Sachverhalt:
A. Am 13. April 2007 verurteilte das Obergericht des Kantons Zürich X._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und weiterer Delikte zu 32 Monaten Freiheitsstrafe, wobei es den Vollzug von 16 Monaten anordnete (abzüglich 250 Tage bisherige Haft).
B. Mit Verfügung vom 19. November 2007 wies das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich ein Gesuch von X._ ab, wonach ihm die Strafverbüssung in der Vollzugsform der Halbgefangenschaft zu bewilligen sei. Ein dagegen erhobener Rekurs wurde von der Direktion der Justiz und des Innern mit Verfügung vom 18. Februar 2008 abgewiesen.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, die vorinstanzliche Verfügung sei aufzuheben, und es sei ihm für die Verbüssung der Reststrafe die Halbgefangenschaft zu gewähren. Zudem stellt er das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, insbesondere mit einer schematischen Berufung auf Art. 77b und 79 StGB.
1.1 Die Vorinstanz weist darauf hin, dass bei der Berechnung der Strafdauer für die Halbgefangenschaft die vom Gericht angeordnete vollziehbare Freiheitsstrafe massgeblich sei. Laute das Urteil auf eine Strafe von mehr als zwölf Monaten, dann sei die Halbgefangenschaft auch ausgeschlossen, wenn die nach Abzug der angerechneten Untersuchungshaft noch zu vollziehende Freiheitsstrafe die Grenze von einem Jahr nicht übersteige. Nur wenn die vollziehbare Reststrafe nach Anrechnung der Untersuchungshaft weniger als sechs Monate betrage, sei gemäss <ref-law> die Halbgefangenschaft auch zulässig, wenn eine Strafe von mehr als einem Jahr ausgesprochen wurde. Im vorliegenden Fall habe das Obergericht eine Freiheitsstrafe von 16 Monaten ausgesprochen. Nach Abzug des angerechneten Freiheitsentzugs von 250 Tagen verbleibe eine Reststrafe von mehr als 6 Monaten. Die Voraussetzungen für die Halbgefangenschaft seien somit nicht erfüllt, und es komme den Vollzugsbehörden insoweit kein Ermessensspielraum zu. Die vom Beschwerdeführer zu seinen Gunsten angeführten familiären und beruflichen Argumente könnten daher nicht berücksichtigt werden.
1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz übersehe, dass es sich bei den von ihr angewandten Bestimmungen von Art. 77b und 79 StGB nicht um zwingende Vorschriften handle, sondern um Regeln, die in Einklang mit den in <ref-law> verankerten allgemeinen Grundsätzen beim Vollzug von Freiheitsstrafen anzuwenden seien. Gemäss <ref-law> habe der Strafvollzug das soziale Verhalten des Gefangenen, insbesondere die Fähigkeit straffrei zu leben, zu fördern. Weiter habe der Strafvollzug den allgemeinen Lebensverhältnissen soweit als möglich zu entsprechen und schädliche Folgen des Freiheitsentzuges entgegenzuwirken. <ref-law> regle die allgemeinen Voraussetzungen der Halbgefangenschaft und bestimme, dass eine Freiheitsstrafe von 6 Monaten bis zu einem Jahr in dieser Form vollzogen wird, wenn keine Flucht- oder Wiederholungsgefahr besteht. Weiter bestimme <ref-law> für kurze Freiheitsstrafen von weniger als 6 Monaten und Reststrafen von gleicher Dauer, dass sie "in der Regel" in der Form der Halbgefangenschaft vollzogen werden. Mit anderen Worten seien solche Strafen grundsätzlich voraussetzungslos in dieser Form zu vollziehen. Beide Bestimmungen würden mithin nicht ausschliessen, dass auch eine Reststrafe von etwas mehr als 7 Monaten in Halbgefangenschaft vollzogen werden könnte. Dieser Fall sei zwar nicht ausdrücklich geregelt worden. Es gebe aber Indizien dafür, dass es sich dabei um ein qualifiziertes Schweigen handle. Die Botschaft der Gesetzesrevision habe vorgesehen, dass der Vollzug von Freiheitsstrafen mit einer Dauer von 6 bis 12 Monaten in der Form der Halbgefangenschaft künftig die Regel sein soll. Der Gesetzgeber habe grundsätzlich beabsichtigt, dass die Halbgefangenschaft neu auch für mehr als 6-monatige Freiheitsentzüge möglich sein solle, nämlich bis zu einer Dauer von 12 Monaten. Er habe dabei nicht zwischen "Bruttostrafe" und Reststrafe unterschieden.
1.3 Die Auffassung des Beschwerdeführers steht nicht in Einklang mit der gesetzlichen Regelung. <ref-law> sieht vor, dass eine Freiheitsstrafe von sechs Monaten bis zu einem Jahr in der Form der Halbgefangenschaft vollzogen werden kann. Inwiefern diese zeitliche Begrenzung nicht zwingend sein soll, ist nicht nachvollziehbar und lässt sich auch nicht dartun. Das Gleiche gilt für <ref-law>, wonach Freiheitsstrafen von weniger als sechs Monaten und nach Anrechnung der Untersuchungshaft verbleibende Reststrafen von weniger als sechs Monaten in der Regel in der Form der Halbgefangenschaft vollzogen werden. Neben den kurzen Freiheitsstrafen nach <ref-law> umfasst diese Bestimmung auch über 12-monatige Freiheitsstrafen, von denen nach Abzug der Untersuchungshaft nur noch weniger als sechs Monate zu verbüssen sind (Schwarzenegger/ Hug/Jositsch, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Auflage, S. 285, mit Hinweis; Baechtold, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Auflage, Art. 77b N 6; vgl. Botschaft zur Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches vom 21. September 1998, BBl 1999, Ziff. 214.25 S. 2114). Massgeblich für die Möglichkeit der Halbgefangenschaft ist in diesem Fall somit nicht die im Urteil festgelegte Strafdauer, sondern die Dauer der effektiv noch zu vollziehenden Freiheitsstrafe nach Abzug der Untersuchungshaft (Baechtold, a.a.O., Art. 79 N 8). Abgesehen von diesem Sonderfall ist die Halbgefangenschaft ausgeschlossen, wenn die vom Gericht angeordnete Freiheitsstrafe mehr als 12 Monate beträgt, und zwar auch dann, wenn die nach Abzug der Untersuchungshaft noch zu vollziehende Freiheitsstrafe die Grenze von einem Jahr nicht überschreitet (Baechtold, a.a.O., Art. 77b N 6; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, a.a.O., S. 285).
1.4 Nachdem der Beschwerdeführer unbestrittenermassen eine Reststrafe von mehr als sechs Monaten zu verbüssen hat, ist ein Vollzug in der Form der Halbgefangenschaft nicht möglich. Die Vorinstanz hat ihre Voraussetzungen zu Recht verneint. Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Da sein Rechtsbegehren von vornherein als aussichtslos erschien, ist sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen (<ref-law>). Seinen eingeschränkten finanziellen Verhältnissen kann bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung getragen werden (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz