Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 10. Januar 2006 sprach die IV-Stelle Bern dem 1952 geborenen B._ eine halbe Rente mit Wirkung ab 1. April 2003 und eine Dreiviertelsrente ab 1. Januar 2004 zu, je nebst Zusatz- und Kinderrente. Am 12. Juni 2007 liess der anwaltlich vertretene B._ unter Bezugnahme auf ein Schreiben seines Hausarztes Dr. med. A._, Allgemeine Medizin FMH, vom 22. Mai 2007, eine Verschlechterung seines Gesundheitszustandes geltend machen und um revisionsweise Zusprechung einer ganzen Rente ersuchen. Die IV-Stelle zog die Akten der Swica bei, führte erwerbliche Abklärungen durch und holte Berichte ein des Dr. med. A._, vom 11. September 2007, sowie der Klinik und Poliklinik für Allgemeine Innere Medizin, Psychosomatik, Spital X._, vom 26. Februar 2008. Zudem veranlasste sie eine interdisziplinäre Begutachtung im medizinischen Zentrum Y._ (im Folgenden: Medas), vom 18. Februar 2009, und liess einen Abklärungsbericht Selbstständigerwerbende vom 5. Mai 2009 erstellen. Am 13. Juli 2009 verfügte die IV-Stelle die Kürzung der bisherigen Dreiviertelsrente auf eine halbe Rente, weil sich der Invaliditätsgrad von bislang 65 % auf 57 % verringert habe. Mit Verfügung vom 2. September 2009 sprach die IV-Stelle B._ eine halbe Rente ab 1. September 2009 und seinem Sohn F._ eine halbe Kinderrente zu.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des B._ und des F._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 15. Dezember 2009 ab.
C. B._ und F._ lassen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie der Verfügungen vom 13. Juli und 2. September 2009 die rückwirkende Zusprechung einer höheren als der halben Rente bzw. Kinderrente "seit wann rechtens" beantragen. Eventualiter sei die Sache "unter Feststellung, dass keine Revision zu Ungunsten der Beschwerdeführer erfolgt" an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie weitere Abklärungen, namentlich zum Ausmass der Erhöhung des IV-Grades, in die Wege leite.
Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz die von der Beschwerdegegnerin verfügte Kürzung der seit 1. Januar 2004 ausgerichteten Dreiviertelsrente auf eine halbe Rente mit Wirkung ab 1. September 2009 zu Recht geschützt hat.
2.1 Als Rechtsgrundlage der umstrittenen Rentenherabsetzung kommt einzig ein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> in Betracht (ein Zurückkommen auf die zeitlicher Referenzpunkt bildende [<ref-ruling>] erste Verfügung vom 10. Januar 2006 unter dem Titel der Wiedererwägung [<ref-law>; vgl. SVR 2008 IV Nr. 5 S. 12 E. 4] oder der prozessualen Revision [<ref-law>] scheidet aus).
2.1 Als Rechtsgrundlage der umstrittenen Rentenherabsetzung kommt einzig ein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> in Betracht (ein Zurückkommen auf die zeitlicher Referenzpunkt bildende [<ref-ruling>] erste Verfügung vom 10. Januar 2006 unter dem Titel der Wiedererwägung [<ref-law>; vgl. SVR 2008 IV Nr. 5 S. 12 E. 4] oder der prozessualen Revision [<ref-law>] scheidet aus).
2.2 2.2.1 Eine revisionsrechtliche Rentenherabsetzung im Sinne von <ref-law> setzt nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz eine anspruchserhebliche Änderung der tatsächlichen Verhältnisse voraus, welche entweder in einer objektiven Verbesserung des Gesundheitszustandes mit entsprechend gesteigerter Arbeitsfähigkeit oder in geänderten erwerblichen Auswirkungen einer im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitsbeeinträchtigung liegen kann. Demgegenüber stellt eine bloss andere, abweichende Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhaltes keine revisionsrechtlich relevante Änderung dar (<ref-ruling> E. 2b S. 372 unten; SVR 2004 IV Nr. 5 S. 13 E. 2, I 574/02; Urteil 9C_603/2008 vom 4. Februar 2009 E. 2.2 mit weiteren Hinweisen).
2.2.2 Identisch gebliebene Diagnosen schliessen eine revisionsrechtlich erhebliche Steigerung des tatsächlichen Leistungsvermögens (Arbeitsfähigkeit) grundsätzlich nicht aus. Dies gilt namentlich dann, wenn der Schweregrad eines Leidens sich verringert hat oder es der versicherten Person gelungen ist, sich besser an das Leiden anzupassen. Ob eine derartige tatsächliche Änderung vorliegt oder aber eine revisionsrechtlich unbeachtliche abweichende ärztliche Einschätzung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitszustands, bedarf auch mit Blick auf die mitunter einschneidenden Folgen für die versicherte Person einer sorgfältigen Prüfung (vgl. Ulrich Meyer, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, 1997, S. 259). Dabei gilt der Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit; die blosse Möglichkeit einer Verbesserung tatsächlicher Art genügt nicht.
2.2.3 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Analoges gilt auch für die Frage, ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem revisionsrechtlich relevanten Sinne (<ref-law>; Art. 87 Abs. 3 und 4 IVV) verändert hat (Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4). Ebenso stellt die konkrete Beweiswürdigung eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 2.2); es ist also vom Bundesgericht frei zu überprüfen, ob das kantonale Gericht eine inhaltsbezogene, umfassende, sorgfältige und objektive Beweiswürdigung vorgenommen hat (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 400; Urteil 9C_566/2008 vom 6. Oktober 2008 E. 4.1) und bei der Sachverhaltsermittlung vom Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit ausgegangen ist (Urteil 9C_752/2008 vom 9. April 2009 E. 2.3.1 und 2.3.2). Gleiches gilt mit Bezug auf die Beachtung der bundesrechtlichen Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten (Urteil 9C_833/2007 vom 4. Juli 2008 E. 2.2; zu den Anforderungen vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.).
3. Einigkeit besteht darüber, dass sich die gesundheitliche Situation in somatischer Hinsicht (leicht) verschlechtert hat. Uneinig sind sich die Parteien, ob seit dem Jahre 2005 eine revisionsbegründende Verbesserung der Arbeitsfähigkeit aus psychischen Gründen eingetreten ist.
3.1 Die Vorinstanz erwog, das Medas-Gutachten vom 18. Februar 2009 sei uneingeschränkt beweistauglich. Obwohl die Gutachter aus rheumatologischer Sicht eine leichte Verschlechterung des Gesundheitszustandes annähmen, werde im Gutachten unter Hinweis darauf, dass es dem Beschwerdeführer aus medizinischer Sicht durchaus zumutbar sei, die notwendige Willensanstrengung zur Überwindung der hypochondrischen Züge und des Schmerzes aufzubringen, um einer angepassten Tätigkeit nachzugehen, nachvollziehbar dargelegt, weshalb sich die Arbeitsfähigkeit insgesamt verbessert habe. Die von den Medas-Ärzten erhobenen Befunde würden auch durch weitere medizinische Akten gestützt (Bericht der Klinik und Poliklinik für Anästhesiologie des Spitals X._ vom 29. August 2007; ärztlicher Zwischenbericht der Klinik und Poliklinik für Allgemeine Innere Medizin des Spitals X._, Psychosomatik, vom 8. Januar 2008; Bericht Klinik Z._ vom 10. September 2008). Damit sei erstellt, dass die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers trotz des geringfügig verschlechterten Gesundheitszustandes leicht gestiegen sei.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt insbesondere, das kantonale Gericht habe Bundesrecht - namentlich den Grundsatz der freien Beweiswürdigung - verletzt und sei in Willkür verfallen, indem es zwar zu Recht festgestellt habe, sein Gesundheitszustand sei schlechter geworden, indes gleichwohl allein gestützt auf die widersprüchliche Medas-Beurteilung und ohne Berücksichtigung der übrigen medizinischen Akten (insbesondere der Beurteilungen des Dr. med. A._ sowie der Psychosomatiker am Spital X._) eine erheblich höhere Restarbeitsfähigkeit unterstelle. Die im Gutachten vom 18. Februar 2009 vertretene Ansicht sei lediglich eine andere, klar bestrittene Einschätzung bzw. eine unbegründet gebliebene Behauptung, welche nicht zu einer Rentenrevision berechtige; jedenfalls hätte die gesundheitliche Verschlechterung eine Revision zu seinen Gunsten bewirken müssen.
4. 4.1 Der ersten Verfügung vom 10. Januar 2006 lag insbesondere ein Gutachten des Dr. med. H._, Spezialarzt für orthopädische Chirurgie FMH, vom 12. Februar 2005, zugrunde. Dieser war zum Schluss gekommen, optimal angepasste Tätigkeiten unter Wechselbelastungen wären über vier Stunden pro Tag zumutbar; es bestehe eine verminderte Leistungsfähigkeit insofern, als diese vierstündige Tätigkeit durch eine Pause von mindestens einer Stunde unterbrochen werden sollte. Nicht mehr zumutbar seien monotone Arbeiten in Bodennähe, gebückter Stellung oder unter Rotation des Rumpfes. Repetitiver und kraftvoller Einsatz des Zeigefingers links sei ebenfalls über längere Zeit nicht zumutbar. In psychischer Hinsicht führte Dr. med. G._, FMH für Rheumatologie und Innere Medizin, zuhanden der Swica am 20. August 2003 aus, "ni l'anamnèse ni l'éxamen clinique ne mettent en lumière de comorbidité psychologique". Die Beschwerdegegnerin ging in der Folge von einer zumutbaren Arbeitsbelastung von 4 Stunden täglich aus, entsprechend 48 % eines Vollzeitpensums, und ermittelte einen Invaliditätsgrad von 65 %.
4.2 Die Revisions-Verfügung vom 13. Juli 2009 basiert auf dem Medas-Gutachten vom 18. Februar 2009. Darin führten die Gutachter aus, eine angepasste Tätigkeit sei während zweimal drei Stunden täglich zumutbar. Die Einschränkung der zeitlichen Präsenz begründeten sie wie folgt: "... nous admettons une exacerbation des douleurs diffuses engendrées et maintenues dans le cadre d'un tonus musculaire augmenté dû à un état psychique tendu". Die Leistungsfähigkeit sei um 10 % vermindert aufgrund der notwendigen Positionswechsel. Die Prognose verdüstere sich wegen einer trotz verschiedener medizinischer Behandlungsansätze eingetretenen Chronifizierung über mehr als sechs Jahre. Die Kombination von tatsächlichen, wenn auch moderaten Beschwerden und hypochondrischen Zügen habe beim Versicherten eine Invaliditätsüberzeugung geschaffen, welche einer positiven Entwicklung, insbesondere einem Wiedereinstieg ins Berufsleben, im Weg stehe. Schliesslich werde die Prognose auch durch sozioprofessionelle Faktoren (Tätigkeit im Familienbetrieb) getrübt. Unter dem Titel "andere Bemerkungen" hielten die Gutachter abschliessend fest, die medizinische Situation habe sich leicht verschlechtert ("discrètement aggravée") infolge fortgeschrittener degenerativer Wirbelsäulenbeschwerden, Weichteilproblematik und einer verschlechterten Prognose. Gleichwohl scheine ihnen die verbleibende Restarbeitsfähigkeit höher als im Jahre 2005: "la capacité résiduelle nous paraît supérieure à celle estimée en 2005, puisque nous pensons que l'assuré possède les ressources intactes du point de vue médical pour surmonter et dépasser l'autolimitation dans le contexte de traits hypocondriaques et de l'appréhension de l'aggravation des douleurs". In der psychiatrischen Teilbegutachtung kam Frau Dr. med. V._, FMH für Psychiatrie, am 8. Oktober 2008 zu folgender Einschätzung: Der Versicherte befinde sich in einer normalen und ausgeglichenen Verfassung; eine dreimonatige depressive Episode im Alter von 36 Jahren sei ein einmaliges Ereignis geblieben. Verschiedentlich aufgetretenen Ängsten, an einer Krebserkrankung zu leiden, könne der Versicherte begegnen, indem er an seine Familie und seinen Alltag denke; die Angst würde dadurch "facilement repoussée ou complètement effacée". Er leide weder an andauernden somatoformen Schmerzen noch an Persönlichkeitsstörungen, die intensiven, anhaltenden Schmerzen bewirkten aber ein Gefühl der Verzweiflung (détresse). Emotionale Konflikte oder schwere psychosoziale Probleme, welche als Ursache für die Beschwerden gelten könnten, fehlten, und weiter: "l'assuré vit une vie plutôt harmonieuse dans sa vie familiale et professionelle, a une satisfaction par la possibilité de se rendre au travail indépendamment de ses capacités en lien avec les douleurs présentes". Psychiatrische Diagnosen mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit konnte Frau Dr. med. V._ nicht erheben, ohne Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit sei eine hypochondrische Störung (ICD-10 F45.2); schliesslich könne der Versicherte aus psychischer Sicht "faire un effort de volonté pour s'astreindre à une activité".
5. 5.1 Es fällt auf, dass die Medas-Gutachter zwar von einer verdüsterten Prognose sprechen ("le pronostic s'est assombri"), und diese mit der Chronifizierung sowie den hypochondrischen Zügen des Beschwerdeführers und ungünstigen sozioprofessionellen Faktoren nachvollziehbar begründen. Gleichwohl schien ihnen die Arbeitsfähigkeit höher als 2005, weil der Versicherte aus medizinischer Sicht über intakte Ressourcen verfüge, um die Selbstlimitation im Kontext der hypochondrischen Züge und der Schmerzaggravation zu überwinden. Weshalb dem so sei, ist dem Hauptgutachten nicht zu entnehmen. Auch im psychiatrischen Teilgutachten fehlt eine nachvollziehbare Begründung, weshalb sich der Versicherte nunmehr besser an sein Leiden habe anpassen können. Die Psychiaterin schätzte die psychische Verfassung des Beschwerdeführers zwar generell positiver ein als die Ärzte am Spital X._ und führte - im Widerspruch zu den übrigen medizinischen Akten, welche von psychischen Problemen, Verdacht auf larvierte Depression und depressive Episoden seit 1999 sprechen - an, der Beschwerdeführer habe lediglich einmalig, mit 36 Jahren einer depressiven Episode gelitten. Hingegen stellte sie nicht fest, der Gesundheitszustand habe sich, etwa im Nachgang zum stationären Aufenthalt in der Klinik und Poliklinik für Allgemeine Innere Medizin, Psychosomatik, Spital X._, vom 28. Oktober bis 23. November 2007, insoweit verändert, dass es dem Beschwerdeführer nunmehr möglich wäre, besser mit seinen Schmerzen umzugehen. Im Gegenteil hatte der Versicherte ihr gegenüber geschildert, die als Nachbehandlung zum Spitalaufenthalt in der Psychosomatik installierte Behandlung bei Herrn T._, Psychologe/Psychotherapeut PSP, habe nur eine sehr leichte Verringerung ("une très légère diminution") der Schmerzempfindungen bewirkt. Auch fällt auf, dass die Medas-Gutachter sehr vorsichtige Formulierungen verwendeten ("la capacité résiduelle nous paraît supérieure"; "nous pensons que..."), was auf eine gewisse Unsicherheit hinsichtlich einer seit 2005 eingetretenen relevanten Verbesserung schliessen lässt.
5.2 Die Vorinstanz gab zwar die medizinischen Akten ausführlich wieder. Sie setzte sich aber weder mit den offenkundigen Diskrepanzen zwischen den Beurteilungen der Ärzte am Spital X._ (Berichte vom 8. Januar und 26. Februar 2008) und dem Medas-Gutachten auseinander noch begründete sie, weshalb das Medas-Gutachten ungeachtet der darin enthaltenen Widersprüche (verbesserte Anpassung an das Leiden trotz Invaliditätsüberzeugung bei hypochondrischen Zügen und schlechter Prognose) sowie der fehlenden nachvollziehbaren Begründung, weshalb sich die Arbeitsfähigkeit des Versicherten überwiegend wahrscheinlich verbessert habe, voll beweistauglich sei. Sie erwog lediglich, das Medas-Gutachten erfülle die rechtsprechungsgemässen Anforderungen an ein beweistaugliches Gutachten und es fehlten konkrete Indizien, die gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprächen. Soweit im angefochtenen Entscheid darauf hingewiesen wird, die übrigen bildgebenden Untersuchungen bestätigten allesamt die Ausführungen im Medas-Gutachten, ist dieses Argument nicht stichhaltig. Es ist unbestritten, dass in somatischer Hinsicht - diesbezüglich stimmen die Befunde der Medas-Ärzte in der Tat mit den übrigen medizinischen Akten weitgehend überein - eine leichte Verschlechterung eintrat. Bezüglich der strittigen Verbesserung in der Anpassung an das Leiden aus psychischer Sicht wird die von den Medas-Gutachtern attestierte Verbesserung der Arbeitsfähigkeit aber gerade nicht bestätigt durch die Einschätzungen der Ärzte am Spital X._. So führte med. pract. H._, Oberarzt an der Klinik und Poliklinik für Allgemeine Innere Medizin, Psychosomatik, Spital X._, am 8. Januar 2008 aus, zwischenzeitlich sei eine Ausweitung der Schmerzen eingetreten, unter anderem als Korrelat eines zunehmenden Erregungsniveaus und einer möglichen zentralisierten Sensibilisierung mit ungünstigen Coping-Mechanismen bei psychosozialer Belastungssituation, externalem Kontroll-Fokus, negativer Selbstwirksamkeit, Konzept der Hilflosigkeit sowie ängstlich-hypochondrischen Persönlichkeitszügen. Am 26. Februar 2008 gab med. pract. H._ an, der Versicherte berichte von einer Schmerzverstärkung durch psychosoziale Belastungen. Medikamente und physikalische Massnahmen wirkten nur bedingt lindernd. Der Beschwerdeführer fühle sich zunehmend beunruhigt sowie psychisch schlecht mit Durchschlafstörungen und innerer Anspannung. Die Arbeit im familiären Betrieb sei, obwohl er "nur" 30 % arbeite, eine starke Belastung, die bei überhöhten Leistungsansprüchen an sich selbst zu einer Verstärkung der Beschwerden führe.
5.3 Angesichts der divergierenden Angaben der Ärzte am Spital X._ und den Medas-Gutachtern und in Würdigung der widersprüchlichen bzw. unbegründet gebliebenen Einschätzungen im Gutachten vom 18. Februar 2009 hätte das kantonale Gericht den Prozess nicht abschliessen dürfen, ohne vorgängig zusätzliche medizinische Untersuchungen zu veranlassen. Indem sie dies unterlassen hat, stellte sie den rechtserheblichen Sachverhalt unvollständig fest und verletzte damit Bundesrecht (<ref-law>). Das Bundesgericht ist deshalb an die Ausführungen tatsächlicher Natur im angefochtenen Entscheid nicht gebunden. Da weitere psychiatrische Abklärungen unabdingbar sind, ist die Sache zur Vornahme der entsprechenden Aktenergänzungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Diese wird abklären, ob im massgeblichen Zeitraum eine erhebliche Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten - in Form einer verbesserten Anpassung an das Leiden - mit Auswirkungen auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit überwiegend wahrscheinlich ist, welche eine Herabsetzung der seit 1. April 2004 laufenden Dreiviertelsrente auf eine halbe Rente gemäss <ref-law> rechtfertigt. Liegt eine erhebliche Änderung des Sachverhalts vor, ist der Rentenanspruch in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht allseitig, d.h. unter Berücksichtigung des gesamten für die Leistungsberechtigung ausschlaggebenden Tatsachenspektrums, zu prüfen (<ref-ruling> E. 4b S. 200; SVR 2004 IV Nr. 17 S. 53, I 526/02 E. 2.3; Urteil 9C_744/2008 vom 19. November 2008 E. 3.1.1; vgl. auch <ref-ruling> E. 2d S. 417 f.; AHI 2002 S. 164, I 652/00 E. 2a). Die Rentenrevision kann dabei sowohl zu Gunsten als auch zu Ungunsten der versicherten Person ausfallen.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 15. Dezember 2009 und die Verfügungen der IV-Stelle Bern vom 13. Juli und 2. September 2009 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle zurückgewiesen wird, damit sie nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der IV-Stelle Bern auferlegt.
3. Die IV-Stelle Bern hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Mai 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Borella Bollinger Hammerle