Faits:
A. A._, ingénieur civil de formation, est revendeur officiel d'explosifs dans le canton de Vaud. Il est inscrit au registre du commerce en nom propre à son adresse privée, pour l'exploitation d'un bureau d'ingénieur civil et d'une entreprise générale de construction.
En 1976, A._ a constitué C._ SA, dont le but est l'établissement de projets et travaux de minage, conseils et expertises se rapportant au minage et à la géophysique. Il en est l'actionnaire principal et l'administrateur, avec B._, son épouse, et son fils. A._ est salarié de C._ SA; il met à disposition de celle-ci la patente de revendeur d'explosifs et de moyens de mise à feu dont il est titulaire.
B._ exploite en son nom un commerce de vêtements à l'enseigne "X._"; jusqu'en 2001, elle possédait deux magasins, l'un sis rue xxx, l'autre place yyy; elle n'a conservé depuis lors que le second. En outre, jusqu'en 1996, avec sa belle-fille D._, elle exploitait, en société simple, un commerce de bijoux à la même enseigne, dont tous les bénéfices revenaient par convention à sa belle-fille.
B. Pour les périodes de taxation 1993/1994 à 1999/2000, A._ et B._ avaient déclaré un revenu imposable de 20'700 fr. pour 1993/1994, de 24'300 fr. pour une partie de 1995, de 36'500 fr. pour le solde de 1995 et 1996, de 37'800 fr. pour 1997/1998 et de 72'200 fr. pour 1999/2000, aucune fortune pour 1993/1994 et 1995/1996, une fortune de 253'000 fr. pour 1997/1998 et de 288'000 fr. pour 1999/2000.
Pour les périodes de taxation 1995 à 1998, C._ SA a déclaré un bénéfice imposable nul durant les années de calcul 1995 à 1998 et un capital de 322'000 fr. pour 1995, de 314'000 fr. pour 1996, de 292'000 fr. pour 1997 et de 250'000 fr. pour 1998.
Le 30 juin 1995, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale) a imposé les époux A._ et B._ sur un revenu de 95'300 fr. pour la période fiscale 1993/1994, décision contre laquelle ces derniers ont interjeté une réclamation.
Le 4 juin 1999, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle à C._ SA et aux époux A._ et B._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1999/2000 et ouvert, le 15 décembre 2000, une procédure en soustraction fiscale à leur encontre. Le 6 mars 2003, après avoir instruit la cause et demandé de nouvelles pièces aux intéressés, elle a rendu des décisions de taxation et d'amendes pour tentatives de soustraction fiscale pour les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000, qui ont fait l'objet de réclamation de la part des époux A._ et B._ et de C._ SA.
C. Par décisions du 2 avril 2004, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation des époux A._ et B._ portant sur la période fiscale 1993/1994 et l'a aggravée. Elle a partiellement admis les réclamations de ces derniers ainsi que de C._ SA portant sur les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000. Dans le chapitre des époux A._ et B._, elle a procédé à des reprises totales sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 de 740'852 fr. et de 94'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, elle a procédé au total à des reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 de 299'998 fr. et de 95'000 fr. sur le capital imposable. Les montants des amendes pour tentative de soustraction fiscale ont été corrigés en conséquence. Les reprises effectuées concernaient notamment des distributions dissimulées de bénéfice à l'actionnaire, des chiffres d'affaires non comptabilisés, des ventes non déclarées, des charges non justifiées, des frais généraux forfaitaires et des frais de véhicules non admis, des réserves sur charges sociales non admises, ou encore des soldes de comptes de chèques postaux et bancaires non déclarés ou erronés.
Le 3 mai 2004, A._ et B._ ainsi que C._ SA ont interjeté recours contre les décisions sur réclamation du 2 avril 2004 auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud. Ils ont conclu à leur annulation, contestant la plupart des reprises opérées par l'Administration cantonale. Cette dernière a conclu à l'admission très partielle des recours. Après que les parties ont confirmé leurs conclusions dans un deuxième échange d'écritures, le Tribunal administratif a décidé de restreindre l'instruction de la cause au seul examen des taxations fiscales en cause, suspendant l'instruction portant sur la soustraction fiscale jusqu'à droit connu sur les reprises. Il a tenu audience le 14 février 2006 au cours de laquelle il a entendu les parties. A._ et B._ ainsi que C._ SA ont produit un lot de pièces en audience.
D. Par arrêt du 18 avril 2006, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours de A._ et B._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt fédéral direct et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Il a également partiellement admis le recours de A._ et B._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt cantonal et communal et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Dans son arrêt, au chapitre des époux A._ et B._, après avoir examiné tous les griefs et les pièces des intéressés, le Tribunal administratif a arrêté le total des reprises sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 à 337'897 fr. et à 86'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, il a arrêté les reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 à 43'918 fr. et à 5'000 fr. sur le capital imposable.
E. Agissant par la voie du recours de droit administratif, A._ et B._ ainsi que C._ SA demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'admettre le recours et de réformer l'arrêt rendu le 18 avril 2006 par le Tribunal administratif en ce sens que, dans le chapitre des époux A._ et B._, pour les périodes de taxation en cause, le total des reprises est fixé à 281'891 fr. 10 pour les revenus imposables et à 78'744 fr. pour la fortune imposable. Subsidiairement, ils concluent à ce que la cause soit renvoyée à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Ils se plaignent d'une constatation incomplète des faits par le Tribunal administratif. Sur le fond, ils se plaignent d'une erreur de calcul dans l'addition des reprises au titre de prestations de C._ SA en faveur de son actionnaire pour un montant de 563 fr. en 1995 et de 206 fr. en 1998. Ils contestent aussi la reprise d'une facture de fleuriste de 808 fr. pour 1993, la reprise d'une facture d'achat de robe de 2'521 fr. pour 1994, la reprise de frais de voyage en République tchèque de 2'227 fr. 75 pour 1991, de 1'062 fr. 50 pour 1993 et de 457 fr. 90 pour 1994, la reprise de frais de véhicule de 15'200 fr. pour les années 1991 et 1992, de 26'700 fr. pour les années 1993 à 1998 ainsi que la reprise d'achat de bijoux de 3'361 fr. pour 1991 dans les comptes de B._ en tant qu'exploitante de la boutique de vêtements. Ils contestent également la reprise de la réserve sur charges sociales de 8'000 fr. pour l'année 1996 dans les comptes d'indépendant de A._ ainsi que dans leur fortune imposable pour 1997. Ils contestent enfin les reprises de 10'800 fr. pour les année 1991 et 1992 sur indemnités touchées par repas de C._ SA. A l'appui de leur recours, ils produisent un bordereau de six pièces.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt du 18 avril 2006 et renonce à déposer une réponse. L'Administration cantonale propose d'admettre très partiellement le recours dans le sens que l'erreur d'addition de 563 fr. de la reprise sur les revenus des époux A._ et B._ pour 1995 et de 206 fr. pour 1998 soit rectifiée en leur faveur et de le rejeter pour le surplus, dans la mesure où il est recevable. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux observations de l'Administration cantonale.
F. Le 7 juin 2006, l'Administration cantonale a produit de nouvelles décisions sur réclamation datées du 18 mai 2006 établies en application du dispositif de l'arrêt rendu le 18 avril 2006 par le Tribunal administratif.
Par ordonnance du 13 juin 2006, le Président de la IIe Cour de droit public a déclaré sans objet la requête d'effet suspensif formulée par les recourants.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 292). Le mémoire déposé devant le Tribunal fédéral comprend un unique recours de droit administratif au nom des époux A._ et B._ et de C._ SA.
1.1 S'agissant de C._ SA, le mémoire de recours déposé en son nom est dépourvu de conclusions et de toute argumentation topique en relation avec son chapitre fiscal. Dans ces conditions, il doit être déclaré d'emblée irrecevable (cf. art. 108 al. 2 et 90 OJ).
1.2 S'agissant des époux A._ et B._, selon l'art. 97 OJ en relation avec l'<ref-law>, la voie du recours de droit administratif est ouverte contre les décisions fondées sur le droit public fédéral - ou qui auraient dû l'être -, à condition qu'elles émanent des autorités énumérées à l'art. 98 OJ et pour autant qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ ou dans la législation spéciale ne soit réalisée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 60). En tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1993/1994 à 1999/2000, l'arrêt du Tribunal administratif a été rendu par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale; il se fonde en outre sur le droit public fédéral et n'entre pas dans le champ d'application des art. 99 à 102 OJ. En outre dès lors que l'arrêt attaqué invite de manière contraignante l'autorité fiscale à calculer une nouvelle fois les cotes d'impôt fédéral direct dues pour les périodes de taxation en cause (art. 97 OJ en relation avec l'<ref-law>) et qu'il suspend l'examen des amendes fiscales pour tentatives de soustraction jusqu'à droit connu sur les rappels d'impôts, l'arrêt attaqué clôt partiellement mais définitivement la procédure cantonale sur ce point, en sorte qu'il apparaît comme final et peut faire l'objet d'un recours de droit administratif.
Déposé en temps utile, le présent mémoire est donc recevable en tant que recours de droit administratif au regard des art. 97 OJ et de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11).
1.3 S'agissant des impôts cantonaux et communaux, l'arrêt attaqué est fondé sur le droit cantonal et communal; seul un recours de droit public pourrait être formé à son encontre, l'art. 73 al. 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) n'étant pas encore applicable aux périodes fiscales en cause (<ref-ruling> consid. 2 p. 591 ss). Comme un intitulé erroné du mémoire de recours ne nuit pas aux recourants, pour autant que leur écriture remplisse les conditions formelles de la voie de droit en cause (<ref-ruling> consid. 1b p. 509; <ref-ruling> consid. 1a p. 224), il convient d'examiner la recevabilité du recours de droit administratif, traité comme recours de droit public, en tant qu'il est dirigé contre les impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales en cause.
En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261, 26 consid. 2.1 p. 31).
Comme le mémoire de recours ne précise pas quelles dispositions constitutionnelles ni quelles dispositions de droit cantonal ou communal auraient été violées ni en quoi elles l'auraient été, le recours de droit administratif, traité comme recours de droit public, est irrecevable.
1.4 Il résulte de ce qui précède que seul est recevable le recours de droit administratif des époux A._ et B._ en tant qu'il porte sur l'impôt fédéral direct.
2. Le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète de faits pertinents (art. 104 lettre a et b OJ (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 49). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 262 et les arrêts cités).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 24). L'établissement des faits est manifestement inexact non pas déjà lorsque son exactitude est douteuse, mais seulement lorsqu'elle saute aux yeux sans ambiguïté (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; <ref-ruling> consid. 1 p. 184).
En raison de l'art. 105 al. 2 OJ, la possibilité d'alléguer des faits nouveaux ou de faire valoir de nouveaux moyens de preuve est très restreinte (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 154; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2e éd., Berne 1983, p. 286/287). Selon la jurisprudence, seules sont admissibles dans ce cas les preuves que l'instance inférieure aurait dû retenir d'office, et dont le défaut d'administration constitue une violation de règles essentielles de procédure (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 171; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 551).
3. Les recourants reprochent en premier lieu au Tribunal administratif d'avoir établi les faits de manière incomplète et inexacte. Ils lui reprochent de ne pas avoir pris en considération les pièces qu'ils avaient produites et correctement alléguées devant lui s'agissant de frais de fleurs pour 1993 (808 fr.) et de l'achat d'une robe en Angleterre en 1994 (2'521 fr.). Il en irait de même des déplacements en voiture que nécessitait l'activité indépendante de B._.
Quoi qu'en disent les recourants, le Tribunal administratif a pris en considération leurs allégations et les pièces produites à l'appui de celles-ci. S'agissant des frais de "fleurs" et d'achat de "robes", il a toutefois jugé que si, certes, il y avait bien traces de ces paiements, les factures y relatives faisaient en revanche défaut, de sorte que leur justification commerciale n'était pas établie. S'agissant des frais de transport, il a pris en considération l'ensemble des kilomètres parcourus par les recourants pour chacune de leurs activités lucratives avec leur unique véhicule et jugé que les kilomètres attribués à l'activité de B._ avaient été suffisamment pris en compte dans les reprises limitées de l'Administration cantonale. Dans ces conditions, ce n'est pas l'établissement incomplet des faits mais bien plutôt l'appréciation des preuves fournies et le résultat auquel est parvenu le Tribunal administratif que critiquent les recourants, ce qui relève de l'application du droit. Le grief est par conséquent rejeté.
4. 4.1 Tous les revenus des personnes physiques provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale ou industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont soumis à l'impôt (<ref-law>). A cet effet, le contribuable doit remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 et 126 al. 1 LIFD). Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. En outre, le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte et, sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires (<ref-law>). Il n'appartient pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante du contribuable. Elles peuvent ordonner des expertises aux frais du contribuable lorsqu'elles ont été rendues nécessaires par un manquement coupable à ses obligations de procédure (<ref-law>). Les autorités de taxation peuvent aussi procéder à une taxation d'office par appréciation selon l'<ref-law>. Dans la procédure de recours, la Commission cantonale de recours ou le Tribunal administratif a les mêmes compétences (art. 142 al. 4 et 145 LIFD).
4.2 D'après l'<ref-law>, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses encourues pour l'entretien et l'amortissement de biens acquis par l'entrepreneur qui ne servent qu'à son entretien ou à son propre plaisir. Dans ce cas, l'entrepreneur grève indûment le compte de résultats de son activité lucrative par des dépenses privées sous couvert de frais de représentation (arrêt 2P.153/2002 du 29 novembre 2002 in StE 2003 B 72.14.2 n° 31 consid. 3.2; arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Archives 63 p. 208 consid. 2a p. 212 s.; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zurich 1995, ch. 4 ad art. 26; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, Zurich 1995, p. 245).
D'après l'<ref-law>, les contribuables exerçant une activité indépendante peuvent déduire des provisions pour les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé (<ref-law>).
4.3 Selon un principe généralement admis en matière fiscale, il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Revue fiscale 54 118 consid. 9a p. 126; <ref-ruling> consid. 4c/aa p. 266 et les arrêts cités). Il s'ensuit qu'il incombe à l'entrepreneur de prouver que ses charges sont justifiées par l'usage commercial et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (Archives 68, 746 consid. 2b p. 749/750 et les références citées).
5. 5.1 Les recourants soutiennent que le Tribunal administratif aurait dû annuler les reprises concernant les frais de "fleurs" (808 fr.) ainsi que l'achat d'une "robe" en Angleterre (2'521 fr.) comptabilisés en 1993 pour les uns et en 1994 pour les autres dans les comptes de B._. A cet égard, le Tribunal administratif a relevé à bon droit que la trace des paiements concernant ces frais existaient mais que les factures étaient inexistantes, de sorte que leur justification commerciale n'avait pas été démontrée. En effet, dans le premier cas, le rappel du fournisseur produit par les recourants précise qu'un montant de 808 fr. est dû et non de quelle marchandise il s'agit, de sorte qu'il n'est pas possible de déterminer la justification commerciale du montant en cause. Dans le deuxième cas, les recourants allèguent pour la première fois devant le Tribunal fédéral qu'il s'agit d'un achat de robes. Il s'agit d'un fait nouveau en principe irrecevable. Par ailleurs, les recourants ont bien produit les traces d'un paiement unique en 1994, des acquits de douanes et des factures. Celles-ci portent toutefois sur des années comptables différentes et ne précisent pas de quelles marchandises il s'agit, sinon deux fois les termes "Autumn garden" et un prix identique, qui semblent indiquer que les marchandises en cause sont identiques. Or, les acquits de douanes indiquent un tarif général différent, l'un de 1255 fr. et l'autre de 530 fr. Ces éléments font douter de la nature de la marchandise acquise et enlève tout caractère probant aux factures, les recourants n'ayant pas démontré la justification commerciale des achats.
5.2 Les recourants soutiennent que le Tribunal administratif devait annuler la reprise sur les frais de voyage en République tchèque. Ce dernier a jugé avec raison que ces dépenses ne pouvaient être considérées comme des frais de prospection déductibles. En effet, il ressort des pièces produites que les recourants ont séjourné dans leur famille durant ces déplacements. Le caractère privé de ses dépenses ne pouvaient échapper aux recourants qui devaient par conséquent fournir des éléments supplémentaires aux fins de prouver leur caractère commercial, ce qu'ils n'ont pas fait.
5.3 Le Tribunal administratif a confirmé que la déduction des frais de transport de B._ pourrait être limitée à 500 kilomètres par an. Les recourants contestent ce point. Ils admettent n'avoir qu'une voiture, mais soutiennent que si les transports ont certes été effectués avec un seul véhicule entre les deux boutiques de l'intéressée, c'était bien par deux personnes différentes, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal administratif. Quoi qu'en disent les recourants, ces explications très générales et le décompte manuel non étayé qu'ils ont produit ne suffisent pas. A défaut de pièces démontrant des dépenses plus élevées, le Tribunal administratif a correctement fait usage de son pouvoir d'appréciation. La recourante ne saurait tirer argument en sa faveur du fait que l'Administration cantonale ait admis sans objection les kilomètres invoqués par A._.
5.4 Les recourants soutiennent que le Tribunal administratif devait annuler la reprise d'une provision pour des cotisations AVS de 8'000 fr. comptabilisée en 1996, comme il l'a fait pour les reprises de provisions du même montant pour les années 1997 et 1998. Au vu des décisions de cotisations rendues le 23 juillet 2003 par la Fédération patronale vaudoise, le Tribunal administratif a jugé que les recourants n'avaient pas apporté la preuve du risque concret d'être exposés en 1996 à devoir payer des cotisations sociales en 1997. Ces derniers se bornent dans leur mémoire de recours à présenter, comme ils l'avaient déjà fait en instance cantonale, les décisions du 23 juillet 2003 sans exposer en quoi le Tribunal administratif aurait mal appliqué l'<ref-law>, leur grief doit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux retenus par le Tribunal administratif.
La reprise de la provision étant confirmée, le grief des recourants tendant à l'annulation de la reprise du même montant dans leur fortune pour 1997, doit être rejeté.
5.5 Les recourants contestent la reprise dans les comptes 1991 de B._ d'un montant de 3'361 fr. pour achats de bijoux. Ils soutiennent que ces achats ont eu lieu avant que ne soit signée avec leur belle-fille la convention de janvier 1992 sur la "répartition du résultat d'exploitation de la société simple X._ inscrite au registre du commerce le 23 décembre 1991", lui attribuant dans sa totalité le résultat d'exploitation de la société simple. Dans son arrêt, le Tribunal administratif a jugé avec raison que la convention attribuait les bénéfices de ce commerce à un tiers, de sorte que les achats en cause ne pouvaient pas grever les comptes de "X._", mais bien uniquement les revenus de cette tierce personne. En effet, quoi qu'en disent les recourants, bien que passée quelques jours après l'inscription de la raison individuelle "X._" dans le registre du commerce, cette convention valait bien pour l'ensemble des achats de bijoux effectués en 1991. Les recourants n'allèguent pas à cet égard que les bijoux en cause auraient été revendus dans l'intervalle.
5.6 Le Tribunal administratif a confirmé la décision de l'Administration cantonale d'admettre des frais annuels de représentation de 8'400 fr. ainsi que des frais de petits déjeuners et de repas de midi de 10'800 fr. pour les années 1993 à 1995, puis de 8'100 fr pour 1996 à 1998. S'agissant des années 1991 et 1992, il a confirmé la déduction du forfait de 8'400 fr. pour frais de transport mais n'a pas admis, comme le demandaient les recourants, celles relatives aux frais de petits déjeuners et de repas de midi de 10'800 fr. Selon les recourants, le Tribunal administratif aurait adopté une attitude contradictoire qui ne respecterait pas le règlement d'entreprise relatif aux frais forfaitaires admis par l'Administration cantonale. Les recourants perdent de vue que le règlement dont ils réclament l'application ne prévoit nullement la déduction de frais forfaitaires de repas sur une base annuelle, mais bien par repas pris à l'extérieur, lorsqu'ils ont une justification commerciale. Il incombait donc aux recourants de prouver, conformément à la clause III du dit règlement, le nombre de repas pris à l'extérieur donnant droit, par mesure de simplification, à une déduction forfaitaire par repas. En l'absence de toute preuve, le Tribunal administratif pouvait refuser d'annuler cette reprise sans violer l'<ref-law>. Dans ces conditions, il est douteux que les déductions forfaitaires annuelles accordées pour les autres périodes de taxation en cause soient conformes à l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral renonce toutefois à procéder sur ce point à une reformatio in pejus.
5.7 Pour le surplus, il convient de prendre acte de l'erreur de calcul qui s'est glissée dans l'addition des prestations de C._ SA en faveur de son actionnaire. Les reprises s'élèvent par conséquent à 3'892 fr. pour 1995 et à 1'319 fr. pour 1998. Cette erreur, reconnue par l'Administration cantonale, ne conduit toutefois pas à l'admission - même très partielle - du recours mais le rend sans objet sur ce point, dès lors que le Tribunal administratif a renvoyé la cause pour nouvelle décision sur réclamation, ce qui inclut la correction de l'erreur de calcul constatée.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours de droit administratif dans la mesure où il est recevable et n'est pas devenu sans objet et à son irrecevabilité comme recours de droit public. Il est pris acte de l'erreur de calcul.
Succombant, les recourants supportent les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 156 al. 1 OJ) et n'ont pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit administratif est rejeté dans la mesure où il est recevable et n'est pas devenu sans objet.
2. Le recours de droit administratif, traité comme recours de droit public, est irrecevable.
3. Un émolument de justice de 5'000 fr. est mis à la charge de A._ et B._ ainsi que C._ SA, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 16 octobre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: