Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Suhr legte vom 29. Mai bis 19. Juni 2006 ein Baugesuch des Baukonsortiums "Erlenweg", c/o X._ AG, für den Neubau von vier Einfamilienhäusern und drei Doppeleinfamilienhäusern in der Allgemeinen Wohnzone 2 der Gemeinde Suhr auf.
Für das Bauvorhaben wurde eine erste Parzellierung der ursprünglichen Parzelle Nr. 480 vorgenommen: Diese wurde in zwei Parzellen, Nrn. 480 und 3261, aufgeteilt. Auf der verkleinerten neuen Parzelle Nr. 480 befindet sich das bestehende Gebäude Nr. 680. Die Parzelle Nr. 3261, welche die neue Parzelle Nr. 480 hufeisenförmig umringt, soll gemäss den Baugesuchsakten noch in weitere Parzellen aufgeteilt werden (Nrn. 3261-3270), auf welchen Wohneinheiten erstellt werden sollen. Drei Einfamilienhäuser (vorgesehene Parzellen Nrn. 3261-3263) sollen über einen Zufahrtsweg an den Erlenweg erschlossen werden; ein Einfamilienhaus sowie die drei Doppeleinfamilienhäuser (vorgesehene Parzellen Nrn. 3264-3270) sollen über einen Zufahrtsweg an den Kongoweg angeschlossen werden.
Gegen dieses Bauvorhaben gingen verschiedenen Einsprachen ein, namentlich von den Ehegatten A._ und weiteren Anwohnern des Kongowegs. Am 19. Februar 2007 erteilte der Gemeinderat der Gesuchstellerin die Baubewilligung und wies die Einsprachen ab.
B. Gegen die Baubewilligung wandten sich die Ehegatten A._ sowie weitere Einsprecher an das Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau. Mit Entscheid vom 12. Dezember 2007 wies dieses die Beschwerden ab, soweit es darauf eintrat.
C. In der Folge gelangten die Ehegatten A._ und Mitbeteiligte an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Am 15. September 2008 wies die 3. Kammer des Verwaltungsgerichts die Beschwerde ab, soweit sie darauf eintrat.
D. Dagegen haben die Ehegatten A._ und die übrigen im Rubrum genannten Personen am 3. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Verweigerung der Baubewilligung. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
E. Die private Beschwerdegegnerin, der Gemeinderat Suhr und das BVU beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
F. Mit Verfügung vom 23. Januar 2009 wurde der Beschwerde teilweise, hinsichtlich der über den Kongoweg zu erschliessenden Neubauten, aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Im zweiten Schriftenwechsel hielten die Parteien an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich einzutreten, vorbehältlich rechtsgenügend begründeter Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
2. Die Beschwerdeführer rügen zunächst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil das Verwaltungsgericht ihre Beweisanträge alle abgewiesen habe. Näher begründet wird dieser Vorwurf allerdings nur im Hinblick auf die beantragte Parteieinvernahme von F._ (Beschwerdeführer 5) als "Zeitzeugen". Nur auf diese Rüge ist daher im Folgenden einzugehen.
2.1 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, F._ habe seine Erinnerungen bereits in einem "Gedächtnisprotokoll" akribisch festgehalten und sich zudem am vorinstanzlichen Augenschein mündlich geäussert, weshalb von einer weiteren Befragung keine neuen Erkenntnisse zu erwarten seien (angefochtener Entscheid E. 12.2.1 S. 40).
2.2 Die Beschwerdeführer betonen, dass F._ als einziger Zeitzeuge die strittigen Vorgänge 1975/76 direkt miterlebt habe; nur er könne daher aus eigener Wahrnehmung Angaben zum Sachverhalt machen. Sie sind der Auffassung, F._ hätte vom Verwaltungsgericht befragt werden müssen, wenn dieses die inhaltliche Richtigkeit des von diesem verfassten "Gedächtnisprotokolls" in Zweifel stellen wolle.
2.3 Nach der Rechtsprechung kann das Gericht das Beweisverfahren schliessen, wenn es ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 2.1 S. 429 mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall durfte das Verwaltungsgericht willkürfrei davon ausgehen, dass F._ bei einer erneuten Befragung nichts anderes ausgesagt hätte, als was er bereits in seinem "Gedächtnisprotokoll" festgehalten hatte. Die Glaubwürdigkeit des "Gedächtnisprotokolls" wurde vom Verwaltungsgericht auch nicht in Frage gestellt: Dieses zitierte vielmehr die entscheidenden Passagen des Protokolls, ohne deren Richtigkeit zu bezweifeln. Es interpretierte allerdings die von F._ bezeugten Aussagen des Gemeinderats anders als die Beschwerdeführer, in dem Sinne, dass der Gemeinderat nur bestätigt habe, was zum damaligen Zeitpunkt Fakt gewesen sei, nämlich dass damals nicht geplant bzw. vorgesehen gewesen sei, den Kongoweg zu einer Durchgangsstrasse auszubauen oder zu verlängern (angefochtener Entscheid E. 2.4.1 S. 14).
In dieser Situation durfte das Verwaltungsgericht in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen, dass seine Überzeugung auch durch eine persönliche Anhörung von F._ nicht geändert würde. Es durfte daher verfassungsrechtlich auf die beantragte Parteieinvernahme verzichten.
2.4 Eine andere Frage ist, ob das Verwaltungsgericht das "Gedächtnisprotokoll" in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht zutreffend gewürdigt hat oder dabei das Willkürprinzip oder den verfassungsrechtlichen Grundsatz von Treu und Glauben verletzt hat. Dies ist im Folgenden zu prüfen (speziell zum "Gedächtnisprotokoll" vgl. unten E. 3.6).
3. In der Sache machen die Beschwerdeführer in erster Linie geltend, der Gemeinderat Suhr habe ihnen in den Jahren 1975/1976 zugesichert, dass der Kongoweg nicht für die Erschliessung weiterer Grundstücke beansprucht werde. Diese Zusicherung habe der Gemeinderat mit Beschluss vom 29. November 1982 ausdrücklich bestätigt. Aufgrund dieser Zusicherung hätten die Anwohner ihre Miteigentumsanteile an der Wegparzelle Nr. 1306 unentgeltlich an die Gemeinde abgetreten und deren Vorschlag zum Ausbau des Kongowegs und zum Kostenverteiler zugestimmt. Die im Bauprojekt vorgesehene Erschliessung eines Teils der Neubauten über den Kongoweg verletze diese Zusicherung und verstosse gegen den verfassungsrechtlichen Grundsatz von Treu und Glauben.
Die Gemeinde Suhr bestreitet, jemals eine entsprechende Zusage gemacht zu haben.
3.1 Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben statuiert ein Verbot widersprüchlichen Verhaltens und verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden (<ref-ruling> E. 6.1 S. 636 mit Hinweisen). Voraussetzung für eine Berufung auf Vertrauensschutz ist indes, dass die betroffene Person sich berechtigterweise auf die Vertrauensgrundlage verlassen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann; die Berufung auf Treu und Glauben scheitert sodann, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 170 mit Hinweis).
3.2 Das Verwaltungsgericht verneinte bereits das Vorliegen einer Vertrauensgrundlage. Es sei nicht erstellt, dass der Gemeinderat 1975/1976 bzw. 1982 für alle Zeiten bzw. auf sehr viele Jahre hinaus gegenüber den damals betroffenen Eigentümern von Grundstücken mit Anstoss an den Kongoweg verbindlich zugesichert hätte, die Parzelle Nr. 480 werde nie über den Kongoweg erschlossen.
Es liege kein einziger zeitgemässer Beleg vor, der auch nur ansatzweise auf die behauptete "verbindliche Zusicherung" bzw. "Nebenvereinbarung" von 1975/1976 hindeuten würde. Insbesondere lasse sich dies weder aus den Beitrags- und Landabtretungserklärungen noch aus dem Verkehrsplan 1975 ableiten. Auch aus dem von F._ 30 Jahre später erstellten "Gedächtnisprotokoll" ergebe sich nur, dass der Gemeinderat bestätigt habe, was zum damaligen Zeitpunkt Fakt war, nämlich dass damals nicht geplant bzw. vorgesehen gewesen sei, den Kongoweg zu einer Durchgangsstrasse auszubauen oder zu verlängern.
Schliesslich würden auch die Dokumente aus den Jahren 1982/1983 mit keinem Wort auf irgendeine verbindliche Zusicherung oder Nebenvereinbarung aus den Jahren 1975/1976 Bezug nehmen. Auch die Anmerkung vom 10. September 1983 (auf dem Verkehrsplan 1975) sowie der Protokollauszug vom 29. November 1982 halte lediglich den Status quo fest, wonach eine Verlängerung des Kongowegs in östlicher Richtung damals in keiner Planung vorgesehen war und dieser aufgrund seiner minimalen Abmessungen als Zufahrts- oder Erschliessungsstrasse (wohl für die Parzelle Nr. 480) nicht in Betracht gezogen wurde. Daraus könne, wenn überhaupt, bestenfalls auf eine Bindung für ein paar wenige Jahre seitens des Gemeinderats geschlossen werden. Eine Zusicherung für alle Zeiten bzw. auf sehr viele Jahre hinaus (inzwischen 25 Jahre) könne daraus nicht abgeleitet werden. Im Übrigen habe H._ (Adressatin des Gemeinderatsbeschlusses vom 29. November 1982) den Strassenabtretungsvertrag nie unterzeichnet.
3.3 Die Beschwerdeführer halten diese Würdigung für willkürlich. Sie verweisen hierfür auf den Gemeinderatsbeschluss vom 29. November 1982, in dem der Gemeinderat schriftlich und "verbindlich" jene Zusicherungen festgehalten und bestätigt habe, welche den Anwohnern bereits in den Jahren 1975/1976 abgegeben worden seien.
3.4 Der fragliche Gemeinderatsbeschluss kam zustande, nachdem das Grundbuchamt 1981 festgestellt hatte, dass die bereits 1976 vereinbarte und beim Grundbuch angemeldete Kongowegabtretung von Werner Burkart-Schärli noch nicht eintragen worden war, und dessen Parzelle Nr. 1307 zwischenzeitlich (mit ihrem alten Flächeninhalt) an H._ (Beschwerdeführerin 7) abgetreten worden war. Die neue Eigentümerin verlangte vor der Unterzeichnung des Strassenabtretungsvertrags vom Gemeinderat eine Zusicherung, wonach der Kongoweg nicht als Zufahrts- resp. Erschliessungsstrasse für das östlich davon gelegene Privatareal (Parzelle Nr. 480) vorgesehen sei. Daraufhin erliess der Gemeinderat folgenden Beschluss:
"Den Ehegatten H._ wird aufgrund des vom Einwohnerrat gutgeheissenen Verkehrsplans vom November 1975 bestätigt, dass für den Kongoweg kein weiterer Ausbau vorgesehen ist und dass dieser Weg zufolge seiner minimalen Abmessungen für Zufahrts- und Erschliessungsstrasse nicht in Betracht gezogen wird.
Aufgrund dieser verbindlichen Erklärung nimmt der Gemeinderat an, dass Herr und Frau H._ sich bereitfinden können, den Strassenabtretungsvertrag zu unterzeichnen...".
Dem Beschluss beigelegt war der Verkehrsplan vom November 1975, mit folgendem, vom 10. September 1982 datierten Vermerk des Gemeindeschreibers:
"Eine Verlängerung des Kongoweges in östlicher Richtung ist in keiner Planung vorgesehen. Auskunft von Bauverwaltung Suhr, Abteilg. Tief- & Strassenbau."
Der Auszug aus dem Gemeinderatsprotokoll wurde H._ sowie - zur Orientierung - allen Kongoweg-Anstössern geschickt. In der Folge unterzeichnete H._ den Vertragsnachtrag nicht. Dies hat zur Folge, dass die Breite der Strassenparzelle Nr. 1306 Kongoweg entlang der Parzelle Nrn. 1307 um rund 60 cm eingeschränkt ist.
3.5 Die Bezeichnung als "verbindliche Erklärung" wie auch der Wunsch von Frau H._ nach einer Zusicherung sprechen für das Vorliegen einer verbindlichen Zusicherung. Der Wortlaut des Beschlusses, wonach kein weiterer Ausbau vorgesehen sei und der Kongoweg nicht als Zufahrts- und Erschliessungsstrasse in Betracht gezogen werde, spricht dagegen für die Auslegung des Verwaltungsgerichts, wonach lediglich der damalige Status quo festgehalten worden sei. Gleiches gilt für den Verweis auf den Verkehrsplan 1975 und die darauf festgehaltene Auskunft der kommunalen Bauverwaltung, wonach eine Verlängerung des Kongowegs in östlicher Richtung in keiner Planung vorgesehen sei: Damit nahm der Gemeinderat auf den damaligen Planungsstand bezug, ohne eine bestimmte minimale Bindungsdauer für die Zukunft festzulegen. Erst Recht lässt sich dem Beschluss nicht entnehmen, dass der Gemeinderat eine Zusicherung für die nächsten Jahrzehnte, und damit weit über den damaligen Planungshorizont hinaus, abgeben wollte.
Die Tatsache, dass Frau H._ den Strassenabtretungsvertrag nicht unterzeichnete, spricht ebenfalls dafür, dass der Beschluss des Gemeinderats hinter der von ihr gewünschten Zusicherung zurückgeblieben ist. Jedenfalls hat sie im Vertrauen auf den Gemeinderatsbeschluss keine Disposition getroffen und kann sich deshalb nicht auf Vertrauensschutz berufen.
3.6 Es gibt, wie das Verwaltungsgericht willkürfrei festgestellt hat, auch keine Hinweise dafür, dass den Anwohnern des Kongowegs 1975/76 eine entsprechende (oder noch weitergehende) Zusicherung im Hinblick auf die Erschliessung der Parzelle Nr. 480 gemacht worden wäre.
Dem "Gedächtnisprotokoll" von F._ lässt sich vielmehr entnehmen, dass es den Anwohnern des Kongowegs 1975/76 gar nicht darum ging, die Erschliessung der Parzelle Nr. 480 über den Kongoweg zu verhindern, deren Überbauung damals nicht zur Diskussion stand. Vielmehr befürchteten sie, der Kongoweg könne - über die Parzelle Nr. 480 hinweg - in Richtung Suhr geöffnet und für den Durchgangsverkehr freigegeben werden, namentlich als Zufahrt zur Badeanstalt Suhr oder zu Neubauten auf der im Eigentum der Gemeinde stehenden Landfläche zwischen dem Chilematteweg und der Suhr, womit der Kongoweg seinen Charakter als einseitig zugängliche reine Wohnstrasse eingebüsst hätte (vgl. "Gedächtnisprotokoll" S. 5). Diese Bedenken zerstreuten die Vertreter des Gemeinderats, indem sie versicherten, dass sich am Charakter des Kongowegs nichts ändern werde und auf keinen Fall daran gedacht sei, den Kongoweg in nordöstlicher Richtung zu verlängern noch als Zufahrt auf das für öffentliche Bauten und Anlagen ausgeschiedene Areal der Gemeinde Suhr oder der Badeanstalt Suhr zu nutzen ("Gedächtnisprotokoll" S. 6). Wie das Verwaltungsgericht zutreffend festgehalten hat, steht ein derartiger Ausbau des Kongowegs auch heute nicht zur Diskussion: Dieser behält vielmehr seinen Charakter als einseitig zugängliche reine Wohnstrasse.
3.7 Insgesamt durfte das Verwaltungsgericht ohne Verletzung des Willkürverbots und des verfassungsrechtlichen Anspruchs auf Treu und Glauben davon ausgehen, dass es an einer Zusicherung des Gemeinderats fehlt, die Parzelle Nr. 480 nie bzw. auf sehr viele Jahre hinaus nicht über den Kongoweg zu erschliessen.
Insofern kann offen bleiben, ob der Gemeinderat überhaupt zu einer längerfristigen Zusicherung zuständig gewesen wäre und sich die Beschwerdeführer auch 25 bzw. 30 Jahre später auf eine solche Zusicherung noch berufen könnten.
4. Die Beschwerdeführer rügen ferner eine Verletzung der Planungspflicht, weil die Erschliessung der Bauparzellen in der Baubewilligung geregelt und hierfür kein Erschliessungsplan erlassen worden sei.
4.1 Das Verwaltungsgericht bestätigte, dass die Erschliessung gemäss § 33 Abs. 1 Satz 2 des Aargauer Gesetzes vom 19. Januar 1993 über Raumplanung, Umweltschutz und Bauwesen [Baugesetz; BauG]) grundsätzlich im Rahmen von Sondernutzungsplänen zu erfolgen habe, damit der Boden umweltschonend, landsparend und wirtschaftlich genutzt werde. Allerdings werde mit dem Wort "grundsätzlich" zum Ausdruck gebracht, dass in begründeten Fällen Ausnahmen möglich seien. Dies sei insbesondere der Fall, wenn der Aufwand für die Erstellung des Erschliessungsplans in einem Missverhältnis zu den damit erreichbaren Zielen stünde und die systematische Erschliessung nicht verunmöglicht oder ungünstig präjudiziert werde.
Auch bei der Erschliessung durch Grundeigentümer nach § 37 Abs. 1 BauG sei unter dem Gesichtspunkt des Verhältnismässigkeitsprinzips der Fall vorzubehalten, dass kleinere Erschliessungsmassnahmen, die sich widerspruchsfrei in die kommunale Planung einfügen, ohne konkrete Disposition in einem Sondernutzungsplan getroffen werden dürften. Mit dieser Bestimmung habe der Gesetzgeber die Regelung von § 5 Abs. 1 der bis zum 31. März 1994 geltenden Vollziehungsverordnung zum Baugesetz vom 17. April 1972 übernehmen wollen. Diese hatte vorgesehen, dass Privatstrassen dem Überbauungsplan entsprechen müssten; wo ein solcher fehle, dürfe die künftige Strassenplanung nicht ungünstig präjudiziert werden.
Im vorliegenden Fall könne man sich auf den Standpunkt stellen, die heutige Parzelle Nr. 3261 sei bereits durch den Kongoweg erschlossen, womit die Frage des beabsichtigten Zufahrtswegs ab dem Kongoweg lediglich ein parzelleninternes Problem sei. Allerdings sei vorgesehen, diese Parzelle in weitere Parzellen aufzuteilen (Nrn. 3261-3270), womit der Kongoweg nicht mehr bis zu sämtlichen der vorgesehenen neuen Parzellen führen werde. Die geplanten drei Doppeleinfamilienhäuser sowie das Haus E4 sollen über den geplanten privaten Zufahrtsweg an den Kongoweg angeschlossen werden. Der Zufahrtsweg bzw. sein Anschluss an den Kongoweg als Gemeindestrasse bilde folglich Teil eines Erschliessungskonzepts; zur Feinerschliessung gehöre die Möglichkeit, vom öffentlichen Strassengebiet auf das Baugrundstück zu gelangen. Insofern sei das öffentliche Erschliessungsrecht tangiert.
Entscheidend sei jedoch, dass die Erschliessung keine ungünstige Präjudizierung der künftigen Strassenplanung zur Folge habe. Die Erschliessung der geplanten Wohnbauten weise keinen Zusammenhang mit weiteren, in der Umgebung geplanten baulichen Veränderungen (WSB-Eigentrassierung, Huggler-Areal, Badeanstalt Suhr) auf, weshalb insofern kein Koordinationsbedarf bestehe. Zudem sei das zusätzliche Verkehrsaufkommen der 7 neuen Wohneinheiten, deren Verkehr über den Kongoweg führen soll, für übergeordnete Erschliessungsträger und namentlich für den Kongoweg selbst, ohne Weiteres verkraftbar. Insgesamt handle es sich um eine relativ geringfügige Erschliessungsmassnahme, die sich ohne Probleme in die komunale Planung einfüge.
4.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, vom Grundsatz der Sondernutzungsplanung gemäss § 37 Abs. 1 BauG dürfe nur ausnahmsweise, beim Vorliegen einleuchtender Ausnahmegründe abgewichen werden. Ein solcher Ausnahmefall liege nicht vor, wenn es - wie im vorliegenden Fall - um die Erschliessung von insgesamt 11 Grundstücke über den Kongo- und den Erlenweg gehe. Die damit verbundenen Fragen dürften nicht punktuell beantwortet werden, sondern bedürften einer Gesamtschau, im Wege der Planung. Das öffentliche Interesse an einer effizienten und kostengünstigen Erschliessung unter Berücksichtigung weiterer Aspekte wie Verkehrssicherheit und Immissionsschutz verlangten eine Erschliessungsplanung für die Parzellen Nrn. 3261-3270 und 480; die gegenteilige Auffassung des Verwaltungsgerichts sei willkürlich (<ref-law>), verstosse gegen Bundesrecht (Art. 22 Abs. 2 lit. b und Art. 19 RPG) und verletze, da sie nicht genügend begründet sei, den Anspruch auf rechtliches Gehör.
4.3 Das Verwaltungsgericht hat willkürfrei dargelegt, dass es im Wesentlichen nur darum geht, die durch die Ausparzellierung der bestehenden Parzelle Nr. 3261 entstehenden neuen Parzellen (Nrn. 3261- 3270) durch einen privaten Zufahrtsweg mit den bereits bestehenden öffentlichen Erschliessungsstrassen (Kongo- und Erlenweg) zu verbinden. Es ist keinesfalls unhaltbar, dies als relativ geringfügige Erschliessungsmassnahme zu qualifizieren, die sich problemlos in die bestehende Planung einfügt und die künftige Strassenplanung nicht ungünstig präjudiziert. Es ist nicht ersichtlich und wird von den Beschwerdeführern auch nicht dargetan, dass es offensichtlich günstigere und effizientere Erschliessungsvarianten gebe. Es stellen sich auch keine besonderen Probleme der Verkehrssicherheit und des Immissionsschutzes. Unter diesen Umständen durfte das Verwaltungsgericht willkürfrei vom Grundsatz der Sondernutzungsplanung gemäss § 37 Abs. 1 BauG abweichen.
Es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern der Verzicht auf eine Erschliessungsplanung unter den vorliegenden Umständen Art. 22 Abs. 2 RPG verletzen sollte, zumal gewährleistet erscheint, dass das Bauvorhaben spätestens im Zeitpunkt der Realisierung über die erforderliche Erschliessung verfügen wird (<ref-ruling> E. 7d S. 111 mit Hinweis).
4.4 Das Verwaltungsgericht hat seine Auffassung ausführlich, unter Berufung auf den Gesetzeswortlaut, die Entstehungsgeschichte und die bisherige Erschliessungspraxis, begründet, weshalb offensichtlich keine Verletzung der Begründungspflicht vorliegt.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten und müssen die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren entschädigen (Art. 66 und 68 BGG). Die Gemeinde Suhr obsiegt in ihrem amtlichen Wirkungskreis und hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die X._ AG für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Einwohnergemeinde Suhr, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber