Faits:
A. Le 22 juillet 2008, X._ a déposé plainte après avoir chu, dans la nuit du 5 précédent, dans la tranchée d'un chantier ouvert dans la cour de la maison où elle est domiciliée, sur la parcelle propriété de A._, et s'être ainsi fracturé tibia et péroné.
Selon la plaignante, sa propriétaire l'avait avisée de ces travaux, qui avaient commencé le 30 juin 2008, la veille de son départ en vacances, lesquelles s'étaient déroulées du 26 juin au 5 juillet 2008.
D'après l'enquête de police, la tranchée, profonde de quelque cinquante centimètres, n'était pas entièrement signalisée par du matériel de barrage, ni indiquée par une source lumineuse.
B. Par décision du 5 janvier 2009, le Procureur général du canton de Genève a classé la plainte pénale de X._ contre A._ et tout autre participant éventuel pour lésions corporelles.
C. Par ordonnance du 4 février 2009, la Chambre d'accusation genevoise a déclaré irrecevable le recours interjeté par X._ contre la décision précitée, celui-ci ne répondant aux conditions posées par l'<ref-law>/GE.
D. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Se plaignant d'un formalisme excessif et d'arbitraire dans l'application du droit cantonal, elle conclut à l'annulation de l'ordonnance susmentionnée.
Le Procureur général fait siens les arguments de l'autorité cantonale et conclut au rejet du recours, tout comme la Chambre d'accusation.

Considérant en droit:
1. La recourante soutient que la Chambre d'accusation a fait preuve de formalisme excessif et d'arbitraire dans l'application du droit cantonal.
1.1 L'<ref-law>/GE prévoit que « le recours est formé par les conclusions motivées adressées au greffe de la Chambre d'accusation ». Selon la jurisprudence genevoise, le plaideur qui recourt contre une ordonnance de classement et qui sollicite l'ouverture d'une information ou le retour du dossier à l'instruction pour complément d'enquête doit préciser sur quels faits devra, selon lui, porter ce complément et le cas échéant quels témoins devront être entendus et à quelles fins (OCA 207 du 7 juin 1995). A défaut, la Chambre d'accusation ne pouvant se substituer au plaideur et combler ces lacunes, le recours sera déclaré irrecevable (Grégoire Rey, Procédure pénale genevoise, Annotations et commentaires, 2005, n° 1.4 ad art. 192).
1.1.1 L'excès de formalisme, aspect particulier du déni de justice, est prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst.: lorsque l'autorité applique une règle de procédure avec une rigueur exagérée ou impose des exigences excessives à l'égard des actes juridiques, elle prive indûment le citoyen d'une voie de droit. Cette garantie constitutionnelle est violée lorsque le strict respect d'une exigence de forme ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et empêche ou complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183/184; <ref-ruling> consid. 2b/aa; <ref-ruling> consid. 2a).
1.1.2 En matière d'application du droit cantonal, l'arbitraire et la violation de la loi ne sauraient être confondus. Une violation de la loi doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.1).
1.2 Le Procureur général a classé la procédure faute de prévention suffisante, la violation d'un devoir de prudence ne pouvant être reprochée à A._.
La Chambre d'accusation a constaté que le recours cantonal était recevable en la forme, avant de refuser d'entrer en matière sur celui-ci aux motifs que l'intéressée n'avait pas précisé, dans son mémoire, quelles investigations supplémentaires permettraient d'établir une prévention suffisante tant à l'égard de A._ que du chef d'entreprise mandaté pour effectuer les travaux, ce dernier n'ayant au demeurant été mis en cause qu'à l'occasion du recours cantonal.
1.3 Dans son précédent mémoire, la recourante s'est plainte des lacunes de l'enquête préliminaire. A ce sujet, elle a tout d'abord mentionné que l'audition de A._ avait été sommaire et expéditive, qu'on ne lui avait pas posé de questions sur l'entreprise qu'elle avait mandatée pour les travaux, ni sur les éventuelles instructions données. Elle a également considéré que l'audition de l'entrepreneur B._ avait été insuffisante, aucune question ne lui ayant été posée sur l'identité des autres ouvriers présents sur le chantier pendant la semaine des travaux, en particulier le vendredi 4 juillet 2008, ni sur les instructions qui lui auraient été données par la propriétaire. La recourante, se référant aux dispositions cantonales, a rappelé les principes du classement avant instruction, indiquant que de simples indices de culpabilité étaient suffisants pour annuler l'ordonnance entreprise. Elle a précisé les indices relatifs à la commission de l'infraction dénoncée, détaillant chaque condition de l'<ref-law>. Dans une synthèse, elle a expliqué que le parquet ne pouvait justifier un classement de la procédure tout en reconnaissant expressément que les ouvriers avaient failli à leurs obligations de prudence, en omettant de placer ou de replacer les barrières de protection et une signalisation lumineuse adéquate le soir de l'accident. Elle a souligné que le procureur aurait dû, à tout le moins, transmettre le dossier à l'instruction aux fins de poursuivre la procédure à l'encontre des ouvriers, respectivement de l'entreprise chargée des travaux. Elle a aussi considéré que A._ avait, de par la loi, une position de garante à l'égard des tiers pour les dangers résultant des travaux exécutés sur sa propriété et qu'elle avait failli à son obligation de surveillance du chantier. En conclusion, elle a estimé qu'à ce stade de la procédure, avant instruction, il existait des indices de culpabilité suffisants, tant à l'égard de B._ que de A._, du chef de lésions corporelles graves par négligence. Sur la base de ces éléments, elle a conclu a l'annulation de l'ordonnance attaquée.
Au regard du contenu du mémoire cantonal tel qu'exposé en résumé ci-dessus, la recourante a clairement précisé les faits sur lesquels devait porter le complément d'enquête, les personnes à entendre et les motifs de leur audition. Elle a ainsi agi conformément au prescrit de l'<ref-law>/GE et de la jurisprudence y relative (cf. supra consid. 1.1). Dès lors, la décision d'irrecevabilité procède d'un formalisme excessif dans l'application du droit cantonal.
2. En conclusion, le recours est admis, l'ordonnance attaquée annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Vu l'issue de la procédure, il ne sera pas perçu de frais et le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens de 3'000 fr.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouveau jugement.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Genève versera une indemnité de 3'000 fr. à la recourante à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 20 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani