Sachverhalt:
A. Anlässlich eines geschäftlichen Telefonats vom 4. April 2006 soll X._ als Verwaltungsratspräsident der A._ AG Y._, Sachbearbeiter beim B._, gedroht haben, ihn umzubringen. Y._ informierte seinen Vorgesetzten und den Gemeindepräsidenten von Walenstadt über den Vorfall, zeigte X._ jedoch nicht an.
Im Jahr 2011 kandidierte X._ für den National- und Ständerat. Während des Wahlkampfs schrieb Y._ auf seinem Facebook-Profil "Wer X._ kennt, wählt X._ nicht." Am 26. September 2011 wurde Y._ in der Online-Ausgabe einer Zeitung wie folgt zitiert: "X._ hat am 4. April 2006 gedroht, mich umzubringen." Eine gedruckte Zeitung publizierte diese Äusserung am 28. September 2011.
B. Am 16. Dezember 2011 zeigte X._ Y._ wegen Verleumdung, evtl. übler Nachrede, an.
Das Untersuchungsamt Uznach stellte am 31. August 2012 das Strafverfahren gegen Y._ ein.
C. Die Anklagekammer des Kantons St. Gallen wies die Beschwerde von X._ gegen die Einstellungsverfügung am 28. November 2012 ab.
D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz, evtl. die erste Instanz, zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer, der als Privatkläger im kantonalen Verfahren eine Schadenersatz- und Genugtuungsforderung geltend gemacht hat, ist zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG).
2. Der Beschwerdeführer rügt, sein rechtliches Gehör sei verletzt (Art. 29 Abs. 2 BV). Die Vorinstanz habe sich nicht mit seinen Einwänden auseinandergesetzt, wonach der Beschwerdegegner die Kandidatur nur als Vorwand genutzt habe, um sich zu rächen. Zudem habe sie seine Ausführungen zu den Zeugenaussagen nicht berücksichtigt.
Aus ihrem Entscheid ergibt sich mit genügender Klarheit, weshalb die Vorinstanz den Beschwerdegegner zum Entlastungsbeweis zulässt. Auch setzt sie sich mit den Ausführungen des Beschwerdeführers auseinander, würdigt die Aussagen jedoch abweichend (Entscheid S. 4 f. Ziff. 3.2.). Es ergibt sich auch zweifelsfrei, weshalb die Vorinstanz die Zeugenaussagen für glaubhaft und folglich die Drohung für erstellt erachtet (Entscheid S. 6 f. Ziff. 3.3.4.). Damit ist der Anspruch auf rechtliches Gehör gewahrt (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 84 mit Hinweis).
3. Der Beschwerdeführer rügt mehrere Verletzungen des Willkürverbots (Art. 9 BV).
3.1 Die Vorinstanz gehe willkürlich davon aus, er habe gegenüber dem Beschwerdegegner im Jahr 2006 eine "Morddrohung" ausgesprochen. Das Zitat des Beschwerdegegners in der Zeitung lasse auf eine Drohung mit einer vorsätzlichen Tötung (Art. 111 i.V.m. Art. 180 StGB) schliessen. Die angebliche Äusserung verliere daher erheblich an Bedeutung.
Für den Ausgang des Verfahrens ist es belanglos, wie die fragliche Aussage rechtlich qualifiziert wird. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
3.2 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, Beweise falsch (willkürlich) gewürdigt zu haben. Die Aussagen des Vorgesetzten des Beschwerdegegners seien widersprüchlich und nicht glaubhaft. Der Vorgesetzte habe nach dem Telefonat, in welchem die Drohung angeblich geäussert worden sei, im Namen des B._ einen Brief an den Beschwerdeführer geschrieben, worin die Drohung nicht erwähnt sei. Im Brief habe er wahrheitswidrig behauptet, der Beschwerdeführer habe sich gegenüber dem Geschäftsleiter des B._ ehrverletzend über den Beschwerdegegner geäussert. Es sei nicht abwegig und denkbar, dass der Beschwerdegegner eine Äusserung des Beschwerdeführers falsch verstanden habe. Der Beschwerdeführer habe nie eine "Morddrohung" gegen den Beschwerdegegner ausgestossen.
Die Vorinstanz erachtet gestützt auf die glaubhaften Aussagen als erstellt, dass der Beschwerdegegner seinen Vorgesetzten und den Gemeindepräsidenten über die Drohung informierte. Sie sieht keinen Grund, wieso er dies hätte machen sollen, wenn er nicht bedroht worden wäre. Folglich habe der Beschwerdegegner die Aussage ernst genommen. Daran ändere nichts, dass er sie gegenüber dem Geschäftsleiter des B._ nicht erwähnt habe. Ebenfalls unerheblich sei, dass im Schreiben des B._ an den Beschwerdeführer lediglich von ehrverletzenden und berufsschädigenden Ausdrücken berichtet werde (Entscheid S. 6 f. Ziff. 3.3.4.).
Der Beschwerdeführer vermag mit seinen Einwänden nicht darzulegen, inwiefern diese vorinstanzliche Beweiswürdigung unhaltbar sein soll. Er zeigt lediglich auf, dass man auch zu einem anderen Beweisergebnis hätte gelangen können. Dies reicht nicht, um Willkür darzutun (vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 51).
4. Der Beschwerdeführer macht geltend, es lägen keine Einstellungsgründe vor. Die gegenteilige Ansicht der Vorinstanz verstosse gegen den bundesrechtlichen Grundsatz "in dubio pro duriore".
4.1 Die kantonalen Behörden stützen ihren Entscheid auf Art. 319 Abs. 1 lit. a und b StPO. Danach verfügt die Staatsanwaltschaft die vollständige oder teilweise Einstellung des Verfahrens, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt, bzw. kein Straftatbestand erfüllt ist. Demgegenüber erhebt die Staatsanwaltschaft Anklage, wenn sie aufgrund der Untersuchung die Verdachtsgründe als hinreichend erachtet und keinen Strafbefehl erlassen kann (Art. 324 Abs. 1 StPO).
Der Grundsatz "in dubio pro duriore" fliesst aus dem Legalitätsprinzip (Art. 5 Abs. 1 BV und Art. 2 Abs. 1 StPO i.V.m. Art. 319 Abs. 1 und Art. 324 Abs. 1 StPO). Er bedeutet, dass eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit bzw. offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden darf. Bei der Beurteilung dieser Frage verfügen die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz über einen gewissen Spielraum, den das Bundesgericht mit Zurückhaltung überprüft. Hingegen ist (sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt) Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch (<ref-ruling> E. 4.1 S. 190 mit Hinweisen).
4.2 Die Vorinstanz lässt den Beschwerdegegner zum Entlastungsbeweis nach Art. 173 Ziff. 3 StGB zu. Sie erachtet als erstellt, dass der Beschwerdegegner lediglich die Wahl des Beschwerdeführers verhindern, diesen jedoch nicht persönlich habe verletzen wollen. Eine "Morddrohung" erscheine für die Eignung eines Wahlkandidaten für ein nationales Amt durchaus von Bedeutung. Der Beschwerdegegner habe auf den Beschwerdeführer als Politiker abgezielt. Der Wahlkampf des Beschwerdeführers habe die öffentlichen Vorwürfe des Beschwerdegegners veranlasst (Entscheid S. 4 f. Ziff. 3.2.).
4.2.1 Der Beschwerdeführer rügt, Art. 173 StGB sei verletzt. Der Beschwerdegegner sei nicht einem Informationsbedürfnis der Bevölkerung nachgekommen, sondern habe aus rein persönlicher Motivation (Rache) gehandelt. Dies ergebe sich aus seinen Aussagen bei der Polizei, wie bereits aus seinem Brief an das B._ vom 3. Juli 2006. Er sei daher nicht zum Entlastungsbeweis zuzulassen.
4.2.2 Gemäss Art. 173 Ziff. 2 StGB ist der Beschuldigte nicht wegen übler Nachrede strafbar, wenn er beweist, dass die von ihm vorgebrachte Äusserung der Wahrheit entspricht, oder dass er ernsthafte Gründe hatte, sie in guten Treuen für wahr zu halten. Der Beschuldigte wird zum Entlastungsbeweis nicht zugelassen und ist strafbar für Äusserungen, die er ohne Wahrung öffentlicher Interessen oder sonst wie ohne begründete Veranlassung, vorwiegend in der Absicht vorbringt, jemandem Übles vorzuwerfen (Art. 173 Ziff. 3 StGB). Die beiden Voraussetzungen müssen kumulativ vorliegen, damit jemand vom Wahrheitsbeweis ausgeschlossen werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 116 mit Hinweisen). Ob jemand die Absicht hatte, Übles vorzuwerfen, ist eine Tatfrage. Rechtsfrage ist, ob eine begründete Veranlassung bestand (vgl. <ref-ruling> E. 2.4.4 S. 321 mit Hinweis).
4.2.3 Die Vorinstanz hat willkürfrei erstellt, dass der Beschwerdegegner den Beschwerdeführer nicht persönlich angreifen wollte. Daran ist das Bundesgericht gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dass der Beschwerdeführer für den National- und Ständerat kandidierte, stellte eine begründete Veranlassung dar, um die Öffentlichkeit über die fragliche Drohung zu informieren. Damit handelte der Beschwerdegegner im öffentlichen Interesse. Die Vorinstanz verstösst nicht gegen Bundesrecht, wenn sie den Beschwerdegegner zum Entlastungsbeweis zulässt.
4.3 Die Vorinstanz erachtet den Wahrheitsbeweis gestützt auf die glaubhaften Aussagen des Vorgesetzten des Beschwerdegegners und des Gemeindepräsidenten als erbracht. Da der Vorwurf der Drohung nicht in einem Strafverfahren beurteilt werde, könne das behauptete Delikt auch ohne entsprechende Verurteilung im Rahmen des Wahrheitsbeweises nachgewiesen werden (Entscheid S. 5 ff. Ziff. 3.3.).
4.3.1 Unter Verweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung rügt der Beschwerdeführer, der Wahrheitsbeweis könne vorliegend nur erbracht werden, wenn er wegen Drohung verurteilt würde bzw. worden wäre. Der Beschwerdegegner habe bewusst auf eine Anzeige verzichtet und sich so der Möglichkeit des Wahrheitsbeweises begeben.
4.3.2 Der Wahrheitsbeweis für die Behauptung oder die Verdächtigung, jemand habe eine strafbare Handlung begangen, ist grundsätzlich durch eine entsprechende Verurteilung zu erbringen (<ref-ruling> E. 2c S. 117). Später hat das Bundesgericht präzisiert, dass der Wahrheitsbeweis bezüglich des Vorwurfs einer strafbaren Handlung auch ohne entsprechende Verurteilung erbracht werden kann, wenn aus irgendeinem Grunde, z.B. wegen Verjährung, kein Strafverfahren durchgeführt werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 37 f.).
4.3.3 Die fragliche Aussage des Beschwerdeführers gegenüber dem Beschwerdegegner könnte strafrechtlich als Drohung qualifiziert werden. Gemäss Art. 180 StGB ist die Drohung ein Antragsdelikt. Der Strafantrag kann während einer Frist von drei Monaten gestellt werden (Art. 31 StGB) und ist eine Prozessvoraussetzung. Weil der Beschwerdegegner den Beschwerdeführer nicht anzeigte und keinen Strafantrag stellte, kann das Strafverfahren wegen Drohung nicht mehr durchgeführt werden. Der Beschwerdegegner muss daher den Wahrheitsbeweis auf andere Weise als durch eine Verurteilung erbringen können (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 119).
4.3.4 Der Einwand des Beschwerdeführers, im Ehrverletzungsverfahren werde gleichzeitig ein Verfahren gegen ihn wegen Drohung geführt und damit EMRK und BV verletzt, ist unbegründet. Der angefochtene Entscheid ist kein Urteil gegen den Beschwerdeführer. Weder wird er darin schuldig gesprochen noch zu einer Sanktion verurteilt. Die Vorinstanz hat nicht geprüft, ob der Beschwerdeführer mit seinem Verhalten alle Tatbestandsvoraussetzungen von Art. 180 StGB erfüllt. Seine Aussage gegenüber dem Beschwerdegegner wurde nicht strafrechtlich beurteilt, sondern es wurde festgestellt, dass er die entsprechende Aussage gemacht hatte. Da der Entscheid der Vorinstanz keine strafrechtlichen Konsequenzen für den Beschwerdeführer hat, sind seine Verteidigungsrechte nicht verletzt.
4.4 Die Vorinstanz hat den Beschwerdegegner zu Recht zum Entlastungsbeweis zugelassen und diesen als erbracht erachtet. Es ist demnach davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner im Falle einer Anklage von der Anschuldigung der Verleumdung, evtl. üblen Nachrede, freigesprochen würde. Die Einstellung der Untersuchung hält vor dem Bundesrecht stand.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Andres