Fatti:
A. A.a A._, nato nel 1990, è portatore di una grave distrofia muscolare congenita. A seguito dell'infermità, l'assicurazione per l'invalidità gli ha riconosciuto una serie di prestazioni, tra cui vari provvedimenti sanitari, mezzi ausiliari e un assegno per grandi invalidi minorenni.
A.b Con la conclusione, nel giugno 2006, della scuola dell'obbligo (licenza di scuola media), il padre dell'assicurato, L._, facendo notare come suo figlio desiderasse frequentare il liceo, ha chiesto ed ottenuto, da parte dell'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI), l'assunzione delle spese di trasporto - ad opera della Croce Rossa - dal suo domicilio al liceo di X._ (e ritorno) dal 1° settembre 2006 al 30 giugno 2010 (comunicazione del 4 agosto 2006).
A.c Tenuto conto del suo stato di salute, e in particolare della sua debolezza muscolare e respiratoria, che gli avrebbero impedito di frequentare il liceo a tempo pieno, A._ ha ottenuto dal Consiglio di Stato l'autorizzazione a suddividere su due anni gli studi del primo anno (risoluzione governativa n. Y._).
Nel frattempo, il 28 giugno 2006 L._ ha presentato per il figlio una richiesta di garanzia per la copertura dei costi relativi a un docente di sostegno ("tutor", di cui peraltro aveva già beneficiato durante la frequentazione della scuola dell'obbligo) che gli permettesse di seguire (sia a scuola che a casa) la formazione liceale a metà tempo. L'intervento richiesto era quantificato in sei ore settimanali a fr. 100.- l'ora.
A.d Preso atto delle conclusioni della sua consulente in integrazione professionale, che con rapporto del 27 settembre 2006 aveva ritenuto la formazione liceale non semplice ed inadeguata, l'UAI ha respinto la richiesta dell'assicurato, riconoscendo tuttavia, in via eccezionale, i costi di tutorato sino alla data (13 dicembre 2006) della notifica del progetto di decisione (decisione del 30 gennaio 2007).
Rettificando inoltre la precedente comunicazione del 4 agosto 2006, l'amministrazione ha pure negato l'assunzione delle spese di trasporto poiché inerenti a un provvedimento inadeguato (decisione del 12 febbraio 2007).
B. Rappresentato dal padre, l'assicurato si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale per pronuncia del 29 aprile 2008 ha accolto il ricorso, ha annullato la decisione su opposizione del 26 febbraio 2007 (recte: le decisioni 30 gennaio e 12 febbraio 2007) dell'UAI e ha riconosciuto il diritto di A._ al rimborso delle spese di tutorato e di trasporto domicilio-liceo di X._ per la formazione liceale di otto anni. Contrariamente all'amministrazione, i giudici cantonali hanno infatti ritenuto la formazione liceale semplice ed idonea, nonché adeguata allo stato di salute dell'assicurato.
C. L'UAI ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede, in accoglimento del gravame, l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma delle decisioni del 30 gennaio e del 12 febbraio 2007. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Tramite il padre, l'assicurato propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.
D. Con decreto dell'8 agosto 2008 è stata respinta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata con il ricorso.
E. Una proposta di transazione formulata dalla Corte non è stata accettata dall'Ufficio ricorrente.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 LTF) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF; cfr. tuttavia l'eccezione di cui al cpv. 2), però esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è per contro tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254). Il Tribunale federale statuisce di principio sulla base dei fatti accertati dall'autorità precedente (cfr. art. 105 cpv. 1 LTF), riservati i casi previsti dall'art. 105 cpv. 2 LTF. Questa disposizione gli conferisce la possibilità di rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti della decisione impugnata nella misura in cui lacune o errori dovessero apparire d'acchito come manifesti (<ref-ruling> consid. 6.2). Il ricorrente può quindi contestare l'accertamento dei fatti determinanti per il giudizio solo se siano stati stabiliti in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in maniera manifestamente inesatta (art. 97 cpv. 1 LTF), vale a dire arbitraria, ciò che deve dimostrare con una motivazione conforme alle esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF. Infine, il Tribunale federale non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore.
2. 2.1 Giusta l'art. 8 cpv. 1 e 3 lett. b LAI (nella versione applicabile in concreto, in vigore fino al 31 dicembre 2007), gli assicurati invalidi o direttamente minacciati d'invalidità hanno diritto a provvedimenti d'integrazione professionale, segnatamente a una prima formazione professionale (art. 16 LAI), nella misura in cui questi provvedimenti sono necessari e atti a ripristinare, migliorare, conservare o avvalorare la capacità al guadagno.
Fanno parte dei provvedimenti professionali necessari e idonei tutte le misure direttamente necessarie all'integrazione nella vita professionale. La loro estensione non è definibile in maniera astratta; occorre piuttosto tenere conto delle circostanze concrete del singolo caso, e in particolare delle capacità soggettive ed oggettive d'integrazione, che variano da persona a persona (stato di salute, capacità di rendimento, idoneità all'istruzione, motivazione ecc.; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 529/01 del 19 marzo 2002, consid. 1a con riferimenti).
Di principio, la persona assicurata ha diritto unicamente ai provvedimenti idonei e necessari al raggiungimento del singolo scopo integrativo prefisso, ma non ai migliori provvedimenti nel caso di specie. Questo perché l'integrazione dev'essere garantita solo nella misura necessaria ma anche sufficiente (<ref-ruling> consid. 2b pag. 110 con riferimenti).
2.2 A norma dell'art. 16 cpv. 1 LAI, gli assicurati, che non hanno ancora esercitato alcuna attività lucrativa e che a cagione della loro invalidità incontrano notevoli spese suppletive per la prima formazione professionale, hanno diritto alla rifusione di siffatte spese, se tale formazione confà alle loro attitudini e se in tale modo l'obiettivo integrativo potrà verosimilmente essere raggiunto (<ref-ruling> consid. 2a pag. 110 con riferimenti).
Per l'art. 5 cpv. 1 OAI, è considerato prima formazione professionale ogni tirocinio o avviamento professionale, come anche l'istruzione conseguita nelle scuole medie, professionali o nelle università, dopo che l'assicurato abbia frequentato le scuole pubbliche o speciali, e la preparazione professionale a un lavoro ausiliario od a un'attività in laboratorio protetto. Per prima formazione professionale s'intende il promovimento professionale mirato e pianificato, o in altre parole l'acquisizione e la trasmissione di conoscenze e abilità professionali specifiche (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 705/00 del 24 ottobre 2001, in VSI 2002 pag. 174 consid. 3b/aa con riferimenti). Per questo genere di misure, la condizione di semplicità e di adeguatezza richiesta dal provvedimento professionale si riferisce al modo di realizzazione della formazione e non al livello di formazione (<ref-ruling> consid. 2 pag. 167).
2.3 Una partecipazione ai costi dell'assicurazione per l'invalidità presuppone in particolare che il provvedimento professionale sia adeguato dal profilo materiale, temporale, finanziario e personale. Il provvedimento deve pertanto garantire una certa efficacia integrativa, il che si avvera se: la persona interessata è messa nella condizione di provvedere quantomeno parzialmente al proprio mantenimento (adeguatezza materiale; cfr. sentenze I 101/98 del 10 luglio 1998, in VSI 2000 pag. 190, nonché I 705/00 del 24 ottobre 2001, in VSI 2002 pag. 178, consid. 3b/bb); il successo integrativo è durevole (adeguatezza temporale) e si trova in un rapporto ragionevole con i costi del provvedimento (adeguatezza finanziaria); e infine il provvedimento risulta ragionevolmente attuabile dalla persona assicurata alla luce della sua situazione personale (adeguatezza personale; v. sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 256/02 del 5 marzo 2003, consid. 3.1 con riferimenti; SUSANNE LEUZINGER-NAEF, Die Ausbildungsziele der beruflichen Eingliederungsmassnahmen im Lichte der neuen Bundesverfassung, in Rechtsfragen der Eingliederung Behinderter, 2000, pag. 45 seg.).
3. 3.1 È pacifico che l'opponente, a causa della sua infermità congenita, è limitato nella possibilità di svolgere normalmente una prima formazione professionale. Resta da esaminare se la contestata frequentazione liceale costituisca una prima formazione professionale ai sensi dell'art. 16 LAI e, soprattutto, se, così come è stata riconosciuta dalla Corte cantonale, vale a dire con l'attribuzione di un docente di sostegno per sei ore settimanali, essa possa essere considerata, dal punto di vista integrativo, semplice ed idonea, nonché adeguata allo stato di salute dell'assicurato.
3.2 Per quanto concerne la prima questione, il Tribunale federale delle assicurazioni ha già avuto modo di rispondervi affermativamente, riconoscendo alla frequentazione del liceo in quanto tale la qualità di prima formazione professionale (v. sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni I 529/01, citata, I 189/96 del 20 novembre 1997, e I 411/86 del 30 maggio 1989, in RCC 1989 pag. 633). L'impossibilità, dovuta a motivi di salute, di seguire detta formazione si ripercuote infatti negativamente sulla capacità lucrativa futura. La perdita (praticamente completa) della vasta gamma delle professioni accademiche rappresenta in effetti, soprattutto per un giovane assicurato non ancora ventenne, una limitazione considerevole nella scelta - rilevante per il successivo conseguimento di un reddito - della professione (sentenza citata I 529/01, consid. 2b).
Per contro, il fatto che l'assicurato maturerebbe comunque, in ogni caso (sia frequentando il liceo, ma anche seguendo l'apprendistato di impiegato d'ufficio presso Z._, come gli aveva proposto l'amministrazione) il diritto a una rendita (intera) AI, non osta necessariamente al riconoscimento del provvedimento professionale (<ref-ruling> consid. 1d in fine pag. 212; MEYER-BLASER, Zum Verhältnismässigkeitsgrundsatz im staatlichen Leistungsrecht, 1985, pag. 84).
3.3 Riguardo al secondo quesito, mentre l'adeguatezza della misura non pone difficoltà dal profilo personale - viste le indiscusse capacità intellettuali dell'assicurato che hanno del resto convinto il Consiglio di Stato ad autorizzare la frequentazione del primo anno di liceo a metà tempo -, e può anche essere condivisa sotto l'aspetto materiale e temporale, essa necessita di qualche verifica supplementare per quel che concerne l'aspetto finanziario, e più precisamente il rapporto esistente fra la durata (tollerabile, alla luce delle particolarità del caso come pure della possibilità per l'amministrazione di rivedere comunque il diritto alla prestazione in caso di modifica delle circostanze nel corso della formazione, segnatamente qualora il provvedimento integrativo fosse destinato al fallimento: sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 249/94 del 16 novembre 1994, consid. 3c) e i costi della formazione, da un lato, e il risultato economico del provvedimento, dall'altro (v. sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 7/71 del 26 agosto 1971, in RCC 1972 pag. 64, consid. 2). Rapporto che, così come è stato ammesso dalla Corte cantonale, non appare propriamente ragionevole, anche se, va detto, i costi cui avrebbe dovuto fare fronte l'amministrazione, qualora l'assicurato avesse accettato di seguire l'apprendistato presso Z._, non risultano - tenuto conto anche dell'aspetto temporale - di molto inferiori (fr. 145'125.- [fr. 48'375.- all'anno per 3 anni di formazione] a fronte di un costo quantificato in complessivi fr. 200'000.- [fr. 600.- a settimana] per un docente di sostegno sull'arco di otto anni).
3.3.1 Un'ulteriore verifica si rende necessaria poiché né l'amministrazione, né il Tribunale cantonale si sono adeguatamente confrontati con la questione relativa all'effettiva esigenza oraria settimanale di un "tutor". Mentre l'UAI ha scartato ogni presa a carico di un simile provvedimento, i giudici cantonali si sono limitati ad accogliere la richiesta dell'assicurato, formulata sulla base delle indicazioni fornite dal docente di sostegno medesimo senza procedere ad accertamenti preliminari che si sarebbero per contro imposti, non fosse altro perché contrariamente a quanto indicato nella pronuncia impugnata, A._ sembrerebbe avere conseguito risultati migliori (o comunque non peggiori) dopo avere, a seguito della decisione dell'UAI, dovuto rinunciare al tutor rispetto a quando beneficiava delle sei ore settimanali di sostegno (sulla possibilità, per il giudice delle assicurazioni sociali, di fondarsi su fatti verificatisi dopo la data della decisione amministrativa, che altrimenti delimita temporalmente il suo potere cognitivo, quando essi possono imporsi quali elementi d'accertamento retrospettivo della situazione anteriore alla decisione stessa, cfr. <ref-ruling> con riferimenti).
3.3.2 Dal momento che, per quanto esposto, gli atti non permettono ancora di esprimersi definitivamente sull'adeguatezza del provvedimento integrativo richiesto, la causa va rinviata all'istanza precedente affinché, previo complemento istruttorio, ridefinisca l'esigenza concreta di un tutorato e si pronunci nuovamente sulla presa a carico, da parte dell'UAI, di tali spese, eventualmente anche sotto l'aspetto di un eventuale diritto dell'assicurato alla sostituzione della prestazione. In questo senso e solo nella misura in cui si riferisce alla decisione dell'UAI del 30 gennaio 2007, il giudizio cantonale deve essere annullato.
4. Diverso è invece il discorso che va fatto in merito alle spese di trasporto domicilio-liceo (e ritorno), che sono state inizialmente riconosciute (in maniera informale) dall'amministrazione (per il periodo dal 1° settembre 2006 al 30 giugno 2010) prima di essere poi rifiutate dalla stessa con decisione del 12 febbraio 2007.
4.1 Giusta l'art. 53 LPGA, le decisioni e le decisioni su opposizione formalmente passate in giudicato devono essere sottoposte a revisione se l'assicurato o l'assicuratore scoprono successivamente nuovi fatti rilevanti o nuovi mezzi di prova che non potevano essere prodotti in precedenza (cpv. 1). Inoltre, l'assicuratore può tornare sulle decisioni o sulle decisioni su opposizione formalmente passate in giudicato se è provato che erano manifestamente errate e se la loro rettifica ha una notevole importanza (cpv. 2).
Questi principi sono ugualmente applicabili nell'ipotesi in cui le prestazioni siano state concesse - come nel caso di specie - senza provvedimento formale, a condizione però che il loro versamento, trascorso un lasso di tempo corrispondente al termine per ricorrere contro una decisione formale, abbia nondimeno acquisito forza di cosa giudicata (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4b pag. 24). Queste regole trovano pertanto ugualmente applicazione se l'assicurazione per l'invalidità intende tornare sull'assegnazione di prestazioni che sono state oggetto di una semplice comunicazione con la quale l'assicurato si era detto (implicitamente) d'accordo (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 202 con riferimenti).
4.2 Nel caso di specie, la comunicazione del 4 agosto 2006, rettificata dopo oltre sei mesi, ha acquisito forza di cosa giudicata nel senso della giurisprudenza suesposta. Dal momento che le condizioni per una revisione processuale non erano manifestamente date, resta unicamente da esaminare se l'amministrazione poteva eventualmente riconsiderare la decisione informale del 4 agosto 2006.
4.2.1 Per determinare se è possibile riconsiderare una decisione (anche solo informale) per il motivo che essa sarebbe senza dubbio erronea, occorre fondarsi sulla situazione giuridica esistente al momento in cui questa decisione è stata resa prendendo in considerazione la prassi allora in vigore (<ref-ruling> consid. 3 pag. 389 con riferimenti). Per motivi legati alla sicurezza giuridica e per evitare che la riconsiderazione diventi uno strumento che consenta di riesaminare liberamente le condizioni poste a fondamento delle prestazioni di lunga durata, l'irregolarità deve essere manifesta. In particolare, non si può parlare di un'inesattezza manifesta se l'assegnazione della prestazione dipende dall'adempimento di condizioni materiali il cui esame presuppone un certo margine di apprezzamento riguardo a certi loro aspetti o elementi, e se la decisione iniziale appare ammissibile alla luce della situazione di fatto e di diritto. Se persistono ragionevoli dubbi sul carattere erroneo della decisione iniziale, le condizioni per procedere a una riconsiderazione non sono date (cfr. sentenza 9C_439/2007 del 28 febbraio 2008, consid. 3.1 con riferimenti).
4.2.2 Sebbene per l'art. 51 cpv. 1 LAI le spese di viaggio in territorio svizzero siano rimborsate all'assicurato solo se risultano indispensabili per eseguire i provvedimenti di integrazione e benché, di conseguenza, il rimborso per le spese di trasporto giusta gli art. 51 LAI e 90 segg. OAI costituisca in questo modo una prestazione accessoria, che può essere riconosciuta solo nella misura e per la durata in cui un provvedimento integrativo o di accertamento sono messi in atto (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 139/95 del 28 novembre 1995, consid. 1a con riferimenti), per quanto esposto in precedenza (riconoscimento di principio della frequentazione liceale quale prima formazione professionale; dubbi residui circa l'adeguatezza e la semplicità della misura così come è stata accordata dai primi giudici) non si può affermare che le condizioni per un'assunzione delle spese di trasporto non fossero (al momento della emanazione della decisione informale) chiaramente realizzate e che quindi la comunicazione del 4 agosto 2006 fosse (già allora) palesemente errata. Ne discende che su questo punto, il ricorso si dimostra infondato e che la pronuncia cantonale va confermata.
5. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vengono ripartite in ragione di 2/3 a carico dell'amministrazione e di 1/3 a carico dell'opponente. Per il resto, anche se parzialmente vincente, non si assegnano ripetibili all'assicurato che peraltro, giustamente (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 116; <ref-ruling> consid. 7 pag. 82, 132), nemmeno le ha rivendicate.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è parzialmente accolto nel senso che, annullato il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 29 aprile 2008 nella misura in cui si riferisce alla decisione dell'Ufficio AI del Cantone Ticino del 30 gennaio 2007, la causa è rinviata all'istanza di primo grado perché proceda a un complemento istruttorio conformemente ai considerandi e renda un nuovo giudizio. Per il resto, nella misura in cui è rivolto contro la decisione amministrativa del 12 febbraio 2007, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'Ufficio ricorrente in ragione di 2/3 e dell'opponente in ragione di 1/3.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.