Sachverhalt:
A. Der Einwohnerrat der Gemeinde Wettingen fasste am 6. Mai 2010 Finanzbeschlüsse für die Umsetzung von Massnahmen zur Verkehrsberuhigung. Dagegen ergriff die F._ Ortspartei das Referendum, verlangte die Urnenabstimmung und reichte hierfür am 14. Juni 2010 auf der Gemeindekanzlei Unterschriftenlisten mit 1'340 Unterschriften ein.
Mit Beschluss vom 24. Juni 2010 stellte der Gemeinderat Wettingen fest, dass von den 1'340 eingereichten Unterschriften lediglich 1'219 Unterschriften gültig seien, die erforderliche Anzahl von 1'250 Unterschriften nicht erreicht sei und das Referendum somit nicht gültig zustande gekommen sei.
Auf Beschwerde der F._ Ortspartei hin überprüfte das Departement für Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI) im Beisein von Vertretern der F._ Ortspartei die Unterschriftenlisten und stellte eine weitere ungültige Unterschrift fest. Der Regierungsrat des Kantons Aargau wies daraufhin die Beschwerde am 27. Oktober 2010 ab.
In der Folge wies auch das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die von der F._ Ortspartei und einer Reihe von Stimmberechtigten erhobene Beschwerde am 2. März 2011 ab, soweit darauf einzutreten war. Es stellte zusammenfassend fest: Die Quorumsregelung in § 58 des Gemeindegesetzes steht mit übergeordnetem Recht im Einklang; Nachbesserungen von ungültigen Unterschriften sind grundsätzlich ausgeschlossen; über den Namen und die Unterschrift hinausreichende weitere Angaben müssen nicht zwingend handschriftlich gemacht werden; zwei Unterschriften sind trotz unzutreffendem Geburtsdatum gültig; gesamthaft erhöht sich die Zahl der gültigen Unterschriften um 14; das erforderliche Quorum ist gleichwohl nicht erreicht.
B. Gegen diesen Entscheid haben A._ und weitere Stimmbürger von Wettingen sowie die F._ Ortspartei beim Bundesgericht am 8. April 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law> erhoben. Sie beantragen die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils, eventualiter die Rückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht zu neuer Beurteilung oder die Feststellung der Gültigkeit des kommunalen Referendums. Sie machen im Wesentlichen geltend, es stehe mit übergeordnetem Recht im Widerspruch, aufgrund von § 43 des aargauischen Gesetzes über die politischen Rechte zu verlangen, dass neben der Unterschrift auch der Name eigenhändig auf die Unterschriftenbogen gesetzt werde. Die Auslegung und Anwendung durch das Verwaltungsgericht sei unzutreffend, willkürlich und überspitzt formalistisch, verletze die Garantie der politischen Rechte und missachte den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Aus diesen Gründen seien weitere 29 Unterschriften als gültig und das Referendum als zustande gekommen zu bezeichnen.
Der Gemeinderat Wettingen und das Departement für Volkswirtschaft und Inneres beantragen die Abweisung der Beschwerde, das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik an ihrer Auffassung fest.

Erwägungen:
1. Die Voraussetzungen für das Eintreten auf die vorliegende Stimmrechtsbeschwerde sind gegeben: Es kann mit ihr der Entscheid über das Nichtzustandekommen des Referendums angefochten werden (<ref-law>). Das Verwaltungsgerichtsurteil ist kantonal letztinstanzlich (<ref-law>). Die Stimmbürger und die F._ Ortspartei sind zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>). Sie haben ein aktuelles Interesse an der Beschwerdeführung, weil im Falle der von ihnen vertretenen Auffassung die erforderliche Unterschriftenzahl erreicht würde. Ihre Anträge sind zulässig (<ref-law>). Mit der Stimmrechtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesverfassungsrecht und von kantonalen Bestimmungen über die politischen Rechte geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a und d BGG).
2. Im Gegensatz zum kantonalen Verfahren machen die Beschwerdeführer im Verfahren vor Bundesgericht einzig noch geltend, § 43 des Gesetzes über die politischen Rechte des Kantons Aargau (GPR; Gesetzessammlung 131.100) sei unrichtig bzw. verfassungswidrig ausgelegt und angewendet worden.
2.1 Die Bestimmung von § 43 GPR hat folgenden Wortlaut:
§ 43 - Unterschrift
1 Die Stimmberechtigten müssen ihren Namen handschriftlich und leserlich auf die Unterschriftenliste setzen sowie zusätzlich ihre eigenhändige Unterschrift beifügen. Schreibunfähige können die Eintragung ihres Namens durch eine stimmberechtigte Person ihrer Wahl vornehmen lassen.
2 Sie müssen alle weiteren Angaben machen, die zur Feststellung ihrer Identität nötig sind, wie Vornamen, Jahrgang, Adresse.
3 ...
Die Beschwerdeführer bringen vor, § 43 Abs. 1 GPR verlange einzig die eigenhändige Unterschrift, nicht hingegen die eigenhändige Angabe des Namens. Es reiche eine handschriftliche Namensangabe, allenfalls von einem andern Stimmberechtigten. Eine eigenhändige Namensangabe zu verlangen, sei mit dem Gesetzeswortlaut nicht vereinbar und verfassungswidrig.
Demgegenüber führte das Verwaltungsgericht zu § 43 GPR aus, Abs. 1 erfordere die eigenhändige handschriftliche Namensangabe und Unterschrift. Das Erfordernis von Handschriftlichkeit und Eigenhändigkeit gelte allerdings für Abs. 2 nicht. Diese Auslegung von Abs. 2 wird vom Departement für Volkswirtschaft und Inneres in Zweifel gezogen; sie braucht im vorliegenden Fall mangels Anfechtung nicht überprüft zu werden.
2.2 Der Wortlaut der umstrittenen Bestimmung bringt klar zum Ausdruck, dass "die Stimmberechtigten (...) ihren Namen handschriftlich und leserlich auf die Unterschriftenliste setzen" sowie zusätzlich ihre eigenhändige Unterschrift beifügen müssen. Angesprochen sind die Stimmberechtigten, die ein Referendumsbegehren unterzeichnen wollen. Sie haben ihren Namen auf die Unterschriftenliste zu setzen. Die Wendung "ihren Namen" mit dem Possessivpronomen "ihren" kann sich nur auf die Unterzeichner eines Referendums selber beziehen. Diese werden von der Bestimmung angehalten, ihren eigenen Namen auf die Unterschriftenliste zu setzen. Die Bestimmung umschreibt die Art und Weise, wie das zu erfolgen hat: handschriftlich und leserlich. Das kann nur heissen, dass die Angaben eigenhändig erfolgen müssen. Die grammatikalische Struktur der Bestimmung zeigt überdies, dass für den ersten und den zweiten Teil des Satzes die gleichen Subjekte gemeint sind, nämlich die Stimmberechtigten, die das Referendum verlangen. Schliesslich wäre die Bestimmung auch nicht anders zu verstehen, wenn im zweiten Satzteil das Wort "eigenhändig" weggelassen würde, weil eine Unterschrift stets eigenhändig erfolgt. Darüber hinaus zeigt Satz 2 der Bestimmung, dass vom Grundsatz gemäss Satz 1 nur unter besondern Bedingungen abgewichen werden kann; einzig für Personen, die vorübergehend oder dauernd schreibunfähig sind, entfällt das Erfordernis der Eigenhändigkeit. Gesamthaft ist dem Wortlaut somit zu entnehmen, dass auch der Name eigenhändig auf die Unterschriftenliste gesetzt werden muss. Eine Betrachtung unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots nach <ref-law> ergibt kein anderes Auslegungsergebnis.
2.3 Dem angefochtenen Entscheid ist zu entnehmen, dass der kantonale Gesetzgeber mit der Revision des Gesetzes über die politischen Rechte vom 7. März 2000 eine Anpassung an die entsprechende Bestimmung im Bundesgesetz über die politischen Rechte (BPR; SR 161.1) beabsichtigte. <ref-law> lautet in der heute noch geltenden Fassung vom 21. Juni 1996 wie folgt:
1 Der Stimmberechtigte muss seinen Namen handschriftlich und leserlich auf die Unterschriftenliste schreiben sowie zusätzlich seine eigenhändige Unterschrift beifügen.
1bis Schreibunfähige Stimmberechtigte können die Eintragung ihres Namenszuges durch einen Stimmberechtigten ihrer Wahl vornehmen lassen. Dieser setzt seine eigene Unterschrift zum Namenszug der schreibunfähigen Person und bewahrt über den Inhalt der empfangenen Anweisung Stillschweigen.
2 Der Stimmberechtigte muss alle weiteren Angaben machen, die zur Feststellung seiner Identität nötig sind, wie Vornamen, Geburtsdatum und Adresse.
... Die Bundeskanzlei hat auf Anfrage bestätigt, dass nach dem Bundesgesetz der Stimmberechtigte seinen Namen selber und von Hand hinschreiben muss. Es kommt darin zum Ausdruck, dass die Unterzeichnung von Referenden die Ausübung eines höchstpersönlichen Rechts darstellt. Der Botschaft zur entsprechenden Teilrevision ist nichts Gegenteiliges zu entnehmen (Botschaft des Bundesrates vom 1. September 1993, BBl 1993 III 445/492 f.)
Dies zeigt, dass die Bestimmung von 43 Abs. 1 GPR entsprechend der Norm von <ref-law> in dem Sinne zu verstehen ist, dass der Name handschriftlich und eigenhändig auf die Unterschriftenliste zu setzen ist.
2.4 Die Beschwerdeführer machen ferner geltend, das Erfordernis der eigenhändigen Namensangabe sei unverhältnismässig, stelle einen überspitzten Formalismus dar und stehe mit der Garantie der politischen Rechte im Widerspruch.
Ein überspitzter Formalismus liegt vor, wenn eine prozessuale Formenstrenge als exzessiv erscheint, durch kein schutzwürdiges Interesse gerechtfertigt ist, zum blossen Selbstzweck wird und die Verwirklichung des materiellen Rechts in unhaltbarer Weise erschwert oder gar verhindert (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 253; <ref-ruling> E. 5.4 S. 183). Es kommt darin eine Missachtung eines gerechten Verfahrens zum Ausdruck, weil an sich berechtigte formelle Anforderungen in sachfremder Weise übersteigert werden.
Im vorliegenden Fall kann weder von einem unverhältnismässigen formellen Erfordernis noch von einem überspitzten Formalismus gesprochen werden. Es stellt eine Eigenheit der politischen Rechte dar, dass an ihrer Umsetzung und Verwirklichung eine Vielzahl von Akteuren mitwirken. Dies führt einerseits zu detaillierten Regelungen auf unterschiedlichsten Regelungsstufen und bedingt andererseits eine gewisse Formenstrenge. Das Erfordernis, den Namen handschriftlich und eigenhändig auf den Referendumsbogen zu setzen, stellt für den Stimmberechtigten bei der Unterzeichnung eines Referendumsbegehrens keine formale Hürde dar. Es ist auch für Personen mit Schreibschwierigkeiten ohne Weiteres zumutbar. Unterschriftensammlungen werden dadurch in keiner Weise beeinträchtigt. In der eigenhändigen Namensangabe kommt zum Ausdruck, dass die Unterzeichnung eines Referendumsbegehrens einen höchstpersönlichen Charakter aufweist. Schliesslich erlaubt die eigenhändige Namensangabe eine bessere Kontrolle der Unterschriften; da die eigentlichen Unterschriften oftmals nicht leserlich sind, erleichtert es das umstrittene Erfordernis, Mehrfachunterschriften zu erkennen. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Garantie der politischen Rechte im Sinne von <ref-law> beeinträchtigt würde.
2.5 Soweit die Beschwerdeführer die Auslegung und Anwendung von § 43 GPR durch das Verwaltungsgericht beanstanden, erweist sich ihre Beschwerde als unbegründet.
3. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>; <ref-ruling>). Der Gemeinde Wettingen ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>; <ref-ruling>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Gemeinderat Wettingen sowie dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Steinmann