Sachverhalt:
A. Nachdem A._ über längere Zeit keine Krankenkassenprämien mehr bezahlt hatte, verfügte seine Krankenkasse eine Leistungssperre. Er wurde angewiesen, seine Medikamente über den Notfalldienst zu beziehen. Zu diesem Zweck suchte er am 3. April 2008 die Notfallstation des Spitalzentrums Biel auf, wo ihm Dr. BZ._ nach Rücksprache mit Dr. BY._ verschiedene Medikamente (Insulin etc.) abgab. Am 4. April 2008 schrieb Dr. BZ._ einen Brief an Dr. BY._ (mit Kopie an den damaligen Regierungsstatthalter BX._), wonach diese Art der Lösung unbefriedigend sei und der Regierungsstatthalter eine bessere Lösung suchen solle, ansonsten sie sich vorbehalten würde, A._ bei einer nächsten Vorstellung wegen Verwahrlosung durch eine Fürsorgerische Freiheitsentziehung (FFE) zu hospitalisieren. BX._ beantwortete dieses Schreiben am 9. April 2008 schriftlich.
B. 1B_691/2011
B.a Am 10. September 2008 erstattete A._ gegen BX._ Strafanzeige wegen falscher Anschuldigung, Beschimpfung, Nötigung und Erpressung und verlangte eine Genugtuung in richterlich zu bestimmender Höhe.
Mit Verfügung vom 9. August 2011 nahm der Leitende Staatsanwalt das Verfahren nicht an die Hand. Er kam zum Schluss, im Schreiben des Regierungsstatthalters vom 9. April 2008 an die Ärzte C._ und BZ._ des Spitalzentrums Biel, das A._ zu seiner Strafanzeige veranlasst hatte, fänden sich keine Anhaltspunkte auf strafbare Handlungen des Regierungsstatthalters.
A._ focht diese Verfügung bei der Beschwerdekammer in Strafsachen des Berner Obergerichts an; er verlangte die Weiterführung des Strafverfahrens und den Ausstand des Leitenden Staatsanwalts Thoma und des Staatsanwalts Schmid. Die Beschwerdekammer wies die Beschwerde am 14. November 2011 ab und trat auf die Ausstandsgesuche nicht ein.
B.b Mit "vollumfänglicher Einsprache gegen den fragwürdigen Entscheid der Beschwerdekammer" beantragt A._ sinngemäss, seine Beschwerde gutzuheissen, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und das Strafverfahren gegen BX._ weiterzuführen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung.
B.c Das Obergericht, der Leitende Staatsanwalt und der stellvertretende Generalstaatsanwalt verzichten auf Vernehmlassung.
C. 1B_727/2011
C.a Am 10. November 2008 erstattete A._ gegen Dr. BY._ Strafanzeige wegen unterlassener Hilfeleistung, Gefährdung des Lebens und Unterdrückens von Akten. Er machte geltend, Dr. BY._ habe sich geweigert, ihn zu behandeln, bevor er seine offenen Rechnungen bezahlt habe. Inzwischen habe die Krankenkasse die Leistungssperre wieder aufgehoben. Er habe deswegen Dr. BY._ eine Abtretungsvereinbarung vorgeschlagen. Dieser sei einverstanden gewesen und habe ihm ein von ihm unterzeichnetes Exemplar einer solchen überreicht mit der Aufforderung, ebenfalls zu unterschreiben. Er habe aber von Dr. BY._ verlangt, zuerst die Rezepte der für ihn überlebenswichtigen Medikamente auszustellen. Dr. BY._ habe das verweigert. Damit habe er sein Leben gefährdet. Zudem habe er sich geweigert, ihm das gesamte Patientendossier auszuhändigen.
Der Leitende Staatsanwalt nahm das Strafverfahren am 9. August 2011 nicht an die Hand.
A._ focht diese Verfügung bei der Beschwerdekammer an; er verlangte sinngemäss die Weiterführung des Strafverfahrens und den Ausstand des Leitenden Staatsanwalts Thoma und des Staatsanwalts Schmid. Die Beschwerdekammer wies die Beschwerde am 14. November 2011 ab und trat auf die Ausstandsgesuche nicht ein.
C.b Mit "vollumfänglicher Einsprache gegen den fragwürdigen Entscheid der Beschwerdekammer" beantragt A._ sinngemäss, seine Beschwerde gutzuheissen, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und das Strafverfahren gegen Dr. BY._ weiterzuführen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung.
C.c Das Obergericht, der Leitende Staatsanwalt und der stellvertretende Generalstaatsanwalt verzichten auf Vernehmlassung.
D. 1B_729/2011
D.a Am 15. Mai 2008 erstattete A._ gegen Dr. BZ._ Strafanzeige wegen Drohung, Beschimpfung, falscher Anschuldigung, übler Nachrede und Verleumdung und verlangte eine Genugtuung in richterlich zu bestimmender Höhe.
Der Leitende Staatsanwalt nahm das Strafverfahren am 9. August 2011 nicht an die Hand.
A._ focht diese Verfügung bei der Beschwerdekammer an; er verlangte sinngemäss die Weiterführung des Strafverfahrens und den Ausstand des Leitenden Staatsanwalts Thoma und des Staatsanwalts Schmid. Die Beschwerdekammer wies die Beschwerde am 14. November 2011 ab und trat auf die Ausstandsgesuche nicht ein.
D.b Mit "vollumfänglicher Einsprache gegen den fragwürdigen Entscheid der Beschwerdekammer" beantragt A._ sinngemäss, seine Beschwerde gutzuheissen, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und das Strafverfahren gegen Dr. BZ._ weiterzuführen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung.
D.c Das Obergericht, der Leitende Staatsanwalt und der stellvertretende Generalstaatsanwalt verzichten auf Vernehmlassung. Dr. BZ._ beantragt sinngemäss, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerden stehen in engem Sachzusammenhang und sind daher zu vereinigen.
2. Die angefochtenen Entscheide bestätigen, dass die vom Beschwerdeführer angestrebten Strafverfahren eingestellt bleiben. Sie schliessen damit die Verfahren ab. Es handelt sich um Endentscheide einer letzten kantonalen Instanz in Strafsachen, gegen die die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Auf die Beschwerden ist damit grundsätzlich einzutreten, soweit der Beschwerdeführer befugt war, sie zu erheben und sie den Begründungsanforderungen von <ref-law> genügen.
2.1 Nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und lit. b Ziff. 5 BGG ist der Privatkläger, der am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat, zur Beschwerde in Strafsachen befugt, wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann. Die Beschwerdekammer hat den Beschwerdeführer ausdrücklich als Partei der Beschwerdeverfahrens anerkannt und ihm damit stillschweigend die Stellung eines Privatklägers zugebilligt (Art. 382 Abs. 1 i.V.m. Art. 104 Abs. 1 lit. b und Art. 118 StPO). Dieser hat in allen Verfahren Genugtuungsansprüche erhoben. Seine Beschwerdelegitimation ist damit gegeben.
2.2 Nach <ref-law> muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 1.4.1). Diesen Begründungsanforderungen genügen die Beschwerden nur zum kleinen Teil. Über weite Strecken erschöpfen sie sich in Wiederholungen der bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachten Vorwürfe gegen die vom Beschwerdeführer angezeigten Personen und die mit ihm befassten Behörden. Die Kritik wird von den Fakten kaum gestützt, ist voller Polemik, teilweise beleidigend und weit überzogen ("Verlogenheit und Arroganz von Thoma und der Generalstaatsanwaltschaft", "dümmliche Begründungen" der Staatsanwaltschaft in Beschwerde 1B_727/2011 S. 2; "wichtigtuerische Henne", "vor lauter Vorurteilen gegen Leute wie mich platzende dumme Assistenzärztin" in Beschwerde 1B_729/2011 S. 2). Vor allem aber zeigt sie nicht auf, inwiefern die Beschwerdekammer die Verfahrenseinstellungen zu Unrecht geschützt haben soll, eine sachliche Auseinandersetzung mit den Begründungen der angefochtenen Entscheiden findet kaum statt. Auch zu den Gründen, aus denen die Beschwerdekammer auf die Ausstandsgesuche nicht eintrat, äussert sich der Beschwerdeführer nicht. Insoweit ist auf die Beschwerden wegen Verletzung der Begründungspflicht nicht einzutreten. Anders verhält es sich nur im folgenden Punkt:
2.3 In den Beschwerden 1B_691 und 729/2011 beklagt sich der Beschwerdeführer, die Staatsanwaltschaft habe die Verfahren "verschlampt" und übermässig viel Zeit benötigt, sie abzuschliessen. Die Beschwerdekammer führt in den angefochtenen Entscheiden zu den gerügten Verfahrensverzögerungen lediglich aus, in absehbarer Zeit drohe keine Verjährung, und der Beschwerdeführer hätte es in der Hand gehabt, Rechtsverzögerungsbeschwerden zu erheben.
Nach dem strafprozessualen Beschleunigungsgebot von <ref-law> haben die Strafbehörden die Strafverfahren unverzüglich an die Hand zu nehmen und ohne unbegründete Verzögerungen zum Abschluss zu bringen. Im Fall 1B_691/2011 datiert die Strafanzeige vom 10. September 2008, im Fall 1B_729/2011 vom 15. Mai 2008. Erledigt wurden beide Strafverfahren durch Nichtanhandnahmeverfügungen vom 9. August 2011, mithin rund 2 Jahre 11 Monate bzw. 3 Jahre und 3 Monate später. In beiden Fällen hat die Staatsanwaltschaft keine zeitraubenden Untersuchungshandlungen durchgeführt. Wenigstens im Fall 1B_729/2011 hat der Beschwerdeführer die Staatsanwaltschaft zudem mit Eingabe vom 11. August 2008 ausdrücklich gemahnt. Aber auch abgesehen davon ist der grosse Zeitbedarf der Staatsanwaltschaft sachlich nicht zu rechtfertigen. Strafverfahren sind entgegen der Auffassung der Beschwerdekammer von Anfang an beförderlich zu behandeln, nicht erst dann, wenn die angezeigten Straftaten zu verjähren drohen. Damit ist die Verletzung des Beschleunigungsgebots im Dispositiv festzustellen und mit einer für den Beschwerdeführer vorteilhaften Kostenregelung zu sanktionieren (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 und 3.2.3; 118 E. 2.2).
3. Die Beschwerden 1B_691 und 729/2011 sind somit teilweise gutzuheissen, die angefochtenen Entscheide insoweit aufzuheben, als dem Beschwerdeführer Kosten auferlegt wurden, und es ist festzustellen, dass in den beiden kantonalen Verfahren das strafprozessuale Beschleunigungsgebot verletzt wurde. Im Übrigen ist auf sie, wie auch auf die Beschwerde 1B_727/2011, nicht einzutreten. Unter diesen Umständen sind keine Gerichtskosten zu erheben. Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_691, 727 und 729/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden 1B_691 und 729/2011 werden teilweise gutgeheissen, die Dipositiv-Ziffern 3 der angefochtenen Beschlüsse der Beschwerdekammer BK 11 220 JOS und BK 11 221 JOS vom 14. November 2011 werden aufgehoben, und es wird festgestellt, dass in diesen beiden kantonalen Verfahren das strafprozessuale Beschleunigungsgebot von <ref-law> verletzt wurde. Im Übrigen wird auf die Beschwerden, wie auch auf die Beschwerde 1B_727/2011, nicht eingetreten.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland, der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi