Sachverhalt:
A. Am 30. Juli 2007 ersuchte die X._ SA um Erteilung einer Bewilligung für das Markieren eines Aussen-Parkplatzes auf dem Grundstück Nr. 2963, Bundesplatz 1, GB Luzern, linkes Ufer.
Mit Schreiben vom 13. August 2007 orientierte die Stadt Luzern, Eingangskontrolle Baugesuche, den Projektverfasser und die X._ SA, dass die Erteilung einer Baubewilligung sowie einer Zufahrtsbewilligung aus diversen Gründen nicht in Aussicht gestellt werden könne. Die X._ SA wurde aufgefordert, im Falle ihres Festhaltens am Baugesuch bis 24. August 2007 vollständige Unterlagen einzureichen.
Nachdem innert Frist keine Reaktion der X._ SA eingegangen, der Parkplatz aber inzwischen ohne Bewilligung markiert worden war, forderte die Stadt Luzern die X._ SA auf, entweder die Markierung bis 30. November 2007 zu entfernen oder innert derselben Frist vollständige Gesuchsunterlagen nachzuliefern, und kündigte ihr eine Anzeige nach § 214 des Luzerner Planungs- und Baugesetzes vom 7. März 1989 (PBG/LU) an. Daraufhin zog die X._ SA ihr Baugesuch mit Schreiben vom 21. November 2007 zurück, unterliess es aber, die Markierung zu entfernen.
Die Stadt Luzern legte der X._ SA nochmals dar, dass ein Parkplatz bewilligungspflichtig sei, unter den gegebenen Umständen aber keine Bewilligung in Aussicht gestellt werden könne, und setzte nochmals Frist bis zum 11. Dezember 2007 zur Einreichung von vollständigen Gesuchsunterlagen oder zur Demarkierung. Auch dieser Aufforderung kam die X._ SA nicht nach; vielmehr teilte sie mit, dass sie in ihrem Verhalten keinen Verstoss gegen das PBG erkennen könne.
B. Mit Verfügung vom 19. März 2008 erklärte der Stadtrat Luzern das Baugesuch vom 30. Juli 2007 als erledigt. Er hielt die X._ SA zur Entfernung der Parkplatzmarkierung an, unter Androhung der Straffolgen gemäss <ref-law> sowie der Ersatzvornahme. Der Stadtrat erliess ein Nutzungsverbot, wonach die Vorplatzfläche zwischen Schaufensterfront im Erdgeschoss des Wohn- und Geschäftshauses Bundesplatz 1, Grundstück 2963, und dem öffentlichen Trottoir zu keiner Zeit als Abstellplatz für Motorfahrzeuge genutzt werden dürfe. Dieses Nutzungsverbot sei durch die Stadtkanzlei auf Kosten der Grundeigentümerin im Grundbuch Luzern-Stadt, linkes Ufer, beim Grundstück Nr. 2963 als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung eintragen zu lassen.
C. Gegen diese Verfügung erhob die X._ SA am 17. April 2008 Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Dieses hiess die Beschwerde am 3. Juli 2009 teilweise gut und änderte Ziff. 3 des Rechtsspruchs des angefochtenen Entscheids dahin ab, dass das Nutzungsverbot im Grundbuch nicht eintragen, sondern als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung anmerken zu lassen sei. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ SA am 7. September 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei in den Punkten 1-3 aufzuheben und es sei festzustellen, dass der strittige Parkplatz zu Recht bestehe. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung mit zusätzlicher Beweisaufnahme an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei auf die Anmerkung eines Nutzungsverbots im Grundbuch zu verzichten.
E. Die Stadt Luzern und das Verwaltungsgericht beantragen Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid weist die Beschwerde ab und bestätigt damit das Nutzungsverbot und die Wiederherstellungsverfügung der Stadt. Es handelt sich um einen Endentscheid, gegen den grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen steht (Art. 82 ff. und 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als Adressatin der Wiederherstellungsverfügung und als Eigentümerin der vom Nutzungsverbot betroffenen Fläche zur Beschwerde befugt (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher grundsätzlich (vorbehältlich rechtsgenügend begründeter Rügen) einzutreten.
2. Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur, soweit eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht worden ist (<ref-law>). Hierfür gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Inwiefern diese Voraussetzung hier vorliegt, wird von der Beschwerdeführerin nicht dargelegt und ist auch nicht ersichtlich. Die von der Beschwerdeführerin vorgenommenen Ergänzungen ihrer Beweisanträge sind daher nicht zu berücksichtigen.
3. Das Verwaltungsgericht führte aus, dass die Markierung der strittigen Fläche als Parkplatz eine baubewilligungspflichtige Umnutzung darstelle. Gemäss Bebauungsplan B 129 Hirschmatt/Neustatt vom 8. Februar 1990/4. März 1997 verlaufe eine Baulinie entlang der Fassadenflucht. Nach Art. 8 Abs. 5 des Bau- und Zonenreglements der Stadt Luzern vom 5. Mai 1994 (BZR) i.V.m. § 30 Abs. 4 lit. b PBG/LU dürften Parkplätze zwischen der Baulinie und der Strassengrenze nur erstellt werden, solange dadurch weder die Verkehrssicherheit noch das Ortsbild beeinträchtigt werden. Vorliegend sei die Verkehrssicherheit beeinträchtigt, weil das Ein- und Ausparken nur unter Beanspruchung des öffentlichen Trottoirs möglich sei, und sich unmittelbar südwestlich der strittigen Fläche eine Tankstelle befinde, wo ebenfalls regelmässig Fahrzeuge zu- und wegfahren, und mithin die Sicht unter Umständen beeinträchtigt sei.
Die Nutzung als Parkplatz sei somit auch materiell rechtswidrig, weshalb die Behörde grundsätzlich berechtigt sei, ein Nutzungsverbot auszusprechen und die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands zu verfügen. Das Verwaltungsgericht erachtete die Wiederherstellungsverfügung als verhältnismässig, da die Entfernung der Markierung keinen unzumutbaren Aufwand erfordere. Die Baubehörde habe die Befugnis, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands zu verlangen, auch nicht verwirkt. Den Beweis, dass der Parkplatz schon seit mehr als 30 Jahren bestehe, könne die Beschwerdeführerin nicht erbringen. Ausserdem sei davon auszugehen, dass die Fläche nie als Parkfeld markiert gewesen sei. Gelegentliches Abstellen von Fahrzeugen in der Vergangenheit mache eine Fläche nicht zu einem Parkplatz.
Schliesslich verneinte das Verwaltungsgericht auch, dass sich die Beschwerdeführerin auf Vertrauensschutz berufen könne. Voraussetzung für die Schaffung einer Vertrauensgrundlage sei, dass die Behörde Kenntnis vom rechtswidrigen Zustand gehabt habe oder aber bei pflichtgemässer Kontrolle hätte haben können. Einen derartigen Kenntnisnachweis erbringe die Beschwerdeführerin nicht. Vielmehr bringe die Vorinstanz glaubhaft vor, das gelegentliche Parken in der Vergangenheit nie wahrgenommen zu haben; ohne Markierung des fraglichen Feldes habe dies auch von ihr nicht verlangt werden können. Die Stadt Luzern habe auf dem Vorplatz nordwestlich des Grundstücks nie einen Parkplatz bewilligt, noch zu erkennen gegeben, dass sie einen solchen dulde.
Die Beschwerdeführerin bestreitet vor Bundesgericht nicht mehr, dass das Markieren der Fläche als Parkplatz bewilligungspflichtig ist und dass sie keinen Anspruch auf Erteilung einer Baubewilligung hat. Sie vertritt aber weiterhin die Auffassung, dass die fragliche Fläche seit mehr als 30 Jahren regelmässig als Parkplatz benutzt worden sei, und dass sich daraus ein Vertrauens- bzw. ein Verwirkungstatbestand ergebe. Dies habe zur Folge, dass ihr auch künftig die Benutzung der Fläche als Parkplatz gestattet werden müsse.
4. Die Beschwerdeführerin rügt in erster Linie die Verletzung des rechtlichen Gehörs und Willkür bei der Beweiswürdigung. Sie habe in ihrer Eingabe an das Verwaltungsgericht zahlreiche Zeugen dafür benannt, dass die Fläche bereits seit über 30 Jahren als Parkplatz benutzt werde. Diese Zeugen seien vom Verwaltungsgericht nicht befragt worden. Das Verwaltungsgericht habe auch keine formelle Anfrage bei der Stadtpolizei eingeleitet, sondern habe ausschliesslich auf die Aussagen der Stadtverwaltung abgestellt. Es sei überdies lebensfremd anzunehmen, dass die Fläche, die einwandfrei zugänglich sei, nicht regelmässig zum Parken benutzt worden sei, nachdem Parkplätze am Bundesplatz - einem der wichtigsten Verkehrsknotenpunkte der Stadt - sehr begehrt seien und die wenigsten Häuser Parkierungsmöglichkeiten auf dem Grundstück hätten.
4.1 Das rechtliche Gehör gemäss <ref-law> dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört unter anderem das Recht des Betroffenen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden (<ref-ruling> E. 2b S. 56 mit Hinweis).
Nach der Rechtsprechung kann das Gericht allerdings das Beweisverfahren schliessen, wenn die Beweisanträge eine nicht erhebliche Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind oder wenn es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offensichtlichen Versehen beruht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 428; <ref-ruling> E. 4a S. 211 mit Hinweisen).
4.2 Im vorliegenden Fall war streitig, ob die Fläche schon seit mindestens 30 Jahren regelmässig als Parkplatz genutzt worden war. Die Beschwerdeführerin hatte hierfür verschiedene Zeugen benannt. Die meisten waren jedoch erst seit den 90'er Jahren Mieter oder Eigentümer von Liegenschaften am Bundesplatz 2 und konnten daher von vornherein keine Aussage zur früheren Nutzung der Fläche machen bzw. kannten diese Nutzung nur vom Hörensagen.
Dagegen waren die Zeugen die Eheleute Y._ bereits seit 1959 Mieter einer Wohnung am Bundesplatz 1; zudem war Herr Y._ (nach Angaben der Beschwerdeführerin) beruflich mit der Verwaltung der Liegenschaft befasst. Insofern kommt ihrer Aussage grösseres Gewicht zu. Diese Zeugen sollten nach den Ausführungen der Beschwerdeführerin bestätigen, dass der Parkplatz anfänglich allen Bewohnern der Liegenschaft und ihren Besuchern für kurzzeitiges Parkieren zur Verfügung stand (Grosseinkäufe, Kurzbesuche, usw.); dies habe die damalige Verwaltung so kommuniziert. Die fragliche Fläche sei daher mindestens seit 1959 regelmässig von verschiedensten Personen zum Parkieren benützt worden. Vor einer Neuteerung, wahrscheinlich in den 80'er Jahren, sei der Parkplatz sogar weiss eingezeichnet gewesen.
Selbst wenn die Eheleute Y._ dies in ihrer Aussage so bestätigt hätten, hätte das Verwaltungsgericht ihre Aussage jedoch willkürfrei dahingehend würdigen dürfen, dass die Fläche nur gelegentlich zum Parken benutzt wurde. Für diese Auslegung spricht die Präzisierung, dass der Platz nur für "kurzzeitiges" Parken zur Verfügung stand; auch die Beispiele (Grosseinkäufe von Kunden, Kurzbesuche) sprechen eher für eine kurzfristige, gelegentliche Nutzung als für einen regelmässig und dauerhaft benutzten Parkplatz.
Aus den von der Beschwerdeführerin genannten tatsächlichen Verhältnissen ergibt sich nichts anderes: Aufgrund der Parkraumnot am verkehrsreichen Bundesplatz ist ohne Weiteres davon auszugehen, dass die Fläche (wie auch das Trottoir) immer wieder kurzfristig zum Abstellen von Fahrzeugen verwendet worden ist; dagegen ist nicht zwingend auf eine ständige Nutzung als Parkplatz zu schliessen. Gegen eine regelmässige, dauerhafte Nutzung sprechen auch die Lage der Fläche (ohne bauliche Trennung vom Trottoir, unmittelbar vor dem Schaufenster eines Ladengeschäfts) und die für einen Parkplatz knappen Dimensionen (Länge 5 m; Breite 1.78 m an der schmalsten Stelle).
Nach dem Gesagten durfte das Verwaltungsgericht ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde. Damit liegt auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor.
4.3 Eine Befragung der Stadtpolizei wurde von der Beschwerdeführerin nicht beantragt; es ist auch nicht offensichtlich, dass eine solche vom Verwaltungsgericht von Amtes wegen hätte angeordnet werden müssen.
4.4 Ist somit die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts aus rechtlicher Sicht nicht zu beanstanden, so ist das Bundesgericht daran gebunden. Mithin scheidet eine Verwirkung bereits mangels 30-jähriger regelmässiger Nutzung als Parkplatz aus.
Es kann daher offen bleiben, ob eine Verwirkung überhaupt eintreten kann, wenn eine Fläche 30 Jahre lang rechtswidrig genutzt wird, diese Nutzung aber nicht durch bauliche Vorkehrungen, Markierungen etc. manifest wird, die Anlass für ein Einschreiten der Baubehörden hätten sein müssen. Im vorliegenden Fall wurde die Markierung des Parkplatzes erst im Jahr 2007 von der Beschwerdeführerin angebracht; auch eine allfällige (von der Beschwerdeführerin behauptete, aber nicht näher substantiierte) frühere Markierung bestand jedenfalls nicht während 30 Jahren.
5. Die Beschwerdeführerin beruft sich weiter auf den Schutz berechtigten Vertrauens. Die Stadtpolizei habe bis 2007 keine Bussen verteilt, habe das Parkieren auf der streitigen Fläche also als erlaubt erachtet. Die Stadtpolizei sei auch Teil der Stadtverwaltung, weshalb eine Vertrauensgrundlage bestehe, auf die sich die heutige Grundeigentümerin berufen könne.
5.1 Abgeleitet aus dem Grundsatz von Treu und Glauben, welcher den Bürger in seinem berechtigten Vertrauen auf behördliches Verhalten schützt, können falsche Auskünfte oder Zusicherungen von Verwaltungsbehörden unter bestimmten Voraussetzungen eine vom materiellen Recht abweichende Behandlung des Rechtsuchenden gebieten. Gemäss Rechtsprechung und Doktrin ist dies der Fall, wenn die Behörde in einer konkreten Situation mit Bezug auf bestimmte Personen gehandelt hat, wenn sie für die Erteilung der betreffenden Auskunft zuständig war oder die rechtsuchende Person die Behörde aus zureichenden Gründen als zuständig betrachten durfte, wenn die Person die Unrichtigkeit der Auskunft nicht ohne Weiteres erkennen konnte und sie im Vertrauen auf die Richtigkeit der Auskunft Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können; schliesslich darf die gesetzliche Ordnung seit der Auskunftserteilung keine Änderung erfahren haben (<ref-ruling> E. 5 S. 480; <ref-ruling> E. 3a S. 36; <ref-ruling> E. 3a S. 387; <ref-ruling> E. 4b S. 254; <ref-ruling> E. 2b S. 287; je mit Hinweisen). Der unrichtigen Auskunft gleichgestellt ist die Unterlassung einer behördlichen Auskunft, welche gesetzlich vorgeschrieben oder nach den im Einzelfall gegebenen Umständen geboten war (<ref-ruling> E. 5 S. 480 f. mit Hinweisen).
5.2 Im vorliegenden Fall ist bereits zweifelhaft, ob überhaupt ein Handeln oder ein relevantes Unterlassen der für die Bewilligung von Parkplätzen zuständigen Behörde (bzw. der von der rechtssuchenden Person als zuständig betrachteten Behörde) im Bezug auf die streitige Fläche vorlag und ob aus einem allfälligen Tolerieren bzw. Nichtbüssen von dort abgestellten Autos auf die Rechtmässigkeit des Parkens an dieser Stelle geschlossen werden durfte.
5.3 Die Frage kann jedoch offen bleiben, weil es auch an einer Vertrauensbetätigung fehlt: Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern sie (oder ihre Rechtsvorgänger), im Vertrauen auf die (angebliche) Gestattung des Parkierens durch die Stadtverwaltung, Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können. Dies ist auch nicht ersichtlich: Soweit die Beschwerdeführerin in der Vergangenheit einen Ertrag durch die Vermietung der Fläche als Parkplatz erzielt haben sollte, so hätte sie dadurch einen (unberechtigten) Vorteil erzielt, der ihr nicht mehr weggenommen werden kann; dagegen hat sie keinen Anspruch darauf, diesen Vorteil auch in Zukunft beizubehalten.
6. Liegen somit weder die Voraussetzungen der Verwirkung noch des Vertrauensschutzes vor, kann offen bleiben, ob der Fortbestand des rechtswidrigen Zustands eine ernsthafte und unmittelbare Gefahr für Leib und Leben der Bewohner oder Passanten schaffen würde, welche das Eintreten der Verwirkungs- bzw. der Vertrauensschutzfolgen ausschliessen würde.
7. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, die grundbuchliche Anmerkung des Nutzungsverbots sei unverhältnismässig und willkürlich. Mit der Anmerkung verschaffe sich die Stadt Luzern eine ungerechtfertigte Wirkung über die Geltungsdauer des Bebauungsplans B 129 hinaus. Zudem gehe die Anmerkung auch umfangmässig über die Bestimmungen des Bebauungsplans hinaus, der die Baulinien lediglich im Zusammenhang mit der geschlossenen Bauweise erwähne. Der Begriff "Motorfahrzeuge" sei unnötig ausgedehnt und unklar, vor allem in Bezug auf Zweiräder. Schliesslich liege eine verfassungswidrige Ungleichbehandlung vor, weil auch die gesamte Tankstellenanlage ausserhalb der Baulinie liege und nicht einsichtig sei, weshalb diese eine Sonderbehandlung erfahren solle, während ein kleiner Parkplatz ohne jegliche Hochbauten mit einem viel kleineren Abstand zur Baulinie verboten werde.
7.1 Das Verwaltungsgericht stützte die Anmerkung im Grundbuch auf § 211 PBG/LU. Diese Bestimmung lautet:
§ 211 Anmerkung öffentlich-rechtlicher Eigentumsbeschränkungen
1 Zum Vollzug des Raumplanungsgesetzes, der Raumplanungsverordnung, des Planungs- und Baugesetzes und der gestützt darauf erlassenen Bestimmungen kann die zuständige Behörde oder Dienststelle ihre Massnahmen, Auflagen und Bedingungen als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen im Grundbuch anmerken lassen.
2 Sie kann die öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen aufheben und im Grundbuch löschen lassen, wenn die Voraussetzungen dahingefallen sind.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die im Bebauungsplan B 129 entlang der Fassadenflucht festgesetzte Baulinie einer öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkung gleichkomme. Die Anordnung des Nutzungsverbots stelle eine Massnahme der Baubewilligungsbehörde zur Durchsetzung der Baulinie dar und könne daher im Grundbuch angemerkt werden. Die Funktion der Anmerkung bestehe in der Orientierung über das Nutzungsverbot.
7.2 Die Stadt Luzern legt dar, dass die Tankstelle 1950, zusammen mit der übrigen Bebauung auf der Ostseite des Bundesplatzes, erstellt worden sei. Die entlang der Fassadenflucht verlaufende Baulinie sei erst im Bebauungsplan B 129 Hirschmatt/Neustadt festgesetzt worden, der am 8. Februar 1990 vom Grossen Stadtrat beschlossen worden sei. Die Tankstelle habe somit als bestehende Anlage gemäss § 178 PBG/LU Bestandesschutz genossen, während für die Nutzung des Vorplatzes des Wohn- und Geschäftshauses Bundesplatz 1 als Parkplatz nie eine Baubewilligung erteilt worden sei.
Die Beschwerdeführerin bestätigt, dass die Tankstelle seit der Gebäudeerstellung, d. h. seit 1950, besteht und legt nicht dar, inwiefern bereits damals eine Baulinie bestand oder aus welchem anderen Grund die Nutzung als Tankstelle damals rechtswidrig gewesen sei. Dann aber bestehen Gründe für die bevorzugte Behandlung der Tankstelle (Bestandesschutz), weshalb kein Verstoss gegen <ref-law> vorliegt.
7.3 Die übrigen Rügen der Beschwerdeführerin erscheinen - soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen genügen und darauf eingetreten werden kann - unbegründet: Die Anmerkung informiert über das bestehende Nutzungsverbot; diese Information erscheint nicht überflüssig, nachdem die Beschwerdeführerin und ihre Mieter davon ausgegangen waren, die Fläche dürfe als Parkplatz genutzt werden. Sollte der Bebauungsplan bzw. die Baulinie einmal wegfallen, kann die Anmerkung wieder gelöscht werden (§ 211 Abs. 2 PBG/LU).
Die Frage, ob die Beschwerdeführerin das Recht hätte, die Vorplatzfläche als Parkplatz für (motorisierte) Zweiräder zu benutzen, wurde im kantonalen Verfahren nicht thematisiert. Diese Frage ist daher auch nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Luzern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber