Sachverhalt:
A. Auf den 1. Januar 2009 ist das Bundesgesetz vom 24. März 2006 über die Familienzulagen (Familienzulagengesetz; FamZG; SR 836.2) in Kraft getreten. Im Rahmen einer Totalrevision erliess der Kantonsrat des Kantons Schaffhausen am 22. September 2008 ein neues Gesetz über Familien- und Sozialzulagen (FSG; SHR 836.100) und kam damit seiner Pflicht zum Erlass kantonaler Ausführungsbestimmungen gemäss Art. 17 FamZG nach. Das Ergebnis der Volksabstimmung vom 30. November 2008 über die Totalrevision des FSG wurde im Amtsblatt für den Kanton Schaffhausen Nr. 49 vom 5. Dezember 2008 publiziert (S. 1801).
B. Mit Eingabe vom 19. Dezember 2008 erhob die Ausgleichskasse des Schweizerischen Gewerbes im Namen von D._, des Schweizerischen Maler- und Gipserunternehmerverbandes sowie der Gewerbe-Familienausgleichskasse, Sektion Schaffhausen, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Die Beschwerdeführer stellen den Antrag, es sei § 13 FSG insoweit aufzuheben, als Arbeitgeberbeiträge und Beiträge von Arbeitnehmern ohne beitragspflichtige Arbeitgebende für die Finanzierung des Lastenausgleichs vorgesehen werden, und es seien §§ 15-18 FSG aufzuheben.
Der Kanton Schaffhausen, vertreten durch den Kantonsrat, schliesst auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen kantonale Erlasse ist direkt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. b BGG), sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (Art. 87 BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 30, 134 I 23 E. 3.1 S. 26).
1.2 Es steht kein kantonales Rechtsmittel im Sinne einer abstrakten Normenkontrolle zur Verfügung, so dass direkt beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden kann (Art. 87 Abs. 1 BGG und Art. 51 des Gesetzes des Kantons Schaffhausen vom 20. September 1971 über den Rechtsschutz in Verwaltungssachen [Verwaltungsrechtspflegegesetz; SHR 172.200])
2. Nach Art. 101 BGG ist die Beschwerde gegen einen Erlass innert 30 Tagen nach der nach dem kantonalen Recht massgebenden Veröffentlichung des Erlasses beim Bundesgericht einzureichen. Die Annahme des FSG in der Abstimmung vom 30. November 2008 wurde am 5. Dezember 2008 im Amtsblatt publiziert. Die Beschwerde vom 19. Dezember 2008 wurde demnach rechtzeitig erhoben.
3. 3.1 Zur Erhebung der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen einen kantonalen Erlass ist berechtigt, wer - sofern ein solches im kantonalen Recht vorgesehen ist - am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat, durch den angefochtenen Erlass besonders berührt ist und ein virtuelles schutzwürdiges faktisches Interesse an dessen Aufhebung hat (Art. 89 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 87 BGG; <ref-ruling> E. 2.1 S. 210, 286 E. 2.2 S. 290; vgl. zur Beschwerdelegitimation bei der abstrakten Normenkontrolle Aemisegger/ Scherrer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 53 ff. zu Art. 82 BGG, und Bernhard Waldmann, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 6 ff. zu Art. 89 BGG). Ein als juristische Person konstituierter Verband kann die Verletzung von Rechten seiner Mitglieder geltend machen, soweit er nach den Statuten die entsprechenden Interessen zu wahren hat und die Mehrheit oder zumindest eine grosse Anzahl der Mitglieder durch die angefochtene Regelung virtuell betroffen wird (vgl. Aemisegger/Scherrer, a.a.O., N. 59 zu Art. 82 BGG; Waldmann, a.a.O., N. 32 ff. zu Art. 89 BGG).
3.2 Soweit es sich bei den Beschwerdeführern um einen im Kanton Schaffhausen tätigen (potentiellen) Arbeitgeber (D._) handelt, ist dieser von den beanstandeten Normen im angefochtenen Erlass betroffen. Dasselbe gilt für den Berufsverband (Schweizerischer Maler- und Gipserunternehmerverband), welcher gemäss seinen Statuten als Mitglieder Unternehmen des Maler- und Gipsergewerbes aufnimmt und deren Interessen umfassend vertritt, so dass er ebenfalls die Voraussetzungen der Beschwerdelegitimation erfüllt (vgl. dazu auch Urteil 2C_561/2007 vom 6. November 2008, E. 1.4.3). Offensichtlich betroffen von den gerügten Normen im kantonalen Erlass ist die am Recht stehende Familienausgleichskasse, soweit ihr auch Arbeitgeber im Kanton Schaffhausen angeschlossen sind. Wie es sich mit der Ausgleichskasse des Schweizerischen Gewerbes verhält, kann offen bleiben, da diese nicht in eigenem Namen Beschwerde führt, sondern als Vertreterin agiert. Im Übrigen finden sich die notwendigen Vollmachten bei den Akten.
4. Das angefochtene kantonale Familienzulagengesetz stützt sich auf das Bundesgesetz über die Familienzulagen. Dessen Vorgaben sind gemäss Art. 191 BV für das Bundesgericht verbindlich, selbst wenn sie verfassungswidrig sein sollten. Dies wirkt sich auf die Überprüfungsbefugnis in Bezug auf die nachgelagerten Regelungen insofern aus, als auch sie als massgeblich zu gelten haben, soweit darin lediglich eine Verfassungsverletzung übernommen wird, die sich bereits aus dem Bundesgesetz selber ergibt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 32 mit Hinweisen).
Als Ausfluss von Art. 191 BV kann das Bundesgericht einen kantonalen Hoheitsakt nicht aufheben, soweit dessen Inhalt durch ein Bundesgesetz vorgegeben bzw. abgedeckt ist, namentlich dann nicht, wenn der Bundesgesetzgeber eine Materie an die Kantone delegiert und ihnen vorgegeben hat, wie sie diese zu regeln haben. Der Zusammenhang zwischen der kantonalen und der bundesgesetzlichen Regelung muss dabei zwingend oder zumindest sehr eng sein. Soweit die Kantone frei sind, eigene Regelungen zu schaffen, unterliegt das kantonale Recht uneingeschränkt der Verfassungsgerichtsbarkeit, selbst wenn es gleich lautet wie parallele Regelungen im Bundesrecht (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 33 mit Hinweisen).
5. Die Beschwerdeführer beanstanden die Einführung eines Lastenausgleichs im Rahmen der kantonalen Gesetzes über Familien- und Sozialzulagen, konkret die Verwendung von Arbeitgeberbeiträgen für den Lastenausgleich gemäss § 13 Abs. 2 FSG. Zudem beantragen sie die Aufhebung der §§ 15-18 FSG über den Lastenausgleich.
5.1 § 13 Abs. 2 FSG lautet: "Jede Familienausgleichskasse legt die Höhe des Beitragssatzes fest. Sie berücksichtigt dabei ihren Bedarf für die Familienzulagen, für die Äufnung der Schwankungsreserve, für die Deckung der Verwaltungskosten sowie für allfällige Zahlungen an den Lastenausgleichsfonds." Die Beschwerdeführer rügen einerseits, es bestehe keine (bundes-)gesetzliche Grundlage für die Einführung eines Lastenausgleichs, welcher durch die (Arbeitgeber-)Beiträge an die Familienausgleichskassen finanziert werde; andererseits machen sie geltend, die Beiträge an die Familienausgleichskasse seien nur für die Finanzierung der Zulagen und der Verwaltungskosten sowie zur Äufnung der Schwankungsreserve, nicht aber für den Lastenausgleich zu verwenden.
5.1 § 13 Abs. 2 FSG lautet: "Jede Familienausgleichskasse legt die Höhe des Beitragssatzes fest. Sie berücksichtigt dabei ihren Bedarf für die Familienzulagen, für die Äufnung der Schwankungsreserve, für die Deckung der Verwaltungskosten sowie für allfällige Zahlungen an den Lastenausgleichsfonds." Die Beschwerdeführer rügen einerseits, es bestehe keine (bundes-)gesetzliche Grundlage für die Einführung eines Lastenausgleichs, welcher durch die (Arbeitgeber-)Beiträge an die Familienausgleichskassen finanziert werde; andererseits machen sie geltend, die Beiträge an die Familienausgleichskasse seien nur für die Finanzierung der Zulagen und der Verwaltungskosten sowie zur Äufnung der Schwankungsreserve, nicht aber für den Lastenausgleich zu verwenden.
5.2 5.2.1 Das Bundesgesetz über die Familienzulagen geht auf die parlamentarische Initiative Fankhauser zurück, welche für jedes Kind eine Kinderzulage und einen gesamtschweizerischen Lastenausgleich forderte (vgl. etwa Bericht der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates vom 20. November 1998, BBl 1999 3222 Ziff. 11 [nachfolgend: Bericht]). Im Rahmen der parlamentarischen Beratung wurde auf die Einführung eines nationalen Lastenausgleichs verzichtet, da man dies als nicht vereinbar mit den grossen Freiheiten hielt, welche den Kantonen bei der Ausgestaltung der Finanzierung der Familienzulagen zukommen sollte; aus diesem Grund sah bereits der Entwurf von 1998 vor, dass die Kantone einen kantonalen Lastenausgleich einführen können (vgl. Bericht, BBl 1999 3234 Ziff. 22 zu Art. 16). Art. 17 Abs. 2 lit. k FamZG ermächtigt nunmehr die Kantone, einen Lastenausgleich zwischen den Kassen einzuführen. Damit besteht eine genügende bundesrechtliche Grundlage für den in § 13 Abs. 2 erwähnten Lastenausgleich gemäss § 15 ff. FSG.
5.2.2 Die Einführung eines kantonalen Lastenausgleichs widerspricht Art. 15 FamZG nicht. Diese Norm berechtigt die Familienausgleichskassen, die Familienzulagen zuzusprechen und auszurichten, die Beiträge im Rahmen der kantonalen Ordnung festzusetzen und zu erheben sowie Verfügungen und Einspracheentscheide zu erlassen. Die Einzelheiten der mit Art. 15 FamZG den Familienausgleichskassen zugewiesenen Aufgaben regelt der Kanton gestützt auf Art. 17 FamZG (vgl. dazu AB 2005 S 720). Entgegen der in der Beschwerde zum Ausdruck kommenden Selbsteinschätzung vertreten die Verbandsfamilienausgleichskassen weder die Berufsverbände noch die Arbeitgeber und verfolgen auch nicht deren Interessen. Obwohl sie von Berufsverbänden gegründet wurden, sind sie von diesen losgelöste und unabhängige Sozialversicherungsträger und keine privaten Unternehmen (vgl. dazu Helen Monioudis, Die Organisation ausgewählter Sozialversicherungszweige und die rechtliche Stellung der Sozialversicherungsträger, 2003, S. 179). Die Familienzulagen gemäss FamZG sind denn auch nicht (mehr) eine blosse Lohnzulage, sondern - vergleichbar mit der obligatorischen beruflichen Unfallversicherung (Art. 91 Abs. 1 UVG) - ein fast ausschliesslich (vgl. Art. 17 Abs. 2 lit. j FamZG) von Arbeitgeberseite finanzierter Bundessozialversicherungszweig. So unterstellt Art. 1 FamZG die Familienzulagen dem ATSG (vgl. dazu auch Kieser/Saner, Bundesgesetz über die Familienzulagen [FamZG] - Eine kritische Würdigung, SZS 2007 S. 419). Im Rahmen der parlamentarischen Beratungen wurde auch auf den durch das FamZG veränderten Charakter der Familienzulagen hingewiesen (vgl. etwa AB 2005 S 722). Aufgabe der Verbandsfamilienausgleichskassen ist es somit, in unabhängiger Weise das massgebende kantonale und Bundessozialversicherungsrecht umzusetzen, nicht jedoch die Interessen ihrer Gründerverbände oder deren Mitglieder zu vertreten. Es kann nicht angehen, dass eine sozialversicherungsrechtliche Durchführungsstelle, auch wenn sie privatrechtlich organisiert ist, einseitige Interessen verfolgt; vielmehr hat sie im Rahmen ihres staatlichen Handelns die Anliegen der Allgemeinheit wahrzunehmen (vgl. dazu Yvo Hangartner, in: Die schweizerische Bundesverfassung, Ehrenzeller und andere [Hrsg.], 2. Aufl. 2008, N. 30 zu Art. 5 BV).
5.2.3 Die Einführung des kantonalen Lastenausgleichs stellt insbesondere keinen Verstoss gegen Art. 15 Abs. 3 FamZG dar, gemäss welchem die Familienausgleichskassen für das finanzielle Gleichgewicht durch Äufnung einer angemessenen Schwankungsreserve sorgen. Denn die Schwankungsreserve im Sinne dieser Bestimmung bezweckt nur den Ausgleich von Schwankungen innerhalb derselben Familienausgleichskasse, nicht jedoch den Ausgleich der ungleichmässig verteilten Lasten unter allen im Kanton zugelassenen Familienausgleichskassen. Die Solidargemeinschaft umfasst denn auch nicht bloss alle bei einer Familienausgleichskasse angeschlossenen Arbeitgeber, sondern alle in demselben Kanton tätigen Familienausgleichskassen, so dass zur gleichmässigen Risikoverteilung innerhalb eines Kantons ein kantonaler Lastenausgleich nötig ist. Die im Rahmen des Lastenausgleichs entrichteten Zahlungen dienen demnach der Finanzierung von Familienzulagen, welche durch andere Familienausgleichskassen desselben Kantons ausgerichtet wurden. Art. 16 Abs. 1 FamZG beauftragt die Kantone denn auch, die Finanzierung der Familienzulagen zu regeln und ermächtigt sie in Art. 17 Abs. 2 lit. k FamZG, einen allfälligen Lastenausgleich zwischen den Kassen vorzusehen. Zudem sieht Art. 13 Abs. 1 der Verordnung vom 31. Oktober 2007 über die Familienzulagen (Familienzulagenverordnung; FamZV; SR 836.21) gestützt auf Art. 15 Abs. 1 lit. b und Abs. 3 FamZG explizit vor, dass die Familienausgleichskassen durch die Beiträge, die Erträge und Bezüge aus der Schwankungsreserve sowie die Zahlungen aus einem allfälligen kantonalen Lastenausgleich finanziert werden.
5.2.4 Schliesslich können die Beschwerdeführer auch aus einem Vergleich mit der Regelung im Rahmen der AHV nichts zu ihren Gunsten ableiten, kennt doch diese nicht nur einen kantonalen, sondern einen gesamtschweizerischen Lastenausgleich, welcher über den AHV-Ausgleichsfonds erfolgt (Art. 107 ff. AHVG). Das FamZG schreibt den Kantonen denn auch nicht vor, sie hätten sich in dieser Frage an das System der AHV zu halten. Vielmehr statuiert Art. 25 FamZG die sinngemässe Anwendung von AHV-Recht nur in bestimmten Fällen (Bearbeiten von Personendaten, Datenbekanntgabe, Haftung der Arbeitgeber, Verrechnung sowie die Höhe der Verzugs- und Vergütungszinsen; vgl. Zusatzbericht der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates vom 8. September 2004, BBl 2004 6911 Ziff. 3.2.6 [nachfolgend: Zusatzbericht]). Angesichts des weiten Ermessensspielraums der Kantone bei der Festlegung von Organisation und Finanzierung (Zusatzbericht, BBl 2004 6900 Ziff. 3.1; AB 2005 N 265 und 336; vgl. auch Erläuternder Bericht des Eidgenössischen Departements des Innern [EDI] zum Entwurf der FamZV, S. 1 und Maia Jaggi, Ab nächstem Jahr gelten in der ganzen Schweiz einheitliche Regelungen für die Familienzulagen, Soziale Sicherheit 2008 S. 78 sowie Kieser/Saner, a.a.O., S. 420) sind sie somit frei, ob sie einen Lastenausgleich vorsehen und wie sie diesen ausgestalten wollen. Wie bereits erwähnt (E 5.2.1), wollte der Bundesgesetzgeber auch bei den Familienzulagen einen gesamtschweizerischen Lastenausgleich einführen, doch sollte er nicht unnötig die bisherigen kantonalen Kompetenzen beschneiden (vgl. etwa Zusatzbericht, BBl 2004 6899 Ziff. 2.2.3). Davon wurde in der Folge abgesehen. Immerhin hält der Bundesrat in seiner ergänzenden Stellungnahme vom 10. November 2004 fest (BBl 2004 6944 Ziff. 2.3): "Im Übrigen werden Finanzierung, Organisation und Aufsicht über die Familienausgleichskassen den Kantonen überlassen, die auch einen Lastenausgleich einführen können. Der Bundesrat hält diese Lösung für sinnvoll, denn sie erlaubt es den Kantonen, diese Bereiche mit Rücksicht auf ihre bestehenden Regelungen selber auszugestalten." Um die Solidarität und einen Lastenausgleich dennoch soweit als möglich zu fördern, sah der Bundesgesetzgeber immerhin die Anschlusspflicht aller Arbeitgeber vor (vgl. Art. 12 Abs. 1 FamZG und Zusatzbericht, BBl 2004 6898 Ziff. 2.2.1).
5.3 Nach dem Gesagten besteht eine gesetzliche Grundlage zur Einführung eines kantonalen Lastenausgleichs zwischen den zugelassenen Familienausgleichskassen im Rahmen der Familienzulagen für Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer. Zudem liegt die Einführung eines Lastenausgleichs - wie in E. 5.2.3 dargelegt - durchaus im öffentlichen Interesse. Da auch keine Zweckentfremdung der (Arbeitgeber-) Beiträge oder unzulässige Querfinanzierung anderer Zulagen vorliegt, ist § 13 Abs. 2 FSG bundesrechtskonform.
Wie es sich mit §§ 15-18 FSG verhält, braucht nicht näher geprüft zu werden. Diese Bestimmungen werden zwar im Rechtsbegehren angeführt, im Rahmen der Begründung wird jedoch nicht substantiiert, inwiefern eine Bundesrechtswidrigkeit gegeben sein soll. Insofern kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Kanton hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung, da er im Rahmen seines amtlichen Wirkungskreises obsiegt (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3000.- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Mai 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold