Sachverhalt:
A. Die Genossenschaft der A._ (Genossenschaft) beschloss 1997, ihre so genannte Stadthalle zu sanieren und zog dazu die B._ AG bei.
Am 9. Juli 1999 erstellte die B._ AG einen revidierten Baubeschrieb und gestützt darauf am 12. Juli 1999 einen überarbeiteten Kostenvoranschlag, welcher für die Renovation der Haupthalle Kosten in der Höhe von Fr. 5'153'000.-- und vier gesonderte Zusatzpositionen für allfällige Projekterweiterungen vorsah. Der Kostenvoranschlag enthält keine Angaben zum Genauigkeitsgrad, sieht jedoch eine Reserve für "Unvorhergesehenes" von ca. 3 % der Bausumme vor.
An ihrer Sitzung vom 15. Juli 1999 genehmigte die Baukommission den Baubeschrieb und den Kostenvoranschlag vom 9./12. Juli 1999.
Ende Juli 1999 wurde die Genossenschaft mit Aktiven und Passiven in die A._ AG (nachstehend: Bauherrin) umgewandelt. Am 2. August 1999 fällte deren Verwaltungsrat den Baubeschluss zu Handen der Baukommission. Eine Woche später wurde mit den Bauarbeiten begonnen.
Am 24. August 1999 gewährte der Kanton Graubünden der Bauherrin an das Bauvorhaben einen Beitrag von Fr. 500'000.--. Zudem wurde ihr der Vorsteuerabzug bei der MWST bewilligt, was Steuereinsparungen von Fr. 415'000.- erlauben sollte. Aufgrund dieser Erhöhung der Eigenmittel und angesichts der positiven Baukostenmeldungen der B._ AG, welche per 20. Dezember 1999 noch eine Kostenreserve von Fr. 160'000.-- auswies, fasste die Baukommission für die Bauherrin zwischen dem 28. Juli 1999 und 9. Oktober 2000 27 Beschlüsse über zusätzliche Sanierungsarbeiten und -anschaffungen, welche als Mutationen bezeichnet wurden. Im Oktober 2000 erreichten die zusätzlich in Auftrag gegebenen Arbeiten Fr. 862'700.--.
Am 3. Januar 2000 schlossen die B._ AG und die Bauherrin einen schriftlichen Vertrag für Architekturleistungen ab, der die SIA Ordnung 102 betreffend Leistungen und Honorare der Architekten vom 28. Januar 1984 mit Tarif vom Januar 1998 für anwendbar erklärte. Der Vertrag sah für die Leistungen nach der Vorprojektphase ein Honorar von pauschal Fr. 330'000.-- zuzüglich Mehrwertsteuer vor.
Gegenüber dem Kostenvoranschlag vom 15. Juli 1999 sind Mehrkosten von Fr. 151'000.-- entstanden, weil die Bauherrin gewisse Arbeiten an teurere als von den Architekten vorgeschlagene Unternehmer vergeben hatte, welche zum Ausgleich Aktien der Bauherrin zu zeichnen hatten. Anfangs April 2000 wurden die Bauarbeiten termingerecht abgeschlossen. Die Bauabrechnung der B._ AG vom 26. Juni 2000 wies eine provisorische Kostenüberschreitung von rund Fr. 100'000.-- aus. Gemäss der Bauabrechnung vom 5. Oktober 2000 betrugen die Gesamtkosten Fr. 6'646'289.80. Im Begleitschreiben gab die B._ AG an, es seien Fr. 657'500.-- begründete Mehrkosten entstanden, wofür um Entschuldigung gebeten werde.
Im Juli 2001 verlangte die B._ AG von der Bauherrin die Bezahlung von ausstehendem Architekturhonorar in der Höhe von Fr. 27'158.45. Die definitive Baukostenabrechnung vom 6. September 2001 wies Baukosten von Fr. 6'776'705.75 aus.
B. Nach erfolglosem Sühneverfahren klagte die Bauherrin (Klägerin) am 5. November 2001 beim Bezirksgericht Plessur gegen die B._ AG (Beklagte) auf Zahlung von Fr. 636'992.-- zuzüglich 5 % Zins seit 17. Juli 2001. Zur Begründung führte die Klägerin an, sie habe der Beklagten eine Kostenlimite, ohne Toleranzmarge, in Höhe der letztlich bewilligten Gesamtkosten von Fr. 6'015'700.-- (Baukosten gemäss Kostenvoranschlag von Fr. 5'153'000.-- zuzüglich der Kosten der bewilligten Erweiterungen von Fr. 862'700.--) gesetzt. Die Beklagte habe Schadenersatz zu leisten, soweit die effektiven Baukosten diese Baukostenlimite überschreite. Zudem habe die Beklagte einen Vertrauensschaden bewirkt, indem sie einen fehlerhaften Kostenvoranschlag erstellt, die Kostenüberwachungspflicht verletzt und die sich abzeichnenden Kostenüberschreitungen nicht angezeigt habe. Bei rechtzeitiger Anzeige hätte die Klägerin auf die Ausführung der baulichen Erweiterungen verzichtet.
Die Beklagte schloss auf Abweisung der Klage und erhob Widerklage auf Zahlung von Architekturhonorar von Fr. 27'158.45 nebst 5 % Zins seit 5. September 2001.
Am 13. Juni 2003 verkündete die Beklagte verschiedenen, an der Sanierung der Stadthalle beteiligten Unternehmungen und Lieferanten den Streit, worauf die C._ AG in den Prozess eintrat.
Mit Urteil vom 23./24. November 2006 hiess das Bezirksgericht Plessur die Klage im Umfang von Fr. 229'390.-- zuzüglich 5 % Zins seit 17. Juli 2001 gut.
Auf Berufung beider Parteien hin schützte das Kantonsgericht von Graubünden mit Urteil vom 20. November 2007 die Klage vollumfänglich und wies die Widerklage ab.
C. Die Beklagte erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Kantonsgerichts vom 20. November 2007 sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen.
Die Klägerin und das Kantonsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne.

Erwägungen:
1. 1.1 Auf die Beschwerde in Zivilsachen kann grundsätzlich eingetreten werden, da sie unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von der mit ihren Anträgen unterliegenden Partei (<ref-law>) eingereicht wurde und sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) betreffend eine Zivilstreitigkeit mit einem Streitwert von mindestens CHF 30'000.-- (<ref-law>) richtet.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten, soweit die Beschwerdeführerin darin Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz übt, ohne diesen Anforderungen gerecht zu werden.
2. 2.1 Das Kantonsgericht führte aus, streitig sei die Haftung der Beschwerdeführerin für die Überschreitung des Kostenvoranschlages im Rahmen der Planung und Realisierung eines Umbauprojekts aufgrund eines mit ihr unter Übernahme der SIA-Norm 102 abgeschlossenen Architekturvertrages, der alle vom Architekten typischerweise zu erbringenden Leistungen umfasse. Vorliegend sei die Verletzung der vertraglichen Pflicht des bauleitenden Architekten zur Kostenkontrolle im weiteren Sinne der massgebende Haftungsgrund. Der beauftragte Architekt habe im Rahmen des ihm erteilten Auftrags auch ohne besondere Vereinbarungen eine Kostenberechnung anzustellen und die Baukosten ständig darauf zu überprüfen, ob sie sich im Rahmen des Voranschlags halten. Ziff. 4.4.4 der von den Parteien übernommenen SIA-Norm 102 sehe während den Phasen der Realisierung unter der Bauleitung laufende Kostenkontrollen vor. Demgemäss habe der Beschwerdeführerin in ihrer bauleitenden Funktion als Grundleistung allgemein die Leitung und Koordination der Spezialisten oblegen. Bereits die Grundleistung von SIA 102 Ziff. 4.2.5, wonach der Architekt die durch die Spezialisten erstellten Kostenvoranschläge in den Gesamtkostenvoranschlag einzubeziehen habe, lege nahe, dass sich auch die Kostenkontrolle in der Ausführungsphase darauf erstrecke. Die Beschwerdeführerin habe daher als Bauleiterin auch die Kosten der Fachplaner und Spezialisten (Bau-, Elektro-, Heizungs- und Sanitäringenieur, Küchenplaner und Bühnenplaner) überwachen müssen. Dies ergebe sich auch daraus, dass nur die Beschwerdeführerin, welche die Baubuchhaltung habe führen müssen, in der Lage gewesen sei, aufgrund dieser Buchhaltung zu prüfen, ob der Gesamtkostenvoranschlag respektive eine allfällige Baukostenlimite eingehalten werde oder nicht. Der Beschwerdeführerin habe deshalb oblegen, die Spezialisten zu leiten, zu mahnen und dafür zu sorgen, dass sie rechtzeitig ausmessen, abrechnen und ihr rapportieren.
2.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, von ihr hätte nicht verlangt werden können, die von den Fachplanern vorgenommenen Planungen, Kostenvoranschläge, Ausmasse und Rechnungstellungen auf Schritt und Tritt nachzuvollziehen und zu prüfen, da es sonst die Fachplaner nicht mehr brauche. Aus diesem Grund bestimme die von der Vorinstanz angerufene SIA Norm 102 Ziff. 4.2.5, dass der Architekt die Kostenvoranschläge der Fachplaner in seinen Kostenvoranschlag "einbeziehe". Dieser Einbezug bedeute nicht, dass dem Architekt insoweit eine Kontrollfunktion zukomme, da die Fachplaner direkt gegenüber der Bauherrin verantwortlich seien. Der Architekt habe daher die Zahlen der Fachplaner bloss abzuschreiben.
2.3 Die Beschwerdeführerin lässt ausser Acht, dass das Kantonsgericht nicht von ihr verlangte, die Kostenvoranschläge der Fachplaner auf ihre Richtigkeit hin zu überprüfen, weshalb unerheblich ist, ob eine Verpflichtung dazu bestand. Dass die Beschwerdeführerin grundsätzlich verpflichtet war, die Gesamtkosten zu überwachen, bestreitet sie nicht. Demnach verletzte das Kantonsgericht kein Bundesrecht, wenn es von ihr verlangte, im Rahmen der Kostenüberwachung fortlaufend zu prüfen, ob die tatsächlichen Baukosten die Kostenvoranschläge - auch diejenigen der Fachplaner und Spezialisten - überschreiten.
3. 3.1 Alsdann ging das Kantonsgericht davon aus, die Beschwerdeführerin habe ihre Pflicht zur Baukostenkontrolle und Führung der Baubuchhaltung ungenügend erfüllt. Alle Kostenrapporte hätten effektiv aufgelaufene Baukosten ausgewiesen, welche die Kostenlimite für die Sanierung der Haupthalle samt Mutationen unterschritten hätten. Während der ganzen Bauausführungsphase hätte die Beschwerdeführerin an den Baukommissionssitzungen mitgeteilt, man habe die Baukosten im Griff. Erstmals am 26. Juni 2000, d.h. 2 1⁄2 Monate nach Bauabschluss, sei eine mit rund Fr. 100'000.-- viel zu niedrige Baukostenüberschreitung bekannt gegeben worden. Nach eigenen Angaben der Beschwerdeführerin seien die Abrechnungen der Fachplaner in der Regel drei bis vier Monate nach Fertigstellung erfolgt. Den Spezialisten habe die Beschwerdeführerin nach Fertigstellung ihrer Arbeiten bis vier Monate Zeit eingeräumt, um ihre effektiven Kosten bekannt zu geben. Die Beschwerdeführerin habe damit pflichtwidrig unterlassen, die Spezialisten anzuhalten, ohne Verzug die Ausmassarbeiten durchzuführen und zu rapportieren. Deshalb habe die Aktualität der Kostenstandsmeldungen und die Wirksamkeit der Kostenüberwachung und -kontrolle gar nicht erreicht werden können. Dass die Beschwerdeführerin zu spät von den eingetretenen Kostenüberschreitungen im Zuständigkeitsbereich der Spezialisten erfuhr, habe sie sich selber zuzuschreiben und könne sie daher nicht entlasten. Zudem habe sie Kostenüberschreitungen betreffend Regiearbeiten, nicht eingeplante Winterbaumassnahmen, Spriessungen der Hauptdeckenhalle, Stahlbetonarbeiten beim Anbau Ost, Regiearbeiten bei den Baumeisterarbeiten, Spengler-, Flachdach- und Wandbekleidungsarbeiten, Gerüste und Kernbohrungen nicht rechtzeitig mitgeteilt.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, soweit die Spezialisten ihrer gegenüber der Beschwerdegegnerin bestehenden Informationsverpflichtung bezüglich Kostenüberschreitungen nicht oder zu spät nachgekommen seien, habe sie nichts davon gewusst bzw. geahnt. Sie habe deshalb die Pflicht zur umfassenden Kostenkontrolle objektiv nicht erfüllen können.
3.3 Mit dieser Berufung auf objektive Unmöglichkeit verkennt die Beschwerdeführerin, dass sie mit der umfassenden Kostenkontrolle betraut war und sich daher um termingerechte Kostenabrechnungen der Spezialisten bemühen, bzw. diese bei Verzug hätte mahnen müssen, was durchaus möglich gewesen wäre. Da die Beschwerdeführerin dies unterliess, hat sie sich gemäss der zutreffenden Auffassung des Kantonsgerichts die Unkenntnis der bei den Spezialisten entstandenen Kostenüberschreitungen selber anzurechnen. Das Kantonsgericht hat somit auch hinsichtlich der durch die Spezialisten verursachten Kostenüberschreitungen eine Verletzung der Kostenkontrollpflicht der Beschwerdeführerin bundesrechtskonform bejaht. Eine Missachtung der Beweislastverteilung gemäss <ref-law> ist in diesem Zusammenhang nicht auszumachen. Da nicht erheblich ist, welcher Anteil der Kostenüberschreitung auf die Fachplaner oder Spezialisten zurückzuführen ist, kann offen bleiben, ob sich gemäss der Behauptung der Beschwerdeführerin im angefochtenen Urteil insoweit eine offensichtlich unrichtige Angabe findet.
Da die Beschwerdeführerin gemäss dem Urteil der Vorinstanz nicht wegen der Kostenüberschreitungen als solcher, sondern wegen der unterlassenen Kostenkontrolle und Mitteilung erfolgter Kostenüberschreitungen haftbar wird, ist auch nicht erheblich, dass die Beschwerdegegnerin die Mehrkosten der Fachplaner gemäss der Behauptung der Beschwerdeführerin bezahlt hat, macht sie doch nicht geltend, diese Zahlungen seien ohne Rechtsgrund erfolgt.
4. 4.1 Wird der Kostenvoranschlag überschritten, weil der Architekt seine Pflichten zur Kostenüberwachung im Verlauf der Bauausführung nicht genügend wahrnahm, liegt darin eine Schlechterfüllung des Vertrags, für die der Architekt bei Verschulden haftet. Nach der Rechtsprechung ist dabei der Vertrauensschaden zu ersetzen, den der Bauherr erlitten hat, weil er in die Verlässlichkeit der Kosteninformationen vertraut und dementsprechend nachteilige Vorkehren getroffen und vorteilhafte unterlassen hat (<ref-ruling> E. 2c/aa; <ref-ruling> E. 2b/aa). Haben die Parteien keine besondere Vereinbarung über die Genauigkeit des Kostenvoranschlages getroffen, bestehen nach herrschender Lehre und Rechtsprechung je nach Art des Baus unterschiedliche Toleranzgrenzen. Solche sind auch in der SIA-Norm 102 vorgesehen (vgl. Urteil 4C.424/2004 vom 15. März 2005 E. 3.2.2 mit Hinweisen). Will der Bauherr das Risiko einer von ihm zu tragenden Kostenüberschreitung selbst im Rahmen der Toleranzgrenze ausschliessen, kann er bei Vertragsschluss oder auch im Verlaufe der Planung eine Kostenlimite festsetzen oder sich vom Architekten eine Bausummengarantie abgeben lassen (Urteil 4C.424/2004 vom 15. März 2005 E. 3.3 mit Hinweisen).
4.2 Das Kantonsgericht stellte unter Berücksichtigung der Umstände des Vertragsabschlusses fest, die Beschwerdeführerin habe der Beschwerdegegnerin versprochen, die Gegenstand des Kostenvoranschlags bildende Sanierung der Haupthalle werde nicht teurer als Fr 5'153'000.-- zu stehen kommen. Demnach habe keine Toleranzgrenze im Sinne des SIA-Regelwerks von 15 % für Umbauten, oder 10 % für Neubauten oder von evt. 3 % bestanden. Die im Kostenvoranschlag enthaltene Reserve für "Unvorhergesehenes" vermögen daran nichts zu ändern. Eine Kostenlimite könne nach Abschluss des Architekturvertrages auch angepasst werden. Daher sei es zulässig gewesen, die gesetzte Kostenlimite nachträglich zu erhöhen, zumal vorliegend mit jedem Beschluss sowohl die auszuführenden Arbeiten als auch die Erhöhung der Kostenlimite betragsmässig genau definiert worden seien.
4.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, zwar nenne der Architekturvertrag entgegen der SIA Norm 102 den Grad der Genauigkeit der Kostenprognose nicht ausdrücklich. Das Kantonsgericht nehme an, die Position "Reserve für Unvorhergesehenes" sei an die Stelle des fehlenden Genauigkeitsfaktors getreten. Die Begründung dafür sei dünn und überzeuge nicht. Der einer Prognose innewohnenden Unsicherheit sei durch eine "wie auch immer bemessene" Toleranzgrenze Rechnung zu tragen. Diese Grenze müsse auch auf dem Kostenanteil der genehmigten Mutationen gelten, weil insoweit der gleiche Unsicherheitsfaktor vorgelegen habe.
4.4 Mit diesen Ausführungen setzt sich die Beschwerdeführerin nicht mit der vorinstanzlichen Erwägung zur gesetzten Kostenlimite auseinander und legt nicht dar, inwiefern diese Bundesrecht verletzen soll, was auch nicht ersichtlich ist.
5. 5.1 Bezüglich des für den Vertrauensschaden erforderlichen hypothetischen alternativen Verhaltens (vgl. E. 4.1. hiervor) kam das Katonsgericht zum Ergebnis, die Beschwerdegegnerin hätte auf zusätzliche Baumassnahmen gemäss Mutationsliste verzichtet, wenn sie gewusst hätte, dass dadurch das fixierte Kostendach gesprengt würde, da Kostenüberschreitungen wegen fehlender finanzieller Mittel nicht in Frage gekommen seien. Gemäss Zeuge D._ seien die zusätzlichen Baumassnahmen aufgrund der in den Kostenrapporten ausgewiesenen Kostenreserven beschlossen worden. Die Beschwerdegegnerin habe darauf vertrauen können, dass diese Kostenrapporte und -prognosen die massgebliche und zuverlässige Entscheidgrundlage für die Ausführung baulicher Mutationen gewesen seien. Dies gelte für sämtliche baulichen Zusatzaufträge, inklusive jener ab Januar 2000. Das von der ersten Instanz angezweifelte Vertrauen in die Kostenmeldungen ab dieser Zeit sei für die Schadenshöhe nicht relevant, weil die Beschwerdegegnerin ab Januar 2000 nur noch bauliche Mutationen im Umfang von Fr. 138'000.-- in Auftrag gegeben habe und solche im Umfang von Fr. 715'000.-- bereits vor und bis zum 20. Dezember vergeben worden seien. In diesem Umfang seien also Vermögensdispositionen in einem Zeitpunkt getroffen worden, in welchem die Beschwerdegegnerin auch nach Meinung der ersten Instanz auf die beklagtischen Kostenmeldungen hätte vertrauen dürfen. Dies decke den ganzen eingeklagten Betrag. Die zeitlich letzte bauliche Mutation über Fr. 30'000.-- für Elektroinstallationen sei am 9. Oktober 2000 beschlossen worden. Dabei sei es allerdings nicht um die Erteilung eines neuen Auftrags, sondern um die nachträgliche Übernahme der Kosten der schon während der Bauphase beschlossenen und ausgeführten Elektroinstallationen gegangen. Dadurch könne das genannte Alternativverhalten der Beschwerdegegnerin nicht in Frage gestellt werden.
5.2 Diese Feststellungen hinsichtlich des hypothetischen Alternativverhaltens der Beschwerdegegnerin beruhen auf Beweiswürdigung, an die das Bundesgericht grundsätzlich gebunden ist (E. 1.3 hiervor). Was die Beschwerdeführerin dagegen bezüglich der an den Sitzungen Nr. 38 und 39 beschlossenen Elektroinstallationen vorbringt, gründet teilweise auf von der Vorinstanz nicht festgestellten Sachverhaltselementen, läuft auf eine Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung hinaus und genügt den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge nicht. Damit ist die Beschwerdeführerin nicht zu hören.
5.3 Weiter nahm das Kantonsgericht an, soweit die Kosten für nachträglich bewilligte bauliche Mutationen höher seien als die effektive Baukostenüberschreitung, liege kein Schaden aus enttäuschtem Vertrauen in die Kosteninformationen vor, weil die Beschwerdegegnerin diesen übersteigenden Teil auch für Ausbauwünsche ausgegeben hätte, wenn die Beschwerdeführerin ihren Kostenüberwachungs- und meldepflichten richtig und rechtzeitig nachgekommen wäre. Für diese - im Rahmen der Kostenlimite liegenden - Investitionen fehle es an der notwendigen Kausalität zwischen der Pflichtverletzung der Beschwerdeführerin und den Vermögensdispositionen der Beschwerdegegnerin. Somit sei für die Berechnung des Vertrauensschadens die effektive Baukostenüberschreitung zu ermitteln. Die bewilligten Baukosten setzten sich aus der Kostenlimite von Fr. 5'153'000.-- für die Sanierung der Haupthalle zuzüglich Fr. 1'013'700.-- für Ausbauwünsche und der Mehrkosten durch Vergabe von Arbeiten an teurere als die in den Offerten genannten Unternehmungen zusammen. Das Kostendach betrage damit Fr. 6'166'700.--. Die definitiven Baukosten hätten - abgesehen von den Gerüstekosten - nach übereinstimmender Auffassung der Parteien und der ersten Instanz gemäss revidierter Schlussabrechnung der Beschwerdegegnerin vom 6. September 2001 Fr. 6'776'705.75 betragen. Zu diesem Betrag seien in dieser Abrechnung nicht enthaltenen Mehrkosten für Gerüste von Fr. 40'295.60 hinzuzurechnen. Gemäss Ergänzungsgutachten seien verschiedene im Kostenvoranschlag vorgesehene Arbeiten nicht ausgeführt worden. Soweit dies zutreffe, erhöhe sich die effektive Baukostenüberschreitung um den Wert der nicht ausgeführten Arbeiten. Nach der Behauptung der Beschwerdegegnerin betrage dieser Wert Fr. 46'500.--. Die tatsächliche Baukostenüberschreitung betrage damit Fr. 696'801.35.
5.4 Die Beschwerdeführerin rügt, es verstosse gegen den bundesrechtlichen Begriff des Vertrauensschadens, eingesparte Kosten für nicht Ausgeführtes als Vertrauensschaden zu qualifizieren. Das Vertrauen des Bauherrn sei am kommunizierten Prognosebetrag zu messen, d.h. am Betrag, den der Architekt in seiner Kostenschätzung vorgängig angegeben habe. Das Vertrauen könne daher nur insoweit enttäuscht werden, als dieser Betrag per Saldo überschritten sei.
5.5 Das von den Parteien vereinbarte Kostendach bezog sich auf alle in den Kostenvoranschlägen vorgesehenen Arbeiten. Dass die Arbeiten, auf deren Ausführung die Beschwerdegegnerin verzichtete, nicht im Baubeschrieb vorgesehen waren, der dem Kostenvoranschlag zugrunde lag, bringt die Beschwerdeführerin nicht vor. Somit ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz bei der Berechnung der Überschreitung des Kostendachs die nicht ausgeführten Arbeiten berücksichtigte.
6. 6.1 Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, da Reduktionsgründe nicht dargetan seien, habe die Beschwerdeführerin den maximal in Betracht fallenden Vertrauensschaden zu ersetzen. Dieser betrage Fr. 696'801.35 abzüglich der im Sühneverfahren anerkannten Widerklage für das Resthonorar von Fr. 27'158.45, was einen geschuldeten Betrag von Fr. 669'642.90 ergebe. Der eingeklagte Betrag von Fr. 632'992.-- liege darunter und sei daher in vollem Umfang zuzusprechen.
6.2 Die Beschwerdeführerin ficht die Erwägung des Kantonsgerichts, wonach keine Reduktionsgründe dargetan worden seien, nicht an. Sie wendet jedoch ein, das Kantonsgericht habe nicht beachtet, dass im zugesprochenen Betrag eine Mehrwertsteuer in der Höhe von knapp Fr. 45'000.-- enthalten sei, obwohl es selbst feshalte, dass die Beschwerdegegnerin die Mehrwertsteuer eingespart habe, bzw. sich habe zurückerstatten lassen. Damit führe das angefochtene Urteil dazu, dass die Beschwerdegegnerin den zurückerstatteten Mehrwertsteuerbetrag von Fr. 45'000.-- auch noch von der Beschwerdeführerin einfordern könne, was eine ungerechtfertigte Bereicherung zur Folge habe.
6.3 Mit diesen Ausführungen rügt die Beschwerdeführerin dem Sinne nach eine willkürliche Feststellung der tatsächlichen Baukosten, obwohl sie vor Kantonsgericht die in der Abrechnung vom 6. September 2001 genannten Baukosten - abgesehen von den Gerüstekosten - anerkannt hatte. Die Rüge wird indes nicht rechtsgenüglich begründet. Dass in dieser Abrechnung Mehrwertsteuern enthalten sind, welche der Beschwerdegegnerin nachträglich zurückerstattet wurden, zeigt die Beschwerdeführerin nicht nachvollziehbar auf. Ebenso wenig legt die Beschwerdeführerin dar, inwiefern das Kantonsgericht in Willkür verfallen sein soll, wenn es die tatsächlichen Kosten für Gerüste zu den Baukosten zählte.
7. 7.1 Schliesslich bringt die Beschwerdeführerin vor, das nicht ausbezahlte Architekturhonorar von rund Fr. 27'000.-- sei in der Baukostenabrechnung vom 6. September 2001 eingerechnet. Das angefochtene Urteil würde damit bedeuten, dass die Beschwerdegegnerin einen der Beschwerdeführerin noch geschuldeten Honoraranteil als Vertrauensschaden zurückfordern könne, was ebenfalls eine ungerechtfertigte Bereicherung zur Folge hätte.
7.2 Die Beschwerdeführerin lässt ausser Acht, dass das Kantonsgericht ihren Anspruch auf Architekturhonorar von Fr. 27'158.45 vom gesamten Vertrauensschaden der Beschwerdegegnerin abzog, weshalb diese insoweit nicht bereichert ist.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juli 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Gelzer