Sachverhalt:
A. Die Gemeindeversammlung Hinwil beschloss am 20. September 2007 Zustimmung zur Initiative betreffend Änderung des kommunalen Zonenplans Lenzdörfli. Der kommunale Zonenplan soll dergestalt geändert werden, dass das seit 1993 in der Zone WG/2.6 gelegene Quartier Lenzdörfli neu der Zone W/1.8 zugeteilt werde.
Gegen diesen Beschluss rekurrierte die X._ AG, Eigentümerin eines 953 m2 grossen Grundstücks im Gebiet Lenzdörfli, wegen der durch die Zonenplanänderung erwirkten Einschränkung der Baufreiheit (Abzonung) an die Baurekurskommission III und beantragte die Aufhebung der Umzonung. Die Baurekurskommission wies den Rekurs am 21. Mai 2008 ab.
In der Folge beschwerte sich die X._ AG gegen den Entscheid der Baurekurskommission beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
Am 25. November 2008 genehmigte die Baudirektion des Kantons Zürich die beschlossene Teilrevision des Zonenplans.
Mit Entscheid vom 20. August 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde der X._ AG ab.
B. Die X._ AG hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass der angefochtene Beschluss der Gemeindeversammlung Hinwil unrechtmässig sei.
C. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verzichtet im Übrigen auf Stellungnahme. Die Gemeinde Hinwil verzichtet ebenfalls auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen besonderen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Eigentumsgarantie (<ref-law>) und beanstandet in diesem Zusammenhang eine falsche Sachverhaltsermittlung. Entgegen dem angefochtenen Entscheid treffe nicht zu, dass die Initianten mit der Zonenplanänderung in erster Linie die grosszügigen Grünflächen im Bereich Lenzdörfli hätten bewahren wollen. Dies sei eine Umdeutung des Ziels der Initiative. Den Initianten sei es um den Erhalt des Lenzdörflis selbst gegangen. Wegen Aussichtslosigkeit ihres Ansinnens hätten sie aber darauf verzichtet, eine Unterschutzstellung des Lenzdörflis zu verlangen. Das einzige Motiv der anbegehrten Abzonung sei der Erhalt der Strukturen des Lenzdörflis gewesen. Eine korrekte Ermittlung des Sachverhalts führe zum Schluss, dass der mit der Zonenplanänderung angestrebte Zweck der Erhaltung des Lenzdörflis nicht erreicht werden könne, die Abzonung daher unverhältnismässig sei und einen verfassungswidrigen Eingriff in die Eigentumsgarantie bedeute.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt oder vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht. Eine Sachverhaltsrüge kann zudem nur vorgebracht werden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.3 Nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid bewirkt die Abzonung (rund 30% reduzierte Baumassenziffer, Reduktion der Gebäudehöhe von 10.5m auf 7.5m) zweifelsohne eine Reduktion des Baudrucks. Dies sei auch ganz im Sinne der Initiative, welche insbesondere die grosszügigen Grünflächen um die bestehenden Bauten bewahren wolle. Darauf weise der Initiativtext hin, der von grossen Grundstücken mit ausreichend Platz für den Gartenbau spreche und Bezug auf die Gartensiedlungen nehme. Der Initiant habe in seinem an die Gemeindeversammlung gerichteten Votum gefordert, dass die grosszügigen Grünflächen erhalten bleiben sollten. Demnach seien die Stimmberechtigten in der Gemeindeversammlung darüber informiert gewesen. Es sei deshalb nicht von Belang, dass bereits einige Häuser des Quartiers Lenzdörfli umgebaut oder erweitert worden seien, da dies die grosszügigen Grünflächen kaum beeinträchtigt habe.
2.4 Das Verwaltungsgericht belegt seine Feststellung mit einem bei den Akten liegenden Auszug aus dem Protokoll der Gemeindeversammlung vom 20. September 2007, woraus ersichtlich ist, dass es den Initianten zumindest auch um den Erhalt der Grünflächen ging. Es trifft somit nicht zu, dass die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts, es sei den Initianten insbesondere um den Erhalt der grosszügigen Grünflächen um die bestehenden Bauten gegangen, offensichtlich falsch im Sinne von <ref-law> sein soll.
Im Übrigen geht aus dem angefochtenen Entscheid nirgends hervor, dass der Erhalt der Strukturen des Lenzdörflis nicht auch Ziel der Initiative gewesen wäre.
2.5 Damit erübrigt sich die Prüfung der weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin zur Zweckmässigkeit resp. Verhältnismässigkeit der Abzonung unter der Annahme, dass der Erhalt der Grünzonen das einzige Ziel der Initiative gewesen wäre. Allein die Behauptung, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht, genügt den Anforderungen an die Beschwerdebegründung nicht (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.4.1 und E. 1.4.2 S. 254).
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde unbegründet und demzufolge abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Ausgangsgemäss hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die Zusprechung einer Parteientschädigung fällt ausser Betracht (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Politischen Gemeinde Hinwil und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder