Sachverhalt:
A.
A._ führt als Einzelunternehmer einen Taxibetrieb in der Stadt Basel. Mit diversen Schreiben forderte die Eidgenössische Steuerverwaltung ihn auf, die Bilanzen und Erfolgsrechnungen, die Aufwand- und Ertragskonti, Fahrtenschreiber- und Kontrollkarten sowie die Servicerechnungen aller Fahrzeuge einzureichen. In der Folge reichte A._ seine Buchhaltungsunterlagen, Tagesrapporte, Fahrtenschreiber- und Kontrollkarten nur unvollständig ein. Ein zeitnah und fortlaufend geführtes Kassabuch über die täglichen Einnahmen lag nicht vor.
Nach Prüfung der Unterlagen trug die Eidgenössische Steuerverwaltung A._ gemäss Schreiben vom 23. September 2009 rückwirkend ab 1. Januar 2005 im Register der Steuerpflichtigen ein. Da die eingereichten Unterlagen keine genaue Berechnung des Umsatzes zuliessen, setzte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Mehrwertsteuer für die Steuerperioden vom 1. Januar 2005 bis 31. Dezember 2008 nach Ermessen fest.
Eine Einsprache hiess die Eidgenössische Steuerverwaltung am 25. Juli 2012 teilweise gut und setzte die Mehrwertsteuer auf Fr. 20'503.-- zuzüglich Verzugszinsen fest. Für die Steuerperioden vom 1. Januar 2004 bis 31. Mai 2008 ging sie davon aus, dass sich der Taxibetrieb des Steuerpflichtigen im Kanton Basel-Landschaft befand. Da sie hierfür über keine regionsspezifischen Erfahrungszahlen verfügte, nahm sie die Umsatzschätzung aufgrund der "geographisch unabhängigen Schätzungsmethode anhand des Benzinverbrauchs" vor. Als Grundlage dienten ihr die Datensätze von 40 Unternehmen in der ganzen Schweiz, aus denen sich ergibt, dass der jährliche Benzinaufwand eines Taxifahrers - nach Abzug des Privatanteils - durchschnittlich 7,6 % (gerundet 8 %) des erzielten Umsatzes ausmacht. Den Benzinverbrauch ermittelte die Steuerverwaltung anhand der Ausgabenliste des Steuerpflichtigen für die Jahre 2004 bis 2008.
Für die Steuerperiode vom 1. Juni 2008 bis 31. Dezember 2008 ging die Eidgenössische Steuerverwaltung davon aus, dass sich der Taxibetrieb des Steuerpflichtigen im Kanton Basel-Stadt befand. Grundlage der Umsatzkalkulation bildeten die Daten der (unvollständigen) Fahrtenschreiber- und Kontrollkarten dieses Jahres (Juni bis November). Gestützt darauf ermittelte die Eidgenössische Steuerverwaltung die geschäftlich gefahrenen Kilometer und multiplizierte diese mit ihrem lokalen, vom Bundesgericht wiederholt bestätigten Erfahrungswert, wonach der Umsatz für Taxibetriebe in der Stadt Basel durchschnittlich Fr. 2.15 pro geschäftlich gefahrenem Kilometer beträgt (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2C_206/2012 vom 6. September 2012 E. 5; 2C_569/2012 vom 6. Dezember 2012 E. 5).
B.
Eine Beschwerde des Steuerpflichtigen hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 11. März 2013 teilweise gut, hob den Einspracheentscheid vom 25. Juli 2012 im entsprechenden Umfang auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. Die Rückweisung bezieht sich auf die Bemessung des Umsatzes für den Zeitraum vom 1. Januar 2005 bis 31. Mai 2008 (Taxibetrieb im Kanton Basel-Landschaft). Das Gericht erwog, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung hinsichtlich dieser Perioden ihren Einspracheentscheid nicht genügend begründet habe. Diese müsse den neuen Entscheid (besser) begründen und die individuellen Verhältnisse des Steuerpflichtigen soweit möglich berücksichtigen (erwähntes Urteil E. 3.3.).
C.
Hiergegen führt die Eidgenössische Steuerverwaltung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit die Beschwerde des Steuerpflichtigen gutgeheissen worden sei, und es sei der Einspracheentscheid auch hinsichtlich dieser Steuerperioden (1. Januar 2005 bis 31. Mai 2008) zu bestätigen.
Der Beschwerdegegner (Steuerpflichtige) beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei; eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über die Mehrwertsteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Das Beschwerderecht steht gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 141 der Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (SR 641.201) auch der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu (Urteil 2C_678/2012 vom 17. Mai 2013 E. 1.3).
1.2. Die Beschwerde ist nach Art. 90 BGG zulässig gegen Endentscheide, gegen Vor- und Zwischenentscheide nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 und 93 BGG.
Die Vorinstanz hat den Einspracheentscheid (teilweise) aufgehoben und die Sache an die Eidgenössische Steuerverwaltung zur Fällung eines neuen Entscheides im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen. Angefochten ist somit ein Rückweisungsentscheid. Solche Entscheide sind grundsätzlich Zwischenentscheide, gegen die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht Beschwerde erhoben werden kann, selbst wenn damit über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden wird (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 4.2 und 4.3 S. 481 f.). Wenn jedoch der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, handelt es sich in Wirklichkeit um einen Endentscheid (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.3; Urteil des Bundesgerichts 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1).
Die Vorinstanz hat die Angelegenheit an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückgewiesen, weil diese ihren Einspracheentscheid bezüglich der Perioden vom 1. Januar 2005 bis 31. Mai 2008 (Taxibetrieb im Kanton Basel-Landschaft) nicht genügend begründet habe. Die Steuerverwaltung habe ihren neuen Entscheid besser zu begründen und dabei soweit möglich den individuellen Verhältnissen des Steuerpflichtigen Rechnung zu tragen. Der Eidgenössischen Steuerverwaltung verbleibt damit nicht bloss die Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten, sondern sie hat den Fall umfassend zu prüfen. Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich folglich nicht um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG, sondern um einen Zwischenentscheid nach Art. 93 BGG.
1.3. Gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbstständig anfechten können, weil sie sich immer noch mit Beschwerde gegen den Endentscheid beim Bundesgericht zur Wehr setzen können (Art. 93 Abs. 3 BGG; <ref-ruling> E. 3.2). Es obliegt der beschwerdeführenden Partei darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 in fine; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2).
1.4. Zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführerin durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG droht.
1.4.1. Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne dieser Vorschrift wird gesprochen, wenn der Nachteil auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.2.1; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170; <ref-ruling> E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist anzunehmen, wenn es einer Partei bloss darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 36). Ein Rückweisungsentscheid, mit dem eine Sache zu neuer Abklärung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, sondern führt bloss zu einer Verlängerung des Verfahrens (<ref-ruling> E. 1.2.1; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170; <ref-ruling> E. 5.2.1 S. 483).
Anders verhält es sich für die Behörde, welche gezwungen wird, eine ihrer Ansicht nach rechtswidrige Verfügung zu erlassen, die sie nicht mehr anfechten kann (BGE <ref-ruling> ff. E. 5.2.2 ff. S. 483; zur Publikation bestimmtes Urteil 8C_886/2013 vom 6. Juni 2014 E. 3.7.1 f.; Urteil 2C_151/2013 vom 24. Mai 2014 E. 1.2.3). Das ist dann der Fall, wenn der Rückweisungsentscheid materiellrechtliche Vorgaben enthält, welche die untere Instanz bei ihrem neuen Entscheid befolgen muss. Erschöpft sich der Rückweisungsentscheid darin, dass eine Frage ungenügend abgeklärt und deshalb näher zu prüfen sei, ohne dass damit materiellrechtliche Vorgaben verbunden sind, so entsteht der Behörde, an die zurückgewiesen wird, kein nicht wieder gutzumachender Nachteil (Urteil 2C_151/2013 vom 24. Mai 2014 E. 1.2.3 mit Hinweis).
1.4.2. Vorliegend hat die Eidgenössische Steuerverwaltung aufgrund der oberinstanzlichen Anweisungen im Rückweisungsentscheid die Grundlagen ihrer Erfahrungszahlen zu erläutern und zu begründen, inwiefern die Unternehmung des Beschwerdegegners mit den zum Vergleich herangezogenen Betrieben übereinstimme. Die Vorinstanz bemängelte insbesondere, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung in Bezug auf die in den Zeitraum vom 1. Januar 2005 bis 31. Mai 2008 fallenden Umsätze (Taxibetrieb im Kanton Basel-Landschaft) erst in der Vernehmlassung aufgezeigt habe, wie sie ihre Erfahrungszahlen über den Benzinaufwand am Gesamtumsatz der Taxiunternehmen ermittelt habe. Die Steuerverwaltung äussere sich aber nur zur Anzahl der Datensätze, zum Erhebungszeitraum dieser Datensätze und zur Streubreite zwischen Maximal- und Minimalwert der ermittelten Daten. Es sei unklar, welche statistischen Grundlagen (ländlich/städtisch, Anteil Leerfahrten etc.) diesen Erfahrungszahlen zugrunde liegen würden. Auch werde nicht erläutert, inwiefern mit der Ermessenseinschätzung, basierend auf der "geographisch unabhängigen Schätzungsmethode aufgrund des Benzinaufwands", den regionalen und betrieblichen Gegebenheiten des Beschwerdeführers Rechnung getragen werde. Die Vergleichbarkeit des Betriebes des Beschwerdeführers mit den Betrieben, von welchen die Erfahrungszahlen erhoben worden seien, sei damit nicht erstellt (angefochtenes Urteil E. 3.2.2.3 f.).
Damit hat aber die Beschwerdeführerin den Fall grundsätzlich zu prüfen und bleibt der Ausgang des Verfahrens offen. Die von der Vorinstanz geforderte verbesserte Begründung braucht im Ergebnis auch nicht zu einer tieferen Umsatzschätzung zu führen. Das allein bewirkt für die Eidgenössische Steuerverwaltung noch keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne der Rechtsprechung.
1.4.3. Die Beschwerdeführerin erblickt den nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG darin, dass ihr die Vorinstanz mit den Anforderungen an die Prüfungs- und Begründungspflicht eine Beweislast auferlege, welche sie nicht erfüllen könne und die sie in der Wahrnehmung ihrer gesetzlichen Aufgaben behindere.
Diese Befürchtungen sind unbegründet. Die Beschwerdeführerin hat ihre "geographisch unabhängige Schätzungsmethode aufgrund des Benzinaufwandes" in der Vernehmlassung vom 12. November 2012 an die Vorinstanz erläutert. Es geht um die 40 Datensätze von Taxibetrieben in der ganzen Schweiz, aus welchen die Beschwerdeführerin ihre überregional gültigen Erfahrungszahlen gewinnt. Im bundesgerichtlichen Verfahren reichte die Beschwerdeführerin das vertrauliche Spezialdossier mit den 40 Datensätzen ein. Es fehlen jetzt noch die Angaben über Art und Grösse der geprüften Taxibetriebe, über die Anzahl der Beschäftigten, ob es sich um ländliche oder städtische Betriebe handelt u. dgl., die aber im vertraulichen Spezialdossier ebenfalls weitgehend enthalten sind. Der Eidgenössischen Steuerverwaltung kann es im Rahmen einer Ermessensveranlagung auch nicht grundsätzlich verwehrt sein, solche Datensätze zu verwenden, wenn sich der Umsatz nicht direkt bestimmen lässt. Sie muss dabei auch nicht die für den Steuerpflichtigen günstigsten Annahmen treffen, weil die Vernachlässigung von Verfahrenspflichten sich nicht lohnen darf (Urteil 2C_1077/2012 vom 24. Mai 2012 E. 2.3 mit zahlreichen Hinweisen). Die Eidgenössische Steuerverwaltung kann im Rahmen einer Ermessensveranlagung zudem schwerlich verpflichtet werden, im Hinblick auf die Ermessensveranlagung des Beschwerdeführers Datensätze und Erfahrungszahlen für die Region Laufen/BL zu erheben (vgl. Urteil 2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 4.2). Nichts anderes verlangte auch die Vorinstanz im angefochtenen Urteil.
1.4.4. Dem ermessensweise eingeschätzten Steuerpflichtigen muss es aber möglich sein, den Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung zu erbringen, etwa indem der Beschwerdeführer aufzeigt, dass die von der ESTV beigezogenen Vergleichszahlen von Unternehmen stammen, die sich klar und unzweifelhaft nicht mit denjenigen seines eigenen Betriebs vergleichen lassen (vgl. Urteil 2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 4.4 und 4.5). Hierfür sind ihm die Grundlagen der Erfahrungszahlen offen zu legen. Dabei können die aus öffentlichem Interesse und aus Geschäftsgeheimnissen geheim zu haltenden Angaben abgedeckt oder anonymisiert werden (ausführlich Urteil 2A.651/2005 vom 21. November 2006 E. 2, in: RDAF 2007 II S. 140). Hingegen geht es nicht an, dem Steuerpflichtigen die Bekanntgabe überhaupt zu verweigern. Es geht um seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und dem daraus fliessenden Recht auf Orientierung und Mitwirkung (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 4.1).
Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist damit für die Beschwerdeführerin nicht verbunden.
1.5. Zu prüfen bleibt, ob die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt sind. Nach dieser Bestimmung ist die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide auch zulässig, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Ob diese Voraussetzung erfüllt ist, prüft das Bundesgericht frei (<ref-ruling> E. 1.2.3 mit Hinweis).
Käme das Bundesgericht vorliegend zum Schluss, die Beschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung sei gutzuheissen, würde dies bedeuten, dass die Vorinstanz den Einspracheentscheid zu Unrecht als mangelhaft begründet qualifiziert hätte. Das Verfahren wäre somit bei der Vorinstanz wieder offen, und diese müsste die Beschwerde des Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid materiell prüfen. Allein mit Gutheissung der Beschwerde liesse sich noch kein Endentscheid herbeiführen. Somit liegt auch kein Anwendungsfall von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG vor.
2.
Auf die Beschwerde ist nach dem Gesagten nicht einzutreten. Als unterliegende Partei hat die Eidgenössische Steuerverwaltung die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen, da sie Vermögensinteressen vertritt (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 4 a contrario BGG). Sie hat zudem den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Eidgenössischen Steuerverwaltung auferlegt.
3.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juli 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann