Sachverhalt:
A. X._ (nachfolgend Beschwerdeführer) und Z._ (nachfolgend Beschwerdegegnerin) sind seit 1978 verheiratet und haben drei erwachsene Kinder, wovon eines noch in Ausbildung steht. Sie leben seit September 2006 getrennt. Mit Rekursentscheid vom 7. Juni 2007 verpflichtete der Einzelrichter des Kantonsgerichts den Ehemann, der Ehefrau während des Getrenntlebens Unterhalt von Fr. 8'270.-- im Monat zu bezahlen. lm Frühjahr 2008 beantragte der Ehemann eine Abänderung der Eheschutzmassnahmen, worauf die Familienrichterin am Kreisgericht St. Gallen mit Verfügung vom 23. Juli 2008 den Ehegattenunterhalt ab Mai 2008 auf Fr. 6'150.-- und ab Oktober 2008 auf Fr. 7'300.-- im Monat reduzierte. Der Einzelrichter des Kantonsgerichts wies den vom Ehemann erhobenen Rekurs ab. Anfangs 2009 gelangte die Ehefrau erneut an das Kreisgericht St. Gallen, weil der Ehemann sich weigere, bei der Regulierung eines Wasserschadens im gemeinsamen Haus mitzuwirken. Der Ehemann reagierte darauf, indem er eine Herabsetzung des Ehegattenunterhalts verlangte. Am 4. Juni 2009 verpflichtete die Familienrichterin den Ehemann, der Ehefrau Vollmacht für den Verkehr mit der Versicherung zu erteilen. Zugleich reduzierte sie die monatlichen Unterhaltsleistungen des Ehemanns an die Ehefrau mit Wirkung ab April 2009 um Fr. 300.-- auf einen Betrag von Fr. 7'000.--.
B. Gegen diesen Entscheid erhob der Beschwerdeführer beim Kantonsgericht St. Gallen Rekurs mit dem Antrag, den Unterhaltsbeitrag auf Fr. 2'200.-- im Monat herabzusetzen und bis zum erwarteten beruflichen Wiedereinstieg der Ehefrau Ende 2009, eventuell bis zu seiner voraussichtlichen Pensionierung Ende April 2011 zu befristen.
Mit Entscheid vom 13. August 2009 wies der Einzelrichter im Familienrecht den Rekurs ab.
C. Der Beschwerdeführer hat die Sache mit Eingabe vom 16. September 2009 an das Bundesgericht weitergezogen. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und in Abänderung von Ziff. 2 des Entscheids des Kreisgerichts St. Gallen vom 4. Juni 2009 sei der monatliche Unterhaltsbeitrag für die Ehefrau ab April 2009 auf Fr. 2'200.-- zu reduzieren.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Sache betrifft die gerichtliche Änderung von Massnahmen im Sinne von Art. 179 ZGB und dabei ausschliesslich die Festsetzung der Geldbeiträge, die der eine Ehegatte dem anderen während des Getrenntlebens schuldet (Art. 176 Abs. 1 Ziff. 1 ZGB). Es liegt damit eine Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG) und eine vermögensrechtliche Angelegenheit vor. Der Streitwert übersteigt Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 51 Abs. 1 und 4 BGG). Entschieden hat das Kantonsgericht als letzte kantonale Instanz (Art. 75 Abs. 1 BGG), denn gemäss Art. 238 lit. b ZPO/SG ist die Nichtigkeitsbeschwerde in Ehesachen ausgeschlossen. Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist somit grundsätzlich einzutreten.
1.2 Eheschutzentscheide gelten nach der Rechtsprechung als vorsorgliche Massnahmen im Sinne von Art. 98 BGG (<ref-ruling> E. 5.2 S. 397), so dass nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann. Deshalb gelangen die Art. 95 und 97 BGG und auch Art. 105 Abs. 2 BGG nicht zur Anwendung. Die hier gegebenen Verhältnisse entsprechen denjenigen bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (Art. 113 ff. BGG). Wie dort (Art. 118 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 116 BGG) kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen hier nur dann in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat (<ref-ruling> E. 4.1 S. 588).
1.2 Eheschutzentscheide gelten nach der Rechtsprechung als vorsorgliche Massnahmen im Sinne von Art. 98 BGG (<ref-ruling> E. 5.2 S. 397), so dass nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann. Deshalb gelangen die Art. 95 und 97 BGG und auch Art. 105 Abs. 2 BGG nicht zur Anwendung. Die hier gegebenen Verhältnisse entsprechen denjenigen bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (Art. 113 ff. BGG). Wie dort (Art. 118 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 116 BGG) kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen hier nur dann in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat (<ref-ruling> E. 4.1 S. 588).
1.3 1.3.1 Für die Geltendmachung der Verletzung verfassungsmässiger Rechte gilt das Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass neben der Erheblichkeit der gerügten Verfassungsverletzung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern welche verfassungsmässigen Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 88; <ref-ruling> E. 6 S. 397). Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 2 S. 639).
1.3.2 Der Beschwerdeführer kommt in weiten Teilen seiner Beschwerde diesen Begründungsanforderungen nicht nach. Insbesondere zeigt er nicht auf, wie sich die von ihm beanstandeten Sachverhaltsfeststellungen bzw. die Auslegung des anwendbaren Rechts bei korrektem Vorgehen auf den Ausgang des Verfahrens auswirken würden. Dies gilt namentlich für den Einwand, die Vorinstanz weigere sich ohne weitere Begründung, die erreichte Sparquote durch Wegfall zweier Universitätsstudenten zu berücksichtigen und zur einstufigen Methode zu wechseln (Beschwerde S. 7 unten), ebenso wie für das Vorbringen, das Kantonsgericht widersetze sich, nicht nur den ehelichen Lebensstandard anhand der Ausgaben zu errechnen, sondern auch das obligatorische und überobligatorische Erwerbseinkommen zu ermitteln (Beschwerde S. 8 unten), und auch für den Vorwurf, die Vorinstanz stelle offensichtlich auf einen falschen Sachverhalt ab und verweigere die Abklärung der Zumutbarkeit der Einkommensfaktoren auf Seiten des Ehemannes (Beschwerde S. 9), und schliesslich auch für die Rüge, es widerspreche dem Grundsatz von Treu und Glauben, wenn trotz signifikanten Änderungen in den massgeblichen Verhältnissen und Faktoren eine Neuberechnung der Unterhaltsbeiträge für die Ehefrau unterbunden werde (Beschwerde S. 10). Auf all diese Rügen kann nicht eingetreten werden.
1.4 Neue rechtliche Vorbringen sind nicht zulässig, wenn mit der Beschwerde eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von Art. 98 BGG angefochten wird (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 640). In solchen Fällen, wo das Recht nicht von Amtes wegen angewandt wird, sondern das Rügeprinzip gilt, verbietet der Grundsatz von Treu und Glauben, der Vorinstanz bekannte rechtserhebliche Einwände vorzuenthalten und diese erst nach dem Ergehen eines ungünstigen Entscheides im anschliessenden Rechtsmittelverfahren zu erheben (s. die Botschaft des Bundesrates; BBl 2001 S. 4345 oben). Das Bundesgericht übernimmt damit die entsprechende Praxis zur staatsrechtlichen Beschwerde (z.B. <ref-ruling> E. 5a S. 228 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 123) und in einem weiteren Sinn den Grundsatz, wonach bei dieser nicht nur neue tatsächliche, sondern auch neue rechtliche Vorbringen unzulässig waren (<ref-ruling> E. 5a S. 26; <ref-ruling> E. 6c S. 357). Dieser Grundsatz ergibt sich auch aus dem Erfordernis der Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheides (Prinzip der relativen Subsidiarität) und fusst auf dem Gedanken, dass der Instanzenzug nicht nur prozessual durchlaufen, sondern auch materiell erschöpft sein muss.
2. Massnahmen zum Schutz der ehelichen Gemeinschaft bzw. vorsorgliche Massnahmen für die Dauer des Scheidungsverfahrens können abgeändert werden, wenn nach Eintritt der Rechtskraft des Urteils eine wesentliche und dauernde Änderung eingetreten ist oder die tatsächlichen Umstände, die dem Massnahmeentscheid zu Grunde lagen, sich nachträglich als unrichtig erwiesen haben. Andernfalls steht die formelle Rechtskraft des Eheschutz- bzw. des Präliminarentscheides einer Abänderung entgegen. Eine Abänderung ist ferner ausgeschlossen, wenn die Sachlage durch eigenmächtiges, widerrechtliches, mithin rechtsmissbräuchliches Verhalten herbeigeführt worden ist (Urteil 5P. 473/2006 vom 6. Dezember 2009, E. 3, publiziert in FamPra.ch 2007 S. 373 mit Hinweisen auf HAUSHEER/REUSSER/GEISER, Berner Kommentar, N. 8, 8a und 10 zu [a]Art. 179 ZGB; HASENBÖHLER/ OPEL, Basler Kommentar, ZGB I, 3. Aufl. 2006, N. 3 und 4 zu Art. 179 ZGB; LEUENBERGER, in: FamKommentar Scheidung, Hrsg. Ingeborg Schwenzer, Bern 2005, N. 15-17 zu Art. 137 ZGB; SUSANNE BACHMANN, Die Regelung des Getrenntlebens nach Art. 176 und 179 ZGB sowie nach zürcherischem Verfahrensrecht, Diss. Zürich 1995, S. 229, 4.1.8 am Anfang).
3. Die Ehefrau hatte die 1. Hypothek auf dem Haus in A._ von Fr. 730'000.-- per 1. April 2009 in eine Festhypothek umgewandelt. Die damit verbundene Reduktion des Zinssatzes bewirkt eine Kostenersparnis von jährlich Fr. 11'680.--.
3. Die Ehefrau hatte die 1. Hypothek auf dem Haus in A._ von Fr. 730'000.-- per 1. April 2009 in eine Festhypothek umgewandelt. Die damit verbundene Reduktion des Zinssatzes bewirkt eine Kostenersparnis von jährlich Fr. 11'680.--.
3.1 3.1.1 Das Kreisgericht St. Gallen (erste Instanz) erwog: Im Abänderungsentscheid des Kreisgerichts vom 23. Juli 2008 (vom Kantonsgericht am 2. Oktober 2008 bestätigt) sei die Steuerbelastung der Ehefrau basierend auf einem steuerbaren Einkommen von Fr. 84'800.-- ermittelt worden. Als Folge der geringeren Schuldabzüge habe sich nun das steuerbare Einkommen um Fr. 11'680.-- erhöht und durch die Erhöhung des Eigenmietwertes, welche allerdings nur zu 70% ins Gewicht falle, um weitere Fr. 2'800.-- auf insgesamt Fr. 99'280.--. Daraus resultierten beim aktuellen Steuerfuss der Gemeinde A._ von 236% voraussichtlich Staats- und Gemeindesteuern in der Höhe von Fr. 17'560.-- und direkte Bundessteuern von ca. Fr. 3'070.--. Die Steuerbelastung dürfte sich damit gegenüber dem Vorjahr um etwa Fr. 3'430.-- erhöhen. Bei den Nebenkosten für das Haus sei im Abänderungsentscheid vom Juli 2008 mangels detaillierter Angaben der Ehefrau von einem pauschalisierten Unterhaltsaufwand von 20% des Eigenmietwertes ausgegangen und seien die belegten Beträge für Grundsteuer und Gebäudeversicherung dazugezählt worden. Dass tatsächlich höhere Nebenkosten anfielen, habe die Ehefrau nicht dargelegt. Selbst wenn man wegen der Erhöhung des Eigenmietwertes den Unterhaltsaufwand anpassen wollte, wären höchstens Mehrkosten von Fr. 800.-- jährlich zu berücksichtigen. Insgesamt sinke der Bedarf für die Ehefrau demnach um rund Fr. 7'500.-- im Jahr oder gut Fr. 600.-- im Monat. Aufgrund des bei der Unterhaltsberechnung angewendeten Halbteilungsgrundsatzes ergebe sich somit eine Reduktion des Unterhaltsbeitrages ab 1. April 2009 um Fr. 300.-- auf Fr. 7'000.--.
3.1.2 Dagegen hat der Beschwerdeführer vor Kantonsgericht vorgetragen, im Jahre 2005 habe der amtliche Mietwert Fr. 29'040.-- betragen, die steuerliche Erleichterung Fr. 3'600.--, der zu versteuernde Mietwert demnach Fr. 25'440.--. Im Jahre 2009 habe der amtliche Mietwert Fr. 32'960.-- betragen, die steuerliche Erleichterung Fr. 9'888.--, der zu versteuernde Mietwert daher Fr. 23'072.--. Der zu versteuernde Mietwert habe sich demnach seit 2005 gesenkt. Entsprechend seien keine Mehrsteuern angefallen. Die hälftige Teilung der Hypothekenersparnis abzüglich Steuern sei unrichtig, zumal ja auch der Ehemann Steuern bezahlen müsse. Die Gesamthypothekarersparnis von Fr. 11'600.-- sei auf beide Parteien aufzuteilen, d.h. der Jahresunterhalt der Ehefrau mindestens um Fr. 5'800.-- oder Fr. 483.-- pro Monat zu kürzen. Allein schon aus der Hypothekarersparnis rechtfertige sich daher eine Unterhaltskürzung von Fr. 383.-- [recte: Fr. 483.--] pro Monat.
3.1.3 Das Kantonsgericht hat dazu im Wesentlichen ausgeführt, für die Beurteilung eines Abänderungsgesuchs sei der neue Zustand der Situation gegenüberzustellen, die der Anordnung der Massnahme zugrunde gelegen habe. Bei mehreren Verfügungen in derselben Sache sei auf den letzten Entscheid abzustellen. Die Familienrichterin habe demnach die aktuellen Verhältnisse der Ehefrau mit jenen vergleichen müssen, die im Entscheid vom 23. Juli 2008 umschrieben worden seien. Damals sei ein steuerbares Einkommen der Ehefrau von Fr. 84'800.-- für das Jahr 2008 angenommen worden, wobei ein Eigenmietwert des Hauses von rund Fr. 20'300.-- eingesetzt worden sei. Das steuerbare Einkommen werde nun einerseits nach der Hypothekarzinsreduktion um Fr. 11'680.-- ansteigen und andererseits wegen der Erhöhung des Eigenmietwerts um weitere Fr. 2'800.-- zunehmen. Daraus resultiere im Vergleich zum letzten Jahr voraussichtlich eine um etwa Fr. 3'400.-- höhere Steuerbelastung. Werde sodann der pauschalierte Liegenschaftsunterhalt an den Eigenmietwert angepasst, sei mit einem Mehraufwand von jährlich Fr. 800.-- zu rechnen. Die Unterhaltsbemessung des Kreisgerichts mit einer Reduktion des monatlichen Unterhalts um Fr. 300.-- erweise sich somit als korrekt. In diesem Betrag sei die geringfügige Steuererleichterung der Ehefrau infolge des herabgesetzten Unterhalts mitberücksichtigt.
3.1.4 Der Beschwerdeführer trägt dazu vor, mit der Eigenmietwerterhöhung stiegen die realen Unterhaltskosten der Liegenschaft keineswegs, wohl aber die steuerlichen Abzüge um 20% des Eigenmietwertes, welcher Vorteil allein der Ehefrau zugute komme. Da die Erhöhung des Eigenmietwertes nur zu 70% besteuert werde und hievon weitere 20% abgezogen werden könnten, schlage die Eigenmietwerterhöhung lediglich zu 56% steuerlich zu Buche. Selbst wenn man die vom Kreisgericht und Kantonsgericht (zu hoch) bezifferte Steigerung des Eigenmietwertes um Fr. 2'800.-- pro Jahr berücksichtige, ergebe sich eine Erhöhung des zu versteuernden Einkommens der Ehefrau von lediglich Fr. 1'568.-- pro Jahr bzw. der zu zahlenden Steuer von höchstens Fr. 500.-- pro Jahr bzw. Fr. 41.70. Diese Berechnung zeige, dass Kreis- und Kantonsgericht sehr wohl bereit seien, geringfügige Änderungen des Sachverhaltes bei der Unterhaltsberechnung zugunsten der Ehefrau zu berücksichtigen. Letzteres bedeute, dass bei der Erhöhung des verfügbaren Einkommens um Fr. 1'680.-- bei angeblicher Anwendung des Halbteilungsprinzips zu einer Zuteilung von Fr. 3'600 (31%) für den Ehemann und zu Fr. 8'080.-- (69%) für die Ehefrau führe. Das bedeute eine unbegründete Ungleichbehandlung der Parteien. Darin liege ein Verstoss gegen das Willkürverbot von Art. 9 BV. Indem das Kantonsgericht sich weigere, die exakten Auswirkungen der Hypothekarzinssenkung auf die Unterhaltsrente zu berechnen und einfach annehme, eine geringfügige Steuererleichterung der Ehefrau sei mitberücksichtigt, liege ein Verstoss gegen die von der Bundesverfassung geschützten Garantien, insbesondere des Anspruches auf rechtliches Gehör im Sinne von Art. 29 Abs. 2 BV.
3.1.5 Ob sich die Verhältnisse zufolge der Reduktion der Hypothekarzinsen "wesentlich und dauernd" geändert haben, ist anhand der Auswirkungen derselben auf die Einkommensverhältnisse der Ehefrau zu prüfen. Der Beschwerdeführer hat gegenüber dem Kantonsgericht die Erhöhung des Liegenschaftsunterhalts um Fr. 800.-- nicht beanstandet. Der Einwand, die Unterhaltskosten seien nicht gestiegen, ist neu und daher nicht zu beachten. Die Berechnung des Beschwerdeführers beschränkt sich auf die Steuerfolgen, die sich aus der Erhöhung des Eigenmietwertes ergibt. Den Umstand, dass die Reduktion der Hypothekarzinsen zu entsprechend tieferen steuerlichen Abzügen und damit zu einem höheren steuerbaren Einkommen, aber dies wiederum zu einer höheren steuerlichen Belastung führt, blendet der Beschwerdeführer vollständig aus. Deshalb ist seine Behauptung, im Ergebnis komme der Ehemann nur in den Genuss einer "Erleichterung" von Fr. 3'600.-- pro Jahr, während die Ehefrau gleichzeitig über Fr. 8'080.-- mehr verfüge, falsch. Zufolge einer höheren Steuerbelastung verbleiben der Ehefrau nicht Fr. 8'080.-- (= Fr. 11'680.-- abzüglich tiefere Unterhaltsrente von Fr. 3'600.--), sondern Fr. 11'680.-- abzüglich zusätzliche Steuern, höherer Liegenschaftsunterhalt und tiefere Unterhaltsrente. Von einer verfassungswidrigen Ungleichbehandlung kann keine Rede sein.
3.1.5 Ob sich die Verhältnisse zufolge der Reduktion der Hypothekarzinsen "wesentlich und dauernd" geändert haben, ist anhand der Auswirkungen derselben auf die Einkommensverhältnisse der Ehefrau zu prüfen. Der Beschwerdeführer hat gegenüber dem Kantonsgericht die Erhöhung des Liegenschaftsunterhalts um Fr. 800.-- nicht beanstandet. Der Einwand, die Unterhaltskosten seien nicht gestiegen, ist neu und daher nicht zu beachten. Die Berechnung des Beschwerdeführers beschränkt sich auf die Steuerfolgen, die sich aus der Erhöhung des Eigenmietwertes ergibt. Den Umstand, dass die Reduktion der Hypothekarzinsen zu entsprechend tieferen steuerlichen Abzügen und damit zu einem höheren steuerbaren Einkommen, aber dies wiederum zu einer höheren steuerlichen Belastung führt, blendet der Beschwerdeführer vollständig aus. Deshalb ist seine Behauptung, im Ergebnis komme der Ehemann nur in den Genuss einer "Erleichterung" von Fr. 3'600.-- pro Jahr, während die Ehefrau gleichzeitig über Fr. 8'080.-- mehr verfüge, falsch. Zufolge einer höheren Steuerbelastung verbleiben der Ehefrau nicht Fr. 8'080.-- (= Fr. 11'680.-- abzüglich tiefere Unterhaltsrente von Fr. 3'600.--), sondern Fr. 11'680.-- abzüglich zusätzliche Steuern, höherer Liegenschaftsunterhalt und tiefere Unterhaltsrente. Von einer verfassungswidrigen Ungleichbehandlung kann keine Rede sein.
3.2 3.2.1 Im Rekurs gegen den Entscheid des Kreisgerichts machte der Beschwerdeführer geltend, dass der Ehefrau eine volle Erwerbstätigkeit zuzumuten sei. Vor Bundesgericht bringt der Beschwerdeführer vor: Die von den Vorinstanzen berücksichtigte Krankheits-Situation der Ehefrau sei in allen Verfahren durch kein einziges ärztliches Zeugnis belegt. Die Vorinstanz sei auf das unterhaltsrelevante Begehren ohne jegliche Begründung nicht eingegangen. Darin liege eine Rechtsverweigerung und gleichzeitig ein Verstoss gegen Art. 9 und 29 Abs. 2 BV.
3.2.2 Die Vorinstanz hat ihren Entscheid entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers sehr wohl begründet, indem sie ausführte, mit dessen Argumenten hätten sich die Gerichte schon mehrfach auseinandergesetzt und das Abänderungsverfahren diene nicht dazu, in der Art einer Wiedererwägung bereits behandelte Fragen immer wieder neu aufzuwerfen. Damit ist gleichzeitig gesagt, dass sich der Beschwerdeführer nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzt. Er zeigt nicht auf, inwiefern sich die Verhältnisse gegenüber dem abzuändernden Entscheid verändert haben sollten. Mit dem Einwand, es liege kein Arztzeugnis vor, vermag er auch nicht aufzuzeigen, dass sich die tatsächlichen Umstände, die dem Massnahmeentscheid zu Grunde lagen, nachträglich als unrichtig erwiesen haben. Damit mangelt es an der alternativen Voraussetzung, welche die Abänderung der vorsorglichen Massnahmen rechtfertigen könnte.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und der Beschwerdeführer wird kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdegegnerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da sie nicht zur Vernehmlassung aufgefordert worden ist (vgl. Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter im Familienrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Schett