Sachverhalt:
A. Mit öffentlich beurkundetem Grundstückkaufvertrag vom 4. Juni 2004 erwarb A. X._ (Beschwerdeführer) von B. Y._ (Beschwerdegegner) eine Eigentumswohnung in Kaiseraugst zum Preis von Fr. 495'000.--. Vorgängig hatte der Beschwerdegegner dem Beschwerdeführer gestützt auf einen am 30. Mai 2004 geschlossenen Vertrag einen Betrag von Fr. 100'000.-- übergeben. Mit Schreiben vom 29. Januar 2007 verlangte der Beschwerdegegner vom Beschwerdeführer die Rückzahlung dieses Betrags, da es sich beim Vertrag vom 30. Mai 2004 seiner Ansicht nach um einen Darlehensvertrag handelte. Nach Ansicht des Beschwerdeführers war mit diesem Vertrag aber eine Schenkung vereinbart worden, weshalb er eine Rückzahlung ablehnte. In der daraufhin gegen ihn eingeleiteten Betreibung über Fr. 100'000.-- erhob der Beschwerdeführer Rechtsvorschlag.
B. B.a Am 7. Dezember 2007 reichte der Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Rheinfelden Klage ein mit dem Begehren, es sei der Beschwerdeführer zur Zahlung von Fr. 100'000.-- zu verurteilen und es sei der Rechtsvorschlag in der angehobenen Betreibung aufzuheben sowie definitive Rechtsöffnung für den Betrag von Fr. 100'000.-- zu erteilen. Mit Urteil vom 11. November 2009 wies das Bezirksgericht Rheinfelden die Klage ab.
B.b Gegen dieses Urteil legte der Beschwerdegegner Appellation beim Obergericht des Kantons Aargau ein mit dem Begehren, es sei das erstinstanzliche Urteil aufzuheben und es sei der Beschwerdeführer zur Zahlung eines Betrags von Fr. 100'000.-- zu verurteilen. Zudem sei der Rechtsvorschlag in der angehobenen Betreibung aufzuheben und es sei definitive Rechtsöffnung für den Betrag von Fr. 100'000.-- zu erteilen.
Mit Urteil vom 14. September 2010 hiess das Obergericht die Appellation gut, verurteilte den Beschwerdeführer zur Zahlung eines Betrags von Fr. 100'000.-- an den Beschwerdegegner und hob den Rechtsvorschlag des Beschwerdeführers auf.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. Oktober 2010 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 14. September 2010 aufzuheben und es sei die Klage des Beschwerdegegners vom 7. Dezember 2007 in Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils abzuweisen.
Der Beschwerdegegner schliesst in seiner Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) in einer Zivilsache (<ref-law>), die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist daher unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz sei offensichtlich unrichtig und beruhe zudem auf einer Verletzung von <ref-law>. Die Vorinstanz habe die Beweismittel einseitig zu Gunsten des Beschwerdegegners gewürdigt. Die Parteien hätten unterschiedliche Exemplare des am 30. Mai 2004 geschlossenen Vertrags eingereicht. Die Vorinstanz habe das Vertragsexemplar des Beschwerdegegners als massgebend betrachtet und das vom Beschwerdeführer eingereichte Vertragsexemplar bei den weiteren Erörterungen in keiner Weise mehr berücksichtigt.
2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Der Beschwerdeführer, welcher die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise ihrer Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3).
2.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, die Parteien hätten am 30. Mai 2004 einen Vertrag geschlossen. Bezüglich der unterschiedlichen Vertragsversionen stellte die Vorinstanz lediglich fest, dass jedenfalls die vom Beschwerdeführer eingereichte Vertragsurkunde nicht dem von den Parteien am 30. Mai 2004 geschlossenen Vertrag entspreche. Die Vorinstanz nannte dafür zwei Gründe. Erstens verwies sie auf eine Aussage des Beschwerdeführers anlässlich der erstinstanzlichen Parteibefragung. Der Beschwerdeführer hatte bei dieser Befragung zugestanden, er habe mit einer zweiten Unterschrift auf der Vertragsurkunde vom 30. Mai 2004 einen handschriftlichen Passus unterschrieben, wonach nur er Eigentümer der Eigentumswohnung sei und nicht auch seine Ehefrau. Während die vom Beschwerdegegner eingereichte Vertragsurkunde aber zahlreiche handschriftliche Änderungen und Streichungen enthielt, darunter auch den vom Beschwerdeführer in der Parteibefragung angesprochenen Passus samt zweiter Unterschrift des Beschwerdeführers, wies die vom Beschwerdeführer eingereichte Vertragsurkunde keinerlei handschriftliche Änderungen und auch nur eine Unterschrift auf. Die Vorinstanz schloss daraus, dass letztere Vertragsurkunde nicht massgebend sein könne, zumal der Beschwerdeführer selbst zumindest eine handschriftliche Änderung zugestanden hatte. Zweitens führte die Vorinstanz aus, das vom Beschwerdegegner eingereichte Vertragsexemplar passe auch besser zum Grundstückkaufvertrag. In diesem wurde die Ehefrau des Beschwerdeführers nicht auf der Käuferseite aufgeführt, was zu der erwähnten handschriftlichen Korrektur in der vom Beschwerdegegner eingereichten Vertragsurkunde passe, wonach der Beschwerdeführer alleiniger Eigentümer der Wohnung werde. Auch aus diesem Grund könne das vom Beschwerdeführer eingereichte Vertragsexemplar nicht massgebend sein.
2.3 Der Beschwerdeführer bringt zur Begründung seiner Rügen grösstenteils appellatorische Kritik vor, ohne dass er sich mit der Begründung der Vorinstanz auseinandersetzt. Es kann allerdings offen bleiben, ob er damit den Begründungsanforderungen genügt. Die Vorinstanz hat im Rahmen ihrer Beweiswürdigung sachlich und eingehend dargelegt, weshalb die vom Beschwerdeführer eingereichte Vertragsurkunde nicht dem von den Parteien geschlossenen Vertrag entsprechen könne. Die Rügen erweisen sich somit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
3. Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Feststellung des Sachverhalts sei auch insofern offensichtlich unrichtig und beruhe auf einer Verletzung von <ref-law>, als die Vorinstanz negiere, dass es sich beim Vertrag vom 30. Mai 2004 um ein Schenkungsversprechen handle und mithin eine Pflicht zur Rückerstattung ausgeschlossen worden sei. Die Vorinstanz sei davon ausgegangen, dass bei umstrittener Qualifikation eines Vertrags als Schenkung oder als Darlehen eine allgemeine Vermutung bestehe, die gegen eine Schenkung spreche. Dies führe in Verletzung von <ref-law> zu einer Herabsetzung des Beweismasses zu Gunsten des Beschwerdegegners in dem Sinne, dass für den Beweis des Vorliegens eines Darlehensvertrags nicht mehr das Regelbeweismass massgebend sei. Die Vorinstanz habe zudem den wirklichen Willen der Parteien falsch ermittelt und gestützt darauf den von ihnen geschlossenen Vertrag fälschlicherweise als Darlehen und nicht als Schenkung qualifiziert, womit auch eine Verletzung von Art. 18 Abs. 1, Art. 239 sowie Art. 312 OR vorläge. Der Beschwerdeführer habe nie die Absicht gehabt, einen Darlehensvertrag abzuschliessen.
3.1 Der Inhalt eines Vertrages ist durch Auslegung der Willensäusserungen der Parteien zu bestimmen. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Bleibt eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 3.1). Dabei ist vom Wortlaut der Erklärungen auszugehen, welche jedoch nicht isoliert, sondern aus ihrem konkreten Sinngefüge heraus zu beurteilen sind (<ref-ruling> E. 3a). Aus diesem kann hervorgehen, dass der Empfänger einzelne Aussagen des Erklärenden nicht in ihrer wörtlichen Bedeutung, sondern in einem anderen Sinne verstehen musste (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 5.2; je mit Hinweisen). Demnach ist der vom Erklärenden verfolgte Regelungszweck, wie ihn der Erklärungsempfänger in guten Treuen verstehen durfte und musste, massgebend (<ref-ruling> E. 4 S. 28). Dabei ist zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht anzunehmen ist, die Parteien hätten eine unangemessene Lösung gewollt (<ref-ruling> E. 3a S. 424, mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz hat die Frage offen gelassen, ob zwischen den Parteien eine tatsächliche Willensübereinstimmung in Bezug auf eine Rückerstattungspflicht des Betrags von Fr. 100'000.-- bestanden habe. Sie hat eine solche tatsächliche Willensübereinstimmung mithin nicht festgestellt. Im Rahmen der Auslegung des Parteiwillens befand die Vorinstanz die Ausführungen des Beschwerdeführers, wonach dieser nicht über genügend Eigenkapital verfügt habe und der Beschwerdegegner ihn daher mit der Schenkung des Betrags von Fr. 100'000.-- habe unterstützen wollen, für nicht einleuchtend. Die Vorinstanz führte aus, wenn der Beschwerdegegner wirklich beabsichtigt hätte, dem Beschwerdeführer den Erwerb der Wohnung durch eine Schenkung von Fr. 100'000.-- zu ermöglichen, so hätten die Parteien auch einfach den Kaufpreis um diesen Betrag vermindern können. Die Parteien hätten als weitere Variante auch vereinbaren können, dass der Beschwerdegegner dem Beschwerdeführer diesen Betrag schenke. Der unbestrittenermassen vom Beschwerdegegner aufgesetzte Vertrag vom 30. Mai 2004 laute aber (wiedergegeben in der Originalschreibweise) wie folgt:
"Y. B._ gewährt am 2. Juni 2004 X. A._ und X. C._ ein Betrag von CHF 100'000.-- (Hundertausendfranken) als Eigenkapital für den Kauf der Eigentums Wohnung in Z._.
Y. B._, bestätigt das nach der Kaufabwicklung durch der UBS Bank keine Forderung vom gegebenen Betrag von CHF 100'000.-- (Hunderttausend Franken) gegenüber X. A._ und X. C._ zusteht."
Im vom Beschwerdegegner eingereichten Vertragsexemplar sei der zweite Absatz gestrichen. Die Vorinstanz liess offen, ob diese Streichung dem Willen beider Parteien entsprochen habe, da ohnehin auch aus dem zweiten Absatz des Vertrags ein Schenkungsversprechen nicht hervorgehe. Der Vertragswortlaut und insbesondere der zweite Absatz passe zudem wesentlich besser zu der vom Beschwerdegegner vorgebrachten Sachdarstellung. Danach hätten die Parteien zunächst einen Grundstückkaufvertrag über formell Fr. 595'000.-- abschliessen wollen, unter gleichzeitiger Überlassung eines nicht zurückzubezahlenden Betrags von Fr. 100'000.-- durch den Beschwerdegegner an den Beschwerdeführer und dessen Ehefrau. Da sich die Parteien danach aber entschlossen hätten, lediglich den wirklich gewollten Kaufpreis von Fr. 495'000.-- in den Grundstückkaufvertrag aufzunehmen, sei für den Betrag von Fr. 100'000.-- dann eine Rückzahlungspflicht vereinbart worden. Die Vorinstanz führte aus, diese Darstellung passe sowohl zu der Formulierung des zweiten Absatzes als auch zu der - vom Beschwerdeführer zwar bestrittenen - späteren Streichung dieses Absatzes. Schliesslich führte die Vorinstanz aus, es widerspreche der Lebenserfahrung, dass jemand einer anderen Person ohne gewichtigen Grund, insbesondere ohne verwandtschaftliche oder besondere freundschaftliche Beziehung, einen doch erheblichen Betrag von Fr. 100'000.-- schenke. Der vom Beschwerdeführer dafür vorgebrachte Grund, der Beschwerdegegner habe unter Zeitdruck gestanden, könne sich grundsätzlich schon auf den Kaufpreis auswirken, bewirke aber kaum einen Abschlag am Kaufpreis in der Höhe von 20 %. Insgesamt sei daher davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner dem Beschwerdeführer den Betrag von Fr. 100'000.-- nicht geschenkt habe, sondern dass der Betrag zurückzuzahlen sei.
3.3 Soweit der Beschwerdeführer Sachverhaltsrügen dagegen vorbringt, dass die Vorinstanz von der Vereinbarung einer Rückerstattungspflicht ausging, verkennt er, dass die Vorinstanz diesbezüglich keine tatsächliche Willensübereinstimmung festgestellt hat. Die Vorinstanz hat die Willenserklärungen der Parteien vielmehr nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt. Eine solche Auslegung prüft das Bundesgericht als Rechtsfrage. Die in diesem Punkt vorgebrachten Sachverhaltsrügen des Beschwerdeführers gehen somit fehl. Dies gilt auch für die gerügte Verletzung von <ref-law> dadurch, dass die Vorinstanz von einem falschen Beweismass ausgegangen sei. Der Frage des Beweismasses kommt lediglich im Rahmen der Beweiswürdigung Bedeutung zu, nicht aber im Rahmen der - hier erfolgten - Rechtsanwendung.
3.4 Was die Auslegung der Willenserklärungen nach dem Vertrauensprinzip angeht, so überzeugen die Ausführungen der Vorinstanz. Die Auslegung ist auch insoweit nicht zu beanstanden, als die Vorinstanz der Argumentation des Beschwerdeführers nicht gefolgt ist, wonach der Beschwerdegegner unter grossem Druck gestanden habe und rasch auf flüssige Mittel angewiesen gewesen sei. Der Beschwerdegegner hat das ihm vom Beschwerdeführer unterstellte Ziel eines raschen Verkaufs der Wohnung nämlich nicht nur mit einer Schenkung, sondern auch mit einem Darlehen erreichen können. Auch dieses war geeignet, dem Beschwerdeführer rasch zum nötigen Eigenkapital zu verhelfen, um eine Hypothek bei der Bank aufnehmen zu können. Die Vorinstanz hat somit Bundesrecht nicht verletzt, indem sie aufgrund einer Auslegung der Willenserklärungen der Parteien nach dem Vertrauensprinzip zum Schluss kam, diese hätten die Rückzahlung des Betrags von Fr. 100'000.-- vereinbart. Die Rüge erweist sich als unbegründet.
3.5 Ausgehend von diesem Auslegungsergebnis hat die Vorinstanz den zwischen den Parteien geschlossenen Vertrag richtigerweise als Darlehen qualifiziert. Auch die Rüge der Verletzung von Art. 239 und Art. 312 OR erweist sich damit als unbegründet.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).
Die vom Rechtsvertreter des Beschwerdeführers dem Bundesgericht eingereichte Honorarnote über Fr. 9'367.25 ist nach ständiger Praxis des Bundesgerichts für die Bestimmung der Parteientschädigung nicht ausschlaggebend. Diese bemisst sich vielmehr nach dem Streitwert, der Wichtigkeit der Streitsache, ihrer Schwierigkeit sowie dem Umfang der Arbeitsleistung und dem Zeitaufwand des Anwaltes (Art. 3 Abs. 1 des Reglements über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht; SR 173.110.210.3). Im vorliegenden Fall ist aufgrund der erwähnten Kriterien ein Pauschalbetrag von Fr. 6'000.-- angemessen. Die Mehrwertsteuer ist in diesem Betrag enthalten (<ref-ruling> E. 4b S. 202 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. März 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Schreier