Sachverhalt:
A. Die Ehe von Y._ und X._ wurde mit Urteil vom 12. Juli 2006 geschieden. In der Ehescheidungskonvention vom 26. April 2006 hatte sich Letzterer verpflichtet, für seine beiden Kinder S._ und T._ bis zum ordentlichen Abschluss der Erstausbildung je Fr. 600.-- (wenn beide Kinder unterhaltsberechtigt sind) und Fr. 750.-- (wenn nur noch ein Kind unterhaltsberechtigt ist) zu bezahlen. Die Alimente werden seit Jahren vom Sozialamt der Stadt A._ bevorschusst.
B. Nach fruchtloser Pfändung verlangte die Stadt A._ als Legalzessionarin gemäss Art. 289 Abs. 2 ZGB mit Gesuch vom 26. Oktober 2010, der jeweilige Arbeitgeber von X._ sei gestützt auf Art. 291 ZGB anzuweisen, vom Lohn die Unterhaltsbeiträge ab November 2010 direkt abzuliefern.
Das Regionalgericht Emmental Oberaargau ermittelte das aktuelle Einkommen und Existenzminimum des Schuldners und wies den jeweiligen Arbeitgeber, zur Zeit die Z._ AG, mit Entscheid vom 5. Januar 2011 an, ab sofort den Betrag von Fr. 770.-- an das Finanzamt der Stadt A._ zu überweisen.
Dagegen erhob X._ Berufung. Das Obergericht des Kantons Bern berechnete ebenfalls dessen durchschnittliches Nettoeinkommen (Fr. 3'618.--) sowie Existenzminimum (Fr. 2'864.--) und wies den jeweiligen Arbeitgeber, zur Zeit die Z._ AG, mit Entscheid vom 7. Juni 2011 an, vom Lohn des Schuldners den Betrag von Fr. 750.-- direkt an das Finanzamt der Stadt A._ zu überweisen.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 13. Juni 2011 beim Bundesgericht eine Beschwerde eingereicht. Am 27. Juni 2011 verlangte er die unentgeltliche Rechtspflege und die aufschiebende Wirkung. Mit Präsidialverfügung vom 13. Juli 2011 wurde diese erteilt. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Schuldneranweisung gemäss Art. 291 ZGB ist eine privilegierte Zwangsvollstreckungsmassnahme sui generis (<ref-ruling> E. 1 S. 491 f.), die in unmittelbarem Zusammenhang mit dem Zivilrecht steht, so dass die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich zulässig ist, wenn ein Streitwert von Fr. 30'000.-- erreicht ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG; Urteile 5D_150/2010 vom 13. Januar 2011 E. 1; 5A_882/2010 vom 16. März 2011 E. 1.1). Letzteres ist zufolge Kapitalisierung des Betrages, der vor Obergericht strittig blieb, der Fall (Art. 51 Abs. 4 BGG). Angefochten ist im Übrigen ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Damit ist die Beschwerde in Zivilsachen gegeben.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen ist ein reformatorisches Rechtsmittel (siehe Art. 107 Abs. 2 BGG), weshalb ein Antrag in der Sache notwendig ist. Bei Geldforderungen ist er überdies zu beziffern (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f.), jedenfalls soweit sich nicht aus der Beschwerdebegründung ohne weiteres ergibt, auf welchen Betrag der Beschwerdeführer eine Geldleistung festgesetzt wissen will (<ref-ruling> E. 1b S. 414); ein Begehren um "Festlegung des Geschuldeten" oder "angemessene Reduktion" wäre unstatthaft (<ref-ruling> E. 1 S. 392), was auch im Zusammenhang mit Unterhaltsforderungen gilt (vgl. BGE 79 II 253 E. 1 S. 255; Urteile 5A_256/2007 vom 20. Juli 2007 E. 1; 5A_669/2007 vom 4. August 2008 E. 1.2.1).
Vorliegend wird überhaupt kein Rechtsbegehren gestellt. Immerhin ergibt sich aus der Begründung der Beschwerde, dass der Beschwerdeführer einen Grundbetrag von Fr. 1'200.-- statt Fr. 850.-- angerechnet haben will, dass er von einem relevanten Einkommen von Fr. 3'472.-- statt Fr. 3'618.-- ausgeht und dass er für seinen Arbeitsweg von 39 km einen Ansatz von 60 Rp/km statt eine monatliche Pauschale von Fr. 310.-- berücksichtigt wissen möchte; zusammengerechnet würden diese drei Punkte den Betrag von Fr. 750.-- übersteigen und sinngemäss könnte daraus auf ein Begehren um vollumfängliche Aufhebung der Schuldneranweisung geschlossen werden. Ob und inwieweit die Annahme eines solchen sinngemässen Begehrens (unter Berücksichtigung der fehlenden anwaltlichen Vertretung) zulässig wäre, kann vorliegend offen gelassen werden, weil ohnehin die Beschwerde weitestgehend den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht zu genügend vermag und im Übrigen abzuweisen ist (vgl. E. 3-5).
3. Mit Bezug auf die an eine Beschwerde in Zivilsachen zu stellenden Begründungsanforderungen ist festzuhalten, dass für Rechtsverletzungen - welche das Bundesgericht vorliegend frei überprüfen kann (Art. 106 Abs. 1 BGG), weil die Schuldneranweisung gemäss Art. 291 ZGB im Unterschied zu derjenigen nach Art. 177 ZGB nicht eine vorsorgliche Massnahme, sondern ein materielles Endurteil ist (zur Publ. bestimmtes Urteil 5A_882/2010 vom 16. März 2011 E. 1.2) - eine gedrängte Darstellung, inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzt hat, genügt (Art. 42 Abs. 2 BGG).
Hingegen ist das Bundesgericht an die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Diesbezüglich kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte, namentlich des Willkürverbots, geltend gemacht werden, wobei hierfür das strenge Rügeprinzip zum Tragen kommt (Art. 97 Abs. 1 und Art. 106 Abs. 2 BGG. Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Lage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
4. Welche Kosten für den Arbeitsweg anfallen - das Obergericht hat die vom Beschwerdeführer ursprünglich selbst angegebenen Kosten eingesetzt -, ist eine Sachverhaltsfrage. Der Beschwerdeführer macht diesbezüglich aber keine Verfassungsverletzungen geltend; vielmehr beschränkt er sich auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, indem er andere Bemessungsgrundlagen wählt. Darauf ist nicht einzutreten.
Gleiches gilt für die - entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers leicht nachvollziehbare (nämlich Jahreslohn 2010 geteilt durch 12 zuzüglich die ab 2011 gewährte Erhöhung des Grundlohnes von Fr. 100.-- pro Monat, vgl. angefochtener Entscheid Rz. 27) - Berechnung des Durchschnittseinkommens durch das Obergericht. Auch hier geht es um eine Sachverhaltsfrage, in welcher Hinsicht der Beschwerdeführer ebenfalls keine Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend macht, sondern ausschliesslich appellatorische Kritik übt, indem er verschiedene eigene Berechnungen anstellt.
5. Was schliesslich den im Existenzminimum zu berücksichtigenden Grundbetrag anbelangt, ist zwischen Sachverhalts- und Rechtsfragen zu unterscheiden.
5.1 Eine Sachverhaltsfrage ist, ob zwischen dem Beschwerdeführer und W._ eine kostenmindernde Wohn- oder Lebensgemeinschaft besteht.
Das Obergericht hat dies bejaht und darauf hingewiesen, dass das Zusammenleben seit mehr als 5 Jahren und inzwischen an der zweiten Adresse bestehe, dass auch in der Scheidungskonvention festgehalten worden sei, er lebe in Wohngemeinschaft mit einer Partnerin, und dass zwischen ihnen finanzielle Verflechtungen bestünden.
Diesbezüglich macht der Beschwerdeführer wiederum nur appellatorische Ausführungen (er habe das Recht, so zu leben, wie er wolle; er erledige alle Angelegenheiten und Haushaltssachen selbst; man wirtschafte seit Jahren getrennt), ohne dass die Verletzung eines verfassungsmässigen Rechtes geltend gemacht würde, weshalb die vorgenannte Feststellung den nachfolgenden rechtlichen Erwägungen zugrunde zu legen ist (Art. 105 Abs. 1 BGG).
5.2 Eine Rechtsfrage ist, ob das Obergericht mit seiner Berechnungsweise vor dem Hintergrund der festgestellten Wohn- bzw. Lebensgemeinschaft gegen Bundesrecht verstossen hat.
Im Zusammenhang mit der Unterhaltsberechnung, die funktionell auch bei der Schuldneranweisung zum Tragen kommt, weil in jedem Fall das aktuelle Existenzminimum zu beachten ist, wenn das Gemeinwesen als Gläubiger auftritt, gilt es zu beachten, dass das Bundesrecht keine bestimmte Methode vorschreibt, nach welcher der Unterhalt festzulegen ist (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 414), und dem Sachgericht bei der Unterhaltsfestsetzung ein weites Ermessen zukommt (Art. 4 ZGB; <ref-ruling> E. 3a S. 141). Das heisst, dass das Sachgericht insbesondere bei der Gewichtung der relevanten Kriterien relativ weitreichende Freiheiten hat (Urteil 5A_589/2009 vom 24. November 2009 E. 2.3), sich aber gegebenenfalls zur angewandten Methode äussern und diese begründen muss (Urteile 5C.271/2005 vom 23. März 2006 E. 9.5; 5A_241/2008 vom 16. Juni 2008 E. 2).
Dies hat das Obergericht getan: Es hat auf das Kreisschreiben Nr. 18 der Zivilabteilung des Obergerichts in Verbindung mit dem Kreisschreiben B1 der Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen verwiesen und festgehalten, dass bei Wohn- und Lebensgemeinschaften der Grundbetrag für Ehegatten einzusetzen und dieser in der Regel (aber maximal) auf die Hälfte herabzusetzen oder der Wohn- oder Lebensgemeinschaft durch einen angemessenen Abzug zwischen Fr. 100.-- und Fr. 350.-- vom Grundbetrag für Einzelpersonen Rechnung zu tragen sei.
Vorliegend ist das Obergericht vom Grundbetrag für Alleinstehende von Fr. 1'200.-- ausgegangen und hat der Wohn- bzw. Lebensgemeinschaft durch einen Abzug von Fr. 350.-- Rechnung getragen. Inwiefern dies angesichts des vorgenannten weiten Ermessens der kantonalen Gerichte und der grossen Freiheiten bei der Methodenwahl nicht vor Bundesrecht standhalten soll, tut der Beschwerdeführer nicht dar. Er macht einzig geltend, bei der Berechnung der unentgeltlichen Rechtspflege und der pfändbaren Quote durch das Betreibungsamt seien stets andere Grundbeträge gewählt worden, nämlich Fr. 1'100.-- resp. Fr. 1'200.--. Das Obergericht hat erwähnt (Rz. 29 am Ende), dass für das Verfahren der unentgeltlichen Rechtspflege eine grosszügigere Regelung gilt, namentlich auch in beweisrechtlicher Hinsicht. Sodann bedeutet es keine Verletzung von Bundesrecht, wenn das Gericht nicht den gleichen Grundbetrag einsetzt hat, wie er offenbar vom Betreibungsamt bei einer früheren Lohnpfändung gewählt worden ist.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss sie als von Anfang an aussichtslos betrachtet werden, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (Art. 64 Abs. 1 BGG) und das entsprechende Gesuch abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Den Gemeinden wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem Wirkungskreis obsiegen (Art. 68 Abs. 3 BGG); ohnehin sind der Gemeinde im Zusammenhang mit ihrem Schreiben vom 4. Juli 2011 keine Kosten angefallen, da sie keinen Anwalt mandatiert hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. August 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli