Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner) schloss am 8. Juli 2002 mit der X._ AG (Beschwerdeführerin) einen als "Agenturvertrag" bezeichneten Vertrag ab. Darin verpflichtete er sich, für die Beschwerdeführerin Verträge im Anlage- und Versicherungsbereich zu vermitteln. Als Gegenleistung wurde ein ausschliesslich aus Provisionen bestehendes Entgelt vereinbart. Am 9. März 2005 schlossen die Parteien einen neuen, ebenfalls als "Agenturvertrag" bezeichneten Vertrag ab, der sich vom ersten Vertrag lediglich in der sprachlichen Formulierung, nicht aber inhaltlich unterschied.
Nachdem der Beschwerdegegner einige Jahre für die Beschwerdeführerin tätig war, entzündete sich zwischen den Parteien ein Streit.
B. B.a Am 16. September 2008 reichte der Beschwerdegegner beim Gerichtspräsidenten 2 des Gerichtskreises IX Schwarzenburg-Seftigen Klage gegen die Beschwerdeführerin ein mit folgenden Anträgen:
"1. Die Beklagte sei zu verpflichten, dem Kläger Krankentaggelder in der Höhe von CHF 15'889.20 nebst Zins zu 5% seit dem 1. August 2007 zu bezahlen.
2. Die Beklagte sei zu verpflichten, dem Kläger Kinderzulagen in der Höhe von CHF 7'787.90 nebst Zins zu 5% seit dem 1. August 2007 zu bezahlen.
3. Die Beklagte sei zu verpflichten, dem Kläger den Saldo des Kontokorrents Provisionsvorschüsse in der Höhe von CHF 7'267.05 brutto nebst Zins zu 5% seit dem 1. August 2007 zu bezahlen.
4. Die Beklagte sei zu verpflichten, dem Kläger eine Ferienentschädigung in der Höhe von CHF 8'165.05 brutto nebst Zins zu 5% seit dem 1. August 2007 zu bezahlen.
5. Die Beklagte sei zu verpflichten, dem Kläger einen Auslagenersatz von CHF 46'047.95 nebst Zins zu 5% seit dem 1. August 2008 zu bezahlen.
6. Die Beklagte sei zu verpflichten, dem Kläger den Saldo des Stornoreservekontos per 30. Juni 2008 nebst Zins zu 5% seit dem 30. Juni 2008 zu bezahlen.
7. Die Beklagte sei zu verpflichten, die Abzüge auf den Löhnen von Januar 2003 bis Juni 2006 korrekt zu berechnen und vorzunehmen."
Nachdem er das Verfahren auf die Frage der Zuständigkeit beschränkt hatte, erklärte sich der Gerichtspräsident 2 des Gerichtskreises IX Schwarzenburg-Seftigen mit Urteil vom 12. Januar 2010 für örtlich unzuständig und wies die Klage zurück. Er kam zum Schluss, dass der teilzwingende Gerichtsstand des Arbeitsortes gemäss Art. 24 Abs. 1 des Gerichtsstandsgesetzes (GestG; SR 272) vorliegend nicht zur Anwendung gelange, da es sich bei den geltend gemachten Ansprüchen um solche aus Agenturvertrag und nicht aus Arbeits- bzw. Handelsreisendenvertrag handle.
B.b Gegen dieses Urteil legte der Beschwerdegegner Appellation beim Obergericht des Kantons Bern ein. Er beantragte, es sei die örtliche Zuständigkeit des Gerichtskreises IX Schwarzenburg-Seftigen zu bejahen und die Streitsache zur Beurteilung der Forderungen aus dem Handelsreisendenvertrag an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin beantragte, es sei das Urteil der Vorinstanz vollumfänglich zu bestätigen.
Mit Urteil vom 24. Juni 2010 hiess das Obergericht des Kantons Bern die Appellation gut. Es erklärte den Gerichtskreis IX Schwarzenburg-Seftigen für örtlich zuständig und wies die Streitsache zur Beurteilung der Forderungen aus dem Handelsreisendenvertrag an die erste Instanz zurück.
Anders als die erste Instanz ist das Obergericht nach umfangreichen Sachverhaltsabklärungen zum Schluss gekommen, dass es sich bei den geltend gemachten Ansprüchen um solche aus Arbeits- bzw. Handelsreisendenvertrag handle, weshalb gestützt auf Art. 24 Abs. 1 GestG ein Gerichtsstand am Arbeitsort des Beschwerdegegners in Riggisberg (Gerichtskreis IX Schwarzenburg-Seftigen) bestehe. Darauf habe der Beschwerdegegner gemäss Art. 24 Abs. 1 lit. d GestG nicht zum Voraus verzichten können. Der Zuständigkeit des Gerichtskreises IX Schwarzenburg-Seftigen stünden mithin auch die in den Verträgen enthaltenen Gerichtsstandsklauseln nicht entgegen, welche den Gerichtsstand am Sitz der Beschwerdeführerin vorsehen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 30. August 2010 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern aufzuheben und es sei festzustellen, dass auf die Klage des Beschwerdegegners infolge Unzuständigkeit des Gerichtskreises IX Schwarzenburg-Seftigen nicht einzutreten sei. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
In seiner Vernehmlassung schliesst der Beschwerdegegner auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid, mit dem die Vorinstanz die örtliche Zuständigkeit des Gerichtskreises IX Schwarzenburg-Seftigen bejaht hat, handelt es sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid einer kantonalen Letztinstanz über die Zuständigkeit. Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig (Art. 92 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens ist der Zwischenentscheid aber nur mit Beschwerde anfechtbar, wenn es auch der Endentscheid ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.). Dies trifft vorliegend zu, handelt es sich in der Hauptsache doch um eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert von über Fr. 30'000.--, womit die Grenze nach <ref-law> erreicht ist. Da auch die übrigen formellen Voraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe Art. 24 Abs. 1 GestG verletzt, indem sie das Vertragsverhältnis zwischen den Parteien zu Unrecht als Handelsreisenden- und nicht als Agenturvertrag qualifiziert habe. Da zwischen den Parteien lediglich ein Agenturvertrag bestehe, könne der Gerichtsstand von Art. 24 Abs. 1 GestG nicht zur Anwendung kommen.
2.1 Gemäss Art. 24 Abs. 1 GestG ist für arbeitsrechtliche Klagen das Gericht am Wohnsitz oder Sitz der beklagten Partei oder am Ort, an dem der Arbeitnehmer oder die Arbeitnehmerin gewöhnlich die Arbeit verrichtet, zuständig. Der Begriff der arbeitsrechtlichen Klagen ("actions fondées sur le droit du travail"; "azioni in materia di diritto del lavoro") ist dabei weit zu verstehen. Darunter fallen sämtliche Klagen über Ansprüche, die auf Regeln gründen, welche auf Arbeitsverträge anwendbar sind (Urteil 4P.18/1999 vom 22. März 1999 E. 2c, publ. in: JAR 2000, S. 390; MARIANNE HRISTIC, Zwingende und teilzwingende Gerichtsstände des Gerichtsstandsgesetzes, Diss. Zürich 2002, S. 119; BALZ GROSS, in: Müller/Wirth [Hrsg.], Gerichtsstandsgesetz, Kommentar zum Bundesgesetz über den Gerichtsstand in Zivilsachen, 2001, N. 29 zu Art. 24 GestG). Dazu gehören namentlich Klagen über Ansprüche aus Einzelarbeitsvertrag gemäss den <ref-law> sowie aus Lehr-, Handelsreisenden- oder Heimarbeitsvertrag gemäss den <ref-law> (GROSS, a.a.O., N. 31, 35 zu Art. 24 GestG; FRIDOLIN WALTHER, in: Kellerhals et al. [Hrsg.], Gerichtsstandsgesetz, Kommentar zum Bundesgesetz über den Gerichtsstand in Zivilsachen, 2. Aufl., 2005, N. 6 zu Art. 24 GestG; YVES DONZALLAZ, Commentaire de la loi fédérale sur les fors en matière civile, 2001, N. 6 zu Art. 24 GestG; NOËLLE KAISER JOB, in: Spühler et al. [Hrsg.], Basler Kommentar zum Schweizerischen Zivilprozessrecht, Bundesgesetz über den Gerichtsstand in Zivilsachen, 2001, N. 8 zu Art. 24 GestG). Weiter gehören dazu auch Klagen, die sich auf spezialgesetzliche Normen stützen, welche das einzelarbeitsvertragliche Rechtsverhältnis regeln und den Parteien zivilprozessual durchsetzbare Ansprüche geben, z.B. aus Gleichstellungsgesetz (SR 151) oder Mitwirkungsgesetz (SR 822.14) (GROSS, a.a.O., N. 31 zu Art. 24 GestG; Botschaft zum Bundesgesetz über den Gerichtsstand in Zivilsachen, BBl 1999 2829, S. 2862).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 343 Abs. 1 aOR, der Vorgängernorm von Art. 24 Abs. 1 GestG (vgl. Botschaft GestG, a.a.O., S. 2862), liegt eine arbeitsrechtliche Streitigkeit bzw. Klage sodann bereits vor, wenn umstritten ist, ob zwischen den Parteien ein Arbeitsvertrag besteht (Urteil 4P.18/1999 vom 22. März 1999 E. 2c, publ. in: JAR 2000, S. 390; SPÜHLER/VOCK, Gerichtsstandsgesetz, 2000, N. 1 zu Art. 24 GestG).
2.2 Nach einem allgemeinen prozessualen Grundsatz ist bei der Beurteilung der Zuständigkeit primär auf den vom Kläger eingeklagten Anspruch und dessen Begründung abzustellen. Die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts hängt von der gestellten Frage ab, nicht von deren Beantwortung, die im Rahmen der materiellen Prüfung zu erfolgen hat (Urteil 4P.18/1999 vom 22. März 1999 E. 2c, publ. in: JAR 2000, S. 390). In Bezug auf die rechtliche Würdigung der klägerischen Vorbringen ist das Gericht aber nicht an die Auffassung des Klägers gebunden (Urteil 4P.104/2006 vom 25. September 2006 E. 2.3): Hängt die Zuständigkeit - wie hier - davon ab, ob Ansprüche aus Arbeits- bzw. Handelsreisendenvertrag geltend gemacht werden, sind die klägerischen Tatsachenbehauptungen im Rahmen der Zuständigkeitsprüfung von Amtes wegen daraufhin zu überprüfen, ob sich aus ihnen auf das Bestehen eines solchen Vertrages schliessen lässt. Erscheint eine derartige rechtliche Qualifikation als ausgeschlossen, ist auf die Klage nicht einzutreten.
2.3 Die vom Kläger behaupteten Tatsachen, die sowohl für die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts als auch die Begründetheit der Klage erheblich sind (sog. doppelrelevante Tatsachen), sind für die Beurteilung der Zuständigkeit als wahr zu unterstellen. Sie werden erst im Moment der materiellen Prüfung des eingeklagten Anspruchs untersucht; diesbezügliche Einwände der Gegenpartei sind im Rahmen der Zuständigkeitsprüfung unbeachtlich (BGE 4A_293/2010 vom 31. August 2010 E. 4 [zur Publikation vorgesehen]; <ref-ruling> E. 6.2.1 S. 34; <ref-ruling> E. 6.2 S. 298 f.; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 252). Eine Ausnahme gilt nur für den Fall, dass der klägerische Tatsachenvortrag auf Anhieb fadenscheinig oder inkohärent erscheint und durch die Klageantwort sowie die von der Gegenseite produzierten Dokumente unmittelbar und eindeutig widerlegt werden kann (BGE 4A_293/2010 vom 31. August 2010 E. 4 [zur Publikation vorgesehen]).
Über Tatsachen, die nur für die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts, nicht aber für die materielle Begründetheit des eingeklagten Anspruchs notwendig sind (sog. zuständigkeitsbegründende oder einfachrelevante Tatsache), ist hingegen Beweis zu führen, wenn deren Vorhandensein von der Gegenpartei bestritten wird (BGE <ref-ruling> E. 3b/cc S. 252; Urteil 4C.73/2000 vom 22. Juni 2000 E. 2b).
Im Tatbestand des Art. 24 Abs. 1 GestG sind die Tatsachen von doppelter Relevanz, welche auf das Bestehen eines Arbeitsverhältnisses schliessen lassen. Einfachrelevant sind die örtlichen Faktoren, d.h. der Wohnsitz oder Sitz des Beklagten und der Ort der gewöhnlichen Arbeitsverrichtung (ANDRÉ BLOCH, Die Prüfung der örtlichen Zuständigkeit von Amtes wegen und die Folgen bei örtlicher Unzuständigkeit gemäss Art. 34 GestG, Diss. Zürich 2003, S. 93).
2.4 Gemäss dem vorinstanzlich festgestellten Prozesssachverhalt behauptet der Beschwerdegegner, dass zwischen ihm und der Beschwerdeführerin ein Handelsreisendenvertrag gemäss den <ref-law> abgeschlossen worden sei. Die geltend gemachten Forderungen stützt er auf zwingende Bestimmungen des Arbeitsrechts. Wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, hängt die Begründetheit der Klage somit davon ab, ob der umstrittene Vertrag als Arbeits- bzw. Handelsreisendenvertrag zu qualifizieren ist.
Der Vorinstanz kann dagegen nicht gefolgt werden, soweit sie annimmt, die Zuständigkeit gemäss Art. 24 Abs. 1 GestG sei nur dann gegeben, wenn tatsächlich erwiesen ist, dass zwischen den Parteien ein Arbeits- bzw. Handelsreisendenvertrag vorliegt.
2.4.1 Die Vorinstanz hat verkannt, dass die Tatsachen, aus denen sich das Bestehen eines Handelsreisendenvertrags ergibt, doppelrelevant sind. Anstatt Beweise zu erheben und zu würdigen, um gestützt darauf festzustellen, ob der Vertrag zwischen den Parteien tatsächlich als Handelsreisendenvertrag zu qualifizieren ist, hätte die Vorinstanz für die Prüfung der Zuständigkeit ausschliesslich auf den Tatsachenvortrag des Klägers abstellen müssen. Sie hätte beurteilen müssen, ob die klägerischen Behauptungen - sollten sie erwiesen sein - auf das Bestehen eines Handelsreisendenvertrags schliessen lassen. Bei doppelrelevanten Tatsachen ist der tatsächlich bewiesene Sachverhalt für den Entscheid über die materielle Begründetheit der Klage, nicht aber für die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts erheblich. Dementsprechend zielen auch die Rügen der Beschwerdeführerin ins Leere, soweit sie sich gegen die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz richten und die Vertragsqualifikation in Frage stellen, welche die Vorinstanz gestützt auf den beweismässig erhobenen Sachverhalt getroffen hat.
2.4.2 Die Beschwerdeführerin macht zu Recht nicht geltend, dass sich der umstrittene Vertrag nach den Vorbringen des Klägers nicht als Handelsreisendenvertrag qualifizieren lasse. Der Beschwerdegegner behauptete vor der Vorinstanz, er sei in seiner Tätigkeit weisungsabhängig und rapportierungspflichtig gewesen, habe regelmässig an obligatorischen Schulungen teilnehmen müssen und sei einem strengen Konkurrenzverbot unterstanden. Schliesslich sei er von der Beschwerdeführerin wirtschaftlich abhängig gewesen, da es ihm nicht möglich gewesen sei, ausserhalb der 8 bis 10 Kundenbesuche pro Woche einer anderen Tätigkeit nachzugehen. Dies sind Elemente, die gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung durchaus auf das für einen Handelsreisendenvertrag typische Subordinationsverhältnis schliessen lassen (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 667 f.). Die Abgrenzung zum Agenturvertrag mag zwar praktisch schwierig sein (vgl. etwa Urteil 4C.276/2006 vom 25. Januar 2007 E. 4), wird aber erst im Rahmen der materiellen Prüfung der Klage eingehend zu untersuchen sein. Für die Bejahung der Zuständigkeit ist einstweilen genügend, dass sich aus den Vorbringen des Klägers/Beschwerdegegners plausibel auf das Bestehen eines Handelsreisendenvertrags schliessen lässt.
2.5 Die Klage des Beschwerdegegners ist demnach als "arbeitsrechtliche" i.S. des Art. 24 Abs. 1 GestG zu qualifizieren. Danach besteht ein Gerichtsstand am Ort, an dem der Arbeitnehmer gewöhnlich die Arbeit verrichtet. Dass der Beschwerdegegner seine Arbeit gewöhnlich an seinem Wohnsitz verrichtet hat, stellt die Beschwerdeführerin nicht in Frage. Es ist daher davon auszugehen, dass der gewöhnliche Arbeitsort des Beschwerdegegners an dessen Wohnsitz liegt. Das Gericht am Wohnsitz des Beschwerdegegners (Gerichtskreis IX Schwarzenburg-Seftigen) ist folglich zur Beurteilung der Klage örtlich zuständig. Eine allfällige Gerichtsstandsvereinbarung steht dem nicht entgegen, da der Beschwerdegegner als arbeitnehmende Partei gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. d GestG darauf nicht zum Voraus verzichten kann.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. November 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Hurni