Faits:
A. Par arrêt du 24 septembre 2008, la Cour d'assises du canton de Genève a condamné Y._, pour infractions graves à la LStup, à 9 ans et demi de réclusion, sous déduction de la détention préventive.
Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants.
A.a Entre 2004 et 2005, alors qu'il occupait un appartement à Genève avec X._, Y._ a fait la connaissance, par l'intermédiaire de Z._, de B._. Ces quatre personnes ont régulièrement fait venir des mules, soit C._ et D._, du Bénin jusqu'à Genève ou Hambourg. Ces dernières ont transporté à chaque voyage une quantité de l'ordre d'un kilo de cocaïne fournie par B._.
La drogue importée à Genève était réceptionnée dans l'appartement de X._ et Y._. Acquise au prix de 25'000 euros le kilo, elle était coupée, puis revendue au prix de 55 à 110 fr. le gramme. Au total, le trafic, qui a duré deux ans, a porté sur 15 kilos de cocaïne.
A.b Y._ a confirmé qu'il vendait la drogue et que, dès le début de la mise en place du trafic, il avait eu l'idée d'en acheter une partie à crédit. Comme rémunération de son activité, il recevait un doigt de cocaïne qu'il revendait. Deux à trois fois par mois, il allait changer l'argent provenant de la revente de la drogue, qu'il remettait à Z._, lequel voulait être payé en euros.
B. Par arrêt du 19 juin 2009, la Cour de cassation du canton de Genève a rejeté le pourvoi formé par Y._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Se plaignant d'une motivation insuffisante et d'une violation des <ref-law> ou 63 aCP, il conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris. Il requiert également l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. A l'appui de son argumentation, le recourant produit un nouveau certificat médical. Il s'agit d'une pièce nouvelle qui est irrecevable au regard de l'<ref-law>.
2. Invoquant une violation de l'art. 63 aCP, le recourant se plaint de la peine infligée.
2.1 Les faits reprochés à l'intéressé ont été commis avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions de la partie générale du CP. Les autorités cantonales, qui ont statué postérieurement à cette date, devaient donc examiner si, en vertu du principe de la lex mitior (<ref-law>), le nouveau droit n'était pas plus favorable au recourant. A juste titre, elles ont appliqué l'ancienne loi, puisque la seule sanction qui entre en ligne de compte, au vu de la culpabilité du recourant, dépasse largement trois ans et que tout sursis est par conséquent exclu.
2.2 Pour fixer la peine, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Un recours portant sur la quotité de la peine ne peut donc être admis que si la sanction a été fixée en dehors du cadre légal, si elle est fondée sur des critères étrangers à l'art. 63 aCP, si les éléments d'appréciation prévus par cette disposition n'ont pas été pris en compte ou enfin si la peine apparaît exagérément sévère ou clémente au point que l'on doive parler d'un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 21; <ref-ruling> consid. 2c p. 104).
Le juge doit exposer dans sa décision les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. II peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui paraissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 104 s.; <ref-ruling> consid. 2d p. 269).
La gravité de la faute est le critère essentiel à prendre en considération dans la fixation de la peine et le juge doit l'évaluer en fonction de tous les éléments pertinents, notamment ceux qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir le résultat de l'activité illicite, le mode d'exécution, l'intensité de la volonté délictuelle et les mobiles, et ceux qui concernent l'auteur, soit les antécédents, la situation personnelle et le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 20; <ref-ruling> consid. 2a p. 103). Concernant la situation personnelle de l'auteur, le juge doit prendre en compte sa vulnérabilité face à la peine, soit son état de santé et son âge, ses obligations familiales, sa situation professionnelle, les risques de récidive, etc. La vulnérabilité face à la peine n'entre toutefois en considération, comme circonstance atténuante, que lorsqu'elle s'écarte du principe de la sensibilité commune à la douleur, comme par exemple en présence de lourdes maladies, de psychoses claustrophobiques ou de surdimutité (ATF 6S.120/2003 du 17 juin 2003 consid. 2.2 et les références citées).
2.3 Le recourant reproche aux autorités genevoises de ne pas avoir atténué sa peine en raison de son état de santé.
Selon les constatations cantonales, l'intéressé est atteint d'une poliomyélite évolutive qui l'empêche de marcher normalement. Il bénéficie de prothèses depuis peu. Certes, cette maladie lui complique la vie. Reste qu'elle ne lui occasionne pas de problèmes difficilement gérables en milieu carcéral. En effet, elle n'engendre pas de difficultés particulières sur le plan médical ou de la sécurité. De plus, l'usage de prothèses, de béquilles ou même d'un fauteuil roulant dans une prison ne présente pas plus de problèmes qu'en milieu libre. Par ailleurs, comme l'a démontré le recourant dans le cadre de son activité délictueuse, ses problèmes de mobilité ne l'ont pas entravé dans ses déplacements. Ainsi, la maladie de l'intéressé n'est pas de nature à accroître sa sensibilité à la peine de manière telle qu'elle justifierait une atténuation de celle-ci. Dans ces conditions, la Cour de cassation n'a pas violé le droit fédéral en refusant de tenir compte de l'état de santé de l'accusé comme circonstance atténuante. Le grief est donc rejeté.
2.4 Le recourant estime que la motivation de la Cour d'assises est insuffisante quant aux raisons pour lesquelles elle n'a pas atténué sa peine du fait de sa maladie et reproche à la Cour de cassation de s'être substituée à l'autorité de première instance en complétant elle-même la motivation défaillante.
Autant que l'intéressé critique le jugement de première instance, le recours est irrecevable (<ref-law>). Pour le reste, savoir si la Cour de cassation a abusé de son pouvoir en complétant une motivation insuffisante est une question qui relève de l'application du droit cantonal de procédure dont le recourant n'invoque toutefois aucune violation. Insuffisamment motivée au regard de l'<ref-law>, son argumentation est donc irrecevable.
3. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient dénuées de chance de succès, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (<ref-law> a contrario) et supporter les frais de justice (<ref-law>). Ceux-ci seront réduits pour tenir compte de la situation financière de l'intéressé.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 3 novembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani