Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Richtet sich die Beschwerde gegen einen Nichteintretensentscheid, hat das Gericht, ungeachtet der Vorbringen des Beschwerdeführers, zu prüfen und darüber zu entscheiden, ob die Verwaltung oder die gerichtliche Vorinstanz zu Recht nicht auf das Leistungs- oder Feststellungsbegehren eingetreten ist. Der richterliche Entscheid in der Sache (Sachentscheid) hat in dieser besonderen verfahrensmässigen Situation den formellen Gesichtspunkt des Nichteintretens durch die untere Instanz zum Gegenstand (<ref-ruling> Erw. 2a). Dagegen hat sich das Gericht mit den materiellen Anträgen nicht zu befassen (vgl. <ref-ruling> Erw. 2b, 117 V 122 Erw. 1 mit Hinweisen; nicht publizierte Erw. 1a des Urteils RKUV 2000 Nr. U 372 S. 112 [U 269/99]; SVR 1997 UV Nr. 66 S. 225 Erw. 1a). Soweit in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde Rechtsbegehren gestellt werden, die sich nicht mit der prozessualen Frage des vorinstanzlichen Nichteintretensentscheids befassen, ist daher darauf nicht einzutreten.
b) Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Streitig und zu prüfen ist demnach einzig, ob das kantonale Gericht zu Recht auf die Eingabe vom 11. November 1999 nicht eintrat. Einerseits gelangte es zum Schluss, dass der Beschwerdeführer nicht gegen eine konkrete Verfügung vorgehe, weshalb auf die Eingabe mangels Anfechtungsgegenstand und fehlender Sachurteilsvoraussetzung nicht einzutreten sei (vgl. <ref-ruling> Erw. 1a, 119 Ib 36 Erw. 1b, je mit Hinweisen). Andererseits hielt es fest, die beiden Beitragsverfügungen vom 23. August 1996 und 17. November 1998 seien innert der 30tägigen Beschwerdefrist nicht angefochten worden und somit in Rechtskraft erwachsen.
Was der Beschwerdeführer hiegegen vorbringt, lässt die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz weder als mangelhaft im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG noch die rechtliche Würdigung als bundesrechtswidrig erscheinen. Mit dem kantonalen Gericht ist festzuhalten, dass der Beschwerdeführer keine stichhaltigen Gründe nennt, warum er allenfalls unverschuldet davon abgehalten wurde, rechtzeitig gegen die Verfügung vom 17. November 1998 für das Beitragsjahr 1998 Beschwerde zu erheben, was zu einer Wiederherstellung der Frist hätte führen können (<ref-ruling>).
Die vorinstanzliche Beschwerde erweist sich selbst dann als verspätet, wenn das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 9. Juni 1999 als Verfügung qualifiziert würde. Das kantonale Gericht ist daher zu Recht - auch unter dem Aspekt der Wiedererwägung und Rechtsverweigerung - auf die Eingabe vom 11. November 1999 nicht eingetreten.
3.- Das Verfahren ist kostenpflichtig, da es nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen, sondern ausschliesslich um eine prozessrechtliche Frage geht (Art. 134 OG e contrario; Art. 156 in Verbindung mit Art. 135 OG).
4.- Da die Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit zulässig, offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach Art. 36a OG erledigt.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit
darauf einzutreten ist.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 13. September 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: