Sachverhalt:
A. Die Parteien heirateten am 31. März 1994. Aus der Ehe gingen die Kinder R._ (1994), S._ (1995) und T._ (1997) hervor. Seit Juli 2006 leben die Parteien getrennt.
B. Mit Entscheid vom 1. Mai 2007 verpflichtete das Gerichtspräsidium A._ den Ehemann u.a. zu Unterhaltsbeiträgen ab Dezember 2006 von Fr. 600.-- pro Kind und von Fr. 678.-- an die Ehefrau.
Mit Urteil vom 12. November 2007 setzte das Obergericht des Kantons Aargau die Kinderunterhaltsbeiträge von Dezember 2006 bis August 2007 auf Fr. 409.35 und danach auf Fr. 600.-- fest und bestätigte im Übrigen den erstinstanzlichen Entscheid.
C. Gegen das obergerichtliche Urteil hat die Ehefrau am 21. Dezember 2007 Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung und um Festsetzung der Kinderalimente auf Fr. 600.-- pro Kind ab Dezember 2006 sowie des Frauenaliments auf Fr. 625.-- von Dezember 2006 bis Juli 2007 und auf Fr. 1'175.-- ab August 2007. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet, der Ehemann verlangt in seiner Vernehmlassung vom 31. Januar 2008 die Abweisung der Beschwerde. Ferner verlangen beide Parteien die unentgeltliche Rechtspflege. Über die Beschwerde wurde anlässlich einer öffentlichen Beratung entschieden.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in Zivilsachen mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert; die Beschwerde ist somit zulässig (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 395 f.).
Eheschutzentscheide betreffen vorsorgliche Massnahmen im Sinn von <ref-law>, weshalb nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (<ref-ruling> E. 5 S. 396 f.). Vorliegend wird der Grundsatz der Rechtsgleichheit (<ref-law>) angerufen und eine verfassungskonforme Auslegung der massgeblichen Normen des Zivilrechts verlangt.
2. Reichen die gemeinsamen Einkommen zur Finanzierung der Bedürfnisse der Ehegatten und der allenfalls vorhandenen Kinder nicht aus, stellt sich die Frage, wer das sich aus der Differenz der verfügbaren Mittel und des Gesamtbedarfes ergebende Manko zu tragen hat. In der früheren kantonalen Praxis wurde das Problem unterschiedlich angegangen; während verschiedene Kantone das Manko gleichmässig oder in einem bestimmten Verhältnis auf die Alimentengläubiger und den Alimentenschuldner verteilten (System der Mankoteilung), beliessen andere dem Unterhaltsverpflichteten in jedem Fall das volle Existenzminimum und begrenzten somit die materielle Unterhaltspflicht auf die Differenz zwischen seinem Einkommen und seinem betreibungsrechtlichen Existenzminimum (System der einseitigen Mankoüberbindung). Theoretisch liesse sich das Prinzip der einseitigen Mankoüberbindung auch im umgekehrten Sinn handhaben, indem vorab der Bedarf der Alimentengläubiger vollständig gedeckt würde (vorgeschlagen von Perrin, La détermination des contributions alimentaires dans les situations de surendettement, in Festgabe für Bernhard Schnyder, Fribourg 1995, S. 535).
Mit den <ref-ruling>, 121 III 301 und 123 III 1 hat das Bundesgericht die Rechtsanwendung dahingehend vereinheitlicht, dass dem Unterhaltsverpflichteten für alle familienrechtlichen Unterhaltskategorien - ehelicher Unterhalt gemäss Art. 163 i.V.m. Art. 137, 173 oder 176 ZGB; nachehelicher Unterhalt gemäss <ref-law>; Kindesunterhalt gemäss Art. 276 i.V.m. <ref-law> (bei der Verwandtenunterstützung gemäss <ref-law> stellt sich die Mankofrage von vornherein nicht) - stets das volle Existenzminimum zu belassen ist mit der Folge, dass die Unterhaltsberechtigten das ganze Manko zu tragen haben. Diese Rechtsprechung wurde in den <ref-ruling> E. 1a/aa S. 356 und 127 III 68 E. 2c S. 70 bestätigt.
Weil die Frage in der Lehre auch nach der bundesgerichtlichen Praxisvereinheitlichung kontrovers behandelt worden ist (vgl. SCHWENZER, FamKomm Scheidung, Bern 2005, N. 32 zu <ref-law> m.w.H.) und überdies die seinerzeit angeführten Gründe für die einseitige Mankoüberbindung (dazu E. 3) nicht restlos zu überzeugen vermögen, rechtfertigt es sich, die Frage der Mankotragung - wie in <ref-ruling> nicht publ. E. 4 angekündigt - mit Bezug auf die vorliegend zur Diskussion stehenden Kategorien des ehelichen Unterhalts und des Kindesunterhaltes einer erneuten Überprüfung zu unterziehen.
3. Die Praxisvereinheitlichung wurde seinerzeit im Wesentlichen mit zwei Argumenten begründet.
Einerseits wurde gesagt, dass die Arbeitsmotivation der unterhaltsverpflichteten Partei erhalten werden müsse (<ref-ruling> E. 3b S. 101); diese könnte bei einem Eingriff ins Existenzminimum verloren gehen. Diese Betrachtungsweise erscheint aber insofern einseitig, als der Gegenseite in Mangelfällen regelmässig die sofortige oder spätere (insbesondere bei Wegfall der Kinderbetreuung) Aufnahme bzw. Ausdehnung einer eigenen Erwerbstätigkeit zugemutet wird und nicht zu sehen ist, inwiefern der Anreiz für den beruflichen Wiedereinstieg bei der einseitigen Mankoüberbindung höher sein sollte als die Arbeitsmotivation des Unterhaltsverpflichteten bei der Mankoteilung (Pichonnaz/Rumo-Jungo, Neuere Entwicklungen im nachehelichen Unterhalt, in Familienvermögensrecht, Bern 2003, S. 23 f.; Bigler-Eggenberger, Ehetrennung und Getrenntleben - und wo bleibt die Gleichstellung der Ehegatten?, AJP 1996, S. 7; Spycher, Unterhaltsleistungen bei Scheidung: Grundlagen und Bemessungsmethoden, Diss. Bern 1996, S. 182; Freivogel, Nachehelicher Unterhalt - Verwandtenunterstützung - Sozialhilfe, FamPra.ch 2007, S. 502). Im Übrigen fährt der pflichtige Teil ökonomisch nicht schlechter, wenn er im Bereich des Eingriffs seinerseits von der Fürsorge unterstützt wird und so wieder auf sein Existenzminimum kommt.
Als weiteres Argument wurde angeführt, die Mankoteilung könnte zu mehr Sozialhilfeempfängern und damit zu einer grösseren Belastung für die Fürsorgebehörden führen (<ref-ruling> E. 3b S. 101). Dies kann zutreffen, soweit beide Ehegatten nach Ausschöpfung aller Einnahmequellen (zusätzliche Arbeitsanstrengungen, freiwillige oder gesetzliche Zuwendungen Dritter) tatsächlich die Fürsorge in Anspruch nehmen müssen und nicht die gleiche Behörde zuständig ist. Indes erscheint fraglich, ob die Arbeitslast der Fürsorgebehörden als sachliches und damit erhebliches Kriterium für die vom Zivilrichter gestützt auf das Bundesprivatrecht vorzunehmende Unterhaltsfestsetzung gelten darf, zumal sich der administrative (Mehr-)aufwand in Grenzen halten dürfte.
Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> E. 3b S. 101 f. ferner darauf hingewiesen, dass bei einer Bevorschussung der Alimente das Gemeinwesen als Legalzessionarin ohnehin nicht in das Existenzminimum des Unterhaltsschuldners eingreifen dürfe (<ref-ruling> E. 2 S. 12), und in der Literatur wird die Meinung vertreten, die Belassung des betreibungsrechtlichen Notbedarfs entspreche einer allgemeinen Wertung der Rechtsordnung (so z.B. Hausheer/Geiser, Zur Festsetzung des Scheidungsunterhalts bei fehlenden Mitteln im neuen Scheidungsrecht, ZBJV 1998, S. 99). Diesbezüglich gilt es zu bemerken, dass der Unterhalt der Familie nicht auf der gleichen Stufe steht wie andere Forderungen. Vielmehr erachtet bereits das SchKG Unterhaltsforderungen als schützenswerter, was sich beispielsweise in Vorzügen wie der privilegierten Anschlusspfändung (Art. 111 Abs. 1 Ziff. 1 und 2 SchKG) oder der Berücksichtigung in der 1. Konkursklasse niederschlägt (<ref-law>). An die besondere Stellung von Unterhaltsforderungen knüpft auch die Rechtsprechung, wonach bei der Zwangsvollstreckung von Unterhaltsbeiträgen der Eingriff ins schuldnerische Existenzminimum im Grundsatz zulässig ist (<ref-ruling> E. 5 S. 15 f.). Diese Rechtsprechung beruht auf dem Leitgedanken, dass sich bei ungenügenden Mitteln beide Ehegatten gleichmässig einschränken sollen, ferner auch auf der Überlegung, dass zivilrechtlich festgesetzter Unterhalt nicht im Stadium des Vollzugs scheitern darf (<ref-ruling> E. 2 S. 334).
Es ist aber einzuräumen, dass die Mankoteilung im Zusammenhang mit der Vollstreckung verschiedene Probleme birgt (dazu E. 9), die sich beim System der einseitigen Mankoüberbindung von vornherein nicht stellen. Für und gegen die beiden Systeme sprechen sodann eine Vielzahl anderer Elemente (dazu E. 7-9), die vor dem Hintergrund, dass die Änderung einer gefestigten Rechtsprechung an verschiedene Voraussetzungen gebunden ist (dazu E. 10), gegeneinander abzuwägen sind.
4. Für die Unterhaltsfestsetzung ist zunächst vom einschlägigen Bundesprivatrecht als materielle Grundlage des familienrechtlichen Unterhaltes auszugehen.
Grundnorm für den ehelichen Unterhalt ist <ref-law>, wonach die Ehegatten gemeinsam, ein jeder nach seien Kräften für den gebührenden Unterhalt der Familie sorgen (Abs. 1) und sich über den Beitrag verständigen, den jeder von ihnen leistet, namentlich durch Geldzahlungen, Besorgen des Haushaltes, Betreuen der Kinder oder durch Mithilfe im Beruf oder Gewerbe des anderen (Abs. 2). Der Kindesunterhalt basiert auf <ref-law>; für seine Bemessung ist nach <ref-law> den Bedürfnissen des Kindes sowie der Lebensstellung und Leistungsfähigkeit der Eltern zu entsprechen und sind ausserdem Vermögen und Einkünfte des Kindes sowie der Beitrag des nicht obhutsberechtigten Elternteils an der Betreuung des Kindes zu berücksichtigen.
Die Unantastbarkeit des Existenzminimums wird von der Lehre, soweit sie eine Mankoverteilung ablehnt (in der neueren Literatur sind dies Bähler, Scheidungsunterhalt - Methoden zur Berechnung, Höhe, Dauer und Schranken, FamPra.ch 2007, S. 469 f.; Hausheer/Geiser, a.a.O., S. 93 ff.; Geiser, Rechtsprechung im Überblick, plädoyer 2008, S. 43 f.; Hausheer, Vom alten zum neuen Scheidungsrecht, Bern 1999, N. 3.11; Hausheer/Reusser/Geiser, Berner Kommentar, N. 27 zu <ref-law>; Hausheer/Spycher, Unterhalt nach neuem Scheidungsrecht, Bern 2001, N. 05.90; Reusser, Aktuelles aus dem Familienrecht unter besonderer Berücksichtigung der Revisionstendenzen bei der elterlichen Sorge, ZBJV 2008, S. 147 f.), in erster Linie aus dem Satzteil von <ref-law> "ein jeder nach seinen Kräften" abgeleitet; Beiträge an den Familienunterhalt würden bei einem Eingriff ins Existenzminimum eben die Kräfte des Unterhaltspflichtigen übersteigen (namentlich Hausheer/Geiser, a.a.O., S. 98; so auch <ref-ruling> E. 3b/aa S. 4). Damit bleiben die anderen Teile des Norminhalts von <ref-law> unberücksichtigt, wonach ein jeder Ehegatte gesetzlich verpflichtet ist, gemeinsam mit dem anderen an den Familienunterhalt beizutragen (Abs. 1), und zwar unter Berücksichtigung der Bedürfnisse der ehelichen Gemeinschaft (Abs. 3). Dies ist aber dann nicht mehr der Fall, wenn der eine Teil weiterhin den Haushalt besorgt und die Kinder betreut, mithin die sich aus der im Sinn von <ref-law> vereinbarten Aufgabenteilung ergebenden Pflichten erfüllt, während der andere Teil nurmehr für seinen eigenen Unterhalt sorgt und damit die sich aus der erwähnten Vereinbarung ergebenden Pflichten aufgibt oder diesen nicht mehr genügend nachkommt. Ferner wird damit zwischen Geld- und Erziehungsleistungen implizit eine Rangordnung geschaffen, was der Absicht von <ref-law> entgegensteht (zum Grundsatz der Gleichwertigkeit der Beiträge im Sinn von <ref-law> statt vieler: Hausheer/ Reusser/Geiser, a.a.O., N. 35 zu <ref-law>).
Sodann ist nicht zu übersehen, dass gerade im Fall von Kindern der erziehende Elternteil meistens wegen deren Betreuung an einer (ausgedehnten) Erwerbsarbeit gehindert ist. Der andere Ehegatte, ja die Gesellschaft überhaupt, erwartet vom betreuenden Teil auch regelmässig, dass er die im Rahmen der Aufgabenteilung übernommenen familiären Pflichten weiterhin erfüllt und sich um die Belange der Kinder kümmert, dass er mithin den Aufgaben im Sinn von <ref-law> auch nach der Trennung nachkommt. Vom anderen Teil dürfte somit an sich Gleiches erwartet werden. Dazu kommt, dass die verfügbaren Mittel während des Zusammenlebens in der Regel gleichmässig für alle Familienmitglieder verbraucht werden und nicht der "Ernährer" nach dem Löwenprinzip vorab seine eigenen Bedürfnisse im Rahmen des Existenzminimums deckt und nur den allfällig verbleibenden Überrest an die Familie weitergibt. Dieses Problemfeld hat Perrin in die Frage gefasst: Les enfants ont-ils moins besoin de manger que leurs parents? (SemJud 1993, S. 441).
Wie der eheliche Unterhalt bemisst sich denn auch der Kinderunterhalt nach Kriterien sowohl auf der Seite des unterhaltsverpflichteten Elternteils als auch des unterhaltsberechtigten Kindes: Nach <ref-law> soll der Unterhaltsbeitrag einerseits den Bedürfnissen des Kindes und andererseits der Lebensstellung bzw. der Leistungsfähigkeit der Eltern entsprechen. Mit dem Grundsatz der Unantastbarkeit des Existenzminimums des unterhaltsverpflichteten Elternteils wird nur das eine der massgebenden Kriterien (Leistungsfähigkeit des Elternteils) berücksichtigt, während das andere (Bedürfnisse des Kindes) ausser Acht bleibt; stellt aber die Leistungsfähigkeit nur eines von mehreren Bemessungskriterien dar, kann sie an sich nicht zum alleinigen werden, nur weil sie gering ist; vielmehr wäre es naheliegend, zwar geringe, aber immerhin Beiträge festzusetzen.
Eine auf die materiellen Grundlagen des Unterhaltsrechts beschränkte Betrachtungsweise führt mit Bezug auf den ehelichen Unterhalt und den Kinderunterhalt also zunächst zum Ergebnis, dass ein Manko auf die verschiedenen Familienmitglieder verteilt werden müsste. Der Grundsatz der Unantastbarkeit des Existenzminimums dürfte gedanklich denn auch nicht auf einer zivilrechtlichen Betrachtungsweise beruhen, sondern auf den gesicherten Hintergrund zurückgehen, dass die Träger des Fehlbetrages Sozialhilfe in Anspruch nehmen können.
5. Die soeben dargestellte Auslegung von <ref-law> und Art. 276 i.V.m. 285 ZGB würde auch einer verfassungsmässigen Auslegung im Sinn des allgemeinen Gebotes der Rechtsgleichheit (<ref-law>) entsprechen; dagegen steht das Verbot der Geschlechterdiskriminierung (<ref-law>) nicht im Vordergrund, denn Ausgangspunkt ist unabhängig von der Art des Unterhalts die faktisch bestehende Versorgungslage. So kann ein Hausmann mit der gleichen Problematik konfrontiert sein und stellt sich die Frage der Mankotragung auch bei der registrierten Partnerschaft, insbesondere aber beim Kindesunterhalt. Insofern sind die Ehegatten von der Verteilung des Mankos nicht in ihrer Funktion als Mann und Frau, sondern als unterhaltsverpflichteter und unterhaltsberechtigter Ehepartner betroffen; die finanzielle Leistungsfähigkeit im Zeitpunkt der Trennung und damit die "Rolle" als berechtigter oder verpflichteter Teil ergibt sich bei den Ehegatten aus der gemeinsam gewählten Aufgabenteilung, während sie im Verhältnis zu den Kindern naturgemäss vorgegeben ist.
Was die verfassungsmässigen Rechte anbelangt, würde im Übrigen der Anspruch auf Hilfe in Notlagen einer Mankoteilung nicht entgegenstehen. <ref-law> regelt nicht die familienrechtliche Unterhaltspflicht, sondern das Verhältnis zwischen hilfsbedürftigem Bürger und Staat. Im Übrigen verhält sich die Art der Mankoverteilung in Bezug auf <ref-law> insofern neutral, als durch eine Aufteilung zwar unter Umständen eine Hilfsbedürftigkeit beim Unterhaltsverpflichteten geschaffen, dafür aber die Hilfsbedürftigkeit beim Unterhaltsberechtigten im Gleichschritt verringert wird. Der Notbedarf des Unterhaltspflichtigen ist aber nicht schützenswerter als derjenige des Unterhaltsberechtigten, und die Hilfsbedürftigkeit der Familie bzw. die gesamthaften Fürsorgeleistungen bleiben unabhängig von der Verteilung des Mankos konstant.
6. Weiter fragt sich, ob die parlamentarischen Beratungen zur Scheidungsrechtsrevision einer Mankoteilung auch mit Bezug auf den ehelichen und den Kinderunterhalt entgegenstehen würden: Für den nachehelichen Unterhalt wurde ein von der nationalrätlichen Kommission eingebrachter <ref-law>, nach welchem das Manko in angemessener Weise zwischen den Ehegatten aufzuteilen gewesen wäre, in den Räten ausführlich diskutiert, aber nicht nur vom Ständerat (amtl. Bull. SR 1998 S. 325 f.), sondern im Differenzbereinigungsverfahren schliesslich auch vom Nationalrat verworfen (amtl. Bull. NR 1998, S. 1190).
Bundesrat Koller begründete die abweisende Haltung des Bundesrates mit der Kohärenz des Systems, die gefährdet werde, wenn eine Mankoteilung nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung beim ehelichen Unterhalt nicht möglich sei, für den nachehelichen Unterhalt aber gesetzlich vorgeschrieben werde (amtl. Bull. NR 1997, S. 2702); auch Ständerat Küchler und Nationalrat Baumann hielten fest, es leuchte nicht ein, weshalb die Solidarität nachehelich weiter gehen solle als sie ehelich gegangen sei und gegenüber den Kindern gehe (amtl. Bull. SR 1998, S. 325, bzw. amtl. Bull. NR 1998, S. 1188).
Es ist an sich nicht zwingend, dass diese aufgrund der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum ehelichen Unterhalt folgerichtig begründete Ablehnung der Mankoteilung für die vom Grundsatz der Eigenversorgung geprägte Zeit nach der Auflösung der Ehe (<ref-ruling> E. 4 S. 146 unten) ihrerseits auf den ehelichen Unterhalt und den Kindesunterhalt gewissermassen zurückwirkt. Immerhin hat sich das Parlament aber der Frage der Mankoteilung angenommen und darüber mit Bezug auf den nachehelichen Unterhalt abgestimmt. Dabei ist die Parlamentsmehrheit in der Diskussion auch nicht davon ausgegangen, dass die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum ehelichen Unterhalt und zum Kindesunterhalt verfehlt sei, aus Gründen der Systemkohärenz aber für den nachehelichen Unterhalt nicht anders entschieden werden könne. Die Frage, ob den rechtsanwendenden Behörden aufgrund der parlamentarischen Beratungen zum nachehelichen Unterhalt für den ehelichen und für den Kindesunterhalt Spielraum verbleibt, ist nach dem Gesagten nicht von vornherein klar, muss mit Blick auf das Endergebnis aber auch nicht abschliessend beurteilt werden.
7. Es bleibt, die Auswirkungen der beiden Systeme im Zusammenhang mit der Festsetzung und der Vollstreckung des Unterhalts zu prüfen. Dabei soll zunächst die Frage der Vereinbarkeit der Mankoteilung mit dem Bundesgesetz über die Zuständigkeit für die Unterstützung Bedürftiger (ZUG, SR 851.1) diskutiert werden.
Mit dem ZUG ist die interkantonale Zuständigkeit bundesrechtlich geregelt worden; die meisten Kantone wenden die betreffenden Bestimmungen durch Verweis oder inhaltliche Übernahme auch im interkommunalen Verhältnis an (Wolffers, Grundriss des Sozialhilferechts, 2. Aufl., Bern 1999, S. 56). Relevant sind <ref-law>, wonach bedürftig ist, wer für seinen Lebensunterhalt nicht hinreichend oder nicht rechtzeitig aus eigenen Mitteln aufkommen kann, <ref-law>, wonach jeder Ehegatte einen eigenen Unterstützungswohnsitz hat, bzw. <ref-law>, wonach das unmündige Kind bei Eltern ohne gemeinsamem Wohnsitz den Unterstützungswohnsitz jenes Elternteils hat, bei dem es wohnt, und <ref-law>, wonach in Hausgemeinschaft lebende Ehegatten und unmündige Kinder mit gleichem Unterstützungswohnsitz rechnerisch als ein Unterstützungsfall zu behandeln sind.
Soweit ein Unterhaltspflichtiger für seinen eigenen Unterhalt aufzukommen vermöchte, jedoch aufgrund zivilrechtlicher Unterhaltspflichten die Fürsorgebehörde aufsuchen müsste, würde die Fürsorgebehörde des Alimentenschuldners (jedenfalls wirtschaftlich betrachtet) nicht zur Unterstützungseinheit im Sinn von <ref-law> gehörende Dritte unterstützen. Mit dieser Begründung haben in der Vergangenheit denn auch verschiedene Fürsorgebehörden eine über den Bedarf des eigenen Ansprechers hinausgehende Unterstützung verweigert (vgl. Freivogel, a.a.O., S. 514 f.; Hausheer/Geiser, a.a.O., S. 100; Pichonnaz/Rumo-Jungo, a.a.O., S. 25; Spycher, a.a.O., S. 185; Sutter/Freiburghaus, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, Zürich 1999, N. 64 zu Art. 125; Urech/Fasel, Geteiltes Leid - halbes Leid, recht 1997, S. 63 unten).
Dem liesse sich entgegenhalten, dass Unterhaltsverpflichtungen gegenüber den in einem anderen Haushalt lebenden Familienmitgliedern keine gewöhnlichen Schulden, sondern familienrechtliche Pflichten sind, die insofern zum eigenen Lebensunterhalt des Alimentenschuldners gehören, zumal sie einerseits auch bei der Berechnung des betreibungsrechtlichen Existenzminimums zu dessen eigenem Notbedarf gezählt werden (vgl. Ziff. II.5 der Richtlinien zur Berechnung des betreibungsrechtlichen Existenzminimums) - es ist ja gerade der Sinn und Zweck des sog. betreibungsrechtlichen Existenzminimums, dass der Schuldner zu Lasten gewöhnlicher Kurrentforderungen vorab den Unterhalt für sich und seine Familie decken kann - und andererseits der Richter den Arbeitgeber des Unterhaltspflichtigen gestützt auf <ref-law> anweisen könnte, direkt Zahlungen an die Unterhaltsgläubiger zu erbringen.
Die geltenden Normen des ZUG lassen sich aber nur mit Mühe in dieser Weise interpretieren, umso mehr als das Gesetz bei seinem Erlass noch vom Prinzip der Familieneinheit ausging (Botschaft BBl 1976 III 1204). So war nach der ursprünglichen Formulierung von <ref-law> bedürftig, wer seine notwendigen Lebensbedürfnisse und die seiner mit ihm den Wohnsitz teilenden Familienangehörigen nicht hinreichend oder nicht rechtzeitig aus eigenen Kräften und Mitteln bestreiten konnte. Entsprechend teilte die Ehefrau nach der seinerzeitigen Fassung unabhängig von ihrem Aufenthaltsort den Unterstützungswohnsitz des Ehemannes (Art. 6 Abs. 1 aZUG); erst mit der dauernden Trennung erhielt sie einen eigenen Unterstützungswohnsitz (Art. 6 Abs. 2 lit. b aZUG). Mit der Revision vom 14. Dezember 1990 wurde <ref-law> dahingehend geändert, dass jeder Ehegatte einen eigenen Unterstützungswohnsitz hat, und vor diesem Hintergrund ist klar, dass sich die in <ref-law> ebenfalls revidierte Bedürftigkeitsdefinition "für seinen Lebensunterhalt" nicht anders als "für seinen eigenen Lebensunterhalt" lesen lässt. Unterstützungseinheit ist in diesem Sinn grundsätzlich die Einzelperson, wobei Hausgemeinschaften gemäss <ref-law> zu einer Einheit zusammengezogen werden können (Wolffers, a.a.O., S. 136).
Was die praktische Handhabung und die Auswirkungen auf die Gesamtordnung anbelangt, haben beide Systeme im Zusammenhang mit der fürsorgerechtlichen Unterstützung der mankobelasteten Personen je einen gravierenden Vor- bzw. Nachteil:
Mit dem System der einseitigen Mankoüberbindung wird der Grundsatz der Subsidiarität der Sozialhilfe (dazu Wolffers, a.a.O., S. 71 f.; Thomet, Kommentar zum ZUG, Zürich 1994, N. 70) durchkreuzt, und es kann zu systemwidrigen Verzerrungen kommen, wenn die Sozialhilfe zum primären Element in der unterstützungsrechtlichen Kaskade erhoben wird: Hat beispielsweise der unterstützungspflichtige Ehegatte vermögende Eltern, die im Rahmen von <ref-law> verwandtenunterstützungspflichtig wären, so aktualisiert sich diese Unterstützungspflicht gar nicht erst, wenn dem Unterhaltsschuldner das ganze Existenzminimum belassen wird; infolge der einseitigen Mankoüberbindung müssen der andere Ehegatte und die Kinder hierfür in vollem Umfang von der - an sich gegenüber der Verwandtenunterstützungspflicht subsidiären - Sozialhilfe unterstützt werden. Stossende Resultate können sich sodann im Zusammenhang mit der Rückerstattungspflicht für die bezogenen Fürsorgeleistungen ergeben, wobei im Zeitpunkt der Unterhaltsfestsetzung unbekannt ist, ob sich diese aktualisieren wird (dazu E. 8). Was den Kinderunterhalt im Speziellen anbelangt, kommt es überdies zu einer gesellschaftspolitisch unerwünschten Umkehrung des Grundsatzes, dass in erster Linie die Eltern und nicht staatlichen Institutionen für die Kinder aufzukommen haben. Insofern erschiene es an sich sachgerechter, wenn zuerst der Zivilrichter die familienrechtlich geschuldeten Unterhaltsbeträge festsetzen und in einem zweiten Schritt die Fürsorgebehörden subsidiär für die noch bestehenden Deckungslücken aufkommen würden.
Auf der anderen Seite würden bei einer Mankoteilung mit dem Ehegatten und den unter dessen Obhut stehenden Kindern Drittpersonen in das Administrativverhältnis zwischen der Fürsorgebehörde und dem Alimentenschuldner eingebunden, die im betreffenden Verfahren nicht Partei sind und entsprechend von der Behörde auch nicht direkt in die Pflicht genommen werden können. Dies kann insbesondere dort zu Problemen führen, wo sich die ökonomischen Verhältnisse bei den Drittpersonen während des Unterstützungsverhältnisses ändern. Es besteht keine Garantie, dass die Fürsorgebehörde beispielsweise von der Verbesserung der finanziellen Situation des anderen Ehegatten rechtzeitig Kenntnis erhält und entsprechend reagieren kann. Ohnehin können die Fürsorgebehörden auf eintretende Änderungen ganz allgemein rascher und flexibler reagieren, wenn sie jeweils nur ihren eigenen Sozialhilfeempfänger unterstützen. Schliesslich bestehen bei der praktischen Umsetzung der Mankoteilung auch dort Probleme, wo der Alimentenschuldner, der von der Fürsorgebehörde über seinen eigenen Bedarf hinaus unterstützt wird, seinen familienrechtlichen Verpflichtungen nicht regelmässig und vollständig nachlebt (dazu E. 9).
In fürsorgerechtlicher Hinsicht lässt sich zusammenfassend festhalten, dass sich das System der Mankoteilung nicht zwangslos mit der Zuständigkeitsordnung des auf der gleichen Stufe wie das ZGB stehenden ZUG verbinden lässt und damit der Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung tangiert ist. Mehr noch als diese theoretischen Bedenken sprechen die dargestellten praktischen Probleme, die sich beim System der einseitigen Mankoüberbindung von vornherein nicht stellen, gegen dasjenige der Mankoteilung.
8. In jüngerer Zeit wurden die sich aus dem System der einseitigen Mankoüberbindung ergebenden unbilligen Konsequenzen im Zusammenhang mit der Rückerstattung von Fürsorgeleistungen vermehrt in den Brennpunkt der Diskussion gerückt (aus der neueren Literatur: Bigler-Eggenberger, Überschuss und Manko bei Ehetrennung und Ehescheidung - ein Problem rechtlicher und tatsächlicher Gleichstellung von Frau und Mann?, in Festschrift für Heinz Hausheer, Bern 2002, S. 197 ff.; Fankhauser, Nachehelicher Unterhalt in Mankofällen. <ref-law>, AJP 2007, S. 1175 ff., Pohlmann, Mankoteilung - Möglichkeiten eines Ausgleichs zwischen den Ehegatten, FamPra.ch 2007, S. 526 ff.; Freivogel, a.a.O., S. 501 ff.): Die Entgegennahme von Fürsorgeleistungen begründet eine entsprechende persönliche Schuld gegenüber dem Gemeinwesen. Hat der eine Ehegatte das ganze Manko alleine zu tragen, wachsen diesbezüglich nur ihm Schulden an und richtet sich der Rückforderungsanspruch des Gemeinwesens allein gegen ihn. Zwar belasten diese Schulden, soweit sie während der Trennungszeit begründet worden sind, bei der Scheidung güterrechtlich die Errungenschaft des betreffenden Ehegatten (<ref-law>); indes wird bei Mangellagen typischerweise ein Rückschlag resultieren, welchen der betreffende Ehegatte selbst zu tragen hat (<ref-law>). Diesfalls ist es auch nicht möglich, im Rahmen des (allfälligen) nachehelichen Unterhalts einen Ausgleich für die einseitige Mankoüberbindung zu schaffen, weil die auf Art. 163 oder 276 und 285 i.V.m. Art. 137 oder 176 ZGB gründende Unterhaltspflicht des Schuldners beim System der einseitigen Mankoüberbindung materiell auf die Differenz zwischen seinem Einkommen und Existenzminimum beschränkt wird, so dass der Schuldner keine über diese Quote hinausgehenden finanziellen Verpflichtungen gegenüber dem anderen Ehegatten oder seinen Kindern hat und deshalb die nachträgliche Deckung von Unterhaltslücken im Rahmen des nachehelichen Unterhalts auf eine unzulässige Korrektur des rechtskräftigen Trennungsurteils bzw. der in Rechtskraft erwachsenen vorsorglichen Massnahmen hinauslaufen würde (<ref-ruling> E. 3 S. 60 f.).
In <ref-ruling> E. 3b S. 101 wurde die einseitige Belastung mit Rückforderungen durch die Fürsorgebehörden als bloss theoretisch abgetan. Die praktische Erfahrung zeigt aber, dass es durchaus zur Rückforderung von Sozialhilfeleistungen kommen kann (siehe namentlich den zitierten <ref-ruling>; vgl. auch Pichonnaz/Rumo-Jungo, a.a.O., S. 25; Urech/Fasel, a.a.O., S. 58 Fn. 8). Gerade in Mangelfällen wird vom unterhaltsberechtigten Ehegatten regelmässig eine (Wieder-)eingliederung in den Arbeitsprozess verlangt, so dass sich dessen finanzielle Situation mit der Zeit verbessert. In diesem Zusammenhang ist im Übrigen festzustellen, dass damit in der Regel eine ökonomische Erholung des Unterhaltsverpflichteten einhergeht (Wegfall von Unterhaltspflichten gegenüber dem Ehegatten und insbesondere gegenüber den Kindern, ferner durch berufliche Karriere), so dass die einseitige Belastung mit Rückforderungen besonders stossend erscheint.
Andererseits sind grosse Unterschiede bei der vollumfänglich im Ermessen der Kantone liegenden Geltendmachung der Rückforderungsansprüche (Thomet, a.a.O., N. 261) festzustellen. Sodann ist bei der Festsetzung des ehelichen Unterhaltes in den meisten Fällen auch offen, ob der Alimentengläubiger dereinst über ausreichende Mittel verfügen wird, so dass sich der Rückforderungsanspruch des Gemeinwesens überhaupt aktualisieren kann. Bei einer Abwägung zwischen den beiden Systemen ist die Gesamtheit der praxisrelevanten Fälle im Auge zu behalten und darf nicht dem Prinzip der Mankoteilung allein wegen der unbestreitbar gerechteren Auswirkungen für den Fall, dass es später tatsächlich zu einer Rückerstattung von Fürsorgeleistungen kommt, der Vorzug gegeben werden.
9. Was die Zwangsvollstreckung der festgesetzten Unterhaltsbeiträge anbelangt, hat die Mankoteilung gegenüber dem System der einseitigen Mankoüberbindung, bei dem es unter dem Vorbehalt gleichbleibender finanzieller Verhältnisse zu keinen Problemen kommt, verschiedene Nachteile:
Zunächst eröffnet sich aus dem Umstand, dass die Fürsorgebehörde beim System der Mankoteilung wirtschaftlich gesehen Drittpersonen unterstützen muss (dazu E. 7), das Risiko, dass der Alimentenschuldner die betreffenden Sozialhilfeleistungen nicht an die unterhaltsberechtigten Personen als Enddestinatäre weiterleitet, sondern für eigene Bedürfnisse verbraucht. Insofern tragen die Unterhaltsberechtigten im Unterschied zum System der einseitigen Mankoüberbindung auch für den Mankoanteil des Unterhaltsschuldners das Inkassorisiko und besteht weiter die Gefahr, dass die staatlichen Stellen (Fürsorge und Alimentenbevorschussung) bei fehlgeschlagenem Inkasso im Ergebnis doppelte Leistungen erbringen müssen.
Eine bereits im Gesetz angelegte Systemlücke ergibt sich sodann für den Fall, dass der Unterhaltsverpflichtete nachträglich (beispielsweise bei Verlust der Arbeitsstelle oder Aussteuerung) in einem die pfändbaren Einkommensbestandteile übersteigenden Mass fürsorgeabhängig wird, ohne dass es (vorerst) zu einer den neuen Einkommensverhältnissen entsprechenden Abänderung der Unterhaltsverpflichtung kommt: Diesfalls können die Alimente von vornherein nicht vollstreckt werden, weil Fürsorgeleistungen absolut unpfändbar sind (<ref-law>), was erneut das Risiko birgt, dass die staatlichen Stellen im Endeffekt Doppelzahlungen erbringen müssen.
10. Die Änderung einer Rechtsprechung muss sich auf ernsthafte, sachliche Gründe stützen können, die - vor allem im Hinblick auf das Gebot der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erkannte Rechtsanwendung für zutreffend erachtet worden ist. Eine Praxisänderung lässt sich grundsätzlich nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht; andernfalls ist die bisherige Praxis beizubehalten (<ref-ruling> E. 3a S. 292; <ref-ruling> E. 4 S. 777).
Was die äusseren Verhältnisse und die Rechtsanschauung als solche anbelangt, hat sich mit Bezug auf die vorliegend zur Diskussion stehende Frage in den letzten 15 Jahren nichts geändert. Im Übrigen entspräche das System der Mankoteilung zwar allenfalls besserer Erkenntnis der ratio legis von <ref-law> bzw. Art. 276 i.V.m. <ref-law> (vgl. E. 4), aber ein Systemwechsel würde in der praktischen Handhabung auf zwei Ebenen zu mannigfaltigen Schwierigkeiten führen, zum einen beim Zusammenspiel mit den Fürsorgebehörden für die allseitige Deckung des verteilten Mankos (dazu E. 7) und zum anderen im Stadium der Zwangsvollstreckung für den Fall des teilweisen oder vollständigen Ausbleibens der Unterhaltsbeiträge (dazu E. 9). Den sich bei der Umsetzung ergebenden Problemen ist angesichts ihrer Komplexität und Tragweite bereits bei der Wahl des Systems für die gerichtliche Festsetzung des geschuldeten Unterhalts Rechnung zu tragen. Für diese kann mit anderen Worten die zivilrechtliche Exegese der massgeblichen materiellen Normen (dazu E. 4) nicht allein massgebend sein; die Schwierigkeiten bei der praktischen Handhabung stellen ernsthafte, sachliche Gründe für die Beibehaltung des Systems der einseitigen Mankoüberbindung dar, welche das Kriterium der besseren Erkenntnis der ratio legis überlagern. Dazu kommt, dass das bisherige System in der Praxis den beteiligten Personen und Behörden vertraut ist und es sich in jeder Hinsicht eingespielt hat, so dass die für eine Praxisänderung sprechenden Gründe umso beherrschender sein müssten.
Insgesamt ergibt eine gegenseitige Abwägung der in E. 3-9 dargestellten Elemente, dass die Voraussetzungen für eine Änderung der Rechtsprechung im Rahmen der geltenden Rechtsordnung nicht gegeben sind. Es wäre vielmehr am Gesetzgeber, gegebenenfalls unter Anpassung der betroffenen Gesetze bzw. Rechtsgebiete eine adäquate und kohärente Lösung für die anerkanntermassen unbefriedigende Situation zu schaffen, die sich aus der einseitigen Mankoüberbindung an die Unterhaltsgläubiger - in der Regel die Ehefrau und naturgemäss immer die Kinder - ergibt.
11. Ausgehend vom System der einseitigen Mankoüberbindung ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden; die Beschwerde äussert sich denn auch einzig zum Grundsatz der Mankoteilung. Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die Beschwerde abzuweisen ist.
Den angesichts des Mankos offensichtlich prozessbedürftigen Parteien ist die unentgeltliche Rechtspflege zu erteilen (<ref-law>) und sie sind je mit der rubrizierten Vertretung zu verbeiständen (<ref-law>). Beide Parteivertreter sind aus der Gerichtskasse zu entschädigen. Die Gerichtsgebühr ist zufolge Abweisung der Beschwerde der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>), jedoch einstweilen auf die Gerichtskasse zu nehmen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Beiden Parteien wird die unentgeltliche Rechtspflege erteilt. Der Beschwerdeführerin wird Andrea Metzler als Rechtsanwältin und dem Beschwerdegegner wird Basil Huber als Rechtsanwalt beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, jedoch einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
4. Beide Parteivertreter werden aus der Gerichtskasse mit je Fr. 2'000.-- entschädigt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Möckli