Sachverhalt:
A.
A.X._ mit Wohnsitz in L._, Kanton Zürich, ist als Liegenschaftenhändler in mehreren Kantonen tätig. Im Jahr 2003 erzielte er aus der Veräusserung von Liegenschaften im Kanton Zürich Grundstückgewinne, die er in seiner Buchhaltung mit Fr. 13'954'640 auswies. Die Gewinne wurden durch die zuständigen kommunalen Grundsteuerkommissionen mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfasst. Die entsprechenden Veranlagungsverfügungen ergingen in den Jahren 2003-2007 und sind rechtskräftig. Im Jahr 2003 veräusserte A.X._ zudem seinen Anteil von einem Drittel an einer Überbauung in M._, Kanton Aargau, für Fr. 51'474'056 an seine Mitgesellschafter.
Mit Taxationsprotokoll des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 30. April 2007 wurden A.X._ und B.X._ für die zürcherischen Staats- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 496'300 (zum Satz von Fr. 5'378'200) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 41'439'000 (zum Satz von Fr. 49'028'000) eingeschätzt. In der interkantonalen Steuerausscheidung anerkannte das Kantonale Steueramt von den geltend gemachten Vorjahresverlusten von insgesamt Fr. 4'099'151 (100 %) einen Anteil von Fr. 740'723 (18.07 %) zu Lasten des Hauptsteuerdomizils L._, den überwiegenden Verlustanteil von Fr. 3'197'599 (78.01 %) wies es dem Kanton Aargau zu. Diese Verlustausscheidung beruht auf einer quotalen Ausscheidung entsprechend den Netto-Liegenschaftserträgen, wobei die Zürcher Grundstückgewinne unberücksichtigt blieben. Die Veranlagung wurde den Steuerpflichtigen mit Schlussrechnung und Einschätzungsmitteilung des Gemeindesteueramtes L._ vom 31. Mai 2007 eröffnet.
B.
Am 2. Oktober 2008 erfolgte die Veranlagung für die aargauischen Kantons- und Gemeindesteuern 2003 durch die Steuerkommission M._ (AG) mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 7'166'700 (zum Satz von Fr. 18'293'000) und mit einem steuerbaren Vermögen von Fr. 22'187'000 (zum Satz von Fr. 48'170'000). Darin enthalten ist der Erlös aus der Veräusserung der Beteiligung an der Überbauung in M._. Von den im Kanton Zürich geltend gemachten Vorjahresverlusten von insgesamt Fr. 3'998'900 (100 %) übernahm die Veranlagungsbehörde einen Betrag von Fr. 1'566'823 (39.18%), entsprechend der Quote der Gemeinde M._ am gesamten Reineinkommen.
Eine Einsprache gegen diese Veranlagung blieb ohne Erfolg. Eine weitergehende Übernahme der Vorjahresverluste lehnte die Einsprachebehörde ab (Einspracheentscheid vom 7. April 2009). Das in der Folge angerufene Steuerrekursgericht des Kantons Aargau wies in diesem Punkt den Rekurs ab (Rekursentscheid vom 24. Juni 2010).
Mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragten die Steuerpflichtigen (A.X._ und die Erbengemeinschaft der inzwischen verstorbenen B.X._), das steuerbare Einkommen sei auf Fr. 4'443'821 (zum Satz von Fr. 4'877'545) herabzusetzen. Sie beanstandeten u.a., dass der Kanton Aargau die im Kanton Zürich angefallenen Grundstückgewinne für die Satzbestimmung vollumfänglich berücksichtigt und den im Kanton Zürich verbleibenden Vorjahresverlust nur quotal übernommen habe. Eine Doppelbesteuerung könne zurzeit nur so vermieden werden, dass der Kanton Aargau auf die Einbeziehung der Zürcher Grundstückgewinne für die Satzbestimmung verzichte und zudem alle noch nicht verrechneten Verluste übernehme.
Mit Urteil vom 2. Februar 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde ab.
C.
Mit Eingabe vom 17. März 2011 führen die Steuerpflichtigen beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wegen Verletzung des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung gegen die Kantone Zürich und Aargau sowie gegen die Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen im Jahr 2003. Sie stellen folgende Anträge (nicht wörtlich) :
1. a) Der Einschätzungsvorschlag des Kantonalen Steueramtes Zürich für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 vom 16. März 2007 sowie die eingangs rubrizierten Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der zürcherischen Gemeinwesen F._, G._, H._, I._, J._ und K._ seien aufzuheben.
b) Der Kanton Zürich und die Gemeinde L._ (ZH) seien zu verpflichten, Schuldzinsen von insgesamt Fr. 3'503'324 quotenmässig (proportional nach Lage der Aktiven) zu übernehmen.
c) Die Gemeinden F._ (ZH), G._ (ZH), H._ (ZH), I._ (ZH), J._ (ZH) und K._ (ZH) seien zu verpflichten, AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 und (Vorjahres-) Verluste in der Höhe von Fr. 4'099'151 anteilmässig zu übernehmen.
d) Die Gemeinden L._ (ZH), F._ (ZH), G._ (ZH), H._ (ZH), I._ (ZH), J._ (ZH) und K._ (ZH) seien zu verpflichten die zu viel bezahlten Vermögens-, Einkommens- und Grundstückgewinnsteuern zu erstatten.
2. Eventualiter sei
a) das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 2. Februar 2011 aufzuheben;
b) die Steuerkommission M._ (AG) zu verpflichten, AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 und Vorjahresverluste von Fr. 3'998'900 anteilmässig ohne Berücksichtigung von Zürcher Grundstückgewinnen von Fr. 13'415'494 zu übernehmen und
c) die Gemeinde M._ (AG) zu verpflichten, die zu viel bezahlten Einkommens- und Vermögenssteuern zu erstatten.
Auf den Einbezug der Kantone Graubünden, Bern und Waadt mit Spezialsteuerdomizil der Liegenschaft sowie der Liegenschaft in der aargauischen Gemeinde N._ in die Doppelbesteuerungsbeschwerde verzichteten die Beschwerdeführer, da diese Steuerdomizile nur marginal betroffen seien. Die Beschwerdeführer berufen sich auf Art. 127 BV (interkantonale Doppelbesteuerung) und Art. 8 BV (Rechtsgleichheit).
D.
Das Steueramt des Kantons Aargau, das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichteten auf eine Vernehmlassung. Die Kommissionen (Ausschüsse) für Grundsteuern der Städte F._ (ZH), G._ (ZH), H._ (ZH) und der Gemeinde K._ (ZH) sowie der Gemeinderat I._ (ZH) beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vernehmlassung der Stadt J._ (ZH) ist verspätet.
Mit Eingabe vom 14. September 2011 erstatteten die Beschwerdeführer Bemerkungen zu den eingegangenen Vernehmlassungen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 475; <ref-ruling> E. 1 S. 417).
1.2. Angefochten ist ein letztinstanzlicher (End-) Entscheid einer oberen kantonalen Gerichtsbehörde in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die allgemeinen Sachverhaltsvoraussetzungen geben unter Vorbehalt des Nachfolgenden zu keinen Bemerkungen Anlass.
1.3. Art. 127 Abs. 3 Satz 1 BV untersagt die interkantonale Doppelbesteuerung. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 3.1 S. 300 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 147; <ref-ruling> E. 2.1) liegt eine interkantonale Doppelbesteuerung vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht in vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot).
1.4. Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann (Art. 100 Abs. 5 BGG). Es kann daher auch eine bereits ergangene rechtskräftige Veranlagung eines konkurrierenden Kantons in die Beschwerde wegen interkantonaler Doppelbesteuerung einbezogen werden.
Während das Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) mit den seitherigen Änderungen noch eine Ausnahme vom Erfordernis der Erschöpfung des kantonalen Instanzenzuges bei Beschwerden auf dem Gebiet der interkantonalen Doppelbesteuerung vorsah (Art. 86 Abs. 2 OG), lässt das BGG keine derartige Ausnahme mehr zu (<ref-ruling> E. 2.3 S. 305 f., 308 E. 2.3 S. 312; Urteil 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.3, zur amtlichen Publikation bestimmt). Immerhin ist der mehrfach Besteuerte - entgegen dem in dieser Hinsicht nicht ganz klaren Wortlaut des Art. 100 Abs. 5 BGG - nicht verpflichtet, in jedem Kanton den Instanzenzug zu durchlaufen. Es genügt, wenn er das in demjenigen Kanton tut, dessen Entscheid er schliesslich beim Bundesgericht anfechten will (vgl. Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BBl 2001 S. 4326 ad Art. 80 Abs. 2 E-BGG; <ref-ruling> E. 2.4 S. 306 f., 308 E. 2.4 S. 313). Nach wie vor ist es auch möglich, eine unzulässige interkantonale Doppelbesteuerung sofort geltend zu machen, ohne dass bereits ein zweiter Kanton entschieden hat (virtuelle Doppelbesteuerung). Art. 100 Abs. 5 BGG, der bestimmt, dass die Beschwerdefrist spätestens ( au plus tard ) zu laufen beginnt, wenn in beiden Kantonen Verfügungen getroffen worden sind, bringt das besser zum Ausdruck als der frühere Art. 89 Abs. 3 OG, wonach bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte die Frist erst ( seulement après ) zu laufen begann, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden waren (<ref-ruling> E. 2.3 i.f. S. 312).
Es folgt daraus, dass die Beschwerdeführer im Anschluss an den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau mit Beschwerde wegen interkantonaler Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV) grundsätzlich auch die bereits rechtskräftige Veranlagung des Kantons Zürich für die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 sowie die zürcherischen Grundstückgewinnsteuerveranlagungen mit einbeziehen konnten.
1.5. Die Beschwerdeführer bringen vor, sie hätten aufgrund der durch die Veranlagung im Kanton Aargau verursachten Aktualisierung der Doppelbesteuerung allenfalls auch revisionsweise die Aufhebung der Veranlagungen im Kanton Zürich beantragen können.
Es trifft zu, dass einige Kantone in ihren steuerrechtlichen Bestimmungen für den Fall der Doppelbesteuerung ausdrücklich eine Revision vorsehen (so beispielsweise Art. 189 Abs. 1 lit. d StG/AR, § 168 Abs. 1 lit. d StG/LU, Art. 197 Abs. 1 lit. d StG/SG, § 165 Abs. 1 lit. e StG/SO und Art. 232 Abs.1 lit. d StG/TI; vgl. Hugo Casanova, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, § 45 N. 10 S. 522; Klaus A. Vallender: in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, N. 23 zu Art. 51 StHG). In Rechtsprechung und Literatur wird postuliert, dass im Falle einer - sich nachträglich ergebenden aktuellen - Doppelbesteuerung ein solcher Revisionsanspruch auch ohne einen entsprechenden expliziten Revisionsgrund im Steuergesetz, gestützt auf Art. 127 Abs. 3 BV, besteht (in diesem Sinne die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich, in: StE 2010 B 97.11 Nr. 25 E. 3a/bb und 3b, mit Hinweis auf Peter Locher, Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wegen Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots von Art. 127 Abs. 3 BV, in: ASA 77 S. 502 f.; ebenso Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. 2009, S. 141; s. auch Daniel de Vries Reilingh, Steiniger Weg ans Bundesgericht in Doppelbesteuerungssachen, in: Entwicklungen im Steuerrecht 2009, 2009, S. 252, der von Wiedererwägung spricht). Es wird dazu ausgeführt, dieses Rechtsmittel sei am besten geeignet, wenn ein Steuerpflichtiger die Veranlagung im zweitveranlagenden Kanton akzeptieren wolle und lediglich diejenige im erstveranlagenden Kanton als unrichtig erachte (vgl. Locher, Interkantonales Steuerrecht, a.a.O., S. 140 f. mit Nachweisen; Casanova, a.a.O., § 45 N. 10 f. S. 522).
Wie es sich damit verhält, kann aber offenbleiben. Die Frage stellt sich nicht, nachdem die Beschwerdeführer den kantonal instanzabschliessenden Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau beim Bundesgericht mit Doppelbesteuerungsbeschwerde angefochten und in diese Beschwerde auch die Veranlagungen des Kantons Zürich mit einbezogen haben.
1.6. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Unter diesen Voraussetzungen kann das Bundesgericht nach Art. 105 Abs. 2 BGG die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung auch von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen (<ref-ruling> E. 1.3).
Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz
dazu Anlass gibt. Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG).
1.7. Diese Bindung an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 BGG) und das Novenverbot (Art. 99 Abs. 1 BGG) gelten auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung. Wie erwähnt (vgl. E. 1.4) schreibt das Bundesgerichtsgesetz auf dem Gebiet der interkantonalen Doppelbesteuerung neuerdings vor, dass der kantonale Instanzenzug zumindest in einem Kanton durchlaufen werden muss (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Dieses Erfordernis hätte keinen Sinn, wenn der Beschwerdeführer alle seine Behauptungen und Beweismittel auch noch im bundesgerichtlichen Verfahren vorbringen könnte (vgl. zum Ganzen Urteil 2C_514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1, in: StR 65/2010 S. 138; Locher/Locher, Die Praxis der Bundessteuern, Interkantonale Doppelbesteuerung, § 12, IV B, 3 Nr. 3; a.M. de Vries Reilingh, a.a.O., S. 251; kritisch zum Novenverbot auch Stählin/König, Doppelbesteuerungsbeschwerden unter dem neuen Verfahrensrecht: Klarstellung des Bundesgerichts, in: ST 2009 S. 375 f.). Anders verhält es sich nur dann, wenn der Kanton, dessen Veranlagung bereits rechtskräftig ist und für den die Bindungswirkung nicht gilt, diese Feststellungen bestreitet. Nur in diesem Fall kommt das Bundesgericht nicht umhin, den Sachverhalt frei zu prüfen, und ist auch das Novenverbot zu relativieren. Zu denken ist vor allem an den Fall, dass der andere Kanton den Sachverhalt bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, zu denen sich der Beschwerdeführer noch nicht äussern konnte (<ref-ruling> E. 2.3 S. 306; Urteile 2C_514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1, in: StR 65/2010 S. 138; LOCHER/LOCHER, a.a.O., § 12, IV A, 2 Nr. 8; 2C_230/2008 vom 27. August 2008 E. 1.3, in: StR 64/2009 S. 302).
Konsequenz des dargestellten Novenverbots ist, dass die Vorinstanz bei Geltendmachung einer interkantonalen Doppelbesteuerung die Vorbringen des Beschwerdeführers zu prüfen hat, auch wenn dieser die Veranlagung des Kantons, in dem er das Verfahren führt, als richtig und die Veranlagung eines anderen Kantons als unzutreffend erachtet. Sie hat somit im Rahmen der Überprüfung der Veranlagung des eigenen Kantons den massgebenden Sachverhalt festzustellen und die erforderliche rechtliche Würdigung vorzunehmen. Sie kann sich insbesondere nicht auf die Feststellung beschränken, mangels Beschwer im eigenen Kanton fehle es dem Beschwerdeführer an einem Rechtsschutzinteresse (zur Problematik bei Nichteintretensentscheiden in Doppelbsteuerungsfragen, s. auch Urteil 2C_702/2008 vom 15. Mai 2009 E. 4 mit Hinweisen, in: StE 2010 A 24.5 Nr. 6, StR 64/2009 S. 816; Locher/Locher, a.a.O., § 12, IV A, 2 Nr. 8; Meier/ Clavadetscher, Prozessuale Klippen bei der Durchsetzung des interkantonalen Doppelbesteuerungsverbots, in: IFF Forum für Steuerrecht 2007, S. 140; Madeleine Simonek, Unternehmenssteuerrecht, Entwicklungen 2007, 2008, S. 121; de Vries Reilingh, a.a.O., S. 252). Das folgt aus dem in Art. 111 Abs. 3 BGG enthaltenen Grundsatz, dass die kantonale Rechtsmittelbehörde die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen darf, als dies für die Beschwerde an das Bundesgericht vorgesehen ist (<ref-ruling> E. 2.1.1.; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 5), in Verbindung mit der sich aus Art. 100 Abs. 5 BGG ergebenden Befugnis des Steuerpflichtigen, im Rahmen einer Doppelbesteuerungsbeschwerde an das Bundesgericht auch die bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons mit anzufechten.
2.
2.1. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig. Diese erfüllt die formellen Anforderungen und ist rechtzeitig (Art. 82 ff., 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 100 Abs. 1 BGG; Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführer sind durch den angefochtenen Entscheid im Sinne von Art. 89 Abs. 1 BGG betroffen und zur Beschwerde legitimiert.
2.2. Mit der Beschwerde kann namentlich gerügt werden, das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV) sei verletzt. Der Eventualantrag 2b, der Kanton Aargau sei zu verpflichten, Vorjahresverluste von Fr. 3'998'900 anteilmässig zu übernehmen, ist zulässig. Auf die Beschwerde ist insoweit (teilweise) einzutreten.
Nicht einzutreten ist auf den Eventualantrag Ziff. 2b, soweit verlangt wird, es sei der Kanton Aargau zu verpflichten, AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 zu übernehmen. Die interkantonale Verlegung der AHV-Beiträge war beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau nicht angefochten. Es handelt sich um eine neues Rechtsbegehren, was auch im Rahmen einer Doppelbesteuerungsbeschwerde unzulässig ist (Art. 99 Abs. 2 BGG).
3.
3.1. In die Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau kann auch die bereits rechtskräftige Veranlagung betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 des Kantons Zürich einbezogen werden (Art. 100 Abs. 5 BGG).
Der Einwand des Kantonalen Steueramtes Zürich, es fehle an einem tauglichen Anfechtungsobjekt, ist unbehelflich: Mit der Beschwerde wegen Doppelbesteuerung kann jeder Hoheitsakt angefochten werden, mit dem ein Kanton die Steuerhoheit für sich in Anspruch nimmt, also auch ein blosser Einschätzungsvorschlag (Locher/Locher, a.a.O., § 12, III A, 2 Nr. 8 und 24). Irrelevant ist daher, ob ein Einschätzungsvorschlag, eine Veranlagungsverfügung oder ein Rechtsmittelentscheid vorliegt. Wenn das Bundesgericht im Entscheid 2P.332/2004 vom 5. Januar 2005 (in: Locher/Locher, a.a.O, Nr. 33) ausgeführt hat, der blosse Einschätzungsvorschlag der Zürcher Steuerkommissärin sei nicht anfechtbar, beruht dies offensichtlich auf einem Versehen. Dazu kommt, dass das Gemeindesteueramt L._ (ZH) den Beschwerdeführern am 31. Mai 2007 ohne weiteren Kommentar die Steuerrechnung und "Einschätzungsmitteilung aufgrund des anerkannten Einschätzungsvorschlags" zugestellt hat, was nach den massgeblichen Verfahrensvorschriften als Eröffnung der Steuereinschätzung gilt; ein separater Einschätzungsentscheid wird in diesem Fall nicht zugestellt (vgl. § 126 Abs. 4 StG/ZH und dazu den Entscheid des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 21. März 2001, in: StE 2002 B 95.1 Nr. 7 E. 3b). Mit der Anfechtung des (anerkannten) Einschätzungsvorschlags ist daher die Veranlagung selbst angefochten.
3.2. Nicht zulässig ist allerdings Beschwerdeantrag 1b, wonach der Kanton Zürich Schuldzinsen im Betrag von Fr. 3'503'324 quotenmässig (proportional nach Lage der Aktiven) zu übernehmen habe. Ein Rechtsbegehren um Verlegung der Schuldzinsen war nicht Gegenstand des Verfahrens vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Es handelt sich um ein neues Rechtsbegehren (Art. 99 Abs. 2 BGG), weshalb es auch nicht zum Gegenstand des Doppelbesteuerungsprozesses gegenüber dem Kanton Zürich gemacht werden kann.
Die Besonderheiten des Verfahrens der interkantonalen Doppelbesteuerung verlangen hier keine Ausnahme von dieser Prozessmaxime. Sofern die Beschwerdeführer der sicheren Meinung gewesen sein sollten, es sei der Kanton Zürich doppelbesteuerungsrechtlich zur Übernahme dieser Schuldzinsen verpflichtet, war es ihnen unbenommen, die Zürcher Veranlagung sofort anzufechten. Sie konnten stattdessen auch die Veranlagung des Kantons Aargau abwarten. Sie hätten dann aber im Verfahren im Kanton Aargau die Verlegung der Schuldzinsen rügen müssen, zumal aus der Veranlagung der Steuerkommission M._ (AG) ersichtlich war, dass durch die Veranlagungen der Kantone Zürich und Aargau nicht alle Schuldzinsen zur Verrechnung gelangten und eine aktuelle Doppelbesteuerung vorliegt. Die Beschwerdeführer werden damit nicht zu einer Pro-forma-Anfechtung ("Scheingefecht") gezwungen, wenn sie prozessual gehalten werden, dem aargauischen Verwaltungsgericht darzulegen, dass durch die im Kanton Aargau nicht berücksichtigten Schuldzinsen eine (aktuelle) Doppelbesteuerung droht. Auf den Beschwerdeantrag 1b ist daher nicht einzutreten.
3.3. Zulässig ist die Doppelbesteuerungsbeschwerde gegenüber dem Kanton Zürich allein hinsichtlich der Übernahme der Vorjahresverluste durch diesen Kanton. Ein ausdrückliches Rechtsbegehren auf Übernahme der Vorjahresverluste wird zwar gegenüber dem Kanton Zürich bzw. der Wohnsitzgemeinde L._ (ZH) nicht gestellt. Immerhin wird aber mit Blick auf die vorzunehmende Steuerausscheidung im Hauptantrag die Aufhebung der zürcherischen Veranlagung verlangt. Auch geht aus der Beschwerdebegründung (insbesondere S. 18 f. und 20) genügend klar hervor, dass unter Berücksichtigung der zürcherischen Veräusserungsgewinne (Wertzuwachsgewinne) der Kanton Zürich einen grösseren Anteil an den Vorjahresverlusten zu übernehmen hätte. Die Vorjahresverluste waren zudem Gegenstand des Verfahrens im Kanton Aargau, womit keine neuen Tatsachen oder Rechtsbegehren vorliegen. Unter diesem Aspekt ist die Beschwerde wegen Verletzung des interkantonalen Doppelbesteuerungsverbots auch gegenüber dem Kanton Zürich zulässig.
3.4. Das Beschwerderecht zur Anfechtung der zürcherischen Veranlagungen ist auch nicht etwa durch vorbehaltlose Anerkennung des Einschätzungsvorschlags für die Einkommens- und Vermögenssteuerveranlagung 2003 durch die Beschwerdeführer verwirkt, wie das Kantonale Steueramt Zürich geltend macht. Nach der Rechtsprechung, die im Wesentlichen noch unter dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) ergangen ist, verwirkt ein Steuerpflichtiger das Recht zur Anfechtung der Veranlagung eines Kantons, wenn er in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines anderen Kantons die Steuerpflicht ausdrücklich oder stillschweigend vorbehaltlos anerkennt. Der Tatbestand setzt aber sichere Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs voraus (<ref-ruling> E. 2d S. 267 f. mit Hinweisen; Locher/Locher, a.a.O., § 12, II D, 2). Davon kann vorliegend keine Rede sein; es geht hier nicht um die Kollision von Steueransprüchen verschiedener Kantone, sondern um die interkantonale Verlegung von Verlusten. Diesbezüglich stand die Doppelbesteuerung erst fest, nachdem die aargauische Steuerausscheidung ergangen war.
3.5. In die Doppelbesteuerungsbeschwerde gegen den Kanton Zürich können nach Art. 100 Abs. 5 BGG auch die Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen einbezogen werden (Urteile 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 1.2 in: ASA 80 S. 361; 2C_375/2010 vom 22. März 2011 E. 6, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 21, RDAF 2011 II 494). Es kann damit geltend gemacht werden, die Zürcher Grundstückgewinnsteuerveranlagungen würden gegen das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht verstossen.
Vorliegend geht es indessen um eine innerkantonale Angelegenheit. Streitig ist die Übernahme eines Verlustes (Vorjahresverluste) des Hauptsteuerdomizils im Kanton Zürich durch mehrere Spezialsteuerdomizile im gleichen Kanton (Beschwerdeantrag 1c). Unerheblich ist, dass im Rahmen der interkantonalen Steuerausscheidung ein Teil der Vorjahresverluste des Hauptsteuerdomizils auf ausserkantonale Nebensteuerdomizile zu verlegen sind und dass in diesem Rahmen auch die im Kanton Zürich realisierten Grundstückgewinne zu berücksichtigen sind (vgl. dazu E. 4 nachfolgend). Massgebend ist, dass im vorliegenden Kontext lediglich die innerkantonale Verlegung noch verbleibender Verlustvorträge zur Diskussion steht. Der Kanton Zürich erhebt die Grundstückgewinnsteuer nach dem monistischen System auch auf den Grundstückgewinnen aus der Veräusserung von Geschäftsliegenschaften, was nach Art. 12 Abs. 4 StHG zulässig ist. Es handelt sich bei der Grundstückgewinnsteuer um eine Spezialeinkommenssteuer, die im Umfang ihres Steuerobjekts an die Stelle der ordentlichen Einkommens- und Gewinnbesteuerung tritt. Die Verrechnung von Geschäftsverlusten mit dem Grundstückgewinn ist dem Wesen der Grundstückgewinnsteuer als Objektsteuer aber grundsätzlich fremd. Ob der Kanton Zürich im Rahmen der Grundstückgewinnsteuerveranlagungen seiner Gemeinden einer Verlustsituation Rechnung tragen muss und inwieweit, bestimmt daher das kantonale Recht. Das Steuerharmonisierungsgesetz stellt diesbezüglich keine Vorschriften auf. Es verpflichtet den Kanton auch nicht, solche Verluste bei der Grundstückgewinnbesteuerung zu berücksichtigen. Sofern der Kanton solche Verrechnungen zulässt, erfolgt dies aufgrund des ihm im Rahmen der Steuerharmonisierung verbliebenen Spielraums nach kantonalem Recht (vgl. Art. 12 StHG; Urteile 2C_747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.2 f., in: ASA 80 S. 609, StR 67/2012 S. 48, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 25; 2C_375/2010 vom 22. März 2011 E. 5, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 21; 2C_799/2008 vom 9. April 2009 E. 3.3, in: StE 2009 B 44.13.7 Nr. 24 mit Hinweisen). Die Frage kann folglich auch nicht zum Gegenstand der Doppelbesteuerungsbeschwerde gemacht werden.
Das Bundesgericht hat zwar in seiner jüngeren Rechtsprechung in verschiedenen Konstellationen die Kantone mit Liegenschaften verpflichtet, solche Verluste anzurechnen (<ref-ruling>, 285 E. 4.1 f.; <ref-ruling> E. 4; Urteil 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 3, in: ASA 80 S. 361; s. auch Locher, Interkantonales Steuerrecht, a.a.O., S. 87 ff.; René Matteotti, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 34 Rz. 25 ff. S. 398 f.). Diese Rechtsprechung bezieht sich aber nur auf die Besteuerung im interkantonalen Verhältnis. Es kann daraus nicht geschlossen werden, dass die Verlustverrechnung im monistischen System von Bundesrechts wegen auch innerkantonal zugelassen werden muss (so bereits das Urteil 2C_747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.4 für den Kanton Zürich, in: ASA 80 S. 609, StR 67/2012 S. 48, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 25). Insofern als sich die Beschwerdeführer direkt auf das Gebot der rechtsgleichen Behandlung nach Art. 8 Abs. 1 BV berufen, steht hierfür die Doppelbesteuerungsbeschwerde nicht offen. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten, soweit sie sich gegen die zürcherischen Grundstückgewinnsteuerveranlagungen richtet und die Verluste resp. Vorjahresverluste am Hauptsteuerdomizil betrifft.
3.6. Unzulässig ist schliesslich der Antrag, es seien in der interkantonalen Ausscheidung die AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 den Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen zuzuweisen. Vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau war dessen Steuerausscheidung hinsichtlich der AHV-Beiträge nicht angefochten. Insoweit wurde der kantonale Instanzenzug nicht erschöpft und handelt es sich um ein neues Rechtsbegehren, das unzulässig ist (vgl. vorn E. 1.6).
3.7. Gegenüber den Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen ist die Doppelbesteuerungsbeschwerde nach dem Gesagten somit nicht zulässig, gegenüber dem Kanton Zürich ist sie hinsichtlich der ordentlichen Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern 2003 teilweise - beschränkt auf die Ausscheidung der zürcherischen Vorjahresverluste - zulässig.
4.
Die Beschwerdeführer verlangen, dass der Kanton Zürich (resp. die Gemeinden mit Grundstückgewinnen) Vorjahresverluste in der Höhe von Fr. 4'099'151 übernehmen. Eventualiter habe der Kanton Aargau ohne Berücksichtigung der Zürcher Grundstückgewinne Vorjahresverluste von Fr. 3'998'900 anzuerkennen.
4.1. Vorliegend haben beide Kantone Aargau und Zürich in ihren Steuerausscheidungen die Geschäftsverluste (Vorjahresverluste) am Hauptsteuerdomizil im Kanton Zürich quotenmässig im Verhältnis der auf sie entfallenden Reineinkommen verlegt. Ein nicht verrechenbarer Verlust (Ausscheidungsverlust) ergibt sich aber daraus, dass der Kanton Zürich in seiner Steuerausscheidung die zürcherischen Liegenschaftsgewinne nicht berücksichtigt hat und dadurch eine kleinere Quote am Verlust übernimmt. Er beruft sich hierfür auf das im Kanton Zürich geltende monistische System der Grundstückgewinnbesteuerung.
4.2. Der Kanton Zürich erhebt die Grundstückgewinnsteuer nach dem monistischen System auch auf den Geschäftsliegenschaften, während der Kanton Aargau nach dem dualistischen System Grundstückgewinne auf Geschäftsliegenschaften mit der Einkommens- oder Gewinnsteuer erfasst. Im monistischen System gilt der Grundsatz der getrennten Gewinnermittlung. Das heisst, eine einzelsteuerübergreifende Verlustverrechnung und -anrechnung findet nicht statt (mit Ausnahme bei der Teilveräusserung nach § 224 Abs. 3 StG/ZH).
Trifft in der Steuerausscheidung über Einkommen und Vermögen ein Kanton mit monistischem System auf einen Kanton mit dualistischem System, müssen daher zum Zweck vergleichbarer Verhältnisse alle Grundstückgewinne (Wertzuwachsgewinne) in die Steuerausscheidung einbezogen werden. Das gilt auch für die Wertzuwachsgewinne auf den zürcherischen Liegenschaften. Die Kantone sind zwar frei, ob sie Kapitalgewinne auf Liegenschaften des Geschäftsvermögens nach dem dualistischen System mit der allgemeinen Einkommens- und Gewinnsteuer oder nach dem monistischen System mit der besonderen Grundstückgewinnsteuer erfassen wollen. Das Steuerharmonisierungsgesetz lässt den Kantonen diesbezüglich die Wahl (Art. 12 Abs. 1 und 4 StHG). Doch darf sich die Wahl des Besteuerungssystems nicht zu Ungunsten der übrigen Kantone und des Steuerpflichtigen, der in mehreren Kantonen steuerpflichtig ist, auswirken (<ref-ruling> E. 6.3 S. 261; so bereits 92 I 198 E. 3b).
4.3. Das Kantonale Steueramt Zürich hat in seiner interkantonalen Steuerausscheidung die mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfassten Wertzuwachsgewinne nicht berücksichtigt, sondern nur den Erlös aus dem Verkauf der Liegenschaftsbeteiligung in M._, Kanton Aargau. Das führt dazu, dass in der zürcherischen Ausscheidung der Vorjahresverluste quotal nach Massgabe der Liegenschaftserträge auf den Kanton Aargau ein Anteil von 78.01 % (Fr. 3'197'599) entfällt, während der Kanton Zürich einen solchen von nur 18.07 % (Fr. 740'723) zu übernehmen hat. Würde der Kanton Zürich die zürcherischen Liegenschaftsgewinne ebenfalls berücksichtigen, ergäbe sich für diesen Kanton eine erheblich höhere Quote von rund 60 %, wie die aargauische Steuerausscheidung zeigt.
Zwar ist der Kanton Zürich aufgrund seines monistischen Systems nicht verpflichtet, Grundstückgewinne mit Geschäftsverlusten zu verrechnen (vorn E. 3.5 in fine). Für die Zwecke der Steuerausscheidung sind aber dennoch die zürcherischen Grundstückgewinne (Wertzuwachsgewinne) zu berücksichtigen. Ob die dem Kanton Zürich auf diese Weise zugewiesenen Geschäftsverluste (Vorjahresverluste) mit zürcherischen Grundstückgewinnen verrechnet werden können oder ob sie dem Hauptsteuerdomizil definitiv verhaftet bleiben und die zürcherischen Grundstückgewinnsteuerveranlagungen allenfalls in Revision gezogen werden können, ist keine Frage der interkantonalen Steuerausscheidung, sondern des anwendbaren internen (kantonalen) Rechts (Urteil 2C_747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.4 und 6, in: ASA 80 S. 609, StR 67/2012 S. 48, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 2). Mit der Nichtberücksichtigung des gesamten im Kanton Zürich zur Verfügung stehenden Nettoeinkommens für die Verlustverrechnung im Rahmen der Steuerausscheidung hat der Kanton Zürich daher das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung im Sinne von Art. 127 Abs. 3 BV verletzt.
4.4. Der Kanton Aargau berücksichtigt im Rahmen seiner vom Verwaltungsgericht bestätigten interkantonalen Steuerausscheidung die Zürcher Grundstückgewinne in der Höhe der Wertzuwachsgewinne (vgl. das angefochtene Urteil E. 2.2.). Darin liegt keine Doppelbesteuerung, wie die Beschwerdeführer rügen, weil die ausserkantonalen Gewinne lediglich für die Kapitalausscheidung und zur Satzbestimmung herangezogen werden. Auch das Schlechterstellungsverbot ist nicht verletzt, da der Kanton Aargau damit die Beschwerdeführer nicht stärker besteuert als einen kantonalen Liegenschaftenhändler. Das Vorgehen entspricht auch dem Kreisschreiben Nr. 27 der Schweizerischen Steuerkonferenz zur Vermeidung von Ausscheidungsverlusten (Ziff. 3.1.4).
Die besondere Ausgestaltung der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer kann für den Kanton Aargau nicht bindend sein (<ref-ruling> E. 3b; ferner 131 I 249 E. 6.3 S. 261). Zwar kann nach einer neueren Rechtsprechung des Bundesgerichts ein Liegenschaftskanton verpflichtet werden, einen allfälligen Geschäftsverlust am Hauptsteuerdomizil und allenfalls in weiteren Kantonen bei der Gewinnermittlung anzurechnen (<ref-ruling>, 285; <ref-ruling>). Dies aber erst, wenn im Sitzkanton mangels Einkommen keine Verluste mehr verrechnet werden können: Die erwähnte Rechtsprechung bezieht sich ausdrücklich auf "Ausscheidungsverluste" (<ref-ruling> E. 6, 285 E. 4.1; <ref-ruling> E. 5). Ein Ausscheidungsverlust liegt hier indessen nicht vor. Immerhin betragen die Zürcher Wertzuwachsgewinne rund Fr. 14 Mio., womit der Kanton Zürich über genügend Einkommenssubstrat verfügen würde, um die Vorjahresverluste auszugleichen.
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich teilweise gutzuheissen, dessen Staats- und Gemeindesteuerveranlagung 2003 aufzuheben und die Sache zur Neuvornahme der Steuerausscheidung und Veranlagung an das Kantonale Steueramt Zürich (vgl. Art. 107 Abs. 2 zweiter Satz BGG) zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Auf die Beschwerde gegen die Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der zürcherischen Gemeinwesen ist nicht einzutreten. Gegenüber dem Kanton Aargau ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Da die Beschwerdeführer teilweise unterliegen bzw. auf ihre Beschwerde nicht eingetreten werden kann (Schuldzinsen; AHV-Beiträge), rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten je zur Hälfte dem ebenfalls unterliegenden Kanton Zürich sowie den Beschwerdeführern, diesen unter solidarischer Haftung, aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG). Den Beschwerdeführern ist zu Lasten des Kantons Zürich eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich wird teilweise gutgeheissen, der mit Zustimmungserklärung vom 2. April 2007 anerkannte Einschätzungsvorschlag des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 16. März 2007 wird aufgehoben und die Angelegenheit zur Neuvornahme der Staats- und Gemeindesteuerveranlagung 2003 an das Kantonale Steueramt Zürich zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Auf die Beschwerde gegen die Grundsteuerkommissionen der Stadt F._, der Stadt G._ und der Stadt H._, gegen den Gemeinderat I._ sowie gegen die Grundsteuer-Ausschüsse der Stadt J._ und der Gemeinde K._ wird nicht eingetreten.
3.
Die Beschwerde gegenüber dem Kanton Aargau wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Gerichtskosten von gesamthaft Fr. 8'000.-- werden dem Kanton Zürich und den Beschwerdeführern je zur Hälfte mit Fr. 4'000.-- auferlegt. Die Beschwerdeführer haften für ihre Anteile solidarisch.
5.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
6.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt H._, den Grundsteuerkommissionen der Stadt F._, der Stadt G._ und der Stadt H._, dem Gemeinderat I._, den Grundsteuer-Ausschüssen der Stadt J._ und der Gemeinde K._, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Mai 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann