Sachverhalt:
A.
Die X._ AG in Liq. führte in Horn während ca. 100 Jahren einen Textilveredelungsbetrieb. Das Werksareal umfasste die Parzellen Nrn. 2, 3, 12 und 576. Nach der Betriebsstilllegung im Jahre 1989 ergab sich, dass das Areal mit Abfällen belastet war. Im Jahre 1990 kaufte die A._ AG die Parzelle Nr. 2; diese wurde nach Sanierung der bekannten Belastungen im Jahre 2002 aus dem Verdachtsflächenplan entlassen. In der Folge zeigte sich, dass weitere Belastungen bestanden, weshalb das Amt für Umwelt des Kantons Thurgau (AfU) die X._ AG in Liq. Ende 2006 verpflichtete, ein Sanierungsprojekt für den Standort vorzulegen. Die Parzelle Nr. 3, welche die C._ AG nebst der Parzelle Nr. 12 erwarb, wurde in den Kataster der belasteten Standorte eingetragen.
Mit Schreiben vom 28. Oktober 2010 teilte das AfU der A._ AG und der C._ AG mit, aufgrund der Standortuntersuchungen und Berichte sei davon auszugehen, dass auf ihren Parzellen drei verschiedene, räumlich klar abgrenzbare Hauptschadstoffherde (sog. Hotspots) vorhanden seien. Damit seien die Voraussetzungen zur Aufteilung des Standortes (erfasst unter der Register Nr. 4421 S 08) in zwei Teilstandorte a und b erfüllt. Die bisher nicht in den Kataster der belasteten Standorte aufgenommenen Parzellen Nrn. 2, 12 und 576 würden ebenfalls im Kataster eingetragen.
Gegen die Aufteilung des Betriebsstandortes in zwei Teilstandorte erhob die A._ AG am 22. November 2010 Rekurs. Daraufhin ordnete das AfU am 11. Februar 2011 in zwei Verfügungen an, die belasteten Teilstandorte Register Nr. 4421 S 08a (umfassend die Parzellen Nrn. 3 und 12) und Register Nr. 4421 S 08b (umfassend die Parzelle Nr. 2) würden in den Kataster der belasteten Standorte eingetragen. Dagegen erhob die A._ AG ebenfalls Rekurs.
B.
Mit Entscheid vom 11. Dezember 2011 wies das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau die Rekurse ab. Es erwog im Wesentlichen, die Abklärungen hätten die Lokalisierung von drei Hotspots erlaubt, einer (Turmix) auf Parzelle Nr. 2, die beiden übrigen (Appreturküche/Weiherhaus und Färberei) auf Parzelle Nr. 3. In diesen Hotspots seien sehr hohe CKW-Belastungen der Ausgangsprodukte PER (Tetrachlorethen) und TRI (Trichlorethen) gemessen worden, welche die höchstzulässigen halben Konzentrationswerte gemäss Anhang I der Verordnung über die Sanierung von belasteten Standorten vom 26. August 1998 (AltlV; SR 814.680) erheblich überschritten. Eine gegenseitige Beeinflussung der belasteten Standorte könne bei der aktuellen hydrogeologischen Situation ausgeschlossen werden, und es seien auch keine Abhängigkeiten zu erkennen, die eine gemeinsame und koordinierte Bearbeitung von Sanierungskonzept und -massnahmen erfordern würden. Die Aufteilung des Betriebsstandortes entlang der Parzellengrenze in zwei Teilstandorte sei deshalb zulässig.
C.
Hiergegen führte die A._ AG Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Dieses hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 13. Februar 2013 gut. In der Begründung hielt es fest, die kantonalen Behörden hätten ein augenfälliges eigenes Interesse an der Aufteilung des Standortes, weil die C._ AG sich in einer Vereinbarung vom 11. Juni 2010 bereit gefunden habe, für diesen Fall eine vollständige Altlastensanierung der Parzelle Nr. 3 durchzuführen und selber zu bezahlen. Die Untersuchungen hätten aber aufgezeigt, dass im Grenzbereich der beiden Parzellen ein weiterer Hotspot vorhanden sein könnte. Es könne auch nicht ausgeschlossen werden, dass sich unter der möglicherweise undichten Röhre des Bachs U._, durch die CKW abgeflossen sei, im Grenzbereich der Parzellen sekundäre Hotspots gebildet hätten. Ein direkter oder indirekter Einfluss des Hotspots Appreturküche auf die andere Parzelle sei denkbar. Es bestünden erhebliche Zweifel daran, dass sämtliche notwendigen Untersuchungen für eine Aufteilung durchgeführt worden seien. Der Nachweis, dass der Betriebsstandort ohne Nachteile für die Sanierung in zwei Teilstandorte aufgeteilt werden könne, sei daher nicht erbracht. Die Angelegenheit sei deshalb an die Vorinstanzen zurückzuweisen zur Durchführung ergänzender Abklärungen oder zur umfassenden Sanierung unter Beibehaltung eines Betriebsstandortes.
D.
Mit Eingabe vom 29. April 2013 führt die C._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den Standort Register Nr. 4421 S 08 in zwei Teilstandorte aufzuteilen. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil die Vorinstanz von Feststellungen des Bundesgerichts im Urteil 1C_47/2009 vom 7. Juli 2009 i.S. X._ AG in Liq. gegen A._ AG ausgegangen sei, ohne ihr Gelegenheit zur Stellungnahme einzuräumen. Seit Ergehen dieses Urteils seien wesentliche zusätzliche Untersuchungen durchgeführt worden, weshalb der Sachverhalt, auf den die Vorinstanz abgestellt habe, willkürlich festgestellt worden sei. Die Vorinstanz habe auch den jüngsten Untersuchungsbericht der D._ AG vom 17. Juni 2012 willkürlich gewürdigt; dieser schliesse rein spekulativ auf mögliche weitere sanierungsbedürftige Verunreinigungen in einem kleinen Bereich entlang der Parzellengrenze. Weitere Untersuchungen in diesem Bereich wären wegen einer bestehenden Trafostation und alten unterirdischen Mittelspannungsleitungen hoch riskant und seien deshalb unterlassen worden. Aus hydrogeologischer Sicht könne eine gegenseitige Beeinflussung der Verunreinigungen auf den Parzellen Nrn. 2 und 3 ausgeschlossen werden.
Die Beschwerdegegnerin A._ AG beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde, das Departement für Bau und Umwelt beantragt deren Gutheissung. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält dafür, dass der Betriebsstandort sich nicht in einzelne Teilstandorte unterteilen lasse. Hinsichtlich der Schadstoffverteilung bestünden noch erhebliche Unsicherheiten und es müsse bei der Sanierung wohl zum Teil situativ vorgegangen werden. Zunächst sei ein Sanierungsprojekt auszuarbeiten, welches auch die Parzelle Nr. 2 umfasse.
In weiteren Stellungnahmen halten beide Parteien an ihren Rechtsstandpunkten fest. Abschliessend hat die Beschwerdeführerin darauf hingewiesen, sie beabsichtige eine sog. freiwillige Totalsanierung, während die Beschwerdegegnerin nur einen Quellenstopp im Sinne eines altlastenrechtlichen Minimalziels vor Augen habe.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts ist kantonal letztinstanzlich (<ref-law>) und stützt sich auf öffentliches Recht. Er unterliegt damit grundsätzlich der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law>. Ausnahmegründe im Sinne von <ref-law> liegen nicht vor. Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert.
1.2. Das Urteil der Vorinstanz schliesst das Verfahren nicht ab, sondern weist die Angelegenheit an die Vorinstanzen zurück. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Gegen derartige Zwischenentscheide ist die Beschwerde nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnisse teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf eine Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34 f.). Insbesondere genügt eine blosse Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts zu erwirken (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170).
1.3. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin sind vorliegend beide Voraussetzungen erfüllt. Die Beschwerdegegnerin bestreitet dies.
1.3.1. Die Beschwerdeführerin bringt zum einen vor, die Rückweisung bedeute für sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil. Da die Vorinstanzen selber keine Abklärungen durchführen liessen und von der Verhaltensstörerin X._ AG in Liq. nichts mehr erhältlich gemacht werden könne, weil diese sich in Liquidation befinde, verblieben weitere Abklärungen den Eigentümern und mithin ihr. Sie wäre verpflichtet, das Sanierungsprojekt auch für die Parzelle Nr. 2 auszuarbeiten und die Kosten vorzuschiessen. Wenn der Betriebsstandort beibehalten und die Sanierung umfassend vorzunehmen sei, wäre der nicht wieder gutzumachende Nachteil letztendlich noch wesentlich grösser.
Mit dieser Argumentation vermag die Beschwerdeführerin keinen Nachteil im Sinne von <ref-law> darzutun. Streitgegenstand ist nur die Frage, ob der sanierungsbedürftige Betriebsstandort in zwei Teilstandorte aufgeteilt werden kann. Über Verpflichtungen zur Ausarbeitung, Ausführung und Vorfinanzierung des Sanierungsprojekts bzw. der Sanierung haben die kantonalen Behörden nichts bestimmt. Solche Pflichten ergeben sich für die Beschwerdeführerin in Bezug auf die Parzelle Nr. 2 auch nicht zwangsläufig aus dem Umstand, dass sich die vormalige Eigentümerin des Betriebsstandortes in Liquidation (bzw. mittlerweile im Konkurs vgl. das vor Bundesgericht hängige Verfahren 1C_397/2013) befindet. Gewiss mag sich aus der Anordnung der Vorinstanz, weitere Abklärungen durchzuführen bzw. eine umfassende und koordinierte Sanierung mit situativem Vorgehen im Grenzbereich vorzunehmen, eine Verfahrensverlängerung ergeben, welche die zur Sanierung von Parzelle Nr. 3 bereite Beschwerdeführerin vermeiden möchte. Dies genügt nach dem unter E. 1.2 Ausgeführten jedoch nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts über ein Zwischenergebnis zu erwirken.
1.3.2. Die Beschwerdeführerin hält zum andern dafür, bei Gutheissung ihrer Beschwerde resultiere ein sofortiger Endentscheid mit bedeutender Ersparnis an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren. Es kann angenommen werden, dass das Bundesgericht im Falle der Gutheissung der Beschwerde verfahrensabschliessend entscheiden könnte. Indessen kann nicht davon ausgegangen werden, dass diesfalls zeitraubende und kostenintensive zusätzliche Untersuchungen entfielen. Die Beschwerdeführerin selber weist darauf hin, dass bereits gründliche Untersuchungen vorgenommen wurden und für einen Grossteil des Betriebsstandortes hinreichend gesicherte Kenntnisse vorliegen. Die weiteren Abklärungen würden nur einen relativ schmalen Grenzbereich betreffen. Zwar mögen sich dort situationsbedingt gewisse Erschwernisse oder Weiterungen ergeben (Trafostation, unterirdische Leitungen). Diese erscheinen aber nicht als derart wesentlich, dass sich ein sofortiger Entscheid des Bundesgerichts über eine Teilfrage rechtfertigt. Auch unter dem Gesichtswinkel von <ref-law> sind die Eintretensvoraussetzungen demnach nicht erfüllt.
2.
Damit ergibt sich, dass auf die Beschwerde nicht einzutreten ist. Bei diesem Ergebnis wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig. Sie hat die Verfahrenskosten zu tragen (<ref-law>) und der Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle