Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Zürich - Limmat sprach X._ mit Strafbefehl vom 13. Juli 2010 der groben Verletzung der Verkehrsregeln schuldig. Ihm wurde vorgeworfen, am 12. April 2010 den Kranwagen der Marke "Spierings, SK599-AT5" beim Verlassen in pflichtwidriger Weise ungenügend gesichert zu haben, da er die Feststellbremse nicht richtig arretiert habe. Zudem habe er es unterlassen, das Fahrzeug mittels Radkeil zusätzlich zu sichern, weshalb es rückwärts über eine Böschung und einen Fussweg gerollt und schliesslich auf der Wiese einer Liegenschaft zum Stillstand gekommen sei. Durch sein Verhalten habe er eine erhöhte abstrakte Gefahr für die Sicherheit von Fussgängern geschaffen.
B. Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ mit Urteil vom 18. Oktober 2010 der einfachen Verletzung der Verkehrsregeln schuldig, begangen dadurch, dass er es unterlassen habe, Unterkeile beim Fahrzeug anzubringen. Vom Vorwurf der groben Verletzung der Verkehrsregeln sprach es ihn frei. Es bestrafte ihn mit einer Busse von Fr. 300.--.
C. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ mit Urteil vom 1. Juni 2011 der Verletzung der Verkehrsregeln schuldig, begangen dadurch, dass er die Feststellbremse nicht vollständig bis zum Einrasten angezogen und nicht kontrolliert habe, ob die Bremse tatsächlich korrekt eingerastet war. Vom Vorwurf der groben Verletzung der Verkehrsregeln sprach es ihn frei. Es verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 300.--.
D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und er sei freizusprechen. Zudem sei er angemessen zu entschädigen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz wende das kantonale Prozessrecht willkürlich an. In Anwendung von § 414 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (aStPO/ZH) habe er zunächst Berufung gegen das erstinstanzliche Urteil angemeldet. Nach Zustellung der schriftlichen Urteilsbegründung habe er die konkreten Beanstandungen benannt (§ 414 Abs. 4 aStPO/ZH) und sich darauf beschränkt, die Verurteilung wegen einfacher Verletzung der Verkehrsregeln durch Nichtanbringen von Unterkeilen anzufechten (§ 413 aStPO/ZH). Den Freispruch wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln durch falsches Anziehen der Feststellbremse fechte er nicht an. Dazu fehle es ihm nur schon an einem Rechtsschutzinteresse. Die Vorinstanz überprüfe indessen das gesamte erstinstanzliche Urteil, obschon sie mangels Anfechtung nicht auf den Freispruch zurückkommen dürfe (Beschwerde, S. 3 N. 3 und S. 4 N. 5 ff.).
Er habe zudem bereits in der Berufungsbegründung auf diese prozessuale Verfehlung hingewiesen. Indem sich die Vorinstanz nicht mit dieser Beanstandung auseinandersetze, verletze sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Beschwerde, S. 6 N. 10).
1.2 Der Beschwerdeführer verkennt, dass die Vorinstanz ihn nicht einer begangenen Tat schuldig und vom Vorwurf einer anderen frei spricht. Vielmehr wertet sie sein Verhalten insgesamt als einfache - und nicht als grobe - Verletzung der Verkehrsregeln. Bereits die erste Instanz ging nicht von zwei Straftaten, sondern von einem einheitlichen, zusammengehörenden Tun, mithin einer Handlungseinheit aus. Insbesondere wenden die kantonalen Instanzen in ihrer Strafzumessung <ref-law> nicht an (vorinstanzliches Urteil, E. IV S. 9 f.; vorinstanzliche Akten, act. 36 E. IV S. 9 f.). Der Strafbefehl vom 13. Juli 2010 lautete überdies nicht auf mehrfache Verletzung der Verkehrsregeln.
Die Annahme einer Handlungseinheit ist nicht zu beanstanden. Mehrere Einzelhandlungen können im Sinne einer natürlichen Handlungseinheit zusammengefasst werden, wenn sie auf einem einheitlichen Willensakt beruhen und wegen des engen räumlichen und zeitlichen Zusammenhangs bei objektiver Betrachtung noch als ein einheitliches Geschehen erscheinen (<ref-ruling> E. 4.5.3). Das ungenügende Anziehen der Feststellbremse und das Nichtanbringen von Unterkeilen sind als Handlungseinheit zu würdigen. Die Rüge der willkürlichen Anwendung von kantonalem Prozessrecht geht fehl.
1.3 Anlässlich der vorinstanzlichen Hauptverhandlung erwähnte der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers lediglich, er sei der Ansicht, mit dem erstinstanzlichen Urteil sei die Angelegenheit mit der Feststellbremse erledigt, ohne dies näher zu begründen und um sich anschliessend trotzdem ausführlich zur Feststellbremse zu äussern (vorinstanzliche Akten, act. 46 S. 12 ff.). Die Vorinstanz verletzt den Anspruch auf rechtliches Gehör nicht, wenn sie sich zu diesem Vorbringen nicht äussert. Es ist nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die entscheidwesentlichen Punkte beschränken (dazu <ref-ruling> E. 4.1). Es lässt sich hinreichend nachvollziehen, aus welchen Überlegungen sie zur Ansicht gelangt, der Beschwerdeführer habe die Verkehrsregeln verletzt. Dieser konnte sich zudem an der Hauptverhandlung zur Thematik der Feststellbremse äussern und es war ihm möglich, das vorinstanzliche Urteil sachgerecht anzufechten. Die Rüge der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör ist unbegründet.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts (Beschwerde, S. 7 N. 14 ff.).
2.2 Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.4 mit Hinweis; vgl. zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 2.4 mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz erwägt, entgegen der Ansicht der ersten Instanz stelle das Unterlegen von Keilen lediglich eine zweite, zusätzliche Sicherung gegen das Wegrollen des Fahrzeugs dar. Primär verlange <ref-law>, dass der Führer das Fahrzeug vor dem Verlassen angemessen sichern müsse. Für das Anbringen der Unterlegkeile müsse dem Beschwerdeführer mindestens zwei Minuten eingeräumt werden. Gemäss seiner unwiderlegbaren Schilderung müsse sich das Fahrzeug indes schon vorher in Bewegung gesetzt haben. Es könne ihm folglich nicht nachgewiesen werden, dass das Unglück hätte vermieden werden können, wenn er die Unterlegkeile unverzüglich angebracht hätte. Daher könne ihm keine Sorgfaltspflichtverletzung im Zusammenhang mit dem unterlassenen Anbringen der Unterlegkeile angelastet werden (vorinstanzliches Urteil, E. III.3 und III.4 S. 5 f.).
Die Vorinstanz stützt sich zur Prüfung, ob dem Beschwerdeführer hinsichtlich der primären Sicherung eine Sorgfaltspflichtverletzung nachgewiesen werden könne, massgeblich auf die Betriebsanleitungen des Kranwagens und auf die Aussagen des Beschwerdeführers. Sie erwägt, dieser habe sich auf seine generelle Erfahrung verlassen, dass der Hebel nach vorne "spicke", wenn die Bremse nicht korrekt eingerastet sei, anstatt sich strikt an die Betriebsanleitung zu halten. Nach dem Unfall sei zwar festgestellt worden, dass es tatsächlich eine Stellung beim Zurückziehen des Hebels gebe, in der die Bremse noch nicht einraste, der Hebel aber trotzdem hinten bleibe. Diese nachträgliche Erkenntnis vermöge indessen nichts daran zu ändern, dass der Beschwerdeführer die Feststellbremse nicht korrekt angezogen und es unterlassen habe, zu kontrollieren, ob die Feststellbremse korrekt eingerastet gewesen sei. Zudem gebe es auf dem Armaturenbrett des Fahrzeugs als optische Kontrolle ein Lämpchen, das leuchte, wenn die Bremse korrekt angezogen sei. Der Beschwerdeführer habe anlässlich der Hauptverhandlung eingeräumt, dieses nicht kontrolliert zu haben (vorinstanzliches Urteil, E. III.5 S. 6 ff.).
2.4 Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, Willkür in der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung darzutun. Er macht geltend, die Vorinstanz stütze sich ausschliesslich auf Annahmen, die auf Erkenntnissen beruhen würden, welche man erst nach dem Vorfall erlangt habe. Eine derartige Betrachtung "ex post" dürfe nicht Grundlage des Schuldvorwurfs bilden (Beschwerde, S. 8 N. 15.1 und 15.2). Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer indes nicht vor, er habe zu tun unterlassen, was aus nachträglicher Sicht geboten gewesen wäre. Vielmehr beanstandet sie, dass er das korrekte Einrasten der Feststellbremse und das Aufleuchten des Lämpchens nicht kontrollierte, wie es die Betriebsanleitungen vorschreiben. Diese erhellen: "Wenn der Hebel ganz nach hinten gezogen wird, arretiert der Hebel und bleibt die Feststellbremse geschlossen. Durch Ziehen des Hebelknopfes und nach vorne bewegen des Hebels wird die Feststellbremse geöffnet" (Ordner 2, Ziff. 2.8.2 S. 2-22). Eine manuelle Kontrolle, ob die Feststellbremse korrekt eingerastet ist, ist folglich möglich. Ist der Hebel korrekt eingerastet, lässt er sich nur durch Ziehen in Hebellängsrichtung anschliessend nach vorne bewegen, um die Bremse zu öffnen (siehe auch Ordner 3, Ziff. 3.2.2 S. 3-2). Es ist unbestritten, dass im Nachhinein erkannt wurde, dass eine Stelle existiert, an welcher der Hebel nicht einrastet, aber auch nicht - wie gewöhnlich - zurückschnellt. Dies würdigt die Vorinstanz, indem sie dem Beschwerdeführer statt grobfahrlässiges lediglich fahrlässiges Handeln zur Last legt (vorinstanzliches Urteil, E. III.6.3 S. 9). Indes ändert dies, wie die Vorinstanz zutreffend erwägt, nichts daran, dass der Beschwerdeführer Kontrollen nicht vorgenommen und sich ausschliesslich auf seine Erfahrung verlassen hat. Der Einwand des Beschwerdeführers ist somit unbegründet. Wenn er geltend macht, er sei angesichts der Frage, ob er das Meldelicht kontrolliert habe, überrumpelt worden, und es sei fraglich, ob er sich anlässlich der Befragung an der vorinstanzlichen Hauptverhandlung 14 Monate nach dem Vorfall tatsächlich noch habe daran erinnern können (Beschwerde, S. 10 N. 15.3), genügt er den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge nicht. Er kann sich nicht darauf beschränken, den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz seine eigene Sicht der Dinge gegenüberzustellen, ohne näher zu erörtern, inwiefern das angefochtene Urteil (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein soll. Auf ein derartiges Vorbringen ist nicht einzutreten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.3.1). Der Einwand, es fehle der Nachweis, ob das Lämpchen in der kritischen Stellung, in welcher der Hebel weder eingerastet noch zurückgeschnellt sei, tatsächlich gebrannt habe (Beschwerde, S. 10 N. 15.3), geht an der Sache vorbei. Die Vorinstanz legt ihrer Sachverhaltsfeststellung lediglich den Vorwurf zugrunde, der Beschwerdeführer habe das Lämpchen nicht kontrolliert. Dieses Versäumnis hat er zugegeben (vorinstanzliche Akten, act. 46 S. 11 f.). Die vorinstanzliche Schlussfolgerung, er habe nicht kontrolliert, ob die Feststellbremse korrekt eingerastet gewesen sei, sondern sich ausschliesslich auf seine Erfahrung verlassen, ist nicht willkürlich.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Horber