Mehrwertsteuer (Subventionen), hat sich ergeben:
A.- Die eingangs erwähnten Verkehrsunternehmen sind seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Teilweise unterstehen sie der Gruppenbesteuerung. In ihren Abrechnungen für die Mehrwertsteuer für das 1. Quartal 1995 brachten die Verkehrsunternehmen verschiedene Einwendungen an. So bestritten sie u.a. ihre Pflicht, den Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, soweit sie Subventionen und Beiträge der öffentlichen Hand erhielten (Art. 30 Abs. 6 der hier noch anwendbaren Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer, MWSTV, SR 641. 201). Sie betrachten die zitierte Vorschrift als verfassungswidrig und somit nicht anwendbar.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung erliess deshalb am 9. August 1995 für jedes dieser Verkehrsunternehmen einen Entscheid im Sinne von <ref-law>, mit dem sie feststellte, das Verkehrsunternehmen müsse "den Vorsteuerabzug nach Massgabe der von der öffentlichen Hand geleisteten Subventionen und anderen Beiträge verhältnismässig kürzen (<ref-law>)". Mit Einspracheentscheiden vom 2. und 8. Juli 1997 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Entscheide. Sie erwog im Wesentlichen: Subventionen seien gemäss <ref-law> nicht Teil des Entgelts bzw. des steuerbaren Umsatzes. Aus diesem Grund sehe <ref-law> für die Vorsteuerabzug-Seite eine Korrektur in dem Sinne vor, dass der Vorsteuerabzug nach Massgabe der von der öffentlichen Hand erhaltenen Subventionen und Beiträge zu kürzen sei. Diese Regelung sei verfassungsmässig und vom Verkehrsunternehmen anzuwenden. Die Frage, welche Leistungen der öffentlichen Hand (Deckungsbeiträge, Investitionsbeiträge, Schuldnachlässe usw. ) als Subventionen zu betrachten seien und zu einer Kürzung des Vorsteuerabzuges führen müssten, liess die Eidgenössische Steuerverwaltung ausdrücklich offen.
Die weiteren von den Verkehrsunternehmen im Zusammenhang mit den Steuerabrechnungen bestrittenen Punkte - Frage der übergangsrechtlichen Behandlung von Fahrausweisen, Fahrvergünstigungen für das Personal etc. - verwies die Eidgenössische Steuerverwaltung in separate Verfahren, die letztinstanzlich mit Urteil des Bundesgerichts vom 3. August 2000 (2A. 527/1999) erledigt werden konnten.
B.- Die Steuerpflichtigen führten je Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Diese vereinigte die Verfahren und hiess mit Urteil vom 2. Februar 1999 die Beschwerden im Sinne der Erwägungen gut und hob die Einspracheentscheide auf. Sie fand, <ref-law> sei verfassungswidrig und könne nicht zur Folge haben, dass der Vorsteuerabzug gekürzt werden müsse.
C.- Die Eidgenössische Steuerverwaltung führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Anträgen, der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Steuerpflichtigen den Vorsteuerabzug im Verhältnis der ihnen ausbezahlten Subventionen zu kürzen haben.
Die Beschwerdegegnerinnen (Verkehrsunternehmen) beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerrekurskommission verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission ist zulässig (Art. 98 lit. e OG, <ref-law>). Die Beschwerdeführerin (Eidgenössische Steuerverwaltung) ist zur Beschwerde berechtigt (Art. 103 lit. b OG, <ref-law>). Diese Legitimation bezweckt die einheitliche und richtige Durchsetzung des Bundesrechts, das der Beschwerdeführerin durch den angefochtenen Entscheid gefährdet scheint, und ist im Übrigen an keine weitere Voraussetzung gebunden (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 21 mit Hinweisen; ferner ASA 65 S. 918 E. 1b). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.- Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen die Prozess- oder Sachurteilsvoraussetzungen, das heisst die Bedingungen, die erfüllt sein müssen, damit ein Sachurteil ergehen darf. Hat die Vorinstanz übersehen, dass es an einer Prozessvoraussetzung fehlt, und materiell entschieden, ist das im Rechtsmittelverfahren von Amtes wegen zu berücksichtigen mit der Folge, dass der angefochtene Entscheid aufzuheben ist (<ref-ruling> E. 1, 122 V 320 E. 1; ferner <ref-ruling> E. 2).
Streitgegenstand des Verfahrens bei der Vorinstanz war die Feststellung der Beschwerdeführerin, dass <ref-law> verfassungsmässig und von den Verkehrsunternehmen anzuwenden sei. Es handelt sich um eine Feststellung, die sich im Wesentlichen auf die Frage der Verfassungsmässigkeit einer Vorschrift der Mehrwertsteuerverordnung beschränkt. Die Vorinstanz hat diese Feststellung geprüft und <ref-law> als verfassungswidrig erklärt. Fraglich ist, ob die Sachurteilsvoraussetzungen für eine materielle Beurteilung gegeben waren.
3.- a) Als Gegenstand einer Feststellungsverfügung bezeichnet <ref-law> "den Bestand, den Nichtbestand oder den Umfang öffentlichrechtlicher Rechte und Pflichten". Feststellungsentscheide durch die Eidgenössische Steuerverwaltung sind auch in <ref-law> für den Bereich der Mehrwertsteuer vorgesehen und zulässig. Sie setzen voraus, dass "für einen bestimmten Fall vorsorglich die amtliche Feststellung der Steuerpflicht, der Steuerschuld, des Anspruchs auf Vorsteuerabzug, der Grundlagen der Steuerbemessung, des anwendbaren Steuersatzes oder der Mithaftung beantragt wird oder als geboten erscheint". Gegenstand einer Feststellungsverfügung können nur die konkreten, aus einem hinreichend festgelegten Sachverhalt für eine bestimmte Person sich ergebenden Rechte und Pflichten sein. Das folgt aus dem Verfügungscharakter (<ref-law>) solcher Entscheide und kommt auch in der Formulierung des <ref-law> ("für einen bestimmten Fall") zum Ausdruck. Nicht feststellungsfähig ist demnach eine abstrakte Rechtslage, wie sie sich aus einem Rechtssatz für eine Vielzahl von Personen und Tatbeständen ergibt (vgl. Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl. 1983, S. 144; Imboden/Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, 5. Aufl. 1976, Nr. 36 B III a; Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl. 1998, S. 77; ferner ASA 65 S. 918 E. 3). Aus diesem Grund ist die abstrakte, das heisst vom Einzelfall losgelöste Kontrolle einer Bestimmung der Mehrwertsteuerverordnung auf ihre Verfassungsmässigkeit unzulässig.
Feststellungsentscheide setzen des Weitern voraus, dass ein aktuelles Interesse am Rechtsschutz besteht ("vorsorglich", vgl. <ref-law>). Ein Feststellungsentscheid kann daher in der Regel nicht ergehen, wenn eine gestaltende Verfügung möglich ist, insbesondere über die Steuerabrechnung.
b) Die Beschwerdeführerin hat die Steuerabrechnungen nicht konkret geprüft und mit Ergänzungsabrechnung korrigiert bzw. vorgängig die Beschwerdegegnerinnen aufgefordert, die nicht abgerechneten Beiträge (Subventionen) zu melden, obschon die Beschwerdegegnerinnen gleichzeitig mit ihren Bestreitungen die Steuerabrechnungen für das 1. Quartal 1995 eingereicht hatten. Die Beschwerdeführerin hat nur abstrakt erkannt, <ref-law> sei verfassungsmässig und von den Beschwerdegegnerinnen anzuwenden. Die Frage, welche Leistungen der öffentlichen Hand als Subventionen bzw. andere Beiträge im Sinne dieser Vorschrift zu einer Kürzung des Vorsteuerabzuges führen müssten, liess sie ausdrücklich offen. In den Einspracheentscheiden führte sie dazu aus:
"Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist nicht die Beurteilung der durch das Gemeinwesen an die Einsprecherin ausgeschütteten Gelder, d.h. ob es sich hierbei um Subventionen im Sinne von Art. 26 Abs. 6 Bst. b MWSTV handelt oder ob diese steuerbares Entgelt darstellen. Insbesondere ist die in der Literatur angesprochene Problematik des Begriffs der Subventionen als solchem (...) nicht Verfahrensgegenstand. Zu prüfen ist einzig die Frage, ob die Kürzung des Vorsteuerabzuges gemäss <ref-law> zulässig ist und den Ansprüchen an die Verfassungsmässigkeit genügt (...)"
c) Eine derartige abstrakte Kontrolle der Verfassungsmässigkeit einer Norm des Bundesrechts - losgelöst vom konkreten Sachverhalt - ist nicht zulässig.
In den Einspracheentscheiden (je S. 1) sind die Beiträge, um die es geht, nur generell umschrieben. Es ist dort nur in allgemeiner Weise von Deckungsbeiträgen (für Betriebsfehlbeträge), Investitionsbeiträgen und Subventionen/Schuldnachlässen die Rede. Es steht damit nicht fest, bezüglich welcher Beiträge der öffentlichen Hand die Beschwerdegegnerinnen den Vorsteuerabzug verhältnismässig kürzen müssen. Im öffentlichen Transportwesen spielen mannigfache Beiträge der öffentlichen Hand eine Rolle. Als Abgeltungen oder Finanzhilfen kommen namentlich in Betracht: Abgeltungen für die ungedeckten Kosten des Verkehrsangebots und Finanzhilfen gemäss Art. 49 und 56 ff. des Eisenbahngesetzes (SR 742. 101), Zusatzleistungen und Tariferleichterungen gemäss Art. 8 und 11 des Transportgesetzes (SR 742. 40), Investitionsbeiträge gemäss Art. 20 SBB-Gesetz (SR 742. 31), Beiträge zur Trennung von öffentlichem und privatem Verkehr und an den kombinierten Verkehr gemäss Art. 18 und 21 Treibstoffzollgesetz (SR 725. 116.2). Im vorliegenden Fall wurde nicht über derartige Leistungen und Beiträge entschieden. Das wäre aber erforderlich, damit sich die Entscheide auf einen konkreten Sachverhalt und nicht nur auf eine abstrakte Rechtsfrage beziehen.
Es kann nicht eingewendet werden, bei den Einspracheentscheiden der Beschwerdeführerin handle es sich um Teilentscheide (Teilverfügungen), die gleichermassen anfechtbar wären wie der Endentscheid (vgl. <ref-ruling>
E. 1b/cc; <ref-ruling> E. 1b). Damit von einer Teilverfügung gesprochen werden kann, ist auch hier vorausgesetzt, dass sich diese auf einen hinreichend konkret festgestellten Sachverhalt bezieht, aus dem sich Rechte und Pflichten ergeben können (wie beispielsweise über die Haftung des Verursachers oder die Frage, ob eine Entschädigung geschuldet sei, vgl. <ref-ruling> E. 1b). Im vorliegenden Fall müsste somit über die mehrwertsteuerrechtliche Qualifikation einzelner bestrittener Beiträge entschieden worden sein, so dass sich hinsichtlich der Besteuerung bestimmte Folgen für die Beschwerdegegnerinnen ergeben. Erst dann kann von einer Teilverfügung gesprochen werden. Bei den Einspracheentscheiden ist das nicht der Fall.
Mit ihren Einspracheentscheiden hat die Beschwerdeführerin im Grunde genommen lediglich ihre Praxis bestätigt, wie sie in den Branchenbroschüren zum Ausdruck kommt. In der Tat enthält bereits die Branchenbroschüre Nr. 21 "Transportwesen" vom Oktober 1994, die sich an die Beschwerdegegnerinnen richtet, in Ziff. 8 die Anweisung, dass der Vorsteuerabzug nach Massgabe der von der öffentlichen Hand erhaltenen Subventionen und anderen Beiträge verhältnismässig zu kürzen sei. Die Mehrwertsteuer ist eine Selbstveranlagungssteuer, das heisst, über die Mehrwertsteuer hat der Steuerpflichtige gegenüber der Eidgenössischen Steuerverwaltung selbst abzurechnen (<ref-law>). Als Hilfe für die Steuerpflichtigen erlässt deshalb die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Merkblätter und Branchenbroschüren. Für Praxisfestlegungen dieser Art steht das Verfahren nach <ref-law> jedoch nicht offen. Aufgabe der Eidgenössischen Steuerverwaltung im Entscheidverfahren nach <ref-law> ist es vielmehr, über konkrete Streitfragen zu befinden. Das ist hier die Frage der Vorsteuerabzugskürzung für die den Beschwerdegegnerinnen von der öffentlichen Hand konkret ausgerichteten Subventionen und Beiträge.
d) Das Vorgehen der Beschwerdeführerin lässt sich demnach weder auf <ref-law> noch auf Art. 5 Abs. 1 und 25 Abs. 1 VwVG stützen. Im Übrigen fehlte es auch am schutzwürdigen Interesse für eine Feststellung der in Frage stehenden Art, nachdem die Steuerabrechnungen für das 1. Quartal 1995 vorlagen und über die Verfassungsmässigkeit von <ref-law> ebenso gut oder besser im Rahmen von Leistungsentscheiden hätte befunden werden können. 4.- Es ergibt sich somit, dass die in die Form von Feststellungssentscheiden gekleidete abstrakte Normenkontrolle durch die Beschwerdeführerin nicht zulässig war. Die Einspracheentscheide konnten folglich nicht Gegenstand einer materiellen Kontrolle durch die Vorinstanz sein, weshalb ihr Entscheid aufzuheben ist. Insofern muss dem Antrag der Beschwerdeführerin stattgegeben und die Verwaltungsgerichtsbeschwerde in diesem Umfang (teilweise) gutgeheissen werden, wenn auch mit anderer Begründung, als sie aus der Beschwerdeschrift folgt.
Hingegen kann auf den weiteren Beschwerdeantrag, es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerinnen den Vorsteuerabzug im Verhältnis der von ihnen eingenommenen Subventionen zu kürzen haben, nicht eingetreten werden, weil nach dem Gesagten anfechtbare Verfügungen im Sinne von <ref-law> und <ref-law> nicht vorliegen. Die Sache ist folglich zur weiteren Behandlung an die Beschwerdeführerin zurückzuweisen (Art. 114 Abs. 2 OG).
5.- Die Beschwerdeführerin wird im Rahmen der von den Beschwerdegegnerinnen eingereichten Steuerabrechnungen über die bestrittenen Positionen entscheiden und dabei vorfrageweise auch über die Anwendbarkeit von <ref-law> befinden müssen. Immerhin kann auf <ref-ruling> sowie auf das Urteil vom 25. August 2000 i.S. Kurverein X. gegen Eidgenössische Steuerverwaltung (nicht publ. ) verwiesen werden, wo das Bundesgericht zu <ref-law> Stellung genommen hat. Es hat erwogen, Subventionen seien nicht Bemessungsgrundlage der Mehrwertsteuer (<ref-law>), auch wenn sie in die mehrwertsteuerrechtliche Leistung einfliessen und diese verbilligen würden, weshalb es sachlich richtig und geboten sei, den Vorsteuerabzug im Verhältnis der erhaltenen Subventionen zu kürzen.
Diese Entscheide betrafen zwar ein Behindertenheim bzw. einen Kurverein, doch ist nicht ersichtlich, inwiefern es sich bei Subventionen im Transportwesen anders verhalten könnte. Die gleichen, auch im hier angefochtenen Entscheid vorgebrachten Gründe der Vorinstanz hat das Bundesgericht bereits in <ref-ruling> geprüft und verworfen. Ein Zurückkommen auf diese Beurteilung ist umso weniger angezeigt, als der Bundesgesetzgeber die in der bisherigen Mehrwertsteuerverordnung getroffene Regelung in das Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer übernommen hat (Art. 33 Abs. 6 lit. b, Art. 38 Abs. 8 MWSTG; vgl. auch <ref-ruling> E. 6f S. 456). Ein Antrag im Ständerat, der darauf abzielte, den öffentlichen Verkehr zu privilegieren, wurde nicht angenommen (AB 1998 S 998 ff. ad Art. 36 Abs. 7). In Frage steht somit hauptsächlich, welche Beiträge der öffentlichen Hand als Subventionen angesprochen werden können. Hierüber hat die Beschwerdeführerin erstinstanzlich zu befinden, sofern der Subventionscharakter einzelner Beiträge bestritten werden sollte.
6.- Das vorliegende Verfahren wurde durch die nicht gerechtfertigten Einspracheentscheide der Beschwerdeführerin verursacht. Obschon die Beschwerdeführerin mit ihrem Antrag im bundesgerichtlichen Verfahren teilweise durchdringt, kann sie daher in der Sache nicht als obsiegend angesehen werden. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind aus diesem Grund der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung ist den Beschwerdegegnerinnen, die mit ihrem Antrag nicht durchdringen, nicht zuzusprechen.
Über die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens hat die Eidgenössische Steuerrekurskommission in einem Zusatzentscheid zu ihrem Entscheid neu zu befinden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 2. Februar 1999 aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückgewiesen. Im Übrigen wird auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht eingetreten.
2.- Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 5'000. -- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
4.- Über die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens hat die Eidgenössische Steuerrekurskommission in einem Zusatzentscheid zu ihrem Entscheid neu zu befinden.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Eidgenössischen Steuerrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 6. Juli 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: