Sachverhalt:
A. D._, geboren 1964, hatte am 20. September 1992 einen Autounfall erlitten und sich dabei Frakturen an der Halswirbelsäule zugezogen, welche operativ mittels einer Hakenplatte versorgt worden waren (dorsale Spondylodese C6/7, Entfernung des oberen Gelenkfortsatzes C7 rechts). Wegen anhaltender gesundheitlicher Beeinträchtigungen bezog er seit dem 1. April 1996 eine ganze Invalidenrente (Verfügungen vom 9. Juli 1998). Im Zuge eines Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle des Kantons Aargau ein Gutachten des Instituts X._ vom 28. Februar 2007 ein. Gestützt darauf verfügte sie am 30. März 2010 die Einstellung der Invalidenrente.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 29. März 2011 ab.
C. D._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 67 f., 134 V 250 E. 1.2 S. 252, je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung der Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 315, 65 E. 1.3 S. 67 f., je mit Hinweisen). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 196 ff.). Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen der Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), zur Rentenrevision (<ref-law>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 75 f.), zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01 E. 4b/cc) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Der Beschwerdeführer macht sinngemäss im Wesentlichen geltend, dass auf das MEDAS-Gutachten nicht abgestellt werden könne, weil es sich bei der attestierten Steigerung der Arbeitsfähigkeit auf 100% bei einer Einbusse der Leistungsfähigkeit um 30% um eine blosse Neubeurteilung handle; eine Verbesserung des Gesundheitszustandes könne anhand des Gutachtens nicht als ausgewiesen gelten.
4. 4.1 Den medizinischen Unterlagen aus der Zeit der Rentenzusprechung ist zu entnehmen, dass die Ärzte damals eine Verbesserung des Gesundheitszustandes erwarteten. So hatte gemäss Gutachten des Dr. med. C._, Chirurgie FMH, vom 18. Dezember 1995 nach der schweren Verletzung der Halswirbelsäule und dem operativen Eingriff innerhalb von etwa neun Monaten eine gänzliche Wiederherstellung erreicht werden können, welche jedoch von einer fortschreitenden Verschlechterung gefolgt wurde, die den Versicherten - im April 1995 - zur Aufgabe der Erwerbstätigkeit gezwungen hatte. Nach Ansicht des Dr. med. C._ war der Ausgang damals noch offen und musste eine weitere Evaluierung - nach mindestens sechs Monaten - abgewartet werden, wobei dem Gutachter eine genauere Prognose nicht möglich war.
Die IV-Stelle beabsichtigte zunächst die Durchführung beruflicher Eingliederungsmassnahmen. Am 3. Februar 1998 ging sie jedoch davon aus, dass aus gesundheitlichen Gründen zur Zeit noch keine entsprechenden Massnahmen durchgeführt werden könnten. Dem Dossier lässt sich weiter entnehmen, dass der angefragte Ärztliche Dienst dazu riet, auf eine medizinische Begutachtung wegen langer Wartezeiten zu verzichten, aufgrund der vorhandenen Berichte der behandelnden Ärzte von einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit auszugehen und eine Rentenrevision in einem Jahr vorzusehen. Die Mitteilung des Rentenbeschlusses erging am 18. März 1998, die Renten-verfügung datiert vom 9. Juli 1998. Aufgrund der in der Folge eingeholten Arztberichte teilte die IV-Stelle am 29. September 2000 und am 9. April 2003 mit, dass sich keine rentenerhebliche Änderung ergeben habe. In der Folge veranlasste sie die Begutachtung des Versicherten durch das Institut X._. Die berufliche Eingliederung konnte unter anderem wegen eines zwischenzeitlichen Herzinfarkts des Versicherten weiterhin nicht durchgeführt werden, und der Versicherte hielt sich auch in der Folge nicht für arbeitsfähig.
4.2 Aus dem geschilderten Verlauf ergibt sich, dass zur Zeit der ursprünglichen Rentenzusprechung einerseits die Ärzte die Möglichkeit einer erheblichen Verbesserung in Betracht zogen und anderseits die IV-Stelle eine berufliche Eingliederung des Versicherten beabsichtigte.
Rechtsprechungsgemäss bedarf es im Fall einer ärztlicherseits prognostisch in Aussicht gestellten Verbesserung des Leidensbildes zwar weiterer Abklärungen zu deren Bestätigung. Indessen kann von einer wesentlichen Verbesserung des Gesundheitszustandes gegenüber der Situation im Zeitpunkt der Rentenzusprache, welche eine Aufhebung oder Herabsetzung der Rente rechtfertigt, dann ausgegangen werden, wenn ein beweistaugliches Gutachten mit unmissverständlich attestierter Arbeitsfähigkeit vorliegt (vgl. Urteil 8C_653/2008 vom 12. Januar 2009 E. 3.2 u. 5). Des Weiteren ist es angezeigt, den Rentenanspruch nach Durchführung von Eingliederungsmassnahmen einer Revision zu unterziehen (SVR 1998 IV Nr. 8 S. 31 E. 2d).
Im vorliegend zu beurteilenden Fall durfte die IV-Stelle somit auf die ursprüngliche Rentenverfügung zurückkommen, nachdem diese unter dem Vorbehalt einer baldigen Verbesserung des Leidens und der Berücksichtigung der zukünftigen Arbeitsfähigkeit im Beruf stand, sofern sie sich dabei auf ein beweistaugliches Gutachten mit entsprechender Bescheinigung der Arbeitsfähigkeit stützen konnte. Der Umstand, dass das Institut X._ entgegen den früheren ärztlichen Stellungnahmen eine 70%ige Leistungsfähigkeit attestiert, steht für sich gesehen der Beweiskraft des Gutachtens nicht entgegen. Aus dem gleichen Grund sind auch die Einwände, welche diesbezüglich gegen die Einschätzung des PD Dr. med. K._ vom 30. November 2005 zuhanden des Unfallversicherers vorgebracht werden, unberechtigt.
4.3 Es wird weiter gerügt, dass den Ärzten des Instituts X._ nicht die gesamten Akten zugestellt worden seien, was jedoch im Gutachten keine Stütze findet. Es wird ausdrücklich erwähnt, dass es sich bei den dort aufgelisteten Berichten um eine Zusammenfassung handelt. Dass den Experten weitere, nicht näher genannte Unterlagen zur Verfügung standen, lässt sich auch daraus schliessen, dass namentlich etwa im neurologischen Zusatzgutachten detailliert über den damaligen Verlauf berichtet wird.
4.4 Was die getätigten Abklärungen betrifft, wird die fehlende neuropsychologische Untersuchung bemängelt. So gab der behandelnde Arzt Dr. med. R._ vom Spital A._ am 6. Juni 2007 zu bedenken, es sei bei beruflicher Betätigung des Versicherten zwar kein Auftreten einer zusätzlichen Störung des Bewegungsapparates zu erwarten, jedoch vermutete er, dass die aktuellen Beschwerden eher neurologisch zu erklären wären, der Versicherte diesbezüglich nach dem Unfall jedoch nur unzulänglich untersucht worden sei. Anlässlich der neurologischen Begutachtung durch das Institut X._ hatten sich jedoch keine entsprechenden Hinweise ergeben und die Gutachterin verzichtete daher auf eine neuropsychologische Abklärung. Aber auch in dem vom Versicherten in Auftrag gegebenen Privatgutachten des Instituts Y._ vom 22. Juni 2011 finden sich keine Anhaltspunkte, die diesbezügliche Zweifel an der Richtigkeit der Einschätzung im Institut X._ erwecken könnten. Wie dort erwähnt wird, erfolgte, wie von Dr. med. R._ empfohlen, eine Konsultation in der Neurologischen Klinik des Spitals A._, wo sich im Gespräch jedoch keine neuro-psychologischen Auffälligkeiten zeigten. Anlässlich der Begutachtung des Instituts Y._ waren ebenfalls mit überwiegender Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360; <ref-ruling> E. 3.2 u. 3.3 S. 324 f.; RKUV 1985 Nr. K 613 S. 19 E. 3a) weder neurologische Ausfälle noch durch den Unfall verursachte neuropsychologische Funktionsstörungen nachzuweisen.
4.5 Sollte der Beschwerdeführer entgegen dem Gutachten des Instituts X._ unter einer psychischen Störung leiden, könnte jedenfalls nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass die von den Privatgutachtern diagnostizierte mittelgradige depressive Episode (ICD-10 F32.1) längerfristig invalidisierend wäre, nachdem sie in der Internationalen Klassifikation psychischer Störungen ICD-10 Kapitel V (F) als einzelne depressive Episode beschrieben wird und sich der Versicherte noch nie in psychotherapeutische Behandlung begeben hat (vgl. Urteil 8C_958/2010 vom 25. Februar 2011 E. 6.2.2.2).
4.6 Auch die weiteren Arztberichte hat das kantonale Gericht einlässlich und sorgfältig gewürdigt und in seine Beurteilung der Arbeitsfähigkeit mit einbezogen. Selbst wenn das Privatgutachten mit Blick auf das letztinstanzliche Novenverbot zu berücksichtigen wäre, liessen sich damit keine hinreichenden Zweifel am Gutachten des Instituts X._ begründen. Insgesamt lassen die Einwände des Beschwerdeführers die vorinstanzlichen Feststellungen nicht als offensichtlich unrichtig oder rechtsfehlerhaft erscheinen.
4.7 Zusammengefasst ist mit dem kantonalen Gericht auf das Gutachten des Instituts X._ abzustellen.
5. Zu prüfen bleibt die erwerbliche Seite.
Es wird diesbezüglich vom Beschwerdeführer einzig geltend gemacht, dass Verwaltung und Vorinstanz das Invalideneinkommen nicht um einen leidensbedingten (25%igen) Abzug gekürzt hätten (<ref-ruling> E. 5b/cc S. 80; <ref-ruling> E. 5.3 S. 302). Zur Begründung werden die behinderungsbedingten Einschränkungen genannt.
Das kantonale Gericht hat sich dazu bereits geäussert und zutreffend dargelegt, dass die von den Gutachtern des Instituts X._ genannte Leistungseinbusse bereits mit dem Invalideneinkommen für ein 70%-Pensum berücksichtigt wurde.
Im Übrigen wird der vorinstanzliche Einkommensvergleich vom Versicherten nicht beanstandet und gibt keinen Anlass zu Weiterungen. Es resultierte ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad von 37%.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Juli 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo