Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. X._ erstattete gegen eine andere Person Strafanzeige wegen Nötigung. Diese Person habe ihn im Zeitraum zwischen Juli und November 2007 auf dem Gelände der Universität Zürich verbal und tätlich belästigt, so dass er genötigt worden sei, das Universitätsgelände zu meiden bzw. seine Tagesstruktur zu ändern.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat stellte das Verfahren am 15. Januar 2009 ein. Einen dagegen gerichteten Rekurs wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 25. März 2009 ab, soweit darauf eingetreten wurde. Die Gerichtsgebühr von Fr. 800.-- wurde X._ auferlegt.
X._ wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt sinngemäss, die Kosten des kantonalen Rekursverfahrens seien ihm nicht aufzuerlegen.
2. Die Beschwerde richtet sich nur gegen die Kostenauflage im Rekursverfahren. Die Vorinstanz stützt sich dabei auf § 396a der Strafprozessordnung des Kantons Zürich (StPO/ZH). Gemäss dieser Bestimmung erfolgt die Kostenauflage in der Regel im Verhältnis von Obsiegen und Unterliegen der Verfahrensbeteiligten. Von dieser Regel kann in begründeten Fällen abgewichen werden, namentlich wenn sich eine Partei in guten Treuen zu ihren Anträgen veranlasst sah.
Das Bundesgericht prüft die Verletzung kantonalen Rechts nur auf Willkür (vgl. <ref-law>). Willkür im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid im bemängelten Punkt offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.4).
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gilt ein Rechtsmittel als "in guten Treuen" eingelegt, wenn besondere prozessuale Umstände zum Ergreifen des Rechtsmittels Anlass gaben, wie grundlegende und komplexe Rechtsfragen, die Verletzung der Begründungspflicht durch die untere Instanz oder ein Unterliegen allein gestützt auf eine substituierte Begründung (Urteil 1P.619/2006 vom 11. Dezember 2006, E. 2.3, zu Art. 159 Abs. 3 OG). Die Auslegung von <ref-law>/ZH in dem Sinne, dass nur bei besonderen prozessualen Umständen ein Rechtsmittel als "in guten Treuen" eingelegt gilt und nur in diesem Fall ein Abweichen von der allgemeinen Regel der Kostenverlegung gerechtfertigt ist, entspricht im Übrigen der kantonalen Gerichtspraxis und kann daher nicht als willkürlich bezeichnet werden (a.a.O. E. 2.4). Der Beschwerdeführer würdigt demgegenüber die Beweise anders als die Vorinstanz und macht geltend, ein Professor der ETH habe ebenfalls zum Rekurs geraten und er selber sei aufgrund seiner persönlichen Verhältnisse "auf guten Leumund angewiesen". Diese Vorbringen stellen keine besonderen Umstände im soeben umschriebenen Sinn dar.
Was seine finanziellen Verhältnisse betrifft, stellt der Beschwerdeführer selber fest, diese seien "beim Fallen des Beschlusses unbekannt" gewesen. Folglich handelt es sich dabei um ein neues Vorbringen, welches vor Bundesgericht nicht gehört werden kann (<ref-law>). Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang eine Verletzung seines Anspruchs auf unentgeltliche Rechtspflege gemäss <ref-law> geltend macht, verkennt er, dass dieser Anspruch nicht allein die Bedürftigkeit der betroffenen Person voraussetzt, sondern dass auch die Begehren nicht aussichtslos erscheinen dürfen.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehen aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist durch eine herabgesetzte Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn