Sachverhalt:
A. R._, geboren 1959, war ab 1. Juli 2000 bei der Firma S._ als Hilfsmonteur beschäftigt und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 1. Februar 2006 verletzte er sich an der Schulter, als er eine schwere Fenstervergitterung, welche auf ihn zu fallen drohte, mit dem rechten Arm wegstiess. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Am 4. April 2006 berichtete Dr. med. H._, Facharzt für Rheumatologie und Innere Medizin, der Beschwerdeverlauf sei deutlich regredient und der Patient verspüre trotz voller Arbeitstätigkeit nur noch gelegentlich Schmerzen. Infolge eines Rückfalls setzte R._ ab 10. Juni 2006 mit der Arbeit aus. Am 28. Januar 2008 kündigte die Firma S._ das Arbeitsverhältnis per 31. März 2008. Mit Verfügung vom 28. August 2009, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 18. Dezember 2009, schloss die SUVA den Fall per 1. Oktober 2009 ab und sprach R._ eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 18 % zu. Der obligatorische Krankenpflegeversicherer von R._, die Helsana Versicherungen AG, hatte ebenfalls Einsprache gegen diese Verfügung erhoben, diese nach Einsicht in die Akten jedoch wieder zurückgezogen.
B. Mit Entscheid vom 20. Juni 2011 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die von R._ erhobene Beschwerde ab.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Begehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids seien ihm eine höhere Invalidenrente sowie eine Integritätsentschädigung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache an die SUVA zur Einholung eines polydisziplinären Gutachtens zurückzuweisen. Zudem beantragt er eine höhere Entschädigung im Rahmen seiner unentgeltlichen Verbeiständung vor der Vorinstanz sowie die Erstattung der Kosten des von ihm privat eingeholten Gutachtens des Prof. Dr. med. K._, Facharzt für Chirurgie, speziell Allgemein- und Unfallchirurgie, Universitätsklinik für orthopädische Chirurgie, vom 20. Dezember 2009. Schliesslich ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Beweiswert von ärztlichen Berichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232), namentlich von versicherungsinternen Ärzten (<ref-ruling> E. 3b/ee S. 353), den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 349 mit Hinweisen) und die Voraussetzungen einer Integritätsentschädigung (Art. 24 und 25 UVG, <ref-law>; <ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Anzufügen bleibt, dass der erstinstanzliche Sozialversicherungsprozess vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht ist (<ref-law>). Danach hat das Gericht von Amtes wegen für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts zu sorgen.
3. 3.1 Der Versicherte fordert eine höhere Invalidenrente und rügt, Vorinstanz und Verwaltung hätten den Sachverhalt unter Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes und des Grundsatzes der freien Beweiswürdigung (Art. 43 und 61 lit. c ATSG) ermittelt, indem sie auf die Berichte der Rehaklinik, des Kreisarztes und des RAD-Arztes, nicht aber auf das Gutachten des Prof. Dr. med. K._ abgestellt hätten.
3. 3.1 Der Versicherte fordert eine höhere Invalidenrente und rügt, Vorinstanz und Verwaltung hätten den Sachverhalt unter Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes und des Grundsatzes der freien Beweiswürdigung (Art. 43 und 61 lit. c ATSG) ermittelt, indem sie auf die Berichte der Rehaklinik, des Kreisarztes und des RAD-Arztes, nicht aber auf das Gutachten des Prof. Dr. med. K._ abgestellt hätten.
3.2 3.2.1 Soweit der Versicherte geltend macht, beim Kreisarzt handle es sich um einen Angestellten der SUVA, weshalb er nicht ein unabhängiger Berichterstatter sei, ist ihm die konstante Rechtsprechung entgegenzuhalten, wonach ein Anstellungsverhältnis für sich allein nicht genügt, um dem Bericht eines versicherungsinternen Arztes keinen Beweiswert zuzusprechen; vielmehr kommt auch den kreisärztlichen Berichten voller Beweiswert zu, sofern sie als schlüssig erscheinen, nachvollziehbar begründet sowie in sich widerspruchsfrei sind und keine Indizien gegen ihre Zuverlässigkeit bestehen (<ref-ruling> E. 3b/ee S. 353). Der Bericht des Kreisarztes, Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation, vom 3. Juni 2009 erfüllt diese Anforderungen, weshalb ihm voller Beweiswert zukommt. Dasselbe gilt für den Bericht der Rehaklinik vom 2. April 2008 und den Bericht des pract. med. U._, Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation, RAD, vom 20. November 2008.
3.2.2 Prof. Dr. med. K._ war im Nachgang zu den obgenannten Berichten vom Versicherten beauftragt worden, anhand der vorliegenden ärztlichen Akten seine Einschätzung zu drei explizit gestellten Fragen abzugeben. Bei seinem Gutachten handelt es sich somit um ein Aktengutachten. Reinen Aktengutachten kann auch voller Beweiswert zukommen, sofern ein lückenloser Befund vorliegt und es im Wesentlichen nur um die ärztliche Beurteilung eines an sich feststehenden medizinischen Sachverhalts geht (RKUV 1993 Nr. U 167 S. 95, 1988 Nr. U 56 S. 366 E. 5b; vgl. auch Urteil U 181/06 vom 21. Juni 2007 E. 2.3 mit Hinweisen). Hier ist im Wesentlichen nur die zumutbare Arbeitsfähigkeit streitig. Somit handelt es sich bei den Aussagen des Prof. Dr. med. K._ um eine unterschiedliche Einschätzung desselben Sachverhaltes und es stellt sich die Frage, ob sein Gutachten - oder allenfalls die Berichte des behandelnden Dr. med. P._, Leitender Arzt, Klinik für Orthopädische Chirurgie, Spital W._ - die Schlussfolgerungen des Kreisarztes, der Ärzte der Rehaklinik und des med. pract. U._ in Zweifel zu ziehen vermögen.
3.2.3 Die Rehaklinik erachtete dem Versicherten die bisherige Arbeit als nicht mehr, eine adaptierte leichte Tätigkeit (ohne länger dauernde Arbeiten über Brusthöhe sowie ohne wiederholten Krafteinsatz des rechten Armes) hingegen als ganztags zumutbar. Der Kreisarzt schloss sich nach Untersuchung des Versicherten am 3. Juni 2009 dieser Einschätzung an. Med. pract. U._ hatte bereits in seinem Bericht vom 20. November 2008 nach Untersuchung des Versicherten die angestammte, körperliche schwere Arbeit für nicht mehr, eine angepasste leichte Tätigkeit, bei welcher keine Arbeiten über Kopf sowie über Brust/Schulterhöhe auszuführen seien, eine Gewichtsbegrenzung von 5 kg pro Seite eingehalten werde und die Arbeit in Wechselbelastung (Gehen, Stehen, Sitzen) erfolge, für voll zumutbar erachtet.
Prof. Dr. med. K._ geht davon aus, dass dem Versicherten nur noch eine sitzende Tätigkeit zumutbar ist; aus seinen Ausführungen ergeben sich jedoch keine Anhaltspunkte dafür, weshalb bei einer Person, die unfallbedingt lediglich im Schulterbereich eingeschränkt ist, eine Arbeit im Stehen oder Gehen nicht mehr zumutbar sein soll. Auch gibt er keine Erklärung dafür, weshalb er - anders als der Kreisarzt, die Rehaklinik und med. pract. U._ - nur noch einen halbtägigen Arbeitseinsatz für zumutbar hält. Dr. med. P._ gibt sowohl im Bericht vom 24. August 2007 als auch in jenen vom 4. Oktober und 3. Dezember 2007 sowie vom 4. Dezember 2008 keine Begründung für die attestierte Arbeitsunfähigkeit ab; zudem bezieht sich diese, soweit überhaupt unterschieden wird, auf den angestammten Beruf, nicht aber auf eine angepasste Tätigkeit, so dass bezüglich der Frage der zumutbaren Arbeitsfähigkeit im Rahmen der Ermittlung des Invaliditätsgrades nicht auf diese Berichte abgestellt werden kann. Was die Einschätzung des Dr. med. P._ vom 26. Juni 2008 betrifft, hält er eine volle Arbeitsunfähigkeit im angestammten Beruf und eine "ca. 50%ige Arbeitsleistung" in einer "körperlich nicht anspruchsvolle[n] Tätigkeit" fest; allerdings macht er keine näheren Angaben zu den Limitierungen der leidensangepassten Tätigkeit, so dass für diese eingeschränkte Arbeitsfähigkeit keine Begründung vorliegt. Nach dem Gesagten vermögen weder die Berichte des Dr. med. P._ noch das Aktengutachten des Prof. Dr. med. K._ einen Zweifel an der Einschätzung der Rehaklinik, des Kreisarztes sowie des med. pract. U._ zu wecken. Daran ändert auch die von Prof. Dr. med. K._ sowie von Dr. med. P._ erwähnte Re-Operation nichts, hält doch Dr. med. P._ mehrfach fest, diese käme nur theoretisch in Frage, da der Versicherte sie ablehne.
3.2.4 Somit haben Vorinstanz und Verwaltung die zumutbare Arbeitsfähigkeit ohne Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes resp. des Grundsatzes der freien Beweiswürdigung (Art. 43 und 61 lit. c ATSG) festgesetzt.
3.3 Während der Versicherte das Valideneinkommen explizit als zutreffend anerkennt, bringt er - abgesehen von der gerügten zumutbaren Arbeitsfähigkeit - keine weiteren Einwände gegen das vorinstanzliche Invalideneinkommen vor. Nachdem sich auch aus den Akten keine Anhaltspunkte ergeben, wonach dieses unzutreffend wäre, ist darauf nicht weiter einzugehen. Damit bleibt es bei den vorinstanzlichen Vergleichseinkommen und dem sich daraus ergebenden Invaliditätsgrad von 18 %.
4. Weiter rügt der Versicherte die Ablehnung einer Integritätsentschädigung als unzulässig.
Wie bereits in E. 3.2.1 dargelegt, sind die Einwände gegen den kreisärztlichen Bericht nicht stichhaltig und es kommt ihm voller Beweiswert zu. Prof. Dr. med. K._ hält in seinem Gutachten explizit fest, eigentliche Diskrepanzen in der Beschreibung der aktuellen Gesundheitssituation bestünden nicht, unterschiedlich beurteilt würden jedoch die Selbstlimitierung und die Kooperation des Patienten sowie die zumutbare Arbeitsfähigkeit. Somit ist nicht ersichtlich, inwiefern die Feststellung des Kreisarztes bezüglich den nachgewiesenen strukturellen Läsionen nicht zutreffend sind und nicht als Grundlage für die Beurteilung des Anspruchs auf eine Integritätsentschädigung dienen können. Unter diesen Umständen erübrigen sich weitere Abklärungen in dieser Sache und die Ablehnung einer Integritätsentschädigung durch die SUVA ist nicht zu beanstanden.
5. Die Kosten eines von der versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst auf Grund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 [U 282/00] und Urteil 8C_272/2009 vom 1. Oktober 2009 E. 6).
Vorliegend haben Vorinstanz und Verwaltung den Untersuchungsgrundsatz nicht verletzt und das Gutachten des Prof. Dr. med. K._ war auch nicht notwendig zur Ermittlung des massgebenden Sachverhalts, so dass dem Antrag des Versicherten, die Kosten für das von ihm in Auftrag gegebene Gutachten der SUVA aufzuerlegen, nicht stattzugeben ist.
6. Der Beschwerdeführer beantragt, es sei ihm eine höhere Parteientschädigung für den Aufwand des unentgeltlichen Rechtsvertreters zuzusprechen.
Nach konstanter Rechtsprechung steht die Beschwerdelegitimation bezüglich der Höhe der im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege zugesprochenen Entschädigung (Bemessung der Entschädigung) nicht der rechtsuchenden Person, sondern ihrem Rechtsvertreter zu (BGE 131 V153 E. 1 S. 155; SVR 2009 IV Nr. 48 S. 144 E. 2.2.1 [9C_991/2008]; vgl. auch Urteil 8C_364/2011 vom 11. Oktober 2011 E. 3.6 mit weiteren Hinweisen).
Der Rechtsvertreter schreibt zu Beginn der Beschwerde: "...namens und im Auftrag des Beschwerdeführers folgende Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zugehen, indem ich zunächst folgendes Rechtsbegehren stelle: (...) Es sei dem Beschwerdeführer im Rahmen der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung von der Vorinstanz gemäss einem Aufwand von 16,58 Stunden bei einem gerichtsüblichen Ansatz von Fr. 200.- pro Stunde insgesamt Fr. 3'689.45 inkl. Kleinkostenpauschale von 3 % und der MWSt zuzusprechen." Der entsprechende Antrag wurde somit im Namen des Versicherten erhoben, so dass darauf mangels Beschwerdelegitimation des Versicherten nicht eingetreten werden kann.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Massimo Aliotta, Winterthur, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Dezember 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold