Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Luzern sprach X._ am 29. März 2001 im Zusammenhang mit einem Tötungsdelikt an ihrem Ehemann wegen Unzurechnungsfähigkeit von Schuld und Strafe frei, ordnete jedoch die Verwahrung nach Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB an. In Anwendung des neuen Rechts hob es am 13. September 2007 die altrechtliche Verwahrung auf und erliess stattdessen eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law>. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil vom 4. März 2008 ab, soweit es darauf eintrat (6B_623/2007).
B. Im Rahmen der jährlichen Überprüfung der stationären therapeutischen Massnahme wiesen die Vollzugs- und Bewährungsdienste des Kantons Luzern (VBD) mit Entscheid vom 11. Dezember 2007 ein Gesuch von X._ um bedingte Entlassung aus der Massnahme ab, bewilligten aber 4 unbegleitete 5-stündige Ausgänge und 2 unbegleitete Urlaube von maximal 12 Stunden sowie bei klaglosem Verlauf derselben die Versetzung in die Aussenwohngruppe Steinhof in Burgdorf. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wiesen das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 5. Mai 2008 und das Bundesgericht mit Urteil 6B_442/2008 vom 6. November 2008 ab, soweit sie darauf eintraten.
C. Im Rahmen einer erneuten jährlichen Überprüfung sahen die VBD am 26. Mai 2010 von einer bedingten Entlassung aus der stationären therapeutischen Massnahme und einer Versetzung von X._ in eine Aussenwohngruppe ab. Sie gewährten ihr jedoch weiterhin Vollzugslockerungen in Form von unbegleiteten Ausgängen und Urlauben.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die von X._ gegen den Entscheid der VBD erhobene Beschwerde am 24. März 2011 ab.
D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 24. März 2011 aufzuheben, sie aus der stationären therapeutischen Massnahme bedingt zu entlassen und umgehend in die Aussenwohngruppe Steinhof in Burgdorf oder ein geeignetes anderes Wohnexternat zu versetzen. Im Weiteren sei sie von einer psychiatrischen Fachperson des entsprechenden Wohnexternats weiter zu betreuen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör, da ihr das Protokoll der Vollzugskoordinationssitzung vom 12. Januar 2010 erst nach dem erstinstanzlichen Entscheid zugestellt und mit dem Schreiben vom 3. Mai 2010 keine Frist zur Stellungnahme angesetzt worden sei. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz müsse eine Heilung der Gehörsverletzung vorliegend verneint werden.
1.2 Die Vorinstanz verneint eine Verletzung des Gehörsanspruchs mit der Begründung, die Beschwerdeführerin habe das Schreiben vom 3. Mai 2010 drei Wochen vor dem Entscheid der VBD erhalten. Eine ergänzende Stellungnahme wäre daher zeitlich möglich gewesen (angefochtenes Urteil E. 2 S. 4). Die an der Vollzugskoordinationssitzung vom 12. Januar 2010 diskutierten und beschlossenen Themenschwerpunkte hätten unverändert Eingang in das Schreiben der VBD vom 2. März 2010 an die Beschwerdeführerin gefunden. Diese habe damit umfassende Kenntnis der Beschlüsse und die Möglichkeit zur Stellungnahme gehabt. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs müsste im Übrigen mit dem Beschwerdeentscheid ohnehin als geheilt gelten (angefochtenes Urteil E. 2b S. 6).
1.3 Die Vorinstanz verfügt in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht über die gleiche Prüfungsbefugnis wie die VBD (angefochtenes Urteil E. 2b S. 6). Eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs kann nach der Rechtsprechung ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2.2.3).
1.4 Offen bleiben kann, ob die Vorinstanz eine Gehörsverletzung zu Unrecht verneint. Die gerügte Verletzung des rechtlichen Gehörs kann auf jeden Fall nicht als schwerwiegend im Sinne der Rechtsprechung bezeichnet werden, da die Beschwerdeführerin inhaltlich Kenntnis vom Ergebnis der Vollzugskoordinationssitzung vom 12. Januar 2010 hatte und sie bis zum Ergehen des Entscheids der VBD vom 26. Mai 2010 Gelegenheit zu einer spontanen Stellungnahme zum Schreiben vom 3. Mai 2010 gehabt hätte. Die Vorinstanz durfte in der Eventualbegründung daher von einer Heilung ausgehen. Eine Zurückweisung der Angelegenheit an die VBD zur neuen Entscheidung wäre angesichts der damit einhergehenden Verfahrensverzögerung nicht im Interesse der Beschwerdeführerin gewesen.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin beantragt, den Therapieverlaufsbericht von Dr. B._ vom 28. Dezember 2009 wegen Befangenheit aus den Akten zu verweisen. Dr. B._ sei als Therapeutin lediglich zur Vor- und Nachbesprechung der unbegleiteten Ausgänge und Urlaube beauftragt worden. Der Auftrag, eine Diagnose zu erstellen, sei ihr nie erteilt worden. Dennoch habe sie sich hinreissen lassen, neue Krankheitsdiagnosen in die Welt zu setzen, das umfangreiche Gutachten von Dr. A._ anzuzweifeln und den gesamten Prozess der stufenweisen Vollzugslockerung infrage zu stellen. Die Beschwerdeführerin rügt auch in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs.
2.2 Die Ausführungen im Therapieverlaufsbericht vom 28. Dezember 2009 zur Frage der Risikoeinschätzung und der Notwendigkeit einer medikamentösen Therapie, und damit auch die von der Beschwerdeführerin angesprochene neue Krankheitsdiagnose, blieben im Rahmen des angefochtenen Entscheids unberücksichtigt. Der Therapieverlaufsbericht wurde nur insofern als Entscheidgrundlage herangezogen, als er ein Bild über die Vor- und Nachbesprechungen der unbegleiteten Ausgänge und Urlaube vermittelt (angefochtenes Urteil S. 7). Dies ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Eine gänzliche Entfernung des Berichts aus den Akten wäre nicht sachgerecht, da die Dokumentation des Therapieverlaufs für die Beurteilung der beantragten Versetzung in eine Aussenwohngruppe relevant sein kann und eine Befangenheit von Dr. B._ insoweit nicht zur Diskussion steht.
2.3 Die Vorinstanz verneint auch in diesem Punkt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, da sich die VBD mit dem Antrag der Beschwerdeführerin vom 6. April 2010 befasst und sich implizit gegen eine Befangenheit von Dr. B._ ausgesprochen hätten. Nachdem sich der angefochtene Entscheid ausführlich zum Antrag der Beschwerdeführerin auf Entfernung des Therapieverlaufsberichts vom 28. Dezember 2009 äussert, müsste eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin (Beschwerde Ziff. 11 S. 7 f.), jedenfalls auch insofern als im kantonalen Beschwerdeverfahren geheilt gelten (supra E. 1.3).
3. Die Beschwerdeführerin beantragt die Versetzung in ein Aussenwohnheim.
3.1 Die Vorinstanz führt gestützt auf den Therapieverlaufsbericht vom 28. Dezember 2009 und den Führungsbericht der Anstalt Hindelbank vom 4. Januar 2010 zusammengefasst aus, die Beschwerdeführerin habe nach einer langen Verweigerungshaltung ab August 2009 ihre ersten Ausgänge genutzt, um erste Schritte in die Freiheit zu erproben. Sie habe die unbegleiteten Ausgänge und Urlaube zuverlässig wahrgenommen und sei dadurch offener, kommunikativer und zugänglicher geworden. Die Berichte würden aber auch die nach wie vor vorhandenen Defizite in der Belastbarkeit und die mangelnde Flexibilität nicht nur im Umgang mit Veränderungen, sondern auch in Bezug auf alltägliche Situationen erwähnen. Es sei nicht auszuschliessen, dass die nach wie vor bestehenden Defizite der Beschwerdeführerin in den offenen Strukturen einer Aussenwohngruppe schnell zu Überforderungen, Frustrationen und allenfalls zu einer Gesamtverschlechterung ihres Gesundheitszustands führen könnten.
Die Vorinstanz weist zudem darauf hin, dass die sechs unbegleiteten 5-stündigen Ausgänge und die zwei 12-stündigen Urlaube der Beschwerdeführerin in Bern bisher mehr oder wenig gleichförmig verlaufen seien und zu wenig wirklich aussagekräftige Bewährungsproben darstellen würden. Es sei nicht zu beanstanden, wenn die VBD zunächst verlangten, dass sie ihre unbegleiteten Ausgänge und Urlaube variantenreicher zu gestalten habe, um sich mehr realitätsnahen Situationen, grösserem Bewegungsfreiraum und weitergehenden Freiheiten stellen und sich entsprechend bewähren zu müssen. Zurzeit sei die für die nächste Progressionsstufe erforderliche Steigerung der psychosozialen Leistungsfähigkeit noch nicht erreicht und von einer Verlegung in die Aussenwohngruppe daher noch abzusehen.
Dem stehe auch das Gutachten von Dr. A._ vom 25. Oktober 2005 nicht entgegen, welcher sich für eine rasche Erprobung von Lockerungsschritten ausgesprochen, die Verlegung in ein Wohnheim jedoch ebenfalls von einer konsolidierten psychosozialen Leistungsfähigkeit der Beschwerdeführerin abhängig gemacht habe. Das Verwaltungsgericht sei im Entscheid vom 5. Mai 2008 zum Schluss gekommen, die unbegleiteten Ausgänge und Urlaube seien beförderlich zu etablieren und mit rasch steigenden Freiheitsgraden umzusetzen, wobei auch die anvisierte Verlegung in ein betreutes Wohnheim konsequent anzustreben sei. Es habe jedoch betont, dass die Beschwerdeführerin die hiefür definierten Auflagen strikte einhalten müsse. Die Beschwerdeführerin habe die von allen Fachpersonen als notwendig erachteten therapeutischen Gespräche mit dem Forensisch-Psychiatrischen Dienst (FDP) nach einem 21/2-jährigen Unterbruch erst im Juli 2009 wieder aufgenommen. Ihre mangelnde Kooperation habe auch zu Verzögerungen bei der bereits früher angestrebten Vollzugslockerung geführt.
Die Vorinstanz erwägt schliesslich, die VBD beabsichtigten, vor dem Entscheid über die Versetzung in eine Aussenwohngruppe eine aktuelle Begutachtung und Risikoeinschätzung durch einen unabhängigen Sachverständigen vorzunehmen, nachdem die letzte Begutachtung der Beschwerdeführerin vom Oktober 2005 datiere. Die Begutachtung sei nunmehr beförderlich in die Wege zu leiten.
3.2 Eine stationäre therapeutische Massnahme nach <ref-law> kann in der Form des Wohn- und Arbeitsexternats vollzogen werden, wenn begründete Aussicht besteht, dass dies entscheidend dazu beiträgt, den Zweck der Massnahme zu erreichen, und wenn keine Gefahr besteht, dass der Eingewiesene flieht oder weitere Straftaten begeht (<ref-law>).
3.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
3.4 Die Versetzung in ein Wohnexternat ist gemäss <ref-law> zu verweigern, wenn der Therapiezweck dadurch gefährdet würde. Dies ist gemäss der Vorinstanz der Fall, da die mögliche Überforderung der Beschwerdeführerin auch zu einer Gesamtverschlechterung ihres Gesundheitszustands führen könnte. Die Beschwerdeführerin stellt den vorinstanzlichen Erwägungen in tatsächlicher Hinsicht insoweit lediglich ihre eigene Einschätzung entgegen (Beschwerde Ziff. 16 S. 10), welche jedoch in keiner Weise belegt ist und insbesondere auch der von den Fachpersonen geäusserten Auffassung widerspricht.
Beim Vollzugsplan handelt es sich um ein Planungsinstrument, das der ständigen Überprüfung und Anpassung je nach den bei der betroffenen Person eingetretenen Veränderungen bedarf (<ref-ruling> E. 2.4.3 S. 231). Die Vorinstanz weist zutreffend darauf hin, dass sich aus dem individuellen Vollzugsplan keine einklagbaren Rechte ableiten lassen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen für weitere Vollzugslockerungen nicht erfüllt sind (vgl. angefochtenes Urteil S. 13), und die Beschwerdeführerin die Verzögerung bei der Umsetzung der bereits früher geplanten Vollzugslockerung auch sich selber zuzuschreiben hat, da sie sich einer Therapie über längere Zeit verweigerte. Entgegen ihrem Einwand (Beschwerde S. 12) kann nicht von einem treuwidrigen Verhalten der Behörden gesprochen werden. Für die Beschwerdeführerin war erkennbar, dass die von den VBD im Jahre 2007 in Aussicht gestellte Versetzung in die Aussenwohngruppe Steinhof auch an eine kontinuierliche Weiterführung der Therapie geknüpft war. Dies wurde sowohl im Entscheid der VBD vom 11. Dezember 2007 als auch im Urteil des Verwaltungsgerichts vom 5. Mai 2008 betont.
Der angefochtene Entscheid ist nicht bundesrechtswidrig.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gemäss Art. 9 Abs. 1 und Art. 31 BV. Eine weitere Begutachtung als Bedingung für die Versetzung in ein Wohnexternat sei unnötig und verschleppe in nicht vertretbarer Weise das Verfahren. Dr. A._ habe sich bereits vor 6 Jahren für eine rasche Versetzung ausgesprochen. Ein neues Gutachten würde zu keinem anderen Ergebnis gelangen. Für ein aggressives Verhalten oder das neuerliche Auftreten einer wahnhaften Störung gebe es keine Anhaltspunkte.
4.2 Die von den VBD beabsichtigte Einholung eines Gutachtens bildet nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids. Auch das Bundesgericht hat im vorliegenden Verfahren daher nicht darüber zu befinden. Die Vorinstanz betont diesbezüglich lediglich, dass das von den VBD verlangte Gutachten beförderlich zu veranlassen sei, damit die allenfalls bevorstehende Versetzung in das Aussenwohnheim rechtzeitig vorgenommen werden kann, sobald eine ausreichende Belastbarkeit sichergestellt und die Voraussetzungen für eine Versetzung in dieser Hinsicht erfüllt sind. Darin ist ihr vorbehaltslos beizupflichten. Nachdem die kantonalen Behörden mit der Versetzung in die Aussenwohngruppe vorerst noch zuwarten durften, kann ihnen im Zusammenhang mit der Einholung eines Gutachtens keine Verfahrensverzögerung vorgeworfen werden.
5. Die von der Beschwerdeführerin beantragte bedingte Entlassung aus dem Massnahmenvollzug scheidet aus den gleichen Gründen aus (vgl. angefochtenes Urteil E. 5 S. 13 f; <ref-law>).
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juli 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Mathys Unseld