Faits:
A.
Le 26 septembre 2008, le service cantonal genevois de géologie, sols et déchets (GESDEC) a autorisé la société A._ à exploiter une installation de recyclage de déchets minéraux à des conditions détaillées, portant notamment sur les catégories et volumes de matériaux visés, et en particulier sur leur traitement séparé lors des entreposage, concassage et stockage.
Par décision du 30 septembre 2010, le GESDEC a ordonné une remise en état des lieux et infligé à la société une amende administrative de 50'000 fr. en application de l'art. 43 de la loi genevoise du 20 mai 1999 sur la gestion des déchets (LGD/GE; RS GE L 1 20), pour non-respect de l'autorisation du 26 septembre 2008. La société avait stocké des déchets hors du périmètre autorisé, en quantités excessives et sans distinction des catégories de matériaux. L'autorité constatait ainsi une violation de l'art. 10 LGD/GE et de différents points de l'autorisation.
B.
Par jugement du 7 décembre 2011, le Tribunal administratif de première instance (TAPI) a confirmé la validité de l'ordre de remise en état et annulé l'amende administrative. Saisie de deux recours contre cet arrêt, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté celui de A._ et admis celui du département cantonal concerné. Elle a ainsi annulé partiellement le jugement du TAPI et confirmé l'amende infligée à la société. Elle a en effet considéré que l'amende en question était une amende administrative et non pénale, de sorte que la partie générale du code pénal suisse (CP) ne s'appliquait que pour le comblement de lacunes, et par simple analogie. Dans cette mesure, la punissabilité des personnes morales n'était pas régie par les règles générales du CP, mais était propre au droit administratif. Les personnes morales étant en droit administratif des sujets de droit au même titre que les personnes physiques, les sanctions à forme d'amende administrative pouvaient leur être infligées.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'une part d'annuler le jugement de la Chambre administrative de la Cour de justice, ainsi que la décision rendue le 30 septembre 2010 par le GESDEC ordonnant une évacuation des déchets des parcelles et une mise en conformité des volumes entreposés, et d'autre part de confirmer le jugement du TAPI dans la mesure où il annule l'amende administrative. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Cour de justice renonce à se déterminer et se réfère aux considérants et dispositif de son arrêt. Le Département de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement de la République et canton de Genève se détermine et conclut au rejet du recours. La recourante a répliqué et présenté de nouveaux griefs. Le département cantonal s'est à nouveau exprimé.
Par ordonnance du 21 janvier 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1.
La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) et aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente. Elle est particulièrement atteinte par la décision attaquée qui confirme un ordre de remise en état et une amende de 50'000 fr. à son intention. La recourante a un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de cette décision (<ref-law>). Le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF). Le recours est dès lors recevable.
2.
Le Tribunal fédéral applique le droit fédéral d'office (<ref-law>). En revanche, il ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560).
3.
En vertu de l'<ref-law>, les mémoires de recours doivent être motivés. Selon l'<ref-law>, les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient au recourant de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 245). En particulier, la motivation doit se rapporter à l'objet du litige tel qu'il est circonscrit par la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 6.4 p. 121). Les griefs de violation des droits fondamentaux et des dispositions de droit cantonal sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (<ref-law>). La partie recourante doit alors mentionner les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (<ref-ruling> consid. 2.8 p. 494).
4.
Selon la recourante, la Chambre administrative aurait dû se déclarer incompétente pour statuer sur le présent litige, conformément aux dispositions du CPP, applicables par renvoi de l'art. 8 de la loi genevoise d'application du code pénal suisse et d'autres lois fédérales en matière pénale (LaCP; RS GE E 4 10). La recourante soulève ce grief pour la première fois devant le Tribunal fédéral et ne démontre pas s'être plainte d'une éventuelle incompétence de la Chambre administrative auparavant. Le moyen est donc nouveau, ce qui est contraire aux exigences de l'<ref-law> (cf. arrêts 2C_715/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.1; 9C_697/2008 du 16 décembre 2009 consid. 5.3). Il est irrecevable.
5.
La recourante émet plusieurs critiques à l'égard de l'état de fait retenu par la cour cantonale.
5.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Si le recourant entend se prévaloir de constatations de faits différentes de celles de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 3 p. 104 et les arrêts cités).
5.1.1. La recourante relève tout d'abord qu'aucune pièce n'a été produite au sujet d'une amende de 2008 retenue à titre d'antécédent dans le cadre de la fixation de l'amende litigieuse. Elle ne conteste toutefois pas l'existence de cette amende, ni son montant, mais relève simplement que l'amende de 10'000 fr. initialement infligée avait été réduite des trois quart sur recours. Or, cela correspond aux constatations de la cour cantonale, qui a retenu qu'une amende de 2'500 fr. avait été infligée. De même, la recourante conteste avoir admis, comme le retient la cour cantonale, un dépassement des 15'000 m3 de volume de stockage autorisés. Paradoxalement, elle affirme à l'appui de ce grief avoir offert de prouver que le volume total de matériaux était de 19'320 m3, volume effectivement supérieur à 15'000 m3. Elle ne démontre ainsi aucun arbitraire dans l'état de fait de l'arrêt attaqué, mais relève au contraire une description des faits conforme à ses propres explications.
La recourante conteste ensuite les volumes et catégories de déchets de matériaux d'excavation entreposés illicitement que les instances précédentes ont tenus pour établis. Elle conteste également des éléments de faits rapportés dans le procès-verbal d'audience du TAPI. Ce faisant, elle se contente d'opposer sa propre version des faits à celle des instances précédentes sans expliquer en quoi la sienne devrait être retenue. Son grief est donc purement appellatoire sur ces aspects et ne peut être suivi.
La recourante se plaint de ce que l'état de fait ne mentionne pas, parmi les pièces jointes à son recours cantonal, le rapport au Grand conseil de la Commission de l'environnement et de l'agriculture sur les projets de loi modifiant les lois sur la gestion des déchets et sur les gravières et exploitations assimilées. Un tel rapport, publié et accessible à tous, pouvant être assimilé à un fait notoire, il n'avait pas à figurer expressément dans l'état de fait. A utre est la question de savoir si la cour cantonale devait en tenir compte dans l'examen juridique du litige. Elle ne relève pas de l'établissement des faits.
La recourante formule enfin diverses remarques sur l'état de fait de l'arrêt attaqué qu'elle complète de l'une ou l'autre indication. Elle n'expose toutefois pas quelles conséquences elle entend tirer de ces compléments d'information, de sorte qu'ils sont irrecevables.
6.
La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue et de ses droits de procédure en matière pénale, en particulier celui de faire administrer les preuves à décharge. Elle fait valoir que la cour cantonale n'a pas donné suite à ses demandes de mesures d'instruction par l'apport de pièces et auditions de témoins. La cour cantonale n'aurait par ailleurs pas respecté le droit procédural cantonal en n'établissant pas d'office les faits relatifs à la situation d'une entreprise concurrente dont les pratiques illégales seraient tolérées par l'Etat.
6.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d'avoir accès au dossier, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 282; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 370 et les réf.). Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 376; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236; <ref-ruling> consid. 3 p. 157).
S'agissant du droit de participer à l'administration des preuves, l'art. 32 Cst. n'a pas de portée distincte de l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 6B_731/2009 du 9 novembre 2010 consid. 3.3, non publié in <ref-ruling>).
6.2. La recourante affirme tout d'abord avoir "expliqué et offert de prouver" que le volume total de matériaux était inférieur à celui retenu par la cour cantonale. Elle n'expose toutefois pas en quoi les auditions de témoins requises auraient pu avoir une incidence sur l'appréciation des juges cantonaux. Elle entend démontrer que le volume total tenu pour établi était composé, entre autres, de matériaux non pollués (limités à 25'000 m3 et non à 15'000 m3). Toutefois, cet élément de fait n'est pas décisif. Tel ne serait le cas que si les volumes de stockage pouvaient être déterminés pour chaque catégorie de matériaux. Or, les autorités cantonales ont précisément constaté le contraire: dès lors que, en violation des prescriptions légales, la recourante avait réuni sans distinction les matériaux pollués et non pollués dans le même tas, ceux-ci devaient être pris en considération comme un tout et le maximum autorisé était donc celui des matériaux pollués (à savoir 15'000 m3). La recourante ne saurait tirer profit de l'irrégularité qui lui est reprochée - la confusion des deux types de déchets - pour que soit retenu le volume maximal le plus favorable. Du fait de la situation illégale que la recourante a elle-même créée, il est particulièrement malaisé de déterminer la part de matériaux non pollués dans le tas litigieux. Le volume de stockage du tas contenant les matériaux pollués a été dépassé. Que celui-ci fût également constitué de matériaux d'excavation non pollués n'y change rien. Ainsi, les autorités cantonales pouvaient renoncer à approfondir l'instruction sur la proportion respective de chacune des catégories et considérer le tas dans son ensemble. L'audition des témoins n'était pas propre à modifier la solution retenue par la cour cantonale, de sorte que le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé à cet égard.
En ce qui concerne la situation de l'entreprise concurrente, elle n'est également en rien susceptible d'influer sur le sort de la cause. La recourante admet elle-même qu'elle ne peut se prévaloir d'égalité dans l'illégalité. Pour justifier son grief, elle part de la prémisse que l'Etat de Genève entend maintenir l'illégalité de l'activité de recyclage non autorisée de cette entreprise. Le rapport de la Commission de l'environnement et de l'agriculture chargée d'étudier la pétition concernant l'implantation de la Sablière du Cannelet expose au contraire que l'Etat cherche activement une solution aux problèmes liés à l'exploitation de cette gravière. Le grief de la recourante est ainsi infondé. Pour le surplus, l'illégalité dans laquelle se trouve cette entreprise concurrente - l'exploitation d'une gravière en zone agricole - est sans rapport avec l'infraction reprochée à la recourante, de sorte qu'une instruction en ce sens aurait été vaine.
7.
Toujours sous l'angle de la garantie de son droit d'être entendue, la recourante voit une irrégularité dans le fait qu'une partie de la motivation de l'arrêt attaqué correspond mot pour mot à celle d'un autre arrêt cité en référence. Les griefs qu'elle a présentés de manière détaillée n'auraient dès lors pas été examinés par les juges cantonaux.
7.1. Le droit d'être entendu comprend encore le devoir, pour l'autorité, de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, l'autorité doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 84; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les références). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêts 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434; 5A_878/2012 du 26 août 2013 consid. 3.1; 1C_246/2013 du 4 juin 2013 consid. 2.1). Une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 127; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 248; <ref-ruling> consid. 2b p. 102).
7.2. Le fait de reprendre les développements juridiques d'autres arrêts ne heurte pas le droit d'être entendu puisque ces développements sont nécessaires à la résolution du litige. Tel est bien le cas en l'espèce, les éléments que la recourante désigne comme du "copier-coller" faisant partie intégrante du raisonnement suivi par la cour cantonale. Pour le reste, celle-ci n'a effectivement pas expressément mentionné les arguments relatifs à l'existence d'une base légale pour le prononcé d'une amende. La recourante affirmait que la répartition des compétences en droit pénal entre la Confédération et les cantons ne permettait pas au législateur genevois d'adopter l'art. 43 LGD/GE et, subsidiairement, que cette disposition était insuffisamment précise pour être appliquée telle quelle à son cas. Dès lors que la cour cantonale déniait à l'amende tout caractère pénal pour lui reconnaître une nature administrative, la question du partage de compétences en matière pénale devenait sans objet, ce qui peut implicitement être compris des considérants de l'arrêt attaqué. Il n'y a ainsi pas de violation du droit d'être entendu de ce point de vue.
8.
Au fond, la recourante fait valoir qu'une base légale au prononcé de l'amende litigieuse fait défaut; celle-ci lui aurait donc été infligée en violation du principe de la légalité. Or, le prononcé d'une amende en vertu de l'art. 43 LGD/GE ne heurte pas le principe de la légalité. Cette disposition constitue précisément la base légale sur laquelle l'amende litigieuse est fondée. Il s'agit au contraire de savoir si, comme le soutient la recourante, une exception à l'application de cette base légale doit être retenue, question qui est examinée ci-dessous.
9.
La recourante conteste en effet la distinction que la cour cantonale a faite entre les amendes pénales et administratives. Conformément à la jurisprudence de la CEDH, les but, nature et importance de la sanction démontreraient la nature pénale de l'amende litigieuse. La LPG/GE serait dès lors applicable et, par renvoi exprès, les dispositions de la partie générale du CP, en particulier l'<ref-law>, qui exclut qu'une entreprise puisse être punie d'une contravention.
9.1. Le droit pénal genevois est régi par la loi pénale du 17 novembre 2006 (LPG/GE; RS GE E 4 05). Cette loi est constituée d'une partie générale (art. 1 et 2 LPG/GE) et d'une partie spéciale (art. 3 à 11B LPG/GE) qui définit diverses infractions. L'art. 1 LPG/GE renvoie, sauf prescription contraire, à titre de droit cantonal supplétif, aux art. 1 à 110 CP ainsi qu'à certaines dispositions de la loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs. La disposition ne précise toutefois pas si le renvoi est limité aux infractions de la LPG/GE ou si son champ d'application est plus étendu.
Le chapitre VI de la LGD/GE traite des "mesures, sanctions, recouvrement des frais et recours". Dans la deuxième section de ce chapitre, intitulée "sanctions", qui fait suite à une section 1 "mesures administratives", l'art. 43 al. 1 LGD/GE prévoit qu'est passible d'une amende administrative de 200 à 400'000 fr. tout contrevenant aux dispositions légales et d'exécution de la LGD/GE. Depuis le 7 novembre 2012, l'art. 43 al. 2 LGD/GE précise que les amendes peuvent être infligées tant à des personnes morales qu'à des personnes physiques. Avant l'entrée en vigueur de cette disposition, rien n'était expressément prévu à l'égard des personnes morales.
9.2. La nature des amendes prévues par les lois administratives n'est pas clairement définie. Dans une jurisprudence ancienne, le Tribunal fédéral faisait la distinction entre les contraventions à but de sanction et les contraventions pour violations de simples prescriptions d'ordre. Il a considéré que les secondes, quand bien même elles étaient prévues par le code pénal lui-même, ne relevaient pas du droit pénal et que les dispositions générales du CP ne leur étaient donc pas applicables (<ref-ruling> consid. 3 p. 308). Une importante casuistique existe depuis en jurisprudence; elle laisse apparaître que la qualification de la nature d'une amende se fait inévitablement de cas en cas. Certaines sanctions prévues par le droit administratif appartiennent au droit disciplinaire (c'est-à-dire applicable à une catégorie définie de personnes soumises à une surveillance spéciale de l'Etat ou qui se trouvent dans un rapport de droit particulier avec l'Etat). Le droit disciplinaire ne relève pas du droit pénal (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 319; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 349), mais du droit administratif (1C_500/2012 du 7 décembre 2012 consid. 3.3). Les principes généraux qui régissent le droit pénal ne sauraient ainsi s'appliquer sans réserve en matière disciplinaire, à moins d'une base légale expresse en ce sens (arrêts 1C_353/2008 du 12 février 2009 consid. 2.2; 1P.652/2003 du 8 février 2005 consid. 6.1; cf. également Moor/Politer, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, p. 154; Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2011, p. 410 no 1239).
9.3. En l'espèce, on peut se demander si, au vu du rapport de droit spécial créé en vue de l'activité particulière que constitue le recyclage de déchets minéraux, les sanctions applicables à la recourante ne sont pas en réalité du droit disciplinaire. Dans ce cas, il ne fait pas de doute que la solution retenue par la cour cantonale devrait être confirmée. Dès lors qu'elle touche également tout administré soumis à la loi en tant que citoyen susceptible de générer des déchets, la règle de l'art. 43 LGD/GE revêtirait alors une nature mixte (disciplinaire et non disciplinaire). Cela étant, la question de la qualification de la sanction peut demeurer indécise. En effet, à supposer qu'à cette sanction soit reconnue une nature pénale, la seule conséquence qui pourrait en être tirée serait que les garanties de procédure consacrées en la matière devraient dès lors être assurées. La recourante se réfère aux critères définis par la Cour européenne des droits de l'homme. Cette jurisprudence s'attache à déterminer quand les garanties de procédure offertes par la CEDH doivent être respectées. Quant à l'applicabilité de la partie générale du Code pénal suisse, s'agissant de règles ne ressortissant pas des droits fondamentaux, elle ne découle pas (nécessairement) de ces mêmes critères. Excepté le renvoi de l'art. 1 LPG/GE, aucun principe juridique ni aucune autre règle de droit n'imposerait de soustraire l'entreprise à l'amende pénale - pour autant que telle soit sa nature. A cet égard, les cantons sont libres de s'écarter du choix opéré par le législateur fédéral en droit pénal, dans les limites de leurs compétences et dans le respect du droit supérieur impératif. L'applicabilité de l'<ref-law> relève uniquement de l'interprétation du droit cantonal, en particulier de l'art. 1 LPG/GE. Il importe ainsi peu de déterminer si l'amende infligée à la recourante revêt une nature pénale ou administrative, puisque cela ne permet pas encore d'en inférer l'exclusion de la punissabilité d'une entreprise pour une contravention.
La cour cantonale a jugé que la LPG/GE ne s'appliquait aux amendes prévues dans le droit administratif genevois que par analogie, en cas de lacune. La loi pénale genevoise renvoie certes expressément aux art. 1 à 110 CP, mais elle ne définit cependant pas son champ d'application. Elle ne précise pas si ce renvoi est applicable, outre aux infractions de la partie spéciale de la LPG/GE, aux sanctions prévues par d'autres actes légaux cantonaux. Aucun élément ne laisse présumer que tel devrait impérativement être le cas.
Dans ces circonstances, la Chambre administrative n'a pas versé dans l'arbitraire en n'appliquant pas le renvoi de l'art. 1 LPG/GE à l'infraction prévue à l'art. 43 LGD/GE. Son interprétation du droit cantonal n'élude pas ni ne viole les garanties générales de procédure dont peut se prévaloir un justiciable encourant une amende. Certes, la modification de l'art. 43 al. 2 LGD/GE, qui précise désormais expressément que les entreprises sont punissables, peut laisser penser qu'il subsistait auparavant une lacune. Cela ne signifie pas pour autant que cette lacune devait être comblée dans le sens voulu par la recourante, et celle-ci ne le démontre pas. Les travaux préparatoires de la LGD/GE ne font référence à aucune exclusion de l'entreprise du champ d'application de l'art. 43 LGD/GE. Et ceux relatifs à la révision de l'al. 2 de cette disposition ne relèvent aucune intention de modification de fond. Il semble bien plus que le législateur ait eu pour souci de clarifier une situation qui pouvait jusqu'alors prêter à confusion. L'esprit de la règle applicable va par ailleurs dans le sens d'une telle interprétation. L'art. 43 LGD entend en effet sanctionner "tout contrevenant" à la loi ou à ses dispositions d'exécution. Il a pour but d'assurer la mise en oeuvre de règles légales, qui, pour la plupart, ne concernent que des personnes morales (notamment les chapitres III et IV); les exclure de son champ d'application viderait en grande partie la disposition de son sens. La fourchette des montants de l'amende montre également une intention de sanctionner tout type de contraventions aux règles légales, y compris celles à forte incidence sur la gestion cantonale des déchets; ces dernières, par la force des choses, seront le plus souvent le fait d'entreprises que de personnes physiques seules, ce qui parle aussi en faveur d'une punissabilité des personnes morales.
En définitive, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a reconnu qu'une amende pouvait être infligée à la recourante sous l'empire de l'art. 43 LGD/GE dans sa teneur en vigueur en 2011.
10.
La recourante conteste la conformité au droit fédéral de l'art. 43 LGD/GE, que le législateur cantonal n'aurait pas eu compétence d'adopter en raison du partage strict des compétences en matière pénale et de droit de l'environnement; elle se réfère aux dispositions pénales de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), selon elle exhaustives, qui ne récriminent pas le comportement litigieux. Le canton n'aurait aucune compétence résiduelle pour prévoir d'autres infractions pénales en droit de l'environnement.
10.1.
10.1.1. En matière pénale, la compétence exclusive de la Confédération (art. 123 Cst.) laisse subsister celle des cantons pour les infractions au droit administratif et au droit de procédure cantonaux (<ref-law>).
10.1.2. En droit de l'environnement, auquel la gestion des déchets est rattachée, la Confédération dispose d'une compétence législative générale dotée d'un effet dérogatoire subséquent, les cantons ne pouvant légiférer que dans la mesure où la Confédération ne l'a pas exhaustivement fait (art. 74 al. 1 Cst.; cf. arrêt 1A.14/2006 du 18 août 2006 consid. 2.3 in DEP 2006 p. 815). Celle-ci a fait usage de cette compétence en promulguant la LPE, de sorte que le droit cantonal couvrant la même matière ou moins étendu a perdu toute signification propre. Le droit cantonal conserve toutefois tout son sens lorsqu'il complète les normes fédérales ou lorsque, dans la mesure où cela est autorisé, il les renforce (<ref-ruling> consid. 3a p. 595 et les références; arrêt 6B_87/2008 du 31 juillet 2008 consid. 3.2). L'art. 74 al. 3 Cst. précise que l'exécution des dispositions fédérales incombe aux cantons, sauf disposition contraire de la loi. L'<ref-law> reprend cette clause et charge les cantons d'exécuter la loi sur la protection de l'environnement, sous réserve des cas mentionnés à l'<ref-law> (désaccord dans le cadre de la planification intercantonale de gestion des déchets, <ref-law>; désignation de zones d'apport des déchets non urbains si celles-ci son peu nombreuses, <ref-law>), non pertinents en l'espèce. L'<ref-law> précise la compétence cantonale en matière de planification de la gestion de déchets et l'art. 46 ODT (ordonnance du 10 décembre 1990 sur le traitement des déchets; RS 814.01) charge les cantons de l'exécution de l'ordonnance à moins qu'elle ne soit confiée expressément à la Confédération. Les cantons doivent ainsi notamment définir les emplacements des installations de traitement des déchets (<ref-law> et 17 ODT). En exécution des dispositions fédérales, la LGD/GE règle la gestion de l'ensemble des déchets résultant d'activités déployées sur le territoire du canton ou éliminés à Genève, à l'exclusion des déchets radioactifs (art. 1 LGD/GE). L'art. 10 al. 1 LGD/GE proscrit l'élimination ou le dépôt des déchets hors des installations publiques ou privées autorisées par le département ou des emplacements aménagés à cet effet et désignés par voie de règlement. L'art. 43 LGD prévoit l'amende pour tout contrevenant à la LGD/GE (let. a), aux règlements et arrêtés édictés en vertu de cette loi (let. b), aux ordres donnés par l'autorité compétente dans les limites de ces lois, règlements et arrêtés (let. c).
10.1.3. Les cantons sont donc en charge de l'exécution des dispositions fédérales en matière de gestion des déchets. Une telle compétence s'accompagne notamment de la possibilité d'adopter les moyens de faire respecter les dispositions d'exécution. L'amende est à cet égard un outil adéquat pour assurer le respect de la norme matérielle elle-même (cf. HÄFLIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd. 2010, p. 269 n° 1171; MOOR/POLITER, op. cit., p. 154; POZO, Droit pénal - partie générale, 2008, p. 17 n° 41). Les cantons peuvent ainsi adopter leurs propres dispositions pénales en rapport avec leur législation d'exécution de la LPE, en particulier en matière de déchets ( ETTLER, Kommentar zum Umweltschutzgesetz - Vorbemerkungen zu Artikel 60-62, 2003, p. 27 n° 47).
10.2. L'amende prévue par le droit genevois sanctionne les comportements violant les règles applicables, en particulier, en l'espèce, le non-respect des prescriptions relatives aux emplacements de dépôt, à la séparation et aux volumes des déchets concernés. Cette réglementation est adoptée en exécution du droit fédéral relatif à la gestion et au traitement des déchets (<ref-law>; art. 17 ODT). Les dispositions violées par la recourante n'outrepassent pas les compétences cantonales en matière de gestion des déchets; la recourante ne le prétend au demeurant pas. L'amende litigieuse sanctionnant leur violation ne sort ainsi pas du cadre des compétences d'exécution conférées aux cantons par la LPE et satisfait au principe de la légalité, qu'on lui attribue un but réparateur ou punitif (cf. en ce sens HÄFLIN/MÜLLER/UHLMANN, op. cit., p. 263 n° 1144 et p. 270 n° 1178).
11.
La recourante voit enco re une violation du principe de la légalité dans le fait que l'art. 43 LGD/GE serait insuffisamment précis. Contrairement à ce qu'elle prétend, le comportement incriminé est très bien défini, puisque la disposition vise le non-respect de la LGD/GE ou d'actes adoptés en exécution de cette loi. Ensuite, il importe que le montant de l'amende soit fixé selon des critères objectifs par l'autorité qui applique la loi. Tel est le cas en l'espèce, le jugement attaqué exposant de manière circonstanciée les motifs pour lesquels la quotité de l'amende pouvait être confirmée.
12.
La recourante expose que la sanction pénale ne devrait être qu'une ultima ratio. En assortissant de conséquences pénales "n'importe quel comportement" contraire aux prescriptions légales, le législateur genevois aurait violé le principe de proportionnalité. Elle n'expose toutefois pas en quoi, dans le cas précis, le choix de l'amende comme sanction aux manquements à la réglementation serait excessif. Elle n'allègue pas qu'une sanction d'une autre nature permettrait d'atteindre le but poursuivi par le législateur. Insuffisamment motivé, son grief est irrecevable (<ref-law>; cf. consid. 3 ci-dessus) .
13.
La recourante se plaint enfin d'arbitraire dans l'arrêt attaqué, au motif que ses offres de preuve ont été écartées et qu'il en découlerait plusieurs constatations fausses des faits. Ces éléments ont été examinés sous l'angle de la contestation des faits (consid. 5 ci-dessus) et de la violation du droit d'être entendu (consid. 6 ci-dessus). La recourante n'en tire rien de plus, de sorte que le grief tombe à faux.
14.
Dans sa réplique, la recourante revient pour la première fois devant le Tribunal fédéral sur la quotité de l'amende qui lui a été infligée, sur l'exigence d'une faute, ainsi que sur le bien-fondé de la décision de remise en état. De jurisprudence constante, il est exclu que la recourante présente après la fin du délai de recours des conclusions et des griefs qu'elle pouvait déjà faire valoir dans son acte de recours (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.7; <ref-ruling> consid. 3.3.4). Ces griefs sont donc irrecevables.
15.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté pour autant qu'il est recevable. Les frais de justice sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 14 janvier 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali