Faits:
A.
A._ a déposé plainte pénale le 22 décembre 2010 contre X._ pour viol et contrainte. En substance, elle a expliqué être venue en Suisse en 1995, à l'âge de 15 ans, pour garder les enfants de sa cousine B._ et de son époux X._, en qualité de jeune fille au pair. Au mois de janvier 2002, celui-ci se serait rendu dans sa chambre, se serait couché à côté d'elle dans le lit et, malgré ses protestations, se serait mis sur elle après s'être déshabillé. Elle aurait tenté de le repousser, mais il l'aurait maintenue, lui aurait enlevé le bas de son pyjama et l'aurait pénétrée vaginalement, sans préservatif. Il aurait agi une seconde fois quelques jours plus tard, menaçant de dire ce qui s'était passé à ses parents pour qu'elle se laisse faire. A la suite de ces événements, A._, qui n'aurait jamais eu de relations sexuelles auparavant, est tombée enceinte. X._ lui aurait interdit de parler de ces événements à son épouse. Dès lors que la jeune femme n'avait plus de permis de séjour et de travail en Suisse, il l'aurait menacée de la dénoncer aux autorités si elle parlait. A son retour d'un voyage au Portugal la même année, elle a affirmé avoir rapporté à B._ que l'enfant était le fils de l'époux de celle-ci et qu'il l'avait violée. Elle a accouché le 28 octobre 2002. X._ l'aurait en outre menacée d'enlever son fils si elle quittait le domicile, de sorte qu'elle y est restée jusqu'au 1er mai 2009. Elle a précipitamment quitté les lieux à la suite d'une dispute au cours de laquelle il lui aurait serré le cou. Elle a notamment articulé des prétentions civiles à hauteur de 20'000 fr. à titre de tort moral.
X._ a contesté les faits qui lui étaient reprochés. Il a soutenu que A._ aurait tenté de le séduire et que les rapports sexuels entretenus auraient été consentis. Celle-ci lui aurait annoncé ainsi qu'à son épouse le jour de son départ, soit le 1er mai 2009, qu'il était le père de l'enfant né en 2002. Il n'aurait en outre jamais menacé ou levé la main sur elle. Entendue sur ces faits, B._ a contesté avoir été informée avant le départ de A._ de chez eux en 2009 que son époux était le père du fils de celle-ci. S'agissant des circonstances dans lesquelles l'enfant avait été conçu, elle a affirmé n'avoir appris les accusations de viol qu'à l'ouverture de l'enquête pénale, lorsque son mari a été convoqué par la police.
B.
Par ordonnance du 28 mars 2013, le Procureur de l'arrondissement de La Côte a prononcé le classement de la procédure pénale dirigée contre X._.
C.
Par arrêt du 5 juin 2013, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours de A._.
D.
Cette dernière forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, avec suite de dépens, à son annulation. Elle sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1.
La recourante se plaint notamment de viol et invoque des prétentions civiles de 20'000 fr. pour tort moral. Il n'est ainsi pas douteux que la décision attaquée puisse avoir une incidence sur le jugement de ses prétentions. La recourante revêt la qualité pour recourir selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF.
2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). La partie recourante ne peut ainsi critiquer ces faits que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 10.1 p. 445 et les références citées).
3.
La recourante conteste le refus de procéder à l'audition de plusieurs témoins et se plaint d'une violation de l'<ref-law>.
3.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par les art. 3 al. 2 let. c CPP et 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 469; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 51). En procédure pénale, l'<ref-law> prévoit que le ministère public ne peut écarter une réquisition de preuves que si celle-ci porte sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés en droit. L'<ref-law> prévoit quant à lui qu'il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés. Le législateur a ainsi consacré le droit des autorités pénales de procéder à une appréciation anticipée des preuves. Le magistrat peut renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 236).
3.2. La cour cantonale a exposé que la recourante avait requis l'audition de son époux, de ses deux frères qui sont venus la chercher le 1er mai 2009, d'un client habitué du café où elle travaillait, d'un ancien compagnon et de la fille de l'intimé. Elle a relevé qu'aucune de ces personnes n'avait assisté aux faits dénoncés par la recourante, l'ensemble des faits incriminés s'étant produits à huis clos. Elle a encore mentionné que la recourante avait requis que toutes les démarches utiles soient entreprises pour déterminer les auteurs des diverses lettres de menaces anonymes mais que cela n'était pas en relation directe avec les accusations de viols et de contrainte et n'apporterait aucun élément supplémentaire permettant d'établir la culpabilité de l'intimé. Elle a ainsi confirmé le rejet du procureur de donner suite aux réquisitions de preuve.
3.3. La recourante indique que les faits s'étant déroulés à huis clos, sa crédibilité dépend d'éléments périphériques, ce qui justifierait l'audition de témoins supplémentaires. Elle qualifie d'arbitraire le rejet de ses réquisitions, mentionnant qu'il est fort possible qu'elle se soit confiée à ses frères et que l'intimé aurait demandé à sa fille de poster des lettres de menaces. Ce faisant, la recourante se limite à discuter librement des faits dans une démarche appellatoire, qui est irrecevable. Elle ne démontre aucun arbitraire dans l'appréciation anticipée de la cour cantonale. En particulier, à défaut de tout témoin potentiellement direct des infractions reprochées, le rejet des réquisitions ne viole pas l'<ref-law>. Supposé recevable, le grief est infondé.
4.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'adage "in dubio pro duriore" en ne renvoyant pas l'intimé devant l'autorité de jugement.
4.1. L'<ref-law> prévoit que le ministère public ordonne le classement de tout ou partie de la procédure lorsqu'aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi. Selon la jurisprudence, cette disposition doit être appliquée conformément à l'adage in dubio pro duriore. Celui-ci découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 2 CPP en relation avec les art. 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91) et signifie qu'en principe, un classement ou une non-entrée en matière ne peuvent être prononcés par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91; 186 consid. 4.1 p. 190; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 287 s.).
4.2. La cour cantonale a en substance mentionné que les déclarations de la recourante étaient en contradiction avec celles de l'intimé, celui-ci admettant avoir entretenu uniquement des relations sexuelles consentantes. Les témoins entendus ne permettaient pas de fonder un soupçon suffisant sur le fait que l'intimé l'aurait violée et contrainte. L'ancienne patronne de la recourante ne connaissait pas les raisons précises qui avaient conduit celle-ci à résilier son contrat de travail. Ce témoin n'avait par ailleurs pas constaté un comportement étrange de la part de l'intimé à l'égard de la recourante quand il venait prendre un café au restaurant. L'épouse de l'intimé avait contesté avoir été mise dans la confidence par la recourante. Celle-ci n'avait pas fait établir de constat médical après les violences qu'elle aurait subies qu'il s'agisse des viols ou des coups qui auraient été portés par l'intimé. Les faits s'étaient produits à huis clos. Les versions données par la recourante et l'intimé étaient irrémédiablement contradictoires. S'agissant des lettres anonymes produites, des pneus crevés et des menaces, si tant est que l'intimé en soit l'auteur ou le commanditaire, ce qui n'était pas prouvé, ces comportements ne permettraient pas de démontrer les viols qu'il aurait commis quelques années auparavant ou la contrainte exercée sur la recourante. Tout au plus, attesteraient-ils de la jalousie et de la possessivité de l'intimé, ce qui pouvait aussi bien résulter d'une ancienne relation consentie. Les troubles affectant la recourante, dont un stress post-traumatique, étaient certes attestés par un certificat médical daté du 15 octobre 2012, mais qui avait été établi plus de dix ans après les faits dont se plaignait celle-ci. Ils ne démontraient par conséquent pas la réalité des accusations dès lors qu'ils pouvaient avoir leur origine dans d'autres traumatismes intervenus dans l'intervalle. La cour cantonale a ainsi conclu qu'un acquittement du prévenu apparaissait nettement plus vraisemblable qu'une condamnation, ce qui justifiait le classement.
4.3. La recourante se contente d'exposer sa version des faits et de l'opposer à celle de l'intimé. Elle donne une libre interprétation des éléments du dossier. Purement appellatoire, sa manière de procéder est irrecevable. Au vu des éléments du dossier, il n'apparaît pas qu'une condamnation de l'intimé puisse être plus vraisemblable voire aussi vraisemblable que son acquittement. La solution à laquelle la cour cantonale est parvenue en confirmant l'ordonnance de classement ne procède pas d'une violation de son pouvoir d'appréciation et n'est pas contraire au droit fédéral.
5.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les conclusions du recours étant vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). La recourante devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 20 mars 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod