Sachverhalt:
A.
Die IBC (Industrielle Betriebe Chur) Energie Wasser Chur überprüfte als Inhaberin der Grundwasserfassungen Rossboden die dortige Schutzzonenausscheidung und passte den Schutzzonenplan sowie das Schutzzonenreglement an. Im geänderten Schutzzonenplan Nr. GR398 / B1 vom 18. Dezember 2008 ist die Parzelle Nr. 1844 im nördlichen Bereich teilweise als Schutzzone S3 und teilweise als Schutzareal (SA) gelb gekennzeichnet. Die Änderungen des Schutzzonenplans wurden am 20. Februar 2009 publiziert und danach 20 Tage öffentlich aufgelegt. Dagegen erhob das eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) Einsprache, mit der es insbesondere beantragte, auf das im Schutzzonenplan vom 18. Dezember 2008 vorgesehene Grundwasserschutzgebiet (bzw. -areal) zu verzichten. Am 25. Januar 2010 wies der Stadtrat Chur die Einsprache ab.
B.
Gegen diesen Einspracheentscheid erhob das VBS eine Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Graubünden. Dieser wies am 20. Dezember 2010 die Beschwerde ab, soweit er darauf eintrat und genehmigte das vom Stadtrat Chur erlassene Schutzzonenreglement für die Grundwasserfassung Rossboden und den Schutzzonenplan vom 18. Dezember 2008. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden wies eine dagegen vom VBS erhobene Beschwerde mit Urteil vom 28. Februar 2013 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Das VBS (Beschwerdeführer) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 28. Februar 2013 aufzuheben und sowohl dem Schutzzonenplan Nr. GR398 / B1 als auch dem Schutzzonenreglement für die Grundwasserfassungen Rossboden vom 18. Dezember 2008 die Genehmigung zu verweigern, soweit das Grundwasserschutzareal gemäss Schutzzonenplan Nr. GR398 / B1 betroffen ist.
Mit Präsidialverfügung vom 18. September 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Das Verwaltungsgericht und der Stadtrat der Stadt Chur schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Regierung des Kantons Graubünden beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, es könne nicht abschliessend beurteilen, ob die bestehende und künftige militärische Nutzung sich mit der Festlegung des Gewässerschutzareals vereinbaren lasse. Der Beschwerdeführer gibt in seiner Replik an, die Parzelle Chur Nr. 1844 werde für Gefechtsübungen mit scharfer Munition genutzt, was in einem Grundwasserschutzareal nicht zulässig sei. Die Regierung des Kantons Graubünden führt in ihrer Replik aus, das umstrittene Schutzareal habe im Schutzzonenplan nur den Charakter eines Hinweises. Die Stadt Chur behauptet in ihrer Replik, die bisherige militärische Nutzung des Gewässerschutzareals sei auch in Zukunft möglich. Der Beschwerdeführer wendet in seiner Duplik ein, entgegen der Annahme der Stadt Chur sei das Grundwasserschutzareal auch ein Zielgebiet für Flachbahn- und Steilfeuerwaffen. Die Stadt Chur widerspricht dieser Angabe in ihrer Triplik. Der Beschwerdeführer verlangt in seiner Quadruplik bezüglich der Nutzung der Ausbildungsplätze als Schiessplatz mit scharfer Munition eine Stellungnahme des BAFU und einen Augenschein. In einer weiteren Eingabe hält die Stadt Chur an ihren bisherigen Ausführungen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt eine gewässerschutzrechtliche Streitigkeit und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde (<ref-law>). Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund (<ref-law>), weshalb die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offensteht.
1.2. Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist mit seinen Anträgen unterlegen und ist als Vertreter der Eigentümerin (Eidgenossenschaft) des Grundstückes Nr. 1844, das im angefochtenen Schutzzonenplan teilweise als Schutzareal gekennzeichnet wird, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt. Er hat daher schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung. Damit ist er gemäss <ref-law> zur Beschwerde legitimiert, zumal er die sich stellende Frage des vorinstanzlichen teilweisen Nichteintretens thematisiert hat (vgl. Urteil 2C_756/2010 vom 19. Januar 2011 E. 1.1, publ. in: StR 66/2011 S. 431). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 95 lit. a, b und c BGG). Die Verletzung des übrigen kantonalen Rechts kann abgesehen von hier nicht relevanten Ausnahmen gemäss Art. 95 lit. c und d BGG vor Bundesgericht nicht gerügt werden; zulässig ist jedoch die Rüge, die Anwendung dieses Rechts führe zu einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des verfassungsmässigen Willkürverbots (<ref-ruling> E. 2 S. 149 f.). Ein Verstoss gegen dieses Verbot liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht wegen Willkür von einem kantonalen Entscheid nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen).
2.
2.1. Gemäss Art. 21 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer vom 24. Januar 1991 (Gewässerschutzgesetz, GSchG, SR 814.20) scheiden die Kantone Grundwasserschutzareale aus, die für die künftige Nutzung und Anreicherung von Grundwasservorkommen von Bedeutung sind. Die Grundwasserschutzareale müssen in den von den Kantonen erstellten Gewässerschutzkarten enthalten sein (Art. 30 der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998; GSchV; SR 814.201).
Im Kanton Graubünden regelt das Einführungsgesetz vom 27. August 1996 zum Bundesgesetz über den Schutz der Gewässer (Kantonales Gewässerschutzgesetz, KGSchG) die Aufgabenteilung zwischen den Gemeinden und dem Kanton (Art. 1 KGSchG). Demnach nimmt die Regierung die Einteilung des Kantonsgebietes in Gewässerschutzbereiche vor und scheidet Grundwasserschutzareale aus (Art. 23 KGSchG). Die Gemeindevorstände scheiden die Schutzzonen um Grundwasser- und Quellfassungen aus. Die Schutzzonenpläne und die dazugehörigen Reglemente bedürfen der Genehmigung durch die Regierung (Art. 24 KGSchG).
2.2. Das Verwaltungsgericht erwog zusammengefasst, gemäss dem kantonalen Gewässerschutzgesetz stelle die Ausscheidung der Gewässerschutzareale durch die Regierung die "Vorarbeit" und die Ausscheidung und Zuweisung der graduell abgestuften Schutzzonen durch Gemeinden die "Feinarbeit" dar. Die Schutzzonenausscheidung der Gemeinden müsse sodann durch die Regierung genehmigt werden, welche damit überprüfe, ob die Abstimmung der Schutzareale und der Schutzzonen korrekt erfolgt sei. Auf das Begehren, die Bewilligung zu verweigern, soweit das Grundwasserschutzareal gemäss Schutzzonenplan Nr. GR398 / B1 betroffen sei, könne nicht eingetreten werden, da dieses Areal gar nicht im vorliegenden Genehmigungsverfahren festgelegt worden sei. Vielmehr sei eine erste Ausscheidung dieses Areals nachweislich bereits Ende der Siebziger- und anfangs der Achtzigerjahre erfolgt und die erste Gewässerschutzkarte sei ebenfalls schon zwischen 1974 sowie 1987 erlassen worden. Das Gewässerschutzareal habe folglich im Rahmen der vorliegend angefochtenen Schutzzonenplanung gar nicht neu ausgeschieden oder substanziell geändert werden können. Dasselbe gelte für die einschlägigen Vorschriften im bisherigen Schutzzonenreglement aus dem Jahre 1987. Mangels Regelungsgegenstands im hier angefochtenen Schutzzonenplan samt Schutzzonenreglement könne auf die Rüge der unzulässigen Ausscheidung des Gewässerschutzareals auch infolge offensichtlicher Verspätung nicht eingetreten werden.
2.3. Der Beschwerdeführer wendet ein, der Umstand, dass im geänderten Schutzzonenplan für die bestehenden Grundwasserfassungen im Bereich Rossboden weiterhin ein Grundwasserschutzareal dargestellt bleibe, bringe zum Ausdruck, dass in diesem Bereich künftige Grundwassernutzungen vorgesehen seien. Dies schaffe eine neue Situation, welche eine neurechtliche Beurteilung der Betriebsbeschränkungen im Grundwasserschutzareal erfordere und dazu führen könne, dass die bisherige Nutzung des Areals als Schiessplatz nicht mehr zulässig sei. Selbst wenn zutreffe, dass bereits vor rund 30 Jahren das betreffende Gewässerschutzareal festgesetzt worden sei, werde im bestrittenen Schutzzonenplan ein Grundwasserschutzareal nach geltendem Recht mit all seinen Rechtsfolgen festgesetzt. Dieses Grundwasserschutzareal sei damit sehr wohl Regelungsgegenstand des angefochtenen Schutzzonenplans, der öffentlich aufgelegt und innert Frist angefochten worden sei. Das Verwaltungsgericht trete daher zu Unrecht nicht auf die entsprechenden Rügen ein und begehe damit eine Rechtsverweigerung.
2.4. Die Zuständigkeit für die Ausscheidung von Grundwasserschutzzonen im Sinne von <ref-law> wird durch das kantonale Recht bestimmt, dessen Anwendung vom Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft wird. Der Beschwerdeführer legt nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Annahme, dass im Kanton Graubünden gemäss Art. 23 KGSchG die Regierung zum Ausscheiden von Grundwasserschutzarealen zuständig sei, willkürlich sein soll. Damit ist es auch vertretbar anzunehmen, den Angaben des Gemeindevorstands in einem Schutzzonenplan über Grundwasserschutzareale komme keine konstitutive Wirkung, sondern nur Informationscharakter zu. Das Verwaltungsgericht hat daher das Willkürverbot nicht verletzt, wenn es im vorliegenden Verfahren auf die Rüge der unzulässigen Ausscheidung des Gewässerschutzareals nicht eintrat.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer ficht die Zuweisung eines Teils der Parzelle Nr. 1844 zur Schutzzone S3 nicht an. Bezüglich des restlichen Parzellenbereichs, der sich weiterhin im Gewässerschutzareal befindet, bewirkt der angefochtene Entscheid gemäss der vorstehenden Erwägung keine Änderung. Damit ist im vorliegenden Verfahren nicht darüber zu entscheiden, welche Nutzungen in diesem Teilbereich zulässig sind. Die vorinstanzlichen Erwägungen zu dieser Frage sind daher nicht entscheiderheblich, weshalb auf die dagegen gerichtete Kritik des Beschwerdeführers nicht einzutreten ist. Insoweit erübrigt sich auch die Durchführung eines Augenscheins.
3.2. Da der angefochtene Entscheid keine Neuausscheidung eines Gewässerschutzareals bewirkt, ist unerheblich, ob eine solche Ausscheidung als materielle Enteignung qualifiziert werden könnte. Auf die Ausführungen des Beschwerdeführers zu dieser Frage ist daher nicht einzutreten.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da es dem unterliegenden Beschwerdeführer überwiegend um die Weiterführung der seinem amtlichen Wirkungskreis entsprechenden Nutzung des Areals geht, sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Stadt Chur, der Regierung des Kantons Graubünden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. April 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Gelzer