Sachverhalt:
A. S._ (geboren 1990) wurde von seinen Eltern unter Hinweis auf psychische Leiden sowie eine geistige Behinderung am 3. Novem-ber 2004 zum Leistungsbezug in Form von Berufsberatung bei der Invalidenversicherung angemeldet. Nachdem der Versicherte die von der Invalidenversicherung als erstmalige beruflich Ausbildung übernommene Anlehre zum Gärtnereiarbeiter erfolgreich abgeschlossen hatte, absolvierte er ein Eingliederungspraktikum bei der Gärtnerei X._. Danach arbeitete er mit einem 50%-Pensum bis zu seiner Entlassung im Januar 2010 in demselben Betrieb weiter.
Die IV-Stelle des Kantons Freiburg sprach S._ mit Verfügung vom 26. Februar 2010 rückwirkend vom 1. November 2008 bis 31. März 2009 sowie ab 1. Januar 2010 eine halbe Invalidenrente zu. Im Rahmen eines im November 2011 amtlich eingeleiteten Revisionsverfahrens durch die wegen Umzugs des Versicherten neu zuständigen IV-Stelle des Kantons Bern wurde festgestellt, dass S._ seit dem 25. Januar 2010 bei der A._ AG unselbstständig erwerbstätig war und in den Jahren 2010 und 2011 ein rentenausschliessendes Erwerbseinkommen erzielt hatte. Im Verhalten des Versicherten erblickte die IV-Stelle eine Meldepflicht-verletzung und verfügte am 26. April 2012 die Aufhebung der Invalidenrente per 1. Februar 2010. Darüber hinaus forderte sie mit Verfügung vom 1. Mai 2012 die Rückzahlung der zwischen 1. Februar 2010 und 29. Februar 2012 unrechtmässig bezogenen Renten.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des Versicherten hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 24. Oktober 2012 teilweise gut. Es änderte die Verfügung vom 26. April 2012 insofern ab, als es die halbe Rente per 1. Mai 2010 aufhob und den Rückforderungsbetrag entsprechend herabsetzte.
C. Die IV-Stelle des Kantons Bern lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des angefochtenen Entscheides beantragen, soweit darin die Verfügungen vom 26. April 2012 und 1. Mai 2012 abgeändert wurden.
Während S._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, teilt das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) die Auffassung der IV-Stelle.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 lit. a BGG erhoben werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), prüft indessen - unter Beachtung der Begründungspflicht in Beschwerdeverfahren (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) - grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Die Beschwerdeführerin rügt den Entscheid vom 24. Oktober 2012 einzig im Hinblick auf den darin gewählten Zeitpunkt, in dem der Anspruch des Versicherten auf die Invalidenrente erloschen sein soll.
2.1 Art. 88a Abs. 1 IVV fixiert die Bedingungen, unter denen eine Invalidenrente modifiziert werden kann (<ref-ruling> E. 7.2 S. 133). Nach dieser Bestimmung ist eine Verbesserung der Erwerbsfähigkeit oder der Fähigkeit, sich im Aufgabenbereich zu betätigen, für die Herabsetzung oder Aufhebung einer Rente erst von jenem Moment an zu berücksichtigen, in dem angenommen werden kann, dass sie voraussichtlich längere Zeit dauern wird. Ihr ist in jedem Fall Rechnung zu tragen, nachdem sie ohne wesentliche Unterbrechung drei Monate gedauert hat und voraussichtlich weiterhin andauern wird. Sinn und Zweck des Art. 88a Abs. 1 IVV ist es u.a., dem Rentenbezüger eine gewisse Sicherheit in Bezug auf die regelmässige Auszahlung der Leistungen zu garantieren. Kurzzeitige Änderungen der rentenbegründenden Faktoren sollen eine revisionsweise Anpassung nicht auslösen können, da einer in Rechtskraft erwachsenen Leistungszusprache schon im Hinblick auf die Rechtssicherheit eine gewisse Beständigkeit zuerkannt werden muss.
2.2 Art. 88bis IVV regelt die situationsgerechte Rentenanpassung der Invalidenversicherung in zeitlicher Hinsicht (<ref-ruling> E. 7.2 S. 307; Jean-Louis Duc, L'assurance-invalidité, in: Soziale Sicherheit, SBVR Bd. XIV, 2007, S. 1497 Rz. 267). Gemäss Art. 88bis Abs. 2 lit. a IVV erfolgt die Herabsetzung oder Aufhebung der Rente frühestens vom ersten Tag des zweiten der Zustellung der Verfügung folgenden Monats. Verfahrensrechtlich sieht Art. 88bis Abs. 2 lit. a IVV eine Aufhebung der Invalidenrente nur pro futuro vor. Das Ziel der Bestimmung liegt darin, dass die versicherte Person nicht wegen einer rückwirkenden Einstellung der Invalidenrente Geldleistungen zurückzahlen soll, welche sie aufgrund eines rechtskräftigen Rentenentscheids gutgläubig bezogen hat. Zudem will ihr die Bestimmung Zeit zur Anpassung an die neuen finanziellen Verhältnisse geben (<ref-ruling> E. 3 S. 225; Urteil 8C_763/2008 vom 19. Juni 2009 E. 5, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.3.5 S. 70). Eine rückwirkende Herabsetzung oder Aufhebung der Rente mittels Revision lässt hingegen Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV ausnahmsweise zu, wenn die unrichtige Ausrichtung einer Leistung darauf zurückzuführen ist, dass der Bezüger sie unrechtmässig erwirkt hat oder der ihm gemäss Art. 77 IVV zumutbaren Meldepflicht nicht nachgekommen ist.
3. Der Versicherte beging eine Verletzung der Meldepflicht gemäss Art. 77 IVV. Das Verwaltungsgericht legte in überzeugender Weise dar, weshalb der Beschwerdegegner über die Aufnahme der Erwerbstätigkeit hätte Auskunft erteilen müssen und aus welchen Gründen ihm die Verletzung der Meldepflicht vorwerfbar ist.
3.1 Die Vorinstanz stützte in ihrem Entscheid vom 12. November 2012 im Grundsatz die Auffassung der IV-Stelle, es sei die Rente gemäss Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV rückwirkend aufzuheben. Für die Frage des genauen Zeitpunktes der Rentenaufhebung stellte das Verwaltungsgericht aber auf Art. 88a Abs. 1 IVV ab. Zwar übe der Versicherte seit 25. Januar 2010 eine Erwerbstätigkeit bei der A._ AG aus, indessen sei die Frage, ob ein stabiles, verändertes Verhältnis im Sinne von Art. 88a Abs. 1 IVV vorliege, nicht rückwirkend zu beurteilen. Aufgrund der bei Arbeitsbeginn bestehenden Aktenlage habe in den ersten Monaten der neuen Erwerbstätigkeit noch nicht von einer längere Zeit andauernden Verbesserung der erwerblichen Situation ausgegangen werden können. Die Meldepflichtverletzung sei demnach in Anwendung von Art. 88a Abs. 1 Satz 2 IVV erst nach Ablauf einer Einarbeitungszeit von drei Monaten zu berücksichtigen.
3.2 Die IV-Stelle rügt eine falsche Rechtsanwendung durch die Vorinstanz. Sowohl Art. 88a Abs. 1 IVV wie auch Art. 88bis IVV bestimmten den Änderungszeitpunkt des Leistungsanspruchs. Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV sei als Sonderregel jedoch im Falle einer Meldepflichtverletzung vorzuziehen. Der Verordnungsgeber habe mit dieser Spezialnorm festgehalten, dass im Hinblick auf eine Meldepflichtverletzung ein vom Regelfall abweichender Änderungszeitpunkt gelte. Nach der unmissverständlichen Bestimmung des Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV erfolge die Aufhebung der Rente rückwirkend vom Eintritt der für den Anspruch erheblichen Änderung an.
Das BSV teilt diese Auffassung in seiner Vernehmlassung. Darüber hinaus weist es auf die Rechtsprechung hin, wonach Art. 88bis IVV die Rentenanpassung in zeitlicher Hinsicht regle (vgl. E. 2.1 und 2.2 hievor). Es sei widersprüchlich, die rückwirkende Rentenaufhebung wie das Verwaltungsgericht in Anwendung von Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV zu bejahen und gleichzeitig gestützt auf Art. 88a Abs. 1 Satz 2 IVV den Zeitpunkt der Rentenaufhebung zu bestimmen. Des Weiteren liege eine rückblickende Betrachtungsweise bei einer Meldepflichtverletzung in der Natur der Sache. Grundsätzlich zu melden seien künftige Veränderungen, die sich auf den laufenden Anspruch auf eine Dauerleistung auswirken könnten. Liege aber eine verspätete Meldung vor, so müsse zwangsläufig retrospektiv beurteilt werden, ob die Änderungen Auswirkungen auf den Leistungsanspruch des Rentenbezügers gehabt hätten.
Das BSV teilt diese Auffassung in seiner Vernehmlassung. Darüber hinaus weist es auf die Rechtsprechung hin, wonach Art. 88bis IVV die Rentenanpassung in zeitlicher Hinsicht regle (vgl. E. 2.1 und 2.2 hievor). Es sei widersprüchlich, die rückwirkende Rentenaufhebung wie das Verwaltungsgericht in Anwendung von Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV zu bejahen und gleichzeitig gestützt auf Art. 88a Abs. 1 Satz 2 IVV den Zeitpunkt der Rentenaufhebung zu bestimmen. Des Weiteren liege eine rückblickende Betrachtungsweise bei einer Meldepflichtverletzung in der Natur der Sache. Grundsätzlich zu melden seien künftige Veränderungen, die sich auf den laufenden Anspruch auf eine Dauerleistung auswirken könnten. Liege aber eine verspätete Meldung vor, so müsse zwangsläufig retrospektiv beurteilt werden, ob die Änderungen Auswirkungen auf den Leistungsanspruch des Rentenbezügers gehabt hätten.
3.3 3.3.1 Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV setzt im Falle einer Meldepflichtverletzung (Art. 77 IVV) den Eintritt der für den Anspruch erheblichen Änderung als Zeitpunkt fest, in dem eine Rentenherabsetzung oder -aufhebung zu erfolgen hat. Eine Änderung, somit auch eine Verbesserung der Erwerbsfähigkeit, ist auch im Anwendungsbereich dieser Bestimmung erst erheblich, wenn sie gemäss Art. 88a Abs. 1 IVV berücksichtigt werden darf, d.h. wenn sie aller Wahrscheinlichkeit nach längere Zeit andauern wird oder ohne wesentliche Unterbrechung bereits drei Monate angedauert hat.
Wie der Wortlaut von Art. 88a Abs. 1 IVV zeigt, ist im Regelfall pro futuro abzuklären, ob eine Verbesserung der Erwerbsfähigkeit voraussichtlich längere Zeit Bestand haben wird. Ist das Revisionsverfahren hingegen aufgrund einer Meldepflichtverletzung eingeleitet worden, so gibt es keinen Grund, die Voraussetzungen von Art. 88a Abs. 1 IVV nicht rückblickend zu untersuchen. Die Beständigkeit eines Rentenentscheides wird auf diese Weise gestärkt, ist doch im Nachhinein die Dauerhaftigkeit einer verbesserten Erwerbstätigkeit einfacher zu überprüfen und feststellbar als eine künftige Verbesserung.
3.3.2 Nach seiner der IV-Stelle gemeldeten Entlassung nahm der Beschwerdegegner am 25. Januar 2010 eine volle Erwerbstätigkeit auf. Da er diese für den Leistungsanspruch wesentliche Änderung nicht bekannt gegeben hat (Art. 77 IVV), obwohl er ab 1. Januar 2010 eine halbe Invalidenrente bezogen hatte, ist seine Rente gemäss Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV rückwirkend auf jenen Zeitpunkt aufzuheben, in dem die Verbesserung seiner Erwerbsfähigkeit eingetreten ist und daraufhin ohne wesentliche Unterbrechung längere Zeit angedauert hat.
Mit dem Stellenantritt vom 25. Januar 2010 wurde die volle Erwerbsfähigkeit des Versicherten ersichtlich. Bis heute arbeitet er bei der A._ AG mit einem Beschäftigungsgrad von 100%. Die Beständigkeit seiner verbesserten Erwerbsfähigkeit ist demnach erwiesen, zumal seit Arbeitsaufnahme auch keine wesentlichen Unterbrechungen bekannt sind. Somit ist die Verbesserung der Erwerbsfähigkeit seit Stellenantritt am 25. Januar 2010 zu berücksichtigen (Art. 88a Abs. 1 IVV) und gilt von diesem Zeitpunkt an als erhebliche Änderung im Sinne von Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV. Indem die Vorinstanz festgehalten hat, die Invalidenrente sei erst ab 1. Mai 2010 aufzuheben und die Rückforderung habe die Rentenbetreffnisse nach diesem Datum zum Gegenstand, hat sie Bundesrecht verletzt. Es bleibt damit bei den Verfügungen vom 26. April und 1. Mai 2012, mit welchen die IV-Stelle die Invalidenrente ab 1. Februar 2010 (frühest möglicher Zeitpunkt nach erheblicher Änderung) aufgehoben und die zu Unrecht ausgerichteten Rentenbetreffnisse zurückgefordert hat.
4. Umständehalber ist von der Erhebung von Gerichtskosten abzusehen (Art. 66 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 12. November 2012 wird aufgehoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Mai 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Widmer