A.- Mit Verfügungen vom 30. September 1999 forderte die Gemeinsame Einrichtung KVG (nachfolgend Gemeinsame Einrichtung) die Krankenkasse X._, die Krankenkasse Y._ und die Krankenkasse Z._ auf, "Vergütungszinsen Risikoausgleich 1997" in Höhe von Fr.
516'106.-, Fr. 9'297.- und Fr. 221'420.- zu bezahlen.
B.- Die von den drei Krankenkassen gegen die Verfügungen vom 30. September 1999 erhobenen Beschwerden wies das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) mit Entscheiden vom 3., 6. und 8. März 2000 ab.
C.- Die drei Krankenkassen lassen mit gleich lautender Begründung getrennt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen, worin sie die Zusammenlegung der Verfahren, die Aufhebung der angefochtenen Departementsentscheide sowie die Feststellung beantragen, "dass für die Erhebung eines Vergütungszinses (...) eine genügende Gesetzesgrundlage fehlt".
EDI und Gemeinsame Einrichtung schliessen je auf Abweisung der drei Verwaltungsgerichtsbeschwerden, währenddem das Bundesamt für Sozialversicherung sich nicht hat vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da den drei Verwaltungsgerichtsbeschwerden jeweils ein ähnlicher Sachverhalt zu Grunde liegt und sich die gleichen Rechtsfragen stellen, sind die drei Verfahren antragsgemäss zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-ruling> Erw. 1, 120 V 466 Erw. 1 mit Hinweisen und Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. 1, S. 343 unten f.).
2.- Der in den drei Verwaltungsgerichtsbeschwerden je wiedergegebene Feststellungsantrag betreffend fehlender Gesetzesgrundlage hat keinerlei selbstständige Bedeutung, da die Beschwerdeführerinnen direkt die Aufhebung der verfügten und vorinstanzlich bestätigten Zahlungen beantragen.
Dabei handelt es sich entgegen dem Einwand der Beschwerdegegnerin nicht um ein unzulässiges Feststellungsbegehren, sondern es ist darin das für den gestellten Antrag auf Aufhebung der Departementsentscheide massgebliche Begründungselement zu erblicken.
3.- Als Frage des Bundesrechts im Rahmen inzidenter (konkreter) Normenkontrolle frei zu beurteilen (Art. 104 lit. a OG) ist einzig, ob die am 30. September 1999 für das Risikoausgleichsjahr 1997 verfügten und vorinstanzlich bestätigten Zahlungen sich auf eine genügende gesetzliche Grundlage stützen können, was EDI und Beschwerdegegnerin bejahen, die Beschwerdeführerinnen hingegen verneinen.
a) Nach <ref-law> haben Versicherer, die unter ihren Versicherten weniger Frauen und ältere Personen haben als der Durchschnitt aller Versicherer, der Gemeinsamen Einrichtung (<ref-law>) zu Gunsten von Versicherern mit überdurchschnittlich vielen Frauen und älteren Personen Abgaben zu entrichten, welche die durchschnittlichen Kostenunterschiede zwischen den massgebenden Risikogruppen in vollem Umfang ausgleichen. Für den Vergleich massgebend sind die Strukturen der Bestände innerhalb eines Kantons und jedes Versicherers (<ref-law>). Nach Art. 105 Abs. 4 zweiter Satz KVG erlässt der Bundesrat die Ausführungsbestimmungen zum Risikoausgleich unter Wahrung der Anreize zur Kosteneinsparung durch die Versicherer.
Auf dieser Grundlage hat der Bundesrat am 12. April 1995 die Verordnung über den Risikoausgleich in der Krankenversicherung (VORA) erlassen, welche die auf dem Bundesbeschluss über befristete Massnahmen gegen die Entsolidarisierung in der Krankenversicherung beruhende Verordnung IX vom 31. August 1992 über die Krankenversicherung betreffend den Risikoausgleich unter den Krankenkassen (Verordnung IX) mit Wirkung ab 1. Januar 1996 aufgehoben hat (Art. 17 Abs. 1 in Verbindung mit Abs. 4 VORA).
aa) Unter der Marginalie "Zahlungsfristen" sah aArt. 12 VORA in Abs. 4 und 5 ursprünglich vor:
4
Versicherer, welche die Zahlungsfristen nach den
Abs. 1 und 2 nicht einhalten, haben nach deren Ablauf
pro Monat 0,5 % Verzugszins an die Gemeinsame Einrichtung
zu bezahlen. Diese Regelung gilt sowohl für
die beiden Raten des provisorischen Risikoausgleichs
als auch für die Schlusszahlung des definitiven Risikoausgleichs.
5
Die im Rahmen der provisorischen Berechnung gegenüber
der definitiven Berechnung zu viel oder zu wenig
bezahlten Beträge sind zu verzinsen. Die Verzinsung
erfolgt jeweils bezogen auf die Ein- und Auszahlungstermine
für den provisorischen und definitiven Risikoausgleich
sowie unter Berücksichtigung der effektiv
erhaltenen oder bezahlten Beiträge. Die Gemeinsame
Einrichtung legt den Vergütungszins in Berücksichtigung
der marktüblichen Zinsen fest. Sie vergütet und
fordert die Zinsen bis zum 31. Dezember des Jahres,
welches dem Risikoausgleich folgt.
bb) Mit Änderung vom 15. Juni 1998 ist aArt. 12 VORA neu gefasst worden. Diese nunmehr sieben Absätze zählende Bestimmung regelt Art, Ausmass und Termine der im Rahmen der provisorischen und definitiven Berechnung des Risikoausgleichs zu leistenden Beiträge neu (Abs. 1-4), verpflichtet die Versicherer zur Zahlung, selbst wenn nicht alle anderen Versicherer ihre Zahlungen geleistet haben (Abs. 5), enthält ein weitgehendes Verrechnungsverbot (Abs. 6) und übernimmt in Abs. 7 den bisherigen Abs. 5 von aArt. 12 VORA. Eine Bestimmung über die Verzugszinspflicht gemäss aArt. 12 Abs. 4 VORA findet sich nicht mehr, nachdem das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 31. Juli 1997 (K 79/97) entschieden hatte, <ref-law> bilde keine genügende gesetzliche Grundlage für die Erhebung von Verzugszinsen gemäss aArt. 12 Abs. 4 VORA (RKUV 1997 Nr. KV 13 S. 303; so schon Urteil K 169/95 vom 19. Dezember 1996 [RKUV 1997 Nr. K 981 S. 81] betreffend Verzugszinspflicht nach Art. 13 Abs. 4 VO IX, welche Bestimmung durch Art. 1 Abs. 2 des Bundesbeschlusses über befristete Massnahmen gegen die Entsolidarisierung in der Krankenversicherung nicht gedeckt war).
Wiewohl aArt. 12 Abs. 5 VORA und aArt. 12 Abs. 7 VORA materiell und redaktionell übereinstimmen, ist intertemporalrechtlich die erste Bestimmung hier anwendbar, da es um Zahlungspflichten der Beschwerdeführerinnen für das Risikoausgleichsjahr 1997 geht (vgl. die Übergangsbestimmung der Verordnungsänderung vom 15. Juni 1998, wonach die Risikoausgleiche 1997 und 1998 nach bisherigem Recht durchgeführt werden [Ziff. II] und die Verordnungsänderung vom 15. Juni 1998 auf den 1. Januar 1999 in Kraft tritt [Ziff. III]).
b) Die Beschwerdeführerinnen behaupten nicht - und es sind auch sonst keine Anhaltspunkte dafür ersichtlich (<ref-ruling>) -, dass die Beschwerdegegnerin aArt. 12 Abs. 5 VORA an sich unrichtig angewendet und dadurch Bundesrecht verletzt hätte, indem sie von aArt. 12 Abs. 5 VORA wie folgt Gebrauch gemacht hat:
1. Die Gemeinsame Einrichtung stellt zunächst die
Höhe der ersten (A) und zweiten Rate (B), welche
die Beschwerdeführerinnen im Rahmen des provisorischen
Risikoausgleichs 1997 bezahlt haben, fest.
2. Sie stellt diesen Beträgen den die jeweilige Kasse
betreffenden Schluss-Saldo aus dem definitiven
Risikoausgleich 1997 gegenüber (C).
3. Je die Hälfte dieses Saldos aus dem definitiven
Risikoausgleich 1997 (C/2) wird je der geleisteten
ersten und der zweiten Rate im Rahmen des provisorischen
Risikoausgleichs 1997 gegenüber gestellt
(C/2 minus A; C/2 minus B).
4. Die daraus resultierenden Differenzen, d.h. die
Fehlbeträge, welche die Beschwerdeführerinnen mit
ihren beiden provisorischen Ratenzahlungen im Vergleich
zur Hälfte des definitiven Risikoausgleichs
bis dahin nicht entrichtet haben, werden verzinst
(das Gleiche gilt auch, wenn eine Kasse im provisorischen
Risikoausgleich mehr bezahlt hat, als sie nach dem definitiven Schlüssel für das betreffende
Jahr effektiv schuldet).
5. Dabei rechnet die Gemeinsame Einrichtung, was aus
dem Schema über den zeitlichen Ablauf ersichtlich
ist, einerseits die Anzahl der Tage aus, während
denen die Kasse die Differenzbeträge schuldig geblieben
war.
6. Anderseits rechnet sie mit einem Zinssatz (in
casu: 2,9967 % und 2,9480 %), welcher der Durchschnittsrendite
von Obligationen öffentlicher
Schuldner für eine Laufzeit bis sieben Jahre entspricht,
wie sie aus den Statistischen Monatsheften
der Schweizerischen Nationalbank hervorgeht.
4.- a) Für die hier zur Beurteilung anstehende vorfrageweise Überprüfung von aArt. 12 Abs. 5 VORA sind die Grundsätze massgebend, wie sie die Rechtsprechung hinsichtlich der Kontrolle unselbstständigen Verordnungsrechts nach Inkrafttreten der neuen Bundesverfassung in Bestätigung der früheren Praxis aufgestellt hat (<ref-ruling>). Danach kann das Eidgenössische Versicherungsgericht Verordnungen des Bundesrates grundsätzlich, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, auf ihre Rechtmässigkeit hin überprüfen. Bei (unselbstständigen) Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation stützen, prüft es, ob sie sich in den Grenzen der dem Bundesrat im Gesetz eingeräumten Befugnisse halten. Wird dem Bundesrat durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Spielraum des Ermessens für die Regelung auf Verordnungsebene eingeräumt, muss sich das Gericht auf die Prüfung beschränken, ob die umstrittenen Verordnungsvorschriften offensichtlich aus dem Rahmen der dem Bundesrat im Gesetz delegierten Kompetenzen herausfallen oder aus andern Gründen verfassungs- oder gesetzwidrig sind. Es kann jedoch sein eigenes Ermessen nicht an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen und es hat auch nicht die Zweckmässigkeit zu untersuchen. Die vom Bundesrat verordnete Regelung verstösst allerdings dann gegen <ref-law>, wenn sie sich nicht auf ernsthafte Gründe stützen lässt, wenn sie sinn- oder zwecklos ist oder wenn sie rechtliche Unterscheidungen trifft, für die sich ein vernünftiger Grund nicht finden lässt. Gleiches gilt, wenn die Verordnung es unterlässt, Unterscheidungen zu treffen, die richtigerweise hätten berücksichtigt werden sollen (vgl. auch die zu Art. 4 aBV ergangene Rechtsprechung <ref-ruling> Erw. 6a, 124 II 245 Erw. 3, 583 Erw. 2a, 124 V 15 Erw. 2a, 194 Erw. 5a, je mit Hinweisen).
b) Die Beschwerdeführerinnen erkennen die gerügte Gesetzwidrigkeit von aArt. 12 Abs. 5 VORA darin, dass es sich bei der darin festgelegten Zahlungspflicht um "eine Art Steuer" handle, für welche die von der Rechtsprechung für Abgaben verlangte Grundlage in einem formellen Gesetz (<ref-ruling> und 289) fehle. Danach müsse das formelle Gesetz den Kreis der Abgabepflichtigen, den Gegenstand und die Bemessungsgrundlagen selber festlegen, Anforderungen, welche hinsichtlich der Vorgaben über die Abgabenbemessung für gewisse Arten von Kausalabgaben gelockert werden könnten, wenn das Mass der Abgabe durch überprüfbare verfassungsrechtliche Prinzipien (Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip) begrenzt werde. Beim Vergütungszins gemäss VORA handle es sich aber nicht um eine Kausalabgabe, sodass die erwähnten Lockerungen des Legalitätsprinzips nicht zum Zuge kämen.
c) Der Standpunkt der Beschwerdeführerinnen ist vorab insoweit unbegründet, als sie einwenden, der Vergütungszins sei erst "aus der Taufe gehoben" - womit wohl gesagt werden will: in die Verordnung aufgenommen - worden, nachdem "das Bundesgericht die Unzulässigkeit des Verzugszinses festgestellt" habe. Demgegenüber ist festzuhalten, dass aArt. 12 Abs. 4 VORA (betreffend Verzugszinspflicht) und Abs. 5 VORA (betreffend Differenzverzinsungspflicht) schon in der ursprünglichen Fassung der VORA vom 12. April 1995 enthalten waren (Erw. 3a/aa hievor) und das Eidgenössische Versicherungsgericht erst am 19. Dezember 1996 die Gesetzwidrigkeit der entsprechenden Vorläuferbestimmung (Art. 13 Abs. 4 VO IX) festgestellt hatte. Das gleich lautende Urteil bezüglich der VORA sodann erging, wie bereits dargelegt (Erw.
3a/bb in fine hievor), erst am 31. Juli 1997. Schon unter diesem Gesichtspunkt kann von einer Substitution der Verzugszinspflicht mit der Differenzzahlungszinspflicht durch den Verordnungsgeber nicht die Rede sein. Auch der Sache nach geht es um verschiedenartige Zinsregelungen, wie sogleich aufzuzeigen ist.
d) Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen kann die Rechtsprechung zur formell gesetzlichen Grundlage öffentlichrechtlicher Abgaben nicht auf den Risikoausgleich nach <ref-law> angewendet werden. Denn die Risikoausgleichszahlungspflicht nach <ref-law> kann mit der Pflicht des Einzelnen zur Zahlung öffentlichrechtlicher Abgaben (Steuern, Kausalabgaben, Gebühren usw.) nicht verglichen werden. Die Zahlungspflicht im Rahmen des Risikoausgleichs trifft die Krankenversicherer als gesetzliche Organe zur Durchführung der Krankenversicherung (vgl. <ref-ruling> Erw. 2c).
Verfügte Zahlungen im Rahmen des Risikoausgleichs zu Lasten der Krankenversicherer betreffen also nicht die Rechtsstellung Einzelner hinsichtlich der Verpflichtung zur Leistung öffentlichrechtlicher Abgaben an den Staat. Es handelt sich vielmehr um ein Instrument, das der Gesetzgeber der Gemeinsamen Einrichtung überantwortet hat, damit in Bezug auf die Risikoselektion Voraussetzungen hergestellt werden können, welche eine Durchführung des Obligatoriums in der Krankenpflegeversicherung nach KVG erlauben.
Es handelt sich um ein krankenversicherungsrechtliches Vollzugsmittel, hinsichtlich dessen das Eidgenössische Versicherungsgericht darauf hingewiesen hat, dass dem Bundesrat in diesen Fragen ein besonders hohes Mass an Gestaltungsfreiheit zukommt (<ref-ruling> oben).
e) Bei diesen rechtlichen Gegebenheiten kann sich nur fragen, ob der Bundesrat mit der in aArt. 12 Abs. 5 VORA stipulierten Pflicht der Krankenversicherer, in der Zeit zwischen den geleisteten Raten und der definitiven Abrechnung auf den fehlenden Differenzbeträgen Zins zahlen zu müssen (oder im gegenteiligen Fall bei zu hohen provisorischen Beträgen Zinsen vergütet zu erhalten), der Gemeinsamen Einrichtung ein Mittel in die Hand gegeben hat, mit dem das im formellen Gesetz verankerte Ziel eines vollen Kostenausgleichs (Art. 105 Abs. 1 in fine KVG; <ref-ruling>) sachgerecht erreicht wird. Diese Frage ist mit EDI und Beschwerdegegnerin zu bejahen: Die Zinspflicht auf den Differenzen zwischen provisorischem und definitivem Risikoausgleich ist nicht, wie der Verzugszins, eine Sanktion für verspätete Zahlung bei Nichteinhaltung der in aArt. 12 Abs. 1 und 2 VORA normierten Zahlungstermine, sondern trägt den Auswirkungen des vom Verordnungsgeber eingeführten zweistufigen Erhebungssystems (provisorischer und definitiver Risikoausgleich) Rechnung, dessen Gesetzmässigkeit seinerseits von der Rechtsprechung schon unter der Geltung der VO IX/KUVG nicht in Frage gestellt worden ist (SVR 1997 KV Nr. 99 S. 327): Mit dem System der zweiphasigen Risikoausgleichung - der provisorische Risikoausgleich beruht auf der Vergangenheits-, der definitive Risikoausgleich auf der Gegenwartsbemessung (<ref-law>) - sind notwendigerweise Differenzen verbunden. Mit der Zinserhebung darauf werden die am Risikoausgleich beteiligten Krankenversicherer unter Berücksichtigung der Zinsentwicklung annähernd so gestellt, wie wenn sie von Anfang an die aus der definitiven Abrechnung sich ergebenden Beträge bezahlt hätten. Diese Wirkung der Differenzzahlungs-Zinspflicht ist durch die gesetzliche Vorgabe der vollen Kostenausgleichspflicht nach Art. 105 Abs. 1 in fine KVG gedeckt, wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat.
5.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführerinnen kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG).
Eine Parteientschädigung ist der obsiegenden Beschwerdegegnerin nicht zuzusprechen, da diese in ihrer Funktion als mit öffentlichen Aufgaben betraute Organisation gehandelt hat (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden abgewiesen.
II. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 18'000.- werden den Beschwerdeführerinnen in Höhe je der von ihnen geleisteten Kostenvorschüsse auferlegt und mit diesen
verrechnet.
III. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Eidgenössischen Departement des Innern und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 16. Oktober 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Der Gerichtsschreiber:
i.V.