Faits:
A. A.a H.Y._, ressortissant libanais né en 1919, domicilié à ...., est décédé à .... le 5 avril 2004. Par testament public du 22 mars 2001, il a institué comme héritière unique son épouse, F.Y._, et prévu une substitution fidéicommissaire en faveur de sa soeur, X._, et des descendants de celle-ci. Me Z._ a été désigné exécuteur testamentaire.
A.b X._ est domiciliée à .... . Elle a quatre enfants, dont deux fils, D.X._ et C.X._. Le 4 avril 2003, X._ a signé, en faveur des deux fils précités, une procuration générale avec droit de substitution, les autorisant en substance à gérer l'ensemble de ses biens et intérêts, et, plus spécifiquement, à plaider devant toutes juridictions, quelle que soit la nature du litige.
Le 3 juin 2003, D.X._ a, à titre personnel et en tant que représentant de X._, signé une procuration en faveur de Me V._, lui donnant pouvoir d'agir judiciairement pour "le représenter dans toutes les démarches et procédures relatives à H.Y._". Il a été invoqué, devant la Cour de justice du canton de Genève, que cette procuration avait été donnée sur la base de la procuration générale délivrée à ses fils le 4 avril 2003, ce qui a été confirmé ultérieurement par D.X._.
B. B.a Postérieurement au décès de H.Y._, Me V._ a sollicité du juge de paix, au nom et pour le compte de X._, différentes mesures de sûretés relatives à la succession, dont notamment une procédure en blocage de comptes. Il a également introduit deux procédures devant le juge civil, à savoir une action tendant à l'invalidation des dispositions testamentaires prises par H.Y._ et à la révocation de l'exécuteur testamentaire ainsi qu'une demande de dommages-intérêts.
F.Y._ a pour sa part introduit une procédure en désignation d'un représentant de la communauté héréditaire (<ref-law>).
B.b Au cours de ces procédures et des recours auxquelles elles ont donné lieu, F.Y._ a contesté l'étendue des pouvoirs conférés à Me V._ et, ainsi, la volonté de sa belle-soeur d'intenter les différentes actions déposées en son nom par cet avocat.
Le 6 avril 2005, X._ a été entendue par le Tribunal de première instance. Au cours de cette audience, X._ a tenu des propos contradictoires, affirmant d'abord avoir intenté un procès en Suisse contre sa belle-soeur afin d'obtenir la totalité des biens de son frère à son exclusion, puis ignorer tant l'existence de la procédure en annulation des dispositions testamentaires que celle liée à l'action en dommages-intérêts.
Appelé à statuer dans le cadre de la procédure en désignation d'un représentant de la communauté héréditaire, le Tribunal fédéral a jugé que la Cour de justice, à la suite du Tribunal de première instance, ne pouvait, sans arbitraire, déduire de ces déclarations confuses et contradictoires, que X._ était capable de discernement, pour ensuite nier qu'elle avait mandaté Me V._ ou admettre qu'elle avait révoqué la procuration en sa faveur. L'affaire a ainsi été renvoyée à la Cour cantonale afin que celle-ci instruise d'office la question de la qualité de discernement de l'intéressée (arrêt 5P.458/2005 du 18 avril 2006).
C. Le 28 mai 2004, agissant au nom et pour le compte de X._, Me V._ a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève de la présente cause, à savoir l'action tendant à l'annulation du testament public de H.Y._ et à la constatation de l'indignité de F.Y._ à succéder à son époux défunt. X._ a également attaqué la clause instituant Me Z._ exécuteur testamentaire, invoquant un risque de conflit d'intérêts.
Dans le cadre de cette procédure, F.Y._ a également mis en doute la volonté de sa belle-soeur d'intenter ladite action, de même que la validité de la constitution de son conseil. Elle a ainsi formé incident le 22 février 2005, invoquant l'irrecevabilité de la demande, motif pris de l'absence de constitution régulière de Me V._. Z._ s'en est quant à lui rapporté à la justice.
Le 31 mai 2005, X._ a été placée sous tutelle par décision du Tribunal de première instance de Beyrouth. Son fils C.X._ lui a été désigné comme tuteur.
Me V._ a cessé de représenter X._ le 17 juin 2005. Il a été remplacé par Me E._, mandaté par le tuteur de X._ en août 2005.
Par jugement du 26 novembre 2007, le Tribunal de première instance a déclaré irrecevable la demande en annulation du testament public déposée par Me V._ pour le compte de X._, jugeant que l'avocat avait agi sans pouvoirs et que ceux-ci n'avaient pas été ratifiés par l'intéressée. Statuant sur recours de cette dernière, la Cour de justice a confirmé la décision du Tribunal de première instance par arrêt du 14 novembre 2008, notifié aux parties le 20 novembre 2008.
X._ est décédée en cours de procédure, le 25 août 2008.
D. Contre la décision de la Cour de justice, les héritiers de X._ interjettent, le 6 janvier 2009, un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral. Les recourants invoquent la violation du droit d'être entendu de leur mère (art. 29 al. 2 Cst.), reprochant à la cour cantonale de ne pas avoir procédé à l'audition de D.X._; ils se plaignent également de la violation des art. 33 al. 2 et 38 CO.
Invités à répondre, Me Z._ ainsi que F.Y._ ont conclu au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt cantonal.
La Cour de justice s'est pour sa part référée aux termes de son arrêt, présentant toutefois des observations quant à son refus d'auditionner D.X._.

Considérant en droit:
1. 1.1 La cour cantonale a confirmé la décision du Tribunal de première instance et, partant, l'irrecevabilité de la demande en annulation des dispositions pour cause de mort. Ce faisant, elle a rendu une décision mettant fin à la procédure, soit une décision finale au sens de l'<ref-law>. Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF), contre une décision prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une affaire civile (<ref-law>) de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>).
1.2 X._ est décédée à l'issue de la procédure cantonale, postérieurement aux plaidoiries. De ce fait, et estimant que son arrêt conduisait à trancher définitivement le litige, la Cour de justice n'a pas procédé à la suspension de l'instance, prévue par l'art. 113 let. c de la loi de procédure civile genevoise (ci-après LPC; RS GE E 3 05). Dans la mesure où les recourants ont démontré leur qualité d'héritiers et que le litige n'a pas pour objet des droits strictement personnels, ce changement de personnes n'entraîne pas de difficultés particulières et ne nécessite pas le consentement des autres parties (<ref-law> et 17 al. 1 et 3 PCF; Georg Messmer/Hermann Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Zurich 1992, n° 41 et les citations). Les recourants ont en conséquence la qualité pour recourir (<ref-law>), fondée sur leur qualité d'héritiers.
2. Les juges cantonaux ont avant tout jugé que X._ était capable d'ester en justice au moment de l'ouverture de l'action. Ils ont ensuite estimé que c'était sur la base de la procuration signée par X._ le 4 avril 2003 en faveur de ses fils qu'avait été signée la procuration par laquelle l'un d'eux donnait pouvoir à Me V._ de le représenter dans toutes les démarches et procédures concernant H.Y._. Se référant au contexte dans lequel la procuration du 4 avril 2003 avait été rédigée, la cour cantonale en a déduit que la volonté réelle et commune des parties était de permettre aux fils de X._ de s'assurer, en son nom, de l'état de santé de son frère, voire d'intenter toutes procédures du vivant de celui-ci, pour la défense de ses intérêts. Il s'ensuivait que la procuration signée en faveur de Me V._ le 3 juin 2003 poursuivait les mêmes objectifs. Rien dans sa teneur ne permettait ainsi de retenir que les pouvoirs conférés à Me V._ viseraient des procédures à accomplir dans le cadre de la future et hypothétique succession du frère de X._. Une extension des pouvoirs de Me V._, postérieurement à la signature de la procuration du 3 juin 2003 n'étant pas établie, il fallait en déduire que l'avocat n'avait pas les pouvoirs d'agir dans le cadre de la succession de H.Y._.
La Cour de justice a enfin considéré que les actes accomplis sans pouvoirs par Me V._ n'avaient pas été ratifiés par X._ dans le cadre de la présente procédure. X._ avait certes confirmé, le 3 mars 2005, les pouvoirs octroyés à Me V._ dans le cadre de la procédure en blocage de comptes, alors pendante devant le Tribunal de céans. Elle n'avait toutefois pas ratifié simultanément les autres procédures entreprises en son nom par son conseil, et ce alors même qu'elle ne pouvait ignorer que cette légitimité était expressément contestée par les intimés. La cour cantonale en a déduit que son attitude devait ainsi être comprise comme un refus de ratifier les actes entrepris en son nom par Me V._. Le fait que son tuteur ait, par la suite, mandaté Me E._ et que celui-ci ait poursuivi les procédures initiées par son prédécesseur ne permettait pas de pallier cette attitude.
3. 3.1 Les recourants se plaignent de la violation de l'<ref-law> et de celle du principe de la confiance, discutant l'interprétation qu'ont donné les juges cantonaux à la procuration du 4 avril 2003. Les recourants jugent en effet trop étroite l'interprétation de la Cour de justice dans la mesure où elle restreint les pouvoirs de Me V._ aux démarches à accomplir du vivant de H.Y._. A titre subsidiaire, ils reprochent à la Cour de justice de ne pas avoir retenu que les pouvoirs de l'avocat V._ ont été ultérieurement étendus par la procuration établie par X._ le 18 août 2004, dans le cadre de la procédure parallèle de blocage et d'administration d'office des biens de son frère. Cette procuration, renouvelée devant un notaire libanais le 3 mars 2005, avait pourtant été reconnue comme étant valable par le Tribunal de céans (arrêt 5P.322/2004 du 6 avril 2005). Les recourants soutiennent enfin que la dernière instance cantonale aurait violé l'<ref-law> en refusant de retenir que les procédures initiées par Me V._ auraient été ratifiées par leur mère, et, subsidiairement, par le nouveau conseil de celle-ci en reprenant les procédures initiées par son confrère.
3.2 F.Y._ soutient avant tout que l'existence de la procuration du 4 avril 2003 aurait été alléguée tardivement et que l'on ne saurait déduire de celle-ci les pouvoirs prétendument attribués à Me V._. A supposer toutefois que l'on se réfère à cette procuration pour fonder les pouvoirs du conseil de X._, l'intimée affirme que l'on ne peut reprocher à la cour cantonale d'avoir violé l'<ref-law> et, subsidiairement, l'<ref-law>. F.Y._ reprend à cet égard la motivation cantonale en soutenant que le cadre de ladite procuration était limité aux démarches à accomplir du vivant de H.Y._. Elle ajoute que les déclarations tenues le 6 avril 2005 par X._ en comparution personnelle devaient par ailleurs être considérées comme un refus de ratifier les procédures initiées par son conseil.
Z._ conclut au rejet du recours, se référant aux considérants de l'arrêt rendu par la 1ère cour civile du Tribunal de céans dans le cadre de la demande de dommages-intérêts (arrêt 4A_11/2009).
4. 4.1 Le droit suisse, applicable en l'espèce (art. 126 al. 1 de la loi fédérale sur le droit international privé [ci-après LDIP] combiné avec l'art. 117 al. 3 let. c LDIP), prévoit que le mandataire ne peut, sans un pouvoir spécial, intenter un procès (<ref-law>), les règles de procédure cantonale étant cependant réservées. A Genève, la loi sur la profession d'avocat (ci-après LPAv; RS GE E 6 10) prévoit que le pouvoir de représenter une partie devant les tribunaux et de faire les actes de la procédure résulte notamment de la remise des pièces ou d'une procuration écrite (art. 4 LPAv). Il s'agit-là d'une condition de recevabilité de la demande déposée en justice (OSCAR VOGEL/KARL SPÜHLER, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8e éd., 2006, p. 203, n. 73 et p. 205, n. 82). D'après les principes généraux du droit de procédure civile, les conditions de procédure doivent encore exister au moment du jugement, mais, sauf exceptions non réalisées en l'espèce, il suffit qu'elles soient réunies à ce moment (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 542; <ref-ruling> consid. 5; MAX Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3e éd., 1979, p. 229, Max Kummer, Grundriss des Zivilprozessrechts, 4e éd., 1984, p. 87; Vogel/Spühler, p. 206, n. 85 et sv.; Fabienne Hohl, Procédure civile, t. I, n. 321). Par conséquent, même s'il se révèle, au moment du jugement, que toutes les conditions de recevabilité n'étaient pas remplies au moment du début de la litispendance, mais qu'elles se sont réalisées au cours du procès, le juge doit statuer au fond (HOHL, op. cit., n. 321).
Lorsqu'une personne incapable d'ester en justice agit, le juge impartit à son représentant légal un délai pour ratifier son acte (art. 410-411 CC; <ref-ruling> consid. 2 p. 103). Si l'incapable n'a pas encore de représentant légal, le juge invite l'autorité compétente à lui en nommer un (art. 410-411 CC).
4.2 En l'espèce, la Cour de justice a admis que X._ était capable d'ester en justice au moment de l'ouverture de l'action, mais que l'on ne pouvait déduire de la procuration qu'elle avait rédigée le 4 avril 2003 qu'elle avait chargé ses fils de mandater Me V._ pour agir en annulation des dispositions testamentaires de son frère. La question de savoir si une telle déduction était ou non conforme au droit peut être laissée ouverte dans la mesure où, comme démontré ci-après, la condition de la recevabilité liée à l'existence de la procuration était réalisée au moment du jugement.
4.3 Le 6 avril 2005, lorsque le Tribunal de première instance a instruit la question des pouvoirs de Me V._, X._ s'est présentée à l'audience en compagnie de son fils D.X._ et de Me V._. Elle a alors tenu des propos contradictoires, affirmant d'abord avoir mandaté Me V._ pour initier une procédure en invalidation des dispositions testamentaires prises par son frère, puis soutenant ne pas avoir mandaté Me V._ pour la représenter. Le Tribunal de céans a dès lors jugé, dans le cadre de la procédure en désignation d'un représentant de la communauté héréditaire, que la cour cantonale, à la suite du Tribunal de première instance, ne pouvait pas, sans arbitraire, considérer que X._ n'avait pas mandaté Me V._ ou qu'elle aurait révoqué le mandat donné à celui-ci. Il incombait au contraire à la cour cantonale d'instruire d'office la question de la capacité de discernement de l'intéressée (5P.458/2005 du 18 avril 2006). L'intimée ne peut dès lors se fonder sur les déclarations tenues par X._ au cours de cette audience pour affirmer que celles-ci constituaient un refus de ratifier les procédures initiées par son avocat.
Dès lors qu'au jour de l'audience du 6 avril 2005, X._ n'était plus en mesure de se déterminer sur l'étendue de la procuration donnée, elle devait être pourvue d'un représentant légal et la procédure suspendue jusqu'à ce qu'un tuteur lui soit désigné. Or, le 31 mai 2005, le Tribunal de première instance de Beyrouth a prononcé l'interdiction de X._, la plaçant sous la tutelle de son fils C.X._. Le 28 juin 2005, ce même tribunal a autorisé C.X._ à représenter sa pupille devant les tribunaux libanais et étrangers. Me V._ ayant cessé son activité le 17 juin 2005, C.X._ a confié la défense des intérêts de sa mère à Me E._ en août 2005, lequel a alors poursuivi les procédures initiées par son prédécesseur.
Le fait qu'avant la survenance de son incapacité de discernement, X._ n'ait pu elle-même confirmer les pouvoirs de Me V._ - ce qu'elle avait fait, à un moment où elle en était encore capable, lorsqu'elle a été interrogée dans le cadre de la procédure parallèle de blocage et d'administration d'office des biens de son frère défunt (arrêt 5P.322/2004 du 6 avril 2005) - a pour unique conséquence que seul son représentant peut désormais se déterminer en son nom sur les pouvoirs confiés à Me V._.
C'est donc à tort que la Cour de justice a cru devoir rechercher une volonté hypothétique de X._ à l'époque où elle était encore capable de discernement pour refuser tous pouvoirs à Me V._ dès lors qu'il suffit que la condition de l'existence des pouvoirs de l'avocat soit remplie d'ici au prononcé du jugement et qu'à ce moment-là, la demanderesse était représentée par son tuteur.
5. Il n'y a pas lieu d'examiner le grief des recourants concernant la violation du droit d'être entendu de leur mère dans la mesure où le sort du recours est scellé par le considérant précédent.
6. Vu ce qui précède, le recours est admis, l'arrêt cantonal est annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice pour la suite de la procédure. Les frais judiciaires sont mis à la charge des intimés qui succombent (<ref-law>). Ceux-ci verseront également solidairement une indemnité de dépens aux recourants (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour suite de la procédure.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis pour moitié à la charge de F.Y._ et pour moitié à la charge de Z._.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer aux recourants à titre de dépens, est mise solidairement à la charge de F.Y._ et de Z._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 2 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret