(Beweiswürdigung im Strafverfahren; Unschuldsvermutung), hat sich ergeben:
A.- Am 26. November 1998 stellte y._ Strafantrag gegen X._, weil dieser ihm in der Nacht zum 18. November 1998 einen Schlag an das linke Ohr versetzt und dadurch eine Perforation des Trommelfells beigefügt habe. Mit Strafbefehl vom 24. August 1999 verurteilte das Bezirksamt Brugg X._ wegen einfacher Körperverletzung zu einer Busse von Fr. 210.-- und zur Übernahme der Verfahrenskosten.
Nach Einsprache von X._ führte das Bezirksgericht Brugg am 11. Januar 2000 eine Verhandlung mit Zeugenbefragung durch. Das Gericht bestätigte mit Urteil vom 28. März 2000 sowohl Schuldspruch als auch Bussenbetrag und Kostenverlegung gemäss Strafbefehl und verpflichtete zudem den Angeklagten, y._ als Schadenersatz Fr. 133. 60 zu bezahlen.
B.- Am 28. Juni 2000 erhob X._ Berufung. Er beantragte zur Hauptsache die Aufhebung des Urteils vom 28. März 2000, den Freispruch von Schuld und Strafe sowie die Feststellung, dass eine Beurteilung der Zivilansprüche entfalle. Das Obergericht des Kantons Aargau hiess die Berufung mit Urteil vom 16. Januar 2001 insofern teilweise gut, als es den vom Angeklagten zu leistenden Schadenersatzbetrag auf Fr. 100. 20 herabsetzte; im Übrigen wies es das Rechtsmittel ab.
C.- X._ hat gegen das Urteil des Obergerichts am 14. März 2001 eine staatsrechtliche Beschwerde eingereicht.
Er beantragt, das Urteil vom 16. Januar 2001 sei aufzuheben.
Mit der staatsrechtlichen Beschwerde rügt er Verstösse gegen die Art. 9 und 32 Abs. 1 BV sowie Art. 6 Ziff. 2 EMRK. Er macht namentlich geltend, das Obergericht habe mit willkürlicher Begründung seine Darstellung verworfen, wonach ein an der Gerichtsverhandlung vom 11. Januar 2000 nicht anwesender Bezirksrichter in Unkenntnis der Akten und der Beweisabnahme an der Urteilsfällung vom 28. März 2000 mitgewirkt habe.
Sodann habe das Obergericht die Beweise willkürlich gewürdigt und mit seinem Urteil den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt.
D.- Das Bezirksgericht Brugg hat in seiner Vernehmlassung vom 27. April 2001 den Vorwurf des Beschwerdeführers, ein lediglich an der Urteilssitzung anwesender Bezirksrichter habe vorgängig die Verfahrensakten nicht studiert, als unzutreffend zurückgewiesen. Die übrigen Verfahrensbeteiligten haben auf das Einreichen einer Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der Beschwerdeführer rügt vorab eine Verletzung des von der Bundesverfassung garantierten Willkürverbots. Er bringt vor, anstelle des an der Gerichtsverhandlung vom 11. Januar 2000 anwesenden Ersatzrichters S._ habe an der Urteilssitzung vom 28. März 2000 Bezirksrichter H._ teilgenommen. Im Dossier seien keinerlei Anhaltspunkte ersichtlich, dass dieser die Akten vor der Urteilssitzung studiert habe. Es sei deshalb davon auszugehen, dass Bezirksrichter H._ in Unkenntnis der Akten und der Beweisabnahme an der Urteilsfällung mitgewirkt habe. Das Obergericht habe dies mit einer offensichtlich unhaltbaren Argumentation verneint.
b) Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts vor, wenn der angefochtene kantonale Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn der angefochtene Entscheid sich nur in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2a S. 41, mit Hinweis).
c) Die Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung ist unbegründet. Einerseits hat das Obergericht zu Recht darauf hingewiesen, es bestünden keine Hinweise, dass Bezirksrichter H._ im Zeitpunkt der Urteilsfällung schlechter vorbereitet gewesen sei als die übrigen Bezirksrichter.
Andererseits schliesst der Beschwerdeführer die mangelnde Aktenkenntnis von Bezirksrichter H._ einzig aus dem Fehlen eines dessen Einsichtnahme in das Dossier bestätigenden Aktenvermerks. Dem Beschwerdeführer ist insofern beizupflichten, als bei Vorliegen eines Visums von Bezirksrichter H._ wohl davon ausgegangen werden könnte, dass dieser das Dossier eingesehen hat. Der Umkehrschluss, wonach ohne Visum auch keine Einsichtnahme erfolgt sei, ist jedoch nicht ohne weiteres zulässig: Eine Verpflichtung der einzelnen Bezirksrichter zum Quittieren der Akteneinsicht ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht behauptet. Dessen Hinweis, Bezirksrichter H._ hätte ein allfälliges Aktenstudium "mit Sicherheit" visiert, beruht einzig auf einer Vermutung und ist damit unbehelflich.
Ebenso erlaubt der Umstand, dass die in den Akten des Bezirksgerichts enthaltene Zirkulationsliste kein Visum von Bezirksrichter H._ enthält, keine weiterführenden Schlüsse. Diese Liste diente einzig der Bestätigung der Aktenkonsultation vor der Verhandlung vom 11. Januar 2000, was bereits aus den von den beteiligten Richtern eingetragenen Daten von Empfang und Weitergabe des Dossiers folgt. Die Bestätigung einer späteren Einsichtnahme in die Akten, insbesondere im Hinblick auf die Urteilssitzung, ist auf dieser Liste nicht vorgesehen. Das Fehlen eines entsprechenden Visums von Bezirksrichter H._ vermag demnach nicht zu belegen, dass er anlässlich der Urteilssitzung noch keine Aktenkenntnis hatte. Es ist deshalb nicht willkürlich, wenn das Obergericht im angefochtenen Entscheid davon ausgegangen ist, dass sämtliche am Urteil vom 28. März 2000 beteiligten Mitglieder des Bezirksgerichts ihren Entscheid in Kenntnis der damals vorliegenden Akten getroffen haben.
Der vom Beschwerdeführer vor Obergericht aufgeworfenen Frage, ob andernfalls sein Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden wäre, ist hier nicht weiter nachzugehen.
2.- Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" im Sinne einer Beweiswürdigungsregel.
a) Gemäss <ref-law> sowie Art. 6 Ziff. 2 EMRK gilt jede angeschuldigte Person bis zur rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig. Die Maxime "in dubio pro reo" ist ein Aspekt der Unschuldsvermutung (<ref-ruling> E. 2b S. 35). Als Beweiswürdigungsregel besagt die Maxime, dass sich der Strafrichter nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Die Maxime ist verletzt, wenn der Strafrichter an der Schuld des Angeklagten hätte zweifeln müssen. Dabei sind bloss abstrakte und theoretische Zweifel nicht massgebend, weil solche immer möglich sind und absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann. Es muss sich aber um erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel handeln, d.h. um solche, die sich nach der objektiven Sachlage aufdrängen. Bei der Beurteilung von Fragen der Beweiswürdigung beschränkt sich das Bundesgericht auf eine Willkürprüfung. Es kann demnach nur eingreifen, wenn der Sachrichter den Angeklagten verurteilte, obgleich bei objektiver Würdigung des ganzen Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an dessen Schuld bestanden (<ref-ruling> E. 2a S. 41, mit Hinweisen).
b) Der Grundsatz "in dubio pro reo" wurde vorliegend nicht verletzt. Es ist unter Willküraspekten nicht zu beanstanden, dass die kantonalen Instanzen im Rahmen der Beweiswürdigung mit ausführlicher Begründung auf die Angaben der Zeugin A._ abgestellt haben. Sodann hat das Obergericht die vom Beschwerdeführer behauptete Ursache der Trommelfellverletzung des Geschädigten - einen Sturz oder ein heftiges Anschlagen an einem Türrahmen - im Vergleich zur Möglichkeit eines Schlages auf das Ohr zu Recht als "eher unwahrscheinlich" bezeichnet. Schliesslich ist auch nicht überzubewerten, wenn anlässlich der Befragung vor dem Bezirksgericht der Geschädigte und die einvernommene Zeugin unterschiedliche Zeitpunkte hinsichtlich des Auftretens einer Blutung am verletzten Ohr genannt haben: Es ist nachvollziehbar, dass der als alkoholkrank beschriebene Geschädigte sich im Januar 2000 nicht mehr im Detail an den exakten Ablauf der Ereignisse in der Nacht auf den 18. November 1998 erinnern konnte. Für das Obergericht bestand demnach kein Anlass, am schuldhaften Verhalten des Beschwerdeführers erhebliche, nicht zu unterdrückende Zweifel zu hegen.
3.- Aus den dargestellten Gründen ist die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer zu auferlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Der Beschwerdegegner hat sich nicht vernehmen lassen. Er hat daher keinen Anspruch auf Ersatz von Parteikosten (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bezirksgericht Brugg sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 5. Juli 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: