Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene V._ arbeitete seit 1979 als Maurer bei der Firma K._ AG. Am 14. Februar 2006 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Luzern zog Berichte des Hausarztes Dr. med. H._, FMH Allgemeine Medizin vom 21. März 2006 und des Chiropraktors SCG/ECU Dr. R._ vom 13. Mai 2005 bei. Ersterer stellte folgende Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit: Lumbospondylogenes, teils radikuläres Schmerzsyndrom bei Diskusprotrusion L4/5 sowie L5/S1; chronisches cervico-vertebrales Syndrom bei degenerativen Veränderungen. Weiter holte die IV-Stelle Stellungnahmen des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 8. Mai 2006 und des Fachdienstes berufliche Eingliederung vom 23. Juni 2006 ein. Mit Verfügung vom 27. November 2007 verneinte sie einen Rentenanspruch des Versicherten (Invaliditätsgrad 31 %).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 3. Februar 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm eine behinderungangepasste Leistung im Sinne der Erwägungen zuzusprechen. Eventuell seien ihm berufliche Massnahmen im Sinne von Stellenvermittlung zuzusprechen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_218/2008 vom 20. März 2009 E. 1). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (in SVR 2008 ALV Nr. 12 S. 35 publ. E. 1.2 und 2.2 des Urteils <ref-ruling> [8C_31/2007]).
2. Die IV-Stelle befand in der Verfügung vom 27. November 2007 lediglich über den Rentenanspruch. Auf den Eventualantrag um Gewährung von Eingliederungsmassnahmen ist demnach mangels Anfechtungsgegenstandes nicht einzutreten (<ref-ruling> f. E. 2.1). Im Übrigen ist auf die Beschwerde einzutreten, da sich aus deren Begründung ergibt, dass der Versicherte eine Invalidenrente verlangt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383; Urteil 8C_3/2009 vom 8. Mai 2009 E. 1).
3. Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des IVG vom 6. Oktober 2006 und der IVV vom 28. September 2007 (5. IV-Revision) nicht anwendbar sind, da die streitige Verfügung vorher ergangen ist (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220). Weiter hat sie die rechtlichen Grundlagen über die Invaliditätsbemessung bei erwerbstätigen Versicherten nach dem Einkommensvergleich (<ref-law>; <ref-law>), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>), die Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224) sowie die Bestimmung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) nach den vom Bundesamt für Statistik in der Lohnstrukturerhebung (LSE) ermittelten Tabellenlöhnen (<ref-ruling> E. 4.2.1 und 4.2.3 S. 475 und 481) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt betreffend die Parallelisierung der Vergleichseinkommen (<ref-ruling>; vgl. nunmehr BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009), die Aufgabe des Arztes bei der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99) und den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351). Darauf wird verwiesen.
4. Tatsächlicher Natur und damit nur eingeschränkt überprüfbar sind die Feststellungen zur Arbeits(un)fähigkeit, die das kantonale Gericht gestützt auf medizinische Untersuchungen trifft. Soweit die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 43 Abs. 1 bzw. <ref-law> sowie der bundesrechtlichen Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte ist Rechtsfrage. Die konkrete Beweiswürdigung betrifft Tatfragen (Urteil 8C_218/2008 vom 20. März 2009 E. 3).
5. Die Vorinstanz hat gestützt auf die medizinische Aktenlage richtig erkannt, dass der Versicherte für körperlich leichte, wechselbelastende Tätigkeiten vollschichtig und uneingeschränkt arbeitsfähig sei. Auf die entsprechenden vorinstanzlichen Ausführungen wird verwiesen (<ref-law>). Der Versicherte erhebt keine Rügen, welche diese Sachverhaltsfeststellung als offensichtlich unrichtig oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhend erscheinen lassen (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG).
6. 6.1 In erwerblicher Hinsicht (zur entsprechenden bundesgerichtlichen Kognition vgl. BGE 8C_652/2008 E. 4) hat die Vorinstanz festgestellt, das Valideneinkommen des Versicherten für das Jahr 2006 von Fr. 55'920.- liege um 11 % unter dem entsprechenden LSE-Tabellenlohn. Demnach setzte sie bei der Berechnung des Invalideneinkommens den gestützt auf die LSE 2006 ermittelten Verdienst von Fr. 59'197.30 (Tabelle TA1, Total, Anforderungsniveau 4 für Männer, angepasst an die betriebsübliche Wochenarbeitszeit von 41,7 Stunden) um 11 % herab, was Fr. 52'685.60 ergab. Hievon nahm sie einen leidensbedingten Abzug von 25 % vor, was zu einem Invalidenkommen von Fr. 39'514.- und verglichen mit dem Valideneinkommen zu einem Invaliditätsgrad von gerundet 29 % (vgl. <ref-ruling>) und damit zur Verneinung des Rentenanspruchs führte.
6.2 Das errechnete Valideneinkommen von Fr. 55'920.- und den gestützt auf die LSE als Ausgangspunkt für die Berechnung des Invalideneinkommens ermittelten Verdienst von Fr. 59'197.30 beanstandet der Versicherte masslich nicht. Unbestritten ist zudem, dass sein Valideneinkommen um 11 % unterdurchschnittlich war.
6.2 Das errechnete Valideneinkommen von Fr. 55'920.- und den gestützt auf die LSE als Ausgangspunkt für die Berechnung des Invalideneinkommens ermittelten Verdienst von Fr. 59'197.30 beanstandet der Versicherte masslich nicht. Unbestritten ist zudem, dass sein Valideneinkommen um 11 % unterdurchschnittlich war.
6.3 6.3.1 Der Versicherte macht geltend, bei der Parallelisierung der Vergleichseinkommen dürften mitverantwortliche invaliditätsfremde Faktoren im Rahmen des Leidensabzuges nicht nochmals berücksichtigt werden. Dies habe die Vorinstanz aber gemacht. Dies sei daraus zu schliessen, dass sie den vollen 25%igen Abzug gewährt habe, obwohl sie in Übereinstimmung mit der IV von einer zu 100 % zumutbaren Verweisungstätigkeit ausgegangen sei.
6.3.2 Diese Einwände sind unbehelflich. Die Vorinstanz hat bei der Ermittlung des Invalideneinkommens den maximal zulässigen Abzug vom Tabellenlohn von 25 % vorgenommen (BGE 8C_652/2008 E. 5.2 f. mit Hinweisen). Ein höherer Abzug zu Gunsten des Versicherten ist in diesem Rahmen unzulässig.
Soweit die Vorinstanz bei der Parallelisierung der Vergleichseinkommen entsprechend der Unterdurchschnittlichkeit des Valideneinkommens das Invalideneinkommen um 11 % kürzte, ist auf den jüngst ergangenen BGE 8C_652/2008 zu verweisen, worin das Bundesgericht Folgendes entschieden hat: Weicht der tatsächlich erzielte Validenlohn mindestens 5 % vom branchenüblichen Tabellenlohn ab, ist er im Sinne von <ref-ruling> E. 4.1 S. 325 f. deutlich unterdurchschnittlich und kann - bei Erfüllung der übrigen Voraussetzungen - eine Parallelisierung der Vergleichseinkommen rechtfertigen (E. 6.1.2). Es ist nur in dem Umfang zu parallelisieren, in welchem die prozentuale Abweichung den Erheblichkeitsgrenzwert von 5 % übersteigt (E. 6.1.3). Die Voraussetzungen des Parallelisierungsabzuges und des Leidensabzuges stehen insofern in einem gegenseitigen Abhängigkeitsverhältnis, als dieselben einkommensbeeinflussenden Faktoren nicht sowohl einen Parallelisierungs- als auch einen Leidensabzug zu begründen vermögen (E. 6.2). In diesem Rahmen hätte der Parallelisierungsabzug beim Invalideneinkommen in casu nicht 11 %, sondern nur 6 % betragen dürfen, was zu einem höheren Invalideneinkommen und damit zu einem tieferen Invaliditätsgrad führt, als ihn die Vorinstanz mit 29 % ermittelt hat. Auch im Lichte dieser neuen Rechtsprechung hat der Beschwerdeführer mithin keinen Rentenanspruch.
7. Da die Beschwerde, soweit nicht unzulässig, offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach <ref-law> ohne Durchführung eines Schriftenwechsels erledigt. Der unterliegende Versicherte trägt die Gerichtskosten (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde nicht gewährt werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar