A.- Die 1945 geborene, von ihrem Ehemann getrennt lebende W._ bezog seit 1. Oktober 1994 als Teilinvalide (Invaliditätsgrad 50 %) eine halbe Ehepaar-Altersrente. Am 14. August 1998 meldete sie sich zum Bezug einer Ergänzungsleistung an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen ermittelte unter Anrechnung u.a. eines hypothetischen Erwerbseinkommens von Fr. 16 290. - einen Einnahmenüberschuss von Fr. 6965. - im Jahr, weshalb sie das Gesuch um Ausrichtung einer Ergänzungsleistung mit Wirkung ab 1. August 1998 ablehnte (Verfügung vom 29. Oktober 1998).
B.- W._ liess beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen Beschwerde führen mit dem sinngemässen Antrag auf Aufhebung der Kassenverfügung und Zusprechung einer Ergänzungsleistung. Mit der Replik reichte sie ein Arztzeugnis des Dr. med. S._ vom 1. März 1999 ein. Mit Entscheid vom 30. September 1999 hiess das Versicherungsgericht die Beschwerde in dem Sinne gut, dass es die angefochtene Verfügung aufhob und die Sache an die Verwaltung zurückwies, damit diese, nach ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen, über den Ergänzungsleistungsanspruch neu verfüge.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die Sozialversicherungsanstalt, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben.
Während W._ dem Sinne nach auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherung auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Gericht hat die vorliegend massgeblichen Bestimmungen über den Anspruch auf Ergänzungsleistung (Art. 2 Abs. 1 und Art. 2c ELG), die Anrechnung von Einkünften und Vermögenswerten, auf die verzichtet worden ist, als Einkommen (Art. 3c Abs. 1 lit. g ELG) und die Anrechnung von Einkommen aus Erwerbstätigkeit bei Teilinvaliden (Art. 3a Abs. 7 lit. c ELG in Verbindung mit Art. 14a ELV) unter Hinweis auf die Rechtsprechung (<ref-ruling>, 115 V 88; ZAK 1989 S. 568; s. auch <ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
2.- Streitig und zu prüfen ist einzig, ob der Beschwerdegegnerin bei der Berechnung des EL-Anspruchs ein hypothetisches Erwerbseinkommen anzurechnen ist.
a) Die Vorinstanz erachtete gestützt auf das Attest des Dr. med. S._ vom 1. März 1999 ergänzende Abklärungen zur Frage, ob die Beschwerdegegnerin ihre Restarbeitsfähigkeit zu verwerten vermöge, als erforderlich. Demgegenüber hält die Sozialversicherungsanstalt dafür, dass sich weitere Abklärungen erübrigten. Sie bringt im Wesentlichen vor, der Hausarzt habe die im Zeugnis vom 1. März 1999 erwähnten Beschwerden schon gegenüber der Invalidenversicherung namhaft gemacht. Die Beeinträchtigung auf Grund dieser Leiden sei durch die Berentung abgegolten worden.
b) Im vorliegenden Fall hat die IV-Stelle einen Invaliditätsgrad von 50 % ermittelt. Die EL-Organe und das Sozialversicherungsgericht haben sich grundsätzlich an diese Invaliditätsbemessung zu halten (<ref-ruling> Erw. 2b). Hingegen erscheint es nach Lage der Akten fraglich, ob die Beschwerdegegnerin entsprechend ihren unter Hinweis auf den Bericht des Dr. med. S._ vom 1. März 1999 sinngemäss vorgebrachten Einwendungen aus invaliditätsfremden Gründen (wie Alter, mangelnde Ausbildung oder fehlende Sprachkenntnisse) ausser Stande ist, die verbleibende Erwerbsfähigkeit zu verwerten (<ref-ruling> f. Erw. 2a und b). Entgegen den Ausführungen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies Dr. S._ im vorinstanzlich aufgelegten Zeugnis vom 1. März 1999 nicht nur auf die seit langem bekannten Gesundheitsschäden (chronische psychische Erkrankung, Schwerhörigkeit, chronisches lumbovertebrales und cervikovertebrales Syndrom) hin, sondern erwähnte auch invaliditätsfremde Faktoren, welche die Ausübung einer Erwerbstätigkeit zusätzlich erschweren (Alter, fehlendes Sprachverständnis, welches die Kommunikationsfähigkeit zusätzlich zum Hörverlust beeinträchtigt). Damit liegen gewichtige Anhaltspunkte vor, welche zusätzliche Abklärungen zur Frage gebieten, ob die Beschwerdegegnerin aus invaliditätsfremden Gründen nicht in der Lage ist, die Resterwerbsfähigkeit zu verwerten. Gelangt die Verwaltung zum Schluss, dass Gründe vorliegen, welche die Vermutungsfolge des Art. 14a ELV umzustossen vermögen, wird sie über den EL-Anspruch ohne Anrechnung eines hypothetischen Erwerbseinkommens neu zu verfügen haben, wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 17. März 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: