Faits:
A. Le 30 janvier 2001, Y._ circulait sur le quai de Cologny en direction de Vésenaz, au volant d'un fourgon. Alors qu'il était en train de dépasser un véhicule qui se trouvait sur la voie de droite, il n'a pas remarqué que celui-ci avait ralenti pour laisser passer un piéton, D._, qui s'était normalement engagé sur le passage pour piétons. Malgré un freinage d'urgence, il n'a pu immobiliser son fourgon à temps et a heurté le piéton avec l'avant droit de son véhicule.
Grièvement blessé, D._ a souffert de douleurs dorsales et d'une fracture du pied gauche, ayant entraîné par la suite une gangrène de ce pied. Il est décédé le 14 février 2001. Selon le rapport d'autopsie de l'Institut universitaire de médecine légale, daté du lendemain, "[son] décès est la conséquence d'une extension fraîche d'un infarctus ancien du myocarde, l'infarctus [étant] survenu dans le contexte de soins suite à un traumatisme grave subi deux semaines avant le décès". Les conclusions des examens complémentaires effectués à la suite de l'autopsie indiquent que le décès n'est pas la conséquence directe ou suivie du traumatisme précité, lequel a toutefois joué un rôle déclenchant dans le processus menant au décès.
B. Par ordonnance de condamnation du 17 décembre 2002, le Procureur général du canton de Genève a condamné Y._ pour lésions corporelles par négligence (art. 125 al. 1 et 2 CP) à la peine de six mois d'emprisonnement avec sursis pendant trois ans. Il l'a en revanche expressément libéré du chef d'inculpation d'homicide par négligence, estimant que le lien de causalité adéquate entre l'accident du 30 janvier 2001 et le décès de D._ faisait défaut. Il a considéré en effet que la détérioration de l'état de santé de la victime ayant mené à son décès n'était pas imputable à Y._, dès lors que celle-ci souffrait d'une maladie coronarienne sévère, d'une pathologie de l'aorte ascendante associée à une insuffisance rénale, d'une hypertension artérielle et d'un trouble de la conduction majeure. Les droits des parties civiles ont été réservés.
Le 20 décembre 2002, A._, l'épouse de D._, et ses deux filles, B._ et C._, ont fait opposition à l'ordonnance précitée, concluant à la condamnation de Y._ pour homicide par négligence et demandant au Tribunal de police de Genève de retenir leurs conclusions civiles, qui étaient chiffrées s'agissant des indemnités pour tort moral et réservées pour le surplus. Le Tribunal de police a déclaré irrecevables les conclusions des parties civiles par décision du 26 mai 2003, qui a été confirmée par arrêt du 27 octobre 2003 de la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise.
Statuant le 26 février 2004 sur le pourvoi des parties civiles, le Tribunal fédéral a annulé l'arrêt cantonal, considérant que les parties civiles ne pouvaient être privées par le droit cantonal du droit d'exiger en application de l'<ref-law> une décision judiciaire sur la question de l'homicide par négligence et, en particulier, sur celle du lien de causalité entre l'accident et le décès de D._ (<ref-ruling>).
C. A la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a transmis le 28 juin 2004 le dossier à la Chambre d'accusation genevoise, afin que cette dernière se prononce sur le classement partiel de l'infraction d'homicide par négligence contenu dans l'ordonnance de condamnation.
Par ordonnance du 27 septembre 2004, la Chambre d'accusation s'est déclarée incompétente pour statuer, à défaut d'existence d'une décision de classement et a acheminé le dossier au Procureur général afin qu'il se détermine sur un éventuel classement partiel.
Par ordonnance du 13 octobre 2004, le Procureur général a classé partiellement la procédure "en ce qui concerne l'inculpation du chef d'homicide par négligence", faute de prévention pénale suffisante.
Statuant le 22 décembre 2004 sur recours de A._, de B._ et de C._ et sur recours joint de Y._, la Chambre d'accusation a annulé l'ordonnance de classement partiel du Procureur général et prononcé un non-lieu en faveur de Y._.
D. Contre cette ordonnance, A._, B._ et C._ déposent un recours de droit public et un pourvoi en nullité au Tribunal fédéral.
Appelés à se déterminer, l'intimé et le Ministère public genevois concluent au rejet des deux recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
I. Recours de droit public
1. La loi fédérale du 4 octobre 1991 sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5), entrée en vigueur le 1er janvier 1993, renforce, dans la procédure pénale, la position des personnes victimes d'une infraction au sens de l'<ref-law>, en leur ouvrant les mêmes recours que le prévenu, soit notamment le recours de droit public. Ces recours ne sont cependant ouverts à la victime que si elle était déjà partie à la procédure auparavant et dans la mesure où cette sentence touche ses prétentions civiles ou peut avoir des effets sur le jugement de ces dernières (art. 8 al. 1 let. c LAVI).
En l'espèce, il est admis que les recourantes sont victimes au sens de la LAVI, puisque leur mari et père est décédé (art. 2 al. 1 et 2 LAVI). Elles ont participé à la procédure antérieurement, dès lors qu'elles ont déposé une plainte pénale contre l'intimé et qu'elles sont à l'origine de la décision attaquée. Enfin, elles ont pris des conclusions civiles tendant au versement, à titre de réparation du tort moral, de 45'000 francs pour l'épouse et de 35'000 francs pour chacune des filles. Les conditions de l'art. 8 al. 1 let. c LAVI sont donc réalisées, de sorte que les recourantes ont qualité pour déposer un recours de droit public.
2. Les recourantes se plaignent que l'autorité cantonale aurait nié à tort l'existence d'un lien de causalité naturelle entre l'accident de circulation et le décès de D._.
Après avoir défini la notion de causalité naturelle, l'autorité cantonale a repris les conclusions de l'autopsie, selon lesquelles "l'infarctus est survenu dans le contexte de soins suite à un traumatisme grave subi deux semaines avant le décès". Se fondant sur cette autopsie, l'autorité cantonale a admis que l'accident n'était pas la cause directe du décès de D._, mais constituait un facteur déclenchant. Aussi, contrairement à l'avis des recourantes, faut-il admettre que l'autorité cantonale a retenu l'existence d'un lien de causalité naturelle entre l'accident et le décès, de sorte que le grief soulevé par les recourantes est infondé. L'argumentation de l'intimé doit être rejetée, dans la mesure où il soutient que l'autorité cantonale a conclu à l'absence de causalité naturelle.
Dire s'il y a causalité adéquate est en revanche une question de droit, qui sera examinée dans le cadre du pourvoi en nullité déposé parallèlement (cf. <ref-ruling> consid. 2c/bb p. 23).
3. En conséquence, le recours de droit public doit être rejeté. Les recourantes qui succombent devront conjointement supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1 et 7 OJ) et verser une indemnité à l'intimé. Aucune indemnité ne sera en revanche allouée au Ministère public genevois (art. 159 al. 2 OJ).
II. Pourvoi en nullité
4. 4.1 En vertu de l'art. 270 let. e ch. 1 PPF, seul le lésé qui est une victime d'une infraction au sens de l'<ref-law> peut exercer un pourvoi en nullité pour autant qu'il soit déjà partie à la procédure et dans la mesure où la sentence touche ses prétentions civiles ou peut avoir des incidences sur le jugement de celles-ci. Comme vu au consid. 1, ces conditions sont réalisées en l'espèce, de sorte que les recourantes ont qualité pour déposer un pourvoi en nullité.
4.2 Dans sa réponse, l'intimé soutient qu'il a déjà été condamné le 17 décembre 2002 à une peine de six mois d'emprisonnement pour lésions corporelles par négligence, de sorte que le principe ne bis in idem interdirait qu'il soit condamné pour homicide par négligence pour les mêmes faits. De la sorte, il conteste la recevabilité du pourvoi, faute d'intérêt juridique.
Lorsque, suite à l'admission d'un pourvoi en nullité, la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau, celle-ci doit fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt de cassation (cf. art. 277ter PPF). L'arrêt fédéral de renvoi lie l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 1c p. 197).
Par son arrêt du 26 février 2004, la cour de céans a annulé l'arrêt du 27 octobre 2003 de la Chambre pénale et renvoyé l'ensemble de la cause à l'autorité cantonale, afin qu'une autorité judiciaire détermine s'il existait un lien de causalité entre l'accident et le décès du piéton. La condamnation pour lésions corporelles par négligence et le non-lieu pour homicide par négligence forment les deux faces d'une seule et même décision. En effet, selon les principes du droit pénal, l'homicide absorbe les lésions corporelles (concours imparfait), de sorte que si l'autorité cantonale devait retenir l'existence d'un lien de causalité entre l'accident et le décès de D._, seule l'infraction d'homicide par négligence subsisterait. On ne saurait en conséquence admettre que la question des lésions corporelles soit définitivement jugée, car, sinon, cela reviendrait à vider de toute portée l'arrêt fédéral de renvoi, l'autorité cantonale se voyant dans l'impossibilité de condamner l'intimé pour homicide par négligence.
5. Les recourantes reprochent à l'autorité cantonale d'avoir nié l'existence d'un lien de causalité adéquate entre l'accident de la circulation et l'infarctus de D._.
5.1 La causalité est adéquate lorsque le comportement de l'auteur était propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (<ref-ruling> consid. 2a p. 39).
La causalité adéquate dépend d'une prévisibilité objective: il faut se demander si un tiers observateur neutre, voyant l'auteur agir dans les circonstances où il a agi, pourrait prédire que le comportement considéré aurait très vraisemblablement les conséquences qu'il a effectivement eues, quand bien même il ne pourrait pas prévoir le déroulement de la chaîne causale dans ses moindres détails (<ref-ruling> consid. 3b/aa p. 148). L'acte doit être propre, selon une appréciation objective, à entraîner un tel résultat ou à en favoriser l'avènement, de telle sorte que la raison conduit naturellement à imputer le résultat à la commission de l'acte.
5.2 La causalité adéquate sera admise même si le comportement de l'auteur n'est pas la cause directe ou unique du résultat. Peu importe que le résultat soit dû à d'autres causes, notamment à l'état de la victime, à son comportement ou à celui de tiers (Graven, L'infraction pénale punissable, 2e éd., Berne 1995, p. 92).
Il n'y aura rupture du lien de causalité adéquate, l'enchaînement des faits perdant alors sa portée juridique, que si une autre cause concomitante, par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou d'un tiers, constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait pas s'y attendre. L'imprévisibilité d'un acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à l'amener, et notamment le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 2c/bb p. 23 et les arrêts cités).
5.3 Selon la doctrine et la jurisprudence, un état de santé déficient ou une prédisposition chez la victime ne constitue pas une circonstance propre à rompre le lien de causalité. L'auteur sera tenu pour coupable d'homicide par négligence du moment que sa faute a joué un rôle causal, même partiel, dans le décès de cette victime (Hurtado Pozo, Droit pénal, Partie générale II, Zurich 2002. p. 48, n. 145; Graven, op. cit., p. 92). C'est ainsi que l'automobiliste qui blesse mortellement un piéton cause la mort de la victime même si cette dernière a saigné à mort parce qu'elle était hémophile (Hurtado Pozo, op. cit.) ou qu'elle est décédée à la suite de complications entraînées par la perte d'un rein (urémie) (arrêt du Tribunal supérieur du canton d'Argovie du 21 août 1972, Aargauische Gerichts- und Verwaltungsentscheide [AGVE] 1972 p. 129, résumé au JdT 1974 I p. 491). De même, des complications opératoires telles qu'une embolie ou une pneumonie qui, sans être habituelles, ne sont pas totalement exceptionnelles ne suffisent pas à rompre le lien de causalité entre les lésions résultant d'un accident de la circulation et le décès du blessé (arrêt du Tribunal d'appel du canton de Bâle du 29 septembre 1995, BJM 1996 p. 204).
En France également, la doctrine et la jurisprudence pénales admettent que, si la négligence initiale du prévenu se conjugue avec un état de santé déficient ou une prédisposition chez la victime, le prévenu est alors tenu pour coupable d'homicide involontaire, du moment que sa faute a joué un rôle causal partiel dans le décès de cette victime (Merle/Vitu, Traité de droit criminel, Droit pénal spécial, Paris 1982, n. 1790, p. 1450). Il en va de même en Italie, en Allemagne et en Autriche (Lattanzi, Codice penale, annotato con la giurisprudenza, 2e éd., Milan 2001, n. 3, art. 589, p. 1381; Burkhard Jähnke, StGB, Leipziger Kommentar, Grosskommentar, 11e éd., 1999, n. 8, § 222; Foregger/Nowakowski, Wiener Kommentar zum Strafgesetzbuch, n. 68, § 80). Enfin, en droit civil suisse, la prédisposition constitutionnelle n'interrompt pas le lien de causalité, mais doit être prise en considération lors du calcul du dommage ou de la fixation des dommages-intérêts (<ref-ruling>).
5.4 En l'occurrence, il a été retenu que l'intimé a renversé D._, qu'à la suite du choc, celui-ci a souffert d'un écrasement et d'une fracture du pied gauche, qu'il a ultérieurement développé une gangrène du pied gauche nécessitant son amputation et qu'il est mort "dans le contexte de soins suite à un traumatisme grave subi deux semaines avant le décès". Dans ces circonstances, l'accident cardiaque semble être la conséquence objectivement prévisible de la gangrène du pied, entraînée par l'accident de la circulation. Lorsque l'intimé soutient que le décès de D._ est dû au seul infarctus ancien du myocarde et serait survenu même sans l'accident, il s'écarte de l'état de fait cantonal, puisqu'il a été constaté que l'accident a joué un rôle déclenchant dans le processus menant au décès. Contrairement à ce que semble soutenir l'autorité cantonale, la santé fragile de D._ ne constitue pas un facteur propre à rompre le lien de causalité adéquate. Il ne ressort au demeurant pas de l'état de fait cantonal qu'un autre fait aurait interrompu le lien de causalité, de sorte que la causalité adéquate ne peut être niée.
6. Vu l'issue du pourvoi, les frais seront mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 278 al. 1 PPF), et une indemnité sera allouée aux recourantes à titre de dépens, l'intimé étant condamné à rembourser les frais (art. 278 al. 3 PPF).
Il n'est pas réclamé de frais au Ministère public genevois (art. 278 al. 2 PPF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
I. Concernant le recours de droit public:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire global de 2'000 francs est mis à la charge des recourantes, qui le supporteront à parts égales entre elles et solidairement.
3. Les recourantes verseront solidairement à l'intimé une indemnité de 1'000 francs à titre de dépens.
II. Concernant le pourvoi en nullité:
4. Le pourvoi est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
5. Un émolument judiciaire de 1'000 francs est mis à la charge de l'intimé.
6. La Caisse du Tribunal fédéral versera aux recourantes une indemnité globale de 2'000 francs à titre de dépens.
7. L'intimé est tenu de verser à la Caisse du Tribunal fédéral un montant de 2'000 francs au titre de compensation.
III. Communication:
8. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Procureur général de Genève et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 18 mai 2005
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: