Faits:
A. Le 31 octobre 2001, X._, ressortissant marocain né en 1961, a épousé au Maroc une compatriote titulaire d'une autorisation d'établissement dans le canton de Genève. Le 10 avril 2002, il est entré officiellement en Suisse au bénéfice d'une autorisation de séjour pour regroupement familial, régulièrement renouvelée jusqu'au 9 avril 2005.
Le 17 septembre 2002, X._ a été condamné par ordonnance pénale du Procureur du canton de Genève pour lésions corporelles simples au préjudice de son épouse. La plainte ayant été retirée le 30 septembre 2002, cette ordonnance a été annulée par le Tribunal de police.
Le 13 mars 2003, l'épouse de X._ a informé l'Office cantonal de la population du canton de Genève qu'elle vivait séparée de son mari depuis le 3 février 2003. Le 21 mars 2003, elle a déposé une demande unilatérale de divorce.
Le 13 août 2003, est né A._, fils des époux X._.
Par ordonnance du 30 janvier 2004, le Procureur du canton de Genève a condamné X._ à une peine de 8 jours d'emprisonnement avec sursis durant trois ans et à une amende de 600 fr. pour conduite en état d'ébriété.
Par jugement du 17 février 2005, entré en force le 5 avril 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé le divorce des époux X._ et attribué l'autorité parentale sur A._ et sa garde à sa mère.
Après avoir enquêté sur les relations entre X._ et son fils, l'Office cantonal de la population a déclaré à l'intéressé qu'il était disposé à autoriser la poursuite de son séjour sur le territoire cantonal, mais que cette décision demeurait soumise à l'approbation de l'Office fédéral des migrations.
B. Par décision du 9 janvier 2006, l'Office fédéral des migrations a refusé de donner son approbation à la prolongation de l'autorisation de séjour de X._ et lui a imparti un délai au 10 avril 2006 pour quitter la Suisse. A l'appui de sa décision, il a considéré en substance que l'intéressé ne pouvait plus se prévaloir de son mariage avec une personne disposant d'une autorisation d'établissement en Suisse. Son séjour en Suisse avait été bref eu égard aux quarante années qu'il avait vécues au Maroc. Il n'avait que de faibles capacités professionnelles et son comportement avait négativement attiré l'attention des autorités. Le souhait de rencontrer son fils un jour par semaine durant quelques heures ne justifiait pas le renouvellement de l'autorisation, le droit de visite pouvant être exercé depuis le Maroc. L'exécution du renvoi était en outre possible et licite.
Le 9 février 2006, X._, représenté par une mandataire, a interjeté recours contre la décision rendue le 9 janvier 2006 auprès du Département fédéral de justice et police. Il demandait l'annulation de cette décision et la délivrance d'une autorisation de séjour afin de pouvoir continuer à entretenir des relations avec son fils. Il a fait valoir que son droit de visite allait être élargi, qu'il était à la recherche d'un emploi qui lui permettrait de continuer à assumer ses obligations financières envers son fils, qu'il bénéficiait du soutien de ses frères et soeurs établis en Suisse et qu'il n'avait passé que cinq années au Maroc depuis 1986.
Par courrier du 3 octobre 2007, X._ a annoncé au Tribunal administratif fédéral qu'il avait trouvé du travail et versait régulièrement la contribution d'entretien de son fils.
Le 12 décembre 2007, le Service de protection des mineurs du canton de Genève a adressé au Tribunal administratif fédéral un rapport daté du 10 décembre 2007 évaluant la relation entre X._ et son fils.
Par ordonnance du 21 décembre 2007, le Tribunal administratif fédéral a communiqué sa composition, transmis copie du rapport d'évaluation du 10 décembre 2007 à l'Office fédéral des migrations et à la mandataire de X._ et imparti à ce dernier un délai au 21 janvier 2008 pour faire part des derniers développements relatifs à sa situation, notamment en ce qui concerne les relations avec son fils et le règlement des contributions d'entretien, preuves à l'appui.
Le 8 février 2008, la mandataire de X._ a communiqué au Tribunal administratif fédéral la résiliation de son mandat.
Par courrier du 28 mars 2008, invoquant les problèmes d'acheminement du courrier qu'avait connus X._, cette même mandataire a demandé au Tribunal administratif fédéral un délai au 4 avril 2008 pour produire les explications et les justificatifs demandés par ordonnance du 21 décembre 2007.
C. Par arrêt du 28 mars 2008, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de X._. Il a considéré que les relations avec son fils A._ n'avaient été effectives que quinze mois après la naissance de ce dernier, qu'elles se déroulaient dans un cadre protégé et que le droit de visite s'exerçait un jour par semaine de 10h00 à 18h00. Même si, depuis le mois de septembre 2005, l'intéressé avait beaucoup investi dans la relation avec son fils et que l'autorité envisageait un élargissement du droit de visite, comme le confirmait le rapport du 10 décembre 2007, cette relation demeurait ténue et ne s'exerçait pas de manière autonome. Il a constaté que l'intéressé ne versait pas de manière régulière les contributions d'entretien de son fils, qu'il n'avait d'ailleurs pas fourni les justificatifs demandés et que sa situation professionnelle était précaire. Il avait exercé divers emplois peu qualifiés, avait été victime d'un accident de travail en août 2003, n'avait plus travaillé jusqu'en avril 2007 pour ne retrouver que des emplois temporaires entrecoupés de périodes de chômage. Dans ces conditions, comme l'intéressé avait exercé des violences à l'encontre de son épouse durant la vie commune, qu'il avait été condamné à 8 jours d'emprisonnement avec sursis pendant trois ans et à une amende de 600 fr. pour conduite en état d'ébriété, son comportement n'était ni irréprochable ni exempt de toute plainte, de sorte qu'il se justifiait de refuser le renouvellement de l'autorisation de séjour, le droit de visite pouvant être organisé depuis son pays d'origine en fonction des séjours touristiques autorisés par la loi. Enfin, toutes les conditions pour exécuter le renvoi de X._ au Maroc étaient réunies.
Le 2 avril 2008, le Tribunal administratif fédéral a accusé réception du courrier de la mandataire de X._, précisant qu'il n'avait pas été possible de prendre son contenu en considération et que l'arrêt du 28 mars 2008 avait été notifié directement à l'intéressé.
Le 3 avril 2008, X._, agissant par sa mandataire, a décrit sa relation avec son fils, sa situation professionnelle et produit diverses preuves, notamment en relation avec les paiements des pensions alimentaires.
Par courrier du 8 avril 2008, le Tribunal administratif fédéral a accusé réception du courrier du 3 avril 2008, indiquant qu'il était versé au dossier sans suite.
D. Par mémoire du 5 mai 2008 adressé au Tribunal administratif fédéral, X._ a demandé la révision de l'arrêt du 28 mars 2008.
Par arrêt du 20 mai 2008, constatant que l'intéressé avait déposé le même jour un recours auprès du Tribunal fédéral, le Tribunal administratif fédéral n'est pas entré en matière sur la demande de révision et a transmis le dossier de cette procédure au Tribunal fédéral.
E. Par mémoire du 5 mai 2008, intitulé recours de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral l'annulation de l'arrêt du 28 mars 2008, la prolongation de son séjour en Suisse et un délai pour compléter son mémoire. Il se plaint de la constatation arbitraire des faits et de la violation de l'art. 8 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101)
Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. L'Office fédéral des migrations en propose le rejet.
F. Par ordonnance du 9 mai 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 p. 113) a été abrogée lors de l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20; cf. ch. I de l'annexe à l'art. 125 LEtr). Selon l'art. 126 al. 1 LEtr, les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de la nouvelle loi sont régies par l'ancien droit.
En l'espèce, comme le recourant a demandé la prolongation de son autorisation de séjour avant le 1er janvier 2008, il y a lieu de faire application de l'ancienne loi.
2. Le recourant a formé un « recours de droit public » au Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui est ouverte en l'espèce, soit du recours en matière de droit public (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 302/303, 308 consid. 4.1 p. 314).
2.1 D'après l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit. En vertu de l'art. 4 LSEE, les autorités compétentes statuent librement, dans le cadre des prescriptions légales et des traités avec l'étranger, sur l'octroi ou le refus de l'autorisation de séjour ou d'établissement. En principe, il n'existe pas de droit à la délivrance d'une telle autorisation, à moins que l'étranger ou un membre de sa famille vivant en Suisse ne puisse invoquer dans ce sens une disposition particulière du droit fédéral ou d'un traité (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 342 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 284 et les références).
Un étranger peut, selon les circonstances, se prévaloir du droit au respect de sa vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH pour s'opposer à l'éventuelle séparation de sa famille. Encore faut-il, pour pouvoir invoquer cette disposition, que la relation entre l'étranger et une personne de sa famille ayant le droit de résider durablement en Suisse (nationalité suisse ou autorisation d'établissement) soit étroite et effective (ATF <ref-ruling> consid. 3.1 p. 285; <ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 211). L'art. 8 CEDH s'applique lorsqu'un étranger fait valoir une relation intacte avec ses enfants bénéficiant du droit de résider en Suisse, même si ces derniers ne sont pas placés sous son autorité parentale ou sous sa garde du point de vue du droit de la famille (<ref-ruling> consid. 1d p. 3; <ref-ruling> consid. 1c p. 84; <ref-ruling> consid. 1c p. 157 et les références).
En l'espèce, A._, qui est mineur et vit aux côtés de sa mère, est inclus dans l'autorisation d'établissement de cette dernière (art. 17 al. 2, 3e phr., LSEE). Nonobstant le retrait de l'autorité parentale et du droit de garde, le recourant exerce sur son fils un droit de visite régulier. Dans la mesure où l'arrêt attaqué a des incidences sur ses relations personnelles avec son fils, le recourant peut se prévaloir de l'art. 8 CEDH. Le recours est donc recevable sous cet angle.
2.2 Au surplus, comme le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 lettre c LTF) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>), il remplit les exigences propres au recours en matière de droit public (cf. <ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
2.3 Le recourant sollicite un délai supplémentaire pour compléter son recours. Sa demande ne peut être agréée, du moment que le délai de recours, qui est fixé par la loi (<ref-law>), ne peut pas être prolongé en vertu de l'<ref-law>. Au surplus, les conditions de l'art. 42 al. 5 et 6 LTF ne sont pas remplies.
3. D'après l'<ref-law>, le mémoire de recours doit notamment indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (<ref-law>).
Aux termes de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Cette disposition reprend le principe d'allégation (Rügeprinzip) que la pratique relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ. Selon cette pratique, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 30 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397 et la jurisprudence citée).
C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciés les moyens soulevés par le recourant.
4. Le recourant demande que les pièces qu'il a produites le 3 avril 2008 soient prises en considération dans la présente procédure.
4.1 D'après l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Des faits ou moyens de preuves restés méconnus en raison d'une violation du devoir de collaborer ne sauraient être considérés comme résultant de la décision de l'autorité précédente (Ulrich Meyer, BGG-Kommentar , n° 9 et 11 ad <ref-law>, p. 970 s. et les références citées).
Le recourant fait valoir pour la première fois devant le Tribunal fédéral des faits qui ressortent des pièces qu'il a produites le 3 avril 2008, soit après que l'arrêt attaqué ait été rendu. Il aurait été empêché sans sa faute de déposer auprès du Tribunal administratif fédéral dans le délai imparti au 28 (recte: 21) janvier 2008 les explications et les justificatifs qui lui avaient été demandés par ordonnance du 21 décembre 2007. Il admet que ces faits sont nouveaux, mais il affirme qu'ils résultent de la décision de l'autorité précédente.
En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a imparti au recourant, encore représenté par une mandataire professionnelle, un délai au 21 janvier 2008 pour faire valoir les explications et les preuves en cause. Comme il n'a pas réagi dans ce délai, en violation de son devoir de collaborer à l'établissement des faits, ces éléments ne sauraient être considérés comme résultant de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral et sont par conséquent irrecevables.
5. Le recourant se plaint de la constatation arbitraire des faits.
5.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398), ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p.140).
5.2 Le recourant soutient d'abord que l'instance précédente "n'a fait aucune référence" au rapport rédigé le 10 décembre 2007 par le Service de protection des mineurs en retenant que l'enfant n'avait jamais vécu avec son père, que père et fils n'avaient eu que très peu de relations personnelles durant les quinze mois qui ont suivi la naissance de l'enfant et qu'ensuite les visites organisées sous l'égide du point-rencontre ne s'effectuaient pas de manière autonome. De l'avis du recourant, si le Tribunal administratif fédéral avait pris en considération ce rapport, il aurait dû constater que la relation établie avec son fils était non seulement régulière, mais qu'elle devait s'élargir dans le futur, au point que l'enfant pourrait se rendre en visite au domicile de son père un week-end sur deux. Ce rapport exposait aussi que le maintien de la relation avec son père était dans l'intérêt de A._, ce qui devait conduire à privilégier cette relation plutôt qu'un refus de l'autorisation de séjour.
Ce moyen doit être rejeté. En effet, il ressort de la lettre G et du considérant 5.3.5 de l'arrêt attaqué que le Tribunal administratif fédéral a dûment fait référence au rapport du 10 décembre 2007. Le fait que le Tribunal administratif fédéral ait donné une autre portée que le recourant au contenu de ce rapport ne suffit pas à démontrer l'arbitraire. En réalité, le recourant ne se plaint pas tant de la constatation inexacte et incomplète des faits que de leur appréciation juridique par le Tribunal administratif fédéral, ce qui est une question de droit à examiner ci-dessous.
5.3 Le recourant se plaint également de ce que le Tribunal administratif fédéral minimise ses qualifications professionnelles, sa connaissance des langues et son intégration en Suisse, en contradiction avec les pièces figurant dans le dossier. En effet, il avait allégué dans son recours du 9 février 2006 parler le français, l'arabe, l'anglais ainsi que l'italien, avoir obtenu son baccalauréat et une formation de technicien en mécanique à Casablanca (pièce 3 des annexes au recours du 9 février 2006) et il avait également produit dans ses observations du 28 avril 2006 une recommandation de son employeur de l'époque qui démontrait son honnêteté, sa gentillesse et son esprit collégial.
Avec le recourant, il faut reconnaître que les faits qu'il invoque sont avérés. En revanche, ils ne suffisent pas à démontrer qu'il était arbitraire de retenir que le recourant n'a pas réussi son intégration professionnelle en Suisse, quels que soient ses qualifications professionnelles et ses efforts.
6. Sur le fond, le recourant se plaint d'une violation de l'art. 8 CEDH.
6.1 Le droit au respect de la vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH n'est pas absolu. Une ingérence dans l'exercice de ce droit est possible selon l'art. 8 par. 2 CEDH, pour autant qu'elle soit prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale, ou à la protection des droits et libertés d'autrui. La question de savoir si, dans un cas d'espèce, les autorités de police des étrangers sont tenues d'accorder une autorisation de séjour fondée sur l'art. 8 CEDH doit être résolue sur la base d'une pesée de tous les intérêts privés et publics en présence (<ref-ruling> consid. 2e p. 639; <ref-ruling> consid. 3c p. 5).
En ce qui concerne l'intérêt public, il faut retenir que la Suisse mène une politique restrictive en matière de séjour des étrangers, pour assurer un rapport équilibré entre l'effectif de la population suisse et celui de la population étrangère résidante, ainsi que pour améliorer la situation du marché du travail et assurer un équilibre optimal en matière d'emploi (cf. art. 16 LSEE et 1er de l'ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers [OLE; RO 1986 p. 1791] abrogée depuis l'entrée en vigueur du nouveau droit des étrangers, cf. consid. 1 ci-dessus). Ces buts sont légitimes au regard de l'art. 8 par. 2 CEDH (<ref-ruling> consid. 3b p. 4 et 22 consid. 4a p. 24/25).
Pour ce qui est de l'intérêt privé à obtenir une autorisation de séjour, il faut constater que l'étranger disposant d'un droit de visite sur son enfant habilité à résider en Suisse peut en principe exercer ce droit même s'il vit à l'étranger, au besoin en aménageant ses modalités quant à la fréquence et à la durée. Un droit plus étendu peut exister en présence de liens familiaux particulièrement forts dans les domaines affectif et économique et lorsque, en raison de la distance qui sépare le pays de résidence de l'enfant du pays d'origine de son parent, cette relation ne pourrait pratiquement pas être maintenue; en outre, le parent qui entend se prévaloir de cette garantie doit avoir fait preuve en Suisse d'un comportement irréprochable (<ref-ruling> consid. 3c p. 5, 22 consid. 4a p. 25; arrêt 2C_231/2008 du 2 juillet 2008, et les références citées). Un comportement est irréprochable s'il n'existe aucun motif en droit des étrangers d'éloigner ce parent ou de le maintenir à l'étranger, en d'autres termes, s'il ne s'est rendu coupable d'aucun comportement réprimé par le droit des étrangers ou le droit pénal. Il faut en outre considérer qu'il existe un lien affectif particulièrement fort lorsque le droit de visite est organisé de manière large et qu'il est exercé de manière régulière, spontanée et sans encombre (arrêt 2A.550/2006 du 7 novembre 2006, consid. 3.1 et les références citées).
6.2 En l'espèce, les relations du recourant avec son fils, né en août 2003, ne se sont développées que quinze mois après la naissance de l'enfant. Le recourant n'a ni la garde ni l'autorité parentale sur son fils. Jusqu'en décembre 2007, le droit de visite n'a concrètement eu lieu qu'en milieu protégé. Il est à cet égard indifférent que les modalités strictes du droit de visite aient été instaurées en raison du comportement le cas échéant fautif du père. Il suffit de constater qu'un tel droit de visite ne saurait être qualifié de large, spontané et exercé sans encombre. Quoi qu'en pense le recourant, le contenu du rapport du 10 décembre 2007 ne contredit pas cette constatation. Il ne décrit en effet les relations du recourant avec son fils que dans ce cadre surveillé. Le fait que les relations se déroulent de manière satisfaisante ne suffit pas à faire passer au second plan le cadre restreint du droit de visite, quand bien même les auteurs du rapport du 10 décembre 2007 énoncent des perspectives favorables pour le futur. N'étant pas vérifiées, ces perspectives ne peuvent être prises en considération. Du point de vue économique en outre, comme l'a constaté le Tribunal administratif, le recourant n'a pas toujours été régulier dans le versement des contributions d'entretien dues à son fils. Dans ces conditions, le Tribunal administratif fédéral pouvait juger que les liens affectifs et économiques qui unissent le recourant à son fils ne peuvent pas être qualifiés de particulièrement forts.
Enfin, le comportement du recourant n'est pas irréprochable. Celui-ci a en effet donné lieu à une plainte - retirée certes - pour violence à l'encontre de son ex-épouse et il a été condamné à une peine de 8 jours d'emprisonnement avec sursis durant trois ans et à une amende de 600 fr. pour conduite en état d'ébriété. Ces éléments ne sont certes à eux seuls pas déterminants, mais ils doivent être pris en considération dans l'évaluation de l'ensemble de la situation du recourant.
Le droit de l'Etat à limiter le nombre d'étranger en Suisse l'emporte sur celui du recourant de conserver des relations avec son fils, d'autant que le recourant ne réside pas en Suisse depuis très longtemps et que, selon les faits qui ressortent de l'arrêt attaqué, il n'a pas été en mesure, malgré ses efforts et ses qualifications professionnelles, de réussir son intégration professionnelle en Suisse. C'est en vain que le recourant fait valoir que ses frères et soeurs vivent en Suisse. De telles relations entre adultes ne bénéficient en effet pas de la protection de l'article 8 CEDH, sans que soit démontrée - ce que le recourant n'a pas fait en l'espèce, "l'existence d'éléments supplémentaires de dépendance, autres que les liens affectifs normaux" (<ref-ruling> consid. 1d/e p. 261; <ref-ruling> consid. 2c p. 5).
Un départ du recourant compliquerait assurément l'exercice du droit de visite, sans toutefois y apporter d'obstacle qui le rendrait pratiquement impossible dans le cadre de séjours à but touristique, ce que le recourant ne conteste pas.
Dans ces conditions, le Tribunal administratif fédéral était fondé à confirmer le refus de renouvellement de l'autorisation de séjour litigieuse.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de justice, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Office fédéral des migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour III.
Lausanne, le 28 juillet 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey