Sachverhalt:
A. X._ ist nach eigenen Angaben polnischer Korrespondent der internationalen Monatszeitung A._ und hatte Wohnsitz in Basel. Als er am 26. Januar 2008 auf dem Rümelinsplatz in Basel einem Strassentheater beiwohnte, wurde er im Rahmen eines Polizeieinsatzes gegen vermeintlich gewalttätige Anti-WEF-Demonstranten nachmittags zwischen 15.00 und 16.00 Uhr von der Basler Polizei festgenommen. Er wurde in einem Dienstwagen ins Untersuchungsgefängnis Waaghof verbracht. Dort wurde er gegen 20.00 Uhr desselben Tages freigelassen.
B. Die erwähnten Ereignisse erregten in Basel Aufsehen und führten zu einer Untersuchung. Die Kantonspolizei führte in einem an eine Anwaltskanzlei gerichteten Schreiben vom 22. Februar 2008 u.a. das Folgende aus:
"Anzumerken ist, dass es sich gemäss Erkenntnissen, die via die Staatsan3waltschaft des Kantons Basel-Stadt vom DAP (fedpol) erhältlich gemacht werden konnten, bei Herrn X._ um einen international agierenden und gewaltbereiten Globalisierungsgegner handelt, der aus diesem Grunde vom DAP ausgeschrieben und mit einer Einreisesperre belegt war. Er wurde demgemäss polizeilich angehalten. Wie den Berichten der handelnden Polizisten zu entnehmen ist, verlief diese Anhaltung gemäss den bestehenden Rechtsgrundlagen und korrekt ab."
Das Sicherheitsdepartement des Kantons Basel-Stadt teilte dem Vertreter von X._ am 21. April 2008 mit, dass die durch die Kantonspolizei erhobenen Daten am 28. April 2008 unter Aufsicht des kantonalen Datenschutzbeauftragen gelöscht würden.
C. X._ ist der Auffassung, dass seine Personalien und persönlichen Daten im Anschluss an den erwähnten Vorfall vom Dienst für Analyse und Prävention (DAP) - damals dem Bundesamt für Polizei des EJPD zugeordnet und heute als Nachrichtendienst des Bundes (NDB) dem Generalsekretariat des VBS zugeteilt - überprüft und festgehalten wurden.
Mit Schreiben vom 11. August 2008 ersuchte X._ den Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten (EDÖB, Beauftragter) um Auskunft über die über ihn gespeicherten Daten und um Einsicht in diese Daten.
Der Beauftragte erteilte dem Rechtsvertreter von X._ am 4. November 2008 die folgende Mitteilung:
"MITTEILUNG :
Wir teilen Ihnen mit, dass in Bezug auf Ihren Klienten entweder keine Daten unrechtmässig bearbeitet werden oder dass wir bei Vorhandensein allfälliger Fehler in der Datenbearbeitung eine Empfehlung zu deren Behebung an das Bundesamt gerichtet haben.
RECHTSMITTEL:
Ein Rechtsmittel gegen diese Mitteilung ist gemäss Artikel 18 Absatz 2 Satz 1 BWIS ausgeschlossen. Gemäss Artikel 18 Absatz 2 Satz 2 kann vom Präsidenten der Abteilung I des Bundesverwaltungsgerichts (Adresse: ...) verlangt werden, dass er diese Mitteilung oder gegebenenfalls den Vollzug der abgegebenen Empfehlung überprüft."
In der Folge gelangte X._ an das Bundesverwaltungsgericht. Der Präsident der I. Abteilung teilte daraufhin dem Rechtsvertreter am 10. Juni 2009 das Folgende mit:
"Ich beziehe mich auf Ihr Gesuch vom 5. Dezember 2008 (Poststempel), in dem Sie die Überprüfung der Mitteilung des Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten (EDÖB) vom 4. November 2008 sowie allfälliger vom EDÖB abgegebener Empfehlungen verlangen. Ich kann Ihnen mitteilen, dass ich die Prüfung im anbegehrten Sinne durchgeführt habe. Ich habe dabei überprüft, ob in den von Ihrem Begehren betroffenen Datensammlungen über Ihren Mandanten Daten unrechtmässig bearbeitet werden bzw. ob der EDÖB bei allfälligen Fehlern deren Behebung veranlasst hat. Sollte ich dabei Mängel festgestellt haben, hätte ich eine Empfehlung zu deren Beseitigung abgegeben.
Gemäss Art. 18 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 21. März 1997 über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit (BWIS) kann ich Ihnen indessen keine weiteren Auskünfte über allfällige im Rahmen der Prüfung gemachten Feststellungen erteilen.
In Ihrem Gesuch machen Sie geltend, Ihr Mandant habe ein Verfahren auf Feststellung der Widerrechtlichkeit von Einträgen in die Datensammlungen der deutschen Verfassungsschutzbehörden eingeleitet. Ich weise Sie darauf hin, dass die Möglichkeit offensteht, erneut ein Gesuch beim EDÖB einzureichen und die Löschung zu beantragen, wenn gerichtlich festgestellt werden sollte, dass Ihr Mandant zu Unrecht von deutschen Behörden registriert wurde."
D. X._ hat beim Bundesgericht am 29. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er stellt folgende Anträge:
1. "Es sei der Entscheid des Abteilungspräsidenten des Bundesverwaltungsgerichts vom 10.6.2009 aufzuheben.
2. Es sei X._ Einsicht in alle über ihn bestehenden Akten und Daten der Polizei und des Staatsschutzes (Dienst für Analyse und Prävention [DAP]) des Bundes, insbesondere in die im Informationssystem des Bundesamtes für Polizei gespeicherten Daten (namentlich ISIS00 und ISIS06) und in allfällig damit verbundene Akten zu gewähren.
3. Im Anschluss an die Gewährung der Akteneinsicht gemäss Ziff. 2 hiervor sei das Bundesamt für Polizei bzw. der DAP anzuweisen:
a) sämtliche über das Ereignis vom 26.1.2008 erhobenen Daten in Gegenwart des Datenschutzbeauftragten zu löschen.
b) sämtliche Daten des Bundesamtes für Polizei bzw. des DAP in Gegenwart des Datenschutzbeauftragen zu löschen, wonach es sich bei Herrn X._ um "einen international agierenden und gewaltbereiten Globalisierungsgegner" handelt.
c) sämtliche übrige beim DAP Daten allfällig bestehende Daten, die Herrn X._ betreffen, in Gegenwart des Datenschutzbeauftragten zu löschen. ..."
Auf die Begründung im Einzelnen ist, soweit erforderlich, in den Erwägungen einzugehen.
Der Beschwerdeführer ersuchte ferner um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und schliesslich um Beiordnung eines amtlichen Rechtsvertreters. Darüber hinaus verlangte er im bundesgerichtlichen Verfahren Akteneinsicht.
E. In ihren Vernehmlassungen beantragten der Dienst für Analyse und Prävention (DAP), der Nachrichtendienst des Bundes (NDB), der Beauftragte EDÖB und der Präsident der I. Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts, auf die Beschwerde sei gestützt auf <ref-law> nicht einzutreten. Eventualiter ersuchen sie darum, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Sie vertreten die Ansicht, dass das vom Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit (BWIS) vorgesehene Verfahren im vorliegenden Fall mit Art. 13 EMRK vereinbar sei.
Der Beschwerdeführer hat in seiner Replik vom 14. Oktober 2010 zu den Vernehmlassungen des Beauftragten EDÖB, des Dienstes für Analyse und Prävention (DAP), des Nachrichtendienstes des Bundes (NDB) und des Präsidenten der I. Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts Stellung genommen und hält an seinen Anträgen fest.
F. Mit Verfügung vom 21. Juli 2010 ist dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege gewährt worden. Seinem Gesuch um Akteneinsicht ist teils entsprochen worden.
G. Die Beschwerdesache ist am 2. November 2011 öffentlich beraten worden.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law>, ohne dass die Mitteilung des Abteilungspräsidenten des Bundesverwaltungsgerichts (im Folgenden: Abteilungspräsident) eine entsprechende Rechtsmittelbelehrung enthalten hätte. Im Folgenden sind die allgemeinen Prozessvoraussetzungen (E. 1.1), das Vorliegen eines anfechtbaren Entscheides (E. 1.2) und der Ausschlussgrund von <ref-law> (E. 1.3) zu prüfen.
1.1 Der Beschwerdeführer hat seine Beschwerde innert dreissig Tagen seit Eröffnung der Mitteilung des Bundesverwaltungsgerichts erhoben (<ref-law>). Er ist vom Verfahren betroffen und hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung der Mitteilungen des Abteilungspräsidenten und des Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten EDÖB (im Folgenden: der Beauftragte bzw. EDÖB), an der Einsicht in die Informationssysteme des Bundes sowie an der Vernichtung allfälliger ihn betreffender Aktenstücke (<ref-law>). Die Anträge des Beschwerdeführers - Aufhebung der Mitteilungen, Einsicht in die Informationssysteme und Vernichtung von Aktenstücken -sind mit Blick auf <ref-law> zulässig. In Betracht fällt ausschliesslich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law>. Unter diesen Aspekten steht dem Eintreten auf die vorliegende Beschwerde nichts im Wege.
1.2 Das Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit (BWIS, SR 120) gewährleistet der gesuchstellenden Person bei Begehren um Auskunft und Einsicht in Staatsschutzakten nach Art. 18 Abs. 1 und 2 eine stets gleichlautende Antwort des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten, dass eine Prüfung vorgenommen worden ist, keine Daten unrechtmässig bearbeitet würden und im Falle von Unregelmässigkeiten eine entsprechende Empfehlung ergangen wäre. Es stellt sich die Frage, ob diese Mitteilungen Entscheide im Sinne von <ref-law> darstellen. Der Präsident der I. Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts zieht dies angesichts des besondern Verfahrens in Zweifel und beantragt, es sei schon aus diesem Grunde auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Das Anfechtungsobjekt der öffentlich-rechtlichen Beschwerde wird in <ref-law> mit Entscheiden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts umschrieben. Es kann nicht bezweifelt werden, dass im vorliegenden Fall öffentliches Recht, nämlich öffentliches Recht des Bundes in Frage steht. Es kann auch nicht in Zweifel gezogen werden, dass die Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten hoheitlicher Natur sind. Diese haben ihre Mitteilungen als Träger öffentlicher Gewalt gemacht und sich dabei auf das einschlägige Datenschutzrecht des BWIS abgestützt. Zudem ergingen die Mitteilungen aufgrund einer konkreten und individuellen Prüfung. Es ist nicht entscheidend, dass mit den stets gleichlautenden Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten keine konkreten Feststellungen getroffen werden und aus ihnen keinerlei Schlüsse über das Vorhandensein oder Nicht-Vorhandensein von Einträgen in den Staatsschutzregistern gezogen werden können.
Der Begriff "Entscheid" nach <ref-law> ist autonomer Natur und reicht über den engen Verfügungsbegriff gemäss <ref-law> hinaus. Es gehören dazu auch Rechtsverweigerungen (vgl. <ref-law>) und Realakte, welche die Rechtsstellung des Betroffenen berühren und von der Vorinstanz materiell beurteilt worden sind. Bei der Umschreibung des Anfechtungsobjekts wird - insbesondere, wenn Grundrechtspositionen betroffen sind - auch auf das Rechtsschutzbedürfnis abgestellt (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 254; <ref-ruling> E. 6.1 S. 377; BERNHARD WALDMANN, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Auflage, 2011, N. 6 ff. zu Art. 82; ALAIN WURZBURGER, Commentaire de la LTF, 2009, N. 27 zu Art. 82). Unter diesem Gesichtswinkel kann nicht in Abrede gestellt werden, dass der Beschwerdeführer durch die Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten individuell in Grundrechtspositionen betroffen ist. Ein Bedürfnis nach einer Überprüfung kann nicht verneint werden. Insoweit ist nicht von Bedeutung, dass die Mitteilung des Beauftragten nach <ref-law> ausdrücklich keiner Beschwerde unterliegt und die Mitteilung des Abteilungspräsidenten daher keinen eigentlichen Rechtsmittelentscheid darstellt.
Vor diesem Hintergrund ist die Zulässigkeit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vorliegend im Grundsatz zu bejahen.
1.3 <ref-law> schliesst die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten im Grundsatz aus. Die Beschwerde kommt im Sinne einer Gegenausnahme gleichwohl zum Zug, soweit das Völkerrecht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt.
1.3.1 Vorerst fragt sich, ob die umstrittenen Mitteilungen und die allfällige Bearbeitung von Personendaten über den Beschwerdeführer "auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes" im Sinne von <ref-law> ergangen sind.
Das Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit bezweckt die Sicherung der demokratischen und rechtsstaatlichen Grundlagen der Schweiz sowie den Schutz der Freiheitsrechte der Bevölkerung (<ref-law>). Der Bund trifft vorbeugende Massnahmen, um frühzeitig Gefährdungen zu erkennen und zu bekämpfen (<ref-law>). Zu den vorbeugenden Massnahmen gehört die Bearbeitung von Informationen über die innere und äussere Sicherheit (<ref-law>). Die Bearbeitung von Informationen über die politische Betätigung und die Ausübung der Meinungs-, Koalitions- und Versammlungsfreiheit ist den Sicherheitsorganen des Bundes ausnahmsweise gestattet, wenn der begründete Verdacht besteht, dass eine Organisation oder ihr nahestehende Personen die Ausübung der politischen Rechte oder der Grundrechte als Vorwand nehmen, um terroristische, nachrichtendienstliche oder gewalttätig extremistische Tätigkeiten vorzubereiten oder durchzuführen (<ref-law>).
Vor diesem Hintergrund kann nicht in Frage gestellt werden, dass eine allfällige Bearbeitung von Personendaten über den Beschwerdeführer durch Organe des Bundes den Bereich der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes im Sinne von <ref-law> beschlägt. Das Bundesgericht ist in vergleichbaren Konstellationen vom Ausschlussgrund der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes gemäss Art. 100 lit. a OG ausgegangen (<ref-ruling> E. 4a S. 420; <ref-ruling> E. 2.2 S. 454; <ref-ruling> E. 6.1 S. 237; <ref-ruling> E. 2.1 S. 197; vgl. THOMAS HÄBERLI, Basler BGG-Kommentar, 2. Auflage, 2011, N. 22 f. zu Art. 83). Daraus folgt, dass auch die Gesuche um Auskunft über bzw. Einsicht in die Datensammlung sowie die Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten zum Bereich der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes im Sinne von <ref-law> zu zählen sind.
1.3.2 Trotz des Ausschlusses der Beschwerde auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit ist die Beschwerde im Sinne der Gegenausnahme nach <ref-law> zulässig, soweit das Völkerrecht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt.
Die genannte Bestimmung umschreibt nicht, welche gerichtliche Instanz die gerichtliche Beurteilung vornimmt. Sie verlangt keine Beurteilung durch ein schweizerisches Gericht und lässt zu, dass das Verfahren vor dem Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte angesprochen ist. Für die Gegenausnahme von <ref-law> genügt es somit, dass das Völkerrecht in der Form der Europäischen Menschenrechtskonvention eine gerichtliche Beurteilung durch den Gerichtshof verlangt. Dies trifft auf die vorliegende Konstellation zu. Der EGMR hat in mehreren Beschwerdefällen die geheime Überwachung, Aufzeichnung von Personendaten und deren Verwendung unter dem Gesichtswinkel von Art. 8 und Art. 13 EMRK geprüft (vgl. die unten behandelten Urteile Klass, Malone, Rotaru, Segerstedt-Wiberg und die Entscheidung Weber und Saravia). In gleicher Weise kann die vorliegende Angelegenheit - bei gegebenen Prozessvoraussetzungen - dem EGMR mit dem Anspruch auf gerichtliche Beurteilung unterbreitet werden. Damit sind die Voraussetzungen erfüllt, dass das Bundesgericht im Sinne der Gegenausnahme in <ref-law> auf die vorliegende Beschwerde eintreten kann. Dieses Vorgehen respektiert die Subsidiarität des Verfahrens vor dem EGMR, wie sie in Art. 13 und Art. 35 Ziff. 1 EMRK zum Ausdruck kommt. Es erlaubt zudem die innerstaatliche Überprüfung des vorliegend umstrittenen Verfahrens, nachdem sich der Präsident der zuständigen Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts nicht dazu geäussert hatte.
1.3.3 Demnach kann auf die vorliegende Beschwerde auch mit Blick auf <ref-law> eingetreten werden.
2. 2.1 Mit der vorliegenden Beschwerde wehrt sich der Beschwerdeführer dagegen, dass die allenfalls über ihn bestehenden Einträge in Informationssystemen des Bundes weiterhin geheim aufbewahrt, bearbeitet und verwendet werden. Er ersucht deshalb um vollständige Einsicht in diese Informationssysteme, um hernach allfällige Einträge löschen oder korrigieren lassen zu können.
Hierfür beruft sich der Beschwerdeführer in materieller Hinsicht zur Hauptsache auf die Garantie von Art. 8 EMRK an. Diese wird durch die geheime Aufbewahrung von Personendaten beeinträchtigt und verlangt dafür rechtsstaatliche Absicherungen. In formeller Hinsicht bezieht er sich auf Art. 13 EMRK und macht geltend, das in <ref-law> vorgesehene Auskunftsverfahren genüge den Anforderungen an eine wirksame Beschwerde nicht, die Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten stellten keine hinreichenden Antworten auf seine Ersuchen dar.
Für die Beschwerdebehandlung ist von Art. 8 EMRK auszugehen. Es ist zu prüfen, welche Garantien diese Bestimmung enthält, welche Formen von Einschränkungen sie zulässt und welche Anforderungen sie an geheime Datenbearbeitungen stellt. Zu untersuchen sind insbesondere das Vorliegen einer gesetzlichen Grundlage, die öffentlichen Interessen an entsprechenden Massnahmen und die Qualität der gesetzlichen Grundlage hinsichtlich Bestimmtheit, Voraussehbarkeit, Zugänglichkeit und inhärenten Kontrollmechanismen (E. 4 und 5).
In einem zweiten Schritt ist die Bedeutung von Art. 13 EMRK nachzuzeichnen. Es ist zu prüfen, inwieweit die Garantie eingeschränkt werden kann, was eine Einschränkung im Einzelnen bedeutet, inwieweit eine Mitteilung darüber erforderlich ist und welche Anforderungen an das Verfahren während der Geheimhaltung und nach Dahinfallen der Geheimhaltungsinteressen zu stellen sind (E. 6 und 7).
Vorauszuschicken ist eine Übersicht über das schweizerische Staatsschutzsystem und über die Bestimmungen zur Informationsbeschaffung und -aufbewahrung im Bereich der inneren Sicherheit (E. 3.1). Ferner ist das Auskunftsrecht gemäss <ref-law> darzustellen (E. 3.2).
Das Bundesgericht entscheidet über die vorliegende Beschwerde in Kenntnis der Akten. Dieses Vorgehen entspricht der Praxis des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 3.1 S. 169; <ref-ruling>, nicht publizierte E. 1.3, je mit Hinweisen).
2.2 Der Beschwerdeführer nimmt im vorliegenden Verfahren keinen direkten Bezug auf seine Verhaftung am 26. Januar 2008 in Basel. Er macht nicht geltend, er sei in seiner Bewegungsfreiheit gemäss <ref-law>, wegen eines Freiheitsentzuges nach <ref-law> oder in seinen Garantien im Sinne von Art. 8 Ziff. 1 und Art. 5 Ziff. 1 EMRK verletzt worden. Daran ändert der Umstand nichts, dass er in seiner Beschwerde eine nicht näher spezifizierte Entschädigungsforderung im Sinne von Art. 5 Ziff. 5 EMRK anspricht.
Der Beschwerdeführer macht auch nicht geltend, dass seine Personalien anlässlich des Vorfalls vom 26. Januar 2008 nicht hätten aufgenommen werden und seine Personendaten damals von den Bundesbehörden nicht hätten bearbeitet werden dürfen. Er rügt in diesem Zusammenhang in keiner Weise eine Verletzung von verfassungsmässigen Rechten.
Auf diese Fragen ist im vorliegenden Zusammenhang nicht weiter einzugehen.
3. 3.1 Zum Staatsschutz im Allgemeinen kann das Folgende ausgeführt werden:
Die rechtlichen Grundlagen zur Wahrung der inneren Sicherheit der Schweiz finden sich, soweit im vorliegenden Verfahren von Bedeutung, im Bundesgesetz vom 21. März 1997 über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit, im Bundesgesetz vom 3. Oktober 2008 über die Zuständigkeiten im Bereich des zivilen Nachrichtendienstes (ZNDG, SR 121) und im Bundesgesetz vom 13. Juni 2008 über die polizeilichen Informationssysteme des Bundes (BPI, SR 361). Das Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit steht im Dienste der Sicherung der demokratischen und rechtsstaatlichen Grundlagen der Schweiz sowie des Schutzes der Freiheitsrechte ihrer Bevölkerung (<ref-law>). Der Bund trifft vorbeugende Massnahmen, um Gefährdungen frühzeitig zu erkennen und zu bekämpfen (<ref-law>). Es gehört dazu die Bearbeitung von Informationen über die innere und die äussere Sicherheit (<ref-law>). Der Nachrichtendienst des Bundes (NDB) und das Bundesamt für Polizei (fedpol) erfüllen die Aufgaben nach dem BWIS (<ref-law>). Der Nachrichtendienst des Bundes nimmt die nachrichtendienstlichen und präventiven Aufgaben aus dem Bereich des BWIS wahr (Art. 1 Abs. 2 der Verordnung vom 4. Dezember 2009 über den Nachrichtendienst des Bundes [V-NDB, SR 121.1]).
Das Kapitel Informationsbearbeitung im Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit ordnet namentlich die Informationsbeschaffung (<ref-law>) und das Bearbeiten von Personendaten (<ref-law>). Danach können Daten beschafft werden, selbst wenn dies für die betroffenen Personen nicht erkennbar ist. Die Sicherheitsorgane dürfen besonders schützenswerte Personendaten sowie Persönlichkeitsprofile im Rahmen der Verordnung bearbeiten (Art. 20 V-NDB). Informationen dazu können aktiv beschafft werden (Art. 17 V-NDB). Die Datenbearbeitung unterliegt gewissen Schranken hinsichtlich politischer Betätigung und der Ausübung der Meinungs-, Koalitions- und Versammlungsfreiheit, es sei denn, dass begründeter Verdacht besteht, dass Personen und Organisationen die Ausübung politischer Rechte und der Grundrechte zum Vorwand der Vorbereitung oder Durchführung von terroristischen, nachrichtendienstlichen oder gewalttätig extremistischen Tätigkeiten nehmen (<ref-law>).
Im Rahmen des Bundesgesetzes über die Zuständigkeiten im Bereich des zivilen Nachrichtendienstes ordnet die Verordnung vom 4. Dezember 2009 über die Informationssysteme des Nachrichtendienstes des Bundes (ISV-NDB, SR 121.2) u.a. Betrieb, Datenbestand und Nutzung des Informationssystems Innere Sicherheit (ISIS). Das Informationssystem Innere Sicherheit ISIS besteht aus einer Reihe von Subsystemen und Datenbanken (Art. 25 ISV-NDB). Die Dauer der Datenaufbewahrung ist mit Blick auf die unterschiedlichen Kategorien von Daten im Einzelnen festgelegt (Art. 33 ISV-NDB). Die Daten in der Datenbank Staatsschutz werden periodisch einer Gesamtbeurteilung unterzogen (Art. 32 ISV-NDB). Im Anschluss an ein Auskunftsgesuch überprüft der NDB unabhängig von den festgelegten Laufzeiten, ob die vorhandenen Daten noch notwendig sind (<ref-law>).
Die Geschäftsprüfungsdelegation überwacht gemäss Art. 53 Abs. 2 Parlamentsgesetz (ParlG, SR 171.10) die Tätigkeit im Bereich des Staatsschutzes und der Nachrichtendienste regelmässig in allgemeiner Weise. Im Jahre 2010 hat sie dazu eine vertiefte Prüfung vorgenommen und einen eingehenden Bericht erstattet (vgl. Bericht der Geschäftsprüfungsdelegation vom 21. Juni 2010 über Datenbearbeitung im Staatsschutzinformationssystem ISIS, in BBl 2010 7665; zu den Datenbearbeitungsregeln für das ISIS-Informationssystem insbes. S. 7675 des genannten Berichts).
Das Auskunftsrecht der Betroffenen richtet sich nach <ref-law> (Art. 31 ISV-NDB).
3.2 <ref-law> ordnet das Auskunftsrecht. Er weist folgenden Wortlaut auf:
Art. 18 -Auskunftsrecht
1 Jede Person kann beim Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten verlangen, dass er prüfe, ob im Informationssystem des Bundesamtes rechtmässig Daten über sie bearbeitet werden. Der Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragte teilt der gesuchstellenden Person in einer stets gleichlautenden Antwort mit, dass in Bezug auf sie entweder keine Daten unrechtmässig bearbeitet würden oder dass er bei Vorhandensein allfälliger Fehler in der Datenbearbeitung eine Empfehlung zu deren Behebung an den NDB gerichtet habe.
2 Ein Rechtsmittel gegen diese Mitteilung ist ausgeschlossen. Die betroffene Person kann verlangen, dass der Präsident oder die Präsidentin der auf dem Gebiet des Datenschutzes zuständigen Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts die Mitteilung des Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten oder den Vollzug der von ihm abgegebenen Empfehlung überprüft. Der Präsident oder die Präsidentin teilt der Person in einer stets gleichlautenden Antwort mit, dass die Prüfung im begehrten Sinn durchgeführt wurde.
3 Der Eidgenössische Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragte kann ausnahmsweise nach den Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 19. Juni 1992 über den Datenschutz (DSG) der gesuchstellenden Person in angemessener Weise Auskunft erteilen, wenn damit keine Gefährdung der inneren oder der äusseren Sicherheit verbunden ist und wenn der gesuchstellenden Person sonst ein erheblicher, nicht wieder gut zu machender Schaden erwächst.
4 Die Kantone überweisen Gesuche, die sich auf Akten des Bundes beziehen, an den Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten.
5 Im Anschluss an das Auskunftsgesuch überprüft der NDB unabhängig von den festgelegten Laufzeiten, ob die vorhandenen Daten noch benötigt werden. Alle nicht mehr benötigten Daten werden im Informationssystem gelöscht.
6 Registrierten Personen, die ein Auskunftsgesuch gestellt haben, wird beim Dahinfallen der Geheimhaltungsinteressen zur Wahrung der inneren Sicherheit, spätestens bei Ablauf der Aufbewahrungsdauer, nach Massgabe des DSG Auskunft erteilt, sofern dies nicht mit unverhältnismässigem Aufwand verbunden ist."
Eine dem <ref-law> ähnliche Regelung enthält das Bundesgesetz über die polizeilichen Informationssysteme des Bundes in Art. 7 und 8. Diese Bestimmungen haben die früheren Vorschriften von Art. 14 des Bundesgesetzes über kriminalpolizeiliche Zentralstellen des Bundes (ZentG, SR 360) abgelöst. Des Weitern verweist Art. 27 der Verordnung vom 25. August 2005 über die Meldestelle für Geldwäscherei (SR 955.23) hinsichtlich des Auskunftsrechts von betroffenen Personen auf die genannte Regelung im BWIS.
3.3 Das BWIS enthält mit der zitierten Bestimmung von Art. 18 eine spezielle, von den allgemeinen Grundsätzen des Bundesgesetzes über den Datenschutz (DSG, SR 235.1) abweichende Regelung zum Anspruch auf Auskunft über Einträge in Informationssystemen des Bundes. Im Sinne eines Überblicks können folgende Besonderheiten genannt werden.
3.3.1 Nach <ref-law> kann jede Person beim Beauftragten EDÖB eine Prüfung verlangen, ob im Informationssystem des Bundes rechtmässig Daten über sie bearbeitet werden. Der Beauftragte erteilt der gesuchstellenden Person eine stets gleichlautende, stereotype Antwort, dass entweder keine Daten unrechtmässig bearbeitet würden oder dass bei allfälligem Vorliegen von Mängeln in der Datenbearbeitung eine Empfehlung zu deren Behebung an den Nachrichtendienst des Bundes ergangen sei.
Ein Rechtsmittel gegen die stereotype Antwort des Beauftragten ist nach <ref-law> ausdrücklich ausgeschlossen. Allerdings kann sich die betroffene Person gestützt auf diese Bestimmung an den Präsidenten der zuständigen Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts wenden. Von diesem erhält sie eine stets gleichlautende Antwort, wonach die Mitteilung des Beauftragten und der Vollzug einer allfälligen Empfehlung des Beauftragten überprüft worden seien und allenfalls von Seiten des Abteilungspräsidenten eine entsprechende Empfehlung ergangen sei.
3.3.2 Im Verfahren vor dem Beauftragten und dem Abteilungspräsidenten wird Auskunft darüber erteilt, dass eine Prüfung vorgenommen worden sei, keine unrechtmässige Datenbearbeitung erfolge, allfällige Mängel durch eine Empfehlung beseitigt würden und die Einhaltung einer solchen Empfehlung überprüft worden sei. Es wird der Auskunft ersuchenden Person bescheinigt, dass die Informationssysteme in Übereinstimmung mit den besondern für den Staatsschutz geltenden Regeln geführt würden und somit "alles mit rechten Dingen zu- und hergehe". Die betroffene Person kann die Auskunft allerdings in keiner Weise überprüfen oder überprüfen lassen. Insbesondere kann sie aus der stereotypen Antwort keinerlei Schlüsse ziehen, ob überhaupt, allenfalls in welcher Weise, aus welchen Gründen und gestützt auf welche Quellen sie in einem Informationssystem des Bundes vermerkt ist. Der Gesetzgeber geht davon aus, für einschlägige Kreise sei allein schon die Information, dass eine bestimmte Person überhaupt verzeichnet oder aber gerade nicht verzeichnet ist, von grosser Bedeutung, weil daraus Rückschlüsse über das Funktionieren von Staatsschutzorganen gezogen und damit die Wirksamkeit der Staatsschutztätigkeiten beeinträchtigt werden könnten (vgl. Entscheid der Eidgenössischen Datenschutzkommission [EDSK] vom 15.2.2006-23.5.2006, Sachverhalt, in: ZBl 108/2007 S. 392).
Das Geheimnis über einen allfälligen Eintrag oder eine allfällige Datenbearbeitung bleibt mit dieser Art des Auskunftsverfahrens aufrechterhalten. Obwohl die Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten abschliessende Orientierungen darstellen, bleibt die Auskunft vorläufiger und indirekter Natur. Aus diesem Grund hat sich hierfür der Ausdruck der indirekten Auskunft eingebürgert. Die eigentliche Information wird bis zu einer definitiven Auskunftserteilung aufgeschoben. Diese richtet sich dann nach <ref-law> (unten E. 7.4; vgl. zum Ganzen GIOVANNI BIAGGINI, Verfassungsrechtliche Abklärung betreffend die Teilrevision des Bundesgesetzes über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit [Vorlage "BWIS II"], Gutachten vom Juni 2009, in: VPB 2009.14, Ziff. VII, S. 238/310).
3.3.3 Dem Beauftragten stehen im Falle von Auskunftsersuchen die Mittel gemäss dem Datenschutzgesetz zur Verfügung. Allgemein überwacht er nach Art. 27 Abs. 1 DSG die Einhaltung der generellen und der speziellen Datenschutzvorschriften durch die Bundesorgane. Er klärt den Sachverhalt gemäss Art. 27 Abs. 2 DSG von sich aus oder auf Meldung hin ab. Hierfür erlaubt ihm Art. 27 Abs. 3 DSG, Akten herauszuverlangen, Auskünfte einzuholen und sich Datenbearbeitungen vorführen zu lassen (vgl. auch Art. 34 Datenschutzverordnung [DSV; SR 235.11] zur Auskunftspflicht hinsichtlich von Datenbearbeitungen). Die Bundesorgane müssen an der Feststellung des Sachverhalts mitwirken (vgl. allgemein zu den Informationsbeschaffungsrechten des Beauftragten RENÉ HUBER, in: Maurer-Lambrou/Vogt, Basler Kommentar zum Datenschutzgesetz, 2. Auflage, 2006, N. 7 ff. zu Art. 27). Ergibt die Abklärung Mängel, so kann der Beauftragte in allgemeiner Weise nach Art. 27 Abs. 4 DSG und spezifisch gestützt auf <ref-law> dem verantwortlichen Organ bzw. dem Nachrichtendienst des Bundes eine Empfehlung erteilen, das Bearbeiten zu ändern oder zu unterlassen.
Grundsätzlich stehen dieselben Mittel auch dem Präsidenten der zuständigen Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts zur Verfügung. Er kann - gleich wie der Beauftragte - zur Mängelbehebung Empfehlungen abgeben. Diese können sich an den Beauftragten wie auch an die Verwaltung richten. Bereits die Eidgenössische Datenschutzkommission EDSK hatte die Befugnis für die Erteilung von Empfehlungen für sich in Anspruch genommen (Entscheid EDSK, a.a.O., E. 7 und Dispositiv). Das Bundesverwaltungsgericht kann allgemein von der Verwaltung verlangen, dass ihm Datenbearbeitungen vorgelegt werden (Art. 35 DSV). Der Praxis der Eidgenössischen Datenschutzkommission EDSK kann entnommen werden, dass die ISIS-Datenbank beim Bundesamt für Polizei (fedpol) überprüft wurde und die Kommission mit Vertretern des Bundesamtes Instruktionsverhandlungen durchführte (Entscheid EDSK, a.a.O., Sachverhalt).
3.3.4 Der Beauftragte kann der gesuchstellenden Person nach <ref-law> ausnahmsweise und in angemessener Weise Auskunft erteilen, soweit damit keine Gefährdung der inneren oder äusseren Sicherheit verbunden ist und soweit ihr sonst ein erheblicher, nicht wieder gut zu machender Schaden erwächst. Erforderlich hierfür ist ein Gesuch. Für diese Auskunftserteilung wird nach dem Wortlaut des Gesetzes nicht unterschieden, ob die gesuchstellende Person tatsächlich vermerkt ist oder nicht (vgl. Entscheid EDSK, a.a.O., E. 4; vgl. auch RAINER J. SCHWEIZER, Das indirekte Auskunftsrecht im Datenschutz der Schweiz aus grund- und menschenrechtlicher Sicht, in: Festschrift für Luzius Wildhaber, Zürich 2007, S. 775, insbes. 780 und 783; TIZIANA MONA-MAGNI, Das indirekte Auskunftsrecht - Zur Praxis der Eidgenössischen Datenschutzkommission, ZBl 108/2007 S. 364, 368). Diese Auskunftserteilung ist definitiver und abschliessender Natur.
Der Beauftragte macht von dieser Auskunftserteilung gemäss <ref-law> in neuerer Zeit vermehrt Gebrauch. So sind im Jahre 2008 148 Gesuche eingegangen. In Bezug auf all diese Gesuche kam der Beauftragte zum Schluss, dass die Voraussetzungen der Ausnahmebestimmung gegeben waren. Demnach informierte er die Betroffenen in angemessener Weise (vgl. 16. Tätigkeitsbericht des Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten 2008/ 2009, Ziff. 1.4.4; 17. Tätigkeitsbericht 2009/2010, Ziff. 1.4.5; Bericht Geschäftsprüfungsdelegation, a.a.O., Ziff. 4.1 S. 7709; anders noch Entscheid EDSK, a.a.O., Sachverhalt). Anzumerken ist, dass der Beauftragte betroffenen Gesuchstellern ein Formular zur Verfügung stellt, um die persönliche Situation sowie den erheblichen, nicht wieder gutzumachenden Schaden darzulegen.
3.3.5 Schliesslich kann gemäss <ref-law> nach Massgabe des Datenschutzgesetzes Auskunft erteilt werden, wenn die Geheimhaltungsinteressen dahingefallen sind oder spätestens bei Ablauf der Aufbewahrungsdauer gemäss Art. 33 ISV-NDB. Nach dem Wortlaut unterliegt die Auskunft zwei besondern Voraussetzungen: Zum einen ist erforderlich, dass überhaupt ein Auskunftsgesuch gestellt wird. Zum andern, dass es sich beim Gesuchsteller um eine registrierte Person handelt. Die Auskunft wird erteilt, sofern dies nicht mit unverhältnismässigem Aufwand verbunden ist.
Mit <ref-law> wird der Aufschub des Auskunftsrechts aufgehoben. Es greifen nunmehr das Verfahren und die Grundsätze des Datenschutzgesetzes Platz. Insbesondere kommt die Regelung des Auskunftsrechts nach Art. 8 DSG mit den Einschränkungen gemäss Art. 9 DSG zur Anwendung. Allerdings kommt das Datenschutzgesetz nicht integral zum Zug. Die Auskunftserteilung unterliegt zwei besondern Voraussetzungen. Zum einen setzt <ref-law> ein entsprechendes Gesuch voraus, zum andern sollen nichtregistrierte Personen keine Auskunft erhalten können. Diese Einschränkungen wirken sich auf die Gesamtheit des Auskunftsrechts aus. Es wird im Zusammenhang mit der konkreten Beurteilung der vorliegenden Beschwerde im Einzelnen zu prüfen sein, wie diese Regelungen zu verstehen sind, inwiefern sie im Einklang mit der EMRK stehen und ob sie sich EMRK-konform auslegen und anwenden lassen (E. 7.4).
3.3.6 Nach <ref-law> überprüft der NDB im Anschluss an ein Auskunftsgesuch, ob die vorhandenen Daten noch benötigt werden. Diese Prüfung erfolgt unabhängig von der in Art. 32 ISV-NDB vorgesehenen periodischen Überprüfung und ungeachtet der in Art. 33 ISV-NDB vorgesehenen Aufbewahrungsdauer. Alle nicht mehr benötigten Daten werden im Informationssystem gelöscht. Über diese Nachkontrolle im Einzelfall hinaus werden die Daten in der Datenbank Staatsschutz periodisch einer Gesamtbeurteilung unterzogen (Art. 32 ISV-NDB). Ferner überwacht die Geschäftsprüfungsdelegation gemäss <ref-law> die Tätigkeiten des Staatsschutzes und der Nachrichtendienste in allgemeiner Weise. Sie hat im Jahre 2010 einen umfassenden Bericht zur Datenbearbeitung im Staatsschutzinformationssystem ISIS verfasst (oben E. 3.1).
3.3.7 Das in Art. 18 Abs. 1 und 2 BWIS vorgesehene sog. indirekte Auskunftsrecht ist von verschiedener Seite auf Kritik gestossen. Die ehemalige Eidgenössische Datenschutzkommission kam im Jahre 2006 zum Schluss, dass die Regelung den Anforderungen von Art. 13 EMRK nicht genüge (Entscheid EDSK, a.a.O., E. 5c). Dieselbe Auffassung ist in der Lehre vertreten worden (SCHWEIZER, a.a.O.; MONA-MAGNI, a.a.O.; vgl. auch MÜLLER/SCHEFER, Grundrechte, 4. Auflage 2008, S. 176 f.). Die Geschäftsprüfungsdelegation empfahl in ihrem Bericht anstelle des indirekten Einsichtsrechts ein Auskunftsrecht nach den Modalitäten von <ref-law> (Empfehlung 11, S. 7736). Eine Motion Leutenegger Oberholzer (08.3852) verlangte die Abschaffung des indirekten Auskunftsrechts; der Bundesrat stimmte der Motion zu; der Nationalrat wies sie in der Frühjahrssession 2010 indes ab. Gleichwohl schlug der Bundesrat in seiner Zusatzbotschaft zur Änderung des Bundesgesetzes über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit vor, dass sich das Auskunftsrecht inskünftig nach Art. 8 und 9 DSG richten soll (Zusatzbotschaft "BWIS II reduziert" vom 27. Oktober 2010, BBl 2010 7841, insbes. 7887). Die parlamentarische Debatte darüber war im Zeitpunkt des vorliegenden Urteils noch offen.
Demgegenüber gelangt GIOVANNI BIAGGINI in seinem Gutachten zur Teilrevision des BWIS zum Schluss, dass sich das indirekte Auskunftsrecht nach <ref-law> verfassungs- und konventionskonform auslegen und anwenden lasse (BIAGGINI, Gutachten, a.a.O., Ziff. VII, S. 309 ff.).
4. Art. 8 EMRK räumt in Ziff. 1 jeder Person das Recht auf Achtung ihres Privat- und Familienlebens, ihrer Wohnung und ihrer Korrespondenz ein und erlaubt gemäss den Vorgaben in Ziff. 2 entsprechende Eingriffe. Der Gehalt der Gewährleistungen und die Anforderungen an die Einschränkungen sind im Folgenden mit Blick auf nachrichtendienstliche Aufzeichnungen und Einsichtnahmen nachzuzeichnen.
4.1 Art. 8 Ziff. 1 EMRK garantiert jeder Person das Recht auf Achtung ihres Privat- und Familienlebens, ihrer Wohnung und ihrer Korrespondenz. Für den vorliegenden Zusammenhang steht das Recht auf Privatleben im Vordergrund. Das Privatleben im Sinne dieser Bestimmung stellt einen offenen Begriff dar. Es umfasst physische und psychische Aspekte und räumt Anspruch auf persönliche Identität und Entfaltung ein. Zum Privatleben gehört, dass ungehindert Beziehungen mit andern Personen geknüpft und entwickelt werden können. Auch berufliche Aktivitäten zählen dazu (Urteil Shimovolos gegen Russland vom 21. Juni 2011, Nr. 30194/09, Ziff. 64 f.; Urteil Özpinar gegen Türkei vom 19. Oktober 2010, Nr. 20999/04, Ziff. 45 f.; Urteil Gillan und Quinton gegen Grossbritannien vom 12. Januar 2010, Nr. 4158/05, Ziff. 61; Urteil Segerstedt-Wiberg gegen Schweden vom 6. Juni 2006, Nr. 62332/00, Recueil CourEDH 2006-VII S. 131, Ziff. 71; Urteil Rotaru gegen Rumänien vom 4. Mai 2000, Nr. 28341/95, Recueil CourEDH 2000-V S. 61 [RUDH 2000 S. 109], Ziff. 35 f.; Urteil Amann gegen Schweiz vom 16. Februar 2000, Recueil CourEDH 2000-II S. 201 [VPB 2000 Nr. 144], Ziff. 65; Urteil Malone gegen Grossbritannien vom 2. August 1984, Nr. 8691/79, Serie A Nr. 82 [EGMR-E 2 Nr. 39 S.452], Ziff. 42; Urteil Leander gegen Schweden vom 26. März 1987, Nr. 9248/81, Serie A Band 116 [EGMR-E 3 Nr. 35 S. 430], Ziff. 48; Entscheidung Weber und Saravia gegen Deutschland vom 29. Juni 2006, Nr. 544934/00, Recueil CourEDH 2006-XI S. 351, Ziff. 79; Urteil Niemietz gegen Deutschland vom 16. Dezember 1992, Nr. 72/1991/324/396 [EuGRZ 1993 S. 65], Ziff. 29 ff.). Der Bereich des Privatlebens wird durch das Aufbewahren von Personendaten in Registern betroffen. Das behördliche Anlegen von geheimen Fichen mit Personendaten über eine bestimmte Person bedeutet für diese einen Eingriff in die Garantie auf Achtung ihres Privatlebens, unabhängig davon, ob die Informationen bei bestimmter Gelegenheit tatsächlich verwendet oder weitergegeben werden. Zu den Eingriffen gehören sowohl die Weitergabe von solchen Personendaten wie auch die Verweigerung der Einsicht und die Unmöglichkeit ihrer Bestreitung (Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 73 und 99; Urteil Rotaru, Ziff. 46; Urteil Amann, Ziff. 69 f. und 80; Urteil Leander, Ziff. 48; vgl. Urteil Klass und Mitbeteiligte gegen Deutschland vom 6. September 1978, Nr. 50289/71, Serie A Band 28 [EGMR-E 1 Nr. 31 S. 320], Ziff. 41; Entscheidung Weber und Saravia, Ziff. 79).
4.2 Die Garantien von Art. 8 Ziff. 1 EMRK sind nicht absolut. Eingriffe sind nach Massgabe von Art. 8 Ziff. 2 EMRK mit der Konvention vereinbar. Erforderlich hierfür ist, dass eine gesetzliche Grundlage im nationalen Recht den Eingriff zu rechtfertigen vermag. Zum Erfordernis "prévu par la loi" zählen nicht nur eine (geschriebene oder ungeschriebene) Grundlage im innerstaatlichen Recht, sondern auch Anforderungen an deren Qualität. Es wird eine hinreichende Zugänglichkeit ("accessible") und Vorhersehbarkeit ("prévisible") verlangt. Da geheime staatliche Massnahmen weder von Betroffenen noch von der Öffentlichkeit kontrolliert werden können, ist mit Blick auf Rechtsstaatlichkeit und Vorrang des Rechts erforderlich, dass bereits die rechtliche Grundlage für sich genommen dem Einzelnen mit entsprechenden Mechanismen einen angemessenen Schutz vor willkürlichen Verletzungen des Privatlebens gewährt. Hierfür muss die rechtliche Grundlage den Umfang des behördlichen Ermessens im Hinblick auf das rechtmässige Ziel der Massnahmen umschreiben und begrenzen. Gefordert sind gesetzliche Garantien gegen Missbräuche zum Nachteil des Einzelnen und der Demokratie (Urteil Shimovolos, Ziff. 67 f.; Urteil Gillan und Quinton, Ziff. 76 f.; Entscheidung Weber und Saravia, Ziff. 84 und 92 ff.; Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 76; Urteil Rotaru, Ziff. 52, 55 und 63 ff.; Urteil Amann, Ziff. 55 f.; Urteil Leander, Ziff. 50-52; Urteil Malone, Ziff. 66-68).
Ein wirksamer Schutz vor Willkür verlangt im Sinne der Vorhersehbarkeit eine hinreichend bestimmte Umschreibung der Massnahmen und Voraussetzungen ("netteté suffisante"). Tragweite und Modalitäten der geheimen Massnahmen sind unter Beachtung der Besonderheit des Regelungsgegenstandes zu umschreiben, sodass der Betroffene bei entsprechender Vorsicht und allenfalls mit juristischer Beratung sein Verhalten danach ausrichten und die Folgen eines bestimmten Handelns entsprechend den Umständen vorhersehen kann. Allerdings können die Anforderungen an die Vorhersehbarkeit im Bereiche des Staatsschutzes nicht dieselben sein wie in andern Sachgebieten. Die Vorhersehbarkeit bedeutet nicht, dass jegliche Konsequenz klar soll abgeschätzt werden können. Gefordert ist indes, dass für den Einzelnen erkennbar ist, unter welchen Umständen und unter welchen Bedingungen die rechtliche Grundlage die öffentliche Gewalt ermächtigt, einen geheimen Eingriff vorzunehmen (Urteil Shimovolos, Ziff. 68; Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 76; Urteil Rotaru, Ziff. 55; Urteil Amann, Ziff. 56; Urteil Leander, Ziff. 51; Urteil Malone, Ziff. 67 f.; vgl. zum Ganzen eingehend auch Entscheidung Weber und Saravia, Ziff. 92-102; Urteil Liu gegen Russland vom 6. Dezember 2007, Nr. 42086/05, Ziff. 56) .
4.3 In materieller Hinsicht müssen sich Eingriffe in das Recht auf Achtung des Privatlebens nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK namentlich insoweit rechtfertigen lassen, als sie in einer demokratischen Gesellschaft notwendig sind für die nationale oder öffentliche Sicherheit, zur Aufrechterhaltung der Ordnung, zur Verhütung von Straftaten oder zum Schutz der Rechte und Freiheiten anderer. Geheime Überwachungen und Aufzeichnungen von Bürgern, wie sie für den Polizeistaat typisch sind, können nur hingenommen werden, soweit sie zur Erhaltung der demokratischen Einrichtungen unbedingt notwendig sind (Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 88; Urteil Klass, Ziff. 42). Der Schutz der nationalen Sicherheit und die Sicherung der öffentlichen Ordnung stellen, abstrakt betrachtet, hinreichende Motive gemäss Art. 8 Ziff. 2 EMRK dar. Doch ist auch zu prüfen, ob die konkret vorgesehenen Mittel innerhalb der Grenzen dessen bleiben, was in einer demokratischen Gesellschaft tatsächlich notwendig ist (Urteil Klass, Ziff. 46).
Unter diesem Gesichtswinkel anerkennt der Gerichtshof, dass die demokratische Gesellschaft durch verfeinerte Formen der Spionage, der Infiltration und des Terrorismus bedroht ist und es zu ihrem Schutze geheimer Massnahmen der Überwachung und Aufzeichnung bedarf. Solche Massnahmen können sich, wenn auch zum Bedauern des Gerichtshofs, als notwendig erweisen (Urteil Klass, Ziff. 48 und 68; vgl. Urteil Leander, Ziff. 78). Dem Rechtsstaat kann nicht verwehrt sein, den modernen Bedrohungen mit entsprechenden Massnahmen zu begegnen. Es kann nicht der Sinn einer freiheitlichen demokratischen Staatsordnung sein, sich ohne gleichwertige Verteidigungsmöglichkeiten ihren Gegnern auszuliefern (<ref-ruling> E. 7 S. 289).
Die vom Rechtsstaat in Betracht gezogenen Massnahmen müssen mit Blick auf die verfolgten Ziele verhältnismässig sein. Angesichts der Risiken, die ein System geheimer Überwachung und Fichierung zum Schutz der nationalen Sicherheit birgt, und der Gefahr, dass die Demokratie mit der Begründung, sie zu verteidigen, untergraben oder gar zerstört wird ("le risque de saper, voire de détruire, la démocratie au motif de la défendre"), dürfen die Vertragsstaaten nicht zu beliebigen Massnahmen greifen. Es muss daher sichergestellt sein, dass angemessene und wirksame Garantien gegen Missbräuche vorhanden sind (Entscheidung Weber und Saravia, Ziff. 106; Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 88; Urteil Rotaru, Ziff. 59; Urteil Leander, Ziff. 59 f.; Urteil Klass, Ziff. 48; eingehend <ref-ruling> E. 10 S. 295).
Unter solchen Voraussetzungen, bei genauer Prüfung der tatsächlichen Gegebenheiten und mit Blick auf die konkrete Ausgestaltung der Regelung hat der Gerichtshof sowohl die geheime Überwachung von Personen als auch das geheime Anlegen, Aufbewahren und Verwenden von Fichen über Personen in unterschiedlichen Konstellationen als mit der Garantie von Art. 8 EMRK im Einklang befunden (Urteil Klass; Urteil Malone; Urteil Leander; Urteil Segerstedt-Wiberg [in Bezug auf eine von mehreren Beschwerdeführenden]; Entscheidung Weber und Saravia).
4.4 Mit Blick auf die vorliegend umstrittene Konstellation ergibt sich aus der Rechtsprechung des Gerichtshofes zusammenfassend, dass das geheime Anlegen und Aufbewahren von Fichen Eingriffe in das Recht auf Achtung der Privatsphäre darstellt. Solche sind gestützt auf eine gesetzliche Grundlage zulässig. Erforderlich ist eine hinreichend bestimmte und zugängliche gesetzliche Grundlage, die den Rahmen der Anwendung umschreibt, den Ermessensspielraum der Behörden ausreichend begrenzt und hinreichende Schutzmechanismen enthält. Eingriffe in das Privatleben müssen verhältnismässig sein und dürfen nicht über das zur Aufrechterhaltung des demokratischen Rechtsstaates unbedingt erforderliche Mass hinausgehen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer geht davon aus, dass er in den entsprechenden Informationssystemen des Bundes vermerkt ist, die ihn betreffenden Personendaten aufbewahrt, verwendet und weitergeleitet werden und insoweit eine Datenbearbeitung erfolgte bzw. erfolgt. Der Beschwerdeführer hat bisher keinen direkten Zugang zu den Informationssystemen des Bundes erhalten, keine direkte Auskunft über mögliche Einträge und keine Möglichkeit der Bestreitung, Korrektur oder Entfernung von allfälligen Aufzeichnungen. Auch mit der indirekten Auskunft durch den Beauftragten und den Abteilungspräsidenten nach Art. 18 Abs. 1 und 2 BWIS ist dem Beschwerdeführer der Zugang und die Möglichkeit einer Korrektur oder Entfernung vorerst und bisher verwehrt worden. Unter Berücksichtigung der zitierten Rechtsprechung des Gerichtshofs liegt in diesen Umständen ein Eingriff in das Recht auf Achtung des Privatlebens im Sinne von Art. 8 Ziff. 1 EMRK.
Es ist daher zu prüfen, ob der Grundrechtseingriff nach Massgabe von Art. 8 Ziff. 2 EMRK gerechtfertigt werden kann. Insbesondere stellt sich die Frage, ob der allfällige Vermerk in den Informationssystemen und die Regelung der sog. indirekten bzw. aufgeschobenen Auskunft im Sinne von <ref-law> vor den Garantien der Menschenrechtskonvention standhält.
5.2 Die Bestimmung von Art. 8 Ziff. 2 EMRK verlangt als Erstes eine Grundlage im nationalen Recht. Eine solche besteht in klarer Weise: Das Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit umschreibt den Rahmen der nachrichtendienstlichen Tätigkeit (vgl. allgemein oben E. 3). Es nennt als Zweck die Sicherung der demokratischen und rechtsstaatlichen Grundlagen und den Schutz der Freiheitsrechte (<ref-law>), ermächtigt zur Vornahme von vorbeugenden Massnahmen, insbesondere zur Bearbeitung von Informationen über die innere und äussere Sicherheit (<ref-law>), ordnet die (geheime) Informationsbeschaffung und -bearbeitung (Art. 14 f. und 17 BWIS) und legt schliesslich die Grenzen der Tätigkeit der Sicherheitsorgane fest (<ref-law>). Das Bundesgesetz umschreibt zudem das Auskunftsrecht hinsichtlich der Informationssysteme des Bundes. Es sieht insbesondere vor, dass die Auskunftsrechte vorerst aufgeschoben werden und der Betroffene vom Beauftragten und vom Abteilungspräsidenten des Bundesverwaltungsgerichts lediglich stereotype, stets gleichlautende Auskünfte erhält (<ref-law>). Schliesslich wird die Regelung im BWIS durch weitere Bundesgesetze und Verordnungen ergänzt. All diese Erlasse sind in den gängigen Formen publiziert und ohne Weiteres allgemein zugänglich. In formeller Hinsicht bestehen an der gesetzlichen Grundlage keine Zweifel.
5.3 Das Bestimmtheitsgebot ist mit Blick auf die Umschreibung der umstrittenen Massnahmen an Ziel und Zweck des Regelungsgegenstandes zu messen. In allgemeiner Weise hat das Bundesgericht ausgeführt, dass die Bestimmtheitserfordernisse im Polizeirecht auf besondere Schwierigkeiten stossen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 90 mit Hinweisen). In gleicher Weise können die Anforderungen an die Vorhersehbarkeit im Bereiche des Staatsschutzes nicht dieselben sein wie in andern Sachgebieten (oben E. 4.2). Unter Beachtung dieser Grundsätze kann es keinem Zweifel unterliegen, dass die von der Bundesgesetzgebung vorgesehenen und oben dargelegten Massnahmen sowohl in Bezug auf die einzelnen Vorkehren wie auch in Bezug auf deren Voraussetzungen hinreichend bestimmt umschrieben sind. Daran ändert die Verwendung von unbestimmten Rechtsbegriffen in den einzelnen Erlassen nichts. Es kann ihnen klar entnommen werden, dass aus Gründen des Staatsschutzes Informationen über Personen und Vorkommnisse geheim erhoben, in Informationssystemen aufgenommen und entsprechend bearbeitet werden dürfen. Die Zuständigkeiten in diesen Bereichen können der Bundesgesetzgebung entnommen werden. In Bezug auf das Auskunftsrecht ergibt sich klar, dass dieses mit den immer gleichlautenden stereotypen Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten vorerst lediglich in indirekter Weise gewährt und erst im Rahmen von <ref-law> bzw. nach Wegfall der Geheimhaltungsinteressen gemäss <ref-law> gewährt wird. Dies erlaubt es, bei entsprechender Vorsicht und mit allfälliger Beratung das Verhalten danach auszurichten und die Folgen von bestimmten Handlungen abzuschätzen.
5.4 Die geheime Staatsschutztätigkeit gestattet es dem Betroffenen nicht, die gegen ihn getroffenen Massnahmen selber zu kontrollieren oder überprüfen zu lassen. Daraus schliesst der Gerichtshof auf die Notwendigkeit, dass die gesetzlichen Regelungen selber dem Betroffenen einen gewissen Schutz gewähren und Garantien gegen Missbräuche aufweisen müssen. Unter diesem Gesichtswinkel ist das sog. indirekte Auskunftsrecht bedeutsam: Das Verfahren nach Art. 18 Abs. 1 und 2 BWIS gibt dem Betroffenen die Möglichkeit, sich an eine unabhängige Behörde zu wenden, welche ihm bestätigt, dass keine Rechtsverletzungen vorliegen. Trotz des Umstandes, dass die Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten keine Begründung enthalten und nicht überprüft werden können, stellt die Auskunft für den Betroffenen eine nicht unwesentliche Information dar. Die Auskunft beruht auf Nachforschungen von unabhängigen Behörden. Dem Präsidenten der entsprechenden Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts kommt gerichtliche Unabhängigkeit zu. Der Eidgenössische Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragte übt seine Funktion unabhängig und ohne Weisungen aus (Art. 26 Abs. 3 DSG). Beide können die Sachlage prüfen und von den Verwaltungsstellen entsprechende Auskünfte einfordern (vgl. oben E. 3.3.3).
Im vorliegenden Fall zeigt sich, dass der Beauftragte auf die Anfrage des Beschwerdeführers Erkundigungen beim DAP einholte. Im Verfahren vor dem Abteilungspräsidenten des Bundesverwaltungsgerichts bestätigte er, dass keine Anhaltspunkte für Unregelmässigkeiten bestanden hätten. Aus dem Dossier ergibt sich weiter, dass der Abteilungspräsident des Bundesverwaltungsgerichts eine eingehende Überprüfung vornahm. Er holte vom Bundesamt für Polizei und vom Beauftragten nicht nur eine Vernehmlassung ein, sondern stellte darüber hinaus konkrete, auf den Fall bezogene Fragen. Seine Mitteilung erging somit gestützt auf Abklärungen. Gesamthaft zeigt sich, dass zwei unabhängige Stellen die Sachlage geprüft und dem Beschwerdeführer bestätigt haben, dass keine Daten unrechtmässig bearbeitet würden. Darin kommen ein Mechanismus zum Schutz der Betroffenen und Gewähr gegen Missbräuche zum Ausdruck.
Darüber hinaus bietet die Gesetzgebung weitere Anhaltspunkte zur Verhinderung von Missbräuchen. Anlässlich von Auskunftsgesuchen, nach Ablauf der vorgesehenen Aufbewahrungsdauer und in periodischen Abständen sollen Kontrollen der Datenbestände vorgenommen und nicht mehr benötigte Daten in den Informationssystemen gelöscht werden (oben E. 3.3.6). Diese Kontrollmechanismen werden zwar nicht systematisch umgesetzt, wie die Geschäftsprüfungsdelegation festgestellt hat. Ihre eingehende Untersuchung und ihr umfassender Bericht mit zahlreichen konkreten Empfehlungen (oben E. 3.1) zeigen in hinreichender Weise, dass auf die entsprechenden Kontrollen und die konsequente Umsetzung der Schutzmechanismen Gewicht gelegt wird. Als Kontrollmechanismus kommt der konsequenten Aufsicht durch die parlamentarische Geschäftsprüfungsdelegation ebenfalls Bedeutung zu.
5.5 Die umstrittenen, in das Privatleben eingreifenden Massnahmen müssen in materieller Hinsicht den Anforderungen von Art. 8 Ziff. 2 genügen. Das Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit verfolgt klarerweise Zwecke, die im Sinne von Art. 8 Ziff. 2 EMRK Eingriffe in das Privatleben rechtfertigen können. Wie dargelegt (oben E. 3.1), stehen die Massnahmen im Dienste der Sicherung der demokratischen und rechtsstaatlichen Grundlagen der Schweiz und des Schutzes der Freiheitsrechte der Bevölkerung. Der Gerichtshof hat solche Staatsschutzzwecke als Rechtfertigung von Eingriffen in das Privatleben abstrakt gesehen stets anerkannt (vgl. Urteil Klass; Urteil Malone; Urteil Leander; Urteil Segerstedt-Wiberg; Entscheidung Weber und Saravia).
5.6 Zu prüfen ist die Verhältnismässigkeit der umstrittenen Massnahmen. Diese dürfen nicht weiter gehen, als es in einem demokratischen Rechtsstaat zu dessen Schutz notwendig ist.
Im vorliegenden Verfahren geht es um die geheime Beschaffung, Bearbeitung und Verwendung sowie Weiterleitung von Personendaten, besonders schützenswerten Personendaten und Persönlichkeitsprofilen (oben E. 3.1). Die Datenerhebung erfolgt mit den in <ref-law> festgehaltenen Mitteln. Zwangsmittel stehen den Behörden nicht zu, und geheime Überwachungen von Telefongesprächen und Aufnahmen mit technischen Geräten in Privaträumen sind nicht vorgesehen (vgl. die Hinweise bei IVO SCHWEGLER, Datenschutz im Polizeiwesen von Bund und Kantonen, Bern 2001, S. 51 ff.; vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 288). Das Bearbeiten der Daten erfolgt in Form von Bewertung und systematischer Sammlung sowie durch Weitergabe an interessierte Stellen (Art. 15-17 BWIS). Diese Massnahmen können unter dem Gesichtswinkel von Art. 8 Ziff. 2 EMRK als verhältnismässig bezeichnet werden. Es können darin keine Vorkehren erblickt werden, mit denen der Rechtsstaat mit der Begründung, ihn zu verteidigen, untergraben oder gar zerstört würde.
Dasselbe gilt für die Aufrechterhaltung der Geheimhaltung. Den Staatsschutzakten kommt ihrer Natur gemäss Geheimnischarakter zu. Der Zugang kann erst gewährt werden, wenn die Geheimhaltungsinteressen dahinfallen und die Bedürfnisse des Staatsschutzes die Aufrechterhaltung der Geheimhaltung nicht mehr erfordern. Eine Auskunftserteilung kommt im Einzelfall erst bei Wegfall dieser Interessen (vgl. Art. 18 Abs. 3 und 6 BWIS) oder nach Ablauf der gesetzlichen Dauer der Datenaufbewahrung (oben E. 3.1) in Betracht. Dannzumal ist, wie unten zu zeigen ist (E. 7), eine entsprechende Auskunft tatsächlich zu erteilen.
Der Beauftragte und der Abteilungspräsident kamen zum Schluss, dass vor dem Hintergrund der konkreten Verhältnisse dem Beschwerdeführer über die stets gleichlautende stereotype Mitteilung hinaus keine weitern Auskünfte zu erteilen waren. Dies lässt sich mit Blick auf die besondere Problematik des Staatsschutzes im Sinne von Art. 8 Ziff. 2 EMRK rechtfertigen. Die Aufrechterhaltung der Geheimhaltung erweist sich im konkreten Fall umso mehr als verhältnismässig, als dem Beschwerdeführer über die stets gleichlautende Mitteilung hinaus gewisse Informationen vermittelt worden sind und ihm mitgeteilt worden ist, er könne erneut ein Gesuch um Löschung von Daten stellen, wenn gerichtlich festgestellt würde, dass die deutschen Behörden unrechtmässig Daten über ihn bearbeitet hätten.
5.7 Gesamthaft ergibt sich, dass sich die allfällige Beschaffung, Aufbewahrung und Bearbeitung von Daten über den Beschwerdeführer mit Blick auf die Sicherung der demokratischen und rechtsstaatlichen Grundlagen der Schweiz und den Schutz der Freiheitsrechte der Bevölkerung ebenso rechtfertigen lassen wie die Aufrechterhaltung der Geheimhaltung und die Beschränkung der Auskunft auf die stereotypen Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten. Die Massnahmen erweisen sich als verhältnismässig. Die Regelung im Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit und deren Anwendung im vorliegenden Fall halten demnach vor der Garantie von Art. 8 EMRK stand. In diesem Punkt erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
6. Über die Gewährleistung von Art. 8 EMRK hinaus stellt sich weiter die Frage, ob die Verweigerung der Einsicht in die Register des Bundes und die vorläufige Verweigerung einer materiellen Auskunft sowie die damit verbundene Unmöglichkeit einer Bestreitung, Korrektur oder Löschung der allfälligen Einträge mit den Anforderungen von Art. 13 EMRK im Einklang stehen. Die Frage der Konformität mit Art. 13 EMRK stellt sich trotz des Umstandes, dass eine Verletzung von Art. 8 EMRK verneint worden ist (vgl. Urteil Klass, Ziff. 65).
6.1 Nach Art. 13 EMRK hat derjenige, der sich in den durch die Konvention garantierten Rechten und Freiheiten für beeinträchtigt hält und eine entsprechende Verletzung behauptet, Anspruch darauf, bei einer nationalen Instanz eine wirksame Beschwerde einzulegen. Dies bedeutet nicht, dass ein Rechtsmittel an ein Gericht zur Verfügung stehen muss. Eine Beschwerdemöglichkeit an eine hinreichend unabhängige Verwaltungsbehörde kann genügen. Die Wirksamkeit des Rechtsmittels beurteilt sich nach den Befugnissen der Behörde und den Verfahrensgarantien. Erforderlich ist, dass Anspruch auf Prüfung der Vorbringen besteht und dass die Beschwerdebehörde den angefochtenen Akt gegebenenfalls aufheben bzw. dessen Auswirkungen beheben kann. Ausserdem müssen die rechtsstaatlich notwendigen minimalen Verfahrensrechte im Sinne von <ref-law> gewährleistet sein, insbesondere der Anspruch auf rechtliches Gehör und auf Begründung von Entscheiden (BGE <ref-ruling> E. 6.1 S. 377; <ref-ruling> E. 3.1 S. 55, je mit zahlreichen Hinweisen; Urteil Silver und Mitbeteiligte gegen Grossbritannien vom 25. März 1983, Serie A Nr. 61, Ziff. 113 [EGMR-E 2 S. 227]; Urteil Ramirez Sanchez gegen Frankreich vom 4. Juli 2006, Nr. 59450/00 [EuGRZ 2007 S. 141], Ziff. 157-159; Urteil Kudla gegen Polen vom 16. Oktober 2000, Nr. 30210/96 [EuGRZ 2004 S. 484], Ziff. 157).
6.2 In den Urteilen zur geheimen Überwachung und zur geheimen Fichierung von Personen im Speziellen hat der Gerichtshof unter dem Gesichtswinkel des Anspruchs auf eine wirksame Beschwerde das Folgende ausgeführt:
Für die Berufung auf Art. 13 EMRK genügt es, dass der Betroffene in vertretbarer Weise behaupten kann, Opfer einer Verletzung von in der Konvention und ihren Zusatzprotokollen enthaltenen Garantien zu sein. Dies trifft zu, soweit eine geheime Überwachung oder ein geheimes Anlegen, Aufbewahren und Verwenden von Personendaten in behördlichen Registern, in die keine Einsicht gewährt wird, in Frage steht (Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 116; Urteil Rotaru, Ziff. 68; Urteil Leander, Ziff. 79; Urteil Klass, Ziff. 65). Die Beschwerdemöglichkeit im Sinne von Art. 13 EMRK muss in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht wirksam sein ("'effectif' en pratique comme en droit"; Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 117; Urteil Rotaru, Ziff. 67; Urteil Aksoy gegen Türkei vom 18. Dezember 1996, Ziff. 95, Nr. 100/1995/606/694, Recueil CourEDH 1996-VI S. 2260 [RUDH 1996 S. 301]; Urteil Iatridis gegen Griechenland vom 25. März 1999, Nr. 31107/96, Ziff. 66, Recueil CourEDH 1999-II S. 115, [EuGRZ 1999 S. 316]), das Mass an Wirksamkeit garantieren, das in Anbetracht der ganzen Umstände möglich ist (Urteil Leander, Ziff. 78; Urteil Klass, Ziff. 69), und gegebenenfalls eine entsprechende Berichtigung ("redressement approprié") ermöglichen (Urteil Rotaru, Ziff. 67; Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 117). Die Wirksamkeit beurteilt sich mit Blick auf die Zuständigkeiten der beteiligten Behörden und die Verfahrensgarantien aufgrund der Gesamtheit der innerstaatlichen Beschwerdemöglichkeiten; es ist unerheblich, dass eine für sich allein betrachtet nicht ausreicht (Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 117; Urteil Rotaru, Ziff. 69; Urteil Leander, Ziff. 77; Urteil Klass, Ziff. 67).
Der Gerichtshof legt Art. 13 EMRK nicht isoliert, sondern als Teil der ganzen Konvention, insbesondere unter Einbezug von Art. 8 EMRK aus (Urteil Leander, Ziff. 77 f.; Urteil Klass, Ziff. 68). Er anerkennt, dass geheime Überwachung und geheimes Sammeln von Personendaten in einer demokratischen Gesellschaft unter den derzeitigen Verhältnissen für die nationale Sicherheit, die Verteidigung der Ordnung und zur Verhinderung von strafbaren Handlungen notwendig erscheinen, dass unter den gegebenen Umständen die Mitteilung von geheim erhobenen Daten nicht verlangt werden kann und dass solche Systeme somit mit Art. 8 EMRK vereinbar sind (Urteil Klass, Ziff. 48 und 68; Urteil Leander, Ziff. 78; oben E. 4.3). Der Rechtsbehelf nach Art. 13 EMRK kann demnach nur so wirksam sein, wie es angesichts der beschränkten Tragweite möglich ist, die jedes System geheimer Überwachung mit sich bringt (Urteil Klass, Ziff. 69; Urteil Leander, Ziff. 78 und 84; Urteil Rotaru, Ziff. 69).
Dementsprechend kann unter dem Gesichtswinkel von Art. 13 EMRK ein objektiver Kontrollmechanismus ausreichen, solange die in Frage stehenden Massnahmen geheim sind und geheim gehalten werden dürfen (Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 117; Urteil Rotaru, Ziff. 69). Es kann mit der Garantie von Art. 13 EMRK vereinbar sein, dass eine geheime Überwachungsmassnahme vorderhand nicht mitgeteilt wird und über eine allfällige geheime Bearbeitung von Personendaten vorerst keine Auskunft erteilt wird. Erforderlich sind entsprechende Vorkehren und Verfahren, die gesamthaft eine hinreichende Kontrolle und einen angemessenen Schutz gewähren und Gewähr für die Garantie von Art. 8 EMRK bieten. In diesem Sinne hat der Gerichtshof namentlich in den Urteilen Klass, Leander und (teils) Segerstedt-Wiberg entschieden.
Von dem Moment an, wo die Geheimhaltungsinteressen dahinfallen und die umstrittenen Registereinträge bekannt werden, müssen den Betroffenen die entsprechenden Beschwerdemöglichkeiten grundsätzlich zur Verfügung stehen. Es muss ihnen ermöglicht werden, zumindest im Nachhinein eine Beschwerde im Sinne von Art. 13 EMRK zu erheben (Urteil Segerstedt-Wiberg, Ziff. 117; Urteil Rotaru, Ziff. 69; vgl. Urteil Klass, Ziff. 71). Dies setzt im Allgemeinen voraus, dass geheime Überwachung und Bearbeitung von Personendaten nach Wegfall der Geheimhaltungsinteressen tatsächlich mitgeteilt werden. Das Bundesgericht hat im Zusammenhang mit der (damals kantonalrechtlich) umschriebenen Telefonüberwachung aus Art. 13 EMRK den Schluss gezogen, dass die Betroffenen über die Überwachungsmassnahmen ins Bild gesetzt werden müssen (<ref-ruling> E. 12a S. 299 f.; vgl. <ref-law>). Ausnahmen sind nur unter qualifizierten Voraussetzungen zulässig.
6.3 Der Rechtsprechung des Gerichtshofes kann gesamthaft entnommen werden, dass der Anspruch auf eine wirksame Beschwerde nach Art. 13 EMRK im Lichte der Rechtsprechung zu Art. 8 EMRK zu verstehen ist. Soweit eine geheime Datenbeschaffung und -bearbeitung unter dem Gesichtswinkel der Achtung des Privatlebens als konventionskonform erachtet wird, führt dies für sich genommen nicht zu einer Verletzung von Art. 13 EMRK. In Anbetracht von Art. 8 EMRK wird der Anspruch auf eine wirksame Beschwerde gemäss Art. 13 EMRK eingeschränkt bzw. aufgeschoben. Der Anspruch auf eine wirksame Beschwerde wirkt sich indes nach Wegfall der Geheimhaltungsinteressen in dem Sinne aus, dass nunmehr eine effektive Beschwerdemöglichkeit grundsätzlich gewährleistet werden muss. Wie es sich damit verhält, ist nachfolgend zu prüfen.
7. 7.1 Ausgangspunkt für die Frage, ob das Vorgehen der Behörden im vorliegenden Fall mit Art. 13 EMRK vereinbar ist, bildet die Beurteilung unter dem Gesichtswinkel von Art. 8 EMRK. Es ist dargelegt worden, dass eine allfällige geheime Bearbeitung von Daten über den Beschwerdeführer in Informationssystemen des Bundes mit der Garantie von Art. 8 EMRK vereinbar ist. Gleichermassen hält das sog. indirekte Auskunftsrecht mit dem Aufschub von Einsicht und Auskunft vor Art. 8 EMRK stand (oben E. 5). Daraus folgt gemäss der Rechtsprechung des Gerichtshofes, dass die Mitteilung von geheimen Daten und die Möglichkeit einer Einsicht oder Bestreitung auch unter dem Gesichtswinkel von Art. 13 EMRK grundsätzlich nicht verlangt werden können. Vielmehr kann ein Aufschub der Auskunft mit dem Anspruch auf eine wirksame Beschwerde vereinbar sein. Erforderlich hierfür ist, dass objektive Kontrollmechanismen bestehen und dass der Betroffene nach dem Wegfall der Geheimhaltungsinteressen entsprechend den Anforderungen von Art. 13 EMRK seine Beschwerderechte tatsächlich ausüben kann.
7.2 Der Beauftragte verneinte die Voraussetzungen für eine Auskunftserteilung nach <ref-law> und erteilte dem Beschwerdeführer eine Mitteilung im Sinne von <ref-law>. Der Abteilungspräsident des Bundesverwaltungsgericht liess dem Beschwerdeführer eine Mitteilung gemäss <ref-law> zukommen. Diese Mitteilungen gaben dem Beschwerdeführer bekannt, dass eine Prüfung vorgenommen worden sei und keine unrechtmässigen Datenbearbeitungen vorgenommen würden. Dieser hatte zwar keine Möglichkeit der Überprüfung. Gleichwohl stellt dieses Verfahren einen bedeutenden Mechanismus zur Verhinderung von Missbräuchen dar. Sowohl der Beauftragte wie auch der Abteilungspräsident sind in ihrer Stellung von den Diensten des Staatsschutzes unabhängig. Bevor sie ihre Mitteilungen erstatteten, hatten sie Abklärungen vorgenommen (oben E. 5.4). Es stehen ihnen zur Prüfung von allgemeinen Fragen wie auch zur Untersuchung konkreter Dossiers die Kompetenzen im Sinne von Art. 27 DSG zu (oben E. 3.3.3). Das Verfahren der indirekten Auskunft mit den Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten gibt somit eine gewisse Gewähr, dass allfällige Fehler tatsächlich erkannt und behoben werden (vgl. SCHWEGLER, a.a.O., S. 179).
7.3 Für die einzelnen Kategorien von Einträgen in den Informationssystemen ist eine bestimmte Aufbewahrungsdauer festgelegt. Die Daten werden periodisch einer Gesamtbeurteilung unterzogen. Ferner werden Einträge anlässlich von Auskunftsgesuchen überprüft (vgl. oben E. 3.1). Diese Vorgaben dienen dem Schutz vor missbräuchlicher Datenbearbeitung und fördern die Transparenz. An dieser Zielsetzung vermögen die Feststellungen der Geschäftsprüfungsdelegation, dass diese Vorgaben in der Praxis von den Behörden nicht konsequent umgesetzt werden, nichts zu ändern.
Die Geschäftsprüfungsdelegation überwacht die nachrichtendienstliche Tätigkeit der verantwortlichen Bundesbehörden allgemein und regelmässig (oben E. 3.1 und 5.4). Deren letzter Bericht vom 21. Juni 2010 zeigt, wie detailliert und ernsthaft diese Überwachung vorgenommen wird. Auch wenn es der Geschäftsprüfungsdelegation letztlich um eine generelle Aufsicht geht, zeigt ihr Bericht doch anhand von Einzelfällen die Problematik der bisherigen Datenbearbeitung auf und nennt eine ganze Reihe von konkreten Empfehlungen (a.a.O., S. 7735 ff.). Der Bundesrat hat den Empfehlungen grundsätzlich beigepflichtet (Stellungnahme des Bundesrates vom 20. Oktober 2010, in BBl 2010 7739). An der Umsetzung dieser Empfehlungen ist daher nicht zu zweifeln. Dies alles zeigt, dass die parlamentarische Aufsicht über die mit der Datenbearbeitung befassten Bundesstellen einen wichtigen Beitrag zu einem gesetzeskonformen Betrieb der Informationssysteme leistet.
7.4 Der Beauftragte kann nach Art. 27 Abs. 4 DSG und <ref-law> gegenüber dem verantwortlichen Bundesorgan, welches geheime Datenbearbeitungen vornimmt, Empfehlungen erteilen, die Datenbearbeitung zu ändern oder zu unterlassen. Dieselbe Zuständigkeit nimmt der Abteilungspräsident des Bundesverwaltungsgerichts für sich in Anspruch. Das zuständige Departement und die Bundeskanzlei werden über solche Empfehlungen orientiert. Es stellt sich die Frage, ob und in welchem Ausmass solche Empfehlungen einen wirksamen Kontrollmechanismus darstellen.
Im Allgemeinen kommt Empfehlungen kein verbindlicher Charakter zu. Darin liegt der Grund, dass die Lehre die Auffassung vertritt, ein Organ, das blosse Empfehlungen abgeben kann, genüge den Anforderungen von Art. 13 EMRK nicht (vgl. FROWEIN/PEUKERT, EMRK-Kommentar, 3. Auflage 2009, Art. 13 N. 5; HAEFLIGER/SCHÜRMANN, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2. Auflage, 1999, S. 335). Diese Sichtweise indes wird den Besonderheiten der vorliegenden Konstellation nicht gerecht. Es ist daher mit Blick auf Zweck und Ziel der Regelung und unter Berücksichtigung von Art. 13 EMRK zu prüfen, welche Verbindlichkeit den genannten Empfehlungen nach <ref-law> zukommt.
Der Beauftragte kann nach Art. 27 Abs. 4 und Art. 29 Abs. 3 DSG in genereller Weise Empfehlungen im öffentlichen und privaten Bereich erlassen. Werden die Empfehlungen nicht befolgt oder abgelehnt, so kann er die Angelegenheit gemäss Art. 27 Abs. 5 und 6 bzw. Art. 29 Abs. 4 DSG dem Departement oder der Bundeskanzlei bzw. dem Bundesverwaltungsgericht zum Entscheid vorlegen. Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht ist öffentlich. Es ist offensichtlich, dass ein derartiges öffentliches Verfahren für den vorliegend umstrittenen Bereich nicht in Betracht fällt. Dieser Umstand wirkt sich auf die Natur der Empfehlungen aus, die der Beauftragte nach der lex specialis von <ref-law> treffen kann.
Mit der Möglichkeit einer Empfehlung nach <ref-law> sollte ein Sicherungs- und Kontrollinstrument geschaffen werden. Nach dem Wortlaut der Bestimmung dient die Empfehlung der Behebung von allfälligen Fehlern. Der Vollzug der Empfehlung wird nach <ref-law> vom Abteilungspräsidenten überprüft. Das Ziel der Fehlerbehebung kann nur erreicht werden, wenn der Empfehlung der Charakter einer verbindlichen Anweisung beigemessen wird. Andernfalls könnten der Beauftragte und der Abteilungspräsident gerade im heiklen Sachbereich des Staatsschutzes ihre Aufgaben nicht sinnvoll und wirksam erfüllen. An dieser Natur ändert nichts, dass es der betroffenen Verwaltungsstelle wie insbesondere dem Nachrichtendienst des Bundes möglich sein muss, auf eine Empfehlung hin etwa mit neuen Sachverhaltselementen zu reagieren. Darüber hinaus rechtfertigt auch Art. 13 EMRK, den Empfehlungen des Beauftragten Verbindlichkeit zuzusprechen. Auf diese Weise erhält der Kontrollmechanismus hinreichende Wirksamkeit und ermöglicht eine angemessene Berichtigung. Andernfalls würde das genannte Verfahren der Mitteilung und der indirekten Auskunft (oben E. 7.2) wesentlich an Gewicht verlieren. Was für die Empfehlungen des Beauftragten gilt, hat gleichermassen Bedeutung für die Empfehlungen, die der Abteilungspräsident des Bundesverwaltungsgerichts erlassen kann.
7.5 Bei der Beurteilung von geheimen Überwachungsmassnahmen kommt unter dem Gesichtswinkel von Art. 13 EMRK entscheidendes Gewicht weiter der Frage zu, in welchem Ausmass nach dem Dahinfallen der Geheimhaltungsinteressen tatsächlich und wirksam Beschwerde erhoben werden kann. Das gilt für die Situation, dass die Dauer der Aufbewahrung abgelaufen ist oder dass eine Überprüfung im Allgemeinen bzw. auf ein Auskunftsbegehren hin im Einzelfall ergibt, die Geheimhaltungsinteressen seien entfallen. Für diese Konstellationen wird das Auskunftsrecht durch <ref-law> geordnet (vgl. allgemein oben E. 3.3.5). Diese Bestimmung lässt die Auskunftserteilung nach Massgabe des Datenschutzgesetzes zu, soweit eine registrierte Person ein Auskunftsgesuch gestellt hat. Es ist im Folgenden zu prüfen, ob sich dieses System konventionskonform auslegen lässt und ob es im vorliegenden Fall konventionskonform angewendet worden ist. Dabei sind verschiedenartige Konstellationen zu unterscheiden.
7.5.1 Im Anschluss an die Vorfälle in Basel wandte sich der Beschwerdeführer mit einem Auskunftsbegehren an den Beauftragten und an den Abteilungspräsidenten des Bundesverwaltungsgerichts. Es sind ihm in Anwendung von Art. 18 Abs. 1 und 2 BWIS die Mitteilungen gemacht worden, dass keine unrechtmässige Datenbearbeitung vorliege. Mit diesen Mitteilungen sind die eigentliche Auskunft, die Einsicht und die Möglichkeit der Bestreitung und Korrektur wegen anhaltender Geheimhaltungsinteressen vorderhand aufgeschoben worden. Der Aufschub stellt einen Grundrechtseingriff dar, der sich nur so lange rechtfertigen lässt, als Geheimhaltungsinteressen überwiegen. Entfallen diese, so erfordern sowohl der Anspruch auf Achtung des Privatlebens nach Art. 8 EMRK als auch das Recht auf eine wirksame Beschwerde gemäss Art. 13 EMRK, dass die Möglichkeit von Auskunft, Einsicht und allfälligen Korrekturen geschaffen wird.
Vor diesem Hintergrund hat der Inhaber der Datensammlung den Beschwerdeführer bei Dahinfallen der Geheimhaltungsinteressen von Amtes wegen zu informieren und dessen bereits früher gestelltes Einsichtsersuchen nunmehr nach <ref-law> zu behandeln. Ein neues Gesuch von Seiten des Beschwerdeführers ist nicht erforderlich. Angesichts des früheren Auskunftsgesuchs und gemäss den Garantien nach Art. 8 und Art. 13 EMRK ist es unerheblich, ob die betroffene Person tatsächlich vermerkt war oder nicht. Die Bestimmung von <ref-law> ist in diesem Sinne konventionskonform auszulegen. Damit kommt der Beschwerdeführer ohne Weiteres in den Genuss der von der Konvention gewährleisteten Rechte und erhält entsprechend seinem Begehren zu gegebener Zeit die gewünschten Auskünfte, um seine Rechte wahrzunehmen. Dass dies erst nachträglich erfolgt, ist in einem System geheimer Staatsschutzakten nicht zu vermeiden.
7.5.2 Denkbar ist die weitere, in die Gesamtprüfung einzubeziehende Konstellation, dass eine Person während der Dauer der Geheimhaltung kein Einsichtsgesuch stellte, indessen hernach gestützt auf <ref-law> bzw. direkt nach Art. 8 DSG (beim Inhaber der Datensammlung) um Auskunft ersucht.
Die Garantie des Privatlebens gemäss Art. 8 EMRK umfasst gleich wie <ref-law> den Anspruch auf Auskunft und Einsicht. Dieser ist unentbehrliche Voraussetzung für die Verwirklichung des von Verfassung und Konvention garantierten Schutzes der Privatsphäre (vgl. <ref-ruling> E. 4c/cc S. 7). Er hängt nicht davon ab, ob eine Person in irgendeiner Weise registriert ist oder nicht. Zum Schutz der Persönlichkeitsrechte gehört, überhaupt erst in Erfahrung bringen zu können, ob eine Registrierung vorliegt oder nicht. Dies gilt auch für den Bereich von Staatsschutzakten. Unter den erwähnten Voraussetzungen ist einem Auskunftsbegehren daher aufgrund von Verfassung und Konvention ohne Weiteres zu entsprechen.
<ref-law> ist in diesem Sinne konventionskonform auszulegen. Der Wortlaut steht mit den verfassungsmässigen Anforderungen nur scheinbar im Widerspruch. Die Bestimmung von <ref-law> bildet gewissermassen die Fortsetzung des Verfahrens nach <ref-law>. Insoweit ist nicht ausgeschlossen, dass auch nichtregistrierte Personen, die bisher noch kein Auskunftsgesuch gestellt haben, die von <ref-law> vorgesehene Auskunft erhalten. Zudem verweist die Bestimmung ohne Einschränkung auf das Datenschutzgesetz. Dieses sieht in Art. 8 Abs. 1 DSG generell vor, dass jede Person vom Inhaber einer Datensammlung Auskunft verlangen kann, ob Daten über sie bearbeitet werden. Dieser Grundsatz des Datenschutzgesetzes wird durch den Wortlaut von <ref-law> nicht eingeschränkt.
In verfassungs- und konventionskonformer Auslegung der BWIS-Auskunftsregelung ergibt sich demnach, dass Personen nach dem Dahinfallen von Geheimhaltungsinteressen gemäss <ref-law> um Auskunft und Einsicht ersuchen können, unabhängig davon, ob sie vorgängig ein Auskunftsgesuch gestellt haben oder nicht bzw. ob sie registriert sind oder nicht.
7.5.3 Schliesslich wird es Personen geben, die von den Informationssystemen erfasst sind und keine Auskunftsgesuche stellen. Es stellt sich die Frage, welche Anforderungen das Konventions- und Verfassungsrecht stellt, wenn in solcher Konstellation die Geheimhaltungsinteressen dahinfallen.
Die geheime Datenbeschaffung stellt ebenso wie die geheime Datenaufbewahrung und -bearbeitung einen Eingriff in die genannten Konventionsrechte dar. Die Aufrechterhaltung der Geheimhaltung lässt sich verfassungsrechtlich nicht mehr rechtfertigen, wenn die Geheimhaltungsinteressen dahingefallen sind. Das bedeutet grundsätzlich, dass die Betroffenen über die Bearbeitung ihrer Personendaten zu informieren sind. Soll eine wirksame Beschwerde im Sinne von Art. 13 EMRK eingelegt werden können, so ist hierfür Voraussetzung, dass die betroffene Person von den vorgenommenen Massnahmen Kenntnis erhält. Ein genereller Ausschluss der nachträglichen Mitteilung würde eine wirksame Beschwerde schon im Ansatz verunmöglichen (<ref-ruling> E. 12a S. 298).
Es braucht im vorliegenden Fall nicht entschieden zu werden, ob die von einer geheimen Datenbearbeitung betroffenen Personen nach dem Wegfall der Geheimhaltungsinteressen bzw. mit der Entfernung der Registereinträge gestützt auf Art. 13 EMRK in genereller Weise und von Amtes wegen nachträglich über die vorgängigen Massnahmen in Kenntnis gesetzt werden müssen (vgl. zu einer solchen Konsequenz <ref-ruling> E. 12 S. 298).
7.5.4 Aufgrund dieser Erwägungen zu <ref-law> ergibt sich, dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Dahinfallens der Geheimhaltungsinteressen auf der Grundlage seines früheren Einsichtsgesuches ohne Weiteres Auskunft erhält und gestützt darauf seine Rechte wahrnehmen kann. Darüber hinaus erlaubt die Regelung von <ref-law>, nach dem Dahinfallen der Geheimhaltungsinteressen erstmals ein Einsichtsgesuch zu stellen und entsprechende Auskunft zu erhalten.
7.6 Wird in konventionskonformer Auslegung von <ref-law> Auskunft erteilt, so richtet sich diese nach den allgemeinen Regeln des Datenschutzgesetzes. Anwendbar sind insbesondere die Bestimmungen von Art. 8 und 9 DSG. Letztere Bestimmung lässt Einschränkungen des Auskunftsrechts zu, namentlich wegen überwiegender Interessen der inneren oder äusseren Sicherheit der Eidgenossenschaft (Art. 9 Abs. 2 lit. a DSG). Diese Einschränkungen sind im vorliegenden Sachzusammenhang kaum von Bedeutung, weil das Datenschutzgesetz nach <ref-law> erst zum Zuge kommt, wenn die Geheimhaltungsinteressen dahingefallen oder die Aufbewahrungsdauer abgelaufen ist (vgl. BIAGGINI, Gutachten, a.a.O., VII/1b, S. 310). Die Frage einer allfälligen Anwendung von Art. 9 DSG braucht im vorliegenden Fall nicht geprüft zu werden.
7.7 Die Regelung von <ref-law> sieht die vorläufige Verweigerung einer materiellen Auskunft vor, gewährt den Gesuchstellern in der Form von Mitteilungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten ein sog. indirektes Auskunftsrecht, führt nach dem Dahinfallen der Geheimhaltungsinteressen zu einer Auskunft über allfällige Datenbearbeitungen von Amtes wegen und erlaubt nachträglich, die Rechte wahrzunehmen. Aus den vorstehenden Ausführungen ergibt sich zusammenfassend, dass diese Regelung von <ref-law> mit Art. 13 EMRK im Einklang steht. Sie enthält während der Phase der Geheimhaltung eine Reihe von wirksamen Kontrollmechanismen, welche gesamthaft betrachtet einen hinreichenden Schutz gewährleisten: Aufgrund von Einsichtsgesuchen nehmen der Eidgenössische Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragte und der Präsident der zuständigen Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts in unabhängiger Stellung gestützt auf Abklärungen eine Prüfung vor. Sie bescheinigen dem Gesuchsteller, dass keine Daten unrechtmässig bearbeitet werden. Gegebenenfalls erteilen sie eine Empfehlung, der nach dem Gesagten verbindliche Wirkung zukommt. Ferner bestehen institutionelle Absicherungen: Die Bundesgesetzgebung enthält für die einzelnen Kategorien von Informationssystemen eine bestimmte Aufbewahrungsdauer. Die Daten werden periodisch einer Gesamtbeurteilung und anlässlich von Einsichtsgesuchen einer Einzelkontrolle unterzogen. Die Geschäftsprüfungskommission überwacht die nachrichtendienstlichen Tätigkeiten der mit dem Staatsschutz betrauten Organe. Darüber hinaus wird nach dem Dahinfallen der Geheimhaltungsinteressen Auskunft erteilt und ist die Wahrnehmung der Rechte ohne Weiteres möglich. Mit all diesen Absicherungen wird den Anforderungen von Art. 13 EMRK Genüge getan.
Diese Beurteilung gründet unter anderem auf der konventionskonformen Auslegung von <ref-law>. Diese hat insbesondere ergeben, dass allfällige Empfehlungen des Beauftragten und des Abteilungspräsidenten verbindliche Wirkung haben (E. 7.4). Ferner dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Dahinfallens der Geheimhaltungsinteressen von Amtes wegen zu informieren und ihm entsprechend seinem früheren Einsichtsgesuch Auskunft zu erteilen ist, damit er seine Rechte wahrnehmen kann (E. 7.5).
Dieser konventionskonformen Auslegung von <ref-law> haben der Beauftragte und der Abteilungspräsident anlässlich ihrer Mitteilungen im vorliegenden Fall noch nicht Rechnung tragen können. Es rechtfertigt sich daher, das Auskunftsverfahren unter Aufhebung der entsprechenden Mitteilungen auf der Grundlage der konventionskonformen Auslegung von <ref-law> nochmals durchzuführen. In diesem Punkte ist die Beschwerde daher im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen.
8. Zusammenfassend ergibt sich, dass das von <ref-law> vorgesehene Auskunfts- und Einsichtsverfahren konventionskonform ausgelegt werden kann und vor den Garantien von Art. 8 und Art. 13 EMRK standhält. Die Beschwerde ist unter Aufhebung der umstrittenen Mitteilungen teilweise gutzuheissen, damit das Verfahren in diesem Sinne konventionskonform durchgeführt werden kann. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Die Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>). Demnach wird das Gesuch um Gewährung der untentgeltlichen Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und die Mitteilungen des Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten vom 4. November 2008 und des Präsidenten der I. Abteilung des Bundesverwaltungsgerichts vom 10. Juni 2009 werden aufgehoben. Die Sache wird dem Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten zur Behandlung des Auskunftsgesuchs vom 11. August 2008 im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragten, dem Nachrichtendienst des Bundes und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Steinmann