Fatti:
A. Tra il marzo 2001 e l'agosto/settembre 2003 A._ è stato consulente di riferimento delle relazioni xxx intestata a B._ e yyy intestata a C._, relazioni aperte presso D._ di Lugano e gestite dall'avv. E._.
B. Con decreto d'accusa del 21 maggio 2007 il Procuratore pubblico ha riconosciuto A._ autore colpevole di carente diligenza in operazioni finanziarie e ne ha proposto la condanna alla pena pecuniaria di 15 aliquote giornaliere di fr. 580.--, per un totale di fr. 8'700.--, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni.
Ad A._ veniva rimproverato di aver mantenuto in essere le suddette relazioni bancarie, omettendo di accertare l'identità del reale avente diritto economico ovvero allestendo in data imprecisata un documento sostitutivo del formulario A e relativo (tra l'altro) alle relazioni in questione. In tale documento egli indicava contrariamente al vero F._ e G._ quali aventi diritto economici della relazione intestata a B._, sulla quale erano depositati oltre dieci milioni di franchi, e F._ quale avente diritto economico della relazione intestata a C._, la quale deteneva il pacchetto azionario della B._. A._ ometteva anche in seguito di modificare queste indicazioni errate.
C. A seguito dell'opposizione al decreto d'accusa presentata da A._, il 29 aprile 2008 il Presidente della Pretura penale ha confermato il capo di imputazione di carente diligenza in operazioni finanziarie e ha condannato A._ alla pena pecuniaria di 15 aliquote giornaliere di fr. 640.--, per un totale di fr. 9'600.--, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni.
D. Adita con ricorso per cassazione del condannato, il 13 maggio 2009 la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP) ha sostanzialmente confermato la sentenza di prima istanza respingendo, per quanto ammissibili, le censure sollevate.
E. A._ si aggrava al Tribunale federale con ricorso in materia penale postulando l'annullamento della sentenza dell'ultima istanza cantonale e il suo proscioglimento dall'accusa di carente diligenza in operazioni finanziarie.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.

Diritto:
1. È stato accertato che, nel periodo in cui il ricorrente ha rivestito il ruolo di consulente di riferimento delle relazioni bancarie intestate rispettivamente a B._ e a C._, l'indicazione degli aventi diritto economici era errata ed esistevano chiari elementi per dubitare della sua correttezza. Infatti, ancor prima che l'insorgente fungesse da consulente, ovvero nel 2000, l'ufficio giuridico dell'istituto bancario era intervenuto nell'ambito di una richiesta di informazioni in materia ereditaria. La banca sapeva che G._ e F._ erano deceduti. Inoltre, lo stesso insorgente ha ammesso che le relazioni gestite erano problematiche (rognose), vista la reticenza dell'avv. E._ a sottoscrivere i formulari A. Quale ulteriore elemento per dubitare della correttezza delle indicazioni esistenti è stata infine ritenuta anche l'evidente contraddizione tra gli aventi diritto economici indicati nelle due relazioni (F._ per l'una e F._ e G._ per l'altra), nonostante la C._ detenesse il pacchetto azionario della B._
1.1 Il ricorrente si duole di arbitrio in relazione all'accertamento per cui, già prima del maggio 2002, disponesse di elementi per dubitare dell'esattezza delle preesistenti indicazioni sull'identità dell'avente diritto economico. In particolare, sarebbe arbitrario ritenere che le differenze degli aventi diritto economici delle due relazioni bancarie fossero fonte di sospetti. Sia una società offshore sia una Stiftung, continua l'insorgente, possono benissimo essere intestatarie di relazioni con differenti aventi economicamente diritto. Sottoposta all'esame della CCRP la censura è stata da questa dichiarata inammissibile in modo illogico e arbitrario .
1.2 Effettivamente l'analoga censura di arbitrio formulata in sede di ricorso cantonale non è stata esaminata nel merito. La CCRP l'ha ritenuta inammissibile perché impropriamente motivata, il ricorrente non essendosi confrontato con tutti gli elementi elencati dal primo giudice per sostanziare i sospetti sulla correttezza delle indicazioni degli aventi diritto economici. L'insorgente obietta che non aveva evidentemente bisogno di confrontarsi con quegli elementi della motivazione di cui egli stesso dava atto, ossia del fatto che nel maggio 2002 si è reso conto che le indicazioni degli aventi economicamente diritto erano errate. Il ricorrente ha mirato la sua censura di arbitrio solo sull'apparente contraddizione degli aventi diritto economici perché, cadendo tale accertamento, la possibile presa di coscienza da parte sua non poteva che ritenersi cristallizzata al maggio 2002 e non prima.
L'autorità cantonale non ha commesso alcun tipo di arbitrio. Il ricorrente disattende che l'incongruità delle indicazioni degli aventi diritto economici delle relazioni bancarie in parola non è stato l'unico elemento per ritenere che vi fossero, già prima del maggio 2002, i presupposti per dubitare della correttezza di tali indicazioni e rendere necessarie delle verifiche. Oltre ad aver accertato che la banca era intervenuta già nel 2000 nell'ambito di una richiesta di informazioni in materia ereditaria, il primo giudice ha infatti evidenziato anche il comportamento dell'avv. E._, e meglio la sua reticenza a sottoscrivere i formulari A. Si tratta manifestamente di circostanze anteriori al maggio 2002. Ora, nel suo ricorso cantonale l'insorgente si è preoccupato di censurare solo la contraddizione degli aventi economicamente diritto per contestare l'esistenza di sospetti anteriori a tale data sulla correttezza delle indicazioni. Non ha per contro criticato gli altri fattori ritenuti, sicché la CCRP poteva a giusto titolo dichiarare la censura inammissibile.
Di transenna va comunque rilevato che il ricorrente nemmeno riesce a sostanziare arbitrio in merito all'accertamento per cui anche prima del maggio 2002 disponesse di elementi per dubitare della correttezza delle indicazioni, in particolare avuto riguardo alla contraddizione degli aventi diritto economici delle due relazioni bancarie. Egli infatti adduce un'argomentazione generica, ma non spiega perché nel caso concreto la contraddizione rimarcata dal primo giudice non potesse costituire una fonte di sospetti sulla correttezza delle indicazioni. Peraltro, come già affermato dalla CCRP, il ricorrente ha ammesso di essere stato sollecitato dall'ispettorato interno della banca a regolarizzare l'incarto secondo gli standard usuali. È pur vero che nel ricorso l'insorgente precisa che non vi è alcun motivo per ritenere che tale richiesta fosse antecedente al maggio 2002. Sennonché non si avvale di alcun elemento per concludere che fosse concomitante o posteriore a questo periodo. La censura risulta quindi infondata.
1.3 A mente del ricorrente, inoltre, la Corte ticinese avrebbe in modo arbitrario considerato la reticenza dell'avv. E._ di sottoscrivere i formulari A come una semplice e vaga allegazione dell'insorgente. Tale atteggiamento dell'avv. E._ risulta però, oltre che dalle dichiarazioni del ricorrente medesimo, anche dalle deposizioni dei testi ed è stato riconosciuto pure dal giudice di prime cure.
La censura appare pertinente. In effetti il Presidente della Pretura penale ha ritenuto come un dato di fatto la reticenza dell'avv. E._ a collaborare all'allestimento della documentazione di rito (sentenza di primo grado pag. 14). Non v'è comunque ragione di attardarsi oltre su questo punto, tenuto conto che l'eliminazione di questo vizio non è determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>) come si vedrà qui appresso (v. consid. 2.5).
1.4 L'insorgente si duole di arbitrio, infine, anche in relazione all'accertamento secondo cui l'allestimento della lista contenente tutte le relazioni dell'avv. E._ con l'indicazione dei vari aventi diritto economici costituiva un documento sostitutivo del formulario A e quindi una reiterazione dell'inesatta identificazione degli aventi economicamente diritto. In realtà, continua il ricorrente, la lista rappresentava unicamente un documento di lavoro interno.
La CCRP ha tutelato le considerazioni del primo giudice perché prive di arbitrio. Stilando la lista senza alcuna verifica, il ricorrente ha creato un documento sostitutivo del formulario A a partire dai dati preesistenti benché cosciente della loro inesattezza e ha così reiterato l'illecito. A sostegno di tale conclusione la Corte cantonale ha ricordato come, chiamata in corso d'inchiesta a presentare la documentazione in suo possesso, la banca medesima avesse fornito la lista in parola indicando che era stata redatta dall'insorgente in sostituzione dei formulari A. Inoltre il ricorrente ha sottoscritto la lista, segno che fosse destinata ad avere valenza probatoria. Queste circostanze escludono quindi l'ipotesi che si trattasse di una mera nota interna della banca.
1.4.1 Secondo il ricorrente, un documento redatto in sostituzione del formulario A sarebbe stato creato individualmente per ogni singola relazione e custodito in ogni singolo dossier. Nello specifico invece il documento in parola costituiva una lista di tutte le relazioni seguite da un avvocato con alcune indicazioni per ognuna di loro, tra cui quella degli aventi diritto economici. Il fatto che la banca, confrontata con un ordine della magistratura, abbia trasmesso la lista da lui redatta qualificandola in un certo modo, non significa che il ricorrente l'avesse creata a quello scopo, ovvero in sostituzione dei formulari A. La sottoscrizione della lista poi non le attribuisce alcuna valenza probatoria, contrariamente a quanto sostenuto dalla CCRP, ma ne indica unicamente la paternità. Non si scorgerebbe infatti per quale ragione con la sua firma il ricorrente avrebbe attestato una cosa che, secondo la Corte cantonale, sapeva essere non vera. Sarebbe infine arbitrario ritenere irrilevante, come lo ha fatto la CCRP, la menzione "pratiche legali in corso" riportata nella finca "descrizione" della lista e considerare determinante unicamente l'indicazione degli aventi economicamente diritto. Considerato che questi ultimi figuravano negli atti della banca ed erano deceduti, il ricorrente ritiene che l'unica cosa sensata che poteva fare era quella di lasciare i nominativi precedenti con una chiara annotazione circa l'esistenza di pratiche legali in corso volte a determinare chi avesse economicamente diritto dei fondi.
1.4.2 A ragione la CCRP ha ritenuto che l'annotazione "pratiche legali in corso" non fosse rilevante per determinare la natura della lista in parola. Questa è stata infatti allestita tra la fine del 2001 e i primi mesi del 2002 e il ricorrente medesimo non esclude di aver aggiunto l'annotazione solo in un secondo momento (ricorso pag. 10), dopo quindi aver indicato F._ e G._ rispettivamente F._ quali aventi diritto economici delle relazioni intestate a B._ e a C._. Quanto poi alla sottoscrizione della lista, si tratta di un elemento che non solo ne attribuisce la paternità al ricorrente ma, come rettamente rilevato dall'autorità cantonale, la destinava ad assumere una valenza probatoria. Di regola un semplice documento di lavoro interno non necessita di firma. Infine è pure senza arbitrio che la CCRP ha intravisto nella produzione della lista da parte della banca alla magistratura un ulteriore fattore a conferma del carattere sostitutivo del formulario A. Se la lista fosse stata davvero unicamente un mero documento di lavoro interno, la banca non l'avrebbe prodotta alla magistratura qualificandola di documento sostitutivo del formulario A, ma si sarebbe limitata a fornire gli altri documenti da cui il ricorrente ha ricavato le indicazioni figuranti nella sua lista. È pur vero che di regola la documentazione relativa alla determinazione dell'avente diritto economico è allestita singolarmente per ogni relazione bancaria. Ciò tuttavia non significa ancora che una lista di vari conti con l'indicazione dei relativi aventi diritto economici non possa essere qualificata di documento sostitutivo del formulario A. Il ricorrente peraltro nemmeno pretende che la lista in parola non contenesse tutte quelle informazioni generalmente riportate nel formulario A. Ne consegue che, nel confermare che la lista redatta dall'insorgente costituisse un documento sostitutivo del formulario A, la CCRP non ha commesso alcun arbitrio. Su questo punto il ricorso si appalesa quindi infondato.
2. Lamentando la violazione dell'<ref-law>, il ricorrente contesta la sua condanna per carente diligenza in operazioni finanziarie.
2.1 Giusta l'<ref-law>, si rende colpevole di carente diligenza in operazioni finanziarie chiunque, a titolo professionale, accetta, prende in custodia, aiuta a collocare o a trasferire valori patrimoniali altrui senza accertarsi, con la diligenza richiesta dalle circostanze, dell'identità dell'avente economicamente diritto.
2.1.1 La carente diligenza in operazioni finanziarie è un reato di pericolo astratto contro l'amministrazione della giustizia. Il comportamento incriminato consiste nell'effettuare operazioni finanziarie senza accertarsi dell'identità dell'avente economicamente diritto, malgrado particolari indizi inducano a ritenere che la controparte non corrisponde all'avente economicamente diritto dei valori patrimoniali. La violazione dell'obbligo di identificazione è sufficiente. Non è per contro di rilievo sapere se l'avente economicamente diritto abbia acquisito in modo penalmente riprensibile i valori patrimoniali. L'oggetto del dovere di diligenza previsto dalla norma è quindi l'identificazione dell'avente diritto economico, ovvero della persona fisica o giuridica che ha di fatto la possibilità di disporre dei valori patrimoniali e dunque colei a cui tali valori appartengono sotto il profilo economico (DTF 6B_726/2009 del 28 maggio 2010 consid. 3.1.1).
2.1.2 L'intermediario finanziario deve adempiere il dovere di identificazione con la diligenza richiesta dalle circostanze. Quest'ultima va valutata tenendo conto del principio della proporzionalità che fissa i limiti delle verifiche ragionevolmente esigibili. La legge federale del 10 ottobre 1997 relativa alla lotta contro il riciclaggio di denaro e il finanziamento del terrorismo nel settore finanziario (LRD; RS 955.0) disciplina la diligenza richiesta in materia di operazioni finanziarie (art. 1 in fine LRD). Secondo l'<ref-law>, l'intermediario finanziario deve richiedere alla controparte una dichiarazione scritta indicante l'avente economicamente diritto se non c'è identità tra la controparte e l'avente economicamente diritto (lett. a); la controparte è una società di domicilio (lett. b); viene effettuata un'operazione di cassa di valore rilevante secondo l'<ref-law> (lett. c). Se nel corso della relazione sorgono dubbi in merito all'identità dell'avente economicamente diritto, si deve procedere nuovamente all'accertamento conformemente all'<ref-law> (<ref-law>).
2.1.3 La diligenza nell'identificazione dell'avente diritto economico è inoltre disciplinata dalla Convenzione relativa all'obbligo di diligenza delle banche (CDB). Secondo la giurisprudenza, seppur non vincoli il giudice penale, questo testo costituisce comunque un importante strumento di interpretazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3d).
Ci si può chiedere se tale giurisprudenza possa essere mantenuta a seguito delle modifiche legislative nel frattempo intervenute. Il 1° gennaio 2011 è entrata in vigore l'ordinanza FINMA sul riciclaggio di denaro (ORD-FINMA; RS 955.033.0) che dichiara applicabili (segnatamente) alle banche le disposizioni in materia di identificazione della controparte e di accertamento dell'avente economicamente diritto della CDB del 7 aprile 2008 (<ref-law>). Tale rinvio non è nuovo. Già l'art. 14 cpv. 1 della previgente ordinanza CFB sul riciclaggio di denaro (ORD-CFB; RU 2008 2017; poi divenuta ordinanza 1 FINMA sul riciclaggio di denaro - ORD-FINMA 1; RU 2008 5613 - abrogata dall'ORD-FINMA) dichiarava applicabili a tutti gli intermediari finanziari (ai sensi dell'<ref-law>-CFB) le medesime disposizioni della CDB 08. Con tale rinvio gli art. 2-6 CDB 08 infatti acquisiscono natura di ordinanza (RALPH WYSS, in Geldwäschereigesetz, Kommentar, 2a ed., n. 1-2 ad <ref-law>-FINMA 1). Nella fattispecie la questione può tuttavia rimanere indecisa dal momento che i fatti qui in discussione sono anteriori all'introduzione dei rinvii alla CDB nella legislazione federale. In questo caso le disposizioni della CDB restano dunque uno strumento di interpretazione della nozione di diligenza richiesta dalle circostanze.
2.1.4 La Convenzione relativa all'obbligo di diligenza delle banche del 28 gennaio 1998 (CDB 98), in vigore all'epoca dei fatti qui in esame, prevedeva che quando sussistono dubbi sul fatto che il contraente coincida con l'avente diritto economico, le banche devono esigere dal contraente una dichiarazione scritta - usando il formulario A - con la quale egli attesti chi sia l'avente diritto economico (art. 3 cpv. 1 CDB 98). Se rimangono seri dubbi sulla correttezza della dichiarazione scritta dal contraente, dubbi che non possono essere eliminati mediante ulteriori chiarimenti, la banca deve rifiutare l'assunzione dei rapporti d'affari o l'esecuzione dell'operazione (n. 25 CDB 98). La banca è tenuta a ripetere la procedura prevista all'art. 3 CDB 98 quando (tra l'altro) sorgono dubbi sulla questione di sapere se la dichiarazione riguardante l'avente diritto economico corrisponde alla realtà (art. 6 cpv. 1 CDB 98). Secondo l'art. 6 cpv. 3 CDB 98 le banche hanno l'obbligo di porre termine ai rapporti con il contraente in particolare qualora continuassero a sussistere dubbi sulle indicazioni del contraente, anche dopo aver seguito la procedura secondo l'art. 6 cpv. 1 CDB 98.
2.2 Il ricorrente ribadisce di essere diventato consulente di riferimento per le relazioni bancarie in parola quando queste erano già in essere da tempo. Peraltro, da lungo tempo su tali relazioni non vi era stato più alcun movimento. Sicché, fino al maggio 2002 allorquando ha appreso del decesso degli aventi diritto economici indicati dai suoi predecessori, l'insorgente non aveva motivi per dubitare della correttezza delle informazioni. Non gli si può pertanto rimproverare di non aver rinnovato l'accertamento degli aventi economicamente diritto. Nemmeno dopo il maggio 2002, sebbene non abbia compiuto alcun accertamento, si può ritenere che il ricorrente abbia disatteso i suoi obblighi di identificazione. A partire da quel momento ulteriori accertamenti non erano né materialmente possibili, né utili. In effetti, gli aventi diritto economici indicati in precedenza erano deceduti, una lite giudiziaria era in corso fra gli eredi e fra alcuni di loro e l'avv. E._, la Magistratura aveva già preso dei provvedimenti e la vertenza era seguita dal servizio giuridico della banca. In simili circostanze non è nemmeno immaginabile che il consulente intraprenda motu proprio dei passi volti a identificare il reale avente diritto economico di una relazione. Il conto non aveva alcuna operatività, il ricorrente era privato di qualsiasi possibilità di contatto con il cliente/contraente e non disponeva di alcuno strumento per compiere controlli o ulteriori accertamenti. Va inoltre considerato che i contraenti delle relazioni sono una società di diritto panamense e una Stiftung che, per mandato fiduciario rispettivamente per statuto interno, potrebbero prevedere qualsiasi cosa circa i beneficiari successivi di un conto dopo il decesso del primo beneficiario, e non va dimenticato che gli organi di tali entità rifiutavano di fornire informazioni. L'insorgente si trovava dunque nell'impossibilità concreta di compiere atti utili all'identificazione degli aventi economicamente diritto. Ne è la riprova il fatto che né il Procuratore pubblico né il giudice di prime cure hanno indicato cosa il ricorrente avrebbe concretamente potuto fare. Di fronte a tale impossibilità materiale di agire, il suo comportamento omissivo non può risultare penalmente rilevante.
2.3 La CCRP ha rilevato come dagli atti trasparisse che il ricorrente ha assunto il comportamento di "staccare la spina", lasciando "le cose in mano all'ufficio legale della banca". Ha quindi constatato l'assenza agli atti di elementi circa l'asserita mancanza di possibilità di contatto con il cliente/contraente, di controllo e di accertamento. Né v'è traccia, continua la Corte cantonale, nemmeno di una regolamentazione e "definizione di ruoli" che imporrebbe al consulente di riferimento di restare passivo e non adempiere i propri doveri di verifica quando del caso si stanno occupando pure i servizi giuridici della banca. Del resto, le affermazioni del ricorrente sono smentite dal suo stesso agire: non è infatti rimasto completamente inattivo, ma ha redatto e sottoscritto un documento - contenente informazioni che sapeva errate sugli aventi economicamente diritto, destinate a creare l'apparenza di esattezza - poi trasmesso all'autorità giudiziaria in data 24 giugno 2004 con la dicitura "documento redatto in sostituzione dei formulari A". In simili circostanze, la responsabilità penale dell'insorgente non poteva non essere confermata. La CCRP ha infine qualificato come sconcertante il fatto che dinanzi alle resistenze dell'avv. E._ a compilare e sottoscrivere i formulari A, il ricorrente non abbia formulato la richiesta per iscritto (mediante invio raccomandato) al fine di ottenere quanto meno i dovuti chiarimenti scritti.
2.4 Occorre innanzi tutto rilevare che invano nel ricorso viene invocata una carente motivazione del giudizio impugnato che non indicherebbe cosa avrebbe potuto intraprendere l'insorgente per procedere all'identificazione degli aventi economicamente diritto. La Corte cantonale ha in effetti segnalato quale comportamento il ricorrente avrebbe dovuto adottare, precisando che nella fattispecie si imponeva di interpellare l'avv. E._ mediante un invio raccomandato. Essa ha peraltro proceduto implicitamente a una sostituzione dei motivi della decisione pretorile, nella misura in cui non ha ritenuto, contrariamente a quanto suggerito dal primo giudice, che il ricorrente avrebbe dovuto lasciare la gestione dei conti o interrompere le relazioni bancarie.
2.5 L'argomentazione ricorsuale volta a dimostrare una pretesa violazione dell'<ref-law> si scosta in parte dai fatti accertati dalle autorità ticinesi, senza sostanziare arbitrio, e risulta quindi parzialmente inammissibile. Così è laddove il ricorrente afferma che, fino al maggio 2002, non aveva motivi per dubitare della correttezza delle informazioni preesistenti sull'identità degli aventi diritto economici. Parimenti laddove dichiara che era privato di qualsiasi possibilità di contatto con il cliente/contraente.
Orbene, secondo gli accertamenti cantonali sfuggiti alle critiche di arbitrio, già al momento in cui l'insorgente è divenuto consulente di riferimento delle relazioni bancarie in questione (e quindi già prima del maggio 2002), esistevano chiari elementi per dubitare della correttezza delle indicazioni preesistenti circa gli aventi economicamente diritto. Ciononostante il ricorrente ha stilato un documento sostitutivo del formulario A semplicemente riprendendo tali indicazioni e senza procedere ad alcun tipo di verifica. A ragione la CCRP ha ritenuto che il ricorrente avrebbe quantomeno dovuto formalizzare per iscritto all'avv. E._ (mediante invio raccomandato) la richiesta di regolarizzare la documentazione bancaria e cercare di ottenere i dovuti chiarimenti scritti. Invano il ricorrente obietta che la soluzione proposta dall'autorità cantonale sarebbe stato un semplice sterile atto formale fine a sé stesso, in quanto se per otto anni nessuno era riuscito a far sottoscrivere i formulari A, non si scorgerebbe quali possibilità di farcela potesse avere l'insorgente. Determinante nella fattispecie è il fatto che non ha nemmeno tentato di ottenere le informazioni che la legge gli impone di raccogliere, obbligo che, in base a quanto accertato, ancora pendeva in capo al consulente di riferimento, malgrado l'intervento dell'ufficio giuridico della banca. Solo dopo aver agito senza esito, avrebbe potuto qualificare questo modo di procedere un atto infruttuoso. In concreto dunque il ricorrente non ha intrapreso alcunché per assolvere i propri doveri di identificazione. Nel confermare la sua condanna per carente diligenza in operazioni finanziarie, la CCRP non ha pertanto violato il diritto.
3. In conclusione, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso risulta infondato e va pertanto respinto.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono di conseguenza poste a carico del ricorrente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.