Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 23. Januar 2008 und Einspracheentscheid vom 17. März 2008 veranlagte die Steuerkommission A._ X._ und Y._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2004 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 38'900.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 0.--. In der beigelegten Abweichungsbegründung setzte sie zudem die Buchwerte und kumulierten Abschreibungen per 31. Dezember 2004 für den von X._ von seinem Vater übernommenen Landwirtschaftsbetrieb (Übernahme per 1. Januar 2004) fest.
Einen Rekurs der Steuerpflichtigen hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 29. April 2009 teilweise gut und setzte die Buchwerte und kumulierten Abschreibungen per 31. Dezember 2004 gegenüber dem Einspracheentscheid deutlich herab. Die Steuerfaktoren (Einkommen und Vermögen) waren nicht angefochten worden und blieben davon unberührt.
B. Dagegen führte das Kantonale Steueramt Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit dem Rechtsbegehren, es seien die Buchwerte per 31. Dezember 2004 gemäss Einspracheentscheid festzusetzen (Hauptantrag).
Mit Urteil vom 29. April 2009 hiess das kantonale Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und hob das Urteil des Steuerrekursgerichts vom 29. April 2009 und den Entscheid der Steuerkommission A._ ersatzlos auf, "soweit darin über die Festlegung der Steuerfaktoren hinaus Feststellungen getroffen werden". Es begründete das damit, dass es sowohl seitens der Steuerbehörden als auch der Steuerpflichtigen an einem ausreichenden Interesse am Erlass einer Feststellungsverfügung betreffend die Höhe der Buchwerte und kumulierten Abschreibungen gefehlt habe. Die Steuerkommission A._ und das Steuerrekursgericht hätten daher keinen Feststellungsentscheid treffen dürfen. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten verlangen die Steuerpflichtigen, dass die Buchwerte einschliesslich die kumulierten Abschreibungen per 31. Dezember 2004 entsprechend dem Entscheid des Steuerrekursgerichts festgelegt werden, unter Kostenfolgen zu Lasten des Kantons Aargau.
Das Kantonale Steueramt äussert sich einlässlich zur Notwendigkeit einer Feststellungsverfügung wie auch zu den Buchwerten und kumulierten Abschreibungen und beantragt dem Bundesgericht, diese entsprechend seinen Anträgen in der kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde festzulegen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Entscheide oberer kantonaler Gerichte (<ref-law>) über die Staats- und Gemeindesteuern können mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (<ref-law>; Art. 73 des Steuerhamonisierungsgesetzes vom 14. Dezember 1990; StHG 642.14). Die Beschwerdeführer sind als Steuerpflichtige durch den angefochtenen Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts besonders berührt und zur Beschwerde grundsätzlich legitimiert (<ref-law>).
2. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten (s. auch <ref-law>). Zwar wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde eingetreten werden kann, diese also den Anforderungen an die Begründung von <ref-law> genügt (<ref-ruling> E. 2.1).
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> mit Hinweisen).
3. Im Streite liegen, wie gesagt, nicht die Steuerfaktoren, sondern einzig die Festsetzung der Veranlagungsbehörde über die Buchwerte und kumulierten Abschreibungen auf den Vermögenswerten per 31. Dezember 2004. Die Vorinstanz trat auf die Beschwerde des Kantonalen Steueramtes, welches diese Werte überprüft haben wollte, zwar ein, weil das Kantonale Steueramt hiervon betroffen ist. Es hielt jedoch fest, dass reine (über die Festsetzung der Steuerfaktoren hinausgehende) Feststellungsentscheide nach der aargauischen Gerichts- und Verwaltungspraxis nur in Ausnahmefällen zulässig seien und vorliegend kein solcher besonderer Fall vorliege. Es hob daher die Entscheide des Steuerrekursgerichts und der Steuerkommission, "soweit darin über die Festlegung der Steuerfaktoren hinaus Feststellungen getroffen werden", auf.
Die Beschwerdeführer, welche diesen Entscheid anfechten, müssen folglich darlegen, weshalb eine Feststellungsverfügung nach aargauischem Recht zulässig sein soll und der gegenteilige angefochtene Entscheid Bundesrecht oder kantonales (Verfahrens-)Recht (letzteres in qualifizierter Form, vgl. E. 2) verletzen soll. Nur dann kann eine Beschwerdebegründung als sachbezogen und genügend im Sinne von Art. 42 Abs. 2 und <ref-law> bezeichnet werden. Eine solche Begründung findet sich in der vorliegenden Beschwerde nicht. Die Beschwerdeführer machen darin lediglich geltend, den Ausführungen des Verwaltungsgerichtsurteils werde widersprochen und eine Festlegung der Buchwerte und kumulierten Abschreibungen sei erforderlich. Die Ausführungen des Verwaltungsgerichts seien "nicht zutreffend" und auch Steuerbehörden müssten - neben den Steuerpflichtigen - ein "Interesse an einer klaren Festlegung der Einkommenssteuerwerte haben". Aus dieser Begründung geht nicht hervor, inwiefern nach Ansicht der Beschwerdeführer das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts Bundesrecht oder kantonales Recht, dieses auf willkürliche Weise, verletzen könnte. Es fehlt überhaupt jegliche Auseinandersetzung mit der Argumentation des Verwaltungsgerichts im angefochtenen Entscheid. Dabei hat das Verwaltungsgericht seine differenzierte Praxis zu den Feststellungsentscheiden im Zusammenhang mit der Umgestaltung der Kapitalgewinnbesteuerung dargestellt und ausgeführt, weshalb entgegen der Auffassung des Kantonalen Steueramtes (welches Beschwerde führte) kein Fall vorliege, in dem zwingende Gründe für den Erlass einer Feststellungsverfügung sprächen. Die vorliegende Beschwerde ist folglich nicht sachbezogen und erlaubt es dem Bundesgericht nicht, den angefochtenen Entscheid auf Rechtsfehler hin zu prüfen. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Eine Nachfrist zur Verbesserung der Beschwerde ist auch nach <ref-law> oder nach allgemeinen Grundsätzen nicht geboten (vgl. <ref-ruling> E. 2.4, besonders 2.4.2).
4. Da auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann, darf auch die in der Vernehmlassung des kantonalen Steueramtes enthaltene Begründung nicht hilfsweise herangezogen werden. Gleiches gilt auch für die von den Beschwerdeführern nach Ablauf der Beschwerdefrist unaufgefordert eingereichte Replik, da die Begründung in der Beschwerde enthalten sein muss.
5. Auf die Beschwerde ist nach dem Gesagten nicht einzutreten. Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen, welche hierfür solidarisch haften (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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