Sachverhalt:
A. Der mazedonische Staatsangehörige X._ (geb. 1975) reiste im Mai 1997 erstmals in die Schweiz ein und ersuchte um Asyl. Nach erfolglosem Asylverfahren verliess er die Schweiz. Im Jahr 1998 stellte er erneut ein Asylgesuch, das am 28. September 1999 wiederum abgewiesen wurde, worauf X._ am 31. Mai 2000 ausreiste. Am 16. Januar 2002 kehrte er in die Schweiz zurück und stellte ein drittes Asylbegehren. Das damalige Bundesamt für Flüchtlinge (heute: Bundesamt für Migration) trat darauf nicht ein, wies X._ am 28. November 2002 weg und verfügte eine vom 5. Dezember 2002 bis zum 4. Dezember 2005 gültige Einreisesperre.
B. Am 6. Dezember 2002 heiratete X._ eine Schweizer Bürgerin (geb. 1964), worauf die verhängte Einreisesperre aufgehoben und ihm eine Aufenthaltsbewilligung (zuletzt verlängert bis zum 5. Dezember 2006) erteilt wurde.
X._ hat aus einer früheren Beziehung zwei minderjährige Kinder, die bei seinen Eltern im Heimatland leben.
Der Eheschutzrichter am Bezirksgericht der Sense stellte mit Verfügung vom 21. März 2006 fest, dass die Eheleute X._ seit Juli 2004 getrennt lebten und dazu weiterhin (auf unbestimmte Zeit) berechtigt seien. Nach Angabe von X._ dauerte das eheliche Zusammenleben hingegen bis Juli 2005.
C. Mit Verfügung vom 11. März 2008 wies das Amt für Bevölkerung und Migration das Gesuch von X._ vom 19. Oktober/ 28. Dezember 2006 um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung wegen Rechtsmissbrauchs ab und setzte ihm Frist zum Verlassen der Schweiz.
Gegen diese Verfügung beschwerte sich X._ erfolglos beim Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg.
Am 14. Januar 2009 wurde die Ehe rechtskräftig geschieden.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 23. Januar 2009 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Freiburg vom 25. November 2008 aufzuheben und ihm eine Niederlassungsbewilligung zu erteilen, eventualiter die Aufenthaltsbewilligung zu verlängern.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg sowie das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Amt für Bevölkerung und Migration des Kantons Freiburg beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde.
E. Mit Verfügung vom 23. Februar 2009 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 <ref-law> schliesst die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Entscheide über ausländerrechtliche Bewilligungen aus, auf deren Erteilung weder nach dem Bundes- noch dem Völkerrecht ein Rechtsanspruch besteht.
1.2 Das streitige Gesuch um Verlängerung einer Aufenthaltsbewilligung wurde vor Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) am 1. Januar 2008 eingereicht und beurteilt sich daher noch nach dem inzwischen aufgehobenen Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG) und seinen Ausführungserlassen (Art. 126 Abs. 1 AuG).
1.3 Nach Art. 7 Abs. 1 ANAG (in der Fassung vom 23. März 1990) hat der ausländische Ehegatte eines Schweizer Bürgers grundsätzlich Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung (Satz 1) sowie nach einem ordnungsgemässen und ununterbrochenen Aufenthalt von fünf Jahren auf Erteilung der Niederlassungsbewilligung (Satz 2).
Die Ehe des Beschwerdeführers mit seiner schweizerischen Ehefrau wurde am 14. Januar 2009 rechtskräftig geschieden. Er hat deshalb keinen Anspruch mehr auf eine Aufenthaltsbewilligung nach Art. 7 Abs. 1 erster Satz ANAG. Sollte er aber vor der Scheidung einen Anspruch auf Niederlassungsbewilligung gemäss Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz ANAG erworben haben, so kann er sich hierauf auch nach Beendigung der Ehe berufen (<ref-ruling> E. 1.1.4/1.1.5 S. 149 f. mit Hinweisen). Die Frage, ob die Bewilligung verweigert werden durfte, weil einer der in Art. 7 ANAG vorgesehenen Ausnahmetatbestände oder ein Verstoss gegen das Rechtsmissbrauchsverbot gegeben ist, betrifft nicht das Eintreten, sondern bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1b S. 266 mit Hinweisen). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist somit einzutreten.
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig erfolgt ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweisen kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. 2.1 Gemäss Art. 7 Abs. 1 ANAG (in der Fassung vom 23. März 1990) hat der ausländische Ehegatte eines Schweizer Bürgers - wie erwähnt - nach einem ordnungsgemässen und ununterbrochenen Aufenthalt von fünf Jahren grundsätzlich Anspruch auf Erteilung der Niederlassungsbewilligung (Satz 2). Kein Anspruch besteht, wenn die Ehe eingegangen worden ist, um die Vorschriften über Aufenthalt und Niederlassung von Ausländern zu umgehen (Art. 7 Abs. 2 ANAG). Hierunter fällt die sogenannte Scheinehe oder Ausländerrechtsehe, bei der die Ehegatten von vornherein keine echte eheliche Gemeinschaft beabsichtigen. Doch auch wenn eine Ehe nicht bloss zum Schein eingegangen worden ist, heisst das nicht zwingend, dass dem ausländischen Ehepartner der Aufenthalt ungeachtet der weiteren Entwicklung gestattet werden muss. Zu prüfen ist, ob sich die Berufung auf die Ehe nicht als rechtsmissbräuchlich erweist, weil die Ehe definitiv gescheitert war (<ref-ruling> E. 4.2 S. 117; <ref-ruling> E. 2.1 S. 151 mit Hinweisen).
2.2 Nach gefestigter bundesgerichtlicher Rechtsprechung liegt Rechtsmissbrauch vor, wenn der Ausländer sich im fremdenpolizeilichen Verfahren auf eine Ehe beruft, welche nur (noch) formell besteht oder aufrecht erhalten wird, mit dem alleinigen Ziel, ihm eine Anwesenheitsberechtigung zu ermöglichen; dieses Ziel wird von Art. 7 ANAG nicht geschützt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 267; <ref-ruling> E. 4.2 S. 117, je mit Hinweisen).
Dass die Ehe nur noch formell und ohne Aussicht auf Wiederaufnahme einer ehelichen Gemeinschaft besteht, entzieht sich in der Regel dem direkten Beweis und ist bloss durch Indizien zu erstellen (<ref-ruling> E. 10.2 und 10.3 S. 135 f. mit Hinweis). Feststellungen über das Bestehen solcher Indizien können äussere Gegebenheiten, aber auch innere, psychische Vorgänge betreffen (Wille der Ehegatten); es handelt sich so oder anders um tatsächliche Feststellungen, welche für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (oben E. 1.4). Frei zu prüfen ist die Rechtsfrage, ob die festgestellten Tatsachen (Indizien) darauf schliessen lassen, die Berufung auf die Ehe bezwecke die Umgehung fremdenpolizeilicher Vorschriften und sei rechtsmissbräuchlich (<ref-ruling> E. 2.3 S. 152 mit Hinweisen).
2.3 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz war die Ehe bereits vor Ablauf der Fünfjahresfrist nach Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz ANAG definitiv gescheitert. Hinweise darauf, dass die Feststellungen des Kantonsgerichts Freiburg zum Sachverhalt offensichtlich unrichtig wären, sind nicht ersichtlich und gehen namentlich auch nicht aus den Vorbringen des Beschwerdeführers hervor. Unbestrittenermassen haben sich die Ehegatten zweieinhalb Jahre nach der Heirat im August 2005 getrennt und haben danach das eheliche Zusammenleben nie mehr aufgenommen. Selbst wenn davon ausgegangen wird, dass die gemeinsame Ehetherapie im Mai 2007 nicht nur unter dem Druck der dem Beschwerdeführer drohenden Nichtverlängerung der Aufenthaltsbewilligung wieder aufgenommen wurde, ändert dies nichts am Umstand, dass die Ehe gescheitert war, bevor ein Anspruch auf Niederlassungsbewilligung entstehen konnte. Spätestens nach Abschluss der (erfolglosen) Therapie im November 2007 musste auch für den Beschwerdeführer erkennbar sein, dass mit einer Wiederaufnahme des ehelichen Zusammenlebens nicht mehr gerechnet werden konnte, umso weniger als er damals bereits zweieinhalb Jahre von seiner Ehefrau getrennt lebte. Konkrete Anhaltspunkte dafür, dass in jenem Zeitpunkt noch berechtigte Hoffnung auf Wiederaufnahme des Ehelebens bestand, macht auch der Beschwerdeführer nicht geltend. Aus gelegentlichen Kontakten zwischen den Ehegatten lässt sich jedenfalls nicht auf eine ernsthafte Aussicht auf Versöhnung schliessen. Dass die Ehefrau bereits im Januar 2008 ein Scheidungsverfahren einleitete, deutet ebenfalls darauf hin, dass die Ehe definitiv zerrüttet war und entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers ein eheliches Zusammenleben wohl schon seit einiger Zeit nicht mehr in Frage kam.
2.4 Das Kantonsgericht Freiburg geht in seinem Urteil von der dargelegten Rechtsprechung zur missbräuchlichen Berufung auf die Ehe aus. Bei gesamthafter Betrachtung aller Indizien musste sich der Schluss aufdrängen, dass spätestens im November 2007 keine Aussichten auf Wiederaufnahme einer echten ehelichen Gemeinschaft mehr bestanden. Dass der gescheiterte Versöhnungsversuch im Hinblick auf das Scheidungsverfahren erst im Mai 2008 stattfand, vermag daran nichts zu ändern. War aber die Ehe klarerweise schon vor Ablauf der Fünfjahresfrist gemäss Art. 7 Abs. 1 zweiter Satz ANAG definitiv gescheitert, so konnte der geltend gemachte Anspruch auf eine Niederlassungsbewilligung aufgrund des Rechtsmissbrauchsverbots nicht entstehen. Die Verweigerung der Niederlassungsbewilligung bzw. der (eventualiter) beantragten Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung verstösst somit nicht gegen Bundesrecht. Weitere Ausführungen dazu erübrigen sich. Es genügt, ergänzend auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil zu verweisen (<ref-law>).
3. Soweit das Verlängerungsgesuch gestützt auf Art. 4 ANAG, der eine Bewilligung ins freie Ermessen der Behörden stellt, abgewiesen wurde, hat der Beschwerdeführer zu Recht nicht Beschwerde an das Bundesgericht erhoben: Diesbezüglich wäre die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde mangels Legitimation in der Sache ausgeschlossen gewesen (vgl. <ref-ruling> E. 6 S.197 ff.).
4. Der Beschwerdeführer beruft sich im Weiteren ohne nähere Begründung auf den in Art. 8 EMRK sowie <ref-law> verankerten Anspruch auf Achtung des Familien- und Privatlebens sowie auf <ref-law>. Das Recht auf Achtung des Ehe- und Familienlebens wird dadurch, dass dem geschiedenen Beschwerdeführer, dessen Kinder in Mazedonien leben, die weitere Anwesenheit in der Schweiz verweigert wird, nicht berührt.
Die Garantie auf Achtung des Privatlebens räumt nach der Rechtsprechung nur unter ganz besonderen Umständen ein Recht auf Verbleib im Land ein. Eine lange Anwesenheit in der Schweiz und die damit verbundene normale Integration genügen für sich allein nicht; erforderlich sind vielmehr besonders intensive private Beziehungen beruflicher oder gesellschaftlicher Natur zum Gastland (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 286 f. mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen sind vorliegend offensichtlich nicht erfüllt. Es kann diesbezüglich auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil verwiesen werden (<ref-law>).
5. 5.1 Aufgrund des Gesagten ist die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> abzuweisen.
5.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (<ref-law>) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Amt für Bevölkerung und Migration des Kantons Freiburg, dem Kantonsgericht Freiburg, I. Verwaltungsgerichtshof, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs