Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Beschwerdeführerin) betreibt ein Bau- und Transportunternehmen in E._. A.B._ (Beschwerdegegner 1) und C.D._ (Beschwerdegegner 2), beide wohnhaft in F._, (nachfolgend gemeinsam: Beschwerdegegner) sind Landwirte und bilden als einfache Gesellschaft die "Betriebsgemeinschaft Y.B.D._" in F._.
A.b Der Beschwerdegegner 2 war vom 27. März 2001 bis zum 5. Mai 2004 während insgesamt 4'006.5 Stunden bei der Beschwerdeführerin als Maschinist für Kleinmaschinen (Kleinbagger und Walze) tätig. Am 14. Januar 2004 führte die SUVA Winterthur bei der Beschwerdeführerin eine Arbeitgeberkontrolle durch, worauf die Versicherung dem Beschwerdegegner 2 mitteilte, dass sie dessen Tätigkeit bei der Beschwerdeführerin als unselbständige Erwerbstätigkeit betrachte, weshalb seine Bezüge über die Arbeitgeberin bei der AHV/SUVA abgerechnet werden müssten. In der Folge schlossen die Betriebsgemeinschaft Y.B.D._ und die Beschwerdeführerin am 2. Juni 2004 folgende schriftliche Vereinbarung:
"Die von der AHV gestellten Nachzahlungen, die aus dem Arbeitsverhältnis von C.D._ mit der X._ AG anfallen, werden von uns übernommen.
Mit der Bezahlung der von uns geschuldeten Ausgleichszahlungen der SUVA (BUV/NBUV) von Fr. 4'980.-- entledigen wir uns sämtlicher Forderungen der Firma X._ AG, die aus dem Arbeitsverhältnis mit C.D._ entstanden sind. Auf nachträgliche Forderungen seitens der Firma X._ AG werden wir daher nicht mehr eingehen."
Am gleichen Tag schlossen die Parteien eine weitere schriftliche Vereinbarung:
"Wir verzichten auf die ausstehende Lohnforderung von 9'720.-- für die von C.D._ geleisteten Arbeiten.
Mit diesem Verzicht wird die von uns geschuldete Ausgleichszahlung an die MWST von Fr. 9'740.-- getilgt.
Mit dieser Vereinbarung sind alle Forderungen betreffend MWST der Firma X._ AG erledigt."
Mit Schreiben vom 17. März 2006 forderte die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegner 2 auf, im Sinne der erwähnten Vereinbarung vom 2. Juni 2004 die nach rechtskräftiger Verfügung der Sozialversicherungsanstalt an diese geleisteten Beiträge von insgesamt Fr. 19'528.30 zu vergüten. Der Beschwerdegegner 2 wies diese Forderung mit Schreiben vom 12. April 2006 zurück. Daraufhin leitete die Beschwerdeführerin über diesen Betrag gegen den Beschwerdegegner 2 die Betreibung ein; dieser erhob Rechtsvorschlag.
B. B.a In der Folge klagte die Beschwerdeführerin beim Bezirksgericht Pfäffikon gegen die Beschwerdegegner auf Zahlung von Fr. 19'528.30 nebst Zins zu 5 % seit 13. April 2006. Der Einzelrichter im ordentlichen Verfahren des Bezirkes Pfäffikon hiess die Klage mit Urteil vom 11. Januar 2007 gut.
B.b Auf Berufung der Beschwerdegegner wies das Obergericht des Kantons Zürich die Klage mit Urteil vom 15. Januar 2008 ab (Dispositiv-Ziffer 1). Es bestätigte weiter die erstinstanzliche Kostenfestsetzung (Dispositiv-Ziffer 2) und setzte die zweitinstanzliche Gerichtsgebühr auf Fr. 3'000.-- fest (Dispositiv-Ziffer 3), wobei es die Kosten sowohl für das erst- als auch das zweitinstanzliche Verfahren der Beschwerdeführerin auferlegte (Dispositiv-Ziffer 4). Schliesslich verpflichtete das Obergericht die Beschwerdeführerin, für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren zusammen den Beschwerdegegnern je eine Prozessentschädigung von Fr. 3'300.-- zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 5).
Das Obergericht erwog, dass dem Beschwerdegegner 2 Forderungen aus seinem Arbeitsverhältnis mit der Beschwerdeführerin über Fr. 15'332.10 und Fr. 9'720.-- zustünden, somit insgesamt Fr. 25'052.10, die er zulässigerweise der Klageforderung von Fr. 19'528.30 zur Verrechnung gegenüberstelle. Mit der Begründung, dass die geltend gemachte Forderung somit auf jeden Fall getilgt wäre, wies das Obergericht die Klage der Beschwerdeführerin ab.
B.c Auf die gegen das obergerichtliche Urteil erhobene Nichtigkeitsbeschwerde der Beschwerdeführerin trat das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Sitzungsbeschluss vom 8. September 2008 nicht ein.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich vom 15. Januar 2008 sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Eventualiter seien die Dispositiv-Ziffern 2, 3 und 4 des angefochtenen Urteils des Obergerichts aufzuheben und es seien für das erstinstanzliche sowie das Berufungsverfahren keine Kosten zu erheben. Ausserdem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Beschwerdegegner beantragen in ihrer Beschwerdeantwort die Abweisung der Beschwerde. Sowohl das Kassationsgericht als auch das Obergericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG).
1.1 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn ein bestimmter Streitwert erreicht ist. In arbeits- und mietrechtlichen Streitigkeiten beträgt dieser Fr. 15'000.--, in allen übrigen Fällen Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. a und b BGG). Da der Streitwert vorliegend Fr. 19'528.-- beträgt, hängt die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen von der Qualifikation des Streitverhältnisses als arbeitsrechtlicher Fall im Sinne von Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG ab.
1.2 Die Beschwerdegegner stellen zu Recht nicht in Abrede, dass es sich bei der vorliegenden Streitigkeit um einen arbeitsrechtlichen Fall handelt. Die Qualifikation des Streitverhältnisses ist in Anlehnung an die verfahrensrechtliche Regelung nach Art. 343 OR vorzunehmen (vgl. YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, 2007, Rz. 2246). Unter "Streitigkeiten aus dem Arbeitsverhältnis" (Art. 343 Abs. 2 OR) bzw. "arbeitsrechtlichen Fällen" (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG) sind alle Streitigkeiten aus einem Arbeitsverhältnis im Sinne von Art. 319 OR zu verstehen. Wie das Kassationsgericht zutreffend ausführt, ist dabei nicht der Rechtsgrund der streitigen Forderung entscheidend, sondern der Sachverhalt, auf den sie sich stützt. Trotz weiter Begriffsauslegung genügt zwar nicht jeder irgendwie geartete Zusammenhang der Forderung zum Arbeitsverhältnis (ULLIN STREIFF/ADRIAN VON KAENEL, Arbeitsvertrag, 6. Aufl. 2006, N. 2a zu Art. 343 OR). Als arbeitsrechtliche Fälle gelten jedoch etwa Prozesse um die Frage, ob ein Arbeitsvertrag zustande gekommen ist oder Klagen betreffend Ansprüche als Folge eines ungültigen Arbeitsvertrags (STREIFF/VON KAENEL, a.a.O., N. 5 zu Art. 343 OR mit Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung).
1.3 Das Obergericht kam nach ausführlicher Würdigung der Vorbringen der Parteien zum Schluss, dass es sich beim Verhältnis zwischen der Beschwerdeführerin und dem Beschwerdegegner 2 um ein Arbeitsverhältnis handle. Dagegen wehrt sich die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht mit gutem Grund nicht mehr. Vielmehr macht sie im Beschwerdeverfahren nunmehr selbst geltend, es handle sich beim gesamten Streitverhältnis - wie die Beschwerdegegner stets vorgebracht hatten - um ein arbeitsrechtliches. Zwar trifft es zu, dass die Vereinbarung vom 2. Juni 2004, auf welche die Beschwerdeführerin ihre Klage stützt, nicht allein zwischen den Parteien des Arbeitsvertrags getroffen wurde, sondern neben dem Beschwerdegegner 2 auch der Beschwerdegegner 1 daran beteiligt war. Dies ändert jedoch nichts daran, dass nicht nur die verrechnungsweise geltend gemachten Forderungen des Beschwerdegegners 2, sondern auch die von der Beschwerdeführerin eingeklagte Forderung sachlich auf dem genannten Arbeitsverhältnis beruht. Entsprechend ist von einer Streitigkeit aus dem Arbeitsverhältnis nach Art. 343 OR bzw. einem arbeitsrechtlichen Fall im Sinne von Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG auszugehen. Das gesetzliche Streitwerterfordernis ist daher erfüllt und auf die Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749). Ferner hat die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf kantonale Akten ist unzulässig (<ref-ruling> E. 1d S. 201; <ref-ruling> E. 2 S. 93 f.; <ref-ruling> E. I.1 S. 78).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
Im vorliegenden Verfahren ist zudem zu beachten, dass behauptete Rechtsverletzungen, die nach § 281 ZPO/ZH mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde dem Kassationsgericht hätten vorgetragen werden können (wie etwa eine Verletzung des Gehörsanspruchs, des Willkürverbots bzw. der Aktenwidrigkeit), mangels Letztinstanzlichkeit (Art. 75 Abs. 1 BGG) von vornherein ausser Betracht bleiben müssen.
2.3 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht. So erklärt sie in ihrer Beschwerde zwar, neben dem Urteil des Obergerichts vom 15. Januar 2008 auch den Sitzungsbeschluss des Kassationsgerichts vom 8. September 2008 anfechten zu wollen, gibt jedoch weder an, welche Punkte des kassationsgerichtlichen Entscheids angefochten und welche Abänderungen beantragt werden, noch setzt sie sich mit den Erwägungen dieses Entscheids auseinander. Darauf ist nicht einzutreten.
Mit der Behauptung, sie habe den Bestand der Verrechnungsforderung entgegen der Auffassung des Obergerichts wiederholt bestritten, weicht die Beschwerdeführerin in unzulässiger Weise vom verbindlich festgestellten Sachverhalt ab. Soweit sie damit sinngemäss eine aktenwidrige tatsächliche Annahme rügt, wäre dies zunächst dem Kassationsgericht vorzutragen gewesen. Mangels Letztinstanzlichkeit (Art. 75 Abs. 1 BGG) ist darauf nicht einzutreten.
Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die Verrechnungserklärung sei erst im Verlaufe des Prozesses erfolgt, handelt es sich sodann um ein neues Vorbringen, das nach Art. 99 Abs. 1 BGG unzulässig ist. Unter diesem Gesichtspunkt ebenfalls unzulässig sind ihre Ausführungen, wonach die vergüteten 4'006.5 Arbeitsstunden unzutreffenderweise auch den Arbeitsweg sowie weitere unrichtige Elemente enthielten, was zu einer Überentschädigung führe.
3. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, über den Bestand der eingeklagten Forderung sei überhaupt nicht entschieden worden.
3.1 Das Obergericht hat nicht abschliessend geklärt, ob der Beschwerdeführerin tatsächlich ein Anspruch gegenüber den Beschwerdegegnern im Betrag von Fr. 19'528.30 zustand, da dieser auf jeden Fall aufgrund der Verrechnung von ausgewiesenen Forderungen des Beschwerdegegners 2 von insgesamt Fr. 25'052.10 gegenüber der Beschwerdeführerin untergegangen sei.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt hierzu vor, das Obergericht habe offen gelassen, ob die eingeklagte Forderung samt Zins je bestanden habe oder nicht und in welcher Höhe diese allenfalls durch Verrechnung getilgt worden sei. Weder aus dem Dispositiv noch aus der Begründung des angefochtenen Urteils gehe hervor, ob die eingeklagte Forderung ursprünglich bestanden habe und getilgt worden sei, teilweise getilgt worden sei oder überhaupt nie bestanden habe. Darüber hinaus habe sich das Obergericht mit dem eingeklagten Zinsanspruch von 5 % der geltend gemachten Forderung überhaupt nicht befasst. Dadurch verletze das angefochtene Urteil Art. 120 ff. OR sowie das Recht der Beschwerdeführerin auf einen Entscheid über die von ihr eingeklagte Forderung.
3.3 Die Beschwerdeführerin vermag mit ihren Ausführungen keine Bundesrechtsverletzung darzutun, soweit ihre Vorbringen überhaupt hinreichend begründet sind. Sie verkennt insbesondere, dass im vorinstanzlichen Verfahren nicht eine Feststellungsklage, sondern eine Leistungsklage zu beurteilen war. Diese wurde vom Obergericht abgewiesen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin war das Obergericht daher nicht veranlasst auch darüber zu befinden, ob die eingeklagte Forderung ursprünglich Bestand hatte. Hinsichtlich der Zinsforderung von 5 % ab 13. April 2006 ist - wie die Beschwerdegegner zu Recht vorbringen - zu beachten, dass bei der Verrechnung die Forderungen nach Art. 124 Abs. 2 OR rückwirkend erlöschen, womit auch die Verzugszinsen ab diesem Zeitpunkt entfallen (dazu WOLFGANG PETER, in: Basler Kommentar, 4. Aufl. 2007, N. 5 f. zu Art. 124 OR). Abgesehen davon übersteigen die Gegenforderungen der Beschwerdegegner selbst unter Berücksichtigung der Verrechnung mit der eingeklagten Forderung den geltend gemachten Verzugszins der Beschwerdeführerin bei weitem. Von einer Bundesrechtsverletzung kann keine Rede sein.
4. Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, das gesamte Streitverhältnis sei als ein solches aus dem Arbeitsverhältnis im Sinne von Art. 343 OR zu beurteilen, ist ihr, wie bereits eingangs ausgeführt, zuzustimmen. Nach Art. 343 Abs. 3 OR hätten der Beschwerdeführerin daher vom Obergericht weder Gebühren noch Auslagen auferlegt werden dürfen. Zu Recht ist im Übrigen auch das Kassationsgericht für das Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde von der Kostenlosigkeit ausgegangen.
In Anwendung von Art. 343 Abs. 3 OR dürfen der Beschwerdeführerin daher für das kantonale Verfahren keine Kosten und Gebühren auferlegt werden. Entsprechend sind Dispositiv-Ziffern 2, 3 und 4 des Urteils des Obergerichts vom 15. Januar 2008 aufzuheben.
Soweit die Beschwerdeführerin neben dem Kostenpunkt eine Verletzung der weiteren Verfahrensvorschriften von Art. 343 OR rügt, ist darauf nicht einzutreten. Die sozialpolitisch motivierte Untersuchungsmaxime nach dieser Bestimmung entbindet die Parteien nicht von der aktiven Mitwirkung im Prozess. Die Parteien tragen vielmehr auch in deren Anwendungsbereich die Verantwortung dafür, dass die relevanten Behauptungen vorgebracht werden; ebenso sind sie grundsätzlich für die Sachverhaltsermittlung verantwortlich (<ref-ruling> E. 2c S. 236; vgl. auch <ref-ruling> E. 4a S. 238 f.). Die Beschwerdeführerin begründet jedoch mit keinem Wort, inwiefern die Verfahrensvorschriften von Art. 343 OR verletzt sein sollen. Mangels hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG) ist darauf nicht einzutreten.
5. Die Beschwerde erweist sich als teilweise begründet und Dispositiv-Ziffern 2, 3 und 4 des Urteils des Obergerichts vom 15. Januar 2008 sind aufzuheben. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist das bundesgerichtliche Beschwerdeverfahren für Streitigkeiten aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu Fr. 30'000.-- nicht kostenlos (Art. 65 Abs. 4 lit. c BGG). Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Da das angefochtene Urteil des Obergerichts nur im Kostenpunkt aufzuheben ist und die Beschwerdegegner im vorinstanzlichen Verfahren selber die Kostenlosigkeit des Verfahrens verlangt hatten, rechtfertigt sich trotz teilweiser Gutheissung der Beschwerde keine anteilsmässige Verteilung der Prozesskosten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, Dispositiv-Ziffern 2, 3 und 4 des Urteils des Obergerichts des Kantons Zürich vom 15. Januar 2008 werden aufgehoben und es werden für das kantonale Verfahren keine Gerichtskosten erhoben.
2. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Leemann