Faits:
A. Par écriture du 28 août 2008, X._ a déposé plainte pénale auprès du Procureur du canton de Genève contre Y._, Z._ ainsi que contre un tiers inconnu pour calomnie, subsidiairement diffamation.
Le 4 septembre 2008, le Procureur a décidé le classement de la plainte au motif que le délai de trois mois pour la déposer était dépassé.
B. Le recours de X._ à la Chambre d'accusation a été rejeté avec suite de frais par ordonnance du 15 octobre 2008.
C. X._ interjette recours en matière pénale. Il se plaint principalement de la constatation inexacte des faits et de la violation des art. 30 et 31 CP.
Il n'a pas été requis de déterminations.

Considérant en droit:
1. Conformément à l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b). La loi reconnaît notamment un tel intérêt à l'accusé (ch. 1), à son représentant légal (ch. 2), à l'accusateur public (ch. 3), à l'accusateur privé si, conformément au droit cantonal, il a soutenu l'accusation sans l'intervention de l'accusateur public (ch. 4), à la victime si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5) et au plaignant, pour autant que la contestation porte sur le droit de porter plainte (ch. 6).
Dans le cas du plaignant, celui-ci ne peut se plaindre que d'une irrégularité quant à son droit de plainte et ses conditions, mais non contester la décision attaquée sur le fond (<ref-ruling> consid. 1 p. 207 et les arrêts cités). Dans cette mesure, il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2. Le recourant fait d'abord grief à la Cour cantonale d'avoir retenu, à la suite du Procureur, que son droit de porter plainte contre Y._ et Z._ était échu lorsqu'il a déposé sa plainte le 28 août 2008.
2.1 L'observation du délai de plainte fixé à l'<ref-law> est une condition d'exercice de l'action publique (<ref-ruling> consid. 2b p. 328/329) qui justifie un refus de mettre en oeuvre la poursuite pénale lorsqu'elle n'est pas réalisée, ou le prononcé d'un non-lieu lorsque le Juge d'instruction a procédé à des mesures d'instruction.
La jurisprudence considère qu'une plainte a été régulièrement déposée lorsque, dans le délai de trois mois requis par la disposition légale, l'ayant droit s'est adressé à l'autorité compétente, dans les formes prévues par le droit cantonal, pour manifester sa volonté de provoquer une poursuite pénale (<ref-ruling> consid. 3a p. 208; <ref-ruling> consid. 1b p. 169; <ref-ruling> consid. 2a p. 2; <ref-ruling> consid. 2 p. 99 et les arrêts cités). Le délai de trois mois pour déposer plainte commence à courir du jour où l'ayant droit a connaissance de l'auteur et de l'acte délictueux, c'est-à-dire des éléments constitutifs de l'infraction. Cette connaissance doit être suffisante pour permettre à l'ayant droit de considérer qu'il aurait de fortes chances de succès en poursuivant l'auteur, sans s'exposer au risque d'être attaqué pour dénonciation calomnieuse ou diffamation; de simples soupçons ne suffisent pas, mais il n'est pas nécessaire que l'ayant droit dispose déjà de moyens de preuve (<ref-ruling> consid. 2a p. 275; <ref-ruling> consid. 1b p. 116 et les arrêts cités).
2.2 Se fondant sur les propres allégués du recourant dans une procédure civile qui oppose les parties, la Cour cantonale a retenu que celui-ci avait eu connaissance de l'identité des auteurs au plus tard le 28 juin 2007, si bien que le délai péremptoire de trois mois était largement dépassé lorsque la plainte a été déposée.
A cet égard, le recourant soutient que les faits retenus par la juridiction précédente à l'appui de son ordonnance l'ont été en violation de l'interdiction de l'arbitraire dans la constatation des faits.
2.3 Le Tribunal fédéral, saisi d'un recours en matière pénale ne réexamine l'établissement des faits - sous réserve de la violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), soit d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.4.1, p. 39). Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable voire même préférable (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités, 129 I 8 consid. 2.1 p. 9). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.4 Pour considérer que le délai de trois mois était échu, la juridiction cantonale a retenu en fait que X._, qui exploite une entreprise du second oeuvre dans le bâtiment, avait licencié deux de ses employés, Y._ et Z._, par lettre du 23 avril 2007. Quelques jours plus tard, soit le 27 avril, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail (OCIRT) où travaillait l'épouse de Y._ comme assistante de direction, avait informé divers organismes étatiques par courrier confidentiel que X._ avait commis une série d'infractions notamment à la LSEE, aux règles de sécurité du travail, aux paiements des heures supplémentaires et du montant du salaire horaire ainsi que des vacances comme le lui avaient rapporté plusieurs travailleurs. Celui-ci a appris l'existence de ce courrier le 13 juin 2007; il a eu connaissance de son contenu le 28 juin 2007.
Par la suite, dans le cadre de la procédure civile opposant ces parties, X._ a exposé dans son mémoire du 13 février 2008 qu'il avait fait rapidement le lien entre le licenciement de ces employés, les tracasseries administratives dont il était l'objet de la part de l'OCIRT et le courrier du 27 avril de cet office dont les propos attentatoires à son honneur l'avaient été sur instigation de ces deux employés licenciés.
A ces constatations, le recourant oppose simplement une autre version et donne une nouvelle lecture des pièces au demeurant claires du dossier, sans apporter la démonstration requise de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves. En effet, de la connaissance dès juin 2007 par le recourant du fait que des travailleurs de son entreprise étaient à l'origine des propos tenus pour attentatoires à son honneur tels que rapportés dans la lettre du 27 avril de l'OCIRT, de la mise en évidence rapide par celui-ci du lien entre le licenciement de ses employés et les démarches consécutives de l'OCIRT ainsi que du sens clair de ses allégués dans la procédure civile, la juridiction cantonale pouvait légitimement retenir que la connaissance de l'identité des auteurs était suffisante en juin 2007 et à tout le moins en février 2008. A cet égard, le fait qu'il ait dû entreprendre de nombreuses démarches en vue d'avoir un accès complet au dossier administratif demeure sans pertinence dès lors qu'il ne s'est agi que de la preuve de l'identité d'auteurs qu'il connaissait déjà. Or, comme on l'a vu ci-dessus (consid. 2.1), cela est sans incidence sur le cours du délai.
En conséquence, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant, sur les base des faits retenus, que le délai de trois mois était échu lorsque la plainte pénale a été déposée le 28 août 2008.
3. Dans un deuxième grief, le recourant reproche à la juridiction cantonale une violation des règles de la procédure pénale genevoise au sujet du classement de la plainte contre inconnu décidée par le Procureur. Il soutient que la Chambre d'accusation n'était pas autorisée à rendre telle décision motivée de classement dès lors que le Procureur n'en avait pas exposé les motifs dans sa décision du 4 septembre 2008. Ayant outrepassé ses pouvoirs, la Chambre a commis une violation arbitraire de la loi cantonale.
3.1 Selon l'article 190A CPP-GE, un certain nombre de décisions du procureur général, énumérées de manière exhaustive, peuvent faire l'objet de recours à la Chambre d'accusation. Parmi celles-ci figure la décision de classement (<ref-law>/GE).
Lorsqu'elle est saisie d'un recours contre une ordonnance de classement, la Chambre d'accusation dispose d'un plein pouvoir d'examen. Elle peut confirmer la décision, renvoyer la cause au Parquet pour qu'il ordonne une enquête préliminaire ou une instruction préparatoire, inviter le Parquet à rendre une ordonnance de condamnation ou encore traduire en jugement la personne inculpée ou mise en cause. Elle peut également confirmer la décision et maintenir le classement ou, le cas échéant, prononcer un non-lieu. La Chambre d'accusation n'est en principe pas liée par les motifs du classement, de sorte qu'elle peut les compléter, s'en écarter ou encore renvoyer la cause au Parquet pour suite d'enquête ou nouvelle détermination (GRÉGOIRE REY, Procédure pénale genevoise, Lausanne 2005, n. 1.2.1 ad <ref-law>/GE).
3.2 Dans le cas d'espèce, le Procureur a classé la plainte au motif qu'elle était tardive, ce qui était inexact en ce qui concerne la plainte contre inconnu, comme l'a relevé pertinemment la Chambre d'accusation. Selon la jurisprudence genevoise rappelée ci-dessus, la Chambre d'accusation pouvait dès lors faire usage de son plein pouvoir d'appréciation et exposer les motifs justifiant à ses yeux le classement ou renvoyer la cause au Parquet. Or, même s'il existe une pratique, alléguée par le recourant, d'un renvoi au Ministère public pour nouvelle décision en cas de motivation insuffisante (cf. REY, op. cit. n. 1.2.2 ad <ref-law>/GE), le fait que la Chambre d'accusation ait fait usage du pouvoir d'examen que lui donne la loi, ne saurait relever de l'arbitraire, en particulier lorsqu'il s'est agi de corriger une motivation inexacte.
Le grief soulevé doit dès lors être rejeté sans qu'il soit encore nécessaire d'examiner les motifs de ce classement faute de qualité du lésé pour recourir sur cette question (<ref-ruling>).
4. Le recourant qui succombe, doit supporter les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr. sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 23 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Gehring