A.- Auf Grund einer am 7. Juli 1997 durchgeführten Arbeitgeberkontrolle stellte die Kantonale Ausgleichskasse Glarus fest, dass die ihr als Arbeitgeberin angeschlossene Firma X._ AG in den Jahren 1995 und 1996 den Verwaltungsräten Y._ (Präsident) und Z._ neben den Verwaltungsratshonoraren auch Entschädigungen zur Bezahlung der darauf entfallenden Mehrwertsteuer entrichtet hatte, ohne diesbezüglich mit der Ausgleichskasse abzurechnen. Mit zwei Verfügungen vom 15. Juli 1997 verpflichtete die Ausgleichskasse die Firma zur Nachzahlung ausstehender Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 5446. 20 (für 1995) und Fr. 58'960. 15 (für 1996, einschliesslich Verzugszinsen) auf den übernommenen Mehrwertsteuerbetreffnissen.
B.- Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus hiess die von der Firma X._ AG dagegen eingereichte Beschwerde mit Entscheid vom 22. Dezember 1998 gut und hob die beiden Nachzahlungsverfügungen auf.
C.- Das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag auf Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids.
Während die Firma X._ AG und das Verwaltungsgericht auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, hat sich die Ausgleichskasse hiezu nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nur so weit eingetreten werden, als Sozialversicherungsbeiträge kraft Bundesrechts streitig sind. Im vorliegenden Verfahren ist daher nicht zu prüfen, wie es sich bezüglich der Beitragsschuld gegenüber der Ausgleichskasse für kantonale Familienzulagen verhält (<ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweis).
2.- Da keine Versicherungsleistungen streitig sind, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob der vorinstanzliche Entscheid Bundesrecht verletzt, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2
OG).
Ferner ist Art. 114 Abs. 1 OG zu beachten, wonach das Eidgenössische Versicherungsgericht in Abgabestreitigkeiten an die Parteibegehren nicht gebunden ist, wenn es im Prozess um die Verletzung von Bundesrecht oder um die unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts geht.
3.- Die beiden Nachzahlungsverfügungen sind lediglich der Arbeitgeberfirma, nicht jedoch auch den beiden betroffenen Arbeitnehmern eröffnet worden (vgl. <ref-ruling>). Dies lässt sich unter den vorliegenden Umständen nicht beanstanden, da letztere als Präsident bzw. Mitglied des dreiköpfigen Verwaltungsrates allgemein massgebend an der Willensbildung der vorinstanzlich Beschwerde führenden Arbeitgeberin beteiligt waren und sich im Übrigen keine Anhaltspunkte ergeben, wonach sie mit Bezug auf die sich hier stellende Rechtsfrage von der Arbeitgeberfirma abweichende Interessen hätten.
4.- a) Nach Art. 5 Abs. 1 und Art. 14 Abs. 1 AHVG werden vom Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit, dem massgebenden Lohn, Beiträge erhoben. Als massgebender Lohn gemäss Art. 5 Abs. 2 AHVG gilt jedes Entgelt für in unselbstständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit. Zum massgebenden Lohn gehören begrifflich sämtliche Bezüge der Arbeitnehmerin und des Arbeitnehmers, die wirtschaftlich mit dem Arbeitsverhältnis zusammenhängen, gleichgültig, ob dieses Verhältnis fortbesteht oder gelöst worden ist und ob die Leistungen geschuldet werden oder freiwillig erfolgen. Als beitragspflichtiges Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit gilt somit nicht nur unmittelbares Entgelt für geleistete Arbeit, sondern grundsätzlich jede Entschädigung oder Zuwendung, die sonst wie aus dem Arbeitsverhältnis bezogen wird, soweit sie nicht kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift von der Beitragspflicht ausgenommen ist (<ref-ruling> Erw. 4a, 124 V 101 Erw. 2, je mit Hinweisen).
Gemäss Art. 7 lit. p AHVV gehören - unter Vorbehalt hier nicht gegebener Ausnahmen - insbesondere Leistungen des Arbeitgebers, die in der Übernahme des Arbeitnehmerbeitrages für die AHV/IV/EO/AlV sowie der Steuern bestehen, zu dem für die Berechnung der Beiträge massgebenden Lohn, soweit sie nicht Unkostenentschädigungen darstellen.
b) Laut Art. 4 lit. b der bis Ende 2000 gültig gewesenen Verordnung über die Mehrwertsteuer (MWSTV) vom 22. Juni 1994 unterliegen die im Inland gegen Entgelt erbrachten Dienstleistungen der Mehrwertsteuer, sofern sie nicht gemäss Art. 14 MWSTV ausdrücklich von der Steuer ausgenommen sind. Als Dienstleistung gilt jede Leistung, die keine Lieferung eines Gegenstandes ist (Art. 6 Abs. 1 MWSTV). Nach Art. 17 Abs. 1 MWSTV ist steuerpflichtig, wer eine mit der Erzielung von Einnahmen verbundene gewerbliche oder berufliche Tätigkeit selbstständig ausübt, selbst wenn die Gewinnabsicht fehlt, sofern seine Lieferungen, seine Dienstleistungen und sein Eigenverbrauch im Inland jährlich gesamthaft Fr. 75'000. - übersteigen.
Gemäss Rz 202 der früheren Wegleitung der Eidgenössischen Steuerverwaltung für Mehrwertsteuerpflichtige (Ausgabe 1994) ist die Tätigkeit als Verwaltungsrat steuerbar.
5.- Unter sämtlichen Verfahrensbeteiligten ist zu Recht unbestritten, dass die Honorare von Verwaltungsratsmitgliedern aus AHV-rechtlicher Sicht zum massgebenden Lohn, d.h. zum Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit gehören (Art. 7 lit. h AHVV in der vorliegend anwendbaren, bis Ende 1998 gültig gewesenen Fassung). Streitig ist hingegen, ob die von der Aktiengesellschaft den Verwaltungsräten zusätzlich entrichtete Entschädigung zur Abgeltung der auf den Verwaltungsratshonoraren zu bezahlenden Mehrwertsteuer ebenfalls zum massgebenden Lohn zu zählen ist, was vom Verwaltungsgerichtsbeschwerde führenden BSV und der Ausgleichskasse bejaht, von der Vorinstanz und der Beschwerdegegnerin hingegen verneint wird.
Hervorzuheben ist, dass sich diese Streitfrage allein auf Grund der hievor (Erw. 4b in fine) dargelegten Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung entzünden konnte, wonach die Mitglieder eines Verwaltungsrates eine mehrwertsteuerpflichtige selbstständige Erwerbstätigkeit ausüben. Künftig wird sich die Frage nicht mehr stellen. Denn zum einen ist das Bundesgericht mit Urteil A. vom 27. Oktober 2000, 2A.468/1999, der Eidgenössischen Steuerverwaltung nicht gefolgt und hat unter Berufung auf seine im Zusammenhang mit der Problematik der Doppelbesteuerung im interkantonalen Verhältnis entwickelte Rechtsprechung (<ref-ruling>) festgestellt, dass Verwaltungsräte eine unselbstständige Erwerbstätigkeit ausüben und daher nicht unter den Anwendungsbereich von Art. 17 Abs. 1 MWSTV fallen. Zum andern enthält das auf den 1. Januar 2001 in Kraft getretene Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTG; SR 641. 20) vom 2. September 1999 mit Art. 21 Abs. 1 zweiter Satz eine ausdrückliche Bestimmung, wonach u.a. die Tätigkeit von Verwaltungsräten als unselbstständige Erwerbstätigkeit gilt.
6.- a) Die Vorinstanz hat im Wesentlichen erwogen, weil die AHV-rechtliche Qualifikation der Verwaltungsratstätigkeit der mehrwertsteuerrechtlichen Betrachtungsweise (d.h. derjenigen, welche die Eidgenössische Steuerverwaltung vor dem hievor erwähnten bundesgerichtlichen Grundsatzurteil vertrat) widerspreche, sei es unabdingbar, Überlegungen zu beiden Rechtssystemen anzustellen. Unter Hinweis auf Ausführungen des Bundesgerichts zur Rechtsnatur der Mehrwertsteuer in <ref-ruling> gelangt das kantonale Gericht zum Schluss, die Übernahme der auf den Honoraren der Verwaltungsratsmitglieder zu erhebenden Mehrwertsteuer durch die Aktiengesellschaft stelle keine Erhöhung der Verwaltungsratshonorare dar, sondern die im Mehrwertsteuersystem vorgesehene Überwälzung der Steuer auf den Dienstleistungsempfänger, weshalb von einem Entgelt für in unselbstständiger Stellung geleistete Arbeit keine Rede sein könne.
Die Beschwerdegegnerin schliesst sich dieser Auffassung an. Wenn die Mehrwertsteuerpraxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung die Verwaltungsratshonorare der Steuerpflicht unterwerfe, weil sie anders als die Praxis der AHV- Organe die Tätigkeit der Verwaltungsräte als selbstständige Erwerbstätigkeit qualifiziere, müsse eine adäquate Wertungskongruenz dazu führen, dass die entsprechende Mehrwertsteuer von der Bemessungsgrundlage für die AHV-Beitragspflicht ausgenommen werde.
b) Demgegenüber verweist das Beschwerde führende BSV auf die unter Erw. 4a hievor dargelegte Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts, wonach grundsätzlich jede Entschädigung oder Zuwendung, die aus dem Arbeitsverhältnis bezogen wird, als beitragspflichtiges Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit gilt. Da es vorliegend um die Beitragspflicht in der AHV/IV/EO/AlV gehe, könne offensichtlich nur eine unter sozialversicherungsrechtlichem Blickwinkel vorgenommene Beurteilung massgebend sein.
7.- a) Nach dem in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ebenfalls angeführten, vorstehend zitierten Art. 7 lit. p AHVV gehören grundsätzlich auch Leistungen des Arbeitgebers, die in der "Übernahme ... der Steuern" bestehen, zu dem für die Berechnung der Beiträge massgebenden Lohn (die französische und die italienische Fassung der Vorschrift stimmen diesbezüglich mit der deutschsprachigen überein). Der Wortlaut dieser Verordnungsbestimmung ist insofern nicht ganz klar, als sich die Frage erhebt, ob nur die Übernahme der direkten Steuern darunter fällt (wie die Beschwerdegegnerin geltend macht) oder auch die Übernahme indirekter Steuern, namentlich der Mehrwertsteuer (wie es offenbar der Auffassung des BSV entspricht). Aus den seinerzeitigen Erläuterungen des BSV zur am 1. Januar 1979 in Kraft tretenden neuen lit. p von Art. 7 AHVV geht lediglich hervor, dass es, im Gegensatz zu früher, vermehrt vorkomme, dass der Arbeitgeber gewisse Leistungen, die der Arbeitnehmer schulde, selber trage (ZAK 1978 S. 378). Mit Bezug auf die Übernahme von Steuern dürften damit tatsächlich die direkten Steuern (Quellensteuern) angesprochen sein (Käser, Unterstellung und Beitragswesen in der obligatorischen AHV, 2. Aufl. , Bern 1996, Rz 4.5). Die Frage nach der Regelungsabsicht des Verordnungsgebers und überhaupt diejenige nach der Subsumtion der Mehrwertsteuerübernahme unter Art. 7 lit. p AHVV brauchen indessen vorliegend nicht abschliessend beantwortet zu werden. Denn wie dem Ingress des als Ausführungsvorschrift zu Art. 5 Abs. 2 AHVG erlassenen Art. 7 AHVV ("Zu dem für die Berechnung der Beiträge massgebenden Lohn gehören ... insbesondere:" [französisch/italienisch: "notamment"/"in particolare"]) entnommen werden kann, bilden die anschliessend aufgezählten Entschädigungen und Zuwendungen lediglich Beispiele, deren Aufzählung keineswegs abschliessend ist.
Die eigentlich vorzunehmende Prüfung läuft demnach in jedem Fall auf die Frage hinaus, ob die Entschädigung für die Mehrwertsteuer auf den Verwaltungsratshonoraren als Anwendungsfall unter den übergeordneten Art. 5 Abs. 2 AHVG zu subsumieren ist. Nach der dazu ergangenen, bereits angeführten Rechtsprechung (Erw. 4a hievor) gilt als beitragspflichtiges
Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit nicht nur unmittelbares Entgelt für geleistete Arbeit, sondern grundsätzlich jede Entschädigung oder Zuwendung, die sonst wie aus dem Arbeitsverhältnis bezogen wird, soweit sie nicht kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift von der Beitragspflicht ausgenommen ist (<ref-ruling> Erw. 4a, 124 V 101 Erw. 2, je mit Hinweisen). Im Hinblick auf den auch im AHV-Recht zu beachtenden Grundsatz, wonach die Beitragserhebung nach Massgabe der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu erfolgen hat (<ref-ruling> Erw. 2 mit Hinweisen; Käser, a.a.O., Rz 3.2), kann jedoch die auf Grund eines Arbeitsverhältnisses erfolgende Entschädigung oder Zuwendung nur dann als massgebender Lohn qualifiziert werden, wenn sie zur wirtschaftlichen Besserstellung des Arbeitnehmers führt. Zur Beantwortung dieser Frage ist es unumgänglich, die Funktionsweise der Mehrwertsteuer näher zu betrachten.
b) Nach Art. 41ter Abs. 1 lit. a der bis Ende 1999 gültig gewesenen Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 (aBV) kann der Bund eine Umsatzsteuer (Mehrwertsteuer) erheben. Diese kann in Form einer Umsatzsteuer mit Vorsteuerabzug auf den Lieferungen von Gegenständen, auf Dienstleistungen sowie auf Einfuhren erhoben werden (Art. 41ter Abs. 3 aBV; vgl. Art. 130 Abs. 1 der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 [BV]). Auf Grund dieser Bestimmungen der früheren Bundesverfassung in Verbindung mit den in Art. 8 Abs. 2 ÜbBest. aBV (vgl. auch die vom 1. Januar 2000 bis zum Inkrafttreten des MWSTG am 1. Januar 2001 gültig gewesene, in Art. 196 BV enthaltene Ziff. 14 ÜbBest. BV zu Art. 130 BV) verankerten Grundsätzen ergibt sich, dass die schweizerische Mehrwertsteuer nach dem Modell einer allgemeinen Konsum- oder Verbrauchssteuer ausgestaltet ist (Camenzind/Honauer, Handbuch zur neuen Mehrwertsteuer, Bern/Stuttgart/Wien 1995, Rz 2 in Verbindung mit 42 ff.; Mollard, La TVA suisse et la problématique des exonérations, in: ASA 63 S. 443 ff., S. 445 f.). Der Steuerbezug erfolgt aber aus Praktikabilitätsgründen nicht beim Verbraucher, sondern auf einer oder mehreren Wirtschaftsstufen vor dem Verbrauch, also bei den Produzenten, Händlern und Dienstleistungsunternehmen. Die Steuer, die den Verbrauch belastet, wird somit vom Verkäufer oder Lieferanten entrichtet, der sie, sofern es die Marktverhältnisse gestatten, auf die Preise und damit auf den Abnehmer der Ware oder Dienstleistung überwälzt. Die Mehrwertsteuer wird somit nach dem Allphasenprinzip bei den Steuerpflichtigen auf jeder Wirtschaftsstufe erhoben (<ref-ruling> Erw. 5a). Nach dem Gesagten knüpft zwar die Mehrwertsteuer rechtstechnisch bei den steuerpflichtigen Unternehmen an, doch sind diese nur für die Ablieferung der Steuer besorgt, während der Endverbraucher die Steuer schliesslich tragen soll (<ref-ruling> Erw. 6b mit Hinweisen auf die Lehre).
c) Bei der AHV-rechtlichen Qualifikation der Entschädigungen zur Abgeltung der auf den Verwaltungsratshonoraren zu bezahlenden Mehrwertsteuer ist nicht aus den Augen zu verlieren, dass es dem Willen des Verfassungsgebers entspricht, den Endverbraucher die Mehrwertsteuer tragen zu lassen (<ref-ruling> Erw. 5a mit Hinweisen auf die Materialien). Unter diesem Blickwinkel stellt der Bezug der streitigen Entschädigung durch die Mitglieder des Verwaltungsrates nichts anderes dar als die Umsetzung des vom Verfassungsgeber vorausgesetzten Überwälzbarkeitsprinzips (vgl. hiezu Jörg R. Bühlmann, Kommt den systemtragenden Grundprinzipien des Mehrwertsteuerrechts Verfassungsrang zu?, in: MWST-Journal 1996 S. 50 ff. mit Hinweis auf Entscheide der Eidgenössischen Steuerrekurskommission; vgl. auch Dziadkowski/Forster/Röhner, Zur Verankerung der Überwälzbarkeit einer allgemeinen Verbrauchssteuer im schweizerischen MWSTG-Entwurf, in: ASA 66 S. 337 ff.). Anders als bei der direkten Steuer, bei welcher Steuersubjekt und Steuerträger in einer Person zusammenfallen, klaffen sie bei der Mehrwertsteuer systembedingt auseinander. Indem der (nach der früheren Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung) steuerpflichtige Verwaltungsrat die auf seiner Dienstleistung zu erhebende Mehrwertsteuer auf die Aktiengesellschaft als Leistungsempfängerin überwälzt, fungiert er lediglich als Inkassostelle für den Fiskus (Bürgy/Robinson, Verwaltungsratshonorare im Spannungsfeld von Mehrwertsteuer und AHV: Fehlqualifikation mit befremdlichen Folgen, in: Steuer Revue 1995 S. 353 ff., insbesondere S. 356). Eine Verbesserung seiner wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit ist damit im Lichte des Gesagten nicht verbunden, weshalb die Entschädigung zur Bezahlung der Mehrwertsteuer auf den Verwaltungsratshonoraren nicht als massgebender Lohn gelten kann (Erw. 7a hievor in fine). Die vorinstanzliche Aufhebung der streitigen Nachzahlungsverfügungen erging somit zu Recht.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat der Beschwerdegegnerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus und der Kantonalen Ausgleichskasse Glarus zugestellt.
Luzern, 5. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: