Sachverhalt:
A. S._, geboren 1952, war seit über 20 Jahren als Bauarbeiter tätig, als er sich am 12. Oktober 1998 am rechten Ellbogen verletzte. Gemäss Bagatellunfallmeldung des behandelnden Arztes Dr. med. G._, Orthopädische Chirurgie FMH, vom 16. April 1999 hatte er den Ellbogen, als er sich drehte, angeschlagen und dabei eine Prellung erlitten. Am 11. Juli 2003 meldete der Arbeitgeber der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) einen Rückfall. Diese anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach. Die am 30. Oktober 2003 verfügte Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 % erhöhte die SUVA am 23. Mai 2005 um 5 % und hielt daran auch auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 26. Oktober 2005). Gestützt auf die ärztliche Abschlussuntersuchung durch Kreisarzt Dr. med. B._ vom 22. August 2006, welcher eine leidensangepasste Tätigkeit ohne zeitliche Einschränkung als zumutbar erachtete, sprach sie S._ mit Verfügung vom 20. September 2006 und Einspracheentscheid vom 16. Mai 2007 ab 1. Oktober 2006 eine Invalidenrente basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 38 % zu.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 31. Oktober 2008 in dem Sinne gut, als der Einspracheentscheid vom 16. Mai 2007 abgeändert und die SUVA verpflichtet wurde, dem Beschwerdeführer eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 70 % auszurichten.
C. Die SUVA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei der Einsprachentscheid vom 16. Mai 2007 zu bestätigen.
Während S._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über die Leistungspflicht des Unfallversicherers (<ref-law>) und die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) unter Hinweis auf den Einspracheentscheid zutreffend dargelegt.
2. Streitig ist zunächst die Arbeitsfähigkeit des Versicherten.
2.1 Gemäss den Erwägungen des kantonalen Gerichts steht gestützt auf die medizinischen Akten fest, dass der Beschwerdegegner als Folge des Unfalls vom 12. Oktober 1998 unter einer Arthrose im Ellbogen leidet, woraus eine Beweglichkeitseinschränkung resultiert, vor allem bei der Extension; zudem bestehe seit der unfallbedingten Operation vom 1. April 2004 eine Teillähmung des Nervus medianus, wodurch die Feinmotorik, aber auch Kraft und Ausdauer in der rechten Hand beeinträchtigt seien.
2.2 Bezüglich der verbleibenden Arbeitsfähigkeit ist nach Ansicht der Vorinstanz auf die Berichte des PD Dr. med. C._, welcher den Beschwerdegegner operiert (Arthroskopie, offenes Debridement) und schon im Juli 2005 eine verbleibende Restarbeitsfähigkeit für eine angepasste Tätigkeit attestiert hatte, sowie auf den Abschlussbericht des Dr. med. B._ vom 22. August 2006 abzustellen, wonach dem Beschwerdegegner körperlich leichte Tätigkeiten ohne Schläge oder Vibrationen auf den rechten Ellbogen, Zwangshaltungen für den Ellbogen, repetitive Tätigkeiten sowie das Heben und Tragen von Lasten über 10-12 kg zu 100 % zumutbar sind.
2.3 Des Weiteren ging das kantonale Gericht davon aus, dass der Beschwerdegegner bei der Ausübung einer ganztägigen Tätigkeit gemäss Abklärung bei der Beruflichen Abklärungsstelle (BEFAS) nur zu 50 % leistungsfähig sei (Bericht vom 14. Juni 2006). Dagegen richtet sich die Beschwerde der SUVA.
2.3.1 Zunächst wird geltend gemacht, dass im Rahmen der von der Invalidenversicherung in Auftrag gegebenen BEFAS-Begutachtung nicht nur unfallbedingte Beschwerden berücksichtigt worden seien. Dieser Einwand ist zutreffend. So ist dem Gutachten zu entnehmen, dass - nebst Beschwerden am linken Ellbogen wegen eines kürzlichen Sturzes - die Gesamtbeweglichkeit der Wirbelsäule massiv eingeschränkt, insbesondere ein Bücken nicht möglich sei.
2.3.2 Warum der Beschwerdegegner in einer leidensangepassten Tätigkeit, welche im Übrigen weitgehend übereinstimmend mit der Einschätzung des Dr. med. B._ definiert wird (leichte Tätigkeit, vorwiegend mit der linken Hand, ohne Schläge, Vibrationen, Lastenheben/-tragen über 5 kg), nur noch zu 50 % leistungsfähig sein soll, wird indessen nicht näher begründet. Selbst wenn nur noch ein Einsatz der linken (adominanten) Hand möglich wäre, liesse sich eine lediglich 50%ige Arbeitsfähigkeit mit Blick auf vergleichbare Fälle nicht begründen. Massgebend ist allein, ob der Beschwerdegegner auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt, der von seiner Struktur her einen Fächer verschiedenartiger Stellen offen hält, eine Arbeit finden könnte (<ref-ruling> E. 4b S. 276). Dort finden sich auch Stellen, die einhändig ausgeführt werden können. Zu denken ist etwa an einfache Überwachungs-, Prüf- und Kontrolltätigkeiten sowie an die Bedienung und Überwachung von (halb-)automatischen Maschinen oder Produktionseinheiten, die keinen Einsatz von rechtem Arm und rechter Hand voraussetzen (vgl. Urteile U 470/06 vom 27. April 2007 E. 3, U 303/06 vom 22. November 2006 E. 7.2, I 47/00 vom 21. Februar 2001 E. 3a und U 132/99 vom 22. Dezember 1999 E. 2a). Beim Beschwerdegegner liegt nebst der schlechten Beweglichkeit des Ellbogens eine feinmotorische und kräftemässige Einschränkung der Hand vor.
2.4 Somit kann hier auf die Einschätzung der BEFAS-Gutachter, wonach bei ganztägigem Einsatz eine Leistungseinbusse von 50 % bestehe, nicht abgestellt werden, sondern es ist eine 100%ige Arbeitsfähigkeit anzunehmen.
3. Was die erwerblichen Auswirkungen betrifft, ist die Vorinstanz zu Recht davon ausgegangen, dass auf die von der SUVA beigezogenen DAP-Blätter nicht abgestellt werden kann, sind die entsprechenden Tätigkeiten doch mehrheitlich beidhändig auszuführen; dies vermag der Behinderung des Beschwerdegegners nicht Rechnung zu tragen.
3.1 Das kantonale Gericht hat daher zur Ermittlung des Invalideneinkommens richtigerweise die vom Bundesamt für Statistik herausgegebene Lohnstrukturerhebung (LSE) beigezogen. Der massgebliche Tabellenlohn (Zentralwert [Total] im privaten Sektor, Männer) belief sich zum Zeitpunkt des Rentenbeginns (<ref-ruling>, 129 V 222) gemäss LSE 2006, Tabelle TA1 (S. 25), Anforderungsniveau 4 (einfache und repetitive Tätigkeiten; Fr. 4'732.-), umgerechnet auf die betriebsübliche wöchentliche Arbeitszeit von 41,7 Stunden (Die Volkswirtschaft, 2008 Heft 7/8, S. 90, Tabelle B 9.2) auf Fr. 4'933.- pro Monat oder Fr. 59'197.- pro Jahr.
3.2 Ist nach dem Gesagten eine volle Arbeitsfähigkeit anzunehmen, ist der Umfang des leidensbedingten Abzuges neu zu prüfen (vgl. Urteil U 303/06 vom 22. November 2006, E. 10.2 in fine mit Hinweis).
Die Vorinstanz hat unter Annahme einer 50%igen Arbeitsfähigkeit einen Abzug von 15 % gewährt. Damit hat sie, nachdem die leidensbedingte Einschränkung bereits beim Arbeitspensum berücksichtigt worden war, auch den übrigen persönlichen und beruflichen Merkmalen, welche rechtsprechungsgemäss einzubeziehen sind (vgl. <ref-ruling> E. 5 und 6 S. 78 ff., 129 V 472 E. 4.2.3 S. 481), Rechnung getragen. Ein 15%iger Abzug scheint indessen unter Annahme einer 100%igen Arbeitsfähigkeit nicht mehr angemessen. Damit würde die leidensbedingte Einschränkung nicht nur beim zumutbaren Arbeitspensum unberücksichtigt gelassen, sondern es würde ihr praktisch gar nicht mehr Rechnung getragen. Ins Gewicht fällt zudem, dass sich die Behinderung des Versicherten bei einem vollzeitlichen Einsatz stärker auswirkt, da die Grundbelastung durch die Arbeitstätigkeit doppelt so hoch ist. Angesichts der doch beträchtlichen unfallbedingten Einschränkung des Versicherten sowie mit Blick auf die auch von der Vorinstanz berücksichtigte Gesamtsituation des Beschwerdegegners, wie sie im BEFAS-Bericht eindrücklich geschildert wird, rechtfertigt es sich damit, den Tabellenlohn um den höchstmöglichen leidensbedingten Abzug zu reduzieren (vgl. auch Urteile 8C_971/2008 vom 23. März 2009 E. 4.2.6; 9C_418/2008 vom 17. September 2008 E. 3; U 470/06 vom 27. April 2007 E. 3).
3.3 Das Invalideneinkommen beläuft sich damit auf Fr. 44'398.-. Verglichen mit dem unbestritten gebliebenen Valideneinkommen von Fr. 82'567.- resultiert ein Invaliditätsgrad von 46 % (vgl. zur Rundung des Invaliditätsgrades <ref-ruling>).
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden zu zwei Dritteln dem unterliegenden Beschwerdegegner und zu einem Drittel der teilweise obsiegenden Beschwerdeführerin auferlegt (vgl. Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Eine Parteientschädigung zugunsten des obsiegenden Beschwerde führenden Unfallversicherers wird gemäss <ref-law> nicht zugesprochen (vgl. die zu Art. 159 Abs. 2 OG ergangene, weiterhin geltende Rechtsprechung: <ref-ruling> E. 4a S. 150); in Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit. <ref-law> wird der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung aufgehoben und es wird dem Beschwerdegegner eine Entschädigung für das gesamte Verfahren zugesprochen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 31. Oktober 2008 und der Einspracheentscheid der SUVA vom 16. Mai 2007 werden insoweit abgeändert, als der Beschwerdegegner mit Wirkung ab 1. Oktober 2006 Anspruch auf eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 46 % hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner Fr. 500.- und der Beschwerdeführerin Fr. 250.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das gesamte Verfahren mit Fr. 2'500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo