Sachverhalt:
A.
Die B._ AG (Bestellerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) plante ab 2009 ein neues Zentrallager an ihrem Sitz in U._, Österreich. Im Hinblick darauf schloss sie mit der A._ GmbH (Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdeführerin; Sitz in V._, Deutschland) Werkverträge ab. Darin verpflichtete sich die Unternehmerin zur Herstellung und Montage von Regalanlagen nach den Vorgaben der Bestellerin.
Mit E-Mail vom 14. Oktober 2010 stellte die Unternehmerin der Bestellerin zwei Werkvertragsurkunden zu, eine betreffend das Schnittholz- und Plattenlager sowie eine betreffend das Automatiklager. Auf den beiden letzten Seiten der Vertragsurkunden wurde auf die Verkaufs-, Liefer- und Zahlungsbedingungen sowie Montagebedingungen bei Montageausführung der Unternehmerin verwiesen sowie darauf, dass diese unter einer bestimmten Faxnummer angefordert werden könnten.
In § 15.4 der Verkaufs-, Liefer- und Zahlungsbedingungen befindet sich eine Erfüllungsortsklausel mit folgendem Wortlaut:
"Bestimmt unsere Auftragsbestätigung nichts anderes, ist Erfüllungsort für den Leistungsgegenstand und für alle Zahlungen, andere Geldansprüche und empfangenen Wechsel unser jeweiliger Geschäftssitz, zurzeit W._, Schweiz."
§ 15.5 der AGB sieht weiter Folgendes vor:
"Die Vertragsbeziehungen zwischen dem Kunden und uns unterliegen ausschliesslich dem materiellen Recht der Schweiz unter Ausschluss des UN-Übereinkommens über den internationalen Warenkauf vom April 1980 (Wiener Kaufrecht)."
Die Bestellerin unterzeichnete je das letzte Blatt der Vertragsurkunden und retournierte diese an die Unternehmerin.
Anlässlich einer späteren Vertragsänderung vom 29. November bzw. 15. Dezember 2010 betreffend das Plattenlager wies die Unternehmerin darauf hin, dass ihre Bedingungen im Internet heruntergeladen werden können. Diese waren zum Zeitpunkt der Änderung unter der Rubrik "Impressum " abrufbar.
B.
Am 26. Juni 2012 reichte die Unternehmerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein und beantragte, die Bestellerin sei zur Zahlung von EUR 667'603.30 nebst Zins zu verurteilen. Es handelt sich dabei um angeblich ausstehende Beträge für ausgeführte Arbeiten. Mit Eingabe vom 22. Oktober 2012 erhob die Bestellerin die Einrede der Unzuständigkeit.
Mit Beschluss vom 11. Januar 2013 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Unzuständigkeitseinrede der Bestellerin ab.
Mit Urteil 4A_86/2013 vom 1. Juli 2013 hiess das Bundesgericht die dagegen eingelegte Beschwerde teilweise gut, hob den Beschluss des Handelsgerichts vom 11. Januar 2013 auf und wies die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück.
Mit Beschluss vom 13. September 2013 trat das Handelsgericht mangels Zuständigkeit auf die Klage nicht ein.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Unternehmerin dem Bundesgericht, es sei der Beschluss des Handelsgerichts vom 13. September 2013 aufzuheben und die Zuständigkeit des Handelsgerichts Zürich festzustellen; eventualiter sei die Sache zur Beurteilung der Frage des Vorliegens einer gerichtsstandsbegründenden Erfüllungsortsvereinbarung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Bestellerin beantragt in ihrer Vernehmlassung Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin reichte Replik ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen zuständigkeitsverneinenden Endentscheid (<ref-law>) in einer Zivilsache (<ref-law>), der von einem oberen kantonalen Gericht erging, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten und als einzige kantonale Instanz eingesetzt ist (<ref-law>). Sie ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden. Eine Streitwertgrenze besteht für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 69). Die Beschwerdeschrift enthält einen begründeten Antrag (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140).
2.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, diese habe zu Unrecht die Gültigkeit der Erfüllungsortsvereinbarung gemäss § 15.4 der AGB verneint. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei nicht nach dem CISG, sondern nach OR zu prüfen, ob die AGB der Beschwerdeführerin Vertragsinhalt geworden sind. Nach OR seien die AGB gültig in die Verträge einbezogen worden, womit eine gültige Leistungsortsvereinbarung vorliege. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz seien die Zürcher Gerichte damit gemäss <ref-law> für die vorliegende Streitigkeit örtlich zuständig.
2.1. Zwischen den Parteien ist unbestritten, dass keine gültige Gerichtsstandsvereinbarung i.S. von <ref-law> vorliegt. Es ist daher im Folgenden nur zu prüfen, ob sich aus § 15.4 AGB eine gerichtsstandsrelevante Erfüllungsortsvereinbarung ableiten lässt.
2.2.
2.2.1. Die Bestimmungen über "Besondere Zuständigkeiten" nach Art. 5-7 LugÜ regeln, in welchen Fällen eine Person mit Wohnsitz oder Sitz in einem Vertragsstaat vor den Gerichten eines anderen Vertragsstaats verklagt werden kann. Art. 5 Ziff. 1 lit. b i.V.m. <ref-law> bestimmt, dass für (sämtliche) Klagen aus Fahrniskauf- und Dienstleistungsverträgen die Gerichte am Ort in einem durch dieses Übereinkommen gebundenen Staat zuständig sind, an dem gemäss Vertrag die Waren geliefert worden sind oder hätten geliefert werden müssen bzw. die Dienstleistungen erbracht worden sind oder hätten erbracht werden müssen. Zuständig sind also die Gerichte am Leistungsort der charakteristischen Vertragsleistung (Urteil 4A_408/2013 vom 17. Januar 2014, E. 3, zur Publikation vorgesehen).
2.2.2. <ref-law> steht unter dem Vorbehalt einer abweichenden, gerichtsstandsrelevanten Parteivereinbarung über den Leistungsort ("sofern nichts anderes vereinbart worden ist"; dazu statt aller Alexander R. Markus, Tendenzen beim materiellrechtlichen Vertragserfüllungsort im internationalen Zivilverfahrensrecht, Habil. Luzern 2009, S. 161 ff.). Erfüllungsortsvereinbarungen sind freilich nur dann gerichtsstandsrelevant, wenn sie einen Bezug zur Vertragswirklichkeit haben, d.h. die Leistung auch tatsächlich an dem vereinbarten Ort stattfindet. Rein prozessual ausgerichtete, abstrakte Erfüllungsortsvereinbarungen haben keine zuständigkeitsbegründende Wirkung. Eine solche abstrakte Vereinbarung kann etwa vorliegen, wenn die Parteien eines Kaufvertrags die Lieferung der Ware durch die Verkäuferin am Ort des Käufers vereinbaren, jedoch gleichzeitig im Vertrag den Sitz der Verkäuferin als den formellen "Erfüllungsort" festhalten (Markus, a.a.O., S. 171). Bei solchen Vereinbarungen handelt es sich um verkappte Gerichtsstandsvereinbarungen, die den Anforderungen (insbesondere Formvorschriften) nach <ref-law> unterstehen (vgl. Urteil des EuGH vom 20. Februar 1997 i.S. Mainschiffahrts-Genossenschaft, Rs. C-106/95, Slg. 1997, S. I-911 ff.; <ref-ruling> E. 3b/aa S. 251; dazu - sowie zur Massgeblichkeit dieser Rechtsprechung auch unter dem revidierten LugÜ - statt aller Andrea Bonomi, in: Commentaire romand, 2011, N. 70 zu <ref-law>).
2.2.3. In der Lehre wird sodann mit überzeugender Begründung vertreten, dass im Rahmen von <ref-law> nur ein gewählter Leistungsort der charakteristischen Verpflichtung zuständigkeitsbegründende Wirkung entfalten kann (Markus, a.a.O., S. 173). Denn im Gegensatz zum vereinbarten Gerichtsstand nach <ref-law> gehört der Gerichtsstand des Erfüllungsorts zu den objektiven Gerichtsständen. Diese folgen einer eigenen ratio, nämlich der Herstellung von Sach- und Beweisnähe des Verfahrens am (tatsächlichen) Erbringungsort der charakteristischen Leistung (Markus, a.a.O, S. 172, mit Hinweis auf das Leiturteil des EuGH vom 3. Mai 2007 i.S. Color Drack, Rs. C-386/05). Damit verträgt sich nicht, wenn der Gerichtsstand für die nicht charakteristische Leistung (also in aller Regel der Geldzahlung) vom tatsächlichen Erbringungsort der charakteristischen Leistung abgespalten werden könnte, indem ein abweichender Zahlungsort vereinbart wird. Denn sonst würde die durch <ref-law> angestrebte Wahrung der Sach- und Beweisnähe gerade aufgegeben (Markus, a.a.O., S. 173). Erfüllungsortsvereinbarungen sind daher nur dann gerichtsstandsrelevant i.S. von <ref-law>, wenn durch sie der Leistungsort für alle vertraglichen Pflichten einheitlich bestimmt wird (so auch Stefan Leible, in: Rauscher [Hrsg.], Europäisches Zivilprozess- und Kollisionsrecht EuZPR/EuIPR, Bearbeitung 2011 Brüssel I-VO/LugÜbk 2007, München 2011, N. 57a zu Art. 5 Brüssel I-VO; ders., Warenversteigerungen im Internationalen Privat- und Verfahrensrecht, IPRrax 2005, S. 428; Jault-Seseke/Weller, in: Simons/Hausmann [Hrsg.], unalex Kommentar, Brüssel I-Verordnung, Kommentar zur VO [EG] 44/2001 und zum Übereinkommen von Lugano, München 2012, N. 59 in fine zu Art. 5 Brüssel I-VO; Rainer Hüsstege, in: Thomas/Putzo, ZPO Kommentar, 34. Aufl., München 2013, N. 5 zu Art. 5 EuGVVO; i.E. wohl auch Paul Oberhammer, in: Dasser/Oberhammer [Hrsg.], Lugano-Übereinkommen [LugÜ], 2. Aufl. 2011, N. 64 ff. zu <ref-law>; Walter/Domej, Internationales Zivilprozessrecht der Schweiz, 5. Aufl. 2012, S. 226 sowie Dieter Leipold, Internationale Zuständigkeit am Erfüllungsort, in: Schack [Hrsg.], Gedächtnisschrift für Alexander Lüderitz, München 2000, S. 449; a.M. - d.h. für vollumfängliche Parteiautonomie und damit die Möglichkeit der Abspaltung des Zahlungsgerichtsstands durch abweichende Vereinbarung des Zahlungsorts - Domenico Acocella, in: Anton K. Schnyder [Hrsg.], Lugano-Übereinkommen [LugÜ] zum internationalen Zivilverfahrensrecht, 2011, N. 153 zu Art. 5 Nr. 1 bis 3 LugÜ; Kropholler/von Hein, Europäisches Zivilprozessrecht, 9. Aufl. 2011, N. 51 zu Art. 5 EuGVO).
2.3. Aus den Feststellungen im angefochtenen Entscheid ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin die der Beschwerdegegnerin geschuldeten Regale nach eigenen Angaben in Deutschland produziert hatte. Zwischen den Parteien ist sodann unbestritten, dass die Regale in der Folge nach Österreich geliefert und dort montiert wurden. Nach Angaben der Beschwerdeführerin sei einzig die Rechnungsstellung aus der Schweiz erfolgt.
Daraus folgt, dass der tatsächliche Erfüllungsort der charakteristischen Vertragsleistung, also die Herstellung und Montage der Regale, jedenfalls nicht in der Schweiz liegt. Wenn daher § 15.4 der AGB bestimmt, dass der "Erfüllungsort für den Leistungsgegenstand und für alle Zahlungen, andere Geldansprüche und empfangenen Wechsel" am jeweiligen Geschäftssitz der Beschwerdeführerin, also "zurzeit W._" sei, so entspricht dies für die charakteristische Vertragsleistung nicht dem tatsächlichen Erfüllungsort. In Bezug auf die charakteristische Vertragsleistung handelt es sich mithin um eine abstrakte Erfüllungsortsvereinbarung, die keine zuständigkeitsbegründende Wirkung nach <ref-law> entfaltet (oben E. 2.2.2). In Bezug auf die Zahlungsansprüche ist die Erfüllungsortsvereinbarung sodann zuständigkeitsrechtlich ebenfalls unbeachtlich, da damit der Zahlungsgerichtsstand von demjenigen der charakteristischen Leistung in unzulässiger Weise abgespalten würde (oben E. 2.2.3).
Abgesehen von der Unzulässigkeit einer solchen Abspaltung scheint eine Aufteilung der Erfüllungsortsgerichtsstände sodann ohnehin nicht von § 15.4 der AGB gedeckt, sieht diese Bestimmung doch gerade einen einheitlichen Erfüllungsort sowohl für den "Leistungsgegenstand " (d.h. die Herstellung und Montage der Regale) als auch "alle Zahlungen " vor. Wenn also die Erfüllungsortsvereinbarung für die charakteristische Leistung vorliegend mangels Bezug zur Vertragsrealität zuständigkeitsrechtlich unbeachtlich ist, muss dies auch in Bezug auf die Geldleistung gelten, da eine Abspaltung nicht vom Parteiwillen gedeckt ist. Damit wäre § 15.4 der AGB für die Geldleistung zuständigkeitsrechtlich auch dann unbeachtlich, wenn man jener Lehrmeinung folgen möchte, welche eine separate, zuständigkeitsbegründende Erfüllungsortsvereinbarung lediglich in Bezug auf die Geldleistung für zulässig erachtet.
2.4. Die Vorinstanz ist somit zu Recht zum Schluss gelangt, dass für die vorliegende Streitigkeit kein Gerichtsstand in Zürich gestützt auf <ref-law> begründet wurde. Ob § 15.4 der AGB überhaupt Vertragsbestandteil geworden ist bzw. nach welchem Recht diese Frage zu beurteilen ist, kann offenbleiben.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Mai 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni