Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht VIII Bern-Laupen erklärte X._ am 11. Juni 2008 der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, gewerbsmässig begangen gemeinsam mit A._ und B._, schuldig und verurteilte ihn, teilweise im Zusatz zum Urteil des Kreisgerichts VIII Bern-Laupen vom 3. Februar 2006, zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 24 Monaten sowie zur Bezahlung einer Ersatzforderung von Fr. 63'082.--, unter solidarischer Haftbarkeit mit der C._ GmbH. Mit separatem Urteil vom gleichen Tag erklärte es die am 3. Februar 2006 bedingt ausgesprochene Gefängnisstrafe von 18 Monaten für vollziehbar. X._ und die Generalprokuratur appellierten gegen die Urteile vom 11. Juni 2008.
Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte am 6. März 2009 den Schuldspruch und verurteilte X._, teilweise im Zusatz zum Urteil vom 3. Februar 2006, zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von 24 Monaten. Die von X._ unter solidarischer Haftbarkeit mit der C._ GmbH zu leistende Ersatzforderung setzte es auf Fr. 60'000.-- an. Auf den Widerruf des bedingten Vollzugs der Gefängnisstrafe von 18 Monaten aus dem Urteil vom 3. Februar 2006 verzichtete es, unter Ansetzung einer Probezeit von 4 Jahren.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 17. Juni 2009 beantragt X._, das Urteil vom 6. März 2009 aufzuheben und ihn freizusprechen. Zuvor reichte er beim Bundesgericht am 1. April 2009 ein Gesuch um vorsorgliche Erteilung der aufschiebenden Wirkung ein.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Dem Urteil des Obergerichts liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Der Beschwerdeführer ist zusammen mit D._ Gesellschafter und zudem alleiniger Geschäftsführer der C._ GmbH, welche das C._ Lädeli in Bern betreibt. Anlässlich einer Polizeirazzia vom 23. Februar 2007 wurden grössere Mengen Marihuanablüten sichergestellt.
Das Obergericht hielt für erwiesen, dass die Angestellten A._ und B._ im C._ Lädeli in der Zeit von August 2005 bis am 23. Februar 2007 auf Anweisung des Beschwerdeführers mindestens 32 Kilogramm THC-reichen Konsumhanf in Form von Marihuanablüten verkauften. Dieser wurde jeweils in Einheiten zu 8 Gramm zum Preis von Fr. 50.-- angeboten. Der durchschnittliche Tagesumsatz aus den illegalen Hanfverkäufen betrug Fr. 500.--, so dass auf den Zeitraum zwischen August 2005 und Februar 2007, ausgehend von ca. 400 Verkaufstagen, eine verkaufte Menge von ca. 32 Kilogramm und ein Umsatz von ca. Fr. 200'000.-- resultierten.
1.2 Die Vorinstanz stützte sich für die Verurteilung auf die Aussagen der Angestellten A._ und B._, wonach der Beschwerdeführer von den Hanfverkäufen wusste und diese so anordnete, da das Hanflädeli ansonsten nicht überlebensfähig gewesen wäre. Die Erträge aus den illegalen Verkäufen wurden zusammen mit den legalen Einnahmen in die Kasse gelegt und auf das Konto der C._ GmbH überwiesen. Der THC-reiche Konsumhanf wurde vom Beschwerdeführer organisiert, die Lieferung sei durch D._ erfolgt. B._ sagte aus, der Beschwerdeführer habe sie jeweils gefragt, ob es noch etwas brauche. Wenn sie die Frage bejaht habe, sei anschliessend wieder neuer Konsumhanf im Laden gewesen. Die Vorinstanz hielt die Aussagen der Angestellten für konstant, kohärent und widerspruchsfrei, mithin für glaubhaft. Ein Interesse der Angestellten an falschen Anschuldigungen sei nicht ersichtlich, da sie sich mit ihren Aussagen selber massiv belasten würden. Die widersprechenden Aussagen des Beschwerdeführers würden demgegenüber konstruiert und zurechtgelegt erscheinen und seien nicht Ausdruck von tatsächlich selber Erlebtem.
Die Vorinstanz erwog weiter, aktenwidrig sei die Behauptung des Beschwerdeführers, der Hanfladen sei auch ohne die illegalen Hanfverkäufe überlebensfähig gewesen. Gemäss eigenen Aussagen habe er in den fraglichen Jahren keine Gewinne aus dem Hanfladen erzielt und im Gegenteil noch Geld investiert. B._ habe glaubhaft ausgeführt, der Verkauf des Konsumhanfs sei in der Regel nicht in die Kasse getippt worden. Damit seien diese Einnahmen nicht verbucht worden und aus der vom Beschwerdeführer vorgelegten Umsatzstatistik auch nicht ersichtlich. Die Untersuchung der Kasse und des Kassabuches hätten gezeigt, dass die Buchführung mangelhaft war und die Möglichkeit bot, Umsätze (legaler oder illegaler Art) zu verstecken.
D._ wurde im Kanton Freiburg, wo gegen ihn bereits ein Verfahren wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz hängig war, mit Urteil des Gerichts des Seebezirks vom 18. Dezember 2008 von der Anklage des gewerbsmässigen Betäubungsmittelhandels im Zusammenhang mit dem C._ Lädeli freigesprochen. Für das Strafgericht des Seebezirks war nicht erwiesen, dass D._ THC-reichen Konsumhanf ins C._ Lädeli lieferte. Es schloss nicht aus, dass zum Beispiel A._ die Hanfblüten selber in den Laden gebracht haben könnte. Nach Auffassung des bernischen Obergerichts handelt es sich hierbei um eine aktenwidrige Mutmassung.
1.3 Der Beschwerdeführer rügt Willkür bei der Beweiswürdigung. Er macht geltend, seit der Eröffnung des ersten Verfahrens gegen ihn und seine Angestellten im Jahre 2002, welches im Urteil vom 3. Februar 2006 endete, im C._ Lädeli keinen Konsumhanf mehr angeboten zu haben. Die Angestellten A._ und B._ hätten seit August 2005 ohne sein Wissen im Laden Konsumhanf verkauft und damit in ihre eigenen Taschen gearbeitet. Die Angestellten seien anlässlich der Polizeirazzia vom 23. Februar 2007 mit einem Fass THC-reichem Hanf auf frischer Tat ertappt worden. Auch in den Privatwohnungen der Angestellten sei Hanf aufgefunden worden. Indem sie ihren Arbeitgeber als Organisator und Anweisungsgeber des von ihnen betriebenen Hanfhandels bezeichneten, hätten sie sich offensichtlich eine mildere Bestrafung erhofft. Aus dem Umstand, dass sie sich mit ihren Aussagen selber belasteten, könne nicht auf eine erhöhte Glaubwürdigkeit geschlossen werden.
Die Aussagen der beiden Angestellten seien widersprüchlich, insbesondere was die Menge des verkauften Hanfs und den buchhalterischen Umgang mit den illegalen Einnahmen aus den Hanfverkäufen anbelange. Nach B._ seien die illegalen Verkäufe nicht in die Kasse getippt worden, während A._ angegeben habe, sämtliche Einnahmen seien registriert und auf das Postkonto der C._ GmbH einbezahlt worden. Dabei hätte A._ auffallen müssen, dass die auf das Konto einbezahlten Beträge höher waren, als in den von ihm geführten Kassabüchern. Die Vorinstanz und mit ihr auch die Revisorin hätten verkannt, dass mit der Überweisung auf das Postkonto der C._ GmbH sämtliche Einnahmen buchhalterisch erfasst wurden, und es ihm gar nicht möglich gewesen wäre, die angeblich illegalen Erträge nachträglich zu verstecken. Die Annahme, die beiden Angestellten hätten sich mit Drogenhandel massiv strafbar gemacht, den dafür erzielten Gewinn an die Arbeitgeberin weitergeleitet und dafür lediglich den geringen Lohn von Fr. 21.50 bzw. Fr. 20.-- kassiert, sei absurd. Auch das Strafgericht des Seebezirks habe im Urteil gegen D._ vom 18. Dezember 2008 erwogen, es sei nicht ausgeschlossen, dass A._ die im C._ Lädeli gefundenen Hanfblüten selber in den Laden gebracht habe. Die Vorinstanz habe das rechtskräftige Urteil des Seebezirks willkürlich gewürdigt.
1.4 Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>, vgl. auch <ref-law>). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.4.1).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn die Sachverhaltsfeststellung zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 2b, mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss in der Beschwerdeschrift anhand des angefochtenen Entscheids substanziiert darlegen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz im Ergebnis willkürlich ist (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.4.3).
1.5 Dass die Vorinstanz auf die Aussagen der Angestellten abstellte, ist nicht zu beanstanden. Die Aussagen der beiden Angestellten sind nicht grundsätzlich unvereinbar. Beide sagten aus, den THC-reichen Hanf in Form von Minigrips von 8 Gramm Marihuanablüten zum Preis von Fr. 50.-- mit Wissen und Willen des Beschwerdeführers verkauft und die Einnahmen daraus in die Kasse im C._ Lädeli gelegt zu haben. B._ schätzte den Tagesumsatz auf ca. Fr. 500.--. A._ sprach anfänglich von 5 bis 10 Transaktionen pro Tag, was einem Tagesumsatz von Fr. 250.-- bis Fr. 500.-- entspricht. Seine späteren Aussagen, wonach sich die täglichen Einnahmen aus den illegalen Hanfgeschäften auf nur ca. Fr. 200.-- beliefen, stufte die Vorinstanz als nicht glaubhaft ein, da weder mit den Aussagen von B._ noch seinen eigenen früheren Aussagen vereinbar. Anhaltspunkte für koordinierte Falschaussagen von A._ und B._ liegen nicht vor.
Die Angestellten widersprechen sich insofern, als die Einnahmen aus den illegalen Verkäufen nach A._ in die Kasse getippt und verbucht wurden, während B._ zu Protokoll gab, die illegalen Verkäufe nicht oder nur selten eingetippt zu haben. A._ sagte aus, der Verkaufserlös, darin inbegriffen die illegalen Einnahmen aus dem Verkauf des Konsumhanfs, sei jeweils auf das Postkonto der C._ GmbH überwiesen worden. Den Buchungsnachweisen der Post ist zu entnehmen, dass in der Zeit vom 4. Januar 2006 bis 26. Februar 2007 Einzahlungen in Höhe von rund Fr. 290'000.-- erfolgten, was monatlichen Bareinnahmen von ca. Fr. 20'000.-- entsprechen würde. Nicht zwingend ist, dass beide Angestellten mit den illegalen Erträgen buchhalterisch gleich umgingen, zumal ausschliesslich A._ für die Einträge im Kassabuch zuständig war. Gemäss dem Revisionsbericht vom 17. August 2007 wies die Buchhaltung einige Mängel auf. Beanstandet wurde insbesondere die Führung der Kasse und des Kassabuches, da im Kassabuch der aktuelle Saldo nicht täglich, sondern lediglich am Ende jedes Quartals nachgeführt wurde. Werden Einnahmen und Ausgaben nicht vollständig erfasst, kann der Saldo gemäss der Revisorin daher je nach Bedarf durch private Einlagen und Bezüge angepasst werden. Im Falle der C._ GmbH hätten mit der Nicht-Saldierung Erträge und Auslagen aus dem illegalen Verkauf und Einkauf des Marihuanas verborgen worden sein können. Nach dem Revisionsbericht bestehen Hinweise, dass verschiedene, im Kassabuch aufgeführte Bareinlagen des Beschwerdeführers nicht effektiv bezahlt wurden, sondern fiktiv seien, und möglicherweise erfolgten, um das Konto Kassa ordnungsgemäss erscheinen zu lassen. Der Beschwerdeführer hatte keine plausiblen Erklärungen für diese Bareinlagen. Er verkennt zudem, dass ihm nicht vorgeworfen wird, die illegalen Erträge verborgen zu haben. Denkbar ist, dass Einnahmen aus den illegalen Hanfverkäufen auf das Postkonto der C._ GmbH flossen, was von A._ auch bestätigt wurde, und als angeblich legale Einnahmen verbucht wurden. Nicht ausgeschlossen ist, wie die Vorinstanz richtig bemerkte, dass sich die Geschäftsinhaber von Zeit zu Zeit direkt aus der Kasse bedienten. Diese Unklarheiten bezogen auf den buchhalterischen Umgang mit den illegalen Erträgen sind unter anderem auf die mangelnde Buchführung zurückzuführen und lassen das vorinstanzliche Beweisergebnis noch nicht offensichtlich fehlerhaft erscheinen. Zwar liefern die Buchhaltungsunterlagen keinen direkten Beweis, dass der illegale Hanf mit Wissen und Willen des Beschwerdeführers verkauft wurde. Doch lässt sich daraus, entgegen den Behauptungen des Beschwerdeführers, auch nicht der gegenteilige Schluss ableiten.
Die Angestellten belasteten sich selber schwer, indem sie eingestanden, im C._ Lädeli bereits seit längerer Zeit illegalen Konsumhanf in nicht unbeträchtlichen Mengen verkauft zu haben. Die Eingeständnisse der Angestellten gehen weit über das hinaus, was aufgrund der Polizeirazzia vom 23. Februar 2007 als bewiesen schien. Auch der Freispruch von D._ im Kanton Freiburg lässt nicht zwingend den Schluss zu, der Beschwerdeführer sei ebenfalls unschuldig. Die beiden Gesellschafter hatten nicht die gleiche Rolle inne. Der Beschwerdeführer war als Geschäftsführer der C._ GmbH für den Hanfladen verantwortlich und hatte dort gemäss den Angestellten auch tatsächlich das Sagen, während D._ als Gesellschafter ohne Geschäftsführerstellung ausschliesslich den Hanf geliefert haben soll. Der Verdacht des Gerichts des Seebezirks, dass auch A._ den illegalen Konsumhanf in den Laden gebracht haben könnte, war für die Vorinstanz nicht bindend. Die übrigen Vorbringen des Beschwerdeführers sind auch nicht stichhaltig und vermögen ebenfalls keine Willkür zu begründen.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Unseld