Sachverhalt:
A. A._, geboren 1927, Staatsangehöriger von Italien, ist der Vater von Z._, geboren 1954, und Y._, geboren 1955 (nachfolgend: Beschwerdegegnerinnen).
Mit Testament vom 11. Juli 1997 verfügte A._ was folgt:
"Ich setze meine Töchter Z._ und Y._ auf den Pflichtteil. Für die verfügun[g]sfreie Quote setze ich Frau X._ (...) als Erbin ein."
Mit einer als "Testament-Ergänzung" bezeichneten Urkunde vom 17. Juli 1997 erliess er sodann folgende letztwillige Verfügung:
"Ich setze als Willensvollstreckerin Frau X._ (...) ein."
Am 25. Juli 1997 verfasste A._ ein Testament mit folgendem Wortlaut:
"Io lascio alle mie figlie Z._ e Y._ la loro parte che gli aspetta. E la rimanente quota la lascio alla Signora X._ (...)."
Von der Einsetzung eines Willensvollstreckers ist im Testament vom 25. Juli 1997 nicht die Rede.
A._ starb am 30. Juni 1998 an seinem letzten Wohnsitz in Zürich.
B. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) lieferte dem Einzelrichter im summarischen Verfahren des Bezirkes Zürich die drei letztwilligen Verfügungen von A._ ein und bezeichnete sich als Willensvollstreckerin. Die Beschwerdegegnerinnen wandten sich mit Schreiben vom 16. Juli 1998 ebenfalls an den Einzelrichter und lieferten Kopien der drei letztwilligen Verfügungen ein. Sie machten geltend, das Testament vom 25. Juli 1997 hebe die früheren letztwilligen Verfügungen auf.
Mit Verfügung vom 26. Oktober 1998 stellte die Einzelrichterin den Erben die Ausstellung von Erbscheinen nach Massgabe des Testaments vom 25. Juli 1997 in Aussicht. Sie erwog weiter, die Beschwerdeführerin sei nicht als Willensvollstreckerin zu betrachten, die letztwillige Verfügung vom 25. Juli 1997 sei allein massgeblich. Der damalige Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin nahm die Testamentseröffnungsverfügung am 10. November 1998 entgegen. Sie blieb unangefochten.
C. Die Beschwerdeführerin hat sich in den zehn Jahren seit der Testamentseröffnungsverfügung vom 26. Oktober 1998 mehrmals um deren Wiedererwägung bzw. um die Ausstellung eines Willensvollstreckerzeugnisses bemüht. Die zuständigen Einzelrichter in Erbschaftssachen lehnten das teilweise in Briefform, teilweise durch förmliche Verfügung ab.
D. Mit Eingabe vom 23. August 2008 wandte sich die Beschwerdeführerin erneut an den Einzelrichter im summarischen Verfahren des Bezirkes Zürich und ersuchte sinngemäss um Wiedererwägung der Verfügung vom 26. Oktober 1998.
Der Einzelrichter wies mit Verfügung vom 14. Oktober 2008 das Begehren um Berichtigung der Testamentseröffnungsverfügung vom 26. Oktober 1998 sowie das Begehren, sie sei im Nachlass des Erblassers als Willensvollstreckerin zu betrachten, ab.
E. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdeführerin mit Eingaben vom 4. Oktober/8. Dezember 2008 Rekurs beim Obergericht des Kantons Zürich und beantragte, es sei in Aufhebung der Verfügung des Bezirksgerichts Zürich vom 14. Oktober 2008 und sämtlicher früheren Verfügungen in dieser Angelegenheit ein neuer Entscheid zu fällen, sie sei in Wiedererwägung der früheren Entscheide des Bezirksgerichts als Willensvollstreckerin einzusetzen und ihr seien die drei Originale des Testaments und dessen Ergänzungen herauszugeben.
Mit Beschluss vom 6. März 2009 wies das Obergericht den Rekurs ab, soweit es darauf eintrat, und trat auf das Wiedererwägungsgesuch vom 23. August 2008 nicht ein.
F. Mit Beschwerde vom 15. April 2009 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, es sei in Aufhebung der Verfügung des Bezirksgerichts Zürich vom 14. Oktober 2008 und sämtlicher früheren Verfügungen in dieser Angelegenheit ein neuer Entscheid zu fällen, ihr sei die Erbschaftsverwaltung über den Nachlass von A._ im Sinne von <ref-law> zu übergeben und sie sei als Willensvollstreckerin einzusetzen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid betreffend die Wiedererwägung einer Testamentseröffnungsverfügung, in welcher die Ausstellung einer Willensvollstreckerbescheinigung verweigert worden ist (s. oben, Sachverhalt Bst. B). Dieser stellt einen Endentscheid i.S.v. <ref-law> dar.
1.2 Die Beschwerdeführerin richtet sich gegen den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich. Näherer Prüfung bedarf die Frage der Letztinstanzlichkeit dieses Beschlusses. Gemäss Rechtsmittelbelehrung im vorinstanzlichen Entscheid stand die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde offen.
1.2.1 Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen (<ref-law>). Nicht erforderlich ist die Einlegung eines ausserordentlichen Rechtsmittels, mit welchem nicht alle vor Bundesgericht zulässigen Rügen erhoben werden können. Können allerdings mit dem ausserordentlichen kantonalen Rechtsmittel alle vor Bundesgericht zulässigen Rügen geltend gemacht werden, erfordert <ref-law> die Erschöpfung dieses kantonalen Rechtsmittelzuges und ist die Beschwerde gegen den Entscheid des oberen kantonalen Gerichts unzulässig (<ref-ruling> E. 3.1 S. 586).
1.2.2 Nach § 281 der Zivilprozessordnung des Kantons Zürich vom 13. Juni 1976 (ZPO/ZH; LS 271) kann gegen Vor-, Teil- und Endentscheide sowie gegen Rekursentscheide und Rückweisungen im Berufungsverfahren Nichtigkeitsbeschwerde erhoben werden. Die Nichtigkeitsbeschwerde ist unter anderem nicht zulässig gegen Rekursentscheide betreffend vorsorgliche Massnahmen (<ref-law>/ZH). Damit stellt sich die Frage, ob die einzelrichterliche Verfügung vom 26. Oktober 1998 (s. oben, Sachverhalt Bst. B), deren Wiedererwägung beantragt wird, eine vorsorgliche Massnahme betrifft.
1.2.3 Was die Anordnung einer Erbschaftsverwaltung angeht, hat das Kassationsgericht des Kantons Zürich entschieden, dass es sich dabei um eine Sicherungsmassregel (<ref-law>) und damit um eine vorsorgliche Massnahme im weiteren Sinne handle, sodass die Nichtigkeitsbeschwerde gemäss <ref-law>/ZH nicht zulässig sei (Zirkulationsbeschlüsse AA0900086 vom 7. Juli 2009 E. 2a; AA0900049 vom 14. April 2009 E. 3; AA0900026 vom 6. März 2009 E. 5).
Vorliegend geht es um die Wiedererwägung einer Verfügung betreffend Testamentseröffnung. Diese stellt - wie die Erbschaftsverwaltung - ebenfalls eine Sicherungsmassregel dar (<ref-law>). Es ist daher denkbar, dass das Kassationsgericht gestützt auf <ref-law>/ZH trotz der Rechtsmittelbelehrung im obergerichtlichen Entscheid auf eine Nichtigkeitsbeschwerde der Beschwerdeführerin nicht eingetreten wäre und der obergerichtliche Beschluss als letztinstanzlich zu betrachten wäre.
1.2.4 Das Bundesgericht verzichtet in konstanter Praxis auf das Erfordernis der Erschöpfung des kantonalen Instanzenzuges, wenn an der Zulässigkeit eines Rechtsmittels ernsthafte Zweifel bestehen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 202; <ref-ruling> E. 1.5 S. 94; je mit Hinweisen). Solche Zweifel bestehen nach den vorstehenden Erwägungen, sodass auf die Beschwerde insoweit einzutreten ist.
1.3 Vorliegend handelt es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit (vgl. dazu grundlegend BGE 5A_23/2009 vom 20. Mai 2009 E. 6.3; Urteil 5A_646/2008 vom 22. Dezember 2008 E. 1.1 [je betreffend die Aufsicht über Willensvollstrecker]; Urteil 5A_787/2008 vom 22. Januar 2009 E. 1.1 [betreffend die Anordnung einer Erbenvertretung]), zumal aufgrund der Vorbringen der Beschwerdeführerin vor Obergericht davon auszugehen ist, dass deren finanzielle Interessen im Vordergrund stehen. Ob der Streitwert von Fr. 30'000.-- überschritten und damit die Beschwerde in Zivilsachen zulässig ist (<ref-law>) oder ob die Beschwerde als subsidiäre Verfassungsbeschwerde zu behandeln ist, kann offen bleiben, da vorliegend ohnehin nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (s. sogleich, E. 1.4).
1.4 Was das Begehren um Anordnung der Erbschaftsverwaltung gemäss <ref-law> betrifft, stellt diese - wie bereits erwähnt (s. oben, E. 1.2.3) - eine Sicherungsmassregel i.S. der <ref-law> dar. Dem Erbschaftsverwalter kommt in der Regel bloss eine auf Erhaltung und Verwaltung, nicht auch auf die Liquidation des Nachlasses gerichtete Tätigkeit zu (BGE 76 II 333 E. 1 S. 335; 54 II 197 E. 1 S. 200; 47 II 38 E. 4 S. 41; aus der neueren Rechtsprechung Urteile 5A_502/2008 vom 4. März 2009 E. 1.2; 5A_111/2008 vom 9. Dezember 2008 E. 2.1; 5A_758/2007 vom 3. Juni 2008 E. 1.2). Es handelt sich daher um einen Entscheid über eine vorsorgliche Massnahme, gegen welchen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (<ref-law>; Urteile 5A_502/2008 vom 4. März 2009 E. 1.2; 5A_111/2008 vom 9. Dezember 2008 E. 2.1; 5A_758/2007 vom 3. Juni 2008 E. 1.2; so auch zum Entscheid, keinen Erbenschein auszustellen, Urteil 5A_162/2007 vom 16. Juli 2007 E. 5.2).
Dies gilt ebenfalls für den Entscheid betreffend die Verweigerung der Ausstellung einer Willensvollstreckerbescheinigung. Letztere hat nur deklaratorischen Charakter und dient dem Willensvollstrecker als Beweis für die Ernennung und Annahme der Funktion (Martin Karrer, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, Bd. II, 3. Aufl. 2007, N. 18 zu <ref-law>). Der betreffende Entscheid betrifft somit ebenfalls eine vorsorgliche Massnahme, sodass gegen ihn nach <ref-law> nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann. Soweit die Beschwerdeführerin die Verletzung einfacher Gesetzesbestimmungen rügt, ist auf die Beschwerde somit nicht einzutreten.
1.5 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das bedeutet, dass - entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG - klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397 mit Hinweis).
Da nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann, gelangen die Art. 95 und 97 BGG und auch <ref-law> nicht zur Anwendung (<ref-ruling> E. 4.1 S. 588). Die hier gegebenen Verhältnisse entsprechen denjenigen bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (<ref-law>). Wie dort (Art. 118 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>) kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen ebenfalls hier nur dann in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat. Wird Letzteres geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese verfassungswidrig, insbesondere willkürlich (<ref-law>), offensichtlich unhaltbar sein soll, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehe, auf einem offenkundigen Versehen beruhe oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lasse (<ref-ruling> E. 4.1 S. 588 mit Hinweisen).
1.6 Soweit die Beschwerdeführerin nicht den obergerichtlichen Beschluss, sondern die erstinstanzliche Verfügung oder frühere Entscheide des Einzelrichters anficht, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (<ref-law>).
2. 2.1 In tatbeständlicher Hinsicht bestreitet die Beschwerdeführerin, dass in Italien ein Verfahren zur Anfechtung des Testamentes hängig sei; sie macht geltend, die beiden Töchter des Erblassers würfen ihr vor, sie habe sich zu Lebzeiten des Erblassers ungerechtfertigt bereichert.
Dabei verkennt die Beschwerdeführerin, dass sich ein entsprechender Hinweis auf ein Verfahren in Italien lediglich in der erstinstanzlichen Verfügung, nicht aber im obergerichtlichen Beschluss findet. Ihre Rüge gilt deshalb als neu und in Anwendung von <ref-law> als unzulässig.
2.2 Sodann macht die Beschwerdeführerin geltend, die kantonalen Instanzen seien von der falschen Rechtstatsache ausgegangen, dass die späteren letztwilligen Verfügungen die früheren aufhöben. Mit diesem Einwand und der damit verbundenen Rüge, die Vorinstanzen hätten verkannt, dass das anwendbare italienische Erbrecht Testamentsergänzungen zulasse, richtet sie sich jedoch - entgegen ihren Ausführungen - nicht gegen die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz, sondern gegen die Rechtsanwendung durch diese (vgl. dazu unten, E. 3.4). Auf ihre als Sachverhaltsrüge vorgebrachte Kritik ist nicht einzutreten.
2.3 Die Beschwerdeführerin macht im Zusammenhang mit der Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz auch eine Verletzung der Offizialmaxime geltend. Sie führt jedoch nicht aus, worin eine Verletzung der Offizialmaxime (recte: Untersuchungsmaxime) liegen soll bzw. warum dieser Grundsatz zur Anwendung kommt, sodass auch auf diese Rüge mangels genügender Begründung nicht einzutreten ist.
3. Strittig in der Sache ist, ob die Verfügung vom 26. Oktober 1998 hätte in Wiedererwägung gezogen werden müssen. Die Beschwerdeführerin beantragt eine Behandlung ihres Gesuchs um Wiedererwägung der Verfügung vom 26. Oktober 1998 (s. oben, Sachverhalt Bst. D).
3.1 Eine kantonale Behörde muss sich mit einem Wiedererwägungsgesuch dann förmlich befassen und allenfalls auf eine rechtskräftige Verfügung zurückkommen, wenn das kantonale Recht dies vorsieht und die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind oder wenn unmittelbar aus der Bundesverfassung fliessende Grundsätze dies gebieten (Urteil 2A.476/2005 vom 9. Mai 2006 E. 2).
Nach der unter Art. 4 aBV entwickelten bundesgerichtlichen Rechtsprechung, die unter Art. 29 Abs. 1 und 2 BV ihre Gültigkeit behält (vgl. Botschaft vom 20. November 1996 über eine neue Bundesverfassung, BBl 1997 I 181 f.), ist eine Verwaltungsbehörde von Verfassungs wegen verpflichtet, auf einen rechtskräftigen Entscheid zurückzukommen und eine neue Prüfung vorzunehmen, wenn ein klassischer Revisionsgrund vorliegt. Dies ist der Fall, wenn der Gesuchsteller erhebliche Tatsachen oder Beweismittel anführt, die ihm im früheren Verfahren nicht bekannt waren oder die schon damals geltend zu machen für ihn rechtlich oder tatsächlich unmöglich war oder keine Veranlassung bestand (<ref-ruling> E. 6 S. 137; <ref-ruling> E. 2b S. 46/47; <ref-ruling> E. 3a S. 150 ff.; <ref-ruling> E. 4c S. 253; <ref-ruling> E. 3 S. 371 ff.; je mit Hinweisen). Die Wiedererwägung von Verwaltungsentscheiden, die in Rechtskraft erwachsen sind, ist freilich nicht beliebig zulässig. Sie darf namentlich nicht dazu dienen, rechtskräftige Verwaltungsentscheide immer wieder in Frage zu stellen oder die Fristen für die Ergreifung von Rechtsmitteln zu umgehen (<ref-ruling> E. 6 S. 133; <ref-ruling> E. 2b S. 47; <ref-ruling> E. 4a S. 250; <ref-ruling> E. 3 S. 371; je mit Hinweisen).
3.2 Das Obergericht erwog, dass die Frage, ob das Testament vom 25. Juli 1997 jenes vom 17. Juli 1997 aufhebe oder ergänze, zwischen den Parteien bereits im Testamentseröffnungsverfahren kontrovers gewesen sei. Die Beschwerdeführerin lege lediglich ihren Standpunkt betreffend die Auslegung der bereits im Testamentseröffnungsverfahren vorliegenden letztwilligen Verfügungen von A._ erneut dar, indem sie insbesondere unter Verweisung auf ein Parteigutachten die Auffassung vertrete, die Eröffnungsrichterin habe seinerzeit das italienische Recht unrichtig angewandt. Sie berufe sich nicht auf neu zum Vorschein gekommene Tatsachen oder Beweismittel. Gegenüber dem Testamentseröffnungsverfahren im Jahre 1998 habe sich die Ausgangslage nicht verändert. Daher stünden Gründe der Rechtssicherheit der Abänderung der Verfügung vom 26. Oktober 1998 entgegen. Das Obergericht beruft sich in diesem Zusammenhang auf <ref-law>/ZH, wonach fehlerhafte Anordnungen, die auf einseitigen Antrag ergangen sind, aufgehoben oder abgeändert werden können, wenn nicht gesetzliche Vorschriften oder Gründe der Rechtssicherheit entgegenstehen. Die Beschwerdeführerin strebe ohne äusseren Anlass die Korrektur einer Verfügung in einer bereits früher zwischen den Verfahrensbeteiligten umstrittenen Frage an. Sie hätte allen Anlass gehabt, gegen die Verfügung vom 26. Oktober 1998 Rekurs zu erheben. Deshalb sei auf das Wiedererwägungsgesuch nicht einzutreten.
3.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass keine neue Tatsachen oder Beweismittel vorliegen und dass sie gegen die Verfügung vom 26. Oktober 1998 hätte Rekurs erheben können und sollen. Was das vorinstanzliche Argument der Rechtssicherheit betrifft, bringt sie lediglich in allgemeiner Weise vor, eine Korrektur der Verfügung gemäss <ref-law>/ZH rechtfertige sich insbesondere im nichtstreitigen Verfahren, das keinem Zweiparteienverfahren mit Darstellung und Gegendarstellung unterliege. Sie begründet jedoch nicht, weshalb das Obergericht zu Unrecht davon ausgegangen sein soll, einer Abänderung der Verfügung vom 26. Oktober 1998 stünden Gründe der Rechtssicherheit entgegen. Somit genügt der Einwand gegen die vorinstanzliche Argumentation betreffend die Rechtssicherheit den Anforderungen von <ref-law> nicht. Auch eine klare Rüge der willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts (<ref-law> i.V.m. <ref-law>/ZH) erhebt die Beschwerdeführerin eigentlich nicht. Auf die betreffenden Rügen ist daher nicht einzutreten.
Damit erübrigt sich eine Auseinandersetzung mit den übrigen Vorbringen der Beschwerdeführerin, insbesondere ihrer Rüge, die Vorinstanzen hätten das nach <ref-law> massgebliche materielle italienische Recht willkürlich angewandt.
3.4 Im Übrigen wurde in der erstinstanzlichen Verfügung ausgeführt, dass der Einzelrichter vorläufig zu beantworten habe, ob ein späteres Testament ein früheres aufhebe, in dem ein Willensvollstrecker eingesetzt worden ist, und dass im Streitfall die definitive Auslegung der Testamente sowie deren gegenseitiges Verhältnis dem ordentlichen Richter vorbehalten bleibe. Damit hat die erste Instanz aufgrund des genannten Verhältnisses zwischen Testamentseröffnung und ordentlichem Klageverfahren eine Auseinandersetzung mit den aufgeworfenen Auslegungsfragen offensichtlich abgelehnt. Das Obergericht ist dieser Auffassung gefolgt, ohne dass die Beschwerdeführerin eine nachvollziehbare und gehörig begründete Verfassungsrüge dagegen erhoben hätte.
3.5 Die Beschwerdeführerin rügt ferner, das Obergericht habe mit seinem Nichteintretensentscheid den Tatbestand der Rechtsverweigerung erfüllt.
<ref-law> räumt einen Anspruch auf Behandlung von formgerecht eingereichten Eingaben ein und verbietet formelle Rechtsverweigerung (<ref-ruling> E. 3a S. 117 f.; Urteile 1C_382/2007 vom 24. April 2008 E. 3.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 1P.338/2006 und 1P.582/2006 vom 12. Februar 2007 E. 3.2, in: ZBl 108/2007 S. 316). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kann mit der Rüge der formellen Rechtsverweigerung beanstandet werden, dass auf ein Rechtsmittel zu Unrecht nicht eingetreten worden sei (<ref-ruling> E. 2a S. 441 mit Hinweis). Fehlen die prozessualen Voraussetzungen für eine materielle Behandlung einer Eingabe oder Beschwerde, steht der Anspruch auf gerechtes Verfahren einem Nichteintretensentscheid nicht entgegen (Gerold Steinmann, in: Die schweizerische Bundesverfassung, 2. Aufl. 2008, N. 10 zu <ref-law>).
Wie oben bereits dargelegt, ist das Obergericht auf das Gesuch der Beschwerdeführerin nicht eingetreten, weil es die prozessualen Voraussetzungen eines Wiedererwägungsgesuchs als nicht gegeben erachtet hat (s. oben, E. 3.2). Gegen diese Argumentation richtet sich die Beschwerdeführerin - wie ebenfalls bereits erwähnt (s. oben, E. 3.3) - nicht. Sie führt auch im Zusammenhang mit ihrer Rechtsverweigerungsbeschwerde keine Argumente an, weshalb das Obergericht auf ihr Gesuch zu Unrecht nicht eingetreten sein soll. Vielmehr wiederholt sie lediglich ihre Rügen gegen den vorinstanzlichen Entscheid, auf welche mangels genügender Begründung nicht einzutreten ist (s. oben, E. 3.3 f.). Insoweit erweist sich die Rüge der Rechtsverweigerung als unbegründet, soweit ihr selbstständige Bedeutung zukommt und die Begründung nicht ohnehin in der Wiederholung von bereits Gesagtem besteht.
4. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp