Faits:
A. X._ Inc. (ci-après: X._), société de droit américain ayant son siège à New York (Etats-Unis d'Amérique), est titulaire de la marque verbale suisse "Vogue" enregistrée le 19 mars 1921 et de la marque verbale suisse "Vogue Patterns" enregistrée le 27 juillet 2009; ces deux marques sont inscrites pour la classe n° 16 - selon l'Arrangement de Nice concernant la classification internationale des produits et des services aux fins de l'enregistrement des marques révisé à Stockholm le 14 juillet 1967 (RS 0.232.112.8) -, qui comprend en particulier les produits sur papier (produits de l'imprimerie).
La société "Y._ SA" (ci-après: Y._) est une filiale de X._ qui a son siège à Paris (France). Cette société est titulaire de l'enregistrement international "Vogue" pour les produits de la classe n° 16 ainsi que des enregistrements internationaux "Vogue", "Vogue Europe" et "Vogue Hommes" pour les produits de la classe n° 14, qui comprend les produits de la joaillerie, de la bijouterie et de l'horlogerie. La société Y._ publie les éditions françaises des magazines Vogue, Vogue Hommes International, Vogue Collections et Glamour.
V._, domicilié au Locle (NE), est titulaire de la marque suisse "Vogue My Style" enregistrée le 10 septembre 2007 pour les produits de la classe n° 3 et de la classe n° 14, ainsi que de la marque libanaise "Vogue" immatriculée le 23 mai 2007.
X._ s'est opposée à l'enregistrement de la marque "Vogue My Style" auprès de l'Institut fédéral de la propriété intellectuelle; la procédure est actuellement suspendue.
W._ Sàrl, qui a son siège au Locle, produit notamment des montres de la marque "Vogue My Style".
Le 18 juillet 2008, un représentant de X._ s'est adressé à V._, représentant de W._ Sàrl, en se plaignant de ce que le logotype utilisé pour les montres produites par celle-ci contrevenait à la protection dont jouissait X._ pour ses marques.
Lors du salon Baselworld du printemps 2009, la société Y._ a demandé au Panel de la foire de faire retirer immédiatement du stand exploité par W._ Sàrl les montres portant le label "Vogue" et "Vogue My Style", ce qui a été ordonné.
Alors qu'une action en justice avait été introduite, V._ et W._ Sàrl ont présenté, lors de Baselworld 2011, une gamme de montres portant la marque "Vogue My Style", étant relevé que les mots "My Style" figuraient en caractères petits, voire minuscules.
B. Par demande du 4 novembre 2009, X._ et la société Y._ ont ouvert action devant la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois contre V._ et W._ Sàrl, concluant à la nullité de la marque suisse "Vogue My Style", à la destruction de tous les produits en possession des défendeurs portant le signe "Vogue" ou "Vogue My Style", à ce qu'il soit fait interdiction aux défendeurs, sous menace des peines de l'art. 292 CP, d'utiliser les marques "Vogue" et "Vogue My Style", de fabriquer, faire fabriquer, importer, exporter, commercialiser ou mettre en circulation d'une quelconque manière des produits portant ces deux dénominations. Les demanderesses ont soutenu que la marque "Vogue" était de haute renommée et que les défendeurs tentaient de profiter du renom d'autrui d'une façon parasitaire.
Les défendeurs se sont opposés à la demande et ont conclu reconventionnellement à ce que la cour prononce la nullité pour la Suisse, en ce qui concerne la classe n° 14, des marques internationales "Vogue", "Vogue Europe" et "Vogue Hommes" pour le motif qu'elles ne sont pas utilisées pour cette classe de produits.
Statuant en instance cantonale unique par arrêt du 31 janvier 2011, la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a constaté que l'utilisation par les défendeurs de la marque suisse "Vogue My Style" est illicite sous sa forme actuelle; elle a fait ainsi interdiction aux défendeurs d'utiliser à des fins commerciales, de quelque manière que ce soit, le signe "Vogue", seul ou en combinaison, et le signe "Vogue My Style", sous une forme créant un risque de confusion avec la marque "Vogue", cela sous menace des peines prévues par l'art. 292 CP.
En substance, se référant à une enquête démoscopique effectuée par un institut de sondage allemand à la requête des demanderesses, la cour cantonale a admis que la marque "Vogue" était une marque de haute renommée. Elle a cependant considéré que les produits (un magazine d'une part et une montre d'autre part) étaient trop dissemblables pour que les demanderesses puissent fonder leurs prétentions sur le droit à la marque. En revanche, la cour cantonale a admis un usage parasitaire contrevenant à la loi fédérale du 19 décembre 1986 contre la concurrence déloyale (LCD, RS 241). Quant à la demande reconventionnelle, elle a été rejetée pour le motif qu'aucun moyen de preuve n'avait été proposé pour rendre vraisemblable l'absence d'utilisation des marques litigieuses pour des produits de la classe n° 14.
C. V._ et W._ Sàrl exercent par un acte unique un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Soutenant que les faits ont été établis de manière inexacte et que le droit fédéral a été violé aussi bien dans l'admission de la demande principale que dans le rejet de la demande reconventionnelle, les recourants concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au rejet de la demande, ainsi que, sur la reconvention, au prononcé de la nullité pour la Suisse en ce qui concerne la classe n° 14 des marques internationales "Vogue", "Vogue Europe" et "Vogue Hommes"; subsidiairement, ils requièrent le renvoi de la cause devant l'autorité précédente.
La requête d'effet suspensif présentée par les recourants a été rejetée par ordonnance présidentielle du 29 mars 2012.
Les intimées proposent le rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dans l'arrêt attaqué, la cour cantonale a appliqué les dispositions civiles de la loi fédérale du 28 août 1992 sur la protection des marques et des indications de provenance (LPM; RS 232.11) et de la LCD. La décision a donc été rendue en matière civile au sens de l'art. 72 al. 1 LTF.
L'arrêt querellé a été communiqué aux parties après l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2011, du CPC (RS 272), de sorte que les voies de recours sont régies par le nouveau droit (art. 405 al. 1 CPC). Or, l'art. 5 al. 1 CPC prévoit que le droit cantonal institue une juridiction statuant en instance cantonale unique sur les litiges portant sur des droits de propriété intellectuelle (art. 5 al. 1 let. a CPC), ainsi que sur les litiges relevant de la concurrence déloyale lorsque la valeur litigieuse - comme c'est manifestement le cas en l'espèce - dépasse 30'000 fr. (art. 5 al. 1 let. d CPC). La situation n'était pas différente sous l'empire de l'ancien droit en vertu de l'ancien art. 58 al. 3 LPM et de l'ancien art. 12 al. 2 LCD pour le cas où la loi contre la concurrence déloyale était en connexité avec la loi sur les marques (cf. <ref-ruling>). Le recours au Tribunal fédéral est donc ouvert en application de l'art. 75 al. 2 let. a LTF, quand bien même l'autorité précédente n'a pas statué sur recours.
Il en résulte que le recours au Tribunal fédéral n'est lui-même pas soumis à l'exigence d'une valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. b LTF).
Interjeté par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions libératoires et leurs conclusions reconventionnelles et qui ont donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés, ou à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 317 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 584). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF; ATF <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire telle que l'entend l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui veut s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 187). Si la partie recourante se plaint d'une constatation manifestement inexacte des faits (art. 97 al. 1 LTF), ce qui revient à se plaindre d'une forme d'arbitraire, elle doit motiver son grief conformément aux exigences strictes de l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. Les deux intimées au présent litige ont à l'étranger leur siège, lequel vaut domicile pour les sociétés. Le siège de X._ est à New York, alors que celui de Y._ est à Paris.
La cause revêt manifestement un caractère international, si bien que la question du droit applicable doit être examinée d'office (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 144 et les arrêts cités). La question doit être tranchée selon le droit international privé du for, soit en l'occurrence la loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP, RS 291; <ref-ruling> consid. 2.1).
Au vu des conclusions qui ont été prises dans la procédure, il n'est pas douteux que le droit suisse est applicable en ce qui concerne la concurrence déloyale en vertu de l'art. 136 al. 1 LDIP, norme qui instaure le principe de l'effet sur le marché ou du marché affecté (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 29), dès l'instant où c'est sur le marché suisse que s'est déployée l'activité illicite prétendue. Le droit suisse est également applicable s'agissant du droit des marques, puisque la protection de la propriété intellectuelle a été revendiquée pour la Suisse (art. 110 al. 1 LDIP).
3. Les recourants se plaignent d'une constatation manifestement inexacte des faits (art. 97 al. 1 LTF).
Comme on l'a vu (consid. 1.3 ci-dessus), les recourants visent sous cet angle une forme d'arbitraire (art. 9 Cst.), de sorte qu'ils devaient motiver leur grief conformément aux exigences strictes de l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62). Il leur appartenait donc de montrer par une argumentation précise, en se référant si possible aux pièces du dossier, que les constatations cantonales étaient en contradiction manifeste avec le résultat univoque de l'administration des preuves (p. ex. BERNARD CORBOZ, in Commentaire LTF, n° 19 in fine ad art. 97 LTF, p. 942).
La critique des recourants ne répond pas à ces exigences. Ils mettent en avant de nombreux faits qui ne se trouvent pas dans la décision attaquée, sans se référer à aucune pièce du dossier ni préciser d'où ils les tirent. Il n'est donc pas possible, sur la base d'une telle argumentation, de constater que la cour cantonale aurait apprécié arbitrairement les preuves apportées (sur cette notion: cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9) et qu'elle aurait dressé un état de fait insoutenable. Il n'y a en conséquence pas lieu d'entrer en matière.
Par leur argumentation, les recourants voudraient surtout démontrer qu'ils n'avaient pas, d'un point de vue subjectif, l'intention réelle de se comporter de mauvaise foi. Cependant, l'acte de concurrence déloyale ne suppose ni mauvaise foi ni faute de son auteur; une violation objective des règles de la bonne foi suffit (<ref-ruling> consid. 3b p. 369; arrêt 4C.347/1998 du 4 février 1999 consid. 3b). Les recourants voudraient donc rectifier l'état de fait sur un point - leur intention - qui ne peut influer sur le sort de la cause, ce que l'art. 97 al. 1 LTF exclut expressément.
Sous le couvert de ce grief, les recourants se plaignent aussi de ce que la cour cantonale se serait contentée d'une haute vraisemblance. Bien qu'ils ne formulent pas correctement la critique d'un point de vue juridique, on peut admettre qu'ils se plaignent ainsi d'une violation de l'art. 8 CC, dont on déduit l'exigence d'une preuve, laquelle doit être distinguée d'une simple vraisemblance (<ref-ruling> consid. 2d p. 184). En parlant d'une haute vraisemblance au sujet d'un fait relevant du for intérieur et qui ne peut pas être strictement prouvé - l'intention dolosive -, la cour cantonale s'est manifestement référée à la notion de vraisemblance prépondérante qui exclut tout doute sérieux et emporte la conviction (sur cette notion: cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 720). Il n'apparaît nullement que la cour cantonale ait méconnu l'exigence d'une preuve.
Le premier grief est donc sans consistance.
4. La cour cantonale, tout en admettant que la marque "Vogue" était de haute renommée (art. 15 al. 1 LPM), a considéré que les intimées ne pouvaient pas, sur la base de leur droit exclusif de faire usage de la marque (art. 13 al. 1 LPM), faire prononcer la nullité de la marque des recourants, en raison de la nature trop différente des produits.
4.1 Il faut tout d'abord vérifier si la cour cantonale a admis à bon droit que la marque « Vogue » constitue une marque de haute renommée au sens de l'art. 15 al. 1 LPM.
4.1.1 Selon l'art. 15 LPM, le titulaire d'une marque de haute renommée peut interdire à des tiers l'usage de cette marque pour tous les produits ou les services pour autant qu'un tel usage menace le caractère distinctif de la marque, exploite sa réputation ou lui porte atteinte (al. 1); les droits acquis avant que la marque ne gagne sa haute renommée sont réservés (al. 2).
La loi ne définit pas la haute renommée. Selon la jurisprudence fermement établie (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 752 s. et les références), les critères déterminants pour décider si une telle qualification s'applique à une marque donnée peuvent être déduits du but de l'art. 15 LPM, lequel est de protéger les marques de haute renommée contre l'exploitation de leur réputation, l'atteinte portée à celle-ci et la mise en danger du caractère distinctif de la marque. Semblable protection se justifie lorsque le titulaire de la marque a réussi à susciter une renommée telle que cette marque possède une force de pénétration publicitaire utilisable non seulement pour commercialiser les produits et fournir les services auxquels elle était destinée à l'origine, mais encore pour faciliter sensiblement la vente d'autres produits ou la fourniture d'autres services. Cela suppose que la marque jouisse d'une considération générale auprès d'un large public. Pour admettre l'existence d'une marque de haute renommée, il ne suffit pas que la marque soit connue par un pourcentage élevé de personnes, car cela ne permettrait plus de distinguer la haute renommée d'une marque de sa notoriété. L'image positive que représente la marque auprès du public est un critère qui ne doit pas être négligé. Il n'est cependant pas nécessaire que cette image positive fasse l'unanimité en ce sens que les produits ou les services désignés par la marque de haute renommée remporteraient tous les suffrages sans exception. Ainsi, des marques de cigarettes peuvent acquérir une haute renommée, quand bien même le fait de fumer et, partant, les substances utilisées à cette fin sont désormais, comme tels, l'objet de controverses au sein du public.
La notion de haute renommée, au sens de l'art. 15 LPM, ressortit au droit; en revanche, le fait de savoir si une marque est connue d'un large public et si elle bénéficie d'une image positive auprès des personnes qui la connaissent sont des points de fait qui doivent être allégués et prouvés par tous moyens adéquats, à l'exemple d'un sondage d'opinion, à moins d'être notoires (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 753).
4.1.2 In casu, les recourants n'ont pas sollicité la mise en oeuvre d'un sondage, sur une base contradictoire et sous contrôle judiciaire, pour établir que la marque « Vogue » s'est imposée comme une marque de haute renommée.
La cour cantonale s'est ainsi référée, à titre d'indices, à une enquête démoscopique, réalisée, à la requête des intimées, par l'institut de sondage allemand "Institut für Demoskopie Allensbach" en partenariat avec la société suisse Isopublic. Cette approche est conforme à la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 7.3 p. 134 s.).
Il a été constaté (art. 105 al. 1 LTF) que cette enquête a été effectuées dans les trois régions linguistiques de la Suisse, qu'elle a impliqué 1'100 personnes âgées de 15 à 74 ans, non ciblées (notamment en fonction de leur sexe), et qu'elle comportait des questions portant tant sur des aspects quantitatifs que qualitatifs. Il n'est pas contesté que la méthodologie suivie par l'institut de sondage - méthode préconisées par NIEDERMANN/SCHNEIDER, Der Beitrag der Demoskopie zur Entscheidfindung im schweizerischen Markenrecht: durchgesetzte Marke, berühmte Marke, in sic ! 2002 p. 815 ss - était appropriée. C'est ainsi à juste titre que l'autorité cantonale a considéré comme pertinents les résultats de l'enquête démoscopique.
Il résulte de l'enquête précitée qu'une personne prise au hasard sur quatre connaissait la marque « Vogue » et l'associait à un magazine de haute qualité. A la lumière de ces résultats, la cour cantonale est parvenue à la conclusion que la marque précitée était une marque de haute renommée telle que l'entend l'art. 15 al. 1 LPM. Dès l'instant où il a été établi que la marque « Vogue » est connue d'un large public dans la Suisse entière et qu'elle y jouit d'une appréciation globalement positive, cette considération respecte le droit fédéral.
4.2 La cour cantonale a jugé que les intimées, certes titulaires d'une marque de haute renommée, ne pouvaient pas se prévaloir de la protection conférée par ce signe distinctif, car la marque de haute renommée ne conférerait à son titulaire une protection étendue qu'aux produits similaires à ceux pour lesquels la marque s'est imposée. Or il n'y aurait pas de similitude entre des magazines de mode - i. e Vogue, Vogue Hommes International, Vogue Collections et Glamour - et des articles de joaillerie et d'horlogerie, à l'instar des montres produites par les recourantes.
Ce raisonnement est erroné.
4.2.1 Pour les titulaires de marques de haute renommée, l'art. 15 LPM élargit le champ de protection des droits conférés par la marque; dans cette mesure, le principe de spécialité, qui régit le droit suisse des marques, ne s'applique plus. Le titulaire d'une marque de haute renommée peut ainsi interdire à des tiers l'usage de cette marque pour les produits et services de toute nature; il peut, en particulier, leur interdire de l'utiliser pour offrir des produits ou des services, de s'en servir à des fins publicitaires ou encore d'en faire usage de quelque autre manière dans les affaires (art. 13 al. 2 LPM).
Le titulaire de la marque de haute renommée peut se défendre contre un usage parasitaire de sa marque même dans un autre domaine d'activité que le sien; il n'est donc pas nécessaire que les produits ou les services soient de même nature (FLORENT THOUVENIN, in Markenschutzgesetz, Berne 2009 n° 1 ad art. 15 LPM; FRANÇOIS DESSEMONTET, La propriété intellectuelle et les contrats de licence, Lausanne 2011, p. 348). La jurisprudence a affirmé que le titulaire d'une marque de haute renommée peut en interdire l'usage pour n'importe quelle marchandise ou service (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 753 s.; <ref-ruling> consid. 1). Ainsi, il a été jugé qu'une entreprise ne pouvait pas utiliser pour des articles de parfumerie la marque des articles de sports "Nike" (ATF <ref-ruling>). De la même manière, il a été admis qu'une entreprise de literie ne pouvait pas utiliser la marque de boissons gazeuses "Coca Cola" (<ref-ruling>). La marque de produits alimentaires "Nestlé" ne peut pas non plus être utilisée par un tiers pour désigner un établissement médico-social (<ref-ruling>).
La marque de haute renommée a précisément été pensée pour tenir compte de la tendance à la diversification des produits qui conduit le producteur du signe hautement renommé à fabriquer un objet différent de celui pour lequel il a obtenu une protection par le droit des marques (DOMINIQUE BRANDT, La protection élargie de la marque de haute renommée au-delà des produits identiques et similaires, Lausanne 1985, p. 157 ss et 195 ss).
4.2.2 Il suit de là que les intimées, titulaires de la marque de haute renommée « Vogue », sont en droit d'interdire l'utilisation de cette marque pour toutes les catégories de biens et services, et non seulement pour ceux où leur marque est utilisée. Autrement dit, les intimées sont habilitées à empêcher que les recourants commercialisent des articles d'horlogerie ou de joaillerie, telles des montres, avec les signes « Vogue » ou « Vogue My Style ».
Sur la base des constatations de la cour cantonale, il apparaît en outre que les recourants ont exploité de manière déloyale la renommée des intimées, du moment que les consommateurs étaient incités à penser qu'il existait un lien, quel qu'en soit la nature, entre leurs entreprises et celles des intimées, qui publient notamment le magazine de bonne réputation Vogue. Ce comportement tombe sous le coup de la clause générale ancrée à l'art. 2 LCD (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 in fine). Dans ces circonstances, il n'est pas utile d'examiner si les recourants, en utilisant le mot « Vogue » sur leurs montres, ont encore fait naître une confusion avec le produit d'autrui au sens de l'art. 3 let. d LCD ou s'ils ont transféré l'image d'un produit connu à leurs propres prestations, attitude qui est sanctionnée par l'art. 3 let. e LCD (arrêt 4A_467/2007 du 8 février 2008 consid. 4.3, in sic ! 6/2008 p. 454).
Les mesures prises par la cour cantonale, en application du droit de la concurrence déloyale, ne sont pas discutées dans le cadre du recours, si bien qu'il n'y a pas lieu d'y revenir.
5. La deuxième intimée est titulaire des enregistrements internationaux "Vogue", "Vogue Europe" et "Vogue Hommes" pour les produits de la classe n° 14, laquelle comprend la bijouterie et l'horlogerie.
A titre reconventionnel, les recourants ont demandé à la cour cantonale de constater la nullité de ces marques pour la Suisse en raison du non-usage pendant cinq ans. Les recourants se sont donc référés à l'art. 12 LPM.
La cour cantonale a rejeté la demande reconventionnelle en constatant que les recourants n'avaient pas rendu vraisemblable le défaut d'usage.
Les recourants critiquent cette décision.
Selon l'art. 12 al. 3 LPM, quiconque invoque le défaut d'usage doit le rendre vraisemblable; la preuve de l'usage incombe alors au titulaire.
Il appert que cette disposition prévoit une procédure en deux temps: il faut tout d'abord que le demandeur rende vraisemblable le défaut d'usage et ce n'est que si cette première condition est remplie qu'il incombe alors au titulaire de la marque de prouver qu'il en a fait usage. Il s'ensuit qu'il appartenait aux recourants, dans un premier temps, de rendre vraisemblable le défaut d'usage. La jurisprudence a précisé qu'il ne suffit pas, pour rendre vraisemblable le non-usage, de l'alléguer; le demandeur doit apporter des éléments de preuve ou, à tout le moins, proposer des mesures probatoires sur cette vraisemblance (arrêt 4A_253/2008 du 14 octobre 2008 consid. 4.1, in sic ! 4/2009 p. 268).
Or, la cour cantonale a constaté en fait - d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que les recourants, dans la procédure cantonale, n'ont présenté aucune preuve à ce sujet et n'ont pas formulé d'offre de preuve précise; ils se sont bornés à alléguer le non-usage.
Etablir la vraisemblance d'un défaut d'usage n'est pourtant pas impossible, contrairement à ce que soutiennent les recourants. Il leur était loisible de faire entendre des commerçants, voire le représentant d'une association professionnelle, qui auraient pu dire s'ils avaient déjà entendu parler de produits de la classe n° 14 portant les marques litigieuses.
Dès lors que les recourants, en tant que demandeurs, n'ont pas rendu vraisemblable le défaut d'usage comme l'exige l'art. 12 al. 3 LPM, le rejet de leur demande reconventionnelle ne viole pas le droit fédéral.
6. Partant, le recours doit être entièrement rejeté.
En conséquence, les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe, soit les recourants, avec solidarité entre eux (art. 66 al. 1 et 5 et 68 al. 1, 2 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3. Les recourants, débiteurs solidaires, verseront aux intimées, créancières solidaires, une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 7 août 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Ramelet