Fatti:
A. A.a Il 7 luglio 1999 la società semplice composta da B.B._ e C.B._ (opponenti), D._ e E._AG, ha acquistato il fondo xxx di Y._, sito fuori dalla zona edificabile, sul quale sorgeva un rustico classificato dal Comune tra quelli "meritevoli di conservazione", suscettibile pertanto di essere riattato e destinato ad abitazione secondaria.
Il 23 gennaio 2001, a seguito dello scioglimento della proprietà comune, il fondo è stato intestato alla sola C.B._.
A.b L'acquisto del fondo era stato deciso dopo l'accoglimento da parte delle competenti autorità comunali e cantonali, il 18 maggio 1999, di una domanda di costruzione volta alla riattazione e trasformazione del rustico. Il progetto approvato prevedeva in sostanza la pressoché integrale conservazione dei muri perimetrali, ad eccezione di una parziale demolizione di quello a est, necessaria per far spazio a un nuovo locale, realizzato in calcestruzzo e rifinito con vecchio pietrame a facciavista, in cui avrebbero trovato spazio una nuova cucina e un deposito, quest'ultimo - contrariamente a quanto previsto in un primo tempo - accessibile solo dall'esterno.
Gli opponenti hanno in seguito chiesto di essere autorizzati a sostituire la copertura del tetto con la posa di tegole in cemento grigio al posto delle piode ancora presenti in loco. La richiesta, elaborata sulla base degli atti della prima proposta e non del progetto approvato, è stata accettata dal Comune il 2 maggio 2000, dopo aver ottenuto il benestare dalla Commissione delle bellezze naturali e del paesaggio.
Con domanda di costruzione in variante, il 28 ottobre 2000 gli opponenti hanno quindi domandato di poter demolire l'intero rustico e ricostruirlo in calcestruzzo con vecchio pietrame in facciavista, il tutto per mantenerne le caratteristiche. Preso atto del preavviso negativo del Dipartimento del territorio, la nuova domanda, che come la precedente era stata allestita sulla base degli atti della prima proposta e che oltretutto prevedeva lo spostamento della doccia laddove in precedenza era previsto il deposito, ora eliminato, è stata respinta l'11 gennaio 2001.
A.c I lavori di costruzione sono stati affidati all'impresa A._ (ricorrente) e hanno preso avvio nell'aprile 2001.
In corso d'opera, il 9 maggio 2001, la ricorrente ha notificato al Comune il crollo del timpano nord durante la rimozione della trave del colmo del tetto, l'intenzione di procedere al rifacimento in calcestruzzo del muro sul lato ovest, a causa delle sue pessime condizioni, per una lunghezza di circa 2 metri, e la necessità, per eseguire le nuove finestre al pianterreno e al primo piano sui lati sud e est, di rimuovere parzialmente le relative murature e il timpano sud.
Il 17 maggio 2001 il Comune ha autorizzato la ricostruzione delle parti crollate e in particolare di parte del muro sul lato nord nonché degli interventi parziali sulla facciata sud ed est, a condizione che il tutto fosse ricostruito nel pieno rispetto della costruzione originale per quanto attiene alla struttura e delle dimensioni dei piani approvati.
La ricorrente ha quindi proceduto alla ricostruzione in calcestruzzo di 2.80 metri di muro crollato sul lato ovest, rivestendolo poi con vecchio pietrame a facciavista, ha rimosso il timpano sud e la muratura su questo lato e sul lato est fino all'altezza di 1.60 metri e ha costruito completamente in calcestruzzo il muro sul lato nord, ivi compresa la parte relativa al nuovo locale.
Constatata l'effettuazione di demolizioni e ampliamenti non conformi ai piani approvati, il 3 luglio 2001 il Comune ha ordinato il blocco dei lavori e, oltre ad aver avviato una procedura di contravvenzione nei confronti dei proprietari del fondo, li ha invitati a presentare una domanda di costruzione a posteriori.
Una prima domanda di costruzione in sanatoria è stata respinta per motivi formali. La successiva domanda, presentata il 14 novembre 2001, è stata respinta dal Comune l'8 aprile 2002, a seguito del preavviso sfavorevole del Dipartimento del territorio, che aveva evidenziato come gli elementi caratteristici del rustico, degni di protezione, fossero stati in gran parte eliminati con la sua demolizione. La decisione comunale è stata confermata il 3 settembre 2002 dal Consiglio di Stato, che ha nel contempo accertato la nullità della licenza edilizia rilasciata il 2 maggio 2000, siccome non preventivamente sottoposta al Dipartimento del territorio. La procedura ricorsuale avviata innanzi al Tribunale Cantonale amministrativo il 25 settembre 2002, tuttora in corso, risulta attualmente sospesa.
B. Il 30 ottobre 2003 la ricorrente ha convenuto gli opponenti dinanzi alla Pretura del Distretto di Locarno-Campagna con un'azione volta a ottenere il pagamento di fr. 98'486.--, oltre interessi, composti da fr. 88'486.--, ancora dovutile per le opere effettuate, la cui conclusione non era a quel momento possibile, e dalle spese legali da lei anticipate di fr. 10'000.--.
Gli opponenti si sono integralmente opposti alla petizione e in via riconvenzionale hanno chiesto la condanna della ricorrente al pagamento di fr. 332'329.40 oltre interessi. A loro avviso la ricorrente non solo non poteva pretendere alcunché ma anzi era debitrice nei loro confronti, sia perché non aveva portato a termine l'opera appaltata sia perché responsabile della perdita totale della stessa, essendo all'origine dei crolli e avendo effettuato, di sua iniziativa o comunque senza avvisare la committenza dell'erroneità del modo di procedere, ampliamenti e demolizioni non previsti dai piani approvati, ciò che li legittimava a rescindere il contratto.
Statuendo il 4 giugno 2007 il Pretore ha parzialmente accolto la petizione, per fr. 90'657.30 oltre interessi, e respinto la domanda riconvenzionale. Premesso che i committenti avevano sostenuto da una parte di essere receduti dal contratto e dall'altra che l'esecuzione dell'opera era divenuta impossibile, il Pretore ha stabilito che l'appaltatrice avrebbe avuto in ogni caso diritto al pagamento della mercede: nella prima evenienza in forza dell'<ref-law> e nella seconda dell'<ref-law>, a meno di doverla ritenere responsabile della situazione venutasi a creare. A prescindere dalla questione dell'esistenza di un caso d'impossibilità, il giudice ha escluso ogni responsabilità della ricorrente, non potendo essere imputato a lei il blocco dei lavori. Da qui la condanna dei committenti, in solido, al pagamento della mercede residua per le opere eseguite, pari a fr. 75'135.80, a cui andavano aggiunti fr. 6'000.-- per il fermo cantiere e fr. 9'521.50 per i costi preprocessuali e per le spese della prova a futura memoria.
C. Di diverso avviso è stata la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, adita dai soccombenti, la quale con sentenza del 17 settembre 2008 ha modificato il giudizio di primo grado respingendo integralmente (anche) la petizione.
Secondo i giudici della massima istanza cantonale, diversamente da quanto considerato dal Pretore, nulla permette di ritenere che gli opponenti abbiano rescisso il contratto secondo l'<ref-law> e la fattispecie andava esaminata sotto il profilo dell'<ref-law>. Essi si sono quindi chinati sulla questione dell'impossibilità della realizzazione dell'opera, giungendo alla conclusione che, contrariamente a quanto preteso dalle parti, questa non è stabilita in modo definitivo, il Tribunale cantonale amministrativo dovendo ancora pronunciarsi sulla domanda di costruzione in sanatoria. In presenza di una semplice impossibilità temporanea - hanno terminato i giudici ticinesi - le prestazioni delle parti rimangono sospese: la ricorrente non può dunque pretendere il saldo della mercede e i committenti non possono far valere nei suoi confronti alcuna pretesa risarcitoria. Per questo motivo sia la petizione sia la domanda riconvenzionale sono state per il momento respinte, riservata la possibilità di riproporle, se del caso, in futuro.
D. Il 22 ottobre 2008 la ricorrente è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere la modifica della sentenza cantonale nel senso della reiezione dell'appello dei committenti e, di conseguenza, dell'accoglimento della petizione.
Nelle osservazioni del 4 dicembre 2008 gli opponenti hanno proposto la reiezione del gravame, mentre la massima istanza ticinese ha rinunciato a pronunciarsi.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3).
Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF), il ricorso è ricevibile.
1.2 Il Tribunale federale è tenuto ad applicare d'ufficio il diritto federale (<ref-law>). L'atto di ricorso deve nondimeno spiegare in modo conciso, riferito all'oggetto del litigio, in cosa consista la violazione e su quali punti il giudizio sia impugnato (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Le esigenze di motivazione sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina queste censure solo se il ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'<ref-law>, che pone condizioni analoghe a quelle che vigevano per il ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali secondo l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2).
1.3 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>); giusta l'<ref-law> può scostarsene solo se esso è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere impugnato alle stesse condizioni (<ref-law>); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). L'onere di esporre i motivi per i quali queste condizioni sarebbero adempiute spetta alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata.
2. 2.1 La ricorrente rimprovera al Tribunale d'appello di aver considerato a torto che il contratto di appalto non è stato rescisso, ignorando che gli opponenti hanno ammesso davanti al Pretore di essere receduti dal contratto; aggiunge che tale circostanza è in seguito stata data per acquisita dalle parti, tant'è che non è più stata affrontata negli scritti d'appello.
Ciò che le parti hanno ammesso o dato per acquisito nel processo cantonale attiene ai fatti (fatti procedurali; Prozessstoff). La ricorrente ignora gli accertamenti del giudizio impugnato a questo proposito. Secondo i giudici ticinesi la rescissione del contratto era stata fatta valere dagli opponenti solo negli allegati introduttivi di causa e non è poi stata dimostrata in sede d'istruttoria, di modo che negli scritti conclusivi essi hanno rinunciato a prevalersene. Lo stesso è accaduto negli allegati introdotti dinanzi al Tribunale d'appello, nei quali la rescissione del contratto non è più stata menzionata da nessuna delle parti. Questi accertamenti sono vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>). La ricorrente vi contrappone soltanto in modo inammissibile la propria interpretazione, senza motivare come avrebbe dovuto (cfr. consid. 1.3).
2.2 La ricorrente afferma inoltre che la Corte cantonale, ribaltando di sua iniziativa la conclusione del giudice di primo grado secondo cui il contratto era stato revocato, sarebbe incorsa in un manifesto arbitrio.
Questo argomento concerne il potere di esame dell'autorità cantonale, tema che è retto in primo luogo dalla procedura civile cantonale. La ricorrente non menziona però nessuna disposizione del diritto ticinese che - a suo modo di vedere - sarebbe stata applicata in maniera arbitraria. Nemmeno a questo proposito essa adempie pertanto l'onere di motivazione accresciuto che le incombeva (<ref-law>).
2.3 Infine la ricorrente sostiene che le circostanze particolari rendono comunque palese che la rescissione del contratto è intervenuta per atti concludenti.
Anche questa tesi si scontra con gli accertamenti del giudizio impugnato, secondo il quale "nessuno pretende (più) che il contratto d'appalto pacificamente venuto in essere tra le parti sia stato rescisso". L'allegazione è quindi nuova (<ref-law>).
2.4 Da quanto esposto discende che queste prime censure sono irricevibili.
3. Per quanto riguarda l'applicazione del diritto sostanziale, la ricorrente si duole della violazione dell'<ref-law>. A suo avviso ci si trova di fronte a un'impossibilità definitiva ai sensi di detta norma, ciò che le darebbe il diritto al pagamento del lavoro già fatto.
3. Per quanto riguarda l'applicazione del diritto sostanziale, la ricorrente si duole della violazione dell'<ref-law>. A suo avviso ci si trova di fronte a un'impossibilità definitiva ai sensi di detta norma, ciò che le darebbe il diritto al pagamento del lavoro già fatto.
3.1 3.1.1 Giusta l'<ref-law>, l'appaltatore ha diritto al pagamento del lavoro già fatto e al rimborso delle spese non comprese nella mercede se il compimento dell'opera è divenuto impossibile per caso fortuito sopraggiunto al committente.
3.1.2 L'<ref-law> trova applicazione quando, dopo la conclusione del contratto, la prestazione pattuita è divenuta oggettivamente impossibile (PETER GAUCH, Der Werkvetrag, 4° ed., 1996, n. 719, 723; FRANÇOIS CHAIX, in: Commentaire romand, Code des obligations, 2003, n. 6 ad <ref-law>; ZINDEL/PULVER, in: Basler Kommentar, 2007, n. 11 ad <ref-law>; PASCAL PICHONNAZ, Impossibilité et exorbitance, 1997, n. 1185; Alfred Koller, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 3° ed. 2009, § 54 n. 183; PETER LEHMANN, in: Honsell [Hrsg.], Kurzkommentar OR, 2008, n. 3 ad <ref-law>). L'ostacolo che rende oggettivamente impossibile l'esecuzione della prestazione può consistere sia in un fatto naturale, sia in un fatto giuridico, in quest'ultima ipotesi tipicamente in un provvedimento della pubblica autorità (factum principis; cfr. WOLFGANG WIEGAND, Basler Kommentar, 4° ed., 2007, n. 9 ad <ref-law>; FRANCESCO GALGANO, Il contratto, Padova 2007, pag. 88), per esempio - come nel caso di specie - in un divieto edilizio (GAUCH, op. cit., n. 725; CHAIX, op. cit., n. 7 ad <ref-law>; ZINDEL/PULVER, op. cit., n. 14 ad <ref-law>; PICHONNAZ, op. cit., n. 1185; PIERRE TERCIER, Les contrats spéciaux, 4° ed., 2009, n. 4844). L'impossibilità non deve inoltre essere temporanea bensì definitiva; in altre parole l'ostacolo che impedisce l'esecuzione della prestazione non può più essere eliminato rispettivamente non è possibile prevedere in quale momento tale eventualità potrebbe realizzarsi (VON TUHR/ESCHER, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, vol. II, 3° ed., 1974, pag. 96 seg.; PICHONNAZ, op. cit., n. 696 segg.; WIEGAND, op. cit., n. 16 ad <ref-law>; cfr. anche DTF 45 II 192 consid. 2).
3.1.3 Incombe all'appaltatore che esige la remunerazione del lavoro già eseguito in forza dell'<ref-law> - in concreto quindi alla ricorrente - provare l'esistenza di un ostacolo che gli impedisce oggettivamente e definitivamente di fornire la prestazione concordata (<ref-law>; cfr. ZINDEL/PULVER, op. cit., n. 24 ad <ref-law>).
3.2 Nel caso di specie, il Tribunale d'appello è giunto alla conclusione che non si può, al momento, affermare che la continuazione dei lavori sia divenuta definitivamente impossibile, giacché il Tribunale cantonale amministrativo non si è ancora espresso sul ricorso inoltrato dagli opponenti contro il rifiuto della licenza edilizia in sanatoria.
A ciò la ricorrente obietta che la fine della procedura pendente dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo non è prevedibile, dato ch'essa è sospesa da parecchi anni. Non avendo gli opponenti ormai più alcun interesse a sbloccare la sospensione, visto che la costruzione da loro auspicata non verrà verosimilmente mai autorizzata, questa situazione potrebbe procrastinarsi in eterno, ciò che oltre a ledere l'<ref-law>, configura un abuso di diritto.
Queste argomentazioni sono irricevibili, perché si fondano su fatti che non risultano dalla sentenza impugnata, la quale non contiene alcun accertamento in merito alle cause della sospensione della procedura amministrativa. I giudici ticinesi non avevano d'altronde motivo di approfondire questo aspetto, dal momento che l'attrice non se ne era prevalsa; anzi, come essa medesima riconosce, in sede di appello sosteneva addirittura la tesi contraria: asseriva che l'impossibilità di proseguire i lavori non era definitiva.
3.3 La mancanza di un impedimento definitivo alla prestazione della ricorrente rende inoltre superfluo esaminare se il crollo del timpano costituisce un caso fortuito sopraggiunto al committente ai sensi dell'<ref-law>.
4. Infine, la ricorrente si duole anche di una violazione dell'<ref-law>. A suo modo di vedere, in applicazione di questa norma gli opponenti devono pagare la mercede per i lavori parziali già eseguiti.
4.1 Di principio, il committente deve pagare la mercede all'atto della consegna dell'opera (<ref-law>). Se invece fu pattuita la consegna dell'opera in parti e il pagamento della mercede in rate, questa dovrà essere pagata per ciascuna delle singole parti del lavoro all'atto della relativa consegna (<ref-law>). Questa modalità di pagamento presuppone dunque che l'appaltatore sia contrattualmente tenuto a effettuare consegne parziali e che la mercede sia contrattualmente determinata in funzione delle singole parti dell'opera (GAUCH, op. cit., n. 1158). Se sono state pattuite delle consegne parziali, ma non è invece stato determinato il prezzo delle singole parti da consegnare, la mercede è esigibile nella sua totalità solo al momento della consegna dell'ultima parte (GAUCH, op. cit., n. 1158; LEHMANN, op. cit., n. 6 ad <ref-law>).
In concreto, la sentenza impugnata accerta che accordi in merito a pagamenti parziali non sono dimostrati. La censura della violazione dell'<ref-law> si rivela dunque infondata. L'applicazione corretta di una norma del diritto materiale federale (l'<ref-law>) da parte dell'autorità cantonale non lascia spazio per il giudizio di equità che la ricorrente auspica in via subordinata.
5. In conclusione, il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà agli opponenti fr. 5'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.