Faits:
A. A.a Dame X._, née en 1947, et X._, né en 1946, ont accueilli dans le courant de l'année 2000, en qualité de parents nourriciers, l'enfant A._, né en 1999, fils de dame Y._.
Après une longue procédure, l'Autorité de surveillance des tutelles du canton de Genève a, par décision du 4 février 2003, autorisé les époux X._ à accueillir cet enfant en vue de son adoption, puis a prononcé celle-ci le 18 août 2003.
A.b Le 9 septembre 2008, dame Y._ a donné naissance à une fille, prénommée B._. Il ressort d'un courrier de dame Y._ du 29 septembre 2008 que dame X._ l'a accompagnée durant toute sa grossesse et a assisté à l'accouchement; elle y exprime son souhait que sa fille soit placée chez dame X._ pour qu'elle puisse bénéficier de la même éducation que son fils.
B. B.a Par décision du 24 septembre 2008, l'Office de la jeunesse du canton de Genève a refusé la requête de dame X._ tendant à l'obtention d'une autorisation d'accueillir l'enfant B._ dans le cadre d'un placement nourricier.
B.b Par acte du 23 octobre 2008, dame X._ a recouru auprès de l'Autorité de surveillance des tutelles du canton de Genève. Entendue en comparution personnelle, elle a expliqué que son époux avait subi dans le courant de l'été 2008 une opération de changement de sexe et pris le prénom de C._, ce qu'elle n'avait pas mentionné dans son acte de recours parce que, d'une part, elle n'y avait pas pensé et que, d'autre part, son époux avait éprouvé des craintes pour sa vie en rapport avec cette intervention chirurgicale, effectuée à l'étranger.
Par arrêt du 9 décembre 2008, l'Autorité de surveillance des tutelles a confirmé le refus de l'Office de la jeunesse.
C. Dame X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette décision, concluant à sa réforme en ce sens qu'elle est autorisée à accueillir l'enfant B._; subsidiairement, elle conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents et d'une appréciation arbitraires de ceux-ci, d'une violation de l'art. 5 de l'Ordonnance du 19 octobre 1977 réglant le placement d'enfants à des fins d'entretien et en vue d'adoption (OPEE; RS 211.222.338), ainsi que du droit au respect de la vie privée et familiale garanti par les art. 17 du Pacte international du 16 décembre 1966 relatif aux droits civils et politiques (Pacte ONU II; RS 01.103.2), 8 al. 1 et 16 de la Convention du 20 novembre 1989 relative aux droits de l'enfant (CDE; RS 01.107), 8 CEDH, 13 et 36 Cst.
Des observations n'ont pas été sollicitées.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 Le recours est dirigé contre le refus de la cour cantonale de délivrer une autorisation de placement auprès de parents nourriciers. Cette décision relève de la protection de l'enfant (cf. <ref-law>), à savoir d'un domaine connexe au droit civil (art. 72 al. 2 let. b ch. 7 LTF; cf. arrêt 5A_619/2008 du 16 décembre 2008 consid. 1.1); partant, la voie du recours en matière civile est ouverte.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>), qui comprend les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 152). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (<ref-law>), ces exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 3 p. 351/352 et les arrêts cités).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Le recourant doit démontrer que la violation qu'il invoque est susceptible d'avoir une influence sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF); il doit rendre vraisemblable que la décision finale eût été différente si les faits avaient été établis de façon conforme au droit.
2. L'autorité cantonale a considéré que le placement d'un nourrisson auprès d'une femme âgée de plus de soixante ans n'est pas dans l'intérêt de cet enfant; cette circonstance prend d'autant plus de poids que la recourante sollicite manifestement ce placement dans une optique de durée et tend plus à une adoption qu'à un placement nourricier. En outre, l'art. 5 OPEE fait référence à l'état de santé des "parents nourriciers", ce qui sous-entend que, en principe, un enfant devrait être placé dans un foyer composé d'un couple, à savoir d'un homme et d'une femme, condition qui n'est pas remplie en l'espèce. A supposer qu'une personne seule puisse se voir confier un enfant en qualité de parent nourricier, il faudrait à tout le moins que sa situation familiale soit particulièrement favorable; or, tel n'est pas le cas en l'occurrence: non seulement la famille ne comporte plus aucune figure masculine, mais encore la fillette se trouverait confrontée à une situation complexe sur tous les plans, en particulier aux points de vue identitaire et social. Être élevée par deux grands-mères, dont l'une est le père adoptif de son demi-frère, n'est assurément pas une configuration favorable pour un départ dans la vie. Enfin, l'autorité cantonale a estimé que la circonstance du lien de parenté entre A._ et B._ n'est pas déterminante; des liens entre frère et soeur peuvent, en effet, se nouer sans que B._ ne soit placée chez la recourante, la différence d'âge entre ces enfants pouvant en outre entraîner que A._ quitte le foyer familial alors que B._ ne serait qu'en âge de scolarité primaire. Celle-ci se retrouverait alors seule avec des parents nourriciers âgés, de surcroît du même sexe.
3. 3.1 La recourante se plaint tout d'abord d'une constatation inexacte et d'une appréciation arbitraire des faits. D'une part, elle soutient que son âge ne constitue pas un obstacle au placement; elle jouit, en effet, d'une excellente santé attestée par certificat médical, qu'elle reproche aux juges précédents de ne pas avoir pris en considération, et paraît "plus jeune que son âge". A cet égard, elle reproche à l'autorité cantonale de ne s'être fondée sur aucune évaluation de son état de santé, ni d'en avoir ordonné une, se contentant de présumer un état de santé déficient en raison de son âge. D'autre part, c'est à tort que l'autorité cantonale aurait admis que la séparation de A._ d'avec sa demi-soeur ne serait pas de nature à porter préjudice à celui-ci; les arguments de l'autorité ne sauraient être suivis "dans la mesure où ils ne se basent sur aucune évaluation mais bien sur son opinion personnelle". Le père de B._ pourrait être le même que celui de A._; or, la séparation d'une fratrie est néfaste au développement des enfants. Enfin, elle reproche aux juges précédents d'avoir assimilé la transformation sexuelle de son conjoint à un état de santé déficient; elle affirme que A._ n'est pas perturbé par cette transformation et qu'il n'en irait pas différemment pour B._. Son époux reste un homme aux yeux des autorités, de sorte qu'ils ne forment pas un couple homosexuel. Au surplus, elle reproche à l'autorité cantonale d'avoir ignoré la volonté de la mère biologique.
La recourante reprend les mêmes critiques, qu'il convient d'examiner successivement (cf. infra, consid. 3.3), sous le couvert d'une violation de l'art. 5 OPEE, dont elle remplirait les conditions: son état de santé serait parfait, ses qualité personnelles et éducatives reconnues par beaucoup de parents d'élèves - faisant grief à l'autorité cantonale de n'avoir pas tenu compte des attestations qu'ils ont établies et qu'elle a produites - et le placement de B._ ne serait nullement préjudiciable au bien-être de A._; enfin, elle vit dans un appartement de cinq pièces. Dans ces circonstances, l'autorité cantonale "n'avait pas la liberté de rendre une décision fondée uniquement sur ses conceptions morales personnelles".
3.2 Le placement d'enfants auprès de parents nourriciers est soumis à l'autorisation et à la surveillance de l'autorité tutélaire ou d'un autre office du domicile des parents nourriciers, désigné par le droit cantonal (<ref-law>).
Aux termes de l'art. 5 al. 1 OPEE, l'autorisation ne peut être délivrée que si les qualités personnelles, les aptitudes éducatives, l'état de santé des parents nourriciers et des autres personnes vivant dans leur ménage, et les conditions de logement offrent toute garantie que l'enfant placé bénéficiera de soins, d'une éducation et d'une formation adéquats et que le bien-être des autres enfants vivant dans la famille sera sauvegardé.
L'examen de ces conditions doit s'opérer à la lumière du bien de l'enfant (BREITSCHMID, in Basler Kommentar, 3e éd. 2006-2007, n° 6 ad <ref-law>), comme en matière d'autorisation de placement en vue d'adoption (cf. art. 11b al. 1 let. a OPEE). Le Tribunal fédéral n'a pas à substituer sa propre appréciation du bien de l'enfant à celle de l'autorité cantonale et des enquêteurs, mais uniquement à examiner si des circonstances pertinentes n'ont pas été prises en considération ou, à l'inverse, si des éléments déterminants ont été omis (arrêt 5A.19/2006 du 5 décembre 2006 consid. 3.4 in fine et la référence, in FamPra.ch 2007 p. 422).
L'examen de ces conditions doit s'opérer à la lumière du bien de l'enfant (BREITSCHMID, in Basler Kommentar, 3e éd. 2006-2007, n° 6 ad <ref-law>), comme en matière d'autorisation de placement en vue d'adoption (cf. art. 11b al. 1 let. a OPEE). Le Tribunal fédéral n'a pas à substituer sa propre appréciation du bien de l'enfant à celle de l'autorité cantonale et des enquêteurs, mais uniquement à examiner si des circonstances pertinentes n'ont pas été prises en considération ou, à l'inverse, si des éléments déterminants ont été omis (arrêt 5A.19/2006 du 5 décembre 2006 consid. 3.4 in fine et la référence, in FamPra.ch 2007 p. 422).
3.3 3.3.1 Contrairement à ce qu'affirme la recourante, l'autorité cantonale n'a pas déduit de son âge un état de santé déficient. Elle a retenu, à juste titre, que sa différence d'âge avec B._ - 61 ans - est trop importante et qu'il n'est pas dans l'intérêt de cet enfant d'être élevé par une femme qui, lorsque la fillette sera en âge de scolarité, sera elle-même à la retraite, respectivement aura 75 ans quand B._ sera adolescente. Que la recourante jouisse d'un excellent état de santé, respectivement qu'elle "paraisse plus jeune que son âge", n'est pas de nature à modifier cette appréciation. Au demeurant, la problématique liée à l'âge de l'intéressée est d'autant plus importante en l'espèce que, comme l'a retenu l'autorité cantonale - sans que la recourante ne remette en cause cette constatation - sa demande d'autorisation vise un placement de longue durée, dès lors qu'elle insiste sur le fait que B._ est la demi-soeur, voire la soeur, de son fils adoptif A._. Or, force est de constater que la recourante ne pourrait obtenir le placement de B._ en vue de son adoption - abstraction faite par ailleurs de sa situation familiale - compte tenu de son âge. Conformément à l'art. 11 al. 3 let. a OPEE, il convient en effet de prendre tout particulièrement en compte l'intérêt de l'enfant lorsque la différence d'âge entre celui-ci et le futur parent adoptif est de plus de quarante ans. A cet égard, le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de juger qu'une différence d'âge de 45 ans est trop importante (arrêts 5A.19/2006 du 5 décembre 2006 consid. 3.3, in FamPra.ch 2007 p. 422: femme de 49 ans désirant adopter un enfant entre 1 et 3 ans; 5A.6/2004 du 7 juin 2004, consid. 3.2, in FamPra.ch 2004 p. 710: célibataire ayant "près de 50 ans" désirant adopter une fille de moins de 5 ans; <ref-ruling> consid. 7a p. 167/168 et les références). Dans le cas présent, la recourante ne saurait, sans que sa requête ne confine à l'abus de droit, contourner l'impossibilité d'accueillir B._ en vue d'une adoption, en sollicitant un placement nourricier, qui vise en réalité une adoption de fait.
3.3.2 En ce qui concerne la "transformation sexuelle" de son mari, la recourante déforme les propos de l'autorité cantonale lorsqu'elle affirme que celle-ci l'assimile à un "état de santé déficient". Les juges précédents se sont bornés à dire qu'il n'est pas dans l'intérêt de B._ d'être placée chez la recourante, dont le mari a subi récemment une opération de changement de sexe, en raison notamment de l'absence de figure masculine au sein du foyer familial et des difficultés identitaires et sociales que cette transformation pourrait entraîner pour l'enfant.
Avec les juges précédents, on peut se demander si, à l'instar de ce qui vaut en matière d'autorisation de placement en vue d'adoption (cf. <ref-law>), une personne mariée peut demander seule une autorisation de placement en qualité de "parent nourricier". Cette question peut demeurer indécise, dans la mesure où l'art. 5 al. 1 OPEE prévoit dans tous les cas que les qualités personnelles, les aptitudes éducatives et l'état de santé des "autres personnes vivant dans le ménage des parents nourriciers" doivent également faire l'objet de l'enquête préalable à la délivrance de l'autorisation. Ainsi, on ne peut faire abstraction de la situation familiale particulière de la recourante et du récent changement de sexe de son époux, que l'autorité cantonale a correctement pris en considération dans l'examen du bien de l'enfant.
Le fait que le mari de l'intéressée soit un homme dans les registres de l'état civil, respectivement que sa carte d'identité et son permis de conduire attestent son genre masculin - ce qui, au demeurant, ne ressort pas de la décision attaquée (<ref-law>) - n'est pas pertinent. Ce n'est pas tant son changement d'identité, que sa transformation sexuelle et physique qui entraîne l'absence de figure masculine dans le foyer.
3.3.3 S'agissant de l'absence de préjudice pour A._ d'être séparé de sa soeur, la critique de la recourante, en tant qu'elle se borne à affirmer péremptoirement que la séparation d'une fratrie est néfaste et se plaint que l'autorité cantonale se soit basée "sur son opinion personnelle", est infondée, autant qu'elle est suffisamment motivée (cf. supra, consid. 1.3). Le fait que B._ puisse avoir le même père que A._ ne fait pas apparaître l'appréciation de l'autorité cantonale comme erronée; c'est à juste titre que celle-ci a considéré que des liens entre ces enfants pouvaient se nouer sans que B._ ne soit placée auprès de son grand frère. Il ressort en outre de la décision attaquée que A._ n'a plus de contacts avec sa mère biologique. Or, il apparaît, à l'instar de ce qu'a relevé le Service d'évaluation des lieux de placement, que l'accueil de B._ par la recourante serait une source de problèmes pour ce garçon. Nonobstant ce qui précède, s'il pouvait être souhaitable que B._ soit placée dans la famille adoptive de son demi-frère (ou frère), les raisons pour lesquelles son placement auprès de la recourante doit être refusé (cf. supra, consid. 3.3.1 et 3.3.2) l'emportent sur l'intérêt de ces enfants au regroupement de la fratrie.
3.3.4 Enfin, la volonté de la mère biologique ne saurait être décisive, l'autorisation de placement étant délivrée au regard du bien de l'enfant, qui ne correspond pas nécessairement au choix de la mère.
De même, ce ne sont pas les qualités éducatives de la recourante qui sont remises en question. Partant, les différents témoignages de parents d'élèves fréquentant l'école de A._ ne sont pas de nature à influencer l'issue du recours (cf. supra, consid. 1.3). Ainsi, on ne saurait faire grief à l'autorité cantonale d'avoir établi les faits de manière arbitrairement incomplète.
3.3.5 Vu ce qui précède, la juridiction précédente n'a pas enfreint l'art. 5 al. 1 OPEE.
4. La recourante se plaint en outre d'une violation de son droit au respect de la vie privée et familiale garanti par les art. 17 du Pacte ONU II, 8 al. 1 et 16 CDE, 8 CEDH, et 13 Cst. A l'appui de son grief, elle fait valoir que, conformément à l'art. 36 Cst., une restriction à un droit fondamental doit être fondée sur une base légale, être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui et doit être proportionnée au but visé; or, selon elle, le bien de l'enfant - qui constitue le bien public visé par l'art. 5 al. 1 OPEE - résiderait dans le fait que B._ vive avec son frère et la recourante, ce qui correspond par ailleurs à la volonté de sa mère biologique, et qu'elle bénéficie de stabilité. En outre, la décision attaquée violerait le principe de proportionnalité, plus particulièrement le sous-principe de la nécessité, en ce sens que l'autorité cantonale n'a pas envisagé une mesure moins incisive, à savoir "un placement qui serait accompagné d'une surveillance étroite de l'autorité".
La critique de la recourante tombe à faux s'agissant de la question du bien de l'enfant, qui, comme exposé ci-dessus (cf. supra, consid. 3), ne réside pas dans son placement chez elle. C'est également à tort qu'elle voit une mesure moins incisive dans un "placement sous surveillance étroite"; une telle mesure spécifique n'existe pas, car le placement d'un enfant chez des parents nourriciers est dans tous les cas assorti d'une surveillance de l'autorité (art. 10 OPEE).
5. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante et à l'Autorité de surveillance des tutelles du canton de Genève.
Lausanne, le 6 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet