Sachverhalt:
A. X._ erhebt seit Jahren Vorwürfe gegen die Freiburger Behörden, unter anderem gegen den ehemaligen Generalsekretär der Justizdirektion, A._. Hintergrund des Streits ist offenbar die Bewilligung einer Diskothek auf dem sogenannten B._-Areal in Freiburg. In einem am 12. Mai 2010 vor dem Zivilgericht abgeschlossenen Vergleich verpflichtete sich X._, A._ nicht mehr der Lüge zu bezichtigen.
In der Folge befestigte X._ in der Stadt Freiburg Kleber mit dem Titel "Affaire Disco To See*: Wie lange noch, A._? *seit 11 Jahren illegal".
Am 7. Juli 2010 beantragte A._ beim Bezirksgericht der Saane die Vollstreckung des gerichtlichen Vergleichs vom 12. Juni 2010.
Im Anschluss daran verteilte X._ in der Stadt Freiburg Kleber mit folgendem Inhalt: "Affaire Disco To See: Comme il s'adresse de nouveau au juge, c'est finalement A._ lui-même qui trouve qu'il est évident que l'on doit déduire des informations publiées qu'il n'a pas dit la verité.... (..)."
B. Am 15. September 2010 erschien in der Tageszeitung "Freiburger Nachrichten" (FN) unter dem Titel "Kleberstreit geht weiter" und dem Untertitel: "Der Vergleich hat nichts gebracht: Wieder wird A._ auf Klebern der Lüge bezichtigt" ein von C._ unter ihrem Kürzel "xxx" geschriebener Artikel.
Am 26. Oktober 2010 druckten die FN in Ausführung eines am 15. Oktober 2010 vor dem Bezirksgericht der Saane geschlossenen gerichtlichen Vergleichs eine Gegendarstellung von X._ ab mit dem Vermerk, dass die Zeitung an ihrer Darstellung vom 15. September 2010 festhalte.
Am 14. Dezember 2010 stellte X._ gegen die "Redaktion Freiburger Nachrichten" Strafantrag wegen übler Nachrede und Verleumdung und konstituierte sich als Privatkläger. Er sei durch die in den FN vom 15. September 2010 aufgestellte Behauptung, er habe A._ der Lüge bezichtigt, in seiner Ehre verletzt worden.
Am 5. Dezember 2011 nahm die Staatsanwaltschaft das Verfahren nicht an die Hand mit der Begründung, es fehle offensichtlich an einem Anfangsverdacht.
Am 13. Februar 2012 wies das Kantonsgericht die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung der Staatsanwaltschaft ab.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen kantonsgerichtlichen Entscheid aufzuheben und die Sache an die Staatsanwaltschaft zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
D. Das Kantonsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die FN reichen die Abschreibungsverfügung des Bezirksgerichts der Saane vom 15. Oktober 2010 betreffend der Klage von X._ auf Gegendarstellung ein und beantragen sinngemäss, die Beschwerde abzuweisen.
X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest. Das Kantonsgericht verzichtet auf weitere Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid bestätigt, dass das vom Beschwerdeführer angestrebte Strafverfahren nicht an die Hand genommen wird. Er schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich um den Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer hat am kantonalen Verfahren als Privatkläger mitgewirkt. Er hat zudem ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids, weil sich dieser offenkundig auf die Beurteilung allfälliger Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. a und lit. b Ziff. 5 BGG).
2. Nach Art. 310 Abs. 1 lit. a und b StPO wird ein Strafverfahren u.a. nicht an die Hand genommen, wenn die fraglichen Straftatbestände eindeutig nicht erfüllt sind oder Verfahrenshindernisse bestehen. Das Kantonsgericht geht im angefochtenen Entscheid einerseits davon aus, dass kein gültiger Strafantrag vorliegt, und dass anderseits die fraglichen Straftatbestände klarerweise nicht erfüllt sind.
2.1 Wird eine strafbare Handlung durch Veröffentlichung in einem Medium begangen und erschöpft sie sich in dieser Veröffentlichung, so ist allein der Autor strafbar, wenn er bekannt ist und in der Schweiz vor Gericht gestellt werden kann (Art. 28 Abs. 1 und 2 StGB). Dem Beschwerdeführer war die Autorin des von ihm als ehrverletzend empfundenen Artikels bekannt. Insofern wäre es ihm möglich und zumutbar gewesen, den Strafantrag gegen sie persönlich zu stellen. Nach der Praxis des Bundesgerichts ist in dieser Konstellation ein Strafantrag ungültig, wenn er gegen "die Redaktion" des Mediums und nicht gegen die Autorin persönlich gerichtet ist (<ref-ruling> E. 3 S. 158). Daran ändert nichts, dass der Beschwerdeführer in der Begründung des Antrags den Namen der Autorin erwähnt. Das Kantonsgericht hat somit kein Bundesrecht verletzt, indem es die Nichtanhandnahmeverfügung mangels gültigen Strafantrags im Ergebnis schützte.
2.2 Die Nichtanhandnahme wäre im Übrigen auch bei Vorliegen eines gültigen Strafantrags materiell nicht zu beanstanden. Eine Verurteilung wegen übler Nachrede oder Verleumdung setzt voraus, dass die behauptete ehrenrührige Tatsache objektiv unwahr ist (Art. 173 Ziff. 1 und 2 StGB, <ref-law>). Das ist vorliegend offensichtlich nicht der Fall.
Der Beschwerdeführer hat in seinem ersten Kleber in der Vorbemerkung ausgeführt, er werde, um einen Vergleich nicht zu unterlaufen, seinen Kontrahenten nicht mehr öffentlich der Lüge bezichtigen, sondern die Beurteilung dem Leser überlassen. Anschliessend konfrontierte er mehrere Tatsachenbehauptungen mit A._ zugeschriebenen Aussagen, die den als wahr ("Fakt") dargestellten Behauptungen widersprechen. So wird beispielsweise als "Fakt 1" die Behauptung aufgestellt, die "involvierte Baudirektion hat nie eine positive Stellungnahme zum Patentgesuch des "To See" abgegeben. Unmittelbar darauf folgt in direkter Rede folgende, A._ zugeschriebene Aussage: "Alle involvierten städtischen und kantonalen Ämter haben positive Stellungnahmen zum Patentgesuch des "To See" erteilt". Diese Gegenüberstellung von Tatsachenbehauptungen und damit nicht vereinbaren Aussagen kann vom unbefangenen Leser kaum anders verstanden werden denn als Nachweis dafür, dass A._ im Zusammenhang mit der Angelegenheit "To See" nicht immer die Wahrheit sagte bzw. verschiedene Male log. Es ist zudem offensichtlich, dass diese Beweisführung dem Beschwerdeführer zuzurechnen ist. Sein Einwand, dass nicht er A._ der Lüge bezichtige, sondern dass gleichsam die Fakten für sich selber sprächen, erscheint angesichts der von ihm selber vorgenommenen, tendenziösen Konfrontation von Fakten mit damit nicht vereinbaren Aussagen A._s scheinheilig. Als geradezu mutwillig erweist sich der zweite Kleber, in welchem der Beschwerdeführer folgert, A._ habe aufgrund der im ersten Kleber publizierten Informationen selber eingesehen, nicht die Wahrheit gesagt zu haben. Mit dieser ebenso perfiden wie durchsichtigen Unterstellung wollte der Beschwerdeführer offenkundig den bereits mit dem ersten Kleber erweckten Eindruck, A._ habe in dieser Angelegenheit gelogen, noch verstärken. Die Aussage von C._ im umstrittenen Zeitungsartikel vom 15. September 2010, der Beschwerdeführer bezichtige A._ der Lüge, ist somit objektiv keineswegs unwahr, gleichgültig darum, ob sie sich darin auf den einen oder den anderen oder beide Kleber bezieht.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt, die Staatsanwaltschaft habe für die Nichtanhandnahmeverfügung zu viel Zeit beansprucht und das Beschleunigungsgebot verletzt.
Nach dem strafprozessualen Beschleunigungsgebot von <ref-law> haben die Strafbehörden die Strafverfahren unverzüglich an die Hand zu nehmen und ohne unbegründete Verzögerungen zum Abschluss zu bringen. Der Zeitbedarf von rund einem Jahr für den Erlass einer Nichtanhandnahmeverfügung erweckt zwar gewisse Bedenken und liegt eher an der oberen Grenze des Zulässigen. Allerdings war die Angelegenheit in tatsächlicher Hinsicht nicht ganz einfach. Im Weiteren handelte es sich objektiv zwar nicht gerade um einen Bagatellfall, aber doch nicht um einen schweren Straffall, der eine prioritäre Behandlung geboten hätte. Insgesamt erscheint die Behandlung des Falles durch die Staatsanwaltschaft in zeitlicher Hinsicht als (gerade noch) vertretbar.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi