Faits:
A. La bourgeoisie de Collombey-Muraz est propriétaire de la parcelle 2670 du cadastre municipal, sise au Rideau des Îles, en zone industrielle. D'entente avec la bourgeoisie qui s'était engagée à lui concéder un droit de superficie sur cette parcelle, B._ a sollicité, le 5 juin 2007, l'autorisation d'y construire des hangars et dépôts à bois ainsi qu'un accès depuis la route de Tabac-Rhône.
Ce projet a suscité l'opposition de A._, qui exploite une raffinerie sur une parcelle adjacente. Elle arguait de l'insuffisance du dossier notamment sur les questions liées au danger d'incendie, à l'émission de poussières et aux effets des extensions futures envisagées. Pour répondre à ces questions, B._ s'est exprimée, dans un rapport complémentaire du 13 octobre 2007, sur les deux activités auxquelles devait servir son projet: la transformation de bois naturel en plaquettes et en bois de feu d'une quantité annuelle de 6'000 stères, ainsi que la production de bois de récupération à concurrence de 800 tonnes par année. Elle niait un danger élevé d'incendie, détaillait les mesures d'intervention prévues en cas de départ de feu et évaluait le rayon de dispersion des poussières de bois à 100 m. A._ a maintenu ses craintes tirées de la proximité entre, d'une part, la torche et la turbine à gaz de la raffinerie et, d'autre part, la manutention d'importantes quantités de bois. Consulté par l'administration communale, le Service cantonal de la protection de l'environnement a souhaité que B._ élabore une notice d'impact sur l'environnement. Déposée le 1er février 2008, cette étude n'a pas levé les doutes de A._ qui a maintenu son opposition.
Par décision du 18 février 2008 notifiée aux parties le 28 juillet 2008, le Conseil communal a accordé à B._ l'autorisation de construire sollicitée et rejeté l'opposition de A._.
B. A._ a porté sa cause devant le Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après: le Conseil d'Etat), qui a rejeté son recours par décision du 18 février 2009.
Par arrêt du 10 juillet 2009, le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ contre la décision précitée. Il a considéré en substance que le projet se limitait aux plans approuvés par le Conseil municipal le 18 février 2008 et qu'il n'y avait pas lieu d'étendre l'objet du litige aux éventuelles extensions qui n'avaient pas été incluses dans la demande d'autorisation de construire; vu son ampleur, le projet n'était donc pas soumis à l'étude de l'impact sur l'environnement (ci-après: l'EIE). Par ailleurs, l'ordonnance fédérale du 27 février 1991 sur la protection contre les accidents majeurs (OPAM: RS 814.012) ne s'appliquait en principe pas aux installations de l'intimée. Comme le périmètre maximal de sécurité de l'entreprise de raffinage était de toute façon respecté (200 m), il n'était nullement rendu vraisemblable que l'exploitation du site de bois puisse présenter un risque d'incendie. Il apparaissait que A._ proposait un transfert de responsabilité du détenteur d'une entreprise selon l'OPAM, alors qu'il lui appartenait en réalité de présenter des mesures de sécurité de ses installations adaptées au caractère du voisinage. Il n'y avait au surplus pas eu de violation du droit d'être entendu.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 juillet 2009 et de rejeter la demande d'autorisation de construire du 5 juin 2007, le dossier étant retourné à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. Subsidiairement, elle conclut au renvoi du dossier à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue, d'un établissement inexact des faits ainsi que d'une mauvaise application du droit fédéral.

Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et conclut au rejet du recours. Le Conseil d'Etat renonce également à émettre des observations. L'intimée demande au Tribunal fédéral de rejeter le recours dans la mesure où il est recevable. Dans ses déterminations, l'Office fédéral de l'environnement considère que l'arrêt attaqué ne viole pas le droit fédéral sur la protection de l'environnement. La recourante a confirmé ses conclusions dans sa réplique du 15 janvier 2010.
Par ordonnance du 8 octobre 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.
Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de l'environnement ainsi que de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
L'arrêt attaqué confirme l'autorisation octroyée à l'intimée d'aménager un site de transformation et de valorisation du bois sur la parcelle 2670 du cadastre de Collombey-Muraz. La recourante, qui exploite une raffinerie sur la parcelle voisine, a pris part à la procédure devant le Tribunal cantonal et fait valoir que son risque industriel et commercial serait fortement aggravé par le projet litigieux; elle est ainsi particulièrement touchée par la décision entreprise et dispose de la qualité pour recourir en vertu de l'<ref-law> (cf. arrêt 1A.133/2006 du 4 octobre 2006 consid. 2).
Au surplus, le mémoire de recours ayant été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>), il y a lieu d'entrer en matière.
2. A titre de mesures d'instruction, la recourante requiert l'édition du dossier par le Tribunal cantonal. Sa requête est satisfaite, le Tribunal cantonal ayant déposé le dossier cantonal complet dans le délai que le Tribunal fédéral lui avait imparti à cette fin (cf. <ref-law>).
3. Dans un grief qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle fait valoir qu'elle n'a pas pu s'exprimer sur les préavis de l'Office cantonal du feu des 31 mars et 2 décembre 2008.
S'agissant du préavis du 31 mars 2008, le Tribunal cantonal a retenu qu'il ne ressortait pas des pièces produites que la recourante avait sollicité auprès du Conseil municipal de pouvoir consulter le dossier, dont elle devait s'attendre à ce qu'il comporte un préavis de l'Office cantonal du feu; elle ne pouvait donc utilement invoquer une violation d'un droit dont elle n'avait pas fait usage. La recourante ne partage pas ce point de vue. Cette question n'a toutefois pas besoin d'être examinée plus avant, puisque l'éventuelle violation du droit d'être entendu a été guérie durant la procédure de recours administratif au Conseil d'Etat: celui-ci a en effet un pouvoir d'examen aussi étendu que celui de l'instance précédente (cf. art. 47 de la loi valaisanne du 6 octobre 1976 sur la procédure et la juridiction administratives) et la recourante, ayant eu à ce moment-là connaissance de l'existence du préavis (cf. son mémoire de recours du 29 août 2008 au Conseil d'Etat, p. 7), a pu effectivement s'exprimer sur cette pièce (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 204; <ref-ruling> consid. 4b p. 120 s.).
Quant au préavis de l'Office cantonal du feu du 2 décembre 2008, il a été remis le lendemain pour information à la recourante, avec la mention que l'échange d'écritures était clos. Le Conseil d'Etat a rendu sa décision le 18 février 2009. Si la recourante souhaitait répliquer, il lui appartenait, selon le principe de la confiance, de réagir sans délai, faute de quoi le Conseil d'Etat pouvait partir de l'idée qu'elle renonçait à présenter des observations (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 99 s., 100 consid. 4.8 p. 105). Il n'y a dès lors pas eu de violation du droit d'être entendu. Quoi qu'il en soit, la recourante a eu largement l'occasion de s'exprimer sur ce préavis dans le cadre du recours devant le Tribunal cantonal ainsi que dans la présente procédure.
Mal fondé, le grief de violation du droit d'être entendu doit être rejeté.
4. La recourante estime que le Tribunal cantonal a établit les faits de manière inexacte.
4.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus par l'<ref-law>. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation de faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135). Selon la jurisprudence, l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits sont arbitraires (art. 9 Cst.; pour une définition de l'arbitraire cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153) lorsque l'autorité n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, si elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision ou lorsqu'elle tire des constatations insoutenables des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2a p. 41).
4.2 Selon la recourante, le Tribunal cantonal a retenu de façon inexacte que le Conseil communal avait obtenu les préavis techniques sur le dossier et la synthèse des Services cantonaux compétents, dont celui de l'Office cantonal du feu du 31 mars 2008. Elle considère en effet que le document du 31 mars 2008 ne répond pas à ce qu'un administré est en droit d'attendre de la part d'un service cantonal spécialisé et ne constitue pas un préavis technique complet et pertinent. Elle fait les mêmes critiques à l'égard de la confirmation du préavis du 2 décembre 2008, qui n'apporterait aucun élément technique supplémentaire. La recourante, qui remet en cause le contenu et la qualité de ces préavis, s'en prend en réalité à leur appréciation juridique. Il s'agit dès lors d'une question de droit qui sera examinée avec le fond.
La recourante estime également que le Tribunal cantonal a constaté les faits de façon incorrecte en retenant que le projet autorisé se limite strictement au plan approuvé par le Conseil communal; en effet, dans une annexe de la notice d'impact sur l'environnement, un plan désigne comme périmètre du projet l'intégralité de la surface de la parcelle 2670. Il ressort du dossier que la demande formulée par l'intimée le 7 février 2007 porte sur une surface de 14'560 m2 alors que la surface totale de la parcelle est de 135'071 m2. Dans son rapport complémentaire du 13 juillet 2007, l'intimée a précisé que l'extension future, sur le solde de la parcelle, ne concernait pas le type d'exploitation mentionné dans le projet. Les plans approuvés par le Conseil communal indiquent d'ailleurs que les constructions envisagées ne seront implantées que sur une fraction de la parcelle, sur une surface de 14'560 m2. Le Tribunal cantonal n'est donc pas tombé dans l'arbitraire en considérant que l'objet du litige était délimité tant par le projet déposé par l'intimée que par l'autorisation octroyée, lesquelles ne portent pas sur la surface totale de la parcelle mais uniquement sur une partie de celle-ci. Il importe peu à cet égard que l'intimée ait évoqué, à l'occasion, une "extension future" dont aucuns détails ne figurent au dossier, et qu'une pièce isolée désigne comme périmètre du projet l'ensemble de la parcelle 2670.
Enfin, la recourante relève que le Tribunal cantonal n'aurait pas constaté les faits de façon complète en omettant d'évoquer les conséquences d'une obstruction éventuelle des filtres de la turbine à gaz située à proximité de la construction envisagée et de constater les conséquences d'une accumulation de poussières de bois sur son site. En page 12 de son arrêt, le Tribunal cantonal a traité des questions relatives aux poussières émises par l'exploitation projetée. Les critiques de la recourante, qui relèvent de l'appréciation juridique des faits, constituent une question de droit qui sera examinée avec le fond.
Au vu de ce qui précède, il n'y a pas lieu de compléter ou corriger les faits retenus dans l'arrêt attaqué et le Tribunal fédéral est lié par ceux-ci conformément à l'<ref-law>. Le grief de la recourante doit être rejeté.
5. La recourante fait valoir une violation de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011). Elle part du principe que le projet mis à l'enquête "ne correspond visiblement pas à l'ensemble du développement industriel envisagé par l'intimée sur la parcelle". Les limites fixées par l'annexe 1 de l'OEIE seraient donc dépassées et une véritable étude d'impact devrait être rédigée (cf. <ref-law>).
En l'occurrence, le Tribunal cantonal a retenu, sans arbitraire, que le projet litigieux se limitait précisément aux plans approuvés par le Conseil communal (cf. consid. 4.2 ci-dessus). Dans ces conditions, il a constaté que les installations projetées, qu'elles soient apparentées à des installations de production d'énergie ou d'élimination des déchets, ne dépassaient pas les valeurs fixées dans l'annexe à l'OEIE (ch. 21 et 4 de l'annexe) et n'étaient ainsi pas soumises à une étude de l'impact sur l'environnement. La recourante ne remet pas en cause ce raisonnement. Elle se contente d'alléguer que les limites fixées à l'annexe 1 de l'OEIE seraient dépassées "si l'on devait prendre en compte l'ensemble du projet"; elle ne précise cependant pas à quoi correspond le projet auquel elle fait allusion ni quelles valeurs mentionnées dans l'annexe ne seraient pas respectées. On ne voit donc pas sur quelles bases les autorités cantonales auraient dû imposer à l'intimée d'établir une EIE dans le cadre de la présente procédure. Mal fondé, le recours doit être rejeté sur ce point.
6. La recourante se plaint ensuite d'une mauvaise application de l'OPAM. Elle allègue que le risque d'incendie, lié au fait que le site projeté de valorisation du bois sera situé à proximité immédiate de la raffinerie, n'a pas été correctement évalué. De même, les émissions de poussières n'auraient pas été suffisamment prises en compte, alors qu'elle avait indiqué que celles-ci pouvaient colmater les filtres et entraîner un arrêt de toutes les installations de la raffinerie. Malgré le fait que l'OPAM impose des obligations aux détenteurs des installations potentiellement dangereuses, la notice d'impact ne contenait aucune information sur les risques industriels situés dans le voisinage du site sur lequel l'intimée entendait s'implanter.
6.1 Le droit suisse de la protection de l'environnement est régi par le principe de la causalité, selon lequel celui qui est à l'origine d'une mesure protectrice nécessaire en supporte les frais (art. 74 al. 2 seconde phrase Cst. et art. 2 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement [LPE; RS 814.01]). Cette règle vaut aussi en matière de protection contre les catastrophes. Selon l'<ref-law>, quiconque entend exploiter des installations qui, en cas d'événements extraordinaires, peuvent causer de graves dommages à l'homme ou à l'environnement, doit prendre les mesures propres à assurer la protection de la population et de l'environnement. Il y a notamment lieu de choisir un emplacement adéquat, de respecter les distances de sécurité nécessaires, de prendre des mesures techniques de sécurité, d'assurer la surveillance de l'installation et l'organisation du système d'alerte. Fondé notamment sur l'<ref-law>, le Conseil fédéral a édicté l'OPAM. L'<ref-law> précise son champ d'application, limité aux entreprises et installations qui présentent par leurs caractéristiques des risques particuliers. Quant à l'obligation de fournir un rapport succinct (<ref-law>), elle s'impose au seul détenteur de l'installation. Celui-ci assume un devoir de sécurité générale qu'il lui appartient de respecter en tout temps en adaptant, si nécessaire, ses installations aux modifications qui interviennent dans les conditions d'exploitation ou de voisinage (cf. <ref-law>). L'<ref-law> ne constitue donc pas une base légale suffisante pour imposer des obligations aux voisins, fût-ce aux frais du détenteur de l'installation (arrêt 1A.83/2006 du 1er juin 2007 consid. 6.2; 1A.14/2005 du 8 août 2006 consid. 6 et 7; CHRISTOPH ERRASS, Katastrophenschutz, Materielle Vorgaben von Art. 10 Abs. 1 und 4 USG, thèse Fribourg 1998, p. 149 s.).
Le respect de distances ou périmètres de sécurité constitue un élément essentiel du régime de la protection contre les accidents majeurs (cf. art. 10 al. 1 2ème phrase LPE et annexe 2.1 let. a OPAM). Le maintien du risque à un niveau acceptable selon l'OPAM n'exige pas une inconstructibilité dans les périmètres de sécurité, voire la création d'un no man's land dans les périmètres d'influence de ces installations. En vertu du but de l'OPAM, le respect de ces périmètres implique que le risque représenté par une ou plusieurs installations dangereuses à l'intérieur de ces rayons soit maintenu à un niveau acceptable. Ce risque s'apprécie selon les circonstances concrètes. Le respect des périmètres de sécurité devrait s'imposer tant aux détenteurs des installations dangereuses, aux autorités d'exécution et de planification qu'aux propriétaires voisins (ISABELLE ROMY, Constructions et installations OPAM, commentaire des arrêts du Tribunal fédéral 1A.14/ 2005 et 1A.18/2005 du 8 août 2006 et 1A.83/2006 du 1er juin 2007, in DC 2007 p. 110 ss).
6.2 En l'espèce, B._ projette de construire puis d'exploiter un site de transformation et de valorisation du bois. Il ne s'agit manifestement pas d'une installation potentiellement dangereuse au sens de l'art. 1 al. 2, 3 et 5 OPAM. La recourante ne le prétend d'ailleurs pas. L'intimée, qui n'est pas soumise à l'OPAM, n'était donc pas tenue de dresser une liste des "risques industriels" dans sa notice d'impact, comme le soutient la recourante. Cette obligation appartient en effet au seul détenteur d'une installation dangereuse (<ref-law>) et non pas aux voisins de celle-ci.
Il n'est au demeurant pas contesté que le projet litigieux se situe à plus de 200 m des installations de la recourante. Celle-ci ne fait de toute façon pas valoir que le périmètre de sécurité ne serait pas respecté. Il lui appartient donc de prouver que, malgré la distance entre les deux entreprises et les précautions prises par B._, la nouvelle exploitation créerait un risque inacceptable et que des mesures particulières devraient être imposées à l'intimée, en vertu du principe de la proportionnalité. A défaut, il n'y a pas lieu de déroger au principe de la causalité (cf. consid. 6.1 ci-dessus).
6.3 La recourante évoque tout d'abord un risque d'incendie. A ce propos, elle critique les préavis de l'Office cantonal du feu des 31 mars et 2 décembre 2008, lesquels ne comprendraient aucune allusion au fait que le projet se trouve sur une parcelle voisine d'une raffinerie de pétrole. Or, comme les constructions projetées se situent au-delà du périmètre de sécurité de la recourante, l'Office cantonal du feu n'était pas tenu de prendre en compte les installations de cette dernière, à laquelle il incombe en effet de supporter les risques supplémentaires qui découleraient de son exploitation. Les préavis contestés examinent la situation relative au risque d'incendie telle qu'elle se présente sur le site de l'intimée et constatent que les diverses conditions imposées par la loi sont respectées, notamment quant aux distances par rapport aux limites. La recourante ne critique d'ailleurs pas les appré-ciations faites par l'Office cantonal du feu quant au projet de l'intimée, ses craintes relevant en réalité de sa propre situation dangereuse. Il n'y a dès lors pas lieu de remettre en cause ces préavis.
6.4 Tout au long de la procédure, la recourante a allégué qu'il existait un risque d'incendie en relation avec les poussières de bois et que ces émissions pouvaient également provoquer un blocage de ses installations. Dans son rapport complémentaire du 13 octobre 2007, l'intimée a indiqué que les phases de déchiquetage et de déplacement des matériaux dégageaient des poussières de bois. La proportion de poussières fines était limitée par le type de procédé de production utilisant des outils coupants et le rayon de dispersion des poussières était inférieur à 100 m. Dans un courrier du 8 janvier 2008, la société qui livre les broyeurs a expliqué qu'une recherche au niveau des poussières émises par les machines n'existait pas parce que celles-ci étaient insignifiantes. Par ailleurs, comme l'a souligné le Tribunal cantonal, il ressort de la notice d'impact sur l'environnement du 1er février 2008 que les poussières émises par l'exploitation seront largement inférieures à la valeur limite de 20 mg/m3 prévue par l'ordonnance du 16 décembre 1985 sur la protection de l'air (OPair, RS 814.318.142.1; annexe 1 ch. 41), ce qu'a confirmé le Service cantonal de la protection de l'environnement dans son évaluation. Ces émissions permettent de ce fait d'exclure tout risque d'allumage qui exige une concentration de 20-25 g/m3, puisque la concentration maximale de particules de bois à la base de la torche sera comprise entre 0.004 g/m3 et 0.009 g/m3 (étude complémentaire de l'intimée sur la dispersion des poussières, produite le 8 mai 2009). Selon les conclusions de cette étude, de telles poussières ne sauraient aboutir au haut de la torche qui se situe à 280 m du lieu d'émission et, en toute hypothèse, dans des concentrations qui excluent tout risque d'explosion tel que celui évoqué par la recourante. A cela s'ajoute que l'intimée a prévu que, pendant les périodes de sécheresse, lorsque la formation de poussière pourrait être plus importante, les bois déchiquetés seront humidifiés par aspersion d'eau. Par ailleurs, le déchiquetage ne sera pas effectué pendant les jours de fort vent afin de limiter la diffusion des poussières (notice d'impact ch. 8.1.3 p. 9). Dans ces conditions, il apparaît douteux que les poussières puissent également, comme le soutient la recourante, contribuer à colmater les filtres de prises d'air destinés à assurer le fonctionnement de la turbine à gaz et provoquer l'arrêt des machines. De toute façon, une telle conséquence ne se présume pas et la recourante n'a pas décrit avec un minimum de détails ses propres installations de filtrage, les limites d'absorptions de celles-ci et les mesures prises en cas de blocage du système. Le risque d'arrêt de la turbine, qui ne repose sur aucun indice concret, est ainsi exclusivement théorique.
On peut relever, avec le Tribunal cantonal, que la recourante ne discute aucune des données techniques précitées. Elle se contente de vagues affirmations générales, sans jamais remettre en question des chiffres, des analyses ou des calculs précis. Elle ne fait qu'alléguer les risques encourus sans donner le moindre indice concret qui rendrait vraisemblable un danger réel et accru d'incendie ou d'obstuction des filtres provoqués par les poussières. En particulier, elle n'a pas produit en procédure son rapport de risques, qu'elle a vraisemblablement dû déposer en tant qu'entreprise soumise à l'OPAM (<ref-law>), ni fourni d'autres précisions pour démontrer que la construction litigieuse entraînerait une augmentation du risque qu'elle avait déterminé dans ses prévisions pour la torche et la turbine de sa raffinerie. Dans ces circonstances, les autorités cantonales n'étaient pas tenues d'ordonner à une "entité étatique" ou à un "expert neutre" de certifier, "arguments à l'appui, que les inquiétudes de la recourante [étaient] infondées". Au demeurant, c'est en vain qu'elle se plaint que l'arrêt attaqué "repose exclusivement sur une simple notice d'impact sur l'environnement réalisée et signée par l'administrateur unique [de l'intimée]". En effet, comme le rapport relatif à l'impact sur l'environnement (cf. <ref-law>), la notice d'impact est en principe rédigée par l'auteur du projet. De plus, dans le cas particulier, cette notice a été approuvée par le Service cantonal de la protection de l'environnement, dans son préavis qui figure dans la synthèse du 28 mai 2008, et elle ne constitue pas la seule pièce du dossier, lequel comprend également un rapport complémentaire du 13 octobre 2007 et une étude sur la dispersion des poussières produite le 8 mai 2009.
Il résulte de ce qui précède que l'intimée a rendu plausible que son projet ne provoquera pas les nuisances alléguées par la recourante et a présenté toutes les informations nécessaires afin que celle-ci puisse satisfaire à ses obligations selon l'OPAM. La recourante, pour sa part, n'a jamais avancé d'éléments concrets propres à justifier ses craintes et s'est abstenue de présenter tout document relatif aux risques générés par son exploitation, aux différentes mesures envisagées et aux prévisions quant aux futures constructions sur les parcelles voisines. Quoi qu'il en soit, il lui appartiendra, le cas échéant, d'adapter les mesures de sécurité prises autour de ses installations. Il n'existe en effet pas de raison, dans le cas particulier, d'"inverser" le principe du perturbateur, comme elle le préconise, et de mettre des obligations à la charge de l'intimée.
7. Enfin la recourante se prévaut, pour la première fois devant le Tribunal fédéral, de la garantie de la propriété. Elle fait valoir que de nouvelles mesures de sécurité, voire des restrictions d'utilisation, pourraient lui être imposées, ce qui entraînerait une violation de la garantie de la propriété. Ce grief est manifestement infondé: la recourante n'a pas rendu vraisemblable qu'elle doive prendre des mesures de sécurité supplémentaires et coûteuses ni qu'elle serait contrainte de réduire son exploitation. Ses craintes sont donc purement hypothétiques et, en l'absence d'éléments concrets, on ne saurait considérer que l'éventuelle obligation de la recourante d'adapter ses installations (cf. <ref-law>) constitue en l'espèce une atteinte au droit de propriété.
8. Il s'ensuit que c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a confirmé l'autorisation de construire accordée à l'intimée. Ce faisant, il n'a pas constaté les faits pertinents de façon inexacte et a appliqué correctement la législation fédérale en matière d'environnement.
Partant, le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, doit payer les frais judiciaires (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LTF). Elle versera en outre une indemnité à titre de dépens à l'intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF). L'Etat du Valais et la municipalité de Collombey-Muraz n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'000 fr. est allouée à l'intimée à titre de dépens, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Commune de Collombey-Muraz, au Conseil d'Etat et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 8 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard