Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte den Beschwerdeführer mit Urteil vom 31. Mai 2010 wegen Hinderung einer Amtshandlung zu einer Geldstrafe von 15 Tagessätzen, welche durch 301 Tage Haft bereits vollständig verbüsst waren. Dem Beschwerdeführer wurde aus der Staatskasse wegen Überhaft eine Genugtuung von Fr. 45'000.-- nebst Zins zugesprochen. Wegen der zu hohen Genugtuung wandte sich die Staatsanwaltschaft ans Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil 6B_574/2010 vom 31. Januar 2011 gut. Es hob das Urteil des Obergerichts auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurück. Dieses erkannte mit Urteil vom 29. März 2011 unter anderem, dem Beschwerdeführer werde eine pauschale Genugtuung von Fr. 35'000.-- aus der Staatskasse zugesprochen. In der Begründung stellt das Gericht fest, dass sich der Beschwerdeführer und die Staatsanwaltschaft nach der Rückweisung durch das Bundesgericht mit diesem Pauschalbetrag einverstanden erklärt hätten und er mit den Weisungen des Bundesgerichts kompatibel erscheine.
Soweit der Beschwerdeführer sich mit der Strafe befasst, ist darauf nicht einzutreten. Er hat diese seinerzeit nicht angefochten, weshalb sie dem Bundesgericht heute nicht mehr zur Prüfung unterbreitet werden kann.
Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er sich vor der Vorinstanz mit einer Genugtuung von pauschal Fr. 35'000.-- einverstanden erklärte. Dass die Vorinstanz auf dieses Einverständnis nicht hätte abstellen dürfen, macht er nicht geltend. Er vermag denn auch nicht darzulegen, dass und inwieweit eine Genugtuung von pauschal Fr. 35'000.-- gegen die Weisung des Bundesgerichts vom 31. Januar 2011 oder sonstwie gegen das Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnte.
Soweit der Beschwerdeführer schliesslich geltend macht, er habe aus der gesetzwidrigen Haft schwere Schäden davongetragen, die ihm erst jetzt bekannt geworden seien, kann darauf nicht eingetreten werden, weil er weder diese Schäden ausweist noch darlegt, dass und inwieweit ein Kausalzusammenhang zwischen ihnen und der Haft bestehen könnte.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Sein sinngemäss gestelltes Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Schneider C. Monn