Sachverhalt:
A. Der 1959 geborene B._ war seit 1982 bei der O._ AG als Leiter Rechnungswesen tätig. Am 29. August 2011 meldete er sich wegen einer depressiven Erkrankung zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau holte Arztberichte des behandelnden Psychiaters, Dr. med. S._ und einen Austrittsbericht der Privatklinik X._ AG über eine stationäre Behandlung vom 12. April vom 29. Juni 2011, ein und zog einen Bericht eines von der Taggeldversicherung des B._ beauftragten Konsiliararztes (Bericht des Dr. med. C._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH) vom 20. Dezember 2011 bei. Gestützt auf letzteren verneinte sie mit Verfügung vom 23. Februar 2012 einen Leistungsanspruch.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 30. Mai 2012 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides durch das Bundesgericht eine Ergänzung der kantonalen Sachverhaltsfeststellung vorzunehmen, eventuell sei die Sache zur ergänzenden Abklärung und anschliessenden Neuverfügung an die Verwaltung zurückzuweisen, subeventualiter seien ihm die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.2 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung, die gestützt darauf gestellte Diagnose, die ärztliche Stellungnahme zu dem noch vorhandenen Leistungsvermögen oder (bei psychischen Gesundheitsschäden) zur Verfügbarkeit von Ressourcen der versicherten Person sowie die aufgrund der medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit betreffen Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398), welche sich nach der dargelegten Regelung der Kognition einer Überprüfung durch das Bundesgericht weitgehend entziehen.
1.3 Bei der Beurteilung der Arbeits(un)fähigkeit der versicherten Person hat sich das Gericht auf schlüssige medizinische Berichte zu stützen. Sofern solche nicht vorliegen oder widersprüchlich sind, sind weitere Abklärungen unabdingbar, ansonsten der Untersuchungsgrundsatz verletzt wird (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 2 S. 195; <ref-ruling> E. 1a S. 158; <ref-ruling> E. 3.2 S. 183). Dieser zählt zu den in Art. 95 BGG erwähnten bundesrechtlichen Vorschriften (E. 1.1). Hat das kantonale Gericht die rechtserheblichen tatsächlichen Feststellungen in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes getroffen, sind sie für das Bundesgericht nicht verbindlich (Urteile I 828/06 vom 5. September 2007 E. 3.2.3; 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.3).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (Art. 8 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 IVG), zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01 E. 4b/cc) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz stellte fest, die vom behandelnden Arzt Dr. med. S._ geschilderten Symptome entsprächen klar einem "burn-out", welches von vornherein nicht invalidisierend sei. Eine invalidenversicherungsrechtlich relevante Arbeitsunfähigkeit liesse sich daher lediglich mit einer depressiven Störung begründen, die aber nur in ihrer schweren Ausprägung zu Leistungen der Invalidenversicherung führen könnte. Gemäss Austrittsbericht der X._ AG vom 29. Juni 2011 werde jedoch ein Status nach mittelgradiger depressiver Episode vor dem Hintergrund einer Persönlichkeit mit ängstlichen und zwanghaften Zügen genannt, also keine akute depressive Episode mehr diagnostiziert. Auch Dr. med. C._, dessen Bericht vom 20. Dezember 2011 vom kantonalen Gericht als schlüssig bezeichnet wird, spreche von einem fast vollständig remittierten Krankheitsbild. Der psycho-pathologische Befund sei zum Zeitpunkt der Evaluation weitgehend wieder ausgeglichen.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes, indem die Vorinstanz die Beweise widerrechtlich gewürdigt und den Untersuchungsgrundsatz nicht beachtet habe. Weiter sei auch sein rechtliches Gehör verletzt, weil im angefochtenen Entscheid nicht begründet werde, weshalb der Bericht des Dr. med. C._ als "schlüssig" qualifiziert werde, ohne die in der vorinstanzlichen Beschwerde detailliert dargelegten Rügen zu prüfen.
4. 4.1 Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichts ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
4.2 Die IV-Stelle und das kantonale Gericht stützen sich auf den Bericht des Dr. med. C._ vom 20. Dezember 2011, welchen dieser zu Handen der privaten Taggeldversicherung erstellte. Welche medizinischen Unterlagen ihm zur Verfügung standen, ist nicht ersichtlich, da der Bericht keine Zusammenfassung der relevanten Vorakten enthält. Unter dem Stichwort "Anamnese" hält der Konsiliararzt fest, der Versicherte sei seit dem 12. April 2011 aus ärztlicher Sicht als krankheitsbedingt für arbeitsunfähig erklärt worden. Bezüglich des Verlaufs und der Vorgeschichte bezieht sich der Arzt einzig auf die Schilderung des Beschwerdeführers ("berichtet mir der Versicherte"). Demnach habe dieser in den Jahren 2004/2005 über einen Zeitraum von 1 1/2 Jahren unter erheblichen Schlafstörungen gelitten. Im Januar dieses Jahres (2011) habe er einen "Zusammenbruch" gehabt und sei zur stationären Behandlung in die X._ eingewiesen worden. Die Therapie habe dazu beigetragen, seinen Zustand allmählich zu verbessern. Nach Austritt sei er anfangs zu 40, später zu 50 % an seinen Arbeitsplatz zurückgekehrt. Im Bericht wird nicht erwähnt, welche Untersuchungen vorgenommen wurden, sodass nicht geprüft werden kann, ob diese "allseitig" waren. Zusammenfassend kommt der Konsiliararzt zum Schluss, der von ihm erhobene Befund sei mit einer mittelgradig ausgeprägten Depression vereinbar, die inzwischen fast vollständig rückläufig sei. Die noch vorhandenen subjektiven Beschwerden seien überwiegend als unspezifisch zu werten. Indessen wird dringend eine weitere ärztliche (psychiatrische) Behandlung empfohlen ("Ich habe dem Versicherten nachdrücklich geraten, sich eng an die Vorgaben seines Arztes zu halten"). Die attestierte Arbeitsunfähigkeit von zuletzt 50 % als Leiter Rechnungswesen einer grossen Firma sei bislang angemessen gewesen. Die Prognose einer mittelgradigen depressiven Episode sei unter sachgerechter Behandlung prinzipiell günstig. Es sei davon auszugehen, dass eine solche Episode innerhalb einiger Monate deutlich rückläufig sei. Aus diesem Grunde sei auch wieder mit voller Arbeitsfähigkeit im Frühling kommenden Jahres (2012) zu rechnen.
4.3 Der behandelnde Psychiater, Dr. med. S._, überwies den Beschwerdeführer am 12. April 2011 mit den Diagnosen einer schweren depressiven Episode, eines mehrjährigen "burn-outs", chronischen Schlafstörungen und einer ängstlichen Persönlichkeit an die ärztliche Leitung der Privatklinik Clienia. Er wies ausdrücklich darauf hin, dass sich sein Patient über die letzten Jahre einzig über Zwänge stabilisiert habe. Im ärztlichen Zeugnis vom 20. März 2012 wird diese Diagnose konkretisiert, dass der Patient auf der Hamilton-Depressionsskala einen Wert von 30 Punkten erreichte und suizidal war. Deshalb sei die Einweisung in die Klinik erfolgt. Erklärend führt der Arzt aus, der Hinweis auf eine Stabilisierung über Zwänge im psychiatrischen Sprachgebrauch besage, der Patient gelte als sehr fragil, und es müsse immer damit gerechnet werden, dass bei einem Zusammenbruch der psychischen Abwehr schwerere Symptome, allenfalls psychotischen Ausmasses drohe. Der Versicherte befände sich insgesamt auf dem langsamen Weg der Besserung. Seit dem 1. März 2012 bestehe eine quantitative Arbeitsfähigkeit von 60 %; qualitativ ergebe sich zusätzlich im Vergleich zur angestammten Funktion eine Leistungseinbusse von 40 %.
Auf Ende des Jahres 2011 hatte die Arbeitgeberin des Beschwerdeführers beschlossen, dessen Stelle als Leiter Rechnungswesen aufgrund seiner anhaltenden krankheitsbedingten Leistungseinschränkungen neu zu besetzen.
4.4 Der Vergleich der Berichte des Dr. med C._ einerseits und des Dr. med. S._ andererseits zeigt sowohl hinsichtlich des Verlaufs der Krankheit, der Befunde und gestellten Diagnosen wie auch der Prognosen über den weiteren Verlauf erhebliche Differenzen. Insbesondere diagnostiziert der Konsiliararzt der Taggeldversicherung keine seit Jahren bestehende kombinierte Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F61) und die chronischen Schlafstörungen finden keine Erwähnung.
Die Vorinstanz bezeichnet es als "nicht nachvollziehbar", weshalb Dr. med. S._ nach wie vor von einer depressiven Episode mittleren Grades spricht. Dabei wird übersehen, dass auch Dr. med. C._ eine solche diagnostiziert, allerdings mit der Prognose einer sehr schnellen Besserung. Dass sich diese realisiert hätte, ist nicht ersichtlich. Trotzdem geht die IV-Stelle in ihrer ablehnenden Leistungsverfügung vom prognostizierten optimalen Verlauf aus ("sie können ihre Arbeit seit spätestens dem Vorliegen des Gutachtens wieder vollzeitig und ohne Leistungseinbusse ausüben"). Da offenbar trotzdem Zweifel über die Leistungsfähigkeit des Versicherten bestanden, wird diese als "invaliditätsfremd" bezeichnet. Er sei für seine Kaderfunktion unterqualifiziert, wofür die Invalidenversicherung nicht einzustehen habe. Diese Beurteilung findet in den Akten keine Stütze. Im Gegenteil sprechen die Tatsachen, dass der Beschwerdeführer seine Funktion in der selben Firma über Jahrzehnte hinweg zur allerbester Zufriedenheit ausführte, nur sehr gute Zwischenzeugnisse erhielt und ihm sogar eine Beförderung zum CFO (Finanzchef) angeboten wurde, gegen eine "Unterqualifikation aus ausbildnerischer Sicht". Der Vorhalt an den Beschwerdeführer, im Rahmen seiner Schadenminderungspflicht dürfe von ihm erwartet werden, dass er eine Arbeit ausübe, die seinen fachlichen, aber auch persönlichen Qualifikationen und Stärken entspreche und ihn nicht permanent überfordere, erscheint daher aufgrund der Akten kaum begründbar.
4.5 Ob bezüglich der Beurteilung der psychischen Beschwerden und deren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit auf den Bericht des Dr. med. S._ abzustellen ist, kann offen bleiben. Er ist zumindest geeignet, Zweifel an der psychiatrischen Einschätzung des Dr. med. C._ zu wecken. Die Vorinstanz legt in ihrem Entscheid vom 30. Mai 2012 nicht überzeugend dar, weshalb der Bericht des Konsiliararztes der Taggeldversicherung inhaltlich überzeugender sein soll als der Bericht des behandelnden Arztes. Auf die verschiedenen Diagnosen wird nicht eingegangen. Ob sich die günstige Prognose des Konsiliararztes verwirklichte, wurde nicht überprüft. Wie dargelegt (Erwägung 1.3), stellt die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes, namentlich das Abstellen auf unvollständige Beweisgrundlagen, eine Rechtsverletzung dar. Somit ist die Vorinstanz in Aufhebung des angefochtenen Entscheides anzuweisen, ein Obergutachten zur Klärung des Gesundheitszustandes des Versicherten und dessen Arbeitsfähigkeit in der angestammten und einer seinen gesundheitlichen Beschwerden angepassten Tätigkeit einzuholen.
5. Die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht oder an den Versicherungsträger zur erneuten Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt praxisgemäss (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235 mit Hinweisen) für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als volles Obsiegen im Sinne von Art. 86 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie überhaupt beantragt, oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder Eventualantrag gestellt wird. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine aufwandsgemässe Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 30. Mai 2012 aufgehoben. Die Sache wird zu weiterer Abklärung des Sachverhaltes und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Anwalt des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer