Sachverhalt:
A. Der 1950 geborene S._ war als Office Manager der Firma M._ bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft (nachstehend: die Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er seiner Versicherung am 18. November 2002 melden liess, am 16. November 2002 einen Auffahrunfall erlitten zu haben. Die Zürich erbrachte die gesetzlichen Leistungen für die Folgen dieses Ereignisses. Nachdem Zweifel an der Redlichkeit des Versicherten aufgekommen waren, liessen die beteiligten Versicherungen ihn ab dem 30. März 2004 an verschiedenen Tagen durch Privatdetektive überwachen. Nach Einsicht in die Observationsberichte stellte die Zürich mit Verfügung vom 25. Juli 2006 und Einspracheentscheid vom 19. September 2006 ihre Leistungen rückwirkend per Unfalldatum ein und forderte einen Betrag von Fr. 257'255.85 für zu Unrecht erbrachte Leistungen und Abklärungskosten zurück, da der Versicherte seine gesundheitlichen Beschwerden simuliert habe.
B. Die von S._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn mit Entscheid vom 3. Juni 2008 in dem Sinne gut, als es die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheides an die Zürich zurückwies, damit diese im Sinne der Erwägungen erneut über das Leistungsbegehren entscheide. Das kantonale Gericht erwog namentlich, dass die Observationsberichte als Beweismittel nicht zulässig seien.
C. Mit Beschwerde beantragt die Zürich, ihr Einspracheentscheid vom 19. September 2006 sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides zu bestätigen; eventuell sei die Sache an das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn zurückzuweisen, damit dieses unter Berücksichtigung der Observationsberichte neu entscheide.
S._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde, eventuell seien gewisse Teile der Ermittlungsergebnisse aus der Überwachung für nicht verwertbar zu erklären. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das BGG unterscheidet in Art. 90 bis 93 zwischen End-, Teil- sowie Vor- und Zwischenentscheiden und schafft damit eine für alle Verfahren einheitliche Terminologie. Ein Endentscheid ist ein Entscheid, der das Verfahren prozessual abschliesst (<ref-law>), sei dies mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten, z.B. mangels Zuständigkeit. Der Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive und subjektive Klagehäufung) abschliessend befunden. Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiellrechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren. Vor- und Zwischenentscheide sind alle Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheid sind; sie können formell- und materiellrechtlicher Natur sein. Voraussetzung für die selbstständige Anfechtbarkeit materiellrechtlicher Zwischenentscheide ist gemäss <ref-law> zunächst, dass sie selbstständig eröffnet worden sind. Erforderlich ist sodann alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gut zu machenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Beschlägt ein Rechtsstreit verschiedene Aspekte, und wird - etwa aus prozessökonomischen Gründen - über einen dieser Aspekte vorab entschieden, so handelt es sich beim Entscheid der letzten kantonalen Instanz je nach Ausgang des Verfahrens um einen End- oder um einen Vorentscheid: Wird etwa bei mehreren kumulativ zu erfüllenden Anspruchsvoraussetzungen eine dieser Voraussetzungen vorab geprüft und verneint, so wird es sich beim kantonalen Entscheid in der Regel um einen Endentscheid handeln, der gemäss <ref-law> ohne weiteres anfechtbar ist. Wird demgegenüber von mehreren Anspruchsvoraussetzungen eine vorab bejaht, so handelt es sich beim kantonalen Entscheid um einen Vorentscheid (weitere Beispiele bei FELIX UHLMANN, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 4 zu <ref-law>), welcher vor Bundesgericht nur dann anfechtbar ist, wenn die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind.
1.3 Gelangt in einem Verwaltungsverfahren die Verwaltung zum Schluss, eine von mehreren kumulativ zu erfüllenden Anspruchsvoraussetzungen sei nicht erfüllt, so ist es zulässig, dass sie ihre Leistungspflicht verneint, ohne die anderen Anspruchsvoraussetzungen zu prüfen. Auch im daran sich allenfalls anschliessenden kantonalen Verwaltungsgerichtsverfahren wird in der Regel lediglich das Vorliegen dieser einen Anspruchsvoraussetzung geprüft (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 414). Könnte die Verwaltung einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid, wonach diese eine Voraussetzung erfüllt ist, nicht vor Bundesgericht anfechten, so hätte dies zur Folge, dass sie zur Prüfung der weiteren Anspruchsvoraussetzungen schreiten müsste und - sollten diese zu bejahen sein - gezwungen wäre, eine ihres Erachtens rechtswidrige, leistungszusprechende Verfügung zu erlassen. Diese könnte sie in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, den allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrigen Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung führen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.).
1.4 Mit Verfügung vom 25. Juli 2006 und Einspracheentscheid vom 19. September 2006 stellte die Beschwerdeführerin ihre Leistungen rückwirkend per Unfalltag ein und forderte die bereits erbrachten Leistungen zurück, da das Ereignis vom 16. November 2002 keine Beeinträchtigung der körperlichen oder geistigen Gesundheit des Versicherten zur Folge gehabt habe. Damit verneinte die Versicherung sinngemäss das Vorliegen eines Unfalles im Sinne von <ref-law>. Das kantonale Gericht hob den Einspracheentscheid auf, da die Observationsergebnisse der von der Beschwerdeführerin beauftragten Privatdetektive als Beweismittel unzulässig und daher nicht zu beachten seien. Aufgrund der übrigen Akten stellte es für die Versicherung verbindlich fest, dass der Versicherte beim Ereignis vom 16. November 2002 eine HWS-Distorsion erlitten hat, womit dieses Ereignis als Unfall zu qualifizieren sei. Die Sache wurde zur Prüfung der Frage, inwieweit die anhaltend geklagten Beschwerden noch in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang stehen, an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen. Das Vorliegen eines Unfallereignisses ist eine Anspruchsvoraussetzung unter anderen in Zusammenhang mit Leistungen der Unfallversicherung. Der kantonale Entscheid ist demnach als Vorentscheid zu qualifizieren. Hätte er Bestand, so wäre die Beschwerdeführerin unter Umständen gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen, womit sie offensichtlich einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erlitte (vgl. Urteil 8C_554/2007 vom 20. Juni 2008, E. 1.4). Auf ihre Beschwerde ist demnach einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Streitig ist der Anspruch des Beschwerdegegners auf Versicherungsleistungen aufgrund des Ereignisses vom 16. November 2002.
4. Die Beschwerdeführerin liess den Beschwerdegegner ab dem 30. März 2004 an verschiedenen Tagen durch Privatdetektive überwachen. Das kantonale Gericht hat erwogen, die Beschwerdeführerin als Versicherungsträger der obligatorischen Unfallversicherung dürfe mangels gesetzlicher Grundlage keine Überwachung einer versicherten Person durch einen Privatdetektiv in Auftrag geben. Daher seien die Ergebnisse der unzulässigen Observation als Beweismittel nicht verwertbar. Wie das Bundesgericht jedoch unlängst entschieden hat, besteht eine ausreichende gesetzliche Grundlage für eine durch einen Sozialversicherungsträger in Auftrag gegebene privatdetektivliche Observation im öffentlichen Raum (BGE 8C_807/2008 vom 15. Juni 2009 E. 4 f.). Somit sind die Ergebnisse der ab 30. März 2004 durchgeführten Observation des Beschwerdegegners grundsätzlich verwertbar.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin hat ihre Leistungen rückwirkend eingestellt und die Rückerstattung der erbrachten Leistungen verfügt. Eine rückwirkende Einstellung von Taggeld und Heilbehandlungsleistungen ist grundsätzlich zulässig, wenn auch einer Rückforderung von Leistungen, welche über ein rückwirkend festgelegtes Einstellungsdatum hinaus geleistet wurden, unter Umständen der Gesichtspunkt des Vertrauensschutzes entgegen steht (<ref-ruling> E. 6.8 S. 65).
5.2 Die Beschwerdeführerin hat ihre Leistungen rückwirkend auf den Unfalltag eingestellt. Damit macht sie sinngemäss geltend, der Versicherte habe am 16. November 2002 keinen Unfall erlitten oder er sei durch dieses Ereignis nicht verletzt worden. Dem Polizeirapport der Kantonspolizei Aargau vom 26. November 2002 ist jedoch zu entnehmen, dass der Versicherte am 16. November 2002 in eine Auffahrkollision verwickelt wurde und er sich bereits am Unfallort über Nackenschmerzen beklagte. Auffahrunfälle können insbesondere bei den Insassen des voranfahrenden Fahrzeugs zu schweren Verletzungen führen. Eine typische Verletzung bei Auffahrunfällen stellt ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule dar. Dieses kann gravierende gesundheitliche Folgen haben (<ref-ruling> E. 2.3 S. 143 mit weiteren Hinweisen). Einzig weil der Versicherte und seine Ehefrau ab 2004 durch Privatdetektive überwacht wurden und diese Überwachung ergab, dass er gegenüber der Versicherung falsche Angaben machte, kann nicht ausgeschlossen werden, dass der Beschwerdegegner am 16. November 2002 tatsächlich einen Gesundheitsschaden erlitten hat.
5.3 Die Beschwerde ist somit teilweise gutzuheissen, der Einsprache- und der kantonale Gerichtsentscheid sind aufzuheben und die Akten sind an die Beschwerdeführerin zurückzuweisen, damit diese - allenfalls nach weiteren Abklärungen - entscheide, wie lange der Versicherte nach dem Unfall vom 16. November 2002 an natürlich und adäquat kausal durch dieses Ereignis verursachten Beschwerden litt. Sie wird in diesen Entscheid die Ergebnisse der Observation grundsätzlich einbeziehen können, wobei sie zu prüfen haben wird, ob - wie vom Beschwerdegegner geltend gemacht - allenfalls gewisse Teile der Observationsberichte nicht verwertbar sind. Anschliessend wird sie über die Höhe des Rückerstattungsbetrages neu zu verfügen haben. In Betracht fällt bei den gegebenen Verhältnissen auch eine vergleichsweise Festlegung des Rückerstattungsbetrages (<ref-law>).
6. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner überdies eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Solothurn vom 3. Juni 2008 und der Einspracheentscheid der Zürich Versicherungs-Gesellschaft vom 19. September 2006 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Zürich Versicherungs-Gesellschaft zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 375.- und dem Beschwerdegegner Fr. 375.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1400.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Solothurn zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer