Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Volketswil erteilte der X._ AG am 12. Juni 2007 die Bewilligung für das Ausstellungs- und Gewerbezentrum "Baucity" auf dem Grundstück Kat.-Nr. 7522 an der Industriestrasse in Volketswil. Den hiergegen vom Verkehrsclub der Schweiz (VCS) erhobenen Rekurs hiess die kantonale Baurekurskommission III am 20. Februar 2008 teilweise gut und ergänzte die Baubewilligung in Dispositiv Ziffer I mit folgender Nebenbestimmung:
"Für alle Kundenparkplätze ist ab der ersten Minute eine Gebühr in der Höhe von Fr. 2.-- pro Stunde, degressiv nach Ablauf der ersten Stunde bis auf mindestens Fr. 1.-- pro Stunde, unter vollständigem Verzicht auf Gratisabstellplätze und unter gänzlichem Verbot jeder Rückerstattung von Gebühren zu erheben.
Die Gebührenpflicht ist mit geeigneten Mitteln sicherzustellen, die mindestens den gleichen Effekt wie die übliche Einrichtung einer zentralen Kassierstation in Kombination mit einer Schrankenanlage bei der Einfahrt und der Ausfahrt aufweisen."
B. Die X._ AG zog diesen Entscheid an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich weiter. Dieses hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 16. Juli 2008 teilweise gut, soweit es darauf eintrat, und fasste die erwähnte, im Rekursentscheid enthaltene Nebenbestimmung wie folgt:
"Für alle Kundenparkplätze ist ab der ersten Minute eine mit zunehmender Parkierungsdauer degressiv verlaufende Gebühr zu erheben. Für die erste angebrochene Stunde hat die Gebühr mindestens Fr. 2.-- und für die zweite angebrochene Stunde mindestens Fr. 1.-- zu betragen. Die Rückerstattung dieser Mindestgebühren ist nicht zulässig."
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 15. September 2008 beantragt der VCS im Wesentlichen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit damit die vor der Vorinstanz erhobene Beschwerde der X._ AG teilweise gutgeheissen und die Kosten- und Entschädigungsfolgen entsprechend geregelt wurden. Der Entscheid der Baurekurskommission vom 20. Februar 2008 sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die X._ AG und das Verwaltungsgericht beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Volketswil verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Schluss, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts verletze kein Umweltrecht des Bundes. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme zu den Eingaben der übrigen Verfahrensbeteiligten an seinen Anträgen und seiner Rechtsauffassung fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 82 lit. a i.V.m. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Baubegehren und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251, 400 E. 2.1 S. 404).
1.2 Für die Beurteilung des umstrittenen Bauvorhabens war eine Umweltverträglichkeitsprüfung durchzuführen. Der Verkehrsclub der Schweiz (VCS) zählt zu den gesamtschweizerischen Organisationen, die im Sinne von Art. 55 ff. USG (SR 814.01) beschwerdeberechtigt sind (vgl. Ziff. 20 Anhang VBO [SR 814.076]). Der VCS ist in Anwendung dieser Bestimmung in Verbindung mit Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG befugt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 16. Juli 2008 anzufechten.
1.3 Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde des VCS einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Soweit die Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstanden und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, können sie nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; Urteil des Bundesgerichts 1C_242/2007 vom 11. Juni 2008 E. 1.6).
2.2 Im vorinstanzlichen Verfahren wurde die Gebührenpflicht als solche nicht bestritten. Gleich verhält es sich mit der Mindestgebühr von Fr. 2.-- für die erste Stunde ab der ersten Minute, der degressiven Ausgestaltung des Tarifs, dem Verbot von Gratisparkplätzen, der Rückerstattung von Gebühren sowie mit der Durchsetzung der Gebührenpflicht mit geeigneten technischen und organisatorischen Mitteln. Das Verwaltungsgericht hält im angefochtenen Entscheid (S. 5 f.) fest, mit der seitens der X._ AG im Rekursverfahren unbestritten gebliebenen Frage der Durchsetzung der Gebührenpflicht gemäss Rekursantrag 1.4 habe sich die Baurekurskommission inhaltlich zulässigerweise nicht befasst. Vielmehr habe sie insofern lediglich die Baubewilligung mit einer Nebenbestimmung bezüglich der Durchsetzung der Gebührenpflicht ergänzt. Dieser Punkt könne deshalb nicht Gegenstand des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens bilden, weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten sei.
Anders verhalte es sich mit dem weiteren Antrag der X._ AG, der Entscheid der Baurekurskommission sei insoweit aufzuheben, als auch für die Zeit nach der ersten Stunde eine Gebühr von mindestens Fr. 1.-- pro Stunde zu verlangen sei. Wenn die Beschwerdeführerin im Rekursverfahren den Grundsatz lenkungswirksamer Gebühren und das Verbot von Gratisparkplätzen sowie neben der Mindestgebühr von Fr. 2.-- für die erste Stunde ab der ersten Minute die degressive Ausgestaltung des Tarifs akzeptiert habe, so bedeute dies nicht, dass sie damit einen Mindesttarif von Fr. 1.-- pro Stunde für alle weiteren Stunden anerkenne. Deshalb sei insoweit auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
Diese Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Die heutige Beschwerdegegnerin hat in der Tat zwar das Verbot von Gratisparkplätzen akzeptiert. Nach dem Entscheid des Verwaltungsgerichts haben denn auch Langzeitparkierer eine Parkgebühr von mindestens Fr. 3.-- zu bezahlen. Eine Zustimmung der heutigen Beschwerdegegnerin zur Gebührenpflicht nach der zweiten Stunde ist den Akten dagegen nicht zu entnehmen. Jedenfalls kann in diesem Punkt nicht von einer offensichtlich unrichtigen oder bundesrechtswidrigen Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts gesprochen werden.
2.3 Der dargelegte Standpunkt des Verwaltungsgerichts wird von der Beschwerdegegnerin geteilt. Sie habe nur den Betrag von zwei Franken für die erste Stunde anerkannt, nicht jedoch eine Gebührenpflicht für alle weiteren Stunden. Dass die Baurekurskommission die Erhebung einer Parkgebühr für die zweite und alle weiteren Stunden von einem Franken pro Stunde verlangen könnte, sei von keiner Seite beantragt worden und habe auch nicht erwartet werden können.
In ihrer Beschwerde an das Verwaltungsgericht hatte die X._ AG verlangt, Dispositiv Ziffer I des Rekursentscheides der Baurekurskommission III vom 20. Februar 2008 sei insoweit aufzuheben, als auch für die Zeit nach der ersten Stunde eine Gebühr von Fr. 1.-- pro Stunde verlangt werde.
2.4 Bei dieser Sachlage kann den Feststellungen der Vorinstanz gefolgt werden. Was der Beschwerdeführer vor Bundesgericht dagegen einwendet, vermag nicht durchzudringen.
3. Umstritten ist, ob das Bundesumweltrecht eine degressive Gebührengestaltung mit einem Verzicht auf eine weitere Erhöhung des Gesamtbetrags nach einer gewissen Parkdauer erlaubt.
3.1 Nach Auffassung des Verwaltungsgerichts stellt der von der Bauherrschaft akzeptierte Ansatz von Fr. 2.-- für die erste Stunde ab der ersten Minute eine hinreichend lenkungswirksame Gebühr dar. Welche Lenkungswirksamkeit dem Gebührenansatz für die Zeit nach Ablauf der ersten Stunde zukomme, dürfte - so das Verwaltungsgericht - wesentlich davon abhängen, mit welcher Aufenthaltsdauer der Benutzer rechne, wenn er die Fahrt zur publikumsintensiven Einrichtung unternehme. Rechne die Mehrheit der Nutzer von vornherein mit einer Aufenthaltsdauer unter einer Stunde, erscheine der Gebührenansatz für die Folgezeit zunächst von geringer Bedeutung für die Lenkungswirksamkeit. Allerdings könne ein zu tiefer Ansatz für die Folgezeit dazu führen, dass die Anlage auch für Nutzer attraktiv werde, die ihr Fahrzeug für längere Zeit abstellen wollten. Dies dürfte aber weitgehend dadurch neutralisiert werden, dass die entsprechenden Parkplätze nicht mehr für Kurzzeitpakierer zur Verfügung stünden. Zudem dürfte auch der Betreiber der Anlagen nicht an Langzeitparkierern interessiert sein. Die Studie "Publikumsintensive Einrichtungen PE: Planungsgrundlagen und Gesetzmässigkeiten" (Studie "Planungsgrundlagen", Metron Verkehrsplanung AG/Transitec lngenieurs-Conseils SA/Fussverkehr Schweiz, 2006, S. 89) zeige, dass bezüglich der Aufenthaltsdauer in publikumsintensiven Einrichtungen wenig Datenmaterial vorliege. In peripher gelegenen Einrichtungen wie dem geplanten Ausstellungs- und Gewerbezentrum werde bei Fachmärkten mit einer durchschnittlichen Aufenthaltsdauer von 46 Minuten und bei Mischformen von Einkaufszentren und Fachmärkten mit einer solchen von 48 Minuten gerechnet. Beim zweiten Typ blieben nur etwa 13 % der Kunden länger als eine Stunde und nur ca. 7 % länger als zwei Stunden.
Aufgrund dieser Angaben kam das Verwaltungsgericht zum Schluss, dass die von der Baurekurskommission festgesetzten Mindestgebühren für die dritte und die folgenden Stunden keinen erheblichen Einfluss auf die Reduktion der Luftschadstoffemissionen hätten. Abgesehen davon, dass nur ca. 7 % der Kunden den Parkplatz länger als zwei Stunden belegten, stünden die länger belegten Parkplätze den Kurzzeitparkierern nicht zur Verfügung, was die Zahl der möglichen Fahrten und damit die Schadstoffemissionen insgesamt vermindere. Schliesslich sei nicht anzunehmen, dass der Anlagebetreiber die Parkplätze ab der dritten Stunde gratis zur Verfügung stelle, da dann ihre Funktion als Kundenparkplätze gefährdet sei. Es sei somit zurzeit nicht genügend gesichert und wenig plausibel, dass auch eine Mindestgebühr ab der dritten Stunde einen Beitrag zur Reduktion der Luftschadstoffimmissionen zu leisten vermöge. Mangels hinreichend nachgewiesener Eignung zur Erreichung des angestrebten Zwecks erweise sich daher die Verpflichtung zu einer solchen Mindestgebühr als unverhältnismässig und daher bundesrechtswirdig. Das BAFU teilt im Ergebnis die Auffassung des Verwaltungsgerichts.
3.2 Die Beschwerdegegnerin weist in diesem Zusammenhang in Übereinstimmung mit dem angefochtenen Urteil darauf hin, dass die Frage, ob eine Parkgebühr für beliebig viele Folgestunden zu verlangen sei, keine Ermessens- sondern eine Rechtsfrage darstelle, welche das Verwaltungsgericht frei prüfe. Von einem unzulässigen Eingriff des Verwaltungsgerichts in die Kognition der Baurekurskommission könne deshalb nicht gesprochen werden. Wie das Verwaltungsgericht nachweise, würde eine unlimitierte Gebührenpflicht aus der Sicht des Umweltschutzes kaum etwas einbringen, weshalb diese Massnahme auch nicht umweltschutzrechtlich begründet werden könne. Sie dürfe auch nicht gewissermassen auf Vorrat getroffen werden, ohne dass deren Wirksamkeit hinreichend nachgewiesen sei.
3.3 Die Pflicht zur Bewirtschaftung der Kundenparkplätze von publikumsintensiven Anlagen ist eine Emissionsbegrenzungsmassnahme im Sinne von Artikel 12 Abs. 1 lit. c USG (<ref-ruling> E. 8b S. 143 f.). Betriebsvorschriften im Sinne von Art. 12 Abs. 1 lit. c USG stellen öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen dar, die auf einer gesetzlichen Grundlage beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein müssen (Art. 36 BV). Das Bundesumweltrecht enthält zur genauen Ausgestaltung der hier umstrittenen Massnahmen zur Parkplatzbewirtschaftung keine spezifischen Regeln. Den kantonalen Vollzugsinstanzen steht demnach ein relativ grosser Ermessensspielraum offen. Der Gestaltungsbereich der Vollzugsorgane ist jedoch insofern eingeschränkt, als unter den Begriff der Emissionsbegrenzung nach Art. 12 USG nur Massnahmen fallen können, die auch tatsächlich geeignet sind, die Emissionen einer bestimmten Anlage zu begrenzen (vgl. <ref-ruling> E. 9 S. 145 ff.). Aus diesem Grund müssen die Parkplatzgebühren so ausgestaltet sein, dass sie zur Emissionsreduktion beitragen, d.h. "lenkungswirksam" sind. Das Verwaltungsgericht stützt sich bei der Beurteilung der Lenkungswirksamkeit auf die bereits erwähnte Studie "Publikumsintensive Einrichtungen PE: Planungsgrundlagen und Gesetzmässigkeiten" aus dem Jahr 2006. Das umstrittene Vorhaben ist jedoch nicht, wie in der Studie vorausgesetzt, ein Einkaufszentrum oder ein Fachmarkt. Vielmehr handelt es sich um ein Ausstellungszentrum, wo kaum Waren gekauft werden, dafür aber Information und Beratung vermittelt wird.
Die Annahme in der Ergänzung Teilbereich Verkehr/Lärm/Luft zum Umweltverträglichkeitsbericht vom 12. Februar 2006, dass sich die Kunden ca. 1-4 Stunden in einer solchen Einrichtung aufhalten, ist nachvollziehbar. Somit ist die Aufenthaltsdauer deutlich länger als bei Einkaufszentren und Fachmärkten, die in der Studie "Planungsgrundlagen" untersucht wurden. Die Aussagen dieser Studie können deshalb - wie das BAFU zutreffend bemerkt - nicht direkt auf den vorliegenden Fall angewendet werden. Im Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 (in: URP 2006 151 E. 11.3 S. 159) verweist das Bundesgericht bezüglich der Lenkungswirksamkeit von Parkplatzgebühren auf die Studie "Parkplatzbewirtschaftung bei 'Publikumsintensiven Einrichtungen' - Auswirkungsanalyse" (verfasst durch Metron Verkehrsplanung und Ingenieurbüro AG/Neosys AG/Hochschule Rapperswil, 2002). Diese Studie kommt zum Schluss, dass eine Parkplatzgebühr von mindestens Fr. 2.-- pro Stunde eine Lenkungswirkung hat (vgl. URP 2006 S. 159). Sie legt ihrer Beurteilung allerdings keine degressive Gebührengestaltung zu Grunde. Entscheidend für die Lenkungswirkung der Gebühr ist nach den Ausführungen des BAFU vor allem der Gesamtbetrag, der normalerweise für einen Parkplatz entrichtet werde. Aus der Studie "Planungsgrundlagen" sei ersichtlich, dass die Aufenthaltsdauer bei Einkaufszentren und Fachmärkten selten mehr als 2 Stunden betrage. Deshalb bezahlten die meisten Kunden dieser Einrichtungen bei einer Gebühr, welche die Studie "Parkplatzbewirtschaftung" als lenkungswirksam bezeichne, Fr. 2.-- bis Fr. 4.-- für die Parkplatzbenützung (Fr. 2.-- pro Stunde, nicht degressiv). Der zu entrichtende Gesamtbetrag sei also in der Regel nicht besonders hoch, erziele aber trotzdem die gewünschte Wirkung.
Es besteht kein Anlass, von diesen Darlegungen des BAFU abzuweichen. Im vorliegenden Ausstellungs- und Gewerbezentrum würde die Gebühr Fr. 2.-- oder Fr. 3.-- betragen. Der Unterschied zu den oben genannten Fr. 2.-- bis Fr. 4.-- erscheint relativ gering, weshalb die Lenkungswirksamkeit auch hier bejaht werden kann. Der vom Verwaltungsgericht vorgesehene degressive Gebührentarif ist daher mit dem Umweltrecht des Bundes vereinbar. Zu diesem Schluss gelangt auch das BAFU als zuständige Fachbehörde des Bundes. Die Kritik des Beschwerdeführers an dieser Betrachtungsweise führt zu keinem anderen Ergebnis.
3.4 Soweit der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht sei ohne Grund von den Anträgen der kantonalen Umweltfachstelle abgewichen, kann ihm ebenfalls nicht gefolgt werden. In ihrer Stellungnahme vom 23. März 2007 zum Umweltverträglichkeitsbericht stellt die kantonale Baudirektion (Koordinationsstelle für Umweltschutz) den Antrag, die Kundenparkplätze seien lenkungswirksam zu bewirtschaften und es seien keine Gratisparkplätze zur Verfügung zu stellen. Die Lenkungswirksamkeit ist im Sinne der Erwägungen in E. 3.3 hiervor zu bejahen. Gratisparkplätze werden entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers nicht zur Verfügung gestellt, da in jedem Fall mindestens eine Gebühr von Fr. 2.-- für die erste Stunde ab der ersten Minute bezahlt werden muss. Die Ausgestaltung der Parkplatzbewirtschaftung, wie sie das Verwaltungsgericht angeordnet hat, weicht demnach nicht von den Anträgen der kantonalen Fachbehörde ab.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG i.V.m. Art. 55e USG). Er hat zudem der obsiegenden Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die X._ AG für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Volketswil sowie dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag