Faits:
A.
Le 6 juillet 2012, A._ a déposé plainte pénale contre B._ pour lésions corporelles simples et menaces. La plaignante a été citée à comparaître à une audience de conciliation fixée le 19 février 2013 par mandat de comparution. Par courrier de son conseil du 6 février 2013, l'intéressée a fait savoir qu'elle n'entendait pas retirer sa plainte pénale et ne souhaitait pas être confrontée au prévenu, précisant que, dans ces circonstances, la tenue d'une audience de conciliation ne se justifiait pas. En date du 8 février 2013, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a informé A._, par l'intermédiaire de son conseil, que l'audience était maintenue et qu'elle serait menée dans le respect de l'art. 152 al. 3 CPP. Par courrier du 11 février 2013, le conseil de A._ a pris acte du maintien de l'audience et requis de savoir quelles mesures seraient prises pour éviter toute confrontation avec A._. La plaignante ne s'est pas présentée à l'audience de conciliation.
B.
Par ordonnance du 18 juin 2013, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a ordonné le classement de la procédure pénale dirigée contre B._. A l'appui de sa décision, le Procureur a exposé que, compte tenu du défaut de A._ à l'audience de conciliation du 19 février 2013, sa plainte devait être considérée comme retirée (art. 316 al. 1 CPP). Pour le surplus, les faits n'étaient pas suffisamment caractérisés pour être constitutifs d'une infraction de contrainte (art. 181 CP).
C.
Par arrêt du 13 septembre 2013, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours de A._ et confirmé l'ordonnance précitée.
D.
Contre l'arrêt cantonal, A._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué, ainsi que de l'ordonnance de classement rendue le 18 juin 2013, et au renvoi du dossier au Procureur pour qu'il complète l'instruction notamment en donnant suite à ses réquisitions, puis rende un acte d'accusation. Elle sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 46).
1.1. En vertu de l'art. 80 al. 1 LTF, le recours est uniquement recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance et par le Tribunal pénal fédéral. La décision sujette à recours est ainsi uniquement celle rendue par l'autorité de recours. La conclusion de la recourante relative à l'annulation de l'ordonnance de classement est irrecevable.
1.2. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 247). Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO. Indépendamment des conditions posées par cette disposition, la partie plaignante peut invoquer la violation de droits que la loi de procédure applicable ou le droit constitutionnel ou conventionnel lui reconnaît comme partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond. L'intérêt juridique exigé par l'art. 81 al. 1 let. b LTF résulte en ce cas du droit de prendre part à la procédure (<ref-ruling> consid. 1.9 p. 40 et les références citées).
En l'occurrence, en tant que le classement de la procédure a été ordonné au motif que la plainte de la recourante pour menaces et lésions corporelles simples est considérée comme retirée du fait de son défaut à l'audience de conciliation en application de l'art. 316 al. 1 2 ème phrase CPP, il est susceptible de constituer une violation de ses droits de partie en ce sens que la décision la prive du droit d'accès à un tribunal. Le recours est ouvert sur ces points, indépendamment de la question de ses prétentions civiles.
2.
2.1. Dans un premier moyen, la recourante affirme avoir cru, à tort, qu'elle n'avait pas à donner suite au mandat de comparution à l'audience de conciliation, du fait que le Procureur n'avait pas répondu au dernier courrier de son avocat.
2.1.1. Il découle du principe de l'épuisement préalable des voies de droit cantonales, consacré à l'art. 80 al. 1 LTF, que seuls sont recevables devant le Tribunal fédéral les griefs qui, pouvant l'être, ont été présentés à l'autorité cantonale de dernière instance (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). La jurisprudence admet toutefois la recevabilité de moyens de droit nouveaux lorsque l'autorité cantonale de dernière instance disposait d'un pouvoir d'examen libre et devait appliquer le droit d'office (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 33 s.). Cela vaut plus particulièrement pour les moyens fondés sur le droit matériel. En revanche, les nouveaux moyens de droit fondés sur le droit constitutionnel, qui sont soumis au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), sont exclus en vertu du principe de la bonne foi et du principe de l'épuisement des griefs (<ref-ruling> consid. 2 p. 640; arrêts 5A_149/2011 du 6 juillet 2011 consid. 4.2; 6B_435/2011 du 6 octobre 2011 consid. 1.3.1).
2.1.2. Autant qu'elle se prévaut d'une violation du principe constitutionnel de la protection de sa bonne foi (art. 5 al. 3 Cst. en lien avec l'art. 9 Cst.), ce grief n'a pas été soumis à la Chambre des recours, la recourante s'étant limitée à soutenir devant cette autorité ne pas avoir comparu au motif qu'elle avait cru, à tort que, suite à la lettre de son avocat du 6 février 2013, l'audience avait été annulée. En invoquant devant la cour de céans un nouveau grief pour expliquer son absence, celui-ci est irrecevable, faute d'épuisement des voies de droit cantonales.
2.2. Pour le surplus, la recourante ne soutient pas qu'elle aurait été empêchée de comparaître pour un autre motif et que son défaut serait excusable (art. 205 CPP). Elle ne conteste pas davantage que le mandat de comparution faisait expressément état des conséquences d'une non-comparution. En outre, elle avait été informée, par l'intermédiaire de son conseil, que l'audience de conciliation était maintenue.
3.
3.1. La recourante soutient que, comme l'instruction a porté également sur la contrainte, infraction qui se poursuit d'office, le Procureur ne pouvait pas la citer à comparaître en vue d'une audience de conciliation, cette dernière étant réservée uniquement lorsque la procédure pénale porte exclusivement sur des infractions poursuivables sur plainte, comme l'énonce l'art. 316 al. 1 CPP. Aussi, son absence à l'audience ne pouvait pas être considérée comme un retrait de sa plainte.
Sur cette question, l'autorité cantonale a considéré qu'il incombait à la plaignante de recourir contre le mandat d'amener pour contester la tenue d'une audience de conciliation. Ne l'ayant pas fait, elle avait provoqué le retrait de sa plainte.
3.2. La personne citée à comparaître selon l'art. 201 CPP est recevable à former un recours en application de l'art. 393 al. 1 let. a CPP contre cette décision qui constitue une mesure de contrainte ( GREGOR CHATTON, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 43 ad art. 201 CPP). En cette hypothèse, le tribunal saisi d'un tel recours aurait alors dû examiner si le motif avancé pour décerner un mandat (art. 201 al. 2 let. c CPP), à savoir la tenue d'une audience de conciliation, contrevenait à l'art. 316 al. 1 CPP. Toutefois, le défaut de recours a pour seule conséquence le maintien de l'audience. Il ne saurait en revanche en être conclu, comme l'admet implicitement la décision attaquée, que la recourante serait forclose à se prévaloir d'une violation de l'art. 316 al. 1 CPP. La constatation du retrait de la plainte, consécutive au défaut à la procédure de conciliation, fonde le motif du classement de la procédure selon l'art. 319 al. 1 let. d CPP, décision elle-même sujette à recours. Il y a donc lieu d'examiner le moyen sous cet angle.
3.3. En vertu de l'art. 316 al. 1 CPP, lorsque la procédure préliminaire porte exclusivement sur des infractions poursuivies sur plainte, le ministère public peut citer le plaignant et le prévenu à une audience dans le but d'aboutir à un arrangement à l'amiable. Si le plaignant fait défaut, la plainte est considérée comme retirée.
En l'espèce, il s'agit de déterminer si le recours à la conciliation est réservé aux procédures qui visent exclusivement des infractions poursuivables sur plainte, comme le soutient la recourante, ou si la conciliation peut être ordonnée pour des infractions poursuivables sur plainte alors même que la procédure englobe d'autres infractions poursuivies d'office.
A cet égard, il y a lieu de renvoyer à la jurisprudence constante en matière d'interprétation de la loi, étant rappelé que le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme; en particulier, il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 184).
3.3.1. Les textes allemand et italien de l'art. 316 al. 1 1ère phrase CPP divergent du texte français en ce sens que l'adverbe "exclusivement" n'y figure pas. La version allemande énonce : "Soweit Antragsdelikte Gegenstand des Verfahrens sind, kann die Staatsanwaltschaft die antragstellende und die beschuldigte Person zu einer Verhandlung vorladen mit dem Ziel, einen Vergleich zu erzielen". La version italienne dispose : "Se il procedimento concerne reati perseguibili a querela di parte, il pubblico ministero può convocare il querelante e l'imputato a un'udienza di conciliazione (...) ". A noter encore que seul le texte français évoque la procédure préliminaire alors que les textes allemand et italien mentionnent uniquement la procédure ( Verfahren, procedimento ). Il y a donc lieu de rechercher lequel des textes légaux divergents exprime la volonté réelle du législateur.
Dans la mesure où les versions de la loi rédigées dans les trois langues officielles ont la même valeur, il faut se demander si la différence entre le libellé français et les deux autres relève d'une erreur dans la procédure législative, d'une différence de signification n'apparaissant qu'à l'occasion de cas concrets en fonction de la compréhension diverse du texte légal dans chaque langue ou enfin d'une différence linguistique imputable soit à une impossibilité de traduire sciemment prise en compte dans la rédaction, soit à une incertitude du législateur sur le sens effectivement voulu (<ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 116 s.; Martin Schubarth, Die Auslegung mehrsprachiger Gesetzestexte, in Rapports suisses présentés au XVIIe Congrès international de droit comparé, Zurich 2006, p. 11 ss, spéc. p. 12 s.).
3.3.2. Au regard de la genèse de la norme, on constate que l'art. 346 de l'Avant-projet du code de procédure pénale suisse de juin 2001 (AP-CPP) ne comportait aucune divergence entre les trois langues. Toutes les versions mentionnaient le terme exclusivement, ausschliesslich, esclusivamente ainsi, du reste, que celui du caractère préliminaire de la procédure ( Vorverfahren, procedura preliminare). Le rapport explicatif relatif à l'AP-CPP (p. 208) précisait, à propos de cette norme, que le Ministère public "peut naturellement procéder à cette tentative de conciliation même dans les cas où des infractions poursuivies sur plainte sont instruites en même temps que des infractions poursuivies d'office". A l'issue de la procédure de consultation, il est apparu que la tentative de conciliation a rallié les suffrages de la majorité des participants sans remise en question du rapport explicatif sur ce point (Synthèse des résultats de la procédure de consultation relative aux avant-projets de code de procédure pénale suisse et de la loi fédérale régissant la procédure pénale applicable aux mineurs, Berne, février 2003, p. 71). Ensuite de quoi, l'art. 316 al. 1 du Projet de code de procédure pénale élaboré par le Conseil fédéral (P-CPP) a été remanié par l'abandon, dans les textes allemand et italien, des mots ausschliesslich, esclusivamente. Il en a été de même pour le terme "préliminaire" de la procédure, le P-CPP ne mentionnant plus que la procédure dans les textes allemand et italien. Seul le texte français est resté inchangé, conservant sa terminologie initiale telle qu'elle figure dans l'actuel art. 316 al. 1 CPP. Les textes ont été adoptés sans modification par le Parlement. On comprend ainsi que le Conseil fédéral, en modifiant la teneur de l'art. 316 al. 1 CPP en italien et en allemand, a suivi le rapport explicatif de l'AP-CPP et n'a pas voulu exclure l'institution de la conciliation quand l'objet de la procédure concerne, outre des infractions poursuivables sur plainte, aussi des infractions poursuivables d'office. La différence entre les textes français d'une part, et allemand et italien d'autre part, relève ainsi d'une pure erreur dans le processus législatif pour le français qui n'a pas été adapté dans le projet du Conseil fédéral.
3.3.3. La doctrine, qui n'a pas relevé la divergence de traduction dans les textes, ne va pas à l'encontre de cette interprétation. La plupart des auteurs exposent que la norme s'applique en règle générale, quand seules des infractions poursuivables sur plainte font l'objet de la procédure, sans exclure toutefois que la procédure puisse aussi porter sur des infractions poursuivables d'office (Michael Daphinoff, Das Strafbefehlsverfahren in der Schweizerischen Strafprozessordnung, 2012, p. 211; Nathan Landshut, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber [éd.], Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, n° 3 ad art. 316 CPP; Niklaus Schmid, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2e éd. 2013, n° 3 ad art. 316 CPP; le même, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2e éd., 2013 n° 1241 p. 557). Certains auteurs considèrent qu'il peut être judicieux de tenter de trouver une solution transactionnelle, dans une instruction mêlant poursuite d'office et sur plainte, en matière d'infractions relevant de la libre disposition des parties (Jo Pitteloud, Code de procédure pénale suisse, 2012, n° 788 ad art. 316 CPP p. 538; dans ce sens aussi, voir Andreas Eigenmann, Nach dem Verzicht auf die Mediation im Strafverfahren, p. 32). Cette interprétation de la norme va dans le sens du rapport explicatif de l'AP-CPP (cf. supra consid. 3.3.2).
Le but de la norme consiste à trouver un arrangement amiable entre prévenu et plaignant permettant à ce dernier de retirer sa plainte et partant de renoncer à l'action pénale (Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1057 p. 1251; Jeanneret/Kuhn, Précis de procédure pénale, 2013, p. 387). La conciliation de l'art. 316 al. 1 CPP contraint seulement la partie plaignante à se présenter à l'audience de conciliation; en revanche, elle n'a aucune obligation de retirer sa plainte. Ainsi, la citation à comparaître de la partie plaignante en vue d'une conciliation au sens de l'art. 316 al. 1 CPP, dans une instruction mêlant poursuite d'office et sur plainte, ne lui porte aucun préjudice, dans la mesure où la conciliation ne porte que sur des infractions poursuivies sur plainte. Le grief est rejeté.
4.
La recourante invoque une violation de l'art. 319 CPP et du principe in dubio pro duriore en relation avec l'infraction de contrainte.
4.1. Selon l'art. 42 al. 2 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 539; <ref-ruling> consid. 1 p. 356). Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 248). Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. art. 119 al. 2 let. b CPP), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. art. 320 al. 3 CPP). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante, sous peine d'irrecevabilité, d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé.
4.2. En l'espèce, le recourante expose avoir pris des conclusions civiles non chiffrées tendant au paiement d'une indemnité pour tort moral et de dommages-intérêts, sous la forme d'éventuels frais médicaux non pris en charge par l'assurance. L'allocation d'une indemnité pour tort moral fondée sur l'art. 49 al. 1 CO suppose que l'atteinte ait une certaine gravité objective et qu'elle ait été ressentie par la victime, subjectivement, comme une souffrance morale suffisamment forte pour qu'il apparaisse légitime qu'une personne, dans ces circonstances, s'adresse au juge pour obtenir réparation (<ref-ruling> consid. 12.1 p. 29; arrêt 1B_648/2012 du 11 juillet 2013 consid. 1.2). La recourante ne fournit aucun développement sur le tort moral dont elle entend se prévaloir, pas davantage sur le dommage économique qu'elle aurait subi. Le mémoire de recours ne répond ainsi pas aux exigences minimales exposées ci-dessus. Il s'ensuit que l'absence d'explication suffisante sur les prétentions civiles exclut la qualité pour recourir de la recourante en relation avec l'infraction de contrainte.
5.
En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante a requis le bénéfice de l'assistance judiciaire. Ses conclusions n'étaient pas d'emblée dépourvues de chance de succès pour ce qui concerne le classement de la procédure motivé par le défaut de la recourante à l'audience de conciliation. Elles l'étaient pour le surplus. Dès lors que la recourante est dans le besoin, il convient de la mettre au bénéfice d'une assistance judiciaire partielle (<ref-ruling> consid. 4 p. 399 s.; art. 64 al. 1 LTF). Il y a lieu de désigner Me Fabien Mingard, en qualité d'avocat d'office et de lui allouer une indemnité réduite à titre d'honoraires, qui sera supportée par la caisse du Tribunal fédéral (art. 64 al. 2 LTF). La recourante supportera des frais réduits (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire est partiellement admise pour la procédure devant le Tribunal fédéral et Me Fabien Mingard est désigné en qualité d'avocat d'office. Elle est rejetée pour le surplus.
3.
Une part des frais judiciaires arrêtés à 400 fr. est mise à la charge de la recourante.
4.
Une indemnité de 1'500 fr., à payer à Me Fabien Mingard à titre de dépens réduits, est mise à la charge de la caisse du Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 5 juin 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Boëton