Faits :
A.
Par jugement du 3 mars 2006, le Tribunal de Zagreb (Croatie) a prononcé le divorce des époux C.X._ (1970) et B.X._ (1964) et dit que les trois enfants du couple continueraient à vivre avec leur mère.
A.a. Après le divorce, la mère et les enfants se sont installés à Z._ (France), tandis que le père est resté domicilié à Y._.
A.b. Par ordonnance de référé du 19 avril 2013, le Juge aux affaires familiales du Tribunal de Grande Instance de M._ (France) (ci-après : Juge aux affaires familiales), saisi d'une assignation en référé du père, a rappelé que son ordonnance provisoire n'avait pas, au principal, autorité de la chose jugée, puis a ordonné le transfert sans délai de la résidence du benjamin des enfants des époux, A.X._, né en 2000, au domicile de son père à Y._, ainsi que l'inscription de l'enfant à l'école dans cette ville et a réservé un droit de visite à la mère.
Le mineur A.X._ vit chez son père, à Y._, depuis le 19 avril 2013 et y est scolarisé.
La mère a appelé de cette ordonnance par devant la Cour d'appel de N._, concluant à ce que la résidence de l'enfant soit fixée chez elle et à ce que l'autorité parentale lui soit attribuée à titre exclusif.
B.
Parallèlement, par acte du 30 avril 2013, le père a saisi le Tribunal de première instance de Genève d'une demande en modification du jugement de divorce, assortie d'une requête de mesures superprovisionnelles et provisionnelles, concluant à ce que l'autorité parentale exclusive et la garde du benjamin des enfants lui soient confiées, à ce qu'un droit de visite soit réservé à la mère et à ce que la contribution d'entretien de l'enfant mise à sa charge soit supprimée dès le 1 er mai 2013.
Par ordonnance du 1 er mai 2013, la requête de mesures superprovisionnelles du père a été rejetée.
Le 13 juin 2013, un curateur de représentation a été désigné par le Tribunal à l'enfant A.X._.
B.a. Le 19 juin 2013, la mère a soulevé une exception de litispendance, se prévalant de la procédure pendante en France.
Par écritures du 15 juillet 2013, l'enfant mineur a requis qu'il soit constaté qu'il avait sa résidence habituelle chez son père.
B.b. Par jugement du 29 juillet 2013, le tribunal de première instance, statuant sur l'exception de litispendance soulevée par la mère, a débouté celle-ci de sa conclusion, ainsi que les parties de toutes autres conclusions.
La mère a formé appel contre ce jugement le 13 septembre 2013, sollicitant que l'incompétence du Tribunal de première instance soit constatée, partant, que la demande déposée par le père soit déclarée irrecevable. Le père et l'enfant ont chacun conclu au rejet de l'appel.
B.c. Statuant par arrêt du 14 mars 2014, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a notamment déclaré irrecevables les conclusions prises à titre de mesures provisionnelles par le père dans sa requête du 30 avril 2013, au motif de l'existence d'une litispendance en France, a débouté les parties de toutes autres conclusions et a renvoyé la cause au tribunal de première instance pour la poursuite des débats.
C.
Par acte du 22 avril 2014, C.X._, dépose un recours en matière civile au Tribunal fédéral, tendant à ce que l'arrêt du 14 mars 2014 de la Cour de justice soit annulé en tant qu'il déclare les autorités genevoises compétentes pour statuer sur la demande en modification du jugement de divorce et à ce qu'il soit réformé en ce sens que les tribunaux suisses ne sont pas compétents pour statuer dans le cadre de la présente cause; partant, que la demande au fond déposée par le père est irrecevable pour incompétence ratione loci. Au préalable, la mère a sollicité, à titre de mesures provisionnelles, à ce que le caractère irrecevable des conclusions prises par le père, à titre de mesures provisionnelles, soit confirmé et requiert que son recours soit assorti de l'effet suspensif, uniquement en ce qui concerne la procédure au fond.
Par actes séparés du 16 avril 2014, l'enfant et le père ont également chacun interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant en substance à ce que l'arrêt du 14 mars 2014 de la Cour de justice soit annulé en tant qu'il déclare les autorités genevoises incompétentes pour statuer sur la requête de mesures provisionnelles formée par son père le 30 avril 2013 et à ce que la décision entreprise soit réformée en ce sens que les autorités genevoises se déclarent compétentes pour statuer également sur mesures provisionnelles. Au préalable, tous deux ont sollicité l'octroi de l'effet suspensif à leur recours. Ces recours sont actuellement pendant devant la Cour de céans (5A_313/2014 et 5A_315/2014).
Par ordonnance du 17 avril 2014, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a ordonné qu'aucune mesure d'exécution de la décision attaquée ne soit prise, jusqu'à droit connu sur les requêtes d'effet suspensif.
Invités à se déterminer sur la demande d'effet suspensif accompagnant le recours de la mère, l'enfant et le père ont tous deux conclu au rejet de la requête, et l'autorité précédente s'est référée aux considérants de son arrêt.
Par lettre du 7 mai 2014, la mère a produit une pièce, à savoir la décision rendue le 6 mai 2014 par la Cour d'appel de N._.
D.
Par ordonnance du 16 mai 2014, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a octroyé l'effet suspensif au recours de la mère, en ce qui concerne la procédure au fond.
Des réponses n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
La décision attaquée, en tant qu'elle rejette l'exception de litispendance en lien avec les conclusions prises en Suisse par le père au fond, et par conséquent, constate la compétence ratione loci des autorités judiciaires genevoises pour statuer au fond sur les droits parentaux et l'entretien d'un enfant mineur, dans le cadre d'une demande en modification du jugement de divorce, est une décision incidente sur la compétence, au sens de l'<ref-law>, susceptible d'un recours immédiat au Tribunal fédéral (arrêts 5A_526/2013 du 28 mars 2014 consid. 1.2, avec les références). Pour le surplus, la décision cantonale querellée a été rendue par une autorité supérieure cantonale statuant sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF), en matière civile (<ref-law>). En vertu du principe de l'unité de la procédure, la voie de recours ouverte contre une telle décision est déterminée par le litige principal (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 264). En l'espèce, les questions litigieuses au fond portent sur les droits parentaux sur un enfant mineur et sur l'entretien de cet enfant, en sorte que le litige est de nature non pécuniaire dans son ensemble (arrêts 5A_146/2014 du 19 juin 2014 consid. 1.1; 5A_556/2013 du 7 octobre 2013 consid. 1.1; 5A_13/2013 du 11 février 2013 consid. 1). Par ailleurs, le recours a été interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, par la partie dont l'exception de litispendance a été rejetée, autrement dit, une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Le recours en matière civile est donc en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 3 p. 415; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2 p. 88; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 2 p. 88 ss; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 60). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant ("principe d'allégation", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 310 s.), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 234).
2.2. Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.2.4 p. 229; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 344), de même que les faits et pièces postérieurs à l'arrêt entrepris (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 343 s.; arrêt 5A_640/2011 du 4 janvier 2012 consid. 1.4). Vu ce qui précède, la pièce nouvelle produite par la recourante le 7 mai 2014, à savoir l'arrêt de la Cour d'appel de N._, est d'emblée irrecevable.
3.
En raison des procédures pendantes dans des États distincts et du changement de résidence de l'enfant mineur de la France à la Suisse, le litige revêt un caractère international. Le Tribunal fédéral, saisi d'un recours en matière civile, doit contrôler d'office la question du droit applicable, selon la loi du for, à savoir la loi sur le droit international privé (LDIP; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 483; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 261; <ref-ruling> consid. 2 p. 39), sous réserve des traités internationaux (<ref-law>). A teneur de l'<ref-law>, dans le domaine de la protection des enfants, la question du droit applicable se résout selon la Convention conclue à La Haye le 19 octobre 1996 concernant la compétence, la loi applicable, la reconnaissance, l'exécution et la coopération en matière de responsabilité parentale et de mesures de protection des enfants (CLaH96, RS 0.211.231.011; art. 1 al. 1 let. b et art. 3, puis 15 à 22 CLaH96; arrêt 5A_146/2014 du 19 juin 2014 consid. 3.1.1), laquelle a été signée et ratifiée tant par la Suisse que par la France (arrêt 5A_884/2013 du 19 décembre 2013 consid. 4.1). Englobant toutes les mesures tendant à la protection de la personne ou des biens de l'enfant (art. 1 CLaH96), cette convention régit en particulier l'attribution et le retrait de l'autorité parentale ainsi que le règlement de la garde et des relations personnelles, notamment dans le cadre de la modification d'un jugement de divorce concernant l'attribution des enfants (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 13; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 590; ANDREAS BUCHER, Commentaire romand, Loi sur le droit international privé, Convention de Lugano, 2011, n° 8 ad <ref-law>). En vertu de l'art. 15 CLaH96, dans l'exercice de la compétence qui leur est attribuée par les dispositions du chapitre II de la Convention, les autorités des États contractants appliquent en principe leur droit (art. 15 al. 1 et 21 al. 1 CLaH96; PAUL LAGARDE, La nouvelle convention de La Haye sur la protection des mineurs, in Revue critique de droit international privé n° 86, 1997, p. 230; BUCHER, op. cit. n° 56 ad <ref-law>). Dans la mesure où les autorités helvétiques sont compétentes pour connaître du présent litige, le droit suisse est donc applicable.
4.
Le recours a pour objet la compétence ratione loci des tribunaux du canton de Genève pour statuer sur les droits parentaux et l'obligation d'entretien d'un enfant mineur, dans le cadre d'une action en modification du jugement de divorce.
S'agissant de sa compétence ratione loci, la cour cantonale a constaté que les deux procédures visées par la fin de non-recevoir tirée de la litispendance - de mesures provisionnelles et au fond, en modification du jugement de divorce -, sont pendantes dans des États distincts, de sorte que la question devait être examinée sur la base du droit international privé, en particulier l'art. 13 ch. 1 CLaH96. L'autorité précédente a en outre relevé que la procédure en référé française, ouverte le 5 avril 2013, l'avait été avant celle introduite en Suisse, et qu'elle concerne le lieu de résidence de l'enfant mineur, ainsi que, en appel, l'autorité parentale. L'autorité précédente a précisé que ces points étaient encore en cours d'examen devant la Cour d'appel de N._. L'autorité précédente a également retenu qu'il n'est pas contesté que la résidence habituelle de l'enfant se trouve actuellement en Suisse, à la suite de l'ordonnance de référé du 19 avril 2013. La cour cantonale a cependant constaté que, à teneur du dossier, aucune action au fond n'a été introduite en France, en sorte qu'il n'existe pas de litispendance sur le fond. Sur la base de ces constatations, la Cour de justice a considéré que le premier juge avait écarté à bon droit l'exception d'irrecevabilité tiré de la litispendance concernant la procédure de modification du jugement de divorce sur le fond, soulevée par la mère.
5.
La recourante fait grief à l'autorité précédente d'avoir omis d'examiner la question de la résidence habituelle de l'enfant mineur au jour du dépôt de la demande en modification du jugement de divorce le 30 avril 2013, mais d'avoir retenu qu'il n'était pas contesté que l'enfant se soit installé chez son père, à la suite de l'ordonnance de référé du 19 avril 2013. Le recourante relève qu'il convenait d'examiner la compétence des tribunaux suisses au moment de l'introduction de la demande et non au jour de la décision. Elle rappelle la définition de la résidence habituelle et relève que la seule présence physique n'est pas un critère suffisant. Dans le cas d'espèce, la recourante constate que son fils se trouvait chez son père en Suisse depuis onze jours seulement, qu'à l'époque de la demande, l'enfant n'avait pas eu le temps de se créer des amis, des habitudes et un cercle social, qu'il revenait dans un pays qu'il avait quitté sept ans plus tôt, alors qu'il y avait vécu seulement deux ans, et qu'il n'avait ni nationalité suisse, ni permis de séjour dans ce pays au jour de la demande, de sorte que ni la durée du séjour, ni les autres facteurs ne permettaient de fonder une résidence habituelle en Suisse. Elle affirme de surcroît que ce lieu de résidence n'était dès l'origine pas destiné à être durable, l'enfant étant arrivé à Y._ à la suite de l'ordonnance provisoire et urgente du 19 avril 2013. La recourante en conclut que, faute de résidence habituelle de l'enfant en Suisse à la date du dépôt de l'action en modification du jugement de divorce, la Cour de justice ne devait pas se déclarer compétente pour connaître de cette demande. La recourante estime que, ce faisant, l'autorité précédente a violé l'art. 5 CLaH96, partant, fait un mauvais usage de sa liberté d'appréciation, versant ainsi dans l'arbitraire (art. 9 Cst.), tant dans la motivation que dans le résultat auquel elle parvient. En outre, en omettant d'examiner de manière précise si, au jour de la saisine du juge genevois, le but du séjour de l'enfant était destiné à durer, point capital pour déterminer la compétence, la recourante soutient que l'autorité précédente a violé son droit d'être entendue au sens de l'art. 29 Cst.
5.1.
5.1.1. Le droit d'être entendu est un grief de nature formelle. Sa violation conduit à l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond. Il convient ainsi d'examiner ce grief avant tout autre (<ref-ruling> consid. 2.6.1 p. 285; arrêt 5A_791/2010 du 23 mars 2011 consid. 2.2) et avec une cognition libre (<ref-ruling> consid. 2a p. 57 et les arrêts cités).
La jurisprudence a déduit de la garantie constitutionnelle de l'art. 29 al. 2 Cst., le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse en saisir la portée, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 445 s.). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 355).
5.1.2. En l'occurrence, la cour cantonale a rappelé les critères permettant de déterminer la résidence habituelle au sens de la CLaH96, puis elle a constaté que l'enfant s'était installé chez son père à Y._, à la suite de l'ordonnance de référé du 19 avril 2013, qu'il y était scolarisé, et que son séjour, supérieur à six mois, comprenait un déplacement du centre de vie effectif de l'enfant. L'autorité précédente a donc examiné la question de la résidence habituelle dans le cas d'espèce, à la lumière les facteurs mis en évidence. Au demeurant, la recourante reproche à la Cour de justice, dans le présent recours, d'avoir violé l'art. 5 CLaH96 et la jurisprudence relative à la notion de résidence habituelle, et d'avoir ce faisant versé dans l'arbitraire (art. 9 Cst.; cf. infra consid. 5.2); il apparaît donc qu'elle a manifestement été en mesure de comprendre et d'attaquer le raisonnement de la décision querellée concernant la notion de résidence habituelle de l'enfant. Le grief de violation du droit d'être entendu, soulevé à la lumière d'un prétendu défaut de motivation de la question de la résidence habituelle (art. 29 al. 2 Cst.), doit donc être rejeté.
5.2. Selon l'art. 5 CLaH96, les autorités, tant judiciaires qu'administratives, de l'État contractant de la résidence habituelle de l'enfant sont compétentes pour prendre des mesures tendant à la protection de sa personne ou de ses biens (al. 1). En cas de changement de la résidence habituelle de l'enfant dans un autre État contractant, sont compétentes les autorités de l'État de la nouvelle résidence habituelle, sous réserve d'un déplacement ou d'un non-retour illicite au sens de l'art. 7 CLaH96 (al. 2). Le principe de la perpetuatio fori ne s'applique donc pas (arrêts 5A_146/2014 du 19 juin 2014 consid. 3.1.1; 5A_622/2010 du 27 juin 2011 consid. 3 et les références citées, singulièrement la note précisant que la proposition de plusieurs États, selon laquelle un tribunal saisi devrait conserver sa compétence jusqu'au terme de la procédure, a été rejetée par une large majorité de la Commission). Il s'ensuit que, dans les relations entre États contractants, le changement de résidence habituelle du mineur entraîne un changement simultané de la compétence (arrêt 5A_146/2014 du 19 juin 2014 consid. 3.1.1; s'agissant de la CLaH61: ATF <ref-ruling> consid. 2.2.4 p. 591).
Selon la définition qu'en donne en règle générale la jurisprudence, la résidence habituelle est basée sur une situation de fait et implique la présence physique dans un lieu donné; la résidence habituelle de l'enfant se détermine ainsi d'après le centre effectif de sa propre vie et de ses attaches (<ref-ruling> consid. 3 p. 122; arrêts 5A_809/2012 du 8 janvier 2013 consid. 2.3.3; 5A_427/2009 du 27 juillet 2009 consid. 3.2 publié in FamPra.ch 2009, p. 1088). En conséquence, outre la présence physique de l'enfant, doivent être retenus d'autres facteurs susceptibles de faire apparaître que cette présence n'a nullement un caractère temporaire ou occasionnel et que la résidence de l'enfant traduit une certaine intégration dans un environnement social et familial; sont notamment déterminants la durée, la régularité, les conditions et les raisons du séjour sur le territoire et du déménagement de la famille, la nationalité de l'enfant, le lieu et les conditions de scolarisation, les connaissances linguistiques ainsi que les rapports familiaux et sociaux de l'enfant (arrêts 5A_889/2011 du 23 avril 2012 consid. 4.1.2 et 5A_346/2012 du 12 juin 2012 consid. 4.1; également arrêt de la CJCE du 2 avril 2009 C-523/07 Korkein hallinto-oikeus contre Finlande, Rec. 2009 I-02805 §§ 37 ss). La résidence habituelle doit être définie pour chaque personne séparément; cependant, celle d'un enfant coïncide le plus souvent avec le centre de vie d'un des parents, les relations familiales du très jeune enfant avec le parent en ayant la charge étant en règle générale déterminantes (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 292; arrêts 5A_809/2012 du 8 janvier 2013 consid. 2.3.3; 5A_650/2009 du 11 novembre 2009 consid. 5.2, publié in SJ 2010 I, p. 193 et 5A_346/2012 du 12 juin 2012 consid. 4.1, avec les références). Un séjour de six mois crée en principe une résidence habituelle, mais celle-ci peut exister également sitôt après le changement du lieu de séjour, si, en raison d'autres facteurs, elle est destinée à être durable et à remplacer le précédent centre d'intérêts (arrêts 5A_809/2012 du 8 janvier 2013 consid. 2.3.3; 5A_346/2012 du 12 juin 2012 consid. 4.1 et les références citées).
5.3. En l'espèce, contrairement à ce que soutient la recourante, il faut retenir que les parties ne contestent pas que l'enfant s'est installé chez son père à Y._ dès 19 avril 2013, partant qu'il se trouvait en Suisse au jour de l'ouverture de l'action en modification du jugement de divorce. La recourante s'en prend en réalité à la durée prévisible du séjour à l'époque du dépôt de la demande. En l'occurrence, l'enfant ne se trouvait en Suisse que depuis onze jours, mais il ressort des faits que l'enfant y a été scolarisé immédiatement. L'autorité précédente a par ailleurs considéré que le séjour à Y._ devait durer plus de six mois et impliquait ainsi un déplacement de son centre de vie, de sorte que la résidence habituelle de l'enfant se trouvait à Y._ sitôt après le changement du lieu de séjour, a fortiori au jour de la saisine du tribunal de première instance genevois. Ce raisonnement est corroboré par le texte de l'ordonnance de référé prononcée par le juge français, ayant motivé le changement de lieu de vie de l'enfant, laquelle ordonne "le transfert sans délai de la résidence" de l'enfant chez son père à Y._, "l'inscription de l'enfant dès que possible" à l'école et règle le droit de visite de la mère sur le long terme. Il apparaît en effet qu'une telle réglementation ne saurait concerner un séjour temporaire de moins de six mois. Il s'ensuit que la résidence habituelle de l'enfant se trouvait à Y._ sitôt l'enfant arrivé, eu égard à sa durée prévisible, car elle était destinée à être durable et à remplacer le précédent centre d'intérêts. Pour le surplus, la recourante, en se référant à des critères dénués de pertinence pour déterminer la résidence habituelle - ainsi la nationalité de l'enfant, le titre de séjour ou d'établissement lors de l'arrivée de l'enfant, la durée depuis laquelle l'enfant avait quitté la Suisse et la durée de son précédent séjour dans ce pays - substitue sa propre appréciation à celle de la cour cantonale. L'autorité précédente a donc considéré à juste titre que, lors du dépôt de la requête, le 30 avril 2013, l'enfant avait sa résidence habituelle à Y._ au sens de l'art. 5 al. 1 CLaH96. Le grief soulevé par la recourante concernant la résidence habituelle de l'enfant au jour de la saisine des tribunaux suisses est en définitive mal fondé est doit être rejeté.
6.
Vu ce qui précède, le recours se révèle mal fondé et ne peut dès lors qu'être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens aux intimés qui ont succombé s'agissant de la requête d'effet suspensif et qui n'ont pas été invités à répondre sur le fond (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 9 octobre 2014
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin