Faits:
A. Né en 1943, X._ est immatriculé en Thaïlande auprès de l'Ambassade de Suisse à Bangkok depuis le 23 juillet 1990. Le 14 mai 1997, il a épousé Y._ née Z._, ressortissante thaïlandaise exerçant la profession d'institutrice. En mai 2002, il est revenu en Suisse où il a bénéficié de l'aide sociale pendant quelques mois avant de trouver un travail temporaire dans le cadre de l'Expo 02. A partir du 1er décembre 2002, il a été engagé comme collaborateur à l'Office d'impôt du district de Lausanne-ville. L'intéressé a pris une retraite anticipée à fin octobre 2006 et, compte tenu de vacances et d'heures supplémentaires, il est retourné vivre en Thaïlande auprès de son épouse dès septembre 2006.
B. Le 15 janvier 2004, l'Office d'impôt du district d'Yverdon (ci-après: l'Office d'impôt) a notifié à X._ la décision de taxation définitive pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2002. Le revenu du contribuable a été fixé à 8'700 fr. et imposé au taux de 3'400 fr. X._ a déposé une réclamation contre la décision de taxation, contestant pour l'essentiel la fixation de son domicile en Suisse et le calcul de ses frais professionnels.
Dans une décision préjudicielle du 23 février 2005, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a considéré que l'intéressé était assujetti à l'impôt de manière illimitée dans le canton de Vaud à partir du 1er mai 2002 (détermination du domicile fiscal). Cette décision a été confirmée le 7 mars 2006 par le Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif) puis par le Tribunal fédéral le 31 août 2006 (cf. arrêt 2P.99/2006 et 2A.193/2006).
Par décision du 27 mars 2006, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation de l'intéressé en tant qu'elle concernait les déductions revendiquées. Elle a également corrigé la taxation du 15 janvier 2004, décidant de tenir compte, pour le taux d'imposition, du revenu perçu par l'épouse de l'intéressé, domiciliée en Thaïlande, pendant la période concernée. Le revenu de l'intéressé a ainsi été fixé à 10'700 fr. et imposé au taux de 4'200 fr. pour l'impôt cantonal et communal de la période 2002.
Le contribuable a interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif.
C. Le 18 avril 2006, l'Office d'impôt a notifié à X._ les décisions de taxations définitives pour les périodes fiscales 2003 et 2004. Pour l'impôt cantonal et communal 2003 et 2004, son revenu a été fixé à 62'300 fr., respectivement 66'000 fr., et imposé au taux de 28'700 fr., respectivement 30'300 fr.; pour l'impôt fédéral direct 2003 et 2004, son revenu a été fixé à 54'100 fr., respectivement 57'900 fr., et imposé au taux de 57'400 fr., respectivement 61'100 fr. L'intéressé a formé réclamation contre ces décisions.
Il a ensuite contesté les décisions de taxations définitives des 25 octobre et 27 novembre 2006, concernant les périodes fiscales 2005 et 2006. Son revenu a été fixé à 70'200 fr., respectivement 58'700 fr., et imposé au taux de 30'500 fr., respectivement 32'100 fr., pour l'impôt cantonal et communal 2005 et 2006; pour l'impôt fédéral direct 2005 et 2006, son revenu a été fixé à 62'700 fr., respectivement 51'500 fr., et imposé au taux de 62'700 fr., respectivement 65'800 fr.
Sur proposition de l'Administration cantonale, l'intéressé a consenti à ce que les réclamations précitées soient jointes et transmises directement au Tribunal administratif comme recours, en tant que leur objet était "apparemment totalement identique" à celui du recours déjà pendant contre la décision sur réclamation du 27 mars 2006.
D. Par arrêt du 26 septembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours en tant qu'il était dirigé contre les décisions de taxation des 25 octobre et 27 décembre (recte: novembre) 2006 (impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2005 et 2006); il a modifié la décision du 15 janvier 2004 (période fiscale 2002) en ce sens que le revenu imposable pour l'impôt cantonal et communal a été fixé à 8'700 fr. et le revenu imposable pour l'impôt fédéral direct à 16'000 fr.; il a partiellement modifié les deux décisions du 18 avril 2006, en ce sens que le revenu imposable pour l'impôt cantonal et communal a été fixé à 60'700 fr. pour la période fiscale 2003 et à 64'400 fr. pour la période fiscale 2004; il a confirmé ces décisions pour le surplus. Le Tribunal administratif a considéré pour l'essentiel que les frais professionnels déductibles de l'intéressé devaient être établis par rapport à son domicile qui se trouvait dans le canton de Vaud; les frais de déplacement en Thaïlande relevaient d'une utilisation de son revenu, soit d'une dépense privée, que la loi ne permettait pas de déduire du revenu. Par ailleurs, s'agissant de la déduction des frais professionnels de l'épouse du contribuable, les forfaits fixés dans l'appendice à l'ordonnance du Département fédéral des finances du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'ordonnance sur les frais professionnels; RS 642.118.1) étaient inapplicables car ils conduisaient à un résultat erroné et choquant. L'application par analogie du régime des déductions opérées sur les gains accessoires au revenu net de l'épouse paraissait en revanche correspondre à la réalité.
E. Le recourant a porté sa cause devant le Tribunal fédéral par deux mémoires identiques, intitulés "recours de droit administratif" et "recours de droit public". Il demande de "suspendre l'arrêt du Tribunal administratif du 26 septembre 2007 jusqu'à droit connu de la décision de la Cour européenne des droits de l'homme". Il se plaint d'une constatation arbitraire des faits et d'une mauvaise application du droit. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
Le Tribunal administratif se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt et conclut au rejet des recours, dans la mesure où ils sont recevables.
L'Administration fédérale des contributions se rallie aux considérants de l'arrêt attaqué et propose le rejet du recours, sous suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant a formé un recours de droit public et un recours de droit administratif contre l'arrêt du Tribunal administratif du 26 septembre 2007. Entrée en vigueur le 1er janvier 2007, la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) remplace la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; RS 3 521; cf. <ref-law>) et s'applique à la présente procédure, l'acte attaqué ayant été rendu après cette date (<ref-law>). L'intitulé erroné des recours ne saurait préjuger de la voie ouverte, ni porter préjudice au recourant, pour autant que son écriture remplisse les conditions formelles de la voie de droit en cause (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 314 et les références).
1.2 L'arrêt attaqué concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2002 à 2006. Il peut être entrepris devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière de droit public pour l'impôt fédéral direct (art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]), ainsi que pour les impôts cantonal et communal. Le recours concerne en effet le traitement fiscal des frais professionnels, matière harmonisée figurant aux titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14; cf. <ref-law>), et porte sur des périodes postérieures au délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur l'harmonisation le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de cette loi (<ref-law>).
1.3 Les tribunaux cantonaux doivent rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans un seul acte - , l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées - ce qui n'exclut pas des renvois - et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distingue expressément les deux impôts (<ref-ruling> consid. 8.3 p. 511), ce qui n'a pas été le cas dans l'arrêt entrepris. Deux recours différents, qui peuvent aussi être contenus dans la même écriture, doivent également être introduits devant le Tribunal fédéral avec des conclusions adaptées à chacun des impôts.
Dès lors, comme le recourant n'a pas distingué, dans son recours, l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal, on pourrait se demander si celui-ci remplit les conditions de l'<ref-law>. Le Tribunal administratif a toutefois suscité la confusion, en rendant une seule décision pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal et en confondant les motivations, de sorte qu'il y a lieu de ne pas être trop sévère quant à la forme du recours, ce d'autant que le recourant n'est pas représenté par un mandataire professionnellement qualifié.
1.4 La seule conclusion formelle du recourant est en réalité une requête d'effet suspensif (cf. consid. 7 ci-dessous). Il n'est toutefois pas nécessaire que les conclusions soient formulées explicitement pour qu'elles soient recevables; il suffit qu'elles ressortent clairement des motifs allégués (<ref-ruling> consid. 1 p. 488; <ref-ruling> consid. 2c p. 95). En l'espèce, la lecture du mémoire de recours permet de déduire sans équivoque que l'intéressé conteste le montant de la déduction de ses frais professionnels ainsi que de ceux de son épouse et conclut implicitement à l'annulation de l'arrêt attaqué. Son recours répond ainsi de justesse aux exigences de l'<ref-law>.
Au surplus, déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, le recours est recevable au regard des <ref-law>.
2. Aucun fait nouveau ni aucune preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>), ce qui n'est pas le cas en l'espèce. Partant, les pièces nouvelles produites par le recourant pour première fois devant le Tribunal fédéral ne peuvent pas être prises en considération.
3. Le recourant se plaint d'une constatation arbitraire des faits. Il n'indique cependant pas quels faits auraient été constatés de façon arbitraire. Il se contente d'ajouter quelques précisions sur le détail des frais professionnels de son épouse; or, ces faits sont manifestement sans importance pour l'issue du litige et l'intéressé n'allègue même pas que leur prise en compte aurait permis d'aboutir à une solution différente de celle retenue par l'autorité intimée. Son grief est dès lors irrecevable.
4. En tant que l'intéressé revient sur la fixation de son domicile, ses griefs sont irrecevables. En effet, cette question a été tranchée définitivement par la Cour de céans dans un arrêt du 31 août 2006 (arrêt 2A.193/2006 et 2P.99/2006) et bénéficie dès lors de l'autorité de la chose jugée pour la période fiscale examinée, soit l'année 2002 (cf. art. 38 OJ, respectivement 61 LTF). Comme le recourant n'a fait valoir aucun motif indiquant que la situation aurait changé pendant les périodes litigieuses suivantes, on doit considérer qu'il est resté domicilié dans le canton de Vaud durant ces années également.
I Impôt fédéral direct
5. D'après l'<ref-law>, le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33a.
L'<ref-law> a la teneur suivante:
"1 Les frais professionnels qui peuvent être déduits sont:
a. les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail;
b. les frais supplémentaires résultant des repas pris hors du domicile et du travail par équipes;
c. les autres frais indispensables à l'exercice de la profession;
d. les frais de perfectionnement et de reconversion professionnels en rapport avec l'activité exercée.
2 Les frais professionnels mentionnés à l'al. 1, let. a à c, sont estimés forfaitairement; dans les cas de l'al. 1, let. a et c, le contribuable peut justifier des frais plus élevés."
En vertu de l'art. 3 de l'ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'Ordonnance; RS 642.118.1), le Département fédéral des finances fixe les déductions forfaitaires et les publie dans un appendice joint à l'Ordonnance. Les forfaits correspondent à des moyennes qui sont réputées correspondre aux dépenses effectives des contribuables. Leur montant est périodiquement mis à jour pour tenir compte de l'évolution du coût de la vie. Si, au lieu de la déduction forfaitaire, le contribuable fait valoir des frais plus élevés, il doit justifier la totalité des dépenses effectives ainsi que leur nécessité sur le plan professionnel (art. 4 de l'Ordonnance).
Au sens de l'art. 5 de l'Ordonnance, le contribuable qui utilise les transports publics pour les déplacements entre le domicile et le lieu de travail peut déduire ses dépenses effectives. Selon l'art. 7 al. 1 de l'Ordonnance, sont réputés autres frais professionnels pouvant faire l'objet d'une déduction forfaitaire, les dépenses indispensables à l'exercice de la profession, comme l'outillage professionnel et les vêtements professionnels, sous réserve de la justification de frais plus élevés.
Par ailleurs, l'art. 9 al. 1 de l'Ordonnance prévoit que le contribuable qui, pendant les jours de travail, séjourne là où il travaille et qui doit par conséquent y passer la nuit, mais qui, les jours fériés, regagne régulièrement son domicile fiscal, peut déduire le surplus de dépenses résultant de son séjour hors du lieu de domicile. Il s'agit des frais de repas pris hors du domicile (art. 9 al. 2), de logement (art. 9 al. 3) ainsi que des dépenses résultant du retour régulier au domicile fiscal et des frais nécessités au lieu de séjour par le déplacement entre le logement et le lieu de travail (art. 9 al. 4).
En cas d'activité accessoire, une déduction forfaitaire est également autorisée pour les frais professionnels du contribuable (art. 10 de l'Ordonnance). Selon l'appendice, cette déduction est de 20 % des revenus nets.
5.1 Le domicile du recourant se trouvant en Suisse, à Yverdon-les-Bains, pour les périodes fiscales litigieuses, les frais de déplacement doivent être calculés entre son domicile et son lieu de travail, respectivement entre Yverdon-les-Bains et Lausanne. Ce point n'est du reste pas contesté par l'intéressé, l'autorité de taxation ayant pris en compte le montant des frais de déplacement en transports publics que celui-là avait indiqué dans ses déclarations d'impôts. En revanche, contrairement à ce que le recourant prétend, il ne se trouve pas dans la situation d'un contribuable qui séjourne là où il travaille et qui regagnerait régulièrement son domicile en Thaïlande. C'est par conséquent à bon droit que le fisc n'a pas tenu compte des frais de logement et "de retour hebdomadaire" allégués. Comme l'a justement souligné l'autorité intimée, ces dépenses relèvent de l'utilisation du revenu et ne sont ainsi pas déductibles (cf. <ref-law>).
5.2 Le recourant ne critique pas, dans son principe, la prise en compte des revenus réalisés par son épouse pour déterminer le taux d'imposition. Il conteste en revanche le calcul des frais professionnels opéré par le fisc. Il estime que "la déduction de 20 % des frais d'acquisition comme pour les gains accessoires d'une personne travaillant à moins de 30 % est totalement arbitraire" et propose que l'on compense les revenus de son épouse par les frais liés à son acquisition. L'intéressé n'a toutefois produit aucune pièce justifiant que les dépenses effectives nécessitées par l'activité professionnelle de son épouse seraient plus élevées que la déduction forfaitaire; il ne peut dès lors reprocher au fisc de ne pas avoir tenu compte des frais allégués. Par ailleurs, il ne faut pas perdre de vue que les revenus de l'épouse du recourant ont été acquis en Thaïlande, pays où le coût de la vie est notoirement beaucoup moins élevé qu'en Suisse. Dans ces circonstances, il serait inadapté de déduire de ces revenus les forfaits prévus par l'Ordonnance, dans la mesure où ceux-ci sont calculés sur la base de frais moyens supportés en Suisse. La solution retenue par le fisc, soit d'appliquer la déduction forfaitaire en pour cent concernant les gains accessoires, paraît en revanche refléter davantage la réalité et mieux adaptée à la situation. Sur ce point, l'arrêt attaqué échappe également à la critique.
5.3 Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II Impôts cantonal et communal
6. L'<ref-law> prévoit, comme l'art. 25 en relation avec l'<ref-law>, que les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les dépenses générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables. L'art. 30 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux du canton de Vaud (ci-après: LI/VD) reprend les termes de l'<ref-law> (avec une précision à l'al. 1 lettre a, qui indique que, pour être déductibles, les frais de transport ne doivent pas être remboursés par l'employeur [cf. art. 1 al. 2 de l'Ordonnance]); la disposition cantonale est donc conforme à l'<ref-law>.
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives aux déductions des frais professionnels du recourant et de son épouse pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal. Partant, le recours doit également être rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
7. Le présent arrêt rend sans objet la requête d'effet suspensif du recourant.
8. Les conclusions du recourant étaient dénuées de toute chance de succès, de sorte qu'il convient de lui refuser l'assistance judiciaire (<ref-law>). Succombant, l'intéressé doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recou-rant.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au recourant, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 1er avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Mabillard