Sachverhalt:
A. S._, geboren 1963, war vom 1. Januar 1986 bis 31. Mai 2006 bei der Firma B._ AG angestellt. Vom 26. Juni 2006 bis 25. Juni 2008 bezog S._ Leistungen der Arbeitslosenversicherung. Bereits am 26. März 2007 meldete sie sich unter Hinweis auf Schulter-, Arm-, Rücken- und Beinbeschwerden, bestehend seit ungefähr dreieinhalb Jahren, bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau führte erwerbliche Abklärungen durch und holte einen Bericht ein des Dr. med. E._, Allgemeine Medizin FMH, vom 9. Juli 2007. Auf entsprechende Anfrage der IV-Stelle legte Dr. med. E._ weitere medizinische Unterlagen ins Recht (Befunde des Instituts W._ [Dr. med. U._, FMH Radiologie], vom 14. Oktober 2005; Berichte des Zentrums X._ vom 19. Oktober und 7. Dezember 2005; rheumatologisches Gutachten des T._, Facharzt FMH für Rheumatologie und Innere Medizin, Institut Y._, vom 7. September/2. November 2006). Nach weiteren erwerblichen Abklärungen und durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte die IV-Stelle am 31. Januar 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens mangels rentenbegründenden Invaliditätsgrades.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der S._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 22. Oktober 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung der Verfügung vom 31. Januar 2008 sowie des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente beantragen. Eventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen und diese anzuweisen, ein unabhängiges Gutachten und eine BEFAS-Begutachtung in die Wege zu leiten.
Vorinstanz und Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde an das Bundesgericht (Art. 107 Abs. 1 BGG) nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Die Vorinstanz legt die Rechtsprechung zur Beweiswürdigung sowie zum Beweiswert medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a-c S. 352 ff.) zutreffend dar. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Das kantonale Gericht erwog, gestützt auf das Gutachten des Instituts Y._, welchem voller Beweiswert zukomme, sei die Beschwerdeführerin in einer angepassten Tätigkeit zu 80 % arbeitsfähig. Unabhängig davon, ob eine Parallelisierung der Einkommen vorgenommen würde oder nicht, resultiere selbst bei Gewährung eines grosszügigen Abzuges von 20 % kein anspruchsbegründender Invaliditätsgrad.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, Vorinstanz und IV-Stelle hätten zu Unrecht auf das Gutachten des Instituts Y._ abgestellt. Dieses sei ein reines Parteigutachten (zuhanden der Schweizerischen Mobiliar, Versicherungsgesellschaft), das die IV-Stelle nicht von der Vornahme eigener Abklärungen entbinde. Zu solchen hätte umso mehr Anlass bestanden, als sich ihre gesundheitliche Situation seit jener Begutachtung weiter verschlechtert habe, wie die neueren "Gutachten" des Instituts W._ vom 8. und 11. Oktober 2007 bescheinigten. Weil es sich bei der angestammten Tätigkeit bereits um eine angepasste, leichte Tätigkeit handle, habe die IV-Stelle den Sachverhalt falsch beurteilt, indem sie für die bisherige Tätigkeit eine hälftige, in einer angepassten Arbeit aber eine 80%ige Arbeitsfähigkeit unterstelle. Sodann komme ihren psychischen Problemen durchaus Krankheitswert zu. Bundesrechtswidrig sei der Verzicht der IV-Stelle auf eine BEFAS-Begutachtung. Das Valideneinkommen sei falsch festgesetzt worden, weil sie sich entgegen dem angefochtenen Entscheid nicht aus freien Stücken mit einem solchen begnügt habe; schliesslich müsse der Leidensabzug auf 25 % festgesetzt werden.
4.1 4.1.1 Soweit die Beschwerdeführerin den bereits im vorinstanzlichen Verfahren erhobenen und vom kantonalen Gericht entkräfteten Einwand wiederholt, das Gutachten des Instituts Y._ sei nicht beweiskräftig, weil es sich dabei um ein Parteigutachten handle, kann auf die zutreffenden Erwägungen des kantonalen Gerichts verwiesen werden. Insbesondere hat die Vorinstanz zutreffend erkannt, dass Anhaltspunkte für mangelnde Objektivität oder gar Befangenheit des Gutachters T._ gänzlich fehlen (und von der Beschwerdeführerin auch nicht näher konkretisiert werden), so dass keine Veranlassung besteht, an der Richtigkeit seiner Beurteilung zu zweifeln. Die Vorinstanz hat in nachvollziehbarer Weise dargelegt, weshalb sie nicht auf die hinsichtlich der verbleibenden Arbeitsfähigkeit vom Gutachten des Instituts Y._ abweichende Einschätzung des behandelnden Dr. med. E._ abstellte und dabei in bundesrechtskonformer Weise der Erfahrungstatsache Rechnung getragen, dass Hausärzte aufgrund ihrer auftragsrechtlichen Vertrauensstellung im Zweifel eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353).
Letztinstanzlich nicht zu beanstanden ist auch die Würdigung der beiden Berichte des Instituts W._ (MRI der HWS vom 8. Oktober 2007 und Arthro-MRI der Schulter links vom 10. Oktober 2007). Ob die (partielle) Ruptur der Supraspinatussehne erst nach der Begutachtung des Instituts Y._ aufgetreten ist, was fraglich erscheint, nachdem Dr. med. E._ am 14. März 2008 zuhanden des Rechtsvertreters der Beschwerdeführerin ohne Berufung auf neue Läsionen lediglich bestätigte, der gesundheitliche Zustand der Beschwerdeführerin habe sich insoweit verschlechtert, als die Schmerzen im Nacken und in der Schulter häufiger und hartnäckiger geworden seien, ist letztlich nicht entscheidwesentlich. Nach Einschätzung des RAD-Arztes Dr. med. R._, FMH für Innere Medizin, kommt zum einen der mittels MRI objektivierten Diagnose nur in Zusammenhang mit den klinischen Befunden Aussagekraft zu und zum anderen vermag der MRI-Befund allein - bereits mangels früherer Röntgenbilder - eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes nicht zu belegen. Eine ausführliche klinische Untersuchung der Schultergelenke durch den Gutachter des Instituts Y._ fand indes statt und führte diesen zum Schluss, eine ideal angepasste Tätigkeit sollte maximal leichte Gewichtsbelastungen ohne repetitives Heben von Gewichten beinhalten, wechselbelastend sein und "maximal selten" Tätigkeiten in nach vorn geneigter Körperhaltung sowie Arbeiten über Kopf beinhalten. Damit hält die medizinische Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz betreffend die Einschränkungen an der linken Schulter vor Bundesrecht stand.
4.1.2 Die vorinstanzliche Feststellung, es fehle an einer "eigentlichen" psychischen Erkrankung, ist weder offensichtlich unrichtig noch unvollständig noch beruht sie auf einer Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen. Zwar führte Dr. med. E._ in seinem Arztbericht vom 9. Juli 2007 unter Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit eine Depression (bei beginnender Fibromyalgie) an, doch handelt es sich dabei nicht um einen fachärztlich schlüssig festgestellten Befund, weshalb daraus nichts abgeleitet werden kann. Daran ändert auch nichts, dass die grosse Enttäuschung der Beschwerdeführerin über die Kündigung des langjährigen Arbeitsverhältnisses bei der B._ AG gut nachvollziehbar ist. Das Bundesgericht ist daher auch in diesem Punkt an die Sachverhaltsfeststellung des kantonalen Gerichts gebunden. Gleiches gilt für die im angefochtenen Entscheid auf 80 % festgesetzte Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Entgegen den Vorbringen in der Beschwerde kann die angestammte Tätigkeit in der Firma B._ AG, welche repetitive Bewegungsabläufe umfasste (die Versicherte hat vorwiegend Kunststoffflaschen in Kartons verpackt), nicht als ebenso behinderungsangepasst angesehen werden wie die im Gutachten des Instituts Y._ beschriebenen, weiterhin zumutbaren wechselbelastenden Arbeiten.
4.1.2 Die vorinstanzliche Feststellung, es fehle an einer "eigentlichen" psychischen Erkrankung, ist weder offensichtlich unrichtig noch unvollständig noch beruht sie auf einer Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen. Zwar führte Dr. med. E._ in seinem Arztbericht vom 9. Juli 2007 unter Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit eine Depression (bei beginnender Fibromyalgie) an, doch handelt es sich dabei nicht um einen fachärztlich schlüssig festgestellten Befund, weshalb daraus nichts abgeleitet werden kann. Daran ändert auch nichts, dass die grosse Enttäuschung der Beschwerdeführerin über die Kündigung des langjährigen Arbeitsverhältnisses bei der B._ AG gut nachvollziehbar ist. Das Bundesgericht ist daher auch in diesem Punkt an die Sachverhaltsfeststellung des kantonalen Gerichts gebunden. Gleiches gilt für die im angefochtenen Entscheid auf 80 % festgesetzte Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Entgegen den Vorbringen in der Beschwerde kann die angestammte Tätigkeit in der Firma B._ AG, welche repetitive Bewegungsabläufe umfasste (die Versicherte hat vorwiegend Kunststoffflaschen in Kartons verpackt), nicht als ebenso behinderungsangepasst angesehen werden wie die im Gutachten des Instituts Y._ beschriebenen, weiterhin zumutbaren wechselbelastenden Arbeiten.
4.2 4.2.1 An die Konkretisierung von Arbeitsgelegenheiten und Verdienstaussichten auf dem hier massgeblichen ausgeglichenen Arbeitsmarkt sind keine übermässigen Anforderungen zu stellen (im Einzelnen: Urteil 9C_830/2007 vom 29.07.2008 E. 5.1, publiziert in: SVR 2008 IV Nr. 62 S. 203). Kann die versicherte Person aus medizinischer Sicht körperlich leichte Tätigkeiten ohne weitreichende Einschränkungen generell weiterhin verrichten und geht aus den ärztlichen Abklärungen und Beschreibungen hinreichend klar hervor, dass ihr auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt genügend zumutbare Tätigkeiten offenstehen, ist eine zusätzliche berufsberaterische Einschätzung nicht erforderlich (vgl. Urteil I 797/05 vom 29. August 2006 E. 3 mit Hinweisen). Für die letztinstanzlich eventualiter beantragte BEFAS-Begutachtung besteht kein Raum in Anbetracht dessen, dass der Beschwerdeführerin wechselbelastende Tätigkeiten mit maximalen Gewichtsbelastungen von 10 kg, ohne repetitives Heben mit maximal selten (d.h. maximal 6 % bezogen auf einen achtstündigen Arbeitstag) vornübergeneigten oder über Kopf auszuführenden Arbeiten im Umfang von 80 % (ganztags mit vermehrten Pausen) generell zumutbar sind (Einschätzung des Gutachters T._ vom 7. September/2. November 2006).
4.2.2 Nicht stichhaltig sind auch die weiteren gegen den vorinstanzlichen Einkommensvergleich erhobenen Einwände. Das kantonale Gericht hat mit zutreffender Begründung erwogen, dass selbst eine Parallelisierung der Vergleichseinkommen (hiezu <ref-ruling> E. 4.1 S. 325 sowie BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.1.2 und 6.1.3) keinen rentenbegründenden Invaliditätsgrad ergäbe. Soweit die Beschwerdeführerin unter Berufung auf einen jährlichen Tabellenlohn "gemäss LSE TA1, Sektor 2" von Fr. 55'000.- bis Fr. 60'000.- einen höheren als den von der Vorinstanz ermittelten Invaliditätsgrad begründen will, kann ihr nicht gefolgt werden. Zum einen hat das kantonale Gericht mit Blick auf den beruflichen Werdegang der Versicherten zu Recht auf den Totalwert im Anforderungsniveau 4 abgestellt (<ref-ruling> E.4.3.2 S. 484 mit Hinweis), zum anderen betrug auch in dem von der Beschwerdeführerin herangezogenen Sektor 2 (Produktion) gemäss LSE 2006 Tabelle TA 1 S. 25 der durchschnittliche Lohn für Frauen (lediglich) Fr. 4'067.- pro Monat, wobei der 13. Monatslohn darin anteilmässig bereits enthalten ist (vgl. LSE 2006 a.a.O.). Angepasst an die betriebsübliche durchschnittliche Wochenarbeitszeit im Jahre 2006 von 41,7 Stunden (Die Volkswirtschaft 12/2007 Tabelle B9.2 S. 98) ergibt dies monatlich Fr. 4'239.85 oder jährlich Fr. 50'878.20. Der vorinstanzlich auf 20 % festgesetzte leidensbedingte Abzug ist letztinstanzlicher Korrektur nurmehr zugänglich, wenn das kantonale Gericht sein Rechtsermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat (also bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung; <ref-ruling> E. 2.2 und 3.3 S. 396 und 399). Dies trifft hier nicht zu. Unter Berücksichtigung der 80%igen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit und eines leidensbedingten Abzuges von 20 % resultiert ein Invalideneinkommen in Höhe von jährlich Fr. 32'562.- und damit ein Invaliditätsgrad von 36 %. Es muss daher bei der Feststellung sein Bewenden haben, dass die Arbeitsfähigkeit (im hier zu beurteilenden Zeitraum) nicht in anspruchsbegründendem Ausmass eingeschränkt gewesen war.
5. Die zu erhebenden Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind ausgangsgemäss von der Beschwerdeführerin zu tragen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juni 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle