Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte den Beschwerdeführer, deutscher Staatsangehöriger, am 18. August 2003 unter anderem wegen vorsätzlicher Tötung, mehrfachen vorsätzlichen Tötungsversuchs sowie mehrfachen qualifizierten Raubes zu 18 Jahren Zuchthaus, abzüglich 1289 Tage Untersuchungshaft und vorzeitigen Strafvollzug, sowie zu 15 Jahren Landesverweisung. Zwei Drittel der Freiheitsstrafe waren am 5. Februar 2012 verbüsst.
Am 8. November 2011 bzw. 16. Januar 2012 stellte der Beschwerdeführer ein Gesuch um bedingte Entlassung auf den 5. Februar 2012. Der Justizvollzug des Kantons Zürich wies das Gesuch am 26. Januar 2012 ab. Am 29. Februar 2012 erhob der Beschwerdeführer Rekurs und beantragte, es seien die Verfügung vom 26. Januar 2012 ersatzlos aufzuheben, das Gesuch um Haftentlassung gutzuheissen und er sofort aus der Schweiz auszuschaffen. Am 27. März 2012 wies die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich den Rekurs ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies eine dagegen gerichtete Beschwerde am 7. Juni 2012 ab, soweit darauf eingetreten wurde.
Der Beschwerdeführer beantragt vor Bundesgericht, das Urteil vom 7. Juni 2012 sei aufzuheben. Das Gesuch um Haftentlassung sei gutzuheissen, und er sei sofort aus der Schweiz auszuschaffen.
2. 2.1 Ein Rechtsstreit wird gegenstandslos, wenn im Verlaufe des Verfahrens eine Sachlage eintritt, angesichts derer ein Rechtsschutzinteresse an einem Entscheid der Streitsache nicht mehr besteht. So entfällt das Interesse an der Behandlung einer Haftbeschwerde, wenn der Beschwerdeführer während der Hängigkeit des bundesgerichtlichen Verfahrens aus der Haft entlassen wird (<ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2a).
2.2 Wie das Bundesgericht auf Anfrage am 4. Dezember 2012 erfuhr, wurde der Beschwerdeführer in Anwendung von Art. 3 des Zusatzprotokolls zum Übereinkommen über die Überstellung verurteilter Personen vom 18. Dezember 1997 (SR 0.343.1) bereits am 6. September 2012 den deutschen Behörden übergeben und befindet sich nicht mehr im Strafvollzug in der Schweiz. Das Landgericht Freiburg hatte am 21. November 2011 die im Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich verhängte Freiheitsstrafe von 18 Jahren in der Bundesrepublik Deutschland für vollstreckbar erklärt, die Strafe in eine Gesamtfreiheitsstrafe von 18 Jahren nach deutschem Recht umgewandelt und die in der Schweiz verbüsste Untersuchungs- und Strafhaft im Verhältnis eins zu eins angerechnet. Eine dagegen gerichtete Beschwerde wurde durch das Oberlandesgericht Karlsruhe am 21. Mai 2012 verworfen. Wegen der Übernahme des Beschwerdeführers durch die deutschen Behörden wurde der Vollzug der Freiheitsstrafe in der Schweiz ausgesetzt (Art. 8 Abs. 1 des Übereinkommens über die Überstellung verurteilter Personen vom 21. März 1983; SR 0.343).
Der Beschwerdeführer beantragte im vorliegenden Verfahren zur Hauptsache, er sei bedingt aus dem Strafvollzug zu entlassen. Dieser Zweck wurde durch Aussetzung der Freiheitsstrafe in der Schweiz erreicht. Ein Rechtsschutzinteresse an der Behandlung der Beschwerde besteht nicht mehr. Der Beschwerdeführer macht gestützt auf Art. 10 des erwähnten Übereinkommens geltend, dass Deutschland an einen Entscheid, mit welchem das Bundesgericht die bedingte Entlassung anordnen würde, gebunden wäre (act. 18 S. 2). Die von ihm zitierte Bestimmung betrifft indessen nur die Frage, inwieweit der Vollstreckungsstaat an die rechtliche Art und die Dauer der vom Gericht im Urteilsstaat verhängten freiheitsentziehenden Sanktion (Strafe oder Massnahme), für welche er die Fortsetzung des Vollzugs übernimmt, gebunden ist. Der Vollzug der Sanktion richtet sich demgegenüber nach dem Recht des Vollstreckungsstaates. Dieser Staat allein ist zuständig, alle erforderlichen Entscheidungen zu treffen (Art. 9 Abs. 3 des Übereinkommens). Über die Frage einer bedingten Entlassung haben die deutschen Behörden zu entscheiden. Die Beschwerde ist als gegenstandslos abzuschreiben. Bei diesem Ausgang sind praxisgemäss keine Gerichtskosten zu erheben.
3. Der Beschwerdeführer verlangt die unentgeltliche Verbeiständung. Darüber entscheidet das Bundesgericht bei Gegenstandslosigkeit des Verfahrens mit summarischer Begründung aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Der Beschwerdeführer macht in seiner Stellungnahme dazu geltend, bei einer materiellen Behandlung wäre die Beschwerde nicht aussichtslos gewesen. Da sich tatsächlich nicht von vornherein klar zu beantwortende Fragen stellten, ist das Gesuch gutzuheissen.

Demnach verfügt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung wird gutgeheissen.
4. Rechtsanwalt Dr. Marcel Bühler wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 3'000.-- entschädigt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Monn