Faits:
A. A.a X._, ressortissante française, née en 1914, vit depuis 1947 dans une villa de douze pièces, d'une surface de 275 m2, sise à A._, dénommée "B._". Cette habitation est la propriété de la Société immobilière C._ (ci-après: la SI), dont X._ est usufruitière des actions depuis le décès de son mari en 1983.
Le seul contrat de bail signé en 1993 par X._ avec la SI fait état d'un loyer mensuel de 2'250 fr., soit 27'000 fr. par année. La SI loue également un logement de trois pièces aux gardiens, pour un prix de 7'800 fr. par année. Il ressort des comptes de la que la valeur locative de la villa a été augmentée, conformément aux exigences des autorités fiscales, à 47'231 fr. pour 1998, puis à 72'000 fr. pour les années 1999 et suivantes.
A.b Dès 1984, X._ a bénéficié d'une imposition à forfait sur la base d'une dépense annuelle. Ce forfait était établi par convention, qui a été renouvelée, la dernière fois, le 24 novembre 1997, pour la période 1998 à 2001. La dépense annuelle était fixée à 135'000 fr. La convention précisait, à l'attention de la contribuable, que ce montant ne pouvait en aucun cas être inférieur à cinq fois la valeur locative des locaux occupés, calculée selon les modalités d'application cantonales et fédérales de l'impôt à forfait. De plus, le montant de l'impôt ne pouvait être inférieur à celui, calculé selon le régime de droit commun, qui serait dû sur les éléments de la fortune imposable. Il était enfin prévu que la contribuable pouvait renoncer en tout temps à l'impôt forfaitaire, conformément aux dispositions légales prévues à cette fin.
Depuis 2002, X._ a choisi d'être imposée sur une base ordinaire.
B. Dans ses déclarations fiscales 1998 à 2000, X._ a mentionné à chaque fois un revenu de 135'000 fr. selon convention d'imposition forfaitaire. Les bordereaux de taxation pour l'impôt cantonal et communal 1998, 1999 et 2000, calculé sur cette base, sont entrés en force. Le montant du bordereau 1999 s'élevait à 29'253 fr. 40 et celui de 2000 à 31'173 fr. 60.
Le 23 juin 2003, l'Administration fiscale cantonale (en abrégé: l'Administration fiscale) a informé la contribuable que, comme le loyer théorique de la SI avait été fixé, dès 1998, à 72'000 fr., ce montant devait être pris en compte pour fixer la dépense imposable, qui passait ainsi à 360'000 fr. (5 x 72'000 fr.). Dans la mesure où X._ n'avait pas mentionné la nouvelle valeur locative dans ses déclarations 1998 à 2001, les taxations allaient être rectifiées. Le 7 novembre 2003, une procédure en rappel d'impôt a été ouverte pour les années fiscales 1998 à 2000 et des bordereaux rectificatifs, fondés sur un revenu de 360'000 fr., ont été notifiés à X._. Par la suite, l'Administration fiscale a renoncé au rappel d'impôt pour 1998.
La réclamation élevée par la contribuable contre ces bordereaux a été rejetée, par décision de l'Administration fiscale du 5 février 2004, et les taxations litigieuses ont été maintenues. Il en résultait un supplément d'impôt de 67'508 fr. 30 pour 1999 et de 60'713 fr. 55 pour l'année 2000, sommes auxquelles s'ajoutaient les intérêts de retard pour ces deux années soit, respectivement, 8'663 fr. 55 et 5'818 fr. 35.
C. Par décision du 19 mars 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts a partiellement admis le recours de X._ en déduisant du loyer de 72'000 fr. la somme de 7'800 fr. versée par les gardiens pour l'appartement qu'ils occupaient. Le loyer déterminant se montait donc à 64'200 fr., ce qui représentait une dépense annuelle de 321'000 fr.
X._ et l'Administration fiscale ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif qui, par arrêt du 26 février 2008, a rejeté les deux recours. La juridiction cantonale a retenu en bref que la procédure de rappel d'impôt se limitait à la modification de la valeur locative de la villa et à son impact sur l'imposition forfaitaire de la contribuable, de sorte que celle-ci ne pouvait que contester cet élément nouveau et non requérir avec effet rétroactif la renonciation à l'imposition forfaitaire au profit d'une imposition ordinaire. Comme la reprise de la valeur locative n'avait pas été contestée par la SI, qui avait fait figurer le montant de 72'000 fr. dans ses comptes 1999 sous la rubrique "loyer", ce montant ne pouvait être remis en cause par la contribuable qui n'était pas propriétaire de la villa, même si ce loyer servait à déterminer son train de vie. Le Tribunal administratif a confirmé que la nouvelle estimation ne devait pas tenir compte du loyer payé par les gardiens de l'immeuble, de sorte que la dépense annuelle déterminante s'élevait bien à 321'000 fr. Il a également estimé que si la contribuable était imposée sur une base ordinaire depuis 2002, ses revenus et sa fortune déclarés pour cette année-là ne permettaient pas de remettre en cause sa capacité contributive pour les années 1999 et 2000.
D. X._ forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du 26 février 2008. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et demande au Tribunal fédéral, principalement, de dire que son imposition sur une dépense de 321'000 fr. est confiscatoire et arbitraire et qu'elle peut opter pour l'imposition ordinaire, subsidiairement de fixer la dépense imposable à 135'000 fr., le dossier étant renvoyé à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif déclare persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) contre la décision finale (<ref-law>) rendue par un tribunal supérieur statuant en tant qu'autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et 2 LTF) en matière d'impôt cantonal et communal, par la contribuable ayant un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 let. c), le présent recours en matière de droit public est en principe recevable.
1.2 L'arrêt attaqué concerne les taxations relatives à l'impôt cantonal et communal 1999 et 2000, soit sur des années durant lesquelles la loi générale sur les contributions publiques du canton de Genève du 9 novembre 1887 (LCP) était encore en vigueur et pendant la période transitoire laissée aux cantons pour adapter leur législation aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (<ref-law>; RS 642.14). La présente cause relève donc du droit cantonal et, comme l'a relevé l'autorité attaquée, elle doit être examinée sous l'angle de l'ancienne loi (aLCP).
Sous réserve des droits constitutionnels cantonaux et du droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires (art. 95 let. c et d LTF), le recours en matière de droit public n'est pas ouvert pour se plaindre d'une violation du droit cantonal en tant que tel. Il est en revanche possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law>, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas ces questions d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de manière suffisante par le recourant (cf. <ref-law>).
2. La recourante reproche tout d'abord au Tribunal administratif d'avoir établi les faits de façon manifestement inexacte, en considérant que les pièces produites ne permettaient pas de déterminer sa capacité contributive réelle durant les années 1999-2000.
2.1 Aux termes de l'<ref-law>, le recourant ne peut critiquer la constatation des faits que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief tiré de la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'<ref-law> revient à démontrer que celui-ci a été établi de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252). L'appréciation des preuves sera qualifiée d'arbitraire uniquement si l'autorité cantonale a admis ou nié un fait en se mettant en contradiction évidente avec les pièces du dossier. Il appartient au recourant de le démontrer conformément aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a retenu que les documents produits par la contribuable pour les années 1999-2000 concernaient exclusivement sa situation en Suisse et ne préfiguraient pas d'éventuels revenus et fortune à l'étranger. Il ressort du dossier que la recourante avait certes produit l'état de ses comptes en France au 31 décembre 1999 auprès de la Banque D._ qui s'élevaient à 825'657. 50 euros, ainsi que l'estimation fiscale au 31 décembre 1999, où figurait la liste des titres suisses et étrangers. Ces éléments ne permettent cependant pas d'en déduire que cette liste serait exhaustive et que la recourante n'aurait pas eu d'autres revenus de source étrangère. Comme elle était alors imposée selon la dépense, elle devait en effet fournir les informations requises en vue de la fixation de ses dépenses, sans être tenue de déclarer sa fortune et ses revenus à l'étranger (Georges Wilhelm, L'imposition des étrangers d'après la dépense, Revue fiscale 2/1998 p. 75). Du reste, la recourante n'explique pas en quoi les pièces produites devraient établir de façon complète la totalité de ses revenus et de sa fortune en 1999 et en 2000. Sur ce point, elle se borne à affirmer qu'elle ne dispose d'aucun autre élément de revenu et de fortune, comme le démontre sa taxation ordinaire pour l'année 2002 et sa déclaration fiscale 2003. Or, en vertu du principe de l'indépendance des périodes fiscales (arrêt 2A.148/1994 du 10 janvier 1996, consid. 7b, non publié), une telle comparaison n'est pas pertinente. Au demeurant, comme le relève l'Administration fiscale, la recourante, bien qu'étant assistée par des mandataires professionnels qualifiés, n'a demandé à être imposée sur une base ordinaire qu'après l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt, alors qu'elle prétend maintenant que ses revenus imposables s'élevaient à environ 50'000 fr. en 1999. On ne comprend dès lors pas pourquoi, au moment des taxations 1999 et 2000, calculées sur la base d'une dépense de 135'000 fr., elle n'a pas renoncé à une imposition à forfait. Dans ces circonstances, le Tribunal administratif pouvait retenir sans arbitraire que les pièces produites ne suffisaient pas à établir, après coup, la capacité contributive de la recourante en 1999 et 2000. Le grief tiré de l'<ref-law> est donc infondé.
3. La recourante considère ensuite que c'est de manière arbitraire que la valeur locative déterminante a été fixée à 72'000 fr. sous déduction du loyer payé par les gardiens de la villa.
3.1 Lorsqu'il statue sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
3.2 En l'espèce, la recourante a passé avec l'Administration fiscale, le 24 novembre 1997, une convention d'imposition à forfait, établissant les critères permettant de fixer la dépense annuelle déterminante. Il n'est pas contesté que cette convention ne faisait que reprendre les dispositions légales en vigueur à l'époque, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner ici si cet accord était en lui-même admissible (cf. arrêt 2A.227/2006 du 10 octobre 2006, consid. 3.1, publié in RDAF 2006 II p. 419). Ainsi, la convention précisait que le montant de la dépense annuelle ne pouvait "en aucun cas être inférieur à cinq fois la valeur locative des locaux occupés comme locataire, actionnaire/locataire ou propriétaire calculée selon les modalités de l'impôt à forfait (LCP et ordonnance du Conseil fédéral du 15.03.93)". La convention rappelait en outre le principe prévu à l'art. 4A al. 3 aLCP selon lequel le montant de l'impôt sur la dépense annuelle ne pouvait être inférieur à l'impôt, calculé selon le régime de droit commun, qui serait dû par le contribuable sur l'ensemble de ses revenus et sa fortune immobilière en Suisse. Enfin, la contribuable prenait bonne note qu'elle pouvait renoncer en tout temps à l'impôt à forfait, conformément aux dispositions légales.
Ces prescriptions correspondent à la réglementation prévue en matière d'impôt fédéral direct (cf. art. 14 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct - LIFD; RS 642.11 -, complété par l'ordonnance sur l'imposition d'après la dépense en matière d'impôt fédéral direct édictée par le Conseil fédéral le 15 mars 1993 - RS 642.123 -). La convention se réfère du reste expressément à la circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 3 novembre 1993 destinée à expliquer les dispositions fédérales (Archives 62, p. 482 s.). Cette circulaire, ainsi que l'interprétation donnée par la pratique à l'imposition à forfait en matière d'IFD peuvent donc être utilisées.
3.3 Selon l'ordonnance du 15 mars 1993 précitée (ch. 2.1), on entend, par loyer annuel, le loyer effectivement payé pour une année entière sans les frais de chauffage. Si le logement ou la maison loués appartient à une personne physique ou morale proche du contribuable, on tiendra compte du montant qu'un tiers indépendant devrait payer. La valeur locative de la maison ou du logement occupé par le contribuable et qui lui appartient se détermine en fonction du loyer annuel qu'il devrait payer pour un objet de même nature dans une situation semblable. Il n'y a pas de réduction pour sous-utilisation.
On ne peut donc reprocher aux autorités genevoises, compte tenu des liens entre la recourante et la SI propriétaire de la villa louée, de s'être écartées de la valeur locative figurant dans le bail de 1993 et qui s'élevait à 27'000 fr. (soit 2'250 fr. par mois). En effet, un tel loyer pour une villa de douze pièces, sise à A._, est à l'évidence inférieur au loyer qu'un tiers aurait dû payer pour ce type d'objet. Par ailleurs, le fait que la recourante n'utilise, comme elle le prétend, qu'une partie de sa villa, n'est pas un critère pertinent. En outre, le loyer du second logement de la propriété, comportant trois pièces et qui s'élève à 7'800 fr. par an (soit 650 fr. par mois) ne peut servir de comparaison. En effet, ce logement est occupé par les gardiens, soit par des locataires qui ont un statut particulier. Il n'est au surplus nullement établi que les deux logements bénéficient du même standing.
3.4 Reste le point de savoir si la valeur de 72'000 fr. qui figurait au bilan de la SI depuis 1999 pouvait être tenue pour déterminante.
3.4.1 La recourante reproche aux premiers juges de s'être fondés, sans aucune justification, sur le montant fixé par l'administration lors de la reprise d'impôt dont a été l'objet la SI. Elle ne démontre toutefois pas que la valeur locative annuelle de 72'000 fr. imposée par l'Administration fiscale à la SI serait sans rapport avec les loyers du marché. Le fait que la SI, en remplissant le questionnaire valeur locative cantonale et fédérale 1997 soit parvenue à un montant de 47'231 fr. ne signifie pas encore que l'évaluation de l'administration serait disproportionnée. La reprise fixant la valeur locative à 72'000 fr. n'a d'ailleurs pas été contestée par la SI, qui seule aurait eu qualité pour le faire (arrêt P.1822/1983 du 31 juillet 1985, consid. 1a, publié in RDAF 1985 p. 384).
3.4.2 La recourante soutient aussi que la nouvelle valeur locative indiquée par la SI dans ses comptes ne lui est pas opposable, du moment qu'elle occupe la villa depuis plus de 50 ans et que, si elle avait été simplement locataire, elle aurait été protégée d'une augmentation de loyer excessive par les dispositions des <ref-law>.
La société d'actionnaires-locataires est une forme particulière de société immobilière qui repose sur une combinaison du droit des sociétés et du droit du bail à loyer. Seuls les actionnaires peuvent conclure avec la société un contrat de bail, le droit de jouir d'une fraction de l'immeuble étant attaché à la qualité d'actionnaire (<ref-ruling>, consid. 2c p. 86 et les références citées). La situation des actionnaires-locataires se rapproche plus de celle des locataires que de celle des propriétaires, bien que le preneur qui est actionnaire de la société propriétaire de l'immeuble ait une position plus forte à l'égard du bailleur qu'un simple locataire (<ref-ruling> consid. 2d p. 87). En l'espèce, la recourante est à la fois la locataire et l'usufruitière de l'entier des actions de la SI. Il s'agit d'une situation qui lui a notamment permis de bénéficier d'un loyer inférieur au prix des loyers du marché pendant des années. Dans la mesure où ce régime spécial a été choisi par l'intéressée pour les avantages qu'il représente, celle-ci doit également en supporter les inconvénients. Il ne saurait donc être question de fixer maintenant, sous l'angle du droit fiscal, le loyer déterminant en application des règles figurant dans le code des obligations destinées à protéger les locataires contre des loyers abusifs.
3.4.3 La recourante reproche encore à la juridiction cantonale d'avoir repris le montant du loyer figurant au bilan de la SI sans avoir procédé à une méthode d'évaluation de la valeur locative.
Il est vrai qu'en l'espèce, le Tribunal administratif ne s'est pas expressément demandé si la valeur comptable prise en compte équivalait à la valeur du marché. Or, dans les situations où l'immeuble d'une SI est loué à l'un des actionnaires, la valeur locative servant de base de calcul de la dépense devrait correspondre au montant du loyer qui pourrait être obtenu pour cet objet et ne saurait résulter automatiquement de la valeur comptable figurant au bilan de la société (cf. arrêt précité 2A.227/2006 in RDAF 2006 p. 419, consid. 2.4). Cette omission ne suffit toutefois pas pour admettre que le loyer a été fixé arbitrairement. Pour cela, il faudrait encore que, dans son résultat, le loyer tenu pour déterminant ne corresponde manifestement pas à ce qu'aurait dû payer un tiers pour un objet de même nature et dans une situation identique, ce qu'il incombait à la recourante d'établir. Dès lors, on ne voit pas en quoi il serait insoutenable de se fonder, en 1999 et 2000, sur une valeur locative annuelle de 72'000 fr. pour une villa de douze pièces, d'une surface habitable de 275 m2, située à A._. En retenant ce montant, sous déduction du loyer de 7'800 fr. payé par les gardiens, les juges cantonaux n'ont donc pas violé l'art. 9 Cst.
4. La recourante soutient également que les impôts qui lui sont réclamés sur une dépense de 321'000 fr. contreviennent au principe de la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.) et présentent même un caractère confiscatoire, contraire à l'art. 26 al. 1 Cst.
4.1 En vertu du principe de l'imposition d'après la capacité contributive, chaque personne doit participer aux charges financières de l'Etat selon ses moyens (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 217 et les arrêts cités). Ce principe implique que les contribuables qui sont dans la même situation économique doivent supporter une charge fiscale semblable; en revanche, s'ils sont dans des situations de fait différentes, qui ont des effets sur leur capacité économique, leur charge fiscale doit en tenir compte et être adaptée en conséquence (<ref-ruling> consid. 7.2 p. 218; <ref-ruling> consid. 3a p. 3). Quant à la garantie de la propriété inscrite à l'art. 26 Cst., elle ne va, en matière fiscale, pas au-delà de l'interdiction d'une imposition confiscatoire. Une prétention fiscale ne doit ainsi pas porter atteinte au noyau essentiel de la propriété privée. Pour juger si une imposition a un effet confiscatoire, il faut examiner la charge que représente l'imposition sur une assez longue période, en faisant abstraction des circonstances extraordinaires; à cette fin, il y a lieu de prendre en considération l'ensemble des circonstances concrètes, la durée et la gravité de l'atteinte, ainsi que le cumul avec d'autres taxes ou contributions, et la possibilité de reporter l'impôt sur d'autres personnes (<ref-ruling> consid. 10b/bb p. 126 et les références citées). Le Tribunal fédéral a notamment admis que le noyau essentiel de la propriété privée n'est pas touché si, pendant une courte période, le revenu à disposition ne suffit pas à s'acquitter de la charge fiscale sans entamer la fortune (<ref-ruling> consid. 6c p. 353, confirmé notamment in arrêt 2P.139/2004 du 30 novembre 2004, consid. 4.1, publié in PJA 2005 p. 345).
4.2 En l'espèce, la recourante jouit d'une fortune importante qu'elle a elle-même évaluée, dans son recours, à 3'843'042 fr. en 1999. Dans ce montant, les actions de la SI figurent à leur valeur nominale de 50'000 fr., ce qui est évidemment bien inférieur à la valeur fiscale de l'immeuble. Par ailleurs, la recourante bénéficie d'une imposition à forfait depuis 1984 qui, comme elle le relève elle-même, se fondait sur une dépense fixée initialement à 100'000 fr. pour passer à 135'000 fr. dès 1993. Si elle a choisi ce mode d'imposition, auquel elle pouvait renoncer en tout temps conformément à l'art. 4B aLCP, comme le lui rappelait la convention du 24 novembre 1997, c'est à l'évidence que la recourante devait y trouver des avantages. On peine donc à comprendre pourquoi elle n'a pas abandonné plus tôt ce mode d'imposition, puisqu'elle affirme ne disposer en que d'un revenu net de 48'763 fr. En tout état de cause, même si la charge fiscale, fixée pour les périodes 1999 et 2000 est importante, puisqu'elle se fonde sur une dépense annuelle de 321'000 fr. (5 x le loyer annuel de 64'200 fr.), elle ne saurait pour autant revêtir un aspect confiscatoire et porter atteinte à la propriété de la recourante. En effet, la recourante a choisi, depuis 1984, une forme d'imposition qui permet en principe au contribuable qui en bénéficie d'obtenir des avantages fiscaux importants (Marco Bernasconi, Commentaire LIFD, Bâle 2008, ad art. 14, n. 1 p. 170; Christian Steinmann, L'imposition sur la dépense: privilège indu ou forme de taxation particulière-, in Expert-comptable suisse 78/2004 no 10, p. 877). Pendant plusieurs années, le montant déterminant la base de la taxation a été fixé en fonction d'un loyer inférieur au prix du marché, puisqu'il correspondait à celui payé par la locataire en sa qualité d'usufruitière des actions de la SI bailleresse. En adaptant ce montant pour qu'il corresponde à ce que devrait payer la recourante pour un objet de même nature dans une situation semblable, les autorités fiscales n'ont fait qu'appliquer les critères régissant l'imposition à forfait. En outre, comme on l'a vu (supra consid. 3.4), l'appréciation des juges évaluant ce loyer au montant annuel de 64'200 fr. échappe à l'arbitraire. Par conséquent, eu égard à la fortune de la recourante et au fait que ce mode d'imposition ne vaut que pour deux années, on peut admettre que, même si la charge fiscale devait dépasser, pour cette période limitée, la capacité contributive de la recourante, ce qui n'est du reste pas établi (cf. supra consid. 2), il n'y a pas violation des art. 127 al. 1 Cst. et 26 al. 1 Cst.
5. La recourante soutient enfin qu'il est arbitraire de lui contester le droit de renoncer à l'impôt sur la dépense pour les années 1999 et 2000, alors que l'Administration fiscale est elle-même revenue sur les taxations, procédant à une reprise d'impôt qui a pour résultat de l'imposer rétroactivement sur une dépense de plus du triple de celle qui avait été convenue.
5.1 Ce faisant, elle ne critique pas la procédure de rappel d'impôt en tant que telle, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner ce point (<ref-law>). En revanche, il convient de se demander si, en refusant à la recourante le droit d'opter pour une imposition ordinaire parallèlement à la reprise d'impôt, les juges sont tombés dans l'arbitraire.
5.2 Selon l'art. 4B aLCP, les étrangers au bénéfice de l'imposition spéciale peuvent y renoncer à titre irrévocable. La jurisprudence a précisé que le droit de renoncer à l'impôt forfaitaire peut en principe être exercé lors de chaque période fiscale (arrêt précité 2A.227/2006 in RDAF 2006 II p. 419, consid. 3.2 et les références citées) jusqu'à l'entrée en force de la taxation (Peter Locher, Kommentar zum DBG, Bâle 2001, 1ère partie, n. 7 et 38 ad <ref-law>). Les taxations 1999 et 2000 étant entrées en force, la recourante n'était en principe plus en droit de revenir sur son choix. Reste à examiner si la procédure de rappel d'impôt était de nature à lui permettre, a posteriori, d'opter pour une imposition ordinaire.
5.3 Le rappel d'impôt constitue la perception après coup d'impôts qui n'ont, à tort, pas été perçus dans la cadre de la procédure de taxation (<ref-ruling> consid. 4b p. 265). Il constitue le pendant, en faveur du fisc, de la procédure de révision et permet à l'autorité de revenir sur une décision entrée en force (arrêt 2C_104/2008 du 20 juin 2008, consid. 3.3, non publié). Le rappel d'impôt n'équivaut pas à un nouvel examen complet de la taxation, mais ne porte que sur les points pour lesquels l'autorité fiscale dispose de nouveaux éléments. L'existence d'un rappel d'impôt ne saurait ainsi autoriser le contribuable à revenir librement sur l'ensemble de sa taxation. Sous réserve d'une erreur manifeste, celui-ci peut uniquement demander que la taxation soit reprise en sa faveur sur les points qui, précisément, font l'objet du rappel d'impôt (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 25).
En l'espèce, comme l'a retenu le Tribunal administratif, le rappel d'impôt n'a porté que sur la valeur locative prise en compte pour fixer la dépense annuelle de la recourante. L'autorité fiscale a augmenté cette valeur, mais elle n'a pas remis en cause le mode de calcul utilisé pour la taxation de la recourante. Dans ce contexte, en refusant à la recourante, qui n'invoque à juste titre pas d'erreur manifeste, la possibilité de renoncer à son imposition à forfait lors de la procédure de reprise, les juges cantonaux n'ont pas adopté une position insoutenable.
Par ailleurs, la contribuable ne demande pas de revenir sur les éléments de sa taxation, mais souhaite passer à un autre système, en renonçant à son imposition à forfait. Or, le rappel d'impôt trouve son origine en l'espèce dans le fait que la contribuable avait elle-même déclaré un montant de loyer insuffisant, bien que, selon les constatations cantonales (<ref-law>), elle devait être forcément informée de l'augmentation de la valeur locative imposée à la SI compte tenu de ses liens avec cette société. L'imposition forfaitaire sur la dépense ne saurait ainsi être remise en cause après coup, uniquement parce que l'autorité fiscale a découvert un élément nouveau de nature à modifier le montant de la dépense, élément que la contribuable elle-même aurait dû signaler. Pour ce motif également, l'arrêt attaqué, qui refuse à la recourante le droit d'opter pour une imposition ordinaire en 1999-2000, échappe à la critique.
6. Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté avec suite de frais à la charge de la recourante (art. 66 <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 4'500 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 26 septembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Rochat