Faits:
A. A.a Mme B.X._, née à Belgrade (Serbie) en 1972, ressortissante de Serbie et Monténégro, et M. A.X._, né en 1945, originaire de Genève, se sont mariés le 4 décembre 1999 à Jussy (GE).
Deux enfants sont issus de cette union: C._, né en 2000, et D._, né en 2003.
Malgré des tensions au sein de leur couple, les époux continuent à vivre ensemble avec leurs enfants au domicile conjugal.
A.b M. A.X._ retire un revenu mensuel de 16'889 fr. de son activité professionnelle. Il perçoit en outre une rente AVS de 3'986 fr. pour lui-même et ses deux enfants, ainsi qu'une rente LPP de 1'229 fr. 60. Ses charges mensuelles ont été arrêtées à 8'418 fr.
M. A.X._ est propriétaire de la maison conjugale. Il ressort des plans de la maison que celle-ci est composée de deux appartements qui ont été réunis au cours des années 2000.
A.c Mme B.X._ se consacre pleinement à l'éducation de ses deux enfants. Elle exerce une activité restreinte de graphiste à son compte dont elle a toutefois déclaré ne dégager aucun bénéfice.
Ses charges mensuelles, incluant celles de ses deux enfants, s'élèvent à 5'098 fr. 85.
B. B.a Statuant le 11 mai 2012 sur mesures protectrices de l'union conjugale, après avoir au préalable rejeté la requête de mesures superprovisionnelles formée par Mme B.X._, le Tribunal de première instance a notamment autorisé les époux à vivre séparés (ch. 1), a confié la garde des enfants à leur mère (ch. 2) tout en réservant un large droit de visite au père (ch. 3), a autorisé M. A.X._ à rétablir deux appartements distincts (ch. 4), attribuant la jouissance exclusive de l'appartement le plus grand à l'épouse et celle du plus petit au mari (ch. 5 et 6), a condamné M. A.X._ à verser 6'090 fr. à Mme B.X._ à titre de contribution à l'entretien de la famille à compter du jour du prononcé du jugement (ch. 7) et a dit que M. A.X._ supporterait le paiement des intérêts hypothécaires, des frais de chauffage, le salaire du jardinier et les impôts du couple, quel que soit le mode de taxation (ch. 8).
B.b Statuant par arrêt du 9 novembre 2012 sur l'appel formé par Mme B.X._, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé les ch. 4 à 8 du dispositif du jugement entrepris et, statuant à nouveau, a attribué la jouissance exclusive du domicile conjugal à l'épouse, a condamné le mari à quitter celui-ci le 15 décembre 2012 au plus tard, sous la menace de la peine prévue à l'<ref-law>, a condamné M. A.X._ à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, 9'390 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille, à compter du 14 octobre 2011, sous déduction de 41'600 fr. pour la période du 14 octobre 2011 au 31 octobre 2012, a condamné M. A.X._ à supporter le paiement des intérêts hypothécaires et des primes d'assurance bâtiment et a confirmé le jugement entrepris pour le surplus.
C. Par acte du 14 décembre 2012, M. A.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, assorti d'une demande d'octroi de l'effet suspensif. Il conclut principalement à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'il soit autorisé à rétablir deux appartements distincts dans la maison familiale selon les plans versés à la procédure et à ce que l'arrêt entrepris soit annulé en tant qu'il le condamne à verser à son épouse une contribution d'entretien rétroactive pour la période du 14 octobre 2011 au 31 octobre 2012 et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A l'appui de ses conclusions, le recourant se plaint de la violation de l'<ref-law>, de l'établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.), ainsi que de la violation de son droit d'être entendu (art. 29 Cst.).
La demande d'effet suspensif a été rejetée.
Invitées à se déterminer, la Cour de justice s'est référée aux considérants de son arrêt et l'intimée a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>). Dès lors que le litige soumis au Tribunal fédéral porte sur l'attribution du domicile conjugal et le montant des contributions d'entretien dues par le père à ses enfants et à son épouse, le recours a pour objet une décision rendue dans une affaire pécuniaire (cf. arrêt 5A_575/2011 du 12 octobre 2011 consid. 1), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, art. 74 al. 1 let. b LTF). Il a par ailleurs été déposé par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris (<ref-law>), dans le délai (<ref-law>) et dans la forme (<ref-law>) prévus par la loi, contre une décision prise sur recours par un tribunal supérieur (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2. Contrairement à ce que soutient de manière peu compréhensible le recourant, la décision de mesures protectrices de l'union conjugale est bien une décision portant sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.1), de sorte que seule la violation de droits constitutionnels peut être dénoncée.
2.1 Le Tribunal fédéral ne sanctionne la violation de droits constitutionnels que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant conformément au principe d'allégation (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6; 638 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 et les références citées). L'arbitraire prohibé par l'art. 9 Cst. ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait concevable, voire préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de cette décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 4.4.1).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>).
Dans le domaine de l'appréciation des preuves et de la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 1b et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Cette retenue est d'autant plus grande lorsque le juge n'examine la cause que d'une manière sommaire et provisoire (<ref-ruling> consid. 3.3 et les références; <ref-ruling> consid. 2b/bb).
2.3 En vertu des principes de la bonne foi et de l'épuisement des griefs (<ref-law>), tous les moyens nouveaux sont exclus dans le recours en matière civile au sens de l'<ref-law>, sauf dans les cas où seule la motivation de la décision attaquée donne l'occasion de les soulever, c'est-à-dire lorsque c'est cette décision qui, pour la première fois, a rendu pertinents ces faits ou moyens de preuve (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.2.4 p. 229; arrêts 5A_577/2010 du 18 octobre 2010 consid. 1.2, publié in: SJ 2011 I p. 101; 5A_871/2009 du 2 juin 2010 consid. 2). Les pièces postérieures à l'arrêt entrepris sont en outre d'emblée irrecevables (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 343 s.; arrêt 5A_640/2011 du 4 janvier 2012 consid. 1.4).
3. Le recourant s'en prend dans un premier temps à l'attribution exclusive de la maison familiale à son épouse.
3.1 S'agissant du logement familial, le Tribunal de première instance a autorisé le mari à rétablir les deux appartements initiaux distincts et à occuper le plus petit - laissant le plus grand à l'usage de l'épouse et des enfants - considérant que cette solution était la plus raisonnable, malgré l'inconvénient que représentait le maintien d'une telle proximité entre les époux. Il a en effet estimé que, compte tenu du fait que l'époux avait déjà atteint l'âge de la retraite, rien ne permettait de mettre en doute ses déclarations quant à son intention d'arrêter de travailler dans les deux ans à venir et qu'on ne pouvait par conséquent l'obliger à quitter sa propriété pour louer un appartement ailleurs, dont la charge de loyer pourrait s'avérer insupportable dès qu'il aurait mis fin à son activité professionnelle. Cette solution était également dans l'intérêt des enfants qui pouvaient ainsi conserver les liens créés dans cette commune et continuer de profiter de la vie à la campagne.
La Cour de justice a au contraire considéré qu'une éventuelle division du domicile conjugal en deux appartements était précisément susceptible de nuire au bien-être des enfants qui ne comprendraient pas, d'une part, que leurs parents séparés continuent de vivre à la même adresse et qui seraient, d'autre part, plus souvent confrontés au conflit opposant leurs parents, lequel serait plus difficile à apaiser avec une telle proximité géographique. Elle a en outre considéré que la taille de 66 m2 de l'appartement ainsi reconstitué ne permettrait pas au père de loger convenablement ses fils durant l'exercice de son droit de visite, de sorte que ces derniers seraient obligés de retourner dormir chez leur mère au risque d'alimenter encore le conflit et d'empêcher le bon déroulement du droit de visite. Considérant que cette solution n'était en définitive pas dans l'intérêt des enfants, elle a attribué la jouissance exclusive du domicile conjugal à leur mère, précisant que l'intimé bénéficiait d'un revenu suffisant pour assumer un loyer et n'avait en outre pas rendu vraisemblable la cessation de son activité professionnelle à la fin de l'année 2013.
3.2 Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir estimé que la division du domicile conjugal en deux appartements était contraire à l'intérêt des enfants, ce sans avoir procédé à l'audition préalable des parties, ni effectué d'instruction complémentaire, alors même que le Service de protection des mineurs n'avait formulé aucune critique lorsqu'il avait été informé de ce projet par le recourant. De la même manière, il soutient que la Cour de justice ne pouvait se contenter de retenir qu'il n'avait pas rendu vraisemblables la cessation de son activité professionnelle et le fait qu'il ne serait par conséquent bientôt plus en mesure d'assumer un loyer, mais qu'il lui appartenait au contraire d'instruire la cause sur ce point, ce d'autant que cette affirmation n'avait jamais été contestée par l'intimée. Il estime ainsi que la Cour de justice, à défaut d'avoir interpellé ou entendu oralement les parties sur ces questions avant de modifier l'état de fait retenu en première instance, a violé leur droit d'être entendues ainsi que la maxime inquisitoire prévue par l'<ref-law>. Le recourant soutient que la Cour de justice a de surcroît apprécié arbitrairement les faits en considérant qu'il n'a pas rendu la cessation de son activité professionnelle vraisemblable. En outre, il estime que, même en tenant compte du raisonnement de la Cour qui a retenu que le fait que les deux époux continuent à vivre dans la même maison serait contraire à l'intérêt des enfants, l'interdiction de constituer deux appartements distincts était injustifiée et ne tenait pas compte de ses propres intérêts pécuniaires puisqu'il aurait parfaitement pu louer l'un des appartements, ce qui lui aurait, d'une part, permis de compenser la perte prochaine de son revenu et aucune raison objective ne justifiant, d'autre part, d'attribuer à son épouse une maison de plus de 200 m2.
3.2 Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir estimé que la division du domicile conjugal en deux appartements était contraire à l'intérêt des enfants, ce sans avoir procédé à l'audition préalable des parties, ni effectué d'instruction complémentaire, alors même que le Service de protection des mineurs n'avait formulé aucune critique lorsqu'il avait été informé de ce projet par le recourant. De la même manière, il soutient que la Cour de justice ne pouvait se contenter de retenir qu'il n'avait pas rendu vraisemblables la cessation de son activité professionnelle et le fait qu'il ne serait par conséquent bientôt plus en mesure d'assumer un loyer, mais qu'il lui appartenait au contraire d'instruire la cause sur ce point, ce d'autant que cette affirmation n'avait jamais été contestée par l'intimée. Il estime ainsi que la Cour de justice, à défaut d'avoir interpellé ou entendu oralement les parties sur ces questions avant de modifier l'état de fait retenu en première instance, a violé leur droit d'être entendues ainsi que la maxime inquisitoire prévue par l'<ref-law>. Le recourant soutient que la Cour de justice a de surcroît apprécié arbitrairement les faits en considérant qu'il n'a pas rendu la cessation de son activité professionnelle vraisemblable. En outre, il estime que, même en tenant compte du raisonnement de la Cour qui a retenu que le fait que les deux époux continuent à vivre dans la même maison serait contraire à l'intérêt des enfants, l'interdiction de constituer deux appartements distincts était injustifiée et ne tenait pas compte de ses propres intérêts pécuniaires puisqu'il aurait parfaitement pu louer l'un des appartements, ce qui lui aurait, d'une part, permis de compenser la perte prochaine de son revenu et aucune raison objective ne justifiant, d'autre part, d'attribuer à son épouse une maison de plus de 200 m2.
3.3 3.3.1 La garantie constitutionnelle de l'art. 29 al. 2 Cst. prévoit que toute personne a le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, d'avoir accès au dossier, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision à rendre, de participer à l'administration des preuves valablement offertes, à moins que le fait à prouver ne soit dépourvu de pertinence ou que le moyen de preuve n'apparaisse manifestement inapte à établir le fait allégué, et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 370 s. et les références; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 2c p. 578; <ref-ruling> consid. 2b p. 56). L'art. 29 al. 2 Cst. ne confère pas le droit d'être entendu oralement (arrêt 5A_225/2011 du 9 août 2011 consid. 3.2). Le droit d'être entendu ne s'oppose pas à ce que l'autorité mette un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction. Si le juge cantonal a refusé une mesure probatoire en procédant à une appréciation anticipée des preuves, il appartient au recourant qui entend la contester de soulever un grief détaillé à cet égard (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3 p. 157; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428; <ref-ruling> consid. 3a p. 11/12 et 97 consid. 5b p. 101).
3.3.2 Selon l'<ref-law>, à la requête de l'un des conjoints et si la suspension de la vie commune est fondée, le juge prend les mesures en ce qui concerne le logement et le mobilier de ménage. Le juge des mesures protectrices de l'union conjugale attribue provisoirement le logement conjugal à l'une des parties en faisant usage de son pouvoir d'appréciation. Il doit procéder à une pesée des intérêts en présence, de façon à prononcer la mesure la plus adéquate au vu des circonstances concrètes.
En premier lieu, le juge doit examiner à quel époux le domicile conjugal est le plus utile ("grösserer Nutzen"). Ce critère conduit à attribuer le logement à celui des époux qui en tirera objectivement le plus grand bénéfice, au vu de ses besoins concrets. A cet égard, entrent notamment en considération l'intérêt de l'enfant, confié au parent qui réclame l'attribution du logement, à pouvoir demeurer dans l'environnement qui lui est familier, l'intérêt professionnel d'un époux, qui, par exemple, exerce sa profession dans l'immeuble, ou encore l'intérêt d'un époux à pouvoir rester dans l'immeuble qui a été aménagé spécialement en fonction de son état de santé.
Si ce premier critère de l'utilité ne donne pas de résultat clair, le juge doit, en second lieu, examiner à quel époux on peut le plus raisonnablement imposer de déménager, compte tenu de toutes les circonstances. A cet égard, entrent notamment en considération l'état de santé ou l'âge avancé de l'un des époux qui, bien que l'immeuble n'ait pas été aménagé en fonction de ses besoins, supportera plus difficilement un changement de domicile, ou encore le lien étroit qu'entretient l'un d'eux avec le domicile conjugal, par exemple un lien de nature affective. Des motifs d'ordre économique ne sont en principe pas pertinents, à moins que les ressources financières des époux ne leur permettent pas de conserver ce logement.
Si ce second critère ne donne pas non plus de résultat clair, le juge doit alors tenir compte du statut juridique de l'immeuble et l'attribuer à celui des époux qui en est le propriétaire ou qui bénéficie d'autres droits d'usage sur celui-ci (<ref-ruling> consid. 2c et 2d; arrêts 5A_710/2009 du 22 février 2010 consid. 3.1, non publié in <ref-ruling>; 5A_575/2011 du 12 octobre 2012 consid. 5.1; 5A_766/2008 du 4 février 2009 consid. 3 et les références citées; 5A_344/2008 du 28 juillet 2008 consid. 5.1).
3.3.3 En vertu de l'<ref-law>, la maxime inquisitoire s'applique lorsque le juge est saisi de questions relatives aux enfants dans les affaires de droit de la famille. Selon la jurisprudence, le juge a le devoir d'éclaircir les faits et de prendre en considération d'office tous les éléments qui peuvent être importants pour rendre une décision conforme à l'intérêt de l'enfant, même si ce sont les parties qui, en premier lieu, lui soumettent les faits déterminants et les offres de preuves. Il n'est lié ni par les faits allégués, ni par les faits admis, ni par les moyens de preuve invoqués par les parties; il ordonne d'office l'administration de tous les moyens de preuve propres et nécessaires à établir les faits pertinents. Cette obligation du juge d'établir d'office les faits n'est cependant pas sans limite. La maxime inquisitoire ne dispense pas, en effet, les parties de collaborer activement à la procédure et d'étayer leurs propres thèses; il leur incombe de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuve disponibles (<ref-ruling> consid. 3.2.1 et les références; arrêts 5A_522/2011 du 18 janvier 2012 consid. 4.1 in fine; 5P.473/2006 du 19 décembre 2006 consid. 3.2).
Par ailleurs, les mesures protectrices de l'union conjugale sont ordonnées à la suite d'une procédure sommaire avec administration restreinte des moyens de preuve et limitation du degré de la preuve à la simple vraisemblance. Il suffit donc que les faits soient rendus vraisemblables (ATF <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 478 et les références). L'<ref-law> n'est dès lors pas directement applicable (<ref-ruling> consid. 3).
3.3.4 Le recourant reproche en premier lieu à l'autorité cantonale de s'être écartée de la solution retenue par le premier juge en estimant à l'inverse de celui-là, que la solution de logement qu'il proposait était contraire à l'intérêt des enfants, ce sans réentendre les parties au préalable ni procéder à aucune mesure d'instruction complémentaire. Il soutient qu'elle aurait ainsi à la fois violé le droit d'être entendues des parties (art. 29 al. 2 Cst.) et la maxime inquisitoire applicable en l'espèce (<ref-law>). Ce faisant, le recourant se méprend toutefois sur le sens à donner à ces dispositions. En effet, dans la mesure où les parties ont valablement été entendues au cours de la procédure de première instance, ce qui est le cas en l'espèce, rien n'imposait au juge d'appel de les entendre à nouveau avant de se forger sa propre opinion sur la base du dossier et ce même si sa propre appréciation devait le conduire à un résultat divergent de celui retenu par le premier juge. Ce grief est mal fondé et doit être rejeté. L'application de la maxime inquisitoire ne dispense en outre aucunement le recourant de collaborer activement à la procédure et d'étayer sa thèse en indiquant notamment les moyens de preuve disponibles. Même lorsque la maxime inquisitoire est applicable, il appartient en effet en premier lieu aux parties de soumettre les faits déterminants et les offres de preuves au juge. En reprochant à l'autorité cantonale de ne pas avoir instruit la cause sans même indiquer quels sont les moyens de preuve qu'il aurait souhaité voir administrés et qui ne l'auraient à tort pas été, le recourant ne démontre aucunement une violation de la maxime inquisitoire, de sorte que ce grief doit également être rejeté.
Le recourant reproche ensuite à l'autorité cantonale d'avoir accordé à l'intimée un logement d'une surface dont elle n'a pas l'utilité et d'avoir, ce faisant, méconnu son propre intérêt financier à occuper une partie de l'immeuble ou au moins à la louer à un tiers pour en retirer un bénéfice susceptible de couvrir son propre loyer.
Par sa critique, le recourant conteste en premier lieu le fait qu'il n'ait pas été autorisé à diviser le logement pour en occuper personnellement une partie. L'autorité cantonale a motivé l'attribution exclusive du logement familial à l'épouse essentiellement par le fait que le bien des enfants commandait de privilégier cette solution. Elle a ainsi relevé que les tensions entre les parties étaient encore vives et que la solution proposée par le recourant était susceptible en particulier d'exposer les enfants aux conflits entre leurs parents. Par sa critique, le recourant ne s'en prend nullement à cette appréciation dont il ne démontre a fortiori pas l'arbitraire, de sorte que son grief doit être rejeté. Il n'est en outre pas relevant que le Service de protection des mineurs n'ait formulé aucune critique à l'encontre de son projet de logement, dès lors qu'il n'apparaît pas avoir été précisément interrogé sur ce point - ses conclusions portant uniquement sur la question de savoir auquel des parents la garde devait être attribuée et sur les modalités du droit de visite - de sorte qu'on ne peut rien déduire de l'absence de prise de position à cet égard.
Le recourant s'en prend également au fait qu'il n'ait pas été autorisé à diviser le logement pour en louer une partie et en retirer ainsi un bénéfice qui lui permettrait de couvrir son futur loyer. L'autorité cantonale est parvenue à cet égard à la conclusion que son revenu était suffisant pour assumer un loyer et qu'il n'avait pas rendu la cessation de son activité à la fin de l'année 2013 vraisemblable, de sorte qu'on ne pouvait en tenir compte. Le recourant ne s'en prend pas directement à ces dernières constatations, se contentant de soutenir - à tort (cf. supra consid. 3.3.3) - que l'autorité cantonale ne pouvait à cet égard se satisfaire de la seule vraisemblance. Il apparaît en outre que les seuls moyens de preuve fournis par le recourant à l'appui de ses allégations, à savoir deux courriers attestant de la résiliation de son contrat de travail, sont des pièces postérieures à l'arrêt entrepris qui sont par conséquent irrecevables devant le Tribunal de céans (cf. supra consid. 2.3). Il n'était en conséquence pas arbitraire de retenir que la fin effective de son activité professionnelle en 2013 n'avait pas été rendue vraisemblable, étant en outre précisé que l'autorité cantonale a rappelé à juste titre au recourant qu'il pourrait toutefois requérir la modification des mesures protectrices ordonnées s'il venait effectivement à subir une baisse de ses revenus. Sa critique selon laquelle l'autorité cantonale aurait au moins dû l'autoriser à louer une partie de la maison pour lui permettre de couvrir son propre loyer tombe par conséquent à faux.
4. Le recourant conteste ensuite le principe même de l'effet rétroactif accordé aux contributions d'entretien dues à sa famille et subsidiairement la somme qu'il a été autorisé à imputer sur les pensions dues à ce titre.
4.1 Le Tribunal de première instance a fixé la contribution d'entretien avec effet au jour du prononcé du jugement.
La Cour de justice a, pour sa part, considéré que, dès lors que le recourant n'avait pas rendu vraisemblable la prise en charge de l'intégralité des charges de son épouse durant la période postérieure au dépôt de la requête de mesures protectrices de l'union conjugale, il y avait lieu de faire rétroagir la contribution d'entretien due au jour du dépôt de la requête le 14 octobre 2011, conformément à ce qui est préconisé dans la jurisprudence fédérale lorsque les conclusions ne précisent pas la date à partir de laquelle la contribution d'entretien est requise. Elle a toutefois déduit du montant dû une somme totale de 41'600 fr. dont elle a considéré le versement comme établi.
La Cour de justice a, pour sa part, considéré que, dès lors que le recourant n'avait pas rendu vraisemblable la prise en charge de l'intégralité des charges de son épouse durant la période postérieure au dépôt de la requête de mesures protectrices de l'union conjugale, il y avait lieu de faire rétroagir la contribution d'entretien due au jour du dépôt de la requête le 14 octobre 2011, conformément à ce qui est préconisé dans la jurisprudence fédérale lorsque les conclusions ne précisent pas la date à partir de laquelle la contribution d'entretien est requise. Elle a toutefois déduit du montant dû une somme totale de 41'600 fr. dont elle a considéré le versement comme établi.
4.2 4.2.1 Le recourant s'oppose à l'effet rétroactif accordé s'agissant des contributions dues à l'entretien de sa famille et en particulier au montant dû pour cette période. Il soutient que l'autorité cantonale aurait violé la maxime inquisitoire dès lors qu'il lui appartenait d'établir d'office le montant dû à titre rétroactif et qu'elle ne pouvait se contenter de considérer qu'il n'avait pas rendu vraisemblable le paiement allégué des charges de son épouse durant la période à compter du dépôt de la requête de mesures protectrices de l'union conjugale. Il soutient avoir versé à la procédure des pièces attestant d'un accord conclu avec son épouse prévoyant qu'il s'acquitterait, en sus d'un montant de 3'000 fr. par mois, de l'intégralité des frais liés au logement et des factures du ménage. Il allègue à cet égard avoir notamment assumé toutes les charges courantes afférentes à la maison, ainsi que les frais de nourriture et les impôts du couple. Une fois le jugement de première instance rendu, il soutient en outre avoir procédé régulièrement au versement de la contribution de 6'090 fr. auquel il a été condamné et pour lequel l'effet suspensif n'avait pas été alloué par la Cour de justice. Outre la violation alléguée de la maxime inquisitoire, il estime que la Cour a violé le droit d'être entendues des parties en retenant que seul un montant mensuel de 3'000 fr. avait été versé par lui à son épouse, dès lors qu'elle ne les a pas interpellées avant d'arriver à une telle conclusion et qu'elle a en outre, pour les mêmes motifs, apprécié arbitrairement les faits.
4.2.2 L'intimée soutient, pour sa part, que le recourant s'est contenté d'alléguer le paiement de l'intégralité des charges du ménage durant la période du 14 octobre 2011 au 31 octobre 2012 sans fournir aucune pièce à l'appui de ses dires si ce n'est une analyse non probante des factures et récépissés des versements qu'elle a elle-même produits. La Cour de justice n'avait en outre pas à instruire plus avant le montant des versements relatifs aux charges du ménage effectués par le recourant puisqu'il avait eu l'occasion de les prouver par pièces en première et deuxième instances et y avait renoncé. En ce qui concerne le versement de la contribution d'entretien auquel le recourant a été condamné en première instance, elle estime, à l'inverse de celui-ci, que la Cour de justice n'avait pas à inférer du seul fait que l'exécution de ce jugement n'avait pas été suspendue qu'il s'acquittait bel et bien du paiement de la contribution en question. Elle relève que le premier paiement à ce titre est intervenu le 27 juin 2012, de sorte que la pièce en attestant aurait parfaitement pu être produite par le recourant à l'appui de son mémoire de réponse à l'appel qu'il a déposé le 29 juin 2012. Dans la mesure où il a renoncé à la produire, cette pièce, tout comme celles attestant des versements subséquents, seraient nouvelles et donc irrecevables. Elle considère par conséquent, sans se déterminer sur le principe même de l'effet rétroactif, que c'est à bon droit que la Cour de justice a limité le montant à déduire des arriérés de contributions dus par le recourant à 41'600 fr.
4.3 S'agissant du principe même de l'effet rétroactif, bien que le recourant le conteste, soutenant vraisemblablement que le fait que les époux vivent toujours sous le même toit constituerait un obstacle à l'octroi de l'effet rétroactif, il n'expose toutefois pas, conformément aux exigences de motivation requises (<ref-law>), en quoi l'autorité cantonale aurait arbitrairement appliqué l'<ref-law> en faisant remonter le début de l'obligation d'entretien au moment du dépôt de la requête, étant rappelé que les contributions pécuniaires fixées par le juge dans le cadre des mesures protectrices de l'union conjugale peuvent être réclamées pour l'avenir et pour l'année qui précède l'introduction de la requête (<ref-law>, applicable dans le cadre de l'organisation de la vie séparée selon l'<ref-law>; <ref-ruling>). Dès lors, sa critique est irrecevable.
Pour ce qui a trait au montant dû rétroactivement par le recourant à l'intimée, celui-ci a effectivement joint à son recours devant le Tribunal de céans, un lot de pièces nouvelles attestant notamment du paiement de diverses charges durant la période comprise entre le dépôt de la requête par son épouse et le prononcé de l'arrêt entrepris, ainsi que du versement régulier à compter du 27 juin 2012 d'un montant de 6'060 fr. par mois en faveur de son épouse. S'agissant des charges courantes dont le recourant soutient s'être acquitté en sus du montant de 3'000 fr. dû en vertu de la convention conclue avec l'intimée, il apparaît que les pièces produites devant l'instance précédente pour appuyer cet allégué n'étaient pas probantes, puisqu'il s'agissait respectivement d'un courrier de son avocat attestant que son client était prêt à verser à son épouse un montant de 3'000 fr. par mois et dans lequel il contestait en outre être en retard s'agissant du paiement de factures de téléphone et d'un courrier de l'avocate de son épouse qui réclamait précisément le versement du montant de 3'000 fr. C'est par conséquent à juste titre que l'autorité cantonale a considéré que le recourant n'avait pas rendu vraisemblable le paiement allégué des charges de l'intimée. La pièce nouvelle produite à cet égard devant le Tribunal de céans est au surplus irrecevable. En tant que le recourant soutient que l'autorité cantonale aurait sur ce point violé la maxime inquisitoire, son grief est une fois de plus infondé. Il n'a en effet pas satisfait à son devoir de collaborer, puisque le relevé bancaire produit pour la première fois devant le Tribunal de céans dans le but de démontrer qu'il s'acquittait des charges de la recourante atteste d'opérations bancaires intervenues entre le 13 juin et le 3 juillet 2012, de sorte qu'il aurait parfaitement pu le produire devant l'instance précédente déjà. Contrairement à ce qu'il soutient, son droit d'être entendu n'a pas davantage été violé puisque l'autorité cantonale a précisément motivé son refus de déduire les charges prétendument payées par l'absence de preuve quant à ce paiement et que le recourant a en outre parfaitement été en mesure de contester cette motivation devant le Tribunal de céans.
En ce qui concerne en revanche l'absence de prise en compte du versement régulier d'un montant de 6'060 fr. par mois à son épouse, la critique du recourant est fondée. En effet, le Tribunal de première instance avait condamné le recourant au paiement d'une contribution d'entretien de 6'090 fr. par mois à compter du prononcé du jugement. La Cour de justice, saisie d'un appel de l'épouse contre ce jugement, a refusé d'allouer l'effet suspensif s'agissant du paiement de la pension alimentaire. Elle ne pouvait par conséquent, sans arbitraire, considérer que le recourant s'était acquitté du seul montant de 3'000 fr. convenu précédemment entre les époux, alors qu'il avait été condamné à verser un montant de 6'090 fr. et que le jugement de première instance était exécutoire sur ce point. Comme le relève l'intimée, la pièce du 27 juin 2012 attestant du premier versement de ce montant aurait certes pu être produite par le recourant dans sa réponse à l'appel formé par son épouse. Toutefois, force est de constater que l'appel de cette dernière était dirigé contre le jugement de première instance et qu'elle y contestait par conséquent le fait que l'effet rétroactif n'ait pas été accordé pour les contributions d'entretien dues pour la période comprise entre le dépôt de la requête de mesures protectrices et le prononcé de première instance, de sorte que pour s'y opposer il était parfaitement justifié que le recourant n'allègue et ne prouve que les sommes versées à son épouse durant la période en question et non postérieurement au prononcé du jugement de première instance. Il s'ensuit que c'est bien l'arrêt entrepris qui a rendu nécessaire la production des pièces démontrant le versement de la contribution d'entretien due en vertu du jugement de première instance, de sorte que, bien que nouvelles, ces pièces sont recevables (cf. supra consid. 2.3). Toutefois, elles attestent du versement d'un montant de 6'060 fr. et non de 6'090 fr. par mois, sans que le recourant ne fournisse d'explication sur cette différence, de sorte que c'est ce premier montant qui devra être retenu.
5. En définitive, le recours doit être partiellement admis et l'arrêt entrepris réformé en ce sens que M. A.X._ est condamné à verser à Mme B.X._, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, 9'390 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille, à compter du 14 octobre 2011, sous déduction d'un montant de 56'900 fr., soit 8'600 fr.(correspondant au montant prélevé par l'intimée sur le compte du recourant pour l'entretien des mois d'octobre et novembre 2011) + 6 x 3'000 fr. (pour les contributions dues pour la période comprise entre le mois de décembre 2011 et le mois de mai 2012) + 5 x 6'060 fr. (pour les contributions dues pour la période comprise entre le mois de juin 2012 et le mois d'octobre 2012). Les frais judiciaires sont partagés entre les parties à raison de la moitié chacune et les dépens sont compensés (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt entrepris est réformé en ce sens que M. A.X._ est condamné à verser à Mme B.X._, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, 9'390 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille, à compter du 14 octobre 2011, sous déduction d'un montant de 56'900 fr. pour la période du 14 octobre 2011 au 31 octobre 2012.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour moitié à la charge du recourant et pour moitié à celle de l'intimée.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 16 mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Hildbrand