Sachverhalt:
A. Der 1973 geborene O._ war seit Februar 2002 bei der Firma D._ AG in der Epoxy-Produktion tätig gewesen und damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen Unfälle und Berufskrankheiten versichert. Ab dem 28. November 2003 setzte er die Arbeit wegen einer arbeitsplatzbezogenen Asthmaproblematik und Rhinititis aus. Aufgrund des diagnostizierten Asthma bronchiale bei schwerer bronchialer Hyperreagibilität, der Rhino-Konjunktivitis, wahrscheinlich allergisch bedingt, und der Latex-Sensibilisierung vom Soforttyp bei Status nach Kontakt-Ekzem 2002 (Bericht des Dr. med. Z._, Pneumologie und innere Medizin FMH, vom 19. Januar 2004) erklärte ihn die SUVA verfügungsweise am 6. Februar 2004 nicht geeignet für die Tätigkeit in der Epoxy-Produktion und für Arbeiten mit Exposition gegenüber Kieselsäurepulver (Aerosil). Da eine betriebsinterne Versetzung nicht möglich war, kündigte die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis per 30. April 2004. In der Folge gewährte die SUVA ab 1. März 2004 ein Übergangstaggeld und hielt mit Schreiben vom 8. September 2004 einen Anspruch auf Übergangsentschädigung ab 1. August 2004 fest.
Nach Ausschöpfung des Anspruchs auf Arbeitslosenentschädigung am 19. Dezember 2005, war O._ vom 1. Mai 2006 bis 29. Februar 2008 bei der Firma I._ AG und ab Anfang Juli bis Ende September 2008 bei der Firma C._ GmbH jeweils als Reinigungsmitarbeiter tätig, wobei die letztere Firma seiner Frau und ihm gehört hatte. Die Firma I._ AG meldete der SUVA am 8. Mai 2007 einen ersten und am 6. September 2007 einen zweiten Berufsunfall. Gegenüber der SUVA gab O._ sodann an, ab 1. Oktober 2008 als Selbstständigerwerbender in der mit einem Partner gegründeten Firma M._ GmbH tätig zu sein (SUVA-Bericht vom 29. Oktober 2008). Nachdem drei Raten der zugesprochenen Übergangsentschädigung ausgerichtet worden waren, hielt die SUVA mit Verfügung vom 29. Januar 2009 fest, nach Überprüfung der vierten und letzten Rate der Übergangsentschädigung resultiere ein Saldo zugunsten der Anstalt von Fr. 16'176.-, welchen Betrag sie zurückforderte. Dies bestätigte sie mit Einspracheentscheid vom 1. Oktober 2010.
B. In Gutheissung der dagegen eingereichten Beschwerde verpflichtete das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus die SUVA, O._ hinsichtlich der vierten Rate der Übergangsentschädigung für die Zeit vom 1. August 2007 bis 31. Juli 2008 Fr. 1'568.80 nachzuzahlen (Entscheid vom 21. September 2011).
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die SUVA Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids. Der Einspracheentscheid vom 1. Oktober 2010 sei insoweit zu bestätigen, als ein Rückerstattungsanspruch in der Höhe von Fr. 15'638.- bestehe.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus beantragt Abweisung der Beschwerde. O._ lässt ebenfalls Abweisung derselben beantragen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, wozu auch die hier streitige Übergangsentschädigung zählt (UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 38 zu Art. 14 und N. 9 zu Art. 15), ist das Bundesgericht - anders als in den übrigen Sozialversicherungsbereichen (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) - nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Nach <ref-law> können die Durchführungsorgane Versicherte, die hinsichtlich Berufsunfällen oder Berufskrankheiten durch bestimmte Arbeiten besonders gefährdet sind, von diesen Arbeiten ausschliessen. Der Bundesrat ordnet die Entschädigung für Versicherte, die durch den Ausschluss von ihrer bisherigen Arbeit im Fortkommen erheblich beeinträchtigt sind und keinen Anspruch auf andere Versicherungsleistungen haben. Unter "andere Versicherungsleistungen" im Sinne dieser Bestimmung sind andere Leistungen der Unfallversicherung zu verstehen (<ref-ruling> E. 4.3 S. 438), wobei <ref-law> bei Teilinvalidität einem Übergangsentschädigungsanspruch nicht entgegen steht (<ref-ruling> E. 4 c/bb S. 138 ff.). Von dieser Befugnis hat der Bundesrat in den Artikeln 83 ff. der Verordnung vom 19. Dezember 1983 über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten (VUV; SR 832.30) Gebrauch gemacht.
2. 2.1 Nach <ref-law> können die Durchführungsorgane Versicherte, die hinsichtlich Berufsunfällen oder Berufskrankheiten durch bestimmte Arbeiten besonders gefährdet sind, von diesen Arbeiten ausschliessen. Der Bundesrat ordnet die Entschädigung für Versicherte, die durch den Ausschluss von ihrer bisherigen Arbeit im Fortkommen erheblich beeinträchtigt sind und keinen Anspruch auf andere Versicherungsleistungen haben. Unter "andere Versicherungsleistungen" im Sinne dieser Bestimmung sind andere Leistungen der Unfallversicherung zu verstehen (<ref-ruling> E. 4.3 S. 438), wobei <ref-law> bei Teilinvalidität einem Übergangsentschädigungsanspruch nicht entgegen steht (<ref-ruling> E. 4 c/bb S. 138 ff.). Von dieser Befugnis hat der Bundesrat in den Artikeln 83 ff. der Verordnung vom 19. Dezember 1983 über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten (VUV; SR 832.30) Gebrauch gemacht.
2.2 2.2.1 Laut <ref-law> erhält der Arbeitnehmer, der von einer Arbeit befristet oder dauernd ausgeschlossen oder nur als bedingt geeignet erklärt worden ist, vom Versicherer eine Übergangsentschädigung, wenn er durch die Verfügung trotz persönlicher Beratung, trotz Bezuges von Übergangstaggeld und trotz des ihm zumutbaren Einsatzes, den ökonomischen Nachteil auf dem Arbeitsmarkt wettzumachen, in seinem wirtschaftlichen Fortkommen erheblich beeinträchtigt bleibt (lit. a) und auch die weiteren Voraussetzungen (lit. b und c) kumulativ erfüllt sind (vgl. <ref-ruling> E. 2.2).
2.2.2 Bei den Übergangsentschädigungen handelt es sich nicht um Versicherungsleistungen im engeren Sinne, sondern um Leistungen, welche im Zusammenhang mit der Verhütung von Berufsunfällen und Berufskrankheiten erbracht werden. Mit ihnen soll die versicherte Person einen teilweisen finanziellen Ausgleich von wirtschaftlichen Nachteilen erhalten, die sie im Voraus zur Verhütung einer Schädigung in Kauf nehmen muss. Sie sollen die berufliche Neuorientierung (Suchen einer anderen Stelle, Erwerb neuer beruflicher Kenntnisse und Fertigkeiten) erleichtern (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen).
3. 3.1 Streitig ist die Höhe des Anspruchs auf Übergangsentschädigung für die Zeit vom 1. August 2007 bis 31. Juli 2008 (vierte Rate) und der damit verbundene Rückerstattungsanspruch der SUVA. Uneins sind sich die Parteien insbesondere darüber, ob und in welcher Form das für die zwei am 8. Mai und 6. September 2007 gemeldeten Berufsunfälle zugesprochene Unfalltaggeld bei der Berechnung der Übergangsentschädigung zu berücksichtigen ist. Soweit der Beschwerdegegner letztinstanzlich erstmals behauptet, keine zwei Unfälle mit nachgewiesener Arbeitsunfähigkeit erlitten zu haben, ist dies unbeachtlich (<ref-law>; <ref-ruling>).
3.2 3.2.1 Die Vorinstanz erwog, hinsichtlich des umstrittenen mutmasslichen Verdienstes (ohne Nichteignungsverfügung) habe die SUVA bei der Überprüfung der vierten Rate zu Recht die bis dahin angerechneten Fr. 600.- Kinderzulagen nicht mehr berücksichtigt, da die Ehefrau in der Zeit vom 20. Dezember 2005 bis 31. August 2007 sowie ab 1. Februar 2008 die vollen Kinderzulagen bezogen habe; durch ihre Tätigkeit bei der Firma P._ AG hätte sie auch für die Zeit vom 1. September 2007 bis 31. August 2008 Anspruch auf Kinderzulagen gehabt, worauf die SUVA den Versicherten mit Schreiben vom 3. August 2007 aufmerksam gemacht habe. Auch sei nicht zu beanstanden, dass der Unfallversicherer seinem mutmasslichen Verdienst das bisher bei der Firma D._ AG erzielte Einkommen in der Höhe von Fr. 4'860.- (in der Zeit vom 1. August 2007 bis 30. Juni 2008) zu Grunde gelegt und das bisher erzielte Einkommen bei der Firma I._ AG diesem mutmasslichen Verdienst gegenüber gestellt habe, obschon der Beschwerdegegner dort nur bis Ende Februar 2008 angestellt gewesen war. Er habe es jedoch in Verletzung seiner Schadenminderungspflicht unterlassen, sich bei der Arbeitslosenversicherung zum Leistungsbezug anzumelden; er habe zudem angegeben, ab Juli 2008 ein darüber liegendes Einkommen von Fr. 5'000.- monatlich zu erzielen.
3.2.2 Mit Blick auf die vom Versicherten für die zwei als Unfall gemeldeten Ereignisse zwischen dem 24. August und 14. September 2007 (22 Tage) sowie zwischen dem 14. Dezember 2007 und 16. März 2008 (87 Tage zu 100 % und 7 Tage zu 25 % [75 %]) erhaltenen Taggelder der Unfallversicherung habe, so die Vorinstanz weiter, die SUVA diese hingegen zu Unrecht beim mutmasslichen Verdienst in Abzug gebracht. Die Taggeldleistungen im Umfang von Fr. 3'803.90 seien vielmehr - analog zugesprochener Arbeitslosentaggelder - nicht beim mutmasslichen Verdienst zur Berechnung des Höchstanspruchs, sondern bei der Berechnung der Übergangsentschädigung unter dem Titel "andere Sozialversicherungsleistungen" zu berücksichtigen. Zusammen mit dem effektiven Einkommen in der Höhe von Fr. 19'312.08 und dem Höchstanspruch auf Überentschädigung von Fr. 41'574.34 resultiere in Gegenüberstellung mit dem mutmasslichen Verdienst ohne Nichteignungsverfügung von Fr. 71'280.- eine Unterentschädigung von Fr. 6'589.68.-. Damit bestehe ein Anspruch auf Übergangsentschädigung in der Höhe von Fr. 41'574.34 statt der am 29. Januar 2010 verfügten Fr. 23'822.02, weshalb die SUVA keinen Rückerstattungsanspruch besitze, sondern dem Versicherten in Berücksichtigung der bereits ausgerichteten Summe von Fr. 40'005.54 zusätzlich eine Übergangsentschädigung in der Höhe von Fr. 1'568.80 zustehen würde.
3.3 Die SUVA macht geltend, entgegen der vorinstanzlichen Ansicht handle es sich bei den Taggeldern der Unfallversicherung nicht um "andere Sozialversicherungsleistungen", sondern um Leistungen des gleichen Versicherers, weshalb es nicht um die Anspruchskonkurrenz von Leistungen verschiedener Sozialversicherungen, sondern um die Koordination von Leistungen desselben Versicherungsträgers gehe. Diesbezüglich sei grundsätzlich eine Kumulation von Übergangsentschädigung mit anderen Leistungen des Unfallversicherers gestützt auf Art. 84 Abs. 2 in fine UVG nicht möglich. Überdies könne nur jene Person Übergangsentschädigung beanspruchen, die einen zumutbaren Einsatz nachweise. Dies sei jedoch während einer bestehenden Arbeitsunfähigkeit, die nicht mit der in der Nichteignungsverfügung bezeichneten Arbeit zusammenhänge, nicht möglich.
4. 4.1 Die Übergangsentschädigungen werden gleich wie Taggelder gemäss <ref-law> bemessen (vgl. <ref-law> und <ref-law>). Das Ausmass der Lohneinbusse bestimmt die Höhe der Entschädigung. Wie das Bundesgericht zudem jüngst entschieden hat, setzt der Anspruch auf Übergangsentschädigung eine durch die Nichteignungsverfügung verursachte Lohneinbusse von mindestens 10 % voraus (<ref-ruling> E. 4).
Erhält ein Arbeitnehmer, dem eine Übergangsentschädigung zugesprochen wurde, später Taggelder oder eine Rente für die Folgen eines Berufsunfalls oder einer Berufskrankheit, die mit der in der Verfügung bezeichneten Arbeit zusammenhängt, so kann die Übergangsentschädigung laut <ref-law> an diese Leistungen ganz oder teilweise angerechnet werden. Trifft das Übergangstaggeld oder die Übergangsentschädigung mit anderen Sozialversicherungsleistungen zusammen, so wird es oder sie nach <ref-law> gekürzt (<ref-law> in der seit 1. Januar 2003 in Kraft stehenden Fassung). Nach der Systematik sowie dem Sinn und Zweck dieser Norm ist damit einzig das Zusammentreffen mit Leistungen anderer Sozialversicherer, und nicht mit den vom zuständigen Unfallversicherer erbrachten Leistungen gemeint, wie das Bundesgericht bereits in <ref-ruling> E. 3b S. 136 und RKUV 2002 Nr. U 461 S. 420, U 363/01, festgehalten hat. In <ref-ruling> E. 4 S. 437 ff. wurde überdies präzisiert, dass bei der Prüfung des Anspruchs auf ein Übergangstaggeld oder eine Übergangsentschädigung Leistungen anderer Sozialversicherer nicht zu berücksichtigen sind. Diese sind nur von Bedeutung bei der Festsetzung der Höhe der Entschädigung unter Berücksichtigung der Regeln über das Zusammentreffen und die Kumulation von Leistungen im Sinne einer Überentschädigung.
Erhält ein Arbeitnehmer, dem eine Übergangsentschädigung zugesprochen wurde, später Taggelder oder eine Rente für die Folgen eines Berufsunfalls oder einer Berufskrankheit, die mit der in der Verfügung bezeichneten Arbeit zusammenhängt, so kann die Übergangsentschädigung laut <ref-law> an diese Leistungen ganz oder teilweise angerechnet werden. Trifft das Übergangstaggeld oder die Übergangsentschädigung mit anderen Sozialversicherungsleistungen zusammen, so wird es oder sie nach <ref-law> gekürzt (<ref-law> in der seit 1. Januar 2003 in Kraft stehenden Fassung). Nach der Systematik sowie dem Sinn und Zweck dieser Norm ist damit einzig das Zusammentreffen mit Leistungen anderer Sozialversicherer, und nicht mit den vom zuständigen Unfallversicherer erbrachten Leistungen gemeint, wie das Bundesgericht bereits in <ref-ruling> E. 3b S. 136 und RKUV 2002 Nr. U 461 S. 420, U 363/01, festgehalten hat. In <ref-ruling> E. 4 S. 437 ff. wurde überdies präzisiert, dass bei der Prüfung des Anspruchs auf ein Übergangstaggeld oder eine Übergangsentschädigung Leistungen anderer Sozialversicherer nicht zu berücksichtigen sind. Diese sind nur von Bedeutung bei der Festsetzung der Höhe der Entschädigung unter Berücksichtigung der Regeln über das Zusammentreffen und die Kumulation von Leistungen im Sinne einer Überentschädigung.
4.2 4.2.1 Da es sich vorliegend weder um Leistungen eines anderen Sozialversicherers handelt noch um eine nach <ref-law> anrechenbare Leistung des Unfallversicherers, entfällt die Kürzung der Übergangsentschädigung um die Höhe des Unfalltaggelds, wie es die Vorinstanz analog einer Anspruchskonkurrenz bei Leistungen verschiedener Sozialversicherer gemäss <ref-law> vorgenommen hat.
4.2.2 Aus systematischem Blickwinkel beeinflussen die Taggeldleistungen des Unfallversicherers, die nicht als Folge der Berufskrankheit ausgerichtet wurden, den mutmasslich entgangenen Verdienst. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend einwendet, reduziert sich der mutmassliche Verdienst bei einer unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit auch nach Sinn und Zweck der Übergangsentschädigung, weshalb der beschwerdegegnerische Einwand, die für erlittene Unfälle zugesprochene Taggeldentschädigung sei als vorübergehende Leistung ausser Acht zu lassen, da die Bestimmung des <ref-law> nur die Dauerleistungen des Unfallversicherers umfasse, fehl geht. Ein erlittener Unfall mit entsprechenden Pflege- oder Taggeldleistungen schliesst den Anspruch auf Übergangstaggeld oder Übergangsentschädigung aus (vgl. ALFRED MAURER, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, 2. Aufl. 1989, S. 593; siehe auch FRÉSARD/MOSER-SZELESS, L'assurance-accidents obligatoire, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Soziale Sicherheit, 2. Aufl. 2007, Rz. 587 S. 1000). An den Tagen der unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit fehlt es im Umfang derselben an einem Zusammenhang zwischen der Nichteignungsverfügung und der Beeinträchtigung der versicherten Person im beruflichen Fortkommen auf dem Arbeitsmarkt (Urteil 8C_1031/2008 vom 29. April 2009).
4.2.3 Begründen zwei von der Arbeit der Nichteignungsverfügung unabhängige Unfälle einen Anspruch auf Taggeld des Unfallversicherers, verringert sich der mutmassliche Verdienst bei der Berechnung des Höchstanspruchs um die Höhe dieser Entschädigung, wie soeben dargelegt. Deshalb rechtfertigt sich die von der SUVA vorgenommene Berechnung desselben unter anteilsmässiger Ausklammerung der Tage, an welchen der Versicherte arbeitsunfähig war. Dabei hat die SUVA korrekterweise den Prozentsatz der Arbeitsunfähigkeit in die Berechnung einfliessen lassen. Damit spielt es, entgegen den Darlegungen des kantonalen Gerichts, auch keine Rolle, dass die ausgerichteten Taggelder lediglich 80 % des Lohnes betrugen, welchen der Versicherte bei der Firma I._ AG (bei einem 20%igen Arbeitspensum) bezog, da nicht die Taggeldhöhe, sondern die Anzahl der Tage voller oder teilweiser Arbeitsunfähigkeit bei der Berechnung des mutmasslichen Verdienstes massgebend und dementsprechend ausser Acht zu lassen sind. Die Berechnungsart der Übergangsentschädigung, wie sie die SUVA vorgenommen hat, ist demnach zu bestätigen, wobei die konkrete Berechnung antragsgemäss insoweit zu korrigieren ist, als für die Tage vom 10. März bis 16. März 2008 nicht eine Restarbeitsfähigkeit von 25 % sondern von 75 % bestand, woraus ein Netto-Anspruch der vierten Rate von Fr. 24'367.34 resultiert. Die Berechnungsweise der SUVA ist auch in den übrigen umstrittenen Punkten hinsichtlich Familienzulagen und Anrechnung des voraussichtlichen Einkommens nicht zu beanstanden. Den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz, worauf verwiesen wird, kann vollumfänglich zugestimmt werden.
Dem Beschwerdegegner wurde aufgrund der ersten Berechnung der vierten Rate der Übergangsentschädigung eine Summe von Fr. 40'005.54 ausgerichtet. In Gegenüberstellung der beiden Beträge ergibt sich ein Rückforderungsanspruch der SUVA in der Höhe von Fr. 15'638.-.
5. 5.1 <ref-law> sieht vor, dass ein unrechtmässiger Leistungsbezug rückgängig gemacht wird, indem der Empfänger auf dem Weg der Verfügung verpflichtet wird, die ohne Rechtsgrund erbrachte Leistung zurückzuerstatten. Erfasst werden alle Bezüge, die mit einer - für Bestand, Art oder Höhe der Leistungsausrichtung bestimmenden - Norm des gesamten Rechts unvereinbar sind (Urteil I 121/07 vom 16. Januar 2008). Die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Leistungen setzt voraus, dass die Bedingungen für eine Wiedererwägung oder eine prozessuale Revision des die fraglichen Leistungen zusprechenden Entscheids erfüllt sind. Unerheblich ist, ob die zur Rückforderung Anlass gebenden Leistungen förmlich oder formlos verfügt worden sind (<ref-ruling> E. 5.2 in fine S. 320; <ref-ruling> E. 1.1). Die massgeblichen Bestimmungen des UVG und der VUV wurden bei der am 7. November 2007 vorgenommenen, ersten Berechnung der vierten Rate der Übergangsentschädigung unrichtig angewandt, indem Kinderzulagen beim mutmasslichen Verdienst hinzu gerechnet und zugesprochenes Unfalltaggeld nicht abgezogen wurde. Die SUVA konnte die zu Unrecht ausgerichteten Übergangsentschädigungen somit mittels Verfügung nach <ref-law> zurückfordern, zumal die Berichtigung angesichts der Höhe der zu Unrecht gewährten Leistung (E. 4.2.3) von erheblicher Bedeutung ist, sofern der Rückforderungsanspruch nach <ref-law> nicht verwirkt ist, was der Beschwerdegegner einwendet.
5.2 Gemäss Art. 25 Abs. 2 erster Satz ATSG erlischt der Rückforderungsanspruch mit dem Ablauf eines Jahres, nachdem die Versicherungseinrichtung davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber mit dem Ablauf von fünf Jahren nach der Entrichtung der einzelnen Leistung. Wird der Rückerstattungsanspruch aus einer strafbaren Handlung hergeleitet, für welche das Strafrecht eine längere Verjährungsfrist vorsieht, so ist diese Frist massgebend (zweiter Satz der angeführten Gesetzesbestimmung). Bei den genannten Fristen handelt es sich um Verwirkungsfristen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 582; <ref-ruling> E. 3a S. 433).
5.3 Anlässlich der ersten Berechnung der vierten Rate am 7. November 2007 wies die SUVA darauf hin, dass sie eine Korrektur der Berechnung aufgrund der Lohnabrechnungen bei der Überprüfung der vierten Rate vornehmen wird. Sichere Kenntnis davon, dass der Beschwerdegegner in der relevanten Zeit keinen Anspruch auf Familienzulagen besass, erhielt die SUVA erst aufgrund der vom Versicherten am Schalter der SUVA getätigten Aussage vom 2. Juli 2009, weder er noch seine Ehefrau hätten für die Monate Dezember 2007 und Januar 2008 Kinderzulagen bezogen, und der hiezu abgegebenen Bestätigung der Ausgleichskasse Y._ vom 23. Juni 2009. Die für den zweiten Unfall zugesprochenen Taggelder wurden erst am 7. März 2008 abgerechnet. Diesbezüglich geht der beschwerdegegnerische Einwand der Verwirkung des Rückforderungsanspruchs ohnehin fehl. Wenn er zudem vorbringt, bezüglich des ersten Unfalls sei das Unfalltaggeld am 17. Oktober 2007 ausbezahlt worden, weshalb die SUVA bereits bei der ersten Berechnung der vierten Rate der Übergangsentschädigung (am 7. November 2007) davon Kenntnis gehabt habe, was zur Verwirkung des diesbezüglichen Rückforderungsanspruchs führe, verkennt er, dass für die Auslösung der Verwirkungsfrist nicht die tatsächliche, sondern die zumutbare Kenntnis des zur Rückforderung Anlass gebenden Sachverhalts und diesbezüglich nicht der ursprüngliche Irrtum, sondern erst ein "zweiter Anlass" massgebend ist (<ref-ruling> E. 2b in fine S. 306; Urteil 9C_482/2009 vom 19. Februar 2010 E. 3.3.2 mit weiteren Hinweisen). Hinreichende Klarheit über die Höhe der Übergangsentschädigung konnte die SUVA erst aufgrund der anlässlich der Überprüfung der vierten Rate der Übergangsentschädigung eingegangenen Lohnabrechnungen der Firma I._ AG und Bestätigungen über die Kinderzulagen erhalten. Anlässlich dieser umfassenden Kontrolle vom 27. Januar 2009 korrigierte die SUVA die Höhe des mutmasslichen Verdienstes, indem sie nun die für die beiden gemeldeten Unfallereignisse ausgerichteten Taggelder berücksichtigte. Der Rückforderungsanspruch ist daher nicht verwirkt.
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten vom Beschwerdegegner als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Glarus vom 21. September 2011 aufgehoben. Der Einspracheentscheid vom 1. Oktober 2010 wird insoweit abgeändert, als ein Rückforderungsanspruch der SUVA in der Höhe von Fr. 15'638.- besteht.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Mai 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Polla