Fatti:
A. Con contratto d'appalto del 10 dicembre 2002 B._ (committente) ha incaricato A._SA (appaltatrice) dell'esecuzione dei lavori d'impresa generale relativi alla ristrutturazione di una palazzina con annesso laboratorio di sua proprietà, sita sul fondo xxx di Chiasso.
A.a Il contratto, che richiamava la Norma SIA 118, stabiliva tra l'altro che la retribuzione dell'impresa appaltatrice sarebbe avvenuta "a misura", sulla base dei relativi prezzi e quantità indicati nelle offerte dei vari artigiani, per un importo di offerta netto stimato in fr. 355'080.--. Le parti erano tuttavia consapevoli del fatto che in realtà la ristrutturazione avrebbe comportato spese ben più elevate, prova ne sia che nel marzo 2003 il committente ha accettato un preventivo di fr. 722'496.35 e ha versato acconti per un totale di fr. 699'400.--.
A.b Ritenendo di avere praticamente terminato l'opera, nel luglio 2003 l'impresa ha quantificato in fr. 1'011'317.75 la propria mercede, con un saldo a suo favore di fr. 311'917.75, visto l'acconto già versatole dal committente. Successivamente ha ridotto a fr. 265'301.30 l'importo ancora dovutole, aggiungendovi però fr. 21'993.85 per la direzione lavori.
Il committente ha contestato questi conteggi siccome eccessivi, adducendo anche che la ristrutturazione non solo era incompleta ma presentava pure dei difetti.
B. Preso atto dell'impossibilità di raggiungere un accordo, il 1° febbraio 2005 B._ ha convenuto A._SA dinanzi alla Pretura della Giurisdizione di Mendrisio Nord onde ottenere il pagamento di fr. 245'031.15 (recte: 244'683.15) - con conseguente rigetto in via definitiva per la medesima somma dell'opposizione interposta dall'impresa contro il precetto esecutivo già fatto spiccare nei suoi confronti - e la restituzione della cartella ipotecaria al portatore di fr. 350'000.-- gravante in VI° rango la particella, che l'appaltatrice si era fatta consegnare.
A._SA ha avversato ogni richiesta del committente.
Statuendo l'11 giugno 2008, la Pretora ha parzialmente accolto la petizione, condannando l'impresa al pagamento di fr. 148'942.80, oltre interessi, e alla restituzione della cartella ipotecaria. In breve, sulla scorta della perizia giudiziaria la giudice di primo grado ha ritenuto che il valore complessivo dei lavori di ristrutturazione era di fr. 820'000.--, che il costo dei lavori rimasti ineseguiti ammontava a fr. 66'511.-- e che l'opera realizzata presentava difetti per fr. 143'885.--. La magistrata ha inoltre riconosciuto al committente il diritto al risarcimento dei seguenti danni: fr. 28'926.75 per il ripristino della superficie circostante lo stabile; fr. 15'000.-- per lo spostamento dei macchinari della tipografia in vista del rifacimento della pavimentazione difettosa e fr. 15'220.05 relativi alle spese delle perizie di parte.
C. In parziale accoglimento dell'impugnativa inoltrata dall'appaltatrice, con sentenza del 2 febbraio 2010 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha riformato la pronunzia pretorile, riducendo l'importo a suo carico a fr. 121'435.75, oltre interessi.
D. Insorta dinanzi al Tribunale federale, il 12 marzo 2010, con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione degli art. 97, 368 e 374 CO, dell'<ref-law> nonché dell'<ref-law>, A._SA postula la modifica della sentenza impugnata nel senso dell'accoglimento integrale dell'appello e, di conseguenza, della reiezione della petizione di B._; in via subordinata chiede l'annullamento della pronunzia cantonale e il rinvio della causa al tribunale ticinese.
Nelle osservazioni del 17 maggio 2010 B._ ha proposto di respingere il gravame, mentre l'autorità cantonale non si è determinata.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1).
Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>), in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso in materia civile è ricevibile.
2. 2.1 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto federale (<ref-law>) che include anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3).
Le censure sollevate nel gravame sono pertanto proponibili. Prima di procedere al loro esame, il tenore dell'atto ricorsuale fa apparire op-portuno un breve riepilogo dei principi che reggono il rimedio esperito.
2.2 È vero che il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>). Questo presuppone tuttavia che sia possibile entrare nel merito delle censure sollevate; tale è il caso se l'argomentazione ricorsuale soddisfa le esigenze minime di motivazione poste dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 246; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104 seg.), la cui mancata ottemperanza conduce appunto all'inammissibilità del ricorso (<ref-law>). In altre parole, il Tribunale federale non è tenuto ad esaminare, come farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono bensì solo quelle adeguatamente sollevate. Nell'allegato ricorsuale occorre pertanto spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto federale e la motivazione deve essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.4).
Le esigenze di motivazione sono più rigorose quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali (inclusa la violazione del divieto dell'arbitrio nell'applicazione del diritto cantonale rispettivamente nella valutazione delle prove e nell'accertamento dei fatti). Il Tribunale federale tratta infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha convenientemente sollevate e motivate (<ref-law>); ciò significa, secondo costante giurisprudenza, che nell'atto di ricorso occorre menzionare i fatti essenziali ed esporre le ragioni per le quali si ritiene che la decisione impugnata abbia leso dei diritti fondamentali, indicando precisamente quali. Solo le censure sollevate in maniera chiara e dettagliata vengono esaminate; censure di carattere appellatorio sono inammissibili (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
2.3 Giova inoltre ricordare che, in linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>), ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.5 pag. 401). Le parti possono censurare l'accertamento dei fatti alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Tocca a chi propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo per il quale ritiene adempiute queste condizioni (<ref-law>; DTF <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 288). Una critica degli accertamenti di fatto eseguiti dall'autorità cantonale che non ossequia i requisiti appena esposti è inammissibile (<ref-ruling> consid. 1.3, 393 consid. 7.1, 462 consid. 2.4).
Per il resto, la presentazione di nuovi fatti e nuovi mezzi di prova dinanzi al Tribunale federale è inammissibile, riservato il caso in cui sia la decisione dell'autorità inferiore a darne motivo (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3). Anche in questa evenienza spetta alla parte che adduce nuovi fatti e nuovi mezzi di prova allegare e sostanziare che il requisito posto dall'<ref-law> è ossequiato, pena l'inammissibilità del nuovo argomento.
3. 3.1 In ingresso alla sentenza impugnata, la Corte cantonale ha dichiarato inammissibile la perizia di parte prodotta dall'impresa unitamente all'appello, non essendo in tale sede permessa la produzione di nuovi fatti o nuove prove (<ref-law>/TI).
Dopodiché ha respinto - nella misura in cui ammissibili sotto il profilo dell'<ref-law>/TI - le obiezioni mosse contro la valenza probatoria della perizia giudiziaria, rammentando in particolare che il mandato conferito all'esperto era limitato alla verifica della correttezza delle perizie di parte, all'attendibilità dei dati ivi esposti e al valore di mercato dell'opera.
3.2 Venendo al merito della controversia, i giudici d'appello hanno concesso all'appaltatrice che, effettivamente, nessuna delle perizie agli atti ha determinato la mercede a lei dovuta - ovvero il valore del suo lavoro e le spese da lei affrontate (cfr. <ref-law>) - e che la giudice di primo grado ha sbagliato a riferirsi al valore di mercato delle opere eseguite indicato dai periti di parte. Questo errore non ha tuttavia influito sull'esito del giudizio, ritenuto che in sede conclusionale il committente ha comunque riconosciuto una mercede di fr. 753'489.-- e che l'appaltatrice - gravata dall'onere probatorio - non ha dimostrato di poter pretendere una remunerazione superiore.
Ammesso dunque, da un punto di vista procedurale, che la somma che l'appaltatrice avrebbe potuto esigere per le prestazioni svolte era di fr. 753'489.--, il Tribunale d'appello si è chinato sulla pretesa avanzata da B._ per la difettosità dell'opera (minor valore), di fr. 143'885.--. Considerato che, contrariamente a quanto asserito dall'impresa, la notifica dei difetti non è intervenuta tardivamente e che questo importo è stato confermato dal perito giudiziario, la pretesa è stata ammessa.
3.3 Da ultimo sono state vagliate le domande di risarcimento danni: la richiesta di rifusione dei costi di ripristino della superficie circostante lo stabile è stata accolta limitatamente a fr. 27'526.75; quella volta al rimborso dei costi per lo spostamento dei macchinari dalla tipografia in vista del rifacimento del pavimento è stata respinta e, infine, quella relativa alle spese per le perizie di parte è stata riconosciuta solo nella misura in cui esse erano necessarie, per fr. 4'113.--.
3.4 Alla luce di tutto quanto esposto, l'alta Corte ticinese ha condannato l'appaltatrice a restituire al committente fr. 121'435.75 (fr. 699'400 + fr. 143'885.-- + fr. 27'526.75 + fr. 4'113.-- ./. 753'489.--), oltre interessi.
4. Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente contesta questa decisione nella sua integralità.
Il suo allegato può essere suddiviso in tre parti: nella prima viene criticata la cifra tenuta in considerazione dalla Corte cantonale quale mercede complessiva spettante alla ricorrente per l'esecuzione dell'opera oggetto del contratto sottoscritto il 10 dicembre 2002, di fr. 753'489.--; nella seconda viene censurato l'accertamento dei fatti rispettivamente l'apprezzamento delle prove, con particolare riferimento alla valenza e alla valutazione della perizia giudiziaria; nella terza viene infine impugnata la decisione in punto al risarcimento dei danni.
Le argomentazioni ricorsuali sono però solo apparentemente strutturate. In realtà, come osservato dall'opponente, la ricorrente presenta le sue tesi in maniera piuttosto confusa e non sempre coerente, mescolando in particolare a più riprese questioni relative alla ripartizione dell'onere probatorio e questioni concernenti l'apprezzamento delle prove, ciò che impedisce di esaminare nell'ordine da lei proposto le censure sollevate, che comunque si rivelano in larga misura inammissibili per le ragioni esposte qui di seguito.
5. 5.1 Nel quadro delle obiezioni mosse contro l'accertamento dei fatti contenuto nel giudizio impugnato, la ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe determinato in maniera manifestamente errata già l'estensione dell'opera di ristrutturazione affidatale.
5.1.1 A suo dire le parti avevano infatti pattuito di procedere in un primo tempo a una ristrutturazione parziale (e non totale) della palazzina, onde consentire l'occupazione di alcuni locali.
L'errore in cui sono incorsi i giudici ticinesi circa la misura dell'intervento concordato - prosegue la ricorrente - li ha condotti a ritenere, erroneamente, che l'opera consegnata nel luglio 2003 fosse incompleta e di conseguenza ad ammettere, altrettanto erroneamente, la tempestività della notifica dei difetti avvenuta il 29 ottobre 2003. È vero invece che l'opera consegnata era completa e il fatto che il committente non abbia immediatamente notificato difetti evidenti va inteso quale tacita accettazione della stessa, con conseguente decadenza della pretesa in rifacimento e in minor valore, e ciò anche durante il periodo di garanzia di cui all'art. 173 Norma SIA 118.
5.1.2 Così come formulata, la critica è manifestamente inammissibile.
Le autorità giudiziarie ticinesi hanno stabilito che il contratto d'appalto aveva per oggetto l'esecuzione dei lavori d'impresa generale relativi alla ristrutturazione della palazzina appartenente all'opponente sita sul fondo xxx di Chiasso (cfr. consid. A). Si tratta di un accertamento di fatto che non risulta essere mai stato rimesso in discussione da nessuno; in particolare, non si evince dal testo della sentenza impugnata che la ricorrente avrebbe già preteso in sede cantonale che la ristrutturazione pattuita fosse solo parziale, né essa fornisce alcuna indicazione a questo riguardo.
Proposta per la prima volta dinanzi al Tribunale federale questa tesi si avvera pertanto - come preannunciato - inammissibile (<ref-law>; cfr. consid. 2.3).
5.1.3 In quanto fondata su una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata, viene automaticamente a cadere anche la censura concernente l'applicazione dell'art. 173 Norma SIA 118.
5.2 Sempre nel quadro degli argomenti concernenti l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, la ricorrente ribadisce l'inconcludenza della perizia giudiziaria, alla quale la Corte ticinese ha deciso di riferirsi, perlomeno con riferimento ai costi per l'eliminazione dei difetti (cfr. consid. 3.1).
La ricorrente è ben consapevole del fatto che gli argomenti da lei avanzati a questo riguardo in sede cantonale sono stati respinti sia per ragioni di ordine formale, siccome proposti per la prima volta nell'appello (<ref-law>/TI), sia per ragioni di merito, avendo il Tribunale d'appello ritenuto la perizia giudiziaria sufficientemente motivata quo ai costi per l'eliminazione dei difetti. Ciononostante nel suo allegato nemmeno pretende di aver già fatto valere le sue tesi con l'appello, ciò che rende il suo gravame immediatamente inammissibile anche su questo punto. Secondo costante giurisprudenza, infatti, se almeno una delle due motivazioni poste a fondamento della decisione impugnata resiste alla critica, essa non viene annullata (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 3 e 6).
5.3 La ricorrente non può infine seriamente sostenere che le critiche d'inconcludenza sollevate in appello avrebbero dovuto in ogni caso essere tenute in considerazione "siccome riferite ad aspetti critici d'acchito evidenti".
L'opinione secondo la quale la Corte cantonale avrebbe dovuto tenere conto di determinati fatti nonostante la ricorrente non li abbia allegati - perlomeno non conformemente alle regole processuali ticinesi - né dimostrati, viene proposta in varie parti del gravame. Giovi allora precisare che, contrariamente a quanto pare - implicitamente - credere la ricorrente, la procedura in esame non è retta dalla massima inquisitoria, bensì dal principio attitatorio. Ciò significa che incombeva alle parti l'onere di allegare - nei tempi e nei modi previsti dalla procedura cantonale - tutte le circostanze fattuali su cui esse fondavano le rispettive pretese, con l'indicazione delle prove atte a dimostrarle (su queste nozioni cfr. Angelo Olgiati, Le norme generali per il procedimento civile nel Cantone Ticino, pag. 179 segg.). Nulla muta il fatto che la ricorrente sia stata convenuta in causa. Il ruolo processuale di parte convenuta non le concede infatti il diritto di assistere passivamente allo svolgimento della causa - senza premurarsi di allegare e sostanziare adeguatamente i propri argomenti, nemmeno quelli in relazione ai quali sopporta l'onere probatorio - e di rimproverare successivamente al giudice di prima istanza di aver basato la sua pronunzia su di un'istruttoria incompleta.
6. La ricorrente contesta la cifra ammessa dal Tribunale d'appello quale mercede complessiva per l'esecuzione dell'opera oggetto del contratto d'appalto, di fr. 753'489.-- (cfr. consid. 3.2).
6.1 La Corte cantonale avrebbe segnatamente violato l'<ref-law> ponendo a suo carico l'onere di provare la correttezza dell'importo di fr. 1'011'317.75, da lei fatturato. Spettava piuttosto all'opponente, che ha avviato un'azione di riduzione ai sensi dell'<ref-law>, dimostrare i requisiti per l'applicazione di questa norma. "Non avendo il committente dimostrato l'importo della mercede effettiva pattuita ex <ref-law> quale criterio necessario ai fini del calcolo proporzionale del minor valore - nonostante in casu l'appaltatore gliene avesse fornito gli elementi - la sua pretesa in minor valore" avrebbe dovuto, secondo la ricorrente, "essere interamente respinta."
La critica è formulata in maniera fuorviante.
6.1.1 Contrariamente a quanto lasciato intendere nel gravame, la Corte cantonale non ha dispensato l'opponente dall'onere della prova.
L'<ref-law> dispone che "qualora i difetti o le difformità dal contratto siano di minore entità il committente può diminuire la mercede in proporzione del minor valore dell'opera". Dato che giusta l'<ref-law> "chi vuol dedurre il suo diritto da una circostanza di fatto da lui asserita, deve fornirne la prova", nella fattispecie spettava dunque effettivamente al committente qui opponente il compito di dimostrare l'esistenza di difetti così come il minor valore dell'opera che a suo dire essi hanno cagionato (cfr. sentenza 4C.147/2006 del 7 luglio 2006 consid. 3.2 in RtiD 2007 I pag. 806 segg.) e il Tribunale d'appello, sulla scorta della perizia giudiziale, ha ritenuto provata l'esistenza di difetti per un valore di fr. 143'885.--.
6.1.2 Come anticipato, la ricorrente critica comunque, in ogni caso, l'ammontare della mercede determinato dalla Corte cantonale prima di procedere al calcolo della riduzione ex <ref-law>.
Sul tipo di mercede pattuita non v'è controversia: si tratta di una mercede secondo il valore del lavoro giusta l'<ref-law>. Le parti divergono sulla sua entità. In assenza di prove suscettibili di sostanziare l'importo addotto dalla ricorrente - di fr. 988'817.85 rispettivamente di fr. 1'011'317.75 - e contestato dall'opponente, il Tribunale d'appello si è riferito alla somma da questi ammessa, di fr. 753'489.--. In questa decisione non è ravvisabile una violazione dell'<ref-law>. In presenza di un litigio sull'ammontare dei costi (in lavoro, materiale, ecc.) affrontati dall'impresa appaltatrice e rilevanti ai fini della determinazione della mercede ex <ref-law>, l'onere della prova incombe ad essa (Gauch/Benoît Carron, op. cit. n. 1019). Nulla muta il fatto che l'appaltatrice non abbia avviato un'azione giudiziaria tendente al pagamento del saldo della mercede; la ripartizione dell'onere probatorio non dipende dal ruolo processuale delle parti, bensì dai diritti ch'esse fanno valere e in concreto - stando a quanto accertato in sede cantonale e non contestato in sede federale - la ricorrente ha fatto valere il diritto a una mercede di almeno fr. 988'817.85.
6.1.3 Ne discende che, ponendo a carico della ricorrente l'onere di provare la correttezza della somma da lei fatturata in base all'<ref-law> e, di conseguenza, di far sopportare a lei gli effetti dell'assenza di prove a questo riguardo, i giudici ticinesi non hanno violato l'<ref-law>.
6.2 Con riferimento all'importo di fr. 753'489.--, la ricorrente rimprovera inoltre ai giudici cantonali di essersi erroneamente riferiti al "valore teorico di mercato".
La critica è pretestuosa. Già si è spiegato, infatti, che la Corte cantonale ha considerato questa cifra per il motivo che è stata esplicitamente riconosciuta dall'opponente, ovvero per un motivo di ordine procedurale. Poco importa ch'essa coincida con quella determinata dalla giudice di primo grado sulla base di un criterio - il valore teorico di mercato - errato, ciò che conta è che l'opponente l'ha condivisa nel suo ammontare.
In altre parole, per il lavoro svolto l'opponente ha riconosciuto alla ricorrente il diritto a una remunerazione di fr. 753'489.--.
6.3 Questa considerazione rende manifestamente prive di pertinenza anche le critiche che la ricorrente muove - piuttosto confusamente - ai giudici cantonali per aver posto a suo carico il costo dei lavori non effettuati e non fatturati, di fr. 66'511.--. Tali argomenti riguardano infatti semmai la pronunzia pretorile, che, come già detto, su questo punto non è stata seguita. Nel calcolo effettuato dal Tribunale d'appello l'importo di fr. 66'511.-- non è stato menzionato (cfr. quanto esposto al consid. 3.2).
6.4 In conclusione, la sentenza impugnata non viola dunque né l'<ref-law> né tantomeno gli art. 368 cpv. 2 e 374 CO.
7. L'ultima parte dell'impugnativa è dedicata al giudizio sul risarcimento danni (cfr. consid. 3.3).
7.1 Con riferimento all'importo di fr. 27'526.75 per la sistemazione del piazzale circostante la palazzina, la ricorrente - richiamandosi all'<ref-law> - ribadisce quanto già asseverato in sede cantonale, ovvero di non poter essere tenuta responsabile per il danno al piazzale, del quale in ogni caso l'opponente, gravato dall'onere probatorio, non ha provato l'entità.
La decisione di imporle il pagamento di fr. 4'113.-- per le perizie di parte violerebbe invece l'<ref-law> combinato con l'<ref-law>, essendo tali referti completamente inutili.
7.2 Nonostante il richiamo ai disposti del diritto privato federale, la censura ricorsuale verte esclusivamente sull'apprezzamento probatorio, censurabile solo se arbitrario.
Visto il tenore del gravame è necessario rammentare che chi lamenta una violazione del divieto d'arbitrio nella valutazione del materiale probatorio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata si fonda su un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 589).
L'allegato in rassegna disattende completamente questi principi. Non solo la ricorrente non si duole di un apprezzamento arbitrario del materiale probatorio, vietato dall'<ref-law>, ma nemmeno si confronta criticamente con le considerazioni dei giudici, limitandosi a esporre la propria lettura delle risultanze processuali.
7.3 Anche su questo punto il ricorso deve dunque venir dichiarato inammissibile.
8. Ciò comporta la reiezione del ricorso nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili della sede federale seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 6'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.