Bauhandwerkerpfandrecht, hat sich ergeben:
A.- Auf Begehren der Y._ AG wies der Einzelrichter im summarischen Verfahren des Bezirks Winterthur das Grundbuchamt Winterthur-Altstadt mit Verfügung vom 11. Februar 1997 vorsorglich an, auf dem Grundstück Kat.-Nr. xy des Vereins Z._ im Sinne von <ref-law> ein Bauhandwerkerpfandrecht für eine Forderung von Fr. 431'219. 75 nebst Zins zu 5 % seit dem 17. Dezember 1996 vorläufig im Grundbuch einzutragen. Am 5. März 1997 bestätigte der Einzelrichter diese Anordnung. Gleichzeitig setzte er der Y._ AG eine Frist von 30 Tagen ab Zustellung der Verfügung an, um die Klage auf Feststellung von Bestand und Umfang des Pfandrechts beim Friedensrichter einzuleiten, verbunden mit der zusätzlichen Verfügung, dass innerhalb einer weiteren Frist von 30 Tagen, vom Datum der Weisung an gerechnet, die Klage beim zuständigen Gericht anhängig zu machen wäre.
Die Y._ AG stellte am 8. April 1997 beim Friedensrichteramt Winterthur das Begehren um Durchführung des Sühnverfahrens. Streitig war damals noch ein Pfandrecht bzw. eine Forderung von Fr. 297'932. 35 nebst 5 % Zins seit dem 17. Dezember 1996. Eine Einigung kam nicht zustande, worauf der Friedensrichter am 20. Juni 1997 die Weisung ausstellte.
B.-Mit Eingabe vom 1. September 1997 reichte die Y._ AG beim Bezirksgericht Winterthur gegen den Verein Z._ Klage ein und verlangte, das Grundbuchamt sei anzuweisen, auf dem Grundstück Kat.-Nr. xy des Beklagten ein Bauhandwerkerpfandrecht für eine Pfandsumme von Fr. 297'932. 35 nebst 5 % Verzugszins seit 17. Dezember 1996 definitiv einzutragen, und der Beklagte sei zu verpflichten, ihr den genannten Betrag sowie aufgelaufene Verzugszinsen von Fr. 2'221. 45 zu zahlen. Im Verlaufe des Verfahrens trat die X._ AG die Rechtsnachfolge der Klägerin an.
Das Bezirksgericht Winterthur wies die Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts am 5. September 2000 ab und erteilte dem Grundbuchamt Winterthur-Altstadt die Weisung, die mit Verfügung vom 5. März 1997 angeordnete Vormerkung eines Bauhandwerkerpfandrechts im Grundbuch zu löschen.
Eine Berufung der Klägerin wies das Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich am 12. April 2001 ab.
C.- Mit eidgenössischer Berufung beantragt die Klägerin, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zur weiteren Behandlung und Entscheidung über die Anspruchsgrundlagen des eingeklagten Bauhandwerkerpfandrechts an die Vorinstanz zurückzuweisen. Hilfsweise stellt sie den Antrag, die Klage mangels materieller Bestreitung gutzuheissen.
Der Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.
Das Obergericht hat auf Gegenbemerkungen zur Berufung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) Ob die Frist zur Anrufung des Friedensrichters, die am 7. März 1997 ausgelöst worden sei und am 7. April 1997 geendet habe, mit der am 8. April 1997 beim Friedensrichteramt eingegangenen Klage gewahrt worden ist, hat das Obergericht offen gelassen. Es hält dafür, dass auf jeden Fall die vom Einzelrichter in der Verfügung vom 5. März 1997 für die Einreichung der Weisung beim Bezirksgericht angesetzte weitere Frist von 30 Tagen ungenutzt verstrichen sei:
Auch diese Frist beruhe auf <ref-law>. Es habe sich demnach um eine bundesrechtliche Verwirkungsfrist gehandelt, auf welche die Vorschriften des kantonalen Prozessrechts und damit die Bestimmungen über die kantonalen Gerichtsferien keinen Einfluss ausgeübt hätten. Da sodann Art. 34 OG nur für Verfahren vor Bundesgericht gelte, sei hier auch diese Bestimmung über den Stillstand von Fristen nicht zum Tragen gekommen. Die Weisung des Friedensrichters datiere vom 20. Juni 1997, so dass sie mit der Eingabe vom 1. September 1997 nicht rechtzeitig beim Bezirksgericht eingereicht worden sei.
b) Dem hält die Klägerin entgegen, vom Bundesrecht beherrscht gewesen sei einzig die (erste) Frist zur Klageanhebung beim Friedensrichter. Mit der bundesrechtlich definierten Klageanhebung sei der Zweck des Bundesrechts, die Wirkung der Vormerkung des Bauhandwerkerpfandrechts für die Dauer des weiteren Prozesses zu verlängern, erreicht worden.
Ein Eingriff des Bundesrechts in die kantonale Verfahrensautonomie sei daher weder notwendig noch gerechtfertigt.
Werde aber der weitere Verfahrensgang nach Anrufung des Friedensrichters ausschliesslich vom kantonalen Recht bestimmt, sei auch ein kantonaler Rechtsstillstand in Form der Gerichtsferien zu beachten. Aus dieser Sicht habe sie die Weisung rechtzeitig beim ordentlichen Richter eingereicht, so dass die kantonalen Instanzen auf die Klage hätten eintreten und sie materiell behandeln müssen.
2.- a) Gemäss <ref-law> hat der Richter die Wirkungen einer vorläufigen Eintragung im Grundbuch zeitlich sowie sachlich genau festzulegen und nötigenfalls zur gerichtlichen Geltendmachung der Ansprüche eine Frist anzusetzen.
Mit dieser Fristansetzung will verhindert werden, dass die durch den provisorischen Eintrag geschaffene Rechtsunsicherheit zu lange dauert. Es geht unter anderem auch um das Interesse des Beklagten, nur während einer bestimmten Zeitspanne mit der rechtlichen Geltendmachung des betreffenden Anspruchs rechnen zu müssen (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 309 unten). Der vorläufig Eingetragene soll dazu verhalten werden, die zur Erwirkung eines definitiven Eintrags notwendigen Schritte rasch zu unternehmen. Dieses Ziel ist erreicht, wenn der Fortbestand des bewilligten vorläufigen Eintrags an die Bedingung geknüpft wird, dass das Verfahren auf definitive Eintragung innerhalb einer bestimmten Frist angehoben werde (<ref-ruling> E. 4 S. 67; 66 II 105 E. 1 S. 108). Aus dieser Sicht genügt es, dass der vorläufig Eingetragene die Prozesshandlung vornimmt, die das Verfahren betreffend Definitiverklärung des Bauhandwerkerpfandrechts in Gang bringt. Dies geschieht durch die Klageanhebung.
b) Das Bundesgericht hat in einem Urteil, dem ebenfalls <ref-law> zugrunde gelegen hatte, ausgeführt, als Klageanhebung im Sinne des Bundesrechts gelte auch die Einleitung des Sühnverfahrens, vorausgesetzt, das kantonale Verfahrensrecht bestimme, dass der Sühnbeamte im Falle eines Scheiterns der Einigungsbemühungen die Streitsache von Amtes wegen an den zuständigen Richter weiterzuleiten habe, oder das Sühn- und das eigentliche Gerichtsverfahren seien in der Weise miteinander verbunden, dass der Kläger nach Abschluss des Sühnverfahrens die Sache innert einer bestimmten Verwirkungsfrist vor den Richter zu tragen habe. Wo das kantonale Recht eine solche Verknüpfung der beiden Verfahren vorsehe, würden sich die für die Weiterleitung geltende Frist wie auch die Form nach dem kantonalen Verfahrensrecht bestimmen (<ref-ruling> E. 2 S. 590; vgl. auch <ref-ruling> E. 4 S. 307). An dieser Rechtsprechung ist festzuhalten. Für den Kanton Zürich erklären Frank/Sträuli/Messmer (Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung,
3. Auflage, N. 3 zu § 101) übrigens ausdrücklich, eine Klagefrist sei gewahrt, wenn der Kläger innert Frist ein Begehren um Abhaltung einer Sühnverhandlung eingereicht habe, als Abschluss dieser Verhandlung eine Weisung ausgestellt worden sei und der Kläger alsdann innert drei Monaten die Klage beim Gericht eingereicht habe.
c) Am Gesagten vermögen die Einwendungen in der Berufungsantwort nichts zu ändern:
aa) Der Beklagte verweist unter anderem auf <ref-ruling> ff., wo das Bundesgericht die Bestimmung von <ref-law> betreffend Verlängerung einer Verwirkungsfrist auch für die Klage auf Prosequierung eines Bauhandwerkerpfandrechts als anwendbar erklärt habe; auch dort sei es um das an das Vermittlungsverfahren anschliessende Verfahren gegangen. Dies zeige, dass nach Auffassung des Bundesgerichts auch die Fristen, die die Anrufung des Gerichts nach durchgeführtem Sühnverfahren regeln würden, bundesrechtliche Verwirkungsfristen seien.
Im angerufenen Urteil war es darum gegangen, ob dem Kläger, dem, im Anschluss an das Sühnverfahren, bei der Anhängigmachung der Klage beim Richter ein prozessualer Fehler unterlaufen ist (er hatte unterlassen, den Leitschein beizulegen), in analoger Anwendung von <ref-law> eine Nachfrist anzusetzen sei. Das Bundesgericht hat die Frage bejaht mit dem Bemerken, es sei unerheblich, ob der Fehler im Vermittlungsverfahren oder bei der daran anschliessenden Anrufung des Gerichts unterlaufen sei; die Gewährung einer Nachfrist rechtfertige sich auch bei einer Zurückweisung der Klage im zweiten Fall, zumal prozessuale Fehler im Stadium der Streitanhebung, die in stärkerem Masse bestimmten Formvorschriften unterworfen sei, häufiger seien als im vorausgegangenen Vermittlungsverfahren (<ref-ruling> E. 7 S. 311). Die Rechtsnatur der Prosequierungsfrist hatte das Bundesgericht in jenem Entscheid nicht zu beurteilen.
Es verwies in diesem Zusammenhang immerhin auf <ref-ruling> ff., wonach der Begriff der Klageanhebung auch dann ein bundesrechtlicher sei, wenn das Bundesrecht es dem Richter anheim gebe, eine Klagefrist anzusetzen und zu bemessen, und wonach das kantonale Prozessrecht zu bestimmen habe, in welchen Fristen und Formen eine gemäss dem Bundesrecht angehobene Klage zu prosequieren sei. Diese Grundsätze würden durch <ref-law> ergänzt, allerdings nur in Fällen, wo der Kläger die bundesrechtliche Klagefrist wie auch die nach misslungener Vermittlung laufende prozessrechtliche Frist nicht einfach habe verstreichen lassen (<ref-ruling> E. 7 S. 312). Es ist also auch in dem vom Beklagten angerufenen Entscheid klar unterschieden worden zwischen der als bundesrechtlich qualifizierten Frist zur Klageanhebung und der nach gescheitertem Sühnversuch laufenden Prosequierungsfrist, die als prozessrechtliche bezeichnet wurde, womit nur gemeint sein konnte, dass diese vom kantonalen Verfahrensrecht beherrscht werde.
bb) Der vorliegende Sachverhalt lässt sich sodann nicht mit dem vom Beklagten unter Hinweis auf <ref-ruling> ff. angesprochenen Fall im Mietrecht vergleichen:
Wohl hat das Bundesgericht in jenem Urteil festgestellt, bei der Frist nach <ref-law> zur Anrufung des Richters im Anschluss an einen Entscheid der Schlichtungsbehörde in Mietsachen handle es sich um eine bundesrechtliche Klagefrist, die durch kantonale Regelungen über laufhemmende Gerichtsferien nicht erstreckt werde (<ref-ruling> E. 2a S. 69). Es ist indessen zu bedenken, dass - im Gegensatz zum vorliegend zu beurteilenden Fall - im Mietrecht das zweistufige Verfahren - vor der Schlichtungsbehörde und (gegebenenfalls) anschliessend vor dem ordentlichen Richter - im Bundesrecht selbst vorgesehen ist.
3.- Wird nach dem Gesagten die Frist zur Prosequierung der hier in Frage stehenden Klage vom kantonalen Verfahrensrecht beherrscht, gelangen folgerichtig auch dessen Bestimmungen über die Gerichtsferien zur Anwendung. Dem hat das Obergericht auf Grund seiner abweichenden Betrachtungsweise keine Rechnung getragen. Der angefochtene Entscheid ist daher aufzuheben, und die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird zunächst die von ihr letztlich offen gelassene Frage zu prüfen haben, ob der Friedensrichter fristgerecht angerufen worden sei. Sollte dies der Fall sein, hätte sie alsdann abzuklären, ob die Klage unter Berücksichtigung der von der Klägerin angerufenen kantonalrechtlichen Bestimmungen zum Stillstand von Fristen rechtzeitig prosequiert worden sei. Gegebenenfalls wird sie schliesslich die Klage an die Hand zu nehmen und weiter zu behandeln haben.
4.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist die Gerichtsgebühr dem Beklagten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).
Dieser ist ausserdem zu verpflichten, die Klägerin für ihre Umtriebe im bundesgerichtlichen Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich vom 12. April 2001 aufgehoben; die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 6'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
3.- Der Beklagte wird verpflichtet, die Klägerin für ihre Umtriebe im bundesgerichtlichen Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 10. Januar 2002
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: