Sachverhalt:
A. Z._, geboren 1962, arbeitete als Chef bei der Basis X._ der Armee. Es handelt sich dabei um eine Funktion mit besonderer Sicherheitsempfindlichkeit, für welche die periodische Durchführung einer Personensicherheitsprüfung vorgesehen ist. Z._ stimmte der Sicherheitsprüfung am 5. Januar 2011 zu und ermächtigte die Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen im Bereich Informations- und Objektsicherheit (Fachstelle IOS; nachfolgend: Fachstelle oder Beschwerdegegnerin) des Eidg. Departementes für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) zur Erhebung der erforderlichen Daten. Nachdem die Fachstelle Kenntnis von mehreren strafrechtlich relevanten Vorfällen mit rechtskräftiger Verurteilung wegen Pornografie erhalten und daraufhin Z._ persönlich befragt hatte, gewährte sie ihm das rechtliche Gehör. Am 3. November 2011 erliess die Fachstelle eine negative Risikoverfügung, wonach Z._ als Sicherheitsrisiko erachtet und unter anderem empfohlen wurde, von seiner Weiterverwendung in der Funktion als Chef bei der Basis X._ der Armee sei abzusehen; zudem dürfe ihm kein Zugang mehr zu vertraulich und geheim klassifizierten Informationen, Materialien und militärischen Anlagen mit Schutzzonen A und B gewährt werden.
B. Das Bundesverwaltungsgericht wies die von Z._ gegen die negative Risikoverfügung erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 25. Juni 2012 ab.
C. Z._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zur Durchführung der notwendigen Beweismassnahmen im Sinne der nachfolgenden Begründung zurückzuweisen. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass der Beschwerdeführer kein Sicherheitsrisiko darstelle. Der ersuchenden Stelle sei zu empfehlen, dem Beschwerdeführer Zugang zu vertraulich und geheim klassifizierten Informationen, Materialien und militärischen Anlagen mit Schutzzonen A oder B zu gewähren.

Erwägungen:
1. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a BGG) gegen den verfahrensabschliessenden Beschwerdeentscheid des Bundesverwaltungsgerichts (86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG) ist bei entsprechend erfüllten Voraussetzungen einzutreten (vgl. Urteil 8C_788/2011 vom 2. Mai 2012 E. 1.1). Damit können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was von der ein Novum einbringenden Partei darzulegen ist (Art. 99 Abs. 1 BGG; <ref-ruling>; SVR 2010 UV Nr. 17 S. 63, 8C_239/2008 E. 4). Entsprechende Umstände macht der Beschwerdeführer nicht geltend, obgleich die Wiederholungsgefahr schon vor Erlass des angefochtenen Entscheids Gegenstand des erstinstanzlichen Beschwerdeverfahrens war, weshalb die vor Bundesgericht eingereichten neuen Berichte des Psychiaters Dr. med. H._ vom 6. August und 13. November 2012 nicht zu berücksichtigen sind.
3. Das Bundesverwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid die massgebenden Bestimmungen über das Ziel der Personensicherheitsprüfung (Art. 19 Abs. 1 lit. a bis e des Bundesgesetzes vom 21. März 1997 über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit [BWIS; SR 120]), die Risikoverfügungen (Art. 21 der Verordnung vom 19. Dezember 2001 über die Personensicherheitsprüfungen in der hier anwendbaren, bis 31. März 2011 gültig gewesenen Fassung [aPSPV; SR 120.4]) sowie über die Tatsache, dass die entscheidende Instanz im Sinne von Art. 23 aPSPV nicht an die Sicherheitsrisikobeurteilung der Beschwerdegegnerin gebunden ist (Art. 21 Abs. 4 BWIS in Verbindung mit Art. 24 Abs. 1 aPSPV), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Fest steht, dass der Beschwerdeführer in der angestammten Tätigkeit eine sicherheitsempfindliche Funktion ausübte, für welche die periodische Durchführung einer Personensicherheitsprüfung vorgesehen ist. Zudem ist unbestritten, dass er sich in der Zeit vom 11. Juli 2001 bis 24. Januar 2007 des mehrfachen Herstellens und des mehrfachen Besitzes von illegaler Pornografie schuldig gemacht hat und deswegen rechtskräftig verurteilt wurde. Der Beschwerdeführer bestreitet jedoch, ein Sicherheitsrisiko darzustellen, und rügt eine Verletzung der Art. 19 ff. BWIS sowie - erstmals vor Bundesgericht - des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweislastregel von Art. 8 ZGB. Demgegenüber verzichtet der Beschwerdeführer letztinstanzlich auf einer Erneuerung seiner vor Bundesverwaltungsgericht vorgetragenen Rüge einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV.
4.2 Die Vorinstanz bestätigte mit angefochtenem Entscheid, dass die Wiederholung einer strafbaren Handlung gegen die sexuelle Integrität nicht auszuschliessen sei. Zudem bestehe aufgrund dieser Mängel hinsichtlich Integrität bzw. Vertrauenswürdigkeit des Beschwerdeführers mit Blick auf ein allfälliges Bekanntwerden ein Erpressungsrisiko sowie Risiken eines Reputationsverlusts und Spektakelwertes für den Staat. Dessen Schutzinteresse in Bezug auf ein unbeschädigtes Institutionenvertrauen überwiege das private Interesse an einer positiven Risikobeurteilung, weshalb die strittige negative Risikoverfügung den Grundsatz der Verhältnismässigkeit nicht verletze.
5. Soweit der Beschwerdeführer rügt, Verwaltung und Vorinstanz hätten nur durch eine Umkehr der allgemeinen Beweislastregel von Art. 8 ZGB und unter Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 12 VwVG) auf eine Wiederholungsgefahr schliessen können, ist seine Kritik unbegründet. Zunächst setzte er selbst durch seine strafrechtlich relevanten Verfehlungen, welche als objektiv gravierend zu qualifizieren sind (Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts A-372/2011 vom 25. Mai 2012 E. 6.1), den Grund zur Annahme, es bestehe ein Sicherheitsrisiko (insbesondere Erpressbarkeit; vgl. Urteil 8C_788/2011 vom 2. Mai 2012 E. 2 i.f. mit Hinweisen). Ist von dieser Ausgangslage eines erhöhten Risikos auszugehen, entspricht es der Beweislage, dass der Beschwerdeführer den Nachweis für Minimierung dieses Risikos zu erbringen hat. Dies umso mehr als bei ihm nach vorinstanzlicher und für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlicher Tatsachenfeststellung aufgrund psychiatrischer Berichte eine Wiederholung des Konsums illegaler Pornografie nicht ausgeschlossen werden kann, auch wenn das Rückfallrisiko als sehr klein bzw. gering eingeschätzt wurde. Laut Sachverhaltsfeststellung des Bundesverwaltungsgerichts steht zudem fest, dass der Beschwerdeführer weiterhin in demjenigen Sexshop DVD's bezieht, in welchem er - nach eigenen Angaben unwissentlich - auch schon illegale Pornografie erworben hatte und dass sich in seiner DVD-Sammlung im Zeitpunkt der Befragung durch die Fachstelle noch immer Darstellungen von sado-masochistischem Inhalt fanden. Unter den gegebenen Umständen ist die vorinstanzliche Schlussfolgerung, wonach Mängel hinsichtlich Integrität bzw. Vertrauenswürdigkeit des Beschwerdeführers - trotz positiver Beurteilung seiner Arbeitsleistung - ein Sicherheitsrisiko nicht ausschliessen lassen, und der Verzicht auf weitere Abklärungen in antizipierter Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 157 sowie André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 3.125 und 3.144) nicht als bundesrechtswidrig zu beanstanden.
6. 6.1 Eine Angemessenheitskontrolle ist dem Bundesgericht verwehrt; es hat nur zu prüfen, ob die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft (Art. 95 lit. a BGG) ausgeübt, mithin überschritten, unterschritten oder missbraucht hat (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 8C_644/2008 vom 19. August 2009 E. 6.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2010 IV Nr. 6 S. 13; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.3 S. 328), was Willkür einschliesst (Urteil 8C_797/2010 vom 11. Januar 2011 E. 3 mit Hinweisen). Die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts ist insoweit beschränkt. Es hat nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen der zuständigen Behörde zu setzen.
Gemäss <ref-ruling> E. 4.2 S. 157 hat das Bundesgericht - soweit die Anwendung von Bundesverwaltungsrecht in Frage steht - im Rahmen einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Verhältnismässigkeit des angefochtenen Akts grundsätzlich mit freier Kognition zu prüfen. Aus dem genannten Entscheid geht jedoch auch hervor, dass ein gesetzlich eingeräumter Gestaltungsspielraum nicht auf dem Wege der Verhältnismässigkeitsprüfung unterlaufen werden darf (vgl. dazu auch <ref-ruling> E. 1b S. 2; Urteil 8C_788/2011 vom 2. Mai 2012 E. 5.1.1 und 5.1.2 mit Hinweis).
6.2 Mit Blick auf die vorinstanzliche Risikoabwägung hinsichtlich der Erpressbarkeit bestreitet der Beschwerdeführer nicht, dass die ihm untergebenen, mehr als zwanzig Mitarbeitenden und sein privates Umfeld gemäss angefochtenem Entscheid nicht über die von ihm begangenen Straftaten informiert sind. Soweit diese Straftaten nach dem Willen des Beschwerdeführers geheim bleiben sollten, hing die Erpressbarkeit nicht von der Verwirklichung des Rückfallrisikos ab. Unbestritten blieben sodann die vorinstanzlichen Feststellungen zum Risikopotenzial, welches mit der sicherheitsempfindlichen Funktion der angestammten Tätigkeit des Beschwerdeführers verbunden war. Auch unter Berücksichtigung einer allfälligen Rückstufung der Sicherheitsempfindlichkeit setzte demnach die Ausübung dieser Funktion aufgrund des Zuganges zu vertraulich klassifizierten Informationen im Bereich Y._ der Armee - mit entsprechenden Geheimhaltungsinteressen des Staates - ein hohes Mass an Vertrauenswürdigkeit, Sensibilität und Gefahrenbewusstsein voraus. Schliesslich erkannte die Vorinstanz aufgrund des notorisch grossen medialen Interesses an "Sex and Crime" bundesrechtskonform auf das Bestehen eines erheblichen Spektakelwerts und die drohende Gefahr eines Reputationsverlusts der Verwaltung für den Fall des Bekanntwerdens der von einem Vorgesetzten des VBS begangenen Straftaten und zwar ungeachtet der seit der Verurteilung vergangenen Jahre. Die Risikoabwägung von Verwaltung und Vorinstanz, welche schliesslich auf das Bestehen eines Sicherheitsrisikos im Sinne des BWIS schlossen, beruht jedenfalls nicht auf einem Ermessensmissbrauch und verletzt auch sonst nicht das Willkürverbot (Art. 9 BV), soweit diesbezüglich überhaupt eine der qualifizierten Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BG vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 235 mit Hinweisen) genügende Argumentation vorgetragen wurde.
6.3 Die Vorinstanz hat ausführlich dargelegt, weshalb praxisgemäss im Rahmen der Personensicherheitsprüfung, dessen Ergebnis hier strittig ist, die Qualität der Arbeitsleistung oder soziale Überlegungen irrelevant sind. Für den Entscheid der Fachbehörde über die Personensicherheitsprüfung ist auch nicht ausschlaggebend, ob die Person am Vorliegen eines allfälligen Sicherheitsrisikos ein Verschulden trifft oder nicht (Urteil 8C_788/2011 vom 2. Mai 2012 E. 5.1.1 und 5.1.2 mit Hinweisen). Unbegründet ist auch der Einwand, wonach sich die strittige negative Risikoverfügung "mittelbar [...] gravierend auf die Familie des Beschwerdeführers auswirken [würde], da in diesem Fall die Unterhaltspflichten nicht mehr erfüllt werden könnten und entsprechend auch die Kinder und die Ex-Frau in eine finanzielle Notlage geraten" würden. Denn die entscheidende Instanz im Sinne von Art. 23 aPSPV ist nicht an die Sicherheitsrisikobeurteilung der Beschwerdegegnerin gebunden (Art. 21 Abs. 4 BWIS in Verbindung mit Art. 24 Abs. 1 aPSPV). Vielmehr wäre über eine allfällige Anordnung personalrechtlicher Sanktionen, welche nicht Gegenstand des hier zu beurteilenden Streites bildet, ohnehin in einem selbstständigen Verfahren (hier nach Art. 34 ff. BPG) zu entscheiden.
7. Nach dem Gesagten ist der angefochtene Entscheid, mit welchem die Vorinstanz die von der Beschwerdegegnerin erlassene negative Risikoverfügung bestätigte, nicht zu beanstanden.
8. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde gegenstandslos.
9. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. März 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Hochuli