Sachverhalt:
A. In der von der Y._ GmbH angestrengten Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes C._ über Fr. 100'000.-- schlug A.X._ Recht vor und erhob die Einrede mangelnden neuen Vermögens. Mit Entscheid vom 17. Februar 2005 bewilligte der Amtsgerichtspräsident D._ von E._ den Rechtsvorschlag mangels neuen Vermögens im Umfang von Fr. 60'850.-- nicht und stellte die Betreibung für den darüber liegenden Betrag definitiv ein. Das Bundesgericht trat auf die dagegen erhobene staatsrechtliche Beschwerde am 13. Oktober 2005 nicht ein (Urteil 5P.117/2005).
B. A.X._ reichte am 31. März 2005 beim Amtsgericht E._ gegen die Y._ GmbH eine Klage auf Feststellung ein, dass er vom 1. Mai 2003 bis 30. April 2004 kein neues Vermögen erworben habe. Demzufolge sei ihm der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes C._ vollumfänglich zu bewilligen und das Verfahren im gesamten Betrag endgültig einzustellen. Mit Urteil vom 25. Juli 2008 bewilligte das Amtsgericht E._ den Rechtsvorschlag mangels neuen Vermögens, soweit er den Betrag von Fr. 60'180.-- überstieg. In diesem Umfang wurde die Betreibung definitiv eingestellt. Das Obergericht des Kantons Luzern wies die von A.X._ erklärte Appellation am 13. Februar 2009 ab.
C. A.X._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 27. März 2009 an das Bundesgericht gelangt. Er beantragt, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und festzustellen, dass er in der Zeit vom 5. Mai 2003 bis 4. Mai 2004 kein neues Vermögen gebildet habe. Damit sei ihm der Rechtsvorschlag für den Betrag von Fr. 60'180.-- zu bewilligen und die Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes C._ endgültig abzuschreiben. Eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Y._ GmbH verlangt, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Eventualiter sei sie abzuweisen. Das Obergericht beantragt die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Verfügung vom 30. April 2009 hiess die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gut.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über ein Begehren um Bestreitung neuen Vermögens nach <ref-law>. Dabei handelt es sich um einen Endentscheid in einer Zwangsvollstreckungssache mit Vermögenswert. Die gesetzliche Streitwertgrenze ist erreicht. Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegeben (Art. 75 Abs. 1, Art. 90, Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG; BGE 5A_556/2008 vom 29. Mai 2009 E. 1.1).
1.2 Es können alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG vorgebracht werden und das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), was heisst, dass es behauptete Rechtsverletzungen (<ref-law>) mit voller Kognition prüft. Hingegen ist es an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>). Zulässig ist einzig die Rüge, dass die Tatsache offensichtlich unrichtig festgestellt worden sei (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Es gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 f.). Demzufolge wird eine blosse Bestreitung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhaltes ebenso wenig berücksichtigt wie der Versuch seiner Erweiterung. Diesen Anforderungen haben beide Prozessparteien zu genügen.
2. Nach <ref-law> kann gestützt auf einen Verlustschein eine neue Betreibung nur eingeleitet werden, wenn der Schuldner zu neuem Vermögen gekommen ist. Diese Regelung soll dem Schuldner erlauben, sich nach der Durchführung des Konkurses wirtschaftlich zu erholen, ohne dem ständigen Druck seiner Verlustscheingläubiger ausgesetzt zu sein. Er hat nur dann neues Vermögen gebildet, wenn er sich nach dem Konkurs eine neue Existenz aufbauen, standesgemäss leben und zusätzlich Ersparnisse beiseite legen kann. Auch der Arbeitserwerb kann unter den genannten Voraussetzungen neues Vermögen darstellen, wobei es nicht genügt, dass der Schuldner über dem Existenzminimum nach <ref-law> leben kann. Die massgeblichen Kriterien zur Berechnung des neuen Vermögens bilden Bundesrecht, womit ihre Anwendung vom Bundesgericht frei überprüft wird. Welcher konkrete Betrag hingegen für ein standesgemässes Leben nötig ist, liegt weitgehend im Ermessen des Richters und unterliegt daher nur einer zurückhaltenden Überprüfung (BGE 5A_556/2008 vom 29. Mai 2009 E. 2.1; <ref-ruling> E. 2 und E. 3.1 S. 622 f.).
3. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass der Schuldner im massgeblichen Zeitraum kein neues Vermögen im Sinne von Ersparnissen habe bilden können. Der Nachweis, dass bei der Ehefrau Vermögen vorhanden sei, welches ihm zugerechnet werden könnte, sei von der beweispflichtigen Gläubigerin ebenfalls nicht erbracht worden. Hingegen habe der Schuldner in der fraglichen Zeit bei der X._ Treuhand AG, einer Unternehmung seines Sohnes und seiner Ehefrau, ein Einkommen erzielt, das ihm erlaubt hätte, neues Vermögen zu bilden. In der relevanten Zeitspanne habe sein Lohn nicht bloss Fr. 4'272.-- netto im Monat für eine Teilzeitstelle betragen, wie er vorbringe. In Wirklichkeit sei er vollzeitlich tätig gewesen und sein Gehalt habe sich daher auf Fr. 8'544.- netto im Monat belaufen. Die Ehefrau ihrerseits habe ein monatliches Gesamteinkommen aus ihrer beruflichen Tätigkeit und dem Ertrag ihrer Liegenschaft von Fr. 7'503.-- netto erzielt und nicht wie vorgetragen von Fr. 4'672.55.
3.1 Der Beschwerdeführer besteht darauf, im massgeblichen Zeitraum einzig den Verdienst erzielt zu haben, welcher sich aus seinem Lohnausweis ergebe. Er wirft der Vorinstanz vor, sich stattdessen auf die diesbezüglichen Zeugenaussagen gestützt und diese in unhaltbarer Weise gewürdigt zu haben. Dass die Vorinstanz bei der Beurteilung des Arbeitspensums dem ehemaligen Prokuristen der X._ Treuhand AG, F._, mehr Glauben geschenkt hat als deren Verwaltungsrat und Geschäftsführer, B.X._, lässt sich angesichts des persönlichen Interesses des letzteren und des Umstandes, dass er der Sohn des Beschwerdeführers ist, durchaus vertreten. Zudem hat sich der Zeuge F._ auf die entsprechende Frage nach dem täglichen Arbeitspensum des Beschwerdeführers konkret geäussert und dieses auf 81⁄2 bis 10 Stunden beziffert. Demgegenüber spricht der Beschwerdeführer dem genannten Zeugen schlichtweg die Kompetenz ab, sich zur gestellten Frage zu äussern, da er höchstens seine Anwesenheit, nicht aber seine Tätigkeit beurteilen könne. Hier erschöpfen sich seine Vorbringen in rein appellatorischer Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz. Hinsichtlich der Aufgaben, welche der Beschwerdeführer für die X._ Treuhand AG wahrgenommen habe, stützte sich die Vorinstanz auf die Angaben sowohl des Zeugen F._, wonach dieser alle Aufgaben eines Treuhänders wahrgenommen habe, wie des Zeugen B.X._, wonach dieser normale Funktionen eines Mitarbeiters ausgeübt, an Essen mit Kunden und an Geschäftsreisen teilgenommen sowie über eine eigene Kreditkarte für Spesen verfügt habe; zudem sei der Beschwerdeführer Mitglied des Verwaltungsrates eines Kunden gewesen. Für seine Tätigkeit habe er den gleichen Stundenansatz wie er selber und seine Mutter verrechnet, nämlich Fr. 180.--. Der Beschwerdeführer äussert sich zu dieser Begründung nur am Rande und nimmt vor allem zu den Angaben des Zeugen B.X._ hinsichtlich der Entlöhnung keine Stellung, sondern schildert bloss seine Sicht der Dinge. Zudem erneuert er seine im kantonalen Verfahren gemachte Behauptung, dass er angesichts seiner Vorstrafe auf dem freien Arbeitsmarkt nie das ihm nun angerechnete Einkommen erzielen könnte. Dass es vorliegend einzig um seinen konkreten Verdienst geht, wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, darauf geht der Beschwerdeführer nicht ein. Damit genügt er den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge in keiner Weise.
3.2 Auch hinsichtlich des Verdienstes seiner Ehefrau besteht der Beschwerdeführer auf einem Lohnausweis, der nach seiner Darstellung auf monatlich Fr. 4'672.55 lautet. Die Vorinstanz ging von einem solchen über monatlich Fr. 5'083.-- aus und verwies auf die Angaben des Beschwerdeführers. Weshalb die vorinstanzliche Feststellung des Erwerbseinkommens der Ehefrau willkürlich sein sollte, wird mit keinem Wort begründet.
3.3 Zudem erneuert der Beschwerdeführer den im kantonalen Verfahren eingenommenen Standpunkt, dass seine Ehefrau für die Berechnung der Nettoerträge ihrer Liegenschaft den steuerrechtlich zugelassenen Pauschalabzug auf den erzielten Mietzinsen machen könne. Dass bei der Berechnung der Einkünfte des Schuldners die Mietzinsen aus einer Liegenschaft nach Abzug der Aufwendungen für den Unterhalt zu berücksichtigen sind, ist unbestritten. Nach Ansicht der Vorinstanz sind diese jedoch konkret zu beziffern und zu belegen. Weshalb dies einem Schuldner nicht zumutbar sein soll, wird in der Beschwerde nicht ausgeführt. Ebenso wenig nimmt der Beschwerdeführer zu den Gründen Stellung, die eine unterschiedliche Sichtweise der Steuerveranlagungsbehörden und des Richters im Verfahren nach <ref-law> rechtfertigen können. Er begnügt sich mit der blossen Behauptung, die Methode, nach welcher die Steuergesetzgebung Abzüge zulasse, müsse auch für die Feststellung von neuem Vermögen gelten. Auf welche Weise der Richter die Aufwendungen in einem solchen Verfahren berechnet, beschlägt die Beweiswürdigung und kann demzufolge nur auf Willkür überprüft werden. Auch hier genügt der Beschwerdeführer dem strengen Rügeprinzip nicht.
3.4 Ob die vorinstanzlich berechneten Aufwendungen für eine standesgemässe Lebensführung vor Bundesrecht standhalten, ist vorliegend nicht zu prüfen, da die Beschwerdegegnerin den Entscheid nicht angefochten hat (vgl. dazu BGE 5A_556/2008 vom 29. Mai 2009 E. 2.1). Es bleibt damit beim vorinstanzlichen Ergebnis, dass der Beschwerdeführer neues Vermögen in der Höhe von Fr. 60'180.-- bilden konnte. Eine Verletzung von Bundesrecht ist nicht auszumachen.
4. Nach dem Gesagten ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten und schuldet der Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin mit Fr. 3'000.-- für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, I. Kammer als Appellationsinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Escher Gut