A.- Die 1948 geborene jugoslawische Staatsangehörige M._, gelernte Näherin, arbeitete ab 13. August 1990 als Mitarbeiterin im Betrieb/Versand X._ GmbH. Mit Schreiben vom 30. Januar 1995 kündigte die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis aus wirtschaftlichen und organisatorischen Gründen auf den 31. März 1995. Am 23. April 1996 meldete sich M._ zum Bezug von Leistungen bei der Invalidenversicherung an. Nach Einholen eines Berichts des behandelnden Arztes Dr. med. B._, FMH Allgemeine Medizin, vom 7. Mai 1996 und eines Gutachtens der Medizinischen Abklärungsstelle der Invalidenversicherung (MEDAS) des Spitals Y._ vom 27. Juni 1997 sprach die IV- Stelle des Kantons St. Gallen der Versicherten mit Verfügung vom 24. September 1997 bei einem Invaliditätsgrad von 60 % mit Wirkung ab 1. April 1996 eine halbe Invalidenrente zu.
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 21. Oktober 1999 gut und stellte fest, dass die Versicherte Anspruch auf eine ganze Invalidenrente hat.
C.- Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihre Verfügung vom 24. September 1997 zu bestätigen. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur ergänzenden medizinischen Abklärung zurückzuweisen.
M._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherung verzichten auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Im angefochtenen Entscheid werden die massgebenden Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (<ref-law>), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 1bis IVG) sowie die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
2.- Im Gutachten der MEDAS vom 27. Juni 1997 werden als Hauptdiagnosen mit Einschränkung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit ein generalisiertes Schmerzsyndrom im Rahmen einer Erschöpfungsdepression mit histrionischen Verhaltensweisen und ein Panalgiesyndrom mit multiplen vegetativen Begleitbeschwerden erhoben. Die Arbeitsunfähigkeit werde vorwiegend durch das generalisierte weichteilrheumatische Schmerzsyndrom bestimmt. Es liege eine enge Verflechtung von somatisch wenig objektivierbaren funktionellen Beschwerden und psychischen Faktoren vor, sodass eine getrennte Beurteilung somatischer und psychischer Aspekte kaum möglich erscheine. Auch für eine körperlich leichtere Tätigkeit, wie sie als Näherin oder zuletzt als Einpackerin ausgeübt worden sei, müsse die Arbeitsunfähigkeit unter Berücksichtigung psychischer und somatischer Aspekte auf 60 % beurteilt werden.
Gestützt auf dieses einlässliche und überzeugende Gutachten der MEDAS vom 27. Juni 1997 ist davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin entgegen ihrer Auffassung für eine körperlich leichtere Tätigkeit 40 % arbeitsfähig ist. Dabei kommen beispielsweise sitzende Tätigkeiten als Näherin, Kontrolleurin oder gewisse Montagetätigkeiten in Betracht (Bericht der Berufsberaterin vom 26. November 1997). Ob aus der Wendung im Gutachten, die Versicherte sei "auch" für eine körperlich leichtere Tätigkeit zu 60 % arbeitsunfähig, mit der Beschwerdeführerin zu schliessen ist, für mittlere Tätigkeiten bestehe die gleiche Arbeitsunfähigkeit, kann dahingestellt bleiben, weil dies - wie noch nachstehend zu zeigen ist - für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens unerheblich ist.
3.- a) Das kantonale Gericht hat gestützt auf die Angaben der letzten Arbeitgeberin das Valideneinkommen für das Jahr 1997 mit der IV-Stelle auf Fr. 35'230. - festgesetzt. Diese Feststellung steht im Einklang mit den Akten und wird von der Beschwerdeführerin wie auch der Beschwerdegegnerin anerkannt.
b) Streitig ist hingegen das Invalideneinkommen, insbesondere die Höhe des Abzuges vom Tabellenlohn.
aa) Im noch nicht veröffentlichten Urteil A. vom 9. Mai 2000, I 482/99 (vgl. dazu die Urteilsbesprechung in ZBJV 2000 S. 429), hat sich das Eidgenössische Versicherungsgericht eingehend zur Problematik des streitigen Abzugs von den Tabellenlöhnen geäussert. Dabei hat es zunächst die bisherige Rechtsprechung dargestellt, namentlich diejenige zu den Abzügen für Versicherte, die bisher körperliche Schwerarbeit verrichtet hatten und nach Eintritt eines Gesundheitsschadens auch für leichtere Arbeiten nur noch beschränkt einsatzfähig waren (vgl. dazu die nicht publ. Erw. 4b des Urteils <ref-ruling>). Sodann hat das Gericht auf die Abzüge wegen anderer Faktoren wie Alter, Dauer der Betriebszugehörigkeit, Nationalität oder Aufenthaltskategorie sowie Beschäftigungsgrad (vgl. dazu AHI 1999 S. 181, 237 und 243 Erw. 4c) hingewiesen und zusammenfassend festgehalten, dass die betreffenden Abzüge nicht schematisch, sondern unter Berücksichtigung der gesamten Umstände des Einzelfalles vorzunehmen sind, damit sich, ausgehend von statistischen Werten, ein Einkommen ermitteln lässt, welches der im Einzelfall zumutbaren erwerblichen Verwertung der noch möglichen Verrichtungen im Rahmen der (Rest-)Arbeitsfähigkeit am besten entspricht. Dieser Gesichtspunkt verdient auch hinsichtlich der übrigen in Betracht fallenden einkommensbeeinflussenden Merkmale, des Lebensalters, der Anzahl Dienstjahre, der Nationalität oder Aufenthaltskategorie und des Beschäftigungsgrades den Vorzug. Der Abzug erfolgt nicht automatisch, sondern dann, wenn im Einzelfall Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Versicherte wegen eines oder mehrerer dieser Merkmale seine gesundheitlich bedingte (Rest-)Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann. Es rechtfertigt sich dabei nicht, für jedes zur Anwendung gelangende Merkmal separat quantifizierte Abzüge vorzunehmen und diese zu addieren, da damit Wechselwirkungen ausgeblendet würden. Der Einfluss aller Merkmale auf das Invalideneinkommen ist unter Würdigung der Umstände im Einzelfall gesamthaft nach pflichtgemässem Ermessen zu schätzen. Dabei ist der Abzug vom statistischen Lohn unter Berücksichtigung aller jeweils in Betracht fallenden Merkmale auf insgesamt höchstens 25 % zu begrenzen. Die Verwaltung und - im Beschwerdefall - der Richter haben das verfassungsrechtliche Gebot der Begründungspflicht (<ref-law>) zu beachten, müssen daher wenigstens kurz die Überlegungen nennen, von denen sie sich leiten lassen und auf welche sich ihre Verfügung stützt (<ref-ruling> Erw. 1a mit Hinweisen). Dies soll verhindern, dass die Behörden auf unsachliche Motive zurückgreifen, und dem Betroffenen ermöglichen, die Verfügung gegebenenfalls sachgerecht anzufechten.
bb) Das kantonale Gericht ging bei der Ermittlung des Invalideneinkommens von der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebung (LSE) für das Jahr 1994 aus. Es stellte dabei auf die Teilbereiche Textil sowie Bekleidungen und Wäsche ab und ermittelte hochgerechnet für das Jahr 1997 einen jährlichen Bruttolohn von Fr. 38'423. - (Textilien) und Fr. 34'962. - (Bekleidungen und Wäsche). Demgegenüber ist die Beschwerdeführerin der Auffassung, es sei die Tabelle TA 1 des gesamten privaten Sektors für einfache und repetitive Tätigkeiten der LSE 1996 anzuwenden, was bei einem Durchschnittslohn von Fr. 3455. - monatlich im Jahre 1996 hochgerechnet auf das Jahr 1997 ein Jahreseinkommen von Fr. 41'460. - ergebe.
Welche Auffassung zutrifft, kann letztlich offen bleiben. An und für sich wendet die Beschwerdeführerin zu Recht ein, dass Hilfstätigkeiten sowohl im Produktions- als auch im Dienstleistungssektor zu finden sind, was für den Durchschnittswert im privaten Sektor für einfache und repetitive Tätigkeiten spricht. Anderseits hätte die Anwendung des Zentralwertes des gesamten privaten Sektors zur Folge, dass das Invalideneinkommen höher zu liegen käme als das Valideneinkommen. Sodann entspricht das von der Vorinstanz ermittelte
Invalideneinkommen den früheren Tätigkeitsbereichen der Beschwerdegegnerin. Selbst wenn man mit der Vorinstanz vom tiefsten Invalideneinkommen von Fr. 34'962. - ausgeht, so resultiert kein Invaliditätsgrad von mindestens zwei Dritteln, wie nachstehend zu zeigen ist.
cc) Das kantonale Gericht hat die gesamten Abzüge auf rund 33 % festgesetzt. Es liess sich dabei von der Überlegung leiten, dass ein Arbeitgeber die Beschwerdegegnerin selbst bei körperlich leichter Arbeit angesichts ihres somatischen und psychischen Leidens in einem erheblich tieferen Lohnniveau einstufe als eine gesunde Arbeitnehmerin, was einen leidensbedingten Abzug von 20 % vom Tabellenlohn als angemessen erscheinen lasse. Schliesslich sei anzunehmen, dass die Beschwerdegegnerin ihre verbleibende Arbeitsfähigkeit von 40 % in einer Teilzeitbeschäftigung ausnützen werde, weshalb zusätzlich ein Abzug von 12,3 % infolge Teilzeitarbeit gerechtfertigt sei, weil Teilzeitarbeit durchschnittlich proportional geringer entschädigt werde als Vollzeitbeschäftigung.
Der vom kantonalen Gericht vorgenommene Abzug liegt damit bereits erheblich über dem nach der erwähnten Rechtsprechung zulässigen Höchstabzug von 25 %, sodass das Eidgenössische Versicherungsgericht nicht an die vorinstanzliche Ermessensausübung gebunden ist. Ein Abzug soll überdies nicht automatisch, sondern dann erfolgen, wenn im Einzelfall Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die versicherte Person wegen eines oder mehrerer dieser Merkmale ihre gesundheitlich bedingte (Rest-)Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann. Die Beschwerdegegnerin kann Arbeiten wie die früher ausgeübte Tätigkeit als Näherin, als Kontrolleurin oder in der Montage zu 40 % ausüben. Da sie bereits vor dem Eintritt der Invalidität leichtere Arbeiten verrichtet hat, entfällt ein diesbezüglicher Abzug. Dafür, dass die seit 1979 in der Schweiz lebende Versicherte wegen ihrer ausländischen Nationalität auf dem Arbeitsmarkt eine Lohneinbusse hinnehmen müsste, sind keine Anhaltspunkte ersichtlich, entsprach doch ihr Einkommen vor Eintritt der Invalidität den branchenüblichen Ansätzen, die auch für Schweizerinnen Geltung hatten (vgl. RKUV 1993 Nr. U 168 S. 104 Erw. 5b; ZAK 1989 S. 458 Erw. 3b). Ebenso wenig rechtfertigt sich ein Abzug für das fortgeschrittene Alter der Beschwerdegegnerin und für die Bedeutung der Dienstjahre. Durch die Herabsetzung des Invalideneinkommens auf den Bereich Bekleidungen und Wäsche ist auch dem unterdurchschnittlichen Lohnniveau bereits Rechnung getragen. In Würdigung aller Umstände rechtfertigt sich lediglich für die Teilzeitarbeit und für die Tatsache, dass gesundheitlich beeinträchtigte Versicherte, die selbst im Rahmen leichter Hilfsarbeiterinnentätigkeiten nicht mehr voll leistungsfähig sind, oft überproportional weniger verdienen als ihre gesunden Kolleginnen (vgl. <ref-ruling> Erw. 3b/aa), ein Abzug von 10 %.
c) Mit der Gewährung eines Abzugs von 10 % vom Invalideneinkommen von Fr. 13'984. - verbleibt ein hypothetisches Invalideneinkommen von Fr. 12'586. -, was im Vergleich zum Einkommen als Gesunde von Fr. 35'230. - einem Invaliditätsgrad von weniger als zwei Dritteln entspricht. Selbst wenn der Abzug grosszügig bemessen auf 15% festgesetzt und ein Invalideneinkommen von Fr. 11'887. - angenommen würde, bliebe der Invaliditätsgrad knapp unter der Schwelle von zwei Dritteln. Demnach ist für die Beschwerdegegnerin auch im günstigsten Fall kein Anspruch auf eine ganze Rente ausgewiesen, weshalb die Verfügung der Beschwerdeführerin vom 24. September 1997 rechtens ist.
4.- Die unentgeltliche Verbeiständung kann gewährt werden, da die Voraussetzungen hiefür erfüllt sind. Die Beschwerdegegnerin wird jedoch auf Art. 152 Abs. 3 OG hingewiesen, wonach sie Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie dereinst hiezu im Stande sein sollte.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 21. Oktober 1999 aufgehoben.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwältin Veronica Hälg-Büchi, St. Gallen, für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht aus der Gerichtskasse eine Entschädigung (einschliesslich Mehrwertsteuer) von Fr. 2500. - ausgerichtet.
IV. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wird über das Gesuch der Beschwerdegegnerin um unentgeltliche Verbeiständung für das kantonale Verfahren zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 26. September 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: