Sachverhalt:
A. A.X._ und B.X._ betreiben seit 1970 ein landwirtschaftliches Gewerbe in Bergdietikon AG. In den Jahren 1980 bis 2000 nahmen sie verschiedene Ersatzbeschaffungen vor. Die stillen Reserven wurden jeweils mittels Sofortabschreibungen auf den neuen Anlagekosten auf die Ersatzobjekte übertragen zwecks Aufschubs der Einkommensbesteuerung.
B. Gegenüber den Eheleuten X._ bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau für die Staatssteuer 2001 kantonal letztinstanzlich einen Restanlagewert des Bodens von Fr. 16'171.--, einen Buchwert des Gebäudes von Fr. 14'400.-- und kumulierte Abschreibungen von Fr. 328'488.--.
C. Am 4. Januar 2010 haben A.X._ und B.X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen im Wesentlichen, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 4. November 2009 aufzuheben und die kumulierten Abschreibungen für die Staatssteuer 2001 auf Fr. 9'600.-- festzusetzen. Die restlichen Fr. 318'888.-- seien dereinst der Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen.
D. Das Kantonale Steueramt Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf einen Antrag verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich zulässig (vgl. <ref-law> in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]).
1.2 Es ist jedoch zumindest zweifelhaft, ob die Beschwerde den gesetzlichen Begründungserfordernissen gerecht zu werden vermag: Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Das setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Das ist aber erst dann möglich, wenn wenigstens den minimalen Begründungsanforderungen Genüge getan wird und somit auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann (vgl. u.a. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Vorliegend sind selbst diese Minimalanforderungen soweit ersichtlich nicht erfüllt. Die Beschwerdeschrift setzt sich nicht konkret mit dem angefochtenen Urteil auseinander, sondern beschränkt sich (im Wesentlichen) darauf, die schon vor den Vorinstanzen vorgebrachten Argumente rein appellatorisch zu wiederholen (vgl. dazu auch das Urteil 2C_612/2009 vom 3. März 2010 mit dem hier betroffenen Rechtsbeistand) bzw. in früheren Verfahren Vorgebrachtes zu rekapitulieren. Ob bzw. in welchem Umfang eine solche Eingabe zulässig ist, kann mit Blick auf den Verfahrensausgang offen bleiben. Auf jeden Fall kann nicht auf das Rechtsbegehren eingetreten werden, den kantonalen Steuerbehörden Weisungen zu erteilen (vgl. Art. 73 Abs. 3 StHG u. <ref-ruling> E. 1.5 S. 190 ff.).
2. 2.1 Unter dem früheren, bis Ende 2000 gültigen Steuergesetz des Kantons Aargau vom 13. Dezember 1983 (aStG) wurde die volle Differenz zwischen Erlös und Buchwert selbst bei land- und forstwirtschaftlichen Gründstücken einkommenssteuerrechtlich erfasst. Bei Ersatzbeschaffung von Geschäftsvermögen (§ 24bis aStG) wurde die Besteuerung des Kapitalgewinns aufgeschoben, indem die bei der Veräusserung zutage getretenen stillen Reserven mittels Sofortabschreibung auf den neuen Anlagekosten auf das Ersatzobjekt übertragen wurden. Der Grundstückgewinnsteuer unterlagen nur Gewinne auf Liegenschaften des Privatvermögens.
Gemäss § 27 Abs. 4 des seit dem 1. Januar 2001 in Kraft stehenden aargauischen Steuergesetzes vom 15. Januar 1998 (StG) werden - wie in Art. 8 Abs. 1 StHG vorgesehen - die Gewinne auf land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken nur bis zur Höhe der Anlagekosten den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zugerechnet. Soweit der Erlös die Anlagekosten übersteigt, unterliegt der Gewinn der Grundstückgewinnsteuer (Art. 12 Abs. 1 StHG und § 106 StG).
2.2 Das Steuergesetz enthält keine ausdrückliche Antwort auf die Frage, wie § 27 Abs. 4 und § 106 StG auf altrechtliche, mittels Sofortabschreibungen abgewickelte Ersatzbeschaffungen anzuwenden sind. Die Beschwerdeführer vertreten die Auffassung, es sei danach zu unterscheiden, ob die (nicht besteuerten) stillen Reserven auf frühere Abschreibungen oder auf einen Wertzuwachs zurückgingen. Im letztgenannten Fall seien auch die Anlagekosten des Ersatzobjekts entsprechend zu reduzieren, so dass diese Wertsteigerung der Grundstückgewinnsteuer unterliege. Ein solches Vorgehen wäre zwar theoretisch denkbar. Stattdessen haben sich die aargauischen Steuer(gerichts)behörden - nicht zuletzt aus Gründen der Systemkonformität und der Praktikabilität - dafür entschieden, die gesamte Sofortabschreibung mit der Einkommenssteuer zu erfassen.
Das Bundesgericht hat diese Praxis mehrfach geschützt (vgl. Urteile 2A.116/2007 vom 13. Juni 2008 E. 3 u. 4; 2C_66/2007 vom 13. Juni 2008 E. 3 u. 4; 2C_781/2008 vom 7. August 2009 E. 4.2 u. 4.3). Soweit hier auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann (vgl. oben E. 1.2), genügt es, auf die genannten Urteile zu verweisen. Die unter dem neuen Recht geltende Aufteilung braucht nicht zwingend ins alte Recht hinein interpretiert zu werden. Die in der Beschwerde zitierten Materialien beziehen sich auf das neue Recht und sagen zur vorliegend massgeblichen Übergangsproblematik nichts aus.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer unter Solidarhaft kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'500.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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