Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) erhob beim Bezirksgericht Pfäffikon negative Feststellungsklage nach <ref-law> mit dem Begehren, es sei das Nichtbestehen von Forderungen im Gesamtbetrag von Fr. 48'564.25 festzustellen. Im Einzelnen handelte es sich um die Beträge von Fr. 22'926.20, Fr. 5'263.60, Fr. 2'631.80, Fr. 28.35, Fr. 650.85, Fr. 13'567.40, Fr. 3'396.10, Fr. 7.10, Fr. 996.85, für welche sie von der Y._ GmbH, A._ und B._ (Beschwerdegegner) in drei Betreibungen des Betreibungsamtes Lindau/ZH betrieben worden war (Betreibungen Nrn. 111._, 222._ und 333._). Zudem stellte sie den Antrag, diese Betreibungen seien vorläufig einzustellen.
Nach Eingang der schriftlichen Klageantwort und Durchführung der Hauptverhandlung wies die Einzelrichterin im beschleunigten Verfahren des Bezirksgerichts Pfäffikon mit Verfügung vom 18. November 2010 das Begehren um vorläufige Einstellung der Betreibungen Nrn. 111._, 222._ und 333._ des Betreibungsamtes Lindau/ZH ab.
Dagegen rekurrierte die Beschwerdeführerin an das Obergericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, die besagten Betreibungen vorläufig einzustellen. Mit Beschluss vom 15. März 2011 merkte das Obergericht vor, dass das vorsorgliche Massnahmebegehren auf vorläufige Einstellung der Betreibung Nr. 111._ des Betreibungsamtes Lindau gegenstandslos geworden ist. Es schrieb daher das Verfahren bezüglich der Betreibung Nr. 111._ als gegenstandslos geworden ab. Im Übrigen wies es den Rekurs ab und bestätigte die angefochtene Verfügung.
B. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, in Abänderung des Beschlusses des Obergerichts vom 15. März 2011 seien die von den Beschwerdegegnern 2 und 3 eingeleiteten Betreibungen des Betreibungsamtes Lindau (Nrn. 222._ und 333._) vorläufig einzustellen.
Die Beschwerdegegner schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Entscheid, mit dem die vorläufige Einstellung der Betreibungen gemäss <ref-law> abgelehnt wurde. Ein solcher Massnahmeentscheid gilt als Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Dagegen ist die Beschwerde nur zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Entscheid in der Zukunft nicht mehr behoben werden kann (<ref-ruling> E. 3.1 S. 86 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung wurde bis anhin bei Zwischenentscheiden, mit denen vorsorgliche Massnahmen erlassen bzw. verweigert wurden, ein nicht wieder gutzumachender Nachteil regelmässig bejaht (betreffend vorläufige Einstellung der Betreibung: Urteile 4D_68/2008 vom 28. Juli 2008 E. 1.1; 5P.69/2003 vom 4. April 2003 E. 4.1.1; vgl. auch BODMER/BANGERT, in: Basler Kommentar zum SchKG, 2. Aufl. 2010, N. 28b zu <ref-law>). Wie das Bundesgericht erst kürzlich festhielt, fordert es nunmehr, dass der Beschwerdeführer, der einen Massnahmeentscheid beim Bundesgericht anficht, in der Beschwerdebegründung aufzeigt, inwiefern ihm im konkreten Fall ein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur droht (BGE Urteil 4A_178/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1.1). Es entspricht denn auch konstanter Rechtsprechung zu <ref-law>, dass der Beschwerdeführer im Einzelnen darzulegen hat, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach dieser Bestimmung erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 429; <ref-ruling> E. 2.3.1 und E. 2.4.2 S. 634).
Die Beschwerdeführerin äussert sich mit keinem Wort zur Frage der Eintretensvoraussetzungen und namentlich nicht zum Erfordernis des nicht wieder gutzumachenden Nachteils. Es ist daher bereits aus diesem Grund fraglich, ob auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Auf die Beschwerde kann indessen aus einem weiteren Grund ohnehin nicht eingetreten werden:
Entscheide betreffend vorläufige Einstellung der Betreibung nach <ref-law> sind Entscheide über vorsorgliche Massnahmen (<ref-ruling> E. 2c). Bei solchen Entscheiden kann vor Bundesgericht nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (<ref-law>; Urteil 5A_534/2010 vom 28. Oktober 2010 E. 1, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die Verletzung dieser Rechte kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444 f.; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2 S. 591 f.).
Die Beschwerdeführerin macht keine Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend. Sie erhebt damit keine statthaften Beschwerdegründe, weshalb sich ihre Beschwerde als unzulässig erweist. Demnach ist nicht darauf einzutreten.
3. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren insgesamt mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juli 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Hotz