Faits:
A. La Fondation X._ (ci-après: la créancière) exerce une poursuite ordinaire à l'encontre de A._ (poursuite n° xxxx de l'Office des poursuites de Genève). Le 20 juin 2005, l'opposition au commandement de payer ayant été volontairement levée par la débitrice, la créancière a requis la continuation de la poursuite.
Le 5 octobre 2005, l'office des poursuites a saisi trois immeubles propriété de la débitrice, dont le lot PPE Y._, lot grevé de deux cédules hypothécaires. Par courrier du 7 octobre 2005, la Banque B._ (ci-après: la créancière gagiste) a fait savoir à l'office que ces deux cédules hypothécaires, ainsi que l'état locatif du lot PPE lui avaient été cédés par la débitrice en garantie d'un prêt hypothécaire qu'elle lui avait consenti par convention des 4/5 juin 2004. Selon elle, la saisie ne concernait donc pas les loyers de l'immeuble en question.
Le 8 octobre 2005, l'office a imparti à la créancière et à la débitrice, conformément à l'<ref-law>, un délai de 20 jours pour ouvrir action en contestation de la prétention de la créancière gagiste. Aucune action n'a été ouverte devant le juge compétent.
Le procès-verbal de saisie, adressé aux parties en mars et mai 2006, mentionne notamment ce qui suit en page 7:
"La Banque B._ créancier gagiste est au bénéfice d'une cession de l'état locatif conformément à la convention de prêt du 4 juin 2005 [sic].
En conséquence, elle revendique tous légitimes accessoires de l'immeuble saisi, soit la parcelle Y._ [le lot PPE], notamment l'état locatif. (...)".
Aucune plainte n'a été formée contre cet acte.
B. Le 11 octobre 2006, la créancière a requis la vente du lot PPE saisi. En l'invitant à verser une avance de frais en vue de la vente, le 17 novembre 2006, l'office lui a rappelé que l'état locatif du lot PPE avait été cédé à la créancière gagiste et que, la revendication de cette dernière n'ayant pas été contestée, la saisie ne portait pas sur les loyers. L'office a confirmé son point de vue le 25 juin 2007, en s'appuyant sur une décision de l'autorité cantonale de surveillance n0 352/02 du 10 juillet 2002. D'après cette décision, une telle cession octroie au créancier gagiste un droit préférable, sans que celui-ci doive intenter une poursuite en réalisation du gage pour tenir en échec la prétention d'un créancier non gagiste saisissant, l'<ref-law> confirmant en effet a contrario que la cession relative à des loyers non échus est opposable au créancier non gagiste.
Le 5 juillet 2007, la créancière a formé une plainte pour déni de justice, en raison du refus de l'office de procéder à l'encaissement des loyers. Par décision du 27 septembre 2007, la Commission cantonale de surveillance a déclaré la plainte irrecevable, au motif que le refus de faire porter la saisie sur les loyers résultait explicitement du procès-verbal de saisie expédié en mars et mai 2006 et que cette décision n'avait pas été attaquée dans le délai péremptoire de l'<ref-law>. En outre, le courrier de l'office du 25 juin 2007 constituait une décision de confirmation non susceptible de plainte.
Nonobstant l'irrecevabilité de la plainte, la Commission a estimé opportun de rappeler à l'office certains principes applicables en matière de saisie immobilière et jugé nécessaire de prendre position sur la question de principe de savoir si - conformément à la théorie majoritaire du passage (Durchgangstheorie) appliquée en matière de faillite et selon laquelle la cession portant sur une créance future ne sortit ses effets qu'au moment où naît la créance - la cession des loyers intervenue avant la saisie cesse de sortir ses effets une fois l'immeuble saisi. Elle a tranché la question par l'affirmative et donc pris parti pour la théorie du passage, en réservant cependant les droits préférentiels du créancier gagiste qui a requis une poursuite en réalisation de son gage assortie d'une requête d'extension du gage aux loyers. Dans cette mesure, elle a invité l'office à ne plus appliquer à l'avenir la jurisprudence de la décision n° 352/02 du 10 juillet 2002, qui se fondait sur la théorie minoritaire de l'immédiateté (Unmittelbarkeitstheorie), selon laquelle la cession continue à sortir ses effets malgré la saisie.
C. Contre la décision de la Commission cantonale de surveillance qu'elle a reçue le 1er octobre 2007, la créancière a interjeté, le 10 octobre 2007, un recours en matière civile tendant à l'admission de sa plainte, à la constatation de la nullité de l'avis du 8 octobre 2005 lui fixant un délai de 20 jours pour agir en contestation de revendication et au recouvrement par l'office des loyers échus depuis le 7 octobre 2005.
La créancière gagiste conclut au rejet du recours. La débitrice et la Commission cantonale de surveillance ont renoncé à déposer une réponse. L'office s'en remet à justice.

Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>) par une autorité cantonale de surveillance de dernière instance (<ref-law>), le recours est recevable, et ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. La recourante fait uniquement grief à la Commission cantonale de surveillance d'avoir admis l'annulabilité seulement, et non la nullité au sens de l'<ref-law>, de la fixation par l'office d'un délai en application des <ref-law>. Selon elle, toute contestation au sujet des loyers d'un immeuble ne pourrait être tranchée, en vertu de la loi, que dans le cadre de la procédure d'épuration de l'état des charges (<ref-law>). L'application en l'espèce d'une autre procédure (revendication) que celle prescrite par la loi (épuration de l'état des charges) entraînerait donc la nullité des mesures prises.
2.1 Aux termes de l'<ref-law>, sont nulles les mesures contraires à des dispositions édictées dans l'intérêt public ou dans l'intérêt de personnes qui ne sont pas parties à la procédure.
Les dispositions de procédure sont en principe, mais pas toutes, édictées dans l'intérêt public ou dans l'intérêt d'un nombre indéterminé de personnes (Franco Lorandi, Betreibungsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeit, n. 19 ss ad <ref-law>; Pauline Erard, Commentaire romand de la LP, n. 6 s. ad <ref-law>). Le choix entre la procédure par voie de saisie ou par voie de faillite, par exemple, est d'intérêt public et susceptible d'intéresser un nombre indéterminé de personnes (<ref-ruling> consid. 1 p. 106; <ref-ruling> consid. 1a). Dans le cas des procédures des art. 107 et 108 LP, lorsque le choix ne viole pas de manière insoutenable ces dispositions et n'est pas attaqué en temps utile par la voie de la plainte, il est définitif et passe en force de chose jugée une fois échu le délai de plainte (P.-R. Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 229 ad <ref-law>).
2.2 La procédure de revendication ou de tierce opposition concerne tout droit, quelle que soit sa nature, qui exclut la saisie ou qui doit être pris en considération au moment de la réalisation des biens ou de la distribution des deniers. Elle doit ainsi permettre de tenir compte, s'agissant par exemple d'un droit de gage immobilier, des droits compris dans l'assiette du gage, tels les loyers et fermages (Gilliéron, op. cit., n. 14 s. ad <ref-law>; Jean-Luc Tschumy, Commentaire romand de la LP, n. 2 ss ad <ref-law>).
Lorsqu'un tiers revendique un droit de propriété, de gage ou un autre droit sur l'objet saisi et que sa prétention est contestée par le débiteur et/ou le créancier, l'office des poursuites doit impartir un délai de 20 jours ou bien au tiers pour ouvrir action en constatation de son droit (<ref-law>) ou bien au créancier/débiteur pour ouvrir action en contestation de la prétention du tiers (<ref-law>). S'agissant d'une créance ou d'un autre droit, le délai doit être imparti au tiers si la prétention du débiteur paraît mieux fondée que celle du tiers (<ref-law>) ou au créancier/débiteur si la prétention du tiers paraît mieux fondée que celle du débiteur (<ref-law>).
Dans l'application des articles 106 ss LP, l'office s'en tient aux déclarations des parties et n'a pas à vérifier le bien-fondé de la revendication; il doit uniquement trancher la question de savoir qui peut disposer matériellement de la chose, sans avoir à se demander si l'état de fait est ou non conforme au droit (<ref-ruling> consid. 3b p. 370, 120 III 83 consid. 3b et arrêts cités). S'agissant de la saisie d'une créance, le possesseur est celui qui - du débiteur poursuivi ou du tiers revendiquant - a, selon la plus grande vraisemblance, la qualité de créancier ou est le mieux à même de disposer de la créance ou de l'exercer (<ref-ruling> consid. 3a et les références), par exemple parce qu'il est au bénéfice d'un titre de cession valable (cf. Adrian Staehelin, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, n. 13 ad <ref-law>; Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7e éd., Berne 2003, § 24 n. 37).
2.3 Dans le courrier qu'elle a adressé à l'office le 7 octobre 2005 et qui faisait suite à un entretien téléphonique avec lui, la créancière gagiste rappelait avoir droit aux loyers de l'immeuble saisi en vertu de la convention de prêt du 4 juin 2004, qu'elle produisait en copie, et disait avoir pris note que l'avis de saisie ne concernait pas lesdits loyers. Face à une telle intervention qui, au stade de la saisie, tendait à ce que soient d'emblée exclus de la procédure d'exécution forcée en cause les "fruits" de l'immeuble (<ref-law>), l'office était tenu d'appliquer les dispositions sur la revendication des <ref-law>, les conditions légales pour engager une telle procédure étant clairement réunies. Dès lors que les dispositions en question entraient seules et directement en ligne de compte, l'office ne pouvait opter pour une autre procédure, en particulier pour celle de l'<ref-law> invoquée par la recourante, cette procédure apparaissant d'ailleurs inappropriée parce que destinée à l'épuration des "charges" de l'immeuble au stade ultérieur des enchères. Sur ce point, la recourante se contente au demeurant d'une simple affirmation et d'une citation de doctrine qui, portant sur la fixation du rang respectif d'une pluralité de droits de gage, apparaît dénuée de toute pertinence.
Sur la base du moyen de preuve fourni à l'appui de la revendication en cause, l'office était en droit d'admettre que la prétention de la créancière gagiste paraissait mieux fondée que celle de la débitrice (<ref-law>) et d'assigner par conséquent à la créancière et à la débitrice le délai de 20 jours pour agir en contestation de la revendication conformément à l'<ref-law>. La créancière a eu connaissance de la décision de l'office de suivre cette procédure par la communication du procès-verbal de saisie en mars et mai 2006. Si elle n'était pas d'accord avec la procédure engagée, expressément mentionnée dans ledit acte, elle devait s'en plaindre dans le délai de l'<ref-law>. Faute d'avoir usé de cette faculté en temps utile, elle a été déchue de son droit de s'en prendre à la décision de l'office.
2.4 Il résulte de ce qui précède que c'est à tort que la recourante se prévaut de nullité au sens de l'<ref-law> et qu'elle reproche à la Commission cantonale de surveillance de n'être pas entrée en matière sur sa plainte.
3. En prenant position, nonobstant l'irrecevabilité de la plainte, sur la question de principe de la mainmise sur les loyers de l'immeuble saisi et en invitant l'office, pour l'avenir, à procéder différemment en cette matière, l'autorité cantonale a donné une instruction en vertu de son pouvoir de surveillance découlant de l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral, qui n'exerce plus la haute surveillance en matière de poursuite et de faillite (<ref-law>), ne peut se prononcer d'office sur la question de principe évoquée. Cette question n'est d'ailleurs pas contestée devant lui.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté, aux frais de la recourante (<ref-law>).
La créancière gagiste intimée, qui s'est déterminée sur le recours, a droit à des dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à la créancière gagiste intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 26 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Raselli Fellay