A.- Der 1956 geborene Z._ war seit dem 1. September 1992 beim Gericht X._ angestellt und damit bei der Aargauischen Beamtenpensionskasse vorsorgeversichert.
Im Anschluss an die vertrauensärztliche Untersuchung brachte die Vorsorgeeinrichtung mit Aufnahmebescheid vom 8. März 1993 einen Vorbehalt an (Kürzung der Invalidenrente um 25 % bis 1. September 1997). Mit Rentenbescheid vom 13. September 1994 sprach die Vorsorgeeinrichtung Z._ wegen des vorbehaltenen Leidens rückwirkend ab
10. Juni 1994 eine um einen Viertel gekürzte Teilinvalidenrente von 50 % zu. Auf den 1. Januar 1995 wurden die Statuten und Versicherungsbedingungen der Beamtenpensionskasse einer Revision unterzogen, worauf Z._ die Auffassung vertrat, die Kürzung der Invalidenrente ab Anfang 1995 sei nicht mehr zulässig. Die Vorsorgeeinrichtung hielt mit Schreiben vom 3. Juli 1996 an der Kürzung fest.
B.- Z._ erhob am 10. März 1999 Klage beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau. Das Gericht hiess die Klage am 26. April 2000 gut und verpflichtete die Aargauische Beamtenpensionskasse, Z._ Fr. 28'550.- zuzüglich Zins zu 5 % seit 10. März 1999 zu bezahlen und die mit Rentenbescheid vom 13. September 1994 zugesprochene Teilinvalidenrente ab dem 1. März 1999 ungekürzt auszurichten.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die kantonale Beamtenpensionskasse, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben.
Während Z._ die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherung auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die vorliegende Streitigkeit unterliegt der Gerichtsbarkeit der in Art. 73 BVG erwähnten richterlichen Behörden, welche sowohl in zeitlicher als auch in sachlicher Hinsicht zuständig sind (<ref-ruling> Erw. 2, 120 V 18 Erw. 1a, je mit Hinweisen).
2.- § 6 Abs. 2 der Statuten der Aargauischen Beamtenpensionskasse kannte von 1990 bis Ende 1994 die Möglichkeit, einen Versicherten für vom Vertrauensarzt festgestellte erhöhte Versicherungsrisiken für weitergehende Leistungen als gemäss BVG mit Vorbehalt von bis zu 10 Jahren aufzunehmen. Im Zusammenhang mit der mit der Einführung des FZG durchgeführten Revision der Statuten und Versicherungsbedingungen per 1. Januar 1995 wurde § 6 der Statuten ersatzlos gestrichen und unter dem Titel der Übergangs- und Schlussbestimmungen § 54quater der Versicherungsbedingungen eingeführt, wonach bestehende Vorbehalte für zukünftige Risikoleistungen dahinfallen, soweit der Versicherungsfall nicht vor dem 1. Januar 1995 eingetreten sei.
3.- Streitig ist, ob der Beschwerdegegner, der wegen des Vorbehalts ab 10. Juni 1994 eine um 25 % gekürzte Teilinvalidenrente der überobligatorischen Vorsorge bezieht, jenen Versicherten gleichzustellen ist, die gestützt auf § 54quater der Versicherungsbedingungen ab 1. Januar 1995 vom Dahinfallen bestehender Vorbehalte profitieren konnten.
4.- a) Wie von der Vorinstanz zutreffend erwogen, finden die Bestimmungen des BVG auf die Leistungen im überobligatorischen Bereich der Vorsorgeeinrichtung keine direkte Anwendung (Art. 49 Abs. 2 BVG; <ref-ruling> Erw. 4b), und die Beschwerdeführerin wäre gestützt auf <ref-law> in der seit Anfang 1995 gültigen Fassung an sich berechtigt gewesen, auch nach dem 1. Januar 1995 bei Neueintritten einen Vorbehalt von höchstens fünf Jahren reglementarisch vorzusehen, wobei bei Übertritten von anderen Vorsorgeeinrichtungen gemäss Art. 14 Abs. 2 FZG die bisher abgelaufene Zeit eines Vorbehalts auf die neue Vorbehaltsdauer anzurechnen wäre. In diesem Zusammenhang war es der Vorsorgeeinrichtung auch erlaubt, Übergangsregelungen zu schaffen.
Dabei hatte sie sich u.a. an die im angefochtenen Entscheid dargelegten Grundsätze des Intertemporalrechts (vgl. <ref-ruling> Erw. 4a mit Hinweisen) sowie der in der Bundesverfassung in Art. 8 Abs. 1 festgeschriebenen Rechtsgleichheit (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweisen; vgl. <ref-ruling> Erw. 2a), welche namentlich im Bereich der beruflichen Vorsorge gebietet, bei der Änderung von Reglementsbestimmungen die Gleichbehandlung der Destinatäre sicherzustellen (<ref-ruling> oben; Kieser, Besitzstand, Anwartschaften und wohlerworbene Rechte in der beruflichen Vorsorge, in:
SZS 1999 S. 306 f.), zu halten.
b) Bei Dauerrechtsverhältnissen wie dem vorliegenden ist bei einer Änderung des objektiven Rechts zu Gunsten des Betroffenen eine Anpassung der Verfügung erlaubt (<ref-ruling> Erw. 4a, 120 V 131 Erw. 3b), weshalb die Gleichbehandlung der bisherigen Bezüger von gekürzten Renten (ex nunc et pro futuro) mit der Versichertengruppe, deren bereits verhängte, aber noch nicht verwirklichte Vorbehalte per
1. Januar 1995 entfielen, unter intertemporalrechtlichen Gesichtspunkten ohne weiteres zulässig ist. Deshalb ist es entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch nicht massgebend, dass der hier zu berücksichtigende Teilrentenfall nach den damals geltenden Normen zu beurteilen war und an sich ein abgeschlossener Vorsorgefall ist.
Entscheidwesentlich ist in Übereinstimmung mit der Vorinstanz, ob die unterschiedliche Behandlung der beiden Gruppen von Destinatären, bei denen vor 1995 Vorbehalte angebracht worden waren, sich mit dem Prinzip der Rechtsgleichheit vereinbaren lässt. Der Vorsorgeeinrichtung gelingt es nicht, sachlich überzeugende Gründe für die von ihr vorgenommene Unterscheidung zwischen den beiden Gruppen von Versicherten nach dem Kriterium der Manifestation des vorbestehenden Leidens bis zum Stichtag darzulegen. Berechtigte finanzielle Interessen oder unlösbare Vollzugsprobleme, die für eine derartige Differenzierung sprechen könnten, werden weder behauptet noch sind solche auszumachen.
In diesem Zusammenhang hat bereits das kantonale Gericht auf den Bericht des Vorstands der Beschwerdeführerin an die Delegiertenversammlung vom 3. Oktober 1994 zur aufzuhebenden Bestimmung von § 6 Abs. 2 der Statuten von 1990 hingewiesen, woraus hervorgeht, dass in der Praxis sehr wenige Versicherungsfälle vorkamen, bei welchen gesundheitliche Vorbehalte wirksam geworden wären. Da in der streitigen Übergangsbestimmung eine Unterscheidung für altrechtlich Versicherte vorgesehen ist, fällt zudem - wie bereits im angefochtenen Entscheid erwogen - die Versicherteneigenschaft als (sachliches) Abgrenzungskriterium von vornherein ausser Betracht. Fehlt es an einem sachlichen Grund für die ungleiche Behandlung der am 1. Januar 1995 mit einem Vorbehalt belasteten versicherten Personen, wie in § 54quater der Versicherungsbedingungen vorgesehen, erweist sich die von der Vorinstanz gutgeheissene Klage als begründet, zumal die Forderung in masslicher Hinsicht von der Vorsorgeeinrichtung nicht in Frage gestellt wird.
5.- Das Verfahren ist kostenfrei, da es um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht (Art. 134 OG e contrario). Der Beschwerdegegner macht die Zusprechung einer Parteientschädigung geltend. Nach der Praxis des Eidgenössischen Versicherungsgerichts steht einem in eigener Sache prozessierenden Rechtsanwalt indes nur ausnahmsweise eine solche zu; die Ausnahmebedingungen sind nicht erfüllt (<ref-ruling> Erw. 9 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht
des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 19. Dezember 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: