Sachverhalt:
A. Anlässlich der Arbeitgeberkontrolle vom 6. Juni 2002 bei der B._ AG gelangte das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) zum Schluss, dass die Arbeitslosenkasse Ob- und Nidwalden in der Zeit von Februar 1999 bis Januar 2000 Kurzarbeits- und Schlechtwetterentschädigungen im Umfang von Fr. 18'259.35 zu viel ausbezahlt habe (Bericht vom 3. Juli 2002). Die im Bauhauptgewerbe tätige Firma äusserte sich am 30. Juli 2002 zum Sachverhalt. Das seco hielt im definitiven Bericht zur Arbeitgeberkontrolle (vom 23. August 2002) an seinen Beanstandungen fest und wies die Arbeitslosenkasse an, den Betrag von Fr. 18'259.35 als unrechtmässig bezogen zurückzufordern. Am 27. August 2002 erliess die Kasse eine entsprechende Verfügung.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden hiess die dagegen eingereichte Beschwerde, soweit es darauf eintrat, teilweise gut und hob die Verfügung der Arbeitslosenkasse vom 27. August 2002 auf (Entscheid vom 15. September 2003, Dispositiv-Ziffer 1). Weiter wies es die Sache zwecks erneuter Überprüfung und zum Erlass einer neuen Rückforderungsverfügung an die Kasse zurück (Dispositiv-Ziffer 2).
C. Das seco führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, in teilweiser Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die Verfügung der Kasse vom 27. August 2002 "in Bezug auf die Gleitzeitregelung zu bestätigen".
Die B._ AG reicht keine Vernehmlassung ein. Die Arbeitslosenkasse schliesst auf Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Ausgangspunkt des Rechtsstreites bildet die Verfügung vom 27. August 2002, worin die Verwaltung auf Weisung des seco hin nach vorangegangener Arbeitgeberkontrolle den Betrag von Fr. 18'259.35 als zu viel bezahlte Kurzarbeits- und Schlechtwetterentschädigungen von der Beschwerdegegnerin zurückforderte. Letztinstanzlich strittig ist indes einzig, ob hinsichtlich der für den Monat Januar 2000 ausbezahlten Kurzarbeits- und Schlechtwetterentschädigungen gestützt auf den Landesmantelvertrag für das Schweizerische Bauhauptgewerbe 1998-2000 vom 13. Februar 1998 (nachfolgend: LMV) eine nach Massgabe von Art. 46 Abs. 2 und <ref-law> (je in der ab 1. Januar 2000 in Kraft stehenden Fassung; AS 2000 177 f.) zu beachtende betriebliche Gleitzeitregelung bei der Beschwerdegegnerin gegeben ist. Das Beschwerde führende seco verneint dies; die Vorinstanz und mit ihr die Beschwerdegegnerin, soweit sie sich im Verlaufe des Verfahrens äusserte, vertreten die gegenteilige Auffassung. Weder nach den Akten noch auf Grund der Parteivorbringen bestehen demgegenüber Anhaltspunkte dafür, dass der auf Rückweisung lautende kantonale Entscheid bundesrechtswidrig (Art. 104 lit. a OG) ist oder auf einer unrichtigen Tatsachenfeststellung (Art. 105 Abs. 1 OG) beruht, insoweit darin hinsichtlich einzelner Sachverhalte dem Grundsatze nach ein Rückforderungstatbestand bejaht (Erw. 5 − 8 des kantonalen Entscheides) und bezüglich der den Monat Februar 1999 betreffenden Rückforderungen die fehlende schlüssige Ermittlung der effektiv verkürzten Arbeitszeit nach Massgabe von Art. 46 Abs. 2 und <ref-law> (je in der bis 31. Dezember 1999 in Geltung gestandenen Fassung) beanstandet wird (Erw. 9 des vorinstanzlichen Entscheides).
2. 2.1 Art. 46 Abs. 2 und <ref-law> (je in der ab 1. Januar 2000 gültigen Fassung; AS 2000 177 f.) lauten - identisch - wie folgt:
"Als verkürzt gilt die Arbeitszeit nur, wenn sie zusammen mit geleisteten Mehrstunden die normale Arbeitszeit nicht erreicht. Als Mehrstunden gelten alle ausbezahlten oder nicht ausbezahlten Stunden, welche die vertraglich vereinbarte Arbeitszeit übersteigen. Nicht als Mehrstunden gelten Zeitsaldi bis zu 20 Arbeitsstunden aus betrieblichen Gleitzeitregelungen (frz. Fassung: '.. dans le cadre du régime d'horaire mobile de l'entreprise...'; it. Wortlaut: '... risultante dall'orario di lavoro flessibile dell'azienda...') sowie betrieblich festgelegte Vor- oder Nachholstunden zum Überbrücken von Feiertagen."
2.2 Die für den hier zu beurteilenden Fall einschlägige Bestimmung des LMV lautet folgendermassen:
"Art. 26 Gleitstunden
1. Begriff: Eine Über- oder Unterschreitung der Stundenzahl gemäss dem massgeblichen Arbeitszeitkalender ist unter Einhaltung der gesetzlichen Grenzen und unter Berücksichtigung von Art. 55 und 56 LMV zulässig; diese Mehr- oder Minderstunden werden 'Gleitstunden' genannt.
2. Umfang: Die Gesamtheit der Mehrstunden darf im Monat nicht mehr als 15 betragen, d.h. es dürfen auf den folgenden Monat höchstens 15 in diesem Monat erarbeitete Mehrstunden auf den nächsten Monat vorgetragen werden. Die Gesamtzahl der vorgetragenen Gleitstunden darf am Ende eines Monats oder am Ende eines Jahres die Grenze von 60 Stunden im Jahr 1998 (bzw. 75 Stunden ab 1999) nicht überschreiten.
3. Kompensation: Entstandene Gleitstunden sind auf der monatlichen Lohnabrechnung auszuweisen und müssen spätestens ab Januar des folgenden Jahres bis Ende März des betreffenden Jahres in Zeit zu gleicher Dauer ausgeglichen werden. Noch nicht abgebaute Gleitstunden sind im Monat April mit einem Zeitzuschlag von 12,5 % zu kompensieren.
4. Andere Lösungen: Der Betrieb kann mit den Arbeitnehmenden eine weitergehende Lösung oder ein anderes Arbeitszeitmodell schriftlich vereinbaren. Diese Lösung ist der zuständigen paritätischen Berufskommission vor Inkrafttreten mitzuteilen. Verletzt diese Lösung gesamtarbeitsvertragliche oder gesetzliche Bestimmungen, kann die zuständige paritätische Berufskommission begründet Einsprache erheben und die Lösung zurückweisen."
3. 3.1 Im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde hat das Eidgenössische Versicherungsgericht das Recht von Amtes wegen anzuwenden (Art. 114 Abs. 1 in fine in Verbindung mit Art. 132 OG). Im Rahmen dieser Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft es u.a., ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a in Verbindung mit Art. 132 OG). Es kann eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde aus andern als den vom Beschwerdeführer vorgetragenen Gründen gutheissen, hat sich also nicht auf die Prüfung der von jenem erhobenen Rügen zu beschränken (<ref-ruling> Erw. 1b, 122 V 36 Erw. 2b, 119 V 442 Erw. 1a, 349 Erw. 1a [in fine] und 28 Erw. 1b, 110 V 20 Erw. 1; Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, S. 40 Rz 114 und 116).
3.2 Nach der Rechtsprechung kann das Eidgenössische Versicherungsgericht Verordnungen des Bundesrates grundsätzlich, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, auf ihre Rechtmässigkeit hin überprüfen. Bei (unselbstständigen) Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation stützen, prüft es, ob sie sich in den Grenzen der dem Bundesrat im Gesetz eingeräumten Befugnisse halten. Wird dem Bundesrat durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Spielraum des Ermessens für die Regelung auf Verordnungsebene eingeräumt, muss sich das Gericht auf die Prüfung beschränken, ob die umstrittenen Verordnungsvorschriften offensichtlich aus dem Rahmen der dem Bundesrat im Gesetz delegierten Kompetenzen herausfallen oder aus andern Gründen verfassungs- oder gesetzwidrig sind. Es kann jedoch sein eigenes Ermessen nicht an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen und es hat auch nicht die Zweckmässigkeit zu untersuchen. Die vom Bundesrat verordnete Regelung verstösst allerdings dann gegen <ref-law>, wenn sie sich nicht auf ernsthafte Gründe stützen lässt, wenn sie sinn- oder zwecklos ist oder wenn sie rechtliche Unterscheidungen trifft, für die sich ein vernünftiger Grund nicht finden lässt. Gleiches gilt, wenn die Verordnung es unterlässt, Unterscheidungen zu treffen, die richtigerweise hätten berücksichtigt werden sollen (<ref-ruling> Erw. 2.3, 129 V 271 Erw. 4.1.1, 329 Erw. 4.1, je mit Hinweisen).
4. 4.1 Um bei flexiblen Arbeitszeitmodellen bestimmen zu können, ob ein Arbeitsausfall vorliegt, und sicherzustellen, dass die Kurzarbeit auch bei Betrieben mit flexiblen Arbeitszeitsystemen ihren Zweck erfüllt (Botschaft zu einer Teilrevision des Arbeitslosenversicherungsgesetzes vom 23. August 1989, BBl 1989 III 392), wurde dem Bundesrat in <ref-law> (in der Fassung vom 5. Oktober 1990, in Kraft seit 1. Januar 1992, AS 1991 2125-2131) die Kompetenz eingeräumt, abweichende Bestimmungen über die Kurzarbeitsentschädigung zu erlassen für Heimarbeitnehmer (lit. a) und für Arbeitnehmer, deren Arbeitszeit innerhalb vertraglich festgelegter Grenzen veränderlich ist (lit. b). Laut BBl 1989 III 392 war es angesichts der wohl noch nicht abgeschlossenen Entwicklung auf dem Gebiet der Arbeitszeitflexibilisierung nicht möglich, eine detaillierte Regelung auf Gesetzesstufe vorzuschlagen. Stattdessen empfehle sich die Schaffung einer Kompetenznorm. Bei der Verordnungsregelung werde insbesondere darauf geachtet werden müssen, dass keine Risiken, die bei herkömmlichen Arbeitszeitsystemen der Arbeitgeber zu tragen hat, auf die Versicherung abgewälzt werden können.
In <ref-law> (eingefügt durch Ziff. I der Verordnung vom 28. August 1991, in Kraft seit 1. Januar 1992, AS 1991 2132) bestimmte der Verordnungsgeber unter der Marginalie "Betriebe mit flexibler Arbeitszeit", dass für Arbeitnehmer mit flexiblem Arbeitszeitsystem die vertraglich vereinbarte jahresdurchschnittliche Arbeitszeit als normale Arbeitszeit gilt (Abs. 1). Als verkürzt gilt die Arbeitszeit erst, wenn ein allfälliger positiver Saldo aus dem flexiblen Arbeitszeitsystem ausgeglichen ist (Abs. 2).
Für die seit 1. Januar 2000 gültige Fassung von <ref-law> - Art. 46a wurde auf den Jahresbeginn 2000 aufgehoben - wird auf Erw. 2.1 hievor verwiesen.
4.2 Gemäss <ref-law> (in der seit 1. Januar 2000 gültigen Fassung) wird die Anspruchsvoraussetzung der verkürzten Arbeitszeit gegenüber <ref-law> (in Kraft gestanden vom 1. Januar 1992 bis 31. Dezember 1999) mittels des Rechtsbegriffes der Mehrstunden neu umschrieben und weiter gefasst. Die Bestimmung, wonach Zeitsaldi bis 20 Arbeitsstunden aus betrieblichen Gleitzeitregelungen nicht als Mehrstunden gelten, zielt darauf, der zunehmenden Flexibilisierung der Arbeitsverhältnisse verstärkt Rechnung zu tragen. Dies steht in Einklang damit, dass die Kompetenzdelegation gemäss <ref-law> (in der Fassung vom 5. Oktober 1990, in Kraft seit 1. Januar 1992) laut BBl 1989 III 392 erfolgte, um die voranschreitende Entwicklung auf dem Gebiet der Arbeitszeitflexibilisierung auf Verordnungsstufe legislatorisch fassen zu können. Indem <ref-law> (in der seit 1. Januar 2000 in Kraft stehenden Fassung) Zeitsaldi gemäss betrieblichen Gleitzeitregelungen bis zu einer bestimmten Stundenzahl nicht als Mehrstunden qualifiziert, diese mithin nicht von den Arbeitsausfällen in Abzug zu bringen sind, besteht eine gewisse Gefahr, dass während einer Kurzarbeitsphase in bestimmten Konstellationen unverhältnismässig viele Mehrstunden im Rahmen einer betrieblichen Gleitzeitregelung geleistet werden, damit sich die Ausfallstunden nicht reduzieren. Um diesem Umstand zu begegnen, wurde die Limitierung des Saldos auf 20 Arbeitsstunden vorgesehen (vgl. hiezu die Weisung des seco AM/ALV-Praxis 2002/2 "Mehrstunden und Gleitzeit" Blatt 5/1-5/3). Über die Zweckmässigkeit dieser Regelung, namentlich die Frage, ob eine - weiter gehende - Limitierung des Saldos auf weniger als 20 Arbeitsstunden opportun wäre, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nicht zu befinden, da es sich hierbei um eine der richterlichen Prüfung entzogene Frage handelt (vgl. Erw. 3.2 hievor). Aus der Normenlage und den Materialien ist deshalb dreierlei zu folgern: Erstens, dass <ref-law> (in der seit 1. Januar 2000 in Kraft stehenden Fassung) auf einer gesetzlichen Delegationsnorm beruht, zweitens, dass die Verordnungsbestimmung innerhalb der dem Bundesrat delegierten Kompetenzen liegt und - drittens - dass die fragliche Regelung auch aus anderen Gründen weder verfassungs- noch gesetzwidrig ist.
4.3 Wortlaut wie Systematik sprechen dagegen, in <ref-law> (in der Fassung vom 5. Oktober 1990, in Kraft seit 1. Januar 1992, AS 1991 2125-2131) eine Delegationsnorm für <ref-law> (eingefügt durch Ziff. I der Verordnung vom 24. November 1999, in Kraft seit 1. Januar 2000) zu erblicken. Zu berücksichtigen ist indes, dass zwischen Kurzarbeits- und Schlechtwetterentschädigung eine enge Verwandtschaft mit weit gehender Harmonisierung der Gesetzesbestimmungen besteht. Der Hauptunterschied zwischen den beiden Entschädigungsarten liegt im Grund des anrechenbaren Arbeitsausfalls. Die Kurzarbeitsentschädigung knüpft an einen wirtschaftlichen, die Schlechtwetterentschädigung an einen meteorologischen Grund an (Thomas Nussbaumer, Arbeitslosenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, Rz 448 f.). In sachlicher Hinsicht ist, hier wie dort, ein anrechenbarer Arbeitsausfall erforderlich. Für die Beurteilung, ob und gegebenenfalls inwieweit ein, vorbehältlich der weiteren Voraussetzungen, anspruchsbegründender Arbeitsausfall vorliegt, ist für beide Leistungsarten massgeblich, ob von einer normalen oder einer verkürzten Arbeitszeit auszugehen ist. Dabei stellen sich hinsichtlich der Behandlung von betrieblichen Gleitzeitregelungen identische Fragen. Bei dieser Konstellation rechtfertigt es sich, von einer Übertragung von Rechtsetzungskompetenzen des Gesetzgebers auf den Verordnungsgeber zu schliessen, insoweit der Bundesrat in <ref-law> den Tatbestand der verkürzten Arbeitszeit für den Anspruch auf Schlechtwetterentschädigung identisch mit <ref-law> (in der seit 1. Januar 2000 gültigen Fassung) umschrieb. Die Verordnungsbestimmung hält sich an den Rahmen der nach dem Gesagten delegierten Kompetenzen. Andere Gründe, weshalb sie verfassungs- oder gesetzwidrig sein soll, sind nicht ersichtlich. Was die Zweckmässigkeit der Normierung betrifft, gilt das in Erw. 4.2 in fine Erwogene analog.
5. Zu prüfen bleibt, ob <ref-law> - mit der Vorinstanz und entgegen dem Beschwerde führenden seco - eine betriebliche Gleitzeitordnung im Sinne von Art. 46 Abs. 2 und <ref-law> (je in der ab 1. Januar 2000 gültigen Fassung) beinhaltet.
5. Zu prüfen bleibt, ob <ref-law> - mit der Vorinstanz und entgegen dem Beschwerde führenden seco - eine betriebliche Gleitzeitordnung im Sinne von Art. 46 Abs. 2 und <ref-law> (je in der ab 1. Januar 2000 gültigen Fassung) beinhaltet.
5.1 5.1.1 Der LMV gliedert sich in die vier Teile "Allgemeine Bestimmungen" (Art. 1 - 17), "Arbeitsvertragliche Bestimmungen" (Art. 18 - 74), "Vollzugs- und Schlussbestimmungen" (Art. 75 - 82) sowie "Anhänge". <ref-law> fällt unter die im Zweiten Teil enthaltenen arbeitsvertraglichen Bestimmungen, die Abschluss, Inhalt und Beendigung des Arbeitsverhältnisses zum Gegenstand haben. Als normative Bestimmung gemäss <ref-law> beanspruchen die "Arbeitsvertraglichen Bestimmungen" während der Vertragsdauer unmittelbar für die beteiligten Arbeitgeber und Arbeitnehmer Geltung, und zwar unabhängig vom Willen des Einzelarbeitsvertrages. Individuelle Abreden, die gegen unabdingbare Bestimmungen des Gesamtarbeitsvertrages verstossen, sind nichtig und werden durch die gesamtarbeitsvertraglichen Bestimmungen ersetzt (vgl. <ref-law>). Der Geltungsbereich dieser Regelung kann, wie im hier zu beurteilenden Fall durch Bundesratsbeschluss vom 10. November 1998 (in Kraft getreten am 1. Januar 1999, gültig bis 31. Dezember 2000, BBl 1998 V 5643 ff.), durch Allgemeinverbindlicherklärung auf Arbeitnehmer und Arbeitgeber ausgedehnt werden, die selber am Gesamtarbeitsvertrag nicht beteiligt sind (Bundesgesetz vom 28. September 1956 über die Allgemeinverbindlicherklärung von Gesamtarbeitsverträgen, AVEG; SR 221.215.311). Auch in diesem Fall erhält der Einzelarbeitsvertrag seinen Mindestinhalt aus dem Gesamtarbeitsvertrag (vgl. <ref-law>; zum Ganzen: <ref-ruling> f. Erw. 2; Manfred Rehbinder/Wolfgang Portmann, Basler Kommentar, 3. Aufl. N 9 ff. zu <ref-law> und N 36 ff. zu <ref-law>).
5.1.2 Die Auslegung der normativen Bestimmungen erfolgt nach den für Gesetze geltenden Grundsätzen (<ref-ruling> Erw. 2a mit Hinweisen; Manfred Rehbinder/Wolfgang Portmann, a.a.O., N 10 zu <ref-law>). Dabei ist in erster Linie vom Wortlaut auszugehen. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente, namentlich des Zwecks, des Sinnes und der dem Text zu Grunde liegenden Wertung. Wichtig ist ebenfalls der Sinn, der einer Norm im Kontext zukommt. Vom klaren, d.h. eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, u.a. dann nämlich, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Vorschriften ergeben (<ref-ruling> Erw. 3.1, 356 Erw. 3.3, 129 V 103 Erw. 3.2, 263 Erw. 5.1, 284 Erw. 4.2, je mit Hinweisen).
5.1.3 Laut nicht publizierter Erw. 2 des Urteils <ref-ruling> ff. mit Hinweisen gilt als Überstundenarbeit Arbeit, die über die im Einzelarbeits-, Normal- oder Gesamtarbeitsvertrag vereinbarte, im Betrieb geltende oder in der Branche übliche Stundenzahl hinaus geleistet wird. Sie kann einseitig durch den Arbeitgeber angeordnet werden und ist zu bestehen, soweit sie sich als notwendig erweist, der Arbeitnehmer sie zu leisten vermag und ihm dieser Zusatzaufwand nach Treu und Glauben zugemutet werden kann. Wird Mehrarbeit im gegenseitigen Einverständnis erbracht, wird dadurch die Normalarbeitszeit ausgedehnt. Überzeit liegt demgegenüber vor, wenn die arbeitsgesetzlich normierte Maximalarbeitszeit überschritten wird.
Das besondere Wesen der gleitenden Arbeitszeit liegt darin begründet, dass die Zeitsouveränität im Gegensatz zur Überstundenarbeit beim Arbeitnehmer liegt. Dieser kann - innerhalb eines regelmässig näher bestimmten Rahmens - Arbeitsbeginn, Arbeitsende sowie die Pausen selber und frei bestimmen. In der Regel werden feste Blockzeiten vereinbart, deren Summe die gesamte Wochenarbeitszeit (oder Monats- resp. Jahresarbeitszeit) wesentlich unterschreitet und die durch so genannte Gleitzeiten umlagert werden, während welcher der Arbeitnehmer seine Arbeitszeit frei einteilen kann. Eine Gleitzeitabrede setzt das Bestehen von Blockzeiten indes nicht voraus. Der Arbeitgeber kann darauf verzichten, dem Arbeitnehmer bestimmte Zeiten vorzuschreiben, zu denen er im Betrieb sein muss. Weil die Zeitsouveränität bei der Gleitzeitarbeit beim Arbeitnehmer liegt, hat dieser auch dafür zu sorgen, dass er mit seiner tatsächlich geleisteten Arbeit innerhalb der vereinbarten Arbeitszeit bleibt. Wird Mehrarbeit geleistet und ist sie weder arbeitgeberseitig angeordnet noch betrieblich notwendig, sondern beruht sie auf der individuellen Arbeitseinteilung des Arbeitnehmers, so hat dieser die über den Soll-Zeitrahmen hinaus geleistete Arbeitszeit zu kompensieren. Eine Vereinbarung des Inhalts, dass nur eine bestimmte Anzahl Stunden von einer Zeitperiode auf die andere übertragen werden kann, ist dabei durchaus zulässig. Für den Fall, dass der Arbeitnehmer in einer Zeitperiode über das zulässige Mass hinaus Mehrarbeit geleistet hat, verfällt diese Arbeitsleistung ohne jegliche Vergütungspflicht des Arbeitgebers und ohne Kompensationsrecht des Arbeitnehmers. Weist der Arbeitgeber den Arbeitnehmer gegen Ende der entsprechenden Zeitperiode allerdings an, über die Blockzeiten hinaus zu arbeiten, liegen entschädigungspflichtige oder zur Kompensation berechtigende Überstunden vor. Hat der Arbeitnehmer umgekehrt im Verhältnis zum vereinbarten Mass zu wenig Arbeit geleistet, so kann der Arbeitgeber insoweit die Lohnzahlung verweigern. Die Verantwortung für die Einhaltung der vereinbarten Bandbreite liegt beim Arbeitnehmer. Dieser hat bei der Wahl der Arbeitszeiten und damit bei der Ausübung seiner Zeitsouveränität die Betriebsinteressen (mit) zu berücksichtigen.
Das besondere Wesen der gleitenden Arbeitszeit liegt darin begründet, dass die Zeitsouveränität im Gegensatz zur Überstundenarbeit beim Arbeitnehmer liegt. Dieser kann - innerhalb eines regelmässig näher bestimmten Rahmens - Arbeitsbeginn, Arbeitsende sowie die Pausen selber und frei bestimmen. In der Regel werden feste Blockzeiten vereinbart, deren Summe die gesamte Wochenarbeitszeit (oder Monats- resp. Jahresarbeitszeit) wesentlich unterschreitet und die durch so genannte Gleitzeiten umlagert werden, während welcher der Arbeitnehmer seine Arbeitszeit frei einteilen kann. Eine Gleitzeitabrede setzt das Bestehen von Blockzeiten indes nicht voraus. Der Arbeitgeber kann darauf verzichten, dem Arbeitnehmer bestimmte Zeiten vorzuschreiben, zu denen er im Betrieb sein muss. Weil die Zeitsouveränität bei der Gleitzeitarbeit beim Arbeitnehmer liegt, hat dieser auch dafür zu sorgen, dass er mit seiner tatsächlich geleisteten Arbeit innerhalb der vereinbarten Arbeitszeit bleibt. Wird Mehrarbeit geleistet und ist sie weder arbeitgeberseitig angeordnet noch betrieblich notwendig, sondern beruht sie auf der individuellen Arbeitseinteilung des Arbeitnehmers, so hat dieser die über den Soll-Zeitrahmen hinaus geleistete Arbeitszeit zu kompensieren. Eine Vereinbarung des Inhalts, dass nur eine bestimmte Anzahl Stunden von einer Zeitperiode auf die andere übertragen werden kann, ist dabei durchaus zulässig. Für den Fall, dass der Arbeitnehmer in einer Zeitperiode über das zulässige Mass hinaus Mehrarbeit geleistet hat, verfällt diese Arbeitsleistung ohne jegliche Vergütungspflicht des Arbeitgebers und ohne Kompensationsrecht des Arbeitnehmers. Weist der Arbeitgeber den Arbeitnehmer gegen Ende der entsprechenden Zeitperiode allerdings an, über die Blockzeiten hinaus zu arbeiten, liegen entschädigungspflichtige oder zur Kompensation berechtigende Überstunden vor. Hat der Arbeitnehmer umgekehrt im Verhältnis zum vereinbarten Mass zu wenig Arbeit geleistet, so kann der Arbeitgeber insoweit die Lohnzahlung verweigern. Die Verantwortung für die Einhaltung der vereinbarten Bandbreite liegt beim Arbeitnehmer. Dieser hat bei der Wahl der Arbeitszeiten und damit bei der Ausübung seiner Zeitsouveränität die Betriebsinteressen (mit) zu berücksichtigen.
5.2 5.2.1 Dem Wortlaut nach, <ref-law> spricht im Titel wie im Vertragstext von Gleitstunden, ist auf eine gesamtarbeitsvertragliche Gleitzeitabrede im in Erw. 5.1.3 dargelegten Sinne zu schliessen. Weil <ref-law> sich nicht explizit dazu äussert, wer im Rahmen der vertraglich verabredeten Gleitstunden über die so genannte Zeitsouveränität verfügt (vgl. Erw. 5.1.3 hievor), weder die Umschreibungen des Begriffs der Gleitstunden (Ziff. 1) noch die Regelung der Kompensation (Ziff. 3) sind insoweit für sich allein betrachtet eindeutig, ist der Vertragstext indes nicht ganz klar.
5.2.2 Laut <ref-law> (Titel "Überstundenarbeit") wird vom Arbeitgeber angeordnete Überstundenarbeit mit dem Grundlohn und einem Zuschlag von 25 % bezahlt. Arbeitgeber und Arbeitnehmende können schriftlich vereinbaren, dass der Ausgleich bis Ende März des folgenden Jahres in Zeit mit einem Zeitzuschlag von 12.5 % oder in Geld zum Grundlohn mit einem Lohnzuschlag von 25 % erfolgt. Bezüglich der Gleitstunden-Regelung gälte ausschliesslich <ref-law>, welcher der Regelung in diesem Artikel (gemeint ist Art. 53 Ziff. 2) vorgehe.
Aus der vertraglichen Gestaltung, hier die vom Arbeitgeber angeordneten Überstunden, dort die ausdrücklich vorbehaltene Regelung betreffend Gleitstunden, ist zu schliessen, dass die Arbeitnehmenden im Rahmen von <ref-law> über Zeitautonomie verfügen. Das systematische Auslegungselement spricht eindeutig für ein insoweit flexibles Arbeitszeitmodell.
5.2.3 Eine Vereinbarung, wonach nur eine bestimmte Anzahl Stunden von einer Zeitperiode auf die andere übertragen werden kann, ist zulässig (Erw. 5.1.3 hievor).
Analoges hat zu gelten, wenn, wie im hier zu beurteilenden Fall in <ref-law>, vorgesehen ist, dass entstandene Gleitstunden ab Januar des folgenden Jahres bis Ende März des betreffenden Jahres in Zeit zu gleicher Dauer ausgeglichen werden müssen. Soweit sich das Beschwerde führende seco auf den gegenteiligen Standpunkt stellt, kann ihm nicht gefolgt werden.
5.2.4 Dem Beschwerde führenden seco ist darin beizupflichten, dass die Regelung, wonach noch nicht abgebaute Gleitstunden im Monat April mit einem Zeitzuschlag von 12.5 % abzubauen sind (Art. 26 Ziff. 3), nicht typisch für ein flexibles Arbeitszeitsystem ist. Ihr Sinn kann indes darin erblickt werden, dass der Arbeitgeber seinerseits Hand dazu bieten muss und darauf zu achten hat, dass die Mehrstunden bis zum in <ref-law> vorgesehenen Zeitpunkt (Ende März) kompensiert werden.
5.3 Zusammenfassend ist, mit der Vorinstanz, darauf zu erkennen, dass <ref-law> eine betriebliche Gleitzeitordnung im Sinne von Art. 46 Abs. 2 und <ref-law> beinhaltet.
Sofern sich das Beschwerde führende seco dafür ausspricht, eine durch (allgemeinverbindlichen) Gesamtarbeitsvertrag vorgesehene Gleitzeitregelung stelle keine betriebliche Gleitzeitordnung im arbeitslosenversicherungsrechtlichen Sinne dar, kann ihm mit Blick auf Wesen und Rechtswirkungen des Gesamtarbeitsvertrages (vgl. Erw. 5.1.1 hievor) nicht gefolgt werden. Auch im Lichte des Gebotes der Rechtsgleichheit (<ref-law>) ist es einerlei, ob eine Gleitzeitordnung auf Grund eines Einzelarbeitsvertrages oder aber nach Massgabe eines (allgemeinverbindlichen) Gesamtarbeitsvertrages Vertragsinhalt ist. Anders zu urteilen würde bedeuten, dass im Rahmen gesamtarbeitsvertraglicher Abreden normative Bestimmungen betreffend Gleitzeiten wohl zulässig wären, diese aber arbeitslosenversicherungsrechtlich nicht als solche anerkannt würden.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
5. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
6. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden und der Arbeitslosenkasse Ob- und Nidwalden zugestellt.
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts