Sachverhalt:
A. Y._ und X._, beide Jahrgang 1985, heirateten im Jahr 2006. Im Februar 2010 trennten sie sich. Sie haben die gemeinsame Tochter Z._, geb. ***2010.
B. Im Eheschutzverfahren vor dem Kreisgericht St. Gallen einigten sich die Eheleute über die Obhutszuteilung an die Mutter und das Besuchsrecht für den Vater, die Errichtung einer Beistandschaft sowie eine Akontozahlung von Fr. 4'500.-- an die Unterhaltsbeiträge und eine Summe von Fr. 1'500.-- an die Babyausstattung und Arztkosten. Umstritten blieben die eigentlichen Alimentenzahlungen.
Mit Entscheid vom 17. Februar 2011 verpflichtete die Familienrichterin den Ehemann, an den Unterhalt von Z._ ab Juli 2010 monatlich Fr. 542.50 und ab November 2010 jeweils Fr. 1'320.-- zu zahlen. Sodann wurde er verpflichtet, an den Unterhalt der Ehefrau ab Juli 2010 monatlich Fr. 594.25 und ab November 2010 noch Fr. 100.-- pro Monat zu zahlen.
Dagegen erhob der Ehemann Berufung mit dem Begehren um Festsetzung der Unterhaltspflichten auf insgesamt Fr. 750.--, maximal Fr. 900.-- pro Monat. Mit Entscheid vom 16. Juni 2011 wies das Kantonsgericht St. Gallen die Berufung ab, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 11. Juli 2011 eine Beschwerde erhoben mit dem Begehren um Festsetzung der Unterhaltspflichten auf Fr. 750.--, evtl. max. Fr. 900.-- pro Monat (zzgl. Kinderzulagen). Sodann verlangt er die unentgeltliche Rechtspflege. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten sind die Fr. 30'000.-- übersteigenden vermögensrechtlichen Folgen einer kantonal letztinstanzlichen Zivilsache; die Beschwerde in Zivilsachen ist gegeben (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
Weil Eheschutzentscheide vorsorgliche Massnahmen im Sinn von Art. 98 BGG darstellen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 397), sind nicht alle Vorbringen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig, sondern kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2. Der Ehemann nahm am 15. Juli 2010, d.h. wenige Tage nach der Geburt der Tochter Z._, bei der Bank-now AG einen Kredit über Fr. 55'000.-- auf und verpflichtete sich, diesen in 36 Monatsraten à Fr. 1'822.50 zurückzuzahlen. Er möchte diesen Betrag in seinem Existenzminimum berücksichtigt wissen.
2.1 Das Kantonsgericht hat erwogen, dass allgemeine Schulden im Existenzminimum des Unterhaltspflichtigen höchstens dann berücksichtigt werden dürfen, wenn sie während des ehelichen Zusammenlebens zum Zweck des Unterhalts beider Ehegatten begründet wurden, was vorliegend in zeitlicher Hinsicht nicht zutreffe. Der Ehemann mache jedoch geltend, aus dem Darlehen einen Betrag von Fr. 36'000.-- an seine Eltern gegeben zu haben, weil er und seine Ehefrau von August 2006 bis September 2009 bei diesen verpflegt worden seien. Wie sich aus der Berufungsantwort der Ehefrau und dem erstinstanzlichen Urteil ergebe, hätten sie dort unentgeltlich essen können und habe der Ehemann nach der Trennung aus dem Gefühl des "verarscht seins" seinen Eltern die "Schuld" begleichen wollen. Vor diesem Hintergrund sei aber davon auszugehen, dass er aus freien Stücken eine freiwillige Leistung der Eltern honoriert habe. Sodann mache der Ehemann geltend, ein von W._ am 30. Juni 2006 gewährtes Darlehen über Fr. 15'000.-- zurückbezahlt zu haben. Dabei handle es sich aber um voreheliche Schulden und es sei völlig offen, ob die Ehefrau davon profitiert habe. Insgesamt ergebe sich, dass die von der Familienrichterin schliesslich im Umfang von Fr. 400.-- pro Monat berücksichtigte Kreditamortisation äussert grosszügig und eine Korrektur nicht angezeigt sei.
2.2 Der Ehemann macht diesbezüglich eine Verletzung des Willkürverbotes und eine falsche Verteilung der Beweislast geltend. Er bringt vor, die Verpflegung bei den Eltern und die hieraus entstandene Schuld sei unbestritten. Die Eltern hätten während des Zusammenlebens nicht ausdrücklich die Rückzahlung gefordert, diese inzwischen aber verlangt; damit sei die Forderung fällig. Das Darlehen W._ sei unmittelbar vor der Heirat gewährt worden. Dementsprechend sei der Betrag für die Hochzeitsfeier und die Beschaffung des Hausrates verwendet worden. Es sei willkürlich, wenn seine Frau das Mobiliar erhalte, er aber die betreffenden Schulden nicht tilgen dürfe.
2.3 Mit Bezug auf den Verwendungszweck des Darlehens W._ sind die Vorbringen neu und damit unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG); im Übrigen sind die Ausführungen appellatorischer Natur und damit nicht geeignet, eine willkürliche Beweiswürdigung aufzuzeigen. Davon könnte nur die Rede sein, wenn das Gericht den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich nicht erkannt, ohne vernünftigen Grund ein entscheidendes Beweismittel ausser Acht gelassen oder aus den vorhandenen Beweismitteln einen unhaltbaren Schluss gezogen hätte (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Wo das Gericht aufgrund einer Würdigung von Beweisen zu einem Schluss gelangt (vorliegend: die Verpflegung bei den Eltern sei unentgeltlich gewesen und deshalb eine Nichtschuld bezahlt worden; das Darlehen sei vorehelich gewährt worden und die Verwendung sei unbekannt), ist die Frage der Beweislastverteilung gegenstandslos (<ref-ruling> E. 2.1 S. 649; <ref-ruling> E. 3.4 S. 634). Ohnehin wäre vorliegend der Ehemann für die tatsächlichen Voraussetzungen beweisbelastet, welche die Berücksichtigung der Kreditschuld in seinem Existenzminimum als ausnahmsweise angezeigt erscheinen lassen würden.
3. Beanstandet wird sodann, dass im Existenzminimum der zu 100% erwerbstätigen Ehefrau ein Betrag von Fr. 900.-- für Fremdbetreuungskosten des Kindes berücksichtigt worden ist.
3.1 Das Kantonsgericht hat erwogen, dass dies einem Betrag von rund Fr. 45.-- pro Betreuungstag entspreche, was realistisch sei; bei der vom Kanton mitfinanzierten Kinderkrippe Schlössli beispielsweise beliefen sich die Betreuungskosten auf Fr. 25.-- bis 95.-- pro Tag. Der von der Familienrichterin eingesetzte Betrag von Fr. 900.-- pro Monat sei vor diesem Hintergrund nicht zu beanstanden.
3.2 Auch mit Bezug auf diese Tatsachenfeststellung macht der Ehemann Willkür geltend, weil seine Frau gar keine Fremdbetreuungskosten nachgewiesen habe. Das Kind werde von ihrer Schwester betreut, die an der gleichen Adresse wohne, mithin keine Wohnkosten habe, und auch die beiden Kinder der älteren Schwester hüte.
3.3 Diese Vorbringen sind insofern neu im Sinn von Art. 99 Abs. 1 BGG, als sie sich nicht aus dem angefochtenen Entscheid ergeben. Der Ehemann nimmt offensichtlich Bezug auf den erstinstanzlichen Entscheid, nach welchem die Ehefrau vorgebracht hatte, dass sie für die Betreuung entweder auf eine Kindertagesstätte bzw. Tagesmutter oder aber auf ihre aus Portugal mit einem Touristenvisum eingereiste Schwester angewiesen sei, und wozu die Familienrichterin erwogen hatte, dass der Richtwert für ein Aupair Kosten von insgesamt Fr. 1'740.-- (Naturallohn Fr. 990.--, Barlohn Fr. 580.--, Essensentschädigung für freie Tage Fr. 160.--) vorsehe und deshalb für die vorderhand interfamiliäre Betreuungsregelung jedenfalls ein Betrag von Fr. 900.-- einzusetzen sei, wobei spätere Mehrkosten von den Parteien hälftig zu tragen wären.
Wie die Details der Betreuungssituation aussehen, ist angesichts des moderat angesetzten Betrages von Fr. 900.-- nicht von Belang: Unbestrittenermassen muss die Ehefrau einer 100%-igen Erwerbsarbeit nachgehen und ist sie deshalb für die Kinderbetreuung auf fremde Hilfe angewiesen. Hierfür fallen naturgemäss Kosten an (entweder Beiträge an die Krippe oder aber Natural- und Barlohn für die Schwester bzw. ein Aupair). Inwiefern die kantonalen Instanzen in Willkür verfallen sein sollen, wenn sie für eine vollzeitige Fremdbetreuung des Kindes einen Minimalbetrag von Fr. 900.-- eingesetzt haben, ist nicht zu sehen.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss sie als von Anfang an aussichtslos bezeichnet werden, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (vgl. Art. 64 Abs. 1 BGG) und das entsprechende Gesuch abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Gegenseite ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter im Familienrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. August 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli