Sachverhalt:
A. Y._ bewirtschaftete im Sommer 2004 drei Hanffelder. Am 29. September 2004 gegen 01.30 Uhr rief er X._ an und informierte ihn, dass sich im Hanffeld Brünisried fünf bis sechs Personen aufhielten. Zusammen mit Z._ fuhren sie in Richtung Brünisried. Y._ hatte sein Repetiergewehr mit Gummigeschossen, Z._ seine Pistole und X._ seinen Revolver bei sich. Unterwegs holten sie den Hanffeldbewacher A._ ab. Danach waren sie in zwei Fahrzeugen unterwegs, wobei Y._ das eine und X._ das andere lenkte. Gegen 04.00 Uhr fuhren B._ und C._ in einem Chevrolet von Brünisried in Richtung der beiden Fahrzeuge von X._ und Y._. Y._ stellte sein Fahrzeug auf die Wiese, während X._ mit seinem Fahrzeug auf der Strasse wartete. Als der Chevrolet an Y._ vorbeifuhr, fuhr dieser von hinten an den Chevrolet heran. Zusammen mit Z._ begab er sich auf die Fahrerseite, während sich X._ und A._ auf die Beifahrerseite begaben. B._ und C._ stiegen beide aus. In der Folge kam es zu tätlichen Auseinandersetzungen zwischen Y._ / Z._ und B._ einerseits sowie X._ / A._ und C._ andererseits.
B. Das Bezirksstrafgericht Sense verurteilte Y._ am 6. Juli 2007 zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 8 Monaten sowie zu einer Busse von Fr. 3'000.-- wegen einfacher Körperverletzung, Nötigung und Vergehens gegen das Waffengesetz. Die von Y._ dagegen erhobene Berufung hiess das Kantonsgericht Freiburg, Strafappellationshof, mit Urteil vom 22. Juli 2008 teilweise gut. Es sprach Y._ wegen qualifizierter einfacher Körperverletzung und Vergehens gegen das Waffengesetz, begangen in einem Notwehrexzess, schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 100.-- sowie zu einer Busse von Fr. 2'000.--. Im Übrigen sprach es ihn frei.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg, das Urteil des Strafappellationshofes sei aufzuheben. Y._ sei schuldig zu sprechen der einfachen Körperverletzung, der Nötigung sowie des Vergehens gegen das Waffengesetz und zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 8 Monaten sowie zu einer Busse von Fr. 3'000.-- zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zwecks Neubeurteilung im Sinne der bundesgerichtlichen Erwägungen zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin rügt den Freispruch vom Vorwurf der Nötigung.
1.1 Wer jemanden durch Gewalt oder Androhung ernstlicher Nachteile oder durch andere Beschränkung seiner Handlungsfreiheit nötigt, etwas zu tun, zu unterlassen oder zu dulden, wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>).
Die weite Umschreibung des Nötigungstatbestands hat zur Folge, dass nicht jedes tatbestandsmässige Verhalten bei Fehlen von Rechtfertigungsgründen auch rechtswidrig ist. Vielmehr bedarf die Rechtswidrigkeit bei <ref-law> einer zusätzlichen, besonderen Begründung. Eine Nötigung ist unrechtmässig, wenn das Mittel oder der Zweck unerlaubt ist oder wenn das Mittel zum angestrebten Zweck nicht im richtigen Verhältnis steht oder wenn die Verknüpfung zwischen einem an sich zulässigen Mittel und einem erlaubten Zweck rechtsmissbräuchlich oder sittenwidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 218 mit Hinweisen).
1.2 Die Vorinstanz begründet den Freispruch vom Vorwurf der Nötigung mit der fehlenden Rechtswidrigkeit. Der Beschwerdegegner habe B._ an der Weiterfahrt gehindert, um vermeintliche Hanfdiebe zu stellen. Dieser Zweck sei nicht unerlaubt und auch die Relation zwischen dem Mittel (in die Zange nehmen des Chevrolets) und dem Zweck (Aufhalten bzw. Stellen von Hanfdieben) sei verhältnismässig (angefochtenes Urteil E. 5 S. 8).
1.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz stelle die Vorgehensweise des Beschwerdegegners faktisch als rechtskonforme vorläufige Festnahme im Sinne von Art. 104 StPO FR dar. Entgegen der Darstellung der Vorinstanz habe sich der vom Beschwerdegegner erstrebte Zweck keinesfalls darin erschöpft, vermeintliche Hanfdiebe zu stellen. Der Beschwerdegegner habe den aus dem Fahrzeug aussteigenden B._ nicht nur bis zur Ankunft der Polizei festgehalten, sondern mit einer Flinte auf ihn eingeschlagen und ihm dabei eine Rissquetschwunde zugefügt. Die Durchsetzung der privaten Selbstjustiz sei ein unerlaubter und rechtswidriger Zweck. In diesem Sinne habe die Vorinstanz beim Vorwurf der einfachen Körperverletzung und des Vergehens gegen das Waffengesetz das für die Notwehr geforderte mildeste Mittel verneint. Die Vorinstanz hätte diesen Umstand auch bei der Nötigung berücksichtigen und den verfolgten Zweck als rechtswidrig und unverhältnismässig werten müssen. Der Beschwerdegegner sei deshalb der Nötigung schuldig zu sprechen.
1.4 Den Ausführungen der Vorinstanz ist zu entnehmen, dass sich die Nötigung auf die Hinderung des Geschädigten an der Weiterfahrt bezieht. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin beziehen sich demgegenüber auf die zugefügte Rissquetschwunde. Dass der Beschwerdegegner das Opfer während der Schläge festgehalten hat, wird als blosse Begleiterscheinung der Körperverletzung konsumiert (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 173 mit Hinweis). Demgemäss hat die Vorinstanz die verabreichten Schläge zutreffend als Körperverletzung und nicht als Nötigung gewürdigt. Die Rüge erweist sich als unbegründet, womit sich die Einwände der Beschwerdeführerin gegen die Strafzumessung erübrigen.
2. Somit ist die Beschwerde abzuweisen. Der Beschwerdeführerin sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Dezember 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz