Sachverhalt:
A. X._ wird vorgeworfen, am 8. Mai 2005 in Bern eine Prostituierte mit einem Messer zum Oralverkehr gezwungen zu haben. Es gelang ihr aber, während der Vornahme des Oralverkehrs einen Pfefferspray einzusetzen. X._ soll in der darauf folgenden Auseinandersetzung versucht haben, mehrfach wahllos mit dem Messer auf sie einzustechen. Sie wehrte sich erfolgreich und wurde nicht verletzt. In der Strafuntersuchung erklärte X._, er sei in der Nacht vom 7./8. Mai 2005 Opfer eines Raubes geworden.
B. Das Obergericht des Kantons Bern fand am 25. Juni 2008 X._ auf dessen Appellation hin der qualifizierten sexuellen Nötigung (<ref-law>), der versuchten schweren Körperverletzung (Art. 122 i.V.m <ref-law>) und der Irreführung der Rechtspflege (<ref-law>) schuldig. Es verurteilte ihn zu 5 Jahren Freiheitsstrafe unter Anordnung der Verwahrung gemäss <ref-law>.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, ihn freizusprechen unter Kostenfolgen für den Kanton Bern, eventuell im Falle eines Schuldspruchs wegen sexueller Nötigung eine Massnahme gemäss <ref-law> anzuordnen oder subeventuell die Sache zur Berichtigung und Ergänzung des Sachverhalts sowie zur Neubegutachtung und Neubeurteilung zurückzuweisen. Ferner sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
In der Vernehmlassung verzichtet das Obergericht des Kantons Bern auf eine Stellungnahme. Der a.o. Generalprokurator beantragt die Abweisung der Beschwerde. Eine erfolgversprechende Therapie bestehe heute (noch) nicht. Der Antrag auf eine ambulante Massnahme gemäss <ref-law> sei aus "vollzugstechnischen Gründen" erfolgt. Damit lasse sich sicherstellen, dass die Bemühungen von Dr. A._ im Strafvollzug weitergeführt werden könnten.

Erwägungen:
1. Der vom Beschwerdeführer eingereichte Arztbericht vom 14. August 2008, der nach dem Urteilszeitpunkt erstellt wurde, stellt ein unbeachtliches Novum dar (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>).
2. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1.4). Dieses Rügeprinzip verlangt, dass in der Beschwerdeschrift dargelegt wird, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 3.1).
Die Beschwerde erweist sich als appellatorisch, soweit der Beschwerdeführer sich gegen die vorinstanzlichen Tatsachenfeststellungen wendet und er weiter vorbringt, das Opfer sei gesundheitlich nicht in der Lage gewesen, glaubhafte Aussagen zu machen. Abwegig ist die Bestreitung des objektiven Tatbestands der sexuellen Nötigung. Die Vorbringen zur versuchten schweren Körperverletzung sowie zur Irreführung der Rechtspflege sind offensichtlich unbegründet. In diesem Umfang ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Der Beschwerdeführer wendet gegen die Verwahrung ein, die Therapierbarkeit sei angesichts der laufenden chemischen Kastration zu Unrecht verneint worden.
3.1 Gemäss <ref-law> ordnet das Gericht bei Vorliegen einer Anlasstat die Verwahrung an, wenn auf Grund einer anhaltenden oder langdauernden psychischen Störung von erheblicher Schwere, mit der die Tat in Zusammenhang stand, ernsthaft zu erwarten ist, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht und die Anordnung einer Massnahme nach Art. 59 keinen Erfolg verspricht.
Diese Bestimmung setzt für die Verwahrung psychisch gestörter Täter die Behandlungsunfähigkeit bzw. Nichtbehandelbarkeit voraus. Nach neuem Recht können Täter, bei denen längerfristig Heilungschancen bestehen, von denen aber kurz- oder mittelfristig im Vollzug oder ausserhalb der Anstalt eine erhebliche Gefahr ausgeht, anders als unter früherem Recht nicht mehr verwahrt werden (<ref-ruling> E. 3.4.2). Die Verwahrung ist angesichts der Schwere des Eingriffs in die persönliche Freiheit des Betroffenen ultima ratio und darf nicht angeordnet werden, wenn die bestehende Gefährlichkeit auf andere Weise behoben werden kann (<ref-ruling> E. 3.4.4).
Gemäss <ref-law> stützt sich das Gericht beim Entscheid über die Anordnung einer Massnahme nach den Artikeln 59 - 61, 63 und 64 sowie bei der Änderung der Sanktion nach Artikel 65 auf eine sachverständige Begutachtung. Diese äussert sich über die Notwendigkeit und die Erfolgsaussichten einer Behandlung des Täters, die Art und die Wahrscheinlichkeit weiterer möglicher Straftaten und die Möglichkeiten des Vollzugs der Massnahme. Hat der Täter eine Tat im Sinne von Art. 64 Abs. 1 begangen, so ist die Begutachtung durch einen Sachverständigen vorzunehmen, der den Täter weder behandelt noch in anderer Weise betreut hat (<ref-law>).
Das Gericht würdigt Gutachten grundsätzlich frei. Es darf in Fachfragen nicht ohne triftige Gründe vom Gutachten abweichen und muss Abweichungen begründen. Das Abstellen auf nicht schlüssige Gutachten kann gegen <ref-law> verstossen, so wenn gewichtige, zuverlässig begründete Tatsachen oder Indizien die Überzeugungskraft des Gutachtens ernstlich erschüttern (<ref-ruling> E. 2, S. 86).
3.2 Die Vorinstanz ordnet wie bereits das Kreisgericht eine Verwahrung des Beschwerdeführers an, weil es keine Erfolg versprechende Therapie gebe. Sie geht selber davon aus, dass als Behandlungsform zwar auch die Verabreichung von Medikamenten in Betracht komme. An der Erfolgsaussicht fehle es aber, wenn völlig offen sei, ob eine therapeutische Massnahme überhaupt rückfallpräventive Wirkungen entfalten könne. Vage Hoffnungen reichten nicht.
3.2.1 Sie führt im Einzelnen aus, nach dem Gerichtsgutachten vom 24. November 2005 zeige der Beschwerdeführer eine verfestigte komplexe dissoziale Persönlichkeitsstörung. Es müsse von einem weitgehenden Scheitern der vorangegangenen therapeutischen Bemühungen ausgegangen werden. Der Beschwerdeführer müsse als uneinsichtiger, gefährlicher Wiederholungstäter betrachtet werden, der sich nur oberflächlich und zum Scheine anpasse. Er habe im Rahmen der Verwahrung bis ins Jahr 2005 keine Wandlung durchgemacht. Wie ein roter Faden zögen sich die Suchtmittelproblematik, die fehlende Einsicht sowie die fehlende Frustrationstoleranz durch die psychiatrischen Gutachten und Therapieberichte. Er passe sich auch nach ca. 20 Jahren Therapiebemühungen nur vordergründig an. Es sei keine wirkliche Einstellungsänderung festzustellen. Es seien viele Drogen- und Alkoholrückfälle zu verzeichnen. Er sehe sich selber als Opfer. Die psychische Störung und das Verhalten liessen sich mit den bisherigen Behandlungsmethoden nicht bessern oder ändern.
3.2.2 Die Vorinstanz prüft in der Folge näher die Therapiemöglichkeit mittels der so genannten "chemischen Kastration". Der Gutachter führte in seinem Schreiben vom 30. November 2007 aus, er habe mit der vorgeschlagenen Behandlungsmethode keine Erfahrung. Da die Hormone oder überhaupt der Geschlechtstrieb bei Sexualdelinquenten nur eine Komponente von vielen darstellten, ändere sich aber an der Einschätzung der Rückfallgefahr durch die Aufnahme einer neuen medikamentösen Behandlung noch nichts.
Der Beschwerdeführer unterzieht sich seit Anfang Dezember 2007 einer Therapieform mittels LH-RH-Analoga. Wie sich dem Therapiebericht von Dr. A._ vom 5. Dezember 2007 entnehmen lässt, ist die Verwendung dieser Medikamente in der Forensik relativ neu (es handle sich um off-label-use; zugelassen seien die Medikamente zur Therapie des Prostatakarzinoms in der Urologie). Die bisherigen Therapien zeigten ähnliche Erfolge wie bei der chirurgischen Kastration und seien sehr ermutigend. Die Rückfallgefahr könne damit auch beim Beschwerdeführer, Therapieverständnis und Kooperation vorausgesetzt, auf 0 - 10 % gesenkt werden. Dies bedürfe aber unabdingbar einer parallelen deliktsorientierten Verhaltenstherapie sowie einer Psychotherapie (kantonale Akten, act. 752).
An der bezirksgerichtlichen Hauptverhandlung blieb der Gutachter nach Kenntnis der Ausführungen von Dr. A._ bei seinen Einschätzungen (angefochtenes Urteil S. 63; act. 765, 775). An der Appellationsverhandlung wurden der Beschwerdeführer und Dr. A._ zum Verlauf der chemischen Therapie befragt (act. 948). Letzterer erklärte, der bisherige Therapieverlauf sei eindeutig positiv. Die Gefahr könne aber bei Alkohol- und Kokainkonsum wieder zunehmen. Wenn die Phantasien durch Testosteron angeregt würden, könnte es wieder zu Delikten kommen.
3.2.3 Die Vorinstanz gelangt zum Ergebnis, die Ursachen der Sexualdelinquenz seien vielschichtig. Sie lägen nicht nur im starken Sexualtrieb, sondern vor allem im Ausleben von Frustrationen. Dabei spiele die enthemmende Wirkung von Alkohol und Drogen eine zentrale Rolle. Der Beschwerdeführer habe auch unter Einfluss von Antabus und Androcur einschlägig delinquiert. Auch wenn die Wirkungsweise der neuen testosteronsenkenden Mittel auf der Basis von LH-RH-Analoga eine andere sei, blieben bei dieser Ausgangslage Zweifel an der Beeinflussbarkeit. Vom schwer persönlichkeitsgeschädigten Beschwerdeführer gehe im heutigen Zeitpunkt ein grosses Gefährdungspotential für die Gesellschaft aus. Er habe diverse schwere Sexualdelikte begangen, die Delikte hätten an Intensität zugenommen, und er selber habe auch ein Tötungsdelikt unter unglücklichen Umständen nicht ausgeschlossen. 20 Jahre Therapien seien wirkungslos geblieben. Es bestehe die Gefahr, dass er - wie bereits unter dem Einfluss von Androcur - trotz der Therapie mit LH-RH-Analoga insbesondere unter Alkoholeinfluss weitere Sexual- und Gewaltdelikte begehen werde. Im heutigen Zeitpunkt sei völlig offen und unklar, ob die chemische Kastration bei ihm überhaupt rückfallpräventive Wirkungen entfalten könnte. Diese Therapieform stelle im vorliegenden Fall nicht mehr als eine vage Hoffnung dar. Mangels Therapierbarkeit sei eine Verwahrung gemäss <ref-law> anzuordnen.
Den Antrag auf ein Gutachten zu den Erfolgsaussichten der medizinischen Therapie weist die Vorinstanz ab (act. 960). Zu der von der Staatsanwaltschaft beantragten ambulanten Therapie hält sie fest, auch wenn die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme im heutigen Zeitpunkt mangels Therapierbarkeit nicht gegeben seien, sei es möglich, diese Frage nach einer bestimmten Dauer anders zu beurteilen. Deshalb sei es erforderlich, Therapieversuche im Rahmen der Möglichkeiten auch im Strafvollzug fortzusetzen (vgl. oben E. C).
3.3 Diese Entscheidung verletzt Bundesrecht. Entgegen der vorinstanzlichen Rechtsauffassung darf nicht gemäss <ref-law> angenommen werden, dass die "Anordnung einer Massnahme nach Art. 59 keinen Erfolg verspricht", solange noch Therapiemöglichkeiten bestehen (oben E. 3.1).
Die Vorinstanz folgt in ihrer Annahme einer fehlenden Therapierbarkeit dem Gutachter und stützt sich weiter auf eigene Erwägungen. Der Gutachter hatte indessen in seinem Schreiben vom 30. November 2007 an das Kreisgericht ergänzend zu seinem Gutachten ausgeführt, er habe mit dieser von Dr. A._ vorgeschlagenen Behandlungsmethode der chemischen Kastrationen bei Sexualdelinquenten keine Erfahrung und kenne keine entsprechende Literatur (act. 735). Der Gutachter kann daher in der hier entscheidenden Frage der Therapieaussichten nach dieser Behandlungsmehode nicht als Sachverständiger im Sinne von Art. 56 Abs. 3 und 4 StGB gelten.
Dagegen beurteilte Dr. A._ in seinem Therapiebericht vom 5. Dezember 2007 den Beschwerdeführer als geeignet und motiviert für diese antiandrogene Therapie mit LH-RH-Analoga, welche seine Prognose stark verbessern könnte (act. 756). An der Befragung in der Appellationsverhandlung bezeichnete er den bisherigen Therapieverlauf als eindeutig positiv (act. 958). Er wies weiter darauf hin, dass der Beschwerdeführer an einer dissozialen Persönlichkeitsstörung leide, aber nach PCL-R-SCORE nicht an einer Psychopathie. Wenn er im therapeutisch erreichten Zustand bleibe, könne er keine Sexualdelikte mehr begehen. Er könnte andere Delikte begehen, die aber weniger gewalttätig wären. Die Gefahr könne bei Alkohol- und Kokainkonsum wieder zunehmen. Die Psychotherapie sei in diesem "kastrierten Zustand" effektiver. Es brauche aber mindestens noch ein oder zwei Jahre deliktsorientierte Therapie. Wenn er sich Testosteron spritzen würde, wäre die Therapie gescheitert. Es müsse ihm klar gemacht werden, dass dies die letzte Möglichkeit sei, ihn zu behandeln (act. 954).
Während somit Dr. A._ die von ihm vorgeschlagene Methode ausführlich erläuterte und sie beim Beschwerdeführer nach seiner Darstellung erfolgreich anwandte, fehlte es dem Gutachter in dieser Frage an Erfahrung und Sachkenntnis. Diese Therapieform kann nicht bloss als vage Hoffnung bezeichnet werden, wie das die Vorinstanz gestützt auf den Gutachter tut. Dr. A._ erforscht diese neue Therapiemethode wissenschaftlich. Seine Ausführungen geben die Resultate der beim Beschwerdeführer tatsächlich durchgeführten Therapie wieder. Somit lässt sich nicht mit haltbaren Gründen annehmen, der Beschwerdeführer müsse mangels Therapierbarkeit gemäss <ref-law> verwahrt werden. Vielmehr hätte die Vorinstanz eine sachverständige Begutachtung dieser Therapie anordnen müssen.
4. Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf einzutreten und sie nicht abzuweisen ist, das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen zur Anordnung der Begutachtung gemäss Art. 56 Abs. 3 und 4 StGB und zur Neubeurteilung der Massnahmenfrage.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gegenstandslos geworden. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben. Der Kanton Bern hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist und sie nicht abgewiesen wird. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 25. Juni 2008 wird aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Bern hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 3. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Briw