Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) erlitt am 11. Juni 2004 und am 28. November 2004 je einen Auffahrunfall und am 20. Juli 2005 einen weiteren Autounfall. Dafür erbrachten die Unfallversicherer, die Eidgenössische Militärversicherung sowie die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) die gesetzlichen Leistungen. Letztere stellte ihre Leistungen für Taggeld per 17. Mai 2005, jene für die Heilbehandlung per 3. August 2006 ein. Die X._ AG (Beschwerdegegnerin), bei welcher der Beschwerdeführer ab 1. Februar 2005 gegen krankheitsbedingte Erwerbsunfähigkeit taggeldversichert war (Fr. 155.-- pro Tag; Wartefrist von 30 Tagen für maximal 690 Tage pro Krankheitsfall), zahlte dem Beschwerdeführer ab 16. März 2005, basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 100 %, Krankentaggelder von insgesamt Fr. 35'650.-- aus. Diese Leistungen erfolgten namentlich gestützt auf Angaben der Klinik Y._ vom 14. Januar 2005, nach welchen der Beschwerdeführer im zuletzt ausgeübten Beruf als Taxichauffeur zu 100 % und für sonstige Tätigkeiten zu 50 % arbeitsunfähig sei. Die Beschwerdegegnerin stellte jedoch ihre Taggeldleistungen per 31. Oktober 2005 ein, nachdem sie von den Ergebnissen einer Überwachung des Beschwerdeführers durch den Haftpflichtversicherer Kenntnis erhalten hatte.
B. Am 4. Dezember 2005 erhob der Beschwerdeführer beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage und beantragte, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm für die Zeit vom 1. November 2005 bis 30. November 2006 Taggelder von je Fr. 155.--, insgesamt Fr. 61'255.-- nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin verlangte widerklageweise vom Beschwerdeführer die Rückzahlung der bereits empfangenen Leistungen von Fr. 26'195.--, Fr. 4'650.-- und Fr. 4'805.--, je nebst Zins ab dem Auszahlungszeitpunkt, und eventuell Fr. 4'727.50 nebst Zins.
C. Das Sozialversicherungsgericht holte bei der Fachstelle für psychiatrische Begutachtung der integrierten Psychiatrie in Z._ ein Gutachten ein, welches am 10. Mai 2010 erstattet wurde, erstellt von Dr. B._. Dazu nahmen die Parteien Stellung. Das Gericht kam zum Ergebnis, dass der Beschwerdeführer zum Zeitpunkt des Beginns der Leistungsausrichtung durch die Beschwerdegegnerin an keiner eine Arbeitsunfähigkeit bewirkenden Krankheit gelitten habe. Die unfallbedingten organischen Folgen, für welche die Beschwerdegegnerin ohnehin nicht hätte einstehen müssen, seien damals abgeheilt gewesen, und eine nachvollziehbare gesicherte Diagnose in psychiatrischer Hinsicht, aus der sich eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit ergeben hätte, habe nicht gestellt werden können. Das Sozialversicherungsgericht wies daher die Klage am 5. Oktober 2010 ab und hiess die Widerklage ausser mit Bezug auf die Zinsen gut. Diese sprach sie erst ab dem Datum der Einreichung der Widerklage, dem 13. April 2007, zu.
D. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit "Berufung" die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung unter Einbezug der vorhandenen medizinischen Informationen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Streitig sind Leistungen aus einer Zusatzversicherung zur sozialen Krankenversicherung. Derartige Zusatzversicherungen unterstehen gemäss Art. 12 Abs. 2 und 3 des Bundesgesetzes vom 18. März 1994 über die Krankenversicherung (KVG; SR 832.10) dem Bundesgesetz vom 2. April 1908 über den Versicherungsvertrag (Versicherungsvertragsgesetz, VVG; SR 221.229.1). Streitigkeiten aus solchen Versicherungen sind privatrechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 2.1 S. 442). Bei der vorliegenden Streitsache über Taggeldleistungen handelt es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert, der die Grenze von Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) übersteigt. Der angefochtene Entscheid wurde vom Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gefällt, das gemäss kantonalem Recht als einzige kantonale Instanz entscheidet. Es nimmt zwar von der Einbettung in die zürcherische Gerichtsorganisation her die Stellung eines oberen Gerichts ein, fungiert aber im vorliegenden Fall nicht als Rechtsmittelinstanz im Sinne von Art. 75 Abs. 2 BGG (<ref-ruling> E. 2.2.2.2 S. 443 f.). Dies schadet nicht, da die Frist zur Anpassung der kantonalen Ordnung nach Art. 130 Abs. 2 BGG im Urteilszeitpunkt noch nicht abgelaufen war. Demnach steht dem Beschwerdeführer das Rechtsmittel der Beschwerde in Zivilsachen zur Verfügung (Art. 72 ff. BGG). Die Eingabe des Beschwerdeführers ist als solche entgegen zu nehmen. Dass er sie selbst als "Berufung" bezeichnet, schadet ihm nicht.
2. Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 107 Abs. 2 BGG), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern er muss einen Antrag in der Sache stellen und angeben, welche Punkte des Entscheides angefochten und welche Abänderungen beantragt werden. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig, es sei denn, das Bundesgericht könnte im Falle der Gutheissung nicht selbst in der Sache entscheiden, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen).
Unter diesem Gesichtspunkt erscheint zweifelhaft, ob auf die Beschwerde eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer gibt das dem angefochtenen Urteil zugrunde liegende Gerichtsgutachten als ungenügend aus. Sinngemäss will er erreichen, dass auf das Vorliegen einer psychischen Erkrankung geschlossen wird. Inwiefern zusätzliche Feststellungen notwendig wären, damit über die Ansprüche befunden werden kann, zeigt der Beschwerdeführer jedoch nicht auf. Ob der Rückweisungsantrag unter den gegebenen Umständen genügt, braucht letztlich nicht entschieden zu werden, da aus anderen Gründen auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
3. Der Beschwerdeführer kritisiert in seiner Beschwerde im Wesentlichen das Gutachten von Dr. B._ als unvollständig und als in Verweigerung seines Gehörsanspruchs zustande gekommen. Dabei legt er dem Bundesgericht eingehend dar, welche Mängel dem Gutachten aus seiner Sicht anhaften. Auf die Ausführungen im angefochtenen Urteil geht er aber nicht ein und zeigt namentlich nicht unter Aktenhinweisen auf, dass er seine Kritik am Gutachten bereits der Vorinstanz unterbreitet hat, damit aber zu Unrecht nicht gehört wurde. Sinngemäss laufen seine Vorbringen darauf hinaus, dass er der Vorinstanz vorwerfen möchte, mit dem Abstellen auf das Gutachten B._ den Sachverhalt willkürlich und damit offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG ermittelt zu haben (vgl. <ref-ruling> E. 1.5 S. 130, 397 E. 1.5 S. 401). Dazu hätte er darlegen müssen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen bei der Beweiswürdigung missbraucht, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen und unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Dagegen genügt es nicht, wenn der Beschwerdeführer lediglich einzelne Beweise anführt, welche er anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet wissen möchte. Es geht nicht an, in einer Beschwerde in Zivilsachen bloss appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts zu üben, als ob dem Bundesgericht die freie Prüfung aller Tatfragen zukäme (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f.). Da sich die Beschwerde in derartigen Vorbringen erschöpft, ohne dass auch nur der Versuch unternommen würde, substanziiert Willkür bei der Beweiswürdigung durch die Vorinstanz aufzuzeigen, kann darauf nicht eingetreten werden.
4. Diesem Verfahrenausgang entsprechend wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Bei der Bemessung der Gerichtsgebühr kann mit Blick auf Umfang und Schwierigkeit der Sache sowie auf die finanzielle Lage des Beschwerdeführers (Art. 65 Abs. 2 BGG) eine Reduktion Platz greifen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. März 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak