Faits:
A. X._ s'est présenté à la session de novembre 2010 organisée par la commission d'examens des avocats du canton de Genève (ci-après : la commission d'examens). Le 7 décembre 2010, cette dernière lui a signifié qu'il avait échoué: obtenant un total de 17.50 points, il n'atteignait pas la moyenne requise de 20.00. S'agissant de sa troisième tentative, cet échec était définitif. Une séance de correction collective était organisée le 17 décembre 2010.
X._ a recouru contre cette décision auprès de la chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) dans la cause A/88/2011. Il contestait aussi bien le résultat de l'examen écrit que celui des deux épreuves orales de la session de novembre 2010, dénonçant l'absence de motivation de la décision attaquée. Il soutenait également que la commission d'examens des avocats était irrégulièrement composée lorsqu'elle avait siégé en séance plénière le 7 décembre 2012. Il faisait encore valoir des problèmes de santé pour les sessions précédentes.
Le 28 février 2011, la commission d'examens a répondu au recours en concluant a son rejet. Elle a versé en cause, au cours de la procédure, le corrigé de l'épreuve écrite, repris pour l'essentiel dans sa réponse à la Cour de justice, et les corrigés succincts des épreuves orales. Ceux-ci reflétaient les éléments essentiels de réponse attendus et le système de notation des épreuves. Ils étaient établis avant les examens et constituaient un fil conducteur pour les examinateurs. Ces documents ont été transmis au recourant, qui s'est déterminé à leur sujet.
Par arrêt du 26 juillet 2011, la Cour de justice a admis le recours et annulé la décision attaquée. Elle a en effet considéré que la commission d'examens était irrégulièrement composée lors de la délibération sur l'examen final, du fait de l'absence des enseignants responsables des épreuves intermédiaires, lesquels ont une voix délibérative.
B. Invité à se déterminer sur la nouvelle décision à prendre, X._ a écrit à la commission d'examens le 30 septembre 2011. Il demandait la récusation de l'un des avocats membre de la commission. Ce dernier, qui défendait les intérêts de l'un des inculpés dans le cadre d'une procédure pénale tierce, avait demandé l'inculpation de M. X._ père, entendu dans le cadre de ladite procédure pénale, et se serait comporté à son égard de manière hostile et véhémente. Ces circonstances laissaient planer un doute sur son impartialité en sa qualité de membre de la commission d'examens. X._ reprenait, pour le surplus, ses précédents arguments en les développant.
La commission d'examens a rendu une nouvelle décision le 21 octobre 2011. Elle a maintenu les notes attribuées par décision du 7 décembre 2010. Mme A._ et M. B._, examinateurs de l'épreuve orale du 15 novembre 2010, n'étant plus membres de la commission d'examens, copie de leur détermination avait été communiquée à tous les membres siégeant lors de sa délibération du 4 octobre 2011. Aucun motif valable de récusation au sens de l'art. 12 de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA - E 5 10) n'existait à l'encontre de Me E._. Elle se référait, pour le reste et en tant que de besoin, à ses courriers des 28 février, 5 avril et 31 mai 2011. Après délibération, la commission d'examens a maintenu les notes attribuées et confirmé la décision d'échec à l'examen final du brevet d'avocat.
C. X._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de justice le 24 novembre 2011, en concluant principalement à son annulation. La Cour de justice a rejeté ce recours le 28 février 2012.
D. X._ forme un recours constitutionnel subsidiaire contre les arrêts du 26 juillet 2011 et du 28 février 2012 de la Cour de justice. Il conclut à leur annulation et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire. La Cour de justice a renoncé à formuler des observations sur le recours tandis que la commission d'examens des avocats s'est déterminée tardivement.

Considérant en droit:
1. 1.1 C'est à juste titre que le recourant forme un recours constitutionnel subsidiaire dans la mesure où la voie du recours en matière de droit public est fermée s'agissant des décisions sur le résultat d'examens (art. 83 lit. t LTF). Fondamentalement, la décision du 26 juillet 2011, de nature incidente, peut faire l'objet du recours constitutionnel subsidiaire conjointement avec la décision portée au fond le 28 février 2012 (art. 93 al. 3 et 117 LTF). Dans la mesure, toutefois, où les griefs soulevés dans la première procédure ont été réitérés dans la procédure ultérieure, la première décision n'a plus de portée propre. Le recours porté sur la première décision n'est donc pas susceptible d'influer sur le résultat de la seconde décision, si ce n'est pour le grief relatif au droit de M. B._ de participer à la commission d'examens. De ce point de vue, le recours portant sur cette première décision est donc recevable dans la mesure où la Cour de justice ne s'est pas à nouveau prononcée sur cette question dans sa décision du 28 février 2012. Le jugement du 26 juillet 2011 ne constituait pour le reste nullement une décision préjudicielle ou incidente relative à la seule question de la compétence, au sens de l'<ref-law> qui aurait contraint le recourant à saisir immédiatement le Tribunal fédéral sous peine de ne pouvoir l'attaquer ultérieurement, au sens de l'<ref-law>.
1.2 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral examine toutefois la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, seulement lorsque ce grief a été invoqué et motivé de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il statue sur la base des faits constatés dans la décision attaquée et ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si les faits ont été établis en violation des droits constitutionnels (<ref-law>). A cela s'ajoute qu'en matière d'examen, le Tribunal fédéral revoit l'application des dispositions cantonales régissant la procédure d'examen - pour autant que les griefs soulevés satisfassent aux exigences rappelées ci-dessus - sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 473 et les références; arrêts 2D_2/2012 du 19 avril 2012 consid. 3.1; 2D_14/2011 du 29 août 2011 consid. 1.3). Seuls les griefs de la recourante répondant à ces exigences seront examinés.
1.3 L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 117 et 90 LTF) rendue en dernière instance par un tribunal supérieur (art. 114, 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il y a lieu d'entrer en matière sur le recours, déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF), par le recourant qui a un intérêt juridique à l'annulation ou la modification de la décision attaquée (<ref-law>).
2. Le recourant forme plusieurs griefs fondés sur l'art. 29 al. 1 Cst., relatifs à la composition de la commission d'examens qui serait irrégulière.
2.1. Invoquant notamment l'art. 29 al. 1 Cst., le recourant se plaint de la violation du principe de la séparation des pouvoirs, ce dernier étant garanti par l'art. 130 Cst./GE. Selon lui, la Cour de justice ne pouvait valider la présence de M. B._ dans la commission d'examens, dès lors qu'il n'était pas titulaire du brevet d'avocat, sans contrevenir à ces normes constitutionnelles.
2.1.1 La session concernée s'étant déroulée en novembre 2010, le litige doit être tranché en application de la loi sur la profession d'avocat du 26 avril 2002 (aLPAv - E 6 10 - remplacée par la nouvelle loi du 7 décembre 2010, entrée en vigueur le 1er janvier 2011) et du règlement d'application de celle-là du 5 juin 2002 (aRPAv - E 6 10.01), remplacé à son tour par le nouveau règlement entré en vigueur le 1er janvier 2011 également. Le droit cantonal ainsi désigné par la Cour de justice ratione temporis n'est pas contesté par le recourant.
L'art. 32 de la loi sur la profession d'avocat du 26 avril 2002, a la teneur suivante:
"Art. 32 Examen de fin de stage
1 L'examen de fin de stage est subi devant une commission d'examens nommée par le Conseil d'Etat et comprenant des membres ou d'anciens membres du pouvoir judiciaire, des professeurs à la faculté de droit, des avocats ou d'anciens avocats. Il porte sur les connaissances théoriques et pratiques des candidats. En dérogation à l'article 8, alinéa 1, lettre a, de la loi sur les commissions officielles, du 18 septembre 2009, des magistrats du pouvoir judiciaire peuvent siéger au sein de la commission d'examens; en application de l'article 16, alinéa 1, in fine, de la loi sur les commissions officielles, du 18 septembre 2009, les magistrats du pouvoir judiciaire ne sont pas rémunérés, sauf pour la préparation et la correction des examens écrits.
2 La commission d'examens est également compétente pour faire passer l'épreuve d'aptitude ou l'entretien de vérification des compétences professionnelles des avocats des Etats membres de l'Union européenne ou de l'Association européenne de libre échange désirant être inscrits au registre cantonal.
3 L'organisation de la commission et les modalités d'examens sont fixées par le règlement d'application de la présente loi."
L'art. 17 du Règlement d'application de la loi sur la profession d'avocat du 5 juin 2002 (aRPAv) prévoit:
"Art. 17 Composition
1 La commission d'examens prévue à l'article 32 de la loi se compose de 20 membres titulaires et de 10 membres suppléants nommés tous les 4 ans par le Conseil d'Etat sur proposition du procureur général, du doyen de la faculté de droit, de l'Ordre des avocats et de l'Association des juristes progressistes. Le président de la commission d'examens est désigné par le Conseil d'Etat.
2 La moitié au moins des membres de la commission d'examens sont choisis parmi les avocats inscrits au registre cantonal genevois.
3 Les membres de la commission d'examens doivent satisfaire aux conditions des articles 12, alinéa 1, respectivement 14.
4 Le secrétariat de la commission d'examens est assuré par le département chargé de la justice."
L'art. 12 al. 1 RPAv a la teneur suivante:
"1 Sous réserve des articles 14 et 15, seul peut être maître de stage l'avocat titulaire du brevet, inscrit à un registre cantonal depuis 5 ans au moins, dont 3 à Genève, et pratiquant comme chef d'étude ou collaborateur."
L'art. 14 aRPAv précise:
"Art. 14 Stage en dehors d'une étude
Le stage prévu à l'article 29, alinéa 2, de la loi s'effectue sous la surveillance et la responsabilité d'une personne titulaire du brevet d'avocat depuis 5 ans au moins."
2.1.2 Contrairement à ce que pense le recourant, la Cour de justice a précisément respecté le principe de la séparation des pouvoirs et celui de la légalité en retenant que les art. 12 al. 1 et 14 aRPAv devaient être interprétés dans le cadre de la délégation prévue par l'art. 32 al. 3 aLPAv, qui prévoit que seules "l'organisation de la commission et les modalités d'examens sont fixées par le règlement d'application de la présente loi".
Selon le texte clair de la loi, cette commission doit comprendre "des membres ou d'anciens membres du pouvoir judiciaire, des professeurs à la faculté de droit, des avocats ou d'anciens avocats" (art. 32 al. 1 aLPav). Rien n'indique que les membres de chacune de ces catégories, ou de l'une d'elles, devrait remplir des conditions supplémentaires. Le règlement d'application de cette loi ne saurait dès lors être interprété en ce sens qu'il énonce des conditions supplémentaires inhérentes aux qualités que doivent revêtir les membres de la commission d'examens pour pouvoir y siéger. En effet, de telles conditions, qui ne relèveraient pas de la simple "organisation de la commission", outrepasseraient la compétence du Conseil d'Etat. La Cour de justice n'a donc pas violé la constitution. Le grief doit être rejeté.
2.2 Le recourant se plaint également du fait que ce n'est pas la commission d'examens ayant connu de sa prestation qui a siégé le 4 octobre 2011, les deux examinateurs de la seconde épreuve orale du 10 novembre 2010, MM. C._ et D._, n'en étant plus membres. Il conteste en cela l'application que l'autorité intimée fait du droit cantonal.
2.2.1 Les dispositions pertinentes de droit cantonal ont été exposées par la Cour de justice au considérant 5a de son arrêt du 28 février 2012 auquel on peut se référer. Ainsi, selon l'art. 32 al. 1 aLPAv, l'examen final du brevet d'avocat est subi devant une commission d'examens nommée par le Conseil d'Etat. L'organisation de la commission et les modalités d'examens sont fixées par le règlement d'application de ladite loi. Aux termes de l'art. 17 al. 1 aRLPav, la commission d'examens se compose de vingt membres titulaires et de dix membres suppléants nommés tous les quatre ans par le Conseil d'Etat. Elle siège valablement lorsque neuf membres au moins sont présents (art. 18 al. 1 aLPAv). Elle se réunit à huis clos (art. 18 al. 2 aLPav). Quand elle délibère sur le résultat de l'examen final, les enseignants responsables des épreuves intermédiaires assistent à sa séance et ont voix délibérative. Ils peuvent être remplacés par le second correcteur (art. 26 al. 6 aRPAv). Enfin, la commission se subdivise en sous-commissions de deux membres pour apprécier les épreuves orales de l'examen final et de trois membres pour en apprécier l'épreuve écrite. Il n'existe pas de disposition légale ou réglementaire imposant à la commission d'examen de statuer dans une composition ancienne, notamment lorsque l'admission du recours d'un candidat exige une nouvelle délibération. Si le règlement impose expressément la présence des enseignants responsables des épreuves intermédiaires à la délibération finale, il n'en va pas de même des examinateurs chargés d'entendre les candidats lors des examens oraux. En tant que membres de la commission d'examens (contrairement aux enseignants susmentionnés), ceux-ci sont régis par l'art. 18 al. 1er aLPAv, qui ne les désigne pas expressément comme devant faire partie du nombre minimum des neuf membres devant participer à la délibération.
2.2.2 Il est certain que les membres de la commission d'examens n'ayant pas participé à l'examen, doivent être en mesure de contrôler et de prendre position sur la note proposée. Les examens oraux ne laissant par définition pas de trace écrite de la part du candidat, l'absence des examinateurs au sein de la commission d'examens ne peut dès lors se justifier que si une appréciation écrite contenant les réponses du candidat ou un procès-verbal de l'examen sont tenus, qui peuvent permettre aux membres de la commission d'examens de trancher en connaissance de cause. Tel a été le cas en l'espèce, les deux examinateurs concernés ayant consigné ces éléments dans une détermination signée par M. B._ et détaillant les raisons de la note attribuée. Dans ces conditions, l'absence de Mme A._ et de M. B._ à la délibération du 4 octobre 2011 n'était pas contraire à l'art. 29 al. 1 Cst. Le grief est donc rejeté.
2.3 Le recourant estime qu'en ne sanctionnant pas la composition irrégulière de la commission d'examens, au regard de l'apparence de prévention de Me E._ à son égard, la Cour de justice aurait violé l'art. 29 al. 1 Cst.
2.3.1 L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement. Selon la jurisprudence, ce droit permet notamment d'exiger la récusation des membres d'une autorité administrative dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur leur indépendance ou leur impartialité; il tend à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire ne puissent influencer une décision en faveur ou au détriment de la personne concernée. La récusation peut s'imposer même si une prévention effective du membre de l'autorité visée n'est pas établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale. Cependant, seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles d'une des personnes impliquées ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 6; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 25 et les arrêts cités). Une autorité, ou l'un de ses membres a le devoir de se récuser lorsqu'elle dispose d'un intérêt personnel dans l'affaire à traiter, qu'elle manifeste expressément son antipathie envers l'une des parties à la procédure ou s'est forgé une opinion inébranlable avant même d'avoir pris connaissance de tous les faits pertinents de la cause (cf. arrêt 1C_455/2010 du 7 janvier 2011 consid. 2.2 et les arrêts cités).
2.3.2 En l'espèce, le recourant se prévaut du comportement - nullement établi d'ailleurs - que l'expert E._ aurait adopté à l'égard de son père dans le cadre d'une procédure judiciaire alors qu'il aurait, en qualité d'avocat d'une partie, requis l'inculpation de ce dernier. Ces faits ne concernent pas le recourant et il n'existe aucune circonstance particulière susceptible, au-delà des pures impressions du recourant, de fonder une obligation de récusation. Le grief est donc rejeté.
3. Le recourant formule ensuite une série de griefs liés au droit d'être entendu protégé par l'art. 29 al. 2 Cst.
3. Le recourant formule ensuite une série de griefs liés au droit d'être entendu protégé par l'art. 29 al. 2 Cst.
3.1 3.1.1 Selon la jurisprudence, commet un déni de justice formel et viole l'art. 29 al. 1 Cst. l'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis dans les formes et délai légaux, alors qu'elle était compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 232; <ref-ruling> consid. 3a p. 117; arrêt 1C_317/2009 du 15 janvier 2010 consid. 3.1). Le droit d'être entendu comprend notamment l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Celle-ci n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter aux questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236).
3.1.2 Le droit d'être entendu comprend également pour l'intéressé celui d'offrir des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 494). Le droit de faire administrer des preuves n'empêche cependant pas le juge de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes et de procéder à une appréciation anticipée de ces dernières, en particulier s'il acquiert la certitude que celles-ci ne l'amèneront pas à modifier son opinion ou si le fait à établir résulte déjà des constatations ressortant du dossier (<ref-ruling> consid. 5.3).
3.1.3 Dans la mesure où les déterminations de l'instance précédente ou de la partie adverse contiennent de nouveaux éléments qui sont admissibles au plan procédural et matériellement susceptibles d'influer sur le jugement à rendre, un droit à la réplique, au sens étroit, découle directement de l'art. 29 al. 2 Cst. Ce droit à la réplique s'applique à toutes les procédures judiciaires et administratives. Il doit être distingué du droit de connaître les prises de position déposées par les autres participants à la procédure devant un tribunal et de se prononcer sur celle-ci, qui ne dépend quant à lui pas de la pertinence de l'allégation pour la décision à rendre. Cette jurisprudence constante trouve son fondement dans le principe du fair trial découlant des garanties procédurales des art. 6 § 1 CEDH et 29 al. 1 Cst., non seulement applicables aux causes civiles et pénales stricto sensu, mais également aux procédures judiciaires relevant du droit administratif ou des assurances sociales (<ref-ruling>00 consid. 4.5 s. p. 103 s.; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 197, et les références citées). Ce droit à connaître des prises de positions et de se prononcer sur ces dernières ne s'applique en revanche pas aux procédures devant d'autres autorités (arrêt 2C_943/2011 du 12 avril 2012 consid. 2.5 publication aux ATF prévue). Dans un tel cas, l'autorité peut s'abstenir de transmettre des documents qui ont le même contenu matériel que ceux déjà versés dans la cause.
3.1.4 La violation du droit d'être entendu est enfin réparée lorsque le recourant a eu la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'une pleine cognition, revoyant librement toutes les questions qui auraient pu être soumises à l'autorité inférieure si celle-ci avait normalement entendu la partie ( cf. <ref-ruling> consid. 4b p. 120 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 95).
3.2 Le recourant estime que la Cour de justice a commis un déni de justice en ne se déterminant pas sur l'absence de M. D._, lors de la délibération de la commission d'examens du 4 octobre 2011. Le recourant considère en effet que les examinateurs de la seconde épreuve orale du 10 novembre 2010 auraient dus tous deux être présents à cette séance. De même, la Cour cantonale aurait dû, selon le recourant, se saisir du grief relatif à l'absence de motivation au sujet de la récusation de Me E._.
3.2.1 La Cour de justice s'est longuement déterminée sur les griefs relatifs à la composition de la commission d'examens en lien avec Mme A._ et M. B._. Elle a notamment considéré que les dispositions cantonales n'imposent pas la présence des examinateurs chargés d'entendre les candidats lors des examens oraux, pourvu que les membres de la commission d'examens n'ayant pas participé à l'examen puissent contrôler et prendre position sur la note proposée. En l'espèce, cette condition a été réalisée avec l'audition de l'un des deux examinateurs, M. C._. La problématique étant sensiblement la même que celle relative à l'absence de Mme A._ et M. B._, le recourant pouvait implicitement en déduire que ce grief était rejeté s'agissant de M. D._, de sorte qu'on ne saurait retenir une violation de son droit d'être entendu sur ce point.
3.2.2 Les art. 67 et 69 de la loi cantonale sur la procédure administrative (LPA; RS/GE E 5 10) prévoient un effet dévolutif complet du recours ainsi qu'un libre pouvoir d'examen. La Cour cantonale s'est prononcée sur la récusation de Me E._, de sorte que le grief relatif à l'absence de motivation de la décision du 21 octobre 2011 au sujet de sa récusation doit être rejeté.
3.3 Le recourant estime que la délibération finale ne fait pas l'objet d'une décision motivée de la commission d'examens, violant l'obligation de motiver imposée par l'art. 29 al. 2 Cst.; en outre, en se bornant d'affirmer que le recourant avait pu comprendre les raisons de son échec en participant à la séance de correction collective, la Cour de justice aurait également violé son obligation de motiver.
D'une manière générale, à moins qu'un règlement ne contienne des dispositions spécifiques concernant la notification des décisions sur les résultats d'examen, celles-ci sont communiquées aux candidats sans indication des motifs, ni des voies de recours (cf. arrêt 2D_55/2010 du 1er mars 2011 consid. 2.2). Les dispositions sur la réglementation de la profession d'avocat ne contiennent rien en ce sens, et la LPA précise qu'elle ne s'applique pas aux procédures dans les examens professionnels (art. 2 let. e LPA). Aucune violation du droit d'être entendu ne peut être reprochée de ce chef.
Même à supposer qu'une telle violation ait été avérée, elle devrait de toute façon être considérée comme guérie, dès lors que le recourant a eu connaissance, pendant la procédure devant la Cour de Justice, du corrigé de l'épreuve écrite et des corrigés succincts des épreuves orales et a pu présenter tous ses arguments devant cette autorité judiciaire. Il ne saurait donc se prévaloir d'une violation de l'obligation de motivation de la commission d'examens. Le même principe prévaut pour l'arrêt rendu par la Cour de justice. L'argument du recourant ne saurait donc être suivi.
3.4 Le recourant estime que son droit à la réplique a été violé devant la commission d'examens, dès lors que cette dernière ne lui aurait pas transmis la détermination écrite de Mme A._ et de M. B._ au sujet de son épreuve orale du 15 novembre 2010 avant de statuer.
Dans sa décision du 21 octobre 2011, la commission d'examens indique: "Madame A._ et Monsieur B._ ne sont plus membres de la Commission d'examens. Toutefois, ils se sont déterminés par écrit, sous la plume de Monsieur B._, sur l'appréciation de votre épreuve orale du 15 novembre 2010 et copie de ladite détermination a été communiquée à toutes les personnes ayant siégé le 4 octobre 2011". Cette détermination écrite a été reprise mot pour mot par la commission d'examens dans son écriture du 28 février 2011, au cours de la procédure de recours A/88/2011. Le recourant en connaissait ainsi la teneur et a eu l'occasion de s'exprimer à ce sujet, tant dans le cadre de la procédure de recours A/88/2011 que dans ses observations du 30 septembre 2011.
Pour le reste, en matière d'examens, la jurisprudence admet que la non-remise de documents internes, comme les grilles de corrections, l'échelle des notes ou les notes personnelles des examinateurs lors des examens oraux, ne viole pas le droit d'être entendu des candidats, à condition qu'ils aient été en mesure de comprendre l'évaluation faite de leur travail (arrêts 2D_71/201 du 11 juin 2012, consid. 2.1; 2D_55/2010 du 1er mars 2011, consid. 4; 2D_77/2009 du 26 avril 2010, consid. 2.2 et 1P.742/1999 du 15 février 2000 consid. 4). Cette pratique est au surplus conforme à l'art. 6 par. 1 CEDH. Le grief doit donc être rejeté.
3.5 Le recourant allègue une violation de son droit à la preuve, dans la mesure où la Cour de justice "n'a pas invité la commission à confirmer - ou infirmer - les allégations du recourant (nombre de candidats ayant obtenu le brevet d'avocat à l'issue de la session était passé de 30 à plus de 40 après la délibération du plenum de la commission)". Il voit une autre violation du droit d'être entendu et de l'obligation de motiver dans le fait que les raisons ayant conduit la commission d'examens à délivrer le brevet à plus de quarante candidats alors qu'ils n'étaient dans un premier temps que trente à remplir les conditions d'octroi ne ressortent ni du jugement ni des décisions de première instance.
C'est ignorer que les motifs en question ne sont pas pertinents pour juger du sort de sa cause; il ne s'agissait en effet nullement d'un concours qualifiant des candidats selon leur plus ou moins bonne aptitude à appréhender les examens, ou d'une épreuve limitée par un numerus clausus dans lesquels toute admission d'un candidat se ferait au détriment d'un autre, mais d'un examen professionnel par lequel il s'agit de vérifier que chaque candidat possède les capacités adéquates à l'exercice de sa profession (<ref-ruling> consid. 2c p. 228; arrêt 2D_2/2012 du 19 avril 2012 consid. 2.1). Le sort des autres candidats importe peu pour l'issue du litige, à moins que l'intéressé n'ait l'intention de se plaindre d'une inégalité de traitement, ce qui n'est pas le cas en l'espèce. L'obligation de motiver n'imposait donc pas à l'autorité de se déterminer expressément sur un tel grief, lequel doit être rejeté. En l'espèce, c'est sans aucun arbitraire que la Cour de justice a renoncé à administrer un tel moyen de preuve dans la mesure où il ne portait nullement sur un fait pertinent concernant sa cause. Comme les autorités judiciaires font preuve d'une grande retenue en matière de résultats d'examens, et renoncent, même en matière juridique, à fonctionner comme une commission d'examens de deuxième instance, il suffisait à la Cour de justice, au terme de son analyse, de s'assurer que l'autorité compétente ne s'était pas laissée guider par des motifs sans rapport avec l'examen ou d'une autre manière manifestement insoutenables, de telle sorte que celui-ci apparaît arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 473; arrêt 2D_2/2012 du 19 avril 2012 consid. 3.1). Il n'est nullement allégué et démontré que le droit genevois contiendrait une exigence plus étendue en la matière. Le grief doit donc être rejeté.
4. Le recourant estime que, saisi du grief de récusation de Me E._, la Cour de justice a appliqué arbitrairement les art. 15 ss LPA par renvoi de l'art. 49 aLPAv, alors que l'art. 18 aLPAv prévoit expressément que ce sont les dispositions de la aLOJ en matière de récusation qui sont applicables. Il conclut en affirmant que ces dernières "sont beaucoup plus précises et larges que les dispositions de la LPA qui n'étaient du reste pas en vigueur au moment des faits litigieux".
4.1 Une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable. Pour qu'une décision soit annulée, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5).
4.2 En l'espèce, le recourant n'indique nullement de manière conforme aux exigences de motivation de l'<ref-law> en quoi la décision serait arbitraire dans son résultat. Il ne saurait être question d'affirmer simplement que des normes ignorées seraient "beaucoup plus précises et larges" que celles appliquées pour se conformer à l'exigence de motivation de l'<ref-law>. Le grief est donc irrecevable.
5. En tant que recevable, le recours se révèle ainsi entièrement mal fondé. Le recourant a certes déposé une demande d'assistance judiciaire, mais rendu attentif au fait qu'elle était insuffisamment motivée, il a réglé l'avance de frais sollicitée, laissant conclure à un retrait tacite de ladite demande. En tout état de cause, dans la mesure où le recours était d'emblée de cause dénué de chances de succès, le recourant n'aurait su bénéficier de l'assistance judiciaire (<ref-law>). Succombant, le recourant supporte les frais judiciaires (cf. <ref-law>). Aucun dépens n'est alloué (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Commission d'examens des avocats du canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section.
Lausanne, le 6 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz