Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 16. August 2010 genehmigte das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) die Jahresrechnung (Bilanz und Betriebsrechnung) und die Vollzugskostenjahresrechnung 2009 der Kantone Obwalden und Nidwalden, wobei es Vollzugskosten in der Höhe von Fr. 10'046.20 von der Genehmigung ausnahm ("Personal- und Sozialkosten" im Betrag von Fr. 8'937.60 und "diverse Kosten" über Fr. 1'108.60). Die Nichtgenehmigung der Personal- und Sozialkosten, welche als Überbrückungsrente einer vorzeitig pensionierten Mitarbeiterin des Regionalen Arbeitsvermittlungszentrums (RAV) der Kantone Obwalden und Nidwalden bis zum Erreichen des ordentlichen Rentenalters ausgerichtet wurden, begründete das SECO damit, dass die Überbrückungsrente nicht anrechenbar sei, weil die vorzeitige Pensionierung nicht aus wirtschaftlichen Gründen erfolgt sei.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde der Kantone Obwalden und Nidwalden als Träger des RAV wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 5. April 2011 ab.
C. Die Kantone Obwalden und Nidwalden, handelnd durch die Volkswirtschaftsdirektoren der beiden Kantone und die Präsidentin der Aufsichtskommission des RAV, führen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragen sinngemäss Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sowie von Ziffer 2 der Verfügung vom 16. August 2010 betreffend Personal- und Sozialkosten.

Erwägungen:
1. Zu prüfen ist, ob die Personalkosten im Betrag von Fr. 8'937.60, die einer ehemaligen RAV-Mitarbeiterin als Überbrückungsrente ausgerichtet und dementsprechend in der Jahresrechnung 2009 aufgeführt wurden, als mit dem Vollzug der bundesrechtlichen Arbeitslosenversicherung verbundene Verwaltungskosten über den Ausgleichsfonds der Arbeitslosenversicherung (Art. 84 AVIG) zu vergüten sind. Die Nichtgenehmigung der "diversen Kosten" in der Höhe von Fr. 1'108.60 ist nicht umstritten.
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen zur Vergütung von anrechenbaren Verwaltungskosten der Regionalen Arbeitsvermittlungszentren (RAV), der Logistik-Stelle für arbeitsmarktliche Massnahmen (LAM-Stelle) und der kantonalen Amtsstelle (KAST) durch den Ausgleichsfonds an die Kantone (Art. 92 Abs. 7 AVIG in Verbindung mit Art. 122a Abs. 1 AVIV; Art. 1 ff. der Verordnung über die Entschädigung der Kantone für den Vollzug des Arbeitslosenversicherungsgesetzes vom 29. Juni 2001 [AVIG-Vollzugskostenentschädigungsverordnung; SR 837.023.3]; die vom SECO herausgegebenen Finanzweisungen 2009 sowie die "RAV/LAM/KAST-Mitteilung 2007/01D-Anpassung Vollzugsstrukturen 2007/01" vom 20. Februar 2007) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Verwaltungsweisungen richten sich an die Durchführungsstellen und sind für das Sozialversicherungsgericht nicht verbindlich. Dieses soll sie bei seiner Entscheidung aber berücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulassen. Das Gericht weicht also nicht ohne triftigen Grund von Verwaltungsweisungen ab, wenn diese eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben darstellen. Insofern wird dem Bestreben der Verwaltung, durch interne Weisungen eine rechtsgleiche Gesetzesanwendung zu gewährleisten, Rechnung getragen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 591; <ref-ruling> E. 3.2 S. 258 mit Hinweisen; vgl. <ref-ruling> E. 8.1 S. 315).
3.2 Unter den Parteien nicht streitig ist, dass nach dem gesetzgeberischen Willen gemäss Art. 92 Abs. 7 AVIG nicht sämtliche Kosten, die den Kantonen durch die Erfüllung der im Rahmen des AVIG-Vollzugs übertragenen Aufgaben anfallen, durch den Ausgleichsfonds der Arbeitslosenversicherung vergütet werden (vgl. <ref-ruling> E. 4). Ebenfalls einig sind sich die Parteien darin, dass die geltend gemachten Aufwendungen im Jahre 2009 durch die freiwillige vorzeitige Pensionierung einer Mitarbeiterin des RAV Obwalden/ Nidwalden entstanden und daher als Betriebskosten zu betrachten sind. Wie bereits im vorinstanzlichen Verfahren stellen sich die Beschwerdeführer auf den Standpunkt, das Personal des RAV Obwalden/Nidwalden mit Betriebsstätte in Hergiswil/Nidwalden werde gemäss Art. 4 der Vereinbarung über ein gemeinsames Regionales Arbeitsvermittlungszentrum der Kantone Obwalden und Nidwalden vom 15. Januar 1996 nach den Vorschriften des Beamtenrechts des Kantons Nidwalden angestellt. Der Bund habe mit der Genehmigung dieser Vereinbarung anerkannt, dass sich die Pflichten des Arbeitgebers nach kantonalem Recht richteten. Allfällige Richtlinien des SECO in diesem Bereich seien daher unbeachtlich und unterschiedliche kantonalrechtliche Regelungen in Personalfragen bewusst in Kauf genommen worden. Die Bestimmung des SECO, wonach nur diejenigen Überbrückungsrenten anrechenbar seien, welchen eine vorzeitige Pensionierung aus wirtschaftlichen Gründen zu Grunde liege, habe überdies keinen Weisungscharakter. Gestützt auf Art. 72 des Gesetzes über das öffentlichrechtliche Arbeitsverhältnis des Kantons Nidwalden vom 3. Juni 1998 (Personalgesetz) stünde der vorzeitig in den Ruhestand getretenen RAV-Mitarbeiterin eine Überbrückungsrente zu, welche vom Ausgleichsfonds als Verwaltungsaufwand zu entschädigen sei.
3.3 Laut Art. 4 Abs. 3 AVIG-Vollzugskostenentschädigungsverordnung werden die effektiv angefallenen, anrechenbaren Betriebskosten entschädigt. Gestützt auf Art. 9 lit. b dieser Verordnung hat das SECO im Sinne konkretisierender, für die Vollzugsstellen verbindlicher Verwaltungsweisungen in der Finanzweisung 01/2009 hinsichtlich der Personalkosten in der Rubrik "a2 Sozialleistungen" unter "Bedingt anrechenbar" ausgeführt, dass die Überbrückungsrenten der Pensionskassen nur anrechenbar sind, wenn die Anforderungen des SECO für die vorzeitige Pensionierung erfüllt seien, wobei in einer Fussnote auf die "RAV/LAM/KAST-Mitteilung 2007/01D-Anpassung Vollzugsstrukturen 2007/01" vom 20. Februar 2007 verwiesen wird. In einem dieser Mitteilung beigelegten Schreiben vom 20. Februar 2007 werden mögliche Regelungsmassnahmen bezüglich der Anpassung der Vollzugsstrukturen bei sinkender Zahl Stellensuchender aufgezeigt. Unter Ziffer 6 wird u.a. ausgeführt, sofern personelle Abbaumassnahmen notwendig würden, seien im Falle einer vorzeitigen Pensionierung zusätzliche Bedingungen zu beachten: Die Finanzierung einer vorzeitigen Pensionierung wird dementsprechend u.a. von der Bedingung abhängig gemacht, dass aufgrund der positiven Arbeitsmarktentwicklung und dem damit verbundenen Rückgang der Anzahl stellensuchender Personen die betroffene Stelle gestrichen wird (Punkt 1). Die aufgeführten zusätzlichen Bedingungen bei vorzeitiger Pensionierung entsprechen den Darlegungen hiezu in einer "Notiz an Herrn Babey" vom 12. Februar 2001 betreffend die "Vorzeitige Pensionierung des Personals von ALV-Vollzugsstellen und AMM-Organisatoren".
Diese Bedingung ist vorliegend klarerweise nicht erfüllt. Die vorzeitige Pensionierung erfolgte einzig auf Wunsch der Mitarbeiterin und wurde nicht aufgrund arbeitsmarktlicher Schwankungen notwendig. Mit der Vorinstanz ist festzustellen, dass es sich mit Blick auf die massgebenden Schreiben des SECO inhaltlich um für die Vollzugsstellen verbindliche Verwaltungsweisungen handelt, auch wenn sie teilweise nicht als solche bezeichnet wurden. Wenn in der Beschwerde darauf hingewiesen wird, in der "RAV/LAM/KAST-Mitteilung 2007/01D-Anpassung Vollzugsstrukturen 2007/01" werde ausgeführt, dass die beiliegenden Informationen keinesfalls als Vorschriften zu verstehen seien, kann sich dies, entgegen der Argumentation in der Beschwerde, einzig auf die den Kantonen aufgezeigten verschiedenen Möglichkeiten der Verwaltungsstrukturanpassung bei sinkender Zahl der Stellensuchenden beziehen. Dass die Massnahme der vorzeitigen Pensionierung von Mitarbeitenden hinsichtlich der Vergütung der damit den Kantonen anfallenden Kosten durch den ALV-Ausgleichsfonds aber nicht bedingungslos ist, ergibt sich aus sämtlichen Weisungen und Mitteilungen des SECO zweifelsfrei. Zu Recht nicht vorgebracht wird sodann, dass die massgebenden Weisungen des SECO rechtswidrig seien. Es wird auf die diesbezüglichen, zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen.
Schliesslich ist der beschwerdeweise erhobene Einwand, aufgrund der Genehmigung der Vereinbarung vom 15. Januar 1996 über ein gemeinsames Regionales Arbeitsvermittlungszentrum der Kantone Obwalden und Nidwalden durch das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement am 26. April 1996 gehe das kantonale Personalrecht allfälligen Richtlinien des Bundes in diesem Bereich vor, nicht stichhaltig. Die Berufung auf das Urteil C 35/06 vom 7. September 2006 E. 4 ist insofern zutreffend, als sich die Personal- und Sozialkosten für die kantonalen Angestellten nach kantonalem Recht richten. Dass aber solche nach kantonalem Recht vom Arbeitgeber zu leistenden Kosten bedingungslos vom ALV-Ausgleichsfonds zu tragen wären, ergibt sich auch aus den Erwägungen des Bundesgerichts im angerufenen Urteil nicht, weshalb die Beschwerdeführer daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten können. Die Weisung des SECO, wonach die dem Kanton aus vorzeitig pensionierten Mitarbeitenden entstehenden Kosten im Sinne einer Überbrückungsrente einzig dann aus dem ALV-Ausgleichsfonds vergütet werden, wenn die vorzeitige Pensionierung aus wirtschaftlichen Gründen erfolgt ist, stellt eine sinnvolle Konkretisierung der gesetzlichen Grundlagen dar. Nachdem hier unstreitig von einer freiwilligen vorzeitigen Pensionierung auszugehen ist, liegen mit Blick auf die nach kantonalem Recht ausgerichtete Überbrückungsrente Aufwendungen vor, die nicht vom ALV-Ausgleichsfonds zu übernehmen sind.
4. Die Kantone haben als unterliegende und in eigenem Vermögensinteresse handelnde Partei die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG; THOMAS GEISER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 15 und 29 zu Art. 66 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Juli 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla