Sachverhalt:
A. Mit dem Fahrplanwechsel am 13. Dezember 2009 nahm die Baselland Transport AG (BLT) die neue Buslinie 64 von Arlesheim über Oberwil nach Allschwil in Betrieb. Das Gymnasium Oberwil erhielt dabei eine eigene Haltestelle "Gymnasium". In Fahrtrichtung Allschwil konnte die definitive Haltestelle erstellt werden, während in der Gegenrichtung ein Provisorium eingerichtet wurde.
B. Mit undatiertem Entscheid Nr. 515 ordnete die Bau- und Umweltdirektion des Kantons Basel-Landschaft an, dass die Einwohnergemeinde Oberwil einen Beitrag von 50% an die Kosten für die Haltestelle "Gymnasium" (Fahrtrichtung Allschwil) zu leisten habe, d.h. ca. Fr. 205'000.--. Für die definitive Höhe des Beitrages sei die Bauabrechnung massgebend. Die von der Einwohnergemeinde Oberwil dagegen erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft mit Beschluss vom 17. Mai 2011 ab. Die anschliessende Beschwerde an das Kantonsgericht Basel-Landschaft blieb erfolglos.
C. Vor Bundesgericht beantragt die Einwohnergemeinde Oberwil, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 2. Mai 2012 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonsgericht Basel-Landschaft verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Bau- und Umweltschutzdirektion des Kantons Basel-Landschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
D. Mit Verfügung vom 19. Oktober 2012 erteilte der Abteilungspräsident der Beschwerde aufschiebende Wirkung.
E. Am 17. Dezember 2012 reichte die Beschwerdeführerin unaufgefordert eine Replik ein. Die Bau- und Umweltschutzdirektion des Kantons Basel-Landschaft duplizierte am 8. Januar 2013.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin stellt keinen formellen Antrag in der Sache, sondern beschränkt sich darauf, die Kassation des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung an die Vorinstanz zu beantragen. Aus der Begründung geht hervor, dass die Beschwerdeführerin eine erhebliche Senkung der Kostenbeteiligung beantragt, ohne diese Senkung konkret zu beziffern. Eine solche Eingabe genügt den gesetzlichen Formvorschriften grundsätzlich nicht (<ref-law>; <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.; s. allerdings auch <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 414 f.). Vorliegend ist jedoch zu beachten, dass die Sache bei Gutheissung der Eingabe aufgrund der fehlenden tatsächlichen Beurteilungsgrundlagen für eine konkrete Bezifferung der Kostenbeteiligung an die kantonalen Behören zurückzuweisen wäre. Insoweit erfüllt die Eingabe daher die gesetzlichen Formvorschriften (<ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 490; Urteil 2C_698/2008 vom 6. März 2008 E. 1.4).
1.2 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid eines oberen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG).
1.2 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid eines oberen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG).
1.3 Die Beschwerdeführerin kann sich auf die allgemeine Legitimationsklausel von <ref-law> stützen. Obschon diese Regelung auf die Beschwerdeführung durch Private zugeschnitten ist, kann sich auch ein Gemeinwesen darauf berufen, sofern es durch den angefochtenen Hoheitsakt gleich oder ähnlich wie ein Privater betroffen oder aber in qualifizierter Weise in schutzwürdigen eigenen hoheitlichen Interessen berührt ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 47; <ref-ruling> E. 3.1 S. 157 ff.; je mit Hinweisen). Gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel dürfen öffentliche Gemeinwesen zwar nur restriktiv zur Beschwerdeführung zugelassen werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.1.1 S. 209). Bejaht wird die Beschwerdebefugnis nach der Rechtsprechung aber unter anderem dort, wo ein Gemeinwesen Adressat einer von einem anderen Gemeinwesen getroffenen Verfügung ist, mit der finanzielle Leistungen auferlegt oder verweigert werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 511; <ref-ruling> E. 2.3 S. 353 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 383). Eine solche Streitsache zwischen verschiedenen Gemeinwesen liegt hier vor, da die Beschwerdeführerin materielle Verfügungsadressatin des vom Kanton Basel-Landschaft erlassenen Kostenentscheids ist. Auf die im Übrigen form und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht (<ref-law>), wozu namentlich das Willkürverbot (<ref-law>) und die anderen verfassungsmässigen Rechte zählen (<ref-ruling> E. 2 S. 149 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 145; <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 157 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 351). Dabei prüft das Bundesgericht die Einhaltung der verfassungsmässigen Grundsätze des <ref-law> ausserhalb von Grundrechtseingriffen im Zusammenhang mit kantonalem Recht nur auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 8.2 S. 393; <ref-ruling> E. 7.3.2 S. 182; <ref-ruling> E. 4 S. 156 ff.).
2.2 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 7.1 S. 51; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f.; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
3. 3.1 Strittig ist vorliegend die Auslegung von § 34 des Strassengesetzes des Kantons Basel-Landschaft vom 24. März 1986 (SGS 430; nachfolgend: StrG/BL): "An die Kosten von Bushaltestellen bei Kantonsstrassen hat die Gemeinde einen Beitrag von in der Regel 50% zu leisten." Die Norm befindet sich im Kapitel zur Finanzierung der Strassen (§§ 31 ff. StrG/BL), wobei die Kosten für den Bau, Ausbau und die Korrektion der - unter Hoheit und im Eigentum des Kantons stehenden (vgl. § 8 Abs. 1 StrG/BL) - Kantonsstrassen vom Kanton getragen werden (§ 32 Abs. 2 Satz 1 StrG/BL). Die Gemeinden haben an diese Kosten unter Vorbehalt der §§ 33 und 34 StrG/BL keine Beiträge zu leisten (§ 32 Abs. 2 Satz 2 und 3 StrG/BL). Grundeigentümer oder dinglich Berechtigte haben einen angemessenen Kostenbeitrag zu leisten, soweit die Erstellung von Teilen der Fahrbahn, von Parkierungsflächen und Trottoiranlagen vorwiegend ihren Interessen dient (§ 32 Abs. 2 Satz 4 StrG/BL). § 33 StrG/BL regelt die Kostentragungspflicht für Sonderfälle (Strassenkreuzungen, Über- und Unterführungen, Signalanlagen) und stellt dabei darauf ab, wer die Kosten verursacht (§ 33 Abs. 1 und 3 StrG/BL) und in wessen Interesse die Bauwerke liegen (§§ 33 Abs. 2 StrG/BL). So hat eine Gemeinde an die Kosten von Personenüber- und -unterführungen sowie Fussgängersignalanlagen bei Kantonsstrassen innerhalb des Baugebietes einen Beitrag nach Massgabe der Interessenlage zu leisten (§ 33 Abs. 2 StrG/BL).
3.2 Die Vorinstanz geht davon aus, § 34 StrG/BL räume der verfügenden Behörde einen erheblichen Ermessensspielraum ein und lege nicht fest, wie das Ermessen auszuüben sei. Die Verwaltungspraxis, wonach ausschliesslich im Rahmen von grossen Strassenbauvorhaben oder Strassenerhaltungsprojekten vom Regelfall der hälftigen Kostenaufteilung zwischen Kanton und Gemeinde nach § 34 StrG/BS abgesehen werde, bewege sich innerhalb des Beurteilungsspielraums dieser Norm und sei daher zulässig. Aus dem Wortlaut der Norm und ihrer gesetzlichen Einbettung ergebe sich, dass weder eine spezielle Interessenlage noch das Verursacherprinzip zu berücksichtigen seien.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt, die von der Vorinstanz zu Unrecht geschützte Verwaltungspraxis stelle eine übermässige Schematisierung dar und resultiere in einer Ermessensunterschreitung. Räume der Gesetzgeber einer Verwaltungsbehörde Ermessen ein, seien die besonderen Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen. Dies erfordere den Einbezug einer Vielzahl von Gründen bzw. Situationen für eine mögliche Regelabweichung. Vorliegend würden namentlich die Interessenlage, das Verursacherprinzip, die Höhe der Baukosten und die bereits vorhandene Erschliessung durch den öffentlichen Verkehr eine Abweichung von der hälftigen Kostenbeteiligung erfordern.
3.4 Ob eine von der Vorinstanz abweichende Auslegung von § 34 StrG/BL vertretbar oder gar vorzuziehen wäre, braucht angesichts der eingeschränkten Kognition des Bundesgerichts nicht abschliessend beantwortet zu werden (vgl. E. 3.5). Immerhin sind die Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht leichthin von der Hand zu weisen. So legt es die Gesetzessystematik nahe, dass der Gesetzgeber davon ausgegangen ist, eine hälftige Kostenbeteiligung der Gemeinde sei mit Blick auf die Interessenlage im Regelfall eine sach- bzw. realitätsgerechte Lösung. Die Bezugnahme auf die Interessenlage wäre damit das verbindende Element der Ausnahmebestimmungen zur Grundregelung der Kostentragungspflicht durch den Kanton (§ 32 Abs. 2 Satz 1 StrG/BL). Eine solche Auslegung würde zudem das auch im innerkantonalen Verhältnis zu beachtende Anliegen fiskalischer Äquivalenz aufnehmen (vgl. Art. 43a Abs. 2 und 3 BV; Art. 2 und 3 der Rahmenvereinbarung vom 24. Juni 2005 für die interkantonale Zusammenarbeit mit Lastenausgleich [Rahmenvereinbarung, IRV; SGS 149.91]). Ihr widerspräche es, wenn die Beschwerdeführerin Kosten für eine vom Kanton erstellte Leistung zu übernehmen hätte, ohne daraus einen Nutzen zu ziehen. Schliesslich ist zu beachten, dass die Abweichung von der Regelordnung in § 34 StrG/BL bei Strassenbauvorhaben und Strassenerhaltungsprojekten insoweit eine "unechte" Ausnahme darstellt, als die Kosten für eine Bushaltestelle nach den vorinstanzlichen Ausführungen beim Bau bzw. bei der Sanierung einer Kantonsstrasse grösstenteils ohnehin anfallen würden (z.B. Baustelleninstallationen, Randabschlüsse, Werkleitungen). Bei solchen "Ohnehin-Kosten" geriete eine Kostenbeteiligung der Gemeinde in Konflikt zur Grundregelung in § 32 Abs. 2 StrG/BL, wonach der Kanton die Kosten für Kantonsstrassen zu tragen hat.
3.4 Ob eine von der Vorinstanz abweichende Auslegung von § 34 StrG/BL vertretbar oder gar vorzuziehen wäre, braucht angesichts der eingeschränkten Kognition des Bundesgerichts nicht abschliessend beantwortet zu werden (vgl. E. 3.5). Immerhin sind die Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht leichthin von der Hand zu weisen. So legt es die Gesetzessystematik nahe, dass der Gesetzgeber davon ausgegangen ist, eine hälftige Kostenbeteiligung der Gemeinde sei mit Blick auf die Interessenlage im Regelfall eine sach- bzw. realitätsgerechte Lösung. Die Bezugnahme auf die Interessenlage wäre damit das verbindende Element der Ausnahmebestimmungen zur Grundregelung der Kostentragungspflicht durch den Kanton (§ 32 Abs. 2 Satz 1 StrG/BL). Eine solche Auslegung würde zudem das auch im innerkantonalen Verhältnis zu beachtende Anliegen fiskalischer Äquivalenz aufnehmen (vgl. Art. 43a Abs. 2 und 3 BV; Art. 2 und 3 der Rahmenvereinbarung vom 24. Juni 2005 für die interkantonale Zusammenarbeit mit Lastenausgleich [Rahmenvereinbarung, IRV; SGS 149.91]). Ihr widerspräche es, wenn die Beschwerdeführerin Kosten für eine vom Kanton erstellte Leistung zu übernehmen hätte, ohne daraus einen Nutzen zu ziehen. Schliesslich ist zu beachten, dass die Abweichung von der Regelordnung in § 34 StrG/BL bei Strassenbauvorhaben und Strassenerhaltungsprojekten insoweit eine "unechte" Ausnahme darstellt, als die Kosten für eine Bushaltestelle nach den vorinstanzlichen Ausführungen beim Bau bzw. bei der Sanierung einer Kantonsstrasse grösstenteils ohnehin anfallen würden (z.B. Baustelleninstallationen, Randabschlüsse, Werkleitungen). Bei solchen "Ohnehin-Kosten" geriete eine Kostenbeteiligung der Gemeinde in Konflikt zur Grundregelung in § 32 Abs. 2 StrG/BL, wonach der Kanton die Kosten für Kantonsstrassen zu tragen hat.
3.5 3.5.1 Selbst wenn man jedoch mit der Beschwerdeführerin davon ausgehen wollte, dass für das Vorliegen einer Ausnahme namentlich auf die Interessenlage abzustellen sei, ist der vorinstanzliche Entscheid im Ergebnis nicht willkürlich. Denn auch unter Bezugnahme auf die Interessenlage ist die gesetzgeberische Wertung in § 34 StrG/BL zu beachten, wonach die hälftige Kostenbeteiligung der Gemeinde grundsätzlich der Interessenlage entspricht. Eine solche typisierende Norm liegt namentlich im Interesse einer vollzugstauglichen und praktikablen Lösung, worauf sinngemäss auch die Bau- und Umweltschutzdirektion des Kantons Basel-Landschaft hinweist (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 7; <ref-ruling> E. 3.2 S. 215; <ref-ruling> E. 2d S. 45 f.; Urteil 2C_572/2010 vom 23. März 2011 E. 5.5.4). Ausnahmen wären - unter den hier massgeblichen Willkürgesichtspunkten - namentlich dann zuzulassen, wenn die Regelordnung mit Blick auf die Interessenlage zu einem geradezu stossenden Ergebnis führen würde. Dabei räumt das offen gehaltene Kriterium der Interessenlage den Vollzugsbehörden einen weiten Entscheidungsspielraum ein.
3.5.2 Vorliegend ist es nicht offensichtlich unhaltbar, die Regelordnung des § 34 StrG/BL greifen zu lassen. Das Gymnasium Oberwil liegt zwar ausserhalb des Baugebiets, doch gilt die Regel der hälftigen Kostenbeteiligung auch dort. Zudem wird das Gymnasium unstrittig auch von Einwohnerinnen und Einwohnern der Beschwerdeführerin besucht und erweist sich darüber hinaus als Standortvorteil für die Beschwerdeführerin. Diese zieht somit einen Nutzen aus dem Bestehen einer weiterführenden Schule auf ihrem Gemeindegebiet. Nicht ausschlaggebend ist entgegen der Beschwerdeführerin, dass vorwiegend auswärtige Personen auf die Busverbindung angewiesen sein dürften.
3.5.3 Daran vermögen auch die übrigen von der Beschwerdeführerin angerufenen Umstände nichts zu ändern, wobei offenbleiben kann, inwieweit sie mit Blick auf den Regelungszweck bzw. die Interessenlage überhaupt Berücksichtigung finden könnten. Dass die Kostenbeteiligung der Beschwerdeführerin finanziell offensichtlich unzumutbar wäre, legt sie nicht rechtsgenüglich dar. Im Weiteren ist die anderweitig bestehende Erschliessung des Gymnasiums durch den öffentlichen Verkehr kein Grund, um den vorinstanzlichen Entscheid als im Ergebnis stossend zu qualifizieren, befindet sich doch die nächstgelegene Bushaltestelle in einer Entfernung von rund 400 Metern.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Egli