Sachverhalt:
A. Gemäss dem ab 1. Januar 2003 geltenden Vorsorgekonzept der Firma X._ wurde die obligatorische berufliche Vorsorge der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer durch die Stiftung B._ durchgeführt. Für die Partner bestand bei der Stiftung Y._ im Rahmen der überobligatorischen beruflichen Vorsorge eine Ergänzungsversicherung. 2003 erteilte die Firma X._ der P._ AG den Auftrag, die Personalvorsorge der Partner zu analysieren und ein geeignetes Neukonzept auszuarbeiten. Am 4. Dezember 2003 tätigte die Firma X._ Einmaleinlagen in die Ergänzungsversicherung zu Gunsten von A._, F._, L._ und W._ in der Höhe von insgesamt Fr. 2'000'000.-. In ihrem Bericht «Vorschlag für ein neues Vorsorgekonzept» vom 19. Dezember 2003 fasste die P._ AG ihre Ergebnisse zusammen. Mit schriftlicher Vereinbarung vom 5. Januar 2004 beschlossen Arbeitgeber und Vorsorgekommission u.a. die «Revision of the Bel Etage Plan F4381» im Sinne von Ziffer 2.3 des Berichts rückwirkend ab 1. November 2003 sowie den Einkauf von Partnerjahren für die «senior partners» A._, F._, L._ und W._ durch die bereits erfolgte Zahlung und eine Zahlung in ungefähr gleicher Höhe im folgenden Jahr. Im Januar 2004 erliess die Stiftung Y._ rückwirkend ab 1. November 2003 ein neues Vorsorgereglement über die Ergänzungsversicherung der Firma X._. Am 26. Oktober 2004 leistete die Firma Einmaleinlagen zu Gunsten von A._, F._ und L._ in der Höhe von insgesamt Fr. 1'640'000.-.
Die Ausgleichskasse für das schweizerische Bankgewerbe, welcher die Firma X._ angeschlossen war, betrachtete die Einmaleinlagen von Fr. 3'640'000.- in die Ergänzungsversicherung bei der Stiftung Y._ als massgebenden Lohn. Mit Verfügung vom 17. November 2006 verpflichtete sie die Firma zur Nachzahlung paritätischer Beiträge inkl. Verwaltungskostenbeitrag und Verzugszinsen für 2003 und 2004 in der Höhe von Fr. 434'758.70. Mit Einspracheentscheid vom 19. Januar 2007 bestätigte sie die Beitragspflicht in der verfügten Höhe.
B. Die Beschwerde der Firma X._ sowie von A._, F._, L._ und W._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach zweifachem Schriftenwechsel mit Entscheid vom 24. Dezember 2008 ab.
C. Die Firma X._ sowie A._, F._, L._ und W._ lassen gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und zur Hauptsache beantragen, es sei festzustellen, dass die Einlagen des Arbeitgebers in die Ergänzungsversicherung 2003 und 2004 nicht massgebenden Lohn darstellen.
Die Verbandsausgleichskasse beantragt die Abweisung der Beschwerde, desgleichen das Bundesamt für Sozialversicherungen.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). In diesen Schranken ist von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
1.2 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Inwiefern dieses Tatbestandsmerkmal erfüllt ist und das neue Vorbringen nicht bereits im vorinstanzlichen Verfahren eingebracht werden konnte und musste, ist näher darzulegen (Urteil 4A_223/2007 vom 30. August 2007 E. 3.2 in fine; Hansjörg Seiler und andere, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 6 zu <ref-law>). Die Beschwerdeführer bringen erstmals vor Bundesgericht vor, das bis 31. Oktober 2003 gültig gewesene alte Vorsorgereglement über die Ergänzungsversicherung habe einen einseitigen Abänderungsvorbehalt zu Gunsten der Vorsorgekommission enthalten. Im Weitern sei das von der Stiftung Y._ im Januar 2004 mit Wirkung ab 1. November 2003 geänderte Vorsorgereglement über die Ergänzungsversicherung der Arbeitgeberin von der Vorsorgekommission nie formell genehmigt worden. In der Beschwerde wird nicht dargelegt, inwiefern diese - bezüglich des Abänderungsvorbehalts unbelegten, in Bezug auf die fehlende Genehmigung durch eine schriftliche Bestätigung der Vorsorgekommission vom 16. Februar 2009 belegten - Vorbringen erst durch den vorinstanzlichen Entscheid veranlasst worden sind. Sie sind somit unzulässig. Abgesehen davon sind sie nicht entscheidwesentlich.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann unter Berücksichtigung der den Parteien obliegenden Rügepflicht eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254; Urteil 9C_867/2008 vom 6. April 2009 E. 3).
2. 2.1 Als massgebender Lohn gilt jedes Entgelt für in unselbständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit (<ref-law>). Nicht zum massgebenden Lohn gehören unter anderem reglementarische Beiträge des Arbeitgebers an Vorsorgeeinrichtungen, welche die Voraussetzungen der Steuerbefreiung nach dem DBG [Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer; SR 642.11] erfüllen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
2.2 Von <ref-law> erfasst werden nur Beiträge, welche aufgrund des Reglements oder der Statuten einer Vorsorgeeinrichtung geschuldet sind. Dazu genügt es nicht, dass das Reglement eine Einlage des Arbeitgebers zulässt, sondern es muss sie (grundsätzlich oder in einem bestimmten Zusammenhang) vorschreiben (AHI 2004 S. 253, H 32/04 E. 4.2). Von der Beitragspflicht befreit ist nur, was der Arbeitgeber gestützt auf ihm grundsätzlich entzogene, jedenfalls nicht ad hoc im Einzelfall abänderbare normative Grundlagen zu leisten hat, sei es regelmässig, periodisch oder allenfalls anlässlich einer vorzeitigen Pensionierung (<ref-ruling> E. 7.4 S. 560). Im Urteil 9C_52/2008 vom 23. Mai 2008 E. 4.4.3 hat das Bundesgericht präzisiert, dass für die Anwendung von <ref-law> genügt, wenn die Leistung des Arbeitgebers an die Vorsorgeeinrichtung zwingend im Vorsorgereglement verlangt wird, sobald eine bestimmte im Arbeitsverhältnis begründete Situation vorliegt. Dabei steht dem Arbeitgeber ein gewisser Spielraum in der Herbeiführung dieser Situation zu (E. 4.4.3). Beiträge und Einmaleinlagen stellen jedoch nur insoweit nicht massgebenden Lohn dar, als sie angemessen sind. Die Angemessenheit beurteilt sich nach steuerrechtlichen Grundsätzen (Urteil 9C_387/2008 vom 14. April 2009 E. 3).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat wie schon die Ausgleichskasse die 2003 und 2004 geleisteten Einmaleinlagen der Beschwerdeführerin (Arbeitgeberin) zu Gunsten der vier Beschwerdeführer (Arbeitnehmer resp. «senior partners») in die Ergänzungsversicherung bei der Stiftung Y._ als massgebenden Lohn qualifiziert. Sie hat erwogen, die Zahlungen seien gestützt auf Art. 11 Abs. 5 des einschlägigen Vorsorgereglements erfolgt. Nach dem unmissverständlichen Wortlaut dieser Bestimmung und Art. 11 Abs. 1 seien sie nicht vorgeschrieben und nicht geschuldet gewesen, weshalb sie keine reglementarischen Beiträge im Sinne von <ref-law> darstellten.
3.2 In der Beschwerde wird vorgebracht, Art. 11 Abs. 1 und 5 des Vorsorgereglements seien in rechtlicher Hinsicht nicht relevant. Die Vorsorgekommission habe das Reglement nie formell genehmigt. Abgesehen davon habe die Stiftung Y._ resp. die Z._ als deren Geschäftsstelle im Schreiben vom 31. August 2005 die fraglichen Bestimmungen als missverständlich bezeichnet. Es gehe jedenfalls nicht an, gestützt auf den Wortlaut von Art. 11 des Reglements zu prüfen, ob die Einlagen des Arbeitgebers zum massgebenden Lohn gehören oder nicht. Anderseits hätten die Arbeitgeberin und die Vorsorgekommission am 5. Januar 2004 schriftlich vereinbart, das Vorsorgereglement über die Ergänzungsversicherung für die Partner zu revidieren. Dieser Beschluss habe unabhängig davon, ob ein entsprechend geändertes Reglement vorliege oder nicht, konstitutive Wirkung, da angenommen werden dürfe, dass das alte Vorsorgereglement einen einseitigen Abänderungsvorbehalt zu Gunsten des zuständigen Stiftungsorgans enthalten habe. Aus dem Konzept der P._ AG im Bericht vom 19. Dezember 2003 ergebe sich sodann ohne weiteres, dass die fraglichen Einlagen weder als individuelle (Sonder)zuwendung noch als Zahlung, die nach Gutdünken erbracht werde, zu betrachten seien. In beiden Dokumenten fehlten Aussagen, aus denen auf Freiwilligkeit der Zahlungen geschlossen werden könnte. Die Orientierung der Altersrente an einer Zielrente und die volle Finanzierung der entsprechenden Kosten (in Form von Einlagen) sei als integrierender unverzichtbarer Bestandteil des neuen Vorsorgeplanes zu betrachten. Sie seien demzufolge vom Arbeitgeber geschuldet und obligatorisch zu erbringen. Bei den fraglichen Zahlungen handle es sich somit um eine reglementarisch vorgesehene Einlage im Sinne von <ref-law>.
4. 4.1 Das Vorsorgereglement über die Ergänzungsversicherung der Beschwerdeführerin zu Gunsten der Partner wurde von der Stiftung Y._ im Januar 2004 verfasst. Es trat laut Art. 20 Ziff. 1 auf den 1. November 2003 in Kraft. Das Reglement war offenbar nicht vorgängig von der Vorsorgekommission genehmigt worden. Es enthielt jedenfalls keine Genehmigungsklausel. Es bestehen keine Anhaltspunkte in den Akten, dass die Kommission die Genehmigung verweigert hätte. Ebenfalls wurden die gemäss Bericht der P._ AG vom 19. Dezember 2003 seit 1. Januar 2003 in Kraft gestandenen Vorsorgereglemente über die Ergänzungsversicherung der Beschwerdeführerin nicht für aufgehoben erklärt. In der in diesem Verfahren eingereichten «Bestätigung» vom 16. Februar 2009 hält die Vorsorgekommission fest, sie habe das Reglement als fertiges Dokument erhalten. Sie sei von der Stiftung Y._ nie darauf aufmerksam gemacht worden, dass sie das Reglement zu prüfen und nach allfälligen Änderungen, welche sie beantragen könne, formell zu genehmigen habe. Sie sei davon ausgegangen, dass das Reglement dem Beschluss vom 5. Januar 2004 und dem Konzept von der P._ AG im Bericht vom 19. Dezember 2003 entspreche. Es kann offenbleiben, ob die «Bestätigung» vom 16. Februar 2009 ein unzulässiges neues Beweismittel im Sinne von <ref-law> darstellt und daher unbeachtet zu bleiben hat (E. 1.2).
4. 4.1 Das Vorsorgereglement über die Ergänzungsversicherung der Beschwerdeführerin zu Gunsten der Partner wurde von der Stiftung Y._ im Januar 2004 verfasst. Es trat laut Art. 20 Ziff. 1 auf den 1. November 2003 in Kraft. Das Reglement war offenbar nicht vorgängig von der Vorsorgekommission genehmigt worden. Es enthielt jedenfalls keine Genehmigungsklausel. Es bestehen keine Anhaltspunkte in den Akten, dass die Kommission die Genehmigung verweigert hätte. Ebenfalls wurden die gemäss Bericht der P._ AG vom 19. Dezember 2003 seit 1. Januar 2003 in Kraft gestandenen Vorsorgereglemente über die Ergänzungsversicherung der Beschwerdeführerin nicht für aufgehoben erklärt. In der in diesem Verfahren eingereichten «Bestätigung» vom 16. Februar 2009 hält die Vorsorgekommission fest, sie habe das Reglement als fertiges Dokument erhalten. Sie sei von der Stiftung Y._ nie darauf aufmerksam gemacht worden, dass sie das Reglement zu prüfen und nach allfälligen Änderungen, welche sie beantragen könne, formell zu genehmigen habe. Sie sei davon ausgegangen, dass das Reglement dem Beschluss vom 5. Januar 2004 und dem Konzept von der P._ AG im Bericht vom 19. Dezember 2003 entspreche. Es kann offenbleiben, ob die «Bestätigung» vom 16. Februar 2009 ein unzulässiges neues Beweismittel im Sinne von <ref-law> darstellt und daher unbeachtet zu bleiben hat (E. 1.2).
4.2 4.2.1 Die Rechtsbeziehungen zwischen versichertem Arbeitnehmer und privater Vorsorgeeinrichtung werden im Bereich der weitergehenden beruflichen Vorsorge durch den Vorsorgevertrag geregelt. Auf diesen von der Lehre und Rechtsprechung den Innominatverträgen sui generis zugeordneten Vertrag ist der Allgemeine Teil des Obligationenrechts anwendbar (Art. 1-183 OR). Reglement oder Statuten stellen den vorformulierten Inhalt des Vorsorgevertrages dar, vergleichbar Allgemeinen Vertrags- oder Versicherungsbedingungen, denen sich der Versicherte konkludent, durch Antritt des Arbeitsverhältnisses und unwidersprochen gebliebene Entgegennahme von Versicherungsausweis und Vorsorgereglement, unterzieht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 227).
4.2.2
4.2.2.1 Ist wegen der besonderen Natur des Geschäftes oder nach den Umständen eine ausdrückliche Annahme nicht zu erwarten, so gilt der Vertrag als abgeschlossen, wenn der Antrag nicht binnen angemessener Frist abgelehnt wird (<ref-law>). Entsprechend dem Grundsatz, dass Schweigen nicht Einverständnis bedeutet, ist diese Bestimmung nicht weit auszulegen (Urteil 4P.143/1993 vom 23. Dezember 1993 E. 2b). Ob einem Bestätigungsschreiben nach geführten Vertragsverhandlungen, das unwidersprochen bleibt, rechtserzeugende Kraft zukommt und demzufolge das Zustandekommen eines Vertrages anzunehmen ist, beurteilt sich nach dem Vertrauensgrundsatz. Die Frage ist zu bejahen, wenn der Empfänger schweigt, obschon er an sich allen Anlass hätte, dem Schreiben zu widersprechen. Umgekehrt darf der Absender nicht von einer solchen Bindung ausgehen, wenn sein Schreiben vom Verhandlungsergebnis derart abweicht, dass nach Treu und Glauben nicht mehr mit dem Einverständnis des Empfängers gerechnet werden darf (<ref-ruling> E. 2c/aa S. 41 mit Hinweis auf die Lehre; <ref-ruling> E. 2a S. 251). Dabei ist nicht massgebend, welche Vorstellungen sich die Parteien von den Umständen gemacht haben, sondern was eine vernünftige Person nach Treu und Glauben daraus ableiten konnte und musste (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 252; SJ 1999 I S. 27, 4C.1/1997 E. 2b).
4.2.2.2 Diese Grundsätze sind auch vorliegend sinngemäss anwendbar. Parteien des Vorsorgeverhältnisses waren die Stiftung Y._ einerseits und die zum versicherten Personenkreis zählenden Arbeitnehmer resp. Partner andererseits. Bestand im alten ab 1. Januar 2003 gültigen Vorsorgereglement eine einseitige Abänderungsklausel zu Gunsten der Vorsorgekommission, wie in der Beschwerde geltend gemacht wird, war diese befugt, die (überobligatorische) berufliche Vorsorge der Versicherten ohne deren Zustimmung innerhalb der gesetzlichen Schranken neu zu regeln. Dabei handelte sie gleichzeitig für beide Parteien und nahm (als Verwaltung im Sinne von Art. 51 BVG in Verbindung mit Art. 49 Abs. 2 Ziff. 7 BVG resp. <ref-law>) insbesondere auch die Interessen des Arbeitgebers wahr. Die am 5. Januar 2004 von Vorsorgenehmer und Vorsorgekommission beschlossene Änderung des Vorsorgereglements («Revision of the Bel Etage») im Sinne von Ziffer 2.3 des Berichts vom 19. Dezember 2003 («Vorschlag für ein neues Vorsorgekonzept») der P._ AG rückwirkend ab 1. November 2003 bildete gleichsam das Verhandlungsergebnis der Parteien des Vorsorgevertrages. Mit Bezug darauf stellte das von der Stiftung Y._ gestützt auf die erwähnten beiden Dokumente im Januar 2004 verfasste Vorsorgereglement das Bestätigungsschreiben einer Vertragspartei dar, welches unwidersprochen blieb. Das Stillschweigen der Vorsorgekommission ist als Genehmigung des neuen geänderten Vorsorgereglements zu betrachten. War sie der Auffassung, die Änderung entspreche nicht dem tatsächlich beschlossenen und gewollten neuen Vorsorgekonzept, hätte sie reagieren müssen. Dazu bestand umso mehr Anlass, als es nicht nur darum ging, dass die Einlagen des Arbeitgebers beitrags- und steuerbefreit sind, sondern auch, ob die Versicherten allenfalls einen klagbaren Anspruch auf Leistung solcher Zahlungen haben. Der Umstand, dass die Vorsorgekommission offenbar deshalb nicht interveniert hatte, weil sie davon ausgegangen war, die Reglementsänderung entspreche dem Beschluss vom 5. Januar 2004 und dem Konzept der P._ AG vom 19. Dezember 2003, ist nicht von Bedeutung. Die Frage, ob die 2003 und 2004 erfolgten Einmaleinlagen zu Gunsten der Beschwerdeführer («senior partners») massgebenden Lohn darstellen oder nicht, beurteilt sich somit nach dem rückwirkend auf den 1. November 2003 in Kraft gesetzten, geänderten Vorsorgereglement. Dass sich die Beschwerdeführerin in der Vereinbarung vom 5. Januar 2004 gegenüber der Vorsorgekommission zu diesen Zahlungen verpflichtet hatte, ist nicht relevant.
5. 5.1 Art. 11 des im Januar 2004 von der Stiftung Y._ verfassten Vorsorgereglements über die Ergänzungsversicherung der Beschwerdeführerin, lautet, soweit vorliegend von Interesse, wie folgt:
(1)
Für die versicherten Personen wird mit einer Sparversicherung durch Führung eines individuellen Alterskontos ein Alterskapital geäufnet. Dem Alterskonto werden folgende Posten gutgeschrieben:
(....),
- die Einmaleinlage aufgrund von freiwilligen Zuwendungen des Arbeitgebers oder der Arbeitgeberin für den Einkauf von Partnerjahren gemäss Abs. 5,
(....).
(5)
Der Arbeitgeber oder die Arbeitgeberin kann zur Erreichung der nachfolgend umschriebenen Zielrente eine Einmaleinlage erbringen (Einkauf von Partnerjahren).
Die Zielrente entspricht bei 20 erreichten Partnerjahren zusammen mit den Leistungen der 1. Säule und der BVG-Basisversicherung 60 % des mutmasslichen Jahreslohnes. Für jedes nicht erreichte Partnerjahr reduziert sich die Zielrente um 2 %.
5.2 Das Vorsorgereglement als vorformulierter Inhalt des Vorsorgevertrages ist nach dem Vertrauensprinzip auszulegen. Danach sind Willenserklärungen so zu deuten, wie sie vom Empfänger in guten Treuen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 228). Ausgehend vom Wortlaut und unter Berücksichtigung des Zusammenhanges, in dem die zur Streitigkeit Anlass gebende Bestimmung innerhalb des Reglements als Ganzes steht, ist der objektive Vertragswillen zu ermitteln, den die Parteien mutmasslich gehabt haben. Dabei ist zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht angenommen werden kann, dass sie eine unvernünftige Lösung gewollt haben. Mehrdeutige Wendungen sind im Zweifel zu Lasten ihres Verfassers auszulegen (<ref-ruling> E. 4c S. 146 mit Hinweisen). Bei einer im Einzelfall getroffenen vorsorgevertraglichen Abrede sind die Erklärungen der Parteien ebenfalls nach dem Vertrauensprinzip auszulegen, wenn sich kein übereinstimmender, allenfalls vom Wortlaut abweichender wirklicher Parteiwille feststellen lässt (<ref-ruling> E. 2a S. 120; <ref-ruling> E. 4c S. 146).
5.3 Die Beschwerdeführer bestreiten zu Recht nicht, dass der Wortlaut von Art. 11 Ziff. 1 und 5 des Vorsorgereglements, wonach der Arbeitgeber oder die Arbeitgeberin Einmaleinlagen aufgrund von freiwilligen Zuwendungen erbringen kann, nur so verstanden werden kann, dass solche Leistungen nicht geschuldet sind. Ein davon abweichender übereinstimmender wirklicher Parteiwille lässt sich weder dem Bericht der P._ AG vom 19. Dezember 2003 noch der Vereinbarung zwischen Arbeitgeber und Vorsorgekommission vom 5. Januar 2004 entnehmen. Wie das Bundesamt in seiner Vernehmlassung festhält, ergibt sich daraus nicht, dass die Einmaleinlagen zum Einkauf von Partnerjahren in jedem Fall vom Arbeitgeber zu leisten wären. Der Arbeitgeber hatte sich zwar verpflichtet, die gemessen am Rentenziel am 1. November 2003 bestehenden Deckungslücken bei den vier am Recht stehenden Versicherten durch zwei Zahlungen, von welchen die eine bereits erfolgt war und die andere in ähnlicher, aber noch nicht genau bestimmter Höhe im folgenden Jahr erfolgen sollte, zu schliessen. Daraus kann indessen nicht gefolgert werden, dass ein bei der Überprüfung der Leistungen in fünf Jahren sich allenfalls als notwendig erweisender Einkauf vom Arbeitgeber geschuldet und zwingend erbracht werden muss, wie in der Beschwerde vorgebracht wird.
Die Qualifikation der 2003 und 2004 gemachten Einmaleinlagen der Beschwerdeführerin zu Gunsten der Beschwerdeführer gestützt auf Art. 11 Ziff. 1 und 5 des seit 1. November 2003 gültigen Vorsorgereglements als massgebender Lohn durch Ausgleichskasse und Vorinstanz verletzt Bundesrecht nicht.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler