Sachverhalt:
A. Z._, geboren 1953, unterrichtete seit August 2001 als Primarlehrer in der Mittelstufe der Schulgemeinde X._. Nach gewissen Beanstandungen des Schulstils durch einzelne Eltern von Schülern des Z._ sowie nach mehreren Gesprächen zwischen ihm und Vertretern der Schulbehörde fand am 25. April 2007 ein Standortgespräch in Begleitung einer Vertrauensperson von Z._ statt. Nachdem er es abgelehnt hatte, eine vorbereitete, ihm am 25. April 2007 präsentierte Zielvereinbarung innert 24 Stunden zu unterzeichnen, eröffnete ihm die Schulpräsidentin in einer Anhörung vom 27. April 2007 die Kündigung des Arbeitsverhältnisses per 31. Juli 2007 wegen eines stark gestörten Vertrauensverhältnisses.
Z._ erhob gegen die Kündigung Rekurs, welchen die Personalrekurskommission des Kantons Thurgau (nachfolgend: Personalrekurskommission) mit Entscheid vom 14. Dezember 2007 abwies. Die hiegegen erhobene Beschwerde des Z._ vom 14. März 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau aus formellen Gründen gut und wies die Sache zur Neubeurteilung unter Wahrung des Ausstandes des mitwirkenden Kommissionsmitgliedes A._ an die Personalrekurskommission zurück. Letztere wies den Rekurs mit Entscheid vom 25. November 2008 erneut ab.
B. Hiegegen liess Z._ wiederum Beschwerde führen, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau abwies (Entscheid vom 18. März 2009).
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt Z._ letztinstanzlich ohne Rechtsvertretung, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid über sein vorinstanzliches Rechtsbegehren an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Die Schulgemeinde X._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid, ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG), betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von Art. 82 lit. a BGG. Vor der Vorinstanz beantragte der Beschwerdeführer die Verpflichtung der Schulgemeinde X._ zur Bezahlung einer Entschädigung von Fr. 46'242.60 (zuzüglich Zins) wegen missbräuchlicher Kündigung. Es handelt sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, weshalb der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. g BGG nicht gegeben ist. Die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.-- (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG) ist erreicht.
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 BGG gerügt werden. Rügen gegen die Sachverhaltsfeststellung sind nur zulässig, wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Die Rüge, im Rahmen der Sachverhaltsfeststellung sei der grundrechtliche Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden, kann jedoch uneingeschränkt erhoben werden (Urteil des Bundesgerichts 1C_560/2008 vom 6. April 2009 E.1.2 mit Hinweis).
2. 2.1 Das kantonale Gericht bestätigte mit angefochtenem Entscheid, die am 27. April 2007 verfügte Kündigung des Arbeitsverhältnisses per 31. Juli 2007 basiere in materieller Hinsicht auf einem sachlich zureichenden Grund im Sinne von § 17 Abs. 2 der Verordnung des Regierungsrates des Kantons Thurgau über die Rechtsstellung der Lehrkräfte an den Volksschulen und Kindergärten vom 25. Januar 2005 (nachfolgend: RLV/TG; Thurgauer Rechtsbuch Nr. 411.114). Der von verschiedenen Eltern beklagte Unterrichtsstil des Beschwerdeführers und dessen Unfähigkeit, sich positiv mit geübter Kritik auseinanderzusetzen, habe die Zusammenarbeit mit der Schulbehörde nachhaltig gestört. Die Verweigerung der Unterschrift unter die ihm vorgelegte Zielvereinbarung habe das Vertrauensverhältnis letztendlich "derart zerstört, dass eine Kündigung als angemessen" erscheine. Formell sei die Kündigung ebenfalls nicht zu beanstanden. Das rechtliche Gehör sei nicht verletzt worden. Es lägen keine Anhaltspunkte vor, dass ihm in irgend einem Stadium des Verfahrens die Akteneinsichtnahme verweigert worden wäre. Eine Fristansetzung zur positiven Veränderung nach § 17 Abs. 3 RLV/TG hätte sich nach dem Gespräch vom 25. April 2007 an sich erübrigt, da seine früher gezeigte Resistenz gegenüber Kritik keine positive Veränderung habe erwarten lassen. Die vorgelegte Zielvereinbarung habe jedoch "eindeutig die Ansetzung einer Frist" beinhaltet. Auch wenn die "angesetzte Frist zur Unterschrift kurz ausgefallen sei", habe dem Beschwerdeführer klar sein müssen, dass dies seine letzte Möglichkeit zu einer kooperativen Zusammenarbeit war.
2.2 Hiegegen macht Z._ geltend, die Beschwerdegegnerin habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Vor der Kündigung habe er keine Akteneinsicht erhalten. Zudem sei ihm keine angemessene Frist zur Stellungnahme eingeräumt worden. Das kantonale Gericht habe den Sachverhalt basierend auf einer willkürlichen Beweiswürdigung unzutreffend festgestellt. Es habe insbesondere die Stellungnahme seiner Vertrauensperson zum Verlauf des Gespräches vom 25. April 2007 mit keinem Wort gewürdigt. Ohne Vorankündigung und ohne für den Beschwerdeführer ersichtlichen Anlass sei die Schulpräsidentin am 12. März 2007 in seinem Schulzimmer erschienen und habe ihn auf den nächsten Tag zu einem Gespräch aufgeboten. Zum Inhalt des Gesprächs habe sie ihm lediglich vage angedeutet, dass es sich um einen Brief von Eltern handle. Entgegen den vereinbarten Gepflogenheiten sei er über den Grund des Schreibens nicht informiert worden, er habe sich demzufolge auch nicht auf das Gespräch vorbereiten können. Auch bei Beginn des Gespräches vom 25. April 2007 habe er weder vom Wortlaut noch vom sinngemässen Inhalt des Elternbriefes Kenntnis gehabt. Zwar sei ihm dann dieses Schreiben während des Gespräches im Wortlaut zur Lektüre vorgelegt worden, jedoch nur in anonymisierter Form mit abgedecktem Absender. Er habe deshalb am 25. April 2007 davon ausgehen müssen, dass es sich um ein Schreiben der Mutter einer Schülerin oder eines Schülers seiner aktuellen Schulklasse handle. Die vorinstanzliche Feststellung, durch die grundsätzliche Haltung und Weigerung des Beschwerdeführers mit der Schulbehörde zu kooperieren habe er über Jahre hinweg das Vertrauensverhältnis zerstört, stehe im Widerspruch zu den protokollarisch festgehaltenen Aussagen anlässlich des Personalgesprächs vom 9. Februar 2007, welche damals von ihm, der Schulpräsidentin und einer Drittperson im gegenseitigen Einvernehmen mit Unterschrift bekräftigt worden seien. Schliesslich rügt er die Verletzung des Verfassungsgrundsatzes, wonach seine Streitsache von mindestens einer unabhängigen kantonalen richterlichen Behörde mit voller Kognition hätte geprüft werden müssen.
2.3 Die Beschwerdegegnerin vertritt die Auffassung, sie habe das Anstellungsverhältnis mit dem Beschwerdeführer erst nach Inaussichtstellung der Kündigung aufgelöst. Das Thema des Gespräches vom 25. April 2007 sei ihm seit dem 14. März 2007 bekannt gewesen. Seine Leistungen und sein Verhalten seien "in den sechs Jahren des Anstellungsverhältnisses in keiner Weise als gut zu qualifizieren" gewesen. Die Behauptung, er sei von der Schulpräsidentin von deren Amtsantritt an gemobbt worden, treffe nicht zu. Die beiden "Gefälligkeitsschreiben" des früheren Schulpräsidenten vom 9. März 2008 sowie eines weiteren Schulbehördenmitgliedes vom 8. März 2008 dürften "wohl das Amtsgeheimnis verletzen", weshalb diese Aktenstücke bisher zu Recht unberücksichtigt geblieben seien. Der Beschwerdeführer habe es sich selber zuzuschreiben, dass die ihm am 25. April 2007 angesetzte Frist zur Prüfung der Zielvereinbarung "relativ kurz", jedoch nicht unangemessen ausgefallen sei. Die Kündigung sei weder missbräuchlich noch unverhältnismässig. Als sachlich zureichender Grund kämen nicht nur Mängel in der Leistung oder im Verhalten in Frage, sondern auch das zerstörte Vertrauensverhältnis. Die Kündigung wäre hier sogar auch unter Verzicht auf nochmalige Fristansetzung zulässig gewesen. Statt dessen habe die Schulbehörde dem Beschwerdeführer zur Unterzeichnung der Zielvereinbarung nochmals eine Frist angesetzt. Schliesslich genüge die Personalrekurskommission des Kantons Thurgau dem verfasssungsrechtlichen Grundsatz der Rechtsweggarantie.
3. Art. 29a BV garantiert den Anspruch auf Beurteilung einer Rechtsstreitigkeit durch eine richterliche Behörde. Es wird damit gewährleistet, dass eine betroffene Person ein Gericht mit freier Rechts- und Sachverhaltsprüfung anrufen kann (<ref-ruling> E. 5.3 S. 403 mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat gemäss angefochtenem Entscheid als zweite kantonale Rechtsmittelinstanz nach der Personalrekurskommission gestützt auf die einschlägigen Vorschriften des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Thurgau vom 23. Februar 1981 (VRG/TG; Thurgauer Rechtsbuch Nr. 170.1) mit eingeschränkter Kognition über die Beschwerde entschieden. Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer in der erstmals vor Bundesgericht erhobenen Rüge auch nicht hinreichend substanziiert dargelegt, inwieweit der vorinstanzliche Entscheid gegen den von ihm angerufenen Verfassungsgrundsatz verstossen soll, zumal das Verfahren durch zwei kantonale Instanzen beurteilt wurde (vgl. Urteil 6B_93/2009 vom 25. Juni 2009 E. 4.2). Insoweit ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden.
4. Das kantonale Gericht hat die anwendbare Bestimmung zu den einschlägigen Kündigungsgründen (§ 17 RLV/TG) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
5. Gemäss angefochtenem Entscheid hat die Beschwerdegegnerin die Kündigungsgründe im Schreiben vom 27. April 2007 "klar genannt". Dabei stützte sie sich ausdrücklich auf § 17 Abs. 2 Ziff. 2 RLV/TG und beanstandete nicht die Leistung, sondern "Mängel im Verhalten" des Beschwerdeführers, welche das Vertrauensverhältnis vom 12. auf den 13. März 2007 "sehr stark gestört" und danach weiter belastet hätten. Nach der Stellungnahme des Beschwerdeführers vom 26. April 2007 sei das Vertrauensverhältnis endgültig zerstört gewesen. Das kantonale Gericht bestätigte die Auffassung der Personalrekurskommission und der Beschwerdegegnerin, wonach die Kündigung in formeller Hinsicht nicht zu beanstanden sei. Im Folgenden ist zunächst zu prüfen, ob die Vorinstanz im Zusammenhang mit der Kündigung vom 27. April 2007 zu Recht eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör verneint hat.
6. 6.1 In E. 5 des Urteils 8C_158/2009 vom 2. September 2009 hat das Bundesgericht bestätigt:
Der Umfang des Anspruchs auf rechtliches Gehör wird zunächst durch die kantonalen Verfahrensvorschriften umschrieben. Das Bundesgericht prüft deren Auslegung und Anwendung nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbotes. Unabhängig vom kantonalen Recht greifen die aus Art. 29 Abs. 2 BV folgenden Verfahrensregeln zur Sicherung des rechtlichen Gehörs Platz (<ref-ruling> E. 2.1.1 S. 161). Ob diese Grundsätze eingehalten wurden, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2 S. 242 f. mit Hinweisen). Dass sich aus dem kantonalen Recht ein weitergehender Gehörsanspruch als aus Art. 29 Abs. 2 BV ergeben würde, wird nicht behauptet und ist auch nicht ersichtlich.
Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheides dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass des Entscheides zur Sache zu äussern, Einsicht in die Akten zu nehmen und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 3.2 S. 494; <ref-ruling> E. 2.2 S. 504 f., je mit Hinweisen). Im einzelnen lässt sich nicht generell, sondern nur unter Würdigung der konkreten Interessenlage beurteilen, wie weit das Äusserungsrecht geht. Wegleitend muss der Gedanke sein, einer Partei zu ermöglichen, ihren Standpunkt wirksam zur Geltung zu bringen (<ref-ruling> E. 2b S. 274; <ref-ruling> E. 2b/cc S. 197; Urteile 2P.46/2006 vom 7. Juni 2006 E. 4.3, 2P.77/2003 vom 9. Juli 2003 E. 2.1, 2P.241/1996 vom 27. November 1996 E. 2c). Im öffentlichen Dienstrecht können auch relativ informelle Äusserungsgelegenheiten vor der Kündigung dem verfassungsrechtlichen Gehörsanspruch genügen, sofern dem Betroffenen klar war, dass er mit einer solchen Massnahme zu rechnen hatte (Urteile 1C_560/2008 vom 6. April 2009, 1C_103/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 5.3, 2P.275/2005 vom 1. März 2006 E. 2.1). Dabei hat der Betroffene nicht bloss die ihm zur Last gelegten Tatsachen zu kennen, sondern er muss darüber hinaus auch wissen, dass gegen ihn eine Verfügung mit bestimmter Stossrichtung in Erwägung gezogen wird (Urteil 2P.241/1996 vom 27. November 1996 E. 2c).
6.2 Sodann hat das Bundesgericht im eben zitierten Urteil 8C_158/2009 vom 2. September 2009 (E. 6.5 mit Hinweis) erkannt, dass die Behörde erst nach Kenntnisnahme der gesamten entscheidrelevanten Sachlage und mithin nach Anhörung der betroffenen Person zu einer Entscheidung über die formelle Kündigung gelangen darf.
7. 7.1 Es steht aktenkundig fest und ist unbestritten, dass die Schulpräsidentin den Beschwerdeführer am 12. März 2007 persönlich auf den folgenden Tag wegen eines bei ihr eingegangenen Briefes zu einem Personalgespräch aufbot, ohne ihm dieses Schreiben vorzulegen, dessen Verfasserin bekannt zu geben oder ihn auch nur ansatzweise über den Grund und Inhalt des Gespräches zu informieren. Nachdem sich der Beschwerdeführer am 14. März 2007 schriftlich bei der Schulpräsidentin gegen dieses Vorgehen beschwert und gleichzeitig seine Bereitschaft signalisiert hatte, an einem Gespräch in Begleitung einer von ihm gewählten Vertrauensperson teilzunehmen, antwortete ihm die Schulpräsidentin am darauf folgenden Tag per E-Mail, dass es bei diesem Gespräch um den Inhalt des Briefes gehen werde, welcher der Schulbehörde Sorge bereite; zudem habe ein Kind seine Sorgen und Nöte bei der Schulbehörde deponiert. Ziel des Gespräches solle eine Verbesserung der Situation für alle Beteiligten sein. Nach Absprache der Schulbehörde mit einem Mediator der Schulberatung und infolge einer Auslandabwesenheit der vom Beschwerdeführer beigezogenen Vertrauensperson wurde der Gesprächstermin zwischen den Parteien schliesslich auf den 25. April 2007 vereinbart. Mit Blick auf den Ablauf des Gesprächs vom 25. April 2007 ist sodann unbestritten, dass die Schulpräsidentin dem Beschwerdeführer nach Gesprächseröffnung zum ersten Mal die mehrere A4-Seiten umfassenden, handschriftlichen Ausführungen vom 6. März 2007 in anonymisierter Form vorlegte mit der Aufforderung, dieses Schreiben durchzulesen und dazu Stellung zu nehmen. Die Schulbehörde lehnte den Wunsch des Beschwerdeführers ab, den Brief mitzunehmen, diesen in Ruhe zu studieren und sich anschliessend schriftlich dazu zu äussern. Statt dessen präsentierte ihm die Schulpräsidentin eine bereits vor dem Gespräch ausformulierte, etwas mehr als eine Seite im A4-Format umfassende Zielvereinbarung. Die Schulbehörde setzte dem Beschwerdeführer am Ende des Gesprächs für die Unterzeichnung der Zielvereinbarung eine Frist von 24 Stunden bis zur nächsten Schulratssitzung am folgenden Tag, damit andernfalls rechtzeitig die Kündigung ausgesprochen werden könne. Zuhanden der Schulbehörde hielt der Beschwerdeführer am 26. April 2007 schriftlich fest, dass es ihm innerhalb der unzumutbar kurzen Frist nicht möglich sei, zur vorgelegten Zielvereinbarung Stellung zu nehmen. Mehrere Fragen im Zusammenhang mit dem ihm tags zuvor erstmals - und nur in anonymer Form - präsentierten Brief seien offen und der Inhalt des Gespräches zwischen einer Schülerin (mit bisher vor ihm geheim gehaltenen Identität) und der Schulbehörde sei am 25. April 2007 noch gar nicht zur Sprache gekommen. Am 27. April 2007 eröffnete die Schulpräsidentin dem Beschwerdeführer in Anwesenheit von zwei weiteren Schulbehördenmitgliedern die vorbereitete, auf den 27. April 2007 datierte Kündigung und gewährte ihm Gelegenheit zur mündlichen Stellungnahme. Dieser verzichtete auf weitere Ausführungen, unterzeichnete den Empfang des Kündigungsschreibens und verwies auf seine schriftliche Stellungnahme vom 26. April 2007, welche er den Schulbehördenmitgliedern zuvor per E-Mail zugestellt hatte.
7.2 Gemäss angefochtenem Entscheid war laut Protokoll zur Schulbehördensitzung vom 2. Mai 2005 "bereits früher eine Kündigung als mögliche Massnahme erwogen worden". Zum einen ist nicht ersichtlich und wird auch nicht geltend gemacht, dass dem Beschwerdeführer - abgesehen von der rein internen Diskussion innerhalb der Schulbehörde vom 2. Mai 2005 - eine Kündigung jemals vor April 2007 ausdrücklich in Aussicht gestellt worden wäre. Zum anderen verschweigt das kantonale Gericht in willkürlicher Beweiswürdigung, dass die damals bevorstehende, ohne Mitwirkung des Beschwerdeführers durchgeführte Schülerumfrage nicht die von der Schulbehörde erwarteten Ergebnisse zeigte (Protokoll zur Schulbehördensitzung vom 24. August 2005), sondern der Grossteil der Schülerinnen und Schüler der fünften und sechsten Klasse des Beschwerdeführers zum Ausdruck brachte, mit dessen Unterricht zufrieden zu sein (Protokoll zur Schulbehördensitzung vom 2. August 2005). In der vorinstanzlichen Beweiswürdigung unberücksichtigt blieb auch die Tatsache, dass nach der zu Recht unbestritten gebliebenen Sachverhaltsdarstellung des Beschwerdeführers anlässlich des Personalgesprächs vom Februar 2007 noch "keine kritischen Töne laut geworden" waren, sondern abgesehen von einem zu erstellenden "Bericht über zurückgestufte Sekundarschüler" und "pünktlichem Erscheinen am Morgen" im gegenseitigen Einvernehmen mit der Schulpräsidentin, dem Beschwerdeführer und dem Lehrerbetreuer keine weitergehenden Ziele ins Auge gefasst wurden (vgl. das von allen Beteiligten am 9. Februar 2007 unterzeichnete Protokoll zum Personalgespräch mit dem Beschwerdeführer).
7.3 Gab das Verhalten des Beschwerdeführers bis zu jenem Zeitpunkt offensichtlich weder Anlass zur Kündigung noch zu einer besonderen Zielvereinbarung innerhalb einer bestimmten Bewährungsfrist im Sinne von § 17 Abs. 3 RLV/TG, so konfrontierte die Schulbehörde den Beschwerdeführer erstmals am 25. April 2007 mit den Beanstandungen der anonymen Verfasserin des Briefes vom 6. März 2007. Trotz des aktenkundig mehrfach geäusserten Wunsches nach umfassender Einsichtnahme in die gegen ihn erhobenen Vorwürfe einschliesslich deren Urheberschaft steht fest, dass die Beschwerdegegnerin ihm die Identität der Briefverfasserin bis über die Kündigung vom 27. April 2007 hinaus verschwieg und ihn so im Glauben liess, es handle sich um das Schreiben einer Mutter von einer Schülerin oder eines Schülers von ihm. Das Verschweigen der Identität war hier um so weniger zu rechtfertigen, als die Schulpräsidentin gemäss Protokoll der Schulbehördensitzung vom 12. März 2007 von Anfang an wusste, dass nie ein Kind der Verfasserin vom Beschwerdeführer unterrichtet worden war und sich deren Klagen demnach - basierend "auf dem Hörensagen" - ausschliesslich auf nicht überprüfbare Angaben unbekannter Drittpersonen bezogen. Laut letztinstanzlich unbestrittener Sachverhaltsdarstellung des Beschwerdeführers ist die Verfasserin des Briefes vom 6. März 2007 inzwischen vom Bezirksgericht Y._ wegen übler Nachrede verurteilt worden.
7.4 Nach dem Gesagten steht fest, dass dem Beschwerdeführer vor der Kündigung vom 27. April 2007 keine umfassende Akteneinsicht gewährt worden ist. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz, wonach es "dem Beschwerdeführer [...] jederzeit möglich gewesen [sei], sich zu den - ihm bekannten - Vorwürfen zu äussern", beruht auf einer willkürlichen Beweiswürdigung, ist offensichtlich unhaltbar und verletzt den Anspruch auf rechtliches Gehör (vgl. E. 6 hievor). Gleiches gilt für den Standpunkt der Personalrekurskommission, wonach es ausreiche, wenn dem Beschwerdeführer "jedenfalls im Rekursverfahren vollumfänglich Akteneinsicht gewährt" worden sei. Die Beschwerdegegnerin hätte praxisgemäss erst nach Kenntnisnahme der gesamten entscheidrelevanten Sachlage und mithin nach Anhörung der betroffenen Person zu einer Entscheidung über die formelle Kündigung gelangen dürfen (8C_158/2009 vom 2. September 2009 E. 6.5 mit Hinweis). Ohne vollumfängliche Akteneinsichtnahme vermochte der Beschwerdeführer seinen Standpunkt unter den gegebenen Umständen nicht wirksam zur Geltung zu bringen.
7.4 Nach dem Gesagten steht fest, dass dem Beschwerdeführer vor der Kündigung vom 27. April 2007 keine umfassende Akteneinsicht gewährt worden ist. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz, wonach es "dem Beschwerdeführer [...] jederzeit möglich gewesen [sei], sich zu den - ihm bekannten - Vorwürfen zu äussern", beruht auf einer willkürlichen Beweiswürdigung, ist offensichtlich unhaltbar und verletzt den Anspruch auf rechtliches Gehör (vgl. E. 6 hievor). Gleiches gilt für den Standpunkt der Personalrekurskommission, wonach es ausreiche, wenn dem Beschwerdeführer "jedenfalls im Rekursverfahren vollumfänglich Akteneinsicht gewährt" worden sei. Die Beschwerdegegnerin hätte praxisgemäss erst nach Kenntnisnahme der gesamten entscheidrelevanten Sachlage und mithin nach Anhörung der betroffenen Person zu einer Entscheidung über die formelle Kündigung gelangen dürfen (8C_158/2009 vom 2. September 2009 E. 6.5 mit Hinweis). Ohne vollumfängliche Akteneinsichtnahme vermochte der Beschwerdeführer seinen Standpunkt unter den gegebenen Umständen nicht wirksam zur Geltung zu bringen.
7.5 7.5.1 Schliesslich verletzt auch die am 25. April 2007 erfolgte Ansetzung einer Frist von rund 24 Stunden - bzw. 48 Stunden bis zur Kündigungseröffnung vom 27. April 2007 - den Anspruch auf rechtliches Gehör, weil es dem Beschwerdeführer innerhalb dieser kurzen Zeitdauer (vgl. dazu GABRIELLE STEFFEN, Le droit d'être entendu du collaborateur de la fonction publique: juste une question de procédure?, in: Recueil de Jurisprudence Neuchâteloise [RJN] 2005 S. 49 ff., insbes. S. 64) nicht möglich war, in die Akten Einsicht zu nehmen, sich gegebenenfalls beraten zu lassen und sodann in geeigneter Form zu den ihm von der anonymen Briefverfasserin zur Last gelegten Vorwürfen Stellung zu nehmen. Ist dem Betroffenen zur Gewährleistung eines fairen Verfahrens im Rahmen des rechtlichen Gehörs auch ein gewisses Mass an Bedenk- und Vorbereitungszeit einzuräumen (PETER HÄNNI, Das öffentliche Dienstrecht der Schweiz, 2. Aufl., Zürich 2008, S. 690 mit Hinweisen) und erscheint - nicht einmal in einem Verfahren betreffend fristlose Kündigung - die Ansetzung einer einwöchigen Frist zur Vernehmlassung als unverhältnismässig (Urteil 2A_518/2003 vom 10. Februar 2004 E. 5.2), so genügte hier jedenfalls die Ansetzung einer Frist von bloss zwei Tagen vor der Kündigungseröffnung dem Anspruch auf rechtliches Gehör nicht.
7.5.2 Entgegen der sinngemäss vertretenen Auffassung von Vorinstanz und Beschwerdegegnerin bestand aus objektiver Sicht am 25. April 2007 keine vom Beschwerdeführer zu verantwortende Dringlichkeit dafür, die Frist zur Gewährung des rechtlichen Gehörs hinsichtlich der in Aussicht gestellten Kündigung auf maximal 48 Stunden zu beschränken. Auch wenn andernfalls die von der Schulbehörde in Betracht gezogene Auflösung des Arbeitsverhältnisses unter Umständen nicht mehr rechtzeitig vor Ende April 2007 hätte fristgerecht per 31. Juli 2007 verfügt werden können, sind keine Anhaltspunkte dafür ersichtlich und wird auch nicht geltend gemacht, dass diesfalls die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses bis zum nächstmöglichen Kündigungstermin für die Beschwerdegegnerin - im Sinne eines wichtigen Grundes zur fristlosen Kündigung (§ 20 Abs. 1 RLV/TG) - nicht mehr zumutbar gewesen wäre. Einen derart gravierenden Vertrauensverlust, welcher unter Umständen eine fristlose Kündigung zu rechtfertigen vermöchte, stand nie zur Diskussion.
7.5.3 Gemäss angefochtenem Entscheid unterstellte das kantonale Gericht dem Beschwerdeführer ohne nähere Begründung, dass er "mittels einer Verzögerungstaktik eine rechtzeitige Kündigung" Ende April 2007 per 31. Juli 2007 zu vereiteln versucht habe. Dabei liess die Vorinstanz unbeachtet, dass die Beschwerdegegnerin die Rückweisung der Gesprächsaufforderung vom 12. März 2007 selber zu vertreten hatte (vgl. hievor am Anfang von E. 7.1), und die Schulpräsidentin laut E-Mail vom 15. März 2007 gegen das vom Beschwerdeführer am 14. März 2007 vorgeschlagene Vorgehen keine Einwände erhob, sondern ihm die Kontaktaufnahme in Aussicht stellte, sobald sie ihm konkret neue Terminvorschläge unterbreiten könne. Dass schliesslich - infolge der aktenkundig bestätigten und unbestrittenen Auslandabwesenheit der Vertrauensperson des Beschwerdeführers - der Gesprächstermin im Einvernehmen mit allen Beteiligten erst auf den 25. April 2007 vereinbart werden konnte, stellte weder die Vorinstanz noch die Beschwerdegegnerin in Frage.
7.5.4 Demnach hat das kantonale Gericht basierend auf einer willkürlichen Beweiswürdigung darauf geschlossen, der Beschwerdeführer habe mit der Absicht der Vereitelung einer rechtzeitigen Kündigung die Vereinbarung eines Gesprächstermins so sehr verzögert, dass er die Kürze der eingeräumten Frist von rund 48 Stunden zur Stellungnahme im Hinblick auf die ihm in Aussicht gestellte Kündigung selber zu vertreten habe. Eine derart kurze Frist verletzte jedenfalls unter den gegebenen Umständen den Anspruch auf rechtliches Gehör des Beschwerdeführers.
8. Hat die Beschwerdegegnerin mit der am 27. April 2007 per 31. Juli 2007 verfügten Kündigung den formellen Anspruch auf rechtliches Gehör des Beschwerdeführers verletzt, ist der angefochtene Entscheid des kantonalen Gerichts, mit welchem die Vorinstanz den Entscheid der Personalrekurskommission vom 25. November 2008 schützte, aufzuheben und die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit es materiell über das vorinstanzliche Entschädigungsbegehren wegen missbräuchlicher Kündigung (§ 19 Abs. 1 RLV/TG) im Umfang von Fr. 46'242.60 nebst Zins zu 5% seit 1. August 2007 neu entscheide.
9. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Nach Art. 66 Abs. 1 BGG werden die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Das Bundesgericht hat mit Urteil 8C_158/2009 vom 2. September 2009 E. 8.1.4 erkannt, dass das Gemeinwesen, welches - wie hier - als Arbeitgeber in seinen Vermögensinteressen betroffen ist, nicht von den Gerichtskosten befreit ist. Sind somit die Voraussetzungen des Ausnahmetatbestandes von Art. 66 Abs. 4 BGG nicht erfüllt, hat die unterliegende Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Eine Parteientschädigung steht dem letztinstanzlich unvertretenen Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht nicht zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 18. März 2009 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie materiell über den geltend gemachten Anspruch auf Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Hochuli