Sachverhalt:
A. X._ betreibt eine Zimmerei. Er ist Eigentümer der aneinandergrenzenden Parzellen Nr. 2668 und 2674 in der Gemeinde Nuglar-St. Pantaleon. Die Parzelle Nr. 2668 ist der Wohnzone W1-2 zugeteilt, die Parzelle Nr. 2674 der sog. Hofstattzone. X._ nutzt die Parzellen zu Wohn- und Gewerbezwecken. Gegen Norden/Nordosten hin grenzen die Parzellen an eine von der Degenmattstrasse abgehende, 3 m breite Sichtstrasse, für welche - wie für die Degenmattstrasse selber - eine Baulinie von 5 m vorgesehen ist.
Am 31. August 2007 ersuchte X._ um Bewilligung einer als Lagerraum und Unterstand für Anhänger vorgesehenen Anbaute, die nördlich des auf Parzelle Nr. 2668 stehenden Hauses bzw. entlang der Stichstrasse zu liegen käme und deren Baulinie um 3 m unterschreiten würde.
Mit Beschluss vom 27. Oktober 2007 lehnte die Baukommission der Gemeinde Nuglar-St. Pantaleon (im Folgenden: Baukommission) das Baugesuch ab, weil die geplante Böschungsneigung zu steil sei und die für die Unterschreitung der Baulinie erforderliche Ausnahmebewilligung nicht erteilt werden könne.
Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Bau- und Justizdepartement des Kantons Solothurn (im Folgenden: Departement) am 8. Dezember 2008 ab.
Hiergegen reichte X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn ein. Dieses führte am 18. Juni 2009 einen Delegationsaugenschein durch. Am 14. Juli 2009 wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Es erwog, der von X._ geplante Lagerraum und Unterstand sehe unstreitig eine Unterschreitung der Baulinie um 3 m vor. Damit könnte das Vorhaben nur bewilligt werden, wenn die Voraussetzungen einer Ausnahmebewilligung gegeben wären, was nicht der Fall sei.
B. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Baugesuch zu bewilligen. Eventualiter sei das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an dieses zurückzuweisen.
C. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Hinweis auf die Begründung seines Entscheids die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Das Departement hat Gegenbemerkungen eingereicht. Es beantragt ebenfalls die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Bakukommission hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Gegen das angefochtene Urteil ist gemäss <ref-law> die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegeben.
Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor.
Ein kantonales Rechtsmittel steht nicht zur Verfügung. Die Beschwerde ist nach Art. 86 Abs. 1 lit. d i.V.m. Abs. 2 BGG zulässig.
Der Beschwerdeführer ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde befugt.
Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
2. Auszugehen ist von der grundsätzlich verbindlichen Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz (<ref-law>). Soweit der Beschwerdeführer namentlich unter dem Titel "II. Tatsächliches" (Beschwerde S. 4 ff.) von der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung abweichende oder ergänzende Ausführungen macht, ist darauf nicht einzutreten, da er insoweit keine den Begründungsanforderungen (dazu <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.) genügende Rüge erhebt. Ebenso verhält es sich, soweit er im Zusammenhang mit dem Einwand der Verletzung des rechtlichen Gehörs eine mangelhafte Sachverhaltsabklärung geltend macht.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer erblickt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) und Willkür (<ref-law>) in der Nichtabnahme tauglicher Beweismittel im Zusammenhang mit seiner Einrede rechtsungleicher Behandlung, werde ihm doch in Bezug auf die Unterschreitung der Baulinie verweigert, was seinen Konkurrenten bewilligt worden sei.
3.2 Gemäss <ref-law> prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Insoweit besteht eine qualifizierte Rügepflicht. Es gelten die gleichen Begründungsanforderungen wie früher bei der staatsrechtlichen Beschwerde nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1 f. mit Hinweisen).
3.3 Die Beschwerde genügt im vorliegenden Punkt den Begründungsanforderungen nicht. Weder macht der Beschwerdeführer namhaft, welche anderen Grundeigentümer ihm gegenüber rechtswidrig privilegiert worden sein sollen und hinsichtlich welchen er rechtsgleiche Behandlung im Unrecht beansprucht, noch bezeichnet er angebotene, aber nicht abgenommene Beweismittel. Auf die Beschwerde kann insoweit mangels hinreichender Substanziierung nicht eingetreten werden.
4. Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung der Eigentumsgarantie (<ref-law>) und der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>), weil er durch den Bauabschlag in seiner wirtschaftlichen Tätigkeit und Konkurrenzfähigkeit eingeschränkt werde.
Diese Rügen bringt er im bundesgerichtlichen Verfahren erstmals vor. Sie sind daher unzulässig. Der Beschwerdeführer hätte sie bereits im kantonalen Verfahren erheben können und müssen. Letztinstanzlichkeit im Sinne von <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 527; <ref-ruling> E. 2 S. 640).
5. 5.1 Hinsichtlich der verweigerten Ausnahmebewilligung erwägt die Vorinstanz, eine solche könnte nur bei ausserordentlichen Verhältnissen gewährt werden, wenn die Einhaltung der Vorschriften eine unverhältnismässige Härte bedeutete und weder öffentliche noch schützenswerte private Interessen verletzt würden. Das öffentliche Interesse an der Einhaltung der Baulinie gemäss dem erst kürzlich in Kraft getretenen Ortsplan sei als sehr hoch zu gewichten. Dem Argument des Beschwerdeführers, die Nichterweiterung seines Betriebes infolge Verweigerung der Ausnahmebewilligung würde seine Existenz gefährden, hält die Vorinstanz entgegen, sein Betrieb sei ohnehin nicht zonenkonform, welcher Zustand mit der Erteilung der Ausnahmebewilligung noch verschlechtert würde. In der Verweigerung der Ausnahmebewilligung liege keine unverhältnismässige Härte, zumal die Gemeinde über eine Gewerbezone verfüge.
5.2 Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, ist nicht geeignet, den angefochtenen Entscheid als rechtswidrig, geschweige denn willkürlich erscheinen zu lassen. An der Sache vorbei geht das Argument, dass auch Konkurrenzbetriebe in der Wohn- und Kernzone lägen, geht es doch im vorliegenden Verfahren nicht darum, dass der Beschwerdeführer seinen Betrieb einstellen müsste; darauf ist nicht einzutreten. Für das Vorliegen einer besonderen Härte macht der Beschwerdeführer geltend, dass bei einer Verlegung seines Betriebes in die Gewerbezone seine bisherigen Investitionen nutzlos wären. Abgesehen davon, dass der Beschwerdeführer weder das näher ausführt, noch dass eine wirtschaftliche Fortführung seines Betriebes entscheidend vom umstrittenen Anbau abhängen würde, bestreitet er nicht, dass der Betrieb nicht zonenkonform ist und mit der Erteilung einer Ausnahmebewilligung dieser Zustand noch verschlechtert würde. Damit fällt aber auch das Argument in sich zusammen, das öffentliche Interesse an der Baulinie sei gegenüber der Härte, welche für ihn eine Verweigerung der Ausnahmebewilligung bedeute, absolut untergeordnet. Im Übrigen ist das öffentliche Interesse an der Baulinie nicht einfach mit dem Hinweis zu widerlegen, dass es sich um eine Erschliessungsstrasse handle, zumal diese nur gerade drei Meter breit ist.
Die Beschwerde ist auch im vorliegenden Punkt unbehelflich.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Baukommission der Gemeinde Nuglar-St. Pantaleon sowie dem Bau- und Justizdepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri