Fatti:
A. A.a In data 28 ottobre 2006 P._, beneficiario di indennità giornaliere dell'assicurazione disoccupazione al 100% dal 19 aprile 2005 per fr. 198.30 (tenuto conto di un guadagno assicurato di fr. 5'379.-), e pertanto assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), si è procurato un trauma contusivo cervicale, lombare e al ginocchio sinistro. L'assicuratore infortuni ha assunto il caso e versato indennità giornaliere di fr. 113.75 dal 31 ottobre 2006 al 9 ottobre 2008 per un totale di fr. 80'562.50, in virtù di un'inabilità lavorativa al 100%.
A.b Con effetto retroattivo al 1° settembre 2004, P._ è stato posto al beneficio di una mezza rendita di invalidità da parte dell'assicurazione invalidità (AI; grado di invalidità del 55%).
A.c Con decisione del 28 ottobre 2010, passata nel frattempo in giudicato, la Cassa disoccupazione X._ ha statuito che, in seguito alla concessione della rendita di invalidità, P._ doveva restituire indennità di disoccupazione per fr. 36'621.40; l'indennità giornaliera lorda, tenuto conto di una capacità lavorativa del 45%, essendo pari a soli fr. 89.25. L'importo chiesto in restituzione è stato compensato con prestazioni dell'AI (fr. 13'638.75) e della previdenza professionale (fr. 22'892.65).
A.d Preso atto della decisione della Cassa disoccupazione X._, l'INSAI, con decisione del 26 novembre 2010, ha rettificato l'ammontare dell'indennità giornaliera erogata in seguito all'infortunio del 28 ottobre 2006, riducendola a fr. 58.60 per sette giorni settimanali, e comunicato che l'importo chiesto in restituzione, di fr. 39'073.50, sarebbe stato compensato con gli arretrati dell'AI, riservandodosi di comunicare in seguito un eventuale scoperto. L'importo di fr. 11'528.50 è stato reso noto durante il colloquio del 29 dicembre 2010.
In seguito all'opposizione, cui P._, rappresentato dal sindacato Y._, ha allegato formale domanda di condono, l'INSAI con decisione su opposizione del 19 luglio 2011 ha confermato il suo precedente provvedimento, adducendo l'innegabilità dell'esistenza di nuovi elementi ai sensi dell'art. 53 cpv. 1 LPGA e l'inapplicabilità dell'art. 69 LPGA.
B. Contro il provvedimento amministrativo P._, rappresentato dall'avv. Patrick Untersee, ha interposto ricorso al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendone l'annullamento. In concreto, non vi sarebbe stato infatti alcun sovrindennizzo, né sarebbero dati i presupposti per procedere ad una restituzione. Le condizioni per ammettere il condono sarebbero invece adempiute.
Con giudizio del 25 novembre 2011, il Presidente del Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto il gravame e trasmesso gli atti all'INSAI per competenza in relazione alla domanda di condono.
C. P._, sempre rappresentato dall'avv. Untersee, presenta ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendone, in via principale, l'accoglimento con conseguente annullamento della pronuncia impugnata del 25 novembre 2011 e della decisione su opposizione dell'INSAI, il quale dev'essere condannato a rifondergli quanto già compensato con gli arretrati AI, oltre a interessi del 5% dall'avvenuta compensazione. In via subordinata, egli chiede il rinvio degli atti alle autorità inferiori, affinché procedano, ai sensi dei considerandi, con un nuovo calcolo dell'eventuale sovrindennizzo.
Chiamati a pronunciarsi sul ricorso, l'INSAI ha proposto di respingerlo, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica non si è espresso.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è la conformità alla legge della restituzione, ordinata dall'INSAI, di parte delle indennità giornaliere erogate dall'assicuratore infortuni dal 31 ottobre 2006 al 9 ottobre 2008 al ricorrente, beneficiario di prestazioni dell'assicurazione disoccupazione al momento dell'infortunio, segnatamente di fr. 39'073.50 (di cui fr. 27'545.- già posti in compensazione con le rendite erogate dall'AI e dalla previdenza professionale).
Nella misura in cui l'assicurato chiede la condanna dell'INSAI alla restituzione dell'importo già posto in compensazione, il ricorso non è ricevibile, in quanto la richiesta non è oggetto delle decisioni impugnate (sentenza C 140/05 del 1° febbraio 2006 consid. 1).
2. Per gli art. 95 e 96 LTF, il ricorso può essere presentato per violazione del diritto. Secondo l'art. 97 cpv. 2 LTF, inoltre, se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto per quanto riguarda la restituzione di prestazioni versate a torto (<ref-ruling>; non tuttavia in caso di condono: <ref-ruling>) - può essere censurato anche qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti. In tale ipotesi l'art. 105 cpv. 3 LTF prevede infatti che il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.
Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso non è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte ricorrente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella ritenuta nel giudizio impugnato. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254; sentenza 1B_222/2007 del 29 novembre 2007 consid. 1.3).
3. 3.1 Con il giudizio impugnato, il Presidente del Tribunale cantonale delle assicurazioni ha confermato la decisione su opposizione dell'INSAI, tendente alla restituzione, in seguito alla loro riduzione giusta l'art. 5 dell'ordinanza del 24 gennaio 1996 sull'assicurazione contro gli infortuni dei disoccupati (RS 837.171, in seguito OAID), di indennità giornaliere dell'assicurazione infortuni, poiché si sarebbe realizzata una chiara situazione di sovrindennizzo, in seguito all'erogazione di prestazioni dell'assicurazione disoccupazione, dell'assicurazione invalidità e dell'assicurazione infortuni, che avrebbero posto il ricorrente in una situazione migliore rispetto a quella esistente prima dell'infortunio.
3.2 P._ pretende per contro l'applicazione delle disposizioni sul coordinamento tra le assicurazioni sociali e sul sovrindennizzo (art. 63 segg. LPGA). A suo parere infatti, l'OAID non contemplerebbe disposizioni in tal senso, limitandosi l'art. 5 OAID a semplificare la definizione delle indennità giornaliere LAINF.
In particolare, secondo il ricorrente, l'art. 95 cpv. 1bis LADI andrebbe applicato anche alle indennità giornaliere LAINF, in quanto indennità sostitutive, e quindi la restituzione/compensazione sarebbe limitata alla somma delle prestazioni AI e della previdenza professionale erogate nello stesso periodo (congruenza temporale). In caso contrario, vi sarebbe disparità di trattamento tra disoccupati beneficiari di indennità di disoccupazione e quelli posti al beneficio di indennità per infortunio. Il calcolo globale dell'indennizzo non andrebbe pertanto applicato. L'insorgente sostiene inoltre che per ridurre le prestazioni per sovrassicurazione dovrebbe esserci congruenza circa l'evento assicurato; tale evenienza non si sarebbe tuttavia realizzata in concreto, non avendo l'infortunio condotto all'assegnazione di una rendita LAINF.
In conclusione, quindi, per l'interessato non esisterebbe alcun obbligo di restituire le prestazioni LAINF; in ogni caso non vi sarebbe alcun sovrindennizzo, in quanto i conteggi sarebbero errati e, infine, anche se si ammettesse l'obbligo di restituzione, l'importo si limiterebbe al sovrindennizzo, calcolato in relazione a quanto percepito a titolo di rendita dal 31 ottobre 2006 al 9 ottobre 2008.
4. 4.1 Secondo l'art. 15 LADI, il disoccupato è idoneo al collocamento se è disposto, capace e autorizzato ad accettare un'occupazione adeguata e a partecipare a provvedimenti di reintegrazione (cpv. 1). Gli impediti fisici o psichici sono considerati idonei al collocamento se, in condizione equilibrate del mercato del lavoro e tenuto conto della loro infermità, potrebbe essere loro assegnata un'occupazione adeguata. Il Consiglio federale disciplina il coordinamento con l'assicurazione per l'invalidità (cpv. 2).
Per l'art. 15 cpv. 3 OADI (emanato in virtù dell'art. 15 cpv. 2 LADI) un impedito fisico o psichico che, in caso di condizioni equilibrate del mercato del lavoro, non sia manifestamente inidoneo al collocamento e si sia annunciato all'assicurazione invalidità o a un'altra assicurazione secondo il capoverso 2, è considerato idoneo al collocamento sino alla decisione dell'altra assicurazione. Tale considerazione non incide affatto sulla valutazione, da parte delle altre assicurazioni, della sua capacità al lavoro o al guadagno (si confronti per quanto riguarda la coordinazione tra assicurazione disoccupazione e assicurazione invalidità: DLA 2002 n. 33 pag. 238 [C 77/01] consid. 3).
4.2 L'art. 70 cpv. 1 LPGA prevede inoltre che l'avente diritto può chiedere di riscuotere una prestazione anticipata se un evento assicurato fonda il diritto a prestazioni delle assicurazioni sociali ma sussiste un dubbio quanto al debitore delle suddette prestazioni. Sono tenute a versare prestazioni anticipate tra l'altro (cpv. 2): per le prestazioni la cui assunzione da parte dell'assicurazione contro la disoccupazione, dell'assicurazione contro le malattie, dell'assicurazione contro gli infortuni o dell'assicurazione per l'invalidità è contestata: l'assicurazione contro la disoccupazione (b).
Secondo l'art. 71 LPGA, l'assicuratore tenuto a versare prestazioni anticipate eroga le prestazioni secondo le disposizioni che disciplinano la sua attività. Se il caso è assunto da un altro assicuratore, questi deve rimborsare gli anticipi entro i limiti del suo obbligo di versare prestazioni.
4.3 Per l'art. 95 cpv. 1bis LADI, l'assicurato che ha ricevuto indennità di disoccupazione e che successivamente riceve per lo stesso periodo rendite o indennità giornaliere dell'assicurazione invalidità, della previdenza professionale, in virtù della legge del 25 settembre 1952 sulle indennità di perdita di guadagno, dell'assicurazione militare, dell'assicurazione obbligatoria contro gli infortuni, dell'assicurazione contro le malattie o assegni familiari legali è tenuto al rimborso delle indennità giornaliere versate per lo stesso periodo dall'assicurazione contro la disoccupazione. In deroga all'articolo 25 capoverso 1 LPGA, l'importo da restituire è limitato alla somma delle prestazioni versate per lo stesso periodo dalle istituzioni summenzionate.
5. Secondo l'art. 22 cpv. 1 prima frase LADI, l'indennità giornaliera intera ammonta all'80% del guadagno assicurato. Per l'art. 23 cpv. 1 LADI è considerato guadagno assicurato il salario determinante nel senso della legislazione sull'AVS, normalmente riscosso durante un periodo di calcolo nel corso di uno o più rapporti di lavoro, compresi gli assegni contrattuali periodici che non siano indennità per inconvenienti connessi al lavoro. L'importo massimo del guadagno assicurato (art. 18 LPG) corrisponde a quello dell'assicurazione obbligatoria contro gli infortuni. Il guadagno non è considerato assicurato se non raggiunge un limite minimo. Il Consiglio federale stabilisce il periodo di calcolo e il limite minimo.
L'art. 40b OADI, emanato in virtù dell'art. 23 cpv. 1 LADI, prevede che, nel caso di assicurati che subiscono, a cagione del loro stato di salute, una menomazione della loro capacità lucrativa durante la disoccupazione o immediatamente prima, è determinante il guadagno che corrisponde alla capacità lucrativa rimanente (la disposizione è stata dichiarata conforme alla legge: DLA 1991 n. 10 pag. 92; Thomas Nussbaumer, Arbeitslosenversicherung, in Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, vol. XIV, 2a ed. 2007, pag. 2290 seg. n. 374).
6. 6.1 Per l'art. 1 OAID fanno stato le prescrizioni della legge federale del 6 ottobre 2000 sulla parte generale del diritto delle assicurazioni sociali, della legge federale del 20 marzo 1981 sull'assicurazione contro gli infortuni e dell'ordinanza del 20 dicembre 1982 sull'assicurazione contro gli infortuni, qualora le disposizioni seguenti non prevedano disciplinamenti speciali.
Secondo l'art. 2 OAID, i disoccupati che adempiono i presupposti per il diritto all'indennità di disoccupazione (art. 8 LADI) o che riscuotono indennità di disoccupazione (art. 29 LADI) devono essere assicurati obbligatoriamente contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero d'assicurazione contro gli infortuni (INSAI). Sono fatti salvi gli articoli 6 a 8.
Poiché i disoccupati non svolgono attività lucrativa, si tratta di una protezione in caso di infortuni non professionali (art. 8 LAINF; Thomas Locher, Grundriss des Sozialversicherungsrechts, 3a ed. 2003, pag. 201 n. 18; FF 2001 2004 seg.).
In virtù dell'art. 22a cpv. 4 LADI, la cassa deduce dall'indennità due terzi al massimo del premio dell'assicurazione obbligatoria contro gli infortuni non professionali e li versa, con il terzo a suo carico, all'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni. Nessun premio viene prelevato per i giorni di attesa e di sospensione. Il Consiglio federale disciplina i particolari e la procedura.
6.2 Per l'art. 5 cpv. 1 OAID, dichiarato conforme alla legge dal Tribunale federale delle assicurazioni (<ref-ruling> consid. 3c pag. 463), l'indennità giornaliera dell'assicurazione contro gli infortuni corrisponde all'indennità netta dell'assicurazione contro la disoccupazione secondo gli articoli 22 e 22a LADI, calcolata per giorno civile. Secondo il capoverso 4, se l'incapacità lavorativa di un assicurato supera il 50%, l'assicurazione contro gli infortuni versa l'intera prestazione; se supera il 25% ma al massimo raggiunge il 50% versa la metà della prestazione. Se l'incapacità lavorativa è inferiore o uguale al 25%, non è versata alcuna indennità.
Dal commento alle disposizioni dell'OAID pubblicate dall'autorità competente per la sua emanazione in RAMI 1996 pag. 54 segg., emerge in particolare il senso della norma. Per determinare l'indennità giornaliera dell'assicurazione infortuni, si deve partire dal principio che essa non deve essere più elevata dell'indennità di disoccupazione versata dalla relativa assicurazione. Tale risultato si raggiunge fondandosi sull'indennità di disoccupazione, dopo deduzione dei premi versati all'assicurazione sociale. Le indennità giornaliere devono corrispondere quindi all'importo che verserebbe l'assicurazione disoccupazione se non fosse intervenuto l'infortunio.
In tal modo, l'infortunio non pone il disoccupato in una situazione migliore di quella in cui si sarebbe trovato se l'incidente non fosse avvenuto, segnatamente gli viene indennizzato il danno subito, consistente nella perdita delle indennità di disoccupazione (<ref-ruling> consid. 3c pag. 463).
7. Secondo l'art. 63 cpv. 1 LPGA, le regole di coordinamento della presente sezione si applicano alle prestazioni delle singole assicurazioni sociali.
L'art. 68 LPGA prevede che, salvo sovraindennizzo, le indennità giornaliere sono cumulabili con le rendite di altre assicurazioni sociali.
Per l'art. 69 LPGA, il concorso di prestazioni delle varie assicurazioni sociali non deve provocare un sovraindennizzo dell'avente diritto. Per il calcolo del sovraindennizzo sono considerate soltanto le prestazioni di medesima natura e destinazione fornite all'avente diritto in base all'evento dannoso (cpv. 1). Vi è sovraindennizzo se le prestazioni sociali legalmente dovute superano il guadagno di cui l'assicurato è stato presumibilmente privato in seguito all'evento assicurato, incluse le spese supplementari provocate dallo stesso evento ed eventuali diminuzioni di reddito subite da congiunti (cpv. 2). Le prestazioni pecuniarie sono ridotte dell'importo del sovraindennizzo. Sono esenti da riduzioni le rendite dell'assicurazione per la vecchiaia e per i superstiti e dell'assicurazione per l'invalidità nonché gli assegni per grandi invalidi e per menomazione dell'integrità. Per le prestazioni in capitale è tenuto conto del valore della corrispondente rendita (cpv. 3).
8. 8.1 Per l'art. 53 LPGA, le decisioni e le decisioni su opposizione formalmente passate in giudicato devono essere sottoposte a revisione se l'assicurato o l'assicuratore scoprono successivamente nuovi fatti rilevanti o nuovi mezzi di prova che non potevano essere prodotti in precedenza (cpv. 1).
Sono nuovi ai sensi di questa disposizione solo i fatti già esistenti all'epoca della procedura precedente, ma che non erano stati allegati poiché non ancora noti nonostante tutta la diligenza del caso; i fatti verificatisi dopo la fine della procedura, e comunque dopo il momento in cui, secondo le regole di procedura applicabili, potevano ancora essere addotti, non vanno invece considerati e non possono quindi fondare una domanda di revisione (<ref-ruling> consid. 2 pag. 321; <ref-ruling> consid. 5 pag. 204; <ref-ruling> consid. 2 pag. 141; <ref-ruling> consid. 1 pag. 171; Elisabeth Escher, Revision und Erläuterung, in Prozessieren vor Bundesgericht, 3a ed. 2011, pag. 361 seg. n. 8.34; René A. Rhinow/Beat Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, 1990, pag. 132 n. 43 B I c).
L'assicuratore può tornare sulle decisioni o sulle decisioni su opposizione formalmente passate in giudicato se è provato che erano manifestamente errate e se la loro rettifica ha una notevole importanza (cpv. 2).
8.2 L'art. 25 LPGA prevede che le prestazioni indebitamente riscosse devono essere restituite. La restituzione non deve essere chiesta se l'interessato era in buona fede e verrebbe a trovarsi in gravi difficoltà.
9. Preliminarmente, dagli atti dell'assicurazione infortuni risulta che il ricorrente, iscritto all'assicurazione disoccupazione e al beneficio di indennità intere per il termine quadro decorrente dal 19 aprile 2005, è stato dichiarato inabile al lavoro al 100% dall'INSAI fino al 10 ottobre 2008 in seguito all'infortunio subito il 28 ottobre 2006. L'assicuratore infortuni, conformemente a quanto previsto all'art. 5 cpv. 1 e 4 OAID, ha versato indennità giornaliere intere (<ref-ruling> consid. 3c pag. 463; RAMI 1996 pag. 56). In simili condizioni l'art. 53 cpv. 2 LPGA non può essere applicato in quanto originariamente la decisione dell'INSAI era senz'altro corretta.
10. In seguito all'assegnazione retroattiva al mese di settembre 2004 di una mezza rendita AI, l'assicurazione disoccupazione, conformemente alle disposizioni precedentemente citate, in particolare all'art. 95 cpv. 1bis LADI, ha adeguato (tramite revisione processuale: <ref-ruling> consid. 3.1; Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 2009, pag. 883 n. 15 ad art. 68) l'ammontare delle indennità giornaliere al grado di capacità al guadagno stabilito retroattivamente dall'Ufficio AI (UAI) e preteso la restituzione rispettivamente posto in compensazione le indennità versate in eccesso con le prestazioni dell'assicurazione invalidità e della previdenza professionale. La decisione, passata in giudicato, non è stata contestata dal ricorrente ed è corretta (si confronti FF 2001 2026; <ref-ruling> consid. 2a pag. 486 con riferimenti; SVR 2006 ALV n. 16 pag. 55 [C 256/03] consid. 3.1; Thomas Nussbaumer, op. cit., pag. 2207 n. 89).
11.
11.1 Contrariamente a quanto sostiene il ricorrente, pure conforme al diritto federale, in particolare all'art. 53 cpv. 1 LPGA e all'art. 5 OAID, così come allo scopo perseguito dall'ordinanza, risulta il successivo adeguamento, con richiesta di restituzione delle prestazioni versate a torto, dell'importo delle indennità giornaliere erogate dall'assicurazione infortuni.
In primo luogo, va rilevato che sia la decisione con cui l'UAI ha riconosciuto il diritto ad una mezza rendita di invalidità con effetto retroattivo, sia il provvedimento con cui la Cassa disoccupazione X._ ha adeguato l'ammontare delle indennità giornaliere al grado di incapacità di guadagno stabilito retroattivamente dall'AI devono essere considerati fatti nuovi rilevanti ai sensi dell'art. 53 cpv. 1 LPGA (sentenza 8C_720/2009 del 15 febbraio 2010 consid. 5.1 e 5.2, in SVR 2010 UV n. 22 pag. 90).
I fatti nuovi sono considerati in particolare determinanti se sono atti a modificare le circostanze poste alla base della decisione contestata e a indurre la pronuncia di un provvedimento diverso in funzione di un apprezzamento giuridico corretto. I nuovi mezzi di prova dal canto loro devono comprovare i fatti nuovi che giustificano la revisione oppure fatti già noti e allegati nel procedimento precedente, che tuttavia non avevano potuto venir dimostrati, a discapito del richiedente (<ref-ruling> consid. 5b pag. 358). Se i nuovi mezzi di prova sono destinati a provare dei fatti sostenuti in precedenza, il richiedente deve pure dimostrare di non essere stato in grado di invocarli in tale procedimento. Una prova deve essere considerata concludente quando bisogna ammettere che essa avrebbe condotto l'autorità a statuire in modo diverso se ne avesse avuto conoscenza nella procedura principale. È decisiva la circostanza che il mezzo di prova non serva solamente all'apprezzamento dei fatti, ma alla determinazione degli stessi.
11.2 Nel caso in rassegna, il fatto - rilevante ai fini della fissazione dell'ammontare dell'indennità giornaliera di disoccupazione, in quanto l'assicurato avrebbe avuto diritto a prestazioni in virtù di un grado di capacità lavorativa (perdita di lavoro computabile, art. 11 cpv. 1 LADI; <ref-ruling> consid. 2 pag. 126) del 45% e non del 100%, (si confronti art. 15 cpv. 3 OADI, 95 cpv. 1bis LADI, 40b OADI, 70 e 71 LPGA; DLA 2008 n. 16 pag. 245 [8C_93/2007] consid. 2.2) - che l'assicurato avrebbe percepito una mezza rendita di invalidità con effetto retroattivo sulla base di un grado di incapacità al guadagno del 55% non era noto (e non avrebbe potuto esserlo) al momento dell'erogazione delle indennità di disoccupazione e successivamente a quello dell'assegnazione di indennità per infortunio. Pure il successivo adeguamento delle indennità giornaliere da parte della Cassa disoccupazione X._ non era conosciuto dall'INSAI al momento dell'erogazione delle indennità giornaliere.
Se l'assicuratore infortuni ne fosse stato tuttavia al corrente, avrebbe dovuto calcolare l'importo delle indennità in funzione dell'art. 5 OAID e quindi in base a quanto stabilito in seguito dalla Cassa disoccupazione X._, segnatamente tenuto conto di una capacità di guadagno residua del 45%. In simili circostanze è evidente che il fatto, oltre a essere nuovo e corredato da un nuovo mezzo di prova, è altresì rilevante.
In altre parole, se la reale situazione riguardante la capacità di lavoro rispettivamente di guadagno del ricorrente fosse stata già nota al momento dell'attribuzione delle indennità giornaliere, non solo la Cassa disoccupazione X._, ma anche l'INSAI, avrebbero erogato indennità giornaliere parziali e non intere ai sensi dell'art. 5 OAID, il cui fine è proprio quello di assegnare indennità per infortunio che non superino l'importo delle indennità di disoccupazione.
I presupposti della revisione processuale sono pertanto adempiuti.
11.3 Al riguado, va pure precisato che l'indennità giornaliera persegue lo scopo di compensare la perdita di salario provocata dall'incapacità di lavoro, concetto identico in tutti gli ambiti delle assicurazioni sociali. Assicurati limitati nell'esercizio della propria capacità lavorativa da un punto di vista medico-teorico, che non subiscono una perdita di guadagno, non hanno diritto ad indennità (è ad esempio il caso nell'ipotesi di assicurati pensionati anticipatamente che non hanno diritto a indennità, poiché non vi è perdita di guadagno; si veda <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 37; Jean-Maurice Frésard/Margit Moser-Szeless, L'assurance-accidents obligatoire, in SBVR, Soziale Sicherheit, vol. XIV, 2a ed. 2007, pag. 894 seg. n. 151).
Nel caso qui in rassegna, se è vero che l'insorgente era inabile al lavoro al 100% per infortunio, è pure vero che tale inabilità può riferirsi soltanto all'abilità lavorativa residua del 45%; solo in tale misura la perdita di lavoro poteva infatti provocare una perdita di guadagno. Per il restante 55% l'incapacità al lavoro era preesistente e, seppur retroattivamente, compensata dalla rendita di invalidità.
12.
12.1 Pure infondata è la censura secondo cui alle indennità giornaliere LAINF andrebbe applicato l'art. 95 cpv. 1bis LADI.
La legge è da interpretare in primo luogo procedendo dalla sua lettera (interpretazione letterale). Tuttavia, se il testo non è perfettamente chiaro, se più interpretazioni del medesimo sono possibili, dev'essere ricercata la vera portata della norma, prendendo in considerazione tutti gli elementi d'interpretazione, in particolare lo scopo della disposizione, il suo spirito, nonché i valori su cui essa prende fondamento (interpretazione teleologica). Pure di rilievo è il senso che essa assume nel suo contesto (interpretazione sistematica; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 81; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 157, 252 consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 5.1 pag. 193; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 252). I lavori preparatori, segnatamente laddove una disposizione non è chiara oppure si presta a diverse interpretazioni, costituiscono un mezzo valido per determinarne il senso ed evitare così di incorrere in interpretazioni erronee (interpretazione storica). Soprattutto nel caso di disposizioni recenti, la volontà storica dell'autore della norma non può essere ignorata se ha trovato espressione nel testo oggetto d'interpretazione (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 174 con riferimenti). Occorre prendere la decisione materialmente corretta nel contesto normativo, orientandosi verso un risultato soddisfacente sotto il profilo della ratio legis. Il Tribunale federale non privilegia un criterio d'interpretazione in particolare; per accedere al senso di una norma preferisce, pragmaticamente, ispirarsi a un pluralismo interpretativo (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 486). Se sono possibili più interpretazioni, dà la preferenza a quella che meglio si concilia con la Costituzione. In effetti, a meno che il contrario non risulti chiaramente dal testo o dal senso della disposizione, il Tribunale federale, pur non potendo esaminare la costituzionalità delle leggi federali (art. 190 Cost.), parte dall'idea che il legislatore federale non propone soluzioni contrarie alla Costituzione (<ref-ruling> consid. 3.5 pag. 567, 716 consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 71).
12.2 In concreto, il testo di legge in esame è chiaro. L'art. 95 cpv. 1bis LADI menziona infatti unicamente l'assicurato che ha ricevuto indennità di disoccupazione. Le indennità erogate in caso di infortunio non vengono per contro indicate (si confronti anche Thomas Nussbaumer, op. cit., pag. 2208 n. 91, secondo cui la norma rappresenta una peculiarità in ambito LADI, se confrontata con il tenore dell'art. 25 LPGA).
Inoltre, se è vero che le indennità giornaliere LAINF sostituiscono interamente o parzialmente le indennità di disoccupazione in caso di infortunio non professionale, non si può affermare che la natura delle indennità, la causa rispettivamente lo scopo perseguito siano gli stessi e che in quanto erogate in caso di disoccupazione le indennità per infortuni si trasformino.
Se è vero altresì che in un caso concreto la legge prevede che le indennità di disoccupazione fanno le veci delle indennità in caso di infortunio (art. 28 cpv. 1 LADI), cioè l'assicurazione disoccupazione si assume indennità che andrebbero a carico della LAINF, è pur vero che si tratta di un caso eccezionale, di durata limitata (Thomas Nussbaumer, op. cit., pag. 2307 seg. n. 440 ) e che non riguarda il caso specifico.
La disposizione menzionata prevede in particolare che gli assicurati la cui capacità lavorativa o la cui idoneità al collocamento è temporaneamente inesistente o ridotta per malattia (art. 3 LPGA), infortunio (art. 4 LPGA) o gravidanza e che non possono pertanto adempiere le prescrizioni di controllo hanno diritto all'intera indennità giornaliera purché soddisfino gli altri presupposti. Questo diritto dura al massimo sino al 30° giorno dopo l'inizio dell'incapacità totale o parziale al lavoro ed è limitato a 44 indennità giornaliere entro il termine quadro (cpv. 1). Dopo questo lasso di tempo vengono versate indennità di disoccupazione supplementari se la capacità lavorativa è pari almeno al 50% (cpv. 4).
Nel caso in esame, tale norma non si applica già per il solo fatto che l'assicurato era inabile al lavoro al 100% e quindi percepiva indennità LAINF ai sensi dell'OAID (art. 5 cpv. 4 OAID; si confronti per quanto riguarda il rapporto tra l'art. 28 LADI e la OAID, Thomas Nussbaumer, op. cit., pag. 2306 n. 435 e giurisprudenza citata).
Pure un'interpretazione sistematica della legge conferma questa tesi. L'art. 1 OAID, rinvia a titolo complementare alla LPGA e alla LAINF, non tuttavia alla LADI e quindi, evidentemente, neppure all'art. 95 cpv. 1bis LADI. Dai lavori preparatori non risulta poi alcunché (FF 2001 2026).
Anche l'affermazione infine secondo cui si creerebbe una disparità di trattamento tra disoccupati e disoccupati "infortunati" non regge e quindi non modifica le conclusioni cui è giunto il giudice di prime cure. Da un lato va rilevato che la disparità di trattamento è giustificata dal fatto che la natura e lo scopo perseguito dalle indennità sono differenti. Dall'altro, parificando le indennità di disoccupazione con quelle erogate in caso di infortunio, si creerebbe una disparità di trattamento tra disoccupati al beneficio di indennità per infortuni e lavoratori al beneficio delle medesime indennità e meglio una disparità all'interno di una medesima categoria di prestazioni, che persegue il medesimo scopo. Tale disparità, a differenza di quella esistente in caso di prestazioni di diversa natura, non si giustificherebbe in alcun modo.
13. La censura, infine, secondo cui il calcolo delle indennità da restituire sarebbe stato eseguito scorrettamente è irricevibile, in quanto non è stata in alcun modo sostanziata (art. 42 cpv. 2 LTF).
14. Alla luce di quanto sopra esposto, il giudizio del Tribunale cantonale che ha confermato la decisione dell'INSAI, è conforme al diritto federale e va quindi confermato. In simili circostanze, non vi è spazio per l'applicazione delle disposizioni sulla sovrassicurazione.
Nella misura in cui è ricevibile, il ricorso in materia di diritto pubblico è pertanto respinto.
15. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.