Faits:
A. Le 26 juin 2008 vers 12 heures 20, X._ a circulé au guidon d'une moto à la vitesse de 52 km/h (marge de sécurité de 5 km/h déduite) à Cornaux, sur un tronçon où la vitesse était limitée à 30 km/h. Par jugement du 11 septembre 2008, le Tribunal de police du district de Neuchâtel l'a condamné à 750 francs d'amende pour violation simple des règles de la circulation routière. En bref, le tribunal a jugé que le cas n'était pas objectivement grave dès lors que la vitesse en localité n'avait pas été dépassée de 25 km/h ou plus. Il ne l'était pas subjectivement non plus, le comportement du conducteur ne trahissant pas un manque d'égard choquant à l'endroit des autres usagers de la route et n'ayant pas créé un danger particulier au moment des faits.
B. Saisie d'un recours du Ministère public, qui requérait la condamnation de l'intéressé pour violation grave des règles de la circulation, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois l'a rejeté par arrêt du 9 décembre 2008.
C. Le Ministère public forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité de première ou de seconde instance.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF). Le recourant, qui conteste la qualification de l'infraction retenue, est habilité à l'interjeter (art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 3 LTF).
2. L'infraction réprimée par l'<ref-law> est objectivement réalisée lorsque l'auteur viole de façon grossière une règle fondamentale de la circulation et met ainsi sérieusement en danger la sécurité d'autrui. Une mise en danger abstraite accrue suffit. Sur le plan de la faute, l'infraction suppose un comportement sans scrupule ou gravement contraire aux règles de la circulation. Cette condition est toujours réalisée si l'auteur est conscient du danger que représente sa manière de conduire, mais peut aussi l'être s'il ne tient absolument pas compte du fait qu'il met autrui en danger. Dans cette dernière hypothèse, l'existence d'une négligence grossière ne doit toutefois être admise qu'avec retenue (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 136 et les arrêts cités). La qualification de cas grave au sens de l'<ref-law> correspond à celle de l'ancien <ref-law> (teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004), respectivement de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3 p. 237 ss).
Selon la jurisprudence, le cas est objectivement grave, c'est-à-dire sans égard aux circonstances concrètes, lorsque la vitesse autorisée est dépassée de 25 km/h ou plus à l'intérieur des localités, de 30 km/h ou plus hors des localités et sur les semi-autoroutes dont les chaussées, dans les deux directions, ne sont pas séparées et de 35 km/h ou plus sur les autoroutes (<ref-ruling> consid. 2b p. 261 ss, 123 II 106 consid. 2c p. 113; sur les sorties d'autoroutes: <ref-ruling> consid. 2b p. 133). Il est en revanche de gravité moyenne lorsque le dépassement de la vitesse autorisée est, respectivement, de 21 à 24 km/h (<ref-ruling> consid. 2a p. 199), de 26 à 29 km/h et de 31 à 34 km/h (<ref-ruling> consid. 2 p. 132/133). Le Tribunal fédéral a confirmé cette pratique après l'avoir réexaminée à la lumière des règles révisées de la LCR (<ref-ruling>) et des critiques formulées par une partie de la doctrine (v. l'arrêt non publié du 16 octobre 2008, 1C_83/2008 consid. 2). Au considérant 2.6 de ce dernier arrêt, le Tribunal fédéral a notamment souligné le caractère incontournable d'un certain schématisme en matière d'excès de vitesse, qui constituent des infractions de masse.
3. L'intimé a commis un excès de vitesse en localité. L'application des règles précitées conduirait en conséquence, sauf circonstances concrètes particulières, à retenir, comme l'ont jugé les autorités cantonales, une violation simple des règles de la circulation. Le recourant objecte que là où la vitesse est limitée à 30 km/h, le cas devrait être considéré comme objectivement grave dès 20 km/h de dépassement, compte tenu des motifs de sécurité sous-tendant cette limitation.
3.1 A ce jour, le Tribunal fédéral n'a jamais été appelé à trancher cette question. Un auteur propose, dans cette hypothèse, mais sans motiver plus avant cette solution, un tel abaissement du seuil du cas objectivement grave à 20 km/h de dépassement (PHILIPPE WEISSENBERGER, Tatort Strasse, Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2003, p. 295).
3.2 Les limites fixées par la jurisprudence pour distinguer le cas grave de ceux de gravité moyenne ou de peu de gravité tiennent compte de la nature particulière du danger représenté par un excès de vitesse pour les autres usagers de la route selon les conditions de circulation sur la catégorie de tronçon routier en cause (cf. supra consid. 2 et infra consid. 3.5.2). Elles ne sont donc pas directement et exclusivement fonction de la limitation de vitesse en vigueur au lieu de l'infraction. Le Tribunal fédéral a ainsi jugé, à propos des dérogations à la limite générale de vitesse en localité, qu'une limitation à 60 km/h au lieu de 50 km/h ne justifiait pas de s'écarter du seuil habituel, en laissant indécise la question des dérogations plus importantes, à 70 ou 80 km/h, par exemple (v. arrêt 6A.81/2006 du 22 décembre 2006 consid. 4.3).
Il s'agit donc moins d'examiner si le seuil du cas grave déterminant en localité, où la vitesse est en règle générale limitée à 50 km/h, doit être ramené à 20 km/h en raison de l'abaissement de la limitation de vitesse à 30 km/h, que de déterminer si la nature particulière du danger représenté par un excès de vitesse pour les autres usagers, là où la vitesse est limitée à 30 km/h en localité, justifie la fixation d'un seuil inférieur.
3.3 Conformément à l'art. 108 de l'Ordonnance sur la signalisation routière (OSR; RS 741.21), qui règle de manière exhaustive les dérogations aux limites générales de vitesse (v. arrêt du 13 juillet 2006, 2A.38/2006 consid. 2 et 3.3), l'autorité ou l'office fédéral peuvent ordonner des dérogations aux limitations générales de vitesse (art. 4a OCR) sur certains tronçons de route, pour éviter ou atténuer des dangers particuliers de la circulation routière, pour réduire les atteintes excessives à l'environnement ou pour améliorer la fluidité du trafic (al. 1). Les limitations générales de vitesse peuvent être abaissées lorsqu'un danger n'est perceptible que difficilement ou n'est pas perceptible à temps et ne peut pas être écarté autrement (al. 2 let. a); certains usagers de la route ont besoin d'une protection spéciale qui ne peut être obtenue d'une autre manière (al. 2 let. b); cela permet d'améliorer la fluidité du trafic sur des tronçons très fréquentés (al. 2 let. c); de ce fait, il est possible de réduire les atteintes excessives à l'environnement (bruit, polluants) au sens de la législation sur la protection de l'environnement. Il s'agira ce faisant de respecter le principe de la proportionnalité (al. 2 let. d). L'alinéa 5 de cette disposition autorise notamment, à l'intérieur des localités, des vitesses inférieures à 50 km/h sur les routes avec une gradation de 10 km/h (let. d) ainsi que, sur les routes désignées au moyen d'une signalisation par zones, des limitations à 30 km/h selon l'art. 22a ou 20 km/h selon l'art. 22b (let. e).
3.4 Compte tenu du caractère hétérogène des facteurs permettant de déroger à la limite générale de 50 km/h en application de l'<ref-law> (notamment l'amélioration de la fluidité du trafic et la réduction des atteintes à l'environnement), il n'est pas possible de justifier de manière générale, un abaissement du seuil du cas grave par l'existence d'un risque accru lié à l'excès de vitesse, de sorte qu'il n'y a pas de raison de déroger à la règle générale valable pour les excès de vitesse en localité au seul motif d'un tel abaissement de la limitation (cf. aussi supra consid. 3.2, deuxième paragraphe). L'existence d'un risque particulier (cf. art. 108 al. 2 let. a et b OSR) ne peut dès lors intervenir que dans l'examen des circonstances concrètes du cas permettant de justifier l'existence d'une violation grave même à moins de 25 km/h de dépassement.
3.5 En ce qui concerne les dérogations fondées sur l'art. 108 al. 5 let. e OSR, en revanche, il s'agit de limitations imposées par les spécificités de zones déterminées et l'utilisation des routes dans celles-ci, de sorte qu'il est possible d'apprécier de manière globale les risques liés aux excès de vitesse et d'opérer une comparaison avec la situation existant là où s'applique la limite générale de vitesse en localité, en partant de la réglementation applicable, qui détermine l'usage de la chaussée.
3.5.1 Sur les routes soumises à la limite générale de 50 km/h en localité, priorité est donnée au trafic motorisé en-dehors des passages pour piétons (<ref-law>; 47 OCR) et les véhicules circulant sur une route principale sont prioritaires (<ref-law>). L'usage des engins assimilés aux moyens de locomotion (patins et planches à roulettes, trottinettes, vélos d'enfants) n'est autorisé que sur la chaussée des routes secondaires lorsqu'elle n'est pas bordée d'un trottoir, d'un chemin pour piétons ou d'une piste cyclable et que la densité du trafic est faible au moment où on l'emprunte (art. 50 al. 1 let. d OCR).
3.5.2 La jurisprudence fixant la limite du cas grave dans ce cadre a été élaborée sur la base des constatations d'un collège d'experts mandatés par la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral. Ces derniers avaient notamment relevé que les excès de vitesse à l'intérieur des localités représentent une importante source de dangers. Les conducteurs doivent en effet gérer un plus grand nombre de paramètres que sur les routes principales situées en dehors des localités ou sur une autoroute, ce qui exige d'eux une attention plus soutenue. On rencontre par ailleurs à l'intérieur des localités de nombreux usagers de la route, tels que des enfants, des personnes âgées ou encore des cyclistes, qui sont exposés à un danger particulier en raison de leur vulnérabilité. Il existe en outre un risque plus élevé de collisions latérales avec d'autres véhicules automobiles débouchant d'artères secondaires. Pour autant qu'ils se comportent correctement, ces autres usagers de la route ne doivent pas compter sur le fait que des véhicules circulent à une vitesse supérieure à celle autorisée et peuvent invoquer le principe de la confiance. Enfin, une collision entre un véhicule automobile et un piéton ou un cycliste peut, même en cas de dépassement anodin de la vitesse autorisée, avoir des conséquences tragiques (<ref-ruling> consid. 1d p. 40/41; <ref-ruling> consid. 4b p. 132/133).
3.5.3 Ces considérations, qui justifient la distinction opérée entre le trafic en localité, d'une part, et hors localité, d'autre part, sont pertinentes pour l'ensemble du trafic en localité. Elles ne tiennent pas exclusivement compte de la situation sur les axes principaux des grandes agglomérations. Ceux-ci offrent en effet en règle générale une protection accrue des piétons et des cyclistes par l'aménagement de trottoirs, de passages de sécurité réglés ou non, de passages sous voies, ainsi que de pistes et bandes cyclables, notamment, et leurs intersections sont réglées par des feux, ce qui réduit le risque de collisions latérales.
Les conditions de circulation prises en considération par la jurisprudence prévalent aussi dans les quartiers d'habitation, respectivement sur les routes secondaires peu fréquentées, où toute la surface de la chaussée peut être utilisée pour pratiquer des activités, notamment des jeux (art. 46 al. 2bis OCR) et qui, en l'absence de dérogation, sont soumis à la limite générale de 50 km/h.
Par ailleurs, l'exigence d'un comportement particulièrement prudent et prévenant s'impose de manière générale dans les quartiers d'habitation et sur les aires de circulation qui leur sont assimilées, notamment les routes secondaires sur lesquelles la circulation des véhicules n'est autorisée que dans une mesure limitée (art. 41a de l'ordonnance sur la circulation routière; OCR; RS 741.11). Cette disposition, introduite en 1989 (RO 1989 410) et modifiée en 1994 (RO 1994 1103) ne vise pas expressément les zones piétonnes ou de rencontre respectivement les zones 30 et ne fait référence à aucune vitesse précise (v. Bussy et Rusconi, Code suisse de la circulation routière, 1996, art. 41a OCR, n. 2), de sorte qu'elle s'applique de manière générale dans les quartiers d'habitation, indépendamment du fait que la vitesse y est limitée à 50, 30 ou 20 km/h. Il est permis, dans de tels quartiers, d'utiliser les aires de circulation destinées aux piétons et, sur les routes secondaires à faible circulation, toute la surface de la chaussée pour pratiquer des activités, notamment des jeux, qui se déroulent dans un espace limité, ceci pour autant que les autres usagers de la route ne soient ni gênés, ni mis en danger (art. 46 al. 2bis OCR). L'usage ludique d'engins assimilés à des moyens de locomotion est notamment autorisé (art. 50 al. 2 OCR).
Il convient donc d'examiner si, par rapport à ces conditions de circulation typiques du trafic en localité (y compris sur les routes secondaires ou encore dans les quartiers d'habitation dans lesquels la limite générale n'a pas été abaissée), l'excès de vitesse dans les zones 30 présente un danger accru justifiant la fixation d'un seuil plus bas.
3.5.4 Le signal « Zone 30 » (2.59.1) ne concerne que des routes situées à l'intérieur des localités (<ref-law>) et qui sont secondaires (al. 5), sous réserve des tronçons de routes principales limités à 30 km/h conformément aux exigences de l'art. 108, qui peuvent être intégrés à de telles zones en raison de conditions locales particulières, par exemple dans le centre d'une localité ou le centre historique d'une ville (al. 6). Il désigne des routes, situées dans des quartiers ou des lotissements, sur lesquelles les conducteurs sont tenus de circuler d'une manière particulièrement prudente et prévenante (<ref-law>). Les zones 30 sont, dans la règle, entièrement soumises à la priorité de droite, à moins que la sécurité routière n'exige une autre solution. L'aménagement de passages pour piétons n'est pas admis, à moins que des besoins spéciaux en matière de priorité pour les piétons l'exigent, notamment aux abords des écoles et des homes (art. 4 al. 1 et 2 de l'Ordonnance du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et des communications, du 28 septembre 2001, sur les zones 30 et les zones de rencontre; RS 741.213.3). L'usage d'engins assimilés à des véhicules est autorisé comme moyen de locomotion (art. 50 al. 1 let. c OCR) moyennant le respect des règles applicables aux piétons (art. 50a al. 1 OCR). Ces derniers demeurent quant à eux soumis aux règles générales. Non prioritaires, ils doivent, en l'absence de trottoirs, se tenir sur le bord de la chaussée, sans s'attarder inutilement sur celle-ci (art. 46 al. 1 et 2 OCR) notamment pour la traverser (art. 47 al. 1 première phrase OCR). Ils doivent utiliser les passages pour piétons existants (art. 47 al. 1 deuxième phrase OCR). Le conducteur doit faire preuve d'un comportement particulièrement prudent et prévenant (<ref-law>). Il doit compter, dans les quartiers d'habitation, sur les routes secondaires à faible circulation, avec la possibilité que des enfants jouent sur la chaussée ou que d'autres activités y soient pratiquées (art. 46 al. 2bis OCR).
3.5.5 Le signal «Zone de rencontre» (2.59.5) indique des routes situées dans des quartiers résidentiels ou commerciaux, sur lesquelles les piétons et les utilisateurs d'engins assimilés à des véhicules peuvent utiliser toute l'aire de circulation et bénéficient de la priorité mais ne doivent toutefois pas gêner inutilement les véhicules (<ref-law>). La vitesse est limitée à 20 km/h (<ref-law>). L'exigence d'un comportement particulièrement prudent et prévenant s'impose (cf. art. 41a OCR). L'usage comme moyen de locomotion des engins assimilés à des véhicules y est autorisé (art. 50 al. 1 let. c OCR). Il s'agit de l'ancienne « rue résidentielle » (v. <ref-law> dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2001 ainsi que l'alinéa 3 des dispositions transitoires de la modification de l'OSR du 28 septembre 2001, RO 2001 2719).
3.6 La zone 30 constitue ainsi en quelque sorte une zone « intermédiaire » entre celles soumises aux règles ordinaires en localité et la zone de rencontre.
Les conditions de circulation dans les zones 30, qui sont, en règle générale, situées dans des quartiers ou des lotissements, ne se distinguent cependant pas fondamentalement de celles qui ont déterminé la fixation du seuil du cas grave en localité, dans les quartiers d'habitation soumis à la limite générale, notamment (cf. supra consid. 3.5.2). Il en va ainsi, en particulier, des sollicitations extérieures de l'attention du conducteur, qui sont même moins importantes sur les routes secondaires à faible circulation que dans les centres urbains, ainsi que de la présence de cyclistes et de piétons, notamment d'enfants ou de personnes âgées, qui est inhérente au trafic en localité. Le risque accru de collisions latérales existe notamment aux intersections soumises à la seule priorité de droite, dans les zones 30 par exemple. Ce risque a cependant aussi été déterminant pour fixer la limite du cas grave en localité. Hormis l'abaissement de la limitation de vitesse, qui tend à accroître la sécurité et facilite un comportement prudent et prévenant, la différence essentielle entre la zone 30 et celles soumises aux règles ordinaires, réside par conséquent dans l'absence de passages pour piétons (sous réserve de ceux exigés aux abords des homes et écoles). Cette situation exige néanmoins aussi de ces derniers le respect des règles de prudence accrues applicables généralement en localité à défaut de tels aménagements. Ainsi, en ce qui concerne le risque lié à un excès de vitesse, les conditions de circulation à l'intérieur des zones 30 ne diffèrent pas essentiellement de celles qui ont été jugées pertinentes pour fixer le seuil du cas grave en localité. Il ne s'impose donc pas absolument de déroger au schématisme inhérent au système des seuils (v. supra consid. 2) et d'abaisser encore, dans ces zones, celui du cas grave.
3.7 En outre, comme l'a relevé à bon escient la cour cantonale, en localité, un dépassement de la vitesse autorisée jusqu'à 15 km/h demeure sanctionné par une amende d'ordre (ch. 303.1 let. c de l'annexe 1 de l'Ordonnance sur les amendes d'ordre [OAO; RS 741.031]). Sur le plan administratif, un dépassement de plus de 15 km/h en localité ne peut être considéré comme une infraction particulièrement légère au sens de l'<ref-law> (v. p. ex.: <ref-ruling> consid. 2b; pour le nouveau droit: arrêt 6A.52/2005 du 2 décembre 2005, consid. 2.2.3). L'abaissement du seuil du cas grave de 25 à 20 km/h dans les zones 30 aurait ainsi pour conséquence, hors du domaine d'application de la procédure prévue par la loi sur les amendes d'ordre (cf. <ref-law>), de réduire à 4 km/h (de 16 à 19 km/h de dépassement) l'intervalle dans lequel entreraient en considération, sur le plan administratif, les violations légères (art. 16a al. 2 et 3 LCR) ou moyennes (<ref-law>) des règles de la circulation qui, d'un point de vue objectif, correspondent, au pénal, à l'infraction de l'<ref-law>. Même si le présent recours doit être examiné sous l'angle pénal, on ne peut méconnaître les effets d'une modification de la pratique en ce domaine sur l'application des mesures administratives. Or, des paliers de 2 km/h, qui ne sont du reste que difficilement perceptibles par le conducteur à l'aide des instruments de bord, n'apparaissent pas compatibles avec la distinction opérée par la loi entre une violation légère ou moyenne des règles de la circulation, qui serait vidée de son sens. On ne comprendrait pas non plus que les excès de vitesse jusqu'à 15 km/h en localité, sanctionnés par une amende d'ordre, ne donnent lieu à aucune mesure administrative, cependant que la violation des règles de la circulation constituée par un excès de vitesse de 5 km/h de plus devrait déjà être taxée de grave et imposerait un retrait de permis de trois mois au moins (<ref-law>). Pour ce motif également, il n'y a pas lieu de s'écarter de la règle développée par la jurisprudence pour le trafic en localité.
Savoir si, ce nonobstant, un tel abaissement du seuil du cas grave s'imposerait néanmoins dans les zones de rencontre, qui présentent des sources de dangers spécifiques, liées à la priorité de principe des piétons et à l'utilisation de ces chaussées, peut demeurer indécis en l'espèce.
4. Pour le surplus, il ressort de l'arrêt cantonal que selon le rapport de dénonciation, les faits se sont déroulés sur route sèche, de jour et par trafic moyen (arrêt entrepris, consid. 5, p. 4). L'autorité de première instance a jugé, au plan subjectif, que d'après les explications du conducteur, son comportement ne semblait pas dénoter un manque choquant d'égard à l'endroit des autres usagers de la route ni avoir créé un danger particulier au moment des faits (jugement du 11 septembre 2008, p. 3). Le recourant ne remet pas en cause ces constatations de fait. Il soutient simplement, pour l'hypothèse où le seuil du cas grave devrait être abaissé à 20 km/h, que ces circonstances ne justifieraient pas de qualifier le cas comme moyennement grave (Recours, p. 3). Ce faisant, il ne tente pas de démontrer qu'avec un seuil fixé à 25 km/h de dépassement le cas serait néanmoins grave en raison des circonstances concrètes, de sorte que l'on ne saurait reprocher aux autorités cantonales d'avoir appliqué en l'espèce l'<ref-law>.
5. Le recours est rejeté. Il n'est pas perçu de frais (<ref-law>). L'intimé n'a pas été invité à se déterminer, de sorte qu'il n'y a pas lieu de lui allouer des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il est statué sans frais ni dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 16 avril 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat