Fatti:
A. Nel corso del 1997 A._SA ha deciso l'ampliamento dello stabile di identica denominazione sito in Morbio Inferiore. Essa ha deliberato alla società italiana B._Snc i lavori di fornitura e posa della carpenteria metallica, delle facciate e delle pareti per la realizzazione di due corpi aggiuntivi. Per la posa dei vetri l'impresa italiana ha fatto capo a due altre ditte; ha invece curato direttamente i lavori di carpenteria metallica. I lavori sono terminati a fine febbraio 1998.
B. Il 2 marzo 2000, B._Snc ha convenuto A._SA avanti al Pretore della Giurisdizione di Mendrisio-Sud con un'azione volta a ottenere il pagamento di fr. 130'132.--, oltre interessi, così come il rigetto in via definitiva dell'opposizione interposta contro il corrispondente precetto esecutivo. L'importo dedotto in giudizio, poi aumentato in replica a fr. 135'999.50, corrisponde al saldo insoluto per i lavori eseguiti, maggiorato delle spese esecutive e di quelle legali legate alla vertenza nata di riflesso fra B._Snc e la ditta incaricata della posa dei vetri C._Snc.
Adducendo la grave difettosità dell'opera, soprattutto dei vetri, delle tapparelle inserite nei medesimi e dei loro motori, A._SA si è opposta alla petizione ed ha anzi postulato, in via riconvenzionale, la condanna di B._Snc al pagamento dell'importo di fr. 390'400.--, corrispondente al risarcimento dei costi di sostituzione di tutte le 88 vetrate posate e di altri danni scaturenti dai difetti menzionati, fra cui una perdita di introiti da locazione.
Con sentenza 20 novembre 2006 il Pretore, in applicazione delle norme del diritto italiano sul contratto d'appalto, ha accolto la petizione limitatamente all'importo di fr. 130'977.50, oltre interessi, mentre ha respinto la domanda riconvenzionale.
C. Adita dalla soccombente, il 7 gennaio 2008 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha modificato il giudizio pretorile sulla domanda riconvenzionale e condannato B._Snc al pagamento di fr. 42'290.--, oltre interessi.
In breve, la massima istanza ticinese ha parzialmente accolto la pretesa volta al rimborso dei costi di sostituzione delle vetrate e dei motori delle tapparelle ivi inserite, mentre ha respinto quella tendente al risarcimento per gli interventi necessari al risanamento globale delle vetrate (fr. 55'000.--) e quella di rifusione del danno corrispondente al minor valor locativo ottenibile dalla palestra.
D. L'11 febbraio 2008 A._SA ha presentato ricorso al Tribunale federale, postulando l'annullamento e la modifica della pronunzia cantonale nel senso dell'accoglimento integrale del suo appello e, di conseguenza, della condanna di B._Snc al pagamento di fr. 111'104.--, oltre interessi al 5 % dal 1° marzo 1999, così come al versamento di fr. 1'500.--, oltre interessi al 5 % dalla scadenza di ogni singola mensilità dal 1° aprile 1998 ad oggi; chiede inoltre l'adattamento delle spese di appello al nuovo esito della procedura.
Con risposta 7 aprile 2008 B._Snc ha proposto la reiezione in ordine e nel merito del ricorso, mentre il Tribunale d'appello ha rinunciato a presentare osservazioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
Siccome interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario, con un valore litigioso superiore a fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF), il gravame appare ammissibile, perlomeno sotto questo profilo.
2. Esso suscita infatti molte perplessità in punto alla sua motivazione.
2.1 Va preliminarmente ricordato che il caso di specie è di natura internazionale: l'opponente è un'impresa con sede in Italia, mentre la ricorrente ha sede in Svizzera.
Giusta l'<ref-law> se - come nella fattispecie in rassegna - le parti non hanno scelto il diritto applicabile, il contratto è regolato dal diritto dello Stato con il quale è più strettamente connesso, ovvero quello in cui la parte che deve eseguire la prestazione caratteristica ha la dimora abituale o la stabile organizzazione (<ref-law>). Dato che la ditta appaltatrice italiana è incontestabilmente la debitrice della prestazione contrattuale caratteristica (<ref-ruling> consid. 4 pag. 461), sia il Pretore che il Tribunale di appello hanno - rettamente - accertato l'applicabilità del diritto italiano (<ref-law>) ed in particolare delle norme sul contratto d'appalto, regolato all'art. 1655 segg. c.c. it.
Ciò rende d'acchito inconferenti gli argomenti che la ricorrente - pur non contestando l'applicabilità del diritto italiano - fonda sulle norme che disciplinano il contratto d'appalto nel diritto svizzero.
2.2 In virtù dell'art. 96 lit. b LTF, la corretta applicazione del diritto straniero designato dalle norme di diritto internazionale privato svizzero può essere unicamente esaminata nelle cause di natura non pecuniaria. In vertenze di natura pecuniaria, questa censura non è ammissibile. In tali casi, la decisione cantonale può essere impugnata con ricorso in materia civile unicamente per violazione dell'<ref-law>, ovvero per applicazione arbitraria del diritto straniero (<ref-law>), a condizione che il valore di lite di fr. 30'000.-- sia raggiunto (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1), ciò che si verifica in concreto, come dovutamente constatato dalla Corte cantonale (art. 112 cpv. 1 lit. d LTF).
Questo significa che nel presente giudizio il Tribunale federale esaminerà le censure dirette contro l'applicazione del diritto italiano solo nell'ottica dell'arbitrio, ovviamente nella misura in cui ogni singola censura rispetti le esigenze di motivazione esposte qui di seguito.
2.3 In applicazione dell'<ref-law>, il Tribunale federale esamina la pretesa violazione di diritti fondamentali soltanto se tale censura è stata espressamente invocata e motivata. Come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lit. b OG, le cui esigenze restano determinanti per le censure sottoposte al principio dell'allegazione secondo l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 pag. 639), il ricorrente che lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione precisa, che la decisione impugnata si fonda su un'applicazione della legge od un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 262).
Il mancato rispetto di queste esigenze di motivazione conduce all'inammissibilità della censura (<ref-ruling> consid. 2 pag. 591 seg.).
2.4 Prima di procedere al vaglio del gravame, occorre ancora rammentare che in linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene solo se esso è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> (<ref-law>).
La definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrio giusta l'art. 90 cpv. 1 lit. b OG (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39). Ne discende che la corrispondente censura va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (<ref-law>; cfr. quanto già esposto al consid. 2.3).
3. In concreto, la ricorrente rimprovera in primo luogo all'opponente di averle fornito un'opera con caratteristiche difformi da quelle pattuite contrattualmente ed inutilizzabile senza un intervento globale di risanamento. Si avvale, a tal fine, di una rilettura della perizia dell'ing. D._. Ammette invero che fu la committenza a scegliere il prodotto poi utilizzato (Velthec con vetri trasparenti), ma precisa che l'appaltatrice (così come le due subappaltatrici) era perfettamente in chiaro sulla destinazione dell'opera. A suo dire, spettava allora all'opponente, in applicazione dell'<ref-law>, rispettivamente dell'art. 1669 c.c.it. - e, in subordine, dell'art. 1667 c.c.it. - farle presente ch'era impossibile realizzare l'opera così come da lei ordinata.
3.1 La Corte cantonale ha trattato la censura relativa all'erronea concezione delle vetrate ed alla pretesa risarcitoria di fr. 55'000.-- evidenziando come tale "pretesa, volta in sostanza alla rifusione del minor valore costituito dalle spese per il risanamento globale dell'opera, [sia] proceduralmente irrita, essendo stata formulata per la prima volta solo in sede di appello (<ref-law>)". Poco importa - hanno precisato i magistrati d'appello - che tale necessità sia apparsa solo a seguito dell'allestimento della perizia; in virtù del diritto processuale cantonale il giudice deve tener conto di fatti venuti alla luce nel corso dell'istruttoria solo se gli stessi erano stati precedentemente allegati dalle parti, ciò che in concreto non è avvenuto. Né è stata formulata una domanda di restituzione in intero ai sensi dell'art. 80 cpv. 1 lit. b CPC/TI.
3.2 La critica che la ricorrente propone in sede federale contro la decisione cantonale su questo punto appare inconferente: pretendendo (unicamente) che la perizia D._, correttamente riletta, porti a riconoscere la responsabilità dell'opponente per l'integrale difettosità dell'opera, la ricorrente omette di confrontarsi con l'argomentazione della Corte ticinese, che ha ritenuto tardiva ogni pretesa scaturente da un tale difetto "progettuale", lasciando peraltro esplicitamente aperta la questione della responsabilità relativa alla progettazione.
Poiché la sentenza si fonda sul diritto processuale cantonale (art. 321 cpv. 1 lit. b CPC/TI), la cui applicazione viene riesaminata dal Tribunale federale soltanto qualora tale censura sia stata sollevata e motivata (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 466; cfr. infra consid. 4.3), la ricorrente avrebbe dovuto criticare puntualmente l'argomentazione dei giudici ticinesi, secondo le modalità già indicate al consid. 2.3. Ma ciò non è avvenuto. Già per questa ragione la censura è inammissibile.
3.3 In ogni caso, anche considerate per quanto possibile singolarmente, le sue censure non appaiono sufficientemente ed adeguatamente motivate (sul destino da riservare a censure, come nel presente caso, irritamente coacervate si veda <ref-ruling> consid. 2a pag. 747 in precisazione della <ref-ruling> pag. 93). La ricorrente opera una rilettura puramente appellatoria della perizia D._, senza neppure indicare se voglia trattarsi di una questione di fatto o di diritto. Quanto al diritto, la ricorrente discute abbondantemente la normativa svizzera e la relativa giurisprudenza; tuttavia, come già precisato e ben rammentato anche dall'opponente, il diritto svizzero non è applicabile né la ricorrente ha sollevato la censura di un'arbitraria applicazione del diritto estero (cfr. quanto esposto ai consid. 2.2 e 2.3).
3.4 Su questo punto il ricorso deve quindi essere dichiarato inammissibile per carente motivazione.
4. Nella seconda parte del gravame la ricorrente critica - per quanto sia dato di comprendere - la decisione della Corte cantonale di obbligare l'opponente alla rifusione delle spese connesse con la riparazione di soli 17 motori elettrici delle tapparelle (invece che al rimborso dei costi causati dalla sostituzione di tutti gli 88 motori, preteso dalla ricorrente) e con la sostituzione di sole 27 delle 88 vetrate asseritamente difettose. Correttamente letta, a suo dire, la perizia D._ avrebbe constatato come "l'intero sistema elettrico inerente ai motori fosse carente e non eseguito a regola d'arte". Quanto alle vetrate, l'insorgere di sempre nuove rotture sarebbe prova chiara non solo della difettosità delle singole parti dell'opera, ma anche della sua lapalissiana difettosità a livello progettuale. Decidendo come ha fatto, la Corte cantonale avrebbe dunque "applicato erroneamente le norme vigenti sul contratto d'appalto, di cui agli art. 363 e segg. CO" ed accertato in modo inesatto i fatti. Discostandosi dalla perizia senza spiegarne i motivi, i giudici ticinesi avrebbero inoltre violato l'<ref-law>/TI così come il diritto di essere sentiti, e pronunciato una sentenza arbitraria nel risultato, contrariamente a quanto postulato all'<ref-law>
4.1 Diversamente dal giudice di prime cure, che aveva ammesso (quasi) integralmente la petizione e respinto tutte le pretese risarcitorie avanzate dalla qui ricorrente, il Tribunale di appello ha posto a carico dell'opponente una parte dei costi di riparazione dei motori elettrici di azionamento delle tapparelle (in ragione dei 17 motori rumorosi e della spesa per il parziale ripristino del sistema di regolazione generale elettrica) e di 27 vetrocamere (comprese le 10 già sostituite), più precisamente "quelle cioè nelle quali le lamelle non scorrono nell'intercapedine [...] e quelle le cui lamelle si deformano quando movimentate", il tutto per un importo totale, spese accessorie e manodopera comprese, di fr. 42'290.--. I giudici cantonali hanno fondato le loro conclusioni sulla perizia, sui suoi allegati e sul complemento di perizia.
4.2 Ora, per suffragare la propria tesi della difettosità delle singole parti dell'opera, dinanzi al Tribunale federale la ricorrente adduce il verificarsi di sempre nuove rotture di vetri, da lei regolarmente notificate all'opponente in forma scritta; la penultima lettera è di tre giorni antecedente all'inoltro del presente ricorso mentre l'ultima è stata trasmessa in copia anche al Tribunale federale, quando la procedura ricorsuale era già pendente. La ricorrente giustifica questo modo di procedere con l'<ref-law>: a suo modo di vedere, il fatto di aver da subito affermato che i difetti continuavano a manifestarsi e che la Corte cantonale abbia accolto solo parzialmente le sue richieste risarcitorie, l'autorizzerebbe ad avvalersi di tale eccezione.
Questa tesi non può essere seguita. Come già spiegato, avanti al Tribunale federale i fatti rilevanti ai fini del giudizio sono quelli accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>; cfr. quanto esposto al consid. 2.4). Si possono addurre nuovi fatti o proporre nuovi mezzi di prova solo a condizione che ne abbia dato motivo la decisione dell'autorità inferiore (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3 pag. 395). Tale è il caso, fra l'altro, qualora l'istanza inferiore proponga una nuova ed inattesa argomentazione giuridica (cfr. sentenza inedita del 18 febbraio 2008 nella causa 4A_36/2008, consid. 4.1; Ulrich Meyer in: Basler Kommentar, n. 45-47 art <ref-law>; Nicolas von Werdt in: Kommentar zum BGG, Berna 2007, n. 6 ad <ref-law>). Nella fattispecie in rassegna, nulla di ciò è avvenuto, essendosi il Tribunale di appello limitato ad esaminare e respingere alcune delle pretese avanzate dalla ricorrente. Il suo tentativo di aggiornare e di estendere ripetutamente l'oggetto del litigio - perché di ciò invero si tratta - non adempie manifestamente alle condizioni poste dall'<ref-law>, già perché tal modo di procedere scardinerebbe il principio sancito dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2.1).
I nuovi danni asseritamente verificatisi dopo l'emanazione della decisione impugnata ed i nuovi documenti prodotti in proposito non vengono pertanto tenuti in nessuna considerazione.
4.3 Fra le norme di cui si può far valere la violazione avanti al Tribunale federale in applicazione dell'<ref-law>, quelle di diritto cantonale sono limitate a quelle sui diritti costituzionali cantonali e a quelle in materia di diritti di voto dei cittadini (art. 95 litt. c-d LTF). Per contro, l'applicazione di norme di rango legislativo non può essere rivista dal Tribunale federale se non nell'ottica del divieto d'arbitrio o della violazione di un altro diritto costituzionale (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 466); censure in tal senso devono soddisfare le esigenze poste dall'<ref-law> (cfr. quanto esposto al consid. 2.3). In tale contesto, il Tribunale federale stabilisce unicamente se l'interpretazione della norma cantonale fatta dall'istanza inferiore sia sostenibile (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 18 con rinvio).
L'<ref-law>/TI - richiamato nel gravame - rammenta che il giudice non è vincolato dall'opinione dei periti, bensì pronuncia secondo la propria convinzione. Ciò è esattamente quanto avvenuto, sicché mal si comprende l'apodittico richiamo della ricorrente all'<ref-law>/TI. Comunque, limitandosi a riproporre la propria lettura della perizia, senza indicare con precisione su quali punti la Corte cantonale se ne sarebbe discostata senza sufficiente spiegazione e senza neppure invocare una violazione del divieto d'arbitrio, essa non ha sollevato né tanto meno motivato la censura di arbitraria applicazione dell'<ref-law>/TI conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law>, rammentate al consid. 2.3.
4.4 Nella misura in cui la medesima censura è riproposta con generico richiamo al diritto di essere sentito, senza puntuale riferimento ad una precisa norma di diritto costituzionale e senza spiegazione alcuna circa la nemmeno pretesa impossibilità di capire la decisione impugnata e di attaccarla con cognizione di causa (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 88 con rinvii), essa è parimenti insufficientemente motivata e dunque inammissibile.
4.5 La censura di arbitrio, poi, formulata in maniera generica e motivata con il fatto che con la sua decisione la Corte ticinese solleva l'opponente da ogni responsabilità mentre la committente viene condannata al pagamento della mercede ancorché in possesso di un'opera crassamente difettosa, configura una mera critica appellatoria, ancora una volta inammissibile.
4.6 Anche su questo punto il gravame risulta pertanto inammissibile per carente motivazione.
5. La ricorrente si oppone infine al mancato riconoscimento di un risarcimento per il minor valore dell'opera relativamente alla perdita di guadagno, e meglio per l'intervenuta impossibilità di operare un aumento della pigione della palestra. A suo dire, l'audizione del direttore della palestra avrebbe confermato una richiesta in tal senso della ricorrente; il perito avrebbe accertato l'impossibilità di un pieno utilizzo della palestra e, dunque, il minor valore locativo dell'opera. La ricorrente ritiene pertanto di aver quantificato nella misura del possibile il danno subito, non potendosi - trattandosi di un mancato guadagno - pretendere di più. Il Tribunale di appello avrebbe allora dovuto procedere ad una stima del danno ex <ref-law> rispettivamente art. 1226 c.c.it.
5.1 La Corte cantonale ha ritenuto di non poter applicare l'<ref-law> - né l'analogo art. 1226 c.c.it. - poiché tali norme sarebbero riservate ai casi in cui il danno non abbia potuto essere dimostrato "per la mancanza di prove sull'entità esatta del pregiudizio o per l'impossibilità di esigere ragionevolmente l'assunzione delle prove necessarie". Le stesse norme non sarebbero invece applicabili "quando sarebbe stato possibile fornire l'esatta prova del pregiudizio subito". Nel caso concreto - hanno proseguito i giudici ticinesi - la ricorrente avrebbe potuto quantificare e dimostrare, sulla scorta delle pezze giustificative senz'altro in suo possesso in quanto locatrice della palestra, gli eventuali importi trattenuti dalla conduttrice.
I giudici cantonali hanno considerato la negligenza della qui ricorrente tanto più incomprensibile, se si pon mente al fatto che la locatrice e la conduttrice della palestra erano amministrate dalla stessa persona fisica.
5.2 Da quanto è dato capire, la ricorrente non contesta di non aver apportato la prova diretta del danno subito. Essa sostiene piuttosto che, contrariamente a quanto ritenuto nella sentenza cantonale, il suo caso ricada fra quelli in cui una prova diretta sarebbe stata impossibile. La sua critica è dunque rivolta contro l'applicazione dell'art. 1226 c.c.it.
5.2.1 Ancora una volta, la sua censura potrebbe venir dichiarata inammissibile già per carente motivazione. Disattendendo le più elementari esigenze di motivazione (esposte ai consid. 2.2 e 2.3 ), la ricorrente nemmeno invoca la violazione di un diritto costituzionale, segnatamente del divieto d'arbitrio (cfr <ref-ruling> consid. 2 in fine pag. 592).
5.2.2 Nel merito, comunque, la critica è manifestamente infondata.
La tesi secondo la quale la ricorrente non ha potuto fornire la prova diretta del danno patito perché il nuovo contratto di locazione era "ancora in via di definizione dettagliata, posto come l'opera non fosse ancora stata consegnata" e "l'accordo intercorso fra le parti era di natura verbale" è infatti contraddetta dagli accertamenti contenuti nella sentenza impugnata, sui quali il Tribunale federale fonda il proprio ragionamento giuridico (<ref-law>; cfr. quanto esposto al consid. 2.4), visto che la ricorrente non li ha contestati. Ora, nella sentenza impugnata la II Camera civile del Tribunale d'appello riferisce di un contratto di locazione, versato agli atti sub doc. 23, dal quale risulta che in data 23 marzo 1998, e dunque poco dopo la fine dei lavori di ampliamento dello stabile, la ricorrente e la conduttrice della palestra avevano concluso un nuovo contratto valido a decorrere dal 1° aprile 1998, che prevedeva una pigione mensile di fr. 10'000.--. A seguito dei problemi verificatisi, il direttore della conduttrice - sentito quale teste - ha tuttavia rifiutato di corrispondere la nuova pigione, fintanto che la situazione non fosse stata sistemata, e ha operato una riduzione di circa fr. 3'000,--/4'000.-- al mese.
In queste circostanze, come rileva rettamente l'opponente nelle proprie osservazioni, la ricorrente-locatrice avrebbe potuto facilmente indicare, con precisione al centesimo, la perdita subita raffrontando la pigione pattuita con gli importi effettivamente versati dalla conduttrice. Sulla base del nuovo contratto di locazione, i mancati introiti di cui la ricorrente chiede il risarcimento rappresentano un danno concreto perfettamente quantificabile e non, come essa erroneamente pretende, un mancato guadagno soltanto stimabile. Il rifiuto del Tribunale d'appello di procedere ad una stima del danno in applicazione dell'art. 1226 c.c.it. non configura pertanto una decisione arbitraria.
6. In conclusione, il ricorso dev'essere respinto nella limitata misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 6'000.-- sono poste a carico della ricorrente con l'obbligo di rifondere all'opponente fr. 7'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.