Faits:
A. Par jugement du 21 janvier 2009, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a reconnu Y._ coupable de banqueroute frauduleuse. Il l'a condamné à une peine pécuniaire de nonante jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 50 fr., et a suspendu l'exécution de cette peine, impartissant à l'intéressé un délai d'épreuve de deux ans.
B. Statuant le 31 mars 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par Y._. En substance, cet arrêt cantonal repose sur les faits suivants:
A la demande du couple A._, Y._, B._ et C._ ont créé le 5 avril 2004 la société D._ SA, dont le but était l'achat, la vente et la location de tout commerce. Les époux A._, qui ne voulaient pas apparaître comme actionnaire dans cette nouvelle entité, ont libéré le capital-actions de 100'000 fr. Toutefois, trois mois après sa création et alors que la société n'avait pas encore eu d'activité, ils ont récupéré leurs fonds propres, laissant subsister ainsi un manteau d'actions sans actif. Y._ a racheté au couple ce manteau d'actions pour la somme de 4'500 fr., montant correspondant aux frais de constitution de la société. Le 14 septembre 2004, il l'a revendu, pour le prix de 6'000 fr., à E._, qui lui avait été présenté par X._. En annexe au contrat figurait un bilan mensonger, selon lequel 97'500 fr. se trouvaient en caisse. Le bilan montrait ainsi, avec les frais de constitution de la société, un actif total de 100'000 fr., contrebalancé au passif par un capital du même montant.
X._, dirigeant effectif de la société D._ SA, a cherché un local à Vevey pour l'exploitation du magasin D._ SA. Il a fourni l'agencement du magasin et a assuré la fourniture des vêtements durant la brève vie de la société. D._ SA a conclu avec F._ SA une convention, par laquelle cette dernière s'engageait à fournir des habits jusqu'au 31 décembre 2014 à son cocontractant, moyennant le versement d'une licence d'achat pour la somme de 50'000 fr. Y._ a vérifié la réalité comptable de cette opération tant sous l'angle de D._ SA, dont il était le comptable et le réviseur par le truchement de sa société G._ Sàrl, que sous l'angle de F._ SA, pour laquelle il assumait les mêmes fonctions.
D._ SA a cessé son activité à la fin 2004. Sa faillite a été prononcée le 18 août 2005. Le 16 janvier 2006, l'Office des poursuites et faillites de Vevey a requis la suspension de la faillite faute d'actifs, au sens de l'<ref-law>, au Président du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois, qui a dénoncé Y._, X._ et E._ le 17 janvier 2006. Finalement, l'un des créanciers a fait des avances de frais qui ont permis le traitement de la faillite. Le découvert de la faillite s'élève à 466'495 fr.
C. Contre cet arrêt cantonal, Y._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Dénonçant la violation de l'<ref-law>, Y._ conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il est libéré de l'infraction de banqueroute frauduleuse et, à titre subsidiaire, à l'annulation de celui-ci et au renvoi de la cause aux autorités cantonales pour nouveau jugement.
Appelés à se déterminer, le Ministère public et la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois ont renoncé a déposé des observations.

Considérant en droit:
1. La cour cantonale a reconnu le recourant coupable de banqueroute frauduleuse selon l'<ref-law> pour ne pas avoir veillé à la reconstitution du capital-actions comme le lui imposaient ses devoirs de réviseur.
1.1 Sous le titre marginal de "Banqueroute frauduleuse et de fraude dans la saisie", l'<ref-law> punit, s'il a été déclaré en faillite ou si un acte de défaut de biens a été dressé contre lui, d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire, le débiteur qui, de manière à causer un dommage à ses créanciers, aura diminué fictivement son actif, notamment en distrayant ou en dissimulant des valeurs patrimoniales, en invoquant des dettes supposées, en reconnaissant des créances fictives ou en incitant un tiers à les produire.
Alors que l'<ref-law> s'applique au débiteur qui diminue fictivement le patrimoine pour désintéresser les créanciers par la voie de la poursuite pour dettes, l'<ref-law> vise le débiteur qui diminue effectivement son actif à l'occasion d'une procédure de faillite ou de poursuite pour dettes, par exemple en détruisant des biens ou en procédant à des libéralités (arrêts du Tribunal fédéral 6S.438/2005 du 28 février 2006, consid. 3; 6S.142/2003 du 4 juillet 2003, consid. 3). L'<ref-law> (gestion fautive) est une infraction subsidiaire à l'<ref-law>. Il s'adresse au débiteur qui, en cas de débâcle intervenue ou imminente, par des fautes de gestion, cause ou aggrave son surendettement, ou cause sa propre insolvabilité ou aggrave sa situation alors qu'il se savait insolvable.
Alors que l'<ref-law> s'applique au débiteur qui diminue fictivement le patrimoine pour désintéresser les créanciers par la voie de la poursuite pour dettes, l'<ref-law> vise le débiteur qui diminue effectivement son actif à l'occasion d'une procédure de faillite ou de poursuite pour dettes, par exemple en détruisant des biens ou en procédant à des libéralités (arrêts du Tribunal fédéral 6S.438/2005 du 28 février 2006, consid. 3; 6S.142/2003 du 4 juillet 2003, consid. 3). L'<ref-law> (gestion fautive) est une infraction subsidiaire à l'<ref-law>. Il s'adresse au débiteur qui, en cas de débâcle intervenue ou imminente, par des fautes de gestion, cause ou aggrave son surendettement, ou cause sa propre insolvabilité ou aggrave sa situation alors qu'il se savait insolvable.
1.2 1.2.1 Seul le débiteur peut en principe être auteur, coauteur ou auteur médiat de l'infraction de banqueroute frauduleuse et de fraude dans la saisie. Si le débiteur est une personne morale ou une société, l'<ref-law> est applicable: les personnes physiques mentionnées par cette disposition - organes, membres d'un organe, associés, collaborateurs disposant d'un pouvoir de décision indépendant ou dirigeants effectifs - sont punissables en tant qu'auteurs si elles ont agi, en l'une des qualités décrites, pour la personne morale ou la société. L'infraction définie à l'<ref-law> peut ainsi être commise par les membres du conseil de l'administration ou de l'organe de révision. Si une personne morale est nommée, par exemple, comme organe de révision d'une société anonyme, la responsabilité pénale incombera aux réviseurs qui exécutent en fait le mandat de révision (SCHMID, La responsabilité pénale du réviseur, 1997, p. 116).
1.2.2 Le comportement délictueux réprimé par l'<ref-law> doit conduire à diminuer fictivement le patrimoine disponible pour désintéresser le ou les créanciers par la voie de la poursuite pour dettes. Comme exemple de comportements punissables, la loi mentionne la distraction ou la dissimulation de valeurs patrimoniales (par exemple l'omission de certains actifs dans les comptes ou l'indication d'une partie seulement des biens à l'office des faillites), le fait d'invoquer des dettes supposées et de reconnaître des dettes non existantes, donc fictives, ou d'inciter un tiers à les produire (art. 163 ch. 1 al. 2 à 4 CP). Enfin, selon le message du Conseil fédéral, l'infraction est aussi réalisée si un débiteur, tenu d'avoir une comptabilité, présente une situation inférieure à la réalité au moyen de faux comptes (FF 1991 II 1030).
L'<ref-law> vise ainsi des comportements fautifs typiques des organes sociaux chargés de la gestion. Habituellement, dans une société anonyme, ce seront le conseil d'administration et les autres organes chargés de la gestion comme les directeurs qui auront ce comportement pénalement réprimé. Comme l'organe de révision n'a aucune tâche de gestion, une responsabilité pénale directe du réviseur est en principe exclue. En règle générale, sa responsabilité pénale ne sera engagée que lorsque les agissements réprimés par l'<ref-law> seront dissimulés par des manipulations de la comptabilité ou du bilan et que le réviseur devrait en faire état dans son rapport selon les art. 729 et 729a CO (SCHMID, op. cit., p. 120 s.).
1.2.3 La banqueroute frauduleuse n'est punissable que si le débiteur a été déclaré en faillite ou si un acte de défaut de biens a été dressé contre lui. Il s'agit d'une condition objective de punissabilité. L'intention de l'auteur ne doit donc pas nécessairement porter sur cet élément. Il n'est pas non plus exigé un rapport de causalité entre le comportement fautif et la survenance de la faillite ou la délivrance de l'acte de défaut de biens.
1.2.4 Sur le plan subjectif, le débiteur doit agir intentionnellement et de manière à causer un dommage à ses créanciers.
1.2.4 Sur le plan subjectif, le débiteur doit agir intentionnellement et de manière à causer un dommage à ses créanciers.
1.3 1.3.1 La cour cantonale reproche au recourant d'avoir violé ses devoirs de réviseur, en ne veillant pas à la reconstitution du capital-actions de la société. En effet, le recourant était associé gérant de la société G._ Sàrl et s'occupait effectivement de D._ SA au sein de cette société, de sorte qu'il revêtait la qualité de débiteur au sens de l'<ref-law>. Ayant procédé à la vente du manteau d'actions sur la base d'un bilan intérimaire mensonger, il devait vérifier, dans un rapport de révision ordinaire, que le capital-actions avait bien été libéré à 50 % au moins, et ce même avant la révision annuelle. Grâce au bilan mensonger, il a permis d'éviter la recapitalisation de la société, ce qui a eu pour conséquence une non-augmentation de l'actif et donc une diminution du patrimoine. Dans la mesure où le recourant était lui-même à la source de l'opération illicite, il était d'autant plus soumis à l'obligation de faire en sorte que le capital soit libéré rapidement, sans qu'il doive nécessairement être sollicité par l'organe d'administration de la société au sens de l'<ref-law> (arrêt attaqué, p. 6 et 7).
Pour sa part, le recourant fait valoir, pour l'essentiel, qu'en faisant figurer fictivement 97'500 fr. en caisse, il a présenté un bilan qui indiquait une situation meilleure que la réalité (et non inférieure à celle-ci). En outre, il n'aurait pas violé ses devoirs de réviseur, puisque le capital-actions de la société D._ SA aurait été reconstitué par l'acquisition de la licence d'achat et la fourniture de l'agencement et d'habits.
1.3.2 La violation des devoirs du réviseur n'est punissable selon l'<ref-law> qu'en relation avec une diminution fictive de l'actif. Par exemple, le réviseur omet de signaler des manipulations de la comptabilité ou du bilan, destinées à diminuer fictivement l'actif. En l'espèce, le bilan ou la comptabilité de la société D._ SA ne contient pas de telles manipulations. La restitution du capital-actions aux époux A._ constitue une diminution effective de l'actif. L'inscription, à l'actif du bilan, d'un montant en caisse de 97'500 fr., permettant de dissimuler la restitution du capital-actions, constitue une augmentation fictive de l'actif et non une diminution fictive. Par cette inscription, la situation financière de la société concernée apparaît meilleure que la réalité. Il s'agit donc de la situation inverse de celle qui est visée par l'<ref-law>. Quant au défaut de recapitalisation de la société, qui est reproché au recourant, il correspond certes à une non-augmentation de l'actif, mais n'équivaut pas - comme l'écrit la cour cantonale - à une diminution (fictive) de l'actif au sens de l'<ref-law>. Il est vrai que, conformément aux art. 725 al. 2 et 729b CO, le réviseur doit, à certaines conditions, avertir le juge en cas de surendettement. Dans ce cas, la diminution de l'actif est toutefois en principe effective, et l'omission de cette annonce relève, en règle générale, de la gestion fautive (<ref-law>), et non de la banqueroute frauduleuse.
En définitive, le recourant ne peut être condamné en application de l'<ref-law>, dans la mesure où il ne peut lui être reproché, au vu des faits retenus dans l'arrêt cantonal, d'avoir diminué fictivement l'actif de la société D._ SA. En le condamnant pour banqueroute frauduleuse, la cour cantonale a dès lors violé le droit fédéral. Sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs, le recours doit donc être admis, l'arrêt attaqué, annulé et le recourant, acquitté.
2. Le recourant qui obtient gain de cause ne supporte pas de frais judiciaires (<ref-law>) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. Le recourant est acquitté.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le canton de Vaud versera au recourant la somme de 3'000 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 14 janvier 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin