Faits:
A. X._, domicilié en France, a travaillé durant l'année 2008 à Genève. Le 30 janvier 2009, il a reçu l'attestation-quittance relative à l'année fiscale 2008, dont il ressortait que l'impôt à la source sur son revenu de CHF 491'617.- s'était élevé à CHF 166'980.- au taux de 33,95 %.
B. Par courrier daté du 31 mars 2009, remis à la poste le 4 avril 2009, X._ a demandé à l'Administration fiscale cantonale de Genève (ci-après l'Administration cantonale) de rectifier son imposition à la source pour 2008, afin de tenir compte des pensions alimentaires qu'il avait versées à son ex-épouse et à leur fille, ainsi que du versement qu'il avait effectué à l'adresse de son institution de prévoyance individuelle liée. Le 11 février 2010, l'Administration cantonale a déclaré cette réclamation irrecevable, car tardive.
X._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative, devenue le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après le TAPI) depuis le 1er janvier 2011. Par jugement du 9 mars 2012, le TAPI a admis le recours et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle entre en matière sur la réclamation.
L'Administration cantonale a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise (ci-après la Cour de justice). Par arrêt du 12 juin 2012, celle-ci a admis le recours, annulé le jugement du TAPI du 9 mars 2012 et rétabli la décision de l'Administration cantonale du 11 février 2010. La Cour de justice a retenu, en substance, que la retenue excessive au titre de l'impôt à la source n'était pas due, en l'espèce, à l'erreur d'un tiers, ce qui aurait justifié une protection particulière du contribuable. Elle était au contraire provoquée par des déductions que le contribuable lui-même devait faire valoir dans le délai légal instauré par l'<ref-law> (RS 642.11), ce qu'il avait omis de faire.
C. Par acte du 10 juillet 2012, X._ dépose un recours au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt précité du 12 juin 2012. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au rétablissement du jugement du TAPI du 9 mars 2012.
La Cour de justice a renoncé à formuler des observations, s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
L'Administration cantonale conclut au rejet du recours, avec suite de frais. L'Administration fédérale des contributions s'est ralliée à la détermination de l'Administration cantonale et conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. <ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 103).
1.1 Le recourant n'a pas indiqué par quelle voie de droit il entendait agir devant le Tribunal fédéral. Cette imprécision ne saurait toutefois lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 382 s.).
1.2 Le recours porte sur une décision finale (<ref-law>) d'une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale dans une cause de droit public et qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'<ref-law>. Le recours en matière de droit public est par conséquent ouvert (cf. art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Le recourant a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et <ref-law>), le présent recours est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.3 Le recours doit contenir des conclusions (<ref-law>). Lorsque le recourant n'agit pas par l'entremise d'un professionnel qualifié, l'interdiction du formalisme excessif impose de ne pas se montrer trop strict dans l'énoncé des conclusions si, à la lecture du mémoire de recours, on comprend ce que l'intéressé entend obtenir (cf. arrêt 2C_564/2008 du 12 septembre 2008 consid. 1.1).
Comme le recours au TF est une voie de réforme (cf. <ref-law>), le recourant ne peut en principe pas se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais il doit prendre des conclusions sur le fond du litige. En l'espèce, la Cour de justice a rendu un arrêt confirmant l'irrecevabilité de la réclamation du contribuable et ne s'est pas prononcée sur les questions matérielles. Contre un tel arrêt, seules des conclusions tendant à l'annulation et au renvoi sont admissibles, à l'exclusion de conclusions sur le fond, lesquelles supposent que l'autorité précédente soit entrée en matière. En effet, s'il annule un arrêt d'irrecevabilité, le Tribunal fédéral ne statue pas lui-même sur le fond, mais renvoie la cause à l'autorité d'appel afin que le justiciable ne soit pas privé d'un degré de juridiction (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 47 s.).
Le recourant ne prend que des conclusions tendant à l'annulation de la décision attaquée. Il ressort cependant de la motivation du recours, qui peut être prise en considération dans l'interprétation des conclusions, qu'il demande le renvoi à l'Administration cantonale afin que celle-ci entre en matière et statue sur le fond. Le recours est donc recevable (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317).
2. Pour les retenues d'impôt à la source qui, comme en l'espèce, reposent aussi bien sur du droit fédéral que du droit cantonal, l'art. 6 du règlement genevois d'application de diverses dispositions fiscales fédérales du 30 décembre 1958 (RDDFF; RS-GE D 3 80.04) prévoit que la procédure de réclamation et celle de recours sont régies par les mêmes dispositions de la loi genevoise sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales du 23 septembre 1994 (LISP; RS-GE D 3 20) et que l'Administration cantonale est responsable de l'établissement des décomptes annuels de l'impôt fédéral direct perçu à la source. En outre, en application de l'<ref-law> (RS 642.11), les taux de perception à la source de l'impôt fédéral direct sont incorporés dans le barème cantonal. La Cour de justice a par conséquent rendu un seul arrêt et n'a pas distingué, dans son dispositif, entre l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). La Cour de céans en fera de même (cf. arrêt 2C_516/2010 du 25 novembre 2010 consid. 1.4), mais exposera ses considérants séparément pour chaque catégorie d'impôt afin de ne pas nuire à la clarté du raisonnement.
3. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (cf. pour cette notion <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; arrêt 2C_122/2012 du 1er novembre 2012 consid. 3.1) - ou en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
Au vu de ce qui précède, et dès lors que le recourant ni n'invoque ni a fortiori ne démontre l'arbitraire ou la constatation inexacte des faits, il n'est pas possible de tenir compte de ses allégations appellatoires selon lesquelles il déposait depuis 2004 chaque année la même demande de déductions supplémentaires relative aux pensions alimentaires qu'il avait versées à son ex-épouse et à leur fille, ainsi qu'au versement qu'il avait effectué à l'adresse de son institution de prévoyance individuelle liée. La Cour de céans rendra par conséquent son arrêt en se basant sur les faits tels qu'ils ressortent de la décision attaquée.
4. Il n'est pas contesté que le recourant est assujetti à l'imposition à la source. En effet, d'après l'<ref-law>, les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour en Suisse, sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement économique notamment lorsqu'elles exercent une activité lucrative en Suisse. L'assujettissement est alors limité au revenu de l'activité lucrative (cf. <ref-law>). La même règle découle par ailleurs de l'art. 17 al. 1 de la Convention entre la Suisse et la France en vue d'éliminer les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune et de prévenir la fraude et l'évasion fiscales du 9 septembre 1966 (CDI-F; RS 0.672.934.91).
En l'espèce, pour la période fiscale 2008, le recourant était domicilié en France et exerçait une activité lucrative dépendante à Genève. C'est par conséquent à juste titre que les rémunérations qu'il a reçues à ce titre ont été imposées à la source en Suisse.
5. Le principe de l'assujettissement du recourant à l'impôt à la source sur le revenu de son activité lucrative en Suisse n'étant pas contesté, il convient d'en examiner les modalités.
5.1 Le système de l'impôt à la source est très différent de celui de l'impôt ordinaire sur le revenu et la fortune. Ce dernier se fonde en effet sur une procédure de taxation mixte, alors que le premier est basé sur le principe de l'auto-taxation. La procédure relative aux impôts à la source tient compte de cette particularité. La retenue de l'impôt à la source implique une substitution fiscale; c'est le débiteur de la prestation imposable - à savoir l'employeur du contribuable - qui a les obligations formelles et matérielles liées au rapport juridique d'impôt, à la place du contribuable (cf. ANDREA PEDROLI, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 1 ad <ref-law>; RAINER ZIGERLIG/GUIDO JUD, in Zweifel/Athanas (éd.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2e éd. 2008, n° 1 ad Vor art. 83-101 LIFD). Le débiteur de la prestation imposable a en particulier l'obligation de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces (<ref-law>) et de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu (<ref-law>). L'attestation remise par le débiteur de la prestation au contribuable a pour but de renseigner celui-ci sur le montant de la retenue d'impôt et de lui permettre, en cas de contestation, d'exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement selon l'<ref-law> (cf. PEDROLI, op. cit., n° 6 ad <ref-law> et n° 1 ad <ref-law>; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht - Direkte Steuern, 2008, § 22 n° 12). Selon cette disposition, lorsque le contribuable ou le débiteur d'une prestation imposable conteste le principe même ou le montant de la retenue d'impôt, il peut, jusqu'à la fin mars de l'année qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement. Le délai qui figure dans la loi a été introduit afin de préserver la sécurité du droit. En effet, même dans le cas d'un impôt qui relève du système de l'auto-taxation, les parties ont un intérêt à ce que la retenue fiscale devienne définitive et que l'auto-taxation entre en force (cf. PEDROLI, op. cit., n° 6 ad <ref-law>). Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable (cf. <ref-law>). Cette procédure de révision simplifiée se justifie car, dans la procédure de retenue à la source, les contribuables sont représentés par le débiteur de la prestation imposable et ils ne disposent généralement pas des informations nécessaires pour pouvoir défendre leurs intérêts. Le contribuable n'est impliqué dans la procédure de taxation à la source que marginalement. Par ailleurs, l'impôt à la source est un impôt forfaitaire, qui se fonde sur des suppositions qui peuvent avoir dans des cas concrets des conséquences fiscales involontaires (cf. PEDROLI, op. cit., n° 13 ad <ref-law>). Enfin, l'impôt est calculé sur le revenu brut (cf. <ref-law>). Le barème d'imposition établi par l'Administration fédérale des contributions tient compte des frais professionnels et des primes et cotisations d'assurances sous forme de forfait, ainsi que des charges de famille du contribuable (cf. <ref-law>). En sus des charges prises en compte à titre forfaitaire dans le barème, l'octroi individuel de déductions est également possible (cf. art. 2 let. e de l'ordonnance du DFF sur l'imposition à la source dans le cadre de l'impôt fédéral direct du 19 octobre 1993 [OIS; RS 642.118.2]; ZIGERLIG/JUD, op. cit., n° 5 ad <ref-law>; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, vol. II, 2004, n° 6 ad Einführung zu <ref-law>).
5.2 Dans un arrêt publié, le Tribunal fédéral a examiné le rapport réciproque entre l'art. 137 et l'<ref-law> (cf. <ref-ruling>). L'affaire concernait un travailleur étranger dont l'employeur avait appliqué un taux d'imposition erroné, ce que le contribuable n'avait contesté qu'après l'échéance du délai fixé à l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral a en premier lieu relevé que, lorsqu'une décision selon l'<ref-law> a été requise dans les délais, le prononcé y relatif, dans la mesure où il n'est pas attaqué, entre en force (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 279). En revanche, dans le cas où le contribuable ou le débiteur de la prestation imposable ont omis de demander une décision dans le délai prescrit, les conséquences en sont moins évidentes. L'auto-taxation n'est en principe pas une sorte de décision en soi, car ni le contribuable ni le débiteur de la prestation imposable n'ont autorité pour rendre des décisions (cf. <ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 281). En matière d'impôt à la source, il apparaît équitable de retenir que les impôts payés par erreur sont toujours à restituer, sauf s'ils ont été fixés par une décision selon l'<ref-law> entrée en force (cf. <ref-ruling> consid. 5.3.3 p. 282). Le Tribunal fédéral a conclu son analyse en retenant que les dispositions des art. 137 et 138 LIFD devaient être interprétés en ce sens qu'après l'échéance du délai à fin mars, il n'est plus possible de soulever des contestations relatives à l'assujettissement fiscal, mais que demeure la possibilité de critiquer la somme de la retenue d'impôt, et cela soit en faveur du fisc, soit en faveur du contribuable. Par rapport à l'<ref-law>, l'<ref-law> doit donc être considéré comme une lex specialis limitée aux problèmes qui se posent dans le cas d'une retenue excessive ou insuffisante. Du moment que selon l'<ref-law>, le fisc a la faculté d'exiger de manière simplifiée, même après l'échéance du délai, le paiement des impôts à la source insuffisamment retenus, on doit reconnaître la même faculté en faveur du contribuable, fondée sur l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 5.4 p. 282). Dans le cas d'espèce, on ne pouvait par ailleurs reprocher au contribuable une violation de ses devoirs de diligence. Il ne s'agissait pas d'une situation où, dans le cadre d'une retenue de l'impôt à la source, on aurait omis de prendre en considération certaines charges de famille. Le barème fiscal pertinent avait été appliqué, mais le débiteur de la prestation imposable s'était trompé de taux d'imposition. Le contribuable n'aurait donc pu s'apercevoir de l'erreur qu'en se procurant lui-même le barème fiscal pertinent, ce que l'on ne pouvait pas exiger de lui (cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 285 s.).
Dans un arrêt récent, le Tribunal fédéral s'est référé à cette jurisprudence alors qu'il avait à connaître du cas d'une contribuable étrangère qui s'était vue appliquer un barème erroné par son employeur et qui n'avait obtenu des autorités judiciaires cantonales ni décision d'irrecevabilité, ni décision sur le fond au sujet de son imposition, les autorités se contentant de statuer sur l'imposition du mari uniquement. Le Tribunal fédéral a retenu dans ce cas que les juges avaient commis un déni de justice formel et que la recourante avait un droit à ce que sa situation fiscale soit examinée (cf. arrêt 2C_601/2010 du 21 décembre 2010).
En revanche, le Tribunal fédéral n'a, jusqu'à présent, pas eu l'occasion de se prononcer sur la question de savoir si le contribuable qui ne fait pas valoir une déduction supplémentaire à laquelle l'art. 2 let. e OIS lui donne droit dans le délai de l'<ref-law> échéant le 31 mars, est ou non forclos.
5.3 Examinant les conséquences possibles de l'<ref-ruling>, BERTHOUD est d'avis que toutes les situations où le contribuable réclame le bénéfice d'une déduction supplémentaire doivent être traitées comme celles où il y a eu erreur sur le barème ou le taux d'imposition, de sorte que le contribuable dispose d'un délai de cinq ans depuis la fin de l'année civile au cours de laquelle le paiement de l'impôt à la source a eu lieu pour en demander la rectification en faisant valoir des déductions (cf. ANTOINE BERTHOUD, Réclamation en matière d'impôt à la source - à la recherche du délai perdu, in RF 2011 p. 410 ss, spéc. p. 417). De leur côté, BEHNISCH/OPEL, s'ils saluent la jurisprudence de l'<ref-ruling>, n'approfondissent pas leur analyse et ne font pas de distinction entre les différentes causes d'une détermination erronée du montant de l'impôt à la source (cf. URS BEHNISCH/ANDREA OPEL, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahr 2009, in RSJB 2010 p. 446 ss, spéc. p. 490). Enfin, RICHNER désapprouve la jurisprudence de l'<ref-ruling> et estime, de manière générale, que la priorité doit être donnée à la sécurité juridique et que l'on ne voit pas pour quelle raison l'on ne pourrait pas demander au contribuable de se préoccuper de sa situation fiscale dans le délai échéant le 31 mars (cf. FELIX RICHNER, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahr 2009 für natürliche Personen, in ASA 79 p. 733 ss, spéc. p. 748).
5.4 En l'espèce, la réclamation du contribuable porte le sceau postal du 4 avril 2009. Elle ne respectait par conséquent pas le délai instauré par l'<ref-law>. Il convient donc de se demander si la jurisprudence de l'<ref-ruling> s'applique aux situations où le contribuable réclame le bénéfice d'une déduction supplémentaire en application de l'art. 2 let. e OIS ou si, dans un tel cas, le contribuable doit impérativement faire valoir ses droits dans le délai échéant le 31 mars.
En premier lieu, il convient de relever que le contribuable qui entend faire valoir des déductions supplémentaires en application de l'art. 2 let. e OIS s'écarte du système de l'auto-taxation. En effet, alors que le contribuable qui se voit appliquer un barème ou un taux d'imposition erroné par son employeur, débiteur de l'impôt, est en quelque sorte une victime du système de l'auto-taxation, celui qui entend faire valoir des déductions supplémentaires est tenu à un comportement actif personnel. Il doit s'adresser lui-même à l'autorité fiscale pour demander que de telles déductions, qui dépassent les montants forfaitairement inclus dans le barème d'imposition (cf. <ref-law>), soient prises en considération. En effet, même si le contribuable informe son employeur de l'existence de telles déductions, celui-ci ne peut procéder lui-même aux corrections nécessaires. A Genève, pour faire valoir de telles déductions, il est prévu que le contribuable doit s'adresser à l'Administration cantonale au moyen d'une demande de rectification sur formule officielle dans le délai de réclamation au 31 mars (cf. www.ge.ch, rubrique Thèmes/Impôts/ Particuliers/Imposés à la source/Calcul et retenue de l'impôt à la source/Demande de rectification de l'impôt à la source [consulté le 18 février 2013]). Cette exigence, qui concrétise l'<ref-law>, est justifiée. La situation du contribuable qui se prévaut de déductions supplémentaires est en effet plus proche de celle d'un contribuable qui fait l'objet d'une taxation ordinaire que de celle du contribuable taxé à la source en application des seuls barèmes applicables. Contrairement au contribuable qui est victime d'une erreur de barème ou de taux d'imposition de son employeur, dont il ne pouvait pas s'apercevoir sans autres, le contribuable qui omet de faire valoir des déductions supplémentaires dans le délai imparti se rend coupable d'une violation de ses obligations de diligence. Il doit donc en supporter les conséquences.
Par comparaison avec le contribuable soumis à la taxation ordinaire, force est de constater que la jurisprudence selon laquelle le contribuable taxé à la source peut encore, après l'échéance du délai au 31 mars, se plaindre de l'étendue de son assujettissement, ne saurait s'appliquer telle quelle au contribuable qui sollicite l'octroi de déductions supplémentaires. Il n'est ainsi pas justifié, dans ce cas, d'accorder au contribuable imposé à la source qui veut faire valoir des déductions supplémentaires un délai plus long, car cela reviendrait à créer une inégalité de traitement avec les contribuables imposés selon la procédure ordinaire, qui ne peuvent faire valoir leurs déductions que jusqu'à l'échéance du délai de réclamation. La situation du contribuable qui entend demander des déductions supplémentaires est en revanche fondamentalement différente de celui qui est victime d'une erreur de barème ou de taux d'imposition commise par son employeur. Ce dernier se voit appliquer un barème ou un taux d'imposition erroné en raison d'une inadvertance de son employeur, alors que son revenu a été déterminé de façon exacte en tenant compte des déductions forfaitaires et des charges de famille. L'employeur du premier a en revanche appliqué le barème exact au revenu déterminé selon les critères ordinaires; c'est le contribuable lui-même qui revendique des déductions supplémentaires que seule l'administration fiscale peut effectuer. Il lui appartient par conséquent de faire preuve de diligence et de déposer sa demande dans le délai prévu par l'<ref-law>. A défaut, il est forclos.
5.5 Le recourant allègue que le fait que les déductions supplémentaires qu'il fait valoir n'ont pas été admises a une incidence importante sur le barème applicable puisque le barème de l'impôt à la source est progressif. Il estime que c'est par conséquent un taux erroné qui lui a été appliqué, ce qui justifierait de le faire bénéficier de la jurisprudence de l'<ref-ruling>. Le recourant ne peut être suivi dans ce raisonnement. En effet, s'il est exact que les barèmes de l'impôt à la source sont progressifs, il en va de même des taux d'imposition applicables à la taxation ordinaire. Un contribuable qui omet de déposer dans le délai légal une réclamation pour obtenir la prise en compte d'une déduction oubliée sur sa taxation ordinaire, doit ainsi acquitter l'impôt au taux correspondant à son revenu sans ladite déduction. Procéder autrement en ce qui concerne les personnes assujetties à l'impôt à la source créerait une inégalité de traitement non justifiée avec les personnes soumises à la taxation ordinaire.
5.6 Il reste à examiner si le recourant se trouvait dans une situation telle que l'inobservation du délai était excusable. Selon l'<ref-law>, une réclamation tardive n'est recevable que si le contribuable établit que par suite de service militaire, de service civil, de maladie, d'absence du pays ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de présenter sa réclamation en temps utile et qu'il l'a déposée dans les 30 jours après la fin de l'empêchement. En l'espèce, le recourant n'a allégué d'empêchement de cette nature ni en procédure cantonale ni devant le Tribunal fédéral et on ne voit pas, sur le vu de l'état de fait retenu par la Cour de justice, qu'il pourrait en exister. Les conditions d'une réclamation tardive ne sont par conséquent pas remplies.
5.7 Les conditions de l'assujettissement à l'impôt à la source, le calcul de l'impôt et la procédure de réclamation des art. 5 al. 1 let. a, 84 al. 1, 85 al. 1 et 2, 86 al. 1, 91 ss, 133, 137 et 138 al. 2 LIFD sont les mêmes que ceux figurant aux art. 2 al. 1 let. c, 4 al. 2 let. a, 32 à 36 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID; RS 642.14) ainsi qu'à l'art. 41 al. 3 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc; RS-GE D 3 17), aux art. 21 al. 3 et 4, et 23 al. 2 de la loi genevoise sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales du 23 septembre 1994 (LISP; RS-GE D 3 20), et à l'art. 4 du Règlement d'application de la loi sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (RISP; RS-GE D 3 20.01). Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer aux impôts cantonal et communal relatif à la période fiscale sous examen (cf. arrêt 2C_123/2012 du 8 août 102 consid. 10 et les références citées).
5.8 Au vu de ce qui précède, c'est donc à juste titre que la Cour de justice a retenu que la réclamation déposée par le recourant le 4 avril 2009 était irrecevable parce que tardive. Dans ces conditions, le présent recours doit être rejeté.
6. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (<ref-law>). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à CHF 2'000.-, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 5 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti