Fatti:
A. A._, cittadina Brasiliana, si è sposata il 10 febbraio 2006 con il cittadino italiano B._, titolare di un permesso di domicilio CE/AELS. Dalla loro relazione era a quel tempo già nato il figlio C._.
A._, che dispone attualmente di un permesso di dimora CE/AELS con scadenza il 9 ottobre 2013, è madre di altri tre figli, con residenza in Brasile, D._ e il fratello E._, che hanno finora vissuto con il padre F._, e G._, che vive presso una zia.
B. Il 27 maggio 2008 D._ ha inoltrato alla Sezione dei permessi e dell'immigrazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino un'istanza per il rilascio di un permesso per ricongiungersi con sua madre. La domanda è stata respinta, perché ritenuta tardiva e non dettata da circostanze oggettive, con decisione del 29 agosto 2008. Tale atto non è stato impugnato.
Dopo essere giunta personalmente in Svizzera, il 5 ottobre 2008, D._ ha postulato nuovamente il rilascio di un permesso di dimora a titolo di ricongiungimento familiare. Su questa richiesta la Sezione dei permessi e dell'immigrazione si è espressa negativamente il 17 aprile 2009, assegnando a D._ un termine scadente il 30 giugno 2009 per lasciare il territorio elvetico.
La decisione dipartimentale è stata confermata su ricorso di A._ dapprima dal Consiglio di Stato il 24 giugno 2009 e, in seguito, dal Tribunale cantonale amministrativo, con sentenza del 28 settembre 2009. Entrambe le istanze hanno considerato la nuova richiesta di ricongiungimento quale domanda di riesame e negato gli estremi per procedervi.
C. Il 12 novembre 2009, A._ ha inoltrato un ricorso al Tribunale federale con cui chiede, in accoglimento dello stesso, il rilascio del permesso di dimora alla figlia.
Chiamato ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. Ad essa ha fatto rinvio anche la Sezione dei permessi e dell'immigrazione e l'Ufficio federale della migrazione. Il Consiglio di Stato si è invece rimesso al giudizio di questa Corte.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.1 con rinvii).
1.2 La ricorrente ha omesso di precisare per quale via di diritto intendeva procedere. Tale imprecisione non comporta comunque alcun pregiudizio per lei, nella misura in cui il suo allegato adempie alle esigenze formali del tipo di ricorso effettivamente esperibile (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.2 con rinvii).
1.3 L'impugnativa è stata presentata contro una decisione di ultima istanza cantonale in una causa di diritto pubblico; va quindi esaminato se la stessa sia ricevibile quale ricorso in materia di diritto pubblico.
2. 2.1 Giusta l'art. 83 lett. c n. 2 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1).
2.2 La ricorrente è sposata dal 2006 con un cittadino italiano, titolare di un permesso di domicilio CE/AELS: ha diritto di risiedere in Svizzera e può dunque richiamarsi al diritto al ricongiungimento con i propri figli minorenni garantito dall'art. 8 CEDU (sentenze 2C_345/2009 del 22 ottobre 2009 consid. 2.2.2 e 2A.89/2006 del 5 maggio 2006 consid. 2.1).
Dal profilo dell'ammissibilità del gravame, non occorre verificare se esso esista effettivamente (sentenze 2D_138/2008 del 10 giugno 2009 consid. 2.2 e 2D_98/2008 del 12 dicembre 2008 consid. 1.2). Ritenuto che le condizioni per entrare nel merito del gravame risultano date già in relazione con l'art. 8 CEDU, nella fattispecie non è neppure necessario esaminare se il diritto al rilascio di un'autorizzazione possa venir dedotto anche dalla legge federale sugli stranieri del 16 dicembre 2005 (LStr; RS 142.20) rispettivamente dall'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Comunità europea e i suoi Stati membri, da una parte, e la Confederazione Svizzera, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (ALC; RS 0.142.112.681).
La via del ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (<ref-law>) e sottoscritto da persona legittimata ad agire (<ref-law>), è quindi di principio aperta.
2.3 Il ricorso presentato è quasi identico a quello inoltrato davanti all'istanza precedente; per questo motivo, l'adempimento delle condizioni di cui all'<ref-law>, in base al quale il ricorrente deve confrontarsi con i considerandi del giudizio impugnato, è per lo meno dubbio (<ref-ruling> consid. 2.1-2.3). La questione può comunque essere lasciata indecisa. Per le ragioni esposte in seguito, il ricorso risulta infatti manifestamente infondato.
3. 3.1 Come correttamente rilevato nel querelato giudizio (consid. 4.2, pag. 8), una prima domanda di rilascio di un permesso a titolo di ricongiungimento familiare è stata respinta dalla Sezione dei permessi e dell'immigrazione con decisione del 29 agosto 2008. Tale atto, non ulteriormente impugnato, è cresciuto in giudicato: l'analoga richiesta formulata il 5 ottobre 2008, appena qualche mese più tardi e nel medesimo quadro legislativo, dev'essere pertanto considerata come una domanda di riesame.
3.2 Le autorità amministrative sono tenute a riconsiderare le proprie decisioni nella misura in cui tale obbligo viene loro imposto da una disposizione legale o da una pratica amministrativa costante (sentenza 2D_138/2008 del 10 giugno 2009 consid. 3.1 con rinvii). A prescindere dall'esistenza di una norma o di una prassi specifica - nella fattispecie, non concretamente richiamate -, un riesame può venir preteso, sulla base dell'<ref-law>, se le circostanze si siano modificate in modo importante dopo la prima decisione, oppure se l'interessato invochi fatti o mezzi di prova rilevanti che non conosceva o dei quali non poteva o non aveva ragioni di prevalersi a quel momento (<ref-ruling> consid. 6 con rinvii; sentenza 1P.513/2004 del 14 luglio 2005 consid. 2). L'esistenza dei requisiti per procedere a un riesame non può essere ammessa con facilità. Esso non può infatti servire per rimettere in discussione a piacimento decisioni già cresciute in giudicato (<ref-ruling> consid. 2b con rinvii). Se l'autorità competente reputa che queste condizioni non siano adempiute, può rifiutarsi di trattare materialmente la domanda. In questo caso, il richiedente non dispone di nuove facoltà di ricorso nel merito; può semplicemente far valere che la sussistenza dei requisiti al riesame è stata a torto negata (<ref-ruling> consid. 3c; <ref-ruling> consid. 4a).
4. 4.1 Davanti all'istanza precedente e in questa sede, la ricorrente giustifica la seconda domanda di ricongiungimento presentata da sua figlia sostenendo che, presso l'abitazione del padre, avrebbe subito maltrattamenti da parte della convivente di quest'ultimo, ed aggiungendo che D._ non ha nessuna possibilità di trasferirsi presso altri familiari in Brasile.
4.2 Sennonché, come correttamente rilevato dalla Corte cantonale e per altro non contestato, la ricorrente si limita ad esporre i motivi indicati, senza fornire nessuna prova oggettiva e inequivocabile al riguardo.
Ciò permette di escludere a priori anche l'esistenza degli estremi per procedere ad un riesame. La prova che determinati fatti siano intervenuti successivamente alla decisione di cui si chiede il riesame e costituiscano una modifica importante delle circostanze, oppure che essi non fossero noti o rilevanti a quel momento (cfr. precedente consid. 3.2) - criteri con cui la ricorrente neppure indirettamente si confronta in sede di ricorso - presuppone in effetti che questi fatti siano convenientemente sostanziati. Così però appunto non è nella fattispecie.
4.3 Per quanto osservato, la conclusione tratta dall'autorità precedente, secondo cui le condizioni per procedere a un riesame non sono date, merita conferma.
5. 5.1 Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso va pertanto respinto poiché infondato.
5.2 Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alla ricorrente, alla Sezione dei permessi e dell'immigrazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale della migrazione.