Sachverhalt:
A. X._ (Ehefrau), geboren 1955, und Z._ (Ehemann), geboren 1953, heirateten im Jahre 1982. Sie sind die Eltern von drei inzwischen volljährigen Kindern. Seit Dezember 1997 leben sie getrennt. Mit Urteil vom 28. Juni 2006 schied das Bezirksgericht Aarau in Gutheissung der Klage von Z._ die Ehe der Parteien. Es verpflichtete ihn zu einem nachehelichen Unterhaltsbeitrag an X._ von Fr. 2'000.-- pro Monat bis Ende Februar 2018. Zudem nahm es die güterrechtliche Auseinandersetzung vor und teilte das Guthaben der beruflichen Vorsorge.
B. Auf Appellation bzw. Anschlussappellation der Parteien setzte das Obergericht des Kantons Aargau am 19. August 2008 den monatlichen Unterhaltsbeitrag an X._ bis Ende Februar 2018 auf Fr. 2'533.-- fest, verpflichtete Z._ aus Güterrecht zur Zahlung von Fr. 363'407.15, ordnete die öffentliche Versteigerung der sich im Gesamteigentum der Parteien befindenden Liegenschaft in A._ an und regelte die Aufteilung des Steigerungserlöses. Es trat auf das Begehren von X._ um Zuteilung der elterlichen Sorge über den inzwischen mündigen Sohn Y._, die Regelung des Besuchsrechts sowie des Unterhalts bis zu dessen Mündigkeit nicht ein und wies den Antrag auf Zusprechung des Mündigenunterhalts für den Sohn Y._ zur Beurteilung an das Bezirksgericht zurück. Die obergerichtlichen Verfahrenskosten wurden zu 4/5 X._ und zu 1/5 Z._ auferlegt. X._ wurde zum Ersatz von 3/5 der Parteikosten von Z._ verpflichtet.
C. X._ [fortan: Beschwerdeführerin] ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 26. September 2008 an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt eine lebenslängliche nacheheliche Unterhaltsrente von Fr. 4'578.90, die Zahlung von Fr. 451'444.45 aus Güterrecht und eine abweichende Regelung der kantonalen Verfahrenskosten.
Es sind keine Antworten eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob auf ein Rechtsmittel einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1 S. 428 mit Hinweisen).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen die Regelung der unterhaltsrechtlichen und güterrechtlichen Folgen der Scheidung sowie die Verfahrenskosten, mithin eine Zivilsache mit Vermögenswert. Die gesetzliche Streitwertgrenze ist überschritten, womit die Beschwerde in Zivilsachen von der Sache her grundsätzlich gegeben ist (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Die Vorinstanz hat nicht nur über die finanziellen Nebenfolgen der Scheidung befunden, sondern sie hat ausserdem die Sache zur Regelung des Unterhalts für den inzwischen mündigen Sohn Y._ an die Erstinstanz zurückgewiesen. Die Festlegung des Mündigenunterhaltes bildet nicht eine Nebenfolge der Scheidung, zumal sich diese Frage auch für verheiratete Eltern stellen kann. Die Grundsätze der Einheit des Scheidungsurteils kommen daher nicht zum Tragen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 428 f.). Zudem geht der Unterhaltsanspruch der Beschwerdeführerin demjenigen ihres mündigen Sohnes vor (<ref-ruling> E. 2.3 S. 211 f.). Die vor Bundesgericht angefochtenen Nebenfolgen der Scheidung können daher unabhängig vom Unterhalt an den mündigen Sohn beurteilt werden. Auf die Beschwerde gegen den selbständig anfechtbaren Teilentscheid (<ref-law>) ist somit einzutreten.
1.3 Es können alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG vorgebracht werden und das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), dies bedeutet, dass es behauptete Rechtsverletzungen (<ref-law>) mit freier Kognition prüft. Hingegen ist es an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>). Zulässig ist einzig die Rüge, dass eine Tatsache offensichtlich unrichtig festgestellt worden sei (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Es gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Demzufolge wird eine bloss allgemeine Bestreitung des Sachverhaltes nicht berücksichtigt. Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen Begründungen, so sind diese allesamt anzufechten (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.).
2. Anlass zur vorliegenden Beschwerde bildet vorweg die güterrechtliche Auseinandersetzung. Konkret geht es um die Berechnung von zwei Guthaben in der Errungenschaft des Beschwerdegegners. In beiden Fällen macht die Beschwerdeführerin geltend, dass gestützt auf <ref-law> gewisse Ausgaben des Beschwerdegegners seiner Errungenschaft hinzuzurechnen seien. Im Ergebnis verlangt sie einen entsprechend heraufgesetzten Vorschlagsanteil.
2.1 Bei der güterrechtlichen Auseinandersetzung sind grundsätzlich nur diejenigen Vermögenswerte der Ehegatten zu berücksichtigen, welche ihnen im Zeitpunkt der Auflösung des Güterstandes gehören. Errungenschaft und Eigengut jedes Ehegatten sind dabei auszuscheiden (<ref-law>). Da jeder Ehegatte sein Vermögen selber nutzt und verwaltet (<ref-law>), werden unentgeltliche Zuwendungen und Vermögensentäusserungen nur unter bestimmten Voraussetzungen seiner Errungenschaft hinzugerechnet (<ref-law>). Auf diese Weise soll die Anwartschaft des anderen Ehegatten auf seine Beteiligungsforderung geschützt werden (Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 11. Juli 1979, BBl 1979 1316 ff. Ziff. 222.532). Wer eine Beteiligungsforderung geltend macht oder eine Hinzurechnung verlangt, hat nachzuweisen, dass ein bestimmter Gegenstand zum massgeblichen Zeitpunkt vorhanden gewesen ist oder darüber nicht hätte verfügt werden dürfen (<ref-law>). Der andere Ehegatte ist ihm zwar in wirtschaftlichen Belangen umfassend zur Auskunft verpflichtet und hat daher über den Verbleib von Werten der Errungenschaft im Einzelnen Angaben zu machen sowie vorhandene Belege auszuhändigen (<ref-law>). Diese Auskunftspflicht des angesprochenen Ehegatten führt jedoch nicht zu einer Umkehr der Beweislast. Auch sind die Ehegatten nicht zur Aufbewahrung aller Belege verpflichtet, um zu gegebener Zeit ihrer gegenseitigen Auskunftspflicht nachkommen zu können (<ref-ruling> E. 3 S. 29).
2.2 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz fand sich in der Errungenschaft des Beschwerdegegners am 25. Februar 2000, dem Zeitpunkt der güterrechtlichen Auseinandersetzung, ein Guthaben gegenüber der X._ AG in der Höhe von Fr. 13'127.25. Die Beschwerdeführerin habe dieses auf Fr. 66'080.-- anheben wollen, da der Beschwerdegegner den Betrag im kantonalen Verfahren per 30. März 1998 anerkannt und die Verwendung in der Zwischenzeit nicht nachgewiesen habe. Dieses Begehren wurde von der Vorinstanz abgewiesen, da das erforderliche Behauptungssubstrat für eine Hinzurechnung fehle.
2.2.1 Die Beschwerdeführerin erblickt hierin eine Verletzung von <ref-law>. Demnach werden Vermögensentäusserungen, die ein Ehegatte während der Dauer des Güterstandes vorgenommen hat, um den Beteiligungsanspruch des andern zu schmälern, zur Errungenschaft hinzugerechnet. Der Schutz bezieht sich ausschliesslich auf den Beteiligungsanspruch (HEINZ HAUSHEER UND ANDERE, Berner Kommentar, Bern 1992, Art. 208 N. 41). Die Vorinstanz habe - so die Beschwerdeführerin - in einem anderen Zusammenhang dem Beschwerdegegner vorgehalten, den Verbrauch seiner Einkünfte nicht überzeugend dargelegt zu haben. So müsse auch im Hinblick auf das Guthaben gegenüber der S._ AG verfahren werden. Mit dieser Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung genügt die Beschwerdeführerin ihrer Begründungspflicht in keiner Weise, zumal nicht nachvollziehbar ist, weshalb zwei unterschiedliche Sachverhalte gleich beurteilt werden sollten (E. 1.3). Auf den Vorhalt des mangelnden Behauptungssubstrates im angefochtenen Urteil geht sie gar nicht erst ein.
2.2.2 Stattdessen wirft sie dem Beschwerdegegner in diesem Zusammenhang vor, seine Auskunftspflicht nach <ref-law> verletzt zu haben. Die Ehegatten sind gehalten, während des Scheidungsverfahrens einander unaufgefordert Auskunft über alle für die Regelung der Scheidungsfolgen massgeblichen wirtschaftlichen Gegebenheiten in Kenntnis zu setzen. Der angesprochene Ehegatte hat demzufolge im Einzelnen und genau über sein Einkommen und Vermögen Angaben zu machen, damit der konkret in Frage stehende Anspruch des andern Ehegatten beurteilt werden kann. Eine Erteilung ungenügender oder unrichtiger Auskunft oder eine Verweigerung der Auskunft kann bei der Beweiswürdigung berücksichtigt werden (Urteil 5C.219/2005 E. 2.2 vom 1. September 2006, in: FamPra.ch 2007 S. 166). Im vorliegenden Fall hatte der Beschwerdegegner in der Appellationsantwort an das Obergericht ausgeführt, dass er das strittige Guthaben vor Anordnung der Gütertrennung für Unterhaltsbeiträge und Anwaltskosten sowie für die laufenden Lebenshaltungskosten verwendet habe. Dass er nun jede Auskunft verweigert habe, trifft damit - entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin - nicht zu. Ob die gemachten Angaben inhaltlich zutreffen, beschlägt indes nicht die Auskunftspflicht, sondern die Beweiswürdigung. Hier genügt die Beschwerdeführerin ihrer Begründungspflicht nicht.
2.3 Die Vorinstanz verneinte eine Vermögensentäusserung im Sinne von <ref-law> durch den Beschwerdegegner bezüglich seines Kontokorrents bei der Bank T._. Gemäss der Darstellung der Beschwerdeführerin habe dieser sein Konto zur Zahlung von Unterhaltsbeiträgen und ehelichen Schulden benützt. Dass das Konto in der Folge einen Negativsaldo aufgewiesen und durch die Aufstockung eines Hypothekardarlehens habe abgelöst werden müssen, rechtfertigt nach Ansicht der Vorinstanz keine Aufrechnung der bezogenen Beträge. Er habe sein Gehalt fortan auf ein Konto bei der Bank T._ überweisen lassen, womit sich sein dortiges Guthaben erhöht habe und in diesem Umfang Errungenschaft gebildet worden sei. Die behauptete Umleitung der Lohnüberweisungen auf andere Konten erstaune einigermassen.
2.3.1 Nach Ansicht der Beschwerdeführerin hat sich der Beschwerdegegner durch die Erhöhung des Hypothekardarlehens um Fr. 150'000.-- böswillig verschuldet. Daher dürfe ihm bei der Übernahme der belasteten Liegenschaft nur ein um diesen Betrag reduzierter Schuldsaldo angerechnet werden, womit sich seine Errungenschaft entsprechend erhöhe. Der Saldo seines Kontos bei der Bank T._ betrage im massgeblichen Zeitpunkt nur Fr. 26'878.10, woraus sich immer noch ein Negativsaldo von Fr. 123'121.90 mit Blick auf die hypothekarische Belastung ergebe. Die Beschwerdeführerin besteht darauf, dass der Beschwerdegegner sein Konto bei der Bank T._ mit Lohneinkünften hätte speisen müssen. Ausgehend von Ausgaben für den eigenen Unterhalt in der Höhe von Fr. 7'000.-- hätte das erwähnte Konto daher mindestens Fr. 160'000.-- aufweisen müssen. Dem ist - mit der Vorinstanz - entgegen zu halten, dass ein Ehegatte nicht zum Sparen verpflichtet ist und sich eine Hinzurechnung nur bei böswilliger Veräusserung rechtfertigt. Soweit die Vorinstanz die konkrete Verwendung des Bankguthabens für Unterhalt und eheliche Schulden annimmt, würdigt sie die vorhandenen Beweise. Dem hält die Beschwerdeführerin lediglich eine Verletzung der Auskunftspflicht des Beschwerdegegners entgegen. Damit genügt sie ihrer Begründungspflicht auch an dieser Stelle nicht und vermengt erneut das Beweisergebnis mit der Auskunftspflicht.
2.4 Die verlangten Hinzurechnungen erweisen sich nach dem Gesagten als nicht gerechtfertigt, womit es bei den von der Vorinstanz festgelegten Errungenschaftswerten des Beschwerdegegners bleibt. Der güterrechtliche Anspruch der Beschwerdeführerin bemisst sich daher unverändert auf Fr. 363'407.15.
3. Alsdann verlangt die Beschwerdeführerin die Heraufsetzung ihres monatlichen Unterhaltsbeitrages von Fr. 2'533.-- auf Fr. 4'578.90 und dessen lebenslängliche Ausrichtung. Sie macht einen höheren Unterhaltsbedarf, einen tieferen Ertrag ihres Vermögens und eine lückenhafte Altersvorsorge geltend.
3.1 Die Vorinstanz hat für die Festlegung des gebührenden Unterhalts auf die Lebenshaltung der Ehegatten nach Aufhebung des ehelichen Haushaltes abgestellt. Zwar ist gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung erst ab einer Trennung von zehn Jahren auf die aktuellen Verhältnisse abzustellen (<ref-ruling> E. 9.3 S. 601 f. mit Hinweisen). Dieser Ansatz wird von der Beschwerdeführerin indes zu Recht nicht mehr in Frage gestellt. Nicht nur lebten die Parteien bereits rund acht Jahre getrennt, sie haben sich zur Lebenshaltung vor der Aufhebung des ehelichen Haushaltes im kantonalen Verfahren auch nicht hinlänglich geäussert. Die Beschwerdeführerin will hingegen bei der Berechnung ihres Unterhaltsbedarfs zwei Positionen nach oben korrigiert haben. Konkret verlangt sie die Berücksichtigung ihrer Zusatzversicherung sowie der Auslagen für einen Personenwagen.
3.1.1 So wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz vor, ihr nicht den gebührenden Unterhalt zugesprochen zu haben, indem sie beim Unterhaltsbedarf nur die Kosten der Grundversicherung aufgenommen habe. Sie weist an dieser Stelle auf ihr Alter und ihren Gesundheitszustand hin, ohne allerdings auszuführen, inwieweit ihr - gemäss vorinstanzlicher Feststellung - durch die Grundversicherung tatsächlich nicht gedeckte Auslagen entstehen. Soweit sie in diesem Zusammenhang überdies eine Verletzung des Gleichbehandlungsgebotes geltend macht, da dem Beschwerdegegner die Auslagen für eine Zusatzversicherung zugestanden worden seien, erweist sich ihr Vorbringen als neu und damit unzulässig (<ref-law>).
3.1.2 Zudem vertritt die Beschwerdeführerin die Ansicht, bei der Berechnung ihres Unterhaltsbedarfs seien die Auslagen für einen Personenwagen aufzunehmen, da ihr die Benutzung der öffentlichen Verkehrsmittel nicht zuzumuten sei. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz steht der Beschwerdeführerin für ihren Arbeitsweg von A._ nach B._ eine regelmässige Verbindung mit Bus und Bahn zur Verfügung. Aus medizinischer Sicht sei ihr zuzumuten, die verbleibende kurze Wegstrecke zu Fuss zurückzulegen. Ohne sich mit dieser Begründung auseinander zu setzen, besteht die Beschwerdeführerin auf ihrer eingeschränkten Mobilität. Inwieweit gesundheitliche Gründe die Benutzung eines Personenwagens verlangen, beschlägt eine Tatfrage. Mit ihrer allgemein gehaltenen Kritik genügt die Beschwerdeführerin den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge in keiner Weise.
3.1.3 Im Ergebnis kann der Vorinstanz wegen der Nichtberücksichtigung der Zusatzversicherung und des Personenwagens bei der Festlegung des gebührenden Unterhaltsbedarfs der Beschwerdeführerin auf immerhin Fr. 9'071.-- keine Verletzung von Bundesrecht vorgeworfen werden, zumal dem Gericht in Unterhaltsfragen ein gewisses Ermessen zusteht (<ref-ruling> E. 3a S. 141).
3.2 Das Vermögen der Beschwerdeführerin nach Durchführung der güterrechtlichen Auseinandersetzung wurde von der Vorinstanz auf rund Fr. 600'000.-- festgesetzt. Demzufolge fliesse ihr nach konservativer Berechnung ein monatlicher Ertrag von Fr. 1'500.-- zu. Die Beschwerdeführerin kritisiert den angewendeten Zinssatz von 3% als übersetzt. Unter Hinweis auf die aktuellen Anlagemöglichkeiten sowie die Teuerung erachtet sie einen Zinssatz von 1% als angemessen. Mit dieser Sichtweise blendet sie aus, dass die Vorinstanz von einer mehrjährigen Unterhaltsverpflichtung des Beschwerdegegners ausging und damit den Vermögensertrag ebenfalls nicht kurzfristig beurteilen durfte. Zudem handelt es sich bei der Bemessung des künftigen Vermögensertrags naturgemäss um eine blosse Schätzung. Einzig der Umstand, dass der teuerungsbereinigte Zins auf Bankanlagen zur Zeit eher bescheiden ist, lässt den Zinssatz von 3% bis ins Jahr 2018 noch nicht als unangemessen erscheinen. Hinzu kommt, dass die Beschwerdeführerin in ihrer Vermögensanlage frei ist. Nicht einzutreten ist auf das neue Vorbringen der Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner sei auf sein Monatseinkommen ebenfalls ein Vermögensertrag anzurechnen. Zu bemerken bleibt, dass der angeführte Lohn dem Beschwerdegegner vorerst zur Deckung des eigenen Unterhalts und der Unterhaltsverpflichtung dient und er im Übrigen nicht zum Sparen gehalten ist.
3.3 Ausgehend von einem gebührenden Unterhalt der Beschwerdeführerin von Fr. 9'071.-- und eigenen Einkünften von Fr. 6'518.-- setzte die Vorinstanz den monatlichen Unterhaltsanspruch entsprechend dem Fehlbetrag auf Fr. 2'553.-- fest. Darin sei ein Anteil für die angemessene Altersvorsorge nach <ref-law> eingeschlossen. Die Beschwerdeführerin werde ihren gebührenden Unterhalt auch nach Erreichen des AHV-Alters aufgrund von Rückstellungen aus den laufenden Unterhaltsbeiträgen, aus ihrem Einkommen, aus den AHV- und BVG-Renten, aus den Vermögenserträgen und allenfalls aus zumutbarem Vermögensverzehr bestreiten können. Dagegen weist die Beschwerdeführerin auf ihre ungenügende Altersvorsorge hin und besteht auf einen unbefristeten Unterhaltsbeitrag. Sie setzt sich hier mit der vorinstanzlichen Begründung nicht ernsthaft auseinander, sondern stellt Berechnungen zu ihren Altersrenten an, welche keinen tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil entsprechen oder auf neuen Vorbringen beruhen. Zudem lässt sie ihre Vermögenserträge und Rückstellungen aus den laufenden Unterhaltsbeiträgen ausser Acht. Soweit sie sich mit Blick auf die Altersvorsorge auf den Gleichbehandlungsgrundsatz beruft, vermischt sie die Frage nach der Befristung der Unterhaltsrente mit Aspekten der vorangegangenen güterrechtlichen Auseinandersetzung und der bereits erfolgten Teilung des Altersguthabens der beruflichen Vorsorge. Insgesamt wird nicht erkennbar, inwiefern die Vorinstanz der Berücksichtigung der Altersvorsorge bei der Festlegung des angemessenen Unterhaltsbeitrags nicht Rechnung getragen haben soll (<ref-law>; vgl. dazu auch die im Nachgang an das angefochtene Urteil entwickelten Grundsätze in BGE 5A_210/2008 E. 4 vom 14. November 2008). Von der Zusprechung einer unbefristeten Unterhaltsrente ist daher abzusehen.
4. Schliesslich wehrt sich die Beschwerdeführerin gegen die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Rechtsmittelverfahrens.
4.1 Soweit sie der Vorinstanz in diesem Zusammenhang zumindest sinngemäss die ungenügende Begründung vorwirft, legt sie nicht dar, inwieweit das kantonale Recht hier weitergehende Anforderungen kennen würde, welche im vorliegenden Fall missachtet worden wären. Eine Verletzung von <ref-law> ist zudem nicht ersichtlich. Immerhin verweist die Vorinstanz auf den Ausgang des Appellationsverfahrens und insbesondere ihre Praxis der Kostenregelung in familienrechtlichen Streitigkeiten vor den jeweiligen Instanzen. Bei der Höhe der Parteientschädigung handelt es sich offenbar um die richterliche Genehmigung einer Honorarnote. Auf Grund welcher Bestimmung sie dazu hätte vorgängig angehört werden müssen, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Damit genügt die Vorinstanz den Begründungsanforderungen für Kosten- und Entschädigungsentscheide (<ref-ruling>).
4.2 Die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen beruht auf kantonalem Recht, dessen Anwendung das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft (<ref-law>; E. 1.3). Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, dass sie im kantonalen Rechtsmittelverfahren weitgehend erfolgreich gewesen sei. Ihr 4/5 der Kosten aufzuerlegen, sei daher nicht nachvollziehbar. Damit übergeht sie, dass die Vorinstanz auf ihre Anträge betreffend den mündigen Sohn Y._ nicht eingetreten, bzw. die Sache diesbezüglich an die Erstinstanz zurückgewiesen hatte. Inwiefern sie hinsichtlich der güterrechtlichen Forderungen obsiegt haben soll, führt sie nicht aus bzw. beziffert diese nicht. Ihre Unterhaltsrente wurde zwar von Fr. 2'000.-- auf Fr. 2'533.-- heraufgesetzt, indes entgegen ihren weit höheren Anträgen auch nicht unbefristet zugesprochen. Der allgemein gehaltene Hinweis auf die wirtschaftlichen Verhältnisse der Parteien lässt die angefochtene Kosten- und Entschädigungsregelung zumindest im Ergebnis nicht als unhaltbar erscheinen.
5. Nach dem Gesagten ist der Beschwerde insgesamt kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut