Faits:
A. En mai 1993, Y._ (ci-après: l'employée) a été engagée en qualité d'enseignante par différentes entités qui, ensuite de fusion et liquidation, sont devenues X._; ci-après: l'employeuse).
L'employée était notamment chargée de dispenser des cours de français pour adultes de langues étrangères; elle s'activait de manière irrégulière, en fonction des plannings qui lui étaient proposés, de sorte qu'elle ne donnait pas des cours toute l'année, ni tous les jours ouvrables de la semaine; elle devait toutefois rester disponible pour les remplacements de cours et considérait qu'elle travaillait à plein temps.
Le 25 novembre 2002, les parties ont signé un contrat de travail qui prévoyait un salaire horaire brut de 60 fr. 55, soit 54 fr. 25 plus 6 fr. 30 à titre d'indemnité de vacances.
Le 16 février 2006, l'employeuse a résilié le contrat de travail pour le 31 mai 2006, échéance finalement reportée au 31 juillet 2006 en raison d'une incapacité de travail de l'employée.
Jusqu'au mois de juin 2008, l'employeuse ne versait pas d'indemnité compensatoire pour les jours fériés; avant cette date, elle faisait en sorte que ces jours soient remplacés, de telle manière que les employés ne subissent aucune perte. Au mois de septembre 2008, la direction de l'employeuse a annoncé, par le biais d'une publication interne, que tous les employés seraient indemnisés rétroactivement pour les jours fériés, pour autant qu'ils ne soient pas tombés un samedi ou un dimanche et que les cours aient eu lieu avant et après le jour férié en question; il s'agissait selon elle d'indemniser rétroactivement tous ses employés pour les jours fériés, soit de couvrir les heures qui n'avaient pas pu être données, car elles tombaient sur un tel jour, et ce pour une période rétroactive de cinq ans.
Par courrier du 3 septembre 2008, l'employeuse a informé l'employée de cette décision, en produisant en annexe un décompte des jours à indemniser, à savoir cinq jours fériés en 2003 (soit l'Ascension, Pentecôte, le 1er août, Noël et le 31 décembre), trois jours fériés en 2004 (à savoir le 1er janvier, l'Ascension et Pentecôte) ainsi que deux jours fériés en 2005 (soit l'Ascension et le 1er août); l'employeuse a effectué son calcul, pour la partie qu'elle estimait non prescrite, sur les salaires annuels de 35'610 fr. 40 en 2003, 52'910 fr. 55 en 2004 et 58'405 fr. 25 en 2005; l'indemnité horaire pour cinq jours fériés s'élevait ainsi à 2.15 % (5 jours fériés / [365 jours - 52 dimanches - 52 samedis - 9 jours fériés - 20 jours de vacances]) de la masse salariale en question, celle pour trois jours fériés à 1.29 % (3 jours fériés / 232 jours) et celle pour deux jours fériés à 0.86 % (2 jours fériés / 232 jours); dès lors, l'indemnité, majorée d'un intérêt à 5 % l'an, calculé du 1er janvier au 31 août 2008, a été fixée à 765 fr. 62 pour 2003, 682 fr. 55 pour 2004 et 502 fr. 29 pour 2005, représentant un total de 2'015 fr. 45.
B. Par demande du 17 juin 2008, l'employée a assigné l'employeuse en paiement de 9'109 fr. 95 avec intérêts à 5 % l'an dès le 31 juillet 2006, à titre d'indemnisation des jours fériés de 2002 à 2006, soit 3.87 % de la masse salariale brute de 235'399 fr. Le 29 août 2008, l'employeuse a fait virer à l'employée un montant de 2'015 fr. 45 bruts, correspondant à 1'893 fr. 10 nets, à titre d'indemnisation des jours fériés pour la période allant du 1er mai 2003 au 16 février 2006, date à laquelle elle avait été libérée de son obligation de travailler; pour le surplus, elle a conclu au déboutement de son adverse partie, ses prétentions étant soit prescrites, soit infondées.
Par jugement du 19 mars 2009, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné l'employeuse à verser à son adverse partie 4'388 fr. 80 bruts avec intérêts à 5 % l'an dès le 31 juillet 2006. Il a considéré que l'employée avait été rémunérée sur une base horaire depuis son engagement et n'avait été indemnisée que partiellement pour les jours fériés, rétroactivement, alors que cette rémunération était due intégralement, sans devoir supporter une restriction particulière; l'employeuse n'en posait d'ailleurs plus depuis le 1er mai 2008; dès lors, compte tenu de la prescription quinquennale, elle avait droit à un rétroactif complet depuis juillet 2003 et devait être rémunérée jusqu'à la fin des rapports de travail.
Statuant sur appel, respectivement appel incident, de chacune des deux parties par arrêt du 26 novembre 2009, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a annulé le jugement du 19 mars 2009 et condamné l'employeuse à payer à l'employée la somme de 7'142 fr. 40 bruts plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er juillet 2006, sous déduction de 2'015 fr. 45 bruts, valeur 1er janvier 2008.
Elle a rappelé et confirmé sa jurisprudence récente (cf. arrêt de la Cour d'appel des prud'hommes de Genève du 14 mars 2008, reproduit in JAR 2009 p. 521; arrêt de la Chambre d'appel des prud'hommes du canton de Genève du 18 avril 2002, reproduit in JAR 2003 p. 281), dont il résulte en substance que si, pour les travailleurs payés à l'heure, la doctrine majoritaire avait longtemps considéré que le salarié n'avait le droit d'être rémunéré pour les jours fériés que pour autant qu'un contrat, respectivement une convention collective le prévoie, cette opinion ne faisait plus l'unanimité, la doctrine plus récente étant d'avis que les jours fériés devaient également être rémunérés; en ce qui concernait le 1er août, cette obligation découlait directement du droit fédéral, qui assimilait le jour de la fête nationale à un dimanche (art. 110 al. 3 Cst. et art. 20a al. 1 de la loi fédérale du 13 mars 1964 sur le travail dans l'industrie, l'artisanat et le commerce [Loi sur le travail, LTr; RS 822.11]); quant à la rémunération des autres jours fériés, elle trouvait sa source dans l'art. 7 let. d du Pacte international relatif aux droits économiques, sociaux et culturels (entré en vigueur pour la Suisse le 18 septembre 1992 [Pacte ONU-I; RS 0.103.1]); la Cour d'appel avait jugé que cette disposition était "self-executing" et qu'il était d'ores et déjà d'usage de payer les jours fériés aux travailleurs réguliers; l'indemnité horaire standard pour les jours fériés s'élevait à 3.87 % (9 jours fériés / [365 jours calendaires - 52 dimanches - 52 samedis - 9 jours fériés - 20 jours de vacances]).
Les juges cantonaux ont ajouté que, par ailleurs, ils ne pouvaient suivre l'argumentation de l'employeuse selon laquelle leur jurisprudence ne pourrait s'appliquer au cas d'espèce, dans la mesure où il s'agirait non pas d'un travail à temps partiel régulier, mais d'un travail à temps partiel irrégulier où la durée hebdomadaire, mensuelle ou annuelle serait variable; en effet, l'aspect variable était en l'occurrence inhérent au type d'activité développée, laquelle dépendait notamment des saisons et des inscrits; enfin, il était normal dans l'enseignement de considérer un emploi comme stable même en présence d'un nombre d'heures qui ne serait pas réparti sur chaque jour de la semaine, ce qui était généralement la règle dans l'enseignement à l'heure; au surplus, le salaire annuel réalisé, en général supérieur à 50'000 fr., démontrait le caractère prépondérant sinon exclusif de l'emploi et supposait une disponibilité importante, qui excluait pratiquement une activité annexe, au regard de la nécessité de remplacer les cours qui tombaient sur des jours fériés; pour l'ensemble de ces motifs, le raisonnement des premiers juges devait être confirmé; il était encore ajouté que l'exercice d'un droit n'était que rarement abusif et qu'il n'y avait pas lieu d'appliquer en l'espèce l'<ref-law>, la demande initiale relevant de l'exercice d'un droit fondamental, soit le droit au salaire, et celui-ci ayant été exercé dans un délai raisonnable.
La cour cantonale a enfin considéré que les actions des travailleurs pour leurs services se prescrivaient par cinq ans; en conséquence, la demande ayant été déposée le 17 juin 2008, les droits antérieurs à mi-juin 2003 étaient en principe prescrits; toutefois, compte tenu de l'accord de l'employeuse, qui avait renoncé à la prescription à compter du 1er mai 2003, c'était cette date qui devait être prise en considération; la décision entreprise, qui ne tenait pas compte des mois de mai et juin 2003, devait être modifiée en ce sens; le calcul des premiers juges devait en conséquence être repris et le taux de 3.87 % appliqué à l'ensemble de la rémunération reçue du 1er mai 2003 au 31 juillet 2006, sous déduction des montants déjà versés relativement à la compensation des jours fériés; pour la période susvisée, l'employée avait perçu un total de 184'557 fr. 20 à titre de salaire, d'où une somme de (184'557 fr. 20 x 3.87 % =) 7'142 fr. 40, dont il fallait déduire 2'015 fr. 45.
C. L'employeuse (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt du 26 novembre 2009, au rejet de la demande et au déboutement de son adverse partie de toutes ses conclusions. L'employée (l'intimée) a indiqué que, compte tenu de moyens très modestes et d'une situation financière momentanément difficile, elle s'en rapportait à justice et renonçait, en l'état, à répondre au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 La recourante admet que la valeur litigieuse n'atteint pas le seuil de 15'000 fr. permettant normalement le recours en matière civile en matière de droit du travail (<ref-law>), mais soutient que le recours serait néanmoins recevable parce que la contestation soulèverait une question juridique de principe (<ref-law>). Conformément aux exigences de l'art. 42 al. 2 2ème phrase LTF, elle a expliqué de manière précise en quoi l'affaire remplirait cette condition.
La jurisprudence a souligné qu'il fallait se montrer restrictif dans l'admission d'une dérogation à l'exigence de la valeur litigieuse sur la base de l'<ref-law>; elle s'est efforcée de cerner la notion de contestation soulevant une question juridique de principe. En résumé, il faut qu'il soit nécessaire, pour résoudre le cas d'espèce, de trancher une question juridique qui donne lieu à une incertitude caractérisée, laquelle appelle de manière pressante un éclaircissement de la part du Tribunal fédéral, en tant qu'autorité judiciaire suprême chargée de dégager une interprétation uniforme du droit fédéral (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 399).
En l'espèce, la recourante allègue que la question litigieuse, qui est celle de savoir si l'employeur est tenu, en droit suisse, de verser au travailleur payé à l'heure une indemnité forfaitaire pour jours fériés correspondant à 3.87 % du salaire, n'a jamais été tranchée par le Tribunal fédéral; elle montre par ailleurs que les jurisprudences cantonales sont contradictoires (dans le sens inverse aux décisions genevoises susmentionnées, cf. arrêt du Tribunal d'appel du canton du Tessin du 13 mars 1995, reproduit in JAR 1996 p. 149; arrêt de la Cour civile du Tribunal cantonal jurassien du 4 mai 1994, reproduit in RJJ 1994 p. 179) et en outre que la doctrine est divisée; elle expose que le besoin d'une jurisprudence fédérale serait d'autant plus vif que la question intéresserait tous les salariés payés à l'heure et tous les employeurs; la présente cause serait d'ailleurs un procès-pilote annonciateur de procédures ultérieures de salariés de la même employeuse, déjà pendantes devant l'autorité cantonale; elle indique qu'il faudrait un cas très particulier pour que la valeur litigieuse, dans une cause, atteigne 15'000 fr. uniquement sur le problème de la rémunération des jours fériés; elle ajoute enfin qu'à l'échelle d'une entreprise ou d'une branche comptant de nombreux salariés payés à l'heure, les enjeux économiques seraient considérables.
La recourante précise encore que la question de principe susmentionnée ne peut être jugée que si, à titre préalable, le Tribunal fédéral se prononce sur une autre question de principe qui lui est étroitement liée, soit celle de savoir si l'employeur est tenu d'indemniser le travailleur payé à l'heure qui ne peut pas travailler un jour férié, lorsqu'un jour de travail coïncide avec le jour férié légal. En effet, en l'absence d'obligation d'indemniser les jours fériés, la question de l'application d'un taux forfaitaire ne se poserait pas; or, les jurisprudences cantonales (cf. les références susmentionnées) et la doctrine (cf. infra) seraient aussi divisées à cet égard.
C'est le lieu de relever que la Cour de céans a eu l'occasion de dire que la loi ne prévoyait aucune obligation de rémunérer les jours fériés en faveur du travailleur rémunéré à l'heure, que seul le 1er août était un jour férié rémunéré et que de ce point de vue, le régime des jours de congé différait de celui des vacances ou des périodes d'incapacité de travail (arrêt 4A_478/2009 du 16 décembre 2009 consid. 5, reproduit in Revue de droit du travail et d'assurance-chômage [DTA] 1/2010 p. 23); cet arrêt, non publié aux ATF, a été rendu dans un cas où la question présentement litigieuse n'était pas centrale et n'avait pas été spécifiquement discutée, en particulier sous l'angle de l'art. 7 let. d du Pacte ONU-I; il reste dès lors une question de principe à trancher. Pour le surplus, il se justifie d'adhérer à l'argumentation convaincante de la recourante et de recevoir le recours en matière civile sur la base de l'<ref-law>.
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai, compte tenu des féries (art. 45 al. 1, art. 46 al. 1 let. c et <ref-law>), et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.3 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.5) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2. Il convient de commencer par examiner si l'ordre juridique suisse contient une obligation d'indemniser les jours fériés pour les travailleurs payés à l'heure.
2.1 A teneur de l'art. 110 al. 3 Cst., le 1er août est le jour de la fête nationale, il est assimilé aux dimanches du point de vue du droit du travail - ce qui implique que tout travail est en principe interdit, sauf circonstances particulières (cf. art. 19 et 27 LTr ainsi qu'art. 2 al. 2 de l'Ordonnance du 30 mai 1994 sur la fête nationale [RS 116]) - et il est rémunéré. Il est incontestable que cette disposition consacre une obligation de payer le salaire pour le jour férié fédéral, laquelle concerne également les travailleurs rémunérés à l'heure (Carruzzo, Le contrat individuel de travail, 2009, n° 4 ad <ref-law>, p. 351; Portmann, in Basler Kommentar, 4e éd. 2007, n° 5 ad <ref-law>), pour autant toutefois que le 1er août tombe sur un jour à l'occasion duquel l'employé aurait normalement travaillé (Carruzzo, op. cit., n° 4 ad <ref-law>, p. 351; dans le même sens, cf. Staehelin/Vischer, Zürcher Kommentar, 3e éd. 1996, n° 11 ad <ref-law>).
2.2 Selon l'art. 20a al. 1 LTr, outre le jour de la fête nationale, les cantons peuvent assimiler au dimanche huit autres jours fériés par an au plus; cette disposition ne dit toutefois pas mot de la question de la rémunération de ces jours. Le Code des obligations, en particulier l'<ref-law> relatif aux congés usuels, ne traite pas davantage la question. Pour le surplus, compte tenu de la force dérogatoire du droit fédéral en matière de droit privé, les cantons ne sont pas habilités à légiférer à ce sujet, de sorte qu'une obligation de rémunération ne saurait découler du droit cantonal (cf. ATF 76 I 305, 321). En résumé, le droit interne ne prévoit donc pas une obligation de payer les jours fériés pour les travailleurs payés à l'heure, la question étant le cas échéant réglée par les conventions collectives ou les contrats-cadres de travail, voire contractuellement dans chaque cas particulier, ou encore s'il existe usage (cf. <ref-law>) en la matière (sur ces différents points, cf. arrêt 4A_478/2009 du 16 décembre 2009 consid. 5, reproduit in Revue de droit du travail et d'assurance-chômage [DTA] 1/2010 p. 23; arrêt du Tribunal d'appel du canton du Tessin du 13 mars 1995 consid. 2.1, reproduit in JAR 1996 p. 149; arrêt de la Cour civile du Tribunal cantonal jurassien du 4 mai 1994, reproduit in RJJ 1994 p. 179; Carruzzo, op. cit., n° 5 ad <ref-law>, p. 352; Geiser/Müller, Arbeitsrecht in der Schweiz, 2009, p. 169 n° 485; Müller, ArG, 2009, n° 2 ad art. 20a al. 1 LTr; Tercier/Favre, Les contrats spéciaux, 4e éd. 2009, p. 529 n° 3564; Wyler, Droit du travail, 2e éd. 2008, p. 338; Portmann, op. cit., n° 9 ad <ref-law>; Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6e éd. 2006, n° 14 ad <ref-law>, p. 415; Portmann/Petrovic, in Loi sur le travail, 2005, n° 17 et 18 ad art. 20a LTr, p. 319; Aubert, in Commentaire romand, 2003, n° 8 ad <ref-law>; Staehelin/Vischer, op. cit., n° 11 ad <ref-law>; Rehbinder, Berner Kommentar, 1985, n° 15 ad <ref-law>).
2.3 Cela étant, les tenants de la théorie du droit des travailleurs payés à l'heure à la rémunération des jours fériés - cantonaux - sont d'avis que celui-ci découlerait du droit international, spécifiquement de l'art. 7 let. d du Pacte ONU-I, qui dispose que les Etats parties audit Pacte reconnaissent le droit qu'a toute personne de jouir de conditions de travail justes et favorables, qui assurent notamment: le repos, les loisirs, la limitation raisonnable de la durée du travail et les congés payés périodiques, ainsi que la rémunération des jours fériés.
Ce point de vue, initialement soutenu par BYRNE-SUTTON dans sa thèse de doctorat (Le contrat de travail à temps partiel, 2001, p. 145), a été repris sans autre explication par la jurisprudence genevoise susmentionnée et quelques auteurs isolés (cf. PORTMANN, op. cit., n° 9 ad <ref-law>, p. 1891; Portmann/Petrovic, op. cit., n° 19 ad art. 20a LTr; Brunner/Bühler/Waeber/Bruchez, Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, n° 2 ad <ref-law>). Les autres auteurs précités n'en parlent purement et simplement pas, sous réserve de Streiff/von Kaenel (op. cit., n° 14 ad <ref-law>, p. 415 s.), qui relèvent la question sans toutefois prendre position.
2.3.1 Le Pacte ONU-I contient, à ses art. 6 à 15, un catalogue de droits économiques, sociaux, et culturels; en vertu de son art. 2 ch. 1, chacun des Etats parties s'engage à agir, tant par son effort propre que par l'assistance et la coopération internationales, notamment sur les plans économique et technique, au maximum de ses ressources disponibles, en vue d'assurer progressivement le plein exercice de ces droits par tous les moyens appropriés, y compris en particulier l'adoption de mesures législatives.
Le Tribunal fédéral a jugé à plusieurs reprises que les dispositions de ce Pacte énonçaient un programme, s'adressaient au législateur et ne conféraient en principe pas aux particuliers de droits subjectifs que ceux-ci pouvaient invoquer en justice (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 163; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 123; <ref-ruling> consid. 2c p. 242 s.; <ref-ruling> consid. 4d p. 478; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2a et 2c; <ref-ruling> consid. 5c p. 11 s.; cf. également Message du 30 janvier 1991 sur l'adhésion de la Suisse aux deux Pactes internationaux de 1966 relatifs aux droits de l'homme et une modification de la loi d'organisation judiciaire, FF 1991 I 1129 ss, spéc. p. 1141 ch. 431).
Le Tribunal fédéral a toutefois admis qu'il n'était pas exclu que l'une ou l'autre des normes du Pacte ONU-I puisse être considérée comme directement applicable ou "self-executing" (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2e au sujet de l'art. 8 al. 1 let. a relatif au droit de toute personne de former des syndicats et de s'affilier à celui de son choix, ainsi que <ref-ruling> consid. 2e en rapport avec l'art. 8 al. 1 let. d concernant le droit de grève, qui laissent la question indécise). Savoir si tel est le cas est une question d'interprétation (ATF <ref-ruling> consid. 2b p. 249), étant précisé qu'une norme est directement applicable si elle est suffisamment déterminée et claire par son contenu pour constituer le fondement d'une décision (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 2d/aa p. 281; <ref-ruling> consid. 2b p. 249; <ref-ruling> consid. 5b).
2.3.2 S'agissant de l'interprétation des traités, la Convention de Vienne du 23 mai 1969 sur le droit des traités (RS 0.111) pose des principes directeurs, qui sont relativement semblables aux méthodes d'interprétation valant pour les règles générales et abstraites en droit interne, au nombre desquelles figurent les traités internationaux qui, en Suisse, sont introduits dans l'ordre juridique national dès leur entrée en vigueur sur le plan du droit international (cf. <ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 325).
Sur le plan interne, la loi s'interprète selon sa lettre, son esprit et son but, ainsi que selon les valeurs sur lesquelles elle repose, conformément à la méthode téléologique; si la prise en compte d'éléments historiques n'est pas déterminante pour l'interprétation, cette dernière doit néanmoins s'appuyer en principe sur la volonté du législateur et sur les jugements de valeur qui la sous-tendent de manière reconnaissable (cf. <ref-ruling> consid. 4.4 p. 23).
2.3.3 En l'occurrence, l'on ne voit pas qu'en dérogation à la règle selon laquelle les dispositions du Pacte ONU-I ne confèrent en principe pas aux particuliers de droits subjectifs susceptibles d'être invoqués en justice, son art. 7 let. d doive être considéré comme directement applicable. Il apparaît au contraire que cette norme s'adressait au législateur, respectivement au Constituant, lequel en a précisément tenu compte en édictant l'art. 110 al. 3 Cst. pour ce qui est du jour férié fédéral. Comme la recourante le souligne de façon pertinente, l'adoption de cette dernière disposition, singulièrement de l'obligation de rémunération, a donné lieu à de nombreuses discussions (cf. Message du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle Constitution fédérale, FF 1996 I 1 ss, spéc. p. 327 s.; Mahon, in Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, 2003, n° 24 ad art. 110 Cst., p. 859 s.), ce qui n'aurait probablement pas été le cas si le caractère "self-executing" de l'art. 7 let. d du Pacte ONU-I avait semblé si évident, car alors la réglementation constitutionnelle n'aurait pas eu de raison d'être.
En outre, l'on ne saurait admettre, comme l'ont soutenu les auteurs favorables à l'application directe, que de par sa clarté, la disposition litigieuse ne nécessiterait pas de mesure interne de concrétisation (cf. Byrne-Sutton, op. cit., p. 145 s.; Portmann/Petrovic, op. cit., n° 19 ad art. 20a LTr). En effet, cette norme n'est pas si claire et sa lecture ne permet nullement d'en déduire si elle concerne tous les travailleurs, à savoir également ceux payés à l'heure, le cas échéant à partir de combien d'heures de travail, ni comment elle s'appliquerait concrètement; elle ne fait ainsi que poser une idée générale.
Il y a encore lieu de relever que, quoi que semble en penser la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève qui les cite à l'appui de sa position, les commentateurs helvétiques du Pacte ONU-I n'affirment pas non plus que les jours fériés devraient être rémunérés pour les travailleurs payés à l'heure, mais indiquent seulement que l'effectivité du droit à des conditions de travail justes et favorables au sens de l'art. 7 du Pacte ONU-I, autant qu'aucun effet horizontal direct ne lui est reconnu sur le plan interne, dépend dans une large mesure de l'état de la législation, car il doit se concrétiser en première ligne dans les domaines de l'économie privée (Künzli/Kälin, Die Bedeutung des UNO-Paktes über wirtschaftliche, soziale und kulturelle Rechte für das schweizerische Recht, in La Suisse et les Pactes des Nations Unies relatifs aux droits de l'homme, 2e éd. 1997, p. 119; dans le même sens, cf. Craven, The international Covenant on Economic, Social, and Cultural Rights, Oxford 1995, p. 246).
2.4 En définitive, il convient donc de s'en tenir à ce qui découlait déjà de l'arrêt 4A_478/2009 du 16 décembre 2009 (reproduit in Revue de droit du travail et d'assurance-chômage [DTA] 1/2010 p. 23), à savoir qu'il n'existe aucune obligation d'indemniser les jours fériés pour les travailleurs payés à l'heure, sous réserve du 1er août donnant droit à un salaire, à la condition encore qu'il tombe sur un jour qui aurait été travaillé.
Il s'ensuit qu'en considérant que l'intimée avait droit à la rémunération de tous les jours fériés, la cour cantonale a violé le droit fédéral. Il n'y avait pas lieu d'allouer à l'employée davantage que ce que la recourante avait spontanément accepté, à bien plaire, de lui verser pour les jours fériés - incluant la fête nationale lorsque celle-ci était un jour de semaine -, étant précisé que le montant concerné n'est en soi pas remis en cause. Par conséquent, le recours doit être admis, l'arrêt entrepris annulé et la demande rejetée.
3. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimée qui, bien que s'étant abstenue de répondre et s'en étant remise à justice, ne saurait échapper à la condamnation aux frais et doit être considérée comme la partie qui succombe, dans la mesure où la décision attaquée est modifiée à son détriment (cf. art. 65 al. 4 let. c et 66 al. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 3; Corboz, Commentaire de la LTF, 2009, n° 38 ad <ref-law>); elle indique certes avoir des moyens très modestes et être dans une situation financière momentanément difficile, mais elle n'a pas pour autant demandé sa mise au bénéfice de l'assistance judiciaire, qui lui aurait le cas échéant permis d'être dispensée de payer les frais judiciaires (cf. <ref-law>).
En outre, l'intimée payera à la recourante une indemnité à titre de dépens, dont le montant sera réduit du fait que la présente procédure est traitée en parallèle avec une autre totalement similaire (4A_54/2010), dans laquelle les parties sont représentées par les mêmes mandataires (cf. <ref-law>; art. 8 al. 2 du règlement du 31 mars 2006 sur les dépens alloués à la partie adverse et sur l'indemnité pour la représentation d'office dans les causes portées devant le Tribunal fédéral [RS 173.110.210.3]).
Pour le surplus, il n'y a pas lieu de renvoyer la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens (cf. <ref-law>), dès lors que la procédure cantonale était gratuite.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la demande est rejetée.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 300 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 1'200 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 4 mai 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz