Sachverhalt:
A.
Die X._ GmbH & Co KG (nachfolgend X._) hat ihren Sitz in U._ (Deutschland). Sie bezweckt die Verwaltung eigenen Vermögens und Beteiligungsbesitzes und ist zu 50% an der Y._ GmbH (nachfolgend Y._) sowie zu 50% an der Z._ GmbH (nachfolgend Z._) beteiligt, welche beide operativ in Deutschland tätig sind. Gesellschafter der X._ sind die ebenfalls in U._ ansässige W._ GmbH (nachfolgend W._) als persönlich haftende Gesellschafterin ohne Kapitalanteil und B.C._ als Kommanditistin mit einem Kommanditanteil von EUR 5'000.--.
B.
A. und B.C._ deklarierten in ihrer Steuererklärung 2008 für die Staats- und Gemeindesteuern ein steuerbares Einkommen von Fr. 33'025.-- bzw. ein steuerbares Vermögen von Fr. 3'024'756.-- sowie für die direkte Bundessteuer ein steuerbares Einkommen von Fr. 32'775.--. In der Folge schätzte das kantonale Steueramt am 8. November 2011 die Pflichtigen für die Staats- und Gemeindesteuern 2008 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 2'247'400.-- (zum Satz von Fr. 2'504'500.--) bei einem steuerbaren Vermögen von Fr. 8'436'000.-- (zum Satz von Fr. 9'103'000.--) ein und veranlagte die Beschwerdeführer für die direkte Bundessteuer 2008 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 2'247'200.-- (zum Satz von Fr. 2'504'200.--). Als Begründung führte das Steueramt an, die Anteile an den Aktiven und am Ertrag der X._ seien nicht nach Deutschland auszuscheiden, da es sich bei der X._ um eine nicht-kaufmännische Personengesellschaft handle, welche in Deutschland weder über einen Geschäftsbetrieb noch eine Betriebsstätte verfüge.
C.
Die Einsprache der Beschwerdeführer hiess das kantonale Steueramt mit Entscheid vom 12. Oktober 2012 teilweise gut und gewährte auf die Staats- und Gemeindesteuern die Teilsatzbesteuerung für den Ertrag aus der X._ von Fr. 2'177'225.--. Bezüglich der direkten Bundessteuer wies das kantonale Steueramt die Einsprache ab. Gegen diesen Entscheid erhoben die Beschwerdeführer Rekurs, welcher vom Steuerrekursgericht am 25. März 2013 teilweise gutgeheissen wurde. Das Steuerrekursgericht gewährte den Beschwerdeführern die Nettobesteuerung auf Einkünften aus den Beteiligungen an der Y._ sowie der Z._ und schätzte sie für die Staats- und Gemeindesteuern 2008 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'918'600.-- (zum Satz von Fr. 2'175'500.--) bei einem Vermögen von Fr. 8'436'000.-- (zum Satz von Fr. 9'103'000.--) ein. Für die direkte Bundessteuer 2008 veranlagte das Steuerrekursgericht die Beschwerdeführer mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'918'300.-- (zum Satz von Fr. 2'175'300.--) ein. Dagegen gelangten die Beschwerdeführer an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, welches sowohl die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern als auch diejenige zur direkten Bundessteuer mit Entscheid vom 25. Juni 2014 abwies, soweit es darauf eintrat.
D.
A. und B.C._ legen mit Eingabe vom 28. August 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sei aufzuheben. Der Ertrag und die Aktiven der X._ seien vollständig nach Deutschland auszuscheiden und in der Schweiz unter Progressionsvorbehalt von der Besteuerung auszunehmen. Die Beschwerdeführer seien für die Staats- und Gemeindesteuern 2008 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 86'400.-- (zum Satz von Fr. 2'509'900.--) bei einem steuerbaren Vermögen von Fr. 4'508'000.-- (zum Satz von Fr. 9'103'000.--) einzuschätzen bzw. für die direkte Bundessteuer 2008 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 86'400.-- (zum Satz von Fr. 2'509'600.--) zu veranlagen. Eventualiter sei für die Einreichung des Antrags auf pauschale Steueranrechnung eine Nachfrist von 60 Tagen zu gewähren und die seitens der X._ vereinnahmte Dividende der Y._ sei ohne Abzug der nicht rückforderbaren deutschen Kapitalertragssteuer zu besteuern.
Das Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen in ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Vorinstanz hat ein einziges Urteil für die Staats- und Gemeindesteuer sowie für die direkte Bundessteuer erlassen, was zulässig ist, soweit die zu entscheidende Rechtsfrage im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt ist (BGE 135 II 260 E. 1.3.1 S. 262 f.). Unter diesen Umständen ist den Beschwerdeführern nicht vorzuwerfen, nicht zwei getrennte Beschwerden eingereicht und keine getrennten Anträge gestellt zu haben; aus ihrer Eingabe geht deutlich hervor, dass sie beide Steuerarten betrifft (BGE 135 II 260 E. 1.3.3 S. 264; Urteil 2C_164/2013, 2C_165/2013 vom 28. März 2014 E. 1.1 nicht publ. in: <ref-ruling>). Das Bundesgericht hat hier für die Staats- und Gemeindesteuer (2C_738/2014) und die direkte Bundessteuer (2C_739/2014) getrennte Dossiers angelegt. Da beide Verfahren auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde ist in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> [SR 279]; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) zulässig. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (<ref-law>) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind.
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (<ref-law>). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (<ref-law>). Die beschwerdeführende Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt bzw. die beanstandete Beweiswürdigung klar und eindeutig mangelhaft, mit anderen Worten willkürlich, erscheint (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3). Auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung geht das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 3 S. 104 f.).
1.5. Grundsätzlich gilt die allgemeine Beweislastregel, wonach die Veranlagungsbehörde die steuerbegründenden oder -erhöhenden Tatsachen nachzuweisen hat, die steuerpflichtige Person dagegen jene Tatsachen, welche die Steuerschuld mindern oder aufheben (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 158 f.; <ref-ruling> E. 3c/aa S. 284 mit Hinweisen; Urteil 2C_1082/2012 vom 25. Oktober 2013 E. 2.3).
I. Direkte Bundessteuer
2.
Vorliegend ist strittig, ob die in der Schweiz ansässigen Beschwerdeführer in der relevanten Steuerperiode in Deutschland einen Geschäftsbetrieb unterhalten haben.
2.1. Grundsätzlich unterliegen in der Schweiz ansässige natürliche Personen für ihr gesamtes weltweites Einkommen und Vermögen unter Progressionsvorbehalt der schweizerischen Besteuerung (Art. 6 Abs. 1 und Art. 7 Abs. 1 DBG [SR 642.11]). Dabei ist die Steuerpflicht bei persönlicher Zugehörigkeit unbeschränkt; sie erstreckt sich aber nicht auf Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten und Grundstücke im Ausland (<ref-law>). Die Abgrenzung der Steuerpflicht für Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten und Grundstücke erfolgt gemäss <ref-law> im Verhältnis zum Ausland nach den Grundsätzen des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Satz 1). Vorbehalten bleiben die in Doppelbesteuerungsabkommen enthaltenen Regelungen (Satz 4).
2.2. Sowohl die Vorinstanz als auch die Beschwerdeführer gehen davon aus, dass es sich bei der X._ als GmbH & Co. KG um eine Gesellschaft nach deutschem Recht handelt, welche in ihrer Form einer schweizerischen Kommanditgesellschaft am ähnlichsten ist. Eine solche ist laut <ref-law> nicht steuerpflichtig. Ihr Einkommen und Vermögen wird den Teilhabern, vorliegend der W._ sowie der Beschwerdeführerin, anteilsmässig zugerechnet. Die Frage des Vorgehens bei der Qualifikation bzw. der dabei anzuwendenden Methode muss hier nicht weiter behandelt werden, weil vorliegend unbestrittenerweise nach schweizerischem wie nach deutschem Recht die Qualifikation der X._ als juristische Person verneint wird (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 260 f. mit Verweis auf BAUMBACH/HOPT/ MERKT, Handelsgesetzbuch [HGB], 35. Aufl. 2012, N. 2 und 10 zu § 161 HGB, N. 1 zu § 177a HGB). Ebenfalls unbestritten ist, dass die Beschwerdeführer ihren steuerrechtlichen Wohnsitz in V._ haben und deshalb aufgrund persönlicher Zugehörigkeit grundsätzlich in der Schweiz (respektive im Kanton Zürich) unbeschränkt steuerpflichtig für das weltweite Einkommen sind ( RICHNER/FREI/KAUFMANN/ MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 6 zu <ref-law>). Umstritten ist hingegen, ob ein Teil des Einkommens von der Besteuerung ausgenommen ist, weil ein Geschäftsbetrieb ausserhalb der Schweiz besteht.
2.3. Das Vorliegen eines Geschäftsbetriebes setzt voraus, dass ein Unternehmen eine geschäftliche Tätigkeit ausübt, wobei ein Betrieb nach kaufmännischer Art in einer festen Anlage oder Einrichtung ausgeführt wird (vgl. Urteil 2A.119/2007 vom 13. August 2007). Als nichtkaufmännische Personengesellschaften gelten solche, deren Tätigkeit sich in der gewöhnlichen Vermögensverwaltung erschöpft und die über keine festen, ständige Anlagen am Gesellschaftssitz verfügen, die der Geschäftstätigkeit dienen. Dies trifft insbesondere auf reine Finanz- oder Vermögensverwaltungsgesellschaften zu, welche keine geschäftliche Tätigkeit im Sinne der vorliegenden Bestimmung ausüben (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 10 zu <ref-law>; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 12 zu <ref-law> ), selbst wenn das Vermögen erheblich ist und dessen Verwaltung über das gewöhnliche Mass hinausgeht (<ref-ruling> E. 2 S. 217).
2.4. Das Vorliegen eines Geschäftsbetriebs ausserhalb der Schweiz würde die Steuerpflicht der Beschwerdeführer vermindern, weshalb sie die Beweislast tragen (E. 1.5). Die Beschwerdeführer müssen dabei die steuermindernden Tatsachen nicht nur behaupten, sondern auch belegen (<ref-ruling> E. 4 c/aa S. 266 und 273 E. 3 c/aa S. 284 mit Hinweisen; Urteil 2C_164/2013 vom 28. März 2014 E. 3.5). Zur Qualifikation ausländischer Betriebsstätten juristischer Personen hat sich das Bundesgericht folgendermassen geäussert: Mit unilateralen Massnahmen soll zwar eine Regelung getroffen werden, welche die Gefahr einer doppelten Besteuerung vermindert, dabei soll jedoch nach Möglichkeit verhindert werden, dass aufgrund dieser Regelung eine doppelte Nichtbesteuerung resultiert, wird doch Letzteres durch bilaterale Doppelbesteuerungsabkommen, denen keineswegs allgemein der Gedanke zugrunde liegt, doppelte Nichtbesteuerung zu vermeiden, höchstens in bestimmten Konstellationen ausgeschlossen. In Bezug auf die Betriebsstättendefinition ergibt sich daraus, dass für Betriebsstätten im Ausland die Anforderungen etwas höher gesteckt werden dürfen als für Betriebsstätten in der Schweiz. Betriebsstätten im Ausland sind daher in zweifelhaften Fällen aufgrund der unbeschränkten Steuerpflicht in der Schweiz tendenziell der Steuerpflicht in der Schweiz zu unterwerfen und einer allenfalls drohenden Doppelbesteuerung ist in solchen Fällen mittels Heranziehung entsprechender Doppelbesteuerungsabkommen entgegenzutreten, soweit solche bestehen (<ref-ruling> E. 3.1.2 S. 87 f. mit Hinweis). Diese grundsätzlichen Überlegungen sind auch in Bezug auf Geschäftsbetriebe natürlicher Personen (bzw. Personenunternehmen) anzuwenden, entspricht doch die wirtschaftliche Zugehörigkeit nach <ref-law> derjenigen von Art. 51 für juristische Personen ( RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 4 zu <ref-law> ).
2.5. Für die Vorinstanz ist es insgesamt nicht erkennbar, dass zwischen der X._ und der Y._ eine Verbindung besteht, die über die Vermögensverwaltung hinausgeht. Die behauptete Managementdienstleistung an die Y._ wirke vorgeschoben und konstruiert. Die Beschwerdeführer könnten dementsprechend nicht belegen, dass es sich bei der X._ um ein nach kaufmännischer Art geführtes Personenunternehmen und somit um einen Geschäftsbetrieb handelt. Die Vorinstanz begründet ihre Beweiswürdigung mit verschiedenen Argumenten. Es handelt sich dabei um Sachverhaltsfeststellungen, die vom Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft werden. Die Beschwerdeführer stellen diese Beweiswürdigung in Frage. Es ist zweifelhaft, ob sie damit rechtsgenügliche Rügen erheben und nicht bloss unzulässige appellatorische Kritik üben (vorne E. 1.4). Jedenfalls sind aber ihre Vorbringen unbegründet, wie im Folgenden darzulegen ist.
2.5.1. Die Vorinstanz führt aus, dass der Gesellschaftszweck der X._ laut Gesellschaftsvertrag primär in der Verwaltung des eigenen Vermögens bestehe. Zwar könnten auch weitere Geschäfte betrieben werden, daraus lasse sich aber nicht schliessen, dass die Vermögensverwaltung hinter den Auffangzweck zurücktrete. Der primäre Gesellschaftszweck sei zumindest ein erstes Indiz für die Vermögensverwaltung als Unternehmenstätigkeit der X._. Auch die Firma der X._, welche den Begriff "Vermögensverwaltungsgesellschaft" enthalte, unterstütze diesen Eindruck. Die Beschwerdeführer beanstanden diese Feststellungen der Vorinstanz als nicht haltbar. Massgebend sei nur die tatsächlich ausgeübte Geschäftstätigkeit, welche die Beschwerdeführer ausreichend dargelegt hätten. Die X._ übe durch den Beschwerdeführer eine eigene Geschäftstätigkeit aus, welche als kaufmännischer Betrieb zu qualifizieren sei. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer darf der Gesellschaftszweck durchaus als Indiz für die Unternehmenstätigkeit hinzugezogen werden, sollte er doch normalerweise verlässlich über das Tun einer Gesellschaft Auskunft geben, zumal er auch ins Handelsregister eingetragen werden muss (Art. 41 Abs. 2 lit. e der Handelsregisterverordnung vom 17. Oktober 2007 [HRegV; SR 221.411]). Ausserdem stellt die Vorinstanz nicht ausschliesslich auf den Gesellschaftszweck ab, sondern widmet sich sodann der Ermittlung der tatsächlich ausgeübten Geschäftstätigkeit der X._.
2.5.2.
2.5.2.1. Die Vorinstanz erachtet es als durchaus möglich, dass der Beschwerdeführer die ausführlich beschriebenen Management-Dienstleistungen für die Y._ tatsächlich getätigt habe. Nicht belegt sei aber, dass der Beschwerdeführer diese Aktivitäten im Rahmen seines Mandats bei der X._ wahrgenommen habe. Die Behauptung erscheine als im Nachhinein konstruiert. Gleiches gelte für die Unterscheidung der Aktivitäten, welche der Beschwerdeführer zum Einen im Namen der X._ und zum Anderen im Rahmen des formellen Arbeitsvertrages mit der Y._ ausgeübt habe. Es sei nur schwer nachvollziehbar, aus welchen Gründen der Beschwerdeführer nicht alle vorgebrachten Aktivitäten unter dem formellen Arbeitsverhältnis erbracht habe, sondern zu 40% für die X._. Insgesamt könnten nur wenige Tätigkeiten des Beschwerdeführers eindeutig der X._ zugerechnet werden nämlich die Durchführung der Generalversammlung der X._, die Verabschiedung der Gewinn- und Verlustrechnungen der X._ sowie die Entscheidung der Verwendung des Jahresüberschusses der X._. Diese Aktivitäten würden auch bei einer Vermögensverwaltungsgesellschaft anfallen und aus ihnen könne nicht geschlossen werden, dass es sich bei der X._ gerade nicht um eine solche handle.
2.5.2.2. Anderer Ansicht sind die Beschwerdeführer. Die Aktivitäten des Beschwerdeführers gingen weit über die im Arbeitsvertrag mit der Y._ vereinbarten Aufgaben hinaus. Er habe deshalb nicht nur als Angestellter gehandelt, sondern erbringe als faktischer Geschäftsführer der X._ klassische Managementdienstleistungen für die Y._, welche weit über die üblichen Tätigkeiten einer Vermögensverwaltung hinausgingen. Diese Aufgabenverteilung sei durchaus glaubwürdig, sei doch der Arbeitsvertrag mit der Y._ samt der klar definierten Aufgaben bereits im Jahre 2001 abgeschlossen worden. Die Aktivitäten des Beschwerdeführers für die X._ und die Y._ liessen sich zudem, entgegen der Meinung der Vorinstanz, ohne Weiteres aufgrund des Grads der Komplexität und der wahrgenommenen Interessen abgrenzen. Die Tätigkeiten für die X._ seien in deren Interessen als Aktionärin erfolgt und von grösserer Komplexität gewesen als diejenigen, die er im Rahmen des Arbeitsvertrags für die Y._ erbracht habe. Dass sich die Funktionen thematisch teilweise überschneiden, sei somit erklärbar und in Unternehmen üblich. Die Vorinstanz könne in keiner Weise darlegen, aus welchen Gründen die praktizierte Kompetenztrennung zwischen der X._ und der Y._ nicht möglich sein soll.
2.5.2.3. Die Ausführungen der Beschwerdeführer vermögen nicht zu überzeugen, weil sie die Tätigkeiten des Beschwerdeführers für die X._ nur rudimentär belegen können. Ausser der Bestätigung der Y._ vom 8. September 2011, wonach der Beschwerdeführer einen Teil seiner Leistungen im Jahre 2008 für die X._ erbracht habe, findet sich nichts in den Akten. Der dortige Verweis, dass auf eine anteilige Weiterbelastung aus Vereinfachungsgründen und wegen der grösseren Praktikabilität verzichtet wurde, ist zudem nicht sehr glaubwürdig. Die Folgen der mangelnden Dokumentation der Tätigkeiten treffen die Beschwerdeführer; ihnen obliegt die Beweisführungspflicht für steuermindernde Tatsachen (E. 1.5). Dasselbe gilt für die Tätigkeiten, die der Beschwerdeführer gemäss Vorinstanz eindeutig für die X._ ausübte. Auch diese sind nur mangelhaft mit einem GV-Protokoll belegt, welches sich zudem nur auf die Y._ bezieht. Die Offerte der Beschwerdeführer, weitere GV-Protokolle zur Dokumentation beizubringen, dasjenige von 2007 sei nur exemplarisch gewesen, ist verspätet. Die Beweismittel hätten sie als rechtskundig vertretene Personen ohne Aufforderung der Vorinstanz bei dieser einreichen müssen ( RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 83 zu <ref-law>). Vor Bundesgericht ist die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz massgebend und Noven sind unzulässig (Art. 99 Abs. 1 und <ref-law>). Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, dass die Managementdienstleistungen der X._ mangels Belege nur wenig glaubhaft sind und diese somit als Vermögensverwaltungsgesellschaft zu qualifizieren ist, kann deshalb nicht beanstandet werden.
2.5.3. Darüber hinaus ist es gemäss Vorinstanz nicht belegt, dass die X._ über feste Geschäftseinrichtungen in Deutschland verfügt. Die Y._ stellt zwar dem Beschwerdeführer die entsprechende Infrastruktur zur Verfügung, ob er sie aber für Aufgaben verwendet, die der X._ zugerechnet werden können, ist nicht erstellt. Es fehlt eine Dokumentation betreffend die Verrechnung der jeweiligen Dienstleistungen zwischen der X._ und der Y._. Die Beschwerdeführer erblicken in diesem Vorgehen nichts Aussergewöhnliches, sondern werten es als einen Hinweis auf den engen Zusammenhang des "Familienbetriebs" und ein Zeichen dafür, dass die X._ ihre Rolle als Gesellschafterin ernst nehme. Die Konsequenzen der mangelnden Dokumentation sind dennoch den Beschwerdeführern anzurechnen, da sie die Beweislast tragen (E. 1.5). Zu guter Letzt ist die Besteuerung durch das Deutsche Finanzamt entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer bloss ein Indiz für das Vorliegen eines Geschäftsbetriebs; Entscheide anderer (ausländischer) Steuerbehörden sind für die Steuerbehörde nicht verbindlich ( RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 92 VB zu Art. 109 - 121 DBG ).
2.5.4. Gemäss der Vorinstanz haben die Beschwerdeführer beweismässig nicht ausreichend darlegen können, dass es sich bei der X._ um eine nach kaufmännischer Art geführte Kommanditgesellschaft und somit um einen Geschäftsbetrieb gemäss <ref-law> handelt. Die Beweiswürdigung durch die Vorinstanz ist insgesamt nachvollziehbar und kann nicht als willkürlich bezeichnet werden. Die Einkünfte und die Aktiven der X._ sind somit nach internem Recht der Schweiz nicht nach Deutschland auszuscheiden, sondern anteilsmässig durch die Beschwerdeführer in der Schweiz als Einkommen zu versteuern.
3.
Zu prüfen bleibt, ob das Doppelbesteuerungsrecht eine Besteuerung verhindert. Gemäss Art. 1 des Abkommens vom 11. August 1971 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Bundesrepublik Deutschland zur Vermeidung der Doppelbesteuerung auf dem Gebiete der Steuern vom Einkommen und vom Vermögen (DBA-D; SR 0.672.913.62) können sich Personen, die in einem Vertragsstaat oder in beiden Vertragsstaaten ansässig sind, auf dieses Abkommen berufen. Nach Art. 3 Abs. 1 lit. d DBA-D umfasst der Ausdruck "Person" natürliche Personen und Gesellschaften. Nach Art. 3 Abs. 1 lit. e DBA-D bedeutet der Ausdruck "Gesellschaft" juristische Personen oder Rechtsträger, die für die Besteuerung wie juristische Personen behandelt werden. Daraus ergibt sich, dass Personengesellschaften, welche nicht als juristische Personen gelten, sich nicht auf das Abkommen berufen können; die Abkommensberechtigung steht in diesen Fällen den Gesellschaftern zu, welchen Kapital und Einkommen der Personengesellschaft steuerlich zugerechnet wird (vgl. THOMAS HILTY, Kompaktkommentar zum Doppelbesteuerungsabkommen [DBA] Deutschland Schweiz, 2. Aufl. 2005, S. 7). Eine GmbH & Co KG als Personengesellschaft ist sowohl nach schweizerischem als auch nach deutschem Recht kein selbständiges Steuersubjekt (TIPKE/LANG, Steuerrecht, Köln 2010, 20. Aufl., § 18 Rz. 9, vgl. auch E. 2.2). Die X._ kann sich deshalb nicht auf das DBA-D abstützen. Die Beschwerdeführer sind hingegen gemäss Art. 4 DBA-D in der Schweiz ansässig und können sich auf das Doppelbesteuerungsabkommen berufen.
3.1. Art. 3 Abs. 1 lit. f DBA-D definiert als "Unternehmen eines Vertragsstaates", ein Unternehmen, welches von einer in einem Vertragsstaat ansässigen Person betrieben wird. Gewinne eines Unternehmens eines Vertragsstaates können nur in diesem Staat besteuert werden, es sei denn, dass das Unternehmen seine Tätigkeit im anderen Vertragsstaat durch eine dort gelegene Betriebsstätte ausübt (Art. 7 Abs. 1 DBA-D). Dies gilt auch für Einkünfte aus der Beteiligung an einer Personengesellschaft (Art. 7 Abs. 7 DBA-D). Somit sind die Einkünfte aus Beteiligungen an einem Unternehmen einer Personengesellschaft am Wohnsitz der Gesellschafter zu besteuern, ausser es bestehe eine Betriebsstätte im anderen Staat. Vorbehalten bleiben Einkünfte, die in anderen Artikeln des Abkommens behandelt werden (Art. 7 Abs. 8 DBA-D). Von Interesse ist insbesondere Art. 10 DBA-D. Dividenden, die eine in einem Vertragsstaat ansässige Gesellschaft an eine in dem anderen Vertragsstaat ansässige Person zahlt, können in dem anderen Staat besteuert werden, wobei auch Einnahmen aus Anteilen an einer GmbH als Dividenden gelten (Art. 10 Abs. 1 und 4 DBA-D). Absatz 1 ist jedoch nicht anzuwenden, wenn der in einem Vertragsstaat ansässige Empfänger der Dividenden in dem anderen Vertragsstaat, in dem die Dividenden zahlende Gesellschaft ansässig ist, eine Betriebsstätte hat und die Beteiligung, für die die Dividenden gezahlt werden, tatsächlich zu dieser Betriebsstätte gehört (Art. 10 Abs. 5 DBA-D). Besteht eine solche Betriebsstätte, ist Art. 7 DBA-D anzuwenden und die Dividende darf im Ansässigkeitsstaat der Person nicht besteuert werden.
3.2. Eine analoge Regelung besteht in Bezug auf die Vermögensbesteuerung. Grundsätzlich sind alle Vermögenswerte einer in einem Vertragsstaat ansässigen Person in diesem zu besteuern, es sei denn, es liege eine Ausnahme nach Art. 22 Abs. 1 - 5 DBA-D vor (Art. 22 Abs. 6 DBA-D). So sieht Art. 22 Abs. 2 DBA-D vor, dass bewegliches Vermögen, das Betriebsvermögen darstellt, in dem Vertragsstaat besteuert werden kann, in dem sich die Betriebsstätte befindet. Von entscheidender Bedeutung im vorliegenden Sachverhalt ist somit, ob die X._ über eine Betriebsstätte in Deutschland im Sinne des Doppelbesteuerungsabkommens verfügt. Nur wenn dies der Fall ist, sind die Einkünfte aus der Beteiligung an der Y._ oder an anderen Gesellschaften, welche die Beschwerdeführer via die X._ hielten, nicht in der Schweiz steuerbar.
3.3. Art. 5 Abs. 1 DBA-D bestimmt als Betriebsstätte eine feste Geschäftseinrichtung, in der die Tätigkeit des Unternehmens ganz oder teilweise ausgeübt wird. Sie umschliesst sowohl die Betriebsstätte als auch den Geschäftsbetrieb nach DBG ( LOCHER, a.a.O., N. 25 zu <ref-law>). Die Regelung des Doppelbesteuerungsabkommens unterscheidet sich von derjenigen des DBG auch dadurch, dass sie nur die blosse Tätigkeit anstatt eine Geschäftstätigkeit zur Qualifikation als Betriebsstätte voraussetzt ( RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 18 zu <ref-law> ). Dementsprechend stellen auch Unternehmen, welche keine kaufmännische Tätigkeit ausüben, wie Vermögensverwaltungsgesellschaften, eine Betriebsstätte im Sinne von Art. 5 Abs. 1 DBA-D dar ( LOCHER, a.a.O., N. 32 zu <ref-law>). Hingegen begründet ein blosses Beherrschungsverhältnis nicht eine Betriebsstättenqualität (Art. 5 Abs. 6 DBA-D), auch dann nicht, wenn die beherrschte Gesellschaft von der beherrschenden gelenkt wird (SCHREIBER/HONOLD/ JAUN, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Internationales Steuerrecht, N. 150 zu Art. 5 OECD-MA).
3.4. Die Beschwerdeführer beanstanden, dass die Vorinstanz bei der Beurteilung der Frage, ob eine Betriebsstätte nach Art. 5 Abs. 1 DBA-D besteht, die vorliegenden Informationen und Dokumente nicht genügend gewichtet und in die Entscheidfindung einbezogen habe.
3.4.1. Die unternehmerische Tätigkeit der X._ spiele sich zweifellos in einer festen Geschäftseinrichtung in Deutschland ab. Zudem zähle die Beteiligung an der Y._ unbestritten zum Geschäftsvermögen der X._ und die damit vereinnahmte Dividende zum Geschäftserfolg der X._. Die deutschen Steuerbehörden hätten die fraglichen Dividenden auch in ihre Veranlagung miteinbezogen, womit die X._ in Deutschland eine Betriebsstätte begründet habe und folglich die Voraussetzungen von Art. 10 Abs. 5 DBA-D erfülle. Somit stehe aufgrund von Art. 7 Abs. 1 und 7 DBA-D Deutschland das ausschliessliche Besteuerungsrecht zu und die Schweiz habe aufgrund von Art. 24 Abs. 2 Ziff. 1 DBA-D die betreffenden Einkünfte unter Progressionsvorbehalt von der Besteuerung auszunehmen. Die Vorinstanz ist hingegen der Ansicht, dass die Beschwerdeführer weder eine Geschäftstätigkeit noch das Vorliegen von festen Geschäftsbetrieben in Deutschland nachweisen können. Zur Begründung verweist sie auf ihre Ausführungen zum Geschäftsbetrieb. Als beweisbelastete Partei (E. 1.5) hätten die Beschwerdeführer die Folgen zu tragen; es liege dementsprechend keine Betriebsstätte im Sinn von Art. 5 Abs. 1 DBA-D vor.
3.4.2. Wie bereits bei der Beweiswürdigung zum Geschäftsbetrieb festgehalten (E. 2.5.2 f.), können die Beschwerdeführer nicht darlegen, inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz haltlos bzw. willkürlich ist. Sie bringen keine ausreichende Beweise vor, dass die X._ über eine feste Einrichtung in Deutschland verfügt und dort Tätigkeiten des Unternehmens ausgeübt werden. Es besteht somit keine Betriebsstätte im Sinne von Art. 5 Abs. 1 DBA-D. An dieser Erkenntnis ändert auch die Besteuerung der Einkünfte der X._ durch die deutschen Steuerbehörden nichts. Es besteht für die Schweizer Behörden keine inhaltliche Bindung an die ausländische Entscheidung (VOGEL/ LEHNER, Doppelbesteuerungsabkommen der Bundesrepublik Deutschland auf dem Gebiet der Steuern vom Einkommen und Vermögen: Kommentar auf der Grundlage der Musterabkommen, 6. Aufl. 2015, N 117 zu Grundlagen). Die Einkünfte und die Aktiven der X._ sind gemäss Doppelbesteuerungsrecht ebenfalls nicht nach Deutschland auszuscheiden und anteilsmässig durch die Beschwerdeführer in der Schweiz als Einkommen und Vermögen zu versteuern.
4.
Für den Fall, dass der Hauptantrag nicht durchdringt, verlangen die Beschwerdeführer, es sei für die Einreichung des Antrags auf pauschale Steueranrechnung eine Nachfrist von 60 Tagen zu gewähren und die seitens der X._ vereinnahmte Dividende der Y._ sei ohne Abzug der nicht rückforderbaren deutschen Kapitalertragssteuer zu besteuern.
4.1. Gestützt auf Art. 24 Abs. 2 Ziff. 2 lit. a DBA-D i.V.m. Art. 1 ff. der Verordnung vom 22. August 1967 über die pauschale Steueranrechnung (SR 672.201; nachfolgend VO pStA) gewährt die Schweiz Personen, die in der Schweiz ansässig sind und Dividenden beziehen, welche in der Schweiz der Einkommenssteuer unterliegen und nach Art. 10 DBA-D in Deutschland ebenfalls besteuert werden können, auf Antrag hin grundsätzlich die pauschale Anrechnung der deutschen Quellensteuer an die schweizerische Steuer. Dieser Anspruch erlischt, wenn der Antrag nicht innert drei Jahren nach Ablauf der Steuerperiode, in der die Dividenden fällig geworden sind, gestellt wird (Art. 14 Abs. 2 Vo pStA). Die Beschwerdeführer bestreiten nicht, dass die dreijährige Frist zur Stellung des Antrages auf pauschale Steueranrechnung am 31. Dezember 2011 ungenutzt verstrichen ist. Sie beantragen hingegen, ihnen sei in analoger Anwendung von Art. 32 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG; SR 642.21) eine Nachfrist von 60 Tagen ab dem Zeitpunkt der Rechtskraft der Veranlagung zu gewähren.
4.2. Die Frist gemäss Art. 14 Abs. 2 Vo pStA ist eine Verwirkungsfrist und als gesetzliche Frist nicht erstreckbar (vgl. dazu <ref-law> sowie <ref-law>). Die Vo pStA selbst äussert sich nicht, ob eine Wiederherstellung möglich ist. Die Beschwerdeführer verweisen auf das VStG, auf welches die Vo pStA in verfahrensrechtlichen Angelegenheiten regelmässig Bezug nehme. <ref-law> sehe eine analoge Frist wie Art. 14 Abs. 2 Vo pStA vor. Die Frist nach <ref-law> ist wiederherstellbar (ZWEIFEL/BEUSCH/BAUER-BALMELLI, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2. Aufl. 2012, N. 10 zu <ref-law>). Gleiches gilt im Übrigen aufgrund von <ref-law> für die Frist nach <ref-law>, welche ebenfalls eine Verwirkungsfrist darstellt ( RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 18 zu <ref-law> ). In beiden Fällen kann die Frist nur wieder hergestellt werden, wenn für das Versäumnis ein objektiver Grund vorliegt und nicht auf ein Verschulden des Säumigen zurückzuführen ist ( ZWEIFEL/ BEUSCH/BAUER-BALMELLI, a.a.O., N. 11 zu <ref-law> bzw. RICHNER/ FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 25 zu <ref-law> ). Die Wiederherstellung der dreijährigen Frist nach Art. 14 Abs. 2 VO pStA muss deshalb ebenfalls möglich sein, wenn der Steuerpflichtige an der Einhaltung der Frist durch einen objektiven Grund gehindert wurde, den er nicht verschuldet hat.
4.3. <ref-law> gewährt darüber hinaus eine Nachfrist von 60 Tagen zur Einreichung eines Antrags auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer. Der Grund für die Nachfrist liegt darin, dass die Fristen für die Verjährung des Anspruchs auf die Verrechnungssteuer (drei Jahre) und diejenige für die Verwirkung des Rückerstattungsanspruchs (fünf Jahre) nicht gleich lang sind. Sie gelangt zur Anwendung, wenn die Verrechnungssteuer erst nach Ablauf der dreijährigen Frist von <ref-law> aufgrund einer Beanstandung der Eidgenössischen Steuerverwaltung (nachfolgend EStV) entrichtet und überwälzt wurde. Es handelt sich dabei um eine Fristwiederherstellung "sui generis" und sie dient der Vermeidung von Unbilligkeiten, könnte ansonsten doch der mit der Verrechnungssteuer belastete Leistungsgläubiger (schuldlos) seines Rückerstattungsanspruchs verlustig gehen ( ZWEIFEL/BEUSCH/BAUER-BALMELLI, a.a.O., N. 15 f. zu <ref-law> ).
4.3.1. Die Beschwerdeführer gehen davon aus, dass der Hinderungsgrund, nämlich das Fehlen eines rechtsgültigen Entscheids, wonach die Erträge der X._ der schweizerischen Einkommenssteuer unterliegen, noch gar nicht beseitigt worden sei und dieser auch nicht in ihrem Einflussbereich liege. Die Frist gemäss <ref-law> beginne deshalb mit dem abschliessenden Entscheid des Bundesgerichts zu laufen, da erst dadurch das Recht auf pauschale Steueranrechnung entstehe. Weil das Urteil des Bundesgerichts erst nach Ablauf der Rückerstattungsfrist von drei Jahren vorliegen werde und die VO pStA keine Regelungen zur Fristwiederherstellung kenne, sei von einer echten Gesetzeslücke auszugehen, welche in sinngemässer Anwendung von <ref-law> zu schliessen sei.
4.3.2. Wie die Beschwerdeführer selber vorbringen, hängt die Fristwiederherstellung nach <ref-law> mit der Unkenntnis über die Verrechnungssteuerpflicht des Ertrages zusammen. Sie regelt Situationen, in welchen die Verrechnungssteuer erst nach Ablauf der dreijährigen Frist von <ref-law> aufgrund einer Beanstandung der EStV in einem Kontroll- oder Strafverfahren geltend gemacht wird ( PFUND/ZWAHLEN, Die eidgenössische Verrechnungssteuer, 2. Teil 1985, N. 3.1 zu <ref-law>). Solche nachträgliche Verfahren durch die EStV liegen allerdings nicht vor und die Beschwerdeführer waren zudem über eine allfällige Steuerpflicht bereits mit dem Einschätzungsentscheid vom 8. Juni 2011 informiert. Eine analoge Anwendung von <ref-law> als Ergänzung zu Art. 14 Abs. 2 VO pStA und die Gewährung einer neuen Frist von sechzig Tagen ist deshalb nicht geboten.
4.4. Möglich bleibt hingegen die "übliche" Fristwiederherstellung unter den Voraussetzungen, dass die Beschwerdeführer an der Einhaltung der Frist durch einen objektiven Grund gehindert wurden, den sie nicht verschuldet haben.
4.4.1. Die Beschwerdeführer erklären, sie seien davon ausgegangen, dass die Erträge und Vermögenswerte der X._ wie in den vorangegangenen Steuerperioden nach Deutschland ausgeschieden würden und es sich beim Einschätzungsvorschlag vom 8. Juni 2011 um einen Irrtum gehandelt habe. Aufgrund von Art. 23 Abs. 2 lit. c VO pStA und <ref-law> hätten sie zudem annehmen müssen, dass sie nicht zur Stellung eines Antrags auf pauschale Steueranrechnung berechtigt seien und ihnen ein solcher gar unter Strafandrohung verboten sei. In strittigen Fällen könne der Antrag deshalb erst dann gestellt werden, wenn rechtsverbindlich feststehe, dass eine Berechtigung zur Antragsstellung bestehe, was erst nach einem rechtskräftigen Urteil möglich sei. Die Stellung eines Eventualantrags wiederum hätte präjudiziellen Charakter gehabt und hätte bedeutet, dass sich die Beschwerdeführer zwischen zwei schlechten Lösungen entscheiden müssen. Entweder erhalten sie im Hauptverfahren Recht und müssten aufgrund von Art. 23 Abs. lit. c VO pStA eine Busse i.V.m. <ref-law> gewärtigen oder sie verzichten definitiv auf den Hauptantrag und erhalten dafür die pauschale Steueranrechnung.
4.4.2. Wie die Vorinstanz festhält, war es für die Beschwerdeführer bereits mit dem Einschätzungsvorschlag vom 8. Juni 2011 erkennbar, dass es allenfalls zu einer Besteuerung der Erträge der X._ in der Schweiz kommen könnte. Ab diesem Zeitpunkt hätten sie folglich ein entsprechendes Gesuch stellen können. Gemäss den unbestrittenen Erwägungen des Steuerrekursgerichts Zürich (E. 4.c) ist es ohnehin üblich, den Antrag auf pauschale Steueranrechnung jeweils mit der Steuererklärung und damit vor dem Einschätzungsentscheid einzureichen. Zudem wäre es für die Beschwerdeführer möglich gewesen, den Antrag auf pauschale Steueranrechnung rein eventualiter zu stellen, hat ein solcher doch keine präjudizielle Wirkung für die Beurteilung der Hauptsache. Ein Eventualantrag wird nur beurteilt, wenn der Hauptantrag nicht durchdringt ( THOMAS SUTTER-SOMM, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2. Aufl. 2012, N. 1042; PAUL OBERHAMMER, in: Kurzkommentar ZPO, 2. Aufl. 2014, N. 4 vor Art. 84 - 90 ZPO). Die Beschwerdeführer haben somit selbst verschuldet die Frist nach Art. 14 Abs. 2 VO pStA nicht eingehalten und deren Wiederherstellung kann nicht gewährt werden.
II. Staats- und Gemeindesteuern
5.
Die massgebenden kantonalrechtlichen Bestimmungen (§§ 4 - 6 sowie 8 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1) stimmen im Wesentlichen mit denjenigen bei der direkten Bundessteuer (Art. 6, 7 und 10 DBG) überein und gelten auch für die Besteuerung des Vermögens. In Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern ergibt sich somit kein anderes Ergebnis und es kann diesbezüglich auf die Erwägungen über die direkte Bundessteuer verwiesen werden. Demnach erweist sich die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gleichermassen als unbegründet.
III. Kosten und Entschädigung
6.
Die unterliegenden Beschwerdeführer tragen die Gerichtskosten (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_738/2014 und 2C_739/2014 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_739/2014) wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_738/2014) wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Mösching