Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht St. Gallen verurteilte X._ am 7. Dezember 2006 wegen Veruntreuung zu einer Gefängnisstrafe von 6 Wochen, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von 2 Jahren. X._ wird vorgeworfen, er habe sich im Juni 2000 für das Geschäftsjahr 1999/2000 zu Lasten seiner Arbeitgeberin, der A._ AG, zu Unrecht einen Bonus von Fr. 118'800.-- auszahlen lassen.
Gegen das Urteil des Kreisgerichts St. Gallen erhoben X._ Berufung und die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen Anschlussberufung.
Im Verlauf des Berufungsverfahrens und eines zugleich hängigen arbeitsgerichtlichen Verfahrens, am 25. Januar 2008, einigten sich X._ und die B._ SA, von welcher die A._ AG in der Zwischenzeit absorbiert worden war, in einem Vergleich über die zivilrechtlichen Folgen der X._ als Veruntreuung vorgeworfenen Bonuszahlung und der damit begründeten fristlosen Entlassung, wobei X._ den von ihm bezogenen Bonus behalten konnte, die B._ SA sich zudem zu einer Nachzahlung von Fr. 220'000.-- an ihn verpflichtete und ihr Desinteresse an dessen Verurteilung erklärte.
B. Das Kantonsgericht St. Gallen sprach X._ mit Entscheid vom 25. März 2009 der Veruntreuung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 80 Tagessätzen zu Fr. 240.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von 2 Jahren.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen sei aufzuheben, und er sei freizusprechen; eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Staatsanwaltschaft und das Kantonsgericht St. Gallen haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer war seit 1. Juni 1994 als Direktor und verantwortlicher Leiter der in St. Gallen ansässigen Firma A._ AG tätig. Diese war damals eine Konzerngesellschaft der in O._ domizilierten B._ SA. Sie wurde später, nach der vorliegend inkriminierten Handlung vom Juni 2000, von der Muttergesellschaft absorbiert und ist heute eine Zweigniederlassung der B._ SA.
Der Beschwerdeführer hatte gemäss seinem Arbeitsvertrag mit der A._ AG nach Abschluss des Geschäftsjahres, das jeweils vom 1. Juni bis zum 31. Mai dauerte, Anspruch auf einen Bonus, der mit Rücksicht auf das im abgeschlossenen Geschäftsjahr erzielte Resultat im Verhältnis zum Budget kalkuliert wurde.
Im Geschäftsjahr 1999/2000 wurde das bestehende Bonussystem einer Diskussion unterzogen. Der Beschwerdeführer gab in einem Gespräch vom 28. Januar 2000 mit C._, damals Vizepräsident des Verwaltungsrats der A._ AG und Generaldirektor der B._ SA, seiner Unzufriedenheit über das bestehende Bonussystem Ausdruck, das seines Erachtens zu stark vom Budget anstatt vom erzielten Resultat abhing. C._ erläuterte, dass ein neues Bonussystem entwickelt werde. An einer Besprechung vom 2. März 2000 stellte D._, damals Mitglied des Verwaltungsrats der A._ AG und Finanzchef der B._ SA, dem Beschwerdeführer und E._, damals kaufmännischer Leiter der A._ AG, ein neues Modell samt simulierter Kalkulation vor. Danach sollte der Bonus neu aus vier Stufen berechnet werden, wobei die letzte Stufe das Gruppenergebnis der B._ SA bildete. Die Simulation ergab unter Berücksichtigung der ersten drei Stufen für den Beschwerdeführer einen geschätzten Bonus von Fr. 118'809.--. Gemäss einer Aktennotiz vom 13. März 2000 erklärte sich der Beschwerdeführer mit diesem Modell grundsätzlich einverstanden unter anderem mit der Bemerkung, dass die Bonuszahlung für das Geschäftsjahr 1999/2000 nach dem alten Modus ermittelt werden und die neue Regelung mit entsprechenden Anpassungen der Anstellungsverträge für das Geschäftsjahr 2000/2001 in Kraft treten sollte. Der Beschwerdeführer erklärte sich auch in einem Schreiben vom 10. April 2000 an F._, damals Vizepräsident des Verwaltungsrates der A._ AG sowie Verwaltungsratspräsident und CEO der B._ SA, mit der vorgeschlagenen neuen Lösung grundsätzlich einverstanden und rief dazu auf, das neue System möglichst bald einzuführen. Zugleich machte er deutlich, dass er und E._ aber unter keinen Umständen einen Lohn und Bonus akzeptieren würden, der tiefer als im Geschäftsjahr 1998/1999 ausfalle.
In der Folge kam es zwischen dem Beschwerdeführer und der Zentrale der B._ SA zu Unstimmigkeiten im Zusammenhang mit der Einführung des neuen Bonusmodells. Die Zentrale der B._ SA wünschte unter anderem die Herausgabe der Kaderverträge, um die entsprechenden Vertragsanpassungen im Hinblick auf die Einführung des neuen Modells vorzunehmen. Der Beschwerdeführer war dazu vorerst nicht bereit. Ein Treffen des Beschwerdeführers und von E._ mit der neuen Personaldirektorin der B._ SA, G._ am 24. Mai 2000, endete unter anderem aufgrund des unkooperativen Verhaltens des Beschwerdeführers ohne Ergebnis.
H._, als Nachfolger von D._ seit Anfang Juni 2000 neuer Finanzchef der B._ SA, erinnerte in einem E-Mail vom 20. Juni 2000 den Beschwerdeführer unter anderem daran, "que la règle du Groupe est de payer les bonus en juillet sur la base des comptes définitifs révisés de l'exercice précédent", und er bat darum, "de ne pas déroger à cette règle".
Mit Valuta vom 26. Juni 2000 wurden aufgrund eines Zahlungsauftrags, welchen der Beschwerdeführer und E._ gemeinsam ausgelöst hatten, die Juni-Löhne und die Bonuszahlungen an sie beide und insgesamt neun weitere Kaderangestellte der A._ AG im Gesamtbetrag von Fr. 1'399'352.50 von der St. Gallischen Kantonalbank zulasten des Kontos der A._ AG ausbezahlt. Der dem Beschwerdeführer ausbezahlte Betrag belief sich auf Fr. 138'973.15, wovon Fr. 118'800.-- auf den Bonus für das Geschäftsjahr 1999/2000 entfielen. E._ bezog Fr. 94'059.30, wovon Fr. 81'150.-- den Bonus bildeten.
Mit eingeschriebenem Brief vom 30. Juni 2000 erinnerte I._, Mitglied des Verwaltungsrats der A._ AG und innerhalb der B._ SA für dieses Labor zuständig, den Beschwerdeführer und E._ an das E-Mail von H._ vom 20. Juni 2000, wonach die Bonuszahlungen erst im Juli aufgrund der definitiven und revidierten Jahresrechnungen vorzunehmen seien. Der Entscheid betreffend den Bonus werde, wie in den vergangenen Jahren, von der Direktion der B._ SA getroffen. I._ forderte den Beschwerdeführer und E._ ultimativ zur Rückzahlung des bezogenen Bonus bis spätestens 12. Juli 2000 auf. Während E._ der Aufforderung nachkam, leistete der Beschwerdeführer die verlangte Rückzahlung nicht. Zu einer Aussprache in der Zentrale der B._ SA in O._, zu welcher er von F._ auf den 10. Juli 2000 beordert wurde, erschien der Beschwerdeführer, der ferienhalber im Ausland weilte, nicht, obschon ihm von der Arbeitgeberin ein Ticket für den Flug vom Ferienort nach O._und zurück in der Business-Class zur Verfügung gestellt wurde.
Mit Schreiben vom 18. Juli 2000 sprach die A._ AG dem Beschwerdeführer die fristlose Kündigung des Arbeitsverhältnisses aus.
2. Der Beschwerdeführer erhebt in seiner umfangreichen Beschwerdeschrift eine Vielzahl von Einwänden. Er rügt im Wesentlichen, die Vorinstanz habe die Beweise willkürlich gewürdigt, den Sachverhalt nicht vollständig abgeklärt, bundesrechtliche Beweislast- und Beweisführungsregeln mannigfach missachtet, sich mit seinen zahlreichen Vorbringen im Berufungsverfahren überhaupt nicht auseinandergesetzt und dadurch sowie durch die Abweisung sämtlicher Beweisanträge seinen Anspruch auf rechtliches Gehör sowie ihre Begründungspflicht verletzt. Selbst auf der Grundlage der von der Vorinstanz festgestellten Tatsachen falle ein Schuldspruch wegen Veruntreuung ausser Betracht. Die fremden Vermögenswerte seien ihm nicht anvertraut gewesen, da er bloss kollektivzeichnungsberechtigt gewesen sei und somit über das Konto der A._ AG bei der St. Gallischen Kantonalbank nicht allein, sondern lediglich zusammen mit einer andern Person (im konkreten Fall mit E._) habe verfügen können. Die inkriminierte Bonuszahlung sei nicht unrechtmässig gewesen, da allfällige Beschlüsse, Weisungen und Usanzen der B._ SA, gegen welche die Zahlung nach der Auffassung der Vorinstanz verstossen habe, für die A._ AG und somit für ihn nicht verbindlich gewesen seien. Er habe weder vorsätzlich noch in der Absicht unrechtmässiger Bereicherung gehandelt. Dass er nicht die Verrechnung mit Gegenforderungen gegen die A._ AG erklärt habe, sei entgegen der Meinung der Vorinstanz unerheblich. Mit der Frage, ob er in diesem oder jenem Punkt einem Sachverhaltsirrtum erlegen sei, habe sich die Vorinstanz trotz seiner diesbezüglichen Vorbringen im Berufungsverfahren nicht befasst. Im Weiteren macht der Beschwerdeführer geltend, dass jedenfalls in Anwendung von <ref-law> oder <ref-law> von Bestrafung abzusehen sei.
3. 3.1 Innerhalb der B._ SA, zu welcher die A._ AG als deren Tochtergesellschaft gehörte, bestanden unstreitig keine allgemeinen, für alle Laborverantwortlichen verbindlichen Weisungen in schriftlicher Form über die Festsetzung und Auszahlung der Boni. Es war nach den Feststellungen der Vorinstanz aber seit Jahren ein bestimmtes Prozedere üblich, welches im angefochtenen Entscheid als eingelebte Praxis bezeichnet wird. Die einzelnen Laborverantwortlichen und somit auch der Beschwerdeführer als Verantwortlicher der A._ AG reichten aufgrund ihrer Jahresabschlüsse dem Finanzchef der B._ SA ihre Bonuszahlungsanträge ein. Die Anträge wurden vom Finanzchef geprüft und anschliessend dem Verwaltungsrat der B._ SA zum Entscheid vorgelegt. Dass dieses Prozedere bestand, bestritt der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht (siehe angefochtener Entscheid S. 5/6; erstinstanzliches Urteil S. 11). An diese innerhalb der B._ SA für deren Tochtergesellschaften geltende Regelung wurde der Beschwerdeführer durch das E-Mail des neuen Finanzchefs der B._ SA vom 20. Juni 2000 erinnert.
Was der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzlichen Feststellungen betreffend dieses übliche Prozedere in tatsächlicher Hinsicht vorbringt, erschöpft sich in einer appellatorischen Kritik, die zur Begründung der Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung nicht genügt. Die Vorinstanz hat weder das Willkürverbot verletzt noch den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör missachtet, indem sie sich insoweit unter anderem auf die Zeugenaussagen von F._ und D._ stützte (vgl. angefochtenes Urteil S. 5) und die Beweisanträge des Beschwerdeführers in antizipierter Beweiswürdigung abwies.
3.2 Das neue Bonussystem sollte nach den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz erst auf das Geschäftsjahr 2000/2001 eingeführt werden und war zum Zeitpunkt der inkriminierten Handlung vom Juni 2000 noch nicht in Kraft, was auch dem Beschwerdeführer klar war, wie dieser an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung selber einräumte (siehe erstinstanzliches Urteil S. 9/10).
3.2 Das neue Bonussystem sollte nach den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz erst auf das Geschäftsjahr 2000/2001 eingeführt werden und war zum Zeitpunkt der inkriminierten Handlung vom Juni 2000 noch nicht in Kraft, was auch dem Beschwerdeführer klar war, wie dieser an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung selber einräumte (siehe erstinstanzliches Urteil S. 9/10).
3.3 3.3.1 Der Beschwerdeführer behauptet, es sei ihm an einer Sitzung vom 25. Juni 1999 von F._ und C._ im Sinne einer Übergangsregelung zugesichert worden, dass er für das Geschäftsjahr 1999/2000 einen mindestens so hohen Bonus erhalten werde wie im Vorjahr (d.h. mindestens Fr. 110'000.--). An einer Sitzung vom 27. Januar 2000 habe C._ diese Zusicherung bekräftigt und ihm einen Bonus von Fr. 158'000.-- in Aussicht gestellt. An einer weiteren Sitzung vom 2. März 2000 habe D._ das neue Bonusmodell samt Kalkulation vorgestellt und im Detail erörtert. Der Beschwerdeführer sieht eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör darin, dass sich die Vorinstanz mit diesen von ihm bereits im kantonalen Verfahren vorgetragenen Einwänden überhaupt nicht auseinandergesetzt und die diesbezüglichen Beweisanträge unter anderem auf Einvernahme von F._ und C._ als Zeugen ohne Begründung abgewiesen habe. Damit habe die Vorinstanz wohl kaschieren wollen, dass die erste Instanz eine solche Übergangsregelung trotz der von ihr zum Ausdruck gebrachten Zweifel verneint und damit den Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweislastregel verletzt habe.
3.3.2 Wäre dem Beschwerdeführer für das Geschäftsjahr 1999/2000 tatsächlich im Sinne einer Übergangsregelung ein höherer als der ihm gemäss dem alten Modell zustehende Bonus verbindlich zugesichert worden, so hätte er sich nach der willkürfreien Beweiswürdigung der kantonalen Instanzen zweifellos beispielsweise in seinem Schreiben vom 10. April 2000 an F._ - worin er zu verstehen gab, dass er keinen Bonus akzeptieren werde, der unter dem ihm für das Geschäftsjahr 1998/1999 ausgerichteten Bonus von Fr. 110'000.-- liege - auf entsprechende Zusicherungen berufen (siehe angefochtenes Urteil S. 6/7 in Verbindung mit dem erstinstanzlichen Entscheid S. 10). Dies tat er aber nicht. Auch beispielsweise auf das E-Mail des neuen Finanzchefs der B._ SA vom 20. Juni 2000 reagierte der Beschwerdeführer nicht, etwa in dem Sinne, dass er aufgrund verbindlicher Zusicherungen einen Rechtsanspruch auf einen Bonus in dem von ihm bezogenen Betrag habe. Allerdings hatte der Beschwerdeführer für das Geschäftsjahr 1998/1999 einen Bonus von Fr. 110'000.-- erhalten. Dabei handelte es sich nach den willkürfreien Feststellungen der kantonalen Instanzen indessen um einen "Superbonus", welcher den ihm vertraglich zustehenden Bonus für jenes Geschäftsjahr überstieg und ihm ausbezahlt wurde in Anerkennung für die unternommenen Arbeiten sowie in der Überzeugung, dass sein weiterhin aktiver Einsatz zum Erfolg der Gruppe beitragen werde (siehe erstinstanzliches Urteil S. 3, 10). Wohl hatte der Beschwerdeführer subjektiv die Erwartung, dass ihm für das Geschäftsjahr 1999/2000 wiederum ein mindestens gleich hoher Bonus ausbezahlt würde, und wollte er dies auch mit Entschiedenheit durchsetzen, wofür allenfalls gute Gründe bestanden haben mochten. Dies bedeutet indessen nicht, dass der Beschwerdeführer objektiv einen diesbezüglichen Rechtsanspruch hatte oder wenigstens subjektiv, und sei es allenfalls sachverhaltsirrtümlich, meinte, dass ein solcher Rechtsanspruch bestehe. Im Übrigen räumte der Beschwerdeführer in seinen Einvernahmen ein, dass die frühzeitige Bonuszahlung "ohne explizite Rücksprache" "nicht gerade elegant" und "schon ein bisschen eine Kompetenzüberschreitung" gewesen sei (siehe angefochtenes Urteil S. 6). Die weitere Behauptung des Beschwerdeführers, dass die vorinstanzliche Feststellung betreffend die Höhe des ihm nach dem alten System für das Geschäftsjahr 1999/2000 zustehenden Bonus (Fr. 87'127.--) falsch sei, beruht auf blossen Vermutungen und reicht zur Begründung einer Willkürrüge nicht aus. Im Übrigen weicht die fragliche Feststellung nicht wesentlich von den eigenen Aussagen des Beschwerdeführers ab, wonach ihm (gemäss dem alten System) ein Bonus von rund Fr. 90'000.-- zugestanden hätte (siehe erstinstanzliches Urteil S. 20). Der Beschwerdeführer wusste nach den willkürfreien Feststellungen der kantonalen Instanzen, dass der von ihm im Juni 2000 eigenmächtig in Missachtung der konzerninternen Regeln bezogene Bonus von Fr. 118'800.-- den Bonus, auf welchen er für das Geschäftsjahr 1999/2000 Anspruch haben konnte, überstieg.
3.3.3 Der Beschwerdeführer macht wie im Berufungsverfahren geltend, dass in Anbetracht der vertraglichen Vereinbarungen betreffend Reallohnerhöhung sein Jahreslohn hätte erhöht werden müssen, was auch zu einer entsprechenden Erhöhung der Boni geführt hätte, welche ihm über Jahre hinweg vorenthalten worden sei. Selbst die A._ AG habe durch den Abschluss des Vergleichs im Berufungsverfahren anerkannt, dass ihm über den bezogenen Bonus hinaus noch weitere finanzielle Ansprüche zustanden. Indem die Vorinstanz sich mit seinen diesbezüglichen Vorbringen nicht auseinandergesetzt habe, habe sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
Der Einwand geht an der Sache vorbei. Massgebend ist allein, welcher Bonus dem Beschwerdeführer nach der im Zeitpunkt der inkriminierten Handlung geltenden Regelung zustand. Der Beschwerdeführer behauptet im Übrigen nicht, er habe den Bezug eines Bonus von Fr. 118'800.-- im Juni 2000 etwa gegenüber dem Finanzchef der B._ SA, H._, auf dessen E-Mail vom 20. Juni 2000 oder gegenüber dem Mitglied der Geschäftsdirektion und Leiter des Rechtsdienstes der B._ SA, I._, auf dessen Schreiben vom 30. Juni 2000 unter Berufung auf ihm zustehende Ansprüche auf Reallohnerhöhung begründet.
4. Der Veruntreuung macht sich gemäss <ref-law> schuldig, wer ihm anvertraute Vermögenswerte unrechtmässig in seinem oder eines anderen Nutzen verwendet.
4.1 Gemäss den Erwägungen der Vorinstanz hat der Beschwerdeführer den objektiven Tatbestand dieser Bestimmung durch die inkriminierte Bonuszahlung an sich selbst erfüllt. Die auf dem Konto der A._ AG bei der St. Gallischen Kantonalbank liegenden Vermögenswerte seien für ihn fremd gewesen. Er habe zusammen mit E._ über dieses Bankkonto verfügen können. Die fremden Vermögenswerte seien ihm daher anvertraut gewesen. Daran ändere nichts, dass neben dem Treuhänder auch der Treugeber weiterhin über das Konto habe verfügen können. Der Beschwerdeführer habe durch die inkriminierte Bonuszahlung ihm anvertraute fremde Vermögenswerte unrechtmässig verwendet, da er dadurch gegen konzerninterne Verfahrensregeln beziehungsweise Usanzen verstossen habe. Die Auszahlung des Bonus sei deshalb unrechtmässig gewesen und in Verletzung der arbeitsrechtlichen Treuepflicht erfolgt. Die inkriminierte Tathandlung habe zu einem - zumindest vorübergehenden - Vermögensschaden bei der A._ AG geführt.
Nach den weiteren Erwägungen der Vorinstanz ist auch der subjektive Tatbestand erfüllt. Der Beschwerdeführer habe zur Zeit der Tathandlung um die konzerninternen Usanzen und die Diskussion über das umstrittene Bonussystem gewusst. Trotzdem habe er sich den Bonus ausbezahlt. Er habe dies in der Absicht getan, sich durch eigenmächtiges Handeln einen Vermögensvorteil zu verschaffen. Dieser sei unrechtmässig gewesen, da die definitiven Zahlen zur Berechnung der Höhe des ihm zustehenden Bonus noch gar nicht vorgelegen hätten. Der Beschwerdeführer habe die Geschäftsleitung vor vollendete Tatsachen gestellt und in der Folge den Bonus trotz ausdrücklicher Aufforderung auch nicht zurückgezahlt. Auch eine Verrechnung mit eigenen (fälligen) Forderungen habe er damals - zur Zeit der Tat - nicht geltend gemacht. Es lasse sich kein konkreter Hinweis darauf finden, dass der Beschwerdeführer in der Vorstellung gehandelt habe, er könne die im Streit liegenden Vermögenswerte mit Schulden seiner Arbeitgeberin ihm gegenüber verrechnen. Damit habe es auch am Ersatzwillen gefehlt.
Nach den weiteren Erwägungen der Vorinstanz ist auch der subjektive Tatbestand erfüllt. Der Beschwerdeführer habe zur Zeit der Tathandlung um die konzerninternen Usanzen und die Diskussion über das umstrittene Bonussystem gewusst. Trotzdem habe er sich den Bonus ausbezahlt. Er habe dies in der Absicht getan, sich durch eigenmächtiges Handeln einen Vermögensvorteil zu verschaffen. Dieser sei unrechtmässig gewesen, da die definitiven Zahlen zur Berechnung der Höhe des ihm zustehenden Bonus noch gar nicht vorgelegen hätten. Der Beschwerdeführer habe die Geschäftsleitung vor vollendete Tatsachen gestellt und in der Folge den Bonus trotz ausdrücklicher Aufforderung auch nicht zurückgezahlt. Auch eine Verrechnung mit eigenen (fälligen) Forderungen habe er damals - zur Zeit der Tat - nicht geltend gemacht. Es lasse sich kein konkreter Hinweis darauf finden, dass der Beschwerdeführer in der Vorstellung gehandelt habe, er könne die im Streit liegenden Vermögenswerte mit Schulden seiner Arbeitgeberin ihm gegenüber verrechnen. Damit habe es auch am Ersatzwillen gefehlt.
4.2 4.2.1 Anvertraut im Sinne von <ref-law> ist nach der Rechtsprechung, was jemand mit der Verpflichtung empfängt, es in bestimmter Weise im Sinne eines andern zu verwenden, insbesondere es zu verwahren, verwalten oder abzuliefern (<ref-ruling> E. 6.2 mit Hinweisen). Nach einer anderen Definition gilt als anvertraut, was mit rechtlich beschränkter Verfügungsbefugnis überlassen wird, ohne dass eine unmittelbare Kontrolle der Verwendung möglich oder üblich ist (HANS SCHULTZ, ZBJV 98/1962 S. 112; STEFAN TRECHSEL / DEAN CRAMERI, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, <ref-law> N. 4, mit Hinweisen). Gemäss einer neueren Umschreibung ist anvertraut, was jemand mit der besonderen Verpflichtung empfängt, es dem Treugeber zurückzugeben oder es für diesen an einen Dritten weiterzuleiten, wobei der Treugeber seine Verfügungsmacht über das Anvertraute aufgibt (MARCEL ALEXANDER NIGGLI / CHRISTOF RIEDO, Basler Kommentar, StGB II, 2. Aufl. 2007, <ref-law> N. 41; zum Ganzen Urteil 6B_329/2007 vom 11. Dezember 2007 E. 3.2).
Anvertraut ist ein Vermögenswert nicht nur, wenn ausschliesslich der Treuhänder darüber verfügen kann. Anvertraut ist ein Vermögenswert ebenfalls, wenn neben dem Treuhänder auch der Treugeber weiterhin verfügungsberechtigt ist. Voraussetzung ist aber, dass der Treuhänder ohne Mitwirkung des Treugebers über den Vermögenswert verfügen kann (<ref-ruling> E. 3b/bb). Diese Voraussetzung ist vorliegend unstreitig erfüllt.
4.2.2 Der Beschwerdeführer konnte allerdings nicht allein, sondern, da er lediglich kollektivzeichnungsberechtigt war, nur zusammen mit einer anderen kollektivzeichnungsberechtigten Person (im konkreten Fall mit E._) über die auf dem Konto bei der St. Gallischen Kantonalbank liegenden Vermögenswerte seiner Arbeitgeberin verfügen. Daraus folgt aber entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung nicht, dass ihm die Vermögenswerte nicht anvertraut gewesen seien. Vermögenswerte können auch mehreren Personen gemeinsam anvertraut werden (MARCEL ALEXANDER NIGGLI / CHRISTOF RIEDO, a.a.O., <ref-law> N. 75, 88). Allerdings ist in den in der Beschwerdeschrift (S. 48) zitierten Bundesgerichtsentscheiden vom "Einzelunterschriftsberechtigten" beziehungsweise vom Treuhänder die Rede, der "seul", mithin allein, über das Vermögen des Treugebers neben diesem verfügen kann (<ref-ruling>, 32 f.; <ref-ruling>, 128). Damit hat das Bundesgericht indessen, wie sich aus dem Gesamtzusammenhang der zitierten Entscheide ergibt, lediglich zum Ausdruck gebracht, dass entgegen der von einem Teil der Lehre vertretenen Auffassung das Tatbestandsmerkmal des Anvertrauens trotz Fortbestehens der Verfügungsberechtigung des Treugebers erfüllt ist, wenn der Treuhänder allein, d.h. ohne Mitwirkung des Treugebers, über die Vermögenswerte verfügen kann. Die Frage, ob bei blosser Kollektivzeichnungsberechtigung von mehreren Treuhändern das Tatbestandsmerkmal des Anvertrauens erfüllt ist, war nicht Gegenstand der zitierten Entscheide. Die Frage ist zu bejahen. Das Bedürfnis nach dem strafrechtlichen Schutz des Vermögens des Treugebers gemäss <ref-law> besteht, wenn und weil der Täter aufgrund seiner Stellung, sei es allein, sei es nur gemeinsam mit andern Treuhändern, über das Vermögen des Treugebers ohne dessen Mitwirkung verfügen kann.
Soweit die A._ AG ihren Mitarbeitern, unter anderen dem Beschwerdeführer, die Kollektivzeichnungsberechtigung über ihr Konto bei der St. Gallischen Kantonalbank einräumte, hat sie diesen Mitarbeitern ihr auf dem Konto liegendes Vermögen gemeinsam anvertraut. Die Vermögenswerte waren dem Beschwerdeführer somit, auch wenn er bloss kollektivzeichnungsberechtigt war, im Sinne von <ref-law> anvertraut.
Soweit die A._ AG ihren Mitarbeitern, unter anderen dem Beschwerdeführer, die Kollektivzeichnungsberechtigung über ihr Konto bei der St. Gallischen Kantonalbank einräumte, hat sie diesen Mitarbeitern ihr auf dem Konto liegendes Vermögen gemeinsam anvertraut. Die Vermögenswerte waren dem Beschwerdeführer somit, auch wenn er bloss kollektivzeichnungsberechtigt war, im Sinne von <ref-law> anvertraut.
4.3 4.3.1 Aufgrund der vorinstanzlichen Feststellungen, die verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden sind, ist in objektiver Hinsicht von Folgendem auszugehen. Innerhalb der B._ SA bestand eine eingelebte Praxis betreffend das Verfahren zur Bestimmung des Bonus. Im Zeitpunkt der inkriminierten Tat war zwar ein neues Bonusmodell in Diskussion, aber noch das alte Modell gültig. Dem Beschwerdeführer war keine Übergangsregelung etwa im Sinne eines neuen Bonussystems zugesichert worden, und somit galt auch für ihn das alte System. Der Bonus, den der Beschwerdeführer in Missachtung des üblichen Prozederes im Juni 2000 eigenmächtig bezog, widersprach sowohl in Bezug auf den Zeitpunkt der Auszahlung als auch hinsichtlich der Höhe den festgesetzten Regeln. Dem Beschwerdeführer stand nach dem alten Bonusmodell für das Geschäftsjahr 1999/2000 anstatt des von ihm bezogenen Bonus von Fr. 118'800.-- lediglich ein Bonus von Fr. 87'127.-- zu.
Unter diesen Umständen hat der Beschwerdeführer durch den inkriminierten Bezug des Bonus ihm anvertraute Vermögenswerte seiner Arbeitgeberin, der A._ AG, unrechtmässig verwendet.
4.3.2 Der Beschwerdeführer ist allerdings der Auffassung, die Bonuszahlung sei nicht unrechtmässig gewesen, selbst wenn sie gegen eine konzerninterne Regelung der Muttergesellschaft, d.h. der B._ SA, verstossen haben sollte. Eine solche Regelung sei für die A._ AG und damit auch für ihn als deren Arbeitnehmer nicht verbindlich, und der Finanzchef der B._ SA sei ihm gegenüber nicht weisungsbefugt gewesen.
Diese Einwände sind unbegründet. Vorauszuschicken ist, dass der Beschwerdeführer in der Korrespondenz mit den Verantwortlichen der B._ SA nie geltend machte, dass allfällige Beschlüsse, Weisungen und Usanzen der Muttergesellschaft für die Tochtergesellschaft beziehungsweise für ihn als deren Arbeitnehmer rechtlich nicht verbindlich seien. Im Gegenteil drängte er die Verantwortlichen der B._ SA, das neue Bonusmodell möglichst rasch einzuführen. Der Beschwerdeführer nennt sodann keine gesetzlichen Bestimmungen, aus denen sich ergibt, dass Beschlüsse und Weisungen der Muttergesellschaft gegenüber der Tochtergesellschaft unzulässig und für Letztere unverbindlich sind. Er legt nicht dar, aus welchen Bestimmungen des Obligationenrechts sich ergibt, dass das Verfahren zur Festsetzung der Boni im vorliegenden Fall gegen zwingendes Recht verstösst. Wohl kennt das schweizerische Recht kein eigentliches "Konzernrecht" und war der Beschwerdeführer sowohl gesellschaftsrechtlich als auch arbeitsrechtlich seiner Arbeitgeberin und nicht der Muttergesellschaft zur Treue verpflichtet. Richtig ist ebenfalls, dass die A._ AG auch als Tochtergesellschaft der B._ SA eine selbständige Rechtsperson war und die Geschäftsführung der A._ AG deren Verwaltungsrat oblag. Zutreffend ist sodann, dass selbst durch einen Beschluss der Generalversammlung der Tochtergesellschaft, an welcher die Muttergesellschaft als Aktionärin massgeblich beteiligt war, die Geschäftsführung der Tochtergesellschaft nicht ohne weiteres an den Verwaltungsrat der Muttergesellschaft übertragen werden könnte. Richtig ist grundsätzlich auch, dass die "Konzernleitung" nicht direkt in die Geschäftsführung des abhängigen Unternehmens eingreifen darf, sondern sich bei der Wahrnehmung ihrer wirtschaftlichen Führungsverantwortung der gesetzlichen Organe des abhängigen Unternehmens zu bedienen und deren gesetzliche Kompetenzen zu respektieren hat.
Das Gesetz sieht in <ref-law> die Möglichkeit der Konzernbildung und der Konzernleitung für die Aktiengesellschaft vor. Somit ist die Ausübung von Konzernleitungsmacht grundsätzlich erlaubt. Die Möglichkeiten der Einflussnahme der Konzernleitung auf die Geschäftsführung des rechtlich selbständigen abhängigen Unternehmens sind allerdings durch zwingende gesetzliche Bestimmungen begrenzt. Es besteht indessen ein Dilemma zwischen den sich aus <ref-law> ergebenden Kompetenzen der Konzernleitung einerseits und den aus <ref-law> resultierenden unübertragbaren Aufgaben des Verwaltungsrats der abhängigen Aktiengesellschaft andererseits. Es kann hier dahingestellt bleiben, wie es sich damit im Einzelnen verhält (siehe dazu ROLAND VON BÜREN, in: Schweizerisches Privatrecht, Bd. VIII/6, Der Konzern, Rechtliche Aspekte eines wirtschaftlichen Phänomens, 2. Aufl. 2005, S. 52 ff., 58 ff., mit Hinweisen auf die unterschiedlichen Auffassungen in der Lehre). Jedenfalls ist es dem Verwaltungsrat der abhängigen Tochtergesellschaft beispielsweise unbenommen, im Rahmen der ihm gemäss Art. 716 f. OR obliegenden Geschäftsführung Beschlüsse, Weisungen und Usanzen der Muttergesellschaft betreffend die Bemessung der Boni von Angehörigen des Kaders zu übernehmen und gegenüber den Arbeitnehmern der Tochtergesellschaft durchzusetzen. In diesem Zusammenhang ist im Übrigen darauf hinzuweisen, dass verschiedene Personen, mit welchen der Beschwerdeführer im Rahmen der Diskussion über die Einführung eines neuen Bonusmodells korrespondierte, dem Verwaltungsrat sowohl der Muttergesellschaft B._ SA als auch der Tochtergesellschaft A._ AG angehörten (F._) beziehungsweise Mitglieder des Verwaltungsrats der A._ AG waren und gleichzeitig eine leitende Funktion (als Generaldirektor respektive als Finanzchef) bei der B._ SA innehatten (C._, D._), wie im erstinstanzlichen Urteil (S. 16) festgehalten wird.
4.3.3 Der Beschwerdeführer löste gemeinsam mit E._ im Juni 2000 eine Zahlung von insgesamt Fr. 1'399'352.50 zu Lasten des Kontos der A._ AG bei der St. Gallischen Kantonalbank aus. Dieser Betrag umfasste neben seinem Juni-Lohn und dem von ihm bezogenen Bonus von Fr. 118'800.-- für das Geschäftsjahr 1999/2000 die Juni-Löhne und die Boni für E._ sowie neun weitere Angehörige des Kaders der A._ AG. Der Beschwerdeführer macht geltend, dass die Boni für die neun weiteren Kaderangehörigen von ihm nach den selben Regeln bemessen worden seien wie die an ihn und an E._ ausbezahlten Boni, aber gleichwohl weder von der A._ AG noch von der B._ SA beanstandet beziehungsweise zurückgefordert worden seien, woraus sich ergebe, dass auch der von ihm bezogene Bonus nicht unrechtmässig gewesen sein könne.
Der Einwand geht an der Sache vorbei. Der Beschwerdeführer und E._, die kollektivzeichnungsberechtigt gemeinsam über das Konto der A._ AG bei der St. Gallischen Kantonalbank verfügen konnten, hatten unter anderem aufgrund dieser Zeichnungsberechtigung eine andere Stellung als die übrigen Kaderangehörigen. Ob auch die Bonuszahlungen an Letztere unrechtmässig waren und ob der Beschwerdeführer auch wegen der von ihm gemeinsam mit E._ veranlassten Bonuszahlungen an die neun weiteren Kaderangehörigen hätte strafrechtlich zur Verantwortung gezogen werden können, ist hier nicht zu prüfen. Diese Bonuszahlungen sind nicht Gegenstand des Verfahrens (siehe erstinstanzliches Urteil S. 18).
Der Einwand geht an der Sache vorbei. Der Beschwerdeführer und E._, die kollektivzeichnungsberechtigt gemeinsam über das Konto der A._ AG bei der St. Gallischen Kantonalbank verfügen konnten, hatten unter anderem aufgrund dieser Zeichnungsberechtigung eine andere Stellung als die übrigen Kaderangehörigen. Ob auch die Bonuszahlungen an Letztere unrechtmässig waren und ob der Beschwerdeführer auch wegen der von ihm gemeinsam mit E._ veranlassten Bonuszahlungen an die neun weiteren Kaderangehörigen hätte strafrechtlich zur Verantwortung gezogen werden können, ist hier nicht zu prüfen. Diese Bonuszahlungen sind nicht Gegenstand des Verfahrens (siehe erstinstanzliches Urteil S. 18).
4.4 4.4.1 Aufgrund der vorinstanzlichen Feststellungen, die verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden sind, ist in subjektiver Hinsicht von Folgendem auszugehen. Der Beschwerdeführer wusste, dass im Zeitpunkt der inkriminierten Handlung im Juni 2000 noch das alte Bonusmodell bestand und dieses auch für ihn galt. Er wusste, dass das ihm bekannte übliche Prozedere zur Bestimmung des Bonus noch nicht durchgeführt war und dass der von ihm eigenmächtig bezogene Bonus von Fr. 118'800.-- den Bonus, auf welchen er aufgrund der geltenden Regelung Anspruch haben konnte, deutlich überstieg.
Unter diesen Umständen hat der Beschwerdeführer ihm anvertraute Vermögenswerte seiner Arbeitgeberin vorsätzlich und in der Absicht, sich unrechtmässig zu bereichern, unrechtmässig verwendet.
Der Beschwerdeführer ist allerdings der Auffassung, dass es selbst auf der Grundlage des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts aus verschiedenen Gründen am Vorsatz und an der Absicht unrechtmässiger Bereicherung fehle.
4.4.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei davon ausgegangen, dass die St. Gallische Kantonalbank die von ihm gemeinsam mit E._ ausgelöste Zahlung von insgesamt Fr. 1'399'352.50, da sie den Betrag von Fr. 1'000'000.-- überstieg, nur nach Rücksprache mit der Muttergesellschaft beziehungsweise deren Organen ausführen würde. Er habe somit nicht den Willen gehabt, eine Zahlung gegen den Willen der Muttergesellschaft auszulösen, weshalb es am Vorsatz fehle. Der Beschwerdeführer zeigt indessen nicht auf, gestützt auf welche Umstände er angenommen habe, dass die Bank eine Zahlung in dieser Höhe nur nach Rücksprache mit den Organen der Muttergesellschaft leisten werde. Der Einwand des Beschwerdeführers ist als unbegründete Schutzbehauptung zu qualifizieren. Es ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass sich die Vorinstanz mit diesem vom Beschwerdeführer bereits im Berufungsverfahren ohne nähere Begründung vorgetragenen Einwand nicht auseinandersetzte.
Entsprechendes gilt für die weitere Behauptung des Beschwerdeführers, er sei davon ausgegangen, dass der von ihm bezogene Bonus von den zuständigen Stellen nachträglich akzeptiert werde. Eine solche Annahme des Beschwerdeführers wäre ohnehin eine blosse Spekulation gewesen. Im Übrigen reicht zur Erfüllung des subjektiven Tatbestands insoweit Eventualvorsatz aus. Der Beschwerdeführer hat jedenfalls in Kauf genommen, dass er im Juni 2000 keinen Anspruch auf einen Bonus in der Höhe von Fr. 118'800.-- für das Geschäftsjahr 1999/2000 hatte, und er hat daher ihm anvertraute fremde Vermögenswerte zumindest eventualvorsätzlich unrechtmässig verwendet.
4.4.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe diverse Gegenforderungen gegen seine Arbeitgeberin gehabt, insbesondere aus vorenthaltenem Teuerungsausgleich und aus vorenthaltenen Reallohnerhöhungen, welche den allenfalls zu Unrecht bezogenen Bonus überstiegen. Daher habe er nicht in der Absicht unrechtmässiger Bereicherung gehandelt.
Die Vorinstanz erwägt, dass es an der Absicht der unrechtmässigen Bereicherung fehlen kann, wenn der Täter ersatzbereit, d.h. ersatzwillig und ersatzfähig, ist. Ersatzbereitschaft könne insbesondere auch in der Verrechnung mit eigenen Forderungen des Treuhänders gegenüber dem Treugeber bestehen. Eine solche Verrechnungsabsicht müsse aber zum Ausdruck gebracht werden.
Eine Verrechnungserklärung ist nach einem insoweit zutreffenden Einwand des Beschwerdeführers nicht erforderlich, wie sich gerade auch aus dem im angefochtenen Urteil zitierten <ref-ruling> E. 3a S. 34 ff. ergibt. Das Fehlen einer Verrechnungserklärung ist gemäss den Erwägungen im genannten Entscheid zwar oft ein wichtiges Indiz dafür, dass es an der Ersatzbereitschaft fehlte und der Täter in der Absicht unrechtmässiger Bereicherung handelte, doch kommt es auf die Verrechnungserklärung nicht entscheidend an. Nach der Rechtsprechung handelt der Täter nicht in der Absicht der unrechtmässigen Bereicherung, wenn er sich eine Sache aneignet oder einen Vermögenswert unrechtmässig verwendet, um sich für eine tatsächliche oder vermeintliche Forderung bezahlt zu machen.
Gleichwohl ist die Auffassung der Vorinstanz, dass der Beschwerdeführer in der Absicht unrechtmässiger Bereicherung handelte, im Ergebnis zutreffend. Der Beschwerdeführer bezog den gemessen an der geltenden Regelung zu hohen Bonus von Fr. 118'800.-- nicht deshalb, weil er sich für eine tatsächliche oder vermeintliche Gegenforderung gegen seine Arbeitgeberin bezahlt machen wollte. Er zahlte sich den Bonus in dieser Höhe vielmehr deshalb aus, weil er das alte Bonusmodell als ungerecht und überholt erachtete und auf keinen Fall einen Bonus akzeptieren wollte, der niedriger war als der Bonus (von Fr. 110'000.--), den er im Vorjahr bezogen hatte.
Der Beschwerdeführer reagierte auf das E-Mail vom 20. Juni 2000 des seit Juni 2000 neuen Finanzchefs der B._ SA, H._, nicht. Zwar war der neue Finanzchef im Unterschied zu seinem Vorgänger D._ nicht zugleich auch Mitglied des Verwaltungsrats der A._ AG und daher rechtlich nicht ein Vorgesetzter des Beschwerdeführers, doch war er in seiner leitenden Funktion bei der B._ SA gleichwohl berechtigt, den Beschwerdeführer an das geltende Verfahren innerhalb der B._ SA, zu welcher die A._ AG gehörte, zu erinnern. Der Beschwerdeführer reagierte auch auf das Schreiben von I._, unter anderem Mitglied des Verwaltungsrats der A._ AG, vom 30. Juni 2000 nicht und zahlte den eigenmächtig bezogenen Bonus - im Unterschied zu E._ - nicht zurück. Unter diesen Umständen durfte die erste Instanz, auf deren Beweiswürdigung die Vorinstanz im Übrigen generell verweist, den zur Verneinung der Absicht unrechtmässiger Bereicherung erforderlichen Ersatzwillen ohne Willkür verneinen.
5. 5.1 Die zuständige Behörde sieht von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab, wenn Schuld und Tatfolgen geringfügig sind (<ref-law>). Hat der Täter den Schaden gedeckt oder alle zumutbaren Anstrengungen unternommen, um das von ihm bewirkte Unrecht auszugleichen, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab, wenn (a.) die Voraussetzungen für die bedingte Strafe (Art. 42) erfüllt sind; und (b.) das Interesse der Öffentlichkeit und des Geschädigten an der Strafverfolgung gering sind (<ref-law>).
Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer wegen der ihm angelasteten Veruntreuung zu einer Geldstrafe von 80 Tagessätzen zu Fr. 240.-- verurteilt und deren Vollzug bei einer Probezeit von zwei Jahren aufgeschoben. Die Vorinstanz hat eine Strafbefreiung in Anwendung von <ref-law> abgelehnt. Ob eine Strafbefreiung gestützt auf <ref-law> in Betracht falle, hat sie nicht explizit geprüft.
Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei nach <ref-law> oder gemäss <ref-law> von Strafe zu befreien.
5.2 Die Folgen der inkriminierten Tat sind nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz geringfügig, zumal der Beschwerdeführer gemäss der mit seiner ehemaligen Arbeitgeberin beziehungsweise mit der B._ SA während des Berufungsverfahrens und des arbeitsgerichtlichen Verfahrens am 25. Januar 2008 abgeschlossenen Vereinbarung nicht nur den von ihm bezogenen Bonus von Fr. 118'800.-- behalten konnte, sondern darüber hinaus von seiner ehemaligen Arbeitgeberin respektive der B._ SA noch eine Zahlung von Fr. 220'000.-- per Saldo aller gegenseitigen Ansprüche erhielt (siehe Berufungsakten act. B/36).
5.2 Die Folgen der inkriminierten Tat sind nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz geringfügig, zumal der Beschwerdeführer gemäss der mit seiner ehemaligen Arbeitgeberin beziehungsweise mit der B._ SA während des Berufungsverfahrens und des arbeitsgerichtlichen Verfahrens am 25. Januar 2008 abgeschlossenen Vereinbarung nicht nur den von ihm bezogenen Bonus von Fr. 118'800.-- behalten konnte, sondern darüber hinaus von seiner ehemaligen Arbeitgeberin respektive der B._ SA noch eine Zahlung von Fr. 220'000.-- per Saldo aller gegenseitigen Ansprüche erhielt (siehe Berufungsakten act. B/36).
5.3 5.3.1 Nach der Ansicht der Vorinstanz ist allerdings die Schuld des Beschwerdeführers nicht geringfügig. Der Beschwerdeführer habe sich zur Zeit, als die Diskussionen um ein neues Bonussystem noch in vollem Gange gewesen seien, bewusst über ihm bekannte Konzernusanzen und Weisungen (insbesondere das E-Mail des Finanzchefs der B._ SA) hinweggesetzt, indem er sich einen Bonus in einer beachtlichen Höhe habe auszahlen lassen, dessen Rückzahlung er überdies - trotz ausdrücklicher Aufforderung - verweigert habe. Zwar habe er als Leiter der A._ AG unbestrittenermassen grössere Freiheiten genossen, doch sei sein renitentes Verhalten zur Tatzeit unter den gegebenen Umständen als nicht unerheblicher beziehungsweise nicht geringfügiger Treuebruch zu werten. Daher bleibe kein Raum für eine Anwendung der Ausnahmebestimmung des <ref-law>.
5.3.2 <ref-law> trägt dem Umstand Rechnung, dass ein Strafbedürfnis aus tatsächlichen oder rechtlichen Gründen entweder von vornherein fehlen oder nachträglich entfallen kann, auch wenn die Voraussetzungen der Strafbarkeit eines bestimmen Verhaltens an sich erfüllt sind. <ref-law> erfasst somit auch Fälle, bei denen im Zeitpunkt der Untersuchung oder der gerichtlichen Beurteilung ein Strafbedürfnis nicht mehr besteht. Dies ergibt sich daraus, dass für die Würdigung des Verschuldens nicht ausschliesslich die in <ref-law> aufgeführten konkretisierenden Umstände zu berücksichtigen sind. In die Entscheidung über die Geringfügigkeit der Schuld fliessen vielmehr sämtliche relevanten Strafzumessungskomponenten, mithin auch die Täterkomponenten wie das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse oder das Nachtatverhalten, mit ein, aber auch weitere Umstände wie etwa der Ablauf verhältnismässig langer Zeit seit der Tat (<ref-ruling> E. 5.4 mit Hinweisen).
5.3.3 Dem Beschwerdeführer mag zwar eine gewisse Renitenz angelastet werden, indem er beispielsweise weder auf das E-Mail des neuen Finanzchefs H._ vom 20. Juni 2000, den er allerdings für inkompetent hielt, reagierte noch - im Unterschied zu E._ - der Aufforderung von I._ vom 30. Juni 2000 zur sofortigen Rückzahlung des Bonus Folge leistete. Der Beschwerdeführer war indessen überzeugt, dass das alte Bonussystem überholt sei, und er drängte daher auf eine rasche Einführung des neuen Systems, welches in Diskussion stand. Der Bonus von Fr. 118'800.--, den er im Juni 2000 für sich bezog, entsprach exakt dem geschätzten Betrag, welcher ihm nach einem neuen Modell, das ihm anlässlich einer Besprechung vom 2. März 2000 vom damaligen Finanzchef D._ vorgestellt worden war, gemäss einer Simulation aufgrund von drei von insgesamt vier Stufen, d.h. unabhängig vom noch zu ermittelnden Gruppenergebnis der B._ SA, zugestanden hätte. Der Beschwerdeführer suchte die inkriminierte Bonuszahlung in keiner Weise zu verheimlichen. Sodann sprechen auch die weiteren für die Strafzumessungsschuld relevanten Umstände zu Gunsten des Beschwerdeführers. Hinzu kommt, dass im Zeitpunkt der Ausfällung des angefochtenen Urteils rund acht Jahre und neun Monate seit der inkriminierten Tat verstrichen waren.
Die Vorinstanz hat letztlich allein aus der gewissen Renitenz des Beschwerdeführers und dem ihres Erachtens daraus resultierenden nicht unerheblichen Treuebruch auf eine nicht geringfügige Schuld geschlossen. Bei der gebotenen Beachtung der gesamten relevanten Umstände, welche die Vorinstanz nicht erkennbar mitberücksichtigt hat, ist indessen die Schuld des Beschwerdeführers im Sinne von <ref-law> als geringfügig zu qualifizieren und war bereits im Zeitpunkt der Ausfällung des angefochtenen Urteils ein Strafbedürfnis nicht mehr vorhanden.
5.3.4 Damit sind die Voraussetzungen für ein Absehen von einer Bestrafung gemäss <ref-law> entgegen der Auffassung der Vorinstanz erfüllt.
Bei diesem Ergebnis kann dahingestellt bleiben, ob auch in Anwendung von <ref-law> von einer Bestrafung hätte abgesehen werden müssen.
6. Der Schuldspruch wegen Veruntreuung verstösst nicht gegen Bundesrecht. Die Vorinstanz hätte indessen gestützt auf <ref-law> von einer Bestrafung des Beschwerdeführers wegen Geringfügigkeit der Schuld und der Tatfolgen absehen müssen. Die Beschwerde ist daher teilweise gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer reduzierte Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 3'000.-- zu zahlen und hat ihm der Kanton St. Gallen eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 25. März 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton St. Gallen hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu zahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Näf