Sachverhalt:
A. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) und Y._ (nachfolgend: Beschwerdegegner) leben seit dem 1. Oktober 2006 getrennt.
B. Mit Eingabe vom 31. Oktober 2006 beantragte der Beschwerdegegner beim Gerichtspräsidium Baden die Bewilligung des Getrenntlebens und monatliche Unterhaltszahlungen von mindestens Fr. 1'275.-- ab 1. Oktober 2006 bis zum Mietantritt einer eigenen Wohnung sowie von mindestens Fr. 1'635.-- ab Mietantritt einer eigenen Wohnung.
Das Gerichtspräsidium ermittelte ein Einkommen des Beschwerdegegners in den Monaten Oktober bis Dezember 2006 von Fr. 3'210.75 (AHV-Rente Fr. 2'150.--, Kinderrente Fr. 860.--, BVG-Rente Fr. 109.--, Rente der Retraite solidaire Fr. 91.75), von Januar bis Oktober 2007 von Fr. 3'306.30 (Rentenanpassungen) und ab November 2007 von Fr. 2'422.20 (Direktauszahlung der Kinderrente von Fr. 884.10 an den Sohn). Das massgebliche Einkommen der Beschwerdeführerin wurde mit Fr. 6'416.75 beziffert.
Mit Urteil vom 16. Oktober 2007 verpflichtete das Gerichtspräsidium die Beschwerdeführerin unter hälftiger Teilung des Überschusses und Anrechnung der bereits geleisteten Zahlungen zur Zahlung
ab 1. Oktober 2006 bis 31. Dezember 2006 von Fr. 1'080.--;
ab 1. Januar 2007 bis 31. Januar 2007 von Fr. 1'635.--;
ab 1. Februar 2007 bis 31. Oktober 2007 von Fr. 1'320.--;
ab 1. November 2007 von Fr. 1'635.--.
C. Mit Beschwerde vom 5. November 2007 beantragte die Beschwerdeführerin dem Obergericht des Kantons Aargau die Aufhebung des erstinstanzlichen Urteils, soweit es die Unterhaltszahlungen betraf.
D. Mit Urteil vom 25. März 2008 hiess das Obergericht die Beschwerde teilweise gut und verpflichtete die Beschwerdeführerin unter Anrechnung der bereits geleisteten Zahlungen zur Zahlung
ab 1. Oktober 2006 bis 31. Dezember 2006 von Fr. 834.--;
ab 1. Januar 2007 bis 31. Januar 2007 von Fr. 786.--;
ab 1. Februar 2007 bis 31. Oktober 2007 von Fr. 1'072.--;
ab 1. November 2007 bis 31. März 2008 von Fr. 1'514.--;
ab 1. April 2008 von Fr. 1'635.--.
E. Mit als Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde bezeichneter Eingabe vom 5. Mai 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht die Aufhebung des Urteils des Obergerichts und die Abweisung der Begehren um Unterhaltszahlungen, eventualiter die Zurückweisung an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung. In der Vernehmlassung vom 19. Mai 2008 betreffend das Gesuch um aufschiebende Wirkung beantragt der Beschwerdegegner unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 20. Mai 2008 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt, soweit sie bis und mit April 2008 verfallene Unterhaltsbeiträge betrifft.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 1 BGG), welcher einen Endentscheid i.S.v. <ref-law> darstellt und einen Streitwert von mehr als Fr. 30'000.-- aufweist (<ref-law>). Eheschutzentscheide gelten als vorsorgliche Massnahmen i.S.v. <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.2 S. 397, 585 E. 3.3 S. 587), sodass nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten indes nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. Das Obergericht reduzierte die Unterhaltsbeiträge u.a. mit der Begründung, der volljährige Sohn der Beschwerdeführerin, mit welchem sie in einem Haushalt lebe, verfüge mit Ausnahme der Kinderrente von Fr. 884.10 ab November 2007 über keine Einkünfte, sodass der Beschwerdeführerin ein um Fr. 100.-- höherer Grundbetrag zuzurechnen sei und ihre ganzen Wohnkosten berücksichtigt werden müssten, welche um Fr. 400.-- höher seien, da ihr Sohn mangels Leistungsfähigkeit keinen Beitrag dazu leisten könne. Eine weiter gehende Reduktion lehnte das Obergericht mit der Begründung ab, dass die Unterhaltskosten der Beschwerdeführerin für ihren volljährigen Sohn nicht in das Existenzminimum einzurechnen seien und der Sohn auch bei der Überschussverteilung nicht zu berücksichtigen sei, da die Unterhaltspflicht gegenüber dem Ehegatten derjenigen gegenüber dem mündigen Kind vorgehe.
Weiter erwog das Obergericht, dass die Wohnkosten der Beschwerdeführerin mit Fr. 1'950.-- unangemessen hoch seien und daher nach dem nächsten Kündigungstermin, d.h. ab April 2008 auf vom Beschwerdegegner unbestritten gebliebene Fr. 1'550.-- zu reduzieren seien.
3. Die Beschwerdeführerin rügt, dass die Vorinstanz die effektiven Wohnkosten unter Hinweis darauf, dass sie ihre Wohnung auf Ende März 2008 habe kündigen können, auf Fr. 1'550.-- reduziert habe. Sie sei von der Vorinstanz zu diesem Punkt nicht angehört und auch nicht darauf hingewiesen worden, dass sie die Wohnung auf den nächstmöglichen Termin kündigen müsse, andernfalls ihr nur noch eine tiefere Wohnungsmiete angerechnet werde. Die Beschwerdeführerin sieht darin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>).
Sodann macht die Beschwerdeführerin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, indem sie anführt, die Vorinstanz habe nicht abgeklärt, ob ihr vorzuwerfen sei, dass sie eine teure Wohnung lediglich zu ihrer Bequemlichkeit benütze. Sie habe vor Obergericht geltend gemacht, dass ihre jetzige gemeinsame Wohnung im Rahmen der Unterhaltspflicht gemäss <ref-law> billiger sei, als wenn sie und ihr Sohn je eigene Wohnungen hätten, worauf die Vorinstanz jedoch nicht eingegangen sei.
Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs rügt die Beschwerdeführerin ferner gestützt darauf, dass sie dem Obergericht eine schriftliche Aufstellung eingereicht habe, aus welcher sich ergebe, wie hoch der Unterhaltsanspruch des Beschwerdegegners wäre, wenn ihm statt der Hälfte des Überschusses lediglich ein Viertel davon zugewiesen würde. Obwohl sie die Aufstellung zum integrierenden Bestandteil der Beschwerde erklärt habe, habe sich die Vorinstanz damit nicht auseinandergesetzt und nicht dargelegt, weshalb die Zuweisung von einem Viertel des Überschusses an den Beschwerdegegner und von drei Vierteln an die Beschwerdeführerin keine Alternative sei.
Der Anspruch auf rechtliches Gehör i.S.v. <ref-law> verlangt, dass das Gericht die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhört und bei der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 2 S. 242). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, hat es seinen Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 2c S. 57 mit Hinweisen). Hingegen ist nicht erforderlich, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr genügt es, wenn sich aus den Erwägungen ergibt, dass und warum das Gericht die Darstellung einer Partei nicht für stichhaltig erachtet und dass der Entscheid damit sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236; <ref-ruling> E. 2b S. 102; <ref-ruling> E. 2c S. 372; <ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 2c S. 57).
Indem das Obergericht die Wohnkosten der Beschwerdeführerin als unangemessen hoch betrachtet und auf den nächsten Kündigungstermin auf Fr. 1'550.-- reduziert hat, hat es eine rechtliche Würdigung vorgenommen. Damit hat es die Argumentation der Beschwerdeführerin nicht übersehen, sondern verworfen. Es liegt daher keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor. Dass die Beschwerdeführerin im Übrigen ohne Weiteres in der Lage war, den Entscheid in allen Teilen umfassend und sachgerecht anzufechten, zeigen ihre weiteren Rügen bzw. Ausführungen, auch wenn auf sie mangels Substanziierung nicht eingetreten werden kann (s. unten, E. 4). Vor diesem Hintergrund ist nicht ersichtlich, weshalb die Vorinstanz die Begründungspflicht verletzt haben soll. Die Rüge einer Verletzung des rechtlichen Gehörs erweist sich demnach als unbegründet.
4. Weshalb der Vorinstanz eine Verletzung eines weiteren verfassungsmässigen Rechts vorzuwerfen sein soll, geht aus der Beschwerde nicht hervor. Abgesehen vom rechtlichen Gehör nennt die Beschwerdeführerin kein solches verfassungsmässiges Recht, dessen Verletzung im Rahmen von <ref-law> zu prüfen wäre (<ref-law>). Vielmehr beschränkt sie sich darauf, in appellatorischer Weise eine Verletzung der Art. 276 f. ZGB sowie das mögliche Vorliegen eines Rechtsmissbrauchs zu rügen. Auch ist nicht ersichtlich, weshalb die hälftige Teilung des Überschusses aufgrund der wirtschaftlichen Verhältnisse der Parteien zu einem offensichtlich unbilligen Resultat führen soll, zumal die Beschwerdeführerin selbst ausführt, es sei ohne Weiteres vertretbar, den Überschuss nicht hälftig aufzuteilen, und sie somit implizit auch die Vertretbarkeit der obergerichtlichen Teilung des Überschusses bejaht. Insofern erweist sich die Beschwerde als unsubstanziiert und ist auf sie nicht einzutreten.
5. Insgesamt ist die Beschwerde somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Da sich die Vernehmlassung des Beschwerdegegners nur auf die aufschiebende Wirkung bezieht und er in diesem Punkt unterlegen ist, ist der Beschwerdeführerin keine Parteientschädigung aufzuerlegen (<ref-law>). Hingegen ist der Vertreterin des Beschwerdegegners aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 500.-- auszurichten, da die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege offensichtlich erfüllt sind (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch des Beschwerdegegners um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen und es wird ihm Rechtsanwältin Sophie Haag als Rechtsbeiständin beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Rechtsanwältin Sophie Haag wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 500.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp