Sachverhalt:
A. Die im Jahr 2004 geschiedenen Eheleute X._ und Y._ wurden im 2. Rechtsgang nach Rückweisung der Sache durch Entscheid des Einzelrichters der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich vom 13. Juli 2006 vom Kantonalen Steueramt Zürich am 14. Februar 2008 für die direkte Bundessteuer 2002 und 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 53'600.-- bzw. Fr. 84'200.-- sowie am 18. Februar 2008 für die Staats- und Gemeindesteuern der nämlichen Perioden mit einem solchen von Fr. 49'900.-- bzw. Fr. 80'500.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 7'000.-- bzw. Fr. 40'000.-- veranlagt. Dabei schätzte das Steueramt die Verluste des Ehemannes aus selbständiger Erwerbstätigkeit (Betrieb eines Solariums) sowohl bezüglich der direkten Bundessteuer als auch der Staats- und Gemeindesteuern nach pflichtgemässem Ermessen auf Fr. 40'000.-- bzw. Fr. 25'000.--. Es stellte sich auf den Standpunkt, die Pflichtigen hätten keine ordnungsgemäss geführten Kassabücher vorgelegt, was zu einer Ermessensveranlagung mit Blick auf das Erwerbseinkommen aus selbständiger Tätigkeit führe. An dieser Auffassung hielt das Steueramt mit Einspracheentscheid vom 22. April 2008 fest.
Der Einzelrichter der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich wies die hiegegen erhobenen Rechtsmittel mit Entscheid vom 4. August 2008 ab, soweit er darauf eintrat.
B. Mit Entscheiden vom 18. März 2009 wies der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich die seitens X._ und Y._ hiegegen bezüglich der direkten Bundessteuer 2002/ 2003 bzw. der Staats- und Gemeindesteuern 2002/2003 erhobenen Beschwerden ab.
C. Mit Eingaben vom 11. Mai 2009 führen X._ und Y._ beim Bundesgericht gegen die verwaltungsgerichtlichen Entscheide vom 18. März 2009 sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer (Verfahren 2C_301/2009) wie auch der Staats- und Gemeindesteuern (Verfahren 2C_302/2009) Beschwerde, jeweils mit den Anträgen, die Einschätzung des Einkommens des Jahres 2002 um Fr. 40'000.--, jene des Jahres 2003 um Fr. 78'300.-- zu reduzieren. Eventualiter sei das kantonale Steueramt anzuweisen, "eine ordentliche Veranlagung neu vorzunehmen". Im Weiteren wird um Gewährung des Akteneinsichtsrechts ersucht, unter Einräumung einer Nachfrist zur "Nachbearbeitung dieser Eingabe".
D. Das Kantonale Steueramt Zürich (Dienstabteilung Recht) und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (2. Abteilung) stellen den Antrag, die Beschwerden abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schliesst auf Abweisung der Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer und verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde betreffend Staats- und Gemeindesteuern.
E. Mit Verfügungen vom 15. Juni 2009 wies der Abteilungspräsident die von den Beschwerdeführern gestellten Gesuche um aufschiebende Wirkung ab.

Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14), beide in der Fassung gemäss Anhang Ziff. 57 bzw. 58 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32), zulässig. Die Beschwerdeführer sind gemäss <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht erhobenen Beschwerden ist einzutreten.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287).
Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist vorliegend nur teilweise zu erkennen. Soweit eine solche fehlt, kann auf die Beschwerden nicht eingetreten werden.
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.5 S. 146 f.).
2. 2.1 Die Beschwerdeführer ersuchen beim Bundesgericht um Akteneinsicht und um Gewährung einer Nachfrist zur Beschwerdeergänzung. Sie machen geltend, am 4. Mai 2009 vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich Einsicht in die Prozessakten verlangt zu haben, worauf ihnen das Gericht angeblich mitgeteilt habe, dass bei ihm nur jene Akten eingesehen werden könnten, "die vor dieser Instanz neu eingereicht wurden", wogegen sich die übrigen Akten bei der Vorinstanz oder beim kantonalen Steueramt befänden. Nach Meinung der Beschwerdeführer verlangt das Akteneinsichtsrecht, dass eine Partei sämtliche Akten an einem Ort einsehen könne, und es sei unzumutbar, wenn über mehrere Amtsstellen verteilte Akten "zusammengesucht" werden müssten. Es liege eine Verweigerung des Akteneinsichtsrechts bzw. eine Verletzung von Verteidigungsrechten vor. Zudem sei das Verwaltungsgericht in Willkür verfallen, wenn es entschieden habe, ohne über die erforderlichen Akten zu verfügen.
2.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) umfasst u.a. das Recht, Einsicht in alle Akten zu nehmen, die geeignet sind, Grundlage des Entscheids zu bilden (<ref-ruling> E. 3 S. 494 f.). Im Recht der direkten Steuern ergibt sich dabei der Umfang des Gehörsanspruches vorweg aus den Spezialbestimmungen von Art. 114 (in Verbindung mit Art. 142 Abs. 5 bzw. Art. 145 Abs. 2) DBG und Art. 41 Abs. 1 StHG bzw. in casu § 124 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (im Folgenden: StG/ZH; vgl. zum Ganzen Urteil 2C_160/2008 vom 1. September 2008, E. 2.4 mit Hinweis). Was die Modalitäten der Akteneinsicht angeht, so sind die Verfahrensbeteiligten grundsätzlich nur berechtigt, die Akten persönlich vor Ort einzusehen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 10; <ref-ruling> E. 2b S. 112; <ref-ruling>; in Bezug auf Akten in steuerrechtlichen Verfahren: Urteile 2C_681/2008 vom 12. Dezember 2008, E. 2.1; 2P.335/1998 vom 1. Februar 2000, E. 5). Die effektive Wahrnehmung des Einsichtsrechts setzt dabei voraus, dass die Akten vollständig sind, d.h. (vorbehältlich entgegenstehender öffentlicher oder privater Interessen) Einblick in alle für den konkreten Entscheid relevanten Akten genommen werden kann.
Vorliegend haben die Beschwerdeführer nach eigenem Bekunden erst am 4. Mai 2009 um dieses Recht ersucht, als das Verwaltungsgericht in der streitigen Sache bereits entschieden, seinen Entscheid versandt und die von ihm edierten Akten (am 2. April 2009) an die zuständigen Behörden zurückgesandt hatte. Die Beschwerdeführer durften unter den gegebenen Umständen vom Verwaltungsgericht für das Konsultieren der nicht mehr bei ihm befindlichen Akten, zu deren Einbehaltung es nach Abschluss seines Verfahrens verfassungsrechtlich nicht verpflichtet war, an die zuständigen Amtsstellen verwiesen werden. Von einer für die Parteien unzumutbaren Vorgehensweise, welche die Ausübung des Akteneinsichtsrechts, zu dessen Gewährung das Verwaltungsgericht sich offensichtlich im Grundsatz bereit erklärte, über Gebühr erschweren oder gar verunmöglichen würde, kann somit nicht die Rede sein. Eine Verweigerung dieses Verfahrensrechts liegt ebenso wenig vor wie eine Verletzung von Verteidigungsrechten. Auch lässt sich allein aus dem Umstand, dass zum fraglichen Zeitpunkt nicht mehr alle vom Verwaltungsgericht beigezogenen Akten bei ihm selber einsehbar waren, nicht der Schluss ziehen, das Gericht habe aufgrund einer unvollständigen Aktenlage bzw. in willkürlicher Weise entschieden. Die diesbezüglichen Einwände der Beschwerdeführer sind mithin nicht stichhaltig.
2.3 Die Beschwerdeführer ersuchen nunmehr vor Bundesgericht um Einsicht in die beigezogenen Akten und um Ansetzung einer Nachfrist, um ihre Eingabe entsprechend "nachbearbeiten" zu können. Eine Nachfristansetzung zur Ergänzung der Beschwerde ist über die in <ref-law> geregelten Fälle hinaus (vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 247) nur unter den engen - vorliegend nicht erfüllten - Voraussetzungen von <ref-law> möglich (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.6 S. 161 mit Hinweis). Die zur Begründung der Beschwerde an das Bundesgericht notwendige Einsicht in die Vorakten ist grundsätzlich innert der Beschwerdefrist bei der Vorinstanz zu beantragen. Ein Beschwerdeführer kann nicht damit rechnen, wegen Beantragung der Akteneinsicht beim Bundesgericht Gelegenheit zur Ergänzung der Beschwerdeschrift nach Ablauf der Rechtsmittelfrist zu erhalten (vgl. Urteil 8C_300/2008 vom 28. November 2008, E. 2.2; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in: Commentaire de la LTF, Bern 2009, N. 33 zu <ref-law>; LAURENT MERZ, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 41 zu <ref-law>). Dem Verfahrensantrag um Ansetzung einer Nachfrist zur Beschwerdeergänzung kann mithin nicht entsprochen werden. Da die Beschwerdeführer die Akten lediglich im Zusammenhang mit der verlangten - aber unzulässigen - Beschwerdeergänzung einsehen wollen, ist ihr Gesuch gegenstandslos.
3. Die Beschwerdeführer stellen sich auf dem Standpunkt, im Februar 2008, als das kantonale Steueramt die Steuern für die Perioden 2002 und 2003 veranlagte, sei bezüglich der Steuern des Jahres 2002 bereits die Verjährung eingetreten.
Nach <ref-law> verjährt das Recht, eine Steuer zu veranlagen, fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode; sodann bestimmt Abs. 2 lit. a, dass die Verjährung nicht beginnt oder still steht während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens. Identisch geregelt ist die Verjährung (in Entsprechung bzw. Ergänzung der Vorgaben von Art. 47 Abs. 1 StHG) in § 130 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a StG/ZH für die Staats- und Gemeindesteuern. Vorliegend erfolgte die Veranlagung der direkten Bundessteuer für die Steuerperiode 2002 erstmals am 14. April 2005, die Einschätzung für die Staats- und Gemeindesteuer am 24. Februar 2005. Im anschliessenden Einsprache- und Rekurs- bzw. Beschwerdeverfahren (erster Rechtsgang), welches mit Entscheid der kantonalen Steuerrekurskommission vom 13. Juli 2006 (bzw. hinsichtlich der Verfahrenskosten und der Parteientschädigung mit Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 1. November 2006) endete, stand die fünfjährige relative Frist der Veranlagungsverjährung still. Daran ändert nichts, dass der erste Rechtsgang in eine Gutheissung mündete und die Angelegenheit wegen eines schwerwiegenden Verfahrensmangels (fehlende Zustellung der steueramtlichen Verfügungen im Taxationsverfahren an die getrennt vom Beschwerdeführer lebende Beschwerdeführerin) an das kantonale Steueramt in das Veranlagungs- bzw. Einschätzungsverfahren zurückgewiesen werden musste. Die Aufhebung einer Veranlagungs- oder Einschätzungsverfügung führt entgegen der Meinung der Beschwerdeführer nicht dazu, dass ein derartiger Entscheid und das daran anschliessende Rechtsmittelverfahren verjährungsrechtlich als inexistent anzusehen wäre. Unter Berücksichtigung des Fristenstillstands während des ersten (bzw. nunmehr erneut im zweiten) Rechtsgang durfte das Verwaltungsgericht ohne Verletzung von Bundesrecht bzw. willkürfrei zum Ergebnis kommen, die Veranlagungsverjährung bezüglich der direkten Bundessteuer bzw. der Staats- und Gemeindesteuer der Steuerperiode 2002 sei (noch) nicht eingetreten.
4. 4.1 Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor. Sie kann dabei Erfahrungszahlen, Vermögensentwicklung und Lebensaufwand des Steuerpflichtigen berücksichtigen (<ref-law>). Inhaltlich identisch regelt das kantonale Recht (nach Massgabe der betreffenden Vorgaben von Art. 46 Abs. 3 StHG) die Voraussetzungen der Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen (§ 139 Abs. 2 StG/ZH).
Zu prüfen ist somit, ob die Voraussetzungen für eine Ermessensveranlagung erfüllt waren und die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen nicht offensichtlich unrichtig ist (Urteil 2A.39/2004 vom 29. März 2005, StE 2005 B 95.1 Nr. 9). Dabei kann das Bundesgericht frei prüfen, ob die Voraussetzungen für eine solche Taxation gegeben waren; die Schätzung als solche hebt es nur bei Ermessensüberschreitung auf, das heisst, wenn der kantonalen Behörde in die Augen springende Fehler oder Irrtümer unterlaufen sind und sie eine offensichtlich falsche Schätzung vorgenommen hat (Urteile 2A.113/2005 vom 16. September 2005, E. 3.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 2C_223/2008 vom 9. Februar 2009, E. 3.1).
4.2 Wer buchführungspflichtig ist, hat diejenigen Bücher ordnungsgemäss zu führen, die nach Art und Umfang des Geschäfts notwendig sind, um namentlich das Ergebnis des Geschäftsjahres festzustellen (vgl. <ref-law>). Das Steuerrecht knüpft für die Ermittlung des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit an die nach kaufmännischen Grundsätzen geführten Jahresrechnungen an. Auch wenn selbständig Erwerbende nicht zur Führung von Geschäftsbüchern verpflichtet sind, besteht eine Aufzeichnungspflicht: Der Steuererklärung sind diesfalls Aufstellungen über Aktiven und Passiven, Einnahmen und Ausgaben sowie Privatentnahmen und Privateinlagen beizulegen (vgl. <ref-law>; Art. 42 Abs. 3 StHG bzw. § 134 Abs. 2 StG/ZH). Die betreffenden, chronologisch fortlaufend zu führenden Aufzeichnungen haben die Geschäftsvorfälle zeitnah, d.h. zeitlich unmittelbar nach ihrer Verwirklichung, und damit aktuell festzuhalten (vgl. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., Zürich 2006, N. 20 zu § 134). Welche Aufzeichnungen im Einzelnen anzufertigen sind, hängt von den Verhältnissen des einzelnen Geschäftsbetriebes, seiner Art und Grösse ab. Für bargeldintensive Betriebe - zu denen auch jener des Beschwerdeführers gehört - ist die Führung eines Kassabuchs essentiell (vgl. KARL KÄFER, Berner Kommentar, N. 181 und 588 ff. zu <ref-law>; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N. 119 zu Art. 18; MARTIN ZWEIFEL, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, N. 33 zu <ref-law>). Soll ein Kassabuch für die Richtigkeit des erfassten Bargeldverkehrs Beweis erbringen, ist zu verlangen, dass darin die Bareinnahmen und -ausgaben fortlaufend, lückenlos und zeitnah aufgezeichnet werden und durch Kassenstürze regelmässig - in bargeldintensiven Betrieben täglich - kontrolliert werden (Urteile 2A.657/2005 vom 9. Juni 2006, E. 3, sowie 2A.351/1998 vom 15. Oktober 1999, E. 3c).
4.3 Das Verwaltungsgericht ist in zutreffender Weise von diesen Vorgaben ausgegangen und hat sie in nicht zu beanstandender Weise zur Anwendung gebracht. Nach den verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid, welche durch die sich weitgehend in unsubstantiierten Gegenbehauptungen erschöpfenden tatsächlichen Vorbringen in der Beschwerdeschrift nicht entkräftet werden (oben E. 1.4), hat der Beschwerdeführer die Bareinnahmen aus dem von ihm betriebenen Solarium weder zeitnah aufgezeichnet noch täglich saldiert. Die von ihm eingereichten Aufzeichnungen beschränkten sich vielmehr auf Zusammenfassungen der monatlichen Einnahmen und Ausgaben. Darüber hinaus seien sämtliche Eintragungen undatiert gewesen. Die eingereichten Aufstellungen entsprechen somit den vorerwähnten Anforderungen an eine zuverlässige und für die Veranlagungsbehörden überprüfbare Aufzeichnung des Bargeldverkehrs offenkundig nicht. Nicht zu beanstanden ist daher auch der vom Verwaltungsgericht gezogene Schluss, es liege eine Verletzung der gesetzlichen Aufzeichnungspflicht gemäss <ref-law> bzw. § 134 Abs. 2 StG/ZH vor. Fehlte es mithin an den für eine ordnungsgemässe Veranlagung notwendigen Aufzeichnungen, wurden die Beschwerdeführer zu Recht in Anwendung von <ref-law> bzw. § 139 Abs. 2 StG/ZH nach pflichtgemässem Ermessen taxiert, nachdem sie auch auf Mahnung hin keine den betreffenden Anforderungen entsprechenden Aufstellungen beigebracht haben bzw. aufgrund der versäumten Pflicht zur fortlaufenden, lückenlosen und zeitnahen Aufzeichnung im Rahmen eines Kassabuches auch nicht beibringen konnten. Die von ihnen anstelle eines solchen Kassabuches ins Verfahren eingebrachten Aufstellungen und Belege durften in dieser Hinsicht von den kantonalen Behörden willkürfrei als ungenügend angesehen werden.
4.4 Was die Beschwerdeführer weiter vorbringen, ist, soweit es sich dabei nicht bloss um appellatorisch gehaltene und daher unzulässige Kritik handelt (oben E. 1.3), nicht stichhaltig. Es trifft nicht zu, dass die zur Anwendung gebrachten Anforderungen an die Ausgestaltung der von Steuerpflichtigen mit selbständiger Erwerbstätigkeit einzureichenden Aufstellungen auf einer erst nach dem Jahr 2002 entwickelten Praxis beruht (vgl. etwa bereits die betreffenden Vorgaben im Merkblatt zum Kreisschreiben Nr. 2 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 28. Januar 1980 betreffend Aufbewahrungs- und Aufzeichnungspflicht Selbständigerwerbender oder - für den Kanton Zürich - das Urteil des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 8. Februar 1995, in: RB 1995 Nr. 43 sowie StE 1995 B 92.3 Nr. 7, unter Hinweis auf das betreffende Merkblatt des kantonalen Steueramtes vom 1. Oktober 1990). Nichts zu ihren Gunsten vermögen die Beschwerdeführer sodann unter Berufung auf den Vertrauensschutz abzuleiten: Im System der periodischen Veranlagung beziehen sich Veranlagungsverfügungen grundsätzlich nur auf die betreffende Veranlagungsperiode und können keine behördliche Zusicherung für künftige Veranlagungen sein (vgl. Urteil 2A.62/1997 vom 3. Mai 1999, in: ASA 69 S. 793, E. 2). Auch wenn die Veranlagungsbehörde die Aufzeichnungsweise der Beschwerdeführer - wie von diesen behauptet wird - in den Steuerperioden 1998 bis 2001 nie in Frage gestellt haben sollte, hindert sie dies nicht daran, diesbezüglich nunmehr eine abweichende Beurteilung vorzunehmen. Inwiefern den Beschwerdeführern schliesslich innerhalb des Veranlagungsverfahrens für die Steuerperiode 2002 (oder der betreffenden Rechtsmittelverfahren im ersten Rechtsgang) eine konkrete behördliche Zusicherung abgegeben worden sein soll, wonach sie von der Aufzeichnungs- und Einreichungspflicht entbunden seien, ist weder rechtsgenüglich dargetan noch ersichtlich. Auch liegt in diesem Punkt keine Rechtsverweigerung vor, hat sich doch die Vorinstanz in den angefochtenen Entscheiden (jeweils in E. 4.3 am Ende) mit dieser Rüge in genügender Weise auseinandergesetzt. Die sich aus dem rechtlichen Gehör (<ref-law>) ergebende Begründungspflicht verlangt nicht, dass sich ein Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt; die Begründung kann sich vielmehr auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (vgl. statt vieler <ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
4.5 Die Beschwerdeführer machen schliesslich geltend, die der Ermessenstaxation zugrunde gelegte Schätzung sei in willkürlicher Weise erfolgt und zudem nicht in nachvollziehbarer Weise begründet worden.
4.5.1 Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann vom Steuerpflichtigen nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden; zudem ist die Einsprache zu begründen und muss sie die allfälligen Beweismittel nennen (<ref-law>; ebenso: Art. 48 Abs. 2 StHG bzw. § 140 Abs. 2 StG/ZH). Der Unrichtigkeitsnachweis ist nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung umfassend zu führen. Es reicht nicht aus, die Einschätzung bloss in pauschaler Weise zu bestreiten oder lediglich einzelne Positionen als zu hoch zu bezeichnen. Vielmehr muss der Steuerpflichtige in der Regel die bisher versäumten Mitwirkungshandlungen nachholen, insbesondere eine nicht eingereichte Steuererklärung oder nicht beigelegte Dokumente vorlegen (vgl. Urteile 2C_441/2008 vom 30. Januar 2009, E. 2.4; 2C_579/2008 vom 29. April 2009, E. 2.1, je mit Hinweisen).
4.5.2 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz haben es die Beschwerdeführer unterlassen, im Einsprache- oder anschliessenden Beschwerdeverfahren vor Steuerrekurskommission ein - nach dem oben Gesagten zulässigerweise - verlangtes, gehörig geführtes Kassabuch nachzureichen. Insofern konnte sich dem Verwaltungsgericht richtigerweise einzig die Frage stellen, ob sich die Schätzung als offensichtlich unrichtig, d.h. aufgrund der Akten als sachlich nicht begründbar erweist. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführer hat sich die Vorinstanz dabei zu Recht darauf beschränkt, die Schätzung auf Ermessensmissbrauch hin zu untersuchen, was im Ergebnis - wie von ihr erwähnt - einer blossen Willkürprüfung gleichkommt; diese eingeschränkte Überprüfungsbefugnis ist Konsequenz der besonderen Natur der Ermessenstaxation, welche notwendigerweise auf Annahmen und Vermutungen abstellt und insofern eine gewisse Unschärfe aufweist. Die Beschwerdeführer unterlassen es, substantiiert darzulegen, inwiefern die ermessensweise Schätzung der Verluste aus selbständiger Erwerbstätigkeit auf Fr. 40'000.-- (Steuerperiode 2002) bzw. Fr. 25'000.-- (Steuerperiode 2003) offensichtlich unrichtig ist. Der pauschale Einwand, es sei willkürlich wenn die Einschätzung im Vergleich zu den Veranlagungsunterlagen von Mehreinnahmen von Fr. 40'000.-- im Jahr 2002 und von Fr. 78'300.-- im Jahr 2003 ausgehe, geht schon deshalb an der Sache vorbei, weil es hier - wie erwähnt - gerade an verlässlichen Aufzeichnungen durch die Beschwerdeführer fehlt. Inwieweit die Veranlagungsbehörde zudem gehalten gewesen wäre, in beiden Steuerperioden von Mehreinnahmen in derselben Höhe auszugehen, ist nicht ersichtlich. Es trifft zu, dass sich das kantonale Steueramt nicht dazu äusserte, wie sich die geschätzten Verluste betragsmässig im Einzelnen zusammensetzten. Dazu war es jedoch auch nicht verpflichtet, nachdem es die Aufstellungen des Beschwerdeführers, welche - wie sich aus dem dem Taxationsentscheid vorangegangenen Bericht des Revisors ergibt - abgesehen von den in ungenügender Weise erfassten Bareinnahmen auch in anderer Hinsicht verschiedene Unzulänglichkeiten aufwiesen, als untaugliche Einschätzungsgrundlage abgelehnt und das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit zulässigerweise als Ganzes eingeschätzt hatte. Eine Verletzung der Begründungspflicht liegt insofern nicht vor. Was die Schätzung selber angeht, ist mit den Vorinstanzen davon auszugehen, dass dem Beschwerdeführer in beiden Steuerperioden im Ergebnis zugestanden wurde, seine als Einzelunternehmung betriebene selbständige Erwerbstätigkeit arbeite (noch) nicht erfolgreich. Insofern erweist sich die Schätzung als zurückhaltend und nicht willkürlich. Was die Beschwerdeführer im Weiteren vorbringen, erschöpft sich in einer abweichenden Darstellung ihrer Sicht der Dinge und ist nicht geeignet, die Schätzung als offensichtlich falsch erscheinen zu lassen.
5. Nach dem Gesagten ist sowohl die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer als auch jene betreffend die Staats- und Gemeindesteuern als unbegründet abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern aufzuerlegen, unter solidarischer Haftung (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>). Für eine Abänderung der angefochtenen Entscheide in Bezug auf die vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen (Art. 67 bzw. <ref-law>) besteht kein Anlass.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_301/2009 und 2C_302/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Moser