Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer wurde in beiden Verfahren 6B_541/2009 und 6B_667/2009 aufgefordert, dem Bundesgericht einen Kostenvorschuss einzuzahlen. Statt dessen reicht er am 14. September 2009 einen "Schlussbericht" ein, in welchem er abschliessend ausführt, er ersuche das Bundesgericht, ihn in Zukunft in Ruhe zu lassen und "nicht mehr länger mit dieser Gaunerei zu belästigen". Es kann offen bleiben, ob es sich beim "Schlussbericht" um einen Beschwerderückzug handelt. Auch kann unberücksichtigt bleiben, dass der Beschwerdeführer die Kostenvorschüsse nicht bezahlt hat. Denn jedenfalls ergibt sich aus seiner "Berufung" vom 14. Mai 2009 und aus seinem "Rekurs" vom 2. August 2009 nicht, dass und inwieweit die angefochtenen Entscheide vom 15. April und 15. Juni 2009 das Recht im Sinne von <ref-law> verletzen könnten. Beide Eingaben erfüllen die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law> nicht. Auf die Beschwerden ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Ausnahmsweise kann auf eine Kostenauflage verzichtet werden.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn