Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 27. Januar 2000 sprach die IV-Stelle Basel-Stadt der 1967 geborenen L._ rückwirkend ab 1. Mai 1998 eine halbe Invalidenrente zu. Am 25. Mai 2001 teilte sie der Versicherten mit, eine Überprüfung des Invaliditätsgrades habe keine rentenbeeinflussende Änderung ergeben. Im Rahmen des im Mai 2004 angehobenen Revisionsverfahrens veranlasste die Verwaltung eine rheumatologische und eine psychiatrische Begutachtung. Gestützt auf die diesbezüglichen Ergebnisse verfügte die IV-Stelle am 2. Februar 2006 ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 27% die Aufhebung der Invalidenrente per Ende März 2006. Daran hielt sie nach Einholung einer Stellungnahme des RAD vom 6. Juli 2007 mit Einspracheentscheid vom 13. Juli 2007 fest.
B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 16. Juli 2008 gut, hob den Einspracheentscheid vom 13. Juli 2007 auf und sprach der Versicherten ab 1. April 2006 eine Viertelsrente zu.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle Basel-Stadt die Aufhebung des Entscheids des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 16. Juli 2008 und ersucht um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Das kantonale Gericht und L._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde, das Bundesamt für Sozialversicherungen auf deren Gutheissung. Die Pensionskasse Basel-Stadt verzichtet auf eine Stellungnahme.
D. Mit Verfügung der Instruktionsrichterin vom 30. Januar 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. 2.1 Die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision; AS 2007 5129), einschliesslich der damit verbundenen Modifikationen anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG), sind vorliegend nicht anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220). Im Folgenden wird dementsprechend jeweils auf die bis Ende 2007 gültig gewesene Regelung Bezug genommen.
2.2 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zur revisionsweisen Erhöhung, Herabsetzung oder Aufhebung laufender Invalidenrenten (<ref-law>) sowie zum revisionsrechtlich massgebenden Vergleichszeitraum (<ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Richtig sind auch die Ausführungen über die Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261) sowie den Beweiswert und die Würdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
2.3 Zu ergänzen ist, dass sich mit In-Kraft-Treten des ATSG am 1. Januar 2003 und der 4. IV-Revision am 1. Januar 2004 an der materiellen Rechtslage nichts geändert hat, weshalb die bisherige Praxis weitergeführt werden kann.
3. 3.1 Die IV-Stelle ist gestützt auf die im Revisionsverfahren eingeholten Gutachten des Dr. med. A._ vom 25. Oktober 2004 und des Dr. med. C._ vom 18. Mai 2005 von einer Verbesserung des Gesundheitszustandes ausgegangen, hat basierend auf einer 20%igen Arbeitsunfähigkeit einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 27% ermittelt und die ab 1. Mai 1998 zugesprochene halbe Invalidenrente per Ende März 2006 aufgehoben.
3.2 Das kantonale Gericht bestätigte eine Änderung der tatsächlichen Verhältnisse, gewährte jedoch der Versicherten im Rahmen des Einkommensvergleichs einen Abzug von 20% vom Invalideneinkommen und sprach ihr gestützt auf den daraus resultierenden Invaliditätsgrad von 42% eine Viertelsrente ab 1. April 2006 zu.
3.3 Die IV-Stelle und das BSV rügen die Gewährung eines leidensbedingten Abzugs als rechtsfehlerhaft und beantragen die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids. Die Versicherte schliesst demgegenüber auf Abweisung der Beschwerde und macht im Wesentlichen geltend, es sei keine Verbesserung des Gesundheitszustandes eingetreten und somit kein Revisionsgrund vorhanden. Für den Fall, dass ein Revisionsgrund bejaht würde, wäre die während zehn Jahren fehlende Berufspraxis im Rahmen des Leidensabzuges zu berücksichtigen.
4. Streitig und zu prüfen ist zunächst, ob sich die für die Bestimmung des Invaliditätsgrades massgeblichen Voraussetzungen seit Zusprechung der halben Invalidenrente (Verfügung vom 27. Januar 2000) bis zu deren Aufhebung (Einspracheentscheid vom 13. Juli 2007) in revisionsrechtlich erheblicher Weise verändert haben. Unbestritten ist, dass die Versicherte im gesamten zu beurteilenden Vergleichszeitraum nicht arbeitstätig gewesen war, weshalb eine Revision aus erwerblichen Gründen von vornherein ausser Betracht fällt. Daher ist einzig zu prüfen, ob sich der Gesundheitszustand entscheidend verbessert hat.
4.1 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Analoges gilt auch für die Frage, ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem revisionsrechtlich relevanten Sinne verändert hat (Urteil 9C_675/2008 vom 12. Mai 2009 E. 2.2 mit Hinweisen). Die konkrete Beweiswürdigung stellt eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 9C_675/2008 vom 12. Mai 2009 E. 2.2).
4.2 In medizinischer Hinsicht stützte sich die rentenzusprechende Verfügung vom 27. Januar 2000 im Wesentlichen auf ein Gutachten des Spitals B._ vom 8. Dezember 1998, in welchem ein zervikonspondylogenes Syndrom mit Generalisierungstendenz und ein Status nach Kontusion der rechten Hand 3/97 diagnostiziert wurden, sowie in psychischer Hinsicht auf einen Bericht des Ärztlichen Dienstes des Gesundheitsamtes X._ vom 13. April 1999, in welchem auf die durch den Psychiater Dr. med. D._ im März 1999 gestellte Diagnose einer somatoformen Schmerzstörung und die daraus resultierende 50%ige Arbeitsunfähigkeit verwiesen wurde. Zudem lag der IV-Stelle ein Bericht der Neurologischen und Neurochirurgischen Poliklinik des Spitals Y._ vom 19. Januar 1999 vor, in welchem die Diagnose eines zervikozephalen und zevikobrachialen Syndroms rechtsbetont, Spannungskopfschmerzen mit migräniformer Komponente, einer generalisierten Fibromyalgie sowie einer depressiven Anpassungsstörung unter Hinweis auf die vorbestehende Überbelastung als Mutter von drei kleinen Kindern und einer 100%igen Arbeitstätigkeit gestellt worden war.
4.3 Der rentenaufhebende Einspracheentscheid vom 13. Juli 2007 basiert im Wesentlichen auf einem psychiatrischen Gutachten des Dr. med. A._ vom 25. Oktober 2004 und einem rheumatologischen Gutachten des Dr. med. C._ vom 18. Mai 2005.
4.3.1 Dr. med. A._ diagnostizierte eine leichte rezidivierende depressive Störung und führte aus, die starke Ausbreitungstendenz bei den Schmerzen lege den Verdacht auf eine psychogene Problematik nahe. Mangels einer psychosozialen Belastungssituation oder eines emotionalen Konfliktes, der im Zusammenhang mit dem Schmerzsyndrom stehen würde, könne die Diagnose einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung nicht gestellt werden. Es könne angenommen werden, dass möglicherweise eine leichte rezidivierende depressive Störung vorliege, die sich in einer ausgesprochenen Somatisierung manifestiere, wobei das Ausmass der Depression als sehr klein einzustufen sei. Wohl bestehe ein gewisser Krankheitswert, ein Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit könne damit allenfalls aber nur in kleinem Ausmass begründet werden. Die psychiatrische Symptomatik sei relativ gering und erkläre die subjektive Einschränkung der Arbeitsfähigkeit in keiner Weise, weshalb auch von einer massiven Fehlverarbeitung ausgegangen werden müsse. Grundsätzlich sollte es der Versicherten - so der Facharzt - durchaus möglich sein, etwa sechs bis sieben Stunden ihrer bisherigen oder einer alternativen Tätigkeit nachzugehen, weshalb aus psychiatrischer Sicht allenfalls eine etwa 20%ige Arbeitsunfähigkeit begründet werden könne. Diese Einschränkung bestehe bereits seit Beginn der Erkrankung im Januar 1997.
4.3.2 Dr. med. C._ stellte die Diagnose einer generalisierten Fibromyalgie vom funktionellen Typ, einer Myofascialgie im cervicalen und Gesichtsbereich, eines unspezifischen panvertebralen Syndroms im Rahmen der oben erwähnten Fibromyalgie, einer Haltungsinsuffizienz bei muskulärer Dysbalance sowie migräniformer Kopfschmerzen bei Spannungskopfweh/Myofascialgie. Aus rheumatologischer Sicht sei die Versicherte in ihrer angestammten Tätigkeit voll arbeitsfähig. Bei Berücksichtigung ihrer Fibromyalgie, Myofascialgie sowie der muskulären Schmerzsymptomatik (funktionell) dürfe eine Leistungsminderung von 20% in Betracht kommen, womit eine Arbeitseffizienz von 33,6 Stunden pro Woche erwartet werden könne. Diese Arbeitsfähigkeit hätte rückwirkend ab 1999 zu gelten. Die generalisierte Schmerzsymptomatik habe sich im "steady state" gehalten und sei von der Versicherten perseverierend angegeben worden, sodass medizinisch/-theoretisch gesagt weder eine Verschlechterung noch eine Verbesserung stattgefunden habe.
4.3.3 Das kantonale Gericht hat in einlässlicher und pflichtgemässer Würdigung der gesamten Aktenlage, namentlich gestützt auf das psychiatrische Gutachten vom 25. Oktober 2004 und das rheumatologische Gutachten vom 18. Mai 2005 festgestellt, dass in somatischer Hinsicht keine massgebliche Veränderung des Gesundheitszustandes eingetreten sei. In psychischer Hinsicht hingegen - so die Vorinstanz - habe sich das Beschwerdebild insofern verändert, als nicht mehr von einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung und der im Zusammenhang mit der Überbelastung als Mutter von drei kleinen Kindern und einer 100%igen Arbeitstätigkeit diagnostizierten ausgeprägten depressiven Anpassungsstörung, sondern nurmehr von einer leichten rezidivierenden depressiven Störung ausgegangen werden könne. Sie hielt in Anbetracht dieser veränderten Umstände sowie deren Auswirkungen auf den Gesundheitszustand eine Erhöhung der Arbeitsfähigkeit von 50% auf 80% für nachvollziehbar und bejahte insgesamt eine revisionsbegründende Veränderung der tatsächlichen Verhältnisse im Sinne von <ref-law>.
4.3.4 Diese tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der Versicherten sind für das Bundesgericht verbindlich, ausser sie wären offensichtlich unrichtig. Das ist nicht der Fall. Unbestrittenermassen erfüllen die im Rahmen des Revisionsverfahrens eingeholten Gutachten die von der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3a S. 352) gestellten Anforderungen. In den der rentenzusprechenden Verfügung vom 27. Januar 2000 zugrundeliegenden Arztberichten war u.a. von einem multiloculären Schmerzsyndrom in psychosozialer Belastungssituation (Bericht der Rheumatologischen Klinik des Spitals B._ vom 10. April 1995), von einem Panvertebralsyndrom mit Verdacht auf psychosoziale Überlagerung (Bericht der oben erwähnten Klinik vom 29. März 1996), von einer depressiven Verstimmung mit Erschöpfungsdepression (Bericht des Dr. med. E._ vom 4. April 1998), von einer depressiven Anpassungsstörung (Bericht der Neurologischen und Neurochirurgischen Poliklinik des Spitals Y._ vom 19. Januar 1999) sowie von einer langanhaltenden somatoformen Schmerzstörung (Bericht der Frau Dr. med. F._, Ärztlicher Dienst des Gesundheitsamtes X._ vom 13. April 1999 mit Verweis auf die Diagnose des Psychiaters Dr. med. D._ vom März 1999) die Rede und die IV-Stelle ging gestützt auf diese Berichte von einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit aus. Demgegenüber wurde im psychiatrischen Gutachten des Dr. med. A._ vom 25. Oktober 2004 lediglich noch eine leichte rezidivierende depressive Störung diagnostiziert und der Versicherten sowohl in diesem Gutachten wie auch im rheumatologischen Gutachten des Dr. med. C._ vom 18. Mai 2005 aus psychiatrischen Gründen unter Berücksichtigung der Schmerzsymptomatik eine Arbeitsunfähigkeit von 20% attestiert. Die vorinstanzliche Feststellung einer Verbesserung des psychischen Zustandes kann entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin nicht als offensichtlich unrichtig bezeichnet werden. Soweit sich die Versicherte darauf beruft, die Gutachter hätten keine Verbesserung, sondern einen stationären Zustand festgestellt, ist darauf hinzuweisen, dass eine begutachtende Person bei der Untersuchung eines Exploranden oder einer Explorandin grundsätzlich nur zuverlässig beurteilen kann, was in diesem Zeitpunkt da ist und was nicht, wohingegen für einen früheren Zeitpunkt auf die echtzeitlichen Berichte abzustellen ist. Ebenfalls keine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung liegt sodann im vorinstanzlichen Hinweis auf die Doppel- bzw. Überbelastung der Versicherten und ihre Auswirkung auf den psychischen Zustand im Zeitpunkt der Rentenzusprechung und auf die zwischenzeitlich weggefallene Überbelastung. Wohl waren, wie die Beschwerdegegnerin geltend macht und was aus dem Abklärungsbericht Haushalt vom 18. August 1998 hervorgeht, die drei Kinder (Jg. 1988, 1990 und 1995) im Zeitpunkt der Rentenzusprechung im Tagesheim bzw. in einer italienischen Tagesschule untergebracht, doch ändert dies nichts daran, dass die restliche Betreuung der Kinder im Zeitpunkt der Rentenzusprechung neben der 100%igen beruflichen Tätigkeit gemäss den erwähnten Arztberichten zu einer Überbelastung und zu psychischen Problemen führte, was gemäss aktuellen Gutachten nicht mehr der Fall ist.
4.3.5 Zusammenfassend lässt sich festhalten, dass das kantonale Gericht nicht offensichtlich unrichtig und somit für das Bundesgericht verbindlich einen verbesserten psychischen Zustand mit einer nurmehr 20%igen Arbeitsunfähigkeit festgestellt hat, womit die Voraussetzungen für eine Rentenrevision erfüllt sind.
5. Hinsichtlich der durch die IV-Stelle vorgenommenen Invaliditätsbemessung ist das dem Einkommensvergleich zugrundegelegte Valideneinkommen unbestritten, weshalb zu einer näheren Prüfung kein Anlass besteht. Auch gegen die Festsetzung des Invalideneinkommens anhand der Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) wurden keine Einwände erhoben. Streitig und zu prüfen ist lediglich der durch das kantonale Gericht vorgenommene leidensbedingte Abzug vom Invalideneinkommen in der Höhe von 20%.
5.1 Die Frage, ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug nach Massgabe der Grundsätze von <ref-ruling> vorzunehmen sei, ist rechtlicher Natur und somit vom Bundesgericht frei überprüfbar (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399), wohingegen die Höhe des leidensbedingten Abzuges eine typische Ermessensfrage und letztinstanzlicher Korrektur damit nur dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat.
5.2 Ob und in welchem Ausmass Tabellenlöhne herabzusetzen sind, hängt nach der Rechtsprechung von sämtlichen persönlichen und beruflichen Umständen des konkreten Einzelfalles ab (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad), welche nach pflichtgemässen Ermessen gesamthaft zu schätzen sind. Dabei erlaubt ein Abzug vom statistischen Lohn von insgesamt höchstens 25 %, den verschiedenen Merkmalen, die das Erwerbseinkommen zu beeinflussen vermögen, Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 5a S. 78 f.). Der Abzug hat nicht automatisch, sondern dann zu erfolgen, wenn im Einzelfall Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die versicherte Person wegen eines oder mehrerer dieser Merkmale ihre gesundheitlich bedingte (Rest-)Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann.
5.3 Die IV-Stelle gewährte der Versicherten keinen Abzug vom Invalideneinkommen mit der Begründung, durch die Reduktion des Arbeitspensums auf 80% seien die krankheitsbedingten Einschränkungen bereits berücksichtigt und weitere Merkmale, die einen Abzug zu rechtfertigen vermöchten, lägen nicht vor. Die Vorinstanz demgegenüber reduzierte das anhand der LSE ermittelte Invalideneinkommen um 20% unter Hinweis auf die lange weitgehend gesundheitlich bedingte Arbeitskarenz von zehn Jahren.
5.4 Die IV-Stelle hat die Vornahme eines Abzuges aus einem der in <ref-ruling> erwähnten Gründe, nämlich leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad zu Recht verneint, was im vorinstanzlichen Entscheid denn auch nicht beanstandet wurde. Richtig ist der Einwand der Beschwerdegegnerin, dass diese Aufzählung der persönlichen und beruflichen Umstände, die einen Abzug rechtfertigen können, grundsätzlich nicht abschliessend ist. Die Gewährung eines Abzuges muss sich jedoch am damit von der Rechtsprechung (<ref-ruling>) verfolgten Zweck orientieren, nämlich ausgehend von statistischen Werten ein Invalideneinkommen zu ermitteln, welches der im Einzelfall zumutbaren erwerblichen Verwertung der noch möglichen Verrichtungen im Rahmen der (Rest-)Arbeitsfähigkeit am besten entspricht. Wenn das kantonale Gericht unter Hinweis auf eine "lange weitgehend gesundheitlich bedingte Arbeitskarenz von fast zehn Jahren" einen Abzug gewährt, übersieht es zunächst, wie das BSV richtig vorbringt, dass der Versicherten während der Dauer ihrer Arbeitskarenz eine Arbeitsfähigkeit von 50% attestiert war und sie aus nicht invaliditätsbedingten Gründen keiner Erwerbstätigkeit nachging. Zudem ist der Umstand, dass die Beschwerdegegnerin während Jahren nicht mehr im Erwerbsleben stand, nicht geeignet, ein wesentlich tieferes Einkommen als von der Verwaltung angenommen, zu begründen. Aufgrund der attestierten Zumutbarkeit einer Arbeit im Reinigungsdienst oder einer andern Tätigkeit ging nämlich die IV-Stelle bei der Festsetzung des Invalideneinkommens anhand der LSE vom Anforderungsniveau 4, einfache und repetitive Tätigkeiten, aus. Sowohl beim Reinigungsdienst wie bei den übrigen Tätigkeiten im Anforderungsniveau 4 ist weder eine lange Einarbeitungszeit noch Berufspraxis erforderlich und vermag demzufolge eine Arbeitskarenz keinen Lohnabzug zu begründen. Dementsprechend nimmt praxisgemäss auch die Bedeutung der Dienstjahre im privaten Sektor ab, je niedriger das Anforderungsprofil ist (vgl. Urteil 9C_382/2007 vom 13. November 2007 E. 6.3 mit Hinweis).
5.5 Zusammenfassend erweist sich der vorinstanzlich gewährte leidensbedingte Abzug als bundesrechtswidrig, weshalb die Beschwerde der IV-Stelle Basel-Stadt gutzuheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 16. Juli 2008 aufzuheben ist.
6. Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 16. Juli 2008 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt zurückgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt, der Ausgleichskasse Basel-Stadt, der Pensionskasse Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch