Sachverhalt:
A.
B._ (Kläger, Beschwerdegegner), französischer Staatsangehöriger, wurde mit Arbeitsvertrag vom 8. Oktober 2007 als "Managing Director" der A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) angestellt.
Mit E-Mail vom 22. August 2009 bzw. mit Schreiben vom 24. August 2009 wurde B._ fristlos entlassen.
B.
B.a. Mit Weisung des Friedensrichteramts Romanshorn klagte B._ am 3. Dezember 2009 gegen die A._ AG auf Zahlung von Fr. 483'347.35 zzgl. Zins sowie auf Feststellung, dass das arbeitsvertraglich vereinbarte Konkurrenzverbot dahingefallen und der Kläger nicht daran gebunden sei. In der Klagebegründung reduzierte der Kläger seine Klage auf Fr. 467'721.85. Seine Forderung setzte sich zusammen aus 21 /4 Monatslöhnen (Fr. 46'876.50), einer Abgangsentschädigung in der Höhe eines Jahreslohnes (Fr. 250'000.--), dem Bonus für das Jahr 2008/2009 (Fr. 25'000.--), dem pro rata Bonus für das Jahr 2009/2010 (Fr. 20'833.35) und einer Strafzahlung gemäss <ref-law> in der Höhe von Fr. 125'004.--.
B.b. Das Bezirksgericht Arbon wies die Klage mit Urteil vom 30. April 2010 ab und verpflichtete den Kläger zur Zahlung der Verfahrensgebühren und zur Ausrichtung einer Parteientschädigung an die Beklagte. Es kam im Wesentlichen zum Schluss, wegen der gerechtfertigten fristlosen Kündigung bestehe kein Anspruch auf Bonus und Abgangsentschädigung, und das Konkurrenzverbot sei nicht dahingefallen.
B.c. Gegen diesen Entscheid erhob der Kläger Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau. Die Beklagte erhob Anschlussberufung. Mit Entscheid vom 3. März 2011 erklärte das Obergericht die Berufung und die Anschlussberufung als begründet. Es wies das Verfahren zur weiteren materiellen Beurteilung an das Bezirksgericht zurück. Die Rückweisung erfolgte mit der Begründung, dass das Bezirksgericht zu Unrecht angenommen habe, ein bestimmtes Ereignis (Logoänderung) habe die fristlose Entlassung gerechtfertigt, dagegen nicht geprüft habe, ob zwei weitere von der Beklagten geltend gemachte Gründe die fristlose Kündigung rechtfertigen könnten.
B.d. Das Bundesgericht trat auf die gegen diesen Zwischenentscheid von der Beklagten erhobene Beschwerde am 13. Oktober 2011 (4A_496/2011) nicht ein, mit der Begründung, ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (<ref-law>) sei nicht dargetan und die Aufwandersparnis als Voraussetzung gemäss <ref-law> sei nicht substanziiert.
B.e. Das Bezirksgericht Arbon führte in der Folge ein Beweisverfahren zu den beiden weiteren Kündigungsgründen (Arbeitsvertrag für C._; Markenrechtsverletzung) durch und wies die Klage mit Entscheid vom 11. Februar 2011 erneut ab, da es das Vorliegen der beiden Kündigungsgründe bejahte.
B.f. Gegen diesen Entscheid erhob der Kläger erneut Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau. Mit Entscheid vom 25. Februar 2014 hiess das Obergericht die Berufung gut und wies das Verfahren zur weiteren materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kam zum Schluss auch mit den beiden im Entscheid vom 11. Februar 2011 geprüften Vorwürfen liege kein wichtiger Grund für eine fristlose Kündigung vor, weshalb die Sache zur Beurteilung der einzelnen Ansprüche an das Bezirksgericht zurückzuweisen sei.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, die beiden Entscheide des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 3. März 2011 und vom 25. Februar 2014 seien aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Der Kläger beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit überhaupt darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik, der Beschwerdegegner eine Duplik eingereicht.
D.
Mit Präsidialverfügung vom 4. August 2014 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 46).
1.1. Angefochten sind beide Rückweisungsentscheide des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 3. März 2011 und vom 25. Februar 2014. Bei diesen handelt es sich um (selbstständig eröffnete) Zwischenentscheide, die das Verfahren nicht abschliessen (Urteil 4A_103/2013 vom 11. September 2013 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; vgl. auch <ref-ruling> E. 1 S. 315; <ref-ruling> E. 1.2 S. 331, 212 E. 1.2 S. 216).
Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn eine der folgenden alternativen Voraussetzungen erfüllt ist: Wenn der Vor- und Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2 S. 191; <ref-ruling> E. 2.1 S. 631). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben.
Dementsprechend obliegt es der Beschwerdeführerin darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 429; <ref-ruling> E. 2.3.1 und E. 2.4.2 S. 632 f.).
Die Beschwerdeführerin beruft sich auf <ref-law>.
1.2. Soweit sich die Beschwerdeführerin auch auf den Zwischenentscheid vom 3. März 2011 bezieht, kann sie von vornherein nicht gehört werden. Der Rückweisungsentscheid vom 3. März 2011 wurde vom Bundesgericht am 13. Oktober 2011 (Urteil 4A_496/2011) bereits beurteilt und der aus jener Rückweisung resultierende Aufwand (Beweisverfahren betreffend die beiden zusätzlichen Kündigungsgründe) bereits getätigt. Vorliegend kann es nur noch darum gehen, inwiefern wegen der erneuten Rückweisung vom 25. Februar 2014 die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind.
1.3. Die Beschwerdeführerin argumentiert vorerst, der Rückweisungsentscheid sei in Anwendung der Praxis des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 1.3 S. 127) wie ein Endentscheid gemäss <ref-law> zu behandeln, da die Vorinstanz die Klage im zentralen Punkt geschützt habe und die Erstinstanz nur noch über die Forderungshöhe entscheiden könne. Die von der Beschwerdeführerin angerufene Praxis kommt im vorliegenden Fall jedoch offensichtlich nicht zur Anwendung, denn die Vorinstanz hat der Erstinstanz keine Anweisungen gegeben, wie diese materiell über die Klage zu entscheiden hat, sodass dieser nur noch die (rechnerische) Umsetzung des Angeordneten bliebe.
1.4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, es sei aus prozessökonomischer Sicht geboten, die Frage der Gültigkeit der fristlosen Kündigung höchstrichterlich zu klären. Sie ist der Ansicht, die Vorinstanz habe zu Unrecht angenommen, es liege kein wichtiger Grund für eine fristlose Kündigung vor. Die Gutheissung der Beschwerde würde daher sofort zu einem Endentscheid führen.
Damit ist die erste Voraussetzung von <ref-law> erfüllt. Würde einer der im Rückweisungsentscheid vom 25. Februar 2014 geprüften Kündigungsgründe entgegen der Vorinstanz als genügend erachtet, könnte das Bundesgericht einen Endentscheid fällen.
1.5. Hinsichtlich der zweiten Voraussetzung von <ref-law>, wonach mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, begründet die Beschwerdeführerin deren Vorliegen in zweifacher Hinsicht:
1.5.1. Sie macht geltend, mit einem erneuten Beweisverfahren müssten nochmals Zeugen einvernommen werden, wozu gewisse Zeugen so wie auch der Beschwerdegegner selber vom Ausland her "eingeflogen" werden müssten. Es sei davon auszugehen, dass ein solches erneutes Beweisverfahren sehr aufwendig werden könnte. Es sei mit hohen Kosten, vergleichbar mit jenen des ersten Beweisverfahrens, von über Fr. 60'000.-- zu rechnen.
Es geht um ein allfälliges Beweisverfahren hinsichtlich des Inhalts des Arbeitsvertrages vom 8. Oktober 2007 bzw. der Prüfung der mit Klage vom 3. Dezember 2009 geltend gemachten Ansprüche. Diesbezüglich kommt die Beschwerdeführerin mit ihren Ausführungen ihrer Begründungsobliegenheit (vgl. E. 1.1 hiervor) nicht nach. Sie zeigt nicht substanziiert auf, inwiefern ein neues Beweisverfahren zu einem erheblichen zeitlichen und finanziellen Aufwand führen wird. Sie bringt lediglich vor, der Konzernchef müsste für eine erneute Anhörung nochmals aus den USA anreisen und auch zwei Verwaltungsräte, von welchen einer in Zukunft wohl in Vietnam leben werde, müssten nochmals angehört werden. Damit legt die Beschwerdeführerin aber keineswegs dar, welche (umstrittenen) Tatfragen durch diese Zeugeneinvernahmen geklärt werden sollten. Es liegt denn auch nicht ohne weiteres auf der Hand, dass es zur Klärung des Umfangs vertraglicher Ansprüche Zeugeneinvernahmen braucht. Die Beschwerdeführerin begründet sodann auch nur ungenügend, weshalb die Einvernahme dieser drei Zeugen - wenn sie denn notwendig sein sollte - ein kostspieliges Beweisverfahren erfordern würde. Damit sich eine direkte Anfechtung rechtfertigt, muss sich das zu vermeidende Beweisverfahren hinsichtlich der Dauer und der Kosten deutlich von gewöhnlichen Verfahren abheben. Dies ist bei der Anhörung der Parteien und einiger Zeugen noch nicht der Fall. Anders verhält es sich etwa, wenn das zu erwartende Beweisverfahren ein komplexes oder mehrere Gutachten, oder die Anhörung einer sehr hohen Anzahl von Zeugen oder die Einvernahme von Zeugen auf dem Rechtshilfeweg in fernen Ländern umfasst (Urteil 4A_210/2010 vom 1. Oktober 2010 E. 3.3.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 4A_174/2010 vom 2. Juni 2010 E. 1.3).
1.5.2. Andererseits macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe in ihrem ersten Zwischenentscheid vom 3. März 2011 dem von ihr geltend gemachten Kündigungsgrund - der weisungswidrigen Logoänderung durch den Beschwerdegegner - ohne Beweisverfahren den Charakter eines wichtigen Grundes im Sinne von <ref-law> abgesprochen. Trotz form- und fristgerechtem Beweisantrag über die Frage, ob und inwiefern der Beschwerdegegner der Weisungsgewalt der Konzernspitze unterstellt gewesen sei und Weisungen auch tatsächlich empfangen und ausgeführt habe, sei nie Beweis darüber abgenommen worden. Damit sei ihr rechtliches Gehör verletzt worden. Bei einem Nichteintreten auf die vorliegende Beschwerde sei dadurch die Gefahr gross, dass nach nochmaligem Durchlaufen des Instanzenzuges das Bundesgericht schlussendlich die Gehörsverletzung feststelle und die Angelegenheit nochmals zurückweisen müsste. Dadurch drohe die Gefahr eines bedeutenden Aufwandes an Zeit und Kosten.
Mit diesen Ausführungen verkennt die Beschwerdeführerin, dass die Voraussetzungen von <ref-law> nur dann erfüllt sind, wenn durch einen sofortigen Endentscheid ein durch den Rückweisungsentscheid bedingter Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahrenerspart werden kann. Massgeblich ist somit der Aufwand für ein anstehendes Beweisverfahren. Eine generelle Kostenersparnis wegen nochmaligem Durchlaufen des Instanzenzuges wird von <ref-law> nicht erfasst. Überdies ist der Vorwurf einer Verletzung des rechtlichen Gehörs auch nicht nachvollziehbar: Eine solche Verletzung durch Nichtabnahme von Beweisen kann nur vorliegen, wenn über eine rechtserhebliche Frage kein Beweis abgenommen wird. Bei der vorderhand bestehenden Rechtsauffassung der Vorinstanz im ersten Rückweisungsentscheid vom 3. März 2011, wonach die Logoänderung aus rechtlichen Gründen kein Grund für eine fristlose Entlassung sein könne, konnte bisher eine Beweisabnahme mangels Relevanz unterbleiben. Ob dies rechtens ist, kann vom Bundesgericht erst mit dem Endentscheid geprüft werden.
2.
Aus den dargelegten Gründen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. September 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze