Faits:
A. Courant 2006, X._, architecte, a passé plusieurs annonces pour la vente d'un terrain dont il était propriétaire. Intéressés, les époux Y._ l'ont contacté et rencontré le 17 juin 2006 sur la parcelle en question. A l'occasion de cette première entrevue, X._ a soumis aux époux Y._ des avant-projets de plans préétablis pour la réalisation d'une villa, en précisant toutefois qu'il leur appartenait de le mandater pour la réalisation des plans définitifs. Dame F.Y._ a d'emblée manifesté son désaccord s'agissant de l'achat du terrain.
Le 26 juin 2006, sieur H.Y._ a donné l'ordre à sa banque de transférer 40'000 fr. sur le compte de X._, à sa demande, afin de réserver l'acquisition de la parcelle en cause par un versement correspondant au 10 % de sa valeur présumée. Il s'est ensuite rendu à deux reprises dans les bureaux de X._ afin de discuter la première fois du prix du terrain et la seconde des honoraires de l'architecte et des ingénieurs. A l'occasion de l'un des deux entretiens, X._ a articulé un montant de 15'000 fr. pour les honoraires correspondant à la transformation des plans préétablis et à l'intervention des ingénieurs. La somme susmentionnée a été détaillée sur une page isolée d'un contrat SIA, qui a été produite par les époux Y._. Personne n'a signé cette pièce et la procédure probatoire de première instance n'a pas permis de retenir avec certitude qui était l'auteur des notes qu'elle recelait.
Les époux Y._ ont fait établir par un notaire un projet de promesse de vente et d'achat dont il ressort que la vente du terrain était soumise à la condition résolutoire de l'obtention d'une autorisation de construire. Ce projet, que les parties ont reçu avant de comparaître devant notaire, précisait que le montant de 40'000 fr. avait été versé à titre d'acompte et qu'il servirait de dédit à la charge des promettant-acquéreur s'ils ne donnaient pas suite à la promesse de vente. Le 9 octobre 2006, les époux Y._ et X._ ont comparu devant le notaire afin que leur soit lue la promesse de vente et qu'ils la signent. A cette occasion, dame F.Y._ a refusé de signer, ne souhaitant pas se porter acquéreuse du terrain.
Par courrier du 23 octobre 2006, X._ s'est déclaré stupéfait par cette attitude et à confirmé aux époux Y._ qu'il refusait de leur rétrocéder le montant de 40'000 fr. qu'il avait reçu à titre d'arrhes pour l'achat du terrain, considérant qu'il s'agissait d'un dédommagement pour les plans réalisés. En annexe, il leur adressait sa note d'honoraires d'un montant de 30'000 fr., calculée selon les tarifs SIA et correspondant à l'activité déployée, y compris pour l'établissement d'un avant-projet.
Devant le premier juge, X._ a expliqué que sieur H.Y._ lui aurait fait part de ses exigences, s'agissant notamment de la construction d'un escalier extérieur et d'un accès direct au sous-sol. Il lui avait aussi donné son accord pour établir des plans informatiques, ce qu'il avait fait en tenant compte des desiderata du maître. Pour sa part, sieur H.Y._ a indiqué que X._ avait articulé un montant de 15'000 fr. afférent aux honoraires d'architecte et d'ingénieur, mais que le travail ne devait commencer qu'après la signature de la promesse de vente et qu'il n'avait à aucun moment commandé des plans. Dame F.Y._ a déclaré n'avoir jamais approuvé l'achat du terrain. Son époux avait par ailleurs versé à son insu le montant de 40'000 fr. sur le compte de l'architecte.
Il ressort des enquêtes, notamment du témoignage de la collaboratrice de X._, A._, qui n'avait jamais parlé aux époux Y._, que des plans avaient été spécifiquement élaborés - à une date qui reste inconnue - pour leur compte, sur la base des indications qui avaient été fournies par sieur H.Y._. Il apparaissait également que X._ et sieur H.Y._ s'étaient à chaque fois entretenus seul à seul, dans le bureau de l'architecte, au sujet de l'acquisition du terrain et des prétendus plans. A._ n'avait travaillé que sur instructions de son employeur.
B. Par jugement du 13 mars 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné X._ à restituer aux époux Y._ la somme de 40'000 fr. En bref, il a retenu que le montant en cause, versé par les époux Y._ à X._, l'était à titre d'acompte pour l'acquisition du terrain de celui-ci. Dès lors que le contrat de vente n'était pas venu à chef, ladite somme devait leur être restituée conformément aux règles sur l'enrichissement illégitime. X._ ne pouvait en outre exciper de compensation sur ce montant avec une note d'honoraires, n'ayant pas rapporté la preuve de l'existence d'un contrat de mandat pour la construction d'une maison sur le terrain en question.
Statuant sur appel de X._ par arrêt du 17 octobre 2008, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement du 13 mars 2008. En substance, elle a nié l'existence d'un aveu judiciaire des époux Y._ résultant de l'extrait du contrat SIA annoté mais non signé qu'ils avaient produit. Examinant si, comme l'affirmait X._, un contrat de mandat avait été conclu entre les parties, elle a considéré que la démonstration d'une manifestation de volonté concordante émise par toutes les parties faisait manifestement défaut. Il ne pouvait être déduit des plans réalisés qu'un contrat de mandat avait été conclu. Il n'apparaissait pas que les époux Y._ auraient accepté les honoraires de l'architecte dans le cadre d'un devis global qui prévoyait, en sus du montant afférent à la vente, un autre relatif au mandat d'architecte.
C. X._ (le recourant) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à la réforme de l'arrêt du 17 octobre 2008 en ce sens qu'il est prononcé qu'il est fondé à exciper de la compensation contre les époux Y._ à concurrence de 30'000 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 23 octobre 2006, au titre des honoraires d'architecte, et que ceux-ci sont déboutés de toute autre ou contraire conclusion, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il a ultérieurement déposé une demande d'effet suspensif, qui a été rejetée par ordonnance du 5 mars 2009.
Les époux Y._ (les intimés) proposent, sous suite de dépens, le déboutement de leur adverse partie de toutes ses conclusions et la confirmation de l'arrêt entrepris.

Considérant en droit:
1. Interjeté par le recourant qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1 et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sauf s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Si la partie recourante entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées. A ce défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut être pris en compte (<ref-ruling> consid. 6.2).
En l'occurrence, le recourant soutient que les faits auraient été établis de façon manifestement inexacte, et ce à différents égards. De prime abord, la recevabilité de ses critiques est sujette à caution, dès lors qu'il ne démontre pas à proprement parler en quoi les inexactitudes dont il se prévaut auraient une incidence sur le sort du litige. Cela étant, le recourant reprend quasiment les mêmes arguments dans la partie de son écriture consacrée au moyen de violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves invoqué au fond. Par conséquent, il y a lieu de considérer que les arguments présentés sous couvert du soi-disant établissement manifestement inexact des faits n'a pas de portée propre et de les examiner, dans la mesure où ils se recoupent, en rapport avec les moyens soulevés sous l'angle de la prétendue violation de l'art. 9 Cst.
3. Le recourant fait grief aux juges cantonaux d'avoir violé le principe de l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves.
3.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
3.2 Le recourant s'en prend à la constatation selon laquelle dame F.Y._ aurait d'emblée - soit en juin 2006 - manifesté son désaccord s'agissant de l'achat de sa parcelle. Il soutient qu'elle ne l'aurait fait que lors du rendez-vous fixé pour la signature devant le notaire le 9 octobre 2006. Il en déduit que si la cour cantonale n'avait pas pris cet élément en considération, elle n'aurait pas a priori mis en doute l'existence simultanée d'un mandat d'architecte entre les parties pour la construction d'une villa sur le terrain.
Il apparaît que la cour cantonale a retenu la constatation incriminée en se fondant sur le procès-verbal de comparution personnelle de l'intimée et le recourant ne soutient pas qu'elle aurait ainsi enfreint une règle de procédure cantonale. Cela étant, l'on ne voit pas quel élément du dossier contredirait la constatation litigieuse. En particulier, les faits mis en exergue par le recourant, soit le versement de l'acompte de 40'000 fr. - dont l'intimée a d'ailleurs déclaré qu'il avait été fait à son insu - et la préparation d'un projet de promesse de vente et d'achat, du reste postérieurs au moment où l'intimée a manifesté son refus selon la version retenue par la cour cantonale, ne sont pas de nature à confirmer la thèse du recourant. Au demeurant, l'incidence de la constatation sur le sort du litige n'est pas celle que le recourant lui confère. En effet, la cour cantonale a seulement considéré que le refus manifesté par l'intimée devait rendre le recourant plus attentif aux intentions réelles des acheteurs potentiels que représentaient les intimés, d'autant plus qu'il s'agissait d'une acquisition qui allait au-delà des besoins courants d'un couple. Cela étant, la cour cantonale n'a pas nié l'existence d'un contrat de mandat d'architecte en se fondant sur ce seul élément.
3.3 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir écarté de façon arbitraire le témoignage de sa collaboratrice A._, qui avait déclaré avoir établi informatiquement les plans de la future villa des intimés, pour ces derniers (réd.: souligné par le recourant), ce qui serait selon lui de nature à établir l'existence d'un contrat de mandat d'architecte. Il expose que A._ était la personne même qui avait réalisé le travail, et donc le seul témoin de la réalité du travail d'architecte effectué. Le fait qu'elle ait reçu ses instructions de lui, le recourant, qui s'entretenait seul avec le client, était simplement l'usage.
En l'occurrence, les juges cantonaux n'ont pas dénié que du travail ait été effectué, relevant au contraire que les plans exécutés démontraient que le recourant avait déployé une certaine activité. Cela étant, ils ont jugé qu'il n'était pas établi que lesdits plans avaient été réalisés à la demande des intimés et non à la seule initiative du recourant. A cet égard, ils ont considéré que les déclarations de A._ n'étaient pas propres à démontrer une manifestation de volonté concordante des parties, dès lors que le témoin n'avait jamais assisté au moindre entretien. Par ailleurs, et pour les mêmes motifs, le témoignage en question n'était pas de nature à confirmer que les plans avaient été établis à la demande des intimés, puisqu'ils résultaient d'ordres reçus directement du recourant. Dans ces circonstances, l'on ne voit pas que la cour cantonale ait commis arbitraire en considérant que le témoignage de A._, qui n'avait jamais parlé aux intimés, n'était pas susceptible de prouver la conclusion d'un contrat de mandat.
3.4 Le recourant plaide que la cour cantonale aurait omis de considérer le fait que le projet de promesse de vente prévoyait une condition résolutoire de l'obtention d'une autorisation de construire sur la parcelle, avec la précision que les époux Y._ devaient déposer une requête en autorisation de construire dans les trente jours suivant la signature. Il soutient qu'au vu du cours ordinaire des choses, il était "normal, logique et usuel" que l'architecte ait déjà commencé son travail, en accord avec le client, pour pouvoir respecter ce délai très court de trente jours.
L'article du projet de promesse de vente et d'achat intitulé "pouvoirs" dispose que "dès lors, les promettant-acquéreurs s'obligent à déposer une requête en autorisation de construire et d'équiper, conformément aux dispositions et normes de la zone dans laquelle est située la parcelle objet des présentes, et ce dans les trente jours suivant la signature des présentes (...)", ce que la cour cantonale n'a certes pas mentionné dans son arrêt. Cela ne suffit toutefois pas pour démontrer que le recourant aurait anticipé la procédure d'autorisation de construire à la demande des intimés, et non spontanément. Au demeurant, le projet de promesse de vente et d'achat n'a précisément pas été signé. En définitive, le recourant échoue ainsi à démontrer en quoi l'élément omis aurait été de nature à modifier la décision querellée.
4. Le recourant se plaint d'une violation des <ref-law> et 1 CO. Il reproche à la cour cantonale d'avoir nié d'une part l'existence d'un contrat d'architecte, d'autre part l'établissement des plans spécifiquement pour les intimés.
L'<ref-law> ne dicte pas au juge comment il doit former sa conviction, de sorte que lorsque l'appréciation des preuves le convainc de la réalité ou de l'inexistence d'un fait, la question de la répartition du fardeau de la preuve ne se pose plus (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 277). Or, en l'espèce, la cour cantonale a comme précédemment exposé retenu, à l'issue d'une appréciation des preuves qui n'a pas été taxée d'arbitraire, qu'il n'était pas établi que le recourant avait réalisé les plans à la demande des intimés et que celui-ci, auquel incombait le fardeau de la preuve, n'avait pas prouvé l'existence d'un contrat de mandat. Le moyen du recourant, qui relève en réalité de l'appréciation des preuves, doit être écarté.
5. Le recourant soutient que les juges cantonaux auraient violé l'<ref-law>, qui dispose que si le prix n'a pas été fixé d'avance, ou s'il ne l'a été qu'approximativement, il doit être déterminé d'après la valeur du travail et les dépenses de l'entrepreneur. Il soutient que si les plans sont commandés auprès d'un architecte professionnel, il y a présomption qu'ils doivent être rémunérés. De la sorte, il fonde toutefois son argumentation sur une prémisse erronée, puisqu'il n'a précisément pas été établi que les plans avaient été réalisés à la demande des intimés. Cela scelle le sort du grief.
6. Le recourant se plaint d'une violation de l'<ref-law>, exposant avoir valablement excipé de la compensation. Dès lors que le droit à rémunération du recourant a toutefois été nié, il ne saurait être question de compensation.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, par un arrêt sommairement motivé (art. 109 al. 2 et 3 LTF).
8. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer aux intimés, créanciers solidaires, à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 24 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Corboz Cornaz