Sachverhalt:
A. A.a Die 1972 geborene D._ war als Gebäudereinigerin im Heim E._ bei der Helsana Unfall AG (nachfolgend: Helsana) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 6. Januar 2004 mit ihrem Fahrzeug vor einer Ampel wartend einen Auffahrunfall erlitt. Die Helsana erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte die Übernahme der Heilungskosten aber mit Verfügung vom 25. April 2006 und Einspracheentscheid vom 2. Februar 2007 per 30. April 2006 und die Ausrichtung der Taggelder per 31. Mai 2005 ein. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern hob mit Entscheid vom 5. Februar 2008 den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zu weiteren Abklärungen an die Helsana zurück.
A.b Nach Einholung eines psychiatrischen Gutachtens bei Dr. med. C._ vom 28. Juli 2008 stellte die Helsana die Übernahme der Heilungskosten mit Verfügung vom 13. Februar 2009 per 30. April 2006 und die Ausrichtung der Taggelder per 30. August 2005 ein. Mit Einspracheentscheid vom 10. Juli 2009 korrigierte sie ihre Verfügung insofern als sie die Einstellung der gesetzlichen Leistungen per 31. Dezember 2006 verfügte.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 14. Juni 2010 ab.
C. Mit Beschwerde lässt D._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und über den 31. Dezember 2006 hinaus die Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen, insbesondere von Taggeldern und die Übernahme von Heilbehandlungskosten, Transportkosten, Auslagenersatz etc., beantragen. Eventualiter sei eine Invalidenrente von mindestens 50 % und eine Integritätsentschädigung von mindestens 50 % zuzusprechen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht.
Die Helsana und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
1.2 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; vgl. zur Geltung dieses Grundsatzes im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung: <ref-ruling> E. 3.4 S. 199 f.). Solche Umstände können namentlich in formellrechtlichen Mängeln des angefochtenen Entscheids liegen, mit denen die Partei nicht rechnete und nach Treu und Glauben nicht zu rechnen brauchte, oder darin, dass die Vorinstanz materiell in einer Weise urteilt, dass bestimmte Sachumstände neu und erstmals rechtserheblich werden. Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass im Sinne von <ref-law> für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können (nicht publ. E. 2.3 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2009 BVG Nr. 30 S. 109, 9C_920/2008). Das Vorbringen von Tatsachen oder Beweismitteln, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereigneten oder entstanden (sog. echte Noven), ist vor Bundesgericht unzulässig (Urteil 2C_761/2009 vom 18. Mai 2010 E. 4).
Der Bericht der Dr. med. S._ vom 12. Juli 2010 wurde nach dem Entscheid der Vorinstanz erstellt und bezieht sich auf das Vorliegen von organisch objektivierbaren Befunden, wobei sich die Ärztin auf Untersuchungen bezieht, welche der Beschwerdegegnerin und der Vorinstanz bei ihren Entscheiden bekannt waren. Das Fehlen organisch objektivierbarer Befunde wurde bereits bei der von der Beschwerdegegnerin in Verfügung und Einspracheentscheid verneinten Adäquanz des Kausalzusammenhangs vorausgesetzt (vgl. das auch dort zitierte Urteil <ref-ruling> E. 2 S. 111 f.). Der Bericht des Dr. med. P._ vom 4. November 2005 hätte zudem ohne Weiteres bereits im verwaltungsrechtlichen Verfahren oder im Verfahren vor dem kantonalen Gericht eingereicht werden können. Die beiden von der Beschwerdeführerin im bundesgerichtlichen Verfahren neu eingereichten Unterlagen müssen daher unbeachtet bleiben.
2. Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend.
3. Die Vorinstanz hat in Würdigung der medizinischen Akten erwogen, für die Beschwerdesymptomatik sei kein unfallbedingtes organisch objektivierbares Substrat verantwortlich.
Diese Schlussfolgerung erweist sich als rechtens. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann nur dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_216/2009 vom 28. Oktober 2009 E. 2 mit Hinweis, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2010 UV Nr. 6 S. 25). Weder konventionelle Röntgenaufnahmen der HWS gemäss dem ersten ärztlichen Bericht vom 29. Mai 2004 noch die MRI-Untersuchung der HWS vom 7. Oktober 2004 ergaben organisch unfallbedingte Befunde. Eine ossäre Läsion, eine Discushernie oder eine Neurokompression konnten nicht nachgewiesen werden. Aus der verminderten segmentalen Beweglichkeit C5/C6 und C6/C7 in sog. Funktionsaufnahmen lassen sich ebenfalls keine organisch objektiv ausgewiesenen unfallbedingten Befunde folgern (zur diagnostischen Methode des funktionellen MRI vgl. <ref-ruling>). Sowohl der Vertrauensarzt der Beschwerdegegnerin Dr. med. A._ als auch die Ärzte der Klinik B._ konnten in der Folge keine hinreichend objektivierbare Unfallfolgen in ihren Berichten vom 28. Januar und 29. März 2005 feststellen. Letztere diagnostizierten ein zervikozephales und zerviko-brachiales Schmerzsyndrom.
4. Sind die anhaltenden Beschwerden nicht auf einen organisch hinreichend nachweisbaren Gesundheitsschaden zurückzuführen, so ist die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Ereignis vom 6. Januar 2004 und diesen Beschwerden speziell zu prüfen.
Der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen hat in dem Zeitpunkt zu erfolgen, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist. Dieser bestimmt sich namentlich nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit unfallbedingt beeinträchtigt. Die zu erwartende Besserung durch weitere Behandlung muss dabei ins Gewicht fallen. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (<ref-ruling> E. 4.3 S. 115).
Die Vorinstanz legte dar, seit Anfang 2007 präsentiere sich der Gesundheitszustand unverändert, weshalb die Adäquanzprüfung per Ende 2006 nicht verfrüht sei. Diese Ausführungen stimmen mit den Akten überein. Bereits im Austrittsbericht der Rehaklinik Bellikon vom 29. März 2005 gaben die Ärzte an, unter Berücksichtigung des Verlaufs und der aktuellen klinischen Befunde sei eine Steigerung der Arbeitsfähigkeit als Gebäudereinigerin auch in Zukunft eher unrealistisch. In den folgenden Berichten der behandelnden Ärztin Dr. med. S._ wurde ein Steigerung der Arbeitsfähigkeit ebenfalls verneint. Am 8. August 2005 bescheinigte sie im Gegenteil, dass ihre im Zwischenbericht vom 10. Dezember 2004 vorgesehene Steigerung der Arbeitsfähigkeit von 50 auf 75 % nicht habe realisiert werden können. Auch Dr. med. C._ gab in seinem Gutachten vom 28. Juli 2008 an, die Beschwerdeführerin sei bis 2006 ein Jahr lang in psychiatrischer Behandlung gewesen, welche keine wesentliche Besserung der Beschwerden bewirkt habe. Insgesamt hätten sämtliche therapeutischen Bemühungen, inklusive physiotherapeutische Massnahmen, medikamentöse Therapie und Psychotherapie die Chronifizierung des Leidens der Beschwerdeführerin nicht verhindern können. Der Verlauf im psychiatrischen Bereich zeige sich eher progredient und eine Psychotherapie könne allenfalls dazu führen, dass sich die Beschwerdeführerin längerfristig stabilisiere.
Von einer namhaften Besserung des Gesundheitszustands mit - insbesondere - einer wesentlichen Steigerung der Arbeitsfähigkeit kann somit - entgegen dem Einwand in der Beschwerde - gemäss den Akten nicht mehr ausgegangen werden. Die Vorinstanz durfte zu Recht die Adäquanzprüfung vornehmen.
5. Die Adäquanz des Kausalzusammenhangs ist weder durch ein medizinisches Gutachten zu beurteilen noch ist hier das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit oder die Beweislastverteilung bei Beweislosigkeit anwendbar, wovon die Beschwerdeführerin fälschlicherweise ausgeht. Medizinische Fachleute können lediglich zum natürlichen Kausalzusammenhang als Tatfrage Stellung nehmen. Die Beurteilung der Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung ist hingegen als Rechtsfrage von der rechtsanwendenden Behörde zu beurteilen (<ref-ruling> E. 1b S. 33). Aus dem psychiatrischen Gutachten von Dr. med. C._ vom 28. Juli 2008 lässt sich daher nichts in Bezug auf die Adäquanz des Kausalzusammenhangs folgern.
Die Vorinstanz nahm unbestrittenermassen eine Beurteilung der Adäquanz nach den Vorgaben gemäss <ref-ruling> vor. Die Beschwerdeführerin kritisiert die Beurteilung der einzelnen Adäquanzkriterien durch das kantonale Gericht.
5.1 Als die Versicherte am 6. Januar 2004 im Auto vor einer roten Ampel wartete, fuhr ein anderes Fahrzeug von hinten auf ihr Auto auf. Dieses Ereignis ist rechtsprechungsgemäss als mittelschwerer im Grenzbereich zu einem leichten Unfall zu qualifizieren (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06 E. 5.2).
5.2 Der Auffahrunfall hat sich weder unter besonders dramatischen Begleitumständen ereignet noch war er von besonderer Eindrücklichkeit. Entsprechende Umstände liegen nicht vor (vgl. Zusammenfassung der Rechtsprechung zu diesem Kriterium im Urteil 8C_915/2008 vom 11. September 2009 E. 5.3). Nichts anderes kann aus den gesundheitlichen Folgen abgeleitet werden. Gleiches gilt beim Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen. Wenn die Beschwerdeführerin argumentiert, das bestehende Beschwerdebild könne nur bei einer speziellen Körperhaltung beim Unfall erfolgt sein, so unterliegt sie einem Zirkelschluss. Wie die Vorinstanz richtig ausführte, ist den Akten keine spezielle Körperhaltung der Beschwerdeführerin während des Unfalls zu entnehmen. Im Dokumentationsbogen für Erstkonsultationen nach kranio-zervikalem Beschleunigungstrauma wurde im Gegenteil angegeben, die Kopfstellung sei gerade gewesen.
Zutreffend ist auch die Beurteilung der übrigen Adäquanzkriterien durch das kantonale Gericht. Für die Bejahung des Kriteriums der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung werden praxisgemäss deutlich höhere Anforderungen gestellt (vgl. SVR 2009 UV Nr. 22 S. 80, 8C_209/2008 E. 5.4), und eine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmerte, liegt nicht vor. Es bedarf hierzu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben. Der Abbruch der Psychotherapie nach einem Jahr, welche keine wesentliche Besserung gebracht hatte, stellt keinen solchen besonderen Grund dar. Das kantonale Gericht bejahte angesichts der glaubhaften Schmerzen und Beeinträchtigung, welche die Beschwerdeführerin im Lebensalltag erfährt, und unter Berücksichtigung ihrer Tätigkeit als Reinigungskraft im Umfang von 50 % das Kriterium der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit, trotzt ausgewiesener Anstrengungen, allerdings nicht in ausgeprägter Weise. Auch diese Beurteilung erweist sich als begründet und schlüssig.
Bei zwei erfüllten Adäquanzkriterien verneinte die Vorinstanz zu Recht das Vorliegen eines adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis vom 6. Januar 2004 und den über den 31. Dezember 2006 hinausgeklagten Beschwerden. Die Beschwerde ist daher abzuweisen und die Einstellung sämtlicher Leistungen durch die Beschwerdegegnerin auf diesen Zeitpunkt zu schützen.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).
Gemäss <ref-law> wird einer Partei die unentgeltliche Rechtspflege nur gewährt, wenn sie bedürftig ist und ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Bedürftigkeit ist gegeben, wenn die Gesuch stellende Person ohne Beeinträchtigung des für sie und ihre Familie nötigen Lebensunterhaltes nicht in der Lage ist, die Prozesskosten zu bestreiten (<ref-ruling> E. 2.5.1 S. 232), wobei das Einkommen beider Ehegatten zu berücksichtigen ist (<ref-ruling> E. 3a S. 195). Gemäss den eingereichten Unterlagen steht beiden Ehegatten ein Einkommen von insgesamt Fr. 7'907.- pro Monat (inklusive 13. Monatslohn des Ehemanns und Kinderzulagen) zur Verfügung. Dem steht ein um 25 % erhöhter Grundbedarf des Ehepaars (Fr. 1'550.-) und der beiden 1994 und 1998 geborenen Kinder (je Fr. 500.-) sowie des 2000 geborenen Kindes (Fr. 350.-) von insgesamt Fr. 3'625.- gegenüber. Gemäss den Angaben im Erhebungsbogen für die unentgeltliche Rechtspflege und den eingereichten Belegen fallen anrechenbare Auslagen von Fr. 1'219.50 für Wohnungsmiete (inklusive zusätzlicher Nebenkosten) an. Die Krankenkassenprämien nach KVG für alle Familienmitglieder belaufen sich auf Fr. 612.40 (Fr. 280.-, 247.10, 72.70, 72.70 und 49.90, abzüglich Prämienverbilligung von Fr. 110.-). Die geltend gemachten Schulden und deren regelmässige Tilgung sind nicht ausgewiesen, weshalb sie nicht anzurechnen sind (SVR 2007 AHV Nr. 7 S. 19, H 27/05 E. 4.1.2.4). Die Ausgaben belaufen sich damit auf insgesamt Fr. 5'456.90 und es resultiert ein Überschuss von rund Fr. 2'450.-. Angesichts dessen ist es der Beschwerdeführerin zuzumuten, für die Gerichts- und die Anwaltskosten selber aufzukommen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Dezember 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner