Faits:
A. Le 10 décembre 2004, une Commission d'enquête instituée par le Parlement grec (ci-après: la commission d'enquête) a adressé à la Suisse une demande d'entraide judiciaire. Elle expliquait que sa désignation, le 10 octobre précédent, faisait suite à une requête déposée par le Ministère public d'Athènes auprès de la Cour de cassation grecque, tendant à la poursuite d'anciens membres du Gouvernement, pour d'éventuels délits de corruption. Dans le cadre d'un contrat d'armement passé en 1999 entre la Grèce et la société Y._, cette dernière s'était engagée, aux termes d'un contrat 7/99, à des prestations compensatoires. Alors que celles-ci ne devaient, conformément à la réglementation grecque, n'être rémunérées qu'après exécution, le contrat prévoyait le versement d'une avance de 40%. Le 8 mars 2000, la société X._ (Grèce), détenue par X._ Ltd (ci-après: X._), qui avait le rôle d'intermédiaire entre les parties, avait demandé à l'Etat grec de verser 25 millions d'USD à Y._; ce versement était intervenu le 24 avril 2000. Le 20 septembre 2000, Y._ avait versé environ 21 millions d'USD sur un compte détenu par Z._, chargée de la représenter face à l'Etat grec. Ces montants étaient ensuite parvenus sur deux comptes détenus par X._ auprès de la banque A._ de Genève. Ces versements ne correspondraient à aucune prestation contractuelle. L'autorité requérante désirait être renseignée de manière complète sur les deux comptes précités, afin de connaître les bénéficiaires des prestations fictives.
La demande a été complétée à plusieurs reprises, en réponse à des questions posées par les autorités suisses. Le 13 janvier 2005, l'autorité requérante a notamment produit les dispositions pénales grecques relatives aux délits de corruption. Le 29 mars 2005, elle a donné des précisions sur les renseignements en sa possession, transmis en particulier par les autorités chypriotes. Elle exposait qu'en vertu de l'art. 86 de la Constitution hellénique, l'instruction concernant les anciens ministres était du ressort exclusif du Parlement. La commission d'enquête avait cessé ses activités le 14 janvier 2005, mais les renseignements recueillis en Suisse pouvaient être transmis au Parlement à qui il incomberait de poursuivre l'instruction.
B. Par ordonnance du 2 mai 2005, le Ministère public de la Confédération (ci-après: le MPC), chargé d'exécuter cette demande, est entré en matière, estimant notamment satisfaite la condition de la double incrimination. Etait requise la production de toute la documentation relative aux comptes n° xxx et yyy détenus auprès de la banque A._ par X._.
C. Le 20 mars 2006, le Procureur d'Athènes a également requis l'entraide judiciaire de la Suisse, dans le cadre de son enquête pénale concernant les mêmes faits. Il expliquait qu'à l'issue de l'instruction préalable, le dossier avait été transmis au Parlement afin d'examiner la possibilité de poursuites pénales contre les anciens ministres. Pour les autres personnes, la procédure pénale ordinaire suivait son cours, ce qui nécessitait la production des documents relatifs aux deux comptes précités.
Le MPC est entré en matière le 2 mai 2006. Les documents requis avaient déjà été saisis, mais la banque a été invitée, le même jour, à fournir des pièces complémentaires.
D. Le 26 avril 2006, le Parlement grec a répondu à de nouvelles questions posées par les autorités suisses. La demande d'entraide du 10 décembre 2004 était maintenue. Conformément à l'art. 68 de la Constitution grecque, la commission d'enquête, dont le rôle était un contrôle de nature politique, avait été créée pour instruire sur des "questions particulières d'intérêt public". Elle disposait des mêmes compétences qu'une autorité d'instruction pénale. Les renseignements demandés à la Suisse demeuraient d'actualité car il appartiendrait au Parlement de décider, sur le vu de ces renseignements, si la responsabilité pénale d'anciens membres du gouvernement paraissait engagée, et de mettre sur pied le cas échéant une nouvelle commission d'enquête au sens de l'art. 86 de la Constitution. Un comité spécial avait été désigné, le 20 mars 2006, afin d'examiner les documents remis par la Suisse et les Etats-Unis.
E. Par ordonnance de clôture du 22 juin 2006, le MPC a décidé de transmettre au Procureur d'Athènes les documents d'ouverture, extraits, avis et correspondances relatifs aux comptes n° xxx et yyy détenus par X._ Ltd. Les versements mentionnés par l'autorité requérante avaient pu être individualisés, ainsi que les transferts effectués ultérieurement; les deux comptes avaient été utilisés comme comptes de passage.
Par ordonnance de clôture du 21 juillet 2006, le MPC a également ordonné la transmission des mêmes renseignements en exécution de la demande d'entraide formée par la commission parlementaire. En dépit des objections de X._, la compétence de cette commission avait été confirmée à plusieurs reprises; une nouvelle commission était d'ailleurs spécialement chargée de recueillir les renseignements. Le principe de la spécialité était rappelé dans les deux décisions du MPC.
F. X._ Ltd a formé deux recours de droit administratif. Le premier (cause 1A.149/2006) est dirigé contre la décision du 22 juin 2006, le second (cause 1A.175/2006) contre celle du 21 juillet 2006. La recourante demande préalablement la jonction des deux causes et, dans la cause 1A.149/2006, la suspension de l'instruction jusqu'à détermination du Ministère grec de la justice sur la lettre envoyée le 23 juin 2006 par le MPC afin de savoir si la poursuite pénale était toujours en cours; principalement, elle conclut à l'annulation des décisions de clôture et à l'irrecevabilité des demandes d'entraide. Subsidiairement, dans la cause 1A.175/2006, elle demande le renvoi de la cause au MPC afin qu'il instruise sur les irrégularités dénoncées dans une lettre du 13 juillet 2006, concernant certains documents bancaires que la recourante qualifie de faux.
Le MPC conclut au rejet des recours; il produit une détermination du procureur grec, du 7 août 2006, traduite en anglais, selon laquelle une instruction pénale ordinaire serait toujours pendante, à l'encontre notamment de l'un des ayants droit de la société recourante. L'Office fédéral de la justice se rallie au contenu des décisions attaquées. La recourante a répliqué.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Les recours de droit administratif sont interjetés en temps utile contre deux décisions prises par l'autorité fédérale d'exécution, relatives à la clôture de la procédure d'entraide judiciaire (art. 80g al. 1 de la loi fédérale sur l'entraide internationale en matière pénale - EIMP, RS 351.1). La recourante a qualité pour recourir dans la mesure où les décisions attaquées ordonnent la transmission de renseignements relatifs à des comptes bancaires dont elle est titulaire (<ref-law>). Compte tenu de leur connexité, les causes peuvent être jointes afin qu'il soit statué par un même arrêt.
2. La recourante se plaint en premier lieu d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et 80b EIMP). Elle reproche au MPC de ne pas lui avoir permis de consulter diverses communications de l'OFJ ou du MPC, relatives notamment aux compléments demandés à l'autorité requérante. Ces refus ne seraient pas motivés. Dans sa réponse, le MPC prétend avoir remis, au terme d'un long échange de lettres, les pièces dont la recourante demandait la consultation. La recourante reproche aussi au MPC de ne pas avoir motivé sa décision de clôture du 22 juin 2006. La recourante faisait valoir que le Procureur d'Athènes aurait transmis le dossier au Parlement et fait savoir qu'aucune responsabilité pénale n'était retenue à l'encontre des "non-politiciens"; la décision attaquée ne répondrait rien à cet argument.
2.1 Selon le principe général de l'art. 29 al. 2 Cst., les parties ont le droit d'être entendues. Cela inclut le droit de s'expliquer, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2b p. 56; <ref-ruling> consid. 2 p. 130-132). Le droit de consulter le dossier s'étend à toutes les pièces décisives pour l'issue de la cause; a contrario, la consultation des pièces non pertinentes peut être refusée (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 227).
En matière d'entraide judiciaire, le droit d'être entendu est mis en oeuvre par l'<ref-law> et par les art. 26 et 27 PA (par renvoi de l'<ref-law>). Ces dispositions permettent à l'ayant droit, à moins que certains intérêts ne s'y opposent (<ref-law>), de consulter le dossier de la procédure, la demande d'entraide et les pièces annexées. La consultation ne s'étend en tout cas qu'aux pièces pertinentes (art. 26 al. 1 let. a, b et c PA; <ref-ruling> consid. 2d, 118 Ib 438 consid. 3).
Sur le vu de ces principes, la recourante ne saurait prétendre, comme elle le fait, à un accès intégral et inconditionnel au dossier. Il y a lieu de s'interroger sur la pertinence des pièces dont elle prétend n'avoir pas eu connaissance.
2.2 Il s'agit, pour l'essentiel, des interpellations adressées à l'autorité requérante afin d'obtenir des informations complémentaires. Il ne s'agit pas là de pièces essentielles de la procédure. En effet, l'admissibilité et l'étendue de l'entraide judiciaire doivent être examinées sur le seul vu des informations fournies, spontanément ou non, par l'autorité requérante.
La recourante prétend aussi à une consultation du dossier pour y vérifier la présence d'une lettre écrite par un parlementaire grec en réponse aux questions posées par l'OFJ le 8 décembre 2005. La recourante était en possession de ce document, et a pu le produire devant l'autorité intimée au cas où celui-ci ne figurait pas déjà au dossier. Il n'y a pas non plus de violation de son droit d'être entendue sur ce point.
2.3 Il est vrai qu'après avoir rappelé les arguments soulevés par la recourante, la décision du 22 juin 2006 ne répond nullement à l'argument concernant le dessaisissement du Procureur d'Athènes. Le MPC a demandé des explications à ce sujet à l'autorité requérante, et sa réponse ne lui est parvenue qu'après le prononcé de la décision de clôture. Quoi qu'il en soit, une éventuelle violation de l'obligation de motiver peut être réparée dans le cadre de la procédure de recours lorsque, comme en l'espèce, la recourante a eu l'occasion de se déterminer sur les nouvelles pièces produites (<ref-ruling> consid. 4 p. 120).
3. Sur le fond, la recourante invoque l'<ref-law>, en soutenant qu'aucune autorité judiciaire ne serait plus en charge du dossier en Grèce. Le Procureur d'Athènes ne serait plus saisi (<ref-law>) et ni la commission parlementaire, ni le comité spécial institué le 20 mars 2006 n'auraient d'attributions judiciaires.
3.1 Selon les art. 1 et 3 CEEJ, l'entraide judiciaire est accordée pour les besoins d'une procédure de la compétence d'une autorité judiciaire lorsqu'elle est requise par une telle autorité (cf. également l'art. 15 par. 1 à 4 CEEJ). Selon l'art. 24 CEEJ, les parties contractantes peuvent, au moyen d'une déclaration, indiquer quelles autorités elles considèrent comme autorités judiciaires aux fins de la convention. La Grèce n'a pas procédé à cette désignation.
3.2 La coopération judiciaire internationale en matière pénale ne peut être accordée, par définition, que pour la poursuite d'infractions pénales dont la répression relève de la compétence des autorités judiciaires de l'Etat requérant (<ref-law>; Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, Berne 2004 p. 373). Il faut, en d'autres termes, qu'une action pénale soit ouverte dans l'Etat requérant (arrêt 1A.32/2000 du 19 juin 2000, consid. 7 non publié à l'<ref-ruling>). Cela n'implique pas nécessairement une inculpation ou une mise en accusation formelle; une enquête préliminaire suffit, pour autant qu'elle puisse aboutir au renvoi d'accusés devant un tribunal compétent pour réprimer les infractions à raison desquelles l'entraide est demandée (<ref-ruling> consid. 3a p. 165; <ref-ruling> consid. 4b p. 460; <ref-ruling> consid. 3a p. 460/461, et les arrêts cités).
La collaboration judiciaire de la Suisse a ainsi pu être accordée pour des enquêtes menées par des autorités administratives, dans la mesure où celles-ci constituaient le préalable à la saisine des autorités judiciaires compétentes pour procéder à une mise en accusation (<ref-ruling> consid. 3 concernant la Securities and Exchange Commission) et pouvaient aboutir au renvoi devant un juge pénal (<ref-ruling>). L'entraide est aussi accordée pour des procédures préliminaires, lorsque l'Etat requérant déclare d'emblée et clairement qu'il a la volonté d'ouvrir une procédure pénale (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 181; <ref-ruling> consid. 5 p. 271).
3.3 En l'occurrence, il ne fait guère de doute que le Procureur d'Athènes a bien ouvert une enquête préliminaire de nature pénale à raison des faits pour lesquels l'entraide est requise. S'étant aperçu que la responsabilité pénale d'anciens membres du gouvernement pouvait être engagée, il s'est adressé au Parlement, compétent en cette matière. S'agissant des autres suspects, l'instruction pénale s'est poursuivie.
La recourante ne conteste pas l'existence d'une enquête pénale, ni la compétence du Procureur d'Athènes; elle prétend que celui-ci aurait mis fin à son instruction en mai 2006, en déposant un rapport final. Il en ressortirait que l'intégralité du dossier aurait été transmise au Parlement, dans la mesure où toutes les personnes concernées auraient agi avec l'aval du Ministre de la défense et n'encourraient pas de responsabilité pénale propre. Contrairement à ce que soutient la recourante, on ne saurait en déduire que l'action pénale en Grèce serait définitivement éteinte, au sens de l'<ref-law>. Apparemment, le Procureur d'Athènes a considéré que la poursuite pénale ne pouvait pas être menée indépendamment du sort de la procédure dirigée contre les principaux suspects, soit les anciens membres du gouvernement. Rien ne permet toutefois d'affirmer que l'action pénale serait définitivement éteinte, comme cela serait le cas après le prononcé formel d'un non-lieu ou d'un acquittement. Lorsqu'il est affirmé que les participants accessoires n'ont pas agi indépendamment des anciens ministres, cela ne signifie pas forcément qu'ils doivent être mis hors de cause, mais plutôt que leur sort dépend de l'issue de la procédure dirigée contre les ministres, auteurs principaux. Interpellé à ce sujet, le Procureur d'Athènes a confirmé, le 7 août 2006, la transmission du dossier au Parlement, tout en précisant que la même affaire a donné lieu à l'ouverture, devant la Cour de première instance d'Athènes, d'une procédure pour blanchiment d'argent, toujours pendante. Cela suffit pour admettre l'existence d'une procédure pénale.
Au demeurant, même si l'entier de l'affaire était désormais du ressort exclusif du Parlement, cela ne constituerait pas une entrave à l'entraide judiciaire. En effet, dès lors que le Procureur d'Athènes était bien compétent au moment où il a requis l'entraide judiciaire (ce qui n'est pas contesté), les documents d'exécution devraient être transmis à l'autorité devenue compétente dans l'intervalle et qui a, comme en l'espèce, déclaré son intérêt pour les renseignements recueillis en Suisse. Une telle déclaration peut avoir un effet réparateur, et la validité des actes d'entraide exécutés jusque-là n'en serait pas affectée (cf. <ref-law>). Cela aurait pour seul inconvénient le fait que les pièces seront envoyées à double au Parlement, dans la mesure où il est aussi donné suite à sa propre demande d'entraide.
4. La recourante conteste également la recevabilité de la demande d'entraide présentée par le Parlement grec. La commission d'enquête formée le 14 octobre 2004 ne serait pas fondée sur l'art. 86 de la Constitution grecque (qui confère des pouvoirs judiciaires et peut aboutir à la levée de l'immunité et au renvoi des intéressés devant un tribunal spécial), mais sur l'art. 68 de cette Constitution: il s'agirait d'une commission investie d'une mission de surveillance politique du Parlement sur le Gouvernement, sans attributions juridictionnelles ni fonction pénale. La recourante produit de nombreux documents à l'appui de sa thèse (avis de droit, procès-verbaux de séances du Parlement, règlement du Parlement), et reproche à l'autorité requérante d'avoir induit les autorités suisses en erreur sur ce point. La mission de la commission se serait achevée par le dépôt de son rapport le 14 janvier 2005. Le Parlement n'aurait décidé ni de prolonger la mission, ni de nommer une commission fondée sur l'art. 86 de la Constitution, ni de poursuivre lui-même l'enquête. Le comité désigné le 20 mars 2006 par la Présidente du Parlement serait une simple commission d'experts, sans pouvoir d'investigation.
4.1 Contrairement à ce que soutient la recourante, l'entraide judiciaire peut être accordée par la Suisse pour une enquête menée par une commission parlementaire (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 182; <ref-ruling> consid. 4 p. 322). Il suffit que celle-ci puisse aboutir au renvoi des intéressés devant un tribunal compétent pour réprimer les actes délictueux qui leur sont reprochés (ATF <ref-ruling> consid. 5a p. 270; arrêt 1A.207/1989 du 8 février 1990 concernant également l'entraide judiciaire requise par une commission d'enquête du Parlement grec). La jurisprudence citée par la recourante (ATF <ref-ruling>) rappelle que l'entraide requise par une commission d'enquête parlementaire ne peut être accordée lorsqu'elle est destinée à des fins exclusivement politiques, de manière totalement indépendante d'une poursuite de caractère pénal (consid. 3b p. 321). Tel n'est pas le cas en l'occurrence.
4.2 La demande d'entraide initiale expose clairement que le but de l'enquête est de déterminer si la responsabilité pénale d'anciens ministres paraît engagée. Dans l'affirmative, l'affaire pourrait être soumise à un tribunal spécial, prévu par la Constitution et la législation grecques. Le complément du 13 janvier 2005 fait apparaître que les infractions poursuivies ont un caractère strictement pénal, puisqu'il s'agit de délits de corruption réprimés aux art. 235 et 236 du code pénal grec. Cela ressort également du fait que la procédure a son origine dans l'instruction pénale menée par le Procureur d'Athènes, et n'en constitue que le prolongement, en raison de la mise en cause d'anciens ministres.
La recourante fait grand cas de la distinction faite, dans la Constitution grecque, suivant que la commission d'enquête est désignée en application de l'art. 68 ou 86. Il est vrai que l'autorité ne s'est pas montrée des plus explicite à ce sujet, tout en mentionnant dans ses dernières écritures qu'elle avait été désignée en application de l'art. 68 de la Constitution. Point n'est toutefois besoin d'approfondir la question. En effet, selon la jurisprudence constante, l'autorité suisse requise doit certes s'assurer de la compétence répressive de l'Etat requérant (cf. notamment l'<ref-law>); elle s'interdit en revanche d'examiner la compétence de l'autorité requérante au regard des normes d'organisation ou de procédure de l'Etat étranger. Ce n'est qu'en cas d'incompétence manifeste, faisant apparaître la demande comme un abus caractérisé - voire comme un défaut grave de la procédure étrangère au sens de l'<ref-law> -, que l'entraide peut être refusée (<ref-ruling> consid. 2c/aa p. 92 et la jurisprudence citée).
Il n'y a pas en l'occurrence d'incompétence manifeste de l'autorité requérante. En effet, la demande d'entraide a pour cadre une procédure dont le Parlement grec a été valablement saisi, par le Ministère public, en raison de l'implication possible d'anciens membres du gouvernement. Une commission d'enquête a été désignée le 14 octobre 2004, présidée par le "troisième vice-président du Parlement". La commission d'enquête a clos ses travaux par le dépôt devant le Parlement, le 14 janvier 2005, d'un rapport final. Une nouvelle commission a été expressément désignée par la Présidente du Parlement afin de recueillir les renseignements remis en exécution de la demande d'entraide.
L'entraide est en définitive requise pour les besoins d'une procédure actuellement entre les mains du Parlement, et rien ne permet d'exclure qu'après examen de ces renseignements, cette autorité pourra prendre une décision quant à la poursuite pénale des anciens ministres. La désignation d'une commission fondée sur l'art. 86 de la Constitution grecque est d'ailleurs toujours possible. Cela suffit pour admettre que l'entraide requise conserve son objet, sans qu'il y ait à s'interroger sur les pouvoirs dont disposent les commissions successivement chargées de la cause. Cela conduit également à rejeter l'argument de la recourante selon laquelle les anciens ministres bénéficieraient toujours de leur immunité, puisque l'objet de l'entraide est précisément de décider s'il convient ou non de poursuivre les intéressés, ce qui implique une levée de l'immunité.
5. La recourante soutient ensuite qu'il n'existerait aucun indice de comportement pénalement répréhensible dans le contexte du contrat d'armement entre la Grèce et la Russie. Les défaillances du groupe Y._ seraient un simple problème contractuel. Le droit grec n'interdirait pas le versement d'avances dans le cadre d'un contrat de compensation; le terme de "crédits" aurait été mal interprété; il n'y aurait jamais eu de versement de 25 millions d'USD de la part de l'Etat grec. La clôture de l'instruction préliminaire par le Procureur d'Athènes confirmerait cette absence de soupçons.
5.1 Selon l'art. 14 CEEJ, la demande d'entraide doit notamment indiquer son objet et son but (ch. 1 let. b), ainsi que l'inculpation et un exposé sommaire des faits (ch. 2). Ces indications doivent permettre à l'autorité requise de s'assurer que l'acte pour lequel l'entraide est demandée est punissable selon le droit des Parties requérante et requise (art. 5 ch. 1 let. a CEEJ), qu'il ne constitue pas un délit politique ou fiscal (art. 2 al. 1 let. a CEEJ), que l'exécution de la demande n'est pas de nature à porter atteinte à la souveraineté, à la sécurité, à l'ordre public ou à d'autres intérêts essentiels du pays (art. 2 let. b CEEJ), et que le principe de la proportionnalité est respecté (<ref-ruling> consid. 4b et les arrêts cités). Le droit interne (<ref-law>) pose des exigences équivalentes, que l'OEIMP précise en exigeant l'indication du lieu, de la date et du mode de commission des infractions (<ref-law>).
5.2 La demande d'entraide et ses différents compléments satisfont pleinement à ces exigences. Sont notamment exposés les détails du contrat d'armement principal passé en 1999 entre la Grèce et la société Y._, et du contrat accessoire par lequel cette dernière s'engageait à des prestations compensatoires. Contrairement à ce que soutient la recourante, l'obligation, imposée par la réglementation de l'Etat requérant, de ne rémunérer ces prestations qu'après exécution, ressort clairement de la demande. Le versement anticipé, prévu par le contrat accessoire, constitue l'un des motifs qui ont conduit les autorités requérantes à soupçonner l'existence d'actes de corruption. La recourante conteste également en vain la mention d'un versement effectué à la demande de X._. Son grief se résume en définitive à une simple argumentation à décharge, irrecevable dans ce contexte. Quant à la clôture de l'instruction préalable du Procureur d'Athènes, elle est motivée par la nécessité d'éclaircir au préalable les agissements reprochés aux anciens ministres, et ne signifie pas, comme cela est relevé ci-dessus, un abandon définitif des charges.
6. La recourante estime que les demandes d'entraide violeraient le principe de la spécialité, car les informations transmises par la Suisse seront portées à connaissance du Parlement grec, et risqueront d'être largement diffusées.
6.1 Selon l'<ref-law>, les renseignements et documents obtenus par voie d'entraide ne peuvent, dans l'Etat requérant, ni être utilisés aux fins d'investigation ni être produits comme moyens de preuve dans une procédure pénale visant une infraction pour laquelle l'entraide est exclue. Ces infractions sont celles qui figurent à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4b p. 187).
6.2 Dans la mesure où l'entraide est requise pour les besoins d'une procédure actuellement pendante devant le Parlement grec, la transmission des documents à la commission spécialement désignée dans ce but ne viole en rien le principe de la spécialité. Celui-ci ne tend d'ailleurs pas à garantir une confidentialité absolue: compte tenu de la garantie générale d'un procès public (cf. notamment l'art. 6 CEDH), il est fréquent que les informations données par voie d'entraide soient largement diffusées dans l'Etat requérant. L'essentiel est que cet Etat n'utilise pas les renseignements à des fins prohibées, et notamment fiscales. Rien ne permet de redouter en l'occurrence une telle utilisation, les décisions attaquées comportant un rappel exhaustif du principe de la spécialité. La recourante, qui a son siège aux Iles Vierges Britanniques, ne prétend d'ailleurs pas courir le risque d'une utilisation à des fins fiscales en Grèce.
7. Invoquant l'<ref-law>, la recourante estime que la procédure menée à l'étranger comporterait des défauts graves. La Présidente du Parlement cumulerait les pouvoirs parlementaires, exécutifs et judiciaires. L'autorité requérante aurait plusieurs fois travesti les faits, notamment en prétendant que la commission d'enquête avait été instituée sur la base de l'art. 86 de la Constitution grecque.
7.1 Selon l'<ref-law>, la demande d'entraide est irrecevable s'il y a lieu d'admettre que la procédure à l'étranger [a] n'est pas conforme aux principes de procédure fixés par la CEDH ou par le Pacte ONU II, ou [d] présente d'autres défauts graves. Cette disposition a pour but d'éviter que la Suisse ne prête son concours à des procédures qui ne garantiraient pas à la personne poursuivie un standard de protection minimal correspondant à celui offert par le droit des Etats démocratiques, défini en particulier par les deux instruments précités, ou qui se heurteraient à des normes reconnues comme appartenant à l'ordre public international (<ref-ruling> consid. 5a et les arrêts cités).
7.2 La recourante, personne morale ayant son siège hors de l'Etat requérant, n'est pas touchée par les défauts qu'elle entend dénoncer, et n'a donc pas qualité pour agir sur ce point (<ref-ruling> consid. 8b p. 365). Les objections soulevées à ce propos ne sauraient d'ailleurs faire obstacle à l'entraide. En effet, quelle que soit la portée de l'intervention de la Présidente du Parlement grec, il n'est pas prétendu que celle-ci puisse avoir une influence sur l'autorité qui pourra être chargée de l'instruction proprement dite, puis, le cas échéant, du jugement. Pour le surplus, ni les imprécisions de l'autorité requérante quant à ses fondements constitutionnels, ni les incertitudes quant à la suite de la procédure ne constituent des défauts de la procédure menée à l'étranger.
7.3 La recourante n'a pas non plus qualité pour dénoncer le contexte politique de l'affaire. La mise en cause d'anciens ministres, par le biais notamment d'une commission parlementaire qui pourrait aboutir à une décision de levée d'immunité, comporte inévitablement un aspect politique. Cela ne suffit toutefois pas pour faire application des <ref-law> et 2 let. a CEEJ (délit politique absolu ou relatif, ou faits connexes à un tel délit). Cela ne permet pas non plus de suspecter, dans un Etat démocratique comme l'Etat requérant, basé sur le principe de la séparation des pouvoirs, un manque d'impartialité des magistrats qui pourraient un jour être appelés à statuer sur le caractère délictueux des faits décrits. Il n'existe aucun indice sérieux d'une dépendance du pouvoir judiciaire envers le monde politique, ou envers l'opinion publique (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 86). En réplique, la recourante évoque les circonstances ayant entouré le dépôt de la dénonciation à l'origine de la procédure, les soupçons de falsifications de documents, la demande de démission du Ministre de la Justice et les pressions dont les autorités suisses seraient l'objet de la part du Ministère grec de la justice. Dans la mesure où les conditions posées à l'octroi de l'entraide sont réunies, il n'appartient pas à l'autorité ou au juge de l'entraide de s'immiscer dans ces questions, qui devront le cas échéant être résolues dans l'Etat requérant.
7.4 Les circonstances évoquées par la recourante dans sa réplique ne constituent pas non plus un motif de déroger à la pratique selon laquelle la question de la prescription n'a pas à être examinée lorsque la demande d'entraide émane, comme en l'espèce, d'un Etat partie à la CEEJ (<ref-ruling>).
8. La recourante relève enfin que l'un des deux comptes concernés aurait été ouvert et utilisé par l'un de ses actionnaires, à l'insu et au détriment des deux autres. Les documents en question n'en attestent pas moins d'un fait réel, soit l'ouverture et l'utilisation d'un compte par l'un des ayants droit de la recourante. Même si les circonstances de l'ouverture de ce compte sont suspectes, cela n'enlève rien ni à la recevabilité de principe de la demande d'entraide, ni à l'intérêt des documents en question pour l'autorité étrangère. Les faits invoqués par la recourante viennent au contraire confirmer les soupçons de l'autorité requérante. Qu'il soit présenté comme objection à l'entraide judiciaire (cause 1A.149/2006) ou comme motif de surseoir à son octroi (cause 1A.175/2006), le grief doit être écarté.
9. Sur le vu de ce qui précède, les recours doivent être rejetés, dans la mesure où ils sont recevables. Conformément à l'art. 156 al. 1 OJ, un émolument judiciaire global est mis à la charge de la recourante, qui succombe.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 1A.149/2006 et 1A.175/2006 sont jointes.
2. Les recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3. Un émolument judiciaire de 8'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante et au Ministère public de la Confédération ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice (B 154 516).
Lausanne, le 27 novembre 2006
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: