A.- Par courrier du 28 avril 1999, l'entreprise X._ SA a résilié, pour le 31 juillet 1999, le contrat de travail qui la liait à C._. Ce dernier a alors présenté à la Caisse de chômage de la Communauté sociale interprofessionnelle (CSI) une demande d'indemnités journalières.
Par décision du 27 août 1999, la caisse a suspendu le droit de l'assuré aux indemnités journalières, pour une durée de 16 jours. Selon elle, son comportement avait donné à son employeur un motif de résiliation du contrat de travail.
B.- Par jugement du 13 mai 2000, le Tribunal cantonal jurassien (Chambre des assurances) a partiellement admis le recours interjeté par l'assuré et renvoyé la cause à la caisse pour instruction complémentaire et nouvelle décision.
C.- Le Secrétariat d'Etat à l'économie interjette recours de droit administratif, concluant à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité judiciaire cantonale. L'intimé ne s'est pas déterminé, alors que le Tribunal cantonal propose le rejet du recours, au terme de ses observations.

Considérant en droit :
1.- Les premiers juges ont considéré que les reproches faits à l'intimé par son ancien employeur, repris dans la décision de la caisse, à savoir une agressivité verbale à l'égard de ses supérieurs, voire d'autres collaborateurs, et un comportement négatif lors de séances de travail en groupe, ne sont pas assez précis pour pouvoir se prononcer sur une suspension du droit aux indemnités de chômage. Pour cette raison, un complément d'instruction est nécessaire, d'après l'autorité cantonale, qui a renvoyé la cause à la caisse. Le recourant lui fait grief de ne pas avoir complété elle-même l'instruction.
2.- Selon la jurisprudence, le juge cantonal qui estime que les faits ne sont pas suffisamment élucidés a en principe le choix entre deux solutions : soit renvoyer la cause à l'administration pour complément d'instruction, soit procéder lui-même à une telle instruction complémentaire.
Un renvoi à l'administration, lorsqu'il a pour but d'établir l'état de fait, ne viole ni le principe de simplicité et de rapidité de la procédure, ni le principe inquisitoire. Il en va cependant autrement quand un renvoi constitue en soi un déni de justice (par exemple, lorsque, en raison des circonstances, seule une expertise judiciaire ou une autre mesure probatoire judiciaire serait propre à établir l'état de fait), ou si un renvoi apparaît disproportionné dans le cas particulier (RAMA 1993 no U 170 p. 136, 1989 no K 809 p. 206). A l'inverse, le renvoi à l'administration apparaît en général justifié si celle-ci a constaté les faits de façon sommaire, dans l'idée que le tribunal les éclaircirait comme il convient en cas de recours (voir RAMA 1986 no K 665 p. 87).
En ce qui concerne plus précisément l'audition de témoins, il s'agit typiquement d'une mesure d'instruction - au demeurant simple - qui doit, en règle ordinaire, être accomplie par le juge cantonal saisi de l'affaire, selon les formes requises par le droit cantonal de procédure (cf. l'art. 103 al. 6 LACI). Il importe en effet, vu la nature de la preuve testimoniale, que l'autorité judiciaire porte une appréciation directe sur un témoignage et l'on conçoit donc difficilement que la tâche d'entendre un témoin puisse être déléguée à une autorité administrative par une décision de renvoi (arrêt non publié M. du 26 mars 1998 [C 362/96]).
3.- a) La suspension du droit à l'indemnité prononcée en raison du chômage dû à une faute de l'assuré, en application de l'art. 44 al. 1 let. a OACI, suppose que le comportement reproché à celui-ci soit clairement établi.
Par ailleurs, lorsqu'un différend oppose l'assuré à son employeur, les seules affirmations de ce dernier ne suffisent pas à établir une faute contestée par l'assuré et non confirmée par d'autres preuves ou indices aptes à convaincre l'administration ou le juge (<ref-ruling> consid. 1 et les arrêts cités; Gerhards, Kommentar zum Arbeitslosenversicherungsgesetz, n. 10ss ad art. 30).
b) En l'espèce, on doit admettre, avec les premiers juges, que la caisse ne disposait pas d'éléments suffisamment précis pour se prononcer en connaissance de cause, d'autant que l'intimé conteste qu'on puisse lui imputer un comportement fautif peu avant son licenciement. Cela étant, l'audition de témoins apparaît comme une mesure d'instruction propre à apporter des précisions sur les faits reprochés à l'intimé. En principe, il appartenait donc aux juges cantonaux de compléter eux-mêmes l'instruction, en entendant d'éventuels témoins, conformément à la jurisprudence exposée ci-dessus. Certes, dans leurs observations sur le recours, ils objectent qu'en comblant eux-mêmes les lacunes des dossiers fréquemment mal instruits par les caisses, ils encourageraient ces dernières à violer le principe inquisitoire, nuisant ainsi au déroulement simple et rapide des procédures. Toutefois, dans le cas d'espèce, l'instruction menée par la caisse (questions écrites à l'employeur, offre à l'intimé de se déterminer) n'était pas lacunaire au point de justifier le renvoi du dossier à celle-ci pour qu'elle entreprenne elle-même les mesures d'instruction jugées nécessaires par l'autorité cantonale de recours.
En conséquence, le recours interjeté par le Secrétariat d'Etat à l'économie sera admis et la cause renvoyée à la juridiction cantonale pour nouveau jugement.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est admis et le jugement du 13 mai 2000 du
Tribunal cantonal jurassien (Chambre des assurances)
est annulé; l'affaire est renvoyée au Tribunal cantonal
pour instruction complémentaire et nouveau jugement au
sens des motifs.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton du Jura, Chambre des assurances, et à la Caisse d'assurance chômage de la
Communauté sociale interprofessionnelle.
Lucerne, le 17 novembre 2000
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIIe Chambre :
Le Greffier :