Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Nel corso del 2001 C._SA si è occupata della fornitura e posa di opere in pietra naturale e ha eseguito lavori da piastrellista presso X._, a Morcote, di proprietà di B.A._ e A.A._.
1.1 L'attuale controversia trae spunto dal rifiuto opposto da B.A._ e A.A._ alla richiesta di pagamento del saldo delle fatture, che ha indotto C._SA a convenirli dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano, il 24 settembre 2007, con un'azione volta all'incasso di fr. 72'672.30 oltre interessi al 5 % dal 25 dicembre 2002. Nella risposta B.A._ e A.A._ hanno sollevato l'eccezione di prescrizione, il termine quinquennale previsto dall'<ref-law> essendo da tempo scaduto, visto che l'opera è stata consegnata nel 2001. In via subordinata, ricordate le fissurazioni emerse nelle opere di pietra naturale, i convenuti hanno fatto valere la compensazione con le loro pretese in riparazione del difetto e del minor valore dell'opera.
L'udienza preliminare è stata limitata alla discussione sull'eccezione di prescrizione, che nel giudizio del 14 maggio 2008 il Pretore ha poi accolto, con conseguente reiezione della petizione.
1.2 Di diverso avviso la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, adita dalla società soccombente, che ha ritenuto applicabile il termine di prescrizione decennale di cui all'<ref-law> e che con sentenza del 19 settembre 2008 ha riformato la pronunzia pretorile, respingendo l'eccezione di prescrizione.
2. Il 27 ottobre 2008 B.A._ e A.A._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia di diritto civile fondato sulla violazione dell'<ref-law>, volto a ottenere la modifica della sentenza cantonale nel senso della reiezione dell'appello e, di conseguenza, della conferma del giudizio di primo grado.
Né l'opponente né l'autorità cantonale sono state invitate a presentare osservazioni.
3. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
4. Giusta l'<ref-law> il ricorso è di principio proponibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Può essere inoltrato contro decisioni incidentali separate dal merito, che non riguardano la competenza o la ricusazione (cfr. <ref-law>) - com'è quella in rassegna, con cui la causa viene rinviata all'autorità inferiore a seguito della reiezione dell'eccezione di prescrizione - soltanto se "esse possono causare un pregiudizio irreparabile" (<ref-law>) oppure "se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa" (<ref-law>).
Questa regolamentazione si basa su motivi di economia procedurale; nella sua qualità di Corte suprema il Tribunale federale dovrebbe infatti essere chiamato a statuire una volta sola su di una controversia, alla fine della procedura. Rimangono riservati i casi appena descritti, nei quali la legge autorizza eccezionalmente il ricorso immediato al Tribunale federale contro decisioni pregiudiziali o incidentali per ragioni di economia procedurale, appunto (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 631).
4.1 In concreto i ricorrenti si richiamano in particolare all'<ref-law>.
4.1.1 Pacifico che l'accoglimento del ricorso e l'annullamento della sentenza impugnata per intervenuta prescrizione porrebbero fine all'azione promossa dall'opponente, occorre stabilire se in questo modo verrebbe evitata "una procedura probatoria defatigante o dispendiosa".
4.1.2 Secondo costante giurisprudenza, confermata in una sentenza di recente pubblicazione, spetta alla parte che ricorre il compito di allegare e dimostrare che una decisione finale immediata permetterebbe di evitare una procedura probatoria lunga e costosa, a meno che ciò non sia manifesto; in particolare la parte ricorrente deve indicare in maniera dettagliata quali questioni di fatto sono ancora litigiose, quali prove devono ancora essere amministrate e per quali ragioni la loro assunzione risulta lunga e costosa (<ref-ruling> consid. 2.4.2 pag. 633 con rinvii).
A questo riguardo, nell'allegato inoltrato al Tribunale federale, i ricorrenti si limitano ad affermare che "si tratterebbe sicuramente di una procedura probatoria defatigante e dispendiosa, tenendo anche presente che le parti hanno già paventato l'esigenza di predisporre perizie giudiziarie (cfr. allegati di causa in sede pretorile)".
Una simile argomentazione manifestamente non ottempera i requisiti sopra esposti; né si può tenere in alcuna considerazione il generico rinvio agli allegati di causa in sede pretorile, visto che la motivazione del ricorso dev'essere contenuta nello stesso. In contrasto con l'onere a loro incombente, i ricorrenti non hanno dunque adeguatamente sostanziato che una decisione finale immediata permetterebbe di evitare una procedura probatoria lunga e costosa. Considerato che la realizzazione di questa condizione non "salta agli occhi" (sentenza 4A_23/2008 del 28 marzo 2008 consid. 1.3, in SJ 2008 I pag. 389), si deve concludere che contro la sentenza emanata dal Tribunale d'appello il 19 settembre 2008 non può essere interposto un ricorso in materia civile sulla base dell'<ref-law>.
4.2 Né tale rimedio potrebbe entrare in linea di conto sulla scorta dell'<ref-law>, che i ricorrenti comunque non invocano. Secondo la giurisprudenza, infatti, un pregiudizio è irreparabile ai sensi di questa norma solo se cagiona un danno di natura giuridica, al quale non può essere posto rimedio nemmeno mediante una decisione finale favorevole alla parte ricorrente. Tale non è il caso quando il danno risiede unicamente nel prolungamento della procedura e nell'aumento dei costi (<ref-ruling> consid. 2.1 e 2.2).
5. In conclusione, il ricorso risulta inammissibile per carente motivazione.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF). All'opponente, che non è nemmeno stata invitata a determinarsi, non spetta evidentemente nessuna indennità per ripetibili della sede federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.