Sachverhalt:
A. Zwischen X._ und Y._ ist seit dem 26. Mai 2009 ein Eheschutzverfahren hängig, dessen einziger Streitpunkt die Zuweisung der ehelichen Wohnung bildet. Der Einzelrichter des Kreisgerichtes Z._ wies sie mit Entscheid vom 29. Juni 2009 der Ehefrau zu, der die sonst teilweise vermietete Liegenschaft auch gehört.
B. Der Einzelrichter im Familienrecht des Kantonsgerichts St. Gallen wies mit Entscheid vom 31. August 2009 einen dagegen gerichteten Rekurs des Ehemannes ab, der sich gegen die Ausweisung im Grundsatz gewehrt und eventualiter eine sechsmonatige Auszugsfrist verlangt hatte.
C. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 8. September 2009 beantragt der Ehemann (fortan Beschwerdeführer) dem Bundesgericht, den genannten Entscheid des Einzelrichters aufzuheben. In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
D. Am 25. September 2009 ist der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung erteilt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonaler Entscheid (<ref-law>) über Eheschutzmassnahmen und damit eine Zivilsache im Sinn von <ref-law>. Die Kriterien für die Zuteilung der Wohnung, um die es hier ausschliesslich geht, sind nicht primär wirtschaftlicher Natur (dazu ausführlich Urteil 5A_766/2008 vom 4. Februar 2009 E. 3.2 und 3.3, mit weiteren Hinweisen). Ob der Benutzung der Wohnung als solcher ein Streitwert beizumessen ist, kann letztlich offenbleiben: Soweit überhaupt eine vermögensrechtliche Zivilsache vorläge, wäre das Streitwerterfordernis von <ref-law> (Fr. 30'000.--) angesichts der unbestimmten Dauer der Zuweisung der Wohnung und des zu berücksichtigenden Mietzinses ohne Weiteres erfüllt. Die Beschwerde in Zivilsachen ist damit grundsätzlich zulässig und die Eingabe wird ungeachtet ihrer Bezeichnung als solche entgegengenommen.
1.2 Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann eine Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), zu dem laut der Begriffsbestimmung des BGG auch die verfassungsmässigen Rechte zu zählen sind (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 4.1; 462 E. 2.3).
2. 2.1 Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel darstellt (<ref-law>), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Anträge auf Rückweisung an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383). Das muss in der Beschwerdeschrift dargetan werden (<ref-ruling> E. 3.2 S. 490).
Auf eine Beschwerde mit formell mangelhaftem Rechtsbegehren kann das Bundesgericht ausnahmsweise dann eintreten, wenn sich aus der Beschwerdebegründung, allenfalls in Verbindung mit dem angefochtenen Entscheid, "zweifelsfrei" bzw. "ohne Weiteres" ergibt, was der Beschwerdeführer in der Sache verlangt (<ref-ruling> E. 1.4 S. 414 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 210) oder - im Falle zu beziffernder Rechtsbegehren - welcher Geldbetrag zuzusprechen ist (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f.). Der Beschwerdeschrift und dem angefochtenen Entscheid lässt sich entnehmen, dass der Beschwerdeführer die Zuweisung der ehelichen Wohnung an sich beantragen will. Soweit kann trotz des ungenügenden Antrages auf die Beschwerde eingetreten werden. Weil aber der noch vor dem Einzelrichter gestellte Eventualantrag auf Festsetzung einer sechsmonatigen Auszugsfrist nicht ausdrücklich wiederholt wird, muss in Anwendung der obgenannten Grundsätze davon ausgegangen werden, dass er fallen gelassen wird.
2.2 Eheschutzentscheide betreffen vorsorgliche Massnahmen im Sinn von <ref-law>, weshalb nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (<ref-ruling> E. 5 S. 396 f.). Zur Anwendung gelangt deshalb das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 1b S. 495; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262).
Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 4b S. 11 f.). Diese Grundsätze gelten insbesondere auch für die Rüge, es seien offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellungen getroffen worden (<ref-law>), weil "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398).
2.3 Zur Beschwerdebegründung darf auf neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit zurückgegriffen werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
3. 3.1 In einem ersten Abschnitt schildert der Beschwerdeführer den Sachverhalt aus eigener Sicht, ohne die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als willkürlich zu bezeichnen. Im Lichte der erwähnten Grundsätze (E. 2.2 hiervor) ist auf die appellatorische Kritik nicht einzutreten.
3.2 Sodann rügt der Beschwerdeführer die Befangenheit des Rekursrichters.
Bezüglich des verfassungsmässigen Anspruchs auf einen unabhängigen, unvoreingenommenen und unparteiischen Richter (<ref-law>; dazu allgemein <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2.1) gilt, dass die Rüge sobald wie möglich erhoben werden muss (<ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 5a). Das hat der Beschwerdeführer nicht getan: In den von ihm aufgelisteten, zahlreichen Vorkommnissen hat er keinen Grund erblickt, während des hängigen Rekursverfahrens den Ausstand des fraglichen Richters zu verlangen. Es fehlt folglich an einen anfechtbaren letztinstanzlichen kantonalen Entscheid (<ref-law>). Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
3.3 Weiter bemängelt der Beschwerdeführer eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör, die er darin erblickt, dass der Rekursrichter ihm den Verzicht der Beschwerdegegnerin auf eine Duplik im Rekursverfahren nicht mitgeteilt habe.
Dieses verfassungsmässige Recht gewährt den Parteien unter anderem die Möglichkeit, zu jedem neuen, in den Prozess eingereichten Aktenstück Stellung zu nehmen (dazu statt vieler <ref-ruling> E. 3.2). Legt die Gegenpartei kein neues Aktenstück ins Recht, etwa weil sie - wie im vorliegenden Fall - auf eine freigestellte Duplik verzichtet, erwächst der anderen Partei kein Nachteil daraus, dass ihr der Verzicht auf Duplik nicht mitgeteilt wird; es ist nicht einzusehen, zu was sie hätte noch Stellung nehmen können. Mangels jeglichen rechtlich geschützten Interesses (<ref-law>) seitens des Beschwerdeführers ist auf die Rüge nicht einzutreten. Zudem wird diese Rüge mit dem verspätet erhobenen Vorwurf der Befangenheit vermengt.
3.4 Der Beschwerdeführer beklagt sich im Weiteren in mehrfacher Hinsicht über eine Verletzung des Willkürverbotes (<ref-law>).
Macht der Beschwerdeführer Willkür in der Sachverhaltsfeststellung geltend, so hat in der Beschwerde darzutun, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>, dazu E. 2.2 hiervor; vgl. die zu Art. 90 OG ergangenen Urteile <ref-ruling> E. 5.5; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 2a S. 3 f.). Zu beachten ist, dass dem Sachgericht bei der Würdigung von Beweisen ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40; <ref-ruling> E. 1b S. 30). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen im dargelegten Sinn missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem die freie Prüfung aller Tat- und Rechtsfragen zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b).
Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen; Urteil 1C_3/2007 vom 20. Juni 2007 E. 3.2, nicht veröffentlicht in <ref-ruling>).
3.4.1 Der Beschwerdeführer wirft dem Rekursrichter vor, dieser habe Parteivorbringen ergänzt und damit die in <ref-law>/SG statuierte Dispositionsmaxime willkürlich angewendet. Seiner Ansicht nach ist der Rekursrichter ungeachtet der hier anwendbaren Dispositionsmaxime davon ausgegangen, durch den Verzicht auf eine Stellungnahme zur Replik vom 26. August 2009 habe die Rekursgegnerin den Inhalt der Replik bestritten. Mit seinen Ausführungen legt der Beschwerdeführer allerdings nicht dar, woraus er diesen Schluss zieht. Auf die ungenügend begründete Rüge ist nicht einzutreten (vgl. <ref-law>, dazu E. 2.2 hiervor).
3.4.2 Der Beschwerdeführer kritisiert die Äusserungen des Rekursrichters als willkürlich, wonach seine Replik vom 26. August 2009 nichts wesentlich Neues enthalten habe und die tatsächliche Situation so gut als möglich geklärt gewesen sei.
Abgesehen davon, dass der Beschwerdeführer es unterlässt, die Stellen anzugeben, an denen der Rekursrichter sich vermeintlich willkürlich geäussert haben soll, ist irrelevant, ob seine Replik Neues enthält oder nicht. Wichtig ist nur, was schliesslich in den angefochtenen Entscheid eingeflossen ist. Soweit die Ausführungen des Beschwerdeführers überhaupt als Rüge aufgefasst werden können, ist darauf nicht näher einzugehen.
3.4.3 Hinsichtlich der unklaren Wohnsituation der Beschwerdegegnerin macht der Beschwerdeführer geltend, angesichts des in Ehesachen im Kanton St. Gallen geltenden Untersuchungsgrundsatzes hätte der Vorderrichter sie zu einer Duplik zwingen und allenfalls befragen müssen. Der Beschwerdeführer unterlässt es, klar anzugeben, welches verfassungsmässige Recht warum verletzt sein soll. Es ist namentlich unklar, ob er eine willkürliche Anwendung kantonalen Prozessrechts oder eine als Folge davon sich ergebende willkürliche Sachverhaltsermittlung bemängeln will. Darauf ist nicht einzutreten.
Entgegen seinen Beteuerungen ist jedenfalls nicht ersichtlich, warum die jetzige Wohnsituation der Beschwerdegegnerin für die Wohnungszuteilung von zentraler Bedeutung sein soll; auch begründet der Beschwerdeführer seine Auffassung mit keinem Wort. Es überrascht denn auch nicht, dass die Vorinstanz auf dieses Kriterium gar nicht abgestellt hat. Soweit sich der Beschwerdeführer gegen die Sachverhaltsermittlung wendet, betrifft sein Einwand einen für den Entscheid nicht wesentlichen Punkt, weshalb auf die Rüge erst recht nicht einzutreten ist (<ref-law>).
3.4.4 Sodann führt der Beschwerdeführer eine angebliche Besserung seines Gesundheitszustandes ins Feld. Er rügt, der Vorderrichter habe diese neue Entwicklung zu Unrecht nicht berücksichtigt. Wie bereits in der vorangehenden Erwägung dargelegt, ist der Beschwerdeschrift jedoch nicht zu entnehmen, ob damit die willkürliche Anwendung kantonalen Rechts oder eine willkürliche Sachverhaltsermittlung kritisiert werden will. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
Zudem stimmt nicht, dass der Einzelrichter die neuen Ausführungen des Beschwerdeführers zum eigenen Gesundheitszustand nicht berücksichtigt hat: Vielmehr hat er sie ausdrücklich als nicht glaubhaft zurückgewiesen. Eine willkürliche Sachverhaltsermittlung könnte ohnehin nicht angenommen werden: Einerseits begnügt sich der Beschwerdeführer mit appellatorischer Kritik, indem er seine eigene Auffassung einfach derjenigen des Vorderrichters gegenüberstellt, was nicht ausreicht (dazu E. 2.2 hiervor). Anderseits hat die Vorinstanz ihrem Entscheid nicht ausschliesslich dieses Kriterium zugrunde gelegt.
3.4.5 Das Kriterium der emotionalen Bindung an der ehelichen Wohnung hat der Vorderrichter als bei beiden Parteien gleichwertig gewürdigt. Was der Beschwerdeführer dagegen vorträgt, erschöpft sich in appellatorischer und somit unzulässiger Kritik. Auf die Rüge ist nicht einzutreten. Es versteht sich übrigens von selbst, dass ein gerichtlicher Entscheid nicht deshalb willkürlich sein kann, weil er den Anträgen der beschwerdeführenden Partei nicht stattgibt.
3.5 Der Beschwerdeführer diskutiert die Rechtmässigkeit der Bussenverfügung, die gegen ihn wegen Tätlichkeiten gegenüber der Beschwerdegegnerin ergangen ist. Er wirft dem Vorderrichter Willkür vor, weil er darauf abgestellt habe. Er erhebt diese Rüge jedoch im Zusammenhang mit der Frage der Auszugsfrist, die er hier nicht mehr thematisiert (E. 2.1 hiervor); schon deshalb ist darauf nicht einzutreten.
3.6 Schliesslich stellt der Beschwerdeführer in Abrede, zu den übrigen Mietern der fraglichen Liegenschaft ein schlechtes Verhältnis zu haben, und dass sein weiteres Verbleiben in der Liegenschaft allenfalls eine Vernachlässigung des Hauses nach sich ziehen könnte. Ein weiteres Mal ist darauf hinzuweisen, dass der Beschwerdeführer - vor allem im Hinblick auf das Ergebnis - keine klare Rüge erhebt: Es ist aus seiner Beschwerdeschrift nicht ersichtlich, welches Grundrecht wodurch verletzt sein soll. Ist die Rüge als Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltswürdigung zu verstehen, gehen seine Ausführungen nicht über eine appellatorische Kritik hinaus, bei welcher er seine eigene Auffassung derjenigen des Vorderrichters gegenüberstellt. Ist sie hingegen als Rüge der willkürlichen Rechtsanwendung aufzufassen, ist darauf hinzuweisen, dass jeglicher Bezug zu einer angeblich unhaltbar angewandten Rechtsnorm fehlt. In diesem Punkt ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
4. 4.1 Auf die Beschwerde kann im Ergebnis gesamthaft nicht eingetreten werden. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>), bei deren Festlegung der offensichtliche dilatorische Charakter des Rechtsmittels zu berücksichtigen ist (<ref-law>). Da die Beschwerdegegnerin nur zu einer Stellungnahme bezüglich der anbegehrten aufschiebenden Wirkung aufgefordert wurde, dabei mit ihrem ablehnenden Antrag unterlegen ist, ist insgesamt keine Entschädigung zuzusprechen (<ref-law>).
4.2 Weil der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt worden ist, gilt es, dem unterliegenden Beschwerdeführer eine neue Auszugsfrist anzusetzen (Urteil 5A_495/2009 vom 24. September 2009 E. 7). In Anbetracht aller Umstände, namentlich, dass er die kurze Auszugsfrist, welche die Vorinstanz ihm angesetzt hatte, gar nicht rechtskonform angefochten hat und seit geraumer Zeit weiss, dass er die eheliche Wohnung eventuell verlassen muss, erscheint der Auszugstermin per 30. November 2009 als angemessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Dem Beschwerdeführer wird eine Auszugsfrist bis zum 30. November 2009 angesetzt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter im Familienrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
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