Faits:
A. Par citation en conciliation du 17 juin 2004, dame X._ a ouvert une action en divorce contre son époux X._. La séance de conciliation, tenue le 6 juillet 2004 devant le juge Y._, juge I du district de B._, s'est soldée par un échec. Dame X._ a déposé sa demande de divorce le 5 novembre 2004, concluant notamment à ce qu'aucun droit de visite ne soit exercé par X._ sur l'enfant commun du couple, une fillette née en 1998. Le père était en effet accusé d'avoir abusé sexuellement de l'enfant.
B. Une instruction pénale pour mise en danger du développement de mineurs, actes d'ordre sexuel avec des enfants (at. 187 ch. 1 CP) a été ouverte contre X._ en août 2002 et close le 24 mars 2004. L'affaire a alors été renvoyée le 22 juillet 2004 devant le Tribunal d'arrondissement pour le district de B._. Le 24 août 2004, le juge Y._, statuant en qualité de président du Tribunal d'arrondissement, a adressé aux parties une ordonnance de preuves aux débats. Il a ensuite ordonné divers actes d'instruction complémentaires, dont une expertise psychiatrique de l'accusé et une nouvelle expertise de crédibilité des dires, notamment de l'enfant.
Le 26 septembre 2006, dame X._ a demandé la récusation du juge Y._ dans le cadre de cette procédure pénale. Sa demande était motivée par les diverses décisions sur preuves rendues par l'intéressé dans le cadre du procès pénal ainsi que par l'union personnelle du juge pénal et du juge du divorce. Sa demande a été rejetée en première instance, puis par la Chambre pénale du Tribunal cantonal en date du 26 mars 2007.
Le Tribunal d'arrondissement, présidé par Y._, a acquitté X._ le 17 octobre 2007. Dame X._ a fait appel de ce jugement.
C. Le 30 octobre 2007, dans le cadre de la procédure de divorce, dame X._ a conclu à la récusation du juge Y._. Celui-ci a indiqué qu'il estimait de son devoir de ne pas se récuser.
Le 29 novembre 2007, dame X._ a saisi le Président ad hoc du tribunal cantonal valaisan de la contestation relative à la récusation du magistrat. Celle-ci a été rejetée le 31 janvier 2008.
D. Dame X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette dernière décision, concluant à son annulation et à l'admission de la demande de récusation du juge Y._. Elle se plaint de la violation des art. 6 CEDH, 29 et 30 Cst. et d'une application arbitraire des <ref-law>/VS. Elle requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Suite aux déterminations de X._ et de l'autorité cantonale, le Président de la IIe Cour de droit civil a admis la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.
Aucune observation n'a été requise.
Par courrier du 12 août 2008, la recourante a adressé au Tribunal de céans plusieurs pièces complémentaires.

Considérant en droit:
1. Le recours a été déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF), par la partie qui a succombé devant l'autorité précédente (<ref-law>). Il est en outre dirigé contre une décision rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité de dernière instance cantonale (<ref-law>). La décision attaquée est une décision incidente, prise et notifiée séparément du fond, portant sur la récusation du magistrat appelé à statuer dans le cadre de la procédure de divorce opposant la recourante à son époux. Elle peut donc faire l'objet d'un recours immédiat devant le Tribunal de céans (art. 92 al. 1 et 2 LTF). La demande de récusation est formée dans le cadre d'une procédure de divorce, dont l'objet principal porte sur l'octroi d'un droit de visite au père de l'enfant. La contestation est par conséquent non pécuniaire si bien que la recevabilité du recours n'est pas soumise à l'exigence d'une valeur litigieuse minimale (<ref-law>).
2. 2.1 Le Président ad hoc du tribunal cantonal a considéré que le motif de récusation invoqué - l'union personnelle du juge civil et du juge pénal - était un motif de récusation facultative (art. 26 let. c CPC/VS) et a rejeté la demande de récusation par une double motivation, principale et subsidiaire.
Principalement, le Président ad hoc du tribunal cantonal a considéré que la demande de récusation du 20 octobre 2007 était tardive. La requérante aurait déjà dû savoir, en déposant sa demande en divorce le 5 novembre 2004, que le juge intimé serait en charge de son dossier alors qu'il était appelé à statuer au pénal sur le procès dont son mari faisait l'objet. Elle en était du moins consciente le 26 septembre 2006, lorsqu'elle a déposé sa première demande de récusation contre ledit magistrat en tant que juge pénal, voire au plus tard le 26 mars 2007, lors du rejet de sa demande de récusation par la Chambre pénale du Tribunal d'arrondissement. Subsidiairement, l'autorité cantonale a estimé qu'il était douteux que l'on puisse déduire une apparence de prévention dans le cas d'espèce. Les questions qui se posent en effet dans la procédure civile ne se confondent pas avec celles tranchées dans la procédure pénale. Ainsi, le juge intimé sera certes lié par l'appréciation portée au pénal au sujet des abus sexuels lorsqu'il sera appelé à trancher la question du droit de visite, mais sa liberté de jugement reste toutefois entière puisqu'il lui appartiendra d'examiner, à l'aune des autres éléments à prendre en compte, si, concrètement, le développement de l'enfant risque d'être compromis par la reprise des relations personnelles avec son père. Il ne pourra donc vraisemblablement pas faire l'économie d'une expertise.
Quant à la prétendue apparence de prévention liée à la conduite de la procédure pénale, le Président ad hoc du tribunal cantonal a considéré que, à supposer que la requérante soit recevable à invoquer ces faits dans le procès civil, il avait déjà été jugé que le comportement du juge intimé au pénal n'était pas de nature à susciter un doute quant à son impartialité.
2.2 La recourante affirme quant à elle qu'il y aurait apparence de prévention patente. En jouant un rôle capital dans l'acquittement du père de l'enfant, le magistrat intimé aurait clairement fait connaître son opinion sur un point central de la procédure de divorce et la recourante soutient qu'il sera, à cet égard, lié par l'appréciation portée au pénal au sujet des abus sexuels. Pour la recourante, il ne fait ainsi aucun doute qu'après avoir acquitté le père de l'enfant des accusations d'abus sexuels qui pesaient sur lui, le juge intimé ne pourra refuser l'introduction, même progressive, d'un droit de visite. En tant que l'issue du divorce serait finalement d'ores et déjà connue en ce qui concerne les relations personnelles, le rejet de la demande de récusation violerait les art. 6 CEDH, 29 et 30 Cst. ainsi que les <ref-law>/VS.
La recourante ajoute qu'il y aurait non seulement apparence de prévention, mais également incompatibilité organisationnelle: la fonction du juge pénal serait ainsi incompatible avec celle de juge civil sur le point abus sexuels/droit de visite. Cette incompatibilité organisationnelle constituerait une cause de récusation obligatoire, qui aurait dû être relevée d'office. En jugeant sa requête tardive et en écartant ainsi l'hypothèse d'un cas de récusation obligatoire, la décision de l'autorité cantonale violerait les art. 6 CEDH, 29 et 30 Cst et 25 CPC/VS. Au demeurant, s'il devait s'agir d'un motif de récusation facultative, la recourante soutient avoir agi dans le délai aménagé par l'<ref-law>/VS. Sa requête aurait en effet été déposée dans le délai de dix jours dès la connaissance du jugement pénal d'acquittement, moment précis où le juge intimé s'est lié pour la procédure de divorce. La recourante souligne également que, dans l'intervalle, aucun acte d'instruction n'aurait eu lieu sur le plan civil, de sorte que l'on ne saurait considérer son comportement comme étant abusif.
La recourante affirme ensuite que le Président ad hoc du tribunal cantonal aurait violé son droit d'être entendue. En indiquant simplement qu'il était douteux que l'on puisse déduire de l'union personnelle du juge civil et du juge pénal une apparence de prévention, sa décision serait insuffisamment motivée.
La recourante soutient enfin que le magistrat intimé aurait eu, au cours de la procédure pénale, un comportement dont la partialité aurait été relevée à de nombreuses reprises (expertises administrées en violation des décisions de la Chambre pénale du tribunal cantonal, moyens de preuve admis en violation des règles de procédure, refus d'administrer des moyens requis par les parties civiles et propos tenus lors des débats). L'autorité cantonale aurait ainsi violé le droit en se bornant à renvoyer la recourante au jugement rendu le 10 novembre 2006 par le Tribunal d'arrondissement pour le district de B._, sans tenir compte, dans son appréciation, de ces différents éléments ainsi que des faits nouveaux survenus entre-temps, tel l'acquittement.
3. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (<ref-law>). Il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (cf. <ref-ruling> consid. 2.2). Il peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine; 297 consid. 3.1).
4. La recourante soutient en bref que le motif de récusation tiré de l'union personnelle du juge civil du divorce (droit de garde et de visite) et du juge pénal (prétendus abus sexuels du père) n'est pas un motif de récusation facultatif, soumis à délai, mais un motif de récusation obligatoire, qui doit par conséquent être examiné d'office. En qualifiant de tardive sa requête de récusation, l'autorité cantonale aurait dès lors violé les art. 6 CEDH, 29 et 30 Cst. et 25 CPC/VS. Il s'agit par conséquent d'examiner si le grief de l'union personnelle est un motif de récusation obligatoire. La question du respect du délai peut rester ouverte dès lors que, comme motivé ci-après, le grief tiré de l'union personnelle doit être rejeté.
4.1 L'art. 6 § 1 CEDH et l'art. 30 al. 1 Cst. instituent la garantie d'un tribunal indépendant et impartial. Ces dispositions permettent ainsi, indépendamment du droit de procédure cantonal, de demander la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à susciter des doutes quant à son impartialité. La garantie instituée par les art. 6 § 1 CEDH et 30 al. 1 Cst. vise notamment à éviter que des circonstances extérieures à la cause ne puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du juge est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence d'une prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances objectivement constatées doivent cependant être prises en considération; les impressions purement individuelles ne sont en effet pas décisives (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1.1). Les règles cantonales sur l'organisation judiciaire doivent être conçues de façon à respecter ces exigences.
4.2 Le fait qu'un magistrat ait déjà agi dans une cause ou à un stade antérieur de la procédure peut éveiller un soupçon de partialité.
C'est en matière de procédure pénale que le Tribunal fédéral a été le plus souvent amené à se prononcer sur la compatibilité de certaines situations avec les art. 30 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH (ATF <ref-ruling> consid. 1.3 et les exemples jurisprudentiels cités). En matière civile, l'apparence de prévention est regardée avec plus de retenue (Jean-François Egli/Olivier Kurz, La garantie du juge indépendant et impartial dans la jurisprudence récente, in Recueil de jurisprudence neuchâteloise [RJN] 1990 p. 18 ss; Gérard Piquerez, Le droit à un juge indépendant et impartial garanti par les articles 58 Cst. et 6 ch. 1 CEDH impose-t-il de manière absolue une séparation des fonctions judiciaires-, in: SJ 1989 p. 120). Si le juge ayant statué en première instance ne saurait connaître de la même affaire comme magistrat de l'autorité de recours (<ref-ruling> consid. 3d), si l'administrateur de la faillite ne peut exercer d'activité juridictionnelle dans les procès où la masse est partie (ATF 33 I 143 consid. 4) ou si le juge de la recevabilité de l'opposition (<ref-law>) ne peut connaître de l'action en constatation du défaut de retour à meilleure fortune (<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 2), le Tribunal fédéral n'a pas retenu jusqu'ici d'autres cumuls de fonctions inadmissibles (cf. les exemples jurisprudentiels cités par l'ATF <ref-ruling> consid. 1.3).
4.3 En l'espèce, il convient d'examiner si l'union personnelle du juge civil - appelé à statuer sur le divorce de la recourante - et du juge pénal - qui a prononcé l'acquittement du mari de la recourante suite aux accusations d'abus sexuels portées par sa fille - respecte les exigences des art. 6 CEDH et 30 al. 1 Cst.
Le Tribunal fédéral a admis que le juge du divorce ne peut statuer, en tant que juge pénal, sur l'accusation de faux témoignage portée contre un témoin entendu lors de la procédure de ce divorce (<ref-ruling> consid. 2a). Un cumul des fonctions n'est admissible que si le magistrat, en participant à des décisions antérieures relatives à la même affaire, n'a pas déjà pris position au sujet de certaines questions de manière telle qu'il ne semble plus à l'avenir exempt de préjugés et que, par conséquent, le sort du procès n'apparaisse plus indécis (cf. Regina Kiener, Richterliche Unabhängigkeit, Berne 2001, p. 175 sv.). Pour en juger, il faut tenir compte des faits, des particularités procédurales ainsi que des questions concrètes soulevées au cours des différents stades de la procédure (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> cons. 3 et la jurisprudence citée).
La question du droit de visite sur l'enfant est une cause différente de celle de l'accusation pénale pour mise en danger. Comme le relève l'autorité cantonale, les critères à prendre en considération pour l'admission d'un droit de visite vont bien au-delà. L'acquittement prononcé au pénal par le même juge aura certainement une influence en ce sens que la non-imputabilité des abus ne sera pas remise en question, mais l'issue de la procédure quant au droit de visite demeure ouverte, eu égard au bien de l'enfant. La recourante ne dénonce pas de circonstances particulières qui démontreraient que le juge intimé se trouverait dans une situation de prévention plus grande que tout autre juge civil devant lequel le jugement pénal serait invoqué et produit.
Il s'ensuit que le grief tiré de l'existence d'un motif de récusation obligatoire doit être rejeté. Le grief de la violation du droit d'être entendu devient sans objet puisqu'en l'espèce, le Tribunal de céans a statué avec un libre pouvoir de cognition (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 9).
5. La recourante se plaint enfin du comportement prétendument partial du magistrat intimé.
L'instance cantonale a estimé que, à supposer que la recourante puisse invoquer la conduite pénale dans le procès civil, il avait été jugé, par décisions des 10 novembre 2006 et 26 mars 2007, que le comportement du juge intimé au pénal n'était pas de nature à susciter un doute quant à son impartialité.
Dans la mesure où la recourante se borne à invoquer la violation du droit sans préciser de quelle disposition il s'agirait, à qualifier ensuite la décision d'arbitraire, pour enfin évoquer des faits sans démontrer précisément en quoi ils permettraient de qualifier de partial le comportement du magistrat au pénal, sa critique est irrecevable.
6. Enfin, par courrier du 12 août 2008, la recourante a fait parvenir au tribunal de céans différentes pièces, censées démontrer le caractère lacunaire de l'instruction menée au pénal par le juge intimé. En tant qu'il s'agit de moyens de preuve nouveaux, ils doivent être déclarés irrecevables, conformément à l'<ref-law>.
7. Au vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les conclusions de l'intéressée étant dépourvues de toutes chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>) et les frais judiciaires mis à sa charge (<ref-law>). Il n'est alloué de dépens ni à l'autorité cantonale (<ref-law>), ni au mari de la recourante, ce dernier s'étant opposé à l'octroi de l'effet suspensif, finalement accordé à la recourante.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire de la recourante est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à Me Vincent Fracheboud et au Président ad hoc du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 9 septembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli de Poret