Faits:
A. Le 1er novembre 2000, le Département de la gestion du territoire, par le Service des ponts et chaussées, section électromécanique, du canton de Neuchâtel (ci-après: le Service cantonal) a mis en soumission un marché portant sur la fourniture, le montage, le test en usine, la pose et la mise en service d'environ 215 armoires et 205 coffrets électriques (lot E._) dans le cadre de la construction de la route nationale 5 tronçon D._. Le montant du marché, pour ce lot, dépasse 4 millions de francs.
Les conditions générales pour la mise en soumission, l'adjudication, l'exécution et la facturation des équipements électromagnétiques (ci-après: les conditions générales), auxquelles renvoient les documents de soumission (art. 8 des conditions particulières), indiquaient que l'adjudication des travaux se ferait au soumissionnaire ayant fait l'offre la plus favorable, c'est-à-dire remplissant entièrement le cahier des charges au meilleur prix. L'examen des offres se divisait en trois phases: d'abord, l'analyse de l'aptitude de l'entreprise et la recevabilité de son offre, ensuite, l'analyse des critères techniques, enfin, l'analyse financière. Dans l'appréciation finale, la note technique valait 65% et la note financière 35%. Les critères techniques étaient définis dans le document de soumission et recevaient un poids de 1 à 3 selon leur importance dans le fonctionnement des installations. Une note était attribuée aux réponses des soumissionnaires pour chaque critère technique: 0 si les réponses n'étaient pas conformes au cahier des charges (note éliminatoire lorsque le poids du critère valait 3), 1 si elles étaient insuffisantes, 2 si elles étaient conformes et 4 si elles amenaient une plus-value technique. Le produit de la note et du poids du critère donnait pour chaque critère un nombre de points qui, additionnés, constituaient la note technique.
Une séance de clarification de l'offre de S._ SA (ci-après: S._) a eu lieu le 8 mars 2001.
Le tableau comparatif d'ouverture des offres du 2 février 2001 mentionnait deux offres, celle du Consortium composé de E._ SA, C._ SA et P._ SA (ci-après: le Consortium), domicilié à O._, pour un prix de 4'171'513 fr. 20, avec une note technique de 113 et une note globale de 73.59 ainsi que celle de S._, domiciliée en R._, pour un prix de 4'198'952 fr. 35, avec une note technique de 96 et une note globale de 68.91.
Après en avoir reçu l'autorisation de l'Office fédéral des routes, le 17 mai 2001, le Conseil d'Etat du canton de Neuchâtel (ci-après: le Conseil d'Etat) a, par arrêté du 6 juin 2001, adjugé le marché au Consortium pour le montant de 4'322'082 fr. 20 (TVA comprise). Par courrier du 7 juin 2001, le Service cantonal a informé S._ de l'adjudication et lui a transmis le tableau comparatif d'ouverture des offres ainsi que l'analyse technique de son offre.
Une séance d'éclaircissement des notes attribuées à l'offre évincée réunissant le Service cantonal et S._ a eu lieu le 20 juin 2001.
B. S._ a interjeté recours contre l'arrêté du 6 juin 2001 du Conseil d'Etat auprès du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal administratif) lui demandant de restituer l'effet suspensif au recours, d'annuler la décision attaquée et, subsidiairement, de constater le caractère illicite de la décision et de condamner l'intimé au paiement de 60'000 fr. à titre de dommages-intérêts.
A son avis, le Service cantonal avait violé son droit d'être entendu en ne fournissant pas - ou de manière peu claire - les éclaircissements techniques demandés lors de la séance du 20 juin 2001. Il avait inexactement constaté les faits pertinents à l'appui de sa notation technique et économique et était de ce fait tombé dans l'arbitraire. A propos de la "compatibilité électromagnétique", la bonne notation du Consortium s'expliquait par sa proposition comportant une plus-value technique; cette dernière n'avait toutefois pas été chiffrée, ce qui était contraire aux exigences contenues dans les documents d'appel d'offres en matière de prix. A propos des "plans d'exécution", il était vrai que le Consortium avait réalisé des plans concernant davantage de types d'armoires, mais ces plans révélaient cependant que les cellules dessinées n'étaient pas conformes au cahier des charges (largeur de 800 mm en lieu et place de 1100 mm). En outre, S._ avait également proposé lors de la séance de clarification une variante d'armoires de 800 mm chiffrant la différence de prix et devait de ce fait recevoir une note plus importante pour ce critère. A l'appui de ses allégations, elle requérait l'audition de plusieurs témoins ainsi que la production du dossier relatif à l'adjudication en cause et de diverses correspondances échangées entre les entreprises impliquées dans l'adjudication.
Le 5 juillet 2001, le Service cantonal et le Consortium, assistés du même mandataire, ont déposé leurs observations sur recours, dont copie a été notifiée le 9 juillet au mandataire de S._. Il n'y a pas eu d'autres échanges d'écritures.
La requête d'effet suspensif a été rejetée par décision du 13 juillet 2001; le Tribunal administratif a considéré que la réalisation du marché ne souffrait aucun retard, l'ouverture des tunnels autoroutiers devant avoir lieu pour l'Exposition nationale 2002.
Par arrêt du 8 novembre 2001, le Tribunal administratif a rejeté le recours de S._ SA, transformée le 5 novembre 2001 en S._, société par actions simplifiée de droit U._, sans que le Tribunal administratif n'en soit averti suffisamment tôt. Il a considéré que le pouvoir adjudicateur avait respecté en tous points la procédure d'adjudication, ne modifiant ni le choix ni le poids de chaque critère technique ni les coefficients d'importance de la note technique et de la note financière. S._ n'avait pas exposé en quoi ces critères étaient arbitraires et ne les avait en outre pas contestés d'emblée. Les critiques de S._ concernant la note sur la compatibilité électromagnétique étaient erronées dès lors que le coût de la plus-value technique du Consortium n'avait pas à être pris en considération dans l'analyse technique de l'offre mais uniquement au stade de l'analyse financière. La notation de S._ pour le critère relatif au plan d'exécution (armoires électriques de 800 mm également présenté comme amélioration technique) ne prêtait pas à discussion puisque cette solution n'avait pas été retenue par le pouvoir adjudicateur. Au demeurant, même s'il fallait considérer que le Consortium avait fait une offre non-conforme au cahier des charges pour certaines cellules représentées et lui attribuer, pour ce motif, la note 1 au lieu de 2, cette correction n'était pas suffisante pour modifier le classement et donner le premier rang à S._, qui ne critiquait pas les notes portant sur d'autres critères. Les éclaircissements techniques prétendument insuffisants ou peu clairs du 20 juin 2001 ne pouvaient violer le droit d'être entendu de S._, puisqu'ils étaient postérieurs à la décision litigieuse. Le recours devant être rejeté, il n'y avait pas lieu de donner suite aux diverses réquisitions de preuves formulées par S._.
C. Agissant par la voie du recours de droit public pour violation de son droit d'être entendue ainsi que pour interprétation insoutenable et violation grossière de l'art. 1 de l'accord intercantonal du 25 novembre 1994 sur les marchés publics (AIMPu; RS 172.056.4) et des art. 32 ss de la loi cantonale du 23 mars 1999 sur les marchés publics (LcMP), S._ demande au Tribunal fédéral, avec suite de frais et dépens, de casser l'arrêt du 8 novembre 2001 du Tribunal administratif.
Le Tribunal administratif et le Département de la gestion du territoire, Service cantonal des ponts et chaussées, du canton de Neuchâtel concluent au rejet du recours. Le Consortium n'a pas procédé devant le Tribunal fédéral.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1a p. 16).
1.1 Même si la législation fédérale sur les routes nationales contient des règles concernant la procédure d'adjudication de travaux publics, c'est à juste titre que la décision attaquée se fonde sur le droit cantonal; le recours de droit administratif est dès lors irrecevable dans ce domaine (arrêt du Tribunal fédéral 2P.274/1999 du 2 mars 2000 in: SJ 2000 I 546; arrêt du Tribunal fédéral 2P.429/1996 du 17 mars 1997 in: RDAT1997 II 105 consid. 2 p. 106; cf. également Evelyne Clerc, L'ouverture des marchés publics: Effectivité et protection juridique, thèse Fribourg 1997, p. 565 s.). La voie du recours de droit public est ouverte.
1.2 Le recours de droit public exige en principe un intérêt actuel et pratique à l'annulation de l'arrêt attaqué, respectivement à l'examen des griefs soulevés (art. 88 OJ). En l'espèce, le contrat est déjà conclu avec le Consortium concurrent. Évincée, la recourante conserve néanmoins un intérêt juridique à faire constater l'illicéité de la décision d'adjudication conformément à l'art. 9 al. 3 de la loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le marché intérieur (LMI; RS 943.02; <ref-ruling> consid. 5b p. 97/98).
1.3 Au surplus, déposé en temps utile contre un arrêt final pris en dernière instance cantonale, le présent recours est en principe recevable au regard des art. 84 ss OJ.
2. La recourante reproche au Tribunal administratif une interprétation insoutenable de l'art. 1 AIMPu, plus précisément de ses dispositions d'application cantonales sur la surveillance du marché au sens des art. 32 ss LcMP, en ne sanctionnant pas le pouvoir adjudicateur d'avoir, avec le Consortium adjudicataire, pris un mandataire commun devant le Tribunal administratif alors même que la décision d'adjudication n'était pas entrée en force.
2.1 Dans la mesure où les arguments développés par la recourante reposent sur des éléments de fait - le choix par le pouvoir adjudicateur et le Consortium du même mandataire devant le Tribunal administratif - qui ont été portés à sa connaissance (cf. lettre B ci-dessus) avant le prononcé de l'arrêt litigieux, sans avoir été invoqués en procédure cantonale, ils sont irrecevables, l'allégation de faits nouveaux n'étant pas admise dans les recours de droit public soumis à l'exigence de l'épuisement des instances cantonales (art. 86 OJ; <ref-ruling> consid. 2a p. 265; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3 b).
2.2 Ce grief est également irrecevable faute d'être motivé conformément aux exigences de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, selon lequel l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation.
L'art. 1 AIMPu énumère les principes que les cantons doivent respecter dans l'ouverture réciproque de leurs marchés publics, en particulier l'égalité de traitement entre soumissionnaires, l'impartialité de l'adjudication et la transparence des procédures de passation des marchés. Ces principes se retrouvent également dans l'art. 1 LcMP. Les art. 32 ss LcMP précisent la procédure et les conditions relatives à la décision d'adjudication et au contrat faisant suite à la décision d'adjudication.
Si la recourante expose bien que le choix d'un mandataire commun par le pouvoir adjudicateur et un soumissionnaire avant la décision d'adjudication serait incompatible avec le principe de l'égalité de traitement et l'impartialité de la procédure, elle n'indique toutefois pas en quoi le choix, après la décision d'adjudication, d'un mandataire commun par le pouvoir adjudicateur et le concurrent choisi pour défendre des intérêts certes différents mais néanmoins convergents serait de nature à violer les dispositions des art. 1 AIMPu et 32 ss LcMP. Au demeurant, ses critiques, qui visent le comportement du mandataire en l'espèce, relèveraient à première vue plutôt des autorités disciplinaires chargées de la surveillance du Barreau.
3. La recourante considère que le Tribunal administratif a violé les "conditions générales de juin 1999 et les "conditions particulières" régissant le marché public en cause. Elle se plaint de ce que ses griefs n'ont pas été examinés par le Tribunal, ce qui l'a conduit à ne pas réclamer le dossier complet de la cause, violant ainsi son droit d'être entendue.
3.1 Selon l'art. 18 LcMP, le dossier de soumission doit contenir tous les documents et toutes les informations nécessaires à la préparation d'une offre, notamment en ce qui concerne les conditions spécifiques (lettre d).
Le Service cantonal a constitué un dossier de soumission exposant les conditions générales et les conditions particulières, en particulier les données à fournir lors du dépôt de l'offre, les conditions de validation techniques et économiques.
Le chiffre 3.3 des conditions générales prévoit:
"Le dossier de soumission est l'expression de la solution du Maître de l'Ouvrage. Il est absolument interdit de modifier ou de supprimer tout ou partie du texte du cahier des charges, du devis descriptif (série de prix) ou autre document faisant partie du dossier de l'offre. Le non respect de cette clause entraînera l'irrecevabilité de l'offre. Si l'entrepreneur tient à offrir une variante, il le fera séparément, sur feuilles annexes, en joignant tous les documents nécessaires à son appréciation complète et objective [...]. Dans tous les cas, sauf si le contraire est stipulé dans les conditions particulières ou qu'une dérogation écrite a été envoyée à tous les soumissionnaires, il remplira la soumission correspondant à la solution prévue par le Maître de l'Ouvrage, à défaut de quoi son offre ne sera pas retenue. En cas de refus d'une variante, le Maître de l'Ouvrage n'est pas tenu de justifier sa décision."
"Le dossier de soumission est l'expression de la solution du Maître de l'Ouvrage. Il est absolument interdit de modifier ou de supprimer tout ou partie du texte du cahier des charges, du devis descriptif (série de prix) ou autre document faisant partie du dossier de l'offre. Le non respect de cette clause entraînera l'irrecevabilité de l'offre. Si l'entrepreneur tient à offrir une variante, il le fera séparément, sur feuilles annexes, en joignant tous les documents nécessaires à son appréciation complète et objective [...]. Dans tous les cas, sauf si le contraire est stipulé dans les conditions particulières ou qu'une dérogation écrite a été envoyée à tous les soumissionnaires, il remplira la soumission correspondant à la solution prévue par le Maître de l'Ouvrage, à défaut de quoi son offre ne sera pas retenue. En cas de refus d'une variante, le Maître de l'Ouvrage n'est pas tenu de justifier sa décision."
3.2 En complément des conditions générales, les chiffres 8.1 et 9 des conditions particulières prévoient:
"Les fournitures et les prestations seront conformes aux conditions techniques annexées et aux schémas unifilaires, ainsi qu'aux schémas de détails."
"Ne sera considérée comme variante qu'une offre présentant une solution fondamentalement différente de celle du Maître de l'Ouvrage. Toutes les caractéristiques unifilaires et de détails devront être respectées. Les variantes éventuelles seront présentées séparément [document et devis descriptif]. [...] Voir conditions générales art. 3.3 [...]."
Le chiffre 11.2 des conditions particulières prévoit:
"[...] L'analyse multicritères consiste à définir une liste de critères et à leur attribuer un poids. Ce dernier varie de 1 à 3, tel que:
Poids 1 : Peu de conséquence sur le plan des performances ou de la qualité des installations.
Poids 2 : Point important.
Poids 3 : Point essentiel.
Lors de l'analyse des offres, le GEM attribue une note à chaque critère selon la qualité de la réponse de l'entreprise. Les notes varient de 1 à 4, telles que:
Note 0: Pas de réponse du soumissionnaire ou non conforme au cahier des charges.
Note 1 : Réponse très insuffisante [vis-à-vis du cahier des charges].
Note 2 : Réponse conforme au cahier des charges, sans plus.
Note 4 : Réponse conforme au cahier des charges, avec plus-value technique.
Le produit de la note et du poids donne, pour un critère, un nombre de points; l'addition des points de tous les critères apporte une note globale. L'attribution de la note 0 est éliminatoire pour l'offre pour les critères de poids 3 [...]."
Le chiffre 11.2.1 des conditions particulières précise les "exigences techniques, critères et barème":
"Fourniture et construction des armoires électriques
[...]
- Compatibilité électromagnétiquePoids: 3Barème: 0 à 4
[...]
Plans d'exécution
- Documents définitifsPoids: 3barème: 0 à 4 [...]"
3.2 Dans un premier grief, la recourante soutient que le Tribunal administratif a violé les chiffres 3.3 des conditions générales ainsi que 9 et 11.2 des conditions particulières, en n'éliminant pas l'offre du Consortium adjudicataire non conforme, selon elle, au cahier des charges s'agissant du critère "Plans d'exécution", la largeur des armoires devant être de 1100 mm et non pas de 800 mm, comme représenté dans l'offre. A son avis, le Consortium, pour se conformer aux conditions générales, aurait dû présenter des plans avec des cellules de 1100 mm, cas échéant, une variante de 800 mm présentée séparément, accompagnée d'un devis descriptif (série de prix).
Le critère "Plans d'exécution" a valu la note 1 à la recourante et la note 2 au Consortium. Le pouvoir adjudicateur a expliqué cette différence par le fait que la recourante n'avait proposé que quelques plans d'implantation des armoires et coffrets, ne répondant que de manière insuffisante au cahier des charges, alors que son concurrent avait déposé tous les plans d'implantation. La recourante n'a pas contesté ce point. En revanche, elle avait fait valoir devant le Tribunal administratif que la largeur de certaines cellules représentées sur les plans établis par le Consortium n'était pas conforme au cahier des charges, ce que le Tribunal administratif n'a pas examiné, considérant que l'attribution de la note 1 au lieu de la note 2 au Consortium n'était pas suffisante à modifier le classement et donner le premier rang à la recourante.
Le raisonnement hâtif du Tribunal administratif est erroné. Parmi les règles destinées à assurer la régularité et la transparence de la procédure d'adjudication que le pouvoir adjudicateur s'est librement imposées en édictant les conditions générales et particulières applicables au marché en cause figurait l'obligation pour le soumissionnaire qui présentait une variante de la déposer séparément de l'offre conforme au cahier des charges et, dans tous les cas, de remplir la soumission correspondant à la solution prévue par le Maître de l'Ouvrage, à défaut de quoi son offre n'était pas retenue (cf. art. 3.3 des conditions générales).
Dans ces conditions, dès l'instant où la recourante arguait de la non-conformité de l'offre de son concurrent, le Tribunal administratif devait vérifier le bien-fondé de telles allégations et, le cas échéant, examiner les conséquences de l'éventuelle non-conformité de l'offre de l'adjudicataire eu égard aux conditions générales et particulières qui régissaient le marché en cause. En particulier, il ne pouvait pas éviter de confronter la largeur de armoires décrites dans les offres concurrentes aux exigences techniques du cahier des charges. A l'issue de cet examen, il ne pouvait pas non plus éviter de se prononcer sur la conformité des offres au cahier des charges. Dans l'hypothèse où l'offre du soumissionnaire choisi n'était pas conforme aux exigences techniques, il devait se demander si l'offre constituait une plus-value ou une variante. Il devait également vérifier que la présentation d'une éventuelle variante avait eu lieu séparément et en sus de l'offre conforme au cahier des charge. Enfin, il devait déterminer à la lumière des dispositions contenues dans les conditions générales et particulières applicables au marché en cause les conséquences de ses constatations sur le sort des offres, telles que, par exemple, l'élimination de l'offre ou l'octroi d'une note entre 1 et 4.
3.3 Dans un deuxième grief, la recourante soutient que le Tribunal administratif a violé le chiffre 9 des conditions particulières, en n'éliminant pas l'offre du Consortium adjudicataire, alors qu'elle comprenait la présentation d'une variante
à propos du critère "compatibilité électromagnétique" qui n'était pas accompagnée du devis descriptif des prix. De l'avis de la recourante, le Consortium devait remettre séparément sa variante et lui adjoindre un devis descriptif (série de prix).
Le critère de compatibilité électromagnétique a valu la note 2 à la recourante et la note 4 au Consortium. Cet écart était justifié, selon le pouvoir adjudicateur, par le fait que le Consortium avait "proposé une conception, en variante, de construction pour limiter les propagations d'ondes électromagnétiques de très haute fréquence"; il s'agissait ainsi "d'un plus" par rapport aux exigences du cahier des charges. La recourante n'a pas contesté ce point. En revanche, elle a affirmé que les incidences financières de cette solution, différente de l'offre de base, n'avaient pas été chiffrées, ce qui serait contraire aux conditions régissant la procédure d'adjudication. Le Tribunal administratif a considéré que "ce raisonnement était erroné puisque, selon la procédure d'adjudication établie pour le marché litigieux, le coût de cette amélioration technique n'avait, à juste titre, pas à être pris en considération au stade de l'analyse technique de l'offre puisqu'il n'était déterminant qu'au stade de l'analyse financière".
Ce point de vue, mal motivé, est erroné. Les conditions générales et particulières distinguent les "variantes" des "réponses avec plus-value technique", dont elles précisent la définition et les conditions d'admission et de présentation (chiffre 3.3 des conditions générales et chiffre 9 des conditions particulières).
Dans ces conditions, dès lors que la recourante reprochait au pouvoir adjudicateur de n'avoir pas tenu compte de l'absence de devis pour la solution proposée par son concurrent concernant la compatibilité électromagnétique, le Tribunal ne pouvait éviter de confronter les offres concurrentes aux exigences techniques du cahier des charges En particulier, il ne pouvait s'abstenir d'examiner si la solution présentée par le concurrent choisi constituait une variante ou une offre conforme au cahier des charges présentant une plus-value technique. Ces constatations faites, il devait établir si les variantes et les plus-value devaient être chiffrées. Enfin, il devait motiver les conséquences de l'absence de devis à la lumière des dispositions applicables au marché en cause, après avoir, le cas échéant interprété leur contenu.
3.4 Par conséquent, en ne procédant pas à la confrontation des offres concurrentes aux exigences du cahier des charges et en s'abstenant d'en examiner la conséquence sur le sort des offres, le Tribunal administratif a constaté les faits de manière manifestement inexacte et incomplète.
Pour procéder aux constatations précitées, le Tribunal administratif devait disposer d'un dossier complet, contenant pour le moins les offres concurrentes, ce qui n'était pas le cas. C'est donc à juste titre que la recourante se plaint également de la violation de son droit d'être entendue, garanti par la Constitution ainsi que par l'accord intercantonal sur les marchés public et la loi cantonale sur les marchés publics.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours dans la mesure où il est recevable et à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 8 novembre 2001.
Vu l'issue du recours, les frais judiciaires doivent être mis à la charge du canton de Neuchâtel qui succombe, le Consortium n'ayant pas procédé devant le Tribunal fédéral et n'étant en rien concerné par les conséquences de la procédure après la conclusion du contrat (art. 156 al. 1 OJ en relation avec les art. 153 et 153a OJ). La recourante qui a procédé avec l'aide d'un mandataire professionnel a droit à des dépens pour la procédure fédérale (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. Partant, l'arrêt du Tribunal administratif du 8 novembre 2001 est annulé.
2. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis à la charge du canton de Neuchâtel.
3. Le canton de Neuchâtel versera à S._ une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties et au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 11 septembre 2002
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: