Sachverhalt:
A. Die X._ AG ist seit dem 27. Februar 2004 Eigentümerin der Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 in der Gemeinde Raron. Die beiden Grundstücke liegen im Gebiet "..." in der Rhoneebene. Das Grundstück Nr. 5'006 grenzt im Norden unmittelbar an die Bahntrasse, die zwischen Visp und Leuk entlang des linken Ufers der Rhone verläuft. Im Süden schliesst das Grundstück Nr. 5'007 an, auf dem sich ein Baggersee befindet. Die weiteren im Gebiet "..." liegenden Grundstücke sind bis auf ein Flugfeld landwirtschaftlich genutzt. Gleiches gilt für das Grundstück Nr. 5'006, dies jedenfalls bis zur nachfolgend beschriebenen Inanspruchnahme durch die Y._ AG (vormals Y._ Transit AG).
Nach dem Nutzungsplan der Gemeinde Raron sind die Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 der Zone "Sondernutzungsplan Baggersee" zugewiesen. Das Bau- und Zonenreglement der Gemeinde Raron (GBR/Raron) vom 3. April 1996 hält hierzu in Art. 86 fest:
Die definitive Nutzung in den Perimetern "Baggersee" und "Blasbiel" sowie deren Nutzungsbestimmungen sind über Sondernutzungspläne festzulegen (vgl. Art. 29). Das Verfahren richtet sich nach Art. 33 ff. kRPG [Gesetz vom 23. Januar 1987 zur Ausführung des Bundesgesetzes über die Raumplanung, Gesetzessammlung des Kantons Wallis Nr. 701.1].
B. Am 25. Juni 1999 erteilte das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) der Y._ AG die Plangenehmigung für den Bau des Lötschberg-Basistunnels (Auflageprojekt 1996, einschliesslich Projektänderung 1998). Nach dem Enteignungsplan für die Gemeinde Raron beansprucht die Y._ AG während der Bauzeit unter anderem eine Teilfläche von Grundstück Nr. 5'007. Im zwischenzeitlich eingeleiteten Enteignungsverfahren fand am 24. August 1999 an Ort und Stelle eine Einigungsverhandlung statt. Gegenstand der Einigungsverhandlung waren die von der Y._ AG anbegehrte vorzeitige Besitzeinweisung der Teilfläche auf Grundstück Nr. 5'007 und die Höhe der Entschädigung für die vorübergehende Eigentumsbeschränkung. Eine Einigung konnte nicht erzielt werden.
Mit Entscheid vom 16. September 1999 bewilligte die Eidgenössische Schätzungskommission das Gesuch der Y._ AG um vorzeitige Besitzeinweisung einer Teilfläche von Grundstück Nr. 5'007 als vorübergehende Enteignung. Den Entscheid über die Höhe der Enteignungsentschädigung schob die Eidgenössische Schätzungskommission bis zum Endentscheid auf. Der Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen.
C. Am 29. Juni 2000 erteilte das UVEK der Y._ AG eine weitere Plangenehmigung für den Bau des Lötschberg-Basistunnels (Auflageprojekt 1999, einschliesslich Projektänderung 2000). Für die Ausführung des Projekts beanspruchte die Y._ AG nun auch Teile des Grundstücks Nr. 5'006. Am 3. Juli 2000 fand vor Ort eine Einigungsverhandlung statt, an welcher die damaligen Grundeigentümer einer vorzeitigen Besitzeinweisung der benötigten Teilflächen von Grundstück Nr. 5'006 zustimmten. Eine Einigung über die Enteignungsentschädigung kam hingegen nicht zu Stande.
D. Nachdem zwischenzeitlich die X._ AG die Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 erworben hatte, stellte die BLS Netz AG dieser einen Vereinbarungsentwurf zu. Darin sind die folgenden Enteignungstatbestände mit entsprechenden Entschädigungsangeboten aufgeführt:
Enteignungstatbestand 1:
Dauerhafte Beanspruchung von 2'440 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für den Bau einer neuen Schienentrasse.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 26'352.--.
Enteignungstatbestand 2:
Dauerhafte Errichtung einer Dienstbarkeit für die Durchleitung einer 132 kV-Freileitung der Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) über Grundstück Nr. 5'006 sowie eines Baurechts für einen Betonmast. Angebotene Enteignungsentschädigungen:
Durchleitungsdienstbarkeit: Fr. 2'030.--;
Baurecht: Fr. 2'550.--.
Enteignungstatbestand 3:
Vorübergehende Beanspruchung von rund 472 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für die Verknüpfung der Bahnlinien.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 1'300.--.
Enteignungstatbestand 4:
Vorübergehende Beanspruchung von rund 198 m2 von Grundstück Nr. 5'007 für die Entnahme von Wasser.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 545.--.
Enteignungstatbestand 5:
Vorübergehende Beanspruchung von rund 3'227 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für das Erstellen der 132 kV-Freileitung der SBB.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 1'600.--.
Bei der Berechnung der Enteignungsentschädigungen ging die Y._ AG davon aus, die beiden Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 würden landwirtschaftlich genutzt und es bestünden keine weitergehenden Nutzungsmöglichkeiten. Die Vereinbarung wurde von der X._ AG nicht unterzeichnet.
E. Die weitere Detailplanung zum Bau des Lötschberg-Basistunnels machte im Jahr 2007 zwei weitere Projektanpassungen notwendig, die beide eine zusätzliche Inanspruchnahme von Grundstück Nr. 5'006 zur Folge hatten. Die Y._ AG stellte der X._ AG in der Folge zwei Vereinbarungsentwürfe zu. Darin sind die folgenden Enteignungstatbestände mit entsprechenden Entschädigungsangeboten aufgeführt:
Enteignungstatbestand 6:
Vorübergehende Errichtung eines Fahrwegrechts über Grundstück Nr. 5'006 auf einer Fläche von rund 945 m2, um eine Zufahrtsstrasse zur Versickerungsmulde für die Brückenentwässerung zu erstellen.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 1'140.--.
Enteignungstatbestand 7:
Vorübergehende Beanspruchung von rund 1'465 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für den Bau der Brückenentwässerung.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 340.--.
Enteignungstatbestand 8:
Vorübergehendes Baurecht, um auf Grundstück Nr. 5'006 auf einer Fläche von rund 693 m2 eine Plattform für Wasserpumpen zu errichten.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 2'000.--.
Enteignungstatbestand 9:
Vorübergehendes Fahrwegrecht mit Aufstellfläche für Interventionsfahrzeuge auf Grundstück Nr. 5'006 auf einer Fläche von rund 1'450 m2.
Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 4'200.--.
Die Vereinbarungen wurden von der X._ AG nicht unterzeichnet.
F. Mit Schreiben vom 7. Januar 2008 teilte die Y._ AG der Eidgenössischen Schätzungskommission mit, dass sich der Enteignungstatbestand 1 insofern verändert habe, als von Grundstück Nr. 5'006 lediglich 1'650 m2 und nicht wie bisher geplant 2'440 m2 definitiv beansprucht würden.
Am 1. Juni 2010 fand an Ort und Stelle eine Parteiverhandlung statt. Grundlage der Parteiverhandlung bildete eine von der Y._ AG erstellte Zusammenfassung über die beanspruchten Grundstücksflächen und Rechte mitsamt den dafür angebotenen Entschädigungen. Über die Parteiverhandlung wurde kein Protokoll geführt. Eine Einigung über die Enteignungsentschädigungen wurde nicht erzielt.
Mit Schreiben vom 12. August 2010 stellten die SBB der X._ AG den Entwurf eines Dienstbarkeitsvertrags zu im Bestreben, die für die Verlegung der 132 kV-Freileitung auf Grundstück Nr. 5'006 erforderlichen Rechte freihändig erwerben zu können. Der Dienstbarkeitsvertrag wurde von der X._ AG nicht unterzeichnet.
Mit Schreiben vom 16. Juni 2011 ersuchte die Y._ AG die Eidgenössische Schätzungskommission die offenen Schätzungsverfahren durch Entscheid abzuschliessen.
G. Mit Schätzungsentscheid vom 10. August 2011 stimmte die Eidgenössische Schätzungskommission der beantragten formellen Enteignung von 1'650 m2 von Grundstück Nr. 5'006 zu und setzte die Entschädigung auf Fr. 23'100.-- (Fr. 14.-- pro m2) fest (Enteignungstatbestand 1). In ihrer Begründung führte sie aus, das Grundstück Nr. 5'006 befinde sich nach dem Nutzungsplan der Gemeinde Raron in einer Zone mit unbestimmter Nutzung. Ein Sondernutzungsplan, der nach Art. 86 GBR/Raron die Nutzungsordnung festlege, sei bisher nicht erlassen und genehmigt worden. Das Grundstück Nr. 5'006 sei daher als ausserhalb der Bauzonen liegendes, lediglich landwirtschaftlich nutzbares Grundstück anzusehen. Gestützt auf die preisvergleichende Methode sei ein Preis von Fr. 14.-- pro m2 angemessen, was bei 1'650 m2 einen Gesamtbetrag von Fr. 23'100.-- ergebe.
Des Weiteren erhob die Eidgenössische Schätzungskommission den Entwurf des Dienstbarkeitsvertrags vom 12. August 2010 betreffend die 132 kV-Freileitung der SBB zum integrierenden Bestandteil des Entscheids und setzte die Entschädigungen für eine Durchleitungsdienstbarkeit und ein Baurecht auf Fr. 2'030.-- und auf Fr. 2'550.-- fest (Enteignungstatbestand 2). Auch hinsichtlich der Enteignungstatbestände 8 und 9 erklärte die Eidgenössische Schätzungskommission den entsprechenden Vereinbarungsentwurf zum integrierenden Bestandteil des Entscheids und setzte alsdann die Entschädigungen auf Fr. 2'000.-- und auf Fr. 4'200.-- fest. Betreffend die Enteignungstatbestände 6 und 7 erhöhte sie die von der Y._ AG angebotenen Entschädigungen von Fr. 1'140.-- auf Fr. 4'500.-- respektive von Fr. 340.-- auf Fr. 2'000.--. Im Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission nicht beurteilt wurden die Enteignungstatbestände 3, 4 und 5.
H. Diesen Entscheid focht die X._ AG mit Beschwerde vom 14. September 2011 beim Bundesverwaltungsgericht an mit den Anträgen auf Entscheidaufhebung und auf Rückweisung der Sache an die Eidgenössische Schätzungskommission zur Neubeurteilung. In ihrer Beschwerde rügte die X._ AG die Nichtbehandlung der Enteignungstatbestände 3, 4 und 5. In materieller Hinsicht machte sie geltend, die Eidgenössische Schätzungskommission sei zu Unrecht von einer lediglich landwirtschaftlichen Nutzungsmöglichkeit ausgegangen. Die Entschädigung für die formelle Enteignung von 1'650 m2 von Grundstück Nr. 5'006 sei daher mit insgesamt Fr. 23'100.-- (Fr. 14.--pro m2) deutlich zu tief bemessen (Enteignungstatbestand 1). Ebenso seien die Entschädigungen für die Einräumung einer Durchleitungsdienstbarkeit und eines Baurechts mit Fr. 2'030.-- respektive mit Fr. 2'550.-- zu tief festgesetzt worden (Enteignungstatbestand 2).
Mit Urteil vom 5. März 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es auf diese eintrat. In Bezug auf die Enteignungstatbestände 3, 4 und 5 erwog das Gericht, die Eidgenössische Schätzungskommission habe diese im angefochtenen Entscheid nicht beurteilt, weshalb diese auch nicht Gegenstand der materiellen Beurteilung der Beschwerdeinstanz bilden könnten. Vorliegend hätten weder prozessökonomische Gründe noch die Vermeidung von Widersprüchen zwingend eine gemeinsame Beurteilung aller neun Enteignungstatbestände verlangt. Auf die Beschwerde sei deshalb insoweit nicht einzutreten. Anzumerken sei, dass die Eidgenössische Schätzungskommission die Enteignungstatbestände 3, 4 und 5 von Amtes wegen zu beurteilen haben werde. Betreffend die von der X._ AG angefochtenen Enteignungstatbestände 1 und 2 schützte das Bundesverwaltungsgericht den Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission.
I. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. April 2012 ans Bundesgericht beantragt die X._ AG die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 5. März 2012 und des Entscheids der Eidgenössischen Schätzungskommission vom 10. August 2011.
Die Vorinstanz und die Eidgenössische Schätzungskommission haben auf Vernehmlassungen verzichtet. Die Y._ AG beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu an ihrem Standpunkt fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) stützt sich auf das Bundesgesetz über die Enteignung (EntG; SR 711) und betrifft demzufolge eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Es handelt sich um einen Endentscheid i.S.v. Art. 90 BGG. Die Beschwerdeführerin, deren Entschädigungsbegehren nicht vollumfänglich entsprochen wurde, ist durch den angefochtenen Entscheid in besonderem Masse berührt. Sie ist zur Beschwerdeführung legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf ihre Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
Nicht einzutreten ist jedoch auf den Antrag der Beschwerdeführerin, den Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission vom 10. August 2011 aufzuheben. Unterinstanzliche Entscheide sind mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht selbstständig anfechtbar. Sie werden mit Blick auf den Devolutiveffekt durch den Entscheid der letzten kantonalen Instanz ersetzt und gelten mit der dagegen gerichteten Beschwerde als mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
2. Soweit die Vorinstanz nicht auf die Beschwerde der Beschwerdeführerin betreffend die Nichtbehandlung der Enteignungstatbestände 3, 4 und 5 durch die Eidgenössische Schätzungskommission eingetreten ist, wird dies in der Beschwerde ans Bundesgericht nicht beanstandet. Ebenso wenig bringt die Beschwerdeführerin Einwände gegen die vorinstanzliche Beurteilung des Enteignungstatbestands 2 vor.
Vielmehr werden in der Beschwerde einzig Rügen erhoben, welche sich auf den Enteignungstatbestand 1 beziehen. Die Beschwerdeführerin macht insoweit geltend, die zugesprochene Enteignungsentschädigung von Fr. 23'400.-- (Fr. 14.-- pro m2) sei zu tief bemessen, und rügt in der Hauptsache eine Verletzung der Art. 16, 19 lit. a und 19bis Abs. 1 EntG.
Vielmehr werden in der Beschwerde einzig Rügen erhoben, welche sich auf den Enteignungstatbestand 1 beziehen. Die Beschwerdeführerin macht insoweit geltend, die zugesprochene Enteignungsentschädigung von Fr. 23'400.-- (Fr. 14.-- pro m2) sei zu tief bemessen, und rügt in der Hauptsache eine Verletzung der Art. 16, 19 lit. a und 19bis Abs. 1 EntG.
2.1 2.1.1 Die Beschwerdeführerin führt aus, die Eidgenössische Schätzungskommission habe zusätzlich zur Einigungsverhandlung vom 3. Juli 2000 am 1. Juni 2010 eine Parteiverhandlung durchgeführt. In dieser Parteiverhandlung sei eine zweite Einigungsverhandlung zu "erblicken". Massgebender Zeitpunkt für die Schätzung sei daher der 1. Juni 2010. Da die Vorinstanz in Übereinstimmung mit der Auffassung der Eidgenössischen Schätzungskommission zu Unrecht vom 3. Juli 2000 als Stichtag ausgegangen sei, sei das angefochtene Urteil aufzuheben (Beschwerde Ziffer IV./1.).
2.1.2 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, gemäss Art. 86 GBR/Raron sei die definitive Nutzung im Perimeter "Baggersee" über einen Sondernutzungsplan nach Art. 29 GBR/Raron festzulegen. Nach dieser Bestimmung sei der Gemeinderat befugt, in klar begrenzten Teilen des Baugebiets die Erarbeitung von Sondernutzungsplänen zu beschliessen. Dies weise somit darauf hin, dass der Gesetzgeber den Perimeter "Baggersee" grundsätzlich als Bauzone ausgeschieden habe. Auch aus dem Entscheid der Ausführungskommission der Gesamtmelioration Visp-Baltschieder-Raron von August 2011 ergebe sich, dass das Gebiet "Baggersee" im Rahmen der kommunalen Zonennutzungsplanung bewusst nicht der Landwirtschaftszone zugewiesen worden sei. Zusammenfassend sei deshalb davon auszugehen, dass sich das Grundstück Nr. 5'006 in der Bauzone befinde (Beschwerde Ziffer IV./2.).
2.1.3 Selbst wenn sich aber das Grundstück Nr. 5'006 nicht in der Bauzone befinden sollte, so habe jedenfalls bereits zum Zeitpunkt der (ersten) Einigungsverhandlung vom 3. Juli 2000 damit gerechnet werden können, dass der Perimeter "Baggersee" mit grosser Wahrscheinlichkeit in naher Zukunft überbaut werden würde (Beschwerde Ziffer IV./3.).
2.1.3 Selbst wenn sich aber das Grundstück Nr. 5'006 nicht in der Bauzone befinden sollte, so habe jedenfalls bereits zum Zeitpunkt der (ersten) Einigungsverhandlung vom 3. Juli 2000 damit gerechnet werden können, dass der Perimeter "Baggersee" mit grosser Wahrscheinlichkeit in naher Zukunft überbaut werden würde (Beschwerde Ziffer IV./3.).
2.2 2.2.1 Die Vorinstanz hat vorab festgehalten, die Einigungsverhandlung für die Enteignungstatbestände 1 und 2 habe am 3. Juli 2000 stattgefunden. Es sei daher für die Bemessung der Enteignungsentschädigung auf dieses Datum abzustellen (angefochtenes Urteil E. 3).
2.2.2 Die Vorinstanz hat erwogen, für das streitbetroffene Grundstück Nr. 5'006 der Beschwerdeführerin sei bis heute keine Sondernutzungsplanung durchgeführt worden. Zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung habe damit keine Nutzungsordnung bestanden, die Art und Mass der zulässigen Bodennutzung bestimmt hätte. Ferner behaupte die Beschwerdeführerin zu Recht nicht, dass sich ihr Grundstück in einem weitgehend überbauten Gebiet befinde oder eine Baulücke darstelle. Die Eidgenössische Schätzungskommission sei vor diesem Hintergrund richtigerweise zum Schluss gekommen, das Grundstück Nr. 5'006 sei am 3. Juli 2000 Bestandteil des Nichtbaugebiets und daher lediglich landwirtschaftlich nutzbar gewesen (angefochtenes Urteil E. 4).
2.2.3 Zudem - so hat die Vorinstanz weiter ausgeführt - habe zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung am 3. Juli 2000 nicht davon ausgegangen werden können, dass das Grundstück Nr. 5'006 in naher Zukunft einer Bauzone zugewiesen werde, habe doch die Gemeinde Raron zu diesem Zeitpunkt die Nutzungsplanung für die Zone "Sondernutzungsplan Baggersee" noch nicht anhand genommen gehabt (vgl. angefochtenes Urteil E. 5).
2.2.3 Zudem - so hat die Vorinstanz weiter ausgeführt - habe zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung am 3. Juli 2000 nicht davon ausgegangen werden können, dass das Grundstück Nr. 5'006 in naher Zukunft einer Bauzone zugewiesen werde, habe doch die Gemeinde Raron zu diesem Zeitpunkt die Nutzungsplanung für die Zone "Sondernutzungsplan Baggersee" noch nicht anhand genommen gehabt (vgl. angefochtenes Urteil E. 5).
2.3 2.3.1 Eine Enteignung darf nach Art. 16 EntG nur gegen volle Entschädigung erfolgen. Dieser Grundsatz gilt für dauerhafte Enteignungen ebenso wie für die vorübergehende Beanspruchung von Rechten. Zu vergüten sind der volle Verkehrswert des enteigneten Rechts, der Minderwert der verbleibenden Rechte bei einer teilweisen Enteignung und die weiteren Nachteile, die dem Enteigneten aus der Enteignung entstehen (Art. 19 lit. a-c EntG). Der Verkehrswert eines Grundstücks bestimmt sich wie der Minderwert im Wesentlichen anhand der mit einem Grundstück verbundenen Nutzungsmöglichkeiten. Nach Art. 19bis Abs. 1 EntG ist für die Frage, welche rechtliche und tatsächliche Situation der Bewertung des enteigneten Bodens zugrunde zu legen ist, auf das Datum der Einigungsverhandlung abzustellen.
2.3.2 Für die Ermittlung des Verkehrswerts ist entscheidend, ob das Grundstück der Beschwerdeführerin zum massgeblichen Zeitpunkt, wie von ihr geltend gemacht, in einer Bauzone lag, oder ob mit der Vorinstanz davon auszugehen ist, dass das Grundstück dem Nichtbaugebiet zugehörig und lediglich landwirtschaftlich nutzbar war.
Nach Art. 14 RPG ergeben sich Art, Ort und Mass der zulässigen Bodennutzung aus dem Nutzungsplan. Die entsprechende Planung durchzuführen, ist im Kanton Wallis Sache der Gemeinden (Art. 11 Abs. 1 kRPG/VS). Diese sind in der Nutzungsplanung jedoch nicht frei. Die Gestaltungsfreiheit der Gemeinden ist durch die bundesrechtliche Ordnung begrenzt. Hiernach dürfen Bauzonen höchstens jenes Land umfassen, das sich für die Überbauung eignet und weitgehend überbaut ist oder voraussichtlich innert 15 Jahren benötigt und erschlossen wird (Art. 15 RPG). Das übrige Land ist einer Nichtbauzone, der Landwirtschaftszone oder einer Schutzzone zuzuweisen (Art. 14 Abs. 2 RPG). Aus dieser Grundordnung sowie aus den Zielen und Grundsätzen der Raumplanung nach Art. 1 und Art. 3 RPG ergibt sich der für die Raumplanung fundamentale Grundsatz der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet. Die Siedlungs- bzw. Bautätigkeit ist auf räumlich zusammenhängende, vom umliegenden Nichtsiedlungsgebiet klar abgegrenzte und auf das Notwendige beschränkte Bauzonen zusammenzufassen (Urteil des Bundesgerichts 1C_119/2007 vom 13. November 2008 E. 3.7.3, in: ZBl 110/2009 S. 315).
2.3.3 Für die Bestimmung des Verkehrs- und des Minderwerts ist die zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung bestehende Zonenordnung nicht schlechthin ausschlaggebend. Der Verkehrswert bestimmt sich auch anhand zukünftiger Nutzungsmöglichkeiten. Diese sind daher sowohl bei der Verkehrswertschätzung als auch bei der Bemessung der Minderwertentschädigung mit zu berücksichtigen (Art. 20 Abs. 1 EntG). Von einer anderen als der im Zeitpunkt der Einigungsverhandlung geltenden Rechtslage darf und muss aber nur ausgegangen werden, wenn feststeht oder mit hoher Wahrscheinlichkeit zu erwarten ist, dass die rechtliche Situation des betreffenden Grundstücks zur Zeit der Einigungsverhandlung ohne die Enteignung bereits abgeändert oder in naher Zukunft durch Ein- oder Umzonung geändert worden wäre. Bloss theoretische Möglichkeiten oder vage Aussichten auf eine künftige bessere Nutzung genügen demgegenüber nicht (<ref-ruling> E. 13.3 S. 72; vgl. auch Urteil 1C_233/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 3.1). Unter der besseren Nutzung eines Grundstücks ist in der Regel die Möglichkeit der Überbauung zu verstehen. Dabei ist besondere Zurückhaltung geboten, wenn unerschlossene, ausserhalb des Baugebiets liegende Grundstücke zu bewerten sind. Die Möglichkeit einer besseren Verwendung als Bauland darf hier nur bejaht werden, wenn sichere Anzeichen für eine bevorstehende Einzonung vorhanden sind (vgl. <ref-ruling> E. 11.4 S. 179 f.).
2.3.3 Für die Bestimmung des Verkehrs- und des Minderwerts ist die zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung bestehende Zonenordnung nicht schlechthin ausschlaggebend. Der Verkehrswert bestimmt sich auch anhand zukünftiger Nutzungsmöglichkeiten. Diese sind daher sowohl bei der Verkehrswertschätzung als auch bei der Bemessung der Minderwertentschädigung mit zu berücksichtigen (Art. 20 Abs. 1 EntG). Von einer anderen als der im Zeitpunkt der Einigungsverhandlung geltenden Rechtslage darf und muss aber nur ausgegangen werden, wenn feststeht oder mit hoher Wahrscheinlichkeit zu erwarten ist, dass die rechtliche Situation des betreffenden Grundstücks zur Zeit der Einigungsverhandlung ohne die Enteignung bereits abgeändert oder in naher Zukunft durch Ein- oder Umzonung geändert worden wäre. Bloss theoretische Möglichkeiten oder vage Aussichten auf eine künftige bessere Nutzung genügen demgegenüber nicht (<ref-ruling> E. 13.3 S. 72; vgl. auch Urteil 1C_233/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 3.1). Unter der besseren Nutzung eines Grundstücks ist in der Regel die Möglichkeit der Überbauung zu verstehen. Dabei ist besondere Zurückhaltung geboten, wenn unerschlossene, ausserhalb des Baugebiets liegende Grundstücke zu bewerten sind. Die Möglichkeit einer besseren Verwendung als Bauland darf hier nur bejaht werden, wenn sichere Anzeichen für eine bevorstehende Einzonung vorhanden sind (vgl. <ref-ruling> E. 11.4 S. 179 f.).
2.4 2.4.1 Die Vorinstanzen haben zutreffend die Einigungsverhandlung vom 3. Juli 2000 als massgeblichen Stichtag zur Berechnung der Enteignungsentschädigung angesehen. Zwar wurde am 1. Juni 2010 eine Parteiverhandlung durchgeführt. Diese kann jedoch nicht als förmliche Einigungsverhandlung im Sinne von Art. 48 EntG qualifiziert werden, zumal deren Ergebnisse nirgends schriftlich festgehalten wurden, geschweige denn, darüber das von Gesetzes wegen vorgeschriebene Protokoll geführt wurde (vgl. hierzu Art. 49 EntG).
Soweit die Beschwerdeführerin insoweit vorbringt, das Abstellen auf den Zeitpunkt der Einigungsverhandlung vom 3. Juli 2000 statt auf jenen der Parteiverhandlung vom 1. Juli 2010 verstosse gegen Treu und Glauben und verletze damit Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV, substanziiert sie ihre Vorbringen nicht hinreichend (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG), weshalb auf die Beschwerde in diesem Punkt nicht eingetreten werden kann (vgl. insoweit auch <ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
2.4.2 Nach dem Nutzungsplan der Gemeinde Raron war das Grundstück Nr. 5'006 am 3. Juli 2000 der Zone "Sondernutzungsplan Baggersee" zugewiesen. Im kommunalen Bau- und Zonenreglement finden sich indes keine Vorschriften über Art und Mass der in dieser Zone zulässigen Bodennutzung. Vielmehr hält Art. 86 GBR/Raron fest, dass die definitive Nutzung samt Nutzungsbestimmungen noch festzulegen ist, und schreibt hierfür das Instrument der Sondernutzungsplanung nach Art. 29 GBR/Raron vor.
Art. 69 GBR/Raron führt die verschiedenen Zonen im Gemeindegebiet auf, nämlich Bauzonen (lit. A.), Landwirtschaftszonen (lit. B.), Schutzzonen (lit. C.), weitere Zonen (lit. D.) und Zonen nach Spezialgesetzgebung (lit. E.). Unter den weiteren Zonen gemäss lit. D. wird der Sondernutzungsplan "Baggersee" aufgelistet. Da bis heute für das sich im Perimeter "Baggersee" befindliche Grundstück Nr. 5'006 der Beschwerdeführerin keine Nutzungsplanung durchgeführt worden ist, ist dieses noch immer der weiteren Zone (lit. D.) zugeordnet und gerade nicht in der Bauzone (lit. A.) gelegen.
Aus ihrem Hinweis auf Art. 29 GBR/Raron, wonach der Gemeinderat befugt ist, in klar begrenzten Teilen des Baugebiets die Erarbeitung von Sondernutzungsplänen zu beschliessen, kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Hierbei handelt es sich, wie die Vorinstanz im angefochtenen Urteil zutreffend ausgeführt hat, einzig um eine Ermächtigung zugunsten des Gemeinderats und nicht um eine Nutzungsvorschrift, aus der sich die zulässige Bodennutzung ergibt. An diesem Ergebnis vermag der Entscheid der Ausführungskommission der Gesamtmelioration Visp-Baltschieder-Raron von August 2011 nichts zu ändern, da diese Kommission nicht Nutzungsplanbehörde ist.
Die Vorinstanz hat somit zu Recht geschlossen, dass das Grundstück Nr. 5'006 der Beschwerdeführerin zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung vom 3. Juli 2000 dem Nichtbaugebiet zugehörig und daher lediglich landwirtschaftlich nutzbar war.
2.4.3 Die Gemeinde Raron hatte am 3. Juli 2000 die Sondernutzungsplanung für den Perimeter "Baggersee" noch nicht anhand genommen; vielmehr ist diese bis heute noch nicht durchgeführt worden. Es kann deshalb nicht gesagt werden, zum Zeitpunkt der Einigungsverhandlung hätten sichere Anzeichen bestanden, dass das Grundstück Nr. 5'006 der Beschwerdeführerin in naher Zukunft einer Bauzone zugewiesen werde.
2.4.4 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Vorinstanz bei der Bemessung der Enteignungsentschädigung für den Enteignungstatbestand 1 zu Recht auf die im Zeitpunkt der Einigungsverhandlung vom 3. Juli 2000 geltende Rechtslage abgestellt hat, wonach das Grundstück Nr. 5'006 dem Nichtbaugebiet zugehörig war. Es ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht gerügt, dass die ausgehend von einer lediglich landwirtschaftlichen Nutzung des Grundstücks festgesetzte Enteignungsentschädigung von Fr. 23'100.-- (Fr. 14.-- pro m2) nicht zu einer vollen Entschädigung führen würde und damit rechtswidrig wäre.
3. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Kostenfolgen im bundesgerichtlichen Verfahren richten sich nach dem BGG (Art. 116 Abs. 3 EntG). Danach werden die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Ausnahmsweise, wenn es die Umstände rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG; Urteil 1C_284/2009 vom 8. Juni 2010 E. 13.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Vorliegend besteht kein Grund, von der in Art. 66 Abs. 1 BGG vorgesehenen Regel abzuweichen. Die Gerichtskosten sind folglich von der Beschwerdeführerin zu tragen. Der Beschwerdegegnerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG; vgl. Urteil 1C_27/2009 vom 17. September 2009 E. 6).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Schätzungskommission Kreis 4 und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner