Faits:
A. A.a La Société Anonyme B._ avait pour but de posséder, pour le compte de ses actionnaires, l'ensemble des parts de copropriété par étages (PPE 727) de l'immeuble réalisé par l'architecte X._, sis à C._; elle était administrée par D._.
A.b Le 27 juillet 1988, la Banque E._ a accordé à D._ un prêt de xxx fr. garanti par la remise en nantissement de la part de B._ SA d'une cédule hypothécaire au porteur du même montant grevant en premier rang les immeubles de celle-ci dans la PPE 727.
Cette créance a été cédée, le 14 décembre 2000, à F._.
A.c Le 28 septembre 1989, la Banque G._, affiliée à la Banque H._, a mis à disposition de D._ une ligne de crédit de xxx fr. garantie par la remise en nantissement par B._ SA d'une cédule hypothécaire au porteur du même montant grevant en deuxième rang et sans concours les immeubles de celle-ci dans la PPE 727.
A.d En 1996, F._ a introduit à l'encontre de D._ une poursuite en réalisation de gage immobilier portant sur les immeubles susmentionnés. La vente a été requise par la créancière poursuivante.
A.e Par jugement du 22 mars 2004, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé la faillite de B._ SA, qui sera liquidée en la forme sommaire, puis dès le 21 juin 2010 et sans effet rétroactif, par la voie ordinaire.
L'assemblée des créanciers du 26 août 2010 a maintenu l'Office des faillites de Genève dans ses fonctions de liquidateur.
A.f Le 9 mars 2005, l'Office a déposé une première fois l'état de collocation.
Outre l'Etat de Genève, au titre d'une hypothèque légale pour des impôts immobiliers à hauteur de xxx fr., F._ (remplacée par la suite par l'Etat de Genève, soit pour lui le Département des finances) a été admise à l'état de collocation comme créancière au bénéfice d'un droit de gage immobilier, soit une cédule hypothécaire en 1er rang grevant collectivement les immeubles de la faillie et garantissant une créance de l'ordre de xxx fr. - à savoir xxx fr et xxx fr. d'intérêts comptabilisés, selon l'<ref-law> et l'ATF 43 III 65, depuis la date de la réquisition de vente dans la poursuite en réalisation de gage qui a précédé la faillite - avec intérêts encore à courir jusqu'à la date de la réalisation de l'immeuble.
La Banque H._ a également été admise à cet état de collocation à titre de créancière gagiste mobilière, en application de l'<ref-law>, pour une créance en capital de xxx fr. garantie par une cédule hypothécaire en second rang grevant les immeubles de la faillie, les intérêts courus étant arrêtés à xxx fr. depuis la date de la faillite, soit un montant colloqué totalisant xxx fr., les intérêts à courir étant, pour le surplus réservés jusqu'à la date de la réalisation de l'immeuble.
A.g A la suite d'une contestation de la part de D._, un nouvel état de collocation a été déposé le 11 janvier 2006. Il mentionne en sus, sous la rubrique «productions tardives 3ème classe», une créance de l'administrateur de la faillie d'un montant de xxx fr., les intérêts étant arrêtés à xxx fr.
A.h Le 27 septembre 2010, I._ SA, qui a succédé à la Banque H._, a informé l'office de la cession à la société A._ SA de sa créance de xxx fr. à l'encontre de l'administrateur de la faillie, «avec tous les droits de préférence et autres droits accessoires, valeur 7 septembre 2010, et en particulier la cédule hypothécaire de xxx fr. remise en nantissement» par la faillie.
B. B.a Le 21 mai 2012, l'office a déposé un tableau provisoire de distribution des deniers. Celui-ci prévoit, outre le paiement des frais d'administration et de réalisation des objets frappés de gage, par xxx fr., le versement, à l'Etat de Genève, créancier gagiste de 1er rang, d'un acompte de xxx fr. ainsi que des intérêts moratoires et de consignation, par xxx fr., sans imputation sur sa créance. Le tableau provisoire précise également que, à ce stade de la réalisation des actifs, aucun disponible ne revient au créancier gagiste immobilier de deuxième rang et aux créanciers chirographaires.
B.b Saisie d'une plainte de A._ SA contre ce tableau provisoire de distribution des deniers, la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites de la Cour de justice du canton de Genève a accordé l'effet suspensif à la plainte par décision du 1er juin 2012.
Par arrêt du 13 septembre 2012, la Chambre de surveillance a déclaré la plainte irrecevable.
C. Le 24 septembre 2012, A._ SA exerce un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut à son annulation ainsi qu'à l'annulation du tableau provisoire de distribution des deniers déposé le 21 mai 2012 et au renvoi de la cause pour nouveau tableau dans le sens des considérants. Subsidiairement, elle requiert la nomination d'une commission neutre ou d'une administration spéciale, ainsi que la correction du tableau provisoire de distribution après nouveau calcul de la créance de l'Etat de Genève. A titre liminaire, elle demande que l'effet suspensif soit accordé au recours.
Par ordonnance présidentielle du 9 octobre 2012, l'effet suspensif a été accordé au recours.
Des réponses n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>) par une autorité cantonale de surveillance de dernière (unique) instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, et ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (arrêt 5A_129/2007 du 28 juin 2007 consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2a). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
2.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
3. 3.1 En substance, la cour cantonale a considéré que, dans la mesure où la recourante ne prétendait pas que le tableau de distribution provisoire ne serait pas conforme à l'état de collocation, qu'il ne respecterait pas l'art. 85 de l'ordonnance sur l'administration des offices de faillite du 13 juillet 1911 (OAOF, RS 281.32), ou serait incomplet ou inintelligible, ni n'avait allégué des faits nouveaux justifiant une reconsidération dudit état de collocation, sa plainte était irrecevable. Elle a notamment précisé que les griefs invoqués auraient dû l'être dans le cadre d'une action en contestation de l'état de collocation. Pour le surplus, elle a déclaré irrecevables les conclusions de la recourante tendant à la nomination d'une commission neutre ou d'une administration spéciale et à la correction du tableau provisoire de distribution, la première étant du ressort de l'assemblée des créanciers et la seconde du juge civil.
3.2 La recourante soutient que la production du créancier gagiste de premier rang serait erronée en ce qui concerne le calcul des intérêts garantis par le gage. A cet égard, elle précise que seules trois annuités plus les intérêts courants auraient pu être admis, ce qui, selon elle, représente, avec un intérêt à 5,25 %, xxx fr. Elle se plaint notamment d'une violation de l'<ref-law>. S'agissant de l'irrecevabilité de la plainte, elle prétend, invoquant l'<ref-ruling>, que, d'une part, la créance de F._ a été colloquée manifestement à tort s'agissant du montant des intérêts et que, d'autre part, elle-même n'était pas titulaire de la créance garantie par un gage de second rang lors de l'établissement de l'état de collocation, de sorte que le rapport de droit s'est modifié ultérieurement. Sur ce point, elle se plaint également d'un déni de justice et d'un défaut de motivation de l'arrêt cantonal. Par ailleurs, la recourante requiert la nomination d'une commission neutre ou d'une administration spéciale en faisant valoir un conflit d'intérêts en tant que l'Etat de Genève procède à la liquidation de la faillite, précisément à la distribution des deniers, alors qu'il prélève les impôts immobiliers et est lui-même le créancier gagiste de premier rang. Elle fait ensuite valoir une violation du droit à la preuve et un déni de justice en tant que l'autorité de surveillance n'a donné aucune suite à sa demande de production de pièces de la part de l'office. Enfin, elle invoque l'arbitraire en tant qu'elle n'a pas consenti au dégrèvement des cédules hypothécaires, que les intérêts chirographaires du créancier gagiste de premier rang non garantis par l'<ref-law> ont eu le pas sur la créance garantie en deuxième rang, que le créancier gagiste de premier rang n'a pas remis de moyens de preuve pour fonder sa créance, que la faillie n'a pas été consultée lors de l'admission de dite créance et que le produit de réalisation doit comprendre tous les droits patrimoniaux compris dans l'assiette du gage y compris les intérêts résultant du placement des acomptes et prix payés.
4. La recourante invoque un déni de justice ainsi qu'une violation de son droit d'être entendu en tant que la cour cantonale n'est pas entrée en matière sur la plainte alors que l'état de collocation était erroné et devait être révisé. Elle précise que la décision n'est pas motivée et que l'argumentation concernant l'irrecevabilité est «baclée» en deux pages sommaires.
4.1 Selon la jurisprudence, commet un déni de justice formel et viole par conséquent l'art. 29 al. 1 Cst. l'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis dans les formes et délais légaux, alors qu'elle était compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.3). La jurisprudence a en outre déduit de l'art. 29 al. 2 Cst., qui garantit le droit d'être entendu, le devoir pour l'autorité de motiver sa décision afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.3; arrêt 5A_8/2010 du 10 mars 2010 consid. 4.2.1). Comme le droit à une décision motivée participe de la nature formelle du droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 5g), ce moyen doit être examiné en premier lieu (<ref-ruling> consid. 1) et avec une pleine cognition (<ref-ruling> consid. 2a).
4.2 En l'espèce, la motivation de la cour cantonale ne consacre ni violation du droit d'être entendu ni déni de justice. L'autorité précédente a exposé de manière détaillée les raisons qui l'ont conduite à ne pas entrer en matière sur la plainte. Il ressort, par ailleurs, de son argumentation concernant la modification de l'état de collocation que la recourante a compris le sens et la portée de la décision déférée. Autre est cependant la question de savoir si l'irrecevabilité a été prononcée à bon droit; elle sera examinée plus avant. Il s'ensuit que, mal fondé, le grief doit être rejeté.
5. La question litigieuse est en réalité celle de savoir si la recourante, créancière cessionnaire gagiste de deuxième rang, est habilitée à remettre en cause le montant des intérêts courants du créancier gagiste de premier rang admis à l'état de collocation par le voie de la plainte contre le tableau provisoire de distribution des deniers.
5.1 Dans la faillite, l'état de collocation comprend un état des charges pour chaque immeuble tombant dans la masse (art. 198 et 247 al. 2 LP).
Conformément à l'<ref-law>, le tableau de distribution de la faillite indique en premier lieu, d'une manière précise, pour chaque objet remis en gage, le produit de sa réalisation ainsi que les frais d'inventaire, d'administration et de réalisation auxquels il a donné lieu, frais qui doivent être prélevés sur ce produit (art. 85 premier tiret OAOF). Ce n'est que s'il reste un excédent après le paiement des frais et le remboursement intégral des créances garanties par gage que cet excédent est versé au compte général de réalisation de l'actif; si, au contraire, la réalisation n'a pas suffi pour désintéresser les créanciers gagistes, ceux-ci seront inscrits dans les classes une à trois pour le montant dont ils restent à découvert, lorsque le failli était personnellement obligé au paiement de leurs créances (art. 85 2e tiret OAOF).
5.2 Au stade de la distribution des deniers (<ref-law>), soit lorsque l'état de collocation est définitif (<ref-law>), l'autorité de surveillance ne peut, sur plainte, qu'examiner si le tableau de distribution correspond à l'état de collocation (<ref-ruling> consid. 2; arrêt 7B.6/2006 du 27 avril 2006 consid. 2.1) ainsi que s'il a été établi en conformité avec les prescriptions de forme (cf. JEANDIN/CASONATO, Poursuite et faillite, Commentaire romand, 2005, n° 16 ad <ref-law>; STAEHELIN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, Basler Kommentar, 2010, n° 11 ad <ref-law>).
En effet, hormis le cas des productions tardives (<ref-law>), un état de collocation passé en force ne peut plus être modifié. Ce principe n'est toutefois pas absolu: l'état de collocation peut notamment être remis en cause, lors de la distribution des deniers, s'il se révèle qu'une créance a été admise ou écartée manifestement à tort - en raison d'une inadvertance de l'administration de la faillite (<ref-ruling> consid. 4) -, si un rapport de droit s'est modifié depuis la collocation ou encore lorsque des faits nouveaux justifient une révision (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 4 in fine; <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3 et les arrêts cités; GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2001, n° 38-42 ad <ref-law>; HIERHOLZER, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, Basler Kommentar, 2010, n° 2 ad <ref-law>; JAQUES, Poursuite et faillite, Commentaire romand, 2005, n° 58 ss ad <ref-law>; AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8ème éd., 2008, § 46 n. 37, p. 418). Mais, dans tous les cas, on ne peut revenir sur la collocation que pour des motifs qui se sont réalisés ou ont été connus après qu'elle est entrée en force. Il n'est pas question de soumettre à une nouvelle appréciation juridique, lors de la distribution des deniers, des faits connus au moment de la collocation et d'en tirer argument pour modifier la décision (<ref-ruling> consid. 3). Une telle révision de l'état de collocation ne nécessite pas une décision formelle instrumentée dans un nouvel état de collocation, mais se traduit par un refus de verser le dividende afférent à la prétention colloquée, laquelle n'est pas portée dans le tableau de distribution, ce qui équivaut à une modification de l'état de collocation (cf. <ref-law>). Le tableau de distribution peut ainsi être attaqué par la voie de la plainte et du recours aux autorités de surveillance (art. 17 à 19 LP) qui sont compétentes pour examiner s'il y a des motifs de révision de l'état de collocation primitif (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3)
5.3 En l'occurrence, la recourante a qualité pour attaquer un tableau de distribution provisoire par la voie de la plainte; cela ne lui confère toutefois pas le droit de critiquer l'existence et le montant des créances inscrites à ce tableau conformément à l'état de collocation. Aussi, les considérations de droit matériel, comme les réquisitions de production de pièces qui en découlent, tendant à remettre en question le montant des intérêts garantis par gage et afférents à la créance hypothécaire de premier rang ne peuvent plus être examinées au stade de la distribution des deniers. Contrairement à ce que prétend la recourante, il ne saurait s'agir en l'espèce d'une erreur grossière et manifeste de calcul dès lors que le créancier gagiste de premier rang s'est prévalu de l'ATF 43 III 65 et de la poursuite en réalisation de gage intentée antérieurement à l'ouverture de la faillite pour justifier, lors de la production de sa créance, le moment à partir duquel couraient les intérêts et leur montant. En tant que la recourante allègue, à titre de novum, qu'elle n'était pas titulaire de la créance hypothécaire de second rang lors de l'établissement de l'état de collocation, elle perd de vue que, en qualité de cessionnaire, elle n'est pas habilitée à remettre en question ce qui a été définitivement décidé et constaté au cours des phases antérieures de la procédure de faillite; elle est liée par toutes les décisions antérieures de l'assemblée des créanciers, ainsi que par toutes autres mesures devenues définitives (cf. arrêt 5A_247/2011 du 30 mai 2011 consid. 2 rendu dans la même faillite). Il s'ensuit que c'est à juste titre que l'autorité de surveillance n'est pas entrée en matière sur l'ensemble des griefs de la recourante au sujet de la collocation de la créance hypothécaire de premier rang ainsi que sur les réquisitions de preuve qui en découlent. Mal fondé, le recours doit être rejeté sur ce point.
6. La recourante se plaint encore de ce qu'elle n'a pas consenti au dégrèvement des cédules hypothécaires et de ce que le produit de réalisation devait comprendre tous les droits patrimoniaux compris dans l'assiette du gage y compris les intérêts résultant du placement des acomptes et prix payés. Sur ce point, elle se contente toutefois de reprendre devant le Tribunal fédéral, mot pour mot, la motivation présentée devant la cour cantonale; partant, le lien entre la décision attaquée et la motivation du recours fait défaut (<ref-ruling> consid. 2.3). De plus, force est d'admettre qu'à la lecture de l'exposé de la recourante, on ne comprend pas clairement quelles règles de droit auraient été, selon elle, transgressées par l'autorité cantonale. Compte tenu de l'exigence de motivation déduite de l'<ref-law> (cf. supra consid. 2.1), les griefs de la recourante sont donc d'emblée irrecevables.
7. Enfin est également irrecevable la conclusion de la recourante tendant à la nomination d'une commission spéciale ou d'une administration spéciale et sa critique invoquant un conflit d'intérêts. Le mémoire de recours ne contient aucun argument à l'encontre de la motivation de la cour cantonale (<ref-law>; cf. supra consid. 2.1), laquelle s'est déclaré incompétente, considérant que la question était du ressort de l'assemblée des créanciers.
8. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée dès lors qu'elle n'a pas obtenu gain de cause s'agissant de la requête d'effet suspensif - même si elle n'a pas pris de conclusions formelles (<ref-ruling> consid. 3) - et n'a pas été invitée à répondre sur le fond (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 6 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Richard