Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. X._ lenkte am 24. September 2010 einen mit 16.5 m3 feuchtem Seesand beladenen Lastwagen auf der Autobahn von Flüelen in Richtung Gettnau. Ihm wurde vorgeworfen, er habe es willentlich unterlassen, den in der Mitte der offenen Ladefläche 40 cm höher als die seitlichen Ladewände aufgehäuften Sand vorschriftsgemäss mit einer Abdeckung zu versehen, weil er pflichtwidrig angenommen habe, es bestehe keine Gefahr, dass der Sand oder ein Teil davon während der Fahrt vom Lastwagen geraten könnte. Überdies vergass X._, die Sicherheitsgurte zu tragen.
Am 5. November 2010 büsste das Verhöramt des Kantons Nidwalden X._ wegen Verkehrsregelverletzungen durch ungenügendes Sichern der Ladung sowie Nichttragen der Sicherheitsgurte mit Fr. 300.--
Gegen den Schuldspruch wegen ungenügenden Sicherns der Ladung erhob X._ Einsprache, worauf die Staatsanwaltschaft des Kantons Nidwalden Anklage erhob.
Am 25. August 2011 sprach das Kantonsgericht Nidwalden X._ vom Vorwurf der Verkehrsregelverletzung durch ungenügendes Sichern der Ladung im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> und Art. 73 Abs. 5 VRV frei. Das Nichttragen der Sicherheitsgurte bestrafte es mit einer Busse von Fr. 60.-- .
Das Obergericht des Kantons Nidwalden wies am 12. Juli 2012 eine Berufung der Staatsanwaltschaft ab und bestätigte das Urteil des Kantonsgerichts.
Die Staatsanwaltschaft wendet sich mit Beschwerde ans Bundesgericht und beantragt, das Urteil vom 12. Juli 2012 sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2. Ladungen auf Fahrzeugen sind so anzubringen, dass sie niemanden gefährden oder belästigen und nicht herunterfallen können (<ref-law>). Ladungen oder Teile davon, die leicht weggeweht werden können, sind in geschlossenen Behältern zu befördern oder mit geeigneten Abdeckungen zu überdecken (Art. 73 Abs. 5 VRV). Strafbar macht sich, wer ein Fahrzeug führt, von dem er weiss oder bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit wissen kann, dass es den Vorschriften nicht entspricht (aArt. 93 Ziff. 2 SVG).
Die kantonalen Richter stützen sich bei ihrem Entscheid auf eine Fotografie, welche die Polizei erstellt hatte (vgl. angefochtenen Entscheid S. 8/9 E. 2.1 und 2.2 mit Hinweis auf KA act. 1/8). Nach ihren Feststellungen befand sich auf dem Lastwagen feuchter Seesand, der etwas höher als die seitliche Ladekante aufgehäuft war. Der Sand ragte nur ganz in der Mitte der Ladefläche und dort wohl kaum um ganze 40 cm über die Oberkante der seitlichen Muldenwände. Gegen beide Ränder der Mulde hin lag der Sand mehr als 20 cm unter der Muldenoberkante, so dass dort ein beachtlicher Leerraum bestand. Die kantonalen Richter kommen zum Schluss, dass der feuchte Sand, wenn er überhaupt ins Rutschen geraten wäre, in die genügend grossen seitlichen Vertiefungen gerutscht wäre und zwar auch im Falle abrupter Fahrmanöver oder eines leichten Unfalls. Weiter stellen sie fest, dass bei feuchtem Sand hauchdünne Brücken aus Wasser die Körner miteinander verbinden und so den Sand fest und tragfähig machen. Im vorliegenden Fall habe der feuchte Seesand eine kompakte Masse gebildet, bei welcher die Gefahr des Wegblasens von einzelnen Körnern als minimal einzuschätzen war.
2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe sich mit vier Vorbringen, mit denen sie ihre Willkürrüge begründet habe, in Verletzung von <ref-law> nicht befasst (vgl. Beschwerde S. 2/3 Ziff. 2.2). Sie sagt jedoch nicht, welche Aussagen des an der Verhandlung befragten Zeugen das Kantonsgericht nicht beachtet hat. Aus ihren Ausführungen ergibt sich nicht, inwieweit die kantonalen Richter die Fotodokumentation falsch interpretiert haben. Woraus sich ergeben könnte, dass die Fahrt zum Zeitpunkt des möglicherweise später einsetzenden Regens bereits beendet gewesen wäre, ist aus der Beschwerde nicht ersichtlich. Schliesslich führt sie nicht aus, inwieweit die kantonalen Richter in Bezug auf die Exposition bzw. das Wegblasen der oberen Sandfläche offensichtlich falsche Feststellungen getroffen haben. Gestützt auf die zu knappen Ausführungen in der Beschwerde kann das Bundesgericht nicht überprüfen, ob sich die Vorinstanz mit den vier Vorbringen in der Berufung hätte befassen müssen.
2.2 In Bezug auf die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> (vgl. Beschwerde S. 3 Ziff. 2.3) ist auf die Ausführungen in E. 2.1 zu verweisen.
2.3 Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung von Art. 73 Abs. 5 VRV geltend. Auch feuchter Sand, der über die seitlichen Ladewände und den vorderen Muldenrand aufragt, könne infolge Abtrocknung vom Fahrtwind und von tunnelbedingten Turbulenzen weggeweht werden, wenn er ohne jede Abdeckung auf offener Ladefläche transportiert werde (vgl. Beschwerde S. 3 Ziff. 2.4.1). Als der Beschwerdegegner angehalten wurde, war er seit rund 30 Minuten auf der Fahrt und der Sand noch nass (angefochtener Entscheid S. 2). Die kantonalen Richter stellen nicht fest, dass der Beschwerdegegner noch eine Strecke fahren wollte, auf der der feuchte Seesand hätte austrocknen können, zumal nach den Feststellungen der Vorinstanz sogar mit Regen zu rechnen war (angefochtener Entscheid S. 9 E. 3.1). Bei dieser Sachlage dringt das Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht durch.
2.4 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von aArt. 93 Ziff. 2 SVG in Verbindung mit <ref-law>. Die sinngemässe Argumentation, wonach das Herunterfallen des Sandes von der Ladefläche nicht die zwingende Folge eines leichten Unfalles oder brüsken Ausweich- oder Bremsmanövers gewesen wäre, zeige, dass die kantonalen Richter die erwähnten Bestimmungen nicht als abstraktes Gefährdungsdelikt verstehen, sondern bei der Auslegung an einen konkreten Erfolgseintritt anknüpfen. Ein solcher Erfolg sei nach dem unmissverständlichen Wortlaut von <ref-law> jedoch nicht vorausgesetzt. Danach sei unerheblich, dass sich Sand bei einem Zusammenstoss oder einem brüsken (Brems-)Manöver vorerst (auch) auf der Ladefläche verteilt hätte und erst hernach von dieser gefallen wäre. Es genüge, dass die Ladung nachweislich nicht gegen das Herunterfallen von der Ladefläche gesichert gewesen sei, ohne dass beweismässig erhärtet werden müsse, dass dadurch eine konkrete Gefahr für das von der Strafnorm geschützte Rechtsgut entstanden sei (vgl. Beschwerde S. 3/4 Ziff. 2.4.2).
Das abstrakte Gefährdungsdelikt verlangt eine Handlung, die nach allgemeiner Erfahrung generell geeignet ist, eine Gefahr für das geschützte Rechtsgut herbeizuführen, und dies unabhängig davon, ob das Rechtsgut im konkreten Fall in Gefahr geraten ist. Das Transportieren von Sand mit einem Lastwagen ist nach der allgemeinen Erfahrung nur geeignet, eine Gefahr für den Strassenverkehr zu bewirken, wenn der Sand herunterfallen oder leicht weggeblasen werden kann. Nur bei dieser Sachlage entsteht eine abstrakte Gefahr für die Verkehrssicherheit, der gemäss <ref-law> bzw. Art. 73 Abs. 5 VRV mit geeigneten Massnahmen begegnet werden muss. Nach den Feststellungen der Vorinstanz konnte der feuchte Seesand im vorliegenden Fall weder herunterfallen noch leicht weggeblasen werden. Bei dieser Sachlage schuf der Beschwerdeführer keine abstrakte Gefahr für den Strassenverkehr. Davon, dass die kantonalen Richter die Bedeutung der angewendeten Bestimmungen missverstanden hätten, kann nicht die Rede sein.
3. Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben. Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung auszurichten, weil er vor Bundesgericht keine Umtriebe hatte.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Strafabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Januar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: C. Monn