Fatti:
A. Con istanza del 30 settembre 2010, la società anonima B._ SA si è rivolta alla Pretura del distretto di Lugano per ottenere il rigetto in via definitiva dell'opposizione interposta dalla società anonima A._ SA al precetto esecutivo xxx dell'Ufficio esecuzione e fallimenti di Lugano, relativo ad un importo di fr. 6'324.85 oltre accessori. A sostegno dell'istanza, l'escutente ha prodotto i seguenti documenti:
la fattura del 12 febbraio 2010 riferita alla fornitura di elettricità per il periodo dal 17.10.2009 al 26.01.2010 di fr. 3'700.70;
la fattura del 19 aprile 2010 riferita alla fornitura di elettricità per il periodo dal 27.01.2010 al 13.04.2010 di fr. 2'564.16;
la comminatoria di pagamento "con interruzione della fornitura di energia elettrica" del 9 luglio 2010, mediante la quale la procedente fissava all'escussa un ultimo termine di pagamento di 15 giorni, avvertendola che in caso di mancato reclamo al Consiglio di Stato la comminatoria sarebbe stata equiparata ad una decisione giudiziale definitiva ex <ref-law>;
la dichiarazione del 6 settembre 2010 del Servizio dei ricorsi del Consiglio di Stato attestante che, nei termini di legge, non era stato interposto alcun reclamo contro la comminatoria menzionata.
Con decisione del 18 maggio 2011, il Pretore del Distretto di Lugano ha accolto l'istanza e respinto l'opposizione in via definitiva.
B. L'impugnativa interposta dalla A._ SA contro detta decisione è stata respinta dalla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello con sentenza del 29 luglio 2011.
B.a Così come il Pretore, la Corte cantonale ha ritenuto dati gli estremi per applicare l'art. 80 cpv. 2 n. 3 vLEF, norma in vigore al momento dell'inoltro dell'istanza di rigetto e che - nella misura prevista dal diritto cantonale - parificava decisioni di autorità amministrative cantonali riguardanti obbligazioni fondate sul diritto pubblico a sentenze esecutive.
B.b Constatato come l'art. 28 della legge ticinese di applicazione della LEF (LALEF; RL/TI 3.5.1.1) - pure in vigore al momento dell'inoltro dell'istanza - prevedesse un simile riconoscimento per tutte le decisioni definitive di autorità amministrative cantonali, comunali o d'altra natura riguardanti obbligazioni fondate sul diritto pubblico, ha considerato che ciò dovesse essere il caso anche nella fattispecie.
Richiamandosi agli art. 2a e 40 della legge ticinese sulla municipalizzazione dei servizi pubblici (LMSP; RL/TI 2.1.3.1) - che si riferiscono alle aziende municipalizzate distributrici di energia e deferiscono le contestazioni tra le stesse o eventuali concessionarie e i loro utenti alla via del reclamo davanti al Consiglio di Stato - essa ha in effetti ritenuto che il rapporto tra la B._ SA e la A._ SA fosse retto dal diritto pubblico e che, in qualità di prestatore di un servizio di utilità pubblica, la B._ SA fosse pure legittimata a richiamarsi al carattere di decisione amministrativa della comminatoria, non ulteriormente impugnata, fatta intimare alla A._ SA.
B.c Contrariamente a quanto sostenuto dalla A._ SA, ha infine osservato che il giudizio del Pretore non contrastava nemmeno con la legge federale del 23 marzo 2007 sull'approvvigionamento elettrico (LAEl; RS 734.7), in vigore dal 1° gennaio 2008.
C. Con ricorso in materia civile del 6 settembre 2011, la A._ SA (nel seguito: ricorrente) chiede al Tribunale federale l'annullamento della decisione della Camera di esecuzione e fallimenti e la sua riforma nel senso che l'istanza di rigetto in via definitiva dell'opposizione sia respinta.
Sostiene infatti che in base alla legge federale sull'approvvigionamento elettrico, che prevede la liberalizzazione del mercato dell'elettricità, i rapporti tra fornitori e consumatori di energia elettrica sarebbero oggi sottoposti esclusivamente al diritto privato, motivo per cui il richiamo alle menzionate norme, segnatamente della legge ticinese sulla municipalizzazione dei servizi pubblici, contrasterebbe con la legge federale sull'approvvigionamento elettrico e quindi con il principio della preminenza del diritto federale.
In data 8 settembre 2011, l'effetto sospensivo richiesto è stato negato. Chiamata ad esprimersi, la B._ SA (nel seguito: opponente) ha domandato che il ricorso venga respinto. La Camera di esecuzione e fallimenti si è per contro rimessa al giudizio di questa Corte.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3).
1.1 Decisioni in tema di rigetto - definitivo o provvisorio - dell'opposizione sono decisioni finali ai sensi dell'<ref-law>, poiché mettono fine alla relativa procedura. Possono fare l'oggetto di un ricorso in materia civile (<ref-law>) qualora il valore di lite raggiunga fr. 30'000.-- (<ref-law>); se quest'ultimo requisito non è adempiuto, il ricorso in materia civile è ammissibile se solleva una questione di diritto di importanza fondamentale (<ref-law>), ciò che la parte ricorrente deve allegare e dimostrare (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 117 seg.).
1.2 Consapevole del mancato raggiungimento del valore litigioso minimo di fr. 30'000.-- prescritto dall'<ref-law>, la ricorrente ritiene di poter ciò nonostante introdurre un ricorso in materia civile in forza dell'<ref-law>, per il motivo che la controversia concernerebbe una "questione di diritto d'importanza fondamentale".
Nella fattispecie, essa ritiene determinante stabilire se la legge federale sull'approvvigionamento elettrico, che prevede la liberalizzazione del mercato elettrico, abbia o meno posto il rapporto tra fornitori e consumatori di energia elettrica esclusivamente su basi di diritto privato. In caso di risposta affermativa, è infatti dell'avviso che le norme di diritto cantonale qui richiamate, in relazione all'art. 80 cpv. 2 n. 3 vLEF (precedente consid. B.b) ed a sostegno della natura amministrativa della pretesa fatta valere dall'opponente, non sarebbero più applicabili.
1.2.1 Secondo la giurisprudenza sviluppata dal Tribunale federale la nozione di "questione di diritto d'importanza fondamentale" dev'essere interpretata in maniera molto restrittiva (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 494 seg.). Le situazioni nelle quali l'esistenza di una tale questione è già stata ammessa sono elencate nella <ref-ruling> (consid. 1.3 pag. 4); in sintesi, è considerata questione di diritto d'importanza fondamentale quella che crea una situazione d'incertezza giuridica qualificata, tale da rendere urgentemente necessario un chiarimento da parte del Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 399).
1.2.2 In relazione alla questione posta, la ricorrente si richiama a torto all'<ref-law>. Come vedremo, contrariamente a quanto da lei affermato, la lite può infatti essere risolta facendo riferimento a giurisprudenza già nota (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 4; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 399).
1.3 Interposto tempestivamente (<ref-law> e art. 46 cpv. 1 lett. b in relazione con l'<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (art. 117 e 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 114 con rinvio all'<ref-law>), il ricorso è dunque proponibile solo quale ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF).
2. 2.1 Con un ricorso sussidiario in materia costituzionale può essere censurata la violazione di diritti costituzionali, ivi compreso il principio della preminenza del diritto federale, qui concretamente in discussione (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 201). Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti costituzionali soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 117, 106 cpv. 2 e 42 cpv. 2 LTF). Ciò significa che egli deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che misura sarebbero stati violati diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 234; <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 31 seg. con rinvii).
2.2 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati nel giudizio cantonale (<ref-law>). Non possono essere addotti nuovi fatti o nuovi mezzi di prova, a meno che non ne dia motivo la decisione impugnata, ciò che la parte ricorrente deve debitamente esporre nel proprio gravame (<ref-law>).
3. Appellandosi al principio della forza derogatoria del diritto federale (recte: della preminenza del diritto federale), la ricorrente è dell'avviso che le norme di diritto cantonale richiamate in relazione all'art. 80 cpv. 2 n. 3 vLEF a comprova del fondamento di diritto pubblico della pretesa in discussione - che sottopongono le contestazioni tra utenti e azienda municipalizzata o concessionaria alla via del reclamo al Consiglio di Stato (precedente consid. B.b) - siano oggi completamente superate e non possano più trovare applicazione a causa della loro contrarietà alla legge federale sull'approvvigionamento elettrico.
Argomentando in tal senso la sua impugnativa, essa parte in effetti dal principio che la citata legge federale abbia comportato un cambiamento nei rapporti tra fornitori e consumatori di energia elettrica e che gli stessi sarebbero oggi retti dal solo diritto privato.
3.1 Per il principio della preminenza del diritto federale (<ref-law>), su cui la critica mossa concretamente si basa, i Cantoni non sono autorizzati a legiferare nelle materie disciplinate esaustivamente dal diritto federale; negli altri campi essi non possono emanare norme giuridiche che violino sia il senso sia lo spirito del diritto federale e ne pregiudichino la sua realizzazione (<ref-ruling> consid. 6.2 pag. 283; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 290). Come detto, questo principio può lecitamente essere invocato quale diritto costituzionale individuale anche nell'ambito di un ricorso sussidiario in materia costituzionale (precedente consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 201).
3.2 Sennonché, esprimendosi a lungo ma in maniera sempre generica in merito alla liberalizzazione del mercato elettrico, di cui essa ritiene altrettanto vagamente di poter già beneficiare - senza rinviare a nessuna norma, riferimento o accertamento di fatto specifici in relazione alla tesi sostenuta (<ref-law>) - e riprendendo inoltre per larghi tratti il reclamo presentato davanti all'istanza precedente, la ricorrente formula una censura la cui ammissibilità è per lo meno dubbia (art. 42 cpv. 2 in relazione con l'<ref-law>; DTF <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 31 seg.).
3.3 Posta nei generici termini descritti e quindi nella misura in cui possa essere qui esaminata, la critica formulata, che basa sull'assunto secondo cui il rapporto tra fornitore e consumatore di energia sia retto oggi esclusivamente dal diritto privato, risulta ad ogni modo infondata.
3.3.1 Come indicato nei materiali legislativi, in relazione alla questione dell'impatto della nuova legge su eventuali contratti di fornitura di energia elettrica a lungo termine, tra gli obiettivi perseguiti dalla legge federale sull'approvvigionamento elettrico non vi era in effetti l'introduzione di disposizioni specifiche concernenti i contratti di fornitura di corrente (Messaggio del Consiglio federale del 3 dicembre 2004 concernente la modifica della legge sugli impianti elettrici e la legge sull'approvvigionamento elettrico, FF 2005 1447 segg. n. 5.2.5; al riguardo, cfr. inoltre FRANÇOIS BELLANGER/CAROLINE CAVALERI RUDAZ, La réforme du service public de l'eau, du gaz et de l'électricité, in Thierry Tanquerel/François Bellanger (ed.), Le service public, 2006, pag. 193 segg., 214).
3.3.2 Il fatto che, come rilevato in dottrina (cfr. al riguardo CAROLINE CAVALERI RUDAZ, L'accès aux réseaux de télécommunication et d'électricité, 2010, pag. 262), il problema della natura di un contratto di fornitura di energia elettrica possa porsi anche dopo il 1° gennaio 2008 - di principio, data dell'entrata in vigore della legge, che comporta la prima tappa della liberalizzazione del mercato (sentenza 2C_739/2010 del 6 luglio 2011 consid. 2) - viene inoltre confermato dalla sentenza 2C_450/2010 del Tribunale federale del 15 dicembre 2010 (parzialmente pubblicata in <ref-ruling> e cui per altro rinvia anche il parere formulato nella lettera del 19 luglio 2011 della Commissione federale dell'energia elettrica prodotta con il ricorso).
In tale contesto, prima di esprimersi riguardo alla vertenza sottopostale, che concerneva una decisione d'interruzione della fornitura di energia e che è stata risolta richiamando anche precisi disposti della legge federale sul approvvigionamento elettrico, la Corte adita ha in effetti preliminarmente proceduto alla qualifica del rapporto di fornitura di elettricità in oggetto, constatando che lo stesso era in quel caso retto da norme di diritto pubblico (consid. 1 del citato giudizio, con ulteriori rinvii a giurisprudenza e dottrina).
4. 4.1 Ritenuto che la ricorrente non ha formulato altre critiche di carattere costituzionale al giudizio impugnato e che, in relazione al diritto cantonale applicato, il Tribunale federale era pertanto chiamato ad esprimersi unicamente sull'aspetto evocato, inerente all'eventuale preminenza della legge federale sull'approvvigionamento elettrico, nella misura in cui risulta ammissibile, il ricorso dev'essere respinto.
4.2 Le spese giudiziarie e le ripetibili della sede federale seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'200.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 1'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.