Faits:
A. T._, né en 1967, mécanicien de précision de formation, souffre depuis 1999 d'un diabète sucré de type II, compliqué d'une polyneuropathie douloureuse des membres inférieurs. En incapacité de travail totale depuis le 18 janvier 2006, il a déposé le 6 février suivant une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Après avoir chargé son Service médical régional (SMR) d'examiner l'assuré (rapport du 5 mars 2007), l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après : l'office AI) a, par décision du 7 juin 2007, rejeté la demande de prestations, motif pris que le degré d'invalidité, fixé à 20 %, était insuffisant pour ouvrir le droit à une rente.
B. T._ a déféré cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève (aujourd'hui : la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales). Après avoir convoqué les parties à une audience de comparution personnelle, la juridiction cantonale a, par jugement incident du 13 novembre 2007, ordonné la mise en place d'une mesure d'"aide au placement avec stage d'observation" (sic) et suspendu la cause dans l'attente du sort de ladite mesure.
Par courrier du 4 juin 2009, l'office AI a informé la juridiction cantonale qu'à l'issue des différentes démarches entreprises, l'assuré pouvait être considéré comme étant apte à exercer une activité lucrative à 80 % dans les domaines mis en évidence. En réponse à la question posée par la juridiction cantonale de savoir si la cause pouvait désormais être rayée du rôle, l'assuré a maintenu son recours et ses conclusions, expliquant que malgré la bonne volonté dont il avait fait preuve au cours des stages qui lui avaient été proposés, il présentait toujours une incapacité de travail de 100 %.
Après avoir recueilli des renseignements médicaux supplémentaires, l'office AI a proposé à la juridiction cantonale d'admettre le recours et de lui renvoyer le dossier pour qu'il complète l'instruction par le biais d'une évaluation pluridisciplinaire. L'assuré a informé la juridiction cantonale qu'il adhérait à cette solution et proposé que son médecin traitant se charge de l'organisation de cette évaluation.
Par ordonnance du 10 mars 2010, la juridiction cantonale a invité les parties à mettre en oeuvre, chacune de son côté, l'évaluation pluridisciplinaire qu'elles proposaient. De son côté, l'assuré a produit plusieurs rapports médicaux établis par les docteurs J._, spécialiste en neurologie (rapport du 26 juillet 2009), D._, spécialiste en médecine interne générale et médecin traitant (rapport du 12 avril 2010) et C._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie (attestation du 5 mai 2010); sur la base de ces documents, il a maintenu le point de vue selon lequel sa capacité de travail était nulle. Pour sa part, l'office AI a confié la réalisation d'une expertise multidisciplinaire à la Clinique X._. Dans son rapport du 7 octobre 2010, la Clinique X._ a retenu les diagnostics - avec répercussion sur la capacité de travail - d'état de stress post-traumatique, d'épisode dépressif moyen à sévère sans symptôme psychotique, de polyneuropathie ataxiante et douloureuse d'origine diabétique et de diabète de type II insulino-requérant d'équilibration difficile, et ceux - sans répercussion sur la capacité de travail - d'hypertension artérielle, de cardiopathie ischémique, de dyslipidémie, de lombalgies non spécifiques et d'arthrose du pouce droit ; les experts ont estimé que l'assuré avait présenté une incapacité de travail de 50 % de 2004 à 2008 et de 80 % depuis 2009; une capacité résiduelle de travail de 20 % subsistait dans une activité fractionnable, sans contrainte de temps et d'horaire, sans déplacement ni port de charges.
Après avoir sollicité des compléments d'information auprès de la Clinique X._ (rapports des 25 et 28 février 2011), la Cour de justice a, par jugement du 7 juin 2011, partiellement admis le recours, annulé la décision du 7 juin 2007 et constaté que l'assuré avait droit à une demi-rente d'invalidité du 1er janvier 2007 au 31 mars 2009 et à une rente entière à compter du 1er avril 2009, avec intérêt à 5 % à compter du 1er janvier 2009.
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut, à titre principal, à la confirmation de sa décision du 7 juin 2007 et au renvoi de la cause pour examen du droit aux prestations à la suite de l'aggravation alléguée à compter du mois de janvier 2009 et, à titre subsidiaire, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour complément d'instruction.
T._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. 2.1 Motif pris que les parties avaient pu largement s'exprimer sur cet aspect, qu'il avait été instruit de façon approfondie par une expertise ordonnée par l'office AI et qu'il était ainsi en l'état d'être jugé, la juridiction cantonale a, par économie de procédure, étendu le champ de son examen à la période postérieure à la décision litigieuse et pris en considération l'aggravation de l'état de santé de l'assuré survenue à compter du mois de janvier 2009. Se fondant sur les conclusions de l'expertise de la Clinique X._, elle a retenu que l'assuré avait présenté une incapacité de travail de 50 % depuis le 18 janvier 2006, incapacité qui s'était aggravée à 80 % à compter du 1er janvier 2009, circonstances qui justifiaient l'octroi à l'assuré d'une demi-rente d'invalidité à compter du 1er janvier 2007 et d'une rente entière à compter du 1er avril 2009.
2.2 L'office recourant fait grief à la juridiction cantonale d'avoir élargi le procès au-delà de l'objet de la contestation déterminé par la décision du 7 juin 2007, sans que soient réalisées les conditions pour une extension de la procédure à un état de fait survenu après la décision administrative litigieuse. Il lui reproche également d'avoir procédé à une constatation manifestement inexacte des faits pertinents, consécutive à une mauvaise appréciation des preuves, en reconnaissant une pleine valeur probante à l'expertise de la Clinique X._. Les conclusions auxquelles étaient parvenus les experts procédaient en effet d'une addition des incapacités de travail attribuées aux atteintes psychiatriques et somatiques et étaient contredites par des éléments concordants issus du dossier. La juridiction cantonale avait d'ailleurs admis que l'expertise était critiquable sur plusieurs points, puisqu'elle s'en était écartée sur certains éléments fondamentaux (début de l'incapacité de travail ; activités exigibles).
3. Il convient d'examiner en premier lieu, puisqu'il est susceptible d'influer sur l'étendue de la question soumise à l'examen du Tribunal fédéral, le grief porté à l'encontre de l'extension de l'objet de la contestation opérée par la juridiction cantonale.
3.1 De jurisprudence constante, le juge des assurances sociales apprécie la légalité des décisions attaquées d'après l'état de fait existant au moment où la décision litigieuse a été rendue. Les faits survenus postérieurement et ayant modifié cette situation doivent faire l'objet d'une nouvelle décision administrative (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 243 ; <ref-ruling> consid. 1b p. 366). Pour des motifs d'économie de procédure, la procédure juridictionnelle administrative peut être étendue à une question en état d'être jugée qui excède l'objet de la contestation, c'est-à-dire le rapport juridique visé par la décision, lorsque cette question est si étroitement liée à l'objet initial du litige que l'on peut parler d'un état de fait commun, et à la condition que l'administration se soit exprimée à son sujet dans un acte de procédure au moins (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 503 ; <ref-ruling> consid. 2a p. 36 et les références). Les conditions auxquelles un élargissement du procès au-delà de l'objet de la contestation est admissible sont donc les suivantes : la question (excédant l'objet de la contestation) doit être en état d'être jugée ; il doit exister un état de fait commun entre cette question et l'objet initial du litige ; l'administration doit s'être prononcée à son sujet dans un acte de procédure au moins ; le rapport juridique externe à l'objet de la contestation ne doit pas avoir fait l'objet d'une décision passée en force de chose jugée (FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrecht, 2e éd., 1983, p. 43) et les droits procéduraux des parties doivent être respectés (ULRICH MEYER/ISABEL VON ZWEHL, L'objet du litige en procédure de droit administratif fédéral, in Mélanges Pierre Moor, 2005, n° 27 p. 446). Ces principes, développés en premier lieu en lien avec un élargissement matériel du procès, sont en principe également valables lorsque la contestation a pour objet un état de fait qui produit des effets au-delà de la période délimitée par la décision litigieuse (élargissement temporel; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 140).
3.2 En l'occurrence, l'extension de l'objet de la contestation telle qu'effectuée par la juridiction cantonale n'est pas conforme au droit, parce que les conditions n'en étaient pas réalisées. Dans les écritures qu'il a produites en procédure cantonale les 22 décembre 2010 et 31 mars 2011, l'office AI a clairement refusé de se prononcer sur la question excédant l'objet de la contestation, en précisant à chaque fois que le droit aux prestations pour la période postérieure à la décision litigieuse devait être expressément examiné dans le cadre d'une procédure de révision du droit à la rente. Dans la mesure où l'office recourant ne s'était pas prononcé au sujet du droit à la rente jusqu'à la date du jugement attaqué dans un acte de procédure au moins, la juridiction cantonale n'était pas habilitée à étendre l'objet de la contestation. Le jugement entrepris doit par conséquent être annulé, en tant qu'il porte sur le droit à des prestations de l'assurance-invalidité pour la période postérieure au 7 juin 2007.
4. Est donc seul litigieux en l'espèce le droit de l'intimé à une rente de l'assurance-invalidité pour la période courant du 1er janvier au 7 juin 2007.
5. Le déroulement de la procédure cantonale, tel qu'il résulte de la lecture du jugement entrepris, appelle à procéder d'office à quelques observations critiques préalables.
5.1 Par jugement incident du 13 novembre 2007, la juridiction cantonale a ordonné la mise en place d'"une mesure d'aide au placement avec stage d'observation" (sic) et suspendu la procédure dans l'attente du sort de la mesure.
5.1.1 Dans les procédures soumises à la maxime d'office ou inquisitoire, comme c'est le cas en matière d'assurances sociales, la maîtrise de la procédure appartient au juge, qui doit en définir l'objet, la diriger et y mettre fin par un jugement. Une suspension de procédure comporte le risque de retarder inutilement la procédure, de sorte qu'elle ne doit être admise qu'avec retenue - c'est-à-dire lorsqu'elle se fonde sur des motifs objectifs - eu égard à l'exigence de célérité posée par l'art. 29 al. 1 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 95). Selon la jurisprudence, peuvent constituer de tels motifs le fait de permettre la mise en oeuvre de mesures d'instruction opportunes (<ref-ruling> consid. 2a p. 231) ou d'attendre la décision d'une autre autorité qui permettrait de trancher une question décisive pour l'issue du litige dans un délai raisonnable (<ref-ruling> consid. 1b p. 389).
5.1.2 En l'espèce, l'octroi de mesures d'ordre professionnel ne constitue pas une mesure d'instruction, mais revient à statuer sur le droit à des prestations de l'assurance-invalidité. Conformément au principe dit de la priorité de la réadaptation sur la rente, il n'existe pas de droit à la rente tant que sont mises en oeuvre des mesures de réadaptation qui sont susceptibles d'avoir une incidence sur la capacité de gain de la personne assurée et sur le droit à la rente de celle-ci (art. 28 al. 1 let. a LAI; <ref-ruling> consid. 5 p. 243). La mise en oeuvre de mesures d'ordre professionnel rend par conséquent sans objet - à tout le moins provisoirement - la question du droit à la rente d'invalidité. Dans la mesure où la juridiction cantonale estimait que l'octroi de mesures d'ordre professionnel était justifié, elle aurait dû en bonne logique admettre le recours, annuler la décision administrative et renvoyer la cause audit office pour qu'il mette en oeuvre lesdites mesures. L'incertitude relative au temps nécessaire à la mise en oeuvre de telles mesures rend d'autant moins opportune la suspension de la procédure que cela a pour effet d'élargir d'office la procédure à une période postérieure à la décision litigieuse, ce qui, on l'a vu, ne saurait être admis qu'aux conditions prévues par la jurisprudence.
5.1.3 Un autre motif milite en faveur d'un renvoi de la cause à l'administration. L'octroi de mesures de réadaptation ouvre le droit à une indemnité journalière pendant leur exécution, si ces mesures empêchent l'assuré d'exercer une activité lucrative durant trois jours consécutifs au moins ou s'il présente, dans son activité habituelle, une incapacité de travail de 50 % au moins (art. 22 al. 1 LAI). Le versement d'une indemnité journalière exclut le versement pour la même période d'une rente d'invalidité. Dans ce contexte, le renvoi a pour avantage de créer une situation claire sur le plan procédural et d'éviter que l'autorité judiciaire alloue - comme elle l'a fait en l'espèce - une rente d'invalidité pour une période pour laquelle la personne assurée ne pouvait y prétendre.
5.2 Par ordonnance du 10 mars 2010, la juridiction cantonale a invité les parties à produire une évaluation pluridisciplinaire mise en oeuvre par leurs soins. L'office recourant a déposé le 18 octobre 2010 une expertise pluridisciplinaire (psychiatrique, neurologique et neuropsychologique) réalisée par la Clinique X._.
5.2.1 Le recours devant le tribunal cantonal des assurances est une voie de droit ordinaire possédant un effet dévolutif: un recours présenté dans les formes requises a pour effet de transférer à la juridiction cantonale la compétence de statuer sur la situation juridique objet de la décision attaquée. L'administration perd la maîtrise de l'objet du litige, en particulier celle des points de fait susceptibles de fonder la décision attaquée. Conformément à la maxime inquisitoire applicable (art. 61 let. c LPGA), il appartient à l'autorité de recours d'établir d'office les faits déterminants pour la solution du litige et d'administrer les preuves nécessaires. Si l'état de fait doit être complété, elle est libre de procéder elle-même aux mesures d'instruction nécessaires, en ordonnant par exemple la réalisation d'une expertise judiciaire, ou d'annuler la décision attaquée et de renvoyer le dossier à l'administration pour qu'elle s'en charge. Après le dépôt d'un recours, il n'est, en principe, plus permis à l'administration d'ordonner de nouvelles mesures d'instruction qui concerneraient l'objet du litige et tendraient à une éventuelle modification de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 231 et les références).
5.2.2 En tout état de cause, la mise en oeuvre d'une expertise médicale ou d'une mesure d'instruction similaire par l'administration n'est plus admissible au stade de la procédure de recours, compte tenu de leur portée sur l'état de fait à juger. Eu égard au temps nécessaire à l'administration d'un tel moyen de preuve, il ne saurait par ailleurs être justifié par des considérations liées à l'économie de procédure, ce d'autant qu'une décision de renvoi, qui a l'avantage de pouvoir être rendue rapidement, permet de créer une situation claire sur le plan procédural (<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 232 et les références).
5.2.3 Au demeurant, la mise en oeuvre par l'administration d'une expertise au stade de la procédure de recours pose également des problèmes procéduraux qui sont difficilement résolubles. Si l'on considère que l'expertise en question constitue une expertise administrative (au sens de l'art. 44 LPGA), le fait de verser ce document en procédure cantonale fait perdre une instance à la personne assurée. Si l'on considère en revanche qu'il s'agit d'une expertise judiciaire, il faut alors constater que les règles de la procédure administrative cantonale n'ont pas été respectées. En tout état de cause, les droits procéduraux de la partie assurée subissent une restriction qui, vu la gravité de celle-ci, ne peut faire l'objet d'une réparation a posteriori (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 232 et les références).
5.2.4 Indépendamment de ses mérites éventuels, l'expertise de la Clinique X._, sur laquelle la juridiction cantonale a principalement fondé son raisonnement, doit être écartée du dossier, puisque sa réalisation n'a pas respecté le cadre des règles de procédure applicables. Dans la mesure où l'office recourant avait acquiescé à la mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire, la juridiction cantonale aurait dû en bonne logique admettre le recours, annuler la décision administrative et renvoyer la cause audit office pour qu'il mette en oeuvre cette mesure d'instruction et rende une nouvelle décision.
5.3 Le respect du principe de célérité ou l'intérêt de la personne assurée à connaître l'issue du litige ne sauraient contrebalancer les fautes commises par la juridiction cantonale. Les règles de procédure ont pour but de créer les conditions concrètes d'une justice égale et équitable, c'est-à-dire socialement acceptée et reconnue. Le fait qu'un acteur judiciaire puisse, selon son bon vouloir, s'écarter des règles qui lui sont imposées par le législateur porte atteinte au principe de la sécurité et de la prévisibilité du droit et, partant, est de nature à rompre le rapport de confiance qui doit lier l'institution judiciaire aux justiciables. Des exceptions, qui, en tout état de cause, ne sauraient entraîner un désavantage pour une partie, ne doivent être admises qu'avec une très grande réserve (cf. arrêt 9C_403/2010 du 31 décembre 2010 consid. 4.2.3). Le cas d'espèce ne justifie pas de faire une exception à ce principe.
6. Dans ces conditions, il se justifie, compte tenu du pouvoir d'examen limité dont jouit le Tribunal fédéral en ce qui concerne les faits, d'annuler le jugement attaqué et de renvoyer la cause à la juridiction cantonale afin qu'elle statue à nouveau, dans le respect des principes généraux de procédure.
7. Les motifs du présent arrêt constituent des circonstances justifiant que les frais de l'instance fédérale soient mis à la charge de la République et canton de Genève, laquelle versera également des dépens à l'intimé (art. 66 al. 3 et 68 al. 4 LTF; <ref-ruling> consid. 5 p. 407 et les références). La demande d'assistance judiciaire formée par l'intimé est par conséquent sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Le jugement de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 7 juin 2011 est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité judiciaire de première instance pour qu'elle statue à nouveau en procédant conformément aux considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la République et canton de Genève.
3. La République et canton de Genève versera à l'intimé la somme de 1'500 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Piguet