Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1949) schloss 1980 die Ausbildung zum eidgenössisch diplomierten Bücherexperten (heute: eidg. dipl. Wirtschaftsprüfer) ab. Seit 1991 war er Delegierter des Verwaltungsrates bzw. ab 1999 Verwaltungsratspräsident mit Einzelzeichnungsberechtigung der Y._ AG, an der er mit 98 % die Aktienmehrheit hält. Direktor der Y._ AG mit Kollektivunterschrift zu zweien war zwischen 1991 und 1997 A._. Die Y._ AG war in den Jahren 1989 bis 1994 bankengesetzliche und in den Jahren 1989 bis 1995 aktienrechtliche Revisionsstelle der inzwischen aufgelösten Kreditanstalt Z._ in Liquidation.
Im Oktober 2007 stellte X._ (auf Grund des am 1. September 2007 in Kraft getretenen Revisionsaufsichtsgesetzes) bei der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde ein Gesuch um Zulassung seines Einzelunternehmens X._ Revisions- und Treuhandbüro als Revisionsexperte sowie im November 2007 ein solches um persönliche Zulassung als Revisionsexperte.
Am 23. November 2007 hiess die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde das persönliche Gesuch gut und der Beschwerdeführer wurde als Revisionsexperte ins Revisorenregister eingetragen. Nach einer summarischen Prüfung wurde sein Einzelunternehmen mit Verfügung vom 14. Dezember 2007 unter Vorbehalt der Einreichung weiterer Unterlagen provisorisch ebenfalls als Revisionsexperte zugelassen. Im Rahmen der weiteren Abklärungen erhielt die Eidgenössische Revisionsaufsichtsstelle Kenntnis von einem freisprechenden Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 14. Juli 2006 i.S. X._ gegen Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich und Kreditanstalt Z._, das ein Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 7. Juli 2005 aufhob, in welchem X._ wegen mehrfachen Betruges und mehrfacher Urkundenfälschung für schuldig befunden worden war. Zur Kenntnis gelangte ihr weiter ein Urteil des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 15. November 2007 i.S. Kreditanstalt Z._ gegen Y._ AG (und andere), worin die Y._ AG verpflichtet wurde, unter solidarischer Haftbarkeit mit dem ehemaligen Bankdirektor und dem Verwaltungsratspräsidenten der Bank, der Kreditanstalt Z._ den Betrag von Fr. 6'969'900.- (zuzüglich Zinsen) zu bezahlen; die dagegen gerichteten Rechtsmittel wurden zunächst vom Kassationsgericht des Kantons St. Gallen und anschliessend vom Bundesgericht (Urteil 4A_65/2008 vom 3. August 2009) abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde.
Mit Verfügung vom 17. Mai 2010 entzog die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde die X._ erteilte Zulassung als Revisionsexperte auf unbefristete Zeit. Das Gesuch um Zulassung des Einzelunternehmens als Revisionsexperte wies sie ebenfalls ab und hob dessen provisorische Zulassung als Revisionsexperte auf. Die entsprechenden Eintragungen im Revisorenregister wurden gelöscht. Eine von X._ und seinem Einzelunternehmen dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 17. September 2010 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und sein Einzelunternehmen, das erwähnte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde anzuweisen, ihn als Revisionsexperten im Register eingetragen zu belassen und seiner Einzelunternehmung die definitive Zulassung als Revisionsexpertin zu erteilen.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde.

Erwägungen:
1. Der gestützt auf das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Zulassung und Beaufsichtigung der Revisorinnen und Revisoren (Revisionsaufsichtsgesetz, RAG; SR 221.302) ergangene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. t BGG ist nicht gegeben. Die im vorliegenden Fall einzig streitige Voraussetzung des guten Leumunds des Beschwerdeführers ist gleichzusetzen mit dessen Vertrauenswürdigkeit (Urteil 2C_58/2008 vom 14. April 2008 E. 2.1; Urteil 2C_655/2009 vom 23. März 2010 E. 1 und 4.2 ff.), womit es weder um die Bewertung seiner geistigen noch seiner körperlichen Fähigkeiten geht (Urteil 2C_848/2009 vom 11. Mai 2010 E. 1 und 2). Der Beschwerdeführer ist zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>).
2. 2.1 Natürliche Personen und Unternehmen, die Revisionsdienstleistungen (als Revisionsexperte oder Revisor) erbringen, bedürfen einer Zulassung durch die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde (Art. 3 Abs. 1 und Art. 28 RAG).
2.2 Eine natürliche Person wird (unbefristet) als Revisionsexpertin zugelassen, wenn sie die Anforderungen an die Ausbildung und Fachpraxis erfüllt und über einen unbescholtenen Leumund verfügt (<ref-law>).
Ein Unternehmen wird (für die Dauer von fünf Jahren) als Revisionsexperte zugelassen, wenn die Voraussetzungen von Art. 6 Abs. 1 lit. a-d RAG erfüllt sind. Das Einzelunternehmen des Beschwerdeführers kann demnach nur als Revisionsexperte zugelassen werden, wenn er als dessen Inhaber selber über die entsprechende Zulassung verfügt.
Sind die Zulassungsvoraussetzungen nicht mehr erfüllt, kann die Aufsichtsbehörde die Zulassung befristet oder unbefristet entziehen (<ref-law>).
2.3 Der Beschwerdeführer erfüllt unbestrittenermassen die Anforderungen an Ausbildung und Fachpraxis; streitig ist einzig, ob er einen unbescholtenen Leumund hat.
3. 3.1 Der Begriff des unbescholtenen Leumunds wird in <ref-law> nicht näher umschrieben. Die Verordnung vom 22. August 2007 über die Zulassung und Beaufsichtigung von Revisorinnen und Revisoren (Revisionsaufsichtsverordnung, RAV, SR 221.302.3) legt dazu fest, dass der Gesuchsteller zugelassen wird, wenn er über einen unbescholtenen Leumund verfügt und es sich aus keinen anderen persönlichen Umständen ergibt, dass er keine Gewähr für eine einwandfreie Prüftätigkeit bietet; zu berücksichtigen sind insbesondere im Zentralstrafregister noch nicht entfernte strafrechtliche Verurteilungen und bestehende Verlustscheine (Art. 4 RAV).
3.2 Die Vorinstanz geht unter Bezugnahme auf die eigene und die bundesgerichtliche Rechtsprechung sowie vergleichbare Regelungen in anderen Erlassen (Art. 3 Abs. 2 lit. c des Bundesgesetzes vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen [Bankengesetz, BankG; SR 952.0], Art. 10 Abs. 2 lit. d des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel [Börsengesetz, BEHG; SR 954.1], Art. 14 Abs. 2 lit. c des Bundesgesetzes vom 10. Oktober 1997 über die Bekämpfung der Geldwäscherei und der Terrorismusfinanzierung im Finanzsektor [Geldwäschereigesetz, GwG; SR 955.0], Art. 14 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 2004 betreffend die Aufsicht über Versicherungsunternehmen [Versicherungsaufsichtsgesetz, VAG; SR 961.01]) davon aus, dass bei der Gewährs- und Leumundsprüfung verschiedene Elemente wie Integrität, Gewissenhaftigkeit und einwandfreie Sorgfalt als berufsspezifische Leumundsmerkmale oder allgemeine Eigenschaften wie Ansehen, Achtung und Vertrauenswürdigkeit zu berücksichtigen seien. Unter Umständen könnten auch Aktivitäten, die über die Tätigkeit als Revisor und Revisionsexperte hinausgingen, die Beurteilung einer einwandfreien Prüftätigkeit beeinflussen. Eine einwandfreie Prüftätigkeit erfordere fachliche Kompetenz und ein korrektes Verhalten im Geschäftsverkehr. Unter Letzterem sei in erster Linie die Einhaltung der Rechtsordnung, namentlich des Revisionsrechts, aber auch des Zivil- und Strafrechts, sowie die Beachtung des Grundsatzes von Treu und Glauben zu verstehen. Mit dem Gebot der einwandfreien Prüftätigkeit nicht zu vereinbaren seien deshalb Verstösse gegen einschlägige Rechtsnormen bzw. gegen die Treue- und Sorgfaltspflichten.
Dieser Auslegung ist beizupflichten. Der Beschwerdeführer legt insoweit auch nicht substanziiert dar, inwiefern sie Bundesrecht verletzen sollte.
3.3 Der Beschwerdeführer ist weder im Zentralstrafregister verzeichnet, noch bestehen gegen ihn Verlustscheine.
Der Widerruf bzw. Entzug der Zulassung wird von der Vorinstanz zur Hauptsache damit begründet, dass die vom Beschwerdeführer beherrschte Y._ AG vom Handelsgericht St. Gallen am 15. November 2007 rechtskräftig zur Bezahlung eines Schadenersatzes in der Höhe von Fr. 6'969'900.- an die Kreditanstalt Z._ verurteilt worden ist. Danach hätten die Y._ AG bzw. deren Vertreter X._ und A._ in den Geschäftsjahren 1989 bis 1995 pflichtwidrig gehandelt, indem sie Verletzungen der bankengesetzlichen Vorschriften zur Risikoverteilung, die ihnen hätten bekannt sein müssen, nicht konsequent festgestellt und gegenüber dem Verwaltungsrat und dem Direktor entsprechend abgemahnt hätten. Im Weiteren sei der Y._ AG die Unterlassung von rechtzeitig vorgebrachten Beanstandungen insbesondere in Bezug auf die Ausgestaltung des Rechnungswesens, der Führung der Kreditdossiers, der regelmässigen Überprüfung der Kredite und des Risikomanagements vorzuwerfen. Zusammengefasst seien der Y._ AG bzw. dem leitenden Revisor A._ und dem mitunterzeichnenden Hauptaktionär X._ Sorgfaltspflichtverletzungen vorzuwerfen, indem sie bestehende Risiken, insbesondere Klumpenrisiken, nicht beanstandet und entsprechende Wertberichtigungen nicht beantragt hätten. Der Beschwerdeführer sei neben A._ mitverantwortlich für die Tätigkeit der Y._ AG als Revisionsstelle und für die Richtigkeit der Revisionsberichte. Er habe nicht nur den Prüfungsbericht mitunterschrieben, sondern als Hauptaktionär der Y._ AG und Vorgesetzter von A._ auf die für die Kreditanstalt Z._ erstellten Revisionsberichte direkt Einfluss nehmen können. Die Y._ AG bzw. der Beschwerdeführer hätten sich somit Pflichtverletzungen im Kernbereich der Tätigkeit der Revisionsstelle zu Schulden kommen lassen. Die Handlungen bzw. Unterlassungen, die zur Schadenersatzpflicht führten, seien dem Beschwerdeführer als Mitunterzeichnendem der Revisionsberichte und Vorgesetztem des leitenden Revisors persönlich zuzurechnen und daher auch im Kontext der Gewährsprüfung massgebend.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (<ref-law>) bzw. eine Verletzung des Anspruches auf rechtliches Gehör (<ref-law>) und willkürliche Beweiswürdigung (<ref-law>). Diese erblickt er darin, dass die Vorinstanz auf das erwähnte Urteil des Handelsgerichts St. Gallen und nicht auf das Strafurteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 14. Juli 2006 abgestellt habe, das ihn bezüglich des in Frage stehenden Sachverhaltes vom Vorwurf des Betruges und der Urkundenfälschung freigesprochen habe.
4.2 Die Vorinstanz ist zu Recht davon ausgegangen, dass für die Beurteilung des Leumunds sowohl strafrechtliche als auch zivilrechtliche Verfahren berücksichtigt werden können, denn von einem Revisionsexperten darf korrektes Verhalten im gesamten Bereich seines Tätigkeitsgebietes verlangt werden. Sie hat bei der Beurteilung der Gewähr für eine einwandfreie Prüftätigkeit jedoch nicht auf das Strafurteil abgestellt, weil der Beschwerdeführer freigesprochen wurde.
Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, lässt keine Bundesrechtsverletzung erkennen. Es ist zunächst darauf hinzuweisen, dass die im Zusammenhang mit der Kreditanstalt Z._ gegen den Beschwerdeführer im Kanton Zürich auch wegen Widerhandlung gegen das Bankengesetz eröffnete Strafuntersuchung infolge eingetretener absoluter Verjährung eingestellt worden ist; aufrechterhalten wurde die Anklage wegen Betruges zum Nachteil der Kreditanstalt Z._ und Urkundenfälschung (Revisionsberichte, Unabhängigkeit). Der Beschwerdeführer wurde denn auch zunächst vom Bezirksgericht Zürich am 7. Juli 2005 wegen mehrfachen Betruges und mehrfacher Urkundenfälschung zu neun Monaten Gefängnis verurteilt, unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges. Wie dem Strafurteil des Zürcher Obergerichts zu entnehmen ist, erfolgten die Freisprüche des Beschwerdeführers von diesen Anschuldigungen in erster Linie, weil die Anklage - mit Blick auf die hohen Anforderungen, die im Strafprozess an den Beweis von Täterschaft und Schuld gestellt werden - in wesentlichen Teilen als ungenügend erachtet wurde und verschiedene Beweiserhebungen fehlten (Ziff. 12.4.6). Es kommt hinzu, dass das Urteil des Obergerichts vom 14. Juli 2006 dem Handelsgericht St. Gallen bekannt war, als es sein (247 Seiten umfassendes) Urteil am 15. November 2007 fällte; der Beschwerdeführer hatte das rechtskräftige Urteil des Obergerichts selber eingereicht. Die Erwägung des Handelsgerichts, es sei durch das Strafurteil weder in Bezug auf die rechtlichen noch die tatsächlichen Feststellungen gebunden, wurde vom Bundesgericht als nicht Bundesrecht verletzend erachtet (Urteil 4A.65/2008 vom 3. August 2009 E. 8.2 und 10.1).
Die Vorinstanz durfte unter diesen Voraussetzungen ohne Verletzung von Bundesrecht die im Zivilverfahren vorgenommenen umfassenden Würdigungen, wonach die Y._ AG als verantwortlich bezeichnet und dem Beschwerdeführer eine Mitverantwortung attestiert wurde, sowie die entsprechenden Urteile als für die Beurteilung der Gewähr ebenfalls massgebend erachten (vgl. Urteil 2P.174/1995 vom 22. Februar 1996 E. 5a).
Der Beschwerdeführer zeigt denn auch nicht in einer den Begründungsanforderungen genügenden Weise (vgl. <ref-law>) und insbesondere nicht in Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid auf, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig oder unvollständig sein sollen. Insbesondere legt der Beschwerdeführer nicht dar, welche beantragten zusätzlichen Beweise in unzulässiger antizipierter Beweiswürdigung nicht angenommen worden sein sollen bzw. ein Abstellen auf die rechtskräftige Sachverhaltsfeststellung verbieten würde. Auch eine Gehörsverletzung ist demnach nicht zu erkennen.
Soweit der Beschwerdeführer beanstandet, die der Y._ AG vorgeworfenen Pflichtverletzungen könnten nicht X._ zur Last gelegt werden, ist der Einwand unbegründet. Wie auch das Bundesgericht im erwähnten Entscheid festgestellt hat, ist die Erwägung des Handelsgerichts zur Stellung von X._ sowie dessen Einwirkungsmöglichkeit auf die in Frage stehenden Revisionsberichte nicht zu beanstanden (E. 3.3.4). Im Übrigen erschien infolge des Abstellens auf den zivilrechtlichen Sachverhalt keine strikte Zuordnung der Pflichtverletzungen zu einer natürlichen Person erforderlich, wenn diese wie im vorliegenden Fall die Unternehmung zu 98 % beherrscht und zudem als Verwaltungsratspräsident einzelzeichnungsberechtigt ist, während der Direktor lediglich über eine Kollektivunterschrift zu zweien verfügte.
4.3 In Bezug auf die Unabhängigkeit hat bereits das Handelsgericht St. Gallen festgestellt, der Beschwerdeführer und die Y._ AG hätten für B._ und die B._-Gruppe verschiedene Mandate betreut. So sei die Y._ AG für verschiedene Gesellschaften der B._-Gruppe als Treuhänderin oder Revisionsstelle tätig gewesen. Der Beschwerdeführer sei Verwaltungsrat und Verwaltungsratspräsident in Gesellschaften der B._-Gruppe und Aktionär einer zur Gruppe gehörenden Gesellschaft. Der Beschwerdeführer habe sodann an Verwaltungsratssitzungen der Kreditanstalt Z._ teilgenommen, in welchen über Kredite entschieden wurde, und sei bei einzelnen Krediten direkt als Vermittler und Berater tätig gewesen. So habe er als Vermittler bei der Gewährung eines Kredits an die C._ AG fungiert und sei dabei für die Unterbeteiligung einer Bank besorgt gewesen; in diesem Zusammenhang habe er die faktische Geschäftsführung übernommen. Da der Beschwerdeführer somit nicht unabhängig gewesen sei, habe auch der ihm unterstellte leitende Revisor A._ das Unabhängigkeitserfordernis nicht erfüllt, denn der Beschwerdeführer habe auf die von diesem erstellten Revisionsberichte direkt einwirken können.
Soweit sich der Beschwerdeführer auch gegen diese Feststellungen wendet, ist darauf nicht einzutreten, nachdem diese letztinstanzlich vom Bundesgericht im erwähnten Urteil nicht beanstandet worden sind.
5. 5.1 Die Vorinstanz hat erkannt, der Beschwerdeführer habe im Rahmen seiner Tätigkeit gegen die Unabhängigkeitsvorschriften von <ref-law> (in der Fassung vom 4. Oktober 1991 [AS 1992 774]; in Kraft vom 1. Juli 1992 bis 31. Dezember 2007) verstossen. Danach mussten die Revisoren vom Verwaltungsrat und von einem Aktionär, der über die Stimmenmehrheit verfügt, unabhängig sein; insbesondere durften sie weder Arbeitnehmer der zu prüfenden Gesellschaft sein noch Arbeiten für diese ausführen, die mit dem Prüfungsauftrag unvereinbar sind. Damit sollte bereits der Anschein der Befangenheit vermieden werden (vgl. BBl 1983 II 845). Der Revisor durfte danach in seinen persönlichen, wirtschaftlichen und finanziellen Verhältnissen nicht in solchem Ausmass von der Verwaltung oder vom Hauptaktionär abhängig sein, dass er in seiner Entscheidungsfreiheit wesentlich eingeschränkt war (BBl 1983 II 929). Erfasst werden sollten neben offensichtlicher Weisungsgebundenheit auch weniger leicht erkennbare Abhängigkeiten (<ref-ruling> E. 1a).
5.2 Der Vorinstanz ist darin beizupflichten, dass der Beschwerdeführer, indem er gleichzeitig mannigfaltige Beziehungen zur B._-Gruppe pflegte und sich aktiv in ein Kreditgeschäft der Kreditanstalt Z._ im Zusammenhang mit der C._ AG einschaltete, die geforderte Unabhängigkeit eines Revisors nicht aufwies. Gestützt auf die im Urteil des Handelsgerichts St. Gallen festgestellten Verflechtungen zwischen dem Beschwerdeführer und der B._-Gruppe, zu welcher die Kreditanstalt Z._ offenbar in einem Abhängigkeitsverhältnis stand, durfte die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung schliessen, damit sei das Unabhängigkeitsgebot verletzt worden.
5.3 Der Einwand des Beschwerdeführers, die Unabhängigkeit sei erst seit dem 1. Juli 1992 strenger geregelt gewesen, geht fehl. Denn die Y._ AG war zuvor auch bankengesetzliche Revisionsstelle. Für solche galten bereits vor 1992 entsprechende Regeln betreffend die Unabhängigkeit (vgl. <ref-ruling> E. 5, mit Hinweisen; vgl. Art. 20 Abs. 2 und 3 aBankG [AS 1935 125]).
6. 6.1 Die von der Vorinstanz festgestellten, im Urteil des Handelsgerichts St. Gallen dargelegten Verfehlungen der Y._ AG bzw. des Beschwerdeführers betreffen Vorgänge bzw. Revisionsberichte in den Jahren 1989 bis 1994, welche in unmittelbarem Zusammenhang mit den Pflichten von Revisionsexperten stehen, und verursachten einen grossen Schaden. Die Vorinstanz hat diese grundsätzlich zu Recht als schwerwiegend erachtet und bei der Beurteilung des Leumundes des Beschwerdeführers als massgebend berücksichtigt.
6.2 Bei der Frage, ob die genannten Verfehlungen des Beschwerdeführers seinen beruflichen Leumund und guten Ruf beeinträchtigen und er keine Gewähr mehr für die vertrauenswürdigen Ausübung seiner Revisionstätigkeit sowie die getreue Einhaltung der entsprechenden Pflichten zu bieten vermag, verfügt die Aufsichtsbehörde über einen grossen Beurteilungsspielraum; sie hat indessen stets den Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu beachten, d.h. für die Verneinung eines guten Leumundes muss stets eine gewisse Schwere der Verfehlungen vorliegen und diese muss mit dem Entzug der Zulassung in einem vernünftigen Verhältnis stehen (vgl. Urteil 2C_183/ 2010 vom 21. Juli 2010 E. 2.3).
6.2.1 Der Beschwerdeführer macht in diesem Sinne denn auch geltend, die in Frage stehenden Geschehnisse um die Kreditanstalt Z._ lägen mittlerweile zwischen sechzehn und einundzwanzig Jahre zurück.
Die Vorinstanz hat dazu erwogen, die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Verfehlungen rund um die Kreditanstalt Z._ bezögen sich zwar auf einen relativ weit zurückliegenden Zeitraum. Das letzte Urteil in dieser Sache datiere jedoch vom 3. August 2009. Bei der Beurteilung der Gewähr für eine einwandfreie Prüftätigkeit könne nicht primär auf den Zeitpunkt einer Handlung oder Unterlassung abgestellt werden, sondern vielmehr auf den Zeitpunkt einer allfälligen Verurteilung. Würde man auf den Zeitpunkt der vom Gericht beurteilten Vorgänge abstellen, könnte ein Gesuchsteller oder eine bereits zugelassene Person durch Beschreiten des Rechtswegs und durch gezielte Verzögerung eines Verfahrens negative Konsequenzen mit Blick auf die Zulassung unter Umständen abschwächen oder ganz vermeiden. Dadurch würde das Kriterium der Gewähr für eine einwandfreie Prüftätigkeit als Zulassungsvoraussetzung stark, wenn nicht ganz an Bedeutung verlieren, was nicht der Absicht des Gesetzgebers entspreche. So könnten strafrechtliche Urteile dem Betroffenen auch noch entgegengehalten werden, wenn die entsprechenden Taten vor mehr als zehn Jahren begangen worden seien, nämlich dann, wenn der Strafregistereintrag jüngeren Datums sei. Das müsse analog auch für zivilrechtliche Urteile gelten. Bei der Frage, wie lange ein begangener Verstoss gegen die Rechtsordnung (Straf- oder Zivilrecht) für die Beurteilung des Leumunds berücksichtigt werden solle, sei deshalb auf den Zeitpunkt des Urteils abzustellen. Zudem seien die Verfehlungen des Beschwerdeführers von erheblicher Schwere. Des Weiteren handle es sich nicht um einen einzigen Vorfall, sondern um eine jahrelange Missachtung von Grundsätzen des Revisionsrechts. Überdies zeige sich der Beschwerdeführer nicht einsichtig, was hinsichtlich der Prognose zukünftigen Verhaltens negativ ins Gewicht falle. Insgesamt habe die Vorinstanz ihren Beurteilungsspielraum nicht überschritten, wenn sie die schweren Verfehlungen des Beschwerdeführers höher gewichtet habe als den Umstand, dass ihm in der Zwischenzeit nichts vorzuwerfen gewesen sei.
6.2.2 Der Beschwerdeführer beruft sich demgegenüber darauf, dass er seit mehr als 16 Jahren eine einwandfreie Geschäftstätigkeit ausübe. Er macht geltend, es könne von fehlender Einsicht nicht die Rede sein; er halte lediglich an der vom Obergericht des Kantons Zürich bestätigten Auffassung fest, dass er nicht für die operativen Belange der Prüfung bei der Kreditanstalt Z._ zuständig gewesen sei und ihm entsprechend auch keine persönliche Verantwortung zugeschrieben werden könne. Zudem stehe er mit 61 Jahren vor der Pensionierung und er wolle in den Jahren 2011 bis 2014 die Y._ AG seinem Nachfolger übergeben.
6.2.3 Die Revisionspflicht bezweckt den Schutz von Investoren, von Personen mit Minderheitsbeteiligungen, von Gläubigern und dient der Unternehmensüberwachung (zur Sicherung von Arbeitsplätzen und einer nachhaltigen wirtschaftlichen Entwicklung; BBl 2004 389). Der Revisionsstelle kommt dabei eine zentrale Rolle zu. Sie soll die Zuverlässigkeit der Jahres- und Konzernrechnung sicherstellen und damit alle geschützten Personengruppen in die Lage versetzen, die wirtschaftliche Lage eines Unternehmens verlässlich zu beurteilen. Dieses Ziel der gesetzlichen Regelung von Revisionsdienstleistungen kann nur erreicht werden, wenn diese durch fachlich hinreichend qualifizierte Personen erbracht werden (vgl. BBl 2004 3975 ff.), deren Qualifikation im Rahmen der Zulassung anhand der strengen Zulassungsvoraussetzungen zu prüfen ist. Die Sicherung der Qualität der Revisionsdienstleistungen ist daher von erheblichem öffentlichen Interesse (vgl. Urteil 2C_438/2008 vom 16. Oktober 2008 E. 3; BBl 3970 ff.).
Die Beurteilung des Leumundes hat wie erwähnt (E. 6.2) im Lichte des Verhältnismässigkeitsprinzips zu erfolgen, wobei insbesondere zu berücksichtigen ist, dass die Verneinung eines unbescholtenen Leumunds grundsätzlich zum Entzug der Zulassung führt (<ref-law>). Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit soll in diesem Zusammenhang gewährleisten, dass dem Betroffenen ein fehlbares Verhalten nicht ewig vorgeworfen werden kann (vgl. ALAIN BAUER/PHILIPPE BAUER, in: Loi sur les avocats, Hrsg. Michel Valticos und andere, 2010, N. 77 zu <ref-law>). Ein Entzug der Zulassung soll die ultima ratio bilden für den Fall, dass zum Schutz der in Frage stehenden öffentlichen Interessen und zur Abwendung von weiteren Störungen einzig die Möglichkeit bleibt, den Betroffenen von der weiteren Berufsausübung auszuschliessen.
6.2.4 Für den Entzug der Zulassung nach <ref-law> enthält das Gesetz keine Verjährungsfristen. Der Zulassungsentzug ist zwar keine Disziplinarmassnahme (bei welchen in der Regel eine Verjährung gesetzlich vorgesehen ist); er dient jedoch analog dem Entzug der Berufsausübungsbewilligung von Anwälten und Ärzten in erster Linie dem künftigen Schutz der in Frage stehenden öffentlichen Interessen vor nicht vertrauenswürdigen Revisoren bzw. Revisionsexperten und damit der Sicherstellung einer verlässlichen Revision; beide sollen somit zum Schutz des Publikums in Zukunft ein korrektes Verhalten des Betroffenen gewährleisten (vgl. <ref-ruling> E. 13c und 14d).
Auch wenn der Entzug der Zulassung aufgrund dieses Zwecks keiner Verjährungsfrist unterliegt, kann aber bei der Beurteilung des Leumunds das zeitliche Element eine Rolle spielen. So liegt auf der Hand, dass bereits einige Zeit zurückliegende Pflichtverletzungen den Leumund des Revisors weniger beeinträchtigen als neuere Verstösse gegen die Berufspflichten. Nach Art. 4 Abs. 2 lit. a RAV sind denn auch strafrechtliche Verurteilungen unter dem Gesichtspunkt des Leumunds nur zu berücksichtigen, solange sie noch im Zentralstrafregister verzeichnet sind.
Da die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Pflichtverletzungen zu keiner strafrechtlichen Verurteilung führten, kommt die erwähnte Regel hier nicht zur Anwendung. Die ihm zur Last gelegten Verstösse erscheinen zwar nicht leicht, trüben seinen Leumund indessen doch weniger stark, als wenn deswegen auch eine strafrechtliche Verurteilung erfolgt wäre. Die Vorinstanz übersieht bei ihrer Argumentation, dass die im Zivilurteil festgestellten Pflichtverletzungen anders als bei einer strafrechtlichen Verurteilung nicht zu einem Registereintrag führen, der die Vertrauenswürdigkeit herabsetzt, solange er nicht gelöscht ist. Ob ein fehlerhaftes Verhalten den Leumund weiterhin beeinträchtigt, beurteilt sich vielmehr unter den gegebenen Umständen aufgrund des Zeitablaufs seit den fraglichen Handlungen. Diese liegen wie erwähnt mehr als 16 Jahre zurück. Sogar für die dem Beschwerdeführer ursprünglich vorgeworfenen schwersten strafbaren Handlungen (Betrug, Urkundenfälschung) wäre damit inzwischen die Verjährungsfrist von 15 Jahren verstrichen (<ref-law>). Das Revisionsaufsichtsgesetz (Art. 39 Abs. 1 und 2) und die oben (E. 3.2) erwähnten vergleichbaren Regelungen sehen für Pflichtverletzungen von Revisoren durchwegs kürzere Verjährungsfristen vor (<ref-law>, Art. 36a BEHG, <ref-law> [SR 956.1]). Auch die disziplinarische Verfolgung von Berufspflichtverletzungen gemäss Medizinalberufegesetz und Anwaltsgesetz verjähren absolut zehn Jahre nach dem zu beanstandenden Vorfall (<ref-law>; <ref-law>).
Mit Blick auf die erwähnten Regelungen darf davon ausgegangen werden, dass auch Widerhandlungen gegen revisionsrechtliche Vorschriften, die zu keiner strafrechtlichen Verurteilung führten und weit mehr als zehn Jahre - im vorliegenden Fall mindestens 16 Jahre - zurückliegen, dem Revisor bzw. Revisionsexperten grundsätzlich nicht mehr entgegengehalten werden können. Dies gilt jedenfalls dann, wenn der Betreffende seither die entsprechende berufliche Tätigkeit ohne jede Beanstandung weiterhin ausgeübt hat, was im vorliegenden Fall nicht bestritten wird.
6.2.5 Der Leumund des Beschwerdeführers erscheint somit unter Berücksichtigung des Zeitablaufes - den die Vorinstanz zufolge ihres Abstellens auf den Zeitpunkt des zivilrechtlichen Urteils des Handelsgerichts in ungenügendem Umfang berücksichtigt hat - durch seine in Frage stehenden weit zurückliegenden Pflichtverletzungen als nicht in einem Masse beeinträchtigt, das zum Entzug der Zulassung führen könnte.
6.3 Soweit daher die Vorinstanz den Entzug der Zulassung des Beschwerdeführers als Revisionsexperte damit begründet, diesem fehle zum heutigen Zeitpunkt das dafür erforderliche Vertrauen in eine einwandfreie Prüftätigkeit, kann ihr nicht gefolgt werden. Der angefochtene Entscheid ist demnach aufzuheben. Zugleich ist die Sache zur Prüfung der weiteren Voraussetzungen für die definitive Zulassung des Einzelunternehmens als Revisionsexperte an die Revisionsaufsichtsbehörde sowie zur Neuregelung der vorinstanzlichen Kosten und Entschädigungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7. Bei diesem Ausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Andererseits ist dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. September 2010 aufgehoben.
Die Sache wird zur Prüfung der weiteren Voraussetzungen für die definitive Zulassung des Einzelunternehmens als Revisionsexperte an die Revisionsaufsichtsbehörde sowie zur Neuregelung der vorinstanzlichen Kosten und Entschädigungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Beschwerdegegnerin hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 5'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Küng