Sachverhalt:
A. Y._ plante, an sein Wohnhaus in St. Gallen einen Anbau mit Baderaum und Sauna im Erdgeschoss und Terrasse im 1. Stock erstellen zu lassen. Die Stahlkonstruktion für den Anbau lieferte die V._ AG. Bezüglich der Baumeisterarbeiten schloss Y._ am 4. Oktober 1990 als Besteller mit der X._ AG (Unternehmerin) einen Werkvertrag, der einen "Vorausmasspreis" von Fr. 64'089.20 abzüglich 6 % Rabatt und 2 % Skonto vorsah. Die Unternehmerin zog als Subunternehmerin die Z._ AG bei, welche dem Besteller zum Teil direkt Rechnung stellte. Am 10. September 1991 unterbreitete die Unternehmerin dem Besteller eine Schlussabrechnung. Anlässlich der Besprechungen vom 28. Oktober und 11. November 1991 erklärte sich die Unternehmerin bereit, die verlangte Restzahlung von Fr. 16'804.10 auf pauschal Fr. 6'000.-- in WIR zu reduzieren. Am 11. November 1991 unterzeichnete der Besteller neben der Angabe: "Rest-Zahlung pauschal in WIR 6'000.-- (gemäss Abmachung mit HR. T._ vom 28.10.1991)" folgenden Text:
"Anerkannt unter ausdrücklicher Verzichtleistung auf jegliche Nachforderung. Sämtl. Restarbeiten sind in Abrechnungssumme inbegriffen
St. Gallen 11.11.91
Bauherr: Sig. Y._ Unternehmer: "
Anfang 1995 stellte der Besteller verschiedene Mängel an der Gebäudehülle des Anbaus fest, so insbesondere Kalkränder an den Steinplatten auf dem Natursteinboden der Sauna, Feuchtigkeit entlang der ursprünglichen Aussenwand im Saunaanbau sowie eine ungenügende Entwässerung des Plattenbodens beim Sitzplatz, eine teilweise Lockerung der Platten und undichte Fugen. Am 16. Januar 1995 liess der Besteller diese Mängel durch die A._ AG, bzw. die Experten B._ und C._, begutachten, welche ihm am 23. Januar 1995 folgende Mängelliste zusandten:
Örtlichkeit
Mangel
mögliche Ursachen
Verursacher
Natursteinboden Sauna
- Kalkränder an den Steinplatten
- unbekannt
- Plattenleger
ursprüngliche Aussenwand bei der Toilette
- auftreten von Feuchtigkeit
- keine Wärmedämmung entlang der ursprünglichen Aussenwand
- Wärmebrücke
- Architekt
Ablaufrinne bei Wintergarten
- gefriert im Winter
- Rinnenhöhe zu gering
- Gefälle der Rinne zum Ablauf zu knapp
- Architekt
- Spengler
Plattenboden beim Sitzplatz
- Platten sind teilweise lose
- Entwässerung der Oberfläche nicht gelöst
- Fugen undicht
- Konstruktion nicht den Anforderungen entsprechend ausgebildet
- Architekt
- Plattenleger
äussere Fuge zwischen Glasabdeckung über Bad und Plattenboden
- undicht
- unsachgemässe Detailausbildung
- Mängel bei der Ausführung
- Architekt
- Spezialist
(Z._)
Mit Schreiben vom 24. Januar 1995 lud der Besteller unter Beilage dieser Mängelliste die für die Mängel als verantwortlich betrachteten Handwerker, darunter auch die Unternehmerin, zusammen mit ihren Versicherern für den 8. Februar 1995 zu einer Besprechung der Mängelbehebung vor Ort ein.
Am 10. März 1995 sandten der Besteller und die A._ AG folgendes Schreiben an die Unternehmerin:
"Der schriftlichen Aufforderung von Herrn Y._ zur Mängelbesichtigung vom 8. Februar 1995 sind Sie nicht gefolgt. Inzwischen mussten wir feststellen, dass die Dichtigkeit der Terrasse nicht mehr gewährleistet ist, weil durch Wässern der Terrasse mit dem Schlauch Wasser in die Sauna eindringt.
Im Weiteren haben sich die Plattenfugen und einzelne Platten auf der Terrasse gelöst. Zudem scheint das gesamte Mörtelbett über der wassersperrenden Schicht hohl zu liegen. Die Gefahr von Frostschäden ist sehr hoch, eventuell bereits eingetreten.
Gerne erwarten wir Ihren baldigen Terminvorschlag, um im Rahmen der Garantiearbeiten bis Ende März 1995 im Beisein des Architekten und uns den Plattenbelag zu öffnen."
Mit Antwortschreiben vom 4. April 1995 lehnte die Unternehmerin unter Hinweis auf die Besprechung der Schlussabrechnung jegliche Garantie ab.
B. Nach der Durchführung eines Verfahrens zur vorsorglichen Beweiserhebung klagte der Besteller (Kläger) am 8. Oktober 1997 beim Kreisgericht St. Gallen gegen die Unternehmerin (Beklagte) auf Zahlung von Fr. 60'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit 7. November 1996. Die Beklagte erklärte der Z._ AG, welche später von der W._ AG übernommen wurde, den Streit.
Nach der Einholung verschiedener Gutachten verpflichtete das Kreisgericht die Beklagte, dem Kläger Fr. 19'834.60 nebst Zins zu 5 % seit 7. November 1996 zu bezahlen. Dagegen erhob die Beklagte Berufung und der Kläger Anschlussberufung. Im Berufungsverfahren brachte der Kläger mit Eingabe vom 10. Juli 2006 vor, er sei auf Mängel im Beton gestossen, die erst nach Abbruch des Unterlagbodens und eines Teils der Innendämmung sichtbar geworden seien, weshalb vorsorglich ein Augenschein vorzunehmen und ein Experte mit der Begutachtung der Mängel zu beauftragen sei. Das Kantonsgericht St. Gallen gab diesen Anträgen statt und führte am 18. August 2006 einen Augenschein durch. Das Gutachten wurde am 27. Oktober 2006 erstattet.
Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, die Beklagte habe zu Unrecht die vom Kläger verlangte Nachbesserung von Mängeln verweigert. Sie habe ihm daher den daraus erwachsenen Schaden zu ersetzen. Die Sanierung des Anbaus habe Kosten von insgesamt Fr. 160'664.-- verursacht, für welche die Beklagte im Umfang von Fr. 43'840.10 hafte. Diese habe zudem dem Kläger Fr. 4'958.60 der Kosten der vorsorglichen Beweiserhebung vor Bezirksgericht zu ersetzen. Entsprechend schützte das Kantonsgericht die Klage mit Entscheid vom 16. November 2006 im Betrag von Fr. 48'798.70 nebst Zins zu 5 % seit 7. November 1996.
C. Die Beklagte focht das Urteil des Kantonsgerichts sowohl mit Beschwerde und subsidiärer Verfassungsbeschwerde als auch mit Nichtigkeitsbeschwerde an. Letztere wies das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen am 10. September 2008 ab, soweit es darauf eintrat. Dem Bundesgericht beantragt die Beklagte (Beschwerdeführerin), das Urteil des Kantonsgerichts vom 16. November 2007 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Das Kantonsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Der Kläger (Beschwerdegegner) schloss auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Schreiben vom 9. März 2009 ersuchte die Beschwerdeführerin um die Zustellung der Akten und Ansetzung einer Frist von 30 Tagen ab Zustellung zur Stellungnahme zur Vernehmlassung der Gegenpartei. Die Instruktionsrichterin wies mit Verfügung vom 11. März 2009 das Begehren um Ansetzung einer Frist zur Replik ab und wies die Beschwerdeführerin darauf hin, dass Verzicht auf Stellungnahme angenommen wird, sofern nicht innert weniger Tagen nach Zustellung dieser Verfügung eine Replik beim Bundesgericht eingeht. Mit Eingabe vom 20. April 2009 reichte die Beschwerdeführerin eine Stellungnahme ein. Mit Schreiben vom 27. April 2009 beantragte der Beschwerdegegner, diese Stellungnahme aus dem Recht zu weisen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin unterliess es, innert weniger Tage nach Erhalt der Verfügung der Instruktionsrichterin vom 11. März 2009 eine Stellungnahme einzureichen, weshalb grundsätzlich von einem Verzicht auszugehen ist. Ob deshalb die beim Bundesgericht erst nach über 30 Tagen und damit verspätetet eingegangene Stellungnahme aus dem Recht zu weisen wäre, kann offen bleiben, weil die Beschwerdeführerin darin nicht näher auf die Vernehmlassung der Gegenpartei eingeht, sondern vielmehr versucht, ihre Beschwerde inhaltlich zu ergänzen. Da innert der Beschwerdefrist eine begründete Beschwerdeschrift einzureichen und eine Ergänzung nur bei Beschwerden auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen unter den engen Voraussetzungen von <ref-law> möglich ist, kann eine Ergänzungsschrift nicht mehr berücksichtigt werden, selbst wenn sie in der rechtzeitigen Beschwerdeschrift angekündigt wurde (LAURENT MERZ, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N. 40 zu <ref-law>; vgl. ferner: <ref-ruling> E. 1b).
2. 2.1 Gegenstand des Verfahrens bildet eine Zivilsache (<ref-law>). Nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben sind, beträgt der Streitwert Fr. 60'000.-- (vgl. <ref-law>). Damit wird die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- (<ref-law>) bei weitem überschritten, weshalb die Beschwerde in Zivilsachen offen steht und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ausgeschlossen ist (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführerin subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhebt, ist daher darauf nicht einzutreten.
2.2 Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (<ref-law>). Dies setzt voraus, dass die vor Bundesgericht erhobenen Rügen mit keinem kantonalen Rechtsmittel hätten geltend gemacht werden können. Im vorliegenden Fall konnten gemäss Art. 239 Abs. 1 des Zivilprozessgesetzes des Kantons St. Gallen vom 20. Dezember 1990 (ZPO/SG) mit der Nichtigkeitsbeschwerde als Nichtigkeitsgründe (a) Verletzungen des kantonalen Rechts und (b) tatsächliche Feststellungen, die dem Inhalt der Akten offensichtlich widersprechen oder sonst willkürlich sind, angerufen werden. Das angefochtene Urteil ist daher nicht letztinstanzlich, soweit die Beschwerdeführerin willkürliche Sachverhaltsfeststellungen und die Verletzung kantonalen Rechts geltend macht. Dies trifft namentlich auf die Rüge zu, das Kantonsgericht sei mit Bezug auf die Eingabe vom 10. Juli 2006 von einem offensichtlich unrichtigen Sachverhalt ausgegangen und habe <ref-law>/SG verletzt. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2.3 Bezüglich der Rüge der Verletzung von Bundesrecht und des verfassungsmässigen Anspruchs auf rechtliches Gehör erweist sich das angefochtene Urteil als letztinstanzlich, weshalb die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde insoweit zulässig ist.
3. 3.1 Im kantonalen Verfahren war strittig, ob der Beschwerdegegner auf Nachforderung aus Mängelhaftung verzichtete, indem er am 11. November 1991 neben der Angabe "Restzahlung pauschal in WIR 6'000" den Satz unterschrieb: "Anerkannt unter ausdrücklicher Verzichtsleistung auf jegliche Nachforderung, sämtl. Restarbeiten sind in Abrechnungssumme inbegriffen." Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, bezüglich dieser Erklärung lasse sich ein übereinstimmender tatsächlicher Wille der Parteien nicht feststellen. Der Zeuge T._ habe, obwohl in der Erklärung erwähnt, keine Auskünfte erteilen können und der von der Beschwerdeführerin offerierte Zeuge E._ könne nur sein eigenes Verständnis der Erklärung mitteilen. Auf dessen Befragung sei daher zu verzichten.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, mit der Ablehnung der beantragten Zeugeneinvernahme habe das Kantonsgericht gegen den Grundsatz des rechtlichen Gehörs nach <ref-law> verstossen.
3.3 Die Beschwerdeführerin lässt zum einen ausser Acht, dass der Beweisführungsanspruch die Ablehnung eines Beweismittels in vorweggenommener Beweiswürdigung nicht verbietet (<ref-ruling> E. 5.4 S. 602, mit Hinweisen). Zum anderen gibt die Beschwerdeführerin selber an, das Kantonsgericht habe richtig festgestellt, dass bezüglich der Vereinbarung vom 11. November 1991 kein übereinstimmender wirklicher Parteiwille bestanden habe. Demnach ist nicht ersichtlich, inwiefern die Anhörung des Zeugen erheblich sein soll. Eine Verletzung des Beweisführungsanspruchs liegt nicht vor.
4. 4.1 Das Kantonsgericht legte die Erklärung des Beschwerdegegners vom 11. November 1991 nach dem Vertrauensprinzip aus. Es nahm an, der Begriff "Restarbeiten" könne im Zusammenhang mit "Nachforderung" nur in dem Sinn verstanden werden, dass das Werk als vollendet betrachtet werde und keine weiteren Arbeiten in Erfüllung des ursprünglichen Vertrages erwartet würden. Die beiden Begriffe enthielten keinen Hinweis auf allfällige Mängelrechte. Ein Zusammenhang mit solchen ergebe sich nur mit Rücksicht darauf, dass bereits damals eine Mängelbehebung durch die Z._ AG zur Diskussion gestanden hatte. Die Z._ AG habe offenbar die (Nach-)Isolation ausgeführt und dem Beschwerdegegner Rechnung gestellt. Am 28. Oktober und 11. November 1991 hätten sich die Parteien darüber geeinigt, dass der Beschwerdegegner die Rechnung der Z._ AG begleicht und die Beschwerdeführerin im Gegenzug ihre Schlussrechnung auf Fr. 6'000.-- (in WIR) reduziert. Ein Verzicht auf weitere Mängelrechte, insbesondere auf solche aus verborgenen Mängeln, könne bei dieser Ausgangslage aus der Erklärung nach Treu und Glauben nicht abgeleitet werden.
4.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, mit dem Verzicht auf jegliche Nachforderung habe der Beschwerdegegner nach dem gewöhnlichen Sprachgebrauch auch auf Nachforderungen aus der Mängelhaftung verzichtet. Da der Wortlaut klar sei, gebe es nichts mehr auszulegen. Entgegen der Annahme der Vorinstanz könne der Verzicht auf jegliche Nachforderung nicht auf die Restarbeiten beschränkt werden, da diese vor Abschluss der Vereinbarung beendet gewesen seien. Wenn der Kläger gemäss Wortlaut der Vereinbarung auf sämtliche Nachforderungen verzichte, müsse ein Verzicht auf allfällige Mängelrechte nicht ausdrücklich erwähnt werden.
4.3 Vertragliche Vereinbarungen sind, wenn ein übereinstimmender wirklicher Parteiwille nicht ermittelt werden kann (<ref-law>), aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind, verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1. S. 611). Auch ein "klarer" Wortlaut schliesst die Berücksichtigung weiterer Auslegungselemente nicht aus. Selbst wenn eine Vertragsbestimmung auf den ersten Blick klar erscheint, kann sich aus dem Zusammenhang mit anderen Bestimmungen, dem von den Parteien verfolgten Zweck und weiteren Umständen ergeben, dass der Wortlaut der Bestimmung nicht genau ihren Sinn wiedergibt (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2.5). Weiter ist der mutmassliche Parteiwille auf ein sachgerechtes Ergebnis auszurichten, weil nicht anzunehmen ist, dass die Parteien eine unangemessene Lösung gewollt haben (<ref-ruling> E. 4b S. 372; <ref-ruling> E. 6c S. 621). Das Bundesgericht überprüft die objektivierte Auslegung nach dem Vertrauensprinzip als Rechtsfrage, wobei es an die Feststellungen der kantonalen Gerichte über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67, mit Hinweisen).
4.4 Im umstrittenen Text ist der Verzicht auf "Nachforderung" im Zusammenhang mit den in der Abrechnungssumme enthaltenen "Restarbeiten" bzw. im Hinblick auf die Einigung der Parteien über die Mängelbehebung durch die Z._ AG zu verstehen. Dass es sich bei diesen Arbeiten um künftige Nachbesserungsarbeiten handeln soll, ergibt sich nicht aus dem Wortlaut. Die umstrittene Passage muss daher bedeuten, dass der Beschwerdegegner anerkennt, der Beschwerdeführerin noch Fr. 6'000.-- in WIR zu schulden, soweit diese auf Nachforderungen verzichtet, wobei sämtliche Restarbeiten in der Abrechnungssumme inbegriffen sein sollen. Es wäre denn auch unangemessen gewesen, wenn der Beschwerdegegner zum voraus auf ihm damals noch nicht bekannte Ansprüche aus versteckten Mängeln verzichtet hätte. Das Kantonsgericht hat demnach das Vertrauensprinzip nicht verletzt, wenn es einen solchen Verzicht verneinte.
5. 5.1 Nach Ablieferung des Werkes hat der Besteller, sobald es nach dem üblichen Geschäftsgange tunlich ist, dessen Beschaffenheit zu prüfen und den Unternehmer von allfälligen Mängeln in Kenntnis zu setzen (<ref-law>). Jeder Teil ist berechtigt, auf seine Kosten eine Prüfung des Werkes durch Sachverständige und die Beurkundung des Befundes zu verlangen (<ref-law>). In der Lehre wird angenommen, dass bei der Prüfung des Werkes die Sorgfalt und Aufmerksamkeit des durchschnittlichen Abnehmers von Werken der betreffenden Art unter den betreffenden Umständen zu verlangen ist (GAUDENZ ZINDEL/URS PULVER, in: Basler Kommentar, OR I, 4. Aufl. 2007, N. 9 zu <ref-law>). Mängel, welche bei der ordnungsgemässen Prüfung nach <ref-law> nicht erkennbar sind, werden als geheime Mängel bezeichnet (<ref-ruling> E. 2 S. 427). Solche Mängel treten in der Form von Folgemängeln auf, wenn sie zwar bereits bei der Ablieferung des Werks im Keim vorhanden sind, sich jedoch erst nach Ablauf der Zeit für die Untersuchung zu wahrnehmbaren Vertragsabweichungen entwickeln (PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 4. Aufl. 1996, S. 547 Rz. 2076 f.).
5.2 Das Kreisgericht St. Gallen bezeichnete Wasserdurchtritte an der Decke im UG, Verfärbung bei den Bodenplatten im UG und Vermorschungen bei den Fenstern im UG bzw. Wassereintritte als Mängel. Weiter kam das Kreisgericht zum Ergebnis, dass entgegen der Annahme der Beschwerdeführerin auch die Randaufbohrungen, die Loslösung der Aufbohrung sowie die Abschlussfehler im Untergeschoss als Folgemängel und damit als geheime Mängel zu qualifizieren seien. Das Kantonsgericht bestätigt diese Meinung und führte aus, da die Parteien keinen Beizug eines Fachmanns vereinbart hätten, sei nicht auf das Wissen des Architekten des Beschwerdegegners, sondern auf sein Wissen als durchschnittlicher Besteller abzustellen. Von ihm habe jedoch nicht verlangt werden können, dass er die fraglichen Mängel bei der von ihm zu erwartenden Prüfung hätte feststellen können.
5.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen habe der Beschwerdegegner Anfang 1995 insbesondere Kalkränder an den Steinplatten auf dem Natursteinboden der Sauna, Feuchtigkeit entlang der ursprünglichen Aussenwand im Saunaanbau sowie eine ungenügende Entwässerung des Plattenbodens beim Sitzplatz, eine teilweise Lockerung der Platten und undichte Fugen festgestellt. Die Vorinstanz habe diese Mängel als geheim qualifiziert, ohne dies zu begründen, was eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs gemäss <ref-law> darstelle.
Da das Kantonsgericht namentlich durch die Bestätigung der erstinstanzlichen Erwägungen die Überlegungen nannte, welche der Qualifikation als geheime Mängel zugrunde lag, ist eine Verletzung der Begründungspflicht zu verneinen (vgl. <ref-ruling> E. 2b 102 f.).
5.4 Weiter rügt die Beschwerdeführerin, die genannten Mängel seien innert zwei Jahren nach Ablieferung auch ohne Spezialkenntnisse ohne weiteres erkennbar und augenfällig gewesen. Es habe sich somit um offene Mängel gehandelt.
Mit dieser Behauptung übt die Beschwerdeführerin unzulässige Kritik an den tatsächlichen Feststellungen des Kantonsgericht, zumal sie nicht darlegt und auch nicht ersichtlich ist, dass dieses bei der Unterscheidung von offenen und versteckten Mängeln von bundesrechtswidrigen Kriterien ausgegangen ist.
6. 6.1 Treten später, d.h. nach Untersuchung des Werks, geheime Mängel zu Tage, so müssen diese sofort nach der Entdeckung dem Unternehmer angezeigt werden, widrigenfalls das Werk rücksichtlich dieser Mängel als genehmigt gilt (<ref-law>). Die Mängelrüge ist an keine Form gebunden. Sie muss inhaltlich sachgerecht substanziiert sein und zum Ausdruck bringen, dass der Besteller die Lieferung nicht als vertragsgemäss anerkennt und den Unternehmer haftbar macht (<ref-ruling> E. 1a, mit Hinweisen). In der Regel ergibt sich bereits aus der blossen Mitteilung der Mängel, dass der Besteller den Unternehmer für verantwortlich erachtet. Etwas anderes kann sich aus besonderen Umständen ergeben, wenn z.B. der Besteller Mängel nur anzeigt, um den Unternehmer für die Zukunft zu verwarnen (Urteil 4C.130/2006 vom 8. Mai 2007 E. 4.2.1, übersetzt wiedergegeben in: AJP 2007, S. 1318). Wie die Mängel in der Anzeige zu umschreiben sind, hängt von den Umständen ab. Jedenfalls genügt als Mängelrüge nicht, wenn der Besteller seine Unzufriedenheit äussert, ohne konkret die Mängel zu benennen. Hingegen reicht die blosse Angabe der ungünstigen Wirkungen, wie zum Beispiel: "Ware ist so schlecht, dass sie nicht verarbeitet werden kann" (vgl. für das Kaufrecht: Urteil 4C.395/2001 vom 28. Mai 2002 E. 2.1.1). Nicht erforderlich ist, dass in der Mängelrüge die Ursachen der angezeigten Mängel genannt werden (Urteil 4C.130/2006 vom 8. Mai 2007 E. 4.2.1).
6.2 Das Kantonsgericht führte aus, die Übermittlung der von den Experten B._ und C._ erstellten Mängelliste unter gleichzeitiger Einladung zu einer Besprechung stelle eine hinreichende Mängelrüge gegenüber der Beschwerdeführerin dar, da sie Adressatin des Schreibens gewesen sei. Zudem sei in der Mängelliste als mögliche Verantwortliche ausdrücklich die Z._ AG aufgeführt, für deren Verhalten die Beschwerdeführerin einzustehen habe. Der Beschwerdeführerin sei einzuräumen, dass in der Mängelliste vom 23. Januar 1995 nicht konkret die Rede davon sei, dass Wasser durch die (Sauna-)Decke eindringe. Immerhin seien dort im Zusammenhang mit der "ursprünglichen Aussenwand bei der Toilette" das "Auftreten von Feuchtigkeit" und beim "Plattenboden bei Sitzplatz" teilweise lose Platten, das nicht gelöste Problem der Entwässerung der Oberfläche und undichte Fugen erwähnt. Damit komme die mangelnde Dichtigkeit der Decke des Anbaus zum Ausdruck. Dies werde vollends klar, nachdem der Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin im Schreiben 10. März 1995 mitgeteilt habe, dass aufgrund der in der Zwischenzeit durchgeführten Versuche habe festgestellt werden müssen, dass Wasser in die Sauna eindringe. Damit seien die Anforderungen der Substantiierung erfüllt worden.
6.3 Inwiefern diese Erwägungen des Kantonsgerichts Bundesrecht verletzen soll, wird in der Beschwerde nicht dargelegt und ist unter Berücksichtung der zitierten Rechtsprechung auch nicht ersichtlich.
7. 7.1 Bei der Beurteilung, ob eine Rüge rechtzeitig erfolgt ist, muss auf die konkreten Umstände des Einzelfalls, insbesondere auf die Art der Mängel abgestellt werden. Entscheide in anderen Fällen sind deshalb nur mit Zurückhaltung heranzuziehen. Grundsätzlich ist die Rügefrist kurz zu bemessen, wenn es sich um einen Mangel handelt, bei dem die Gefahr besteht, dass ein Zuwarten zu einem grösseren Schaden führen kann (<ref-ruling> E. 3b S. 148, mit Hinweis). Ist dies nicht der Fall, hält das Bundesgericht eine siebentägige Rügefrist für angemessen (vgl. Urteil 4C.82/2004 vom 3. Mai 2004 E. 2.3, mit Hinweis, publ. in: Pra 93/2004 Nr. 146 S. 828). In der Doktrin ist von einer üblichen Rügefrist von sieben bis zehn Tagen die Rede (ZINDEL/PULVER, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>) und wird für eine eher grosszügige Handhabung plädiert (GAUCH, a.a.O, S. 573 Rz. 2181). Als verspätet wurde eine am 4. November erfolgte Rüge bezüglich eines Mitte Oktober, d.h. ca 20 Tage zuvor, entdeckten undichten Daches (<ref-ruling> E. 1b S. 177), eine Mängelrüge, die erst fünf Wochen nach der Entdeckung der Schäden an den Holzfassaden erfolgte (<ref-ruling> E. 3b S. 148), oder die Übermittlung eines Expertenberichts zwei Monate nach Kenntnisnahme qualifiziert (Urteil 4C.11/1993 vom 20. Juli 1993 E. 3e).
7.2 Die Rügefrist beginnt mit der Entdeckung des Mangels. Nach der Rechtsprechung gilt ein Mangel erst als entdeckt, wenn der Besteller davon solche Kenntnis erlangt hat, dass er eine genügend substanziierte Rüge erheben kann. Bei Mängeln, die nach und nach zum Vorschein kommen, weil sie in ihrer Ausdehnung oder Intensität wachsen, genügen dafür noch nicht die ersten Anzeichen. Die Rügefrist wird daher nicht bereits durch die Feststellung der ersten Mängelspuren ausgelöst, sofern der Besteller nach Treu und Glauben davon ausgehen darf, es handle sich bloss um übliche Erscheinungen, die keine Abweichung vom Vertrag darstellten. Dies kann insbesondere für "wachsende" Mauerrisse zutreffen (<ref-ruling> E. 2 S. 427). Die strengen Rügevorschriften würden sonst dazu führen, dass der Besteller jede Bagatellerscheinung anzeigen muss, um nicht für den Fall einer ungünstigen weiteren Entwicklung seiner Mängelrechte verlustig zu gehen. Bei nach und nach zum Vorschein kommenden Mängeln darf deshalb eine Entdeckung erst angenommen werden, wenn der ernsthafte Charakter des Zustandes deutlich wird und der Besteller die Bedeutung und Tragweite von Mängeln erfassen kann (<ref-ruling> E. 3b S. 148 f.; <ref-ruling> E. 7.2; je mit Hinweisen). Deren Abklärung kann den Beizug von Sachverständigen erfordern (GAUCH, a.a.O., S. 574 Rz. 2182). GAUCH vertritt die Meinung, wenn ein Gesamtwerk durch Werkleistungen mehrere Nebenunternehmer errichtet worden sei, genüge nicht, dass der Besteller einen Fehler des Gesamtwerkes kenne. Vielmehr müsse er wissen, welcher Nebenunternehmer mangelhaft geleistet habe, bevor er sachgerecht rügen könne. Eine Rüge "aufs Geratewol" zu verlangen, sei mit dem Sinn des <ref-law> unvereinbar (GAUCH, a.a.O., S. 574 E. 2812).
7.3 Das Kantonsgericht führte unter Hinweis auf die Lehrmeinung von GAUCH aus, da im vorliegenden Fall mehrere Unternehmer am Bau beteiligt gewesen seien, sei dem Beschwerdegegner nicht zuzumuten gewesen, Mängel ohne genauere Kenntnis über ihre Bedeutung und Tragweite und über mögliche Verantwortlichkeiten zu rügen. Demnach sei nicht zu beanstanden, dass er - nachdem er im Januar insbesondere Kalkränder an den Steinplatten, Feuchtigkeit entlang der ursprünglichen Aussenwand im Saunaanbau, eine ungenügende Entwässerung des Plattenbodens, eine teilweise Lockerung der Platten und undichte Fugen festgestellt hatte - mit der genauen Abklärung zwei Experten beauftragte. Diese hätten ihren Bericht innert Wochenfrist und damit rechtzeitig abgeliefert, worauf der Beschwerdegegner seinerseits unverzüglich, nämlich am nächsten Tag die Mängelliste versandt und gleichzeitig zu einem Gespräch eingeladen habe.
7.4 Die Beschwerdeführerin macht geltend, entgegen der Auffassung der Vorinstanz ändere der freiwillige Beizug eines Sachverständigen an der Dauer der Rügefrist nichts. Der Beschwerdegegner, der selber Bausachverständiger sei, hätte daher die Anfang 1995 festgestellten Mängel gemäss <ref-ruling> betreffend einen Wassereinbruch sofort rügen müssen und habe damit nicht bis zum 24. Januar 1995 zuwarten dürfen.
7.5 Die Behauptung, der Beschwerdegegner sei Bausachverständiger, findet im angefochtenen Urteil keine Stütze und kann daher nicht gehört werden, zumal die Beschwerdeführerin nicht darlegt, inwiefern erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gab (<ref-law>). Ist der Beschwerdegegner kein Bauexperte, kann ihm nicht vorgeworfen werden, dass er, nachdem er Anfang Januar 1995 Mängel erkannte, welche nach und nach zum Vorschein kamen und deren Verantwortlichkeit - wie die verschiedenen Gutachten zeigen - nur schwer bestimmt werden konnte, deren Bedeutung und Tragweite, d.h. den ernsthaften Charakter des Zustandes des Werkes bzw. dessen Mangelhaftigkeit im Rechtssinne, vor der Erhebung der Rüge durch Expertisen abklären liess. Der vorliegende Fall ist entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin nicht mit <ref-ruling> vergleichbar, weil in diesem Fall Wasser "in Strömen" durch die Decke drang und damit das Dach offenkundig undicht bzw. mangelhaft war (vgl. E. 1b S. 177). Demnach hat das Kantonsgericht unter den gegebenen Umständen bundesrechtskonform angenommen, der Beschwerdegegner habe erst mit Erhalt der Mängellisten die für eine rechtsgenügende Rüge erforderliche Kenntnis der Mängel gehabt und damit die Frist zur Mängelanzeige gewahrt, indem er der Beschwerdeführerin am folgenden Tag die Mängelliste zusandte.
8. 8.1 Was die im Rahmen des kantonalen Berufungsverfahrens im Jahr 2006 neu geltend gemachten Mängel anbelangt, stellte die Vorinstanz gestützt auf ein gerichtlich angeordnetes Gutachten fest, dabei handle es sich lediglich um die versteckten Ursachen der bereits im Jahr 1995 rechtzeitig und substantiiert gerügten Mängel.
8.2 Unter diesen Umständen bedurfte es bezüglich der bereits gerügten Mängel keiner weiteren Mängelrügen. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach es sich bei der Eingabe des Beschwerdegegners vom 10. Juli 2006 nicht um eine rechtzeitige Rüge gehandelt habe, gehen daher an der Sache vorbei. Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, bei den im Jahr 2006 geltend gemachten habe es sich um offene Mängel gehandelt, übt sie unzulässige Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz (vgl. E. 2.2 hiervor).
9. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die relative Anzeigefrist ab Kenntnis des Mangels mit der Mängelrüge vom 24. Januar 1995 eingehalten wurde (vgl. E. 7.5 hiervor) und daher entgegen der Annahme der Beschwerdeführerin insoweit keine Verwirkung eingetreten ist. Im Hinblick darauf, dass der Vertrag erst am 4. Oktober 1990 abgeschlossen wurde, konnte zudem die der fünfjährigen Verjährungsfrist seit Abnahme des Werkes gemäss <ref-law> entsprechende absolute Rügefrist (<ref-ruling> E. 4.3 S. 367, mit Hinweisen) im Januar 2005 offensichtlich nicht abgelaufen sein. Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, Ansprüche aus den im Jahr 2006 gerügten Mängeln seien verwirkt, lässt sie wiederum ausser Acht, dass diese "Mängel" bloss versteckt Ursachen der bereits im Jahr 1995 rechtsgenüglich gerügter Mängel betrafen, weshalb insoweit keine neue Rügefrist zu laufen begann.
10. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, das Kantonsgericht habe die Beweislast falsch verteilt und damit <ref-law> verletzt, weil es eine Haftung bejahte, obwohl der Beschwerdegegner den Beweis des adäquaten Kausalzusammenhangs bzw. der Schadenshöhe nicht erbracht habe, zumal das Gutachten vom 10. April 2003 völlig ungenügend im Sinne von <ref-law>/SG sei.
Mit diesen Ausführungen kritisiert die Beschwerdeführerin in der Sache die Beweiswürdigung der Vorinstanz bzw. die unzutreffende Anwendung kantonalen Prozessrechts. Auf diese Kritik ist nicht einzutreten (E. 2.2 hiervor).
11. Nach dem Gesagten ist auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht einzutreten. Die Beschwerde in Zivilsachen ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer