Sachverhalt:
A. Die 1966 geborene R._ war als administrative Angestellte der Unternehmung A._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 7. Februar 1998 einen Auffahrunfall erlitt. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese jedoch mit Verfügung vom 12. August 1999 per 31. August 1999 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien. Auf Einsprache der Versicherten hin kam die SUVA mit Schreiben vom 10. August 2001 auf diese Verfügung zurück und erbrachte rückwirkend ab 31. August 1999 weiterhin die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 29. Mai 2006 und Einspracheentscheid vom 30. Juni 2008 stellte die SUVA diese per 30. Juni 2006 ein.
B. Die von R._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 16. Februar 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt R._, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihre Leistungen auch über den 1. Juli 2006 hinaus zu erbringen. Zudem seien ihr die Kosten für das psychiatrische Gutachten des Dr. med. Z._ vom 30. September 2007 im Betrag von Fr. 3'284.50 zu ersetzen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar sind und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (zitiertes Urteil, E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (zitiertes Urteil, E. 9.4 und 9.5). Schliesslich wurden in E. 10 des zitierten Urteils die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
- besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrück- lichkeit des Unfalls;
- die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
- fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
- erhebliche Beschwerden;
- ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich ver- schlimmert;
- schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
- erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
3. Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der SUVA für die über den 30. Juni 2006 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden der Versicherten.
4. 4.1 Nach Würdigung der medizinischen Aktenlage ist die Vorinstanz zu Recht davon ausgegangen, dass aus dem Unfallereignis vom 7. Februar 1998 keine objektivierbaren strukturellen Befunde resultieren und mithin keine organisch hinreichend nachgewiesenen Unfallfolgen vorliegen, welche die über den 30. Juni 2006 hinaus geklagten Beschwerden zu erklären vermöchten. Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, vermag nicht zu einem anderen Ergebnis zu führen. Wie das kantonale Gericht zutreffend erwogen hat, stellen Untersuchungen mittels der funktionellen Magnetresonanztomographie (fMRI) jedenfalls nach dem heutigen Stand der medizinischen Wissenschaft kein geeignetes Beweismittel zur Beurteilung der Unfallkausalität von Beschwerden nach HWS-Traumen dar (<ref-ruling>). Dem von Dr. med. N._, Facharzt FMH für Medizinische Radiologie, am 20. Oktober 2006 mittels dieser Methode erhobenen Befund kann folglich für die Beurteilung der Unfallkausalität der geklagten Beschwerden nicht entscheidende Bedeutung beigemessen werden. Dasselbe gilt für die sich ausdrücklich auf diese Befunde stützenden Berichte des Dr. med. E._, Facharzt FMH für Anästhesie, vom 16. Januar 2008 und der Dr. med. O._, Fachärztin FMH für Innere Medizin und Rheumatologie, vom 23. Juni 2008.
4.2 Während die Vorinstanz die Frage, ob die geklagten Beschwerden natürlich kausal durch das Unfallereignis verursacht worden sind, offenliess, hatte die Beschwerdegegnerin das Vorliegen des natürlichen Kausalzusammenhanges sinngemäss bejaht. Aufgrund der Ausführungen des Dr. med. C._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 10. Dezember 2004 ist denn auch davon auszugehen, dass die Beschwerden mindestens teilweise durch das Unfallereignis vom 7. Februar 1998 bedingt sind, der status quo ante vel sine mithin nicht (wieder) erreicht wurde. Gestützt hierauf ist ein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen dem Ereignis und den geklagten Beschwerden zu bejahen; da es sich aber nicht um einen im Sinne der Rechtsprechung organisch objektiv nachgewiesenen Unfallschaden handelt, ist die Adäquanz dieses Kausalzusammenhanges speziell zu prüfen.
4.3 Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, traf das Unfallereignis vom 7. Februar 1998 eine psychisch vorbelastete Persönlichkeit; es verstärkte und akzentuierte bereits vorhandene Probleme. Daraus kann indessen entgegen den Ausführungen des kantonalen Gerichts noch nicht geschlossen werden, die Adäquanzprüfung habe nach jenen Kriterien, wie sie für psychische Unfallschäden entwickelt wurden (<ref-ruling>), zu erfolgen. Ausschlaggebend ist viel mehr, ob eine bestehende psychische Problematik als Teil des für solche Verletzungen typischen, einer Differenzierung kaum zugänglichen somatisch-psychischen Beschwerdebildes zu betrachten ist, oder aber ein von diesem zu trennendes, eigenständiges psychisches Leiden darstellt. Nur wenn in der Expertise überzeugend dargetan wird, dass die psychische Störung nicht Symptom der Verletzung ist, kann dafür eine andere Ursache gesehen werden (<ref-ruling> E. 9.5 S. 126). Die Beschwerdeführerin klagte nicht bloss innert kurzer Latenzzeit nach dem Unfall, sondern auch im Zeitpunkt des Fallabschlusses noch über Beschwerden, welche als dem nach Schleudertraumata oftmals beobachteten und daher als typisch bezeichneten vielschichtigen Beschwerdebild zugehörig betrachtet werden können. Insbesondere nannte die Versicherte gegenüber den Dres. med. S._ und M._, Neurologische Klinik und Poliklinik des Spitals X._, glaubhaft Kopf-, Nacken- und Schulterschmerzen, Übelkeit, Persönlichkeitsveränderung, Schwindel, Sehstörungen, Gedächtnis- und Konzentrationsstörungen sowie schnelle körperliche und geistige Ermüdbarkeit (vgl. das neurologische Gutachten vom 28. Januar 2004). Demgegenüber diagnostizierte Dr. med. C._ in seinem psychiatrischen Gutachten vom 10. Dezember 2004 keine eigenständige psychiatrische Störung; explizit verneinte der Gutachter für den Zeitpunkt der Exploration (2. Dezember 2004) das Bestehen einer Depression im klinischen Sinne. Somit ist die Adäquanz des Kausalzusammenhanges nach den Kriterien der sog. Schleudertrauma-Praxis zu prüfen (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130).
5. 5.1 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei wird eine einfache Auffahrkollision auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Ob dabei entgegen den Ausführungen der Vorinstanz, jedoch im Einklang mit der ersten (von der SUVA wieder zurückgenommenen) Verfügung vom 12. August 1999 aufgrund der nicht unerheblichen Kräfte, die auf den Körper der Versicherten einwirkten, von einem im engeren Sinne mittelschweren Unfall auszugehen wäre, kann vorliegend offenbleiben: Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges ist jedenfalls dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt sind.
5. 5.1 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei wird eine einfache Auffahrkollision auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Ob dabei entgegen den Ausführungen der Vorinstanz, jedoch im Einklang mit der ersten (von der SUVA wieder zurückgenommenen) Verfügung vom 12. August 1999 aufgrund der nicht unerheblichen Kräfte, die auf den Körper der Versicherten einwirkten, von einem im engeren Sinne mittelschweren Unfall auszugehen wäre, kann vorliegend offenbleiben: Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges ist jedenfalls dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt sind.
5.2 5.2.1 Beim Kriterium der Arbeitsunfähigkeit ist dem Umstand Rechnung zu tragen, dass bei leichten bis mittelschweren Schleudertraumata der HWS ein längerer oder gar dauernder Ausstieg aus dem Arbeitsprozess vom medizinischen Standpunkt aus als eher ungewöhnlich erscheint. Nicht die Dauer der Arbeitsunfähigkeit ist daher massgebend, sondern eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt. Darin liegt der Anreiz für die versicherte Person, alles daran zu setzen, wieder ganz oder teilweise arbeitsfähig zu werden. Gelingt es ihr trotz solcher Anstrengungen nicht, ist ihr dies durch Erfüllung des Kriteriums anzurechnen. Konkret muss ihr Wille erkennbar sein, sich durch aktive Mitwirkung raschmöglichst wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern, was schon der allgemeine sozialversicherungsrechtliche Grundsatz der Schadenminderungspflicht gebietet. Solche Anstrengungen der versicherten Person können sich insbesondere in ernsthaften Arbeitsversuchen trotz allfälliger persönlicher Unannehmlichkeiten manifestieren. Dabei ist auch der persönliche Einsatz im Rahmen von medizinischen Therapiemassnahmen zu berücksichtigen. Sodann können Bemühungen um alternative, der gesundheitlichen Einschränkung besser Rechnung tragende Tätigkeiten ins Gewicht fallen (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.). Rechtsprechungsgemäss ist dieses Kriterium dann besonders ausgeprägt erfüllt, wenn die versicherte Person Bemühungen, die eindeutig über das im Normalfall zu erwartende Ausmass hinausgehen, nachzuweisen in der Lage ist (Urteil 8C_987/2008 vom 31. März 2009 E. 6.7.2).
5.2.2 Die Akten belegen einen überdurchschnittlichen Willen der Versicherten, sich trotz persönlicher Unannehmlichkeiten sich raschmöglichst wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern: Vom 6. März 2000 bis 28. Februar 2001 absolvierte sie in zwei verschiedenen Werkstätten einen unbezahlten Arbeitsversuch. In der Zeit zwischen dem 1. Juli 2001 und dem 31. Mai 2003 war die Versicherte bei der gleichen Institution in einem geringfügig entlöhnten Praktikum arbeitstätig. Von September 2005 bis 30. Juni 2006 fand ein Arbeitsversuch im Tierspital Y._ statt; die Versicherte bemühte sich hierbei um eine Festanstellung, welche aber aus betrieblichen Gründen nicht möglich war. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin sind die zahlreichen Bewerbungen und die verschiedenen Arbeitsversuche nach dem für die Prüfung der Rentenfrage massgeblichen 30. Juni 2006 im Rahmen der Adäquanzprüfung nicht mehr zu berücksichtigen; doch bereits aufgrund ihres Einsatzes in der Zeit vor dem 30. Juni 2006 erscheint das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als ausgeprägt erfüllt.
5.2.3 Da bereits die ausgeprägte Erfüllung dieses einen Kriteriums genügt, um den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 7. Februar 1998 und den über den 30. Juni 2006 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden adäquat und damit als rechtsgenüglich erscheinen zu lassen, brauchen die übrigen Kriterien nicht weiter geprüft zu werden. Immerhin kann darauf hingewiesen werden, dass das Kriterium der erheblichen Beschwerden mindestens in seiner einfachen Form erfüllt ist.
5.3 Waren mindestens ein Teil (vgl. E. 4.2 hievor) der über den 30. Juni 2006 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden adäquat kausal durch das Unfallereignis vom 7. Februar 1998 verursacht, so ist die Beschwerde gutzuheissen und der Einsprache- und der kantonale Gerichtsentscheid sind aufzuheben. Die Sache ist zur Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung im Sinne der Erwägungen an die SUVA zurückzuweisen.
6. 6.1 Die Kosten eines von einer versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst aufgrund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 ff. [U 282/00]). Dies ist vorliegend nicht der Fall, so dass dem Antrag der Versicherten, die Kosten für das von ihr in Auftrag gegebene Gutachten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen, nicht stattzugeben ist.
6.2 Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Diese hat der Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 16. Februar 2009 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 30. Juni 2008 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die SUVA zurückgewiesen, damit sie über den Leistungsanspruch der Beschwerdeführerin im Sinne der Erwägungen neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer