Faits:
A. Le 25 octobre 2010, A._ et B._ ont déposé plainte pénale pour escroquerie, faux dans les titres et concurrence déloyale. Après l'adjudication à D._ des travaux de rénovation d'une école, les plaignantes, soumissionnaires évincées, avaient constaté que les travaux avaient été exécutés avec des matériaux (carrelage) d'une valeur inférieure à ce que prévoyait la soumission. L'adjudicataire (soit le Département cantonal des constructions et des technologies de l'information, DCTI) et les autres soumissionnaires auraient ainsi été trompés.
B. Par ordonnance du 12 décembre 2011, le Ministère public du canton de Genève a refusé d'entrer en matière. La modification du carrelage avait eu lieu avec l'accord du DCTI. Le litige était essentiellement de nature administrative et le Tribunal administratif cantonal avait déclaré irrecevable, le 2 mars 2010, le recours formé contre l'adjudication (cf. arrêt 2C_337/2010 du 26 juillet 2010 confirmant cette décision).
Par arrêt du 24 février 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a déclaré irrecevable le recours formé par les plaignantes. La soumission présentée par celles-ci était d'emblée vouée à l'échec puisque les consortiums étaient exclus dans l'appel d'offres. Les infractions dénoncées n'étaient donc pas la cause de leur éviction et les plaignantes n'étaient donc pas directement lésées par celles-ci.
C. A._ et B._ forment un recours en matière pénale par lequel elles demandent l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à la Chambre pénale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Chambre pénale de recours se réfère à son arrêt, sans observations. Le Ministère public conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. C._ s'en rapporte à justice. Les recourants ont ensuite déclaré persister dans leurs conclusions.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée a été rendue en matière pénale au sens de l'art. 78 LTF. Elle a un caractère final (art. 90 LTF) et émane de l'autorité cantonale de dernière instance (art. 80 LTF). Les recourantes ont agi en temps utile (art. 100 al. 1 LTF).
2. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO. Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsque ces faits ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
2.1 Lorsque, comme en l'espèce, le recours est dirigé contre une décision de classement ou de non-entrée en matière, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
2.2 Les recourantes ne s'expriment pas du tout sur cette question. Elles se contentent de relever que leur offre avait été déclarée recevable par l'autorité d'adjudication et qu'elles seraient lésées par les infractions dénoncées, sans toutefois indiquer en quoi consisterait leurs prétentions civiles et quel serait leur montant. On ne voit pas non plus d'emblée et sans ambiguïté quelles prétentions civiles seraient susceptibles d'être invoquées dans le cas particulier, compte tenu notamment de la nature essentiellement administrative du litige.
2.3 Les recourantes prétendent certes que la contestation porterait sur leur droit de porter plainte. Il n'en est rien: la plainte n'a été écartée pour aucun des motifs énoncés aux art. 30 ss CP, mais pour des raisons de fond liées à l'absence d'infraction. L'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF est dès lors inapplicable.
2.4 Il s'ensuit que le recours est irrecevable en tant qu'il porte sur le fond de la cause. Les recourantes ne sont dès lors pas recevables à remettre en cause le refus d'entrer en matière sur leur plainte en critiquant l'appréciation des faits et leur qualification juridique par les autorités cantonales.
3. Selon la jurisprudence, le plaignant qui n'a pas la qualité pour recourir sur le fond peut en revanche se plaindre d'une violation de droits que la loi de procédure applicable ou le droit constitutionnel lui reconnaît comme partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel. Les griefs soulevés ne doivent toutefois pas constituer des moyens liés au fond (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44, 29 consid. 1.9 p. 40; <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 232 s. et les références citées).
3.1 En l'occurrence, les recourantes pourraient être recevables à se plaindre de l'irrecevabilité de leur recours cantonal, en faisant valoir que celui-ci constitue un déni de justice formel et en invoquant à cet égard leurs droits de parties recourantes. Selon l'arrêt cantonal, la soumission des recourantes aurait dû être déclarée irrecevable car elle provenait d'un consortium. Les infractions dénoncées ne pouvaient être la cause de l'éviction des recourantes, lesquelles ne subissaient dès lors pas de dommage direct et n'avaient pas la qualité de lésées. Les recourantes contestent que leur offre ait été déclarée irrecevable, affirmant au contraire qu'elle figurait en troisième position sur les quatre candidats ayant présenté une offre recevable.
3.2 Le motif d'irrecevabilité retenu par la cour cantonale, ainsi que les griefs soulevés à cet égard, sont indissociablement liés au fond puisqu'ils dépendent de l'existence d'un dommage en relation directe avec l'infraction.
La question de la recevabilité du recours peut toutefois demeurer indécise, car les griefs soulevés devraient de toute façon être écartés sur le fond.
3.3 Les recourantes se plaignent en vain d'une violation de l'art. 382 CPP puisque l'arrêt attaqué est fondé sur les notions de lésé et de partie plaignante, qui figurent aux art. 115 et 118 CPP. En outre, contrairement à ce que soutiennent les recourantes, l'arrêt cantonal ne retient pas que leur offre aurait été déclarée irrecevable. Il précise au contraire que l'offre semblait avoir été prise en considération. La cour cantonale a néanmoins considéré que les recourantes avaient pris part à l'adjudication sous la forme d'une association, ce qui était interdit au point 3.6 de l'appel d'offre. Ces considérations ressortent du rapport d'adjudication du 18 août 2009, de l'arrêt du Tribunal administratif genevois du 2 mars 2010 (consid. 5 en fait et 3b en droit) et de l'arrêt du Tribunal fédéral du 26 juillet 2010 (consid. A. en fait et 3 en droit) et ne sauraient dès lors être considérées comme arbitraires. Il en résulte que, même si l'offre a été dûment notée et, apparemment, considérée comme recevable, elle était de toute façon "vouée à l'échec" comme le retient l'arrêt cantonal, indépendamment des agissements que les recourants reprochent à leur concurrent. Faute d'être directement lésées par l'infraction, les recourantes pouvaient se voir dénier la qualité de partie plaignante au sens de l'art. 118 CPP.
4. Dans la mesure où il est recevable, le recours doit dès lors être rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, un émolument judiciaire est mis à la charge des recourantes. Il n'est pas alloué de dépens, l'intimé C._ n'ayant pas procédé.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr. sont mis à la charge des recourantes. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 20 juin 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz