Fatti:
A. Il Pretore del distretto di Riviera ha dichiarato il 9 ottobre 2007 il fallimento della C._SA e alla prima assemblea del 29 novembre 2007 numerosi creditori erano rappresentati da F._ o dall'avv. G._. La predetta assemblea ha nominato l'avv. H._ amministratrice speciale del fallimento e una delegazione dei creditori composta dagli avvocati I._, J._ e K._. Essa ha poi respinto la richiesta presentata dall'avv. G._ di disdire con effetto immediato il contratto, stipulato dall'Ufficio fallimenti di Riviera con la E._SA, con cui quest'ultima ha noleggiato i macchinari della fallita fino alla loro realizzazione.
B. Con 21 altri creditori rappresentati dal medesimo legale, la A._SA e la B._SA hanno impugnato sia la costituzione di un'amministrazione speciale sia la composizione della delegazione dei creditori: hanno chiesto che l'amministrazione del fallimento rimanga nelle mani dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Riviera e che nella delegazione dei creditori l'avv. I._ sia sostituito con l'avv. G._. Le ricorrenti hanno pure ribadito la richiesta di disdetta immediata del contratto di locazione dei macchinari della fallita. Con decisione 18 febbraio 2008 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto il gravame. I giudici cantonali hanno aggiunto un voto a quelli espressi dall'avv. G._, mentre hanno ridotto di 5 unità i creditori rappresentati da F._: l'autorità di vigilanza non ha ritenuto valide tre procure firmate da persone non abilitate a rappresentare le società interessate e ha escluso dal voto le società E._SA e D._SA perché facenti parte con la fallita del cosiddetto "gruppo L._". L'autorità cantonale ha poi negato che vi fossero prove da cui risulterebbe che le altre società rappresentate da F._ facessero parte di tale gruppo o che il loro voto sia stato comperato ed ha quindi confermato le risoluzioni impugnate sulla base del seguente nuovo conteggio:
nomina di un'amministrazione speciale:
favorevoli: 33 contrari: 27 astenuti: 3
designazione dell'amministratrice speciale:
favorevoli: 34 contrari: 23 astenuti: 6
designazione degli avvocati K._, G._ e J._ quali membri della delegazione dei creditori:
favorevoli: 28 contrari: 32 astenuti: 3
designazione degli avvocati I._, J._ e K._ quali membri della delegazione dei creditori:
favorevoli: 55 contrari: 0 astenuti: 8
disdetta con effetto immediato del contratto di locazione dei macchinari della fallita alla E._SA:
favorevoli: 30 contrari: 32 astenuti: 1
C. Con ricorso in materia civile del 25 febbraio 2008 la A._SA e la B._SA postulano, previa concessione dell'effetto sospensivo, l'accoglimento delle domande già formulate con il rimedio all'autorità di vigilanza. Affermano che le procure concesse a F._ non sarebbero valide e che vi sarebbe una macchinazione orchestrata dalla E._SA che non può essere tutelata.
Con decreto del 25 marzo 2008 il Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al gravame.
Con osservazioni del 6 ottobre 2008 l'Ufficio di esecuzione e fallimenti ha ribadito la correttezza del suo operato, ha indicato che intende procedere alla realizzazione dei beni della fallita entro metà novembre e che per questo motivo ritiene che la richiesta di disdetta del contratto di locazione diverrà senza oggetto. Delle osservazioni 9 ottobre 2008 con cui la D._SA e la E._SA propongono la reiezione del ricorso si dirà, per quanto necessario ai fini del presente giudizio, nei considerandi di diritto.

Diritto:
1. 1.1 Sentenze in materia di esecuzione e fallimento soggiacciono al ricorso in materia civile, che in tale ambito sostituisce il ricorso previsto dal previgente <ref-law> (<ref-law> combinato con l'<ref-law>). Il ricorso è ammissibile contro decisioni emanate dall'ultima istanza cantonale (<ref-law>). Le sentenze pronunciate dalle autorità cantonali di vigilanza, adite con un ricorso contro le deliberazioni dell'assemblea dei creditori, sono decisioni finali ai sensi dell'<ref-law>, atteso che in linea di principio nella procedura di esecuzione forzata in corso non è più possibile mettere in discussione tali provvedimenti (<ref-ruling> consid. 1.2). La decisione dell'autorità di vigilanza può essere impugnata indipendentemente dal valore di lite (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF).
1.2 Giusta l'<ref-law> il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati nella sentenza impugnata. Esso può scostarsi dall'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se questo si è svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). La parte che non intende basarsi sugli accertamenti di fatto dell'autorità inferiore deve spiegare in maniera circostanziata per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle due eccezioni previste dall'<ref-law> siano realizzate, non potendosi altrimenti tener conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella sentenza impugnata (<ref-ruling> consid. 6.2). A tal proposito è utile ricordare che chi intende invocare che i fatti sono stati constatati in modo manifestamente inesatto (<ref-law>), e cioè che il loro accertamento è arbitrario nel senso dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4.3 pag. 254 seg.), deve sollevare e motivare tale censura (<ref-law>).
2. 2.1 Le ricorrenti sostengono che tutte le procure conferite a F._ dovrebbero essere annullate, perché esisterebbe un piano orchestrato dalle ditte superstiti del cosiddetto "gruppo L._" per assicurarsi il controllo dell'assemblea dei creditori e i vantaggi che talune decisioni di questo organo potrebbero comportare. Affermano che lo stesso F._, "pesantemente implicato nelle vicende del gruppo L._", lo avrebbe confermato nella propria risposta al ricorso cantonale, indicando che i creditori da lui rappresentati "non hanno per niente assecondato i desideri di un creditore, ma hanno giudicato sostenibile un proseguimento di ciò che era già stato pattuito in precedenza". In sostanza, secondo le ricorrenti, tale piano parrebbe consistere nel trasferire le attività, le "occasioni di lavoro" e il personale della fallita ad altre imprese del "gruppo L._", le quali pagherebbero ai creditori "una sorta di percentuale del debito della fallita" e continuerebbero a rifornirsi presso i medesimi creditori. Le ricorrenti ritengono che, applicando alla presente fattispecie i principi sviluppati dal Tribunale federale nella <ref-ruling>, tutti i voti espressi tramite F._ dovrebbero essere annullati.
2.2 L'autorità di vigilanza ha indicato che le stesse ricorrenti hanno ammesso che non vi sono prove che la società E._SA abbia comperato il voto di altri creditori rappresentati da F._. Essa ha altresì rilevato che un interesse individuale di alcuni creditori al mantenimento di rapporti d'affari con E._SA, che potrebbe essere in contrasto con l'interesse generale, non esclude dal voto tali creditori, fintanto che non sia provato che il loro voto sia stato ottenuto in modo abusivo o comperato.
2.3 Nella <ref-ruling> il Tribunale federale ha ritenuto nulle le procure conferite da diversi creditori all'azionista e amministratore unico della fallita, perché ha considerato che in tal modo quest'ultima veniva - inamissibilmente - incaricata di rappresentare i creditori (consid. 2b). In base agli accertamenti di fatto contenuti nella sentenza impugnata ciò non si verifica nella fattispecie, né le ricorrenti pretendono che F._ sia l'azionista o amministratore unico della fallita. Già per questo motivo il richiamo a tale sentenza appare senza pertinenza. Per il resto giova rilevare che la critica ricorsuale è da un lato fondata su fatti non accertati nella sentenza impugnata, senza che le ricorrenti spendano una parola per spiegare perché sarebbe in concreto data una delle condizioni che permette al Tribunale federale di scostarsi dai fatti riportati nella sentenza impugnata (supra consid. 1.2) e, dall'altro, si esaurisce in una serie di illazioni del tutto inidonee a dimostrare che le contestate procure dovrebbero essere annullate in blocco.
3. Le ricorrenti formulano pure una serie di censure contro le singole procure conferite a F._ che verranno esaminate qui di seguito:
3.1 Occorre preliminarmente rilevare che - come viene per altro ammesso nel ricorso - nel loro gravame all'autorità di vigilanza le ricorrenti non si erano prevalse del fatto che fra le procure conferite a F._ vi sarebbe anche quella dell'organo di revisione della fallita, motivo per cui in questa sede esse adducono un inammissibile novum (<ref-law>).
3.2 Con riferimento alle procure conferite dalla M._SA, dalla N._SA e dalla O._SA, le ricorrenti affermano che l'autorità di vigilanza non avrebbe dovuto applicare le nuove norme del CO, ma - visto che l'assemblea si è svolta nel 2007 - avrebbe dovuto stabilire l'impossibilità di un'ufficio di revisione di rappresentare la società di cui è organo in base al diritto previgente, dal quale risulterebbe l'assenza di "una base giuridica" che permette al consiglio di amministrazione di allestire le contestate procure. Inoltre, sempre secondo le ricorrenti, dal fatto che M._SA è creditrice della fallita e organo di revisione di altri creditori risulterebbe che vi sarebbero strette relazioni fra i creditori e le "persone coinvolte in questa procedura".
Nella fattispecie l'autorità di vigilanza ha espressamente applicato l'<ref-law> nel tenore vigente fino al 31 dicembre 2007 (indicato nella sentenza impugnata come "art. 727c vCO"), mentre ha fatto riferimento alla modifica del CO - entrata in vigore il 1° gennaio 2008 e in cui sono state ridotte le esigenze di indipendenza dell'ufficio di revisione di piccole società - unicamente a titolo abbondanziale. Ne segue che la critica ricorsuale si rivela inconsistente su questo punto. Le ricorrenti non possono nemmeno essere seguite laddove ritengono che, contrariamente a quanto indicato nella sentenza impugnata con dovizia di citazioni dottrinali, la - pretesa - violazione dell'obbligo di indipendenza previsto dal previgente <ref-law> non avrebbe unicamente conseguenze per la responsabilità degli uffici di revisione, ma comporterebbe pure la nullità delle procure a questi conferite. Non è data infine a capire la rilevanza, ai fini del presente giudizio, dell'affermazione ricorsuale riferita alla procura rilasciata da M._SA, secondo cui vi sarebbero strette relazioni fra le persone coinvolte in questa procedura e i creditori.
3.3 Per quanto attiene alle procure rilasciate in nome della P._SA, della Q._SA e della R._Sagl ed unicamente firmate da un avvocato, le ricorrenti indicano che F._ avrebbe dovuto presentarsi all'assemblea provvisto pure della procura con facoltà di subdelega accordata da tali società al loro legale.
La censura è fondata. Un rappresentante, non invitato in tale qualità all'assemblea dei creditori, deve potersi identificare all'assemblea come tale con una procura scritta (MARC RUSSENBERGER, Basler Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1998, n. 16 ad <ref-law>; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. III, 2001, n. 15 ad <ref-law>; JEANDIN/FISCHER, Commentaire Romand, Poursuite et faillite, 2005, n. 18 ad <ref-law>). Infatti, come il Tribunale federale ha già avuto modo di indicare nella sentenza B.59/1986 del 14 aprile 1986, che conferma una sentenza emanata nel Cantone Zurigo e pubblicata in ZR 1986 n. 122, affinché il burò possa decidere sull'ammissione all'assemblea di persone che, senza essere state invitate particolarmente, intendono prendervi parte (<ref-law>), è necessario che non sussistano dubbi su eventuali rapporti di rappresentanza: per tale motivo è necessario che chi intende rappresentare un creditore giunga all'assemblea munito di una procura scritta. Con riferimento alla fattispecie in esame ciò significa che, contrariamente a quanto ritenuto nella sentenza impugnata, la produzione in sede di ricorso della procura conferita al legale non è sufficiente: F._ avrebbe già dovuto disporre all'assemblea delle procure con facoltà di subdelega conferite dalle citate società al loro legale e non essere unicamente munito delle procure firmate da tale avvocato.
3.4 Le ricorrenti ritengono che le procure concesse dalla S._SA e da T._SA rechino la medesima firma, nonostante il fatto che gli amministratori unici siano diversi. Affermano che nemmeno l'autorità di vigilanza sarebbe riuscita ad accertare chi ha effettivamente firmato queste due procure, motivo per cui entrambe dovrebbero essere considerate nulle. Riferendosi poi alla procura rilasciata dalla U._Sagl, le ricorrenti asseriscono, menzionando un non meglio specificato "annuncio del 1.12.2005 di cambiamento d'indirizzo", che sussisterebbero differenze fra la firma risultante su tale atto e quella apposta sulla procura accordata dalla predetta società a garanzia limitata che ne metterebbero in dubbio la validità.
Occorre innanzi tutto rilevare che secondo la sentenza impugnata le procure in discussione sono state conferite dagli amministratori delle menzionate società anonime, rispettivamente dal socio e gerente della sagl. È esatto che le firme apposte sulle procure delle società anonime sono simili, ma ciò potrebbe essere spiegato con il fatto, risultante dal giudizio impugnato, che entrambi gli amministratori hanno lo stesso cognome. Sia come sia, con la loro critica, le ricorrenti non dimostrano che l'accertamento svolto dai giudici cantonali sia manifestamente inesatto ai sensi dell'<ref-law> (supra consid. 1.2). Insufficientemente motivata risulta pure la censura inerente alla firma del socio e gerente della predetta sagl, atteso che le ricorrenti non forniscono alcun elemento che permetterebbe al Tribunale federale di ritrovare nell'incartamento della causa il documento che recherebbe una firma diversa da quella che è stata apposta sulla contestata procura: si ignora perfino a chi sarebbe stato indirizzato tale "annuncio di cambiamento d'indirizzo" apparentemente redatto quasi due anni prima della dichiarazione di fallimento. Le ricorrenti paiono dimenticare che non incombe al Tribunale federale verificare nell'incartamento della causa se questo potrebbe eventualmente contenere indizi che depongono per un accertamento inesatto della fattispecie da parte dell'autorità inferiore (<ref-ruling> consid. 6.2).
3.5 Con riferimento alla V._SA le ricorrenti non contestano che - come ritenuto nella sentenza impugnata - F._ è socio e gerente di tale società, motivo per cui egli la può rappresentare all'assemblea dei creditori. Le ricorrenti asseriscono però che F._ rappresenterebbe la fallita e le altre società appartenenti al cosiddetto "gruppo L._" e affermano che sarebbe "logico pensare" che anche la V._SA appartenga a tale gruppo e che essa debba essere esclusa dal voto per tale motivo.
L'appartenenza della V._SA al cosiddetto "gruppo L._" è una semplice congettura che non risulta dalla sentenza impugnata. Già per questo motivo la censura si rivela inammissibile, perché è fondata su una fattispecie diversa da quella accertata dall'autorità inferiore senza che le ricorrenti tentino di spiegare perché sarebbero date le condizioni che permettono al Tribunale federale di tenere conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella sentenza impugnata (supra, consid. 1.2).
3.6 Infine, riguardo al voto espresso per W._, le ricorrenti sostengono di aver contestato in sede di assemblea la procura rilasciata a F._, anche se riconoscono che tale fatto non risulta dal verbale assembleare. Affermano che in ogni caso egli, non essendo più creditore, non aveva diritto di partecipare all'assemblea e il suo voto sarebbe quindi nullo.
Le ricorrenti non contestano l'accertamento dell'autorità di vigilanza secondo cui questo creditore è stato convocato all'assemblea con l'avviso speciale dell'<ref-law>. Ora, come rilevato nella sentenza impugnata, il Tribunale federale ha già deciso nella DTF 32 I 563 consid. 1 che, in base al chiaro testo dell'<ref-law>, il burò può unicamente decidere sull'ammissione di persone che non sono state particolarmente invitate; l'ammissione all'assemblea delle persone invitate è infatti già stata decisa dall'amministrazione del fallimento con l'invio dell'invito. Evidentemente, come rilevato in tale sentenza, il riconoscimento della qualità di creditore - provvisorio - per la prima assemblea non comporta il diritto di essere inserito nella graduatoria e di partecipare alla seconda assemblea. A prescindere dal fatto che le ricorrenti non spiegano in alcun modo perché tale motivazione violerebbe la legge, occorre ricordare - come indicato nel giudizio attaccato - che può unicamente essere impugnata una partecipazione che era già stata contestata all'assemblea (<ref-ruling> consid. 3). Ora, la sentenza impugnata nega l'esistenza di una tale contestazione e le ricorrenti non spendono una parola per dimostrare che tale accertamento sia manifestamente inesatto ai sensi dell'<ref-law>. Ne segue che pure questa censura si rivela infondata.
4. Da quanto precede risulta che dal conteggio dei voti effettuato dall'autorità di vigilanza devono essere dedotti quelli espressi per conto della P._SA, della Q._SA e della R._Sagl (supra, consid. 3.3). Tale fatto ha unicamente un influsso sulla deliberazione concernente la richiesta di disdetta immediata del contratto con cui sono stati noleggiati alla E._SA i macchinari della fallita fino alla loro realizzazione: infatti in base al computo dei voti riportato nella sentenza impugnata, tale proposta aveva raccolto 30 voti favorevoli e 32 contrari. Sennonché in tale conteggio l'autorità di vigilanza aveva già escluso, senza che ciò modificasse l'esito delle votazioni, cinque creditori rappresentati da F._. Occorre pertanto esaminare se tali esclusioni fossero giustificate, atteso che né i creditori esclusi né il loro rappresentante potevano impugnare la decisione dell'autorità di vigilanza su questo punto, perché essi non risultavano lesi dal suo dispositivo che ha respinto i rimedi delle qui ricorrenti. Giova poi rilevare che il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>) e non è quindi limitato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dalla motivazione dell'istanza inferiore: può pertanto accogliere il gravame per un motivo diverso da quelli invocati, ma pure respingerlo con una motivazione diversa da quella adottata nella decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 1.4 in fine, 297 consid. 3.1).
4.1 L'autorità di vigilanza ha indicato che la E._SA, la fallita e la D._SA facevano parte del cosiddetto "gruppo L._" e ha ritenuto - riferendosi alla <ref-ruling> e alla dottrina che la riprende - che la commistione di interessi risultante da tale fatto comporta l'esclusione dal voto di quest'ultima società. A tal proposito occorre osservare che pur non specificandolo espressamente nella sentenza impugnata, emerge nondimeno dal rinvio ai documenti della procedura concordataria che per "gruppo" l'autorità di vigilanza ha inteso che le predette società fanno capo al medesimo azionariato.
4.2 Nelle loro risposte la E._SA e la D._SA negano l'esistenza del cosiddetto "gruppo L._" e affermano che le accuse formulate dalla ricorrente a tal proposito sono "campate per aria".
4.3 Giova innanzi tutto ricordare - come già indicato al consid. 2.3 - che nella sentenza di questo Tribunale citata dall'autorità di vigilanza sono state dichiarate nulle le procure conferite da diversi creditori all'azionista ed amministratore unico della fallita per evitare che i creditori venissero rappresentati dalla fallita, rappresentanza ritenuta inaccettabile. A giusta ragione la dottrina, peraltro in gran parte pure citata nel giudizio impugnato, che ha riportato la predetta sentenza senza formulare critiche, la menziona come una limitazione della libertà dei creditori di farsi rappresentare (FRIDOLIN WALTHER, Der unabhängige Stimmrechtsvertreter im schweizerischen Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, in: Schweizerisches und internationales Zwangsvollstreckungsrecht: Festschrift für Karl Spühler zum 70. Geburtstag, 2005, pag. 474; Pierre-Robert Gilliéron, loc. cit.; MARC RUSSENBERGER, op. cit,. n. 18 ad <ref-law>; JEANDIN/FISCHER, op. cit., n. 20 ad <ref-law>). In concreto tuttavia, l'autorità di vigilanza non ha scorto alcun problema di rappresentanza, ma ha escluso dal voto - indipendentemente dalla persona del suo rappresentante - il creditore D._SA perché esso avrebbe gli stessi azionisti della fallita. Con tale esclusione i giudici cantonali dimenticano che alla prima assemblea possono partecipare tutti i creditori del fallito, indipendentemente dal loro rapporto con quest'ultimo. Diversa è la situazione per quanto attiene alla delegazione dei creditori. Questa deve invece, nella misura del possibile, essere composta soltanto da creditori che non hanno relazioni a livello di personale con il fallito (<ref-ruling> consid. 6). In quest'ultima sentenza il Tribunale federale ha tuttavia esaminato un ricorso diretto contro la composizione della delegazione dei creditori inoltrato da un creditore - e gli ha quindi implicitamente riconosciuto come già l'autorità di vigilanza il diritto di partecipare alle risoluzioni assembleari alla stregua degli altri creditori - presso di cui il debitore aveva la sua sede e nel cui consiglio di amministrazione siedeva pure il presidente del consiglio di amministrazione della fallita. Ora, se è esatto, come specificato nella sentenza citata nel giudizio impugnato, che occorre distinguere fra gli interessi dei creditori e quelli del fallito, l'esclusione in discussione, per altro non fondata su alcuna norma di legge, oltrepassa tale fine. Ne segue che l'autorità vigilanza ha a torto escluso dal voto la D._SA.
4.4 In queste circostanze i creditori che hanno votato per la disdetta immediata del contratto con la E._SA non hanno ottenuto la maggioranza, ma la votazione si è conclusa, nell'ipotesi più favorevole alle qui ricorrenti, a parità di voti. In un tal caso spetta al presidente del burò decidere (<ref-law>). In concreto quest'ultimo è l'Ufficiale che ha stipulato il contratto in discussione, motivo per cui è lecito ritenere che questi avrebbe deciso la continuazione del negozio giuridico, ritenuto che se avesse voluto disdire il contratto lo avrebbe potuto fare indipendentemente dalla decisione dell'assembleare e che la volontà di mantenere in essere tale contratto fino alla realizzazione dei beni è stata confermata nella risposta del 6 ottobre 2008.
5. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela, nella misura in cui risulta ammissibile, infondato e come tale dev'essere respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti in solido, che rifonderanno, sempre con vincolo di solidarietà, fr. 1'000.-- per ripetibili della sede federale sia all'opponente D._SA che all'opponente E._SA.
3. Comunicazione alle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.