Erwägungen:
1. Am 29. August 2010 ereignete sich in Domat/Ems ein Verkehrsunfall, wobei der fünfjährige X._ seitlich in das vorbeifahrende Fahrrad von Y._ rannte. X._ zog sich dabei gemäss Arztbericht eine Vorderarmfraktur rechts, eine Hirnerschütterung sowie eine Platzwunde an der Stirn zu. Sein Vater verzichtete als gesetzlicher Vertreter am 3. September 2010 auf die Stellung eines Strafantrages wegen Körperverletzung.
2. In der Folge eröffnete die Jugendanwaltschaft des Kantons Graubünden mit Verfügung vom 23. September 2010 ein Jugendstrafverfahren gegen Y._ wegen Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz. Da ihm keine Verkehrsregelverletzung zur Last gelegt werden konnte, stellte die Jugendanwaltschaft das Strafverfahren mit Verfügung vom 25. November 2010 ein. Gegen diese Einstellungsverfügung erhob X._ am 23. Dezember 2010 Beschwerde. Die II. Strafkammer als Beschwerdeinstanz in Jugendstrafsachen des Kantonsgerichts von Graubünden trat mit Entscheid vom 11. Februar 2011 auf die Beschwerde nicht ein. Die II. Strafkammer führte dabei zusammenfassend aus, dass vorliegend gemäss <ref-law> noch die bündnerische Strafprozessordnung (aStPO) wie auch das bisherige Gerichtsorganisationsgesetz (aGOG) zur Anwendung komme. Aufgrund dieser Bestimmungen sei nur beschwerdelegitimiert, wer unmittelbar beschwert sei. Im vorliegenden Fall sei einzig die körperliche Integrität des Beschwerdeführers verletzt worden. Diesbezüglich habe er indessen unwiderruflich auf eine Strafverfolgung verzichtet, weshalb er hinsichtlich der Einstellung der Untersuchung wegen Verkehrsregelverletzung nicht mehr unmittelbar beschwert sei.
3. X._ führt gegen den Entscheid der II. Strafkammer als Beschwerdeinstanz in Jugendstrafsachen des Kantonsgerichts von Graubünden mit Eingabe vom 21. März 2011 Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er nach dem bisherigen kantonalen Strafprozessrecht nicht legitimiert war, die Einstellungsverfügung der Jugendanwaltschaft des Kantons Graubünden anzufechten. Er macht auch nicht geltend, das Kantonsgericht hätte in bundesrechtswidriger Anwendung von <ref-law> fälschlicherweise das bisherige kantonale Prozessrecht statt die Bestimmungen der neuen Schweizerischen Strafprozessordnung angewendet. Er führt einzig aus, für das Opfer sei die Schweizerische Strafprozessordnung das mildere Recht, weshalb diese vorliegend hätte Anwendung finden müssen. Er legt indessen nicht dar, aufgrund welcher Bestimmung bzw. weshalb der Grundsatz der "lex mitior" überhaupt hätte gelten sollen und damit den gesetzlichen Übergangsbestimmungen der Schweizerischen Strafprozessordnung vorgehen müssen. Die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Ausführungen vermögen nicht darzulegen, inwiefern das Kantonsgericht Recht im Sinne von Art. 42 Abs. 2 verletzt haben sollte, als es in Anwendung von <ref-law> das bisherige kantonale Prozessrecht für anwendbar erklärte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von <ref-law> ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
5. Entsprechend dem Verfahrensausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Graubünden und dem Kantonsgericht von Graubünden, II. Strafkammer als Beschwerdeinstanz in Jugendstrafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Pfäffli