Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer eines Zweifamilienhauses in W._. Die Wohnung im Hochparterre mit einem darunter liegenden 1-Zimmer-Studio hat er vermietet. Die Wohnung im Obergeschoss mit einem zusätzlichen Zimmer im Dachgeschoss wird von ihm bewohnt.
Im Rahmen der Generalrevision und Neuschätzung der Liegenschaft eröffnete die kantonale Steuerverwaltung, Abteilung Spezialsteuern und Liegenschaftenschätzung, mit Verfügung vom 12. Juli 2010 X._ den Verkehrswert der Liegenschaft und den Mietwert der selbstbewohnten Wohnung. Eine Einsprache hiess die Steuerverwaltung teilweise gut und setzte den Verkehrswert auf Fr. 561'000.-- und den Mietwert auf Fr. 18'144.-- fest.
Den von X._ gegen den Einspracheentscheid vom 4. November 2010 erhobenen Rekurs wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 11. April 2011 ab. Mit Urteil vom 28. September 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau auch die Beschwerde X._s gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ sinngemäss, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau sei aufzuheben (Beschwerdeantrag 1) und die Liegenschaftsschätzung sei unter Berücksichtigung der zwischenzeitlich ohnehin geänderten Faktoren "zu überarbeiten" (Beschwerdeantrag 5). Zudem beantragt er, das Bundesgericht habe das System der Liegenschaftsschätzung im Kanton Thurgau unter dem Gesichtswinkel des Gleichheitsgebots grundsätzlich zu beurteilen (Beschwerdeantrag 3) und Kanton und Steuerverwaltung seien zu verpflichten, das Schätzungswesen im Kanton grundsätzlich zu überarbeiten (vgl. Beschwerdeanträge 4.1-4.9). Auch sei der Kanton Thurgau zu verpflichten, seine Erlasse zum Schätzungswesen bürgerfreundlicher zu konzipieren (vgl. Beschwerdeanträge 6.1-6.3).
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau beantragt in der Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau liess sich nicht vernehmen.
Mit Replik vom 5. März 2012 stellt der Beschwerdeführer weitere Anträge und macht weitere Ausführungen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Regelung des Verfahrens über die Grundstückschätzung obliegt im Kanton Thurgau dem Regierungsrat (vgl. § 43 Abs. 3 des Steuergesetzes des Kantons Thurgau vom 10. November 1992 [StG]). Für die Steuerschätzung zuständig sind die vom Regierungsrat gewählten Schätzungskommissionen (§ 142 Ziff. 2 StG). Gemäss § 11 der Verordnung des Regierungsrats über die Steuerschätzung der Grundstücke vom 24. November 1992 (nachfolgend: Schätzungsverordnung) richtet sich das Schätzungsverfahren sinngemäss nach den §§ 142 ff. StG. Einspracheentscheide der Schätzungskommissionen unterliegen den ordentlichen kantonalen Rechtsmitteln (§§ 175 f. StG in Verbindung mit § 11 Schätzungsverordnung). Damit ist das Verfahren über die Steuerschätzung von Grundstücken im Kanton Thurgau vom ordentlichen Steuerveranlagungsverfahren getrennt. Der Entscheid über die Liegenschaftsschätzung schliesst ein selbständiges Verfahren ab und ist, wenn kantonal letztinstanzlich, als Endentscheid im Sinne von <ref-law> mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anfechtbar (Art. 82 ff., 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG; Art. 73 in Verbindung mit Art. 7 Abs. 1 und Art. 14 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]; s. auch die Urteile 2A.402/2003 vom 16. Juli 2004 E. 1.1 und 2A.278/2000 vom 15. Juni 2001 E. 1a).
Die Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau über die Schätzung der Liegenschaft ist daher zulässig. Der Beschwerdeführer ist durch den angefochtenen Entscheid im Sinne von <ref-law> betroffen und zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert.
1.2 Vorliegend können aber nicht alle Beschwerdeanträge zugelassen werden:
Unzulässig ist die Beschwerde, soweit der Beschwerdeführer allgemein verlangt, das Bundesgericht müsse das System der Liegenschaftsschätzung des Kantons Thurgau "unter dem Gesichtspunkt der 'Rechtsgleichheit allgemein' und der 'Rechtsgleichheit über mehrere Jahre hinweg' beurteilen und bewerten" (Beschwerdeantrag 3). Dem Bundesgericht steht keine administrative Oberaufsicht über die kantonalen Instanzen zu. Eine Ausdehnung des Verfahrens über den Anfechtungsgegenstand hinaus kommt nicht in Betracht. Anfechtungsobjekt ist vorliegend allein die Liegenschaftsschätzung. Nur diese ist hier zu überprüfen.
Nicht einzutreten ist folglich auch auf den Beschwerdeantrag 2, mit dem der Beschwerdeführer abstrakt verlangt, das Bundesgericht habe die Verfügbarkeit der rechtlichen Erlasse (gemeint ist der Zugang zu solchen Erlassen, Weisungen usw. im Internet und in anderen Medien) zu beurteilen und das kantonale Verfahren rund um die Liegenschaftsschätzung zu bewerten. Das gilt auch für die Beschwerdeanträge 4.1-4.9 und 6.1-6.3, wonach die kantonalen Behörden und der Kanton zu verpflichten sind, "das gesamte Liegenschaftsschätzungs-Wesen zu überarbeiten" und die "rechtsetzenden Erlasse 'bürgerfreundlicher' zu konzipieren". Mit der konkret angefochtenen Liegenschaftsschätzung haben diese Anträge nichts zu tun.
Zulässig ist allein der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids (Beschwerdeantrag 1) und Rückweisung zur Neueinschätzung an die kantonalen Instanzen (Beschwerdeantrag 5 sinngemäss, vgl. <ref-law>). In diesem Umfang ist die Beschwerde zu prüfen.
1.3 Mit der Beschwerde kann nach <ref-law> die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (<ref-law>) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht ist ausdrücklich zu rügen (<ref-law>).
Das Bundesgericht prüft demnach frei, ob Auslegung und Anwendung des kantonalen Steuerrechts im harmonisierten Bereich mit den bundesrechtlichen Vorschriften übereinstimmen. Wo das Bundesrecht den Kantonen einen Gestaltungsspielraum einräumt, ist die Kognition des Bundesgerichts auf die Verletzung von Grundrechten beschränkt (<ref-ruling> E. 2 S. 210; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen). Über die Bewertung des Vermögens für die Vermögenssteuer und über die Festsetzung der Eigenmietwerte für die Einkommenssteuer enthält das Steuerharmonisierungsgesetz nur sehr allgemeine Grundsätze (Art. 7 Abs. 1, Art. 14 StHG). Dem kantonalen Gesetzgeber verbleibt damit ein nicht unerheblicher Gestaltungsspielraum, den das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der Grundrechte, namentlich des Rechtsgleichheitsgebots und Willkürverbots, überprüft (<ref-ruling> E. 3.3).
1.4 Der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt ist für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann, sofern rechtserheblich, nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer hat eine Replik eingereicht. Das ist zulässig. Die Replik kann allerdings nicht dazu dienen, Anträge und Rügen vorzutragen, die bereits mit der Beschwerde gestellt oder vorgebracht werden können. Nachdem die kantonale Steuerverwaltung keine Vernehmlassung eingereicht hat und das kantonale Verwaltungsgericht mit seiner Vernehmlassung nur die kantonalen Akten unterbreitet hat, gibt es keine Akten, die dem Beschwerdeführer durch das Bundesgericht noch zur Kenntnis zu bringen wären. Auch enthält die Vernehmlassung des Verwaltungsgerichts keine neuen, im angefochtenen Entscheid noch nicht enthaltene Gesichtspunkte, welche die neuen Anträge rechtfertigen würden. Innert der Beschwerdefrist Versäumtes kann nicht im zweiten Schriftenwechsel nachgeholt werden (<ref-ruling> E. 1c). Die Replik hat daher unbeachtet zu bleiben. Zu prüfen bleibt allein die Beschwerdeschrift, beschränkt auf die zulässigen Anträge (oben E. 1.2).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör im Sinne von Art. 29 Abs. 1 und 2 BV, weil das Verwaltungsgericht ihm ohne erkennbaren Grund die mit der Beschwerde vom 12. Mai 2011 verlangten Unterlagen teilweise nicht zugestellt habe.
Die Rüge ist unbegründet. Am 6. Juni 2011 hat die Vorinstanz dem Beschwerdeführer die Stellungnahmen der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission in Kopie sowie Fotokopien der Marktmietwert- und Bodenpreisstatistiken 2010 und 2011 der Stadt W._ sowie die von der Steuerverwaltung neu eingereichte Seite 2 der Tabelle 5, "Richtlinien für die Ermittlung des Mietwertes", des Schätzer-Handbuchs des Kantons Thurgau zugestellt. Die vollständige Tabelle 5 wurde von der Steuerverwaltung bereits mit der Vernehmlassung im Rekursverfahren vom 21. Januar 2011 als Beilage 3 eingereicht. Ein Doppel dieser Vernehmlassung inklusive Beilagenverzeichnis erhielt der Beschwerdeführer am 26. Januar 2011. Das Schätzer-Handbuch des Kantons Thurgau wie auch Marktmietwert- und Bodenpreisstatistiken anderer Ortschaften als W._ befanden sich nicht bei den verwaltungsgerichtlichen Akten. Es ist nicht ersichtlich, welche weiteren Dokumente das Verwaltungsgericht dem Beschwerdeführer vorenthalten haben könnte. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor. (Zur weitergehenden Rüge der Intransparenz der für die thurgauische Schätzungspraxis massgebenden Grundlagen, s. E. 5 hiernach.)
3.2 Der Beschwerdeführer rügt als Gehörsverweigerung, dass die Vorinstanzen den von ihm mit der ergänzenden Stellungnahme vom 15. Februar 2011 eingereichten "Messbericht der physikalischen Hausuntersuchung" nicht berücksichtigt hätten.
Zu dem im Rekursverfahren mit der Replik eingereichten Bericht über die Ergebnisse von Schallanalyse-Messungen vom 11. Februar 2011, die der Beschwerdeführer durchführen liess, und zu seinem neuen Antrag ("Eigenmietwert Fr. 1.--") erwog bereits die Rekurskommission, dass die Störungen vermutlich durch Lüftungsaggregate eines Fabrikgebäudes der Z._ AG verursacht würden; diesbezüglich seien Gespräche im Gang; da es sich aber nicht um eine stetige, korrigierbare Lärmquelle handle, könne sie sich auf die Schätzung 2010 noch nicht auswirken. Dieser Begründung hat sich auch das Verwaltungsgericht angeschlossen und darauf hingewiesen, dass bei ausserordentlichen und wesentlichen Verhältnissen der Beschwerdeführer gemäss § 3 der Schätzungsverordnung eine Zwischenschätzung verlangen könne, was aber nicht Streitgegenstand bilde.
Bei dieser Sachlage hätte der Beschwerdeführer - will er eine Verfassungsverletzung nachweisen - darlegen müssen, inwiefern die Erwägungen des Verwaltungsgericht willkürlich sein sollen (<ref-law>), was er unterlassen hat. Die Rüge wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör ist demgegenüber unbehelflich.
4. Der Beschwerdeführer beschwert sich über das System der Liegenschaftsschätzung im Kanton Thurgau, das nach seiner Ansicht wenig anpassungsfähig sei, zu Ungleichheiten führe, Rechtsgleichheit nur schon über den Jahreswechsel nicht gewährleiste und weitere Nachteile aufweise. Insbesondere werde eine Rechtsungleichheit wegen der im Jahre 2011 gesunkenen Basismietwerte in Kauf genommen.
4.1 Gemäss Art. 7 Abs. 1 StHG unterliegen der Einkommenssteuer alle Einkünfte und auch solche aus der Eigennutzung von Grundstücken. Laut § 23 Abs. 2 StG in der Fassung vom 12. Mai 1997 ist der steuerbare Mietwert von am Wohnsitz selbstgenutztem Wohneigentum auf Grund der ortsüblichen Verhältnisse und tatsächlichen Nutzung festzulegen. Andererseits bestimmt Absatz 3 dieser Vorschrift, dass zur Bildung und Förderung von am Wohnsitz selbstgenutztem Wohneigentum und zur Begünstigung der Selbstvorsorge vom steuerbaren Mietwert ein Abzug von 40 % vorgenommen wird. Es handelt sich dabei um die unterste Grenze, was nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung unter dem Gesichtswinkel einer rechtsgleichen Besteuerung mit <ref-law> noch vereinbar ist (<ref-ruling> E. 4d S. 156). Andererseits darf nach der kantonalen Vorgabe die steuerliche Belastung 60 % des Mietwerts nicht übersteigen (s. auch <ref-ruling> E. 4c f. S. 70).
4.2 Das Bundesgericht befasste sich bereits im Urteil 2P.272/1999 vom 22. Juni 2000 mit dieser Besonderheit der Miet- und Eigenmietwertfestsetzung im Kanton Thurgau.
Es führte aus, weil die 60 %-Schwelle sowohl die Unter- als auch die Obergrenze der Eigenmietwertbesteuerung bilde, sei jeglicher Spielraum ausgeschlossen und unterliege die Genauigkeit der zugrundeliegenden Mietwertbestimmung umso höheren Anforderungen. Andererseits verlange § 23 Abs. 2 StG, dass der Mietwert (und damit der Eigenmietwert) auf Grund der ortsspezifischen und aktuellen Marktdaten zu ermitteln sei (vgl. das genannte Urteil E. 2b/bb). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sei diese Norm verfassungsmässig so auszulegen, dass der Eigenmietwert auf Grund der ortsspezifischen und aktuellen Marktdaten zu ermitteln ist. Dabei seien alle wertbildenden Faktoren wie Lage, Grösse, Beschaffenheit, Ausbaustandard und Umschwung der Liegenschaft sowie die darauf einwirkenden Immissionen zu berücksichtigen (§ 2 der Verordnung des Regierungsrates vom 10. November 1992 zum Steuergesetz [StV]; vgl. E. 2a im erwähnten Urteil). Nun beruhe die thurgauische Mietwertfestsetzung nicht auf einer pauschalen Methode, sondern auf einer individuellen Schätzung der Einzelobjekte, was vermehrt Gewähr für eine marktgerechte Festlegung der Mietwerte biete. Andererseits finde eine Grundstückschätzung aber nur alle zehn Jahre statt (vgl. § 3 Abs. 1 der Schätzungsverordnung); damit sei die Gefahr verbunden, dass die Steuerpflichtigen mit lange zurückliegender Schätzung gegenüber anderen mit erst kürzlich erfolgter Wertbestimmung rechtsungleich behandelt werden. Um die individuellen Schätzungen dennoch mit der erforderlichen Genauigkeit zu aktualisieren, so dass sie die Unter- als auch die Obergrenze einhalten würden, habe der Kanton Thurgau das Instrument der schematisierten periodischen Wertanpassung (Indexierung) gewählt: Früher ermittelte Mietwerte würden mittels Indexierung der aktuellen Marktlage angepasst. Auf diese Weise werde für die Mietwertentwicklung für jedes Jahr ein (und nur ein) bestimmter Indexwert angegeben (Urteil, a.a.O., E. 2b/bb). Aus diesem Grund bestimmt § 2 StV, dass der durch den Liegenschaftenschätzer ermittelte Mietwert jährlich zu indexieren ist. Auf diese Weise soll der Mietwert jährlich der aktuellen Marktlage angepasst werden.
4.3 Diese Regelung kann nicht als willkürlich bezeichnet werden, wie das Bundesgericht im genannten Urteil (E. 2b/bb) bereits festgehalten hat. Was der heutige Beschwerdeführer in allgemeiner Weise (appellatorisch) gegenüber der Methode der Liegenschaftsschätzung im Kanton Thurgau vorbringt, lässt diese ebenfalls nicht als verfassungswidrig erscheinen. Es ist nicht dargetan und nicht ersichtlich, inwiefern sie systematisch zu hohe oder zu niedrige Werte im Einzelfall bewirken könnte. Grundlage für die Einkommenssteuer bildet der durch den Liegenschaftenschätzer ermittelte Mietwert, "welcher jährlich zu indexieren ist" (§ 2 Abs. 3 StV). Das kann nur bedeuten, dass die Mietwertentwicklungen auf einer jährlichen Grundlage sowie gesamthaft, durch einen globalen Einheitswert, erfasst werden, was das Bundesgericht im Urteil 2P.272/1999 E. 2a als zulässig bezeichnet hat. Die vorliegende Beschwerde gibt keinen Anlass, diese Rechtsprechung in Zweifel zu ziehen. Bei ausserordentlichen oder wesentlichen Verhältnissen, die bei der letzten Schätzung noch nicht berücksichtigt worden sind, kann eine Zwischenschätzung verlangt werden (§ 4 der Schätzungsverordnung). Es geht aus der Beschwerde auch nicht hervor, inwiefern die Schätzung der Liegenschaft des Beschwerdeführers den Schätzungsanforderungen nicht genügen oder gar willkürlich sein könnte. Die allfälligen zusätzlichen Belästigungen könnten Anlass zu einer Zwischenschätzung geben, was hier nicht zu beurteilen ist (E. 3.2). Eine Ungleichbehandlung des Beschwerdeführers durch die Mietwertschätzung im Jahre 2010 ist nicht zu sehen.
5. Der Beschwerdeführer beanstandet auch die mangelnde Öffentlichkeit der für die Festlegung der Mietwerte relevanten Daten und Statistiken sowie die fehlende Transparenz hinsichtlich der Bewertungskriterien. Er dürfe als Verfahrensbeteiligter nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass ihm im Schätzungsverfahren ungefragt stimmige, nachvollziehbare, transparente und klare Unterlagen vorgelegt werden. Er habe aber erst nach und nach von den massgebenden Schätzungsgrundlagen und Bewertungskriterien erfahren und könne das kantonale Verfahren "ein Stück weit beurteilen". Er sieht den Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV) als verletzt.
5.1 Gemäss § 2 Abs. 1 StV sind bei der Bemessung des Mietwerts der selbstgenutzten Liegenschaft namentlich die wertbildenden Faktoren wie Lage, Grösse, Beschaffenheit, Ausbaustandard und Umschwung der Liegenschaft sowie die darauf einwirkenden Immissionen zu berücksichtigen. Im Schätzer-Handbuch für den Kanton Thurgau sind diese Faktoren jeweils mit einer Skala von 1-9 unterteilt, was zu Korrekturen führt. Dazu kommen die sog. besonderen Kriterien, welche zu Zu- oder Abschlägen führen. Es mag zutreffen, wie der Beschwerdeführer bemängelt, dass dieses Handbuch und die diesbezüglichen Tabellen und Bewertungskriterien auf Internet nicht zugänglich ist. Es ist auch einzuräumen, dass das Schätzungsprotokoll, das Bestandteil der Schätzungsverfügung und des Einspracheentscheids bildet, ohne Kenntnis der wertbildenden sowie der besonderen Kriterien keine Überprüfung zulässt und somit durch einen befähigten Laien nicht ohne Weiteres nachvollzogen werden kann. Insofern ist die Kritik der mangelnden Bürgerfreundlichkeit berechtigt.
5.2 Dem Steuerpflichtigen ist es aber unbenommen, hinsichtlich des für seine Liegenschaft festgelegten Mietwerts rechtsgenügliche Erläuterungen der Behörden einzuverlangen. Das Bundesgericht hat bereits im Urteil 2P.272/1999 vom 22. Juni 2006 E. 2a betreffend den Kanton Thurgau auf dieses Recht des Steuerpflichtigen hingewiesen. Vorliegend hätte der Beschwerdeführer es in der Hand gehabt, sich die nötigen Informationen zu verschaffen, indem er der Einladung der Steuerverwaltung zur Einspracheverhandlung gefolgt wäre. Diese wäre verpflichtet gewesen, dem Einsprecher Einsicht in die massgebenden Dokumente zu gewähren. Statt dessen zog der Beschwerdeführer es vor, der Einspracheverhandlung vom 29. Oktober 2010 fernzubleiben (Schreiben vom 12. Oktober 2010 und Protokoll der Einspracheverhandlung). Bei dieser Sachlage kann sich der Beschwerdeführer aber nicht darüber beschweren, dass ihm die massgeblichen Unterlagen vorenthalten worden seien. Die Rüge wegen Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben ist unbegründet.
6. Die Beschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist, und ist im Verfahren nach <ref-law> zu erledigen. Der Beschwerdeführer unterliegt vollständig, weshalb ihm die Gerichtskosten aufzuerlegen sind (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann