Faits:
A. Le Couvent B._, à Fribourg, est propriétaire de la parcelle n° 1167 du registre foncier de la commune de Marly au lieu-dit "Pré de la Croix". C._ est titulaire d'un droit d'emption sur une surface de 6'231 mètres carrés de cette parcelle. Il a concédé à la société A._ un droit distinct et permanent sur cette surface en vue de l'implantation d'un magasin d'alimentation-discount.
Au début de l'année 2006, A._ a déposé auprès de la Commune de Marly un dossier de demande préalable concernant le plan d'aménagement de détail "Pré de la Croix" visant à concrétiser son projet. Le 25 avril 2006, le Conseil communal de Marly a rendu un préavis favorable en formulant diverses remarques et conditions.
Par avis paru dans la Feuille officielle du 16 mars 2007, la Commune de Marly a mis à l'enquête publique le plan d'aménagement de détail "Pré de la Croix". Le plan, qui porte sur une surface de 21'952 mètres carrés de la parcelle n° 1167, comprend un premier secteur destiné à accueillir le magasin d'alimentation de la société A._ et un second secteur voué à l'habitation.
Dans sa séance du 8 mai 2007, le Conseil communal de Marly a refusé d'adopter ce plan en raison notamment du trafic supplémentaire non négligeable que l'implantation d'un tel commerce allait générer, du risque que la capacité des aménagements routiers soit rapidement dépassée, compte tenu d'un projet analogue envisagé par la société D._ à proximité immédiate, et du fait que la sécurité des piétons et des enfants fréquentant le centre scolaire voisin ne semblait pas garantie.
Par décision du 5 mai 2008, la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions du canton de Fribourg a admis les recours interjetés par A._ et C._, d'une part, et par le Couvent B._, d'autre part, contre cette décision qu'elle a annulée, en précisant que la Commune de Marly était tenue d'adopter le plan d'aménagement de détail "Pré de la Croix" et de lui transmettre le dossier pour la suite de la procédure d'approbation.
Au terme d'un arrêt rendu le 22 septembre 2008, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a admis partiellement le recours formé par la Commune de Marly contre cette décision qu'elle a annulée et renvoyé la cause à la commune pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, C._ et le Couvent B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à la Commune de Marly pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Commune de Marly conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. Le Tribunal cantonal propose de le rejeter. La Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions s'en remet à justice.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 138).
1.1 Le recours est dirigé à l'encontre d'une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions. Il est dès lors recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law> et l'art. 34 al. 1 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) dans sa teneur actuelle au sens du ch. 64 de l'annexe à la loi sur le Tribunal administratif fédéral (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 251). Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué, qui renvoie la cause à la Commune de Marly pour qu'elle suspende, le cas échéant, la procédure d'adoption du plan d'aménagement de détail qu'ils lui avaient soumis en vue de la construction d'un magasin d'alimentation et de logements. Ils peuvent se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation. Leur qualité pour recourir selon l'<ref-law> est à l'évidence donnée.
1.2 Selon l'<ref-law>, le recours au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. En vertu de l'<ref-law>, il l'est également contre les décisions qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (let. a) et qui mettent fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (let. b). Hormis les décisions préjudicielles et incidentes mentionnées à l'<ref-law>, le recours n'est recevable contre de telles décisions que si elles peuvent causer un dommage irréparable ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. a et b LTF).
1.3 En l'espèce, le Tribunal cantonal a admis partiellement le recours de la Commune de Marly, annulé la décision de la Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions et renvoyé la cause à l'autorité communale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'arrêt attaqué ne met donc pas un terme à la procédure d'adoption du plan d'aménagement de détail et s'analyse comme une décision de renvoi (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 127, 186 consid. 1.2 p. 188; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 412; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 481). De telles décisions revêtent en règle générale un caractère incident et, sous réserve de celles qui tombent dans le champ d'application des art. 92 et 93 LTF, ne sont pas susceptibles d'être attaquées immédiatement alors même qu'elles tranchent de manière définitive certains aspects de la contestation (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 127, 137 consid. 1.3.2 p. 140; <ref-ruling> consid. 4.2 et 4.3 p. 482). Elles sont toutefois tenues pour finales lorsque le renvoi a lieu uniquement en vue de son exécution par l'autorité inférieure sans que celle-ci ne dispose encore d'une liberté d'appréciation notable (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 127; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 483). Tel n'est pas le cas en l'occurrence. Le Tribunal cantonal a renvoyé la cause à la Commune de Marly soit pour qu'elle adopte le plan d'aménagement de détail soit pour qu'elle suspende la procédure en application de l'art. 84 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATeC), le temps de régler la question de l'implantation des centres commerciaux sur le territoire communal. L'arrêt attaqué laisse donc une marge d'appréciation suffisante à la Commune de Marly pour lui reconnaître plus qu'un rôle d'exécutante. La cour de céans ne pourrait donc entrer en matière sur le recours que si les conditions fixées à l'<ref-law> étaient réunies, s'agissant d'une décision qui n'entre pas dans le champ d'application de l'<ref-law>.
L'arrêt attaqué ne cause aux recourants aucun préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>. La Commune de Marly a en effet le choix d'adopter le plan d'aménagement de détail ou de suspendre la procédure d'adoption en application de l'art. 84 al. 1 LATeC. Dans la première hypothèse, les recourants ne subiraient aucun préjudice irréparable puisque la nouvelle décision leur donnerait gain de cause. Il n'en va pas différemment dans la seconde hypothèse. La décision de suspension de la procédure d'adoption du plan ne peut excéder un an (art. 84 al. 2 LATeC); elle peut faire l'objet d'un recours à la Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions (art. 84 al. 1 deuxième phrase LATeC) si les recourants estiment que les conditions posées à la suspension de la procédure ne sont pas réalisées, recours dont l'issue pourrait leur être favorable. Enfin, rien n'indique qu'au terme de cette suspension, le plan serait caduc. Ainsi, en tout état de cause, l'arrêt attaqué n'expose pas les recourants à un préjudice irréparable, le seul allongement de la durée de la procédure n'étant pas considéré comme tel.
L'hypothèse visée à l'<ref-law> n'est manifestement pas réalisée. L'admission du recours ne mettrait pas fin à la procédure puisque l'approbation de la Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions est encore nécessaire pour que le plan entre en vigueur (cf. arrêt 1C_190/2007 du 7 décembre 2007 in ZBl 109/2008 p. 679); enfin, il n'est nullement établi qu'elle permette d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse, condition qu'il appartenait aux recourants de démontrer (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 431; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 292).
2. Le recours doit par conséquent être déclaré irrecevable aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Selon l'<ref-law>, il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la Commune de Marly qui n'en sollicite d'ailleurs pas (<ref-ruling> consid. 7). L'on ne voit aucun motif ou circonstance particulière qui justifierait de s'écarter en l'occurrence de cette règle (cf. arrêts 1C_20/2008 du 16 septembre 2008 consid. 5 et 1C_417/2008 du 8 décembre 2008 consid. 3).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de la Commune de Marly, ainsi qu'à la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg.
Lausanne, le 10 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Parmelin