Faits:
A. Le 9 juillet 2005 vers 17h15, X._, circulant au volant d'une automobile, a remonté à faible allure en empruntant sur une distance de 200 mètres environ la bande d'arrêt d'urgence les files de véhicules qui circulaient sur l'autoroute A9 entre les jonctions d'Aigle et de Villeneuve, en direction de Villeneuve. Ces dernières avançaient à très faible allure en raison d'un ralentissement provoqué par les travaux dans le tunnel de Glion. Il a été condamné, par prononcé préfectoral du 9 août 2005, à une amende de 380 francs.
B. Par décision du 8 novembre 2005, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a ordonné le retrait de son permis de conduire pour une durée d'un mois dès le 7 mai 2006.
C. Par jugement du 9 juin 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a admis le recours formé par X._ contre cette décision et l'a réformée en ce sens que seul un avertissement était prononcé contre l'intéressé.
D. Le SAN interjette un recours de droit administratif contre ce jugement, concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision du 8 novembre 2005. Il requiert également l'octroi de l'effet suspensif à son recours.
Invité à se déterminer sur le recours, le Tribunal administratif a conclu à son rejet, en soulignant tout particulièrement le peu d'intensité de la mise en danger résultant du comportement incriminé. L'intimé a conclu au rejet du recours de droit administratif.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Il y a lieu de relever à titre préliminaire que l'arrêt attaqué a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). Or, conformément à l'<ref-law>, cette loi ne s'applique aux procédures de recours que si l'acte attaqué a été rendu après son entrée en vigueur. C'est donc sur la base de l'ancien droit de procédure, en l'espèce les art. 97 ss OJ relatifs au recours de droit administratif que doit être tranchée la présente cause.
2. Les décisions de dernière instance cantonale en matière de retrait de permis de conduire sont susceptibles de recours de droit administratif au Tribunal fédéral (<ref-law> dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006; RO 2006 p. 2265). Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation. La notion de droit fédéral inclut les droits constitutionnels des citoyens, de sorte que le recourant peut également faire valoir la violation de droits de rang constitutionnel, le recours de droit administratif tenant alors lieu de recours de droit public (art. 104 OJ; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318). Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties; il n'est en revanche pas lié par les motifs que les parties invoquent (art. 114 al. 1 OJ).
Lorsque le recours est dirigé contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans l'arrêt attaqué sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de la procédure (art. 105 al. 2 OJ).
3. Les dispositions régissant le retrait d'admonestation du permis de conduire ont été révisées par la loi fédérale du 14 décembre 2001, entrée en vigueur le 1er janvier 2005 (RO 2002 2726; RO 2004 2849). Les règles nouvelles s'appliquent aux personnes qui ont commis une infraction légère, moyenne ou grave depuis cette date (al. 1 des dispositions transitoires de la modification du 14 décembre 2001; RO 2002 2781). Elles sont, partant, applicables en l'espèce.
4. L'<ref-law> consacre l'interdiction du dépassement par la droite. Il y a, selon la jurisprudence, dépassement lorsqu'un véhicule plus rapide rattrape un véhicule circulant plus lentement dans la même direction, le devance et poursuit sa route devant lui. Dans la règle, le fait de déboîter et de se rabattre n'est pas indispensable pour qualifier la manoeuvre de dépassement (<ref-ruling> consid. 2a p. 194; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1). Il n'en va différemment que lorsqu'il s'agit, sur route (art. 8 al. 3 de l'ordonnance sur les règles de la circulation routière, du 13 novembre 1962 [OCR; RS 741.11]) ou sur autoroute (art. 36 al. 5 let. a OCR), de distinguer la situation dans laquelle un usager en dépasse d'autres par la droite, de celle dans laquelle il se borne à devancer un ou plusieurs autres usagers circulant en files parallèlement à sa propre voie de circulation (surpassement). Dans la circulation en files parallèles, le fait de déboîter est en lui-même autorisé, comme le fait de se rabattre (<ref-law>). Le fait de déboîter, devancer un ou plusieurs véhicules par la droite et se rabattre dans un même élan, en utilisant habilement les espaces demeurant libres dans la file parallèle dans le seul but de gagner du terrain tombe cependant à nouveau sous le coup de l'interdiction de dépasser à droite (<ref-ruling> consid. 2a p. 194 s.; <ref-ruling> consid. 2 et 3). Il n'y a toutefois lieu de distinguer de la sorte qu'en présence de voies de circulation distinctes permettant la circulation en files parallèles. Cette distinction ne trouve, partant, pas application lorsque, comme en l'espèce, la voie empruntée pour devancer d'autres véhicules est la bande d'arrêt d'urgence, qui ne constitue pas une voie de circulation, mais uniquement une partie de la voie de circulation qui ne peut être utilisée que dans les conditions prévues par l'art. 36 al. 3 OCR (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 57).
En l'espèce et au regard de ces principes, dont il n'y a pas lieu de s'écarter, la manoeuvre opérée par l'intimé ne peut être qualifiée que comme un dépassement par la droite (ATF <ref-ruling>, précité). C'est en vain que l'intimé souligne dans ses observations que son intention n'était pas de gagner quelques places dans la file, mais bien de quitter l'autoroute. Ce comportement, quelle qu'ait pu être l'intention première de l'intéressé, viole par ailleurs également l'interdiction d'utiliser la bande d'arrêt d'urgence hors des cas prévus par la réglementation fédérale (art. 36 al. 3 OCR). Il s'agit dès lors uniquement d'examiner si, sur le plan administratif, l'infraction commise constitue un cas de peu de gravité susceptible d'un simple avertissement, comme l'a retenu la cour cantonale, ou si elle doit être sanctionnée d'un retrait de permis, comme le soutient l'office recourant.
5. 5.1 Conformément à l'<ref-law>, commet une infraction légère la personne qui, en violant les règles de la circulation, met légèrement en danger la sécurité d'autrui et à laquelle seule une faute bénigne peut être imputée. Après une infraction légère, le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire est retiré pour un mois au moins au conducteur qui a fait l'objet d'un retrait de permis ou d'une autre mesure administrative au cours des deux années précédentes (al. 2 ). L'auteur d'une infraction légère fait l'objet d'un avertissement si, au cours des deux années précédentes, le permis de conduire ne lui a pas été retiré et qu'aucune autre mesure administrative n'a été prononcée (al. 3). En cas d'infraction particulièrement légère, il est renoncé à toute mesure administrative (al. 4).
Commet, en revanche, une infraction moyennement grave la personne qui, en violant les règles de la circulation, crée un danger pour la sécurité d'autrui ou en prend le risque (art. 16b al. 1 let. a). Après une infraction moyennement grave, le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire est retiré pour un mois au minimum (al. 2 let. a).
5.2 Dans un arrêt récent, auquel se réfère l'office recourant, la cour de céans a jugé que la faute commise par un motard qui, le soir, a emprunté dans les mêmes circonstances que l'intimé la bande d'arrêt d'urgence sur une distance d'un kilomètre, pour remonter par la droite jusqu'à la prochaine sortie de l'autoroute la colonne des autres usagers très ralentie en raison de travaux effectués dans le tunnel de Glion, ne pouvait plus, ni subjectivement ni objectivement, être qualifiée de légère, même s'il ne roulait qu'à une vitesse de l'ordre de 10 km/h. La cour de céans a, en particulier, relevé que, sous réserve des exceptions déjà mentionnées, l'interdiction de dépasser par la droite constituait une règle élémentaire de la circulation qui, parce qu'elle vise la sécurité de la circulation et son bon déroulement, doit être impérativement respectée. Elle a également souligné le caractère réel du risque créé pour les autres usagers de la route. La majorité d'entre eux ne s'attendent en effet pas à être dépassés par la droite sur la bande d'arrêt d'urgence, ce qui peut, notamment, provoquer des réactions inappropriées de leur part. On ne peut, en outre, exclure qu'un véhicule en détresse se rabatte sur la bande d'arrêt d'urgence ou que les automobilistes roulant normalement soient contraints de le faire en raison de l'intervention de la police ou des services sanitaires (arrêt du 31 mai 2005, 6A.22/2005).
5.3 Il n'y a en l'espèce, contrairement à l'opinion de la cour cantonale, aucune raison de qualifier différemment la faute de l'intimé, qui n'apparaît donc pas bénigne. Ni sa vitesse au moment des faits, qui est du reste comparable à celle du motard dans le cas précité, ni la distance parcourue en infraction, ni même le type de véhicule conduit ne font apparaître moins important ou immédiat le risque ainsi créé, qui peut se réaliser à tout instant. On peut, du reste, d'autant exiger du conducteur qui désire quitter l'autoroute qu'il s'abstienne d'utiliser la bande d'arrêt d'urgence que la sortie en est plus proche et l'attente restante, en conséquence, moins longue, si bien que l'on ne peut, quant à l'appréciation de la faute, accorder une importance déterminante à la distance parcourue qui n'est, en l'espèce, au demeurant pas négligeable.
On ne peut, par ailleurs, méconnaître que la généralisation de ce comportement dans les nombreux ralentissements que l'on rencontre sur les autoroutes aussi bien lors de travaux dans des tunnels qu'en cas de travaux de rénovation des revêtements et des ouvrages d'art, n'a pas pour seule conséquence que certains automobilistes roulant normalement dans la file ralentie peuvent être surpris par un automobiliste les dépassant par la droite, mais provoque, ce qui n'est pas rare, un engorgement de la bande d'arrêt d'urgence elle-même. Cette situation rend ainsi impossible, notamment, le dégagement des voies de circulation au bénéfice des véhicules prioritaires des services de police, de santé et du feu (<ref-law>). A cela s'ajoute que ce comportement - qui ne constitue pas une simple peccadille et dénote en outre un singulier manque d'égard et de courtoisie envers les usagers de la route qui respectent la réglementation et s'en trouvent en définitive pénalisés par une attente prolongée - crée un risque supplémentaire d'accrochages à la jonction de la bande d'arrêt d'urgence et de la voie de sortie d'autoroute, en raison de la confusion induite dans le règlement des priorités lorsque convergent à la sortie de l'autoroute les automobilistes quittant normalement cette dernière et ceux, arrivant sur leur droite, qui empruntent de manière illicite la bande d'arrêt d'urgence. Aussi, l'intimé ne peut-il rien déduire en sa faveur du fait que près de 2000 personnes ont été interpellées dans les mêmes circonstances que lui, comme, il le souligne dans ses observations. Le nombre élevé des contrevenants tend, au contraire, très clairement à démontrer la nécessité de rappeler le caractère essentiel pour la sécurité du trafic des règles ainsi violées.
5.4 Il est vrai que dans certaines circonstances la bande d'arrêt d'urgence peut être ouverte au trafic et constitue alors une voie de circulation à part entière. Il peut notamment en aller ainsi en cas d'accidents ou de bouchons aux environs de travaux. Cette dérogation à la règle de l'art. 36 al. 3 OCR doit cependant demeurer exceptionnelle. Hors des cas où elle est imposée immédiatement par l'arrivée d'un véhicule d'urgence prioritaire dûment signalé (<ref-law>), elle doit faire l'objet d'instructions claires données par les forces de l'ordre (art. 67 de l'ordonnance sur la signalisation routière du 5 septembre 1979 [OSR; RS 741.21]) ou, le cas échéant si la situation est appelée à se prolonger, par une signalisation, un marquage voire un balisage adéquat au sol (<ref-law>). De telles circonstances ne sont pas établies en l'espèce. En l'absence de toute indication de ce type, l'utilisation de la bande d'arrêt d'urgence demeure, en revanche, soumise aux conditions restrictives prévues par l'art. 36 al. 3 OCR et le fait de l'emprunter pour remonter la file des autres automobilistes constitue un dépassement par la droite prohibé (v. supra consid. 4). A cet égard, un simple panneau de déviation installé par exemple à l'occasion d'une manifestation (en l'espèce pour le Montreux Jazz Festival), faute de toute autre indication spécifique ou marquage particulier, ne peut en aucun cas être interprété comme une dérogation à ces règles. Une erreur de ce type, même si elle devait être retenue, procéderait, dans le meilleur des cas, d'une confusion telle quant à la portée des signalisations prévues par l'OSR qu'elle constituerait une grave négligence et n'en ferait pas apparaître pour autant comme bénigne la faute de l'intimé. Il s'ensuit que ce dernier ne pouvait, quoi qu'il en soit, rien déduire en sa faveur de la présence d'un tel panneau en relation avec laquelle il a requis de la cour cantonale des mesures d'instruction. Il n'y a, partant, pas lieu de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle complète l'état de fait sur la question de la localisation exacte de ce panneau, qu'elle a laissée indécise.
5.5 Il résulte de ce qui précède que la faute commise par l'intimé ne peut être qualifiée de bénigne au sens de l'<ref-law>, si bien que l'infraction est moyennement grave au sens de l'<ref-law>), le risque créé pour la circulation n'apparaissant, par ailleurs, pas non plus particulièrement léger. L'arrêt cantonal, qui sanctionne son comportement d'un simple avertissement viole le droit fédéral.
6. Lorsque le Tribunal fédéral annule la décision attaquée, il peut soit statuer lui-même sur le fond soit renvoyer l'affaire pour nouvelle décision à l'autorité intimée, voire à l'autorité qui a statué en première instance (cf. art. 114 al. 2 OJ). En l'espèce, il convient de prononcer un retrait d'admonestation du permis de conduire de l'intimé pour toutes les catégories et sous-catégories, à l'exception des catégories spéciales F, G et M, pour la durée d'un mois. Il incombera au SAN de fixer à nouveau la date à laquelle prend effet ce retrait. Au surplus, la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour la répartition et le règlement des frais et dépens de la procédure cantonale (cf. art. 157 et 159 al. 6 OJ).
7. L'intimé, qui succombe, supporte les frais de la procédure (art. 156 al. 1 OJ). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux autorités recourantes (art. 159 al. 2 OJ).
La requête d'effet suspensif, dont on ne perçoit pas concrètement la portée, est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit administratif est admis.
2. Le permis de conduire de l'intimé est retiré pour une durée d'un mois.
3. Un émolument judiciaire de 2000 francs est mis à la charge de l'intimé.
4. La cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Vaud afin qu'il statue à nouveau sur les frais de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au Service des automobiles et de la navigation, au mandataire de l'intimé, au Tribunal administratif du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes Division circulation routière.
Lausanne, le 11 janvier 2007
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: