Sachverhalt:
A. X._ stellte am 13. Juli 2009 bei der Zuger Polizei Strafantrag wegen Tätlichkeiten und einfacher Körperverletzung. Er machte geltend, er sei am 17. Juni 2009 auf dem Boden seiner Gefängniszelle liegend vom anwesenden Gefängnisarzt mit den Händen an den Füssen ergriffen worden, während ein Wärter ihn an den Ohren gepackt und anschliessend mit den Füssen in den Rücken getreten habe. Der Wärter habe ihn danach an den Ohren auf das Bett gezogen, während ihn der Arzt an den Füssen festgehalten habe. Dort habe der Wärter ihn gewürgt. Als daraufhin ein Gefängnispsychiater die Zelle betreten habe, habe er diesem seine Probleme geschildert. X._ zog den Strafantrag am 21. Juli 2009 zurück.
Die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich trat mit Beschluss vom 17. Dezember 2009 auf die Strafanzeige nicht ein und eröffnete demgemäss gegen die Angezeigten keine Strafuntersuchung.
Gegen diesen Beschluss rekurierte der Beschwerdeführer und verlangte die Eröffnung eines Strafverfahrens wegen schwerer Körperverletzung und Amtsmissbrauchs, da er seit dem Vorfall vom 17. Juni 2009 an einer beidseitigen Schwerhörigkeit leide. Die II. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Zürich wies den Rekurs am 29. Januar 2010 ab. Sie verweigerte X._ die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung und auferlegte diesem die Kosten des Rekursverfahrens von Fr. 1'000.--.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. Januar 2010 aufzuheben und gegen die Angezeigten eine Strafuntersuchung zu eröffnen, eventualiter die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem seien ihm für das vorinstanzliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten und die Kosten des Verfahrens auf die Staatskasse zu nehmen, eventualiter sei ihm für das Verfahren vor dem Obergericht die unentgeltliche Prozessführung zu bewilligen und in der Person von Rechtsanwalt Stephan Bernard ein unentgeltlicher Rechtsvertreter zuzuweisen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung auch im bundesgerichtlichen Verfahren.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf eine wirksame und vertiefte Untersuchung nach Art. 3 und 13 EMRK sowie Art. 10 Abs. 3 BV.
1.1 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b). Zu den grundsätzlich beschwerdelegitimierten Personen gehört das Opfer, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Nach ständiger Rechtsprechung gilt jedoch nicht als in seinen Zivilansprüchen tangiert, wer durch Amtshandlungen von Beamten geschädigt wird, die öffentlich-rechtlichen Haftungsvorschriften unterstehen (<ref-ruling> E. 1.2.4; <ref-ruling> E. 2; je mit Hinweisen).
Nach § 6 Abs. 1 des Haftungsgesetzes des Kantons Zürich vom 14. September 1969 (HG; LS 170.1) haftet der Staat für den Schaden, den ein Beamter in Ausübung amtlicher Verrichtungen einem Dritten widerrechtlich zufügt. Dem Geschädigten steht kein Anspruch gegen den Beamten zu (§ 6 Abs. 4 HG). Der Beschwerdeführer kann gegen die angezeigten Personen somit keine Zivilforderungen geltend machen. Es fehlt ihm daher die auf materielle Fragen erweiterte Beschwerdelegitimation nach Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG.
1.2 Unabhängig von der fehlenden Legitimation in der Sache selbst kann der Geschädigte die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihm nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund der Bundesverfassung oder der EMRK zustehen und deren Missachtung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft. Das nach Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen (<ref-ruling> E. 6.2; <ref-ruling> E. 1.2.1; <ref-ruling> E. 1.1). Zu diesen Verfahrensrechten gehört auch der aus Art. 3 EMRK und Art. 10 Abs. 3 BV abgeleitete Anspruch auf eine wirksame und vertiefte amtliche Untersuchung, wenn jemand in vertretbarer Weise vorbringt, einer unmenschlichen oder erniedrigenden Strafe oder Behandlung im Sinne dieser Bestimmungen unterworfen worden zu sein. Aus dem Recht auf eine wirksame Beschwerde nach Art. 13 EMRK wird ferner ein Anspruch auf wirksamen Zugang zum Untersuchungsverfahren abgeleitet (<ref-ruling> E. 1.2.5).
1.3 Die Zuger Behörden, bei welchen sich der Beschwerdeführer im Anschluss an den fraglichen Vorfall in Untersuchungshaft befand, stellten an dessen Ohren keine Verletzungen fest. Ebensowenig waren am Hals des Beschwerdeführers Würgespuren oder an seinem Rücken solche der geschilderten Fusstritte erkennbar. Dr. D._ diagnostizierte am 5. November 2009 eine hochbetonte, sensorineurale, leichtgradige Schwerhörigkeit beidseits und eine Myoarthropathie des linken Kiefergelenkes. Er hält in seinem Bericht jedoch fest, dass sich weder am äusseren Ohr noch am Trommelfell Spuren einer Gewalteinwirkung feststellen liessen. Laut dem Arztzeugnis von Dr. E._ vom 11. November 2009 leidet der Beschwerdeführer an einer Schwerhörigkeit beidseits und einer schmerzhaften Verspannung der Hals- und Nackenmuskulatur, die auf ein Trauma bzw. eine Gewalteinwirkung zurückgeführt werden könnten. Dass die Hörverminderung durch die Angestellten des Gefängnis Zürich verursacht worden sein könnte, erscheint damit keineswegs wahrscheinlich. Dies zumal auch Dr. E._ lediglich von einer möglichen Gewalteinwirkung spricht und nicht im Geringsten andeutet, dass als Ursache der Schwerhörigkeit auch ein Ziehen an den Ohren in Frage komme. Die Vorinstanz weist in diesem Zusammenhang auch darauf hin, dass der Beschwerdeführer festgenommen und in Untersuchungshaft versetzt wurde, weil er seine Ehefrau am Abend des 7. Juni 2009 mit einem Kopfstoss (sog. Schwedenkuss) ins Gesicht verletzt habe, was er nicht bestreite. Falls die Hörverminderung auf eine Gewalteinwirkung zurückzuführen ist, könnten auch dieser Kopfstoss oder mögliche weitere Ursache dafür verantwortlich sein. Ein ausreichend begründeter Verdacht auf eine gegen Art. 3 EMRK und Art. 10 Abs. 3 BV verstossende gewalttätige Behandlung, welche die Schwerhörigkeit hätte verursachen können, liegt damit nicht vor.
2. 2.1 Die Vorinstanz wies das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zufolge Aussichtslosigkeit des Rekurses ab. Der Beschwerdeführer sieht darin eine Verletzung von Art. 29 Abs. 3 BV.
2.2 Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (Art. 29 Abs. 3 Satz 1 BV). Als aussichtslos sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Prozessbegehren anzusehen, bei denen die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder jene nur wenig geringer sind als diese. Massgebend ist, ob eine Partei, die über die nötigen finanziellen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Überlegung zu einem Prozess entschliessen würde (<ref-ruling> E. 5; <ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 2.5.3). Ob ein Rechtsbegehren aussichtslos im Sinne von Art. 29 Abs. 3 BV war, prüft das Bundesgericht in rechtlicher Hinsicht frei, in tatsächlicher Hinsicht dagegen nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (BGE <ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 4b mit Hinweisen).
2.3 Der Beschwerdeführer zog seinen Strafantrag wegen Tätlichkeiten und einfacher Körperverletzung am 21. Juli 2009 zurück. Anzeichen für eine schwere Körperverletzung lagen damals nicht vor. Eine solche wurde auch nicht geltend gemacht. Insbesondere behauptete dieser anfänglich nicht, einen Gehörschaden erlitten zu haben. Die Nichtanhandnahme der Strafanzeige war daher gerechtfertigt. Daran vermochte mit grosser Wahrscheinlichkeit auch die vom Beschwerdeführer im Rekursverfahren neu vorgebrachte Schwerhörigkeit und die mit dem Rekurs eingereichten Arztzeugnisse nichts zu ändern. Die Gefahr eines Unterliegens im Rekursverfahren war daher wesentlich höher als die Erfolgsaussichten. Die Vorinstanz durfte das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege somit zufolge Aussichtslosigkeit abweisen.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die vorliegende Beschwerde war, wie auch der kantonale Rekurs, aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist daher abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld