Sachverhalt:
A. Die 1959 geborene G._ war als Produktionsmitarbeiterin bei der Firma B._ AG tätig, als sie am 8. Oktober 2003 über einen Schlauch stolperte, stürzte und sich dabei eine Prellung der linken Schulter zuzog. Die in der Folge diagnostizierte Subskapularisruptur wurde am Spital X._ durch Oberarzt Dr. med. K._ am 6. Februar 2004 offen fixiert. Die Winterthur Versicherungen (nunmehr AXA Versicherungen AG, im weiteren AXA), bei welcher G._ gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert war, richtete Leistungen in Form von Taggeld und Heilbehandlung aus. Die Versicherung zog in der Folge Berichte des Hausarztes, Dr. med. H._ und insbesondere des Dr. med. K._ bei, der am 16. November 2005 eine arthroskopische subakromiale Dekompression vornahm. Schliesslich beauftragte die Unfallversicherung PD Dr. med. A._, Spezialarzt für Chirurgie FMH, mit der Begutachtung der G._. Aufgrund der Erkenntnisse aus der Expertise vom 8. September 2006 teilte die AXA der Versicherten durch Verfügung vom 17. April 2007 mit, die Taggeldleistungen und die Heilbehandlungen würden auf den 1. Oktober 2006 eingestellt. Bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 8 % bestehe kein Anspruch auf eine Invalidenrente. Auch die Voraussetzungen für eine Integritätsentschädigung seien nicht gegeben. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 19. Juli 2007).
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen erhobene Einsprache mit Entscheid vom 11. Juni 2008 ab, nachdem es selbst einen Invaliditätsgrad von 6 % ermittelt hatte.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides seien Versicherungsleistungen in Form einer Invalidenrente und einer Integritätsentschädigung zu erbringen. Zudem lässt sie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Rechtsvertretung ersuchen.
Die AXA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin aus dem Unfall vom 8. Oktober 2003 Anspruch auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung der obligatorischen Unfallversicherung hat.
Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Rentenanspruch (<ref-law>), die Bemessung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), die Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.3 S. 224), die Festsetzung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) nach den vom Bundesamt für Statistik in der Lohnstrukturerhebung (LSE) ermittelten Tabellenlöhnen und die von diesen zulässigen Abzüge (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 und E. 4.2.3 S. 481) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Sowohl die Unfallversicherung, als auch die Vorinstanz legen ihrer Invaliditätsbemessung die tatsächlichen Feststellungen und die Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit das Gutachten des PD Dr. med. A._ vom 8. September 2006 zu Grunde. Auch die Beschwerdeführerin beruft sich auf die in diesem Gutachten erhobenen Befunde, Diagnosen und Zumutbarkeitsbeurteilungen. Es gibt keinen Grund, davon letztinstanzlich abzuweichen.
3.1 Demnach konnte der Experte, abgesehen von einer gewissen Kraftminderung im linken Arm, keinen organischen Befund erheben, deretwegen eine Wiederaufnahme der Erwerbstätigkeit in Frage gestellt wäre. Übereinstimmend mit dem behandelnden Arzt Dr. med. K._ könne er bei der Explorandin bezüglich Abduktion, Elevation und Kombinationsbewegungen wie Schürzen- und Nackengriff aktiv einen weitgehend seitengleichen Bewegungsumfang feststellen. Auch neurologisch wurden keine pathologischen Befunde erhoben. Andererseits erachtet es der Gutachter als unbestritten, dass die Beschwerdeführerin nicht vollständig frei von belastungsabhängigen residuellen Schulterschmerzen links sei, an welche sie sich aber gewöhnen und anpassen müsse. Es bestehe kein Grund für eine Invalidität. Er attestiert ihr eine Arbeitsfähigkeit im Rahmen von 75 bis 100 %, je nach Anpassungsgrad der Tätigkeit. Idealerweise beinhalte sie eine körperlich leichte, wechselnd belastende Arbeit, bei welcher insbesondere Arbeiten über die Horizontalen ebenso vermieden würden, wie repetitive und monotone Bewegungsabläufe und stetige Manipulationen von Lasten oberhalb von 3 bis 5 kg.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das kantonale Gericht habe ihre Invaliditätsbemessung zu Unrecht auf eine vollzeitliche Tätigkeit an einem optimal angepassten leichten Arbeitsplatz gestützt.
Den Formulierungen im Gutachten ist eindeutig zu entnehmen, dass keine organischen Befunde erhoben wurden, welche die subjektiven Schmerzangaben der Beschwerdeführerin erklären würden. Der Experte erklärte sich die Diskrepanz zwischen den somatischen Befunden und dem Schmerzerleben einzig mit den Ängsten und Erwartungen, die an das Unfallerlebnis geknüpft seien. Damit leuchtet auch nicht ein, weshalb die Beschwerdeführerin, wie sie geltend macht, in einer ideal angepassten leichten Stelle in einem reduzierten Pensum arbeiten müsste oder weshalb ihre Leistungen bei einer vollzeitlich ausgeübten Tätigkeit um 10 bis 20 % reduziert sein sollten. Die einzige im Gutachten erwähnte Einschränkung liegt in einer gewissen Kraftminderung im linken Arm. Dieses Faktum reduziert indessen die Arbeitsfähigkeit in einer leichten Tätigkeit, bei welcher keine Manipulationen von Gewichten oberhalb von 3 bis 5 kg vorgenommen werden müssen, nicht. Damit sind die Unfallversicherung und das kantonale Gericht zu Recht von einer vollen Arbeitsfähigkeit an einer angepassten Arbeitsstelle ausgegangen.
4. 4.1 Bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades stellte das kantonale Gericht fest, die Beschwerdeführerin habe bei der ehemaligen Arbeitgeberin einen im Vergleich zu den statistischen Werten gemäss LSE 2006 um 9,47 % unterdurchschnittlichen Lohn bezogen. Als Valideneinkommen setzte sie daher den Wert gemäss Tabelle A1 für mit einfachen und repetitiven Tätigkeiten (Anforderungsniveau 4) beschäftigte Frauen im Bereich "Herstellung von Nahrungsmitteln und Getränken" von Fr. 48'032.05 im Jahr ein. Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie habe während 45 Stunden in der Woche und damit erheblich mehr als die branchenüblichen 42,2 Stunden - worauf das Valideneinkommen von Fr. 48'032.05 beruht - gearbeitet. Die Differenz ihres Erwerbseinkommens zum Durchschnittslohn betrage daher mindestens 16 %, was bei hypothetischen Valideneinkommen zu berücksichtigen sei.
4.1.1 Im kürzlich ergangenen BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 hat das Bundesgericht in Konkretisierung der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> erkannt, dass ein Lohn erheblich vom Durchschnitt abweicht, wenn die Differenz mindestens 5 % beträgt. Eine Parallisierung findet nach diesem Urteil aber nur in dem Unfang statt, als die Differenz die 5 %-Grenze übersteigt. Die Anwendung dieser Rechtsprechung würde sich in casu zu Ungunsten des Beschwerdeführers auswirken.
Eine Parallelisierung der Einkommen kann erreicht werden, indem entweder auf Seiten des Valideneinkommens eine entsprechende Heraufsetzung des effektiv erzielten Einkommens oder ein Abstellen auf statistische Werte (vgl. SVR 2008 IV Nr. 2 S. 3, I 697/05, und Urteil I 750/04 vom 5. April 2006 E. 5.5) erfolgt oder es kann auf Seiten des Invalideneinkommens eine entsprechende Herabsetzung des statistischen Wertes (vgl. Urteil U 454/05 vom 6. September 2006 E. 6.3.3 mit Hinweisen) vorgenommen werden. Vorliegend hat die Vorinstanz bereits auf statistische Werte abgestellt. Das gilt sowohl hinsichtlich des Lohnbetrages, als auch der dafür aufzuwendenden Arbeitsstunden.
4.1.2 Schliesslich stellt sich noch die Frage, ob die Vorinstanz den statistischen Tabellenlohn zu Recht auf den Wirtschaftszweig "Herstellung von Nahrungsmitteln und Getränken" beschränkt hat. Aus der Aufzeichnung der persönlichen Anamnese im Gutachten des PD Dr. med. A._ ergibt sich, dass die 1959 geborene Beschwerdeführerin mit 18 Jahren in Portugal geheiratet und dort ihrem Ehemann in dessen Restaurant mitgeholfen hatte. Nach der Einreise in die Schweiz im Jahre 2001 hätte sie zusammen mit ihrem Mann in einem Gemüseanbaubetrieb gearbeitet, bevor sie im Mai 2003 die Stelle bei der Firma B._ angetreten und dort Fleisch und Fisch zugeschnitten und abgepackt hätte. Aus der allgemeinen Lebenserfahrung lässt sich daher schliessen, dass sie als Gesunde weiterhin in der angestammten Branche arbeiten würde, womit das kantonale Gericht das Valideneinkommen zu Recht auf Fr. 48'032.- festgesetzt hat.
4.1.2 Schliesslich stellt sich noch die Frage, ob die Vorinstanz den statistischen Tabellenlohn zu Recht auf den Wirtschaftszweig "Herstellung von Nahrungsmitteln und Getränken" beschränkt hat. Aus der Aufzeichnung der persönlichen Anamnese im Gutachten des PD Dr. med. A._ ergibt sich, dass die 1959 geborene Beschwerdeführerin mit 18 Jahren in Portugal geheiratet und dort ihrem Ehemann in dessen Restaurant mitgeholfen hatte. Nach der Einreise in die Schweiz im Jahre 2001 hätte sie zusammen mit ihrem Mann in einem Gemüseanbaubetrieb gearbeitet, bevor sie im Mai 2003 die Stelle bei der Firma B._ angetreten und dort Fleisch und Fisch zugeschnitten und abgepackt hätte. Aus der allgemeinen Lebenserfahrung lässt sich daher schliessen, dass sie als Gesunde weiterhin in der angestammten Branche arbeiten würde, womit das kantonale Gericht das Valideneinkommen zu Recht auf Fr. 48'032.- festgesetzt hat.
4.2 4.2.1 Hinsichtlich des Invalideneinkommens lässt die Beschwerdeführerin rügen, es stelle einen Verstoss gegen das Gebot der Rechtsgleichheit dar, wenn bei der Bemessung des Invaliditätsgrades auf einen im Vergleich zum hypothetischen Valideneinkommen grundsätzlich - das heisst, ohne leidensbedingten Abzug - höheren Invalidenlohn abgestellt werde.
Wie dargelegt, war die Beschwerdeführerin, so weit aus den Akten ersichtlich, in ihrem bisherigen Erwerbsleben ausschliesslich im Bereiche der Lebensmittelherstellung und -verarbeitung tätig, wo das Lohnniveau für Frauen in einfachen und repetitiven Tätigkeiten leicht unter dem Durchschnitt aller Wirtschaftszweigen liegt (2006: Fr. 3'794.- verglichen mit Fr. 4'019.- im Monat). Das Bundesgericht hat hinsichtlich dieser Rechtsfrage kürzlich entschieden, dass wenn ein durchschnittliches Invalideneinkommen realistischerweise erzielbar bzw. zumutbar ist, ein aus wirtschaftlichen Gründen unterdurchschnittliches Valideneinkommen nicht auf ein durchschnittliches aufzurechnen oder das Invalideneinkommen entsprechend zu reduzieren ist. Darin liegt keine Ungleichbehandlung der Schlechtverdienenden (<ref-ruling>, insbes. E. 3.4.4 S. 63).
4.2.2 Im weiteren wird in der Beschwerde angeführt, der von der Vorinstanz vorgenommene Abzug von 10 % vom statistisch ermittelten Invalideneinkommen sei angesichts der im Zumutbarkeitsprofil angenommenen Einschränkungen zu gering. Es wird ein solcher von 25 % verlangt.
Mit dem Abzug vom Tabellenlohn soll der Tatsache Rechnung getragen werden, dass persönliche und berufliche Merkmale, wie Art und Ausmass der Behinderung, Lebensalter, Dienstjahre, Nationalität oder Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 323) und je nach Ausprägung die versicherte Person deswegen die verbliebene Arbeitsfähigkeit auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt nur unter unterduchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann (<ref-ruling> E. 5b/aa in fine S. 80). Die Festlegung der Höhe des Abzugs vom Tabellenlohn beschlägt eine typische Ermessensfrage und ist im Lichte der Kognitionsbefugnis letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich, wo das kantonale Gericht das Rechtsermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung (<ref-ruling> E. 2.2 und 3.3 S. 396 und 399). Dies gilt auch auf dem Gebiet der Geldleistungen der Militär- und Unfallversicherung (Urteil 8C_664/2007 vom 14. April 2008 E. 8.1). Ermessensmissbrauch im Besonderen ist gegeben, wenn die Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür und von rechtsungleicher Behandlung, das Gebot von Treu und Glauben sowie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 615 und 123 V 150 E. 2 S. 152, je mit Hinweisen).
4.2.3 Die Vorinstanz hat in ausführlicher Würdigung aller massgebenden Aspekte erwogen, dass die Beschwerdeführerin nur noch leidensangepasste, das heisst konkret schulteradaptierte Tätigkeiten aufnehmen kann, und darüber hinaus durch ihre Ausländereigenschaft lohnmässig benachteiligt sein könnte. Der angewendete Abzug von 10 % ist dabei nicht zu beanstanden. Richtigerweise hat das kantonale Gericht weitere mögliche Kriterien wie mangelnde Ausbildung und Sprachkenntnisse beim Abzug nicht berücksichtigt, weil diese Aspekte bereits beim konkret erzielten Valideneinkommen eine Rolle spielten, welches daher auf Durchschnittswerte aufgewertet worden war. Die gleichen einkommensbeeinflussenden Faktoren vermögen nicht sowohl einen Parallelisierungs- als auch einen Leidensabzug zu begründen (BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.2).
4.3 Zusammenfassend bleibt es somit bei einem Invaliditätsgrad von 6 %, womit die Beschwerdeführerin keinen Anspruch auf eine Invalidenrente hat.
5. Schliesslich wird in der Beschwerde geltend gemacht, die Frage nach einer Integritätsentschädigung sei von PD Dr. med. A._ nicht korrekt geprüft worden, weil er diese mit "entfällt" beantwortet hatte. Die AXA sei daher ihrer Untersuchungspflicht nicht nachgekommen.
Die klinischen, bildgebenden und elektroneurographischen Untersuchungen der Beschwerdeführerin haben keine pathologischen Befunde ergeben. Sie konnte bei der Expertise alle Bewegungsarten seitengleich durchführen. Der Gutachter beschreibt eine grosse Diskrepanz zwischen somatischen Befunden und Schmerzerleben. Da keine objektivierbare dauernde und erhebliche Schädigung der köperlichen oder geistigen Integrität (<ref-law>) gefunden wurde, "entfällt" die Schätzung einer angemessenen Entschädigung. An der Ausdrucksweise des Experten ist nichts auszusetzen; ebensowenig an der vorinstanzlichen Feststellung, dass die Beschwerdeführerin keinen Anspruch auf eine Integritätsentschädigung hat.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Sie ersucht um Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung. Gemäss den von ihr eingereichten Belegen steht dem Ehepaar ein monatliches Einkommen von Fr. 3'800.- zur Verfügung. Dem steht der prozessuale Notbedarf von Fr. 3'063.40 (Grundbetrag Ehepaar Fr. 1550.-; Zuschlag von 25 % zum Grundbetrag Fr. 387.50.-; Mietzins Fr. 765.-; Krankenkassenprämien Fr. 360.90) gegenüber. Private Schuldzinsen sind nicht zu berücksichtigen (Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 17. März 2000, U 219/99, E. 3b). Aus dem Vergleich des Einkommens mit dem Notbedarf resultiert ein Überschuss von Fr. 736.60.-, womit eine Bedürftigkeit nicht ausgewiesen ist. Damit kann dem Gesuch um unentgeltliche Prozessführung nicht entsprochen werden.

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer