Sachverhalt:
A. Der 1954 geborene G._ war seit 12. Februar 1996 als Fabrikwart bei der Firma X._ angestellt und damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 23. September 1996 hielt er mit seinem Auto hinter einem nach links abbiegenden Wagen an, worauf der nachfolgende Personenwagen in sein Heck prallte. Beim Versicherten wurde eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Zur Abklärung der Verhältnisse zog sie diverse Arztberichte, ein unfallanalytisches Gutachten des A._, Ing. HTL, Unfallanalytiker, Winterthur Versicherungen (nachfolgend Winterthur), vom 28. Januar 2005, eine biomechanische Beurteilung der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik vom 16. März 2005 sowie ein interdisziplinäres Gutachten der Klinik Y._, Rehabilitationszentrum, vom 6. Februar 2006 bei. Mit Verfügung vom 29. März 2006 stellte die SUVA die Leistungen auf den 31. März 2006 ein. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie ab. Die Nacken- und Schulterbeschwerden seien nur möglicherweise auf den Unfall vom 23. September 1996 zurückzuführen, so dass die natürliche Kausalität zu verneinen sei. Auch seien die Reizsyndrome der Nervi ulnaris beidseits nicht auf den Unfall zurückzuführen. Unfallbedingte somatische Beschwerden struktureller Natur lägen nicht vor. Der Versicherte habe beim Unfall eine HWS-Distorsion erlitten. Die zum typischen Beschwerdebild einer solchen Verletzung gehörenden Beeinträchtigungen seien zumindest teilweise gegeben. Hingegen sei die Adäquanz in Anwendung von <ref-ruling> zu verneinen (Entscheid vom 14. November 2006).
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden ab (Entscheid vom 19. September 2007).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und zur Feststellung des Grades seiner Erwerbsunfähigkeit sowie zu neuer Entscheidung über die Versicherungsleistungen an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Mit Verfügung vom 25. März 2008 erhielt der Versicherte letztinstanzlich Gelegenheit, seine Vorbringen in Anbetracht des zwischenzeitlich ergangenen, die so genannte Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisierenden Urteils <ref-ruling> vom 19. Februar 2008 zu ergänzen. Davon machte er am 30. April 2008 Gebrauch und verlangte Gutheissung der Beschwerde. Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die Grundsätze über den für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 9.5 S. 125, 129 V 177 E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen), die erforderliche Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis) sowie den Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person und zu den sich dabei stellenden Beweisfragen (<ref-ruling> E. 3b in fine S. 264; RKUV 2000 Nr. U 363 S. 46 E. 2, 1994 Nr. U 206 S. 328 E. 3b; Urteil 8C_524/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt zum im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3 S. 352 ff.; SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111 E. 4.2, U 571/06). Darauf wird verwiesen.
2.2 Das Bundesgericht hat jüngst die Schleudertrauma-Praxis in zweierlei Hinsicht präzisiert: Zum einen wurden die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung dieser Praxis bei der Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs rechtfertigt, erhöht. Zum anderen wurden die Kriterien, welche abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls in die Adäquanzbeurteilung einzubeziehen sind, teilweise modifiziert (<ref-ruling> E. 9 und 10 S. 121 ff.; vgl. auch Urteil 8C_28/2008 vom 28. Juli 2008, E. 1).
2.3 Die sowohl im Grundfall als auch bei Rückfällen und Spätfolgen geltende Regel, wonach der Unfallversicherer und nicht die versicherte Person die Beweislast für das überwiegend wahrscheinliche Dahinfallen der Unfallkausalität trägt, greift erst Platz, wenn es sich als unmöglich erweist, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG) und der Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die überwiegende Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (<ref-ruling> E. 3b in fine S. 264 mit Hinweisen; RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b; Urteil 8C_540/2007 vom 27. März 2008, E. 4.3.2). Der Unfallversicherer muss jedoch nicht den Beweis für unfallfremde Ursachen erbringen. Welche Ursachen ein nach wie vor geklagtes Leiden hat, ist unerheblich. Entscheidend ist allein, ob die unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens ihre kausale Bedeutung verloren haben, also dahingefallen sind. Ebenso wenig geht es darum, vom Unfallversicherer den negativen Beweis zu verlangen, dass kein Gesundheitsschaden mehr vorliege oder dass die versicherte Person nun bei voller Gesundheit sei (Urteil 8C_369/2008 vom 11. August 2008, E. 2.2.4 mit Hinweis).
3. Streitig und zu prüfen ist die Frage, ob die SUVA ihre Leistungen für die Folgen des Unfalls vom 23. September 1996 zu Recht auf den 31. März 2006 eingestellt hat.
3.1 Gestützt auf das Gutachten der Klinik Y._ vom 6. Februar 2006 ist mit SUVA und Vorinstanz davon auszugehen, dass für die Beschwerden des Versicherten kein unfallbedingtes organisches Substrat objektivierbar und fassbar ist, bei dem die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers praktisch keine Rolle spielt (vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103).
3.2 Der Versicherte wendet ein, im Gutachten vom 6. Februar 2006 sei einerseits ausgeführt worden, es lägen myofasziale Befunde vor, die organischer Genese seien; andererseits seien diese Befunde nur noch als mögliche Folge des Unfalls bezeichnet worden, ohne anzugeben, worauf diese körperlichen Beschwerden zurückgeführt werden könnten. Hieraus kann der Versicherte nichts zu seinen Gunsten ableiten. Das Bundesgericht hat im Urteil U 339/06 vom 6. März 2007, E. 4.1 (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 mit Hinweisen) eingehend dargelegt, weshalb das myofasziale Schmerzsyndrom nicht als organisch hinreichend nachweisbare Unfallfolge zu betrachten ist.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat gestützt auf das Gutachten der Klinik Y._ vom 6. Februar 2006 erwogen, dass die nach dem 31. März 2006 andauernden gesundheitlichen Beschwerden nicht mehr natürlich kausal auf den Unfall vom 23. September 1996 zurückzuführen seien; deshalb könne auf die Prüfung der adäquaten Kausalität verzichtet werden. Der Versicherte bestreitet dies und verlangt eine zusätzliche Begutachtung.
4.2 Hinsichtlich der natürlichen Kausalität weist das Gutachten der Klinik Y._ vom 6. Februar 2006 diverse Unklarheiten auf. Es wurde ausgeführt, die aktuell noch feststellbaren muskulären Befunde im Bereich des Nackens und der Schulter könnten nicht mit Sicherheit auf den Unfall zurückgeführt werden. Dieser Aussage ist entgegenzuhalten, dass massgebend ist, ob diese Beschwerden mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf den Unfall zurückzuführen sind oder nicht. Weiter wurde zur Verneinung der Unfallkausalität unter anderem auf schon vor dem Unfall bestehende psychosoziale Belastungsfaktoren und auch nach dem Unfall entstandene zusätzliche Faktoren beim Versicherten verwiesen, die als Entstehungs- bzw. Chronifizierungsfaktor bei Rückenproblemen bekannt seien. Nicht rechtsgenüglich beantwortet wurde indessen die Frage, ob neben diesen unfallfremden Faktoren die erlittene HWS-Distorsion nicht zumindest eine Teilursache für die anhaltenden Beschwerden darstellt, was zur Bejahung der natürlichen Kausalität genügt (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 f.). Widersprüchlich ist auch, wenn die Klinik Y._ zwar einerseits die Unfallkausalität der anhaltenden Beschwerden verneinte, andererseits aber im Rahmen der Festlegung der Arbeits(un)fähigkeit darlegte, "diese Ausführungen gelten sowohl unter Berücksichtigung der unfallbedingten Beschwerden organischer Genese als auch unter Berücksichtigung des gesamten Beschwerdebildes".
4.3 Indessen kann die Frage der natürlichen Kausalität offen bleiben. Denn selbst wenn diese zu bejahen wäre, ist auch unter Anwendung der in <ref-ruling> ff. und 369 ff. dargelegten, mit <ref-ruling> modifizierten Grundsätze die adäquate Kausalität zu verneinen, wie die folgenden Erwägungen zeigen (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 3c; Urteil 8C_579/2008 vom 23. September 2008, E. 5.1 mit Hinweisen).
5. Im Gutachten der Klinik Y._ vom 6. Februar 2006 wurde ausgeführt, ausser der Empfehlung, mittels regelmässiger sportlicher Aktivitäten der muskulären Dysbalance und Haltungsinsuffizienz sowie der leichten Belastungsintoleranz entgegen zu wirken, benötige der Versicherte momentan keine Physiotherapie, um eine Besserung des Gesundheitszustandes zu erreichen. Die genannten Therapien seien aber geeignet, den Zustand zu stabilisieren. Durch eine Psychopharmakatherapie könnte allenfalls die leichte Anpassungsstörung rascher gelindert werden. Gemäss dem mitbegutachtenden Psychiater werde jedoch diese psychische Befindlichkeitsstörung auch ohne pharmakologische Intervention zukünftig vollständig ausheilen. Sicher nicht notwendig sei eine intensive neurologische oder neuropsychologische Behandlung bzw. eine stationäre Rehabilitation.
Gestützt auf diese Ausführungen und die übrigen Akten kann nicht gesagt werden, dass von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit eine namhafte, ins Gewicht fallende Besserung des Gesundheitszustandes bzw. Steigerung der Arbeitsfähigkeit des Versicherten erwartet werden kann. Gegenteiliges bringt dieser letztinstanzlich denn auch nicht vor. Somit ist der Fallabschluss auf den 31. März 2006 nicht zu beanstanden, zumal aus den Akten nicht hervorgeht und auch nicht geltend gemacht wird, dass damals IV-Eingliederungsmassnahmen gelaufen oder geplant gewesen seien (<ref-ruling> E. 4. S. 113 f.; Urteil 8C_355/2008 vom 9. September 2008, E. 4.2).
6. 6.1 Die Unfallschwere ist ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126; SVR 2008 UV Nr. 8. S. 26 E. 5.3.1 mit Hinweisen, U 2/07; Urteil U 503/05 vom 17. August 2006, zusammengefasst wiedergegeben in SZS 2008 S. 183; Urteil 8C_280/2008 vom 10. September 2008, E. 3.3). Nach der Rechtsprechung werden Auffahrkollisionen auf ein (haltendes) Fahrzeug regelmässig als mittelschweres, im Grenzbereich zu den leichten Unfällen liegendes Ereignis eingestuft (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2, U 380/04 mit Hinweisen).
6.2 Für das Vorliegen des adäquaten Kausalzusammenhanges ist demnach erforderlich, dass ein einzelnes der durch die Rechtsprechung entwickelten Kriterien (<ref-ruling> E. 10.2 S. 127) besonders ausgeprägt vorliegt oder die Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (Urteil 8C_9/2008 vom 17. September 2008, E. 6.1.2 f., und erwähntes Urtei 8C_806/2007, E. 10.2).
7. Im Rahmen der Stellungnahme vom 30. April 2008 zu <ref-ruling> macht der Versicherte geltend, die adäquate Kausalität zwischen dem Unfall vom 23. September 1996 und den nach dem 31. März 2006 anhaltenden gesundheitlichen Beschwerden, die von der Vorinstanz mangels Verneinung des natürlichen Kausalzusammenhangs nicht geprüft worden sei, sei gegeben. Namentlich erfüllt sei das Adäquanzkriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen. Auf weitere Adäquanzkriterien beruft er sich nicht.
7.1 Das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls besteht unverändert weiter (<ref-ruling> E. 10.2.1 S. 127). Es ist objektiv zu beurteilen und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls der versicherten Person (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207 E. 3b/cc). Das Kriterium kann vorliegend hinsichtlich des Auffahrunfalls vom 23. September 1996 nicht bejaht werden (vgl. auch RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 und 5.2.1).
7.2 Gemäss <ref-ruling> bestimmt rechtslogisch die Annahme eines Schleudertraumas der HWS (resp. einer der weiteren, adäquanzrechtlich gleich behandelten Verletzungen) lediglich, dass die Schleudertrauma-Praxis anzuwenden ist. Hingegen genügt die Diagnose einer HWS-Distorsion (oder einer anderen, adäquanzrechtlich gleich zu behandelnden Verletzung) - wie sie in casu gestellt wurde - für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können. Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 E. 5.3, U 339/06; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.2.3, 2003 Nr. U 489 S. 357 E. 4.3, je mit Hinweisen). Auch erhebliche Verletzungen, welche sich die versicherte Person neben dem Schleudertrauma, der äquivalenten Verletzung der HWS oder dem Schädel-Hirntrauma beim Unfall zugezogen hat, können bedeutsam sein (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.; erwähntes Urteil 8C_280/2008, E. 3.4.2). Vorliegend macht der Versicherte letztinstanzlich keine Umstände geltend, die als in diesem Sinne aggravierende Faktoren zu betrachten wären. Solche sind auch nicht erkennbar. Das Kriterium ist mithin nicht erfüllt.
7.3 Hinsichtlich des Kriteriums der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung bis zum Fallabschluss auf den 31. März 2006 (<ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128) ist den Akten zu entnehmen, dass der Versicherte verschiedene Therapien (Medikamenteneinnahme; Physiotherapie; Trainingstherapie im Fitnesscenter; zeitweise Psychotherapie; Nackenmassage bei einer Naturheilpraktikerin; Akupunktur; autogenes Training; Osteopathie; Fernkurs für neuropsychologisches Training des Instituts B._) beanspruchte. Dr. med. C._, Arzt für Allgemeine Medizin, gab im Bericht vom 2. Juli 1997 an, es seien nach wie vor immer wieder physiotherapeutische Behandlungen notwendig; zudem nehme der Versicherte Medikamente ein. Im Bericht vom 9. Oktober 1998 führte Dr. med. C._ aus, die gegenwärtige Behandlung bestehe in Physiotherapie und der Einnahme von Seroten; Beratungen fänden alle zwei bis vier Wochen statt. Am 9. Februar 1999 berichtete Dr. med. C._ der SUVA, unter medikamentöser sowie intermittierender Physiotherapie habe eine deutliche Besserung des Zustandsbildes erreicht werden können. Die Menge an benötigten Medikamenten habe drastisch reduziert werden können. Er bitte um Kostengutsprache für eine medizinische Trainingstherapie im TC-Trainingscenter. Gleichzeitig führe der Versicherte ein neuropsychologisches Training im Rahmen des Kurses für geistige Fitness des Instituts B._ durch. Vom 3. April bis 3. Mai 2000 erfolgte ein stationärer Aufenthalt des Versicherten in der Klinik D._ wo therapeutisch Heilgymnastik, tägliches Bewegungsbad im Thermalwasser, warme Heublumenwickel, Wechselgüsse und Fango angewandt wurden. Am 29. September 2000 eröffnete er der SUVA, nach diesem stationären Aufenthalt, der ihm sehr gut getan habe, habe er nur seine Hausärztin Frau Dr. med. E._, Ärztin für Allgemeine Medizin, aufgesucht, von der er alle ein bis zwei Monate untersucht werde; sie habe ihm andere Medikamente verschrieben, da die zuletzt eingenommenen Magenprobleme verursacht hätten. Am 22. November 2001 gab der Versicherte an, er stehe weiterhin in unregelmässigen Abständen in Kontrolle bei Dr. med. E._, zuletzt vor zirka zwei Monaten. In der Zwischenzeit habe er auch wieder einmal eine Akupunkturbehandlung begonnen. Frau Dr. med. E._ legte im Bericht vom 25. April 2002 dar, der Versicherte habe unterstützend in Abständen physiotherapeutische Behandlungen, Akupunkturbehandlung, medikamentöse Therapie und zeitweise auch psychotherapeutische Unterstützung. Am 23. Mai 2003 führte der Versicherte aus, bezüglich des Gesundheitszustandes gehe es zur Zeit schon besser. Er sei auf keine Medikamente mehr angewiesen. Im Januar sei es zu einem Gehörsturz gekommen, weshalb er sich damals nicht so wohl gefühlt habe. Gegenwärtig bestehe keine spezielle Behandlung. Am 16. Januar 2004 legte der Versicherte dar, das autogene Training habe ihm sicher einiges gebracht, auch die Osteopathie-Behandlung. Er habe früher schon einiges ausprobiert in Sachen Alternativmedizin. Den Medikamentenkonsum habe er auf ein Minimum reduziert; Medikamente nehme er nur ein, wenn er extreme Schmerzen habe. Frau Dr. med. E._ suche er alle zwei bis drei Monate auf. Die Diplom-Psychologin Frau F._, führte im Bericht vom 12. Mai 2004 aus, der Versicherte sei am 18. Juni 2001 zum Erstgespräch gekommen. Zum zweiten Gespräch sei seine Frau allein gekommen. Danach habe es nur noch zwei weitere Termine gegeben. Dr. med. H._, Facharzt für Allgemeine Medizin, gab im Bericht vom 7. Juli 2005 an, am 8. Juni 2005 sei eine notfallmässige Konsultation im Spital I._ wegen Exazerbation der Schmerzen/Beschwerden im BWS-Bereich erfolgt. Unter Analgesie sei eine langsame Besserung eingetreten. Die gegenwärtige Behandlung bestehe in ambulanter Physiotherapie und Akupunktur. Vom 25. bis 26. Juli 2005 war der Versicherte notfallmässig wegen einer akut aufgetretenen Schwindelsymptomatik und deutlicher Druckdolenz paravertebral im Bereich BWK5 rechts im Kantonalen Spital I._ hospitalisiert. Nach eigenen Angaben hatte sich der Versicherte am Vortag körperlich stark angestrengt. Die neurologische Untersuchung war unauffällig. Klinisch und laborchemisch ergab sich kein Hinweis auf ein entzündliches Geschehen; die Blutgasanalyse zeigte Zeichen der leichten Hyperventilation. Auf Grund der Anamnese und des Spontanverlaufs wurde von einem zervikalen Schwindel als Ausdruck einer akuten Exazerbation des bekannten HWS-Syndroms ausgegangen. Am 26. Juli 2005 wurde der Versicherte in gutem Allgemeinzustand nach Hause entlassen (Bericht des Kantonalen Spitals I._ vom 27. Juli 2005).
Abklärungsmassnahmen und blosse ärztliche Kontrollen sind im Rahmen des Kriteriums der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung nicht zu berücksichtigen (Urteil 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008, E. 9.3.3 mit Hinweis). Insgesamt ist das Kriterium zu bejahen. Es liegt aber nicht besonders ausgeprägt vor. Gegenteiliges macht der Versicherte letztinstanzlich denn auch nicht geltend.
7.4 Gemäss <ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128 beurteilt sich die Erheblichkeit von ohne wesentlichen Unterbruch bestehenden gesundheitlichen Beschwerden nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (erwähntes Urteil 8C_280/2008, E. 3.4.4). Dieses Kriterium kann in Anbetracht der andauernden Beschwerden des Versicherten als grundsätzlich erfüllt angesehen werden, unter Berücksichtigung seines beruflichen und ausbildungsmässigen Werdegangs nach dem Unfall vom 23. September 1996 (vgl. E. 7.7 hienach) aber nicht besonders ausgeprägt (vgl. auch erwähnte Urteile 8C_806/2007, E. 11.4, 8C_415/2007, E. 7.4, und 8C_57/2008, E. 9.4).
7.5 Das nicht geänderte Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat (<ref-ruling> E. 10.2.5 S. 129), ist nicht erfüllt.
7.6 Aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden - welche im Rahmen der spezifischen Adäquanzkriterien (fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung; erhebliche Beschwerden) zu berücksichtigen sind - darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Genesung beeinträchtigt oder verzögert haben (vgl. SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5 mit Hinweis, U 479/05; Urteil U 56/07 vom 25. Januar 2008, E. 6.6 mit weiterem Hinweis). Solche Gründe werden vom Versicherten letztinstanzlich nicht vorgebracht und liegen auf Grund der Akten auch nicht vor. Wohl trifft es zu, dass er über Jahre hinweg mit verschiedensten Therapieformen (hiezu vgl. E. 7.3 hievor) seinen Gesundheitszustand zu verbessern suchte. Dies genügt zur Bejahung des zu beurteilenden Adäquanzkriteriums ebensowenig, wie der Umstand, dass trotz regelmässiger Therapien weder eine Beschwerdefreiheit noch eine vollständige Arbeitsfähigkeit erreicht werden konnte (vgl. auch erwähntes Urteil 8C_280/2008, E. 3.4.6 mit Hinweisen). Das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblicher Komplikationen (<ref-ruling> E. 10.2.6 S. 129) ist mithin nicht erfüllt.
7.7 Zu prüfen ist schliesslich das - vom Versicherten einzig angerufene - Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen (vgl. hiezu <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.).
Gemäss dem Gutachten der Klinik Y._ vom 6. Februar 2006 besteht für die Tätigkeit als Buchhalter mindestens eine 50%ige Arbeitsfähigkeit. Gleiches gilt für eine leidensangepasste mittelschwere wechselbelastende Arbeit. Auf Grund des Umstandes, dass der Versicherte seit Jahren zu 50 % als Buchhalter arbeitstätig sowie -fähig war und daneben noch die Buchhalter-Ausbildung abschliessen konnte, ist das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen jedenfalls nicht in besonders ausgeprägter Weise erfüllt.
7.8 Nach dem Gesagten sind die drei Kriterien der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung, der erheblichen Beschwerden sowie der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als gegeben zu betrachten, jedoch nicht in besonders ausgeprägter Weise (E. 7.3 f. und 7.7 hievor). Eine Gesamtwürdigung des Unfalls vom 23. September 1996 - der als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Ereignissen zu taxieren ist (E. 6.1 hievor) - und der unfallbezogenen Kriterien ergibt, dass dem Unfall für die über den 31. März 2006 hinaus anhaltende gesundheitliche Beeinträchtigung mit Einschränkung der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit keine massgebende Bedeutung mehr zukommt, weshalb die adäquate Kausalität zu verneinen ist (vgl. auch erwähntes Urteil 8C_9/2008, E. 6.1.5, und Urteil 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008, E. 8 mit Hinweis).
Aus dem Umstand, dass der Versicherte seit 1. März 2002 eine halbe Invalidenrente der Invalidenversicherung bezieht, kann er nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn diese hat als finale Versicherung im Unterschied zur SUVA die Leiden unabhängig ihrer Ursache zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 3b S. 177 f.; Urteil U 473/05 vom 29. Dezember 2006, E. 2.3.5). Das Argument des Versicherten, die Beschwerden müssten als Unfallfolge gelten, da sie erst danach entstanden seien ("post hoc ergo propter hoc"), stösst ebenfalls ins Leere (Urteil 8C_524/2007 vom 10. Juni 2008, E. 6.3.2 mit Hinweisen). Zusätzliche Abklärungen sind entgegen der Auffassung des Versicherten nicht durchzuführen, da hievon keine neuen Erkenntnisse zu erwarten sind (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 3 S. 157, 124 V 90 E. 4b S. 94; SVR 2007 IV Nr. 45 S. 149 E. 4, I 9/07).
8. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden, da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht von vornherein als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung notwendig war (Art. 64 BGG; Urteil 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008, E. 9; vgl. auch <ref-ruling> E. 5b S. 372). Er wird der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwältin Christine Kobelt, St. Gallen, wird als unentgeltliche Anwältin des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2500.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. November 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar