Sachverhalt:
A. S._, geboren 1951, verletzte sich am 30. März 1976 beim Fussballspielen am rechten Knie. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher er obligatorisch gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert war, erbrachte die gesetzlichen Leistungen. In der Folge erlitt S._ wiederholt Retraumatisierungen und im Februar 2006 einen Rückfall, für welchen er wiederum Leistungen der SUVA bezog. Seine Arbeitsstelle als Polier bei der Firma C._, welche er ab dem Jahre 1973 inne gehabt hatte, wurde ihm von der Arbeitgeberin (aus nicht gesundheitlichen Gründen) zum 31. März 2003 gekündigt. Ab 1. August 2003 war S._ als Polier/Geschäftsführer in der von ihm gegründeten Firma X._ tätig. Anfangs 2005 stürzte S._ von einer Leiter und klagte in der Folge über bewegungsabhängige Beschwerden in der rechten Schulter. Seine Krankenversicherung (Helsana Versicherungen AG; nachfolgend: Helsana) zahlte ihm, bei vollständiger Arbeitsunfähigkeit ab 6. Juli 2005, ein ganzes Krankentaggeld aus. Am 23. Dezember 2005 meldete sich S._ unter Hinweis auf Meniskusbeschwerden, Probleme an der Wirbelsäule und Arthrose bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau führte erwerbliche Abklärungen durch und holte bei Dr. med. G._, FMH für Innere Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, einen Bericht ein vom 16. Januar 2006. Über die Firma X._ wurde am ... der Konkurs eröffnet (die Löschung im Handelsregister erfolgte am ...). Ab 1. August 2006 reduzierte die Helsana das Krankentaggeld auf 45 %, da es S._ zumutbar sei, in einer leidenangepassten Tätigkeit eine volle Arbeitsleistung zu erbringen (Einspracheentscheid vom 30. Juli 2007; bestätigt mit Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 27. Februar 2008). Die IV-Stelle ersuchte Hausarzt Dr. med. M._, Allgemeine Medizin FMH, um einen Bericht vom 1. Oktober 2006 und liess bei Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH E._, FMH für Innere Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, ein Gutachten vom 9. Dezember 2006 erstellen.
Die SUVA stellte die Heilbehandlung am 7. November 2007 ein und sprach S._ mit Verfügung vom 14. November 2007, gestützt auf eine Vereinbarung vom 2. November 2007, eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 40 % ab 1. August 2006 und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 29.68 % in Höhe von Fr. 20'657.30 zu.
Nachdem die IV-Stelle einen Bericht Abklärungsdienst Selbstständigerwerbende vom 21. November 2007 veranlasst hatte, stellte sie mit Vorbescheid vom 21. Februar 2008 die Abweisung des Rentenbegehrens in Aussicht und verfügte am 4. Juli 2008 entsprechend.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des S._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 17. Dezember 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die Zusprechung der "gesetzlichen Leistungen", eventualiter die Rückweisung der Sache zur weiteren Abklärung und anschliessenden Neuverfügung an die IV-Stelle, beantragen.
Die Vorinstanz und das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil grundsätzlich den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG), und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und die Rechtsprechung zum Begriff der Invalidität (<ref-law>; <ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> in der bis zum 31. Dezember 2003 gültig gewesenen und in der seit 1. Januar 2004 geltenden Fassung) und zur Invaliditätsbemessung bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261) und zum Beweiswert sowie zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die Hinweise auf die fehlende Bindungswirkung - im Sinne von <ref-ruling> - der durch IV oder UV vorgenommenen Invaliditätsschätzung für die jeweils andere Versicherung (<ref-ruling> E. 6.2 S. 554). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog, gestützt auf das Gutachten der Frau Dr. med. E._ vom 9. Dezember 2006, welchem voller Beweiswert zukomme, sei der Versicherte in einer angepassten Tätigkeit voll arbeitsfähig. Die Einschätzungen des Dr. med. A._, FMH für physikalische Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, (bei welchem die Helsana eine konsiliarische rheumatologische Untersuchung veranlasst hatte; Bericht vom 26. Juni 2006), wie auch diejenigen des Dr. med. N._, FMH für Orthopädische Chirurgie, (den der Beschwerdeführer um Beurteilung des Gutachtens E._ ersucht hatte; Bericht vom 14. März 2008), vermöchten die Beweiskraft der Administrativexpertise nicht entscheidend in Frage zu stellen. Das Valideneinkommen sei anhand von Tabellenlöhnen zu bestimmen. Zum einen könne nicht auf den zuletzt von der Firma X._ ausbezahlten Lohn abgestellt werden, insbesondere weil dieses Einkommen in Höhe von Fr. 8'000.- monatlich durch die Einnahmen der Gesellschaft nicht habe gedeckt werden können, was letztlich zu deren Konkurs geführt habe. Zum anderen komme die Wiederaufnahme der Arbeit bei der Firma C._ nach den entsprechenden Abklärungen der IV-Stelle nicht mehr in Frage. Ausgehend von der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) 2006, Tabelle TA1 S. 25, Baugewerbe, Anforderungsniveau 3, ergebe sich ein Monatslohn von Fr. 5'652.45 (bzw. jährlich Fr. 67'820.20). Das Invalideneinkommen setzte die Vorinstanz ebenfalls in Anwendung derselben LSE-Tabelle, gestützt auf den Totalwert im Anforderungsniveau 4, und unter Gewährung eines leidensbedingten Abzuges von 10 %, auf jährlich Fr. 53'277.60 fest und ermittelte einen Invaliditätsgrad von 21,45 %, was zur Abweisung des Rentenbegehrens führte.
3.2 Der Versicherte bringt vor, das kantonale Gericht habe übersehen, dass die IV-Stelle die zuvor erfolgten Invaliditätsschätzungen der Kranken- wie auch der obligatorischen Unfallversicherung "in keiner Weise berücksichtigt" und damit gegen <ref-law> verstossen habe. Darüber hinaus werde im angefochtenen Entscheid der Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, weil unberücksichtigt bleibe, dass der SUVA-Kreisarzt im unfallversicherungsrechtlichen Verfahren bereits aus rein unfallbedingten Gründen ein Zumutbarkeitsprofil festgehalten habe, welches noch tiefer angesetzt sei als das durch Dr. med. A._ zu Handen der Krankenversicherung attestierte. Indem die Vorinstanz das Invalideneinkommen gestützt auf die Beurteilung der Frau Dr. med. E._ festsetze, entbehre der Entscheid einer rechtsgenüglichen Begründung und verstosse damit gegen das Recht. Aktenwidrig sei schliesslich, dass nach den Feststellungen der Vorinstanz zwischen dem Gesundheitsschaden des Versicherten und dem Konkurs seiner Firma kein Zusammenhang bestehe. Das Valideneinkommen sei willkürlich festgesetzt worden. Es rechtfertige sich ein leidensbedingter Abzug vom Tabellenlohn in Höhe von 25 %. Schliesslich habe die Vorinstanz angesichts des von ihr auf 21,45 % festgesetzten Invaliditätsgrades zu Unrecht darauf verzichtet, die Sache zur Prüfung beruflicher Massnahmen an die IV-Stelle zurückzuweisen.
4. 4.1 Die Kritik des Beschwerdeführers an der vorinstanzlichen Würdigung der medizinischen Unterlagen ist nicht stichhaltig. Das kantonale Gericht hat insbesondere kein Bundesrecht verletzt, wenn es dem Gutachten der Frau Dr. med. E._ vom 9. Dezember 2006 vollen Beweiswert zuerkannte und gestützt auf die darin enthaltenen Einschätzungen eine (anspruchsrelevante) Einschränkung der Arbeitsfähigkeit verneinte. Sowohl die im unfall- wie auch die im krankenversicherungsrechtlichen Verfahren bei nichtbehandelnden Ärzten veranlassten medizinischen Abklärungen ergaben, dass der Versicherte in einer angepassten Tätigkeit uneingeschränkt arbeitsfähig ist (von der Helsana veranlasste konsiliarische rheumatologische Untersuchung durch Dr. med. A._ vom 26. Juni 2006; kreisärztliche Untersuchung [Dr. med. H._, FMH für Orthopädische Chirurgie] vom 25. April 2007). Selbst der vom Versicherten mit einer Beurteilung des Gutachtens von Frau Dr. med. E._ beauftragte Dr. med. N._ erachtete eine angepasste leichte Tätigkeit für zeitlich und leistungsmässig voll zumutbar (Schreiben vom 14. März 2008). Zwar gelangte Hausarzt Dr. med. G._ zu einer abweichenden Einschätzung und attestierte auch in einer wechselbelastenden leichten Tätigkeit eine Arbeitsfähigkeit von lediglich 50 % (Bericht vom 16. Januar 2006). Wenn die Vorinstanz hierauf in Anwendung der bei Würdigung hausärztlicher Berichte in besonderem Mass erforderlichen Sorgfalt nicht abstellte (AHI 2001 S. 114 E. 3b/cc mit Hinweisen), steht dies mit den bundesrechtlichen Anforderungen im Einklang (hiezu <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis; E. 1 hievor). Soweit in der Beschwerde von der Vorinstanz abweichende Schlüsse bezüglich der Arbeitsfähigkeit gezogen werden, liegt darin eine letztinstanzlich unzulässige appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid (<ref-law>; Urteil 9C_882/2007 vom 11. April 2008 E. 5.1).
4.2 Nichts zu seinen Gunsten ableiten kann der Beschwerdeführer aus dem Umstand, dass ihm die Krankenversicherung Taggelder und die Unfallversicherung eine Invalidenrente zugesprochen haben. Die Zusprechung einer Invalidenrente durch die SUVA beruht auf einem Vergleich zwischen dieser und dem Versicherten vom 2. November 2007 (in welchem der versicherte Jahresverdienst auf Fr. 71'623.- und der Rentensatz für die Invalidenrente auf 40 % festgesetzt wurden), so dass nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz bereits aus diesem Grund keine Bindungswirkung der Invalidenversicherung an den durch die Unfallversicherung festgesetzten Invaliditätsgrad bestand (<ref-ruling>, wobei eine Bindungswirkung bereits vor diesem Urteil fehlte; vgl. Urteil 8C_106/2008 vom 5. September 2008 E. 3). Die Helsana ihrerseits stützte sich bei der Ermittlung der Erwerbseinbusse auf die Angaben des Versicherten und ging - bezogen auf das Jahr 2007 - von einem Jahreseinkommen in Höhe von Fr. 106'000.- aus. Die Vorinstanz stellte in tatsächlicher Hinsicht für das Bundesgericht verbindlich fest (E. 1 hievor), dass der Monatslohn in Höhe von Fr. 8'000.-, welchen sich der Versicherte von seiner Firma hatte auszahlen lassen, durch die Einnahmen der Gesellschaft nicht gedeckt war und entgegen den Vorbringen in der Beschwerde nicht gesundheitliche Gründe, sondern dieser Umstand letztlich zum Konkurs seiner Firma geführt hatte. Für die Festsetzung des hypothetischen Valideneinkommens ist das Einkommen massgeblich, welches die versicherte Person heute erzielen würde, wenn sie nicht invalid geworden wäre. Nicht durch das Geschäftsergebnis finanzierbare und insoweit überhöhte Lohnzahlungen, welche sich ein - nicht invalider - Versicherter durch die von ihm beherrschte Firma ausbezahlt und die letztlich deren Konkurs verursachen, können indes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades bereits deshalb nicht berücksichtigt werden, weil sie aus wirtschaftlichen Gründen auch dann nicht hätten weiter erzielt werden können, wenn die versicherte Person keinen (anspruchsbegründenden) Gesundheitsschaden erlitten hätte. Weil die Wiederaufnahme des Arbeitsverhältnisses bei der Firma C._ angesichts der zur Kündigung mit sofortiger Freistellung führenden Umstände (der Versicherte hatte bereits während seiner Anstellungszeit bei der Firma C._ Aufträge auf eigene Rechnung erledigt; vgl. Nachfrage der IV-Stelle vom 8. November 2007) nicht mehr in Frage kommt, hat die Vorinstanz das Valideneinkommen zu Recht gestützt auf Tabellenlöhne ermittelt und dabei in Würdigung der konkreten Umstände (fehlende Ausbildung, jedoch grosse Berufserfahrung) die vom Bundesamt für Statistik herausgegebene Schweizerische Lohnstrukturerhebung (LSE) 2006 Tabelle TA 1 S. 25, Baugewerbe, Anforderungsniveau 3 herangezogen. Das im angefochtenen Entscheid auch in Anwendung der LSE 2006 (Tabelle TA 1, Zentralwert, Anforderungsniveau 4) festgesetzte Invalideneinkommen ist ebenfalls nicht zu beanstanden.
4.3 Was schliesslich die Höhe des (im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten) Abzuges vom Tabellenlohn betrifft, handelt es sich dabei um eine typische Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nurmehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Dass die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt habe, vermag der Beschwerdeführer nicht zu begründen.
5. Es trifft zu, dass beim vorinstanzlich ermittelten Invaliditätsgrad von 21,45 % die für einen Anspruch auf Umschulung vorausgesetzte Erheblichkeitsschwelle (bleibende oder längere Zeit dauernde Erwerbseinbusse von etwa 20 %; <ref-ruling> E. 4.2 S. 489 f. mit Hinweisen) erreicht ist. Die Vorinstanz hat sich zum Umschulungsanspruch nicht geäussert, obwohl der Versicherte in seiner erstinstanzlichen Beschwerde die Zusprechung der gesetzlichen Leistungen beantragen liess und damit im kantonalen Beschwerdeverfahren sowohl die Invalidenrente als auch die beruflichen Massnahmen Streitgegenstand bildeten (vgl. Urteile 8C_508/2007 vom 16. Mai 2008 E. 2 und I 344/05 vom 14. September 2005 E. 1.1). Folglich hat das kantonale Gericht auch keine Feststellungen getroffen zu den weiteren für eine Umschulung erforderlichen Faktoren, namentlich zur subjektiven und objektiven Eingliederungsfähigkeit des Versicherten sowie zur Eingliederungswirksamkeit und zur annähernden Gleichwertigkeit des mit der Massnahme angestrebten Berufs im Vergleich zur angestammten Tätigkeit als Ausdruck des Verhältnismässigkeitsprinzips (<ref-ruling> E. 1.1.1 S. 68 mit Hinweisen; Urteile I 210/05 vom 10. November 2005 E. 3.3.1 und I 794/02 vom 19. November 2003 E. 2). Die Akten erlauben keine zuverlässige Beurteilung, ob diese Voraussetzungen gegeben sind. Die Sache ist daher an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie entsprechende Abklärungen vornehme und danach neu verfüge. Je nachdem wird sie auch über den Anspruch auf andere Eingliederungsmassnahmen beruflicher Art zu befinden haben.
6. Der Beschwerdeführer unterliegt im Renten- und obsiegt im Eingliederungspunkt, da die diesbezügliche Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur erneuten Abklärung (mit noch offenem Ausgang) für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG gilt, unabhängig davon, ob sie überhaupt beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235; Urteil 8C_671/2007 vom 13. Juni 2008 E. 4.1). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher hälftig zu verlegen (<ref-law>). Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine reduzierte Parteientschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Thurgau vom 17. Dezember 2008 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 4. Juli 2008, soweit berufliche Eingliederungsmassnahmen betreffend, werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle des Kantons Thurgau zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen beruflicher Art, insbesondere Umschulung, neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden je zur Hälfte dem Beschwerdeführer und der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle