Sachverhalt:
A. Z._ absolvierte im Frühjahr 2009 die Aufnahmeprüfungen an die Kantonsschule Oerlikon. Mit Schreiben vom 14. Mai 2009 teilte die Kantonsschule den Eltern der Schülerin, X._ und Y._, mit, dass ihre Tochter die Aufnahmeprüfung nicht bestanden habe. Sie erzielte in den massgebenden Fächern Deutsch und Mathematik nur die Note 2.5 und erreichte damit unter Einbezug der - überdurchschnittlich guten - Erfahrungsnoten den nötigen Notendurchschnitt für die Zulassung zur mündlichen Prüfung nicht. Die Bildungsdirektion des Kantons Zürich wies den dagegen erhobenen Rekurs von X._ und Y._ mit Verfügung vom 8. Juli 2009 ab, da sie das Vorliegen von Unregelmässigkeiten beim Prüfungsablauf verneinte.
B. Mit Beschwerde vom 31. Juli 2009 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragten X._ und Y._ die Aufhebung der Verfügung der Bildungsdirektion. Zudem stellten sie den Verfahrensantrag, es sei Z._ "im Sinne vorsorglicher Massnahmen [...] in eine 1. Klasse des Realgymnasiums Rämibühl, Zürich, einzuteilen und es sei ihr der Besuch des Unterrichts zu ermöglichen bis zur rechtskräftigen Erledigung der vorliegenden Beschwerde". Mit Entscheid vom 4. August 2009 wies der Präsident der 4. Abteilung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich das Gesuch um Erlass einer vorsorglichen Massnahme ab.
C. Mit Eingabe vom 14. August 2009 erheben X._ und Y._ subsidiäre Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht und stellen folgende Rechtsbegehren:
"1. Ziff. 1 der Verfügung des Verwaltungsgerichts vom 4. August 2009 sei aufzuheben.
2. Im Sinne einer vorsorglichen Massnahme sei Z._ in eine 1. Klasse des Realgymnasiums Rämibühl, Zürich, einzuteilen und es sei ihr der Besuch des Unterrichts zu ermöglichen bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids in der Hauptsache.
3. Eventualiter sei die Vorinstanz anzuweisen, unverzüglich die vorsorgliche Massnahme im Sinne von Antrag 2 vorstehend anzuordnen.
4. Subeventualiter sei die Sache zur unverzüglichen Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
[...]."
Die Beschwerdeführer rügen die Verletzung von Artikel 8, 9 und 29 BV sowie von Art. 14 der Verfassung des Kantons Zürich.
D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung, währenddem die Bildungsdirektion des Kantons Zürich die Abweisung der Beschwerde beantragt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law> ist gemäss Art. 83 lit. t BGG gegen Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung, unzulässig. Eine andere ordentliche Beschwerde fällt nicht in Betracht. Damit ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law> im Grundsatz gegeben. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts kann mit keinem kantonalen Rechtsmittel angefochten werden und ist daher kantonal letztinstanzlich (Art. 86 Abs. 1 lit. d in Verbindung mit <ref-law>).
1.2 Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab. Es liegt somit kein Endentscheid im Sinne von <ref-law>, sondern ein Vor- oder Zwischenentscheid über die Anordnung einer vorsorglichen Massnahme im Sinne von <ref-law> (in Verbindung mit <ref-law>) vor. Derartige Zwischenentscheide sind beim Bundesgericht anfechtbar, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) und wenn auch in der Hauptsache die Beschwerde an das Bundesgericht offen steht (Grundsatz der Einheit des Prozesses; <ref-ruling> E. 2.2 S. 647). Der Nachteil muss grundsätzlich rechtlicher Natur sein, d.h. auch durch einen günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden können; eine rein tatsächliche oder wirtschaftliche Erschwernis genügt in der Regel nicht (<ref-ruling> E. 3.1. S. 87 mit Hinweisen; vgl. auch THOMAS MERKLI, Vorsorgliche Massnahmen und die aufschiebende Wirkung bei Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiären Verfassungsbeschwerden, ZBl 109/2008 S. 429). Soweit es das materielle Verwaltungsrecht gebietet, können jedoch auch rein tatsächliche Nachteile nicht wieder gutzumachende Nachteile im Sinne von <ref-law> darstellen (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 36 mit Hinweisen). Hier ist der nicht wieder gutzumachende Nachteil zu bejahen: Es ist unklar, zu welchem Zeitpunkt ein rechtskräftiger Entscheid in der Hauptsache vorliegen wird. Selbst im Falle einer Gutheissung der Beschwerde könnte der Tochter der Beschwerdeführer somit der Anschluss an die erste Gymnasialklasse durch den zeitlichen Ablauf faktisch verunmöglicht werden.
1.3 Steht in der Hauptsache nur die subsidiäre Verfassungsbeschwerde offen, richtet sich die Legitimation zur Anfechtung einer Zwischenverfügung betreffend vorsorgliche Massnahmen nach <ref-law> (Merkli, a.a.O., S. 430). Zur Beschwerde ist gemäss <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b).
Die in <ref-law> genannte Voraussetzung ist offensichtlich erfüllt. Das nach <ref-law> erforderliche rechtlich geschützte Interesse kann durch kantonales oder eidgenössisches Gesetzesrecht oder aber unmittelbar durch ein spezielles Grundrecht oder bundesverfassungsrechtliche Verfahrensgarantien begründet sein (<ref-ruling> E. 4 S. 191 und E. 6.2 S. 199 mit Hinweisen). Die Legitimation bei der Anrufung spezieller Verfassungsrechte ergibt sich bereits aus der Grundrechtsträgerschaft und dem Inhalt des als verletzt gerügten Verfassungsrechts (Urteil 1D_8/2008 vom 7. Juli 2009 E. 1.3; <ref-ruling> E. 2.1 S. 168; je mit Hinweisen). Insoweit können die Beschwerdeführer eine Verletzung des Rechts auf den gleichberechtigten Zugang zu den Bildungseinrichtungen (Art. 14 Abs. 2 KV/ZH; SR 131.211) und in diesem Zusammenhang eine Verletzung der Rechtsgleichheit (<ref-law>) geltend machen.
Als Parteien im kantonalen Verfahren können die Beschwerdeführer zudem die Verletzung bundesverfassungsrechtlicher Verfahrensgarantien rügen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt (<ref-ruling> E. 6.2 S. 199 mit Hinweisen). Dies trifft auf die Rüge der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> zu.
1.4 Gemäss <ref-law> kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über die vorsorglichen Massnahmen nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden. Für die Verfassungsbeschwerde fehlt der entsprechende Verweis auf die sinngemässe Anwendung dieser Bestimmung in <ref-law>; Grund dafür ist, dass bei der Verfassungsbeschwerde gestützt auf <ref-law> ohnehin nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden kann, weshalb eine Beschränkung der Beschwerdegründe im Sinne von <ref-law> hier entbehrlich ist (GIOVANNI BIAGGINI, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 3 zu <ref-law>).
Mit der Beschränkung der Rügegründe auf verfassungsmässige Rechte verbunden ist die Anwendbarkeit des Rügeprinzips: Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. 2.1 Der vorsorgliche Rechtsschutz muss zur Wahrung überwiegender öffentlicher oder privater Interessen notwendig und dringlich sein, um einen Nachteil zu verhindern, der nicht leicht wieder gutgemacht werden kann. Die Gründe, die für einen Aufschub sprechen, müssen wichtiger sein als jene, die nahe legen, den Entscheid sofort zu vollstrecken. Bei der entsprechenden Interessenabwägung kommt der Beschwerdeinstanz praxisgemäss ein erheblicher Beurteilungsspielraum zu (<ref-ruling> E. 3 S. 289 mit Hinweisen). Sie kann den mutmasslichen Ausgang des Verfahrens in der Sache selber berücksichtigen, sofern die Prozessaussichten eindeutig sind. Die Beschwerdebehörde ist jedoch nicht gehalten, für ihren Entscheid zeitraubende zusätzliche Abklärungen zu treffen, sondern darf auf die ihr zur Verfügung stehenden Akten abstellen (<ref-ruling> E. 2b S. 191 mit Hinweisen).
2.2 Das Bundesgericht beschränkt sich seinerseits erst recht auf eine vorläufige Prüfung der ihm in diesem Verfahrensabschnitt unterbreiteten Fragen: Unter dem früheren Verfahrensrecht (Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege; OG) hob es entsprechende Anordnungen auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde hin bloss auf, wenn die Vorinstanz wesentliche Interessen ausser Acht gelassen oder offensichtlich falsch bewertet hatte oder wenn die getroffene Lösung den Sachentscheid in unzulässiger Weise präjudizierte und damit im Ergebnis Bundesrecht vereitelte (<ref-ruling> E. 3.3 S. 133 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 289). Nach dem Bundesgerichtsgesetz sind Zwischenverfügungen über die aufschiebende Wirkung heute - als Entscheide über vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> - nur noch wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte anfechtbar (<ref-ruling> E. 1.5 S. 196 f.; vgl. E. 1.4 hiervor), wobei als Beschwerdegrund in erster Linie ein Verstoss gegen das Willkürverbot in Betracht fällt.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer machen - neben unzulässiger appellatorischer Kritik (vgl. Art. 106 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>) - zunächst geltend, die Vorinstanz habe es unterlassen, beim Entscheid über die vorsorgliche Massnahme den "äusseren Prüfungsumständen" (nervöse, aufgeregte Atmosphäre durch Eltern, die sich Zugang zum Prüfungszimmer verschafften) Rechnung zu tragen. Damit habe sie den Grundsatz der Rechtsgleichheit (<ref-law>) sowie das Recht auf den gleichberechtigten Zugang zu den Bildungseinrichtungen gemäss Art. 14 Abs. 2 KV/ZH verletzt. Sie führen aus, die Prüfungsumstände hätten die Konzentrations- und Leistungsfähigkeit von Z._ negativ beeinflusst. Zum einen hätten andere Kandidaten, welche von ihren Eltern an der Prüfung "betreut" wurden, bessere Rahmenbedingungen gehabt; zum anderen hätten Kandidaten an anderen Prüfungsorten (Wetzikon, Zürich Wiedikon) eine ruhigere, lediglich durch die Prüfungssituation belastete Atmosphäre vorgefunden. Die festgestellten Unterschiede stünden in einem eklatanten Widerspruch zu den Zielen der zentralen Aufnahmeprüfung; sensible Kandidaten seien an der Kantonsschule Oerlikon einem vermehrten Stress ausgesetzt.
3.1.1 Die Beschwerdeführer scheinen zu verkennen, dass sie im vorliegenden Verfahren primär darzulegen hätten, inwiefern die Abweisung des Gesuchs um vorsorgliche Massnahmen verfassungsmässige Rechte verletzt. Ihre Ausführungen zielen jedoch bereits auf den Entscheid in der Hauptsache, welcher immer noch am Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hängig ist. In Hinblick auf das Rügeprinzip erweisen sich die vorgebrachten Rügen insofern als nicht hinreichend begründet (vgl. E. 1.4). Zwar mag es zutreffen, dass die Vorinstanz in ihrem Entscheid auch die Erfolgsaussichten in der Hauptsache geprüft und dabei festgestellt hat, dass "ein Unterliegen der Beschwerdeführenden [...] als deutlich wahrscheinlicher erscheint als ein Unterliegen (recte: Obsiegen)"; der vorinstanzliche Entscheid basiert aber im Wesentlichen auf der Erkenntnis, dass die für die Anordnung vorsorglicher Massnahmen notwendigen besonderen Gründe (vgl. E. 2.1 hiervor) nicht vorlagen.
3.1.2 Im Übrigen ist weder ersichtlich noch wird präzise dargelegt, inwieweit - gestützt auf Rechtsgleichheitsaspekte - der von den Beschwerdeführern angerufene § 20 des Reglements vom 23. Juli 1985 für die Aufnahme in die Gymnasien mit Anschluss an die 6. Klasse der Primarschule (LS 413.250.1), wonach die Schulleitung bei ihren Entscheiden über die Aufnahme besonderen Umständen angemessen Rechnung tragen kann, die Anordnung der beantragten vorsorglichen Massnahme verlangen soll.
3.2 Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, die Vorinstanz hätte sich mit verschiedenen, erheblichen Vorbringen nicht auseinandergesetzt, worin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu erblicken sei.
Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 2 S. 242; je mit Hinweisen). Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen).
Diesen Anforderungen wird der angefochtene Entscheid gerecht, indem er - zwar knapp, aber nachvollziehbar - darlegt, aus welchen Überlegungen die Vorinstanz die anbegehrten vorsorglichen Massnahmen nicht getroffen hat. Die Beschwerdeführer vermögen auch hier nicht aufzuzeigen, inwiefern in Bezug auf den Zwischenentscheid das rechtliche Gehör verletzt sein soll; ihre Argumentation zielt im Wesentlichen auf den Entscheid in der Hauptsache.
3.3 Die Beschwerdeführer machen weiter geltend, die Vorinstanz habe bei ihrem Zwischenentscheid entscheidende Tatsachen ausser Acht gelassen; zudem sei sie ihrer Pflicht zur unabhängigen Ermittlung des rechtserheblichen Sachverhalts nicht nachgekommen und habe damit das Willkürverbot verletzt.
Rügt die beschwerdeführende Partei wie vorliegend willkürliche Beweiswürdigung und Tatsachenfeststellung, ist der Entscheid nur willkürlich, wenn der Richter Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn er ohne hinreichenden Grund ein wichtiges Beweismittel, das für den Entscheid wesentlich sein könnte, unberücksichtigt gelassen hat oder wenn er auf Grund der festgestellten Tatsachen Schlüsse zieht, die unhaltbar sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9 mit Hinweisen). Eine solche willkürliche Beweiswürdigung und Tatsachenfeststellung ist hier jedoch nicht ersichtlich.
3.4 Auch in der Sache ist der angefochtene Entscheid nicht unhaltbar und damit willkürlich im Sinne von <ref-law>: Die Gründe, welche die Vorinstanz bei ihrem Entscheid, keine vorsorglichen Massnahmen zu treffen, berücksichtigt hat, sind durchaus vertretbar. Die Vorinstanz hat nach einer Interessenabwägung den Nachteil, der die vorsorglichen Massnahmen rechtfertigen soll, als weniger gewichtig erachtet als die bei einem Verzicht auf die Massnahme zu erwartenden Nachteile. Diese Sichtweise ist nicht zu beanstanden, ist doch nicht zu verkennen, dass die provisorische Aufnahme in die gewünschte Schulart für die Zeit des Rechtsmittelverfahrens mittels vorsorglicher Massnahme Rechtsungleichheiten schaffen und ungerechtfertigten Beschwerden Vorschub leisten könnte; zudem könnten die einzelnen Schulstufen gegeneinander ausgespielt werden (vgl. Herbert Plotke, Schweizerisches Schulrecht, 2. Auflage 2003, S. 733).
4. 4.1 Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ergebnis besteht auch kein Anlass, dem Eventual- und Subeventualantrag (Anordnung der vorsorglichen Massnahmen durch die Vorinstanz resp. Zurückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung) stattzugeben. Soweit die Beschwerdeführer vor dem Bundesgericht die Anordnung vorsorglicher Massnahmen beantragt haben sollten, erweisen sich diese Vorbringen mit dem Entscheid in der Sache als gegenstandslos.
4.2 Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Kantonsschule Oerlikon, der Bildungsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger