Sachverhalt:
A. Am 13. Juni 2008 beschloss die Bundesversammlung die Genehmigung und die Umsetzung des Notenaustauschs zwischen der Schweiz und der Europäischen Gemeinschaft betreffend die Übernahme der Verordnung (EG) Nr. 2252/2004 über biometrische Pässe und Reisedokumente. Gegen diesen Bundesbeschluss wurde das Referendum ergriffen. An der Abstimmung vom 17. Mai 2009 wurde der Bundesbeschluss vom Volk angenommen.
Mit weitgehend gleichlautenden Eingaben erhoben X._, Y._ und weitere Personen beim Regierungsrat des Kantons Zug Abstimmungsbeschwerden gemäss Art. 77 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 1976 über die politischen Rechte (BPR; SR 161.1). Der Regierungsrat trat auf die Beschwerden mit Beschlüssen vom 2. Juni 2009 nicht ein.
Eine gegen diese Beschlüsse erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 1. Oktober 2009 teilweise gut und hob die angefochtenen Entscheide im Kostenpunkt auf. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit einem undatierten Revisionsgesuch verlangen X._ und Y._, es sei den Beschwerdeführern in der Frage, ob eine eidgenössische Neuauszählung der Abstimmung vom 17. Mai 2009 durch das Bundesgericht anzuordnen sei, das rechtliche Gehör zu gewährleisten. Zudem sei den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
Mit Schreiben vom 8. Januar 2010 gewährte das Bundesgericht den Gesuchstellern die Möglichkeit der Akteneinsicht. Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid wurde den Gesuchstellern am 30. November 2009 zugestellt. Wird eine Revision wie hier wegen der Verletzung von Verfahrensvorschriften verlangt, so beträgt die Rechtsmittelfrist 30 Tage (Art. 121 i.V.m. <ref-law>). Das vorliegende Revisionsgesuch wurde noch vor der schriftlichen Eröffnung des begründeten Entscheids und damit ohne Weiteres rechtzeitig gestellt. Mit Schreiben vom 21. Dezember 2009 kündigten die Gesuchsteller zudem an, dem Bundesgericht noch eine ausführliche Begründung einzureichen. Nach Ablauf der Rechtsmittelfrist ist eine Ergänzung der Rechtsschrift indessen nur in Ausnahmefällen zulässig, wobei hier kein derartiger Ausnahmefall gegeben ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 21; Urteil 1D_1/2009 vom 15. Juni 2009; je mit Hinweisen).
1.2 Die Gesuchsteller machen in zweierlei Hinsicht geltend, im Entscheid des Bundesgerichts seien Anträge unbeurteilt geblieben (<ref-law>).
1.2.1 Zum einen bringen sie vor, das Bundesgericht habe nicht über die Frage entschieden, ob im Kanton Zug eine neue Auszählung zu erfolgen habe. Diese Behauptung ist unzutreffend. Das Bundesgericht erwog, die Beschwerdeführer hätten sich auf das pauschale Geltendmachen möglicher Unregelmässigkeiten bei der Abstimmung beschränkt. Auf konkrete Hinweise könne jedoch nicht gänzlich verzichtet werden (E. 3.3 des angefochtenen Entscheids). Indem es im Ergebnis die Beschwerde in der Hauptsache abwies, soweit es auf sie eintrat, beurteilte es offensichtlich auch das von den Gesuchstellern angeführte Begehren.
1.2.2 Zum andern kritisieren die Gesuchsteller, das Bundesgericht habe die Frage offen gelassen, ob sich ein Stimmbürger in einem anderen Kanton gegen Fehler bei der Ermittlung des Abstimmungsergebnisses beschweren könne.
Die Gesuchsteller beantragten im Beschwerdeverfahren, es sei festzustellen, dass sie legitimiert seien, vor dem Regierungsrat des Kantons Zug Beschwerde zu führen. Das Bundesgericht erwog, ein Interesse an einer derartigen Feststellung, welches über das Interesse an der Gutheissung der übrigen Rechtsbegehren hinausgehe, werde nicht dargetan und sei auch nicht erkennbar. Es trat deshalb auf das Feststellungsbegehren nicht ein. Auch diesbezüglich blieb kein Antrag unbeurteilt.
1.3 Die Gesuchsteller machen schliesslich sinngemäss geltend, es sei ihnen zu Unrecht keine Parteientschädigung ausgerichtet worden. Sie hätten zudem nicht ahnen können, dass sie eine Beschwerde gegen das eidgenössische Abstimmungsresultat direkt beim Bundesgericht hätten einreichen können. Ihr Anspruch auf rechtliches Gehör sei deshalb verletzt worden.
Mit diesen Vorbringen machen die Gesuchsteller keinen Revisionsgrund (<ref-law>) geltend, weshalb darauf von vornherein nicht einzutreten ist. Im Übrigen setzen sie sich auch mit den entsprechenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid nicht auseinander (<ref-law>).
2. Es ergibt sich, dass das Revisionsbegehren abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Angesichts der offensichtlichen Aussichtslosigkeit des vorliegenden Revisionsgesuchs kann dem sinngemäss gestellten Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege von vornherein nicht entsprochen werden (<ref-law>). Die Gerichtskosten sind deshalb entsprechend dem Verfahrensausgang den Gesuchstellern aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsbegehren wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Gesuchstellern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Gesuchstellern und dem Regierungsrat des Kantons Zug schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold