Sachverhalt:
A. Mit Vertrag vom 30. September 2002 verkaufte D._, Hegenheim/Frankreich (Beschwerdegegnerin 1) zusammen mit weiteren Personen sämtliche Aktien der Y._ AG mit Sitz in Basel an die in der Schweiz wohnhaften A._, B._ und C._ (Beschwerdeführer). Revisionsstelle der verkauften Gesellschaft war bis Anfang März 2003 die X._ AG, Basel (Beschwerdegegnerin 2).
Als Preis legten die Parteien provisorisch einen Betrag von Fr. 2.3 Mio. fest, wobei der definitive Kaufpreis anhand einer per 30. September 2002 zu erstellenden Stichtagsbilanz zu bestimmen war. Zudem wurde vereinbart, dass vom provisorischen Kaufpreis die Debitorenbewertung sowie die Korrektur auf Warenlager abzuziehen seien sowie dass das Eigenkapital der Gesellschaft per 30. September 2002 mindestens Fr. 426'000.-- betragen müsse (Ziff. 7.2 des Kaufvertrags). Für allfällige Streitigkeiten vereinbarten die Parteien die Zuständigkeit des Zivilgerichts Basel-Stadt; zudem wurde das schweizerische Recht für anwendbar erklärt (Ziff. 23 des Kaufvertrags).
Die Bilanz vom 30. September 2002 ergab, dass die Y._ AG per Stichtag überschuldet war. Die Verkäufer erbrachten daraufhin Sanierungsleistungen im Umfang von Fr. 920'000.--, indem sie auf Aktionärsdarlehen in der Höhe von Fr. 520'000.-- verzichteten und einen Zuschuss von Fr. 400'000.-- leisteten. Zudem legten die Parteien die Höhe der Wertberichtigungen fest. Über die weiter zu erbringenden Leistungen der Verkäufer erzielten die Parteien keine Einigung.
B. B.a Nach gescheitertem Vermittlungsverfahren vor dem Zivilgericht Basel-Stadt stellten die Beschwerdeführer unter anderem das Rechtsbegehren, es seien die Beschwerdegegnerinnen zu verurteilen, den Beschwerdeführern in solidarischer Verpflichtung den Betrag von Fr. 2'460'262.--, eventualiter den Betrag von Fr. 2'278'218.-- mit Zins zu 5 % ab 30. September 2002 zu bezahlen.
Mit Entscheid vom 15. Februar 2006 verurteilte das Zivilgericht Basel-Stadt die Beschwerdegegnerin 1, den Beschwerdeführern Fr. 225'192.91 nebst Zins zu 5 % seit 30. September 2002 zu bezahlen. Die Mehrforderung wies es ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden war.
B.b Auf Appellation der Beschwerdeführer hin bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt das erstinstanzliche Urteil mit der Ergänzung, dass die Klage gegen die Beschwerdegegnerin 2 abgewiesen wurde.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Appellationsgerichts Basel-Stadt vom 3. September 2008 sei aufzuheben. Die Beschwerdegegnerin 1 sei zu verurteilen, den Beschwerdeführern Fr. 275'192.91 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 30. September 2002 zu bezahlen. Zudem seien beide Beschwerdegegnerinnen solidarisch zur Zahlung von Fr. 2 Mio. zuzüglich Zins zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur weiteren Abklärung des Sachverhalts und zu neuem Urteil im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung die kostenfällige Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Verfügung vom 8. April 2009 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführer um Ansetzung einer Frist zur Einreichung einer Replikschrift ab, wobei es darauf hinwies, dass es der beschwerdeführenden Partei freistehe, sich zur Beschwerdeantwort sowie zur Vernehmlassung der Vorinstanz zu äussern. Mit Schreiben vom 17. April 2009 reichten die Beschwerdeführer dem Bundesgericht eine Replikschrift ein. Am 20. April 2009 wurde diese den Beschwerdegegnerinnen zur Kenntnisnahme zugestellt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.3 Diese Grundsätze verkennen die Beschwerdeführer. Sie stellen ihren rechtlichen Vorbringen allgemeine Ausführungen voran, in der sie den Sachverhalt sowie die Prozessgeschichte aus ihrer Sicht darlegen und weichen dabei in zahlreichen Punkten von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ab oder erweitern diese, ohne jedoch zu begründen, inwiefern sich Ausnahmen von der Sachverhaltsbindung gemäss Art. 105 Abs. 2 und <ref-law> rechtfertigen. So bringen sie unter anderem vor, der vereinbarte Kaufpreis habe nach dem Willen beider Parteien den nach der "Discounted Cash Flow"-Methode aufgrund der Ertragskraft bestimmten Wert der verkauften Aktiengesellschaft widerspiegeln sollen. Sie legen auch etwa dar, die ihnen zwecks Preisverhandlung überlassene Jahresrechnung 2001 der Zielgesellschaft hätte für das Geschäftsjahr 2001 anstatt eines Gewinns von Fr. 159'500.-- einen Verlust von Fr. 577'100.-- ausweisen müssen. Dies sei nicht der Fall gewesen, weil die Beschwerdegegnerin 1 als Geschäftsführerin Bilanzmanipulationen angeordnet hätte. Diese Vorbringen haben insoweit unbeachtlich zu bleiben.
Auch in ihrer weiteren Beschwerdebegründung weichen die Beschwerdeführer wiederholt von den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ab oder erweitern diese, als ob dem Bundesgericht eine freie Prüfung sämtlicher Tat- und Rechtsfragen zukäme. Dabei behaupten sie zwar jeweils eine willkürliche bzw. aktenwidrige tatsächliche Feststellung oder eine Verletzung der Begründungspflicht bzw. des rechtlichen Gehörs, verfehlen dabei jedoch regelmässig die gesetzlichen Begründungsanforderungen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Insbesondere lässt sich dem angefochtenen Entscheid entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer nicht entnehmen, dass die tatsächliche Ertragskraft der verkauften Gesellschaft von der zugesicherten abweicht, geschweige denn, dass die Verkäufer den Käufern überhaupt eine bestimmte Ertragskraft der verkauften Gesellschaft zugesichert hätten und in welchem Umfang dies der Fall sein soll.
Soweit überhaupt erheblich, ist das Vorbringen der Beschwerdeführer, die Verkäufer hätten mit der Y._ AG eine Rangrücktrittsvereinbarung für ihre Forderungen auf Darlehensrückzahlung abgeschlossen, neu und daher nach <ref-law> unbeachtlich.
Soweit die Beschwerdeführer ihre rechtlichen Vorbringen auf einen Sachverhalt stützen, der von den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht, sind sie - mit Ausnahme der nachfolgend zu prüfenden Willkürrüge - nicht zu hören. Da die Rechtsschrift in unzulässiger Weise Sachverhaltsrügen und rechtliche Vorbringen vermengt, ist im Folgenden auf die Vorbringen der Beschwerdeführer nur noch insoweit einzugehen, als daraus wenigstens sinngemäss erkennbar ist, welche Bundesrechtssätze und inwiefern diese durch den angefochtenen Entscheid verletzt sein sollen, wenn die verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid zugrunde gelegt werden (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>) vor.
2.1 Sie machen geltend, die Vorinstanz habe bei der Berechnung der Kaufpreisanpassung sowie des zur Wiederherstellung des zugesicherten minimalen Eigenkapitals per 30. September 2002 nötigen Betrags (siehe Ziff. 7.2 B. des Kaufvertrags) den von den Käufern zu tragenden Verlustanteil von Fr. 50'000.-- zu ihren Ungunsten doppelt berücksichtigt. Sie rügen insbesondere die vorinstanzliche Feststellung als willkürlich, wonach sich in den von ihnen zitierten Unterlagen kein Hinweis darauf finde, dass sie sich bereits am vereinbarten Verlust beteiligt hätten.
2.1 Sie machen geltend, die Vorinstanz habe bei der Berechnung der Kaufpreisanpassung sowie des zur Wiederherstellung des zugesicherten minimalen Eigenkapitals per 30. September 2002 nötigen Betrags (siehe Ziff. 7.2 B. des Kaufvertrags) den von den Käufern zu tragenden Verlustanteil von Fr. 50'000.-- zu ihren Ungunsten doppelt berücksichtigt. Sie rügen insbesondere die vorinstanzliche Feststellung als willkürlich, wonach sich in den von ihnen zitierten Unterlagen kein Hinweis darauf finde, dass sie sich bereits am vereinbarten Verlust beteiligt hätten.
2.2 2.2.1 Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; je mit Hinweisen).
2.2.2 Die Beschwerdeführer stellen dem Grundsatz nach selbst nicht in Abrede, sich zur Übernahme eines "Verlustanteils" von Fr. 50'000.-- verpflichtet zu haben, sondern rügen vielmehr, dieser sei zu ihren Ungunsten doppelt veranschlagt worden. Sie vermögen mit ihren Vorbringen jedoch keine Willkür darzutun. Die Behauptung der Beschwerdeführer, der vereinbarte "Verlustanteil" habe nach dem Willen der Parteien in einem von Fr. 476'000.-- auf Fr. 426'000.-- herabgesetzten "garantierten Eigenkapital" bestanden, lässt sich nicht auf die Sachverhaltsfeststellungen des angefochtenen Urteils stützen. Auch aus den ins Feld geführten Akten (Kaufvertrag sowie Jahresabschluss der Y._ AG per 31. Dezember 2001) lässt sich kein entsprechender Parteiwille entnehmen, weshalb der Vorwurf der Aktenwidrigkeit ins Leere stösst. Abgesehen davon ist entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer auch aus der in der Klagebegründung aufgestellten Rechnung nicht ohne weiteres erkennbar, dass darin vom ausgewiesenen Eigenkapital von Fr. 476'000.-- und nicht vom "garantierten Eigenkapital" von Fr. 426'000.-- ausgegangen worden wäre. Vielmehr werden an der zitierten Aktenstelle die Sanierungsleistungen ausdrücklich unter Bezugnahme auf das "vertraglich zugesicherte Eigenkapital von Fr. 426'000.--" berechnet.
Zwar erscheinen die Hintergründe des "Verlustanteils" von Fr. 50'000.--, auf den sich die Parteien gemäss dem angefochtenen Entscheid geeinigt haben, als unklar. Der Vorinstanz ist jedoch keine Willkür vorzuwerfen, wenn sie die Behauptung als unerwiesen erachtete, wonach sich die Beschwerdeführer bereits am Verlust beteiligt hätten. Unter dem Gesichtswinkel der Willkür dringt ihre Rüge, die Vorinstanz habe zu ihren Ungunsten einen doppelten Abzug vorgenommen, nicht durch.
3. Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe die vertraglichen Gewährleistungsregeln in Verletzung von Bundesrecht nicht angewendet.
3.1 Die Vorinstanz habe die "eigenständige und zusätzliche Gewährleistungsregelung" nach Ziff. 14 des Kaufvertrags vom 30. September 2002 ignoriert. Stattdessen habe sie die dispositiv vorgesehene gesetzliche Regelung der Gewährleistung (<ref-law>) dargelegt, die vertraglich wegbedungen worden sei. Sodann habe die Vorinstanz zu Unrecht erwogen, dass nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung beim Verkauf aller Aktien einer Gesellschaft eine Sachmängelhaftung für Mängel des Unternehmens nicht in Betracht falle, da eine Haftung für ausdrücklich zugesicherte Eigenschaften des Unternehmens bzw. eine abweichende vertragliche Gewährleistungsregelung der Parteien durchaus denkbar sei. Mit diesen verfehlten Grundannahmen habe die Vorinstanz der zwischen den Parteien vereinbarten Gewährleistung für zugesicherte Eigenschaften des verkauften Unternehmens bundesrechtswidrig die Anwendung versagt. Im Übrigen verbiete <ref-law>, einen Minderungs- oder Schadenersatzanspruch deshalb abzuweisen, weil die Verkäufer eine Rückabwicklung angeboten hätten, diese aber von den Käufern abgelehnt worden sei. Schliesslich habe die Vorinstanz eine Teilanfechtung des Vertrags wegen Irrtum bzw. Täuschung zu Unrecht abgelehnt.
3.2 Die Vorbringen der Beschwerdeführer vermögen die vorinstanzliche Verweigerung weitergehender Minderungs- bzw. Schadenersatzansprüche nicht als bundesrechtswidrig auszuweisen.
Zunächst verfängt die Berufung auf die Gewährleistungsbestimmung nach Ziff. 14 des Kaufvertrags nicht. Die genannte Vertragsklausel regelt die Rechtsfolgen für den Fall, dass sich herausstellt, dass eine von einer Vertragspartei abgegebene Zusicherung nicht zutreffend ist. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführer ist jedoch nicht erstellt, dass die Verkäufer eine bestimmte Ertragskraft zugesichert hätten, womit auch der vertraglich vorgesehene Anspruch auf Minderung oder Schadenersatz ausser Betracht fällt. Die in der Beschwerde kritisierte Erwägung des angefochtenen Entscheids bezieht sich denn auch nicht auf die angeblich unzutreffende Zusicherung der Ertragskraft, sondern auf den von den Beschwerdeführern gerügten Umstand, dass es sich bei der verkauften Gesellschaft im Wesentlichen um eine "aus Passiven bestehende und zu sanierende Firma" handle. Dem Umstand, dass der übertragenen Gesellschaft das zugesicherte minimale Eigenkapital fehlte und Bewertungskorrekturen auf Debitoren sowie Warenlager vorzunehmen waren, hat die Vorinstanz jedoch im Rahmen der vertraglichen Kaufpreisanpassung (Ziff. 7 des Kaufvertrags) bereits Rechnung getragen.
Entsprechend ist der angefochtene Entscheid auch nicht widersprüchlich, wenn er den Beschwerdeführern eine Minderung mit der Begründung versagte, der Kaufpreis sei bereits im Rahmen der Kaufpreisanpassung "gemindert" worden. Einen darüber hinausgehenden Minderungsanspruch erachtete die Vorinstanz als nicht belegt. Wenn auch die vorinstanzliche Erwägung, wonach eine Minderung aufgrund der Ablehnung der Wandelung durch die Käufer ausgeschlossen sei, für sich allein nicht überzeugt, wie die Beschwerdeführer unter Berufung auf <ref-law> zu Recht vorbringen, so hält die Verweigerung weitergehender Minderungs- bzw. Schadenersatzansprüche im Ergebnis vor Bundesrecht dennoch stand.
Unter diesen Umständen ist auch nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz eine Herabsetzung des Kaufpreises mittels Teilanfechtung wegen angeblicher Willensmängel (<ref-law>) zurückgewiesen hat. Die Rüge, <ref-law> sei verletzt worden, geht zudem fehl, da sich dem angefochtenen Entscheid keine Sachverhaltsfeststellungen entnehmen lassen, die auf eine absichtliche Täuschung seitens der Verkäufer schliessen lassen, weshalb für den geltend gemachten Schadenersatzanspruch keine Grundlage besteht. Eine Verletzung von Bundesrecht ist auch in diesem Zusammenhang nicht ersichtlich.
4. Die Beschwerdeführer rügen weiter die Annahme der Vorinstanz als bundesrechtswidrig, der Kaufpreis sei bereits "gemindert" worden.
4.1 Sie bringen vor, "Minderung" sei ein Rechtsbegriff, der im Recht des Fahrniskaufs in <ref-law> definiert werde. Sie bestehe in einer Forderung an den Verkäufer, dem Käufer den Minderwert des Kaufgegenstands gegenüber dem vereinbarten Kaufpreis zu ersetzen, der sich aus einem die Gewährleistung verletzenden Sachmangel ergebe. Dies führe zu einer Herabsetzung des Kaufpreises. Das angefochtene Urteil betrachte den von den Beschwerdeführern geschuldeten Kaufpreis als bereits gemindert. Dabei bringe die Vorinstanz als "Minderung" den Betrag von Fr. 1'113'257.-- in Anschlag, den sie selbst als "Sanierungsleistung" bezeichne. Diese Pflicht der Beschwerdegegnerin 1, das Eigenkapital der verkauften Gesellschaft per 30. September 2002 auf Fr. 426'000.-- zu bringen (vgl. Ziff. 7.2 B. des Kaufvertrags), bestehe aber nicht in einer Herabsetzung des Kaufpreises, sondern in einer Leistung an die Gesellschaft. Den von den Beschwerdeführern bezahlten Kaufpreis setze diese Verpflichtung, die im Umfang von Fr. 920'000.-- bereits erbracht worden sei, nicht herab, weshalb von einer "Minderung" nicht die Rede sein könne. Die Vereinbarung eines minimalen Eigenkapitals von Fr. 426'000.-- nach Ziff. 7.2 B. des Kaufvertrags könne allenfalls als "Nachbesserung" bezeichnet werden, die jedoch am Kaufpreis nichts ändere. Vielmehr stünden die Nachbesserungspflicht und der Minderungsanspruch nebeneinander. Soweit eine Nachbesserung den Kaufgegenstand nicht mängelfrei gemacht habe, könne im Umfang der noch bestehenden Mängel Minderung geltend gemacht werden.
4.2 Die Vorbringen der Beschwerdeführer dringen nicht durch. Zunächst haben die Parteien in Ziff. 7 des Kaufvertrags vereinbart, dass die Festlegung des definitiven Kaufpreises aufgrund einer (per 30. September 2002) zu erstellenden Stichtagsbilanz zu ermitteln ist. Das vereinbarte minimale Eigenkapital von Fr. 426'000.-- nach Ziff. 7.2 B. ist dabei Bestandteil der vertraglichen Festlegung des definitiven Kaufpreises. Ob nun der Umstand, dass der Minimalbetrag unterschritten wurde, im Sinne einer Herabsetzung des provisorischen Kaufpreises in die Kaufpreisberechnung einfliesst oder die Verkäufer mit Sanierungsmassnahmen dafür sorgen, dass das Minimalkapital per Stichtag erreicht wird, führt betragsmässig zum selben Ergebnis, zumal sich die Parteien gemäss dem angefochtenen Entscheid heute einig sind, dass die Beschwerdeführer das Recht haben, unter dem Titel "Sanierung" Leistung an sich selber zu verlangen und nicht ausschliesslich an die gekaufte Gesellschaft. Entscheidend ist demnach, dass die Unterschreitung des minimalen Eigenkapitals zu einer Forderung der Käufer gegenüber den Verkäufern führt, sei dies nun auf Herabsetzung des provisorischen Kaufpreises im Rahmen der Anpassungsklausel (von der Vorinstanz als "Minderung" bezeichnet), sei es auf Ausgleich des geforderten Mindestkapitals per Stichtag (von der Vorinstanz als "Nachbesserung" bezeichnet).
Die Verkäufer haben von dem zur Herstellung des minimalen Eigenkapitals erforderlichen Betrag von Fr. 1'113'257.-- bereits Fr. 920'000.-- geleistet, was auch die Beschwerdeführer nicht in Abrede stellen. Auszugleichen ist von den Verkäufern demnach nur noch der Differenzbetrag von Fr. 193'257.--. Im Betrag dieser noch nicht erbrachten Sanierungsleistung steht den Käufern eine Kaufpreisreduktion nach Ziff. 7.2 B. des Kaufvertrags zu. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, kann der bilanzmässige Fehlbetrag demgegenüber nicht gleichzeitig unter dem Titel "Nachbesserung" sowie im Rahmen der Kaufpreisanpassung berücksichtigt werden, ansonsten der Betrag doppelt ausgeglichen würde, was nicht angeht.
Der Umstand, dass im Rahmen der Anpassungsklausel sowohl Bewertungskorrekturen auf bestimmten Posten als auch ein minimales Eigenkapital vereinbart wurde, weist darauf hin, dass die Parteien mit bilanzmässigen Unwägbarkeiten rechneten. Zu über die erwähnten Beträge hinausgehenden Gewährleistungsansprüchen wären die Beschwerdeführer nur berechtigt, wenn sie Mängel nachgewiesen hätten, die nicht bilanzwirksam sind und daher auch nicht durch die vertragliche Kaufpreisanpassung ausgeglichen werden können. Ungeachtet der Bezeichnung der Ansprüche als "Minderung" oder "Nachbesserung" hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt, wenn sie weitergehende Minderungsansprüche der Beschwerdeführer abwies.
4.3 Von dem um die vertraglichen Wertberichtigungen nach Ziff. 7.1 des Kaufvertrags bereinigten Kaufpreis im Umfang von Fr. 1'486'021.-- sind aus den dargelegten Gründen Fr. 193'257.-- zu Gunsten der Beschwerdeführer in Abzug zu bringen, womit sich der angepasste Kaufpreis auf Fr. 1'292'764.-- bemisst. Unter Berücksichtigung der bereits geleisteten Kaufpreiszahlung von Fr. 1'750'000.-- stünde den Beschwerdeführern ein Rückzahlungsanspruch über Fr. 457'236.-- zu. Davon sind schliesslich die Posten "Fehlzahlung Autopol" (Fr. 182'043.--; unbestritten) sowie "Verlustbeteiligung" (Fr. 50'000.--; siehe vorn E. 2) abzuziehen.
Die den Beschwerdeführern zustehende Rückzahlungsforderung bemisst sich daher wie folgt:
Kaufpreiszahlung durch Käufer
Fr. 1'750'000.--
- Angepasster Kaufpreis
(nach Ziff. 7.1 bereinigter Kaufpreis [1'486'021.--] - verbleibender Fehlbetrag EK [193'257.--])
- Fr. 1'292'764.--
- "Fehlzahlung Autopol"
- Fr. 182'043.--
- "Verlustbeteiligung"
- Fr. 50'000.--
Rückzahlungsforderung:
Fr. 225'193.--
Der Rückforderungsbetrag deckt sich demnach im Ergebnis mit demjenigen der Vor- sowie der Erstinstanz.
5. Soweit die Beschwerdeführer die Erwägungen 5.4 und 9 des angefochtenen Urteils kritisieren, tragen sie dem Bundesgericht mehrheitlich in appellatorischer Weise ihre Sicht der Dinge dar und machen einmal mehr auf Grundlage der von ihnen bevorzugten "Discounted Cash Flow"-Methode weitergehende Herabsetzungsansprüche geltend.
Zwar trifft es zu, dass die Begründung der Vorinstanz teilweise widersprüchlich ist, indem sie zunächst festhält, die Beschwerdeführer hätten für einen Kaufpreis von Fr. 1.5 Mio. das sanierte Unternehmen in Händen, darauf jedoch den herabgesetzten Kaufpreis auf Fr. 300'000.-- bzw. Fr. 372'000.-- veranschlagt. Auch ist nicht nachvollziehbar, worauf die Vorinstanz ihre Feststellung stützt, die Beschwerdeführer würden "mit dieser Firma in Zukunft die von ihren Gutachtern ins Auge gefassten Erträge erwirtschaften können". Zudem leuchtet nicht ohne weiteres ein, inwiefern die geltend gemachten Gewährleistungsansprüche "wirtschaftlich unsinnig" sein sollen und welche Bedeutung dieser Einschätzung bei der rechtlichen Beurteilung zukommen soll.
Entscheidend ist jedoch nicht eine wirtschaftliche Betrachtungsweise von Leistung und Gegenleistung aus heutiger Sicht, sondern die Frage, ob sich auch nach Berücksichtigung der bereits erörterten Kaufpreisanpassungen eine weitere Abweichung von der vertraglich geschuldeten Leistung ausmachen lässt, die einen Minderungs- bzw. Schadenersatzanspruch rechtfertigen würde. Auf eine solche lässt sich aus den Sachverhaltsfeststellungen des angefochtenen Entscheids jedoch nicht schliessen. Wie bereits die Erstinstanz erwogen hat, sind die Beschwerdeführer für die Behauptung, dass die von ihnen ins Feld geführte Bewertung für die Berechnung des Kaufpreises massgeblich gewesen sei, beweislos geblieben. Entsprechend lässt sich aus den eingereichten Unternehmensbewertungen auch nichts zu ihren Gunsten ableiten. Den von den Beschwerdeführern erwähnten Wertberichtigungen auf den Bilanzposten "Warenlager", "Debitoren" sowie "Eigenkapital" hat die Vorinstanz, wie aufgezeigt, im Rahmen der vertraglichen Kaufpreisanpassung Rechnung getragen. Der Umstand, dass hinsichtlich der Bewertung des Unternehmens Unsicherheiten bestanden, wurde von den Parteien erkannt. Entsprechend vereinbarten sie einen Ausgleich im Rahmen der vertraglichen Anpassungsregeln (Ziff. 7 des Kaufvertrags).
Den Nachweis eines weitergehenden Mangels bzw. eines Schadens, der über die von den Parteien antizipierten Korrekturen hinausgeht und daher nicht bereits von der Kaufpreisanpassung erfasst wird, haben die Beschwerdeführer nicht erbracht. Die Vorinstanz hat demnach kein Bundesrecht verletzt, wenn sie den Beschwerdeführern weitergehende Minderungsansprüche versagte. Da kein Schaden erstellt ist, fehlt überdies dem von den Beschwerdeführern gegenüber der Beschwerdegegnerin 2 erhobenen Schadenersatzanspruch die rechtliche Grundlage.
6. Die Beschwerdeführer rügen schliesslich, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem es ihren auf die nicht offengelegte Unterdeckung der Pensionskasse gegründeten Gewährleistungsanspruch über Fr. 400'000.-- abgewiesen habe.
6.1 Die Vorinstanz hat die erhobenen Gewährleistungsansprüche zunächst mit der Begründung abgewiesen, mit dem vereinbarten Kaufpreis lasse sich eine Sanierung bewerkstelligen; zudem hätten die Beschwerdeführer im Januar 2003 in Kenntnis der Unterdeckung auf die von den Verkäufern angebotene Rückabwicklung verzichtet. Das Appellationsgericht verweist zudem auf die Begründung des Zivilgerichts und stellt im Wesentlichen darauf ab, dass die Arbeitgeberin keine Verpflichtung treffe, die Pensionskasse zu sanieren.
6.2 Wie die Beschwerdeführer zutreffend vorbringen, hält die Begründung der Vorinstanz, wonach eine Sanierung der Pensionskasse angesichts der bescheidenen Höhe des Kaufpreises ohne weiteres von der Käuferschaft leistbar sei, einer Überprüfung nicht stand. Der Kaufpreis wird von den Parteien im Rahmen der Vertragsfreiheit festgelegt. Es geht deshalb nicht an, nachträglich aufgrund einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise in das vertraglich festgelegte Austauschverhältnis einzugreifen, indem die Höhe des Kaufpreises zum Anlass genommen wird, einer Partei zustehende Gewährleistungsansprüche zu verweigern.
6.3 Die Verkäufer haben den Käufern in Ziff. 12 e) (2) des Kaufvertrags vom 30. September 2002 schriftlich zugesichert, "dass keine anderen als die in der Stichtagsbilanz per 30.09.2002 und in den Anhängen dieses Vertrages aufgeführten Verbindlichkeiten bestehen, insbesondere, dass keine weiteren Verbindlichkeiten als die in der Stichtagsbilanz aufgeführten Schulden gegenüber Sozialversicherungsgesellschaften inkl. BVG ... bestehen". Sie haben im Weiteren in Ziff. 12 e) (9) bestätigt, dass "es keine substantiellen Tatsachen gibt, welche nicht offengelegt wurden und welche, wenn offengelegt, ohne Zweifel eine vernünftige Käuferin davon abgehalten hätte, diesen Vertrag einzugehen".
Auch wenn die Arbeitgeberin keine Rechtspflicht trifft, Deckungslücken der Pensionskasse laufend auszugleichen, so sind erhöhte Beiträge des Unternehmens zum Ausgleich der Unterdeckung, sei es aus rechtlicher oder aus faktischer Verpflichtung, absehbar. Dies wirkt sich negativ auf den Unternehmenswert aus. Die Verkäufer sicherten den Käufern in Ziff. 12 e) (2) auch für den Bereich der beruflichen Vorsorge zumindest sinngemäss die Ordnungsmässigkeit in finanzieller Hinsicht zu. Die Käufer durften demnach voraussetzen, dass keine Deckungslücke in der Pensionseinrichtung des gekauften Unternehmens bestand (vgl. PETER BÖCKLI, Gewährleistungen und Garantien in Unternehmenskaufverträgen, in: Rudolf Tschäni [Hrsg.], Mergers & Acquisitions, 1998, S. 85). Dies gilt umso mehr, als die Verkäufer in Ziff. 12 e) (9) bestätigten, dass alle für den Kaufentscheid wesentlichen Tatsachen offengelegt wurden (vgl. zu den Offenlegungsgewährleistungen WOLFGANG ZÜRCHER, Käuferfreundliche versus verkäuferfreundliche Vertragsklauseln, in: Rudolf Tschäni [Hrsg.], Mergers & Acquisitions IX, 2007, S. 162; MARKUS VISCHER, Die Rolle des Verschuldens im Gewährleistungsrecht beim Unternehmenskauf, SJZ 105/2009 S. 139 f.).
Angesichts dieser Vereinbarungen kann der vorinstanzlichen Erwägung nicht gefolgt werden, wonach die Beschwerdeführer als sorgfältige Vertragspartei "allen Anlass gehabt hätte, auch eine allfällige Deckungslücke bei der Pensionskasse zum Thema zu machen, wenn dies für ihren Kaufentscheid von zentraler Bedeutung gewesen wäre". Ebenso wenig überzeugt vor diesem Hintergrund die Begründung der Erstinstanz, die unter Hinweis auf <ref-law> dafür hielt, die Käufer hätten zum Zeitpunkt des Vertragsschlusses wissen müssen, dass bei vielen Vorsorgeeinrichtungen eine Unterdeckung bestanden habe, weshalb ihnen die Frage nach dem Stand der beruflichen Vorsorge zuzumuten gewesen wäre. Vielmehr wären die Verkäufer verpflichtet gewesen, den Umstand der Unterdeckung gegenüber den Käufern offenzulegen. Entgegen dem angefochtenen Entscheid sowie der Beschwerdeantwort lässt sich im Übrigen aus dem Umstand, dass die Käufer nach Abschluss des Kaufvertrags Kenntnis von der Unterdeckung erlangt haben sollen und dennoch auf die von den Verkäufern angebotene Rückabwicklung verzichtet hätten, nicht schliessen, dass dieser Punkt für den Vertragsabschluss unwesentlich gewesen sei. Die Wahl zwischen Wandelung und Minderung steht dem Käufer zu (vgl. <ref-law>); dieser kann auf Wandelung verzichten und Minderung verlangen, ohne dass dies als Zugeständnis hinsichtlich der Tragweite des Mangels auszulegen wäre.
Bei der Unterdeckung der Vorsorgeeinrichtung handelt es sich nach dem Gesagten um eine wesentliche Tatsache im Sinne von Ziff. 12 e) (9) des Kaufvertrags. Da die Deckungslücke weder aus der Stichtagsbilanz per 30. September 2002 noch aus den Anhängen des Kaufvertrags hervorgeht, durften die Käufer demnach voraussetzen, dass keine derartige Unterdeckung bestand. Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführern die in diesem Zusammenhang erhobenen Gewährleistungsansprüche zu Unrecht verweigert. Dem angefochtenen Entscheid lässt sich jedoch nicht entnehmen, wie hoch die vom Arbeitgeber zu tragenden Zusatzlasten zum Ausgleich des Fehlbetrags per Stichtag vom 30. September 2002 zu veranschlagen gewesen wären (vgl. BÖCKLI, a.a.O., S. 85).
7. Die Begründung der Vorinstanz für die Abweisung des Minderungsanspruchs wegen der nicht offengelegten Pensionskassenunterdeckung hält einer Überprüfung nicht stand. Darüber kann jedoch nicht entschieden werden, da die dafür erforderlichen tatsächlichen Feststellungen fehlen. Die Vorinstanz wird daher zu befinden haben, um welchen Betrag der Kaufpreis im Zusammenhang mit der Unterdeckung zu mindern ist. Im Übrigen wird das vorinstanzliche Urteil bestätigt, soweit es überhaupt angefochten worden ist.
Entsprechend ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 3. September 2008 ist aufzuheben und die Streitsache gestützt auf <ref-law> zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdeführer verlangen vor Bundesgericht die Bezahlung von Fr. 275'192.91 sowie Fr. 2'000'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 30. September 2002. Sie dringen aber nur mit ihrem Eventualantrag auf Rückweisung der Sache zur Sachverhaltsergänzung und neuer Entscheidung im Zusammenhang mit dem Gewährleistungsanspruch wegen Pensionskassenunterdeckung durch, während das angefochtene Urteil im Übrigen bestätigt wird. Das Prozessthema vor der Vorinstanz wird auf den erwähnten Gewährleistungsanspruch beschränkt, der nach Angaben der Beschwerdeführer Fr. 400'000.-- beträgt. Die Beschwerdeführer unterliegen somit mehrheitlich. Sie haben daher 4/5 der auf Fr. 15'000.-- bestimmten Gerichtskosten zu tragen, während der Rest den Beschwerdegegnerinnen auferlegt wird (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegnerinnen zudem eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 3. September 2008 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden im Umfang von Fr. 12'000.-- den Beschwerdeführern sowie im Umfang von Fr. 3'000.-- den Beschwerdegegnerinnen auferlegt (jeweils unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen).
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen) mit insgesamt Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Mai 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Leemann