A.- Gestützt auf die Ergebnisse näherer Abklärungen zur Überprüfbarkeit des Arbeitszeitausfalls verpflichtete die Arbeitslosenkasse Graubünden die Firma X._ AG (nachfolgend Firma) mit Verfügung vom 3. August 1999, die für die Zeit vom 1. Dezember 1995 bis 30. April 1996 bereits ausbezahlten Kurzarbeitsentschädigungen im Betrag von Fr. 78'607. 10 zurückzuerstatten.
B.- Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit am 12. April 2000 eröffnetem Entscheid vom 5. Januar 2000 gut und hob die Verfügung vom 3. August 1999 auf.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt die kantonale Arbeitslosenkasse die Aufhebung des angefochtenen Entscheids beantragen.
Die Firma schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Staatssekretariat für Wirtschaft lässt sich nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach <ref-law> muss die Kasse Leistungen der Versicherung, auf die der Empfänger keinen Anspruch hatte, zurückfordern. Gemäss einem allgemeinen Grundsatz des Sozialversicherungsrechts kann die Verwaltung eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hat, in Wiedererwägung ziehen, wenn sie zweifellos unrichtig und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-ruling> Erw. 3a, 173 Erw. 4a, 271 Erw. 2, 368 Erw. 3, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen). Die für die Wiedererwägung formell rechtskräftiger Verfügungen massgebenden Voraussetzungen gelten auch mit Bezug auf die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Geldleistungen der Arbeitslosenversicherung gemäss <ref-law> (<ref-ruling> Erw. 2b/aa mit Hinweisen; SVR 1995 ALV Nr. 53 S. 162 Erw. 3a), und zwar unbesehen darum, ob sie förmlich oder formlos zugesprochen worden sind (<ref-ruling> Erw. 2b/aa; <ref-ruling> oben, 111 V 332 Erw. 1; ARV 1995 Nr. 12 S. 64 Erw. 2b). Eine zweifellose Unrichtigkeit liegt nicht nur vor, wenn die in Wiedererwägung zu ziehende Verfügung auf Grund falscher oder unzutreffender Rechtsregeln erlassen wurde, sondern auch, wenn massgebliche Bestimmungen nicht oder unrichtig angewandt wurden (ARV 1996/1997 Nr. 28 S. 158 Erw. 3c).
b) Laut <ref-law> haben Arbeitnehmer, deren normale Arbeitszeit verkürzt oder deren Arbeit eingestellt ist, unter den in der Bestimmung aufgeführten Voraussetzungen Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung. Keinen Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung haben nach <ref-law> Arbeitnehmer, deren Arbeitsausfall nicht bestimmbar oder deren Arbeitszeit nicht ausreichend kontrollierbar ist. Der Arbeitgeber muss somit für jeden einzelnen Arbeitnehmer, für den er den Anspruch geltend macht (<ref-law>), den Arbeitsausfall gesondert ausweisen können. Ein geltend gemachter Arbeitsausfall ist weiter erst dann genügend kontrollierbar, wenn für jeden einzelnen Tag die geleistete Arbeitszeit überprüfbar ist. Nur auf diese Weise ist Gewähr geboten, dass die an gewissen Tagen geleistete Überzeit, welche innerhalb der Abrechnungsperiode auszugleichen ist (vgl. Gerhards, Kommentar zum AVIG, Bd. I, N 5 zu Art. 31), bei der Feststellung des monatlichen Arbeitsausfalls Berücksichtigung findet (ARV 1999 Nr. 34 S. 202 Erw. 2a).
2.- Die Beschwerdegegnerin verfügte nicht über ein Gerät zur Erfassung der Arbeitszeit. Ebenso wenig hat sie oder einer der von der Kurzarbeit betroffenen Arbeitnehmer, allesamt Piloten der Firma, täglich umfassende Rapporte über die geleistete Arbeitszeit geführt. Die in jedem Helikopter befindlichen Logbücher geben ferner einzig Auskunft darüber, wann welcher Pilot wie lange geflogen ist. Über die darüber hinausgehenden Tätigkeiten, wie etwa das Vor- und Nachbereiten eines Flugs, liegen dagegen keinerlei Aufzeichnungen vor. In den Akten findet sich einzig eine von diversen Angestellten der Firma unterzeichnete Erklärung vom 15. Januar 1999 über den durchschnittlichen Zeitbedarf eines Piloten für die Flugvorbereitung sowie für die dem Einsatz nachfolgenden Arbeiten (Tageskontrolle, Administrativarbeiten).
Es mag durchaus zutreffen, dass Erfahrungswerte, wie sie im Schreiben vom 15. Januar 1999 behauptet werden, in Verbindung mit den ausgewiesenen Arbeitszeiten für die Haupttätigkeit Fliegen gewisse Aussagen über den tatsächlichen Arbeitsausfall zulassen. Diese sind jedoch pauschal und berücksichtigen den Einzelfall nicht. Von einer ausreichenden Überprüfbarkeit der (Tages-)Arbeitszeit jedes einzelnen der betroffenen Arbeitnehmer (Erw. 1b hievor) kann somit eindeutig nicht gesprochen werden. Das Kriterium der fehlenden Kontrollierbarkeit der Arbeitszeit ist demnach entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen klar erstellt. Im Umstand, dass die Arbeitslosenkasse diese gesetzliche Anspruchsvoraussetzung zunächst nicht berücksichtigt hat, liegt die zweifellose Unrichtigkeit der wiedererwägungsweise aufgehobenen Verfügung. Da die Berichtigung angesichts des in Frage stehenden Betrages ferner von erheblicher Bedeutung ist, sind die Voraussetzungen für die Rückforderung grundsätzlich erfüllt.
3.- Weiter ist zu prüfen, ob und gegebenenfalls inwieweit die Rückforderung der Arbeitslosenkasse verwirkt ist.
a) Gemäss <ref-law> verjährt der Rückforderungsanspruch innert eines Jahres, nachdem die auszahlende Stelle davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber fünf Jahre nach der Auszahlung der Leistung. Bei diesen Fristen handelt es sich um Verwirkungsfristen. Unter dem Ausdruck "nachdem die auszahlende Stelle davon Kenntnis erhalten hat" ist der Zeitpunkt zu verstehen, in welchem die Verwaltung bei Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit hätte erkennen müssen, dass die Voraussetzungen für eine Rückerstattung bestehen (<ref-ruling> Erw. 1, 122 V 274 Erw. 5a, je mit Hinweisen).
b) Die absolute Verwirkungsfrist von fünf Jahren ist offenkundig gewahrt, womit die Verwirkungsfrage allein unter dem Blickwinkel der relativen einjährigen Frist näher zu untersuchen ist.
Im Rahmen der Überprüfung der Anspruchsvoraussetzungen für in die Abrechnungsperiode September und Oktober 1996 fallenden, von der Firma geltend gemachten Entschädigungsansprüche forderte die Arbeitslosenkasse die Firma am 19. Dezember 1997 auf, u.a. intern geführte Stundenrapporte einzureichen. Die Firma nahm zu dieser Aufforderung am 9. September 1998 schriftlich Stellung und präzisierte in einem weiteren Schreiben vom 14. Oktober 1998, nicht nur für die Monate September und Oktober 1997, sondern auch für die Zeit von Anfang Dezember 1995 bis Ende April 1996 nur über Logbücher als Arbeitszeitnachweis zu verfügen. Mit der Kenntnisnahme dieses Schreibens musste die Verwaltung bei gebotener Aufmerksamkeit erkennen, dass ein Rückforderungsanspruch für die vergüteten Kurzarbeitsentschädigungen der Abrechnungsperioden Dezember 1995 bis April 1996 besteht.
Davor lagen keine entsprechenden Anhaltspunkte vor. Selbst wenn die Firma, wie von ihr behauptet, von der Arbeitslosenkasse jedoch bestritten, bereits anlässlich einer mündlichen Unterredung vom 28. Januar 1998 das ausschliessliche Führen von Logbüchern in den Abrechnungsperioden Dezember 1995 bis April 1996 angedeutet hätte, durfte die Beschwerdeführerin in guten Treuen die definitive Stellungnahme abwarten.
Auch könnte ihr diesfalls nicht vorgeworfen werden, nicht die erforderlichen Anstrengungen unternommen zu haben, um innert absehbarer Zeit ein klares Bild zur Rückforderungsfrage zu erhalten (vgl. <ref-ruling> Erw. 4b), hat sie doch das Beibringen der Belege am 17. August 1998 moniert und am 17. September 1998 auf die Eingabe vom 9. September 1998 reagiert. Infolgedessen ist für die Fristauslösung der 14. Oktober 1998 als massgebend zu betrachten. Die Rückforderungsverfügung vom 3. August 1999 ist somit auf alle Fälle innert der einjährigen Verwirkungsfrist ergangen.
4.- Weiter beruft sich die Beschwerdegegnerin erfolglos auf den Schutz des guten Glaubens (<ref-ruling> Erw. 2a mit Hinweisen; RKUV 2000 Nr. KV 126 S. 223), welcher unter Umständen eine vom materiellen Recht abweichende Behandlung eines Rechtsuchenden gebieten kann. Soweit die Firma auf die Auszahlungen der hier in Frage stehenden Abrechnungsperioden Dezember 1995 bis April 1996 verweist, so sind diese von vornherein ungeeignet, einen Vertrauenstatbestand für diese Zeit zu begründen, da die erste dieser Zahlungen erst gegen Ende April 1996 erfolgt ist; zu einem Zeitpunkt also, an dem die Dispositionen für das Erfassen des Arbeitszeitausfalles der hier interessierenden Abrechnungsperioden bereits getroffen waren. Gesagtes gilt auch für möglicherweise ab diesem Zeitraum von der Verwaltung getätigte Äusserungen. Ferner mag es durchaus zutreffen, dass sich die Firma vor der erstmaligen Geltendmachung von Kurzarbeitsentschädigungen im Jahre 1993 bei der kantonalen Amtsstelle über die Anspruchsvoraussetzungen und das weitere Vorgehen informiert hat und danach auch Kurzarbeitsentschädigungen ausbezahlt erhielt, obwohl sie (bereits damals) einzig Logbücher als Arbeitszeitnachweis geführt hatte. Indessen behauptet selbst sie nicht, im Rahmen dieser Vorgespräche ausdrücklich eine Auskunft erhalten zu haben, wonach das Führen der Logbücher als Arbeitszeitnachweis genügen soll. Abgesehen davon ist angesichts des seitherigen Zeitablaufs kaum anzunehmen, dass sich dies noch beweismässig erhärten liesse. Allein allgemein gehaltene Ausführungen von Seiten der Verwaltung oder das Ausrichten der das Jahr 1993 betreffenden Kurzarbeitsentschädigung vermögen nicht einen Vertrauensschutz dahingehend zu schaffen, dass die Firma auf eine Auszahlung der hier interessierenden Kurzarbeitsentschädigungen von Dezember 1995 bis April 1996 ohne Zeiterfassung vertrauen durfte, zumal bezüglich der Anspruchsvoraussetzung nach <ref-law> keine Informationspflicht bestand (vgl. <ref-ruling> Erw. 2b/aa mit Hinweisen) und die Vergütung einer Kurzarbeitsentschädigung trotz der in Art. 39 Abs. 1 und 2 AVIG festgeschriebenen Pflicht der Kasse, vor der Auszahlung u.a. die persönlichen Voraussetzungen nach <ref-law> zu prüfen, nicht mit einer verbindlichen Aussage für die Zukunft gleichgestellt werden darf.
5.- Endlich ist die von der Firma aufgeworfene Frage nach dem Erlass der Rückerstattungsschuld nicht im vorliegenden Verfahren zu beantworten (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird
der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons
Graubünden vom 5. Januar 2000 aufgehoben.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, dem Arbeitsamt Graubünden und dem Staatssekretariat für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 5. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: