Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 10. September 2007 sprach das Kantonsgericht St. Gallen Y._ zweitinstanzlich der mehrfachen Veruntreuung (<ref-law>), der ungetreuen Geschäftsbesorgung (<ref-law>) und der Misswirtschaft (<ref-law>) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 14 Monaten. Zudem schützte das Gericht Zivilforderungen im Gesamtbetrag von Fr. 1'971'194.55; die weiteren Zivilforderungen verwies es auf den Zivilweg.
B. Y._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 10. September 2007 sei aufzuheben, und er sei freizusprechen. Die Zivilforderungen seien abzuweisen, eventualiter auf den Zivilweg zu verweisen. Eventualiter sei das Verfahren zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Schliesslich beantragt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen hat eine Vernehmlassung zur Beschwerde eingereicht, ohne jedoch einen ausdrücklichen Antrag zu stellen. Das Kantonsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Strafsachen ist zulässig, soweit sie sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (Art. 90 und 95 BGG) in Strafsachen (<ref-law>) richtet.
2. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
2.1 Die Ab._ AG, gegründet am 27. Oktober 1987, war Betreiberin eines Alters- und Pflegeheims in St. Gallen. Die Gesellschaft erwirtschaftete jährlich Verluste von rund Fr. 500'000.--. Ende 2001 belief sich der Verlustvortrag auf insgesamt Fr. 11'455'463.41. Für die Verluste kam jeweils die alleinige Gesellschafterin der Ab._ AG, die Ba._ GmbH, auf. Die für drohende Verluste der Ab._ AG per 31. Dezember 2001 geschaffenen Rückstellungen betrugen Fr. 2'300'375.--. Diese wurden gebildet, indem sich die Ba._ GmbH und die Ab._ AG gegenseitig Darlehen in der Höhe von Fr. 2'850'000.-- gewährten und die Ba._ GmbH das Darlehen an die Ab._ AG dem Rangrücktritt unterstellte. Die B._ AG & Co. KGaA als Alleingesellschafterin der Ba._ GmbH haftete zudem solidarisch für alle aus dem Mietvertrag zwischen der Ab._ AG und V._ als Vermieterin der Räumlichkeiten des Alters- und Pflegeheims resultierenden Verpflichtungen. Ausserdem garantierte Ba._ mit einer Patronatserklärung persönlich dafür, dass die Ab._ AG im Geschäftsjahr 2002 jederzeit mit ausreichend flüssigen Mitteln und Kapital ausgestattet wurde.
2.2 Mit Anteilskauf- und Abtretungsvertrag vom 30. Oktober 2002 verkaufte die Ba._ GmbH die Ab._ AG für Fr. 1.-- an die C._ AG. Die C._ AG war gemäss Vereinbarung mit dem Beschwerdeführer beauftragt, die Aktien der Ab._ AG in eigenem Namen, aber auf Rechnung und Risiko des Beschwerdeführers treuhänderisch zu halten. Dieser setzte X._ als ihm gegenüber weisungsgebundenen Verwaltungsrat der Ab._ AG ein. Während somit der Beschwerdeführer als weisungsberechtigter Inhaber der Gesellschaft wirkte, fungierte der formelle Verwaltungsratspräsident X._ als dessen Strohmann.
Gleichzeitig mit dem Vertrag vom 30. Oktober 2002 trat die C._ AG in alle Rechte und Pflichten der Ba._ GmbH ein. Die Patronatserklärung von Ba._ wurde aufgehoben. Per 31. Oktober 2002 standen dem Verlustvortrag von Fr. 11'455'463.41 ein Aktienkapital von Fr. 700'000.-- und ein Passivdarlehen der C._ AG von insgesamt Fr. 10'779'386.97 gegenüber, was einen positiven Saldo von Fr. 23'923.56 ergab. Das Aktivdarlehen der Ab._ AG von Fr. 2'850'000.-- gegenüber der Ba._ GmbH schuldete nach dem Kauf die C._ AG. Dieses Darlehen von nunmehr Fr. 2'800'000.-- war jedoch ohne wirtschaftlichen Wert, da das einzige Aktivum der C._ AG in der Ab._ AG bestand. Wird dieser Umstand durch eine Wertberichtigung berücksichtigt, resultiert ein negativer Saldo von Fr. 475'701.44 (Saldo von Fr. 23'923.56 zuzüglich Rückstellungen von Fr. 2'300'375.-- abzüglich die Abschreibung des Aktivdarlehens von Fr. 2'800'000.--). Die Ab._ AG war damit seit dem Übergang des Eigentums der Aktien an die C._ AG bzw. an den Beschwerdeführer überschuldet.
2.3 Bereits vor dem Verkauf an die C._ AG hatte die Ab._ AG mit den Bewohnern des Alters- und Pflegeheims Mietverträge abgeschlossen, welche ausdrücklich die Leistung eines Depots durch die Mieter beinhalteten, oder aber vorsahen, dass "Wohnrechtsdarlehen" zu leisten seien. Am 8. Januar 2003 eröffnete die Ab._ AG, nunmehr unter der Führung des Beschwerdeführers, ein Konto bei der Bank D._, auf welches die Ba._ GmbH in der Folge Fr. 268'414.05 an von den Bewohnern des Heims geleisteten Mietzinsdepots bzw. Wohnrechtsdarlehen überwies. Zwischen dem 20. und 22. Januar 2003 hob X._ auf Weisung des Beschwerdeführers insgesamt einen Betrag von Fr. 261'488.50 von diesem Konto ab, welcher in ein Klinikprojekt des Beschwerdeführers in München investiert wurde. Involviert in das Klinikprojekt waren die Ea._ AG, die Eb._ GmbH und die F._ GmbH. Der Beschwerdeführer war Eigentümer sämtlicher Aktien sowohl der Ea._ AG als auch der Eb._ GmbH.
2.4 In der Zeit vom 31. Januar 2003 bis zum 30. September 2003 gewährte die Ab._ AG handelnd durch X._ als Verwaltungsrat auf Weisung des Beschwerdeführers ungesicherte Darlehen mit einer Laufzeit von jeweils 2 Jahren an die Ea._ AG in der Höhe von Fr. 305'000.--, an die Eb._ GmbH über Fr. 758'040.55 und an die F._ GmbH im Betrag von Fr. 148'545.--, wobei der Beschwerdeführer die Darlehensverträge als Darlehensnehmer unterzeichnete. Weiter tätigte der Beschwerdeführer einen Barbezug von Fr. 3'000.--, worüber jedoch kein schriftlicher Darlehensvertrag existiert. Diese Überweisungen waren trotz der prekären finanziellen Situation der Ab._ AG möglich, weil diese seit dem Eigentumsübergang auf Anweisung des Beschwerdeführers keine Zahlungen mehr an die Vermieterin V._ leistete. Der Mietzinsausstand belief sich per 30. September 2003 auf Fr. 1'465'170.85.
2.5 Nach Schwierigkeiten mit der Auszahlung der Löhne der Belegschaft der Ab._ AG im September 2003 reichten Mitarbeitende am 10. Oktober 2003 Strafklage ein und stellten am 15. Oktober 2003 ein Begehren um Eröffnung des Konkurses über die Ab._ AG. Der Konkurs wurde mit Entscheid vom 14. November 2003 eröffnet; die hiergegen erhobenen Rechtsmittel wurden abgewiesen. Der per 31. Dezember 2003 auf Fr. 1'761'480.60 angewachsene Mietzinsausstand und alle weiteren aus dem Mietvertrag entstandenen Verpflichtungen (Anwalts- und Betreibungskosten von insgesamt Fr. 109'882.85) wurden von der solidarisch haftenden B._ AG & Co. KGaA beglichen.
3. Gestützt auf diesen Sachverhalt wird dem Beschwerdeführer als Alleinaktionär und funktioneller Geschäftsführer der Ab._ AG zusammenfassend folgendes angelastet:
3.1 Dem Beschwerdeführer wird erstens vorgeworfen, er habe den Tatbestand der Veruntreuung erfüllt, indem er in Mittäterschaft mit X._ Gelder in der Höhe von Fr. 261'488.50, welche von den Bewohnern des von der Ab._ AG geführten Alters- und Pflegeheims als Depots oder als "Wohnrechtsdarlehen" geleistet worden waren, zwischen dem 20. und 22. Januar 2003 von einem eigens für Mieterzahlungen eingerichteten Konto bei der Bank D._ abhob und zweckwidrig zugunsten seines Klinikprojekts in München verwendete (vgl. nachfolgend E. 5).
3.2 Dem Beschwerdeführer wird zweitens angelastet, als wirtschaftlich Berechtigter der Ab._ AG in Mittäterschaft mit X._ der Ea._ AG, der Eb._ GmbH und der F._ GmbH zwischen dem 31. Januar und dem 30. September 2003 Darlehen mit einer Laufzeit von zwei Jahren in der Höhe von insgesamt Fr. 1'214'585.55 ausbezahlt zu haben, ohne hierfür irgendwelche Sicherheiten verlangt zu haben. Durch diese Darlehen sei die Liquiditätssituation der Ab._ AG drastisch verschärft worden. Mit seinem Verhalten habe sich der Beschwerdeführer der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gemacht (vgl. nachfolgend E. 6).
3.3 Dem Beschwerdeführer wird drittens zum Vorwurf gemacht, in Mittäterschaft mit X._ den Tatbestand der Misswirtschaft durch leichtsinnige Kreditvergabe erfüllt zu haben, indem er trotz Überschuldung der Ab._ AG die erwähnten Darlehen (vgl. E. 3.2 hiervor) gewährt habe, obwohl hierfür kein geschäftsmässiger Anlass bestanden habe (vgl. nachfolgend E. 7).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt vorab in prozessualer Hinsicht einen Verstoss gegen <ref-law> und gegen das kantonale Prozessrecht (Art. 28 Abs. 2 StPO/SG), da die Vorinstanz das Strafverfahren gegen den mitbeteiligten Geschäftsführer der Ab._ AG G._ vorläufig eingestellt habe. Strafbare Handlungen mehrerer Personen, welche als Mittäter, Anstifter oder Gehilfen gehandelt hätten, seien gemeinsam zu beurteilen, falls nicht ausnahmsweise eine Trennung zweckmässig sei. Vorliegend fehle es an einem sachlichen Grund für eine vorläufige Einstellung des Strafverfahrens gegen G._ (Beschwerde S. 6/7).
4.2 Die Vorinstanz hat erwogen, es liege nicht am Sachgericht zu entscheiden, ob das Verfahren gegen einen möglichen Mittäter zu Recht vorläufig eingestellt worden sei. Der Beschwerdeführer hätte vielmehr gegebenenfalls bei der Anklagekammer einen Antrag auf Weiterführung der Strafuntersuchung gegen G._ stellen können. Eine Rückweisung der Strafsache an die Untersuchungsbehörde sei nicht angezeigt (angefochtenes Urteil S. 5/6).
4.3 <ref-law> hält fest, dass zur Verfolgung und Beurteilung der Anstifter und Gehilfen die Behörden zuständig sind, denen die Verfolgung und Beurteilung des Täters obliegt.
Art. 28 Abs. 2 StPO/SG statuiert, dass strafbare Handlungen mehrerer Personen, die als Mittäter, Anstifter oder Gehilfen handelten, gemeinsam untersucht und beurteilt werden, wenn nicht ausnahmsweise eine Trennung zweckmässig erscheint.
Art. 28 Abs. 2 StPO/SG räumt den Untersuchungsbehörden mithin einen Ermessensspielraum ein, indem es die Verfahrenstrennung aus Zweckmässigkeitsgründen ausdrücklich erlaubt. Diese Regelung steht in Einklang mit <ref-law>, lässt sich doch aus dieser Bestimmung entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kein unbedingter Anspruch auf Beurteilung im gleichen Verfahren ableiten.
4.4 Gestützt auf Art. 230 Abs. 1 lit. l StPO/SG kann gegen Einstellungsverfügungen Beschwerde an die Anklagekammer erhoben werden, wobei sich die Legitimation nach der allgemeinen Bestimmung von Art. 222 StPO/SG richtet. Gemäss Art. 222 Abs. 1 lit. d StPO/SG ist jede am Verfahren beteiligte Person, die in ihren Rechten unmittelbar betroffen ist, zur Einlegung eines Rechtsmittels berechtigt.
Das Verfahren gegen G._ wurde am 2. Dezember 2003 vorläufig eingestellt mit der Begründung, die Verfahren gegen den Beschwerdeführer und gegen X._ seien von präjudizieller Bedeutung (vgl. Art. 190 Abs. 1 lit. d StPO/SG). Vorliegend braucht nicht entschieden zu werden, ob der Beschwerdeführer zur Beschwerde gemäss Art. 230 Abs. 1 lit. l StPO/SG legitimiert gewesen wäre, um zu rügen, das Verfahren gegen G._ sei unter Verstoss gegen Art. 28 Abs. 2 StPO vorläufig eingestellt worden. Jedenfalls stand ihm auf kantonaler Ebene kein anderes Rechtsmittel offen. Die vorläufige Einstellung des Strafverfahrens gegen G._ bildete nicht Gegenstand des erstinstanzlichen Prozesses, weshalb sich der Beschwerdeführer hiergegen auch nicht mit Berufung an die Vorinstanz zur Wehr setzen konnte.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, seine Verurteilung wegen Veruntreuung verletze Bundesrecht. Bezüglich den von den Bewohnern des Altersheims geleisteten Depots und Wohnrechtsdarlehen, welche zugunsten seines Klinikprojekts in München eingesetzt worden seien, sei keine Werterhaltungspflicht vereinbart worden. Damit sei bereits der objektive Tatbestand der Veruntreuung nicht erfüllt. Mangels Wissen um eine allfällige Werterhaltungspflicht könne ihm des Weiteren kein vorsätzliches Handeln angelastet werden, so dass auch der subjektive Tatbestand der Veruntreuung zu verneinen sei (Beschwerde S. 7/8).
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, es habe sowohl bezüglich der Depots als auch betreffend den Wohnrechtsdarlehen eine Werterhaltungspflicht bestanden. Die Beträge seien dem Beschwerdeführer daher im Sinne von <ref-law> anvertraut gewesen. Der Beschwerdeführer habe um diese Werterhaltungspflicht gewusst. Er habe vorsätzlich und in Bereicherungsabsicht gehandelt (angefochtenes Urteil S. 7-11).
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, es habe sowohl bezüglich der Depots als auch betreffend den Wohnrechtsdarlehen eine Werterhaltungspflicht bestanden. Die Beträge seien dem Beschwerdeführer daher im Sinne von <ref-law> anvertraut gewesen. Der Beschwerdeführer habe um diese Werterhaltungspflicht gewusst. Er habe vorsätzlich und in Bereicherungsabsicht gehandelt (angefochtenes Urteil S. 7-11).
5.3 5.3.1 Gemäss <ref-law> wird wegen Veruntreuung mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder mit Geldstrafe bestraft, wer ihm anvertraute Vermögenswerte unrechtmässig in seinem oder eines anderen Nutzen verwendet (Delikt gegen den Vermögenswert). Die tatbestandsmässige Handlung besteht bei der Veruntreuung von Vermögenswerten in einem Verhalten, durch welches der Täter eindeutig seinen Willen bekundet, den obligatorischen Anspruch des Treugebers zu vereiteln (<ref-ruling> E. 6.1.1; <ref-ruling> E. 1c mit Hinweisen). Die Gefährdung der Verwirklichung des obligatorischen Anspruchs des Treugebers bedeutet für diesen einen Vermögensschaden. Mit dieser Form der Veruntreuung wurde ein Auffangtatbestand zur so genannten Gutsveruntreuung gemäss <ref-law> geschaffen, wonach sich strafbar macht, wer sich eine ihm anvertraute fremde bewegliche Sache in Bereicherungsabsicht aneignet. Die Tatbestandsvariante von Abs. 2 soll diejenigen Fälle erfassen, die Abs. 1 strukturell gleichwertig sind, bei denen jedoch aus zivilrechtlichen Gründen die Fremdheit der Sache nicht gegeben oder zweifelhaft ist. Forderungen und Buchgeld gelten als Vermögenswerte im Sinne von <ref-law> (Marcel A. Niggli/Christof Riedo, Basler Kommentar StGB II, 2. Aufl., 2007, <ref-law> N. 25 und N. 29).
5.3.2 Als anvertraut gilt, was jemand mit der Verpflichtung empfängt, es in bestimmter Weise im Interesse des Treugebers zu verwenden, insbesondere es zu verwahren, zu verwalten oder einem anderen abzuliefern. Eine solche Verpflichtung kann auf ausdrücklicher oder stillschweigender Abmachung beruhen. Das Anvertrautsein von Vermögenswerten setzt dabei voraus, dass der Treuhänder ohne Mitwirkung des Treugebers über diese verfügen kann, ihm mithin Zugriff auf das fremde Vermögen eingeräumt worden ist. Daneben ist erforderlich, dass das Empfangene dem Treuhänder wirtschaftlich fremd ist. Dies ist der Fall, wenn der Treuhänder verpflichtet ist, dem Treugeber dessen Wert ständig zu erhalten (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 6.2 mit Hinweisen).
5.3.3 Der subjektive Tatbestand erfordert Vorsatz und ein Handeln in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht (<ref-ruling> E. 2.2.1). Als Bereicherung gilt jede wirtschaftliche Besserstellung, auf die ihr Empfänger keinen Rechtsanspruch besitzt (<ref-ruling> E. 2b; Andreas Donatsch, Strafrecht III - Delikte gegen den Einzelnen, 9. Aufl., 2008, S. 85 ff.). In der Regel ist mit der Aneignung auch eine Bereicherung verbunden. Unrechtmässig ist die Bereicherung, wenn die Vermögensverschiebung vom Recht missbilligt wird. Keine unrechtmässige Bereicherung liegt deshalb vor, wenn sich der Täter für eine fällige Forderung Befriedigung verschafft. Da es um ein subjektives Tatbestandsmerkmal geht, genügt es, dass die Forderung zwar nicht tatsächlich, aber in der Vorstellung des Täters bestand (Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Aufl., 1997, N. 14 vor <ref-law>). An der Absicht unrechtmässiger Bereicherung kann es zudem fehlen, wenn der Täter Ersatzbereitschaft aufweist, d.h. wenn dieser den Willen und die Möglichkeit hatte, seine Treuepflicht zeitgerecht zu erfüllen (Niggli/Riedo, a.a.O., <ref-law> N. 109 ff.; Trechsel, a.a.O., <ref-law> N. 17). Nach der Rechtsprechung bereichert sich zusammenfassend unrechtmässig, wer die Vermögenswerte, die er dem Berechtigten jederzeit zur Verfügung zu halten hat, in seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, sie jederzeit sofort zu ersetzen (<ref-ruling> E. 6.1.2).
5.3.3 Der subjektive Tatbestand erfordert Vorsatz und ein Handeln in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht (<ref-ruling> E. 2.2.1). Als Bereicherung gilt jede wirtschaftliche Besserstellung, auf die ihr Empfänger keinen Rechtsanspruch besitzt (<ref-ruling> E. 2b; Andreas Donatsch, Strafrecht III - Delikte gegen den Einzelnen, 9. Aufl., 2008, S. 85 ff.). In der Regel ist mit der Aneignung auch eine Bereicherung verbunden. Unrechtmässig ist die Bereicherung, wenn die Vermögensverschiebung vom Recht missbilligt wird. Keine unrechtmässige Bereicherung liegt deshalb vor, wenn sich der Täter für eine fällige Forderung Befriedigung verschafft. Da es um ein subjektives Tatbestandsmerkmal geht, genügt es, dass die Forderung zwar nicht tatsächlich, aber in der Vorstellung des Täters bestand (Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Aufl., 1997, N. 14 vor <ref-law>). An der Absicht unrechtmässiger Bereicherung kann es zudem fehlen, wenn der Täter Ersatzbereitschaft aufweist, d.h. wenn dieser den Willen und die Möglichkeit hatte, seine Treuepflicht zeitgerecht zu erfüllen (Niggli/Riedo, a.a.O., <ref-law> N. 109 ff.; Trechsel, a.a.O., <ref-law> N. 17). Nach der Rechtsprechung bereichert sich zusammenfassend unrechtmässig, wer die Vermögenswerte, die er dem Berechtigten jederzeit zur Verfügung zu halten hat, in seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, sie jederzeit sofort zu ersetzen (<ref-ruling> E. 6.1.2).
5.4 5.4.1 Die Ab._ AG schloss mit den Bewohnern des von ihr betriebenen Alters- und Pflegeheims Mietverträge ab, die ausdrücklich das Leisten eines Depots durch die Mieter beinhalteten, oder vorsahen, dass "Wohnrechtsdarlehen" zu leisten seien. Da die Ab._ AG selber blosse Mieterin der Räumlichkeiten des Heims war, handelte es sich bei den Verträgen um Untermietverträge. Auf Untermietverträge finden grundsätzlich sämtliche Bestimmungen des Mietrechts (<ref-law>) Anwendung (David Lachat/Daniel Stoll/Andreas Brunner, Mietrecht, 6. Aufl., 2005, S. 415). Gemäss <ref-law> mit der Marginalie "Sicherheiten durch den Mieter" muss der Vermieter von Wohn- oder Geschäftsräumen vom Mieter in Geld oder Wertpapieren geleistete Sicherheiten bei einer Bank auf einem Sparkonto oder einem Depot, das auf den Namen des Mieters lautet, hinterlegen (<ref-law>). Bei der Miete von Wohnräumen darf der Vermieter höchstens drei Monatszinse als Sicherheit verlangen (<ref-law>). Diese Bestimmung ist zwingender Natur. Die Sicherheiten sind dem Vermögen des Mieters zuzurechnen; bei korrekter Hinterlegung werden diese im Konkurs des Vermieters nicht berührt.
5.4.2 Die von den Bewohnern des von der Ab._ AG betriebenen Alters- und Pflegeheims geleisteten Zahlungen sind als Sicherheiten im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Dies gilt nicht einzig für die ausdrücklich als Depots bezeichneten Einzahlungen, sondern ebenso für die als Wohnrechtsdarlehen eingenommenen Beträge. Die Laufzeit dieser Darlehen war auf die Dauer der Mietverträge beschränkt, und die Einzahlung hatte gemäss Vertrag auf ein eigenes Konto mit der Bezeichnung "Wohnrechtsdarlehen" zu erfolgen. Ferner wurde bestimmt, dass während der Laufzeit des Vertrags die Mindestsumme von drei monatlichen "Pensionspreisen" erhalten bleiben musste.
Die entrichteten Beträge waren dem Beschwerdeführer mithin anvertraut, da er diese mit der Verpflichtung empfing, sie im Interesse des Treugebers auf einem Sparkonto oder einem Depot zu hinterlegen. Indem der Beschwerdeführer als wirtschaftlich Berechtigter X._ anwies, den Betrag von Fr. 261'488.50 abzuheben und das Geld in sein Klinikprojekt in München zu investieren, verletzte er seine Werterhaltungspflicht. Der objektive Tatbestand der Veruntreuung ist damit zu bejahen.
5.4.3 Der Beschwerdeführer war sich vorliegend seiner Werterhaltungspflicht bewusst. In den allgemeinen Vertragsbedingungen zum Mietvertrag wurde die Ab._ AG als Vermieterin ausdrücklich dazu verpflichtet, von den Mietern geleistete Sicherheiten bei einer Bank auf einem Sparkonto oder einem Depot, welches auf den Namen des Mieters lautet, anzulegen. Die Ba._ GmbH als Verkäuferin der Ab._ AG vertrat explizit die Meinung, dass die von ihr auf das Konto der Ab._ AG überwiesenen Gelder als Kautionen anzusehen seien und auf einem zweckgebundenen Konto treuhänderisch verwaltet werden müssten (vgl. auch E. 2.3 hiervor). X._ bestätigte der Verkäuferin mit Schreiben vom 8. Januar 2003, dass das Konto bei der Bank D._ ausschliesslich für Mieterzahlungen eröffnet worden sei (vgl. angefochtenes Urteil S. 9/10).
Der Beschwerdeführer entzog der Ab._ AG finanzielle Mittel, obwohl er wusste, dass Rangrücktritte erfolgt waren und dass die Gesellschaft Verluste erwirtschaftete. Es hing mithin von der allgemeinen Liquidität der Ab._ AG ab, ob die Mieter befriedigt werden konnten. Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, musste dem Beschwerdeführer daher die Gefahr, dass die Gesellschaft die Sicherheiten allenfalls nicht an die Mieter zurückerstatten konnte, bewusst sein. Es fehlte ihm mithin an der die Strafbarkeit ausschliessenden Ersatzbereitschaft, die nicht nur den entsprechenden Willen beinhaltet, sondern auch eine jederzeitige Ersatzmöglichkeit voraussetzt.
Der Beschwerdeführer handelte damit vorsätzlich und, da er die Gelder in sein Klinikprojekt in München investierte, in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen seine Verurteilung wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung. Er sei davon ausgegangen, dass die Ab._ AG rasch in die Gewinnzone geführt werden könne und dass die B._-Gruppe aufgrund des gleichzeitig mit dem Anteils- und Abtretungsvertrag am 30. Oktober 2002 abgeschlossenen "Side-Letters" weiterhin für die Ab._ AG garantiere. Er habe deshalb aufgrund der Gesamtumstände geschlossen, diese könne sich die Darlehensgewährung leisten. Der subjektive Tatbestand sei daher nicht erfüllt, denn er habe weder (eventual-)vorsätzlich, geschweige denn mit Bereicherungsabsicht gehandelt (Beschwerde S. 8-10).
6.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Darlehensgewährung an die Gesellschaften in München habe dazu geführt, dass der Beschwerdeführer der Ab._ AG überhaupt keine Mittel mehr belassen habe, um die fälligen Mietzinse begleichen zu können. Dies stelle eine gegen alle Prinzipien ordnungsgemässer Geschäftsführung verstossende Pflichtverletzung dar. Der Beschwerdeführer habe eventualvorsätzlich und in Bereicherungsabsicht gehandelt (angefochtenes Urteil S. 12-28).
6.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Darlehensgewährung an die Gesellschaften in München habe dazu geführt, dass der Beschwerdeführer der Ab._ AG überhaupt keine Mittel mehr belassen habe, um die fälligen Mietzinse begleichen zu können. Dies stelle eine gegen alle Prinzipien ordnungsgemässer Geschäftsführung verstossende Pflichtverletzung dar. Der Beschwerdeführer habe eventualvorsätzlich und in Bereicherungsabsicht gehandelt (angefochtenes Urteil S. 12-28).
6.3 6.3.1 Nach dem sogenannten Treuebruchstatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung (<ref-law>) wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer aufgrund des Gesetzes oder eines Rechtsgeschäfts damit betraut ist, Vermögen eines andern zu verwalten oder eine solche Vermögensverwaltung zu beaufsichtigen, und dabei unter Verletzung seiner Pflichten bewirkt oder zulässt, dass der andere am Vermögen geschädigt wird. Handelt der Täter in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, kann auf Freiheitsstrafe von einem Jahr bis zu fünf Jahren erkannt werden (<ref-law>).
6.3.2 Täter kann sein, wer in tatsächlicher oder formell selbstständiger und verantwortlicher Stellung im Interesse eines andern für einen nicht unerheblichen Vermögenskomplex zu sorgen hat (Trechsel, a.a.O., <ref-law> N. 1). Nach herrschender Lehre und Praxis ist der Tatbestand des Treuebruchs namentlich auf selbstständige Geschäftsführer (sowie auf operationell leitende Organe) von juristischen Personen bzw. Kapitalgesellschaften anwendbar, unter Einschluss derjenigen, die unter Benutzung von Strohmännern die tatsächliche Leitung innehaben oder die sich als Strohmänner benutzen lassen (<ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> f.; Günter Stratenwerth/Guido Jenny, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I, 6. Aufl., 2003, §19 Rz. 10).
Zum Kreis der Haftpflichtigen gehören auch die materiellen Organe. Übt der Hauptaktionär durch Weisungen an die Verwaltung Macht aus, so ist ihm in funktioneller Betrachtungsweise eine Treuepflicht aufzuerlegen, die derjenigen der ordentlichen Exekutivorgane entspricht (Peter Forstmoser/Arthur Meier-Hayoz/Peter Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 37 N. 2 ff.).
6.3.3 Die Pflichtwahrnehmung bezüglich fremder Interessen muss den typischen und wesentlichen Inhalt des Rechtsverhältnisses bilden, und die verwalteten Vermögensinteressen müssen von einigem Gewicht sein. Der Inhalt der Treuepflicht des Geschäftsbesorgers ergibt sich aus dem jeweiligen Grundverhältnis und ist im Einzelfall näher zu konkretisieren. Massgebliche Basis sind insbesondere gesetzliche und vertragliche Bestimmungen, aber auch Statuten, Reglemente oder Beschlüsse der Generalversammlung, der Gesellschaftszweck oder branchenspezifische Usanzen. Die Treuepflicht der Organe von Gesellschaften besteht grundsätzlich gegenüber der Gesellschaft und nicht gegenüber den Aktionären, wobei es in erster Linie um Treuepflichten in Bezug auf das Vermögen als ganzes und nur sekundär um einzelne Handlungspflichten geht.
6.3.4 Ein Vermögensschaden ist gegeben bei tatsächlicher Schädigung durch Verminderung der Aktiven, Vermehrung der Passiven, Nichtverminderung der Passiven oder Nichtvermehrung der Aktiven sowie, wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert vermindert ist. Unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten vermindert ist das Vermögen dabei, wenn der Gefährdung im Rahmen einer sorgfältigen Bilanzierung durch Wertberichtigung oder Rückstellung Rechnung getragen werden muss (<ref-ruling> E. 3d mit Hinweisen; Marcel A. Niggli, Basler Kommentar StGB II, 2. Aufl., 2007, <ref-law> N. 114).
Zwischen der Verletzung der Treuepflicht und dem Vermögensschaden muss ein Kausalzusammenhang bestehen (Trechsel, a.a.O., <ref-law> N. 13). Tätigkeiten, die sich im Rahmen einer ordnungsgemässen Geschäftsführung bewegen, sind nicht tatbestandsmässig, auch wenn geschäftliche Dispositionen vielfach mit Verlustrisiken verbunden sind. Strafbar ist einzig das Eingehen von Risiken, die ein umsichtiger Geschäftsführer in derselben Situation nicht eingehen würde.
6.3.5 In subjektiver Hinsicht genügt Eventualvorsatz. Dieser muss sich auf Tatmittel, Erfolg und Kausalzusammenhang richten (Trechsel, a.a.O., <ref-law> N. 14). Als Qualifikationsgrund tritt, wie dargelegt, in Art. 158 Ziff. 3 das Handeln unter Bereicherungsabsicht hinzu.
6.3.5 In subjektiver Hinsicht genügt Eventualvorsatz. Dieser muss sich auf Tatmittel, Erfolg und Kausalzusammenhang richten (Trechsel, a.a.O., <ref-law> N. 14). Als Qualifikationsgrund tritt, wie dargelegt, in Art. 158 Ziff. 3 das Handeln unter Bereicherungsabsicht hinzu.
6.4 6.4.1 Als wirtschaftlich Berechtigter der Ab._ AG war der Beschwerdeführer verpflichtet, seine Aufgaben mit aller Sorgfalt zu erfüllen und die Interessen der Gesellschaft in guten Treuen zu wahren (<ref-law>), wobei insoweit ein objektivierter Sorgfaltsmassstab anzulegen und ein Wissensstand anzunehmen ist, den sorgfältige Mitglieder des Verwaltungsrats bei adäquater Organisation und Berichterstattung haben müssten. Ein besonders strenger Massstab gilt, wenn, wie im vorliegenden Fall, ein Interessenkonflikt vorliegt, bei welchem Mittel der Gesellschaft für eigene Interessen verwendet werden (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 36 N. 88).
6.4.2 Der Beschwerdeführer wies X._ an, drei an seinem Klinikprojekt in München beteiligten Gesellschaften Darlehen auszurichten, ohne hierfür eine adäquate Gegenleistung zu erhalten und ohne die Bonität der Darlehensnehmer näher zu überprüfen oder Sicherheiten zu verlangen. Die Anlage in das Klinikprojekt war sehr risikoreich, was sich letztlich im Scheitern des ganzen Projekts manifestierte. Zudem standen die Geschäfte in Widerspruch zum Gesellschaftszweck der Ab._ AG, welcher in der Beratung, Betreuung, Errichtung und dem Betrieb von Seniorenwohnheimen sowie der Beteiligung an solchen Heimen bestand. Der Beschwerdeführer entzog der Gesellschaft durch diese Geschäfte die Verfügbarkeit über ihr Aktienkapital. Mit einer Laufzeit von zwei Jahren gefährdeten die Darlehen die Liquidität und den Bestand der Ab._ AG, weil hierfür Mittel eingesetzt wurden, die für die Mietzinsschulden hätten verwendet werden müssen. Die Auszahlung führte im Ergebnis dazu, dass die Ab._ AG bis zum Konkurs, mithin über ein Jahr lang, keine Mieten mehr bezahlen konnte. Der Beschwerdeführer konnte sich im Übrigen nicht darauf verlassen, dass der Mietzins tatsächlich auf das von ihm gewünschte Mass von Fr. 1'200'000.-- gesenkt würde. Aber selbst wenn eine derartige Mietzinsreduktion erfolgt wäre, wäre die Ab._ AG nicht in der Lage gewesen, diese Zahlungen zu leisten.
Damit ging der Beschwerdeführer als Alleinaktionär und funktioneller Geschäftsführer im Ergebnis Risiken ein, die ein umsichtiger Geschäftsführer in derselben Situation nicht eingegangen wäre.
6.4.3 Durch das Scheitern des Klinikprojekts erlitt die Ab._ AG schliesslich einen definitiven Verlust, und der für die Erfüllung des Tatbestands notwendige Schaden ist ungeachtet der Tatsache, dass die Bezahlung der Mietzinse infolge der Solidarhaftung der B._ AG & Co. KGaA gegenüber der Vermieterin letztlich sichergestellt wurde, zu bejahen. Denn in erster Linie war die A._ AG verpflichtet, den Mietzins zu leisten, und die Solidarhaftung der B._ AG & Co. KGaA vermochte sie nicht davon zu befreien, die notwendige Liquidität zur Verfügung zu halten.
6.4.4 Nichts zu seinen Gunsten abzuleiten vermag der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang aus seinem Hinweis auf den "Side-Letter" zum Anteilskauf- und Abtretungsvertrag vom 30. Oktober 2002 zwischen der Ba._ GmbH und der C._ AG:
Nach Abschluss des Anteilskauf- und Abtretungsvertrags trat die Ba._ GmbH ihre Gesamtforderung gegenüber der Ab._ AG in der Höhe von Fr. 7'692'145.91 und Euro 793'115.10 nebst den daraus resultierenden Zinsansprüchen sowie einem gewährten Darlehen in der Höhe von Fr. 483'414.05 an die C._ AG ab. Diese verpflichtete sich zur Rückzahlung des Betrags. Mit einem gleichzeitig abgeschlossenen "Side-Letter" zwischen der Ba._ GmbH und der C._ AG wurden die Rückzahlungsbedingungen modifiziert, und die Ba._ GmbH erklärte sich unter bestimmten Voraussetzungen bereit, auf die Rückzahlung noch nicht getilgter Darlehensbeträge zu verzichten. Dieser "Side-Letter" zum Anteilskauf- und Abtretungsvertrag betrifft ausschliesslich das Schuldverhältnis zwischen der Ba._ GmbH und der C._ AG. Vereinbart wurde einzig, dass die Ba._ GmbH ihre Darlehen stehen lassen würde. Eine Haftung für Verpflichtungen der C._ AG gegenüber der Ab._ AG wurde jedoch nicht stipuliert.
6.5 In subjektiver Hinsicht war dem Beschwerdeführer bewusst, dass er als Alleinaktionär und funktioneller Geschäftsführer die Interessen der Ab._ AG zu wahren hatte, und dass die Übernahme von Schuldverpflichtungen ohne adäquate Gegenleistung gegen diese Pflicht verstiess. Das mit der Darlehensgewährung verbundene Risiko war für den Beschwerdeführer durchaus erkennbar, wusste er doch, dass es den am Klinikprojekt beteiligten Gesellschaften nicht gelungen war, andere Geldgeber zu finden. Denn um die Klinik in München fertig stellen zu können, wurde eine (weitere) Bankbürgschaft oder gleichwertige Sicherheiten über mindestens Euro 600'000.-- benötigt. Sowohl die Bank I._ als auch die Bank D._ AG in Frankfurt lehnten es jedoch ab, sich finanziell zu beteiligen. Ebenso wenig liessen sich private Investoren gewinnen.
Wie die Vorinstanz zusammenfassend zutreffend ausgeführt hat, musste sich dem Beschwerdeführer deshalb eine mögliche Schädigung der Ab._ AG durch das Verwenden der insbesondere für die Bezahlung der Mietzinse vorgesehenen Mittel zur Gewährung von Darlehen an im Ausland tätige Gesellschaften als so wahrscheinlich aufdrängen, dass sein Handeln nicht anders denn als Inkaufnahme des Erfolgs interpretiert werden kann.
Der Beschwerdeführer war an den in das Klinikprojekt in München involvierten Gesellschaften, welche die Darlehen der Ab._ AG ausgerichtet erhielten und sich hierdurch bereicherten, massgeblich beteiligt. Die Absicht unrechtmässiger Bereicherung ist damit erfüllt.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Verurteilung wegen Misswirtschaft verletze Bundesrecht, denn gemäss <ref-law>, der milder sei als <ref-law> a.F., würden nur besondere Pflichten, nicht jedoch besondere persönliche Merkmale der natürlichen Person zugerechnet. Demzufolge könne ihm auch die objektive Strafbarkeitsbedingung der Konkurseröffnung nicht zugerechnet werden (Beschwerde S. 10/11).
7.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Darlehensgewährung erfülle die Voraussetzungen der leichtsinnigen Kreditgewährung im Sinne von <ref-law>. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers würden objektive Strafbarkeitsbedingungen nicht die persönlichen Voraussetzungen eines Täters betreffen, welche eine Strafbarkeit begründen oder ausschliessen. Ob eine Zurechnung der Handlungen der Gesellschaft an die Organe erfolgen könne, müsse deshalb nur mit Bezug auf die objektiven und subjektiven Tatbestandsmerkmale geprüft werden (angefochtenes Urteil S. 29-33).
7.3 Gemäss <ref-law> wird der Schuldner, der durch Misswirtschaft, namentlich durch ungenügende Kapitalausstattung, unverhältnismässigen Aufwand, gewagte Spekulationen, leichtsinniges Gewähren oder Benützen von Kredit, Verschleudern von Vermögenswerten oder arge Nachlässigkeit in der Berufsausübung oder Vermögensverwaltung, seine Überschuldung herbeiführt oder verschlimmert, seine Zahlungsunfähigkeit herbeiführt oder im Bewusstsein seiner Zahlungsunfähigkeit seine Vermögenslage verschlimmert, mit Freiheitsstrafe bis zu 5 Jahren oder Geldstrafe bestraft, sofern über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist. Die Eröffnung des Konkurses ist objektive Strafbarkeitsbedingung (Alexander Brunner, Basler Kommentar StGB II, 2. Aufl., 2007, <ref-law> N. 11). Der subjektive Tatbestand fordert Vorsatz nur hinsichtlich der Bankrotthandlung, für die Vermögenseinbusse genügt grobe Fahrlässigkeit (Trechsel, a.a.O., <ref-law> N. 6).
7.4 Über die Ab._ AG wurde am 14. November 2003 der Konkurs eröffnet. Die objektive Strafbarkeitsbedingung ist damit erfüllt.
Objektive Strafbarkeitsbedingungen liegen ausserhalb des objektiven und subjektiven Tatbestands und gehören nicht zur Umschreibung des verbotswidrigen Verhaltens, sondern beschränken die Strafbarkeit aus Gründen der Praktikabilität. Es kommt allein auf ihr Vorliegen bzw. Nichtvorliegen an. Sie brauchen vom Vorsatz des Täters nicht erfasst zu sein (Andreas Donatsch/Brigitte Tag, Strafrecht I - Verbrechenslehre, 8. Aufl., 2006, S. 106).
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist <ref-law> gegenüber <ref-law> a.F. nicht milder. Mit der Einordnung von <ref-law> im allgemeinen Teil des Strafgesetzbuchs wurde die Organ- und Vertreterhaftung über die Vermögensdelikte hinaus auf alle Sonderdelikte ausgedehnt. Zudem weitet <ref-law> im Vergleich zur früheren Sonderbestimmung den Anwendungsbereich insoweit aus, als dass er zusätzliche Unternehmensformen aufzählt, sowie das Spektrum der natürlichen Personen, denen eine Sonderpflicht zugerechnet werden kann, breiter fasst. Dass <ref-law> anders als <ref-law> a.F. von "besonderen Pflichten" statt von "besonderen persönlichen Merkmalen" spricht, bedeutet in der Sache keine Änderung (Botschaft zur Änderung des StGB vom 21. September 1998, BBl 1999 II 1979, 2015; Philippe Weissenberger, Basler Kommentar StGB I, 2. Aufl., 2007, <ref-law> N. 3).
8. 8.1 Im Zivilpunkt macht der Beschwerdeführer geltend, die Ab._ AG sei bereits zum Zeitpunkt der Übernahme durch die C._ AG im Herbst 2002 überschuldet gewesen. Der Schaden der Gläubiger könne deshalb einzig anhand eines Vergleichs ihres Vermögensstands im Falle eines hypothetischen Konkurses im Herbst 2002 mit dem jetzigen Vermögensstand ermittelt werden. Die Vorinstanz habe deshalb durch die Zugrundelegung eines falschen Schadensbegriffs Bundesrecht verletzt (Beschwerde S. 12).
8.2 Die Rüge des Beschwerdeführers ist unbegründet. Die geschützten Zivilforderungen betreffen einerseits die von den Mietern der Ab._ AG einbezahlten Depotleistungen bzw. Wohnrechtsdarlehen, welche der Beschwerdeführer in Mittäterschaft mit X._ nach der Übernahme der Ab._ AG veruntreut hat, und andererseits eine Rückgriffsforderung der Ba._ GmbH und B._ AG & Co. KGaA, welche für die von der Ab._ AG auf Weisung des Beschwerdeführers nicht bezahlten Mietzinsen solidarisch hafteten. Die Zivilforderungen sind mithin ausgewiesen und haben ihren Entstehungsgrund nach der Übernahme der Ab._ AG durch den Beschwerdeführer.
9. Die Beschwerde ist folglich vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Da das Rechtsmittel von vornherein aussichtslos war, kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht entsprochen werden (<ref-law>).
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr ist seinen finanziellen Verhältnissen Rechnung zu tragen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Mai 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Stohner