Entzug des Führerausweises(Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 13. März 2001 [BE. 2000. 00032-K4]) hat sich ergeben:
A.- S._, wohnhaft im Kanton Aargau, fuhr am 21. November 1997, um 09.45 Uhr mit seinem Personenwagen Mercedes-Benz S 600, in D-Hartheim, auf der A5 von Basel in Richtung Karlsruhe mit einer Geschwindigkeit von 198 km/h (nach Abzug der Toleranz). Damit überschritt er die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 120 km/h um 78 km/h. Er hat den Tatbestand der Geschwindigkeitsüberschreitung anerkannt.
B.- Mit Bussgeldbescheid des Regierungspräsidiums Karlsruhe, Zentrale Bussgeldstelle Bretten, vom 19. Januar 1998 wurde S._ zu einer Busse von DM 500.-- verurteilt. Ausserdem wurde er mit vier Punkten im Verkehrszentralregister des Kraftfahrtbundesamtes in Flensburg eingetragen. Auf den Entzug des Führerausweises (Fahrverbot nach deutschem Recht) verzichtete die Behörde ausdrücklich. Der Entscheid erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
Wegen des Vorfalls vom 21. November 1997 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau dem Lenker am 9. Juli 1998 den Führerausweis für alle Kategorien von Motorfahrzeugen für die Dauer von vier Monaten.
Das Departement des Innern des Kantons Aargau wies eine gegen den Führerausweisentzug gerichtete Beschwerde am 13. Dezember 1999 ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau,
4. Kammer, hiess am 13. März 2001 eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde von S._ teilweise gut und entzog ihm den Führerausweis gestützt auf Art. 16 Abs. 3 und Art. 17 SVG (SR 741. 01) für die Dauer von drei Monaten.
C.- S._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Anträgen, der Entscheid vom 13. März 2001 sei aufzuheben. Es sei von einer Massnahme abzusehen; eventuell sei eine Verwarnung, subeventuell ein Führerausweisentzug von zwei Wochen und subsubeventuell ein Führerausweisentzug von einem Monat auszusprechen. Ferner sei eine öffentliche Verhandlung durchzuführen, zu welcher der Beschwerdeführer einzuladen sei.
D.- Das Verwaltungsgericht verzichtet unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung.
Das Bundesamt für Strassen beantragt sinngemäss Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Auf Ersuchen des Bundesgerichtes erstattete es überdies einen Amtsbericht zur Frage der Auswirkungen des Europäischen Übereinkommens über den Entzug der Fahrerlaubnis auf das schweizerische Recht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Letztinstanzliche kantonale Entscheide über Führerausweisentzüge unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (Art. 24 Abs. 2 SVG). Der Beschwerdeführer hat als unmittelbar Betroffener ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids, weshalb er zur Beschwerde legitimiert ist (Art. 24 Abs. 5 SVG).
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht aller Stufen, also auch von Bundesverfassungsrecht, sowie Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, nicht aber Unangemessenheit gerügt werden (Art. 104 OG). Nachdem als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden hat, ist das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhaltes gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Der Beschwerdeführer macht gestützt auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK einen Anspruch auf öffentliche mündliche Verhandlung geltend.
Die Vorinstanz hat am 13. März 2001 eine öffentliche Verhandlung durchgeführt und den Beschwerdeführer angehört. Damit wurde den verfahrensrechtlichen Ansprüchen des Beschwerdeführers Genüge getan (vgl. <ref-ruling> E. 3; vgl. auch den Entscheid des EVG vom 19. November 1998 i.S. G. gegen SUVA, publ. in Schweizerische Zeitschrift für internationales und europäisches Recht 1999, S. 552f.). Das Recht, sich im Rahmen einer erneuten öffentlichen Verhandlung vor Bundesgericht zu äussern, steht dem Beschwerdeführer deshalb nicht zu. Der Antrag ist daher abzuweisen.
3.- a) Im kantonalen Verfahren hat der Beschwerdeführer geltend gemacht, es sei zu berücksichtigen, dass er bereits in Deutschland bestraft worden sei, weshalb eine weitere Bestrafung für dasselbe Vergehen nach dem Grundsatz "ne bis in idem" verboten sei. Zudem sei er in Deutschland mit einer Administrativmassnahme, nämlich mit vier Strafpunkten im zentralen Verkehrsregister in Flensburg, belegt worden. Andererseits habe die deutsche Behörde von einem Führerausweisentzug ausdrücklich abgesehen.
Der Führerausweisentzug in der Schweiz stelle somit eine zusätzliche, drakonische Massnahme dar.
b) aa) Nach ständiger und langjähriger Rechtsprechung des Bundesgerichts verletzt die im schweizerischen Recht vorgesehene Zweispurigkeit der Verfahren nach Strassenverkehrsdelikten den Grundsatz "ne bis in idem" nicht (letztmals <ref-ruling> E. 1). Die Europäische Kommission für Menschenrechte hat diese Regelung als mit der EMRK (SR 0.101) konform bestätigt (vgl. den Entscheid des Gerichtshofes Nr. 31982/96 i.S. T. c. Schweiz, publ.
in: VPB 64/2000 Nr. 152, S. 1391 f.). Während der Strafrichter über die strafrechtlichen Sanktionen Busse und Haftstrafe befindet, entscheidet die zuständige Administrativbehörde über die Administrativmassnahmen der Verwarnung und des Führerausweisentzuges. Obwohl der Führerausweisentzug eine gewisse Strafähnlichkeit aufweist, handelt es sich bei dieser Sanktion wesentlich um eine im Verwaltungsverfahren ausgesprochene Massnahme, welche primär die Erziehung des Fehlbaren, nicht dessen Bestrafung bezweckt. Es kann deshalb nicht davon die Rede sein, der Betroffene werde, wenn er für ein Verkehrsdelikt strafrechtlich belangt worden ist, mit dem Führerausweisentzug ein zweites Mal für dasselbe Verhalten bestraft.
bb) Nicht anwendbar ist der Grundsatz "ne bis in idem" auf den Umstand, dass gegebenenfalls vom Tatortstaat und von der zuständigen schweizerischen Behörde für ein Verkehrsdelikt im Ausland eine Administrativmassnahme ausgesprochen wird. Dieser Grundsatz bezieht sich allein auf die strafrechtliche Verfolgung von Delikten. Allerdings müssen die auf Grund der bestehenden Doppelspurigkeit ausgesprochenen Sanktionen in ihrer Gesamtheit schuldangemessen sein und dürfen nicht zu einer verkappten Doppelbestrafung führen (<ref-ruling> E. 2).
4.- a) Formell beruht die Rechtsprechung, wonach die schweizerische Behörde eine Administrativmassnahme zu prüfen und gegebenenfalls zu verfügen hat, wenn eine Administrativmassnahme vom Tatortstaat verhängt worden ist, auf Art. 16 Abs. 2 und Abs. 3 SVG sowie auf Art. 30 Abs. 2 und Abs. 4 der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr (VZV; SR 741. 51). In materieller Hinsicht liegt der Regelung von Art. 30 Abs. 4 VZV folgender Gedanke zu Grunde:
Begeht eine Person mit schweizerischem Wohnsitz im Ausland ein Strassenverkehrsdelikt, so kann der Tatortstaat eine Administrativmassnahme allein mit Wirkung für das eigene Staatsgebiet erlassen, Führerausweisentzüge sind nur möglich in Bezug auf die Fahrberechtigung im Tatortstaat; der schweizerische Fahrausweis kann als solcher vom Tatortstaat nicht entzogen werden. Das bedeutet, dass die Massnahme, welche primär der Erziehung des Fehlbaren dienen sollte, bei Personen, die nicht regelmässig im Tatortstaat mit ihrem Fahrzeug unterwegs sind, nur eine sehr begrenzte Wirkung zu entfalten vermag. Aus diesem Grund hat die zuständige schweizerische Behörde gemäss Art. 30 Abs. 4 VZV und ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung im Falle eines Ausweisentzugs durch einen Drittstaat und bezogen auf die Fahrberechtigung in diesem Drittstaat zu prüfen, ob diese Massnahme auch mit Wirkung für die Schweiz zu verfügen und deshalb, den ausländischen Entscheid ergänzend, der schweizerische Fahrausweis zu entziehen sei. Vom Ausland angeordnete Administrativmassnahmen können und sollen in der Regel also nach Massgabe des schweizerischen Rechts mit Wirkung für den schweizerischen Führerausweis übersetzt und nachvollzogen werden. An dieser Praxis ist festzuhalten (vgl. auch <ref-ruling> E. 2d mit Hinweis auf 123 II 97 E. 2c).
b) Im Entscheid <ref-ruling> ist das Bundesgericht in Konkretisierung der genannten Rechtsprechung in Bezug auf diesen Punkt jedoch einen Schritt weiter gegangen und hat in einem Fall, in dem der Tatortstaat von einem Führerausweisentzug abgesehen hatte, den Entzug des schweizerischen Führerausweises für die gesetzliche Minimaldauer von einem Monat als rechtmässig erachtet. Neben der grundsätzlichen Erwägung zu Art. 34 Abs. 4 VZV, welcher nur die bereits etablierte Praxis zum Führerausweisentzug für den Regelfall aufnehme, liess sich das Bundesgericht vor allem vom Gedanken leiten, dass sich die nationalen gesetzlich vorgesehenen Sanktionen bei Strassenverkehrsdelikten erheblich unterscheiden und die Übertragung ins schweizerische Recht und mit Geltung für die Schweiz deshalb nicht einfach sei. Fallbezogen erachtete es deshalb den Entzug des schweizerischen Führerausweises für die gesetzliche Minimalfrist von einem Monat im Hinblick auf die von der deutschen Behörde verfügte Eintragung von drei Strafpunkten im Verkehrszentralregister als angemessen.
c) In der Folge dieses Entscheides sind die zuständigen schweizerischen Behörden dazu übergegangen, bei Strassenverkehrsdelikten im Ausland den Fahrzeugführern mit Wohnsitz in der Schweiz den Führerausweis routinemässig zu entziehen, wenn er nach schweizerischer Gerichtspraxis für das nämliche Delikt im Inland entzogen worden wäre. Der Ausgang des Administrativverfahrens im Tatortstaat war dabei nicht mehr von Belang. So konnte es geschehen, dass die schweizerische Behörde einen Geschwindigkeitsexzess auf einer deutschen Autobahn als grobe Verkehrsregelverletzung qualifizierte - weshalb der Führerausweis zu entziehen war -, obwohl die deutsche Behörde in demselben Verhalten lediglich eine Ordnungswidrigkeit zu erkennen vermochte.
d) Würde diese Praxis allein unter dem Gesichtspunkt der Strafähnlichkeit eines Führerausweisentzuges betrachtet, müsste sie als bedenklich erscheinen, zumal wenn in der Schweiz der Führerausweis entzogen wird, obwohl der Tatortstaat diese Massnahme selbst explizit geprüft, aber verworfen hat: Die Schweiz würde so ein Verhalten sanktionieren, das vom Tatortstaat bereits abschliessend milder sanktioniert worden ist.
Mit ein wesentlicher Grund dafür, dass das Bundesgericht auf die im Entscheid <ref-ruling> begründete Praxis zurückkommt, liegt jedoch darin, dass innerhalb der Europäischen Union die Umsetzung von Führerausweisentzügen durch den Wohnsitzstaat des fehlbaren Lenkers vertraglich geregelt wurde und der Bundesrat ausserdem am 21. November 2001 bekannt gegeben hat, das nationale Führerausweisrecht mit dem europäischen harmonisieren zu wollen (vgl. Übereinkommen der EU über den Entzug der Fahrerlaubnis vom 17. Juni 1998, publ. in Amtsblatt Nr. C 216 vom 10. Juli 1998, S. 2-12; Begleitschreiben des Vorstehers UVEK vom 21. November 2001 zur Vernehmlassung zur Teilrevision des Strassenverkehrsrechtes). Das europäische Übereinkommen statuiert folgende Grundregel: Die durch europäische Drittstaaten als Tatortstaaten verfügten Führerausweisentzüge können und sollen durch den Wohnsitzstaat übernommen oder gerichtlich nachvollzogen werden, der Wohnsitzstaat darf jedoch mit der von ihm verfügten Massnahme nicht über das Sanktionsmass hinausgehen, das vom Tatortstaat festgesetzt worden ist.
Die schweizerische Verwaltungs- und Gerichtspraxis, wonach bei Strassenverkehrsdelikten im Ausland der schweizerische Führerausweis entzogen werden kann, auch wenn der Tatortstaat von dieser Massnahme abgesehen hat, ist im europäischen Umfeld singulär. Aus den genannten Gründen kommt das Bundesgericht zum Schluss, dass der schweizerische Nachvollzug einer vom Ausland verfügten Massnahme durch die Art der ausländischen Massnahme begrenzt wird: Der schweizerische Führerausweis darf deshalb nur noch entzogen werden, wenn auch der Tatortstaat die Fahrberechtigung für sein Staatsgebiet entzogen hat, eine Verwarnung darf nur noch ausgesprochen werden, wenn auch der Tatortstaat eine der schweizerischen Verwarnung entsprechende Massnahme verfügt hat. Dazu bleibt anzumerken, was folgt:
e) Die nationalen Systeme gesetzlich vorgesehener Administrativmassnahmen unterscheiden sich teilweise erheblich. Gewisse Länder kennen Verkehrszentralregister, in welchen nach Geschwindigkeitsexzessen oder anderen Strassenverkehrsdelikten Strafpunkte eingetragen oder Bonuspunkte abgezogen werden. Die Schweiz kennt als leichteste Administrativmassnahme nur die Verwarnung. Die zuständigen schweizerischen Behörden haben deshalb nach pflichtgemässem Ermessen zu prüfen, ob nach einem Auslanddelikt, für das der Tatortstaat eine dem schweizerischen Rechtssystem fremde Administrativmassnahme verfügt hat, in der Schweiz eine Verwarnung auszusprechen ist.
Voraussetzung für eine allfällige Verwarnung ist dabei lediglich, dass der Tatortstaat überhaupt eine Administrativmassnahme angeordnet hat; nicht erforderlich ist hingegen, dass die ausländische Administrativmassnahme nach schweizerischem Recht bereits eine Verwarnung darstellt.
Im vorliegenden Fall hat der Beschwerdeführer mit seinem Verhalten die deutschen Behörden veranlasst, vier Strafpunkte im Verkehrszentralregister einzutragen.
Er ist deshalb nach schweizerischem Recht zu verwarnen.
f) Die Einschränkung des Führerausweisentzuges nach Auslanddelikten betrifft nur den Warnungsentzug.
Stellt eine Person mit Wohnsitz in der Schweiz mit ihrem Verkehrsverhalten im Ausland ihre Fahreignung in Frage, steht es den schweizerischen Behörden nach wie vor frei, einen Sicherungsentzug des Führerausweises zu prüfen und gegebenenfalls anzuordnen (vgl. dazu auch Art. 5 des europäischen Übereinkommens über den Entzug der Fahrerlaubnis).
5.- Zusammenfassend ist festzuhalten: Verletzt eine Person mit Schweizer Wohnsitz Verkehrsregeln im Ausland, so kann die zuständige inländische Administrativbehörde einen Warnungsentzug des Führerausweises nur aussprechen, wenn die Fahrberechtigung auch vom Tatortstaat entzogen wird. Diese Einschränkung gilt nicht für den Sicherungsentzug des Führerausweises. Erlässt der Tatortstaat neben der strafrechtlichen Sanktion eine andere Administrativmassnahme als den Entzug des Führerausweises (Verwarnung, Strafpunkte in einem Verkehrsregister o.ä.), so prüft die zuständige inländische Behörde mit pflichtgemässem Ermessen, ob eine Verwarnung auszusprechen ist.
6.- Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben. Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 1 und Abs. 2 OG).
Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für seine Aufwendungen im bundesgerichtlichen Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 13. März 2001 aufgehoben.
2.-Der Beschwerdeführer wird in Anwendung von Art. 16 Abs. 2 SVG verwarnt.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.
4.-Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5.-Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt und dem Verwaltungsgericht (4. Kammer) des Kantons Aargau sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 29. November 2001
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: