Sachverhalt:
A. Auf Klage von X._ vom 24. August 2008 hin erliess der Gerichtspräsident von Y._ mit Entscheid vom 7. Oktober 2008 Eheschutzmassnahmen zur Regelung des Getrenntlebens von seiner Ehefrau und den zwei gemeinsamen, unmündigen Kindern.
B. Die von X._ am 27. Oktober 2008 geführte Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 22. Dezember 2008 teilweise gut, auferlegte diesem aber 5/6 der Gerichtskosten, ausmachend Fr. 700.--, und verpflichtete ihn, dem Rechtsvertreter seiner Ehefrau 2/3 der zweitinstanzlichen Parteikosten in noch festzusetzender Höhe zu ersetzen. Das Gesuch von X._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das oberinstanzliche Verfahren wies das Obergericht gleichentags mit der Begründung ab, einerseits gestatte der diesem unter Berücksichtigung des zivilprozessualen Existenzminimums verbleibende, wenn auch geringfügige Überschuss, die Gerichtskosten zu bezahlen (E. 7.2.2.), und andererseits verfüge er über eine verwertbare Lebensversicherung, weshalb er in der Lage sei, auch für die zweitinstanzlichen Anwaltskosten aufzukommen (E. 7.2.3).
Im Rahmen eines Ergänzungsurteils vom 13. Januar 2009 hat das Obergericht des Kantons Aargau die von X._ zu bezahlenden Parteikosten auf Fr. 1'240.20 (inkl. Mwst) festgelegt.
C. Mit Eingabe vom 28. Januar 2008 erhebt X._ (fortan: Beschwerdeführer) Beschwerde in Zivilsachen mit dem Antrag, der Entscheid des Obergerichts vom 22. Dezember 2008 sei in Bezug auf die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege aufzuheben und es sei das entsprechende Gesuch vom 27. Oktober 2008 gutzuheissen; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht des Kantons Aargau zurückzuweisen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er ebenfalls um unentgeltliche Rechtspflege.
Es sind die Akten, aber keine Vernehmlassung eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher Entscheid (<ref-law>), mit dem die unentgeltliche Rechtspflege verweigert worden ist. Beim Entscheid über die unentgeltliche Rechtspflege handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 131), dessen ungeachtet, ob er während des Hauptverfahrens, zusammen mit dessen Hauptentscheid oder nach diesem ergangen ist (Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007, E. 1.2).
1.2 Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache. Im vorliegenden Fall betrifft es die unentgeltliche Rechtspflege in einem (oberinstanzlichen) Eheschutzverfahren, in welchem nur noch die Höhe der an die Ehefrau und die beiden gemeinsamen Kinder zu leistenden Unterhaltsbeiträge umstritten war. Mithin handelt es sich um eine Zivilsache im Sinn von <ref-law>; der Streitwert übersteigt Fr. 30'000.-- (<ref-law>). Somit ist gegen den Entscheid in der Hauptsache die Beschwerde in Zivilsachen zulässig, womit sie auch gegen den vorliegenden Zwischenentscheid ergriffen werden kann.
1.3 Das Bundesgericht hat entschieden, dass Eheschutzmassnahmen nach <ref-law> grundsätzlich den vorsorglichen Massnahmen nach <ref-law> gleichzustellen sind (<ref-ruling> E. 5.2). Deshalb kann mit der vorliegenden Beschwerde gegen den Entscheid des Obergerichts nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Das gilt auch für den mit dem Sachentscheid ergangenen Beschluss des Obergerichts, womit das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege abgewiesen wurde (Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2). Da nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann, gelangen die Art. 95 und 97 BGG und auch <ref-law> nicht zur Anwendung. Die hier gegebenen Verhältnisse entsprechen denjenigen bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (<ref-law>). Wie dort (Art. 118 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>) kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen ebenfalls hier nur dann in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat. Wird Letzteres geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese verfassungswidrig, insbesondere willkürlich (<ref-law>), offensichtlich unhaltbar sein soll, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehe, auf einem offenkundigen Versehen beruhe oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lasse (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398, 585 E. 4.1 S. 588).
Mit Bezug auf die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene Rügen, die soweit möglich zu belegen sind, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246, mit Hinweisen).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung des rechtlichen Gehörs gemäss <ref-law> sowie die im Verfahren betreffend unentgeltliche Rechtspflege geltende Untersuchungsmaxime. Die Vorinstanz sei verpflichtet gewesen, die Verhältnisse durch eigene Erhebung abzuklären, wenn die ihr vorgelegten Unterlagen keine hinreichende Grundlage für einen Entscheid geben. Indem sie bezüglich der Lebensversicherung des Beschwerdeführers auf die Angaben in der Steuererklärung abgestellt habe, ohne die genauen Umstände abzuklären oder zumindest dem Beschwerdeführer Gelegenheit zur Stellungnahme zu bieten, habe sie gegen die Garantie des rechtlichen Gehörs und gegen die Untersuchungsmaxime verstossen, was letztlich zu einer unrichtigen Sachverhaltsfeststellung geführt habe. Einerseits sei die Vorinstanz zu Unrecht vom Steuerwert der Lebensversicherung ausgegangen; der tatsächliche Wert, nämlich der Rückkaufswert, liege unter der Grenze des für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege relevanten Vermögens. Andererseits sei die fragliche Lebensversicherung bereits zur Sicherstellung eines Kontokorrentkredites bei der Raiffeisenbank A._ verpfändet, weshalb sie entgegen der vorinstanzlichen Feststellung nicht durch Verkauf oder Belehnung in flüssige Mittel umgewandelt werden könne.
2.2 Im umfassenden Rechtsbegehren auf Gutheissung des Gesuches um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist grundsätzlich auch das Gesuch um Befreiung von der Pflicht zur Tragung der obergerichtlichen Gerichtskosten enthalten. Indessen rügt der Beschwerdeführer weder die tatsächliche Feststellung des Obergerichts, wonach er über einen (geringen) Überschuss verfüge, noch die (rechtliche) Schlussfolgerung, wonach dieser ihm gestatte, die Gerichtskosten zu bezahlen, als willkürlich. In diesem Punkt mangelt es an rechtsgenüglich vorgebrachten Rügen, sodass insofern nicht auf auf die Beschwerde eingetreten werden kann.
3. 3.1 Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst u.a. das Recht der Parteien, sich vor Erlass des in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 371; <ref-ruling> E. 2.2 S. 504 f., je mit Hinweisen).
Beweisergebnis im Sinne dieser Rechtsprechung sind beispielsweise die Aussage eines Zeugen, die Auskunft einer Auskunftsperson, das Gutachten eines Experten, die am Augenschein getroffenen Feststellungen, usw. Dazu muss den Parteien - jedenfalls sofern sie an der Beweisabnahme nicht mitgewirkt haben - Gelegenheit zur Stellungnahme eingeräumt werden. Davon zu unterscheiden ist die Beweiswürdigung und die sich darauf stützende Sachverhaltsfeststellung des Gerichts: Diese wird regelmässig erst im Entscheid selbst begründet und muss den Parteien grundsätzlich nicht vorab zur Stellungnahme unterbreitet werden.
3.2 Ihren Entscheid stützte die Vorinstanz allein auf das vom Beschwerdeführer eingereichte Gesuch und von diesem eingereichte Unterlagen, namentlich die Steuererklärung. Die Würdigung dieser Eingabe und der Beilagen war Sache der Vorinstanz; diese musste ihm dazu nicht nochmals Gelegenheit zur Stellungnahme einräumen. Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist unbegründet.
4. 4.1 Der Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege wird in erster Linie durch das kantonale Prozessrecht geregelt. Unabhängig davon besteht ein solcher Anspruch auf Grund von <ref-law>. Die Auslegung und Anwendung der kantonalen Gesetzesbestimmungen über den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt des Willkürverbotes (<ref-ruling> E. 3 S. 180 mit Hinweisen). Gleiches gilt für den Umfang der Untersuchungsmaxime, die sich ebenfalls nach kantonalem Recht bestimmt; <ref-law> schreibt die Untersuchungsmaxime für das kantonale Verfahren nicht vor (Pra 2004 Nr. 110 S. 613). Soweit der Beschwerdeführer in der (angeblichen) Verletzung der Untersuchungsmaxime eine Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts erblickt, erweist sich eine solche Rüge von vornherein als unbegründet.
4.2 Sodann rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz sei zu Unrecht vom Steuerwert der Lebensversicherung ausgegangen; der tatsächliche Wert, nämlich der Rückkaufswert, liege unter der Grenze des für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege relevanten Vermögens. Indessen legt der Beschwerdeführer nicht dar, welche Norm dadurch krass verletzt worden sein soll und kommt insofern seiner Begründungspflicht nicht nach; auf diese Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
4.3 Auf der Basis von <ref-law>/AG gilt für die Abklärung der Bedürftigkeit eines Gesuchstellers insofern der Untersuchungsgrundsatz, als Neuerungen während des Prüfungs- und gegebenenfalls auch noch im Rechtsmittelverfahren unbeschränkt zulässig sind (Alfred Bühler, Kommentar zur aargauischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl., N 1 zu § 129, mit Hinweisen). Der Untersuchungsgrundsatz entbindet jedoch einen Gesuchsteller nicht von einer umfassenden Mitwirkungspflicht. Die mit dem Gesuch befasste Behörde ist nicht verpflichtet, den Sachverhalt nach jeder Richtung hin abzuklären (Beat Ries, Die unentgeltliche Rechtspflege nach der aargauischen Zivilprozessordnung vom 18. Dezember 1984, S. 125). Die Untersuchungsmaxime (vgl. dazu <ref-ruling> f.) bedeutet nicht, dass sie unbesehen alles, was behauptet wird, von Amtes wegen prüfen müsste (<ref-ruling>). Die Behörde hat nur dort den Sachverhalt abzuklären (bzw. besser abzuklären), wo noch Unsicherheiten und Unklarheiten bestehen, sei es, dass sie von einer Partei auf solche - wirkliche oder vermeintliche - Fehler hingewiesen wird, sei es, dass sie sie selbst feststellt. Dasselbe gilt, wenn die Behörde aufgrund erkennbar mangelhafter Angaben an der Richtigkeit derselben zu Zweifeln Anlass hat oder haben müsste (Urteil 2A.428/1995 vom 20. Mai 1996, E. 4.c/aa). Der Beschwerdeführer macht indessen nicht geltend, für die Vorinstanz sei aufgrund der ihr vorliegenden Auskünfte eine (vorbestehende) Verpfändung der fraglichen Lebensversicherung erkennbar gewesen. Ebenso wenig liefert er stichhaltige Gründe, welche die Vorinstanz dazu hätten veranlassen müssen, den Sachverhalt weitergehend abzuklären. Im konkreten Fall stehen die unterlassenen Abklärungen hinsichtlich der Verfüg- bzw. Liquidierbarkeit der Lebensversicherung nicht im Widerspruch zur Untersuchungsmaxime. Mithin erweist sich die von der Vorinstanz getätigte Feststellung, wonach der Beschwerdeführer mit der Lebensversicherung über einen verwertbaren Vermögenswert verfüge, der es ihm gestatte, seine Anwaltskosten selber zu tragen, nicht als willkürlich.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Sodann erweist sich die Beschwerde von vornherein als aussichtslos, weshalb das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren abgewiesen werden muss (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Schett