Faits:
A. De la mi-mars 2003 au 3 octobre 2004, Y._ a travaillé comme femme de chambre et lingère dans un hôtel propriété de X._ Sàrl, dont A._ était le directeur et B._ le chef du personnel. Entre mars et mai 2004, Y._ s'est dans ce cadre aussi occupée de la réfection de chaises de l'hôtel avec C._.
B. Le 7 novembre 2005, Y._ a saisi la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Broye d'une demande tendant au paiement par A._ de 30'000 fr. bruts à titre de salaires impayés. L'action a été rejetée en première et seconde instances cantonales, faute de qualité pour défendre de A._.
Le 7 février 2008, Y._ a ouvert une nouvelle action devant la Chambre des prud'hommes, dirigée cette fois contre X._ Sàrl. Elle concluait au paiement de 29'920 fr. bruts de salaires dus à divers titres. X._ Sàrl a contesté avoir été liée à Y._ par un quelconque contrat. La Chambre des prud'hommes a ordonné la production du dossier de la première procédure et entendu Y._ et A._. Par jugement du 15 mai 2008, ladite autorité, considérant que les parties avaient été liées par un contrat de travail et que X._ Sàrl avait sans justes motifs résilié le contrat avec effet immédiat, a admis la demande et condamné X._ Sàrl à payer à Y._ le montant de 29'920 fr. bruts avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er décembre 2004.
X._ Sàrl a interjeté un appel cantonal, en produisant diverses pièces et en demandant l'audition des témoins B._ et C._. Par arrêt du 18 novembre 2008 rendu sans débats, le Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, IIe Cour d'appel civil, a rejeté la requête d'audition des témoins et refusé de prendre en compte les nouvelles pièces pour cause de production tardive puis, statuant sur le fond, a rejeté le recours et confirmé le jugement du 15 mai 2008.
C. X._ Sàrl (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement au rejet de l'action, avec suite de frais et dépens. Y._ (l'intimée) a proposé le rejet du recours, sous suite de dépens.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière civile est recevable contre les décisions prises par l'autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), soit en l'espèce le Tribunal cantonal. Dans la mesure où la recourante critique le jugement de la Chambre des prud'hommes, son recours est irrecevable.
Le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel (cf. <ref-law>). Le recourant peut le cas échéant se plaindre d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire dans l'application du droit cantonal; ce grief n'est toutefois examiné que s'il est expressément invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3). En l'espèce, la recourante ne soulève pas un tel grief; en tant qu'elle critique l'application du droit de procédure cantonal, son recours est donc également irrecevable.
Enfin, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Si la partie recourante entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 6.2). Pour satisfaire à ces exigences de motivation, il ne suffit pas de relever, à l'instar de la recourante, que le grief de violation du droit d'être entendu implique nécessairement que les faits n'ont pas été constatés de manière complète et qu'ils l'ont été arbitrairement. Pour le surplus, la Chambre des prud'hommes a retenu que le contrat de travail avait été résilié avec effet immédiat, constatation de fait qui ne semble pas avoir été contestée en instance d'appel et que le Tribunal cantonal a implicitement reprise dès lors qu'il a confirmé la condamnation au paiement du salaire jusqu'à fin décembre 2004, date de l'échéance du délai de congé. Dans la mesure où la recourante objecte qu'il n'existe pas suffisamment d'éléments pour retenir que le congé a été signifié avec effet immédiat, sans démontrer que la constatation de l'autorité cantonale est arbitraire, son grief est derechef irrecevable.
2. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. (droit d'être entendu) et de l'<ref-law> (fardeau de la preuve), au motif que le Tribunal cantonal n'a pas procédé à l'audition de C._, qui avait soutenu être l'employeur de l'intimée, ainsi que de B._, responsable du personnel de l'hôtel.
Le Tribunal cantonal a notamment relevé que le directeur A._, tout en contestant que la recourante avait engagé l'intimée, avait admis que c'était la recourante qui engageait le personnel de l'hôtel, que B._, dans le procès contre A._, avait déclaré avoir engagé l'intimée au nom de la recourante, enfin que l'intimée avait travaillé comme femme de chambre dans l'hôtel. En déduire qu'un contrat de travail avait été conclu entre la recourante et l'intimée ne prête pas le flanc à la critique.
Suite à une appréciation anticipée des preuves, le Tribunal cantonal a estimé les auditions requises inaptes à modifier cette appréciation. A ce sujet, il sied de relever que B._ s'était déjà prononcée sur la question litigieuse dans le cadre de la première procédure. Pour ce qui concerne C._, il apparaît pour le moins curieux que ce tapissier-décorateur octogénaire ait engagé l'intimée pour qu'elle travaille comme femme de ménage dans l'hôtel de la recourante; en outre, c'est dans le contexte du procès contre son ami A._ qu'il a déclaré avoir engagé l'intimée. Au vu de ces éléments, c'est sans arbitraire que le Tribunal cantonal a estimé l'audition de ces deux personnes inaptes à le conduire à une autre appréciation des faits.
3. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimée sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:le
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 4 mai 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz