A.- B._ et C._ sont propriétaires de la parcelle n° 883 du registre foncier, sur le territoire de la commune de Noville au lieu-dit "Les Gleyriers". Ils y exploitent un chantier naval, par leur société en nom collectif A._. Deux bâtiments ont été construits sur cette parcelle; il s'y trouve également un port privé - bassin ou darse de 6'450 m2 - qui communique avec un bras du Vieux-Rhône, rivière qui longe la parcelle à l'ouest. Ce bras du Vieux-Rhône se jette dans le lac Léman à environ 300 m de là.
B.- Le Département des travaux publics, de l'aménagement et des transports du canton de Vaud (aujourd'hui: Département des infrastructures) a élaboré un projet de plan d'affectation cantonal n° 291 (PAC 291), pour le "site marécageux de Noville", qui a été mis à l'enquête publique du 25 avril au 26 mai 1995. La parcelle n° 883 est comprise dans son périmètre. L'objet et les buts de ce plan cantonal sont énoncés à l'art. 1 de son règlement (RPAC), dans les termes suivants:
" Le présent plan d'affectation cantonal (PAC) regroupe, coordonne et met en application l'ensemble des mesures de protection concernant les marais et le site marécageux d'une beauté particulière et présentant un intérêt national, situés sur la Commune de Noville. Il répond en particulier à l'art. 24sexies, alinéa 5, de la Constitution fédérale (initiative de Rothenthurm).
Ce plan poursuit les buts suivants:
a. garantir la sauvegarde des biotopes, des zones-tampon et des biocénoses qui les caractérisent;
b. favoriser l'amélioration des valeurs biologiques du site et la réparation des atteintes qu'il a subies;
c. maintenir un paysage proche de l'état naturel;
d. permettre le maintien des activités humaines dans la mesure où celles-ci sont compatibles avec les buts de protection. "
A l'intérieur de son périmètre général, le plan d'affectation cantonal délimite différentes zones: la zone des biotopes protégés; la zone des prairies tampon; la zone agricole protégée; la zone des plages; la zone du port et du chantier naval; la zone du camping; la zone du hameau des Grangettes; la zone des Fourches; l'aire forestière.
La moitié de la parcelle n° 883 (le secteur où se trouvent les bâtiments et les installations de l'entreprise, notamment) est classée dans la zone du port et du chantier naval, définie à l'art. 8 RPAC. Cette zone est destinée à "permettre le maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site marécageux" (art. 8 al. 1 RPAC) et elle est "soumise à l'élaboration d'un plan partiel d'affectation communal (PPA)", dans les trois ans dès l'approbation du plan d'affectation cantonal (art. 8 al. 2 RPAC).
Le reste est classé soit dans l'aire forestière, plus précisément dans le secteur de la forêt tampon, destiné à "la restauration et la conservation de groupements forestiers proches de l'état naturel en bordure des biotopes protégés" (art. 12 al. 1 let. a RPAC), soit, pour une petite partie, dans la zone des biotopes protégés, secteur des bas-marais (destiné à "la conservation et à l'entretien de bas-marais et à l'aménagement d'autres biotopes humides" - art. 4 al. 2 let. a RPAC).
Ce plan d'affectation cantonal doit remplacer un ancien plan d'extension cantonal, adopté en 1957 ("PEC 56"), qui avait mis sous protection les rives du lac Léman dans ce secteur.
C.- B._, C._ ainsi que la société en nom collectif se sont opposés au plan d'affectation cantonal, durant l'enquête publique, en critiquant le régime prévu pour la parcelle n° 883 et en demandant en substance une réglementation favorable à l'extension ou au développement du chantier naval. Le Département des travaux publics, de l'aménagement et des transports a, pour l'essentiel, rejeté cette opposition par une décision rendue le 20 mai 1997. Le même jour, il a approuvé le plan d'affectation cantonal.
B._, C._ et la société ont recouru contre cette décision auprès du Département cantonal de la justice, de la police et des affaires militaires. Ce recours ayant été rejeté le 3 avril 1998, ils se sont ensuite pourvus devant le Tribunal administratif cantonal. Ils concluaient à ce que leur parcelle soit entièrement classée dans la zone du port et du chantier naval et à la modification de l'art. 8 RPAC afin que l'implantation de nouveaux ouvrages soit admissible dans cette zone; ils demandaient encore quelques changements dans la réglementation du plan d'affectation cantonal.
Le Tribunal administratif, après avoir procédé à une inspection locale, a rendu son arrêt le 10 décembre 1998. Il a "très partiellement" admis le recours, en modifiant l'art. 8 al. 3 let. c RPAC (pour régler de façon moins restrictive l'affectation du port privé dans le bassin aménagé sur la parcelle des recourants). Cet article 8 RPAC a donc la teneur suivante, après le jugement du Tribunal administratif:
" La zone du port et du chantier naval est destinée à permettre le maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site marécageux.
Elle est soumise à l'élaboration d'un plan partiel d'affectation communal (PPA) dans un délai de trois ans après l'approbation du présent plan.
Le PPA prévoit notamment:
a. des places d'amarrage pour bateaux de plaisance sur une surface de 25'600 m2, mais au maximum 125 places dont 25 pour les visiteurs;
b. des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire avec installations sanitaires;
c. les installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage aménagées dans la darse sur une surface de 6'450 m2;
d. l'aire forestière est préservée. "
Le Tribunal administratif a appliqué les normes du droit fédéral sur la protection des marais et des sites marécageux d'importance nationale, en particulier l'art. 24sexies al. 5 aCst. et les art. 23a ss de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451). Il s'est référé à plusieurs inventaires fédéraux d'objets d'importance nationale, notamment à l'inventaire des sites marécageux, adopté le 1er mai 1996 (voir l'ordonnance sur la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale, RS 451. 35), et à l'inventaire des bas-marais, adopté le 7 septembre 1994 (voir l'ordonnance sur la protection des bas marais d'importance nationale, RS 451. 33). La parcelle n° 883 est en effet entièrement comprise dans le périmètre de l'objet n° 289 ("Les Grangettes") de l'inventaire des sites marécageux, et sa pointe nord-ouest fait partie, ou est directement voisine, de l'objet n° 1382 ("Gros Brasset") de l'inventaire des bas-marais. Fondé sur ces normes et inventaires fédéraux, le Tribunal administratif a considéré, en substance, que le régime du plan d'affectation cantonal pour la parcelle des recourants était adéquat, aussi bien quant à la délimitation des zones qu'au sujet des possibilités de construction.
L'organisation Pro Natura, par sa section vaudoise, est intervenue comme partie à la procédure devant le Tribunal administratif (elle avait participé à la procédure devant les départements cantonaux).
D.- Agissant par la voie du recours de droit administratif, B._, C._ et la société en nom collectif A._ demandent au Tribunal fédéral de réformer, voire d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif afin que trois modifications soient apportées au plan d'affectation cantonal PAC 291 ou à son règlement: introduire à l'art. 8 RPAC la possibilité de transformer et d'agrandir les bâtiments et installations existants, ainsi que d'implanter de nouveaux ouvrages en fonction notamment des besoins de l'installation; sortir la parcelle n° 883 du site marécageux d'importance nationale; classer la totalité de la parcelle n° 883 dans la zone du port et du chantier naval. Les recourants soutiennent que les restrictions à la construction sur leur parcelle, telles qu'elles ont été prévues dans le plan d'affectation cantonal et interprétées par le Tribunal administratif, ne sont pas imposées par les dispositions du droit fédéral sur la protection des marais et des sites marécageux.
Ils se prévalent des caractéristiques de leur terrain dans l'espace naturel que vise à protéger le plan d'affectation cantonal (parcelle bâtie où est exploité un chantier naval depuis plusieurs décennies) et ils invoquent la garantie de la propriété pour demander un régime juridique permettant la modernisation de leur entreprise, à l'instar de ce qui a été prévu pour une autre exploitation dans une autre zone du plan d'affectation cantonal, la zone du camping. Ils critiquent, au regard de la nature du sol, le classement d'une partie de leur bien-fonds dans le secteur de la forêt tampon ou dans la zone des biotopes protégés. Ils prétendent en outre qu'ils n'ont pas pu exercer leur droit d'être entendus quand les inventaires fédéraux ont été établis et aussi lors de la délimitation du secteur des bas-marais au nord-ouest de leur parcelle, le Tribunal administratif ayant à ce propos refusé d'ordonner une expertise et d'entendre certains témoins.
Différents organes de l'administration cantonale, qui avaient participé à la procédure devant le Tribunal administratif, ont été invités à répondre. Le Département de la sécurité et de l'environnement (chargé de la protection de la nature) et le Département des infrastructures (par son service de l'aménagement du territoire) concluent au rejet du recours.
Le Département des institutions et des relations extérieures (anciennement: Département de la justice, de la police et des affaires militaires) s'est déterminé sans prendre de conclusions.
Les organisations Pro Natura et Pro Natura Vaud concluent au rejet du recours.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt et prend les mêmes conclusions.
La Commune de Noville n'a pas répondu.
L'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage a déposé des observations (cf. art. 110 al. 1 in fine OJ), dans le sens d'un rejet du recours. Les parties ont eu la possibilité de se déterminer à ce sujet; elles n'ont pas modifié leurs conclusions.
E.- A la requête des recourants, la procédure devant le Tribunal fédéral a été suspendue pour trois mois dès le 2 juin 1999. Une nouvelle suspension a été refusée le 4 novembre 1999.
Les recourants demandent une inspection locale et une expertise aux fins de vérifier que la partie nord de leur parcelle ne constitue pas un bas-marais.

Considérant en droit :
1.- Selon l'art. 97 OJ en relation avec l'<ref-law>, la voie du recours de droit administratif est ouverte contre les décisions fondées sur le droit public fédéral - ou qui auraient dû l'être -, à condition qu'elles émanent des autorités énumérées à l'art. 98 OJ et pour autant qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ ou dans la législation spéciale ne soit réalisée. Le recours de droit administratif est également recevable contre des décisions fondées sur le droit cantonal et sur le droit fédéral, dans la mesure où la violation de dispositions de droit fédéral directement applicables est en jeu (art. 97 al. 1, 98 let. g et 104 let. a OJ; <ref-ruling> consid. 2a p. 13; <ref-ruling> consid. 2 p. 233; <ref-ruling> consid. 2a p. 243 et les arrêts cités). Nonobstant la règle spéciale de l'art. 34 al. 3 LAT, une décision, prise en dernière instance cantonale, relative à l'approbation d'un plan d'affectation, peut aussi faire l'objet d'un recours de droit administratif lorsque l'application du droit fédéral de la protection de l'environnement, ou d'autres prescriptions fédérales telles que les règles sur la protection des biotopes ou des forêts, est directement en jeu (<ref-ruling> consid. 1a p. 91 ss, 231 consid. 2 p. 233; <ref-ruling> consid. 1b p. 75 et les arrêts cités; cf. aussi <ref-ruling> consid. 1b p. 291).
La contestation portant, dans le cas particulier, principalement sur l'application des règles fédérales sur la protection des marais et des sites marécageux, la voie du recours de droit administratif est manifestement ouverte (cf. notamment <ref-ruling> ss; <ref-ruling> ss). L'acte des recourants satisfait aux conditions de recevabilité des art. 103 ss OJ. Il y a lieu d'entrer en matière.
2.- Les recourants contestent le plan d'affectation PAC 291 parce qu'il leur impose des restrictions dans l'utilisation de leur terrain pour des activités artisanales. La délimitation du périmètre général de ce plan dépend, selon les autorités cantonales, de la présence à cet endroit d'un site marécageux d'importance nationale et des obligations qui en découlent en vertu du droit fédéral (cf. art. 1 RPAC, cité plus haut). Les recourants soutiennent que la parcelle n° 883, en raison de ses particularités, devrait être sortie du site marécageux "Les Grangettes" (objet n° 289 de l'inventaire fédéral) et, partant, du périmètre du plan d'affectation cantonal. Ils se plaignent de n'avoir pas été consultés lorsque ces décisions ont été prises.
a) Les inventaires fédéraux d'objets d'importance nationale sont établis par le Conseil fédéral (<ref-law>). Cette règle s'applique aussi à l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (cf. <ref-law>). Cet inventaire a ainsi été adopté le 1er mai 1996, avec l'ordonnance sur les sites marécageux dont il constitue une annexe (cf. art. 1er de cette ordonnance, entrée en vigueur le 1er juillet 1996). Le présent recours n'est pas dirigé contre cet inventaire, ni contre la décision d'y faire figurer l'objet n° 289 "Les Grangettes". Le Tribunal fédéral n'a pas la possibilité de le modifier. Il n'a en outre pas à se prononcer sur la procédure suivie par le Conseil fédéral, en particulier sur la façon dont l'avis des propriétaires concernés a été pris, par le truchement des cantons, dans la phase préparatoire (cf. art. 23b al. 3 in fine LPN).
Cela étant, il appartient aux cantons de "veiller à la concrétisation et à la mise en oeuvre des buts de la protection" des sites marécageux d'importance nationale (<ref-law>). Ils doivent ainsi fixer les limites précises des objets (art. 3 al. 1 de l'ordonnance sur les sites marécageux).
C'est là, pour les Grangettes, un des objectifs essentiels du plan d'affectation PAC 291; le fait que son élaboration a débuté avant l'entrée en vigueur de l'inventaire fédéral est sans pertinence, puisque cette planification cantonale a été d'emblée liée à l'établissement de cet inventaire (cf. art. 1 RPAC) et qu'elle a été approuvée après l'entrée en vigueur de celui-ci. Aussi les recourants peuvent-ils contester le périmètre des différentes zones de ce plan d'affectation en faisant valoir qu'une parcelle - la leur en l'occurrence - aurait dû en être exclue lors de la délimitation précise de l'objet.
b) Les recourants se plaignent de n'avoir pas été entendus préalablement à la définition du périmètre des zones protégées. Ils invoquent l'art. 3 al. 1 de l'ordonnance sur les sites marécageux, qui prescrit aux cantons, quand ils fixent les limites précises de ces sites, de prendre l'avis de différentes personnes et collectivités, parmi lesquelles les propriétaires fonciers.
En choisissant pour la délimitation de l'objet la forme du plan d'affectation, les autorités cantonales ont garanti aux intéressés la possibilité d'être entendus lors de l'enquête publique puis dans la procédure de recours interne à l'administration. Ces modalités sont manifestement suffisantes pour l'exercice du droit d'être entendu, comme l'a du reste retenu le Tribunal administratif.
c) L'inventaire fédéral des sites marécageux contient une description de chaque objet (cf. art. 2 al. 1 de l'ordonnance). Celle du site des Grangettes - dont la surface totale est de 1011 ha - est reproduite dans l'arrêt attaqué (p. 4-5). On y lit en particulier que ce site, sur un delta lacustre, est constitué de vastes forêts alluviales, de bas-marais et de cordons boisés signalant les anciens bras du Rhône, le Vieux-Rhône en étant le principal exemple; il s'y trouve aussi des étangs, des bosquets, des terres agricoles, quelques vergers, des pâturages, des friches, un hameau et quelques constructions agricoles; le site des Grangettes est qualifié de milieu unique, d'une valeur exceptionnelle, pour la flore etlafaune, malgrélesatteintessubiesaucoursdutemps(endiguementduRhône, drainages, boisementsartificiels, extensiondescultures, etc.).
La base juridique de la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale est l'art. 24sexies al. 5 aCst. , accepté en votation populaire du 6 décembre 1987 (dans la Constitution fédérale du 18 avril 1999, entrée en vigueur le 1er janvier 2000, il s'agit de l'art. 78 al. 5 Cst. - cf. infra, consid. 3b). Cette disposition vise non seulement les sites marécageux mais également les marais; ces deux notions sont toutefois à distinguer.
La loi définit le site marécageux comme un "paysage proche de l'état naturel, caractérisé par la présence de marais" (<ref-law>): les marais, ou en d'autres termes les biotopes dignes de protection, ne sont donc qu'un élément du site marécageux (cf. art. 18a ss, 23a LPN). Les espaces entre les marais, à l'intérieur du site marécageux, peuvent porter les "marques de la civilisation" (bâtiments, voies de communication, exploitation agricole ou forestière, etc. - cf. Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage, Inventaire fédéral des sites marécageux: guide d'application des dispositions de protection, Berne 1996 p. 5).
L'occupation d'une partie de la parcelle litigieuse par les installations d'un chantier naval n'est donc pas, en soi, un obstacle à son inclusion dans un plan de protection d'un site marécageux. Comme l'a relevé en substance le Tribunal administratif, sa position en bordure d'un bras du Vieux-Rhône, à proximité de la rive du lac Léman et quasiment au milieu des marais et forêts caractéristiques du site, ne permet pas d'envisager à cet endroit une correction de la limite des zones protégées, qui consisterait en somme à créer une enclave sans pourtant qu'on puisse constater une rupture évidente dans le paysage ou dans la configuration des lieux. Les autorités cantonales n'avaient pas d'autre choix, dans cette situation, que de considérer que ce terrain, au centre de l'objet n° 289 de l'inventaire des sites marécageux, devait être compris dans le périmètre du plan mettant en oeuvre les exigences de protection. Elles n'ont donc pas violé le droit fédéral, leur pouvoir d'appréciation étant en définitive très limité à cet égard.
3.- Les recourants s'en prennent à la réglementation à laquelle le plan d'affectation soumet leur parcelle.
Ils soutiennent que, même dans un site marécageux, le droit fédéral n'exclut pas nécessairement l'extension de bâtiments existants d'un chantier naval, voire des constructions nouvelles ou des reconstructions. Selon eux, le Tribunal administratif aurait mal interprété l'<ref-law>, et il aurait partant violé la garantie de la propriété ainsi que la règle de l'interdiction de l'arbitraire, en considérant qu'une entreprise artisanale telle que la leur ne pouvait pas bénéficier d'une exception.
a) Le Tribunal administratif a considéré que l'art. 8 RPAC interdisait l'extension des bâtiments, les constructions nouvelles et les reconstructions dans la zone du port et du chantier naval (soit essentiellement sur la parcelle des recourants). Il a examiné cette règle au regard de la norme constitutionnelle instituant la protection des sites marécageux (art. 24sexies al. 5 aCst. ), de la disposition légale de l'<ref-law> et encore des prescriptions de l'ordonnance sur les sites marécageux. Il en a déduit que l'interdiction d'altération prévue à l'art. 8 RPAC était conforme au droit fédéral.
Le recours tend à modifier la règle générale et abstraite de l'art. 8 RPAC, afin d'assouplir ce que le Tribunal administratif qualifie de régime de l'interdiction d'altération. A ce stade-ci, il ne s'agit donc pas de se prononcer sur un projet concret de modernisation du chantier naval. Le système retenu pour la zone du port et du chantier naval implique du reste en principe que le plan d'affectation cantonal se borne à fixer des prescriptions générales, puisque la planification de détail, à élaborer ultérieurement, relève des autorités communales (art. 8 al. 2 et 3 RPAC). Il y a lieu de vérifier si le Tribunal administratif a bien interprété la portée des normes fédérales dans ce domaine.
b) L'art. 24sexies al. 5 aCst. dispose que dans les zones protégées que constituent les marais et les sites marécageux d'une beauté particulière et présentant un intérêt national, il est interdit d'aménager des installations de quelque nature que ce soit et de modifier le terrain sous une forme ou sous une autre; font exception les installations servant à assurer la protection conformément au but visé et à la poursuite de l'exploitation à des fins agricoles. C'est sur cette base que la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN) a été modifiée le 24 mars 1995, par l'adjonction d'un chapitre 3a consacré aux marais et sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (art. 23a à 23d LPN, entrés en vigueur le 1er février 1996). La Constitution fédérale du 18 avril 1999 reprend, en substance, cette réglementation (aux termes de l'art. 78 al. 5 Cst. , applicable aux marais et sites marécageux protégés, il est interdit d'y aménager des installations ou d'en modifier le terrain; font exception les installations qui servent à la protection de ces espaces ou à la poursuite de leur exploitation à des fins agricoles).
Au niveau législatif, c'est l'<ref-law> qui définit les constructions, installations et modes d'exploitation admissibles dans les sites marécageux portés à l'inventaire fédéral; il a la teneur suivante:
"1 L'aménagement et l'exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux.
2 Sont en particulier admis à la condition prévue au 1er alinéa:
a. L'exploitation agricole et sylvicole;
b. L'entretien et la rénovation de bâtiments et d'installations réalisés légalement;
c. Les mesures visant à protéger l'homme contre les catastrophes naturelles;
d. Les installations d'infrastructure nécessaires à l'application des lettres a à c ci-dessus. "
On pourrait se demander si l'<ref-law> est en tous points conforme à la Constitution, dès lors qu'il paraît admettre des aménagements qui ne portent pas atteinte aux sites marécageux, sans indiquer s'il vise d'autres aménagements que ceux servant à assurer la protection de ces sites (cf. Peter Keller, Commentaire LPN, Zurich 1997, art. 23d n. 4). Cette question n'a pas à être résolue ici, dès lors que le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales (art. 191 Cst. ; cf. art. 113 al. 3 et 114 aCst. ): dans le cas particulier, il doit donc se fonder sur le texte de l'<ref-law> et, en cas de doute sur la portée de cette disposition, l'interpréter en se référant au sens et au but de la norme constitutionnelle spéciale (ATF <ref-ruling> consid. 3a/cc p. 253). La garantie de la propriété (art. 26 Cst. , art. 22ter aCst. ), invoquée par les recourants, ne saurait, pour les mêmes motifs, faire obstacle à l'application de l'<ref-law>.
Le maintien des bâtiments existants, autorisé par l'art. 8 al. 1 RPAC, implique la possibilité de les entretenir et de les rénover, conformément à ce que permet l'<ref-law>. Cette question n'est cependant pas litigieuse, pas plus de celle de savoir à quelles conditions un changement total d'affectation des locaux existants - qui n'est en principe pas exclu par l'art. 8 RPAC - serait admissible (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3a/cc p. 253). Les recourants demandent en revanche que la réglementation cantonale autorise les agrandissements ou les nouvelles constructions, en fonction des besoins de leur entreprise.
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a considéré que cette possibilité était offerte pour certaines "catégories privilégiées" de constructions ou d'installations, soit celles mentionnées à l'<ref-law> (constructions agricoles, installations de protection contre les catastrophes, notamment) et à l'art. 5 al. 2 let. c, d et e de l'ordonnance sur les sites marécageux. Cette dernière disposition se réfère aux aménagements et types d'exploitation visés à l'<ref-law> (let. c), puis elle charge les cantons de veiller à ce que les autres constructions et installations, qui ne servent ni à l'entretien des biotopes, ni au maintien des habitats typiques, ne soient érigées ou agrandies que si elles ont une importance nationale, ne peuvent être réalisées qu'à l'endroit prévu et n'entrent pas en contradiction avec les buts visés par la protection (let. d); les cantons doivent encore veiller à ce que l'exploitation à des fins touristiques et récréatives soit en accord avec les buts visés par la protection (let. e). Il n'y a pas lieu de se prononcer sur la légalité de cette ordonnance, au cas où elle instituerait effectivement des "catégories privilégiées" de constructions ou d'installations. Il est en effet constant qu'une entreprise artisanale isolée de construction et de réparation de bateaux, qui n'est pas un élément typique d'un site marécageux, ne pourrait de toute manière pas tomber sous le coup de l'art. 5 al. 2 let. d de l'ordonnance sur les sites marécageux (maintien des habitats typiques ou installations d'importance nationale) et qu'elle n'est, en elle-même, pas une installation touristique ou récréative, même si elle a pour clients des navigateurs de plaisance (cf. art. 5 al. 2 let. e de l'ordonnance précitée). Comme le Tribunal administratif l'a du reste retenu, un statut spécial pour la zone du port et du chantier naval ne saurait donc être fondé directement sur ces règles.
Même si la liste d'utilisations admissibles de l'<ref-law> est présentée comme non exhaustive ("en particulier"), des exceptions au régime de protection "absolue", ou "pratiquement absolue", découlant de la Constitution (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 24; Expertise de l'Office fédéral de la justice in JAAC 1997 IV n° 84 p. 808; Jean-Baptiste Zufferey, Commentaire LPN, Chap. 2 n. 87) ne peuvent être admises, le cas échéant, que de façon très restrictive (cf. Keller, op. cit. , art. 23d n. 11). Il ne saurait manifestement pas être question d'autoriser dans tous les cas l'extension de bâtiments existants, a fortiori la construction de nouveaux bâtiments liés à des bâtiments existants, cette possibilité ayant été clairement refusée par le législateur lors de l'adoption des <ref-law> (cf. BO CE 1992 p. 620/621, rejet de la proposition Küchler). Dans le cas de l'entreprise des recourants, on ne voit pas quels motifs particuliers permettraient d'instituer d'emblée un régime d'exceptions très large, au stade du plan d'affectation cantonal.
Les recourants se prévalent du caractère prétendument touristique de leur chantier naval et de l'histoire presque séculaire de cette entreprise, dont l'avenir serait compromis (une extension de l'atelier s'imposerait à cause de l'augmentation des dimensions des bateaux de plaisance qui leur sont confiés). Or ces arguments, qui ne reflètent en somme que les intérêts privés ou financiers des recourants, ne sont pas de nature à justifier l'adoption, lors de la mise en oeuvre des buts de la protection du site marécageux, d'une norme qui dérogerait aux principes de l'<ref-law> interprété à la lumière de l'art. 78 al. 5 Cst. Aussi le Tribunal administratif était-il fondé à considérer que l'art. 8 RPAC, avec la portée restrictive qu'il faut lui reconnaître, est conforme au droit fédéral.
c) Les recourants se réfèrent au camping des Grangettes, dans le même site marécageux, qui fait également l'objet d'une zone spéciale (zone du camping, art. 9 RPAC).
Pour justifier leur demande de modification de l'art. 8 RPAC, ils font valoir que leur entreprise et ce camping devraient bénéficier du même traitement.
L'art. 9 al. 1 RPAC dispose que "la zone du camping doit permettre l'exploitation dans de bonnes conditions du camping-caravaning existant tout en respectant les exigences de la protection de la rive et du site marécageux". Le plan d'affectation cantonal renvoie pour le reste à un plan partiel d'affectation communal, qui sera élaboré ensuite (art. 9 al. 2 et 3 RPAC), en réservant encore les conditions de la loi cantonale sur les campings et caravanings résidentiels (art. 9 al. 4 RPAC). En tant que telle, cette réglementation n'exclut pas, bien au contraire, l'application de l'<ref-law> dans la zone du camping; elle est donc comparable aux règles générales de l'art. 8 RPAC pour la zone du port et du chantier naval. C'est une autre question que d'évaluer, sous cet angle, le contenu effectif du plan partiel d'affectation prévu à l'art. 9 RPAC, compte tenu de la nature et des fonctions particulières d'un camping; or ce n'est pas l'objet de la présente contestation.
4.- Les recourants critiquent le classement de la partie nord-ouest de leur parcelle dans la zone des biotopes protégés, secteur des bas-marais. Ils présentent à ce sujet des griefs d'ordre formel et matériel. En premier lieu, ils prétendent que le bas-marais du "Gros Brasset (objet n° 1382 de l'inventaire des bas-marais d'importance nationale) aurait été délimité en violation des règles du droit fédéral garantissant le droit d'être entendu des intéressés, en l'occurrence l'art. 3 de l'ordonnance sur les bas-marais; ils se plaignent du refus du Tribunal administratif d'ordonner des mesures d'instruction - expertise, audition de témoins - pour évaluer la nature du sol; ils font enfin valoir que la partie nord de leur parcelle n'est pas caractérisée par la présence d'un marais, contrairement aux secteurs voisins.
a) Le "Gros Brasset" n'est pas un site maréca-geux - il se trouve précisément à l'intérieur du site des Grangettes -, mais un bas-marais d'importance nationale, pour lequel l'<ref-law> renvoie aux art. 18a, 18c et 18d LPN.
L'<ref-law> énonce les principes pour l'établissement de l'inventaire fédéral de ce genre de biotopes, l'ordonnance sur les bas-marais posant des règles plus détaillées pour la mise en oeuvre. Cette réglementation est, pour la procédure, comparable à celle applicable en matière de sites marécageux, notamment quant à la possibilité qui doit être donnée aux propriétaires fonciers et exploitants de donner leur avis au moment où les cantons fixent les limites précises des objets et délimitent les zones tampons (art. 3 al. 1 de l'ordonnance sur les bas-marais; cf. supra, consid. 2a). C'est là une des fonctions du plan d'affectation cantonal PAC 291. Comme cela a déjà été exposé (supra, consid. 2b), les garanties générales du droit d'être entendu sont satisfaites dans une telle procédure.
b) Le Tribunal administratif a considéré que la limite du bas-marais du "Gros Brasset", sur la carte jointe à l'inventaire fédéral, n'imposait pas nécessairement la solution retenue dans le plan d'affectation cantonal. Il est vrai qu'on peut hésiter sur le tracé exact de la frontière de ce biotope, la carte de l'inventaire fédéral étant à l'échelle 1:25000 tandis que le plan d'affectation cantonal est à l'échelle 1:5000. Cela étant, les cantons disposent d'un certain pouvoir d'appréciation pour fixer les limites précises des objets (art. 3 al. 1 de l'ordonnance sur les bas-marais). Le Tribunal administratif a considéré qu'il n'y avait pas eu d'abus de ce pouvoir d'appréciation dans le cas particulier, sur la base des constatations des fonctionnaires cantonaux chargés de la conservation de la nature (ils ont mis en évidence la présence de végétation typique d'un bas-marais). Ces spécialistes de l'administration cantonale, qui ont dû concourir à l'élaboration du plan litigieux, ont participé à l'inspection locale du Tribunal administratif, lequel comptait en outre en son sein un assesseur spécialisé.
Aussi les mesures d'instruction supplémentaires requises par les recourants - expertise, audition de témoins - ont-elles été rejetées en dernière instance cantonale.
Les recourants se plaignent de cette appréciation anticipée. Or, conformément à la jurisprudence relative au droit d'être entendu, il est possible à l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 3a p. 51; <ref-ruling> consid. 4a p. 55; <ref-ruling> consid. 4a p. 469; <ref-ruling> consid. 3b p. 383 et les arrêts cités). Dans les circonstances de l'espèce, les appréciations des fonctionnaires et assesseur spécialisés quant à la nature de la végétation présente dans le secteur litigieux - assez restreint au demeurant (environ 2'000 m2) -, pouvaient justifier le refus d'ordonner d'autres mesures d'instruction. Les recourants n'indiquent pas, au demeurant, quelles autres caractéristiques concrètes du terrain litigieux, si ce n'est la proximité par rapport à leurs hangars ou ateliers, auraient dû être considérées comme décisives.
Aussi leurs griefs d'ordre formel doivent-ils être rejetés.
Les faits constatés dans l'arrêt attaqué n'ont donc pas été établis au mépris de règles essentielles de procédure (cf. art. 105 al. 2 OJ).
c) Sur le fond, les recourants se bornent à qualifier d'inexactes les constatations relatives à l'extension, sur le nord de leur parcelle, du bas-marais du "Gros Brasset". Il est probable que d'autres portions de ce marais aient un autre aspect, et que la végétation y soit plus caractéristique.
Cela ne suffit pas à considérer comme manifestement inexactes les constatations du Tribunal administratif.
L'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage a du reste estimé que l'analyse du bas-marais par les autorités cantonales avait été très précise et qu'il n'avait aucun motif de mettre en doute sa délimitation. Aussi, dans ces conditions, le Tribunal fédéral n'a-t-il pas de raison de s'écarter de ces constatations (art. 105 al. 2 OJ en relation avec l'art. 104 let. b OJ). Le recours de droit administratif est donc mal fondé à ce propos.
Pour ces mêmes motifs, il n'y a pas lieu de procéder à une inspection locale à ce stade de la procédure, ni d'entendre des témoins, ni encore d'ordonner une expertise.
5.- Les recourants critiquent encore le classement d'une partie de leur parcelle dans le secteur de la "forêt tampon"; ils invoquent, sans autres détails ni arguments, la nature véritable des terrains contigus.
Le régime de la "forêt tampon" est en effet destiné à s'appliquer aux "groupements forestiers proches de l'état naturel en bordure des biotopes protégés" (art. 12 al. 1 let. a RPAC). Même si toute la surface de forêt ne touche pas le marais du "Gros Brasset", elle en est néanmoins très proche, l'extrémité sud de la parcelle se trouvant à 250 m de la limite de la zone des biotopes protégés. La création d'une zone-tampon - laquelle doit être "suffisante du point de vue écologique", conformément à l'art. 14 al. 2 let. d de l'ordonnance sur la protection de la nature et du paysage (OPN; RS 451. 1) - à pareille distance d'un biotope d'importance nationale est sans doute admissible (cf. , au sujet des zones-tampon, <ref-ruling> consid. 3 p. 21 ss). La nature forestière du terrain n'est en outre pas contestée. Aucun élément probant n'étant invoqué à l'encontre de la planification cantonale, le recours se révèle ici manifestement mal fondé.
6.- Il s'ensuit que le recours de droit administratif, en tous points mal fondé, doit être rejeté.
Les recourants, qui succombent, doivent payer un émolument judiciaire (art. 153 al. 1, 153a al. 1 et 156 al. 1 OJ). Les intimés, dont aucun n'a été représenté par un avocat, n'ont pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 et 2 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours de droit administratif.
2. Met à la charge des recourants un émolument judiciaire de 3'000 fr.
3. Communique le présent arrêt en copie au mandataire des recourants, à la Municipalité de Noville, à Pro Natura Vaud, au Tribunal administratif, au Département des infrastructures, au Département des institutions et des relations extérieures et au Département de la sécurité et de l'environnement du canton de Vaud (autorités intimées et intéressées), ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage.
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Lausanne, le 7 mars 2000
JIA/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président, Le Greffier,