A.- Donnant suite à une dénonciation des autorités communales de Vermes, le Procureur général du canton du Jura a ordonné, le 23 décembre 1997, l'ouverture d'une instruction contre les époux X._ pour violation de leur devoir d'assistance ou d'éducation, dont il a confié la conduite au Juge d'instruction du district de Porrentruy, Henri-Joseph Theubet (ci-après, le Juge d'instruction).
Le 6 janvier 1998, A._ a été entendue en qualité de personne appelée à fournir des renseignements dans le cadre de cette affaire. A cette occasion, elle a été inculpée de gestion déloyale commise au préjudice des époux X._, arrêtée et placée en détention préventive jusqu'au 4 février 1998. Par la suite, le Juge d'instruction a étendu les poursuites aux préventions de complicité, respectivement d'instigation à obtention frauduleuse d'une constatation fausse, puis d'escroquerie, éventuellement abus de confiance. Il a également ouvert une instruction contre la fille de A._, prévenue d'abus de confiance et éventuellement de gestion déloyale, contre le mari de celle-ci, B._, pour escroquerie, éventuellement abus de confiance, ainsi que contre C._ et X._ pour obtention frauduleuse d'une constatation fausse.
B.- Le 29 octobre 1999, A._ a déposé une prise à partie contre le Juge d'instruction et a sollicité sa récusation. Elle se plaignait des conditions de son arrestation, de son audition et de son incarcération, qu'elle jugeait illégales et arbitraires. Elle dénonçait en outre le comportement tour à tour grossier, vulgaire, agressif, insultant, manipulateur et menaçant du magistrat, qui l'aurait empêchée de présenter sa version des faits et instruirait exclusivement à charge. Elle lui reprochait d'avoir violé la présomption d'innocence en donnant l'ordre de préparer une cellule à son intention avant même de l'avoir entendue et d'avoir menti en n'avertissant pas son mari de son arrestation et en refusant de débloquer ses comptes bancaires malgré les assurances données à cet égard lors de la convention signée entre les parties le 28 janvier 1998. Elle lui faisait également grief de ne pas avoir inventorié les documents saisis à son domicile et de ne pas s'être récusé d'office alors qu'il serait personnellement impliqué dans l'affaire X._. Elle se plaignait enfin de la saisie de pièces concernant une personne non impliquée dans la procédure et couvertes par le secret professionnel.
Statuant par arrêt du 14 mars 2000, la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après, la cour cantonale) n'est pas entrée en matière sur la prise à partie en tant qu'elle se fondait sur des faits survenus une année et demie avant son dépôt, précisant au surplus que, supposée recevable, celle-ci aurait de toute façon dû être rejetée. Elle a par ailleurs rejeté la demande de récusation en tant qu'elle était recevable, après avoir constaté qu'il n'y avait aucun motif d'incapacité au sens de l'art. 34 du Code de procédure pénale jurassien (CPP jur.) et que le droit de la requérante à la récusation était périmé s'agissant des divers griefs formulés à l'encontre du juge afin de démontrer la prévention de celui-ci à son égard.
C.- Agissant par la voie du recours de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt qui violerait, selon elle, son droit d'être entendue et résulterait d'une appréciation arbitraire, voire erronée des pièces du dossier. A titre de moyen de preuve, elle sollicite l'audition du juge incriminé ainsi que des policiers et du personnel de la prison impliqués dans les faits dénoncés.
Elle requiert l'assistance judiciaire.
La cour cantonale conclut au rejet du recours. Le Procureur général du canton du Jura propose également son rejet, dans la mesure où il est recevable. Le Juge d'instruction se réfère à la prise de position qu'il a formulée dans le cadre de la procédure de recours cantonale.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 83; <ref-ruling> consid. 1a p. 414; <ref-ruling> consid. 2 p. 463 et l'arrêt cité).
a) Formé en temps utile contre une décision incidente sur une demande de récusation, prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est en principe recevable au regard des art. 84 ss OJ.
b) L'objet du litige consiste exclusivement dans l'arrêt de la Chambre d'accusation du 14 mars 2000 refusant d'entrer en matière sur la requête de prise à partie introduite par A._ à l'encontre du Juge d'instruction Theubet et rejetant sa demande de récusation de ce magistrat dans la mesure de sa recevabilité. Le recours est par conséquent irrecevable en tant qu'il dénonce la partialité du Président de la Chambre d'accusation ou le conflit d'intérêts dans lequel se trouverait le conseil des époux X._, dès lors que la recourante n'avait pas demandé la récusation de celui-là devant l'instance cantonale.
c) Aux termes de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, l'acte de recours doit contenir, à peine d'irrecevabilité, un exposé des droits constitutionnels ou des principes juridiques prétendument violés, précisant en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine ainsi que les griefs exposés de manière assez claire et détaillée pour qu'il puisse déterminer quel est le droit constitutionnel dont l'application est en jeu et dans quelle mesure celui-ci a été violé. Par ailleurs, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst. , le recourant ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué, mais il doit au contraire préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposant sur aucun motif sérieux et objectif, apparaissant insoutenable ou heurtant gravement le sens de la justice (<ref-ruling> consid. 1b p. 495 et les arrêts cités).
C'est à la lumière de ces principes qu'il convient d'examiner les arguments de la recourante.
2.- Cette dernière voit une violation de son droit d'être entendue dans le fait que l'autorité intimée ne s'est pas prononcée sur les griefs qu'elle avait formulés à l'encontre du Juge d'instruction et qui justifieraient, selon elle, sa récusation. Elle lui reproche en outre d'avoir procédé à une appréciation arbitraire, voire erronée des pièces du dossier.
a) Suivant la jurisprudence rendue en application de l'art. 4 aCst. , qui garde toute sa valeur sous l'angle de l'art. 29 al. 1 Cst. , une autorité cantonale de recours commet un déni de justice formel si elle omet de statuer sur une conclusion du recours dont elle est saisie alors qu'elle est compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 3a p. 117 et les arrêts cités; cf. aussi ZBl 96/1995 p. 174 consid. 2 p. 175). En outre, le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. impose à l'autorité de jugement l'obligation de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient (<ref-ruling> consid. 2c p. 372). Pour satisfaire cette exigence, il suffit que celle-ci mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision.
Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (<ref-ruling> consid. 1a p. 181; <ref-ruling> consid. 2c p. 57 et les arrêts cités).
b) En l'occurrence, la Chambre d'accusation n'est pas entrée en matière sur la prise à partie dont elle était saisie car A._ fondait ses griefs sur des faits qu'elle n'avait plus d'intérêt juridique suffisant à contester lors du dépôt de sa requête. Elle a par ailleurs considéré que le droit de demander la récusation du Juge d'instruction pour les faits dénoncés était périmé parce que la requérante ne l'avait pas exercé en temps utile, "participant même à l'instruction par l'intermédiaire de son avocat". Dès lors qu'elle tenait la prise à partie pour irrecevable et le droit de requérir la récusation pour périmé s'agissant des griefs formulés à l'endroit du Juge d'instruction en relation avec les conditions de son audition, de son arrestation et de sa détention, l'autorité intimée n'avait aucune raison d'examiner leur bien-fondé. Elle n'a donc pas commis de déni de justice en ne se prononçant pas expressément à ce propos. Le recours est donc manifestement mal fondé en tant qu'il dénonce une violation du droit d'être entendu.
c) Pour le surplus, la question de savoir si l'autorité intimée a dénié à bon droit à la recourante un intérêt juridique suffisant à l'examen de ces questions et si elle a constaté à juste titre la péremption du droit de demander la récusation du Juge d'instruction pour les faits invoqués à l'appui de sa requête (cf. à ce sujet, <ref-ruling> consid. 3 p. 229; RVJ 1999 p. 230 consid. 3d p. 231, 237 consid. 4b p. 240) ne relève pas du droit d'être entendu mais de l'arbitraire.
Or, la recourante se borne à rappeler les faits qui établiraient, selon elle, la prévention de ce magistrat à son égard sans chercher à démontrer en quoi les raisons pour lesquelles l'autorité intimée n'est pas entrée en matière sur sa prise à partie ou sur sa demande de récusation seraient insoutenables.
Elle ne prétend en particulier pas qu'elle était dans l'impossibilité de faire valoir ses motifs de récusation avant le 29 octobre 1999, date à laquelle elle a déposé ses requêtes de prise à partie et de récusation. Le recours ne répond manifestement pas aux exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ.
De même, la recourante se borne à rappeler les faits qui établiraient, selon elle, l'implication personnelle du Juge d'instruction dans l'affaire X._, sans chercher à démontrer en quoi la motivation retenue pour conclure à l'absence d'un conflit d'intérêts et d'un motif d'incapacité, invocable en tout temps, serait arbitraire. Le recours ne répond pas, sur ce point également, aux exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ et est dès lors irrecevable.
3.- Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable. Tel qu'il était motivé, celui-ci était d'emblée dénué de toute chance de succès, de sorte qu'il y a lieu de rejeter la demande d'assistance judiciaire (art. 152 al. 1 OJ) et de mettre un émolument judiciaire à la charge de la recourante qui succombe (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral,
vu l'art. 36a OJ:
1. Rejette le recours dans la mesure où il est recevable;
2. Rejette la demande d'assistance judiciaire;
3. Met à la charge de la recourante un émolument judiciaire de 800 francs;
4. Communique le présent arrêt en copie aux parties, au Procureur général et à la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton du Jura.
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Lausanne, le 8 août 2000 PMN/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,