Sachverhalt:
A. Die 1971 geborene M._ erlitt am 1. Dezember 1993 bei einem Tötungsversuch durch ihren Ehemann, der sich danach selbst richtete, Schrotschussverletzungen am Hinterkopf (Diagnose gemäss ärztlichem Zwischenbericht der neurochirurgischen Klinik X._ vom 16. Januar 1994: Schädel-Hirntrauma mit offener multifragmentärer Fraktur der Schädelkalotte, vollständiger rechtsseitiger homonymer Hemianopsie sowie passagerer Hypakusis rechts). Mit Verfügung vom 7. Juli 1999 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Zürich (nachfolgend: IV-Stelle) mit Wirkung ab 1. Mai 1996 (ein Jahr rückwirkend ab Anmeldung) bei einem Invaliditätsgrad von 60 % eine ganze Invalidenrente zu. Am 15. Januar 2001 wechselte M._ als Büromitarbeiterin zum Unternehmen Y._. Im Rahmen eines aufgrund des Stellenwechsels durchgeführten Revisionsverfahrens wurde die ganze Rente mit Verfügung vom 11. September 2001 bestätigt. Bei einer weiteren Revision legte die IV-Stelle mit Verfügung vom 25. April 2005 die Invaliditätsgrade für die Zeit ab 1. April 2002 neu fest. Sie hob die Invalidenrente vom 1. April bis 31. Dezember 2002 rückwirkend auf (Invaliditätsgrad von 36 %), bestätigte den Anspruch auf eine Viertelsrente vom 1. Januar bis 31. Dezember 2003 (Invaliditätsgrad von 43 %) und hob die Rente ab 1. April 2004 wieder auf (Invaliditätsgrad von 33 %). Daran hielt die IV-Stelle mit Einspracheentscheid vom 14. März 2006 fest, nachdem sie zudem am 9. Juni 2005 eine Rückforderungsverfügung erlassen hatte.
B. Die gegen den Einspracheentscheid vom 14. März 2006 erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. November 2006 ab.
C. M._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde erheben und beantragen, es sei ihr unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides eine halbe Invalidenrente zuzusprechen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 Abs. 2 OG [in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, in Kraft seit 1. Juli 2006] in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
Mit Blick auf diese neue Kognitionsregelung für die Invalidenversicherung ist aufgrund der Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a OG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 105 Abs. 2 OG). Hingegen hat eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht (aArt. 132 lit. b OG) ebenso zu unterbleiben wie eine Prüfung der Ermessensbetätigung (aArt. 132 lit. a OG) nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (<ref-ruling> E. 6 S. 81 mit Hinweisen). Auch besteht (entgegen aArt. 132 lit. c OG) Bindung an die Parteianträge, handelt es sich doch nicht um eine Abgabestreitigkeit (Art. 114 Abs. 1 OG; zum Ganzen <ref-ruling>).
2. Die Vorinstanz hat, teilweise unter Verweis auf den Einspracheentscheid, die Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> in der seit 1. Januar 2003 gültigen Fassung), über den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>), über die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen nach der Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) sowie über die Berücksichtigung von Soziallohn (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475) zutreffend dargelegt, ebenso die bei der Rentenrevision nach <ref-law> (seit 1. Januar 2003: <ref-law> [in Verbindung mit <ref-law> und <ref-law>]) anwendbaren Rechtsgrundsätze, welche auch unter der Herrschaft des ATSG gelten (<ref-ruling>) und woran die am 1. Januar 2004 in Kraft getretenen Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung vom 21. März 2003 und der Verordnung über die Invalidenversicherung vom 21. Mai 2003 nichts geändert haben. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die IV-Stelle zu Recht die Rente rückwirkend teilweise aufgehoben hat. In Frage steht dabei die Höhe des Invalideneinkommens.
Während die IV-Stelle in ihrer Verfügung vom 11. September 2001 noch vom im Arbeitgeberbericht vom 2. Juni 2001 angegebenen "jetzigen AHV-beitragspflichtigen Lohn" von Fr. 22'560.- ausgegangen war (ergebend einen Invaliditätsgrad von 58 % unter Berücksichtigung eines Valideneinkommens von Fr. 54'165.-), legte sie der Verfügung vom 25. April 2005 die vom Arbeitgeber im Bericht vom 16. Dezember 2004 angegebenen effektiv erzielten Einkommen (2002: Fr. 35'700.-, 2003: Fr. 32'000.-, 2004: Fr. 38'000.-) zu Grunde, was im Einkommensvergleich einen Invaliditätsgrad von 36 % (2002: Valideneinkommen Fr. 55'515.57), 43 % (Fr. 56'292.79) sowie 33 % (Fr. 56'743.-) ergab. Demgegenüber macht die Beschwerdeführerin geltend, beim von der IV-Stelle berücksichtigten, erzielten Lohn handle es sich teilweise um Soziallohn. Sie verweist dazu erneut auf die bereits im vorinstanzlichen Verfahren aufgelegten Schreiben der Arbeitgeberin vom 2. Juni 2005 sowie der Arbeitskollegen vom 21. Juni 2005.
3.1 Die Rentenverfügung vom 7. Juli 1999 stützte sich in medizinischer Hinsicht auf das ABI-Gutachten vom 10. Dezember 1998, worin die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin in der damaligen Tätigkeit auf 40 % bei halbtägiger Präsenzzeit geschätzt und dazu ausgeführt wurde, es müsse mit aller Deutlichkeit gesagt werden, dass die jetzige 50%ige Leistungsfähigkeit einerseits nur dank dem grossen Verständnis des Arbeitgebers und andererseits dank der Tatsache, dass die Arbeitnehmerin von gewissen Funktionen dispensiert werde, realisiert werden könne.
Die Vorinstanz erwog dazu, in Bezug auf den Gesundheitszustand seien seit der rechtskräftigen Verfügung vom 7. Juli 1999 keine wesentlichen Änderungen auszumachen. Anders als im MEDAS-Gutachten sei die Restarbeitsfähigkeit von Frau Dr. med. F._ seit dem 15. November 2000 aber auf 50 % geschätzt worden. Berücksichtige man, dass die Versicherte seit der MEDAS-Begutachtung die Arbeitsstelle gewechselt habe und seit dem 15. Januar 2001 auch zu 50 % arbeite, vermöge die Einschätzung der Frau Dr. med. F._ zu überzeugen. Die Versicherte schöpfe die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit von 50 % voll aus. Die Arbeitgeberin habe bestätigt, diese erbringe bei einer Präsenzzeit von über 50 % eine Arbeitsleistung bis 50 %, weshalb deren Einkommen als angemessen und nicht als Soziallohn erscheine. Daran ändere das Schreiben der Arbeitskollegen, wonach die effektive Leistungsfähigkeit 30 % betrage, nichts, da an den Nachweis von Soziallohn strenge Anforderungen zu stellen sind.
3.2 Die Vorinstanz stellt wie die Verwaltung auf den Arbeitgeberbericht vom 16. Dezember 2004 ab und verneint das Vorliegen von Soziallohn mit der Begründung, die Arbeitgeberin habe bestätigt, dass die Versicherte bei einer Präsenzzeit von über 50 % eine Arbeitsleistung bis 50 % erbringe, was denn auch der von ihr als medizinisch ausgewiesen betrachteten Arbeitsfähigkeit von 50 % entspricht.
Vergleicht man jedoch den im Arbeitgeberbericht angegebenen Lohn ohne Gesundheitsschaden von Fr. 4'500.- monatlich (entsprechend einem Jahreslohn von Fr. 54'000.- [Fr. 4'500.- x 12, da gemäss früherem Arbeitgeberbericht kein 13. Monatslohn ausbezahlt wird]) mit den jeweils effektiv erzielten Jahreseinkommen, ergibt dies nicht etwa ein Pensum von 50 %, sondern von 66 % (2002), 60 % (2003) und 70 % (2004) - dies, obwohl im Arbeitgeberbericht gemäss Arbeitsvertrag eine effektive Arbeitszeit von 4 Std./Tag bei einer üblichen Arbeitszeit von 8.5 Std./Tag angegeben wird. Indem die Vorinstanz trotz dieser widersprüchlichen Angaben - und obwohl sie selbst davon ausging, der Gesundheitszustand der Versicherten sei seit 1999 stationär geblieben - keine weiteren Abklärungen dazu getroffen hat, weshalb die Versicherte ohne ausgewiesene Veränderung des Gesundheitszustandes beim gleichen Arbeitgeber seit 2002 plötzlich mehr verdiente als noch im Jahre 2001, hat sie den rechtserheblichen Sachverhalt unvollständig festgestellt, weshalb das Gericht daran nicht gebunden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
3.3 Ob in den effektiv ausbezahlten Jahreslöhnen eine Soziallohnkomponente enthalten ist, lässt sich aufgrund der vorliegenden widersprüchlichen und unvollständigen Unterlagen nicht abschliessend beurteilen. Jedenfalls kann dem Schreiben des Arbeitgebers vom 2. Juni 2005 und dem Schreiben der Arbeitskollegen vom 21. Juni 2005 nicht von vornherein jeglicher Beweiswert abgesprochen und das Vorliegen von Soziallohn nicht ohne weiteres verneint werden. Die vorinstanzliche Schlussfolgerung, wonach entgegen der Einschätzung im ABI-Gutachten auf die Arbeitsfähigkeitsschätzung der Frau Dr. med. F._ abzustellen ist, überzeugt schon deshalb nicht, weil aus deren Berichten nicht ersichtlich ist, inwiefern sich der Gesundheitszustand gegenüber der Begutachtung durch das ABI plötzlich verbessert haben soll. Vielmehr ging auch Frau Dr. med. F._ davon aus, die Hemianopsie habe eine ausserordentlich starke Behinderung zur Folge, ferner davon, dass bereits im Zeitpunkt der ABI-Begutachtung eine Arbeitsfähigkeit von 50 % bestand.
Die Sache ist deshalb an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit es weitere Abklärungen vornehme und hernach neu entscheide.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 OG in der seit 1. Juli 2006 geltenden Fassung). Die Gerichtskosten sind der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG). Der durch eine Beratungsstelle für Ausländer vertretenen, obsiegenden Beschwerdeführerin steht nach Massgabe der zu Art. 159 Abs. 1 und 2 OG ergangenen Rechtsprechung (<ref-ruling>; Urteil I 652/06 vom 25. Juli 2007 E. 11) eine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 27. November 2006 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 14. März 2006 aufgehoben und es wird die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit diese nach erfolgten Abklärungen im Sinne der Erwägungen neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 500.- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 21. Januar 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer i.V. Widmer