Sachverhalt:
A. A.X._ besitzt 50 Prozent des Aktienkapitals der R._ AG und ist deren Verwaltungsratspräsident. Er gewährte der Gesellschaft per 1. Januar 2001 ein Aktionärsdarlehen von Fr. 327'737.45, das er im Laufe des Jahres 2001 um Fr. 320'000.-- erhöhte. Für seine Tätigkeit in der R._ AG bezog er - nebst einem Verwaltungsratshonorar - ab 1999 ein jährliches Beraterhonorar. Hierfür stellte er der Gesellschaft im Jahr 2001 monatlich pauschal Fr. 8'608.-- (Fr. 8'000.-- plus Mehrwertsteuer) in Rechnung.
Die Gesellschaft schloss das Geschäftsjahr 2000 mit einem Verlust von Fr. 997'933.-- ab. Auch im Geschäftsjahr 2001 ergaben sich ein Betriebsverlust von Fr. 121'587.30 und ein Unternehmensverlust von Fr. 270'401.67. Die Gesellschaft war überschuldet, wobei die Überschuldung mittels Rangrücktritts der Aktionäre auf einem Teil der von ihnen gewährten Darlehen beseitigt werden konnte.
Um das Betriebsergebnis nicht zusätzlich zu belasten, kamen A.X._ und die Gesellschaft gegen Ende des Jahres 2001 überein, dass anstelle des Beraterhonorars von Fr. 103'296.-- (12 mal Fr. 8'608.--) das Aktionärsdarlehen im entsprechenden Betrag amortisiert werde. Mit Schreiben vom 21. Dezember 2001 bestätigte die Gesellschaft dem Steuerpflichtigen, dass die entsprechenden Umbuchungen vorgenommen worden seien.
Aufgrund seiner Beratungsmandate wird A.X._ seit 1999 als selbständig Erwerbender besteuert.
B. Mit Einspracheentscheid vom 4. November 2003 wurden A.X._ und B.X._ für die Steuerperiode 2001 mit einem Einkommen von Fr. 64'424.-- (Staatssteuer) resp. Fr. 64'200.-- (direkte Bundessteuer) veranlagt.
Mit Rekurs bzw. Beschwerde beantragten das Finanzdepartement und das Steueramt des Kantons Solothurn dem Steuergericht des Kantons Solothurn, es sei das steuerbare Einkommen um das Beraterhonorar aus der R._ AG von Fr. 103'296.-- unter Berücksichtigung des geschäftsmässig begründeten Aufwands zu erhöhen. Sie machten geltend, der Verzicht des Steuerpflichtigen auf sein Beraterhonorar gegenüber der Gesellschaft unter gleichzeitiger Rückzahlung des Aktionärsdarlehens durch die Gesellschaft sei als Steuerumgehung zu qualifizieren. Zwischen unbeteiligten Dritten wäre ein solches Vorgehen nicht denkbar gewesen.
Mit Urteil vom 19. November 2007 hiess das Steuergericht Rekurs und Beschwerde teilweise gut und setzte das steuerbare Einkommen unter Berücksichtigung des Beraterhonorars abzüglich Aufwand auf Fr. 132'045.-- (Staatssteuer) resp. Fr. 131'800.-- (direkte Bundessteuer) fest.
C. A.X._ und B.X._ führen Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, auf die Besteuerung des Beraterhonorars sei zu verzichten. Eventuell sei festzustellen, dass sie im vorinstanzlichen Verfahren nicht Partei gewesen und daher nicht kostenpflichtig seien.
Steueramt und Steuergericht des Kantons Solothurn beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht worden. Sie richtet sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling>, E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, soweit er nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
Der angefochtene Entscheid betrifft die direkte Bundessteuer und die Staatssteuer. Auch wenn diese beiden Steuern im angefochtenen Entscheid gemeinsam behandelt worden sind, sind sie im Folgenden separat zu prüfen (<ref-ruling> E. 4.2).
I. Direkte Bundessteuer
2. Gemäss Art. 16 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG, SR 642.11) unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte. Steuerfrei sind die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen. Die übrigen steuerfreien Einkünfte sind in <ref-law> enthalten. Von solchen Ausnahmen abgesehen sind alle Einkünfte ohne Rücksicht auf ihre Quelle steuerbar.
2.1 Der Beschwerdeführer erzielte Einnahmen von der Gesellschaft in Form von Beraterhonoraren. Unbestrittenermassen wurden die Beratungsleistungen erbracht und war das Honorar durch die Gesellschaft geschuldet. Dieses unterliegt als Einkommen aus einer selbständigen Erwerbstätigkeit grundsätzlich der Einkommenssteuer (<ref-law>). Der Beschwerdeführer verzichtete nachträglich auf sein Beraterhonorar. Die Vorinstanz rechnete die Forderung dennoch zum Einkommen hinzu aus der Erwägung, der nachträgliche Honorarverzicht und die Umqualifizierung der Zahlungen als Darlehensrückzahlung würden nicht eigentlich der Sanierung der Gesellschaft dienen. Es liege eine Steuerumgehung vor. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schloss sich in der Vernehmlassung dieser Betrachtungsweise an: "Ein tatsächlich sanierungswilliger Hauptaktionär hätte in einer vergleichbaren Situation auf seine Honorarforderung zumindest teilweise verzichtet, weitere Rangrücktritte auf seinen Aktionärsdarlehen erwogen oder allenfalls Teile davon als Eigenkapital der Gesellschaft zur Verfügung gestellt."
2.2 Eine Steuerumgehung wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 635 f.; Urteil 2A.470/2002 vom 22. Oktober 2003, StR 59/2004 S. 127 E. 4.1 u. 5.1; Urteil 2A.580/2000 vom 12. Juli 2001, StE 2001 A 12 Nr. 10 E. 2c, je mit Hinweisen) angenommen, wenn (1) eine von den Beteiligten gewählte Rechtsgestaltung als ungewöhnlich (insolite), sachwidrig oder absonderlich, jedenfalls den wirtschaftlichen Gegebenheiten völlig unangemessen erscheint, (2) anzunehmen ist, dass die gewählte Rechtsgestaltung missbräuchlich lediglich deshalb getroffen wurde, um Steuern einzusparen, die bei sachgemässer Ordnung der Verhältnisse geschuldet wären, und (3) das gewählte Vorgehen tatsächlich zu einer erheblichen Steuerersparnis führen würde, sofern es von den Steuerbehörden hingenommen würde. Wird eine Steuerumgehung bejaht, ist der Besteuerung die Rechtsgestaltung zugrunde zu legen, die sachgemäss gewesen wäre, um den erstrebten wirtschaftlichen Zweck zu erreichen.
Massgebend ist somit ein Drittvergleich. Vorliegend würde eine von der Gesellschaft unabhängige Drittperson, welche wie der Beschwerdeführer gegenüber der Gesellschaft sowohl eine private Darlehensforderung als auch eine Forderung aus Honorar hätte, im Falle eingeschränkter Zahlungsfähigkeit der Gesellschaft auf der Amortisation des Darlehens und nicht auf Zahlung der Honorarforderung bestehen. Der Grund liegt (wie beim Beschwerdeführer) darin, dass auf der Honorarforderung zusätzlich die Einkommens- oder Ertragssteuer und gegebenenfalls die Mehrwertsteuer lasten. Der Beschwerdeführer hat sich im Drittvergleich wirtschaftlich durchaus rational verhalten. Das lässt nicht auf eine Steuerumgehung schliessen.
Auch der angeblich fehlende Wille zur Sanierung qualifiziert das Verhalten des Beschwerdeführers nicht als Steuerumgehung. Es besteht keine Rechtspflicht des Aktionärs, durch besondere Leistungen oder Verzicht zur Sanierung der Gesellschaft beizutragen. Abgesehen davon hat der Beschwerdeführer seinen Sanierungswillen anderweitig - durch Hingabe eines ungesicherten Darlehens und Rangrücktritte - hinlänglich bewiesen. Dass er keine weiteren Mittel einschiessen wollte, ist verständlich, nachdem die erhoffte Sanierung nicht eingetreten und praktisch sein ganzes Vermögen in der Gesellschaft gebunden war. Dass der zurückbezahlte Teil des Darlehens eigenkapitalähnliche Funktion gehabt hätte, wird von keiner Seite behauptet, geschweige denn bewiesen. Durch den Verzicht auf die Honorarforderung ergab sich für die Gesellschaft ein Vermögensstandsgewinn, was sich zwangsläufig auf das Eigenkapital auswirkte und einen Abfluss kompensierte (vgl. Peter Böckli, Schweizerisches Aktienrecht, 3. Aufl. 2004, § 13 Ziff. 797 S. 1693; Hans Ulrich Meuter, Sanierung einer Aktiengesellschaft, Zürcher Steuerpraxis,1998 S. 85). Auch in dieser Hinsicht kann das Vorgehen des Beschwerdeführers nicht als absonderlich (insolite) und sachwidrig bezeichnet werden.
2.3 Mit der Begründung, es liege eine Steuerumgehung vor, lässt sich der angefochtene Entscheid somit nicht aufrecht erhalten. Es ist zu prüfen, ob der umstrittene Forderungsverzicht, so wie er tatsächlich vorgenommen wurde, die Besteuerung zur Folge hat, wie sie von der Vorinstanz vorgenommen wurde.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer ist selbständig Erwerbender, weshalb für ihn die <ref-law> (entsprechend Art. 10 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990, StHG, SR 642.14) gelten. Aufwand - und damit auch Abschreibungen - sind anzuerkennen, wenn sie geschäftsmässig begründet sind (<ref-law>). Unbestreitbar liegt im Verzicht des Beschwerdeführers auf seine Honorarforderung ein Vermögensabfluss aus dem Geschäftsvermögen. Der Forderungsverzicht ist daher zuzulassen, wenn er geschäftsmässig begründet war.
Das ist hier der Fall. Der Sanierungsbedarf der Gesellschaft ist gemäss den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid ausgewiesen. Bei der notleidenden Gesellschaft handelte es sich zudem um die Hauptauftraggeberin des Beschwerdeführers. Der Forderungsverzicht ist damit begründet. Auch ein Forderungsverzicht durch einen unabhängigen Dritten gegenüber einer insolventen Gesellschaft - geschäftlich bedingt in der Hoffnung, dass der Fortbestand eines Geschäftspartners gesichert werden kann - ist geschäftsmässig begründet (vgl. Stephan Kuhn, Sanierung von Aktiengesellschaften, in: Der Schweizer Treuhänder, 1993 S. S. 888).
Dass der Beschwerdeführer gleichzeitig eine Darlehensamortisation in gleicher Höhe verlangte, ändert daran nichts. Durch das Vorgehen des Beschwerdeführers wurden der Gesellschaft per Saldo weder neue Mittel zugeführt, noch wurden ihr Mittel entzogen (vorstehende E. 2.2 in fine). Es gibt auch keine generelle steuerrechtliche Norm, die es dem Einzelnen gebieten würde, zugunsten einer geschäftlichen Forderung auf einen privaten Anspruch zu verzichten. Dass eine bestimmte Lösung zu einer Steuerersparnis führt, rechtfertigt - unter Vorbehalt der Steuerumgehung - keine steuerrechtliche Korrektur. Es ist daher steuerrechtlich zulässig, gegenüber der Gesellschaft die Rückzahlung des privaten Darlehens zu verlangen und gleichzeitig auf eine geschäftliche Forderung gegen die Gesellschaft vorläufig oder definitiv zu verzichten, solange das Vorgehen nicht auf eine Steuerumgehung hinausläuft und keine steuerrechtlichen Korrekturvorschriften zur Gewinn- und Ertragsermittlung eingreifen. Beides trifft hier nicht zu.
3.2 Es kann auch keine Rede sein, dass die Umbuchung der Honorarzahlung auf Darlehensrückzahlung bei der Gesellschaft unzulässig war. Die gesellschaftsrechtliche Erfolgsrechnung kann erst dann Grundlage für die Gewinnbesteuerung bilden, wenn sie die Generalversammlung im Rahmen der Genehmigung der Jahresrechnung abgenommen hat (<ref-law>). Am 21. Dezember 2001 bestätigte die Gesellschaft dem Beschwerdeführer, dass die Beratungshonorare 2001 auf Amortisation des Aktionärdarlehens umgebucht worden seien. In diesem Zeitpunkt stand der Geschäftsabschluss 2001 noch nicht in Frage und konnte die Gesellschaft auf ihrer Bilanz und Erfolgsrechnung noch nicht behaftet werden. Zivilrechtlich kann zwar eine getilgte Forderung - von gesetzlichen Ausnahmen abgesehen (vgl. Art. 118 II OR, Konfusion) - nicht wieder aufleben. Es steht aber nichts entgegen, durch Vereinbarung eine neue Forderung zu begründen. Soweit es um eine Schenkung geht, ist Schriftform erforderlich (s. auch von Tuhr/Peter, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, Band I, 3. Aufl., S. 29 bei N 40, und von Tuhr/Escher, Band II, S. 189). Solange sollte - im Rahmen der Vorschriften über die Buchführung - die Umbuchung zulässig sein. Damit kann offen bleiben, ob es im Jahre 2001 bereits zu Zahlungen durch die Gesellschaft an den Beschwerdeführer kam, wie die Vorinstanz annimmt.
II. Kantonale Steuern (Staatssteuer)
4. Für die Staatssteuer ergibt sich keine abweichende Beurteilung. Die Konstruktion der Steuerumgehung, wie sie dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegt und auch vom kantonalen Steueramt und der Eidgenössischen Steuerverwaltung verfochten wird, lässt sich mit sachlichen Gründen nicht aufrecht erhalten. Es kann nicht gesagt werden, dass die vom Beschwerdeführer gewählte zivilrechtliche Rechtsgestaltung - Verzicht auf die Honorarforderung und Rückforderung des Darlehens - sachwidrig oder absonderlich, den wirtschaftlichen Gegebenheiten völlig unangemessen erscheint oder - auch unter Ausklammerung der steuerlichen Folgen - jenseits jeglicher wirtschaftlichen Vernunft liege. Damit fällt das einzige Argument für die steuerliche Aufrechnung der Honorarforderung unter dem Titel Steuerumgehung dahin. Die Beschwerde ist auch hinsichtlich der Staatssteuer begründet.
5. Die Beschwerde ist sowohl hinsichtlich der Staatssteuer wie auch der direkten Bundessteuer gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Das Honorar der R._ AG des Jahres 2001 ist aus der Besteuerung zu entlassen. In den übrigen Punkten wurde die Veranlagung gemäss Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Olten-Gösgen vom 4. November 2003 nicht angefochten. Der Einspracheentscheid ist daher hinsichtlich der Staats- und der direkten Bundessteuer zu bestätigen (<ref-law>). Art. 73 Abs. 3 StHG ist infolge <ref-law> obsolet (<ref-ruling> E. 1.5.3).
Die Gerichtskosten sind dem Kanton Solothurn aufzuerlegen. (Art. 65, 66 Abs. 1 BGG). Dieser hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>). Über die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens wird das Steuergericht in einem Zusatzentscheid zu diesem Entscheid befinden müssen (Art. 67, 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 19. November 2007 aufgehoben und der Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Olten-Gösgen vom 4. November 2003 hinsichtlich der Staatssteuer und der direkten Bundessteuer 2001 bestätigt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Kanton Solothurn auferlegt.
3. Der Kanton Solothurn hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Über die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens hat das Steuergericht des Kantons Solothurn in einem Zusatzurteil zu diesem Urteil neu zu befinden.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonalen Steuergericht Solothurn und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. August 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann