Faits:
A. Le 21 septembre 2007, le Grand Conseil du canton de Genève a adopté une loi sur les zones 30 et les zones de rencontre (ci-après: la loi), comportant notamment les dispositions suivantes:
Art. 1 Objet
La présente loi règle les conditions et les détails à observer lors de l'instauration de zones 30 et de zones de rencontre.
Art. 2 Autorité compétente
L'autorité chargée d'appliquer la présente loi est le Département compétent.
Art. 3 Emplacement des zones
1 Les zones 30 et les zones de rencontre sont principalement prévues sur le réseau de quartier, au sens de l'art. 3A, alinéa 3, de la loi sur les routes.
2 En principe, elles ne peuvent pas s'appliquer aux voies de communication utilisées par les lignes de transports publics urbaines principales.
Art. 4 Conditions
1 Les zones 30 et les zones de rencontre ne sont autorisées que lorsqu'une telle mesure est nécessaire, opportune et respecte le principe de la proportionnalité.
1 Les zones 30 et les zones de rencontre ne sont autorisées que lorsqu'une telle mesure est nécessaire, opportune et respecte le principe de la proportionnalité.
... 7 Lors de la création d'une zone 30 ou d'une zone de rencontre, le nombre total de places de stationnement dans le périmètre concerné ne doit pas diminuer. Si cette condition ne peut être réalisée, un nombre au moins égal de places de stationnement est créé à proximité immédiate de la zone.
Art. 5 Expertise
1 L'autorité ne délivre une autorisation pour la création d'une zone 30 ou d'une zone de rencontre qu'après avoir effectué une expertise qui contient les éléments énumérés dans l'ordonnance fédérale sur la signalisation routière et l'ordonnance fédérale sur les zones 30 et les zones de rencontre. L'expertise doit en outre démontrer que les conditions des art. 3 et 4 de la présente loi sont respectées.
2 Lorsqu'une zone de rencontre est envisagée dans un quartier commercial, l'expertise doit par ailleurs contenir l'avis des habitants, des commerçants et des représentants des transports professionnels.
2 Lorsqu'une zone de rencontre est envisagée dans un quartier commercial, l'expertise doit par ailleurs contenir l'avis des habitants, des commerçants et des représentants des transports professionnels.
... La loi a été publiée le 1er octobre 2007.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Ville de Genève, agissant par son Département des constructions et de l'aménagement, conclut à l'annulation des art. 3 al. 1 et 2, 4 al. 7 et 5 al. 2 de la loi, subsidiairement à l'annulation de la loi dans son ensemble. Elle se plaint d'une violation de son autonomie. Les dispositions attaquées violeraient les principes constitutionnels d'intérêt public, de proportionnalité et d'égalité de traitement ainsi que, notamment, la LCR et la LPE.
Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. Un second échange d'écritures a été ordonné.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, le recours en matière de droit public est ouvert contre les actes normatifs cantonaux. Selon l'art. 89 al. 2 let. c LTF, les communes et autres collectivités publiques ont qualité pour recourir en invoquant la violation de garanties qui leur sont reconnues par les Constitutions cantonale ou fédérale. La Ville de Genève, qui invoque l'autonomie dont elle bénéficie dans l'instauration des zones 30 et des zones de rencontre, a ainsi qualité pour agir. La question de savoir si elle est réellement autonome dans ce domaine relève du fond (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 319, 410 consid. 1.1 p. 412 et les références). Le recours est formé dans le délai de trente jours (<ref-law>), contre une loi qui n'est pas susceptible d'un recours cantonal (<ref-law>).
2. La Ville de Genève relève qu'elle dispose d'autonomie en matière de gestion du domaine public: en application de la loi cantonale sur les routes (LR/GE), le Conseil d'Etat a adopté un règlement concernant la classification des voies publiques, selon lequel la totalité des voies publiques en ville de Genève appartient au domaine public communal. Selon les art. 7 et 22 LR/GE, les projets d'aménagement routiers sur le territoire de la ville seraient initiés et conduits par la commune, qui disposerait d'une importante liberté d'appréciation. L'Etat n'interviendrait que pour prendre les décisions formelles. L'autonomie communale aurait déjà été reconnue, dans les domaines des aménagements routiers et de la gestion du domaine public, par les autorités de recours cantonales, lesquelles s'imposeraient une certaine retenue dans l'exercice de leur pouvoir d'examen.
Pour le Grand Conseil, ni la Constitution cantonale, ni la législation d'exécution du droit fédéral sur la circulation routière ne conféreraient d'autonomie aux communes dans le domaine en cause: le droit fédéral et cantonal réglementeraient exhaustivement la question de l'aménagement des zones 30. En outre, la loi genevoise ne ferait que préciser les conditions de création de telles zones, sans porter atteinte à une compétence que la Constitution cantonale reconnaîtrait aux communes.
2.1 Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Selon la jurisprudence, une commune bénéficie de la protection de son autonomie dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de manière exhaustive mais laisse en tout ou en partie dans la sphère communale, lui accordant une liberté de décision importante. Le domaine d'autonomie protégé peut consister dans la faculté d'adopter ou d'appliquer des dispositions de droit communal ou encore dans une certaine liberté dans l'application du droit fédéral ou cantonal. Pour être protégée, l'autonomie ne doit pas nécessairement concerner l'ensemble d'une tâche communale, mais uniquement le domaine litigieux. L'existence et l'étendue de l'autonomie communale dans une matière concrète sont déterminées essentiellement par la constitution et la législation cantonales (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 412 ss; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 320; <ref-ruling> consid. 2 p. 136). La commune peut aussi agir, sur la base de l'art. 89 al. 2 let. c LTF, lorsqu'elle invoque une atteinte à sa propre existence ou à son territoire (cf. Message du Conseil fédéral du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4000, 4128).
2.2 Lorsqu'elle est reconnue autonome dans un domaine spécifique, une commune peut se plaindre d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation ou d'une fausse application par l'autorité cantonale des normes de droit cantonal et communal régissant le domaine en cause. L'autonomie communale est également violée lorsque le canton empiète à tort dans un domaine protégé de celle-là par l'adoption, notamment, de normes générales et abstraites qui limitent ou suppriment une compétence communale ou qui règlent une question relevant de cette autonomie (cf. <ref-ruling> consid. 8c p. 291; <ref-ruling> consid. 2a p. 204; <ref-ruling> consid. 3a p. 218 et les arrêts cités). Toutefois, lorsque le recours est dirigé contre un acte normatif cantonal qui a pour effet de redéfinir, en la restreignant, l'autonomie des communes, celles-ci ne peuvent s'en prendre à cet acte que dans la mesure ou il écarte indûment une compétence législative ou un domaine d'autonomie garantis par la Constitution cantonale. Elles ne peuvent se plaindre de ce qu'en modifiant la loi, le législateur cantonal aurait restreint les limites de l'autonomie communale qu'il avait lui-même antérieurement posées (<ref-ruling> consid. 3.3 et les arrêts cités).
2.3 La Constitution du 24 mai 1874 du canton de Genève (Cst./GE) règle l'organisation des communes et des autorités communales à ses art. 144 ss. Le principe de l'autonomie communale n'y est pas expressément mentionné, mais il est consacré à l'art. 2 de la loi cantonale du 13 avril 1984 sur l'administration des communes (LAC) par la formule suivante: "l'autonomie communale s'exerce dans les limites de l'ordre juridique et plus particulièrement des compétences cantonales et fédérales, ainsi que du pouvoir de surveillance auquel la commune est soumise".
2.4 Selon l'art. 22 LR/GE, les travaux de construction, d'élargissement et de correction des voies publiques communales et des ouvrages d'art qui en dépendent sont étudiés et exécutés sous la direction de la commune. Les dispositions de l'art. 7 LR/GE sont réservées. Cette dernière disposition a la teneur suivante:
Art. 7 Compétences du département
Surveillance
1 Le département assume la surveillance générale de toutes les voies du canton ouvertes au public.
2 A ce titre, il statue sur les projets de création ou de modification de voies publiques cantonales et communales ainsi que les voies privées, y compris leurs dépendances avant leur exécution. [...]
3 L'autorisation du département porte sur le tracé, le gabarit, les alignements et les niveaux en veillant à ce que soient pris en compte: les besoins des piétons, valides ou handicapés, des deux-roues, des véhicules des transports publics et des services d'urgence, ainsi que des besoins de l'approvisionnement, des livraisons et de l'accès de la clientèle des commerces et des industries.
4 Le département veille à la bonne exécution et coordination des travaux, [...].
2.5 La définition des zones 30 et des zones de rencontre (vitesse maximale, signalisation, utilisation de l'aire de circulation, priorités) figure aux art. 22a et 22b de l'ordonnance sur la signalisation routière (OSR, RS 741.21). Conformément à l'<ref-law>, les exigences requises concernant l'aménagement, la signalisation et le marquage de ces zones sont régies par une ordonnance du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication du 28 septembre 2001 (RS 741.213.3). Celle-ci précise l'objet de l'expertise requise par les <ref-law> et 108 al. 4 OSR, prévoit différentes mesures relevant du droit de la circulation routière, ainsi que les principes applicables à l'aménagement de l'espace routier.
2.6 Il apparaît ainsi que si la commune dispose d'une certaine liberté d'appréciation dans le choix des emplacements des zones 30 et de rencontres, ainsi que certaines compétences dans l'élaboration et le suivi des projets, elle n'a en revanche aucune autonomie s'agissant d'une part de définir le statut légal de ces zones, et d'autre part de décider de l'application dans les cas concrets. Ni le droit cantonal, ni le droit fédéral ne lui accordent de compétence réglementaire dans ce domaine. La Ville de Genève ne prétend pas que le canton aurait, sous une forme ou une autre, fait usage de la faculté, réservée à l'<ref-law>, de déléguer aux communes la compétence pour interdire, restreindre ou régler la circulation sur certaines routes. Quant aux compétences décisionnelles, elles appartiennent exclusivement au département cantonal, en vertu de l'art. 7 LR/GE.
En adoptant la loi sur les zones 30 et les zones de rencontre, le législateur genevois n'a donc nullement porté atteinte à l'autonomie communale.
3. En réplique, la Ville de Genève soutient que la qualité pour agir devrait lui être reconnue sur la base de l'art. 89 al. 1 let. b et c LTF. Elle estime avoir un intérêt digne de protection et être particulièrement atteinte par l'acte attaqué: ce dernier l'entraverait dans l'accomplissement de tâches qui lui incombent, en particulier l'obligation d'assainir découlant de l'OPB et l'aménagement de chemins pour piétons imposés par la LCPR et sa législation cantonale d'exécution. Elle serait particulièrement touchée à ce titre, car toutes les routes situées sur le territoire de la ville - dont un grand nombre doit être assaini - sont communales. S'agissant d'un recours contre un acte normatif, une atteinte virtuelle serait d'ailleurs suffisante.
3.1 Sous l'empire de la loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ), la qualité pour former un recours de droit public contre un acte normatif était reconnue, selon l'art. 88 OJ, à toute personne dont les intérêts juridiquement protégés sont effectivement ou pourraient un jour être touchés par l'acte attaqué. Une simple atteinte virtuelle suffisait, pourvu qu'il y ait un minimum de vraisemblance que le recourant puisse un jour se voir appliquer les dispositions prétendument inconstitutionnelles (<ref-ruling> consid. 1 p. 309, 26 consid. 1.2.1 p. 29-30 et la jurisprudence citée). Les collectivités telles que les communes, en tant que détentrices de la puissance publique, n'étaient pas titulaires des droits constitutionnels et n'avaient pas qualité pour agir (<ref-ruling> consid. 2a p. 219), à l'exception de deux cas: lorsqu'elles invoquaient leur propre autonomie (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 295), et lorsqu'elles se trouvaient atteintes de façon identique ou analogue à un particulier (<ref-ruling> consid. 3 p. 427 ss; <ref-ruling> consid. 1b p. 36; <ref-ruling> consid. 1b p. 616; <ref-ruling> consid. 2 p. 130, 112 Ia 59 consid. 1b p. 62). En matière de recours de droit administratif, la qualité pour agir était reconnue de manière plus large (cf. art. 103 let. a et c OJ), mais le recours n'était pas ouvert à l'encontre d'actes normatifs (art. 97 al. 1 OJ).
3.2 Selon l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (lettre a), est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (lettre b) et a un intérêt digne de protection à son annulation (lettre c). Lorsque l'acte attaqué est un acte normatif, l'intérêt personnel peut être simplement virtuel: celui-ci est donné s'il existe un minimum de vraisemblance que le recourant puisse un jour se voir appliquer les dispositions contestées (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 296; FF 2001 4000, p. 4127). Il suffit en outre que l'intérêt digne de protection soit factuel, à la différence de ce qui prévalait sous l'empire de l'art. 88 OJ (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Bundesgerichtsgesetz, Berne 2007 n° 32 ad <ref-law>, p. 364 et les références citées; arrêt 2C_71/2007 du 9 octobre 2007).
3.3 Les conditions posées cumulativement à l'<ref-law> sont en étroite connexité; il y a lieu en principe de s'en tenir aux règles qui prévalaient en matière de recours de droit administratif (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 252 s.). Dans la mesure où l'<ref-law> concerne en premier lieu les recours formés par des personnes privées, une collectivité publique ne saurait se fonder sur cette disposition que lorsqu'elle est touchée de manière identique ou analogue à un particulier (<ref-ruling> consid. 2.2.1; <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 406 et les références). Une collectivité peut toutefois également se fonder sur l'<ref-law> lorsque ses intérêts souverains dignes de protection sont en jeu (ATF <ref-ruling> consid, 2.4.3 p. 406): elle peut ainsi agir lorsque ses intérêts patrimoniaux sont touchés, par exemple en tant que bénéficiaire d'une subvention (<ref-ruling> consid. 2b p. 383), créancière d'une taxe causale (ATF 119 1b 389 consid. 2e p. 391; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 195), employeur public astreint au versement d'un salaire (<ref-ruling> consid. 1e p. 417 s.), ou encore lorsqu'elle alloue des prestations d'assistance (ZBl 98/1997 p. 414 ss). Tel n'est pas le cas en l'occurrence.
3.4 La doctrine (BERNHARD WALDMANN, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Basler Kommentar zum BGG, Bâle 2008 n° 43 s. ad art. 89; SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, op. cit. n°. 35 ad art. 89) et la jurisprudence récente (<ref-ruling>) envisagent aussi de reconnaître la qualité pour recourir aux collectivités (en l'occurrence, un département cantonal) lorsque celles-ci sont atteintes dans leurs attributions officielles spécifiques (même arrêt, consid. 2.2.1). L'intérêt à une correcte application du droit, de même que n'importe quel intérêt financier lié directement ou non à l'accomplissement d'une tâche officielle, ne suffisent pas (ATF <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 407; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 62).
Le législateur a certes envisagé un élargissement de la qualité pour recourir des communes, mais essentiellement à l'encontre des actes administratifs (cf. les exemples mentionnés par SEILER/VON WERDT/ GÜNGERICH, op. cit. n° 34-35 ad art. 89). L'élargissement de la qualité pour recourir des communes, fondé sur l'application de l'<ref-law>, ne se justifie pas en revanche en ce qui concerne les recours dirigés contre des actes normatifs. En effet, la disposition spéciale de l'art. 89 al. 2 let. c LTF permet en principe aux cantons, comme cela a été rappelé ci-dessus, de définir librement le champ de l'autonomie que ceux-ci désirent accorder aux communes, sous la seule réserve des dispositions constitutionnelles cantonales et fédérales. Permettre aux communes de recourir contre une loi cantonale au motif que celle-ci porterait atteinte à certaines compétences communales, voire - comme le voudrait la recourante - selon le critère de l'atteinte virtuelle applicable aux particuliers, reviendrait à vider totalement de son sens le recours spécifiquement prévu à l'art. 89 al. 2 let. c LTF.
3.5 Quoi qu'il en soit, la Ville de Genève fonde sa qualité pour agir sur le fait qu'elle est tenue d'assainir son réseau routier conformément à l'OPB, d'aménager son domaine public et de créer des réseaux de chemins pour piétons au sens de la LCPR. Elle ne saurait toutefois prétendre être touchée dans ses attributions spécifiques dès lors que, comme cela est relevé ci-dessus, ce n'est pas à elle mais à l'autorité cantonale qu'il appartient de prendre les décisions formelles sur la créations de zones 30 et de zones de rencontre. En dehors de toute compétence décisionnelle dans le domaine concerné par la loi litigieuse, l'intérêt invoqué consiste exclusivement dans l'application correcte du droit. Comme cela est rappelé ci-dessus, il s'agit d'un intérêt général, de toute manière insuffisant au sens de l'art. 89 al. 1 let. c LTF. La recourante ne fournit en tous les cas aucune motivation satisfaisant aux exigences de l'<ref-law>, s'agissant de démontrer sa qualité pour agir sur la base de l'<ref-law>.
4. Le recours doit donc être rejeté en tant qu'est invoquée l'autonomie communale; il est irrecevable dans la mesure où la recourante se fonde sur l'<ref-law>. Conformément aux art. 66 al. 4 et 68 al. 3 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante et au Grand Conseil du canton de Genève.
Lausanne, le 14 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz