertretbare Auffassung hinsichtlich <ref-law> dem Erfordernis ernsthafter sachlicher Gründe für eine Praxisänderung (vgl. oben E. 4 einleitend) nicht zu genügen.
5.2.3. Weiter ist zwar zutreffend, dass offene Kapitaleinlagen, welche erfolgswirksam verbucht werden, aufgrund von <ref-law> und in Abweichung vom Massgeblichkeitsprinzip steuerlich korrigiert werden können (vgl. Brülisauer/Helbing, a.a.O., Rz 134 zu <ref-law>; Schalcher, a.a.O., S. 60 Fn 346). Daraus folgt aber nicht, dass das besagte Prinzip im hier zu beurteilenden Teilbereich auch über die genannte Korrektur hinaus seine Gültigkeit verloren hätte.
5.2.4. Mit Blick auf das Massgeblichkeitsprinzip vermag es ebenfalls nicht zu überzeugen, wenn argumentiert wird, der Zuschuss gemäss <ref-law> sei ein steuerrechtlicher Begriff, der nach seinem wirtschaftlichen Gehalt verstanden werden müsse (vgl. Xavier Oberson, Aspects fiscaux de l'assainissement des sociétés de capitaux, in: Foëx/Thévenoz [Hrsg.], Insolvence, désendettement et redressement, Genf/Basel 2000, S. 192; Robert Danon, a.a.O., Rz 30 zu <ref-law>; im gleichen Sinne Schalcher, a.a.O., S. 69 und Uebelhart/Linder/Schalcher, a.a.O., S. 184, die sich u.a. auf die wirtschaftliche Betrachtungsweise und den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit berufen). In einem Zusammenhang wie <ref-law> wird die Berücksichtigung wirtschaftlicher Gesichtspunkte u.a. dadurch begrenzt, dass der Steuerpflichtige sich auf die von ihm gewählte rechtliche Ausgestaltung und die buchhalterische Behandlung seiner Geschäfte behaften lassen muss. Das gilt umso mehr bei der Konkretisierung der von der Rechtsprechung ausschliesslich zugelassenen beiden Ausnahmen von der Erfolgswirksamkeit eines Forderungsverzichtes durch einen Anteilsinhaber (vgl. oben E. 3.2.2 u. 3.2.3). Diese Ausnahmen dürfen selbst mit Blick auf die genannten wirtschaftlichen Gesichtspunkte nicht extensiv ausgelegt werden.
6.
Vor diesem Hintergrund sind nun die beiden hier massgeblichen Forderungsverzichte zu prüfen.
6.1. Betreffend den ersten Verzicht, mit dem auf die Rückerstattung des ursprünglichen Darlehens von Fr. 499'956.-- verzichtet wurde, ist ein echter Sanierungsgewinn anzunehmen.
6.1.1. Die erste Ausnahme gemäss dem Kreisschreiben und der Rechtsprechung (vgl. oben E. 3.2.2 u. 3.2.3) ist nicht gegeben. Diese Ausnahme bezieht sich auf eine Darlehensforderung, die vor der Sanierung als verdecktes Eigenkapital behandelt wurde. Damit ist eine doppelte Kohärenzforderung verbunden: Einerseits gilt für die Steuerbehörde, wenn sie ein Darlehen als verdecktes Eigenkapital behandelt hat, dass sie bei der Beurteilung der nachfolgenden Sanierung nicht auf einmal den Standpunkt vertreten kann, es liege in Wirklichkeit ein Darlehensverzicht und somit ein echter Sanierungsgewinn vor. Andererseits gilt das Kohärenzerfordernis gegenüber dem Steuerpflichtigen: In Übereinstimmung mit dem allgemeinen Massgeblichkeitsprinzip ist der Darlehensnehmer auf seiner Buchführung zu behaften; er kann nicht den erhaltenen Kredit und die von ihm diesbezüglich geleisteten Zinszahlungen als Aufwand verbuchen, um dann nachträglich den Steuerbehörden vorzuwerfen, sie hätten erkennen müssen, dass es sich in Wirklichkeit um verdecktes Eigenkapital gehandelt habe.
Diese Ausnahme kann nicht extensiv zugunsten des Steuerpflichtigen ausgelegt werden, z.B. in dem Sinne, dass ein unechter Sanierungsgewinn selbst dann anzunehmen wäre, wenn das Darlehen vor der Sanierung zwar nicht wie verdecktes Eigenkapital behandelt worden ist, es aber hätte sein können oder sollen. Eine solche Ausdehnung rechtfertigt sich nicht; insbesondere kann es nicht angehen, im Nachhinein zugunsten des Pflichtigen eine Umqualifizierung vergangener Steuerqualifizierungen vorzunehmen.
Das muss auch hier gelten: Die Begründung des Darlehens fiel zwar unbestreitbar in die Zeit vor der Sanierung. Aber sie wurde steuerlich nicht wie verdecktes Eigenkapital behandelt.
6.1.2. Die zweite von der Praxis vorgesehene Ausnahme ist ebenfalls nicht gegeben. Diese Ausnahme setzt ein Aktionärsdarlehen voraus, das im Hinblick auf den schlechten Geschäftsgang gewährt worden ist. Dem ersten hier zu beurteilenden Forderungsverzicht liegt aber ein im Zeitpunkt der Gründung gewährtes Darlehen zugrunde. Die finanziellen Perspektiven der Gesellschaft waren im damaligen Zeitpunkt wohl noch intakt, ansonsten die Muttergesellschaft die Tochtergesellschaft gar nicht erst gegründet hätte.
Somit kann in Bezug auf den ersten Forderungsverzicht auch nicht einer in der Lehre teilweise vertretenen Argumentation gefolgt werden: Kündige der Kreditgeber angesichts der eintretenden finanziellen Schwierigkeiten der Darlehensnehmerin das Vertragsverhältnis nicht, so müsse sein Kredit fortan als Sanierungsdarlehen eingestuft werden und sei somit im Sinne der zweiten durch das Kreisschreiben Nr. 14 der EStV vorgesehenen Ausnahme als steuerneutraler Mittelzufluss einzustufen (vgl. dazu insb. Giger, a.a.O., S. 13; Locher, a.a.O., Rz 25 zu Art. 60; Brülisauer/Helbing, a.a.O., Rz 45 zu 60; Schalcher, a.a.O., S. 64). Eine solche Argumentation lässt indessen u.a. ausser Acht, dass die Einschränkungen gegenüber dem Grundsatz der Erfolgswirksamkeit von Forderungsverzichten im Verhältnis zwischen Gesellschaft und Anteilsinhaber nur zurückhaltend anzunehmen sind (vgl. oben E. 3.2.3) und die beiden hier massgeblichen Ausnahmen nicht extensiv ausgelegt werden dürfen.
6.2. Als echter Sanierungsgewinn ist gemäss der Rechtsprechung auch der zweite vorliegend zu beurteilende Forderungsverzicht im Betrag von Fr. 390'000.-- einzustufen:
6.2.1. Die diesem Verzicht zugrunde liegende Forderung wurde zumindest teilweise vor der Sanierung begründet. Aber auch die zweite Forderung ist zu keinem Zeitpunkt steuerlich wie verdecktes Eigenkapital behandelt worden.
6.2.2. Genauso wenig kann die zweite Ausnahme zum Tragen kommen. Diese verlangt zwei aufeinander folgende Sanierungsmassnahmen, die sich beide auf ein Darlehen beziehen: Einerseits muss bereits dessen Gewährung (erstmalig oder zusätzlich) im Hinblick auf den schlechten Geschäftsgang erfolgt sein, und zwar so, dass es unter den gleichen Umständen von unabhängigen Dritten nicht zugestanden worden wäre. Andererseits muss auch der nachmalige Forderungsverzicht demselben Sanierungszweck dienen.
Hier ist wohl - und soweit ersichtlich klarerweise zu Sanierungszwecken - auf eine Forderung verzichtet worden. Aber einerseits bezog sich der Verzicht nicht auf ein Darlehen, sondern auf Forderungen aus Warenlieferungen und Dienstleistungen. Andererseits erfolgte ein Teil dieser Lieferungen und Leistungen in einer Zeit, als noch nicht von einem derart schlechten Geschäftsgang gesprochen werden konnte, dass ein unabhängiger Dritter unter denselben Umständen und angesichts des Ausmasses der zuvor schon unbeglichen gebliebenen Rechnungen sich nicht mehr bereit erklärt hätte, weiter Lieferungen bzw. Leistungen zu erbringen.
Aus denselben Gründen kann ausserdem nicht der in der Lehre immer wieder vertretenen Auffassung gefolgt werden, einem Beteiligungsinhaber sei es ohne weiteres möglich, seiner in Notlage geratenen Gesellschaft einen à fonds perdu-Zuschuss zu gewähren, der dann dazu verwendet würde, ein früher vom Aktionär zugestandenes Darlehen zurückzuzahlen; deshalb müsse - genauso wie ein solcher Zuschuss - sowohl die Gewährung eines Sanierungsdarlehens als auch dessen allfällige Abschreibung durch Forderungsverzicht bei der notleidenden Gesellschaft als steuerneutraler Vorgang behandelt werden (vgl. u.a. Kaufmann, a.a.O., Rz 209 S. 87; Brülisauer/Helbing, a.a.O, Rz 45 zu <ref-law>; Oberson, a.a.O., S. 192; Pierre-Marie Glauser/Etienne Pache, Assainissement d'entreprises: aspects fiscaux, in: CEDIDAC [Hrsg.], Aspects pratiques du droit de l'entreprise, Lausanne 2010, S. 198; Bruno Scherrer, Das Bundesgericht zum Forderungsverzicht durch Aktionäre, StR 45/1990, S. 182; Duss, a.a.O., S. 281 f.; Schalcher, a.a.O., S. 67; Uebelhart/Linder/Schalcher, a.a.O., S. 184 f.). Dagegen ist aber - unabhängig von allfälligen Unterschieden zwischen Forderungen aus Darlehen und Warenlieferungen bzw. Dienstleistungen - einmal mehr festzuhalten (vgl. dazu schon oben E. 5.2.4 in fine), dass die Berücksichtigung derartiger wirtschaftlicher Gesichtspunkte in einem Zusammenhang wie dem vorliegenden dadurch begrenzt wird, dass der Steuerpflichtige sich auf die von ihm gewählte rechtliche Ausgestaltung und die buchhalterische Behandlung seiner Geschäfte behaften lassen muss. Insbesondere können solche Gesichtspunkte nicht dazu führen, die von der Rechtsprechung ausschliesslich zugelassenen zwei Ausnahmen von der Erfolgswirksamkeit eines Forderungsverzichtes im Verhältnis zwischen Gesellschaft und Anteilsinhaber (vgl. oben E. 3.2.2 u. 3.2.3) extensiv auszulegen.
6.3. Weder für den ersten Forderungsverzicht noch für den zweiten lässt sich aus <ref-law> irgendetwas zugunsten eines unechten Sanierungsgewinnes ableiten. Wie dargestellt, nimmt diese Bestimmung eine klare Grenzziehung vor, indem sie sich auf à fonds perdu-Zuschüsse bezieht, nicht aber Forderungsverzichte mit einschliesst. Demgegenüber stellen das Kreisschreiben und Rechtsprechung im hier massgeblichen Einzelbereich zwar zwei Ausnahmen den Zuschüssen gleich. Hier ist aber weder der eine noch der andere Forderungsverzicht durch diese Ausnahmen gedeckt.
7.
Nach dem Gesagten ist in Bezug auf beide Forderungsverzichte von erfolgwirksamen Vorgängen auszugehen, die eine nochmalige Verrechnung im Sinne von <ref-law> ausschliessen. Die Beschwerde der EStV ist somit gutzuheissen, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Veranlagungsverfügung des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 19. Dezember 2008 zu bestätigen. Die Sache ist zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (vgl. Art 65 f. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 9. Mai 2012 aufgehoben und die Veranlagungsverfügung des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 19. Dezember 2008 bestätigt.
2.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, zurückgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der X._ AG auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonalen Steueramt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter