Faits :
A. Le 17 mars 2005, la Direction générale des douanes (DGD) est entrée en matière sur une demande d'entraide formée le 23 décembre 2004 par le Procureur de Munich (Leitender Oberstaatsanwalt München II), et a ordonné la saisie, à concurrence de 688'933 Euros, de deux comptes bancaires détenus par la société X._ SA auprès de la Banque A._ de Lausanne et de la Banque B._ de Fribourg. Le montant séquestré correspondait à une créance compensatrice équivalant à une soustraction fiscale en matière de droits de douane. Les montants séquestrés ont ensuite été réduits à 91'329 Euros et 4'419 fr. Le recours de droit administratif formé par X._ SA contre ces décisions a été déclaré irrecevable par arrêt du 23 août 2005 (cause 1A.162/2005), faute de préjudice irréparable.
Par décision de clôture du 8 janvier 2007, la DGD a décidé de transmettre les fonds à l'autorité requérante, sous réserve de l'entrée en force d'un jugement de l'autorité pénale allemande portant sur le recouvrement de la créance compensatrice.
B. Par arrêt du 10 mai 2007, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a partiellement admis le recours formé par X._ SA et annulé la décision de clôture (ch. 1 du dispositif): la demande d'entraide ne tendait qu'au blocage des fonds, et non à leur remise, de sorte que la DGD avait statué ultra petita. Les mesures de saisie ont en revanche été maintenues (ch. 2): une remise des fonds à titre de créance compensatrice était impossible en vertu de l'<ref-law>, faute notamment de connexité entre les fonds saisis et l'infraction reprochée. Elle n'était pas possible non plus sur la base des <ref-law>, en raison du caractère fiscal de l'infraction. Toutefois, elle pouvait être envisagée en application de la Convention 141 relative au blanchiment, au dépistage, à la saisie et à la confiscation des produits du crime (CBl); selon l'art. 13 ch. 1 let. b CBl, il n'était pas exclu que l'Etat requérant demande aux autorités suisses de prononcer une confiscation fondée sur l'<ref-law>. Conformément à l'obligation de célérité, les autorités allemandes devaient être invitées à formuler une telle demande dans le délai d'une année, faute de quoi les séquestres seraient levés.
C. Cet arrêt fait l'objet de deux recours en matière de droit public, tendant à l'annulation du ch. 2 du dispositif de l'arrêt de la Cour des plaintes et à la levée des mesures de séquestre. L'un est formé par X._ SA qui invoque l'absence d'entraide judiciaire en matière fiscale, la violation de la garantie de la propriété et de la présomption d'innocence, et l'inapplicabilité de la CBl; l'autre émane de l'OFJ, agissant pour le Département fédéral de justice et police, qui estime que le droit suisse de l'entraide ne permettrait pas une remise des fonds à titre de créance compensatrice pour une infraction fiscale.
La Cour des plaintes s'en rapporte sur la recevabilité des recours et persiste dans les termes de son arrêt. La DGD conclut au rejet des recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Les recours sont formés contre un même arrêt, pour des motifs semblables. Il convient de les joindre afin qu'il soit statué par un même arrêt.
1. Les recours sont formés contre un même arrêt, pour des motifs semblables. Il convient de les joindre afin qu'il soit statué par un même arrêt.
1.1 Les recours sont dirigés contre un arrêt par lequel la Cour des plaintes a annulé une décision de clôture et de remise de valeurs et a maintenu des mesures de saisie. Il ne s'agit donc pas d'une décision qui met fin à la procédure d'entraide judiciaire, mais d'une décision incidente. Les recours ne sont donc recevables qu'aux conditions de l'<ref-law>: il doivent porter notamment sur une saisie d'objet ou de valeurs (ce qui est le cas en l'occurrence), et doivent satisfaire aux conditions alternatives posées à l'art. 93 al. 1 let. a et b LTF.
Il est douteux que la décision attaquée cause à la recourante X._ SA un préjudice irréparable; le Tribunal fédéral l'a nié dans son arrêt 1A.162/2005 concernant la saisie des comptes par la DGD. Par ailleurs, cette même condition ne saurait s'appliquer au recours formé par l'OFJ. En revanche, il apparaît que l'admission du recours pourrait conduire à une décision finale (par hypothèse de refus de l'entraide) et permettrait d'éviter une procédure longue et coûteuse: l'arrêt attaqué fixe un délai d'une année aux autorités allemandes pour présenter une demande d'entraide, après quoi l'autorité suisse devrait ouvrir une procédure interne tendant au prononcé d'une créance compensatrice. Il n'est pas souhaitable d'attendre la fin de ce processus pour se prononcer sur l'admissibilité des mesures provisoires ordonnées dans cette perspective. Il convient donc d'entrer en matière.
1.2 Selon l'<ref-law> (également applicable aux recours dirigés contre une décision incidente (arrêt 1C_144/2007 du 8 juin 2007), le recours en matière de droit public n'est recevable que s'il a pour objet, notamment, une saisie, le transfert d'objets ou de valeurs ou la transmission de renseignements concernant le domaine secret. Il doit en outre s'agir d'un cas particulièrement important. Le cas est particulièrement important notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves. L'emploi de l'adverbe notamment indique que ces motifs d'entrée en matière ne sont pas exhaustifs. Le Tribunal fédéral peut en effet être appelé à intervenir lorsqu'il s'agit de trancher une question juridique de principe, ou lorsque l'instance précédente s'est écartée de la jurisprudence suivie jusque-là (arrêt 1C_152/2007 du 15 juin 2007).
En l'occurrence, la cause porte sur le maintien de mesures de saisie provisoire en vue d'une remise des fonds à l'autorité étrangère, à titre de créance compensatrice en rapport avec une infraction fiscale. La question de savoir si une telle remise est possible, au regard du droit interne et de la CBl, constitue une question juridique de principe justifiant l'intervention du Tribunal fédéral, selon la procédure ordinaire de l'<ref-law>.
1.3 L'OFJ a qualité pour recourir (art. 25 al. 3 et 80h let. a EIMP), en tant qu'autorité de surveillance en matière d'entraide judiciaire pénale (<ref-law>). La recourante a également qualité pour agir, en tant que titulaire des comptes soumis aux mesures provisoires (<ref-law> et 9a let. a OEIMP).
2. La Cour des plaintes a considéré qu'une remise des fonds aux autorités allemandes en tant que créance compensatrice serait impossible en application de l'<ref-law>. D'une part, les fonds n'étaient ni le produit ni l'instrument de l'infraction: il n'y avait aucune connexité entre les valeurs séquestrées et les infractions reprochées. D'autre part, contrairement à ce que prévoit l'<ref-law>, une procédure de recouvrement d'une créance compensatrice fondée sur l'<ref-law> instituerait un privilège en faveur de l'Etat étranger et ne permettrait pas aux autres créanciers de faire valoir leurs droits. Les <ref-law>, permettant l'exécution d'un jugement étranger, seraient également inapplicables, l'<ref-law> limitant la coopération en matière fiscale à la troisième partie de la loi. Ces considérations, remises en cause par la DGD dans sa réponse aux recours, ne sont pas contestées par les recourants.
Ceux-ci estiment en revanche que la CBl ne permettrait pas d'instituer une procédure sui generis en faveur d'un Etat étranger afin de recouvrer une créance d'ordre fiscal. La convention ne serait pas d'application immédiate. Son art. 13 par. 1 imposerait aux Etats parties d'adopter une réglementation permettant l'exécution des décisions de confiscation. Or, les art. 74a et 94 ss EIMP satisferaient à cette exigence, sauf dans le domaine fiscal, expressément exclu par le législateur en vertu de l'<ref-law>. La DGD pourrait certes entreprendre une procédure fondée sur l'<ref-law>, mais il faudrait pour cela qu'il existe une compétence répressive en vertu des art. 3 à 7 CP. Or, l'OFJ indique avoir rejeté, le 17 mars 2006, une demande des autorités allemandes tendant à déléguer à la Suisse la poursuite pénale; ce refus était fondé sur l'<ref-law>. De toute manière, l'autorité ne pourrait, dans ce cadre, faire usage des mesures provisoires prévues par l'EIMP. X._ SA soutient en outre que ses représentants n'auraient pas commis d'escroquerie fiscale en participant eux-mêmes à la falsification de documents. Le maintien du séquestre serait disproportionné. Les droits des tiers, soit les établissements bancaires disposant de prétentions sur les fonds, ne seraient pas pris en compte.
2.1 La Convention européenne no 141 relative au blanchiment, au dépistage, à la saisie et à la confiscation des produits du crime (ci-après: CBl ou la Convention 141, RS 0.311.53), entrée en vigueur le 1er septembre 1993 pour la Suisse, vient compléter la CEEJ en améliorant la coopération internationale en matière d'investigations (art. 8 à 10), de séquestre (art. 11 et 12) et de confiscation de valeurs patrimoniales d'origine délictueuse (art. 14 à 17). Elle fixe un standard minimum de mesures à prendre au niveau national (chapitre II) et pose le principe d'une coopération la plus large possible à tous les stades de la procédure pénale (chapitre III). Ces différentes mesures sont ordonnées conformément au droit interne (art. 9 s'agissant des mesures d'investigation, 12 par. 1 s'agissant des mesures provisoires et 14 par. 1 s'agissant de la confiscation), ce dernier étant également applicable lorsqu'il pose des conditions plus favorables à l'entraide (<ref-ruling> consid. 2c; 134 consid. 5).
Au sens de la Convention, le terme confiscation désigne une peine ou une mesure ordonnée par un tribunal à la suite d'une procédure portant sur une ou des infractions pénales, peine ou mesure aboutissant à la privation permanente du bien (art. 1 let. d). Selon l'art. 13 CBl, l'Etat saisi d'une demande de confiscation de la part de l'Etat requérant peut ou bien exécuter la décision de confiscation émanant d'un tribunal de cet Etat (par. 1 let. a), ou bien engager une procédure indépendante de confiscation selon son droit interne, en vue de la remise à l'Etat requérant (par. 1 let. b et par. 2). Les procédures permettant d'obtenir et d'exécuter la confiscation au sens de cette disposition, sont régies par le droit de l'Etat requis (art. 2 par. 1, 14 par. 1; cf. aussi l'art. 15). La partie requise a ainsi le libre choix entre les deux possibilités prévues par la Convention (Message du 19 août 1992, FF 1992 VI p. 8 ss, 13), mais celle-ci ne contient aucune disposition qui serait d'application directe et qui serait destinée à se substituer au droit national ou à le compléter (idem, p. 32).
2.2 Le droit suisse répond aux exigences de la convention en prévoyant, d'une part, la remise des instruments ou du produit du crime (<ref-law>) et, d'autre part, l'exécution des décisions rendues à l'étranger (<ref-law>).
2.2.1 Toutefois, le premier mode de coopération est exclu lorsqu'il s'agit d'assurer le paiement d'une créance compensatrice, puisqu'il ne s'agit pas à proprement parler du produit de l'infraction et qu'il n'y a aucune connexité entre les valeurs saisies et l'infraction elle-même (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 461). Selon certains auteurs, il s'agirait d'une lacune qu'il y aurait lieu de combler par voie jurisprudentielle (Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, Berne 2004 n° 188; Moreillon (éd.), Entraide internationale en matière pénale, Commentaire romand, n° 20 ss ad <ref-law>). La Cour des plaintes, suivant l'avis d'autres auteurs (Harari, Remise internationale d'objets et de valeurs: réflexions à l'occasion de la modification de l'EIMP, Etudes en l'honneur de Dominique Poncet, Genève 1997 p. 180 s et note 64; Lombardini, Banques et blanchiment d'argent, Convention de diligence, ordonnance de la CFB, code pénal et LBA, Zurich 2006 n° 230), a considéré que la remise des fonds pour le paiement d'une créance compensatrice conférerait à l'Etat étranger un privilège injustifié du point de vue du droit des poursuites, dans la mesure où un tel droit de préférence n'existe pas en droit interne (<ref-law>). Cette opinion n'est pas critiquable dans le cas d'une société active en Suisse et susceptible d'y avoir des créanciers: alors que les tiers font l'objet d'une protection spécifique détaillée en ce qui concerne la remise en vue de confiscation ou de restitution (art. 74a al. 4 et 5 EIMP), une remise en vue du paiement d'une créance compensatrice ne permettrait pas d'assurer une protection et une égalité suffisantes des créanciers, comme cela est le cas pour la procédure prévue à l'<ref-law>.
2.2.2 Quant à l'exécution en Suisse d'un jugement étranger, elle n'est pas non plus envisageable lorsque la procédure étrangère vise comme en l'espèce un acte qui paraît tendre à diminuer les recettes fiscales (<ref-law>). L'exception à cette règle - limitée à l'escroquerie fiscale - ne vise que l'entraide au sens de la troisième partie de la loi (art. 3 al. 3 in fine EIMP).
L'art. 18 de la Convention 141 énumère, de façon détaillée et exhaustive, les motifs possibles de refus de la coopération, liés notamment à l'ordre public, à la souveraineté, à la sécurité, aux intérêts prépondérants de l'Etat requis; cette disposition prévoit aussi les exceptions tirées notamment du caractère politique ou fiscal de l'infraction (par. 1 let. d). Ce catalogue recouvre les motifs de refus de l'entraide prévus par l'EIMP (Message précité, p. 26). Il apparaît ainsi clairement que la clause d'exclusion liée à la nature fiscale de l'infraction doit être interprétée de la même manière que pour les autres conventions du Conseil de l'Europe dans le domaine pénal, en particulier la CEEJ (message, p. 27; cf aussi le rapport explicatif sur la Convention 141, § 63). Il n'était donc pas nécessaire que les réserves formulées par la Suisse à propos de la convention (RO 1993 p. 2384) portent également sur les délits fiscaux, puisque la faculté de refuser la coopération est déjà réservée dans la Convention elle-même. L'art. 18 CBl ne fait d'ailleurs pas partie des dispositions de la convention susceptibles de faire l'objet d'une réserve (art. 40 CBl).
2.3 Il en résulte que la Convention 141 ne permet pas d'instituer des modes de coopération qui ne seraient pas expressément prévus par le droit national (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 335/336 concernant également les mesures provisoires), ni de déroger au principe, ancré à l'<ref-law>, selon lequel l'entraide judiciaire n'est pas accordée pour les infractions à caractère fiscal. L'entraide judiciaire apparaît donc exclue dans le cas particulier, de sorte que les mesures provisoires fondées sur l'<ref-law> doivent être levées.
3. Les recours doivent par conséquent être admis pour ce motif, sans qu'il y ait à examiner les autres griefs soulevés par la recourante X._ SA. L'arrêt attaqué doit être annulé en tant qu'il maintient les mesures de saisie ordonnées le 17 mars 2005 par la DGD (ch. 2 du dispositif). La demande d'entraide du 23 décembre 2004 doit être rejetée et les mesures de séquestre ordonnées le 17 mars 2005 doivent être annulées. Selon l'<ref-law>, si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir différemment les frais de la procédure antérieure. En l'occurrence, l'admission totale du recours devant la Cour des plaintes aurait dû conduire à renoncer à percevoir des frais judiciaires (<ref-law>, par renvoi de l'art. 30 LTPF). Selon l'<ref-law>, le Tribunal fédéral peut également fixer lui-même les dépens de l'instance inférieure. Obtenant intégralement gain de cause, la recourante avait droit à une indemnité de dépens non réduite (<ref-law>), qui peut être fixée à 2000 fr. S'agissant de la procédure devant le Tribunal fédéral, conformément à l'<ref-law>, il n'est pas perçu de frais judiciaires, et une indemnité globale de dépens de 3000 fr. est allouée à X._ SA, pour les deux procédures devant le Tribunal fédéral. Il n'est pas alloué d'autres dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours sont admis et les ch. 2 à 4 du dispositif de l'arrêt attaqué sont annulés. La demande d'entraide présentée le 23 décembre 2004 par le Leitender Oberstaatsanwalt Münich II est rejetée, et les mesures de séquestre ordonnées par la Direction générale des douanes le 17 mars 2005 sont annulées.
2. Une indemnité globale de 5000 fr. est allouée à X._ SA à titre de dépens (soit 2000 fr. pour la procédure devant la Cour des plaintes et 3000 fr. pour les procédures devant le Tribunal fédéral), à la charge de la Confédération suisse (Direction générale des douanes).
3. Il n'est perçu de frais judiciaires ni pour la procédure devant la Cour des plaintes, ni pour les procédures devant le Tribunal fédéral.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux recourants, à l'Administration fédérale des douanes et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 11 juillet 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: