A.- S._, geboren 1960, ist gelernte Damencoiffeuse und erwarb nach diversen Weiterbildungen ein Diplom als Betriebsökonomin der O._-Stiftung. Vom 15. Februar 1991 bis 30. April 1996 arbeitete sie als Projektleiterin Organisation bei der Firma J._ AG. In der Zeit von Mai 1996 bis März 1997 war sie arbeitslos und bezog Arbeitslosenentschädigung.
Vom 1. April bis 30. September 1997 war sie als "Beraterin/Implementiererin" bei der Firma L._ AG angestellt. In der Folge nahm S._ eine Tätigkeit als selbständige Unternehmensberaterin auf. Seit Oktober 1993 leidet sie an chronischer Niereninsuffizienz und muss sich deshalb einer regelmässigen Hämodialyse unterziehen. Wegen eines tertiären Hyperparathyreoidismus wurde im Juli 1998 eine Parathyreoidektomie vorgenommen. Am 9. März 1998 meldete sich S._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich traf nähere Abklärungen und sprach ihr nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Wirkung ab 1. April 1998 eine halbe und ab 1. Juli 1998 eine ganze Invalidenrente zu (Verfügungen vom 12. März 1999).
B.- Gegen die Verfügung vom 12. März 1999, mit welcher ihr für die Zeit vom 1. April bis 30. Juni 1998 eine halbe Rente zugesprochen wurde, führte S._ Beschwerde und beantragte, in Aufhebung der Verfügung sei die Sache an die Verwaltung zurückzuweisen, damit sie bestimme, ab welchem früheren Zeitpunkt die Rente auszurichten sei. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde in dem Sinne teilweise gut, dass die Verfügung aufgehoben und festgestellt wurde, die Versicherte habe ab 1. März 1998 Anspruch auf eine Viertelsrente und ab 1. Juni 1998 auf eine ganze Invalidenrente. Ferner wurde die Verwaltung verpflichtet, ihr eine Parteientschädigung von Fr. 300.- zu bezahlen (Entscheid vom 25. September 2000).
C.- S._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei insoweit aufzuheben, als für die Zeit von Oktober 1993 bis September 1997 von einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit von lediglich 20 % und ab Oktober 1997 von einer solchen von 80 % ausgegangen werde, und es sei die Verwaltung zu verpflichten, ab einem früheren Zeitpunkt eine höhere Invalidenrente zu gewähren; zudem sei ihr eine grössere Parteientschädigung zuzusprechen. Die IV-Stelle des Kantons Zürich beantragt Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Bundesamt für Sozialversicherung lässt sich nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Im vorinstanzlichen Entscheid werden die massgeblichen Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (<ref-law>), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 1bis IVG) sowie den Rentenbeginn (<ref-law>) zutreffend dargelegt, sodass darauf verwiesen werden kann. Zu ergänzen ist, dass sich nach <ref-law> bei Erwerbstätigen der Invaliditätsgrad nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs bemisst.
2.- Materiell streitig und zu prüfen sind Beginn und Höhe der Invalidenrente. Dabei kann davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführerin in der bisherigen Tätigkeit voll eingegliedert war, weshalb der Arbeitsfähigkeit in dieser Tätigkeit massgebende Bedeutung beigemessen werden kann (<ref-ruling> Erw. 3b/aa mit Hinweisen).
a) Bei der Zusprechung einer halben Rente ab 1. April 1998 und einer ganzen ab 1. Juli 1998 ging die IV-Stelle davon aus, dass die Versicherte ab 1. April 1997 zu 20 %, im Oktober 1997 zu 50 %, von November 1997 bis Februar 1998 zu 80 % und ab März 1998 im Umfang von 100 % arbeitsunfähig war (Verfügungen vom 12. März 1999). Die Vorinstanz gelangt demgegenüber zum Schluss, dass von Oktober 1993 bis September 1997 eine Arbeitsunfähigkeit von 20 %, im Oktober 1997 eine solche von 50 % und ab November 1997 eine vollständige Arbeitsunfähigkeit bestanden hat. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin betrug die Arbeitsunfähigkeit von Oktober 1993 bis September 1997 50 % und ab Oktober 1997 100 %.
b) Die Versicherte arbeitete vom 15. Februar 1991 bis
30. April 1996 vollzeitlich - zuletzt als Projektleiterin Organisation - bei der Firma J._ AG mit einem Monatslohn von Fr. 8'240.- (x 13) ab 1. Januar 1994. Nach den in den Akten enthaltenen Absenzenkarten kam es ab September 1993 zu jeweils kurzfristigen krankheitsbedingten Arbeitsunterbrüchen von durchschnittlich drei bis vier Tagen im Monat. Die Ausfallzeit für die notwendige Dialysebehandlung von 3 x wöchentlich vier Stunden kompensierte sie weitgehend mit Frei- und Ferienzeit. Ihren eigenen Angaben zufolge hielt sie ein Arbeitspensum von 80 bis 100 % ein.
Die Beschwerdeführerin hat damit über das übliche Mass hinaus gearbeitet und versucht, trotz des Gesundheitsschadens ein volles Arbeitspensum zu bewältigen. Seitens der Arbeitgeberin wurde der bestehenden Behinderung und Behandlungsbedürftigkeit dadurch Rechnung getragen, dass ihr ab Januar 1994 ein Aufgabenbereich ohne Reisetätigkeit zugewiesen und ihr bei der Gestaltung der Arbeitszeit grosse Freiheit eingeräumt wurde. Bei der Frage nach der Zumutbarkeit der erbrachten Arbeitsleistung ist zu berücksichtigen, dass die Versicherte die fragliche Tätigkeit trotz des Gesundheitsschadens während Jahren ohne erhebliche Einschränkung des Leistungsvermögens ausgeübt hat. Im Arbeitgeberbericht der Firma J._ AG vom 18. Mai 1998 wird ausdrücklich bestätigt, dass der ausbezahlte Lohn der Arbeitsleistung entsprach. Dazu kommt, dass sie ab 1995 eine bereits vor Eintritt des Gesundheitsschadens in Angriff genommene Ausbildung zum MBA (Master of Business Administration) weiter geführt hat. Auch wenn sie die Kurse, wie in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltend gemacht wird, während der Arbeitszeit besuchen konnte, hätte sie diese Weiterbildung wohl kaum fortgesetzt, wenn sie im Rahmen der Erwerbstätigkeit über das gesundheitlich zumutbare Mass hinaus gearbeitet hätte. Die Auflösung des Arbeitsverhältnisses auf Ende April 1996 erfolgte nicht aus gesundheitlichen, sondern aus betrieblichen Gründen (Verkauf der Firma J._ AG). Die Beschwerdeführerin meldete sich in der Folge bei der Arbeitslosenversicherung und bezeichnete sich selber als zu 100 % vermittlungsfähig. Unter diesen Umständen kann die seitens der behandelnden Ärzte nachträglich zuhanden des Rechtsvertreters bestätigte Arbeitsunfähigkeit von 50 % ab Oktober 1993 nicht als ausgewiesen gelten. Wenn die Vorinstanz von einer Arbeitsunfähigkeit von 20% ausging, so trägt dies den tatsächlichen Verhältnissen angemessen Rechnung. Etwas anderes lässt sich entgegen den Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde auch mit der auf den 1. Januar 1994 erfolgten Vertragsänderung nicht begründen.
Während die Versicherte im Jahre 1993 einen Monatslohn von Fr. 8'450.- (x 12) und eine feste Gratifikation von Fr. 20'000.- im Jahr bezogen hatte, belief sich der Lohn ab 1. Januar 1994 auf Fr. 8'240.-, wobei anstelle der Gratifikation ein 13. Monatslohn sowie ein separat festzusetzender Bonus trat. Auch wenn zusätzlich berücksichtigt wird, dass der Beschwerdeführerin ab Ende 1994 kein Geschäftswagen mehr zur Verfügung stand, ergibt sich daraus keine Erwerbseinbusse von mehr als rund 20 %, womit die vorinstanzliche Beurteilung bestätigt wird. Hievon ist umso weniger abzugehen, als die Versicherte ihre damalige Leistungsfähigkeit selber mit mindestens 80 % angab. Eine Arbeitsfähigkeit von 80 % ist auch für die Dauer der Arbeitslosigkeit bis Ende März 1997 anzunehmen.
Ab April 1997 arbeitete die Beschwerdeführerin als Unternehmensberaterin bei der Firma L._ AG wobei sie mit einem Arbeitspensum von 80 % einen Bruttolohn von Fr. 15'000.- im Monat erzielte. Die Auflösung des Arbeitsverhältnisses erfolgte in gegenseitigem Einvernehmen und im Hinblick darauf, dass die Versicherte ab Oktober 1997 eine Tätigkeit als selbständige Unternehmensberaterin aufnahm.
Gemäss einer Bestätigung des Arbeitgebers vom 8. August 2000 vermochte sie wegen der Dialyse und der beeinträchtigten Gesundheit allerdings von Anfang an lediglich eine eingeschränkte Leistung zu erbringen, welche etwa der halben Arbeitskraft einer gesunden Person entsprach. Gestützt darauf rechtfertigt es sich, die Arbeitsfähigkeit für die Zeit von April bis September 1997 auf 50 % festzusetzen. Im Oktober 1997 war der Gesundheitszustand eigener Angaben zufolge noch einigermassen befriedigend, sodass sie zu etwa 50 % als selbständige Unternehmensberaterin tätig sein konnte; ab November 1997 vermochte sie nur noch ein Arbeitspensum von rund 20 % zu leisten; seit März 1998 besteht eine vollständige Arbeitsunfähigkeit. Mit Zeugnis vom 2. Februar 1999 bestätigte zwar das Spital (Dr. med.
R._) bereits ab 1. Oktober 1997 eine Arbeitsunfähigkeit von 100 %; dies steht jedoch im Widerspruch zu den Angaben im Bericht des gleichen Spitals vom 13. November 1998 (Dr. med. M._), wonach eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % bis Februar 1998 und eine vollständige Arbeitsunfähigkeit ab März 1998 bestand. Im Hinblick darauf, dass die Versicherte von Oktober 1997 bis Februar 1998 als selbständigerwerbende Unternehmensberaterin arbeitete und dabei ein allerdings bescheidenes Einkommen erzielte, rechtfertigt es sich, auf ihre eigenen Angaben abzustellen, wonach die Arbeitsunfähigkeit im Oktober 1997 50 %, von November 1997 bis Februar 1998 80 % und ab März 1998 100 % betrug. Daraus folgt, dass ab 1. März 1998 die Voraussetzungen für eine Viertelsrente (7 Monate zu 20 %, 1 Monat zu 50 %, 4 Monate zu 80 %), ab 1. April 1998 für eine halbe Rente (6 Monate zu 20 %, 1 Monat zu 50 %, 4 Monate zu 80 %, 1 Monat zu 100 %) und ab 1. Mai 1998 für eine ganze Rente (5 Monate zu 20 %, 1 Monat zu 50 %, 4 Monate zu 80 %, 2 Monate zu 100 %) erfüllt waren. Weil die Wartezeit von <ref-law> für die halbe Rente am 1. April 1998 und für die ganze Rente am 1. Mai 1998 abgelaufen war, besteht ungeachtet der Vorschrift von <ref-law> ab diesen Zeitpunkten Anspruch auf die höhere Rente.
3.- In formellrechtlicher Hinsicht rügt die Beschwerdeführerin die Höhe der vorinstanzlich mit Fr. 300.- bemessenen Parteientschädigung. Sie macht geltend, diese sei ohne zureichende Begründung sowie willkürlich festgesetzt worden.
a) Rechtsprechungsgemäss muss der Entscheid über die zu entrichtende Parteientschädigung in der Regel nicht begründet werden. Um überhaupt eine sachgerechte Anfechtung zu ermöglichen (vgl. hiezu <ref-ruling> Erw. 1a mit Hinweisen), wird eine Begründungspflicht jedoch angenommen, wenn sich der Richter nicht an vorgegebene Tarife oder gesetzliche Regelungen hält oder sofern von einer Partei aussergewöhnliche Umstände geltend gemacht werden oder schliesslich wenn der Richter den Rechtsvertreter zur Einreichung einer Kostennote auffordert und die Parteientschädigung abweichend hievon auf einen bestimmten, nicht der üblichen, praxisgemäss gewährten Entschädigung entsprechenden Betrag festsetzt (SVR 2000 IV Nr. 11 S. 32 Erw. 3b).
b) Die Vorinstanz setzte die Parteientschädigung unter Hinweis auf die gesetzlichen Bestimmungen und unter Berücksichtigung der Bedeutung der Streitsache, der Schwierigkeit des Prozesses und nach Massgabe des nur teilweisen Obsiegens fest, wie in Erw. 6 des angefochtenen Entscheids ausdrücklich festgehalten wird. Davon, dass der Beschwerdeführerin aufgrund dieser Begründung eine sachgerechte Anfechtung des Kostenentscheids nicht möglich war, kann nicht die Rede sein. Entgegen ihrer Auffassung war das kantonale Gericht nicht gehalten, explizit darzulegen, in welchen Punkten sie obsiegt hatte und welchen Anteil dies gegenüber einem vollen Obsiegen ausmachte. Auch war die Vorinstanz nicht verpflichtet, nähere Ausführungen zur Bedeutung der Streitsache und zur Schwierigkeit des Prozesses oder zu den generellen Richtlinien für die Zusprechung einer vollen Parteientschädigung zu machen.
c) Gemäss <ref-law> (anwendbar auf die Invalidenversicherung gemäss <ref-law>) hat der obsiegende Beschwerdeführer Anspruch auf Ersatz der Kosten der Prozessführung und Vertretung vor der kantonalen Rekursbehörde nach gerichtlicher Festsetzung. Ob und unter welchen Voraussetzungen ein Anspruch auf Parteientschädigung besteht, beurteilt sich somit nach Bundesrecht. Dieses enthält jedoch im AHV-Bereich - so wie in den meisten andern Sozialversicherungszweigen - keine Bestimmung über die Bemessung der Parteientschädigung und insbesondere keinen Tarif. Die Regelung dieser Frage ist dem kantonalen Recht überlassen. Mit diesem hat sich das Eidgenössische Versicherungsgericht grundsätzlich nicht zu befassen (Art. 128 OG in Verbindung mit Art. 97 Abs. 1 OG und <ref-law>). Es darf die Höhe einer Parteientschädigung nur daraufhin überprüfen, ob die Anwendung der für ihre Bemessung einschlägigen kantonalen Bestimmungen zu einer Verletzung von Bundesrecht geführt hat (Art. 104 lit. a OG). Dabei fällt in diesem Bereich praktisch nur das Willkürverbot des <ref-law> (Art. 4 Abs. 1 aBV) in Betracht. Nach der Rechtsprechung ist eine Entschädigung dann willkürlich, wenn sie eine Norm oder einen klaren unumstrittenen Rechtsgrundsatz offensichtlich schwer verletzt, sich mit sachlichen Gründen schlechthin nicht vertreten lässt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft.
Indessen hat das Eidgenössische Versicherungsgericht andere Formen von Bundesrechtsverletzungen im Bereich der Bemessung von Parteientschädigungen nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> Erw. 4a mit Hinweisen).
Praxisgemäss ist dem erstinstanzlichen Richter bei der Bemessung der Parteientschädigung ein weiter Ermessensspielraum einzuräumen (<ref-ruling> Erw. 4a, 110 V 365 Erw.
3c). Diesen hat die Vorinstanz nicht über- bzw. unterschritten, wenn sie die Entschädigung im vorliegenden Fall auf Fr. 300.- festsetzte. Zu berücksichtigen ist, dass die Beschwerdeführerin mit ihrem Rechtsbegehren, welches auf die Zusprechung einer Rente ab 1. Oktober 1994 gerichtet war, nur insoweit obsiegt hat, als ihr anstelle einer halben Rente ab 1. April 1998 und einer ganzen ab 1. Juli 1998, eine Viertelsrente ab 1. März 1998 sowie eine volle Rente ab 1. Juni 1998 gewährt wurde. Bei diesem geringen Obsiegen kann die zugesprochene Entschädigung auch unter Berücksichtigung der Wichtigkeit der Streitsache und des Arbeitsaufwandes nicht als willkürlich bezeichnet werden.
Die Vorinstanz wird indessen über eine Neubemessung der Parteientschädigung entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Verfahrens zu befinden haben.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts
des Kantons Zürich vom 25. September 2000 und
die Verfügungen der IV-Stelle vom 12. März 1999 dahin
abgeändert, dass der Beschwerdeführerin ab 1. März
1998 eine Viertelsrente, ab 1. April 1998 eine halbe
Rente und ab 1. Mai 1998 eine ganze Invalidenrente zugesprochen
wird.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 1000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird über eine Neuverlegung der Parteikosten für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen
Prozesses zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht
des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse
des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 14. August 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: