Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 2. März 2010 stellte die Rolex SA bei der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland Strafanzeige und Strafantrag gegen XZ._ und gegen Unbekannt wegen Warenfälschung (<ref-law>), Markenrechtsverletzung (<ref-law> [SR 232.11]) und betrügerischem Markengebrauch (<ref-law>). Zur Begründung führte die Rolex SA aus, ihr sei vom Zollinspektorat Zürich-Flughafen mitgeteilt worden, dass vier mit der Rolex-Krone versehene leere Uhrenschachteln inklusive Brieftaschen und kleinen Etuis sowie Rolex-Zertifikaten und -Prospekten zurückbehalten worden seien. Der Absender sei aus China, infolge der unleserlichen chinesischen Schriftzeichen aber unbekannt. Die Sendung sei an XZ._, c/o XY._, A._ adressiert. Die Rolex SA führte weiter aus, sie habe die Gegenstände begutachtet und bestätigen können, dass es sich um Fälschungen handle. Da leere Schachteln mit Zertifikaten zugeschickt worden seien, könne nicht ausgeschlossen werden, dass XZ._ diese in der Schweiz zur Bestückung mit gefälschten Rolex-Uhren verwende. Es werde beantragt, eine Hausdurchsuchung durchzuführen.
Das Strafverfahren wurde in der Folge an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug abgetreten. Mit Hausdurchsuchungsbefehl vom 18. April 2011 beauftragte die Staatsanwaltschaft die Zuger Polizei mit der Durchsuchung der Räumlichkeiten der XY._ (im Folgenden: XY._) und der am gleichen Ort domizilierten XA._ sowie der Wohnung von XZ._ und der Wohnung des Geschäftsführers der XY._, XX._. Die Hausdurchsuchung fand am 8. Juni 2011 statt. Dabei beschlagnahmte die Zuger Polizei in der Wohnung von XZ._ eine leere Rolex-Schachtel, ein IBM ThinkPad und ein iPhone (Gegenstände A1-A3) und in der Wohnung von XX._ vier Rolex-Armbanduhren mit Schachteln und fünf Rolex-Armbanduhren ohne Schachteln, eine zerlegte Rolex-Armbanduhr in einem Stoffetui, eine Schachtel mit diversen Papieren betreffend Rolex-Uhren, eine Schachtel mit einer Bedienungsanleitung, eine leere Schachtel, einen Kleinordner mit Versicherungsunterlagen (Gegenstände B1-B14) und zwei Pistolen (Gegenstände X1-X2). In den Räumlichkeiten der XY._ wurden ein Laptop, vier Computer-Tower und zwei USB-Sticks beschlagnahmt (Gegenstände D1-D7).
Mit zwei getrennten Eingaben vom 20. Juni 2011 erhoben die XY._ und XZ._ Beschwerde ans Obergericht des Kantons Zug. Sie beantragten einerseits die Feststellung, dass die Hausdurchsuchung rechtswidrig war, andererseits die Herausgabe der Gegenstände A2, A3 und D1-D7. Darüber hinaus forderten sie Schadenersatz und Genugtuung. Das Obergericht wies die Rechtsmittel mit Urteilen vom 6. Oktober 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 9. November 2011 beantragt XZ._, das ihn betreffende Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, der Gegenstand A2 (IBM ThinkPad) sei ihm herauszugeben und es sei ihm eine angemessene Genugtuung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 1B_638/2011).
Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 9. November 2011 beantragt die XY._, das sie betreffende Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, die Gegenstände D1-D7 seien ihr herauszugeben und es sei ihr Schadenersatz und eine angemessene Genugtuung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 1B_636/2011).
In prozessualer Hinsicht verlangen die Beschwerdeführer, der Beschwerde sei in dem Sinne aufschiebende Wirkung beizulegen, als der Staatsanwaltschaft Zug zu verbieten sei, bis zum rechtskräftigen Entscheid über die Entsiegelung der Gegenstände A2 und D1-D7 diese zu entsiegeln.
In beiden Verfahren hat die Staatsanwaltschaft auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Obergericht beantragt die Abweisung der Beschwerden, soweit darauf eingetreten werden könne.

Erwägungen:
1. 1.1 Die vorliegenden Beschwerden betreffen im Wesentlichen den gleichen Sachverhalt und werfen die gleichen Rechtsfragen auf. Die Verfahren 1B_636/2011 und 1B_638/2011 sind deshalb zu vereinigen.
1.2 Die Beschlagnahmen erfolgten am 8. Juni 2011. Ihre Zulässigkeit beurteilt sich nach der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO; SR. 312.0; siehe Art. 453 f. StPO).
1.3 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Die angefochtenen Entscheide sind kantonal letztinstanzlich (<ref-law>). Die Beschlagnahme eines Gegenstands bewirkt einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1b S. 101; Urteil 1B_157/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 1.2; je mit Hinweisen; dies im Gegensatz zu anderen Beweismassnahmen, vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 95 f. mit Hinweis, 134 III 188 E. 2.3 S. 191 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerden ist grundsätzlich einzutreten.
1.4 Strafprozessuale Zwangsmassnahmen sind Verfahrenshandlungen der Strafbehörden, die in die Grundrechte der Betroffenen eingreifen und dazu dienen, Beweise zu sichern, die Anwesenheit von Personen im Verfahren sicherzustellen oder die Vollstreckung des Endentscheids zu gewährleisten (Art. 196 lit. a-c StPO). Die Auslegung und die Anwendung der bundesrechtlichen Voraussetzungen für diese Grundrechtsbeschränkungen prüft das Bundesgericht mit freier Kognition, sei es, weil es sich dabei von vornherein nicht um vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> handelt, sei es, weil die Schwere des Grundrechtseingriffs und die Gewährleistung der Garantien der EMRK dies erfordert (<ref-law>; Urteil 1B_277/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.5 Dem Antrag, es sei der Staatsanwaltschaft Zug vorsorglich zu verbieten, die Gegenstände A2 und D1-D7 zu entsiegeln, wird nicht stattgegeben. Über die Entsiegelung ist in einem separaten Verfahren zu entscheiden. Im Übrigen ist gemäss <ref-law> die Entsiegelung erst zulässig, wenn ein Gericht über das Entsiegelungsgesuch der Strafbehörde rechtskräftig entschieden hat.
2. 2.1 Gemäss <ref-law> können Zwangsmassnahmen nur ergriffen werden, wenn sie gesetzlich vorgesehen sind, ein hinreichender Tatverdacht vorliegt, die damit angestrebten Ziele nicht durch mildere Massnahmen erreicht werden können und die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt (Abs. 1). Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, sind besonders zurückhaltend einzusetzen (Abs. 2). Die Zwangsmassnahme der Beschlagnahme ist in Art. 263-268 StPO geregelt. Gemäss Art. 263 Abs. 1 Ingress und lit. a StPO können Gegenstände und Vermögenswerte einer beschuldigten Person oder einer Drittperson beschlagnahmt werden, wenn die Gegenstände oder Vermögenswerte voraussichtlich als Beweismittel gebraucht werden.
2. 2.1 Gemäss <ref-law> können Zwangsmassnahmen nur ergriffen werden, wenn sie gesetzlich vorgesehen sind, ein hinreichender Tatverdacht vorliegt, die damit angestrebten Ziele nicht durch mildere Massnahmen erreicht werden können und die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt (Abs. 1). Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, sind besonders zurückhaltend einzusetzen (Abs. 2). Die Zwangsmassnahme der Beschlagnahme ist in Art. 263-268 StPO geregelt. Gemäss Art. 263 Abs. 1 Ingress und lit. a StPO können Gegenstände und Vermögenswerte einer beschuldigten Person oder einer Drittperson beschlagnahmt werden, wenn die Gegenstände oder Vermögenswerte voraussichtlich als Beweismittel gebraucht werden.
2.2 2.2.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, es fehle an einem hinreichenden Tatverdacht. Dieser lasse sich einzig auf ein Paket mit vier Uhrenschachteln stützen, das am Zoll abgefangen worden sei. Es sei naheliegender, davon auszugehen, dass jemand Originalboxen bestellt und stattdessen Fälschungen geliefert erhalten habe. Der Beschwerdeführer und der Geschäftsführer der Beschwerdeführerin seien Sammler von Uhren und bei den Hausdurchsuchungen seien keine weiteren Materialien gefunden worden, die auf den Vertrieb gefälschter Produkte hinweisen würden.
2.2.2 Die Vorinstanz führte aus, dass die am Zoll abgefangene Sendung offenbar ausschliesslich Fälschungen beinhaltet habe. Da das Paket mit dem Zusatz "c/o XY._" adressiert war, habe ein hinreichender Verdacht bestanden, dass nicht nur der Beschwerdeführer mit gefälschten Rolex-Uhren Handel treibe, sondern auch der Geschäftsführer der Beschwerdeführerin daran beteiligt sei und die deliktische Tätigkeit zumindest teilweise über die Beschwerdeführerin abgewickelt werde.
2.2.3 Nach der Praxis des Bundesgerichts setzen nichtfreiheitsentziehende strafprozessuale Zwangsmassnahmen grundsätzlich nicht die gleich hohe Intensität eines Tatverdachts voraus wie Untersuchungs- oder Sicherheitshaft. Für Beschlagnahmungen und Entsiegelungen genügt ein hinreichender, objektiv begründeter konkreter Tatverdacht gegenüber der beschuldigten Person (<ref-ruling> E. 4 S. 316; Urteil 1B_212/2010 vom 22. September 2010 E. 3.1 mit Hinweisen; vgl. auch den Wortlaut von Art. 309 Abs. 1 lit. a, Art. 221 Abs. 1 und Art. 263 Abs. 1 StPO). Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter nimmt das Bundesgericht bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachtes im strafprozessualen Zwangsmassnahmenverfahren keine erschöpfende Abwägung aller strafrechtlich in Betracht fallenden Tat- und Rechtsfragen vor (<ref-ruling> E. 4 S. 316; Urteil 1B_212/2010 vom 22. September 2010 E. 3.2).
Der Vorinstanz kann keine Bundesrechtsverletzung vorgeworfen werden, wenn sie von einem hinreichenden Tatverdacht ausging. Zwar trifft zu, dass die am Zoll abgefangene Menge offenbar gefälschter Ware klein ist. Dies ist aber gemäss <ref-law> und Art. 61 f. MSchG nicht entscheidend. Ebenso wenig ist entscheidend, ob der Beschwerdeführer und der Geschäftsführer der Beschwerdeführerin Sammler von Uhren sind. Die Accessoires (Schachteln, Etuis, Brieftaschen) und insbesondere die Rolex-Zertifikate begründen einen hinreichenden Tatverdacht dafür, dass der Empfänger der Sendung die genannten Strafbestimmungen verletzt hat.
2.3 Die Beschwerdeführer stellen die Relevanz der beschlagnahmten Speichermedien für das laufende Strafverfahren in Frage. Die Vorinstanz führte dazu aus, dass die Speichermedien allenfalls Hinweise auf die dem Beschwerdeführer und dem Geschäftsführer der Beschwerdeführerin vorgeworfene illegale Händlertätigkeit mit gefälschten Rolex-Uhren liefern könnten. Ein derartiger Zusammenhang ist nicht von der Hand zu weisen, weshalb die Beweisrelevanz entgegen der Kritik des Beschwerdeführers bejaht werden kann (vgl. in diesem Zusammenhang <ref-ruling> E. 2c S. 371 und Urteil 1B_208/2007 vom 23. Januar 2008 E. 4.3, in: Pra 2008 Nr. 61 S. 409).
2.3 Die Beschwerdeführer stellen die Relevanz der beschlagnahmten Speichermedien für das laufende Strafverfahren in Frage. Die Vorinstanz führte dazu aus, dass die Speichermedien allenfalls Hinweise auf die dem Beschwerdeführer und dem Geschäftsführer der Beschwerdeführerin vorgeworfene illegale Händlertätigkeit mit gefälschten Rolex-Uhren liefern könnten. Ein derartiger Zusammenhang ist nicht von der Hand zu weisen, weshalb die Beweisrelevanz entgegen der Kritik des Beschwerdeführers bejaht werden kann (vgl. in diesem Zusammenhang <ref-ruling> E. 2c S. 371 und Urteil 1B_208/2007 vom 23. Januar 2008 E. 4.3, in: Pra 2008 Nr. 61 S. 409).
2.4 2.4.1 Die Beschwerdeführer sind der Ansicht, dass mildere Massnahmen zur Verfügung gestanden hätten. Sie weisen einerseits auf die Möglichkeit hin, eine Herausgabeaufforderung zu erlassen (<ref-law>). Andererseits bringen sie vor, dass die irrelevanten Daten von der Polizei zusammen mit den Inhabern der beschlagnahmten Gegenstände anlässlich der Hausdurchsuchung hätten ausgesondert werden können. So wäre die Kenntnisnahme sensibler Daten durch die Behörden vermieden worden.
2.4.2 Gemäss <ref-law> sind Zwangsmassnahmen nur zulässig, wenn die Herausgabe verweigert wurde oder anzunehmen ist, dass die Aufforderung zur Herausgabe den Zweck der Massnahme vereiteln würde. Angesichts des beschriebenen Tatverdachts erscheint plausibel, dass bei einer der Hausdurchsuchung und Beschlagnahme vorangehenden Herausgabeaufforderung die Gefahr bestanden hätte, dass die zu beschlagnahmenden Objekte beiseite geschafft bzw. Daten gelöscht werden. Auch das Argument der Beschwerdeführer, eine Aussonderung sensibler Daten hätte vor Ort erfolgen können, überzeugt nicht. Der Schutz sensibler Daten wird durch den Rechtsbehelf der Siegelung gewährleistet. Davon haben die Beschwerdeführer Gebrauch gemacht. Zudem ist die Trennung von verfahrensrelevanten und verfahrensirrelevanten sowie von schutzwürdigen und nicht schutzwürdigen Daten vor allem bei einer grösseren Datenmenge ein anspruchsvolles Unterfangen. <ref-law> sieht denn auch vor, dass zur Prüfung des Inhalts von zu durchsuchenden Aufzeichnungen, insbesondere zur Aussonderung von Aufzeichnungen mit geschütztem Inhalt, sachverständige Personen beigezogen werden können. Dass diese Aufgabe von der Polizei ad hoc anlässlich der Hausdurchsuchung hätte wahrgenommen sollen, erscheint als nicht praktikabel.
2.4.2 Gemäss <ref-law> sind Zwangsmassnahmen nur zulässig, wenn die Herausgabe verweigert wurde oder anzunehmen ist, dass die Aufforderung zur Herausgabe den Zweck der Massnahme vereiteln würde. Angesichts des beschriebenen Tatverdachts erscheint plausibel, dass bei einer der Hausdurchsuchung und Beschlagnahme vorangehenden Herausgabeaufforderung die Gefahr bestanden hätte, dass die zu beschlagnahmenden Objekte beiseite geschafft bzw. Daten gelöscht werden. Auch das Argument der Beschwerdeführer, eine Aussonderung sensibler Daten hätte vor Ort erfolgen können, überzeugt nicht. Der Schutz sensibler Daten wird durch den Rechtsbehelf der Siegelung gewährleistet. Davon haben die Beschwerdeführer Gebrauch gemacht. Zudem ist die Trennung von verfahrensrelevanten und verfahrensirrelevanten sowie von schutzwürdigen und nicht schutzwürdigen Daten vor allem bei einer grösseren Datenmenge ein anspruchsvolles Unterfangen. <ref-law> sieht denn auch vor, dass zur Prüfung des Inhalts von zu durchsuchenden Aufzeichnungen, insbesondere zur Aussonderung von Aufzeichnungen mit geschütztem Inhalt, sachverständige Personen beigezogen werden können. Dass diese Aufgabe von der Polizei ad hoc anlässlich der Hausdurchsuchung hätte wahrgenommen sollen, erscheint als nicht praktikabel.
2.5 2.5.1 Die Beschwerdeführer rügen, die Beschlagnahme sei unzumutbar. Der Beschwerdeführer bringt vor, auf dem iPhone und dem IBM ThinkPad seien sensible geschäftliche und persönliche Daten gespeichert. Die Beschwerdeführerin macht darüber hinaus geltend, dass mit der Beschlagnahme sowohl der Haupt-Arbeitsstationen als auch des Backup-Computers ihre Geschäftstätigkeit erheblich eingeschränkt worden sei. Termine, welche mit Kunden vereinbart worden seien, hätten nicht eingehalten werden können und der Reputationsverlust sei immens.
2.5.2 Wie bereits dargelegt, wird der Schutz sensibler Daten durch das Ver- und Entsiegelungsverfahren gewährleistet und haben die Beschwerdeführer von der Möglichkeit der Siegelung Gebrauch gemacht. Im Rahmen der Beurteilung der Zumutbarkeit der Beschlagnahme kommt diesem Aspekt deshalb kaum Bedeutung zu. Die Argumentation des Beschwerdeführers, auf dem iPhone und dem IBM ThinkPad seien sensible geschäftliche und persönliche Daten gespeichert, lässt deshalb die Beschlagnahme ihm gegenüber nicht als unzumutbar erscheinen. Genauer zu untersuchen ist jedoch, ob die Beschlagnahme der Computer und USB-Sticks in den Räumlichkeiten der Beschwerdeführerin zumutbar waren. Diesbezüglich ist zu beachten, dass Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, besonders zurückhaltend einzusetzen sind (<ref-law>). Die Vorinstanz führte dazu aus, dass der Geschäftsbetrieb der Beschwerdeführerin durch die Beschlagnahme der Datenträger beeinträchtigt worden sein dürfte. Indessen habe bei der Beschlagnahme davon ausgegangen werden dürfen, dass die Beschwerdeführerin die Datenträger nach erfolgter Spiegelung innert kurzer Zeit wieder zurückerhalte, nachdem sie gemäss eigenen Angaben anlässlich der Hausdurchsuchung offeriert habe, die Geräte direkt zu durchsuchen. Diesfalls hätte die fehlende Verfügbarkeit kurz gedauert und sich kaum sehr nachteilig ausgewirkt. Da die Beschwerdeführerin in Widerspruch zu ihrem früheren Verhalten eine Siegelung der Datenträger beantragt habe, habe sie die zeitliche Verzögerung für die Herausgabe selber veranlasst. Dies dürfe nicht dazu führen, dass ihr die Gegenstände ohne Durchsuchung herauszugeben seien.
Der Vorwurf, die Beschwerdeführerin habe es selbst zu verantworten, dass sie über die Datenträger noch nicht verfügen kann, ist in dieser Form nicht haltbar. Die Siegelung ist ein gesetzlich vorgesehener Rechtsbehelf und die Beschlagnahme muss sich als verhältnismässig erweisen, unabhängig davon, ob von diesem Rechtsbehelf Gebrauch gemacht wurde oder nicht. Die Vorinstanz übersieht zudem, dass die Beschlagnahme nicht nur im Zeitpunkt ihrer Anordnung rechtmässig sein muss, sondern solange, als sie aufrechterhalten wird.
Dennoch ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis nicht zu beanstanden, dies im Wesentlichen aus zwei Gründen. Zum einen besteht nach den Ausführungen der Vorinstanz nicht nur in Bezug auf den Beschwerdeführer als Angestellten, sondern auch in Bezug auf den Geschäftsführer der Beschwerdeführerin der Verdacht, er handle mit gefälschten Rolex-Uhren. Damit ist von einer erhöhten Wahrscheinlichkeit auszugehen, dass auf den Computern der Beschwerdeführerin Beweise zu finden sind. Zum andern wäre es an der Beschwerdeführerin gewesen, spätestens anlässlich des Entsiegelungsgesuchs zu beantragen, eine Kopie (bzw. eine Spiegelung als Sonderform der Kopie; vgl. MICHAEL AEPLI, Die strafprozessuale Sicherstellung von elektronisch gespeicherten Daten, 2004, S. 79) der Datenträger zur Verfügung zu stellen. In <ref-law> ist dieses Recht, welches dem Verhältnismässigkeitsprinzip Nachachtung verschafft, ausdrücklich vorgesehen (vgl. auch <ref-law>). Dies hätte es erlaubt, eine Kopie versiegelt zu beschlagnahmen und die Datenträger wieder an die Beschwerdeführerin herauszugeben oder umgekehrt (vgl. zu den möglichen Modalitäten AEPLI, a.a.O. S. 76-81). Eine Kopie kann auch noch angefertigt werden, wenn die Beschlagnahme bereits erfolgt ist, da, wie bereits erwähnt, die Verhältnismässigkeit einer Zwangsmassnahme während deren gesamter Dauer gegeben sein muss. Die Anwesenheit eines Sachverständigen kann in dieser Situation einerseits die Authentizität und Vollständigkeit der Daten gewährleisten und andererseits verhindern, dass der Inhaber oder andere Personen Daten manipulieren oder die Strafverfolgungsbehörde von schützenswerten Daten Kenntnis erhält (OLIVIER THORMANN/BEAT BRECHBÜHL, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 16 und 30 zu <ref-law>). Die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin macht nicht geltend, das Erstellen von Kopien sei zu Unrecht abgelehnt worden, oder auch nur, sie habe einen entsprechenden Antrag gestellt (<ref-law>; vgl. auch THORMANN /BRECHBÜHL, a.a.O., N. 32 zu <ref-law>). Unter diesen Voraussetzungen kann nicht von fehlender Zumutbarkeit ausgegangen werden.
2.6 Die Beschwerdeführer bringen unter Hinweise auf <ref-law> vor, sie wären vor Einleitung der Durchsuchung und Beschlagnahme soweit als möglich über die durchzuführende Massnahme aufzuklären gewesen.
<ref-law> regelt die Durchführung der Hausdurchsuchung und sieht vor, dass die mit der Durchführung beauftragten Personen zu Beginn der Massnahme den Hausdurchsuchungsbefehl vorweisen. In den angefochtenen Entscheiden wird festgehalten, es sei unbestritten, dass zu Beginn der Hausdurchsuchung der Hausdurchsuchungsbefehl übergeben worden sei. Die Beschwerdeführer bestreiten diese Feststellung nicht (<ref-law>). Ihre Rüge ist deshalb unbegründet.
2.7 Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, die untersuchende Behörde habe die Hausdurchsuchung unerlaubt ausgedehnt und das rechtliche Gehör verletzt. Weshalb der Beschwerdeführer der Ansicht ist, dass die Hausdurchsuchung unerlaubt ausgedehnt und das rechtliche Gehör verletzt worden sei, ist der Beschwerdeschrift nicht zu entnehmen. Die Rüge ist in dieser Hinsicht nicht hinreichend begründet, weshalb darauf nicht einzutreten ist (<ref-law>).
3. Die Beschwerden sind abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Es erübrigt sich deshalb, Ausführungen zur beantragten Entschädigung und Genugtuung zu machen. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Sie haben keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_636/2011 und 1B_638/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden im Umfang von Fr. 2'000.-- der Beschwerdeführerin (Verfahren 1B_636/2011) und im Umfang von Fr. 2'000.-- dem Beschwerdeführer (Verfahren 1B_638/2011) auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, I. Abteilung, und dem Obergericht des Kantons Zug, I. Beschwerdeabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold