Faits:
A. Par jugement du 11 décembre 2009, le Tribunal de police du district du Val-de-Travers a condamné X._, pour infractions aux art. 19 et 19a LStup et blanchiment d'argent (<ref-law>), à 180 jours-amende à 30 fr. le jour, avec sursis durant 2 ans, ainsi qu'à 500 fr. d'amende.
B. Par arrêt du 16 septembre 2011, la Cour de cassation pénale du canton de Neuchâtel a rejeté le recours de X._.
C. Celui-ci forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, sous suite de frais, à sa libération de l'infraction réprimée par l'<ref-law>. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recourant se prévaut d'une violation des art. 10, 12 et 41 Cst. pour le motif que sa consommation de stupéfiants était légitimée par son état de santé et constituait un traitement adéquat.
L'arrêt attaqué ne contient aucun examen des dispositions constitutionnelles précitées. Le recourant ne prétend pas qu'il aurait déjà soulevé des griefs d'ordre constitutionnel en instance cantonale et que la cour cantonale aurait commis un déni de justice en ne les examinant pas. Il n'établit ainsi pas avoir satisfait à l'exigence de l'épuisement des instances relativement aux griefs constitutionnels invoqués, lesquels sont par conséquent irrecevables (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93).
2. Le recourant conteste sa condamnation en vertu de l'<ref-law>. Il met en cause la réalisation de l'élément subjectif. On comprend de sa motivation qu'il entend bénéficier de l'<ref-law> (erreur sur l'illicéité) non seulement pour ce qui concerne les fleurs de cannabis mais également le haschich (résine de cannabis) qu'il a consommé.
2.1 A l'instar du juge de première instance, la cour cantonale a considéré que le recourant devait bénéficier de l'<ref-law> pour sa consommation de cannabis. Cette solution se fondait sur le fait que le médecin traitant du recourant lui avait prescrit en 2001 et précédemment à une date indéterminée, probablement en 1994, de consommer des fleurs de chanvre à titre thérapeutique en raison d'une maladie rhumatismale grave. Deux décisions judiciaires respectivement du 10 août 2001 et du 18 février 2002 avaient admis la consommation de cannabis en raison de la prescription médicale précitée. En revanche, la cour cantonale a refusé d'appliquer l'<ref-law> à la consommation de haschich. Elle a mis en avant que la décision judiciaire du 18 février 2002 avait déjà retenu l'application de l'<ref-law> en raison de la consommation de haschich par le recourant, l'autorité judiciaire ayant alors expressément relevé que cette substance ne faisait pas partie de la prescription du médecin traitant. La cour cantonale a également indiqué que le haschich avait des effets plus forts que les fleurs de cannabis, ce que le recourant ne pouvait ignorer. Elle a en outre précisé que la prescription du médecin n'était pas conforme à l'art. 47 OCStup (RS 812.121.1).
2.2 Selon l'<ref-law>, quiconque ne sait ni ne peut savoir au moment d'agir que son comportement est illicite n'agit pas de manière coupable. Le juge atténue la peine si l'erreur était évitable. Cette disposition règle le cas où l'auteur se trompe sur le caractère illicite de l'acte. Pour qu'il y ait erreur sur l'illicéité, il faut que l'auteur ait agi alors qu'il se croyait en droit de le faire, question qui relève de l'établissement des faits. Lorsque le doute est permis quant à la légalité d'un comportement, l'auteur doit, dans la règle, s'informer de manière plus précise auprès de l'autorité compétente (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 18 et les références citées). L'erreur sur l'illicéité ne saurait être admise lorsque l'auteur doutait lui-même ou aurait dû douter de l'illicéité de son comportement (<ref-ruling> consid. 5b) ou lorsqu'il savait qu'une réglementation juridique existe, mais qu'il a négligé de s'informer suffisamment à ce sujet (<ref-ruling> consid. 5b).
2.3 En l'espèce, comme le relève le recourant, la référence faite par la cour cantonale à l'art. 47 OCStup est sans pertinence, la prescription du médecin traitant et le comportement reproché au recourant étant antérieurs à cette réglementation. Cet aspect n'est toutefois pas déterminant pour juger de l'application de l'<ref-law>. Compte tenu de la décision judiciaire du 18 février 2002, qui indiquait expressément que le haschich n'était pas couvert par la prescription du médecin, les autorités précédentes ont retenu que le recourant avait agi avec conscience et volonté. Autrement dit, il ne pouvait pas se croire en droit d'agir. Le recourant ne formule aucun grief recevable au regard de l'<ref-law> contre le fait ainsi retenu en instance cantonale et qui lie donc le Tribunal fédéral. Il ne formule pas non plus de critique recevable contre la constatation de la cour cantonale selon laquelle le haschich diffère des fleurs de cannabis car c'est une substance plus forte. Dans ces conditions, c'est à juste titre que la cour cantonale a exclu l'application de l'<ref-law>. La condamnation en vertu de l'<ref-law> ne viole pas le droit fédéral.
3. Comme les conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 21 novembre 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Paquier-Boinay