Sachverhalt:
A. Die 1970 geborene C._ arbeitete seit 3. November 2001 als Reiseleiterin bei der Firma H._ und war damit bei der AXA Versicherung AG (nachfolgend AXA, vormals Winterthur Schweize-rische Versicherungs-Gesellschaft) obligatorisch unfallversichert. Am 16. Februar 2002 wurde sie hinter ihrem Auto stehend von einem Auto angefahren. Gemäss dem Bericht des Spitals I._ vom 25. Februar 2002 zog sie sich eine offene Fraktur Grad II von Tibia und Peroneus, Schürfwunden am rechten Bein sowie Wunden im Gesicht und an der Kopfhaut zu. Die AXA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Sie holte diverse ärztliche Berichte und Gutachten ein. Mit Verfügung vom 5. Juni 2008 stellte sie die Versicherungsleistungen rückwirkend per 31. Oktober 2007 ein und sprach der Versicherten für die verbleibende Schädigung am rechten Unterschenkel eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 % zu. Die Einsprache der Versicherten wies sie mit Entscheid vom 10. Dezember 2009 ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. November 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt die Versicherte die Aufhebung des kantonalen Entscheides und die Gewährung einer Invalidenrente nach Massgabe eines Invaliditätsgrades von 43 % sowie einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 40 %; eventuell sei ein verkehrstechnisches Gutachten in Auftrag zu geben. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Grundlagen über den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden sowie die erforderliche Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.) und bei Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) oder äquivalenter Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling>) im Besonderen zutreffend dargelegt. Gleiches gilt betreffend den erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125) und den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Darauf wird verwiesen. Richtig ist auch, dass die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers bei organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen praktisch keine Rolle spielt, da sich hier die adäquate und natürliche Kausalität weitgehend decken (<ref-ruling> E. 2. S. 112; nicht publ. E. 2 des Urteils <ref-ruling>, in: SVR 2010 UV Nr. 6 S. 25 [8C_216/2009]).
3. Unbestritten ist, dass sich die Beschwerdeführerin beim Unfall vom 16. Dezember 2002 organisch nachweisbare Verletzungen am rechten Unterschenkel zugezogen hat; für die hierdurch ausgelöste Integritätseinbusse wurde ihr eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 % zugesprochen, was nicht beanstandet wird. Streitig und zu prüfen ist demgegenüber die Leistungspflicht der AXA über den 31. Oktober 2007 hinaus für Verletzungen des Kopfes und der Halswirbelsäule (HWS).1-12
4. Die Versicherte macht eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>; <ref-law>) geltend, da die Vorinstanz nicht auf ihren Einwand eingegangen sei, die AXA habe die Aktenstellungnahme ihres beratenden Arztes, des Neurologen Dr. med. A._ vom 13. März 2008, insbesondere zur Frage, ob eine unfallkausale traumatische Hirnverletzung vorliege, nicht einholen bzw. nicht darauf abstellen dürfen; denn es habe sich um eine unzulässige "second opinion" zu den von der AXA bereits zuvor eingeholten Gutachten (vgl. E. 5 hienach) gehandelt. Dieser Einwand ist unbehelflich. Die Versicherte räumt selber ein, dass es unterschiedliche Einschätzungen zur Frage gab, ob bei ihr eine milde traumatische Hirnverletzung (MTBI) vorlag. Der AXA kann es somit nicht zum Vorwurf gereichen, dass sie zusätzlich bei Dr. med. A._ eine Aktenstellungnahme einholte. Insbesondere ging es hier klar nicht um eine unzulässige "second opinion" (hierzu vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 158; Urteil 9C_665/2010 vom 25. November 2010 E. 5). Auch wenn die Vorinstanz zu diesem Punkt nicht Stellung nahm, ist von einer Rückweisung der Sache an sie im Sinne einer Heilung des Mangels abzusehen, da dem Bundesgericht die volle Kognition zusteht (E. 1 hievor) und die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren sind (<ref-ruling> E. 2.2 S. 204 f.). Denn selbst das Nichtabstellen auf die Aktenstellungnahme des Dr. med. A._ vom 13. März 2008 würde zu keinem anderen Ergebnis führen, wie folgende Erwägungen zeigen.
5. Die Versicherte macht geltend, gestützt auf die Gutachten des Neurologen Dr. med. O._ vom 3. Februar 2004 und des Instituts X._ vom 30. Juni 2005 habe sie sich beim Unfall vom 16. Februar 2002 eine Hirnläsion bzw. MTBI zugezogen. Hierzu ist festzuhalten, dass die MTBI-Diagnose aufgrund bestimmter Symptome nach kranialen Traumen erfolgt und nicht schon bedeutet, dass eine objektiv nachweisbare Funktionsstörung vorliegt. Fehlt eine solche, ist die Adäquanz der Unfallkausalität nach der für Schleudertraumen ohne nachweisbare Funktionsausfälle geltenden Rechtsprechung zu beurteilen (Urteil 8C_902/2010 vom 6. April 2011 E. 6.1.3). Die Klinik B._ führte am 15. Januar 2004 ein CT des Hirns der Versicherten durch. Im Bericht gleichen Datums ging sie von einem höchstwahrscheinlich normalen Schädel-MR aus. Aufgrund leichter Artefakte sei allerdings nicht zuverlässig zu beurteilen, ob möglicherweise oberflächlich cortical im Übergang vom linken mittleren zum hinteren Gyrus orbitalis lateralis eine kleine Läsion bestehe; man würde allerdings die Veränderung eher als Artefakt einschätzen. Es wäre ratsam, zusätzlich zum CT noch ein MR anfertigen zu lassen, da dieses für subtile posttraumatische Veränderungen wesentlich empfindlicher sei. Im Gutachten des Instituts X._ vom 30. Juni 2005 wurde das Vorliegen einer strukturell fassbaren Hirnläsion verneint. Im Bericht vom 11. Juli 2005 betreffend das am 8. Juli 2005 durchgeführte Schädel-MRI führte das neuroradiologische und radiologische Institut Y._ aus, es bestehe eine belanglose Variante einer Megazisterna magna sowie auch ansonsten ein unauffälliges MR des Gehirns; insbesondere seien keine umschriebenen post-kontusionellen Läsionen und auch keine eindeutige Atrophie objektivierbar. Im interdisziplinären Gutachten des Zentrums Z._ vom 8. Februar 2008 wurde lediglich von einer möglichen leichten traumatischen Hirnschädigung ausgegangen. Gestützt auf diese Aktenlage ist davon auszugehen, dass bei der Versicherten überwiegend wahrscheinlich keine unfallbedingte strukturelle Hirnverletzung vorliegt. Zu diesem Ergebnis kam auch Dr. med. A._ in der Aktenstellungnahme vom 13. März 2008. Da von einem verkehrstechnischen bzw. unfallanalytischen Gutachten keine neuen Erkenntnisse zu erwarten sind, ist davon abzusehen (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.2 S. 69, 136 I 229 E. 5.3 S. 236).
6. Die Versicherte macht geltend, im Spital I._ sei bereits auf dem Röntgenbild eine HWS-Streckhaltung im Seitenbild sichtbar gewesen; es bestehe somit bildgebend ein Hinweis auf eine HWS-Verletzung, die in der Klinik D._ im Mai 2002 weiterhin und auch im CT des Neurologen Dr. med. E._ noch persistiert habe. Es fänden sich dort sogar eine leichte Kyphosierung, Dens-Dezentrierung nach links, wie bereits auf der ersten Aufnahme sichtbar.
Die Klinik D._ führte gestützt auf eine Untersuchung der Versicherten vom 10. Mai 2002 im Bericht vom 7. Juni 2002 aus, das Röntgen der HWS zeige keinen Anhaltspunkt für eine Fraktur; es bestehe eine leichte HWS-Streckhaltung. Dr. med. S._, Spezialarzt FMH für orthopädische Chirurgie, legte im Gutachten vom 24. April 2003 dar, das Röntgen der HWS vom 15. April 2003 ergebe eine leicht angedeutete Streckhaltung (aber ohne Knickbildung) bei insgesamt unauffälligen Wirbelkörpern und Bandscheiben. Dr. med. E._ stellte gestützt auf ein CT- und Funktions-CT der HWS vom 27. Mai 2003 im Bericht vom 23. Juni 2003 unter anderem eine Dens-Dezentrierung nach links im Bereich des linken Atlanto-Axialgelenks sowie eine Streckhaltung bis leichte Kyphosierung der HWS fest; in der Beurteilung legte er dar, die Untersuchungen ergäben Hinweise auf eine cervico-craniale Instabilität, ausgelöst durch nicht ganz genau bekannten Mechanismus (indirektes Trauma?). Im Gutachten des Zentrums Z._ vom 8. Februar 2008 wurde keine unfallbedingte, organisch objektiv nachweisbare HWS-Verletzung beschrieben.
Festzuhalten ist, dass eine Streckhaltung der HWS mit Kyphosierung nicht als klar ausgewiesenes organisches Substrat der Beschwerden qualifiziert werden kann (SVR 2012 UV Nr. 5 S. 17 E. 4.1 [8C_310/2011]; Urteil 8C_217/2008 vom 20. März 2009 E. 6.2). Gestützt auf die Aktenlage besteht für die HWS-Beschwerden der Versicherten überwiegend wahrscheinlich kein organisch nachweisbares Korrelat. Die vage Beurteilung des Dr. med. E._ (Hinweise auf cervico-craniale Instabilität, ausgelöst durch nicht ganz genau bekannten Mechanismus) vermag an diesem Ergebnis nichts zu ändern (vgl. auch Urteil 8C_427/2009 vom 29. Oktober 2009 E. 3.1 und 3.3 betreffend Dens-Dezentrierung mit möglicher Instabilität). Auch diesbezüglich ist in antizipierter Beweiswürdigung auf zusätzliche medizinische Abklärungen zu verzichten.
7. Streitig und zu prüfen ist weiter die Leistungspflicht der AXA für die von der Versicherten über den 31. Oktober 2007 hinaus geklagten, organisch indessen nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden. Unbestritten ist, dass der Fallabschluss unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung rechtmässig war (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3. f. S. 112 ff.). Die adäquate Unfallkausalität des Gesundheitsschadens ist der Vorinstanz folgend nach der Schleudertraumapraxis - mithin ohne Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten (<ref-ruling>) - zu prüfen, was unbestritten ist. Die Vorinstanz liess zu Recht offen, ob die gesundheitlichen Beschwerden natürlich unfallkausal seien, da die adäquate Unfallkausalität zu verneinen sei. Anders wäre lediglich dann zu entscheiden, wenn der Sachverhalt für eine einwandfreie Adäquanzprüfung nicht hinreichend abgeklärt wäre (<ref-ruling> E. 5.1 S. 472); dies trifft hier nicht zu.
8. Die Unfallschwere ist objektiv aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1 [U 2/07]). Laut den Akten spielte sich der Unfall vom 16. Februar 2002 wie folgt ab: Die Versicherte stand auf einem Parkplatz und wollte etwas aus dem Kofferraum ihres Autos ausladen, als sie von einem auf dem Parkplatz fahrenden Fahrzeug erfasst und zu Boden geschleudert wurde. Dieser Unfall ist im Lichte des im Polizeirapport vom 16. Februar 2002 beschriebenen Ablaufs - der Vorinstanz folgend - als mittelschweres Ereignis im mittleren Bereich einzustufen (vgl. auch Urteil 8C_786/2010 vom 16. Dezember 2010 E. 3.1 und die Übersicht zur Unfallschwere im Urteil 8C_595/2009 vom 17. November 2009 E. 7.1 f.). Von der Anordnung eines verkehrstechnischen bzw. biomechanischen Gutachtens ist in antizipierter Beweiswürdigung abzusehen (vgl. E. 5 hievor). Die adäquate Unfallkausalität des Gesundheitsschadens kann somit nur bejaht werden, wenn drei der sieben Adäquanzkriterien erfüllt sind oder eines besonders ausgeprägt vorliegt (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130; SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100 E. 4.5 [8C_897/2009]).
9. 9.1 Die Vorinstanz erwog, die fünf Adäquanzkriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls, der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen, der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung, der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, sowie des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen seien nicht erfüllt. Die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und Arbeitsunfähigkeit seien nicht besonders ausgeprägt gegeben; Gegenteiliges habe die Versicherte nicht vorgebracht; ob diese zwei Kriterien zu verneinen oder in einfacher Form gegeben seien, könne somit offen bleiben, da Letzteres für die Adäquanzbejahung nicht ausreiche. Die Versicherte bestreitet nicht, dass die beiden erstgenannten Kriterien nicht erfüllt sind. Sie macht geltend, die weiteren fünf Kriterien seien willkürlich verneint worden.
9. 9.1 Die Vorinstanz erwog, die fünf Adäquanzkriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls, der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen, der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung, der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, sowie des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen seien nicht erfüllt. Die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und Arbeitsunfähigkeit seien nicht besonders ausgeprägt gegeben; Gegenteiliges habe die Versicherte nicht vorgebracht; ob diese zwei Kriterien zu verneinen oder in einfacher Form gegeben seien, könne somit offen bleiben, da Letzteres für die Adäquanzbejahung nicht ausreiche. Die Versicherte bestreitet nicht, dass die beiden erstgenannten Kriterien nicht erfüllt sind. Sie macht geltend, die weiteren fünf Kriterien seien willkürlich verneint worden.
9.2 9.2.1 Zu prüfen ist als Erstes das Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung bis zum Fallabschluss (<ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128). Aufgrund der Akten gestaltete sich die Behandlung der Versicherten im Wesentlichen wie folgt: Nach dem Unfall vom 16. Februar 2002 war sie im Spital I._ hospitalisiert, wo sie am 17. Februar 2002 operiert wurde (Marknagelosteosynthese). Vom 26. Februar bis 12. März 2002 war sie in der Klinik D._ hospitalisiert, wo sie am 1. März 2002 operiert wurde (Weichteil- und Knochendébridement, Deckung mit Soleus-Verschiebelappen und Spalthauttransplantat von Unterschenkel rechts); danach erfolgte während 6 Wochen eine Antibiotikatherapie mit regelmässiger Kontrolle der Infektparameter. Vom 12. März bis 19. April 2002 weilte die Versicherte in der Klinik F._, wo im Wesentlichen Wundpflege, physikalische Therapie, Behandlung mit Medikamenten und psychologische Betreuung vorgenommen wurden. Ab August 2002 wurde sie ambulant von einem Psychologen behandelt. Am 30. Mai 2003 wurden in der Klinik P._ operative Narbenkorrekturen am Arm links, Malleolus lateralis links und Unterschenkel rechts durchgeführt, wobei die Versicherte daselbst vom 30. Mai bis 1. Juni 2003 hospitalisiert war. Vom 21. Juli bis 18. August 2003 erfolgte eine Hospitalisation in der Klinik G._ zwecks muskuloskelletaler Rehabilitation. Seit 13. Mai 2004 wurde die Versicherte ambulant von einer Psychologin behandelt. Am 7. September 2004 wurde in der Klinik P._ der Marknagel am rechten Unterschenkel operativ entfernt. Ab Juli 2006 unterzog sich die Versicherte einer ambulanten Traumabegleitung bzw. -therapie. Am 5. Dezember 2006 wurde in der Klinik P._ ambulant eine operative Narbenkorrektur am kranialen posterioren Unterschenkel rechts mit Verschiebe-Lappenplastik sowie die Erstellung von multiplen W-Plastiken durchgeführt; danach fand eine ambulante Narbenbehandlung (Masskompressionsstrumpf, Lymphdrainage) statt. Im Übrigen nahm die Versicherte Medikamente ein und absolvierte ambulant Akupunktur, Aqua-fit, Schwimmen, Physio-, Massage- und Kraniosakraltherapie sowie eine Traumatherapie. Zu beachten ist, dass die neben diesen Behandlungen durchgeführten blossen ärztlichen Verlaufskontrollen und Abklärungsmassnahmen bei der Prüfung des Kriteriums nicht zu berücksichtigen sind (Urteil 8C_885/2011 vom 18. Januar 2012 E. 6.2). Demnach ist das Kriterium erfüllt, aber nicht besonders ausgeprägt.
9.2.2 Adäquanzrelevant können nur in der Zeit zwischen dem Unfall und dem Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Die Versicherte wendet ein, die Beschwerden träten beim Gehen nach ca. dreiviertel Stunden und beim Stehen ohne Bewegung noch früher auf; zudem schwelle das Bein an und schmerze. Der Belastungsschmerz bestehe beim Gehen und Treppensteigen, somit bei normalen Tätigkeiten, die täglich mehrmals ausgeführt würden. Das Kriterium sei ausgeprägt erfüllt, da sie bei alltäglichen Verrichtungen wie Treppensteigen Schmerzen empfinde.
Zu beachten ist, dass die Versicherte laut dem Bericht der Klinik D._ vom 23. Oktober 2002 nach dem Unfall vom 16. Februar 2002 nach Spanien ans Meer reisen konnte; gemäss dem Gutachten des Dr. med. O._ vom 3. Februar 2004 verreiste sie im Februar 2003 nach Lanzarote und Teneriffa. Ab August 2002 konnte die Versicherte wieder selber Autofahren (siehe Bericht der Klinik D._ vom 29. August 2002; Fahrspesenabrechnungen für gefahrene Kilometer in den Jahren 2006 und 2007). Auch wenn aufgrund der Akten das Vorliegen von Belastungsschmerzen zu bejahen ist, können die Beschwerden unter diesen Umständen nicht als erheblich qualifiziert werden, weshalb das Kriterium nicht erfüllt ist (vgl. Urteile 8C_885/2011 E. 6.3, 8C_999/2008 vom 30. Juli 2009 E. 5.2.4 und 8C_217/2008 vom 20. März 2009 E. 10.4).
9.2.3 Die Versicherte beruft sich auf das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat (<ref-ruling> E. 10.2.5 S. 129; SVR 2009 UV Nr. 41 S. 142 E. 5.6.1 [8C_1020/2008]). Zur Begründung führt sie aus, Dr. med. J._ habe im orthopädischen Teilgutachten des Instituts X._ vom 3. September 2004 ausgeführt, die Operation im Spital I._ sei nicht das Vorgehen nach der gängigen Lehrmeinung gewesen und somit nicht lege artis erfolgt, da bei einer zweitgradig offenen Fraktur mit Weichteilverletzungen bis auf die Knochen keine Marknagelung vorzunehmen sei. Weiter sei zu berücksichtigen, dass die Problematik des Low Grade Infect sowie der Verletzung des Nervus peroneus Folgen der Marknagelung seien.
Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass die Auffassung des Dr. med. J._, die Marknagelung sei hier inadäquat und gefährlich sowie nach gängiger Lehrmeinung falsch gewesen, in den übrigen medizinischen Akten keine Stütze findet. Dr. med. J._ räumte selber ein, seine beiden Vorgutachter hätten sich an der Marknagel-Problematik im vorliegenden Fall nicht gestört. Angesichts dieser Aktenlage ist eine die Unfallfolgen erheblich verschlimmernde ärztliche Fehlbehandlung zu verneinen. Auf weitere medizinische Abklärungen ist auch diesbezüglich in antizipierter Beweiswürdigung zu verzichten (vgl. E. 5 hievor).
9.2.4 Aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden darf nicht schon auf einen schwierigen Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Genesung bis zum Fallabschluss beeinträchtigt oder verzögert haben (<ref-ruling> E. 10.2.6 S. 129; SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5 [U 479/05]). Der Umstand, dass trotz verschiedener Therapien keine Beschwerdefreiheit erreicht werden konnte, reicht allein für die Bejahung des Kriteriums nicht aus (Urteil 8C_389/2011 vom 7. Oktober 2011 E. 8.6). Die Versicherte beruft sich auf die mehreren Operationen und die verbliebene Einschränkung der Gehfähigkeit wegen der Unterschenkelverletzung rechts; diesbezüglich sei im Verlauf eine Nekrose aufgetreten, vorübergehend von einem Low Grade Infect gesprochen und durch die falsch gelegte Schraube der nervus peroneus verletzt worden. Weiter seien die anhaltenden kognitiven Minderleistungen und die cervicovertebralen Schmerzen zu berücksichtigen. Hieraus kann die Versicherte nichts zu ihren Gunsten ableiten. Von besonderen Gründen, welche die Bejahung des Kriteriums rechtfertigen würden, kann nicht gesprochen werden. Dies gilt insbesondere auch hinsichtlich der durchgeführten Operationen, zumal zwei davon einzig Narbenkorrekturen beinhalteten (vgl. E. 9.2.1 hievor).
9.2.5 Zu prüfen ist schliesslich das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen bis zum Fallabschluss. Dabei ist auch der persönliche Einsatz im Rahmen von medizinischen Therapiemassnahmen zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.). Dieses Kriterium bezieht sich nicht nur auf den angestammten Beruf, sondern auch auf alternative leidensangepasste Arbeiten (Urteile 8C_402/2011 vom 10. Februar 2012 E. 5.4 und 8C_456/2011 vom 11. Juli 2011 E. 6.6).
Nach dem Unfall vom 16. Februar 2002 war die Versicherte zunächst zu 100 % arbeitsunfähig. Im interdisziplinären (neurologischen, orthopädischen, neuropsychologischen und psychiatrischen) Gutachten des Instituts X._ vom 30. Juni 2005 wurde von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit im erlernten Büroberuf und in der zuletzt ausgeübten Erwerbstätigkeit als Reiseleiterin ausgegangen. Gemäss dem interdisziplinären (neurologischen, rheumatologischen, psychiatrischen und neuropsychologischen) Gutachten des Zentrums Z._ vom 8. Februar 2008 war sie als Reiseleiterin kaum mehr einsetzbar und als kaufmännische Angestellte zu zirka 50 % arbeitsfähig; in einer Tätigkeit, die keinerlei intellektuelle/kognitive Leistungen verlange, könnte sie maximal eine 80%ige Arbeitsfähigkeit erreichen.
Wegen der langjährigen erheblichen Arbeitsunfähigkeit im erlernten Beruf und in der zuletzt ausgeübten Erwerbstätigkeit ist - wie auch die AXA im streitigen Einspracheentscheid anerkannt hat - von einer erheblichen Arbeitsunfähigkeit auszugehen. Zu prüfen ist somit, ob die Versicherte genügende Anstrengungen zur Überwindung der Arbeitsunfähigkeit unternommen hat.
Sie absolvierte vom 10. Oktober 2005 bis 30. Juni 2007 bei der Firma R._ ein von der AXA im August 2005 initiiertes Arbeitstraining; in diesem Rahmen schloss sie am 23. Dezember 2005 einen Intensivcomputerkurs ab und durchlief vom 12. Juni bis 30. August 2006 bei der Firma N._ ein externes branchenorientiertes Arbeitstraining. Der Einsatz der Versicherten in diesem Arbeitstraining war nicht durchgehend überzeugend. So gab sie bereits in der ersten Woche an, schmerzbedingt nur eine halbe Stunde arbeiten zu können und sich danach hinlegen zu müssen (Telefonnotiz der AXA vom 13. Oktober 2005). Gemäss dem Bericht vom 29. März 2006 sei das Arbeitstraining ab April 2006 auf einen 50%igen Einsatz gesteigert worden, also entsprechend einer Arbeitsfähigkeit, die bereits ab Juni 2005 attestiert worden sei. Am 16. November 2006 führte der Case Manager gegenüber der AXA aus, nach der fünfwöchigen krankheitsbedingten Abwesenheit der Versicherten habe ihre Arbeitsmotivation sehr gelitten, weshalb intensive Gespräche nötig gewesen seien; ihre Persönlichkeit habe sich als sehr hinderlich bei der Eingliederung herausgestellt. Zudem macht die Versicherte letztinstanzlich nicht geltend, dass sie ausserhalb der von der AXA bzw. vom Case Manager angeregten bzw. in die Wege geleiteten Bemühungen besondere Anstrengungen zur Überwindung der Arbeitsfähigkeit unternommen hätte; dies gilt insbesondere auch für die Zeit ab der interdisziplinären Feststellung der 50%igen Arbeitsfähigkeit (Gutachten des Instituts X._ vom 30. Juni 2005) bis zum Beginn des Arbeitstrainings im Oktober 2005. Erst nachdem ihr anlässlich der Reha-Sitzung vom 19. Januar 2007 eröffnet worden war, dass das Arbeitstraining und die Taggeldzahlungen der AXA per 30. Juni 2007 eingestellt würden, fand sie im Mai 2007 eine ab 2. Juli 2007 anzutretende Arbeit als Kauffrau mit einem 80%igen Arbeitspensum. Weiter ist zu beachten, dass die Physiotherapeutin am 4. April 2006 ausführte, die Versicherte bestimme gerne über die durchzuführende Therapie und sei sehr fordernd. Sie sei oft sehr unpünktlich und die Lymphdrainage habe nur durchgeführt werden können, wenn sie pünktlich zu den vereinbarten Terminen erschienen sei. Hier bestehe ein grosses Problem, die Versicherte entsprechend zur Mitarbeit zu fordern. In diesem Lichte ist das Kriterium jedenfalls nicht besonders ausgeprägt erfüllt.
9.3 Nach dem Gesagten ist die Leistungseinstellung per 31. Oktober 2007 rechtens.
10. Die unterliegende Versicherte trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Bundesamt für Gesundheit und der Migros-Pensionskasse, Zürich, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. April 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Jancar