Sachverhalt:
A. X._, geb. 1982, wurde aufgrund einer chronisch paranoid-halluzinatorischen Schizophrenie mit Beschluss der Vormundschaftsbehörde B._ vom 2. April 2008 im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung (FFE) in die psychiatrische Klinik A._ eingewiesen.
Am 13. Mai 2008 beantragte X._ bei der Vormundschaftsbehörde die Entlassung. Am 20. Mai 2008 gelangte er an das Vize-Gerichtspräsidium Kreuzlingen, das auf seine Eingabe mit Verfügung vom 28. Mai 2009 nicht eintrat, weil die Vormundschaftsbehörde zu entscheiden habe. Das Obergericht des Kantons Thurgau wies den hiergegen eingereichten Rekurs am 9. Juni 2008 ebenso ab wie das Bundesgericht am 14. Juli 2008 die dagegen erhobene Beschwerde in Zivilsachen (5A_379/2008).
B. Am 29. Mai 2008 verfügte die Vormundschaftsbehörde den vorläufigen Entzug der Handlungsfähigkeit. Auf Empfehlung der Fachkommission Psychiatrie wurde die FFE mit Beschluss vom 5. Juni 2008 wieder aufgehoben, wobei die gleichentags erfolgte Entlassung aus der Klinik mit verschiedenen Auflagen verbunden wurde (regelmässige weitere Betreuung durch die externen psychiatrischen Dienste, regelmässige von der Klinik verordnete Medikamenteneinnahme, Durchführung einer psychiatrischen Begutachtung durch das EPD C._, Erarbeitung einer geregelten Tagesstruktur).
Gegen diese beiden Beschlüsse erhob X._ am 11. Juni 2008 beim Departement für Justiz und Sicherheit des Kantons Thurgau (DJS) eine Vormundschaftsbeschwerde und beantragte, dass er ohne Auflagen zu entlassen sei; zudem sei ihm die Handlungsfähigkeit wieder zuzuerkennen.
Mit Beschluss vom 29. September 2008 verfügte die Vormundschaftsbehörde die Aufhebung des vorläufigen Entzuges der Handlungsfähigkeit. Die provisorisch eingerichtete Vormundschaft werde wieder in die bereits früher bestehende Vertretungs- und Verwaltungsbeistandschaft überführt. Die mit der Entlassung aus der FFE verfügten Auflagen würden als aufgehoben gelten bzw. es werde X._ überlassen, ob und in welchem Rahmen er davon Gebrauch zu machen gedenke. Zur Begründung wurde ausgeführt, dass er noch immer völlig krankheitsuneinsichtig sei, dass sich aber die Aufrechterhaltung der provisorischen Vormundschaft nicht rechtfertige; es sei indes eine Frage der Zeit, bis sich eine erneute Prüfung von weitergehenden behördlichen Massnahmen aufdränge.
Aufgrund dieser Verfügung schrieb das DJS die Vormundschaftsbeschwerde am 1. Oktober 2008 als gegenstandslos ab (Ziff. 1). Es wurden keine Kosten erhoben (Ziff. 2), aber Adriano Marti nicht als unentgeltlicher Rechtsvertreter ernannt (Ziff. 3), da er nicht im Anwaltsregister des Kantons Thurgau eingetragen sei und auch keine Gründe für ein besonderes Vertrauensverhältnis vorgebracht worden seien, und es wurde X._ auch kein Ersatz für ausseramtliche Kosten zugesprochen, weil keine komplizierten Sach- oder Rechtsfragen gegeben seien (Ziff. 4).
C. Mit Eingabe vom 22. Oktober 2008 verlangte X._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Entscheid vom 1. Oktober 2008 sei aufzuheben, Adriano Marti sei als unentgeltlicher Rechtsvertreter zu bestätigen, es sei ihm eine Prozessentschädigung zuzusprechen, es sei festzustellen, dass Art. 5 EMRK und Art. 397a ff. ZGB verletzt worden seien, und es sei auch für das verwaltungsgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
In seinem Urteil vom 25. März 2009 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde - unter Aufhebung von Ziff. 4 des Entscheides des DJS - gut, soweit es darauf eintrat. Es entschädigte den Beschwerdeführer für ausserrechtlichen Aufwand mit Fr. 2'216.-- und gewährte für denjenigen Teil der Beschwerde, auf welchen es nicht eintrat, die unentgeltliche Rechtspflege. Für das Beschwerdeverfahren verpflichtete es das DJS, X._ mit Fr. 1'250.-- für die ausserrechtlichen Kosten zu entschädigen; sodann ernannte es Adriano Marti für denjenigen Teil der Beschwerde, auf welchen nicht eingetreten wurde, zum unentgeltlichen Rechtsbeistand und entschädigte ihn mit Fr. 460.--.
D. Gegen dieses Urteil hat X._ am 19. Mai 2009 Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung, soweit das Verwaltungsgericht einen Nichteintretensentscheid gefällt hatte, sowie um Feststellung, dass das FFE-Verfahren vor der Vormundschaftsbehörde B._ und die im Zusammenhang damit verfügten Auflagen Art. 5 EMRK, Art. 31 BV und Art. 397a ff. ZGB verletzt hätten. Sodann wird auch für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Mit Vernehmlassung vom 2. Juni 2009 verlangt das Verwaltungsgericht die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vormundschaftsbehörde B._ hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG) im Zusammenhang mit einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen ist somit grundsätzlich gegeben.
Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann eine Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG), zu dem laut der Begriffsbestimmung des BGG auch das Verfassungsrecht gehört. Gerügt werden kann ferner eine Verletzung des Völkerrechts (Art. 95 lit. b BGG).
2. Verfahrensgegenstand bildet das Begehren des Beschwerdeführers um Feststellung, dass die Vormundschaftsbehörde das Verfahren verzögert und damit verschiedene verfassungsmässige Rechte verletzt habe, indem sie rund 100 Tage mit ihrem Entscheid zugewartet habe.
2.1 Das Verwaltungsgericht verneinte das aktuelle und praktische bzw. schutzwürdige Feststellungsinteresse mit der Begründung, die Vormundschaftsbehörde habe inzwischen entschieden und der Beschwerdeführer sei am 27. Oktober 2008 bereits wieder in die Klinik A._ eingewiesen und aufgrund des vormundschaftlichen Entscheides vom 18. November 2008 dort zurückbehalten worden. Sodann sei das Obergericht in seinem Entscheid vom 9. Juni 2008 bereits auf die vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Fragen im Zusammenhang mit seiner Entlassung eingegangen.
2.2 Der Beschwerdeführer bringt hiergegen vor, es habe sich um seine 7. Hospitalisation gehandelt und er sei inzwischen schon wieder eingewiesen worden. Damit stehe fest, dass die Vormundschaftsbehörde in der Vergangenheit wiederholt habe tätig werden müssen und dies wohl auch in Zukunft der Fall sein werde. Entsprechend bestehe ein aktuelles und praktisches Interesse an der Feststellung der seinerzeitigen Verfahrensverzögerung, weil diese sonst nicht gerichtlich beurteilt werden könnte, was Art. 5 Abs. 4 EMRK verletze. Vorliegend seien weitreichende Auflagen der Vormundschaftsbehörde im Zusammenhang mit dem FFE-Entlassungsgesuch über 100 Tage in Kraft geblieben und eine Stellungnahme sei erst am 10. September 2008 erfolgt. In diesem Zusammenhang habe das Verwaltungsgericht übrigens auch sein rechtliches Gehör verletzt, weil es zu diesen Punkten nicht Stellung genommen habe.
2.3 Wie das Verwaltungsgericht zu Recht festgehalten hat, ist ein blosses Feststellungsbegehren dort unzulässig, wo auf Leistung oder Gestaltung geklagt werden kann; im Bereich der FFE-Verfahren lässt sich ersteres nach der Entlassung als Form der Genugtuung einklagen (Art. 429a Abs. 1 ZGB i.V.m. Art. 48 Abs. 2 OR; <ref-ruling> E. 1c S. 258), weshalb insoweit die isolierte Feststellung von Verfassungsverletzungen unzulässig ist (Urteil 5A_312/2007, E. 1.4) und die Begehren des Beschwerdeführers an sich bereits daran scheitern müssten. Insbesondere wird aber das Feststellungsinteresse auch ungenügend dargetan bzw. begründet: Es trifft zwar zu, dass auf das Erfordernis des aktuellen und praktischen Interesses, das nach der Entlassung aus der fürsorgerischen Freiheitsentziehung grundsätzlich entfällt (Urteil 5P.363/2002, E. 1.2), ausnahmsweise verzichtet wird, wenn sich die streitigen Probleme jederzeit unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen, aber infolge nur vorübergehend geltender Anordnungen kaum je rechtzeitig gerichtlich überprüft werden könnten (betreffend FFE: Urteil 5C.11/2003, E. 1.2; allgemein bzw. betreffend Haft: <ref-ruling> E. 1b S. 233). Mit seinem Argument, das Interesse ergebe sich vorliegend bereits aus der Tatsache der mehrmaligen und wohl auch zukünftig sich wiederholenden Einweisung, überspielt der Beschwerdeführer aber, dass er bereits am 5. Juni 2008 definitiv wieder aus der Klinik entlassen wurde und einzig die damit verbundenen Auflagen, von deren fehlender Notwendigkeit er ausgeht, bis zum 29. September 2008 in Kraft blieben. Er müsste deshalb wenn schon darlegen, inwiefern diese oder ähnliche Auflagen mehrfach verfügt wurden und auch in Zukunft wieder zur Diskussion stehen dürften, ohne dass sie je gerichtlich überprüft werden könnten.
2.4 Nach dem Gesagten erübrigt es sich, auf die Fragen einzugehen, welchen Verfahrenszeitraum der vom Parlament verabschiedete Art. 450e Abs. 5 nZGB vorgeben wird und ob diese sich an die gerichtliche Behörde wendende Bestimmung auch auf das Verfahren vor der Vormundschaftsbehörde zu übertragen wäre; abgesehen davon können zukünftige Gesetzesbestimmungen ohnehin nicht Gegenstand der Überprüfung gemäss Art. 95 lit. a BGG sein.
2.5 Zu der in E. 2.2 erwähnten, in der Beschwerde beiläufig erhobenen Gehörsrüge im Zusammenhang mit der Entscheidbegründung ist Folgendes festzuhalten: Die Begründungspflicht ist ein Teilgehalt des verfassungsmässigen Anspruches auf rechtliches Gehörs. Danach muss die Begründung eines Entscheides so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. in diesem Sinn müssen nur, aber immerhin kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihr Entscheid stützt, wobei es nicht nötig, dass sich die Behörde mit jeder tatsächlichen Behauptung und mit jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236; <ref-ruling> E. 3.3 S. 455; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88). Der angefochtene Entscheid vermag diesen Anforderungen in jeder Hinsicht zu genügen und der Beschwerdeführer zeigt mit seiner Eingabe an das Bundesgericht, dass er sich über Inhalt und Tragweite des Entscheides ein Bild machen konnte und diesen umfassend anzufechten vermochte. Die Gehörsrüge ist demnach, soweit sie überhaupt als genügend erhoben gelten kann, jedenfalls unbegründet.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, musste sie als von Anfang an aussichtslos gelten, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege mangelt (Art. 64 Abs. 1 BGG) und das betreffende Gesuch abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. August 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli