Sachverhalt:
A. Die A._ AG betraute die X._ AG, (Klägerin) mit der Generalplanung der Sanierung/des Umbaus und der Aufstockung ihres Hochhauses in B._. Die Klägerin vergab die Ausführungsplanung und die Fachbauleitung der Tragwerksverstärkung sowie die Baukontrolle der Aufstockung Ende 1999 an die darauf spezialisierte Y._ AG (Beklagte).
Mitte August 2000 führte ein stürmisches Unwetter dazu, dass die Windverbände knickten. Die Beklagte übernahm die Verantwortung für diesen Vorfall und bestätigte anfangs September 2000, es seien diverse Fehler bei der Ausführung der Ingenieurarbeiten durch sie gemacht worden. Zwischen den Parteien, deren Haftpflichtversicherungen sowie der A._ AG fanden verschiedene Besprechungen zur Schadensregelung statt. Ab Juni 2001 zog sich die Haftplichtversicherung der Beklagten, die C._ Versicherung, aus den Verhandlungen zurück und vertrat den Standpunkt, die A._ AG könne die Beklagte nicht direkt belangen, weshalb der Schaden durch die D._ Versicherung als Haftpflichtversicherung der Klägerin gedeckt werden müsse. Die C._ Versicherung leistete der A._ AG eine Zahlung von Fr. 300'000.--. Im Schreiben vom 15. Juni 2001 bezeichnete sie diese als Gefälligkeitszahlung und führte aus, daraus dürfe weder eine stillschweigende Anerkennung einer zivilrechtlichen Haftung der Beklagten abgeleitet werden, noch sei damit eine Anerkennung einer Schadenersatzforderung verbunden. In der Folge regelte die Klägerin mit Vereinbarung vom 20. September 2002 den Schadensfall einvernehmlich mit der A._ AG und entschädigte diese mit Fr. 1'083'799.65.
B. Die Klägerin belangte die Beklagte mit Eingabe vom 5. Januar 2004 vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich auf Schadenersatz aus Vertrag in der Höhe von Fr. 1'265'184.-- nebst Zins zu 5 % seit 21. Oktober 2003 (Fr. 1'083'799.65 für die von der Klägerin an die A._ AG bezahlte Entschädigung [Fr. 860'311.65 unter dem Titel reine Baukosten; Fr. 223'488.-- unter dem Titel Folgekosten bzw. Position Inkonvenienz E._ AG]; Fr. 34'308.45 für Zinsen und Bankkosten im Zusammenhang mit der Schadensregelung bis am 20. Oktober 2003; direkter Schaden der Klägerin im Betrag von Fr. 147'076.-- [Fr. 59'641.30 für den mit der Bauleitung bezüglich der Verstärkungsarbeiten beauftragten Architekten F._; Fr. 22'830.55 für den Aufwand ihrer Mitarbeiter; Fr. 28'456.70 für den von Verwaltungsrat Rechtsanwalt G._ in Rechnung gestellten Betrag; Fr. 36'147.55 für die Anwaltskosten bis zur Klageeinleitung]). Am 30. Oktober 2006 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte, der Klägerin Fr. 555'353.05 nebst Zins zu 5 % seit 21. Oktober 2003 zu bezahlen (Fr. 510'728.55 für die Entschädigung der A._ AG [Fr. 544'640.55 für reine Baukosten zuzüglich Fr. 266'088.-- für Folgekosten abzüglich der Zahlung der C._ Versicherung von Fr. 300'000.--]; Fr. 16'167.80 für Zinsen und Bankkosten; direkter Schaden der Klägerin im Betrag von Fr. 28'456.70.-- [Fr. 0.-- für die Kosten des Architekten F._; Fr. 0.-- für den Aufwand der Mitarbeiter; Fr. 28'456.70 für den von Verwaltungsrat Rechtsanwalt G._ in Rechnung gestellten Betrag; Fr. 0.-- für die Anwaltskosten bis zur Klageeinleitung]). Im Mehrbetrag wies es die Klage ab.
Die gegen dieses Urteil von der Klägerin erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Zirkulationsbeschluss vom 5. Oktober 2007 ab, soweit es darauf eintrat. Gegen diesen Beschluss wurde kein Rechtsmittel ergriffen.
C. Die Klägerin beantragt mit eidgenössischer Berufung, das Urteil des Handelsgerichts vom 30. Oktober 2006 aufzuheben und die Beklagte zur Bezahlung von Fr. 1'265'184.-- nebst Zins zu 5 % seit 21. Oktober 2003 zu verpflichten. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung und Bestätigung des angefochtenen Urteils.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Das vorliegende Berufungsverfahren richtet sich noch nach dem OG, da der angefochtene Entscheid vor Inkrafttreten des BGG ergangen ist (Art. 132 Abs. 1 BGG).
1.2 Nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist in der Berufungsschrift anzugeben, welche Bundesrechtssätze der angefochtene Entscheid verletzt und inwiefern er gegen sie verstösst. Dabei ist auf die Begründung des angefochtenen Entscheids einzugehen und im Einzelnen aufzuzeigen, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt (<ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749). Auf nicht oder ungenügend begründete Begehren tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 6 S. 316). Fehl am Platz sind Rügen der Verletzung von Verfassungsrecht, so insbesondere der Vorwurf der Willkür (Art. 43 Abs. 1 Satz 2 OG), Erörterungen über die Anwendung kantonalen Rechts (<ref-ruling> E. 2c S. 252 mit Hinweisen) und Ausführungen, die sich in unzulässiger Weise gegen tatsächliche Feststellungen der Vorinstanz richten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 2 S. 93 mit Hinweisen).
Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht grundsätzlich an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 5.2 S. 573 mit Hinweis). Ausnahmen von dieser Bindung kommen nur in Betracht, wenn die Vorinstanz bundesrechtliche Beweisvor-schriften verletzt hat, wenn ihr ein offensichtliches Versehen unterlaufen ist (Art. 63 Abs. 2 OG) oder wenn der von ihr ermittelte Sachverhalt im Hinblick auf die Anwendung des Bundesrechts der Ergänzung bedarf (Art. 64 OG). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106; <ref-ruling> E. 2a S. 485 f., je mit Hinweisen). Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und sind damit unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2c S. 252). Ergänzungen des Sachverhalts haben nur zu erfolgen, soweit sie entscheidwesentliche Tatsachen betreffen (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 548; <ref-ruling> E. 3b S. 167; <ref-ruling> E. 1c S. 473). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 6a S. 81; <ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 3 S. 85).
Die vorliegende Berufungsschrift enthält mehrere Vorbringen, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, ohne dass den genannten Begründungsanforderungen entsprechende Sachverhaltsrügen vorgetragen würden. Insoweit ist die Klägerin nicht zu hören.
2. Die Vorinstanz führte aus, da unbestritten sei, dass die Beklagte fehlerhaft und damit unsorgfältig im Sinne des Auftrags- (Art. 398 OR) als auch mangelhaft im Sinne des Werkvertragsrechts (Art. 368 OR) gehandelt habe, könne offen bleiben, ob der zwischen den Parteien geschlossene Vertrag dem Auftrags- oder Werkvertragsrecht unterliege. Weiter unbestritten sei ein Verschulden seitens der Beklagten. Die Vorinstanz hielt indes bei einzelnen Schadenspositionen den natürlichen Kausalzusammenhang mit den Fehlern der Beklagten oder die Schadenspositionen selbst als nicht genügend substantiiert dargelegt oder als nicht erwiesen.
3. 3.1 Die Klägerin rügt eine Verletzung von Art. 97 i.V.m. Art. 41 OR. Sie stellt sich auf den Standpunkt, die Vorinstanz habe neben den übrigen Anspruchsvoraussetzungen auch die adäquate Kausalität zwischen den Fehlern der Beklagten und sämtlichen Schadenspositionen der Entschädigungszahlung an die A._ AG im Betrag von Fr. 1'083'799.65 bejaht, weshalb die klägerische Forderung in diesem Umfang gutzuheissen sei.
Die Klägerin verkennt mit dieser Rüge, dass sich die von ihr zitierten Ausführungen der Vorinstanz betreffend den adäquaten Kausalzusammenhang nicht auf den gesamten geltend gemachten Betrag der Entschädigungszahlung von Fr. 1'083'799.65, sondern nur auf die Schadenspositionen unter dem Titel "reine Baukosten" im Umfang von Fr. 544'640.55 beziehen. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass der natürliche Kausalzusammenhang bezüglich der Schadenspositionen 1-46 der Liste J._ bei Positionen im Umfang von Fr. 544'640.55, nicht aber bei Positionen im Betrag von Fr. 315'671.10 gegeben sei. Sie führte anschliessend weiter aus, der Schaden sei adäquat durch die Beklagte verursacht worden, da es durchaus dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung entspreche, dass ein Generalplaner mit seinem Auftraggeber über einen von seinem Subunternehmer/-planer als Hilfsperson verursachten Schaden einen Vergleich abschliesse und die vereinbarte Summe bezahle. Diese Ausführungen bezogen sich einzig auf die Schadenspositionen im Betrag von Fr. 544'640.55, bei denen der natürliche Kausalzusammenhang bejaht wurde. Sofern nämlich keine natürliche Kausalität besteht, erübrigt sich die Prüfung der Adäquanz (<ref-ruling> E. 3 S. 276).
3.2 Die Klägerin stützt sich mit ihren Ausführungen unter dem Titel "Einverständnis der Beklagten zum Vergleichsschluss, Streitverkündung" über weite Strecken auf Sachverhaltselemente, die von der Vorinstanz nicht festgestellt wurden. Dies ist insbesondere der Fall, wenn sie Bezug nimmt auf das Schreiben vom 21. Januar 2002 (act. 4/22) und auf die Belege act. 4/19, 4/21, 4/23, 4/28 bis 4/32. Da sie es unterlässt, rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben, gelten ihre Vorbringen, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und sind daher unzulässig (Erwägung 1.2).
Die Rüge der Verletzung des Vertrauensprinzips und der Art. 32 ff. OR erweist sich als unbehelflich, soweit sie überhaupt rechtsgenüglich begründet ist. Entgegen der Auffassung der Klägerin ist in der Auslegung der Vorinstanz, wonach sich aus der E-Mail des Mitarbeiters der C._ Versicherung vom 17. Juli 2002 nicht ergebe, dass die Vereinbarung vom 20. September 2002 zwischen der A._ AG und der Klägerin über Fr. 1'083'799.65 für die Beklagte oder die C._ Versicherung hinsichtlich des Schadensquantitativs verbindlich sei, keine Bundesrechtsverletzung zu erblicken.
3.3 Vor der Vorinstanz waren sich die Parteien uneinig über das Resultat der Schadensverhandlung vom 10. Mai 2001 und über die Verbindlichkeit der anlässlich dieser Verhandlung erarbeiteten Liste. Im Protokoll wurde festgehalten, dass "die Liste nun von allen Beteiligten akzeptiert (Fr. 955'000.-- Schaden; Fr. 593'000.-- Ohnehinkosten)" werde. Während die Beklagte behauptete, man habe sich am 10. Mai 2001 über die Höhe eines Teils des Schadens vergleichsweise geeinigt und dieser Teilvergleich sei folglich auch für das vorliegende Verfahren relevant, machte die Klägerin geltend, bei der Besprechung habe es sich lediglich um eine von mehreren Verhandlungen über einzelne Positionen des Schadens gehandelt; die Beklagte und die C._ Versicherung hätten aber am 10. Mai 2001 unter dem Titel "reine Baukosten" einen Schaden in der Höhe von Fr. 955'000.-- anerkannt. Die Vorinstanz erwog, es liege kein Teilvergleich vor. Sie erachtete eine Beweisabnahme über den natürlichen Konsens als nicht möglich und verneinte das Zustandekommen eines Vergleichs aufgrund des Vertrauensprinzips. Betreffend Anerkennung einzelner Schadenspositionen durch die Beklagte am 10. Mai 2001 führte sie aus, aus dem entsprechenden Protokoll lasse sich nicht herauslesen, weshalb die damals bereinigte Liste nur für die Beklagte, nicht aber für die Klägerin, verbindlich sein solle.
Die Klägerin rügt, wenn die Beklagte behaupte, dass anlässlich der Schadensverhandlung vom 10. Mai 2001 ein Vergleich zustande gekommen sei, behaupte sie implizit auch, bei ihr sei der innere Wille, einen Schaden von Fr. 955'000.-- als geschuldet anzuerkennen, vorhanden gewesen. Indem die Vorinstanz eine solche Anerkennung verneine, lege sie die von der Beklagten aufgestellte Behauptung resp. Erklärung nach dem Vertrauensprinzip nicht richtig aus und verletze damit Bundesrecht. Soweit die Vorinstanz zudem verkenne, dass die Beklagte den Grundsatz von Treu und Glauben verletze, da diese sich insofern widersprüchlich verhalte, als sie einmal das Zustandekommen einer Vereinbarung behaupte, aber das andere Mal den Inhalt der Vereinbarung nicht gegen sich gelten lassen wolle, liege eine Verletzung von Art. 2 ZGB vor.
Dem kann nicht gefolgt werden. Aus dem Protokoll vom 10. Mai 2001 und dem Umstand, dass sich die Beklagte vor der Vorinstanz dahingehend äusserte, das Protokoll sei für die Parteien im Sinne eines Teilvergleichs verbindlich, kann nach dem Vertrauensprinzip nicht geschlossen werden, die Beklagte habe am 10. Mai 2001 einseitig Fr. 955'000.-- anerkannt, während das Protokoll für die Klägerin nicht bindend sein solle. Eine Verletzung von Art. 2 ZGB ist auch nicht gegeben, da nicht ersichtlich ist, inwiefern ein widersprüchliches Verhalten der Beklagten vorliegen würde.
3.4 Die Klägerin rügt, die Vorinstanz habe den Begriff des natürlichen Kausalzusammenhangs nicht richtig interpretiert und damit Bundesrecht verletzt. Wenn die Vorinstanz zu Recht die adäquate Kausalität zwischen den Fehlern der Beklagten und der Zahlung an die A._ AG bejahe, dann bestätige sie damit implizit, dass auch die natürliche Kausalität zu bejahen sei.
Diese Rüge beruht erneut auf einem unzutreffenden Verständnis des angefochtenen Entscheids. Die Ausführungen zum adäquaten Kausalzusammenhang beziehen sich, wie bereits in Erwägung 3.1 ausgeführt, nur auf die Schadenspositionen bei denen die Vorinstanz den natürlichen Kausalzusammenhang bejaht hat. Die Vorinstanz sah den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den Schadenspositionen, im Betrag von Fr. 315'671.10 und dem schadensstiftenden Ereignis, den Fehlern der Beklagten, als nicht genügend substantiiert dargelegt und somit als nicht gegeben. Damit hat die Vorinstanz eine tatsächliche Feststellung getroffen, an die das Bundesgericht im Berufungsverfahren grundsätzlich gebunden ist. Denn ob ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht, beschlägt die tatsächlichen Verhältnisse (<ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen). Zulässige Rüge bildet indessen der Vorwurf, die Vorinstanz habe den bundesrechtlichen Begriff der natürlichen Kausalität verkannt (<ref-ruling> E. 2d S. 25). Dies ist indes vorliegend nicht der Fall, denn die Vorinstanz führte zutreffend aus, dass ein natürlicher Kausalzusammenhang dann gegeben ist, wenn das schadensstiftende Verhalten eine notwendige Bedingung (conditio sine qua non) für den eingetretenen Schaden ist, d.h. das fragliche Verhalten nicht weggedacht werden kann, ohne dass auch der eingetretene Erfolg entfiele (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2d S. 184; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 3a S. 376; <ref-ruling> E. 1 S. 396).
3.5 Die Rüge der Klägerin, die Vorinstanz habe Art. 2 ZGB verletzt, da die Klägerin in guten Treuen davon habe ausgehen dürfen, dass die einzelnen Schadenspositionen ausgewiesen und durch die Fehler der Beklagten verursacht worden sind, ist unbehelflich, soweit auf sie angesichts der zahlreichen neuen Sachverhaltselemente, welche die Klägerin vorbringt, überhaupt eingetreten werden kann (vgl. Erwägung 1.2). Mit ihren Ausführungen verkennt die Klägerin, dass die Frage, ob sie die Zahlungen an die A._ AG in guten Treuen geleistet habe, betreffend Schadenersatzanspruch aus Vertrag mit der Beklagten unerheblich ist. Denn Schadenersatz nach Art. 97 OR kann erst gesprochen werden, wenn namentlich ein Schaden vorliegt und der natürliche und adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem schadensstiftenden Ereignis (den Fehlern der Beklagten) und dem Schaden (der Verminderung der Aktiven der Klägerin) gegeben ist. Den Schaden und natürlichen Kausalzusammenhang hätte die Klägerin daher substantiiert behaupten und beweisen müssen. Sie kann sich nicht darauf beschränken, geltend zu machen, sie habe der A._ AG in guten Treuen Zahlungen geleistet.
3.6 Weiter rügt die Klägerin, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie zu hohe Anforderungen an die Substantiierung des natürlichen Kausalzusammenhangs gestellt habe.
Die Pflicht einer Prozesspartei, ihre Sachdarstellungen zu substantiieren, bedeutet, dass die Partei die Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen hat, dass darüber Beweis abgenommen werden kann. Dabei bestimmt das Bundesrecht, wie weit ein Sachverhalt zu substantiieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 3e S. 187 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 339). Wie weit die anspruchsbegründenden Tatsachen inhaltlich zu substantiieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können, ergibt sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und anderseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen dabei so konkret formuliert sein, dass ein substantiiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann. Bestreitet der Prozessgegner das an sich schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserheblichen Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat bezüglich der Positionen 3-6, 7.2, 10, 11, 13-16, 37.1, 37.2, 39, 46 der Liste J._ im Einzelnen begründet, weshalb sie den Kausalzusammenhang von der Klägerin als nicht genügend substantiiert erachtete. Inwiefern sie dabei zu hohe Anforderungen an die Substantiierung gestellt und dabei Bundesrecht verletzt hätte, geht aus der Berufung der Klägerin nicht im Einzelnen hervor und ist nicht ersichtlich. Entgegen der Klägerin liegt somit auch keine Verletzung von Art. 8 ZGB vor. Ob sie etwas resp. was sie zur Substantiierung tatsächlich vorgebracht hat, ist eine Tatfrage. Sofern sich die Klägerin - ohne rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben - gegen die diesbezüglichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz richtet, kann sie nicht gehört werden (Erwägung 1.2). Auch mit der weiteren Rüge, die Vorinstanz handle willkürlich, indem sie bei den einzelnen Positionen unterschiedliche Anforderungen an den Substantiierungsgrad stelle, ist die Klägerin im Berufungsverfahren nicht zu hören (Art. 43 Abs. 1 Satz 2 OG; Erwägung 1.2).
Ebenfalls nicht eingetreten werden kann auf die Vorbringen der Klägerin betreffend die Anforderungen an die Bestreitung durch die Beklagte. Denn im Unterschied zur Substantiierung der Sachbehauptungen zur Begründung eines Anspruchs, die wie vorhergehend ausgeführt, eine Frage des Bundesrechts ist, sind die Anforderungen an die Substantiierung einer Bestreitung Gegenstand des kantonalen Rechts, solange dieses damit nicht in Widerspruch zu Art. 8 ZGB gerät (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2d; Urteile 4C.153/1995 vom 14. September 1995, E. 3; 4C.380/1994 vom 14. September 1995, E. 3). Die Klägerin zeigt in diesem Zusammenhang keine Bundesrechtsverletzung auf und eine fehlerhafte Anwendung kantonalen Rechts kann mit Berufung nicht gerügt werden (vgl. Erwägung 1.2).
3.7 Die Klägerin macht weiter geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht vom Gesamtschaden, den sie als ausgewiesen erachtete, die Zahlung der C._ Versicherung als Haftpflichtversicherung der Beklagten von Fr. 300'000.-- in Abzug gebracht.
In diesem Zusammenhang rügt sie vor allem, die Vorinstanz habe die Erklärung der C._ Versicherung im Schreiben vom 15. Juni 2001 nicht richtig ausgelegt. Die C._ Versicherung habe auf eine Anrechnung der Zahlung an den Schaden verzichten wollen. Im Umstand, dass die Vorinstanz diese Zahlung nicht als Schenkung qualifiziert habe, sei eine Verletzung von Art. 239 ff. OR zu erblicken. Dem ist nicht zu folgen. Die Vorinstanz hat ausgeführt, die C._ Versicherung habe ihre Zahlung zwar im Schreiben vom 15. Juni 2001 als Gefälligkeitszahlung bezeichnet und festgehalten, sie wolle diese keinesfalls als Akonto-/Teilzahlung verstanden wissen. Sie habe aber weiter angeführt, daraus dürfe weder eine stillschweigende Anerkennung einer zivilrechtlichen Haftung abgeleitet werden, noch sei damit eine Anerkennung einer Schadenersatzforderung verbunden. Jedenfalls gelte es festzuhalten, dass die vorgenannte Gefälligkeitszahlung ausdrücklich ohne Präjudiz und vorerst unter Wahrung aller Rechte hinsichtlich der Haftpflicht der Beklagten und der Schadenshöhe erfolge. Die Vorinstanz erwog, dass nach Treu und Glauben aus diesem Schreiben vom 15. Juni 2001 nicht abgeleitet werden könne, die C._ Versicherung habe auf die Anrechnung der bereits geleisteten Fr. 300'000.-- für den Fall einer Forderung der geschädigten A._ AG oder eines Rückgriffs eines Haftpflichtigen auf sie resp. die Beklagte verzichten wollen. Vielmehr sei davon auszugehen, dass sie klar machen wollte, dass aus ihrer Leistung keine Anerkennung einer Zahlungspflicht abgeleitet werden könne. Diese Auslegung ist zutreffend und die Vorinstanz hat insoweit kein Bundesrecht verletzt.
Für den Fall, dass ihre Auffassung betreffend Schenkung nicht durchdringt, bringt die Klägerin vor, dass es ihr gelungen sei, anlässlich der Vergleichsverhandlung mit der A._ AG eine volle Anrechnung der von der C._ Versicherung geleisteten Zahlung von Fr. 300'000.-- auf den von der A._ AG geforderten Schadenersatz zu erwirken, obschon sich diese die Zahlung gar nicht hätte anrechnen lassen müssen. Deshalb habe die Klägerin lediglich Fr. 1'083'799.65 anstatt Fr. 1'383'799.65 an die A._ AG leisten müssen. Indem die Vorinstanz die Zahlung von Fr. 300'000.-- in Abzug bringe, sei die Zahlung von Fr. 300'000.-- doppelt berücksichtigt worden. Auch mit dieser Rüge dringt die Klägerin nicht durch. Soweit sie vorbringt, durch die Anrechnung seien die Schadenspositionen 47-52 sowie 54 und 55 der Liste J._ vollständig und die Position 53 teilweise erledigt worden, bringt sie neue, unzulässige Tatsachenbehauptungen vor, ohne entsprechende Sachverhaltsrügen zu erheben. Sie behauptet eine Anrechnung der Fr. 300'000.-- auf Schadenspositionen, die von der Vorinstanz als nicht erwiesen erachtet wurden. Da es die Klägerin im vorinstanzlichen Verfahren unterlassen hat, diese Schadenspositionen hinreichend zu behaupten und zu beweisen, kann sie bezüglich des Umstands, dass die Zahlung der Fr. 300'000.-- von der Schadenersatzforderung gegenüber der Beklagten in Abzug gebracht wurde, nichts zu ihren Gunsten ableiten.
3.8 Die Klägerin führt betreffend der anteilsmässigen Kürzung der von ihr geltend gemachten Zinsen und Kosten im Betrag von Fr. 34'308.45 aus, die Vorinstanz habe diesen Betrag anteilsmässig gekürzt, weil sie zu Unrecht nur einen Teil der klägerischen Forderung als geschuldet erachtete. Damit zeigt sie keine Bundesrechtsverletzung auf und ist demnach nicht zu hören (Erwägung 1.2).
3.9 Schliesslich bringt die Klägerin mehrere Rügen dagegen vor, dass ihr die Vorinstanz nicht den gesamten unter dem Titel "direkter Schaden der Klägerin" geforderten Betrag von Fr. 147'076.-- zugesprochen hat.
3.9.1 Die Klägerin forderte Fr. 59'641.30 für den von ihr mit der Bauleitung bezüglich der Verstärkungsarbeiten beauftragten Architekten F._. Die Vorinstanz erachtete diesen Schadensposten als ungenügend substantiiert behauptet.
Die Klägerin zeigt in ihrer Berufungsschrift nicht auf und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz mit den Anforderungen an die Substantiierung des Schadens Bundesrecht verletzt haben sollte. Sie rügt weiter, die Vorinstanz habe ihr das Recht auf Beweis abgesprochen und daher Art. 29 Abs. 2 BV sowie Art. 8 ZGB verletzt. Da eine ausreichende Substantiierung von Ansprüchen die Voraussetzung für den Beweisführungsanspruch bildet (Urteil 4C.340/1999 vom 31. Januar 2000, E. 2b), liegt keine Verletzung von Art. 8 ZGB vor. Mit der Rüge der Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV ist die Klägerin nicht zu hören (Art. 43 Abs. 1 Satz 2 OG; Erwägung 1.2).
3.9.2 Die Klägerin machte vor der Vorinstanz weiter geltend, zwei ihrer Mitarbeiter hätten im Zusammenhang mit der Schadensbehebung diverse Stunden aufgewendet, was einen Betrag von Fr. 22'830.55 ausmache. Die Vorinstanz erwog dazu, Schaden sei die Differenz zwischen dem Zustand, den das Vermögen ohne die unlautere Handlung haben würde, und dem Zustand, den das Vermögen effektiv habe. Vorliegend mache die Klägerin nicht geltend, ihre zwei Mitarbeiter hätten Überstunden geleistet oder sie hätten in jener Zeit, in der sie wegen der Sanierung der Statik beschäftigt gewesen seien, andere Tätigkeiten gewinnbringend ausführen können. Demnach würden die geltend gemachten Personalkosten im Betrag von Fr. 22'830.55 keinen Schaden darstellen.
Die Feststellung über den Bestand eines Schadens bildet eine Tatfrage, die das Bundesgericht im Berufungsverfahren nicht überprüfen kann (Art. 63 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 6.2 S. 576; <ref-ruling> E. 2e; <ref-ruling> E. 3c, je mit Hinweisen). Ebenfalls kann auf die Rüge der Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV nicht eingetreten werden (Art. 43 Abs. 1 Satz 2 OG; Erwägung 1.2). Eine Verletzung von Art. 8 ZGB ist zudem nicht ersichtlich.
3.9.3 Die Klägerin machte vor der Vorinstanz Kosten des Rechtsanwalts H._ in der Höhe von Fr. 36'147.55 geltend, die im Zusammenhang mit den Verhandlungen und dem Vergleichsschluss vom 20. September 2002 entstanden seien. Die Vorinstanz führte aus, diese Kosten müssten ersatzfähig sein, sofern sie im Zusammenhang mit der Erledigung des Schadensfalls notwendig oder nützlich und angemessen gewesen wären.
In ihrer Berufungsschrift bringt die Klägerin nichts gegen die Erwägung der Vorinstanz vor, dass der Betrag von Fr. 9'706.80 als nicht genügend substantiiert ausser Betracht falle, da nicht näher erklärt werde, wie die Rechnung vom 25. September 2003 für Bemühungen vom 10. Oktober 2002 bis zum 25. September 2003 über Fr. 9'706.80 mit der Vereinbarung vom 20. September 2002 zusammenhängen würden. Auf die Rüge gegen die Erwägung der Vorinstanz, wonach der restliche Aufwand von Rechtsanwalt H._ im Betrag von Fr. 26'440.75 nicht nötig und angemessen gewesen sei, kann nicht eingetreten werden, da die Klägerin ihre Vorbringen auf Sachverhaltselemente stützt, die von der Vorinstanz nicht festgestellt wurden (vgl. Erwägung 1.2).
4. Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Sommer