Sachverhalt:
A. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) ist der Vater von A._ (geb. 1997). Auf sein Ersuchen hin legte die Vormundschaftsbehörde Basel-Stadt am 14. Mai 2007 ein Besuchsrecht fest im Unfang von Besuchen alle zwei Wochen von Freitagabend 19.30 Uhr bis Samstagabend 18.00 Uhr. Seinem weiteren Begehren, es sei ihm jeweils ein gültiges Reisedokument des Kindes auszuhändigen, wurde nicht stattgegeben. Vielmehr verfügte die Vormundschaftsbehörde, der Beschwerdeführer habe der Mutter des Kindes, Y._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin), und der Vormundschaftsbehörde über seine aktuelle Arbeits- und Einkommenssituation Auskunft zu erteilen und seine Auskünfte zu belegen. Die Mutter wiederum habe, nachdem die genannten Auskünfte erteilt worden seien, dem Kind zu den Besuchen ein gültiges Reisedokument mitzugeben und damit Ausflüge ins Ausland zu ermöglichen. Mit der Überwachung der Einhaltung dieser Regelung wurde der Besuchsrechtsbeistand beauftragt. Für den Erlass dieser Verfügung auferlegte die Vormundschaftsbehörde dem Beschwerdeführer eine Gebühr von Fr. 200.--.
B. Gegen diesen Beschluss rekurrierte der Beschwerdeführer an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht mit dem sinngemässen Antrag, es sei ihm anlässlich der Besuche der Tochter bedingungslos ein gültiges Reisedokument auszuhändigen und es seien keine Kosten zu erheben.
Mit Urteil vom 1. Februar 2008 wies das Appellationsgericht den Rekurs ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde vom 13. Mai 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des Urteils des Appellationsgerichts sowie die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung vom 21. Juni 2008 auf Abweisung der Beschwerde. Das Appellationsgericht verzichtete mit Schreiben vom 16. Juni 2008 auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid auf dem Gebiet des Kindesschutzes (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 7 und <ref-law>), welcher einen Endentscheid i.S.v. <ref-law> darstellt. Insoweit ist die Beschwerde in Zivilsachen gegeben.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Indes prüft es die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. Die Beschwerde in Zivilsachen ist ein reformatorisches Rechtsmittel (<ref-law>), sodass sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken darf, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern einen Antrag in der Sache stellen muss, ansonsten die Beschwerde unzulässig ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 489).
Der Beschwerdeführer stellt vor Bundesgericht kein reformatorisches Begehren. Gleichwohl ist zu seinen Gunsten davon auszugehen, dass er vor Bundesgericht materiell das Gleiche wie vor Appellationsgericht - sinngemäss die bedingungslose Aushändigung eines gültigen Reisedokuments anlässlich der Besuche der Tochter - beantragt, sodass die Beschwerdeschrift insofern den Anforderungen an das Rechtsbegehren gemäss <ref-law> genügt.
3. Das Appellationsgericht erwog, dass in der Vernachlässigung finanzieller Verpflichtungen gegenüber dem Kind kein Grund liege, das Besuchsrecht nicht zu gewähren, und daher das Erteilen von Informationen, die der Regelung der finanziellen Verpflichtungen dienten, nicht ohne Weiteres zur Vorbedingung für die Ausgestaltung des Besuchsrecht gemacht werden könne. Ob die Verweigerung der Aushändigung eines Reisedokuments mit einer Verletzung von gesetzlichen Pflichten durch den Beschwerdeführer begründet werden könne, könne jedoch letztlich offen bleiben, da die Verfügung aus einem anderen Grund nicht zu beanstanden sei. So habe das Interesse eines Kindes, nicht ins Ausland entführt zu werden, sondern weiterhin in seiner gewohnten Umgebung mit den ihm bekannten Bezugspersonen bleiben zu können, einen sehr hohen Stellenwert und sei das Bedürfnis an der Abklärung der genauen Verhältnisse, welche Rückschlüsse hinsichtlich einer Entführungsgefahr zuliessen, entsprechend gross. Der Beschwerdeführer könne sich nicht darauf berufen, dass seine neue Partnerin, mit der er auch ein Kind habe, hier niedergelassen sei, da diese Italienerin sei und er selbst inzwischen auch die italienische Staatsbürgerschaft angenommen habe. Stamme ein Besuchsberechtigter aus dem Ausland, wie dies auf den Beschwerdeführer zutreffe, so sei grundsätzlich eine höhere Bereitschaft zum endgültigen Verlassen der Schweiz anzunehmen als bei einer hier geborenen Person. Habe er jedoch eine gefestigte Anstellung mit einem regelmässigen durchschnittlichen Einkommen, sei eher davon auszugehen, dass er hier integriert und nicht bereit sei, diese aufzugeben und im Ausland wieder neu anzufangen. Während die Angaben über die Arbeitsstelle und den Verdienst für die Beurteilung einer allfälligen Entführungsgefahr von einigem Nutzen seien, sei nicht ersichtlich, welches schützenswerte Interesse der Beschwerdeführer an deren Verheimlichung habe. Es sei ihm durchaus zuzumuten, diese Auskünfte zu erteilen. Selbst wenn er dies nicht tue, seien die Folgen nicht unverhältnismässig, da durch die angefochtene Verfügung nicht das Besuchsrecht als solches tangiert werde, sondern nur die Freiheit des Beschwerdeführers, sich mit der Tochter ausserhalb der Schweiz aufhalten zu können. Inwiefern Auslandbesuche im Interesse des Kindeswohles objektiv notwendig oder auch nur wünschbar seien, lege der Beschwerdeführer nicht dar.
4. Soweit der Beschwerdeführer dem Bundesgericht nach Ablauf der Beschwerdefrist und unaufgefordert weitere Eingaben zukommen liess, sind diese nicht zulässig und aus dem Recht zu weisen.
5. Der Beschwerdeführer macht vor Bundesgericht nicht mehr geltend, seine berufliche Situation sei für die Beurteilung der Sicherheit des Kindes kein Kriterium. Indes rügt er, das Appellationsgericht habe nicht berücksichtigt, dass er die Vormundschaftsbehörde über seinen aktuellen Arbeitsort (an welchem er seit 13 Jahren tätig sei) in Kenntnis gesetzt habe und dass die Vormundschaftsbehörde mehrmals in telefonischem Kontakt mit seinem Arbeitgeber gestanden habe.
Soweit der Beschwerdeführer vor Bundesgericht geltend macht, er sei an dieser Stelle seit 13 Jahren tätig, stützt er sich auf einen Sachverhalt, den er vor Appellationsgericht nicht vorgebracht hat, obwohl er dazu veranlasst gewesen wäre. Bereits die Vormundschaftsbehörde hatte in ihrem Entscheid darauf hingewiesen, aufgrund der Weigerung des Beschwerdeführers, ausreichend über seine Lebensverhältnisse zu informieren, könne nicht mit genügender Sicherheit ausgeschlossen werden, dass er versuchen könnte, die Tochter der Beschwerdegegnerin zu entziehen, zum Beispiel durch eine Entführung ins Ausland. Es handelt sich dabei somit um eine neue und unzulässige Tatsache (<ref-law>).
Zwar hat der Beschwerdeführer vor Appellationsgericht bereits geltend gemacht, er stehe seit Langem in Kontakt mit der Alimenteninkassostelle der Vormundschaftsbehörde, deren Mitarbeiterin wisse, wo er arbeite, und mit seinem Arbeitgeber in Kontakt getreten sei. Auch vorinstanzlich hat er nicht vorgebracht, bei wem er arbeitet. Für die Überprüfung der beruflichen Situation des Beschwerdeführer kann es jedoch nicht ausreichen, wenn er lediglich auf die bisherigen Kontakte mit der Inkassostelle verweist, sodass nicht ersichtlich ist, weshalb dem Appellationsgericht diesbezüglich eine Verletzung von Bundesrecht vorzuwerfen sein soll.
Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
6. Sodann rügt der Beschwerdeführer, der vorinstanzliche Entscheid sei einzig auf seiner Eigenschaft als Ausländer bzw. seiner Herkunft begründet. Er habe jedoch einen in jeder Hinsicht tadellosen Leumund. Diese Einwände gehen jedoch an der Sache vorbei. Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Erwägungen des Appellationsgerichts nicht auseinander, welches seinen Entscheid einlässlich begründet hat und insbesondere ausgeführt hat, dass bei einem Besuchsberechtigten aus dem Ausland grundsätzlich eine höhere Bereitschaft zum endgültigen Verlassen der Schweiz anzunehmen sei als bei einer hier geborenen Person und Angaben über die Arbeitsstelle und den Verdienst daher der Beurteilung einer allfälligen Entführungsgefahr dienlich seien (s. oben, E. 3). Inwiefern eine Verletzung von Bundesrecht vorliegen soll, ist nicht ersichtlich.
Soweit der Beschwerdeführer eine angebliche Schlechterstellung der Väter durch die Vorinstanz rügt und geltend macht, die Beschwerdeführerin habe versucht, sämtliche Verbindungen zwischen ihm und seiner Tochter zu zerstören, beschränkt er sich auf allgemeine und unsubstanziierte Vorbringen und geht seine Kritik am vorinstanzlichen Urteil an der Sache vorbei, da er sich nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinandersetzt. Somit ist auch diesbezüglich nicht ersichtlich, inwieweit die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben soll.
Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, die Aushändigung eines Reisedokuments seiner Tochter ergebe sich aus der Bewegungsfreiheit. Er beruft sich somit auf ein in der Verfassung verankertes Grundrecht (<ref-law>). Indes begründet der Beschwerdeführer nicht weiter, weshalb eine angebliche Verletzung dieses Grundrechts vorliegen soll, sondern weist lediglich allgemein darauf hin, dass die Aushändigung der "sérénité pendant les visites" diene. Aus seinen Ausführungen ist nicht ersichtlich, weshalb eine angebliche Beschränkung der "sérénité pendant les visites" eine Verletzung von <ref-law> begründen soll, sodass sich die Beschwerde auch diesbezüglich als unsubstanziiert erweist (<ref-law>).
Insoweit ist auf die Beschwerde ebenfalls nicht einzutreten.
7. Insgesamt kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Wie die vorstehenden Ausführungen zeigen, konnte der Beschwerde von Anfang an kein Erfolg beschieden sein, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (<ref-law>) und das betreffende Gesuch abzuweisen ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp