Sachverhalt:
A.
A.a. Die B._ AG (heute in Nachlassliquidation, Klägerin und Beschwerdegegnerin) war in den Konzern der C._ AG integriert. Sie war bis Ende 2000 eine 100%-ige Tochtergesellschaft der D._ AG. Gemäss Fusionsvertrag vom 26. Juni 2001 übernahm die E._ AG die D._ AG rückwirkend per 1. Januar 2001 mit Aktiven und Passiven. Die A._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin) war für das Jahr 2000 die Revisionsstelle der B._ AG und des C._-Konzerns.
A.b. Mit Wirkung per 1. August 1991 wurde zwischen der Bank F._ AG als der den Pool verwaltenden Bank und der C._ ein Zero Balancing Cash Pooling eingerichtet. Der vom C._-Konzern praktizierte Cash Pool umfasste je einen Pool für die Währungen Fr., EUR und USD, an welchen zwischen 28 und 50 Gruppengesellschaften teilnahmen. Die B._ war sowohl am Fr.-, EUR- wie auch am USD-Pool beteiligt. Als Pool-Führerin figurierte die zu diesem Zweck gegründete G._ BV, eine Tochtergesellschaft der C._ mit Sitz in den Niederlanden. Jede Pool-Teilnehmerin schloss mit der G._ BV ein "Reciprocal Framework Agreement" ab, gemäss welchem sich die G._ BV und die Konzerngesellschaften zur gegenseitigen Darlehensgewährung verpflichteten. Die Pool-Teilnehmerinnen unterhielten bei der Bank F._ je ein Konto in der betreffenden Geldwährung, auf welches Zahlungen von Dritten eingingen und von welchem aus sie Zahlungen an Dritte tätigten. So wickelte auch die B._ ihren gesamten Zahlungsverkehr über die drei Konten ab. Die G._ BV als Pool-Führerin verfügte bei der Bank F._ ebenfalls über drei Konten in den Währungen Fr., EUR und USD (Master Accounts), welche ausschliesslich der Durchführung des Cash Pooling dienten. Am Ende eines jeden Buchungstags glich die Bank F._ sämtliche Teilnehmerkonten zu Gunsten bzw. zu Lasten des Master Accounts der G._ BV derart aus, dass die Teilnehmerkonten täglich einen Null-Valutasaldo aufwiesen. Dies geschah, indem ein positiver Tagessaldo des Teilnehmerkontos auf den Master Account überführt und umgekehrt ein negativer Tagessaldo des Teilnehmerkontos durch eine Gutschrift vom Master Account auf Null gestellt wurde. Die Transaktionen zwischen dem Master Account und dem Teilnehmerkonto begründeten entsprechende Forderungen der übertragenden an die empfangende Gesellschaft. Zwischen der B._ und der G._ BV bestand ein Kontokorrentverhältnis, in dessen Rahmen die gegenseitigen Forderungen verrechnet wurden.
A.c. Die B._ schrieb im Jahr 2000 einen Gewinn von Fr. 43.67 Mio. Nach Abzug des Verlustvortrags von rund Fr. 14.5 Mio. aus dem Jahre 1999 verblieb ein Bilanzgewinn von rund Fr. 29.17 Mio. Weiter wies sie ein Eigenkapital von insgesamt Fr. 35.35 Mio. auf, welches sich wie folgt zusammensetzte:
Aktienkapital ("Share capital") Fr. Mio. 2.50
Agio ("Additional paid-in capital") Fr. Mio. 2.43
Allgemeine Reserve ("General reserve") Fr. Mio. 1.25
Bilanzgewinn Fr. Mio. 29.17
Total Fr. Mio. 35.35
Die Aktivseite der Abschlussbilanz der B._ wies per Ende 2000 eine Position "Loans to fully-cons. companies " (Darlehen an vollkonsolidierte Unternehmen) in der Höhe von Fr. 23.65 Mio. auf. Dieser Betrag umfasste eine Forderung der B._ gegenüber der G._ BV aus dem Zero Balancing Cash Pooling in der Höhe von rund Fr. 16.5 Mio. sowie eine Forderung gegenüber der C._ aus Festgeld-Anlagen in der Höhe von rund Fr. 7.2 Mio. Bei den Festgeld-Anlagen der überschüssigen Liquidität handelte es sich um kurzfristige Darlehen von mehr als 30 aber weniger als 365 Tagen Dauer an die C._; diese erfolgten nicht über den Cash Pool. Die beiden Darlehen waren mithin solche, welche die B._ innerhalb des C._-Konzerns einer Schwestergesellschaft (G._ BV als direkte Tochtergesellschaft der C._; sog. " cross-stream ") und der Konzern-Muttergesellschaft bzw. der Grossmuttergesellschaft (die C._ hielt 100 % der Aktien der D._ und diese wiederum 100 % der Aktien der B._; sog. " up-stream ") ausgerichtet hatte.
Gestützt auf den Bilanzgewinn von Fr. 29.17 Mio. beantragte der Verwaltungsrat der Generalversammlung die Ausschüttung einer Dividende in der Höhe von Fr. 28.5 Mio. Im Frühjahr 2001 prüfte die Beklagte den Jahresabschluss der B._ per Ende Dezember 2000 und bestätigte die Gesetzmässigkeit und Statutenkonformität des Antrags des Verwaltungsrates. Sie hielt in ihrem Revisionsbericht vom 12. April 2001 zuhanden der Generalversammlung der B._ abschliessend fest:
" In our opinion, the accounting records and financial statements and the proposed appropriation of available earnings comply with Swiss law and the company's articles of incorporation. "
In der Folge schlug der Verwaltungsratspräsident der B._ der Generalversammlung vom 20. April 2001 (Universalversammlung) vor, eine Dividende von Fr. 28.5 Mio. auszuschütten, was von der Generalversammlung genehmigt wurde. Am 28. Juni 2001 erfolgte zugunsten der einzigen Aktionärin, der D._, eine Gutschrift über den Cash Pool von Fr. 28.5 Mio.
Aufgrund der anhaltenden Verschlechterung der Kreditwürdigkeit des C._-Konzerns kündigte die Bank F._ am 10. September 2001 gegenüber der C._ den Zero Balancing Cash Pooling-Vertrag per 31. Oktober 2001. Die Benachrichtigung der Pool-Teilnehmerinnen erfolgte am 1. Oktober 2001, nachdem am Vortag noch sämtliche Konten der Pool-Teilnehmerinnen auf Null ausgeglichen worden waren. Mit Schreiben vom 4. Oktober 2001 hielt die Bank F._ gegenüber der C._ fest, dass bei Tagesbeginn am 1. Oktober 2001 die Vereinbarung über das Zero Balancing Cash Pooling im gegenseitigen Einvernehmen rückwirkend per 30. September 2001 ausser Kraft gesetzt worden sei.
Die H._, die E._ und die Konzernmutter C._ (sowie weitere Gesellschaften aus dem C._-Konzern) befinden sich heute in Nachlassliquidation. Der B._ wurde am 5. Dezember 2001 definitive Nachlassstundung gewährt. Über die G._ BV wurde am 27. März 2002 der Konkurs eröffnet. Das Prüfungsmandat der Beklagten endete mit der Prüfung der Jahresrechnung 2000. Vom Revisionsmandat im Hinblick auf die Jahresrechnung 2001 wurde sie im Juni 2001 entbunden.
Die Klägerin macht geltend, die Dividende an ihre Alleinaktionärin hätte bei zutreffender Berücksichtigung der Darlehen an die Konzerngesellschaften als Eigenkapital nur Fr. 6.77 Mio. statt den ausgerichteten Fr. 28.5 Mio. betragen dürfen. Die Beklagte habe die Rechtmässigkeit der um Fr. 21.73 Mio. zu hohen Dividende pflichtwidrig bestätigt. Die Klägerin macht geltend, sie hätte im Konkurs der G._ BV eine um Fr. 4'068'330.50 höhere Konkursdividende erhalten, wenn der ihrer Alleinaktionärin rechtswidrig ausbezahlte Betrag von Fr. 21.73 Mio. im Cash Pool verblieben wäre.
B.
B.a. Mit Klage vom 18. Dezember 2008 beantragte die B._ AG in Nachlassliquidation dem Handelsgericht des Kantons Zürich, es sei die A._ AG zu verurteilen, ihr Fr. 4'519'500.--zuzüglich Zins zu 5 % seit 20. April 2001 zu bezahlen. Die Klägerin brachte im Wesentlichen vor, die Beklagte habe sich mit ihrer vorbehaltlosen Genehmigung der überhöhten Dividende aus aktienrechtlicher Verantwortung haftbar gemacht. Sie habe in ihrem Revisionsbericht nicht auf einen Verstoss gegen das Verbot der Einlagenrückgewähr gemäss <ref-law> und nicht auf die fehlende Liquidität sowie die Notwendigkeit von Wertberichtigungen auf den Konzernforderungen hingewiesen.
Das Handelsgericht des Kantons Zürich wies die Klage mit Urteil vom 9. März 2012 ab.
B.b. Das Bundesgericht hiess die von der Klägerin gegen das Urteil des Handelsgerichts eingereichte Beschwerde mit Urteil 4A_248/2012 vom 7. Januar 2013 teilweise gut und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück.
B.c. Mit Urteil vom 20. Januar 2014 hiess das Handelsgericht die Klage teilweise gut und verurteilte die Beklagte zur Zahlung von Fr. 4'293'528.50 nebst Zins zu 5 % seit dem 28. Juni 2001 an die Klägerin.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 20. Januar 2014 aufzuheben und die Klage sei abzuweisen; eventualiter sei das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Klägerin beantragt in ihrer Vernehmlassung Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>), der von einem oberen kantonalen Gericht erging, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten und einzige kantonale Instanz eingesetzt ist (<ref-law>), sie ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden und bei der Streitsache handelt es sich um eine Zivilsache (<ref-law>). Eine Streitwertgrenze besteht für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.2.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 3 und 7.1, 462 E. 2.4). Soweit sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90; Urteile 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Überdies hat sie darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 2.2.2). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 395). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18; <ref-ruling> E. 1.4.3).
2.
2.1. Die Beschwerdegegnerin machte im vorinstanzlichen Verfahren geltend, die Beschwerdeführerin habe sich mit ihrer vorbehaltlosen Genehmigung der beantragten Dividendenausschüttung aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit haftbar gemacht. Der Beschwerdegegnerin hätten Ende 2000 freie Mittel von Fr. 29.17 Mio. zur Ausschüttung einer Dividende (Eigenkapital abzüglich Aktienkapital, Agio und aIIgemeine Reserven) zur Verfügung gestanden. Das für die Dividendenausschüttung verwendbare Eigenkapital der Beschwerdegegnerin von Fr. 29.17 Mio. sei zufolge der konzerninternen Darlehen im Umfang von Fr. 23.65 Mio. aber bereits beansprucht gewesen, womit ein Betrag von Fr. 5.52 Mio. verblieben sei, welcher der Aktionärin als Dividende hätte ausgeschüttet werden dürfen. Die Guthaben der Beschwerdegegnerin gegenüber der G._ BV aus dem Cash Pool in der Höhe von rund Fr. 16.5 Mio. und gegenüber der C._ aus Festgeld-Anlagen in der Höhe von rund Fr. 7.2 Mio. würden nämlich als Aktionärsdarlehen bzw. Darlehen an nahestehende Dritte in den Anwendungsbereich von <ref-law> fallen und hätten daher bei der Festsetzung der Dividende vom verwendbaren Eigenkapital abgezogen werden müssen.
Die Pflichtverletzung der Beklagten habe dazu geführt, dass eine um rund Fr. 21.73 Mio. zu hohe Dividende beschlossen und ausgeschüttet worden sei. Da die Dividende über den Cash Pool bezahlt worden sei, wären gemäss der Beschwerdegegnerin bei Unterbleiben der Pflichtverletzung die rund Fr. 21.73 Mio. im Cash Pool verblieben und die Beschwerdegegnerin hätte heute eine um rund Fr. 21.73 Mio. höhere Forderung gegenüber der G._ BV. Damit sei die Kausalität gegeben. Der eingetretene Schaden bestehe im Abschlagszahlungsausfall im Konkurs der G._ BV auf der um rund Fr. 21.73 Mio. höheren Forderung der Beschwerdegegnerin und belaufe sich auf Fr. 4'068'330.50.
2.2. Die Vorinstanz folgte der Argumentation der Beschwerdegegnerin und kam zum Schluss, dass die Darlehen an die G._ BV und die C._ in der Höhe von Fr. 23.65 Mio. in den Anwendungsbereich von <ref-law> fielen. Die Darlehen im Umfang von Fr. 23.65 Mio. stellten zwar keine direkte Einlagenrückgewähr dar, würden jedoch eine Sperrung jener freien Mittel bewirken, die für eine Dividendenausschüttung zur Verfügung stehen. Dies begründete die Vorinstanz im Wesentlichen damit, dass die konzerninternen Darlehen Ausschüttungscharakter hätten, weil sie Dritten nicht gewährt worden wären. Die Ende 2000 für die Dividendenausschüttung grundsätzlich verwendbaren Mittel der Beschwerdegegnerin von Fr. 29.17 Mio. (Eigenkapital abzüglich Aktienkapital, Agio und aIIgemeine Reserven) seien damit zufolge der konzerninternen Darlehen im Umfang von Fr. 23.65 Mio. gesperrt gewesen. Folglich hätten nur Fr. 5.52 Mio. als Dividenden ausgeschüttet werden dürfen. Bei der Prüfung des Antrags auf Dividendenausschüttung habe die Beschwerdeführerin diesen Umstand nicht beachtet und ihre Pflicht dadurch verletzt, dass sie die Erklärung abgegeben habe, die vom Verwaltungsrat beantragte Divi-dendenausschüttung von Fr. 28.5 Mio. sei rechtskonform. Ohne die in der Folge ausgeschüttete Dividende hätte die Beschwerdegegnerin eine höhere Forderung gegenüber der G._ BV und damit eine höhere Konkursdividende.
3.
Die Beschwerdeführerin macht in ihrer Rechtsschrift an das Bundesgericht geltend, die Beschwerdegegnerin habe gegenüber ihrer Aktionärin einen Rückerstattungsanspruch für die angeblich zu viel bezahlte Dividende gehabt. Indem sie diesen nicht richtig durchgesetzt habe, sei sie ihrer Schadenminderungspflicht nicht nachgekommen. Dies habe die Vorinstanz verkannt, indem sie eine allfällig unterlassene Schadenminderung seitens der Beschwerdegegnerin als für die Schadensberechnung nicht massgeblich bezeichnet habe. Damit habe sie Art. 755 aOR, Art. 42 und Art. 44 OR sowie allgemeine, auf <ref-law> gestützte Rechtsgrundsätze des privaten Haftungsrechts (schonende Rechtsausübung bzw. kein Ersatz eines selbst verursachten Schadens) verletzt und den Rechtsbegriff des Schadens verkannt.
3.1. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass das Argument der Beklagten, es liege aufgrund einer angeblichen Verletzung der Schadenminderungsobliegenheit gar kein relevanter Schaden vor, nicht stichhaltig sei. Denn die Klägerin sei nicht gehalten gewesen, überhaupt oder zumindest zuerst eine Rückerstattungsklage nach <ref-law> gegen die D._ anzustrengen.
3.2. Das Bundesgericht hat sich noch nie zum Verhältnis der Rückerstattungsklage (<ref-law>) zur Verantwortlichkeitsklage (<ref-law>) geäussert.
3.2.1. In der Literatur wird darauf hingewiesen, dass durch eine gestützt auf <ref-law> vollzogene Rückerstattung der Schaden der Gesellschaft ausgeglichen oder jedenfalls stark vermindert werde, was für die Subsidiarität der Verantwortlichkeitsklage spreche ( THOMAS FRIEDRICH MÜLLER, Der Schutz der Aktiengesellschaft vor unzulässigen Kapitalentnahmen, Diss. Bern 1997, S. 73 f.; vgl. auch THIERRY LUTERBACHER, Die Schadensminderungspflicht, Diss. Zürich 2005, S. 264, der eine Subsidiarität annimmt, soweit die Anstrengung einer Rückerstattungsklage "zumutbar" sei). Teilweise wird vertreten, dass "im Einzelfall zu klären" sei, ob der Rückerstattungsanspruch schadenmindernd zu berücksichtigen ist ( GERICKE/WALLER, in: Basler Kommentar, 4. Aufl. 2012, N. 5b vor Art. 754 - 761).
3.2.2. Demgegenüber scheint eine Mehrheit der Literaturmeinungen dafür zu halten, dass die Klagen gestützt auf <ref-law> und <ref-law> konkurrierend seien ( PETER FORSTMOSER, Die aktienrechtliche Verantwortlichkeit, 2. Aufl. 1987, S. 200 f.; Jean-Luc Chenaux, in: Commentaire romand, 2008, N. 87 zu <ref-law>; NINA SAUERWEIN, La responsabilité de la société mère, Diss. Genf 2006, S. 136 f.; Harald Bärtschi, Verantwortlichkeit im Aktienrecht, Diss. Zürich 2001, S. 64; Beat Spörri, Die aktienrechtliche Rückerstattungspflicht, Diss. Zürich 1996, S. 289; Ivo Hungerbühler, Der Verwaltungsratspräsident, Diss. Zürich 2003, S. 189).
Peter Böckli schliesslich will das Verhältnis der beiden Klagen zwar nicht auf die Begriffe der Subsidiarität bzw. Alternativität reduzieren, hält es aber für " prozesstechnisch unzumutbar", wenn die Gesellschaft bzw. der für sie klagende Aktionär zuerst gestützt auf <ref-law> die Empfänger der Leistung einklagen müsste und dann in einem anderen Prozess diejenigen, die für den durch die Rückerstattung nicht abgegoltenen Schaden im Verwaltungsrat verantwortlich sind ( PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 12 N. 567). In Auseinandersetzung mit LUTERBACHER (a.a.O., S. 250 ff.; oben E. 3.2.1), weist BÖCKLI darauf hin, dass aufgrund einer extensiv verstandenen Schadenminderungsobliegenheit konsequenterweise nicht nur die Rückerstattungsklage nach <ref-law>, sondern auch die paulianische Anfechtung nach <ref-law> oder die Anfechtung der Verrechnung gegen die Gesellschaft nach <ref-law> angestrengt werden müssten, bevor eine Verantwortlichkeitsklage erhoben werden könnte. BÖCKLI hält die Schadenminderungsobliegenheit aber für eine zu schmale rechtliche Basis, um eine derart einschneidende Zurücksetzung der im Gesetz angelegten Verantwortlichkeitsklage zu tragen (Böckli, a.a.O., § 18 N. 375c-e).
3.2.3. Dem ist zuzustimmen. Eine derart grundsätzliche strukturelle Frage wie jene nach dem Verhältnis von Rückerstattungs- und Verantwortlichkeitsklage kann nicht über die Schadenminderungsobliegenheit gelöst werden.
Die Vorinstanz ist damit zu Recht zur Auffassung gelangt, dass die Klägerin im vorliegenden Fall nicht gehalten war, vor dem Verantwortlichkeitsprozess eine Rückerstattungsklage nach <ref-law> gegen die D._ anzustrengen.
Die Rügen der Beschwerdeführerin unter dem Titel "I. Hauptstandpunkt ", die alle auf der unzutreffenden Prämisse beruhen, dass die Verantwortlichkeitsklage gegenüber der Rückerstattungsklage subsidiär sei, sind damit unbegründet. Dies gilt auch für die unter dem Titel "II. Eventualstandpunkt " vorgetragene Rüge, wonach das "grobe Verschulden" der Beschwerdegegnerin "im Zusammenhang mit ihrer Schadenminderungsobliegenheit" gestützt auf Art. 43 f. OR wenigstens bei der Schadenersatzbemessung hätte berücksichtigt werden müssen. Denn wie die Vorinstanz zutreffend ausführte, kann der Beschwerdegegnerin eine angeblich mangelhafte Prozessführung gegenüber ihrer Aktionärin nicht vorgeworfen werden, wenn gar keine Pflicht zur Erhebung einer Rückerstattungsklage besteht.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt sodann, die Vorinstanz habe das Darlehen der Beschwerdegegnerin an die G._ BV im Umfang von Fr. 6.5 Mio. per 31. Dezember 2000 zu Unrecht als nicht marktübliches Darlehen qualifiziert. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz habe dieses Drittbedingungen entsprochen und damit das für Dividendenzahlungen verwendbare Kapital der Beschwerdegegnerin nicht gesperrt.
4.1. Eines der wichtigsten Prinzipien des Aktienrechts ist der Kapitalschutz (<ref-ruling> E. 3.2 S. 673). In dessen Dienst steht eine ganze Reihe zwingender Bestimmungen, mit denen sichergestellt werden soll, dass der AG stets ein Reinvermögen - d.h. Aktiven minus Fremdkapital - mindestens im Umfang von Grundkapital und gebundenen Reserven erhalten bleibt (<ref-ruling> E. 5a m.H.). Dazu gehört unter anderem das in <ref-law> verankerte Verbot der Einlagenrückgewähr (Urteile 4A_496/2010 vom 14. Februar 2011 E. 2.1, publ. in: Pra 2011 S. 828 ff.; 4A_188/2007 vom 13. September 2007 E. 4.3.2). Nach dieser Norm steht dem Aktionär kein Recht zu, den (für die Liberierung seiner Aktien) eingezahlten Betrag zurückzufordern, woraus die Rechtsprechung ein Kapitalrückzahlungsverbot ableitet, welches auch die Gesellschaft bindet (BGE 61 I 147; Urteil 4A_496/2010 vom 14. Februar 2011 E. 2.1, publ. in: Pra 2011 S. 828 ff.). Ausser bei der Herabsetzung des Aktienkapitals nach <ref-law> ist die Rückzahlung von Aktienkapital an einen Aktionär unzulässig und ein gleichwohl ausbezahlter Betrag muss zurückerstattet werden (<ref-ruling> E. 2 S. 129; <ref-ruling> E. 9). Im Dienste des Kapitalschutzes stehen weiter die Vorschriften über die Dividendenausschüttung (Urteil 4A_248/2012 vom 7. Januar 2013 E. 3.2). Der verhältnismässige Anteil am Bilanzgewinn, der jedem Aktionär nach <ref-law> zusteht, darf nur aus dem Bilanzgewinn und aus hiefür gebildeten Reserven ausgerichtet werden (<ref-law>).
4.2. Die genannten Kapitalschutzvorschriften setzen auch der Gewährung von Darlehen unter Konzerngesellschaften Grenzen. Bei einem Darlehen einer Tochtergesellschaft an ihre Muttergesellschaft (sog. up-stream -Darlehen) stellt sich insbesondere die Frage, ob unter dem Deckmantel eines Darlehens in Wirklichkeit eine Ausschüttung von geschütztem Eigenkapital an die Aktionärin erfolgt und damit gegen das Verbot der Einlagenrückgewähr verstossen wird ( KURER/KURER, a.a.O., N. 22 zu <ref-law>; CHENAUX, a.a.O., N. 44 ff. zu <ref-law>; DEMIAN STAUBER, in: Honsell [Hrsg.], Kurzkommentar OR, 2014, N. 8 zu <ref-law>; Christoph Schmid, in: Roberto/Trüeb [Hrsg.], Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, Personengesellschaften und Aktiengesellschaft, 2. Aufl., 2012, N. 9 zu <ref-law>; vgl. auch bereits CHRISTOPH VON GREYERZ, Die Aktiengesellschaft, in: SPR VIII/2, 1982, S. 63). Dies gilt auch für Darlehen an Schwestergesellschaften (sog. cross-stream -Darlehen), da die Darlehensvaluta diesfalls über die Beteiligungsverhältnisse indirekt an die Muttergesellschaft als Aktionärin der Darlehensgeberin und der Borgerin fliessen ( ENRICO FRIZ, Darlehen an Konzerngesellschaften, GesKR 2006, S. 327; PATRIC ALESSANDER BRAND, Aspekte der Fremdfinanzierung im Schweizer Aktienrechtskonzern, in: Jusletter 22. August 2011, Rz 60 f.).
Nach herrschender Lehre stellt ein Darlehen an eine Mutter- oder Schwestergesellschaft dann eine kapitalschutzrechtlich relevante Ausschüttung dar, wenn das Darlehen nicht zu Markt- bzw. Drittbedingungen ausgerichtet worden ist ( DRUEY/GLANZMANN, Gesellschafts- und Handelsrecht, 10. Aufl., 2010, § 11 N. 75; Chenaux, a.a.O., N. 48 f. zu <ref-law>; Glanzmann/Wolf, Cash Pooling - Was ist noch zulässig?, GesKR 2/2014, S. 3 ff.; Brand, a.a.O., Rz. 149 m.w.Nw.; weiter auch PETER V. KUNZ, Unternehmensfinanzierung sowie Konzernfinanzierung, in: Kunz et al. [Hrsg.], Entwicklungen im Gesellschaftsrecht V, 2010, S. 96). Solange das durch <ref-law> geschützte Kapital durch die Ausschüttung nicht berührt ist, d.h. der nicht zu Marktbedingungen geleistete Darlehensbetrag nicht aus dem geschützten, sondern aus dem freien Eigenkapital herrührt, liegt zwar kein Verstoss gegen das Verbot der Einlagenrückgewähr vor; im Ergebnis führt eine solche Ausschüttung mit Blick auf eine Dividendenausschüttung aber zu einer faktischen Sperrung des freien Eigenkapitals im Umfang des ausgerichteten Darlehensbetrags ( MAURER/HANDLE, Pflichten und Verantwortlichkeit der Revisionsstelle im Zusammenhang mit konzerninternen Darlehen, GesKR 2013, S. 295). Denn bliebe das nicht zu Marktbedingungen ausgerichtete und damit Ausschüttungscharakter aufweisende Darlehen bei der Bestimmung der ausschüttbaren Dividende unberücksichtigt, würde das freie Eigenkapital doppelt verwendet, nämlich im Zusammenhang mit dem erfolgten Darlehen einerseits und der geplanten Dividende andererseits. In der Lehre wird daher mit guten Gründen gefordert, dass bei Ausrichtung eines Darlehens an andere Konzerngesellschaften zu nicht-marktgerechten Bedingungen eine gesperrte Reserve im Umfang der Darlehensvaluta in Analogie zu <ref-law> zu bilden sei ( MAURER/HANDLE, a.a.O., S. 295; NEUHAUS/WATTER, Handels- und steuerrechtliche Aspekte von Up-, Down- und Sidestream-Garantien, in: Kramer et al. [Hrsg.], Festschrift für Peter Böckli zum 70. Geburtstag, 2006, S. 195; vgl. in diesem Sinne auch bereits VON GREYERZ, a.a.O., S. 63, der eine "Offenlegung in der Bilanz" fordert).
4.3. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die in der Abschlussbilanz 2000 enthaltenen Darlehen der Beschwerdegegnerin an die C._ und an die G._ BV unabhängigen Dritten nicht zu den gleichen Bedingungen gewährt worden wären. Denn zum einen seien die Darlehen ohne Sicherheiten gewährt worden. Zum anderen liege weder für das eine noch das andere Darlehen ein schriftlicher Darlehensvertrag vor. Zwar bestehe hinsichtlich des Darlehens an die G._ BV ein zwischen dieser und der Beschwerdegegnerin abgeschlossenes "Reciprocal Framework Agreement", worin sich die Parteien zur gegenseitigen Darlehensgewährung verpflichten und die Darlehenszinsen geregelt werden. Es handle sich dabei jedoch um einen Rahmenvertrag, der sich mit den einzelnen Forderungen nicht befasse. Die Parteien hätten denn auch nicht behauptet, dass ein Vertrag vorliege, der die Sicherheiten sowie die Zins- und Rückzahlungskonditionen des an die G._ BV gewährten Darlehens regle; zudem sei ein solcher Vertrag als Beweismittel weder eingereicht noch offeriert worden. Bezüglich des an die C._ gewährten Darlehens liessen sich den Akten sodann keine konkreten Ausführungen zu den entsprechenden Bedingungen entnehmen. Auch diesbezüglich sei ein Vertrag als Beweismittel weder eingereicht noch offeriert worden. Weiter habe die Beschwerdeführerin zwar behauptet, die beiden Darlehensnehmerinnen hätten regelmässig Rückzahlungen vorgenommen; nähere Ausführungen oder Belege zu den Rückzahlungen bestünden jedoch nicht. Hinsichtlich des Darlehens an die G._ BV sei schliesslich gemäss unbestritten gebliebenen klägerischen Ausführungen die B._ im Zeitraum zwischen Ende Dezember 2000 bis Ende Juni 2001 lediglich an einem einzigen Tag, am 20. Februar 2001, Schuldnerin der G._ BV gewesen, und dies nicht weil die G._ BV ihre Ausstände beglichen hätte, sondern vielmehr weil die B._ vermutlich an diesem Tag über den Cash Pool einen Zahlungsauftrag habe ausführen lassen. Unter dem Gesichtspunkt der Zahlungsfähigkeit müsse zudem angesichts der die C._-Gruppe betreffenden gerichtsnotorischen Ereignisse im Jahr 2001 die Bonität der G._ BV und der C._ per Ende 2000 zumindest in Frage gestanden haben; die Beschwerdeführerin behaupte denn auch nicht, sich hinsichtlich der Aktionärsdarlehen mit der Bonität der Schuldnerinnen befasst zu haben. Da weder schriftliche, die Rückzahlungsbedingungen regelnde Darlehensverträge vorlägen, noch die (regelmässigen) Rückzahlungen dokumentiert seien, eine Rückzahlungsabsicht damit also nicht auf der Hand liege und weiter auch die Rückzahlungsfähigkeit der Schuldnerinnen zweifelhaft gewesen sei, müsse davon ausgegangen werden, dass die Darlehen nicht marktkonform seien. Das freie Eigenkapital der Beschwerdegegnerin sei deshalb im Umfang dieser Darlehen für eine Ausschüttung gesperrt.
4.4. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin beruhen diese Erwägungen auf offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellungen. Mit dem "Reciprocal Loan Framework Agreement" habe entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen ein als schriftlicher (Kontokorrent-) Darlehensvertrag zu qualifizierendes Dokument vorgelegen, das die Zinskonditionen für die Beziehung zwischen der B._ und der G._ BV enthalten habe. Die vereinbarten Bedingungen seien marktüblich gewesen. Die täglich wechselnden Saldi und die sich damit manifestierende jederzeitige Abrufbarkeit der Forderung der B._ gegen die G._ BV, zeigten sodann entgegen der Auffassung der Vorinstanz sowohl die Rückzahlungswilligkeit als auch Rückzahlungsfähigkeit der Letzteren. Da die G._ BV am 20. Februar 2001 Schuldnerin der B._ und somit die per 31. Dezember 2000 bestehende Kontokorrentforderung getilgt gewesen sei, seien nicht nur die Willigkeit und Fähigkeit zur Rückzahlung, sondern die Rückzahlung selber nachgewiesen.
4.5. Auf die Vorbringen braucht nicht im Einzelnen eingegangen zu werden. Denn zunächst ist bereits im Ansatz fragwürdig, ob die Teilnahme an einem Cash Pool, bei der die Teilnehmerin - wie hier die Beschwerdegegnerin - über ihre Liquidität verfügt, als solche überhaupt einem Drittmannstest standhält. Die Frage braucht indessen nicht vertieft zu werden, denn im vorliegenden Fall stellt die Beschwerdeführerin nicht in Abrede, dass das von der Beschwerdegegnerin an die G._ BV ausgerichtete Darlehen jedenfalls nicht besichert war. Dies gilt auch für die vorinstanzliche Feststellung, wonach die Beschwerdeführerin nicht behauptet habe, sich mit der Bonität der Schuldnerinnen befasst zu haben. Damit kann aber allein aufgrund dieser Umstände ein vollkommen ungesichertes Darlehen in der Höhe von Fr. 16.5 Mio. bzw. Fr. 7.2 Mio. nicht als Marktbedingungen entsprechend bezeichnet werden (vgl. Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 40 N. 350 Druey/Glanzmann). Für die Frage, ob genügend ausschüttbare Mittel vorhanden sind, ist sodann der Bilanzstichtag entscheidend ( KURER/KURER, a.a.O., N. 24 zu <ref-law>), d.h. vorliegend der 31. Dezember 2000 und nicht der Ausschüttungszeitpunkt. Es spielt daher keine Rolle, ob das an die G._ BV ausgerichtete Darlehen in der Folge tatsächlich zurückbezahlt worden ist, wie dies die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerdeschrift behauptet.
Damit ist die Vorinstanz zutreffend zum Schluss gelangt, dass die beiden konzerninternen Darlehen im Umfang von Fr. 16.5 Mio. (an die G._ BV) und Fr. 7.2 Mio. (an die C._) nicht unter Drittbedingungen ausgerichtet worden waren und folglich mit Blick auf <ref-law> das freie Eigenkapital insoweit sperrten, als der Betrag im Umfang der Darlehensvaluta nicht zur Dividendenausschüttung zur Verfügung stand.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, die Dividendenausschüttung im Umfang von Fr. 16.5 Mio. sei auch deshalb nicht rechtswidrig gewesen, weil die Zahlung über den Cash-Pool erfolgt sei. Denn damit seien beide Positionen, die das freie Eigenkapital belasteten, also die Forderung gegenüber der G._ BV und die Dividendenschuld gegenüber der D._, zeitgleich und uno actu getilgt worden. Die Bezahlung der Dividende über den Cash-Pool habe im konkreten FalI das per 31. Dezember 2000 bestehende Darlehen an die G._ BV im Umfang von Fr. 16.5 Mio. aufgehoben. Der gegenteilige Schluss der Vorinstanz, wonach die Beschwerdegegnerin mit dieser Transaktion ohne Gegenleistung auf die Rückzahlung des Darlehens in der Höhe des Dividendenbetrages verzichtet habe, stehe denn auch in krassem Widerspruch zum zutreffend festgestellten Sachverhalt, wonach sich mit jeder Vergütung über den Cash-Pool das Guthaben der verfügenden Poolteilnehmerin gegenüber der G._ BV entsprechend reduzierte.
5.2. Die Rüge geht fehl. Wie das Bundesgericht im Urteil 4A_248/2012 vom 7. Januar 2013 E. 3.5 bereits ausführte, führt der Umstand, dass die Beschwerdegegnerin ihrer Alleinaktionärin die Dividende in der Weise ausrichtete, dass sie ihr ein Guthaben im Rahmen des konzerninternen Cash Pools überwies, noch zu keiner Entlastung der Beschwerdeführerin. Diese Art der Gewinnausschüttung erscheint vielmehr als blosse Zahlungsmodalität und schliesst nicht aus, dass sich die Beschwerdeführerin damit liquider Mittel entäusserte, die sie zur Dividendenzahlung nicht verwenden durfte (a.a.O., E. 5 in fine ). Sie ändert denn auch nichts daran, dass die im Cash Pool gebundenen Mittel am Bilanzstichtag des 31. Dezembers 2000 für eine Ausschüttung gesperrt waren, was die Beschwerdeführerin pflichtwidrig unbeachtet gelassen hat. Für die Bestimmung des ausschüttbaren Kapitals ist nun aber einzig dieser Zeitpunkt massgeblich (oben E. 3.5; vgl. auch bereits Urteil 4A_248/2012 vom 7. Januar 2013 E. 1.4.2); nachträgliche Entwicklungen sind insoweit unbeachtlich. Abgesehen davon hat - wie die Vorinstanz zutreffend festhält - die Beschwerdeführerin denn auch gar nicht behauptet, sie habe im Hinblick auf die Gewinnausschüttung einen Zwischenabschluss erstellt, welcher die Rückzahlung der Darlehen aber auch weitere Ereignisse bis zu diesem Datum berücksichtigt hätte. Dass in diesem Kontext schliesslich auch die von der Beschwerdeführerin erneut angedeuteten Konzepte der à-conto- bzw. Naturaldividende unbehelflich sind, wurde bereits im Urteil 4A_248/2012 vom 7. Januar 2013 E. 3.3 f. ausgeführt.
6.
Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, die Vorinstanz habe für ihre Berechnung des gesperrten bzw. ungesperrten Kapitals im Zusammenhang mit den Aktionärsdarlehen zu Unrecht nur auf den Bilanzgewinn abgestellt. Richtigerweise gehöre auch das Agio zum nicht durch <ref-law> geschützten Kapital, weshalb sich der für die Dividende zur Verfügung stehende Betrag aus der Summe des Bilanzgewinns und Agios abzüglich der Aktionärsdarlehen errechne.
6.1. Nach Auffassung der Vorinstanz ist das für die Gewinnausschüttung verwendbare Eigenkapital dasjenige, welches (eventuell nach Abzug eines Bilanzverlustes) nicht auf das Nennkapital (Aktien- und Partizipationskapital) einerseits und auf die gesperrte Quote der allgemeinen gesetzlichen Reserve, die Reserve für eigene Aktien und die Aufwertungsreserve andererseits entfällt. Nach der von PETER BÖCKLI vertretenen Auffassung sei der Teil der allgemeinen gesetzlichen Reserve, der auf einbezahltes Kapital entfällt (Agio), nicht verwendbar ( BÖCKLI, a.a.O., § 12 N. 520). Ziehe man nun vom Eigenkapital der Beschwerdegegnerin von Fr. 35.35 Mio. das gebundene Kapital, also die Summe von Nennkapital und Agio und Reserven von total Fr. 6.18 Mio. ab, seien Fr. 29.17 Mio. im Hinblick auf <ref-law> ungebundenes Kapital. Das im Sinne des Verbots der Einlagenrückgewähr gemäss <ref-law> geschützte Kapital umfasse das gesamte Nennkapital (Aktien- und Partizipationskapital) sowie das gesamte Agio, solange es nicht in die gesetzlichen Reserven eingebucht sei. Vorliegend betrage die Sperrquote nach <ref-law> demzufolge Fr. 4.93 Mio. (die Summe von Nennkapital und Agio). Bei einem Eigenkapital von Fr. 35.35 Mio. seien damit Fr. 30.42 Mio. im Hinblick auf die Einlagenrückgewähr ungesperrtes Kapital.
Somit sei der Bilanzgewinn von Fr. 29.17 Mio. im Hinblick auf die Dividendenausschüttung gemäss <ref-law> ungebundenes Kapital. Die ausgerichteten Aktionärsdarlehen im Umfang von total Fr. 23.65 Mio. würden aber eine Sperrung der freien Mittel bewirken. Dabei seien die Darlehen vom ausgewiesenen Bilanzgewinn abzuziehen und der verbleibende Betrag könne als Dividende ausgeschüttet werden. Mit dem Bilanzgewinn als Ausgangspunkt ergebe sich vorliegend bei Einbezug der Aktionärsdarlehen ein als Dividende ausschüttbarer Betrag von Fr. 5.52 Mio.
6.2.
6.2.1. Das Agio ist der Differenzbetrag zwischen dem Nennwert und dem Ausgabebetrag der Aktien. Wenn ein Agio vorgesehen ist, bedeutet dies, dass der zeichnende Aktionär nicht nur das gezeichnete Aktienkapital einzahlen muss, sondern auch einen darüber hinausgehenden Betrag (statt aller LUKAS HANDSCHIN, Rechnungslegung im Gesellschaftsrecht, in: SPR VIII/9, 2013, N. 835).
Das Agio ist gemäss <ref-law> der allgemeinen Reserve zuzuweisen. Diese Vorschrift wirkt qualifizierend und weist das Agio unmittelbar den allgemeinen Reserven zu. Die Zuweisung des Agios in die allgemeine Reserve erfolgt mithin ohne Zutun der Generalversammlung (Handschin, a.a.O., N. 836). Das Agio untersteht ab dem Moment seiner Erfassung in den Geschäftsbüchern der Gesellschaft den Ausschüttungsregeln der allgemeinen Reserve ( OSER/VOGT, Die Ausschüttung von Agio nach geltendem und künftigem Aktienrecht, GesKR 2012, S. 20). Eine ausdrückliche Einbuchung ist nicht nur unnötig, sondern würde sogar zu einem Widerspruch zur steuerrechtlich geforderten separaten Ausweisung des Agios führen (vgl. Urs Kägi, Kapitalerhaltung als Ausschüttungsschranke, Diss. Fribourg 2012, S. 301 f.).
6.2.2. In der Lehre ist umstritten, ob das Agio an die Aktionäre ausgeschüttet werden darf. Eine Minderheit der Lehre vertritt die Auffassung, dass das Agio nicht dazu bestimmt sei, unter die Aktionäre verteilt zu werden, da es sich dabei nicht um einen Gewinnanteil i.S. von <ref-law> handle ( BÖCKLI, a.a.O., § 12 N. 526; VON BÜREN/STOFFEL/WEBER, Grundriss des Aktienrechts, 3. Aufl., 2011, N. 1093).
Demgegenüber vertritt die heute herrschende Lehre die Ansicht, dass das Agio wie eine gewöhnliche allgemeine Reserve zu behandeln sei und keinen besonderen Schutz, namentlich des Verbots der Einlagerückgewähr nach <ref-law>, geniesse. Zur Begründung wird angeführt, dass der Wortlaut von <ref-law> sowie der Zweck des Kapitalschutzes dafür sprechen, dass Agio nach Massgabe der Regeln über die allgemeine gesetzliche Reserve an die Aktionäre ausgeschüttet werden könne (ausführlich URS KÄGI, a.a.O., S. 290 ff. sowie OSER/VOGT, a.a.O., passim; sodann HANDSCHIN, a.a.O., N. 837; GLANZMANN/WOLF, a.a.O., S. 7; CHENAUX, a.a.O., N. 14 ff. zu <ref-law>; HENRI TORRIONE, in: Commentaire romand, 2008, N. 25 ff. zu <ref-law>; KURER/KURER, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>; NEUHAUS/BALKANYI, in: Basler Kommentar, 4. Aufl. 2012, N. 36 zu <ref-law>; SCHMID, a.a.O., N. 12 zu <ref-law>; STAUBER, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>; weiter auch die Revisionspraxis, vgl. Treuhand-Kammer [Hrsg.], Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Band Buchführung und Rechnungslegung, 2014, S. 235 f.).
Die Mehrheitsmeinung überzeugt und findet ihre Stütze namentlich im klaren Wortlaut von <ref-law>: Abs. 2 Ziff. 1 OR bestimmt, dass das Agio der allgemeinen Reserve zuzuweisen ist. Aus Abs. 3 OR e contrario folgt sodann, dass die allgemeine Reserve - und damit auch das in diese kraft Abs. 2 Ziff. 1 zugewiesene Agio - frei verwendet werden darf, soweit sie die Hälfte des Aktienkapitals übersteigt. Dies entspricht nicht zuletzt auch den Vorstellungen des Steuergesetzgebers, geht dieser doch seit der Einführung des Kapitaleinlageprinzips durch die Unternehmenssteuerreform II davon aus, dass Agio ausgeschüttet werden darf ( GLANZMANN/WOLF, a.a.O., S. 7 f.; HANDSCHIN, a.a.O, N. 837). Das Agio fällt mithin nicht in den Anwendungsbereich von <ref-law> und kann als Teil der (ungesperrten) allgemeinen Reserve im Verfahren der Dividendenausschüttung ausbezahlt werden (<ref-law>; OSER/VOGT, a.a.O., S. 21 f.; NEUHAUS/BALKANYI, a.a.O., N. 36 zu <ref-law>).
6.3. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz enthielt die Abschlussbilanz der Beschwerdegegnerin per Ende 2000 ein Aktienkapital von Fr. 2.5 Mio., "Additional paid-in capital" von Fr. 2.43 Mio. und eine "General reserve" von Fr. 1.25 Mio. Materiell stellt Agio kraft der gesetzlichen Zuweisung nach <ref-law> einen Teil der allgemeinen Reserven dar (oben E. 5.2.1), womit die in der Abschlussbilanz als "Additional paid-in capital" aufgeführte Position rechnerisch zur allgemeinen Reserve zu zählen ist. Gemäss <ref-law> e contrario darf sodann derjenige Teil der allgemeinen Reserven frei verwendet werden, der die Hälfte des Aktienkapitals übersteigt. Dies entspricht genau der in der Abschlussbilanz als "Additional paid-in capital" aufgeführten Position im Umfang von Fr. 2.43 Mio., da die dort als "General reserve" ausgewiesene Position genau die Hälfte des Aktienkapitals beträgt. Das "Additional paid-in capital" im Umfang von Fr. 2.43 Mio. unterliegt damit dem Verbot der Einlagenrückgewähr gemäss <ref-law> nicht. Die Beschwerdeführerin macht daher zu Recht geltend, dass sich der für die Dividende zur Verfügung stehende Betrag aus der Summe des Bilanzgewinns und Agios abzüglich der Aktionärsdarlehen errechnet.
6.4. Die Beschwerde ist insoweit begründet. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese im Sinne der vorliegenden Erwägungen die ausschüttbare Dividende und damit verbunden den von der Beschwerdegegnerin durch die Pflichtverletzung der Beschwerdeführerin erlittenen Schaden neu berechne. Auf die weiteren, als Eventualstandpunkte vorgetragenen Rügen der Beschwerdeführerin betreffend die Schadensberechnung braucht nicht weiter eingegangen zu werden.
7.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache ist an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens, bei dem die Beschwerdeführerin zwar nicht im Grundsatz, aber immerhin in Bezug auf eine wichtige Frage der Schadensberechnung obsiegt, rechtfertigt es sich, der Beschwerdeführerin drei Viertel der Gerichtskosten aufzuerlegen, und sie zu einer entsprechend reduzierten Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerin zu verurteilen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid wird aufgehoben und die Sache wird an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 22'000.-- werden zu drei Vierteln der Beschwerdeführerin und zu einem Viertel der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni