Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer eines Stockwerkeigentumsanteils der Überbauung auf der Parzelle Nr. 6543 in Oberwil.
Aufgrund eines Hinweises der Gemeinde Oberwil, wonach auf der genannten Parzelle ohne Bewilligung eine Dachterrasse erstellt werde, verfügte das Bauinspektorat des Kantons Basel-Landschaft gegenüber X._ zuerst mündlich, daraufhin mit schriftlicher Verfügung Nr. 087/09 vom 28. Juli 2009 und Rektifikat vom 19. August 2009 die Einstellung der Arbeiten und die Verpflichtung, ein entsprechendes Baugesuch einzureichen.
Dagegen rekurrierte X._ bei der Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft vergeblich. Seine Beschwerde wurde am 17. November 2009 abgewiesen, die Frist für das Einreichen eines Baugesuchs erstreckt.
B. X._ reichte - zusammen mit A._ als ursprünglichem Projektverfasser - am 5. Mai 2010 ein nachträgliches Baugesuch ein. Damit soll die Nutzung des Flachdachs als Dachgarten ermöglicht werden. Dagegen erhob die Gemeinde Oberwil Einsprache mit dem Hinweis, dass die ursprüngliche Baubewilligung für die Überbauung unter der Auflage erteilt worden sei, dass Flachdächer extensiv zu begrünen seien und nicht als Dachterrassen benutzt werden dürften.
Das Bauinspektorat hiess die Einsprache der Gemeinde Oberwil am 6. Dezember 2010 im Sinne der Erwägungen gut, wies das Baugesuch von X._ ab und ordnete den Rückbau an.
Dagegen erhob X._ bei der Baurekurskommission Beschwerde. Diese hiess die Beschwerde am 3. Mai 2011 teilweise gut und schwächte die Verpflichtung zum Rückbau ab, wies sie indes in Bezug auf das Baugesuch als solches ab.
X._ gelangte an das Kantonsgericht Basel-Landschaft. Dessen Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht wies die Beschwerde am 15. Februar 2012 ab.
C. Gegen dieses Urteil des Kantonsgerichts hat X._ beim Bundesgericht am 22. Mai 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Bewilligung seines Baugesuchs, eventualiter die Rückweisung des Baugesuchs an das Bauinspektorat zu neuer Beurteilung. Er rügt Verletzungen der Eigentumsgarantie (Art. 26 BV und § 6 Abs. 3 KV/BL), des Legalitätsprinzips (Art. 5 BV, § 4 KV/BL), des Willkürverbots (Art. 9 BV), der Rechtsgleichheit (Art. 8 BV, § 7 KV/BL), der Rechtsweggarantie und des rechtlichen Gehörs (Art. 29 und 29a BV, § 9 KV/BL) und macht eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung geltend (Art. 97 BGG). Auf die Beschwerde im Einzelnen ist in den nachfolgenden Erwägungen einzugehen.
Das Bauinspektorat und das Kantonsgericht haben auf Vernehmlassung verzichtet. Die Gemeinde Oberwil hat sich nicht vernehmen lassen.
D. Mit Verfügung vom 19. Juni 2012 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Kantonssgerichts ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer Materie des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund fällt. Die Beschwerde ist rechtzeitig erhoben. Der Beschwerdeführer wird durch das Rückbaugebot und die Abweisung seines Baugesuchs direkt betroffen. Insoweit erweist sich die vorliegende Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 100 Abs. 1 BGG).
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann laut Art. 95 lit. a BGG die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich von Bundesverfassungsrecht, geltend gemacht werden. Es können gemäss Art. 95 lit. c BGG auch kantonale verfassungsmässige Rechte angerufen werden. Die Rüge der Verletzung von kantonalem Gesetzesrecht wird ausschliesslich anhand des Verfassungsrechts geprüft.
In der Beschwerdeschrift ist gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nach Art. 106 Abs. 2 BGG nur, soweit solche Rügen präzis vorgebracht und begründet werden. Werden die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz angefochten, so muss im Rahmen von Art. 97 BGG klar und substantiiert aufgezeigt werden, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 7.1; <ref-ruling> E. 2.4). Ob diese Anforderungen erfüllt sind, wird im entsprechenden Sachzusammenhang zu prüfen sein.
2. In Umschreibung des Streitgegenstandes hielt das Kantonsgericht fest, dass einzig umstritten sei, ob die Abweisung des Baugesuchs des Beschwerdeführers sowie dessen Verpflichtung zum Rückbau der auf das Dach führenden Treppe und der bisher ausgeführten Dachgartenbauten und die Pflicht zu extensiver Begrünung des Daches rechtens sei. Der Beschwerdeführer zieht diese Umschreibung nicht in Zweifel, sodass auch im vorliegenden Verfahren davon ausgegangen werden kann.
3. Der Beschwerdeführer rügt vorerst gestützt auf Art. 97 BGG eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung im Zusammenhang mit der Frage, auf welche Überlegungen und Begründungen sich die umstrittene Auflage der Baubewilligung von 2008 - Verbot der Benützung der Flachdächer als Dachterrassen und Pflicht zur extensiven Begrünung - stützen lasse. Er erachtet die Sachverhaltsfeststellung im angefochtenen Entscheid deshalb offensichtlich als unrichtig, weil das Kantonsgericht annehme, er müsse sich als Rechtsnachfolger des ursprünglichen Bauherrn eine gegen diesen verfügte Auflage entgegenhalten lassen. Überdies sei die Sachverhaltsfeststellung insofern offensichtlich unrichtig, als das Kantonsgericht zur Begründung der streitigen Auflage auf eine dem ursprünglichen Bauherrn gewährte Ausnahmebewilligung im Zusammenhang mit einer Nutzungsumlagerung und einer Überschreitung der Bebauungsziffer abstelle, während sich die Vorinstanzen auf eine ältere Dienstbarkeit zugunsten der Gemeinde Oberwil, auf die Vermeidung von Nachbarkonflikten im Falle von Einblicken aus Dachgärten in Nachbargärten, auf Bestimmungen des Zonenreglements und auf ästhetische Aspekte abstützten.
Die Vorbringen des Beschwerdeführers in diesem Zusammenhang beziehen sich nicht auf Fragen des Sachverhalts. Die Auffassung des Kantonsgerichts, dass die umstrittene Bedingung im Zusammenhang mit einer Ausnahmebewilligung für eine Nutzungsumlagerung und Überschreitung der Bebauungsziffer zu betrachten sei, stützt sich auf rechtliche Erwägungen. Dasselbe trifft auf die Auffassung zu, der Beschwerdeführer habe sich die ursprüngliche Auflage entgegenhalten zu lassen. Das Kantonsgericht hat damit keine Sachverhaltsfeststellungen getroffen, sondern rechtliche Würdigungen vorgenommen. Solche rechtliche Würdigungen unterliegen keiner Sachverhaltsprüfung nach Art. 97 BGG. Dass das Kantonsgericht den Sachverhalt offensichtlich falsch oder unvollständig und damit willkürlich festgestellt hätte, ist weder rechtsgenüglich gerügt noch ersichtlich. Die Rüge der unrichtigen Sachverhaltsfeststellung erweist sich daher von vornherein als unbegründet.
4. Der Beschwerdeführer rügt des Weitern eine Verletzung des rechtlichen Gehörs gemäss Art. 29 Abs. 2 BV, weil sich das Kantonsgericht bei der Begründung der umstrittenen Auflage auf neue rechtliche Erwägungen abgestützt habe, zu denen er vorgängig nicht habe Stellung nehmen können und die für ihn unerwartet gewesen seien.
Art. 29 Abs. 2 BV räumt einer betroffenen Partei den Anspruch ein, nach Einsicht in die massgeblichen Akten zu den wesentlichen Punkten einer Streitsache Stellung zu nehmen, bevor der Entscheid getroffen wird. Der Anspruch betrifft in erster Linie den rechtserheblichen Sachverhalt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 494). Er verlangt indes grundsätzlich nicht, dass sich die betroffene Partei zu jedem möglichen Ergebnis soll äussern können, das die entscheidende Behörde unter Beachtung des Grundsatzes "iura novit curia" ins Auge fasst (<ref-ruling> E. 4.2 S. 267; vgl. auch 130 III 35 E. 5 S. 38 f.). Nur in Ausnahmefällen bezieht sich der Anspruch auf rechtliches Gehör auch auf Rechtsnormen oder in Betracht gezogene rechtliche Begründungen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 494). Das kann im Sinne einer verfahrensrechtlichen Kompensation zutreffen bei grosser Unbestimmtheit der anzuwendenden Norm (<ref-ruling> E. 2b/cc S. 434) oder wenn sich die Behörde auf völlig neue, bisher in keiner Weise angesprochene Normen und Erwägungen abstützen will, mit denen die Parteien in keiner Weise rechnen mussten (<ref-ruling> E. 1b S. 96; <ref-ruling> E. 2a und b S. 98; vgl. zur besondern Konstellation im Verfahren der internationalen Schiedsgerichtsbarkeit <ref-ruling> E. 6 S. 6.2 S. 41).
Im vorliegenden Fall zeigt sich, dass zur Begründung der umstrittenen Auflage unterschiedliche Argumente ins Feld geführt wurden, wie der Beschwerdeführer darlegt. Im angefochtenen Entscheid hat das Kantonsgericht die umstrittene Auflage mit der Überschreitung der zulässigen Bebauungsfläche, der damit verbundenen Nutzungsumlagerung und der entsprechend erteilten Ausnahmebewilligung in Zusammenhang gebracht und begründet. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers hat bereits die Baurekurskommission in ihrem Entscheid vom 3. Mai 2011 auf diesen Zusammenhang verwiesen. Ferner hat die Gemeinde Oberwil in ihrer Stellungnahme vom 7. Oktober 2011 zuhanden des Kantonsgerichts ausgeführt, die Begrünung der Dachterrassen kompensiere als ökologische Ausgleichsfläche den erhöhten Landverbrauch und liege daher im öffentlichen Interesse. Bei dieser Sachlage kann nicht davon gesprochen werden, dass der angefochtene Entscheid auf Erwägungen abgestützt ist, mit denen die Parteien in keiner Weise rechnen mussten. Überdies wird sich zeigen, dass der rechtlichen Grundlage der umstrittenen Auflage unter dem Gesichtswinkel der Rechtsbeständigkeit von formell rechtskräftigen Verfügungen kein entscheidendes Gewicht zukommt.
Aus diesen Gründen erweist sich die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs als unbegründet.
5. 5.1 Für die Überbauung in Oberwil, an der der Beschwerdeführer heute als Stockwerkeigentümer beteiligt ist, wurde am 8. Januar 2008 die Baubewilligung erteilt. Die Gemeinde Oberwil erliess dazu am 13. September 2007 verschiedene Bedingungen und Auflagen. Sie hielt u.a. fest: "Die Flachdächer sind extensiv zu begrünen und dürfen nicht als Dachterrassen genutzt werden." Umstritten ist im vorliegenden Verfahren die Bedeutung der genannten Auflage im Zusammenhang mit der Prüfung des nachträglichen Baugesuchs des Beschwerdeführers vom 5. Mai 2010.
5.2 Das Kantonsgericht hat vorerst festgehalten, dass die Baubewilligung nicht an eine bestimmte Person gebunden sei, sondern einem Grundstück anhafte und zusammen mit diesem auf einen Rechtsnachfolger übertragen werden könne (vgl. Mischa Berner, Die Baubewilligung und das Baubewilligungsverfahren, 2009, S. 34; Häfelin/Müller/ Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, N. 844 und 2533). Der Beschwerdeführer zieht diese Auffassung nicht in Frage und rügt in dieser Hinsicht keine Verletzung des Willkürverbots. Es wäre auch nicht nachvollziehbar, dass er die Massgeblichkeit der damaligen Baubewilligung für die von ihm bewohnte Baute nunmehr anzweifeln sollte.
Das Kantonsgericht hat weiter dargelegt, dass Baubewilligungen mit allen ihren Bestandteilen ein Ganzes bildeten und damit auch allfällige Auflagen mitenthielten. Das bedeute insbesondere, dass die ursprüngliche Baubewilligung vom 8. Januar 2008 auch die genannte Auflage, dass die Flachdächer zu begrünen seien und nicht als Dachterrassen benützt werden dürften, einschliesse (vgl. Berner, a.a.O., S. 48). Auch diese Auffassung des Kantonsgerichts rügt der Beschwerdeführer nicht als willkürlich. Er legt in keiner Weise dar, dass die genannte Auflage bei der damaligen Errichtung des Gebäudes im Anschluss an die Baubewilligung vom 8. Januar 2008 keine Verbindlichkeit entfaltet hätte.
5.3 Aus den vorstehenden Erwägungen hat das Kantonsgericht geschlossen, dass die ursprüngliche Baubewilligung inklusive der genannten Auflage vom ursprünglichen Eigentümer und Bauherrn auf den Beschwerdeführer übergegangen sei, der die Stockwerkeigentumseinheit am 25. Juni 2008 erworben hatte. Die Auflage sei daher auch für den Beschwerdeführer verbindlich (vgl. Urteil 1C_337/2008 vom 18. November 2008 E. 3.3 mit Hinweisen; Berner, a.a.O., S. 49).
Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, dass er beim Kauf seiner Stockwerkeigentumseinheit keine Kenntnis von der genannten Auflage hatte, dass er die Wohnung im Vertrauen auf die Ausbaumöglichkeit gemäss dem Stockwerkeigentümerreglement erworben hatte und dass die genannte Auflage nicht auf ihn übergegangen sei.
Das Kantonsgericht durfte entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ohne Willkür annehmen, dass der Kenntnisstand des Beschwerdeführers im Zeitpunkt des Erwerbs nicht massgebend sei und dass sich in diesem Zusammenhang keine Fragen des Gutglaubensschutzes stellten. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Bau- und Planungsrecht gehen öffentlich-rechtliche Pflichten oder Belastungen des Grundeigentums bei einer Handänderung grundsätzlich auf den Erwerber über. Dieser muss sich gar den bösen Glauben seines Vorgängers anrechnen lassen (Urteil 1C_337/2008 vom 18. November 2008 E. 3.3 mit Hinweisen). Dem steht gemäss der Auffassung des Kantonsgerichts auch das Stockwerkeigentümerreglement nicht entgegen. Der Umstand, dass dieses vom Bauinspektorat genehmigt worden war, ist in diesem Zusammenhang nicht massgeblich. Der Beschwerdeführer geht auf die Erwägungen des Kantonsgerichts nicht in einer den Begründungsanforderungen genügenden Weise ein. Schliesslich ist nicht ersichtlich, inwiefern die Baubewilligung und die darin eingeschlossene Auflage zwar konkret die vier Mehrfamilienhäuser und den damaligen Baugesuchsteller betreffen, hingegen nicht gegen den Beschwerdeführer gerichtet sein und ihn unberührt lassen sollen.
Es ergibt sich daraus, dass das Kantonsgericht ohne Willkür davon ausgehen durfte, dass die genannte Auflage auf den Beschwerdeführer übergegangen und daher grundsätzlich auch für ihn verbindlich sei. Soweit der Beschwerdeführer diese Folgerung in Zweifel zieht, erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
5.4 Die Baubewilligung inklusive die umstrittene Auflage ist damals vom ursprünglichen Eigentümer und Bauherrn nicht angefochten worden. Sie ist daher in formelle Rechtskraft erwachsen. Das bedeutet, dass die Baubewilligung inklusive die Auflage in dieser Form auf den Beschwerdeführer übergegangen und daher für ihn massgeblich ist. Die Massgeblichkeit der Verfügung hat zur Folge, dass ein Baugesuch - unabhängig davon, ob im Voraus oder auf Intervention der Behörden hin erst nachträglich gestellt - an dieser Verfügung zu messen ist. Die formelle Rechtskraft von Verfügungen bewirkt Rechtsbeständigkeit. Das bedeutet, dass diese Verfügungen nicht frei überprüft werden müssen und können, es vielmehr besonderer Umstände bedarf, um darauf zurückzukommen. Das Kantonsgericht hat demnach die Rechtsweggarantie von Art. 29a BV nicht verletzt, wenn es einerseits die ursprüngliche Baubewilligung und umstrittene Auflage nicht frei überprüft und wenn es das neue Baugesuch lediglich im Lichte der bisherigen Auflage beurteilt hat. Insofern kann daher entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht gesagt werden, sein neues Baugesuch sei überhaupt nicht geprüft worden.
5.5 Die Abänderung rechtskräftiger Verfügungen fällt lediglich bei Vorliegen bestimmter Voraussetzungen in Betracht. Dabei wird unterschieden, ob einerseits ausreichende Gründe für ein Rückkommen auf die ursprüngliche Verfügung vorliegen und ob andererseits hinreichende Gründe für eine Abänderung der Verfügung vorliegen. Gründe hierfür sind insbesondere ursprüngliche Fehlerhaftigkeit der Verfügung, Veränderung der Umstände oder Vorliegen eigentlicher Revisionsgründe. Besonderes Gewicht kommt bei der Prüfung dieser Fragen der Interessenabwägung zwischen dem Gesichtswinkel der richtigen Durchführung des objektiven Rechts und dem Vertrauensschutz zu (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.2 S. 71; <ref-ruling> E. 4.5 S. 75 ff.; Häfelin/ Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz 1032 ff.; Tschannen/Zimmerli/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Auflage, 2009, S. 287 ff.).
Somit ist zu prüfen, ob Umstände vorliegen oder vorgebracht werden, die ein Zurückkommen auf die umstrittene Auflage erlauben oder erfordern und welche Folgerungen daraus für das neue Baugesuch des Beschwerdeführers gezogen werden dürfen.
5.6 Das Kantonsgericht hat geprüft, ob die umstrittene Auflage nichtig sei, und hat diese Frage verneint. Es hat ausgeführt, es lägen in Bezug auf die Auflage weder sachliche Unzuständigkeit noch schwere Verfahrens- oder Eröffnungsfehler vor. Dem Umstand, dass diese sich nicht auf eine direkte Gesetzesgrundlage stützen könne, komme in Anbetracht des engen sachlichen Zusammenhangs zwischen Auflage und Baubewilligung bzw. Ausnahmebewilligung keine Bedeutung zu. Bei dieser Sachlage lägen keine Gründe vor, auf die ursprüngliche Auflage zurückzukommen.
Nichtigkeit von Entscheiden kann nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung angenommen werden, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und wenn zudem die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht. Umgekehrt führen Verfahrensmängel in der Regel nur zur Anfechtbarkeit des entsprechenden Entscheids (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 363 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Erwägungen des Kantonsgerichts kaum vertieft auseinander und vermag nicht darzulegen, dass die Verneinung von Nichtigkeit gegen das Willkürverbot verstossen sollte. Er behauptet selber nicht, dass die Gemeinde funktionell oder sachlich von vornherein zum Erlass einer entsprechenden Auflage unzuständig gewesen wäre. Hingegen macht er geltend, für die umstrittene Auflage fehle es an einer gesetzlichen Grundlage. Dass eine solche bestehen würde, wird auch im angefochtenen Urteil nicht angenommen. Das Kantonsgericht führt vielmehr aus, dass Auflagen auch ohne direkte gesetzliche Grundlage zulässig seien. Voraussetzung sei bloss, dass sie einen engen sachlichen Zusammenhang mit der Bewilligung aufweisen. Es kann sich hierfür auf die Lehre berufen (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., N. 918 ff.; Tschannen/Zimmerli/Müller, a.a.O., S. 251 f.; Zaugg/Ludwig, Baugesetz des Kantons Bern, 3. Auflage, 2007, Art. 29 N. 2 und Art. 38/39 N. 15a Bst. d).
Es ist nicht ersichtlich, dass diese Betrachtungsweise gegen das Willkürverbot verstossen würde. Es fragt sich daher einzig, ob die umstrittene Auflage einen hinreichenden Sachzusammenhang mit der ursprünglichen Baubewilligung aufweist. Hierfür finden sich in den Rechtsschriften unterschiedliche Begründungen, wie der Beschwerdeführer zurecht vorbringt. Es wird insbesondere auf eine Dienstbarkeit aus dem Jahre 1959, auf ästhetische Erwägungen und auf mögliche Beeinträchtigungen von Nachbarn verwiesen. Bereits in dieser Hinsicht kann ein Zusammenhang der Auflage mit der Baubewilligung erblickt werden. Darüber hinaus weist das Kantonsgericht namentlich darauf hin, dass für die ursprüngliche Erstellung des Gebäudes eine Ausnahmebewilligung in Form einer Nutzungsumlagerung erteilt worden ist. Dies zieht der Beschwerdeführer nicht in Frage. Entgegen seiner Auffassung ist nicht entscheidend, dass die Überbauungsweise von der Baubehörde vorgeschlagen worden ist. Ebenso ist nicht massgeblich, ob der Bauherr dadurch einen eigentlichen Vorteil erzielte. Der Bauherr machte von der Ausnahmebewilligung Gebrauch. Mit dieser durften Auflagen verbunden werden. Die Verpflichtung, Flachdächer extensiv zu begrünen und nicht als Dachterrassen zu benützen, kann in einem Zusammenhang mit der Ausnahmebewilligung betrachtet werden: Die Pflicht zum Begrünen kann den durch die Umlagerung verursachten Verlust von Grünfläche kompensieren, das Benützungsverbot die vergrösserte Bebauungsziffer ausgleichen. Dabei ist nicht wesentlich, dass dieser Ausgleich nicht ziffernmässig aufgeht. Wie das Kantonsgericht ausführt, darf auch als wesentlich betrachtet werden, dass die Gemeinde der Auflage Gewicht beigemessen und an ihren Einsprachen festgehalten hat, die Ausnahmebewilligung ohne die Auflage nicht erteilt hätte. Ausschlaggebend ist gesamthaft, dass das Kantonsgericht bei dieser Sachlage ohne Willkür einen sachlichen Zusammenhang bejahen, selbst unter der Annahme eine Mangels diesen als gering betrachten und damit Nichtigkeit der umstrittenen Auflage verneinen durfte.
5.7 Der Beschwerdeführer bringt keine weitern Gründe vor, die im Sinne der allgemeinen Erwägungen zur Rechtsbeständigkeit von Verfügungen die Abänderung der umstrittenen Auflage rechtfertigen könnten oder nahelegen würden. Solche sind denn auch nicht ersichtlich. Seit der ursprünglichen Baubewilligung von 2008 haben sich die faktischen oder rechtlichen Umstände nicht geändert; vielmehr sind die sachlichen und rechtlichen Gegebenheiten bis zum Einreichen im Zeitpunkt des neuen Baugesuchs im Jahre 2010 dieselben geblieben. Es lassen sich auch keine eigentlichen Revisionsgründe finden, die eine Änderung der Auflage erheischen würden. Wie bereits ausgeführt, ist nicht von Belang, dass der Beschwerdeführer beim Kauf seines Stockwerkeigentumsanteils der Auflage keine Beachtung schenkte und ob er damit hatte rechnen müssen. Bedeutungslos ist ebenfalls, aus welchen Gründen der Bauherr die genannte Auflage akzeptierte, sie nicht anfocht. Es sind damit auch keine Vertrauensschutzgründe ersichtlich, die gegen die Beständigkeit der Auflage sprechen würden. Schliesslich legt der Beschwerdeführer nicht in einer den gesetzlichen Anforderungen genügenden Weise dar, weshalb die umstrittene Auflage in der vorliegenden Konstellation gegen die Eigentumsgarantie verstossen sollte.
5.8 Es ergibt sich daraus, dass das Kantonsgericht die Rechtsbeständigkeit der Baubewilligung von 2008 inkl. die umstrittene Auflage, Flachdächer extensiv zu begrünen und nicht als Dachterrassen zu nutzen, bejahen durfte, ohne die verfassungsmässigen Garantien von Art. 9, Art. 26 oder Art. 29a BV zu verletzen. Insoweit erweist sich die vorliegende Beschwerde als unbegründet.
6. In Anbetracht der Rechtsbeständigkeit von Baubewilligung und Auflage ist das Kantonsgericht zum Schluss gekommen, dass das vom Beschwerdeführer am 5. Mai 2010 eingereichte Baugesuch nicht bewilligt werden könne. Es hat daher die Verpflichtung zur Wiederherstellung bestätigt.
Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, dass sein Baugesuch trotz der Rechtsbeständigkeit der umstrittenen Auflage hätte bewilligt werden müssen. Hingegen erachtet er die Pflicht zum Rückbau als unverhältnismässig.
6.1 Die Anordnung einer Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands oder eines Abbruchs stellt eine Eigentumsbeschränkung dar. Sie ist verfassungsrechtlich nur zulässig, wenn sie gemäss Art. 36 BV auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist. Von einem Abbruch kann ganz oder teilweise abgesehen werden, wenn die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unverhältnismässig wäre oder ihr Gründe des Vertrauensschutzes entgegenstehen (<ref-ruling> E. 6 S. 364; <ref-ruling> E. 6 S. 35; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer bestreitet im vorliegenden Fall einzig die Verhältnismässigkeit der Anordnung. Diese besteht darin, die provisorische Treppe, die vom Balkon durch den Dacheinschnitt auf das Dach führt, abzubrechen, die verlegten Gartenplatten zu entfernen und die Dachgartenarbeiten rückzubauen.
6.2 Das Kantonsgericht hat im angefochtenen Entscheid ein bedeutendes öffentliches Interesse an der Wiederherstellung damit bejaht, dem Beschwerdeführer entstehe eine grosse, zusätzlich nutzbare Wohnfläche und es werde die vorgesehene Grünfläche entsprechend verkleinert. Der Beschwerdeführer vermag dem nichts entgegenzuhalten. Er zieht insbesondere nicht in Zweifel, dass er mit der nicht bewilligten Umnutzung der Dachterrasse eine erhebliche, zusätzlich nutzbare Wohnfläche erhält. Damit durfte das öffentliche Interesse am Rückbau ohne Verfassungsverletzung als gegeben und bedeutend betrachtet werden.
Der Beschwerdeführer erachtet die Wiederherstellung wegen der damit verbundenen Kosten als unverhältnismässig. Er legt allerdings nicht dar, weshalb der Abbruch der vom Kantonsgericht als provisorisch qualifizierten Treppe grössere Kosten verursachen sollte. Darüber hinaus ist nicht ersichtlich, dass die Entfernung der Gartenplatten und eine entsprechende Begrünung einen besondern Aufwand verursachen würden. Das Kantonsgericht hat die Kosten damit zu Recht als marginal bezeichnet.
Schliesslich sind keine Gutglaubensgründe vorgebracht worden oder ersichtlich.
Somit hält die umstrittene Anordnung zum Rückbau vor der Verfassung stand. Die Beschwerde erweist sich daher auch in diesem Punkte als unbegründet.
7. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Oberwil, der Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Steinmann