Faits:
A. A.a La Société immobilière A._, à Genève, qui avait pour but la location à ses propres actionnaires ou à des tiers des appartements sis à C._, dans l'immeuble D._, dont elle était propriétaire, ainsi que la constitution en propriété par étages et la possession, pour le compte de ses actionnaires, de l'ensemble des parts de copropriété par étages dudit immeuble, a été dissoute et mise en liquidation par décision de son assemblée générale du 25 novembre 1997. B._ a été désigné comme liquidateur avec signature individuelle.
Durant les années 1999 et 2000, les lots de propriété par étages qui composaient l'immeuble D._ ont été cédés aux actionnaires. E._ et F._ ont acquis les leurs respectivement le 15 novembre 1999 et le 21 février 2000.
Au bilan au 31 décembre 1998, les immeubles détenus par la Société immobilière figuraient à l'actif pour un montant total de CHF 9'915'094.70. Au bilan au 31 décembre 1999, les immeubles ne figuraient plus que pour un montant de CHF 198'302.--. Ce bilan contenait en revanche un poste "Débiteurs chirographaires" de CHF 11'136'576.21. Enfin, le bilan au 31 décembre 2000 mentionnait le même poste pour CHF 0.--.
A.b Par formulaire n° 1050 intitulé "Impôt anticipé sur les prestations appréciables en argent en cas de liquidation d'une société immobilière selon l'<ref-law>", daté du 7 octobre 2002, la Société immobilière a déclaré un excédent de liquidation total de CHF 11'229'838.26, échu le 1er octobre 2002. Elle a également demandé qu'une partie de ce montant puisse bénéficier de la procédure de déclaration. Par courrier du 14 mai 2004, l'Administration fédérale des contributions (ci-après l'Administration) a informé la Société immobilière qu'elle considérait que les conditions de la procédure de déclaration n'étaient pas remplies concernant plusieurs actionnaires, dont notamment F._, pour un montant de CHF 124'650.07, et E._, pour un montant de CHF 90'654.60.
Par décision du 20 juillet 2005, l'Administration a fixé à CHF 82'049.50, avec intérêt moratoire dès le 31 janvier 2002, le montant dû par la Société immobilière au titre de l'impôt anticipé, constaté la responsabilité solidaire de B._ et levé l'opposition faite au commandement de payer n° 05 107318 S de l'Office des poursuites de Genève.
A.c Par acte du 14 septembre 2005, la Société immobilière et B._ ont formé réclamation contre la décision du 20 juillet 2005.
Par courrier du 30 mars 2006, l'Administration a admis la réclamation en ce qui concerne certains actionnaires et restreint la procédure à l'impôt anticipé dû sur la distribution de l'excédent de liquidation à F._ et E._ (ci-après: les actionnaires), soit à un montant de CHF 75'356'65 dû au titre de l'impôt anticipé.
Par courrier du 7 mai 2010, l'Administration a informé la Société immobilière et B._ qu'elle entendait réformer la décision du 20 juillet 2005 et réclamer un intérêt moratoire dès le 30 janvier 2001, la créance fiscale étant échue le 31 décembre 2000 déjà.
Par décision sur réclamation du 23 juin 2010, l'Administration a rejeté la réclamation (ch. 1), condamné la Société immobilière à verser la somme de CHF 75'356.65 au titre d'impôt anticipé, avec intérêt moratoire à 5 % l'an dès le 30 janvier 2001, ainsi que les frais de la poursuite n° 05 107318 S de l'Office des poursuites de Genève (ch. 2), constaté la responsabilité solidaire du liquidateur B._ pour l'ensemble de ces montants (ch. 3), et levé l'opposition formée à l'encontre du commandement de payer précité (ch. 4).
B. La Société immobilière et B._ ont recouru au Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation du 23 juin 2010.
La Société immobilière ayant été radiée au Registre du commerce du canton de Genève en date du 7 septembre 2010, l'Administration a requis sa réinscription. Celle-ci a été ordonnée par le Tribunal de première instance du canton de Genève le 14 octobre 2011.
A la suite d'une ordonnance du 17 novembre 2011 du Tribunal administratif fédéral invitant l'Administration à se procurer le dossier fiscal complet des années 1999 à 2002 des actionnaires, l'Administration a produit un courrier de l'Administration fiscale du canton de Genève du 23 décembre 2011 ainsi qu'un échange de courriels des 12 et 13 janvier 2012 entre les deux administrations comportant des informations sur le départ de Suisse des deux actionnaires concernées.
Le 19 mars 2012, le Tribunal administratif fédéral a rendu l'arrêt suivant, les frais étant intégralement mis à la charge des recourants:
1. Le recours des recourants est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable; pour le surplus il est rejeté.
2. Le dispositif de la décision sur réclamation prise le 23 juin 2010 par l'AFC est modifié comme suit:
1. Le chiffre 2 de ladite décision est modifié dans ce sens que la recourante 1 doit payer un montant de CHF 75'356.65, plus intérêt moratoire de 5 % dès le 30 janvier 2002 et les frais de la poursuite n° 05 107138 S de l'Office des poursuites de Genève de CHF 110.85.
2. Le chiffre 3 de ladite décision est modifié dans ce sens que le recourant 2 est solidairement responsable avec la recourante 1 du paiement de l'impôt, des intérêts et de frais figurant sous chiffre 2.1 ci-avant.
3. Le chiffre 4 de ladite décision est modifié dans ce sens que l'opposition formée à l'encontre du commandement de payer dans la poursuite n° 05 107138 S de l'Office des poursuites de Genève est levée à concurrence de CHF 75'356.65, plus intérêt moratoire de 5 % dès le 30 janvier 2002 et les frais de la poursuite n° 05 107138 S de l'Office des poursuites de Genève de CHF 110.85.
Le Tribunal administratif fédéral a retenu, en substance, que le versement de l'excédent de liquidation n'avait pas pu échoir avant la fin de la liquidation de la Société immobilière, soit au plus tôt à la fin de l'année 2001. Les actionnaires n'étant plus domiciliées en Suisse au 31 décembre 2001, l'obligation fiscale ne pouvait être exécutée par le biais de la procédure de déclaration. En outre, il a retenu que B._ n'avait pas entrepris tout ce que l'on pouvait raisonnablement attendre de lui pour exécuter la créance fiscale, de sorte que sa responsabilité solidaire devait être admise. Enfin, le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'intérêt moratoire sur la créance d'impôt anticipé était dû dès le 30 janvier 2002 seulement, ce qui conduisait à l'admission très partielle du recours.
C. Par acte du 7 mai 2012, la Société immobilière et B._ déposent un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. A titre principal, ils requièrent, sous suite de frais et dépens, qu'il soit constaté que la Société immobilière ne doit pas payer CHF 75'356.65 d'impôt anticipé plus des intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 30 janvier 2002, les procédures de déclaration devant être admises concernant F._ et E._, que B._ n'est pas solidairement responsable du paiement de l'impôt anticipé, et que l'opposition formée à l'encontre du commandement de payer dans la poursuite n° 05 107318 S de l'Office des poursuites de Genève n'est pas levée, dite poursuite devant être radiée. Subsidiairement, les recourants requièrent le renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'Administration conclut au rejet du recours, sous suite de frais, au terme d'une détermination circonstanciée. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>). Par ailleurs, en leurs qualités respectives de contribuable (cf. art. 10 al. 1 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé [LIA; RS 642.21]) et de débiteur solidaire du contribuable (cf. <ref-law>), les recourants sont directement touchés par la décision attaquée et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (<ref-law>). Enfin, le recours a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi et il ne relève d'aucune des exceptions mentionnées à l'<ref-law>. Il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.2 En revanche, dans la mesure où les recourants demandent parallèlement à la modification de l'arrêt attaqué aussi celle de la décision rendue par l'Administration le 23 juin 2010, leur recours n'est pas recevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal administratif fédéral dont la décision peut seule être attaquée devant le Tribunal fédéral (cf. arrêt 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 1).
2. Dans leur dernier grief, les recourants invoquent une violation du droit d'être entendu, reprochant au Tribunal administratif fédéral de ne pas avoir donné suite à leurs offres de preuve.
2.1 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle ancrée à l'art. 29 al. 2 Cst., dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (cf. <ref-ruling> consid. 2.6.1 p. 285), de sorte qu'il convient de commencer par son examen.
2.2 La jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 2 Cst., notamment, le droit pour le justiciable d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes. Le droit d'être entendu ne s'oppose cependant pas à ce que l'autorité mette un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui permettent de se forger une conviction et que, procédant d'une façon non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient plus l'amener à modifier son opinion (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236).
2.3 En l'espèce, les recourants reprochent dans un premier temps au Tribunal administratif fédéral de n'avoir pas donné suite à leur demande de requérir des informations relatives à la date exacte de départ des deux actionnaires concernées auprès de l'Office cantonal de la population. Ce grief est infondé. Le Tribunal administratif fédéral étant arrivé à la conclusion que la date déterminante pour trancher le litige était celle de la fin de la liquidation de la Société immobilière et non celle du transfert des lots de propriété par étages, il pouvait refuser les moyens de preuve sollicités par les recourants. Les faits à prouver n'étaient en effet pas pertinents pour trancher le litige puisqu'il n'était pas contesté qu'à la date de la fin de la liquidation, les deux actionnaires concernées avaient abandonné leur domicile suisse. Le point de savoir si le moment retenu, à savoir la fin de la liquidation, est effectivement pertinent, relève du fond et sera examiné ci-après (cf. infra consid. 4.3).
2.4 Les recourants estiment en outre que l'instance précédente a procédé à une instruction insuffisante dans l'hypothèse où il aurait été retenu que la date de la distribution du bénéfice de liquidation était celle du transfert du lot de propriété par étages. Or, dans la mesure où, selon l'arrêt attaqué, c'est la date de la fin de la liquidation de la Société immobilière et non celle du transfert du lot de propriété par étages aux actionnaires qui est déterminante pour juger de l'admissibilité de la procédure de déclaration, le Tribunal administratif fédéral pouvait, sans violer l'art. 29 al. 2 Cst., s'abstenir de toute mesure d'instruction qui portait sur le domicile suisse de ces actionnaires au moment du transfert de propriété. Comme déjà indiqué (cf. supra consid. 2.3), le point de savoir si le moment retenu, à savoir la fin de la liquidation, est effectivement pertinent, relève du fond et sera examiné ci-après (cf. infra consid. 4.3).
2.5 Enfin, les recourants critiquent, sous l'angle du droit d'être entendu, le fait que le Tribunal administratif fédéral a confié l'administration des preuves à la partie adverse plutôt que d'interpeler directement l'Administration fiscale du canton de Genève pour obtenir les pièces nécessaires. A la suite de la réquisition de preuve des recourants demandant les déclarations fiscales et les décisions de taxation pour les années 1999 à 2002 des deux actionnaires concernées, l'instance précédente a en effet demandé à l'Administration de se procurer le dossier fiscal complet de ces personnes. Ces dossiers n'ont cependant pas été versés à la procédure, l'Administration produisant en lieu et place un échange de courriers avec l'Administration fiscale du canton de Genève, ce qui a été considéré comme suffisant par le Tribunal administratif fédéral. De leur côté, les recourants estiment que l'instruction aurait dû être poursuivie jusqu'à établir si les actionnaires avaient acquitté l'impôt sur l'excédent de liquidation. La question de savoir si le fait que les actionnaires ont acquitté l'impôt sur l'excédent de liquidation est effectivement pertinent, relève du droit de fond et non du droit d'être entendu. Elle sera examinée ci-après (cf. infra consid. 4.2).
Le grief de violation du droit d'être entendu doit par conséquent être rejeté.
3. Dans un premier grief matériel, les recourants font valoir que, par la radiation de l'inscription de la recourante 1 au registre du commerce, la créance fiscale s'est éteinte et qu'elle ne saurait "renaître" du fait de la réinscription de la société. Ils se plaignent à cet égard d'une mauvaise application des art. 739 et 746 CO.
3.1 Aux termes de l'<ref-law>, aussi longtemps que la répartition entre actionnaires n'est pas terminée, la société en liquidation garde sa personnalité. Après la fin de la liquidation, les liquidateurs sont tenus d'aviser le préposé au registre du commerce que la raison sociale est éteinte (<ref-law>).
Selon une ancienne jurisprudence (cf. ATF 42 III 37, 64 II 150, 73 III 61), la radiation au registre du commerce a pour effet de faire disparaître la personne morale. Dans un arrêt plus récent, le Tribunal fédéral a précisé que l'existence juridique d'une société anonyme en liquidation cesse lorsque, à l'issue de la liquidation, celle-ci est radiée du registre du commerce (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 733). Enfin, dans un arrêt du 6 avril 2010, le Tribunal fédéral a relevé que la radiation au registre du commerce conduit à présumer que la liquidation est terminée et que la société a cessé d'exister (cf. arrêt 4A_16/2010 consid. 5.1.2).
3.2 Selon l'art. 164 al. 1 de l'ordonnance du 17 octobre 2007 sur le registre du commerce (ORC; RS 221.411), le tribunal peut cependant ordonner sur demande la réinscription au registre du commerce d'une entité juridique radiée, notamment lorsqu'il est établi de manière vraisemblable que l'entité juridique radiée est partie à une procédure judiciaire (let. b). Toute personne qui a un intérêt digne de protection à la réinscription de l'entité juridique radiée peut demander sa réinscription (<ref-law>). Une fois la société réinscrite au registre du commerce, les actifs (et les passifs) de la société lui sont réattribués (cf. ATF 73 III 61 consid. 1 p. 62; EVA BILEK/HANS CASPAR VON DER CRONE, Voraussetzungen und Kognition hinsichtlich der Wiedereintragung einer Gesellschaft, in RSDA 2007 p. 80, spéc. 83; GUILLAUME VIANIN, L'inscription au registre du commerce et ses effets, 2000, p. 243; EDGAR PHILIPPIN, Observations procédurales sur l'action en réinscription d'une entité juridique radiée, in REPRAX 2011/2 p. 20, spéc. n. 4, p. 21; MARC-ANTOINE SCHAUB, Les effets de la radiation et de la réinscription d'une société anonyme au registre du commerce, in SAG 32 p. 185 ss, spéc. 186 s.). C'est précisément parce que l'on admet que les droits et obligations de la société - et par conséquent les dettes de la société - ont subsisté malgré la radiation qu'une réinscription de la société est admissible (cf. SCHAUB, op. cit., p. 187; VIANIN, op. cit., p. 243; PHILIPPIN, op. cit., p. 21; WOLFHART F. BÜRGI/U. NORDMANN-ZIMMERMANN, in Zürcher Kommentar zum Obligationenrecht, 1979, n° 7 ad <ref-law>). Dans le cas contraire, l'<ref-law> n'aurait en effet aucun sens. Il est par conséquent vain de s'interroger, comme le préconisent les recourants, sur les effets de la radiation d'une société anonyme au registre du commerce, sans la mettre en lien avec la réinscription qui a suivi.
3.3 En l'espèce, au moment de sa radiation, la Société immobilière était partie à une procédure judiciaire portant sur le paiement d'un impôt anticipé dû en relation avec les distributions de bénéfice effectuées en faveur de deux de ses actionnaires. Sa liquidation n'était donc pas encore terminée et, partant, sa radiation ne pouvait être opérée. En ordonnant sa réinscription à la requête de l'Administration, le tribunal compétent a restitué à la société contribuable sa capacité d'ester en justice, dont elle avait temporairement été privée lors de sa radiation au registre du commerce (cf. FRANÇOIS RAYROUX, in PIERRE TERCIER/MARC AMSTUTZ (ÉD.), Commentaire romand du Code des obligations II, 2008, n° 6 ad <ref-law>; PETER FORSTMOSER/ARTHUR MEIER-HAYOZ/PETER NOBEL, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, n° 153 ad § 56, p. 868; BÜRGI/NORDMANN-ZIMMERMANN, op. cit., n° 6 ad <ref-law>), et permis de la sorte la poursuite de ladite procédure. L'Administration peut par conséquent à nouveau faire valoir sa créance.
Au vu de ce qui précède, le grief des recourants relatif à une mauvaise application des art. 739 et 746 CO doit être rejeté.
4. Dans un second grief, les recourants font valoir que c'est à tort que le bénéfice de la procédure de déclaration ne leur a pas été accordé. Ils contestent les conclusions de l'instance précédente niant la réalisation des conditions nécessaires à l'octroi de cette procédure.
4.1 La Confédération perçoit un impôt anticipé de 35 % (<ref-law>) sur les revenus de capitaux mobiliers (<ref-law>). D'après l'<ref-law>, l'impôt a notamment pour objet les participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions. Est un rendement imposable d'actions toute prestation appréciable en argent faite par la société aux possesseurs de droits de participation qui ne se présente pas comme remboursement des parts au capital social versé existant au moment où la prestation est effectuée; tel est notamment le cas des excédents de liquidation (cf. art. 20 al. 1 de l'ordonnance d'exécution du 19 novembre 1966 de la loi fédérale sur l'impôt anticipé [OIA; RS 642.211]). Ceux-ci comprennent toutes les prestations faites par une société dissoute aux actionnaires qui ne constituent pas un remboursement de capital; l'excédent imposable résulte de la différence entre la valeur réelle des actifs et le montant des passifs y compris le capital-actions de la société au début des opérations de liquidation (arrêt 2C_813/2010 du 10 mai 2011 consid. 3.1 et les références cités). En matière d'impôt anticipé, l'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (<ref-law>). La créance fiscale prend naissance au moment où échoit la prestation imposable (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, l'obligation fiscale est exécutée soit par le paiement de l'impôt (<ref-law>), soit par la déclaration de la prestation imposable (art. 19 et 20 LIA).
En l'espèce, il n'est pas contesté que la Société immobilière a distribué à l'ensemble de ses actionnaires un excédent de liquidation et qu'elle est, à ce titre, redevable de l'impôt anticipé en vertu de l'<ref-law>. Le litige porte seulement sur la modalité choisie par le contribuable pour exécuter son obligation fiscale relative à deux de ses actionnaires. Les recourants soutiennent que la Société immobilière peut remplacer le paiement de l'impôt par la procédure de déclaration prévue à l'<ref-law> pour les revenus des capitaux mobiliers. Ils estiment que la Société immobilière en cédant à ses actionnaires des lots de propriété par étages a effectué une distribution en nature du bénéfice de liquidation qui a eu lieu au jour du transfert du lot pour chacune des actionnaires concernées, soit le 15 novembre 1999 pour E._ et le 21 février 2000 pour F._. Or, à ces dates, ces deux personnes étaient encore domiciliées en Suisse. De son côté, le Tribunal administratif fédéral a considéré que le versement de l'excédent de liquidation ne pouvait échoir avant la fin de la liquidation, le moment déterminant pour la distribution de l'excédent de liquidation se situant ainsi au plus tôt à la fin de l'année 2001, soit à un moment où les deux actionnaires n'étaient plus domiciliées en Suisse.
4.2 Lorsque le paiement de l'impôt sur les revenus de capitaux mobiliers entraînerait des complications inutiles ou des rigueurs manifestes, le contribuable peut être autorisé à exécuter son obligation fiscale par une déclaration de la prestation imposable; l'ordonnance définit les cas où cette procédure est admise (<ref-law>). La procédure de déclaration est admissible seulement s'il est établi que le bénéficiaire de la prestation imposable aurait droit au remboursement de cet impôt d'après la loi ou l'ordonnance, et si leur nombre ne dépasse pas vingt (<ref-law>). La réalisation de cette dernière condition n'est pas contestée dans le cas d'espèce. Quant aux exigences requises pour avoir droit au remboursement de l'impôt anticipé, elles sont énoncées aux <ref-law>. En particulier, l'<ref-law> dispose que les personnes physiques, en l'occurrence les actionnaires, n'y ont droit que si elles sont domiciliées en Suisse à l'échéance de la prestation imposable. La procédure de déclaration ne saurait entrer en ligne de compte lorsque le droit au remboursement ne peut pas d'emblée être constaté (cf. <ref-ruling> consid. 20c p. 292 s.). En présence de prestations échues, l'Administration doit donc acquérir la conviction que le droit au remboursement est donné pour admettre que l'obligation fiscale soit exécutée par le biais de la procédure de déclaration (cf. arrêts 2C_813/2010 du 10 mai 2011 consid. 2.4; 2C_438/2010 du 16 décembre 2010 consid. 2.3; 2C_551/2009 du 13 avril 2010 consid. 3.2; IVO P. BAUMGARTNER, in MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS/MAJA BAUER-BALMELLI, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht II/2, 2005, n° 62 ad <ref-law>). L'examen effectué par l'Administration ne peut intervenir que de façon sommaire et sans préjuger de la décision définitive qui sera prise dans le cadre de la procédure relative au remboursement (cf. BAUMGARTNER, op. cit., n° 62 et 82 ad <ref-law>). C'est à l'aune de ces principes qu'il convient d'examiner la condition du domicile en Suisse des actionnaires lors de l'échéance de la prestation imposable.
4.3 Ainsi que la Cour de céans l'a relevé dans l'arrêt 2C_813/2010 du 10 mai 2011 consid. 3.5.1 concernant une cause dans laquelle le recourant 2 était du reste partie à la procédure, la qualité d'actionnaire ne confère à son titulaire qu'un droit conditionnel à l'excédent de liquidation et ce droit ne se transforme en véritable créance exigible contre la société qu'à la fin de la procédure de liquidation, en vertu notamment de l'<ref-law>. En effet, ce n'est qu'une fois les opérations de liquidation terminées, notamment le paiement de toutes les dettes, que le liquidateur doit dresser un bilan de clôture - bien que ce dernier ne soit pas expressément prévu dans la loi, contrairement aux bilans d'entrée en liquidation et aux bilans intérimaires annuels si la liquidation se prolonge (cf. art. 742 al. 1 et 743 al. 5 CO) - servant à répartir le produit de liquidation entre les actionnaires. La répartition comme telle de l'actif social entre les actionnaires peut intervenir au plus tôt après le délai d'une année dès le jour où l'appel aux créanciers a été publié pour la troisième fois, voire après un délai de trois mois si un réviseur agréé atteste que les dettes sont éteintes et qu'on peut inférer des circonstances qu'aucun intérêt de tiers n'est mis en péril (art. 745 al. 2 et 3 CO). Lors de la distribution de l'excédent de liquidation, la part revenant à chaque actionnaire est généralement payée par le versement d'une somme d'argent. Toutefois, à la demande d'un actionnaire et avec l'approbation de l'assemblée générale de la société, celle-ci peut s'acquitter de sa dette envers l'actionnaire en lui transférant un actif de la société. Ce transfert a pour conséquence l'extinction de la dette de la société envers l'actionnaire dont l'origine est la dissolution de la société. La procédure de liquidation est achevée au plan fiscal lorsque toutes les opérations essentielles de liquidation ont été exécutées, autrement dit lorsque les affaires courantes sont liquidées, les actifs réalisés, les engagements remplis et d'éventuels excédents d'actifs répartis. Lorsque la liquidation d'une société se déroule conformément aux prescriptions prévues par le droit commercial, celles-ci s'appliquent également au plan fiscal (cf. arrêts 2C_813/2010 du 10 mai 2011 consid. 3.5.1 et 2P.75/2002 du 23 janvier 2003 consid. 3.1 et les références citées). Cette jurisprudence garde toute sa pertinence et on ne voit pas qu'il y aurait lieu de s'en écarter.
4.4 En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a considéré que la liquidation de la recourante 1 avait été effectuée conformément aux exigences posées par le droit commercial. En particulier, il a retenu que le dernier bilan de la société, après qu'elle avait recouvré ses créances, réalisé ses actifs et payé ses dettes, avait été établi à la fin de l'année 2001, de sorte qu'il devait être considéré comme bilan final de liquidation. Il a également relevé qu'aux dates auxquelles les transferts des lots de propriété par étages avaient eu lieu, soit en novembre 1999 et en février 2000, le délai d'un an après le troisième appel aux créanciers était certes écoulé, mais les opérations de liquidation n'avaient en revanche pas encore toutes été effectuées. Le Tribunal administratif fédéral en a déduit que la liquidation n'était pas achevée et que la Société immobilière ne pouvait en conséquence procéder à la répartition de l'excédent. Les transferts de propriété des lots de propriété par étages n'apparaissent ainsi pas comme le versement en nature d'un excédent de liquidation, mais comme des transferts de patrimoine ordinaires, intervenus dans le cadre de la réalisation de l'actif de la société, le prix de transfert permettant de générer un bénéfice de liquidation, inscrit au bilan au poste de "Débiteurs chirographaires". Le Tribunal administratif fédéral en a conclu que la prestation imposable n'avait pas pu échoir avant l'établissement du bilan final de liquidation à la fin de l'année 2001, acte qui avait transformé le droit conditionnel des actionnaires à l'excédent de liquidation en une véritable créance exigible contre la société. Il a enfin retenu qu'il n'était pas contesté que les deux actionnaires n'étaient plus domiciliées en Suisse à cette date.
Les recourants - alors que la recourante 1 avait indiqué elle-même la date du 1er octobre 2002 en qualité d'échéance de la prestation imposable - soutiennent qu'en fixant l'échéance de l'excédent de liquidation au 31 décembre 2001, l'arrêt attaqué viole les art. 20 et 22 LIA, 24 OIA, ainsi que 181, 739, 743, 745 et 957 CO. Or, compte tenu de la jurisprudence précitée, le raisonnement de l'instance précédente ne souffre aucune critique. La présente cause n'est en effet pas différente de celle qui avait fait l'objet de l'arrêt 2C_813/2010 et dont il n'y a pas lieu de s'écarter (cf. supra consid. 4.3). Les deux affaires concernent en effet une société immobilière qui, dans le cadre de sa liquidation, a successivement cédé son actif immobilier par lots à ses actionnaires, puis a procédé aux autres opérations de liquidation avant d'établir un bilan final de liquidation. Dans les deux cas, la prestation imposable n'a pas pu échoir avant l'exécution de l'ensemble de ces opérations de liquidation et l'établissement du bilan final de liquidation. Les arguments invoqués par les recourants résistent d'autant moins à l'examen que, de leur aveu même, ils ne font que présenter de manière différente les griefs identiques invoqués à l'appui du recours qui était à l'origine de l'arrêt 2C_813/2010. Ces arguments ont fait l'objet d'un examen exhaustif dans l'arrêt du 10 mai 2011, et il n'y a pas lieu d'y revenir.
4.5 Au vu de ce qui précède, c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a estimé que comme le domicile des actionnaires n'était plus en Suisse au moment de l'échéance de la prestation imposable, soit au plus tôt le 31 décembre 2001, la Société immobilière n'avait pas le droit d'exécuter son obligation par la procédure de déclaration (cf. supra consid. 4.2). Elle est donc tenue au paiement de l'impôt anticipé.
5. Il reste à examiner la question de la responsabilité du liquidateur pour le montant de l'impôt anticipé non encore acquitté par la Société immobilière.
Aux termes de l'<ref-law>, les personnes chargées de la liquidation d'une personne morale sont responsables solidairement avec le contribuable pour le paiement de l'impôt anticipé, jusqu'à concurrence du produit de la liquidation. La responsabilité solidaire du liquidateur résulte directement de la loi. Il s'agit d'une responsabilité de garantie, indépendante de toute faute (cf. arrêt 2C_551/2009 du 13 avril 2010 consid. 4.1). L'<ref-law> prévoit que leur responsabilité s'éteint si les personnes responsables solidairement avec le contribuable établissent qu'elles ont fait tout ce qu'on pouvait attendre d'elles pour déterminer et exécuter la créance fiscale. Selon la jurisprudence, il ne suffit pas que le liquidateur prenne toutes les mesures courantes, il doit avoir rempli ses devoirs consciencieusement et avoir fait tout ce qu'on peut raisonnablement exiger de lui pour la garantie et le paiement de la créance fiscale (cf. <ref-ruling> consid. 14d p. 284 s.; arrêt 2C_551/2009 du 13 avril 2010 consid. 4.1). Cette preuve libératoire est plus sévère que celle offerte en application des art. 55 et 56 al. 1 CO. Elle ne pourra quasiment plus être apportée dès que le liquidateur a disposé du produit de la liquidation de la société, ou qu'il s'en est laissé dessaisir, avant que l'impôt anticipé n'ait été acquitté (arrêt 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 7.5).
Les recourants se bornent à conclure à l'absence de responsabilité de liquidateur du recourant 2, sans apporter aucun élément à l'appui de leurs conclusions ni se plaindre d'une violation de l'<ref-law>. Or, le Tribunal administratif fédéral a examiné avec soin les raisons pour lesquelles le liquidateur ne peut, en l'occurrence, bénéficier de la clause libératoire prévue à l'<ref-law> et doit répondre solidairement avec la Société immobilière du paiement de l'impôt anticipé. Ainsi, le liquidateur a le devoir de prendre des mesures en vue d'assurer le paiement en espèces de l'impôt anticipé, par exemple en provisionnant les montants nécessaires ou en exigeant des actionnaires concernés des garanties de paiement pour le cas où la procédure de déclaration serait refusée (cf. arrêt 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 7.3). Or, le recourant 2 n'a rien entrepris de la sorte, et ce alors qu'en sa qualité d'agent fiduciaire il ne pouvait ignorer les devoirs fiscaux qui lui incombaient en tant que liquidateur, de même que les conséquences en cas de manquement (cf. <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 380; arrêt 2C_868/2010 du 19 avril 2011 consid. 5; THOMAS MEISTER, in MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS/MAJA BAUER-BALMELLI (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht II/2, 2005, n° 26 ad <ref-law>). Il n'était ainsi pas suffisant qu'il s'assure que les bénéficiaires des parts d'excédents de liquidation étaient domiciliées en Suisse lors de la conclusion des contrats de transferts de parts de propriété par étages. Il était en effet prévisible que la procédure de liquidation s'étendrait sur plusieurs années et que la situation des bénéficiaires de la prestation imposable subirait des modifications jusqu'au moment déterminant de la fin de la liquidation, en particulier s'agissant de leur domicile. Dans ces conditions, c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a retenu que le recourant 2 devait répondre solidairement avec la recourante 1, du paiement de la créance d'impôt anticipé et le recours doit être rejeté sur ce point également.
6. Il suit de ce qui précède que le recours, mal fondé, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 65 et 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 2 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 4'000.--, sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 25 septembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti