Faits:
A. La société X._ dispose d'une créance de 936'000 fr. plus intérêts contre Y._ Ltd, dont le siège social se situe aux Iles Vierges britanniques. Se fondant sur cette créance, X._ a requis et obtenu en juillet 2006 le séquestre, à concurrence du montant précité, d'un tableau de Vincent Van Gogh entreposé au Port-Franc de Genève La Praille intitulé « Jeune fille pelant des pommes de terre vue à contre jour ».
Dans la poursuite en validation du séquestre ouverte par la créancière contre Y._ Ltd, l'office des poursuites de Genève a saisi le tableau.
Le 14 décembre 2007, X._ a requis la vente de cet objet. Au cours de la correspondance qui a suivi entre l'office et la créancière, celle-ci a indiqué souhaiter que la vente soit effectuée par l'office, afin d'éviter les frais supplémentaires engendrés en cas de vente par un tiers. Elle s'est déclarée intéressée à se porter acquéreur de l'objet à un montant équivalent à sa créance.
Le 11 juillet 2008, l'office des poursuites a confié la vente du tableau à la maison Christie's, spécialisée dans la vente aux enchères d'oeuvres d'art et a fixé la date de la vente au 1er décembre 2008 à Zurich.
B. Par décision du 2 octobre 2008, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites a rejeté la plainte déposée par X._.
C. X._ forme un recours en matière civile contre cette décision. Elle conclut à la vente aux enchères publiques par l'office du tableau saisi.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>), le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en matière de poursuite pour dettes et faillite (at. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>). Comme il s'agit d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite, le recours en matière civile est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. La décision dont est recours confirme celle rendue en première instance par l'Office. Cette dernière décision a été prise après conversion du séquestre en saisie définitive, de sorte que la décision entreprise n'est pas une mesure provisionnelle au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1). Les griefs ne sont ainsi pas limités à la violation des droits constitutionnels (cf. <ref-law>); le recours peut être formé pour violation du droit tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF.
3. La recourante estime que l'autorité cantonale de surveillance a violé le droit fédéral en ordonnant la vente aux enchères du tableau saisi par la maison Christie's. Elle explique qu'elle s'était engagée à acquérir la toile pour un montant équivalent à celui de sa créance, soit 1'060'000 fr. Selon elle, compte tenu des frais perçus par la maison de vente aux enchères (2 % de commission vendeur, 20 % de commission acheteur, 7,6 % de TVA), il faudrait qu'un acheteur débourse un montant total de 1'490'000 fr. pour qu'elle recouvre entièrement sa créance. Elle en déduit que la réalisation par une maison de vente est de nature à lui causer objectivement un dommage ainsi qu'à la débitrice.
3.1 Après la réception de la réquisition de vente, l'office des poursuites procède à la réalisation des biens saisis. Exceptionnellement, il peut confier cette tâche à un tiers (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2). Dans certaines circonstances, les modes de réalisation prévus par la loi (vente aux enchères publiques par l'office, vente de gré à gré, procédures spéciales) apparaissent en effet inadéquats. Le Tribunal fédéral a ainsi admis que, s'agissant d'oeuvres d'art ou d'antiquités de grande valeur (mais non les objets de moyenne ou faible valeur), la vente par une maison d'enchères privée pouvait être indiquée pour autant que le droit des créanciers de faire des offres d'achat soit sauvegardé (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2). La doctrine mentionne également des timbres ou monnaies (FRANCO Lorandi, Verwertung durch Privatpersonen in PJA 2000 p. 846ss, p. 854; Benedikt A. Suter, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, II, 1998, n. 32 ad <ref-law>). La réalisation de tels biens exige une compétence particulière et des relations avec un cercle d'amateurs (collectionneurs et marchands) ce qui a pour conséquence que, malgré des frais plus élevés, on peut attendre de la vente par une maison privée un meilleur résultat.
L'existence de circonstances exceptionnelles est une question d'appréciation (FRANCO LORANDI, op. cit., 853). Le Tribunal fédéral n'intervient par conséquent que si l'autorité cantonale a violé des règles fédérales de procédure, a abusé de son pouvoir d'appréciation ou l'a excédé (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1 et les références). Commet un abus ou un excès de son pouvoir d'appréciation l'autorité qui retient des critères inappropriés ou ne tient pas compte de circonstances pertinentes (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités), ou encore rend une décision déraisonnable ou contraire au bon sens (<ref-ruling> consid. 1a/cc et l'arrêt cité).
3.2 L'autorité cantonale de surveillance a relevé que, bien qu'il ne s'agisse pas d'une oeuvre majeure de Van Gogh, l'objet à réaliser est exceptionnel. Afin de toucher un maximum d'acquéreurs potentiels, il s'imposait de confier la vente à une maison spécialisée qui diffusait ses catalogues à travers le monde et dont le site internet était consulté par un cercle international d'amateurs et de professionnels, qui auraient la possibilité d'enchérir par téléphone. D'un autre côté, la commission de surveillance a relevé que les moyens limités de l'office des poursuites (quotidiens locaux, Feuille d'avis officielle, site internet) ne permettraient que de s'adresser à un public local. Elle a aussi constaté la valeur de l'oeuvre saisie, actuellement estimée entre 500'000 fr. et 700'000 fr., et à 1'000'000 fr. après une petite restauration, et le prix de 3'082'000 fr. auquel la société séquestrée l'avait acquis en 2005. L'autorité cantonale a ensuite mentionné les prix d'oeuvres de Van Gogh acquises aux enchères et de dimensions comparables telles que « Fleurs dans un vase » (40 x 31) acheté en 2000 aux Etats-Unis 5'033'590 Euros, « Eglogue en Provence, un couple d'amoureux » (33 x 23) acquis en Angleterre en 2001 au prix de 4'100'000 Euros; le prix le moins élevé concernait une vente ayant eu lieu en 2001 aux Etats-Unis du tableau « Fille dans un bois » (35 x 48) qui n'avait atteint que le montant de 355'000 Euros. L'autorité précédente a considéré qu'au vu de ces éléments, il y avait de grandes chances que le tableau saisi puisse être vendu à un prix bien supérieur à celui proposé par la recourante, ce nonobstant des frais plus élevés.
3.3 L'explication de la recourante selon laquelle la décision attaquée risque de causer un préjudice au créancier et au débiteur si un certain prix n'est pas atteint ne démontre pas que l'autorité cantonale a abusé de son pouvoir d'appréciation. Elle n'a pas omis cette circonstance, mais en a tenu compte en observant que malgré les frais qu'entraînerait une vente par un tiers, il y avait de fortes probabilités que le tableau puisse être vendu à un prix bien supérieur. En observant qu'il s'agit d'une affirmation invérifiable et subjective, la recourante méconnaît que, de notoriété publique, le marché de l'art est soumis à la spéculation. Lorsqu'elle expose que les oeuvres citées par la commission de surveillance ne sont pas comparables car elles concernent la « période d'Arles » alors que le tableau séquestré appartient à la « période de Nuenen », elle se fonde sur des faits nouveaux, raison pour laquelle il ne peut être tenu compte de cette argumentation (<ref-law>). Par conséquent, la recourante, qui ne se plaint pas de la violation de règles de procédure, n'établit pas que l'autorité cantonale aurait omis des circonstances importantes ou aurait tenu compte de critères inappropriés, partant commis un abus ou un excès de son pouvoir d'appréciation au sens défini plus haut (cf. consid. 3.1). En tout état de cause, s'agissant effectivement de circonstances exceptionnelles, soit de la vente d'un objet d'art de grande valeur, on ne peut que confirmer que l'intérêt des parties créancière et débitrice commandait que la vente ait lieu par l'intermédiaire d'une maison d'enchères spécialisée susceptible de toucher le plus large cercle d'acheteurs intéressés.
4. En définitive, le recours doit être rejeté. Les frais de la procédure fédérale sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à se déterminer (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 19 janvier 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet