Faits:
A. A.X._, ressortissant algérien, né en 1977 (ci-après: l'intéressé), est entré en Suisse le 1er octobre 2001 et y a déposé une demande d'asile, qui a été rejetée par l'Office fédéral des migrations le 29 novembre 2002.
Le 27 mars 2003, l'intéressé a épousé B._, ressortissante suisse née en 1956 et a obtenu le 22 janvier 2004 une autorisation de séjour pour regroupement familial, renouvelée jusqu'au 26 mars 2007. Le 12 mars 2007, B._ SA a déposé une demande de permis de séjour avec activité lucrative pour l'intéressé. Cette demande a été acceptée par le Service de l'emploi du canton de Vaud, qui l'a transmise au Service de la population pour décision.
Le 19 juin 2006, B.X._ a déposé plainte contre son époux. Ce dernier a été condamné pour voies de faits qualifiées à dix jours d'arrêts avec sursis pendant un an, selon l'ordonnance du 24 novembre 2006 du juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne, qui a retenu qu'à la fin de l'année 2003 et le 19 juin 2006, l'intéressé avait à plusieurs reprises poussé son épouse, la faisant ainsi tomber au sol, et l'avait en outre giflée à cette dernière date.
Le 24 août 2006, B.X._ a déposé une demande en divorce. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 28 septembre 2006, elle s'est vue attribuer le domicile conjugal. Lors de l'audience du 10 décembre 2007 devant le Tribunal d'arrondissement, elle a renoncé à demander le divorce, se réservant le droit d'ouvrir action après deux ans de séparation.
B. Durant la procédure de renouvellement du permis de séjour de l'intéressé conduite par le Service de la population du canton de Vaud, la police cantonale a entendu les époux en date du 26 mars 2007. Aux dires de l'intéressé, les difficultés de couple provenaient des proches de son épouse, notamment de la mère de celle-ci qui l'aurait poussée à demander le divorce. Selon l'épouse, qui souffre d'un handicap auditif, l'intéressé s'était à plusieurs reprises montré violent à son encontre, la faisant tomber par terre, lui tirant les cheveux, lui crachant à la figure, lui tordant le bras et la forçant à avoir des relations sexuelles non consenties. Elle avait alors consulté un médecin, qui avait attesté des blessures infligées, puis elle avait déposé plainte pénale. La procédure de divorce était en cours, mais elle était difficile, son mari faisant tout pour s'y opposer. Il lui promettait de changer de comportement, ce qu'elle ne pouvait plus croire en raison des actes passés.
Un rapport de la police cantonale daté du 3 avril 2007 relatait diverses interventions au domicile des époux (4 juillet 2003, 11 mai et 13 novembre 2004) en raison des violences exercées à l'encontre de l'épouse par l'intéressé.
C. Par décision du 6 mars 2008, le Service de la population a refusé de renouveler l'autorisation de séjour de l'intéressé et lui a imparti un délai d'un mois dès notification de la décision pour quitter le territoire. Il a considéré que le motif initial du séjour n'existait plus, les époux étant séparés depuis décembre 2006, et jugé que le mariage était vidé de sa substance.
Par mémoire du 26 mars 2008, l'intéressé a interjeté recours contre la décision du 6 mars 2008 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal).
D. Par arrêt du 24 février 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a jugé que l'intéressé se prévalait abusivement de son mariage pour obtenir le renouvellement de son autorisation de séjour. Il ne pouvait pas non plus invoquer l'art. 8 CEDH pour en obtenir le renouvellement ni se voir délivrer une autorisation pour cas de rigueur.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt rendu le 24 février 2009 en ce sens que la décision rendue le 6 mars 2008 par le Service de la population est annulée et que son autorisation de séjour est renouvelée, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il dépose une requête d'assistance judiciaire arguant de son très faible revenu mensuel net (2'876 fr. 95). Il se plaint de la constatation des faits et invoque les art. 9 et 29 al. 2 Cst. et 7 de la loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE).
Le Service de la population et l'Office fédéral des migrations concluent au rejet du recours. Le Tribunal cantonal a produit le dossier de la cause.
F. Par ordonnance du 2 avril 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif de l'intéressé.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2008 (RO 2007 5487). En vertu de l'art. 126 al. 1 LEtr, les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de la loi sont régies par l'ancien droit. La procédure de renouvellement ayant débuté avant le 1er janvier 2008, la présente affaire doit être examinée à la lumière de l'ancienne loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE).
2. 2.1 Selon l'art. 83 lettre c ch. 2 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit.
En vertu de l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Pour juger de la recevabilité du recours en matière de droit public, seule est déterminante la question de savoir si un mariage au sens formel existe (cf. arrêt 2C_29/2009 du 29 mai 2009, consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1b p. 266). Le recourant est marié à une Suissesse. Son recours est donc recevable sous cet angle. La question de savoir si le refus de renouveler l'autorisation de séjour se justifie en raison d'un abus du droit prévu à l'art. 7 LSEE ne concerne pas la recevabilité du recours, elle doit être examinée au fond (<ref-ruling> consid. 1b p. 266 et les références citées).
2.2 Au surplus, interjeté par une partie directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un jugement rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, il est en principe recevable.
3. Le recourant soutient que le Tribunal cantonal a établi les faits de manière manifestement inexacte et en violation de l'art. 29 al. 2 Cst.
3.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Selon l'art. 97 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398), ce qui signifie que le recourant doit formuler sa critique en respectant les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). Il en va de même lorsqu'il invoque la violation de son droit d'être entendu.
3.2 En l'espèce, le recourant soutient que le Tribunal cantonal a établi les faits de manière manifestement inexacte, en constatant qu'il n'a pas démontré qu'une réconciliation était possible. Selon le recourant, en effet, le Tribunal cantonal aurait écarté de manière arbitraire les témoignages écrits de C._, D._ et E._ (pièces 16, 17 et 18 du bordereau du 20 juin 2008 du recourant) qui montreraient que les époux étaient régulièrement vus ensemble. Ces témoignages auraient une influence sur le sort de la cause selon le recourant, parce qu'ils montreraient que l'entente du couple est bonne et que le recourant tente de se réconcilier avec son épouse.
3.2.1 Lorsque, comme en l'espèce, le recourant s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
3.2.2 Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a retenu que les époux vivaient séparés depuis plus de deux ans, que l'épouse avait été victime de violences conjugales, qu'une plainte pénale avait été déposée, qui avait abouti à la condamnation du recourant et qu'elle ne voulait plus rien avoir à faire avec ce dernier. Il a aussi constaté que le recourant dénonçait l'attitude de sa belle-famille, en particulier de sa belle-mère, qui serait à l'origine de la séparation et empêcherait toute réconciliation, montant même des scénarios pour faire intervenir la police. Le Tribunal cantonal a considéré que, dans son mémoire de recours, le recourant passait sous silence la justification des interventions de la police et que ces éléments, qui ne reposaient pas seulement sur les déclarations de l'épouse mais aussi sur l'ensemble du dossier, permettaient de retenir qu'il n'y avait pas d'espoir de réconciliation.
Les témoignages écrits dûment produits en instance cantonale sont lacunaires. Ils décrivent en des termes élogieux mais peu précis le "très bon couple" qui a "une très bonne relation" même "une relation de couple très saine". Tous ces témoignages proviennent de personnes que le recourant a sollicitées dans son entourage, à l'exclusion de témoins choisis dans celui de l'épouse, ce qui affaiblit leur valeur probante. A cela s'ajoute que les trois témoignages passent sous silence, comme le recourant lui-même selon les constatations du Tribunal cantonal, les violences conjugales exercées en privé contre l'épouse montrant par là que les témoins n'ont qu'une connaissance très limitée des circonstances réelles dans lesquelles vit le couple. Ils ne sont du reste pas suffisants pour infirmer les constatations du Tribunal cantonal qui s'appuient, quant à elles, non seulement sur les dires de la recourante mais aussi sur des documents de tiers, tels que les procès-verbaux de police, une attestation médicale ainsi qu'une ordonnance de condamnation du juge de police.
Dans ces conditions, le Tribunal cantonal pouvait retenir, sans procéder à une appréciation arbitraire des preuves, que ces témoignages ne modifiaient pas la perception qu'il se faisait au moment de juger du caractère purement formel du mariage du recourant avec B._.
3.3 Selon le recourant, qui invoque l'art. 29 al. 2 Cst., le Tribunal cantonal aurait également refusé de donner suite à sa réquisition de preuve tendant à la production du procès-verbal de l'audition de l'épouse devant le Juge de paix tenue dans le cadre de l'enquête en vue de l'interdiction de celle-ci. Dans ce procès-verbal, les propos de l'épouse sur sa relation avec le recourant différeraient radicalement de ceux qu'elle a tenus lors de son audition du 26 mars 2007. La production de ce procès-verbal aurait par conséquent démontré que les événements de 2003 étaient des faits anciens.
3.3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494).
3.3.2 En l'espèce, par décision incidente du 23 septembre 2008, rappelée par courrier du 18 décembre 2008, le Tribunal cantonal a jugé que la procédure d'enquête par devant le Juge de paix avait été clôturée le 17 mars 2005, de sorte que ce dernier n'était pas à même de renseigner sur les relations que les époux entretenaient actuellement. Les critiques que le recourant formule à l'encontre de cette motivation ne peuvent être suivies. Ce dernier perd de vue que les dernières violences physiques qu'il a exercées contre son épouse et qui ont conduit au dépôt d'une plainte pénale contre lui et à sa condamnation datent du 19 juin 2006. Dans ces circonstances, la production du procès-verbal d'une audition effectuée durant une procédure close le 17 mars 2005 n'est pas une offre de preuve pertinente. Le Tribunal cantonal pouvait par conséquent rejeter cette offre de preuve sans violer le droit d'être entendu du recourant.
3.4 Les griefs du recourant tendant à démontrer que le Tribunal cantonal aurait établi les faits de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF étant rejetés, il est exclu de s'écarter des faits tels qu'ils ont été exposés dans l'arrêt attaqué.
4. 4.1 Selon l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour; après un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans, il a droit à l'autorisation d'établissement; ce droit s'éteint lorsqu'il existe un motif d'expulsion. Quant à l'art. 7 al. 2 LSEE, il prévoit que le conjoint étranger d'un ressortissant suisse n'a pas droit à l'octroi ou à la prolongation de l'autorisation de séjour, lorsque le mariage a été contracté dans le but d'éluder les dispositions sur le séjour et l'établissement des étrangers et notamment celles relatives à la limitation du nombre des étrangers. D'après la jurisprudence, le fait d'invoquer l'art. 7 al. 1 LSEE peut être constitutif d'un abus de droit, en l'absence même d'un mariage contracté dans le but d'éluder les dispositions sur le séjour et l'établissement des étrangers au sens de l'art. 7 al. 2 LSEE (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 117; <ref-ruling> consid. 5a p. 56 et la jurisprudence citée).
L'existence d'un abus de droit découlant du fait de se prévaloir de l'art. 7 al. 1 LSEE ne peut être simplement déduit de ce que les époux ne vivent plus ensemble, puisque le législateur a volontairement renoncé à faire dépendre le droit à une autorisation de séjour du conjoint étranger d'un ressortissant suisse de la vie commune (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 149 ss; confirmé notamment in arrêt 2C_278/2008 du 18 juin 2008 consid. 4.1). Pour admettre l'existence d'un abus de droit, il ne suffit pas non plus qu'une procédure de divorce soit entamée; le droit à l'octroi ou à la prolongation d'une autorisation de séjour subsiste en effet tant que le divorce n'a pas été prononcé, car les droits du conjoint étranger ne doivent pas être compromis dans le cadre d'une telle procédure. Enfin, on ne saurait uniquement reprocher à des époux de vivre séparés et de ne pas envisager le divorce. Toutefois, il y a abus de droit lorsque le conjoint étranger invoque un mariage n'existant plus que formellement dans le seul but d'obtenir une autorisation de séjour, car ce but n'est pas protégé par l'art. 7 al. 1 LSEE. Le mariage n'existe plus que formellement lorsque l'union conjugale est rompue définitivement, c'est-à-dire lorsqu'il n'y a plus d'espoir de réconciliation; les causes et les motifs de la rupture ne jouent pas de rôle (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 267; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 117 et les arrêts cités).
4.2 Le recourant reproche au Tribunal cantonal d'avoir admis qu'il était abusif de sa part de se prévaloir de son mariage, puisque son union avec B._ constituait un mariage d'amour. En outre, il ne commettrait pas un abus de droit en se prévalant de son mariage, car il existerait encore un espoir de réconciliation, le simple fait de ne plus vivre avec son épouse ne permettant pas de conclure à un abus de droit.
Le point déterminant est la question de savoir s'il y a encore un espoir de réconciliation entre les époux, de sorte que leur union ne serait pas rompue définitivement et qu'il ne serait pas abusif de la part du recourant de s'en prévaloir. Les autorités cantonales n'ont en revanche jamais prétendu que le mariage en question n'était pas un mariage d'amour ni qu'il aurait été fictif lors de sa conclusion, de sorte que cette question n'a pas à être examinée plus avant.
Le Tribunal cantonal a constaté que les époux étaient séparés depuis deux ans et qu'en raison des violences qu'elle avait subies, l'épouse du recourant ne voulait plus rien avoir à faire avec ce dernier. Le recourant fait à cet égard référence à la volonté interne qu'il nourrit d'éventuellement reprendre la vie commune. Cette volonté relève des faits (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 152). Une fois établis par l'instance précédente, ces faits lient le Tribunal fédéral conformément à l'art. 105 al. 1 LTF. Comme le recourant n'a pas réussi à démontrer en quoi les faits avaient été établis de façon manifestement inexacte ou contraire au droit (art. 105 al. 2 LTF, cf. consid. 3 ci-dessus), il faut retenir avec l'instance précédente que le mariage entre le recourant et B._ est vidé de sa substance. Dans ces circonstances, le Tribunal cantonal pouvait admettre qu'il était abusif de la part du recourant de se prévaloir de son mariage dans le seul but de s'opposer au refus de renouvellement de son autorisation de séjour. Partant, le grief de violation de l'art. 7 LSEE est mal fondé et doit être rejeté.
5. Enfin, selon le recourant, le Tribunal cantonal aurait violé l'art. 8 CEDH.
Cette disposition conventionnelle garantit la vie familiale, dans certaines limites (art. 8 § 2 CEDH) et permet de fonder un droit à une autorisation de séjour. Toutefois, pour qu'un étranger puisse invoquer cette disposition, la relation entre lui-même et une personne ayant le droit de résider durablement en Suisse doit être étroite et effective (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 285; <ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 211). Tel n'est pas le cas en l'espèce du moment que le mariage entre le recourant et B._ est vidé de sa substance. Mal fondé, le grief de violation de l'art. 8 CEDH doit être rejeté.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, le recourant doit en principe supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF). Le recours étant dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire est rejetée (cf. art. 64 al. 1 et 2 LTF a contrario).
Il sera toutefois tenu compte de la situation du recourant dans la fixation des frais judiciaires (art. 65 al. 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la population et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 19 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey