Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Zumikon erteilte der E._ GmbH am 22. August 2011 die baurechtliche Bewilligung für den Abbruch einer Tankstelle, einer Autogarage und eines Wohnhauses sowie den Neubau eines Verkaufs- und Dienstleistungsgebäudes mit Rückkühlanlagen und Autoabstellplätzen auf dem Grundstück Kat.-Nr. 4880, Morgental 39, in Zumikon. Gleichzeitig wurde die Verfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 8. Juni 2011 eröffnet, mit der das Bauvorhaben unter anderem in lärmschutzrechtlicher Hinsicht bewilligt worden war.
Das Baugrundstück liegt gemäss geltender Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Zumikon (BZO) in der Gewerbezone. Im Erdgeschoss des neu erstellten Verkaufs- und Dienstleistungsgebäudes ist ein Coop Verkaufsladen sowie eine Bäckerei/Konditorei mit Café vorgesehen (Verkaufsfläche insgesamt rund 1'430 m2). Im Obergeschoss ist ein Fitness-Center mit Spa-Bereich geplant. Für Personal und Besucher sind insgesamt 128 Autoabstellplätze geplant, 58 davon im 1. Untergeschoss, 26 im Obergeschoss bzw. auf dem Dach des Erdgeschosses und 44 auf dem Dach des Obergeschosses.
B. Gegen das Bauvorhaben erhoben u.a. B._ und A._ sowie C._ und D._ Rekurs an das Baurekursgericht. Dieses hiess den Rekurs am 20. März 2012 teilweise gut und ergänzte den Entscheid des Gemeinderats Zumikon mit verschiedenen Auflagen. Im Übrigen wies es den Rekurs ab, soweit es darauf eintrat.
Dagegen gelangten die Rekurrenten ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das die Beschwerde am 10. September 2012 abwies.
C. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid haben B._ und A._ sowie C._ und D._ am 31. Oktober 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid und die Baubewilligung des Gemeinderats Zumikon vom 22. August 2011 seien aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
D. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Zumikon und die Baudirektion Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Im weiteren Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über eine Baubewilligung; dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 lit. a und 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die Beschwerdeführer sind Eigentümer von Liegenschaften in der näheren Umgebung des Baugrundstücks und haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen; sie sind daher zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
1.1 Fraglich ist allerdings, ob es sich um einen (Teil-)Endentscheid i.S.v. Art. 90 f. BGG handelt.
Das Baurekursgericht hat die Baubewilligung mit folgenden Auflagen versehen:
"Das Parkierungskonzept ist so zu überarbeiten, dass die Abstellplätze für Angestellte unterirdisch oder überdacht angelegt werden und zugleich genügend Pflichtabstellplätze für Besucher mit den erforderlichen Massen ausgewiesen werden. Die Projektänderung ist der Baubewilligungsbehörde vor Baubeginn zur Bewilligung einzureichen."
"Vor Baubeginn ist eine Bestätigung der Gemeinde Zumikon als Grundeigentümerin der Parzelle Kat.-Nr. 03 über die Realisierung des Wegprojektes oder aber ein Näherbaurecht einzuholen und einzureichen."
Das Baurekursgericht hatte beanstandet, dass die Abstellplätze für Angestellte entgegen § 244 Abs. 3 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) nicht abgedeckt seien. Zwar könnten die Angestelltenplätze ohne weiteres in der 58 Abstellplätze umfassenden Unterniveaugarage untergebracht werden; das bisherige Parkierungskonzept gehe jedoch davon aus, dass die oberirdischen Abstellplätze für die Angestellten bestimmt seien, weshalb sie lediglich die minimalen Abmessungen der Komfortstufe A für nicht öffentlich zugängliche Parkierungsanlagen gemäss Tabelle 3 der VSS Norm SN 640 291a aufwiesen. Insofern müsse das Parkierungskonzept überarbeitet werden. Die Rekurskommission ging davon aus, dass dies ohne grössere Schwierigkeiten möglich sei, weil das Projekt mehr Abstellplätze aufweise als Pflichtabstellplätze erforderlich seien, weshalb es genüge, i.S.v. § 321 Abs. 1 PBG eine entsprechende Auflage zu statuieren.
Diese Auflage hat jedoch zur Folge, dass das Bauprojekt vor Baubeginn nochmals überarbeitet und - wenn auch ohne Ausschreibung - noch einmal behördlich genehmigt werden muss, bevor es ausgeführt werden darf. Da das Baurekursgericht keine detaillierten Vorgaben zum neuen Parkierungskonzept gemacht hat, steht der Bauherrschaft bzw. der Baubehörde insofern noch ein gewisser Entscheidungsspielraum offen.
1.2 Nach der bundesgerichtlichen Praxis bildet ein Rechtsmittelentscheid, bei dem eine Baubewilligung mit einer Auflage der vorliegenden Art bestätigt wird, nur dann einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>, wenn damit bereits die Umsetzung der Auflage gestützt auf entsprechend überarbeitete Pläne mitbeurteilt wird (vgl. Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.2; vgl. auch Urteile 1C_109/2007 vom 30. August 2007 E. 2.1.2 und 1C_394/2012 vom 31. Januar 2013 E. 1 und 2).
Dies ist vorliegend nicht der Fall. Zwar ging das Verwaltungsgericht davon aus, dass die angeordnete Überprüfung des Parkierungskonzepts nicht zu einer Erhöhung der zu erwartenden Lärmimmissionen führen werde. Es hielt jedoch in den Erwägungen fest, dass es sich nur zur Rechtmässigkeit der angefochtenen Bewilligung auf der Grundlage des vorliegenden Gutachtens äussern könne, und liess ausdrücklich offen, ob nach einer allfälligen Projektanpassung ein neues Gutachten erforderlich sein werde (E. 7.1 des angefochtenen Entscheids). Insofern hat es das neue Parkierungskonzept nicht mitbeurteilt; für dieses liegen auch noch keine Pläne vor.
Beim jetzigen Stand des Verfahrens kann daher nicht ausgeschlossen werden, dass die Beschwerdeführer auch die Bewilligung des überarbeiteten Projekts anfechten; dies hätte zur Folge, dass sich das Bundesgericht zweimal mit dem Bauvorhaben befassen müsste, was <ref-law> grundsätzlich verhindern will (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34 f.).
Nach dem Gesagten stellt der angefochtene Entscheid - unabhängig von seiner Qualifikation nach kantonalem Recht - einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 92 f. BGG dar. Grundsatzentscheide, die Teilaspekte einer Streitsache beantworten und bisher in der verwaltungsrechtlichen Praxis des Bundesgerichts als (Teil-)Endentscheide betrachtet wurden, gelten nach der Systematik des BGG nicht als Teil-, sondern als Zwischenentscheide (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 34 mit Hinweisen).
1.3 Die Beschwerdeführer legen nicht dar, inwiefern ihnen aus dem angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> entstehen könnte. Dies ist auch nicht ersichtlich, da mit dem Bau nicht begonnen werden kann, bevor nicht die Projektänderung bewilligt worden ist. Gegen deren Bewilligung steht der Rechtsweg offen, wobei die vorangegangenen Zwischenentscheide (soweit noch aktuell) mitangefochten werden können (<ref-law>).
1.4 Zu prüfen ist daher, ob auf die Beschwerde nach <ref-law> eingetreten werden kann. Die Gutheissung der Beschwerde könnte zum Bauabschlag und damit zu einem sofortigen Endentscheid führen. Kumulativ erforderlich ist jedoch, dass damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart würde. Es ist grundsätzlich Sache der Beschwerdeführer, diese Voraussetzungen darzulegen, soweit sie nicht offensichtlich in die Augen springen (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 633 mit Hinweisen). Vorliegend enthält die Beschwerdeschrift keine Ausführungen zu dieser Frage, deren Bejahung auch nicht auf der Hand liegt: Selbst wenn das Lärmschutzgutachten im Anschluss an die Überarbeitung des Parkierungskonzepts ergänzt werden müsste, könnte wohl kaum von einem weitläufigen Beweisverfahren und einem bedeutenden Aufwand gesprochen werden.
2. Unter diesen Umständen kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
Die Beschwerdeführer müssen daher warten, bis das neue Parkierungskonzept bewilligt worden ist. Sie können dieses dann mit Rekurs und Beschwerde anfechten und gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid Beschwerde ans Bundesgericht erheben, und dabei den vorangegangenen Zwischenentscheid (soweit noch aktuell) mitanfechten (<ref-law>). Sollten die Beschwerdeführer keine Einwände gegen das neue Parkierungskonzept haben, können sie im Anschluss an dessen Bewilligung direkt Beschwerde beim Bundesgericht gegen die (vom Verwaltungsgericht insoweit bereits beurteilte) Baubewilligung erheben (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 331 ff. mit Hinweis auf die Rechtsprechung zum OG, z.B. <ref-ruling> E. 1a/bb S. 43 mit Hinweisen).
Ausgangsgemäss sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Sie haben den Beschwerdegegnern eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegner ist praxisgemäss davon auszugehen, dass es sich um einen Rechtsstreit ohne Vermögensinteresse handelt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Zumikon, der Baudirektion des Kantons Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber