Sachverhalt:
A. A.a J._, geboren 1980, war im Restaurant W._ als Serviceangestellte tätig und bei der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft AG (nachfolgend: Mobiliar) obligatorisch unfallversichert. Am 5. Mai 2000 hatte sie sich bei einem Verkehrsunfall (Auffahrkollision) eine Zerrung der Halswirbelsäule (HWS) zugezogen. Die Mobiliar anerkannte ihre Leistungspflicht und sprach J._ mit Verfügung vom 22. November 2005 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 43% und eine Integritätsentschädigung basierend auf einer Integritätseinbusse von 20% zu.
A.b Im Rahmen eines von Amtes wegen im Jahr 2010 eingeleiteten Revisionsverfahrens teilte die Mobiliar der Versicherten mit, dass ein interdisziplinäres Gutachten zwecks Festlegung der weiteren Leistungspflicht zu erstellen sei. Sie schlug hiefür die Gutachterstelle X._ vor, verwies auf die Homepage, stellte den Fragenkatalog zu und setzte zur Stellungnahme im Rahmen der Gewährung des rechtlichen Gehörs eine Frist bis 6. August 2010 an. Die Versicherte lehnte am 19. August 2010 eine interdisziplinäre Begutachtung im Allgemeinen und eine Untersuchung durch die Gutachterstelle im Besonderen ab. Mit Schreiben vom 29. September 2010 hielt die Mobiliar an der beabsichtigten Durchführung der interdisziplinären Begutachtung in der genannten Institution fest, nahm zu den Einwänden der Versicherten Stellung und erteilte den Gutachtensauftrag. Gestützt auf das interdisziplinäre Gutachten vom 29. März 2011 stellte die Mobiliar mit Verfügung vom 8. April 2011 sämtliche Versicherungsleistungen auf den 30. April 2011 ein. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 12. September 2011 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 17. Oktober 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt J._ unter Aufhebung des angefochtenen Gerichtsentscheides die Ausrichtung der gesetzlichen Versicherungsleistungen über den 30. April 2011 hinaus beantragen.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Revision einer Invalidenrente der Unfallversicherung richtet sich nach <ref-law>. Gemäss dieser Norm wird die Invalidenrente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben, wenn sich der Invaliditätsgrad erheblich ändert (vgl. <ref-ruling>).
2.2 Eine revisionsrechtliche Rentenherabsetzung im Sinne von <ref-law> setzt eine anspruchserhebliche Änderung der tatsächlichen Verhältnisse voraus, welche entweder in einer objektiven Verbesserung des Gesundheitszustandes mit entsprechend gesteigerter Arbeitsfähigkeit oder in geänderten erwerblichen Auswirkungen einer im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitsbeeinträchtigung liegen kann. Demgegenüber stellt eine bloss abweichende Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhaltes keine revisionsrechtlich relevante Änderung dar (<ref-ruling> E. 2b S. 372 unten; SVR 2004 IV Nr. 5 S. 13, I 574/02 E. 2; Urteil 9C_603/2008 vom 4. Februar 2009 E. 2.2 mit weiteren Hinweisen).
2.3 Rechtsprechungsgemäss ist in Revisionsfällen zu beachten, dass sich eine medizinische Beurteilung, welche von einer früheren ärztlichen Einschätzung abweicht, hinreichend darüber auszusprechen hat, inwiefern eine effektive Veränderung des Gesundheitszustandes stattgefunden hat. Die Feststellung einer revisionsbegründenden Veränderung erfolgt durch eine Gegenüberstellung eines vergangenen und des aktuellen Zustandes. Der Beweiswert eines zwecks Rentenrevision erstellten Gutachtens hängt wesentlich davon ab, ob es sich ausreichend auf das Beweisthema - erhebliche Änderung(en) des Sachverhalts - bezieht (SVR 2012 IV Nr. 18 S. 81, 9C_418/2010 E. 4.2; Andreas Traub, Neues aus den sozialrechtlichen Abteilungen des Bundesgerichts, Zum Beweiswert medizinischer Gutachten im Zusammenhang mit der Rentenrevision, SZS 2012 S. 183 ff.).
Zu berücksichtigen ist des Weiteren, dass es im Fall einer ärztlicherseits prognostisch in Aussicht gestellten Verbesserung des Leidensbildes zwar weiterer Abklärungen zu deren Bestätigung bedarf. Indessen kann von einer wesentlichen Verbesserung des Gesundheitszustandes gegenüber der Situation im Zeitpunkt der Rentenzusprache, welche eine Aufhebung oder Herabsetzung der Rente rechtfertigt, ausgegangen werden, wenn ein beweistaugliches Gutachten mit unmissverständlich attestierter Arbeitsfähigkeit vorliegt (Urteil 8C_653/2008 vom 12. Januar 2009 E. 3.2 u. 5).
2.4 Identisch gebliebene Diagnosen schliessen eine revisionsrechtlich erhebliche Steigerung des tatsächlichen Leistungsvermögens (Arbeitsfähigkeit) - sei es aufgrund eines objektiv geminderten Schweregrades ein- und desselben Leidens, sei es aufgrund einer verbesserten Leidensanpassung der versicherten Person - nicht aus. Ob eine derartige tatsächliche Änderung oder ob eine revisionsrechtlich unbeachtliche abweichende ärztliche Einschätzung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitszustandes vorliegt, bedarf - auch mit Blick auf die mitunter einschneidenden Folgen für die versicherte Person - einer sorgfältigen Prüfung. Dabei gilt der Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit; die blosse Möglichkeit einer Verbesserung tatsächlicher Art genügt nicht (Urteil 8C_373/2012 vom 25. Oktober 2012 E. 5.1).
3. 3.1 Im angefochtenen Entscheid vom 17. Oktober 2012 ging das kantonale Gericht gestützt auf das interdisziplinäre Gutachten der Gutachterstelle X._ vom 29. März 2011 davon aus, dass die Versicherte an keinen Beschwerden mehr leide, welche ihre Arbeitsfähigkeit einschränkten und die auf den Unfall vom 5. Mai 2000 zurückzuführen seien.
3.2 Die Beschwerdeführerin bemängelt die vorinstanzliche Beweiswürdigung dahin gehend, dass kein Revisionsgrund vorliege, da sich ihr Gesundheitszustand seit der ursprünglichen Rentenzusprache bei gleicher Diagnosestellung nicht erheblich geändert habe. Sodann komme dem Gutachten der Gutachterstelle X._ kein grösserer Beweiswert zu als dem Parteigutachten des Instituts Y._ vom 3. Oktober 2011.
4. 4.1 Streitig und zu prüfen ist der Rentenanspruch der Beschwerdeführerin ab dem 30. April 2011. Insbesondere stellt sich die Frage, ob die Voraussetzungen für eine Revision gegeben sind.
4.2 Die ursprüngliche Rentenverfügung vom 22. November 2005 basierte in medizinischer Hinsicht auf dem rheumatologischen Privatgutachten des PD Dr. med. F._, Spezialarzt FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation, speziell Rheumaerkrankungen, vom 5. Juli 2005, wonach gestützt auf ein zervikovertebrales und zervikozephales Syndrom und ein Lumbovertebral-Syndrom die Arbeitsfähigkeit in der nach dem Unfall ausgeübten Tätigkeit als kaufmännische Angestellte zu 50% eingeschränkt sei, und dem neurologischen Gutachten des Prof. Dr. med. B._, Spital A._, Neurologische Klinik, vom 16. November 2004, in welchem ein chronisches Zervikalsyndrom, chronische Spannungskopfschmerzen, Schmerzmittelabusus und ein leichtes Lumbovertebralsyndrom diagnostiziert wurden und der Beschwerdeführerin in der angestammten Tätigkeit eine 50%ige Arbeitsfähigkeit attestiert, unter Empfehlung einer ergonomischen Arbeitsplatzgestaltung indessen eine Steigerung auf 80% in Aussicht gestellt wurde. Die Beschwerdegegnerin bemühte sich in der Folge um eine entsprechende Abklärung am Arbeitsplatz und beauftragte damit eine Case Management-Firma. Eine Zusammenarbeit kam indessen nicht zustande und die Beschwerdeführerin machte geltend, ihr 50%iges Arbeitspensum nicht steigern zu können.
4.3 Die Rentenaufhebung stützte sich auf das interdisziplinäre Gutachten der Gutachterstelle X._ vom 29. März 2011. Die Gutachter diagnostizierten subjektiv persistierende zervikobrachiale Schmerzen, ein lumbovertebrales Schmerzsyndrom, chronische Spannungskopfschmerzen, eine Panikstörung mit Agoraphobie und akzentuierte Persönlichkeitszüge. Unfallbedingt seien jedoch einzig die zervikobrachialen Schmerzen. Namentlich auch die zwischenzeitlich aufgetretenen psychischen Beschwerden seien unfallfremd und daher nicht zu berücksichtigen. Die Gutachter schilderten den Verlauf im Wesentlichen dahin gehend, dass zum Zeitpunkt der Rentenzusprache gemäss den medizinischen Unterlagen die Halswirbelsäule praktisch unbeweglich gewesen sei, während bei der jetzigen Untersuchung (am 25. Januar und 1. Februar 2011) ein unauffälliger Bewegungsablauf ohne Schmerzäusserungen gelingen würde, somit von einer unauffälligen Funktionalität auszugehen sei. Dies sei aufgrund der bildgebenden Untersuchungen, bei fehlenden strukturellen Veränderungen sowohl damals wie heute auch zu erwarten gewesen. Aufgrund der Laboruntersuchung würden nachweislich kaum mehr Schmerzmittel (Analgetika) eingenommen. Schliesslich bestünden aus neuropsychologischer Sicht überwiegend wahrscheinlich keine unfallbedingten kognitiven Beeinträchtigungen beziehungsweise keine Leistungsminderung mehr. Nach Auffassung der Gutachter war daher zwischenzeitlich von einer Verbesserung des Gesundheitszustandes auszugehen und sie attestierten der Beschwerdeführerin in der angestammten Tätigkeit eine 100%ige Arbeitsfähigkeit. Eine Verschlechterung war aus psychiatrischer Sicht ausgewiesen.
4.4 Im Privatgutachten des Instituts Y._ vom 3. Oktober 2011 hielt Prof. Dr. med. S._, Facharzt FMH für Neurologie, als unfallassoziierte Diagnose ein leichtes chronisches zervikozephales Syndrom fest, akzentuiert durch einen Analgetika-Überkonsum (drug-induced headache). Als unfallfremde Diagnosen nannte er ein lumbovertebrales Syndrom, eine leichte bis mittelgradige kognitive Funktionsstörung, eine Agoraphobie mit Panikstörung (ICD-10 F40.01), den schädlichen Gebrauch von Opioiden und Sedativa (ICD-10 F11.1 und F13.1), eine somatoforme autonome Funktionsstörung des unteren Verdauungssystems (ICD-10 F45.32) im Sinne eines Colon irritabile und eine mittelgradige depressive Episode (ICD-0 F32.10). Insbesondere die unfallfremden psychischen Beschwerden führten zu einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit. Unfallbedingt sei die Beschwerdeführerin zu 20% arbeitsunfähig, dies wegen des zervikozephalen Syndroms und der kognitiven Defizite.
4.6 Sowohl das interdisziplinäre Gutachten der Gutachterstelle X._ wie auch das Parteigutachten des Instituts Y._ zeichnen ein einheitliches Bild und erachten hauptsächlich die Beschwerden an der Halswirbelsäule als unfallbedingt, während die massive Verschlechterung des Gesundheitszustands auf ein unfallfremdes psychisches Leiden zurückführen ist. Bezüglich der unfallbedingten Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit divergieren die Gutachten zwar voneinander, wobei jedoch in beiden Gutachten eine erhebliche Verbesserung der Arbeitsfähigkeit angenommen wird. Selbst im Parteigutachten wird die unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit auf 20% beschränkt, während anlässlich der Rentenzusprache noch eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert wurde.
Im Gutachten der Gutachterstelle X._ wird eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit ganz ausgeschlossen. Dies wird eingehend und im Wesentlichen damit begründet, dass die chirurgisch-orthopädische/manualmedizinische Untersuchung einen weitestgehend unauffälligen Befund ohne Hinweise auf relevante Einschränkungen am Bewegungsapparat, insbesondere auch nicht im Bereich von Nacken und Schultergürtel, ergeben habe. Namentlich habe sich bei der fokussierten aktiven Beweglichkeitsprüfung der Halswirbelsäule zwar rotatorisch eine Einschränkung gezeigt, bei Ablenkung jedoch sei der Bewegungsablauf unauffällig und ohne Schmerzäusserungen gewesen. Dies habe auch dem Eindruck entsprochen, den die Versicherte während der Anamneseerhebung vermittelt habe, indem sie ausgeglichen gewirkt, den Kopf völlig normal bewegt und unauffällig mit den Armen gestikuliert habe. Auch sonst habe sich für den orthopädischen Untersucher kein Hinweis auf einen wesentlichen somatisch bedingten Leidensdruck ergeben. Gleiches beobachtete auch der neurologische Gutachter. Aufgrund der unauffälligen MR-Untersuchung liessen sich von Seiten des Bewegungsapparates zumindest seit dem Zeitpunkt der Untersuchungen durch die Gutachter keine Einschränkungen der Arbeits- und Leistungsfähigkeit mehr begründen. Dies wurde nach gutachtlicher Einschätzung zusätzlich noch dadurch bestätigt, dass die Beschwerdeführerin zumindest in jüngerer Zeit nachweislich keine Schmerzmittel mehr eingenommen habe, was das Ausmass der subjektiv erlebten Beschwerden stark relativiere, würden Patienten mit relevanten Schmerzen doch erfahrungsgemäss im Bedarfsfall die zur Verfügung stehenden Analgetika konsequent einsetzen oder den Verzicht mit Nichtwirksamkeit begründen. Hingegen hatten im Serumspiegel die nach Angaben der Versicherten täglich eingenommenen Benzodiazepine (im oberen therapeutischen Bereich) nachgewiesen werden können. Die regelmässige, ärztlich verschriebene Benzodiazepineinnahme sei auf eine chronifizierte Panikstörung mit ausgeprägtem Vermeidungsverhalten zurückzuführen, die seit der letzten Begutachtung und der ursprünglichen Rentenzusprechung neu hinzu gekommen sei und in der interdisziplinären Gesamtschau nun im Vordergrund der gesundheitlichen Beeinträchtigungen stehe. Aus neuropsychologischer Sicht seien im Vergleich zur Voruntersuchung klinisch keine kognitiven Beeinträchtigungen mehr objektivierbar, zumal die aktuellen Ergebnisse von Selbstlimitierungen und inkonsistenten Antworten geprägt und deshalb nicht verwertbar seien. Bei den Spannungskopfschmerzen handle es sich um eine funktionelle Störung, jedoch nicht um eine schwerwiegende gesundheitliche Beeinträchtigung, und sie liessen sich nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf den erlittenen Unfall zurückführen. Objektiv begründbare Beeinträchtigungen liessen sich somit an den Halte- und Bewegungsorganen und am zentralen und peripheren Nervensystem nicht feststellen. Es war daher nach Auffassung der Gutachter eine objektivierbare positive Veränderung des Gesamtzustandes eingetreten.
Prof. Dr. med. S._ erhob nach seiner neurologischen Untersuchung den Befund eines zervikovertebralen Syndroms, ohne sich indessen zu einer damit verbundenen Arbeitsunfähigkeit zu äussern. Es erfolgte des Weiteren eine neuropsychologische sowie eine psychiatrische Abklärung im Institut Y._. Bei der interdisziplinären Erörterung wurde eine leichte bis mittelgradige kognitive Funktionsstörung als unfallfremd aufgeführt. Dennoch wurde vorab wegen kognitiver Defizite und im Übrigen aufgrund eines leichten zervikozephalen Syndroms eine 20%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert. Darauf kann mit Blick auf die eingehenden und nachvollziehbaren Ausführungen der Gutachter der Gutachterstelle X._ nicht abgestellt werden.
4.5 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die vorinstanzliche Beweiswürdigung, welche sich in ihrer Argumentation gleichermassen wie die Beschwerdegegnerin auf das Gutachten der Gutachterstelle X._ abstützt, nicht zu beanstanden ist. Die Erkenntnisse der begutachtenden Fachärzte der Gutachterstelle X._ beruhen auf einer aktuellen polydisziplinären Untersuchung der Versicherten, es wird insbesondere auch ausführlich zu den Vorgutachten Stellung genommen und die damals erwartete Prognose bestätigt, und das kantonale Gericht hat gestützt auf ihr Gutachten nachvollziehbar und überzeugend dargelegt, dass seit der ursprünglichen Rentenzusprache am 22. November 2005 bis zum Zeitpunkt der Begutachtung eine rentenerhebliche Änderung der tatsächlichen Verhältnisse eingetreten ist, nachdem sich unfallbedingt keine objektiv begründbaren Beeinträchtigungen mehr feststellen lassen, und daher diesbezüglich von einer massgeblichen Verbesserung des Gesundheitszustandes mit erheblicher Steigerung des tatsächlichen Leistungsvermögens auszugehen ist. Demnach sind die Voraussetzungen gemäss <ref-law> für die revisionsweise Aufhebung der bisher von der Mobiliar ausgerichteten Invalidenrente gegeben.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Ausgangsgemäss sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo