Sachverhalt:
A. S._ (geboren 1950) ist seit 1974 mit P._ (geboren 8. Februar 1945) verheiratet. Nach der im Jahr 2000 erfolgten Trennung leitete sie am 7. Dezember 2005 die Scheidungsklage ein und beantragte unter anderem die hälftige Teilung des Pensionskassenguthabens ihres Ehemannes. Dieser hatte bis Ende Januar 2002 bei der Firma J._ AG gearbeitet. Seine Austrittsleistung liess er auf ein Freizügigkeitskonto der Freizügigkeitsstiftung der UBS AG in Basel überweisen.
Am 22. März 2005 ersuchte P._ die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG, sein Freizügigkeitskonto zu saldieren und ihm sein Guthaben auszubezahlen. Daraufhin gelangte die Rechtsvertreterin seiner Ehefrau mit Schreiben vom 12. April 2005 an die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG mit dem Begehren, dem Auszahlungsgesuch nicht zu entsprechen, da die Ehefrau damit nicht einverstanden sei und ihr Ehemann das Pensionsalter noch nicht erreicht habe. Die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG stellte sich in der Antwort vom 14. April 2005 auf den Standpunkt, der Ehemann beantrage die Auszahlung des Altersguthabens; da keine Barauszahlung einer Austrittsleistung vorliege, entfalle auch das Zustimmungserfordernis der Ehegattin. Im Antwortschreiben vom 18. April 2005 hielt die Rechtsvertreterin der Ehegattin daran fest, dass der Ehemann noch nicht pensioniert sei und deshalb das Freizügigkeitskonto im heutigen Zeitpunkt nicht aufgelöst werden könne. Am 19. April 2005 erwirkte sie eine superprovisorische Verfügung des Bezirksgerichts Liestal, worin die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG angewiesen wurde, dem Ehemann das Altersguthaben auf dem Freizügigkeitskonto nicht auszubezahlen, bzw. das entsprechende Konto mit einer Sperre zu belegen. Gleichentags teilte die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG dem Bezirksgericht Liestal mit, dass das Freizügigkeitskonto per 5. April 2005 wegen Erreichen des Terminalters aufgehoben und das Guthaben von Fr. 434'077.10 (davon Fr. 137'143.90 BVG-Leistungen) dem Ehemann auf ein ungebundenes Konto überwiesen worden sei.
B. Am 17. Februar 2006 liess S._ gegen die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG Klage beim Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt einreichen mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass die Barauszahlung des Pensionskassenguthabens an ihren Ehemann zu Unrecht erfolgt sei. Mit Entscheid vom 11. Januar 2007 wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt die Klage ab unter Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass die Auszahlung der Altersleistung an ihren Ehemann ohne ihre schriftliche Zustimmung Bundesrecht verletze. Ferner sei ihr die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung zu gewähren.
Die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG lässt Abweisung der Beschwerde beantragen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliesst sich den Argumenten der Vorinstanz an.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. 2.1 Nach Art. 37 Abs. 2 BVG (in der Fassung gemäss Ziff. I des Bundesgesetzes vom 3. Oktober 2003 [1. BVG-Revision], in Kraft seit 1. Januar 2005) kann der Versicherte verlangen, dass ihm ein Viertel seines Altersguthabens, das für die Berechnung der tatsächlich bezogenen Altersleistungen (Art. 13 BVG) massgebend ist, als einmalige Kapitalabfindung ausgerichtet wird. Die Vorsorgeeinrichtung kann in ihrem Reglement vorsehen, dass die Anspruchsberechtigten eine Kapitalabfindung an Stelle einer Alters-, Hinterlassenen- oder Invalidenrente wählen können (Abs. 4 lit. a). Ist der Versicherte verheiratet oder lebt er in eingetragener Partnerschaft, so ist die Auszahlung der Kapitalabfindung nach den Absätzen 2 und 4 nur zulässig, wenn der Ehegatte, die eingetragene Partnerin oder der eingetragene Partner schriftlich zustimmt. Kann er die Zustimmung nicht einholen oder wird sie ihm verweigert, so kann er das Gericht anrufen (Art. 37 Abs. 5 BVG).
2.2 Nach Art. 16 Abs. 1 der Verordnung über die Freizügigkeit in der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (FZV; SR 831.425) mit der Marginalie "Auszahlung der Altersleistungen" dürfen Altersleistungen von Freizügigkeitspolicen und Freizügigkeitskonten frühestens fünf Jahre vor und spätestens fünf Jahre nach Erreichen des Rentenalters nach Art. 13 Abs. 1 BVG ausbezahlt werden.
3. 3.1 Der Ehemann der Beschwerdeführerin war bis Ende Januar 2002 als Unselbstständigerwerbender angestellt und im Rahmen der beruflichen Vorsorge versichert. Anschliessend war er arbeitslos. Am 8. Februar 2005 hat er sein 60. Altersjahr zurückgelegt und ab diesem Zeitpunkt die für eine Auszahlung des Altersguthabens erforderliche Alterslimite erreicht. Am 5. April 2005 überwies ihm die Beschwerdegegnerin das Altersguthaben. Wie das kantonale Gericht zutreffend festgehalten hat, handelt es sich dabei um eine Auszahlung von Altersleistungen im Sinne von Art. 16 Abs. 1 FZV und Ziff. 8 des Reglements, nicht jedoch um eine Barauszahlung gemäss Art. 5 Abs. 1 FZG. Die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer des Bundesgerichts hat im Urteil vom 21. April 2005 (7B.22/2005) entschieden, Art. 16 FZV betreffe die Auszahlung der Altersleistungen und setze - anders als Art. 5 FZG (in Verbindung mit Art. 14 FZV) für die dort geregelten Barauszahlungen - nach dem Wortlaut keine Zustimmung des Ehegatten voraus. Im Weiteren liege nach der Lehre keine gesetzliche Lücke vor, wenn die Zustimmung des Ehegatten gemäss Art. 5 Abs. 2 FZG nur für die Barauszahlungsbegehren nach Art. 5 Abs. 1 FZG, nicht aber für die Auszahlung von Altersleistungen in Form von Kapital anstelle einer Rente nötig sei (Hinweis auf Suzette Sandoz, Prévoyance professionnelle et consentement du conjoint à propos de l'ATF 125 V 165, in SJ 2000 II S. 456, 462 und 464). Das Bundesgericht hat im erwähnten Entscheid vom 21. April 2005 die Frage offengelassen, wie sich die Rechtslage aufgrund des mit der 1. BVG-Revision neu geschaffenen Art. 37 Abs. 5 BVG verhält.
3.2 Das kantonale Gericht hat das Erfordernis der Zustimmung des Ehegatten für die Auszahlung von Altersleistungen nach Art. 16 FZV verneint. Art. 16 FZV sehe als einzige Voraussetzung der Auszahlung das Erreichen der Mindestaltersgrenze vor. Art. 5 Abs. 2 FZG sei nicht anwendbar, weil er sich dem Wortlaut nach nur auf Barauszahlungen von Freizügigkeitsleistungen, nicht aber auf Altersleistungen beziehe. Eine direkte Anwendbarkeit von Art. 37 Abs. 5 BVG komme nicht in Betracht, da es sich nicht um einen Vorsorgefall, sondern um Leistungen im Sinne des FZG handle. Eine vom Gericht zu schliessende Gesetzeslücke liege nicht vor.
Nach Auffassung der Beschwerdeführerin ist die Zustimmung des Ehegatten im Rahmen von Art. 16 FZV analog zu Art. 37 Abs. 5 BVG unverzichtbar. Mit der Einführung dieser Bestimmung im BVG anlässlich der ersten Gesetzesrevision vom 3. Oktober 2003 sei ein unumstösslicher Grundsatz in der beruflichen Vorsorge geschaffen worden, wonach die schriftliche Zustimmung des Ehegatten für alle Kapitalauszahlungen von Vorsorgeleistungen erforderlich sei. Da Art. 16 FZV bei der Gesetzesrevision unverändert geblieben sei, liege eine vom Gericht zu schliessende Gesetzeslücke vor, zumal die Verordnungsbestimmung dem Gesetz nicht widersprechen dürfe. Schliesslich habe die Vorinstanz willkürlich entschieden, weil es den für alle Kapitalauszahlungen geltenden allgemeinen Grundsatz der beruflichen Vorsorge missachtet habe.
4. 4.1 Eine Lücke im Gesetz besteht, wenn sich eine Regelung als unvollständig erweist, weil sie jede Antwort auf die sich stellende Rechtsfrage schuldig bleibt oder eine Antwort gibt, die aber als sachlich unhaltbar angesehen werden muss. Hat der Gesetzgeber eine Rechtsfrage nicht übersehen, sondern stillschweigend - im negativen Sinn - mitentschieden (qualifiziertes Schweigen), bleibt kein Raum für richterliche Lückenfüllung (<ref-ruling> E. 5.1 S. 478; <ref-ruling> E. 2.3 S. 233; vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 567 f.).
4.2 Dem am 1. Januar 1985 in Kraft getretenen Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG) war das Erfordernis der schriftlichen Zustimmung des Ehegatten zunächst fremd. Weder bei reglementarisch vorgesehener Möglichkeit der Kapitalabfindung anstelle einer Alters- oder Invalidenrente (Art. 37 Abs. 3 BVG), bei Kapitalbezug zum Erwerb von Wohneigentum oder zur Amortisation von Hypothekardarlehen (Art. 37 Abs. 4 BVG) noch bei Barauszahlung der Freizügigkeitsleistung (Art. 30 BVG) war die Zustimmung des Ehegatten erforderlich. Mit Wirkung ab 1. Januar 1995 wurde im Zusammenhang mit dem Vorbezug und der Verpfändung für Wohneigentum (Art. 30c Abs. 5 BVG; <ref-law>) und für die Barauszahlung der Austrittsleistung bei verheirateten Anspruchsberechtigten die schriftliche Zustimmung des Ehegatten (Art. 5 Abs. 2 FZG) erstmals im Rahmen der beruflichen Vorsorge im Gesetz verankert. Dieses Zustimmungserfordernis wurde der Bürgschaft (<ref-law>), dem Abzahlungsvertrag (Art. 226b Abs. 1 und 3 OR) und dem Mietrecht (<ref-law>) nachgebildet (Botschaft des Bundesrates zu einem Bundesgesetz über die Freizügigkeit in der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 26. Februar 1992, BBl 1992 III 576; <ref-ruling> E. 2.2 S. 107; vgl. nunmehr auch <ref-law>). Anlässlich der 1. BVG-Revision vom 3. Oktober 2003 wurde das schriftliche Zustimmungserfordernis auch für die teilweise oder volle Kapitalabfindung anstelle einer Alters- oder Invalidenrente eingeführt (vgl. bundesrätliche Botschaft vom 1. März 2000, BBl 2000 S. 2694), allerdings unter Ausklammerung der Kapitalabfindung gemäss Art. 37 Abs. 3 BVG. Hingegen unterblieb eine Aufnahme des Art. 37 Abs. 5 BVG in den Katalog von Art. 49 Abs. 2 BVG und von <ref-law> für den Bereich der weitergehenden Vorsorge. Im Bereich anerkannter Vorsorgeformen im Sinne von Art. 82 BVG ist eine schriftliche Zustimmung des Ehegatten oder bei eingetragener Partnerschaft gemäss Art. 3 BVV3 (SR 831.461.3) lediglich in den Fällen nach den Absätzen 2 lit. c und d sowie 3 erforderlich, nicht hingegen bei Ausrichtung der Altersleistungen nach Abs. 1 (dazu auch die Mitteilungen des BSV über die Berufliche Vorsorge Nr. 95 vom 22. November 2006 Rz. 562).
4.3 Die aufgeführte schrittweise Einführung des schriftlichen Zustimmungserfordernisses durch den Gesetz- und Verordnungsgeber zeigt deutlich, dass es sich nicht um eine vom Gericht zu füllende Lücke im Gesetz handelt. Der Gesetzgeber hat anlässlich der 1. BVG-Revision vom 3. Oktober 2003 kein allgemeines Erfordernis der schriftlichen Zustimmung eingeführt. Er unterstellte nicht nur im Bereich der obligatorischen beruflichen Vorsorge nicht sämtliche Kapitalabfindungen dem Zustimmungserfordernis, sondern er sah davon namentlich in Bezug auf die Alters- und Invalidenleistungen für den Bereich der weitergehenden Vorsorge (vgl. Art. 49 Abs. 2 BVG und <ref-law>) und des FZG ab (vgl. Art. 5 Abs. 2 FZG, Art. 16 FZV). Art. 37 Abs. 5 BVG selbst macht im Bereich der obligatorischen Vorsorge für die Kapitalabfindungen nach Art. 37 Abs. 3 BVG eine Ausnahme vom Zustimmungserfordernis im Unterschied zu Art. 5 Abs. 2 FZG, der auch für geringfügige Austrittsleistungen (Art. 5 Abs. 1 lit. c FZG) die Zustimmung des Ehegatten verlangt (vgl. hiezu auch Alain Siegfried/Suat Sert, Das Erfordernis der Zustimmung zur Auszahlung von Vorsorgeleistungen aus der beruflichen Vorsorge und der Säule 3a, HAVE 1/2008 S. 11 f.). Im Bereich der weitergehenden Vorsorge gilt der Grundsatz der Autonomie der Einrichtungen der beruflichen Vorsorge (Art. 49 Abs. 1 BVG und <ref-law>). Während zunächst im Leistungsbereich keine Vorschriften des BVG für die weitergehende Vorsorge Gültigkeit hatten, sind seit der 1. BVG-Revision vom 3. Oktober 2003 die Mindestbestimmungen über die Begünstigten bei Hinterlassenenleistungen (Art. 20a), die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Leistungen (Art. 35a), die Anpassung an die Preisentwicklung (Art. 36 Abs. 2 - 4) und über die Verjährung von Ansprüchen und die Aufbewahrung von Vorsorgeunterlagen (Art. 41) von den Einrichtungen der beruflichen Vorsorge zu beachten (Art. 49 Abs. 2 BVG und <ref-law>). Das schriftliche Zustimmungserfordernis nach Art. 37 Abs. 5 BVG wurde in den Katalog nicht aufgenommen. Dabei handelt es sich nicht um ein gesetzgeberisches Versehen. Dies macht schon Art. 37 Abs. 5 BVG deutlich, der die Kapitalauszahlung bei Geringfügigkeit der Rentenleistung nach Art. 37 Abs. 3 BVG nicht dem Zustimmungserfordernis unterstellt. In den Materialien finden sich auch keine Anhaltspunkte, dass der Gesetzgeber das Zustimmungserfordernis übersehen hat, sondern er hat es durch qualifiziertes Schweigen nicht auf sämtliche möglichen Tatbestände der Kapitalauszahlungen ausgedehnt. Er hat auch im Zuge der 1. BVG-Revision das für die Freizügigkeitskonti massgebende FZG, namentlich Art. 5 FZG nicht geändert noch in Art. 37 BVG den Geltungsbereich analog zu Art. 30a BVG auf die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge im Sinne von Art. 1 FZG erstreckt. So verzichtet beispielsweise das vom Bundesrat am 27. Oktober 2004 genehmigte, auf den 1. Januar 2005 in Kraft getretene Reglement der Stiftung Auffangeinrichtung BVG über die Führung der Freizügigkeitskonten vom 17. August 2004 in Art. 4 Abs. 6 für die Auszahlung der Altersleistungen ebenfalls auf die Zustimmungsbedingung. Im Schrifttum wird denn auch die Auffassung vertreten, die schriftliche Zustimmung für die Auszahlung der Altersleistungen sei nur für den Bereich des Obligatoriums gesetzlich vorgesehen, im Bereich der weitergehenden Vorsorge bedürfe es einer reglementarischen Grundlage (Hans Michael Riemer/Gabriela Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl. 2006 Rz. 12 zu § 7; Siegfried/Sert, a.a.O., S. 12).
4.4 Da der Gesetz- und Verordnungsgeber - wie dargelegt (E. 4.3) - anlässlich der 1. BVG-Revision namentlich im Bereich des FZG und der FZV keine Änderungen vorgenommen hat, fehlt es an einer rechtlichen Grundlage für eine Zustimmungsbedingung. Beim Freizügigkeitskonto des Ehemannes der Beschwerdeführerin handelt es sich nicht um Leistungen, die unter das BVG fallen, da er mit dem Verlust der Arbeitsstelle per Ende Januar 2002 aus der obligatorischen beruflichen Vorsorge nach BVG ausgeschieden ist. Ziff. 8 des Reglements der Beschwerdegegnerin enthält das Zustimmungserfordernis ebenfalls nicht. Kommt hinzu, dass der Ehemann der Beschwerdeführerin nach dem Reglement der Beschwerdegegnerin seine Altersleistungen - wie dies bei Freizügigkeitskonti normiert ist (Art. 16 Abs. 1 FZV) - lediglich in Kapitalform beziehen kann und damit hinsichtlich der Form der Leistungen gar kein Wahlrecht hatte. Sein Wahlrecht bezog sich lediglich auf den Zeitpunkt der Beanspruchung der Altersleistungen. Zwar mag die gesetzliche Regelung als unbefriedigend empfunden werden. Die Ausdehnung des Zustimmungserfordernisses auf sämtliche Fälle der in Kapitalform ausgerichteten Leistungen der beruflichen Vorsorge ist indessen nur de lege ferenda möglich (vgl. auch Siegfried/Sert, a.a.O., S. 18). Die Auszahlung der Altersleistung durch die Beschwerdegegnerin ist demzufolge weder gesetzes- noch verordnungswidrig. Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz ist bundesrechtskonform.
5. Die Beschwerdeführerin hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Diese sind indessen, weil die Beschwerdeführerin die Voraussetzungen für die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege (im Sinne unentgeltlicher Prozessführung und Verbeiständung) erfüllt (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372, je mit Hinweisen), einstweilen auf die Gerichtskasse zu nehmen. Es wird jedoch ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.
Die obsiegende Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Advokatin Dr. Helena Hess, Muttenz, wird als unentgeltliche Rechtsbeiständin der Beschwerdeführerin bestellt und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Mai 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer