Sachverhalt:
A. Mit Vertrag vom 6. Dezember 1998 übernahm B._ (Beschwerdegegner) gegen Zahlung von Fr. 20'000.-- ein von A._ (Beschwerdeführer) demontiertes historisches Holzhaus in C._, welches er an einem anderen Ort wieder aufzubauen gedachte. Nachdem sich der Abbruch verzögert hatte und der Beschwerdeführer nach der Demontage einen Teil des Kaufgegenstandes auf einen Lagerplatz in D._ gebracht hatte, schlossen die Parteien am 13. Januar 1999 eine zusätzliche Vereinbarung, in welcher sich der Beschwerdegegner zur Zahlung von weiteren Fr. 9'000.-- verpflichtete sowie zur Abholung des Kaufgegenstandanteils in D._ binnen Monatsfrist und in C._ bis zum 15. Januar 1999. Er nahm den Kaufgegenstand in der Folge aber nicht entgegen mit der Begründung, die Sache sei durch das Verhalten des Beschwerdeführers unbrauchbar geworden, weshalb er vom Vertrag zurückgetreten sei. Aus diesem Grund verlangte er vom Beschwerdeführer die bereits geleisteten Fr. 20'000.-- zuzüglich Zins zurück sowie eine Umtriebsentschädigung von Fr. 400.-- nebst Aufhebung des Rechtsvorschlages in der eingeleiteten Betreibung.
B. Während das Amtsgericht Sursee die Klage mit Urteil vom 14. Februar 2008 abwies, hiess das Obergericht des Kantons Luzern die Klage teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer, dem Beschwerdegegner Fr. 20'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil aufzuheben und das Urteil des Amtsgerichts Sursee zu bestätigen. Sofern das Bundesgericht nicht selbst entscheide, sei die Sache an das Obergericht zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Dem Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung gab das Bundesgericht statt. Der Beschwerdegegner und das Obergericht schliessen im Wesentlichen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Mit Fr. 20'400.-- erreicht der Streitwert den für die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich erforderlichen Streitwert nicht, und es stellt sich auch keine Frage von grundsätzlicher Bedeutung. Damit sind die Voraussetzungen für die Zulässigkeit der subsidiären Verfassungsbeschwerde gegeben. Mit der Bestätigung des Entscheides des Amtsgerichts beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht sinngemäss, die Klage abzuweisen, so dass sein Begehren dem Erfordernis eines materiellen Antrags genügt (<ref-ruling> E. 3.1).
2. Die Vorinstanz ging davon aus, die Parteien seien sich implizit einig gewesen, dass der ursprünglich geschlossene Kaufvertrag inzwischen aufgehoben worden sei. Der Beschwerdegegner beharre sinngemäss auf dem Vertragsrücktritt, während der Beschwerdeführer die Behauptung, er habe den Kaufgegenstand an einen Dritten verkauft, unwidersprochen gelassen habe. Durch den Verkauf des Vertragsobjekts habe der Beschwerdeführer die in der Rücktrittserklärung liegende Offerte zur Vertragsaufhebung angenommen. Daher sei er grundsätzlich nicht befugt, das ihm bezahlte Geld zu behalten.
2.1 Der Beschwerdeführer beanstandet mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde einzig die Feststellung der Vorinstanz, er habe die Behauptung des Beschwerdegegners betreffend Verkauf des Kaufgegenstandes an einen Dritten unwidersprochen gelassen. Damit sei die Vorinstanz in Willkür verfallen und habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (namentlich auf hinreichende Begründung des Entscheides) verletzt.
2.2 Vor erster Instanz hatte der Beschwerdegegner den Standpunkt eingenommen, die Sache sei durch das Verhalten des Beschwerdeführers unbrauchbar geworden. Auch in der kantonalen Appellationsbegründung führt er aus, das Material sei auf dem Transport nach D._ beschädigt worden. Ziff. 2 der Appellationsschrift enthält Ausführungen für den Fall, dass entgegen seinen Behauptungen davon auszugehen sei, das Holzfachwerk sei Mitte Januar 1999 mängelfrei gewesen. Unter Ziff. 2.1 der Appellationsschrift führt er aus, es sei unbestritten, dass er Fr. 20'000.-- bezahlt habe und damit seinen vertraglichen Pflichten zum grössten Teil nachgekommen sei. Ebenso sei unbestritten, dass der Beschwerdeführer den Kaufgegenstand nie übergeben habe. Kein Zweifel könne auch darüber bestehen, dass das Material heute nicht mehr vorhanden sei und vom Beschwerdeführer an einen Dritten verkauft worden sei. Der Beschwerdegegner weist in den darauffolgenden Ziffern darauf hin, es gehe nicht an, dass ein Verkäufer dieselbe Kaufsache zweimal verkaufe. Er vertrat die Auffassung, der Beschwerdeführer müsse nachweisen, dass ihm ein Schaden in der Höhe von Fr. 20'000.-- entstanden sei. Bei Annahmeverzug des Käufers könne der Verkäufer auf Vertragserfüllung klagen, vom Vertrag zurücktreten oder Schadenersatz verlangen. Da der Beschwerdeführer weder vom Vertrag zurückgetreten sei, noch Vertragserfüllung verlangt habe, könne er nur Schadenersatz geltend machen. Diesbezüglich fehle es aber am Schadensnachweis, da allfällige Transport- und Lagerkosten beim Verkauf des Holzmaterials gedeckt worden seien. Dass der Beschwerdeführer den Kaufgegenstand an einen Dritten verkauft habe, hat der Beschwerdegegner nach seinen eigenen Ausführungen in der Vernehmlassung erstmals vor Obergericht vorgebracht, da er vorher keine Kenntnis davon hatte.
2.3 In der Appellationsantwort nimmt der Beschwerdeführer zu den Ausführungen unter Ziff. 2 der Appellationsschrift Stellung. Er beginnt mit den Worten: "Die appellantischen Ausführungen werden bestritten". Zum Vorbringen des Beschwerdegegners, es müsse abgeklärt werden, ob dem Beschwerdeführer ein Schaden entstanden sei, verweist die Appellationsantwort auf die Kosten des zusätzlichen Transports und der Entsorgung. Der Beschwerdeführer führt weiter aus, Nutzen und Schaden seien mit Verkaufsabschluss auf den Käufer übergegangen. Für danach eintretende Mängel hafte der Verkäufer nur bei Verschulden. Vorliegend habe jedoch der Käufer durch sein pflichtwidriges Nichtabholen des Materials den Untergang der Sache selbst verschuldet.
2.4 Vor diesem Hintergrund erweist sich die Kritik des Beschwerdeführers am angefochtenen Urteil als offensichtlich begründet. Unter dem Titel "ad Ziff. 2" bestreitet der Beschwerdeführer in der Appellationsantwort zunächst die Vorbringen des Beschwerdegegners und schildert anschliessend seine eigene Version der Geschehnisse. Er behauptet, ihm sei ein Schaden entstanden für die zusätzlichen Transportkosten und die Entsorgung. Bereits der Begriff Entsorgung weist in aller Deutlichkeit darauf hin, dass nach Darstellung des Beschwerdeführers kein Verkauf erfolgte. Der vom Beschwerdegegner behauptete Verkauf müsste zu Einnahmen führen, nicht zu zusätzlichen Kosten. Wenn der Beschwerdeführer auf die Behauptung, ihm sei kein Schaden entstanden, weil er den Kaufgegenstand an einen Dritten verkauft habe, antwortet, sein Schaden liege in den Entsorgungskosten, schliesst dies eine Anerkennung des behaupteten Verkaufs aus. Indem er fortfährt, der Käufer habe den Untergang der Sache selbst verschuldet, stellt er vollends klar, dass er den behaupteten Verkauf an einen Dritten bestreitet und behauptet, der Kaufgegenstand sei untergegangen.
2.5 Entgegen den Ausführungen der Vorinstanz in der Vernehmlassung kann die Bestreitung ohne Willkür auch nicht als ungenügend substantiiert bezeichnet werden, abgesehen davon, dass die Vorinstanz dieser Auffassung in Nachachtung ihrer aus Art. 29 Abs. 2 BV fliessenden Begründungspflicht bereits im angefochtenen Urteil hätte Ausdruck verleihen müssen, um dem Beschwerdeführer eine sachgerechte Anfechtung zu ermöglichen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88). Obwohl der Beschwerdegegner vor Bundesgericht anführt, er könne den Verkauf ohne Weiteres beweisen und damit nahelegt, dass ihm Einzelheiten bekannt sind, hat er den behaupteten abermaligen Verkauf im kantonalen Verfahren in keiner Weise substantiiert. Als Negativum konnte der Beschwerdeführer demnach die Bestreitung des Verkaufs seinerseits nicht näher substantiieren, sondern einzig darlegen, was sich an Stelle des Verkaufes an einen Dritten mit dem verkauften Holz zugetragen hat (vgl. KUMMER, in: Berner Kommentar, N. 194 ff. zu Art. 8 ZGB). Dies hat er mit der Behauptung, die Sache sei untergegangen und von ihm entsorgt worden, getan. Mehr kann angesichts der unsubstantiierten Behauptung des Beschwerdegegners und der Tatsache, dass dieser die Kaufsache selbst als unbrauchbar bezeichnet, nicht verlangt werden.
2.6 Da die Behauptung, durch die Kosten der Entsorgung sei ein Schaden entstanden, den Weiterverkauf an einen Dritten logisch ausschliesst, ist die Auffassung, der Beschwerdeführer habe den Verkauf an einen Dritten unwidersprochen gelassen, offensichtlich unhaltbar. Wenn die Vorinstanz bei dieser Sachlage zusätzlich eine ausdrückliche Bestreitung verlangt, ist dies durch kein schutzwürdiges Interesse mehr gerechtfertigt, weshalb die Vorinstanz damit in überspitzten Formalismus verfällt (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 247 f. mit Hinweisen). Da die Vorinstanz ihre gesamte Argumentation auf den Aufhebungsvertrag stützt, den sie aus dem Verkauf an den Dritten herleitet, ist der angefochtene Entscheid auch im Ergebnis nicht haltbar.
3. Die Beschwerde erweist sich als begründet, was zur Aufhebung des angefochtenen Entscheides führt. Da die Vorinstanz die Appellation unter unzutreffenden Voraussetzungen geprüft hat, ist die Sache gemäss dem Eventualantrag des Beschwerdeführers an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit wird der Beschwerdegegner als unterliegende Partei kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, I. Kammer als Appellationsinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak