Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Sozialversicherungsgericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze über den Invaliditätsbegriff (<ref-law>), den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>) sowie die Ermittlung des Invaliditätsgrads nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>; <ref-ruling> Erw. 2a und b), insbesondere unter Zuhilfenahme von Tabellenlöhnen (<ref-ruling> Erw. 3b; AHI-Praxis 1999 S. 180 Erw. 3a; RKUV 1999 Nr. U 343 S. 413 Erw. 4b/cc; vgl. auch <ref-ruling> mit Hinweisen), zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die Erwägungen über die den ärztlichen Stellungnahmen bei der Ermittlung des Invaliditätsgrads zukommende Bedeutung (<ref-ruling> Erw. 2, 114 V 314 Erw. 3c, 105 V 158 Erw. 1). Darauf kann verwiesen werden.
Ergänzend sind Art. 29 Abs. 1 sowie <ref-law> zu nennen. Gemäss <ref-law> entsteht der Rentenanspruch nach <ref-law> frühestens in dem Zeitpunkt, in dem der Versicherte: a. mindestens zu 40 % bleibend erwerbsunfähig geworden ist; oder b. während eines Jahres ohne wesentlichen Unterbruch durchschnittlich mindestens zu 40 % arbeitsunfähig war. Nach <ref-law> erlischt der Anspruch auf Nachzahlung mit dem Ablauf von fünf Jahren seit Ende des Monats, für welchen die Leistung geschuldet war (Abs. 1). Meldet sich jedoch ein Versicherter mehr als zwölf Monate nach Entstehen des Anspruchs zum Leistungsbezug, so werden die Leistungen lediglich für die zwölf der Anmeldung vorangehenden Monate ausgerichtet. Weitergehende Nachzahlungen werden erbracht, wenn der Versicherte den anspruchsbegründenden Sachverhalt nicht kennen konnte und die Anmeldung innert zwölf Monaten seit Kenntnisnahme vornimmt (Abs. 2).
2.- Die Beschwerdeführerin litt seit ca. 1984 an lumbalen Rückenschmerzen, welche sich mit den Jahren zu einem Lumbovertebralsyndrom mit paralumbalen Kontrakturen ausweiteten.
Am 26. April 1996 wurde eine Diskushernienoperation durchgeführt, worauf die Rückenbeschwerden zunächst abnahmen.
Zwei im Juli und August 1996 durchgeführte Arbeitsversuche scheiterten. Frau Dr. B._, Z., berichtete am 26. Februar 1997 über seit einigen Monaten wieder verstärkt auftretende Rückenbeschwerden, welche von der Versicherten anlässlich der Zweitkonsultation im Januar 1997 als Dauerschmerzen lumbal im Stehen, im Liegen und auch im Gehen umschrieben wurden. Diese Schmerzen bezeichnete die Ärztin angesichts der vor der Operation über Jahre vorhanden gewesenen Wurzelkompression als nicht aussergewöhnlich und schrieb diese dem noch nicht abgeschlossenen Heilungsprozess zu. Die Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit schätzte die Ärztin in einer leichten, wechselbelastenden Tätigkeit mit 50 % ein, während sie für die zuletzt ausgeübte Tätigkeit als Geriatriekrankenschwester seit April 1994 eine volle Arbeitsunfähigkeit attestierte. Die Hausärztin Frau Dr. S._, Z., berichtete am 13. August 1997, trotz der täglich durchgeführten Übungen würden (nach wie vor) verstärkt Rückenbeschwerden im Stehen, im Gehen, aber auch im Liegen auftreten. Wie Frau Dr. B._ ging auch sie nicht von einem Endzustand aus und erachtete eine Weiterbehandlung als angezeigt. Für die bisherige Tätigkeit bescheinigte sie ebenfalls eine vollständige Arbeitsunfähigkeit; insoweit ging sie von einem seit der Berichterstattung durch Frau Dr. B._ im Wesentlichen unverändert gebliebenen Gesundheitszustand aus. Es war Dr.
E._ von der Klinik X., Z., der in der Stellungnahme vom 30. September 1997 angesichts des objektiven, aber auch subjektiven Beschwerdebildes von einem nunmehr weniger ausgeprägten, im Vergleich zur Zeit vor der Operation im April 1994 wesentlich verbesserten Schmerzbild ausging, das keine weitere Behandlung mehr erfordere und bei einer körperlich anspruchslosen Arbeit eine volle Leistungsfähigkeit erlaube.
Diese Einschätzung erwies sich als zu optimistisch.
Wegen Rückenbeschwerden musste sich die Versicherte am 17. März 1998 (einen Tag nach der Eröffnung der Rentenverfügung) erneut in Behandlung begeben. Wie dem Bericht vom 5. Mai 1998 der sie behandelnden Ärzte von der Orthopädischen Klinik zu entnehmen ist, hat sich der Gesundheitszustand seit der Einschätzung durch Dr. E._ zwischenzeitig wieder verschlechtert: Die Ärzte bezeichneten die Intensität der Rückenschmerzen als mit jenen vor der Operation im April 1994 vergleichbar; eine Spondylodese L5/S1 sei angezeigt. Aktuell erachteten sie die Versicherte in keiner Tätigkeit als arbeitsfähig. Dies ergibt sich aus ihren Antworten im Beiblatt zum Fragebogen Arztbericht betreffend berufliche Massnahmen, wonach der Versicherten eine der Behinderung angepasste Tätigkeit (leichte Arbeit mit häufigem Positionswechsel) voraussichtlich erst wieder 6 Monate nach dem vorgesehenen operativen Eingriff zugemutet werden könne (Antworten zu a, d und e). Soweit die Vorinstanz zu einen andern Ergebnis gelangt ist, kann dem nicht zugestimmt werden. Die interkorporelle Spondylodese L5/S1 wurde am 8. Juni 1998 durchgeführt; der entsprechende Bericht der Orthopädischen Klinik vom 5. Oktober 1998 bestätigt eine theoretische 50%ige Arbeitsfähigkeit ab
1. November 1998 mit vorerst nicht beurteilbarer weiterer Steigerung der Arbeitsfähigkeit in einer leichten Tätigkeit.
3.- Sämtliche der oben angeführten Arztberichte attestieren der Beschwerdeführerin für die zuletzt vor Eintritt des Gesundheitsschadens ausgeübte Tätigkeit als Geriatriekrankenschwester seit April 1996 bis zum Zeitpunkt des Verfügungserlasses am 16. März 1998 eine vollständige Arbeitsunfähigkeit.
Unter Berücksichtigung der rechtzeitigen Anmeldung zum Leistungsbezug vom 16. Juli 1997 ist im Nachzahlungszeitraum nach <ref-law> der Rentenanspruch nach <ref-law> entstanden und bestand auch noch im Verfügungszeitpunkt (<ref-ruling> Erw. 2, 121 V 191 Erw. 4). Damit hat die Beschwerdeführerin grundsätzlich ab dem 1. Mai 1997 Anspruch auf eine Invalidenrente.
4.- Was die für die Festlegung des Invaliditätsgrades massgebende Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit in der Zeit vom 1. Mai 1997 bis zum Verfügungszeitpunkt (16. März 1998; <ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen) anbelangt, dürfen auch die ausserhalb dieses Zeitraums verfassten Berichte der Frau Dr. B._ aus dem Monat Februar 1997 sowie die Stellungnahme der Orthopädischen Klinik vom 5. Mai 1998 in die Beurteilung einbezogen werden.
Beide lassen Rückschlüsse auf den Gesundheitszustand sowie die daraus abzuleitende Arbeitsfähigkeit im hier interessierenden Zeitraum zu (vgl. Erw. 2 hievor).
Die zu berücksichtigenden Arztberichte zeigen deutlich auf, dass die Verhältnisse im Rücken im gesamten hier interessierenden Zeitraum im Anschluss an die Operation am 26. April 1996 nicht konsolidiert, sondern durch Schmerzschübe gekennzeichnet waren, was nicht nur eine Eingliederung verunmöglichte und in der bisherigen Tätigkeit fortdauernd zu einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit führte, sondern sich auch in unterschiedlichem Ausmass auf die Restarbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit auswirkte. Vorinstanz und Verwaltung haben dagegen allein auf die Verhältnisse, wie sie nach ihrer Auffassung zum Verfügungszeitpunkt bestanden haben sollen, abgestellt.
Anders kann der von der Verwaltung unterstützte Hinweis in den vorinstanzlichen Erwägungen zum Bericht der Frau Dr. B._, er sei zu wenig aktuell und durch jenen des Dr. Benini sowie der Orthopädischen Klinik überholt, nicht verstanden werden. Es wird daher Sache der IV-Stelle sein, über die Rentenhöhe ab 1. Mai 1997 zu befinden, dies unter Beachtung der aktenmässig ausgewiesenen Phasen unterschiedlicher Arbeitsfähigkeit in einer leichten Tätigkeit. Ferner wird die Verwaltung abklären, ob und inwieweit nach der Zeit der zweiten Operation unter Beachtung von <ref-law> eine rentenrevisionsrechtlich erhebliche Verbesserung der Arbeitsfähigkeit eingetreten ist. In erwerblicher Hinsicht wird es nach derzeitigem Aktenstand nicht angehen, die Beschwerdeführerin bei der Festlegung des Invalideneinkommens in der Stufe III der Tabellenlöhne der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (Beruf- und Fachkenntnisse vorausgesetzt) einzureihen: Der für die Versicherte nach ihren Fähigkeiten, hier ihrer langjährigen beruflichen Erfahrung als Geriatriekrankenschwester, in Frage kommende Arbeitsmarkt besteht gerade nicht aus qualifizierten Stellen im Gesundheitsbereich, welche entsprechende berufliche Qualifikationen verlangen. Soweit die Beschwerdeführerin nicht mehr in rückenbelastenden Tätigkeiten wie als Geriatriekrankenschwester eingesetzt werden kann, ist sie in Bezug auf die sonst noch für sie in Frage kommenden Verdienstgelegenheiten als Hilfskraft zu betrachten.
Die damit verbundene Erwerbseinbusse ist kausal durch den Eintritt des invalidisierenden Rückenleidens bedingt.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgericht
des Kantons Zürich vom 28. Februar 2000,
soweit die Rentenfrage betreffend, und die Verfügung
vom 16. März 1998 aufgehoben werden und die Sache an
die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen wird,
damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über
den Rentenanspruch neu verfüge.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 2000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen
Prozesses zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht
des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse
des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 21. Mai 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Vorsitzende der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: