Sachverhalt:
A.
Der Kanton Zürich plant als Staatsstrasse K 53.3 die Erstellung einer Hochleistungs-Strassenverbindung vom Anschluss Uster-Ost (km 40.100) bis zum Kreisel Betzholz (km 50.300). Damit soll eine ca. 10 km lange Lücke der kantonalen Autobahn K 53 (Zürcher Oberlandautobahn, ZOA) zwischen Brüttisellen und Rapperswil geschlossen und der heute bestehende Engpass auf der Ortsdurchfahrt Wetzikon beseitigt werden (Lückenschliessung Zürcher Oberlandautobahn).
1995 legte der Kantonsrat im Richtplan Verkehr eine behördenverbindliche Linienführung fest. Am 19. Dezember 2001 genehmigte der Regierungsrat das generelle Projekt.
B.
Die Planung der ZOA erfolgte in Zusammenarbeit mit den zuständigen Stellen des Bundes, namentlich dem Bundesamt für Strassen (ASTRA), damit das Vorhaben in das Nationalstrassennetz des Bundes übernommen und vom Bund finanziert werden kann. Hierfür bedarf es noch eines Beschlusses der Bundesversammlung (Art. 11 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 9. März 1960 über die Nationalstrassen, NSG; SR 725.11).
Mit Botschaft vom 18. Januar 2012 zur Anpassung des Bundesbeschlusses über das Nationalstrassennetz und zu deren Finanzierung hat der Bundesrat die Übernahme des Projekts Lückenschliessung Zürcher Oberlandautobahn beantragt (BBl 2012 745, insbes. Ziff. 1.4.2 S. 774 und Anhang 3 S. 807 f.). Das Verfahren soll sich nach dem vom Bundesrat vorgeschlagenen neuen <ref-law> (BBl 2012 789 ff. und 813) richten:
V. Übergang des Eigentums und Übernahme von Projekten bei Anpassung
des Nationalstrassennetzes
Art. 8a (neu)
1. [...]
2. [...]
3. Liegt für eine neu ins Nationalstrassennetz aufgenommene Strasse ein rechtskräftig bewilligtes kantonales Projekt vor, so entscheidet die Bundesversammlung, ob das Projekt vom Bund übernommen wird. Die kantonale Bewilligung gilt als Plangenehmigung im Sinne von Artikel 26. Die bis zum Zeitpunkt der Übernahme der Strecke ins Nationalstrassennetz aufgelaufenen Kosten des Projekts gehen zulasten der Kantone.
4. Bau-, Ausbau- und Unterhaltsvorhaben, die zum Zeitpunkt der Übernahme einer Strasse ins Nationalstrassennetz nicht abgeschlossen sind, sind von den Kantonen fertigzustellen und zu finanzieren.
5. [...]
Dies setzt voraus, dass das kantonale Ausführungsprojekt bei Inkraftsetzung des angepassten Netzbeschlusses in Rechtskraft erwachsen ist.
C.
Die projektierte Verkehrsanlage liegt im Bereich mehrerer Schutzobjekte des Moor-, Moorlandschafts- und Landschaftsschutzes:
- Die Hochmoore von nationaler Bedeutung Nr. 104 Ambitzgi/ Böhnlerriet und Nr. 105 Oberhöfler Riet (Anh. 1 der Verordnung vom 21. Januar 1991 über den Schutz der Hoch- und Übergangsmoore von nationaler Bedeutung [Hochmoorverordnung; SR 451.32]) sowie die Flachmoore von nationaler Bedeutung Nr. 57 Ambitzgi und Nr. 58 Wetziker Riet/Oberhöfler Riet/Schwändi/ Hiwiler Riet (Anh. 1 der Verordnung vom 7. September 1994 über den Schutz der Flachmoore von nationaler Bedeutung [Flachmoorverordnung; SR 451.33]) erstrecken sich an manchen Stellen bis in unmittelbare Nähe der geplanten Verkehrsanlage.
- Die Moorlandschaft von nationaler Bedeutung Nr. 106 Wetzikon/ Hinwil (Anh. 1 der Verordnung vom 1. Mai 1996 über den Schutz der Moorlandschaften von besonderer Schönheit und von nationaler Bedeutung [Moorlandschaftsverordnung; SR 451.35]) liegt nördlich des geplanten Tunnels Alt Hellberg. Sie reicht im Nordwesten nahe an den Halbanschluss Wetzikon-Ost und im Südosten an den Kreisel Betzholz heran. Der westlichste Abschnitt der Moorlandschaft (zwischen Allenberg und Alt Hellberg) soll von der Autobahn in einem Tunnel unterquert werden.
- Die Drumlinlandschaft Zürcher Oberland ist als Objekt Nr. 1401 im Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler (Anh. 1 der Verordnung vom 10. August 1977 über das Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler [VBLN, SR 451.11]) verzeichnet. Der Perimeter des BLN-Gebiets ragt lediglich im Bereich Schwändiriet und am Waldrand "Jungholz" über denjenigen der Moorlandschaft Nr. 106 hinaus. In diesem Bereich soll das BLN-Gebiet von der zum Halbanschluss Wetzikon-Ost gehörenden Brücke Schwändi überspannt werden, mit einem Brückenpfeiler innerhalb des BLN-Perimeters.
Im Zusammenhang mit der Projektierung der ZOA liessen die kantonalen Behörden zwei Rechtsgutachten zu Fragen des Moor- und Moorlandschaftsschutzes ausarbeiten: Dr. Peter M. Keller erstattete am 7. September 2000 ein Rechtsgutachten zur Linienführung im Bereich der Moorlandschaft Wetzikon/Hinwil (im Folgenden: Gutachten Keller). Prof. Dr. Bernhard Waldmann erstellte im Mai 2007 das Gutachten Rechtliche Beurteilung der Relevanz von Stickstoff-Depositionen in Mooren von nationaler Bedeutung (im Folgenden: Gutachten Waldmann).
D.
Das Ausführungsprojekt wurde in den betroffenen Gemeinden vom 7. November bis 7. Dezember 2005 öffentlich aufgelegt; dagegen gingen 177 Einsprachen ein.
Nachdem die Koordinationsstelle für Umweltschutz (KofU) in ihrem Bericht vom 4. August 2006 zum Ergebnis gekommen war, dass einzelne Streckenabschnitte mit den bundesrechtlichen Vorschriften des Moorschutzes im Widerspruch stehen, wurden drei Projektänderungen beschlossen. U.a. wurde die Brücke Schwändi modifiziert und im Bereich des Portals Hellberg eine Tunnelluft-Absauganlage vorgesehen, um die Stickstoffdepositionen in den angrenzenden Moorflächen zu reduzieren. Gegen die Projektänderungen gingen 23 weitere Einsprachen ein.
Mit Beschluss vom 5. März 2008 setzte der Regierungsrat des Kantons Zürich das bereinigte Ausführungsprojekt gemäss den in den Akten liegenden Plänen und Unterlagen fest und entschied über die Einsprachen.
E.
Gegen den Beschluss des Regierungsrats erhoben mehrere Einsprecher Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses führte einen Augenschein durch. Am 1. Dezember 2010 wies es die Beschwerden im Wesentlichen ab.
F.
Dagegen haben der Schweizer Vogelschutz SVS/BirdLife Schweiz sowie dessen Zürcher Sektion (ZVS/BirdLife Zürich) (Verfahren 1C_71/2011), A._ (Verfahren 1C_73/2011) sowie B._ und die D._AG (Verfahren 1C_77/2011) am 14. Februar 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben.
F.a. Der SVS/BirdLife Schweiz und ZVS/BirdLife Zürich (Beschwerdeführer 1) beantragen, der Entscheid der Vorinstanz und die Projektfestsetzung gemäss Dispositiv-Ziff. 1 des angefochtenen RRB Nr. 369/2008 seien aufzuheben und die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens an die Vorinstanz oder an den Regierungsrat zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht beantragen sie, das Bundesgericht möge den Entscheid in Fünferbesetzung treffen.
F.b. A._ (Beschwerdeführerin 2) beantragt, der angefochtene Entscheid sei insoweit aufzuheben, als das Verwaltungsgericht die Genehmigung des Strassenprojekts durch den Regierungsrat im Bereich des Abschnitts Tunnel Brüschweid/Hellberg bis Kreisel Betzholz aus dem Los 2 bestätigt hat.
Eventualiter seien die folgenden Auflagen verbindlich in das Projekt aufzunehmen:
a. Im Bereich der Grundstücke der Beschwerdeführerin sei das Projekt der Massnahmestufe C gemäss Baulärm-Richtlinien vom 15. Dezember 1986, aktualisiert am 24. März 2006, zuzuweisen und seien besondere Lärmschutzmassnahmen einzurichten; subeventualiter sei das Verfahren zur Ergänzung der UVB zurückzuweisen.
b. Es sei verbindlich anzuordnen, dass das Wohngebäude gegen Erschütterungen zu schützen und die dannzumal bekannte schonendste Baumethode bzw. -verfahren anzuwenden sei. An den bestehenden Gebäuden Kat.-Nr. 05 (Grundbuch Gossau) sei vor Baubeginn ein Rissprotokoll zu erstellen und während der Bauphase eine periodische Prüfung durch einen neutralen Experten vorzunehmen.
F.c. B._ und die D._AG (Beschwerdeführer 3) schliessen auf Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids; der angefochtene Regierungsratsbeschluss Nr. 359 vom 5. März 2008 sei aufzuheben, soweit damit der Abschnitt Wetzikon-West (exkl.) bis Betzholz (Los 2) des Strassenprojekts genehmigt werde. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
G.
Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich beantragt namens des Regierungsrats, alle drei Beschwerden seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Das Verwaltungsgericht hat sich nur zu den Eventualanträgen von A._ geäussert und im Übrigen auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seinen Vernehmlassungen zum Ergebnis, dass das Projekt grundsätzlich mit Bundesumwelt- und -naturschutzrecht vereinbar sei. Der im Gebiet Bönler vorgesehene Tagbauabschnitt (ca. 400 m) stelle jedoch einen unzulässigen Eingriff in die Moorlandschaft dar; auch in diesem Bereich müsse der Tunnelbau bergmännisch vorgenommen werden.
In ihren Repliken halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.
H. Am 25. April 2012 führte das Bundesgericht einen Augenschein durch.
I. Mit Verfügung vom 6. Juli 2011 wurden die Anträge der Beschwerdeführer 1 und 2 um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Da sich alle Beschwerden gegen das Projekt der ZOA im Bereich Wetzikon-Ost bis Betzholz richten und z.T. übereinstimmende Rügen enthalten, rechtfertigt es sich, die Beschwerdeverfahren zu vereinigen.
2.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts über ein kantonales Strassenprojekt steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>).
2.1. Die privaten Beschwerdeführer sind Eigentümer von Liegenschaften, die durch das angefochtene Strassenprojekt (dauernd oder zumindest vorübergehend in der Bauphase) in Anspruch genommen werden; sie sind daher grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
Allerdings wendet der Kanton ein, dass die Beschwerdeführer 3 vor Bundesgericht nur noch die Aufhebung des Abschnitts Wetzikon-West (exkl.) bis Betzholz (Los 2) und nicht mehr des gesamten Projekts beantragen. Die Gutheissung dieses Antrags würde zu einer Verschiebung des Halbanschlusses Wetzikon-Ost nach Nordwesten führen, was die Beschwerdeführer 3 noch stärker belasten würde als das jetzige Projekt.
Würde die Linienführung im beantragten Umfang aufgehoben, wäre es Sache des Kantons, das Projekt zu überarbeiten. Neben einer Verschiebung des Halbanschlusses Wetzikon-Ost in nordwestliche Richtung fiele auch ein Verzicht auf diesen Halbanschluss oder eine veränderte Linienführung der gesamten ZOA (auch in ihrem unangefochtenen Teil) in Betracht. Sollte ein allfälliges neues Projekt die Beschwerdeführer 3 erneut (oder sogar noch stärker) belasten, könnten sie wiederum Einsprache und Rechtsmittel erheben. Insofern haben sie ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids.
2.2. Der SVS/BirdLife Schweiz ist als beschwerdeberechtigte Organisation in der Verordnung vom 27. Juni 1990 über die Bezeichnung der im Bereich des Umweltschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes beschwerdeberechtigten Organisationen (VBO; SR 814.076) aufgeführt (Nr. 4 des Anhangs zur VBO). Er ist daher zur Beschwerde gegen das UVP-pflichtige Strassenbauvorhaben gemäss Art. 55 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814.01) befugt. Zudem kann er sich auf Art. 12 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) stützen, soweit er geltend macht, das angefochtene Projekt verletze die bundesrechtlichen Bestimmungen über den Schutz von Moorlandschaften von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung (<ref-ruling> E. 2e S. 15 f.; Urteil 1A.28/1995 vom 14. März 1996, in <ref-ruling> nicht publ. E. 1b).
Ist daher auf die Beschwerde des SVS/Birdlife Schweiz (vertreten durch den ZVS/Birdlife Zürich) einzutreten, kann offenbleiben, ob die kantonale Unterorganisation ZVS/Birdlife Zürich auch im eigenen Namen Beschwerde ans Bundesgericht führen kann.
3.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht (mit Ausnahme der Grundrechte) von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist daher nicht an die Begründung der Parteien gebunden, sondern kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den Entscheid mit einer Begründung bestätigen, die von jener der Vorinstanz abweicht (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweis). Es ist dagegen an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG).
3.1. Alle Beschwerdeführer sind der Auffassung, dass für das Ausführungsprojekt zwingend ein Gutachten der Eidgenössischen Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) hätte eingeholt werden müssen (vgl. dazu unten, E. 4). Die Beschwerdeführer 2 und 3 erheben weitere Verfahrensrügen: Sie beanstanden die Festsetzung des Strassenprojekts im kantonalen Verfahren, obwohl es als Nationalstrasse durch den Bund realisiert werden solle. Die Beschwerdeführerin 2 kritisiert insbesondere die fehlende Koordination des Strassenprojektierungs- mit dem Enteignungsverfahren; dies widerspreche dem Koordinationsgebot (Art. 25a RPG) und der Rechtsweggarantie (<ref-law>).
3.2. Materiell rügen alle Beschwerdeführer die Festlegung des Perimeters der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung Nr. 106 Wetzikon/ Hinwil durch den Bundesrat (vgl. unten, E. 5) : Der ursprünglich vorgesehene Perimeter sei auf Intervention des Regierungsrats Zürich einzig im Hinblick auf die Realisierung der ZOA verkleinert worden, was unzulässig sei. Bei korrekter Inventarisierung würden die oberirdischen Abschnitte der ZOA von Hellberg bis Betzholz sowie im Bereich Allenberg und Schwändi in die Moorlandschaft von nationaler Bedeutung zu liegen kommen.
Die Beschwerdeführer 3 machen geltend, selbst unter Beibehaltung der vom Bundesrat festgelegten Perimetergrenze werde die Moorlandschaft von nationaler Bedeutung und das BLN-Objekt in unzulässiger Weise beeinträchtigt: Einerseits durch die Untertunnelung der Landschaft und die hierzu erforderlichen Transportpisten, andererseits durch die in unmittelbarer Nähe zur Moor- und Drumlinlandschaft verlaufenden oberirdischen Streckenteile, welche die angrenzende Landschaft visuell störten. Zudem rügen sie eine unzulässige Beeinträchtigung der Hoch- und Flachmoore von nationaler Bedeutung durch die Stickstoffeinträge der ZOA und die Überschreitung der Immissionsgrenzwerte der Luftreinhalte-Verordnung vom 16. Dezember 1985 (SR 814.318.142.1; LRV) an den Tunnelportalen.
4.
Im Folgenden ist zunächst zu prüfen, ob ein Gutachten der ENHK eingeholt werden muss.
4.1. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, eine Begutachtung durch die ENHK wäre nach <ref-law> geboten, wenn die ZOA als Nationalstrasse projektiert würde, weil der Bau einer Nationalstrasse als Erfüllung einer Bundesaufgabe gelte. Die Autobahn werde indessen nach kantonalem Recht als kantonale Verkehrsanlage projektiert; die Übernahme ins Nationalstrassennetz sei zwar vorgesehen, aber bis heute weder definitiv beschlossen noch vollzogen. Insofern fehle es an einer Bundesaufgabe, weshalb keine obligatorische Begutachtung nach <ref-law> vorzunehmen sei. Denkbar wäre hingegen eine freiwillige Begutachtung gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 25 Abs. 1 lit. e der Verordnung vom 16. Januar 1991 über den Natur- und Heimatschutz (NHV; SR 451.1); hierzu sei der Kanton jedoch nicht verpflichtet gewesen. Ob das Gutachten der ENHK eine Voraussetzung für die spätere Übernahme des Strassenprojekts ins Nationalstrassennetz darstelle, sei im vorliegenden Verfahren nicht zu entscheiden.
4.2. Die Beschwerdeführer rügen die Verletzung von <ref-law>, weil ein erheblicher Eingriff in ein BLN-Gebiet drohe; überdies sei die Begutachtung durch die ENHK von den kantonalen Fachstellen ausdrücklich verlangt worden. Ihres Erachtens liegt eine Bundesaufgabe schon deshalb vor, weil das Projekt voraussichtlich mit Bundesmitteln finanziert und als Nationalstrasse übernommen werden soll. Überdies seien mehrere Rodungsbewilligungen erforderlich, insbesondere in den Gebieten Schwändi und Hellberg. Auch der Schutz der Moore und Moorlandschaften von nationaler Bedeutung stelle eine Bundesaufgabe dar. Die Beschwerdeführer 3 schliesslich vertreten die Auffassung, eine Bundesaufgabe liege immer vor, wenn ein konkretes Projekt ausserhalb der Bauzone realisiert werde: Es dürfe keine Rolle spielen, ob dies im Wege der Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG geschehe (die unstreitig eine Bundesaufgabe darstelle) oder im Wege der Strassen- bzw. Sondernutzungsplanung.
4.3. Gemäss <ref-law> ist eine Begutachtung durch eine eidgenössische Kommission i.S.v. <ref-law> obligatorisch, wenn bei der Erfüllung einer Bundesaufgabe ein Objekt, das in einem Inventar des Bundes nach <ref-law> aufgeführt ist, erheblich beeinträchtigt werden kann oder sich in diesem Zusammenhang grundsätzliche Fragen stellen. In diesem Fall verfasst die Kommission zuhanden der Entscheidbehörde ein Gutachten, in dem sie angibt, ob das Objekt ungeschmälert zu erhalten oder wie es zu schonen ist.
4.3.1. Das BLN-Objekt Nr. 1401 ist ein Inventarobjekt gemäss <ref-law>.
Es kann insbesondere durch den Halbanschluss Wetzikon-Ost (samt Zubringerstrasse und Brücke Schwändi) beeinträchtigt werden, dessen Bauwerke z.T. knapp ausserhalb und z.T. sogar innerhalb des BLN-Perimeters liegen (Zubringerstrasse durch den Wald, Pfeiler der Brücke Schwändi). Der UVB und die kantonalen Fachstellen qualifizierten die Auswirkungen aus Sicht des Landschafts- und Naturschutzes in der Bau- und Betriebsphase als erheblich; das Amt für Landschaft und Natur, Fachstelle Naturschutz (ALN) und das Amt für Raumordnung und Vermessung, Abteilung Orts- und Regionalplanung (ARV) beantragten deshalb ausdrücklich eine Begutachtung durch die ENHK.
Im Abschnitt Hellberg-Betzholz liegt die ZOA zwar ausserhalb des BLN-Perimeters. Das ARV beurteilte jedoch den beabsichtigten, rund 7 m hohen Abluftkamin mit einem Durchmesser von 7 bis 8 m als grossen Eingriff in die geschützte Landschaft: Das Bauwerk liege auf einer Drumlinkrete und wirke weit in die umgebende Landschaft; die Beeinträchtigung sei als gross zu bezeichnen. Das ALN beantragte in diesem Abschnitt eine Begutachtung durch die ENHK wegen erheblicher Beeinträchtigung der (überwiegend im BLN-Perimeter befindlichen) Moorlebensräume: Es befürchtete negative Auswirkungen auf die Vegetation, namentlich durch erhöhte Nährstoffeinträge, als auch auf die Fauna durch Lärm, Licht sowie die Isolation bzw. Zerschneidung von Lebensräumen.
Es ist deshalb davon auszugehen, dass das Strassenprojekt zumindest in den Abschnitten Halbanschluss Wetzikon-Ost (einschliesslich Zubringerstrasse und Brücke Schwändi) und im Abschnitt Hellberg-Betzholz das BLN-Objekt Nr. 1401 erheblich beeinträchtigen kann oder sich in diesem Zusammenhang grundsätzliche Fragen stellen.
4.3.2. Da sich das BLN-Gebiet weitgehend mit demjenigen der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung Nr. 106 deckt, kann offenbleiben, ob auch diese ein Inventarobjekt i.S.v. Art. 5 und 7 NHG ist, wie die Beschwerdeführer 3 geltend machen (ablehnend JÖRG LEIMBACHER, NHG-Kommentar, Zürich 1997, N. 2 zu Art. 7 und N. 6 zu <ref-law>; ANDREAS SEITZ/WILLI ZIMMERMANN, Bundesgesetz über den Natur- und Heimatschutz NHG: Bundesgerichtliche Rechtsprechung 1997-2007, URP 2008 S. 124 f.).
4.4. Näher zu prüfen ist, ob eine Bundesaufgabe vorliegt.
Gemäss <ref-law> sind für den Natur- und Heimatschutz grundsätzlich die Kantone zuständig (vgl. allerdings Abs. 4 und 5 zum Biotopschutz und zum Schutz von Mooren und Moorlandschaften von nationaler Bedeutung). Der Bund nimmt bei der Erfüllung seiner Aufgaben Rücksicht auf die Anliegen des Natur- und Heimatschutzes und schont Landschaften, Ortsbilder, geschichtliche Stätten sowie Natur- und Kunstdenkmäler; er erhält sie ungeschmälert, wenn das öffentliche Interesse es gebietet (<ref-law>).
Was unter der Erfüllung einer Bundesaufgabe im Sinne von <ref-law> zu verstehen ist, führt <ref-law> in nicht abschliessender Weise aus: Dazu gehören insbesondere die Planung, Errichtung und Veränderung von Werken und Anlagen durch den Bund, seine Anstalten und Betriebe, wie z.B. Nationalstrassen (lit. a), die Erteilung von Konzessionen und Bewilligungen wie zum Bau und Betrieb von Verkehrsanlagen und Transportanstalten (mit Einschluss der Plangenehmigung) sowie Bewilligungen zur Vornahme von Rodungen (lit. b) sowie die Gewährung von Beiträgen an Planungen, Werke und Anlagen wie u.a. Verkehrsanlagen (lit. c). Entscheide kantonaler Behörden über Vorhaben, die voraussichtlich nur mit Beiträgen nach Absatz 1 Buchstabe c verwirklicht werden, sind der Erfüllung von Bundesaufgaben gleichgestellt (<ref-law>).
Nach ständiger Rechtsprechung kann eine Bundesaufgabe auch dann vorliegen, wenn eine kantonale Behörde eine bundesrechtliche Aufgabe wahrnimmt. Dies ist beispielsweise zu bejahen bei der Erteilung einer raumplanungsrechtlichen Ausnahmebewilligung (grundlegend <ref-ruling> E. 4b S. 75 ff.). Ausdrücklich in <ref-law> erwähnt ist die Erteilung einer Rodungsbewilligung: Muss für ein Projekt eine Rodung in einem koordinierten Verfahren bewilligt werden oder wird die Rodungsbewilligung gemäss <ref-law> verbindlich in Aussicht gestellt, liegt nach ständiger Rechtsprechung eine Bundesaufgabe vor (<ref-ruling> E. 3c/cc S. 197; <ref-ruling> E. 2c/aa S. 31). Auch der Biotopschutz gemäss <ref-law> ist eine den Kantonen übertragene Bundesaufgabe (<ref-ruling> E. 2.2. S. 223; <ref-ruling> E. 2b/bb S. 164 f.). Gleiches gilt für den Schutz von Mooren und Moorlandschaften von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung (BGE <ref-ruling> E. 2c/aa S. 31; <ref-ruling> E. 2e S. 15 f.).
4.4.1. Vorliegend liegt eine Bundesaufgabe vor, weil die ZOA voraussichtlich in das Nationalstrassennetz aufgenommen und deshalb mit Bundesmitteln finanziert werden soll (<ref-law>). Wie die Beschwerdeführer zutreffend darlegen, muss die Anhörung der ENHK in einem Verfahrensstadium erfolgen, in dem ihre Stellungnahme noch effektiv (z.B. durch Projektänderungen oder Auflagen) berücksichtigt werden kann (Urteil 1C_361/2008 vom 27. April 2009 E. 7.5, in: URP 2009 S. 877; Pra 2010 Nr. 26 S. 180). Würde sie erst zum Beschluss des Bundes um Übernahme des rechtskräftigen Ausführungsprojekts angehört, könnte dieses nicht mehr abgeändert, sondern höchstens noch die Übernahme abgelehnt werden.
4.4.2. Hinzu kommt, dass das Projekt auf Rodungsbewilligungen angewiesen ist, namentlich in den Gebieten Jungholz (Schwändi) und Betzholz. Überdies verläuft die Strecke z.T. (wenn auch unterirdisch) im Perimeter der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung Nr. 106 und kann erhebliche Auswirkungen auf die geschützten Hoch- und Flachmoore von nationaler Bedeutung haben (vgl. oben, E. 4.3.1).
4.5. Liegt somit eine Bundesaufgabe vor, hätte ein Gutachten zur Beeinträchtigung des BLN-Objekts Nr. 1401 zwingend eingeholt werden müssen.
Solange dieses Gutachten nicht vorliegt, kann das Bundesgericht diejenigen Rügen, welche die Beeinträchtigung des BLN-Objekts betreffen oder damit in engem Zusammenhang stehen, nicht beurteilen. Dies betrifft nicht nur die visuelle Beeinträchtigung des BLN-Gebiets durch den Halbanschluss Wetzikon-Ost samt Zubringer und Schwändi-Brücke und die Tunnelluftabsaugung Hellberg, sondern auch die Beeinträchtigung von Fauna und Flora des BLN-Gebiets und namentlich der sich darin befindlichen Moorgebiete durch Bau und Betrieb der ZOA.
Dagegen rechtfertigt es sich aus prozessökonomischen Gründen, diejenigen Fragen des Moorlandschaftsperimeters und -schutzes zu behandeln, die schon heute, unabhängig vom möglichen Ausgang einer ENHK-Begutachtung, beurteilt werden können und deren Beantwortung zwingend zur Aufhebung bzw. Änderung des angefochtenen Projekts führen könnte.
5.
Streitig ist vor allem die Abgrenzung des Perimeters der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung Nr. 106.
5.1. Die Beschwerdeführer sind der Auffassung, der Moorlandschaftsperimeter sei im Nordwesten, an der Grenze zu Wetzikon und Grüt (Schwändiriet, Waldrand "Jungholz" und Allenberg) sowie im Bereich Hellberg zu eng gefasst. Sie stützen sich auf den im Auftrag des Eidgenössischen Departements des Innern (EDI) und des Bundesamts für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) im Jahre 1991 erstellten Entwurf des Inventarblatts Nr. 106 Wetzikon/Hinwil. Dieser sei von Fachleuten ausgearbeitet worden und habe eine landschaftlich logische Abgrenzung vorgenommen. Der darin vorgeschlagene Perimeter sei 1993, bei Verhandlungen zwischen dem BUWAL und dem Zürcher Regierungsrat, einzig zur Ermöglichung der bereits geplanten ZOA reduziert worden. Dies sei unzulässig.
5.2. Das Verwaltungsgericht räumte ein, dass im Gebiet Schwändiriet, im Dreieck zwischen den Bahntrassees, eine widersprüchliche Situation bestehe, weil der Perimeter der Moorlandschaft dort weniger weit gehe als jener des Flachmoors von nationaler Bedeutung Nr. 58 Schwändi. Der Augenschein habe gezeigt, dass die heutige Grenze des Flachmoors in etwa dem Verlauf der moortypischen Vegetation entspreche. Dementsprechend müsse der Perimeter der Moorlandschaft mindestens bis zur Grenze des Flachmoors und typischerweise noch ein Stück darüber hinaus reichen. Dagegen könne das Dreieck zwischen dem Unterwerk der SBB und der Bahnstrecke Richtung Hinwil offensichtlich nicht mehr als Moorlandschaft gelten. Eine genauere Abgrenzung sei jedoch im vorliegenden Zusammenhang nicht erforderlich, da der Autobahnzubringer mit dem Viadukt nur über das Unterwerk und die angrenzende, zweifellos nicht als Moorlandschaft zu betrachtende, kleine Fläche, geführt werde.
Im südwestlich anschliessenden Abschnitt am Waldrand "Jungholz" hielt das Verwaltungsgericht die Begrenzung insofern für vertretbar, als hier an der Grenze zum Industriegebiet auch optisch nicht der Eindruck einer Moorlandschaft entstehe. Die von den Beschwerdeführern vertretene Grenzziehung entlang dem Waldrand möge zwar in vielen Fällen zweckmässig sein, sei jedoch nicht zwingend.
Das Verwaltungsgericht liess offen, ob es zulässig sei, den Hügel Allenberg aus der Moorlandschaft auszuschliessen. Jedenfalls aber sei es im Rahmen des dem Bundesrat zustehenden Ermessens vertretbar, die für die Verkehrsanlagen beim Halbanschluss Wetzikon-Ost (Tunnelportale, Verzweigungen, Kreisel) in Anspruch genommene Fläche nicht der Moorlandschaft zuzurechnen. Es handle sich um eine zwar unberührte, aber nicht in sich geschlossene Landschaft, die schon heute an das Industriegebiet stosse. Es erscheine nicht zwingend, dass die Begrenzung genau an der durch die heutige Zonenordnung bestimmten Linie erfolgen müsse.
Im Bereich Hellberg gelangte die Mehrheit des Verwaltungsgerichts zum Ergebnis, dass die vom Bundesrat vorgenommene Abgrenzung des Perimeters noch vertretbar und damit gesetzeskonform sei. Dagegen vertrat eine Minderheit des Verwaltungsgerichts die Auffassung, die von der Verordnung vorgenommene Abgrenzung sei schlechterdings nicht vertretbar: Das Flachmoor Chliriet und das dieses umgebende Gebiet zwischen dem Sennwald und dem Weiler Hellberg müssten als Teil der nordöstlich angrenzenden Moorlandschaft betrachtet werden.
5.3. Gemäss <ref-law> sind Moore und Moorlandschaften von besonderer Schönheit und gesamtschweizerischer Bedeutung geschützt. Die Verfassung definiert jedoch nicht, was unter einer Moorlandschaft zu verstehen ist. Anders als bei den Mooren ergibt sich dies auch nicht (oder zumindest nicht allein) aus naturwissenschaftlichen Kriterien.
Der Gesetzgeber hat in <ref-law> Kriterien für die Umschreibung der Moorlandschaften aufgenommen: Danach ist eine Moorlandschaft eine in besonderem Masse durch Moore geprägte, naturnahe Landschaft, deren moorfreier Teil zu den Mooren in enger ökologischer, visueller, kultureller oder geschichtlicher Beziehung steht (Abs. 1). Um von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung zu sein, muss die Moorlandschaft zudem in ihrer Art einmalig sein oder in einer Gruppe von vergleichbaren Moorlandschaften zu den wertvollsten gehören (Abs. 2). Der Bundesrat bezeichnet die schützenswerten Moorlandschaften von besonderer Schönheit und von nationaler Bedeutung unter Berücksichtigung der bestehenden Besiedlung und Nutzung und bestimmt ihre Lage. Er arbeitet dabei eng mit den Kantonen zusammen, welche ihrerseits die betroffenen Grundeigentümer anhören (Abs. 3).
5.4. Gestützt darauf hat der Bundesrat am 1. Mai 1996 die Moorlandschaftsverordnung erlassen. Die Moorlandschaften von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung werden in Anhang 1 aufgeführt und in Anhang 2 näher umschrieben (Art. 2 Abs. 1 Moorlandschaftsverordnung).
Das Bundesinventar der Moorlandschaften ist eine Verordnung des Bundesrats, die von den Gerichten akzessorisch auf ihre Verfassungs- und Gesetzeskonformität überprüft werden kann (<ref-ruling> E. 5a S. 190 mit Hinweisen). Allerdings verfügt der Bundesrat bei der Konkretisierung der unbestimmten Gesetzesbegriffe von <ref-law> über einen gewissen Beurteilungsspielraum: Wohl hat sich der Bundesrat an die gesetzlichen Kriterien zu halten; diese sind jedoch nicht so präzis gefasst, dass sie in jedem Einzelfall zu klaren und eindeutigen Ergebnissen führen. Dies gilt vor allem für die Abgrenzung des Perimeters am Rande einer Moorlandschaft: Die Frage, ob ein bestimmter Landschaftsteil noch eine hinreichend enge Beziehung zu den Mooren hat, lässt sich oft nicht eindeutig beantworten, so dass es mehrere mit dem Gesetz vereinbare, vertretbare Lösungen geben kann. Hat sich der Bundesrat im Einvernehmen mit dem betroffenen Kanton für eine - mit dem Gesetz vereinbare - Grenzziehung entschieden, ist diese Abgrenzung von den kantonalen Behörden und Gerichten zu respektieren. Sie dürfen die Grenzziehung nur korrigieren, wenn der Bundesrat seinen Beurteilungsspielraum überschritten oder missbraucht hat (<ref-ruling> E. 5a/bb S. 191 f. mit Hinweisen).
Der Beurteilungsspielraum darf aber nicht so weit gefasst werden, dass eine effektive gerichtliche Kontrolle nicht mehr möglich ist: Die Gerichte müssen und dürfen prüfen, ob der Bundesrat sich an die gesetzlichen Vorgaben in <ref-law> gehalten und seinen Beurteilungsspielraum dem Zweck des Gesetzes entsprechend, im Sinne des verfassungsrechtlichen Moorlandschaftsschutzes, ausgeübt hat. Sie dürften auch einschreiten, wenn der Bundesrat von einem falschen Sachverhalt ausgegangen ist. Dagegen dürfen sie nicht eine vertretbare Abgrenzung der Moorlandschaft durch eine andere ersetzen (<ref-ruling> E. 5a/cc S. 192).
5.5. Das Bundesgericht hat die streitigen Gebiete in Augenschein genommen. Dabei ist es zum Ergebnis gekommen, dass die vom Bundesrat vorgenommene Abgrenzung der Moorlandschaft bei Hellberg den Vorgaben von <ref-law> klarerweise nicht entspricht. Dies ist im Folgenden (E. 5.6) näher darzulegen.
Dagegen ist die Abgrenzung des Moorlandschaftsperimeters an der Grenze zum Industriegebiet Wetzikon-Ost heikel: Ursprünglich gehörten diese Gebiete sicher zu der durch den Wechsel von Drumlins und Mooren geprägten Moorlandschaft Wetzikon/Hinwil. Dafür spricht auch der Verlauf des (1977 festgelegten) BLN-Perimeters, der den gesamten Eisenbahnspickel sowie den Waldrand "Jungholz" einschliesst. Durch den Bau des Industriegebiets Wetzikon (mit Industriebauten, Zufahrtsstrasse und Parkplätzen unmittelbar an der Waldgrenze) und der Hochspannungsleitung mit Unterwerk wurde die Landschaft jedoch stark beeinträchtigt und die Moorvegetation z.T. beseitigt. Ob diese Gebiete dennoch aus ökologischen Gründen, als Lebensraum moortypischer und gefährdeter Arten, zwingend zur Moorlandschaft gehören, wie die Beschwerdeführer geltend machen, wird erst nach Vorliegen der Stellungnahme der ENHK abschliessend beurteilt werden können.
5.6. Im Gebiet Hellberg sah der Inventar-Entwurf vor, die Grenze der Moorlandschaft am Rand des Sennwalds und der Siedlung Hellberg zu ziehen; anschliessend folgte sie dem Flurweg bei Zil bis zum Waldrand "Langriemenholz". Damit befanden sich sämtliche Flachmoore von nationaler Bedeutung (Oberhöflerriet und Chliriet [letzteres wird auch als Hellbergriet bezeichnet]) innerhalb des Moorlandschaftsperimeters.
Auf Antrag des Kantons Zürich wurde der Moorlandschaftsperimeter zurückverlegt: Er folgt nunmehr (ausgehend vom Waldrand "Langriemenholz") dem Flurweg auf der Krete des Drumlins zwischen dem Oberhöflerriet (im Norden) und dem Chliriet (im Süden); an der Hinwilerstrasse überquert er die Bahnlinie und führt von dort aus in Richtung Betzholz.
Im Schreiben des BUWAL vom 4. November 1993 findet sich dazu folgende Ausführung:
"Die verlangte Änderung im Südteil der Moorlandschaft (Hellberg) ist eher bescheiden. Sie schliesst eine Landschaftskammer vom Kerngebiet der Moorlandschaft aus; beide gehören sicher insgesamt zur Moorlandschaft, sind jedoch durch einen Drumlin voneinander getrennt. Trotz des vorgeschlagenen Ausschlusses ist die nationale Bedeutung des restlichen Teils der Moorlandschaft immer noch gegeben, so dass wir der Änderung zustimmen können. [...]
Falls die Variante "Mitte + 9.93" nicht realisiert wird, ist der Kanton zur Diskussion über eine Wiederanpassung des Perimeters im Raum Hellberg bereit"
5.6.1. Der Gutachter Keller (S. 16 f.) hielt die im Inventar-Entwurf genannten Gründe (Einbezug des Flachmoors Chliriet, Rand des Sennwalds als Sichthorizont, herkömmliche landwirtschaftliche Nutzung und Bauweise ausserhalb der Siedlung Hellberg, Einbezug des unbewaldeten Drumlins Zil) für wichtig. Die Landschaftskammer bei Hellberg sei durch einen Drumlin sowie durch das gemeinsame hydrologische Einzugsgebiet der Moore Hellbergriet und Oberhöfler Riet mit dem geltenden Perimeter der Moorlandschaft verbunden. Es sei daher mehr als fraglich, ob dieser Bereich zu Recht aus dem Perimeter der Moorlandschaft ausgeklammert worden sei. Der Gutachter schlug vor, die Frage durch eine Fachperson des Moorlandschaftsschutzes vertieft beurteilen zu lassen.
5.6.2. Das Verwaltungsgericht erachtete die Ausführungen des Gutachters als zutreffend. Es hob hervor, dass die fragliche Landschaftskammer auch nach Auffassung des BUWAL im Prinzip zur Moorlandschaft gehöre. Dass der restliche Teil der Moorlandschaft auch mit dem reduzierten Perimeter noch von nationaler Bedeutung bleibe, sei kein zulässiges Abgrenzungskriterium; der von Verfassung und Gesetz gewährleistete integrale Schutz gelte für alle Teile einer Moorlandschaft und untersage nicht nur Beeinträchtigungen, die dazu führten, dass die Moorlandschaft geradezu ihre Schutzwürdigkeit verliere. Auch die am Ende des Schreibens vom 4. November 1993 enthaltene Feststellung, wonach der Kanton bereit sei, eine Wiederanpassung des Perimeters im Raum Hellberg zu diskutieren, falls die Autobahn nicht gemäss der vorgesehenen Variante realisiert werde, lasse erkennen, dass das fragliche Gebiet nach Auffassung des BUWAL zur schützenswerten Moorlandschaft gehöre und das Amt dem Verzicht auf die Unterschutzstellung nur mit Rücksicht auf den beabsichtigten Bau der Autobahn zugestimmt habe. Die Qualifikation eines Gebiets als Moorlandschaft dürfe jedoch nicht von einer Interessenabwägung abhängig gemacht werden, welche entgegenstehende Nutzungsinteressen mitberücksichtige. Die Interessen des Strassenbaus stellten daher kein zulässiges Kriterium für die Festlegung des Perimeters dar. Es handle sich beim fraglichen Bereich um eine praktisch intakte, nur zurückhaltend landwirtschaftlich genutzte Landschaft. Die bestehende Bahnlinie füge sich durch ihre niedrige Lage gut ins Landschaftsbild ein und trete kaum störend in Erscheinung. Die Geländekammer sei in sich geschlossen; durch den erhöht gelegenen Sennwald werde sie auch gegenüber dem Verkehrskreisel Betzholz (optisch wie auch bezüglich der Immissionen) abgeschirmt, und im Westen bildeten die Bauten des Weilers Hellberg einen passenden Abschluss.
Trotz der geäusserten Bedenken gelangte die Mehrheit des Verwaltungsgerichts zum Ergebnis, die vom Bundesrat vorgenommene Abgrenzung des Perimeters sei noch vertretbar und damit gesetzeskonform. Dagegen vertrat eine Minderheit des Verwaltungsgerichts in einem abweichenden Votum die Auffassung, die im Raum Hellberg vorgenommene Abgrenzung sei schlechterdings nicht vertretbar. Das Flachmoor bei Hellberg und das umgebende Gebiet zwischen dem Sennwald und dem Weiler Hellberg müssten vielmehr als Teil der nordöstlich angrenzenden Moorlandschaft betrachtet werden.
5.6.3. Die Beschwerdeführer folgen im Wesentlichen der Minderheitsmeinung des Verwaltungsgerichts. Die Mehrheitsmeinung räume dem Bundesrat zu Unrecht einen praktisch schrankenlosen Beurteilungsspielraum ein. Die Perimeterfestlegung habe sich einzig an dem geplanten Autobahnbau orientiert; andere sachliche Gründe für die Perimeterabgrenzung seien nicht ersichtlich.
5.6.4. Das BAFU und der Kanton Zürich sind der Auffassung, im Bereich Hellberg gebe es mehrere vertretbare Möglichkeiten der Abgrenzung der Moorlandschaft, weshalb nicht von einem Ermessensmissbrauch durch den Bundesrat gesprochen werden könne.
5.6.5. Wie der Augenschein des Bundesgerichts bestätigt hat, zerschneidet der vom Bundesrat festgelegte Perimeter das Flachmoor von nationaler Bedeutung Oberhöflerriet (an der Kreuzung Hinwilerstrasse/Bahnlinie) und schliesst das Chliriet - ein Flachmoorgebiet von nationaler Bedeutung und besonderer Schönheit - aus der Moorlandschaft aus. Abgesehen von den Interessen des Strassenbaus, die nicht berücksichtigt werden dürfen (<ref-ruling> E. 5b/aa S. 193), sind keine sachlichen Gründe für diesen Perimeterverlauf ersichtlich:
Zwischen dem Chliriet und dem Oberhöfleriet liegt ein Drumlin, der landwirtschaftlich genutzt wird und auf dem lediglich ein Feldweg verläuft. Dieser Hügel ist aber kein trennendes Element, sondern gerade Bestandteil der Moorlandschaft, die im Bereich Wetzikon/Hinwil durch den Wechsel von Drumlins (d.h. während der letzten Eiszeit abgelagerten, langgezogenen Moränenhügeln) und dazwischenliegenden streifenförmigen Mooren in den Senken charakterisiert wird. Das Moorbiotop Chliriet ist als Flachmoor von nationaler Bedeutung und besonderer Schönheit (Nr. 58) inventarisiert. Die das Chliriet umgebende Landschaft ist durch die landwirtschaftliche Nutzung geprägt und wird durch den Weiler Hellberg nicht beeinträchtigt. Die Hinwilerstrasse zerschneidet zwar das Oberhöflerriet im Bereich des Bahnübergangs und trennt das Chliriet von den vernässten Flächen am Sennwald, die früher ebenfalls zum Moorbiotop gehörten. Es handelt sich jedoch um eine Strasse von nur lokaler Bedeutung, die landschaftlich wenig in Erscheinung tritt. Gleiches gilt für die Bahnlinie; hierfür kann auf die Feststellungen des Verwaltungsgerichts verwiesen werden.
5.7. Nach dem Gesagten entspricht der Moorlandschaftsperimeter im Bereich Hellberg nicht den Vorgaben des Bundesgesetzes- und -verfassungsrechts und muss erweitert werden. Zwar verbleibt ein gewisses Ermessen des Bundesrats bei der genauen Abgrenzung der Moorlandschaft; diese muss jedoch mindestens das gesamte Oberhöflerriet und das Chliriet mitsamt dem dazwischen liegenden Drumlin umfassen.
Dies hat zur Folge, dass ein Teil des Tagbautunnels Brüschweid-Hellberg (samt der oberirdisch sichtbaren Tunnelluftabsaugung Hellberg), das Tunnelportal bei Hellberg mit den dafür vorgesehenen Aufschüttungen auf einer Länge von ca. 220 m und ein Teil der oberirdischen Strecke in Richtung Betzholz in die Moorlandschaft Nr. 106 zu liegen kommen.
6.
Im Folgenden ist zu prüfen, inwiefern der Schutz der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung dem projektierten Strassenbau zwingend entgegensteht. Dabei beschränkt sich die Prüfung auf die Abschnitte, die innerhalb der geschützten Moorlandschaft liegen.
Für die Abschnitte ausserhalb des Moorlandschaftsperimeters erscheint es sinnvoll, zunächst das Gutachten der ENHK abzuwarten, da sich die Frage, inwieweit sie negative Auswirkungen auf die geschützte Landschaft und ihre Fauna und Flora haben können, in gleicher Weise für das BLN-Gebiet stellt.
6.1. Die Parteien sind sich einig, dass zumindest oberirdische Autobahnstrecken und -anlagen (Tunnelportale, Aufschüttungen, Abluftkamine) innerhalb der geschützten Moorlandschaft nicht bewilligt werden können. Dagegen ist streitig, inwieweit die unterirdischen Strecken der ZOA mit dem Moorlandschaftsschutz vereinbar sind.
Zwischen dem Halbanschluss Wetzikon-Ost und dem Tunnelportal bei Hellberg verläuft die ZOA im Tunnel Alt-Hellberg. Dabei sollen die Drumlins Allenberg und Alt Hellberg bergmännisch unterquert werden; die übrige Strecke (ca. 400 m im Bereich Bönler und ca. 1'250 m zwischen Brüschweid und dem Tunnelportal bei Hellberg) sollen im Tagbau erstellt werden.
Die Vorinstanzen und das BAFU äusserten sich nur zum Tagbautunnel Bönler, der innerhalb des vom Bundesrat festgelegten Moorlandschaftsperimeters liegt. Nach dem oben Gesagten verläuft jedoch auch ein Teil des Tagbautunnels Brüschweid-Hellberg innerhalb der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung und besonderer Schönheit.
6.1.1. Das Verwaltungsgericht ging mit dem Gutachten Keller davon aus, dass das Schutzziel des Moorlandschaftsschutzes durch einen Tunnel im Tagbau längerfristig nicht beeinträchtigt werde, wenn die Landschaft nach der Bauphase in ihren ursprünglichen Zustand zurückversetzt werde. Die vorübergehende Beeinträchtigung der Landschaft während der Bauphase sei zulässig, wenn der Eingriff mit grösstmöglicher Schonung durchgeführt werde und eine in landschaftlicher Hinsicht einwandfreie Wiederherstellung des betroffenen Projektperimeters innerhalb vergleichsweise kurzer Zeit erfolge. Mit Blick auf die geplante rund 14-monatige Bauzeit erachtete es den Tagbautunnel Bönler noch als zulässig.
Diese Auffassung wird auch vom Kanton Zürich vertreten.
6.1.2. Die Beschwerdeführer sind dagegen der Auffassung, innerhalb der Moorlandschaft dürften nach <ref-law> nur solche Infrastrukturanlagen gebaut werden, die für eine nachhaltige Nutzung der Moorlandschaft erforderlich seien. Zudem seien zumindest die im Tagbau errichteten Tunnel auch nicht schutzverträglich. Sie rügen, das Verwaltungsgericht habe das Schutzziel zu Unrecht auf den Landschaftsschutz beschränkt und ökologische Zusammenhänge missachtet. Die Moorlandschaft Nr. 106 sei Lebensraum seltener, geschützter und bedrohter Tier- und Pflanzenarten, die durch die Immissionen der Baustelle und der Transportpisten beeinträchtigt würden. <ref-law> verlange die Erhaltung der natürlichen Eigenheiten der Moorlandschaft; diese seien jedoch nach einem Totalumbau der Landschaftskammer mit anschliessender künstlicher Wiederherstellung nicht mehr vorhanden.
Die Beschwerdeführer 3 erachten auch die bergmännisch erstellten Tunnel innerhalb der Moorlandschaft als unzulässige Bodenveränderungen i.S.v. <ref-law> und <ref-law>. Sie rügen in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil sich das Verwaltungsgericht mit dieser Frage nicht auseinandergesetzt habe.
6.1.3. Das BAFU hält die bergmännisch erstellten Tunnel für mit dem Schutz der Moorlandschaft verträglich. Dagegen stelle der ca. 400 m lange Tagbautunnel Bönler einen unzulässigen Eingriff in das Moorlandschaftsgebiet dar. Durch den Tagebau werde in schwerwiegender Weise in die Eigenheit der Moorlandschaft und in die Schutzziele i.S.v. Art. 5 Abs. 2 lit. d der Moorlandschaftsverordnung eingegriffen. Eine integrale Unversehrtheit der Moorlandschaft könne nur garantiert werden, wenn der Tunnelbau bergmännisch vorgenommen werde.
6.2. Gemäss <ref-law> (früher Art. 24sexies Abs. 5 aBV) sind Moore und Moorlandschaften von besonderer Schönheit und gesamtschweizerischer Bedeutung geschützt. Es dürfen darin weder Anlagen gebaut noch Bodenveränderungen vorgenommen werden. Ausgenommen sind Einrichtungen, die dem Schutz oder der bisherigen landwirtschaftlichen Nutzung der Moore und Moorlandschaften dienen. <ref-law> sieht somit ein absolutes Veränderungsverbot sowohl für Moore als auch für Moorlandschaften vor und lässt Ausnahmen nur zu, wenn sie dem Schutz oder der bisherigen landwirtschaftlichen Nutzung dienen. <ref-law> räumt dem Schutz von Mooren und Moorlandschaften absoluten Vorrang ein und belässt keinen Raum für eine Abwägung mit anderen Interessen im Einzelfall (<ref-ruling> E. 3b S. 247; Urteil 1A.124/2003 vom 23. September 2003 E. 5.6, in: URP 2003 S. 731; ZBl 106/2005 S. 167; RDAF 2004 I S. 749; PETER M. KELLER, NHG-Kommentar, Vorbem. 7 zu Art. 23a-23d; BERNHARD WALDMANN, Der Schutz von Mooren und Moorlandschaften: Inhalt, Tragweite und Umsetzung des Rothenthurmartikels: (<ref-law>), Freiburg 1997, S. 90, 251 ff.).
Im Gegensatz zu <ref-law> differenzieren das NHG und das darauf beruhende Verordnungsrecht zwischen Moorbiotopen und Moorlandschaften. <ref-law> lässt die Gestaltung und Nutzung von Moorlandschaften zu, soweit dies der Erhaltung der für die Moorlandschaften typischen Eigenheiten nicht widerspricht. Damit wird das Kriterium der Schutzzieldienlichkeit durch dasjenige der Schutzzielverträglichkeit ersetzt (<ref-ruling> E. 5c S. 27; <ref-ruling> E. 3a/cc S. 252). Unter dieser Voraussetzung erklärt <ref-law> Abs. 2 insbesondere folgende Nutzungen für zulässig:
a. die land- und forstwirtschaftliche Nutzung;
b. den Unterhalt und die Erneuerung rechtmässig erstellter Bauten und Anlagen;
c. Massnahmen zum Schutz von Menschen vor Naturereignissen;
d. die für die Anwendung der Buchstaben a-c notwendigen Infrastrukturanlagen.
Insofern gilt in Moorlandschaften kein absolutes Veränderungsverbot, sondern es ist jeweils zu prüfen, ob ein Vorhaben mit den Schutzzielen vereinbar ist. Eine Interessenabwägung ist aber auch hier nicht zulässig: Widerspricht ein Vorhaben den Schutzzielen, so ist es unzulässig, unabhängig vom Gewicht der übrigen auf dem Spiele stehenden Interessen (KELLER, a.a.O., Vorbem. 9 zu Art. 23a-23d NHG).
Der Regelung in <ref-law> liegt die Überlegung zugrunde, dass es sich bei Moorlandschaften - im Gegensatz zu den Moorbiotopen - um Kulturlandschaften handelt, die durch Menschen gestaltet wurden und die weiterhin von Menschen bewohnt und genutzt werden (Voten Bundesrätin Dreifuss, AB 1993 N 2078 und 2105). Die Räte wollten die Beibehaltung der traditionellen Besiedlung und Nutzung dieser Gebiete und deren angepasste und nachhaltige Weiterentwicklung ermöglichen (Voten Frick, AB 1992 S 602 f.; Baumberger, AB 1993 N 2104 und 2106), in der Erkenntnis, dass Moorlandschaftsschutz als Kulturlandschaftsschutz nur mit und nicht gegen die betroffene Bevölkerung durchgesetzt werden könne (Voten Blatter, AB 1993 N 2073; Baumberger, AB 1993 N 2104).
Zur Klarstellung, welche Nutzungen auch künftig - unter dem Vorbehalt der Schutzzielverträglichkeit - möglich sein sollen, wurde die Aufzählung in <ref-law> beschlossen (Voten Schallberger, AB 1992 S 619, Frick, AB 1992 S 620; Wyss, AB 1993 N 2103), bei der es sich allerdings, wie das Wort "insbesondere" zeigt, nicht um eine abschliessende Aufzählung handelt. Aus den Debatten geht hervor, dass neben den ausdrücklich genannten Nutzungen auch militärische Nutzungen und eine sanfte touristische Nutzung möglich sein sollten (Votum Schallberger, AB 1992 S 619). Abgelehnt wurden dagegen die Anträge von Ständerat Küchler, in Art. 23d Abs. 2 auch die Erweiterung rechtmässig erstellter Bauten und Anlagen sowie den Neubau notwendiger Erschliessungsanlagen zu erwähnen: Die Zulassung von Erweiterungen würde den verfassungsrechtlichen Rahmen sprengen (Voten Jagmetti, Frick und Bundesrat Cotti, AB 1992 S 621); Erschliessungsanlagen seien nur zulässig, soweit sie für die in lit. a-c aufgezählten Nutzungen unerlässlich (Votum Jagmetti, AB 1992 S 622) bzw. für die nachhaltige Nutzung der Moorlandschaft erforderlich seien (Votum Baumberger, AB 1993 N 2106).
6.3. <ref-law> ist für das Bundesgericht massgebend (<ref-law>). Dabei ist eine Auslegung zu wählen, die sich vom Wortlaut und Sinn der Verfassungsbestimmung möglichst wenig entfernt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 28; <ref-ruling> E. 3a/cc S. 253). Für weitere als die in <ref-law> umschriebenen Nutzungen bleibt daher nur ein sehr enger Raum (Urteil des Bundesgerichts 1A.14/1999 vom 7. März 2000 E. 3b, in URP 2001 S. 437; 1A.124/2003 vom 23. September 2003 E. 4.4, in: URP 2003 S. 731; ZBl 106/2005 S. 167; RDAF 2004 I S. 749; so auch PETER M. KELLER, NHG-Kommentar, Art. 23d N. 11: "ausserordentlich strenger Massstab").
In <ref-ruling> E. 3.3 S. 28 f. hielt das Bundesgericht fest, dass <ref-law> bei rechtmässig erstellten Bauten und Anlagen nur den Unterhalt und die Erneuerung, nicht aber eine Erweiterung zulasse; dies schliesse a fortiori den Bau neuer Gebäude aus, ohne dass die Schutzzielverträglichkeit näher geprüft werden müsse. Vorbehalten blieben nur Anlagen oder Bauten, die dem Schutz der Moorlandschaft - direkt oder indirekt - dienen und damit schon nach <ref-law> zulässig seien.
Diese Erwägungen gelten analog für Infrastrukturanlagen: Fällt eine solche Anlage nicht unter <ref-law>, weil sie nicht für die in lit. a-c aufgezählten Nutzungen notwendig ist, so ist sie innerhalb der Moorlandschaft unzulässig und kann auch nicht gestützt auf <ref-law> i.V.m. Art. 5 Abs. 2 lit. d Moorlandschaftsverordnung bewilligt werden. Wie sich aus den oben zitierten Materialien ergibt, wurde der weitergehende Antrag, den Neubau notwendiger Erschliessungsanlagen zuzulassen, vom Gesetzgeber ausdrücklich abgelehnt.
Vorliegend dient die ZOA offensichtlich nicht der nachhaltigen Nutzung der Moorlandschaft, sondern überregionalen Verkehrsinteressen. Der Bau einer solchen Anlagen ist daher innerhalb der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung unzulässig.
6.4. Dies gilt nicht nur für die oberirdischen Anlagen (oberirdische Strassenabschnitte, Tunnelportale, Abluftkamine), sondern auch für die im Tagbau erstellten Tunnel: Diese widersprechen den Zielen des Moorlandschaftsschutzes, wie im Folgenden darzulegen ist.
6.4.1. Art. 4 Abs. 1 Moorlandschaftsverordnung umschreibt die für alle Objekte geltenden Schutzziele. Danach ist die Landschaft vor Veränderungen zu schützen, welche die Schönheit oder die nationale Bedeutung der Moorlandschaft beeinträchtigen (lit. a). Die für Moorlandschaften charakteristischen Elemente und Strukturen sind zu erhalten, namentlich geomorphologische Elemente, Biotope, Kulturelemente sowie die vorhandenen traditionellen Bauten und Siedlungsmuster (lit. b). Besondere Rücksicht ist auf geschützte Pflanzen- und Tierarten sowie die in den Roten Listen aufgeführten, gefährdeten und seltenen Pflanzen- und Tierarten zu nehmen (lit. c). Die nachhaltige moor- und moorlandschaftstypische Nutzung ist zu unterstützen, damit sie so weit als möglich erhalten bleibt (lit. d). Diese Schutzziele sind für die einzelnen Objekte durch die Kantone zu konkretisieren, auf der Grundlage der Objektbeschreibungen des Inventars (Art. 4 Abs. 2 Moorlandschaftsverordnung).
6.4.2. Die Moorlandschaft Nr. 106 Wetzikon/Hinwil wird im Bundesinventar als charakteristische Drumlin-Moorlandschaft umschrieben, deren Relief von Drumlins, während der letzten Eiszeit abgelagerten, langgezogenen Moränenhügeln, geprägt wird, welche in Fliessrichtung des Gletschereises orientiert sind. Sie gliedern die Landschaft in Kammern verschiedener Grösse.
Das BAFU führt in seiner Vernehmlassung aus, dass mit der Zerstörung eines solchen Drumlins sein naturgeschichtlicher Eigenwert unwiderruflich verloren gehe. Das Moorlandschaftsrecht erlaube Erdbewegungen im geplanten Ausmass nicht und sehe deshalb auch keine Wiederherstellungs- und Ersatzmassnahmen für derartige Eingriffe vor. Eine integrale Unversehrtheit der Moorlandschaft könne deshalb nur mit einem bergmännischen Tunnelvortrieb garantiert werden.
Diesen Ausführungen ist zuzustimmen: Für die Errichtung der Tagbautunnel sind Baustellen beträchtlichen Ausmasses und gewaltige Erdbewegungen erforderlich. Allein die Tagbaustelle Bönler weist eine Länge von 420 m, eine Breite von 75 bis 80 m (inkl. Transportpisten) und eine Tiefe von 12 bis 19 m auf. Gemäss UVB (S. 215) wird sie den flachen Drumlin im Gebiet Fägswilerweid und die ausgedehnte Senke in der Verlängerung des Bönlerriets durchschneiden; betroffen sind auch die Flanken der Drumlins Alt Hellberg und Allenberg. Damit werden für die Moorlandschaft charakteristische geomorphologische Elemente (zumindest teilweise) zerstört. Selbst wenn das ursprüngliche Relief wiederhergestellt wird, würde es sich um eine künstliche Aufschüttung und nicht mehr um die vom Gletschereis geschaffenen Landschaftselemente handeln.
Analoges gilt für die Tagbaustrecke im Bereich Hellberg.
Hinzu kommen die erheblichen (wenn auch vorübergehenden) Eingriffe in die Moorlandschaft und ihre Fauna und Flora während der Bauphase (Immissionen; Isolation und Zerschneidung von Lebensräumen). In der Betriebsphase wirken sich die Luftschad- und -nährstoffimmissionen der Tunnelstrecke Alt Hellberg negativ auf die Moorbiotope aus, soweit sie am Tunnelportal Hellberg austreten. Soweit sie abgesaugt werden, beeinträchtigt der hierfür erforderliche Kamin die Moorlandschaft visuell.
6.5. Wie die Vertreter des Kantons am Augenschein überzeugend dargelegt haben, ist eine bergmännische Erstellung der Tunnels in den Bereichen Bönler und Hellberg nicht möglich: Für den bergmännischen Vortrieb müsste die Strassenachse erheblich tiefer gelegt werden und würde damit in den grundwasserführenden Aathal-Schotter zu liegen kommen, d.h. den Grundwasserstrom beeinträchtigen.
Kann somit der Tunnel Alt Hellberg bereits in den Bereichen Bönler und Hellberg nicht wie geplant realisiert werden, kann offen bleiben, ob die bergmännisch vorgetriebenen Tunnels unter dem Allenberg und dem Drumlin Alt Hellberg mit dem Moorlandschaftsschutz vereinbar sind.
Zwar ist unstreitig, dass ein erhebliches öffentliches Interesse an der Schliessung der Autobahnlücke und an der Entlastung der Ortsdurchfahrt von Wetzikon besteht. Wie dargelegt wurde, lässt jedoch der bundesrechtliche Moorlandschaftsschutz keine Abwägung mit entgegenstehenden Interessen zu. Insofern müssen die von den Beschwerdeführern vorgeschlagenen alternativen Streckenführungen nicht näher geprüft werden.
7.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass der Schutz der Moorlandschaft von nationaler Bedeutung Nr. 106 der vorgesehenen Streckenführung in den Bereichen Bönler und Hellberg zwingend entgegen steht.
Dagegen können die übrigen materiellen Rügen der Beschwerdeführer erst beurteilt werden, wenn das nach <ref-law> gebotene Gutachten der ENHK vorliegt.
Das weitere Vorgehen liegt im Ermessen des Kantons. Ihm obliegt es insbesondere zu entscheiden, ob und inwieweit er das Ausführungsprojekt überarbeiten will, bevor er ein Gutachten der ENHK einholt. Denkbar wäre auch, dass die weitere Planung (nach Aufnahme der ZOA in das Nationalstrassennetz) durch den Bund erfolgt, im Verfahren gemäss NSG.
Es steht deshalb noch nicht fest, ob und inwieweit die Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens durch die neue - kantonale oder eidgenössische - Strassenplanung betroffen sein werden. Unter diesen Umständen können auch die von ihnen aufgeworfenen verfahrensrechtlichen Fragen offen bleiben.
8.
In Gutheissung der Beschwerden ist der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat des Kantons Zürich zurückzuweisen.
Vor Verwaltungsgericht und vor Bundesgericht wurde - zumindest von den Beschwerdeführern 1 - das gesamte Ausführungsprojekt angefochten. Allerdings widerspricht dieses nur im Abschnitt Halbanschluss Wetzikon-Ost (samt Zubringer und Brücke Schwändi) bis zum Kreisel Betzholz dem Bundesrecht; die weiter westlich liegenden Abschnitte grenzen weder an die Moorlandschaft noch ans BLN-Gebiet an; die Beschwerdeführer haben diesbezüglich auch keine Rügen erhoben. Es wird somit Sache des Regierungsrats sein zu entscheiden, ob und inwieweit er an den übrigen Abschnitten (Anschluss Uster-Ost bis Tunnel Grüt-Morgen) festhält oder auch diese überarbeitet.
8.1. Die Kosten des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens müssen neu verlegt werden (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG). Da keine Anhaltspunkte für die Bemessung der Parteientschädigung im kantonalen Verfahren vorliegen, ist die Sache zu neuem Kostenentscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
8.2. Vor Bundesgericht sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>).
Die anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer 2 und 3 haben Anspruch auf eine Parteientschädigung zulasten des Kantons Zürich (<ref-law>).
Nach der bundesgerichtlichen Praxis wird der nicht anwaltlich vertretenen bzw. in eigener Sache prozessierenden Partei nur ausnahmsweise eine Parteientschädigung zugesprochen, wenn es sich um eine komplexe Sache mit hohem Streitwert bzw. grosser Bedeutung handelt und die Interessenwahrung einen hohen Arbeitsaufwand notwendig macht, der den Rahmen dessen überschreitet, was der Einzelne üblicher- und zumutbarerweise nebenbei zur Besorgung der persönlichen Angelegenheiten auf sich zu nehmen hat (vgl. BGE 125 II 518 E. 5b S. 519 f. mit Hinweisen). Diese Kriterien sind vorliegend erfüllt, insbes. unter Berücksichtigung des Aufwands für den Augenschein, weshalb den Beschwerdeführern 1 eine Parteientschädigung zuzusprechen ist. Allerdings bemisst sich diese nicht nach den (höheren) Honoraransätzen für den Beizug eines externen Rechtsvertreters, sondern sie ist unter dem Titel der weiteren durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zuzusprechen (Art. 1 lit. b in Verbindung mit Art. 11 des des Reglements vom 31. März 2006 über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor Bundesgericht [SR 173.110.210.3]; vgl. Urteil 2C_807/2008 vom 19. Juni 2009 E. 4.3 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 1C_71/2011, 1C_73/2011 und 1C_77/2011 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden werden gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 1. Kammer, vom 1. Dezember 2010 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat des Kantons Zürich zurückgewiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer 2 und 3 für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 6'000.-- zu entschädigen. Die nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer 1 sind mit insgesamt Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
6.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber