Sachverhalt:
A. Am 18. August 2009 machte A._ (Beschwerdegegner) beim Arbeitsgericht Zürich eine Forderungsklage gegen die X._ AG (Beschwerdeführerin) rechtshängig. Er verlangte von ihr, nachdem er sein Begehren modifiziert hatte, Fr. 541'615.47 netto nebst Zins. Das Verfahren wurde auf die sachliche Zuständigkeit beschränkt. Sowohl das Arbeitsgericht als erste Instanz als auch das Obergericht des Kantons Zürich im Rahmen des Rekursverfahrens gingen davon aus, das Vertragsverhältnis zwischen den Parteien sei als Arbeitsvertrag zu qualifizieren und das Arbeitsgericht zur Beurteilung der geltend gemachten Forderung zuständig.
B. Mit Beschwerde in Zivilsachen gegen den am 24. Mai 2011 ergangenen Beschluss des Obergerichts beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, den angefochtenen Beschluss aufzuheben und festzustellen, dass das Arbeitsgericht sachlich nicht zuständig sei. Ihrem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 19. Juli 2011 statt. Der Beschwerdegegner beantragt, die Begehren der Beschwerdeführerin kostenfällig abzuweisen, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben eine Replik und eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Beschluss handelt es sich um einen Zwischenentscheid über die Zuständigkeit (<ref-law>), gegen den auch mit Blick auf den Streitwert (<ref-law>) die Beschwerde in Zivilsachen offen steht. Der angefochtene Beschluss ist kantonal letztinstanzlich (<ref-law>), zumal er nach Inkrafttreten der ZPO erging.
2. Die Beschwerdeführerin führt selbst aus, der Beschwerdegegner stütze seine Forderung auf einen angeblichen Arbeitsvertrag und stelle insbesondere auch Nachforderungen für den 13. Monatslohn, Ferienlohn und Sozialversicherungsbeiträge. Die Qualifikation des zwischen den Parteien bestehenden Verhältnisses ist damit nicht nur für die Zuständigkeit relevant, sondern auch für die Frage, ob die eingeklagten Ansprüche materiell bestehen.
2.1 Nach einem allgemeinen prozessualen Grundsatz ist bei der Beurteilung der Zuständigkeit primär auf den vom Kläger eingeklagten Anspruch und dessen Begründung abzustellen. Die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts hängt von der gestellten Frage ab, nicht von deren Beantwortung, die im Rahmen der materiellen Prüfung zu erfolgen hat. Die vom Kläger behaupteten Tatsachen, die sowohl für die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts als auch die Begründetheit der Klage erheblich sind (sog. doppelrelevante Tatsachen), sind für die Beurteilung der Zuständigkeit als wahr zu unterstellen. Sie werden erst im Moment der materiellen Prüfung des eingeklagten Anspruchs untersucht; diesbezügliche Einwände der Gegenpartei sind im Rahmen der Zuständigkeitsprüfung unbeachtlich. Eine Ausnahme gilt nur für den Fall, dass der klägerische Tatsachenvortrag auf Anhieb fadenscheinig oder inkohärent erscheint und durch die Klageantwort sowie die von der Gegenseite produzierten Dokumente unmittelbar und eindeutig widerlegt werden kann (<ref-ruling> E. 2.2 und 2.3). Für die Prüfung der Zuständigkeit ist daher ausschliesslich auf den Tatsachenvortrag des Klägers abzustellen. Zu beurteilen ist, ob die Behauptungen des Beschwerdegegners - sollten sie erwiesen sein - auf das Bestehen eines Arbeitsvertrags schliessen lassen. Bei doppelrelevanten Tatsachen ist der tatsächlich bewiesene Sachverhalt für den Entscheid über die materielle Begründetheit der Klage, nicht aber für die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts erheblich (<ref-ruling> E. 2.4.1 S. 36).
2.2 Diese Grundsätze verkennen sowohl die kantonalen Gerichte als auch die Parteien. Im Ergebnis unzutreffend wäre der angefochtene Beschluss nur, wenn auch gestützt auf die Behauptungen des Beschwerdegegners rechtlich nicht auf das Bestehen eines Arbeitsvertrages geschlossen werden könnte. So ist für die Zuständigkeit nicht massgeblich, ob der Beschwerdegegner tatsächlich an eine feste Arbeitszeitregelung gebunden war, sondern ob er Entsprechendes behauptet hat. Daher gehen auch die Ausführungen der Beschwerdeführerin, wonach der Verzicht auf eine Beweiserhebung <ref-law> verletze, an der Sache vorbei. Mit Bezug auf doppelrelevante Tatsachen ist für den Entscheid über die Zuständigkeit kein Beweisverfahren durchzuführen.
2.3 Dass auch gestützt auf die Behauptungen des Beschwerdegegners rechtlich nicht auf das Bestehen eines Arbeitsvertrages geschlossen werden kann, zeigt die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht hinreichend auf. Sie verfehlt insoweit die Begründungsanforderung (<ref-law>). Im Ergebnis ist daher nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz das Arbeitsgericht für zuständig erachtete. Ob tatsächlich ein Arbeitsvertrag vorliegt, ist für die Zuständigkeitsfrage nicht massgebend, und nur insoweit hat das Bundesgericht den angefochtenen Zwischenentscheid im Rahmen einer Zuständigkeitsbeschwerde nach <ref-law> zu überprüfen.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Dezember 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak