Ritenuto in fatto :
A.- La A._ SA è un'azienda attiva nel campo della micronizzazione di sostanze solide, in particolare per uso farmaceutico. Svolge l'attività a Monteggio, in un complesso di edifici situati fuori della zona edificabile:
principalmente sulla particella n. xxx e, in parte, nel fabbricato litigioso che sorge sul fondo n. yyy, e che le appartiene. Questo stabile è stato trasformato senza autorizzazione nel corso del 1995.
Il 14 febbraio 1996 la A._ SA ha presentato al Municipio di Monteggio una domanda di costruzione in sanatoria avente per oggetto la sistemazione del fabbricato esistente sul mappale n. yyy; figurava come scopo la "produzione farmaceutica". Secondo il piano e la relazione tecnica gli interventi consistevano nell'aggiunta al fabbricato di un locale per la centrale termica, nell'installazione di due mulini ad aria alimentati da un compressore, nella formazione di due locali pressurizzati destinati ad accogliere i citati impianti, di un magazzino, di un locale per il compressore e di un laboratorio di analisi fisiche; all' esterno erano inoltre stati realizzati cinque parcheggi.
B._, proprietaria delle particelle confinanti n. zzz e qqq, si è opposta al rilascio della licenza edilizia. Il Municipio di Monteggio, acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, ha tuttavia autorizzato, con decisione del 26 aprile 1996, il cambiamento di destinazione dello stabile e la formazione della nuova centrale termica. Ha quindi evaso l'opposizione nel senso dei considerandi.
B._ si è allora rivolta al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che ha respinto il ricorso con decisione dell'11 settembre 1996. Esso ha rilevato che l'intervento litigioso poteva ancora rientrare nelle trasformazioni parziali permesse secondo l'art. 24 cpv. 2 LPT e la normativa cantonale.

B.- Il Tribunale cantonale amministrativo, con sentenza del 30 settembre 1999, ha tuttavia accolto un ricorso di B._ e annullato sia la licenza edilizia sia la decisione governativa che la confermava. La Corte cantonale, pur considerando l'impianto non criticabile dal profilo dell'inquinamento fonico, ha ritenuto la trasformazione litigiosa chiaramente eccedente i limiti dell' art. 24 cpv. 2 LPT.
C.- La A._ SA impugna questo giudizio con un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale.
Chiede di accogliere il gravame, di annullare la sentenza impugnata e di confermare la licenza edilizia rilasciata dal Comune. La ricorrente contesta innanzitutto la validità del piano regolatore di Monteggio, che daterebbe del 1977 e non sarebbe stato approvato dal Governo. Sostiene che la zona edificabile comprenderebbe quindi il "comprensorio già largamente edificato" nel quale verrebbe a trovarsi anche la sua particella. Rileva infine che l'intervento contestato, eseguito su un edificio industriale esistente dal 1970, risulterebbe comunque lecito secondo l'art. 24 cpv. 2 LPT.
D.- Il Tribunale cantonale amministrativo si conferma nella propria sentenza. Il Consiglio di Stato e i
Servizi generali del Dipartimento del territorio si rimettono al giudizio del Tribunale federale. L'Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio ha rinunciato a formulare osservazioni. L'Ufficio federale della pianificazione del territorio e la Sezione cantonale della protezione dell'aria e dell'acqua non hanno formulato particolari osservazioni. B._ chiede invece di respingere il ricorso. Il Municipio di Monteggio, sottolineando come il Comune abbia nel frattempo adottato una variante di piano regolatore che prevede l'attribuzione del fondo della
A._SAallazonaartigianale-industriale, proponel'accoglimentodelricorso.
Considerando in diritto :
1.- Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 1a, 125 I 14 consid. 2a, 253 consid. 1a).
a) L'art. 34 cpv. 1 LPT dispone che il ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale è ammesso contro le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti indennità per restrizioni della proprietà (art. 5 LPT) e autorizzazioni giusta l'art. 24 LPT. A questo riguardo è irrilevante che con l'impugnata decisione si sia rilasciata oppure negata l'autorizzazione stessa (<ref-ruling> consid. 1a); il ricorso di diritto amministrativo è inoltre ammissibile contro le decisioni concernenti costruzioni e impianti sottoposti a un'autorizzazione eccezionale, e nelle quali a torto l'art. 24 LPT non è stato applicato (<ref-ruling> consid. 1a). Infine, il ricorso di diritto amministrativo è proponibile sia quando la lite verta sull' applicazione, vagliata d'ufficio dal Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 1b), del diritto federale (art. 24 cpv. 1 LPT) sia quando essa verta sull'applicazione del diritto cantonale d'attuazione (art. 24 cpv. 2 LPT; <ref-ruling> consid. 2b/dd; Leo Schürmann/Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, Berna 1995, pag.
437).
In concreto, trattandosi essenzialmente della trasformazione di una costruzione sita al di fuori della zona edificabile, l'esame dell'autorità cantonale si è concentrato sull'applicazione degli art. 24 LPT e 75 della legge cantonale di applicazione della LPT del 23 maggio 1990 (LALPT). Il concetto di trasformazione parziale è di diritto federale, e il diritto cantonale non può estenderlo (<ref-ruling> consid. 3c, 112 Ib 94 consid. 2; Marco Lucchini, Compendio giuridico per l'edilizia, Lugano 1999, pag. 275). Sotto i citati aspetti, il ricorso di diritto amministrativo è pertanto ricevibile.
b) L'art. 103 lett. a OG conferisce il diritto di ricorrere a chiunque sia toccato dalla decisione impugnata e abbia un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modificazione. La ricorrente, proprietaria dell'edificio sul quale ha fatto eseguire i contestati interventi edilizi, ha un interesse quantomeno di natura economica all'annullamento della decisione impugnata ed è pertanto legittimata a presentare il ricorso di diritto amministrativo (<ref-ruling> consid. 2c/aa, 359 consid. 1a).
c) Con il ricorso di diritto amministrativo si può far valere la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento (art. 104 lett. a OG). L'accertamento dei fatti vincola il Tribunale federale se l'istanza inferiore, come in concreto, è un'autorità giudiziaria e i fatti non risultino manifestamente inesatti o incompleti oppure siano stati accertati violando norme essenziali di procedura (art. 105 cpv. 2 OG; <ref-ruling> consid. 2d). Limitandosi a sostenere che la volumetria e la destinazione dell'edificio non sono cambiate e che attività produttive importanti vi si svolgevano già prima dell'intervento litigioso, la ricorrente non dimostra che la fattispecie posta a fondamento del giudizio impugnato sarebbe stata accertata in modo manifestamente inesatto o incompleto.
È vero che, con decisione del 10 novembre 1999, il Consiglio di Stato ha approvato una variante del piano regolatore di Monteggio che inserisce il fondo litigioso nella zona artigianale-industriale. A prescindere dal fatto che il Tribunale federale non è tenuto, di massima, a considerare fatti posteriori alla decisione impugnata ove questa sia emanata da un'autorità giudiziaria (art. 105 cpv. 2 OG; <ref-ruling> consid. 1b; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, Zurigo 1998, pag. 333 seg. ), la ricorrente non fa valere che, con l'approvazione della variante, le sarebbe stata rilasciata una nuova licenza edilizia che avrebbe autorizzato la trasformazione litigiosa. La citata modifica pianificatoria non rende quindi il ricorso privo di oggetto; esso deve pertanto essere esaminato nel merito. Resta evidente che il presente giudizio, fondato su una fattispecie che si è realizzata e sviluppata in una situazione giuridica determinata, e cioè precedente all'adozione e approvazione di una variante di piano regolatore, non ha influsso sulla medesima, né pregiudica in qualche modo l'esito di procedure che saranno dipendenti da quella.
d) Un sopralluogo non appare necessario ai fini del giudizio, dato che gli atti di causa sono sufficienti a chiarire la situazione; non si giustifica quindi di dare seguito alla relativa richiesta della ricorrente (art. 95, 113 OG; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 1d, pag. 279; <ref-ruling> consid. 2b).
2.- La ricorrente, osservato che il piano regolatore di Monteggio risalirebbe al 1977 e che non sarebbe stato approvato dal Governo, sostiene che esso non può essere ritenuto valido. La zona edificabile si estenderebbe quindi, secondo l'art. 36 cpv. 3 LPT, al "comprensorio già largamente edificato", nel quale si troverebbe anche la particella n. yyy.
A parte il fatto che l'assenza dell'approvazione della competente autorità ai sensi dell'art. 35 cpv. 3 LPT non significa che il piano allestito secondo il diritto previgente sia necessariamente contrario ai principi della LPT (<ref-ruling> consid. 3d, 118 Ib 38 consid. 4a), in concreto non risulta che la particella della ricorrente faccia parte di un comprensorio già largamente edificato (art. 36 cpv. 3 LPT). Secondo la giurisprudenza tale area comprende essenzialmente il territorio urbanizzato ristretto, oltre eventualmente a singole particelle inedificate al suo interno, direttamente confinanti con la zona edificata, in genere già urbanizzate e di superficie relativamente ridotta (<ref-ruling> consid. 5a, 119 Ib 124 consid. 4b). La Corte cantonale ha tuttavia accertato, in modo vincolante per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 2 OG), che l'edificio sorge a un centinaio di metri dallo stabilimento principale, su un terreno situato in posizione rialzata rispetto ad esso, dal quale è accessibile soltanto a piedi, passando attraverso un fondo inedificato (part. n. 1625 RFD), parzialmente ricoperto da vegetazione; per raggiungerlo con i veicoli, ha ancora accertato la Corte cantonale, occorre effettuare un lungo periplo, passando dalla strada che sale verso Sessa e da alcune stradine agricole. Dalla planimetria contenuta agli atti e dal verbale di sopralluogo del 30 ottobre 1996 emerge peraltro chiaramente che lo stabile litigioso e l'abitazione di B._ sono gli unici edifici esistenti nel raggio di 100/200 metri. Del resto, la ricorrente non spiega in quale misura il fondo sarebbe urbanizzato, né sostiene che esso si situerebbe entro il perimetro generale delle canalizzazioni (cfr. <ref-ruling> consid. 3b, 103 Ia 250 consid. 3d).
3.-a) Il rilascio di un'autorizzazione ai sensi dell'art. 24 cpv. 1 LPT non può entrare in linea di conto già per il difetto del requisito dell'ubicazione vincolata dell'opera litigiosa (<ref-ruling> consid. 4a), visto che meri interessi finanziari come quelli addotti dalla ricorrente, segnatamente l'importante perdita conseguente a un' interruzione dell'attività nonché l'impossibilità di onorare gli impegni contrattuali assunti, non sono sufficienti (<ref-ruling> consid. 2a).
b) L'art. 24 cpv. 2 LPT conferisce invero ai Cantoni la facoltà di prevedere deroghe alle disposizioni dell'art. 24 cpv. 1 LPT e di permettere quindi la rinnovazione, la trasformazione parziale o la ricostruzione di edifici e impianti, in quanto compatibili con le importanti esigenze della pianificazione territoriale. La rinnovazione, la trasformazione parziale e la ricostruzione secondo l'art. 24 cpv. 2 LPT sono nozioni di diritto federale e costituiscono il quadro - e i limiti - entro cui possono essere rilasciate le autorizzazioni (<ref-ruling> consid. 4, 119 Ib 366 consid. 3c). Il diritto cantonale non può estendere tali nozioni; può invece imporre esigenze più severe (<ref-ruling> consid. 2 e rinvii). Secondo la giurisprudenza, una trasformazione parziale ai sensi dell'art. 24 cpv. 2 LPT può consistere sia nell'aumento della volumetria di un edificio o nella sua trasformazione interna, sia in un cambiamento della sua utilizzazione (<ref-ruling> consid. 4, 113 Ib 303 consid. 3b). L'intervento è parziale se non comporta notevoli mutamenti dell'aspetto esteriore dell'edificio e della destinazione originaria e non ingenera effetti considerevoli o sostanzialmente nuovi sull'utilizzazione del suolo, sull'urbanizzazione e sull'ambiente; inoltre, la nuova utilizzazione non deve divergere fondamentalmente da quella originaria, né deve implicare una destinazione economica completamente nuova (<ref-ruling> consid. 4, 119 Ib 222 consid. 3a, 366 consid. 3c; Lucchini, op. cit. , pag. 276 seg. ).
Per quanto attiene al diritto cantonale, l'art. 75 LALPT dispone che la trasformazione parziale, "da attuare una volta tanto, può essere eccezionalmente autorizzata, se indispensabile per la continuazione dell'utilizzazione attuale e se compatibile con le importanti esigenze della pianificazione territoriale". L'art. 30 del regolamento della LALPT del 29 gennaio 1991 precisa inoltre che una trasformazione è parziale quando modifichi in modo non rilevante la volumetria, l'aspetto esterno e la destinazione dell'edificio o dell'impianto (lett. a) e non ingeneri ripercussioni sostanzialmente nuove sull'uso ammissibile del suolo, sulle opere d'urbanizzazione e sull'ambiente (lett. b).
c) La Corte cantonale ha accertato che, prima dell'intervento litigioso, il fabbricato serviva originariamente da officina artigianale e in seguito, a partire dalla fine degli anni settanta, prevalentemente come deposito e magazzino; solo sporadicamente vi si esercitavano attività marginali rispetto a quelle svolte dalla ricorrente nello stabilimento principale. Questo fatto è peraltro stato ammesso dal direttore della ditta ricorrente all' udienza del 25 settembre 1998 tenutasi dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Siffatto accertamento, non inficiato da inesattezze manifeste, vincola il Tribunale federale (art. 105 cpv. 2 OG). In tali circostanze e data questa fattispecie, la Corte cantonale non ha violato la legge considerando che la trasformazione del fabbricato litigioso in un edificio destinato a un'attività industriale di lavorazione di sostanze farmaceutiche non poteva essere permessa sulla base dell'art. 24 cpv. 2 LPT. È pur vero che l'aggiunta del locale adibito a centrale termica non ha modificato in modo importante la volumetria e l'aspetto esterno dell'edificio; tuttavia, l'entità degli interventi complessivi, segnatamente l'installazione dei due mulini e del compressore, la formazione di locali pressurizzati, del laboratorio di analisi, del magazzino e dei cinque posteggi esterni, hanno comportato la nascita di una nuova importante attività produttiva industriale nell'edificio, con l'impiego del relativo personale. Come si è rilevato, la Corte cantonale ha accertato che, da piccola officina artigianale, rispettivamente da deposito utilizzato saltuariamente per modeste attività, l'edificio è assurto a stabilimento industriale per la lavorazione a pieno regime di sostanze farmaceutiche, e precisato che il valore aggiunto all'edificio dall'intervento (fr. 600'000. --) è un multiplo del preesistente valore (fr. 140/160'000. --). L'opera contestata ha quindi implicato un mutamento radicale di destinazione dell'edificio, senza alcuna relazione con quella originaria; essa esorbita dal concetto di trasformazione parziale di un edificio o di un impianto secondo gli art. 24 cpv. 2 LPT e 75 LALPT, applicati dalla Corte cantonale in modo non censurabile.
d) Alla luce di quantoesposto, vistol'esitodelricorso, nonoccorreesaminarelafattispeciedalprofilodeldirittoambientale, segnatamentedaquellodell'inquinamentofonico.
4.- Ne segue che il ricorso deve essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 OG). La ricorrente rifonderà a B._ un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale (art. 159 cpv. 1 OG). Non si assegnano invece ripetibili ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).

Per questi motivi
il Tribunale federale
pronuncia :
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 4000. -- è posta a carico della ricorrente, la quale rifonderà a B._ un'indennità di fr. 1500. -- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Monteggio, alla Divisione dell'ambiente, Sezione della protezione dell'aria e dell'acqua, al Dipartimento del territorio, Servizi generali, all'Ufficio federale della pianificazione del territorio, all'Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.