Das Bundesgericht zieht Erwägung:
1. X._ wird vorgeworfen, am 19. Oktober 2006 am Bahnhof Birmensdorf fünf Büchsen mit total 11,6 Kilogramm Kokaingemisch zum Zweck der Weitergabe an einen Dritten übernommen und in seinem Fahrzeug transportiert zu haben. Dabei habe er mindestens in Kauf genommen, einen Beitrag zum Handel mit einer grossen Menge harter Betäubungsmittel zu leisten. Das Obergericht des Kantons Zürich bestrafte ihn mit Urteil vom 12. September 2008 im Berufungsverfahren wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz mit drei Jahren Freiheitsstrafe. Der Vollzug wurde im Umfang von 20 Monaten aufgeschoben und die Probezeit auf zwei Jahre festgesetzt.
X._ führt Beschwerde beim Bundesgericht und beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben. Er sei wegen fahrlässiger Tatbegehung schuldig zu sprechen und mit einer bedingten Geldstrafe von maximal 180 Tagessätzen zu je Fr. 10.-- zu bestrafen. Eventualiter sei er in Anwendung von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3, 4 und 5 BetmG mit einer bedingten Geldstrafe von 300 Tagessätzen à Fr. 10.-- zu bestrafen. Subeventualiter sei der Schuldspruch des Obergerichts zu bestätigen, der Beschwerdeführer indessen mit einer bedingten Freiheitsstrafe von maximal zwei Jahren zu bestrafen.
2. Die Vorinstanz hat sich ausführlich mit der Frage, wovon der Beschwerdeführer ausging, und mit der rechtlichen Würdigung seines Verhaltens befasst, worauf hier in Anwendung von <ref-law> verwiesen werden kann (angefochtener Entscheid S. 4 - 15).
Soweit der Beschwerdeführer sich mit dem Sachverhalt befasst, legt er nicht dar, dass und inwieweit die Vorinstanz diesen offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> bzw. willkürlich im Sinne von <ref-law> feststellt hätte. Er macht zum Beispiel geltend, aus den Akten gehe hervor, dass er in der Vergangenheit oft Aufträge für seinen Bruder ausgeführt habe, ohne sich zu informieren, worum es gehe (Beschwerde S. 4). An welcher Stelle sich aus den Akten ergeben soll, dass sich in der Vergangenheit oft vergleichbare Vorkommnisse ereignet hätten, sagt der Beschwerdeführer indessen nicht. Auf eine reine Behauptung ist nicht einzutreten. Dasselbe gilt gesamthaft für die Beschwerde, soweit sie sich auf unzulässige appellatorische Kritik beschränkt.
Bei dem von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt steht fest, dass der Beschwerdeführer spätestens bei der Übernahme der Ware am Bahnhof Birmensdorf damit rechnete, mehrere Kilogramm eines gefährlichen Betäubungsmittels zu transportieren. Er handelte jedenfalls ab diesem Zeitpunkt mit Eventualvorsatz und zwar auch in Bezug auf den qualifizierten Fall. Seine Vorbringen dringen nicht durch. Er macht zum Beispiel geltend, er habe "für die Übergabe" der Ware seinen Lieferwagen und nicht seinen Personenwagen verwendet, was nur Sinn mache, wenn er von einem grossen Transportvolumen - also der von ihm bei den Behörden erwähnten Kleiderlieferung - ausgegangen sei (Beschwerde S. 4). Damit übergeht er indessen, dass die Vorinstanz zu seinen Gunsten davon ausging, er habe spätestens bei der Übernahme der Ware am Bahnhof Birmensdorf damit gerechnet, Drogen zu transportieren (angefochtener Entscheid S. 13). Dann aber ist der Umstand, dass er nicht mit seinem Personenwagen zum Bahnhof Birmensdorf fuhr, in Bezug auf die Frage seines Vorsatzes von vornherein ohne Belang. In Bezug auf die rechtliche Würdigung ist die Beschwerde als offensichtlich unbegründet abzuweisen.
3. In Bezug auf die Strafzumessung rügt der Beschwerdeführer, dass die Vorinstanz dem Umstand, dass er nicht bereits mit dem Eventualvorsatz, harte Drogen zu transportieren, nach Birmensdorf fuhr, keine oder jedenfalls nicht hinreichend Rechnung getragen habe (Beschwerde S. 7). Wie dargelegt, ist die Vorinstanz indessen bei der rechtlichen Würdigung ausdrücklich davon ausgegangen, der Beschwerdeführer habe spätestens bei der Übernahme der Ware am Bahnhof Birmensdorf damit gerechnet, mehrere Kilogramm eines gefährlichen Betäubungsmittels zu transportieren. Bei der Strafzumessung, auf die in Anwendung von <ref-law> verwiesen werden kann (angefochtener Entscheid S. 15 - 18), stellt die Vorinstanz nichts anderes fest, weshalb sie den Umstand auch dort offensichtlich berücksichtigt hat.
In die Strafzumessung greift das Bundesgericht im Übrigen nur ein, wenn die kantonalen Richter den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten haben, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen sind oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet haben (<ref-ruling> E. 2.1). Keine dieser Voraussetzungen ist im vorliegenden Fall erfüllt. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt als offensichtlich unbegründet abzuweisen.
4. Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist durch eine herabgesetzte Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Monn