Sachverhalt:
A. Am 16. April 2008 reichte Rechtsanwalt X._ gegen A._, B._, C._ und D._ eine Strafanzeige ein wegen des Verdachts insbesondere der Urkundenfälschung, des Betrugs und der Veruntreuung. Der Anzeige liegt im Wesentlichen folgender Sachverhalt zugrunde:
X._ habe zwischen dem 1. April 1996 und dem 30. Juni 2000 mit A._, B._ und C._ eine Anwaltssozietät auf der Basis einer "Voll-Partnerschaft" geführt, d.h. sämtliche Honorareinnahmen der einzelnen Partner hätten der Gesellschaft gehört (mit späterer Gewinnverteilung nach einem vereinbarten Schlüssel) und seien über die gemeinsamen Bürokonti abzurechnen gewesen. D._ habe in der Anwaltssozietät die Buchhaltung geführt. Im Dezember 1999/Mai 2000 sei X._ durch A._, B._ und C._ unter massiver Druckausübung dazu veranlasst worden, einer rückwirkenden Umwandlung der "Voll-Partnerschaft" in eine blosse Bürogemeinschaft per 30. Juni 1999 zuzustimmen. Am 30. Juni 2000 habe X._ die Anwaltskanzlei verlassen. Im Nachhinein habe er erfahren müssen, dass er in den Jahren der gemeinsamen Partnerschaft von A._, B._ und C._ hintergangen worden sei. X._ sei in den Besitz von Unterlagen gelangt, die bewiesen, dass A._ jedenfalls in den Jahren 1999 und 2000 Honorareinnahmen in der Höhe von vielen Hunderttausend Franken über ein Privatkonto abdisponiert bzw. an den gemeinsamen Bürokonti "vorbeigeschleust" habe. Diese Honorareinnahmen figurierten auch nicht in der unter der Aufsicht von B._ geführten Buchhaltung der Anwaltssozietät. X._ sei somit bei den jeweiligen Gewinnverteilungen mit einer entsprechend zu seinem Nachteil gefälschten Buchhaltung irregeführt worden. Nach "Auffliegen" dieser Machenschaften hätten B._ und C._ versucht, A._ zu decken bzw. den Eindruck zu erwecken, dieser habe korrekt gehandelt. Dies zeige, dass sie von den Machenschaften A._s gewusst und - was sie inzwischen zugegeben hätten - gebilligt hätten, dass X._ durch eine gefälschte Buchhaltung bzw. gefälschte Jahresabschlüsse hinters Licht geführt worden sei. Dass A._ mit einem äusserst lukrativen Mandat beschäftigt gewesen sei, sei X._ bei den Verhandlungen bezüglich rückwirkender Auflösung des Partnerschaftsvertrages per 30. Juni 1999 verschwiegen worden. Hätte X._ davon gewusst bzw. wäre ihm bewusst gewesen, dass weitere Honorareinnahmen in Höhe von vielen Hunderttausend Franken unmittelbar bevorgestanden seien (mit entsprechender Gewinnbeteiligung seinerseits), hätte er dem Drängen seiner Partner, die Partnerschaft aufzulösen, nicht nachgegeben. Insoweit sei er betrogen worden.
Am 7. April 2008 hatte X._ beim Bezirksgericht Meilen gegen A._, B._ und C._ in der gleichen Sache eine Zivilklage eingereicht.
B. Am 28. Oktober 2008 sistierte die Staatsanwaltschaft See/Oberland (im Folgenden: Staatsanwaltschaft) die Strafuntersuchung bis zur rechtskräftigen Erledigung der Zivilklage.
Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich am 29. Januar 2009 ab.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, der Entscheid der Oberstaatsanwaltschaft sei aufzuheben; die Vorinstanzen seien anzuweisen, die Strafuntersuchung unverzüglich fortzusetzen.
D. Die Staatsanwaltschaft und die Oberstaatsanwaltschaft haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den angefochtenen Entscheid ist gemäss <ref-law> die Beschwerde in Strafsachen gegeben.
1.2 Ein kantonales Rechtsmittel steht nicht zur Verfügung (§ 409 Abs. 1 der Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 des Kantons Zürich; StPO/ZH, LS 321). Die Beschwerde ist nach Art. 80 i.V.m. <ref-law> zulässig.
1.3 Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat (...) und b) ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat.
Der Beschwerdeführer hat als Rekurrent am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen.
<ref-law> zählt auf, wer insbesondere ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Die Aufzählung ist nicht abschliessend (<ref-ruling> E. 2.3 S. 230).
Der Beschwerdeführer ist nicht Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG. Gemeint ist damit das Opfer im Sinne von Art. 1 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 23. März 2007 über die Hilfe an Opfer von Straftaten (Opferhilfegesetz, OHG; SR 312.5), also jede Person, die durch eine Straftat in ihrer körperlichen, psychischen oder sexuellen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist (Urteil 1B_212/2007 vom 12. März 2008 E. 1.4; Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001, S. 4318). Eine solche Beeinträchtigung besteht beim Beschwerdeführer aufgrund der von ihm geltend gemachten Straftaten nicht.
Nach der Rechtsprechung ist der Geschädigte, der nicht Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes ist, nicht zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, soweit es um den staatlichen Strafanspruch geht. Dieser steht dem Staat zu. Der Geschädigte hat an der Bestrafung des Täters nur ein tatsächliches und kein rechtlich geschütztes Interesse (<ref-ruling> E. 2).
Unbekümmert der fehlenden Legitimation in der Sache selbst ist der Geschädigte jedoch befugt, die Verletzung von Verfahrensrechten geltend zu machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Das nach <ref-law> erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Ist der Beschwerdeführer in diesem Sinne nach dem kantonalen Recht Partei, kann er die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihm nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund der Bundesverfassung oder von Art. 6 EMRK zustehen (Urteile 1B_134/2008 vom 18. August 2008 E. 1.2; 6B_380/2007 vom 13. November 2007 E. 2.1, mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer rügt, der angefochtene Entscheid verletze das Beschleunigungsgebot nach <ref-law>. Nach der Rechtsprechung liegt dessen Beachtung nicht nur im öffentlichen Interesse, sondern auch in jenem der Parteien, namentlich des Geschädigten. Es handelt sich um ein diesem zustehendes Verfahrensrecht. Die Beschwerdebefugnis des Beschwerdeführers ist deshalb insoweit zu bejahen (Urteil 1B_134/2008 vom 18. August 2008 E. 1.2).
Soweit er Willkür und damit einen Verstoss gegen <ref-law> geltend macht, kommt seinen Vorbringen keine selbstständige Bedeutung zu. Sie fallen in der Sache zusammen mit der Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebots, weshalb die Beschwerdelegitimation auch insoweit zu bejahen ist.
1.4 Der angefochtene Entscheid stellt unstreitig ein Zwischenentscheid gemäss <ref-law> dar. Ein solcher ist unter anderem anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a).
Nach der Rechtsprechung muss die Voraussetzung des nicht wieder gutzumachenden Nachteils nicht erfüllt sein, soweit der Beschwerdeführer rügt, die Sistierung des Strafverfahrens verletze das Beschleunigungsgebot (<ref-ruling>). Der vorinstanzliche Entscheid ist also ohne Weiteres anfechtbar.
1.5 Gemäss <ref-law> kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden.
Es kann dahingestellt bleiben, ob es sich bei der Sistierung des Strafverfahrens um eine vorsorgliche Massnahme in Sinne dieser Bestimmung handelt, da der Beschwerdeführer ohnehin nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügt.
2.1 2.1.1 Gemäss <ref-law> hat jede Person in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf Beurteilung innert angemessener Frist.
Aus dieser Bestimmung ergibt sich das Beschleunigungsgebot. Dieses verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren ohne unnötige Verzögerung zu Ende zu führen (<ref-ruling> E. 8 S. 170; <ref-ruling> E. 5 S. 323; vgl. ebenso <ref-law>/ZH).
Nach der Rechtsprechung ist die Sistierung eines Verfahrens nur ausnahmsweise zulässig. Im Zweifelsfall kommt dem Beschleunigungsgebot der Vorrang zu (Urteil 1P.178/1995 vom 28. Juli 1995 E. 2a, in: Pra 1996 Nr. 141).
2.1.2 Wie im Schrifttum dargelegt wird, ist die Möglichkeit, durch eine Verfügung das Strafverfahren einstweilen zu sistieren, in der Zürcher Strafprozessordnung nicht ausdrücklich vorgesehen, sondern wurde von der Praxis geschaffen (DONATSCH/SCHMID, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 2000, § 38 N. 21).
Die Sistierung kommt namentlich in Frage, wenn der Ausgang anderer, präjudizieller Verfahren unter anderem zivilrechtlicher Art abzuwarten ist (DONATSCH/SCHMID, a.a.O., § 38 N. 24; NIKLAUS SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, S. 311 f. N. 799; ROBERT HAUSER UND ANDERE, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, S. 401 N. 14; ebenso Art. 314 Abs. 1 lit. b der voraussichtlich Anfang 2011 in Kraft tretenden Schweizerischen Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007, BBl 2007 S. 7072).
Von der Sistierung ist auch nach Auffassung der Literatur zurückhaltend Gebrauch zu machen. Zu ihr sollte nur gegriffen werden, wenn das Urteil im anderen Verfahren gleichsam konstitutiv für das zu sistierende ist (DONATSCH/SCHMID, a.a.O., § 38 N. 25; ROBERT HAUSER UND ANDERE, a.a.O.; BERNARD CLOETTA, Nichtanhandnahme und Einstellung der Strafuntersuchung in der Schweiz, 1984, S. 97). Die Strafverfolgungsbehörden haben grundsätzlich auch vorfrageweise Rechtsfragen aus anderen Bereichen wie insbesondere dem Zivilrecht abzuklären und zu entscheiden (DONATSCH/SCHMID, a.a.O., § 38 N. 25; SCHMID, a.a.O., S. 195 N. 591; GÉRARD PIQUEREZ, Traité de procédure pénale, 2. Aufl. 2006, S. 57 N. 41 und S. 65 N 52). Es ist auch keineswegs so, dass das Verfolgen wirtschaftlicher Interessen mittels Strafklagen insbesondere durch den Geschädigten immer missbräuchlich wäre. Von der Einstellung aus diesem Grund sollte insbesondere dann abgesehen werden, wenn andernfalls die Gefahr der Verjährung droht (DONATSCH/SCHMID, a.a.O., § 38 N. 25; CLOETTA, a.a.O., S. 96 f.).
2.2 Wie die Vorinstanz und der Beschwerdeführer übereinstimmend annehmen, tritt hier die Verjährung der angezeigten Straftaten im Jahr 2015 ein. Die Vorinstanz ist (angefochtener Entscheid S. 9 E. 6.1) der Auffassung, die Gefahr der Verjährung bestehe nicht.
Dem kann nicht gefolgt werden. Der Zivilprozess befindet sich noch im Anfangsstadium. Die Beklagten in jenem Prozess haben vor Bezirksgericht Meilen die Einrede der Unzuständigkeit erhoben. Das Bezirksgericht ist mit Beschluss vom 12. Januar 2009 mangels Zuständigkeit auf die Klage nicht eingetreten. Dagegen hat der Beschwerdeführer beim Obergericht des Kantons Zürich Rekurs erhoben mit dem Antrag, das Bezirksgericht sei anzuweisen, auf die Klage einzutreten. Der Entscheid des Obergerichts zur Zuständigkeitsfrage wird gegebenenfalls ans Bundesgericht weitergezogen werden können (vgl. <ref-ruling> E. 2). Nach Klärung der Zuständigkeit wird der Zivilprozess in der Sache bis zum rechtskräftigen Entscheid wiederum über alle Instanzen gezogen werden können. Wie der Beschwerdeführer zutreffend vorbringt, kann der Zivilprozess Jahre dauern. Sollte dieser vor dem Eintritt der Strafverfolgungsverjährung überhaupt noch zum rechtskräftigen Abschluss kommen, bestünde jedenfalls die Gefahr, dass rechtzeitig kein erstinstanzliches Strafurteil mehr ergehen und damit die Verjährung eintreten könnte (vgl. <ref-law>).
Die Sistierung des Strafverfahrens ist schon aus diesem Grund unhaltbar.
2.3 Wie der Beschwerdeführer zutreffend vorbringt, besteht aufgrund der Sistierung überdies die Gefahr des Beweismittelverlusts.
Der Beschwerdeführer hat in der Strafanzeige die Beschlagnahme von Unterlagen beantragt (S. 2 f. Ziff. 3-6). Zwar können gemäss Art. 183 Abs. 1 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 des Kantons Zürich (ZPO; LS 271) die Beklagten im Zivilprozess vom Gericht zur Herausgabe von beweisrelevanten Urkunden (Honorarrechnungen, Bankauszügen etc.) verpflichtet werden. Das Zivilgericht kann jedoch im Gegensatz zur Strafverfolgungsbehörde keine Zwangsmassnahmen anordnen, wenn die Beklagten die Herausgabe verweigern. <ref-law> bestimmt für diesen Fall lediglich, dass das Gericht das Verhalten der sich weigernden Partei nach <ref-law>, d.h. nach freier Überzeugung würdigt und dabei die Verweigerung der Mitwirkung bei der Beweiserhebung berücksichtigt. Weigerten sich die Beklagten, die massgeblichen Unterlagen im Zivilprozess herauszugeben, könnte somit gegebenenfalls nicht festgestellt werden, wie hoch die von A._ erzielten Honorare waren, welche dieser nach der Anzeige am gemeinsamen Bürokonto vorbei direkt auf sein Privatkonto habe überweisen lassen.
Zu beachten ist sodann Folgendes: Wer verpflichtet ist, seine Firma in das Handelsregister eintragen zu lassen, ist gehalten, diejenigen Bücher ordnungsgemäss zu führen und aufzubewahren, die nach Art und Umfang seines Geschäfts nötig sind, um die Vermögenslage des Geschäftes und die mit dem Geschäftsbetrieb zusammenhängenden Schuld- und Forderungsverhältnisse sowie die Ergebnisse der einzelnen Geschäftsjahre festzustellen (<ref-law>). Nach den Angaben der beschuldigten Partner handelt es sich bei der Anwaltssozietät um eine Kollektivgesellschaft (act. 10/2 S. 12). Diese muss in das Handelsregister eingetragen werden (<ref-law>). Die Buchführungs- und Aufbewahrungspflicht ist somit gegeben. Gemäss Art. 962 sind die Geschäftsbücher, die Buchungsbelege und die Geschäftskorrespondenz während zehn Jahren aufzubewahren (Abs. 1). Die Aufbewahrungsfrist beginnt mit dem Ablauf des Geschäftsjahres, in dem die letzten Eintragungen vorgenommen wurden, die Buchungsbelege entstanden sind und die Geschäftskorrespondenz ein- oder ausgegangen ist (Abs. 2). Da es nach der Strafanzeige vornehmlich um Ereignisse aus den Jahren 1999 und 2000 geht, werden die Beschuldigten demnach beweisrelevante Unterlagen bald vollumfänglich vernichten dürfen. Im Übrigen ist damit zu rechnen, dass auch Banken sich bei ihnen befindende Unterlagen nicht länger als zehn Jahre aufbewahren. Daher könnten beweisrelevante Unterlagen namentlich auch zu den Privatkonten von A._ verloren gehen.
Die Sistierung des Strafverfahrens ist auch mit Blick darauf abzulehnen.
2.4 Die Vorinstanz nimmt (angefochtener Entscheid S. 8 E. 4.3) an, im vorliegenden Fall seien komplexe tatsächliche und rechtliche Verhältnisse gegeben. Der Endentscheid im Zivilverfahren werde für die Beantwortung der sich im Strafverfahren stellenden zivilrechtlichen Vorfragen unentbehrlich sein.
Auch dem kann nicht gefolgt werden.
Nach dem Partnerschaftsvertrag vom 19. Dezember 1995 (act. 3/1) soll jede anwaltliche Tätigkeit (eingeschlossen Organstellung, schiedsrichterliche Tätigkeit, Erstattung von Gutachten, wissenschaftliche Arbeiten, Vermittlungen etc.) grundsätzlich auf Rechnung der Partnerschaft ausgeübt werden (Ziff. 2 lit. b). Die Partnerschaft führt eine Buchhaltung nach kaufmännischen Grundsätzen (Ziff. 7). Alle Einnahmen und Erträgnisse aus beruflicher Tätigkeit (Honorare, VR-Honorare, Vergütungen aus Schiedsgericht, Kommissionen, Rückzessionen, Zinsen etc.) kommen vollumfänglich der Partnerschaft zu (Ziff. 9 lit. a). Vom erzielten Umsatz wird vorweg eine Akquisitionsentschädigung ad personam ausgerichtet. Deren Höhe beträgt 20 % des entsprechenden Honorars (Ziff. 9 lit. b). Vom verbleibenden "Bruttogewinn" werden sämtliche Kosten in Abzug gebracht. Der resultierende "Reingewinn" wird wie folgt verteilt: 50 % nach Köpfen; 50 % gemäss dem fakturierten Honorarumsatz der einzelnen Partner während der entsprechenden Periode (Ziff. 9 lit. c).
Der Hauptvorwurf der Strafanzeige geht dahin, A._ habe mit Wissen und Billigung der anderen Partner Honorareinnahmen von mehreren Hunderttausend Franken am gemeinsamen Konto der Anwaltssozietät "vorbeigeschleust". Mit Schreiben vom 15. Juni 2006 konfrontierte der Anwalt des Beschwerdeführers B._ mit diesem Vorwurf (act. 3/12). Darauf antwortete dieser, an Sitzungen der Partner vom 10. und 21. Dezember 1999 seien offene Fragen hinsichtlich der Abrechnung vorbestandener Arbeiten allseitig bereinigt und die Abrechnung von A._ genehmigt worden. Alle - auch der Beschwerdeführer - seien damit einverstanden gewesen (act. 3/13).
Daraus ergibt sich, dass es in der Strafuntersuchung vorab nicht um heikle zivilrechtliche Auslegungs- und Subsumtionsfragen geht, sondern um die Klärung des Sachverhalts, so namentlich die Rekonstruktion des Geldflusses (welcher Betrag floss auf welches Konto), den Wissensstand der Mitglieder der Sozietät (einschliesslich des Beschwerdeführers) über die Abwicklung der in Frage stehenden Zahlungen und darum, inwieweit eine allseitige Bereinigung erzielt wurde. Allein der Umstand, dass sich in beiden Prozessen - mit Ausnahme von D._, die im Zivilprozess nicht belangt wird - die gleichen Parteien gegenüberstehen, es sich im Wesentlichen um denselben Sachverhalt handelt und sich auch in rechtlicher Hinsicht zumindest teilweise ähnliche Fragen stellen, lässt den Schluss nicht zu, das Zivilurteil sei für den weiteren Gang des Strafverfahrens unentbehrlich.
2.5 Die Sistierung des Strafverfahrens verletzt danach <ref-law>. Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Sache wird in Anwendung von <ref-law> an die Staatsanwaltschaft zurückgewiesen, damit diese die Strafuntersuchung fortführt.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Die Akten des Rekursverfahrens sind der Vorinstanz zur Regelung der Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens zu überweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Rekursentscheid der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 29. Januar 2009 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Staatsanwaltschaft See/Oberland zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Die Akten des Rekursverfahrens werden der Oberstaatsanwaltschaft zur Regelung der Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens überwiesen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft See/Oberland und der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri