E. und F.A.-G._,
vertreten durch SwissInterTax AG,
Steuerpflichtige / Beschwerdeführer,
gegen
Kantonales Steueramt Zürich,
Beschwerdegegner.
2C_1049/2013
Eidgenössische Steuerverwaltung,
Beschwerdeführerin,
gegen
E. und F.A.-G._,
vertreten durch SwissInterTax AG,
Steuerpflichtige / Beschwerdegegner,
Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern 2002 (2. Rechtsgang); Direkte Bundessteuer 2002 (3. Rechtsgang),
Beschwerden gegen die Urteile des Verwaltungs-
gerichts des Kantons Zürich, 2. Abteilung, vom 18. September 2013.
Sachverhalt:
A.
E.A._ war Inhaber der Einzelfirma E.A._ und zu fünfzig Prozent an der Kollektivgesellschaft D.+E.A._ & Co. beteiligt; die andere Hälfte stand seinem Bruder D.A._ zu, der ebenfalls Inhaber einer Einzelfirma war. Mit im Januar 2002 öffentlich beurkundeten Verträgen an diversen Grundstücken wurden jeweils selbständige und dauernde Baurechte für die Dauer von 99 Jahren entweder zugunsten der X._ AG oder der Y._ AG errichtet und im Grundbuch eingetragen.
xstrasse 2 und 4, W1._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum E.A._ xstrasse 8, W1._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum D.+E.A._ & Co. xstrasse 9 und 11, W1._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum E.A._ xstrasse 13 und 15, W1._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum E.A._ xstrasse 13, 13b, 15, 17, 19, 21, 21b, W2._ (xxx) Geschäftseigentum E.A._ xstrasse 16, W2._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum E.A._ xstrasse 4-6, xstrasse 3-5, xstrasse 2-4, W3._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum D.A._ xstrasse 141, xstrasse 30, W4._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum E.A._ xstrasse 100, 102, 104, 106, W4._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum D. und E.A._ xstrasse 94, W4._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum D.A._ xgasse 50 und 52, W4._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum D. und E.A._ xstrasse 28 und 30, W4._ (Kat.-Nr. xxx) Geschäftseigentum E.A._
Die Bauberechtigte bezahlte jeweils eine Entschädigung für das mit der Begründung des Baurechts in ihr Eigentum übergehende Gebäude, im Sinne einer Einmalentschädigung für die Einräumung des Baurechts. Gesamthaft beliefen sich die Einmalentschädigungen auf Fr. 92'680'000.--. In zusätzlichen Vereinbarungen vom 1. Februar 2002 zwischen den Parteien der jeweiligen Baurechtsverträge wurde festgehalten, in den Entschädigungen für die Einräumung des Baurechts sei eine Abgeltung für die Gebäude zum Zeitwert enthalten. Neben dieser Einmalentschädigung war während der gesamten Baurechtsdauer ein jährlicher, indexierter Baurechtszins geschuldet. Sämtliche Entschädigungen wurden zwischen D. und E.A._ je hälftig aufgeteilt. Die gesetzlichen Vorkaufsrechte gemäss Art. 682 Abs. 2 ZGB wurden aufgehoben; stattdessen wurde den Bauberechtigten an den betreffenden Grundstücken unentgeltlich ein übertragbares, limitiertes Kaufrecht eingeräumt.
B.
B.a. E. und F.A.-G._ wurden für die Staats- und Gemeindesteuern 2002 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 8'612'406.-- (zum Satz von Fr. 9'423'268.--) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 22'246'000.-- (zum Satz von Fr. 26'378'000.--) veranlagt; für die direkte Bundessteuer 2002 wurden sie mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 8'662'000.-- (zum Satz von Fr. 9'424'300.--) veranlagt (Einspracheentscheid vom 9. Juni 2008). Zur Begründung führte das Steueramt des Kantons Zürich im Wesentlichen aus, der Bruttoerlös aus dem Verkauf der Gebäude habe für jeden Bruder Fr. 13'684'000.-- betragen. Zudem hätten die Einmalzahlungen kapitalisierte Baurechtszinsen von je Fr. 11'386'000.-- enthalten. Die mit einer Einmalzahlung abgegoltenen Baurechtszinsen seien als Vorauszahlungen zu würdigen und dementsprechend zu passivieren. Um eine periodengerechte Besteuerung sicherzustellen, sei jährlich ein entsprechender Anteil erfolgswirksam aufzulösen. Entgegen der früheren Auskunft des Steueramts bestehe kein Raum für die Anwendung des Rentensatzes.
B.b. Die gegen diese Entscheide erhobenen Rechtsmittel wies die Steuerrekurskommission II (heute: Steuerrekursgericht) des Kantons Zürich am 24. Februar 2009 ab, wobei sie eine reformatio in peius vornahm und die Eheleute A.-G._ für die Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 18'882'600.-- (zum Satz von Fr. 19'694'200.--) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 30'907'000.-- (zum Satz von Fr. 36'649'000.--) bzw. für die direkte Bundessteuer mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 18'933'000.-- (zum Satz von Fr. 19'695'300.--) veranlagte. Sie erwog im Wesentlichen, aufgrund der Auslegung der Baurechtsverträge und der konkreten Ausgestaltung der Kaufrechte ergebe sich, dass die Bauberechtigten die Einmalentschädigung einzig für die Übertragung des Eigentums an den Bauten entrichtet hätten. Diese würden im Zeitpunkt des Zahlungszuflusses als Ertrag aus selbständiger Erwerbstätigkeit der Einkommenssteuer unterliegen. Dem einzelnen Ertrag sei jeweils der entsprechende Einkommenssteuerwert des betroffenen Wirtschaftsguts gegenüberzustellen. Bei diesem Ergebnis sei der Rentensatz von vorneherein nicht anwendbar.
Am 16. Dezember 2009 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die dagegen erhobenen Beschwerden der Eheleute A.-G._ teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an die Steuerrekurskommission II zurück. Auf die gegen den entsprechenden Entscheid betreffend die direkte Bundessteuer erhobene Beschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) trat das Bundesgericht mit Urteil 2C_248/2010 vom 26. August 2010 nicht ein.
B.c. Betreffend die direkte Bundessteuer hiess das Steuerrekursgericht die Rechtsmittel der Eheleute A.-G._ im zweiten Rechtsgang am 6. März 2012 teilweise gut und veranlagte sie für die Steuerperiode 2002 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 6'761'500.-- (zum Satz von Fr. 7'522'900.--).
Eine dagegen erhobene Beschwerde der Eheleute A.-G._ hiess das Verwaltungsgericht am 19. Dezember 2012 gut und wies das Steuerrekursgericht an, die Vorgaben des verwaltungsgerichtlichen Entscheids vom 16. Dezember 2009 bezüglich der Festlegung der wieder eingebrachten Abschreibungen genau umzusetzen. Gleichzeitig wies das Verwaltungsgericht eine von der ESTV in der gleichen Sache erhobene Beschwerde ab.
B.d.
Mit Entscheiden vom 12. April 2013 im zweiten Rechtsgang für die Staats- und Gemeindesteuern bzw. im dritten Rechtsgang für die direkte Bundessteuer hiess das Steuerrekursgericht die Beschwerden teilweise gut. E. und F.A.-G._ wurden für die Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 5'982'800.-- (zum Satz von Fr. 6'793'100.--) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 19'801'000.-- (zum Satz von Fr. 23'479'000.--) eingeschätzt, für die direkte Bundessteuer mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 6'033'100.-- (zum Satz von Fr. 6'794'200.--).
Am 18. September 2013 wies das Verwaltungsgericht die von den Eheleuten A.-G._ betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (Urteil SB.2013.00050) und die direkte Bundessteuer (Urteil SB.2013.0047 und SB.2013.00051) sowie die von der ESTV betreffend die direkte Bundessteuer (Urteil SB.2013.0047 und SB.2013.00051) erhobenen Beschwerden ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. November 2013 (Verfahren 2C_1079/2013 und 2C_1080/2013) ersuchen E. und F.A.-G._ das Bundesgericht, "die Sache zurückzuweisen". Das Verwaltungsgericht und das Steueramt beantragen die Abweisung der Beschwerden, soweit darauf einzutreten sei. Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. November 2013 (Verfahren 2C_1049/2013) beantragt die ESTV, den angefochtenen Entscheid betreffend die direkte Bundessteuer 2002 aufzuheben und das steuerbare Einkommen gemäss dem Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich vom 24. Februar 2009 (erster Rechtsgang) für die Steuerperiode 2002 auf Fr. 18'933'000.-- (bei einem satzbestimmenden Einkommen von Fr. 19'695'300.--) festzusetzen. E. und F.A.-G._ beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Steueramt beantragt die Abweisung der Beschwerde. Mit weiteren Eingaben halten die ESTV und die Eheleute A.-G._ an ihren Auffassungen fest.

Erwägungen:
I. Prozessuales und Kognition
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die (weiteren) Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 92; <ref-ruling> E. 4 S. 26).
1.1. Die Steuerpflichtigen haben die beiden Urteile des Verwaltungsgerichts betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2002 (Verfahren 2C_1080/2013) sowie betreffend die direkte Bundessteuer 2002 (Verfahren 2C_1079/2013) angefochten. Sodann hat die ESTV das Urteil des Verwaltungsgerichts betreffend die direkte Bundessteuer 2002 (Verfahren 2C_1049/2013) angefochten. Die angefochtenen Urteile bzw. die Beschwerden haben die gleichen Sach- und Rechtsfragen zum Gegenstand, weshalb die drei Verfahren zu vereinigen sind (Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 Abs. 1 ZPO [SR 272]).
1.2. Die Beschwerden sind zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] bzw. mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
Die Legitimation der Steuerpflichtigen fliesst ohne Weiteres aus Art. 89 Abs. 1 BGG. Die Legitimation der ESTV ergibt sich aus Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 5 und 17 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 11. Dezember 2000 (OV-EFD; SR 172.215.1; vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 329, Urteil 2C_420/2008 vom 3. Februar 2009 E. 3).
1.3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich reformatorischer Natur (vgl. Art. 107 Abs. 2 BGG). Daher darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.; vgl. allerdings auch <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 414 f.); insofern ist der von den Steuerpflichtigen gestellte rein kassatorische Antrag (Aufhebung des angefochtenen Urteils) an sich unzulässig. Aus der Begründung, die zur Interpretation des Rechtsbegehrens beigezogen werden kann (vgl. BGE 137 II E. 1.3 S. 317), ergibt sich jedoch, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird und was betragsmässig verlangt wird.
1.4. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 3 S. 415; <ref-ruling> E. 2.2 S. 540; <ref-ruling> E. 3 S. 386; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550).
1.5. Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; Urteile 2C_1158/2012 vom 27. August 2013 E. 1.4; 2C_95/2013 / 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 1.5). Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten (Art. 7-34 BV), nebst den übrigen verfassungsmässigen Rechten, sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur, soweit eine Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Solche Rügen sind klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen; auf rein appellatorische Kritik am vorinstanzlichen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.4 S. 176; <ref-ruling> E. 2.8 S. 494).
1.6. Im Bereich des Steuerharmonisierungsrechts gilt bezüglich der Kognition Folgendes: Das Bundesgericht prüft auch das harmonisierte kantonale Steuerrecht grundsätzlich mit freier Kognition, in gleicher Weise, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte (Art. 95 lit. a BGG). Lässt das Harmonisierungsrecht den Kantonen allerdings einen gewissen Gestaltungsspielraum ("une certaine marge de manoeuvre"), handelt es sich bei der kantonalen Norm insoweit um (rein) kantonales Recht, was eine Einschränkung der Kognition nach sich zieht. Wiederum mit freier Kognition im Sinne von Art. 95 lit. a BGG ist schliesslich zu klären, ob die kantonale Lösung, die einen harmonisierungsrechtlichen Freiraum betrifft, die Anwendung des StHG in seiner horizontalen oder vertikalen Harmonisierungsfunktion beeinträchtigt (zum Ganzen Urteile 2C_95/2013 / 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 1.6; 2C_599/2012 vom 16. August 2013 E. 1.5).
1.7. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur beanstandet werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die Rüge, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden, ist gleichzusetzen mit der Willkürrüge (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
II. Vorbringen der Parteien
2.
Vorliegend ist unbestritten, dass die Steuerpflichtigen im Jahr 2002 aufgrund der Einräumung von Baurechten insgesamt eine Entschädigung von Fr. 46'340'000.-- (hälftiger Anteil von Fr. 92'680'000.--) erhalten haben, welche steuerbar ist. Nicht umstritten ist weiter, dass es sich bei den Baurechtsbauten um Geschäftsvermögen der Steuerpflichtigen handelte. Umstritten ist die steuerliche Behandlung dieser Entschädigung, sowie die auf dieser Entschädigung basierende Berechnung des steuerbaren Einkommens.
2.1. Die Vorinstanz ist zum Schluss gekommen, die genannte Einmalentschädigung sei als Liegenschaftsertrag zu qualifizieren und als Einkommen aus unbeweglichem Vermögen zu besteuern. Vom Liegenschaftsertrag seien die für die Erstellung der Bauten entstandenen Anlagekosten, welche für die Erzielung der Baurechtsentschädigung erforderliche Auslagen seien, abzuziehen. Dieser Betrag sei auf 99 Jahre zu verteilen und der einem Jahr entsprechende Anteil sei im Jahr 2002 als Einkommen zu versteuern. Im weiteren seien die auf den im Baurecht abgegebenen Liegenschaften ruhenden stillen Reserven, welche der Differenz zwischen Buchwert und Anlagewert entsprächen, als Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit zu erfassen. Schliesslich schützte das Verwaltungsgericht die Berechnungen des Steuerrekursgerichts, wonach der gebäudebezogene Anlagewert insgesamt Fr. 63'460'239.-- (somit betreffend die Steuerpflichtigen Fr. 31'730'119.50) betrug sowie - mangels vorgenommener Abschreibungen - keine stillen Reserven realisiert wurden, und wonach der auf 99 Jahre zu verteilende Betrag gesamthaft Fr. 29'219'761.-- (Fr. 92'680'000.-- minus Fr. 63'460'239.--) betrug, d.h. per 2002 total Fr. 295'149.-- (bzw. anteilmässig für die Steuerpflichtigen Fr. 147'574.50) zu besteuern und total Fr. 28'924'611.-- (bzw. anteilsmässig Fr. 14'462'305.50) zu passivieren seien.
2.2. Die Steuerpflichtigen bringen vor, die Vorinstanzen würden bei der Berechnung der auf die Gebäude entfallenden Anlagekosten die zeitlichen Verhältnisse vermengen, indem sie von den Buchwerten, welche die historischen Anlagekosten (von Gebäuden und Land) widerspiegeln würden, die im Jahr 2002 aktuellen Landwerte gemäss Kaufrechtsverträgen in Abzug brächten. Zudem kranke die vorinstanzliche Vorgehensweise an einem grundlegenden systematischen Fehler, indem vom historischen Verkehrswert als Mischung aus Substanzwert und Ertragswert der aktuelle Substanzwert für das Land abgezogen und dieser als historischer Verkehrswert der Gebäude bezeichnet werde. Werde vom Buchwert der Substanzwert des Landes abgezogen, so resultiere nicht der Gebäudewert, sondern der gesamte Mehr- (oder Minder-) wert, der auf den Ertragswert zurückzuführen sei. Sachgemässerweise hätte der gesamte Anlagewert (d.h. Buchwert = historischer Verkehrswert) nach Massgabe der vollen Substanzwerte, die auch das Ertragspotential beinhalten würden, auf Land und Bauten aufgeteilt werden müssen.
2.3. Die ESTV vertritt die Auffassung, unter dem Recht der direkten Bundessteuer stelle die (automatische) Eigentumsübertragung an der Baurechtsbaute im Zuge der Einräumung eines Baurechts an einem überbauten Grundstück einen Veräusserungstatbestand dar. Das hierfür erhaltene Entgelt sei ein Kapitalgewinn, welcher - da sich die Baurechtsbauten bei der veräussernden Partei im Geschäftsvermögen befunden hätten - gemäss Art. 18 Abs. 2 DBG steuerbares Einkommen darstelle. Zu besteuern sei die Differenz zwischen dem den Steuerpflichtigen anzurechnenden anteiligen Gesamterlös von Fr. 46'340'000.-- (50% von Fr. 92'680'000.--) und den Buchwerten (Einkommensteuerwerten) der Gebäude ohne Landwert.
III. Staats- und Gemeindesteuern
3.
Der Kanton Zürich hat gestützt auf Art. 12 Abs. 4 StHG für die Besteuerung von Grundstückgewinnen das monistische System gewählt und erfasst sowohl Gewinne aus der Veräusserung von Grundstücken des Privatvermögens wie auch solchen des Geschäftsvermögens mit der Grundstückgewinnsteuer. Dementsprechend ist bezüglich Kapitalgewinnen auf Grundstücken grundsätzlich nicht danach zu differenzieren, ob es sich um Geschäftsvermögen oder Privatvermögen handelt.
Die Vorinstanz hat erkannt, die Entschädigung für die eingeräumten Baurechte sei als "Einkünfte aus Liegenschaften" zu besteuern. Dies entspricht der zürcherischen Praxis, welche vom Bundesgericht im Rahmen der eingeschränkten Willkürkognition nicht beanstandet wurde (vgl. Urteil 2P.72/1996 vom 22. April 1998 E. 3 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung unterstellt Art. 12 Abs. 2 lit. c StHG die Belastung eines Grundstücks mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten der Grundstückgewinnsteuer nur, wenn die Dienstbarkeiten die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstücks dauernd und wesentlich beeinträchtigen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 370). Den Kantonen verbleibt damit ein gewisser Entscheidungsspielraum (Urteil 2C_704/2013 vom 1. Mai 2014 E. 4.3). Nachdem im Rahmen der Beschwerde gegen die Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern der vorinstanzliche Entscheid diesbezüglich nicht in Frage gestellt wird, besteht kein Anlass, näher darauf einzugehen.
4.
Die von der Vorinstanz angeordnete Verteilung des steuerbaren Ertrags auf die Dauer der Baurechtseinräumung wird im Rahmen der Beschwerde gegen die Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern ebenfalls nicht in Frage gestellt. Da es dem Bundesgericht nach Art. 107 Abs. 1 BGG ohnehin verwehrt ist, über die Begehren der Parteien hinauszugehen (vgl. Nicolas von Werdt, in: Handkommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2007, N. 3 zu Art. 107 BGG), besteht kein Anlass, auf diese Frage einzugehen.
5.
Zu prüfen ist damit einzig die Berechnung der zu berücksichtigenden Anlagekosten der übertragenen Gebäude.
5.1. Die Vorinstanz hat diesbezüglich ausgeführt, der Steuerpflichtige und die Baurechtsnehmerinnen hätten für jede der Liegenschaften den Landwert einvernehmlich bestimmt; der Steuerpflichtige habe diesen Wert im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht selbst als "Substanzwert des Bodens" bezeichnet. Im Ausmass der Differenz zwischen diesem Landwert und dem bisherigen buchhalterischen Anlagewert habe der Steuerpflichtige jene "Abschreibung" bzw. Ausbuchung vorgenommen, welche damit dem Wert entspreche, der auch seiner Auffassung nach buchhalterisch den Gebäudewert repräsentiere. Die dergestalt ermittelte Differenz zwischen buchhalterischem Anlagewert und einvernehmlich festgelegtem "Substanzwert des Bodens" habe das Steuerrekursgericht als gebäudebezogenen Anlagewert von der Einmalentschädigung in Abzug gebracht. Die Vorinstanz führt weiter aus, es sei so eine "Vermengung der zeitlichen Verhältnisse" eingetreten: Zur Ermittlung der effektiven Anlagekosten für die Gebäude wäre auf die historischen Anlagekosten der einzelnen Liegenschaften abzustellen gewesen, welche insoweit, als der Steuerpflichtige bereits überbaute Grundstücke erworben habe, zusätzlich auf Gebäude und Land aufzuteilen gewesen wären. Trotzdem schützte die Vorinstanz das unterinstanzliche Vorgehen, da dieses den vorliegenden besonderen Verhältnissen gerecht werde. Sie erwog, das Steuerrekursgericht gehe im Ergebnis davon aus, dass der "Substanzwert" des überbauten, mit dem Baurecht belasteten Landes im Schätzungszeitpunkt ungefähr demjenigen zum Zeitpunkt des Kaufs entspreche. Der Wert einer mit einem Mehrfamilienhaus überbauten Immobilie werde ganz wesentlich über den mit dem Gebäude erzielten Ertrag beeinflusst, so dass der Gebäudewert in dieser Konstellation primär Schwankungen unterliege.
5.2. Diese Feststellungen der Vorinstanz sind nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführer bringen im Wesentlichen vor, der Substanzwert für das Land im Zeitpunkt der Einräumung der Kaufrechte habe nichts mit dem historischen Gebäudewert zu tun. Damit zeigen sie nicht auf, dass die Überlegungen der Vorinstanz betreffend die Wertentwicklung einer überbauten Immobilie unzutreffend wären. Zwar weisen sie auf die Entwicklung der Immobilienpreise hin; aus der aufgelegten Statistik können jedoch keine Folgerungen betreffend die Entwicklung der reinen Landpreise gezogen werden. Zudem machen sie selbst geltend, in den Jahren 1983-1988 - d.h. im Zeitpunkt, als die fraglichen Immobilien erworben worden seien - hätten die Landpreise markant höher gelegen als anfangs 2002. Entgegen ihrer Meinung spricht dies jedoch gerade nicht zu ihren Gunsten: Falls die von den Vorinstanzen in Abzug gebrachten Landpreise tatsächlich tiefer lagen als die ursprünglich beim Erwerb anzurechnenden Landpreise, so ergibt sich durch die Vorgehensweise der Vorinstanzen - Abzug der zu tiefen (späteren) Landpreise vom historischen Gesamtwert von Gebäude und Land - im Resultat ein höherer Anteil des Gebäudeanlagewerts. Dies wiederum bedeutet, dass der berechnete steuerbare Ertrag (Einmalentschädigung minus Gebäudeanlagewert) entsprechend tiefer ausfällt.
5.3. Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, der vorinstanzlichen Berechnung liege ein grundsätzlicher systematischer Fehler zugrunde. Indem die Vorinstanzen vom Buchwert, welcher sowohl Land als auch Gebäude umfasse, die Landwerte in Abzug gebracht und so den gebäudebezogenen Anlagewert ermittelt hätten, hätten sie den Ertragswert der Liegenschaft im Ergebnis allein den Bauten zugewiesen.
Aufgrund der Akten kann nicht verifiziert werden, ob die Analyse der Beschwerdeführer zutrifft: Die Berechnungen des Steuerrekursgerichts basieren darauf, dass vom Buchwert von Fr. 101'986'239.-- für Land und Gebäude insgesamt der Landwert im Betrag von Fr. 38'526'000.-- in Abzug gebracht wurde. Aus der Liegenschaftenbewertung vom 22. Februar 2007 ergibt sich des weiteren, dass es sich beim genannten Landwert um den Substanzwert handelt. Die Ausführungen der Beschwerdeführer setzen voraus, dass es sich beim zugrunde gelegten Buchwert für Land und Gebäude um einen Wert handelt, der aufgrund von Substanz und Ertragswert berechnet wurde. In diesem Fall wäre tatsächlich der gesamte Ertragswert im Ergebnis den Gebäuden zugewiesen worden, als deren Anlagewert auf Fr. 63'460'239.-- (Fr. 101'986'239.-- ./. Fr. 38'526'000.--) festgesetzt wurde.
Umstritten ist einzig die Berechnung des Anlagewerts, basierend auf der Verkehrswertberechnung, welche ihrerseits aus einer Mischung von Substanzwert und Ertragswert besteht. Dieses Mischwertverfahren zur Verkehrswertberechnung wird nicht in Zweifel gezogen (vgl. zur Mischwertmethode Schweizerische Vereinigung kantonaler Grundstückbewertungsexperten [Hrsg.], Das Schweizerische Schätzerhandbuch, 4. Aufl. 2012, S. 42 f., S. 116 ff.; kritisch zu dieser Methode als Verfahren zur Verkehrswertermittlung FRANCESCO CANONICA, Die Immobilienbewertung, 2009, S. 24 ff., insb. S. 25). Wird das genannte Mischwertverfahren angewendet, so würde sich die - von den Beschwerdeführern beanstandete - Vorgehensweise des Steuerrekursgerichts vom Ansatz her tatsächlich als unrichtig erweisen: Beim Mischwertverfahren ist davon auszugehen, dass bei der Berechnung des Substanz- oder Sachwerts einerseits für die Gebäude die Bauwerte einzubeziehen sind, andererseits für den Bodenanteil der Landwert. Der Ertragswert seinerseits erfasst die Zahlungsströme, die beim Betrieb der Liegenschaft generiert werden (in Bezug auf die Ertragswertmethode vgl. Das Schweizerische Schätzerhandbuch, S. 82). Es liegt auf der Hand, dass die Generierung dieser Zahlungsströme auf der gesamten Substanz basiert, d.h. sowohl auf den Gebäulichkeiten als auch auf dem Landanteil. Demzufolge muss der Ertragswert, soweit - wie vorliegend - zwischen Gebäuden und Boden unterschieden werden soll, auf beide Teile aufgeschlüsselt werden, wobei dies in der Regel im Verhältnis der Substanzwerte erfolgt (vgl. WENGER/WENGER/NAEGELI, Der Liegenschaftenbewerter, 5. Aufl. 2009, S. 82 f.).
Vorliegend kann jedoch offen bleiben, ob es sich bei dem vom Steuerrekursgericht zugrunde gelegten Buchwert für Land und Gebäude tatsächlich um einen Mischwert im vorgenannten Sinne handelt. Relevant ist, dass der Beschwerdeführer und sein Bruder gemäss den unbestrittenen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz den vom Steuerrekursgericht berechneten Gebäudeanlagewert aufgrund der Baurechtseinräumung abgeschrieben bzw. ausgebucht haben. Die Beschwerdeführer gingen somit selbst davon aus, dass es sich bei diesem Betrag um den massgeblichen Anlagewert der Gebäude handelte, die der Beschwerdeführer und sein Bruder übertragen und deren Wert sie damit realisiert hatten. Würde man dem Ansatz der Beschwerdeführer folgen und von einem tieferen historischen Gebäudeanlagewert ausgehen, so wäre daher die Differenz zum höheren ausgebuchten Gebäudewert als Realisation stiller Reserven auf diesen Gebäuden steuerlich zu erfassen. Damit bliebe es für die Beschwerdeführer steuerlich beim identischen Ergebnis; allenfalls käme es sogar zu einer Schlechterstellung, falls für die Besteuerung der Realisation der stillen Reserven von der vom Verwaltungsgericht angeordneten Verteilung des steuerbaren Betrags auf 99 Jahre abgewichen würde. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben, angesichts des Umstands, dass die Steuerbehörden diesbezüglich keine Ausführungen machen und die Beschwerdeführer im Ergebnis keinen Nachteil erleiden. Relevant ist, dass der Besteuerung auch bei einer Korrektur des historischen Anlagewerts der Gebäude der von den Beschwerdeführern angenommene und ausgebuchte Anlagewert zugrunde gelegt werden müsste. Damit ist die vorinstanzliche Berechnung jedenfalls im Ergebnis nicht zu beanstanden.
5.4. Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2002 ist abzuweisen.
IV. Direkte Bundessteuer
6.
6.1. Nach Art. 21 Abs. 1 lit. c DBG sind als Erträge aus unbeweglichem Vermögen insbesondere die Einkünfte aus Baurechtsverträgen steuerbar. Art. 18 Abs. 1 DBG erklärt u.a. alle Einkünfte aus jeder selbständigen Erwerbstätigkeit für steuerbar. Gemäss Art. 18 Abs. 2 erster Satz DBG zählen zu den Einkünften auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Art. 58 DBG sinngemäss (Art. 18 Abs. 3 DBG). Nach Art. 58 Abs. 1 DBG setzt sich der steuerbare Reingewinn zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b), sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen (lit. c).
6.2. Unbestritten ist, dass die Einräumung von Baurechten an Geschäftsvermögen zur Diskussion steht. Demzufolge ist vorab festzustellen, dass die Besteuerung der im Zuge der Baurechtseinräumung geleisteten Entschädigung nicht nach Art. 21 DBG zu beurteilen ist (vgl. BERNHARD ZWAHLEN, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 2 zu Art. 21 DBG; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 29 zu Art. 21 DBG; NICOLAS MERLINO, in: Commentaire Romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 14 zu Art. 21 LIFD; vgl. auch PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 1 zu Art. 21 DBG). Als Einkommen aus Geschäftsvermögen fallen sie unter Art. 18 DBG.
Betreffend die direkte Bundessteuer ist umstritten, ob die Entschädigung aus der Einräumung der Baurechte als Ertrag aus unbeweglichem Vermögen oder als Kapitalgewinn aus der Veräusserung von Geschäftsvermögen zu qualifizieren ist. Weiter ist die Berechnung des steuerbaren Einkommens umstritten.
6.3. Gegenstand des Baurechts ist gemäss Art. 779 Abs. 1 ZGB die Einräumung des Rechts, auf oder unter der Bodenfläche ein Bauwerk zu errichten oder beizubehalten. Das als Dienstbarkeit im Grundbuch eingetragene Baurecht verschafft gemäss Art. 675 Abs. 1 ZGB dem Baurechtsnehmer - in Durchbrechung des Akzessionsprinzips nach Art. 675 ZGB, wonach das Eigentum am Boden auch damit fest verbundenen Sachen als dessen Bestandteil erfasst - Eigentum am Bauwerk (<ref-ruling> E. 2 S. 254; Marius Grossenbacher, Das selbständige und dauernde Baurecht im Unternehmenssteuerrecht, 1992, S. 11, mit Nachweisen). Wird ein Baurecht an einem bereits überbauten Grundstück errichtet, so geht somit gleichzeitig von Gesetzes wegen das Eigentum an den Gebäulichkeiten an den Baurechtsnehmer über (<ref-ruling> E. 12a S. 267 ff.). Das Gleiche ergibt sich aus der jüngeren Rechtsprechung, wonach der Baurechtsnehmer sowohl im zivilrechtlichen als auch im steuerrechtlichen Sinn Eigentümer der Bauten auf dem belasteten Grundstück wird (Urteil 2C_874/2010 vom 12. Oktober 2011 E. 5.3 zweiter und dritter Abschnitt). Wird das Grundstück im Grundbuch aufgenommen, so erhält es ein eigenes Grundbuchblatt und kann am Rechtsverkehr teilnehmen, verkauft und sogar dinglich belastet oder verpfändet werden (Urteil 2C_704/2013 vom 1. Mai 2014 E. 4.2; vgl. auch <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.2.1; Hans Michael Riemer, Die beschränkten dinglichen Rechte, 2. Aufl. 2000, § 10 Rz. 21 ff. S. 50 f.; ders., Das Baurecht [Baurechtsdienstbarkeit] des Zivilgesetzbuches und seine Behandlung im Steuerrecht, 1968, S. 91; Grossenbacher, S. 92 und 26). An diesem sachenrechtlichen Eigentumsübergang vermag nichts zu ändern, dass das Baurecht von Gesetzes wegen (gemäss Art. 779l ZGB) zeitlich beschränkt ist (vgl. Grossenbacher, S. 92 f.). Einerseits kann es gemäss Art. 779l Abs. 2 ZGB jederzeit verlängert werden; andererseits regeln Art. 779 c ff. ZGB explizit die Rückübertragung des Eigentums im Rahmen des Heimfalls bei Untergang des Baurechts.
6.4. Steuerrechtlich wird die Abgrenzung zwischen Vermögensertrag und Kapitalgewinn nach der allgemeinen Vermögensertragsdefinition im Zusammenhang mit Immobiliarvermögen so vorgenommen, dass auf das Kriterium des Substanzverzehrs abgestellt wird. Steuerrechtlicher Vermögensertrag ist demnach das Resultat der Nutzungsüberlassung, welche die Substanz nicht beeinträchtigt, währenddem Kapitalgewinn anzunehmen ist, wenn die Substanz aus Sicht des Grundeigentümers aufgegeben bzw. wesentlich und auf lange oder unbeschränkte Dauer eingeschränkt wird (vgl. Urteil 2C_874/2010 vom 12. Oktober 2011 E. 6.2; Locher, a.a.O., N. 71 ff. zu Art. 16 DBG und N. 4 zu Art. 21 DBG; Markus Reich, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 13 Rz. 67; Merlino, a.a.O., N. 19 zu Art. 21 LIFD; vgl. auch Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, N. 165 ff. zu Art. 16 DBG). Veräusserung in diesem Sinne liegt demnach vor, wenn die Substanz nicht "ausgeliehen", sondern in einen anderen Vermögenswert eingetauscht wird (vgl. Markus Reich, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht Bd. I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 7 zu Art. 20 DBG).
6.5. Aufgrund der dargelegten zivilrechtlichen und steuerrechtlichen Regelungen ergibt sich, dass bei der Begründung eines Baurechts an einem überbauten Grundstück auch aus steuerrechtlicher Sicht bezüglich der übergehenden Gebäulichkeiten von einer Veräusserung auszugehen ist. Demzufolge ist für die steuerliche Behandlung von einem Kapitalgewinn auszugehen, sofern und soweit für den genannten Übergang der Gebäude ein Entgelt entrichtet wurde (zu dieser Voraussetzung vgl. <ref-ruling> E. 3).
Der abweichenden Meinung der Vorinstanz kann - für den Bereich der direkten Bundessteuer - nicht gefolgt werden. Sie schliesst insbesondere aus dem Umstand, dass das Bauwerk nicht losgelöst vom Baurecht als Objekt am Liegenschaftsverkehr teilnehmen kann, sowie daraus, dass die Bauten nach Ablauf der Dienstbarkeit wieder an den Baurechtsgeber zurückfallen, dass ein Liegenschaftsertrag vorliege. Jedoch ist einerseits wesentlich, dass es zu einer neuen Akzession zwischen der Baute und dem Baurecht kommt und die Baute nicht mehr in der Verfügungsgewalt des Baurechtsgebers steht, sondern in derjenigen des Baurechtsnehmers. Daran ändert nichts, dass die Baute nicht für sich allein am Liegenschaftsverkehr teilnehmen kann, ist dies doch auch im Rahmen der ursprünglichen Akzession zwischen Baute und Liegenschaft der Fall. Andererseits ist bezüglich des erwähnten Rückfalls der Baute an den Grundeigentümer festzuhalten, dass dieser grundsätzlich nur gegen Leistung einer Heimfallentschädigung erfolgen kann, was wiederum für einen - zweiten - Eigentumsübergang spricht.
6.6. Es ergibt sich damit, dass im Rahmen der direkten Bundessteuer das bei der Baurechtsbegründung erzielte Entgelt für den Übergang der Bauten als Kapitalgewinn zu besteuern ist.
Nachdem unbestritten ist, dass die Entschädigung im Jahr 2002 realisiert wurde, hat die Besteuerung in diesem Jahr zu erfolgen.
6.7. Für die Berechnung ist vom erzielten Erlös (anteilig Fr. 46'340'000.--) der Buchwert für die übertragenen Bauten in Abzug zu bringen. Aus den in E. 5.3 ausgeführten Gründen ist bei diesem Buchwert von dem Betrag auszugehen, der seinerzeit als Wert der Gebäude ausgebucht worden war, d.h. von Fr. 63'460'239.--, bzw. anteilsmässig Fr. 31'730'119.--. Als Kapitalgewinn steuerlich zu erfassen sind damit Fr. 14'609'881.--, soweit daraus nicht eine reformatio in peius gegenüber dem angefochtenen Urteil bzw. ein über den Antrag der ESTV hinausgehendes steuerbares Einkommen von mehr als (insgesamt) Fr. 18'933'000.-- (satzbestimmend Fr. 19'695'300.-- ) resultiert (Art. 107 Abs. 1 BGG; vgl. auch VON WERDT, a.a.O., N. 3 zu Art. 107 BGG).
6.8. Das vorinstanzliche Urteil betreffend die direkte Bundessteuer ist aufzuheben und die Sache ist zur Neuberechnung der Steuer gemäss den Erwägungen an das kantonale Steueramt zurückzuweisen. Die Vorinstanz wird über die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren neu zu befinden haben (Art. 67 BGG, Art. 68 Abs. 5 BGG).
V. Kosten und Entschädigung
7.
Entsprechend dem Verfahrensausgang (Abweisung der Beschwerden der Steuerpflichtigen betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer; Gutheissung der Beschwerde der ESTV betreffend die direkte Bundessteuer) sind die Gerichtskosten, welche sich nach den Begehren aller Beschwerdeführenden richten, den Steuerpflichtigen unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 2 BGG, Art. 66 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_1079/2013, 2C_1080/2013 und 2C_1049/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde der Steuerpflichtigen betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2002 wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde der Steuerpflichtigen betreffend die direkte Bundessteuer 2002 wird abgewiesen.
4.
Die Beschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung betreffend die direkte Bundessteuer 2002 wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. September 2013 wird aufgehoben, soweit es die direkte Bundessteuer betrifft. Die Sache wird zur neuen Berechnung der Steuer im Sinne der Erwägungen an das kantonale Steueramt zurückgewiesen.
5.
Die Vorinstanz hat über die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren neu zu befinden.
6.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden den Steuerpflichtigen unter solidarischer Haftung auferlegt.
7.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Oktober 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Genner