Sachverhalt:
A. X._ betreibt die Einzelfirma Y._, die einen Handel mit elektrotechnischen Artikeln und Verbindungselementen führt. Er ist zudem Inhaber der Z._ AG, Bern, welche neben der Verarbeitung, Herstellung und Handel sowie Import und Export von technischen Lederwaren etc. das Führen eines Geschäfts der Litho-, Werbe- und Verpackungsbranche bezweckt.
Nachdem die Steuerverwaltung des Kantons Bern im Jahr 2003 festgestellt hatte, dass X._ in seinen persönlichen Steuererklärungen ein Aktionärspassivdarlehen bzw. ein Guthaben von rund 1,66 Millionen Franken gegenüber der Z._ AG nicht als Vermögen deklariert hatte, eröffnete sie im August 2003 gegen ihn ein Steuerhinterziehungsverfahren.
Mit Verfügungen vom 18. Februar 2005 erhob die Steuerverwaltung des Kantons Bern bei X._ bei der Direkten Bundessteuer für die Jahre 1995 bis 2001 neben einer Nachsteuer (einschliesslich Verzugszins) im Betrag von Fr. 266'997.10 eine Busse von Fr. 269'905.--. Im Einspracheverfahren wurde die Busse auf den Betrag der Nachsteuer von Fr. 215'924.-- herabgesetzt. Seine dagegen gerichtete Beschwerde wurde am 18. August 2009 von der Steuerrekurskommission des Kantons Bern abgewiesen.
B. Mit auf Grund der Rechtsmittelbelehrung beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern eingereichter und von diesem dem Bundesgericht übermittelter Beschwerde beantragt X._, den Entscheid der kantonalen Steuerrekurskommission betreffend die Hinterziehung von Einkommenssteuern des Bundes in den Steuerjahren 1995 bis 2001 aufzuheben und ihn freizusprechen.
Die Steuerrekurskommission und die Steuerverwaltung des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern betreffend die direkte Bundessteuer für die Steuerjahre 1995 bis 2000 ist ein auf Bundesrecht gestütztes, letztinstanzliches Urteil, gegen welches die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen steht; aus Gründen der Prozessökonomie und der Beschleunigung des Verfahrens gilt dies auch für die direkte Bundessteuer für das Steuerjahr 2001 (vgl. Urteil 2C_223/2008 vom 9. Februar 2009 E. 1). Da die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und Beschwerdeverfahren sinngemäss auch für das Hinterziehungsverfahren gelten (<ref-law>) ist die Eingabe des Beschwerdeführers als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst die Verletzung der Unschuldsvermutung (Art. 6 Ziff. 2 EMRK und <ref-law>) als Beweislast- und als Beweiswürdigungsregel.
2.2 Der Steuerpflichtige hat die Steuererklärung vollständig, wahrheitsgemäss und fristgerecht einzureichen (Urteil 2A.572/1999 vom 13. Juli 2001 E. 3b).
2.3 Nach <ref-law> wird u.a. mit Busse bestraft, wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. Die Busse beträgt bei vollendeter Steuerhinterziehung in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer; sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden (<ref-law>).
2.4 Beim Hinterziehungsverfahren im Recht der direkten Bundessteuer handelt es sich um ein echtes Strafverfahren, für welches die strafprozessualen Garantien, insbesondere auch jene der in <ref-law> und Art. 6 EMRK verankerten Unschuldsvermutung, gelten (<ref-ruling> E. 3a/b S. 281 ff.). Auch wenn sich die Unschuldsvermutung nur auf den Schuldnachweis und grundsätzlich nicht auf die Art und Höhe der Strafe bezieht, gehört zum Schuldnachweis auch, welchen Betrag der Pflichtige hinterzogen hat.
2.4.1 Der aus der Unschuldsvermutung abgeleitete Grundsatz in "dubio pro reo" besagt als Beweislastregel, dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen, und nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss. Als Beweiswürdigungsregel bedeutet die Maxime, dass sich die Strafbehörden nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären dürfen, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat (<ref-ruling> E. 2a).
2.4.2 Aus der Unschuldsvermutung und dem darin enthaltenen Grundsatz "in dubio pro reo" ergibt sich demnach, dass der Strafsteuer keine Sachverhaltselemente zugrunde gelegt werden dürfen, über deren Verwirklichung bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage Zweifel bestehen müssen oder die nur als wahrscheinlich gelten. Soweit die Steuerbehörden steuerbegründende Sachverhaltselemente nur mit dem Grad der Wahrscheinlichkeit ermitteln, aber nicht zur Überzeugung gelangen, dass sie sich verwirklicht haben, können solche Sachverhaltselemente nicht Grundlage für die Strafsteuer bilden. Dies schliesst allerdings nicht aus, dass die hinterzogenen Einkommens- und Vermögensteile im Rahmen der Beweiswürdigung dem Betrage nach durch Schätzung festgesetzt werden können, wenn sie auf diese Weise hinreichend sicher zu ermitteln sind, denn die Schätzung stellt eine besondere Art des Indizienbeweises dar (Urteil 2A.572/1999 vom 13. Juli 2001 E. 5d).
Werden Steuerpflichtige nach Ermessen veranlagt, so liegt ebenfalls eine Schätzung vor. Diese hat sich notwendigerweise auf natürliche Vermutungen, Erfahrungszahlen und dergleichen zu stützen. Was hier verlangt wird, ist, dass sich die kantonalen Instanzen über die Haltbarkeit ihrer Vermutungen soweit möglich vergewissern, bevor sie die Schätzung vornehmen bzw. bestätigen. Die Steuerpflichtigen sollen möglichst entsprechend ihrer wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit eingeschätzt werden. Das setzt eine Würdigung der gesamten Verhältnisse voraus. Die Steuerbehörden haben eine vorsichtige Schätzung vorzunehmen. Dieses Vorgehen ist mit dem Prinzip der Unschuldsvermutung vereinbar. Die sich aus einer derart vorgenommenen Schätzung ergebenden Beträge können daher grundsätzlich auch für die Bemessung der Strafsteuer verwertet werden. Allerdings dürfen die Steuerbehörden dann keine steuerbegründenden Sachverhaltselemente in die Schätzung einbeziehen, die sie nur mit dem Grad der Wahrscheinlichkeit ermittelt haben, ohne zur Überzeugung gelangt zu sein, dass sie sich verwirklicht haben (Urteil Urteil 2A.572/1999 vom 13. Juli 2001 E. 5e).
2.5 Ob die Veranlagung des Beschwerdeführers eine Ermessenstaxation war oder nicht, spielt entgegen seiner Auffassung keine Rolle. Denn dies wäre allenfalls dann von Bedeutung, wenn der ihm zur Last gelegte Sachverhalt lediglich unter dem Druck einer angedrohten Ermessenstaxation hätte festgestellt werden können (vgl. <ref-law>, in Kraft seit 1. Januar 2008; vgl. BBl 2006 4030 f.); dass dies der Fall wäre, legt der Beschwerdeführer weder dar, noch ergibt sich dies aus den Akten. Es kann daher offen bleiben, ob diese - sich bereits aus Art. 6 EMRK ergebenden (vgl. BBl 2006 4025 f.) - Grundsätze bereits bei Einleitung des Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahrens im Jahr 1993 anwendbar gewesen wären. Unter diesen Umständen durfte sich die Steuerbehörde auf die Ergebnisse des Nachsteuerverfahrens stützen.
2.6 Der Beschwerdeführer hat für seine Einzelfirma Y._ in den Jahren 1995 bis 1997 Gewinne zwischen Fr. 15'000.-- und Fr. 25'000.-- sowie in den Jahren 1998 und 2001 Verluste ausgewiesen. Die Steuerbehörde hat anhand von Kontoauszügen der Z._ AG festgestellt, dass der Beschwerdeführer in den Jahren 1991 bis 2001 insgesamt Fr. 1'294'563.-- (in den für die direkte Bundessteuer massgebenden Jahren 1995 bis 2001 insgesamt Fr. 1'249'200.--) - vorwiegend als Bareinzahlungen (Kassaeinlagen, mit welchen u.a. Löhne bezahlt wurden [Schreiben der kantonalen Steuerverwaltung vom 17. Februar 2004 an den Beschwerdeführer]) - in die ebenfalls ihm gehörende Z._ AG eingebracht hatte. Weiter wies die Buchhaltung seiner Einzelfirma Y._ - ohne Angaben über den Gläubiger - ein Passivdarlehen von Fr. 500'000.-- aus; auf Anfrage der Steuerbehörde hin gab der Beschwerdeführer bekannt, es handle sich um von ihm getätigte Bareinzahlungen auf das wie ein Kapitalkonto geführte Darlehenskonto. Mit Schreiben vom 23. Oktober 2003 erklärte er in Bezug auf das nicht deklarierte Kontokorrentguthaben bei der Z._ AG, die Mittel zur Finanzierung habe er aus seiner Einzelfirma abzweigen müssen, ebenso Materiallieferungen und Arbeitseinsätze. An seiner Anhörung vom 31. März 2004 erklärte der Beschwerdeführer, sein Treuhänder habe ihn mehrfach aufgefordert, Geld in die Z._ AG nachzuschiessen; dies habe er getan, indem er grosse Materialvorräte veräussert und den Erlös in die Z._ AG eingebracht habe. Der Vertreter des Beschwerdeführers bestätigte in einem Schreiben vom 14. Juli 2004, dass der Beschwerdeführer in den vergangenen Jahren durch jeweilige Erhöhung seines Kontokorrentkredites verschiedene Zahlungen an die Z._ AG geleistet habe. Das dabei vorgebrachte Argument, bei den Einlagen handle es sich um Sanierungszuschüsse der Y._, wurde später nicht mehr aufrechterhalten, nachdem in den Buchhaltungsunterlagen keine bzw. nur marginale Geschäftsbeziehungen zwischen der Y._ und der Z._ AG festgestellt werden konnten. Es wurde nunmehr geltend gemacht, der Beschwerdeführer habe nur Vermögenssteuern hinterzogen; es seien unversteuerte Mittel vorhanden gewesen, auf die er bei Bedarf habe zurückgreifen können. In seiner Beschwerde an die Vorinstanz räumt der Beschwerdeführer ausdrücklich ein, dass die in seine Geschäftstätigkeit gesteckten Geldmittel vorhanden sein mussten; das entsprechende Vermögen in Form von nicht deklarierten Geldmitteln sei deshalb nachzubesteuern und dafür könnten auch die entsprechenden Bussen ausgesprochen werden. Belege für ein solches Vermögen konnten nach Angaben des Beschwerdeführers indessen nicht beigebracht werden, weil bei Einbrüchen und Wasserschäden entsprechende Belege ("Spuren") nicht mehr vorhanden seien.
2.7 Die Vorinstanz ist gestützt auf diese Indizien (vgl. auch angefochtenes Urteil E. 5) zur Überzeugung gelangt, dass die durch den Beschwerdeführer in die Z._ AG und die Y._ eingelegten Mittel aus seinen unversteuerten Einkünften stammen.
Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, zeigt nicht auf, dass die Vorinstanz bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage sich aufdrängende Zweifel daran hätte hegen müssen, dass sich der Sachverhalt so zugetragen hat. Der blosse Hinweis an andere mögliche Szenarien reicht dazu nicht aus.
Eine Verletzung der Unschuldsvermutung ist nicht dargetan.
2.8 Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang geltend macht, die ermessensweise Aufrechnungen (1995/1996 Fr. 20'000.--) in der ordentlichen Veranlagung müssten zufolge Doppelverwertung in Abzug gebracht werden, ist darauf nicht näher einzugehen. Denn streitig ist im vorliegenden Verfahren lediglich die Steuerhinterziehung im Umfang der festgestellten Einzahlungen. Im Übrigen ist das Vorbringen neu und daher unzulässig (<ref-law>).
2.9 Der Vorwurf der willkürlichen antizipierten Beweiswürdigung durch Verweigerung einer Buchprüfung betrifft das Vorgehen der unteren Instanzen, das nicht Anfechtungsgegenstand bildet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht sodann geltend, sein Recht, die aktive Mitwirkung bei der Sachverhaltsfeststellung zu verweigern (Art. 14 Abs. 3 lit. g UNO-Pakt II und Art. 6 Ziff. 1 EMRK), sei verletzt worden.
3.2 Soweit er sich auf <ref-law> beruft, war diese Bestimmung bei der Einleitung des vorliegenden Strafverfahrens noch nicht in Kraft, weshalb sich dazu weitere Ausführungen erübrigen. Es ist indessen gestützt auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK keine Person zur Mitwirkung verpflichtet, auch wenn diese ihrer Entlastung dienen würde.
3.3 Die Vorinstanz hat den von ihr festgestellten Sachverhalt im vorliegenden Fall auf Grund der Indizien und nicht gestützt auf die verweigerte Mitwirkung des Beschwerdeführers als erwiesen erachtet. Von einer Verletzung des Rechts auf Verweigerung der Mitwirkung kann demnach keine Rede sein.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt sodann eine Verletzung des Beweisverwertungsverbotes, da er nicht auf sein Recht, die Aussage zu verweigern, hingewiesen worden sei. Damit seien seine Aussagen und schriftlichen Auskünfte nicht verwertbar.
4.2 Der Beschwerdeführer hat vor der Vorinstanz nicht geltend gemacht, dass er nicht auf das Recht, die Aussage zu verweigern, aufmerksam gemacht worden sei. Es handelt sich somit um ein Novum, weshalb darauf nicht einzutreten ist (<ref-law>).
5. 5.1 Der Beschwerdeführer rügt schliesslich eine Verletzung der Untersuchungspflicht. Diese erblickt er darin, dass ihm keine einzige Nichtverbuchung eines Umsatzes in Y._ nachgewiesen und weder eine Buchprüfung vorgenommen noch Quervergleiche bei Geschäftspartnern angestellt worden seien.
5.2 Es bedarf keiner näheren Erläuterung, dass eine Buchprüfung zum Nachweis von nicht verbuchten Umsätzen von vornherein untauglich erscheint, solche Umsätze nachzuweisen. Was die Vornahme von Quervergleichen anbelangt, sind die Vorbringen des Beschwerdeführers zu allgemein und somit ungenügend, eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes darzutun.
6. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, es sei durch die vorhandenen Indizien rechtsgenüglich nachgewiesen, dass die durch den Beschwerdeführer in die Y._ und die Z._ AG eingelegten Mittel aus unversteuertem Einkommen stammten, beruht demnach nicht auf einer offensichtlich unrichtigen oder rechtsverletzenden Sachverhaltsfeststellung.
7. 7.1 Unter diesen Umständen verletzt die Folgerung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe eine vorsätzliche Steuerhinterziehung (<ref-law>) begangen, kein Bundesrecht.
7.2 Die Nachsteuer ist entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keine "weitere Strafe". Mit dem Nachsteuerverfahren wird lediglich die wegen der Steuerhinterziehung ausgebliebene Besteuerung nachgeholt. Die Nachsteuer zählt damit nicht zu den unmittelbaren Folgen der Tat, die es gemäss <ref-law> erlauben würden, von einer Bestrafung Umgang zu nehmen.
8. 8.1 Der Beschwerdeführer verlangt eine Reduktion des Strafmasses. Er beruft sich insbesondere auf <ref-law>; danach könne er höchstens mit einer Geldstrafe von 360 Tagessätzen, d.h. in seinem Fall mit einer Geldstrafe von Fr. 10'800.-- (Tagessatz Fr. 30.--) bestraft werden.
8.2 Dem ist entgegenzuhalten, dass Steuerhinterziehung eine Übertretung ist. Deren Höchstbetrag ist nur dann Fr. 10'000.--, wenn es das Gesetz nicht anders bestimmt (<ref-law>). <ref-law> ist eine solche vorgehende spezialgesetzliche Regelung, weshalb die Grundsätze für die Bemessung von Geldstrafen im Steuerhinterziehungsverfahren nicht anwendbar sind. Inwiefern dem Beschwerdeführer nur ein leichtes Verschulden, namentlich Fahrlässigkeit, vorzuwerfen wäre, legt er nicht dar. Es erübrigt sich daher, näher darauf einzugehen. Eine Bundesrechtsverletzung ist nicht zu erkennen.
9. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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