Faits:
A. Le 7 juillet 2008, dans la poursuite intentée par l'Etat de Vaud, Bureau de l'assistance judiciaire (n° xxxx), le juge de paix du district de Morges a prononcé, à concurrence de 600 fr. sans intérêt, la mainlevée définitive de l'opposition formée par X._ au commandement de payer qui lui avait été notifié.
Le Président de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a déclaré irrecevable le recours formé par X._ contre ce prononcé, l'avance de frais n'ayant pas été effectuée. Cette décision n'a pas été attaquée.
B. Le 26 février 2009, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a déclaré irrecevable le nouveau recours interjeté par X._ le 18 décembre 2008 contre le prononcé du 7 juillet 2008. Le recourant ne prétendait ni ne prouvait avoir été empêché de verser l'avance de frais réclamée, de sorte qu'aucune restitution de délai - au demeurant non requise - ne pouvait lui être accordée (<ref-law>). Partant, le recourant était déchu du droit de recourir contre ledit prononcé, définitif et exécutoire.
C. Contre cette décision, X._ a déposé, le 9 mars 2009, un recours constitutionnel au Tribunal fédéral. Il mentionne avoir hésité à recourir pour remettre en cause le défaut d'avance de frais, dès lors qu'il se serait "fait avoir" par le bureau de l'assistance judiciaire, lequel aurait omis de verser à sa place ladite avance dans cette procédure. Il déclare toutefois former recours du seul fait que cet arrêt a été rendu avec la participation du juge cantonal Y._. Celui-ci, prévenu à son égard, ne serait pas un magistrat impartial. Le recourant ajoute que tous les juges vaudois et fédéraux devraient d'ailleurs se récuser à son égard. Il prévoit que, si la décision est annulée et renvoyée au Tribunal cantonal vaudois, une décision identique sera prise, mais estime néanmoins devoir recourir, craignant que, s'il ne s'oppose pas à la participation du juge Y._, il ne pourra peut-être plus s'en prévaloir ultérieurement.
Le 18 mars 2009, le recourant a déposé une requête d'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. La recevabilité du recours constitutionnel (<ref-law>) suppose, entre autres conditions, que le recourant ait un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Le recourant doit en outre disposer d'un intérêt juridique actuel et pratique à l'annulation de la décision attaquée, respectivement à l'examen des griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 4). A cet égard, la simple perspective d'un intérêt juridique futur ne suffit pas. Inspirée du souci de l'économie de la procédure, cette exigence vise à garantir que le Tribunal fédéral se prononce sur des questions concrètes, et non pas simplement théoriques (<ref-ruling> consid. 4a p. 397).
En l'occurrence, le recourant n'entend pas remettre en cause l'irrecevabilité de son recours cantonal, s'accommodant d'ores et déjà de la nouvelle décision qui serait rendue dans le même sens par le Tribunal cantonal si le présent recours était admis. Il n'entend qu'obtenir la récusation du juge Y._ - prévenu à son égard selon lui - et ce uniquement dans le but de se prémunir contre une participation future de ce magistrat dans une nouvelle affaire le concernant. Le recourant ne fait ainsi pas valoir un intérêt juridique actuel et pratique, de sorte que son recours doit être déclaré irrecevable. Rien ne l'empêchera de demander la récusation de ce juge concrètement, dans une future affaire.
2. Les conclusions de l'intéressé étant dépourvues de toutes chances de succès, sa requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>) et les frais judiciaires mis à sa charge (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 21 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret