Sachverhalt:
A. Die I. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich sprach X._ mit Urteil vom 18. Dezember 2001 des mehrfachen Mordes, des vollendeten und des unvollendeten Mordversuchs, der strafbaren Vorbereitungshandlungen zu mehrfachem Mord sowie weiterer Straftaten (mehrfache Brandstiftung und mehrfacher Versuch dazu, Raub, Gewalt und Drohung gegen Beamte, einfache Körperverletzung, mehrfacher Diebstahl etc.) schuldig und bestrafte sie - unter Annahme einer Verminderung der Zurechnungsfähigkeit in mittlerem Grade - mit lebenslänglichem Zuchthaus, wovon 1301 Tage durch Untersuchungshaft und vorzeitigen Strafvollzug erstanden waren. Das Gericht ordnete die Verwahrung von X._ im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB an und schob zu diesem Zweck den Vollzug der Strafe auf. Die Massnahme wird in den Anstalten Hindelbank vollzogen.
X._ (geboren 1973) hatte am 26. Juni 1991 sowie am 22. Januar 1997 in Zürich entsprechend einem vorgefassten Plan, ohne Anlass und ersichtliches Motiv, eine ihr unbekannte Frau durch Messerstiche getötet. Sie hatte im Herbst 1996 und am 21. März 1998 entsprechend einem vorgefassten Plan, ohne Anlass und ersichtliches Motiv, eine Frau durch Messerstiche zu töten versucht, wobei der erste Versuch unvollendet blieb und der zweite Versuch vollendet wurde. Sie hatte im Jahr 1991 Vorbereitungshandlungen zur Tötung der Angehörigen einer Familie durch eine Schusswaffe getroffen, bei welcher sie 1989/1990 als Aupair-Mädchen tätig gewesen war. Sie hatte zudem bereits in den Jahren 1989 bis 1991 und sodann in den Jahren 1995 bis 1998 zahlreiche Brandstiftungen und Versuche dazu verübt. Ferner hatte sie zahlreiche Diebstähle und Diebstahlsversuche, teilweise verbunden mit Sachbeschädigungen und Hausfriedensbrüchen, begangen.
B. Mit Schreiben vom 14. Februar 2007 überwies der Sonderdienst des Amtes für Justizvollzug des Kantons Zürich die Akten in Sachen X._ in Anwendung von Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen des revidierten Strafgesetzbuches (SchlBestStGB) der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich zur Prüfung der Frage, ob die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme im Sinne von Art. 59-61 oder 63 des neuen Rechts erfüllt sind.
Der Sonderdienst des Amtes für Justizvollzug des Kantons Zürich empfahl die Weiterführung der Verwahrung nach neuem Recht. Bei X._ bestehe nach wie vor ein hohes Rückfallrisiko, welches in der aktuell laufenden Therapie nicht massgeblich habe gesenkt werden können. Daher seien bis auf weiteres auch keine Lockerungen des Vollzugs geplant. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich schloss sich dem Antrag auf Weiterführung der Verwahrung nach neuem Recht an.
X._ beantragte demgegenüber die Anordnung einer stationären Massnahme im Sinne von <ref-law>. Sie sei behandlungsfähig und habe längerfristig Heilungschancen. Eine Verwahrung komme nach dem neuen Recht nur noch bei Behandlungsunfähigkeit in Betracht. X._ legte ein Gutachten bei, welches Dr. med. A._ von den Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel am 28. März 2007 zu Handen der Anstalten Hindelbank zu den Fragen der Vollzugsmodalitäten und von möglichen Haftschäden erstattet hatte. Sie beantragte, es sei von Dr. A._ eine Stellungnahme zur Frage einzuholen, ob sich mit einer therapeutischen Behandlung der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen lasse.
C. Die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich beschloss mit Entscheid vom 21. Februar 2008, dass keine therapeutische Massnahme im Sinne von Art. 59-61 oder 63 StGB angeordnet und die Verwahrung nach neuem Recht weitergeführt wird. Die Einholung eines ergänzenden Gutachtens lehnte sie ab.
D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 21. Februar 2008 sei aufzuheben; es sei eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> anzuordnen; eventualiter sei die Sache zur Einholung eines ergänzenden Gutachtens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf Vernehmlassungen verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Bei der Anordnung der Verwahrung gemäss Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB durch Urteil vom 18. Dezember 2001 stützte sich das Obergericht des Kantons Zürich vor allem auf das Gutachten von Prof. Dr. med. B._ und Oberarzt Dr. med. C._ vom 19. Januar 2000 (kant. Akten act. 2/3). Gemäss diesem Gutachten, dessen Inhalt im angefochtenen Entscheid (S. 6-8) zusammenfassend wiedergegeben wird, leidet die Beschwerdeführerin an einer schwer ausgeprägten kombinierten Persönlichkeitsstörung, die Elemente einer Borderline-, einer schizoiden und einer narzisstischen Persönlichkeitsstörung aufweist. Es bestehe die hohe Wahrscheinlichkeit, dass die Beschwerdeführerin erneut ähnliche schwere Straftaten begehe. Die Gutachter verneinten das Bestehen eines erfolgversprechenden Therapieansatzes und empfahlen die langfristige Unterbringung der Beschwerdeführerin in einer gesicherten Umgebung, wobei eine Heil- und Pflegeanstalt aus Gründen der Sicherheit für Personal und Patienten nicht in Frage komme. Die Erfolgsaussichten einer grundsätzlich indizierten Psychotherapie seien ungewiss. Deshalb hätten sichernde Massnahmen Vorrang vor therapeutischen Überlegungen, zumal gemäss den bisherigen Erfahrungen die Beschwerdeführerin auch im therapeutischen Rahmen in Zustände extremer Spannung und Ärgers gerate, die in gefährliche und aggressive Handlungen mündeten und welchen mit medizinischen Mitteln nicht genügend vorgebeugt werden könne. Daher komme langfristig die Unterbringung in einer psychiatrischen Klinik nicht in Betracht. Die umgebaute Spezialeinheit der Anstalten Hindelbank sollte den Anforderungen an die Sicherheit genügen. Um ihrer menschlichen Isolation entgegenzuwirken und um abzuklären, inwiefern Kontakte überhaupt verantwortet werden könnten, müsse sich die Beschwerdeführerin einer intensiven Gesprächstherapie unterziehen. Im Gutachten vom 19. Januar 2000 wird abschliessend festgehalten, die Beschwerdeführerin sei nach internationalem Standard als Serientäterin zu bezeichnen, doch unterscheide sich ihr Profil beträchtlich von dem in der internationalen Literatur geschilderten Profil anderer Serientäterinnen. Aufgrund der Einmaligkeit des Falles könne nur eine kurzfristige Legalprognose erstellt werden. Bis auf weiteres müsse jedenfalls von einer erheblichen Gefahr für alle mit ihr beschäftigten Personen ausgegangen werden.
1.2 Die Beschwerdeführerin befindet sich seit dem 13. Juni 2000 in der Hochsicherheitsabteilung der Anstalten Hindelbank und ist aus Sicherheitsgründen in einer eigens für sie umgebauten Einzelzelle untergebracht. Zusätzlich wurde für sie eine Arbeitszelle eingerichtet, um ihr das Arbeiten zu ermöglichen. Seit dem 22. Juni 2000 wird sie regelmässig vom integrierten forensisch-psychiatrischen Dienst der Universität Bern (IFPD) psychiatrisch betreut. Die Psychiater des IFPD stehen für Krisensituationen sowie für die medikamentöse Unterstützung zur Verfügung. In diesem Zusammenhang fanden seither zirka alle zwei Wochen Konsultationen statt. Die regelmässige psychotherapeutische Begleitung der Beschwerdeführerin wird von dipl. psych. D._ wahrgenommen, der von den Anstalten Hindelbank angestellt ist. Seit dem 2. September 2003 findet pro Woche eine zirka einstündige Therapiesitzung statt. Dadurch konnten gewisse Fortschritte erzielt werden.
1.3 Am 18. Oktober 2005 erteilten die Anstalten Hindelbank Dr. med. A._ von den Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (PUK) den Auftrag, zu den Fragen betreffend die Verlegung der Beschwerdeführerin auf die Integrationsabteilung, betreffend weitere Vollzugsmodalitäten sowie bezüglich möglicher Haftschäden Stellung zu nehmen.
Gemäss dem Gutachten von Dr. med. A._ vom 28. März 2007, dessen Inhalt im angefochtenen Entscheid (S. 8-14) ausführlich wiedergegeben wird, leidet die Beschwerdeführerin an einer instabilen Persönlichkeitsstörung vom Borderline-Typus sowie an einer Zwangsstörung. Im Unterschied zu früheren Diagnosen entfalle die Diagnose einer kombinierten Persönlichkeitsstörung, da sich alle Phänomene zwanglos einer Borderline-Persönlichkeitsstörung zuordnen liessen. Die Beschwerdeführerin sei auf einer achtstufigen Skala als "schwer krank" (zweitletzte Stufe) einzuordnen. Sie zeige in vielen Funktionsbereichen schwerwiegende Symptome, welche insbesondere den zwischenmenschlichen Kontakt erheblich beeinträchtigten. Die Analyse der Anlasstaten falle wegen der Schwere und der grossen Zahl der verübten Delikte und nicht zuletzt wegen der vollständig fehlenden Täter-Opfer-Beziehung hochgradig ungünstig aus. Soweit erkennbar habe die Beschwerdeführerin immer aus eigenem Anlass und ohne Gruppendynamik gehandelt. Das Tatmotiv der Spannungsabfuhr sei in ihrer Struktur verankert und nicht situationsbedingt. Das Begehen gewalttätiger Straftaten zur Spannungsabfuhr könne als ihr eigentliches Verhaltensmuster zur Bewältigung innerpsychischer, subjektiv nicht ertragbarer Befindlichkeiten interpretiert werden. Im zeitlichen Längsschnitt zeige sich eine eindrückliche, lange und schwerwiegende Serie von massivster Gewaltanwendung. Mit Ausnahme der aktuellen Inhaftierung in den Anstalten Hindelbank sei es immer wieder während begleitenden Massnahmen zu schweren Straftaten gekommen. Der Sachverständige Dr. A._ attestiert der Beschwerdeführerin einige Therapiefortschritte. Insbesondere im Zusammenhang mit der laufenden Therapie zeige sie eine recht gute Einsicht in ihre Charakterauffälligkeit. In spezifischen Konfliktsituationen, wie z.B. im Kontakt mit weiblichen Angehörigen des Sicherheitsdienstes, bei Veränderungen ihres rigiden Tagesplans oder der unmittelbaren Umgebung sowie generell bei inneren Anspannungszuständen reagiere sie im Sinne einer Stereotypie mit fremdaggressiven Verhaltensweisen, wobei sich diese in den letzten Jahren nur noch mimisch und verbal manifestiert hätten. Aus dem Verlauf der letzten Jahre, den Therapieberichten sowie den eigenen Schilderungen der Beschwerdeführerin zeige sich eine deutliche Verbesserung der Frustrationstoleranz und parallel dazu eine Abnahme der Impulsivität. Die Verlaufsberichte der Betreuung attestierten ihr eine zunehmend bessere Belastbarkeit. Die Gesamtbeurteilung betreffend die Gefahr erneuter schwerwiegender Straftaten fällt nach der Einschätzung des Sachverständigen auf einer fünfstelligen Skala von sehr ungünstig über neutral bis sehr günstig als insgesamt ungünstig aus. Die bisherige, äusserst ungünstige Prognose werde lediglich durch das offensichtliche Bewähren im aktuellen, hoch strukturierten Setting im Sinne einer deutlichen Abnahme fremdaggressiven Verhaltens über mehrere Jahre hinweg und durch die in Anbetracht der schwierigen Rahmenbedingungen in wichtigen Bereichen erfolgreiche Therapie korrigiert. In Anbetracht dieses Hintergrundes seien auch unter Berücksichtigung der aktuellen Therapiefortschritte sowie der nun mehrere Jahre dauernden positiven Bewährung (immer unter Berücksichtigung des hochstrukturierten und sichernden Rahmens) konkret schwerwiegende Delikte gegen die körperliche Integrität insbesondere von Frauen zu erwarten. Im Falle einer Versetzung in den Gruppenvollzug sei im jetzigen Zeitpunkt das Risiko für schwerwiegendes fremdaggressives Verhalten ausgesprochen hoch. Zur Behandelbarkeit der Beschwerdeführerin hält der Experte fest, dass Personen mit Borderline-Persönlichkeitsstörung grundsätzlich in der Mehrzahl der Fälle erfolgreich behandelt werden können. Die Beschwerdeführerin sei nun 34-jährig und komme damit aus dem Alter heraus, in welchem sich die Borderline-Persönlichkeitsstörung mit den heftigsten Symptomen manifestiere. Der zuständige Therapeut, dipl. psych. D._, sei mit den Therapieverfahren sowie einem entsprechenden Patientenkollektiv vertraut. Die bisherigen Therapieerfolge liessen durchaus einen günstigen weiteren Verlauf erhoffen. Die Bereitschaft der Beschwerdeführerin, sich auf eine Therapie einzulassen, wird vom Experten je nach Therapiebereich grundsätzlich als hinreichend bis gut bezeichnet. Die weitere Entwicklung der Beschwerdeführerin hänge überwiegend von allfälligen weiteren Lockerungsschritten ab. Ohne Lockerungen sei nicht nur von einer Stagnation der bisherigen positiven Entwicklung auszugehen, sondern in absehbarer Zeit wegen der negativen Auswirkungen der Haft mit einer Zunahme der psychopathologisch bedingten Schwierigkeiten zu rechnen. Es könne dann relativ rasch zu schwerwiegenden und nicht vorhersehbaren Veränderungen kommen, wie z.B. einem kompletten sozialen Rückzug, Suizidalität oder anderen selbst- und/oder fremdschädigenden Verhaltensweisen. In Anbetracht des vor dem Hintergrund der Ausgangslage doch günstigen Verlaufs innerhalb der letzten Jahre sei zu erwarten, dass die positive Entwicklung bei sorgfältigen Lockerungsschritten anhalte.
1.4 Die Beschwerdeführerin war bereits in den Jahren 1992 bis 1995 mehrfach psychiatrisch begutachtet worden. Bei diesen Begutachtungen waren lediglich die zahlreichen Brandstiftungen und Eigentumsdelikte der Beschwerdeführerin bekannt, nicht aber das Tötungsdelikt vom 26. Juni 1991 sowie die Vorbereitungshandlungen zu Tötungsdelikten von 1991.
Der Psychiater Dr. med. E._ hielt in seinem Gutachten vom 6. Mai 1992 unter anderem fest, bei der Beschwerdeführerin seien aufgrund von Verletzungen und Demütigungen in ihrer Kindheit und Jugend allmählich Hassgefühle und schliesslich Tötungsphantasien entstanden. Die Beschwerdeführerin leide an einer schweren neurotischen Störung der Persönlichkeitsentwicklung, welche durch die Unfähigkeit, starke Gefühle, Triebregungen und Impulse zu kontrollieren, kompliziert würde. Dadurch habe sich eine Pyromanie entwickelt. Die Tötungsimpulse seien Ausdruck ihrer Ablehnung und Verachtung von Schwäche, wobei diese Impulse eine Eigendynamik entwickelten und sich vom kontrollierbaren Verhalten lösten. In diesem Moment zeige sich das klassische Symptom einer unkontrollierbaren Impulshandlung. Die in der Beschwerdeführerin entstandene Spannung löse sich jeweils in der Begehung der Tat und danach, würde aber von schwersten Schuldgefühlen und einer tiefen Reue gefolgt (siehe Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 18. Dezember 2001, S. 138 ff.). Der Experte Dr. F._ vom Kantonsspital Luzern konnte in seinem Gutachten vom 20. Oktober 1992 die Diagnose von Dr. E._, wonach eine schwere neurotische Störung der Persönlichkeitsentwicklung und eine Pyromanie vorliege, nicht bestätigen. Er diagnostizierte eine dissoziale Persönlichkeitsstörung. Es sei schwierig bis unmöglich, bei einer solchen Störung eine tragende therapeutische Beziehung herzustellen (siehe das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 18. Dezember 2001, S. 140 ff.). In seinem Ergänzungsgutachten vom 22. Juli 1994 hielt Dr. F._ fest, bei der Beschwerdeführerin sei zweifellos ein gewisser Reifeprozess festzustellen, wie dies natürlich im Alter zwischen 19 und 21 Jahren zu erwarten sei. Für eine grundsätzliche Veränderung ihrer Persönlichkeitsstruktur, ihrer Denkart und dem Spektrum ihrer Ausdrucksmöglichkeiten bestünden jedoch keine Hinweise. Von einer Gefährdung der Öffentlichkeit müsse auch heute noch gesprochen werden, wenn diese auch nicht mehr als schwerwiegend zu bezeichnen sei. Das Risiko einer Tatwiederholung sei gegenüber der katastrophalen Prognose einer völlig undurchlässigen Verwahrung abzuwägen (Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 18. Dezember 2001, S. 143 f.). Dr. G._ von der Psychiatrischen Universitätsklinik Bern bestätigte in seinem Gutachten vom 10. März 1995 die Diagnose von Dr. F._ betreffend eine dissoziale Persönlichkeitsstörung. Aktuell sei bei der Beschwerdeführerin infolge der klar umgrenzten Strukturen der Haftbedingungen eine weitere Stabilisierung der Persönlichkeitsstruktur festzustellen, wobei das Ende dieser positiven Entwicklung noch nicht erreicht sei. Aufgrund des relativ günstigen Gesamtverlaufs der Persönlichkeitsentwicklung in den letzten Jahren sei die Beschwerdeführerin nicht als gemeingefährlich einzustufen. Von der Beschwerdeführerin gehe aber eine situationsabhängige Fremdgefährdung aus. Der Gutachter befürwortete eine stationäre Therapie beziehungsweise Betreuung. Allgemein sei davon auszugehen, dass sich die Persönlichkeit der Beschwerdeführerin mit grösster Wahrscheinlichkeit nicht progredient destabilisieren, sondern dass es im Laufe der Jahre zu einer besseren sozialen Anpassung kommen werde (Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 18. Dezember 2001, S. 144 f.).
2. 2.1 Die Vorinstanz hält im angefochtenen Entscheid in Würdigung des Gutachtens von Prof. B._ und Dr. C._ vom 19. Januar 2000 und des Gutachtens von Dr. A._ vom 28. März 2007 fest, dass eine hohe Rückfallgefahr in Bezug auf schwerwiegende Straftaten gegen Leib und Leben besteht. Die Legalprognose sei zwar nicht mehr sehr ungünstig, aber immer noch ungünstig, wobei diese Änderung der Beurteilung vor dem Hintergrund des rigiden Haftregimes zu sehen sei. Ob die nach wie vor hohe Rückfallgefahr durch eine Therapie wesentlich beeinflusst werden könne, erscheint der Vorinstanz höchst fraglich. Gemäss dem Gutachten vom 19. Januar 2000 bestehe kein erfolgversprechender Therapieansatz und habe die grundsätzlich indizierte Psychotherapie nur ungewisse Erfolgsaussichten. Eine wesentliche Änderung dieser Beurteilung lasse sich dem Gutachten vom 28. März 2007 nicht entnehmen. Die darin vorgeschlagenen therapeutischen und betreuerischen Bemühungen dienten primär der Verhinderung psychischer Langzeitschäden und sollten im Weiteren eine stetige Risikoeinschätzung in Bezug auf Vollzugslockerungen ermöglichen. Mit den bisher durchgeführten therapeutischen Bemühungen hätten in den letzten vier Jahren stetig kleine Fortschritte gemacht werden können. Diese Fortschritte sind nach der Einschätzung der Vorinstanz gemessen an der Ausgangssituation zwar erheblich, aber mit Blick auf das Therapieziel der Bewährung in der Freiheit in Anbetracht der bisherigen Therapiedauer nur minimal. Insgesamt bestehe eine vage Hoffnung, dass bei stetigen Therapiebemühungen in mehr oder weniger ferner Zukunft eine Integration in den Normalvollzug gelingen könnte. Die Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Massnahme müssten weiterhin als gering und zu unbestimmt eingestuft werden (angefochtener Entscheid S. 14 ff.).
In rechtlicher Hinsicht geht die Vorinstanz davon aus, dass der zu erwartende Erfolg einer stationären Massnahme im Sinne von <ref-law> dann vorliege, wenn dem Täter nach der Durchführung der Massnahme, die grundsätzlich nicht länger als fünf Jahre dauern sollte, in Bezug auf die Begehung weiterer Straftaten, die mit dessen psychischer Störung im Zusammenhang stehen, eine derart günstige Prognose gestellt werden kann, dass es gerechtfertigt erscheint, ihm Gelegenheit zu geben, sich in Freiheit zu bewähren, und ihn daher gemäss <ref-law> aus dem Vollzug der Massnahme bedingt zu entlassen (angefochtener Entscheid S. 5). Für die Vorinstanz ist offenbar rechtlich massgebend, ob eine konkrete Aussicht besteht, dass in fünf oder auch in zehn Jahren ein Therapieerfolg im Sinne einer Bewährung in Freiheit erreicht wird (siehe angefochtenen Entscheid S. 16). Die Vorinstanz kommt zum Schluss, dass in Anbetracht der vorliegenden Gutachten eine konkrete Aussicht, in fünf oder auch in zehn Jahren eine Bewährung in Freiheit zu erreichen, nicht bestehe und daher die Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Massnahme weiterhin als gering und zu unbestimmt eingestuft werden müssten, als dass sich deren Anordnung rechtfertigen liesse (angefochtener Entscheid S. 16).
2.2 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Abrede, dass von ihr die Gefahr weiterer mit ihrer psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten ausgeht. Sie macht aber geltend, dass sich dieser Gefahr durch Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law> begegnen lasse. Die von ihr auch mittelfristig ausgehende Gefahr weiterer Taten hindere die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme nach dem neuen Recht nicht. Dieser Gefahr sei durch den Vollzug in einer geschlossenen Einrichtung gemäss <ref-law> Rechnung zu tragen. Massgebend für die Abgrenzung zwischen der Verwahrung und der stationären therapeutischen Massnahme nach dem neuen Recht sei allein die Frage der Behandelbarkeit des Täters. Die stationäre therapeutische Massnahme an Stelle der Verwahrung sei schon anzuordnen, wenn zu erwarten sei, dass sich durch diese Massnahme die Gefahr weiterer Taten zwar nicht beheben, aber doch vermindern lasse, und somit die Legalprognose immerhin verbessert werde. Schon dadurch werde der Gefahr weiterer Taten im Sinne von Art. 59 Abs. 1 lit. b "begegnet" und der versprochene "Erfolg" im Sinne von <ref-law> erreicht. An die Wahrscheinlichkeit sowie die zeitliche Nähe dieses Erfolgs im Sinne einer Verbesserung der Legalprognose als voraussichtliche Folge der Massnahme seien keine hohen Anforderungen zu stellen. Schon geringe Erfolgsaussichten reichten aus. Eine die Verwahrung ausschliessende Behandlungsfähigkeit sei immer zu bejahen, wenn von der Therapie eine dynamische Einflussnahme auf die Rückfallgefahr zu erwarten sei, unabhängig davon, ob im Zeitpunkt des Entscheids eine Rückfallfreiheit vorausgesagt werden könne. Dies ergebe sich auch daraus, dass dem Sachverständigen nicht die verbindliche und sichere Prognose über den konkreten Verlauf einer Therapie oder gar über einen konkreten Behandlungserfolg abverlangt werden könne. Wenn es dem Sachverständigen aus wissenschaftlich-medizinischer Sicht nicht möglich sei, einen konkreten Therapieverlauf zu antizipieren, dann dürfe der Richter die Möglichkeit einer durch die Therapie (mit) bewirkten künftig positiven Legalprognose nicht antizipierend verneinen. Die Ungewissheit von Behandlungsprognosen dürfe nicht zu Lasten des Betroffenen gehen. Im Zweifel sei statt der Verwahrung vorerst die stationäre therapeutische Massnahme anzuordnen und in einer geschlossenen Einrichtung gemäss <ref-law> zu vollziehen. Dabei sei unter der gebotenen Berücksichtigung des Grundrechts der Menschenwürde (<ref-law>) das individuelle Veränderungspotential des Betroffenen mit zu gewichten, welches im konkreten Fall aus verschiedenen Gründen (Alter der Beschwerdeführerin, Art ihrer Krankheit etc.) ausgeprägt sei. Wenn bei einem Betroffenen sowohl Therapierfähigkeit als auch (weitere) erhebliche Veränderungsressourcen festgestellt werden können, dürften bei verfassungskonformer Auslegung von <ref-law> die Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Massnahme nicht verneint werden.
3. 3.1 Gemäss Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB überprüft das Gericht bis spätestens zwölf Monate nach Inkrafttreten des neuen Rechts, ob bei Personen, die nach den Artikeln 42 oder 43 Ziffer 1 Absatz 2 des bisherigen Rechts verwahrt sind, die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme (Art. 59-61 oder 63) erfüllt sind. Trifft dies zu, so ordnet das Gericht die entsprechende Massnahme an; andernfalls wird die Verwahrung nach neuem Recht weitergeführt. Die vorliegend an Stelle der Verwahrung im Sinne des neuen Rechts (<ref-law>) allein in Betracht fallende stationäre therapeutische Massnahme zur Behandlung von psychischen Störungen ist in <ref-law> geregelt. Ist der Täter psychisch schwer gestört, so kann das Gericht eine stationäre Behandlung anordnen, wenn (lit. a) der Täter ein Verbrechen oder Vergehen begangen hat, das mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht; und (lit. b) zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung im Zusammenhang stehender Taten begegnen (Abs. 1). Die stationäre Behandlung erfolgt in einer geeigneten psychiatrischen Einrichtung oder einer Massnahmevollzugseinrichtung (Abs. 2). Solange die Gefahr besteht, dass der Täter flieht oder weitere Straftaten begeht, wird er in einer geschlossenen Einrichtung behandelt. Er kann auch in einer Strafanstalt nach Artikel 76 Absatz 2 behandelt werden, sofern die nötige therapeutische Behandlung durch Fachpersonal gewährleistet ist (Abs. 3). Der mit der stationären Behandlung verbundene Freiheitsentzug beträgt in der Regel höchstens fünf Jahre. Sind die Voraussetzungen für eine bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen, so kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Verlängerung der Massnahme um jeweils höchstens fünf Jahre anordnen (Abs. 4). Der Vollzug einer Massnahme nach den Artikeln 59-61 geht einer zugleich ausgesprochenen Freiheitsstrafe voraus (<ref-law>). Der mit der Massnahme verbundene Freiheitsentzug ist auf die Strafe anzurechnen (<ref-law>). Die Verwahrung ist in <ref-law> geregelt. Das Gericht ordnet die Verwahrung an, wenn der Täter einen Mord, eine vorsätzliche Tötung, eine schwere Körperverletzung, eine Vergewaltigung, einen Raub, eine Geiselnahme, eine Brandstiftung, eine Gefährdung des Lebens oder eine andere mit einer Höchststrafe von fünf oder mehr Jahre bedrohte Tat begangen hat, durch die er die physische, psychische oder sexuelle Integrität einer andern Person schwer beeinträchtigt hat oder beeinträchtigen wollte, und wenn (lit. a) auf Grund der Persönlichkeitsmerkmale des Täters, der Tatumstände und seiner gesamten Lebensumstände ernsthaft zu erwarten ist, dass er weitere Taten dieser Art begeht; oder (lit. b) auf Grund einer anhaltenden oder langdauernden psychischen Störung von erheblicher Schwere, mit der Tat die in Zusammenhang stand, ernsthaft zu erwarten ist, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht und die Anordnung einer Massnahme nach Artikel 59 keinen Erfolg verspricht (Abs. 1). Der Vollzug der Freiheitsstrafe geht der Verwahrung voraus. Die Bestimmungen über die bedingte Entlassung aus der Freiheitsstrafe (Art. 86-88) sind nicht anwendbar (Abs. 2). Ist schon während des Vollzugs der Freiheitsstrafe zu erwarten, dass der Täter sich in Freiheit bewährt, so verfügt das Gericht die bedingte Entlassung aus der Freiheitsstrafe frühestens auf den Zeitpunkt hin, an welchem der Täter zwei Drittel der Freiheitsstrafe oder 15 Jahre der lebenslänglichen Freiheitsstrafe verbüsst hat. Zuständig ist das Gericht, das die Verwahrung angeordnet hat. Im Übrigen ist Art. 64a anwendbar (Abs. 3). Die Verwahrung wird in einer Massnahmevollzugseinrichtung oder in einer Strafanstalt nach Artikel 76 Absatz 2 vollzogen. Die öffentliche Sicherheit ist zu gewährleisten. Der Täter wird psychiatrisch betreut, wenn dies notwendig ist (Abs. 4). Während der Vollzug der stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law> dem Vollzug einer zugleich ausgesprochenen Strafe - wie nach dem alten Recht - vorausgeht, geht - im Unterschied zum alten Recht - der Vollzug der Freiheitsstrafe dem Vollzug einer Verwahrung im Sinne von <ref-law> voraus. Dies gilt auch für altrechtlich verwahrte Täter (Urteil 6B_326/2007 vom 26. Februar 2008, E. 2).
3.2 Zu dieser gesetzlichen Regelung, die im Wesentlichen dem bundesrätlichen Entwurf entspricht, hält die Botschaft des Bundesrates fest, die Verwahrung sei gemäss dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit insofern subsidiär, als sie nicht in Frage komme, solange eine therapeutische Massnahme noch sinnvoll erscheine. Gegenüber gefährlichen psychisch gestörten Tätern sei somit grundsätzlich zuerst zu prüfen, ob eine Massnahme nach Art. 59 geeignet erscheine, den Täter von weiteren Straftaten abzuhalten. Die stationäre therapeutische Massnahme trage angesichts der Möglichkeit ihres Vollzugs in einer geschlossenen Einrichtung beziehungsweise in einer Strafanstalt der öffentlichen Sicherheit in demselben Masse Rechnung wie die Verwahrung. Erst wenn sich herausstelle, dass eine Behandlung nach Art. 59 keinen Erfolg verspreche, solle wenn nötig die Verwahrung angeordnet werden. Damit werde verhindert, dass ein Täter zum Vornherein als "unheilbar" bezeichnet und in eine Strafanstalt eingewiesen werde (Botschaft des Bundesrates zur Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches [Allgemeine Bestimmungen, Einführung und Anwendung des Gesetzes], BBl 1999 1979 ff., 2078, 2097). Diese Grundsätze betreffend das Verhältnis zwischen der Verwahrung und der stationären therapeutischen Massnahme gelten auch für altrechtlich verwahrte Täter, deren Verwahrung gemäss Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB gerichtlich zu überprüfen ist.
3.3 In der Lehre wird allgemein betont, dass das neue Recht für die Verwahrung eines gefährlichen psychisch gestörten Täters die Untherapierbarkeit voraussetzt. Gegenüber einem behandlungsfähigen Täter falle die Verwahrung, die subsidiär und "ultima ratio" sei, ausser Betracht und sei stattdessen eine gemäss <ref-law> in gesichertem Rahmen zu vollziehende stationäre therapeutische Massnahme anzuordnen (siehe etwa MARIANNE HEER, Basler Kommentar, StGB I, 2. Aufl. 2007, Art. 56 N. 33, Art. 64 N. 87, 103, 107; DIESELBE, Einige Schwerpunkte des neuen Massnahmenrechts, ZStrR 121/2003 S. 376 ff., 380, 402 f., 407; DIESELBE, Die therapeutischen Massnahmen im Schatten der Verwahrung - einige kritische Überlegungen zu Tendenzen im Massnahmenrecht, in: Festschrift für Franz Riklin, 2007, S. 97 ff., 103 ff.; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER/MARKUS HUG/DANIEL JOSITSCH, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Aufl. 2007, S. 160 ff., 189 f.; FRANZ RIKLIN, Strafen und Massnahmen im Überblick, in: Brigitte Tag/ Max Hauri [Hrsg.], Die Revision des Strafgesetzbuches Allgemeiner Teil, 2006, S. 94 f.; GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, Strafen und Massnahmen, 2. Aufl. 2006, § 9 N. 23, § 12 N. 13; HANS WIPRÄCHTIGER, Grundzüge des neuen Massnahmenrechts 2002, in: La revisione della parte generale del Codice penale, 2005, S. 43 ff., 49 f.).
3.3 In der Lehre wird allgemein betont, dass das neue Recht für die Verwahrung eines gefährlichen psychisch gestörten Täters die Untherapierbarkeit voraussetzt. Gegenüber einem behandlungsfähigen Täter falle die Verwahrung, die subsidiär und "ultima ratio" sei, ausser Betracht und sei stattdessen eine gemäss <ref-law> in gesichertem Rahmen zu vollziehende stationäre therapeutische Massnahme anzuordnen (siehe etwa MARIANNE HEER, Basler Kommentar, StGB I, 2. Aufl. 2007, Art. 56 N. 33, Art. 64 N. 87, 103, 107; DIESELBE, Einige Schwerpunkte des neuen Massnahmenrechts, ZStrR 121/2003 S. 376 ff., 380, 402 f., 407; DIESELBE, Die therapeutischen Massnahmen im Schatten der Verwahrung - einige kritische Überlegungen zu Tendenzen im Massnahmenrecht, in: Festschrift für Franz Riklin, 2007, S. 97 ff., 103 ff.; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER/MARKUS HUG/DANIEL JOSITSCH, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Aufl. 2007, S. 160 ff., 189 f.; FRANZ RIKLIN, Strafen und Massnahmen im Überblick, in: Brigitte Tag/ Max Hauri [Hrsg.], Die Revision des Strafgesetzbuches Allgemeiner Teil, 2006, S. 94 f.; GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, Strafen und Massnahmen, 2. Aufl. 2006, § 9 N. 23, § 12 N. 13; HANS WIPRÄCHTIGER, Grundzüge des neuen Massnahmenrechts 2002, in: La revisione della parte generale del Codice penale, 2005, S. 43 ff., 49 f.).
3.4 3.4.1 Das Gericht kann gegenüber einem psychisch schwer gestörten Täter gemäss <ref-law> eine stationäre therapeutische Behandlung anordnen, wenn die Tat mit der psychischen Störung in Zusammenhang steht und "zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen" ("il est à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec ce trouble"; "vi sia da attendersi che in tal modo si potrà evitare il rischio che l'autore commetta nuovi reati in connessione con questa sua turba"). Eine stationäre therapeutische Massnahme setzt als erstes selbstverständlich voraus, dass der Täter überhaupt behandlungsfähig ist. Dies reicht jedoch nicht aus. Erforderlich ist nach der Formulierung in <ref-law>, dass zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer Taten begegnen. Aus dieser gesetzlichen Regelung geht allerdings nicht klar hervor, welches Ausmass der zu erwartende Erfolg haben und mit welchem Grad an Wahrscheinlichkeit sowie in welchem Zeitraum ungefähr er eintreten muss, damit eine stationäre therapeutische Massnahme angeordnet werden kann. Zu diesen Rechtsfragen lassen sich verschiedene Auffassungen vertreten.
Die stationäre therapeutische Massnahme kann angeordnet werden, wenn im Zeitpunkt des Entscheids die hinreichende Wahrscheinlichkeit besteht, dadurch lasse sich die Gefahr weiterer Straftaten deutlich verringern. Somit reichen einerseits die bloss vage Möglichkeit einer Verringerung der Gefahr und andererseits die Erwartung einer lediglich minimalen Verringerung nicht aus. Bezogen auf den Zeitraum ist davon auszugehen, dass gemäss <ref-law> die stationäre therapeutische Massnahme in der Regel höchstens fünf Jahre beträgt. Daher muss grundsätzlich im Zeitpunkt des Entscheids die hinreichende Wahrscheinlichkeit bestehen, dass sich durch eine stationäre Behandlung über die Dauer von fünf Jahren die Gefahr weiterer mit der psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten deutlich verringern lässt. Es ist indessen nicht die hinreichende Wahrscheinlichkeit erforderlich, dass nach einer stationären Behandlung von fünf Jahren die Voraussetzungen für eine bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme gemäss <ref-law> erfüllt sind, dass mithin ein Zustand erreicht wird, der es rechtfertigt, dass dem Täter die Gelegenheit gegeben wird, sich in der Freiheit zu bewähren. Eine deutliche Verringerung der Gefahr weiterer Taten genügt. Dies ergibt sich auch aus <ref-law>. Sind die Voraussetzungen für die bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen oder Vergehen begegnen, so kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Verlängerung der Massnahme um jeweils höchstens fünf Jahre anordnen. Es besteht mithin die Möglichkeit der - gar mehrmaligen - Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme um jeweils fünf Jahre. Dies wird in der Botschaft des Bundesrates damit begründet, dass gerade bei Geisteskranken mit chronischen Verläufen die therapeutischen Bemühungen oft sehr viel länger dauern. Daher soll die Massnahme nach Art. 59 so oft verlängert werden können, als eine Fortführung notwendig, geeignet und verhältnismässig erscheint. Diese Verlängerung sei insbesondere für Behandlungen nach Art. 59 Abs. 3 angezeigt (Botschaft des Bundesrates, a.a.O., S. 2078 f.).
Das Gericht kann mithin gegenüber einem psychisch schwer gestörten Täter eine therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> anordnen, wenn im Zeitpunkt des Entscheids die hinreichende Wahrscheinlichkeit besteht, dass sich durch eine solche Behandlung über die Dauer von fünf Jahren die Gefahr von weiteren mit der psychischen Störung im Zusammenhang stehenden Taten deutlich verringern lässt. Es muss jedoch im Zeitpunkt des Entscheids nicht hinreichend wahrscheinlich sein, dass schon nach einer stationären Behandlung von fünf Jahren ein Zustand erreicht werden kann, der es rechtfertigt, dem Täter die Gelegenheit zu geben, sich in der Freiheit zu bewähren, und ihn daher aus der stationären Massnahme bedingt zu entlassen.
3.4.2 Die dargestellten Grundsätze finden auch Anwendung, wenn zu entscheiden ist, ob gegenüber einem psychisch schwer gestörten Täter eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> oder eine Verwahrung im Sinne von <ref-law> anzuordnen ist.
Gemäss <ref-law> ordnet das Gericht gegenüber dem Täter, der eine Straftat der in dieser Bestimmung umschriebenen Art begangen hat, die Verwahrung an, wenn auf Grund einer anhaltenden oder langdauernden psychischen Störung von erheblicher Schwere, mit der die Tat in Zusammenhang stand, ernsthaft zu erwarten ist, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht und die Anordnung einer Massnahme nach Artikel 59 StGB keinen Erfolg verspricht. Die Verwahrung ist mithin gemäss <ref-law>, auch wenn die übrigen Voraussetzungen im Sinne dieser Bestimmung erfüllt sind, unzulässig, wenn eine Massnahme nach Artikel 59 StGB einen Erfolg verspricht. Diese Voraussetzung ist erfüllt, wenn im Sinne von <ref-law> zu erwarten ist, durch die stationäre therapeutische Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer Straftaten begegnen, wenn mithin im Sinne der vorstehenden Erwägungen die hinreichende Wahrscheinlichkeit einer deutlichen Verringerung der Gefahr weiterer Straftaten besteht, und zwar von Straftaten der in <ref-law> umschriebenen Art. Das in <ref-law> vorausgesetzte Erfolgsversprechen entspricht mithin der in <ref-law> vorausgesetzten Erwartung.
3.5 Auch wenn der Täter in dem in <ref-law> umschriebenen Sinne gefährlich ist, hat der Richter eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> anzuordnen, falls diese Massnahme Erfolg verspricht. Der Gefährlichkeit des Täters ist dadurch Rechnung zu tragen, dass die Massnahme in einer Einrichtung gemäss <ref-law> vollzogen wird. Darin liegt eine wichtige Änderung gegenüber dem alten Recht (siehe die Botschaft des Bundesrates, a.a.O., S. 2069, 2075). Der gemäss <ref-law> mögliche Vollzug der stationären therapeutischen Massnahme in einer geschlossenen Einrichtung und allenfalls in einer Strafanstalt trägt, wie auch die Botschaft (a.a.O., S. 2097) betont, der öffentlichen Sicherheit in demselben Masse Rechnung wie die Verwahrung.
3.6 Dass der Täter auch in der Verwahrung psychiatrisch betreut wird, wenn dies notwendig ist (<ref-law>), ist kein Argument gegen die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme, da sich die psychiatrische Betreuung im Sinne von <ref-law> prinzipiell von einer therapeutischen Behandlung im Sinne von <ref-law> unterscheidet. Die therapeutischen Massnahmen haben in erster Linie eine "therapeutische, dynamische Einflussnahme" (und damit primär eine Verbesserung der Legalprognose) zum Inhalt und nicht bloss eine Pflege, d.h. eine "statisch-konservative Zuwendung" (Botschaft des Bundesrates, a.a.O., S. 2077, mit Hinweis).
3.7 Wenn sich im Laufe des Vollzugs der stationären therapeutischen Massnahme herausstellt, dass dadurch kein Erfolg im Sinne einer deutlichen Verminderung der Gefahr weiterer Taten erreicht werden kann, wenn also die Fortführung dieser Massnahme als aussichtslos erscheint, so ist sie in Anwendung von <ref-law> aufzuheben. Ist bei Aufhebung einer Massnahme, die auf Grund einer Straftat nach Art. 64 Abs. 1 angeordnet wurde, ernsthaft zu erwarten, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht, so kann das Gericht gemäss <ref-law> auf Antrag der Vollzugsbehörde die Verwahrung anordnen. Wenn gegenüber einem altrechtlich verwahrten Täter im Rahmen der Überprüfung gemäss Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB an Stelle der Weiterführung der Verwahrung nach neuem Recht eine stationäre therapeutische Massnahme angeordnet wird, so behält mithin das Gericht die Möglichkeit, bei Aussichtslosigkeit der Fortführung dieser Massnahme die Verwahrung anzuordnen. Voraussetzung ist in diesem Fall allerdings, dass der Täter eine Straftat im Sinne von <ref-law> begangen hat. Denn es wird nicht lediglich eine altrechtliche Verwahrung gemäss Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB nach neuem Recht weitergeführt (siehe dazu Urteil 6B_144/2008 vom 19. September 2008), sondern eine neurechtlich angeordnete stationäre therapeutische Massnahme in eine Verwahrung abgeändert.
4. 4.1 Die Vorinstanz kommt in ihrem Entscheid zum Schluss, dass eine konkrete Aussicht, in fünf oder auch in zehn Jahren eine Bewährung in Freiheit zu erreichen, nicht besteht und daher die Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Massnahme weiterhin als gering und zu unbestimmt eingestuft werden müssten, als dass sich deren Anordnung rechtfertigen liesse. Aus den Erwägungen im angefochtenen Entscheid geht allerdings nicht klar hervor, ob die Vorinstanz die Behandlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin verneint oder ob sie diese zwar bejaht, aber annimmt, dass ein Behandlungserfolg nicht hinreichend wahrscheinlich und/oder nicht gross genug und/oder nicht zeitig genug erzielbar sei. Aus dem angefochtenen Entscheid wird nicht ersichtlich, unter welchen Voraussetzungen nach der Auffassung der Vorinstanz die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme an Stelle der Verwahrung gerade noch in Betracht fiele.
4. 4.1 Die Vorinstanz kommt in ihrem Entscheid zum Schluss, dass eine konkrete Aussicht, in fünf oder auch in zehn Jahren eine Bewährung in Freiheit zu erreichen, nicht besteht und daher die Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Massnahme weiterhin als gering und zu unbestimmt eingestuft werden müssten, als dass sich deren Anordnung rechtfertigen liesse. Aus den Erwägungen im angefochtenen Entscheid geht allerdings nicht klar hervor, ob die Vorinstanz die Behandlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin verneint oder ob sie diese zwar bejaht, aber annimmt, dass ein Behandlungserfolg nicht hinreichend wahrscheinlich und/oder nicht gross genug und/oder nicht zeitig genug erzielbar sei. Aus dem angefochtenen Entscheid wird nicht ersichtlich, unter welchen Voraussetzungen nach der Auffassung der Vorinstanz die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme an Stelle der Verwahrung gerade noch in Betracht fiele.
4.2 4.2.1 Gemäss den Ausführungen der Vorinstanz wurden durch die umfangreichen therapeutischen Bemühungen in den letzten rund vier Jahren stetig kleine Fortschritte erzielt. Die Fortschritte seien zwar gemessen an der Ausgangslage erheblich, aber gemessen am Therapieziel der Bewährung in der Freiheit in Anbetracht der Therapiedauer minimal (angefochtener Entscheid S. 16). Die Vorinstanz scheint davon auszugehen, dass daher auch in der Zukunft nur stetig kleine Fortschritte erzielt werden können. Sie setzt sich aber nicht mit der Möglichkeit auseinander, dass im Rahmen einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law> im Lauf der Zeit - auch unter Berücksichtigung der diagnostizierten psychischen Störung sowie des zunehmenden Alters der Beschwerdeführerin - bis anhin noch nicht vorgenommene therapeutische Behandlungen durchgeführt werden könnten, welche die Fortschritte beschleunigen.
4.2.2 Gegen die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme spricht nach der Auffassung der Vorinstanz zudem, dass gemäss den eindeutigen Ausführungen im Gutachten von Dr. A._ weitere Therapiefortschritte nur über eine schrittweise weitere Lockerung der Haftbedingungen erreicht werden können. Die Vorinstanz hält dazu fest, dass die für die Lockerungsentscheide notwendige Güterabwägung zwischen dem Anspruch auf eine an sich notwendige Therapie und den Sicherheitsbedürfnissen der Anstalt aufgrund der vorliegenden Umstände schwierig sei. Es müsse jedoch der Vollzugsbehörde und der laufenden Einschätzung des Therapeuten überlassen werden, inwiefern angezeigte therapeutische Massnahmen wie Lockerungsschritte und Kontaktmöglichkeiten in Bezug auf das Sicherheitsbedürfnis vertretbar seien. Eine Vorwegnahme dieser Entscheide im Sinne einer grundsätzlichen Befürwortung solcher Schritte sei im vorliegenden Fall weder sinnvoll noch angezeigt (angefochtener Entscheid S. 16 f.).
Wie eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> im Einzelfall zu vollziehen ist, haben die Vollzugsbehörden zu entscheiden. Diese müssen somit nach den insoweit zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz im Einzelfall auch darüber befinden, ob im Rahmen der Therapie Vollzugslockerungen unter der gebotenen Berücksichtigung von Sicherheitsbedürfnissen zu verantworten sind, und je nach den Umständen darauf verzichten. Soweit die gerichtliche Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme an Stelle einer Verwahrung als implizite Befürwortung von Vollzugslockerungen durch das Gericht interpretiert werden könnte, wäre dies für die Vollzugsbehörden nicht massgebend. Daher kann die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme nicht mit dem Argument abgelehnt werden, dass sie als Befürwortung von Vollzugslockerungen verstanden werden könnte.
4.3 Nach der Einschätzung der Vorinstanz sind die Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Behandlung gering und zu unbestimmt (angefochtener Entscheid S. 16). Ob die Vorinstanz mit dieser Einschätzung die beiden Gutachten, auf welche sie sich stützte, in vertretbarer Weise gewürdigt hat, kann hier dahingestellt bleiben, weil diese aus nachstehenden Gründen als Entscheidungsgrundlage nicht ausreichen.
4.3.1 Das Gericht stützt sich beim Entscheid über die Anordnung einer therapeutischen Massnahme sowie bei der Änderung der Sanktion auf eine sachverständige Begutachtung. Diese äussert sich über (lit. a) die Notwendigkeit und die Erfolgsaussichten einer Behandlung des Täters; (lit. b) die Art und die Wahrscheinlichkeit weiterer möglicher Straftaten; und (lit. c) die Möglichkeiten des Vollzugs der Massnahme (<ref-law>). Eine sachverständige Begutachtung muss auch vorliegen, wenn das Gericht in Anwendung von Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB darüber zu befinden hat, ob gegenüber einem altrechtlich verwahrten Täter eine therapeutische Massnahme anzuordnen oder die Verwahrung nach neuem Recht weiterzuführen ist.
4.3.2 Das Gutachten von Prof. Dr. med. B._ und von Oberarzt Dr. med. C._ datiert vom 19. Januar 2000. Es wurde somit unter der Geltung des alten Rechts und der diesbezüglichen Rechtsprechung erstellt und war bei Ausfällung des angefochtenen Entscheids bereits sieben Jahre alt. Die Gutachter verneinten das Bestehen eines erfolgversprechenden Therapieansatzes. Die Erfolgsaussichten einer grundsätzlich indizierten Psychotherapie seien ungewiss. Aufgrund der Einmaligkeit des Falles könne nur eine kurzfristige Legalprognose erstellt werden. Jedenfalls müsse bis auf weiteres von einer erheblichen Gefahr für alle mit der Beschwerdeführerin beschäftigten Personen ausgegangen werden. Was seit Januar 2000 geschehen ist, berücksichtigt das Gutachten nicht.
Das Gutachten von Dr. med. A._ vom 28. März 2007 wurde im Auftrag und zu Handen der Anstalten Hindelbank erstellt. Gegenstand des Gutachtens bilden im Wesentlichen Fragen betreffend die Verlegung der Beschwerdeführerin auf die Integrationsabteilung, weitere Vollzugsmodalitäten sowie mögliche Haftschäden. Das Gutachten befasst sich zwar auch etwa mit der Frage, unter welchen Voraussetzungen und Umständen einerseits weitere Therapiefortschritte erzielt werden können und andererseits das bereits Erreichte wieder zunichte gemacht würde. Die Fragen betreffend die Behandlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin, die Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Massnahme und die Möglichkeit des Vollzugs einer solchen Massnahme bilden jedoch nicht Gegenstand des Gutachtens.
4.3.3 Damit liegt aber kein psychiatrisches Gutachten vor, welches sich speziell zur Behandlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin, zu den Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Behandlung und zu den Möglichkeiten des Vollzugs dieser Massnahme unter der gebotenen Berücksichtigung der unbestrittenen Gefährlichkeit der Beschwerdeführerin äussert. Bei dieser Sachlage hat die Vorinstanz ein ergänzendes Gutachten zu diesen Fragen einzuholen. Die Vorinstanz wird nach Eingang des Gutachtens unter Berücksichtigung der vorstehenden Erwägungen darüber entscheiden, ob eine stationäre therapeutische Massnahme anzuordnen oder aber die Verwahrung nach neuem Recht weiterzuführen ist.
5. Zusammenfassend ergibt sich somit Folgendes. Gegenüber einem gefährlichen psychisch gestörten Täter hat der Richter eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> an Stelle einer Verwahrung im Sinne von <ref-law> anzuordnen, wenn die hinreichende Wahrscheinlichkeit besteht, dass durch eine stationäre therapeutische Massnahme über die Dauer von fünf Jahren die Gefahr von weiteren mit der psychischen Störung im Zusammenhang stehenden Straftaten im Sinne von <ref-law> deutlich verringert wird. Nicht erforderlich ist hingegen eine hinreichende Wahrscheinlichkeit, dass bereits über einen Behandlungszeitraum von fünf Jahren ein Zustand erreicht wird, der es rechtfertigt, dem Täter Gelegenheit zu geben, sich in der Freiheit zu bewähren. Soweit die Vorinstanz höhere Anforderungen an das Ausmass, die Wahrscheinlichkeit und/oder die zeitliche Nähe des Erfolgs einer stationären therapeutischen Massnahme stellt, kann ihr nicht gefolgt werden. Ob die genannten Voraussetzungen erfüllt sind, kann aufgrund der vorliegenden Gutachten nicht entschieden werden. Daher hat die Vorinstanz ein ergänzendes Gutachten zu den Fragen der Behandlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin, den Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Behandlung und den Möglichkeiten des Vollzugs einer solchen Massnahme einzuholen.
Die Beschwerde ist somit im Sinne des Eventualantrags gutzuheissen, der Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich vom 21. Februar 2008 aufzuheben und die Sache zur Einholung eines ergänzenden Gutachtens und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
6. Die Beschwerdeführerin ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Gesuch ist gegenstandslos geworden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne des Eventualantrags gutgeheissen, der Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich vom 21. Februar 2008 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist gegenstandslos geworden.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Zürich hat den Vertreter der Beschwerdeführerin, Rechtsanwalt Matthias Brunner, mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Näf