Faits:
A. Le 7 novembre 2011, le Ministère public du canton de Genève a ouvert une enquête pénale à l'encontre de A._ notamment pour faux dans les titres, gestion déloyale et blanchiment d'argent. Après un transfert du for de la poursuite pénale vers le canton de Neuchâtel le 2 février 2012, le prénommé s'est trouvé prévenu d'infractions aux art. 146, 158, 165 et 251 CP.
Dans ce cadre, le Ministère public du canton de Neuchâtel (ci-après: le Ministère public) a ordonné, le 16 février 2012, les séquestres de trois véhicules qui étaient ou avaient été immatriculés au nom de la société B._ SA dont A._ est l'administrateur unique. Une Bentley GB Mulsanne non immatriculée depuis le 7 février 2012 a notamment été saisie, en garantie des frais de justice liés à la procédure pénale ouverte contre le prénommé (art. 263 al. 1 let. b du code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 [CPP; RS 312.0]).
Par arrêt du 11 avril 2012, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision. Elle a considéré en substance que le séquestre du véhicule formellement immatriculé au nom de B._ SA était justifié par le fait qu'il s'agissait en réalité d'un bien appartenant à A._; le séquestre respectait en outre le principe de la proportionnalité.
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ et B._ SA demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal ainsi que l'ordonnance de séquestre du 16 février 2012, en ce qu'elle porte sur le séquestre du véhicule Bentley GB Mulsanne, et de restituer le véhicule à son propriétaire. Ils se plaignent notamment de violations de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) et de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.).
Le Ministère public et le Tribunal cantonal renoncent à présenter des observations.
Par ordonnance du 15 mai 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif, présentée par les recourants.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1 Le recours en matière pénale, au sens de l'<ref-law>, est ouvert contre une décision de séquestre à des fins de garantie, prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (<ref-law>).
1.2 La décision par laquelle le juge ordonne ou maintient un séquestre pénal constitue une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 1b p. 100 et les références). Le recours devant le Tribunal fédéral n'est dès lors recevable qu'aux conditions de l'<ref-law>, soit notamment en présence d'un préjudice irréparable (<ref-law>; l'hypothèse prévue à l'<ref-law> est manifestement inapplicable). En droit pénal, il doit s'agir d'un préjudice de nature juridique, à savoir qu'il n'est pas susceptible d'être supprimé par une décision ultérieure favorable au recourant (arrêt 1B_698/2011 du 9 mai 2012 consid. 1.4, destiné à la publication).
En l'espèce, la mesure de séquestre est susceptible de toucher A._ en cas d'identité économique entre son patrimoine et celui de la société B._ SA: elle le priverait alors de la libre disposition du véhicule saisi et porterait atteinte à son droit de propriété qui ne saurait être réparé par une décision finale favorable (ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 101). La qualité pour recourir peut donc lui être reconnue. Quant à celle de B._ SA, qui n'a pas pris part à la procédure cantonale, elle peut dès lors être laissée indécise.
1.3 Les autres conditions de recevabilité sont remplies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. Les recourants reprochent au Tribunal cantonal d'avoir retenu arbitrairement qu'il y avait identité économique entre le prévenu et la société formellement propriétaire du véhicule. A cet égard, ils font également valoir des violations de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et du respect de la vie privée (art. 8 ch. 1 CEDH). Ces derniers griefs se confondent en réalité avec le précédent, si bien qu'ils seront examinés ensemble.
2.1 Une décision est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif et en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5).
2.2 Lorsqu'une personne fonde une société anonyme, il faut en principe considérer qu'il y a deux sujets de droits distincts avec des patrimoines séparés: la personne physique d'une part et la société anonyme d'autre part (arrêt 4C.15/2004 du 12 mai 2004 consid. 5.2). Malgré l'identité entre la société anonyme et son actionnaire unique, on les traite en principe comme des sujets de droits distincts (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 333 et les arrêts cités).
Selon la théorie de la transparence ("Durchgriff"), on ne peut toutefois pas s'en tenir sans réserve à l'existence formelle de deux personnes juridiquement distinctes lorsque tout l'actif ou la quasi-totalité de l'actif d'une société anonyme appartient soit directement, soit par personnes interposées, à une même personne, physique ou morale; malgré la dualité de personnes à la forme, il n'existe pas d'entités indépendantes, la société étant un simple instrument dans la main de son auteur, lequel, économiquement, ne fait qu'un avec elle; on doit dès lors admettre, à certains égards, que, conformément à la réalité économique, il y a identité de personnes et que les rapports de droit liant l'une lient également l'autre; ce sera le cas chaque fois que le fait d'invoquer la diversité des sujets constitue un abus de droit ou a pour effet une atteinte manifeste à des intérêts légitimes (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 493, 737 consid. 2.3 p. 742).
L'application du principe de la transparence suppose donc d'abord qu'il y ait identité des personnes conformément à la réalité économique ou, en tout cas, la domination économique d'un sujet de droit sur l'autre; il faut ensuite que la dualité soit invoquée de manière abusive, c'est-à-dire pour en tirer un avantage injustifié (arrêt 4A_58/2011 du 17 juin 2011 consid. 2.4.1).
2.3 En l'espèce, le Tribunal cantonal a retenu toute une série d'éléments de fait qui tendent à démontrer, sous l'angle de la vraisemblance, l'identité économique entre le prévenu et la société formellement propriétaire du véhicule. Il a d'abord relevé qu'il n'y avait pas de pièce au dossier permettant d'établir que B._ SA aurait financé le véhicule litigieux: dans le but de mettre en cause cette appréciation, les recourants se contentent de faire valoir uniquement que le contrat de vente dudit véhicule a été établi au nom de B._ SA. Partant, ils n'apportent pas la preuve du paiement de la voiture en question par la société précitée.
L'instance précédente a ensuite considéré qu'il ne figurait pas au dossier d'indication précise sur l'actionnariat de la société B._ SA, mais que tout laissait à penser que A._ la détenait seul ou avec ses proches, à tout le moins la dominait et exerçait sur elle un contrôle tel que ne pouvait le faire qu'un actionnaire majoritaire, respectivement unique. La critique des recourants à cet égard est inconsistante, puisque, loin de démontrer que A._ n'est pas actionnaire majoritaire de la société, elle se limite à relever que le Tribunal cantonal "reconnaît ne posséder aucune indication sur les actionnaires de la société en cause".
La cour cantonale a également ajouté que, lors de son audition du 20 février 2012, le prévenu avait répondu à la question de savoir à qui appartenait le véhicule Mercedes-Benz E300 CDI également séquestré en disant: "ces trois voitures sont à moi". Là encore les recourants ne parviennent pas à démontrer en quoi cet élément aurait été retenu arbitrairement puisqu'ils se contentent d'affirmer que le Tribunal cantonal "ne remet pas cette affirmation dans son contexte".
Le Tribunal cantonal a encore souligné que les modifications d'immatriculation effectuées le 7 février 2012 - soit immédiatement après la faillite de la société C._ SA et l'incarcération de A._ -, en particulier celle de la Mercedes-Benz CL63 AMG en faveur de D._, épouse du prévenu, démontraient la mainmise qu'exerce celui-ci sur la société et sur les biens qui en sont formellement propriété, au point que l'identité économique parfaite entre la personne morale et son actionnaire autorisait qu'il soit fait abstraction de la personnalité juridique de celle-là. Sur ce point, les recourants se bornent à avancer que A._ était alors incarcéré en détention préventive, ce qui démontrerait que ces actes ne peuvent lui être imputés.
La cour cantonale a aussi mis en évidence le fait que A._ disposait seul de l'accès direct électronique aux comptes de la société auprès de la Banque E._, la directrice n'ayant que des pouvoirs subsidiaires. Contrairement à ce que soutiennent les recourants, le fait que la directrice dispose de la signature individuelle et qu'elle soit habilitée à engager la société du point de vue du droit des sociétés n'y change rien.
Les juges cantonaux ont également retenu que la société susmentionnée prenait en charge des dépenses personnelles du prévenu (travaux dans l'immeuble propriété de son épouse, dépenses de coiffeur pour 600 francs, amendes d'ordre infligées par le canton de Vaud alors que la société a son siège à Genève, écolage des trois enfants du prévenu au sein d'un établissement privé), sans qu'un contrat de travail ne prévoie ce type d'avantages. Là encore la critique des recourants manque de pertinence: en effet, il ne suffit pas d'alléguer que "cela n'en fait pas encore, en l'absence d'une référence concrète à l'ensemble des comptes de la société, une Einmanngesellschaft" pour démontrer l'arbitraire de cet indice.
Enfin, les recourants ne contestent pas que, le 27 avril 2011, lorsque D._ a prêté à son époux, agissant à titre personnel, le montant de 2'500'000 francs selon le contrat liant les époux, ce montant s'est trouvé directement versé par la prêteuse sur un compte de B._ SA avant d'être reversé à F._ sur la base d'un contrat de donation du même jour, signé par A._ pour B._ SA, preuve de l'unité entre la personne physique et la personne morale.
Dans ces conditions, les recourants ne démontrent pas que le Tribunal cantonal aurait fait preuve d'arbitraire en considérant que, à ce stade de la procédure et sous l'angle de la vraisemblance, il y avait identité économique entre le prévenu et la société recourante.
2.4 Les recourants prétendent que la seconde condition pour l'application du principe de la transparence, soit l'abus de droit, ne serait pas non plus remplie: il n'y aurait aucun motif qui expliquerait en quoi la propriété de la voiture litigieuse par la société constituerait un droit fictif prétendu dans le seul but de soustraire le véhicule à l'exécution forcée. Ce grief doit être rejeté, puisque la condition de l'abus de droit résulte de la position même du prévenu dans la présente procédure, qui invoque la dualité juridique pour éviter tout séquestre en couverture des frais dans la procédure où il est impliqué.
3. Le séquestre en couverture des frais tend exclusivement à la sauvegarde des intérêts publics, soit à garantir le recouvrement de la future dette de droit public du prévenu (<ref-ruling> consid. 4d p. 458). Il est fondé sur l'<ref-law>, disposition selon laquelle les objets et les valeurs patrimoniales appartenant au prévenu ou à des tiers peuvent être séquestrés notamment lorsqu'il est probable qu'ils seront utilisés pour garantir le paiement des frais de procédure (let. b).
3.1 L'<ref-law> précise à cet égard que le patrimoine d'un prévenu peut être séquestré dans la mesure qui paraît nécessaire pour couvrir les frais de procédure et les indemnités à verser (let. a) ainsi que les peines pécuniaires et les amendes (let. b). L'alinéa 2 de cette disposition ajoute que lors du séquestre, l'autorité pénale tient compte du revenu et de la fortune du prévenu et de sa famille. Quant à l'alinéa 3, il dispose que les valeurs patrimoniales insaisissables selon les art. 92 à 94 de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite sont exclues du séquestre.
Comme toute autre mesure de séquestre, le séquestre en couverture des frais est fondé sur la vraisemblance. Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. L'autorité pénale doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. <ref-law>), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 99).
Le séquestre en couverture des frais peut porter sur tous les biens et valeurs du prévenu, même ceux qui n'ont pas de lien de connexité avec l'infraction (Lembo/Julen Berthod, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, ad <ref-law> n° 6 et les références citées). Pour ce type de séquestre, le principe de la proportionnalité doit être respecté, comme pour toutes les autres mesures de contrainte. Le respect de ce principe s'exprime lors de l'examen de l'opportunité du séquestre en couverture de frais. L'autorité pénale doit disposer d'indices lui permettant de douter du futur recouvrement des frais auxquels le prévenu sera condamné. Cela peut être le cas lorsque le prévenu procède à des transferts de biens aux fins d'empêcher une soustraction ultérieure (Message relatif à l'unification du droit de la procédure pénale du 21 décembre 2005, FF 2005 1229).
Afin que la personne touchée par la mesure de séquestre puisse examiner si le séquestre est conforme au principe de la proportionnalité, elle a un droit à connaître une estimation chiffrée de manière globale des coûts prévisibles de la procédure (arrêt du Tribunal fédéral 1P.542/1993 du 15 décembre 1993 consid. 5c). Elle ne dispose cependant pas de droit à connaître de manière détaillée l'ensemble des postes contenus dans ce montant maximal global (Stefan Heimgartner, Strafprozessuale Beschlagnahme, 2011, p. 32; arrêt du Tribunal fédéral 1P.510/1994 du 28 octobre 1994 consid. 2c).
Les frais de procédure ne sont au moment du séquestre encore guère prévisibles. Dès lors, une approche relativement souple doit être admise au stade initial de la procédure (cf. Bommer/Goldschmid, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, ad <ref-law>, n. 8 in fine).
3.2 Les recourants soutiennent d'abord que les indices sur lesquels se fonde l'instance précédente pour justifier le séquestre ne sont pas suffisants.
En l'espèce, le Tribunal cantonal a considéré que le fait que des véhicules immatriculés au nom de la société que le prévenu domine ont changé de détenteur immédiatement après la faillite de la société C._ SA et l'incarcération de A._ pouvait être compris comme une tentative de celui-ci de soustraire les actifs de B._ SA et les siens propres à toute tentative de réalisation. Cela prouvait que le séquestre reposait sur des indices suffisants que le prévenu tenterait de se soustraire au paiement des dettes qui lui incomberaient à l'issue de la procédure. Le fait que le prévenu était incarcéré au moment où B._ SA a pris ces dispositions est à lui seul insuffisant à établir l'invraisemblance de la mesure provisoire de séquestre litigieuse.
La cour cantonale a ajouté que le dossier contenait de nombreuses allégations de tiers quant aux réticences de A._ à honorer les engagements dont les créanciers supposés soutiennent bénéficier à son égard ou à celui de la société C._ SA entretemps faillie. Il est vrai que le Tribunal cantonal n'a pas précisé quelles étaient les "allégations de tiers" auxquelles il se réfère. Quoi qu'en disent les recourants, cela ne saurait constituer une violation de l'obligation de motiver qui incombe à l'autorité (art. 29 al. 2 Cst.; sur l'obligation de motiver, voir <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 677), dans la mesure où cet élément n'est pas déterminant pour l'issue du litige: en effet, la motivation principale justifiant le séquestre a été exposée au paragraphe précédent. La référence aux "allégations de tiers" n'est qu'un argument supplémentaire, dont l'abandon n'entraîne pas l'invalidation de l'argumentation principale.
3.3 Les recourants reprochent également au Tribunal cantonal de ne pas avoir estimé de manière chiffrée le montant provisoire des frais de procédure. Ils font encore grief à la cour cantonale d'avoir confirmé le caractère proportionnel de la mesure de séquestre. Ils avancent que deux autres séquestres de voitures de luxe "dont la valeur doit notoirement atteindre plusieurs centaines de milliers de francs à l'argus" ont été effectués le même jour également pour garantir les frais de justice et n'ont pas été contestés.
En l'espèce, la procédure en est à ses débuts puisque l'ordonnance d'ouverture de l'instruction pénale (<ref-law>) dans le canton de Neuchâtel date du 26 janvier 2012. Selon la jurisprudence susmentionnée, l'autorité pénale qui procède à un séquestre en couverture des frais est tenue de démontrer ses doutes quant au futur recouvrement des frais auxquels le prévenu sera condamné; elle doit aussi estimer de manière globale les coûts prévisibles de la procédure. Toutefois, l'arrêt attaqué a été rendu à peine deux mois et demi après l'ordonnance d'ouverture de l'instruction. A ce stade embryonnaire de la procédure, il est difficile d'apprécier de manière chiffrée quelle en sera l'ampleur et la durée. Différents éléments tendent cependant à démontrer qu'il s'agit d'une procédure de grande envergure: d'une part, la cause comporte des liens avec l'étranger, le prévenu étant de nationalité russe, ce qui peut notamment conduire à l'envoi de commissions rogatoires et à l'ouverture d'une procédure d'entraide dans ce pays; d'autre part, l'analyse des infractions reprochées, de nature économique et complexe, peut nécessiter la mise en oeuvre d'expertises.
A ce stade initial de la procédure et dans ces conditions, le Tribunal cantonal a correctement nié une violation du principe de la proportionnalité. Les autorités cantonales devront toutefois être à même d'estimer de manière plus précise ces frais au fur et à mesure de l'avancement de la procédure. Par ailleurs, le séquestre étant une mesure provisoire, elles ont l'obligation de lever la mesure si son motif disparaît en cours de procédure (<ref-law>).
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais des recourants qui succombent (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, au Ministère public du canton de Neuchâtel et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale.
Lausanne, le 11 juillet 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller