Faits:
A. Par ordonnance pénale du 8 mai 2012, la Commission de police de Vallorbe a condamné X._, pour infraction à la loi vaudoise sur le contrôle des habitants (LCH/VD; RSV 142.01), à une amende de 250 fr., peine de substitution de 2 jours. Celui-ci a formé opposition le 24 mai 2012.
Par prononcé du 4 septembre 2012, le Président du Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a constaté la tardiveté de l'opposition.
B. Par arrêt du 7 janvier 2013, le Juge de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours formé par X._ contre ce prononcé.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de dépens, à sa réforme en ce sens qu'il est constaté que l'ordonnance pénale du 8 mai 2012 n'a pas été notifiée régulièrement et que la cause est renvoyée en instance cantonale; subsidiairement, il conclut à l'annulation.

Considérant en droit:
1. Contestant que le centre de ses intérêts se trouve en Suisse, le recourant se plaint d'une appréciation arbitraire des faits.
1.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (<ref-ruling>). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 ; <ref-ruling> consid. 6 p. 397).
1.2 Le recourant se réfère à des pièces produites en instance cantonale. L'autorité précédente a déclaré les pièces produites devant elle irrecevables. Le recourant ne cherche pas à démontrer qu'elle aurait ainsi appliqué arbitrairement le droit de procédure, de sorte que c'est en vain qu'il se réfère au contenu des pièces qui n'aurait pas été pris en compte. Pour le reste, il discute librement des éléments factuels dans une argumentation purement appellatoire, qui est irrecevable (cf. supra consid. 1.1 in fine). Son grief tiré d'une constatation arbitraire des faits est irrecevable.
2. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>, en référence aux <ref-law> et 20 al. 1 let. a LDIP quant à la notion de domicile.
2.1 L'ordonnance pénale du 8 mai 2012 est fondée sur le droit cantonal, en particulier l'art. 24 LCH/VD, dont l'al. 2 renvoie pour la procédure à la loi vaudoise sur les contraventions (LContr/VD; RSV 312.11). L'art. 10 de cette loi prévoit notamment que sauf disposition contraire, le CPP est applicable à la répression des contraventions de droit cantonal selon les dispositions relatives à l'ordonnance pénale.
Il résulte de ce qui précède que le CPP n'est pas applicable directement s'agissant d'une infraction de droit cantonal (cf. <ref-law>). Il l'est à titre de droit cantonal supplétif. L'application du droit cantonal, y compris le droit fédéral appliqué à titre de droit cantonal supplétif, est uniquement examinée par le Tribunal fédéral sous l'angle d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 et consid. 4.4.1). Il incombe à cet égard au recourant d'exposer une argumentation spécifique qui réponde aux exigences accrues de motivation déduites de l'<ref-law>.
2.2 Le recourant ne formule aucun argumentaire précis et spécifique quant à une application arbitraire de l'<ref-law>. Il se limite à une libre discussion sur cette disposition. De la sorte, il ne respecte pas les exigences posées par l'<ref-law>. Son grief est irrecevable. Au demeurant, l'autorité précédente a notamment mis en avant que d'après un rapport de police du 2 mai 2012, le recourant habitait toujours à Vallorbe, où il était copropriétaire avec son épouse de l'immeuble, qu'il disposait d'un véhicule immatriculé dans le canton de Vaud, qu'il exerçait encore une activité professionnelle à Lausanne, que sa domiciliation au Brésil était uniquement liée aux impératifs de la procédure de naturalisation brésilienne, qu'il prétendait certes être séparé de son épouse mais n'avait entrepris aucune démarche judiciaire, que l'ordonnance pénale avait été remise à celle-ci qui était sur le point de le rejoindre au Brésil, que l'adresse à Lausanne qu'il invoquait également ne pouvait prévaloir sur celle de Vallorbe. Au vu des différents éléments pris en compte, il n'apparaît pas arbitraire, c'est-à-dire manifestement insoutenable, de considérer que le recourant a conservé le centre de ses intérêts en Suisse et que par conséquent, une notification de l'ordonnance pénale à Vallorbe ne viole pas l'<ref-law>. Supposé recevable, le grief serait infondé.
3. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant soutient que l'autorité précédente a violé son droit d'être entendu en ne traitant pas le grief soulevé en instance cantonale à propos d'une violation de l'art. 19 LContr/VD. Selon lui, cette disposition déroge à l'<ref-law> et exclut la validité d'une notification faite non pas au destinataire directement mais à l'un de ses proches vivant dans le même ménage.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 84; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les références citées). Une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 127; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 248; <ref-ruling> consid. 2b p. 102).
L'art. 19 LContr/VD invoqué par le recourant prévoit que "l'ordonnance rendue par l'autorité compétente est immédiatement notifiée au contrevenant, au Ministère public, aux autres personnes concernées ainsi qu'au dénonciateur, y compris l'autorité administrative dénonciatrice". A sa lecture, on comprend que cette disposition vise à définir le cercle des destinataires de la décision (cf. aussi en ce sens, Exposé des motifs et projets de lois du Conseil d'Etat vaudois de septembre 2008 [projet codex_2010], p. 74 et 172). Le terme "immédiatement", que l'on trouve également aux art. 4 al. 2, 13 al. 2 et 14 al. 2 LContr/VD, s'entend dans son sens temporel, c'est-à-dire que l'ordonnance doit être notifiée tout de suite après son prononcé, autrement dit sans délai. Le recourant n'apporte aucun élément de conviction qui imposerait par rapport à l'art. 19 LContr/VD de privilégier une autre acception possible du terme "immédiatement", soit "sans intermédiaire" comme il le soutient. Dans ces conditions, l'autorité précédente ne peut se voir reprocher, au titre de la violation du droit d'être entendu, de n'avoir pas réfuté, même implicitement, un moyen objectivement dénué de pertinence. L'autorité précédente pouvait concentrer son analyse à la conformité de la notification au regard de l'<ref-law>. Le grief est infondé.
4. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Juge de la Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 21 mai 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Schneider
La Greffière: Livet