Sachverhalt:
A. Mit Gesuch vom 15. September 2011 beantragte X._, ihm seinen wegen mangelnder Fahreignung entzogenen Führerausweis wieder zu erteilen.
Am 10. Januar 2012 wies das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern das Gesuch ab, nachdem das Fahreignungsgutachten des Instituts für angewandte Psychologie Bern (IAP Bern) vom 29. November 2011 zum Schluss gekommen war, die Fahreignung von X._ sei aus charakterlichen Gründen nicht gegeben.
Am 18. April 2012 wies die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts ab.
B. Mit "Appellation" gegen diesen Entscheid der Rekurskommission beantragt X._ sinngemäss, ihn aufzuheben und ihm den Führerausweis wieder zu erteilen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
C. Die Rekurskommission beantragt unter Verweis auf ihren Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt verzichtet auf Vernehmlassung.
Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) bemerkt, dass seines Erachtens die Tatsache, dass sich X._ seit dem 8. Februar 2008 nichts mehr habe zuschulden kommen lassen, zu wenig berücksichtigt worden sei. Zudem erscheine es fraglich, was die Empfehlung der Gutachterstelle, die Wiederzulassung frühestens in zwei Jahren wieder zu prüfen, bezwecken solle, da für die Zwischenzeit keine Auflagen - beispielsweise der Besuch einer Therapie - auferlegt würden.
Die Rekurskommission weist die Einwände des ASTRA als unbegründet zurück. X._ hält sinngemäss an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die Wiedererteilung des Führerausweises nach einem Sicherungsentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; das als "Appellation" bezeichnete Rechtsmittel ist als solche entgegenzunehmen. Ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Der auf unbestimmte Zeit entzogene Führerausweis kann bedingt und unter Auflagen wiedererteilt werden, wenn eine allfällige Sperrfrist abgelaufen ist und die betroffene Person die Behebung des Mangels nachweist, der die Fahreignung ausgeschlossen hat (<ref-law>).
2.1 Dem Beschwerdeführer wurde im August 1978 der Führerausweis erteilt. Im April 1979 und im Januar 1989 wurde ihm der Führerausweis für jeweils einen Monat entzogen. Im April 1995 wurde er verwarnt. Im November 1995 wurde ihm der Ausweis für fünf Monate entzogen. Am 31. Oktober 1998 beging der Beschwerdeführer auf der Autobahn verschiedene Verkehrsregelverletzungen (massive Geschwindigkeitsüberschreitung, ungenügender Nachfahrabstand, unvorsichtiger Streifenwechsel) und rammte anschliessend das Fahrzeug der Polizei, die ihn kontrollieren wollte. Mit diesem Verhalten weckte er beim Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt den Verdacht, er sei aus charakterlichen Gründen ungeeignet, ein Motorfahrzeug zu führen, worauf es ihm am 31. Dezember 1998 den Ausweis vorsorglich entzog. Diese Verfügung blieb unangefochten.
Am 29. November 2001 entzog das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt dem Beschwerdeführer den Ausweis wegen charakterlicher Defizite auf unbestimmte Zeit, mindestens aber bis Ende November 2002, nachdem er zweimal ein Motorfahrzeug trotz Führerausweisentzugs geführt hatte. Am 25. April 2003 wurde die Probezeit bis Ende Juli 2004 verlängert, nachdem der Beschwerdeführer zwei weitere Male ohne Ausweis gefahren war. Am 16. März 2006 lenkte er erneut ein Motorfahrzeug und wies sich mit einem gefälschten tschechischen Ausweis aus. Zwischen Januar und März 2007 lenkte er dreimal Motorfahrzeuge, worauf das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt am 8. Mai 2007 eine dreimonatige Sperrfrist anordnete. Am 8. Februar 2008 führte er erneut ein Motorfahrzeug. Am 16. April 2010 verurteilte ihn das Obergericht des Kantons Bern zu 360 Stunden gemeinnütziger Arbeit, weil er zwischen dem 17. März 2006 und dem 8. Februar 2008 wiederholt Motorfahrzeuge lenkte, ohne im Besitz eines Führerausweises gewesen zu sein. Seit dem 8. Februar 2008 liess sich der Beschwerdeführer nach den Akten nichts mehr zuschulden kommen.
2.2 Das Gutachten des IAP Bern kommt zum Schluss, die Fahreignung des Beschwerdeführers sei wegen charakterlicher Defizite nicht gegeben. Das ergebe sich bereits aus dem Umstand, dass er wiederholt ohne Führerausweis gefahren sei. Seine Einstellung zu Verordnungen und Gesetzen sei "fragwürdig"; er bezweifle, dass die Rechtsordnung in jedem Fall stets korrekt zur Anwendung komme und gehe davon aus, immer wieder zu Unrecht verfolgt und verurteilt worden zu sein. Ohne Änderung dieser Einstellung müsse seine Fahreignung verneint werden.
2.3 Die Rekurskommission hält die Schlussfolgerung des Gutachtens, dem Beschwerdeführer gehe aus charakterlichen Gründen die Fahreignung ab, für schlüssig und schützte gestützt darauf die Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 10. Januar 2012.
2.3.1 Der automobilistische Leumund des Beschwerdeführers ist stark getrübt. Bereits wenige Monate nach Erteilung des Führerausweises musste ihm dieser erstmals entzogen werden, und in der Folge beging er wiederholt weitere, tendenziell immer schwerer wiegende Verkehrsdelikte, bis er schliesslich am 31. Oktober 1998 vorsätzlich ein (offenbar ziviles) Polizeifahrzeug rammte, als er kontrolliert werden sollte. Der in der Folge ausgesprochene Sicherungsentzug kümmerte ihn wenig und konnte ihn nicht davon abhalten, sich wiederholt - zuletzt am 8. Februar 2008 - ans Steuer zu setzen. Der Beschwerdeführer hat somit jedenfalls in diesem Zeitraum - insbesondere vom Oktober 1998 bis Februar 2008 - die Strassenverkehrsordnung immer wieder in krasser Weise missachtet und damit starke Zweifel daran geweckt, dass er willens und in der Lage ist, ein Motorfahrzeug unter Beachtung der Strassenverkehrsordnung sicher zu führen.
2.3.2 Dass der Beschwerdeführer seit dem 8. Februar 2008 den Sicherungsentzug respektierte und sich nicht mehr ans Steuer setzte, ist keine besondere Leistung, sondern eine Selbstverständlichkeit und unabdingbare Voraussetzung dafür, dass die Wiedererteilung des Führerausweises überhaupt ernsthaft in Betracht fällt. In seinen Eingaben ans Bundesgericht führt der Beschwerdeführer indessen nicht näher und schon gar nicht glaubhaft aus, dass er die Lehren aus den verschiedenen gegen ihn geführten straf- und administrativrechtlichen Verfahren gezogen hat und nunmehr willens und fähig ist, die Strassenverkehrsordnung vorbehaltlos einzuhalten. Stattdessen legt er in aller Ausführlichkeit dar, dass sein Verhalten bei den Verkehrsdelikten, für die er sanktioniert wurde, gerechtfertigt oder jedenfalls nur geringfügig verkehrswidrig war. So bringt er etwa zum Vorfall vom 31. Oktober 1998 vor, der Opel Vectra der Polizei habe wie ein Privatwagen ausgesehen und ihn völlig überraschend attackiert, worauf er auf diesen "primären Angriff" in rechtfertigender Notwehr im Sinn von <ref-law> mit einem "Abwehrangriff" reagiert und den Opel "gezielt ausgeschaltet" habe. Diese Erklärung zeigt deutlich, dass der Beschwerdeführer nicht begriffen hat bzw. nicht wahr haben will, dass sein Verhalten bei diesem Vorfall inakzeptabel und er unter keinem Titel befugt war, das Fahrzeug der Polizei zu rammen, selbst wenn es nicht als solches erkennbar war und er sich von ihm bedrängt gefühlt haben sollte. Wie ein roter Faden zieht sich durch seine Vorbringen die Haltung, dass er die Strassenverkehrsordnung zwar "im Grundsatz" anerkennt, er sich aber für befugt hält, sich über bestimmte Regeln hinwegzusetzen, wenn sie ihm nicht einleuchten. So bringt er etwa vor, er habe an seinem Motorrad zeitweise nicht zugelassene Spikes-Reifen montiert, weil dies aus Sicherheitsgründen notwendig gewesen sei. Zum Vorfall von 1995 führt er aus, "grundsätzlich" sei es zwar richtig, die Höchstgeschwindigkeit für Anhängerzüge auf 80 km/h zu beschränken (<ref-law> i.V.m. Art. 5 Abs. 1 lit. a VRV), "aber nicht immer", um dann darzulegen, dass er kein ernsthaftes Sicherheitsrisiko geschaffen habe, als er diese Höchstgeschwindigkeit um 20 bis 35 km/h überschritten habe. Diese Ausführungen des Beschwerdeführers machen deutlich, dass ihm nach wie vor die Einsicht fehlt, dass er als Lenker die gesamte Verkehrsordnung vorbehaltlos einzuhalten hat, gleichgültig darum, ob ihm alle Regeln sinnvoll erscheinen oder nicht. Die Rekurskommission hat unter diesen Umständen kein Bundesrecht verletzt, indem sie ihm gestützt auf das negativ ausgefallene Fahreignungsgutachten die Fahreignung aus charakterlichen Gründen absprach.
2.3.3 Zu Recht und entgegen der Empfehlung des Gutachters hat die Rekurskommission dem Beschwerdeführer hingegen keine Sperrfrist für ein erneutes Gesuch um Wiedererteilung des Führerausweises auferlegt. Sobald er seine zwiespältige Haltung zur Strassenverkehrsordnung ablegt und zur Einsicht gelangt, dass er sie als Ganzes, einschliesslich der Regelungen, deren Sinn und Zweck er anzweifelt, vorbehaltlos einhalten kann und muss und insbesondere nicht er selber, sondern das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt über seine Fahrfähigkeit zu entscheiden hat, und diesen Gesinnungswandel gegenüber einer von diesem anerkannten Fachstelle glaubhaft machen kann, stünde der Wiedererteilung des Führerausweises jedenfalls aus charakterlichen Gründen nichts mehr entgegen. Die Beschwerde ist unbegründet.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches gutzuheissen ist, da seine Bedürftigkeit ausgewiesen scheint und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehr- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern, der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und dem Bundesamt für Strassen Sekretariat Administrativmassnahmen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi