Sachverhalt:
A. A.a Die Y._ AG, (Gesuchstellerin, Beschwerdegegnerin) stellt Werkzeuge für die Reinigung von Rohrleitungen und Abwasserkanälen her.
X._, (Gesuchsgegner, Beschwerdeführer) war seit 1. Juni 2006 bei der Y._ AG als "Verkaufsleiter USA/International" angestellt. Am 27. März 2010 kündigte die Gesuchstellerin den Arbeitsvertrag mit dem Gesuchsgegner per 31. Mai 2010 unter sofortiger Freistellung. Am 27. April 2010 sprach sie überdies eine fristlose Kündigung aus mit der Begründung, das Vertrauensverhältnis sei gestört.
B. Am 23. März 2011 stellte die Y._ AG beim Obergericht des Kantons Obwalden ein "Gesuch um Erlass eines Befehls im Sinne von Art. 257/262 i.V.m. Art. 261 ff./superprovisorische Verfügung nach <ref-law>" gegen X._.
Mit Verfügung vom 25. März 2011 erliess der Obergerichtspräsident das beantragte superprovisorische Verbot unter Strafandrohung nach <ref-law>.
Nach Durchführung eines doppelten Schriftenwechsels und weiteren Eingaben der Parteien hiess der Obergerichtspräsident das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen mit Entscheid vom 30. Dezember 2011 gut und ersetzte die superprovisorische Verfügung vom 25. März 2011 durch die nachfolgenden Anordnungen:
"2. Dem Gesuchsgegner wird vorsorglich verboten, ganz allgemein und insbesondere im Zusammenhang mit seiner Tätigkeit für die Firma C._ bzw. die Firma D._ GmbH und Co. KG, Fotos über Produkte sowie technische Angaben zu den Produkten der Gesuchstellerin in seinen Unterlagen, Prospekten und sonstigen Dokumentationen zu verwenden und/oder solche Dokumentationen an Dritte abzugeben.
3. Der Gesuchsgegner wird vorsorglich angewiesen, sämtliche im Zusammenhang mit seiner eigenen wie auch der Tätigkeit für die Firmen C._/D._ an Dritte abgegebenen Unterlagen, Prospekte sowie sonstigen Dokumentationen, die Fotos und/oder technische Anleitungen und sonstige technische Angaben zu Produkten der Gesuchstellerin enthalten, unverzüglich zurückzuverlangen und innert einer Frist von 45 Tagen seit Rechtskraft dieser Verfügung an das Obergericht zuhanden der Gesuchstellerin zur Vernichtung herauszugeben.
4. Der Gesuchsgegner wird vorsorglich angewiesen, sämtliche Unterlagen, Prospekte und sonstigen Dokumentationen, die Fotos und/oder technische Anleitungen oder sonstige technische Angaben über Produkte der Gesuchstellerin enthalten und sich noch in seinem Besitz befinden, innert 45 Tagen seit Rechtskraft dieser Verfügung an das Obergericht zuhanden der Gesuchstellerin zur Vernichtung herauszugeben.
5. Falls der Gesuchsgegner den Befehlen gemäss Disp.-Ziff. 2, 3 und 4 keine Folge leistet, kann er nach <ref-law> bestraft werden.
5. Falls der Gesuchsgegner den Befehlen gemäss Disp.-Ziff. 2, 3 und 4 keine Folge leistet, kann er nach <ref-law> bestraft werden.
... 6. Die Gesuchstellerin hat innert 60 Tagen seit Rechtskraft dieser Verfügung Klage zu erheben, ansonsten die unter Disp.-Ziff. 2, 3 und 4 vorstehend angeordneten Massnahmen ohne weiteres dahinfallen.
... "
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Obergerichtspräsidenten des Kantons Obwalden vom 30. Dezember 2011 aufzuheben, es sei das Gesuch der Beschwerdegegnerin vom 23. März 2011 um vorsorgliche Massnahmen abzuweisen und es sei festzustellen, dass die superprovisorische Verfügung des Obergerichtspräsidenten vom 25. März 2011 mit der Abweisung der vorsorglichen Massnahmebegehren gegenstandslos geworden ist. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Sowohl die Beschwerdegegnerin als auch die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Verfügung vom 20. Februar 2012 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Massnahmeentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. <ref-law>). Entscheide über vorsorgliche Massnahmen gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von <ref-law>, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, stellen Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law> dar. Gegen solche ist die Beschwerde - von der hier ausser Betracht fallenden alternativen Voraussetzung nach <ref-law> nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>). Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Entscheid in der Zukunft nicht mehr behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382, 324 E. 1.1 S. 327 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f. mit Hinweisen). Die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur genügt; dagegen reichen rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung nicht aus (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 191). Der Beschwerdeführer hat im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Voraussetzungen nach <ref-law> erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht eingetreten wird (<ref-ruling> E. 1.1 S. 328 f.).
Der angefochtene Entscheid betrifft vorsorgliche Massnahmen, die vor einem Hauptverfahren beantragt wurden und nur unter der Bedingung Bestand haben, dass innert Frist ein Hauptverfahren eingeleitet wird. Demnach handelt es sich um einen Zwischenentscheid nach <ref-law>.
Der Beschwerdeführer macht geltend, mit dem angefochtenen Entscheid werde mitunter bereits über eine Vernichtung verschiedener Unterlagen befunden. Darin kann mit dem Beschwerdeführer ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> erblickt werden.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 1.2.1 Bei einem Entscheid, der eine vorsorgliche Massnahme zum Gegenstand hat, kann vor Bundesgericht nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (<ref-law>). Die Verletzung dieser Rechte kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68; <ref-ruling> E. 3.2 S. 88; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444 f.; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darlegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 234; <ref-ruling> E. 2 S. 591 f.). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352; <ref-ruling> E. 5.5 S. 5; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; je mit Hinweisen).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
1.2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>); neue Tatsachen und Beweismittel sind grundsätzlich unzulässig (<ref-law>). Da gegen den angefochtenen Entscheid nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann (<ref-law>), kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG) nur dann in Frage, wenn die Vorinstanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat. Wird Letzteres geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese verfassungswidrig, insbesondere willkürlich, sein soll (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398, 585 E. 4.1 S. 588 f.; je mit Hinweisen). Ausserdem hat der Beschwerdeführer mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (Urteile 4A_341/2011 vom 21. März 2012 E. 1.5.1; 4A_614/2011 vom 20. März 2012 E. 1.2; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.2.3 Der Beschwerdeführer übt mehrheitlich bloss appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, indem er die Erwägungen des angefochtenen Entscheids durchgeht und aus seiner Sicht in Bezug auf verfahrens- sowie materiellrechtliche Fragen kommentiert, ohne jedoch aufzuzeigen, inwiefern dieser verfassungswidrig sein soll. Damit verkennt der Beschwerdeführer sowohl die eingeschränkte Prüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Beschwerden gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen als auch die gesetzlichen Begründungsanforderungen an entsprechende Rügen.
So bringt er etwa vor, die Beschwerdegegnerin habe das Schädigungspotential nicht konkret dargelegt, weshalb die Vorinstanz zu Unrecht eine Marktverwirrung bejaht habe, oder er stellt in Abrede, dass bestimmte Querschnitts-Skizzen wirtschaftlich selbständig verwertbar seien. An anderer Stelle kritisiert er die vorinstanzliche Feststellung, wonach die Beschwerdegegnerin glaubhaft gemacht habe, dass es sich bei den abgebildeten Konstruktionszeichnungen und Düsen um ihre Produkte handle, stellt jedoch lediglich in appellatorischer Weise seine eigene Sicht der Dinge dar, ohne eine Verletzung des Willkürverbots aufzuzeigen. Rein appellatorisch und damit unbeachtlich sind etwa auch die Ausführungen des Beschwerdeführers zu den Einzelheiten und Hintergründen des von ihm an einer Fachtagung gehaltenen Vortrags, mit denen er einmal mehr das Vorliegen einer Marktverwirrung bestreitet, sowie seine Vorbringen hinsichtlich der per E-Mail an Mitarbeiter der E._ Inc. verschickten Werbebeilage.
Im Weiteren behauptet der Beschwerdeführer verschiedentlich eine Verletzung der aus <ref-law> abgeleiteten Begründungspflicht, zeigt jedoch nicht auf, inwiefern ihm die Begründung des angefochtenen Entscheids dessen sachgerechte Anfechtung verunmöglicht hätte (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 355; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen).
Nicht einzutreten ist schliesslich auf das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Anordnung der vorsorglichen Massnahmen im angefochtenen Entscheid sei nicht verhältnismässig. Das Verhältnismässigkeitsprinzip ist ein allgemeiner Verfassungsgrundsatz (<ref-law>), aber kein verfassungsmässiges Recht im Sinne von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 156 ff.).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Anwendung von Art. 2 und Art. 3 Abs. 1 lit. b UWG (SR 241).
Er bringt vor, irreführende Angaben seien nur dann unzulässig, wenn sie den Wettbewerb spürbar beeinflussen könnten. Dabei macht er jedoch zu Unrecht geltend, die Vorinstanz habe diese "Spürbarkeit" in Bezug auf den von ihm gehaltenen Vortrag und die versandte Werbebeilage willkürlich ausser Acht gelassen. Sie hat vielmehr festgestellt, dass aufgrund der vom Beschwerdeführer verwendeten Abbildungen von Produkten der Beschwerdegegnerin anlässlich seines Vortrags für die Teilnehmenden der Eindruck entstanden sei, die abgebildeten Düsen würden von C._/D._ hergestellt. Die Vorinstanz hielt dafür, ein gewisser Werbeeffekt für die Produkte von C._/D._, für die der Beschwerdeführer nunmehr tätig ist, könne nicht von der Hand gewiesen werden. Sie hielt zudem fest, der Beschwerdeführer habe die fragliche Präsentationsmappe zu Werbezwecken verwendet, um die E._ Inc. für sein Angebot zu gewinnen.
Der Vorwurf, die Vorinstanz habe gänzlich ausser Acht gelassen, "dass nicht schon jedes Verhalten, das (rein theoretisch) das Verhältnis zwischen Mitbewerbern oder zwischen Anbietern und Abnehmern beeinflussen kann, auch automatisch gegen das UWG verstösst bzw. einen sog. Marktverwirrungsschaden auslöst", ist nicht gerechtfertigt. Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht hat die Vorinstanz in ihrer summarischen Prüfung im Rahmen des Massnahmeverfahrens weder die Voraussetzung einer objektiven Eignung des Verhaltens zur Beeinflussung des Wettbewerbs noch das Erfordernis der Spürbarkeit der denkbaren Wettbewerbsbeeinflussung verkannt (vgl. PETER JUNG, in: Jung/Spitz [Hrsg.], Bundesgesetz gegen den unlauteren Wettbewerb [UWG], 2010, N. 17 und 19 zu <ref-law>). Der Beschwerdeführer bestreitet letztlich lediglich in pauschaler Weise eine spürbare Auswirkung auf dem Markt, zeigt jedoch nicht auf, inwiefern sein Verhalten im konkreten Fall unter der allgemeinen Spürbarkeitsgrenze geblieben wäre und die Vorinstanz mit ihrer vorläufigen Beurteilung der Wettbewerbswidrigkeit Art. 2 oder Art. 3 Abs. 1 lit. b UWG willkürlich angewendet hätte.
3. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergerichtspräsidenten des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann