Sachverhalt:
A. Die 1955 geborene J._ meldete sich am 15. März 2005 zum Leistungsbezug bei der IV-Stelle des Kantons Bern an. Gestützt auf die medizinischen Abklärungen, insbesondere das Gutachten des Dr. med. L._, Facharzt für Innere Medizin und Rheumatologie, vom 23. Januar 2006, verneinte die IV-Stelle den Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung (Verfügung vom 4. April 2006). Den ermittelten Invaliditätsgrad von 24 % bestätigte die Verwaltung mit Einspracheentscheid vom 27. Juni 2007 und folgte hiebei nicht dem von der Versicherten ins Recht gelegten Privatgutachten vom 4. Dezember 2006.
B. Die dagegen angehobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 17. Februar 2009 ab.
C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einreichen und beantragen, es sei ihr, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids, eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 % zuzusprechen. Eventualiter sei der Gesundheitszustand mittels interdisziplinärer Begutachtung weiter abzuklären.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, währenddem Vorinstanz und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichten.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz legte zutreffend die Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (<ref-law>) und die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) dar. Richtig sind auch die Ausführungen zum Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law> in der bis zum 31. Dezember 2007 gültigen Fassung), und dass es Aufgabe des Arztes ist, den Gesundheitszustand zu beurteilen sowie zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person Stellung zu nehmen (<ref-ruling> E. 4 S. 261). Schliesslich erwähnt der angefochtene Entscheid die Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 3a S. 352), namentlich weist er korrekt darauf hin, dass weder die Herkunft des Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten, sondern dessen Inhalt ausschlaggebend für den Beweiswert ist (<ref-ruling> E. 3b/dd S. 353). Darauf ist zu verweisen.
2.2 In beweisrechtlicher Hinsicht ist zu ergänzen, dass die Ergebnisse der Beweiswürdigung im Allgemeinen (vgl. Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 34 zu <ref-law>; Markus Schott, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 29 zu <ref-law>) und insbesondere die auf der Würdigung ärztlicher Berichte und Gutachten beruhenden gerichtlichen Feststellungen zum Gesundheitsschaden und zur (Rest-) Arbeitsfähigkeit (Art. 6 und <ref-law>) tatsächlicher Natur sind (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398 f.; vgl. Entscheid I 9/07 vom 9. Februar 2007 E. 4) und somit einer bundesgerichtlichen Korrektur nur nach Massgabe des <ref-law> zugänglich sind (E. 1 hievor). Zu den in dieser Bestimmung erwähnten, frei zu prüfenden Rechtsverletzungen im Sinne von <ref-law> gehören u.a. die Missachtung der bundesrechtlichen Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten (vgl. Urteil I 853/06 vom 3. Oktober 2007, E. 4.1 am Anfang.; zu den einzelnen Beweisanforderungen: <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff., 122 V 157 E. 1c S. 160 ff., je mit Hinweisen), des Untersuchungsgrundsatzes, der Pflicht zu inhaltsbezogener, umfassender, sorgfältiger und objektiver Beweiswürdigung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 400) sowie der Regeln über die antizipierte Beweiswürdigung (dazu im Einzelnen: Urteil 9C_833/2007 vom 4. Juli 2008 E. 2.2; Urteil I 362/99 vom 8. Februar 2000 E. 4, mit Hinweisen, in: SVR 2001 IV Nr. 10 S. 28).
3. 3.1 Strittig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung, wobei die Beschwerdeführerin vorträgt, das vorinstanzliche Gericht habe dem Administrativgutachten des Dr. med. L._ vom 23. Januar 2006 bundesrechtswidrig vollen Beweiswert zuerkannt und den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt.
3. 3.1 Strittig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung, wobei die Beschwerdeführerin vorträgt, das vorinstanzliche Gericht habe dem Administrativgutachten des Dr. med. L._ vom 23. Januar 2006 bundesrechtswidrig vollen Beweiswert zuerkannt und den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt.
3.2 3.2.1 Das kantonale Gericht erwog, die Expertise von Dr. med. L._ stütze sich auf eine eingehende klinische Untersuchung, eine persönliche Befragung der Versicherten und berücksichtige nebst Labor- auch Röntgenbefunde sowie die medizinischen Vorakten. Entgegen der Betrachtungsweise der Beschwerdeführerin vermag der Hinweis des Dr. med. L._, er könne klinisch im Hals- und Brustwirbelsäulenbereich keinen gesicherten pathologischen Zustand erheben, den Beweiswert des Gutachtens nicht zu beeinträchtigen. Er verneinte nicht eine mit Röntgen nachgewiesene Pathologie (Röntgen vom 13. Januar 2006 mit ausgeprägten Ossifikationen der vorderen Längsbandstrukturen der Halswirbelsäule), sondern eine die Beschwerden erklärende Klinik. Die von ihm erkannte fehlende Konnexität zwischen Röntgennachweis und Klinik hält mit Blick auf das Privatgutachten des PD Dr. med. F._ der Überprüfung stand, welches zwar angibt, die Beschwerdeführerin habe nach einem Unfall ab 1992 dokumentierte Probleme mit der HWS und radiologisch seien spondylophytäre Ausziehungen im Bereich der HWS vorhanden. Jedoch beschreibt PD Dr. med. F._ weder posttraumatische Veränderungen, noch erklärt er die Klinik (Druckdolenz einzig im zervikothorakalen Übergang) mit den bildgebenden Verhältnissen (spondylophytäre Ausziehungen im Bereich der HWS). Zudem führt Frau Dr. med. R._ in den aktenkundigen Diagnoselisten keine HWS-Pathologien auf. Der von der Versicherten beigezogene Gutachter erläutert im Weiteren den Zusammenhang der leichtgradigen Keildeformation des BWK 6 zum erkannten Thoracovertebralsyndrom nicht, welche Symptomatik diagnostisch erwähnt ist, in die Beurteilung allerdings nicht einfloss. Es wird allein ein Druckschmerz im zervikothorakalen Übergang erwähnt, hingegen nicht auf der Höhe des BWK 6. Im Bericht der behandelnden Ärztin, Frau Dr. med. R._, vom 17. Mai 2005 werden retrosternale Thoraxschmerzen genannt, was nicht auf eine spondylogene Schmerzursache hindeutet.
3.2.2 Der Beweiswert der Expertise des Dr. med. L._ erfährt im Weiteren durch die im November 2005 stattgefundene Steroidbehandlung mit günstigem Einfluss auf die Beschwerden keine Minderung. Denn einerseits war sich Dr. med. L._ der Schwankungen im Beschwerdebild bewusst, und anderseits durfte er die positive Wirkung der Therapie bei der Zumutbarkeitsschätzung grundsätzlich berücksichtigen. In den gleichen Zusammenhang ist die von Dr. med. L._ vorgeschlagene Gewichtsreduktion zu stellen. Die Empfehlung und Einschätzung dieser sowohl verhältnismässigen wie wirksamen Therapiemassnahme beeinträchtigt die Beweiskraft der Expertise schon deshalb nicht, weil auch Frau Dr. med. R._ im Bericht vom 17. Mai 2005 zu einer Gewichtsabnahme geraten hat (BMI 24,5). Mit dem (sinngemässen) Vorwurf, Dr. med. L._ schreibe dem Übergewicht (diesmal BMI 25,5) eine zu grosse Bedeutung für die Schmerzgenese zu, lässt PD Dr. med. F._ unbeachtet, dass Dr. med. L._ die Gewichtsreduktion als eine unter anderen Massnahmen vorschlug. Davon abgesehen ist im Lichte der Diagnose eines Hypermobilitätssyndroms der Einbezug des Körpergewichts in die therapeutischen Überlegungen nachvollziehbar.
3.2.3 Nach durchgeführter Untersuchung verneinte Dr. med. L._ klinisch ein Sehneneinklemmphänomen, woraus PD Dr. med. F._ den unzulässigen Schluss zog, es würden hiemit Veränderungen verkannt, welche zu subakromialen Einklemmungen führen können. Die Aussage des Dr. med. L._ besagt jedoch nur, dass anlässlich der Untersuchung keine Einklemmungen vorhanden waren. Dessen weitergehende Feststellung einer freien Schulterbeweglichkeit steht in Einklang sowohl mit der funktionellen Ultraschalluntersuchung vom 2. März 2005 wie auch jener vom 7. November 2006, auf welche PD Dr. med. F._ seine Argumentation stützt. Schliesslich ist hinsichtlich der vom Privatgutachter als "am eindrücklichsten" bezeichneten Veränderungen im Bereich der Kniegelenke auf die am 13. Januar 2006 durchgeführte Röntgenuntersuchung mit einem Normalbefund hinzuweisen. Die bildgebenden Verhältnisse stehen folglich nicht in Einklang mit der Befundbeschreibung des PD Dr. med. F._, welcher die Abweichungen nicht erläutert. Beweisrechtlich relevante Fehler am Gutachten des Dr. med. L._ sind damit nicht dargetan.
3.3 Soweit der vorinstanzliche Entscheid die Einschätzung der Leistungsfähigkeit durch PD Dr. med. F._ beanstandet, wird damit - entgegen der Beschwerdeführerin - nicht ein sachfremdes Kriterium berücksichtigt. Vielmehr ist eine nachvollziehbare und schlüssige Leistungsschätzung wesentlich für die Aussagekraft des Gutachtens. Wenn die Versicherte sinngemäss die Bedeutung der Leistungseinschätzung damit bestreitet, dass die Expertise des PD Dr. med. F._ in erster Linie objektive Punkte aufzeige, welche Dr. med. L._ nicht beachtet habe, stehen dem die Fragen nach der zumutbaren Arbeitsfähigkeit im Privatgutachten entgegen, welche den Zweck der Begutachtung aufzeigen. Der Leistungsfähigkeitsschätzung des PD Dr. med. F._ folgte das vorinstanzliche Gericht aus einlässlichen Gründen nicht. Insgesamt hat das kantonale Gericht im Rahmen einer bundesrechtlich korrekten Beweiswürdigung die Beweistauglichkeit der Administrativexpertise vom 23. Januar 2006 mit Recht bejaht.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren eine offensichtlich unrichtige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes (<ref-law>). Richtig halte das vorinstanzliche Gericht fest, dass Dr. med. L._ die Schmerzschübe nur im Zusammenhang mit der Schulterproblematik thematisiere. Allerdings könnten sämtliche Gelenke von Schmerzschüben betroffen sein, weshalb der Sachverhalt unvollständig festgestellt sei. Übergangen habe das kantonale Gericht zahlreiche zum Hypermobilitätssyndrom gehörende gesundheitliche Probleme wie ein Loose-back-Syndrom, eine SIG-Dysfunktion und Spondylolyse, Arthralgien, akute Ergüsse bei Mono- und Polyarthriden, eine Früharthrose, Spreiz-, Knick- und Senkfüsse, Tendinopathien, sowie ein Knieschmerzsyndrom und Varikosis. Zudem seien seit der Hirntumoroperation von 1998 ständig vorhandene Kopfschmerzen aktenkundig, wobei der MRI-Befund vom 18. Februar 2003 diese objektiviere.
4.2 Diese Einwände lassen unbeachtet, dass gemäss angefochtenem Entscheid Dr. med. L._ die HWS- und BWS-Beschwerden thematisiert und nebst Schmerzen im Bereich der oberen Extremitäten auch leichtgradige DIP-Arthrosen des Zeige- und Mittelfingers beidseits bestätigt hat. Gleich wie PD Dr. med. F._ schreibt Dr. med. L._ die Schultergelenke und die Verhältnisse in der Lendenwirbelsäule (LWS; mit einer Retrolisthesis LWK 4 und 5) dem Hypermobilitätssyndrom zu. Auch wenn sämtliche Gelenke im Einzelfall von einer Hypermobilität betroffen sein können, stellte das kantonale Gericht nach Lage der Akten nicht offensichtlich unrichtig keinen derartigen Befund fest (<ref-law>). Sodann führte Frau Dr. med. R._ in der Stellungnahme vom 19. Juni 2006 wohl ein Loose-back-Syndrom an, welches hingegen in keiner aktenkundigen Diagnoseliste enthalten ist, und von der Vorinstanz somit auch nicht festgestellt werden konnte. Dr. med. L._ diskutierte weiter die Verhältnisse im Sakrum und beschrieb eine Hemilumbalisation; insbesondere setzte er sich schlüssig, nachvollziehbar und differenziert mit dem MRI-Befund des Iliosakralgelenks (ISG) vom 4. Juli 2003 auseinander, worin ein normales ISG-Gelenk nachgewiesen ist. Der Experte äusserte sich ferner zur Varikosis. Es lässt sich nichts gegen die vorinstanzlichen Feststellungen zu Bestand und Auswirkung der Kopfbeschwerden einwenden, zumal die behandelnde Ärztin, Frau Dr. med. R._, im Bericht vom vom 3. Februar 2005 die Kopfschmerzen lediglich als Nebendiagnose aufführte und am 17. Mai 2005 unter die Diagnosen ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit subsumierte. Wenn sie in ihrer Stellungnahme vom 19. Juni 2006 erklärt, Dr. med. L._ habe die täglich sehr stark limitierenden Kopfbeschwerden überhaupt nicht zur Kenntnis genommen, überzeugt dies mit Blick auf ihre Bewertung der Schmerzen in früheren Berichten nicht. Die Beschwerdeführerin stellt sich schliesslich auf den Standpunkt, die Vorinstanz gehe zu Unrecht von nicht objektivierten Kopfbeschwerden aus. Sie beruft sich auf den MRI-Befund des Schädels vom 18. Februar 2003 mit dem Nachweis stationärer postoperativer Veränderungen parieto-okzipital rechts. Laut MRI-Bericht weist der Schädel jedoch keine pathologischen Verhältnisse auf und im Vergleich zur Voruntersuchung vom 28. Januar 1999 bestand kein Hinweis auf einen Rezidivtumor bei Status nach Exstirpation eines rechts-okzipital gelegenen Falx-Meningeoms, womit das vorinstanzliche Gericht die Organizität der Kopfbeschwerden jedenfalls in nicht offensichtlich unrichtiger Weise ausschloss.
5. Die Kritik am Gutachten des Dr. med. L._ vom 23. Januar 2006 ist somit nicht stichhaltig und das kantonale Gericht durfte diesem bundesrechtskonform volle Beweiskraft zumessen. Die darauf gestützten Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit von 20 % in der angestammten Tätigkeit und von 15 bis 20 % in einer den Leiden adaptierten Beschäftigung sind nicht offensichtlich unrichtig oder Ergebnis einer unhaltbaren Beweiswürdigung. Der Einkommensvergleich durch die IV-Stelle mit einem Invaliditätsgrad von 24 % in der Verfügung vom 4. April 2006 ist mit Bezug auf die Berechnungsfaktoren (Vergleichseinkommen) nicht bestritten. Es besteht kein Anlass zu einer näheren Prüfung. Nachdem der rechtserhebliche Sachverhalt rechtsgenüglich abgeklärt worden ist, durfte die Vorinstanz ohne Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes auf die Anordnung weiterer Beweismassnahmen in antizipierter Beweiswürdigung verzichten (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162). Dem Antrag, es sei die Sache zur Vornahme ergänzender Abklärungen zurückzuweisen, ist daher nicht stattzugeben. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Bern vom 17. Februar 2009 verletzt Bundesrecht nicht.
6. Die Beschwerdeführerin hat als unterliegende Partei die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin