Faits:
Faits:
A. X._, domicilié à Y._, a élevé réclamation à l'encontre de la décision de taxation du 28 juin 2002 du Service des contributions du canton du Jura (ci-après: le Service des contributions) pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2001. Par lettre du 26 août 2002 puis par décision sur réclamation du 4 octobre 2002, ledit Service a partiellement admis la réclamation. Le revenu imposable était de 49'400 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 49'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. La fortune imposable se montait à 41'000 fr.
Le 14 octobre 2003, la Commission cantonale des recours du canton du Jura (ci-après: la Commission cantonale des recours) a rejeté le recours de X._. L'intéressé a, conformément aux dispositions alors en vigueur, porté cette décision devant le Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) pour les impôts cantonal et communal et devant le Tribunal fédéral pour l'impôt fédéral direct. Par arrêt du 3 février 2004 (2A.562/2003), après avoir consulté les parties, le Tribunal de céans a déclaré le recours irrecevable au motif que la décision attaquée de la Commission cantonale des recours ne pouvait pas être considérée comme ayant été rendue en dernière instance cantonale en matière d'impôt fédéral direct. En effet, les cantons qui prévoyaient pour les impôts cantonaux et communaux harmonisés une double instance de recours judiciaire devaient ouvrir, à partir de la période fiscale 2001, les mêmes voies de droit pour l'impôt fédéral direct (ou supprimer la seconde instance pour les impôts cantonaux et communaux). Le Tribunal fédéral a ainsi renvoyé la cause au Tribunal cantonal.
Le 14 octobre 2003, la Commission cantonale des recours du canton du Jura (ci-après: la Commission cantonale des recours) a rejeté le recours de X._. L'intéressé a, conformément aux dispositions alors en vigueur, porté cette décision devant le Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) pour les impôts cantonal et communal et devant le Tribunal fédéral pour l'impôt fédéral direct. Par arrêt du 3 février 2004 (2A.562/2003), après avoir consulté les parties, le Tribunal de céans a déclaré le recours irrecevable au motif que la décision attaquée de la Commission cantonale des recours ne pouvait pas être considérée comme ayant été rendue en dernière instance cantonale en matière d'impôt fédéral direct. En effet, les cantons qui prévoyaient pour les impôts cantonaux et communaux harmonisés une double instance de recours judiciaire devaient ouvrir, à partir de la période fiscale 2001, les mêmes voies de droit pour l'impôt fédéral direct (ou supprimer la seconde instance pour les impôts cantonaux et communaux). Le Tribunal fédéral a ainsi renvoyé la cause au Tribunal cantonal.
B. Le gouvernement du canton du Jura a modifié, le 4 mai 2004, l'ordonnance d'exécution jurassienne concernant l'impôt fédéral direct, du 19 décembre 2000 (ci-après: l'ordonnance jurassienne concernant l'impôt fédéral direct), de sorte que les décisions de la Commission cantonale de recours peuvent désormais être attaquées devant la Chambre administrative du Tribunal cantonal.
Dans son arrêt du 7 février 2005, cette instance a ainsi constaté sa compétence pour statuer sur les décisions émanant de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct; elle a rejeté le recours de X._. Elle a jugé que le treizième salaire dû en 2001 mais payé au début de l'année 2002 était imposable en 2001. L'intéressé avait en effet acquis un droit ferme sur ce salaire en 2001. En outre, une facture du 19 décembre 2000 relative à des frais de perfectionnement professionnel n'était pas déductible en 2001, bien que ce fût l'année où X._ l'avait acquittée, car la date de la facture était déterminante. Celle-ci aurait donc dû être produite avec la déclaration d'impôt 2000bis et déduite lors de la révision de l'imposition de l'année 2000.
Dans son arrêt du 7 février 2005, cette instance a ainsi constaté sa compétence pour statuer sur les décisions émanant de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct; elle a rejeté le recours de X._. Elle a jugé que le treizième salaire dû en 2001 mais payé au début de l'année 2002 était imposable en 2001. L'intéressé avait en effet acquis un droit ferme sur ce salaire en 2001. En outre, une facture du 19 décembre 2000 relative à des frais de perfectionnement professionnel n'était pas déductible en 2001, bien que ce fût l'année où X._ l'avait acquittée, car la date de la facture était déterminante. Celle-ci aurait donc dû être produite avec la déclaration d'impôt 2000bis et déduite lors de la révision de l'imposition de l'année 2000.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 7 février 2005 du Tribunal cantonal, de fixer pour la période fiscale 2001 le revenu imposable à 41'000 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 40'700 fr. pour les impôts cantonaux et communaux et de condamner le canton du Jura à lui payer le montant de 563.35 fr. représentant les frais encourus dans le cadre de la première procédure devant Tribunal fédéral en raison de la "non adaptation de la législation jurassienne à l'harmonisation".
Le Service des contributions, le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions ont conclu au rejet du recours.
Le Service des contributions, le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions ont conclu au rejet du recours.
D. La Juge déléguée a procédé à un complément d'instruction au sujet des frais professionnels.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
I. Recevabilité.
I. Recevabilité.
1. 1.1 L'arrêt du 7 février 2005 de la Chambre administrative du Tribunal cantonal concerne l'impôt fédéral direct ainsi que les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2001. Il peut être entrepris devant le Tribunal fédéral par la voie du recours de droit administratif pour l'impôt fédéral direct (art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11], en vigueur depuis le 1er janvier 1995). Il en va de même s'agissant des impôts cantonal et communal (art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [ci-après : LHID ou la loi sur l'harmonisation; RS 642.14] et art. 168a de la loi jurassienne d'impôt du 26 mai 1988 [ci-après: LI/JU]) puisque le recourant se plaint du traitement fiscal de son treizième salaire (<ref-law>) et de ses frais de perfectionnement professionnel (<ref-law>) qui sont des matières harmonisées figurant aux titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er LHID.
1.2 Le Tribunal cantonal doit rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans un seul acte -, l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées - ce qui n'exclut pas des renvois - et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distingue expressément les deux impôts (<ref-ruling> consid. 8.3 p. 511), ce qui n'a pas été le cas dans l'arrêt entrepris. Deux recours différents, qui peuvent aussi être contenus dans la même écriture, doivent également être introduits devant le Tribunal fédéral avec des conclusions adaptées à chacun des impôts. En effet, les conditions de ces recours de droit administratif ne sont pas entièrement les mêmes, notamment en ce qui concerne les compétences du Tribunal fédéral. En ce qui concerne l'impôt fédéral direct, le Tribunal fédéral peut statuer sur le fond (art. 114 OJ) - et il peut aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de celles-ci - alors que pour les impôts cantonal et communal, selon l'<ref-law>, le Tribunal de céans ne peut qu'annuler l'arrêt attaqué et renvoyer l'affaire pour une nouvelle décision à l'autorité inférieure.
Dès lors, en tant que le recourant demande de fixer, pour l'année 2001, le revenu imposable pour l'impôt cantonal et communal à 40'700 fr., son recours est irrecevable (<ref-law>). En outre, l'intéressé n'a pas distingué, dans son recours, l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal, de sorte qu'il n'est pas certain qu'il remplisse les conditions de l'art. 108 OJ. Le Tribunal cantonal a toutefois suscité la confusion, en rendant une seule décision pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal et en confondant les motivations, de sorte qu'il y a lieu de ne pas être trop sévère quant à la forme du recours.
II. Impôt fédéral direct.
II. Impôt fédéral direct.
2. Sont imposables tous les revenus provenant d'une activité exercée dans le cadre d'un rapport de travail (<ref-law>). Le revenu imposable se détermine d'après le système postnumerando annuel, soit sur la base des revenus acquis pendant la période fiscale (art. 4 al. 3 de l'ordonnance jurassienne concernant l'impôt fédéral direct; <ref-law>). Le revenu n'est imposable que s'il est réalisé (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 2e éd., no 12 p. 80). Un revenu est considéré comme réalisé, d'après les principes généraux du droit fiscal, lorsque le contribuable peut effectivement en disposer, c'est-à-dire lorsqu'un bien ou une prestation a passé en sa possession ou lorsqu'il a acquis un droit ferme à obtenir un bien ou une prestation. En règle générale, l'acquisition d'une prétention est déjà considérée comme un revenu dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine. Ce n'est que si cette exécution paraît d'emblée peu probable que le moment de la perception réelle de la prestation est pris en considération (<ref-ruling> consid. 2e p. 26; <ref-ruling> consid. 4a p. 242; RDAF 2003 II 622 consid. 3.2.1 p. 626, 2A.182/2002; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, no 18 ss ad art. 16 p. 284; Markus Reich, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG) Art. 1-82, no 33 ss ad art. 16 p.138; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., p. 326 ss).
Selon l'<ref-law>, le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33 LIFD, dont les frais professionnels de l'activité lucrative dépendante (<ref-law>). Ces frais comprennent toutes les dépenses effectuées par le contribuable pendant la période de calcul qui sont nécessaires à l'acquisition du revenu (Xavier Oberson, op. cit., no 185 p. 131). En font partie les frais de perfectionnement et de reconversion professionnels en rapport avec l'activité exercée (art. 26 let. d LIFD; art. 8 de l'ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct; RS 642.118.1). Le perfectionnement tend à élargir les connaissances acquises dans le cadre de la profession exercée.
3. 3.1 Le recourant estime que son treizième salaire dû pour l'année 2001, dont il a perçu la moitié le 15 janvier 2002 et l'autre moitié le 15 février de la même année, ne doit pas être pris en compte dans le revenu imposable de la période fiscale 2001 mais dans celui de la période fiscale 2002. En l'imposant en 2001, l'autorité de taxation aurait violé le droit fédéral.
3.2 Même si le recourant a touché son treizième salaire en 2002, il y a acquis un droit ferme en 2001. C'est en 2001 que le principe et le montant du treizième salaire ont été décidés. Malgré les difficultés économiques de la société pour laquelle il travaillait, la perception de son treizième salaire n'est jamais apparue comme peu probable. Preuve en est qu'il avait perçu le montant total de ce salaire à mi-février 2002. La suspension de la quotation à la bourse suisse de l'action de la société en question ne change rien à cette appréciation puisqu'elle n'est intervenue qu'au début 2002. En outre, le recourant a lui-même déclaré la totalité de son salaire 2001, y compris son treizième salaire, dans sa déclaration d'impôt de la période fiscale 2001.
Au vu de ce qui précède, le treizième salaire dû pour l'année 2001 est imposable, avec l'ensemble du salaire 2001, lors de la période fiscale 2001. Le recours doit être rejeté sur ce point.
Au vu de ce qui précède, le treizième salaire dû pour l'année 2001 est imposable, avec l'ensemble du salaire 2001, lors de la période fiscale 2001. Le recours doit être rejeté sur ce point.
4. 4.1 Le recourant a suivi des cours au Centre professionnel du Littoral neuchâtelois dont la qualité de frais professionnels et, par conséquent, la déductibilité ne sont pas contestées. La facture s'élevait à 2'900 fr. et a été établie le 19 décembre 2000. Les cours ont eu lieu de janvier à juin 2001. L'autorité intimée a jugé que ces frais ne pouvaient pas être déduits lors de la période fiscale 2001, au motif que la facture était datée du 19 décembre 2000. Elle aurait ainsi dû être produite avec la déclaration d'impôt de la période fiscale transitoire 2000bis. Le recourant prétend au contraire que, conformément à l'<ref-law>, les 2'900 fr. doivent être déduits du revenu de la période fiscale 2001, année où il a acquitté la facture et suivi les cours.
4.2 Dans le cas d'espèce, la déduction des frais de perfectionnement est régie par la réglementation particulière du passage, le 1er janvier 2001, du système praenumerando bisannuel au système postnumerando annuel (art. 4 al. 3 et 4 de l'ordonnance jurassienne concernant l'impôt fédéral direct et art. 215a al. 1 LI/JU). Selon l'art. 218 al. 5 lettre c LIFD, les frais de perfectionnement et de reconversion professionnels, dans la mesure où ils dépassent les frais déjà pris en compte, sont considérés comme charges extraordinaires. La moyenne des charges extraordinaires supportées en 1999 et 2000, années qui tombent dans la brèche de calcul, est déductible. Dans le canton du Jura, ce montant est déduit du revenu imposable afférent à la période fiscale précédant le passage du système praenumerando au système postnumerando intervenu en 2001, soit la période fiscale 1999/2000; les taxations entrées en force sont révisées en faveur du contribuable (<ref-law>, art. 4 al. 4 de l'ordonnance jurassienne concernant l'impôt fédéral direct et 215a al. 4 LI/JU).
4.3 Les textes applicables (loi sur l'impôt fédéral direct; ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct; circulaire no 26 de l'Administration fédérale des contributions du 22 septembre 1995 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante, http:/www.estv.admin.ch/data/f/index_sitemap.htm) et la jurisprudence ne définissent pas le moment de la réalisation des frais de perfectionnement. La doctrine se contente de préciser que les frais professionnels (le problème se pose plutôt pour les frais de réinsertion que les frais de perfectionnement) doivent, en principe, être rattachés à la période de calcul pendant laquelle le revenu, auquel ils sont liés, est acquis (Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., p. 249; Philip Funk, Des Begriff des Gewinnungskosten nach schweizerischem Einkommens- steuerrecht, §14 no I A., p. 233; Bruno Knüssel in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), no 8-9 ad <ref-law>, p. 294; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 2e éd., no 185, p. 131; Hans Zehnder, Die Behandlung des Kosten für Ausbildung und berufliche Weiterbildung im schweizerischen Streuerrecht, no 2.3.2.3, p. 58). La pratique varie d'un canton à l'autre. Selon celle de l'autorité de taxation du canton du Jura, la date de la facture est déterminante.
4.4 Dans le présent cas, il n'est pas contesté que les frais invoqués par le recourant sont déductibles. L'arrêt du Tribunal cantonal n'est que très succinctement motivé sur la question du moment de la réalisation des frais de perfectionnement. En faveur du point de vue du recourant, doit être retenu le fait qu'il a acquitté la facture et suivi les cours en 2001. L'autorité intimée invoque un parallèle avec la pratique en matière de déduction des frais d'entretien d'immeubles qui veut que ce soit la date de la facture qui fasse foi. En matière de travaux d'entretien, la facture finale arrive alors que ceux-ci sont achevés. La date de la facture et son paiement (sous réserve de versements d'acomptes) sont postérieurs aux travaux. La situation est toutefois différente pour les frais de perfectionnement. La facture est envoyée et doit, le plus souvent, être acquittée avant les cours. Il n'est pas certain que le contribuable paie la facture reçue. Il est notamment possible qu'il change d'avis et renonce, pour une raison ou une autre, à suivre les cours. Au demeurant, il est douteux que le montant d'une facture envoyée mais non acquittée soit déductible, de sorte que le critère de la date de la facture n'a pas de valeur absolue. En outre, même en ce qui concerne les frais d'entretien d'immeubles, la pratique consistant à prendre en considération la date de la facture n'est pas unanimement suivie. Le Tribunal administratif du canton de Fribourg, par exemple, a jugé (RF 2003 p. 766 ss, 4F 02 126) que, la détermination du moment de la déductibilité des frais d'entretien d'immeubles relevant de la pratique administrative, l'autorité de taxation fribourgeoise était libre d'opter pour la date du paiement plutôt que pour celle de l'établissement de la facture.
En outre, la question se pose, en l'occurrence, lors du passage du système praenumerando au système postnumerando. La façon dont l'autorité de taxation allait tenir compte des différents éléments du revenu et des déductions durant cette période et le moment où il fallait les déclarer n'étaient pas aisés à comprendre pour le contribuable. Le Guide général jurassien 2001 relatif à la façon de remplir la déclaration d'impôt n'était, en outre, d'aucun secours au recourant. Il renvoie, en ce qui concerne les "frais d'obtention du revenu salarié" (chiffre 16 a de la déclaration), aux indications figurant sur la formule 7. Cette formule se contente de définir ce qui est considéré comme frais de perfectionnement mais ne dit rien sur le moment où ces frais sont réputés être réalisés et doivent être déclarés. Par contre, le guide susmentionné précise, au rang des nouveautés, que les frais de reconversion et de réinsertion professionnelles déductibles sont ceux supportés l'année au cours de laquelle la réinsertion professionnelle a lieu. Cette information peut prêter à confusion. Le contribuable peut honnêtement en déduire que les autres frais professionnels sont également déductibles l'année où ils sont supportés, soit, en l'occurrence, en 2001 lorsque les cours ont été suivis. Par ailleurs, le recourant n'a manifestement pas cherché à profiter d'une lacune du système, mais il ne savait simplement pas quand il devait faire valoir la facture en cause lors de la période transitoire. Dès lors, en l'absence d'un critère généralement reconnu et praticable, l'autorité intimée a abusé de son appréciation en refusant au recourant la déduction de ses frais de perfectionnement lors de la période fiscale et de calcul 2001.
Le recours doit donc être admis en ce qui concerne la facture de 2'900 fr. relative aux frais de perfectionnement professionnel qui doit être déduite du revenu imposable de la période fiscale 2001.
III. Impôts cantonal et communal.
III. Impôts cantonal et communal.
5. Conformément aux art. 7 al. 1 et 9 al. 1 LHID, l'art. 15 LI/JU prévoit que le produit d'une activité lucrative dépendante est imposable et l'art. 23 al. 1 let. c LI/JU que les frais de perfectionnement en rapport avec l'activité exercée sont déductibles. En outre, le canton du Jura a également introduit le système postnumerando en 2001 pour les impôts cantonal et communal (<ref-law>; art. 56 al. 1 LI/JU).
La loi sur l'harmonisation ne règle pas le moment de la réalisation du revenu. Certains auteurs considèrent implicitement que ce moment fait partie de l'harmonisation (Markus Reich, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/1, Bundesgesetz über die harmonisierung des direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2e éd., no 11 ad art. 7 p. 100). Les impôts fédéral, cantonal et communal étant harmonisés en ce qui concerne le revenu et les frais d'acquisition de ce revenu, il y a lieu de considérer que le moment de leur réalisation l'est également.
En conséquence, les considérations développées ci-dessus pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal (cf. consid. 3 et 4). Partant, le treizième salaire dû pour l'année 2001 est entièrement imposable lors de la période fiscale 2001. Le recours est donc rejeté sur ce point. En revanche, la déduction, lors de la période fiscale 2001, de la facture de 2'900 fr. relative aux frais de perfectionnement professionnel encourus par le recourant est admise, et l'arrêt du Tribunal cantonal est annulé sur ce point.
IV. Dépens de la première procédure devant le Tribunal fédéral.
IV. Dépens de la première procédure devant le Tribunal fédéral.
6. 6.1 Le recourant demande que les frais (temps consacré à la rédaction du recours, courriers, téléphones, etc.) qu'il a encourus lors de la première procédure devant le Tribunal fédéral, qui s'est achevée par l'arrêt du 3 février 2004 déclarant le recours irrecevable au motif que la décision attaquée de la Commission cantonale des recours n'avait pas été rendue en dernière instance cantonale, soient mis à la charge du canton du Jura. Il estime, en effet, qu'il n'a fait que suivre la voie de recours légale de l'époque et indiquée sur la décision attaquée. Ce ne serait, dès lors, pas à lui de supporter les frais de cette procédure encourus "en raison de la non adaptation de la législation jurassienne à l'harmonisation fiscale".
6.2 L'art. 159 OJ prévoit que le Tribunal fédéral décide, en statuant sur la contestation elle-même, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause seront supportés par celle qui succombe. Le Tribunal fédéral examine d'office la question des dépens (<ref-ruling> consid. 4 et 5 p. 156 ss; André Grisel, Traité de droit administratif, vol. II, p. 849; Jean-François Poudret/Suzette Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. V, art. 136-171, ad art. 159 OJ p. 158).
6.3 L'arrêt du 3 février 2004 est définitif et il a passé en force de chose jugée dès qu'il a été prononcé (art. 38 OJ). Le grief du recourant est donc irrecevable.
Au demeurant, même s'il était recevable, le grief devrait être rejeté. Il est exact qu'en déférant la décision de la Commission cantonale de recours devant le Tribunal fédéral, le recourant a respecté la voie de droit d'alors (art. 14 de l'ordonnance jurassienne concernant l'impôt fédéral direct en vigueur jusqu'au 3 mai 2004 et <ref-law>). Son recours a toutefois été déclaré irrecevable. Le Tribunal fédéral, dans son arrêt du 3 février 2004, a tenu compte des circonstances particulières de l'affaire et il a statué sans frais. Il n'a pas alloué de dépens au recourant qui n'a pas obtenu gain de cause. Même si tel avait été le cas, le recourant, qui n'était pas représenté par un avocat, n'y avait pas droit. Au demeurant, le recours tenant sur une seule page et n'étant que très sommairement motivé, le recourant n'avait certainement pas consacré un travail important à la rédaction de son mémoire. Le temps qu'il y a dédié n'a ainsi pas dépassé ce que chaque individu peut devoir consacrer à ses affaires personnelles (<ref-ruling> consid. 5b p. 519; <ref-ruling> consid. 6b p. 357).
V. Frais et dépens.
V. Frais et dépens.
7. Il résulte de ce qui précède que le présent recours doit être partiellement admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt du Tribunal cantonal du 7 février 2005 est annulé, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal, relativement à la déduction, lors de la période fiscale 2001, des frais de perfectionnement professionnel.
Les frais de justice, d'un montant de 2'000 fr., seront supportés pour moitié par le recourant et pour moitié par le canton du Jura dont les intérêts pécuniaires sont en cause (art. 156 al. 1 et 156 al. 2 a contrario en relation avec les art. 153 et 153a OJ). Les frais mis à la charge du recourant sont couverts par l'avance de frais de 1'000 fr. qu'il a versée. Le canton du Jura versera une indemnité de dépens à laquelle le recourant, assisté d'un avocat, peut prétendre pour la procédure fédérale (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct, et l'arrêt du Tribunal cantonal du 7 février 2005 annulé relativement à la déduction des frais de perfectionnement professionnel.
1. Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct, et l'arrêt du Tribunal cantonal du 7 février 2005 annulé relativement à la déduction des frais de perfectionnement professionnel.
2. Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal, et l'arrêt du Tribunal cantonal du 7 février 2005 annulé relativement à la déduction des frais de perfectionnement professionnel.
2. Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal, et l'arrêt du Tribunal cantonal du 7 février 2005 annulé relativement à la déduction des frais de perfectionnement professionnel.
3. La cause est renvoyée au Service des contributions du canton du Jura pour une nouvelle décision dans le sens des considérants.
3. La cause est renvoyée au Service des contributions du canton du Jura pour une nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis pour moitié (1'000 fr.) à la charge du recourant et pour moitié (1'000 fr.) à la charge du canton du Jura.
4. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis pour moitié (1'000 fr.) à la charge du recourant et pour moitié (1'000 fr.) à la charge du canton du Jura.
5. Le canton du Jura versera une indemnité de 1'000 fr. au recourant à titre de dépens pour la procédure fédérale.
5. Le canton du Jura versera une indemnité de 1'000 fr. au recourant à titre de dépens pour la procédure fédérale.
6. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, au Service des contributions et à la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 1er novembre 2005
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: