Sachverhalt:
A. Mit Kaufvertrag vom 14. Februar 1970 erwarben C._ und vier weitere Personen das Grundstück Nr. xxx, GB Sursee, zu Miteigentum. C._ bezahlte für seinen Anteil (6/15) Fr. 218'000.--, wovon er Fr. 109'000.-- von seinem Bruder B._ (Beschwerdegegner) erhielt. In der Folge bezahlte der Beschwerdegegner seinem Bruder C._ jeweils die Hälfte verschiedener dieses Miteigentumsgrundstück betreffende Rechnungen. Am 10. August 1992 verstarb C._. Sein Anteil am Grundstück Nr. xxx, GB Sursee, ging ins Eigentum seiner Ehefrau A._ (Beschwerdeführerin) über. Im Rahmen eines Landabtauschverfahrens wurde der Beschwerdeführerin anstelle ihres Miteigentumsanteils das Grundstück Nr. yyy, GB Sursee, zu Eigentum und 27/70 am Grundstück Nr. zzz, GB Sursee, zu unselbständigem Miteigentum zugesprochen. Mit Schreiben vom 2. Dezember 1999 kündigte der Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin das seinem Bruder C._ "gewährte Darlehen von ursprünglich Fr. 100'000.--".
B. Nachdem die Beschwerdeführerin die geforderte Zahlung nicht geleistet hatte, reichte der Beschwerdegegner gegen sie Klage auf Auflösung einer einfachen Gesellschaft ein. Das Amtsgericht Sursee verpflichtete die Beschwerdeführerin am 20. April 2004, dem Beschwerdegegner Fr. 938'000.-- aus partiarischem Darlehen zu bezahlen. Die dagegen von der Beschwerdeführerin erhobene Appellation hiess das Obergericht des Kantons Luzern am 11. April 2005 insofern gut, als es das Rechtsverhältnis zwischen C._ und dem Beschwerdegegner nicht als partiarisches Darlehensverhältnis sondern als einfache Gesellschaft qualifizierte und folglich die Sache zur Neubeurteilung an das Amtsgericht zurückwies.
Im Urteil vom 30. November 2007 erwog das Amtsgericht, die einfache Gesellschaft werde mangels anderweitiger Abreden mit dem Tod eines Gesellschafters aufgelöst. Um den Anspruch des Beschwerdegegners gegen die Beschwerdeführerin ermitteln zu können, sei deshalb der Wert des Grundstücks Nr. xxx, GB Sursee, zum Zeitpunkt des Todes von C._ im August 1992 zu bestimmen. Auf Antrag des Beschwerdegegners ordnete es eine gerichtliche Expertise zum Verkehrswert per 10. August 1992 an. Aufgrund dieses Gutachtens ging es von einem massgebenden Verkehrswert des Grundstücks Nr. xxx, GB Sursee, von Fr. 5'932'100.-- aus. Nach Abzug diverser Beträge (Erwerbspreis von Fr. 218'000.--, vom Beschwerdegegner übernommene Kosten von Fr. 17'500.--, latente Beurkundungs- und Grundbuchkosten von Fr. 13'000.--, von C._ übernommene Kosten von Fr. 17'500.--, latente Grundstückgewinnsteuern von Fr. 474'781.--) gelangte das Amtsgericht zu einem Liquidationsanteil des Beschwerdegegners von Fr. 942'529.50. Es hiess die Klage deshalb in der beantragten Höhe gut und verpflichtete die Beschwerdeführerin zur Bezahlung von Fr. 938'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 11. April 2002 an den Beschwerdegegner.
Dagegen appellierte die Beschwerdeführerin an das Obergericht und beantragte anlässlich der Appellationsverhandlung, die Begehren des Beschwerdegegners abzuweisen, soweit damit mehr als Fr. 560'605.25 nebst 5 % Zins ab 11. April 2002 sowie der gemäss Appellationsantwort geforderte Restverzugszins von Fr. 844.75 verlangt werde. Der Beschwerdegegner beantragte die Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils. Die Beschwerdeführerin habe ihm noch Fr. 487'475.10 nebst Zins zu 5 % seit 22. Januar 2008 zu bezahlen, nachdem diese per 22. Januar 2008 den Betrag von Fr. 721'779.30 überwiesen habe. Mit Urteil vom 16. Juli 2008 verpflichtete das Obergericht die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner Fr. 487'475.10 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 377'394.75 seit 22. Januar 2008 zu bezahlen. Das Obergericht verwarf insbesondere die Einwendungen gegen das Gerichtsgutachten und lehnte die beantragte Anordnung eines weiteren Gutachtens ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 16. Juli 2008 aufzuheben. Die Sache sei gemäss den Erwägungen des Bundesgerichts zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell seien die Begehren des Beschwerdegegners abzuweisen, soweit damit mehr als Fr. 560'605.25 nebst Zins zu 5 % seit 11. April 2002 sowie Fr. 844.75 Restverzugszins verlangt werde.
Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung soweit Eintreten.
Mit Schreiben vom 4. November 2008 hat die Beschwerdeführerin zu den Vernehmlassungen des Beschwerdegegners und der Vorinstanz eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Obergerichts als der letzten kantonalen Instanz (Art. 75 BGG) schliesst das kantonale Verfahren ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (Art. 90 BGG). Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerdeführerin ist zur Einreichung der Beschwerde legitimiert, da sie am kantonalen Verfahren teilgenommen hat und mit ihren Anträgen unterlegen ist (Art. 76 Abs. 1 BGG). Die Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist gewahrt. Unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Begründung (Art. 42 BGG) ist demnach auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2).
2.2 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4).
2.3 Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40; <ref-ruling> E. 1b S. 30).
3. Streitig ist vorliegend die Feststellung des Verkehrswertes des Grundstücks Nr. xxx, GB Sursee, per August 1992. Das Amtsgericht gab hierzu ein Gerichtsgutachten in Auftrag und stellte darauf ab. Die Vorinstanz betrachtete dieses Gutachten ebenfalls als massgebend, nachdem sie die dagegen vorgebrachten Einwendungen der Beschwerdeführerin abgelehnt hatte.
Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, um festzustellen, welchen Wert der Anteil von C._ am Grundstück Nr. xxx, GB Sursee, im Zeitpunkt seines Todes (August 1992) gehabt habe, sei es unabdingbar, in erster Linie sichere Kenntnisse über die tatsächlichen Verhältnisse betreffend Topografie, Raum- und Zonenplanung, Erschliessung und Umgebungssituation zu diesem Zeitpunkt zu erhalten. Sie habe dem Gericht diese Angaben unterbreitet und entsprechende Anträge gestellt, so den Antrag auf Einvernahme der Zeugen D._ und E._, welchen die Situation im August 1992 aus eigener Erfahrung bekannt gewesen sei, sowie die Anträge auf Edition der Akten der Stadtverwaltung Sursee und auf Anordnung eines neuen Gutachtens. Die Vorinstanz habe infolge der Ablehnung dieser Beweisanträge und der Nichtbeachtung entscheidender Mängel des Gerichtsgutachtens den Sachverhalt unvollständig festgestellt, § 183 des Gesetzes über die Zivilprozessordnung des Kantons Luzern vom 27. Juni 1994 (ZPO; SRL 260a) nicht richtig angewendet und durch die Nichtabnahme von beantragten Beweismitteln das Willkürverbot verletzt.
4. In einem ersten Rügenkomplex macht die Beschwerdeführerin geltend, durch die Ablehnung der von ihr gestellten Beweisanträge betreffend die Zeugeneinvernahmen und Editionen seien nicht alle relevanten Tatsachen ermittelt worden, die für die Anwendung des materiellen Rechts und für den Ausgang des Verfahrens entscheidend seien. Dadurch sei das Willkürverbot verletzt worden.
4.1 Welche Rügen die Beschwerdeführerin genau erheben will, geht aus ihren Ausführungen nicht klar hervor:
4.1.1 Der streitige Verkehrswert des Grundstücks Nr. xxx, GB Sursee, wurde aufgrund eines Gerichtsgutachtens ermittelt. Das Amtsgericht bzw. die Vorinstanz hatte daher keine Veranlassung, darüber hinaus die tatsächlichen Verhältnisse betreffend Topografie, Raum- und Zonenplanung, Erschliessung und Umgebungssituation per August 1992 festzustellen, um gestützt darauf den Verkehrswert zu ermitteln. Eine offensichtlich unvollständige Sachverhaltsfeststellung, die von der Beschwerdeführerin im Übrigen nicht näher begründet wird, entfällt daher schon aus diesem Grund. Wenn die Beschwerdeführerin jedoch geltend machen will, die genannten Faktoren hätten im Gutachten festgestellt und berücksichtigt werden müssen oder das Gutachten sei wegen Übergehens dieser Elemente in Zweifel zu ziehen, kritisiert sie das Gutachten bzw. dessen Würdigung und müsste Willkür aufzeigen, was sie aber nicht in rechtsgenüglicher Weise tut.
4.1.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass die Vorinstanz die Einvernahme der Zeugen D._ und E._ sowie die beantragten Editionen abgelehnt bzw. die Nichtabnahme dieser Beweisanträge durch das Amtsgericht geschützt habe.
Sofern sie damit eine Verletzung des aus Art. 29 Abs. 2 BV bzw. Art. 8 ZGB fliessenden Beweisführungsanspruchs rügen will, ist festzuhalten, dass dieser Beweisführungsanspruch die vorweggenommene Beweiswürdigung nicht ausschliesst. Dem Gericht ist es nicht versagt, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder Tauglichkeit abzusprechen oder auf die Abnahme von Beweisen zu verzichten, wenn es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 2.6 S. 25; je mit Hinweisen). Das Bundesgericht greift in eine antizipierte Beweiswürdigung nur ein, wenn sie willkürlich und damit offensichtlich unhaltbar ist, namentlich wenn sie eine prozessuale Vorschrift oder einen unumstrittenen Grundsatz des Beweisrechts krass verletzt oder sonst wie in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4a). Inwiefern dies zutreffen soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen.
Vorliegend kann das Bundesgericht nicht in die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz eingreifen, weil es der Beschwerdeführerin nicht gelingt, diese als willkürlich auszuweisen:
4.1.2.1 So hat die Vorinstanz die Einvernahme des Zeugen D._, der für die Beschwerdeführerin ein Privatgutachten erstellt hatte, abgelehnt, weil die Beschwerdeführerin nicht ausgeführt habe, welches individuelle Wissen er unabhängig vom Gutachterauftrag habe und welche Fakten, die die Grundlagen der gerichtlichen Verkehrswertschatzung bildeten, er aus eigener Erfahrung kenne. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin widerspricht diese Erwägung den Tatsachen, da sie in der Appellationsbegründung vom 7. Februar 2008 explizit ausgeführt habe, welche Kenntnisse D._ habe und inwiefern er mit der Immobiliensituation im Raum Sursee bestens bekannt sei. Auf Seite 7 der Appellationsbegründung führte die Beschwerdeführerin aus, D._ sei eine integre Person, als Schatzungsfachmann anerkannt und mit der Immobiliensituation im Raum Sursee bestens vertraut. Zudem sei er im August 1992 Präsident des Bürgerrates sowie Mitglied der Bau- und Zonenplanrevisionskommission gewesen. Diese Umstände weisen D._ wohl allgemein als Schatzungsfachmann aus, lassen es aber nicht als willkürlich erscheinen, wenn die Vorinstanz auf die Einvernahme dieses Zeugen verzichtete, zumal kein spezifisches Fachwissen geltend gemacht wurde, das über dasjenige des Gerichtsgutachters hinausging, und sich D._ auch schon im zuvor erstellten Privatgutachten, welches die Vorinstanz für nicht überzeugend befand, festgelegt hatte.
4.1.2.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet weiter, dass die Vorinstanz den Zeugen E._, der über den Erschliessungsgrad des Grundstücks per 1992 hätte Auskunft geben können, nicht anhörte und die beantragten Editionen betreffend den Erschliessungsstand per 1992 ablehnte.
Die Vorinstanz begründete die Nichtabnahme dieser erneut beantragten Beweise betreffend den Erschliessungsgrad damit, dass mit Beweisanträgen fehlende Substantiierungen nicht nachgeholt werden könnten, da Beweiserhebungen schlüssige Vorbringen voraussetzten. Die rechtserheblichen Tatsachen müssten klar und umfassend dargelegt werden.
In der Beschwerde bringt die Beschwerdeführerin vor, sie habe auf Seite 12 der Appellationsbegründung dargelegt, dass der als Zeuge angerufene E._ bestätigen könne, dass das Grundstück unerschlossen gewesen sei und sein Ingenieurbüro erst Ende Juni 1993 den Auftrag für die Erschliessungsplanung erhalten habe. Es trifft zu, dass die Beschwerdeführerin E._ betreffend die Erschliessungsplanung als Zeuge angerufen hat. Indessen müsste der Umstand, dass das Ingenieurbüro erst Ende Juni 1993 den Auftrag für die Erschliessungsplanung erhalten hat, die gutachterliche Feststellung der Erschliessungssituation (nicht voll erschlossen betreffend Zufahrt, randerschlossen mit Wasser, ARA, Elektro und Kabelantenne) nicht in Frage stellen, erfordert doch auch die Feinerschliessung eine Planung. Mangels ausschlaggebender Bedeutung des angerufenen Beweisthemas ist es daher vertretbar, wenn die Vorinstanz auf die Befragung des Zeugen E._ verzichtete.
Betreffend die beantragten Editionen gibt die Beschwerdeführerin in der Beschwerde an, sie habe auf Seite 14 der Appellationsbegründung ausgeführt, dass aus dem Gerichtsgutachten nicht ersichtlich sei, auf welche Grundlagen aus dem Jahre 1992 sich der Experte stütze, und dass die von ihm erwähnten Abklärungen beim Bauamt Sursee nicht dokumentiert seien. Nachdem es nicht ersichtlich gewesen sei, ob und wie die amtlichen Dokumente der Stadt Sursee aus dem Jahre 1992 für die Schatzung verwendet worden seien, habe sie beantragt, die Strassen- und Werkleitungspläne der Stadt Sursee für den Bereich F._ aus dem Jahre 1992 zu edieren. Mit diesen Ausführungen gab die Beschwerdeführerin ihre Kritik am Gutachten wieder, stellte aber keine konkreten Behauptungen auf, welche die beantragten Editionen hätten beweisen sollen. Der Vorinstanz kann daher nicht vorgeworfen werden, sie habe zu Unrecht fehlende Substantiierungen moniert. In ihrer Replik legt die Beschwerdeführerin mit Hinweis auf die Seiten 12-17 ihrer Appellationsbegründung dar, dass sie den vom Gerichtsexperten angenommenen Erschliessungsgrad mit konkreten Einwänden bestritten habe. Sie weist damit wiederum bloss auf Beanstandungen am Gerichtsgutachten hin, ohne aber darzulegen, welche relevanten Tatsachen sie behauptet habe, die mit den beantragten Editionen hätten bewiesen werden sollen. Eine Ausnahme davon bildet die Behauptung, dass für das strittige Gebiet hinsichtlich der Strassen nur der Weg G._ bestanden habe. Indessen ist die Relevanz dieser Behauptung nicht ersichtlich, nachdem auch das Gutachten davon ausging, dass das Grundstück hinsichtlich Zufahrt nicht voll erschlossen war. Ohnehin kann die Replik nicht dazu dienen, die Beschwerdeschrift zu ergänzen. Vor allem aber zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf, weshalb es geradezu unhaltbar und damit willkürlich sein soll, dass die Vorinstanz auf die Erhebung der genannten Beweismittel verzichtete, nachdem sie die Erschliessungssituation aufgrund des Gerichtsgutachtens und der Beantwortung der Ergänzungsfragen bereits für hinreichend überzeugend dargelegt hielt.
4.1.2.3 Hinzu kommt, dass sich die Vorinstanz in der Annahme, die Erschliessungssituation sei im Gerichtsgutachten zutreffend erfasst worden (nicht voll erschlossen betreffend Zufahrt, randerschlossen mit Wasser, ARA, Elektro und Kabelantenne), auch dadurch bestätigt sah, dass die Beschwerdeführerin nicht bestritten hatte, dass sich die (späteren) Erschliessungskosten für die Erstellung der Strassen und der Kanalisationsleitungen auf Fr. 12.76 pro Quadratmeter belaufen hatten, was nur rund einen Fünftel einer Vollerschliessung ausmachte. Die Behauptung der Beschwerdeführerin anlässlich der Appellationsverhandlung, die effektiven späteren Aufwendungen für das Grundstück ergäben sich nicht nur aus der Bestätigung der Stadtverwaltung Sursee vom 18. Januar 2002, sondern beliefen sich auf über Fr. 150'000.--, wies die Vorinstanz als neu und verspätet zurück. Die Beschwerdeführerin stellt in Abrede, dass es sich um ein neues Vorbringen gehandelt habe. So habe der Beschwerdegegner beispielsweise auf Seite 32 der Appellationsantwort vom 5. November 2005 zu dieser Summe Stellung genommen und erklärt, er akzeptiere, dass die Beschwerdeführerin diesen Betrag von Fr. 155'000.-- bei der Berechnung des Gewinns in Abzug bringe. Damit vermag die Beschwerdeführerin die Neuheit jenes Vorbringens nicht rechtsgenüglich zu bestreiten. Namentlich ist nicht dargetan, dass der genannte Betrag von Fr. 155'000.-- sich durchwegs auf geltend gemachte Erschliessungskosten bezog, was gemäss Beschwerdegegner gerade nicht zutreffen soll. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, in den kantonalen Rechtsschriften nachzuforschen, ob die Beschwerdeführerin jene Behauptung schon einmal vorgebracht hat und sie deshalb nicht neu ist.
In der Replik führt die Beschwerdeführerin aus, sie habe anlässlich der Appellationsverhandlung die Ausführungen des Beschwerdegegners generell bestritten, auch wenn im Detail nicht auf jenen Passus in der Appellationsantwort eingegangen worden sei. Ob anlässlich der Appellationsverhandlung eine entsprechende, rechtsgenügliche Bestreitung erfolgte, lässt sich anhand der Akten nicht verifizieren. Vor allem brachte die Beschwerdeführerin diese Behauptung in der Beschwerde nicht vor, obwohl die Vorinstanz schon auf Seite 11 des angefochtenen Urteils und nicht erst in ihrer Vernehmlassung ausgeführt hat, die Beschwerdeführerin habe jene Schlussfolgerung, dass sich die späteren Erschliessungskosten für die Erstellung der Strassen und der Kanalisationsleitungen auf Fr. 12.76 pro Quadratmeter belaufen hatten, nicht bestritten.
4.2 Der erste Rügenkomplex erweist sich demnach als unbegründet, soweit mit Blick auf die teilweise mangelhafte Motivierung überhaupt darauf eingetreten werden kann.
5. In einem zweiten Rügenkomplex wendet sich die Beschwerdeführerin dagegen, dass die Vorinstanz auf das Gerichtsgutachten abgestellt und von der beantragten Anordnung eines weiteren Gutachtens abgesehen hat. Sie habe dadurch § 183 ZPO/LU "nicht richtig angewendet".
5.1 § 183 ZPO/LU lautet wie folgt:
"1 Der Sachverständige erstattet ein schriftliches Gutachten, soweit nicht der Richter eine mündliche Aussage für genügend hält.
2 Der Richter gibt den Parteien Gelegenheit, zum Gutachten Stellung zu nehmen und Anträge nach Absatz 3 zu stellen.
3 Der Richter kann von Amtes wegen oder auf Antrag einer Partei
a. dem Sachverständigen ergänzende Fragen unterbreiten,
b. einen neuen Sachverständigen beiziehen, wenn ernsthafte Zweifel an der Schlüssigkeit oder Vollständigkeit des Gutachtens angebracht sind."
5.2 Das Bundesgericht kann die Verletzung kantonalen Prozessrechts nicht frei prüfen, sondern nur insofern, als darin ein Verstoss gegen Bundesrecht, namentlich das Willkürverbot zu erblicken ist (vgl. Art. 95 BGG). Mit der Rüge, die Vorinstanz habe § 183 ZPO/LU "nicht richtig angewendet", ist die Beschwerdeführerin daher nicht zu hören. Sie hat vielmehr Willkür aufzuzeigen. Ihre Kritik betreffend Gerichtsgutachten vermag jedoch grösstenteils den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge nicht zu genügen und hat daher insoweit unbeachtet zu bleiben. Dies gilt namentlich für die unter Ziffer 17.1 der Beschwerde angeführten "Hinweise", die sich im Wesentlichen in einer eigenen Sachverhaltsdarstellung erschöpfen.
Die Beschwerdeführerin kann auch mit ihren Einwendungen betreffend das von der Vorinstanz als "unzulässige Zeugenbescheinigung" zurückgewiesene Schreiben der Bank I._ vom 25. Juni 2008 nicht gehört werden, das die fachliche Qualifikation von H._ von der Bank I._, der für die Beschwerdeführerin ein weiteres Privatgutachten erstellt hatte, bescheinigen sollte. Die Beschwerdeführerin führt diesbezüglich nur aus, die Einstufung als unzulässige Zeugenbescheinigung verstosse gegen wichtige Beweisregeln, was willkürlich sei. Da sie nicht darlegt, inwiefern dies willkürlich sei, vermag sie den Begründungsanforderungen nicht zu genügen.
5.3 Die Beschwerdeführerin ist weiter der Meinung, das Gerichtsgutachten sei mit offensichtlichen Mängeln behaftet. Es zeigten sich klare Widersprüche zur tatsächlichen Situation, was zu einem unhaltbaren Ergebnis führe. So würden sich die beigezogenen "Vergleichsgrundstücke" hinsichtlich der Grösse wesentlich unterscheiden und lägen in sehr unterschiedlichen Bauzonen. Die Vorinstanz habe übersehen, dass die angeführten Vergleichsparzellen keine effektiven Vergleichsgrundstücke seien.
Die Vorinstanz entgegnete zu diesem Einwand, die Beschwerdeführerin mache keine Ausführungen, inwiefern die Parzellengrösse den Quadratmeterpreis verändere. Die blosse Auflistung der Flächen der Vergleichsgrundstücke sei deshalb noch kein Grund, an der Schlüssigkeit des Gerichtsgutachtens zu zweifeln. Es kann der Vorinstanz keine Willkür angelastet werden, wenn sie erwog, die Beschwerdeführerin hätte sich nicht mit der blossen Auflistung der Parzellengrössen begnügen dürfen, sondern aufzeigen müssen, dass und inwieweit die unterschiedliche Grösse sich wertsteigernd oder wertmindernd auswirken würde. Den Unterschieden betreffend Zoneneinteilung trug der Gerichtsexperte mit Korrekturfaktoren Rechnung. Die Vorinstanz hielt dafür, weder die Beschwerdeführerin noch der Experte H._ würden substantiiert vortragen oder beweisen, dass andere Korrekturfaktoren hätten berücksichtigt werden müssen. Inwiefern diese Erwägung der Vorinstanz willkürlich sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich auf.
5.4 Die Beschwerdeführerin beanstandet weiter, dass es den "Vergleichsgrundstücken" auch in zeitlicher Hinsicht an Kongruenz fehle, da sie alle "Nutzen- und Schadenangangsdaten" aufwiesen, die mehr als ein Jahr vor bzw. nach dem August 1992 lägen. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass sie diese Beanstandung schon vor der Vorinstanz vorgebracht hat, und es fehlen denn auch diesbezügliche tatsächliche Feststellungen im angefochtenen Urteil. Eine Überprüfung dieses Einwands ist daher nicht möglich.
5.5 Schliesslich kritisiert die Beschwerdeführerin, dass der Gerichtsexperte im Gegensatz zum Privatexperten H._ keine Wirtschaftlichkeitsprüfung vorgenommen habe. Wenn der Experte den Aspekt der Wirtschaftlichkeit ausblende, entspreche dies nicht den heute massgebenden wissenschaftlichen oder fachtechnischen Anforderungen. Sie äussert damit lediglich ihre eigene Meinung, ohne aber auf die Erwägungen der Vorinstanz einzugehen und Willkür aufzuzeigen. Die Vorinstanz erwog, der Gerichtsgutachter sei beauftragt worden, den Verkehrswert des besagten Grundstücks zu schätzen und nicht dessen Wirtschaftlichkeit zu prüfen. Der Privatgutachter H._ habe die vom Gerichtsexperten angewandte Richtwertmethode in ihrer Ganzheit fundiert und nachvollziehbar befolgt erachtet. Dass der Gerichtsexperte sein Resultat nicht mit einer Wirtschaftlichkeitsprüfung kontrolliert habe, sage über dessen Richtigkeit noch nichts aus. Auf dem zu schätzenden Grundstück seien Eigentumswohnungen gebaut worden. Die Berechnungen des Privatexperten H._ basierten aber auf einem Mietobjekt, wobei er einräume, dass bei Eigentumswohnungen Wertanpassungen zu prüfen seien. Wie gross die entsprechenden Korrekturen wären, ergebe sich nicht aus den Akten. Deshalb sah sich die Vorinstanz durch das von H._ erstellte Gutachten nicht zu Zweifeln am Gerichtsgutachten veranlasst. Es ist kein Grund dargetan, weshalb dies als willkürlich zu beanstanden wäre.
5.6 Zusammenfassend gelingt es der Beschwerdeführerin nicht, eine willkürliche Anwendung von § 183 ZPO/LU oder eine willkürliche Beweiswürdigung darzulegen. Ihre Rügen erweisen sich als unbegründet, soweit sie überhaupt zulässig und rechtsgenüglich motiviert sind.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, I. Kammer als Appellationsinstanz, schriftlich mitgeteilt; dem Beschwerdegegner und dem Obergericht mit Kopie der Replik der Beschwerdeführerin vom 4. November 2008.
Lausanne, 11. November 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Sommer