Sachverhalt:
A. Die 1971 geborene H._ war als Project Consultant der M._ AG bei der Berner Allgemeinen VersicherungsGesellschaft (heute: Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft, nachstehend: die Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 10. Juli 2000 vor einem Fussgängerstreifen einen Auffahrunfall erlitt. Die Versicherung anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Im Verlaufe der Abklärungen holte die Allianz ein neurologisches Gutachten bei Dr. med. O._ ein; dieser erstattete sein Gutachten am 15. Oktober 2002. Da der Gutachter im Jahre 2002 den Zeitpunkt für eine endgültige Stellungnahme noch nicht gekommen sah, wurde die Versicherte im Juli 2004 von Dr. med. O._ noch einmal nachbegutachtet. Am 24. Oktober 2005 erkundigte sich die Allianz bei diesem Experten, ob weiterhin eine Arbeitsunfähigkeit bestehe; dieser antwortete am 17. Januar 2006, der Zustand habe sich seit seiner Nachbegutachtung nicht wesentlich verändert. Mit Schreiben vom 2. Juni 2006 informierte die Versicherung die Versicherte darüber, dass zur Abklärung der Leistungspflicht ein polydisziplinäres Gutachten notwendig sei. Nachdem die Versicherte ein solches mit Schreiben vom 13. Juni 2006 ablehnte und allenfalls eine ergänzende Begutachtung unter der Leitung des Dr. med. O._ vorschlug, holte die Allianz bei Dr. med. K._ ein Aktengutachten ein (Gutachten vom 27. Juli 2006). Anschliessend stellte die Versicherung mit Verfügung vom 12. September 2006 und Einspracheentscheid vom 30. Oktober 2006 ihre Leistungen per Ende Dezember 2000 ein, da die darüber hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht natürlich und adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien.
B. Die von H._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zug mit Entscheid vom 4. Dezember 2008 in dem Sinne teilweise gut, als es der Versicherten Leistungen bis 31. August 2005 zusprach. Soweit weitergehend wies es die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde beantragt H._ sinngemäss, es seien ihr unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides auch über den 31. August 2005 hinaus die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen.
Während die Allianz und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug auf Abweisung der Beschwerde schliessen, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.
D. Auf Aufforderung der Instruktionsrichterin hin reichte die Allianz am 20. September 2009 Kopien der Auftragsschreiben an Dr. med. O._ und an Dr. med. K._ zu den Akten.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Gemäss <ref-law> sind für jedes Sozialversicherungsverfahren alle Unterlagen, die massgeblich sein können, vom Versicherungsträger systematisch zu erfassen. Im Streitfall sind beim kantonalen Gericht und hernach beim Bundesgericht die gesamten Akten einzureichen (Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 3.2 mit weiterem Hinweis; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.1 S. 196). Zu den zu erfassenden Akten gehören insbesondere auch der Briefverkehr zwischen dem Versicherungsträger und den im Einzelfall angefragten Auskunftspersonen und Experten. Die Beschwerdegegnerin hat diese Akten letztinstanzlich auf Aufforderung hin nachgereicht, so dass die Verletzung der Akteneinreichungspflicht nunmehr geheilt ist.
3. Im kantonalen Entscheid werden die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law> [SR 832.20]) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule und bei schleudertraumaähnlichen Verletzungen (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der Allianz für die über den 31. August 2005 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden der Versicherten.
5. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst die Vorgehensweise der Beschwerdegegnerin im Zusammenhang mit dem von der Versicherung eingeholten Aktengutachten des Dr. med. K._.
5. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst die Vorgehensweise der Beschwerdegegnerin im Zusammenhang mit dem von der Versicherung eingeholten Aktengutachten des Dr. med. K._.
5.1 5.1.1 Mit Schreiben vom 2. Juni 2006 gab die Allianz der Versicherten bekannt, dass sie sich zur Abklärung des Sachverhalts einer polydisziplinären medizinischen Begutachtung zu unterziehen habe. Als mögliche Gutachterstellen wurden das Zentrum X._ und die MEDAS genannt. Die Versicherte wurde aufgefordert, allfällige triftige Ablehnungsgründe geltend zu machen, und wurde auf die Möglichkeit, Ergänzungsfragen zu stellen, hingewiesen. Diese machte daraufhin geltend, eine weitere Begutachtung habe - soweit eine solche überhaupt nötig sei - unter der Federführung des Dr. med. O._ zu erfolgen.
5.1.2 Rechtsprechungsgemäss sind zur Beurteilung der natürlichen Kausalität nach Distorsionen der Halswirbelsäule (HWS) eingehende Abklärungen notwendig. Nebst den allgemein gültigen Anforderungen an beweiskräftige medizinische Berichte und Gutachten ist empfehlenswert, dass die Begutachtung durch mit diesen Verletzungsarten besonders vertraute Spezialärzte erfolgt. Im Vordergrund stehen dabei Untersuchungen neurologisch/orthopädischer (soweit indiziert mit apparativen Mitteln) und psychiatrischer sowie gegebenenfalls auch neuropsychologischer Fachrichtung. Bei spezifischer Fragestellung und zum Ausschluss von Differentialdiagnosen sind auch otoneurologische, ophthalmologische oder andere Untersuchungen angezeigt (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 mit weiteren Hinweisen).
5.1.3 Der behandelnde Arzt wies die Versicherte verschiedenen Spezialärzten zu. Somit und aufgrund der dargelegten Rechtsprechung ist es nicht zu beanstanden, dass die Beschwerdegegnerin zur Abklärung der natürlichen Kausalität der Beschwerden sowie deren Auswirkungen auf die Erwerbsfähigkeit sich zunächst nicht mit den vorhandenen medizinischen Akten begnügen wollte, sondern weitere Abklärungen in Form einer polydisziplinäre Begutachtung anstrebte. Da die Beschwerdeführerin einen natürlichen Kausalzusammenhang behauptete, durfte die Beschwerdegegnerin weitere Abklärungen hiezu vornehmen; daran ändert auch der Umstand nichts, dass die Frage des Bestandes eines natürlichen Kausalzusammenhanges vorliegend aufgrund der fehlenden Adäquanz letztlich offengelassen werden kann (vgl. E. 6.2 und 7 hienach). Die Anordnung einer polydisziplinären Begutachtung stellte somit entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin keinen Versuch dar, eine unnötige "second opinion" einzuholen (vgl. SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111, U 571/06 E. 4.2). Dabei war die Beschwerdegegnerin auch nicht verpflichtet, Dr. med. O._ mit der Ergänzung der medizinischen Akten zu beauftragen; sie war vielmehr befugt, eine von Grund auf neue polydisziplinäre Begutachtung anzuordnen.
5.2 Nachdem die Versicherte in ihrem Schreiben vom 13. Juni 2006 eine Begutachtung durch eine der von der Beschwerdegegnerin vorgeschlagenen Begutachtungsstellen abgelehnt hatte, holte die Versicherung - ohne die Beschwerdeführerin über ihr Vorgehen zu informieren - ein Aktengutachten bei Dr. med. K._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, Grenchen, ein.
5.2.1 Der Versicherungsträger prüft die Begehren, nimmt die notwendigen Abklärungen von Amtes wegen vor und holt die erforderlichen Auskünfte ein. Mündlich erteilte Auskünfte sind schriftlich festzuhalten (<ref-law>). Soweit ärztliche oder fachliche Untersuchungen für die Beurteilung notwendig und zumutbar sind, hat sich die versicherte Person diesen zu unterziehen (<ref-law>). Kommen die versicherte Person oder andere Personen, die Leistungen beanspruchen, den Auskunfts- oder Mitwirkungspflichten in unentschuldbarer Weise nicht nach, so kann der Versicherungsträger auf Grund der Akten verfügen oder die Erhebungen einstellen und Nichteintreten beschliessen. Er muss diese Personen vorher schriftlich mahnen und auf die Rechtsfolgen hinweisen; ihnen ist eine angemessene Bedenkzeit einzuräumen (<ref-law>). Muss der Versicherungsträger zur Abklärung des Sachverhaltes ein Gutachten einer oder eines unabhängigen Sachverständigen einholen, so gibt er der Partei deren oder dessen Namen bekannt. Diese kann den Gutachter aus triftigen Gründen ablehnen und kann Gegenvorschläge machen (<ref-law>).
5.2.2 Die Vorgehensweise des Versicherungsträgers, auf die polydisziplinäre Begutachtung zu verzichten und ein Aktengutachten bei einem Chirurgen einzuholen, entspricht nicht dem in <ref-law> vorgeschriebenen Verfahrensablauf. Die Beschwerdegegnerin wäre aufgrund dieser Norm verpflichtet gewesen, die Versicherte zur Mitwirkung an der Begutachtung zu ermahnen und ihr ein Nichteintreten oder einen Entscheid aufgrund der Akten anzudrohen. Da das Aktengutachten des Dr. med. K._ vom 27. Juli 2006 nicht im gesetzlich vorgesehenen Verfahren für die Einholung versicherungsexterner Gutachten eingeholt wurde, kann es auch nicht als solches gewertet werden; ihm kommt nur der Beweiswert einer Stellungnahme einer versicherungsinternen Fachperson zu. Es ist somit nur insoweit zu berücksichtigen, als auch nicht geringe Zweifel an der Richtigkeit und Schlüssigkeit der ärztlichen Schlussfolgerungen bestehen (BGE 8C_216/2009 E. 4.7).
6. 6.1 Die Versicherte macht geltend, die über den 1. September 2005 hinaus anhaltenden Beschwerden seien auf einen im Sinne der Rechtsprechung hinreichend nachweisbaren Gesundheitsschaden (vgl. Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen) zurückzuführen. Wie jedoch Dr. med. O._ in seinem Gutachten vom 15. Oktober 2002 überzeugend dargelegt hat, ist eine Verursachung der Diskushernie im Bereich C5/C6 durch den Unfall sehr unwahrscheinlich. Soweit die Versicherte sich auf die Unter-suchung mittels einer funktionellen Magnetresonanztomographie (fMRT; englisch: functional magnetic resonance imaging, fmri) an der Halswirbelsäule (HWS) beruft, ist daran zu erinnern, dass diese Untersuchungsmethode, jedenfalls nach dem heutigen Stand der medizinischen Wissenschaft, kein geeignetes Beweismittel zur Beurteilung der Unfallkausalität von Beschwerden nach HWS-Traumen darstellt (<ref-ruling>). Somit kann auch aufgrund der Vorbringen der Versicherten ein organischer Unfallschaden, welcher zu einer direkten Bejahung der Adäquanz führen würde, nicht nachgewiesen werden.
6.2 Da - wie nachstehende Prüfung zeigt - ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 10. Juli 2000 und den über den 31. August 2005 hinaus anhaltend geklagten, organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden nicht adäquat und damit nicht rechtsgenüglich wäre, kann auf Weiterung zur Frage, ob ein solcher natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist, verzichtet werden (BGE 8C_216/2009 E. 5.1).
7. 7.1 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Die entsprechende Qualifikation des Unfallereignisses vom 10. Juli 2000 durch die Vorinstanz ist unbestrittenermassen nicht zu beanstanden. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
7.2 Die Beschwerdeführerin macht zu Recht nicht geltend, der Unfall habe sich unter besonders dramatischen Begleitumständen ereignet oder sei von besonderer Eindrücklichkeit gewesen.
7.3 Die Diagnose einer HWS-Distorsion oder einer anderen, adäquanzrechtlich gleich zu behandelnden Verletzung genügt für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.). Selbst wenn es zutreffen sollte, dass die Versicherte eine milde traumatische Hirnverletzung (MTBI) erlitten hat, führte dies noch nicht zu einer Bejahung dieses Kriteriums (Urteile 8C_80/2009 vom 5. Juni 2009 E. 6.3 und 8C_970/2008 vom 30. April 2009 E. 5.3). Eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, ist speziell geeignet, die "typischen" Symptome hervorzurufen (SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105, 8C_413/2008 E. 6.3.2). Da die Versicherte jedoch vor dem Unfall beschwerdefrei war, ist entgegen ihren Vorbringen nicht davon auszugehen, dass die Wirbelsäule dermassen erheblich vorgeschädigt war, dass die am 10. Juli 2000 erlittene Distorsion als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren wäre. Das Kriterium ist somit nicht erfüllt.
7.4 Für die Adäquanzfrage von Bedeutung können im Weiteren in der Zeit zwischen Unfall und Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Die Glaubwürdigkeit der geltend gemachten, erheblichen Beschwerden wurde von keiner medizinischen Fachperson bezweifelt; das Kriterium ist somit als erfüllt zu betrachten.
7.5 Nach dem heutigen Kenntnisstand kann einzig aufgrund des Umstandes, dass die Beschwerdeführerin nach dem Unfall auf ärztliche Anordnung hin einen Halskragen getragen hat, noch nicht auf eine Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat, geschlossen werden (Urteil 8C_1020/2008 vom 8. April 2009 E. 5.6 mit weiteren Hinweisen). Bei Auffahrunfällen mit Distorsion der HWS tritt im Weiteren in vielen Fällen schon nach kurzer Zeit eine deutliche Besserung der geklagten Beschwerden ein (<ref-ruling> E. 9.3 S. 124). Deshalb kann entgegen den Einwendungen der Versicherten auch nicht als Fehlbehandlung gewertet werden, dass ihr von den behandelnden Ärzten nicht von Beginn weg eine Arbeitsunfähigkeit bescheinigt wurde (Urteil 8C_154/2009 vom 5. Juni 2009 E. 5.5). Das Kriterium ist somit nicht gegeben.
7.6 Die Teilaspekte des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil 8C_80/2009 vom 5. Juni 2009 E. 6.5). Entgegen den Vorbringen der Versicherten begründet die vorbestehende Diskushernie keine Komplikation im Sinne dieses Kriteriums (vgl. SVR 2008 UV Nr. 36 S. 137, 8C_637/2007 E. 2.5.3); das Kriterium ist somit ebenfalls nicht erfüllt.
7.7 Was schliesslich die beiden Kriterien der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, gilt festzustellen, dass selbst wenn diese bejaht werden könnten, sie jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben sind.
7.8 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zu Gunsten der Versicherten die beiden Kriterien der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 10. Juli 2000 und den über den 31. August 2005 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden zu verneinen. Die Beschwerde ist somit abzuweisen.
8. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Januar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer