Faits:
A. En novembre 2010, la commune de Bagnes a décidé d'améliorer l'accès existant sur sa parcelle 18334, soit de lui conférer les caractéristiques d'une route communale avec une chaussée de 3.50 m de large sur une longueur de 100 m à partir de la route de Montagnier, en vue de desservir le quartier de Corberaye. Mis à l'enquête publique, les plans d'exécution de cette voie publique ont suscité l'opposition de B._ et A._: la parcelle 18341 de B._ devait être amputée de 8 m2 (sur 1'398 m2) alors que la parcelle 18339 de A._ se voyait réduite de 22 m2 (sur 829 m2).
Retenant que la desserte en question était nécessaire à l'équipement du périmètre du plan de quartier récemment adopté sur la partie nord de la route, que les propriétaires ne subissaient aucun changement dans l'affectation de leurs terrains qui demeuraient en zone B de constructions et installations publiques et que les conséquences liées à la réalisation de l'ouvrage relevaient, à défaut d'entente entre les parties, de la procédure d'expropriation ultérieure, le Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après: le Conseil d'Etat) a rejeté l'opposition et approuvé les plans de la route d'accès qu'il a déclarée d'utilité publique par décision du 23 février 2011. Inattaquée, cette décision est entrée en force.
B. Lors de la visite des lieux du 9 juin 2011 organisée par la Commission cantonale d'estimation (ci-après: la Commission), le mandataire des deux expropriés a déposé diverses pièces à l'appui de leurs prétentions, requérant un prix de 1'000 fr./m2 pour la surface expropriée.
Eu égard au statut de la zone, la Commission a fixé le prix du terrain en fonction de la valeur du marché lorsqu'il avait été rangé dans la zone B (140 fr. en 2002), somme qu'elle a majorée d'un quart, puis complétée d'un cumul d'intérêts entre 2003 et 2011 pour aboutir au prix de 275 fr./m2 qu'elle a retenu dans ses décisions du 3 novembre 2011.
Par arrêt du 13 mai 2012, la Cour de droit public du Tribunal cantonal valaisan (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ et B._ contre les décisions précitées. Les juges cantonaux ont considéré en substance que la Commission avait à juste titre tenu compte de la valeur des terrains au moment de leur expropriation matérielle, à savoir en 2002, date à laquelle ils avaient changé d'affectation et passé de la zone constructible à la zone d'utilité publique.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, B._ et A._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 16 mai 2012 et de renvoyer le dossier au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur le recours. La Commission estime que le recours ne contient pas d'élément nouveau qui pourrait modifier sa décision du 3 novembre 2011. La commune de Bagnes conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.

Considérant en droit:
1. 1.1 Les recourants ont formé, en un seul acte (art. 119 LTF), un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire. Le second étant irrecevable en cas de recevabilité du premier (art. 113 LTF), il convient d'examiner en priorité si la voie du recours en matière de droit public est ouverte.
1.2 Dirigé contre une décision rendue par une autorité cantonale de dernière instance en matière d'expropriation formelle fondée sur du droit cantonal, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant le Tribunal cantonal et sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué, qui leur alloue une indemnité largement inférieure à celle qu'ils avaient requise. Ils ont donc la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Pour le surplus, les autres conditions de recevabilité sont remplies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
1.3 La voie du recours en matière de droit public étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. A titre de moyens de preuve, les recourants sollicitent l'édition des dossiers complets de la commune de Bagnes et de la Commission et la production par le Registre foncier de Martigny, respectivement le teneur du cadastre de la commune de Bagnes, d'un tableau comparatif indiquant toutes les acquisitions qui ont été faites ces dernières années (depuis 2005) dans la zone à construire de Montagnier ainsi que des actes de transfert immobilier concernant la PPE xxx de la parcelle 18342 de Bagnes. Ils requièrent également une expertise tendant à la détermination de la valeur vénale de leurs parcelles et une inspection locale.
La requête tendant à l'édition des dossiers complets des autorités précédentes est satisfaite, le Tribunal cantonal et la Commission ayant déposé leur dossier dans le délai que le Tribunal fédéral leur avait imparti à cette fin (cf. art. 102 al. 2 LTF). Pour le surplus, il n'y a pas lieu de donner suite aux demandes de production de divers documents, de procéder à une inspection locale ou à l'expertise requise par les recourants, le Tribunal fédéral s'estimant suffisamment renseigné pour statuer en l'état du dossier.
3. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus par l'art. 105 al. 2 LTF. Il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). S'il entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées.
Au début de leur mémoire, les recourants présentent leur version des faits et apportent des précisions aux constatations des juges cantonaux. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits établis dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable, le Tribunal fédéral n'étant pas une instance d'appel (<ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
4. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus. Ils reprochent au Tribunal cantonal de ne pas avoir ordonné les mesures d'instruction qu'ils avaient sollicitées.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 51). Le juge peut cependant renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole leur droit d'être entendues que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3 p. 157 et les arrêts cités; sur la notion d'arbitraire, voir <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
4.2 En l'espèce, le Tribunal cantonal a considéré qu'il n'était pas utile de donner suite aux offres de preuve des recourants, à savoir d'inspecter les lieux, d'ordonner une expertise, de requérir des listes ou tableaux comparatifs, ou d'éditer les pièces justificatives aux ventes d'appartements en PPE sur la parcelle 18342, le dossier déposé permettant de trancher le sort des questions pertinentes.
Les recourants font valoir qu'ils avaient déjà requis l'administration des preuves précitées auprès de la Commission et que le Tribunal cantonal n'a pas réparé la violation de leur droit d'être entendus. Ils ne critiquent toutefois pas la motivation des juges cantonaux expliquant les raisons de leur refus d'instruire plus avant, et celle-ci échappe à l'arbitraire. Il apparaît ainsi que la cour cantonale pouvait, sans violer le droit d'être entendus des recourants, renoncer à administrer les preuves requises.
5. 5.1 Au fond, les recourants critiquent la date retenue par le Tribunal cantonal pour fixer la valeur vénale des terrains expropriés. En arrêtant le dies aestimandi en 2002, et non en 2011, la cour cantonale leur aurait alloué un montant inférieur à la pleine indemnité due. Ils se plaignent à cet égard d'une violation de l'art. 26 al. 2 Cst., qui prévoit qu'une pleine indemnité est due en cas d'expropriation, ainsi que des art. 11 ss de la loi cantonale du 8 mai 2008 sur les expropriations (ci après: LEx/VS), qui reprennent ce principe. Comme ils ne prétendent pas que ces dernières dispositions de droit cantonal leur accorderaient une protection plus étendue que celle découlant de l'art. 26 Cst., leurs griefs doivent en principe être examinés sous l'angle du droit constitutionnel fédéral.
5.2 Saisi d'un recours en matière de droit public portant sur une indemnité d'expropriation, le Tribunal fédéral examine librement le point de savoir si le montant de l'indemnité a été fixé correctement et si le droit constitutionnel à une indemnisation pleine et entière a été respecté (art. 26 al. 2 Cst.; cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 173). Il observe toutefois une certaine retenue quand il s'agit d'apprécier des questions techniques pour lesquelles les autorités inférieures disposent de connaissances spécifiques. Cela vaut dans tous les cas lorsque celles-ci ont examiné les éléments essentiels à la base de la décision et mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée (<ref-ruling> consid. 6.4 p. 89 et les références).
6. 6.1 En vertu de l'art. 13 let. a LEx/VS, l'indemnité comprend la pleine valeur vénale du droit exproprié. La date déterminante pour établir la valeur vénale (dies aestimandi) est celle de la fixation de l'indemnité ou celle de la décision concernant la prise de possession anticipée (art. 15 al. 1 LEx/VS).
Selon la jurisprudence, lorsqu'un immeuble est atteint par une expropriation matérielle, puis par une expropriation formelle, le préjudice causé au propriétaire par chacune de ces mesures doit être évalué conformément aux principes qui les concernent respectivement, même s'il n'y a qu'une procédure d'estimation (procédure d'évaluation en deux phases: <ref-ruling> consid. 2a p. 111 et les références; arrêt 1A.104/2000 du 20 octobre 2000, publié in RDAF 2002 I 348, consid. 4a). L'indemnité consécutive à l'expropriation matérielle doit être estimée en fonction des circonstances existant au moment où l'atteinte au droit de propriété est entrée en vigueur et a entraîné la moins-value de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 2a p. 284; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 et les références). Cette règle s'applique aussi lorsque le propriétaire a été empêché sans sa faute de faire valoir immédiatement ses prétentions; un tel retard donne lieu au paiement d'intérêts. En revanche, l'estimation de l'indemnité relative à l'expropriation formelle, qui intervient généralement avant la perte du droit de propriété par l'exproprié, doit tenir compte des circonstances du moment où l'autorité se prononce. Il n'est admissible de faire abstraction de cette différence que si, entre les deux expropriations, aucune modification notable des prix n'est intervenue. Ces principes se justifient parce que l'immeuble touché perd sa valeur de terrain à bâtir dès l'entrée en vigueur de la restriction constitutive d'expropriation matérielle; il cesse alors de subir l'évolution du marché des terrains constructibles. Il ne conserve qu'une valeur résiduelle; celle-ci correspond en général à la valeur d'un terrain agricole et participe à l'évolution des prix de ce genre de biens, jusqu'à ce que la collectivité acquière le fonds par l'expropriation formelle (<ref-ruling> consid. 2a p. 111 et les références; arrêt 1A.104/2000 du 20 octobre 2000, publié in RDAF 2002 I 348, consid. 4b).
6.2 En l'espèce, les parcelles 18341 et 18339 des recourants ont été classées en zone B de constructions et d'installations publiques par le règlement communal des constructions homologué par le Conseil d'Etat le 6 février 2002, alors qu'elles se situaient en zone de moyenne densité dans l'ancienne règlementation. Les intéressés ne contestent pas que cette mesure d'aménagement était constitutive d'expropriation matérielle (cf. à cet égard <ref-ruling> consid. 3b p. 177 s.).
Conformément à la jurisprudence précitée, la Commission a procédé à une évaluation en deux étapes, à l'exception de la fixation de la valeur résiduelle. Prenant pour base de sa taxation un prix comparable dans le secteur, soit la parcelle 18345 payée 140 fr./m2 en 2002 - prix majoré de 25 % selon la pratique en usage à l'époque en matière d'expropriation (175 fr.) -, elle y a ajouté une compensation annuelle de dépréciation liée à la mesure d'aménagement du territoire de 5 % pour les années 2003 à 2011, arrondissant le total de ces composants de 271.42 fr. à l'indemnité de 275 fr./m2 octroyée pour les surfaces expropriées de ces deux biens-fonds. Les recourants n'indiquent pas en quoi ce calcul serait contraire au droit fédéral et il apparaît que la date retenue pour le dies aestimandi, correspondant à la date d'homologation du plan de zone et donc de l'expropriation matérielle, est conforme à la jurisprudence. C'est en vain qu'ils font référence à des transactions récentes liées à des terrains classés en zone résidentielle de moyenne ou de faible densité, puisque leurs parcelles se trouvent depuis 2002 en zone B d'installations publiques et non plus en zone à bâtir. A cet égard, on peut relever que la Commission s'est écartée, et ce largement en faveur des recourants, de la moyenne des prix pratiqués pour les parcelles sises dans la zone publique ces dernières années, puisque celle-ci s'élève de 35 à 50 fr./m2 selon la liste du 11 juillet 2011 du teneur de cadastre de la commune de Bagnes. Le Tribunal cantonal a en outre souligné que le supplément ajouté par la Commission au prix de base n'avait plus cours depuis 2001 et que le droit actuel ne connaissait plus les intérêts composés calculés par la Commission, ou fixait des dates précises pour leur calcul (art. 44 al. 1 et 65 al. 2 LEx/VS). Il apparaît dès lors que le Tribunal cantonal pouvait, à bon droit, considérer que les recourants avaient obtenu une indemnité pleine et entière pour la partie expropriée de leurs parcelles et confirmer la décision de la Commission, qui apparaît au demeurant avantageuse pour les expropriés. Le recours doit dès lors être rejeté sur ce point.
7. Les recourants invoquent le principe de la bonne foi. Ils font valoir que la commune de Bagnes a proposé d'acquérir leurs parcelles pour un prix de 300 fr./m2, puis 400 fr./m2, leur donnant ainsi l'assurance que la valeur des terrains, lors de leur acquisition ultérieure, serait celle de leur valeur vénale et non celle de 2002. Ils ne peuvent toutefois tirer aucun argument de ces propositions, qu'ils n'ont d'ailleurs pas acceptées, puisque la Commission n'est pas liée par les offres des parties (art. 39 al. 3 LEx/VS). Mal fondé, leur grief doit être rejeté.
8. Il résulte de ce qui précède que le recours en matière de droit public doit être rejeté et le recours constitutionnel subsidiaire déclaré irrecevable. Les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants qui succombent, solidairement entre eux (art. 65 et 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à la commune de Bagnes (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2. Le recours en matière de droit public est rejeté.
3. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commune de Bagnes, à la Commission d'estimation en matière d'expropriation du canton du Valais et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public.
Lausanne, le 27 novembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
La Greffière: Mabillard