Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in Basel ist im Handelsregister des Kantons Basel-Stadt eingetragen. Sie bezweckt die Ausübung sämtlicher mit der Aviatik zusammenhängenden Tätigkeiten, insbesondere den Betrieb des Bedarfsluftverkehrs, vor allem mit kleineren Jet-Flugzeugen, sowie den Handel mit Flugzeugen und Flugzeugbestandteilen. Die Gesellschaft kann sich an ähnlichen Unternehmen beteiligen. Sie verfügt über eine Zweigniederlassung in Kloten. Seit dem 1. Januar 1995 ist sie im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen.
Nach einer vorgängigen Besprechung mit der X._ AG stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung am 31. Oktober 2002 fest, diese habe die von ihr der Y._ Ltd., USA, in Rechnung gestellten Aircraft Managementleistungen zu Recht als steuerbar deklariert und die darauf entfallende Mehrwertsteuer im Betrage von Fr. 69'191.66 zu Recht bezahlt. Im Einspracheverfahren bestätigte sie diesen Entscheid, stellte jedoch fest, die Mehrwertsteuer sei im Betrag von Fr. 64'983.79 geschuldet. Die von der X._ AG gegen diesen Entscheid gerichtete Beschwerde wies die Eidgenössische Steuerrekurskomission am 28. November 2006 ab.
B. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 12. Januar 2007 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, den Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 28. November 2006 aufzuheben und die Eidgenössische Steuerverwaltung zu verpflichten, ihr eine Gutschrift über den unter Vorbehalt bezahlten Steuerbetrag in Höhe von Fr. 64'983.79 zuzüglich Vergütungszins von 5% zu erteilen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesverwaltungsgericht (als Nachfolgeorganisation der Eidgenössischen Steuerrekurskommission) hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In dem auf Ersuchen der Beschwerdeführerin angeordneten zweiten Schriftenwechsel halten beide Parteien an ihren Anträgen fest. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist am 28. November 2006 ergangen, womit für das vorliegende Verfahren noch die Bestimmungen des Bundesrechtspflegegesetzes (OG) zur Anwendung gelangen (Art. 132 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 [Bundesgerichtsgesetz; BGG; SR 173.110]). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann ein Verstoss gegen Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und lit. b OG). An die Sachverhaltsfeststellung ist das Bundesgericht gebunden, wenn - wie im vorliegenden Fall - eine richterliche Behörde als Vorinstanz den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
1.3 Streitig sind im vorliegenden Fall die von der Beschwerdeführerin für den Zeitraum vom 1. Januar bis zum 31. März 2001 in Rechnung gestellten Leistungen. In materieller Hinsicht sind damit ausschliesslich die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG; SR 641.20) anwendbar (<ref-law>).
1.4 Streitgegenstand bildet primär die Frage, ob die Vorinstanz dadurch Bundesrecht verletzt hat, dass sie die im 1. Quartal 2001 im Rahmen des am 23. Juli 1979 zwischen der Beschwerdeführerin und der Y._ Ltd. abgeschlossenen Vertrages erbrachten Leistungen als ein unteilbares Dienstleistungspaket und nicht als Einzelleistungen betrachtet hat.
2. 2.1 Der Steuer im Inland unterliegen die entgeltliche Lieferung von Gegenständen, die entgeltlich erbrachten Dienstleistungen, der Eigenverbrauch sowie der entgeltliche Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland, sofern sie nicht ausdrücklich von der Besteuerung ausgenommen oder befreit sind (<ref-law>).
Als Dienstleistung gilt jede Leistung, die keine Lieferung eines Gegenstandes ist (<ref-law>). Diese Bestimmung stellt im Sinne eines Auffangtatbestandes zur Vermeidung allfälliger Besteuerungslücken sicher, dass sämtliche Leistungen als Dienstleistungen erfasst werden, bei denen es sich nicht ausdrücklich um Lieferungen handelt (vgl. dazu Bericht vom 28. August 1996 der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrates zur parlamentarischen Initiative [Dettling] zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer zu Art. 7 E-MWSTG [BBl 1996 V 732] sowie Alois Camenzind/Niklaus Honauer/ Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2003, Rz. 275).
Die Unterscheidung zwischen Lieferungen, Eigenverbrauch und Dienstleistungen ist vor allem auch im Hinblick auf die örtliche Abgrenzung der Umsätze von Bedeutung (Art. 13, 14 und 15 MWSTG, vgl. E. 2.1.3).
2.2 Leistungen, die miteinander verbunden sind (sog. Leistungskomplexe), werden mehrwertsteuerrechtlich als einheitlicher wirtschaftlicher Vorgang betrachtet, wenn sie wirtschaftlich derart eng zusammengehören und ineinander greifen, dass sie ein unteilbares Ganzes bilden; es gelten für sie die gleichen Vorschriften (z.B. bezüglich Ort der Besteuerung, Steuersatz oder Steuerbefreiungsvorschriften). Liegt eine Gesamtleistung vor, erfolgt die mehrwertsteuerliche Behandlung nach der für diese wesentlichen Eigenschaften, d.h. nach der Leistung, welche wirtschaftlich betrachtet im Vordergrund steht. Liegt dagegen eine Hauptleistung mit einer oder mehreren akzessorischen Nebenleistungen vor, richtet sich die Beurteilung der Nebenleistung(en) stets nach den Eigenschaften der Hauptleistung; diese stellt den Kern der zu erbringenden Leistung dar.
Rechtsprechung und Lehre gehen davon aus, dass eine Gesamtleistung aus Komponenten mit unterschiedlichen Eigenschaften besteht, wobei diese durch die dauernde innere oder physische Verbindung charakterisiert sind. Für solche Leistungen bestimmt der wirtschaftliche Inhalt die Eigenschaft der Besteuerung.
Demgegenüber handelt es sich im Falle von Leistungskomplexen, die aus Haupt- und Nebenleistungen bestehen, bei den Nebenleistungen um eng mit der Hauptleistung verbundene Teilleistungen, die durch die Nähe des Leistungsortes oder des Leistungszeitpunktes charakterisiert sind. Die Hauptleistung stellt dabei den eigentlichen Kern dar, während die Nebenleistung nur nebensächlich ist, die Hauptleistung wirtschaftlich nur ergänzt, verbessert oder abrundet und dadurch mit ihr zusammenhängt und üblicherweise mit der Hauptleistung vorkommt (vgl. dazu Alois Camenzind, Einheitlichkeit der Leistung im Mehrwertsteuerrrecht, in IFF-Forum für Steuerrecht 2004, S. 241 ff. insb. Ziff. 3.2 und 6.3 mit Hinweisen und die dort zusammengefasste Judikatur; sowie Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, S. 37).
Liegt weder eine Gesamtleistung noch eine Haupt- und Nebenleistung vor, so handelt es sich um mehrere selbständige Leistungen, die mehrwertsteuerrechtlich getrennt zu behandeln sind. Zivilrechtlich selbständige Leistungen sind dann auch mehrwertsteuerrechtlich als Mehrheit von selbständigen Leistungen zu betrachten (vgl. Urteil 2A.452/2003 vom 4. März 2004, E. 3.1). Dies ergibt sich entweder aufgrund von ausdrücklichen Gesetzesbestimmungen (z.B. <ref-law> für gastgewerbliche Leistungen im Zusammenhang mit Umsätzen im Bereich der Erziehung) oder aus dem Fehlen der für eine Haupt- oder Nebenleistung im Sinne von <ref-law> erforderlichen Einheit.
Sind in einem Leistungskomplex Lieferungen und/oder Dienstleistungen enthalten, so richtet sich deren einheitliche Behandlung nach dem wirtschaftlichen Kerngehalt der gesamthaften Leistung. Bei der Umsetzung des Einheitlichkeitsgrundsatzes verlangt <ref-law> die Anwendung einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise, mit der Folge, dass diese der zivilrechtlichen vorgeht (vgl. Urteile 2A.452/2003 vom 4. März 2004, E. 3.1; 2A.520/2003 vom 29. Juni 2004, E. 10.1 und Urteil 2A.567/2006 vom 25. April 2007, E. 4.3, je mit Hinweisen).
2.3 Die einheitliche Anknüpfung aufgrund des Grundsatzes der Einheit der Leistungen ist vor allem für die Bestimmung des Ortes von steuerbaren Umsätzen von Bedeutung, gelten doch für Lieferungen, Dienstleistungen und den Eigenverbrauch unterschiedliche Ortsbestimmungen (Art. 13, 14 und 15 MWSTG).
Als Ort einer Dienstleistung gilt grundsätzlich der Ort, an dem der Dienstleistende seinen Geschäftssitz oder eine Betriebsstätte hat, von wo aus die Dienstleistung erbracht wird (<ref-law>; Erbringerortspinzip). Die Abweichungen von dieser Regel ergeben sich aus Art. 14 Abs. 2 und 3 MWSTG, wo der Gesetzgeber für verschiedene im Detail umschriebene Tatbestände mit Bezug auf den Ort solcher Leistungen anders anknüpft (z.B. für Managementleistungen am Empfängerortsprinzip [Art. 14 Abs. 3 lit. c. MWSTG] oder für Beförderungsleistungen am Land, wo sich die zurückgelegte Strecke befindet [<ref-law>]).
2.4 Die Schweiz ist zwar als Nichtmitglied nicht an die Rechtsprechung der Europäischen Union gebunden. Deren Gesetzgebung und Gerichtspraxis können aber dennoch für die Beurteilung von Mehrwertsteuerfragen in der Schweiz herangezogen werden. Das Bundesgericht hat erkannt, dass die Umsatzsteuer-Richtlinien der Europäischen Gemeinschaft und die Umsatzsteuerrechte ihrer Mitgliedstaaten eine nicht zu vernachlässigende Erkenntnisquelle und Interpretationshilfe darstellen können (<ref-ruling> E. 6a, S. 203 f.). Dies ist allerdings nur dann der Fall, wenn der schweizerische Gesetzgeber nicht bewusst von der EU-Regelung abweicht, wie dies z.B. für den Lieferbegriff (<ref-law>) zutrifft.
Im Gegensatz zur Schweiz kennt die 6. EG-Richtlinie keine ausdrückliche Norm, die den Einheitsgrundsatz gesetzlich verankert. Lehre und Rechtsprechung leiten diesen vielmehr aus Art. 2 Abs. 1 der 6. EG-Richtlinie (vgl. Hermann-Josef Tehler in Wolfram Reiss/Jörg Kraeusel/Michael Langer, Kommentar zum Umsatzsteuergesetz, Bd. 1, Rz. 234) bzw. aus den entsprechenden nationalen Bestimmungen ab, wonach jede Leistung grundsätzlich als selbständige Leistung zu betrachten ist (vgl. z.B. für Deutschland Axel Leonard in: Johann Bunjes/Reinhold Geist, Kommentar zum Umsatzsteuergesetz, 8. Aufl., München 2005, Rz. 5 und 85 zu § 3, oder für Österreich hans Georg Ruppe, Kommentar zum Umsatzsteuergesetz, 3. Aufl., § 30 ff.).
2.5 Die bis zum 30. Juni 2006 geltende Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung ist in der Branchenbroschüre Nr. 11, Luftverkehr (SR 610.540-11), ausführlich behandelt und dargestellt. Es wird festgehalten, dass als "Aircraft Management das Verwalten und Betreiben von Luftfahrzeugen gilt, die einer anderen Person/Firma bzw. einem anderen Eigentümer gehören. Um den Vertrag mit dem Eigentümer erfüllen zu können, bezieht die Aircraft Management Firma (Halter) für den Betrieb und die Verwaltung des Luftfahrzeuges Leistungen von Dritten oder erbringt sie mit eigenen Mitteln. Bei den von Dritten bezogenen Leistungen kann es sich um Lieferungen (z.B. Bezug von Treibstoffen, Catering, Wartungs- und Reparaturleistungen usw.) oder um Dienstleistungen im In- oder Ausland handeln. Die von Dritten bezogenen und die selbst erbrachten Leistungen (inkl. Management-Fees) werden dem Eigentümer in Rechnung gestellt" (vgl. Broschüre Ziff. 3.1.). Die Eidgenössische Steuerverwaltung geht davon aus, dass die Gesamtleistung aus dem Aircraft-Management-Vertrag mit Bezug auf die Leistungen des Halters an den Eigentümer als ein unteilbares Dienstleistungspaket zu betrachten ist und als Ort dieser Dienstleistung der Ort gilt, an dem die dienstleistende Person den Sitz ihrer wirtschaftlichen Tätigkeit oder eine Betriebsstätte hat, von wo aus die Dienstleistung erbracht wird (<ref-law>; Erbringerortsprinzip; vgl. Broschüre Ziff. 3.2.1). Liegt der Ort der Dienstleistung im Inland, so werden solche Dienstleistungen zum Normalsatz steuerbar.
Auf den 1. Juli 2006 wurde durch den Bundesrat mit Art. 1a der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTGV; SR 641.201) eine Praxisänderung eingeführt. Damit werden die Aircraft-Management-Leistungen neuerdings <ref-law>, d.h. dem Empfängerortsprinzip, unterstellt. Demnach gilt als Ort solcher Leistungen der Ort, an dem der Empfänger den Sitz seiner wirtschaftlichen Tätigkeit oder eine Betriebsstätte hat, für welche diese Leistungen erbracht werden.
2.6 Aufgrund der im vorinstanzlichen Verfahren und im Verfahren vor Bundesgericht ins Recht gelegten Unterlagen kann zur Verwaltungspraxis einzelner Länder der Europäischen Union folgendes festgestellt werden:
a) In Frankreich nimmt die Praxis eine Gesamtleistung an, behandelt die Aircraft-Management-Leistungen im Gegensatz zur Schweiz jedoch als Beförderungsleistungen.
b) Ebenso qualifizieren die britischen Steuerbehörden die Aircraft-Management-Leistungen als Gesamtleistung, gehen dann aber im konkreten Falle davon aus, dass die Gesamtleistung überwiegend im Ausland erbracht wird.
c) Mit Bezug auf die niederländische Verwaltungspraxis führt die Beschwerdeführerin aus, dass in Holland die im Rahmen eines Aircraft Managementvertrages erbrachten Leistungen nicht als Gesamtleistung zu betrachten sind, was von der Eidgenössischen Steuerverwaltung aufgrund der konkreten Umstände bezweifelt wird.
d) Für Deutschland liegen keine schriftlichen Stellungnahmen vor.
e) In Österreich wird nach der Antwort des Bundesministeriums für Finanzen keine Gesamtleistung angenommen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung weist freilich darauf hin, dass die Auskunft auf einem anderen Sachverhalt als im vorliegenden Fall basiert.
Zusammenfassend kann festgehalten werden, dass einzelne Länder die Aircraft-Managementleistungen als Gesamtleistungen betrachten, während andere möglicherweise Einzelleistungen annehmen. Die Praxis scheint somit uneinheitlich und bietet keine Entscheidungshilfe.
3. 3.1 Grundlage für die Beurteilung des konkreten Falles bilden allein das mit Datum vom 23. Juli 1979 abgeschlossene Service Agreement und die darauf basierende Rechnung. Danach ist davon auszugehen, dass die in der Schweiz ansässige Z._ A.G. - als "Service Agent" der in Washington D.C. domizilierten Y._ Ltd., als "Operator" und Eigentümerin einer in den USA registrierten Boeing 707-138B - verschiedene im Zusammenhang mit dem Betrieb dieses Flugzeuges stehende vertraglich vereinbarte Leistungen zu erbringen hat. Dazu gehören gemäss Ziffer 1 dieses Vertrages insbesondere folgende von der Vorinstanz genannten Leistungen: Bereitstellung der Besatzung, Unterhalt des Flugzeuges (insbesondere in Basel), Verwalten und Betreiben des Flugzeuges, Routen- und Flugplanung, Koordination der Flugaktivitäten, Aufrechterhaltung der Flugbereitschaft rund um die Uhr, Kontrolle der Rechnung im Zusammenhang mit eingekauften Dienstleistungen, Einholung von Überflug- und Landeerlaubnissen, Einkauf und Koordination von Abfertigungsleistungen auf den Flughäfen, Einkauf von Treibstoffen, Bestellung von Cateringleistungen, Führen von Aufzeichnungen und Statistiken.
Die Beschwerdeführerin erhält in ihrer Funktion als "Service Agent" eine monatliche Entschädigung ("flat fee") von Fr. 21'000.-- (Ziff. 2.1 und 2.2 des Vertrages). Daneben werden auch alle Leistungen entschädigt, welche die Beschwerdeführerin für die Bereitstellung von Drittleistungen erbringt.
Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, bezweckt der Vertrag die umfassende Sicherstellung des Betriebes der sich im Eigentum der Y._ Ltd. befindenden Boeing 707-138B durch die Beschwerdeführerin. Als Sicherheit für die gesamten anfallenden Kosten wird in Ziffer 2.3 des Vertrages eine Vorauszahlung von Fr. 450'000.-- für sechs Monate vereinbart. Mehrwertsteuerlich betrachtet bilden die von der Beschwerdeführerin gegenüber der Y._ Ltd. erbrachten Leistungen einen Leistungskomplex, der sowohl Gesamtleistungen als auch Haupt- und Nebenleistungen enthält, die in Form von Dienstleistungen und Lieferungen, aber auch als Eigenleistungen erbracht werden. Die in diesem Paket vereinbarten Leistungen, welche der Bereitstellung und dem Betrieb des Flugzeuges dienen, gehören dabei wirtschaftlich so eng zusammen und greifen gesamthaft so ineinander, dass sie als unteilbares Ganzes erscheinen und demnach auch wirtschaftlich als ein einheitlicher Vorgang im Sinne von <ref-law> zu betrachten sind. Dies gilt ebenfalls für die aufgrund des Vertrages erbrachten Nebenleistungen, die mit der Hauptleistung eng verbunden sind, diese wirtschaftlich ergänzen bzw. abrunden und im Rahmen des gesamten Aircraft-Managements auch üblicherweise so vorkommen.
Muss, wie im vorliegenden Fall, Leistungseinheit angenommen werden, so liegt mehrwertsteuerrechtlich nur eine Leistung vor. Die steuerlichen Folgen richten sich - einheitlich - nach dem wirtschaftlichen Inhalt der Gesamtleistung bzw. der Hauptleistung. Dies gilt sowohl für die Frage der Steuerbarkeit und des Steuerortes als auch für die Frage des Steuersatzes.
Kerngehalt des vorliegenden Leistungspaketes bildet das Verwalten, Bereithalten und Betreiben der Boing 707-138B in einem einsatzfähigen Zustand. Der aus Sicht der Y._ Ltd. als Verbraucherin zu beurteilende Leistungskomplex stellt demnach ein einheitlicher wirtschaftlicher Vorgang dar. Er wurde von der Eidgenössischen Steuerverwaltung im Sinne der Branchenbroschüre Nr. 11 daher zu Recht als Aircraft-Managementleistung bzw. als Dienstleistung im Sinne von <ref-law> und nicht als eine Mehrheit selbständiger Leistungen behandelt. Daran ändert auch die geltend gemachte, uneinheitliche Praxis der Europäischen Union nichts. Ebenso wenig trifft die Argumentation der Beschwerdeführerin zu, wonach zivilrechtlich selbständige Leistungen auch mehrwertsteuerrechtlich als selbständige Leistungen zu betrachten seien.
Was den Ort der Leistung betrifft, so wurde ebenfalls zu Recht auf das Erbringerortsprinzip (<ref-law>) abgestellt, nachdem das besagte Leistungspaket keiner der in Art. 14 Abs. 2 oder 3 MWSTG genannten Leistungen zugeordnet werden kann. Nur am Rande sei erwähnt, dass Umsätze aus Aircraft-Management-Leistungen nach dem damals geltenden Artikel 9 der 6. EU-Richtlinie ebenfalls unter das Erbringerortsprinzip fallen.
Anders verhält es sich allenfalls seit dem 1. Juli 2006, nachdem auf diesen Zeitpunkt durch den Bundesrat mit der Einführung von Art. 1a MWSTGV bewusst eine Praxisänderung vorgenommen wurde und Aircraft-Management-Leistungen damit neuerdings dem Empfängerortsprinzip nach <ref-law> zugeordnet werden.
3.2 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, dringt nicht durch.
Festzuhalten ist, dass hier einzig die auf der vertraglichen Vereinbarung zwischen den Parteien beruhenden Leistungen zu beurteilen sind. Die von der Beschwerdeführerin ins Recht gelegten übrigen Vereinbarungen sind daher unbeachtlich. Ebenso wenig bilden Leistungen, die von der Y._ Ltd. ausserhalb dieses Vertrages direkt von einem Dritten bezogen werden, Gegenstand dieses Verfahrens. Die im massgebenden Aircraft Managementvertrag zwischen den Parteien vereinbarten Leistungen sind umfassend geregelt und wie oben dargelegt als wirtschaftliche Einheit zu betrachten. Aus diesen Gründen sind die von der Beschwerdeführerin behaupteten Einzelleistungen abzulehnen.
Weder bewiesen noch stichhaltig sind die Argumente der Beschwerdeführerin betreffend Mitspracherecht. Daraus will sie ableiten, dass die Verantwortung für die Verwaltung und den Einsatz des Flugzeuges nicht in umfassender Weise an sie als Service-Agent übertragen worden ist und demnach Leistungen individuell bezogen werden konnten. Die vertraglichen Bestimmungen führen jedoch zu einer anderen Schlussfolgerung, findet sich doch einzig in Ziff. 4.5 der Vereinbarung ein Mitspracherecht, das sich allerdings auf die Gutheissung oder Abweisung von Termin- und Einsatzplänen bezieht. Daneben sprechen auch rein praktische Fragen der Mitspracheabwicklung gegen die Behauptungen der Beschwerdeführerin.
Einer näheren Prüfung halten auch die weiteren Argumente der Beschwerdeführerin, welche von einem Auftragsverhältnis ausgehen und zwischen Eigenleistungen, die durch die "Management fee" abgegolten werden, und Drittleistungen unterscheiden, nicht stand. Wesentlich erscheint hier, dass die Aufrechterhaltung der Flugbereitschaft, welche ausdrücklich Gegenstand der gegenseitigen Vereinbarung bildet, bedingt, dass die Einsatzbereitschaft durch regelmässige Wartung und Bereitstellung des erforderlichen Personals sowie der übrigen für den Einsatz erforderlichen Massnahmen sichergestellt ist. Dazu gehört auch die Bereitstellung und Ausstattung des Flugzeuges mit Flugbenzin, Oel und den übrigen für den Flug erforderlichen Betriebsmitteln und Ausrüstungsgegenständen (vgl. dazu insb. Ziff. 1.3 lit. a - j des Vertrages vom 23. Juli 1979). Die vertraglichen Vereinbarungen sprechen mithin klar gegen die Vorbringen der Beschwerdeführerin.
Unzutreffend sind auch die Ausführungen mit Bezug auf das jederzeitige Kündigungsrecht, zumal eine solche Klausel im massgebenden Vertrag fehlt.
Nichts zu ihren Gunsten kann die Beschwerdeführerin endlich aus dem von ihr zitierten Urteil des Bundesgerichts (2A.520/2003 vom 29. Juni 2004) im Zusammenhang mit den Abrechnungsmodalitäten für das Zurverfügungstellen einer Gesamtinfrastruktur ableiten. Massgebend waren in diesem Urteil vor allem die rechtliche Ausgestaltung als einfache Gesellschaft und die damit verbundenen Abrechnungsmodalitäten, die mit dem vorliegenden Sachverhalt nicht vergleichbar sind. Von Einzelleistungen könnte gegebenenfalls dann gesprochen werden, wenn die Beschwerdeführerin mit ihrem Kunden für die betroffene Leistung (z.B. Lieferungen) ein eigenes, konkretes Vertragsverhältnis abgeschlossen und nachgewiesen hätte. Davon aber kann nicht die Rede sein.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht im weiteren eine Verletzung des Grundsatzes der Wettbewerbsneutralität (<ref-law>) und des Bestimmungslandsprinzips geltend.
4.2 Gemäss <ref-law> erhebt der Bund eine allgemeine Verbrauchssteuer, welche den Grundsätzen der Wettbewerbsneutralität mit Anrechnung der Vorsteuer sowie unter Berücksichtigung der Überwälzbarkeit und der Wirtschaftlichkeit der Erhebung zu genügen hat. Ein Ausfluss dieses Grundsatzes bildet das Bestimmungslandsprinzip, das die Befreiung der Exporte und Belastung der Importe bzw. die Verlagerung des Orts der Leistung in das Bestimmungsland verlangt. In Rechtsprechung und Lehre ist anerkannt, dass sich die in <ref-law> genannten oder daraus abgeleiteten Grundsätze und Prinzipien primär an den Gesetzgeber und die Verwaltung richten, dass daraus aber keine subjektiven Rechte abgeleitet werden können (vgl. insbes. <ref-ruling>, Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, a.a.O. Einleitung, Rz. 63 und die dort aufgeführte Judikatur).
4.3 Ergibt sich aus den genannten Grundsätzen kein für den Steuerpflichtigen klagbarer Anspruch, ist die Beschwerde in diesem Punkte schon aus diesem Grunde abzuweisen.
5. 5.1 Für den Fall der Annahme einer Gesamtleistung will die Beschwerdeführerin die aufgrund des genannten Vertrages erbrachten Leistungen entweder als Managementleistungen betrachtet wissen, welche gemäss <ref-law> dem Empfängerortsprinzip unterstehen, oder aber als Beförderungsleistungen, die gemäss <ref-law> von der Steuer zu befreien wären.
5.2 Für die in <ref-law> genannten Managementdienstleistungen gilt das Empfängerortsprinzip, d.h. als Ort für solche Leistungen ist der Ort massgebend, an dem der Empfänger den Sitz seiner wirtschaftlichen Tätigkeit oder eine Betriebsstätte hat, für welche diese Dienstleistungen erbracht werden. Was unter dem Begriff der Managementleistungen zu verstehen ist, ergibt sich direkt weder aus dem Wortlaut dieser Bestimmungen, noch aus dem Bericht vom 28. August 1996 der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrates zu Art. 13 Abs. 3 E-MWSTG (BBl 1996 V 741). Die Lehre geht davon aus, dass darunter Managementleistungen zu subsumieren sind, die von einer Konzernzentrale für die einzelnen Konzerntöchter erbracht werden, wobei dazu unter Bezugnahme auf die Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung u.a die Wahrnehmung von Führungsfunktionen und Verwaltungsaufgaben - Überwachung und Koordination der Tätigkeiten oder Interessen innerhalb eines Konzerns, Informationsaustausch, -verschaffung oder -aufarbeitung, Erstellen von Statistiken, Wahrnehmung von Buchhaltungsaufgaben, Entwicklung von Verkaufsförderungs- und Marketingprogrammen, Erarbeitung von Marktstudien oder Marktforschung - verstanden werden (vgl. dazu Alois Camenzind, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, <ref-law>, Rz. 105; Manuel R.V. Vogel, Grenzüberschreitender Dienstleistungs- und Warenverkehr im Lichte der Mehrwertsteuer, Diss. Bern, S. 286); Merkblatt Nr. 06, Merkblatt über grenzüberschreitende Dienstleistungen, Ziffer 3.2.5, S. 7 [SR 610.545-06]).
5.3 Bei den von der Beschwerdeführerin gegenüber ihrem Kunden erbrachten Leistungen handelt es sich um solche, die im Zusammenhang mit der Bereitstellung einer flugtauglichen Boeing und deren Betrieb stehen. Selbst bei weiter Auslegung des Begriffs der Managementdienstleistungen fallen die mit dem vorliegenden Vertrag vereinbarten Leistungen nicht unter den Begriff der in <ref-law> genannten Beratungsleistungen, die dort im Vordergrund stehen. Dies ergibt sich auch aus der historischen Auslegung dieses Begriffs, der schon in der Praxis zur Verordnung über die Mehrwertsteuer praktisch gleich umschrieben wurde wie nunmehr in der Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung zum Mehrwertsteuergesetz. Er beschränkt sich klar auf Konzernleistungen und kann deshalb nicht auf Aircraft-Managementleistungen ausgedehnt werden.
5.4 Gemäss <ref-law> kann der Bundesrat zur Wahrung der Wettbewerbsneutralität Beförderungen im grenzüberschreitenden Luft- und Eisenbahnverkehr von der Steuer befreien. In Anwendung dieser Bestimmung wurden gewisse Leistungen im internationalen Luftverkehr von der Steuer befreit (vgl. Art. 6 MWSTGV). Zu den Beförderungsleistungen im Sinne von Art. 6 MWSTGV gehören die Beförderungen im Luftverkehr, bei denen nur der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt (Art. 6 Abs. 1 lit. a MWSTGV), sowie Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet (Art. 6 Abs. 1 lit. b MWSTGV).
Von einer Beförderungsleistung im Sinne der genannten Bestimmungen kann nach der Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung und der Rechtsprechung des Bundesgerichts (vgl. Urteile 2A.726/2004 vom 25. August 2005 E. 4.2, 2A.314/1998 vom 27. Februar 2001 E. 3 f. und 2A.519/1998 vom 24. April 2001 E. 4b) dann gesprochen werden, wenn zwischen einem einzelnen Passagier und einem Luftfahrtunternehmen ein Vertrag über den Transport auf einer bestimmten Flugstrecke zustande kommt (vgl. dazu Branchenbroschüre Nr. 11, Luftverkehr, Ziffer 1). Dies trifft auf jeden Fall für den konzessionierten Linienverkehr zu (vgl. Nachtrag zur Branchenbroschüre Nr. 11, Ziffer 1c).
Im gewerbsmässigen Nichtlinienverkehr kann eine Beförderung dann vorliegen, wenn
a) ein steuerpflichtiges Unternehmen das Luftfahrzeug als Ganzes oder Teile davon Dritten überlässt,
b) keine Vercharterung vorliegt,
c) und überdies die folgenden Bedingungen kumulativ erfüllt sind:
aa) Es kommt ein Vertrag zwischen dem Reisenden und dem die Transportleistung anbietenden Unternehmen zustande;
bb) Das die Transportleistung anbietende Unternehmen kann mittels geeigneter schriftlicher Unterlagen nachweisen, dass beim Auftraggeber die Beförderung im Vordergrund steht und dieser die Kosten des Transports nicht im Rahmen einer kommerziellen Tätigkeit den einzelnen Reisenden in Rechnung stellt.
Dass die aufgrund der bundesgerichtlichen Rechtsprechung von der Eidgenössischen Steuerverwaltung im Nachtrag zur Branchenbroschüre Nr. 11 aufgestellten Bedingungen, insbesondere eine vertragliche Vereinbarung zwischen dem Reisenden und dem Lufttransportunternehmen, erfüllt sind, wird weder behauptet noch nachgewiesen. Eine Subsumption der zur Diskussion stehenden Aircraft-Managementdienstleistungen unter diese Bestimmungen fällt demnach ausser Betracht. Die Beschwerde ist deshalb auch mit Bezug auf den Eventualantrag abzuweisen.
6. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich damit in allen Teilen als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und der Eidgenössischen Steuerverwaltung sowie dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: