Sachverhalt:
A. Der 1949 geborene H._ war als Aussendienstmitarbeiter bei der Firma C._ SA angestellt und damit bei der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft AG (nachfolgend: Allianz) gegen Unfälle versichert, als er am 2. Februar 2003 anlässlich eines tätlichen Angriffs durch einen Faustschlag ins Gesicht verletzt wurde. Am erstbehandelnden Spital X._ wurde vermerkt, dem Patienten sei es wenige Sekunden schwarz vor den Augen geworden; später seien etwas Schwindel und eine leichte Übelkeit hinzugekommen. Die Ärzte am Spital Y._ stellten die Diagnose einer dislozierten frischen Jochbeinfraktur links mit Begleitfraktur des medialen Orbitabodens, welche offen osteosynthetisch reponiert wurden. Mit Verfügung vom 17. November 2008 stellte die Allianz ihre Leistungen (Heilbehandlung, Taggelder) ab 1. Februar 2008 ein, weil zwischen dem versicherten Unfallereignis und den noch geklagten Beschwerden kein adäquater Kausalzusammenhang mehr bestehe. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 17. März 2009 fest.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 2. November 2009 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und des Einspracheentscheides seien ihm über den 1. Februar 2008 hinaus die gesetzlichen Leistungen auszurichten und es sei ihm ab jenem Zeitpunkt eine 100prozentige Invalidenrente sowie eine Integritätsentschädigung von mindestens 30 Prozent zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zur weiteren Abklärung des medizinischen Sachverhaltes zurückzuweisen. Zudem wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Gesundheit auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und <ref-law>).
1.2 Der Beschwerdeführer hat letztinstanzlich verschiedene Dokumente als Beweismittel eingereicht. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen indessen im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren - auch im Rahmen von <ref-law> (vgl. E. 1.1 hievor) - nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 f. S. 196 ff.). Letzteres ist von der ein Novum einbringenden Partei näher darzulegen (Urteil 8C_684/2009 vom 23. April 2010 E. 2 mit Hinweisen), was der Beschwerdeführer jedoch nicht getan hat. Die neu beigebrachten Akten sind schon aus diesem Grund als Beweismittel unzulässig und müssen daher vor Bundesgericht unbeachtet bleiben.
2. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid den für einen Leistungsanspruch erforderlichen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen Unfall und eingetretenem Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) zutreffend umschrieben. Ebenfalls richtig dargelegt hat es die Rechtsprechung über den zusätzlich zum natürlichen erforderlichen adäquaten Kausalzusammenhang. Danach spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers bei organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen praktisch keine Rolle, weil sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nach Schweregrad des Unfalles weitere unfallbezogene Kriterien mit einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 366 ff. und 369 E. 4 S. 382 ff.; <ref-ruling> E. 6 S. 138 ff.). Bei nach einem Unfall auftretenden psychischen Fehlentwicklungen werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (BGE <ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen (<ref-ruling> E. 6a S. 367) und äquivalenten Verletzungen der Halswirbelsäule (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67, U 183/93 E. 2) sowie bei Schädel-Hirntraumen (<ref-ruling> E. 4b S. 383) auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird. Dies, weil für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhanges als einer Rechtsfrage nicht entscheidend ist, ob die im Anschluss an eine solche Verletzung auftretenden Beschwerden medizinisch eher als organischer und/oder psychischer Natur bezeichnet werden, zumal diese Differenzierung angesichts des komplexen, vielschichtigen Beschwerdebildes in heiklen Fällen gelegentlich grosse Schwierigkeiten bereiten würde (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 116 f. in fine; vgl. zum Ganzen auch BGE <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 und SVR 2007 UV Nr. 8 S. 27, U 277/04 E. 2, je mit Hinweisen).
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat den für die Zeit nach dem Unfall vom 2. Februar 2003 medizinisch umfassend dokumentierten Gesundheitszustand einlässlich gewürdigt. Dabei hat es erkannt, dass organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolgen nicht nachgewiesen seien. Es verzichtete indessen auf weitere Beweisvorkehren zur Prüfung des natürlichen Kausalzusammenhanges der organisch nicht erklärbaren Beschwerden. Ausgehend von der Feststellung, dass beim Beschwerdeführer weder ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule, noch ein äquivalenter Verletzungsmechanismus diagnostiziert worden seien, und dass auch aus den medizinischen Akten nicht auf eine derartige Verletzung geschlossen werden könne, schloss die Vorinstanz im Weiteren, ein Schädel-Hirntrauma, wie es der Beschwerdeführer geltend mache, sei gerade auch im Lichte der erhöhten Anforderungen, die rechtsprechungsgemäss an den Nachweis einer solchen Verletzung gestellt würden, eher fraglich. Selbst wenn für die Adäquanzprüfung die in <ref-ruling> modifizierten Kriterien herangezogen würden, sei diese indessen zu verneinen.
3.2 Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, er habe durch den Faustschlag ins Gesicht ein Schädel-Hirntrauma erlitten. Zudem seien bei ihm nach dem Unfall die typischen Beschwerden (buntes Beschwerdebild) nach einem Schleudertrauma der Halswirbelsäule oder einer äquivalenten Verletzung aufgetreten. Die Adäquanz seines Gesundheitsschadens zum erlittenen Unfall sei daher in Anwendung der in <ref-ruling> ff. begründeten Rechtsprechung zu prüfen und zu bejahen.
4. Mit dem kantonalen Gericht kann die in der Beschwerde ausführlich dargelegte Fragestellung, ob der Versicherte durch den Faustschlag ins Gesicht neben den Jochbein- und Orbitabodenfrakturen auch ein Schädelhirntrauma zugezogen hat, offenbleiben, wenn die vorzunehmende Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhanges auch in Anwendung der in <ref-ruling> modifizierten Rechtsprechung zu verneinen ist. Im Rahmen der Beurteilung der Adäquanz von Unfällen mit Schleudertraumen der Halswirbelsäule ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle oder ähnlichen Verletzungsmechanismen sowie bei Unfällen mit Schädel-Hirntraumen sind die folgenden Kriterien zu prüfen: besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls, Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen, fortgesetzte spezifische und belastende ärztliche Behandlung, erhebliche Beschwerden, eine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, ein schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen sowie eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz nachgewiesener Anstrengungen (<ref-ruling> E. 10.2 und 10.3 S. 127).
4.1 Die Parteien sind sich darin einig, dass das Ereignis hinsichtlich seiner objektiven Schwere in den sogenannten mittleren Bereich, ohne Annäherung an den unteren oder den oberen Rahmen, einzuordnen ist. Damit müssen für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs mehrere der Kriterien oder eines in besonders schwerer oder auffälliger Weise gegeben sein.
4.2 Der Unfall hat sich weder unter besonders dramatischen Begleitumständen abgespielt, noch war er von besonderer Eindrücklichkeit. Das wird auch vom Beschwerdeführer nicht behauptet. Entgegen dessen Darstellung sind die beim Faustschlag erlittenen Frakturen am Gesichtsschädel, welche gemäss den medizinischen Akten klinisch-neurologisch nur noch leichte Beschwerden verursachen und den Patienten offenbar subjektiv nicht stören, auch nicht als schwere und besondere Art der Verletzungen zu qualifizieren.
Zum Kriterium der fortgesetzten spezifischen und belastenden ärztlichen Behandlung ist festzuhalten, dass sich der Beschwerdeführer seit dem Unfall mehr oder weniger in konstanter ärztlicher Behandlung befand. Die durchgeführten Massnahmen bestanden - neben der operativen Revision der Frakturen mit nachfolgender Metallentfernung - im Wesentlichen in medikamentöser Therapie in Form von Analgetika, Antidepressiva und Antiepileptika. Die im Gutachten des medizinischen Instituts A._ vom 12. März 2005 noch festgestellten neuropsychologischen Störungen bei chronischer Morphinabhängigkeit konnten anlässlich der Begutachtung im medizinischen Zentrum B._ vom 3. Januar 2008 aber nicht mehr festgestellt werden, weshalb es offenbleiben kann, ob dieses Kriterium zu bejahen ist, da es jedenfalls nicht ausgeprägt vorliegt.
Das Kriterium der erheblichen Beschwerden ist gegeben, wenn auch nicht in besonders ausgeprägter Weise.
Eine ärztliche Fehlbehandlung ist ebenso wenig ausgewiesen wie ein schwieriger Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen. Für letzteres Kriterium genügt nicht, dass die geklagten Beschwerden andauern, sondern es werden besondere Gründe verlangt, die hier nicht ersichtlich sind (Urteil 8C_413/2008 vom 5. Januar 2009, E. 6.3.5 mit Hinweisen).
Das Merkmal der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen ist ebenfalls nicht gegeben. Der Beschwerdeführer hat nie ernsthaft versucht, sich in seiner angestammten oder in einer anderen Tätigkeit beruflich wieder einzugliedern. Die mit der modifizierten Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> geforderte ausgewiesene Anstrengung (E. 10.2.7 S. 129 f.) liegt nicht vor. Angesichts der im Sozialversicherungsrecht herrschenden Schadenminderungspflicht kann sich der Beschwerdeführer nicht mit Erfolg darauf berufen, dass er weder von den Ärzten noch von der Unfallversicherung zu Arbeitsversuchen angehalten wurde.
Nach dem Gesagten liegen die massgebenden Kriterien weder gehäuft vor noch ist eines davon in ausgeprägter Weise gegeben. Der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den bei Leistungseinstellung noch geklagten Beschwerden und dem Unfall vom 2. Februar 2003 ist demnach nicht gegeben und die Vorinstanz hat die Leistungseinstellung im Ergebnis zu Recht bestätigt.
5. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten vom Beschwerdeführer als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die hierfür erforderlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Der Beschwerdeführer wird jedoch darauf aufmerksam gemacht, dass er der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>). Die Entschädigung für die Verbeiständung wird praxisgemäss auf Fr. 2'800.- festgesetzt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Rechtsanwalt Dr. Bruno Häfliger, Luzern, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. September 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer