Fatti:
A.
Il 18 marzo 2013 A._, al suo dire azionista unico della B._SA, ha denunciato il Procuratore generale (PG) John Noseda, in relazione a uno scritto del 20 febbraio 2013 con il quale il magistrato, richiamando un rapporto di polizia, chiedeva tra l'altro al Municipio di X._ di trasmettergli una relazione scritta allo scopo di poter identificare eventuali responsabilità penali per titolo di promovimento della prostituzione ed esercizio illecito della stessa: ciò ai fini della cessazione immediata dell'attività di prostituzione svolta presso la citata B._SA. Il denunciante ritiene che il tenore dello scritto configurerebbe i reati di minaccia, di coazione, di favoreggiamento e di abuso di autorità. Ha poi chiesto che la querela fosse trattata da un Procuratore pubblico (PP) terzo o straordinario, ricusando nel contempo l'intero Ministero pubblico.
B.
Il PP Andrea Pagani, nella veste di PG sostituto, ha trasmesso per competenza l'istanza di ricusazione alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), chiedendo di respingerla. Dopo aver sentito le parti, con giudizio del 16 aprile 2013, la Corte cantonale ha respinto l'istanza, in quanto ricevibile.
C.
Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare gli atti al Ministero pubblico, affinché avvii la procedura relativa alla nomina di un PP straordinario.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Diretto contro una decisione incidentale notificata separatamente e riguardante una domanda di ricusazione, il ricorso concernente una causa in materia penale è di massima ammissibile (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>; sentenza 1B_86/2011 del 14 aprile 2011 consid. 1). La CRP, quale autorità di reclamo, è competente per statuire su una domanda di ricusazione nei confronti di un PP e il gravame è diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (<ref-ruling> consid. 1.1-1.2, 142; sentenza 1B_712/2012 del 18 febbraio 2013 consid. 1).
1.3. Il ricorrente ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (<ref-law>). Rilevato che non si tratta del diritto di querela in quanto tale (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 6 LTF), secondo l'art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 5 LTF è abilitato ad adire il Tribunale federale l'accusatore privato che ha partecipato alla procedura dinanzi all'istanza precedente e nella misura in cui la decisione impugnata possa influire sul giudizio delle sue pretese civili. Quando questi non ha addotto le sue conclusioni civili nel procedimento penale, gli incombe spiegare nella sede federale, conformemente alle esigenze dell'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (<ref-ruling> consid. 3; 136 I 49 consid. 1.4.1 ), quali pretese intenda fare valere e in quale misura la decisione impugnata potrebbe avere un'incidenza sul loro giudizio. Ciò in particolare laddove l'influenza sulla decisione relativa alle pretese civili non sia deducibile d'acchito e senza ambiguità (<ref-ruling> consid. 1.3.1, 219 consid. 2.4; sentenza 1B_481/2011 del 10 aprile 2012 consid. 1.4).
Il ricorrente non si esprime del tutto al riguardo e poiché nella fattispecie una siffatta pretesa è tutt'altro che deducibile d'acchito e la la sua veste di danneggiato quale asserito azionista unico, e quindi di massima di persona i cui diritti non sono stati "direttamente" lesi dal preteso reato contro la società (cfr. al riguardo <ref-ruling> consid. 2.2.-2.4), il ricorso sarebbe inammissibile già per questo motivo.
2.
2.1. L'<ref-law> enumera diversi specifici motivi di ricusazione alle lettere a-e, mentre la lettera f la impone a chi per altri motivi, segnatamente a causa di rapporti di amicizia o di inimicizia con una parte o con il suo patrocinatore, potrebbe avere una prevenzione nella causa. Si tratta di una clausola generale, nella quale rientrano tutti i motivi di ricusazione non espressamente previsti nelle lettere precedenti (<ref-ruling> consid. 2.1).
2.2. L'art. 56 lett. f CPP concreta le garanzie derivanti dall'<ref-law> e consente alle parti di esigere la ricusazione di un giudice (sulla ricusa nei confronti di un PP vedi <ref-ruling> consid. 2.2, 2.2.1-2.2.2 e rinvii) la cui situazione o il cui comportamento siano di natura tali da far sorgere dubbi sulla sua imparzialità. Questa garanzia vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarlo della necessaria oggettività a favore o a pregiudizio di una parte (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii). Sebbene la semplice affermazione della parzialità, basata su sentimenti soggettivi di una parte, non sia sufficiente per fondare un dubbio legittimo, non occorre che il giudice sia effettivamente prevenuto: per giustificare la sua ricusazione bastano circostanze concrete idonee a suscitare l'apparenza di una prevenzione e a far sorgere un rischio di parzialità (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2.1). La ricusa riveste un carattere eccezionale (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 4). Sotto il profilo oggettivo, occorre ricercare se la persona ricusata offra le necessarie garanzie per escludere ogni legittimo dubbio di parzialità; sono considerati in tale ambito anche aspetti di carattere funzionale e organizzativo e viene posto l'accento sull'importanza che possono rivestire le apparenze stesse. Decisivo è sapere se le apprensioni soggettive dell'interessato possano considerarsi oggettivamente giustificate (<ref-ruling> consid. 2.1, 20 consid. 4.2).
2.3. La CRP, esposta correttamente la dottrina e la prassi relative alle garanzie di un giudice imparziale, applicabili di massima anche al PP (<ref-ruling> consid. 2.1-.2.3; sentenza 1B_598/2012 dell'11 dicembre 2012 consid. 3.2 e 3.3), si è espressa sulla clausola generale prevista dall'art. 56 lett. f CPP. La Corte cantonale, accertato che il ricorrente con riferimento a tale norma ha ricusato l'intero Ministero pubblico ticinese, sulla base delle citate considerazioni e in particolare poiché i motivi di ricusazione dell'art. 56 CCP si riferiscono al singolo membro dell'autorità penale e non all'autorità penale nel suo complesso, ha dichiarato irricevibile l'istanza.
Questa conclusione della CRP, fondata sulla giurisprudenza (cfr. sentenze 8C_712/2011 del 18 ottobre 2011 consid. 3.3, 1B_86/2011 del 14 aprile 2011 consid. 3.3.1 con rinvii anche alla dottrina), con la quale il ricorrente non si confronta per lo meno con una motivazione conforme all'<ref-law> (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 1.4.1 e 1.4.2), è corretta.
2.4. L'autorità precedente, sempre basandosi sulla citata sentenza 1B_86/2011 consid. 3.3.2, ha comunque esaminato se l'istanza potesse essere ritenuta rivolta contro ogni singolo membro del Ministero pubblico. Al riguardo, ha ritenuto che in tal caso il ricorrente dovrebbe indicare i motivi di ricusazione in relazione a ogni singolo magistrato, ciò che non è avvenuto in concreto. Nelle sue osservazioni il ricorrente sosteneva infatti semplicemente che i motivi di ricusazione sarebbero dati "in re ipsa", siccome i membri dell'intero Ministero pubblico dovrebbero condurre un procedimento contro il loro diretto superiore, con il quale intratterrebbero rapporti di subordinazione.
2.4.1. Il ricorrente, diffondendosi inutilmente a livello meramente teorico sulle garanzie di un giudice indipendente e imparziale giusta gli art. 6 n. 1 CEDU e 30 cpv. 1 Cost., concretate dall'<ref-law>, non si confronta del tutto con gli argomenti posti a fondamento dell'impugnato giudizio, fondato su due differenti motivazioni, una principale di irricevibilità e una secondaria di merito. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121). Il ricorrente non si confronta con questi argomenti, ma si limita ad addurre critiche teoriche e generiche sull'attività del PG che del resto si è escluso: egli nemmeno tenta poi di dimostrare un'apparenza concreta di parzialità del PG sostituto, che si occupa del procedimento avviato nei confronti del PG, e ancor meno degli altri membri del Ministero pubblico.
2.4.2. Il richiamo del ricorrente alla sentenza del 27 agosto 1991 della Corte europea dei diritti dell'uomo nella causa Carmel Demicoli contro Malta (serie A, vol. 2010) è del tutto ininfluente. In effetti, in quella decisione, due deputati, esercitanti poi compiti giurisdicenti, messi in causa dall'imputato, avevano partecipato a tutto il procedimento diretto contro di lui. Per contro, nella fattispecie, il PG si è rettamente astenuto dall'intervenire fin dall'inizio nella procedura.
3.
3.1.
Il ricorrente adduce, in maniera del tutto generica, trascrivendo semplicemente un passaggio del rapporto della Commissione della legislazione del 31 marzo 2010, che la CRP avrebbe disatteso che le competenze del PG sarebbero state rafforzate con il messaggio n. 6165 del 21 maggio 2009 concernente l'adeguamento della legislazione cantonale al CPP.
Ora, nel richiamato passo, rilevato che la Commissione condivideva l'intenzione governativa di rafforzare il ruolo dirigenziale del PG e che a questi la possibilità di spostare un incarto da un magistrato all'altro sarebbe data solo all'inizio dell'inchiesta, si precisa espressamente che i PP sono autonomi nella trattazione degli incarti e che non ci devono essere ingerenze nel loro lavoro. D'altra parte, i due PG sostituti non sono designati dal PG in funzione di singoli casi (art. 65 della legge sull'organizzazione giudiziaria ticinese del 10 maggio 2006 [LOG], normativa con la quale il ricorrente neppure si confronta) e il ricorrente non sostiene che in concreto il PG sostituto, che si occupa della sua denuncia, non sarebbe stato designato già prima dell'inoltro della stessa. Pertanto il rilievo che, contrariamente a quanto stabilito dalla CRP, la designazione di due PG sostituti da scegliere tra i PP nominati dal Parlamento cantonale (art. 2 cpv. 1 LOG), non costituirebbe soltanto un'incombenza puramente "tecnica", bensì "decisionale (politica) ", considerate anche le funzioni attribuite al PG dalla citata legge (art. 68 LOG), non regge. Neppure tiene la semplice affermazione del ricorrente, secondo cui nel caso concreto i compiti di direzione e di vigilanza del PG costituirebbero "altri motivi" di ricusazione ai sensi dell'art. 56 lett. f CPP (cfr. <ref-ruling> consid. 2.5; sul tema della prevalenza di un magistrato su altri cfr. <ref-ruling> consid. 6.3 e consid. 6.6 e 6.6.3; sul fatto che la collegialità non costituisce di massima un motivo di ricusazione vedi sentenze 1B_598/2012 dell'11 dicembre 2012 consid. 3.3 e 8C_602/2012 del 12 aprile 2013 consid. 5.3, destinata a pubblicazione). Per finire, l'accenno in tale contesto all'emanazione, nel frattempo, di un decreto di non lugo a procedere in relazione alla denuncia contro il PG, costituisce una circostanza che esula dall'oggetto del presente litigio.
3.2. Per di più, sempre in tale ambito, anche i superficiali, appellatori ulteriori accenni di critica sono inammissibili per carenza di motivazione. Infatti, quando è invocata, come in concreto, la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale secondo l'<ref-law>, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2.4 e 2.5). Del resto, oltre alla collegialità, anche un'eventuale amicizia tra gli interessati, circostanza peraltro neppure addotta dal ricorrente, può essere motivo di ricusa solo se fra essi esiste un legame che per la sua intensità e qualità è di natura tale da fare temere che il giudice sia influenzato nella conduzione del processo e nella sua decisione (<ref-ruling> consid. 2.4). Infine, neppure l'implicito accenno a un'eventuale influenza della formazione politica dei magistrati inquirenti reggerebbe (cfr. su questo tema sentenze 1B_121/2013 del 3 maggio 2013 consid. 4.3, 1B_460/2012 del 25 settembre 2012 consid. 3.2 e rinvii, con riferimento a <ref-ruling> consid. 6a e <ref-ruling> consid. 2.3-2.4).
4.
Nella minima misura della sua ammissibilità, il ricorso è respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.