A.- S._, geb. 1971, hat bei der Visana ein aufgeschobenes Taggeld von Fr. 104. - ab 181. Tag versichert. Am 7. Oktober 1995 beantragte sie dessen Auszahlung für die Zeit ab 1. April 1995, was die Visana ablehnte, weil kein Erwerbsausfall nachgewiesen sei. Nachdem die Visana trotz wiederholter Begehren der Versicherten, die Verneinung des Taggeldanspruchs in Form einer anfechtbaren Verfügung zu bestätigen, keine solche erlassen hatte, erhob S._ am 3. April 1996 Beschwerde mit dem Hauptantrag, die Visana habe ihr das versicherte Taggeld von Fr. 104. - unter Berücksichtigung der Aufschubszeit von 180 Tagen ab 1. Oktober 1995 zu gewähren.
B.- Bereits am 15. September 1994 hatte sich S._ bei der Arbeitslosenkasse GBI zum Bezug von Arbeitslosenentschädigung angemeldet. Diese lehnte den Antrag wegen Nichterfüllung der Beitragszeit ab. Die Versicherte beschritt den Rechtsweg; in letzter Instanz wies das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 27. November 1997 die Sache zu ergänzender Abklärung und neuer Verfügung an die Arbeitslosenkasse zurück. Diese sprach S._ am 20. Dezember 1997 Arbeitslosentaggelder für die Zeit von August 1994 bis April 1995 zu (9 Verfügungen).
C.- Im Rahmen der Instruktion des mit der Beschwerde vom 3. April 1996 eingeleiteten Verfahrens nahm das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Stellungnahmen der Parteien zu den Verfügungen der Arbeitslosenkasse vom 20. Dezember 1997 zu den Akten und hiess die Beschwerde vom 3. April 1996 mit Entscheid vom 11. Juni 1999 in dem Sinne teilweise gut, als es den Taggeldanspruch von S._ ab 28. September 1995 anerkannte und die Visana anwies, das Taggeld im Sinne der Erwägungen (Prüfen des Vorliegens von Erwerbsausfall; Vermeidung einer Überversicherung) zu berechnen und auszubezahlen. Auf weitere Begehren der Versicherten trat das Sozialversicherungsgericht nicht ein.
D.- S._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit folgenden Anträgen:
"1. Hauptanträge
1.1 Das angefochtene Urteil sei aufzuheben und der Beschwerdeführerin sei ab dem 1.10.1995 das ungekürzte versicherte Taggeld für die Dauer der attestierten Arbeitsunfähigkeit (vorbehältlich einer Ueberversicherung wegen Zusammenfallens mit Leistungen der Eidg. Invalidenversicherung bei entsprechender zeitlicher Ausdehnung bis zur Erbringung des Maximums von 720 vollen Taggeldern);
1.2 Der Schaden aus der verspäteten Auszahlung sei mit einem Verzugszins abzugelten;
2. Eventualanträge
(für den Fall, dass das Krankengeld zufolge Ueberversicherung nicht geleistet oder gekürzt wird)
2.1 Es seien, soweit das Krankengeld zufolge Ueberversicherung nicht geleistet wird, Versicherungsleistungen in der Höhe von bereits aufgelaufenen und künftigen ungedeckten Krankheitskosten inkl. Selbstbehalt und Franchisen zu erbringen;
2.2 Es sei, soweit das Krankengeld zufolge Ueberversicherung nicht geleistet und dadurch die Leistungsdauer zeitlich ausgedehnt wird, festzustellen, dass die Prämiendauer nicht ausgedehnt werden darf;
2.3 Es sei festzustellen, dass die statutarischen und reglementarischen Bestimmungen betreffend bisherige und zukünftige Prämienausstände nicht anzuwenden und darauf beruhende Verrechnungen mit Leistungen nicht statthaft seien;
3. Zum Verfahren
3.1 Der Beschwerdeführerin sei unentgeltliche Rechtsverbeiständung durch den unterzeichneten Anwalt und unentgeltliche Rechtspflege für das vorliegende Verfahren zu gewähren;
alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zulasten der Beschwerdegegnerin. "
Die Visana schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat keine Vernehmlassung eingereicht.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz geht zu Recht davon aus, dass der von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Taggeldanspruch für das Jahr 1995 nach den Vorschriften des KUVG, ab dem Jahr 1996 aber nach jenen des KVG zu beurteilen ist. Dies gilt auch bezüglich der entsprechenden Verfahrensvorschriften (RKUV 1998 Nr. KV 37 S. 316 Erw. 3). Demzufolge hat das kantonale Gericht den für 1995 geltend gemachten Leistungsanspruch richtigerweise materiell entschieden, obwohl die Beschwerde vom 3. April 1996 als Rechtsverweigerungsbeschwerde zu qualifizieren ist (<ref-ruling> Erw. 3). Andererseits ist es unter der Herrschaft des KVG nicht mehr zulässig, eine Streitsache materiell zu entscheiden, wenn eine versicherte Person mit einer Rechtsverweigerungsbeschwerde an das Gericht gelangt (RKUV 2000 Nr. KV 131 S. 245 Erw. 2). Grundsätzlich hätte daher das kantonale Gericht vorliegend über den für die Zeit ab 1. Januar 1996 geltend gemachten Anspruch nicht materiell entscheiden dürfen; aus prozessökonomischen Gründen und in Anbetracht des Einverständnisses der Prozessparteien ist indessen nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz mit dem Anspruch für 1995 auch jenen für die Zeit ab 1. Januar 1996 beurteilt hat.
2.- Parteien und Vorinstanz stimmen zu Recht darin überein, dass die Beschwerdeführerin ab 1. April 1995 arbeitslos war und dass sie - nachdem ihr für die Zeit vor ihrer krankheitsbedingten Vermittlungsunfähigkeit Arbeitslosentaggelder zuerkannt worden sind - ab 28. September 1995 Anspruch auf Taggelder der Visana hatte. Streitig ist aber zunächst, wie die Taggeldhöhe zu bemessen ist. Die Vorinstanz hat die Visana im Rückweisungsentscheid angewiesen, bezüglich Anspruch auf Arbeitslosentaggelder, hypothetisches Erwerbseinkommen, Überversicherung (Berücksichtigung von Leistungen der Invalidenversicherung und anderer Taggeldversicherer) sowie nicht gedeckter, krankheitsbedingter Kosten ergänzende Abklärungen zu treffen und anschliessend neu zu verfügen. Diese Erwägungen des kantonalen Gerichts stehen sowohl hinsichtlich des unter dem KUVG als auch des unter dem KVG geltenden Rechts in Übereinstimmung mit der Rechtsprechung (SVR 1998 Nr. KV 4 S. 9 sowie RKUV 1998 Nr. KV 43 S. 420), weshalb darauf verwiesen wird. In Anwendung dieser Rechtsprechung hat die Vorinstanz auch die massgebenden Bestimmungen des Statutarrechts der Visana richtig ausgelegt.
Was die Beschwerdeführerin gegen die Erwägungen der Vorinstanz, soweit sich diese auf die Berechnung der Taggeldhöhe beziehen, vorbringt, ist nicht stichhaltig. Die hievor angeführte Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts wird nicht konkret bemängelt; vielmehr erschöpft sich die Kritik in Erörterungen gesetzgebungspolitischer Natur, indem im Ergebnis dargelegt wird, dass die Taggeldversicherung nicht als Schaden-, sondern als Summenversicherung ausgestaltet werden sollte. Die vorinstanzliche Rückweisung ist unter diesen Umständen zu bestätigen.
3.- Zu bestätigen ist der Entscheid der Vorinstanz auch insoweit, als diese auf das Begehren um Zusprechung eines Verzugszinses sowie um präzisierende Feststellungen zur Prämienzahlungspflicht und zur Dauer der Taggeldleistungen nicht eingetreten ist. Zu Recht wird im kantonalen Entscheid ausgeführt, diesbezüglich habe die Beschwerdeführerin keine anfechtbare Verfügung verlangt, weshalb diese Begehren auch nicht Thema der Rechtsverweigerungsbeschwerden bildeten.
4.- Aus dem Dargelegten folgt, dass Haupt- und Eventualbegehren der Beschwerdeführerin abzuweisen sind. Hingegen kann dem Antrag auf Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung entsprochen werden (Art. 152 OG). Die Beschwerdeführerin wird indessen ausdrücklich darauf hingewiesen, dass sie gemäss Art. 152 Abs. 3 OG der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie dazu später im
Stande ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwalt Orlando Rabaglio für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht aus der Gerichtskasse eine Entschädigung (einschliesslich Mehrwertsteuer) von Fr. 2500. - ausgerichtet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 3. November 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: