Sachverhalt:
A.
A._, geboren 1960, meldete sich im Oktober 2007 bei der IV-Stelle Bern zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle tätigte verschiedene Abklärungen und holte die Akten bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) ein. Zudem liess sie A._ durch das Zentrum B._ polydisziplinär abklären (Gutachten vom 25. September 2008). In der Folge gewährte sie Frühinterventionsmassnahmen in Form von Eingliederungsberatung und führte eine arbeitsmarktlich-medizinische Abklärung sowie zwei Arbeitstrainings durch. Am 16. November 2010 verneinte sie gestützt auf den schlechten Gesundheitszustand von A._ einen Anspruch auf berufliche Massnahmen. Die SUVA sprach ihm am 22. Juni 2012 infolge der Beschwerden am rechten Knie eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 34 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 33.8 % zu. Daraufhin liess die IV-Stelle A._ erneut polydisziplinär abklären (MEDAS-Gutachten vom 22. Februar 2013) und erteilte Kostengutsprache für ein Praktikum in einem Altenpflegeheim. Gestützt auf das Gutachten vom 22. Februar 2013 verfügte die IV-Stelle am 7. November 2013 den Anspruch auf eine Viertelsrente vom 1. April 2008 bis 30. April 2013. Bereits am 21. Oktober 2013 hatte sie den Anspruch auf Taggelder neu festgesetzt und die zu viel erbrachten Leistungen zurückgefordert resp. verrechnet.
B.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen erhobenen Beschwerden mit Entscheid vom 1. Mai 2015 teilweise gut, sprach A._ ab 1. April 2008 eine Viertelsrente zu und wies die Sache bezüglich Taggelder und Verrechnung für die Zeit ab 3. Dezember 2012 unter Aufhebung der Verfügungen vom 21. Oktober 2013 an die IV-Stelle zu neuer Verfügung nach erfolgten weiteren Abklärungen zurück.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihm ab 1. April 2008 eine Dreiviertelsrente auszurichten und die Verfügungen vom 21. Oktober 2013 bezüglich Taggeld und Rückerstattung/Verrechnung seien aufzuheben und nach Neufestsetzung der Invalidenrente neu zu berechnen; eventualiter sei die Sache unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids an die IV-Stelle zur Einholung eines polydisziplinären Gutachtens und neuer Verfügung über den Anspruch auf Invalidenrente zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.
D.
Nachdem das Bundesgericht A._ am 11. Juni 2015 zur Leistung eines Kostenvorschusses aufgefordert hatte, liess dieser mit Eingabe vom 26. Juni 2015 das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung stellen.
E.
Mit Eingabe vom 15. Oktober 2015 liess A._ seine Ausführungen bekräftigen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2. Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 288; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
2.
Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Begriffe der Invalidität (<ref-law>) und der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), die allgemeine Methode des Einkommensvergleichs zur Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-law>), einschliesslich der Begriffe des Validen- und Invalideneinkommens (<ref-ruling> E. 5.1 und 5.2 S. 300), sowie die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 3.2 S. 195, 132 V 93 E. 4 S. 99) und die Anforderungen an ärztliche Berichte (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Pflichten der versicherten Person (<ref-law>), den Begriff der zumutbaren Massnahmen (<ref-law>) sowie die Kürzung oder Verweigerung von Leistungen infolge Pflichtverletzungen der versicherten Person (<ref-law>). Weiter sind die Bestimmungen und Grundsätze über den Rentenbeginn (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung), den massgebenden Zeitpunkt des Einkommensvergleichs (<ref-ruling>) und die Zeitpunkte der Herab- oder Heraufsetzung einer Invalidenrente bei veränderten Verhältnissen (Art. 88a Abs. 1 und 2 IVV) zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Der Versicherte rügt, der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt sei unzutreffend, weil das Gericht verschiedene aktenkundige Tatsachen übersehen habe. Zudem sei das MEDAS-Gutachten vom 22. Februar 2013 unvollständig und nicht schlüssig.
3.2. Gestützt auf das MEDAS-Gutachten vom 22. Februar 2013 und den in Zusammenhang mit der arbeitsmarktlichen medizinischen Abklärung erstellten Bericht des Dr. med. C._, Facharzt für Innere Medizin, Regionaler Ärztlicher Dienst (RAD), vom 17. Dezember 2009 hat die Vorinstanz festgestellt, dem Versicherten sei ab April 2007 die angestammte Tätigkeit als Lastwagenfahrer nicht mehr, eine angepasste leichte bis mittelschwere Tätigkeit in wechselnder, vorwiegend sitzender Position vollschichtig bei einer Leistungsreduktion von 10 - 20 % und ab Erstellung des MEDAS-Gutachtens vom 22. Februar 2013 die bisherige wie auch eine angepasste Tätigkeit in einem Umfang von 70 - 80 % zumutbar. Zudem stünden diese ärztlichen Einschätzung mit den Beurteilungen des Dr. med. D._, Leitender Arzt, Klinik für orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, Spital F._, vom 4. März 2014 und 10. September 2013, des Dr. med. E._, Leitender Arzt Innere Medizin/Pneumologie, Spital F._, vom 11. Oktober 2013, des Dr. med. G._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom April 2011 und der Psychotherapeutin H._, Klinik I._ AG vom 30. Oktober 2013 in Einklang.
3.3.
3.3.1. Die Vorinstanz geht in E. 3.3.2 davon aus, gemäss MEDAS-Gutachten vom 22. Februar 2013 sei dem Versicherten zumutbar, "sowohl in der zuletzt ausgeübten Tätigkeit als Lastwagenfahrer wie auch in einer adaptierten Tätigkeit mit einer Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit von 20 % - 30 % aufgrund der niedrigeren Belastbarkeit und den vermehrten Erholungspausen nachzugehen". Diese Feststellung ist aktenwidrig, hält das MEDAS-Gutachten doch in Punkt 7.1.1 zur Arbeitsfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit im Rahmen der sich aus dem Gesundheitszustand ergebenden Einschränkungen u.a. fest, "kein Besteigen und Aussteigen aus einem Lastwagen". Auch wird nirgends im MEDAS-Gutachten explizit die bisherige Tätigkeit als Chauffeur für zumutbar erachtet.
3.3.2. Das MEDAS-Gutachten vom 22. Februar 2013 lässt sich sodann nicht mit dem Bericht der kreisärztlichen Untersuchung vom 30. August 2011 vereinbaren. Dieser Bericht zeigt die seit Jahren bestehende Knieproblematik des Versicherten mit der Notwendigkeit mehrerer Operationen sowie der daraus resultierenden Einschränkungen auf und bildet Grundlage für die Berentung durch die SUVA. Den MEDAS-Gutachtern war dieser Bericht, wie sich aus der Erwähnung der Vorakten ergibt, bekannt. Obschon sich der SUVA-Kreisarzt einlässlich zur Arbeitsfähigkeit geäussert und mit nachvollziehbarer Begründung allein unter Berücksichtigung der Knieproblematik eine höhere Arbeitsunfähigkeit attestiert hat als die MEDAS-Gutachter unter Einbezug aller gesundheitlichen Einschränkungen, findet im MEDAS-Gutachten keine Auseinandersetzung mit der abweichenden Beurteilung des Kreisarztes statt. Mangels Begründung ist nicht nachvollziehbar, inwiefern unter zusätzlicher Berücksichtigung der psychischen Beschwerden sowie der Einschränkungen wegen der Schulter (die MEDAS stützt sich diesbezüglich alleine auf ein Arthro-MRI von 2008) und der übrigen geklagten Leiden eine geringere Arbeitsunfähigkeit resultieren sollte, als bei alleiniger Berücksichtigung der Kniebeschwerden anderthalb Jahre zuvor. Unter diesen Umständen kann das MEDAS-Gutachten vom 22. Februar 2013 nicht als vollständig und auch nicht als schlüssig bezeichnet werden. Es kann somit nicht Grundlage für die Ermittlung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit und damit des massgebenden Invaliditätsgrades sein (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
3.3.3. Was die Beurteilung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit durch Dr. med. C._ betrifft, so kann der Anspruch auf eine Invalidenrente in der Zeit vor diesem Bericht vom 17. Dezember 2009 nicht gestützt auf dessen Einschätzung ermittelt werden, fehlt es doch an einer polydisziplinären Beurteilung der bereits damals bestehenden verschiedenen gesundheitlichen Einschränkungen des Versicherten.
3.3.4. Nachdem weder der Bericht des Dr. med. C._ vom 17. Dezember 2009 noch das MEDAS-Gutachten vom 22. Februar 2013 Grundlage zur Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente sein können, ist die Sache unter Aufhebung des kantonalen Entscheids an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-ruling> E. 4.4.1.4 S. 264), damit sie nach Einholung eines Gerichtsgutachtens neu über den Anspruch auf eine Invalidenrente entscheide. Anzufügen bleibt, dass der Einwand des Versicherten, der Vorinstanz sei Ermessensmissbrauch vorzuwerfen, weil sie es unterlassen habe, ihm trotz der ausgewiesenen physischen und psychischen Einschränkungen und der damit verbundenen Benachteiligung auf dem Arbeitsmarkt einen behinderungsbedingten Abzug zuzugestehen, insofern zutreffend ist, als die Vorinstanz zumindest kurz hätte begründen müssen, aus welchen Gründen sie von einem Abzug abgesehen hat. Ob und allenfalls in welcher Höhe ein behinderungsbedingter Abzug angebracht wäre, braucht jedoch vorliegend nicht entschieden zu werden, da die Vorinstanz den Invaliditätsgrad bereits aus anderen Gründen neu ermitteln muss.
4.
Die vorinstanzlich angeordnete Aufhebung der Verfügungen vom 21. Oktober 2013 über die Taggelder einerseits und über die Verrechnung andererseits (soweit sie den Zeitraum ab 3. Dezember 2012 betreffen) ist im Ergebnis richtig; allerdings sind die beanstandeten Verfügungen nicht bloss wegen des falschen zugrundegelegten Valideneinkommens nicht massgeblich. Da die den Verfügungen über Taggelder und Verrechnung zugrundeliegende zumutbare Arbeitsfähigkeit noch nicht abschliessend feststeht, kann jedoch noch nicht über die Höhe der Taggelder resp. einer allfälligen Verrechnung entschieden werden. Die Vorinstanz wird somit nach erneuter medizinischer Abklärung und Festsetzung des Invaliditätsgrades sämtliche Verfügungen über Taggelder und Verrechnung zu überprüfen haben.
5.
Die unterliegende IV-Stelle hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Der Versicherte hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Bei diesem Verfahrensausgang ist sein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 1. Mai 2015 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. November 2015
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold