Faits:
A. Par mémoire du 16 juillet 2008, les époux A._ et B._ (ci-après aussi: les intéressés), originaires de Somalie, ont interjeté un recours auprès de la Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) contre la décision rendue le 9 juin 2008 par l'Office cantonal de la population leur refusant une autorisation de séjour en Suisse au titre de l'art. 36 de l'ancienne ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers (aOLE; RO 1986 1791). Le même jour, A._ a requis l'octroi de l'assistance juridique et demandé la nomination comme défenseur d'office de Gian Luigi Berardi. Ce dernier est avocat, inscrit au registre cantonal des avocats et salarié de la Fondation suisse du service social international (ci-après: la Fondation), reconnue d'utilité publique. Par décision du 8 août 2008, faisant référence à l'arrêt du Tribunal fédéral du 27 mai 2008 dans une cause similaire concernant aussi la désignation comme défenseur d'office de Gian Luigi Berardi (2C_241/2008), le Président du Tribunal de 1ère Instance avait "limité aux frais à l'exclusion des honoraires de Me Berardi" l'assistance juridique accordée à A._ pour la procédure devant la Commission cantonale de recours. Me Berardi ne pouvait être désigné défenseur d'office aux frais de l'assistance juridique, parce qu'il était salarié de la Fondation d'utilité publique qui représentait les intéressés. La décision du 8 août 2008 a été confirmée par le Vice-Président de la Cour de justice et un recours formé ensuite devant le Tribunal fédéral a été déclaré irrecevable (arrêt 2D_144/2008 du 23 mars 2009).
B. Durant la procédure devant la Commission cantonale de recours, l'Office cantonal de la population a fait savoir aux intéressés, par courrier du 29 octobre 2008, qu'il était disposé à transformer l'admission provisoire en permis de séjour. Le 22 janvier 2009, ces derniers ont retiré leur recours, sous réserve de l'octroi de dépens.
Par décision du 5 février 2009, la Commission cantonale de recours a considéré qu'il ne se justifiait pas d'allouer une indemnité de procédure aux intéressées, l'Office cantonal de la population ayant revu sa décision en raison d'un changement de l'état de fait pertinent et non pas en raison de l'intervention de leur mandataire. Par mémoire du 11
mars 2009, les intéressés ont déposé une réclamation contre la décision du 5 février 2009.
Par décision du 31 mars 2009, après avoir estimé les chances de succès du recours du 16 juillet 2008 avant qu'il ne devienne sans objet et constaté qu'il aurait dû être rejeté, la Commission cantonale de recours a écarté la réclamation et partant refusé d'accorder des dépens.
C. Le 27 mai 2009, les intéressés ont sollicité l'assistance juridique pour former un recours auprès du Tribunal administratif contre la décision rendue le 31 mars 2009 par la Commission cantonale de recours leur refusant les dépens et demandé la nomination comme défenseur d'office de Me Gian Luigi Berardi.
Par décision du 15 juin 2009, le Vice-Président du Tribunal de 1ère instance a rejeté cette demande au motif que la cause était dénuée de chances de succès.
Par acte du 22 juillet 2009, les intéressés ont déposé un recours auprès de la Cour de justice contre la décision rendue le 15 juin 2009 par le Vice-Président du Tribunal de 1ère instance. Ils ont conclu à l'annulation de cette décision et à l'octroi de l'assistance juridique, sans requérir expressément la désignation de Me Berardi en qualité de défenseur.
D. Par décision du 23 septembre 2009, le Vice-Président de la Cour de justice a annulé la décision du 15 juin 2009 et octroyé aux intéressés l'assistance juridique limitée aux frais pour le recours auprès du Tribunal administratif contre la décision prononcée le 31 mars 2009 par la Commission cantonale de recours. A l'appui de sa décision, il a jugé que la cause n'était pas a priori dénuée de chance de succès. Dans les considérants, il a ajouté que Gian Luigi Berardi ne pouvait pas être nommé au bénéfice de l'assistance juridique compte tenu de la jurisprudence (arrêt du Tribunal fédéral 2C_241/2008 du 27 mai 2008).
E. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, les intéressés demandent au Tribunal fédéral d'annuler la décision du 23 septembre 2009 et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants, subsidiairement de réformer la décision du 23 septembre 2009 dans le sens de la désignation comme défenseur de Gian Luigi Berardi. Ils se plaignent de la violation des art. 8, 9 ainsi que 29 al. 2 et 3 Cst.
Le Vice-Président de la Cour de justice se réfère à l'arrêt attaqué. Le Vice-Président du Tribunal de 1ère instance conclut à l'irrecevabilité du recours.
F. Les recourants ont encore adressé de nombreux courriers au Tribunal fédéral en date du 1er décembre 2009, du 3 décembre 2009 et du 19 janvier 2010. Dans le dernier, ils font état d'une décision rendue le 10 janvier 2010 par le Vice-Président du Tribunal de 1ère instance nommant au bénéfice de l'assistance judiciaire Me Gian Luigi Berardi dans une affaire de police des étrangers. Pour ce motif, ils sollicitent un second échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 Les recourants ont déposé à bon droit un recours constitutionnel subsidiaire. Le recours en matière de droit public est en effet irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent un droit (art. 83 lettre c ch. 2 LTF). Cette restriction vaut également pour les décisions incidentes de nature procédurale, par exemple en matière d'assistance judiciaire ou d'effet suspensif; autrement dit, le recours n'est recevable à l'encontre de telles décisions que si la contestation matérielle a pour objet un véritable droit à une autorisation de séjour, par opposition à une simple expectative (cf. arrêts 2D_144/2008 du 23 mars 2009, consid. 2; 2C_597/2008 du 24 septembre 2008, consid. 1.1). En l'espèce, les recourants ont fondé leur demande d'autorisation de séjour sur l'art. 36 aOLE qui ne leur confère aucun droit. Le recours en matière de droit public étant irrecevable, seul subsiste la voie du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
1.2 Selon l'<ref-law> applicable au recours constitutionnel par renvoi de l'<ref-law>, une décision incidente peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral si elle peut causer un préjudice irréparable.
1.2.1 Le refus de l'assistance juridique en matière administrative est une décision incidente qui cause en principe un dommage irréparable, de sorte que le recours constitutionnel est immédiatement ouvert (arrêts 8C_422/2009 du 28 novembre 2009, consid. 1.2; 2D_144/2008 du 23 mars 2009, consid. 4; 2C_143/2008 du 10 mars 2008, consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 131). La décision par laquelle le juge refuse un changement de défenseur d'office ou rejette une requête tendant à la désignation d'un défenseur d'office expressément proposé constitue également une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (<ref-ruling> consid. 1a p. 209; <ref-ruling> consid. 2b p. 278 s.), mais en principe une telle décision ne cause pas de préjudice irréparable (arrêts 8C_422/2009 du 28 novembre 2009, consid. 1.3 et les références citées; 2D_144/2008 du 23 mars 2009, consid. 5).
1.2.2 En l'espèce, le dispositif de l'arrêt attaqué "octroie à B._ et A._ l'assistance juridique, limitée aux frais, pour le recours devant le Tribunal administratif [...]". L'art. 6 du règlement genevois du 18 mars 1996 sur l'assistance juridique (RAJ; RSGE E 2 05.04) distinguant notamment les frais de justice d'une part, de la nomination d'un avocat et de sa rémunération d'autre part (art. 6 let a et c RAJ), il y a lieu de comprendre, contrairement à ce qui prévalait dans la cause 2D_144/2008, qui avait pour objet le refus de nommer un défenseur d'office expressément désigné en la personne de Me Berardi, que le présent litige porte sur le refus de principe de nommer un défenseur d'office aux recourants. Ce refus peut leur causer un préjudice irréparable, de sorte que le recours constitutionnel subsidiaire est recevable au moins sous cet angle.
1.3 Pour le surplus, déposé en temps utile (art. 100 et 117 LTF) par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont pris part à la procédure devant l'autorité supérieure précédente de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 et <ref-law>) et ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le présent recours constitutionnel subsidiaire est en principe recevable en vertu des <ref-law>.
1.4 Les recourants concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause pour nouvelle décision à la juridiction compétente, ce qui est admissible au regard de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 414 s.; arrêt 2C_26/2009 du 18 juin 2009, consid. 2.2), puisqu'il ressort clairement de leur écriture qu'ils entendent demander
une réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que l'assistance judiciaire totale leur soit octroyée.
1.5 Conformément à l'<ref-law>, selon lequel, en règle générale, il n'y a pas d'échange ultérieur d'écritures à celui prévu par l'al. 1 de l'<ref-law>, la requête des recourants sollicitant un deuxième échange des écritures est rejetée. Elle doit d'autant plus être écartée qu'elle est fondée sur des nova irrecevables (art. 99 al. 1 et 105 al. 1 LTF).
2. 2.1 Le recours constitutionnel subsidiaire ne peut être formé que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne se saisit que des griefs soulevés et motivés de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il statue sur la base des faits constatés dans la décision attaquée et ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si les faits ont été établis en violation des droits constitutionnels (<ref-law>). La partie recourante doit par conséquent expliquer de manière circonstanciée en quoi un droit constitutionnel aurait été violé dans l'établissement de faits, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254/255; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
2.2 Les recourants font état de nombreux faits qui ne ressortent pas des constatations retenues par l'instance précédente, sans exposer concrètement, conformément aux exigences de l'<ref-law>, en quoi les faits établis l'auraient été en violation de droits constitutionnels. Ces faits sont donc irrecevables. Il n'est par conséquent pas possible de les prendre en considération et de s'écarter de ceux retenus par la décision cantonale.
3. Invoquant l'art. 29 al. 1 et 2 Cst. (mémoire p. 12, let. g), les recourants font valoir qu'en limitant l'assistance juridique aux frais sans exposer pour quels motifs elle ne l'accordait pas complètement, l'Instance précédente n'a statué que partiellement sur leur demande d'assistance juridique commettant ainsi un déni de justice et violant leur droit d'être entendus.
3.1 Commet un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst., l'autorité qui refuse indûment de se prononcer sur une requête dont l'examen relève de sa compétence. Ainsi, la juridiction qui n'entre pas ou pas complètement en matière sur un recours qui lui est soumis dans un domaine dont elle a la compétence matérielle, locale et fonctionnelle pour en connaître commet un déni de justice formel (arrêts 1A.196/2006 du 12 mars 2007 consid. 5; 4P.291/2001 du 10 septembre 2002, consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2b/bb, p. 390/391; <ref-ruling> consid. 3a et les arrêts cités). L'interdiction du déni de justice est un droit de nature formelle dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée, indépendamment du sort du recours sur le fond (cf. arrêt 1A.196/2006 du 12 mars 2007 consid. 5; <ref-ruling> consid. 2a p. 232 et les arrêts cités).
Le droit d'être entendu de l'art. 29 al. 2 Cst. implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision; elle peut toutefois se limiter aux points essentiels pour la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88).
3.2 En l'espèce, dans le recours qu'ils lui ont adressé, les recourants ont demandé à l'Instance précédente d'annuler la décision rendue le 15 juin 2009 par le Vice-Président du Tribunal de 1ère instance et de leur octroyer l'assistance juridique. Dans la décision attaquée, l'Instance précédente a considéré que le Vice-Président du Tribunal de 1ère instance avait jugé à tort la cause dénuée de toute chance de succès. Puis, sans exposer de motivation et dans la même phrase, elle en a conclu que l'assistance juridique devait être octroyée "uniquement pour les frais". Dans la phrase suivante, évoquant l'art. 4 al. 4 RAJ, elle a constaté que Me Gian Luigi Berardi ne pouvait pas être nommé défenseur d'office des recourants en raison de la jurisprudence. Ce constat toutefois ne la libérait pas ipso jure de se prononcer sur l'octroi de l'assistance judiciaire complète dûment sollicitée par les recourants, à tout le moins de l'admettre ou de la refuser motifs à l'appui. En effet, ne pas nommer Me Berardi en qualité de défenseur au bénéfice de l'assistance judiciaire en se fondant sur la jurisprudence de la Cour de céans ne dispensait nullement l'Instance précédente de se prononcer sur l'éventuelle désignation d'un autre défenseur. En ce sens, la présente affaire est différente de la cause 2C_241/2008 en ce que les recourants n'ont pas conclu directement à la désignation de Me Berardi - la décision attaquée étant en ce cas dûment motivée - mais bien à l'octroi de l'assistance judiciaire complète, ce qui inclut la désignation éventuelle d'un autre défenseur. Les recourants se plaignent donc à juste titre de ce que l'instance précédente ne s'est pas prononcée sur leur demande d'assistance judiciaire complète sans en motiver la raison.
Ce faisant, l'Instance précédente a commis un déni de justice et a violé le droit d'être entendus des recourants.
4. Le recours doit ainsi être admis pour ce seul motif déjà, dans la mesure où il est recevable et l'arrêt attaqué annulé. Partant, il est superflu d'examiner les autres griefs soulevés par les recourants.
Succombant le canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter un émolument de justice (<ref-law>). Le canton de Genève versera une indemnité de dépens aux recourants qui ont obtenu gain de cause.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est admis dans la mesure où il est recevable et la décision attaquée annulée. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
3. Le canton de Genève versera aux recourants une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué à la représentante des recourants, au Vice-Président du Tribunal de première instance et à la Cour de Justice de la République et canton de Genève, Assistance juridique.
Lausanne, le 26 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey