Sachverhalt:
A. Die X._-Stiftung (nachfolgend: Stiftung) wurde im Jahr 1981 von A._ gegründet. Sie bezweckt im Wesentlichen die Erarbeitung, Verbreitung und Förderung von neuen Erkenntnissen und Produkten auf dem Gebiet der Agrar- und Pflanzengenetik. A._ arbeitete zudem seit dem 1. September 1979 als wissenschaftlicher Mitarbeiter und Lehrer bzw. ab dem 10. Januar 1984 als Professor am Landwirtschaftlichen Institut des Kantons Freiburg (LIG), einer selbständigen öffentlichen Anstalt, welche der Direktion der Institutionen und der Land- und Forstwirtschaft (ILFD) angeschlossen ist.
Nachdem es bereits früher zu Kooperationsvereinbarungen zwischen der Stiftung und dem LIG gekommen war, unterzeichneten diese Parteien am 22. Juni 1999 einen verwaltungsrechtlichen Vertrag, welcher die Zusammenarbeit neu regeln sollte. Der Vertrag wurde für die Dauer von vier Jahren geschlossen und trat per 1. Januar 2000 in Kraft. Das LIG verpflichtete sich darin im Wesentlichen dazu, der Stiftung einen Betriebskostenbeitrag in Höhe von Fr. 110'000.-- pro Jahr zu leisten (Artikel 1). Weiter sicherte das LIG der Stiftung zu, ihr die Dienste einer Laborantin im Umfang von 25 % eines regulären Pensums zur Verfügung zu stellen (Artikel 2). Sodann sah die Vereinbarung vor, A._ einen Lehrauftrag am LIG für die Fächer Chemie, Biologie und Biotechnologie zu erteilen (Artikel 3). Im Gegenzug verpflichtete sich die Stiftung dazu, das LIG an ihrem jährlichen Reingewinn zu beteiligen (Artikel 6). Zudem wurden in Art. 5 der Vereinbarung Informationspflichten der Stiftung gegenüber dem LIG statuiert. Diese Bestimmung lautet wie folgt:
"Art. 5. En compensation des prestations fournies par l'IAG, X._ s'engage à renseigner loyalement l'IAG sur ses activités et à prendre en compte, autant que possible, les intérêts de l'Etat de Fribourg, en particulier de l'IAG, des agriculteurs et des entreprises fribourgeoises. A cet effet, X._:
informe chaque année l'IAG, au plus tard à la fin du mois de février, sur son programme annuel d'activités;
soumet à la Direction de l'intérieur et de l'agriculture et à la direction de l'IAG son rapport d'activité et ses comptes annuels;
informe en priorité l'IAG de toute publication ou mise en ?uvre de projets;
met à disposition du laboratoire de chimie-biologie et de biotechnologie de l'IAG ses équipements et ses installations et permet à l'IAG d'utiliser ses installations et ses projets pour des démonstrations."
Am 28. November 2001 kündigte der für das LIG zuständige Departementsvorsteher einen Teil der Vereinbarung vorzeitig per 31. Dezember 2001. Der Departementsvorsteher begründete sein Vorgehen damit, dass die Stiftung ihren Informationspflichten gemäss Art. 5 der Vereinbarung nicht hinreichend nachgekommen sei. Die Kündigung bezog sich auf den jährlichen Betriebskostenbeitrag des LIG an die Stiftung gemäss Art. 1. Der Lehrauftrag für A._ und die Dienste der Laborantin (Art. 2 und Art. 3) wurden dagegen von der Teilkündigung nicht erfasst.
B. Die Stiftung erachtete die (teilweise) Kündigung des Vertrages als unzulässig und erhob am 28. November 2002 beim Kantonsgericht Freiburg (damals: Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg) Klage gegen das LIG. Darin forderte sie die Bezahlung eines Betrages von insgesamt Fr. 324'093.30. Nachdem das Verfahren wegen eines von A._ parallel eingeleiteten zweiten Verfahrens gegen den Kanton Freiburg (vgl. Urteil 2A.584/2002 vom 25. Januar 2006) zwischenzeitlich sistiert worden war, wies das Kantonsgericht in seinem Urteil vom 17. Juni 2008 die Klage der Stiftung gegen das LIG vollumfänglich ab.
C. Mit Eingabe vom 26. August 2008 führt die Stiftung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, es sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und das LIG zu verurteilen, der Stiftung den Betrag von Fr. 220'000.--, zuzüglich Verzugszinsen ab mittlerem Verfall, d.h. ab dem 31. Dezember 2002, sowie den weiteren Betrag von Fr. 4'453.30 zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das LIG beantragt, es sei die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde. Das Kantonsgericht Freiburg beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Am 15. Januar 2009 reichte die Stiftung unaufgefordert eine Replik ein.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert, soweit sie an der Überprüfung des angefochtenen Urteils ein aktuelles Rechtsschutzinteresse besitzt. Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist daher in diesem Umfang grundsätzlich einzutreten (vgl. aber E. 1.2 und 1.3 hiernach).
1.2 Mit der Beschwerde kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht (einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte) gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.3 Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführerin wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt (<ref-ruling>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2. Die Beschwerdeführerin rügt vorab eine Verletzung des verfassungsmässigen Anspruchs auf rechtliches Gehör: Der Instruktionsrichter des Kantonsgerichts habe die Beweisanträge der Parteien mit der Begründung abgelehnt, dass das Dossier des bundesgerichtlichen Verfahrens 2A.584/2002 auch den vorliegenden Fall hinreichend dokumentiere; dies sei falsch und unzulässig, zumal die sich stellenden Fragen in den beiden Verfahren nicht identisch seien.
Der in <ref-law> gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör beinhaltet unter anderem das Recht des Betroffenen, mit Beweisanträgen gehört zu werden, wenn diese geeignet sind, den Entscheid zu beeinflussen. Dieser Anspruch wird jedoch nicht verletzt, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428; <ref-ruling> E. 4a S. 211, je mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin beschränkt sich vorliegend auf die pauschale Beanstandung der vorinstanzlichen Begründung. Sie zeigt jedoch nicht auf, welcher der abgelehnten Beweisanträge - entgegen der Ansicht der Vorinstanz - neue und relevante Erkenntnisse versprochen hätte. Ihre Rüge erweist sich mithin als unzureichend begründet, weshalb darauf nicht einzutreten ist (vgl. E. 1.3).
3. In der Hauptsache zielt die Kritik der Beschwerdeführerin darauf ab, dass die Vorinstanz die vorzeitige Teilkündigung der Konvention durch das LIG zu Unrecht als zulässig erklärt habe; vielmehr sei diese Kündigung sogar nichtig. In diesem Zusammenhang rügt die Beschwerdeführerin verschiedentlich die Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes durch das Kantonsgericht und bringt weitere Einwendungen vor.
3.1 Die Beschwerdeführerin argumentiert, dass keiner der in Art. 9 der Vereinbarung vorgesehenen Gründe zur Vertragsbeendigung geführt habe. Eine aus anderen Gründen erfolgte Kündigung sei unzulässig.
Das Kantonsgericht hat die Möglichkeit einer ausserordentlichen, vertraglich nicht vorgesehenen Kündigung aus wichtigen Gründen geprüft und bejaht. Es stützte sich dabei auf die Regeln des Bundeszivilrechts, welche als subsidiäres kantonales Recht herangezogen wurden. Dessen Anwendung kann das Bundesgericht aber nicht frei überprüfen, sondern nur insoweit, als vorgebracht wird, dass eine Verletzung von Bundesrecht, insbesondere der Bundesverfassung, vorliege. Solche Rügen haben den Anforderungen von <ref-law> zu genügen (vgl. E. 1.3). Die Beschwerdeführerin setzt sich jedoch mit den entsprechenden Erwägungen der Vorinstanz nicht auseinander und zeigt nicht auf, inwiefern diese gegen Bundesrecht verstiessen. Die in diesem Zusammenhang vorgebrachte Rüge kann daher nicht gehört werden.
3.2 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, dass das LIG nebst den in seinem Kündigungsschreiben vom 28. November 2001 genannten Gründen noch weitere Motive gehabt habe, die Vereinbarung mit ihr aufzulösen. Hierfür seien insbesondere politischer Druck sowie die unzutreffende Behauptung ausschlaggebend gewesen, dass die Stiftung die Interessen des Kantons Freiburg nicht wahrgenommen habe.
Die Ausführungen der Beschwerdeführerin beruhen auf einer Sachverhaltsdarstellung, welche von jener der Vorinstanz abweicht. Jedoch vermag die Beschwerdeführerin weder darzulegen noch ist anderweitig ersichtlich, inwiefern die von ihr genannten Umstände - soweit sie denn zutreffen sollten - für den Ausgang des Verfahrens von Bedeutung sein könnten: Soweit die im Kündigungsschreiben des LIG genannten Gründe eine vorzeitige Kündigung der Vereinbarung rechtfertigen, spielt es keine Rolle, ob daneben noch weitere Motive für ein solches Vorgehen bestanden haben. Wegen der nicht substantiiert aufgezeigten Relevanz der Vorbringen kann auf die Beschwerde in diesem Umfang nicht eingetreten werden (vgl. <ref-law>; E. 1.2).
3.3 Sodann rügt die Beschwerdeführerin, dass das Kantonsgericht ihr zu Unrecht eine Verletzung der vertraglichen Informationspflichten gemäss Art. 5 der Konvention vorgeworfen habe.
3.3.1 Insbesondere treffe nicht zu, dass die Stiftung dem LIG das Jahresprogramm 2000 erst am 26. Dezember 2000 habe zukommen lassen; das Kantonsgericht verwechsle das Jahresprogramm mit dem Jahresbericht 1999-2000. Zwar sei es richtig, dass es bei der Erstellung des Jahresprogrammes 2000 zu einer Verspätung gekommen sei, doch treffe die Stiftung dabei kein Verschulden, weil die Verspätung darauf zurückzuführen sei, dass die für die Stiftung abgestellte Laborantin einen Autounfall erlitten habe. Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, dass die Stiftung dem LIG bzw. dem zuständigen Departementsvorsteher nebst dem Jahresprogramm und den Jahresberichten auch Zusatzberichte abgegeben habe, in welchen die von ihm aufgeworfenen Fragen beantwortet worden seien. Hinsichtlich des Inhalts der eingereichten Auskünfte bringt die Beschwerdeführerin vor, sie habe davon ausgehen dürfen, dieser genüge den vertraglichen Informationspflichten. Dies vor allem auch deshalb, weil ihr Berichtswesen demjenigen vor Abschluss der Konvention im Jahre 1999 entsprochen und damals zu keinen Beanstandungen geführt habe; ohnehin sei aber die Form der Information vertraglich nicht festgelegt gewesen, weswegen diese sogar mündlich hätte erfolgen können. Die Beschwerdeführerin führt weiter ins Feld, dass der Jahresbericht 2000-2001 als zulässiges Motiv für die Kündigung bereits deshalb ausser Betracht falle, weil das Kündigungsschreiben vom 28. November 2001 datiere, der Jahresbericht aber erst am 24. Dezember 2001 erstellt bzw. übermittelt worden sei, weswegen sich die vom LIG behauptete Verletzung der Informationspflichten a priori nur mit dem Jahresbericht 1999-2000 begründen lasse. Letzterer umfasse jedoch nur eine Halbjahresperiode unter der Herrschaft der Konvention, nämlich das erste Halbjahr 2000. Denn das Geschäftsjahr der Stiftung daure jeweils vom 1. Juli bis zum 30. Juni. Im Übrigen treffe auch nicht zu, dass die Jahresberichte 1999-2000 und 2000-2001 praktisch identisch gewesen seien.
3.3.2 Die Vorbringen der Beschwerdeführerin vermögen nicht zu überzeugen:
Es trifft zwar zu, dass das Kantonsgericht - nicht im Sachverhalt (lit. F des angefochtenen Entscheids), aber in den Erwägungen (E. 16.e) - die Jahresprogramme unzutreffend als Jahresberichte bezeichnet hat. Dies ändert aber nichts daran, dass das Jahresprogramm 2000 verspätet eingereicht worden ist, was die Beschwerdeführerin denn auch einräumt. Wenn sich die Beschwerdeführerin zur Rechtfertigung dieser Verspätung auf den Verkehrsunfall der Laborantin beruft und geltend macht, das LIG habe sich diesbezüglich gegenüber der Stiftung "im Verzug" befunden, leuchtet dies nicht ein: Es ist nicht einzusehen, weshalb die Stiftung nicht in der Lage gewesen sein soll, ohne Besprechung mit der Laborantin - einer ausführenden Kraft - ein Jahresprogramm zu erstellen und vorzulegen.
Es dürfte richtig sein, dass der Jahresbericht 2000-2001 erst nach dem Erhalt des Kündigungsschreibens vorgelegt wurde. Indes ist festzustellen, dass in der Kündigung in keiner Weise Bezug auf diesen konkreten Jahresbericht genommen wurde. Vielmehr führte der zuständige Departementsvorsteher zur Begründung an, dass die Stiftung in den zwei der Kündigung vorangegangenen Jahren ganz generell ihren Informationspflichten gemäss Art. 5 der Vereinbarung nicht habe genügen können. Auch die Vorinstanz erwähnte den Jahresbericht 2000-2001 nur als ein Element, welches die mangelhafte Informationspraxis der Beschwerdeführerin belege. Dass der Jahresbericht 1999- 2000 nur ein Halbjahr unter dem Regime der per 1. Januar 2000 in Kraft getretenen Vereinbarung umfasste, durfte das Verwaltungsgericht ohne Willkür als unmassgeblich erachten: Da er sich auch auf das letzte Halbjahr vor Inkrafttreten des Vertrages erstreckte, erlaubte er immerhin die Beurteilung der Aktivitäten der Stiftung während eines vollen Jahres; die diesbezügliche Informationspraxis war bereits auf die Anforderungen gemäss Konvention abzustimmen.
Ein Vergleich der Jahresberichte 1999-2000 und 2000-2001 zeigt, dass zwar einige wenige geringfügige Abweichungen auszumachen sind, die Berichte aber tatsächlich über weite Strecken gleich lauten. Die diesbezüglichen Feststellungen des Kantonsgerichts sind deshalb jedenfalls im Wesentlichen nicht offenkundig falsch, und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die sachverhaltlichen Beanstandungen der Beschwerdeführerin zu diesem Punkt Einfluss auf den Verfahrensausgang haben könnten (vgl. <ref-law>; E. 1.2). Die erhobenen Rügen zielen mithin ins Leere.
Nachdem der zuständige Departementsvorsteher unbestrittenermassen auf den Abschluss der betreffenden Vereinbarung vom 22. Juni 1999 gedrängt hatte, diese in Art. 5 bestimmte Auskunfts- und Informationspflichten vorsah und die Stiftung den Begehren um zusätzliche Informationen entnehmen konnte, dass die bereits erteilten Auskünfte nach Meinung des Kantons nicht genügten, durfte die Beschwerdeführerin auch nicht in guten Treuen davon ausgehen, sie sei ihren Informationsverpflichtungen nachgekommen. Der Hinweis auf ihre bis 1999 geübte Informationspraxis ändert daran nichts: Die Vorinstanz hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass das LIG und der zuständige Departementsvorsteher mit der abgeschlossenen Vereinbarung gerade diesbezüglich eine Verbesserung der von ihnen als unbefriedigend empfundenen Situation erreichen wollten.
Ebenfalls unbehelflich sind die Hinweise der Beschwerdeführerin auf die von ihr abgegebenen Zusatzerklärungen: Diese waren derart allgemein gehalten, dass ihnen bezogen auf die erbetenen Auskünfte kein relevanter Informationsgehalt zukam.
Soweit die Beschwerdeführerin behauptet, dass theoretisch sogar eine ausschliesslich mündliche Information den vertraglichen Verpflichtungen genügt hätte, ist ihr entgegenzuhalten, dass nicht zu erkennen ist, wie gehaltvolle Informationen über die vergangene und die zukünftige Tätigkeit sowie über die Mittelverwendung den staatlichen Organen in verwendbarer Form anders als schriftlich abgegeben werden könnten.
3.3.3 Bei dieser Sachlage ist die vorinstanzliche Feststellung, die Beschwerdeführerin sei ihren Informationspflichten gemäss Art. 5 der Konvention nicht (hinreichend) nachgekommen, zumindest unter den hier massgeblichen Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden.
3.4 Die Beschwerdeführerin wendet weiter ein, es verstosse in jedem Fall gegen Treu und Glauben, dass sich die vom LIG ausgesprochene Kündigung nur auf einen Teil der Vereinbarung, nicht aber auf den Lehrauftrag von A._ bezogen habe. Die Vereinbarung sowie der mit A._ geschlossene Arbeitsvertrag seien stets als Gesamtheit betrachtet worden. Auch sei es A._ nicht möglich gewesen, ohne das Projekt der Stiftung bzw. ohne den Beitrag des Kantons eine angemessene Entlöhnung zu erzielen.
Die Beschwerdeführerin verkennt, dass A._ im vorliegenden Verfahren nicht Partei ist. Inwiefern die Beschwerdeführerin selber durch den Umstand beschwert, d.h. Nachteile dadurch erleiden würde, dass die mit dem LIG geschlossene Vereinbarung nur teilweise gekündigt wurde, ist nicht ersichtlich, so dass es der Stiftung diesbezüglich an einem schutzwürdigen Interesse fehlt (<ref-law>; vgl. E. 1.1) und auf die erhobene Rüge nicht einzutreten ist.
3.5 Nach den oben stehenden Ausführungen ist das Kantonsgericht auch nicht in Willkür verfallen, wenn es zum Schluss gelangte, dass die Zusammenarbeit zwischen der Beschwerdeführerin und dem Beschwerdegegner erheblich gestört und letzterem die Fortsetzung des Vertragsverhältnisses nicht mehr zumutbar gewesen sei. Das LIG war daher berechtigt, die Vereinbarung (teilweise) zu kündigen. Eine besondere Frist musste es hierzu entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht einhalten. Ebensowenig erfolgte die Kündigung zur Unzeit: Es ist nicht dargetan worden oder ersichtlich, inwiefern es der Beschwerdeführerin aufgrund der erfolgten Kündigung nicht möglich gewesen wäre, ihre Tätigkeit im bisherigen Umfang weiterzuführen. Die Vorinstanz hat mithin die in diesem Zusammenhang geltend gemachte Forderung der Beschwerdeführerin zu Recht abgewiesen. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
4. Die Stiftung führt zur Begründung ihrer Beschwerde weiter an, dass das LIG verpflichtet gewesen sei, ihr die Dienste einer Laborantin im Umfang von 25 % eines gewöhnlichen Arbeitspensums zur Verfügung zu stellen. Dieser Verpflichtung sei das LIG indes nicht nachgekommen; das Kantonsgericht habe zu Unrecht eine Verletzung von Art. 2 der Vereinbarung durch das LIG und eine daraus resultierende Schadenersatzpflicht verneint.
Im vorinstanzlichen Verfahren machte die Beschwerdeführerin diesbezüglich geltend, dass die betreffende Laborantin nicht im zugesicherten Umfang (25 % eines gewöhnlichen Pensums) für die Stiftung tätig gewesen sei. Es bestehe in der massgebenden Zeit vom 16. Oktober 2000 bis zum 31. Dezember 2001 ein Manko von insgesamt 101,79 Stunden. Die Beschwerdeführerin berief sich dabei auf eine von der betreffenden Laborantin erstellte Aufstellung "Arbeitszeitverteilung", aus welcher hervorgeht, wie viel Zeit sie - die Laborantin - für die EA (="Ecole Agricole"), die X._, das LIG sowie das LAAF (="Laboratoire Agroalimentaire Fribourgeois") gearbeitet hat.
Das Kantonsgericht hielt in diesem Zusammenhang jedoch fest, dass der fraglichen Aufstellung ebenfalls zu entnehmen sei, dass die Laborantin für die EA, welcher sie ebenfalls im Umfang von 25 % zugeteilt gewesen sei, insgesamt 143.98 Stunden zuviel gearbeitet habe. Bezüglich der Tätigkeit für die EA sei die Laborantin zudem alleine den Anweisungen des Lehrers für Biotechnologie, Chemie und Biologie, also jenen von A._, unterstellt gewesen. Da die Beschwerdeführerin und A._ zusammen bzw. aufeinander abgestimmt gehandelt hätten, habe letzterer über insgesamt 50 % der Arbeitskraft der Laborantin verfügen können und sei es seine Sache gewesen, für eine ausgeglichene Arbeitszeit zu sorgen.
Was die Beschwerdeführerin hiergegen vorbringt, dringt nicht durch: Sie argumentiert, dass nicht A._, sondern vielmehr der Direktor des Land- und Forstwirtschaftlichen Bildungszentrums für die Koordination der Aktivitäten der Laborantin verantwortlich gewesen sei. Tatsächlich wird dieser Einwand durch das von der Beschwerdeführerin eingereichte Protokoll der Sitzung vom 13. Dezember 1999 gestützt. Dennoch durfte die Vorinstanz aufgrund der allgemeinen Lebenserfahrung und der praktischen Erfordernisse der Unterrichtsgestaltung davon ausgehen, dass A._ zumindest in bestimmtem Umfang über den Einsatz der Laborantin (mit)bestimmen konnte und daher als Präsident der Stiftung für einen der Konvention entsprechenden Einsatz hätte sorgen können. Die beanstandeten sachverhaltlichen Feststellungen der Vorinstanz erscheinen mithin zumindest nicht als offensichtlich falsch bzw. gar willkürlich. Sie binden deshalb das Bundesgericht (<ref-law>; vgl. E. 1.2).
5. Endlich beanstandet die Beschwerdeführerin die vorinstanzliche Kostenregelung. Sie wendet ein, es sei unzulässig, ihr "die überlange Verzögerung des Urteils und die damit verursachten Mehrkosten" anzulasten; schliesslich sei es das LIG gewesen, welches die Zuständigkeit des damaligen Verwaltungsgerichts zu Unrecht bestritten habe. Sodann stellt die Beschwerdeführerin auch in Abrede, dass dem LIG eine Parteientschädigung zustand. Sie begründet dies damit, dass die Rückstellungen des Kantons für die vorliegende Streitigkeit höher seien als die Kosten des von ihm beauftragten externen Anwaltes, weswegen beim LIG effektiv sogar eine Vermögenszunahme stattgefunden habe. Die Honorarnote des Rechtsvertreters des LIG erachtet die Beschwerdeführerin zudem als "exzessiv und nicht korrekt", zumal einerseits der verrechnete Stundenansatz zu hoch sei und andererseits Leistungen verrechnet worden seien, welche keinen Zusammenhang mit dem vorliegenden Verfahren hätten bzw. "Teil der allgemeinen Unkosten einer (Geschäfts-)Tätigkeit" seien. Zudem weist die Beschwerdeführerin darauf hin, dass dem LIG bzw. der ILFD auch verwaltungsinterne Juristen zur Verfügung gestanden hätten.
Auf die Rügen der Beschwerdeführerin kann auch in diesem Punkt nicht eingetreten werden: Die Kosten- und Entschädigungsfolgen im vorinstanzlichen Verfahren richteten sich nach den einschlägigen Bestimmungen des kantonalen Prozessrechts; dessen Anwendung kann das Bundesgericht nicht frei, sondern nur auf Verfassungskonformität hin prüfen (<ref-law> e contrario). Inwiefern diese Bestimmungen willkürlich angewendet worden seien oder auf welche Weise in diesem Zusammenhang andere Grundrechte verletzt worden wären, legt die Beschwerdeführerin nicht substantiiert dar (vgl. E. 1.3 in fine).
6. Gemäss den obenstehenden Erwägungen erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist ihr nicht auszurichten (<ref-law>). Der Beschwerdegegner hat als selbständige öffentliche Anstalt, welche in ihrem amtlichen Wirkungsbereich prozessierte, vor dem Bundesgericht grundsätzlich keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>). Das vorliegende Verfahren ist nicht von derart besonderer Natur, dass vom Grundsatz der Entschädigungslosigkeit abzuweichen wäre, wie dies der Beschwerdegegner beantragt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, I. Verwaltungsgerichtshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler