Sachverhalt:
A. Der 1962 geborene O._ reiste im Jahr 1996 von der Türkei in die Schweiz ein. Am 5. Oktober 2004 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Aargau zum Bezug einer Rente der Invalidenversicherung, welche mit Verfügung vom 6. Juni 2005 das Leistungsbegehren nach Einholung verschiedener Arztberichte abwies; der Gesuchsteller habe bei Eintritt der Invalidität nicht während mindestens eines Jahres Beiträge an die Schweizerische AHV/IV entrichtet, weshalb er die Versicherteneigenschaft nicht erfülle. Im Rahmen des Einspracheverfahrens liess die Verwaltung in der Klinik X._ ein psychosomatisches Gutachten erstellen, welches vom 27. August 2007 datiert. Gestützt darauf bestätigte die IV-Stelle die Leistungsabweisung diesmal aus medizinischen Gründen, wobei sie auf einen Arbeitsunfähigkeitsgrad von 30 % schloss (Einspracheentscheid vom 7. Februar 2008).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. September 2008 bei einem angenommenen Invaliditätsgrad von 37 % ab.
C. O._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids, eine ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Schliesslich sei die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und den Umfang des Rentenanspruches (<ref-law> in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) richtig wiedergegeben. Zutreffend sind ferner die Ausführungen zur Invaliditätsbemessung (<ref-law> und <ref-law> in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) und zu den Voraussetzungen, welche die Annahme eines invalidisierenden psychischen Gesundheitsschadens erlauben (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50, 130 V 352 E. 2.2.3 S. 353 f., 127 V 294 E. 5a S. 299). Dem angefochtenen Entscheid lässt sich entnehmen, dass es Aufgabe des Arztes ist, den Gesundheitszustand zu beurteilen sowie zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person Stellung zu nehmen (<ref-ruling> E. 4 S. 261). Darauf kann verwiesen werden. Zu ergänzen ist, dass sich der Beweiswert eines ärztlichen Berichtes danach beurteilt, ob er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt und in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, sowie in der Beschreibung der medizinischen Situation und Zusammenhänge einleuchtet und die Schlussfolgerungen des Arztes begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352; Urteil 9C_55/2008 vom 26. Mai 2008 E. 4.2).
3. Strittig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung, wobei sich der Beschwerdeführer auf den Standpunkt stellt, vollständig erwerbsunfähig zu sein.
3.1 Das vorinstanzliche Gericht liess vorab die Frage der Versicherteneigenschaft des Beschwerdeführers wegen des ermittelten - unterhalb der Anspruchsgrenze liegenden - Invaliditätsgrades von 37 % offen, und es entschied aus gleichem Grund nicht über den Zeitpunkt des Beginns der Wartezeit gemäss <ref-law> (in der bis zum 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung). Für die Bestimmung des Invaliditätsgrades stützt sich der angefochtene Entscheid auf das psychosomatische Gutachten der Frau Dr. med. H._, Chefärztin Psychosomatik, Klinik X._, vom 27. August 2007, wogegen der Beschwerdeführer vorträgt, die Expertin verfüge nicht über eine psychiatrische Fachausbildung, sondern sei Spezialärztin der Inneren Medizin. Weiter bezweifelt er die Objektivität der Gutachterin, weil sie ausdrücklich erwähne, er habe die Fragen nicht selbst beantwortet, obwohl er dazu sprachlich in der Lage gewesen wäre. Dem Gutachten komme demgemäss kein Beweiswert zu.
3.2 Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung hängt der Beweiswert einer spezialärztlichen Expertise davon ab, ob der Gutachter über die entsprechende Fachausbildung verfügt. Hingegen ist der FMH-Facharzttitel nicht Voraussetzung (Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 3.3). Die fachliche Qualifikation des Experten spielt für die richterliche Würdigung einer Expertise eine erhebliche Rolle. Bezüglich der medizinischen Stichhaltigkeit eines Gutachtens müssen sich Verwaltung und Gerichte auf die Fachkenntnisse des Experten verlassen können. Deshalb ist für die Eignung eines Arztes als Gutachter in einer bestimmten medizinischen Disziplin ein entsprechender, dem Nachweis der erforderlichen Fachkenntnisse dienender, spezialärztlicher Titel des berichtenden oder zumindest des den Bericht visierenden Arztes vorausgesetzt (Urteile I 142/07 vom 20. November 2007 E. 3.2.3 und I 178/00 vom 3. August 2000 E. 4a).
3.3 Die von der IV-Stelle beauftragte Gutachterin, Frau Dr. med. H._, ist Spezialärztin der Inneren Medizin, und sie hat den Fähigkeitsausweis in Psychosomatischer und Psychosozialer Medizin (SAPPM). Sie ist Chefärztin der Abteilung Psychosomatik der Klinik X._, womit sie Berufserfahrung und entsprechendes Fachwissen besitzt. Sodann erwähnt Anhang 1 der Verordnung über Diplome, Ausbildung, Weiterbildung und Berufsausübung in den universitären Medizinalberufen vom 27. Juni 2007 (SR 811.112.0) die Psychosomatik nicht als Facharztausbildung FMH (vgl. Art. 2 Abs. 1 lit. b der Verordnung). Mit Blick darauf und wegen der Bedeutung sowohl organischer wie auch psychiatrischer Aspekte in der psychosomatischen Medizin, besitzt die von Frau Dr. med. H._ erstellte Expertise vom 27. August 2007 vollen Beweiswert. Entscheidend ist, ob die Expertise inhaltlich vollständig und im Ergebnis schlüssig ist (Ulrich Meyer-Blaser, Rechtliche Vorgaben an die medizinische Begutachtung, in: Schaffhauser/ Schlauri [Hrsg.], Rechtsfragen der medizinischen Begutachtung in der Sozialversicherung, 1997, S. 23 f.; Urteil I 1094/06 vom 14. November 2007; Urteil I 719/05 vom 17. November 2006). Diesen Erfordernissen wird das Gutachten vom 27. August 2007 ohne weiteres gerecht. Der angefochtene Entscheid hält ferner fest, dass Frau Dr. med. H._ aktenkundige Berichte behandelnder Psychiater, mithin auch denjenigen des Dr. med. S._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 4. Dezember 2004, berücksichtigt habe. Zudem war bei Anwesenheit eines Dolmetschers die Kommunikation, unabhängig davon, wer die Fragen beantwortet hat, gewährleistet, worauf es allein ankommt. An der bundesrechtskonformen Beweiswürdigung im Entscheid vom 24. September 2008 ändert die Stellungnahme des Dr. med. M._ vom 23. Oktober 2008 nichts, zumal genannter Arzt weder die vorinstanzlich festgestellten Unklarheiten seiner Anamneseerhebung ausräumt noch sich mit dem richtigen Hinweis im angefochtenen Entscheid auf die Diagnosevoraussetzungen einer posttraumatischen Belastungsstörung nach der ICD-Klassifizierung auseinandersetzt. Offenbleiben kann bei dieser Sachlage die Zulässigkeit der Eingabe vom 23. Oktober 2008 als Novum gemäss <ref-law>.
4. 4.1 Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind psychische Störungen, welche ihren Ursprung in soziokulturellen oder psychosozialen Faktoren haben, in aller Regel nicht zu den Gesundheitsschäden zu zählen, die eine Invalidität im Rechtssinne (vgl. E. 2) verursachen. Eine ausnahmsweise invalidisierende Wirkung kommt diesen bloss dann zu, wenn zusätzlich eine fachärztlich festgestellte psychische Störung von Krankheitswert diagnostiziert ist. Solche von der soziokulturellen Belastungssituation zu unterscheidende und in diesem Sinne verselbständigte psychische Störungen mit Auswirkungen auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit sind unabdingbar, damit überhaupt von Invalidität gesprochen werden kann. Wo der Gutachter dagegen im Wesentlichen Befunde erhebt, welche in den psychosozialen und soziokulturellen Umständen ihre hinreichende Erklärung finden, gleichsam in ihnen aufgehen, ist kein invalidisierender psychischer Gesundheitsschaden gegeben (<ref-ruling> E. 5a S. 299).
4.2 Das kantonale Gericht erkannte aufgrund des Gutachtens vom 27. August 2007 in somatischer Hinsicht keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Weiter führte es an, die geltend gemachte Verschlechterung des Gesundheitszustandes sei nach Frau Dr. med. H._ und der Stellungnahme des behandelnden Psychiaters, Dr. med. M._, überwiegend wahrscheinlich auf soziokulturelle und psychosoziale Umstände zurückzuführen. Diese Faktoren stünden derart stark im Vordergrund, dass ein verselbständigter, krankheitswertiger psychischer Gesundheitsschaden mit Auswirkung auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit zu verneinen sei. Gleiches gelte für die depressive Episode, weshalb keine Komorbidität vorliege. Ebenso schloss das Gericht das Bestehen einer posttraumatischen Belastungsstörung aus, und es nahm mit Frau Dr. med. H._ neben einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung eine Anpassungsstörung (ICD-10 F43.21) an.
4.2 Das kantonale Gericht erkannte aufgrund des Gutachtens vom 27. August 2007 in somatischer Hinsicht keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Weiter führte es an, die geltend gemachte Verschlechterung des Gesundheitszustandes sei nach Frau Dr. med. H._ und der Stellungnahme des behandelnden Psychiaters, Dr. med. M._, überwiegend wahrscheinlich auf soziokulturelle und psychosoziale Umstände zurückzuführen. Diese Faktoren stünden derart stark im Vordergrund, dass ein verselbständigter, krankheitswertiger psychischer Gesundheitsschaden mit Auswirkung auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit zu verneinen sei. Gleiches gelte für die depressive Episode, weshalb keine Komorbidität vorliege. Ebenso schloss das Gericht das Bestehen einer posttraumatischen Belastungsstörung aus, und es nahm mit Frau Dr. med. H._ neben einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung eine Anpassungsstörung (ICD-10 F43.21) an.
4.3 4.3.1 Weder die Feststellung einer durch soziokulturelle und psychosoziale Faktoren hervorgerufenen Verschlechterung der gesundheitlichen Verhältnisse noch der daraus gezogene Schluss auf das Fehlen einer psychiatrischen Störung von Krankheitswert im invalidenversicherungsrechtlichen Sinne ist offensichtlich unrichtig oder bundesrechtswidrig. Auch sonstwie sind keine Gründe für einen in dieser Hinsicht qualifiziert fehlerhaft erhobenen Sachverhalt erkennbar (zur Rügepflicht vgl. Urteil 9C_816/2008 vom 12. März 2009 E. 1.1). Soweit der Beschwerdeführer einwendet, es müsse vom Bestand einer posttraumatischen Belastungsstörung ausgegangen werden, ist auf die im Entscheid des kantonalen Gerichts einlässlich dargelegten Gründe hinzuweisen, die gegen deren Vorhandensein sprechen, namentlich die Tatsache der nach den Folterhandlungen in den Jahren 1980/81 aufgenommenen über zehnjährigen Unternehmertätigkeit des Gesuchstellers in der Heimat (1984 bis 1995) und die von Dr. med. S._ - auf welchen Arzt sich der Beschwerdeführer beruft - im Jahr 2000 trotz diagnostizierter "posttraumatischer Belastungsreaktion" attestierten vollen Arbeitsfähigkeit (Bericht vom 4. Dezember 2004). Die Vorinstanz hat in Berücksichtigung einer derart langen Phase uneingeschränkter Leistungsfähigkeit nicht offensichtlich unrichtig eine posttraumatische Belastungsstörung ausgeschlossen und stattdessen eine Anpassungsstörung und somatoforme Schmerzstörung festgestellt, welche hier gerade keine Abgrenzung zu den belastenden psychosozialen und soziokulturellen Faktoren zulassen. Diese halten - nach Lage der Akten und dem Verlauf seit der Einreise in die Schweiz offensichtlich - das Beschwerdebild aufrecht.
4.3.2 Sind weder organische Befunde noch psychische Leiden von invalidenversicherungsrechtlichem Krankheitswert ausgewiesen, bedarf es keiner näheren Prüfung der Morbiditätskriterien (<ref-ruling> E. 2.2.3 in fine S. 354 f.). Denn die Frage der willensmässigen Überwindbarkeit einer Symptomatik erlangt erst Bedeutung, wenn sie an sich als krankheitswertig einzustufen ist, was hier nicht zutrifft (<ref-ruling> E. 5a S. 299 f., 130 V 352 E. 2.2.3 S. 353 f.). So hat die von Dr. med. M._ angenommene posttraumatische Belastungsstörung den Beschwerdeführer nicht daran gehindert, von Juni bis Dezember 2000 zu arbeiten. Die Rüge, es hätten die Morbiditätskriterien im Einzelnen geprüft (und bejaht) werden müssen, ist daher unbehelflich.
5. Das vorinstanzliche Gericht hat eine nicht krankheitswertige psychische Symptomatik festgestellt und trotzdem einen Einkommensvergleich durchgeführt (vgl. indes E. 4.3.2 hievor). Dabei hat es anhand der Expertise vom 27. August 2007 für das Bundesgericht verbindlich eine 70%ige Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Beschäftigung angenommen (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer beschränkt sich darauf, eine vollständige Arbeitsunfähigkeit in jedweder Tätigkeit zu behaupten, ohne Bezug auf die Vergleichseinkommen zu nehmen. Soweit diese letztinstanzlich einer Überprüfung zugänglich sind, lassen sie sich nicht beanstanden (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG). Der ermittelte Invaliditätsgrad von 37 % gibt nicht Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung (<ref-law>).
Zusammenfassend verneinte die Vorinstanz einen Leistungsanspruch bundesrechtlich korrekt im Wesentlichen wegen Fehlens eines invalidisierenden Leidens. Die Frage, ob die versicherungsmässigen Voraussetzungen erfüllt sind, kann offenbleiben.
6. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da der Prozess nicht aussichtslos erscheint, die Partei bedürftig und die anwaltliche Verbeiständung geboten ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372). Es wird ausdrücklich auf <ref-law> hingewiesen, wonach die Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Franz Hollinger wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin