Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zug sprach X._ mit Urteil vom 6. Mai 2008 zweitinstanzlich schuldig des mehrfachen Betrugs im Sinne von aArt. 148 Abs. 1 StGB. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen à Fr. 100.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren und unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 21 Tagen.
B. Die von X._ erhobene Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 11. November 2008 teilweise gut. Es wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_440/2008).
C. Mit Entscheid vom 19. Dezember 2008 sprach das Obergericht des Kantons Zug X._ nochmals schuldig des mehrfachen Betrugs im Sinne von aArt. 148 Abs. 1 StGB. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen à Fr. 60.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren und unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 21 Tagen.
D. X._ führt erneut Beschwerde in Strafsachen sowie subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zug sei aufzuheben. Eventualiter sei von einer Bestrafung abzusehen. Subeventualiter sei das Urteil abzuändern und die Höhe des Tagessatzes auf Fr. 37.-- festzusetzen.
E. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Soweit der Beschwerdeführer subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Sinne von <ref-law> erhebt, ist darauf nicht einzutreten. Die Beschwerde in Strafsachen steht nach <ref-law> gegen Entscheide in Strafsachen offen. Darunter fallen sämtliche Entscheide, denen materielles Strafrecht oder Strafprozessrecht zugrunde liegt (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4313 Ziff. 4.1.3.2). Nach dem Konzept der Einheitsbeschwerde soll der Rechtsmittelweg an das Bundesgericht vom Rechtsgebiet abhängen, auf welches die Streitsache letztlich zurückgeht (BBl 4235 Ziff. 2.3.1.2). Damit ist die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> das zutreffende Rechtsmittel. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist ausgeschlossen (Urteil 6B_130/2007 vom 11. Oktober 2007 E. 1.1).
2. X._ und Y._ wird vorgeworfen, in der Zeit vom 25. August 1993 bis zum 8. September 1993 über die nicht zahlungsfähige A._ AG Computermaterial im Wert von Fr. 15'848.-- sowie zwei Faxgeräte im Gesamtwert von Fr. 9'780.-- bestellt und so die Lieferanten getäuscht und geschädigt zu haben.
3. Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, es sei zu prüfen, ob die ihm vorgeworfenen Delikte absolut verjährt seien, kann auf das Urteil 6B_440/2008 vom 11. November 2008 verwiesen werden. An die rechtlichen Erwägungen im Rückweisungsentscheid ist das Bundesgericht gebunden, falls ihm die Sache erneut unterbreitet wird (<ref-ruling> E. 2 S. 335 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht erwog, dass Verurteilungen, gegen die kein ordentliches Rechtsmittel mehr ergriffen werden kann, grundsätzlich in formelle Rechtskraft erwachsen würden und damit die Verfolgungsverjährung ende. Werde jedoch die Beschwerde in Strafsachen gutgeheissen und das vorinstanzliche Urteil aufgehoben, so lebe die Verfolgungsverjährung wieder auf und verlängere sich um die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens. Somit verbleibe der Vorinstanz gleich viel Zeit, wie zwischen ihrer ersten Entscheidung und dem Verjährungseintritt gelegen habe. Aus diesen Gründen seien die dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Delikte noch nicht verjährt (Urteil 6B_440/2008 vom 11. November 2008 E. 3). Dies gilt auch im Zeitpunkt des zweiten vorinstanzlichen Urteils vom 19. Dezember 2008. Das erste Urteil der Vorinstanz erging am 6. Mai 2008, somit rund 3 2/3 bis 4 Monate vor dem Eintritt der absoluten Verjährung. Den zweiten Entscheid fällte sie rund 1 1/3 Monate nach dem früheren bundesgerichtlichen Urteil und demnach ebenfalls vor Ablauf der absoluten Verjährungsfrist.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, es sei im Falle einer Verurteilung von einer Strafe abzusehen, da im Hinblick auf eine 15 1/2-jährige Verfahrensdauer das Beschleunigungsgebot verletzt worden sei.
4.2 Das Bundesgericht hat mit Urteil 6B_440/2008 vom 11. November 2008 im vorliegenden Fall eine massive Verletzung des Beschleunigungsgebots (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Ziff. 3 lit. c UNO-Pakt II) bejaht. Es hat unter anderem erwogen, dass die Verfahrensdauer umso stärker strafmindernd zu berücksichtigen sei, je näher die absolute Verjährung rücke. Die von der Vorinstanz deswegen vorgenommene Reduktion der Strafe um die Hälfte (von 120 Tagessätzen auf 60 Tagessätze) hat das Bundesgericht als noch im Rahmen des Ermessens liegend bezeichnet (E. 6.5). Diese Beurteilung bindet die Vorinstanz (<ref-ruling> E. 2 S. 335 f. mit Hinweisen), weshalb sie die Frage einer Strafminderung wegen langer Verfahrensdauer nicht erneut zu prüfen hatte. Aus diesem Grund ist auf die Beschwerde in diesem Punkt nicht einzutreten (vgl. auch E. 5.3 nachfolgend). Im Übrigen stellt sich die Situation hinsichtlich der Verfahrensdauer ohnehin praktisch unverändert dar. Nach der Rückweisung der Sache zur rechtsgenügenden Begründung der Höhe des Tagessatzes hat die Vorinstanz am 19. Dezember 2008, mithin innert rund 1 1/3 Monate, einen neuen Entscheid gefällt. Diese zusätzlich verstrichene Zeit entspricht im Verhältnis zur Verfahrensdauer bis zum vorinstanzlichen Urteil vom 6. Mai 2008 einer Zunahme von weniger als 1 %.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe die Höhe des Tagessatzes auf Fr. 60.-- festgelegt, ohne auf seine persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnisse im Zeitpunkt des Urteils abzustellen und ohne ihn diesbezüglich anzuhören. Die Vorinstanz habe es unterlassen, entsprechende Erhebungen vorzunehmen respektive ihn zu befragen, ob sich die Verhältnisse seit dem ersten Entscheid vom 6. Mai 2008 verändert hätten. Damals habe die Vorinstanz sein jährliches Nettoeinkommen auf Fr. 50'000.-- beziffert. In der Zwischenzeit habe er eine Lohneinbusse erlitten, und sein jährliches Nettoeinkommen betrage rund Fr. 37'660.--. Dieser Lohn gelte seit dem Frühling 2008 und bis auf weiteres.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) und sinngemäss eine Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>).
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, der Beschwerdeführer habe anlässlich der Berufungsverhandlung vom 6. Mai 2008 sein jährliches Nettoeinkommen aus der Tätigkeit für die im Eigentum seines Vaters stehende Gesellschaft auf Fr. 50'000.-- beziffert. Weitere Einkünfte erziele der Beschwerdeführer nicht. Auf die Einholung zusätzlicher Stellungnahmen sei zu verzichten, da sich seit der Berufungsverhandlung keine wesentlichen Änderungen ergeben hätten.
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, der Beschwerdeführer habe anlässlich der Berufungsverhandlung vom 6. Mai 2008 sein jährliches Nettoeinkommen aus der Tätigkeit für die im Eigentum seines Vaters stehende Gesellschaft auf Fr. 50'000.-- beziffert. Weitere Einkünfte erziele der Beschwerdeführer nicht. Auf die Einholung zusätzlicher Stellungnahmen sei zu verzichten, da sich seit der Berufungsverhandlung keine wesentlichen Änderungen ergeben hätten.
5.3 5.3.1 Der in <ref-law> gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass die Behörden die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hören, prüfen und in der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3a S. 51, 241 E. 2 S. 242; je mit Hinweisen).
Nach <ref-law> bestimmt das Gericht die Höhe des Tagessatzes nach den persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnissen des Täters im Zeitpunkt des Urteils. Diese Regel will besagen, dass das Gericht die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit möglichst aktuell und genau zu ermitteln hat. Die Bemessung des Tagessatzes im Einzelfall ist dem sorgfältigen richterlichen Ermessen anheimgestellt.
5.3.2 Es ist zu prüfen, ob die Vorinstanz dem angefochtenen Entscheid die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Veränderungen in seinen finanziellen Verhältnissen hätte zugrunde legen müssen. Vor Einführung des Bundesgerichtsgesetzes durfte die kantonale Instanz, an die eine Sache zurückgewiesen wurde, nach Art. 66 Abs. 1 OG neue Vorbringen berücksichtigen, soweit es nach dem kantonalen Prozessrecht noch zulässig war. Die nach kantonalem Prozessrecht zulässigen Noven hatten sich dabei stets innerhalb des rechtlichen Rahmens zu bewegen, den das Bundesgericht mit seinem Rückweisungsentscheid vorgegeben hatte. Der von der Rückweisung erfasste Streitpunkt durfte also nicht ausgeweitet oder auf eine neue Rechtsgrundlage gestellt werden (<ref-ruling> E. 5.2 S. 94; <ref-ruling> E. 4a S. 222; je mit Hinweisen). Die mit der Neubeurteilung befasste kantonale Instanz hatte vielmehr die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wurde, ihrer Entscheidung zugrunde zu legen. Diese Beurteilung band auch das Bundesgericht (<ref-ruling> E. 4.2 S. 208; <ref-ruling> E. 2a S. 423). Wegen dieser Bindung der Gerichte war es ihnen wie auch den Parteien, abgesehen von allenfalls zulässigen Noven, verwehrt, der Beurteilung des Rechtsstreits einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu unterstellen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden waren. Dies galt auch im Fall einer erneuten Anrufung des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 5.2 S. 94; <ref-ruling> E. 4a S. 222; enger <ref-ruling> E. 2 S. 95; je mit Hinweisen).
5.3.3 Es besteht kein Anlass, unter der Herrschaft des Bundesgerichtsgesetzes von dieser Rechtsprechung abzuweichen. Wie weit die Gerichte und Parteien an die erste Entscheidung gebunden sind, ergibt sich aus der Begründung der Rückweisung, die den Rahmen sowohl für die neuen Tatsachenfeststellungen als auch für die neue rechtliche Begründung vorgibt (<ref-ruling> E. 2 S. 335 mit Hinweisen).
5.4 Das Bundesgericht hat im Urteil 6B_440/2008 vom 11. November 2008 erwogen, die Festlegung des Tagessatzes verletze Bundesrecht, da die Begründung nicht erlaube, anhand des Nettoeinkommensprinzips nachzuvollziehen, wie die Tagessatzhöhe festgelegt worden sei. Nach der vorinstanzlichen Feststellung erziele der Beschwerdeführer ein jährliches Nettoeinkommen von Fr. 50'000.-- und weise er Schulden in der Höhe von Fr. 250'000.-- auf. Die Sache wurde der Vorinstanz zur ergänzenden Begründung der Tagessatzhöhe zurückgewiesen.
Im angefochtenen Urteil wird die Tagessatzhöhe anhand der finanziellen Verhältnisse festgelegt, die bereits im ersten Urteil vom 6. Mai 2008 festgestellt wurden. Ausserdem legt die Vorinstanz neu dar, welche Bemessungskriterien sie in welchem Umfang berücksichtigt hat. Damit trägt sie dem mit der Rückweisung im Urteil des Bundesgerichts vom 11. November 2008 gesteckten Rahmen Rechnung. In Bezug auf die gemäss dem Entscheid vom 11. November 2008 noch vorzunehmende Begründung, die der alleinige von der Rückweisung erfasste Streitpunkt war, sind ergänzende Feststellungen nicht erforderlich, und die vorgebrachten Veränderungen können daher auch nicht als (nach kantonalem Prozessrecht) zulässige Noven gelten. Im dem Rückweisungsentscheid zugrunde liegenden ersten Sachentscheid der Vorinstanz vom 6. Mai 2008 werden das jährliche Nettoeinkommen sowie die Höhe der Schulden verbindlich festgestellt. Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, die Vorinstanz habe die tatsächliche finanzielle Situation in Verletzung seines rechtlichen Gehörs nicht erneut geprüft, ist seine Rüge deshalb unbegründet. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer rügt im Zusammenhang mit der ihm auferlegten Geldstrafe eine Ungleichbehandlung zum Mittäter Y._. Das durchschnittliche jährliche Nettoeinkommen von Y._ betrage 12 X Fr. 3'500.-- respektive Fr. 47'500.-- (recte Fr. 42'000.--) und sei höher als sein eigenes. Auch gebe es keine Anhaltspunkte, inwiefern die Fixkosten bei Y._ höher ausfallen würden.
6.2 Unterschiede im Strafmass gegenüber Mittätern sind innerhalb der gesetzlichen Vorgaben als Ausdruck unseres Rechtssystems hinzunehmen (<ref-ruling> E. 2a S. 152 f. mit Hinweisen). Die Vorinstanz begründet die im Vergleich zu Y._ höher ausgefallene Strafe des Beschwerdeführers damit, dass Y._ ein tieferes und schwankendes Einkommen erziele und gewisse Fixkosten, wie die Krankenkassenprämien, proportional stärker ins Gewicht fallen würden. Was der Beschwerdeführer in Bezug auf die vorinstanzlichen Erwägungen vorbringt, überzeugt nicht. Soweit er geltend macht, dass sein Einkommen tiefer sei als dasjenige von Y._, richtet er sich gegen tatsächliche Feststellungen der Vorinstanz und unterstellt er der Beurteilung des Rechtsstreits einen anderen als den bisherigen Sachverhalt, was unzulässig ist (E. 5 hievor). Im Weiteren trifft nicht zu, dass die Vorinstanz bei Y._ von höheren Fixkosten ausgegangen ist, sondern sie hat ausgeführt, dass diese proportional (zum Einkommen) stärker ins Gewicht fallen würden. Mit diesen Erwägungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben sollte, wird von ihm nicht genügend dargetan und ist, unter Berücksichtigung des weiten sachrichterlichen Ermessens, auch nicht ersichtlich. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe ihm 2/3 der Untersuchungs- und erstinstanzlichen Gerichtskosten auferlegt. Dabei laste sie ihm zu Unrecht ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten an. Weiter habe sie ihre Begründungspflicht verletzt und ihn im Vergleich zum Mittäter Y._ ungleich behandelt. Er habe nicht gegen die Vorschriften der kaufmännischen Buchführung im Sinne von <ref-law> verstossen. Bei der Einzelfirma B._ seien Belege gesammelt und Buch geführt worden. Die Geschäftstätigkeit der C._ AG sei bereits nach drei Monaten beendet worden. Es sei lebens- und praxisfremd, von einer Gesellschaft in den ersten Monaten mehr zu verlangen, als das Sammeln und Ablegen der Belege. Der vorinstanzliche Entscheid sei deshalb aufzuheben.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe ihm 2/3 der Untersuchungs- und erstinstanzlichen Gerichtskosten auferlegt. Dabei laste sie ihm zu Unrecht ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten an. Weiter habe sie ihre Begründungspflicht verletzt und ihn im Vergleich zum Mittäter Y._ ungleich behandelt. Er habe nicht gegen die Vorschriften der kaufmännischen Buchführung im Sinne von <ref-law> verstossen. Bei der Einzelfirma B._ seien Belege gesammelt und Buch geführt worden. Die Geschäftstätigkeit der C._ AG sei bereits nach drei Monaten beendet worden. Es sei lebens- und praxisfremd, von einer Gesellschaft in den ersten Monaten mehr zu verlangen, als das Sammeln und Ablegen der Belege. Der vorinstanzliche Entscheid sei deshalb aufzuheben.
7.2 7.2.1 Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück (<ref-law>). Da die Beschwerde ans Bundesgericht grundsätzlich ein reformatorisches Rechtsmittel ist, muss der Beschwerdeführer einen Antrag in der Sache stellen. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383 mit Hinweis). Demgegenüber darf das Bundesgericht bei Beschwerden in Strafsachen zwar in der Sache ebenfalls selbst entscheiden, doch kann es lediglich bei genügend liquiden Verhältnissen zur Reformation schreiten. Sind zusätzliche Sachverhaltserhebungen durch die Vorinstanz vorzunehmen, scheidet eine reformatorische Entscheidung von vornherein aus (Urteil 6B_146/2007 vom 24. August 2007 E. 7.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
7.2.2 Vorliegend verlangt der Beschwerdeführer, das vorinstanzliche Urteil sei aufzuheben. Einen materiellen Antrag stellt er nicht. Ebenso wenig stellt er einen Antrag, das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. Selbst wenn er einen Rückweisungsantrag gestellt hätte, würde die Beschwerde den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht genügen, fällt doch eine reformatorische Entscheidung vorliegend nicht von vornherein ausser Betracht. Insbesondere sind weitere Sachverhaltsabklärungen nicht nötig, um einen Entscheid in der Sache zu fällen. Gegenteiliges wird auch nicht in der Beschwerde dargetan.
7.2.3 Demnach ergibt sich, dass der Beschwerdeführer, indem er die Kostenauflage beanstandet und in diesem Zusammenhang die Aufhebung des angefochtenen Entscheids verlangt, keinen rechtsgenügenden Antrag stellt und demzufolge auf die Beschwerde in diesem Punkt nicht eingetreten werden kann.
7.2.4 Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, er sei im Vergleich zum Mittäter Y._ wegen leichterer Straftaten und mit einer geringeren Strafe verurteilt worden, weshalb die vorinstanzliche Kostenauflage (2/3 der Untersuchungs- und erstinstanzlichen Gerichtskosten) eine Ungleichbehandlung darstelle, setzt er sich im Übrigen mit den vorinstanzlichen Erwägungen (angefochtenes Urteil S. 11 und erstinstanzlicher Entscheid S. 120), insbesondere mit den in diesem Zusammenhang relevanten Verfahren, die mit einer Einstellung respektive einem Freispruch endeten, nicht auseinander. Die Beschwerde genügt in diesem Punkt den Anforderungen von <ref-law> nicht, weshalb darauf auch aus diesem Grund nicht einzutreten ist.
7.3 Selbst wenn auf die Rüge der fehlerhaften Kostenauflage eingetreten werden könnte, wäre sie aus nachstehenden Gründen unbegründet:
7.3.1 Gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK gilt jede Person bis zur rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig. Nach der Rechtsprechung verstösst es gegen Verfassung und Konvention, in der Begründung des Entscheids, mit dem ein Freispruch oder eine Verfahrenseinstellung erfolgt und der beschuldigten Person Kosten auferlegt werden, dieser direkt oder indirekt vorzuwerfen, sie habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise - d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze - gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die aus der gesamten schweizerischen Rechtsordnung stammen kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Die Kostenauflage zulasten der beschuldigten Person aufgrund verwerflich bewirkter Untersuchungseinleitung setzt mithin eine adäquate Kausalität zwischen deren Verhalten, der eingeleiteten Untersuchung und den erwachsenen und aufzuerlegenden Kosten voraus (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3b S. 155; <ref-ruling> E. 1b S. 334; <ref-ruling> E. 2f S. 175 f.).
7.3.2 Ob die beschuldigte Person in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und durch ihr Benehmen das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat, untersucht das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür. Insofern steht nicht der Schutzbereich der Bestimmungen von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK in Frage, welche den guten Ruf der beschuldigten Person gegen den direkten oder indirekten Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld schützen wollen. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden vielmehr durch die Vorschriften der kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben. Insoweit greift ausschliesslich <ref-law> Platz, wonach die betreffenden Gesetzesbestimmungen nicht willkürlich angewendet werden dürfen.
Willkür liegt nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung einzig vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung auch vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f. mit Hinweisen).
7.3.3 Wird der Beschuldigte verurteilt, so hat er nach § 56 der Strafprozessordnung [für den Kanton Zug] vom 3. Oktober 1940 (StPO; BGS 321.1) grundsätzlich die Untersuchungs- und Gerichtskosten zu tragen. Gemäss <ref-law>/ZG trägt in der Regel der Staat die Untersuchungs- und Gerichtskosten, wenn die beschuldigte Person freigesprochen wird. Gestützt auf <ref-law>/ZG können die Kosten ganz oder teilweise der freigesprochenen Person auferlegt werden, wenn diese die Einleitung des Strafverfahrens durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Verhalten verursacht oder die Durchführung des Verfahrens erschwert hat.
Gleichlautende oder ähnliche Vorschriften wie <ref-law>/ZG finden sich in fast allen kantonalen Strafprozessordnungen. Ihnen liegt der Gedanke zugrunde, es soll nicht der Staat und damit nicht der einzelne Bürger als Steuerzahler für Verfahrenskosten aufkommen müssen, die von einer beschuldigten Person durch vorwerfbares Verhalten verursacht worden sind (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 166).
7.3.4 Die Vorinstanz lastet dem Beschwerdeführer als zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten die nicht ordnungsgemässe Buchführung und Aufbewahrung der Geschäftsbücher der Einzelfirma B._ und der C._ AG an. Die Vorschriften über die kaufmännische Buchführung gemäss <ref-law> dienen der Information und erfüllen Schutzfunktionen. Buchführungspflichtig ist derjenige, der sein Unternehmen im Handelsregister einzutragen hat. Wer ein nach kaufmännischer Art geführtes Gewerbe betreibt, ist grundsätzlich zur Eintragung verpflichtet (<ref-law>). Die Eintragungspflicht besteht in jedem Fall, wo sie Konstitutivwirkung entfaltet und im Übrigen, sobald die jährlichen Roheinnahmen die Summe von Fr. 100'000.-- erreichen (<ref-law>). Mithin ist jedermann, der ein kaufmännisches Gewerbe betreibt und den genannten Umsatz erreicht, verpflichtet, sich als Einzelunternehmen eintragen zu lassen. Bei Aktiengesellschaften entsteht mit dem Handelsregistereintrag unmittelbar die Buchführungspflicht. Die Bücher müssen so geführt werden, dass jährlich ein Inventar, eine Bilanz und eine Betriebsrechnung gemäss <ref-law> erstellt werden können. Entscheidend ist, dass die Buchführung es erlaubt, die Vermögenslage des Geschäftsbetriebs und die damit zusammenhängenden Forderungs- und Schuldverhältnisse festzustellen. Das blosse Aufbewahren von Unterlagen und Belegen reicht nicht aus, vielmehr müssen fortlaufend systematische, vollständige und klare rechnerische Aufzeichnungen über die Geschäftsvorgänge gemacht werden, so dass die Vermögenslage des Geschäfts jederzeit ermittelt werden kann (Neuhaus/Steiger, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 3. Aufl. 2008, N. 18 zu <ref-law>; Karl Käfer, Berner Kommentar, Obligationenrecht, 1981, N. 158 zu <ref-law>).
Gemäss Art. 1 der Verordnung vom 24. April 2002 über die Führung und Aufbewahrung der Geschäftsbücher (Geschäftsbücherverordnung, GeBüV; SR 221.431) muss, wer buchführungspflichtig ist, ein Hauptbuch und, je nach Art und Umfang des Geschäfts, auch Hilfsbücher führen. Das Hauptbuch besteht aus Konten (sachlogische Gliederung aller verbuchten Geschäftsvorfälle) und dem Journal (chronologische Erfassung der Geschäftsvorfälle). Die Hilfsbücher müssen in Ergänzung zum Hauptbuch die Angaben enthalten, die zur Feststellung der Vermögenslage des Geschäfts und der mit dem Geschäftsbetrieb zusammenhängenden Schuld- und Forderungsverhältnisse sowie der Betriebsergebnisse der einzelnen Geschäftsjahre nötig sind. Darunter fallen insbesondere die Lohnbuchhaltung, die Debitoren- und Kreditorenbuchhaltung sowie die fortlaufende Führung der Warenbestände bzw. der nicht fakturierten Dienstleistungen.
7.3.5 Nach den verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der ersten Instanz, auf welche die Vorinstanz verweist, wurden die Bücher der C._ AG und der Einzelfirma B._ nicht ordnungsgemäss geführt und aufbewahrt (angefochtenes Urteil S. 11 und erstinstanzlicher Entscheid S. 120). Selbst der Beschwerdeführer spricht wiederholt von einer "Beleg-Sammelphase". Der Beschwerdeführer verletzte somit seine Pflicht, fortlaufend systematische, vollständige und klare rechnerische Aufzeichnungen über die Geschäftsvorgänge zu machen. Dass die C._ AG nur rund drei Monate existierte, vermag ihn nicht zu entlasten, entsteht doch bei der Aktiengesellschaft, wie dargelegt, mit dem Handelsregistereintrag unmittelbar auch die Buchführungspflicht.
Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, es liege ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten vor in Form einer mangelhaften Buchführung und eines Verstosses gegen die Pflicht zur Aufbewahrung der Geschäftsbücher, verletzt demnach kein Bundesrecht.
8. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Faga