Sachverhalt:
A.
Die B._ AG (Vermieterin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) und die A._ GmbH (Mieterin, Beklagte, Beschwerdeführerin) schlossen am 30. April 2009 einen Mietvertrag über Geschäftsräume in Z._. Der Bruttomietzins betrug monatlich Fr. 8'013.--. Per 1. Januar 2011 wurde der Mietzins auf Fr. 8'119.-- erhöht. Ab Juni 2012 bezahlte die Mieterin keinen Mietzins mehr und bestand stattdessen auf Verrechnung der ausstehenden Mietzinse mit dem Guthaben von Fr. 48'000.-- gemäss Ziffer 21 des Mietvertrages.
B.
B.a. Mit Klage vom 23. Oktober 2012 beantragte die Vermieterin dem Bezirksgericht Rheinfelden, die Mieterin sei zur Zahlung von Fr. 24'351.-- nebst Zins zu verurteilen und in den Betreibungen Nr. xxx und Nr. yyy des Betreibungsamtes Kaiseraugst sei der Rechtsvorschlag in der Höhe von Fr. 8'117.-- bzw. Fr. 16'292.55 aufzuheben.
Mit Entscheid vom 17. Januar 2013 hiess die Gerichtspräsidentin des Bezirksgerichts Rheinfelden die Klage gut und hob den Rechtsvorschlag in den beiden Betreibungen im beantragten Umfang auf.
B.b. Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Aargau, welches diese mit Entscheid vom 24. September 2013 abwies.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 24. September 2013 sei aufzuheben und die Klage vom 23. September (recte: Oktober) 2012 sei abzuweisen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, nicht auf die Beschwerde einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D.
Mit Präsidialverfügung vom 25. Februar 2014 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
1.1. Der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert in mietrechtlichen Fällen nach <ref-law> ist gegeben.
1.2. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>), andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
1.3. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, da sich die Beschwerdeführerin nicht in genügender Weise mit dem angefochtenen Entscheid auseinandersetze bzw. ihre Beschwerdeschrift nur in gewissen untergeordneten Punkten von ihrer Berufungsschrift abweiche. In der Tat ist die Beschwerdeschrift nur in einigen Ziffern ergänzt worden, womit die Beschwerdeführerin den genannten Anforderungen an die Begründung nicht zu genügen vermag. Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin ist deshalb nur insoweit einzugehen, als diese den gesetzlichen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde in Zivilsachen genügt.
2.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226; <ref-ruling> E. 3 S. 395).
Die Beschwerdeführerin reicht dem Bundesgericht neu zwei Kündigungsschreiben vom 30. März 2009 und vom 16. April 2009 ein. Die Beschwerdegegnerin weist dabei zu Recht darauf hin, dass diese beiden Dokumente, die bereits im vorinstanzlichen Verfahren wegen verspäteter Einreichung unbeachtlich waren, auch im bundesgerichtlichen Verfahren nicht berücksichtigt werden können. Die Beschwerdeführerin legt denn auch nicht dar, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt wären.
3.
3.1. Der Mietvertrag zwischen den Parteien enthält folgende Klausel:
"21. Vorkaufsrecht/Diverses
Das Vorkaufsrecht wird auf 3 Jahre abgeschlossen. Der Kaufpreis beträgt CHF 1'200'000.00 bei geteilten Kosten. Bei einem allfälligen Kauf wird der Mieterschaft pro Jahr CHF 18'000.00 an den Kaufpreis angerechnet, solange das Vorkaufsrecht besteht, d.h. maximal CHF 54'000.00. Sollte das Vorkaufsrecht nicht ausgeübt werden, hat die Berechtigte keinen Anspruch auf Rückerstattung des Anrechnungsbetrages."
Die Beschwerdeführerin hat im kantonalen Verfahren geltend gemacht, sie habe der Beschwerdegegnerin, als das Mietobjekt zum Verkauf ausgeschrieben gewesen sei, mitgeteilt, sie sei an der Miete und einem späteren Kauf (mittels einer Kaufsoption) interessiert. Daraufhin sei ein Mietvertrag mit einer Vorkaufsrechtsklausel unterzeichnet worden. Im Mai 2012 habe sie jedoch erfahren, dass die Beschwerdegegnerin an einem Verkauf des Mietobjekts gar nie interessiert gewesen sei, weshalb sie gekündigt und der Beschwerdegegnerin mitgeteilt habe, dass sie an der Anrechnung der monatlichen Fr. 1'500.-- (Fr. 18'000.-- /12) wie im Falle einer Kaufsoption festhalte und dieses Guthaben mit den offenen Mietzinsforderungen verrechnen wolle.
3.2. Das erstinstanzliche Gericht hat erwogen, der geltend gemachte Rechtsirrtum der Beschwerdeführerin hinsichtlich der Vereinbarung eines Kaufs- bzw. Vorkaufsrechts sei unbeachtlich, da es ihr möglich und zumutbar gewesen sei, sich über den Inhalt des vereinbarten Mietvertrages rechtlich beraten zu lassen. Die Vorinstanz hingegen hat festgehalten, dass die Vertragsklausel, welche die Einräumung eines limitierten Vorkaufsrechts zum Gegenstand habe, wegen Nichteinhaltung der gesetzlich vorgeschriebenen Form (<ref-law>) nichtig sei. Der Mietvertrag bleibe jedoch auch ohne die nichtige Ziffer 21 bestehen:
Die Beschwerdeführerin habe weder vor dem erstinstanzlichen Gericht noch im Berufungsverfahren die Totalnichtigkeit des von ihr unterzeichneten Mietvertrages geltend gemacht. Soweit sie sich jedoch im Berufungsverfahren erstmals darauf berufe, sie hätte bei Kenntnis der Formungültigkeit des Kaufsrechts bzw. der Kenntnis, dass ihr nur ein Vorkaufsrecht und nicht ein Kaufsrecht eingeräumt wurde, nur einen um Fr. 1'500.-- reduzierten Mietzins akzeptiert, seien ihre Vorbringen verspätet und deshalb unbeachtlich. Selbst wenn auf dieses Vorbringen einzutreten gewesen wäre, würden diesbezüglich keine beweiskräftigen Anhaltspunkte vorliegen. Es habe damit nicht bewiesen werden können, dass der behauptete Irrtum der Beschwerdeführerin über die Natur des eingeräumten (jedoch nichtigen) Vor-/Kaufsrechts für die Höhe der von ihr eingegangenen Mietzinsverpflichtung tatsächlich bestimmend gewesen sei, wobei ein solcher wegen der festgestellten Nichtigkeit der betreffenden Vertragsklausel ohne Bedeutung sei. Darüber hinaus sei auch unbewiesen bzw. wegen verspätetem Vorbringen unbeachtlich, dass die Beschwerdegegnerin die Beschwerdeführerin bewusst nicht auf ihre Fehlvorstellung bezüglich Kauf-/Vorkaufsrecht aufmerksam gemacht habe. Angesichts der für ihre Tätigkeit vorauszusetzenden Geschäftsgewandtheit und der zur Prüfung zur Verfügung stehenden Zeit, treffe die Beschwerdegegnerin zumindest ebensolche Nachlässigkeit hinsichtlich der Feststellung der direkt aus den Bestimmungen des Obligationenrechts ersichtlichen Formbedürftigkeit des Kaufs- bzw. Vorkaufsrechts.
3.3. Die Beschwerdeführerin wendet dem gegenüber ein, sie habe sich bei Vertragsschluss in einem für die Beschwerdegegnerin erkennbaren Irrtum über eine wesentliche Vertragsklausel befunden, weshalb von dem Vertragsinhalt auszugehen sei, wie sie ihn in Kenntnis der Nichtigkeit akzeptiert hätte. Denn wäre die Beschwerdeführerin dem Irrtum nicht unterlegen, hätte sie den Mietvertrag nur um einen monatlich Fr. 1'500.-- reduzierten Mietzins geschlossen. Dies habe die Vorinstanz unter Verletzung ihres rechtlichen Gehörs unberücksichtigt gelassen. Zudem habe sich die Vorinstanz nicht damit auseinandergesetzt, dass die Beschwerdeführerin - die im Gegensatz zum Vertreter der Vermieterin kein Immobilienfachmann sei und demnach keine fundierten Fachkenntnisse besitze - darauf vertraut habe, den Kauf des Mietobjekts innerhalb der nächsten drei Jahre durch einseitige Willenserklärung herbeiführen zu können. Die Beschwerdegegnerin habe den für sie erkennbaren Irrtum der Beschwerdeführerin, was den Begriff des "Vorkaufsrechts" bzw. "Kaufsrecht" anbelangt, treuwidrig ausgenützt eventuell sogar bewusst herbeigeführt.
3.4. Die Vorinstanz hielt fest, ein unredliches oder gar täuschendes Verhalten der Beschwerdegegnerin sei nicht nachgewiesen worden. Soweit sich die Beschwerdeführerin erneut darauf beruft und geltend macht, die Beschwerdegegnerin habe sie mit der Vereinbarung eines Vorkaufsrechts anstelle eines Kaufsrechts bewusst in die Irre geführt, erschöpfen sich ihre Vorbringen in unzulässiger appellatorischer Kritik. Ebenso unbeachtlich ist ihr Einwand, sie hätte sich über das in Ziffer 21 tatsächlich Vereinbarte geirrt; die Beschwerdeführerin bestreitet nämlich im bundesgerichtlichen Verfahren die von der Vorinstanz festgestellte Teilnichtigkeit des Mietvertrages vom 30. April 2009 bzw. die Nichtigkeit der Ziffer 21 des Mietvertrages ausdrücklich nicht. Damit ist die Frage des Irrtums über den Inhalt dieser Klausel, wie die Vorinstanz richtigerweise festgehalten hat, ohne Bedeutung.
Die Beschwerdeführerin bringt zu Recht vor, dass bei festgestellter Teilnichtigkeit eines Vertrages, die Frage, ob der Vertrag auch ohne den nichtigen Teil geschlossen worden wäre, grundsätzlich nach dem Vertrauensprinzip zu beantworten ist, indem der mutmassliche bzw. hypothetische Parteiwille ermittelt wird, sofern nicht ein diesbezüglicher tatsächlicher Parteiwille nachgewiesen werden kann (<ref-ruling> E. 1.2 S. 470). Die Bestimmung des hypothetischen Parteiwillens ist eine vom Bundesgericht zu überprüfende Rechtsfrage, wobei es an die Feststellung des kantonalen Gerichts über die Tatsachen, die als Anhaltspunkte dafür in Betracht kommen, gebunden ist. Dabei ist danach zu fragen, welche Vereinbarung die Parteien unter den konkreten Umständen in Kenntnis des Mangels getroffen hätten (<ref-ruling> E. 3c S. 60 mit Hinweisen), wobei der Zeitpunkt des Vertragsschlusses dafür massgeblich ist.
3.5. Die Vorinstanz hat in tatsächlicher Hinsicht festgehalten, die Beschwerdeführerin habe bei Vertragsabschluss darauf bestanden, das Mietobjekt bloss zu mieten, obwohl es zum Verkauf gestanden habe. Den vereinbarten Mietzins habe sie akzeptiert. Selbst wenn ihr, wie von ihr nach ihrer Darstellung gewünscht, ein Kaufsrecht eingeräumt worden wäre, hätte die Anrechnungsmöglichkeit von monatlich während dreier Jahre bezahlter Fr. 1'500.-- unter der Bedingung gestanden, dass ein Kauf auch tatsächlich zustande komme. Dass sie schon bei Vertragsabschluss fest mit dem Abschluss eines Kaufvertrages gerechnet habe, habe die Beschwerdeführerin nicht (frühzeitig) behauptet. Jedenfalls würden die Akten den Schluss nicht zulassen, dass für die Beschwerdeführerin bei Vertragsabschluss das Zustandekommen eines Kaufvertrages im Verlaufe der dem Mietbeginn folgenden drei Jahren mit einer Gewissheit erwartet worden sei, die sie darauf habe vertrauen lassen können, es komme im Ergebnis mit Sicherheit zur Anrechnung der Fr. 1'500.-- und damit zu einer nachträglichen faktischen Reduktion der Miete für drei Jahre. Unter diesen Umständen könne auch nicht als bewiesen angesehen werden, dass die Beschwerdeführerin ohne Kaufsrecht den Mietvertrag mit der vereinbarten Miete auf keinen Fall eingegangen wäre.
Daraus erhellt, dass sich die Vorinstanz entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin, sehr wohl mit ihren Vorbringen auseinandergesetzt hat. Was die Beschwerdeführerin jedoch dagegen vorbringt, vermag nicht, diese Feststellungen als willkürlich auszuweisen: Sie legt auch im bundesgerichtlichen Verfahren nicht dar, dass und weshalb sie fest mit dem Zustandekommen eines Kaufvertrages gerechnet habe. Ihre Vorbringen erschöpfen sich vielmehr darin, sie hätte darauf vertraut, in den nächsten drei Jahren das Mietobjekt kaufen zu können. Allein damit kann jedoch nicht gesagt werden, dass sie den Mietvertrag nicht ohne ein Kaufsrecht geschlossen hätte. Sie begründet denn auch nicht, weshalb sie sich nicht sogleich für den Kauf des Mietobjekts entschieden hat, war das Mietobjekt doch unbestrittenermassen zum Kauf ausgeschrieben, wobei sie selber den Abschluss eines Mietvertrages bevorzugt hat. Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz lassen jedenfalls nicht darauf schliessen, dass der Mietvertrag nicht ohne den nichtigen Teil bzw. das Kaufsrecht geschlossen worden wäre. Die Rügen der Beschwerdeführerin sind unbegründet.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig ( Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze