Sachverhalt:
A. Zur Beurteilung stehen haftpflichtrechtliche Ansprüche aus einem Zusammenstoss am 21. März 1997 zwischen dem von H._ gelenkten Personenwagen und einem Personenzug der damaligen Vereinigten-Huttwil-Bahnen (VHB) auf dem Bahnübergang J._-Weg in Hasle bei Burgdorf. Die Lenkerin des Personenwagens kam bei diesem Unfall ums Leben.
Als Kläger treten ihr Ehemann B._ (Beschwerdegegner 1), die Kinder C._ (Beschwerdegegner 2), D._ (Beschwerdegegnerin 3), E._ (Beschwerdegegnerin 4) und F._ (Beschwerdegegner 5) sowie die Mutter der Verstorbenen, G._ (Beschwerdegegnerin 6), auf. Rechtsnachfolgerin der VHB und der Emmental-Burgdorf-Thun-Bahn (EBT), auf deren Bahntrassee sich der Unfall ereignete, war zunächst die Regionalverkehr Mittelland AG (RM). Im Jahr 2006 wurde die Regionalverkehr Mittelland AG mit der BLS Lötschbergbahn AG zur BLS AG (Beschwerdeführerin) fusioniert.
Die Vorinstanz bzw. die erste Instanz, auf deren Ausführungen die Vorinstanz verweist, schildert den Sachverhalt wie folgt:
Allgemeines und Topographie der Unfallstelle
Der Unfall ereignete sich auf dem Bahntrassee der ehemaligen Emmental-Burgdorf-Thun-Bahn (EBT). Die Strecke verläuft an der Unfallstelle von Südwesten nach Nordosten. Sie ist einspurig ausgebaut. Mangels gegenteiliger Angaben ist davon auszugehen, dass sie sich zum Unfallzeitpunkt in gutem Zustand befand. Zum Unfallzeitpunkt lag der Niveaubahnübergang J._-Weg, auf welchem sich der zu beurteilende Unfall ereignete, bei Streckenkilometer 4.255. Der J._-Weg verläuft in Anfahrtsrichtung von H._ zunächst fast parallel zur Bahnlinie am Waldrand, bevor er - nach der damaligen Streckenführung - in einer Rechtskurve auf den Bahnübergang zuführte und diesen schliesslich von Osten kreuzte. In der Rechtskurve unmittelbar vor dem Bahntrassee überquerte der Weg auf einer Brücke den parallel zu den Geleisen fliessenden Biglebach. Kurz nach der Querung der Geleise mündete der J._-Weg in die Hauptstrasse (Thunstrasse), die von Bigenthal nach Schafhausen führt. Der Bahnübergang ist zwischenzeitlich um etwa zwölf Meter gegen Südwesten verlegt worden. Zudem quert das Strässchen die Bahnlinie inzwischen beinahe rechtwinklig, während es zuvor in einem flacheren Winkel auf diese zuführte. Der J._-Weg war zum Unfallzeitpunkt eine ungeteerte Natur- und Privatstrasse. Inzwischen ist die Strasse geteert worden. Der J._-Weg dient der Hoferschliessung, zumindest desjenigen der Beifahrerin S._, dem Zugang zum östlich der Bahnlinie gelegenen Wald und als Güter- und Erholungsweg. Der Bahnübergang J._-Weg war zum Unfallzeitpunkt unbewacht, aber direkt vor dem Übergang mit einem einfachen Andreaskreuz (Signal 3.22) signalisiert. Vor der Brücke in etwa 12 Meter Distanz vom näheren Geleisestrang befand sich ein Signal 1.16 (Bahnübergang ohne Schranken). Die Strecke wurde damals werktags insgesamt 56 Mal befahren, je 28 Mal in beide Richtungen. In Spitzenzeiten befuhren damals vier Züge pro Stunde die Strecke, in Randzeiten nur deren zwei.
Am J._-Weg fanden zu jener Zeit östlich der Brücke über den Biglebach Terrainarbeiten statt. Die Baustelle diente dazu, den Fahrweg mit einem festen Belag zu versehen und eine Beschrankung des Bahnübergangs einzurichten bzw. der Verlegung des Übergangs. Der Abschnitt westlich der Brücke und der Bahnübergang selber waren von den Bauarbeiten nicht betroffen. Links vom J._-Weg in der Kurve vor der Brücke stand ein Bagger. Rechts vom Weg befand sich ein Baumaterialdepot. Zum Unfallzeitpunkt waren die Arbeiten eingestellt und der J._-Weg hindernisfrei befahrbar. Der nächste Bahnübergang (Gomerkinden) liegt bei Streckenkilometer 4.344, also 89 Meter südwestlich des Übergangs J._-Weg. Dort kreuzt die erwähnte Thunstrasse die Bahnlinie. Der Bahnübergang Gomerkinden ist mit Schranken und einer Lichtsignalanlage ausgerüstet. Die Wechselblinklichter an der Hauptstrasse können grundsätzlich vom J._-Weg aus eingesehen werden.
Unfallgeschehen
Am Abend des 21. März 1997 verkehrte der dreiteilige Personenpendelzug 4575, Bauart BDe 4/4 II, der damaligen Vereinigten Huttwil-Bahnen von Thun nach Burgdorf. Nach einem Halt im Bahnhof Bigenthal setzte der Lokomotivführer W._ die Fahrt Richtung Schafhausen mit ein bis zwei Minuten Verspätung fort. Gleichzeitig fuhr H._ in einem Subaru Legacy 1.8 4WD auf dem J._-Weg in Richtung Thunstrasse. S._ sass auf dem Beifahrersitz. H._ hatte S._ in ihrem Wohnhaus, welches über den J._-Weg erreichbar ist, abgeholt. Zusammen wollten sie zur Probe des Gesangsvereins fahren. Um 19.35 Uhr kam es auf dem Bahnübergang J._-Weg zur Kollision zwischen dem aus Südwesten heranfahrenden Personenzug (links aus der Perspektive von H._) und dem von Osten kommenden Personenwagen (rechts aus der Perspektive von W._). Zum Unfallzeitpunkt war es bereits dunkel, die Strasse war trocken, Niederschläge gab es keine. An der Unfallstelle gab es keine künstliche Beleuchtung. H._ näherte sich den Geleisen mit einer Geschwindigkeit von 10 bis 20 km/h. H._ befand sich in einem Gespräch mit S._, als sie auf den Bahnübergang zufuhr. Kurz vor dem Bahnübergang stellte S._ fest, dass links auf der Hauptstrasse beim bewachten Bahnübergang Gomerkinden die Ampel auf rot geschaltet war. Als sie sich auf dem Bahnübergang befanden, sah S._ die beiden weissen Lichter des Zuges und warnte - allerdings zu spät - die Fahrerin. Der Personenzug seinerseits war mit 85 bis 90 km/h unterwegs. In unmittelbarer Nähe des Bahnübergangs Gomerkinden nahm W._ den rechts am Wald entlang fahrenden Personenwagen erstmals wahr. Ob er das Auto kurz vor oder nach dem Übergang erstmals wahrgenommen hat, geht aus den Aussagen nicht ganz klar hervor: Während W._ gegenüber der Polizei am 21. März 1997 davon sprach, das Auto nach Passieren des Überganges gesehen zu haben, sagte er gegenüber seiner Arbeitgeberin am 24. März 1997 aus, das Auto gesehen zu haben, als er sich ungefähr auf der Höhe des Hauses rechts der Bahnstrecke kurz vor dem Bahnübergang Gomerkinden befand. In der zweiten Befragung gab W._ auch zu Protokoll, dass er das Auto etwa auf eine Distanz von 150 Metern erblickt habe. Dies deckt sich mit der Wahrnehmung, dass er das Auto schon vor dem Bahnübergang gesehen hat, liegt doch das besagte Haus rechts der Bahnlinie bei Streckenkilometer 4.410, also 155 Meter vor dem Übergang J._-Weg. Er schätzte die Geschwindigkeit des Automobils auf ca. 18 km/h. Er habe sofort mit der Bremsung begonnen. Als er feststellte, dass das Auto nicht verlangsamte, habe er eine Vollbremsung eingeleitet. Nach eigener Aussage gab er zudem zu diesem Zeitpunkt ein Warnsignal bzw. Achtungspfiffe ab. Gemäss Auswertung der Geschwindigkeitsmesser betrug die Geschwindigkeit des Zuges vor der Bremsung ungefähr 85 km/h. Der Bremsweg liegt damit ohne Reaktionszeit bei etwa 240 Metern. W._ führte des Weiteren aus, die Bremsprobe sei am Zug in Thun ordnungsgemäss durchgeführt worden und die Stirnbeleuchtung sei dreimal in Weiss eingeschaltet gewesen. Der Schienenzustand sei trocken gewesen und die Sichtverhältnisse trotz der nächtlichen Verhältnisse gut.
Beim Zusammenstoss wurde das Auto von H._ auf der linken Seite von der Front des Zuges erfasst, als es mit dem vorderen Teil den Bahnübergang schon verlassen hatte. Es wurde daraufhin über den Bahnübergang geschoben und nach links auf eine Wiese geschleudert. H._ wurde aus dem Fahrzeug geschleudert und verstarb auf der Unfallstelle. Als Todesursache wurde ein schwerstes Schädel-Hirn-Trauma festgestellt. S._ trug hingegen nur mittelschwere Verletzungen davon. Der Personenwagen von H._ erlitt einen Totalschaden.
Mit Beschluss vom 14./15. April 1997 verzichteten das Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau und die Staatsanwaltschaft II auf die Eröffnung einer Strafverfolgung. Der Untersuchungsrichter ordnete die Unfallverursachung allein der verstorbenen H._ zu.
B. Am 24. April 2001 reichten die Beschwerdegegner beim Gerichtskreis V Burgdorf-Fraubrunnen Klage ein und verlangten die Verpflichtung der Beschwerdeführerin zur Bezahlung von Schadenersatz und Genugtuung in nach richterlichem Ermessen zu bestimmender, insgesamt Fr. 1'000'000.-- übersteigender Höhe nebst Zins zu 5 % seit 21. März 1997.
B.a Mit Verfügung vom 3. Juli 2001 beschränkte der Gerichtspräsident 1 des Gerichtskreises V Burgdorf-Fraubrunnen das Verfahren auf die Frage der Verjährung. Mit Entscheid vom 25. Februar 2002 wies er die Klage ab, da die geltend gemachten Ansprüche verjährt seien.
Dagegen appellierten die Beschwerdegegner an das Obergericht des Kantons Bern. Die II. Zivilkammer des Appellationshofes verwehrte der Beschwerdeführerin mit Urteil vom 5. November 2002 die Einrede der Verjährung. Sie hob das Urteil des Gerichtspräsidenten vom 25. Februar 2002 auf und wies die Sache zur materiellen Beurteilung an den Gerichtspräsidenten zurück. Gegen diesen Zwischenentscheid wurde kein Rechtsmittel ergriffen.
B.b Der Gerichtspräsident 1 des Gerichtskreises V Burgdorf-Fraubrunnen setzte daraufhin das Verfahren fort. Mit Urteil vom 12. November 2007 wies er die Klage ab. Er verneinte sowohl eine erhöhte Betriebsgefahr am fraglichen Bahnübergang als auch ein Verschulden der Beschwerdeführerin. Hingegen wertete er das Selbstverschulden von H._ als so schwer, dass es als einzige rechtserhebliche Unfallursache erscheine und den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Betrieb der Bahn und dem eingetretenen Schaden unterbreche. Der Entlastungsbeweis nach Art. 1 Abs. 1 EHG sei der Beschwerdeführerin mithin gelungen und sie habe somit für den entstandenen Schaden nicht einzustehen.
Die Beschwerdegegner appellierten an das Obergericht des Kantons Bern. Sie beantragten, die Haftung der Beschwerdeführerin zu bejahen und die Sache zu neuer Verhandlung an die erste Instanz zurückzuweisen. Eventuell sei die Beschwerdeführerin zu verurteilen, den Beschwerdegegnern Schadenersatz und Genugtuung von insgesamt Fr. 1'003'121.-- (Fr. 669'910.-- an Beschwerdegegner 1; Fr. 56'198.-- an Beschwerdegegner 2; Fr. 64'400.-- an Beschwerdegegnerin 3; Fr. 95'242.-- an Beschwerdegegnerin 4; Fr. 106'121.-- an Beschwerdegegner 5; Fr. 11'250.-- an Beschwerdegegnerin 6) nebst Zins zu 5 % seit 21. März 1997 zu bezahlen. Die Beschwerdeführerin schloss auf Abweisung der Klage. Am 29. August 2008 fällte das Obergericht, Appellationshof, 1. Zivilkammer, folgendes Urteil:
1. Die BLS AG wird verurteilt, den Beschwerdegegnern 1-5 folgende Beträge zu bezahlen:
An Beschwerdegegner 1: Direktschaden Fr. 262'884.--
Abzüglich Akonto Fr. 5'000.--
Total Fr. 257'884.--
An Beschwerdegegner 2: Direktschaden Fr. 18'116.--
An Beschwerdegegnerin 3: Direktschaden Fr. 21'792.--
An Beschwerdegegnerin 4: Direktschaden Fr. 37'383.--
An Beschwerdegegner 5: Direktschaden Fr. 43'588.--
Die Beträge sind ab 21. März 1997 zu 5 % zu verzinsen.
2. Weitergehend wird die Klage abgewiesen.
Das Obergericht bejahte die Haftung der Beschwerdeführerin und hielt dafür, das grobe Selbstverschulden von H._ vermöge den adäquaten Kausalzusammenhang nicht zu unterbrechen. Es bestimmte die Haftungsquote der Beschwerdeführerin auf 40 %, wobei es die Betriebsgefahr der Bahn mit 30 %, das leichte Verschulden der Beschwerdeführerin mit 10 % und die Betriebsgefahr des Automobils von H._ sowie ihr schweres Verschulden mit 60 % bewertete.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, die Urteile des Obergerichts des Kantons Bern vom 29. August 2008 und vom 5. November 2002 aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Die Beschwerdegegner begehren, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Obergericht verzichtet unter Hinweis auf die begründeten Urteile auf eine Stellungnahme.
D. Mit Präsidialverfügung vom 28. Oktober 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Obergerichts vom 29. August 2008 als der letzten kantonalen Instanz (Art. 75 BGG) schliesst das kantonale Verfahren ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (Art. 90 BGG). Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen vor der Vorinstanz unterlegen und zur Einreichung der Beschwerde legitimiert (Art. 76 Abs. 1 BGG). Die Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist gewahrt. Unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Begründung (Art. 42 BGG) ist demnach auf die Beschwerde einzutreten.
Gegen den Zwischenentscheid des Obergerichts vom 5. November 2002, mit dem das Obergericht die Einrede der Verjährung verwehrte und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Erstinstanz zurückwies, wurde kein Rechtsmittel ergriffen. Seine Mitanfechtung im Rahmen der Beschwerde gegen den Endentscheid ist zulässig, da sich die Frage der Verjährung auf den Endentscheid auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2).
2.2 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4).
2.3 Soweit die Parteien ohne rechtsgenüglich begründete Rügen Sachverhaltselemente vortragen, die vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweichen, kann darauf nicht eingegangen werden.
3. Wenn beim Bau oder Betrieb einer Eisenbahn oder bei Hilfsarbeiten, mit denen die besondere Gefahr des Eisenbahnbetriebes verbunden ist, ein Mensch getötet oder körperlich verletzt wird, so haftet der Inhaber der Eisenbahnunternehmungen für den daraus entstandenen Schaden, sofern er nicht beweist, dass der Unfall durch höhere Gewalt, durch Verschulden Dritter oder durch Verschulden des Getöteten oder Verletzten verursacht ist (Art. 1 Abs. 1 Bundesgesetz über die Haftpflicht der Eisenbahn- und Dampfschifffahrtsunternehmungen und der Schweizerischen Post vom 28. März 1905 [EHG; SR 221.112.742]). Das Verhalten von Hilfspersonen wird dem Inhaber der Eisenbahnunternehmung zugerechnet (vgl. Art. 1 Abs. 2 EHG). Die Eisenbahnunternehmung hat auch für Beschädigung, Zerstörung oder Verlust von Gegenständen, die der Betroffene unter seiner eigenen Obhut mit sich führte, Schadenersatz zu leisten, wenn die Beschädigung, die Zerstörung oder der Verlust mit dem Unfall im Zusammenhang steht (Art. 11 Abs. 1 EHG). Abgesehen von diesem Falle ist sie für Beschädigung, Zerstörung oder Verlust von Gegenständen, die weder als Frachtgut noch als Reisegepäck aufgegeben worden sind, nur dann schadenersatzpflichtig, wenn ihr ein Verschulden nachgewiesen wird (Art. 11 Abs. 2 EHG). Genugtuung setzt gemäss Art. 8 EHG ein Verschulden der Eisenbahnunternehmung oder ihrer Hilfspersonen voraus.
3.1 Bei der Haftung nach dem EHG für Personenschäden und grundsätzlich auch bei derjenigen für Sachschäden handelt es sich um eine Kausalhaftung, die als Gefährdungshaftung bzw. scharfe Kausalhaftung ausgestaltet ist (Oftinger/Stark, Schweizerisches Haftpflichtrecht, Besonderer Teil, Bd. II/3, 4. Aufl., Zürich 1991, § 27 Rz. 2; Keller, Haftpflicht im Privatrecht, Bd. 1, 6. Aufl., Bern 2002, S. 245).
3.2 Das Selbstverschulden des Geschädigten oder das Verschulden eines Dritten vermag die Bahnunternehmung dann zu entlasten, wenn es die einzige Unfallursache darstellt oder gegenüber anderen Faktoren, namentlich der Betriebsgefahr der Bahn, an ursächlicher Bedeutung so sehr überwiegt, dass diese als adäquate Mitursache des Unfalls ausscheiden. Haben neben der mit dem Bahnbetrieb normalerweise verbundenen Betriebsgefahr und dem Selbst- oder Drittverschulden noch weitere, von der Bahn zu vertretende Umstände, wie insbesondere das Verschulden von Angestellten der Bahn oder eine über das normale Mass hinausgehende erhöhte Betriebsgefahr den Unfall mitverursacht, so reicht in der Regel auch ein grobes Selbst- oder Drittverschulden nicht aus, die Bahn vollständig von ihrer Haftpflicht zu befreien (<ref-ruling> E. 3 S. 365 ff. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2 S. 306 f.; Urteil 5C.213/2004 vom 13. Januar 2006 E. 3.1). Bei einer Kollision zwischen der Bahn und einem Automobil ist auch die Betriebsgefahr des Motorfahrzeugs als den Geschädigten belastender Umstand zu berücksichtigen (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 308 f.). Ein unbewachter Bahnübergang stellt noch keine erhöhte Betriebsgefahr dar (Bundesgerichtsurteil vom 27. Juni 1983 E. 3b, in: JdT 1984 I 419).
4. Im Gegensatz zur Erstinstanz, die weder eine erhöhte Betriebsgefahr noch ein Verschulden der Beschwerdeführerin annahm und das Selbstverschulden der Verunfallten als derart grob qualifizierte, dass es als einzige Ursache des Unfalls erschien und somit die Haftung der Beschwerdeführerin ausschloss, ging die Vorinstanz von einer erhöhten Betriebsgefahr und einem leichten Verschulden des Lokomotivführers aus. Die Beschwerdeführerin rügt diese Beurteilung als bundesrechtswidrig.
4.1 Die Vorinstanz stellte fest, dass der Bahnübergang J._-Weg gesetzeskonform angelegt und signalisiert war. Bahnübergänge ohne Schranken seien zulässig. Da es sich beim J._-Weg zum damaligen Zeitpunkt um einen Feldweg bzw. jedenfalls um eine Strasse mit schwachem Verkehr gehandelt habe, habe die Signalisation direkt am Bahnübergang mittels Andreaskreuz den damaligen gesetzlichen Vorschriften entsprochen. Die Vorinstanz erwog sodann, die - allenfalls erhöhte - Betriebsgefahr der Bahn könne allerdings nicht danach gemessen werden, ob die gewählte Signalisation erlaubt gewesen sei oder nicht. Die Betriebsgefahr sei rein danach zu messen, ob die konkrete Situation am fraglichen Bahnübergang eine erhöhte Gefahr für die Verkehrsteilnehmer schaffe. Sie erblickte eine erhöhte Betriebsgefahr zum einen im Umstand, dass durch die Baustelle und insbesondere durch den abgestellten Bagger die Sicht eingeschränkt gewesen sei. Zum anderen berücksichtigte die Vorinstanz, dass Sanierungsarbeiten (insbesondere Beschrankung) eingeleitet wurden. Zwar habe es am Bahnübergang J._-Weg zuvor noch keinen Unfall gegeben, jedoch an den benachbarten Bahnübergängen. Die eingeleiteten baulichen Massnahmen hätten ohne Zweifel der Verringerung der Betriebsgefahr gedient. Der Beschwerdeführerin habe die potenziell erhöhte Gefährdung der anderen Verkehrsteilnehmer am Bahnübergang auch unter diesem Gesichtspunkt klar sein müssen.
4.2 Diese Beurteilung hält einer Überprüfung nicht stand:
4.2.1 Was zunächst die Sichtverhältnisse anbelangt, ist von Art. 6 Abs. 2 lit. d Ziff. 1 der damals geltenden Verordnung über die Signalisierung von Bahnübergängen vom 15. Dezember 1975 (aVSB; AS 1976 892) auszugehen. Danach muss der Bahnübergang so übersichtlich sein, dass ein Fahrzeuglenker genügend Zeit hat, um vor dem Übergang anhalten zu können, wenn ein Zug in sein Sichtfeld kommt.
Die Vorinstanz stellte nicht fest, dass die Sichtverhältnisse beim Bahnübergang J._-Weg - ohne die Baustelle - nicht ausreichend gewesen wären, so dass ein Verkehrsteilnehmer die Bahnstrecke nicht hinreichend und früh genug hätte überblicken können, um im Falle einer Zugsdurchfahrt rechtzeitig anhalten zu können. Zu den Sichtverhältnissen - mit der Baustelle - übernahm sie zunächst die anhand des Fotodossiers der Kantonspolizei Bern getroffenen Feststellungen der Erstinstanz, wonach zum Unfallzeitpunkt auf der Baustelle nicht gearbeitet worden sei. Eine Hörbehinderung wegen des Baustellenlärms scheide somit aus. Die Strasse sei hindernisfrei befahrbar gewesen (Foto Nr. 1 und 2). Zum Unfallzeitpunkt habe sich neben der Rechtskurve - in Anfahrtsrichtung von H._ auf der linken Seite - ein Bagger befunden (Foto Nr. 1, 2 und 4). Der Bagger habe sich vor dem Signal "Bahnübergang ohne Schranken", etwa in einer Distanz von 15 Metern zum Übergang befunden. Eine gewisse Sichtbehinderung in Richtung Bahntrassee lasse sich nicht bestreiten. Allerdings seien die Warnblinklichter des Übergangs Gomerkinden schon lange sichtbar gewesen, bevor ein den J._-Weg in Richtung Bahnübergang befahrendes Automobil die Höhe des Baggers erreicht habe (Foto Nr. 1). Ab einem gewissen Punkt seien sie dann zeitweilig vom Bagger verdeckt worden (Foto Nr. 2). Auf der Höhe des Baggers seien jedoch die Blinklichter beim Übergang Gomerkinden wieder sichtbar gewesen. Ebenso sei an dieser Stelle auch das Trassee bis zum Übergang Gomerkinden einsehbar gewesen (Foto Nr. 4). Auf der Brücke schliesslich, ungefähr 8 Meter vor dem näheren Geleisestrang, sei gegen links die ganze Bahnstrecke bis zum Horizont zu sehen gewesen (Foto Nr. 6).
Entgegen diesen Feststellungen fuhr die Vorinstanz dann aber fort, das Fotodossier zeige, dass die Sicht durch die Baustelle generell, sowie durch den Bagger im Speziellen, bis ca. 15 Meter vor dem Bahnübergang eingeschränkt gewesen sei. Es sei durchaus möglich, dass die Fahrerin von ihrer Position aus insbesondere das Wechselblinklicht auf der Hauptstrasse nicht habe sehen können, da der Baggerarm oder der Bagger selber die Sicht behindert habe. Aus der Tatsache, dass die Beifahrerin S._ die Blinklichter habe sehen können, könne nicht automatisch geschlossen werden, dass auch H._ sie habe sehen können. Sodann sei davon auszugehen, dass die Aufmerksamkeit der zur Nachtzeit mit Licht fahrenden H._ auch auf den Fahrweg gerichtet gewesen sei.
Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht, dass die - nicht weiter begründete - Erwägung der Vorinstanz, wonach die Sicht durch die Baustelle generell eingeschränkt gewesen sei, durch nichts belegt ist und in Widerspruch zur Fotodokumentation steht, auf die sich die Vorinstanz zuvor ebenfalls stützte. Auf diese Erwägung kann somit nicht abgestellt werden. Von einer generellen Sichtbehinderung durch die Baustelle ist demnach nicht auszugehen.
Sodann wendet die Beschwerdeführerin zutreffend ein, dass die Vorinstanz eine blosse Vermutung, aber keine beweismässig erhärtete Feststellung äusserte, wenn sie für möglich hielt, dass die Fahrerin von ihrer Position aus insbesondere das Wechselblinklicht auf der Hauptstrasse nicht habe sehen können, da der Baggerarm oder der Bagger selber die Sicht behindert habe. Indessen stellte die Vorinstanz in der vorangehenden Erwägung - belegt durch Foto Nr. 2 der Fotodokumentation - fest, die Warnblinklichter seien ab einem gewissen Punkt zeitweilig vom Bagger verdeckt worden. Diese Feststellung hat Bestand. Allein aus dem Umstand, dass der links abgestellte Bagger eine Zeit lang die Wahrnehmung der Warnblinklichter des Bahnübergangs Gomerkinden verdeckte, kann nicht auf derart eingeschränkte Sichtverhältnisse am hier betroffenen Bahnübergang J._-Weg geschlossen werden, dass eine erhöhte Betriebsgefahr des Bahnübergangs anzunehmen wäre. Daran ändert auch nichts, dass sich der Unfall zur Nachtzeit (um ca. 19.35 Uhr) ereignete und die Aufmerksamkeit der mit Licht fahrenden H._ auch auf den Fahrweg gerichtet gewesen sei, wie die Vorinstanz dafürhält. Dass nach Sonnenuntergang das künstliche Licht eine weniger gute Sicht bietet, entspricht dem normalen Lauf der Dinge und vermag keine erhöhte Betriebsgefahr der Bahn zu begründen. Vielmehr liegt es im Verantwortungsbereich des Automobilisten, die Aufmerksamkeit an die Lichtverhältnisse anzupassen.
4.2.2 Der Vorinstanz kann weiter nicht gefolgt werden, wenn sie den Umstand, dass Sanierungsarbeiten (insbesondere Beschrankung) eingeleitet wurden, im Sinne einer zuvor bestandenen erhöhten Betriebsgefahr des streitbetroffenen Bahnübergangs berücksichtigte. Ein solcher Schluss ist nicht zulässig (BGE <ref-ruling> E. 5a S. 314) und steht in Widerspruch zur Feststellung, dass die Anlage und Signalisation des Bahnübergangs den damals geltenden gesetzlichen Vorschriften entsprochen haben. Dass eine Pflicht zur Sanierung bestanden hätte, stellt die Vorinstanz nicht fest. Sie äussert sich überhaupt nicht weiter zu den eingeleiteten Sanierungsarbeiten, sondern übernimmt kommentarlos die diesbezüglichen Feststellungen der Erstinstanz, wonach die Planung der Errichtung von Halbschranken entweder eine freiwillige zusätzliche Sicherheitsmassnahme darstellte oder sich daraus ergeben hätte, dass durch die Schliessung von drei anderen Bahnübergängen in der Nähe nennenswerter Mehrverkehr auf dem Übergang J._-Weg zu erwarten gewesen wäre. Der aus den freiwillig eingeleiteten Sanierungsarbeiten gezogene Schluss der Vorinstanz auf eine zuvor bestandene erhöhte Betriebsgefahr ist durch nichts erhärtet und erweist sich als unzulässig. Er kann demnach nicht aufrechterhalten werden.
4.3 Zusammenfassend sind keine Umstände dargetan, die die Annahme einer erhöhten Betriebsgefahr zu begründen vermöchten.
5. Die Beschwerdeführerin beanstandet weiter, dass die Vorinstanz ein Verschulden des Lokomotivführers bzw. der Beschwerdeführerin bejahte.
5.1 Die Vorinstanz gab dazu zunächst die Ausführungen der Erstinstanz wieder. Diese hatte festgehalten, nach Aussage des Lokomotivführers habe er ein oder mehrere Warnsignale abgegeben. Die Lokpfeife habe er nicht sofort betätigt, nachdem er das Auto von H._ erstmals gesehen habe, sondern erst, als er festgestellt habe, dass dieses die Fahrt nicht verlangsamte. Allerdings habe er sofort mit der Bremsung begonnen und zugleich mit den Achtungspfiffen die Schnellbremsung eingeleitet. Der Lokomotivführer habe das Auto ungefähr 150 Meter vor dem Bahnübergang J._-Weg wahrgenommen. Bei der gefahrenen Geschwindigkeit von ca. 85 km/h hätte der Zug gar nicht mehr rechtzeitig zum Stillstand gebracht werden können. Hinsichtlich des rechtzeitigen Einleitens der Schnellbremsung könne dem Lokomotivführer bzw. der Beschwerdeführerin kein Vorwurf gemacht werden. Da die Bahn absoluten Vortritt geniesse (vgl. Art. 28 SVG), könne erst dann eine Schnellbremsung verlangt werden, wenn für den Lokomotivführer erkennbar geworden sei, dass das Motorfahrzeug nicht bremsen würde. Es könnten zudem nur wenige Augenblicke zwischen dem erstmaligen Wahrnehmen des Fahrzeuges und der Schnellbremsung vergangen sein. Gemäss dem von der Beschwerdeführerin eingereichten Verzeichnis der Pfeiftafeln habe beim Bahnübergang J._-Weg keine Pflicht bestanden, vor Befahren dieses Überganges jedes Mal einen Warnpfiff abzugeben. Nichts anderes ergebe sich aus dem Anhang zum Reglement über den Fahrdienst. Auch dort seien auf der Bahnstrecke Hasle-Rüegsau-Thun bei Streckenkilometer 4,255 keine Pfeifsignale verzeichnet. Insoweit könne dem Lokomotivführer kein Vorwurf gemacht werden, dass er nicht schon ein Warnsignal abgegeben habe, bevor er das Fahrzeug von H._ überhaupt wahrgenommen habe. Angesichts der guten Sichtverhältnisse am und vor dem Bahnübergang könne der Beschwerdeführerin auch kein Vorwurf gemacht werden, dass keine Pfeiftafeln aufgestellt worden seien. Es sei nicht nachgewiesen, dass die Sichtverhältnisse zeitweise ungenügend gewesen wären und deshalb Pfeiftafeln hätten angebracht werden müssen. Eine Pflichtverletzung der Beschwerdeführerin durch das Unterlassen des Aufstellens von Pfeiftafeln liege somit nicht vor. Kein Vorwurf sei dem Lokomotivführer und damit der Beschwerdeführerin dahingehend zu machen, dass jener die Lokpfeife nicht sofort betätigt habe, als er das Auto von H._ gesehen habe. Es müsse genügen, zum ersten Mal einen Warnpfiff abzugeben, wenn der Lokomotivführer erkennen könne, dass sich der Verkehrsteilnehmer fehlerhaft verhalten würde. Entsprechend habe der Lokomotivführer vorliegend denn auch gehandelt. Es sei zudem fraglich, ob ein früherer Warnpfiff zum Zeitpunkt, als der Lokomotivführer das Auto von H._ erstmals gesehen habe, am Unfallgeschehen etwas geändert hätte. H._ habe ja schon nicht auf die abgegebenen Warnsignale reagiert, umso unwahrscheinlicher sei es, dass sie die aus grösserer Distanz abgegebenen Signale wahrgenommen und entsprechend reagiert hätte. Dass die Insassen eines Autos die Warnpfiffe einer Lokomotive oft überhörten, habe auch das Bundesgericht schon festgestellt (BGE <ref-ruling> E. 5b S. 314 mit Hinweisen). Ein Verschulden der Beschwerdeführerin lasse sich demnach unter allen Gesichtspunkten ausschliessen.
Betreffend die Schnellbremsung schloss sich die Vorinstanz der Würdigung der Erstinstanz an. Der Lokomotivführer habe die Schnellbremsung zum richtigen Zeitpunkt eingeleitet, nämlich als er bemerkt habe, dass H._ ungebremst auf die Bahngeleise zufuhr.
Hingegen erwog die Vorinstanz bezüglich der Warnpfiffe, die Tatsache, dass der Lokomotivführer gestützt auf die Weisungen seines Arbeitgebers keine Pflicht zur Abgabe von Pfiffen gehabt habe, sei nicht massgebend. Es sei davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin ihren Mitarbeitenden, vorab den Lokomotivführern, (neue) Baustellen und andere Besonderheiten der Bahnstrecke, die sie befahren, mitteilten. Der Lokomotivführer hätte aufgrund dessen beim fraglichen Bahnübergang auch mit allfälligen Sichtbehinderungen rechnen müssen. Er sei gemäss eigenen Angaben mit der normalen Streckengeschwindigkeit auf den Übergang zugefahren, was grundsätzlich nicht zu beanstanden sei. Einen Warnpfiff abzugeben wäre ihm aber auf jeden Fall zumutbar gewesen, sobald er bemerkt habe, dass H._ die Bahngeleise habe überqueren wollen. Der Pfiff sei denn auch noch die einzig verbleibende Warnmöglichkeit gewesen, welche dem Lokomotivführer zur Verfügung gestanden habe, nachdem das rechtzeitige Stoppen des Zuges gar nicht mehr möglich gewesen sei. Dazu komme, dass sich die Situation an einer Baustelle - und damit indirekt auch am Bahnübergang - täglich ändern könne. Auch unter diesem Gesichtspunkt wäre ein Warnpfiff zumutbar gewesen. Somit sei ein Verschulden der Beschwerdeführerin zu bejahen. Das Verschulden sei als leicht einzustufen.
5.2 Die Begründung der Vorinstanz zur Annahme eines Verschuldens der Beschwerdeführerin kann nicht geschützt werden.
Soweit die Vorinstanz ausführt, einen Warnpfiff abzugeben, wäre dem Lokomotivführer auf jeden Fall zumutbar gewesen, sobald er bemerkt habe, dass H._ die Bahngeleise habe überqueren wollen, ist festzuhalten, dass der Lokomotivführer dieser Pflicht nachgekommen ist. Wie die Vorinstanz zuvor feststellte, hat der Lokomotivführer die Lokpfeife betätigt, als er bemerkte, dass H._ die Fahrt nicht verlangsamte. Vorher hatte er keinen Anlass anzunehmen, H._ werde das Vortrittsrecht der Bahn missachten, und musste daher nicht davon ausgehen, ein Warnpfiff sei nötig. Die Vorinstanz hält denn auch selber nicht dafür, der Lokomotivführer hätte immer schon dann einen Warnpfiff abzugeben, wenn ein Auto auf dem J._-Weg in sein Blickfeld gelange. Der Lokomotivführer kam der von der Vorinstanz statuierten Sorgfaltspflicht nach, indem er einen Warnpfiff abgab, als er feststellte, dass H._ ungebremst auf die Bahngeleise zufuhr.
Unklar ist, welche darüber hinausgehende Pflicht die Vorinstanz aus dem Umstand der Baustelle ableiten will. Sollten ihre Erwägungen dahingehend zu verstehen sein, dass die Tatsache, wonach beim fraglichen Bahnübergang eine Baustelle bestand, die sich zudem täglich verändern kann, eine Pflicht des Lokomotivführers begründe, unabhängig von konkreten Anzeichen einer Gefahr - gewissermassen auf Vorrat - vor dem Befahren des Bahnübergangs ein Pfeifsignal abzugeben, so könnte dem nicht gefolgt werden. Es ist nicht ersichtlich und von der Vorinstanz auch nicht dargetan, worauf sich eine solche Pflicht stützen liesse. Im Gegenteil, das Abgeben schriller Signale, namentlich in der Nähe bewohnter Häuser, sollte vermieden werden, wenn nicht besondere Umstände es erheischen (BGE 57 II 363 S. 367). Vorliegend sind dem angefochtenen Urteil keine besonderen Umstände zu entnehmen, zumal sich nicht halten liess, dass die Baustelle die Sichtverhältnisse in relevanter Weise einschränkte.
Das Bundesgericht kann demnach ein Verschulden der Beschwerdeführerin nicht annehmen.
6. Von den Beschwerdegegnern wird im Grundsatz nicht in Abrede gestellt, dass H._ am Unfall ein Selbstverschulden trifft. Die Vorinstanz beurteilte dieses mit der ersten Instanz als schwer. H._ wird vorgeworfen, mit 10-20 km/h ungebremst und sich mit der Beifahrerin unterhaltend auf den Bahnübergang zugefahren zu sein. Zudem sei sie ortskundig gewesen, was erheblich ins Gewicht falle. Als ortskundige, mit den Verhältnissen vertraute Lenkerin sei es ihr als erhebliches Verschulden anzulasten, wenn sie - wenn auch mit angemessener Geschwindigkeit - unter Verletzung ihrer automobilistischen Pflichten sich mit der Beifahrerin unterhaltend, ohne Kontrollblick nach links und ungebremst auf den unbewachten Übergang zugefahren sei. Hätte sie die übliche Aufmerksamkeit als PW-Lenkerin gewahrt, wäre der Unfall vermeidbar gewesen.
Auch wenn die Vorinstanz - anders als die Erstinstanz - nicht von einer "Sorglosigkeit sondergleichen" sprechen wollte, ist ihre Beurteilung des Selbstverschuldens von H._ als schwer nicht zu beanstanden. H._ hat elementare Sorgfaltspflichten verletzt, indem sie - abgelenkt durch das Gespräch mit der Beifahrerin - ohne abzubremsen und ohne Kontrollblick auf den unbewachten Bahnübergang zufuhr und dabei jegliche Aufmerksamkeit vermissen liess. Zu Recht wurde erschwerend berücksichtigt, dass sie als Ortskundige mit den Verhältnissen vertraut war und demnach wusste, dass sie einen unbewachten Bahnübergang passierte und deshalb besondere Vorsicht hätte walten lassen müssen (<ref-ruling> E. 2b S. 451 f.; 57 II 363 S. 365 f.). Wenn die Beschwerdegegner in ihrer Antwort nunmehr zu bestreiten scheinen, dass H._ ortskundig war, so geht aus dem angefochtenen Urteil nicht hervor, dass diese Tatsache im kantonalen Verfahren bestritten worden wäre. Die Vorinstanz hatte sie deshalb auch nicht weiter zu begründen. Die Beschwerdegegner können mit ihrer neuen Behauptung nicht gehört werden (vgl. Erwägung 2).
Da die Annahme einer erhöhten Betriebsgefahr und ein Verschulden der Beschwerdeführerin entfallen, verbleibt das grobe Selbstverschulden von H._ als einzige adäquate Ursache für den Unfall, womit eine Haftung der Beschwerdeführerin nicht gegeben ist.
7. Die Klage ist demzufolge bereits mangels Haftung der Beschwerdeführerin abzuweisen. Daher erübrigt es sich zur Frage der Verjährung bzw. der Auslegung der Verjährungsverzichtserklärung vom 14. März 2000 Stellung zu nehmen, die Gegenstand des mitangefochtenen Zwischenentscheids des Obergerichts vom 5. November 2002 bildete.
8. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen gutzuheissen, das angefochtene Urteil vom 29. August 2008 aufzuheben und die Klage abzuweisen. Ferner ist die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).
Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdegegner kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 29. August 2008 aufgehoben und die Klage abgewiesen. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdegegner haben die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, I. Zivilkammer, und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Sommer