Sachverhalt:
A. Mit Architekturvertrag vom 15./19. März 2005 betrauten A._ und B._ (Beschwerdeführerinnen) Y._ (Beschwerdegegner) mit den Architekturarbeiten und der Bauleitung für den Neubau eines Zweifamilienhauses in Bronschhofen. Nach Vorliegen der Baugenehmigung brachen die Beschwerdeführerinnen das Projekt aus bei ihnen liegenden Gründen ab. Aus diesem Vertragsverhältnis bestehen nach der Darstellung der Beschwerdeführerinnen keine gegenseitigen Ansprüche mehr.
In der Folge entschlossen sich die Beschwerdeführerinnen zum Bau eines Einfamilienhauses in Kirchberg. Sie betrauten wiederum den Beschwerdegegner mit den Architekturarbeiten und der Bauleitung. Auf den Abschluss eines (neuen) schriftlichen Architekturvertrages wurde verzichtet. Stattdessen sollte gemäss den Beschwerdeführerinnen der Vertrag vom 15./19. März 2005 "sachgemäss" anwendbar sein. Ausserdem soll ein Kostendach von Fr. 850'000.-- vereinbart worden sein, und der Beschwerdegegner habe den Beschwerdeführerinnen zugesichert, dass der Neubau per 31. Mai 2006 bezugsbereit sein werde. Nach Vorliegen der Baubewilligung erstellte der Beschwerdegegner am 12. November 2005 einen detaillierten Kostenvoranschlag, aus dem sich - ohne Kosten für den Landerwerb von Fr. 276'150.-- - Anlagekosten von Fr. 569'750.-- ergaben. Bei Einhaltung dieses Kostenvoranschlages hätten die Gesamtkosten Fr. 845'900.-- betragen, womit das von den Beschwerdeführerinnen behauptete Kostendach nicht überschritten worden wäre.
Nach Darstellung der Beschwerdeführerinnen soll der Beschwerdegegner mit seinen Arbeiten rasch in Rückstand geraten sein. Seine Pläne seien mangelhaft gewesen. Mit E-Mail vom 13. Februar 2006 und Schreiben vom 4. März 2006 teilte der Beschwerdegegner den Beschwerdeführerinnen mit, dass er sich ausserstande fühle, weiterhin die Verantwortung als bauleitender Architekt zu tragen.
Die Beschwerdeführerinnen setzten das Projekt in der Folge mit einem anderen Architekten fort, der nach ihrer Darstellung bis dahin nicht erkannte weitere Mängel an den Planungsarbeiten des Beschwerdegegners entdeckte und behob. Am 1. September 2006 war das Haus bezugsbereit. Die effektiven Anlagekosten (ohne Landkosten) betrugen laut den Beschwerdeführerinnen Fr. 799'886.30.
B. Am 13. Oktober 2010 erhoben die Beschwerdeführerinnen beim Kreisgericht Wil Klage mit dem Antrag, der Beschwerdegegner sei zu verpflichten, ihnen Fr. 207'948.80 nebst Zins zu 5% seit 13. Februar 2006 zu bezahlen. Nachdem der Beschwerdegegner im erstinstanzlichen Verfahren säumig geblieben war, hiess das Kreisgericht die Klage mit Entscheid vom 31. März 2011 bis auf den Beginn des Zinsenlaufs, den es auf den 1. September 2009 festsetzte, gut.
Dagegen erklärte der Beschwerdegegner Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen. Dieses hob am 25. September 2012 den Entscheid des Kreisgerichts vom 31. März 2011 auf und wies die Streitsache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Kreisgericht zurück. Das Kantonsgericht begründete die Rückweisung damit, dass der Sachverhalt hinsichtlich des Schadens aus der nicht zeitgerechten und mangelhaften Planung (unter Berücksichtigung auch der Auswirkungen auf das bereits geleistete Architektenhonorar) mittels Beweiserhebung (Expertise) zu ergänzen sei.
C. Die Beschwerdeführerinnen beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde, den Entscheid des Kantonsgerichts vom 25. September 2012 vollumfänglich aufzuheben. Der Beschwerdegegner sei zu verpflichten, ihnen Fr. 207'948.80 nebst Zins zu 5% seit dem 1. September 2006 zu bezahlen.
Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Vielmehr sei die "Klage infolge Verfahrensfehlern an die [erste] Gerichtsinstanz zurückzuweisen". Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Der vorliegende Streitwert von Fr. 207'948.80 übersteigt die für die Beschwerde in Zivilsachen geltende Grenze von Fr. 30'000.-- (<ref-law>). Die Beschwerdeführerinnen erheben gleichzeitig subsidiäre Verfassungsbeschwerde, weil auch das Willkürverbot nach <ref-law> und die Verfahrensgarantie gemäss <ref-law> verletzt worden seien. Dies ist unnötig. Bei der Beschwerde in Zivilsachen handelt es sich um eine Einheitsbeschwerde, mit der auch die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen nach den Artikeln 72-77 BGG grundsätzlich gegeben ist, scheidet die subsidiäre Verfassungsbeschwerde aus (<ref-law>); auf diese ist nicht einzutreten.
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1).
2.1 Mit dem angefochtenen Entscheid wies die Vorinstanz die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Erstinstanz zurück. Ein Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab, sondern stellt einen Zwischenentscheid dar (<ref-ruling> E. 1 S. 315; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.2).
2.2 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn eine der folgenden alternativen Voraussetzungen erfüllt ist: Wenn der Vor- und Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Die selbständige Anfechtbarkeit von Vor- und Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 631). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben. Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2).
2.3 Die Beschwerdeführerinnen berufen sich auf <ref-law>. Die erste Voraussetzung dieser Bestimmung ist erfüllt: Die Beschwerdeführerinnen sind in erster Linie der Ansicht, dass die Vorinstanz - aus formellen Gründen - gar nicht hätte auf die Berufung eintreten und den erstinstanzlichen Entscheid aufheben dürfen. Der Fall sei entscheidreif, und der Sachverhalt müsse in Bezug auf die von der Vorinstanz als beweispflichtig beurteilte Frage nicht ergänzt werden. Sollte der Standpunkt der Beschwerdeführerinnen zutreffen, könnte das Bundesgericht mithin einen Endentscheid fällen.
2.4 Hinsichtlich der Voraussetzung, dass mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, bringen die Beschwerdeführerinnen vor, die Erstellung der von der Vorinstanz für erforderlich erachteten Expertise sei mit einem grossen Aufwand und hohen Kosten verbunden, habe der Experte doch die zahlreichen Unterlagen und Pläne zu sichten und auszuwerten, welche die Beschwerdeführerinnen eingereicht hätten. Sodann sei das effektiv verwirklichte Bauvorhaben zu sichten und mit den Unterlagen abzugleichen. Weiter müssten die Kosten der einzelnen Mängel ermittelt werden, und schliesslich sei das Gutachten zu erstellen.
Damit substanziieren sie nicht hinreichend, weshalb mit der anzuordnenden Expertise ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren verbunden sein soll. Solches liegt auch nicht auf der Hand, weshalb entsprechende Substanziierungen erforderlich gewesen wären. So handelt es sich beim streitigen Einfamilienhaus nicht um ein komplexes Bauvorhaben. Ebenso wenig geht es darum, den behaupteten Rückstand mit den Planungsarbeiten und die Mängel der Pläne erst festzustellen, sind diese doch gemäss Vorinstanz als erstellt zu betrachten (Entscheid E. 6b S. 15/16). Der Experte hat im Sinne der Erwägungen der Vorinstanz lediglich zu ermitteln, in welchem Umfang der geltend gemachte Schaden auf die nicht zeitgerechte und mangelhafte Planung zurückzuführen ist, auch unter Einbezug der Auswirkungen auf das bereits geleistete Architektenhonorar (Entscheid E. 6b S. 16). Ein gewisser Zeit- und Kostenaufwand ist mit der Erstellung jeder Expertise verbunden. Inwiefern dieser Aufwand hier im Sinne von <ref-law> bedeutend sein soll oder von weitläufigen Beweiserhebungen gesprochen werden könnte, ist nicht dargetan.
Die Voraussetzungen nach <ref-law> für eine selbständige Anfechtbarkeit des Rückweisungsentscheides sind demnach nicht erfüllt, weshalb auch auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht eingetreten werden kann.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführerinnen in solidarischer Haftbarkeit kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Der Beschwerdegegner ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihm praxisgemäss keine Entschädigung zugesprochen wird (<ref-ruling> E. 4).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt, in solidarischer Haftbarkeit.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz