Liquidation, hat sich ergeben:
A.- Die Vorsorgestiftung X._ ist eine patronale Stiftung, welche nach der Stiftungsurkunde insbesondere Leistungen im Falle von Alter, Krankheit, Unfall oder Invalidität an die Kadermitarbeiter (Ziff. 2.2 der Stiftungsurkunde), aber auch an das weitere Personal erbringt (Ziff. 2.3 der Stiftungsurkunde). Im Rahmen der Prüfung der Jahresrechnungen 1988 bis 1992 erhielt das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern davon Kenntnis, dass die Stifterfirma die Produktion stillgelegt hatte und seit 1989 nur noch als Ingenieurbüro mit den beiden Beschäftigten A._ und B._ weitergeführt wurde. Das Amt forderte daher am 14. Februar 1995 die Vorsorgestiftung auf, eine Teilliquidation durchzuführen.
Nach mehreren weiteren Aufforderungen, teilweise verbunden mit Strafandrohung, machte die Stiftung mit Schreiben vom 5. Januar 1998 geltend, eine Teilliquidation sei nicht durchzuführen, da es sich um eine Kaderstiftung mit zwei Kadermitarbeitern, nämlich den Gesellschaftern A._ und B._, handle; zudem sei nicht die Produktion, sondern die Endmontage eingestellt worden, und die Mitarbeiter hätten die Firma freiwillig verlassen. An einer Besprechung vom 29. Januar 1998 machte die Stiftung geltend, die Unternehmensleitung habe nie entschieden, die Endmontage stillzulegen. Mit Schreiben vom 26. März 1999 führte sodann die Gesellschaft aus, die Gesellschaftsleitung habe nie beschlossen, die Abteilung Endmontage zu schliessen, eine solche Abteilung habe es gar nie gegeben. Schliesslich führte die Stiftung am 29. März 1999 aus, eine von den Kunden verlangte Neuausrichtung der Tätigkeit auf zusätzlichen Servicedienst im ganzen Gebiet der Schweiz, des Tirols und des Fürstentums Liechtenstein sei von den Mitarbeitern teilweise abgelehnt worden, weshalb ein Teil der Mitarbeiter die Firma aus eigenem Entschluss und zu verschiedenen Zeitpunkten verlassen hätten.
Auf nochmalige Aufforderung der Aufsichtsbehörde vom 10. Juni 1999 beschloss der Stiftungsrat am 27. Dezember 1999, dass die Stiftung per 31. Dezember 1999 aufgelöst werde. Dabei sollten die ungebundenen Mittel von rund Fr. 520'000.- auf die beiden einzigen Kadermitarbeiter, nämlich die Herren A._ und B._, verteilt werden.
B.- Die Aufsichtsbehörde verfügte am 10. Januar 2000, die Verteilung der freien Mittel werde nicht genehmigt. Zur Begründung hielt sie im Wesentlichen fest, dass aufgrund der vorliegenden Unterlagen erwiesen sei, dass der Stellenabbau in den Jahren 1987 bis 1989 aus wirtschaftlichen Gründen erfolgt sei. Es sei deshalb ein neuer Verteilplan auszuarbeiten, der die damals Ausgetretenen einbeziehe.
Auf Einsprache hin bestätigte die Aufsichtsbehörde am 10. April 2000 die Verfügung.
Die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge wies die dagegen von der Vorsorgestiftung eingereichte Beschwerde mit Urteil vom 5. September 2001 ab und wies die Aufsichtsbehörde an, der Vorsorgestiftung eine neue Frist zur Erstellung und Einreichung einer Liquidationsbilanz und eines neuen Verteilungsplanes anzusetzen.
C.- Mit Eingabe vom 10. Oktober 2001 hat die Vorsorgestiftung X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge aufzuheben und den vom Stiftungsrat eingereichten Verteilungsplan zu genehmigen, eventuell die Sache zur Genehmigung an das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern zurückzuweisen.
Das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Die Beschwerdekommission und das Bundesamt für Sozialversicherung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung hat der Beschwerde mit Verfügung vom 31. Oktober 2001 die aufschiebende Wirkung beigelegt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach Art. 61 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831. 40) besteht in jedem Kanton eine Behörde, welche die Vorsorgeeinrichtungen beaufsichtigt und bei Stiftungen die Aufgaben nach Art. 84 Abs. 2, Art. 85 und Art. 86 ZGB übernimmt (<ref-law>). Deren Entscheid kann bei der Beschwerdekommission BVG angefochten und danach an das Bundesgericht weitergezogen werden (Art. 74 Abs. 2 lit. a und Abs. 4 BVG), was auch gilt, wenn es um eine nicht registrierte (d.h. nicht der Durchführung des BVG dienende) Personalfürsorgestiftung handelt (<ref-law>). Die Genehmigung von Verteilungsplänen im Rahmen von Liquidation oder Teilliquidation einer Vorsorgeeinrichtung, liegt in der Zuständigkeit der Aufsichtsbehörde, weshalb der Verwaltungsrechtsweg nach Art. 74 BVG und letztinstanzlich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht offen steht (<ref-ruling> E. 1c S. 50).
b) Das Bundesgericht prüft das angefochtene Urteil auf die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Ueberschreitung oder Missbrauch des Ermessens (Art. 104 lit. a OG). Da eine Rekurskommission entschieden hat, ist es aber an die Feststellung des Sachverhalts gebunden, soweit dieser von der Vorinstanz nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- a) Wesentliche Umstrukturierungen bei der Stifterfirma haben regelmässig zur Folge, dass der Zweck der Personalvorsorgestiftung angepasst werden muss. Nach dem Grundsatz, dass das Personalvorsorgevermögen dem Personal folgt (<ref-ruling> E. 3d S. 52; Hans Michael Riemer, Die Auswirkungen grösserer Personalfluktuationen beim Arbeitgeber auf dessen Personalvorsorgestiftung, in: SZS 26/1982 S. 3 ff.), muss die Personalfürsorgestiftung den veränderten Umständen Rechnung tragen, was durch eine Teilliquidation geschehen kann.
Scheidet ein Arbeitnehmer unter normalen Umständen aus den Diensten des Arbeitgebers und aus der Personalfürsorgestiftung aus, stehen ihm die gesetzlich und statutarisch vorgesehenen Leistungen zu. Er hat in der Regel keinen Anspruch auf einen Teil des reglementarisch nicht gebundenen freien Stiftungsvermögens. Das gilt namentlich auch für patronale Fonds oder Wohlfahrtsfonds, die ausschliesslich Leistungen "nach Ermessen" erbringen. Insofern bestehen nur "Anwartschaften minderer Verbindlichkeit", die auf Erwartungen der Destinatäre auf künftige Ermessensleistungen beruhen, soweit sie dannzumal noch zum Destinatärskreis gehören. Beim Ausscheiden aus der Stifterfirma gehen diese Erwartungen regelmässig unter. Vom Weggang eines einzelnen Arbeitnehmers profitieren die verbliebenen nur unwesentlich, und der Ausscheidende seinerseits wird bei einer Fürsorgestiftung eines neuen Arbeitgebers Anschluss finden, weil er die Anwartschaften der dortigen Destinatäre kaum beeinträchtigt (<ref-ruling> E. 4b S. 53 f.; Riemer, a.a.O., S. 6 f.). Haben Veränderungen auf Seiten des Arbeitgebers jedoch grössere Personalabgänge zur Folge, würden berechtigte Erwartungen auf künftige Ermessensleistungen enttäuscht, wenn das freie Stiftungsvermögen der nicht ausscheidenden Destinatärsgruppe allein vorbehalten bliebe.
Der Grundsatz von Treu und Glauben gebietet in diesem Fall, dass das Personalvorsorgevermögen den Bediensteten folgt, und das Gebot der Rechtsgleichheit verbietet, einzelne Destinatärsgruppen daran zu Lasten anderer profitieren zu lassen. Dem ist mit einer den Verhältnissen angepassten Aufteilung des Stiftungsvermögens Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 4c S. 54; <ref-ruling> E. 4 und 5 S. 442 ff.).
Dabei wird in Rechtsprechung und Lehre anerkannt, dass nicht nur die zu diesem Zeitpunkt bei der Stifterfirma beschäftigten Arbeitnehmer in den Verteilungsplan einzubeziehen sind, sondern auch jene, die - bei umfassender Betrachtungsweise - aufgrund der gleichen Veränderungen schon früher ihren Arbeitsplatz verloren haben (<ref-ruling> E. 4d S. 55, mit Hinweisen).
b) Die Beschwerdekommission BVG hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass sich der Personalbestand der Stifterfirma in der Zeit vom September 1987 bis August 1989 um neun Personen auf zwei Mitarbeiter, nämlich die Gesellschafter A._ und B._, reduziert hat. Aktenkundig ist ferner, dass einem der Mitarbeiter aus wirtschaftlichen Gründen gekündigt worden ist. Die Kontrollstelle der Beschwerdeführerin hat die Ausrichtung einer Stiftungsleistung an diesen Mitarbeiter ausdrücklich mit der Entlassung aus wirtschaftlichen Gründen und der Aufgabe der Produktionstätigkeit begründet. In der Folge haben Beschwerdeführerin und Stifterfirma ihre Darstellung laufend verändert: Zunächst liessen sie verlauten, nicht die Produktion, sondern die Endmontage sei eingestellt worden. Sodann behaupteten sie, eine Endmontage habe es nie gegeben, vielmehr habe eine von den Kunden verlangte teilweise Neuausrichtung der Tätigkeit mit zuätzlichem Servicedienst dazu geführt, dass ein Teil der Mitarbeiter die Stifterfirma verlassen hätten.
Völlig zu Recht hat die Beschwerdekommission davon abgesehen, sich im Detail mit dieser widersprüchlichen Darstellung der Vorgänge bei der Stifterfirma zu befassen. Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung (Art. 105 Abs. 2 OG) liegt jedenfalls nicht vor. Entscheidend ist, dass so oder anders eine Neuausrichtung der Stifterfirma erfolgte, welche den Abgang fast der ganzen Belegschaft mit sich brachte, während die Unternehmung nur noch als Ingenieurbüro, bestehend aus den beiden Gesellschaftern, weitergeführt wurde.
Derartige Veränderungen dürfen nicht dazu führen, dass einseitig die beiden verbliebenen Gesellschafter Jahre später vom Stiftungsvermögen profitieren, während alle anderen Mitarbeiter leer ausgehen, so wie die Beschwerdeführerin dies mit dem von ihr vorgelegten Verteilungsplan anstrebt.
c) Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Stifterfirma habe keine Kündigungen ausgesprochen. Die Beweislast dafür, dass die in den Jahren 1987 bis 1989 ausgetretenen Mitarbeiter die Stifterfirma nicht freiwillig verlassen hätten, liege bei der Aufsichtsbehörde. Auch hätte das freiwillige Ausscheiden mehrer Mitarbeiter zu betrieblichen (nicht wirtschaftlichen) Schwierigkeiten geführt.
Mit ihrer Argumentation scheint die Beschwerdeführerin eine Parallele zum Sachverhalt ziehen zu wollen, wie er <ref-ruling> zugrunde lag. Dort führte die konzertierte Kündigung eines Teils der Belegschaft zu wirtschaftlichen Schwierigkeiten, welche die Umstrukturierung der Stifterfirma und weitere Entlassungen zur Folge hatte. Das Bundesgericht entschied, dass es nicht gegen das Rechtsgleichheitsgebot verstiess, wenn bei der notwendig gewordenen Teilliquidation der Personalvorsorgestiftung die freiwillig ausgeschiedenen Mitarbeiter, die durch ihr Verhalten die wirtschaftlichen Schwierigkeiten und die Umstrukturierung verursacht hatten, nicht in den Verteilungsplan einbezogen wurden. Ein derartiger Sachverhalt liegt hier indessen auch nicht ansatzweise vor. Wiewohl die Beschwerdeführerin ihre Sachdarstellung immer wieder zur Verbesserung ihrer Prozessaussichten angepasst hat, blieb es immer dabei, dass es Veränderungen bei der Stifterfirma waren, welche zur Folge hatten, dass der Personalbestand von elf Mitarbeitern auf deren zwei abgebaut und die Unternehmung nur noch als Ingenieurbüro mit den beiden Gesellschaftern weitergeführt wurde. Für den Einbezug in der Verteilungsplan kommt es nicht darauf an, wer die Kündigung ausgesprochen hat. Entscheidend ist nur, dass der Abbau des Personals auf Veränderungen bei der Stifterfirma zurückzuführen ist. Um welche Veränderung es sich dabei handelte, ob die Einstellung der Produktion, die Einstellung der Endmontage oder aber eine Neuausrichtung im Servicebereich, wie zuletzt geltend gemacht, bleibt ohne Belang. In jedem Fall hat die Beschwerdeführerin eine Teilliquidation durchzuführen und in den Verteilplan die ausgeschiedenen Mitarbeiter einzubeziehen.
3.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern, der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge sowie dem Bundesamt für Sozialversicherung schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 24. Januar 2002
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: