Sachverhalt:
A. A.a E._ (Beschwerdegegner 1) wurde am 20. September 1994 und F._ (Beschwerdegegner 2) am 10. April 1995 in den Verwaltungsrat der in Zug domizilierten U._ AG gewählt. Die U._ AG bezweckte vorwiegend das Halten von Beteiligungen an anderen Unternehmen. Unmittelbar nach ihrer Gründung im Dezember 1991 wurde ihr von der V._ Foundation ein Wandeldarlehen über Fr. 8 Mio. gewährt. Dieses Darlehen wurde in einem Inhaberpapier "Wandeldarlehen lautend auf den Inhaber" verurkundet. Mit diesen Mitteln erwarb die U._ AG eine Beteiligung von 5'800 Aktien an der W._ SA. Am 19. Juli 1993 wurde das Darlehen durch Übertragung von 1'000 Aktien der W._ SA und Rückzahlung von Fr. 1 Mio. in bar an die V._ Foundation auf Fr. 6 Mio. reduziert. Der jährliche Darlehenszins betrug 5 %.
Die W._ SA mit Sitz in Neuenburg bezweckte wie die U._ AG vorwiegend das Halten von Beteiligungen an anderen Unternehmen. Sie beteiligte sich unter anderem an der X._ AG mit Sitz in Zollikon. Der Zweck der X._ AG bestand in erster Linie in der Beteiligung an Versicherungsgesellschaften und Dienstleistungsunternehmungen, die hauptsächlich ergänzende Leistungen im Versicherungsumfeld erbringen. Am 3. Mai 1999 wurde über die X._ AG und am 27. Mai 1999 über die W._ SA der Konkurs eröffnet. Der Beschwerdegegner 1 war sowohl Verwaltungsratsmitglied der W._ SA als auch der X._ AG.
A.b Die Y._ (Beschwerdeführerinnen), die in Z.A._, Z.B._, Z.C._ und Z.D._ umfirmiert wurden, sind belgische Gesellschaften mit Sitz in Liège, die im Versicherungs- und Finanzsektor tätig sind. Mit Schreiben vom 17. Dezember 1996 teilten sie der U._ AG mit, sie seien Inhaberinnen des "Wandeldarlehens" vom 19. Juli 1993. Zugleich forderten sie die U._ AG auf, die per 31. Dezember 1996 fällig werdenden Beträge (Fr. 6 Mio. Darlehen sowie Fr. 300'000.-- Zins) fristgemäss auf das Konto ihres Rechtsvertreters zu überweisen. Die Rechtsöffnungsverfügung des Kantonsgerichtspräsidiums Zug vom 21. Oktober 1997, mit welcher den Beschwerdeführerinnen für den Betrag von Fr. 6 Mio. nebst 5 % Zins seit 1. Juli 1993 provisorische Rechtsöffnung erteilt wurde, bestätigte das Kantonsgericht Zug, 2. Abteilung, mit rechtskräftigem Aberkennungsentscheid vom 19. April 1999.
Über die U._ AG wurde am 30. Juni 1999 der Konkurs eröffnet. Die Beschwerdeführerinnen wurden mit einer Forderung von Fr. 7'956'067.75 kolloziert. Mit Schreiben vom 21. Dezember 1999 trat ihnen das Konkursamt Zug als Konkursverwaltung die Verantwortlichkeitsansprüche gegen die Beschwerdegegner nach <ref-law> ab.
B. B.a Am 8. Oktober 2001 erhoben die Beschwerdeführerinnen Verantwortlichkeitsklage gegen die Beschwerdegegner als Organe der konkursiten U._ AG. Sie begehrten, die Beschwerdegegner zu verurteilen, ihnen unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 4 Mio. zuzüglich Zins, unter Nachklagevorbehalt, zu bezahlen.
Das Kantonsgericht Zug, 3. Abteilung, hiess die Klage mit Urteil vom 7. Juni 2006 teilweise gut. Es kam zum Schluss, dass der Beschwerdegegner 1 der W._ SA in Verletzung von <ref-law> ein ungesichertes Darlehen gewährt habe und verpflichtete ihn daher, den Beschwerdeführerinnen Fr. 3'423'344.-- nebst Zins zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 1). Zudem verurteilte es die Beschwerdegegner 1 und 2 unter solidarischer Haftbarkeit zur Bezahlung von Fr. 395'824.80 nebst Zins (Dispositiv-Ziffer 2). Das Kantonsgericht erachtete die Führung des Aberkennungsprozesses als aussichtslos und missbräuchlich (Schaden von Fr. 302'564.80) und bejahte ebenso eine Verantwortlichkeit der beiden Beschwerdegegner aufgrund der anlässlich der Verhaftung des Beschwerdegegners 1 in Belgien geleisteten Kaution (Schaden von Fr. 93'260.--). Die Beschwerdegegner hätten indes die Anzeigepflichten infolge Überschuldung der U._ AG nach <ref-law> nicht verletzt und zudem sei der daraus behauptete Schaden von den Beschwerdeführerinnen ungenügend substantiiert worden.
B.b Sowohl die Beschwerdeführerinnen als auch die Beschwerdegegner erhoben gegen dieses Urteil kantonale Berufung. Die Beschwerdeführerinnen stellten den Antrag, die Ziffern 1 und 2 des Dispositivs des Urteils des Kantonsgerichts aufzuheben und die Beschwerdegegner unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, ihnen Fr. 3'850'076.80 nebst Zins zu bezahlen. Eventuell sei das Urteil aufzuheben und die Streitsache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner 1 beantragte die Aufhebung von Ziffer 1 des Urteilsdispositivs des Kantonsgerichts. Zudem sei Dispositiv-Ziffer 2 aufzuheben, soweit er zur Zahlung von Fr. 395'824.80 nebst Zins verpflichtet worden sei. Eventuell sei der Prozess an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner 2 begehrte, Dispositiv-Ziffer 2 aufzuheben, soweit er verpflichtet worden sei, unter solidarischer Haftbarkeit mit dem Beschwerdegegner 1 den Beschwerdeführerinnen den Betrag von Fr. 395'824.80 nebst Zins zu bezahlen.
Mit Urteil vom 15. April 2008 hob das Obergericht des Kantons Zug in teilweiser Gutheissung der Berufung der Beschwerdeführerinnen und in teilweiser Gutheissung der Berufungen der Beschwerdegegner das Urteil des Kantonsgerichts vom 7. Juni 2006 auf. Das Obergericht erblickte entgegen der Auffassung des Kantonsgerichts im Führen des Aberkennungsprozesses keine Pflichtwidrigkeit, erachtete aber die Leistung der Kaution auch als Pflichtverletzung. Demnach verurteilte es die Beschwerdegegner 1 und 2 unter solidarischer Haftbarkeit, den Beschwerdeführerinnen den Betrag von Fr. 93'260.-- nebst Zins zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 1). Mit Blick auf die Darlehensgewährung an die W._ SA kam das Obergericht zum Schluss, dass eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vorliege. Die Vorinstanz habe nicht geprüft, ob das Verhalten der Beschwerdeführerinnen als Einverständnis zu würdigen sei, das die Organe der U._ AG von einer Haftung für die Folgen der entsprechend vorgenommenen Disposition befreie. Es wies die Sache in diesem Punkt zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Kantonsgericht zurück (Dispositiv-Ziffer 2). Mit dem Kantonsgericht hielt es schliesslich dafür, dass keine Pflichtwidrigkeit im Sinne von <ref-law> der Beschwerdegegner im Zusammenhang mit der Überschuldung der U._ AG nachgewiesen sei. Die Verfahrenskosten auferlegte es den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit zu 4/5 und den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftbarkeit zu 1/5 (Dispositiv-Ziffer 3). Zudem verurteilte es die Beschwerdeführerinnen, dem Beschwerdegegner 1 für das Berufungsverfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 34'247.90 unter solidarischer Haftbarkeit zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 4). Betreffend die Parteientschädigung des Beschwerdegegners 2 erwog es, dass sich die gegenseitigen, verrechenbaren Ansprüche des Beschwerdegegners 2 und der Beschwerdeführerinnen die Waage halten würden.
C. Die Beschwerdeführerinnen beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 15. April 2008 aufzuheben und die Beschwerdegegner 1 und 2 unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, ihnen den Betrag von Fr. 3'850'076.80 nebst Zins zu bezahlen. Ziff. 3 des Urteilsdispositivs sei aufzuheben, soweit den Beschwerdeführerinnen Kosten auferlegt werden, und es seien die gerichtlichen Kosten vollumfänglich den Beschwerdegegnern 1 und 2 unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen. Ziff. 4 des Urteilsdispositivs sei aufzuheben und die Beschwerdegegner seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, den Beschwerdeführerinnen eine Parteientschädigung für das zweitinstanzliche Verfahren von Fr. 94'509.65 zuzüglich MWSt zu entrichten. Eventuell sei das Urteil aufzuheben und die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Beide Beschwerdegegner stellen den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid stellt einerseits einen Teilentscheid (<ref-law>) und anderseits einen Zwischenentscheid (<ref-law>) dar.
Der Teilentscheid (Dispositiv-Ziffer 1) betrifft folgende Schadenersatzbegehren:
1. Zusprechung der Forderung von Fr. 93'260.-- nebst Zins wegen Leistung der Kaution (Anspruchsgrundlage: Art. 717 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).
2. Abweisung der Forderung von Fr. 302'564.80 wegen Führens des Aberkennungsprozesses (Anspruchsgrundlage: Art. 717 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).
3. Abweisung der als Verzögerungsschaden geltend gemachten Forderung von Fr. 3'756'816.80 (darin eingeschlossen: Darlehen an W._ SA von Fr. 3'423'344.--; Schaden infolge Aberkennungsprozess von Fr. 302'564.80; Verwaltungskosten von Fr. 17'108.--; Steuern von Fr. 13'800.--) wegen unterlassener Überschuldungsanzeige (Anspruchsgrundlage: Art. 725 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
Die Abweisung der beiden Schadenersatzbegehren 2 und 3 schlägt sich zwar in der Dispositiv-Ziffer 1 nicht explizit nieder, geht aber klar aus den Erwägungen hervor. Auch die Parteien fassen den Entscheid so auf.
Der Zwischenentscheid (Dispositiv-Ziffer 2) besteht in der Rückweisung an die Vorinstanz betreffend das Schadenersatzbegehren von Fr. 3'423'344.-- wegen Gewährung eines Darlehens an die W._ SA (Anspruchsgrundlage: Art. 717 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Diesen Zwischenentscheid fechten die Beschwerdeführerinnen ausdrücklich nicht an. Ebensowenig erheben sie Beschwerde gegen den Teilentscheid betreffend das Schadenersatzbegehren 1, da sie infolge Gutheissung diesbezüglich begünstigt sind. Hingegen fechten sie den Teilentscheid betreffend die Abweisung der Schadenersatzbegehren 2 und 3 an. Dies ist zulässig, da diese beiden Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können.
2. Die vorliegende Streitigkeit betrifft aufgrund des Wohnsitzes der Beschwerdeführerinnen in Belgien ein internationales Privatrechtsverhältnis. Daher ist das anwendbare Recht von Amtes wegen zu prüfen (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2b). Die Vorinstanz und die Parteien gehen zu Recht von der Anwendung schweizerischen Rechts aus (vgl. Art. 154 i.V.m. <ref-law>).
3. 3.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2).
3.2 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4).
3.1 Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40; <ref-ruling> E. 1b S. 30).
3.2 Die Beschwerdeführerinnen vermögen mit ihren grösstenteils appellatorischen Ausführungen den Begründungsanforderungen über weite Strecken nicht zu genügen. Insofern ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Im Einzelnen ist zu den erhobenen Vorwürfen immerhin Folgendes auszuführen:
4. Mit der Rüge der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung sind die Beschwerdeführerinnen nicht zu hören. Denn die gerügten Sachverhaltselemente betreffen die Beurteilung der geltend gemachten Forderung wegen der Darlehensgewährung an die W._ SA. Dieses Schadenersatzbegehren bildet jedoch gerade nicht Gegen-stand des vorliegenden Verfahrens, sondern wurde an das Kantonsgericht zurückgewiesen. Inwiefern die gerügten Feststellungen für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens entscheidend wären, zeigen die Beschwerdeführerinnen nicht auf.
5. Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die Vorinstanz habe zu Unrecht im Führen des Aberkennungsprozesses keine Pflichtwidrigkeit der Beschwerdegegner erblickt. Die aus diesem Sachverhaltskomplex geltend gemachte Schadenersatzforderung von Fr. 302'564.80 hätte nicht abgewiesen werden dürfen.
5.1 Die Vorinstanz erwog, eine missbräuchliche Inanspruchnahme eines Gerichtsverfahrens stelle grundsätzlich einen Verstoss gegen die Treuepflicht nach <ref-law> dar, die den Mitgliedern des Verwaltungsrats die Pflicht auferlege, die Interessen der Gesellschaft zu verfolgen und die hierfür erforderlichen Massnahmen einzuleiten beziehungsweise schädigendes Verhalten zu unterlassen. Vorliegend sei das Anheben des Aberkennungsprozesses indes nicht als entsprechende Pflichtverletzung zu qualifizieren. Den Beschwerdeführerinnen sei es nicht gelungen, eine missbräuchliche Inanspruchnahme des Gerichtsverfahrens durch die Beschwerdegegner im Namen der U._ AG darzulegen.
5.2 Die Beschwerdeführerinnen rügen, die Vorinstanz hätte das Aberkennungsurteil des Kantonsgerichts vom 19. April 1999 willkürlich als Beweismittel nicht berücksichtigt und seine grundsätzliche Eignung in Abrede gestellt, um die Aussichtslosigkeit des Aberkennungsprozesses im Zeitpunkt der Prozessanhebung nachzuweisen. Im Aberkennungsurteil habe das Kantonsgericht rechtskräftig festgestellt, dass die Anstrengung des Aberkennungsprozesses rechtsmissbräuchlich gewesen sei.
Indem die Beschwerdeführerinnen vorbringen, die Vorinstanz hätte das Aberkennungsurteil des Kantonsgerichts vom 19. April 1999 nicht berücksichtigt, verkennen sie den angefochtenen Entscheid. Die Vorinstanz hat zwar ausgeführt, das Kantonsgericht habe die angeblichen Pflichtverletzungen der Beschwerdegegner vorwiegend auf die Erkenntnisse im nachträglich ergangenen Aberkennungsurteil abgestützt, was nicht zulässig sei. Damit stellte sie lediglich richtig, dass die Prozessaussichten im Zeitpunkt der Anhebung der Klage zu beurteilen sind. Die Vorinstanz berücksichtigte dennoch das Aberkennungsurteil, was sich daraus ergibt, dass sie ausführte, aus der mangelnden Substantiierung der im Aberkennungsprozess verrechnungsweise geltend gemachten Schadenersatzforderung könne nicht auf eine Unterlassung der Einschätzung der Prozesschancen geschlossen werden.
Zudem stellen die Beschwerdeführerinnen das von ihnen als Beweismittel vorgelegte Aberkennungsurteil des Kantonsgerichts vom 19. April 1999 falsch dar. Das Kantonsgericht kam nicht zum Schluss, der Aberkennungsprozess sei rechtsmissbräuchlich angehoben worden, sondern erwog, die erstmals in der Replik vom 30. September 1998 und anlässlich der Hauptverhandlung vorgetragenen Einwendungen gegen die in Betreibung gesetzte Darlehensforderung an sich seien qualifiziert widersprüchlich im Sinne von <ref-law>, nachdem die Beschwerdegegner zuvor die Entstehung und den Bestand dieser Forderung nicht bestritten hätten. Die Beschwerdegegner seien bei ihrem Zugeständnis zu behaften, dass den Beschwerdeführerinnen gegenüber der U._ AG grundsätzlich ein Anspruch in der Höhe von Fr. 6'000'000.-- zustehe. Aus dem Urteil des Kantonsgerichts ergibt sich weiter, dass die U._ AG, handelnd durch die Beschwerdegegner, eine Schadenersatzforderung zur Verrechnung gestellt hat, welche die Aberkennungsforderung "um ein Mehrfaches" übersteigen würde. Diese Verrechnungseinrede verwarf das Kantonsgericht mangels hinreichender Substantiierung. Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerinnen betraf der Vorwurf des Rechtsmissbrauchs somit weder die Anhebung des Aberkennungsprozesses an sich noch die Geltendmachung der zur Verrechnung gestellten Forderung. Die Rüge, die Vorinstanz sei willkürlich und aktenwidrig nicht von der rechtskräftigen Feststellung des Kantonsgerichts im Aberkennungsurteil ausgegangen, wonach die Anstrengung des Aberkennungsprozesses rechtsmissbräuchlich sei, entbehrt somit der Grundlage.
5.3 Unbehelflich sind im Weiteren auch die Vorbringen der Beschwerdeführerinnen, mit denen sie ihre eigene Sicht der Dinge schildern, ohne rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben (vgl. Erwägung 3). So insbesondere wenn sie geltend machen, die Aussichtslosigkeit der Aberkennungsklage ergebe sich aus den Tatsachen, dass sich die Beschwerdegegner nicht um die Erstellung des Sachverhalts, die Beschaffung der Beweismittel und die umfassende Instruktion des Rechtsanwalts gekümmert hätten. Sie hätten geklagt, obwohl die angebliche Schadenersatzforderung noch immer bei der X._ AG "gelegen" sei und weder die X._ AG noch die U._ AG die angebliche Schadenersatzforderung in ihren Büchern gehabt hätten.
5.4 Die Beschwerdeführerinnen rügen weiter eine willkürliche Anwendung von § 56 der Zivilprozessordnung für den Kanton Zug vom 3. Oktober 1940 (ZPO; BGS 222.1).
Nach <ref-law>/ZG ist der Richter in Würdigung der Beweise und Beweisergebnisse an seine Überzeugung gebunden, sofern das Gesetz nicht besondere Beweisregeln aufstellt. Indem die Vorinstanz ausführte, die Beweisführung bezüglich der Aussichtslosigkeit des Prozesses müsse sich auf den Zeitpunkt der Anhebung des Prozesses beziehen, hat sie entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerinnen <ref-law>/ZG nicht willkürlich angewendet, sondern richtig geurteilt.
5.5 Die Beschwerdeführerinnen machen eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) geltend, weil sich die Vorinstanz mit verschiedenen ihrer Vorbringen in den kantonalen Berufungsantworten und mit einzelnen Erwägungen des erstinstanzlichen Urteils nicht auseinander gesetzt habe.
Auch diese Rüge ist unbegründet. Die Vorinstanz hat das rechtliche Gehör nicht verletzt, indem sie sich nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzte und nicht jedes einzelne Vorbringen der Beschwerdeführerinnen ausdrücklich widerlegte. Sie wurde den Begründungsanforderungen, die sich aus <ref-law> ergeben, gerecht, da sie die wesentlichen Überlegungen nannte, von denen sie sich hat leiten lassen und auf die sie ihren Entscheid abstützte (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 4.3 S. 540; je mit Hinweisen). Ebenso besteht keine Pflicht der Vorinstanz, sich mit allen Erwägungen der ersten Instanz explizit auseinander zu setzen.
5.6 Die Beschwerdeführerinnen rügen schliesslich eine Verletzung von Bundesrecht. Indem die Vorinstanz erwog, im Führen des Aberkennungsprozesses durch die Beschwerdegegner sei keine Pflichtwidrigkeit zu erblicken, habe sie Art. 41 und Art. 717 OR falsch angewendet.
Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die vorinstanzliche Erwägung sei unhaltbar, wonach den Beschwerdegegnern aufgrund des Beizugs eines Rechtsanwalts für den Aberkennungsprozess gerade nicht vorgeworfen werden könne, sie hätten es pflichtwidrig versäumt, eine realistische Einschätzung der Prozesschancen vorzunehmen oder vornehmen zu lassen, zumal der Beschwerdegegner 2 selber Anwalt sei. Es trifft zu, dass allein aus dem Beizug eines Rechtsanwalts nicht in jedem Fall geschlossen werden kann, die Verwaltungsratsmitglieder hätten ihre Pflicht zur sorgfältigen Abwägung der Prozesschancen und zur Prozessvorbereitung hinreichend erfüllt. Die Beschwerdeführerinnen verkennen jedoch, dass die Vorinstanz die Pflichtverletzung nicht ausschliesslich aufgrund des Beizugs eines externen Anwalts verneinte, sondern ausführte, die mangelnde Substantiierung der zur Verrechnung gestellten Forderung begründe noch keine missbräuchliche Inanspruchnahme eines Gerichtsverfahrens. Entscheidend ist vorliegend, dass mit Blick auf die zur Verrechnung gestellte Forderung die Anhebung des Aberkennungsprozesses nicht von vornherein als aussichtslos betrachtet werden kann. Demnach kann den Beschwerdegegnern nicht vorgeworfen werden, sie hätten unsorgfältig gehandelt und die Interessen der U._ AG geschädigt. Eine Bundesrechtsverletzung liegt somit nicht vor.
6. Streitig ist weiter, ob die U._ AG per Ende 1995 im Sinne von <ref-law> überschuldet war und die Beschwerdegegner es pflichtwidrig unterlassen haben, dem Konkursrichter die Überschuldung der U._ AG rechtzeitig anzuzeigen. Die Beschwerdeführerinnen sind der Ansicht, die Vorinstanz habe eine entsprechende Überschuldung zu Unrecht verneint.
6.1 Wenn begründete Besorgnis einer Überschuldung besteht, muss eine Zwischenbilanz erstellt und diese der Revisionsstelle zur Prüfung vorgelegt werden (<ref-law>). Ergibt sich aus der Zwischenbilanz, dass die Forderungen der Gesellschaftsgläubiger weder zu Fortführungs- noch zu Veräusserungswerten gedeckt sind, so hat der Verwaltungsrat den Richter zu benachrichtigen, sofern nicht Gesellschaftsgläubiger im Ausmass dieser Unterdeckung im Rang hinter alle anderen Gesellschaftsgläubiger zurücktreten (<ref-law>).
6.2 Die Vorinstanz verneinte eine Verletzung von <ref-law> durch die Beschwerdegegner, weil nicht erwiesen werden konnte, dass Ende 1995 eine Überschuldung der U._ AG vorgelegen sei.
Sie erwog insbesondere, aus den eingeholten Gutachten ergebe sich, dass eine mögliche Überschuldung der U._ AG von der Bewertung ihrer Beteiligungen abhänge. Es könne deshalb den Beschwerdeführerinnen nicht gefolgt werden, dass sich die Überschuldung unabhängig von Bewertungsmethoden direkt und unmittelbar aus den Bilanzen der U._ AG und deren Tochtergesellschaften ergeben würde. Gemäss dem Obergutachen G._ sei die Wertbestimmung von Versicherungen eine sehr anspruchsvolle Aufgabe, für die verschiedene Methoden zur Anwendung gelangten. Die Bestimmung des Embedded Value sei vorliegend mit den vorhandenen Unterlagen nicht durchführbar gewesen. Für das Ertragswertverfahren habe es an der Möglichkeit einer zukunftsbezogenen Bewertung gefehlt. Schliesslich sei nach der sogenannten Multiplen-Methode der Wert mittels Multiplikatoren ermittelt worden. Dieses Verfahren sei aber relativ ungenau und werde vor allem zur Plausibilisierung von mit anderen Methoden ermittelten Werten verwendet. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die im Gutachten G._ per Ende 1995 resp. im Gutachten H._ per Ende 1994 erwähnte Überschuldung nicht Beachtung finden könne, weil sie nicht aufgrund anerkannter Bewertungsmethoden festgestellt worden sei. Somit habe eine Überschuldung der U._ AG per Ende 1995 nicht nachgewiesen werden können.
6.3 Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die Vorinstanz habe das rechtliche Gehör verletzt, eine willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen und voreilige Schlüsse aus den Beweismitteln gezogen, indem sie die vorbehaltlosen Aussagen der Gutachter, wonach die Forderung der Gläubiger der U._ AG per Ende 1995 (Gutachten G._), per 31. Dezember 1994 (Gutachten H._) sowie nach dem Gutachten K._ per 31. Dezember 1996 weder zu Fortführungs- noch zu Veräusserungswerten im Sinne von <ref-law> gedeckt gewesen seien, überhaupt nicht berücksichtigt habe resp. diese Aussagen mit der Begründung nicht habe gelten lassen, es bestünden Unsicherheiten bezüglich der Bewertung der U._ AG.
Dem kann nicht gefolgt werden. Der Vorinstanz ist keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vorzuwerfen, da sie die entsprechenden Aussagen der Gutachter berücksichtigt hat. Sie kam jedoch zum Schluss, es könne nicht auf die Ergebnisse der Gutachten abgestellt werden, weil diese den Zeitpunkt des Eintritts der Überschuldung aufgrund der nicht exakten Multiplen-Methode ermittelt hätten, die vor allem zur Plausibilisierung von Werten verwendet würde. Darin ist keine Willkür zu erblicken. Soweit die Beschwerdeführerinnen detailliert darlegen, inwiefern die Gutachten ihrer Meinung nach zu würdigen gewesen wären, sind sie nicht zu hören. Sie üben damit reine appellatorische Kritik am Urteil der Vorinstanz, auf die nicht eingetreten werden kann (vgl. Erwägung 3).
6.4 Die Beschwerdeführerinnen rügen weiter eine willkürliche Anwendung von <ref-law>/ZG. Nach dieser Bestimmung ist der Richter berechtigt, die Parteien jederzeit von Amtes wegen zur Ergänzung des Vorgebrachten zu Erklärungen zu veranlassen (<ref-law>/ZG). Er kann Unklarheiten oder Unvollständigkeiten der Parteivorträge durch geeignete Fragen an die Parteien beheben und, sofern sich das als notwendig erweist, Beweisergänzungen vornehmen (<ref-law>/ZG). Die Beschwerdeführerinnen erblicken Willkür darin, dass die Vorinstanz die Parteien nicht vor Erlass des Urteils darauf aufmerksam gemacht habe, dass sie ihr Urteil nicht auf die Expertisen abstützen würde. Somit hätten sie keine Alternativbegründung vorbringen können.
Auch mit dieser Rüge dringen die Beschwerdeführerinnen nicht durch. Bereits das Kantonsgericht folgte nicht den Gutachtern bezüglich des Zeitpunkts des Eintritts der Überschuldung, da für die Darstellung der damaligen finanziellen Situation der U._ AG keine exakte Methode zur Verfügung stand. Die Beschwerdeführerinnen mussten somit damit rechnen, dass die Vorinstanz diesbezüglich der gleichen Auffassung wie das Kantonsgericht sein würde. Von einer willkürlichen Anwendung von <ref-law>/ZG kann keine Rede sein.
6.5 Eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs erblicken die Beschwerdeführerinnen zudem darin, dass sich die Vorinstanz nicht mit ihrer Ansicht auseinander gesetzt habe, wonach sich die Überschuldung der U._ AG direkt aus den Bilanzen ergebe.
Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist nicht ersichtlich. Denn die Vorinstanz hat sich mit dem Vorbringen der Beschwerdeführerinnen auseinander gesetzt. Sie legte dar, die Gutachter hätten plausibel ausgeführt, eine mögliche Überschuldung hänge von der Bewertung der Beteiligungen der U._ AG ab und kam willkürfrei zum Schluss, dass sich die Überschuldung daher nicht unmittelbar aufgrund einer Gegenüberstellung der Bilanzen ergeben könne. Namentlich vermag auch die von den Beschwerdeführerinnen zitierte Stelle des Gutachtens G._ nichts daran zu ändern.
6.6 Ebenfalls unbehelflich ist die Rüge, die Vorinstanz habe das rechtliche Gehör dadurch verletzt, dass sie sich mit der Substantiierung des Verschleppungsschadens nicht auseinander gesetzt habe. Da die Vorinstanz bereits eine Pflichtverletzung aufgrund einer Unterlassung der Anzeigepflicht nach <ref-law> verneinte, erübrigte es sich zu prüfen, ob der daraus geltend gemachte Schaden genügend substantiiert worden sei.
6.7 Weiter rügen die Beschwerdeführerinnen eine Verletzung von <ref-law>. Die Vorinstanz habe verkannt, dass die Beschwerdegegner spätestens Ende 1995 die Bilanz hätten deponieren müssen.
In tatsächlicher Hinsicht steht fest, dass eine Überschuldung der U._ AG per Ende 1995 nicht erwiesen war. Somit beging die Vorinstanz keine Bundesrechtsverletzung, indem sie zum Schluss kam, die Beschwerdegegner hätten Ende 1995 keine Pflichtverletzung nach <ref-law> begangen. Dass die Beschwerdegegner begründete Besorgnis einer Überschuldung hätten haben müssen, wurde durch die Beschwerdeführerinnen offenbar nicht geltend gemacht.
7. Die Beschwerdeführerinnen bringen schliesslich vor, die Vorinstanz habe bei der Regelung der Parteientschädigung <ref-law> (recte: <ref-law>) verletzt, indem sie beiden Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung zusprach. Nach <ref-law> trage der Kläger das Kosten- und Entschädigungsrisiko nur gegenüber einer Gegenpartei und nicht gegenüber jedem Beklagten, wenn er mehrere Verantwortliche für den Gesamtschaden gemeinsam einklage.
7.1 Gemäss <ref-law> kann der Kläger mehrere Beteiligte gemeinsam für den Gesamtschaden einklagen und verlangen, dass der Richter im gleichen Verfahren die Ersatzpflicht jedes einzelnen Beklagten festsetzt. Das Bundesgericht hat diese Bestimmung im Lichte der Materialien und der Systematik in dem Sinn ausgelegt, dass der Kläger, der mehrere Verantwortliche für den Gesamtschaden gemeinsam einklagt, das Kosten- und Entschädigungsrisiko nur gegenüber einer Gegenpartei trägt und nicht gegenüber jedem Beklagten (<ref-ruling> E. 7b mit Hinweisen). Die Kostenverteilung nach <ref-law> in diesem Sinne gilt indes nicht apodiktisch und ist nur für das erstinstanzliche Verfahren zwingend. Im Rechtsmittelverfahren können die allgemeinen kantonalen Prozessvorschriften für die Kostenliquidation Anwendung finden. Der Schutzzweck von <ref-law> entfällt im Rechtsmittelverfahren, da dort die Unsicherheit bezüglich der ins Recht zu fassenden Beteiligten weitgehend ausgeräumt ist. Ausserdem ist die bundesrechtliche Verfahrensvorschrift nicht dahingehend zu verstehen, dass der erstinstanzliche Richter die Kosten und Entschädigungen ohne jeglichen Ermessensspielraum auferlegen muss, sondern den Umständen des Einzelfalls durchaus Rechnung tragen darf (<ref-ruling> E. 2c; Urteil 4C.155/1998 vom 15. Oktober 1998 E. 4c, in: SJ 1999 I S. 349). In <ref-ruling> präzisierte das Bundesgericht, dass der in <ref-ruling> aufgestellte Grundsatz dann nicht befriedige, wenn mehrere beklagte Organe intern in einem Interessenkonflikt stünden und einem Anwalt standesrechtlich untersagt sei, alle Beklagten gemeinsam zu vertreten, weil sie sich gegenseitig belasteten. In diesen Fällen rechtfertige es sich, den beklagten Streitgenossen je eine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-ruling> E. 2d). An dieser Rechtsprechung, die in der Literatur begrüsst wurde, hat das Bundesgericht bisher festgehalten (vgl. Urteile 4P.116/2006 vom 6. Juli 2006 E. 3.4.5; 4C.160/2001 vom 18. Dezember 2001 E. 3b mit Hinweisen).
7.2 Die Vorinstanz führte bezugnehmend auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu <ref-law> aus, der Beschwerdegegner 2 habe geltend gemacht, er sei erst nach dem Beschwerdegegner 1 Mitglied des Verwaltungsrats der U._ AG geworden, der Beschwerdegegner 1 hätte die Darlehensgewährung an die W._ SA ohne seine Konsultation vorgenommen, die Kautionszahlung an den belgischen Staat sei vom Beschwerdegegner 1 veranlasst worden und nur der Beschwerdegegner 1 habe den Sachverhalt gekannt, der zur Erhebung der Aberkennungsklage geführt habe. Daher wäre eine gemeinsame anwaltschaftliche Vertretung der beiden Beschwerdegegner als Folge einer Interessenkollision als standeswidrig undenkbar gewesen. Die Vorinstanz befand, diese Argumentation sei nicht von der Hand zu weisen, wie nicht zuletzt auch die unterschiedliche Antragsstellung der Beschwerdegegner zeigen würde, und sprach daher beiden Beschwerdegegnern je eine Parteientschädigung zu.
7.3 Die Kostenliquidation der Vorinstanz hält vor Bundesrecht stand, zumal sie im Rechtsmittelverfahren ausgesprochen wurde. Die Vorinstanz hat ihr Ermessen, das ihr nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zukommt, nicht missbräuchlich ausgeübt, indem sie den Beschwerdegegnern je eine Parteientschädigung zusprach. Zu Recht hat sie dabei berücksichtigt, dass der Beschwerdegegner 2 in wesentlichen Teilen auf die Ausführungen des Beschwerdegegners 1 verwies, und ihm daher eine tiefere Parteientschädigung zugesprochen. Die Vorbringen der Beschwerdeführerinnen vermögen keine Bundesrechtswidrigkeit aufzuzeigen.
8. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftung kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerinnen haben die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit je Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Corboz
Die Gerichtsschreiberin: Sommer