Sachverhalt:
A. A.a Am 9. Oktober 1995 offerierte die X._ AG (Beschwerdeführerin) A._ (Beschwerdegegner), im Berggasthaus "Y._" in B._ die Terrasse des Gartenrestaurants mit Glasfaserkunststoffmatten neu zu beschichten. Am 12. Oktober 1995 führte die Beschwerdeführerin die Arbeiten aus und stellte hierfür am 26. Oktober 1995 Fr. 25'369.35 in Rechnung, die der Beschwerdegegner bezahlte.
A.b In der Folge wies die ausgeführte Terrassenbeschichtung gewisse Schäden auf, die dazu führten, dass die Beschwerdeführerin im Sommer 1997 den Kunststoffbelag auf einer Fläche von 12 m2 entfernte und ihn mit einer neuen Glasfaserkunststoffbeschichtung analog der bestehenden Ausführung ersetzte. Auf einer Fläche von 22 m2 wurde überdies die bestehende Beschichtung angeschliffen und zwecks Nivellierung neu ausgegossen. Die Beschwerdeführerin stellte hierfür am 14. Juli 1997 über Fr. 4'489.-- bzw. am 16. September 1997 im korrigierten Betrag von Fr. 4'477.25 Rechnung. Der Beschwerdegegner bezahlte diese Rechnungen nicht.
A.c Im Frühjahr 1998 führte die Beschwerdeführerin weitere Instandstellungsarbeiten aus. Sie verzichtete auf eine Vergütung dieser Leistungen, forderte den Beschwerdegegner jedoch auf, die Rechnung für die im Sommer 1997 erfolgte Sanierung zu bezahlen. Unmittelbar nach der erneuten Sanierung riss die Beschichtung wieder.
A.d Mit Grundstückkaufvertrag vom 7. Dezember 2000 verkaufte der Beschwerdegegner dem Pächter C._ die Liegenschaft "Y._".
B. B.a Im Juli 1999 beantragte der Beschwerdegegner beim Bezirksgerichtspräsidium Appenzell die Durchführung einer vorsorglichen Expertise, die mit Verfügung vom 30. Juli 1999 angeordnet wurde. Die Experten hielten in ihrem Bericht vom 10. Juli 2000 fest, dass der Untergrund, auf den die Terrassenbeschichtung aufzutragen gewesen sei, aus zu porösem Mörtel bestanden habe. Dies sei zwar rein visuell nicht erkennbar gewesen, hätte aber festgestellt werden müssen, wenn die erforderlichen Schlag- und Kratzprüfungen und die bei älteren Untergründen notwendigen Untersuchungen durch Öffnen des Mörtels durchgeführt worden wären. Überdies bestünden Hinweise darauf, dass die bestehende Oberfläche nicht ausgiebig gereinigt worden sei. Das Bezirksgerichtspräsidium schloss das Verfahren betreffend vorsorgliche Beweisabnahme am 21. Juli 2000 ab.
B.b Im März 2005 reichte der Beschwerdegegner beim Kreisgericht Rheintal Klage ein und verlangte einerseits die Rückerstattung des damals bezahlten Werklohns sowie die Bezahlung der mit der vorsorglichen Beweisabnahme entstandenen Gerichts- und Parteikosten (inkl. Kosten der Gerichtsexpertise). Mit Entscheid vom 13. September 2006 schützte das Kreisgericht die Klage vollumfänglich und verpflichtete die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner Fr. 33'470.35 nebst Zins zu bezahlen.
B.c Gegen das Urteil des Kreisgerichts vom 13. September 2006 erhob die Beschwerdeführerin Berufung. Mit Entscheid vom 6. Mai 2008 hob das Kantonsgericht St. Gallen das Urteil des Kreisgerichts auf und verpflichtete die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner Fr. 25'369.35 nebst Zins zu bezahlen. Sie legte die Parteientschädigung für das erstinstanzliche Verfahren neu fest und verpflichtete die Beschwerdeführerin im Rahmen der Parteientschädigung, den Beschwerdegegner für das Verfahren betreffend vorsorgliche Expertise mit Fr. 8'101.-- zu entschädigen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin beim Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 6. Mai 2008 aufzuheben und die Klage abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Mit Präsidialverfügung vom 23. September 2008 wurde ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 381).
1.2 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen - unter Vorbehalt arbeits- und mietrechtlicher Fälle (<ref-law>) - nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>). Gemäss <ref-law> ist dabei auf die Begehren abzustellen, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren. Gerichtskosten und Parteientschädigungen, die als Nebenrechte geltend gemacht werden, fallen dabei nicht in Betracht (<ref-law>).
1.2.1 Die Beschwerdeführerin focht das Urteil des Kreisgerichts, worin sie zur Bezahlung von Fr. 33'470.35 nebst Zins an den Beschwerdegegner verurteilt wurde, vor der Vorinstanz an und beantragte die Abweisung der Klage des Beschwerdegegners. Die Vorinstanz qualifizierte die dem Beschwerdegegner im Zusammenhang mit dem Verfahren betreffend vorsorgliche Expertise angefallenen Vertretungskosten von Fr. 2'105.85 als vorprozessuale Anwaltskosten und die Gerichts- sowie Expertisekosten in der Höhe von Fr. 5'995.15 als Barauslagen. Diese Kosten seien gemäss st. gallischem Prozessrecht nach den allgemeinen zivilprozessrechtlichen Entschädigungsregeln zu ersetzen, so dass sie bei der Parteientschädigung zu behandeln seien und nicht als Mangelfolgeschaden geltend gemacht werden könnten. Der Streitwert betrage daher Fr. 25'369.35.
Die Beschwerdeführerin erachtet das Streitwerterfordernis vor Bundesgericht als erfüllt, da der Beschwerdegegner den Betrag von Fr. 8'101.-- nicht als Nebenrecht (Gerichtskosten bzw. Parteientschädigung) geltend gemacht habe, sondern als Mangelfolgeschaden und somit als eigenständige - von der Forderung aus Rückzahlung infolge Wandelung unabhängige - Forderung.
1.2.2 Unerheblich ist, wie der Beschwerdegegner den Betrag von Fr. 8'101.-- bezeichnet, da das Bundesgericht von Amtes wegen zu prüfen hat, ob der Streitwert erreicht ist, und allfällige in der Hauptforderung enthaltene Nebenrechte (<ref-law>) vom Streitwert abzuziehen sind (vgl. BEAT RUDIN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 52 und N. 56 zu <ref-law>; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. I, 1990, N. 7.6 zu Art. 36 OG, dessen Absatz 3 <ref-law> entspricht). Die fraglichen Kosten sind im Zusammenhang mit der vom Bezirksgerichtspräsidium Appenzell angeordneten vorsorglichen Expertise entstanden und stellen Rechtsverfolgungskosten dar, die vom Beschwerdegegner im gleichen Prozess wie die Forderung aus Wandelung eingeklagt wurden. Rechtsverfolgungskosten bilden Teil des Verspätungsschadens. Sie gehören zum Verzugsschaden (Urteil 5C.212/2003 vom 27. Januar 2004 E. 6.3.1; Urteil 4C.11/2003 vom 19. Mai 2003 E. 5, in: Pra 2004 Nr. 26 S. 126; je mit Hinweisen; vgl. zu den vorprozessualen Parteikosten in Haftpflichtfällen <ref-ruling> E. 5 S. 106 f., 394 E. 3a S. 395 f.; je mit Hinweisen) und haben akzessorischen Charakter. Solche Kosten können nur dann selbständig geltend gemacht und bei der Streitwertbestimmung berücksichtigt werden, wenn sie nicht durch das kantonale Prozessrecht abgegolten werden können, mithin Raum für einen materiellrechtlichen Schadenersatzanspruch bleibt (vgl. Urteil 5C.212/2003 vom 27. Januar 2004 E. 6.3.1, mit Hinweisen; vgl. JEAN-FRANÇOIS POUDRET, a.a.O., N. 7.3 zu Art. 36 OG und INGEBORG SCHWENZER, Rechtsverfolgungskosten als Schaden?, in: Mélanges en l'honneur de Pierre Tercier, 2008, S. 421). Ansonsten fallen sie bei der Streitwertberechnung ausser Betracht (<ref-law>).
Nach Art. 263 Abs. 1 der Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen vom 20. Dezember 1990 (ZPO/SG; sGS 961.2) sind Parteikosten die Auslagen für die Vertretung, soweit diese der Interessenwahrung dienten. Dazu gehören auch die vorprozessualen Anwaltskosten und Bemühungen, die in Bezug auf die Vorbereitung oder die versuchte Verhinderung des Prozesses notwendig oder nützlich waren (JAKOB RHYNER, Die Kostenregelung nach sanktgallischem Zivilprozessrecht, 1987, S. 28; CHRISTOPH LEUENBERGER/BEATRICE UFFER-TOBLER, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, 1999, N. 2d zu <ref-law>/SG). Entsprechend sieht Art. 25 lit. a der Honorarordnung für Rechtsanwälte und Rechtsagenten des Kantons St. Gallen vom 22. April 1994 (sGS 963.75) vor, dass das Honorar für das Hauptverfahren die vorprozessualen Bemühungen einschliesst. Da die Kosten der Rechtsverfolgung demnach aufgrund des kantonalen Prozessrechts erstattet werden können, kann kein materiellrechtlicher Schadenersatzanspruch geltend gemacht werden. Somit ist der vom Beschwerdegegner geltend gemachte Betrag von insgesamt Fr. 8'101.--, den er im gleichen Prozess wie die Forderung aus Wandelung geltend machte, keine eigenständige Forderung, sondern ein Nebenrecht im Sinne von <ref-law> und fällt bei der Bestimmung des Streitwerts ausser Betracht. Der Streitwert beträgt demnach Fr. 25'369.35 (Fr. 33'470.35 minus Fr. 8'101.--) und erreicht die erforderliche Grenze (<ref-law>) nicht.
1.3 Damit ist die Beschwerde in Zivilsachen nur gegeben, soweit sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>). Dieser Begriff ist sehr restriktiv auszulegen. Soweit es bei der aufgeworfenen Frage lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht, handelt es sich nicht um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 mit Hinweisen). Die Voraussetzung von <ref-law> ist hingegen erfüllt, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen. In der Beschwerdeschrift ist gemäss <ref-law> auszuführen, inwiefern eine Frage von grundsätzlicher Bedeutung vorliegt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.).
Die Beschwerdeführerin macht geltend, es stelle sich die Frage von grundsätzlicher Bedeutung, ob es im Sinne einer "sofortigen Rüge" nach <ref-law> genüge, wenn zwischen Entdeckung und Rüge rund eine Woche verstreiche, sofern unbekannt sei, wann der Mangel aufgetreten, wann dieser entdeckt und wann dieser gerügt worden sei.
Die Vorinstanz erachtete den Beweis einer rechtsgenüglichen Mängelrüge durch den Beschwerdegegner als nicht erbracht. Vielmehr gelangte sie aufgrund der Tatsache, dass die Beschwerdeführerin 1998 vorbehaltlos Reparaturen ausgeführt habe, zum Schluss, sie habe auf den Einwand der verspäteten Mängelrüge sowie auf denjenigen der ungenügend substanziierten Rüge stillschweigend verzichtet. Die von der Beschwerdeführerin aufgezeigte Frage stellt sich im zu beurteilenden Fall somit nicht und ist für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens unerheblich. Eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung liegt nicht vor. Auf die Beschwerde in Zivilsachen kann somit nicht eingetreten werden.
2. Die Beschwerdeführerin erhebt sinngemäss subsidiäre Verfassungsbeschwerde und rügt mehrfach, die Vorinstanz habe das Willkürverbot im Sinne von <ref-law> und Art. 2 Abs. 1 lit. c der Verfassung des Kantons St. Gallen vom 10. Juni 2001 (sGS 111.1) verletzt.
2.1 Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten muss in der Beschwerde vorgebracht und begründet werden (Art. 117 i.V.m. <ref-law>). Der Beschwerdeführer muss angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde, und substanziiert darlegen, worin die Verletzung besteht. Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechts nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde klar und detailliert erhoben und soweit möglich belegt ist (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen). Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211; <ref-ruling> E. 2.1 S. 219). Im Bereich der Beweiswürdigung steht dem Sachgericht zudem ein erheblicher Ermessensspielraum zu. Die Beweiswürdigung ist daher nur willkürlich, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, indem es zum Beispiel offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht oder erhebliche Beweise übersieht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann davon nur abweichen, wenn die Sachverhaltsfeststellung unter Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts zustande kam (Art. 118 Abs. 2 und <ref-law>), was der Beschwerdeführer präzise geltend zu machen hat (Art. 117 i.V.m. <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 26).
2.3 Den dargelegten Begründungsanforderungen genügt die Beschwerde über weite Strecken nicht. Ausführungen, in denen die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht unter Vermischung rechtlicher und tatsächlicher Aspekte ihre eigene Sicht der Dinge unterbreitet oder von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht, ohne die Verletzung verfassungsmässiger Rechte aufzuzeigen, haben ausser Acht zu bleiben.
3. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Aktivlegitimation des Beschwerdegegners mit der Begründung, die Mängelrechte aus dem Werkvertrag seien mit dem Verkauf des Grundstücks an den Erwerber, C._, abgetreten worden, und wirft der Vorinstanz eine Verletzung des Willkürverbots vor.
3.1 Die Vorinstanz erwog, eine Vertragsübernahme, wonach der Beschwerdegegner aus dem Werkvertrag ausgeschieden und durch den Erwerber, C._, ersetzt worden wäre, habe nicht stattgefunden und sei von den Parteien auch nicht behauptet worden. Sie verneinte sodann die Abtretung der Mängelrechte. Weder bestehe eine schriftliche Vereinbarung noch enthalte der Grundstückkaufvertrag eine explizite Bestimmung noch ergebe sich eine Abtretung der Mängelrechte aus der Auslegung dessen Ziffer 1, wonach das Grundstück in denjenigen Rechten, Nutzungen und Beschwerden, wie bis anhin bewohnt, benutzt und besessen, veräussert bzw. erworben werde. Mit dieser Bestimmung könnten nur solche Rechte, Nutzungen und Beschwerden gemeint sein, die sich aus dem Grundstück selbst ergäben. Obligatorische Verpflichtungen würden denn auch bei den übrigen Vertragsbestimmungen behandelt. Gerade der Umstand, dass in verschiedenen Ziffern des Kaufvertrags das Schicksal bestehender Rechte und Pflichten aus Verträgen im Zusammenhang mit dem Grundstück ausdrücklich geregelt werde, lasse den Schluss zu, dass die Mängelrechte nicht abgetreten worden seien.
3.2 Die Beschwerdeführerin behauptet unter Hinweis auf die Akten, sie habe vor der Vorinstanz ausgeführt, eine Vertragsübernahme liege vor. An der angegebenen Stelle führt die Beschwerdeführerin jedoch lediglich aus, die Mängelrechte aus dem Werkvertrag seien mit dem Verkauf der Liegenschaft an C._ abgetreten worden. Eine Vertragsübernahme, die auf einer Vereinbarung zwischen der Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner und C._ beruht, machte die Beschwerdeführerin nicht geltend. Von einer willkürlichen Sachverhaltsfeststellung kann somit keine Rede sein.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz eine willkürliche Auslegung von Ziffer 1 des Kaufvertrags vor. Sie beschränkt sich aber im Wesentlichen darauf, ihre eigene Auslegung des Vertrags darzulegen, indem sie etwa geltend macht, obligatorische Verbindlichkeiten seien im hinteren Teil des Kaufvertrags nicht erwähnt, weshalb sie durch Ziffer 1 erfasst seien. Dies reicht zur Begründung eines Willkürvorwurfs nicht aus. Nicht hinreichend begründet ist auch die Rüge der Beschwerdeführerin, die Schlussfolgerung der Vorinstanz sei willkürlich, dass eine Abtretung der Mängelrechte ausdrücklich vorgenommen worden wäre, hätte dies tatsächlich dem Willen der Kaufvertragsparteien entsprochen.
Die Beschwerdeführerin rügt sodann, die Vorinstanz habe aus einem Schreiben des Beschwerdegegners darauf geschlossen, die Abtretung der Mängelrechte habe nicht seinem Willen entsprochen. Dies sei willkürlich, da das Schreiben nur eine Parteiaussage sei. Damit vermag die Beschwerdeführerin keine Willkür aufzuzeigen. Vielmehr ist es nachvollziehbar, dass sich die Vorinstanz bei der Würdigung des Verhaltens des Beschwerdegegners auf eines seiner Schreiben abstützte. Es reicht zudem nicht aus, wenn die Beschwerdeführerin bloss einzelne Indizien beanstandet; sie muss vielmehr aufzeigen, dass der Entscheid auch im Ergebnis unhaltbar ist.
4. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass der Beschwerdegegner die Mängel rechtzeitig und substanziiert gerügt habe, weshalb die Klage abzuweisen sei. Sie wirft der Vorinstanz eine Verletzung des Willkürverbots vor.
4.1 Die Vorinstanz gelangte zum Schluss, dass der Beschwerdegegner keine rechtsgenügliche Mängelrüge erhoben hat, schloss aber aufgrund der im Frühling 1998 ausgeführten Arbeiten auf einen stillschweigenden Verzicht der Beschwerdeführerin auf den Einwand, die Mängelrüge sei verspätet oder nicht hinreichend begründet (vgl. E. 1.3).
4.2 Die Rüge, die Vorinstanz habe die Zeugeneinvernahme von C._ willkürlich gewürdigt, indem sie davon ausgegangen sei, die Mängelrüge sei rechtzeitig und substanziiert erfolgt, stösst ins Leere, da die Vorinstanz eine rechtsgenügliche Mängelrüge eben gerade als nicht erwiesen betrachtete.
Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, es sei offensichtlich nicht angebracht, von einem stillschweigenden Verzicht auf den Einwand der ungenügenden Mängelrüge zu sprechen. Nach den Feststellungen der Vorinstanz sei die Beschwerdeführerin im Sommer 1997 davon ausgegangen, nur teilweise für die Mängel verantwortlich zu sein. Sie habe die Arbeiten vom Sommer 1997 vorgängig offeriert und zwischen (kostenlosen) Garantie- und (kostenpflichtigen) Reparaturarbeiten unterschieden sowie anschliessend in Rechnung gestellt. Die Beschwerdeführerin macht zudem geltend, von einer vorbehaltlosen Ausführung der Arbeiten könne nicht die Rede sein, da erwiesen und unbestritten sei, dass die Beschwerdeführerin die Arbeiten im Frühling 1998 nur unter der Bedingung geleistet habe, dass die Arbeiten vom Sommer 1997 bezahlt würden. Dies geht aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor. Insoweit ist die Beschwerde nicht hinreichend begründet. Die Vorinstanz stellte fest, dass die Beschwerdeführerin auf eine Vergütung der Arbeiten vom Frühling 1998 verzichtete, den Beschwerdegegner jedoch aufforderte, die Rechnung für die im Jahr zuvor erfolgte Sanierung zu bezahlen. Daraus muss nicht zwingend auf eine Bedingung geschlossen werden, zumal die Beschwerdeführerin die Arbeiten ausführte. Entscheidend ist, dass die Beschwerdeführerin unbestrittenermassen einen Teil der Arbeiten vom Sommer 1997 unentgeltlich offerierte sowie im Frühling 1998 weitere Arbeiten unentgeltlich ausführte. Der Schluss, dass die Beschwerdeführerin damit auf eine rechtsgenügende Mängelrüge verzichtet hat, ist nicht offensichtlich unhaltbar.
In den weiteren Vorbringen zu diesem Thema beschränkt sich die Beschwerdeführerin darauf, ihre eigene Sicht der Dinge darzulegen. Darauf ist nicht einzutreten (vgl. E. 2.1).
5. 5.1 Die Vorinstanz hielt sodann fest, es sei unbestritten, dass das Werk erhebliche Mängel aufgewiesen habe, die in erster Linie auf den schlechten Untergrund zurückzuführen seien, auf welchem das Werk erstellt worden sei. Aufgrund des vom Bezirksgerichtspräsidium Appenzell angeordneten Gutachtens sei davon auszugehen, dass die von der Beschwerdeführerin erstellte Terrassenbeschichtung die zum Gebrauch vorausgesetzten Eigenschaften nicht aufweise. Die Vorbehandlung des Untergrunds sowie dessen Grundierung hätten zum Werkumfang gehört. Aufgrund der Gerichtsexpertise stehe jedoch fest, dass an der alten Beschichtung keinerlei Spuren einer Vorbereitung der Oberfläche festgestellt werden konnten; die bestehende Oberfläche sei nicht einmal ausgiebig gereinigt worden. Die Beschwerdeführerin habe für die in der Beschichtung eingetretenen Mängel einzustehen, weil sie es pflichtwidrig unterlassen habe, den Untergrund auf die zur Ausführung der Beschichtungsarbeiten vorausgesetzte Tauglichkeit hin zu überprüfen. Dabei hätte bereits eine einfache Kratz- und Schlagprüfung ausgereicht; eine aufwändige labortechnische Untersuchung sei nicht notwendig gewesen.
5.2 Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung. Sie macht geltend, sie hätte den mangelhaften Untergrund auch nicht entdecken können, wenn sie die Vorbereitung der Oberfläche gemäss Gutachten vorgenommen hätte, da der mangelhafte Untergrund erst die fünfte Schicht gewesen sei, womit eine volle Querschnittanalyse notwendig gewesen wäre. Woraus sich ergibt, dass der mangelhafte Untergrund erst die fünfte Schicht gewesen sein soll und eine vollständige Querschnittanalyse notwendig gewesen wäre, legt die Beschwerdeführerin nicht dar und ist nicht ersichtlich. Auf die Beschwerde ist insoweit mangels gehöriger Begründung nicht einzutreten. Soweit die Beschwerdeführerin diesen Sachverhalt ihren weiteren Vorbringen zugrunde legt, ist sie ebenfalls nicht zu hören.
Die Beschwerdeführerin behauptet, dem Beschwerdegegner sei die Mangelhaftigkeit des Untergrunds bekannt gewesen, weshalb er verpflichtet gewesen wäre, sie darüber aufzuklären. Indem die Vorinstanz schloss, die Beschwerdeführerin habe die Mangelhaftigkeit des Untergrunds in pflichtwidriger Weise nicht erkannt, verneinte sie implizit, dass den Beschwerdegegner eine Aufklärungspflicht traf. Inwiefern dies im Ergebnis völlig unhaltbar sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Unter dieser Voraussetzung ist auch unerheblich, ob der Beschwerdegegner wusste, dass der Untergrund mangelhaft war. Mangels Entscheidrelevanz ist auf die Rüge nicht einzutreten.
6. 6.1 Die Vorinstanz stellte fest, der Beschwerdegegner habe zwar ursprünglich Nachbesserung verlangt, und entsprechende Arbeiten seien auch erbracht worden. Trotz erfolgter Reparaturen seien jedoch immer wieder neue Mängel aufgetreten. Aufgrund der Gerichtsexpertise sei für den Beschwerdegegner ersichtlich gewesen, dass eine Nachbesserung nicht zum Ziel eines mängelfreien Werks führen würde, sondern dass die gesamte Terrasse bis und mit Abdichtung erneuert werden müsse, worauf er Wandelung geltend gemacht habe. Das Werk erweise sich für den im Vertrag angestrebten Hauptzweck, nämlich der Abdichtung der Terrasse gegen Wasserinfiltration, als vollständig unbrauchbar; dass der Überzug auch einer Belastung durch die Gäste des Restaurationsbetriebs habe standhalten müssen, sei nur eine zusätzliche Bedingung gewesen. Der Umstand, dass der Beschwerdegegner die Terrasse nach wie vor für seine Gäste habe nutzen können, vermöge an der Unbrauchbarkeit nichts zu ändern. Der Wandelungsanspruch des Beschwerdegegners bestehe somit zu Recht.
6.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet den Wandelungsanspruch des Beschwerdeführers und rügt mehrfach eine falsche Sachverhaltsfeststellung. Gestützt auf eine Lehrmeinung behauptet sie, im Rahmen einer allfällig bestehenden Nachbesserungspflicht hätte auch ein neues Werk hergestellt werden können und Wandelung könne nachträglich nur verlangt werden, wenn mit der Nachbesserung das Werk nicht mängelfrei geworden wäre. Selbst wenn in der Lehre diese Meinung vertreten würde, vermag die Beschwerdeführerin nicht aufzuzeigen, dass der Entscheid im Ergebnis willkürlich ist.
Bezüglich Unbrauchbarkeit des Werks bringt die Beschwerdeführerin vor, die Terrasse sei während mehrerer Jahre genutzt worden. Selbst wenn die Beschichtung Mängel aufgewiesen habe, habe sie einen Nässeschutz erbracht. Die Beschichtung sei zusätzlich aufgebracht worden, woraus sich ergebe, dass das Bauwerk bis zu diesem Zeitpunkt überhaupt nicht geschützt gewesen sei. Hauptzweck der Beschichtung sei somit eine neue Oberfläche für die Terrasse gewesen, auf welcher den Gästen Speise und Getränke serviert worden seien. Damit legt die Beschwerdeführerin nicht hinreichend dar, wieso die Begründung der Vorinstanz willkürlich sein soll, weshalb auf die Beschwerde insoweit nicht einzutreten ist.
7. Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine willkürliche Anwendung der Dispositionsmaxime (<ref-law>/SG). Die Vorinstanz habe die Kosten im Zusammenhang mit der vorsorglichen Beweisabnahme als vorprozessuale Anwaltskosten bzw. Barauslagen und nicht - wie vom Beschwerdegegner geltend gemacht - als Mangelfolgeschaden qualifiziert.
Die Dispositionsmaxime bedeutet, dass die Parteien die Befugnis haben, über den Streitgegenstand zu bestimmen. Daher darf das Gericht einer Partei nicht mehr oder etwas anderes zusprechen, als sie verlangt (<ref-ruling> E. 2 S. 397; <ref-ruling> E. 3.2 S. 453). Die Geltung dieses Verfahrensgrundsatzes wird grundsätzlich vom kantonalen Prozessrecht geregelt. Die Beschwerdeführerin übersieht, dass das Gericht im Rahmen der Parteibegehren das Recht von Amtes wegen anzuwenden hat (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 122 f.). Für die Rechtsanwendung ist unerheblich, worauf der Beschwerdegegner seine Forderungen stützt. Unter welchem Rechtstitel sie zu beurteilen sind, entscheidet der Richter. Die Vorinstanz hat damit das Willkürverbot nicht verletzt.
Da die Vorinstanz die im Zusammenhang mit der vorsorglichen Beweisabnahme angefallenen Kosten im Rahmen der Parteientschädigung zugesprochen hat (vgl. E. 1.2.1), sind die Einwände der Beschwerdeführerin unbehelflich, ein allfälliger Mangelfolgeschaden im Zusammenhang mit der vorsorglichen Beweisaufnahme sei verjährt und die Zahlung von Schadenersatz als Mangelfolgeschaden der Wandelung sei in ihren Verkaufs- und Lieferbedingungen wegbedungen worden.
8. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine Verletzung des Willkürverbots, da die Vorinstanz die Kosten für die Reparaturarbeiten gemäss Rechnungen vom 14. Juli 1997 und 16. September 1997 mangels rechtsgenüglichen Nachweises nicht zur Verrechnung gebracht habe.
8.1 Die Vorinstanz bezeichnete die von der Beschwerdeführerin eingereichten Rechnungen sowie die Offerte als untauglich, um die zur Verrechnung gestellten Forderungen zu beweisen.
8.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe angenommen, die "Reparaturarbeiten" seien als unentgeltliche Garantiearbeiten zu leisten gewesen, obwohl sie im angefochtenen Entscheid auf die Offerte der Beschwerdeführerin vom 9. Juni 1997 und die darin gemachte Aufteilung in (kostenpflichtige) Reparaturarbeiten und (kostenlose) Garantiearbeiten abgestellt habe. Die Vorinstanz übersah nicht, dass verschiedene Reparaturarbeiten als kostenpflichtig offeriert wurden. Sie hielt aber fest, es sei nicht ersichtlich, ob die als so genannte Reparaturarbeiten geltend gemachten Positionen nicht als unentgeltlich zu erbringende Garantieleistungen zu qualifizieren seien; dass die Reparaturarbeiten vorgängig offeriert worden seien, spiele keine Rolle, zumal sich die Ansicht der Beschwerdeführerin, nur für einen Teil der Mängel verantwortlich zu sein, in der Folge als unzutreffend erwiesen habe. Damit setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander, weshalb auf die Rüge nicht einzutreten ist.
9. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann