Faits :
A.
A._ était employé en qualité de jardinier par l'établissement "B._". Le 24 janvier 2007, il a heurté un bac à fleurs avec l'arrière des genoux avant de chuter sur le dos. Cet accident a provoqué une atteinte au genou gauche. Le cas a été pris en charge par la Zurich Compagnie d'Assurances SA (ci-après: la Zurich) en sa qualité d'assureur-accidents.
Sur la base d'une IRM effectuée le 2 mars 2007, le docteur C._ a constaté une probable lésion grade III de la corne postérieure du ménisque externe, un aspect très hétérogène de l'insertion capsulaire de la corne postérieure du ménisque interne, évoquant une lésion partielle à ce niveau, des signes de chondropathie débutante au niveau du condyle fémoral interne et une probable entorse à l'insertion du tendon poplité et ligament latéral externe (rapport du 2 mars 2007).
Le 27 mars 2007, la doctoresse D._, spécialiste en chirurgie orthopédique, a procédé à une arthroscopie du genou gauche au cours de laquelle elle a constaté, d'une part, une lésion chondrale de 1 cm2 de grade III du condyle fémoral interne pour laquelle elle a effectué une chondroplastie au shaver et, d'autre part, une déchirure de la corne antérieure et moyenne du ménisque externe pour laquelle elle a procédé à une résection partielle (rapport opératoire du 27 mars 2007).
Constatant un épanchement récidivant et des douleurs persistantes au genou gauche, la doctoresse D._ a demandé de nouveaux examens radiologiques, pratiqués par le docteur E._ le 15 novembre 2007, une tomoscintigraphie "Spect" osseuse partielle, réalisée par le docteur F._, spécialiste en médecine nucléaire, et d'autres radiographies effectuées par le docteur G._, radiologue, le 18 décembre 2007. Dans un rapport du 7 janvier 2008, la doctoresse D._ a diagnostiqué une déchirure du ménisque externe dans le contexte d'un ménisque discoïde partiel, une lésion chondrale du condyle fémoral interne de 1 x 1 cm2 et une nécrose aseptique du condyle fémoral interne post-arthroscopie. Elle a constaté une évolution toujours défavorable et a proposé une ostéotomie de valgisation.
Dans ses rapports des 18 janvier et 25 février 2008, le docteur H._, chirurgien orthopédiste, a estimé que la chute du 24 janvier 2007 pouvait expliquer la déchirure du ménisque externe mais pas la lésion du condyle fémoral interne. Il a aussi constaté des lésions dégénératives préexistantes aux deux genoux. Pour lui, la lésion du ménisque externe était de nature accidentelle alors que la lésion du cartilage interne était de type dégénératif et résultait d'une complication suite à l'acte chirurgical du 27 mars 2007 sur le condyle fémoral interne. Il a donc considéré que l'assurance-accidents ne devait pas répondre de cette atteinte et que la reprise du travail à 100 % par l'assuré le 17 juillet 2007 marquait le retour au statu quo sine.
Par décision du 14 mai 2008, la Zurich a refusé toutes prestations à partir du 1er janvier 2008, estimant que les troubles encore existant, n'étaient plus en relation de causalité naturelle avec l'accident du 24 janvier 2007.
En procédure d'opposition, l'assuré a produit un rapport du 9 juin 2008 des docteurs I._ et J._ du Service de chirurgie orthopédique et traumatologie de l'Hôpital K._, qui ont diagnostiqué un status post-arthroscopie du genou gauche le 27 mars 2007 pour déchirure du segment antérieur et moyen du ménisque externe du genou gauche ainsi qu'une ostéonécrose sous-chondrale du condyle fémoral interne gauche dans un contexte de lésion dégénérative de l'articulation fémoro-tibiale interne. Le 27 mai 2008, ils ont procédé à une ostéotomie de valgisation du tibia proximal gauche.
Mandaté par la Zurich, le docteur L._, médecin-chef du Département de l'appareil locomoteur de K._, a examiné l'assuré. Dans son expertise du 18 décembre 2008, il a diagnostiqué un genu varum, un status après contusion postérieure des deux genoux, le 24 janvier 2007, un status après résections de la corne antérieure et moyenne du ménisque externe (en partie discoïde) du genou gauche, un status après chondroplastie fémorale interne gauche et un status après ostéotomie de valgisation par ouverture interne du tibia gauche. Il a constaté que le premier bilan radiologique et l'IRM démontraient des signes d'atteintes dégénératives paraissant toucher l'ensemble du genou. Il en a déduit que l'accident n'était qu'une cause partielle des atteintes au genou gauche car les lésions dégénératives constituaient un facteur étranger à l'accident. Pour l'expert, l'accident a eu une influence durant trois à cinq mois après l'arthroscopie, au-delà les facteurs préexistants étaient prépondérants. Concernant le rapport de causalité entre l'ostéotomie de valgisation et l'accident, l'expert a affirmé qu'elle ne pouvait d'emblée être retenue. Dans un complément d'expertise du 23 février 2010, le docteur L._ a encore précisé, à ce sujet, que le genu varum était asymptomatique avant l'accident et qu'il y a eu une décompensation post-traumatique alors qu'il est difficile de dire comment la situation aurait évolué sans l'événement accidentel. Finalement, l'expert a précisé, lors d'un entretien téléphonique avec la Zurich, que le status quo ante n'était pas atteint au degré de la vraisemblance prépondérante (note d'entretien téléphonique du 26 mars 2010).
Dans sa décision sur opposition du 20 avril 2010, la Zurich s'est fondée sur l'expertise du docteur L._ et ses divers compléments pour admettre la persistance du lien de causalité entre l'accident du 24 janvier 2007 et l'affection au genou gauche. Elle a ainsi décidé de continuer la prise en charge des frais de traitement et le versement des indemnités journalières au-delà du 31 décembre 2007, mais elle a refusé de verser des prestations pour l'ostéotomie de valgisation et ses conséquences. A._ a recouru contre cette décision devant la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève, en requérant la prise en charge des frais et traitements relatifs à l'ostéotomie de valgisation pratiquée le 27 mai 2008. Il a également demandé la suspension de la procédure jusqu'à ce que le nouvel expert mandaté par la Zurich ait rendu son rapport sur le lien de causalité entre l'accident du 24 janvier 2007 et les atteintes qui subsistaient au genou gauche ainsi que l'ostéotomie de valgisation. La juridiction cantonale a ordonné la suspension de la procédure par ordonnance du 15 juin 2010.
Mandaté par la Zurich pour examiner l'assuré, le docteur M._, chirurgien orthopédiste et traumatologie de l'appareil locomoteur, a, dans son expertise du 21 septembre 2010, diagnostiqué deux atteintes au genou gauche. D'une part, il a retenu une déchirure du segment antérieur et moyen du ménisque externe. Ce diagnostic était en rapport de causalité au moins vraisemblable (50 %) avec l'accident du 24 janvier 2007. Cette atteinte ne résultait pas d'un mécanisme typique d'une lésion méniscale mais il y avait lieu d'admettre une aggravation d'une déchirure dégénérative préexistante du ménisque externe. D'autre part, il a diagnostiqué une lésion chondrale du condyle fémoral interne de grade III selon Outerbridge, une ostéonécrose du condyle fémoral interne gauche et une gonarthrose fémoro-tibiale interne gauche. Pour l'expert, le second diagnostic, qui concernait une atteinte à la partie interne du genou, n'était pas en relation de causalité avec l'accident du 24 janvier 2007. Pour arriver à cette conclusion, il a estimé que le choc, subi le 24 janvier 2007 à la hauteur du creux poplité, n'était pas de nature à engendrer une lésion dégénérative du condyle fémoral interne. Se fondant sur la littérature spécialisée, l'expert a exposé qu'une ostéonécrose avasculaire pouvait survenir dans les suites d'un traitement arthroscopique pour des lésions méniscales et/ou chondrales. Ces lésions survenaient toujours dans le compartiment de la lésion traitée par arthroscopie. Dans le cas de A._, la méniscectomie pour lésion méniscale externe ne pouvait pas provoquer une atteinte avasculaire du condyle fémoral interne, ni occasionner les pathologies et les traitements dans la partie interne du genou. En conclusion, l'expert a considéré que la lésion chondrale interne, traitée par chondroplastie lors de l'intervention du 27 mars 2007, était préexistante et qu'elle n'avait été ni occasionnée ni aggravée par la chute. L'étiologie de cette atteinte était certainement multiple, en particulier le surpoids, le genu varum ou la correction insuffisante lors de l'ostéotomie de valgisation. Cette atteinte ne pouvait pas être due à l'accident même si elle avait été traitée à l'occasion d'une opération destinée à soigner une atteinte accidentelle.
Le 19 novembre 2010, la doctoresse D._ a pris position sur l'expertise du docteur M._. Elle a admis que l'arthroscopie avait joué un rôle déterminant dans l'évolution du cas. Elle a exposé qu'elle n'aurait pas procédé à la chondroplastie de la lésion chondrale interne si la déchirure du ménisque externe n'avait pas justifié le geste arthroscopique. Dans ces circonstances, la doctoresse D._ a contesté qu'il soit possible de faire une distinction entre les atteintes au condyle fémoral interne, qui étaient sans rapport avec l'accident, et celles qui affectaient le ménisque externe qui étaient en rapport avec l'accident.
Par décision du 20 décembre 2010, le Zurich a admis son obligation d'indemniser les frais de traitement jusqu'au 31 décembre 2007 et de verser les indemnités journalières jusqu'au 30 septembre 2010. Au-delà de ces dates, elle a refusé l'octroi de toutes prestations.
A la suite de l'opposition de l'assuré, la Zurich a interpellé à nouveau le docteur M._. Celui-ci a rappelé que, sauf exceptions, il n'avait pas d'indications à un traitement arthroscopique dans le cadre de lésions dégénératives douloureuses. Il a donc estimé que rien n'obligeait la doctoresse D._ à procéder à une chondroplastie sur la partie interne du genou (rapport du 22 juillet 2011).
Le 17 octobre 2011, la Zurich a rejeté l'opposition de l'assuré en se fondant sur l'expertise du docteur M._, à laquelle elle a accordé pleine valeur probante.
B.
A._ a recouru contre cette décision devant la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Le 26 janvier 2012, la juridiction cantonale a ordonné la jonction des procédures de recours contre les décisions de la Zurich des 20 avril 2010 et 17 octobre 2011.
En procédure de recours, la juridiction cantonale a procédé à l'audition de la doctoresse D._. Celle-ci a précisé que le fait de ne pas traiter le condyle fémoral interne à l'occasion de l'arthroscopie aurait constitué une erreur médicale. Le docteur M._ a été appelé à se déterminer sur les déclarations de la doctoresse D._ (rapport du 1er juin 2012).
Par jugement du 4 septembre 2012, la juridiction cantonale a admis les deux recours et annulé les deux décisions sur opposition (des 20 avril 2010 et 17 octobre 2011) de la Zurich. Elle a condamné celle-ci à prendre en charge des frais de traitement encourus par A._ au-delà du 31 décembre 2007, en particulier ceux de l'ostéotomie de valgisation pratiquée le 27 mai 2008 et ses suites, et à poursuivre le versement en faveur du prénommé des indemnités journalières au-delà du 30 septembre 2010. Enfin, elle a renvoyé la cause à l'assurance-accidents pour que celle-ci détermine le moment de la stabilisation de l'état de santé de l'assuré, qu'elle statue sur la fin du droit aux indemnités journalières et, le cas échéant, qu'elle se prononce sur le droit à une rente ainsi qu'à une indemnité pour atteinte à l'intégrité.
Par arrêt du 4 juin 2013, le Tribunal fédéral a admis un recours de la Zurich, annulé le jugement du 4 septembre 2012 et renvoyé la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement, en raison d'un vice de forme dans la composition de l'instance cantonale (cause 8C_829/2012). )
Reprenant la procédure, la juridiction cantonale a, par jugement du 3 septembre 2013, statué à nouveau, rendant exactement le même jugement que celui du 4 septembre 2012. (
C.
La Zurich interjette un recours de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation et la confirmation de sa décision du 17 octobre 2011. Elle requiert également l'octroi de l'effet suspensif au recours.
A._ a conclu au rejet du recours. Par acte du 9 décembre 2013, la Zurich a répliqué. Par acte du 7 mai 2014, l'assuré a dupliqué en demandant, entre autres, que la réplique de la Zurich soit écartée en raison de sa tardiveté. Quant à l'Office fédéral de la santé publique, il a renoncé à se déterminer.
D.
L'effet suspensif au recours a été restitué par ordonnance du 5 décembre 2013.

Considérant en droit :
1.
En l'espèce, la demande de l'intimé tendant à ce que la réplique de la recourante soit écartée en raison de sa tardiveté doit être rejetée dans la mesure où la jurisprudence admet une prise en compte jusqu'au prononcé du jugement (<ref-ruling> consid. 2.2 page 99).
2.
Le litige porte sur le droit de l'intimé à des prestations de l'assurance-accidents au-delà du 30 septembre 2010 pour les indemnités journalières et au-delà du 31 décembre 2007 pour les frais de traitement, y compris l'ostéotomie de valgisation et ses suites.
Lorsque sont en jeu des prestations en espèces et en nature de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral constate avec un plein pouvoir d'examen les faits communs aux deux objets litigieux et se fonde sur ces constatations pour statuer, en droit, sur ces deux objets. En revanche, les faits qui ne seraient pertinents que pour statuer sur le droit aux prestations en nature ne sont revus que dans les limites définies par les art 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF (SVR 2011 UV n° 1 p. 1 8C_584/2009 du 2 juillet 2010 consid. 4).
3.
La juridiction cantonale a admis qu'il existait une relation de causalité naturelle entre l'accident du 24 janvier 2007 et l'arthroscopie du genou gauche pratiquée le 27 mars 2007, qui avait pour but de traiter une déchirure du ménisque externe. De plus, elle a retenu que l'ostéonécrose du condyle fémoral interne était en relation de causalité avec cette arthroscopie. Se fondant sur la jurisprudence et la doctrine - qui précisent que les lésions causées lors d'un traitement doivent être prises en charge par l'assureur-accidents, à condition qu'il y ait un rapport de causalité naturelle et adéquate entre la lésion constatée et le traitement médical des suites de l'accident - elle a considéré que la recourante devait aussi répondre des suites de cette affection. Concernant l'ostéotomie de valgisation, la juridiction cantonale a retenu, sur la base de l'avis de la doctoresse D._, que cette intervention avait été rendue nécessaire par l'ostéonécrose du condyle fémoral interne et qu'en conséquence cette opération devait également être prise en charge par l'assureur-accidents.
4.
La recourante conteste l'existence d'un lien de causalité naturelle entre l'accident du 24 janvier 2007 et les affections dont a souffert l'intimé au-delà du 31 décembre 2007 pour les frais de traitement et du 30 septembre 2010 pour les indemnités journalières. Elle soutient que la juridiction cantonale a retenu, de façon arbitraire et en contradiction avec la majorité des avis médicaux au dossier, que l'arthroscopie du 27 mars 2007 était dans son intégralité en relation de causalité naturelle avec l'accident. Elle estime que l'accident n'était pas à l'origine de la chondropathie. Selon elle, cette affection est de nature dégénérative et préexistante à l'accident. Dans de telles conditions, le seul fait que le médecin avait choisi de traiter, lors d'une même intervention, une lésion accidentelle sur une partie du genou et une atteinte sans rapport avec l'accident sur une autre partie du même genou, n'avait pas pour effet de rendre l'assureur-accidents responsable de la totalité des troubles. Pour la recourante, l'ostéotomie de valgisation avait été rendue nécessaire en raison de l'ostéonécrose du condyle fémoral interne, qui ne résultait pas de l'accident mais vraisemblablement d'une complication de la chondroplastie au shaver à la suite d'une lésion sans lien avec l'accident.
5.
5.1. L'existence d'un rapport de causalité naturelle entre l'accident du 24 janvier 2007 et les prestations en rapport avec la déchirure du ménisque externe, n'est pas remise en cause.
5.2.
5.2.1. L'<ref-law> (RS 832.20) prévoit que l'assurance alloue en outre ses prestations pour les lésions causées à l'assuré victime d'un accident lors du traitement médical au sens de l'<ref-law>. Selon cette disposition légale, l'assurance ne doit toutefois prendre en charge que les lésions qui sont dans un rapport de causalité naturelle et adéquat avec le traitement entraîné par l'accident (<ref-ruling> consid. 1c p. 172). Il y a donc lieu d'examiner quelles lésions remplissent ces conditions.
5.2.2. Le docteur H._ a précisé que la chute pouvait expliquer la déchirure du ménisque externe mais pas la lésion du condyle fémoral interne. Les docteurs I._ et J._ ont retenu l'existence d'une ostéonécrose sous-chondrale du condyle fémoral interne gauche dans un contexte de lésion dégénérative de l'articulation fémoro-tibiale interne. L'expert L._ a mentionné que la nécrose affectant le condyle fémoral interne suite à l'arthroscopie était une complication connue (expertise du 18 décembre 2008). L'expert M._ a retenu qu'un choc postérieur à la hauteur du creux poplité n'était pas de nature à engendrer une lésion dégénérative du condyle fémoral interne alors que la nécrose avasculaire pouvait survenir à la suite du traitement arthroscopique de la lésion cartilagineuse du condyle fémoral (expertise du 21 septembre 2010). Enfin, la doctoresse D._ n'a pas contesté l'absence de rapport de causalité naturelle entre l'accident et la lésion chondrale interne. Elle s'est limitée à préciser que même si celle-ci n'était pas en relation de causalité avec l'accident, le geste chirurgical n'aurait pas eu lieu si l'accident n'avait pas causé une déchirure du ménisque externe (rapport du 19 novembre 2010). Sur le vu de ces différents avis médicaux, il y a lieu d'admettre que l'atteinte au condyle fémoral interne n'est pas en rapport de causalité naturelle avec l'accident.
5.2.3. Il reste à examiner si, comme le prétend l'intimé, respectivement la doctoresse D._, l'intervention arthroscopique sur le ménisque externe, nécessitée par l'accident, pouvait provoquer une nécrose avasculaire du condyle fémoral interne, qui deviendrait de ce fait une conséquence d'un traitement nécessité par l'accident.
Appelé à se prononcer sur cette problématique, l'expert M._ a admis qu'une ostéonécrose avasculaire pouvait survenir à la suite d'une arthroscopie mais que, dans ce cas, elle affectait toujours le compartiment dans lequel la lésion était traitée. Cet avis est documenté par la littérature spécialisée (expertise du 21 septembre 2010). Cette conclusion confirme l'appréciation du docteur H._ (rapport du 25 février 2008) et n'est contredite par aucun élément médical du dossier.
Concernant l'allégation de la doctoresse D._ selon laquelle le fait de ne pas traiter, lors de la même arthroscopie, le condyle fémoral interne et le ménisque externe aurait été une erreur médicale (procès-verbal d'audition du 17 avril 2012), il y a lieu de relever que cet élément n'est pas déterminant concernant la prise en charge par l'assurance-accidents. En effet, si celle-ci finance l'intégralité d'un traitement, qui n'est que partiellement justifié par un accident, cela ne l'engage pas à prendre en charge les suites de la partie de l'opération non nécessitées par l'accident, faute de l'existence d'un rapport de causalité entre celui-ci et l'atteinte accidentelle.
5.2.4. Concernant les prétentions que l'intimé fait valoir en rapport avec l'ostéotomie de valgisation, la doctoresse D._ a déclaré qu'elle avait procédé à cette intervention en raison de l'ostéonécrose; ce geste avait également permis, en opérant le varus constitutionnel, de diminuer la contrainte mécanique due au mauvais axe de la jambe et d'améliorer les symptômes consécutifs à l'ostéonécrose (audition du 17 avril 2012). Dans la mesure où ni le genu varum ni l'ostéonécrose n'étaient des atteintes accidentelles, il y a lieu de nier l'existence d'un rapport de causalité naturelle et adéquate entre l'ostéotomie de valgisation et l'accident.
5.3. Sur la base de l'avis des experts L._ et M._, on doit admettre que l'intimé ne se plaignait plus, lors des expertises, de douleurs en relation de causalité naturelle et adéquate avec l'atteinte provoquée à la partie externe du genou par l'accident. Il apparaît donc que la recourante pouvait, par sa décision du 20 décembre 2010, refuser la prise en charge des frais de tous les traitements au-delà du 31 décembre 2007 et le versement des indemnités journalières au-delà du 30 septembre 2010.
6.
Le recours est dès lors admis.
7.
L'intimé qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens pour l'instance fédérale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 3 septembre 2013 est annulée et la décision sur opposition du 17 octobre 2011 de la Zurich Compagnie d'Assurances SA confirmée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 19 juin 2014
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : La Greffière :
Leuzinger Berset