Sachverhalt:
A. A.a Z._ kaufte im Jahr 1993 von der einfachen Gesellschaft I._/J._ das Grundstück H._-Gbbl. Nr. xxxx an der S._strasse 55 in H._. X._ und Y._ kauften als einfache Gesellschaft von derselben Verkäuferin das benachbarte Grundstück H._-Gbbl. Nr. yyyy und die Ehegatten R._/W._ sowie die Partei U._/V._ zwei angrenzende Parzellen. In der Folge schlossen sich die vier Parteien zur Baugesellschaft "K._" zusammen. Der Zweck der Gesellschaft bestand darin, die Parzellen mit vier zusammengebauten Einfamilienhäusern zu überbauen. Die Partei U._/V._ schied in der Folge aus, worauf die drei verbliebenen Parteien dieses Grundstück erstanden und die vier Grundstücke durch Neuparzellierung auf drei Grundstücke mit grösserer Fläche reduzierten.
A.b Ab Juli 1994 wurden die drei Parzellen mit Einfamilienhäusern überbaut. Die elektrische Haupterschliessung wurde auf dem Grundstück von Z._ errichtet, wobei diverse Elektroleitungen in einem nahe bei seiner Gebäudehülle liegenden Elektroschacht (Schlaufschacht) gefasst wurden. Vom Schlaufschacht führen weitere Zuleitungen zu den drei Häusern. Im Vorfeld des Bezuges der Einfamilienhäuser im Jahr 1995 kam es zu ersten Wassereintritten im Luftschutzkeller des Hauses von Z._. Im Jahre 1999 erfolgte in dieser Liegenschaft erneut ein relevanter Wassereintritt, welcher dazu führte, dass sämtliche Wände des Untergeschosses bis auf eine Höhe von ca. 50 cm ab Boden total durchfeuchtet wurden. Die Ursache für die Wassereintritte war die mangelhafte Konstruktion des gemeinschaftlich genutzten Schlaufschachtes.
A.c Durch die inhaltlich übereinstimmende Klausel in den Ziffern 8 und 9 der Kaufverträge von Z._ und den Parteien X._ und Y._ vom 1. Juni 1993 verpflichteten sich diese für ein gegenseitiges Wegrecht sowie für alle übrigen im Zusammenhang mit der Überbauung erforderlichen gegenseitigen Erschliessungsdienstbarkeiten zum Abschluss eines Dienstbarkeitsvertrages Hand zu bieten. Die entsprechende Klausel lautet wie folgt :
"Zur Erschliessung der vier vorgenannten Grundstücke ist im nordwestlichen Teil der Parzellen von der S._strasse her die Erstellung eines Weges in der Breite von ca. 2.5 m geplant. Für dieses gegenseitige Wegrecht sowie für alle übrigen im Zusammenhang mit der genannten Überbauung erforderlichen gegenseitigen Erschliessungsdienstbarkeiten verpflichtet sich der Käufer ebenfalls, zum Abschluss des Dienstbarkeitsvertrages Hand zu bieten. Art und Umfang der erforderlichen gegenseitigen Erschliessungsdienstbarkeiten werden endgültig durch das Architekturbüro A._ AG festgesetzt."
B. B.a Z._ reichte am 19. September 2001 beim Gerichtskreis VIII L._ ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung betreffend Schadensursache für die Wassereintritte, Schadensverantwortung und Überprüfung vorgeschlagener Sanierungsmassnahmen und -kosten ein. Das Gesuch wurde mit Entscheid vom 22. November 2001 der Gerichtspräsidentin 2 gutgeheissen, worauf die Erstellung eines Gutachtens in Auftrag gegeben wurde.
B.b Mit Klage vom 12. Januar 2006 stellte Z._ das Rechtsbegehren, X._ und Y._ seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, ihm einen Fr. 16'000.-- übersteigenden Betrag nebst Zins zu 5 % seit 12. August 2004 für die Sanierungskosten und die Kosten für die vorsorgliche Beweisführung zu bezahlen.
Mit Eingabe vom 16. März 2006 schlossen X._ und Y._ auf Abweisung der Klage. Zudem beantragten sie widerklageweise, Z._ sei unter anderem zu verpflichten, innert gerichtlich zu bestimmender Frist einen Dienstbarkeitsvertrag gemäss Entwurf des Notars N._ aus dem Jahr 1995 zu unterzeichnen.
Der Gerichtspräsident 8 des Gerichtskreises VIII L._ verpflichtete mit Urteil vom 12. März 2008 X._ und Y._ zur Bezahlung von Fr. 2'123.30 nebst Zins zu 5 % seit dem 13. Januar 2006 und Fr. 374.85 nebst Zins zu 5 % seit dem 5. Februar 2008. Im Übrigen wies er die Klage ab und verurteilte Z._ in teilweiser Gutheissung der Widerklage, den Dienstbarkeitsvertrag gemäss Entwurf des Notars N._ innert 30 Tagen ab Rechtskraft des Urteils zu unterzeichnen.
B.c Am 28. März 2008 erklärte Z._ gegen dieses Urteil Appellation. Er stellte an der Hauptverhandlung vor Obergericht das modifizierte Rechtsbegehren, X._ und Y._ seien zu verpflichten, ihm unter solidarischer Haftbarkeit einen Betrag von Fr. 39'724.45 nebst Verzugszins zu 5 % ab 13. Januar 2006 auf Fr. 39'349.60 und ab 5. Februar 2008 auf Fr. 374.85 zu bezahlen. Die Widerklage sei vollumfänglich abzuweisen.
X._ und Y._ beantragten die Abweisung der Klage und die Gutheissung ihrer Widerklage.
Mit Urteil vom 4. November 2008 wurden X._ und Y._ verpflichtet, Z._ einen Betrag von Fr. 21'876.65 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 21'501.80 seit 13. Januar 2006 und auf Fr. 374.85 seit 5. Februar 2008 zu bezahlen. Im Übrigen wurde die Klage sowie die Widerklage auf Verurteilung zur Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages abgewiesen. Zudem wurden die Kosten ausgangsgemäss verteilt.
C. X._ und Y._ (fortan: Beschwerdeführer) sind am 16. Januar 2009 mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragen die Abweisung der Klage, soweit sie den Betrag von Fr. 2'498.15 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 2'123.30 seit dem 13. Januar 2006 sowie Zins zu 5 % auf Fr. 374.85 seit dem 5. Februar 2008 übersteigt. Zudem sei Z._ (nachfolgend: Beschwerdegegner) zu verurteilen, den Dienstbarkeitsvertrag, abgeändert durch das Streichen der Ziffer betreffend das Benützungsrecht für den allgemeinen Velounterstand sowie das Hinzufügen des Satzes "Gleiches gilt für den Schlaufschacht im Haus Nr. xxxx", innert 30 Tagen seit Rechtskraft des Urteils zu unterzeichnen.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (<ref-law>), mit welchem die Beschwerdeführer gestützt auf <ref-law> zur nachbarrechtlichen Kostentragung verpflichtet wurden sowie der Beschwerdegegner - entgegen dem Begehren der Beschwerdeführer - nicht zur Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages verurteilt wurde. Es handelt sich mithin um einen Entscheid in einer Zivilsache (<ref-law>), der das Verfahren abschliesst (<ref-law>), wobei die gesetzliche Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- überschritten ist (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen ist somit grundsätzlich zulässig.
1.2 Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dabei ist es unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 400; Urteil 4A_22/2008 vom 10. April 2008 E. 1). Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten, einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255), geltend gemacht wird. Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.1 S. 246; <ref-ruling> E. 4.1 S. 588 f.).
2. Das Obergericht hat die Beschwerdeführer, als Eigentümer des einen erschlossenen Grundstückes, gestützt auf <ref-law> zur Tragung von 1/3 der Sanierungskosten, mithin Fr. 11'589.10, und von 1/3 der im Zusammenhang mit der vorsorglichen Beweisführung entstandenen Kosten von insgesamt Fr. 8'081.30 sowie von 1/3 der durch die Feuerwehreinsätze verursachten Kosten, ausmachend Fr. 73.95, verpflichtet. Die Beschwerdeführer wenden sich gegen die Auferlegung dieser Kosten und rügen diesbezüglich eine willkürliche Feststellung des Sachverhaltes sowie einen Verstoss gegen die Schadenminderungspflicht (<ref-law> und Art. 43 f. OR). Die dem Beschwerdegegner zugesprochenen Nebenkosten von Fr. 2'123.30 haben die Beschwerdeführer indes im kantonalen Verfahren anerkannt. Sie bilden daher nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
Weiter erachtet das Obergericht die Voraussetzungen für die Verpflichtung des Beschwerdegegners zur Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages gemäss Entwurf des Notars N._ nicht als gegeben, während die Beschwerdeführer auf eine Verurteilung zur Unterzeichnung bestehen und diesbezüglich eine fehlerhafte Sachverhaltsfeststellung, eine Verletzung von <ref-law> sowie einen Verstoss gegen <ref-law>, Art. 11 f. OR, <ref-law> und <ref-law> rügen.
Vorliegend werden in einem ersten Schritt (E. 3) die Rügen betreffend die Kostenübernahme und in einem weiteren Schritt (E. 4) die Rügen betreffend die Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages abgehandelt.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer kritisieren vorab die Sachverhaltsfeststellungen des Obergerichts im Zusammenhang mit der Übernahme der Sanierungskosten und der vorsorglichen Beweisführung (Gutachten) als willkürlich.
3.1.1 Dem obergerichtlichen Urteil liegen folgende Sachverhaltsfeststellungen zugrunde:
Bei der Erstellung der drei Einfamilienhäuser habe die A._ AG, welche auch mit der Planungs- und Architekturarbeiten beauftragt gewesen sei, als Bauleitung fungiert. Die B._ AG sei mit einem Werkvertrag als Bauunternehmerin mit den eigentlichen Handwerksarbeiten betraut worden und zwar durch die A._ AG "im Auftrag und zu Lasten des Bauherrn", d.h. der Baugesellschaft "K._". Schliesslich seien anlässlich der Realisierung des Bauvorhabens von der B._ AG oder der Bauherrin verschiedene Arbeiten an weitere Unternehmer übertragen worden. So sei zwischen den Parteien unbestritten, dass die C._ AG mit der Erstellung der elektrischen Installationen und die D._ AG mit der Vornahme der Dichtungsarbeiten beauftragt worden seien. Entsprechende Verträge zwischen der B._ AG bzw. der Bauherrin (vertreten durch die Bauleitung) und diesen Unternehmungen befänden sich nicht bei den Akten.
Die ersten Wassereintritte im März 1995 seien durch die A._ AG bestätigt worden. Der Beschwerdegegner habe diese zur Behebung des Problems aufgefordert. Bereits zu diesem Zeitpunkt sei als Grund für die Wassereintritte die elektrische Haupterschliessung (Schlaufschacht) vermutet worden.
Über die A._ AG sei im Jahr 1996 der Konkurs eröffnet worden, worauf die Firma am 1. Mai 2002 im Handelsregister gelöscht worden sei.
Als im März 1999 erneut relevante Wassereintritte erfolgten, habe der Beschwerdegegner die B._ AG davon mit Schreiben vom 8. März 1999 in Kenntnis gesetzt und verlangt, dass die erforderlichen Massnahmen ergriffen würden. Der Beschwerdegegner habe im Schreiben darauf hingewiesen, dass die Arbeiten unzureichend vorgenommen worden seien. Weiter habe er auf die Garantiepflicht verwiesen. Zu diesem Zeitpunkt habe nach wie vor der Verdacht bestanden, dass der Schlaufschacht bzw. die Elektrozuleitungen Ursache für den Wassereintritt sein könnten. Die Werkunternehmerin B._ AG habe daraufhin eine Verjährungsverzichtserklärung bis zum 31. Dezember 2004 betreffend die Forderungen im Zusammenhang mit der Erstellung des Hauses abgegeben.
Mit Schreiben vom 5. August 1999 habe Fürsprecher F._, der damalige Rechtsvertreter des Beschwerdegegners, den Beschwerdeführern den erneuten Wassereintritt gemeldet und sie darauf hingewiesen, dass die ungedeckten Kosten von allen Parteien gleichermassen zu tragen seien. Die Beschwerdeführer hätten sich mit Schreiben vom 25. August 1999 auf den Standpunkt gestellt, dass für den Wassereintritt viele Ursachen in Frage kommen könnten, und ihre Bereitschaft verneint, sich am entstandenen Schaden zu beteiligen. Zudem hätten sie darauf hingewiesen, dass eine rechtzeitige Anmeldung des Schadens innert der Garantiezeit nicht erfolgt sei.
Im Juni 2001 sei den drei Liegenschaftseigentümern ein Sanierungsplan betreffend den Schlaufschacht von den E._ Architekten vorgelegt worden. Die Beschwerdeführer erklärten, dass sie den E._ Architekten nie einen Auftrag erteilt hätten und jegliche Kostenbeteiligung ablehnen würden. Ausserdem hätten sie dem Beschwerdegegner jede Manipulation oder Veränderung an ihren Elektrozuleitungen untersagt.
Im Juli 2001 habe zwischen den beteiligten Unternehmen (B._ AG, C._ AG, D._ AG), dem Beschwerdegegner und der Partei R._/W._ eine Besprechung vor Ort stattgefunden. Die Beschwerdeführer seien nicht anwesend gewesen. Anlässlich dieser Besprechung hätten die Beteiligten ihre eigene Verantwortung für den Schaden verneint bzw. diese anderen beteiligten Firmen, insbesondere der konkursiten A._ AG, zugewiesen.
Anlässlich der vorsorglichen Beweisführung sei das Gutachten G._ zur Schadensursache, Schadensverantwortung und Überprüfung vorgeschlagener Sanierungsmassnahmen und -kosten erstellt worden. Das detaillierte, schlüssige Gutachten komme zum Schluss, dass die Ursache für die Wassereintritte der mangelhaft konstruierte Schlaufschacht sei. Die technische Verantwortung für die mangelhafte Ausführung der Arbeiten, wie auch für eine geeignete Konstruktion mit richtigen speziellen Empfehlungen und Massnahmen, liege bei der Projekt- und Bauleitung, somit bei der A._ AG. Zudem seien die vom Architekturbüro E._ Architekten vorgeschlagenen Sanierungsmassnahmen angemessen und die Kosten der daraufhin erfolgten Sanierung von insgesamt Fr. 36'869.-- gerechtfertigt. Diese Feststellungen des Gutachtens seien zu übernehmen.
3.1.2 Die Beschwerdeführer machen sinngemäss geltend, das Obergericht hätte nicht nur prüfen müssen, ob dem Beschwerdegegner ein Vorgehen gegen die Unternehmerin B._ AG zumutbar gewesen wäre, sondern auch ein solches gegen die beiden Unternehmen C._ AG und/oder D._ AG. Indem es dies nicht getan habe, habe es den Sachverhalt offensichtlich mangelhaft festgestellt und gleichzeitig eine willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen. Denn es müsse insbesondere festgehalten werden, dass der Beschwerdegegner aufgrund der Aktennotiz der A._ AG vom 2. Juni 1995 bereits zu diesem Zeitpunkt wusste, dass die Wasserprobleme mit der Abdichtung der elektrischen Leitungen im Schlaufschacht zusammenhingen und hierfür die Unternehmer ins Recht zu fassen seien. Dennoch habe der Beschwerdegegner nichts gegen diese unternommen, obschon er aufgrund des Gesellschaftsvertrages alleine für die Durchsetzung der Garantieansprüche verantwortlich gewesen sei. Zudem bestätige auch das Schreiben des damaligen Rechtsvertreters F._ vom 5. August 1999 an die Beschwerdeführer, dass der Beschwerdegegner im Sommer 1999 davon ausging, dass die Ursache des Wassereintritts hauptsächlich auf die Anordnung der elektrischen Zuleitungen (Schlaufschacht) zurückzuführen war. Doch obwohl die Beschwerdeführer auf die Garantiefrist hingewiesen hätten, habe der Beschwerdegegner nichts unternommen. Weiter habe der Beschwerdegegner nie bestritten, dass ihm bekannt war, dass an der Erstellung des Schachts bzw. der Zuleitungen nicht nur die B._ AG, sondern auch die C._ AG und die D._ AG beteiligt waren. Somit hätte der Beschwerdegegner wissen müssen, dass nicht nur die B._ AG als mögliche Haftpflichtige in Frage komme. Wieso er gegenüber anderen Unternehmen untätig blieb, sei unverständlich. Das Obergericht sei vorschnell davon ausgegangen, dass die Verantwortung für den Schaden alleine bei der für die Planung und Bauleitung zuständigen A._ AG liege. Es habe sich für diese Schlussfolgerung einzig auf das gerichtlich angeordnete Gutachten G._ gestützt.
3.1.3 Einleitend ist festzuhalten, dass die seitenlangen Ausführungen der Beschwerdeführer teilweise schwer verständlich bzw. nicht nachvollziehbar sind. Auf weiten Strecken begnügen sie sich damit, ihre Sichtweise der Geschehnisse zu schildern, ohne sich mit den Entscheidgründen des Obergerichts genügend detailliert auseinanderzusetzen. Dass das Obergericht den Sachverhalt anders festgestellt und beurteilt hat, als es sich die Beschwerdeführer wünschen, bedeutet für sich alleine keine Willkür. Zudem unterlassen es die Beschwerdeführer teilweise, zwischen Tat- und Rechtsfragen zu unterscheiden bzw. ihre diesbezüglichen Rügen klar voneinander abzugrenzen. So begründen sie die willkürliche Sachverhaltsfeststellung im Zusammenhang mit der Schadenminderungspflicht hauptsächlich mit dem Argument, der Beschwerdegegner habe die Schadensursache und die dafür rechtlich verantwortlichen Unternehmen (C._ AG und D._ AG) gekannt. Trotzdem sei er gegen diese verantwortlichen Unternehmen nicht vorgegangen. Damit setzen die Beschwerdeführer voraus, dass diese Unternehmen für den Schaden haftbar sind und der Beschwerdegegner seiner Rügeobliegenheit bzw. seiner Schadenminderungspflicht nicht nachgekommen ist. Dem hält die Vorinstanz entgegen, dass die technische Verantwortung gemäss Gutachten G._ bei den A._ AG gelegen habe, dass auch die rechtliche Verantwortung bei diesen liege und folglich ein Vorgehen gegen diese beiden Unternehmen unter dem Gesichtspunkt der Einhaltung der Schadenminderungspflicht nicht erforderlich gewesen sei. Die Frage, welche Unternehmung für den Schaden rechtlich verantwortlich ist, beschlägt jedoch eine Rechtsfrage. Auch ist letztlich die Beantwortung dieser Frage für die weitere Frage der Kostentragungspflicht der Beschwerdeführer nicht ausschlaggebend. Denn entscheidend ist lediglich die Frage, ob es dem Beschwerdegegner zum Vorwurf gereichen kann, dass er gegen die Unternehmen C._ AG und D._ AG nicht vorgegangen ist bzw. ob ihm ein solches Vorgehen zumutbar gewesen wäre und ob er deshalb seiner Schadenminderungspflicht nicht nachgekommen ist. Anzumerken ist in diesem Zusammenhang weiter, dass es sich bei den meisten Ausführungen betreffend Verantwortlichkeit der beiden Unternehmen C._ AG und D._ AG ohnehin um neue Vorbringen handelt, die gemäss <ref-law> vor Bundesgericht unzulässig sind. Zudem kritisieren die Beschwerdeführer wiederholt das gerichtlich eingeholte Gutachten G._ und damit die sich darauf stützenden Feststellungen des Obergerichts. Es handelt sich bei den diesbezüglichen Vorbringen jedoch um eine äusserst allgemein gehaltene, appellatorische Kritik, die keine willkürliche Sachverhaltsfeststellung erkennen lässt.
Die Beschwerde erfüllt damit die gesetzlichen Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge nicht hinreichend (vgl. E. 1.2).
Im Einzelnen ist zu den Vorbringen ergänzend anzumerken, dass der Beschwerdegegner - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer - aufgrund der Aktennotiz der A._ AG vom 2. Juni 1995 nicht mit Sicherheit wissen konnte, wodurch die Wassereintritte verursacht wurden und welche Unternehmung dafür ins Recht zu fassen ist. Diese Aktennotiz enthält lediglich im Sinne einer Vermutung den Hinweis auf den Schlaufschacht als mögliche Schadensursache. Dies zeigt sich auch darin, dass gemäss Aktennotiz Ende 1995 eine Kontrollöffnung dieses Schachtes vorgesehen war, um die Abdichtung der Leitungen zu untersuchen. Weiter bleibt unklar, was die Beschwerdeführer aus dem Schreiben des Rechtsanwalts F._ vom 5. August 1999 herleiten wollen, geht doch auch daraus weder eine eindeutige Kenntnis der Schadensursache noch der Haftpflichtigen hervor. Zu erwähnen ist in diesem Zusammenhang, dass sich die Beschwerdeführer zu diesem Zeitpunkt selber auf den Standpunkt stellten, dass für den Wassereintritt viele Ursachen in Frage kommen könnten. Gleiches gilt für das Vorbringen, der Beschwerdegegner habe nie bestritten, dass ihm bekannt gewesen sei, dass an der Erstellung des Schachtes nicht nur die B._ AG, sondern auch die C._ AG und die D._ AG beteiligt waren. Anzumerken ist schliesslich, dass das appellatorische Vorbringen, die vorsorgliche Beweisaufnahme sei als "unnötige Weitläufigkeit" zu qualifizieren, nicht nachvollziehbar ist. Die Bedeutung dieses Gutachtens für das vorliegende Verfahren ist angesichts der komplexen Zusammenhänge gross und die Anordnung daher als sinnvoll zu erachten. Zudem ist der Entscheid für die Einholung des Gutachtens letztlich durch das Verhalten der Beschwerdeführer begünstigt worden. Zwar vertreten diese heute in ihrer Beschwerde die Meinung, es sei stets klar gewesen, dass die undichten Leitungen im Schlaufschacht den Wassereintritt verursacht hätten. Wie soeben ausgeführt, haben sich die Beschwerdeführer jedoch anfänglich nicht auf diesen Standpunkt gestellt.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass vorliegend eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts weder rechtsgenüglich aufgezeigt noch ersichtlich ist.
3.2 Weiter rügen die Beschwerdeführer eine Verletzung der Schadenminderungspflicht und damit eine Verletzung von <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>.
3.2.1 Dazu führen sie im Wesentlichen aus, die Vorinstanz habe die vom Beschwerdegegner zur Schadensabwehr erforderlichen Massnahmen zu leichthin als genügend angesehen. Der Beschwerdegegner habe es unterlassen, möglichst rasch die effektive Schadensursache zu ermitteln und die Verantwortlichen, nämlich die Unternehmen C._ AG und D._ AG, zur Rechenschaft zu ziehen. Hätte die Vorinstanz keine einseitige und willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen, wäre sie zum Schluss gekommen, dass der Beschwerdegegner seiner Schadenminderungspflicht gemäss <ref-law> und <ref-law> nicht nachgekommen und daher der aus <ref-law> entspringende Schadenersatzanspruch verwirkt worden sei. Schliesslich sei im Zusammenhang mit der Schadenminderungspflicht auch der von der Vorinstanz nicht bedachte Umstand zu berücksichtigen, dass im Sommer 1999, als der Beschwerdegegner Kenntnis vom erneuten Wassereintritt und der Schadensursache hatte, über die A._ AG zwar bereits der Konkurs eröffnet worden war, dieser indessen noch nicht abgeschlossen gewesen sei. Daher sei eine Konkurseingabe bzw. ein Vorgehen gegen die A._ AG noch möglich gewesen.
3.2.2 Gemäss <ref-law> haben die Grundeigentümer an die Kosten der Vorrichtungen zur Ausübung der nachbarrechtlichen Befugnisse im Verhältnis ihres Interesses beizutragen.
Der mangelhafte und für die Wassereintritte kausale Schlaufschacht befindet sich auf dem Grundstück des Beschwerdegegners und enthält neben den Elektrozuleitungen zu dessen Liegenschaft auch die entsprechenden Zuleitungen zu den übrigen zwei Liegenschaften der Überbauung. Mithin handelt es sich dabei um eine Vorrichtung, die zur Ausübung eines Nachbarrechts, nämlich einer Erschliessungsdienstbarkeit, erstellt worden ist. Diese Tatsache ist zwischen den Parteien denn auch unbestritten. Unbestritten ist weiter, dass der Elektroschacht allen Liegenschaften gleichermassen dient und die Sanierungskosten unter die geldwerten Aufwendungen für den Unterhalt der Vorrichtung zu subsumieren sind. Grundsätzlich sind somit die Sanierungskosten zu einem Drittel von den Beschwerdeführern zu tragen, welche eines der drei erschlossenen Grundstücke zu Eigentum besitzen.
Strittig ist vorliegend jedoch die Frage, ob die entstandenen Kosten nicht nach dem Gebot des Handelns nach Treu und Glauben bzw. der Schadenminderungsobliegenheit der rechtzeitigen Geltendmachung von Garantieansprüchen gegenüber allen beteiligten Unternehmen hätten vermieden werden können.
Nach <ref-law> kann der Richter die Ersatzpflicht ermässigen oder gänzlich von ihr entbinden, wenn Umstände, für die der Geschädigte einstehen muss, auf die Entstehung oder Verschlimmerung des Schadens eingewirkt haben. Das ist insbesondere der Fall, wenn der Geschädigte nicht alle nach den Umständen gebotenen Massnahmen ergriffen hat, um den Schaden gering zu halten (Urteil 4C.177/2006 vom 22. September 2006 E. 2). Der in dieser Bestimmung verankerte Grundsatz konkretisiert die allgemein geltende Pflicht zur schonenden Rechtsausübung (<ref-law>). Nach dem Grundgedanken dieser Vorschrift muss der Geschädigte den Schaden selbst tragen, soweit er ihn selbstverantwortlich mitverursacht hat. Dabei handelt es sich um einen allgemeinen Rechtsgrundsatz des privaten Haftungsrechts (<ref-ruling> E. 5.5.1 S. 189 mit Hinweisen). Dessen Verletzung hat zur Folge, dass der Schaden nur in dem Umfang zu ersetzen ist, wie er auch entstanden wäre, wenn der Geschädigte der Obliegenheit nachgekommen wäre (Urteil 4C.83/2006 vom 26. Juni 2006 E. 4). Grenze dieser Obliegenheit zur Schadenminderung bildet die Zumutbarkeit. Um den Schaden im Interesse des Haftpflichtigen zu mindern, muss der Geschädigte nur jene Massnahmen ergreifen, die ihm billigerweise zugemutet werden dürfen. Welche Anstrengungen vom Geschädigten verlangt werden können, ist in Würdigung sämtlicher Umstände zu beurteilen (Urteil C.449/1983 vom 22. Mai 1984 E. 2c/bb, nicht publiziert in <ref-ruling>; Urteil 4C.177/2006 vom 22. September 2006 E. 2). Mit dem Hinweis auf die Umstände billigt <ref-law> dem Richter einen breiten Ermessensspielraum zu, der ihm erlaubt, im Einzelfall den Verantwortlichkeiten angemessen Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 8c S. 459 mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft derartige Ermessensentscheide zwar frei, aber mit Zurückhaltung (<ref-ruling> E. 5.5.2 S. 191 mit Hinweisen). Da es sich bei der Verletzung der Schadenminderungspflicht um eine den Schaden oder die Ersatzbemessung reduzierende Einrede handelt, sind die entsprechenden Tatsachen vom Ersatzpflichtigen in den Prozess einzubringen.
3.2.3 Der Beschwerdegegner hat es unterlassen, Gewährleistungsansprüche gegenüber den Unternehmen C._ AG und D._ AG geltend zu machen. Diese Unterlassung kann jedoch kein Verhalten gegen Treu und Glauben indizieren bzw. dem Beschwerdegegner nicht zum Vorwurf gereichen. Voraussetzung für die Geltendmachung von Gewährleistungsansprüchen ist nämlich, dass die ins Recht gefasste Person den Mangel auch zu verantworten hat und für ihn einstehen muss. Fest steht zwar, dass die betreffenden Unternehmen an der Erstellung der Zuleitungen beteiligt waren, das Gutachten G._ kommt jedoch unmissverständlich zum Schluss, dass die technische Verantwortung für die mangelhafte Konstruktion des Schlaufschachtes bei den Architekten bzw. bei der Bauleitung, somit bei der A._ AG gelegen habe. Dem Gutachten ist weiter zu entnehmen, dass für die am Bau des Schlaufschachtes beteiligten Unternehmen nicht einmal eine Abmahnungspflicht bestanden habe. Zudem hat sich gemäss Gutachten zwar ergeben, dass die Abdichtung der Elektrozuleitungen mangelhaft erfolgt ist. Da jedoch nicht klar ist, wer diese Arbeitsweise angeordnet hat, kann allein aus diesem Mangel nicht auf ein Versagen der Handwerker bzw. der C._ AG und der D._ AG geschlossen werden. Vor diesem Hintergrund kann dem Beschwerdegegner in keiner Hinsicht ein Vorwurf gemacht werden. Abgesehen von der Frage der Verantwortlichkeit der Unternehmen konnte von ihm ohnehin nicht in guten Treuen verlangt werden, entgegen der Aussage eines ausgewiesenen Sachverständigen, gegen die C._ AG und die D._ AG vorzugehen. Vielmehr hat der Beschwerdegegner die zumutbaren Massnahmen ergriffen, indem er eine vorsorgliche Beweisführung beantragt hat und eine Expertise erstellen liess. Zudem ist darauf hinzuweisen, dass am 3. Juli 2001 eine Besprechung zwischen der B._ AG, der C._ AG, der D._ AG, dem Beschwerdegegner und dem Liegenschaftseigentümer R._/W._ stattfand, wobei die Anwesenden die Meinung vertraten, die Verantwortung sei der A._ AG zuzuweisen. Davon abgesehen erweisen sich die Ausführungen der Beschwerdeführer betreffend Belangung der beiden Unternehmen C._ AG und D._ AG weitgehend als neue und damit vor Bundesgericht unzulässige Vorbringen (<ref-law>), haben es doch die Beschwerdeführer unterlassen, im kantonalen Verfahren entsprechende Ausführungen betreffend die Rolle der beiden Unternehmen bzw. ein Vorgehen des Beschwerdegegners gegen diese zu machen und die entsprechenden Tatsachen in den Prozess einzubringen. Gleiches gilt auch für das erstmals vor Bundesgericht gemachte Vorbringen, eine Konkurseingabe bzw. ein Vorgehen gegen die A._ AG sei zeitlich noch möglich gewesen.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass es weder ersichtlich noch in der Beschwerde dargelegt worden ist, inwiefern das Obergericht mit seiner Ansicht, ein Vorgehen gegen weitere Unternehmen sei dem Beschwerdegegner billigerweise nicht zuzumuten gewesen, gegen die dargelegten Grundsätze verstossen hätte oder sein Ermessen bei der Beurteilung der Zumutbarkeit überschritten haben soll. Zu ersetzen sind daher die Sanierungskosten und die als Prozesskosten zu qualifizierenden Kosten der vorsorglichen Beweisführung in der vorinstanzlich festgestellten und von den Beschwerdeführern betragsmässig nicht beanstandeten Höhe. Gegen die durch die Feuerwehreinsätze verursachten Kosten wenden sich die Beschwerdeführer nur für den Fall der Gutheissung ihres Begehrens betreffend Nichtbezahlung der Sanierungskosten. Da dieses Rechtsbegehren indes abzuweisen ist, sind auch die vorinstanzlich festgestellten Kosten des Feuerwehreinsatzes geschuldet.
4. Betreffend den Themenbereich "Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages" rügen die Beschwerdeführer eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von <ref-law>, Art. 11 f. OR und <ref-law> sowie von <ref-law>.
4.1 Die Beschwerdeführer erblicken eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung insbesondere darin, dass die Vorinstanz bei der Beurteilung der Frage, ob die Beschwerdeführer gegen den Beschwerdegegner einen Anspruch auf Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages haben, einzig auf die beiden Kaufverträge vom Juni 1993 zurückgegriffen habe. Der Kaufvertrag vom 1. März 1994 und der Gesellschaftsvertrag vom 26. Juli 1993 seien demgegenüber willkürlich ausser Acht gelassen worden. Ohne nähere Prüfung nehme das Obergericht an, der Waldzugang sei seitens der Beschwerdeführer im Sinne einer bindenden Willenserklärung versprochen worden. So habe die Vorinstanz kommentarlos die entsprechende Behauptung des Beschwerdegegners übernommen, ohne die gegenteilige Aussage der Beschwerdeführer zu würdigen. Gleichzeitig rügen die Beschwerdeführer die sich auf die Aussagen des Beschwerdegegners und die weiteren Aussagen des Zeugen R._ gestützte Annahme des Obergerichts, es sei ein Waldzugang zugesichert worden, als Verletzung von <ref-law> und <ref-law>. Schliesslich rügen die Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law> und Art. 11 f. OR. Sie erblicken eine Verletzung der Formvorschriften für den Vorvertrag darin, dass das Obergericht die Vereinbarung eines Waldzugangs unter den Wortlaut des Kaufvertrages "gegenseitiges Wegrecht im nordwestlichen Teil der Parzellen" subsumiert.
4.2 Vorab ist festzuhalten, dass sich die Vorbringen der Beschwerdeführer zum Dienstbarkeitsvertrag teilweise als neu und damit als vor Bundesgericht unzulässig erweisen. Weiter unterlassen es die Beschwerdeführer erneut, klar zwischen Tatbestands- und Rechtsverletzungen zu unterscheiden. Soweit die Beschwerdeführer beispielsweise als Verletzung von <ref-law> und <ref-law> den Umstand rügen, die Vorinstanz habe allein gestützt auf Aussagen des Beschwerdegegners und des Zeugen R._ fälschlicherweise auf die Zusicherung des Waldzugangs geschlossen, handelt es sich ausschliesslich um die Würdigung von Beweisen und somit um Tatbestands- und nicht um Rechtsfragen. Abgesehen davon trifft diese Behauptung nicht zu. Denn das Obergericht hat die Zusicherung des Waldzugangs - entgegen den Behauptungen der Beschwerdeführer - hauptsächlich auf die Kaufvertragsformulierung "gegenseitiges Wegrecht" sowie auf den weiteren Umstand gestützt, dass in dem mit der Partei R._/W._ abgeschlossenen Dienstbarkeitsvertrag ein Fussweg zum im Nordosten der Liegenschaft gelegenen Wald vereinbart worden ist. Mit dieser Begründung setzen sich die Beschwerdeführer jedoch nur ansatzweise auseinander.
In ihrer Beschwerde vor Bundesgericht erblicken die Beschwerdeführer die vorvertragliche Basis neben den beiden Kaufverträgen vom Juni 1993 im Kaufvertrag über die vierte Parzelle vom 1. März 1994 und dem Gesellschaftsvertrag vom 26. Juli 1993. Diese Sichtweise und entsprechende Vorbringen im vorinstanzlichen Verfahren sind jedoch weder den kantonalen Akten noch dem obergerichtlichen Urteil zu entnehmen. Dass es sich hierbei nicht um ein neues und damit gemäss <ref-law> vor Bundesgericht unzulässiges Vorbringen handelt, hätten die Beschwerdeführer in ihrer Beschwerde dartun müssen (<ref-ruling> E. 3 S. 395). Auf die entsprechenden Ausführungen ist somit nicht einzutreten.
Das Obergericht kommt zum Schluss, dass die massgebliche Klausel im Kaufvertrag des Beschwerdegegners nicht als genügende vorvertragliche Grundlage für den Abschluss des beantragten Dienstbarkeitsvertrages genügen kann, da der Entwurf des Dienstbarkeitsvertrages des Notars N._ nur eine Belastung des Beschwerdegegners mit den Garagen und dem Luftschutzraum vorsieht, nicht aber auch eine Berechtigung aus einem gegenseitig eingeräumten Wegrecht. Ein derartiges (Miss-)Verhältnis von Verpflichtung und Berechtigung ergebe sich aus dem Kaufvertrag vom Juni 1993 indes nicht. Zudem habe sich anlässlich der oberinstanzlichen Verhandlung gezeigt, dass der Dienstbarkeitsentwurf den heutigen Gegebenheiten nicht mehr entspreche. Der Beschwerdegegner könne nicht verpflichtet werden, diesen Entwurf tel-quel zu unterzeichnen. Diesen Darlegungen ist zu folgen. Die Klausel des Kaufvertrages ist ohnehin eher als Absichtserklärung, die Erschliessung der Grundstücke noch zu regeln, zu verstehen. Zwar ist darin ein gegenseitiges Wegrecht von 2.5 m auf dem nordwestlichen Teil der zu belastenden Parzelle erwähnt, indes fehlen für die Durchsetzbarkeit der Klausel wesentliche Elemente wie beispielsweise eine Preisbestimmung. Zudem wird für die weitere Erschliessung auf die Architekten verwiesen. Daraus wird ersichtlich, dass der Kaufvertrag auf eine mittels Dienstbarkeitsverträgen noch zu regelnde Gesamtlösung hinzielt, welche die Parteien miteinander anzustreben haben. Anstatt auf diese einschlägigen Begründungen der Vorinstanz hinreichend einzugehen, wollen die Beschwerdeführer hingegen mit weitschweifenden Ausführungen eine Verletzung der Formvorschriften (Art. 22 und Art. 11 OR) dartun. Diese Ausführungen zielen an der Sache vorbei.
Vor diesem Hintergrund kann der Beschwerdegegner nicht zur Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages verpflichtet werden. Folglich ist der Dienstbarkeitsentwurf des Notars N._ auch nicht bezüglich des Velounterstandes und des Schlaufschachtes abzuändern. Die Ausführungen der Beschwerdeführer zu diesem Rechtsbegehren werden damit hinfällig.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Ausgangsgemäss tragen die Beschwerdeführer unter solidarischer Haftbarkeit die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Da der angefochtene Entscheid nicht geändert wird, sind die Kosten des kantonalen Verfahrens nicht neu zu verteilen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juni 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Escher Gut