Faits:
A.
Par jugement du 25 octobre 2012, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a acquitté A._ des infractions de soutien à une organisation criminelle, infraction grave à la loi fédérale sur les stupéfiants, blanchiment d'argent aggravé, l'a condamné pour faux dans les titres à une peine pécuniaire de 45 jours-amende à 165 fr. avec sursis pendant 2 ans (ch. I), ordonné la levée des séquestres (ch. II), mis les frais, arrêtés à 4'000 fr., à la charge de A._, le solde étant laissé à la charge de la Confédération (ch. III) et a imparti à celui-ci un délai pour déposer une requête en indemnisation selon l'<ref-law> (ch. IV).
Il ressort les éléments suivants de ce jugement.
A.a. Après avoir travaillé dans le domaine bancaire auprès de divers instituts financiers de la place genevoise, A._ s'est mis à son compte et a créé sa propre société de gestion de fortune en 1997. Dès cette année, il est devenu le gestionnaire de fortune de B._ en Suisse. Il a fait ouvrir en faveur de ce dernier divers comptes auprès de plusieurs banques de Genève, sur lesquels ont été transférés et déposés d'importants montants en espèces. Durant la période où il avait un mandat de gestion, des montants importants ont été débités des comptes de B._ pour être transférés en Espagne en faveur de la société espagnole C._, soit la contrevaleur de 21'349'173 fr. 35. Il a également mis en contact B._ avec D._ pour la création de diverses sociétés écran, notamment E._, F._ et G._. Il s'est chargé d'obtenir des procurations et a joué un rôle d'intermédiaire entre son client et D._.
Selon la documentation bancaire établie durant cette période, B._ était un industriel actif dans le secteur agro-alimentaire et dans l'immobilier. Il possédait une holding en Espagne, des fermes agricoles et un vignoble au Portugal, ainsi qu'une usine de production d'huile d'olive au Maroc. Il était également propriétaire d'une conserverie à Vigo, en Espagne. A plusieurs reprises, pour expliquer la provenance des fonds, B._ a exposé disposer de liquidités « défiscalisées » en relation notamment avec de la vente de cigarettes hors taxe ou des encaissements en cash effectués auprès de clients qui le payaient au moyen d'argent défiscalisé. En outre, au début des années 1990, B._ avait déjà ouvert des comptes bancaires en Suisse sur lesquels des versements en cash avaient été effectués pour environ 70 millions de francs. Le gestionnaire des comptes a indiqué que cet argent était destiné à l'achat de cigarettes. Selon un rapport d'analyse établi à la demande des autorités judiciaires, il apparaît que plus des 98% de ce montant avaient été reversés à une société installée à X._ dont l'administrateur unique était connu pour ses activités en matière de trafic de cigarettes.
Le 17 décembre 2002, B._ et A._ ont constitué chacun un trust irrévocable selon les lois des Bahamas, portant le nom de G._, respectivement de H._. Des comptes bancaires ont été ouverts aux noms de ces trusts dans une banque des Bahamas. Le 18 février 2003, une partie des avoirs bancaires de B._ a été transférée sur le compte de son trust aux Bahamas. Le 7 avril 2003, A._ en a fait de même s'agissant de ses propres avoirs.
Entre 1997 et 2006, 66% en moyenne et 80% en 2003 des honoraires encaissés par A._ étaient liés à la gestion des comptes de B._.
A.b. En 2002, les autorités espagnoles ont ouvert une enquête qui a permis de démanteler un vaste trafic de stupéfiants. L'enquête a mis en évidence un réseau international de trafiquants de drogue sévissant en Espagne, en Colombie et en Afrique de l'ouest, impliquant dans le premier pays, trois groupes criminels distincts dirigés respectivement par I._, J._ et K._. La procédure ainsi ouverte a conduit à un jugement rendu en date du 16 novembre 2009 dont il ressort que le groupe criminel dirigé par I._ avait pour but principal d'introduire des quantités considérables de cocaïne sur le territoire espagnol depuis la Colombie ou le Venezuela en vue de sa distribution. Pour y parvenir, dès le début du mois de mars 2002, I._ a décidé de mettre sur pied une infrastructure permettant de procéder à un trafic à grande échelle. Il devait disposer pour ce faire d'un bateau remorqueur, d'un bateau rapide ayant une grande autonomie et d'un navire marchand destiné à transporter dans sa cale le bateau rapide. Le bateau remorqueur devait fournir le carburant au bateau rapide et assister ce dernier en cas de problème lors du transport de drogue. Le bateau rapide devait transporter la drogue à partir du point de rencontre avec le « bateau nourrice » qui apportait la drogue en provenance d'Amérique du Sud et l'acheminer jusqu'aux côtes espagnoles. Pour ce faire, I._ s'est associé, dès fin 2002, avec J._ et son groupe criminel qui était chargé de la coordination et du transport de la drogue une fois celle-ci parvenue en Espagne.
Dès fin 2002, le groupe de I._ a cherché à se procurer les embarcations nécessaires. C'est ainsi qu'il a acquis début 2003 le bateau remorqueur Zudar Sexto et le bateau marchand Boreas. Le bateau rapide Nautillus a été fourni par B._, au travers de sa société F._. Ce dernier savait à quoi le bateau devait servir.
En août 2003, un chargement de 2000 kg de cocaïne a été transbordé du « bateau nourrice » qui faisait route depuis la Colombie sur le bateau rapide Nautillus. Il était prévu que ce bateau transporte la drogue jusqu'aux côtes de Galice. Toutefois, il a subi des dommages et n'a plus pu naviguer. C'est pour pallier le besoin d'un nouveau transporteur qu'est entré en jeu le troisième groupe criminel dirigé par K._. Ce dernier avait organisé son propre trafic de stupéfiants. Il a accepté de reprendre à bord de son bateau South Sea les 2000 kg de cocaïne se trouvant sur le Nautillus, transbordement qui a été effectué le 8 septembre 2003. Le South Sea s'est ensuite rendu au Sénégal pour y attendre l'arrivée d'une deuxième cargaison, dont K._ avait organisé la prise en charge pour son propre compte. Le 3 octobre 2003, le South Sea a chargé à son bord, en pleine mer, 4000 kg de cocaïne. Le 11 octobre 2003, les autorités espagnoles ont procédé à l'arraisonnement du South Sea au large des côtes portugaises. Le bateau a été ramené au port et il a été découvert à son bord un chargement net de 5734.105 kg de cocaïne pour un taux de pureté de 78.30% et d'une valeur marchande d'environ 200 millions d'euros.
Le jugement espagnol du 16 novembre 2009 a condamné dix-huit personnes dans le cadre de ce trafic, dont B._. Ce dernier a été condamné à dix ans de prison et à deux amendes de 69'610'000 euros chacune correspondant au double de la valeur de la drogue saisie pour délit contre la santé publique en relation avec une substance qui provoque de graves dommages à la santé (cocaïne) en une quantité d'une importance notoire, au sein d'une organisation criminelle, avec la circonstance aggravante d'une gravité extrême. La peine a été confirmée le 12 avril 2011 par les Juges de la Cour suprême, sous réserve de l'une des deux amendes. Ces jugements sont définitifs et exécutoires s'agissant de B._. J._ et K._ ont été condamnés avec la circonstance aggravante de « dirigeant ». Quant à I._, il a fait défaut au procès et a été jugé séparément le 13 juillet 2010.
Une seconde enquête pour blanchiment a été ouverte en Espagne notamment contre B._ et était toujours en cours au moment du jugement du Tribunal pénal fédéral.
A.c. En décembre 2002, A._ s'est chargé, en tant que gestionnaire des comptes de B._, de régler la facture d'amarrage du Nautillus pour la période du 2 mars 2000 au 3 mars 2003 envers la société L._.
Dans le cadre de la remise du bateau Nautillus au groupe de I._, il a été convenu que cette embarcation serait vendue par la société F._ à la société M._ pour 50'000 dollars, soit un prix onze fois inférieur à la valeur réelle. B._ s'est ainsi rendu, le 18 février 2003, à Genève, en compagnie de A._, dans les bureaux de D._ afin de liquider la société F._ en raison de la vente du bateau. A cette occasion, A._ a rédigé une requête de liquidation de cette société ainsi qu'une facture faisant état de la vente du bateau à la société M._.
Parallèlement à ces démarches, deux hommes du groupe de I._ se sont rendus en Grèce, dans le port de Y._, pour prendre possession du Nautillus et entreprendre les démarches auprès des autorités portuaires pour pouvoir le faire sortir du port. Dans ce contexte, A._ a faxé, durant le mois de mars 2003, différents documents aux hommes de I._. Devant les difficultés rencontrées par ces hommes pour obtenir l'autorisation des autorités portuaires de sortir le Nautillus du port, notamment en raison du fait que les documents n'étaient pas au nom du nouveau propriétaire, soit M._, il a été décidé de continuer à apparaître au nom de F._. Malgré cela, les autorités portuaires n'ont pas autorisé la sortie du bateau. Sur instruction de I._, A._ a rédigé, le 18 mars 2003, une autorisation à l'entête de F._ permettant aux trois hommes de I._ se trouvant en Grèce de réparer le Nautillus et d'embarquer pour l'île de Malte. L'auteure apparente de ce document était N._ dont A._ a imité la signature. Il a joint à l'autorisation un pouvoir octroyé par la société F._ à N._ le 25 novembre 1997. A._ a fait parvenir ces documents aux hommes de I._ ce qui leur a permis de sortir le bateau du port le 23 mars 2003. La fausse autorisation n'a pas été sauvegardée sur l'ordinateur de A._ mais une copie en a été retrouvée dans sa mémoire cache.
A la fin de l'année 2003, A._ a reçu la visite de la fille de B._ à qui il a remis les différents documents permettant d'établir que le Nautillus avait été vendu.
A.d. De juin 1998 à février 2000, six transferts de fonds, pour un total d'environ 16 millions de francs, ont été opérés, sur ordre de B._, de comptes dont il avait la maîtrise en Suisse en faveur de comptes de la société C._ en Espagne. Selon l'enquête espagnole cette société espagnole servait au rapatriement des fonds de B._ dans ce pays.
En juin 2001, O._, administratrice de C._, a pris contact avec A._. La société C._ allait être soumise à un contrôle fiscal et conduite à devoir s'expliquer sur l'origine des fonds provenant de Suisse. O._ a requis de A._ qu'il prépare des contrats de prêt destinés à justifier l'arrière-plan économique des transactions. Entre le 4 juin et le 24 juillet 2001, A._ a établi cinq contrats qu'il a antidatés aux 15 juin 1998, 14 octobre 1998, 17 mars 1999, 25 juin 1999 et 26 janvier 2000, soit quelques jours avant chaque transfert de fonds. Il a également établi un contrat de prêt global daté du 4 juillet 2001. Tous ces contrats indiquent E._ comme prêteuse et C._ comme emprunteuse. P._ a signé ces contrats en qualité de représentant de E._, signature légalisée par un notaire. Ceux-ci ont été transmis à O._. En avril 2002, sur demande de O._, A._ a préparé un nouveau contrat de prêt daté du 20 avril 2002 afin de justifier des versements intervenus en 2001 et 2002 pour un total d'environ 4,5 millions de francs. Le contrat a été transmis à O._ après signature. Le 9 juin 2003, un transfert d'environ 360'000 euros a été effectué par le débit du compte de E._ à l'UBS en faveur de C._. Pour justifier l'arrière-plan de ce transfert, O._ a transmis un contrat « prêt à l'emploi » à A._, stipulé à Genève et daté du 9 juin 2003, pour que ce dernier le fasse signer à B._. Après signature, A._ l'a transmis à D._ pour signature de P._ et légalisation.
Le 23 septembre 2003, à la suite de la demande formulée par A._, la banque Q._ a versé une avance à terme fixe de 300'000 fr. sur le compte détenu par le trust H._. Ce montant était destiné à financer la reprise d'un commerce à Genève et la constitution d'une société anonyme, R._, par S._, épouse de A._. Ce montant a été débité quelques jours plus tard du compte du trust en faveur du compte détenu par E._ à l'UBS à Genève. Le 29 septembre 2003, il a été transféré, à la demande de A._, de ce dernier compte en faveur du compte détenu par R._. Pour justifier cet apport de liquidités dans la comptabilité de R._, A._ a rédigé un contrat de prêt entre E._ et R._, daté du 29 septembre 2003 et portant sur un montant de 300'000 francs. Il stipulait un intérêt de 6% l'an et la cession en faveur de E._ de 99 actions au porteur de R._ au titre de garantie. A._ a expliqué que le montant de 300'000 fr. provenait de fonds propres non déclarés au fisc. Afin de ne pas dévoiler l'existence de ces fonds, il avait, après avoir obtenu l'accord de B._, fait transiter le montant par le compte de E._ et établi le contrat de prêt. Le prêt a été enregistré dans la comptabilité de R._ et le contrat inséré comme pièce justificative. Le 31 décembre 2006, la valeur de ce prêt était toujours de 300'000 fr. et n'avait pas été amorti.
B.
Par jugement du 13 juin 2013, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a partiellement admis la requête d'indemnisation de A._, lui a alloué, à charge de la Confédération, un montant de 165'996 fr. 10 avec intérêt à 5% l'an dès le 15 novembre 2008 pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure et un montant de 18'802 fr. pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure et rejeté les autres conclusions de A._.
C.
C.a. Le Ministère public de la Confédération (ci-après : MPC) forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement rendu le 25 octobre 2012 par la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (6B_184/2013). Il conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'elle condamne A._ pour infraction grave à la loi fédérale sur les stupéfiants, blanchiment d'argent en bande et par métier, soutien à une organisation criminelle et faux dans les titres, qu'elle prononce la confiscation des avoirs séquestrés et une créance compensatrice et qu'elle mette l'entier des frais à la charge de A._.
Invités à déposer des observations limitées à la question des frais, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral y a renoncé, alors que A._ a conclu au rejet du recours.
C.b. Le MPC forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement rendu le 13 juin 2013 par la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (6B_693/2013). Il conclut, sous suite de frais, à la réforme du jugement entrepris en ce sens qu'aucune indemnité n'est accordée à A._. Il requiert, par ailleurs, l'octroi de l'effet suspensif et la suspension de la procédure 6B_693/2013 jusqu'à droit connu dans la procédure 6B_184/2013 un délai de 30 jours dès notification de la décision rendue dans cette dernière procédure pour compléter ses écritures étant accordé. Subsidiairement, il requiert la jonction des deux causes.
Invités à déposer des observations sur le recours, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral y a renoncé, alors que A._ a conclu à son rejet.
C.c. A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement rendu le 13 juin 2013 (6B_774/2013). Il conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme du jugement entrepris en ce sens que la Confédération est condamnée à lui payer un montant de 417'463 fr. 15 à titre d'indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure à verser en mains de son conseil, un montant de 6'223'144 fr. 60 et 64'700 dollars pour le dommage économique et 300'000 fr. pour le tort moral. Il conclut subsidiairement à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouvelle décision.

Considérant en droit:
1.
Les trois recours ont trait à deux décisions distinctes prises toutefois dans le cadre de la même affaire et concernant le même complexe de faits. Il y a lieu de joindre les causes et de les traiter dans un seul arrêt (<ref-law> et 71 LTF). Il n'y a pas lieu de donner suite à la requête de suspension du MPC.
2.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 43).
2.1. Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les références citées).
2.2. En s'appuyant sur un découpage peu intelligible et répétitif des arguments, le MPC invoque au travers de ses différents griefs matériels une violation des articles 6 et 13 CPP. Il soutient que l'autorité précédente aurait violé la maxime inquisitoire et la recherche de la vérité matérielle. Outre que l'<ref-law> ne concerne pas les principes invoqués par le MPC, on ne comprend pas ce que le MPC entend en tirer. Quant à l'<ref-law>, il impose aux autorités pénales de rechercher d'office tous les faits pertinents pour la qualification de l'acte et le jugement du prévenu. Le MPC soutient que l'autorité précédente n'aurait pas établi les faits pertinents en ne retenant pas ceux qu'il invoque. Dans ce contexte, l'<ref-law> n'a pas la portée que lui prête le MPC qui semble en réalité par ce biais vouloir remettre en cause l'appréciation des faits de l'autorité précédente. Ses critiques sur les faits seront ainsi examinées uniquement sous l'angle de l'arbitraire.
3.
Invoquant l'interdiction de l'arbitraire et la violation des 80 al. 2 CPP, 12 CP et 19 ch. 1, ch. 2 let. a et b et ch. 4 aLStup, le MPC conteste l'acquittement de l'intimé pour infraction à la LStup.
3.1. Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313). La notion d'arbitraire a été rappelée récemment dans l'arrêt publié aux <ref-ruling> (consid. 6.1 p. 379 s.), auquel on peut donc se référer. En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat.
3.2. La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'art. 6 par. 1 CEDH, qui n'a pas de portée différente dans ce contexte, le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Ce devoir est également consacré à l'<ref-law>, qui n'a toutefois pas de portée différente. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.1 p.88; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 6B_101/2011 du 14 février 2012 consid. 3.1).
3.3. Subjectivement, le complice doit avoir agi intentionnellement, mais le dol éventuel suffit. Il faut qu'il sache ou se rende compte qu'il apporte son concours à un acte délictueux déterminé et qu'il le veuille ou l'accepte. A cet égard, il suffit qu'il connaisse les principaux traits de l'activité délictueuse qu'aura l'auteur, lequel doit donc avoir pris la décision de l'acte (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 51 s; <ref-ruling> consid. 3a p. 119 s.; arrêt 6B_761/2010 du 8 février 2011 consid. 6.2).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention, notamment de dol éventuel, et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 4).
3.4. En substance, l'autorité précédente a estimé que le comportement de l'intimé consistant à fournir les documents, plus particulièrement la fausse autorisation du 18 mars 2003, permettant la sortie en mer du Nautillus avec pour objectif de naviguer jusqu'au « bateau nourrice » puis de transporter la cocaïne jusqu'en Galice, réalisait les éléments constitutifs objectifs de complicité à une infraction à la LStup. Toutefois, elle a retenu qu'un doute raisonnable subsistait quant à la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction.
A cet égard, l'autorité précédente a retenu que l'intimé avait certes eu connaissance en août 1999, d'un courrier du 2 juillet 1999, émanant d'une autorité portuaire grecque chargée de la répression des infractions de stupéfiants adressé à l'autorité bélizienne afin d'obtenir des informations sur l'identité du détenteur du Nautillus. Ce document ne permettait toutefois pas de savoir si une enquête portant sur des faits précis était en cours, ni sur la nature pénale ou douanière de l'autorité requérante. L'intimé avait compris, à réception de cette lettre, que le Nautillus suscitait des interrogations et que s'il avait, par la suite, nié l'avoir reçu, c'était parce qu'il considérait lui-même que le document avait quelque importance. La procédure n'avait cependant pas permis de lever tout doute raisonnable quant au fait qu'il devait avoir des motifs suffisants de présumer que le bateau serait utilisé dans le cadre précis d'un trafic de stupéfiants et qu'il s'en était accommodé. D'une part, l'intimé n'était pas censé savoir que B._ avait quelque chose à faire avec le trafic de drogue. Il croyait que ce dernier était actif dans le commerce des cigarettes et son sentiment était sans doute renforcé par le fait que de 1997 à fin 2003, il avait géré les fonds de B._ sans que ce dernier ne donne jamais à penser qu'il pouvait s'adonner au trafic de stupéfiants. Dans ce sens, on devait constater que le trafic de cigarettes auquel se référait l'intimé semblait bel et bien avoir eu lieu, ce qui était aussi ressorti de la procédure suisse. C'était justement ce commerce qui avait justifié l'arrivée massive de fonds sur les comptes de B._ à l'UBS Lugano dans les années nonante. D'autre part, il fallait aussi retenir que l'enquête espagnole n'avait pas fait apparaître que les colossaux revenus de l'intéressé étaient le fruit du trafic de drogue. La source criminelle ou non des revenus de B._ était au jour du jugement inconnue. La lettre du 2 juillet 1999 fournissait des renseignements non sans intérêt, mais pas à ce point explicites pour que l'intimé ait pu forcément réaliser, trois ans et demi plus tard, qu'il intervenait dans le cadre d'un trafic international de drogue. La lettre ne lui était pas adressée mais était destinée à B._. L'embarcation pouvait servir au transport de n'importe quelles autres marchandises, fût-ce en contrebande.
L'autorité précédente a relevé que, n'ayant jamais été en mesure de donner des informations claires sur le client B._, il aurait pu être reproché à l'intimé de ne pas avoir voulu connaître la nature de l'opération à laquelle il participait et d'avoir, dans son for intérieur, approuvé qu'il s'agissait de trafic de stupéfiants. Il était toutefois difficile de tirer des conclusions précises de son comportement avant ou en cours de procédure. En créant l'autorisation du 18 mars 2003 et en usurpant la signature de N._, l'intimé avait certainement imaginé se trouver à la frontière de la légalité. Il s'était toutefois trouvé confronté à la nécessité de satisfaire la requête urgente de l'un de ses plus gros clients. Simultanément, il lui fallait cacher son méfait, donc effacer le fichier de son ordinateur. L'autorité précédente n'a pas pu se convaincre avec une vraisemblance confinant à la certitude que son comportement procédural et certains de ses modes opératoires devaient être interprétés dans le sens qu'il acceptait la possibilité d'être impliqué dans un trafic de stupéfiants. L'enquête espagnole avait démarré en 2002 et les principaux protagonistes placés sous écoutes téléphoniques. Les bandes enregistrées et les observations effectuées depuis 2002 ne démontraient aucun lien particulier existant entre l'intimé et ces derniers. L'enquête n'avait pas révélé qu'ils lui étaient connus ou qu'ils lui avaient été présentés. Ils n'étaient pas ses clients. Rien ne permettait d'affirmer qu'il les avait connus personnellement et encore moins qu'il les avait fréquentés. Les investigations n'avaient pas non plus révélé que les relations entre l'intimé et B._ étaient à ce point étroites qu'elles avaient pu laisser croire que celui-ci l'avait mis dans la confidence sur ses réelles activités. Ils avaient passé peu de temps ensemble et il n'était pas démontré qu'ils aient entretenu des rapports d'ordre personnel. Le patrimoine de l'intimé n'avait pas connu de nouveaux afflux consécutifs aux services rendus, de telle sorte que l'on ne voyait même pas quel intérêt il aurait eu à agir. Dans ces conditions, il fallait retenir que l'intimé ignorait l'objectif réel de son intervention et que le résultat survenu ne s'imposait pas à ce point à son esprit pour qu'on ne puisse interpréter son acte autrement que par l'acceptation de commettre une infraction.
L'instruction n'avait ainsi pas permis de déterminer avec la certitude requise que l'intimé, le sachant et le voulant, avait prêté son concours à un trafic de stupéfiants, ni que le risque que le bateau serve au transport de drogue était à ce point pressant que cette probabilité devait s'imposer à lui et qu'il l'avait acceptée. Un doute raisonnable subsistant quant à la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction, l'intimé devait être acquitté du chef de complicité à un trafic de stupéfiants.
3.5. Le MPC, après avoir exposé une liste d'éléments factuels qui ressortiraient selon lui de l'instruction, reproche à l'autorité précédente de ne pas avoir indiqué les motifs pour lesquels elle ne les retenait pas, violant ainsi son devoir de motivation.
L'autorité précédente a expliqué de manière détaillée les motifs pour lesquels elle éprouvait un doute raisonnable quant à la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction (cf. supra consid. 3.4). Elle a tenu compte de la plupart des éléments soulevés par le MPC et exposé pour quelles raisons ces éléments ne la convainquaient pas. En outre, elle n'avait pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits et moyens de preuve. Le MPC pouvait comprendre les motifs retenus et contester utilement la décision, ce qu'il a d'ailleurs fait. Plus avant dans son recours, le MPC soutient encore que l'autorité précédente n'aurait pas expliqué pour quel motif elle retenait qu'il était difficile de tirer des conclusions précises du comportement de l'intimé avant ou en cours de procédure. On comprend toutefois de l'argumentation de l'autorité précédente qu'elle se réfère en particulier aux reproches formulés par le MPC s'agissant du fait que l'intimé a créé la fausse attestation du 18 mars 2003 et qu'il a nié l'avoir fait. A cet égard, elle a exposé de manière détaillée de quelle manière elle appréciait ces éléments. Il ne peut lui être reproché un défaut de motivation et le grief doit être rejeté.
3.6. Le MPC soutient que l'autorité précédente a arbitrairement établi les faits.
3.6.1. Le MPC fait grief à l'autorité précédente de n'avoir manifestement pas compris le sens et la portée des moyens de preuve qu'il invoque. Dans un premier temps, le MPC se borne à exposer une liste d'éléments factuels sans même démontrer en quoi ils permettraient de retenir que l'élément subjectif de l'infraction serait réalisé. Plus loin dans son recours, il soutient que les spécificités du bateau Nautillus, enregistré comme transporteur de marchandises, le caractère notoire du trafic de cocaïne en Espagne au moyen de bateaux similaires et la lettre du 2 juillet 1999 démontreraient la réalisation de l'élément subjectif. Ce faisant, le MPC ne fait qu'opposer sa propre appréciation des faits à celle de l'autorité précédente qui a, par ailleurs, tenu compte de ces éléments et exposé de manière détaillée pour quelle raison elle considérait qu'ils n'étaient pas suffisants pour lever tout doute raisonnable (cf. supra consid. 3.4). Le MPC ne démontre pas en quoi l'appréciation des preuves opérée par l'autorité précédente telle qu'elle ressort du consid. 3.4 supra serait arbitraire. Insuffisamment motivé et appellatoire, son grief est irrecevable.
3.6.2. Le MPC reproche également à l'autorité précédente d'avoir retenu que l'intimé pensait que l'argent de B._ provenait d'un trafic de cigarettes et que l'enquête espagnole n'avait pas démontré l'origine criminelle des fonds de ce dernier. Il ne démontre toutefois pas en quoi il était manifestement insoutenable de retenir ces éléments, se contentant de l'affirmer. S'agissant de l'enquête espagnole actuellement menée contre B._ pour blanchiment d'argent auquel se réfère le MPC, l'autorité précédente ne l'a pas ignorée. Elle a toutefois relevé qu'au jour du jugement, l'origine criminelle des fonds n'était pas établie, ce qui est exact dès lors qu'elle ne ressort pas du jugement espagnol définitif et que l'enquête espagnole est encore en cours. Le grief du MPC doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.6.3. Le MPC soutient qu'il était arbitraire de retenir que l'intimé s'était trouvé confronté à la nécessité de satisfaire la requête urgente de l'un de ses plus gros clients. Outre que le MPC ne démontre pas en quoi constituerait l'arbitraire, il ressort de l'état de faits que la requête était bien urgente, dès lors que cela faisait plusieurs semaines que le groupe de I._ cherchait à faire sortir le bateau du port sans succès et que B._ était le client principal de l'intimé, celui-ci lui rapportant en moyenne 66% de ses revenus, ce qui n'est pas contesté par le MPC. Le fait que l'intimé ait pu éventuellement être en contact avec des membres de l'organisation espagnole dans le cadre des démarches visant à la sortie du Nautillus du port grec n'y change rien. C'est bien parce que B._, seule personne que l'intimé connaissait, était impliqué dans cette affaire que ce dernier a fait ce qui lui est reproché. En outre, il n'était pas non plus arbitraire de retenir que l'intimé n'avait aucun lien particulier avec les membres de l'organisation criminelle de I._. En effet, ce n'est pas parce qu'il aurait eu des éventuels contacts avec ceux-ci dans le cadre des démarches pour faire sortir le bateau du port que l'on peut en déduire, comme le souhaiterait le MPC, qu'il les connaissait personnellement. A tout le moins, il n'était pas manifestement insoutenable de retenir qu'il n'avait pas de relations particulières avec des membres de l'organisation de I._. A cet égard, l'autorité précédente a relevé que ceux-ci étaient sous surveillance et sous écoute depuis 2002 et qu'il n'était pas apparu que l'intimé les ait connus personnellement, encore moins qu'il les ait fréquentés. Partant, il n'était pas arbitraire de retenir que l'intimé ne les connaissait pas, malgré les éventuels contacts entretenus dans le cadre des démarches relatives au bateau. Le grief du MPC doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.6.4. Le MPC soutient que l'autorité précédente aurait retenu qu'il appartenait à la cour espagnole d'établir les faits déterminants s'agissant de l'intimé, ce qui entacherait le jugement d'arbitraire. On ne voit toutefois pas trace d'un tel motif dans l'argumentaire de l'autorité précédente et on ne comprend pas à quoi se réfère le MPC. Son grief est irrecevable.
3.6.5. Le MPC requiert que soit versé au dossier sa note relative à la motivation orale du jugement du 25 octobre 2012. Le point de savoir si ce moyen de preuve nouveau est recevable au regard de l'<ref-law> peut demeurer indécis. En effet, ce que le MPC entend prouver de cette manière n'est de toute façon pas de nature à établir que l'autorité précédente a arbitrairement retenu que l'intimé ignorait participer à un trafic de stupéfiants. En substance, le MPC soutient que le fait que l'intimé, en qualité d'intermédiaire financier, ait prêté main forte à des opérations financières douteuses sans prêter l'attention nécessaire, qu'il n'ait pas respecté les normes fiscales, qu'il ait établi de faux documents et que du chanvre ait été retrouvé chez lui lors d'une perquisition démontreraient qu'il s'accommode d'agir dans l'illégalité et qu'il est dépourvu de probité. Même à retenir ces éléments, ils ne sont pas de nature à démontrer que dans le cas concret du Nautillus, l'intimé savait ou qu'il s'accommodait de prêter son assistance à un trafic portant sur 2000 kg de cocaïne. Mal fondé, le grief du MPC doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.7. A diverses reprises dans son écriture, le MPC prétend que l'autorité précédente aurait méconnu la notion de dol éventuel et aurait violé les <ref-law> et 19 ch. 1, ch. 2 let. a et b et ch 4 aLStup. Pour ce faire, le MPC se fonde toutefois sur sa propre appréciation des faits et des preuves. Il ne formule ainsi aucune critique recevable, fondée sur l'état de faits retenu, sans arbitraire, par l'autorité précédente, relative à l'application du droit fédéral.
4.
Invoquant l'interdiction de l'arbitraire et la violation des <ref-law>, 12 et 260 ter ch. 1 al. 2 CP, le MPC conteste l'acquittement de l'intimé pour soutien à une organisation criminelle.
4.1. L'autorité précédente a longuement explicité les motifs qui la conduisaient à exclure l'application de l'art. 260 ter CP. C'est en vain que le MPC se prévaut d'un défaut de motivation.
4.2. Selon l'art. 260 ter ch. 1 CP, celui qui aura participé à une organisation qui tient sa structure et son effectif secrets et qui poursuit le but de commettre des actes de violence criminels ou de se procurer des revenus par des moyens criminels, sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Est également punissable celui qui aura soutenu une telle organisation dans son activité criminelle.
4.2.1. La notion d'organisation criminelle au sens de l'art. 260 ter CP implique d'abord l'existence d'un groupe structuré de trois personnes au minimum, généralement plus, conçu pour durer indépendamment d'une modification de la composition de ses effectifs et se caractérisant, notamment, par la soumission à des règles, une répartition des tâches, l'absence de transparence ainsi que le professionnalisme qui prévaut aux différents stades de son activité criminelle. On peut notamment songer aux groupes qui caractérisent le crime organisé et aux groupements terroristes. Il faut ensuite que cette organisation tienne sa structure et son effectif secrets. La discrétion généralement associée aux comportements délictueux ne suffit pas. Il doit s'agir d'une dissimulation qualifiée et systématique, qui ne doit pas nécessairement porter sur l'existence de l'organisation elle-même mais sur la structure interne de celle-ci et le cercle de ses membres et auxiliaires. En outre, l'organisation doit poursuivre le but de commettre des actes de violence criminels ou de se procurer des revenus par des moyens criminels. S'agissant en particulier de l'enrichissement par des moyens criminels, il suppose que l'organisation s'efforce de se procurer des avantages patrimoniaux illégaux en commettant des crimes. Sont notamment visées les infractions constitutives de crimes contre le patrimoine et les crimes prévus par la loi fédérale sur les stupéfiants (arrêt 6B_729/2010 du 8 décembre 2011 consid. 4.1.3.1 non publié in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 133 s.).
4.2.2. Sont considérés comme des participants à une organisation criminelle au sens de l'art. 260 ter ch. 1 al. 1 CP, toutes les personnes qui sont enrôlées fonctionnellement dans l'organisation criminelle et qui y déploient des activités concourant au but criminel de cette dernière. Ces activités n'ont (en elles-mêmes) pas nécessairement besoin d'être illégales ou de constituer une infraction. Des activités logistiques qui servent directement les buts de l'organisation suffisent (par exemple la recherche de renseignements, la planification ou la préparation de moyens opératifs, en particulier l'acquisition de véhicules, de moyens de communication ou de moyens financiers, etc.). La participation ne suppose pas non plus d'avoir une fonction dirigeante au sein de l'organisation. Elle peut être de nature informelle ou être tenue secrète (<ref-ruling> consid. 4.1.3 p. 135). Une participation occasionnelle à une opération précise ne suffit pas. Il faut une coopération avec l'organisation qui dénote l'appartenance à celle-ci (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 275 et les références citées).
4.2.3. Contrairement au participant, celui qui soutient une organisation criminelle au sens de l'art. 260 ter ch. 1 al. 2 CP n'est pas intégré à la structure de celle-ci. Le soutien implique une contribution consciente, visant à favoriser l'activité criminelle de l'organisation. Il peut notamment consister à livrer des armes à une organisation terroriste ou analogue à la mafia, à gérer des valeurs patrimoniales ou d'autres aides logistiques, etc. Sur le plan subjectif, il faut que celui qui apporte son soutien à une organisation criminelle sache ou, à tout le moins, envisage que sa contribution pourrait servir à la poursuite du but criminel de celle-ci (<ref-ruling> consid. 4.1.4 p. 135 et les références citées).
4.3. S'agissant de la période de 1997 à 2002, l'autorité précédente a, en substance, retenu que l'intimé avait été, dès 1997, le gestionnaire de fortune en Suisse de B._. Il avait également mis ce dernier en contact avec D._ pour la création de diverses sociétés écran, notamment la société détentrice du Nautillus, s'était chargé d'obtenir des procurations et avait joué un rôle d'intermédiaire entre son client et D._. Du point de vue du droit suisse, l'organisation de I._ fonctionnait à la manière d'une organisation criminelle. Il n'était pas ressorti de la procédure espagnole que l'organisation de I._ était co-dirigée par B._, ni avant fin 2002, ni même après, et encore moins que ce dernier exerçait une influence sur l'organisation ou qu'il y participait d'une autre manière. Qu'il n'était pas un co-dirigeant résultait en particulier du fait que contrairement à J._ et K._, B._ n'avait pas été condamné avec la circonstance aggravante de « dirigeant ». L'implication de B._ dans le trafic de stupéfiants en cause s'apparentait davantage à celle d'un soutien. En partant de la prémisse que l'organisation de I._ existait avant son association à celles de J._ et K._ et en considérant que B._ n'en était pas membre à part entière mais qu'il l'avait soutenue en 2003, l'appui qu'avait fourni l'intimé à partir de 1997 à B._ ne pouvait en bonne logique pas avoir servi le but criminel de l'organisation de I._ pour la période de 1997 à 2002. Enfin, il n'était pas établi que l'intimé avait eu des contacts avec l'organisation criminelle de I._ avant les événements de 2003. Dans ces conditions, les comportements de l'intimé pour la période de 1997 à 2002 ne pouvaient pas être considérés comme un soutien à l'activité de l'organisation criminelle de I._, mais tout au plus comme un appui au bénéfice de B._.
L'autorité précédente a en outre retenu que, contrairement à ce qui était soutenu dans l'acte d'accusation, B._ ne disposait pas de sa propre organisation criminelle. Les éléments constitutifs d'une telle organisation n'étaient pas établis et pas même allégués. On ignorait à quel type d'activités criminelles cette prétendue organisation se consacrait, si sa structure que l'intimé aurait soutenue était entourée d'un secret hermétique, si elle était destinée à une pérennité indépendante de sa composition du moment et si ses membres étaient soumis à des directives ou à des instructions au sens de la jurisprudence. L'absence de ces éléments conduisait à nier l'existence d'une telle organisation s'agissant de la période de 1997 à 2002 et conduisait à acquitter l'intimé du chef de soutien à une organisation criminelle pour cette période.
S'agissant de la période de 2002 à 2003, l'autorité précédente a, en résumé, estimé que B._ avait soutenu l'organisation de I._ à partir de 2003. L'intimé ignorait cependant l'usage criminel qui était réservé au Nautillus. L'intention quant à la nature délictueuse de l'organisation sous-jacente et la conscience de contribuer à la réalisation de ses buts faisaient par conséquent défaut. En tout état de cause, par sa contribution, l'intimé avait rendu un service certes déterminant, mais qui était demeuré isolé. Hormis les contacts établis dans le cadre des démarches visant à la sortie du Nautillus du port grec, il n'y en avait pas eu d'autres. Ceux-ci n'étaient pas suffisants pour permettre à l'intimé d'apprécier l'ampleur du groupe criminel de I._, la nature de sa structure hiérarchique, le caractère secret ou le degré des divisions des tâches la caractérisant. L'intimé devait par conséquent être acquitté du chef de soutien à une organisation criminelle pour les faits postérieurs à 2002.
4.4. Le MPC, après avoir exposé une liste d'éléments factuels qui ressortiraient selon lui de l'instruction, soutient que B._ dirigeait une organisation criminelle depuis 1995. L'argumentation du MPC se réduit à une pure critique appellatoire. En effet, il se borne à proposer sa propre appréciation des preuves, sans aucunement établir en quoi il était manifestement insoutenable de déduire des éléments retenus qu'il n'était pas établi que B._ disposait de sa propre organisation criminelle. Il en va de même lorsque le MPC soutient que B._ co-dirigeait l'organisation de I._. Insuffisamment motivée au regard des exigences posées par l'<ref-law>, sa critique est irrecevable.
4.5. Le MPC fait grief à l'autorité précédente d'avoir arbitrairement retenu que B._ n'était pas membre de l'organisation criminelle de I._. S'agissant de la période de 1997 à 2002, le MPC ne prétend, ni ne démontre qu'il était arbitraire de considérer que B._ n'était pas membre de l'organisation criminelle de I._. A cet égard, il ressort uniquement de la procédure que I._ est entré en contact avec B._ en 2002 pour qu'il lui fournisse un bateau. Cela ne permet pas de retenir la qualité de membre d'une organisation criminelle. Pour la période postérieure à 2002, le point de savoir si B._ devait être considéré comme un membre de l'organisation criminelle de I._ peut demeurer indécis, dès lors que cette constatation n'est pas de nature à faire apparaître la solution retenue par l'autorité précédente comme arbitraire dans son résultat. En effet, même si B._ était un membre de l'organisation, l'autorité précédente a acquitté l'intimé de l'infraction de soutien à une organisation criminelle en raison de l'absence de réalisation de l'élément subjectif. Ainsi, elle a retenu que l'intimé ignorait la nature délictueuse de l'organisation sous-jacente et qu'il n'avait pas conscience de contribuer à la réalisation de ses buts. Le fait que B._ soit membre ou non de l'organisation n'y change rien. Le MPC ne démontre ainsi pas en quoi le résultat serait arbitraire. Au demeurant, il ne prétend, ni ne démontre qu'il serait manifestement insoutenable de retenir que l'intimé ignorait ces éléments. Mal fondé, son grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.6. Le MPC invoque une violation des art. 12 et 260 ter ch. 1 al. 2 CP. Le MPC se fonde toutefois sur sa propre appréciation des faits et des preuves. Il ne formule ainsi aucune critique recevable, fondée sur l'état de fait retenu, sans arbitraire, par l'autorité précédente, relative à l'application du droit fédéral.
5.
Invoquant l'interdiction de l'arbitraire et une violation des art. 12 et 305 bis ch. 1 et ch. 2 let. b et c CP, le MPC conteste l'acquittement de l'intimé pour blanchiment en bande et par métier.
5.1. L'art. 305 bis CP prévoit que celui qui aura commis un acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales dont il savait ou devait présumer qu'elles provenaient d'un crime, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire (ch. 1). L'infraction est qualifiée de grave au sens du ch. 2 notamment lorsque l'auteur agit comme membre d'une organisation criminelle (let. a), comme membre d'une bande formée pour se livrer de manière systématique au blanchiment d'argent (let. b) ou réalise un chiffre d'affaires ou un gain importants en faisant métier de blanchir de l'argent (let. c). Le délinquant est également punissable lorsque l'infraction principale a été commise à l'étranger et lorsqu'elle est aussi punissable dans l'Etat où elle a été commise (ch. 3).
Les valeurs patrimoniales blanchies doivent provenir d'un crime au sens de l'<ref-law>, soit d'une infraction passible d'une peine privative de liberté de plus de trois ans. En matière de blanchiment, comme dans le domaine du recel, la preuve stricte de l'acte préalable n'est pas exigée. Il n'est pas nécessaire que l'on connaisse en détail les circonstances du crime, singulièrement son auteur, pour pouvoir réprimer le blanchiment. Le lien exigé entre le crime à l'origine des fonds et le blanchiment d'argent est volontairement ténu (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 5; <ref-ruling> consid. 3d p. 328).
Du point de vue subjectif, l'infraction de blanchiment est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant. L'auteur doit vouloir ou accepter que le comportement qu'il choisit d'adopter soit propre à provoquer l'entrave prohibée. Au moment d'agir, il doit s'accommoder d'une réalisation possible des éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit également savoir ou présumer que la valeur patrimoniale provenait d'un crime; à cet égard, il suffit qu'il ait connaissance de circonstances faisant naître le soupçon pressant de faits constituant légalement un crime et qu'il s'accommode de l'éventualité que ces faits se soient produits (<ref-ruling> consid. 2e p. 217; <ref-ruling> consid. 2b p. 247).
5.2. En substance, l'autorité précédente a retenu qu'il n'était pas établi que les fonds appartenant à B._ et gérés par l'intimé provenaient d'un crime. Pour la période de 1997 à 2002, il n'était pas établi que B._ disposait de sa propre organisation criminelle encore moins quel crime elle aurait commis qui aurait pu générer les fonds gérés par l'intimé. Pour la période postérieure à 2002, il était établi que le trafic de drogue mis en place par l'organisation de I._ avec l'aide de B._ n'avait pas rapporté d'argent dès lors que la drogue avait été saisie avant sa revente.
5.3. Le MPC, se référant à ses développements qui ont fait l'objet des consid. 4.3 et 4.4 ci-dessus, prétend avoir établi que B._ disposait de sa propre organisation criminelle. Purement appellatoire, son affirmation est irrecevable.
5.4. Le MPC consacre ensuite un long développement à tenter de démontrer que l'argent parvenu sur les comptes de B._ gérés par l'intimé ne provenait pas du trafic de cigarettes, comme le suggère le jugement entrepris. Ce faisant, le MPC perd de vue qu'il ne suffit pas de démontrer que l'argent ne provient pas d'un tel trafic mais qu'il lui appartenait de prouver qu'il était le produit d'un crime. Comme l'a relevé l'autorité précédente, il n'a pas été établi que B._ disposait de sa propre organisation criminelle, ni à quel genre d'activité criminelle cette prétendue organisation se livrait. Plus particulièrement, il n'a pas été établi que B._ se soit livré à du trafic de stupéfiants avant l'affaire du Nautillus. C'est par conséquent à bon droit que l'autorité précédente a considéré qu'en l'absence de crime préalable, l'infraction de blanchiment d'argent n'était pas réalisée.
5.5. Le MPC soutient que, dès 2002, B._ co-dirigeait l'organisation de I._. L'intimé aurait blanchi les fonds de cette organisation, en particulier dans le contexte des remises en espèces à fin 2002, sous le couvert d'une prétendue vente de société, et leur gestion et transferts subséquents sur les comptes dont B._ avait la maîtrise. L'instruction aurait déterminé que cette opération fictive avait permis de masquer l'injection d'avoirs versés en espèces et d'origine indéterminée. Ces fonds se trouveraient dans la sphère de puissance de l'organisation criminelle formée par l'association de B._ et I._ et seraient à mettre en lien avec ceux remis par les contacts colombiens qui avaient financé l'opérationnel à concurrence d'un million d'euros.
En tant que l'argumentation du MPC consiste à opposer une nouvelle fois sa propre appréciation des faits à celle de l'autorité précédente, elle est appellatoire, partant irrecevable. Il ne ressort en effet pas des faits retenus par l'autorité précédente que B._ co-dirigeait l'organisation criminelle de I._, pas plus qu'il n'en ressort que les montants versés en espèces provenaient de l'argent mis à disposition par les colombiens.
Si, par son argumentation, le MPC entendait soutenir, en droit, que l'infraction d'appartenance ou de soutien à une organisation criminelle constituait le crime préalable au blanchiment, cette question peut souffrir de demeurer indécise. En effet, même si l'autorité précédente a retenu que le comportement de B._ s'apparentait à du soutien à une organisation criminelle, elle a également retenu, de manière qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>), que l'intimé ignorait l'existence de l'organisation sous-jacente et sa nature délictueuse. L'intimé ignorant l'existence du crime préalable, il ne peut lui être reproché d'avoir intentionnellement blanchi de l'argent provenant de celui-ci. Le grief du MPC doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
6.
Invoquant l'interdiction de l'arbitraire et la violation des <ref-law>, 12 al. 2, 110 al. 4 et 251 ch. 2 al. 2 CP, le MPC conteste l'acquittement de l'intimé du chef d'accusation de faux dans les titres s'agissant des contrats de prêt conclus entre les sociétés E._ et C._, ainsi que celui conclu entre E._ et R._.
6.1. L'autorité précédente a longuement explicité les motifs qui la conduisaient à exclure l'application de l'<ref-law>. C'est en vain que le MPC se prévaut d'un défaut de motivation.
6.2. Selon l'<ref-law>, se rend coupable de faux dans les titres celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constaté ou fait constater faussement, dans un titre, un fait ayant une portée juridique, ou aura, pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre.
L'<ref-law> vise non seulement un titre faux ou la falsification d'un titre (faux matériel), mais aussi un titre mensonger (faux intellectuel). Il y a faux matériel lorsque l'auteur réel du document ne correspond pas à l'auteur apparent, alors que le faux intellectuel vise un titre qui émane de son auteur apparent, mais dont le contenu ne correspond pas à la réalité (<ref-ruling> consid. 2a p. 67).
Un simple mensonge écrit ne constitue pas un faux intellectuel. La confiance que l'on peut avoir à ne pas être trompé sur la personne de l'auteur est plus grande que celle que l'on peut avoir à ce que l'auteur ne mente pas par écrit; pour cette raison, la jurisprudence exige, dans le cas du faux intellectuel, que le document ait une crédibilité accrue et que son destinataire puisse s'y fier raisonnablement (<ref-ruling>30 consid. 2.1 p. 134; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 14 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 133 s.; <ref-ruling> consid. 2a p. 67 s.).
6.3. La comptabilité commerciale et ses éléments (pièces justificatives, livres, extraits de compte, bilans ou comptes de résultat) sont, en vertu de la loi (anciens <ref-law>; nouveaux <ref-law> en vigueur dès le 1 er janvier 2013), propres et destinés à prouver des faits ayant une portée juridique. Ils ont une valeur probante accrue ou, autrement dit, offrent une garantie spéciale de véracité (ATF <ref-ruling> consid. 8.1 p. 15; <ref-ruling> consid. 2.2 et 2.3 p. 134 ss).
6.4. Le recours en matière pénale ne peut être formé, au sens de l'<ref-law>, que pour violation du droit suisse à l'exclusion du droit étranger (arrêts 6B_834/2011 du 11 janvier 2013 consid. 2.4; 6B_901/2009 du 3 novembre 2010 consid. 2.3.1 et les références citées). L'<ref-law> prévoit des exceptions où le droit étranger peut faire l'objet d'un recours. Celles-ci n'ont cependant aucune portée en matière pénale (arrêt 6B_221/2007 du 13 août 2007 consid. 1.1 et les références citées). Dans le cadre d'un recours en matière pénale, le Tribunal fédéral ne revoit ainsi pas librement l'application du droit étranger (cf. arrêt 6B_688/2011 du 21 août 2012 consid. 5.6). Le MPC peut uniquement se plaindre d'arbitraire dans l'application de ce droit, grief qui doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 69). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
6.5. En substance, l'autorité précédente a retenu que les contrats des 15 juin 1998, 14 octobre 1998, 17 mars 1999, 25 juin 1999, 26 janvier 2000 et 4 juillet 2001 avaient été établis, en 2001, par l'intimé, à la demande de O._, dans le but de justifier auprès de l'autorité fiscale espagnole des transferts de fonds des comptes de B._ en faveur des comptes de C._ intervenus entre 1998 et 2000. L'intimé les avait antidatés. Il apparaissait que leur contenu était mensonger mais cette question pouvait rester ouverte dès lors que ces documents ne bénéficiaient pas d'une valeur probante accrue. En effet, il n'était pas établi qu'ils avaient été intégrés à la comptabilité de C._ et que les comptes de cette société avaient été matériellement faussés puisqu'elle avait réellement reçu les fonds.
6.6. Même si l'on devait retenir que les contrats litigieux étaient mensongers, question que l'autorité précédente a laissée ouverte, ces documents ne constituent pas, en tant que tels, des titres, contrairement à ce que soutient le MPC. Conformément à la jurisprudence, un contrat en la forme écrite simple, dont le contenu est faux, ne revêt en principe pas de force probante accrue (<ref-ruling> consid. 5c/cc p. 68 s.; <ref-ruling> consid. 3f p. 29). Qu'un notaire ait légalisé la signature du représentant de E._ apposée sur les contrats n'y change rien. Cette légalisation se limite à confirmer l'authenticité de la signature du représentant, qui n'est pas contestée. Elle n'a aucune portée quant au contenu même des contrats (cf. arrêt 6B_398/2011 du 26 septembre 2011 consid. 2.3).
6.7.
6.7.1. Selon un arrêt récent du Tribunal fédéral, l'auteur d'une facture au contenu inexact peut se rendre coupable de faux intellectuel dans les titres lorsque dite facture ne remplit pas qu'une fonction de facturation, mais qu'elle est destinée, objectivement et subjectivement, à servir au destinataire avant tout comme pièce comptable, si bien que sa comptabilité s'en trouve faussée. Si la facture au contenu inexact a été établie dans le but d'être intégrée dans la comptabilité, le faux intellectuel dans les titres prend naissance lors de son élaboration et non pas seulement lors de son enregistrement dans la comptabilité (<ref-ruling>30 consid. 2.4.3 p. 139; <ref-ruling> consid. 3.2 et 3.3 p. 136 ss).
Se référant à cette jurisprudence, le MPC soutient que les contrats constitueraient des faux dans les titres dès lors qu'ils étaient destinés, objectivement et subjectivement, à servir au destinataire, soit la société C._, par l'intermédiaire de O._, comme pièces comptables. Contrairement à ce qu'a retenu l'autorité précédente, il ne serait pas déterminant que leur intégration dans la comptabilité de C._ n'ait pas été établie dès lors que le faux prendrait naissance dès son élaboration.
6.7.2. C._ est une société de droit espagnol. S'il est constant que la comptabilité et ses pièces justificatives, au sens du droit suisse et établies selon les règles comptables suisses, constituent des titres, il n'est pas établi que tel serait le cas selon le droit espagnol. En effet, on ignore tout des règles espagnoles en matière de tenue de la comptabilité, étant rappelé qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'établir leur contenu (cf. supra consid. 6.4); il n'est pas établi qu'elles seraient comparables au droit suisse au point qu'on puisse retenir que la comptabilité, plus particulièrement ses pièces justificatives, constitueraient des titres également sous cet angle. A cet égard, le MPC ne prétend, ni ne démontre que tel serait le cas. Par conséquent, il n'était pas critiquable de retenir que les contrats litigieux ne constituaient pas des titres.
Au demeurant, l'autorité précédente a exposé que les contrats litigieux avaient été établis dans le but d'accréditer auprès de l'autorité fiscale espagnole la thèse de l'existence de prêts. L'intimé avait lui-même déclaré que les manoeuvres auxquelles il s'était livré avaient une finalité fiscale. Contrairement à ce que soutient le MPC, on ne peut pas en déduire que les contrats litigieux ont nécessairement été intégrés à la comptabilité de la société C._, ni qu'ils ont été créés dans ce but. A tout le moins, il n'était pas manifestement insoutenable de retenir que tel n'était pas le cas. Lorsque le MPC prétend que l'instruction aurait permis d'établir que les contrats devaient servir de pièces comptables, il ne fait qu'opposer sa propre appréciation des faits à celle de l'autorité précédente dans une démarche purement appellatoire. Dès lors qu'il n'est pas établi que les contrats étaient destinés à servir au destinataire avant tout comme pièces comptables, la jurisprudence citée par le MPC n'est pas applicable.
6.8. Sur la base des faits retenus, dont le MPC n'a pas démontré l'arbitraire, l'autorité précédente pouvait, sans violation du droit fédéral, considérer que les contrats litigieux ne constituaient pas des titres et acquitter l'intimé pour cette infraction. Le MPC n'articule ainsi aucun grief recevable tiré de l'application erronée du droit matériel, ses critiques à cet égard ne se fondant que sur sa propre appréciation des faits et des preuves.
6.9. S'agissant du contrat du 9 juin 2003, l'autorité précédente a retenu que la contribution de l'intimé n'était pas suffisamment caractérisée pour retenir qu'il avait agi en qualité de coauteur ou de complice. Le MPC ne critique pas cette appréciation et il n'y a pas lieu d'y revenir.
6.10. Concernant le contrat de prêt conclu le 29 septembre 2003 entre E._ et R._, l'autorité précédente a retenu qu'il avait été intégré à la comptabilité de cette dernière société et qu'il bénéficiait ainsi d'une force probante accrue. Toutefois, il apparaissait que son contenu était conforme à la réalité et n'apparaissait pas mensonger. L'autorité précédente ne décelait pas non plus en quoi ce contrat aurait conféré un avantage illicite à la société R._ ou à S._. Le contrat ne pouvait pas être qualifié de faux dans les titres et l'intimé devait être acquitté de cette infraction.
Le MPC prétend qu'il était insoutenable de retenir que le contrat était conforme à la réalité. Il relève que E._ n'a jamais réellement prêté d'argent à R._, elle n'a jamais obtenu 99 actions en garantie, R._ n'a jamais payé les intérêts fixés à 6% et le prêt n'a pas été remboursé à l'échéance prévue. En tant que l'argumentation du MPC consiste, encore une fois, à opposer sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale, elle est appellatoire, partant irrecevable. Le MPC ne démontre ainsi pas qu'il était manifestement insoutenable de retenir que le contrat était conforme à la réalité. Il ne formule en outre aucune critique fondée sur les faits retenus par l'autorité précédente relative à l'application erronée du droit matériel. Son grief est irrecevable.
7.
Invoquant l'interdiction de l'arbitraire, les art. 80 al. 2 et 426 al. 2 CPP, le MPC reproche à l'autorité précédente de n'avoir pas mis l'entier des frais à la charge de l'intimé.
7.1. L'<ref-law> permet de mettre tout ou partie des frais à la charge du prévenu acquitté s'il a de manière illicite et fautive provoqué l'ouverture de la procédure ou rendu plus difficile la conduite de celle-ci.
La condamnation d'un prévenu acquitté à supporter tout ou partie des frais doit respecter la présomption d'innocence, consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH. Celle-ci interdit de rendre une décision défavorable au prévenu libéré en laissant entendre que ce dernier serait néanmoins coupable des infractions qui lui étaient reprochées. Une condamnation aux frais n'est ainsi admissible que si le prévenu a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168).
Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'<ref-law> (ATF 119 la 332 consid. 1 b p. 334; 116 la 162 consid. 2c p. 169). Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement (ATF 119 la 332 consid. 1 b p. 334; 116 la 162 consid. 2d p. 171). L'acte répréhensible n'a pas à être commis intentionnellement. La négligence suffit, sans qu'il y ait besoin qu'elle soit grossière (<ref-ruling> consid. 4a p. 163 s.).
7.2. L'autorité précédente a estimé qu'afin de tenir compte de l'acquittement partiel de l'intimé, seul un vingtième des frais, soit 4000 fr., était mis à sa charge, le solde étant mis à la charge de la Confédération.
7.3. Il ressort des faits retenus par l'autorité précédente que B._ a notamment effectué des versements en cash pour environ 7 millions de francs sur les comptes pour lesquels l'intimé disposait d'un pouvoir de gestion et que la justification pour ces versements était pour le moins lacunaire. L'autorité précédente n'a toutefois pas examiné si l'intimé, en qualité d'intermédiaire financier, avait violé ses obligations découlant de la loi fédérale sur le blanchiment d'argent (LBA; RS 955.0), entrée en vigueur le 1 er avril 1998, notamment celles prévues à l'<ref-law>, ni établi les faits nécessaires à cet examen. Elle n'expose pas non plus pour quelle raison elle ne fait pas application de l'<ref-law>. Il n'est ainsi pas possible de vérifier la bonne application du droit fédéral. Le recours doit être admis sur ce point. Il convient de renvoyer la cause à l'autorité précédente afin qu'elle établisse le comportement de l'intimé s'agissant de ses obligations découlant de la LBA et qu'elle examine si une violation de celles-ci peut lui être imputée, le cas échéant, si son comportement constitue un comportement fautif et contraire à une règle juridique qui permettrait de mettre à sa charge tout ou partie des frais.
8.
Le MPC reproche à l'autorité précédente d'avoir alloué une indemnité fondée sur l'<ref-law> à A._. Quant à ce dernier, il conteste le montant alloué.
8.1. Les prétentions en indemnisation prévues à l'<ref-law>, non seulement celles pour les frais de défense (let. a) mais aussi celles relatives au dommage économique (let. b) et au tort moral (let. c) entrent dans le cadre des décisions rendues en matière pénale au sens de l'<ref-law>. Il en découle que le recours en matière pénale est ouvert à leur égard (arrêt 6B_668/2012 du 16 avril 2013 consid. 1 destiné à la publication). Dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu par le Tribunal pénal fédéral (<ref-law>), les recours sont en principe recevables.
8.2. L'autorité précédente n'a pas expressément examiné la question du droit applicable, alors que l'essentiel de l'instruction de la cause s'est déroulé sous l'égide de l'ancienne PPF. Elle s'est référée au CPP pour traiter des prétentions en indemnisation de l'intimé.
Le Tribunal fédéral s'est penché à plusieurs reprises sur la problématique du droit transitoire en matière d'indemnité. Il a jugé que les frais de défense relevaient directement de l'<ref-law> (cf. arrêts 6B_668/2012 du 11 avril 2013 consid. 2.4.1; 6B_618/2011 du 22 mars 2012 consid. 1.2.1; arrêt 6B_690/2012 du 14 février 2013 consid. 1.2). Concernant l'indemnité pour le dommage économique (<ref-law>) et celle pour tort moral (art. 429 al. 1 let. c CPP), il s'est en particulier référé à l'avis de doctrine selon lequel les prétentions en indemnisation sont régies par le droit applicable au moment du déroulement des actes de procédure litigieux (cf. NIKLAUS SCHMID, Übergangsrecht der Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, n° 357 p. 100, n° 369 p. 103 et n° 373 p. 104), tout en relevant que ce même auteur évoquait aussi la possibilité d'appliquer immédiatement le nouveau droit par simplification lorsqu'il n'est pas plus défavorable que l'ancien droit (cf. SCHMID, op. cit., n° 362 p. 101 et n° 374 p. 105). Dans le cas qui lui était soumis, le Tribunal fédéral a relevé que l'autorité cantonale avait appliqué le CPP, ce que le prévenu ne contestait pas. Il a considéré que l'application du CPP était admissible dès lors qu'elle n'était pas contestée en tant que telle et n'apparaissait pas moins favorable que l'ancien droit. Autrement dit, il a admis l'application du CPP par simplification (cf. arrêt 6B_668/2012 du 11 avril 2013 consid. 2.4.1 et 6B_77/2013 du 4 mars 2013 consid. 2.2).
En l'espèce, ni le recourant A._, ni le MPC ne se plaignent de l'application du CPP. Le recourant A._ ne prétend pas que le CPP lui serait moins favorable que l'ancien droit applicable durant la phase d'instruction, ce qui ne paraît pas être le cas (cf. art. 176 et 122 aPPF, disposition qui permettait le cas échéant d'exclure l'indemnisation du prévenu acquitté qui avait provoqué ou entravé les opérations de l'instruction par son attitude répréhensible ou par sa légèreté).
8.3. Aux termes de l'<ref-law>, l'autorité pénale peut réduire ou refuser l'indemnité ou la réparation du tort moral lorsque le prévenu a provoqué illicitement et fautivement l'ouverture de la procédure ou a rendu plus difficile la conduite de celle-ci. Cette disposition est le pendant de l'<ref-law> en matière de frais. Une mise à charge des frais selon l'art. 426 al. 1 et 2 CPP exclut en principe le droit à une indemnisation. La question de l'indemnisation doit être tranchée après la question des frais. Dans cette mesure, la décision sur les frais préjuge de la question de l'indemnisation. Il en résulte qu'en cas de condamnation aux frais, il n'y a pas lieu d'octroyer de dépens ou de réparer le tort moral alors que, lorsque les frais sont supportés par la caisse de l'Etat, le prévenu dispose d'un droit à une indemnité pour ses frais de défense et son dommage économique ou à la réparation du tort moral (<ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 357). Lorsque la condamnation aux frais n'est que partielle, la réduction de l'indemnité devrait s'opérer dans la même mesure (cf. YVONA GRIESSER, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Hansjakob/Lieber [éd.], 2010, n° 4 ad <ref-law>; MIZEL/RÉTORNAZ, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 5 ad <ref-law>).
8.4. Dès lors que le recours du MPC sur la question des frais est admis (cf. supra consid. 7.3), il y a également lieu d'annuler la décision concernant l'indemnisation de A._. L'autorité précédente examinera à nouveau la question des frais puis reprendra la question de l'indemnisation du recourant A._ qu'elle fixera en proportion. Quant au recours de A._, il devient sans objet, son indemnisation devant faire l'objet d'un nouvel examen.
9.
A noter que la jurisprudence déduit de l'<ref-law>, en particulier de l'intervention d'office de l'autorité pénale exigée à l'alinéa 2, que celle-ci doit traiter avec le jugement pénal la question des prétentions en indemnités du prévenu acquitté. Cette solution est corroborée par l'<ref-law> qui prévoit en particulier que le dispositif du jugement doit contenir le prononcé relatif aux indemnités. Tout au plus, l'autorité pénale peut-elle décider de scinder les débats en application de l'<ref-law> et de statuer sur la question de l'indemnisation dans un second temps, après s'être prononcée sur la culpabilité, mais ces questions doivent faire l'objet d'une seule décision (cf. arrêt 6B_472/2012 du 13 novembre 2012 consid. 2.4).
En l'espèce, l'autorité précédente a, à tort, scindé le jugement au fond, y compris les frais (jugement du 25 octobre 2012), de celui des prétentions en indemnisation (jugement du 13 juin 2013). Il lui incombera dans le cadre du renvoi de traiter par un seul jugement des frais et de l'indemnisation. Pour lui permettre d'y procéder, il convient d'annuler les chiffres III et IV du dispositif du jugement du 25 octobre 2012 et d'annuler le jugement du 13 juin 2013.
10.
Il n'y a pas lieu de prélever des frais judiciaires (<ref-law>). Le MPC n'a pas droit à des dépens (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimé A._ dès lors qu'il n'a été invité à se déterminer que sur la question des frais sur laquelle il succombe.
La requête d'effet suspensif du MPC relative au jugement du 13 juin 2013 devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 6B_184/2013, 6B_693/2013 et 6B_774/2013 sont jointes.
2.
Le recours du Ministère public de la Confédération contre le jugement du 25 octobre 2012 (6B_184/2013) est partiellement admis, le jugement attaqué annulé aux chiffres III et IV de son dispositif et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouvelle décision. Pour le surplus, il est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recours du Ministère public de la Confédération contre le jugement du 13 juin 2013 (6B_693/2013) est admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
4.
Le recours de A._ contre le jugement du 13 juin 2013 (6B_774/2013) est sans objet.
5.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 1er octobre 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet