Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) erwarb per 1. Dezember 2002 das Sonderrecht an den Restaurations- und Hotelbetriebsräumen sowie fünf Wohnungen des Aparthotels "M._" in O._.
Fünf Stockwerkeigentümer (Eigentümer, Kläger, Beschwerdegegner) von Ferienwohnungen im Aparthotel "M._" haben sich zur einfachen Gesellschaft "YX._" zusammengeschlossen, um ihre Interessen gegenüber der neuen Hotelbetreiberin X._ AG zu wahren.
B. Der Streitsache liegt eine öffentlichrechtliche Verpflichtung der Eigentümer zugrunde, ihre Ferienwohnungen im Aparthotel "M._" hotelmässig bewirtschaften zu lassen.
B.a Mit Verfügung Nr. 1089/79 vom 24. Januar 1980 erteilte das Grundbuchinspektorat Graubünden gestützt auf Art. 4 Abs. 4 der damaligen Verordnung vom 10. November 1976 über den Erwerb von Grundstücken in Fremdenverkehrsorten durch Personen im Ausland (VGF; AS 1976 2389) der Firma P._ die Grundsatzbewilligung, 667/1000 der Wohnungswertquoten aus der Liegenschaft Parzelle Nr. L._, Aparthotel "M._" in O._, an Personen im Ausland zu veräussern, wobei jeder einzelne Verkauf noch einer Einzelbewilligung bedürfe. Die Bewilligung enthielt u.a. die Auflage einer hotelmässigen Bewirtschaftung sowie die Verpflichtung zum Abschluss eines Mietvertrages mit einer Hotelbetriebsorganisation. In der Folge wurden Einzelbewilligungen für den Verkauf der Wohnungen erteilt und diese verkauft. Die Eigentümer der einzelnen Stockwerkeigentumseinheiten schlossen mit der Hotelbetriebsgesellschaft einen Mietvertrag, worin sie sich verpflichteten, die Wohnung mindestens sechs Monate pro Jahr zur hotelmässigen Weitervermietung zur Verfügung zu stellen. Als Mietpreis wurden 43 % des reinen Logementpreises der tatsächlich besetzten Logiernacht vereinbart. Die Verträge enthielten überdies die Klausel: "Dieser Vertrag darf nur mit Zustimmung des Grundbuchinspektorats Graubünden aufgehoben oder abgeändert werden".
B.b Per 1. Dezember 2002 verkaufte die damalige Betreibergesellschaft, die RX._ AG, das Sonderrecht an den Restaurations- und Hotelbetriebsräumen sowie fünf Wohnungen an die X._ AG. Der Kaufvertrag enthielt die Bestimmung, dass die Käuferin ausdrücklich keine Mietverträge übernehme, wodurch aber die Pflicht zur hotelmässigen Bewirtschaftung nicht entfalle. In der Folge teilte die X._ AG den vermietungspflichtigen Stockwerkeigentümern mit, der alte Mietvertrag sei nicht mehr in Kraft, bot ihnen aber den Abschluss eines neuen Mietvertrags mit geänderten Konditionen an. Die Stockwerkeigentümer lehnten die vorgeschlagenen Änderungen ab. Die meisten von ihnen kündigten ihrerseits am 4. September 2003 den bestehenden Mietvertrag per 30. Oktober 2003, da die X._ AG den Mietzins gemäss früherem Vertrag nicht bezahlt hatte.
B.c Mit Gesuch vom 3. Juli 2003 beantragte die X._ AG dem Grundbuchinspektorat Graubünden, die vermietungspflichtigen Stockwerkeigentümer seien zu mahnen, mit ihr einen wirtschaftlich tragbaren Mietvertrag gemäss Gutachten der Schweizerischen Gesellschaft für Hotelkredit (nachfolgend: Gutachten der SGH oder Mustermietvertrag der SGH) vom 20. November 2002 abzuschliessen und eine exzessive Eigenbelegung insbesondere während der Hochsaison zu unterlassen. Daraufhin erliess das Grundbuchinspektorat am 28. November 2003 eine Verfügung, worin unter anderem festgehalten wurde, dass der Mietvertrag gemäss Globalbewilligung Nr. 1089/79 unverändert als Grundlage für die hotelmässige Bewirtschaftung gelte und für beide Parteien verbindlich sei. Weiter wurden die Eigentümer der Wohnungen verpflichtet, zum Abschluss eines neuen, für den Hotelbetrieb wirtschaftlich tragbaren Mietvertrags Hand zu bieten. Für die einseitige Durchsetzung von Vertragsänderungen wurde die X._ AG an den Zivilrichter verwiesen. Dagegen erhob die X._ AG Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 16. Dezember 2003 ab. Daraufhin gelangte die X._ AG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht, welches diese mit Urteil vom 3. Juni 2004 teilweise guthiess und die Sache zur neuen Beurteilung an das Grundbuchinspektorat zurückwies. Das Bundesgericht hielt fest, das Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (BewG; SR 211.412.41) gebe den Verwaltungsbehörden die Möglichkeit, die Wohnungseigentümer unter Androhung des Bewilligungswiderrufs zu ermahnen, bestimmte, von den Verwaltungsbehörden inhaltlich festgelegte Änderungen der Mietverträge zu akzeptieren (Urteil 2A.617/2003, auszugsweise publ. in <ref-ruling>).
B.d Mit Verfügung vom 6. Dezember 2004 erkannte das Grundbuchinspektorat, die Auflagen aus der Grundsatzbewilligung seien bezüglich Mietzinsen und Regelung der Eigenbelegung rückwirkend auf den 1. Dezember 2002 dem Mietvertragsentwurf gemäss Gutachten der SGH vom 20. November 2002 anzugleichen, unter ausdrücklicher Androhung des Widerrufs der Erwerbsbewilligungen im Weigerungsfalle. Gemäss diesem Gutachten soll das Hotel dann wirtschaftlich geführt werden können, wenn das an die Eigentümer zu entrichtende Vermietungsentgelt den Satz von 16 % des Bruttobeherbergungsertrages nicht übersteige und die Selbstnutzung durch die Eigentümer strenger geregelt werde. Da das Grundbuchinspektorat zur Auffassung kam, dieses habe für die Wohnungseigentümer einen unzumutbaren Verlust aus der Vermietung zur Folge, hob es die Bewirtschaftungsauflagen für die Parteien per Datum seiner Verfügung auf (Ziff. 3 des Verfügungsdispositivs). Sodann stellte es fest, dass der Hotelbetriebsgesellschaft keinerlei Entschädigungen als Ausgleich für den Widerruf der Bewirtschaftungsauflagen zugesprochen würden (Ziff. 4 des Verfügungsdispositivs). Das Verwaltungsgericht wies eine gegen Ziff. 3 und 4 des Dispositivs der Verfügung des Grundbuchinspektorats erhobene Beschwerde der X._ AG mit Urteil vom 12. April 2005 ab. Das Bundesgericht wies die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen dieses Urteil am 16. Dezember 2005 ebenfalls ab (2A.433/2005, auszugsweise publ. in <ref-ruling>).
C. C.a In der Folge kam es zwischen den Eigentümern und der X._ AG zu Auseinandersetzungen bezüglich der Entschädigung für die hotelmässige Inanspruchnahme ihrer Apartwohnungen.
Zusammen mit weiteren Stockwerkeigentümern gelangten die Eigentümer am 22. November 2006 an das Bezirksgericht Surselva mit dem im Laufe des Verfahrens abgeänderten Begehren, die X._ AG sei zu verpflichten, ihnen den Mietzins für die Bewirtschaftung ihrer Wohnungen im Aparthotel vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 von insgesamt Fr. 17'270.20 nebst 5 % Zins seit dem 1. Dezember 2003 zu bezahlen, sowie Fr. 103'225.55 nebst 5 % Zins seit dem 1. August 2005 für die Beherbergungen in ihren Wohnungen vom 7. Dezember 2004 bis zur Schliessung des Hotelbetriebes im April 2006.
Die X._ AG erhob ihrerseits Widerklage mit dem im Laufe des Verfahrens abgeänderten Begehren, die Eigentümer seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, ihr Fr. 142'652.60 oder einen Betrag nach richterlichem Ermessen zuzüglich 5 % Zins ab dem 7. Dezember 2004 zu bezahlen, eventualiter einen nach ihrer Wertquote entsprechenden oder nach richterlichem Ermessen bestimmten Betrag.
C.b Das Verfahren wurde zunächst auf die Frage der örtlichen Zuständigkeit beschränkt, welche schliesslich mit Bundesgerichtsentscheid vom 16. Mai 2008 namentlich für die Kläger bejaht wurde (Urteil 4A_133/2008, auszugsweise publ. in <ref-ruling>).
Mit Urteil vom 12. Juli 2010 hiess das Bezirksgericht Surselva die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagte, den Klägern für die vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 an deren Apartwohnungen vorgenommene Bewirtschaftung Fr. 17'270.20 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. Dezember 2003 zu bezahlen. Die Widerklage wurde abgewiesen.
C.c Das Kantonsgericht von Graubünden hiess mit Urteil vom 25. Januar 2011 sowohl die Berufung der Beklagten wie auch die Berufung der Kläger teilweise gut und entschied, die Beklagte habe den Klägern für die Bewirtschaftung von deren Wohnungen für die Zeit vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 den Betrag von Fr. 16'710.70 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. Dezember 2003 und für die Zeit vom 7. Dezember 2004 bis zum 30. April 2006 den Betrag von Fr. 16'725.55 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. September 2005 zu bezahlen.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts von Graubünden vom 25. Januar 2011 sei in dem Sinne zu ändern, dass ihre kantonale Berufung gutgeheissen und die kantonale Berufung der Kläger abgewiesen werde. Dementsprechend seien die Kläger in Gutheissung ihrer Widerklage zu verpflichten, ihr Fr. 87'027.60 oder einen Betrag nach richterlichem Ermessen zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 7. Dezember 2004 zu bezahlen, eventualiter seien die Kläger gemäss ihrer Wertquote zur Bezahlung der Beträge von Fr. 10'282.80 (Kläger 1), Fr. 10'282.80 (Kläger 2), Fr. 43'398.-- (Kläger 3), Fr. 8'778.-- (Kläger 4) und Fr. 1'286.-- (Kläger 5) oder einen nach richterlichem Ermessen anteilsmässigen Betrag zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 7. Dezember 2004 zu verurteilen, eventuell sei die Sache zur Festlegung der Entschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie stellt ausserdem den Verfahrensantrag, es sei ein gerichtliches Gutachten anzuordnen für den Fall, dass das Bundesgericht in der Sache selbst entscheide.
Die Kläger und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin stellt den Beweisantrag auf Einholung eines gerichtlichen Gutachtens über die Bewertung der betrieblichen Stockwerkeinheiten als Hotelbetrieb und eine Bewertung dieser Stockwerkeinheiten ohne Hotelzimmer. Da sich erweisen wird, dass die Beschwerde abzuweisen ist, wird dieser Antrag gegenstandslos.
2. 2.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
2.2 Das angefochtene Urteil des Kantonsgerichts von Graubünden ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) in einer Zivilsache (<ref-law>). Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im vorinstanzlichen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 i.V.m <ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - einzutreten.
3. 3.1 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Strenge Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
3.2 Die Beschwerdeführerin vermag diesen Anforderungen in mehrfacher Hinsicht nicht zu genügen.
In ihrer Beschwerdeschrift stellt sie den Antrag, sowohl die Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens vor dem Bezirksgericht Surselva und des Berufungsverfahrens vor dem Kantonsgericht als auch die ausseramtlichen Kosten für die kantonalen Verfahren seien vollumfänglich den Beschwerdegegnern aufzuerlegen (Ziff. 5 und 6 der Rechtsbegehren). Soweit die Beschwerdeführerin mit diesem Antrag verlangen wollte, die Kosten der kantonalen Verfahren seien auch bei Abweisung der Beschwerde anders zu verlegen, fehlt jede Begründung (<ref-law>). Auf diesen Antrag ist nicht einzutreten, zumal ein bezifferter Antrag für die ausseramtliche Entschädigung fehlt (<ref-ruling> E. 1.1.1 S. 62; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.).
Ebenso zählt die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde einzelne "Verletzungen" auf, die sie am angefochtenen Entscheid beanstandet. Diese blosse Aufzählung genügt den Begründungsanforderungen jedoch offensichtlich nicht. Soweit die Beschwerdeführerin auf ihre Behauptungen nicht näher eingeht und diese begründet, ist darauf nicht einzugehen.
3.3 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
Die Beschwerdeführerin, die die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise ihrer Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat sie klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
4. Die Vorinstanz hat den Beschwerdegegnern sowohl für den Zeitraum vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 - ab der Übernahme des Hotelbetriebs durch die Beschwerdeführerin bis zur Aufhebung der öffentlichrechtlichen Bewirtschaftungsauflage - wie auch für den Zeitraum vom 7. Dezember 2004 bis April 2006 - ab Aufhebung der öffentlichrechtlichen Auflage bis zur Aufgabe der Inanspruchnahme der Wohnungen durch die Beschwerdeführerin - ein Entgelt für die Nutzung ihrer Ferienwohnungen zugesprochen, zunächst aus Mietvertrag und danach wegen fortbestehender Gebrauchsüberlassung. Die Beschwerdeführerin bestreitet die vertragliche bzw. vertragsähnliche Grundlage sowie die Höhe des Entgelts.
4. Die Vorinstanz hat den Beschwerdegegnern sowohl für den Zeitraum vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 - ab der Übernahme des Hotelbetriebs durch die Beschwerdeführerin bis zur Aufhebung der öffentlichrechtlichen Bewirtschaftungsauflage - wie auch für den Zeitraum vom 7. Dezember 2004 bis April 2006 - ab Aufhebung der öffentlichrechtlichen Auflage bis zur Aufgabe der Inanspruchnahme der Wohnungen durch die Beschwerdeführerin - ein Entgelt für die Nutzung ihrer Ferienwohnungen zugesprochen, zunächst aus Mietvertrag und danach wegen fortbestehender Gebrauchsüberlassung. Die Beschwerdeführerin bestreitet die vertragliche bzw. vertragsähnliche Grundlage sowie die Höhe des Entgelts.
4.1 4.1.1 Die Beschwerdeführerin macht in Bezug auf den Zeitraum vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 geltend, die Vorinstanz sei zu Unrecht und in Verletzung von <ref-law> davon ausgegangen, dass sie als Mieterin zur Übernahme der Mietverträge mit den Beschwerdegegnern verpflichtet gewesen sei. Sie habe mit Kaufvertrag vom 8. November 2002 wirksam die Übernahme der bestehenden Mietverträge wegbedungen. Demnach könne - wenn überhaupt - bloss ein faktisches Vertragsverhältnis zwischen den Parteien bestehen. Allerdings unterliege ein solches der kurzen einjährigen Verjährungsfrist, womit ein allfälliger Entschädigungsanspruch seitens der Beschwerdeführerin für die Nutzung der Wohnungen verjährt sei.
4.1.2 Die Vorinstanz hat erwogen, dass die Parteien mir ihren Dispositionen die am Aparthotel und an den Apartwohnungen bestehenden, auf öffentlichem Recht basierenden Rechtsverhältnisse nicht aufheben oder abändern konnten. Zu Lasten der Apartwohnungen habe weiterhin die öffentlichrechtliche Auflage zur hotelmässigen Bewirtschaftung bestanden, womit den Parteien klar gewesen sei, dass sie zu einer Gebrauchsüberlassung gegen Entgelt verpflichtet blieben. Mit Verfügung des Grundbuchinspektorats Graubünden vom 6. Dezember 2004, mit welcher die Parteien gehalten wurden, die Bestimmungen des Mietvertrages bezüglich Mietzins und Regelung der Eigenbelegung rückwirkend auf den 1. Dezember 2002 entsprechend dem Gutachten der SGH zu regeln, seien alle wesentliche Punkte des Mietvertrages festgelegt worden. Aus dem Verhalten beider Parteien habe man schliessen können, dass sie die öffentlichrechtlich festgelegten Regeln ihres Mietverhältnisses akzeptiert haben. Demnach liege eine übereinstimmende Willenserklärung vor, wonach zumindest für den Zeitraum, in welchem eine Bewirtschaftungspflicht bestanden habe, die Bedingungen des vom Grundbuchinspektorat als verbindlich erklärten Mustermietvertrages, zu gelten haben. Damit sei es nachträglich zwischen den Parteien sehr wohl zum Abschluss einer Vereinbarung gekommen, in welcher rückwirkend für den Zeitraum vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 die Mietbedingungen verbindlich festgelegt wurden. Diese Vereinbarung lasse sich als Mietvertrag oder jedenfalls als mietvertragsähnliches Verhältnis charakterisieren.
4.1.3 Die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe die Tragweite von <ref-law> verkannt, stösst ins Leere. Entgegen ihrer Ansicht, hat die Vorinstanz den angefochtenen Entscheid nicht auf <ref-law> abgestützt. Sie hat diese Norm bloss im Zusammenhang mit dem vertraglichen Ausschluss der bestehenden Mietverträge erwähnt. Die Vorinstanz hat vielmehr verbindlich festgestellt, dass beide Parteien angesichts der öffentlichrechtlichen Bewirtschaftungsvorgaben die Rechtmässigkeit der Nutzung der Wohnungen der Beschwerdegegner durch die Beschwerdeführerin für die Zeit vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 anerkannt haben, womit für diese Zeit die Bedingungen des vom Grundbuchinspektorats als verbindlich erklärten Mustermietvertrages zu gelten haben. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin nichts vor.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben könnte, wenn sie eine (miet-) vertragliche Bindung bejahte. Damit entfällt die Rechtsfrage der einjährigen Verjährung der Ansprüche der Beschwerdegegner, da kein ausservertragliches Verhältnis zwischen den Parteien gegeben ist.
4.1.4 Die Vorinstanz hat gestützt auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach die Vermieter bei fortgesetzter Nutzung der Mietsache nach Beendigung des Vertrages nicht schlechter gestellt werden dürfen als bei rechtmässiger Fortführung der Nutzung, geschlossen, dass auch die Nutzung im Zeitraum vom 7. Dezember 2004 bis April 2006 als mietvertragsähnliches Rechtsverhältnis zu qualifizieren sei (<ref-ruling> E. 2 f. S. 261; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 441 f.; mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin habe nämlich ab dem Zeitpunkt der Aufhebung der öffentlichrechtlichen Bewirtschaftungspflicht, im Wissen um die fehlende rechtliche Grundlage, wonach die Beschwerdegegner zur Gebrauchsüberlassung verpflichtet und die Beschwerdeführerin zur Nutzung berechtigt gewesen wäre, die Wohnungen gleichwohl weiter bewirtschaftet. Die Beschwerdeführerin sei sich bewusst gewesen, dass sie die Wohnungen der Beschwerdegegner ohne deren Willen und ohne Rechtsgrundlage benutzt habe und dass dafür naturgemäss ein Entgelt geschuldet sei.
Entgegen der in der Beschwerde vorgebrachten Ansicht, hat die Vorinstanz mit dieser von der erstinstanzlichen Beurteilung abweichenden Begründung den Gehörsanspruch der Beschwerdeführerin nicht verletzt. Bei der Argumentationslinie der Vorinstanz handelt es sich nicht um eine neue rechtliche Begründung, mit der nicht zu rechnen war (vgl. <ref-ruling> E. 5.4.1 S. 26 mit Hinweis). Vielmehr geht es bei der Frage der Höhe und der Grundlage des Nutzungsentgelts für die Wohnungen um den zentralen Streitpunkt. Demnach kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie vorbringt, sie habe aufgrund der neuen Qualifikation keine Verrechnungstatbestände geltend machen können.
Entgegen der in der Beschwerde vorgebrachten Ansicht, hat die Vorinstanz mit dieser von der erstinstanzlichen Beurteilung abweichenden Begründung den Gehörsanspruch der Beschwerdeführerin nicht verletzt. Bei der Argumentationslinie der Vorinstanz handelt es sich nicht um eine neue rechtliche Begründung, mit der nicht zu rechnen war (vgl. <ref-ruling> E. 5.4.1 S. 26 mit Hinweis). Vielmehr geht es bei der Frage der Höhe und der Grundlage des Nutzungsentgelts für die Wohnungen um den zentralen Streitpunkt. Demnach kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie vorbringt, sie habe aufgrund der neuen Qualifikation keine Verrechnungstatbestände geltend machen können.
4.2 4.2.1 Mit Bezug auf die Höhe der mietvertraglichen Forderung für den Zeitraum vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 bringt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und das Beweisergebnis einseitig zugunsten einer Partei ausgelegt.
Die Vorinstanz habe - obwohl dies von den Beschwerdegegnern stets abgelehnt wurde - das Gutachten der SGH herangezogen um die Höhe der mietvertraglichen Forderung zu bestimmen. Sie habe jedoch den von der SGH vorgeschlagenen Mietvertrag nur betragsmässig, nicht jedoch bezüglich den anderen Bestimmungen herangezogen und habe zudem eine Mietzinsreduktion wegen schlechtem baulichen Zustand der Wohnungen kaum zugelassen. Sowohl der genaue bauliche Zustand der Wohnungen wie auch die finanziellen Auswirkungen auf die Vermietung dieser Wohnungen seien entgegen der Auffassung der Vorinstanz nachgewiesen worden. Ebenso sei ein wegen ungerechtfertigter Eigenbelegung verrechenbarer Gegenanspruch ermittelt, behauptet und belegt worden, welcher von der Vorinstanz zu Unrecht abgelehnt worden sei.
4.2.2 Die Höhe des Entgelts hat die Vorinstanz entsprechend dem von den Parteien sinngemäss anerkannten Mustervertrag im Umfang von 16 % des Bruttobeherbergungsvertrags festgesetzt. Die Vorinstanz erachtete eine Mietzinsreduktion infolge des angeblich schlechten baulichen Zustands der Wohnungen als nicht bewiesen. Die Beschwerdeführerin habe nicht aufgezeigt, welchen Umsatz sie konkret mit den einzelnen Wohnungen gemacht habe und welchen Umsatz sie hätte erzielen können, wenn sich die betreffenden Einheiten in einem besseren Zustand befunden hätten. Ebenso wenig sei die von der Beschwerdeführerin behauptete ungerechtfertigte Eigenbelegung ausgewiesen, weshalb auch diese unberücksichtigt zu bleiben habe.
Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Parteien die Bedingungen des vom Grundbuchinspektorat verbindlich erklärten Mustermietvertrages anerkannt haben, wonach die Höhe des Entgelts 16 % des Bruttobeherbergungsertrages entspricht. Indem die Beschwerdeführerin vorbringt, dieser Mustermietvertrag sei von den Beschwerdegegnern stets abgelehnt worden, widerspricht sie den vorinstanzlichen Feststellungen, ohne dabei eine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge zu erheben.
Wird Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht; die beschwerdeführende Partei hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 4b S. 40; <ref-ruling> E. 1b S. 30). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, namentlich auf bloss appellatorische Vorbringen, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399, 249 E. 1.4.3 S. 254 f.).
Die Beschwerdeführerin begnügt sich zur Begründung der angeblich willkürlichen Beweiswürdigung mit Bezug auf die Reduktion des Mietzinses infolge schlechtem baulichen Zustand der Wohnungen und der ungerechtfertigten Eigenbelegung durch die Beschwerdegegner damit, ihre vorinstanzlichen Rügen zu wiederholen anstatt sich mit dem angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen. Damit genügt sie den Begründungsanforderungen nicht und vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich sein soll.
4.2.3 Bezüglich den zweiten Zeitraum bringt die Beschwerdeführerin vor, es könne nicht auf eine pauschalierte Entschädigung in Anlehnung auf den Mustermietvertrag abgestellt werden. Unter Verweis auf <ref-ruling> macht sie geltend, ein allfälliger Schaden hätte von den Beschwerdegegnern konkret nachgewiesen werden müssen. Da den Beschwerdegegnern dieser Nachweis nicht gelungen sei, stehe ihnen für diesen Zeitabschnitt kein Anspruch zu.
4.2.4 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass es für die Beschwerdeführerin klar war, dass auch für die Zeit nach dem 6. Dezember 2004 nur eine entgeltliche Nutzung der Wohnungen in Frage kam; dies zeige sich darin, dass sie sich für die Anpassung der Bewirtschaftungsauflage an die Mietbedingungen gemäss Mustermietvertrag der SHG und damit für eine entgeltliche Miete einsetzte. Bei einem mietvertragsähnlichen Verhältnis habe der Benützer für den effektiv ausgeübten Gebrauch eine Entschädigung zu leisten, die bei einem entsprechenden tatsächlichen Mietverhältnis geschuldet wäre. Ausgehend davon richte sich der Anspruch der Beschwerdegegner auch für den zweiten Zeitraum nach dem verbindlich erklärten Mustermietvertrag der SGH, welcher einen Anspruch auf einen Mietzins im Umfang von 16 % des Bruttobeherbergungsertrages vorsehe.
Die Beschwerdeführerin vermag mit ihren Vorbringen keine Bundesrechtsverletzung auszuweisen. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben soll, indem sie den Beschwerdegegnern für die Benutzung ihrer Ferienwohnungen auch für die Zeit nach Beendigung der Mietverträge ein Entgelt zugesprochen hat. Die Vorinstanz hält zu Recht unter Bezugnahme auf <ref-ruling> fest, dass bei Vorliegen eines mietvertragsähnlichen Verhältnisses vermieden werden soll, dass der Vermieter in Bezug auf seinen Anspruch mit einem eventuell schwer zu erbringenden Schadensbeweis belastet wird. Der Vermieter ist rechtlich so zu stellen, als ob das Mietverhältnis noch nicht beendet ist, weshalb ihm der im konkreten Fall geschuldete Mietzins zusteht. Eine Bundesrechtsverletzung ist nicht ersichtlich.
5. Die Vorinstanz hat die Widerklage der Beschwerdeführerin mit einer doppelten Begründung abgelehnt; einerseits bestehe kein Anspruch der Beschwerdeführerin auf Abschluss von Mietverträgen mit den Beschwerdegegnern und damit keine Rechtsgrundlage für einen Ersatzanspruch und andererseits sei der Beschwerdeführerin ohnehin kein Schaden entstanden.
5.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Bundesgericht habe im Urteil betreffend Aufhebung der Bewirtschaftungspflicht einzig festgehalten, dass in öffentlichrechtlicher Hinsicht keine Entschädigungspflicht geschuldet sei; die Aufhebung der Bewirtschaftungsauflage zeitige jedoch zivilrechtliche Auswirkungen, deren Rechtsfolgen weder im Rahmen des Bewilligungsgesetzes (BewG) noch im Stockwerkeigentümer-Reglement festgehalten worden seien. Eine Aufhebung der Bewirtschaftungspflicht habe unzweifelhaft eine Wertverschiebung von der Betriebseinheit zu den vorher belasteten Wohnungseinheiten zur Folge. Die Betriebseinheit werde entwertet, währenddem der Wert der vorher belasteten Stockwerkeigentumseinheiten zunehmen würde, da diese nicht mehr zur Belegung durch die Betriebseinheit bereitgehalten werden müssten. Da der Gesetzgebung über das Aparthotelsystem bezüglich der Frage der Ablösung der Bewirtschaftungspflicht im Verhältnis zwischen der Eigentümerin des Betriebsteils und den belasteten Stockwerkeigentümern keine Regelung entnommen werden könne, müsse dabei auf <ref-law> abgestellt werden, was die Vorinstanz verkannt habe.
Die belasteten Stockwerkeigentümer treffe die Pflicht, gestützt auf ihre Eigentümerstellung mit der Betreibergesellschaft bestimmte Mietverträge abzuschliessen und die Wohneinheiten zur Vermietung zu überlassen. Das <ref-law> zugrunde liegende Prinzip könne auch auf öffentlichrechtliche Dienstbarkeiten Anwendung finden, weshalb der allgemeine Rechtsgrundsatz von <ref-law> unzweifelhaft auch auf Eigentumsbeschränkungen im Sinne der Bewirtschaftungspflicht gemäss BewG angewendet werden könne. In jedem Falle sei ein Schadenersatzanspruch für die Ablösung der Bewirtschaftungspflicht gestützt auf Art. 97 i.V.m. <ref-law> gegeben.
5.2 Die Beschwerdeführerin zeigt auch in ihrer Beschwerdeschrift nicht auf, gestützt auf welchen Rechtstitel sie einen Anspruch auf Neuabschluss bzw. Weiterführung von Mietverträgen mit den Beschwerdegegnern gehabt hätte, aus dessen angeblicher Verletzung durch die Beschwerdegegner sie Schadenersatz beanspruchen könnte. Insbesondere hat die Vorinstanz zutreffend eine analoge Anwendung von <ref-law> verneint. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin handelt es sich bei der Bewirtschaftungsauflage nach BewG nicht um eine öffentlichrechtliche Dienstbarkeit, sondern um eine Auflage, die für beide Parteien sowohl Rechte und Pflichten enthält. Die Bestimmung von <ref-law> betrifft sowohl privatrechtliche als auch öffentlichrechtliche Dienstbarkeiten, kann jedoch nicht für öffentlichrechtliche Bewirtschaftungsauflagen herangezogen werden, womit die Anwendung von <ref-law> entfällt. Ausserdem hat die Vorinstanz zu Recht festgehalten, dass die Beschwerdeführerin mit der Aufgabe des Hotelbetriebs und dem Verkauf der für den Betrieb notwendigen Stockwerkeinheiten ihr Interesse an der Nutzung der Wohnungen aufgegeben hat, weshalb auch aus diesem Grund kein Anspruch auf Schadenersatz besteht.
5.3 Im Übrigen rügt die Beschwerdeführerin zu Recht nicht, die Vorinstanz habe den bundesrechtlichen Begriff des Schadens verkannt, indem sie eine Vermögenseinbusse der Beschwerdeführerin, aufgrund der Weigerung der Beschwerdegegner, ihre Wohnungen weiterhin durch die Beschwerdeführerin bewirtschaften zu lassen, verneinte. Ihre Ansicht, die Bewirtschaftungspflicht sei in der Vergangenheit nur in äusserst seltenen Fällen aufgehoben worden, findet in den Feststellungen des angefochtenen Entscheids keine Grundlage. Somit kann offen bleiben, ob ihre Folgerung, die Vorinstanz habe unter diesen Umständen den Schaden falsch berechnet, zutreffend wäre.
Die Beschwerdeführerin vermag eine Verletzung von Bundesrecht nicht darzutun, weshalb die Beschwerde auch in diesem Punkt abzuweisen ist.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze