Sachverhalt:
A. Der 1951 geborene S._ war seit März 1988 als Metallarbeiter/Monteur bei der Firma X._ AG tätig und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Er hatte am 7. Oktober 1987 und am 18. Januar 1991 je einen Unfall erlitten, wobei die Behandlung der daraus hervorgegangenen Kopfschmerzen und Prellungen am 24. Dezember 1991 abgeschlossen werden konnte.
Am 19. November 1999 begab sich S._ wegen Schmerzen in der linken Schulter, welche er auf ein Unfallereignis im Juli 1998 zurückführte, in ärztliche Behandlung. Dr. med. R._ diagnostizierte ein traumatisiertes AC-Gelenk und eine chronische Bursitis linker Ellenbogen. Die Arbeitgeberin erstattete am 26. November 1999 eine Unfallmeldung. Die SUVA zog unter anderem Beurteilungen des Kreisarztes Dr. med. J._ vom 6. Dezember 2000, des Facharztes Dr. med. C._, FMH für Neurologie, vom 19. September 2001 und 24. März 2003 sowie des Facharztes Dr. med. M._, FMH für Orthopädische Chirurgie, vom 26. März 2003, Berichte des Dr. med. A._, Spezialarzt für Neurologie FMH, vom 4. Juli, 20. September, 12. November 2001 und 15. Januar 2002, der Klinik T._ vom 11. Februar und 16. April 2002 sowie eine Begutachtung dieser Klinik zuhanden der Invalidenversicherung vom 12. November 2002 bei. Am 8. August 2002 wurde S._ in der Klinik U._ wegen SLAP-Läsion I. Grades, Tendinitis und Auffaserung der Bicepssehne, Bicepssehnenluxation, AC-Arthrose, Impingement-Syndrom, Acromion Typ III nach Bigliani an der linken Schulter operiert. Mit Verfügung vom 7. April 2003 verneinte die SUVA eine Leistungspflicht, da ein Zusammenhang zwischen den Schulterbeschwerden und dem Unfallereignis vom Juli 1998 nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sei. Gestützt auf ein im Einspracheverfahren in Auftrag gegebenes Gutachten der Dres. med. P._ und H._, Spital Y._, vom 20. Mai 2005 hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 31. Oktober 2005 an ihrem Standpunkt fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau nach Einholung eines Ergänzungsberichts des Dr. med. P._ vom 30. November 2006 mit Entscheid vom 17. Januar 2007 in dem Sinne teilweise gut, als es die Sache zur Festsetzung der gesetzlichen Leistungen an die SUVA zurückwies.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die SUVA die Aufhebung des kantonalen Entscheids vom 17. Januar 2007 und die Bestätigung ihres Einspracheentscheids vom 31. Oktober 2005, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Unfallversicherung zu weiteren Abklärungen. Sie legt der Beschwerde eine ärztliche Beurteilung des Facharztes Dr. med. M._ vom 6. März 2007 bei.
S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, ebenso das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, dieses mit dem Eventualantrag auf Rückweisung der Sache an die SUVA zur Einholung eines Obergutachtens. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht wird (<ref-law>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat die Grundsätze zum für die Leistungspflicht des Unfallversicherers (<ref-law>) vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181), zum im Sozialversicherungsrecht erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 2.1 S. 153 mit Hinweisen) und zum Beweiswert sowie zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
2.2 Der Sozialversicherungsprozess ist vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht. Danach hat das Gericht von Amtes wegen für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhaltes zu sorgen. Dieser Grundsatz gilt indessen nicht uneingeschränkt; er findet sein Korrelat in den Mitwirkungspflichten der Parteien (<ref-ruling> E. 2 S. 195, 122 V 157 E. 1a S. 158, je mit Hinweisen; vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 183). Der Untersuchungsgrundsatz schliesst die Beweislast im Sinne einer Beweisführungslast begriffsnotwendig aus. Im Sozialversicherungsprozess tragen mithin die Parteien in der Regel eine Beweislast nur insofern, als im Falle der Beweislosigkeit der Entscheid zu Ungunsten jener Partei ausfällt, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wollte. Diese Beweisregel greift allerdings erst Platz, wenn es sich als unmöglich erweist, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes auf Grund einer Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (<ref-ruling> E. 3b S. 264 mit Hinweisen).
3. Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der SUVA für die Schulterbeschwerden links und dabei namentlich der natürliche Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis vom Juli 1998.
3.1 In sorgfältiger und einlässlicher Würdigung der medizinischen Aktenlage hat das kantonale Gericht insbesondere gestützt auf das von der SUVA eingeholte Gutachten der Dres. med. P._ und H._ vom 20. Mai 2005 sowie auf den Ergänzungsbericht des Dr. med. P._ vom 30. November 2006 überzeugend dargelegt, dass die Schulterbeschwerden mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als unfallkausal zu betrachten sind und die SUVA daher leistungspflichtig ist. Auf die entsprechenden Erwägungen kann verwiesen werden.
3.2 Soweit die SUVA in der Beschwerde - wie erstmals im vorinstanzlichen Verfahren - das Unfallereignis überhaupt in Frage stellt, vermag diese Haltung mit dem kantonalen Gericht nicht als überzeugend qualifiziert werden, ging doch die Unfallversicherung bis und mit Einspracheentscheid selber von der Richtigkeit der Angaben des Versicherten aus. Allein aus dem Umstand, dass der Beschwerdegegner nicht unmittelbar oder kurze Zeit nach dem Unfallereignis vom Juli 1998, sondern erst am 19. November 1999 wegen akuter Schmerzen einen Arzt aufgesucht hatte, kann nicht auf das Fehlen eines entsprechenden Ereignisses geschlossen werden. Wie die Vorinstanz ausführt, nehmen die verschiedenen medizinischen Berichte und Gutachten, auch Berichte der Kreis- und Fachärzte der SUVA, auf den Vorfall vom Juli 1998 bzw. auf das Schultertrauma vom Juli 1998 und auf die Kausalität mit den Schulterbeschwerden Bezug. Zudem wurde das Ereignis in der Unfallmeldung der Arbeitgeberin vom 26. November 1999 und anlässlich der Besprechung vom 15. Februar 2000 plausibel geschildert, wobei der Betriebsinhaber die Angaben des Versicherten bestätigt und erwähnt hat, letzterer habe ihn nach dem Vorfall informiert und er habe ihm geraten, nicht den Arzt aufzusuchen.
3.3 Was die Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen den Schulterbeschwerden und dem Unfallereignis vom Juli 1998 anbelangt, wurde dieser - wie im vorinstanzlichen Entscheid zutreffend dargelegt - sowohl durch Dr. med. A._ in den Berichten vom 20. September und 12. November 2001, in der Beurteilung der von ihm beigezogenen "spine unit" am Spital Z._ vom 7. Januar 2002 sowie anlässlich einer Untersuchung an der Klinik T._ (Bericht vom 11. Februar 2002) bejaht, wohingegen ihn die Fachärzte Dr. med. C._ in den neurologischen Beurteilungen vom 19. September 2001 und 24. März 2003 sowie Dr. med. M._ in der ärztlichen Beurteilung vom 26. März 2003 verneinten. Im anlässlich des Einspracheverfahrens von der SUVA eingeholten Gutachten vom 20. Mai 2005 hielt der Neurologe Dr. med. H._ fest, das Schmerzsyndrom der linken Schulter sei nicht neurologischer Natur. Der Orthopäde Dr. med. P._ diagnostizierte eine mässiggradige frozen shoulder, Status nach arthroskopischer subacromialer Dekompression mit Bursektomie, Acromioplastik und AC-Resektion, arthroskopischer Bizepstenotomie und offener Bizepstenodese links vom 8. August 2002 (bei Status nach AC-Gelenksarthralgie bei AC-Gelenksarthrose und Status nach SLAP-I-Läsion links) sowie Status nach Schulterkontusion links Juli 1998 (Orthopädisches Teilgutachten vom 3. Februar 2005). In seiner Beurteilung hielt der Spezialist fest, die Schulterpathologie entspreche am ehesten einer postoperativen adhäsiven Capsulitis, welche primär keinen Zusammenhang mit dem initialen Trauma haben könne. Aufgrund des Unfallmechanismus könnte allenfalls eine Traumatisierung einer bereits vorbestehenden, asymptomatischen AC-Gelenksarthrose stattgefunden haben. Auf die Frage, welche der gestellten Diagnosen mindestens mit Wahrscheinlichkeit ganz oder teilweise durch das Ereignis vom Juli 1998 verursacht worden seien, erwähnte Dr. med. P._ die Schulterschmerzen. Eine Aktivierung einer vorbestehenden, asymptomatischen AC-Gelenksarthrose - so der Gutachter - könne zumindest teilweise mit dem Unfall vom Juli 1998 kausal in Zusammenhang gebracht werden. Die SUVA interpretierte diese Aussage als blosse Möglichkeit eines Zusammenhangs und verneinte im Einspracheentscheid vom 31. Oktober 2005 ihre Leistungspflicht. Das kantonale Gericht holte einen Ergänzungsbericht des Dr. med. P._ vom 30. November 2006 ein. Darin legte der Gutachter dar, dass er die Beurteilung des postoperativen Zustandes und die Kausalität der primären Beschwerden zum Unfallereignis auseinanderhielt. Zudem stellte er klar, dass sich seine Meinung bezüglich der klinischen Beurteilung sowie der Diskussion über die zugrunde liegenden strukturellen Veränderungen mit derjenigen des Facharztes Dr. med. M._ decke, dass er jedoch den Kausalzusammenhang anders beurteile, indem er es für überwiegend wahrscheinlich halte, dass das Ereignis vom Juli 1998 die Schulterproblematik richtunggebend verschlimmert habe. Ohne Traumatisierung der linken Schulter - so der Spezialist - wäre der Versicherte heute in seiner damals durchgeführten Tätigkeit voll arbeitsfähig.
3.4 In Anbetracht der medizinischen Aktenlage ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den Schulterbeschwerden und dem Unfallereignis vom Juli 1998 für überwiegend wahrscheinlich hielt. Das Gutachten der Dres. med. P._ und H._ vom 20. Mai 2005 mit Ergänzungsbericht des Dr. med. P._ vom 30. November 2006 beruht auf einer Untersuchung des Versicherten, ist umfassend und schlüssig und entspricht den Anforderungen der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Bezüglich Beurteilung des Kausalzusammenhangs stimmt es mit den andern sich zu dieser Frage äussernden Berichten - mit Ausnahme der Beurteilungen der Fachärzte der SUVA - überein. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin besteht - wie Dr. med. P._ plausibel dargelegt hat - kein Widerspruch zwischen dem Gutachten und dem Ergänzungsbericht. Insbesondere konnte bereits die Aussage im Gutachten, "eine Aktivierung einer vorbestehenden asymptomatischen AC-Gelenksarthrose könne zumindest teilweise mit dem Unfall vom Juli 1998 kausal in Zusammenhang gebracht werden", in dem Sinne verstanden werden, dass der Gutachter den Unfall zumindest für eine Teilursache hielt. Dies ergibt sich einerseits aus der Beantwortung der zuvor gestellten Frage nach mindestens mit Wahrscheinlichkeit durch das Unfallereignis verursachten Diagnosen und andrerseits durch die Präzisierung im Ergänzungsbericht.
3.5 An diesem Ergebnis vermag der von der SUVA letztinstanzlich eingereichte Aktenbericht des Facharztes Dr. med. M._ vom 6. März 2007 nichts zu ändern. Somit kann offen bleiben, ob ein letztinstanzlich neu aufgelegter medizinischer Bericht im Rahmen der Kognition nach <ref-law> als unzulässiges Novum im Sinne von <ref-law> zu gelten hätte (vgl. auch Urteil 8C_260/2007 vom 31. Oktober 2007, E. 2).
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Da die Beschwerdeführerin, welche unterliegt, in ihrem Vermögensinteresse handelt (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 5), sind ihr die Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Sie hat dem Beschwerdegegner ausserdem eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. März 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch