Sachverhalt:
A. Y._ betrieb V._ für ausstehende Unterhaltsbeiträge. Aus den Betreibungen resultierten zwei Verlustscheine vom 30. September 1999 über Fr. 11'047.10 und Fr. 5'922.05. Davon sind heute noch Fr. 16'467.-- offen.
V._ war alleiniger Aktionär der K._ Aktiengesellschaft und alleiniger Gesellschafter der L._ GmbH (...). Am 11. Dezember 1998 verkaufte die K._ Aktiengesellschaft der L._ GmbH eine Liegenschaft in P._ für Fr. 4,8 Mio. Gleichentags schloss die L._ GmbH mit der M._ AG einen Kaufrechtsvertrag über dieses Grundstück ab. Die M._ AG, welche bereits Mieterin der Liegenschaft war, erwarb dadurch im Wesentlichen das Recht, das Grundstück zum Preis von Fr. 6,5 Mio. zu erwerben. Am 7. Juni 1999 trat V._ sämtliche Stammanteile der L._ GmbH für Fr. 25'000.-- seinem Sohn, X._, ab. Im Jahr 2001 übte die M._ AG ihr Kaufrecht aus.
B. Am 28. Februar 2000 erhob Y._ gegen X._ paulianische Anfechtungsklage. Sie verlangte im Wesentlichen, der Verkauf der Stammanteile der L._ GmbH sei anfechtbar zu erklären und X._ zu verpflichten, die Zwangsverwertung der Stammanteile zu dulden. Eventualiter sei X._ zu verurteilen, für die Stammanteile Wertersatz zu leisten. Mit Entscheid vom 26. August 2004 verpflichtete das Kreisgericht St. Gallen X._, an Y._ Fr. 16'467.-- nebst Zins zu bezahlen. Eine dagegen von X._ erhobene Berufung wies das Kantonsgericht St. Gallen am 18. August 2005 ab.
C. X._ führt eidgenössische Berufung an das Bundesgericht. Er verlangt die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Entscheids vom 18. August 2005 sowie die Abweisung der Klage.
Y._ beantragt in ihrer Stellungnahme die Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei. Sie stellt zudem für das bundesgerichtliche Verfahren ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege einschliesslich Verbeiständung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der Anfechtungsprozess nach <ref-law> wird praxisgemäss wie eine Zivilrechtsstreitigkeit behandelt (<ref-ruling> E. 1 S. 236). Die Berufung ist rechtzeitig erhoben worden und richtet sich gegen einen Endentscheid eines oberen kantonalen Gerichts, der nicht mehr durch ein ordentliches kantonales Rechtsmittel angefochten werden kann (Art. 54 Abs. 1 und Art. 48 Abs. 1 OG). Der erforderliche Streitwert für das Berufungsverfahren ist ebenfalls gegeben (Art. 46 OG), so dass auf die Berufung einzutreten ist.
2. Strittig ist zunächst, ob die Übertragung der Stammanteile von V._ (Schuldner) auf den Beklagten überhaupt ein anfechtbares Rechtsgeschäft darstellt.
2.1 Nach <ref-law> sind mit Ausnahme üblicher Gelegenheitsgeschenke alle Schenkungen und unentgeltlichen Verfügungen anfechtbar, die der Schuldner innerhalb des letzten Jahres vor der Pfändung oder Konkurseröffnung vorgenommen hat. Den Schenkungen gleichgestellt sind unter anderem Rechtsgeschäfte, bei denen der Schuldner eine Gegenleistung angenommen hat, die zu seiner eigenen Leistung in einem Missverhältnis steht (<ref-law>).
2.2 Der Beklagte bestreitet, dass zwischen dem Wert der Stammanteile und dem geleisteten Kaufpreis von Fr. 25'000.-- ein Missverhältnis bestanden hat. Er macht geltend, das Kantonsgericht habe den Wert der Liegenschaft, von welchem der Wert der Stammanteile abhängig sei, falsch bestimmt. Es habe zu Unrecht das Kaufrecht zu Gunsten der M._ AG in die Bewertung miteinbezogen und sei damit ohne triftige Gründe vom Gutachten abgewichen, welches den Verkehrswert der Liegenschaft tiefer geschätzt habe.
2.3 Bei Bewertungsfragen bestimmt in seinem Anwendungsbereich das Bundesrecht, nach welchen Rechtsgrundsätzen die Bewertung vorzunehmen ist, wogegen die nach diesen Grundsätzen vorzunehmende Wertermittlung eine im Berufungsverfahren nicht überprüfbare Tatfrage darstellt (<ref-ruling> E. 2a S. 260; <ref-ruling> E. 5a S. 6). Rechtsfrage ist beispielsweise, ob die Vorinstanz vom richtigen Begriff des Verkehrswertes ausgegangen ist oder eine korrekte Bewertungsmethode angewendet hat.
2.4 Strittig ist einzig die Bewertung der (nichtbetriebsnotwendigen) Liegenschaft, welche offenbar das Hauptaktivum der L._ GmbH gebildet hat. Im Gegensatz zur Behauptung des Beklagten hat die Vorinstanz bei ihrer Bewertung durchaus auf den Verkehrswert abgestellt. Das Kantonsgericht ist nur insoweit vom Gutachten, welches einen Verkehrswert von ca. Fr. 4,9 Mio. errechnet hat, abgewichen, als es für die Wertbestimmung auch das auf der Liegenschaft lastende Kaufrecht in seine Berechnung miteinbezogen hat. Es hat erwogen, das (limitierte) Kaufrecht über Fr. 6,5 Mio. sei ein gewichtiges Element für die Wertbestimmung der Liegenschaft, da es bereits im Zeitpunkt des angefochtenen Rechtsgeschäftes (Übertragung Stammanteile) sehr wahrscheinlich gewesen sei, dass die M._ AG dieses ausüben werde.
2.5 Diese Erwägung des Kantonsgerichts ist nicht zu beanstanden: Einerseits ist die im Rahmen des Kaufrechts vereinbarte Höhe des Kaufpreises ein Indiz für den Verkehrswert der Liegenschaft. Andererseits sind bei Bewertungen auch Umstände als wertverändernd zu berücksichtigen, die sich erst in der Zukunft realisieren. Dies gilt nicht nur für wertvermindernde (<ref-ruling> E. 3 S. 345 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 53 ff.), sondern auch für werterhöhende Faktoren.
Es ist im Übrigen darauf hinzuweisen, dass sich die Gutachter aus dem Grund entschlossen haben, das Kaufrecht in ihre Überlegungen nicht einzubeziehen, weil sie nicht abschliessend beurteilen konnten, ob der Verkauf bereits mit Erstellung des Mietvertrages beabsichtigt worden war. Wenn es dagegen dem Kantonsgericht nach dem Beweisverfahren möglich gewesen ist, die Wahrscheinlichkeit einer Kaufrechtsausübung im hier relevanten Zeitpunkt der Übertragung der Stammanteile abzuschätzen, stellt dies einen triftigen Grund dar, vom Gutachten abzuweichen.
2.6 Um welchen Betrag das Kaufrecht den Wert der Liegenschaft erhöht, ist eine Tatfrage, welche das Bundesgericht im Berufungsverfahren nicht überprüfen kann (Art. 63 Abs. 2 OG). Auf die entsprechenden Rügen des Beklagten kann nicht eingetreten werden. Ebenfalls nicht zu hören sind die Vorbringen betreffend die Wahrscheinlichkeit der Kaufrechtsausübung. Die entsprechende Annahme des Kantonsgerichts beruht auf Beweiswürdigung, an welche das Bundesgericht gebunden ist. Unzulässig ist darüber hinaus die Berufung, soweit der Beklagte die Verletzung der Verhandlungsmaxime rügt. Diese gehört dem kantonalen Recht an, welches im Berufungsverfahren nicht gerügt werden kann (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
2.7 Damit ist die Verkehrswertschätzung des Kantonsgerichts bezüglich der Liegenschaft nicht zu beanstanden. Im Übrigen ist die Bewertung des Unternehmenswertes der L._ GmbH nicht strittig, so dass auf den vom Kantonsgericht festgestellten Nettounternehmenswert von Fr. 850'047.-- im Zeitpunkt des angefochtenen Rechtsgeschäftes abzustellen ist. In Anbetracht des geleisteten Kaufpreises von Fr. 25'000.-- stellt die Übertragung der Stammanteile eine gemischte Schenkung dar und ist gemäss <ref-law> anfechtbar.
3. Zu prüfen sind weiter die Rechtsfolgen, welche aus der Anfechtbarkeit der Übertragung der Stammanteile resultieren.
3.1 Das Kantonsgericht hat erwogen, die Liegenschaft sei das entscheidende Aktivum der L._ GmbH gewesen, das den Wert der Stammanteile zur Hauptsache bestimmt habe. Der Beklagte sei im Zeitpunkt der Veräusserung der alleinige Gesellschafter der L._ GmbH gewesen. Mit der Veräusserung sei der Gesellschaft ihr Hauptaktivum entzogen worden. Über den Verbleib der Gegenleistung sei nichts bekannt. Bei dieser Konstellation sei durch den Schleier der juristischen Person durchzugreifen und auf die Veräusserung der Liegenschaft und nicht auf das Vorhandensein der offenbar wertentleerten Stammanteile abzustellen. Anstelle der Pflicht zur Rückerstattung der Sache in natura trete deshalb die Pflicht zur Erstattung des Sachwertes. Massgebend sei der objektive Wert der Sache im Zeitpunkt des Verkaufs. Dieser habe Fr. 6,5 Mio. betragen, womit zu jenem Zeitpunkt ein Nettoguthaben vorhanden gewesen sei, das den Klagebetrag weit übersteige.
3.2 Dieser Erwägung - soweit sie überhaupt nachvollziehbar ist - kann nicht gefolgt werden: Beim Durchgriff, welchen das Kantonsgericht zur Begründung herangezogen hat, wird die rechtliche Selbstständigkeit einer juristischen Person nicht beachtet. Dazu bedarf es eines eigentlichen Rechtsmissbrauchs, einer offenbar zweckwidrigen, missbräuchlichen Verwendung der juristischen Person durch die beherrschende Person. Diesfalls kann es sich im konkreten Einzelfall rechtfertigen, vom beherrschten auf das beherrschende Subjekt oder umgekehrt "durchzugreifen" (<ref-ruling> E. 5a S. 321; <ref-ruling> E. 2.4 S. 333).
Ein solcher Tatbestand liegt indes hier nicht vor. Die Anfechtungsklage richtet sich von vornherein gegen den Beklagten, und die Gesellschaft ist nur insoweit darin involviert, als ihre Stammanteile anfechtbar erworben wurden. Namentlich hat vorliegend der Beklagte die Selbstständigkeit der Gesellschaft nicht vorgeschoben, um sich persönlichen Verpflichtungen zu entziehen (vgl. Beispiele bei Arthur Meier-Hayoz/Peter Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 9. Aufl. 2004, § 2 N. 37; Theo Guhl/Jean Nicolas Druey, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl. 2000, S. 706).
3.3 Die Anfechtungsklage bezweckt die Wiederherstellung des schuldnerischen Vermögens, wie es ohne die anfechtbare Handlung vorhanden wäre. Die Rückgabe einer anfechtbar erworbenen Sache hat in erster Linie in natura zu erfolgen (Art. 291 Abs. 1 erster Satz SchKG). Nur wenn eine Rückgabe der Sache nicht mehr möglich ist, besteht die (subsidiäre) Pflicht zur Erstattung ihres Wertes (<ref-ruling> E. 3 S. 45).
Im vorliegenden Fall bewirkt die Anfechtbarkeit der Übertragung der Stammanteile grundsätzlich, dass der Beklagte dulden muss, dass diese zu Gunsten der Klägerin verwertet werden, bis ihre Forderung gedeckt ist. Nun hat das Kantonsgericht die Pflicht zur Erstattung des Sachwertes bejaht, ohne abschliessend festzustellen, ob die Rückgabe in natura noch möglich ist. Allein der Umstand, dass die Stammanteile "offenbar wertentleert" sind, wie das Kantonsgericht festgehalten hat, bedeutet indes nicht, dass deren Rückerstattung grundsätzlich nicht mehr möglich ist.
Die L._ GmbH befindet sich in Liquidation. Aus dem kantonsgerichtlichen Urteil ergibt sich nicht schlüssig, ob die Liquidation bereits abgeschlossen ist, wie das Kreisgericht angenommen hat, oder noch im Gange ist, wie der Beklagte behauptet. Indes ist diese Frage von entscheidender Bedeutung um festzustellen, ob eine Rückgabe in natura noch möglich ist, oder Wertersatz geschuldet ist, wie nachfolgend aufzuzeigen ist (vgl. E. 3.3.1 und 3.3.2). Die Sache ist damit zur Ergänzung des Sachverhaltes in diesem Punkt an das Kantonsgericht zurückzuweisen (Art. 64 Abs. 1 OG).
3.3.1 Solange die Liquidation nicht abgeschlossen und ein allfälliger Liquidationsüberschuss noch nicht ausgeschüttet wurde, ist eine Rückgabe der Stammanteile in natura grundsätzlich noch möglich: Gepfändete Stammanteile einer Gesellschaft mit beschränkter Haftung können verwertet werden, indem der Gläubiger das Kündigungsrecht gemäss <ref-law> ausübt und die Auflösung der Gesellschaft verlangt. Das Betreibungsamt vertritt in einem solchen Fall die Interessen des betriebenen Gesellschafters (Magdalena Rutz, in: Staehelin/ Bauer/Staehelin, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 50 ff. zu <ref-law>; Marc Amstutz, Basler Kommentar, N. 6 zu <ref-law>). Die Liquidatoren haben den auf den betriebenen Gesellschafter entfallenen Liquidationsanteil an das Betreibungsamt auszuhändigen (<ref-law>).
Für den vorliegenden Anfechtungsfall bedeutet dies, dass der Beklagte dulden muss, dass das Betreibungsamt an seiner Stelle an der Liquidation mitwirkt und seinen Liquidationsanteil behändigt.
3.3.2 Ist die Liquidation indes bereits beendet und ein allfälliger Liquidationserlös ausgeschüttet, ist eine Rückgabe in natura nicht mehr möglich. Nur in diesem Fall ist Wertersatz geschuldet.
Die Höhe des Wertersatzes einer nicht mehr vorhandenen Sache bestimmt sich grundsätzlich nach dem Wert im Zeitpunkt der (Weiter-)Veräusserung bzw. des Unterganges (Thomas Bauer, in: Staehelin/Bauer/Staehelin, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 20 zu <ref-law>; Jaeger/ Walder/Kull/Kottmann, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 9 zu <ref-law>). Im vorliegenden Fall ist damit der Wert der Stammanteile zur Zeit der Liquidation massgebend. Es kann davon ausgegangen werden, dass dieser Wert dem Liquidationserlös entspricht.
3.4 Unabhängig davon, ob eine Rückgabe in natura noch möglich oder Wertersatz geschuldet ist, stellt sich die Frage, wer für eine seit der angefochtenen Übertragung eingetretene Verminderung des Wertes der Stammanteile einzustehen hat.
Dabei ist indes nicht der vom Kantonsgericht bemühte Durchgriff von Bedeutung (vgl. E. 3.2). Vielmehr ist zu beachten, dass die Anfechtungsklage die Wiederherstellung des schuldnerischen Vermögens bezweckt, wie es ohne die anfechtbare Handlung vorhanden wäre (<ref-ruling> E. 3 S. 46). Der Anfechtungsbeklagte trägt grundsätzlich nicht die Gefahr einer unverschuldeten Wertverminderung. Er hat für Wertverminderungen, welche auf Zufall beruhen oder auch beim Schuldner eingetreten wären, nicht einzustehen (BGE 50 III 141 E. 6 S. 152; 65 III 142 E. 6 S. 149).
Im vorliegenden Fall gehen die Parteien wie auch die Vorinstanz davon aus, dass eine Wertverminderung eingetreten ist. Worauf diese zurückzuführen ist, ergibt sich aus dem angefochtenen Urteil nicht. Namentlich ist fraglich, ob als Ursache, welche der Beklagte zu vertreten hätte, der Verkauf der Liegenschaft angesehen werden kann, da der Verkauf durch Ausübung eines Kaufrechts erfolgte, das bereits vor dem angefochtenen Rechtsgeschäft begründet wurde und wohl auch ausgeübt worden wäre, wenn der Schuldner die Anteile nicht auf den Beklagten übertragen hätte. Da die Sache ohnehin an die Vorinstanz zurückgewiesen werden muss, kann diese Frage hier offen bleiben, da das Kantonsgericht auch in diesem Punkt neu zu entscheiden hat.
Nur nebenbei sei angemerkt, dass der Grundsatz, dass durch die Anfechtungsklage das Vermögen des Schuldners so zu stellen ist, als wäre das angefochtene Rechtsgeschäft nie erfolgt, auch dazu führt, dass der Anfechtungsbeklagte Früchte und Erträgnisse herauszugeben hat, und das unabhängig von einem allfälligen guten Glauben (<ref-ruling> E. 3 S. 47; Thomas Bauer, a.a.O., N. 22 zu <ref-law>). Dies bedeutet für den vorliegenden Fall, dass der Beklagte allfällig bezogene Dividenden u.Ä. an die Klägerin herauszugeben hätte.
3.5 Der Beklagte beruft sich weiter auf <ref-law>, wonach der gutgläubige Empfänger einer Schenkung nur bis zum Betrag seiner Bereicherung zur Rückerstattung verpflichtet ist.
Das Kantonsgericht hat die Gutgläubigkeit des Beklagten verneint. Es hat im Wesentlichen erwogen, der Beklagte habe als Sohn des Schuldners schon beim Erwerb der Stammanteile um dessen wirtschaftliche Probleme wissen müssen. Auch müsse er gewusst haben, dass sein Vater in Scheidung lebe und die Beklagte Unterhaltsbeiträge fordere.
Der Beklagte bringt dagegen vor, er sei sich bei Übergabe der Stammanteile nicht bewusst gewesen, dass der innere Wert der Anteile höher als der bezahlte Kaufpreis gewesen sei. Im Übrigen habe er die Gesellschaft nur übernommen, um seinem Vater zu helfen und einen drohenden Konkurs abzuwenden. Damit erschöpfen sich die Vorbringen des Beklagten in Kritik an den tatbeständlichen Feststellungen der Vorinstanz. Darauf kann nicht eingetreten werden (Art. 63 Abs. 2 OG).
4. Schliesslich verlangt der Beklagte, dass bei einer Rückerstattung seine erbrachte Gegenleistung zu berücksichtigen sei. Ein Rückgewährleistungsanspruch bestehe nur, soweit die Bereicherung durch die Übertragung der Stammanteile den bezahlten Kaufpreis von Fr. 25'000.-- übersteige.
Da das Verfahren zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, kann offen bleiben, wie es sich mit dieser Rüge verhält, namentlich ob sich ein solcher Anspruch auf Erstattung der Gegenleistung in einer Spezialexekution überhaupt gegen die Klägerin richten würde (<ref-law>).
5. Damit ist die Berufung gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Die Sache ist zur Ergänzung des Sachverhaltes und neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
Da der Beklagte nur teilweise obsiegt hat und zudem mit der Rückweisung der Ausgang des Prozesses noch offen ist, rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten hälftig zu teilen und die Parteikosten wettzuschlagen (Art. 156 Abs. 3 und Art. 159 Abs. 3 OG).
Die Klägerin hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, dessen Voraussetzungen (Art. 152 OG) erfüllt sind, so dass es gutgeheissen werden kann.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und der Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen, Präsident der III. Zivilkammer, vom 18. August 2005 wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Kantonsgericht zurückgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege der Klägerin wird gutgeheissen, und Rechtsanwalt Fredy Fässler wird ihr als unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt. Der Anteil der Klägerin wird einstweilen auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Fredy Fässler wird aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Präsident der III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2006
Im Namen der II. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: