Faits:
A. Statuant le 11 juillet 2008 sur requête de mesures protectrices de l'union conjugale déposée par dame X._, la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura a notamment autorisé les conjoints X._ à vivre séparés et condamné X._ à verser, mensuellement et d'avance, à sa femme une contribution d'entretien de 295 fr.
Les deux parties ont interjeté appel contre ce jugement; le mari a conclu à la suppression des aliments dus à son épouse; cette dernière a demandé que ceux-là soient fixés à 600 fr. par mois.
Le 30 septembre 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a partiellement modifié le jugement de première instance, arrêtant à 305 fr. la contribution d'entretien; elle a, pour le surplus, notamment débouté les appelants de leurs autres conclusions, mis les frais judiciaires par moitié à la charge des parties, sous réserve des dispositions relatives à l'assistance judiciaire gratuite, et fixé les honoraires que les mandataires d'office pourraient réclamer à l'Etat.
B. Contre cet arrêt, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à la suppression de la rente en faveur de sa femme. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
L'intimée propose le rejet du recours et requiert l'assistance judiciaire. L'autorité cantonale s'en remet à la cour de céans quant au sort du recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 p. 395). Elle est finale selon l'<ref-law>, car elle tranche définitivement, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et les effets accessoires (<ref-ruling> consid. 4 p. 395). Le recours a en outre pour objet une décision rendue dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>, <ref-law>). Il a par ailleurs été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 426). Le recours en matière civile est dès lors en principe recevable.
1.2 Dès lors que les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 p. 396), seule peut être invoquée à leur encontre la violation de droits constitutionnels.
En principe, le Tribunal fédéral n'examine que si la décision attaquée viole l'interdiction de l'arbitraire prévue à l'art. 9 Cst., soit parce qu'elle applique le droit civil matériel de manière insoutenable, soit parce qu'elle repose sur des constatations de fait établies de façon manifestement inexacte. Il ne sanctionne en outre la violation de droits fondamentaux - notion qui englobe les droits constitutionnels en général (<ref-ruling> consid. 2 p. 640) - que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), les exigences de motivation de l'acte de recours correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
Le recourant qui se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2 p. 639). S'agissant plus particulièrement de l'appréciation des preuves et de la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b p. 40); il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans motifs sérieux, de tenir compte d'un moyen de preuve pertinent ou encore s'il a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9 et les arrêts cités). Sa retenue est d'autant plus grande lorsque le juge ne revoit la cause que d'une manière sommaire et provisoire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 325 et les arrêts cités), ainsi qu'il en va en matière de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 478 et les références). Il appartient dès lors au recourant de démontrer précisément, pour chaque constatation de fait incriminée, comment les preuves administrées auraient dû selon lui être appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 120 et les arrêts cités). Il ne suffit pas qu'une solution différente apparaisse concevable, voire préférable; la décision attaquée n'est, de surcroît, annulée que si elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 211 et les arrêts cités).
1.3 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; sur la portée de cette disposition: arrêt 4A_36/2008 du 18 février 2008, consid. 4.1).
2. Le recourant demande à la cour de céans de tenir compte du fait que ses revenus ont évolué et s'élèvent actuellement à 4'189 fr. 20. Il s'agit toutefois là d'un fait nouveau qu'il ne saurait faire valoir à l'appui d'un recours en matière civile (<ref-law>, supra, consid. 1.3), mais d'une éventuelle demande en modification de la décision conformément à l'<ref-law>.
3. Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir arbitrairement apprécié le montant de ses charges mensuelles, qui auraient dû être retenues à hauteur de 4'470 fr. 85 et non de 4'037 fr. 30. Les rectifications qu'il requiert concernent sa charge fiscale, ses frais médicaux et le remboursement de dettes.
3.1 En ce qui concerne sa charge fiscale, le recourant soutient que la cour cantonale ne pouvait se fonder sur la déclaration d'impôts 2006 et se contenter de partager par moitié la charge fiscale provisoire du couple. A son avis, vu que la séparation entraînait une imposition séparée à compter de 2007, qu'il allait dès lors être soumis au tarif pour une personne seule, et qu'en 2008 sa charge fiscale allait sans aucun doute être relativement importante compte tenu des revenus élevés réalisés cette année-là, il était manifestement insuffisant de retenir à ce titre un montant de 250 fr. Procédant à une simulation d'impôts sur la base des revenus obtenus en 2008, il prétend que c'est une dépense de 383 fr. 55 qui devait lui être imputée à ce titre. En d'autres termes, il reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir tenu compte de sa situation fiscale réelle et actuelle.
Autant qu'elle est recevable, cette critique n'est pas fondée. L'estimation de la charge fiscale 2008 du recourant repose sur une simulation. Elle apparaît ainsi largement aléatoire. On en veut pour preuve les variations du recourant sur le montant à retenir à cet égard; dans son appel, au terme d'un raisonnement identique, il avait en effet arrêté la dépense litigieuse à 416 fr. Le recourant appuie par ailleurs sa démonstration sur des faits non établis, notamment lorsqu'il prétend que ses revenus pour la fin de l'année 2008 s'élèveront à 4'100 fr. par mois (cf. au demeurant, supra, consid. 2). Dans ces conditions, le Tribunal cantonal pouvait sans arbitraire considérer que le juge de première instance pouvait s'en tenir aux éléments qui lui étaient connus et non procéder à une simulation d'impôts qui comportait manifestement une part d'incertitude. Il convient au demeurant de relever que le juge des mesures protectrices de l'union conjugale doit se fonder sur les charges effectives et réellement acquittées par le débirentier au moment où il statue (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 22 et les arrêts cités), et non sur des dépenses hypothétiques dont on ne sait si elles existeront finalement - et à concurrence de quel montant - ni si elles seront en définitive assumées.
3.2 S'agissant des frais médicaux, le recourant fait grief à l'autorité cantonale d'avoir retenu qu'il n'avait pas fourni la preuve du montant supporté de ses propres deniers. Il soutient qu'il a remis, lors de la première audience du 9 mai 2008, différentes pièces justificatives et dépose devant la cour de céans la liste des prestations médicales remboursées par sa caisse-maladie dont il ressortirait qu'il a payé de sa poche 145 fr. par mois.
Ce moyen n'est pas recevable faute de répondre aux exigences de motivation en la matière (supra, consid. 1.2). Le recourant se contente d'opposer d'une façon toute générale qu'il a produit en instance cantonale différentes pièces justificatives établissant ces frais médicaux. Or, il lui appartenait de déterminer précisément quelles étaient ces pièces, versées au dossier, que le juge aurait indubitablement ignorées. Quant à l'attestation de son assurance-maladie datée du 29 octobre 2008, elle ne saurait être prise en considération, dès lors qu'elle est nouvelle (<ref-law>, supra, consid. 1.3).
3.3 Le recourant soutient que l'autorité cantonale a retenu de façon contraire aux pièces du dossier qu'il n'y avait pas lieu de tenir compte d'un montant supérieur à 250 fr. au titre de l'amortissement des dettes. Il prétend que cette charge devait être arrêtée à 500 fr. par mois. A cet effet, il se réfère à une attestation du 25 avril 2008 émise à l'entête d'un garage selon laquelle il serait débiteur d'une somme de 5'809 fr. et pour le remboursement de laquelle il prétend avoir déjà versé neuf mensualités de 250 fr. depuis le début 2008. Renvoyant à l'extrait du registre des poursuites de Porrentruy du 28 octobre 2008, il affirme en outre devoir rembourser différentes dettes communes du couple.
Une telle critique est appellatoire. Le recourant se contente d'exposer péremptoirement sa propre appréciation des preuves, qui plus est en se fondant sur des faits nouveaux et une pièce nouvelle, soit l'attestation du registre des poursuites. Il laisse intactes les considérations de l'autorité cantonale selon lesquelles il ne se justifiait pas de retenir pour le poste litigieux un montant supérieur à 250 fr., dès lors que la dette contractée envers le garage n'avait pas été dénoncée au remboursement et n'était donc pas exigible, que les autres dettes avaient été réglées courant 2008 et que le mari n'avait pas établi par titre l'existence d'autres dettes non acquittées ni leur paiement régulier et obligatoire.
4. Le recourant se plaint d'arbitraire dans la détermination des revenus de l'intimée. Il reproche à l'autorité cantonale de ne pas avoir tenu compte du montant de 600 fr. que celle-là encaisse pour la location du deuxième étage de l'immeuble familial. Il soutient que, dans le cadre de la déclaration d'impôts 2007 que les époux devront remplir, les loyers encaissés cette année-là s'ajouteront à la valeur locative, entraînant une augmentation de plus de 7'200 fr. du rendement immobilier. Il en déduit que, compte tenu des intérêts passifs, qui seront identiques, il apparaîtra "clairement un bénéfice résultant du loyer".
Ce faisant, le recourant recourt une fois encore à des éléments hypothétiques qui ne ressortent pas de l'arrêt entrepris et oppose de façon appellatoire sa propre appréciation de la situation. Il ne critique pas le raisonnement de la cour cantonale constatant que le seul bénéfice brut généré par l'immeuble est le loyer de 600 fr. acquitté par la locataire et considérant que, les charges ordinaires dépassant largement ce revenu, il n'y a pas lieu de prendre en considération un bénéfice quelconque résultant de la location.
5. Le recourant est d'avis que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en omettant de déduire des charges de l'intimée le montant de 119 fr. relatif à des frais de transport, alors même qu'elle avait considéré qu'il n'y avait pas lieu de tenir compte du remboursement d'un abonnement mensuel.
Ce grief est fondé. Manifestement, l'autorité cantonale a oublié de rectifier les charges sur ce point. Admettant partiellement l'appel sur la question des frais de transport et des frais de maladie de l'intimée, elle s'est bornée à augmenter les dépenses de cette dernière à concurrence de 10 fr. (frais de maladie admis), sans en soustraire la somme de 119 fr. retenue par le premier juge, et de condamner le mari à verser une contribution de 305 fr. au lieu de 295 fr. C'est en vain que l'intimée tente de soutenir que les juges cantonaux ne seraient pas tombés dans l'arbitraire en retenant 119 fr. sous le poste "frais de transport/train", le fait de considérer qu'il n'y avait pas lieu de tenir compte d'un abonnement de train ne s'opposant nullement à l'admission d'autres frais de transport. A cet égard, elle semble oublier le contenu de sa requête de mesures protectrices du 18 décembre 2007 faisant état - pièce à l'appui - d'une dépense de 119 fr. à titre d'abonnement de train.
6. Lorsque - comme dans le cas particulier - la contribution d'entretien a été fixée, non pas ex aequo et bono, mais sur la base d'une méthode de calcul précise - en l'occurrence, la répartition de l'excédent après la déduction du minimum vital des époux (cf. à ce sujet: arrêt 5C.100/2002 du 11 juillet 2002, consid. 3.1 publié in Fam.Pra.ch 2002 p. 827) -, l'erreur touchant l'un des postes du budget entraîne la cassation, même si le montant octroyé demeure dans les limites du pouvoir d'appréciation (arrêt 5P.361/2005 du 19 janvier 2006 consid. 2.4 et la jurisprudence citée, non publié aux <ref-ruling>). C'est dès lors vainement que l'intimée soutient que la modicité de la somme en cause ne saurait conduire à une modification de l'arrêt entrepris.
En l'espèce, compte tenu de l'admission des appels sur la question des frais de maladie et de transport de l'épouse, c'est un montant de 2'738 fr. (2'847 fr. + 10 fr. - 119 fr.) que le Tribunal cantonal aurait dû retenir. Vu les revenus des parties (7'220 fr.) et leurs charges respectives après cette rectification (4'037 fr. pour le recourant, 2'738 fr. pour l'intimée), le solde disponible s'élève ainsi à 445 fr. Compte tenu d'un partage - non contesté - par moitié de cet excédent, la contribution en faveur de l'épouse doit être arrêtée au montant arrondi de 240 fr. (2'738 fr.[charges] + 222 fr. 50 [1⁄2 du bénéfice] - 2'720 fr. [revenus]).
7. Cela étant, le recours doit être admis dans la mesure de sa recevabilité et l'arrêt attaqué modifié en ce sens que le recourant est condamné à verser à l'intimée une contribution d'entretien de 240 fr. par mois, payable d'avance. Il y a lieu d'admettre les requêtes d'assistance judiciaire des parties (art. 64 al. 1 et 2 OJ). La condition de l'indigence est en effet manifestement remplie tant pour le recourant que pour l'intimée. Leurs conclusions respectives n'apparaissaient en outre pas manifestement vouées à l'échec; bien qu'il soit finalement admis, le recours n'apparaissait en effet pas d'emblée bien fondé. Vu l'issue de la procédure, les frais judiciaires seront mis pour moitié à la charge de chaque partie (<ref-law>), mais seront provisoirement supportés par la Caisse du Tribunal fédéral. Quant aux dépens, ils seront compensés (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure de sa recevabilité et l'arrêt entrepris est réformé en ce sens que le recourant est condamné à verser à l'intimée une contribution d'entretien de 240 fr. par mois, payable d'avance.
2. La demande d'assistance judiciaire du recourant et celle de l'intimée sont admises.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis pour moitié à la charge de chacune des parties, mais ils sont supportés provisoirement par la Caisse du Tribunal fédéral.
4. Les dépens sont compensés.
5. Me Mathias Eusebio est désigné comme avocat d'office du recourant et une indemnité de 1'000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, supportée par la Caisse du Tribunal fédéral.
6. Me Martine Lang est désignée comme avocate d'office de l'intimée et une indemnité de 1'000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, supportée par la Caisse du Tribunal fédéral.
7. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 31 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Jordan