Sachverhalt:
A. Seit dem Jahre 2001 wurden in Biel-Benken (BL) verschiedene Katzen angeschossen, welche zum Teil ihren Schussverletzungen erlagen. Aus dem Kadaver einer Katze wurde ein Projektil des Kalibers 22 si-chergestellt. Aufgrund der Aussage einer Geschädigten, sie habe gehört, dass X._ in dieser Gegend schon auf Vögel und Katzen geschossen habe, eröffnete das Bezirksstatthalteramt Arlesheim gegen diesen eine Strafuntersuchung.
Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft stellte das Verfahren gegen X._ am 10. Juli 2008 ein und überband ihm die Hälfte der Verfahrenskosten von Fr. 848.-.
X._ gelangte gegen die Kostenauflage an das Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft, welches die Beschwerde mit Beschluss vom 10. November 2008 abwies.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 31. Januar 2009 beantragt X._, der Beschluss des Verfahrensgerichts vom 10. November 2008 sei aufzuheben, und es seien ihm keine Verfahrenskosten aufzuerlegen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Die Staatsanwaltschaft und das Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt, die Auferlegung der Verfahrenskosten stelle eine Ersatzstrafe dar und verstosse gegen Art. 6 Ziff. 2 EMRK sowie <ref-law>. Alle Untersuchungshandlungen seien ohne sein Zutun angeordnet worden. Er hätte kein fehlerhaftes Verhalten zu verantworten, welches ganz oder teilweise in ursächlichem Zusammenhang mit den entstandenen Verfahrenskosten stehe.
1.1 Wird die angeschuldigte Person freigesprochen, wird das Verfahren eingestellt oder wird ihm keine weitere Folge gegeben, trägt gemäss § 31 Abs. 2 Satz 1 StPO/BL in der Regel der Staat die Verfahrenskosten. Diese können der angeschuldigten Person ganz oder teilweise überbunden werden, wenn sie die Untersuchung durch ihr Verhalten verschuldet oder in unzulässiger Weise erschwert hat (§ 31 Abs. 2 Satz 2 StPO/BL).
Gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK gilt jede Person bis zur rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn dem Angeschuldigten in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (BGE 120 la 147 E. 3b S. 155; 119 la 332 E. 1b S. 334; 116 la 162 E. 2e S. 175, je mit Hinweisen).
1.2 Die Vorinstanz hat im Kostenpunkt erwogen, das Statthalteramt Arlesheim habe die Kantonspolizei mit Durchsuchungs- und Beschlagnahmebefehl vom 19. Dezember 2007 beauftragt, am Wohnort des Beschwerdeführers eine Hausdurchsuchung durchzuführen und allfällige Hand- und Faustfeuerwaffen inkl. Munition sowie allfällige weitere Beweismittel sicherzustellen. Gemäss Polizeibericht vom 25. Februar 2008 habe der Beschwerdeführer äusserst aufgebracht reagiert, als die zuständigen Polizisten ihn am 4. Februar 2008 von der Eröffnung eines Strafverfahrens gegen ihn wegen Tierquälerei in Kenntnis gesetzt und ihm die bevorstehende Hausdurchsuchung eröffnet haben. Er habe die anwesenden Polizisten beschimpft, dies auch nachdem er sich mit seinem Anwalt telefonisch unterhalten habe und über die Rechtmässigkeit der Amtshandlung informiert worden sei. Aufgrund der Verhaltensweise des Beschwerdeführers hätten die zuständigen Polizeibeamten wegen des zu erwartenden Widerstands und unter Berücksichtigung von Verhältnismässigkeitsaspekten auf die Hausdurchsuchung verzichtet. Eine solche hätte gemäss dem berichterstattenden Polizeibeamten nur unter Arrestierung des Beschwerdeführers durchgeführt werden können. Erst als die Polizei angesichts seines renitenten Verhaltens auf die Hausdurchsuchung verzichtet habe, habe der Beschwerdeführer seine Schusswaffe ausgehändigt. Die Sachverhaltsdarstellung des Beschwerdeführers, wonach er die Waffe nach Rückfrage bei seinem Rechtsvertreter anstandslos ausgehändigt und die Polizei deshalb auf eine Hausdurchsuchung verzichtet habe, lässt sich gemäss der Vorinstanz gestützt auf die Akten nicht bestätigen. Aus dem Polizeibericht gehe zudem hervor, dass der Beschwerdeführer einem Polizeibeamten das Beschlagnahmeprotokoll vom Tisch gerissen und sich geweigert habe, es zu unterschreiben.
Der Beschwerdeführer habe daher die Hausdurchsuchung nicht erschwert, sondern praktisch verunmöglicht. Die Voraussetzungen für eine Auferlegung der Verfahrenskosten an den Beschwerdeführer seien somit gegeben.
1.3 Das Verfahren gegen den Beschwerdeführer wurde eingestellt, weil sich das einzige gegen ihn bestehende Verdachtsmoment - die Katzen seien mit seiner Pistole angeschossen worden - als erwiesenermassen unbegründet herausgestellt hat. Der angefochtene Entscheid enthält, entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers, weder direkt noch indirekt den Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld.
1.4 Eine Kostenauflage an den Beschuldigten nach § 31 Abs. 2 StPO/ BL wegen Erschwerung des Verfahrens, wie sie das Verfahrensgericht in Strafsachen dem Beschwerdeführer vorwirft, setzt eine klare Verletzung prozessualer Pflichten voraus. Dies trifft etwa zu, wenn der Beschuldigte die Untersuchung durch wahrheitswidrige Angaben auf eine falsche Fährte führt oder das Verfahren erschwert und verlängert, indem er nicht zu Verhandlungen erscheint. Soweit durch ein solches Verhalten Kosten entstehen, können sie dem Beschuldigten wegen prozessualen Verschuldens auferlegt werden. Das blosse Wahrnehmen verfahrensmässiger Rechte, etwa des Schweigerechts, genügt für eine Kostenauflage nicht. Vielmehr muss der Angeschuldigte in einem solchen Fall ein hinterhältiges, gemeines oder krass wahrheitswidriges Benehmen an den Tag gelegt haben, damit ihm wegen Erschwerung oder Verlängerung des Verfahrens Kosten überbunden werden können (<ref-ruling> E. 2d/aa S. 172; <ref-ruling> E. 4b S. 164; ROBERT HAUSER/ERHARD SCHWERI/KARL HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl., Basel 2005, § 108 N. 26 f.). Die Beweislast für die Haftungsvoraussetzungen - prozessuales Verschulden, Schaden und adäquater Kausalzusammenhang - trifft den Staat (vgl. HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, a.a.O., § 108 N. 27).
1.5 Eine Hausdurchsuchung als polizeiliche Zwangsmassnahme ist ohne und gegen den Willen des Betroffenen durchzuführen. Der Beschwerdeführer hat die Hausdurchsuchung durch sein unkooperatives Verhalten daher nicht verhindert, sondern die Polizei hat offensichtlich nach der Waffenübergabe auf ihre Durchführung verzichtet, weil sie das Ziel der Massnahme - die Beschlagnahme der Pistole Kaliber 22 - als erreicht annahm.
Selbst wenn sich die Ereignisse wie von der Vorinstanz geschildert zugetragen hätten, ist nicht ersichtlich, welche Untersuchungskosten durch die verunmöglichte Hausdurchsuchung entstanden sind. Aus den Akten ergibt sich, dass das Verfahren gegen den Beschwerdeführer gestützt auf das ballistische Gutachten vom 5. Februar 2008 eingestellt wurde, nachdem dieser am 12. März 2008 zur Sache befragt worden war. Weitere Untersuchungshandlungen, welche bei ordnungsgemässer Durchführung der Hausdurchsuchung nicht erforderlich gewesen wären, erfolgten nicht. Durch den Verzicht auf die Hausdurchsuchung sind daher keine, vom Beschwerdeführer verursachte, zusätzlichen Kosten entstanden. Daran ändert auch die Vernehmlassung des Verfahrensgerichts in Strafsachen nichts.
Die Vorinstanz ist in Willkür verfallen, indem sie dem Beschwerdeführer Verfahrenskosten auferlegte, welche er nicht durch widerrechtliches Verhalten adäquat kausal verursacht hat. Die Rüge ist begründet.
2. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und der angefochtene Beschluss aufzuheben.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Beschluss des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft vom 10. November 2008 aufgehoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld