Sachverhalt:
A. Am 29. April 2008 lenkte der Taxifahrer Y._ seinen Personenwagen durch die Geenstrasse in Pfäffikon und kollidierte kurz vor dem Kreisel bei der Verzweigung Oberhittnauerstrasse/Hittnauerstrasse mit dem von rechts kommenden Velofahrer X._, der sein Fahrrad auf dem Velo-/Fussgängerweg von Oberhittnau her kommend bis zur Geenstrasse lenkte und beabsichtigte, ohne vom Velo abzusteigen, die Geenstrasse auf dem Fussgängerstreifen zu überqueren. Er prallte dabei auf dem Fussgängerstreifen seitlich/frontal gegen die rechte Fahrzeugseite des von Y._ gelenkten Personenwagens, kam infolge der Kollision zu Fall und zog sich eine Unterschenkel- und eine Schulterfraktur zu.
B. Mit Eingabe vom 4. Juli 2008 erstattetete X._ Strafanzeige gegen Y._ wegen Körperverletzung. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland stellte die Untersuchung mit Verfügung vom 16. Juli 2008 ein. Dagegen liess X._ Rekurs erheben, welchen das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 20. März 2009 abwies.
C. X._ wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, es sei der angefochtene Beschluss des Zürcher Obergerichts vom 20. März 2009 aufzuheben, und die Strafverfolgungsbehörden seien unter Aufhebung der staatsanwaltlichen Einstellungsverfügung vom 16. Juli 2008 anzuweisen, die Strafuntersuchung weiterzuführen. Eventualiter sei die Staatsanwaltschaft zu verpflichten, einen Stafbescheid gegen Y._ wegen fahrlässiger Körperverletzung und Verletzung der Verkehrsregeln zu erlassen und ihn mit einer angemessenen Strafe und Busse zu bestrafen. Eventualiter sei zur Klärung des Unfallhergangs und dessen Vermeidbarkeit ein unabhängiges Gutachten einzuholen.
D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer hat seine Beschwerde frist- und formgerecht eingereicht.
1.1 Der Vertretung des Beschwerdeführers durch Rechtsanwalt Assessor iuris Holger Hügel vor Bundesgericht steht nichts entgegen. Dieser ist bei der Rechtsanwaltskammer Berlin, Deutschland, zur Rechtsanwaltschaft zugelassen und im Kanton Zug in der öffentlichen Liste der Aufsichtskommission über die Rechtsanwälte eingetragen (<ref-law>, Art. 27 ff. des Bundesgesetzes über die Freizügigkeit der Anwältinnen und Anwälte [Anwaltsgesetz, BGFA; SR 935.61]).
1.2 Der Beschwerdeführer erlitt bei der Kollision eine Unterschenkel- und eine Schulterfraktur und ist insoweit in Bezug auf die behauptete fahrlässige Körperverletzung Opfer im Sinne von <ref-law> (SR 312.5) und daher gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde gegen den letztinstanzlichen kantonalen Einstellungsbeschluss legitimiert. Hinsichtlich der geltend gemachten Verkehrsregelverletzung kommt dem Beschwerdeführer indessen keine Opferstellung zu (<ref-ruling> E. 3). Als insoweit bloss Geschädigter hat er kein rechtlich geschütztes Interesse an der Anfechtung des Einstellungsbeschlusses der Vorinstanz bzw. der Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen den Beschwerdegegner wegen <ref-law>, da der Strafanspruch diesbezüglich allein dem Staat zusteht. Auf die Beschwerde ist in dieser Hinsicht folglich nicht einzutreten (vgl. Beschwerde, S. 14-19).
2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>).
2.1 Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht sowie behauptete Mängel in der Sachverhaltsfeststellung prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und substantiiert begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1).
2.2 Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass der Lenker des Personenwagens nicht schneller als 30 km/h gefahren sei. Sie stützt sich hierfür namentlich auf die Aussagen des Beschwerdegegners und diejenigen der befragten Auskunftsperson. Diese Geschwindigkeit sei der Verkehrssituation und den Sichtverhältnissen angepasst gewesen, zumal dem Autolenker bei 30 km/h bis 35 km/h nach Erblicken eines unvermittelt auf dem Trottoir vor dem Fussgängerstreifen auftauchenden Fussgängers, der sich mit durchschnittlicher Gehgeschwindigkeit bewege, noch genügend Zeit für eine vollständige Abbremsung geblieben wäre. Gemäss den Aussagen der Auskunftsperson sei der Velofahrer indessen mit einer Geschwindigkeit von ungefähr 20 km/h ungebremst auf den Fussgängerstreifen zugefahren. Das bedeute, dass er erst ungefähr eine Sekunde vor dem Befahren des Fussgängerstreifens ins Sichtfeld des Autolenkers gelangt sei. Aus den polizeilichen Fotoaufnahmen der Verkehrs- und Unfallsituation gehe hervor, dass für einen Fahrzeuglenker erst in der Nähe des Fussgängerstreifens der Radweg sichtbar werde, der in den Fussgängerstreifen einmünde. Noch zehn Meter vor dem Fussgängerstreifen seien für einen Fahrzeuglenker nur ungefähr vier Meter des sich unmittelbar vor dem Fussgängerstreifen befindlichen Trottoirs bzw. des Radwegs zu sehen. Bei diesen Sichtverhältnissen sei es dem Fahrzeuglenker aber nicht möglich gewesen, den von rechts kommenden Velofahrer rechtzeitig wahrzunehmen. Unter diesen Umständen sei in Bezug auf <ref-law>, insbesondere mit Blick auf <ref-law> und <ref-law>, keine relevante Sorgfaltspflichtverletzung auf Seiten des Beschwerdegegners erkennbar, weshalb die Einstellung der Untersuchung zu Recht erfolgt sei.
2.3 In prozessualer Hinsicht macht der Beschwerdeführer geltend, die Rechtsweggarantie nach <ref-law> sei verletzt. Das ist unzutreffend. Diese Verfassungsbestimmung garantiert die Beurteilung von Rechtsstreitigkeiten durch eine richterliche Behörde. Die Überprüfung der Einstellungsverfügung durch die Vorinstanz, welche als unabhängige richterliche Instanz im Rekursverfahren mit voller Kognition entschieden hat (§ 398 Abs. 1 und § 402 Ziff. 1 StPO/ZH), genügt diesem verfassungsrechtlichen Anspruch ohne weiteres. Soweit der Beschwerdeführer unter diesem Titel auch eine Verletzung von Art. 73 KV/ZH rügt, ist nicht erkennbar, dass und inwieweit diese Bestim-mung, welche statuiert, dass die Gerichte Streitsachen und Straffälle entscheiden, die ihnen das Gesetz zuweist, verletzt sein könnte, zumal die Vorinstanz als eine von andern staatlichen Organen unabhängige richterliche Behörde über die vorliegende Sachen befunden hat.
2.4 2.4.1 Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>). Seine Ausführungen erschöpfen sich indessen - bei weitgehender Wiedergabe der bereits im kantonalen Verfahren vertretenen Standpunkte - über weite Strecken in rein appellatorischer und damit unzulässiger Kritik am angefochtenen Urteil. Soweit im Folgenden auf die in der Beschwerde gemachten Darlegungen nicht eingegangen wird, genügen sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>).
2.4.2 Die Vorinstanz konnte den Unfallhergang bzw. die gefahrenen Geschwindigkeiten der in den Unfall Involvierten auf Grund der Aussagen des Beschwerdegegners und der befragten Auskunftsperson ermitteln (vgl. nachstehend E. 2.4.3). Deshalb durfte sie auf die Einholung eines unfallanalytischen Gutachtens verzichten. Sie durfte dies umso mehr tun, als ein Gutachten kaum präzise Erkenntnisse insbesondere in Bezug auf die vom Autolenker gefahrene Geschwindigkeit gebracht hätte angesichts des Umstands, dass weder Brems- noch Reifenspuren des in den Unfall involvierten Autos festgestellt wurden (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 13; kantonale Akten, Urkunden 19 und 20). Unter diesen Umständen ist die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden. Der in diesem Zusammenhang erhobene Vorwurf der Aktenwidrigkeit erweist sich - wie ein einziger Blick in die Akten zeigt - als schlicht verfehlt. Zu Unrecht wird der Vorinstanz auch das erforderliche "Fachwissen" zur Beurteilung der Notwendigkeit der Einholung eines unfallanalytischen Gutachtens abgesprochen bzw. ihr vorgeworfen, sie habe, ohne die wesentlichen Fakten zu berücksichtigen, einen Entscheid über eine Sachverhalts-frage getroffen, welche nur gestützt auf ein Gutachten beantwortet werden könnte.
2.4.3 Nicht zu beanstanden ist, dass sich die Vorinstanz hinsichtlich der vom Autolenker gefahrenen Geschwindigkeit auf die Aussagen des Beschwerdegegners und der befragten Auskunftsperson stützt. Daran ändert entgegen einem Einwand in der Beschwerde nichts, dass die Auskunftsperson den fahrenden Personenwagen erst kurz vor der Kollision wahrgenommen hat. Eine zuverlässige Schätzung der Fahrtgeschwindigkeit ist dennoch ohne weiteres möglich. Das zeigt sich schon daran, dass die Angaben des Beschwerdegegners und diejenigen der Auskunftsperson insoweit weitgehend übereinstimmen. Letztere hat angegeben, der Fahrzeuglenker sei normal an den Kreisel herangefahren. Nach ihrem Dafürhalten sei er nicht schneller als 30 km/h gefahren. Der Beschwerdegegner hat seine Geschwindigkeit grundsätzlich ebenfalls auf rund 30 km/h geschätzt. Vor diesem Hintergrund erweist sich die vorinstanzliche Annahme, der Beschwerdegegner sei nicht schneller als 30 km/h gefahren, jedenfalls nicht als schlechterdings unhaltbar.
2.4.4 Der Beschwerdeführer verkennt, dass aus dem Umstand, dass der Beschwerdegegner während des Fahrens Radio hörte bzw. seit langem im Einsatz war, nicht zwingend abgeleitet werden kann, er habe sein Fahrzeug, als er auf den Fussgängerstreifen zufuhr, nicht mit der nötigen Vorsicht und Aufmerksamkeit gelenkt. Jedenfalls lassen die Aussagen des Beschwerdegegners entgegen der Beschwerde solche Rückschlüsse nicht zu, hat er doch zum Unfallhergang unter anderem angegeben, den Fussgängerstreifen gesehen und kurz nach rechts geblickt zu haben. Dort hätte sich jedoch niemand befunden. Danach habe er nach links geschaut, um den Verkehr um den Kreisel zu beobachten, in welchen er habe einfahren wollen. Insoweit bestehen keine Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdegegner beim Zufahren auf den Fussgängerstreifen abgelenkt bzw. unaufmerksam gewesen wäre. Unter diesen Umständen ist es unter Willkürgesichtspunkten unerheblich, dass sich die Vorinstanz mit dieser Frage im angefochtenen Entscheid nicht ausdrücklich auseinandergesetzt hat.
2.4.5 Ohne Erfolg rügt der Beschwerdeführer abschliessend die Feststellung der Vorinstanz als willkürlich, dem Autolenker sei es bei den gegebenen Sichtverhältnissen nicht möglich gewesen, den von rechts kommenden Velofahrer rechtzeitig wahrzunehmen. Er unterschlägt in diesem Zusammenhang, dass er selbst mit einer Geschwindigkeit von circa 20 km/h ungebremst auf den Fussgängerstreifen zufuhr und aus diesem Grund erst ungefähr eine Sekunde vor dem Befahren des Fussgängerstreifens im Sichtfeld des Beschwerdegegners erschien. Dass und inwiefern die beanstandete Annahme der Vorinstanz vor diesem Hintergrund schlechterdings unhaltbar sein sollte, ist nicht nachvollziehbar.
2.5 Gestützt auf den willkürfrei festgestellten Sachverhalt durfte die Vorinstanz eine in Bezug auf <ref-law> relevante Sorgfaltspflichtverletzung des Fahrzeuglenkers bzw. des Beschwerdegegners ver-neinen. Dafür, dass sie die in diesem Zusammenhang massgeblichen Bestimmungen des Strassenverkehrsgesetzes, nach welchen sich der Umfang der hier zu beachtenden Sorgfalt bemisst, nicht bundesrechtskonform angewendet haben sollte, gibt es entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keinerlei Hinweise. Im Gegenteil. Die Vorinstanz legt der konkreten Fallbeurteilung zugrunde, dass der Beschwerdegegner aufgrund der gesamten Umstände damit rechnen musste, dass ein Fussgänger unvermittelt auftauchen und den Fussgängerstreifen betreten könnte. Weiter geht sie davon aus, dass er seine Geschwindigkeit den gegebenen Strassen- und Verkehrsverhältnissen, insbesondere den beschränkten Sichtverhältnissen, so anzupassen hatte, dass er auch rechtzeitig hätte abbremsen können, wenn unvermittelt ein Fussgänger aufgetaucht wäre. Das hat der Beschwerdegegner getan, als er sich dem Fussgängerstreifen näherte. Nach richtiger Auffassung der Vorinstanz hat er hingegen nicht damit rechnen müssen, dass der Beschwerdeführer mit seinem Velo bei einer Geschwindigkeit von circa 20 km/h ungebremst auf den Fussgängerstreifen zufahren würde. Da es dem Beschwerdegegner nach dem willkürfrei festgestellten Sachverhalt der Vorinstanz insoweit gar nicht möglich war, den Beschwerdeführer unter den gegebenen Umständen rechtzeitig wahrzunehmen, konnte diese eine Verurteilung des Beschwerdegegners ausschliessen und den Einstellungsbeschluss der Staatsanwaltschaft schützen, ohne dabei Bundesrecht zu verletzen.
3. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill