Faits:
A. A.X._, ressortissant colombien né en 1983, est entré en Suisse le 28 mars 1998 avec sa mère. Par décision du 29 octobre 1999, la demande d'asile déposée par la mère en son nom et aux noms de ses enfants a été rejetée par l'Office fédéral des migration. Cette décision a été confirmée par la Commission suisse de recours en matière d'asile (actuellement le Tribunal administratif fédéral) le 15 septembre 2000. Par décision du 22 juillet 2002, I'Office fédéral des migrations a rejeté une demande de reconsidération déposée le 7 décembre 2000 par la mère de l'intéressé, qui a recouru contre cette décision le 22 août 2002.
B. Le 14 février 2003, A.X._ a épousé B._, ressortissante suisse, et a obtenu une autorisation de séjour au titre du regroupement familial le 4 avril 2003. L'intéressé a renoncé à la procédure d'asile, respectivement à la procédure de réexamen introduite par sa mère.
Une enfant de nationalité suisse, née le 18 août 2003, est issue de cette union.
Durant la procédure de renouvellement du permis de séjour de l'intéressé, B.X._ a notamment déclaré le 28 avril 2004 être séparée de son époux depuis environ deux mois et avoir la garde de l'enfant. Elle a toutefois précisé que son conjoint s'occupait régulièrement de sa fille, en particulier lorsqu'elle-même était au travail. L'autorisation de séjour a été renouvelée le 25 octobre 2004, valable jusqu'au 13 octobre 2006.
C. Le 16 septembre 2004 A.X._ a été condamné par le Tribunal correctionnel de Lausanne à une peine de 15 mois d'emprisonnement avec sursis durant cinq ans et à une expulsion du territoire suisse durant cinq ans avec sursis pendant cinq ans, pour lésions corporelles simples qualifiées, rixe, vol, menaces et délit contre la loi fédérale sur les armes, délits commis entre avril et août 2001.
Le 5 novembre 2004, le Service de la population a rendu l'intéressé attentif au fait que sa condamnation par une autorité judiciaire pour crime ou délit pouvait entraîner l'expulsion du territoire suisse. Il l'a en conséquence mis en garde et l'a invité à faire en sorte que son comportement ne donne plus lieu à de nouvelles condamnations.
Le 31 janvier 2005 les époux ont déclaré vivre séparés officiellement depuis le 14 février 2004. L'intéressé avait un droit de visite de sa fille un week end sur deux et la semaine sur demande. L'épouse a en outre déclaré que la présence du père lui paraissait nécessaire au bon équilibre de sa fille. L'autorisation de séjour a été renouvelée le 12 octobre 2006, valable jusqu'au 13 octobre 2008.
A.X._ a eu une fille le 9 novembre 2006 avec sa nouvelle compagne, ressortissante espagnole dont la demande d'autorisation de séjour est pendante.
Le 2 mai 2007, A.X._ a été condamné à une peine privative de liberté de trente mois dont dix-huit mois avec sursis pendant cinq ans, sous déduction de dix jours de détention avant jugement, peine partiellement complémentaire à celle du 16 septembre 2004, pour lésions corporelles simples qualifiées, brigandage qualifié et infraction à la loi fédérale sur les armes, infractions commises les 28 août 2004, 9 et 22 janvier 2005. Le Tribunal correctionnel a renoncé à révoquer le sursis accordé le 16 septembre 2004, mais en a prolongé la durée de deux ans et demi. Tout en considérant que l'intéressé était une personne violente, le tribunal a retenu à sa décharge qu'il semblait être dorénavant sur le droit chemin et a par conséquent émis un pronostic favorable en ce qui concerne sa réinsertion sociale.
Le 17 octobre 2007, le Service de la population a informé l'intéressé de son intention de révoquer son autorisation de séjour et lui a octroyé un délai pour se déterminer. Le 4 décembre 2007, l'intéressé a déposé ses observations et indiqué qu'il était employé comme aide menuisier depuis le 3 février 2006.
D. Par décision du 8 janvier 2008, le Service de la population a révoqué l'autorisation de séjour de l'intéressé et lui a imparti un délai d'un mois pour quitter le territoire. II a considéré que les condamnations pénales de celui-ci justifiaient la mesure, l'intérêt public à son éloignement l'emportant largement sur son intérêt privé à demeurer dans le pays.
Le 4 février 2008, A.X._ a interjeté recours contre cette décision.
E. Par arrêt du 15 février 2008, le Tribunal administratif fédéral a admis la demande de révision présentée le 7 décembre 2000 par la mère et les frères et soeur l'intéressé, annulé la décision de la Commission de recours en matière d'asile du 15 septembre 2000, admis le recours formé le 15 novembre 1999 contre la décision de refus d'asile et de renvoi de Suisse du 29 octobre 1999 et invité l'Office fédéral des migrations à octroyer l'asile. Par décision du 12 mars 2008, ce dernier a annulé sa décision du 29 octobre 1999 et a accordé l'asile à la mère et aux frères et soeur de l'intéressé. Le 29 mai 2008, le Service de la population a indiqué qu'il considérait justifiée sa décision de révocation de l'autorisation de séjour de A.X._ mais qu'il était disposé à rapporter sa décision concernant le renvoi et à proposer l'admission provisoire en faveur de l'intéressé auprès de l'Office fédéral des migrations.
Le recourant a maintenu son recours par lettre du 13 juin 2008 en relevant que l'admission provisoire constitue un statut plus précaire que l'autorisation de séjour, notamment sous l'angle des recherches d'emploi.
F. Par arrêt du 1er septembre 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours déposé contre la décision de révocation rendue le 8 janvier 2008 par le Service de la population.
G. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 1er septembre 2008 en ce sens que son autorisation de séjour n'est pas révoquée, subsidiairement de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint d'une mauvaise application de l'art. 62 de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) ainsi que de l'art. 8 CEDH. Le recourant dépose une demande d'assistance judiciaire.
Le Tribunal cantonal et le Service de la population ont renoncé à déposer des observation sur le recours.
H. Par ordonnance du 15 octobre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 p. 113) a été abrogée lors de l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; loi sur les étrangers RS 142.20; cf. ch. I de l'annexe à l'art. 125 LEtr). Malgré les termes restrictifs de l'art. 126 LEtr, l'ancien droit est aussi applicable aux procédures qui, comme en l'espèce, sont engagées d'office avant le 1er janvier 2008.
2. 2.1 D'après l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit.
En vertu de l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Pour juger de la recevabilité du recours en matière de droit public, seule est déterminante la question de savoir si un mariage au sens formel existe (cf. arrêt 2C_117/2008 du 17 avril 2008 consid. 3.1). En l'espèce, le recourant est encore formellement marié à une ressortissante suisse, de sorte que son recours est recevable sous cet angle.
En outre, un étranger peut, selon les circonstances, se prévaloir du droit au respect de sa vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH pour s'opposer à l'éventuelle séparation de sa famille. Encore faut-il, pour pouvoir invoquer cette disposition, que la relation entre l'étranger et une personne de sa famille ayant le droit de résider durablement en Suisse (nationalité suisse ou autorisation d'établissement) soit étroite et effective (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 285; <ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 211). L'art. 8 CEDH s'applique lorsqu'un étranger fait valoir une relation intacte avec ses enfants bénéficiant du droit de résider en Suisse, même si ces derniers ne sont pas placés sous son
autorité parentale ou sous sa garde du point de vue du droit de la famille (<ref-ruling> consid. 1d p. 3; <ref-ruling> consid. 1c p. 84; <ref-ruling> consid. 1c p. 157 et les références).
En l'espèce, la fille du recourant, qui est mineure et vit aux côtés de sa mère, est ressortissante suisse. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a constaté que, depuis qu'il est séparé de son épouse, le recourant exerce un large droit de visite sur sa fille, dont il s'est occupé lorsque son épouse travaillait. Dans la mesure où l'arrêt attaqué a des incidences sur ses relations personnelles avec sa fille, le recourant peut se prévaloir de l'art. 8 CEDH. Le recours est donc aussi recevable sous cet angle.
2.2 La procédure cantonale a eu pour objet la révocation de l'autorisation de séjour du recourant. Cette autorisation a été prolongée pour la dernière fois jusqu'au 13 octobre 2008; à la date de dépôt du mémoire de recours, sa validité n'était pas encore échue. Elle est en revanche échue avant que ne soit rendu le présent arrêt. Toutefois, le recourant dispose encore d'un intérêt actuel au recours (art. 89 al. 1 let. c LTF) dans la mesure où l'arrêt du Tribunal cantonal peut être considéré (aussi) comme un arrêt portant sur le renouvellement de l'autorisation (cf. sur ce point, arrêt 2C_708/2008 du 12 novembre 2008, consid. 2.2), puisqu'il procède à un examen de la situation du recourant similaire à celui qui devrait être effectué pour le renouvellement de l'autorisation sous l'angle de l'art. 8 CEDH.
Dans ces conditions, en tant qu'ils tendent à démontrer que les conditions de l'art. 62 LEtr pour prononcer une révocation de son autorisation de séjour n'étaient pas réunies, les griefs du recourant sont irrecevables. Ils seront néanmoins pris en compte dans la pesée des intérêts exigée par l'art. 8 par. 2 CEDH.
2.3 Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi par le destinataire de l'arrêt attaqué, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable (cf. art. 82 ss LTF) en tant qu'il concerne le grief de violation de l'art. 8 CEDH (art. 95 let. b LTF).
3. 3.1 Selon l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour; après un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans, il a droit à l'autorisation d'établissement; ce droit s'éteint lorsqu'il existe un motif d'expulsion. Quant à l'art. 7 al. 2 LSEE, il prévoit que le conjoint étranger d'un ressortissant suisse n'a pas droit à l'octroi ou à la prolongation de l'autorisation de séjour, lorsque le mariage a été contracté dans le but d'éluder les dispositions sur le séjour et l'établissement des étrangers et notamment celles sur la limitation du nombre des étrangers. D'après la jurisprudence, le fait d'invoquer l'art. 7 al. 1 LSEE peut être constitutif d'un abus de droit, en l'absence même d'un mariage contracté dans le but d'éluder les dispositions sur le séjour et l'établissement des étrangers au sens de l'art. 7 al. 2 LSEE (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 117; <ref-ruling> consid. 5a p. 56 et la jurisprudence citée).
3.2 En l'espèce, le recourant n'invoque pas à bon droit l'art. 7 LSEE. Il ressort en effet du dossier qu'il est séparé officiellement de son épouse depuis le 14 février 2004 et que, depuis novembre 2005, il a une nouvelle compagne, dont il a eu une fille. Ces faits montrent que l'union conjugale est rompue définitivement et que le mariage n'existe plus que formellement (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 267; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 117 et les arrêts cités).
Dans ces conditions, il convient d'examiner la situation du recourant sous l'angle de l'art. 8 CEDH uniquement.
4. 4.1 Le droit au respect de la vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH n'est pas absolu. Une ingérence dans l'exercice de ce droit est possible selon l'art. 8 par. 2 CEDH, pour autant qu'elle soit prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale, ou à la protection des droits et libertés d'autrui. La question de savoir si, dans un cas d'espèce, les autorités de police des étrangers sont tenues d'accorder une autorisation de séjour fondée sur l'art. 8 CEDH doit être résolue sur la base d'une pesée de tous les intérêts privés et publics en présence (<ref-ruling> consid. 2e p. 639; <ref-ruling> consid. 3c p. 5).
En ce qui concerne l'intérêt public, il faut retenir que la Suisse mène une politique restrictive en matière de séjour des étrangers, pour assurer un rapport équilibré entre l'effectif de la population suisse et celui de la population étrangère résidante, ainsi que pour améliorer la situation du marché du travail et assurer un équilibre optimal en matière d'emploi (cf. art. 16 LSEE et 1er de l'ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers [OLE; RO 1986 p. 1791] abrogée depuis l'entrée en vigueur du nouveau droit des étrangers, cf. consid. 1 ci-dessus). Ces buts sont légitimes au regard de l'art. 8 par. 2 CEDH (<ref-ruling> consid. 3b p. et 22 consid. 4a p. 24/25).
Pour ce qui est de l'intérêt privé à obtenir une autorisation de séjour, il faut constater que l'étranger disposant d'un droit de visite sur son enfant habilité à résider en Suisse peut en principe exercer ce droit même s'il vit à l'étranger, au besoin en aménageant ses modalités quant à la fréquence et à la durée. Un droit plus étendu peut exister en présence de liens familiaux particulièrement forts dans les domaines affectif et économique et lorsque, en raison de la distance qui sépare le pays de résidence de l'enfant du pays d'origine de son parent, cette relation ne pourrait pratiquement pas être maintenue; en outre, le parent qui entend se prévaloir de cette garantie doit avoir fait preuve en Suisse d'un comportement irréprochable (<ref-ruling> consid. 3c p. 5, 22 consid. 4a p. 25; arrêts 2C_231/2008 du 2 juillet 2008, 2C_340/2008 du 28 juillet 2008 et les références citées). Un comportement est irréprochable s'il n'existe aucun motif en droit des étrangers d'éloigner ce parent ou de le maintenir à l'étranger, en d'autres termes, s'il ne s'est rendu coupable d'aucun comportement réprimé par le droit des étrangers ou le droit pénal. Il faut en outre considérer qu'il existe un lien affectif particulièrement fort lorsque le droit de visite est organisé de manière large et qu'il est exercé de manière régulière, spontanée et sans encombre (arrêt 2A.550/2006 du 7 novembre 2006, consid. 3.1 et les références citées).
4.2 En l'espèce, selon les déclarations des époux du 28 avril 2004, le recourant s'est apparemment beaucoup occupé de sa fille durant les années 2003 et 2004. Il ressort en revanche des déclarations des époux le 13 janvier 2005 que le recourant ne verse aucune pension pour sa fille et qu'un droit de visite d'une fin de semaine sur deux et sur demande durant la semaine lui a été accordé. On ne saurait par conséquent considérer que les liens économiques qui unissent le recourant à sa fille sont étroits, même s'ils semblent l'être sur le plan affectif. Dans ces conditions, on peut douter que les liens affectifs et économiques qui unissent le recourant à sa fille puissent être qualifiés de particulièrement forts.
Quoi qu'il en soit, il n'est pas nécessaire d'examiner plus précisément cet élément du moment que le comportement du recourant n'est pas irréprochable. Celui-ci a été condamné une première fois le 16 septembre 2004 notamment pour des infractions contre l'intégrité corporelle, puis une nouvelle fois, par jugement du 2 mai 2007, pour des infractions contre l'intégrité corporelle en raison d'actes commis les 28 août 2004, 9 janvier et 22 janvier 2005. Le juge pénal a retenu que le recourant et ses acolytes "s'attaquaient à leurs victimes afin de leur dérober leur argent et autres objets en usant de violence pour arriver à leur fin et, ce qui est particulièrement épouvantable, pour se faire plaisir, car il faut bien admettre que, s'ils s'attaquaient à leur victime pour la détrousser, ils continuaient à la rouer de coups même après qu'elle ait été dépouillée de tout". Il est vrai, comme le souligne le recourant, qu'en application du nouveau droit pénal en vigueur depuis le 1er janvier 2007, le juge pénal a prononcé le 2 mai 2007 une peine privative de liberté effective inférieure de douze mois et pour le solde un sursis. Il a également renoncé à révoquer le sursis de la première condamnation. L'existence d'un sursis voire même l'absence de révocation d'un sursis antérieur sont certes des éléments qui parlent en principe en faveur du recourant dans la pesée des intérêts publics et privés; en l'espèce toutefois, l'importance du sursis doit être fortement relativisée. En effet, les comportements du recourant qui ont fait l'objet du jugement du 2 mai 2007 sont intervenus alors qu'il était marié, que sa fille était déjà née et quelques mois après que le Service de la population l'avait mis expressément en garde le 5 novembre 2004 qu'une nouvelle condamnation pouvait entraîner son expulsion de Suisse. En poursuivant ses activités criminelles, le recourant a ainsi pris sciemment le risque d'être éloigné de sa fille, comme le constate à juste titre le Tribunal cantonal. Enfin, il ressort du jugement pénal que le recourant agissait avec des compatriotes, ce qui dénote également une faible intégration sociale. Le simple fait de travailler comme aide menuisier ne suffit donc nullement à effacer la gravité des actes commis et réprimés. Dans ces conditions, l'intérêt à maintenir l'ordre public en Suisse l'emporte sur celui du recourant à obtenir un permis de séjour aux fins de maintenir des relations personnelles avec sa fille au sens de l'art. 8 CEDH.
4.3 Après avoir pris connaissance de la décision rendue le 12 mars 2008 par l'Office fédéral des migrations octroyant l'asile à la mère et frères et soeurs du recourant, le Service cantonal de la populations a indiqué le 29 mai 2008 qu'il était disposé à rapporter sa décision concernant le renvoi et à proposer l'admission provisoire de l'intéressé. Par conséquent, les motifs pour lesquels un renvoi du recourant en Colombie ne serait pas exigible n'ont pas à être examinés en l'espèce du moment qu'ils feront l'objet d'une décision de l'Office fédéral des migrations. Il suffit par conséquent de constater que le recourant ne peut obtenir le renouvellement de son autorisation de séjour en Suisse.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Les conclusions du recourant apparaissant dénuées de chance de succès, sa requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al LTF a contrario). Les frais de justice seront fixés compte tenu de sa situation financière (art. 64 al. 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la population et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 24 novembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey