Fatti:
A. A._, viticoltore di professione, coltiva a Croglio, nella frazione di Beride, una superficie viticola di circa 1,5 ettari ed è in particolare proprietario del fondo part. n. 1426, un terreno incolto di complessivi 2'118 m2 parzialmente confinante con dei vigneti. La particella, inserita nel catasto viticolo, è attribuita alla zona agricola del piano regolatore quale superficie per l'avvicendamento delle colture (SAC).
B. Nel febbraio del 2005 il proprietario ha presentato al Municipio di Croglio una domanda di costruzione per realizzare sulla particella n. 1426 un nuovo vigneto, costituito da circa 1'100 ceppi di vite sostenuti da pali in legno alti 1,40 m, per una superficie vignata effettiva di 1'800 m2. I Servizi generali del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino si sono opposti alla domanda siccome l'impianto di un vigneto non sarebbe conforme alla zona SAC. Preso atto del preavviso negativo dell'autorità cantonale, con decisione del 9 agosto 2005 il Municipio di Croglio ha negato al proprietario la licenza edilizia. Adito dall'interessato, con risoluzione del 29 novembre 2005 il Consiglio di Stato ha confermato la decisione municipale.
C. Con sentenza del 2 marzo 2007 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso del proprietario contro la risoluzione governativa. Ha rilevato che l'estensione totale minima delle SAC stabilita dalla Confederazione nel piano settoriale per l'avvicendamento delle colture, dell'8 aprile 1992, non comprendeva in realtà i terreni inclusi nel catasto viticolo. L'attribuzione della particella n. 1426 alla zona agricola SAC non era dunque conforme al diritto federale, tuttavia non poteva essere rimessa in discussione in quella sede ma avrebbe dovuto essere contestata nell'ambito dell'adozione del piano regolatore. La Corte cantonale ha poi ritenuto il previsto vigneto non conforme alla zona agricola SAC del piano regolatore comunale poiché verrebbero utilizzati prodotti fitosanitari a base di rame che provocherebbero un deterioramento del suolo.
D. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullare la decisione municipale e di rinviare gli atti al Comune perché sia rilasciata la licenza edilizia richiesta. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, in particolare degli art. 16 LPT e 26 OPT.
E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di Croglio chiede di accogliere il ricorso. Invitati ad esprimersi sul gravame, né l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (USTE), né l'Ufficio federale dell'ambiente, né l'Ufficio federale dell'agricoltura hanno presentato una risposta alle argomentazioni ricorsuali.

Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha sostanzialmente negato il rilascio di una licenza edilizia fondata sul diritto pubblico, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>.
1.2 Il ricorrente ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (<ref-law>). Quale proprietario del fondo oggetto della domanda di costruzione e istante nella procedura edilizia è direttamente toccato dalla decisione impugnata, che gli nega la possibilità di realizzare il vigneto, ed ha quindi un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF). La sua legittimazione a ricorrere è quindi data.
2. 2.1 Il ricorrente lamenta la violazione dell'<ref-law> sostenendo che il fondo in discussione non si presterebbe alla campicoltura poiché la qualità del terreno sarebbe sassosa, scarsa di humus e la sua conformazione terrazzata limiterebbe le possibilità di lavorazione con i mezzi meccanici. Rileva che la stessa Corte cantonale ha accertato che l'attribuzione del fondo alla zona agricola SAC non è conforme al diritto federale già per il fatto che è inserito nel catasto viticolo e non rientra quindi nelle superfici computate nel piano settoriale SAC della Confederazione. Secondo il ricorrente, occorrerebbe chiedersi se l'inserimento errato della sua proprietà nella zona agricola SAC del piano regolatore non sia nullo, perché da una parte non rispetterebbe i requisiti dell'<ref-law> e dall'altra limiterebbe ingiustificatamente i suoi diritti costituzionali.
2.2 La Corte cantonale ha rettamente accertato che il piano settoriale delle SAC stabilito dalla Confederazione non computava nelle stesse le superfici rilevate dal Cantone Ticino all'interno del catasto viticolo e che né il piano direttore cantonale né quello regolatore comunale tenevano conto di questa circostanza (cfr., al riguardo, <ref-ruling> consid. 3.2). Ha quindi rilevato che l'attribuzione del fondo part. n. 1426 alla zona agricola SAC era stata eseguita erroneamente e non era conforme al diritto federale. Ha tuttavia negato che, in concreto, erano dati i presupposti riconosciuti dalla giurisprudenza per contestare l'atto pianificatorio a titolo pregiudiziale nell'ambito della procedura edilizia. Il ricorrente non censura eventuali accertamenti arbitrari al riguardo, né sostiene che sarebbero date le condizioni per un esame accessorio del piano regolatore (cfr., su questi presupposti, <ref-ruling> consid. 3a, 121 II 317 consid. 12c pag. 346; sentenza 1P.51/2004 del 28 febbraio 2005, consid. 4.2, apparsa in: RtiD II-2005, n. 21, pag. 121 segg.). Egli ribadisce l'inidoneità del fondo alla campicoltura, accennando a una pretesa nullità dell'attribuzione alla zona agricola SAC.
Tuttavia, una decisione è nulla soltanto quando è affetta da un vizio particolarmente grave e manifesto, che sia riconoscibile con evidenza o perlomeno con una certa facilità. L'accertamento della nullità non deve inoltre mettere in pericolo in modo serio la sicurezza del diritto. Quali motivi di nullità entrano innanzitutto in considerazione gravi errori di procedura, come per esempio l'incompetenza dell'autorità giudicante, mentre gli errori nel merito della decisione provocano solo raramente la nullità dell'atto (cfr. <ref-ruling> consid. 3.2, 132 II 342 consid. 2.1 e rispettivi rinvii). In concreto, il ricorrente non adduce l'esistenza di gravi vizi nella procedura pianificatoria o l'incompetenza delle autorità che hanno adottato e approvato il piano regolatore. La mancata conformità della pianificazione comunale al diritto federale non era d'altra parte manifesta o facilmente ravvisabile, ritenuto che il piano regolatore rispettava comunque il piano direttore cantonale, che a sua volta disattendeva il piano settoriale della Confederazione. La circostanza secondo cui l'inserimento del fondo litigioso nella zona agricola SAC contrasta con il diritto federale non costituisce quindi un vizio talmente grave e manifesto da inficiarlo di nullità assoluta. L'idoneità della particella all'attività agricola e in particolare alla campicoltura non può quindi essere rimessa in discussione in questa sede.
3. 3.1 Il ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe negato a torto la conformità del vigneto alla zona agricola SAC. Ribadisce di avere riconvertito da alcuni anni la sua azienda viticola in una gestione biologica secondo il metodo biodinamico, ottenendo la certificazione bio.inspecta n. 10865 e il diritto all'utilizzazione del marchio Demeter. In tale contesto, egli avrebbe quindi rinunciato all'impiego di prodotti fitosanitari di sintesi, quali fungicidi, insetticidi, acaricidi, erbicidi ed utilizzerebbe prodotti a base di rame soltanto in misura limitata, conformemente a quanto ammesso dall'ordinanza federale sull'agricoltura biologica, e comunque in quantità non superiore a quanto verrebbe impiegato nella campicoltura tradizionale. Secondo il ricorrente, il fatto che le sue modalità di praticare la viticoltura rispetterebbero i criteri dell'agricoltura biologica costituirebbe una garanzia sufficiente per ammettere la compatibilità del vigneto progettato con la zona agricola SAC. Richiama al riguardo la "Guida 2006 piano settoriale superfici per l'avvicendamento delle colture" dell'USTE, secondo cui le aree sulle quali sono previsti nuovi impianti di vigneti possono continuare ad essere computate nelle SAC se la loro gestione non comporta alcun deterioramento del suolo, in particolare dovuto a metalli pesanti. A suo dire, la coltivazione biologica da lui praticata permetterebbe di preservare la fertilità del suolo, siccome il quantitativo dei prodotti fitosanitari a base di rame impiegati sarebbe solamente di 3 kg per ettaro all'anno, inferiore pertanto al limite massimo di 4 kg per ettaro all'anno stabilito per l'agricoltura biologica.
3.2 La necessità di un'autorizzazione edilizia per l'impianto del vigneto (art. 22 LPT) non è di per sé messa in discussione dal ricorrente e non è quindi litigiosa. Controversa è per contro la conformità dello stesso alla zona agricola destinata all'avvicendamento delle colture.
Secondo l'art. 16 cpv. 1 LPT le zone agricole servono a garantire a lungo termine la base dell'approvvigionamento alimentare, a salvaguardare il paesaggio e lo spazio per lo svago o ad assicurare la compensazione ecologica; devono essere tenute per quanto possibile libere da costruzioni, in sintonia con le loro differenti funzioni e comprendono: i terreni idonei alla coltivazione agricola o all'orticoltura produttiva necessari all'adempimento dei vari compiti dell'agricoltura (lett. a); i terreni che, nell'interesse generale, devono essere coltivati dall'agricoltura (lett. b).
Le superfici per l'avvicendamento delle colture (SAC) sono parte dei territori idonei all'agricoltura; sono costituite dalle superfici coltive idonee, comprendenti soprattutto i campi, i prati artificiali in rotazione, come pure i prati naturali confacenti alla campicoltura, e sono assicurate con provvedimenti della pianificazione del territorio (<ref-law>). Un'estensione totale minima delle SAC è necessaria onde assicurare, in periodi perturbati, una base sufficiente per l'approvvigionamento del Paese ai sensi del piano di alimentazione (<ref-law>). Sulla base dell'<ref-law>, la Confederazione ha fissato nel piano settoriale per l'avvicendamento delle colture, dell'8 aprile 1992, l'estensione totale minima delle SAC e la relativa ripartizione tra i Cantoni, stabilendo per il Cantone Ticino una quota minima di 3'500 ettari (FF 1992 II 1396). L'<ref-law> impone ai Cantoni di provvedere affinché le SAC siano attribuite alle zone agricole (cpv. 1) e di garantire che la loro quota di estensione minima sia assicurata costantemente (cpv. 2).
Come è stato esposto, con il decreto dell'8 aprile 1992 la Confederazione non ha computato nel piano settoriale delle SAC le superfici che il Cantone Ticino aveva reperito all'interno del catasto viticolo (circa 835 ettari). Come rettamente accertato dalla Corte cantonale, il mancato conteggio era fondato sul fatto che le colture viticole costituiscono impianti pluriennali, che comportano costi rilevanti e pregiudicano la qualità del terreno a causa dell'impiego prolungato di prodotti fitosanitari, principalmente a base di rame (cfr. risposta del Consiglio federale del 13 febbraio 2002 all'interpellanza del Consigliere nazionale Fabio Abate, Bollettino ufficiale dell'Assemblea federale, sessione primaverile 2002, 12a seduta, pag. 516 segg., in particolare pag. 519). In tale contesto, l'Autorità federale non ha tuttavia stabilito in modo esplicito e vincolante che l'impianto di un vigneto non avrebbe in alcun caso potuto soddisfare le esigenze di qualità delle SAC (cfr. piano settoriale delle SAC, febbraio 1992, pag. 18; risposta del Consiglio federale citata, pag. 519/520). In effetti, secondo la recente "Guida 2006 piano settoriale superfici per l'avvicendamento delle colture" dell'USTE (pag. 10), l'impianto di nuovi vigneti è ammissibile nelle superfici conteggiate nelle SAC se la loro gestione non comporta alcun deterioramento del suolo, in particolare dovuto a metalli pesanti; tali superfici devono inoltre potere essere riutilizzate per l'avvicendamento delle colture entro un anno in caso di necessità.
3.3 La Corte cantonale ha invero richiamato il contenuto della Guida dell'USTE, ma ha negato la conformità del nuovo vigneto alla zona agricola SAC per il previsto utilizzo di prodotti fitosanitari a base di rame. Certo, l'utilizzazione prolungata di questo tipo di prodotti nell'ambito della viticoltura può di principio comportare un deterioramento del suolo. Tuttavia, la generica circostanza secondo cui la coltivazione della vite implica l'utilizzo di prodotti fitosanitari rameici non basta ad escludere la compatibilità con l'area SAC. Nemmeno l'agricoltura esercitata in modo prevalentemente intensivo su una grande parte delle superfici per l'avvicendamento delle colture è del resto esente dall'impiego di prodotti fitosanitari (cfr. rapporto USTE del 2003 "Dix ans de plan sectoriel d'assolement", pag. 45 seg.). In concreto, trattandosi dell'impianto di un nuovo vigneto su un fondo incolto, è per contro determinante sapere se la gestione prevista consenta di mantenere a lungo termine la fertilità del suolo. Il giudizio impugnato non contiene accertamenti al riguardo e nemmeno le autorità cantonali inferiori hanno delucidato le modalità di coltivazione del vigneto, la quantità di prodotti fitosanitari effettivamente utilizzati e le conseguenze sulla fertilità del terreno. Sia in questa sede sia dinanzi alle istanze inferiori, segnatamente dinanzi al Governo, il ricorrente ha addotto di gestire la propria azienda secondo i principi dell'agricoltura biologica, effettuando, sulla base del metodo biodinamico conforme alle direttive Demeter, trattamenti cuprici che comportano l'utilizzo in media di al massimo 3 kg di rame per ettaro all'anno su cinque anni. Tale quantitivo è inferiore al limite massimo di 4 kg per ettaro all'anno, che l'ordinanza del Dipartimento federale dell'economia sull'agricoltura biologica, del 22 settembre 1997 (RS 910.181), ammette generalmente nell'ambito dell'agricoltura biologica (cfr. art. 1 in relazione con l'allegato 1). Questi aspetti, riguardo ai quali non sono stati eseguiti accertamenti e valutazioni in sede cantonale, sono rilevanti per determinare se l'impianto e la gestione del vigneto previsti dal ricorrente permettano di mantenere durevolmente la fertilità del suolo e la qualità della superficie SAC. Negando d'acchito la conformità del progetto alla zona agricola SAC perché verrebbero generalmente eseguiti trattamenti cuprici, la Corte cantonale ha quindi disatteso l'art. 16 LPT, posto in relazione con l'<ref-law>.
3.4 Ne segue che la censura ricorsuale è fondata. La sentenza impugnata deve quindi essere annullata e la causa rinviata alla precedente istanza (<ref-law>), affinché, riservata un'eventuale modifica pianificatoria volta ad escludere il fondo dal comparto SAC, siano eseguiti accertamenti per quanto concerne gli effetti del progetto sulla qualità del suolo e sia eseguito un nuovo esame sotto il profilo della protezione della superficie per l'avvicendamento delle colture. In mancanza di sufficienti delucidazioni su questi aspetti, non si giustifica per contro di statuire direttamente in questa sede sul rilascio della licenza edilizia, come prospetta il ricorrente. Al proposito, va altresì rilevato che, oltre alla licenza edilizia, l'impianto di un nuovo vigneto necessita pure dell'autorizzazione della Sezione cantonale dell'agricoltura e che le rispettive procedure devono essere coordinate (cfr. art. 60 della legge federale sull'agricoltura, del 29 aprile 1998 [RS 910.1]; art. 48 del regolamento ticinese sull'agricoltura, del 23 dicembre 2003; RtiD II-2006 n. 57 pag. 241 segg.).
4. Il ricorso deve quindi essere accolto. Non si prelevano spese giudiziarie, mentre si giustifica di assegnare al ricorrente un'indennità per ripetibili della sede federale a carico dello Stato del Cantone Ticino (art. 66 cpv. 4 e 68 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto. La decisione impugnata è annullata e la causa rinviata al Tribunale cantonale amministrativo per una nuova decisione nel senso dei considerandi.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Municipio di Croglio, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, all'Ufficio federale dell'agricoltura, all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale e all'Ufficio federale dell'ambiente.