Sachverhalt:
A. Die 1954 geborene, verheiratete F._, Mutter dreier 1978, 1980 und 1984 geborener Kinder, war vom 1. März 2001 bis 30. April 2002 zu 40 % und ab 1. Mai 2002 zu 50 % als medizinische Praxisassistentin tätig. Nachdem sich seit August 2001 zunehmend gesundheitliche Beschwerden eingestellt hatten (rasche Ermüdbarkeit, Zittern, Muskelkrämpfe, Konzentrationsstörungen etc.), gab sie ihre erwerbliche Tätigkeit Ende August 2004 auf. Am 12. August 2004 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Rente) an. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen klärte die Verhältnisse in medizinischer (u.a. Veranlassung eines Gutachtens in der Klinik V._, welches am 15. Februar 2006 erstattet wurde), beruflich-erwerblicher (Beizug eines Berichtes der letzten Arbeitgeberin vom 11. September 2004; Abklärungen durch die IV-Berufsberaterin [Beratungsprotokoll vom 23. März 2005]) und haushaltlicher Hinsicht (Einholung eines Abklärungsberichtes Haushalt vom 15. November 2005) ab. Gestützt darauf wurden mit Vorbescheiden vom 13. Juli 2006 die berufsberaterischen Massnahmen für abgeschlossen erklärt und der Anspruch auf Rente verneint; letzterem lag die Annahme einer ohne gesundheitliche Beeinträchtigungen je zu 50 % ausgeübten Erwerbstätigkeit und Haushaltsarbeit, einer Einschränkung im beruflichen Leistungsvermögen von 70 %, einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % sowie einer Behinderung in den häuslichen Verrichtungen von 25 %, d.h. einer anhand der gemischten Bemessungsmethode ermittelten - gewichteten - Invalidität von 32 % ([0,5 x 40 %] + [0,5 x 25 %]) zugrunde. An dieser Einschätzung hielt die IV-Stelle auf Intervention der Versicherten am 16. Oktober 2006 (Rente) und 18. Oktober 2006 (Berufsberatung) verfügungsweise fest.
B. Die gegen die Verfügung vom 16. Oktober 2006 erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen insofern teilweise gut, als es den Anspruch der Versicherten auf eine Dreiviertelsrente rückwirkend ab 1. September 2005 feststellte (Entscheid vom 3. April 2008).
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids.
Während F._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1.2 1.2.1 Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene kantonale Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte verletzt (Art. 95 lit. a-c BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hingegen hat unter der Herrschaft des BGG eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheids in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben (ausser wenn sich die Beschwerde gegen einen - im hier zu beurteilenden Fall indessen nicht anfechtungsgegenständlichen - Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung richtet; <ref-law>). Ebenso entfällt eine Prüfung der Ermessensbetätigung nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (<ref-ruling> E. 6 S. 81 zu Art. 132 lit. a OG [in der bis 30. Juni 2006 gültig gewesenen Fassung]).
1.2.2 Im Rahmen der Invaliditätsbemessung - insbesondere bei der Ermittlung von Gesundheitsschaden sowie Arbeitsfähigkeit und Zumutbarkeitsprofil - sind zwecks Abgrenzung der (für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen) Tatsachenfeststellungen vom (letztinstanzlich frei überprüfbaren) Rechtsanwendungsakt der Vorinstanz weiterhin die kognitionsrechtlichen Grundsätze heranzuziehen, wie sie in <ref-ruling> E. 3 S. 397 ff. für die ab 1. Juli bis 31. Dezember 2006 gültig gewesene Fassung von Art. 132 des nunmehr aufgehobenen OG entwickelt wurden. Auf der nicht medizinischen beruflich-erwerblichen Stufe der Invaliditätsbemessung charakterisieren sich als Rechtsfragen namentlich die gesetzlichen und rechtsprechungsgemässen Regeln über die Durchführung des Einkommensvergleichs (<ref-ruling> E. 3.4 S. 348 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 30 f.; <ref-ruling> E. 2a und b S. 136 f.), einschliesslich derjenigen über die Anwendung der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 ff.; <ref-ruling> E. 3b/aa S. 322 f.). In dieser Sicht stellt sich die Feststellung der beiden hypothetischen Vergleichseinkommen (Einkommen, welches die versicherte Person ohne Gesundheitsschädigung hätte erzielen können [Valideneinkommen]; Einkommen, welches sie trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch zu erzielen vermöchte [Invalideneinkommen]) als Tatfrage dar, soweit sie auf konkreter Beweiswürdigung beruht, hingegen als Rechtsfrage, soweit sich der Entscheid nach der allgemeinen Lebenserfahrung richtet. Letzteres betrifft etwa die Frage, ob Tabellenlöhne anwendbar sind, welches die massgebliche Tabelle ist und ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Leidensabzug vorzunehmen sei (<ref-ruling> E. 5.2 S. 327 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 9C_189/2008 vom 19. August 2008, E. 1 in fine und 4).
2. 2.1 Am 1. Januar 2008 sind die Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) und anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision, AS 2007 5129 ff.) in Kraft getreten. Auf den vorliegenden Fall sind, da der Erlass der Verfügung vom 16. Oktober 2006 die zeitliche Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildet, jedoch noch die früheren Gesetzesfassungen (nachstehend: altArt.) anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen).
2.2 Im kantonalen Entscheid wurden die massgeblichen Bestimmungen und Grundsätze insbesondere zum Umfang des Rentenanspruchs (altArt. 28 Abs. 1 IVG) sowie zur Beurteilung der Statusfrage und damit der anwendbaren Invaliditätsbemessungsmethode (bei Erwerbstätigen nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs [altArt. 28 Abs. 2 IVG in Verbindung mit <ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.4 S. 348 f.], bei nichterwerbstätigen, insbesondere im Haushalt beschäftigten Versicherten nach der spezifischen Methode des Betätigungsvergleichs [altArt. 28 Abs. 2bis IVG in Verbindung mit <ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 99] sowie bei teilerwerbstätigen Versicherten nach der gemischten Methode [altArt. 28 Abs. 2ter IVG in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.3 S. 507 f.]) zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Beschwerde führende IV-Stelle macht zunächst geltend, dass die Versicherte ohne Gesundheitsschädigung nicht - wie vorinstanzlich angenommen - zu 80 %, sondern lediglich im Umfang von 50 % einer Erwerbstätigkeit nachgehen würde.
3.2 Die auf einer Würdigung konkreter Umstände basierende Festsetzung des hypothetischen Umfanges der Erwerbstätigkeit ist eine Tatfrage, welche für das Bundesgericht, ausser wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung beruht, verbindlich ist. Eine Rechtsfrage liegt demgegenüber vor, wenn der Umfang der Erwerbstätigkeit im Gesundheitsfall ausschliesslich auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird (Urteile I 693/06 vom 20. Dezember 2006, E. 4.1, sowie I 708/06 vom 23. November 2006, E. 3.1 und 3.2, je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
3.2.1 Das kantonale Gericht stufte die Beschwerdegegnerin als im Gesundheitsfall zu 80 % Erwerbstätige ein. Als Begründung führte es im Wesentlichen an, die Versicherte, welche bereits seit geraumer Zeit wieder einer regelmässigen Teilzeittätigkeit nachgegangen sei, habe glaubhaft dargetan, ohne gesundheitliche Beeinträchtigungen mit zunehmender Selbstständigkeit der Kinder und der damit einhergehenden Verminderung der familiären Verpflichtungen ihr Arbeitspensum sukzessiv erhöht zu haben, wobei sie sich, was auch als Valide der Fall gewesen wäre, einen Tag pro Woche um ihre betagte Mutter kümmere. Auf die im Abklärungsbericht Haushalt vom 15. November 2005 festgehaltene Aussage, wonach ohne gesundheitliche Einschränkungen weiterhin eine Erwerbstätigkeit im bisherigen Umfang von 50 % ausgeübt worden wäre, könne demgegenüber nicht abgestellt werden. Die Beschwerdegegnerin habe anlässlich der Erhebungen im Haushalt Schwierigkeiten bekundet, die hypothetische Frage bezüglich einer ausserhäuslichen Beschäftigung im Gesundheitsfall realistisch einzuschätzen - es habe ihr insbesondere an der nötigen Abstraktionsfähigkeit für eine zuverlässige Beantwortung der Fragen nach ihrem Verhalten als Gesunde gefehlt -, und sei diesbezüglich seitens der IV-Abklärungsperson nicht in erforderlichem Masse unterstützt worden.
3.2.2 Entgegen der Betrachtungsweise des kantonalen Gerichts ist den Aussagen der versicherten Personen im Rahmen der Haushaltsabklärung, da noch nicht von möglichen versicherungsrechtlichen Überlegungen geprägt, rechtsprechungsgemäss erhöhtes Gewicht beizumessen (AHI 2000 S. 197, E. 2d; E. 3 des in RKUV 2001 Nr. U 437 S. 342 ff. auszugsweise publizierten Urteils U 430/00 vom 18. Juli 2001; Urteil I 77/03 vom 2. September 2003, E. 3.2.3; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 47 mit Hinweisen). Dies hat erst recht zu gelten, wenn keine Hinweise dafür ersichtlich sind, dass die versicherte Person die ihr gestellte Statusfrage beispielsweise infolge sprachlicher Verständigungsprobleme nicht korrekt erfasst hat. Der im angefochtenen Entscheid postulierten Hilfestellung durch die IV-Abklärungsperson bedürfte es einzig - wenn auch in Anbetracht der in diesem Verfahrensstadium angestrebten Unbefangenheit der Darstellung gerade der statusrelevanten Umstände wohl nicht in dem vorinstanzlich geforderten, sehr weitgehenden Masse - für den Fall, dass konkrete Anzeichen auf ein Unverständnis der befragten Person in diesem Punkt schliessen liessen. Letzteres ist etwa vorstellbar bei Leistungsansprechern, welche seit Kindesalter an gesundheitlichen Gebrechen leiden und denen es, da nie selber erfahren, schwer fallen dürfte, sich ein Leben und im Speziellen einen beruflichen Werdegang ohne Behinderung vorzustellen (vgl. Urteil I 399/04 vom 30. November 2004, E. 3.2). Eine derartige Konstellation ist vorliegend - die Beschwerdegegnerin war seit 1994 wieder regelmässig teilzeitlich tätig und erst seit Mitte 2001 gesundheitlich zusehends eingeschränkt - nicht gegeben. Im Übrigen wurde durch das kantonale Gericht selber explizit erwogen, zumindest für den Zeitpunkt der Haushaltsabklärung sei offensichtlich, dass sich die Kinder der Versicherten noch nicht oder jedenfalls nicht stark vom Elternhaus gelöst und sie die Mutter weiterhin in nicht unerheblichem Umfang beansprucht hätten. Dadurch sei der Beschwerdegegnerin eine Lebensinhalt vermittelnde Aufgabe zugekommen, welche sich mit stetig zunehmender Selbstständigkeit der Kinder verringert habe und schliesslich weggefallen sei.
Vor diesem Hintergrund erweist sich die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die Versicherte wäre ohne Gesundheitsschaden bereits in dem Moment, in welchem sie zu ihrem erwerblichen Status befragt worden war (September 2005), einer 80%igen Erwerbstätigkeit nachgegangen, als - für das Bundesgericht nicht verbindliche - fehlerhafte Feststellung im hievor genannten Sinne (vgl. E. 1.2.1 und 3.2). Vielmehr ist mit der Beschwerdeführerin als erstellt anzusehen, dass die Beschwerdegegnerin jedenfalls in jenem Zeitpunkt auch als Gesunde weiterhin ein ausserhäusliches Arbeitspensum von 50 % inne gehabt hätte. Erst für den Zeitraum nach Auszug der jüngsten Tochter aus dem elterlichen Heim (zwischen September 2005 und September 2006; vgl. Abklärungsbericht Haushalt vom 15. November 2005, S. 4 oben; Eingabe der Versicherten zuhanden der IV-Stelle vom 4. September 2006, S. 4 unten und S. 6 oben) bestehen, wie das kantonale Gericht einlässlich und in Anbetracht der beruflichen Biographie der Beschwerdegegnerin nachvollziehbar dargelegt hat, gewichtige Anhaltspunkte dafür, dass die bisherige Halbtagesstelle auf ein 80 %-Pensum aufgestockt worden wäre oder die Versicherte sich in diesem erweiterten Umfang eine berufliche Beschäftigung gesucht hätte. Es ist mithin von einem (hypothetischen) Beschäftigungsgrad bis zum Auszug der jüngsten Tochter aus dem Elternhaus von 50 % und ab diesem Zeitpunkt von einem solchen von 80 % auszugehen. Die Invaliditätsbemessung hat folglich nach der gemischten Methode zu erfolgen.
4. Zu beurteilen sind alsdann die erwerblichen Auswirkungen der - vorinstanzlich auf 70 % festgesetzten und nach Lage der medizinischen Akten, namentlich der gutachterlichen Ausführungen der Ärzte der Klinik V._ vom 15. Februar 2006, seitens der Parteien zu Recht unbeanstandet gebliebenen - Leistungsverminderung. Dem hierfür vorzunehmenden Einkommensvergleich sind mit dem kantonalen Gericht, da diesbezüglich der Zeitpunkt des potentiellen Rentenbeginns relevant ist (SVR 2003 IV Nr. 11 S. 31, E. 3.1.1 und 3.1.2, je mit Hinweisen, I 761/01), in Anbetracht einer seit September 2004 bestehenden durchschnittlichen Arbeitsunfähigkeit von mindestens 40 % die Einkommensverhältnisse des Jahres 2005 zu Grunde zu legen (altArt. 29 Abs. 1 lit. b IVG).
4.1 Die Beschwerdegegnerin hätte im Jahre 2004 als vollerwerbstätige medizinische Praxisassistentin bei ihrer letzten Arbeitsstelle (gemäss Bescheinigung vom 11. September 2004 [Fr. 4600.- x 13]) einen Verdienst von Fr. 59'800.- erwirtschaftet. Dieser hätte sich nominallohnbereinigt (2005: 0,6 %; 2006: 1,4 %; Die Volkswirtschaft, 7/8/2008, S. 91, Tabelle B10.2, Abschnitt "Unterrichtswesen, Gesundheits- und Sozialwesen, sonstige öffentliche Dienstleistungen, persönliche Dienstleistungen") in den Jahren 2005 auf Fr. 60'158.80 und 2006 auf Fr. 61'001.- belaufen. Für 2005 resultiert daraus ein Valideneinkommen auf der Basis eines im Gesundheitsfall zu 50 % ausgeübten Arbeitspensums von Fr. 30'079.40 bzw., sofern die mit dem Auszug der jüngsten Tochter aus dem Elternhaus verbundene Steigerung des Pensums auf 80 % (vgl. E. 3.2.2 hievor) bereits für 2005 anzunehmen ist, ein solches von Fr. 48'127.-. Im Jahre 2006 beträgt der hypothetische Validenverdienst Fr. 30'500.50 (50%ige Erwerbstätigkeit) bzw. Fr. 48'800.80 (80%ige Erwerbstätigkeit).
4.2 Für die Festsetzung des Invalideneinkommens ist sodann primär von der beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, in welcher die versicherte Person konkret steht. Übt sie nach Eintritt der Invalidität keine Erwerbstätigkeit mehr aus, wie im hier zu beurteilenden Fall, so werden rechtsprechungsgemäss die Tabellenlöhne der LSE herangezogen (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen). Das vorinstanzliche Abstellen auf die im Rahmen der zuletzt bis Ende August 2004 ausgeübten Tätigkeit als medizinische Praxisassistentin erzielten Verdienste erweist sich im vorliegenden Zusammenhang mangels der hierfür erforderlichen Voraussetzungen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475) als nicht sachgerecht und ist als frei überprüfbare Rechtsfrage (E. 1.2.2 in fine hievor) zu berichtigen.
4.2.1 Da der Beschwerdegegnerin ihre bisherige berufliche Beschäftigung als medizinische Praxisassistentin aus ärztlicher Sicht (vgl. Gutachten der Klinik V._ vom 15. Februar 2006, S. 15 ff.) grundsätzlich weiterhin, wenn auch mit gewissen Einschränkungen (Schwerpunkt im administrativ-organisatorischen Bereich [weniger direkter Patientenkontakt], bevorzugt in den Morgenstunden, stressfrei, bedarfsweise Pausen, keine oder wenige feinmotorisch anspruchsvolle Verrichtungen wie etwa dauerndes Maschinenschreiben), im Umfang von 30 % zumutbar ist, rechtfertigt es sich, dem Invalideneinkommen den monatlichen Bruttolohn (Zentralwert, Privater Sektor) des Wirtschaftszweigs 85 "Gesundheits- und Sozialwesen" gemäss Tabelle TA1 der LSE 2004 (S. 53) von Fr. 5404.- zugrunde zu legen (Frauen, Anforderungsniveau 3 [Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt]). In Berücksichtigung eines 30%igen Arbeitspensums, einer betriebsüblichen wöchentlichen Arbeitszeit im Jahre 2005 von 41,5 Stunden (Die Volkswirtschaft, a.a.O., S. 90, Tabelle B9.2, Abschnitt N [Gesundheits- und Sozialwesen]) sowie einer Nominallohnerhöhung von 0,6 % (vgl. E. 4.1 hievor) ergibt sich daraus ein jährliches Einkommen von Fr. 20'305.-. Für 2006 ist gestützt auf die LSE 2006 (Fr. 5475.- [Tabelle TA1, S. 25, Wirtschaftszweig "Gesundheits- und Sozialwesen", Anforderungsniveau 3, Frauen]) in Anbetracht einer durchschnittlichen Wochenarbeitszeit von ebenfalls 41,5 Stunden (Die Volkswirtschaft, a.a.O.) von einem Einkommen von Fr. 20'449.125 auszugehen.
4.2.2 Ob hievon, wie vom kantonalen Gericht bejaht, ein Abzug nach Massgabe der in <ref-ruling> festgehaltenen Grundsätze vorzunehmen ist, beschlägt eine - frei überprüfbare - Frage rechtlicher Natur (E. 1.2.2 in fine hievor).
4.2.2.1 Der Abzug hat nicht automatisch, sondern dann zu erfolgen, wenn im Einzelfall Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die versicherte Person wegen eines oder mehrerer Faktoren (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad) ihre gesundheitlich bedingte (Rest-)Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt nurmehr mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann. Bei der Bestimmung der Höhe des Abzugs vom Tabellenlohn ist sodann nicht in der Weise vorzugehen, dass für jedes in Betracht fallende Merkmal separat eine Reduktion vorgenommen wird, weil damit Wechselwirkungen ausgeblendet würden. Vielmehr ist der Einfluss aller Faktoren auf das Invalideneinkommen unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen. Dabei ist der Abzug auf insgesamt höchstens 25 % zu begrenzen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 327 f.; <ref-ruling> E. 5b/aa-cc S. 79 f.; AHI 2002 S. 62, E. 4b/cc, I 82/01).
4.2.2.2 Aus Tabelle T6* der LSE 2004 (S. 25) erhellt, dass der Zentralwert einer zu 30 % ausgeübten Tätigkeit im hier relevanten Arbeitssegment (Anforderungsniveau 3, Frauen) proportional doch erheblich, nämlich rund 9 %, unter dem einer entsprechenden 80%igen Beschäftigung liegt und die im Rahmen eines Anstellungsgrades von 50 % ausgeführte Arbeit durchschnittlich ebenfalls deutlich besser entlöhnt wird (vgl. auch Tabelle T2* der LSE 2006, S. 16, welche ein vergleichbares Bild wiedergibt). Die medizinischen Akten belegen zudem anschaulich (vgl. E. 4.2.1 hievor), dass auch bei Ausübung eines der Beschwerdegegnerin grundsätzlich noch zumutbaren 30 %-Pensums als medizinische Praxisassistentin zusätzliche, krankheitsbedingte Einschränkungen bestehen, auf Grund derer gegenüber gesunden Arbeitnehmerinnen Lohnnachteile zu gewärtigen sind. Vor diesem Hintergrund rechtfertigt sich der vom kantonalen Gericht vorgenommene Leidensabzug sowohl dem Grundsatze nach wie auch in Bezug auf seine Höhe (15 %). Das Invalideneinkommen beläuft sich daher für das Jahr 2005 auf Fr. 17'259.25 und für 2006 auf Fr. 17'381.80.
4.3 Aus der Gegenüberstellung von Validen- (2005: Fr. 30'079.40 [50 %-Pensum] bzw. Fr. 48'127.- [80 %-Pensum]; 2006: Fr. 30'500.50 [50 %-Pensum]) bzw. Fr. 48'800.80 [80 %-Pensum]) und Invalideneinkommen (2005: Fr. 17'259.25; 2006: Fr. 17'381.80) resultiert eine Erwerbsunfähigkeit für 2005 von 42,62 % (50 %-Validenpensum) bzw. 64,14 % (80 %-Validenpensum) und für 2006 eine solche von 43 % (50 %-Validenpensum) bzw. 64,38 % (80 %-Validenpensum).
5. 5.1 Gestützt auf die Ergebnisse des Abklärungsberichts Haushalt vom 15. November 2005 hat die Beschwerdeführerin die Behinderung in der Verrichtung der häuslichen Tätigkeiten mit 24,5 % veranschlagt. Die Vorinstanz stuft demgegenüber eine solche von 51,26 % als sachgerecht ein. Sie beruft sich dabei darauf, dass die Beschwerdegegnerin gemäss eigener Aussage anlässlich der Erhebungen im Haushalt eine Mithilfe des Ehemannes von fünf Stunden wöchentlich angegeben habe. Da eine darüber hinausgehende Unterstützung auch von Seiten der IV-Stelle, welche von einer entsprechenden Mitarbeit im Rahmen von 30 bis 45 Minuten täglich durch die Familienangehörigen ausgehe (Abklärungsbericht Haushalt vom 15. November 2005, zu Ziff. 6.7), nicht als zumutbar erachtet werde, gehe es nicht an, die Angaben der Versicherten zur ihr krankheitsbedingt noch möglichen häuslichen Leistungsfähigkeit zusätzlich unter dem Titel der schadenmindernden Vorkehren durch Familienmitglieder zu reduzieren. Vielmehr beinhalte diese Einschätzung bereits auch die Unterstützung durch den Ehegatten bzw. könne die von ihr noch als realisierbar beurteilte Verrichtung im Haushalt nur mit Hilfe des Ehemannes erreicht werden.
5.2 5.2.1 Bei im Haushalt tätigen Versicherten ist davon auszugehen, dass einer leistungsansprechenden Person im Rahmen der Schadenminderungspflicht Massnahmen zuzumuten sind, die ein vernünftiger Mensch in der gleichen Lage ergreifen würde, wenn er keinerlei Entschädigung zu erwarten hätte. Für die im Haushalt tätigen Versicherten bedeutet dies, dass sie Verhaltensweisen zu entwickeln haben, welche die Auswirkungen der Behinderung im hauswirtschaftlichen Bereich reduzieren und ihnen eine möglichst vollständige und unabhängige Erledigung der Haushaltsarbeiten ermöglichen. Kann die versicherte Person wegen ihrer Behinderung gewisse Haushaltsarbeiten nur noch mühsam und mit viel höherem Zeitaufwand erledigen, so muss sie in erster Linie ihre Arbeit einteilen und in üblichem Umfang die Mithilfe von Familienangehörigen in Anspruch nehmen. Ein invaliditätsbedingter Ausfall darf bei im Haushalt tätigen Personen nur insoweit angenommen werden, als die Aufgaben, welche nicht mehr erfüllt werden können, durch Drittpersonen gegen Entlöhnung oder durch Angehörige verrichtet werden, denen dadurch nachgewiesenermassen eine Erwerbseinbusse oder doch eine unverhältnismässige Belastung entsteht. Die im Rahmen der Invaliditätsbemessung bei einer Hausfrau zu berücksichtigende Mithilfe von Familienangehörigen geht daher weiter als die ohne Gesundheitsschädigung üblicherweise zu erwartende Unterstützung. Geht es um die Mitarbeit von Familienangehörigen, ist danach zu fragen, wie sich eine vernünftige Familiengemeinschaft einrichten würde, wenn keine Versicherungsleistungen zu erwarten wären (<ref-ruling> E. 4.2 S. 509 f. mit diversen Hinweisen).
5.2.2
5.2.2.1 Im Rahmen der Ermittlung der Leistungseinschränkung im Bereich "Ernährung" gab die Versicherte gemäss Abklärungsbericht Haushalt vom 15. November 2005 u.a. an, sie benötige aktuell für die Zubereitung einer Mahlzeit zeitlich rund die "Hälfte länger" als früher. Daraus schliesst das kantonale Gericht auf eine Beeinträchtigung von mindestens 40 % anstelle der ermittelten 25 %. Ob sich diese Einschätzung als sachgerecht erweist, braucht, wie sich aus den nachstehenden Erwägungen ergibt, nicht abschliessend beurteilt zu werden.
5.2.2.2 Hinsichtlich der "Wohnungspflege" erläuterte die Beschwerdegegnerin, sie sei in der Lage, noch ca. 50 % dieser Arbeiten selber zu erledigen. Entgegen der vom kantonalen Gericht vertretenen Auffassung kann aus dieser Äusserung nicht geschlossen werden, dass die in den Teilbereichen Wechseln der Bettwäsche sowie Fenster- und Grossreinigung als erforderlich deklarierte Mithilfe des Ehemannes darin bereits enthalten sein soll. Vielmehr ist diese in einer gesamtheitlichen Betrachtungsweise dahingehend zu interpretieren, dass die Versicherte noch rund die Hälfte der anstehenden Tätigkeiten im Bereich Wohnungspflege selber zu verrichten imstande ist, während es für die verbleibenden Arbeiten der Unterstützung ihres Ehemannes bedarf. Vor diesem Hintergrund erscheint die von der Verwaltung auf 10 % veranschlagte Behinderung zwar als am unteren Limit liegend und setzt eine relativ extensive Mithilfe durch die Familienangehörigen, in casu des vollzeittätigen Ehemannes, voraus; sie trägt den konkreten Gegebenheiten indes gesamthaft besser Rechnung als die - zumutbare schadenmindernde Massnahmen des Ehemannes vollkommen ausklammernde - vorinstanzliche Annahme einer Einschränkung von 50 %.
5.2.2.3 Gleiches hat in Bezug auf den haushaltlichen Sektor "Einkauf und weitere Besorgungen" zu gelten, ist die Versicherte hier doch lediglich im Rahmen von Grosseinkäufen beeinträchtigt, bei welchen die Begleitung durch den Ehemann, da wohl im Regelfall einmal wöchentlich am Wochenende stattfindend, den Bereich des Zumutbaren nicht sprengt. Es hat somit bei der von der IV-Abklärungsperson auf 10 % festgesetzten Leistungsverminderung sein Bewenden.
5.2.2.4 Bezüglich des Haushaltsbereichs "Verschiedenes" ist die Beschwerdegegnerin, wie aus dem Bericht vom 15. November 2005 hervorgeht (vgl. Ziff. 6.7), zu 50 % in ihrer Leistungsfähigkeit reduziert. Dieser Wert beruht aber wiederum - entgegen der vorinstanzlichen Sichtweise - auf einer Einschätzung, welche die dem Ehemann obliegende Mithilfe ausser Acht lässt. Wird diese ebenfalls berücksichtigt, erscheint die seitens der Verwaltung mit 30 % eingestufte Einschränkung den Verhältnissen angemessen. Selbst wenn dieser Ansatz im Übrigen um 10 % erhöht würde, um auch etwaige Beeinträchtigungen in der vor dem Umzug erforderlichen Gartenpflege abzugelten, änderte dies, wie noch aufzuzeigen ist, nichts am Ergebnis.
5.2.3 Die Feststellungen des kantonalen Gerichts zur Einschränkung namentlich in den Teilbereichen "Wohnungspflege", "Einkauf und andere Besorgungen" sowie "Verschiedenes" sind nach dem Gesagten nicht nach Massgabe der im Rahmen der Schadenminderungspflicht zu berücksichtigenden Mithilfe von Familienangehörigen im hiervor zitierten Sinne erfolgt, weshalb darauf nicht abgestellt werden kann. Die Behinderung auf dem Gebiete der Haushaltsverrichtungen beläuft sich somit - in Beachtung der in E. 5.2.2.1 und 5.2.2.4 aufgeführten Höchstwerte - auf maximal 32,1 % ("Haushaltführung": 0 %; "Ernährung": 9,56 % [statt 6 %]; "Wohnungspflege": 1,2 %; "Einkauf und weitere Besorgungen": 0,6 %; "Wäsche und Kleiderpflege": 4,7 %; "Betreuung von Kindern oder anderen Familienangehörigen": 0 %; "Verschiedenes": 16,04 % [statt 12 %]).
5.3 Für die Phase bis zum Auszug der jüngsten Tochter aus dem Elternhaus (und dem damit auch ohne gesundheitliche Probleme verbundenen 50 %-Erwerbspensum der Versicherten), wobei der genaue Zeitpunkt noch durch die Beschwerdeführerin zu eruieren sein wird, beträgt die Invalidität gewichtet rentenausschliessende 37 oder 38 % (2005: [0,5 x 42,62 %] + [0,5 x 32,1 %]; 2006: [0,5 x 43 %] + [0,5 x 32,1 %]; zu den Rundungsregeln: <ref-ruling>). Ab diesem Zeitpunkt - einhergehend mit der Aufstockung der ausserhäuslichen Arbeitstätigkeit auf 80 % (zum Moment der revisionsrechtlich bedeutsamen prozentualen Erweiterung des Erwerbspensums im Validitätsfall: Urteil I 599/05 vom 6. Februar 2006, E. 5.2.3 mit Hinweisen) - ist alsdann ein Invaliditätsgrad von 58 % (2005: [0,8 x 64,14 %] + [0,2 x 32,1 %]; 2006: [0,8 x 64,38 %] + [0,2 x 32,1 %]) zu verzeichnen, welcher Anspruch auf eine halbe Invalidenrente begründet.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Gerichtskosten je hälftig den Parteien auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Der anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin steht ferner eine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 3. April 2008 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 16. Oktober 2006 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle des Kantons St. Gallen zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und den Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Invalidenrente festsetze. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin je Fr. 250.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1250.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, der Ausgleichskasse des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Oktober 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Fleischanderl