A.- Der 1929 geborene A._ bezieht seit einigen Jahren zu seiner AHV-Altersrente eine Ergänzungsleistung.
Auf den 1. Oktober 1994 zog er von der bisher von ihm gemieteten Wohnung ins neu erstellte Einfamilienhaus (nachfolgend EFH) seiner Tochter und ihres Ehegatten um. Diesen Vorgang meldete er der Ausgleichskasse Basel-Landschaft und bezifferte dabei den von ihm neu zu bezahlenden Mietzins auf jährlich Fr. 9600.-, zuzüglich Fr. 1200.- Nebenkosten, worauf die Ausgleichskasse den Leistungsanspruch neu berechnete.
Mit Verfügung vom 26. September 1994 teilte die Ausgleichskasse dem Versicherten mit, dass sein Ergänzungsleistungsanspruch ab 1. Oktober 1994 auf Fr. 428.- monatlich herabgesetzt werde. Dabei hatte sie bei der Berechnung auf der Abzugsseite lediglich Fr. 3625.- als Jahresnettomietzins eingesetzt.
Auf eine entsprechende Beschwerde hin hob das Versicherungsgericht des Kantons Basel-Landschaft die Verfügung vom 26. September 1994 auf und wies die Angelegenheit an die Verwaltung zurück, damit diese nach weiteren Abklärungen über den Leistungsanspruch neu verfüge (Entscheid vom 10. September 1997).
In der Folge zog die Ausgleichskasse Erkundigungen über die konkrete Wohnsituation des zwischenzeitlich verheirateten A._ ein (Bericht vom 2. April 1998). Gestützt darauf hielt sie mit Verfügung vom 6. April 1998 an ihrer ursprünglichen Auffassung fest.
B.- Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Basel-Landschaft mit Entscheid vom 25. August 1999 gut und verpflichtete die Ausgleichskasse, A._ ab 1. Oktober 1994 Ergänzungsleistungen auf der Basis eines voll abzugsfähigen Mietzinses von Fr. 9600.- im Jahr zu bezahlen; gleichzeitig sei der Pauschalabzug für die Mietnebenkosten von jährlich Fr. 600.- infolge Heirat per 1. Mai 1995 auf Fr. 800.- zu erhöhen.
C.- Die Ausgleichskasse führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides.
Der Versicherte lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die bis zum 31. Dezember 1997 gültig gewesenen gesetzlichen Bestimmungen über die bei der Berechnung der Höhe der jährlichen Ergänzungsleistung als Abzug zugelassenen Mietzinskosten, inkl. der Nebenkosten, zutreffend dargelegt (Art. 4 Abs. 1 lit. b und c aELG in Verbindung mit § 2 kantonales Ergänzungsleistungsgesetz zur AHV und IV vom 15. Februar 1973). Darauf ist zu verweisen.
Ergänzend sind die mit der 3. EL-Revision am 1. Januar 1998 in Kraft getretenen, von der Vorinstanz in ihren Erwägungen unberücksichtigt gelassenen Änderungen zu erwähnen.
Danach müssen die Mietzinsausgaben von den Kantonen nunmehr zwingend berücksichtigt werden (Art. 3b Abs. 1 lit. b ELG).
Sie behalten aber nach wie vor die Möglichkeit, den Betrag der Mietzinsausgaben bis zum gesetzlich vorgesehenen Höchstwert (nunmehr für Alleinstehende Fr. 12'000.-; für Ehepaare und Personen mit rentenberechtigten oder an der Rente beteiligten Kindern Fr. 13'800.-) festzulegen (Art. 5 Abs. 1 lit. b ELG). Neu wird sodann - von vorliegend nicht interessierenden zwei Ausnahmen abgesehen - vom Bruttomietzins ausgegangen, womit die Pauschale für Nebenkosten entfällt (Art. 3b Abs. 1 lit. b ELG). Endlich ist der Selbstbehalt nach Art. 4 Abs. 1 lit. b aELG weggefallen.
2.- Gemäss unbestritten gebliebener Feststellung der Vorinstanz besteht zwischen dem Beschwerdegegner und dem das EFH mitbewohnenden Eigentümer und Schwiegersohn ein Mietvertrag. Danach ist ein Mietzins von Fr. 800.- zuzüglich Nebenkostenanteil von Fr. 100.- im Monat geschuldet.
Dafür stellt der Vermieter gemäss in tatsächlicher Hinsicht überprüfter Wohnsituation durch die Ausgleichskasse (Bericht vom 2. April 1998) dem EL-Bezüger und seit Anfang Mai 1995 auch dessen Ehefrau in seinem Wohnhaus im Obergeschoss ein rund 13,4 m2 grosses, abschliessbares Wohn- und Schlafzimmer mit separatem Bad/WC und zur Mitbenutzung die im Parterre befindliche Küche und die Kellerräume (inkl.
Waschküche) zur Verfügung. Da ein Mitbenutzungsrecht der Küche nur dann Sinn macht, wenn im Haus auch die Möglichkeit besteht, das darin Zubereitete zu verspeisen, jedoch das Zimmer im Obergeschoss zwei Stockwerke von der Küche entfernt liegt und eine Grösse aufweist, die neben dem Schlafen und gelegentlichem Aufenthalt kaum eine weitergehende Nutzung zulässt, umgekehrt die Küche gemäss den dem Abklärungsbericht vom 2. April 1998 beigelegten Bauplänen offen in einem grossen Wohn- und Essraum steht, ist auf eine zusätzliche Mitbenutzung auch dieses Raumes durch den zur Familie des Hauseigentümers gehörenden EL-Bezüger und seine Ehegattin zu schliessen. Alles andere erscheint realitätsfremd.
3.- Streitig ist die Höhe des bei der EL-Berechnung zu berücksichtigenden Mietzinsabzuges. Die Vorinstanz betrachtet den vereinbarten Mietzins als voll anrechenbar, da er nicht nur unter dem gesetzlich zulässigen Maximalabzug liege, sondern auch nicht als missbräuchlich bezeichnet werden könne. Demgegenüber verlangt die Verwaltung, ungeachtet des tatsächlich vereinbarten Mietzinses vom Bundessteuermietwert der gesamten Liegenschaft von Fr. 18'125.- auszugehen und diesen sodann gleichmässig auf sämtliche in dieser Wohnung lebenden Personen zu verteilen, wobei für die EL-Berechnung nur der Mietzinsanteil des Beschwerdegegners (ab
1. Mai 1995 auch jener seiner Ehefrau) zu berücksichtigen sei.
a) Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht wiederholt entschieden hat, ist der Mietzinsabzug bei gemeinsam gemieteten Wohnungen auf Grund des effektiv bezahlten (Gesamt-)Mietzinses festzusetzen, wobei er in der Regel gleichmässig auf die Benützer der Wohnung aufzuteilen ist (<ref-ruling> Erw. 1; ZAK 1977 S. 543, 1974 S. 554; so nun seit 1. Januar 1998 ausdrücklich Art. 16c ELV). Damit soll die indirekte Mitfinanzierung des Mietanteils von Personen, welche keinen Anspruch auf Ergänzungsleistungen haben, durch solche Leistungen verhindert werden.
In Fällen, wo die an einer Wohn- oder Hausgemeinschaft Beteiligten wie hier in einer Liegenschaft wohnten, die im Eigentum eines Wohnpartners stand, erklärte das Eidgenössische Versicherungsgericht diese Regel verschiedentlich für analog anwendbar. Dabei sei vom Mietwert der Liegenschaft, wie er sich nach den Grundsätzen der Gesetzgebung über die direkte kantonale Steuer im Wohnsitzkanton, bei deren Fehlen nach denjenigen über die direkte Bundessteuer ergebe (Art. 12 ELV), auszugehen. Der für die Berechnung der Ergänzungsleistung massgebende Mietwert sei alsdann nach Massgabe der an der Wohn- bzw. Hausgemeinschaft Beteiligten anteilsmässig festzusetzen (nicht veröffentlichte Urteile B. vom 24. August 1993 [P 7/93], S. vom 9. September 1991 [P 8/91] und B. vom 12. Juli 1984 [P 32/83]). In den genannten Fällen hatten indessen die an der Gemeinschaft Beteiligten - soweit für das Gericht zu erkennen war - untereinander keinen Mietzins vereinbart.
Im nicht veröffentlichten Urteil L. vom 9. Juni 1994 (P 52/93) präzisierte das Eidgenössische Versicherungsgericht seine Rechtsprechung: Der nach steuerlichen Gesichtspunkten geschätzte Mietwert finde nur solange Anwendung, als zwischen dem EL-Bezüger und dem Hauseigentümer nicht ein Mietvertrag bestehe. Anderenfalls sei der vertraglich vereinbarte Mietzins massgebend, sofern dieser nicht als offensichtlich übersetzt erscheine (bestätigt im nicht veröffentlichten Urteil B. vom 5. Dezember 1997 [P 48/96]; vgl. auch Pra 1996 S. 972 Erw. 3). Damit werden in geeigneter Form Missbräuche in dem Sinne verhindert, dass der Existenzbedarf eines Wohnpartners durch Vereinbarung nicht marktkonformer Wohnkosten willkürlich erhöht wird, ohne dass dabei das Vorliegen eines Mietvertrages unbeachtet bliebe. Gründe, die ein Abweichen von dieser Praxis gebieten würden, sind keine ersichtlich.
b) Die Vorinstanz hat den zwischen Hauseigentümer und Beschwerdegegner vertraglich festgelegten und auch tatsächlich geleisteten Mietzins von monatlich Fr. 800.-, zuzüglich Fr. 100.- Nebenkostenbeitrag, als angemessen bezeichnet.
Wenngleich der vom kantonalen Gericht zur Begründung dieser Aussage herangezogene Vergleich mit dem mutmasslich zu leistenden Mietzins für eine 2-Zimmer-Wohnung nur bedingt aussagekräftig ist, da der Versicherte in einer Hausgemeinschaft lebt, so finden sich in den Akten keine Anhaltspunkte für das Vorliegen eines offensichtlich übersetzten, nicht marktkonformen Entgeltes. Ebenso wenig wird dies von der Ausgleichskasse substanziiert dargetan. Beachtet man zudem die vom Beschwerdegegner am 1. Juli 1996 in einem Schreiben an die Ausgleichskasse angerufene Fremdkapitalbelastung des EFH von Fr. 391'000.- sowie die monatlich zu leistenden Hypothekarzins- und Amortisationszahlungen von rund Fr. 2000.-, erscheint es als ausgeschlossen, dass die vereinbarte Nettomiete von Fr. 800.- monatlich wesentlich mehr als einen Drittel der effektiven Kosten des EFH ausmachen könnte, was dem Bruchteil entspricht, den der Beschwerdegegner zusammen mit seiner Ehefrau bezogen auf die Gesamtzahl der Hausbewohner ausmacht (Versicherter mit Ehefrau, Tochter, Schwiegersohn und zwei Grosskinder).
c) Da schliesslich die Mietzinsausgaben den gesetzlich vorgesehenen Höchstwert des zulässigen Mietzinsabzuges nicht erreichen (Art. 4 Abs. 1 lit. b aELG und Art. 5 Abs. 1 lit. b ELG, jeweils in Verbindung mit § 2 kantonales Ergänzungsleistungsgesetz zur AHV und IV), sind sie bei der EL-Berechnung in Übereinstimmung mit der Vorinstanz voll zu berücksichtigen. Dabei ist für die Zeit bis Ende 1997 der Nettomietzins von Fr. 800.- monatlich zuzüglich der Nebenkostenpauschale gemäss Art. 4 Abs. 1 lit. c aELG zu beachten (vom 1. Mai 1995 an den Ehegattentarif). Ab dem 1. Januar 1998 findet der Bruttomietzins von Fr. 900.- im Monat Anwendung (Art. 3b Abs. 1 lit. b ELG; vgl. Erw. 1 hievor).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird im Sinne der
Erwägungen abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die Ausgleichskasse Basel-Landschaft hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 698. 10 (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Basel-Landschaft und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 29. Dezember 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: