Faits:
A. Le 7 juillet 2006, Y._ a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois d'une demande tendant au paiement, par X._ SA, d'un montant total de 351'636 fr. 35, correspondant à des prétentions fondées sur un contrat de travail. Le 22 août 2006, la Caisse Z._ est intervenue au procès.
Par bordereau du 10 janvier 2007, X._ SA a requis la production par A._ SA et Y._ de la pièce I, soit la "copie complète de l'envoi, avec annexes (certificats et recommandations) adressé par Y._ à B._, de A._ SA, en juillet/août 2005".
Par ordonnance sur preuves du 5 novembre 2007, le Juge instructeur de la Cour civile a notamment ordonné la production par A._ SA et Y._ de la pièce I susmentionnée.
Par courrier du 22 janvier 2008, A._ SA a déclaré n'avoir trouvé aucune trace d'une offre de services reçue de la part de Y._; elle a précisé qu'elle ne conservait aucun dossier à la suite d'une recherche de personnel et qu'elle n'avait pas conservé les offres spontanées de 2005; elle a indiqué qu'il lui était en conséquence impossible de donner une réponse positive ou négative à la question de savoir si Y._ lui avait ou non proposé ses services.
Le 31 janvier 2008, Y._ a communiqué au Juge instructeur de la Cour civile la déclaration solennelle par laquelle elle a affirmé ne pas détenir de copie de la pièce I susmentionnée, n'ayant à son souvenir adressé aucun envoi à A._ SA au mois de juillet et d'août 2005.
B. Par courrier du 1er février 2008, X._ SA a requis la production de la "copie complète de l'envoi, avec annexes (certificats et recommandations) adressé par Y._ à B._, de A._ SA, quelle qu'en soit la date, mais apparemment en janvier/février 2006 ou en juillet/août 2005".
Par lettre du 13 février 2008, le Juge instructeur de la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté ladite requête.
Le 25 février 2008, X._ a saisi la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois d'un recours non contentieux à l'encontre de la décision du 13 février 2008, concluant à son annulation, respectivement à sa réforme en ce sens que sa requête du 1er février 2008 est admise.
C. Parallèlement à son recours cantonal, X._ SA (la recourante) a interjeté, le 25 février 2008 également, un "recours en matière civile et recours constitutionnel subsidiaire" au Tribunal fédéral. Elle concluait, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision du 13 février 2008, respectivement à sa réforme en ce sens qu'ordre est donné à Y._, respectivement A._ SA, de verser au dossier de la cause "copie complète de l'envoi, avec annexes (certificats et recommandations) adressé par Y._ à B._ de A._ SA, quelle qu'en soit la date, mais apparemment en janvier/février 2006 ou en juillet/août 2005".
Par ordonnance du 28 février 2008, le Président de la Cour de céans a suspendu la procédure de recours au Tribunal fédéral jusqu'à droit connu sur le recours pendant devant la Chambre des recours.
Par arrêt du 3 octobre 2008, la Chambre des recours a écarté le recours cantonal. En substance, elle a considéré que quelle que soit la qualification de la requête en cause, le recours contentieux direct n'était pas ouvert contre la lettre du 13 février 2008; il en était de même du recours non contentieux des art. 489 ss du code de procédure civile (du canton de Vaud) du 14 décembre 1966 (CPC/VD; RSV 270.11); ce recours, limité en matière contentieuse au refus de procéder de l'office, était en effet subordonné à l'absence d'une autre voie de recours et à l'existence d'une suspension de l'instance assimilable à un déni de justice; ainsi, dans le cadre de la procédure contentieuse, ce recours n'était pas recevable contre les nombreuses décisions que le juge prend d'office en cours de procès, mais seulement lorsque celui-ci a négligé ou refusé de rendre un jugement ou de prendre une décision sur une requête d'une partie, ou s'il a refusé de procéder à une opération que lui impose la loi; en l'espèce, le premier juge avait statué sur la requête de la recourante, alors que le CPC/VD ne lui imposait pas d'y donner suite; il ne résultait de la lettre du 13 février 2008 aucune suspension de l'instance assimilable à un déni de justice; les jurisprudences - au demeurant anciennes, contestées et n'entrant pas dans le cadre général défini par la jurisprudence ultérieure - citées par la recourante n'étaient d'aucun secours pour celle-ci; on ne pouvait étendre la portée du recours non contentieux dans le domaine litigieux, sauf à contourner les choix délibérés du législateur en matière d'ordonnance sur preuves et de jugement incident.
Le 5 novembre 2008, la recourante a déposé un "complément au recours en matière civile et recours constitutionnel subsidiaire" au Tribunal fédéral. Elle maintenait, sous suite de frais et dépens, les conclusions prises auprès de celui-ci le 25 février 2008 déjà, et précisait qu'elle concluait encore à l'annulation de l'arrêt du 3 octobre 2008, respectivement à sa réforme en ce sens qu'ordre est donné à Y._, respectivement A._ SA, de verser au dossier de la cause "copie complète de l'envoi, avec annexes (certificats et recommandations) adressé par Y._ à B._ de A._ SA, quelle qu'en soit la date, mais apparemment en janvier/février 2006 ou en juillet/août 2005".
Y._ (l'intimée) a proposé, avec suite de frais et dépens, principalement l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet de l'intégralité des conclusions des recours de son adverse partie et, par conséquent, la confirmation de la décision du 13 février 2008 et de l'arrêt du 3 octobre 2008.
La Caisse Z._ (l'intervenante) ne s'est pas déterminée dans le délai qui lui avait été imparti à cette fin.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1).
1.1 En l'occurrence, la recourante a déposé d'une part un "recours en matière civile et recours constitutionnel subsidiaire" contre la décision du Juge instructeur de la Cour civile du 13 février 2008, d'autre part un "complément au recours en matière civile et recours constitutionnel subsidiaire" suite à la reddition de l'arrêt de la Chambre des recours du 3 octobre 2008.
A cet égard, se pose la question de la recevabilité du "complément au recours" en tant qu'il est dirigé contre la décision du Juge instructeur de la Cour civile du 13 février 2008. Plus spécifiquement, il s'agit de déterminer si la recourante était forclose à recourir, respectivement à compléter son écriture, après l'échéance du délai de trente jours dans lequel le recours contre une décision doit en principe être déposé devant le Tribunal fédéral (<ref-law>), ou si elle était encore en droit d'attaquer, dans les trente jours dès la notification de l'arrêt de l'autorité cantonale de recours, aussi bien l'arrêt en question que la décision du premier juge (cf. <ref-law>). Le Tribunal fédéral n'a pas eu l'occasion de trancher le point de savoir si cette dernière disposition trouvait application lorsque, comme en l'espèce, il n'est pas évident de définir s'il existe ou pas une voie de droit cantonale à l'encontre de la première décision. Tel pourrait être le cas, dès lors qu'il y a lieu de donner une interprétation extensive à l'<ref-law> et de n'exclure son application qu'avec retenue (sur ces questions, cf. <ref-ruling>; arrêt 4A_216/2008 du 20 août 2008 et l'article y relatif de Rüetschi, Aufforderung zur extensiven Auslegung von Art. 100 Abs. 6 BGG, Revue de l'avocat 1/2009 p. 28 ss). La question peut toutefois demeurer indécise, pour les motifs qui seront exposés infra.
Cela étant, il y a lieu d'examiner séparément les arguments, contenus dans le recours du 25 février 2008 ou dans le complément du 5 novembre 2008, relatifs d'une part à la décision du Juge instructeur de la Cour civile du 13 février 2008, d'autre part à l'arrêt de la Chambre des recours du 3 octobre 2008. Pour des motifs d'économie de procédure, le tout sera traité dans un seul et même arrêt, l'intimée ayant du reste été invitée à se déterminer globalement sur l'ensemble des recours.
1.2 Contre la décision du Juge instructeur de la Cour civile du 13 février 2008:
1.2.1 En l'occurrence, le Juge instructeur de la Cour civile a rejeté la requête de production de pièces de la recourante. Cette décision, qui a trait à l'administration des preuves dans le cadre du procès civil, revêt un caractère incident (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 438).
1.2.2 La valeur litigieuse pour un recours contre une telle décision est déterminée par le litige principal. En l'espèce, la décision attaquée a été rendue en matière civile (<ref-law>), par une autorité cantonale de dernière instance - étant à cet égard rappelé que la Chambre des recours a considéré qu'aucun recours n'était ouvert contre la décision litigieuse du Juge instructeur de la Cour civile - (<ref-law>), dans le cadre d'une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 15'000 fr. applicable en matière de droit du travail (<ref-law>), de sorte que le recours en matière civile est ouvert. La voie du recours en matière civile étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire formé contre la décision du 13 février 2008 est irrecevable (<ref-law>).
1.2.3 Le recours au Tribunal fédéral contre une décision incidente qui ne concerne ni la compétence, ni une demande de récusation (cf. <ref-law>) n'est recevable qu'aux conditions de l'<ref-law>. Une telle décision ne peut être examinée par le Tribunal de céans que si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). La seconde hypothèse n'entrant manifestement pas en considération dans la présente affaire, il convient uniquement d'examiner si le recours est recevable au regard de l'<ref-law>.
Selon la jurisprudence, un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un inconvénient de nature juridique; tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable à la partie recourante ne le ferait pas disparaître entièrement, en particulier lorsque la décision incidente contestée ne peut plus être attaquée avec la décision finale, rendant ainsi impossible le contrôle par le Tribunal fédéral; en revanche, un dommage de pur fait, tel que la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 190 et consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.3.1). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure; en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral doit en principe ne s'occuper qu'une seule fois d'un procès, et cela seulement lorsqu'il est certain que la partie recourante subit effectivement un dommage définitif (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 45). Il appartient à la partie recourante d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision préjudicielle ou incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.3.1).
Les décisions relatives à l'administration des preuves ne sont en principe pas de nature à causer aux intéressés un dommage irréparable; en effet, la partie qui conteste une décision rendue en ce domaine dans un procès qui la concerne pourra attaquer, le cas échéant, cette décision incidente en même temps que la décision finale (<ref-ruling> consid. 1 p. 438). La règle comporte certes des exceptions: sont ainsi susceptibles de léser irrémédiablement les intérêts de la partie concernée, par exemple, le report de l'audition d'un témoin capital très âgé ou gravement malade, de même que la divulgation forcée de secrets d'affaires, en tant qu'ils impliquent, respectivement, le risque de perte d'un moyen de preuve décisif ou une atteinte définitive à la sphère privée de ladite partie (arrêt 4P.117/1998 du 26 octobre 1998 consid. 1b/bb/aaa, reproduit in SJ 1999 I 186). En d'autres termes, une exception se justifie lorsque le refus porte sur des moyens de preuve qui risquent de disparaître et qui visent des faits décisifs non encore élucidés (cf. <ref-ruling> p. 163; <ref-ruling> consid. 4 p. 287). La seule crainte abstraite que l'écoulement du temps puisse altérer les moyens de preuve ne suffit cependant pas à fonder un préjudice irréparable (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4 p. 287).
1.2.4 La recourante soutient que la décision lui causerait un préjudice irréparable. Que ce soit dans son recours du 25 février 2008 ou dans son écriture du 5 novembre 2008, elle se limite toutefois pour l'essentiel à des affirmations péremptoires en ce sens, mais ne démontre pas, comme il lui incombait de le faire, en quoi l'existence du moyen de preuve dont elle requiert la production serait, dans le cas particulier, concrètement mise en péril. Singulièrement, l'allégation selon laquelle "en l'espèce toutefois, il ne s'agit pas d'une crainte abstraite, mais bien d'une crainte concrète si ce n'est même d'une quasi-certitude, puisque (l'intimée), dans sa déclaration solennelle non datée (...), s'est simplement bornée à indiquer qu'elle n'avait aucun souvenir d'avoir adressé un envoi à A._ (« en juillet/août 2005 »), se délectant sans doute de l'imprécision par rapport à la période apparemment déterminante, en « janvier/février 2006 »", n'est pas de nature à convaincre de l'existence d'un danger concret, qui n'apparaît par ailleurs pas d'emblée évident. L'on ne saurait donc admettre la réalité d'un préjudice irréparable propre à faire exception à la règle de l'absence de recours immédiat contre les décisions incidentes. Par conséquent, le recours en matière civile interjeté contre la décision du 13 février 2008 est irrecevable.
1.3 Contre l'arrêt de la Chambre des recours du 3 octobre 2008:
En l'occurrence, la Chambre des recours a écarté le recours cantonal dirigé contre la décision du Juge instructeur de la Cour civile du 13 février 2008, au motif qu'il n'existait pas de voie de droit à son encontre. Dans son recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Chambre des recours, la recourante se devait de présenter une motivation topique consistant à démontrer pourquoi son recours aurait été écarté à tort, autrement dit portant sur la question du refus d'entrée en matière, sous peine d'irrecevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 136; cf. également <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1). Or, dans son écriture du 5 novembre 2008, la recourante ne satisfait pas à ces exigences, dès lors que son argumentation revient en réalité uniquement à critiquer la décision du Juge instructeur de la Cour civile du 13 février 2008. Il s'ensuit l'irrecevabilité du recours en matière civile, respectivement du recours constitutionnel subsidiaire - de surcroît irrecevable conformément à l'<ref-law> -, du 5 novembre 2008 en tant qu'ils sont dirigés contre l'arrêt du 3 octobre 2008.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens de l'intimée sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi que <ref-law>). Il n'y a en revanche pas lieu d'allouer de dépens à l'intervenante (<ref-law>), qui ne s'est de toute façon pas déterminée.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours sont irrecevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Juge instructeur de la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 17 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz