Faits:
A. Mme A.X._, née en 1961, et M. B.X._, né en 1958, se sont mariés le 4 juin 1997 à Genève sans conclure de contrat de mariage.
Les époux, qui ont deux enfants encore mineurs, ont mis un terme à leur vie commune en septembre 2009.
Les modalités de leur séparation sont réglées par le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale.
B. Le 2 septembre 2011, Mme A.X._ a introduit par-devant le Tribunal de première instance une procédure de protection dans les cas clairs, fondée sur l'<ref-law>, concluant à ce qu'il soit ordonné à son époux, ainsi qu'à divers établissements (bancaires et publics notamment), assurances ou régies immobilières entre autres, de produire une série de documents permettant de déterminer la situation financière de son mari ainsi que les objets garnissant l'ancien domicile conjugal. La liste des renseignements dont la production est requise comporte près de 90 pages.
Par jugement du 10 mai 2012, le Tribunal de première instance a déclaré la requête irrecevable. Cette décision a été confirmée par arrêt de la Cour de justice du 14 septembre 2012.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, Mme A.X._ conclut à l'annulation de ce dernier arrêt et sollicite la production des documents qui font l'objet de la requête déposée devant la première instance. Elle invoque la violation des <ref-law> et 170 CC, celle de l'interdiction de discrimination (art. 8 Cst.), en relation avec une violation de son droit d'être entendue, du droit d'accès à la justice (art. 29 Cst.) et du droit au mariage (art. 14 Cst.), ainsi qu'enfin la violation de sa liberté personnelle (10 Cst.).
Invités à se déterminer, l'intimé a conclu au rejet du recours, tandis que la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision d'irrecevabilité mettant fin à la procédure, soit une décision finale au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4.1.1). Celle-ci a été rendue dans une cause de nature civile (<ref-law>) et pécuniaire, d'une valeur litigieuse estimée supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), par une autorité supérieure cantonale statuant sur recours (<ref-law>). La recourante, qui a qualité pour recourir (<ref-law>), a agi en temps utile (<ref-law>).
2. Les tribunaux cantonaux ont jugé que la requête formée par la recourante était irrecevable, les conditions posées pour l'initier (<ref-law>) n'étant pas remplies. Leur conclusion se fonde toutefois sur une motivation qui n'est pas identique.
2.1 Le Tribunal de première instance a en substance considéré que la demande présentée par la recourante s'inscrivait dans un complexe de faits relativement épineux et en partie contesté. Dans ces circonstances, la recourante ne pouvait se prévaloir de la protection des cas clairs prévue par l'<ref-law> et sa requête devait en conséquence être déclarée irrecevable.
2.2 Procédant à une substitution de motifs, la Cour de justice a observé que la requête déposée par la recourante avait pour but de collecter les renseignements devant ensuite lui permettre de déposer une demande en divorce, par laquelle elle réclamerait nécessairement une contribution à l'entretien des enfants mineurs dont elle avait la charge. En tant que la procédure des cas clairs est exclue lorsque la cause est soumise à la maxime d'office et pour les cas de divorce, elle n'était pas ouverte en l'espèce à la recourante. Le CPC prévoyait de surcroît, tant dans la procédure sur mesures provisionnelles que dans celle de divorce, des dispositions spécifiques pour la production des documents permettant à l'époux d'être renseigné sur la situation financière de l'autre et au juge de statuer sur les aspects financiers du litige. Or, ce dernier magistrat était mieux à même d'apprécier la pertinence des documents dont la production était sollicitée pour l'issue du litige dont il était saisi.
3. 3.1 La recourante soutient en substance que les époux, parents ou non, devraient pouvoir clarifier leurs droits et obligations découlant du mariage préalablement à toute action touchant au lien conjugal. Or, la décision querellée les en empêcherait, ce qui non seulement apparaîtrait contraire à l'<ref-law>, mais également à l'interdiction de discrimination (art. 8 Cst.) ainsi qu'à l'<ref-law>, cette dernière disposition ne limitant pas le droit à l'information d'un époux à l'absence de liens de filiation communs aux époux. Par ailleurs, en tant que la décision entreprise la contraindrait à divorcer pour avoir accès à la preuve de ses droits, elle violerait aussi son droit d'être entendue (art. 29 Cst.), son droit au mariage (art. 14 Cst.), de même que l'<ref-law>, le droit aux renseignements entre époux étant indépendant de l'introduction d'une procédure de divorce. La recourante souligne enfin que la décision cantonale la priverait de sa liberté de choisir quelle conduite adopter sur le plan judiciaire (art. 10 Cst.), situation impliquant que son divorce ne pourrait être qualifié de "cause traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable, dans laquelle aura été respecté son droit d'être entendue" (art. 29 Cst.).
3.2 L'intimé soutient quant à lui que la procédure du cas clair serait exclue pour les demandes de renseignements fondées sur l'<ref-law>, conclusion qui serait confirmée par la systématique du CPC. Il observe également que la recourante disposerait d'autres voies pour agir en demande de renseignements selon l'<ref-law>, de sorte qu'elle ne serait pas privée d'obtenir les informations sollicitées: cette circonstance suffirait à écarter les griefs de discrimination, violation de sa liberté personnelle et des garanties procédurales constitutionnelles. L'intimé remarque enfin qu'en tout état de cause, le litige ne constituerait manifestement pas un cas clair au sens de l'<ref-law>: non seulement l'état de fait serait litigieux, mais le droit invoqué par la recourante ne serait de surcroît nullement évident.
4. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués et le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 3.1).
4.1 A l'instar des droits fondés sur les <ref-law>, 607 al. 3 et 610 al. 2 CC, le droit aux renseignements et pièces fondé sur l'<ref-law>, est un droit matériel et non un droit de nature procédurale (arrêt 5C.157/2003 du 22 janvier 2004 consid. 3.1 publié in: SJ 2004 I 477 et les nombreuses références). Le demandeur peut d'une part le faire valoir préjudiciellement, soit dans sa demande en divorce, à l'appui d'une prétention au fond (liquidation du régime matrimonial ou fixation des contributions d'entretien après divorce), soit dans sa requête de mesures protectrices ou de mesures provisionnelles pour la durée de la procédure de divorce, à l'appui des mesures sollicitées; il peut d'autre part faire valoir ce droit à titre principal, dans une procédure indépendante (arrêt 5C.157/2003 précité consid. 3.3).
En tant que le droit aux renseignements et pièces est un droit matériel, la jurisprudence rendue sous l'empire des droits de procédure cantonaux est encore valable: sauf lorsqu'il est invoqué à l'appui d'une requête de mesures protectrices ou de mesures provisionnelles, le juge statue ainsi sur ce droit matériel avec l'autorité de la chose jugée, après un examen complet en fait et en droit (cf. <ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2d; arrêt 5C.157/2003 précité consid. 3.1 et 3.3).
4.2 Depuis l'entrée en vigueur du CPC, lorsqu'elle est formée en tant que demande indépendante, la demande de renseignements fondée sur l'<ref-law> suit les règles de la procédure sommaire (art. 271 let. d CPC). Vu la nature du droit invoqué, la procédure de mesures provisionnelles des <ref-law> est exclue (cf. <ref-ruling> consid. 2.7 rendu dans le contexte de l'<ref-law>). La question de savoir si la procédure de protection dans les cas clairs, soumise à la procédure sommaire (<ref-law>), peut coexister parallèlement à la procédure sommaire ordinaire prévue par l'art. 271 let. d CPC peut néanmoins rester ouverte en tant que les conditions permettant de retenir l'existence d'un cas clair au sens de l'<ref-law> ne sont manifestement pas réunies en l'espèce.
4.2.1 La procédure de protection dans les cas clairs prévue par l'<ref-law> permet à la partie demanderesse d'obtenir une décision ayant l'autorité de la chose jugée et la force exécutoire, lorsque la situation de fait et de droit n'est pas équivoque (Message du Conseil fédéral relatif au CPC, FF 2006 p. 6959; <ref-ruling> consid. 5.1.1).
La procédure dans les cas clairs est recevable lorsque l'état de fait n'est pas litigieux ou est susceptible d'être immédiatement prouvé (<ref-law>) et que la situation juridique est claire (<ref-law>).
Selon la jurisprudence, l'état de fait n'est pas litigieux lorsqu'il n'est pas contesté par le défendeur; il est susceptible d'être immédiatement prouvé lorsque les faits peuvent être établis sans retard et sans trop de frais. En règle générale, la preuve est rapportée par la production de titres, conformément à l'<ref-law>. La preuve n'est pas facilitée: le demandeur doit ainsi apporter la preuve certaine (" voller Beweis ") des faits justifiant sa prétention; la simple vraisemblance (" Glaubhaftmachen ") ne suffit pas. Si le défendeur fait valoir des objections et exceptions motivées et concluantes (" substanziiert und schlüssig "), qui ne peuvent être écartées immédiatement et qui sont de nature à ébranler la conviction du juge, la procédure du cas clair est par conséquent irrecevable (<ref-ruling> consid. 5.1.1 et les arrêts cités).
La situation juridique est claire lorsque l'application de la norme au cas concret s'impose de façon évidente au regard du texte légal ou sur la base d'une doctrine et d'une jurisprudence éprouvées (<ref-ruling> consid. 2.1.2, 620 consid. 5.1.2, 728 consid. 3.3). En règle générale, la situation juridique n'est pas claire si l'application d'une norme nécessite l'exercice d'un certain pouvoir d'appréciation de la part du juge ou que celui-ci doit rendre une décision en équité, en tenant compte des circonstances concrètes de l'espèce (<ref-ruling> consid. 2.1.2; arrêt 4A_273/2012 du 30 octobre 2012 consid. 5.1.2 non publié in: <ref-ruling>).
4.2.2 La protection dans les cas clairs est exclue pour les affaires qui sont soumises à la maxime d'office (<ref-law>), à savoir notamment dans la procédure applicable aux enfants dans les affaires de droit de la famille (FRANÇOIS BOHNET, in: Bohnet et al. [éd.], Code de procédure civile commenté, n. 17 ad <ref-law>); elle n'est pas non plus ouverte dans la procédure de divorce (Message, ibid.; parmi plusieurs: SUTTER-SOMM/LÖTSCHER, in: Sutter-Somm et al. [éd.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordunung [ZPO], 2e éd., n. 37 ad <ref-law>; FRANCESCO TREZZINI, in: Cocchi et al. [éd.], Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero, 2011, p. 1136; TARKAN GÖKSU, in: Brunner et al. [éd.], Schweizerische Zivilprozessordnung Kommentar, n. 13 ad <ref-law>).
4.3 Il est en l'espèce indéniable que la recourante dispose d'un droit aux renseignements et aux pièces fondé sur l'<ref-law>, qu'elle peut faire valoir dans une procédure indépendante. C'est donc à tort que la cour cantonale exclut toute procédure indépendante et renvoie l'intéressée à faire valoir son droit à l'appui de sa procédure de divorce ou de mesures provisionnelles, considérant que le juge des affaires matrimoniales est mieux à même de statuer sur la pertinence des éléments pour l'issue de la procédure familiale.
Il est cependant évident que l'état de fait allégué n'est pas liquide. Les conclusions prises par la recourante sont listées sur près de 90 pages et visent - notamment - à obtenir de nombreuses pièces ou attestations de plus d'une dizaine d'établissements bancaires, d'administrations, d'autorités judiciaires, d'assurances, de régies immobilières, voire d'une étude de notaires, documents censés établir la situation financière de l'intimé et, entre autres, fournir des renseignements sur des comptes dont il serait ayant droit économique. L'étendue et la complexité des renseignements requis suffisent ainsi à dénier au cas d'espèce son caractère liquide: dans le cadre de l'<ref-law>, il n'appartient pas au juge d'instruire et de faire un tri entre ce qui doit être admis ou rejeté, les conclusions devant en effet pouvoir être admises dans leur intégralité, sous peine d'irrecevabilité. La recourante se méprend ainsi lorsqu'elle croit que le droit fondé sur l'<ref-law> doit nécessairement faire l'objet de la procédure de protection des cas clairs prévue à l'<ref-law>: si les conditions de recevabilité de cette dernière disposition ne sont pas remplies, le requérant doit alors agir par la voie de la procédure sommaire de l'art. 271 let. d CPC.
5. En définitive, le recours est rejeté aux frais de son auteur (<ref-law>), lequel versera une indemnité de dépens à son adverse partie (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'500 fr., à verser à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 17 mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: de Poret Bortolaso