Faits:
A. Le 18 août 2011, A._, agissant au nom de son fils mineur X._, a déposé plainte pénale contre B._ pour violation d'une obligation d'entretien. Elle lui reprochait d'être systématiquement en retard dans le paiement des frais d'écolage, tels que fixés par convention du 3 mai 2002 puis par jugement d'appel du 10 juin 2008.
Par ordonnance du 19 septembre 2011, le Ministère public du canton de Genève a refusé d'entrer en matière. Le 13 septembre précédent, B._ avait réglé l'ensemble des arriérés d'écolage (soit au total 10'771 fr.), de sorte que l'infraction n'était pas réalisée.
B. Par arrêt du 14 novembre 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté, sans frais, le recours formé contre cette ordonnance. Le retard dans le paiement d'écolages était certes constitutif d'une infraction, mais les art. 8 et 310 al. 1 let. c CPP permettaient de renoncer à toute poursuite lorsque les conditions d'application des art. 52 et 53 CP étaient réalisées. En l'occurrence, l'intimé avait réparé le dommage et l'intérêt à la poursuite était de peu d'importance.
C. Par acte du 16 décembre 2011, A._, agissant pour son fils, forme un recours en matière pénale par lequel elle demande l'annulation de cet arrêt et le renvoi de la cause à la cour cantonale afin qu'une poursuite soit engagée contre l'intimé.
La Chambre pénale de recours a produit le dossier, sans observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours. L'intimé B._ conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée a été rendue en matière pénale au sens de l'<ref-law>. Elle a un caractère final (<ref-law>) et émane de l'autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>). La recourante a agi en temps utile (<ref-law>).
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>. Selon l'<ref-law>, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsque ces faits ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
1.2 Lorsque, comme en l'espèce, le recours est dirigé contre une décision de classement ou de non-entrée en matière, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
1.3 La recourante estime que la décision attaquée empêcherait qu'il soit statué à propos des frais de procédure, ce qui la priverait de l'indemnisation à laquelle elle aurait droit sur ce point, conformément à l'<ref-law>. La recourante ajoute dans ses griefs de fond que le dommage subi ne se limite pas aux arriérés de pensions, mais s'étendrait aux intérêts et frais de recouvrement, ainsi qu'aux frais de la procédure pénale. Cela ne saurait toutefois suffire à fonder sa qualité pour recourir.
Les prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF sont celles qui découlent directement de l'infraction (cf. <ref-law> s'agissant de la notion de lésé). On peut dès lors se demander si les "frais de recouvrement" peuvent faire l'objet de telles prétentions. Quoiqu'il en soit, la recourante n'explique nullement en quoi consisteraient ces frais, ni quel serait leur montant, alors que cette obligation lui incombe. Il en va de même s'agissant des intérêts. Il ressort d'ailleurs de l'arrêt cantonal que l'intimé s'est acquitté de l'entier de la dette échue et réclamée par la recourante, y compris les frais de rappel facturés par l'établissement scolaire. Quant aux frais de la procédure pénale - soit 5'400 fr. de frais d'avocat, selon la note produite en annexe au recours cantonal -, ils ne sauraient constituer une prétention civile au sens de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF puisque l'indemnisation à raison de ces frais est prévue par le droit de procédure (soit notamment l'<ref-law> concernant la partie plaignante). Admettre un droit de recours à raison de telles prétentions permettrait de contourner systématiquement la règle de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, indépendamment des prétentions de fond que la partie plaignante entend élever.
2. Sur le vu de ce qui précède, le recours est irrecevable. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, de même qu'une indemnité de dépens allouée à l'intimé.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de dépens de 1'500 fr. est allouée à l'intimé B._, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 3 avril 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz