Sachverhalt:
A. X._ ist Aktionär (8,7%) und Verwaltungsrat sowie Angestellter der Y._ AG. Die Y._ AG gehört zu 77,4% der Y._ Holding AG, an welcher X._ zu 50% beteiligt ist. Im November 2004 hatte die Kantonale Steuerverwaltung/VS bei der Y._ AG für die Geschäftsjahre 2001 bis 2003 eine Bücheruntersuchung vorgenommen.
Für die Steuerperiode 2001/2002 (Bemessungsperiode 1999/2000) ist X._ rechtskräftig eingeschätzt. Im Rahmen des Übergangs von der Vergangenheits- zur Gegenwartsbemessung per 1. Januar 2003 (Bemessungsjahre 2001/ 2002 für ausserordentliche Einkommensbestandteile [Steuererklärung 2003 A]; Steuer- und Bemessungsperiode 2003 [Steuererklärung 2003 B]) forderte das Steuerinspektorat im Auftrag der Bezirkssteuerkommission für die Gemeinde Visp (Veranlagungsbehörde) X._ mehrmals unter Androhung einer Ordnungsbusse auf, die detaillierten Kontoauszüge für die Kalenderjahre 2001, 2002 und 2003 zweier von ihm deklarierter Konten bei der Walliser Kantonalbank beizubringen. Nachdem sich X._ wiederholt geweigert hatte, die verlangten Unterlagen einzureichen (letztmals mit Stellungnahme vom 15. November 2005), verfügte die Steuerbehörde am 14. Dezember 2005 androhungsgemäss eine Ordnungsbusse von Fr. 500.-- wegen Auskunftsverweigerung. Eine hiergegen erhobene Einsprache wurde vom Vorsteher der kantonalen Steuerverwaltung am 3. Mai 2006 abgewiesen.
B. Der Einzelrichter des Kantonsgerichts Wallis hiess eine gegen den Einspracheentscheid erhobene Berufung am 21. September 2006 gut. Er hielt dafür, die Steuerbehörde habe ihr Ermessen verletzt: Die einverlangte Auskunft sei unverhältnismässig, weil keine genügenden Verdachtsmomente für geldwerte Leistungen vorlägen und insbesondere die Privatsphäre des Gebüssten höher zu werten sei als das staatliche Interesse an einer "reinen Kontrolle".
C. Die Steuerverwaltung des Kantons Wallis hat am 25. Oktober 2006 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, das Urteil vom 21. September 2006 des Einzelrichters des Kantonsgerichts Wallis sei aufzuheben. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 104 lit. a OG).
D. Der Beschwerdegegner sowie der Einzelrichter des Kantonsgerichts Wallis beantragen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Gutheissung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Auf das vorliegende Verfahren findet noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, BGG; SR 173.110).
2. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm eingereichten Beschwerden von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 573, mit Hinweis).
2.1 Der angefochtene Entscheid des Einzelrichters des Kantonsgerichts des Kantons Wallis betrifft eine Busse wegen Auskunftsverweigerung im Zusammenhang mit den Kantons- und Gemeindesteuern 2001/2002 (ausserordentliche Einkünfte) und 2003 des Beschwerdegegners; er unterliegt damit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, StHG; SR 642.14; vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 204, mit Hinweisen). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG bzw. Art. 103 lit. c OG legitimierten Beschwerdeführerin ist einzutreten.
2.2 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde können die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und lit. b OG). Hat - wie hier - als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden, ist das Bundesgericht allerdings an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, wenn der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt wurde (Art. 105 Abs. 2 OG).
Das Bundesgericht wendet im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren das Bundesrecht von Amtes wegen an, ohne an die von den Parteien vorgebrachten Begründungen gebunden zu sein (Art. 114 Abs. 1 zweiter Halbsatz OG). Es kann die Beschwerde auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (<ref-ruling> E. 2 S. 366, mit Hinweisen).
2.3 Bei Verwaltungsgerichtsbeschwerden nach Art. 73 StHG prüft das Bundesgericht frei, ob das kantonale Recht und dessen Anwendung durch die kantonalen Instanzen mit den Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes übereinstimmen. Soweit das Steuerharmonisierungsgesetz dem kantonalen Gesetzgeber einen Gestaltungsspielraum einräumt, richtet sich die Prüfungsbefugnis des Bundesgerichts auch im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach den für die staatsrechtliche Beschwerde geltenden Grundsätzen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 713, mit Hinweisen).
Im Fall der Gutheissung der Beschwerde kann das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid nur kassieren, aber nicht an Stelle der kantonalen Behörde neu entscheiden (Art. 73 Abs. 3 StHG; <ref-ruling> E. 8.3 S. 512).
3. 3.1 Das kantonale Recht umschreibt die Obliegenheiten des Steuerpflichtigen in Art. 132 ff. des Steuergesetzes vom 10. März 1976 (StG/VS). Demnach hat der Steuerpflichtige vorab die Steuererklärung samt Beilagen innert angesetzter Frist der zuständigen Behörde einzureichen (vgl. Art. 132 StG/VS). Als "weitere Obliegenheit" sieht Art. 134 StG/VS zudem vor, dass der Steuerpflichtige "im Veranlagungs- und Einspracheverfahren der Veranlagungsbehörde alle Unterlagen und Auskünfte zu geben hat, die für seine Besteuerung notwendig sind".
3.2 Nach dem Steuerharmonisierungsgesetz muss der Steuerpflichtige alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 42 Abs. 1 StHG). Er muss auf Verlangen der Veranlagungsbehörde insbesondere mündlich oder schriftlich Auskunft erteilen, Geschäftsbücher, Belege und weitere Bescheinigungen sowie Urkunden über den Geschäftsverkehr vorlegen (Art. 42 Abs. 2 StHG).
Diese Bestimmung entspricht wörtlich Art. 126 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11). Als detaillierte Regelung belässt sie dem kantonalen Gesetzgeber offensichtlich keinen Gestaltungsspielraum; sie fände gemäss Art. 72 Abs. 2 StHG direkt Anwendung, falls sich erweisen sollte, dass das kantonale Steuerrecht ihr widerspricht (Bernhard Greminger, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl., Basel/Genf/München 2002, Rz. 16 zu Art. 72 StHG; Adrian Kneubühler, Durchsetzung der Steuerharmonisierung, in: ASA 69 S. 209 ff., insbesondere S. 235). Wo die bundessteuergesetzliche und die harmonisierungsrechtliche Regelung vollkommen übereinstimmen, drängt sich zudem deren identische Auslegung auf. Dies im Interesse der vertikalen Steuerharmonisierung, die verlangt, dass Rechtsfragen im kantonalen und im eidgenössischen Recht der direkten Steuern nach Möglichkeit gleich beurteilt werden. So wird mit dem Erlass des Steuerharmonisierungsgesetzes auch der Zweck verfolgt, die Rechtsanwendung zu vereinfachen (Urteil 2A.123/2006 vom 10. Juli 2006, E. 2.1, publ. in: StE 2006 A 12 Nr. 15; vgl. auch ASA 75 S. 253 E. 5.2, je mit Hinweisen).
3.3 Gemäss dem bis Ende 1994 geltenden Bundessteuerrecht konnte die Veranlagungsbehörde vom Steuerpflichtigen die "Vorlegung der in seinem Besitz befindlichen Bücher, Urkunden und sonstigen Belege sowie die Einreichung von Bescheinigungen und Aufstellungen verlangen, die vom Steuerpflichtigen zu beschaffen oder zu erstellen sind und die für die Veranlagung von Bedeutung sein können" (vgl. Art. 89 Abs. 2 des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer, BdBSt).
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 89 Abs. 2 BdBSt erstreckte sich die Vorlegungspflicht auf alle Geschäftsbeziehungen, die für die Veranlagung des Steuerpflichtigen von Bedeutung sein konnten, insbesondere die Aufstellung der Gläubiger, Schulden und Schuldzinsen. Dies, auch ohne dass die Veranlagungsbehörde konkrete Zweifel an der Richtigkeit des ausgewiesenen Kapitals oder Reinertrags hatte. Keine Auskunftspflicht bestand lediglich für Auskünfte über Geschäftsbeziehungen, die nicht für die Veranlagung des Steuerpflichtigen, sondern ausschliesslich der Geschäftspartner von Bedeutung sein konnten (<ref-ruling> E. 2 S. 216).
An dieser Praxis hielt das Bundesgericht in der Folge trotz Kritik fest. Es erkannte insbesondere, dass auch das Verhältnismässigkeitsprinzip nicht verletzt werde, wenn die verlangte Aufstellung grundsätzlich geeignet sei, einen steuerbaren oder steuerbefreiten Tatbestand nachzuweisen. Einschränkend präzisierte es, dass eine Auskunftspflicht auch hinsichtlich solcher Auskünfte entfalle, deren Erteilung für den Steuerpflichtigen einen unzumutbaren Aufwand bedingen würde. Zusammengefasst entschied das Bundesgericht: "Weder der Wortlaut von Art. 89 Abs. 2 BdBSt noch das Verhältnismässigkeitsprinzip verbieten der Veranlagungsbehörde, vom Steuerpflichtigen Auskünfte und Unterlagen zu verlangen, solange sie für die Veranlagung des Steuerpflichtigen von Bedeutung sein können, nicht ausschliesslich dessen Geschäftspartner betreffen und keinen unzumutbaren Aufwand bedingen" (<ref-ruling> E.1c S. 423).
3.4 Das geltende Bundessteuerrecht regelt die Mitwirkungspflicht wie erwähnt in Art. 126 DBG. Das Bundesgericht hat zur Tragweite dieser Bestimmung in einem Urteil aus dem Jahr 1999 Stellung genommen (Urteil 2A.41/1997 vom 11. Januar 1999, publ. in: StR 54/1999 S. 353 ff.). Die betreffende Beschwerdeführerin hatte geltend gemacht, die Bestimmungen des neuen Rechts (DBG) seien anders formuliert als Art. 89 BdBSt und sähen keine derart weitgehenden Mitwirkungspflichten des Steuerpflichtigen mehr vor.
Das Bundesgericht erwog, es treffe zu, dass Art. 126 DBG weniger ausführlich formuliert sei als Art. 89 BdBSt; insbesondere werde dort nicht im Einzelnen ausgeführt, welche Auskünfte der Steuerpflichtige zu erteilen habe und welche Bescheinigungen von ihm verlangt werden können. Der Gesetzgeber habe damit aber nur den Gesetzestext vereinfachen und nicht geringere Anforderungen an die Mitwirkungspflichten stellen wollen, was sich klar aus der bundesrätlichen Botschaft ergebe. Zu einer Lockerung der Bestimmungen über die Mitwirkungspflicht des Steuerpflichtigen habe denn auch kein Anlass bestanden. Im Übrigen sei die bisherige Auslegung von Art. 89 Abs. 2 BdBSt durch den Wortlaut von Art. 126 DBG durchaus gedeckt (Urteil 2A.41/1997, a.a.O., E. 3b, mit Hinweisen auf die Materialien).
3.5 Nach der dargestellten Rechtslage kann also die Veranlagungsbehörde vom Steuerpflichtigen sowohl nach geltendem Bundessteuer- als auch nach Steuerharmonisierungsrecht alle Auskünfte und Unterlagen verlangen, die für seine Veranlagung von Bedeutung sein können, vorausgesetzt, dass sie nicht ausschliesslich seine(n) Geschäftspartner betreffen und dass sie keinen unzumutbaren Aufwand bedingen. Soweit die kantonale Bestimmung die Vorlegungs- und Auskunftspflicht demgegenüber auf Unterlagen und Auskünfte beschränkt, die "für die Besteuerung notwendig" sind (vgl. Art. 134 StG/VS), widerspricht sie den harmonisierungsrechtlichen Vorgaben, und es findet insoweit Art. 42 Abs. 2 StHG direkt Anwendung (oben E. 3.2).
4. In Anwendung dieser Grundsätze ist die hier umstrittene Aufforderung an den Beschwerdegegner, bestimmte Bankbescheinigungen beizubringen, nicht zu beanstanden:
4.1 Die Vorinstanz bezweifelt zu Unrecht, dass die einverlangten Unterlagen an sich für die Veranlagung des Beschwerdegegners von Bedeutung sein können. Denn es ging darum abzuklären, ob die in den Lückenjahren 2001 und 2002 von der Y._ ausgerichteten Zahlungen ausserordentlichen Charakter haben oder nicht (und damit gesondert steuerlich zu erfassen waren) bzw. ob die in den Geschäftsjahren 2001, 2002 und 2003 von der Y._ ausgerichteten Zahlungen ordnungsgemäss deklariert wurden. Anhand der mit der Steuererklärung eingereichten Unterlagen waren diese Fragen nicht abschliessend überprüfbar. Dabei ist unbestritten, dass es um die Einschätzung bzw. die ausserordentlichen Einkünfte des Beschwerdegegners selber geht und nicht etwa um diejenigen seiner Geschäftspartner.
4.2 Weiter hat die Vorinstanz zu Recht den Aufwand für das Erstellen der Bescheinigungen als zumutbar beurteilt. Weder für den Beschwerdegegner selber, der schriftlich an die Bank hätte gelangen sollen, noch für die Bank, welche die detaillierten Kontoauszüge über drei Jahre auszustellen hätte, wäre dies mit unverhältnismässigem Aufwand verbunden.
4.3 Soweit die Vorinstanz eine Güterabwägung vornimmt und den Schutz der Privatsphäre des Steuerpflichtigen höher gewichtet als das Interesse des Staates an der umstrittenen "Kontrollmassnahme", übersieht sie, dass es sich hier nicht um eine "reine Kontrolle" handelt. Aber selbst wenn dem so wäre, würden Stichproben nach dem "Kontrollprinzip" auf einem hinreichenden öffentlichen Interesse beruhen, nämlich, um den gesetzmässigen Steuervollzug sicherzustellen (Markus Berger, Voraussetzungen und Anfechtung der Ermessensveranlagung, in: ASA 75 S. 185 ff., 190 f.). Aus diesem Grund müssen Kontrollmassnahmen auch zulässig sein, ohne dass berechtigte Zweifel an der richtigen oder vollständigen Sachverhaltsdarstellung vorliegen (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 421). Zudem ging es hier bei der Abklärung auch darum, allfällige ausserordentliche Einkünfte in den Lückenjahren 2001 und 2002 festzustellen.
Sind die Voraussetzungen für ein Auskunftsbegehren erfüllt, so erübrigt sich in der Regel eine Güterabwägung und ist der behördlichen Aufforderung ohne Weiteres zu entsprechen. Der Steuerpflichtige hat nicht aus seiner naturgemäss einseitigen Optik heraus zu entscheiden, ob ihm eine behördliche Auflage passt oder nicht. Aus Art. 6 EMRK kann er nichts zu seinen Gunsten ableiten, denn diese Garantien, namentlich das Aussageverweigerungsrecht, beziehen sich nicht auf das ordentliche Steuerverfahren (<ref-ruling> E. 2 S. 145 f.; Urteil 2A.480/2005 vom 23. Februar 2006, E. 2.2, publ. in: StR 61/2006 S. 372, 373 f., je mit Hinweisen). Was schliesslich den Schutz der Privatsphäre anbelangt, wird dieser durch das strenge Steuergeheimnis hinreichend gewährleistet (vgl. Art. 120 StG/VS; Art. 39 Abs. 1 StHG; Art. 110 DBG).
5. Der Steuerpflichtige, der einer aufgrund des Steuergesetzes getroffenen Anordnung trotz persönlicher Mahnung schuldhaft nicht nachkommt, insbesondere eine Auskunfts- oder Bescheinigungspflicht nicht erfüllt, wird mit Busse bis zu Fr. 1'000.--, in schweren Fällen oder bei Rückfall bis zu Fr. 10'000.--, bestraft (Art. 202 StG/VS; vgl. auch Art. 55 StHG).
Der Beschwerdegegner wurde mehrfach gemahnt und auf die Ungehorsamsfolgen aufmerksam gemacht. Die verfügte Busse von Fr. 500.-- ist nicht zu beanstanden.
6. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und das angefochtene Urteil, das sich als rechtsfehlerhaft erweist, wird aufgehoben. Die Sache ist zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (vgl. Art. 73 Abs. 3 StHG).
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 OG).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid aufgehoben. Die Angelegenheit wird zu neuem Entscheid an den Einzelrichter des Kantonsgerichts des Kantons Wallis zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Wallis, Einzelrichter, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Februar 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: