Fatti:
A. Il 22 febbraio 2011 Giuliano Bignasca, quale primo firmatario, ha depositato presso la Cancelleria dello Stato del Cantone Ticino, insieme ad altri proponenti, una domanda di iniziativa popolare cantonale denominata "Sgravi fiscali: primo atto", chiedente tre modifiche della legge tributaria cantonale. Il 10 maggio 2011 la Cancelleria ha accertato la riuscita dell'iniziativa e l'ha trasmessa al Gran Consiglio. Nella seduta del 20 dicembre 2012 il Parlamento cantonale ha respinto l'iniziativa, intitolandola "3 modifiche della Legge tributaria cantonale". Il 21 dicembre 2012 il Governo cantonale ha pubblicato il decreto legislativo, risolvendo che, qualora l'iniziativa non fosse stata ritirata entro 8 giorni, la stessa sarebbe stata posta in votazione il 3 marzo 2013 (Foglio ufficiale n. 103-104/2012 del 28 dicembre 2012, pag. 10039-10041).
B. Preso atto che, come richiesto il 7 dicembre 2012 dal Dipartimento delle istituzioni, il comitato promotore dell'iniziativa non aveva ancora trasmesso il testo con gli argomenti favorevoli alla stessa da inserire nell'opuscolo informativo accompagnante il materiale di voto, con risoluzione n. 5 del 10 gennaio 2013 il Consiglio di Stato ha fissato a Giuliano Bignasca un termine scadente il giorno seguente per consegnarlo. Con risoluzione n. 6 del 10 gennaio 2013 il Governo cantonale, adito da Giuliano Bignasca, ha accertato che la denominazione corretta dell'iniziativa è "Sgravi fiscali: primo atto" e non l'intitolazione data dal Parlamento. Ha confermato inoltre la data della votazione al 3 marzo successivo. Con decreto del 10 gennaio 2013, pubblicato nel Foglio ufficiale n. 4/2013 dell'11 gennaio 2013 (pag. 169 segg.), il Consiglio di Stato ha convocato le assemblee dei Comuni del Cantone per la votazione, tra altre, sull'iniziativa denominata "Sgravi fiscali: primo atto".
Con risoluzione definitiva n. 9 dell'11 gennaio 2013 l'Esecutivo cantonale ha parzialmente accolto un reclamo di Giuliano Bignasca, posticipando a mezzogiorno del 14 gennaio 2013 il termine per produrre il testo richiesto da inserire nell'opuscolo informativo e ha riconfermato la data dell'iniziativa.
C. Contro quest'ultima risoluzione, della quale postula l'annullamento, chiedendo in via cautelare di sospendere la votazione del 3 marzo 2013 sull'iniziativa "Sgravi fiscali: primo atto", Giuliano Bignasca, intestando il ricorso a sé personalmente ma firmandolo anche a nome del comitato d'iniziativa, è insorto al Tribunale cantonale amministrativo, che con giudizio del 17 gennaio 2013 ha dichiarato il gravame irricevibile per difetto di competenza. La Corte cantonale l'ha quindi trasmesso al Tribunale federale (<ref-law>).
D. Il Tribunale federale non ha chiesto osservazioni al ricorso.
Con decreto presidenziale del 25 gennaio 2013 la domanda cautelare tendente al rinvio della votazione popolare è stata respinta.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (<ref-law>) e se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Il ricorrente, ricordato che il Consiglio di Stato ha precisato che, riservata l'applicazione degli art. 82 e 88 LTF, la criticata decisione è definitiva, accennando alla sentenza 1C_91/2009 consid. 1.5.1 rileva che le decisioni su ricorso dovrebbero essere prese da un tribunale superiore cantonale. Come si vedrà, nella fattispecie l'assunto non regge.
1.3 Nell'invocata sentenza del 10 novembre 2009 (apparsa in RtiD I-2010 n. 3 pag. 27 e segg.), il Tribunale federale ha ricordato che i ricorsi concernenti le votazioni popolari sono ammissibili contro gli atti delle autorità cantonali di ultima istanza (<ref-law>). I Cantoni prevedono un rimedio giuridico contro gli atti delle autorità che possono violare i diritti politici dei cittadini in materia cantonale (art. 88 cpv. 2 primo periodo LTF). A tale scopo dev'essere istituita un'autorità giudiziaria (<ref-ruling> consid. 2 inedito). Quest'obbligo non si estende tuttavia agli atti del Parlamento e del Governo (art. 88 cpv. 2 secondo periodo LTF; GEROLD STEINMANN, in Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2a ed., 2011, n. 12 e 13 ad art. 88).
1.4 Il ricorrente parrebbe disattendere che nella nozione di atti del Parlamento o del Governo, ai sensi dell'art. 88 cpv. 2 secondo periodo LTF, rientrano non solo decisioni e atti normativi ma pure i cosiddetti atti materiali in relazione a elezioni e votazioni (REGINA KIENER, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in Neue Bundesrechtspflege, Tschannen (ed.) 2007, pag. 250 in alto), segnatamente le informazioni e i messaggi esplicativi ufficiali (<ref-ruling>; sentenza 1C_82/2009 del 29 giugno 2009 consid. 2.2.2), come pure la fissazione della data di una votazione (<ref-ruling> consid. 1.1 inedito; sentenza 1C_185/2007 del 6 novembre 2007, in ZBl 110/2009 pag. 169; STEINMANN, loc. cit., n. 13 ad art. 88). In concreto il ricorso verte in sostanza sulla riconferma della data della votazione e sul testo da inserire nell'opuscolo informativo e, pertanto, su atti preparatori materiali in relazione alla votazione.
Sempre nella sentenza richiamata dal ricorrente, era stato sottolineato che, allo scopo di adeguare il sistema giudiziario amministrativo ticinese agli art. 29a e 191b Cost. e 86 cpv. 2 LTF, il Gran Consiglio ha emanato il 2 dicembre 2008 la legge sulla revisione della giurisdizione amministrativa. Essa elenca, con il sistema enumerativo, i rimedi di diritto a livello cantonale previsti per le diverse leggi. Nel messaggio n. 5994 del 13 novembre 2007 relativo alla testé citata legge, richiamato nell'impugnata decisione di inammissibilità pronunciata dalla Corte cantonale, si ricorda poi che l'<ref-law> esonera i Cantoni dall'obbligo di prevedere un rimedio giuridico a un'autorità giudiziaria contro gli atti del Parlamento e del Governo in materia di diritti politici. È rilevato che si tratta essenzialmente delle decisioni governative o parlamentari concernenti, come nella fattispecie, gli atti preparatori e i risultati delle votazioni o elezioni. Esprimendosi sulla legge ticinese sull'esercizio dei diritti politici del 7 ottobre 1998 (LEDP), si indica che, contrariamente alle decisioni emanate da un'autorità comunale contro le quali seguendo le indicazioni del Tribunale federale è stato istituito il ricorso al Tribunale cantonale amministrativo (<ref-ruling> consid. 1.2 e 1.2.1; sentenza 1P.338/2006 del 12 febbraio 2007 consid. 3.10), mantenendo la situazione previgente e facendo capo all'eccezione dell'<ref-law>, in Ticino le decisioni granconsiliari e governative rimangono definitive. Questa proposta di non prevedere un rimedio giuridico per gli atti del Parlamento e del Governo, come ammesso dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 inedito; sentenze 1C_385/2012 del 17 dicembre 2012 consid. 1.2 e 1C_418/2011 del 25 aprile 2012 consid. 1.2), è stata seguita dal legislatore cantonale.
1.5 In concreto, la vertenza concerne la riconferma di atti preparatori di una votazione cantonale che, contrariamente all'assunto ricorsuale, possono essere impugnati direttamente dinanzi al Tribunale federale. In effetti, il legislatore ticinese, in relazione all'entrata in vigore della LTF, ha deliberatamente escluso d'introdurre un rimedio giuridico cantonale contro atti del Parlamento e del Governo. L'art. 163 LEDP istituisce il ricorso al Tribunale cantonale amministrativo soltanto contro atti del Municipio o del Sindaco nella procedura preparatoria delle votazioni (cpv. 1); contro ogni atto del Consiglio di Stato nella procedura preparatoria delle votazioni può per contro solo essere interposto reclamo al Consiglio di Stato (cpv. 2). Il Consiglio di Stato decide i ricorsi in modo definitivo, salva diversa disposizione di legge (art. 166a LEDP). Come anche nei Cantoni Berna, Zugo e Neuchâtel, nel Cantone Ticino non è previsto un ricorso alla Corte cantonale, per cui di massima è dato direttamente il ricorso al Tribunale federale ai sensi dell'art. 82 lett. c LTF (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 176; <ref-ruling> consid. 1.1 e 1.2 inediti; <ref-ruling> consid. 2 inedito). Ne segue che in concreto l'impugnata decisione governativa n. 9 costituisce un atto dell'autorità cantonale di ultima istanza ai sensi dell'art. 88 cpv. 1 lett. a e dell'<ref-law>, che dev'essere esaminato dal Tribunale federale. Del resto, la modifica della denominazione dell'iniziativa non è stata adottata nell'ambito di una decisione soggetta a ricorso, trattandosi di un semplice accertamento del Consiglio di Stato dell'errata intestazione (vedi risoluzione n. 6 del 10 gennaio 2013) e anche la data della votazione, già preannunciata al primo firmatario dell'iniziativa con scritto del 7 dicembre 2012 dal Dipartimento delle istituzioni, è stata semplicemente confermata in seguito.
2. 2.1 Con il ricorso secondo l'art. 82 lett. c LTF si può far valere la violazione dei diritti politici. In concreto sono contestati atti preparatori della votazione cantonale prevista per il 3 marzo 2013. Secondo l'<ref-law>, il Tribunale federale giudica nella composizione di cinque giudici i ricorsi contro decisioni cantonali sull'ammissibilità di un'iniziativa.
2.2 La legittimazione del ricorrente è pacifica (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3), come pure la tempestività del gravame (<ref-law>). In effetti, la giurisprudenza esige che le decisioni anteriori al voto o gli atti preparatori, che secondo il ricorrente potrebbero falsare l'esercizio della volontà popolare, debbano essere impugnati immediatamente, senza attendere l'esito dello scrutinio (<ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 1d, 415 consid. 2a; sentenza 1C_385/2012 del 17 dicembre 2012 consid. 1.3).
2.3 Conformemente all'art. 95 lett. a, c, e d LTF, nel ricorso per violazione di diritti politici si può far valere la violazione del diritto federale, dei diritti costituzionali cantonali come pure delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari. Il Tribunale federale esamina liberamente queste censure (<ref-ruling> consid. 1.5 e rinvii).
2.4 Le esigenze di motivazione previste per i ricorsi al Tribunale federale valgono anche per i gravami secondo l'art. 82 lett. c LTF. Giusta l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, occorre quindi spiegare perché l'atto impugnato viola il diritto (cfr. art. 95 segg. LTF). Questa Corte non è pertanto tenuta a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 4.1). Inoltre, quando è invocata la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale secondo l'<ref-law>, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2.4 e 2.5).
3. 3.1 Il ricorrente accenna al fatto che il Gran Consiglio avrebbe formalmente deliberato non sull'iniziativa "Sgravi fiscali: primo atto", bensì su una "misteriosa" iniziativa "3 modifiche della legge tributaria". La censura, speciosa, manifestamente non regge.
3.2 In effetti, già con decisione n. 6 del 10 gennaio 2013 il Consiglio di Stato, interpellato dal ricorrente che contestava il cambiamento del titolo dell'iniziativa operato dal Gran Consiglio, ha accertato che la denominazione corretta della stessa è "Sgravi fiscali: primo atto" e non "3 modifiche della legge tributaria". Decisiva, sotto il profilo dei diritti politici, è inoltre la circostanza che il decreto di convocazione delle assemblee dei Comuni per la votazione cantonale del 3 marzo 2013, pubblicato nel Foglio ufficiale n. 4/2013 dell'11 gennaio 2013 (pag. 169), riguarda l'iniziativa popolare "Sgravi fiscali: primo atto", come rettamente indicato anche nel decreto di convocazione delle assemblee dei Comuni e, in seguito, nell'opuscolo informativo inviato agli aventi diritto di voto, trasmesso al Tribunale federale dal Governo cantonale con la risposta alla domanda cautelare (pag. 1 e pag. 16 e segg., rilevato che solo a pag. 22, verosimilmente in seguito a un'incresciosa svista, nello stesso è stato erroneamente indicato l'altro titolo). L'iniziale modifica del titolo dell'iniziativa, rettamente criticata dal ricorrente, non ha pertanto avuto, ciò che è decisivo, alcun influsso sulla libera formazione della volontà degli iscritti nel catalogo elettorale. Il ricorrente non ha quindi più alcun interesse pratico e attuale a criticare l'iniziale modifica del titolo dell'iniziativa (<ref-ruling> consid. 1.7; <ref-ruling> consid. 1.3.1; sulla possibilità di chiedere l'annullamento del decreto di convocazione degli elettori vedi <ref-ruling> consid. 2.1 e 5 in fine). Del resto, anche nella campagna sulla votazione in esame il titolo dell'iniziativa è correttamente indicato, per cui per i votanti non vi è alcuna possibilità di confusione al riguardo.
3.3 Il ricorrente rileva, peraltro con un semplice accenno che disattende le citate esigenze di motivazione (<ref-law>) ed è quindi inammissibile, a una violazione del diritto di essere sentito e di replica (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 2 inedito), perché il Consiglio di Stato prima di adottare la criticata risoluzione n. 9 ha sentito oralmente i responsabili dell'Ufficio elezioni e votazioni del Dipartimento delle istituzioni, senza permettergli di prendervi parte. Al suo dire, l'indagine sommaria dell'art. 163 LEDP non giustificherebbe la "disattivazione" di ogni garanzia procedurale. Ora, in concreto, il Governo cantonale non ha invitato a esprimersi una controparte alla procedura, ma ha semplicemente consultato uno dei suoi servizi, per cui l'asserita lesione sarebbe perlomeno dubbia (sul diritto di consultare cosiddetti atti interni all'amministrazione cfr. <ref-ruling> consid. 3.4 pag. 495; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6a ed. 2010, n. 1691a pag. 388).
4. 4.1 Il ricorrente critica la data fissata al 3 marzo 2013 per la votazione popolare sull'iniziativa, adducendo, in maniera del tutto generica e in gran parte anch'essa lesiva delle esigenze di motivazione di cui all'<ref-law>, che non vi sarebbe nessuna urgenza di sottoporla al voto popolare già in quella data. Al suo dire, gli iniziativisti dovrebbero infatti poter disporre del tempo necessario per preparare le loro argomentazioni e la campagna sulla votazione, ciò che sarebbe impossibile tenuto conto delle ferie natalizie e, in febbraio, di quelle di carnevale. Aggiunge poi che in ogni caso il termine dell'art. 46 Cost./TI non sarebbe adempiuto.
4.2 Il Consiglio di Stato ha stabilito la criticata data fondandosi sull'art. 46 Cost./TI, secondo il quale le votazioni in materia di iniziativa devono aver luogo entro sessanta giorni dalla pubblicazione nel Foglio ufficiale del risultato della domanda, rispettivamente dalla conclusione delle deliberazioni del Gran Consiglio (cpv. 1; l'art. 137 cpv. 1 LEDP dispone che la votazione sulla domanda di iniziativa legislativa deve avvenire entro sessanta giorni dalla pubblicazione del risultato delle deliberazioni del Gran Consiglio). Ha precisato che detto termine scade, con riferimento alla pubblicazione sul Foglio ufficiale, il 26 febbraio 2013, rispettivamente il 18 febbraio se riferito alla votazione negativa del Gran Consiglio del 20 dicembre 2012. Ha poi ricordato che in ogni caso la votazione popolare deve aver luogo al più tardi entro due anni dalla pubblicazione nel Foglio ufficiale del risultato della domanda di iniziativa (art. 46 cpv. 2 Cost./TI), avvenuta in concreto nel n. 38 del 13 maggio 2011.
4.3 La generica critica del ricorrente non può essere seguita. Il Tribunale federale ha già avuto occasione di esprimersi sulla portata dell'art. 46 Cost./TI proprio nell'ambito di due ricorsi sottopostigli, tra altri, dal ricorrente Giuliano Bignasca (ai quali egli tuttavia non accenna), ritenendo che il termine di sessanta giorni riveste un carattere ordinatorio e non imperativo. In una prima sentenza del 23 novembre 1998 (causa 1P.375/1998 consid. 4, in RDAT I-1999 n. 1), inerente al termine per trattare un'iniziativa previsto dalla previgente legge sull'iniziativa popolare, sul referendum e sulla revoca del Consiglio di Stato del 22 febbraio 1954, era stato deciso che il mancato rispetto del termine d'ordine di un anno poteva essere sanzionato nei limiti del diniego di giustizia e del principio garantito dal diritto federale secondo il quale un'iniziativa popolare dev'essere sottoposta al popolo il più presto possibile. Anche nella causa 1P.145/2005 del 17 marzo 2005 (consid. 2, in RtiD II-2005 n. 1 con riferimenti anche alla dottrina), il Tribunale federale ha stabilito che il termine per la votazione popolare in caso di iniziativa, previsto dall'art. 46 Cost./TI, non ha carattere perentorio, ma che esso non è tuttavia sprovvisto di qualsiasi efficacia, poiché ha nondimeno una certa valenza politica. Qualora non fosse rispettato in maniera abusiva, l'autorità potrebbe infatti esporsi al rimprovero di commettere un diniego di giustizia formale. Ora, nelle due cause appena citate gli allora ricorrenti criticavano il fatto che le autorità cantonali non avevano rispettato i citati termini, adducendo, all'epoca, che l'art. 46 Cost./TI presenterebbe una valenza imperativa e che il mancato rispetto del termine di sessanta giorni non era tollerabile.
4.3.1 Mal si comprende quindi, e il ricorrente non lo spiega se non con i generici citati accenni, perché in concreto il termine di sessanta giorni, leggermente superato, dovrebbe essere disatteso in maniera ulteriore rinviando lo scrutinio popolare per altri mesi, con il rischio di incorrere in un diniego di giustizia. Questo a maggior ragione poiché il rispetto dei diritti politici impone all'autorità cantonale di sottoporre un'iniziativa popolare il più presto possibile al voto, ricordato che il diritto federale, segnatamente l'<ref-law>, vieta all'autorità competente, come pretende il ricorrente, di differirlo per una durata eccessivamente lunga: la votazione deve intervenire infatti entro un termine adeguato, che salvaguardi l'attualità dell'iniziativa al momento in cui il popolo è chiamato a esprimersi (<ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 5b pag. 56; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2c), ciò che rappresenta anche una maggiore garanzia per i proponenti (rapporto del 9 giugno 1997 concernente il progetto di revisione totale della Costituzione ticinese, edizione speciale RDAT 1997, pag. 47 all'art. 44).
4.3.2 Per di più, nella fattispecie, la criticata data del 3 marzo 2013 poggia chiaramente su motivi obiettivi, ragionevoli e comprensibili, ossia la concomitanza con una votazione federale, come espressamente indicato nella decisione governativa n. 6 del 10 gennaio 2013. La contestata data tiene quindi conto del principio di coordinamento con altre votazioni previsto dall'art. 18 cpv. 4 LEDP (sentenza 1P.145/2005, citata, consid. 3.3). La data scelta dal Consiglio di Stato, facilmente presumibile dal chiaro testo dell'art. 46 Cost./TI, noto al ricorrente, e per di più a lui preannunciata con scritto del 7 dicembre 2012 dal Dipartimento delle istituzioni che lo invitava a produrre il testo per l'opuscolo informativo, non presta il fianco a critiche. Giova ricordare che già dal momento del lancio e della raccolta delle firme i promotori sono a conoscenza dei motivi posti alla base della loro iniziativa e pertanto degli argomenti da addurre nell'ambito della campagna della votazione popolare, ragioni che possono senz'altro essere riprese e approfondite nei mesi precedenti la votazione.
Certo, come risulta dalle due cause ticinesi citate, i termini per la trattazione e la votazione di iniziative generiche o elaborate non sono sempre rispettati. Il ricorrente non fa tuttavia valere che le autorità cantonali avrebbero disatteso i citati termini o che si sarebbe in presenza di una disparità di trattamento, peraltro non ravvisabile in concreto (sul rispetto o meno di detti termini vedi il riepilogo di GUIDO CORTI, I termini per la trattazione delle iniziative popolari e per l'organizzazione degli scrutini, in: RtiD II-2011 pag. 415 e segg., pag. 424 segg., e sul termine di sessanta giorni, pag. 430 seg.).
5. 5.1 Il ricorrente sostiene infine che il Governo cantonale non avrebbe lasciato ai promotori il tempo sufficiente per produrre il testo contenente le argomentazioni a favore dell'iniziativa.
5.2 La censura è priva di ogni fondamento. In effetti, dalla criticata decisione governativa n. 9 dell'11 gennaio 2013 risulta che già in data 7 dicembre 2012, quindi prima ancora della decisione 20 dicembre 2012 del Gran Consiglio, il Dipartimento delle istituzioni aveva fissato un primo termine, scadente per esigenze di stampa e organizzative il 19 dicembre 2012, per produrre due pagine spieganti i motivi per votare a favore dell'iniziativa. Questo termine è scaduto inutilizzato. Il Governo, con risoluzione n. 5 del 10 gennaio 2013, ha nondimeno concesso ai promotori un termine fino al giorno seguente e, con l'impugnata risoluzione n. 9 dell'11 gennaio seguente, un ultimo termine di grazia scadente a mezzogiorno del 14 gennaio 2013.
5.3 L'opuscolo informativo, che viene distribuito con il materiale di voto, deve contenere un'informazione succinta, tra cui le argomentazioni del comitato che sostiene l'iniziativa (art. 42a, 42b e 42d del regolamento del 18 novembre 1998 di applicazione della Legge sull'esercizio dei diritti politici, RALEDP; cfr. <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 82; <ref-ruling> consid. 3.2). Il testo di base dev'essere preparato dal Dipartimento competente entro cinque giorni dalla conclusione delle deliberazioni del Gran Consiglio: il Dipartimento delle istituzioni assegna ai comitati che hanno promosso l'iniziativa popolare un termine di tre giorni per presentare i loro argomenti nella forma e nelle dimensioni precisate (art. 42d cpv. 1 e 2 RALEDP). Ora, nelle descritte circostanze, mal si comprende perché il termine di tre giorni, espressamente previsto dalla normativa cantonale per presentare gli argomenti a favore dell'iniziativa, sarebbe stato disatteso. Il ricorrente neppure tenta di spiegarlo.
6. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1 e 4.2).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, al Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.