Sachverhalt:
A. Die 1962 geborene N._ war als Landarbeiterin in der Firma X._ beschäftigt und bei den Berner Versicherungen (nunmehr Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft, im Folgenden: Allianz) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 12. Januar 1998 erlitt sie als Beifahrerin einen Unfall auf der Autobahn, als die Lenkerin die Herrschaft über ihr Fahrzeug verlor und in die Leitplanke prallte. Nach einer Kontrolle im Universitätsspital Y._ wurde sie nach Hause entlassen. Dr. med. K._ von der Reha-Klinik B._ stellte am 10. Februar 1998 die Diagnosen einer HWS-Distorsion, eines cervical- und cervicocephalen Syndroms sowie verschiedene Verdachtsdiagnosen einer Segmentblockade thoracal, einer ISG-Blockade und einer leichten traumatischen Hirnschädigung. Die Allianz erbrachte Versicherungsleistungen (Heilbehandlung; Taggeld). Nach Scheitern eines Arbeitsversuchs mit einer 50%igen Arbeitsfähigkeit im Sommer 1998 sowie stationären und ambulanten Behandlungen und Abklärungen gab die Unfallversicherung eine multidisziplinäre Begutachtung an der Klinik L._ in Auftrag. Die Expertise datiert vom 12. Januar 2001. Als Diagnosen werden eine Symptomausweitung mit passiv-regressivem Krankheitsbewältigungsstil, ein Verdacht auf Anpassungsstörung mit mittel- bis schwergradigem depressivem Syndrom (ICD-10:F43.21) und ein Status nach linksseitiger Frontalkollision mit HWS-Distorsion mit chronifiziertem cervicovertebralem und cervicocephalem Syndrom sowie neuropsychologischen Defiziten angeführt. Der natürliche Kausalzusammenhang zwischen den Befunden und dem Unfall wird bejaht. Die Arbeitsfähigkeit werde namhaft von den somatisch deutlichen Struktur- und Funktionsveränderungen im Bereiche der Halswirbelsäule und des Schultergürtels beeinflusst. Von noch viel grösserer Bedeutung seien jedoch die psychiatrisch bedingten Beeinträchtigungen. Es wird eine stationäre psychiatrische Behandlung empfohlen. Diese fand im Frühjahr 2003 in der Psychiatrischen Universitätsklinik (PUK) A._ statt, brachte aber nicht die erhofften Besserungen. Im Juli 2003 kam es zu einer abschliessenden Begutachtung in L._, wobei die Diagnosen einer schweren depressiven Episode ohne psychotische Symptome, einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung, einer posttraumatischen Belastungsstörung und eines Status nach linksseitiger Frontalkollision mit HWS-Distorsion mit chronifiziertem cervicovertebralem und cervicocephalem Syndrom sowie neuropsychologischen Defiziten gestellt wurden. Wiederum wurde der natürliche Kausalzusammenhang mit dem Unfall vom Januar 1998 bejaht und ein erheblicher Integritätsschaden festgestellt (Gutachten vom 30. Juli 2003).
Mit Verfügung vom 10. Mai 2006 eröffnete die Allianz der N._ die Einstellung der Versicherungsleistungen ab 30. April 2006. Zur Begründung wurde ausgeführt, die anhaltenden gesundheitlichen Beschwerden stünden nicht in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis. Daran hielt sie auf Einsprache der Versicherten hin fest (Einspracheentscheid vom 22. Juni 2006).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt ab (Entscheid vom 16. April 2007).
C. N._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihr auch ab dem 1. Mai 2006 Versicherungsleistungen auszurichten, wobei insbesondere eine 100%ige Invalidenrente und eine 80%ige Integritätsentschädigung festzusetzen und weiterhin Heilkosten zu bezahlen seien.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Strittig ist der von der Beschwerdegegnerin verfügte und vorinstanzlich bestätigte Fallabschluss (Einstellung sämtlicher Leistungen aus dem Ereignis vom 12. Januar 1998) am 30. April 2006. Während die Allianz und das kantonale Gericht hinsichtlich der über den genannten Zeitpunkt hinaus von der Versicherten geklagten Beschwerden die Adäquanz des Kausalzusammenhanges mit dem Unfall verneinen, macht die Beschwerdeführerin geltend, der anhaltende Gesundheitsschaden sei unter anderem somatischer Natur und stehe in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem versicherten Ereignis. Die Beschwerdegegnerin sei daher weiterhin leistungspflichtig.
2.2 Das kantonale Gericht hat die Rechtsgrundlagen der umstrittenen Leistungspflicht des Unfallversicherers (<ref-law>) und die Rechtsprechung zu dem für diese vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule (HWS) oder äquivalenten Verletzungsmechanismen im Besonderen (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 340; RKUV 2000 Nr. U 359 S. 29) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Einig ist man sich hinsichtlich der Tatsache, dass die im Zeitpunkt der Leistungseinstellung durch die Unfallversicherung, also im Mai 2006 vorhandenen gesundheitlichen Beschwerden zumindest teilweise auf das Ereignis vom 12. Januar 1998 zurückzuführen sind und der natürliche Kausalzusammenhang zu bejahen ist (<ref-ruling> E. 1 S. 337, 117 V 359 E. 4b S. 360). Umstritten ist einzig die Adäquanz.
4. 4.1 Die Adäquanzbeurteilung nach einem Unfall mit HWS-Schleudertrauma (ohne organisch [hinreichend] nachweisbare Funktionsausfälle) hat grundsätzlich nach der in <ref-ruling> E. 6a S. 366 und 369 E. 4b S. 382 dargelegten Rechtsprechung zu erfolgen, sofern innerhalb einer Latenzzeit von höchstens 72 Stunden Kopf- oder Nackenschmerzen auftreten (RKUV 2000 Nr. U 359 S. 29 f. E. 5e, U 264/97) und sich in der Folge das für derartige Verletzungen charakteristische Beschwerdebild (dazu <ref-ruling> E. 1 S. 338) zeigt (vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Ergeben die Abklärungen, dass die versicherte Person eine der soeben erwähnten Verletzungen erlitten hat, dass die zum typischen Beschwerdebild einer solchen Verletzung gehörenden Beeinträchtigungen (vgl. dazu: <ref-ruling> E. 1 S. 337, 117 V 359 E. 4b S. 360) zumindest teilweise vorliegen, und dass diese im Vergleich zur psychischen Problematik nicht ganz in den Hintergrund treten, erfolgt die Beurteilung der Adäquanz gemäss den in <ref-ruling> E. 6a S. 366 und 369 E. 4b S. 382 festgelegten Kriterien (<ref-ruling> E. 2a S. 99 mit Hinweisen).
4.2 Nicht zulässig ist es, längere Zeit nach einem Unfall, wenn die zum typischen Beschwerdebild gehörenden physischen Beschwerden weitgehend abgeklungen sind, die psychische Problematik aber fortbesteht, diese fortan nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen zu beurteilen, während sie in einem früheren Stadium, als das typische Beschwerdebild noch ausgeprägt war, nach der Schleudertrauma-Praxis beurteilt worden wäre. Vielmehr ist in einem solchen Fall zu prüfen, ob im Verlaufe der ganzen Entwicklung vom Unfall bis zum Beurteilungszeitpunkt die physischen Beschwerden gesamthaft nur eine sehr untergeordnete Rolle gespielt haben und damit ganz in den Hintergrund getreten sind. Nur wenn dies zutrifft, ist die Adäquanz nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling>) zu beurteilen (RKUV 2002 Nr. U 465 S. 439 E. 3b, U 164/01; Urteil G. vom 31. August 2007 U 286/06).
5. 5.1 In der Verfügung vom 10. Mai 2006 verneint die Allianz die Adäquanz zwischen dem Unfall und den persistierenden Beschwerden unter Anwendung der in <ref-ruling> veröffentlichten Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen. Es wird nicht begründet, weshalb sie zur Beurteilung nicht diejenige nach einem Unfall mit HWS-Schleudertrauma herangezogen hat. Im Einspracheentscheid vom 22. Juni 2006 und im kantonalen Entscheid vom 16. April 2007 wird argumentiert, ab dem Aufenthalt in der Reha-Klinik B._ im Oktober 1998 sei von einer psychischen Fehlentwicklung auszugehen, welche in der Folge laufend zugenommen habe. Die im Gutachten der Klinik L._ vom 30. Juli 2003 diagnostiziere anhaltende somatoforme Schmerzstörung würden die Beschwerden hinreichend erklären, weshalb die physischen Beschwerden im Verlaufe der ganzen Entwicklung vom Unfall bis zum Entscheid nur eine untergeordnete Rolle spielten.
5.2 Entgegen der vorinstanzlichen Darstellung ist auf Grund der medizinischen Akten nicht eindeutig auf ein rein psychisches Beschwerdebild zu schliessen. Sowohl im Erstgutachten vom 12. Januar 2001, als auch im Abschlussgutachten vom 30. Juli 2003 kamen die Spezialärzte an der Klinik L._ zur Erkenntnis, als Folge der HWS-Distorsion seien neben den psychiatrischen Befunden ein chronifiziertes cervicoverebrales und cervicocephales Syndrom und neuropsychologische Defizite festzustellen. Somatisch seien deutliche Struktur- und Funktionsveränderungen im Bereiche der Halswirbelsäule und des Schultergürtels festzustellen, welche alleine schon die Arbeitsfähigkeit namhaft beeinflussen würden (Gutachten vom 12.1.2001, S. 26). Auf die bei der Schlussbegutachtung gestellte Frage nach dem Vorliegen von sogenannten typischen Beschwerden nach einem Schleudertrauma antworteten die Experten, aus somatischer Sicht seien die von der Versicherten angegebenen Beschwerden im Bereiche der Nackenmuskulatur und des Kopfes gemäss wissenschaftlicher Erkenntnis mit einer Häufigkeit von 70 bis 100 % vorhanden; sie seien daher als typisch zu beurteilen. Die bei der Beschwerdeführerin im Vordergrund stehenden psychiatrischen Symptome seien zwar nicht sehr häufig anzutreffen, aber trotzdem als typisch für die initiale Verletzung anzusehen (Gutachten vom 30.7.2003, S. 14f.). Allein für die schwere, sehr stark schmerzhafte Funktionseinschränkung der Wirbelsäule, somit unter Ausschluss der psychischen Unfallfolgen, attestiert der Rheumatologe Dr. med. Knüsel einen Integritätsschaden von 50 %.
Bei einer solchen Konstellation kann nicht davon ausgegangen werden, die physischen Beeinträchtigungen hätten nur eine untergeordnete Rolle gespielt und seien damit ganz in den Hintergrund getreten. Vielmehr hat - entgegen dem Einspracheentscheid und dem kantonalen Entscheid - die in <ref-ruling> begründete Rechtsprechung zur Anwendung zu gelangen. Dabei wird auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet (<ref-ruling> E. 6a S. 367).
6. 6.1 Der von der Beschwerdeführerin 12. Januar 1998 erlittene Unfall, bei welchem das Fahrzeug, in dem sie sich als Beifahrerin auf der Autobahn befand, zuerst mit der rechten Leitplanke kollidierte und von dort quer über beide Fahrstreifen in eine Mauer der Mittelleitplanke katapultiert wurde, ist dem mittleren Bereich zuzuordnen, ohne dass ein Grenzfall zu schweren oder zu den leichten Unfällen anzunehmen wäre. Die Adäquanz des Kausalzusammenhangs ist demnach zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien (besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls; Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen; ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung; Dauerbeschwerden; ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert; schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen; Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit) in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> S. 367 f.).
6. 6.1 Der von der Beschwerdeführerin 12. Januar 1998 erlittene Unfall, bei welchem das Fahrzeug, in dem sie sich als Beifahrerin auf der Autobahn befand, zuerst mit der rechten Leitplanke kollidierte und von dort quer über beide Fahrstreifen in eine Mauer der Mittelleitplanke katapultiert wurde, ist dem mittleren Bereich zuzuordnen, ohne dass ein Grenzfall zu schweren oder zu den leichten Unfällen anzunehmen wäre. Die Adäquanz des Kausalzusammenhangs ist demnach zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien (besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls; Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen; ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung; Dauerbeschwerden; ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert; schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen; Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit) in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> S. 367 f.).
6.2 6.2.1 Von besonders dramatischen Begleitumständen oder von einer besonderen Eindrücklichkeit des Unfalles kann nicht gesprochen werden. Ebenso wenig erfüllt die HWS-Distorsion das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen (vgl. auch RKUV 2005 Nr. U 549 S. 238 E. 5.2.3 mit Hinweisen [Urteil C. vom 15. März 2005, U 380/04]). Anhaltspunkte für eine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmerte, liegen nicht vor.
6.2.2 Gemäss Gutachten vom 30. Juli 2003 leidet die Beschwerdeführerin bei einem Status nach HWS-Distorsionstrauma 1998 unter anderem an einem chronifizierten cervikovertebralen und cervikocephalen Schmerzsyndrom mit neuropsychologischen Defiziten, auch wenn dieses durch verschiedene zusätzliche Faktoren wie eine schwere depressive Episode und eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung erheblich mitunterhalten wird. In Würdigung der gesamten Sachlage ist das Kriterium der Dauerbeschwerden gegeben.
6.2.3 Bezüglich der ungewöhnlich langen Dauer der ärztlichen Behandlung ist eine Behandlungsbedürftigkeit während zwei bis drei Jahren nach einem Schleudertrauma der HWS oder äquivalenten Verletzungen mit ähnlichem Beschwerdebild noch als in einem üblichen Rahmen liegend zu betrachten (Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts U 462/04 vom 13. Februar 2006, E. 2.4.3 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin steht seit dem Unfall in Behandlung, wobei die psychiatrische im Gutachten vom Januar 2001 noch als zu wenig intensiv erachtet worden war, weshalb die Spezialisten von der Klinik L._ einen stationären Aufenthalt in der PUK empfahlen, welcher in der Folge auch durchgeführt worden war. Bis zum Verfügungserlass im Mai 2006 stand sie in regelmässiger ärztlicher Behandlung. Auch diesbezüglich ist bei einer weit über drei Jahre reichenden Dauer von einem erfüllten Kriterium auszugehen.
6.2.4 Schliesslich ist auch das Kriterium der langandauernden Arbeitsunfähigkeit erfüllt, nachdem die Beschwerdeführerin seit dem Unfall im Januar 1998 - mit Ausnahme einer drei bis vier Monate dauernden 50%igen Arbeitsfähigkeit vom Juli 1998 bis Oktober 1998, der vom Arbeitgeber als nicht verständlicher Arbeitsversuch gewertet wurde ("Sie sei sehr bald weinend zu ihm [dem Chef] gekommen, weil sie die Arbeit nicht erledigen könne: Sie habe von Schmerzen und Schwindel berichtet. Es sei für ihn ersichtlich gewesen, dass Frau N._ die Arbeit aus gesundheitlichen Gründen endgültig nicht mehr bewältigen könne") - immer zu mindestens 70 % arbeitsunfähig war. Bis zur verfügten Einstellung der Versicherungsleistungen ergibt das eine über acht Jahre dauernde Arbeitsunfähigkeit in erheblichem Ausmass, weshalb dieses Kriterium mit Sicherheit erfüllt ist.
6.3 Eine Gesamtwürdigung des Unfallgeschehens und der unfallbezogenen Kriterien, welche in gehäufter Weise erfüllt sind, ergibt, dass dem Unfall vom 12. Januar 1998 für die über den 30. April 2006 hinaus anhaltenden gesundheitlichen Beeinträchtigungen mit Einschränkung der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit eine massgebende Bedeutung zukommt, weshalb die Adäquanz, entgegen der Auffassung von Vorinstanz und Beschwerdegegnerin, zu bejahen ist. Hinsichtlich der Zusprechung konkreter Versicherungsleistungen wird auf die Beschwerde nicht eingetreten, da die Beschwerdegegnerin darüber noch zu verfügen haben wird.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>). Der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin steht eine aufwandgemässe Parteientschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 16. April 2007 und der Einspracheentscheid der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft vom 22. Juni 2006 werden aufgehoben. Im Übrigen wird auf die Beschwerde nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Januar 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer