(Strafprozess; formelle Rechtsverweigerung), hat sich ergeben:
A.-Die Bezirksanwaltschaft Winterthur führt eine Strafuntersuchung gegen A._, B._, C._ und D._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz.
Den Angeschuldigten wird vorgeworfen, sie hätten über die Firma X._ Handel mit illegalen Hanfprodukten (Marihuana, Haschisch) betrieben. Anlässlich einer Hausdurchsuchung und Beschlagnahme vom 30. Oktober 2000 wurden in den Geschäftslokalen der genannten Firma mehrere Hundert Hanf-Topfpflanzen sowie grosse Mengen getrocknete Hanfprodukte sichergestellt. Gegen die Eigentümerin der beschlagnahmten Ware, die Firma X._, wurde ein Einziehungsverfahren eingeleitet.
B.-Am 22. November 2000 erliess die Bezirksanwaltschaft Winterthur folgende Beschlagnahme- und Verwertungsverfügung:
"4. Die durch die Kantonspolizei Zürich am 30. Oktober
2000 im Keller des Ladengeschäftes 'Firma
X._' festgestellten und seither sichergestellten
Topfpflanzen (...) werden als Beweismittel
und zur Einziehung beschlagnahmt.
5. Die durch die Kantonspolizei Zürich (...) sichergestellten
Trockenblumen und Blütenstengel (...)
werden als Beweismittel und zur Einziehung beschlagnahmt.
6. Die Kantonspolizei Zürich wird beauftragt, für die
Sicherung und weitere Pflege der Pflanzen vor Ort
bis zu deren Verwertung oder Vernichtung zu sorgen.
7. Die Kantonspolizei Zürich wird beauftragt, für die
sofortige Verwertung der Pflanzen als Industriehanf
einen Abnehmer zu suchen, der jede missbräuchliche
Verwendung ausschliessen kann.
8. Wird kein Abnehmer gefunden, sind die Hanfpflanzen
durch die Kantonspolizei Zürich ab dem 29. November
2000 zu vernichten.. "
C.-Gegen die Verfügung der Bezirksanwaltschaft Winterthur rekurrierte A._ an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Diese trat mit Rekursentscheid vom 29. November 2000 auf das Rechtsmittel nicht ein und legte dem Rekurrenten die Verfahrenskosten auf.
D.-Dagegen gelangte A._ mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 29. Dezember 2000 an das Bundesgericht.
Die Bezirksanwaltschaft Winterthur und die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich beantragen mit Vernehmlassungen vom 29. Januar bzw. 1. Februar 2001 je die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Es fragt sich zunächst, ob bzw. inwieweit auf die Beschwerde einzutreten ist. Das Bundesgericht prüft deren Zulässigkeit von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 83 mit Hinweisen).
a) Der Beschwerdeführer vertritt den Standpunkt, er sei nicht nur in verfahrensrechtlicher (Eintretens- und Kostenfrage) sondern auch in materieller Hinsicht (Anfechtung der Verwertung bzw. Vernichtung der beschlagnahmten Ware) zur Beschwerde legitimiert. Da die Vernichtung bereits am 6. Dezember 2000 vollzogen wurde und durch die blosse Aufhebung des angefochtenen Entscheides nicht mehr rückgängig gemacht werden könne, stellt er das Rechtsbegehren, es sei die Verfassungswidrigkeit der angefochtenen Zwangsmassnahme festzustellen. Ausserdem erhebt er die Rüge, das Nichteintreten auf seinen Rekurs stelle eine formelle Rechtsverweigerung dar und verstosse gegen Art. 9 bzw. <ref-law>, und er stellt den Antrag, es seien die Kosten des Rekursverfahrens dem Kanton Zürich zu überbinden.
b) Soweit die Staatsanwaltschaft auf den Rekurs des Beschwerdeführers nicht eingetreten ist und ihm Verfahrenskosten auferlegt hat, ist er vom angefochtenen Entscheid beschwert.
Insofern kann unter dem Gesichtspunkt der kassatorischen Natur der staatsrechtlichen Beschwerde (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 332 f.) und des aktuellen praktischen Rechtsschutzinteresses (Art. 88 OG) auf die Beschwerde eingetreten werden. Insbesondere ist die Rüge zu prüfen, der Nichteintretensentscheid komme einer formellen Rechtsverweigerung gleich und beruhe auf einer willkürlichen Anwendung des kantonalen Prozessrechtes (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 86; <ref-ruling> E. 1 S. 26 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 270, je mit Hinweisen).
c) Soweit der Beschwerdeführer sich jedoch materiell gegen die angeordnete Zwangsmassnahme wendet, ist er zur Prozessführung nicht legitimiert.
Die staatsrechtliche Beschwerde steht Rechtsuchenden nur in dem Umfange zu, als sie vom angefochtenen Entscheid in ihren rechtlich geschützten Interessen selbst persönlich betroffen sind (Art. 88 OG). Die Beschwerdeführung im Interesse Dritter ist (von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen) grundsätzlich unzulässig (<ref-ruling> E. 3c/ee S. 281; <ref-ruling> E. 2b S. 45 f., je mit Hinweisen).
Unbestrittenermassen handelt es sich beim Beschwerdeführer nicht um den Eigentümer der beschlagnahmten Ware. Zudem fehlt es ihm (materiellrechtlich) auch am aktuellen praktischen Rechtsschutzinteresse, nachdem die direkt betroffene Eigentümerin selbst eine - inhaltlich analoge - staatsrechtliche Beschwerde gegen die Zwangsverwertung der beschlagnahmten Ware eingereicht hat (Verfahren 1P.1/2001).
2.-Der Beschwerdeführer macht geltend, das Nichteintreten auf seinen Rekurs beruhe auf einer willkürlichen Auslegung des kantonalen Verfahrensrechtes (<ref-law>) und komme einer formellen Rechtsverweigerung gleich (<ref-law>).
a) Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist (<ref-law>). Tritt eine Behörde auf eine ihr frist- und formgerecht unterbreitete Sache nicht ein, obschon sie darüber entscheiden müsste, begeht sie eine formelle Rechtsverweigerung (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 117 f.).
b) Der streitige Nichteintretensentscheid erfolgte in Anwendung des kantonalen Verfahrensrechtes. Die Staatsanwaltschaft erwog, die beschlagnahmten Hanfprodukte gehörten unbestrittenermassen nicht dem Beschwerdeführer, sondern der Firma X._. Somit sei diese und nicht der Beschwerdeführer von der angefochtenen Verfügung unmittelbar betroffen und beschwert. Nach kantonalem Verfahrensrecht könne sich ein Rechtsuchender "nicht rekursweise für Rechte Dritter einsetzen".
c) In dieser Praxis ist weder eine schlechterdings unhaltbare Auslegung des kantonalen Verfahrensrechtes noch eine formelle Rechtsverweigerung zu erkennen. Daran ändert auch das Vorbringen des Beschwerdeführers nichts, er sei Gesellschafter ("Stammanteilsinhaber") der Fa. X._ und habe daher ein (indirektes) wirtschaftliches Interesse an der Anfechtung der Zwangsverwertung, insbesondere habe er Anspruch auf einen Anteil des Jahresgewinns der Gesellschaft.
Nach zürcherischem Strafprozessrecht ist der Angeschuldigte insbesondere zur Ergreifung von Rechtsmitteln gegen Straferkenntnisse legitimiert (<ref-law>/ZH). Ausserdem steht allen Personen, die durch eine Verfügung der Untersuchungs- und Anklagebehörden "in ihren Rechten betroffen werden", der Rekurs nach §§ 402 ff.
StPO/ZH zu (<ref-law>/ZH). Rekurslegitimiert ist insbesondere, wer durch strafprozessuale Zwangsmassnahmen (wie z.B. Beschlagnahmen) unmittelbar beschwert ist (vgl.
Donatsch/Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, N. 17 zu <ref-law>/ZH). Auch der Angeschuldigte kann Zwangsmassnahmen nur anfechten, soweit er dadurch in seinen eigenen Interessen betroffen ist und an der Aufhebung oder Änderung der Verfügung ein rechtliches Interesse hat (vgl. a.a.O., N. 22). Im hier zu beurteilenden Fall kommt hinzu, dass die direkt betroffene Firma selbst einen (inhaltlich analogen) Rekurs (sowie eine analoge staatsrechtliche Beschwerde) gegen die Zwangsverwertung der beschlagnahmten Ware eingereicht hat. Dem Beschwerdeführer als Gesellschafter (bzw. Geschäftsführer) der Firma dürfte dies im Übrigen bekannt sein. Bei dieser Sachlage drängt es sich umso weniger auf, den Kreis der nach kantonalem Recht Rekurslegitimierten von Verfassungs wegen auf mittelbar Betroffene auszudehnen. Sogar das indirekte Interesse des Beschwerdeführers, die Gesellschaft vor wirtschaftlichem Schaden zu bewahren, wurde durch deren Beschwerdeführung ausreichend gewahrt.
3.-Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.-Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bezirksanwaltschaft Winterthur und der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 25. April 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: