Faits:
A.
A._, agriculteur, est propriétaire des parcelles nos 14'033 et 14'034 de la commune de Meyrin. La parcelle 14'033 comprend une maison de deux étages en location, qui abrite depuis plusieurs années une carrosserie au rez-de-chaussée et un appartement au 1er étage, occupé par le carrossier. Jusqu'en septembre 2007, se trouvait également sur cette parcelle une station-service exploitée par X._ SA. La parcelle 14'034 est utilisée à des fins exclusivement agricoles.
B.
Par décision du 17 août 2006, l'Office fédéral des transports (OFT) a approuvé les plans du deuxième tronçon de la ligne de tramway Cornavin-Meyrin-CERN (TCMC) entre Les Avanchets et le CERN. Par même décision, il a accordé aux Transports publics genevois (TPG) le droit d'exproprier A._ conformément aux plans d'emprise et au tableau des droits à exproprier, soit de la manière suivante:
- parcelle 14'033 (1'456 m2) : emprise provisoire de 140 m2 (stockage des matériaux de construction) et emprise définitive de 905 m2 avec démolition de la station-service sise sur la parcelle;
- parcelle 14'034 (2'978 m2) : 2'305 m2 d'emprise provisoire (stockage des matériaux de construction) et 675 m2 d'emprise définitive.
Par décision du 16 novembre 2007, la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (CFE) a autorisé les TPG à exercer leur droit d'expropriation (provisoire et définitif) de manière anticipée, tout en réservant les droits de A._ relatifs au paiement d'une indemnité pour expropriation matérielle d'une partie de ses parcelles ainsi que pour le dommage résultant des emprises provisoires prévues.
A ce titre, A._ a formulé les prétentions suivantes:
- indemnité annuelle de 2'305 fr. en réparation du dommage causé par l'emprise provisoire exercée sur la parcelle 14'034 (2'305 x 1 fr. le m2);
- indemnité de 916'400 fr. en réparation du dommage causé par l'emprise définitive sur ses deux parcelles (1'580 x 580 fr. le m2);
- indemnité de 1'350'000 fr. pour la valeur vénale de la station-service détruite et du magasin attenant;
- indemnité de 754'560 fr. pour les pertes d'exploitation de la station-service;
- indemnité de 50'000 fr. pour une annexe non cadastrée à la carrosserie sise sur la parcelle 14'033;
- indemnité "additionnelle" de 1'000'000 fr. pour la dépréciation de la partie restante de la parcelle 14'033 et de ses installations, les pertes d'exploitation de la carrosserie et la réparation du dommage causé par l'emprise provisoire.
C.
Par décision du 19 mars 2010, se fondant notamment sur le rapport du 30 juin 2009 de l'expert qu'elle avait mandaté pour déterminer le montant de l'indemnité due, la CFE a condamné les TPG à payer à A._ les montants suivants:
- 140 fr. par an à compter du 16 novembre 2007 pour l'emprise provisoire de 140 m2 sur la parcelle 14'033;
- 2'305 fr. par an à compter du 16 novembre 2007 pour l'emprise provisoire de 2'305 m2 sur la parcelle 14'034;
- 45'250 fr. en compensation de l'emprise définitive de 905 m2 sur la parcelle 14'033;
- 33'750 fr. en compensation de l'emprise définitive de 675 m2 sur la parcelle 14'034;
- 430'000 fr. pour la démolition de la station-service et du "shop";
- 50'000 fr. à titre de perte d'exploitation de l'atelier de carrosserie.
La CFE a rejeté pour le surplus la demande de A._ tendant à la nomination d'un nouvel expert.
Le 9 juillet 2012, statuant sur le recours formé par A._, le Tribunal administratif fédéral a confirmé la décision de la CFE. Il a en substance considéré que le refus d'ordonner une contre-expertise ne violait par le droit d'être entendu du recourant: l'expert avait répondu à toutes les questions posées et avait fait preuve de la diligence requise, les quelques imprécisions du rapport ne justifiant pas la nomination d'un nouvel expert. S'agissant du montant de l'indemnité, le Tribunal administratif fédéral a constaté que l'appréciation de la CFE ne violait pas les dispositions de la loi fédérale sur l'expropriation.
D.
A._ recourt par acte du 14 septembre 2012 auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral et au renvoi du dossier à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement, subsidiairement au Tribunal administratif fédéral, pour nouvelle instruction sur la base d'une nouvelle expertise. Subsidiairement, le recourant conclut à la condamnation des TPG au paiement de:
- 1'350'000 fr. "valeur station-service",
- 50'000 fr. "valeur atelier",
- 916'400 fr. "au titre des terrains expropriés" (soit 580 fr. le m2),
- 754'560 fr. "au titre de pertes d'exploitation liées à la station-service",
- 2'305 fr. par an dès le commencement de l'emprise temporaire sur la parcelle 14'034,
- 200'000 fr. "résultant des valeurs résiduelles pertes d'exploitation sur carrosserie et logement, y compris emprise temporaire sur la parcelle n° 14'033".
E.
La Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement et le Tribunal administratif fédéral renoncent à se déterminer et se réfèrent à leur décision respective. Les Transports publics genevois se déterminent et concluent au rejet du recours. Le recourant a encore déposé des observations sur ces déterminations. Il persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit:
1.
La voie du recours en matière de droit public au sens des <ref-law> est ouverte contre une décision du Tribunal administratif fédéral en matière d'expropriation en vertu de l'art. 87 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx; RS 711). A._ a pris part à la procédure devant l'autorité intimée. Il est particulièrement touché par la décision attaquée rendue par le Tribunal administratif fédéral, qui fixe l'indemnité d'expropriation de ses parcelles à un montant inférieur à celui auquel il prétendait. Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Le recourant produit un bordereau de pièces à l'appui de son recours. L'<ref-law> prévoyant qu'aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente, celles-ci sont irrecevables.
3.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il appartient toutefois au recourant d'exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (<ref-law>). Cela suppose que le mémoire de recours ne soit pas trop long et s'en tienne à l'essentiel (arrêt 2C_285/2013 du 23 avril 2013 consid. 1; cf. Florence Aubry Girardin, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 27 ad <ref-law>). Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de dégager d'une argumentation prolixe et confuse les moyens susceptibles d'être recevables et pertinents (arrêts 1C_262/2012 du 20 septembre 2012 consid. 4; 1C_369/2009 du 25 février 2010 consid. 5). Or, le recourant présente de façon répétitive et peu claire des critiques à l'égard principalement de l'expertise - et non nécessairement à l'égard de l'arrêt attaqué - qui, souvent, ne sont pas en lien avec l'intitulé des griefs, ce qui confine à l'irrecevabilité sanctionnant le non-respect de l'<ref-law>. L'examen du recours se limitera donc aux griefs expressément désignés, dans la mesure où ils sont, en une partie ou une autre du mémoire, motivés de façon suffisamment compréhensible.
4.
Le recourant se plaint d'un établissement inexact des faits. Selon lui, la valeur vénale de la station-service, les pertes liées à l'exploitation et la diminution de la valeur résiduelle de la parcelle n'auraient pas correctement été chiffrées.
4.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Si le recourant entend se prévaloir de constatations de faits différentes de celles de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 3 p. 104 et les arrêts cités).
4.2. Le recours comporte un état de fait dans lequel le recourant présente sa propre description des faits. Vu ce qui précède (consid. 4.1), seules sont examinées les divergences avec les constatations du Tribunal administratif fédéral que le recourant prend la peine de motiver. A cet égard, la contestation "par avance" de "tout allégué de fait ou de droit qui ne serait conforme aux siens propres ou formellement admis par lui" ne satisfait pas aux exigences de motivation précitées.
4.3. Le recourant considère que l'expertise, et par conséquent l'arrêt attaqué, omet de prendre en considération l'existence d'un abri anti-atomique au sous-sol et de citernes, qu'il aurait financés. L'évaluation de la valeur vénale de la station-service s'en trouverait faussée.
Le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'expert judiciaire avait à bon droit pris en compte les seules installations dont le recourant était propriétaire, à savoir une marquise métallique, le "shop" et ses aménagements, à l'exclusion de celles qui avaient été financées par l'entreprise pétrolière elle-même. En l'espèce, il apparaît que l'abri anti-atomique et les citernes sont inclus dans les aménagements de la station-service pris en considération par l'expertise. D'une part le kiosque décrit dans le rapport d'expertise comprend: "fondations, enveloppe, toiture, serrurerie de façade, chauffage, ventilation, sanitaires". D'autre part, les documents d'expertise mentionnent expressément les citernes en sous-sol. Le Tribunal administratif fédéral, qui a confirmé le bien-fondé des constatations de l'expert, a donc tenu compte de tous les éléments composant la station-service. S'agissant ensuite de la répartition de leur financement entre le propriétaire et le locataire-exploitant, le recourant ne démontre pas en quoi la référence à l'usage en matière d'exploitation de station-service serait arbitraire. En dépit de son obligation de collaborer à l'établissement des faits (cf. arrêts 2C_84/2012 du 15 décembre 2012 consid. 3.1 et les réf. ; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 511), à aucun moment le recourant n'a apporté le moindre élément probant (facture, contrat de vente ou d'installation, etc.) à l'appui de ses allégations selon lesquelles il aurait financé des infrastructures dont l'expert n'aurait pas tenu compte. Le contrat de bail de 1987 ne démontre ni la source de financement des citernes démontées en 2009, ni leur valeur - pour autant que ce soient toujours les mêmes, ce que le recourant n'établit pas, ni même n'allègue - plus de vingt ans après. Au contraire, l'expertise relève que "la sévérité de la législation en matière de produits pétroliers implique une mise à jour régulière des installations" et qu'il "ne fait aucun doute que celle-ci n'y faisait pas exception". En se référant à l'appréciation de l'expert judiciaire (qui a procédé à une évaluation globale et selon l'usage) et de la CFE sur ces questions, le Tribunal administratif fédéral n'a pas établi les faits de façon arbitraire.
4.4. Selon le recourant, le Tribunal administratif fédéral a à tort méconnu l'existence d'un atelier non cadastré "situé entre la maison et le kiosque". L'arrêt attaqué retient que le rapport d'expertise "omet de mentionner l'existence d'une annexe à la carrosserie, pourtant cadastrée", ce qui serait sans incidence dès lors que cet élément n'était pertinent que dans l'hypothèse non réalisée d'une expropriation totale. Il ne s'agit pas de l'atelier non cadastré dont le recourant se prévaut devant le Tribunal fédéral. De toute évidence, le Tribunal administratif n'a pas expressément examiné cette question, s'en tenant aux constatations de la CFE, respectivement de l'expert judiciaire, sur ce point. L'expertise indique que la parcelle 14'033 est occupée par la station-service, le kiosque, "un atelier (adossé à la maison transformée en carrosserie) d'une surface totale de 69 m2" et "un atelier non cadastré qui ne fait pas l'objet de cette évaluation". A la lecture des plans de l'expertise, il apparaît que cet atelier n'est pas voué à la démolition et le recourant ne démontre pas le contraire. Dans ces circonstances, l'estimation de sa valeur vénale était sans incidence sur le calcul de l'indemnité, raison pour laquelle ce bâtiment n'a pas été pris en considération dans l'évaluation de la valeur de la station-service. Dans la même mesure, l'établissement de ce fait n'est pas de nature à influer sur le sort de la présent cause. Il n'y a pas lieu de modifier l'état de fait à cet égard.
4.5. Le recourant prétend que les pertes d'exploitation de la station-service n'ont pas été établies. Or, comme il le relève lui-même ("la valeur de rendement prise en compte ne l'a été que et exclusivement dans la formule classique de calcul pour la détermination de la valeur vénale de la station-service et du shop", acte de recours, p. 7), et comme l'a constaté le Tribunal administratif fédéral, l'expert a intégré cette valeur de rendement à l'estimation de la valeur vénale (pondération entre la valeur intrinsèque et la valeur de rendement). Cette valeur de rendement valant détermination des "pertes d'exploitation", l'état de fait n'est pas lacunaire sur ce point. Pour le reste, savoir si cette manière de faire est critiquable est une question de droit qui sera examinée ci-dessous.
4.6. Le recourant se plaint enfin de l'absence de prise en considération de la diminution de la valeur résiduelle de son bien-fonds. Ce faisant, il s'en prend en réalité à l'appréciation du Tribunal administratif fédéral selon laquelle les parties non expropriées de ses parcelles n'ont pas subi de perte de valeur (consid. 4.4 de l'arrêt attaqué), question qui relève également du droit.
5.
Le recourant fait valoir la violation de son droit d'être entendu, au motif que le Tribunal administratif fédéral a refusé d'ordonner une nouvelle expertise. Il revient sur une prétendue confusion de l'expert et du Tribunal administratif fédéral entre la valeur vénale de la station-service et les pertes d'exploitation de cette station service, dont il déduit que ces questions n'auraient pas pleinement été examinées.
5.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d'avoir accès au dossier, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 282; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 370 et les réf.). Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 376; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236; <ref-ruling> consid. 3 p. 157).
5.2. Ainsi qu'on l'a vu (consid. 4.3), la valeur vénale est une pondération entre la valeur intrinsèque du bâtiment (c'est-à-dire la valeur à neuf du bâtiment avec tous ses accessoires, diminuée de la dépréciation due son âge) et sa valeur de rendement (c'est-à-dire la valeur du bâtiment au vu du revenu locatif qu'il procure). La valeur de rendement tient précisément compte des revenus (à savoir les loyers) générés par l'exploitation par une entreprise tierce de la station-service. L'expertise à laquelle se réfère le Tribunal administratif fédéral a donc pris en considération ce que le recourant intitule "pertes d'exploitations" et il n'y a pas violation de son droit d'être entendu à cet égard. Autrement dit, et pour mettre un terme à la confusion du recourant sur ce point, selon sa manière de présenter le dommage, respectivement l'indemnité requise, il lui a été accordé 375'800 fr. (valeur intrinsèque selon l'expertise à laquelle le Tribunal administratif se réfère) "au titre de la valeur de la station service, shop +1 bâtiment non cadastré" et 54'200 fr. "pour pertes de gains en lien avec l'exploitation de la station service", soit 430'000 fr. au total.
Au demeurant, contrairement à ce que le recourant affirme en p. 16 de son recours, il n'y a pas de contradiction dans l'arrêt attaqué sur ce que comprend le montant de 430'000 fr. relatif à la station-service. Ce montant inclut le rendement de la station-service, mais non la valeur du terrain qui supporte la station service, ce qu'explique clairement le Tribunal administratif fédéral lorsqu'il précise que "cette somme ne concernait dès lors que l'estimation de la station service". En résumé, le Tribunal administratif fédéral n'avait ainsi pas à ordonner une nouvelle expertise pour définir la valeur des pertes d'exploitation de la station-service puisque cela ressortait de l'expertise sur laquelle la CFE s'était appuyée.
5.3. Dans un grief qu'il met en lien avec la violation de son droit d'être entendu, le recourant se plaint de la partialité de l'expert mandaté par la Commission fédérale d'estimation. Le Tribunal administratif fédéral a examiné avec soin cette question (discutée sur plus de quatre pages), exposant pour quelles raisons chacune des critiques formulée par le recourant à l'égard de l'expertise ne remettait pas en cause l'appréciation de la CFE et la mesure dans laquelle celle-ci s'était appuyée sur les conclusions de l'expertise. Le droit d'être entendu du recourant n'a ainsi pas été violé.
6.
Le recourant se plaint d'une violation des règles en matière d'administration des preuves découlant de l'<ref-law>, à teneur duquel l'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens évoqués dans cette disposition. Ce grief se confond d'une part avec celui de la constatation incomplète des faits (ci-dessus, consid. 4) en tant qu'il concerne la question de savoir quels éléments de la station-service ont été financés par le recourant, et d'autre part avec celui de la violation de son droit d'être entendu (ci-dessus, consid. 5), en tant qu'il concerne le refus du Tribunal administratif fédéral d'ordonner une nouvelle expertise. Il n'a ainsi pas à être examiné plus avant.
7.
Selon le recourant, l'arrêt attaqué viole les art. 16 et 19 LEx. L'indemnité qui lui a été accordée ne serait pas "pleine et entière" au sens de la loi dès lors qu'elle ne comprendrait pas les pertes d'exploitation en lien avec la station-service et le magasin attenant ni la dépréciation du solde de la parcelle non expropriée.
L'indemnité pleine et entière due en cas d'expropriation (art. 16 LEx) comprend la pleine valeur vénale du droit exproprié (art. 19 let. a LEx), le montant correspondant à la moins-value de la partie restante (art. 19 let. b LEx) et la contre-valeur de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation (art. 19 let. c LEx).
7.1. L'indemnité due pour l'expropriation d'un bien-fonds se détermine en principe selon sa valeur vénale, soit d'après la valeur que celui-ci représente pour un amateur quelconque en fonction de son utilisation actuelle ou d'une meilleure utilisation possible. On accorde ainsi à l'exproprié la somme qu'il pourrait obtenir d'un acquéreur à qui il vendrait son immeuble. Si l'intérêt financier de l'exproprié au maintien de l'utilisation actuelle de son bien-fonds est supérieur à la valeur vénale, il faut alors indemniser l'exproprié pour le dommage subjectif qu'il subit du fait que l'utilisation actuelle de son immeuble ou celle qu'il envisageait d'en faire est rendue impossible ou qu'elle est restreinte. Si donc, pour le calcul de la valeur vénale et pour la détermination du dommage subjectif, on se fonde sur deux hypothèses qui s'excluent en principe - d'une part, vente de l'immeuble, d'autre part, maintien de son utilisation par le propriétaire -, il ne faut pas que les éléments de la valeur objective et ceux du dommage subjectif soient mélangés et qu'ainsi des dommages soient indemnisés à double. Mais cela ne veut pas dire que l'on ne puisse pas, pour la détermination de l'indemnité d'expropriation, se fonder au besoin sur des hypothèses plus affinées qui prennent en compte aussi bien la vente que le maintien de l'entreprise (<ref-ruling> consid. 2a p. 41 s.; arrêt 1E.16/1998 du 6 décembre 1999, consid. 2a/aa).
Lorsqu'une entreprise est expropriée et ne peut être déplacée, la jurisprudence admet qu'une indemnité pour la perte de revenu ou de gain doit être versée pour une période transitoire, en sus de celle accordée pour la valeur vénale, qui ne comprend que la perte des moyens de production. Il s'agit de dédommager l'exproprié dont la capacité de travail et l'esprit d'entreprise demeurent intacts mais qui doit néanmoins transférer son activité en raison de l'expropriation (arrêt 1E.16/1998 du 6 décembre 1999, consid. 2c). Cela implique toutefois que l'exproprié soit lui-même l'exploitant, puisqu'il s'agit de prendre en considération la période de battement pendant laquelle il lui faut retrouver un lieu d'exploitation et redémarrer son activité jusqu'à atteindre un rendement équivalent à celui qu'il connaissait avant l'expropriation.
Tel n'est pas le cas en l'espèce, le recourant n'étant que le bailleur de la station-service. Les seuls revenus qu'il tirait de l'exploitation de celle-ci sont des revenus locatifs, dont un intéressement au chiffre d'affaires. L'indemnité qui lui est accordée selon la valeur vénale de la station-service inclut déjà cette valeur de rendement qu'il qualifie de "perte d'exploitation". Ajouter une indemnité supplémentaire reviendrait à le dédommager deux fois pour la cessation d'activité de la station-service.
7.2. Selon l'art. 22 LEx, en cas d'expropriation partielle, il n'est pas accordé d'indemnité de dépréciation pour la partie restante, lorsque la dépréciation se trouve compensée par des avantages particuliers résultant de l'entreprise de l'expropriant (al. 1); par contre, il est tenu compte du dommage résultant de la perte ou de la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale et que la partie restante aurait, selon toute vraisemblance, conservés s'il n'y avait pas eu d'expropriation (al. 2). Pour être prise en considération au sens de cette disposition, une diminution de la valeur doit être en rapport de causalité adéquate avec l'expropriation formelle. Si la moins-value est une conséquence de la seule réalisation de l'ouvrage de l'expropriant, et non pas de la perte du droit de propriété sur la surface de l'emprise, ce lien de causalité fait défaut. En d'autres termes, cela signifie que pareille conséquence se serait aussi produite si l'ouvrage avait été réalisé quelques mètres plus loin, sans que le terrain de l'exproprié fût touché (arrêts 1E.6/2002 du 6 mars 2003 consid. 4; E.12/1996 du 15 août 1997 consid. 2b/bb; cf. également <ref-ruling> consid. 3 p. 324). Une indemnité pour le dérangement causé par l'ouvrage ne se justifie alors que s'il est excessif et que le voisin n'est pas contraint de le tolérer en vertu de l'<ref-law>; et il faut donc que les trois conditions issues de la jurisprudence (spécialité, imprévisibilité et gravité) soient cumulativement remplies (<ref-ruling> consid. 4 p. 464).
En l'espèce, la perte de terrain elle-même est compensée, outre par l'indemnité pour sa valeur vénale, par l'octroi d'un montant "à titre de perte d'exploitation de l'atelier de carrosserie situé dans la maison". Le recourant se plaint en plus des éventuelles nuisances supplémentaires causées par la nouvelle ligne de tram. Or, ce dommage n'est pas directement en rapport de causalité adéquate avec l'expropriation, puisqu'il serait également survenu si la ligne avait été construite en limite de propriété de ses parcelles dans leur configuration initiale. Au demeurant, il ne démontre pas en quoi un arrêt de tram causerait plus de nuisances que la station-service exploitée jusqu'alors. Pour le reste, le recourant ne fait pas valoir que le dommage remplirait les conditions d'une expropriation des droits de voisinage.
8.
Dans un dernier grief, le recourant fait valoir que l'arrêt attaqué est entaché d'arbitraire pour plusieurs motifs. Trois de ces motifs (une éventuelle diminution de la valeur de la parcelle conservée par le recourant, les "pertes d'exploitations liées à la station-service" et la prétendue absence de prise en considération de certains éléments de la station-service dans le calcul de sa valeur vénale) ont déjà fait l'objet d'un examen, à l'issue duquel il apparaît que l'arrêt attaqué est conforme au droit applicable sur ces questions; quant au résultat lui-même, il ne se révèle pas choquant. Le dernier motif pour lequel le recourant se plaint d'arbitraire est la prise en compte d'un taux de vétusté de 19,6 % dans la détermination de la valeur vénale de la station-service, en lieu et place des 10 % évoqués lors d'une première évaluation. Cette manière de faire ne serait pas acceptable, dès lors que l'expert mandaté par la CFE, à l'inverse du premier "expert", n'aurait pas vu de ses propres yeux la station-service, déjà détruite lors de l'exécution de son mandat.
8.1. Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable, pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 380; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 2.2.2 et les réf. citées).
8.2. Le Tribunal administratif fédéral a constaté que le taux de vétusté de 19,6 % était "soutenable" au vu du bon état des installations et de l'âge de la construction (1987). Cette motivation est certes sommaire, mais cette appréciation n'apparaît pas pour autant arbitraire. Il est au contraire parfaitement pertinent de tenir compte de l'état du bâtiment et de son âge (apprécié notamment par rapport à sa durée de vie). De ce point de vue, un taux de vétusté de 19,6 % apparaît même particulièrement favorable par rapport aux tabelles relatives à l'estimation des immeubles (cf. SVKG Schweizerische Vereinigung kantonaler Grundstückbewertungsexperten, SEK/SVIT Schätzungsexperten-Kammer, Das Schweizerische Schätzerhandbuch: Bewertung von Immobilien, 2005, p. 250; cf. aussi Francesco Canonica, Schätzerlehrgang, Grundwissen, Schweiz. Immobilienschätzer-Verband, éd. 2000, p. 153). Le recourant fait valoir pour seul argument qu'une première évaluation effectuée lors des premiers pourparlers retenait un taux bien inférieur, sans toutefois exposer quels critères objectifs devraient conduire à préférer ce taux à celui de l'expertise judiciaire. Dans ces conditions, sa critique est purement appellatoire et il n'y a aucun motif de s'écarter de l'appréciation du Tribunal administratif fédéral, qui n'est pas entachée d'arbitraire.
9.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais du recourant, qui succombe (art. 116 al. 3 LEx et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 7 août 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali