Fatti:
A. Il 9 maggio 2006 il presidente della Corte delle assise correzionali di Lugano riconosceva A._ autore colpevole di ripetuta coazione sessuale, consumata e tentata, ripetute molestie sessuali e minaccia ai danni di B._ (nata nel 1981), condannandolo di conseguenza alla pena di 24 mesi di detenzione e all'espulsione dal territorio svizzero per un periodo di 7 anni. L'esecuzione della pena dell'espulsione veniva condizionalmente sospesa con un periodo di prova di 4 anni. Il condannato si trova in detenzione dal 23 novembre 2005.
B. Il 3 luglio 2006 la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP) dichiarava inammissibile il ricorso interposto dal condannato contro la sentenza di prima istanza.
C. Il 7 agosto 2006 A._ ha inoltrato un ricorso per cassazione al Tribunale federale contro la sentenza dell'ultima istanza cantonale postulandone l'annullamento per violazione degli art. 63 e seg. CP, formulando inoltre domande di effetto sospensivo e di assistenza giudiziaria.
D. La CCRP rinuncia a presentare osservazioni al ricorso. Non sono state chieste altre osservazioni.

Diritto:
1. 1.1 Contro le sentenze che non possono essere impugnate mediante ricorso di diritto cantonale per violazione del diritto federale è ammissibile il ricorso per cassazione al Tribunale federale (art. 268 n. 1 PP). Il ricorso per cassazione è ammissibile soltanto ove il ricorrente abbia esaurito tutti i rimedi di diritto cantonali che gli permettano di far riesaminare liberamente l'applicazione del diritto federale: pertanto se una censura è stata dichiarata inammissibile dall'ultima autorità cantonale, essa non può essere riproposta nell'ambito di un ricorso per cassazione al Tribunale federale, a causa del mancato previo esaurimento delle istanze ricorsuali cantonali (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1a).
1.2 Nella fattispecie il pregresso ricorso in sede cantonale è stato giudicato inammissibile nella sua integralità. In particolare le censure di diritto federale qui sollevate sono sfuggite ad un esame di merito per carenza di motivazione (v. sentenza impugnata pag. 13 e seg.): contrariamente a quanto sostenuto dall'insorgente (ricorso pag. 5), l'ultima autorità cantonale ha semplicemente riassunto le considerazioni della Corte del merito senza però esprimersi sulla loro materiale sostanza ritenuto che le doglianze opposte nell'impugnativa sorvolavano completamente i motivi che hanno spinto il primo giudice a definire particolarmente grave la sua colpevolezza in relazione ai singoli reati (sentenza impugnata pag. 14). Il Tribunale federale non può quindi entrare nel merito delle censure in questione poiché il ricorrente in precedenza non ha regolarmente esaurito le vie di ricorso cantonali che aveva a disposizione e che gli permettevano di far riesaminare liberamente l'applicazione del diritto federale (v. art. 288 lett. a CPP/TI). Il rifiuto in quanto tale di entrare in materia non è altresì sindacabile nel quadro di un ricorso per cassazione nella misura in cui si basa su norme di diritto cantonale e non di diritto federale (art. 269 cpv. 1 PP; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2b), segnatamente sugli art. 287 e segg. CPP/TI.
1.3 Da quanto sopra discende che il ricorso per cassazione è inammissibile. Con questa decisione la richiesta di effetto sospensivo, comunque insufficientemente sostanziata alla luce dell'art. 272 cpv. 7 PP, diviene priva di oggetto. La domanda di assistenza giudiziaria è da respingere poiché il gravame, data la sua evidente irricevibilità giusta l'art. 268 n. 1 PP, appariva sin dall'inizio privo della possibilità di esito favorevole (art. 152 cpv. 1 PP). Le spese seguono pertanto la soccombenza (art. 156 cpv. 2 PP). Della situazione finanziaria del ricorrente si tiene però conto fissando una tassa di giustizia ridotta (art. 153a cpv. 1 PP).

Per questi motivi, visto l'art. 36a OG, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso per cassazione è inammissibile.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. La tassa di giustizia di fr. 1000.-- è posta a carico del ricorrente.
4. La domanda di effetto sospensivo è priva di oggetto.
5. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, nonché per conoscenza al patrocinatore della parte civile.