Sachverhalt:
A. Die 1967 geborene B._ meldete sich im August 2004 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Graubünden klärte die gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse ab. U.a. holte sie die Akten zum Unfall der Versicherten vom 29. Januar 1992 sowie das multidisziplinäre Gutachten der Klinik X._ vom 7. Juli 2008 ein. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens, an welchem auch die GastroSocial Pensionskasse teilnahm und Einwände erhob, sprach die IV-Stelle mit Verfügung vom 2. Februar 2009 B._ aufgrund eines Invaliditätsgrades von 55 % ab 1. April 2005 eine halbe Invalidenrente zu.
B. Die Beschwerden von B._ und der GastroSocial Pensionskasse wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden nach Vereinigung der Verfahren mit Entscheid vom 3. Juli 2009 ab.
C. Die GastroSocial Pensionskasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, Gerichtsentscheid und Rentenverfügung seien aufzuheben, eine ergänzende Begutachtung, die ein genaues Profil einer angepassten Tätigkeit beinhalte, sei durchzuführen und der Invaliditätsgrad neu festzulegen.
B._ und IV-Stelle beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat durch Einkommensvergleich (Art. 16 ATSG in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 IVG) einen Invaliditätsgrad von 55 % ermittelt, was Anspruch auf eine halbe Rente gibt (Art. 28 Abs. 2 IVG). Das Invalideneinkommen hat sie dem von der Versicherten seit ... 2006 erzielten Lohn als Mitarbeiterin im Service und Verkauf eines Cafés gleichgesetzt. Dabei hat sie auf die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit im Gutachten der Klinik X._ vom 7. Juli 2008 ab-gestellt. Danach sind die jetzige und jede andere leichte wechselbelastende Tätigkeit ohne Leistungseinschränkung während vier bis viereinhalb Stunden täglich zumutbar.
2. Übt die versicherte Person nach Eintritt der gesundheitlichen Beeinträchtigung eine Erwerbstätigkeit aus, gilt grundsätzlich der damit erzielte Verdienst als Invalideneinkommen, wenn besonders stabile Arbeitsverhältnisse gegeben sind, weiter anzunehmen ist, dass sie die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, und wenn das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn erscheint (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen; Urteil I 953/06 vom 5. April 2007 E. 4.1.2).
3. Die beschwerdeführende Vorsorgeeinrichtung rügt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes durch die IV-Stelle und die Vorinstanz (Art. 43 Abs. 1 ATSG und Art. 61 lit. c ATSG) und damit eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 95 lit. a BGG; Urteil 9C_958/2008 vom 24. April 2009 E. 1). Sie macht sinngemäss geltend, die Annahme der Vorinstanz, die Versicherte schöpfe als Mitarbeiterin im Service und Verkauf des Cafés P._ die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll aus, beruhe auf einer ungenügenden Beweisgrundlage (Urteil 9C_575/2009 vom 6. November 2009 E. 3.1). Es sei nicht abgeklärt worden, welche Einsatzfähigkeit in einer sitzenden (Büro-)Tätigkeit bestehe. Das Gutachten der Klinik X._ vom 7. Juli 2008 gebe zur diesbezüglich aus medizinischer Sicht entscheidenden Frage nach der Art einer angepassten Tätigkeit keine ausreichende Auskunft. Die Expertise sei in diesem Punkt mangelhaft. Eine Verkäuferinnentätigkeit für eine Person mit Fussproblemen sei offensichtlich nicht angepasst. Gemäss dem Austrittsbericht der Rehaklinik Y._ vom 1. September 2004 seien vorwiegend sitzende, wechselbelastende leichte bis mittelschwere Tätigkeiten ganztags zumutbar. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb die Einsatzfähigkeit sich seither halbiert haben solle. Schliesslich wird eine Verletzung des Grundsatzes "Eingliederung vor Rente" gerügt. Die IV-Stelle sei zur Berentung geschritten, ohne Eingliederungsmassnahmen seriös zu prüfen oder gar durchzuführen.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat begründet, weshalb dem Gutachten der Klinik X._ Beweiswert zukommt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a S. 352) und darauf abgestellt werden kann. Dabei hat sie den Austrittsbericht der Rehaklinik Y._ vom 1. September 2004 für die Beurteilung des jetzigen Gesundheitszustandes als überholt bezeichnet. Der Bericht habe die verschiedenen später erfolgten Operationen sowie die neu hinzugekommenen Beschwerden, wie beispielsweise das Karpaltunnelsyndrom und die Rückenschmerzen nicht berücksichtigen können. Er sei daher für die aktuelle Beurteilung der Arbeitsfähigkeit ausser Acht zu lassen.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat begründet, weshalb dem Gutachten der Klinik X._ Beweiswert zukommt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a S. 352) und darauf abgestellt werden kann. Dabei hat sie den Austrittsbericht der Rehaklinik Y._ vom 1. September 2004 für die Beurteilung des jetzigen Gesundheitszustandes als überholt bezeichnet. Der Bericht habe die verschiedenen später erfolgten Operationen sowie die neu hinzugekommenen Beschwerden, wie beispielsweise das Karpaltunnelsyndrom und die Rückenschmerzen nicht berücksichtigen können. Er sei daher für die aktuelle Beurteilung der Arbeitsfähigkeit ausser Acht zu lassen.
4.2 4.2.1 Nach dem Aufenthalt in der Rehaklinik Y._ im Sommer 2004 wurde die Versicherte am ... 2006 bei Verdacht auf eine Tendovaginitis stenosans an der linken Hand operiert. Wegen eines Karpaltunnelsyndroms beidseits wurden sodann am ... und ... 2007 eine Dekompression des Nervus medianus rechts und links (vgl. die jeweiligen Operationsberichte des Spitals Z._) durchgeführt. Im Gutachten der Klinik X._ vom 7. Juli 2008 wurde das Karpaltunnelsyndrom beidseits, Zustand nach Dekompression des Nervus medianus rechts und links und Entwicklung einer Sudeck'schen Dystrophie rechts mit Remission unter den Diagnosen ohne Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit aufgeführt. Damit stimmte überein, dass die im Rahmen der multidisziplinären Abklärung durchgeführte Evaluation der arbeitsbezogenen funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) in Bezug auf die Hände keine Auffälligkeiten gezeigt hatte. Bei der Umschreibung der leidensangepassten Tätigkeiten wurde einzig festgehalten, dass sich repetitive Tätigkeiten wie Montagetätigkeiten nicht eigneten. Mit Bezug auf das Karpaltunnelsyndrom kann somit nicht von neu hinzugekommenen Beschwerden gesprochen werden, welche sich in relevanter Weise auf das funktionelle Leistungsvermögen auswirken und die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit im Austrittsbericht der Rehaklinik Y._ vom 1. September 2004 als überholt darzutun vermögen. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz findet namentlich im Gutachten der Klinik X._ vom 7. Juli 2008 keine Stütze.
4.2.2 In der Expertise wurde bei den Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit neben dem im Vordergrund stehenden chronischen Vorfussschmerz rechts ein panvertebrales Schmerzsyndrom u.a. bei mittelgradigen degenerativen Veränderungen der Lendenwirbelsäule (LWS) mit Instabilität im Bewegungssegment L4/5 erwähnt. Die Gutachter bezeichneten die belastungsbezogenen Defizite der LWS als sekundäre Folge des Fussleidens, welches eine eigentliche Abrollbewegung nicht zuliess und bei längerem Stehen an Ort und beim Gehen zu Schmerzen führte. Bei der Abklärung der funktionellen Leistungsfähigkeit waren beim Sitzen keine Auffälligkeiten zu beobachten. Es zeigte sich eine gute Rotation im Nacken sowie im oberen und unteren Rücken. Nach der Testung im Sitzen klagte die Versicherte über etwas weniger Kreuzschmerzen als beim Stehen. Im Bericht zur EFL vom 20. Mai 2008 wurde festgehalten, leichte Arbeiten vorwiegend sitzend seien ganztags zumutbar. Einschränkend sollten Hockestellungen und Stossen nur selten, längeres Stehen und Gehen, Stehen an Ort, Knien und Stehen vorgeneigt nur manchmal während eines normalen Arbeitstages vorkommen und nach Bedarf unterbrochen werden können. Diese Umschreibung des Anforderungsprofils fand auch Eingang in die Beurteilung im Gutachten. Die Frage, in welchem zeitlichen Rahmen den Störungen angepasste Tätigkeiten zumutbar seien, beantworteten die Experten in dem Sinne, dass in einer solchen Tätigkeit der Versicherten mindestens viereinhalb Stunden ohne Einschränkung der Leistungsfähigkeit zugemutet werden können. Eine solche in Bezug auf den zeitlichen Umfang einer erwerblichen Tätigkeit nach oben offene Einschätzung ist in Anbetracht der Ergebnisse der EFL zu ungenau. Daraus kann nicht willkürfrei geschlossen werden, eine vorwiegend sitzende Tätigkeit sei lediglich vier bis viereinhalb Stunden täglich zumutbar (E. 1).
4.2.3 Schliesslich sind gesundheitliche Beeinträchtigungen der Füsse in der Regel für gehende und stehende Tätigkeiten wie die aktuell ausgeübte im Service und Verkauf eines Cafés in der Regel hinderlicher als bei einer vorwiegend sitzenden Arbeit. Dies trifft auch vorliegend zu. Gemäss dem EFL-Bericht vom 20. Mai 2008 kam es beim Stehen an Ort mit Dauer der Testung zu einer deutlichen Entlastung des linken Fusses. Die Versicherte wechselte öfters die Stehposition, stellte das rechte Bein auf eine Stufe oder stützte sich auf dem Stehpult ab. Sie gab eine Schmerzzunahme im rechten Fuss an. Beim Stehen und Gehen wurde am zweiten Tag beobachtet, dass die Versicherte viel unruhiger wirkte, vermehrt die Position wechselte, sich an die Wand lehnte oder sich hinsetzte. Dabei gab sie müde Beine und Schmerzen im rechten Fuss an.
4.3 Es bestehen somit gewichtige Anhaltspunkte dafür, dass es (vorwiegend sitzende) Tätigkeiten gibt, in welchen die Beschwerdegegnerin ihre verbliebene Arbeitsfähigkeit in zeitlich grösserem Umfang ausüben und einkommensmässig besser verwerten kann als an der aktuellen Stelle. Inwiefern es hiezu vorgängig einer Umschulung bedarf, braucht hier nicht entschieden zu werden. Das Invalideneinkommen kann jedenfalls nicht ohne weiteres dem seit ... 2006 erzielten Lohn gleichgesetzt werden (vgl. E. 1). Die IV-Stelle wird ergänzende Abklärungen zur Arbeitsfähigkeit und zu den zumutbaren Verweisungstätigkeiten vornehmen und danach über allenfalls berufliche Eingliederungsmassnahmen oder/und den streitigen Rentenanspruch neu verfügen.
Der vorinstanzliche Entscheid beruht auf einem unvollständig abgeklärten Sachverhalt und verletzt daher Bundesrecht. Die Beschwerde ist begründet.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die obsiegende Vorsorgeeinrichtung hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG; Urteil 9C_950/2008 vom 18. März 2009 E. 3).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden als Versicherungsgericht vom 3. Juli 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Graubünden vom 2. Februar 2009 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Verwaltung zurückgewiesen, damit sie, nach Abklärungen im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch der Beschwerdegegnerin auf allenfalls berufliche Eingliederungsmassnahmen und eine Rente der Invalidenversicherung neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden als Versicherungsgericht, der GastroSocial Ausgleichskasse und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Januar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler