bei Einstellung des Strafverfahrens), hat sich ergeben:
A.- S._ wurde am 4. Dezember 1996 anlässlich einer Verkehrskontrolle auf der Autobahn N2 in Stans wegen des fehlenden vorderen Kontrollschildes durch die Kantonspolizei Nidwalden angehalten. Dabei ergab sich, dass S._, der sich als Autoverkäufer mit dem betreffenden Wagen auf einer Probefahrt befand, das Schild auf das Armaturenbrett hinter die Frontscheibe gelegt hatte, anstatt es im dafür vorgesehenen Kontrollschilderrahmen zu montieren. Mit Strafbefehl vom 8. Januar 1997 sprach der Verhörrichter Nidwalden S._ als verantwortlichen Fahrzeughalter gestützt auf die Strassenverkehrsgesetzgebung des nicht vorschriftsgemässen Anbringens des vorderen Kontrollschilds auf der Probefahrt für schuldig und bestrafte ihn mit einer Busse von Fr. 60.--. S._ erhob am 14. Januar 1997 Einsprache gegen den Strafbefehl; an der Einvernahme vom 18. Februar 1997 hielt er die Einsprache aufrecht. Am 4. März 1998 sprach die Strafabteilung Kleine Kammer des Kantonsgerichts Nidwalden S._ des nicht vorschriftsgemässen Anbringens des vorderen Kontrollschilds auf der Probefahrt für schuldig und bestrafte ihn mit einer Busse von Fr. 60.--. Gegen dieses Urteil appellierte S._ am 6. August 1998 und beantragte seinen Freispruch. Am 7. Januar 1999 ersuchte er um Einstellung des Verfahrens wegen Eintritts der absoluten Verjährung. Die Strafabteilung Kleine Kammer des Obergerichts stellte das Verfahren am 17. Juni 1999 zufolge Verjährung ein und auferlegte S._ die Verfahrenskosten.
B.- Gegen das Urteil des Obergerichts erhob S._ staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht wegen Verletzung des Willkürverbots, des rechtlichen Gehörs sowie Art. 6 Ziff. 2 EMRK. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei im Kostenpunkt aufzuheben und das Obergericht sei anzuweisen, die Gerichtskosten auf die Staatskasse zu nehmen und ihm eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Stellungnahme zur Beschwerde ausdrücklich verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Angefochten sind die Kostenfolgen eines letztinstanzlichen kantonalen Endentscheids im Sinn der Art. 86 f. OG. Der Beschwerdeführer ist durch diesen Entscheid in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und zur Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte legitimiert (Art. 88 OG). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.- a) Nach § 48 Ziff. 4 der Strafprozessordnung des Kantons Nidwalden vom 11. Januar 1989 (StPO/NW) können die Kosten einer eingestellten Strafuntersuchung ganz oder teilweise dem Beschuldigten auferlegt werden, wenn er durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Verhalten die Untersuchung veranlasst oder erschwert hat.
Das Obergericht hat das wegen nicht vorschriftsgemässen Anbringens des vorderen Kontrollschilds gestützt auf Art. 29 des Strassenverkehrsgesetzes vom 19. Dezember 1958 (SVG; SR 741. 01) in Verbindung mit den Art. 45 Abs. 2 und 96 der Verordnung über die technischen Anforderungen an Strassenfahrzeuge vom 19. Juni 1995 (VTS; SR 741. 41) gegen den Beschwerdeführer geführte Strafverfahren zufolge Eintritts der absoluten Verjährung eingestellt. Gleichzeitig hat es dem Beschwerdeführer gestützt auf <ref-law>/NW die Verfahrenskosten auferlegt, mit der Begründung, der Beschwerdeführer habe dadurch, dass er seinen Wagen nicht in vorschriftsgemässem Zustand habe verkehren lassen, die Einleitung des Strafverfahrens in vorwerfbarer Weise veranlasst.
Die Verfahrenskosten seien dem Beschwerdeführer deshalb unabhängig von der Frage aufzuerlegen, ob ihn an der Rechtsverletzung ein strafrechtliches Verschulden treffe.
b) Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, gegen die in Art. 6 Ziff. 2 EMRK vorgesehene Unschuldsvermutung verstossen zu haben, weil es ihm die Kosten des eingestellten Verfahrens einzig gestützt auf eine Strafnorm auferlegt und damit zum Ausdruck gebracht habe, dass es sein Verhalten unter strafrechtlichen Gesichtspunkten missbillige. Da es das Verfahren eingestellt habe, ohne dem Beschwerdeführer vorher noch die Gelegenheit zu bieten, seine ihm verfassungsmässig zustehenden Verteidigungsrechte wahrzunehmen, erwecke das angefochtene Urteil insgesamt den Eindruck, das Obergericht halte ihn gleichwohl für schuldig. Dies könne er auch deshalb nicht akzeptieren, weil er der Auffassung sei, das Kontrollschild korrekt am Wagen angebracht zu haben. Jedenfalls hätte ihm im Kanton Luzern, wo er berufsbedingt meist unterwegs sei, noch keine Behörde einen entsprechenden Vorwurf gemacht und damit das fragliche Verhalten gebilligt. Die Kostenauflage stelle mithin eine verfassungswidrige, willkürliche Anwendung von <ref-law>/NW dar: Weil dieser Bestimmung das Verursacherprinzip zu Grunde liege, hätte ihm das Obergericht - unter Bezugnahme auf eine ausserhalb des Strafrechts liegende Verbotsnorm- ein prozessuales Verschulden nachweisen müssen.
c) Gemäss Art. 6 Ziff. 2 EMRK wird bis zum gesetzlichen Nachweis seiner Schuld vermutet, dass der wegen einer strafbaren Handlung Angeklagte unschuldig ist. Für einen nichtverurteilenden Verfahrensabschluss bedeutet dies, dass der verfahrensabschliessende Entscheid nicht den Eindruck erwecken darf, dass eine strafrechtliche Schuld bestehe. Nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte sowie des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens dann gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung, wenn sie damit begründet wird, die Behörde halte den Angeschuldigten trotz der Einstellung des Verfahrens für strafbar, oder - was auf dasselbe hinausläuft - er wäre mit grosser Wahrscheinlichkeit schuldig gesprochen worden; damit würde die Kostenauflage einer Verdachtsstrafe gleichkommen (<ref-ruling> E. 2c S. 168 ff.; <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen; zur Praxis der EMRK-Organe: vgl. die Zusammenfassung bei Frowein/Peukert, EMRK-Kommentar, 2. Aufl. , N. 165 ff. zu Art. 6). Ebenfalls als konventions- und verfassungswidrig werden Kostenauflagen erachtet, die wegen eines allein ethisch vorwerfbaren Verhaltens des Angeschuldigten erfolgt sind (<ref-ruling> E. 1b mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2b S. 167 f.). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts dürfen einem Angeschuldigten bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens nur dann Kosten auferlegt werden, wenn er durch ein unter rechtlichen Gesichtspunkten vorwerfbares Verhalten die Einleitung des Strafverfahrens veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Bei einer solchen Kostenpflicht handelt es sich nicht um eine Haftung für ein strafrechtliches Verschulden, sondern um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für ein fehlerhaftes Verhalten, durch das die Einleitung oder Erschwerung eines Prozesses verursacht wurde. In diesem Sinn stellt die Kostenüberbindung eine Haftung prozessualer Natur für die dadurch veranlasste Mehrbeanspruchung der Untersuchungsorgane und die entsprechenden Kosten dar (vgl. Alex Zindel, Kosten- und Entschädigungsfolgen im Strafverfahren des Kantons Zürich, Diss. Zürich 1972, S. 31). Gemäss <ref-law> ist zum Ersatz verpflichtet, wer einem andern widerrechtlich Schaden zufügt, sei es mit Absicht, sei es aus Fahrlässigkeit. Im Zivilrecht wird demnach eine Haftung dann ausgelöst, wenn jemandem durch ein widerrechtliches und - abgesehen von den Fällen der Kausalhaftung - ausserdem schuldhaftes Verhalten ein Schaden zugefügt wird. Widerrechtlich im Sinn von <ref-law> ist ein Verhalten dann, wenn es gegen Normen verstösst, die direkt oder indirekt Schädigungen untersagen bzw. ein Schädigungen vermeidendes Verhalten vorschreiben. Solche Verhaltensnormen ergeben sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung, unter anderem aus Privat-, Verwaltungs- und Strafrecht, gleichgültig, ob es sich um eidgenössisches oder kantonales, geschriebenes oder ungeschriebenes Recht handelt (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2c S. 168 ff. mit zahlreichen Hinweisen). Es ist mit Verfassung und Konvention vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten dann zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine solche Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2d und e S. 171 ff.).
Dabei darf sich die Kostenauflage in tatsächlicher Hinsicht nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen (<ref-ruling> E. 2a S. 374) und fällt nur dann in Betracht, wenn sich die Behörde aufgrund des normwidrigen Verhaltens des Angeschuldigten in Ausübung pflichtgemässen Ermessens zur Einleitung eines Strafverfahrens veranlasst sehen durfte und sie dieses nicht aufgrund unrichtiger Beurteilung der Rechtslage oder vorschnell eingeleitet hat. Dies entspricht auch dem Grundsatz, dass der Überbindung von Verfahrenskosten bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens Ausnahmecharakter zukommt (<ref-ruling> E. 2c S. 171).
Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung der Unschuldsvermutung mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob der Kostenentscheid direkt oder indirekt den Vorwurf eines strafbaren Verhaltens enthält. Unter dem Blickwinkel der Willkür beurteilt es, ob der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat; insoweit ist nicht mehr der Anwendungsbereich von Art. 6 Ziff. 2 EMRK betroffen, der u.a. den guten Ruf des Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf umfasst, ihn treffe trotz Freispruch oder Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden demgegenüber durch die Vorschriften der kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben, deren Auslegung und Anwendung vom Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft werden können (<ref-ruling> E. 2f S. 175 f. mit Hinweis).
Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon vor, wenn eine Lösung in Betracht zu ziehen oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Behörde nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klaren Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (vgl. Praxis zu Art. 4 der Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 [aBV]: <ref-ruling> E. 5b S. 134 und 10 E. 3a mit Hinweisen).
d) Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass sich das vordere Kontrollschild seines Wagens auf dem Armaturenbrett hinter der Frontscheibe befand, als er am 4. Dezember 1996 von der Polizei angehalten wurde. Das Obergericht hat im angefochtenen Entscheid ausgeführt, dieses Verhalten stehe nicht in Einklang mit <ref-law> und sei unter zivilrechtlichen Gesichtspunkten vorwerfbar; mit diesem Fehlverhalten habe der Beschwerdeführer die Einleitung des Strafverfahrens verursacht und werde demnach gestützt auf <ref-law>/NW kostenpflichtig. In der Begründung des angefochtenen Entscheids wird weder direkt noch indirekt der Vorwurf eines strafrechtlichen Verschuldens zum Ausdruck gebracht. Deshalb greift auch der Einwand des Beschwerdeführers nicht, es seien ihm wesentliche Verteidigungsrechte vorenthalten worden. Soweit sich der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang auf das rechtliche Gehör beruft und vorbringt, man hätte ihn vor der verjährungsbedingten Einstellung des Verfahrens nochmals zu einer Stellungnahme auffordern müssen, so übersieht er, dass er selbst es war, der das Obergericht mit Schreiben vom 7. Januar 1999 unter Hinweis auf die eingetretene Verjährung um die Einstellung ersuchte und dabei ausdrücklich beantragte, die Kosten für das eingestellte Verfahren seien dem Kanton Nidwalden aufzuerlegen. Wenn er diesen Kostenantrag nicht näher begründete, so hat er dies unter den konkreten Umständen selbst zu verantworten. Die Auslegung und Anwendung von <ref-law>/NW erweist sich nach dem Gesagten als haltbar und verstösst auch unter Berücksichtigung der Tatsache, dass der Beschwerdeführer die Durchführung des Strafverfahrens weder erschwert noch verzögert hat, nicht gegen verfassungsmässige Rechte.
3.- Der Beschwerdeführer beantragt, das Obergericht sei anzuweisen, ihm für die beiden kantonalen Gerichtsverfahren eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.
Gemäss <ref-law>/NW trägt im Falle der Einstellung des Strafverfahrens der Kanton die amtlichen Kosten und jene des Beschuldigten, sofern nicht eine der in dieser Bestimmung erwähnten Ausnahmeregelungen zum Zug kommt. Nachdem sich die Anwendung von <ref-law>/NW, der eine solche Ausnahme vorsieht, als verfassungskonform erwiesen hat (s. vorne E. 2d), ist es nicht zu beanstanden, dass das Obergericht dem Beschwerdeführer keine Parteientschädigung zugesprochen hat.
4.- Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen. Ausgangsgemäss hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 800. -- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Strafabteilung Kleine Kammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 10. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: