Fatti:
A. Il 12 dicembre 2011 il Procuratore pubblico (PP) ha emanato un ordine di perquisizione e sequestro ai sensi degli art. 246 segg. CPP nei confronti della RSI Radiotelevisione Svizzera di Lingua Italiana, allo scopo d'identificare il collegamento telefonico di provenienza di uno degli sms pubblicati sul forum di una trasmissione. La RSI, come da indicazione dei rimedi di diritto, ha impugnato questo ordine con un reclamo dinanzi alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), che con decisione del 22 marzo 2012 l'ha dichiarato irricevibile poiché l'insorgente avrebbe dovuto chiedere l'apposizione dei sigilli, ritenuto che invocava la libertà dei media e il diritto alla protezione della fonte.
B. Il 28 marzo 2012 il PP ha quindi sollecitato la RSI a dare seguito al citato ordine. Con scritto del 12 aprile 2012 l'interessata, ora assistita da un patrocinatore, ha trasmesso quanto richiesto in busta chiusa, chiedendo formalmente l'apposizione dei sigilli giusta l'<ref-law> e l'avvio della relativa procedura di dissigillamento. Il 26 aprile seguente il PP ha presentato un'istanza di dissigillamento al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC). Con giudizio del 27 aprile 2012 questi, ritenuta tardiva la richiesta di apposizione dei sigilli, ha evaso l'istanza ai sensi dei considerandi, ritornando la busta sigillata al PP.
C. Avverso questa decisione la RSI presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare l'incarto al GPC per nuovo giudizio, affinché si pronunci sull'istanza di levata dei sigilli.
Il PP chiede la reiezione del ricorso e il GPC si conferma nella decisione impugnata. Nella replica la ricorrente ribadisce le proprie argomentazioni e conclusioni.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Le decisioni relative a dissigillamenti concernono decisioni incidentali, che non pongono fine al procedimento penale: non si tratta tuttavia di "misure cautelari" ai sensi dell'<ref-law>, norma che non è pertanto applicabile (<ref-ruling> consid. 2.4; sentenza 1B_277/2011 del 28 giugno 2011 consid. 1.2). Nella misura in cui è statuito in maniera definitiva sulla tutela degli interessi legalmente protetti al mantenimento del segreto, esse, di massima, comportano regolarmente un pregiudizio irreparabile di natura giuridica secondo l'<ref-law> (sentenza 1B_595/2011 del 21 marzo 2012 consid. 1 con numerosi riferimenti, in Pra 2012 n. 69 pag. 467).
1.3 Nell'ambito della procedura preliminare, sulla domanda di dissigillamento decide definitivamente il GPC (<ref-law>). Egli rileva un'incertezza circa le vie di ricorso contro la propria decisione. Al riguardo giova osservare che in concreto non si è chiaramente in presenza di un caso straordinariamente complesso e importante, che potrebbe imporre l'osservanza del principio della "doppia istanza", e in ogni modo i ricorsi in materia di suggellamento vanno sempre introdotti al Tribunale federale (sentenze 1B_397/2012 del 10 ottobre 2012 destinata a pubblicazione, consid. 1.1 e 1.2 inediti, 1B_595/2011, citata, consid. 5, 1B_516/2011 del 17 novembre 2011 consid. 1.1 e 1B_492/2011 del 2 febbraio 2012 consid. 1).
2. 2.1 Secondo l'<ref-law>, le carte, le registrazioni e gli altri oggetti che secondo le dichiarazioni del detentore non possono essere perquisiti o sequestrati in virtù della facoltà di non rispondere o di non deporre oppure per altri motivi, sono sigillati e non possono essere visionati né utilizzati dalle autorità penali. Se l'autorità penale non presenta entro venti giorni una domanda di dissigillamento, essi sono restituiti all'avente diritto (cpv. 2). Se, nell'ambito della procedura preliminare, l'autorità penale presenta una domanda di dissigillamento, sulla stessa decide definitivamente entro un mese il GPC (cpv. 3).
2.2 Il GPC ha ritenuto che la domanda di apposizione di sigilli dev'essere formulata immediatamente, di regola prima dell'esecuzione dell'ordine di perquisizione, al momento in cui al detentore è data l'opportunità di esprimersi, quelle successive alla perquisizione essendo irricevibili. Ha stabilito che in ogni modo il termine per presentare la richiesta di suggellamento non dovrebbe poter superare quello eventualmente indicato dal magistrato per dar seguito all'ordine di perquisizione o, in difetto di una tale indicazione, il termine di dieci giorni previsto dall'<ref-law> per il reclamo contro gli atti procedurali.
Ha poi accertato che, nella fattispecie, la ricorrente non ha prodotto i documenti richiesti in busta chiusa, chiedendo nel contempo al magistrato di apporvi i sigilli, ma, come indicato nei rimedi di diritto propri all'ordine di perquisizione (art. 246 e segg. CPP), ha inoltrato un reclamo alla CRP, che con giudizio del 22 marzo 2012 l'ha dichiarato irricevibile: trattandosi di un ordine di perquisizione secondo l'<ref-law>, essa ha reputato infatti applicabile la procedura di apposizione di sigilli dell'<ref-law>, in quanto la ricorrente, rappresentata dalla legale responsabile del servizio giuridico (anche se secondo il registro di commercio senza facoltà di rappresentanza), invocava la libertà dei media (<ref-law>) e il diritto alla tutela delle fonti (<ref-law>). Il GPC ha quindi stabilito che, optando per l'inoltro del reclamo, la ricorrente ha rinunciato alla procedura di apposizione dei sigilli.
2.3 Considerate le incertezze relative alla coesistenza della procedura di sigillamento con quella del reclamo, confuse e mischiate nell'atto di ricorso, che è ammissibile solo in parte poiché adempie solo in maniera incompleta le esigenze di motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF visto che non si confronta compiutamente con le diverse motivazioni addotte nel giudizio impugnato (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.1 e rinvii), e anche perché nella decisione del PP è indicato che contro un ordine di perquisizione secondo l'art. 246 e segg. CPP è dato, quale rimedio ordinario, soltanto il reclamo ai sensi dell'art. 393 e segg. CPP, giova, tenuto conto anche del principio della buona fede (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 8.3; <ref-ruling> consid. 1.2.3), precisare la portata di questi due rimedi di diritto.
3. 3.1 Il Tribunale federale ha infatti recentemente avuto occasione di esprimersi sulla tutela giuridica contro provvedimenti coercitivi, segnatamente contro i sequestri, con particolare riferimento alle decisioni di edizione, come quella in esame (sentenza 1B_136/2012 del 25 settembre 2012 consid. 3 e 4). Ha ricordato che i sequestri (in senso stretto giusta gli art. 263 e 268 CPP), come pure il sequestro temporaneo (secondo l'<ref-law>; al riguardo vedi <ref-ruling>), sono ammissibili soltanto quando, antecedentemente, è stata rifiutata una consegna secondo l'<ref-law> o qualora si debba ritenere che l'ingiunzione di consegna ne vanificherebbe lo scopo (<ref-law>). Il detentore di oggetti e valori patrimoniali che devono essere sequestrati o essere messi provvisoriamente al sicuro è tenuto a consegnarli (<ref-law>). Conformemente a quanto disposto dall'<ref-law>, non sottostanno all'obbligo di consegna l'imputato (lett. a), le persone aventi facoltà di non rispondere o di non deporre (nei limiti di questo loro diritto, lett. b), nonché, a determinate condizioni, le imprese (lett. c). Il pubblico ministero può ingiungere un ordine di edizione alla persona sottostante all'obbligo di consegna e fissarle un termine a tal fine, avvertendola della comminatoria dell'<ref-law> in caso di inadempienza o della possibilità di infliggerle una multa disciplinare (<ref-law>). Se un avente diritto fa valere che un sequestro di oggetti o valori patrimoniali è inammissibile in virtù della facoltà di non rispondere, di non deporre o per altri motivi, le autorità penali procedono conformemente alle norme sull'apposizione di sigilli (<ref-law>), procedura applicabile di massima nell'ambito di ogni forma di perquisizione (art. 242 e segg. CPP) o di edizione (<ref-law>). In questi casi, nell'ambito della procedura preliminare, il GPC deve decidere se gli invocati motivi di tutela del segreto si oppongono alla perquisizione e al sequestro delle carte e degli oggetti sigillati (<ref-law>).
3.2 Secondo la sistematica della legge (capitolo 7: "sequestro") e il senso e lo scopo della norma, la riserva di apporre i sigilli di cui all'<ref-law> si estende anche alle decisioni di edizione secondo l'<ref-law>. Qualora l'interessato toccato da una siffatta decisione invochi la facoltà di non rispondere, di non deporre o altri interessi giuridicamente protetti di segretezza, occorre pertanto procedere secondo le regole sull'apposizione di sigilli. Ne segue che in questi casi, come rettamente ritenuto dalla CRP, avverso decisioni di edizione, di massima, non è dato il reclamo ai sensi dell'<ref-law> (sentenze 1B_136/2012, citata, consid. 3.2 con numerosi riferimenti anche alla dottrina; sentenza 1B_562/2011, citata, consid. 1.1).
Qualora l'interessato si opponga all'ordine di edizione, il magistrato inquirente può procedere a un sequestro temporaneo e sigillare immediatamente gli oggetti, in caso contrario gli oggetti consegnati volontariamente vengono sigillati (art. 265 cpv. 4 in relazione con gli art. 263 cpv. 3 e 244 e segg. CPP); in seguito può essere avviata la procedura di dissigillamento davanti al GPC (art. 248 cpv. 2-4 CPP).
3.3 Sempre nella citata sentenza (consid. 4.4), il Tribunale federale ha respinto l'interpretazione dell'autorità cantonale, secondo cui i reclami contro le decisioni di edizione dovrebbero essere trattati a binario, nel senso che le censure inerenti alla tutela del segreto (in senso stretto) sarebbero inammissibili, mentre le obiezioni accessorie che non concernono direttamente questioni di protezione del segreto dovrebbero essere esaminate nel merito. Ha ritenuto che una siffatta prassi, che non trova peraltro riscontro nel tenore, nel senso e nello scopo della legge, comporterebbe un'inutile biforcazione e complicazione della via di ricorso. Ha pertanto stabilito che qualora la persona soggetta a un obbligo di consegna oltre ad addurre motivi legati alla tutela del segreto invochi a titolo accessorio anche altre obiezioni, pure quest'ultime, segnatamente l'asserita insufficienza di indizi di reato o la carente rilevanza delle carte o degli oggetti per l'istruzione o ancora questioni inerenti alla proporzionalità, devono essere esaminate nell'ambito della procedura di apposizione di sigilli (vedi al proposito sentenze 1B_27/2012 del 27 giugno 2012 consid. 7-8, 1B_492/2011 del 2 febbraio 2012 consid. 6 e 1B_354/2010 dell'8 febbraio 2011 consid. 1.3; cfr. anche THOMAS MÜLLER/STEFAN GÄUMANN, Siegelung nach Schweizerischer StPO, in Anwaltspraxis, 2012, pag. 290 e segg., 293 n. 3 in fine). Ne ha concluso che un reclamo separato contro decisioni di edizione può entrare in linea di conto soltanto quando siano addotte unicamente obiezioni che non concernino alcun interesse giuridicamente protetto al mantenimento del segreto.
4. 4.1 In concreto occorre in primo luogo chiarire la questione di sapere quando, nell'ambito di una perquisizione che tende al sequestro di carte, registrazioni o altri oggetti, deve essere formulata la richiesta di sigillamento. La CRP, richiamando la dottrina e la giurisprudenza, ha ritenuto ch'essa dev'essere formulata in quel momento, quindi immediatamente. Questa soluzione è stata adottata dal Tribunale federale nella procedura di assistenza internazionale in materia penale, in applicazione dell'art. 69 cpv. 3 PP: in quell'ambito è stato ritenuto che esigere il suggellamento delle carte dopo averne tollerato la perquisizione e il sequestro è contrario allo scopo della misura e rischia di rendere impossibile la sua esecuzione (<ref-ruling> consid. 4c/aa pag. 156; <ref-ruling> consid. 4).
4.1.1 Non vi è motivo per non applicare questa prassi anche sotto l'egida del CPP. In effetti, nel messaggio del 21 dicembre 2005 concernente l'unificazione del diritto processuale penale si precisa che l'apposizione dei sigilli costituisce una misura immediata e che la persona effettivamente in possesso delle carte deve addurre che si oppone alla perquisizione o al sequestro: considerato il carattere provvisorio della misura è peraltro sufficiente la verosimiglianza dei motivi invocati per opporvisi (FF 2006 II 1142).
4.1.2 Anche la dottrina, evidenziato che il sigillamento costituisce una misura immediata che esplica i suoi effetti sulla base di una semplice dichiarazione, pretende che la rispettiva domanda debba essere formulata immediatamente, in relazione temporale diretta con il provvedimento del sequestro e pertanto, di massima, prima della perquisizione: una richiesta successiva è tardiva e persegue scopi diversi da quelli propri della procedura di sigillamento, poiché non può più impedire che l'autorità penale prenda conoscenza del contenuto delle carte (THORMANN/BRECHTBÜHL, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 1, 9 e 11 ad art. 248; CATHERINE CHIRAZI, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 6 ad art. 248; NIKLAUS SCHMID, Handbuch des Schweizerischen Strafprozessrechts, 2009, pag. 476, n. 1077; lo stesso, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 4 ad art. 248; THOMAS MÜLLER/STEFAN GÄUMANN, loc. cit., pag. 290). È poi rilevato che la legittimazione per l'avvio della procedura di apposizione dei sigilli è riconosciuta al detentore "al momento della perquisizione" e ciò, sostanzialmente, per ragioni pratiche, in quanto solo quest'ultimo è in grado di formulare la relativa, tempestiva richiesta (EDY MELI, in Codice svizzero di procedura penale, Commentario, 2010, n. 4 ad art. 248).
Alcuni autori sottolineano che la richiesta d'apporre i sigilli dovrebbe essere formulata, nel caso ideale, dopo che è stata effettuata una prima cernita sommaria ("Grobsichtung"), che, in applicazione del principio di proporzionalità, serve a estromettere le carte manifestamente estranee e irrilevanti per il procedimento penale (Thormann/Brechbühl, op. cit., n. 11 ad art. 248; SCHMID, Praxiskommentar, n. 5 ad art. 248). La cernita dev'essere effettuata da un giudice e non dall'autorità di istruzione (<ref-ruling> consid. 5.1.1 pag. 196 e rinvii). Anche in tal caso l'interessato che assiste a questa pre-cernita deve chiedere immediatamente l'apposizione dei sigilli per le carte o gli oggetti che ritiene siano soggetti alla tutela del segreto (cfr. <ref-ruling> consid. 4c/aa pag. 156 in alto).
4.2 Come si è visto, anche la protezione giuridica processuale contro decisioni di edizione secondo l'<ref-law>, come quella in esame, comprende la facoltà di avvalersi, qualora sussista un interesse al mantenimento del segreto, della riserva delle disposizioni sull'apposizione di sigilli (<ref-law>). Quando l'autorità inquirente inviti il detentore a fargli pervenire i documenti per via postale, quest'ultimo deve trasmetterglieli, senza suggellarli, presentando simultaneamente la relativa domanda al pubblico ministero, che apporrà formalmente i sigilli (<ref-ruling> consid. 4d/bb pag. 158; CHIRAZI, loc. cit., n. 8 ad art. 248). Come ancora si vedrà, in questo caso il requisito dell'immediatezza è tuttavia collegato al momento della consegna delle carte.
5. 5.1 Nella fattispecie l'ordine di perquisizione costituisce una domanda di edizione ai sensi dell'<ref-law>, alla quale si applica, datene le condizioni, la procedura di sigillamento (<ref-law>). Certo, il PP non ha indicato alla ricorrente che, se del caso, avrebbe potuto far capo a questa procedura, sebbene la questione della tutela delle fonti nel caso in esame dovesse essere nota sia al magistrato inquirente sia, e a maggior ragione, alla rappresentante della ricorrente. L'<ref-law>, allo scopo di tutelare eventuali segreti, istituisce infatti l'obbligo, dopo averlo informato al riguardo, di dare al detentore l'opportunità di esprimersi in merito al contenuto delle carte prima della perquisizione (sentenza 1B_309/2012 del 6 novembre 2012 consid. 5.3 e 5.4; THORMANN/BRECHBÜHL, loc. cit., n. 1 ad art. 247).
Anche nei casi di edizione è sufficiente che dalle dichiarazioni dell'interessato sia desumibile la volontà di avvalersi della facoltà di non rispondere, di non deporre, oppure di invocare altri motivi, una richiesta formale di sigillamento non essendo necessaria (sentenze 1B_309/2012 consid. 5.3 e 5.4 e 1B_136/2012 consid. 4.3, citate, che trattano l'obbligo di informare sulla possibilità di sigillamento e l'interpretazione da dare al comportamento della persona non cognita del diritto; vedi anche MELI, loc. cit., n. 3 ad art. 248).
5.2 Indipendentemente dal fatto che nella fattispecie il PP non abbia espressamente indicato alla ricorrente la possibilità di far capo alla procedura dell'<ref-law>, quest'ultima ne è comunque stata informata in maniera diretta e inequivocabile al più tardi con l'emanazione della decisione della CRP. Al riguardo essa adduce che la Corte cantonale, accertata la propria incompetenza, avrebbe dovuto trasmettere d'ufficio al PP il reclamo per dare avvio alla procedura di suggellamento. L'assunto non regge, ritenuto che il PP, come la Corte cantonale, non essendo in possesso delle carte, non potevano chiaramente procedere nel modo proposto dalla ricorrente. Con scritto del 28 marzo 2012 il PP, richiamata la decisione della CRP, l'ha pertanto invitata a fornire quanto richiesto "al più presto". Nella decisione impugnata il GPC ha tuttavia considerato tardiva la richiesta di apposizione dei sigilli relativa all'ordine di edizione del 12 dicembre 2011, poiché formulata soltanto il 12 aprile 2012, quindi oltre due settimane dopo la notifica del giudizio della CRP.
5.3 Questa tesi non può essere seguita. In effetti, come si è visto, scopo della procedura di suggellamento è impedire che l'autorità penale prenda conoscenza del contenuto delle carte. Ora, fino a quando le stesse si trovano ancora nelle mani del detentore, l'inoltro di una domanda di suggellamento avrebbe poco senso. È manifesto che una siffatta richiesta dev'essere di massima formulata in relazione temporale diretta, quindi contemporaneamente alla consegna delle carte che si pretendono soggette al segreto, ciò che è avvenuto in concreto. La ricorrente, in evasione dell'ordine di perquisizione, ha infatti trasmesso al PP i dati relativi all'identificazione e all'indicazione del numero telefonico dell'ignoto mittente del messaggio litigioso in busta chiusa, chiedendo simultaneamente la messa sotto sigillo dei documenti trasmessi. La richiesta, manifestata al momento della trasmissione dei dati richiesti, è quindi tempestiva.
5.4 Al riguardo occorre in effetti distinguere da una parte tra l'inosservanza di un eventuale termine fissato per la consegna delle carte o di oggetti nell'ordine di edizione e dall'altra la mancata tempestività della domanda di suggellamento al momento in cui l'interessato trasmette le carte al PP. Nel primo caso, la mancata osservanza di un eventuale termine fissato dal PP per produrre le carte costituisce un'inadempienza, che, qualora l'autorità penale abbia avvertito l'interessato delle relative conseguenze, può essere sanzionata sulla base all'<ref-law> o con una multa disciplinare, come espressamente previsto dall'<ref-law>. Questi presupposti non sono realizzati nel caso di specie. Contrariamente alla procedura di perquisizione e sequestro, nel caso specifico dell'edizione di documenti (obbligo di consegna ai sensi dell'<ref-law>), l'immediatezza della domanda di suggellamento dev'essere esaminata con riferimento al momento della produzione delle carte. Anche in tal caso, la richiesta di apposizione di sigilli, formulata dopo che il PP ha preso conoscenza del contenuto delle carte è di massima obsoleta (sulla tempestività dell'inoltro successivo di una siffatta domanda, in particolare quando l'interessato ha avuto conoscenza del sequestro solo a posteriori, ma ha nondimeno chiesto in termini ancora attuali il suggellamento vedi sentenza 1B_309/2012, citata, consid. 5.3 e 5.11).
Qualora l'interessato disattenda o ritardi indebitamente l'obbligo di consegna, il PP può adottare i necessari provvedimenti coercitivi, in particolare procedere alla perquisizione e al sequestro delle carte, degli oggetti o dei valori patrimoniali richiesti (<ref-law>).
6. 6.1 Ne segue che, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è accolto, la decisione impugnata è annullata e la causa è rinviata al GPC affinché decida la domanda di dissigillamento del PP.
6.2 Non si prelevano spese (<ref-law>). Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è accolto e la decisione emanata dal giudice dei provvedimenti coercitivi del Cantone Ticino il 27 aprile 2012 è annullata. Questi dovrà decidere la domanda di dissigillamento.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori della ricorrente, al Ministero pubblico e al Giudice dei provvedimenti coercitivi del Cantone Ticino.