Faits :
A.
A.X._ est la mère des enfants B.X._ (10 avril 2006) et C.X._ (22 août 2012) nés hors mariage de pères différents.
Le 4 octobre 2013, le Service de protection des mineurs (ci-après : SPMi) a signalé au Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant (ci-après : TPAE), la situation fragile et préoccupante des enfants X._, faisant état notamment de maltraitances (coups) sur la fille, d'absentéisme très important, de suivi pédiatrique inconstant, de conditions de vie insalubres et de problèmes d'hygiène.
Le 25 juin 2014, le SPMi a rendu un préavis de retrait de la garde de la fille à sa mère et le déplacement de la mineure chez son père, vu la mise en danger de la santé psychologique et matérielle de la fille, les services d'aide et de protection des mineurs étant empêchés d'accomplir leur mission du fait de l'attitude obstructive et insultante de la mère et la police ayant interpellé la mineure, qui avait commis un petit vol et ne voulait plus rentrer chez sa mère, étant livrée à elle-même. Les craintes se portaient également sur le fils.
Par courrier du 28 juillet 2014, le SPMi a réitéré ses inquiétudes et a adressé au TPAE, le 31 juillet 2014, un complément de rapport concernant le fils, concluant notamment à l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative.
Le 1 er août 2014, à la suite du non-respect du droit de visite du père de la fille, une patrouille de la police judiciaire s'est rendue au domicile de la mère. Son rapport relève que les enfants vivaient dans l'insalubrité, que des poubelles jonchaient le sol et que le chien faisait ses besoins dans l'appartement, le fils (2 ans) marchant dedans.
Le 13 août 2014, un rapport de la brigade des mineurs a confirmé l'état " désastreux " des conditions de vie des enfants.
B.
Le 13 août 2014, le SPMi a prononcé deux "clauses-péril" concernant les deux mineurs.
B.a. Par ordonnances des 21 août et 4 septembre 2014, le TPAE a notamment ratifié les "clauses-péril" prises par le SPMI, retiré sur mesures provisionnelles la garde et le droit de fixer le lieu de résidence des deux mineurs à la mère, placé la fille auprès de son père et le fils dans un foyer, instauré plusieurs curatelles et limité l'autorité parentale de la mère dans la mesure de ces curatelles. Au fond, le TPAE a ordonné une expertise familiale.
La mère a recouru contre ces deux ordonnances concluant à leur annulation et à l'instauration de " mesures de protection proportionnées ".
Le TPAE a maintenu sa position et le SPMi a indiqué qu'une mesure superprovisionnelle de curatelle en faveur de la mère avait été prononcée le 17 octobre 2014.
Le 14 novembre 2014, la mère a transmis à la cour cantonale une copie d'un rapport établi par le foyer dans lequel est placé le fils, à teneur duquel le maintien du placement dans ce lieu d'accueil d'urgence se poserait, la période de crise étant passée, et un retour au domicile familial en attendant l'expertise semblerait plus adéquat. Invité à prendre position sur ce rapport, le SPMi a conclu à la confirmation de l'ordonnance attaquée, dès lors que l'évolution positive du mineur l'était précisément parce que des mesures avaient été prises, et qu'un retour au domicile familial n'était pas envisageable.
B.b. Statuant par décision du 9 décembre 2014, communiquée aux parties le 10 décembre 2014, la Chambre de surveillance de la Cour de justice a déclaré recevable le recours en tant qu'il concerne la ratification de la "clause-péril", irrecevable pour le surplus, et a confirmé l'ordonnance attaquée.
C.
Par acte du 12 janvier 2015, A.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de la décision entreprise et principalement au renvoi de la cause à l'autorité précédente, subsidiairement à sa réforme en ce sens que le retour immédiat de l'enfant C._ auprès d'elle est ordonné. Au préalable, la recourante sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale.
Invités à se déterminer sur le recours, le TPAE a déclaré ne pas avoir d'observations à formuler, le SPMi a confirmé la nécessité du prononcé de "clauses-péril", puis de mesures de protection par le TPAE, et l'autorité précédente s'est référée aux considérants de sa décision. Le TPAE et le SPMi ont tous deux transmis à la cour de céans une copie du dernier rapport établi par le second.

Considérant en droit :
1.
La décision entreprise, qui confirme une décision de ratification de deux "clauses-péril", est une décision prise en application de normes de droit public dans une matière connexe au droit civil, à savoir en matière de protection de l'enfant (art. 72 al. 2 let. b ch. 7 LTF; arrêts 5A_701/2011 du 12 mars 2012 consid. 1.1; 5A_763/2011 du 7 mars 2012 consid. 1; 5A_457/2009 du 9 décembre 2009 consid. 1.1). La question soumise au Tribunal fédéral est de nature non pécuniaire, de sorte que le recours est ouvert indépendamment de la valeur litigieuse (arrêts 5A_773/2012 du 31 janvier 2013 consid. 1 in fine; 5A_366/2010 du 4 janvier 2011 consid. 1.1). Le recours a par ailleurs été interjeté dans le délai (art. 46 al. 2 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, par une partie ayant qualité pour recourir (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>) prise par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (<ref-law>). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2.
Les "clauses-péril" rendues par le SPMi en vertu de l'art. 12 al. 7 de la Loi genevoise sur l'office de l'enfance et de la jeunesse (LOJeun; RSGe J 6.05) doivent être qualifiées de décisions d'urgence au sens de l'<ref-law>. Il s'ensuit que la décision de ratification de la "clause-péril" rendue par le TPAE constitue, de par sa nature, des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 p. 396). Dans ce contexte, le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir d'examen limité, seule la violation des droits constitutionnels pouvant être invoquée. Le Tribunal fédéral n'examine en outre les griefs de violation de droits constitutionnels que s'ils ont été invoqués et motivés ("principe d'allégation", <ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Le recourant qui se plaint de la violation d'un droit fondamental ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer ses allégations par une argumentation précise (<ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 400; arrêt 5A_99/2011 du 22 septembre 2011 consid. 2.1).
3.
Le recours a pour objet la ratification des "clauses-péril", le retrait provisionnel du droit de garde à la mère et le placement du fils dans un foyer.
4.
Invoquant les art. 9 Cst., 29 al. 2 Cst. et 8 CEDH, la recourante se plaint d'arbitraire de la décision attaquée. Elle expose que, dans son recours cantonal, elle attaquait la ratification des "clauses-péril" et également la mesure provisionnelle de retrait de la garde en se référant explicitement à l'<ref-law>, en sorte qu'elle considère que c'est à tort que la Chambre de surveillance a retenu qu'aucun grief ne lui était présenté concernant la mesure du retrait de la garde. La recourante affirme qu'elle a critiqué le retrait provisionnel du droit de garde et qu'une autre interprétation de la motivation de son recours est arbitraire et viole son droit d'être entendu, dès lors que l'autorité précédente devait entrer en matière sur ses critiques.
4.1. La Chambre de surveillance de la Cour de justice a relevé que, quand bien même la mère concluait à l'annulation de l'ordonnance du TPAE et à l'instauration de "mesures protectrices proportionnées", elle ne discernait pas dans son acte de recours de grief à l'égard des mesures provisionnelles concernant le retrait de la garde et les placement des enfants. La cour cantonale a estimé que la mère s'en prenait uniquement au prononcé, puis à la ratification des "clauses-péril", ainsi qu'au fonctionnement du SPMi. Faute de motivation au sens de l'<ref-law>, l'autorité précédente a donc déclaré irrecevable le recours en tant qu'il aurait concerné les mesures provisionnelles prononcées par le TPAE.
4.2. D'emblée, les griefs de violation des art. 9 Cst. et 8 CEDH sont irrecevables. La recourante n'explicite pas plus avant ses critiques d'arbitraire et de violation du droit au respect de la vie familiale, en se bornant à citer ces dispositions en préambule de son argumentation. Faute de motivation à ces égards, a fortiori suffisante (<ref-law>; cf. supra consid. 2), ces deux moyens sont irrecevables.
4.3. La jurisprudence a notamment déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) un devoir minimum pour l'autorité d'examiner et de traiter les questions pertinentes; ce devoir est violé lorsque, par inadvertance ou malentendu, le juge ne prend pas en considération des allégués, arguments, preuves et offres de preuve présentés par l'une des parties et importants pour la décision à rendre; dans ce cas en effet, la partie est placée dans la même situation que si elle n'avait pas eu la possibilité de présenter ses arguments (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 248 et les arrêts cités).
4.4. En l'occurrence, il apparaît à la lecture du recours cantonal que la mère a critiqué l'ensemble de la décision du TPAE, à l'exception de l'instauration des mesures de curatelle. Elle a explicitement mentionné l'<ref-law> et critiqué sans équivoque le retrait de son droit de garde et le placement de sa fille et de son fils. En outre, ainsi que l'a relevé à juste titre la cour cantonale, la mère a pris des conclusions tendant au prononcé de mesures provisionnelles " proportionnées ", ce qui suppose déjà qu'elle entend se plaindre des mesures actuelles. La Chambre de surveillance ne pouvait ignorer que la mère critiquait tant la ratification des "clauses-péril" que le retrait provisionnel de son droit de garde et le placement provisoire de ses enfants. La motivation de l'autorité précédente ne satisfait par conséquent pas au devoir d'examiner et traiter les problèmes pertinents tel qu'il découle de la garantie constitutionnelle de l'art. 29 al. 2 Cst., car la décision attaquée n'entre pas en matière sur la question du retrait provisionnel du droit de garde et celle du placement du fils, en dépit d'une critique explicitement motivée à ce sujet. Ainsi, le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) de la recourante a été violé. Le grief doit être admis et en conséquence, la cause renvoyée à l'autorité précédente.
4.5. Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner le second moyen de la recourante, qui - soulevant à nouveau le grief de violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) - réitère sa critique relative au retrait provisionnel de son droit de garde et critique, en substance, l'appréciation des preuves concernant la situation de son fils, dès lors que la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour statuer sur ces questions.
5.
Vu ce qui précède, le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Vu l'issue du litige, la recourante n'a pas à supporter de frais de justice. Le canton de Genève n'a pas non plus à supporter de frais (<ref-law>), mais doit verser à la recourante une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La requête d'assistance judiciaire présentée par la recourante pour la procédure devant le Tribunal fédéral devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. La décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Une indemnité de 1'500 fr., à verser à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Genève.
4.
La requête d'assistance judiciaire de la recourante est sans objet.
5.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant de Genève, au Service de protection des mineurs de Genève et à la Chambre de surveillance de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 2 avril 2015
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin