Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Das Bezirksgericht Hinwil verurteilte X._ am 22. September 2011 wegen verschiedener Straftaten zu 12 Monaten Freiheitsstrafe. Y._ verwies es mit seinen Zivilforderungen auf den Weg des Zivilprozesses. Gegen dieses Urteil erhoben X._, Y._ und die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich Berufung. X._ erklärte Anschlussberufung gegen die Berufungen von Y._ und der Staatsanwaltschaft.
Am 14. August 2012 zog Y._ seine Berufung zurück. Das Obergericht des Kantons Zürich nahm mit Beschluss vom 16. August 2012 vom Rückzug der Berufung Vormerk. Es erklärte die diesbezügliche Anschlussberufung von X._ als hinfällig (Ziff. 1) und stellte fest, dass darauf ohnehin nicht einzutreten gewesen wäre, weil die Anschlussberufung nur eventualiter und nicht wie erforderlich bedingungslos eingelegt wurde. Zudem trat das Gericht auf die eventuelle Anschlussberufung bezogen auf die Berufung der Staatsanwaltschaft nicht ein (Ziff. 2).
X._ wandte sich am 10. September 2012 mit Beschwerde ans Bundesgericht und beantragte, in Aufhebung von Ziff. 2 des Beschlusses vom 16. August 2012 sei das Obergericht anzuweisen, auf ihre Anschlussberufung gegen die Berufung der Staatsanwaltschaft einzutreten.
2. In der Zwischenzeit hat auch die Staatsanwaltschaft ihre Berufung am 3. Oktober 2012 zurückgezogen. Das Obergericht des Kantons Zürich nahm mit Beschluss vom 16. Oktober 2012 vom Rückzug der Berufung der Staatsanwaltschaft Vormerk. Es erklärte die diesbezügliche Anschlussberufung der Beschwerdeführerin als hinfällig (act. 15).
Gestützt auf diesen Beschluss beantragt die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 31. Oktober 2012, das Verfahren als gegenstandslos abzuschreiben (act. 17). Dem Antrag ist zu entsprechen.
3. Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos, so entscheidet das Bundesgericht mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
Die Beschwerdeführerin, die eine Entschädigung verlangt, macht geltend, dass die Beschwerde hätte gutgeheissen werden müssen. Die angefochtene Ziff. 2 des Beschlusses vom 16. August 2012 sei unhaltbar gewesen. Sie habe nie eventualiter Anschlussberufung zur selbständigen Berufung der Staatsanwaltschaft erhoben. Die Anschlussberufung sei nur insoweit eventuell erfolgt, als sie vom Fortbestand der selbständigen Berufung abhängig gemacht worden sei, was ja auch der gesetzlichen Vorgabe entspreche (act. 17 S. 2). Die Behörden des Kantons Zürich haben darauf verzichtet, sich zu den Kostenfolgen zu äussern (act. 19 und 20).
Eine summarische Prüfung ergibt, dass die Beschwerde voraussichtlich erfolgreich gewesen wäre. Die Beschwerdeführerin stellte in ihrer Eingabe vom 12. März 2012 an die Vorinstanz (KA act. 171) zwei Anträge. Zum einen verlangte sie in Bezug auf die Berufung von Y._, darauf nicht einzutreten. Für den Fall, dass auf die Berufung von Y._ eingetreten werde, stellte sie den Eventualantrag, die Berufung abzuweisen, und ebenfalls für diesen Eventualfall erhob sie Anschlussberufung, mit welcher sie eine Rückweisung an das Bezirksgericht und eventuell eine mildere Strafe verlangte (Antrag 1). Diese Anschlussberufung wurde nach dem Rückzug der Berufung durch Y._ hinfällig. In Bezug auf die Berufung der Staatsanwaltschaft beantragte die Beschwerdeführerin, diese sei in einem Punkt gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen. Zusätzlich erhob sie hinsichtlich der Berufung der Staatsanwaltschaft vorbehaltlos Anschlussberufung mit den Anträgen, die Sache an das Bezirksgericht zurückzuweisen und eventuell eine mildere Strafe auszufällen (Antrag 2). Aus welchem Grund die Vorinstanz bereits anlässlich des Rückzugs der Berufung von Y._ auf die Anschlussberufung, die die Beschwerdeführerin in Bezug auf die Berufung der Staatsanwaltschaft vorbehaltlos erhoben hatte, nicht eintrat, ist nicht ersichtlich und ergibt sich auch aus dem angefochtenen Entscheid nicht. Die Vorinstanz hat diese Anschlussberufung denn auch nach dem Rückzug der Berufung der Staatsanwaltschaft am 16. Oktober 2012 als hinfällig erklärt.
Auf eine Kostenauflage für das bundesgerichtliche Verfahren ist zu verzichten. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin angemessen zu entschädigen (<ref-law>). Damit wird deren Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Dem Beschwerdegegner 2 ist keine Entschädigung auszurichten, weil er vor Bundesgericht keine Umtriebe hatte.

Demnach verfügt der Einzelrichter:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos geworden abgeschrieben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Diese Verfügung wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Der Gerichtsschreiber: Monn