Faits:
A. A._ et K._, ressortissants turcs, ont été extradés à l'Inde en octobre 1997 pour les besoins d'une procédure pénale relative à des délits d'escroquerie, abus de confiance et corruption. L'extradition, accordée le 9 mai 1997 et confirmée par arrêt du Tribunal fédéral du 16 septembre 1997, ne s'étendait pas aux actes de corruption, et était assortie de diverses conditions relatives au respect du Pacte ONU II, s'agissant notamment des droits de la défense et des conditions de détention, ainsi que du principe de la spécialité.
La Suisse a également transmis à l'autorité indienne, par la voie de l'entraide judiciaire, la documentation relative notamment à des comptes bancaires détenus par A._, K._ et leur société auprès des banques X._ et Y._.
B. Le 24 septembre 2003, l'Ambassade d'Inde à Berne a présenté à l'Office fédéral de la justice (OFJ) une demande tendant à l'audition en vidéoconférence, par un tribunal de Delhi, de responsables des deux banques précitées. Le représentant de la banque Y._ devait expliquer dans quelles circonstances un montant de 37,62 millions d'US$ avait été reçu par cet établissement, puis renvoyé en Inde après que l'ouverture d'un compte ait été refusée. Le représentant de la banque X._ devait confirmer la date d'ouverture de trois comptes, le versement sur l'un d'eux du montant précité, ainsi que différentes opérations effectuées sur instructions de A._; la preuve par pièces de ces opérations était requise. La demande a été transmise au Ministère public de la Confédération (MPC).
Le 3 septembre 2004, après plusieurs échanges de lettres avec l'autorité requérante, le MPC a décidé d'admettre la demande. Les représentants des deux banques seraient cités à comparaître ultérieurement pour déposer par vidéoconférence à l'Ambassade d'Inde à Berne; ils pourraient être assistés d'un conseiller juridique. Le MPC autorisait aussi la présence des fonctionnaires et techniciens étrangers nécessaires au bon déroulement de l'audition. Le principe de la spécialité était également rappelé.
C. A._ et K._ forment un recours de droit administratif contre cette ordonnance, dont ils demandent l'annulation. Le MPC conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours, tout en s'engageant à ne pas procéder à la mesure d'entraide jusqu'à droit jugé. L'OFJ conclut à l'irrecevabilité du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 308).
1.1 Le MPC conteste la qualité pour agir des recourants. L'ensemble des documents bancaires a déjà été remis à l'autorité requérante, et les auditions requises ne pourraient porter que sur des informations dont les témoins sont les seuls ayants droit. Le principe de la spécialité n'empêcherait pas d'accorder l'entraide pour des actes de corruption commis par d'autres accusés. Les recourants, présents dans la salle du Tribunal de Delhi, auraient en outre la possibilité de se faire représenter en Suisse lors de l'audition. L'OFJ relève également qu'en cas d'audition de témoins, seuls ces derniers ont qualité pour recourir; les recourants ne seraient pas touchés par la mesure de contrainte, et ils n'auraient pas d'intérêt à s'opposer à l'audition puisque celle-ci porte sur des documents que l'autorité requérante possède déjà. Les recourants auraient en outre la possibilité d'interroger eux-mêmes les témoins. Si ceux-ci avaient accepté de se rendre à Delhi, les recourants n'auraient pu s'y opposer.
1.2 Selon l'art. 80h let. b de la loi fédérale sur l'entraide internationale en matière pénale (EIMP, RS 351.1), la qualité pour agir contre une mesure d'entraide judiciaire est reconnue à celui qui est personnellement et directement touché. La personne visée par la procédure pénale étrangère peut recourir aux mêmes conditions (art. 21 al. 3 EIMP). L'art. 9a de l'ordonnance du 24 février 1982 sur l'entraide internationale en matière pénale (OEIMP; RS 351.11) précise que sont réputés personnellement et directement touchés, au sens des art. 21 al. 3 et 80h EIMP, le titulaire du compte en cas d'informations sur celui-ci (let. b).
Sur la base de ces dispositions, la jurisprudence reconnaît la qualité pour recourir à la personne qui doit se soumettre personnellement à une perquisition ou une saisie (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 163-164 et les exemples de jurisprudence cités). La personne entendue à titre de témoins a également qualité, au sens de l'art. 80h let. b EIMP, pour s'opposer à son audition et la transmission du procès-verbal y relatif, mais uniquement dans la mesure où les renseignements communiqués le concernent personnellement ou lorsqu'il se prévaut de son droit de refuser de témoigner (<ref-ruling> consid. 2d/bb p. 261). En principe, la personne poursuivie à l'étranger n'a pas qualité pour s'opposer au témoignage d'un tiers, quand bien même il pourrait se trouver ainsi mis en cause (<ref-ruling> consid. 2b p. 182). A titre exceptionnel toutefois, la jurisprudence reconnaît la qualité pour agir des personnes concernées par les déclarations du témoin, lorsque ce dernier donne des renseignements complets sur des comptes bancaires, équivalant à la production de la documentation; la légitimation des titulaires des comptes concernés est reconnue, dans ce cas, sur la base des art. 80h let. b EIMP et 9a OEIMP.
1.3 En l'occurrence, l'autorité requérante a déjà en sa possession les documents relatifs aux comptes bancaires détenus par les recourants. Selon la demande d'entraide, les témoins devront notamment être appelés à garantir l'authenticité de ces documents; le représentant de la banque Y._ devra indiquer les raisons pour lesquelles l'ouverture d'un compte a été refusée; le représentant de la banque X._ devra pour sa part prouver l'existence d'un crédit de 37,62 millions d'US $, ainsi que de différents transferts ultérieurs de ces fonds; il devra en outre apporter la preuve par pièces des instructions données par A._ au sujet des versements et transferts à effectuer, en produisant certains justificatifs de débits et de crédits. Dès lors, même si les documents bancaires ont déjà été remis à l'autorité requérante, les témoins seront appelés à apporter des indications très précises au sujet de la gestion des comptes détenus notamment par les recourants. Leur déposition est en outre destinée à donner une force probante supplémentaire aux différents documents déjà en possession du juge de Delhi; les renseignements seront en outre directement utilisables par le juge du fond. La mesure d'entraide envisagée s'apparente donc dans une large mesure à la remise de pièces bancaires, de sorte que les recourants doivent se voir reconnaître la qualité pour agir.
1.4 L'acte attaqué est intitulé "ordonnance d'entrée en matière et décision incidente". Le MPC a toutefois admis la requête tendant à l'organisation d'une vidéoconférence par laquelle les témoins seront directement interrogés par le magistrat et les parties à l'étranger. Les déclarations des témoins seront ainsi transmises de manière immédiate, sans apparemment qu'aucun contrôle n'ait été prévu quant à leur contenu. On ne voit pas, dans ces circonstances, sur quoi pourrait porter ultérieurement une décision de clôture. La décision attaquée doit bien plutôt être considérée comme une décision de transmission au sens de l'art. 80g al. 1 EIMP. De toute façon, s'il fallait la considérer comme une décision incidente, les conditions posées à l'art. 80g al. 2 EIMP seraient manifestement réalisées: l'interrogatoire direct par l'autorité requérante et la transmission immédiate des réponses des témoins est susceptible de causer un dommage irréparable, dans la même mesure - et même davantage - que la présence des enquêteurs étrangers au sens de l'art. 80e let. b ch. 2 EIMP: le mode de faire adopté par le MPC implique en effet que les renseignements demandés parviendront à l'autorité requérante sans qu'il puisse être préalablement statué sur l'octroi et l'étendue de l'entraide (art. 65a al. 3 EIMP; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 215-216). Il y a lieu, par conséquent, d'entrer en matière.
2. Pour les recourants, l'audition par vidéoconférence ne serait prévue ni par l'échange de lettres, ni par l'EIMP. Le deuxième protocole additionnel à la Convention européenne d'entraide judiciaire en matière pénale du 20 avril 1959 (CEEJ; RS 0.351.1), non encore en vigueur pour la Suisse, ne saurait de toute façon profiter à l'Etat requérant. Les autorités indiennes ne seraient pas non plus en droit d'obtenir la mesure requise selon leur propre législation, car le juge spécial compétent a déjà ordonné la clôture de la procédure probatoire dans le procès.
Selon le MPC, la mesure d'entraide serait prévue dans l'échange de lettres du 20 février 1989 entre l'Inde et la Suisse, au titre des "autres modes de coopération" dont sont convenus les deux Etats. Il ne s'agirait que d'une simple modalité d'une audition de témoins. Ces derniers ayant refusé de se déplacer en Inde, il ne resterait plus au tribunal compétent que de se rendre in corpore en Suisse, ou d'autoriser une vidéoconférence.
2.1 L'échange de lettres du 20 février 1989 entre l'Inde et la Suisse concernant l'entraide judiciaire en matière pénale (RS 0.351.942.3) doit être considéré comme un véritable traité constituant la base de la coopération entre les deux Etats (<ref-ruling> consid. 2 p. 141). Aux termes de cet accord, les parties s'octroient, sur la base de la réciprocité et conformément à leur loi nationale, l'entraide la plus large possible, selon les modes énumérés aux points 1 à 7 de l'échange. Cela comprend l'obtention de moyens de preuve par l'application de mesures de contrainte - moyennant le respect de la condition de la double incrimination - et l'audition de personnes sans application de moyens de contrainte. Selon le ch. 7, d'autres formes d'entraide peuvent se présenter, les deux Etats se déclarant prêts à envisager, sur demande et dans des cas particuliers, d'autres modes de coopération.
2.2 L'art. 63 EIMP définit les différents actes d'entraide qui peuvent être effectués par la Suisse à la demande d'une autorité étrangère; il précise que ces actes doivent être "admis en droit suisse". Les mesures d'audition et de confrontation sont certes prévues (art. 63 al. 2 let. b EIMP), mais pas selon les modalités de la vidéoconférence. Dans son message relatif au deuxième protocole additionnel à la CEEJ, le Conseil fédéral admet que ce moyen n'est pas explicitement prévu par le droit de procédure suisse; il estime que les art. 65 et 65a EIMP pourraient autoriser le recours à un tel moyen de preuve (FF 2003 p. 2887). Toutefois, comme le relève Zimmermann (La coopération judiciaire internationale en matière pénale, Berne 2004, n. 246-1), l'art. 65 EIMP permet uniquement de confirmer les dépositions selon les exigences du droit de l'Etat requérant, mais non d'effectuer des actes qui ne sont pas prévus par le droit suisse. La forme applicable à la confirmation des dépositions doit de toute façon respecter le droit suisse (al. 2).
Quant à l'art. 65a EIMP, s'il permet aux enquêteurs étrangers de participer en Suisse à l'exécution des actes d'entraide, cette participation ne doit pas avoir pour conséquence que des informations confidentielles ne parviennent à l'autorité requérante avant qu'il ne soit statué sur l'octroi et l'étendue de l'entraide (art. 65a al. 3 EIMP). La pratique a dégagé une série de principes à respecter dans ce cadre: l'autorité d'exécution doit contrôler strictement la participation des enquêteurs étrangers en dirigeant les investigations (art. 26 al. 2 OEIMP), et en obtenant au besoin l'assurance de l'Etat requérant que les renseignements ne seront pas utilisés avant l'octroi définitif de l'entraide (<ref-ruling> consid. 6c p. 562 et les arrêts cités, 113 Ib 157 consid. 7c p. 169).
Comme il l'a déjà été relevé ci-dessus, la transmission immédiate au juge étranger de la déposition de témoins apparaît incompatible avec ces exigences. Selon l'ordonnance attaquée, le juge de Delhi, ainsi que les parties, pourront poser librement leurs questions, auxquelles les témoins devront immédiatement répondre, sans qu'aucun contrôle préalable ne soit prévu par l'autorité d'exécution suisse. Toutes les personnes présentes dans la salle du Tribunal pourront ainsi prendre directement connaissance des déclarations des témoins. Il en résulte un risque évident de diffusion non contrôlée de ces informations à l'étranger, contrairement notamment au principe de la spécialité. On ne saurait par conséquent soutenir que l'audition par vidéoconférence ne serait qu'une modalité d'application de l'art. 65a EIMP.
2.3 Dès l'entrée en vigueur du Protocole II à la CEEJ, la Suisse ne pourra plus refuser à un Etat partie l'exécution d'une vidéoconférence au motif que celle-ci ne peut trouver son fondement dans le droit interne. En effet, selon l'art. 9 par. 2 du protocole, à défaut de déclaration inverse, la partie requise consent à un tel moyen de preuve, pour autant que le recours à cette méthode ne soit pas contraire aux principes fondamentaux de son droit. Cette dernière mention ne permet pas de rejeter une demande d'entraide judiciaire au motif que le droit interne ne prévoit pas ce moyen (FF 2003 p. 2885). L'obligation d'aménager une vidéoconférence découlera, dans ce cas, de l'engagement international exprès de la Suisse (Zimmermann, op. cit. n° 246-1). Or, rien de tel n'a été convenu dans l'échange de lettres avec l'Inde.
2.4 Non prévue par le droit conventionnel et interne, l'audition par vidéoconférence se heurterait également à d'autres principes fondamentaux fixés dans l'EIMP.
Sous réserve des règles de procédure particulières figurant dans la convention, et qui pourraient s'appliquer dans la mesure où elles rendent plus aisée la collaboration internationale (principe de faveur), la procédure à suivre en Suisse est exclusivement régie par l'EIMP, soit, pour les demandes d'entraide, les art. 75 ss EIMP. La référence conventionnelle à la loi nationale se rapporte en effet à la procédure d'entraide judiciaire à suivre dans l'Etat requis (<ref-ruling> consid. 5b p. 142 concernant l'échange de lettres avec l'Inde; <ref-ruling> consid. 4b p. 121 concernant l'art. 3 CEEJ). Après un examen préliminaire d'admissibilité, l'autorité compétente rend une décision d'entrée en matière sommairement motivée et procède aux actes d'entraide requis (art. 80a EIMP). Elle doit ensuite procéder au tri des renseignements obtenus et écarter, avec la participation des ayants droit, ceux qui n'ont aucun intérêt potentiel pour l'enquête (<ref-ruling> consid. 4.3 et 4.4 p. 16 ss). Elle rend ensuite sa décision de clôture motivée (art. 80d EIMP), contre laquelle les personnes touchées peuvent recourir (art. 80e ss EIMP). Ces principes sont évidemment applicables aux dépositions de témoins devant l'autorité d'exécution: aucun renseignement utilisable par l'autorité requérante ne doit en principe lui parvenir avant l'entrée en force de la décision de clôture.
2.5 En l'occurrence, la vidéoconférence telle qu'envisagée par le MPC ne satisfait pas à ces exigences procédurales. Les témoins seront directement entendus par le juge étranger, sans aucun droit de contrôle et d'intervention de l'autorité d'exécution. Les réponses des témoins seront transmises au Tribunal de Delhi, sans que l'autorité d'exécution ne puisse vérifier au préalable le respect du principe de la proportionnalité; toute procédure de tri est exclue, et aucune protection juridique n'est prévue pour les éventuels ayants droit - dont le cercle ne peut être définitivement fixé qu'à l'issue de l'audition, en fonction des renseignements donnés par les témoins. La procédure suivie n'offre également aucune garantie du point de vue du principe de la spécialité, puisque les informations transmises seront accessibles à toutes les personnes présentes au procès.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis et la décision attaquée annulée, sans qu'il y ait lieu d'examiner les autres griefs soulevés par les recourants. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire (art. 156 al. 1 OJ), mais une indemnité de dépens allouée aux recourants est mise à la charge du MPC.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision attaquée est annulée.
2. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée aux recourants, à la charge du Ministère public de la Confédération.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourants et au Ministère public de la Confédération, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice, Division des affaires internationales, Section de l'entraide judiciaire internationale (B 102767/12).
Lausanne, le 15 décembre 2004
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: