Sachverhalt:
A. Die Baukommission Rüschlikon verweigerte der X._ AG am 4. Oktober 2006 die baurechtliche Bewilligung für die Errichtung von zwei Plakatwerbestellen im Format F200 an der Eggstrasse in Rüschlikon.
Das Baugrundstück (Kat.-Nr. 5535) liegt in der Gewerbezone und ist mit einem Eselstall überbaut; ansonsten dient es als Weide und Auslauf für die Tiere. Im Westen grenzt es an die Autobahn A3, im Osten an die Richtung Thalwil führende Zürcherstrasse und im Norden an die Eggstrasse. Diese verbindet die beiden Kreisel der Autobahnausfahrt mit einer Autobahnbrücke. Die streitigen Plakatstellen befinden sich im Bereich der nördlichen Grundstücksgrenze, quer zur Fahrbahn der Eggstrasse.
B. Gegen die Bauverweigerung rekurrierte die X._ an die Baurekurskommission II des Kantons Zürich. Diese nahm einen Augenschein vor und wies den Rekurs am 26. Juni 2007 ab.
C. Gegen den Rekursentscheid erhob die X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 7. November 2007 ab.
D. Dagegen hat die X._ am 15. Januar 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Plakatstellen bewilligungsfähig seien. Eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht oder an die Baukommission zu neuem Entscheid zurückzuweisen.
E. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Rüschlikon und die Baurekurskommission schliessen auf Beschwerdeabweisung.
F. Im zweiten Schriftenwechsel hielten die Beteiligten, soweit sie sich nochmals äusserten, an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid, der die Verweigerung der Baubewilligung bestätigt, steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG). Vorbehältlich genügend begründeter und zulässiger Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 BGG) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Baukommission Rüschlikon ging davon aus, trotz der Nähe zur Autobahn finde man in dieser Umgebung eine ländliche gepflegte Atmosphäre mit viel Wiese, Grünraum ("Duttipark"), Bäumen und Sträuchern vor. Die projektieren Plakatwerbeträger bildeten an diesem offenen Standort einen ausgeprägten und dominanten Blickfang und einen Fremdkörper in Bezug auf den grünen Umschwung. Sie minderten die durchgrünte und ein einheitliches Bild vermittelnde Umgebung in ihrer optischen Wirkung herab und träten in einen störenden Kontrast. Gerade längs von stark befahrenen Strassen, zu denen die Eggstrasse zweifellos gehöre, bestehe ein erhebliches öffentliches Interesse an der Erhaltung eines intakten und durchgrünten Strassenbildes. Zusammen mit dem knapp 100 m weiter westlich bestehenden Plakatwerbeträger würde eine nicht zulässige Massierung entstehen, welche der örtlichen Umgebung zudem einen unerwünschten anonymen Charakter verleihen würde. Die Baukommission verweigerte das Bauvorhaben daher gestützt auf § 238 Abs. 1 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG).
Die Baurekurskommission nahm an, dass der ebenfalls östlich der Autobahn gelegene, nur durch die Zürichstrasse vom Baugrundstück getrennte "Park im Grüene" ("Duttipark") die gesamte für die Plakatstellen massgebliche Umgebung präge. Seine Bäume und das in Ziegelrot gehaltene Eingangsgebäude bildeten für Fahrzeuglenker, die von der Autobahnbrücke her Richtung Osten fahren, den Hintergrund für die Werbeträger. Mit dem Eingangsbereich seien in den letzten Jahren auch die Parkierungsanlage und die gesamte Verkehrsführung rund um den Park optimiert und sorgfältig gestaltet worden; auch die weitere Umgebung werde klar von Bäumen und Grünflächen dominiert. Die tiefer gelegene Autobahn falle dabei optisch nicht wesentlich ins Gewicht. Das Baugrundstück selber bestehe aus Wiesland mit lockerem Baumbestand im nördlichen Bereich und beherberge eine Gruppe von Eseln, die innerhalb des "Parks im Grüene" jeweils von Kindern geritten werden könnten und die auch oft auf ihrer Wiese besucht würden. Von einem nutzlosen Brachgrundstück könne somit nicht ausgegangen werden; vielmehr zähle auch das Baugrundstück zum Erholungsgebiet für die Bevölkerung. Dass es der Gewerbezone zugeteilt sei und dereinst überbaut werden könnte, sei für die Beurteilung des Baugesuchs unerheblich. Die Plakatstellen stünden somit alleine und ohne Zusammenhang vor dem begrünten Hintergrund. Die Beurteilung, die Werbeträger würden deshalb an diesem Standort als Fremdkörper wirken und sich nicht befriedigend in die Umgebung einordnen, sei somit als nachvollziehbarer Ermessensentscheid der Vorinstanz zu schützen.
Das Verwaltungsgericht bestätigte diese Beurteilung. Zwar gehöre das Baugrundstück nicht direkt zum "Park im Grüene". Bei der Beurteilung der Einordnungsfrage dürfe jedoch nicht nur auf die unmittelbare Umgebung abgestellt werden, sondern es sei eine umfassende Würdigung aller massgeblichen Gesichtspunkte vorzunehmen. Der Einbezug der weiteren Umgebung - und damit auch des benachbarten Erholungsparks - sei daher nicht zu beanstanden.
3. Die Beschwerdeführerin rügt, die Abweisung des Baugesuchs sei willkürlich (Art. 9 BV) und verletze ihre Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV).
3.1 Die Nichtbewilligung der beantragten Plakatstellen berührt die Beschwerdeführerin als Plakatgesellschaft in ihrer Wirtschaftsfreiheit. Diese kann unter den in Art. 36 BV genannten Voraussetzungen eingeschränkt werden. Handelt es sich - wie im vorliegenden Fall - um einen leichten Eingriff, so genügt als gesetzliche Grundlage ein Gesetz im materiellen Sinn oder eine Generalklausel (<ref-ruling> E. 4 S. 339), deren Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft (<ref-ruling> E. 14.2 S. 362).
Im Folgenden ist daher zu prüfen, ob die kantonalen Instanzen § 238 PBG willkürlich gehandhabt haben (vgl. dazu S. 18 Beschwerdeschrift). Soweit die Beschwerdeführerin eine einfache Verletzung von § 238 Abs. 1 PBG rügt (Beschwerdeschrift S. 9-12), ohne darzulegen, inwiefern die diesbezüglichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts willkürlich sind, genügt ihre Beschwerde den qualifizierten Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 BGG nicht, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt in erster Linie, die Vorinstanzen hätten ausser Acht gelassen, dass die Wiese, die sich im Hintergrund der beantragten Plakatstellen erstrecke, der Gewerbezone zugeordnet sei und Pläne für ihre Überbauung bestünden.
In diesem Zusammenhang rügt die Beschwerdeführerin ungenügende Sachverhaltsabklärungen und eine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 BV: Die Gemeinde Rüschlikon habe nie erwähnt, dass ein privater Gestaltungsplan für den Bau eines Hotels auf der hinter den Plakatstellen liegenden Wiese bewilligt worden sei. Inzwischen sei der private Gestaltungsplan "Park im Grüene Teil West", der auch das Baugrundstück Nr. 5535 umfasse, wieder revidiert worden; anstatt des Baubereichs Hotel sei neu ein Baubereich für die Erstellung eines Einkaufszentrums samt zugehörigen Parkplätzen vorgesehen. Auch dieses, während des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens laufende Planungsverfahren habe die Gemeinde Rüschlikon verschwiegen.
Die Baukommission habe die geplante Hotelüberbauung mit keinem Wort erwähnt, obwohl die Beschwerdeführerin am Augenschein sowie mit Schreiben vom 22. Mai 2007 ausdrücklich darauf aufmerksam gemacht habe. Das Verwaltungsgericht habe der gewerblichen Planung zu Unrecht keine Bedeutung beigemessen, weil sich ein Hotel mittels einer entsprechenden architektonischen Gestaltung auch in den Charakter einer "Grünzone" einordnen könne. Dies sei willkürlich, weil es sich um eine Gewerbezone handle.
3.2.1 Der private Gestaltungsplan "Park im Grüene, Teil West" wurde am 22. Juni 1995 von der Gemeindeversammlung beschlossen und am 8. November 1995 vom Regierungsrat genehmigt. Auf dem Zonenplan der Gemeinde Rüschlikon wird der Perimeter des bestehenden Gestaltungsplans durch eine gestrichelte Linie angezeigt.
Der private Gestaltungsplan umfasst u.a. das Gelände zwischen Egg- und Zürcherstrasse östlich der Autobahn, und sieht dort eine Zone H für Hotelnutzung vor. Gemäss Art. 6 der besonderen Bestimmungen des Gestaltungsplans ist der ganze, innerhalb des Perimeters liegende und nicht von Bauten und Erschliessungsanlagen beanspruchte Bereich als Erweiterung des "Parks im Grüene" zu gestalten.
Nachdem eine Hotelnutzung an diesem Standort unter ökonomischen Gesichtspunkten nicht mehr realisierbar erschien, beabsichtigte die "Stiftung im Grüene" das Teilgebiet neu einem Bereich G für die Erstellung eines Gebäudes mit Dienstleistungen und Verkauf zuzuordnen. Die Teilrevision Privater Gestaltungsplan "Park im Grüene Teil West" sieht einen Baubereich mit einer Verkaufsfläche von maximal 2'400 m2 vor. In ihrer Vernehmlassung an das Verwaltungsgericht vom 21. September 2007 wies die Gemeinde darauf hin, dass eine Revision des privaten Gestaltungsplans hängig sei (S. 3 Ziff. 3 a.E.).
Am 5. Dezember 2007 wurde die Teilrevision von der Gemeindeversammlung Rüschlikons beschlossen. Dieser Beschluss erfolgte somit nach dem angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts; zudem liegt die Zustimmung des Regierungsrats noch nicht vor. Insofern kann der revidierte private Gestaltungsplan im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden.
3.2.2 Alle Instanzen gingen zutreffend davon aus, das Grundstück liege in der Gewerbezone; dies wird im Sachverhalt wie auch in den Erwägungen des Verwaltungsgerichts ausdrücklich erwähnt. Insofern ist der Ausdruck "Grünzone" in den Erwägungen des Verwaltungsgerichts untechnisch im Sinne einer begrünten, unüberbauten Fläche zu verstehen.
Beiden Vorinstanzen war auch der damals geltende private Gestaltungsplan für Hotelnutzung bekannt, auf den die Beschwerdeführerin ausdrücklich hingewiesen hatte. Die Baurekurskommission hielt jedoch die Einteilung des Grundstücks in die Gewerbezone und die Möglichkeit, dass es dereinst überbaut werden könne, für die Einordnungsfrage für unerheblich, weshalb es den Gestaltungsplan nicht weiter erwähnte. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, die Zuordnung des Grundstücks zur Gewerbezone, die grundsätzlich keine allzu hohen Ansprüche an die bauliche Ästhetik stelle, spreche nicht zugunsten von Reklameanlagen, denn diese wirkten für den Betrachter als eigenständiges Gestaltungselement. Daran vermöge auch die Tatsache, dass auf der östlichen Seite ein Gestaltungsplan für eine Hotelnutzung bewilligt worden sei, nichts zu ändern, zumal sich ein Hotel mittels einer entsprechenden architektonischen Gestaltung auch in den Charakter einer Grünzone einordnen lasse, im Gegensatz zu den anbegehrten Plakatwerbestellen.
3.2.3 Diese Erwägungen können nicht als willkürlich bezeichnet werden. Solange noch keine konkreten Baupläne vorliegen, erscheint es vertretbar, für die Einordnung der Plakatstellen auf den bestehenden Zustand abzustellen, hier also auf die unüberbaute Wiese. Zum Einen ist die Realisierung der geplanten Nutzung ungewiss, wie gerade der vorliegende Fall zeigt: Der private Gestaltungsplan mit Hotelnutzung wurde 1995 beschlossen, aber nie realisiert. Zum Anderen standen aufgrund des Gestaltungsplans Charakter und Gestaltung der Überbauung noch nicht fest, weshalb noch nicht beurteilt werden konnte, ob die projektierten Plakatwerbestellen zusammen mit einer allfälligen künftigen Hotelüberbauung eine befriedigende Gesamtwirkung i.S.v. § 238 Abs. 1 PBG erreichen würden.
Es ist im Übrigen nicht ersichtlich, dass die Berücksichtigung des privaten Gestaltungsplans zu einem für die Beschwerdeführerin vorteilhafteren Ergebnis geführt hätte: Nach dem im Zeitpunkt des baurechtlichen Entscheids geltenden (wie auch nach dem revidierten) Gestaltungsplan ist ein ca. 30 bis 50 m breiter Streifen der Parzelle Nr. 5535 längs der Eggstrasse nicht überbaubar. Dieser Bereich muss nach Art. 6 der Besonderen Bestimmungen als Erweiterung des "Parks im Grüene" gestaltet werden. Insofern handelt es sich nicht um eine beliebige Gewerbezone, sondern um eine Fläche, die einen engen Bezug zum Park aufweist und für die erhöhte Gestaltungsanforderungen gelten.
3.3 Weiter rügt die Beschwerdeführerin, das Argument der Massierung von Werbeplakaten sei willkürlich, weil sich keine weiteren Plakatstellen in Sichtdistanz befänden. Die diesbezügliche Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanzen sei offensichtlich falsch.
Wie der von der Beschwerdeführerin eingereichte Übersichtsplan belegt, gibt es an der Eggstrasse, unmittelbar westlich der Autobahnbrücke, mehrere Plakatstellen (von denen eine schon zur Zeit des Entscheids der Baukommission bestand; die drei anderen, der Beschwerdeführerin gehörenden Plakatstellen wurden seither bewilligt). Auch wenn diese nicht in direktem Sichtkontakt mit den beantragten Stellen östlich der Autobahnbrücke stehen, würde sich doch für Autofahrer, welche die Eggstrasse Richtung Thalwil befahren, eine Abfolge von Plakatstellen vor und nach der Autobahnbrücke ergeben, die als Massierung empfunden werden könnte. Insofern erweist sich auch diese Begründung nicht als willkürlich.
Im Übrigen handelt es sich lediglich um eine Hilfsbegründung: Sowohl die Baukommission als auch die Rechtsmittelinstanzen stützten die Bewilligungsverweigerung in erster Linie auf die mangelnde Einordnung der Plakatträger vor dem begrünten Hintergrund.
3.4 Nach dem Gesagten konnte die Bewilligung gestützt auf § 238 Abs. 1 PBG verweigert werden, weshalb die Beschränkung der Wirtschaftsfreiheit auf einer gesetzlichen Grundlage beruht. Es besteht ein öffentliches Interesse an der Erhaltung des vorhandenen Grünraums entlang stark befahrener Strassen sowie in unmittelbarer Nähe des "Parks im Grüene" als wichtigem Erholungsgebiet. Die Ablehnung der beiden Plakatwerbestellen erscheint auch nicht unverhältnismässig, zumal der Beschwerdeführerin drei weitere Plakatwerbestellen in der näheren Umgebung, u.a. an der Eggstrasse, bewilligt worden sind.
4. Die Beschwerdeführerin rügt weiter eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots (Art. 8 Abs. 1 BV), weil in ca. 100 bis 120 m Entfernung, an einem auf der anderen Seite der Autobahn liegenden Kreisel, eine Plakatstelle unmittelbar vor dem Wald bewilligt worden sei. Die Gemeinde habe diesen Standort aufgrund der angrenzenden industriell genutzten Gewerbezonen und der das Blickfeld dominierenden Autobahnbrücke bewilligt. Auch im vorliegenden Fall sei eine gewerbliche Nutzung in unmittelbarer Umgebung geplant (Hotel bzw. Einkaufszentrum) und auch hier dominiere die Autobahnbrücke.
Allerdings liegt das Vergleichsobjekt westlich der Autobahn und weist keinen Sichtbezug zum "Park im Grüene" auf; schon insoweit ist die Situation mit der vorliegenden nicht vergleichbar. Hinzu kommt, dass dort bereits eine Gewerbeüberbauung realisiert wurde, die Parzelle Nr. 5535 und die angrenzenden Grundstücke dagegen noch unbebaut sind. Es bestehen daher sachliche Unterschiede, die eine unterschiedliche Behandlung beider Standorte rechtfertigen.
Im Übrigen hat das Verwaltungsgericht zutreffend festgehalten, dass eine allfällige rechtswidrige Erteilung von Bewilligungen für Plakatwerbestellen in einzelnen Fällen der Beschwerdeführerin noch keinen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht einräumen würde.
5. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Art. 77 der Züricher Kantonsverfassung vom 27. Februar 2005 (KV/ZH; in Kraft seit dem 1. Januar 2006) und Art. 29 Abs. 1 BV. Diese Bestimmungen verlangten eine wirksame Überprüfung der Anwendung von § 238 Abs. 1 PBG. Die Baurekurskommission habe zu Unrecht "Zurückhaltung geübt" und damit auf die ihr an sich zustehende Ermessenskontrolle verzichtet, was eine formelle Rechtsverweigerung darstelle und eine wirksame Kontrolle verhindert habe. Das Verwaltungsgericht sei auf eine Rechts- und Sachverhaltskontrolle beschränkt und könne daher das Ermessen nicht mehr überprüfen. Dadurch entstehe ein "Gemeindebonus", innerhalb dessen die Gemeinden ohne jegliche wirksame Kontrolle nach Belieben agieren könnten, obwohl Grundrechte der Gesuchsteller (Eigentumsgarantie, Wirtschaftsfreiheit) auf dem Spiel stünden.
5.1 Diese - das kantonale Recht und Grundrechte betreffenden - Rügen hat die Beschwerdeführerin erstmals vor Bundesgericht erhoben, weshalb fraglich ist, ob darauf eingetreten werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 640 mit Hinweisen zur grundsätzlichen Unzulässigkeit neuer rechtlicher Vorbringen im Anwendungsbereich von Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Frage kann jedoch offen bleiben, weil die Rügen jedenfalls unbegründet sind.
5.2 Offen bleiben kann auch, ob Art. 77 KV/ZH, der für Anordnungen, die im Verwaltungsverfahren ergangen sind, die wirksame Überprüfung durch eine Rekursinstanz sowie den Weiterzug an ein Gericht gewährleistet, überhaupt ein Recht auf Ermessenskontrolle einräumt, weil die Baurekurskommissionen des Kantons Zürich auch die Ermessensausübung durch die unteren Instanzen überprüfen können (Alfred Kölz/Jürg Bosshart/Martin Röhl, VRG-Kommentar, 2. Aufl., § 20 N. 17).
5.3 Allerdings wird diese Überprüfungsbefugnis durch die Gemeindeautonomie eingeschränkt (Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., N. 19), die ebenfalls in der Kantonsverfassung gewährleistet wird (Art. 85 KV/ZH). Gemeindeautonomie besteht immer dann, wenn das kantonale Recht für einen Sachbereich keine abschliessende Ordnung trifft, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei einen relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auch auf einen Entscheidungsspielraum bei der Anwendung des kantonalen Rechts beziehen (<ref-ruling> ff.). Massgebend ist, dass die Gemeinde eigene Regelungen oder Entscheidungen treffen und dabei ihren besonderen Verhältnissen und Bedürfnissen Rechnung tagen kann (Tobias Jaag in: Häner/Rüssli/Schwarzenbach, Kommentar zur Zürcher Kantonsverfassung, Zürich 2007, Art. 85 N. 7 S. 801/802).
Typischer Anwendungsfall ist die Handhabung von § 238 Abs. 1 PBG: Nach ständiger Praxis von Baurekurskommissionen und Verwaltungsgerichts steht der kommunalen Baubehörde bei der Anwendung dieser Ästhetikvorschrift ein besonderer Ermessensspielraum zu, der im Rechtsmittelverfahren zu beachten ist. Trotz ihrer grundsätzlich umfassenden Kognition hat sich die Baurekurskommission deshalb bei der Überprüfung solcher Entscheide Zurückhaltung aufzuerlegen. Ist der Einordnungsentscheid einer kommunalen Baubehörde nachvollziehbar, das heisst, beruht er auf einer vertretbaren Würdigung der massgebenden Sachumstände, so hat die Baurekurskommission diesen zu respektieren und darf das Ermessen der kommunalen Behörde nicht durch ihr eigenes ersetzen (Entscheid 1P.678/2004 vom 21. Juni 2005 E. 3, publ. in ZBl 107/2006 S. 430).
Hätte die Baurekurskommission sich keine Zurückhaltung auferlegt und stattdessen eine eigene, umfassende Beurteilung der Gestaltung und der Eingliederung des Bauvorhabens vorgenommen, bei der zwangsläufig persönliche Anschauungen und subjektives Empfinden und damit Ermessenselemente mitspielen, hätte es die Gemeindeautonomie verletzt. Die von der Baurekurskommission geübte "Zurückhaltung" ist somit die notwendige Konsequenz der der Gemeinde Rüschlikon in Einordnungsfragen zustehenden Autonomie und stellt keine Rechtsverweigerung i.S.v. Art. 29 Abs. 1 BV dar.
Wie die ausführlichen Erwägungen der Baurekurskommission, gestützt auf den von ihr vorgenommenen Augenschein, zeigen, nahm diese trotz der gebotenen Zurückhaltung eine ernsthafte Überprüfung des angefochtenen Entscheids vor. Eine weiterreichende Prüfung verlangt - jedenfalls im Bereich der Gemeindeautonomie - auch Art. 77 Abs. 1 KV/ZH nicht.
6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Die Gemeinde Rüschlikon, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG). Entgegen der Auffassung der Gemeinde war die Beschwerdeschrift auch nicht derart umfangreich und die aufgeworfenen Fragen von so grundsätzlicher Natur, dass eine Ausnahme von dieser Regel gemacht werden müsste.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Rüschlikon, Baukommission, der Baurekurskommission II und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber