Sachverhalt:
A. Der 1950 geborene M._ war zuletzt als Serviceaushilfe in der Gastronomie erwerbstätig. Am 22. Mai 2006 meldete er sich unter Hinweis auf verschiedene körperliche und psychische Leiden bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an und beantragte eine Rente. Nach Durchführung des Vorbescheidsverfahren wies die IV-Stelle dieses Leistungsbegehren mit Verfügung vom 29. Juni 2007 ab.
B. Die von M._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 19. Juni 2009 ab, soweit es auf sie eintrat.
C. Mit Beschwerde beantragt M._, ihm sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides ab 1. September 2006 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen und angemessene berufliche Massnahmen anzuordnen. Gleichzeitig stellt M._ ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung.
Während die IV-Stelle Zürich auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteile 9C_689/2008 vom 25. Februar 2009 E. 3.1 und 9C_1025/2008 vom 19. Januar 2009 E. 4.1).
1.3 Gemäss <ref-law> sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig. Die Voraussetzungen, unter denen die vom Beschwerdeführer neu eingereichten Unterlagen ausnahmsweise zulässig wären, sind vorliegend nicht erfüllt, so dass diese unbeachtet bleiben müssen.
1.4 Die Vorinstanz ist nicht auf den Eventualantrag des Versicherten betreffend beruflicher Massnahmen eingetreten, da diese nicht zum Gegenstand der angefochtenen Verfügung gehört hätten. Der Beschwerdeführer beantragt vor Bundesgericht erneut, es seien berufliche Massnahmen anzuordnen, ohne sich jedoch mit dem vorinstanzlichen Nicht-Eintreten auseinanderzusetzen. Auf den Eventualantrag ist somit vorliegend ebenfalls nicht einzutreten (<ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> E. 1b S. 337 f.).
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss <ref-law> die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
2.3 Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie das Vorliegen eines invalidisierenden Gesundheitsschadens verneinte.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere unter Berücksichtigung des psychiatrischen Gutachtens des Dr. med. B._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 19. Mai 2007 für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass der Versicherte in seiner bisherigen Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig wäre.
3.2 Nach Ansicht des Beschwerdeführers entspricht das Gutachten des Dr. med. B._ in verschiedener Hinsicht nicht den bundesrechtlichen Anforderungen an eine psychiatrische Expertise; die Vorinstanz habe demnach zu Unrecht in psychiatrischer Hinsicht auf dieses abgestellt.
3.2.1 Der Versicherte nimmt zunächst Bezug auf die Leitlinien der Schweizerischen Gesellschaft für Versicherungspsychiatrie für die Begutachtung psychischer Störungen (abgedruckt in: Schweizerische Ärztezeitung 2004, S. 1048 ff.). Diese haben zwar nicht verbindlich-behördlichen Charakter, formulieren aber doch den fachlich anerkannten Standard für eine sachgerechte, rechtsgleiche psychiatrische Begutachtungspraxis in der Schweiz (vgl. Urteil 8C_694/2008 vom 5. März 2009 E. 5.3 mit weiterem Hinweis). Bezüglich der Räumlichkeiten, in denen die Exploration zu erfolgen hat, empfehlen diese Leitlinien lediglich, dass diese eine Untersuchung in ruhiger und angenehmer Umgebung ermöglichen sollen (IV. Teil, Ziff. 1 der Leitlinien). Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers kann demnach von weiteren Abklärungen zur Frage, ob die Räumlichkeiten des Dr. med. B._ tatsächlich nicht über ein Wartezimmer verfügen und ob sie sich in demselben Gebäude, wie die Privaträume des Gutachters befinden, verzichtet werden, da selbst dann, wenn die diesbezüglichen Behauptungen des Versicherten zutreffen sollten, nicht gesagt werden könnte, der Gutachter habe gegen die erwähnten Leitlinien und damit gegen den anerkannten Standard für eine sachgerechte Begutachtungspraxis verstossen.
3.2.2 Der Versicherte bemängelt weiter, der Gutachter habe keinerlei psychiatrische Tests durchgeführt. Gemäss den erwähnten Leitlinien können testpsychologische Untersuchungen eine Ergänzung der klinischen Erfassung des Exploranden sein. Entscheidend für die Qualität des Gutachtens ist aber in jedem Fall die klinische Untersuchung in Kenntnis der Anamnese (IV. Teil, Ziff. 7 der Leitlinien). Somit kann auch diesbezüglich nicht von einem Verstoss des Gutachters gegen den anerkannten Standard ausgegangen werden.
3.2.3 Wie die Vorinstanz zutreffend dargelegt hat, setzt sich Dr. med. B._ mit den abweichenden Einschätzungen anderer medizinischer Fachpersonen auseinander. Da auch die übrigen Anforderungen an ein psychiatrisches Gutachten erfüllt sind, stellt der Umstand, dass das kantonale Gericht dem Gutachten des Dr. med. B._ hohen Beweiswert zumass, keinen Verstoss gegen Bundesrecht dar.
3.3 Was der Beschwerdeführer neben der Kritik an der Begutachtung durch Dr. med. B._ gegen die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes vorbringt, vermag diese nicht als offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> erscheinen zu lassen. Insbesondere ist die Vorinstanz nicht dadurch in Willkür verfallen, dass sie für das Zumutbarkeitsprofil in physischer Hinsicht im Ergebnis auf den Bericht des Dr. med. I._, Oberarzt i.V. an der Chirurgischen Klinik des Spitals X._, vom 10. Juni 2006 und nicht auf den Bericht der Dr. med. R._, FMH Physikalische Medizin, vom 2. Juni 2006 abgestellt hat.
3.4 Konnte der Versicherte aus gesundheitlicher Sicht seine bisherige Tätigkeit als Service-Aushilfe im Zeitpunkt der Verfügung (24. Mai 2006) ohne Einschränkungen ausüben, so ist die Verweigerung des Rentenanspruches rechtens. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist nicht stattzugeben, da die Beschwerde von vornherein als aussichtslos erschien (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. Dezember 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer