A.- A._ travaillait au service de X._ SA. A ce titre, il était assuré contre les accidents professionnels et non professionnels auprès de la Bâloise, Compagnie d'Assurances (ci-après : la Bâloise).
Le 12 juillet 1995, il a été victime d'un accident de la circulation, au cours duquel il a subi une fracture non déplacée de l'omoplate droite, des plaies multiples et une lésion du nerf cubital. Il a repris son travail à 100 % dès le 2 octobre 1995. Par décision du 28 décembre 1995, la Bâloise a réduit ses prestations en espèces de 15 % pour négligence grave. Cette décision n'a pas été contestée.
Le 2 août 1998, A._ a été victime d'un nouvel accident de la circulation alors qu'il n'était plus assuré par la Bâloise. Pour fixer le montant de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité à laquelle il pouvait prétendre, la Bâloise a confié une expertise au docteur B._, chirurgien orthopédiste. Au terme de son examen, l'expert a conclu à un taux global d'atteinte à l'intégrité de 7,5 % (rapport du 1er février 2000). Par décision du 4 février 2000, confirmée sur opposition le 6 mars suivant, la Bâloise a fixé l'indemnité pour atteinte à l'intégrité à 6196 fr. 50, en se fondant sur le taux de 7,5 % retenu par l'expert sous déduction de 15 %.
B.- L'assuré a recouru contre cette décision auprès du Tribunal des assurances du canton de Vaud, en concluant à l'octroi d'une rente d'invalidité et d'une indemnité pour atteinte à l'intégrité fixées à dire de justice.
Par jugement du 29 mars 2001, le tribunal a partiellement admis le recours et réformé la décision litigieuse en ce sens qu'il a reconnu à l'assuré le droit à une indemnité pour atteinte à l'intégrité d'un taux de 15 % soit, après réduction de 15 %, un montant de 12 393 fr.
C.- A._ interjette recours de droit administratif contre ce jugement. Il conclut à l'octroi d'une indemnité pour atteinte à l'intégrité fixée à dire de justice et à l'annulation, par voie de reconsidération, de la décision du 28 décembre 1995. Il demande également la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise ainsi que le bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.
La Bâloise conclut, sous suite de dépens, au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.- Le litige porte aussi bien sur le taux de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité que sur la réduction de 15 % opérée par l'assureur-accidents.
2.- La juridiction cantonale a correctement exposé les règles découlant de l'<ref-law> et de la jurisprudence y relative, si bien qu'on peut sur ce point se référer au jugement entrepris.
a) Le recourant reproche aux premiers juges d'avoir fixé l'indemnité pour atteinte à l'intégrité sans prendre en compte l'ensemble des atteintes à son intégrité consécutives à l'accident du 12 juillet 1995, en particulier les céphalées et vertiges.
Les juges cantonaux ont, quant à eux, estimé qu'il n'y avait pas lieu de prendre en considération "des céphalées qui auraient été reconnues par un rapport médical établi le 31 mars 1999" : d'une part, cet avis n'avait pas été produit et, d'autre part, il n'apparaissait pas que le premier accident eût pu causer de tels symptômes (consid. 5b du jugement attaqué).
b) Cette constatation est manifestement erronée. En procédure cantonale, le recourant avait allégué qu'il souffrait de céphalées et de vertiges à la suite de l'accident de 1995 et produit, à l'appui de ses dires, un certificat du 12 septembre 2000 de son médecin traitant, le docteur C._. C'est donc vraisemblablement par erreur que les premiers juges ont fait état d'un prétendu rapport médical du 31 mars 1999 dont il n'a jamais été question dans la procédure. De même, c'est sans doute à la suite d'une inadvertance qu'ils n'ont pas vu le certificat médical du docteur C._ du 12 septembre 2000.
c) Pour autant, la Cour de céans n'est pas en mesure d'établir si le recourant peut de ce chef prétendre une indemnité pour atteinte à l'intégrité d'un taux plus élevé. En effet, cette pièce médicale, dès lors qu'elle fait état d'affections différentes de celles documentées par le dossier médical, apparaît partiellement en contradiction avec les autres avis médicaux versés au dossier, en particulier celui du docteur D._ (du 4 septembre 1998) et plus encore celui du docteur B._ (du 1er février 2000), lequel a pourtant recensé les plaintes de l'expertisé. En raison de cette incertitude notamment, il n'est en outre pas possible de déterminer si cette atteinte à la santé découle véritablement du seul accident assuré. Enfin, les données médicales à disposition ne permettent pas de dire s'il s'agit véritablement d'une atteinte durable et importante à l'intégrité physique ou mentale au sens de la loi et de la jurisprudence.
d) Il s'ensuit que sur ce point, le jugement attaqué doit être annulé et le dossier renvoyé à la juridiction cantonale afin qu'elle procède à un complément d'instruction portant sur les questions évoquées ci-dessus. Au besoin, il conviendra de fixer, sur la base de facteurs médicaux objectifs valables pour tous les assurés sans égard à des considérations d'ordre subjectif ou personnel, le taux éventuel de l'atteinte à l'intégrité pour les affections alléguées par le recourant.
3.- Dans un deuxième moyen, le recourant soutient que la décision du 28 décembre 1995 de l'intimée doit faire l'objet d'une reconsidération, le cas échéant d'une révision. Selon lui, cette décision est manifestement erronée. Il invoque également le fait que le juge informateur a rendu un non-lieu dans le cadre de l'enquête ouverte sur les circonstances de l'accident du 12 juillet 1995.
a) Conformément à un principe général du droit des assurances sociales, l'administration (ou l'assureur) peut reconsidérer une décision formellement passée en force de chose jugée et sur laquelle une autorité judiciaire ne s'est pas prononcée quant au fond, à condition qu'elle soit sans nul doute erronée et que sa rectification revête une importance notable (<ref-ruling> consid. 3a, 173 consid. 4a, 271 consid. 2, 368 consid. 3, 121 V 4 consid. 6 et les arrêts cités). Pour juger du bien-fondé d'une reconsidération, il faut se fonder sur la situation juridique existant au moment où la décision initiale a été rendue, compte tenu de la pratique en vigueur à l'époque (<ref-ruling> consid. 2c et les arrêts cités; voir aussi <ref-ruling> consid. 1b/cc et les références).
Cela étant, il est de jurisprudence constante que l'administration n'est pas tenue de reconsidérer les décisions; elle en a simplement la faculté et ni l'assuré ni le juge ne peuvent l'y contraindre (<ref-ruling> consid. 2a et les références). Il n'existe ainsi pas de droit à la reconsidération que l'assuré pourrait déduire en justice. Cependant, lorsque l'administration entre en matière sur une demande de reconsidération et examine si les conditions d'une reconsidération sont remplies, avant de statuer au fond par une nouvelle décision de refus, celle-ci est susceptible d'être attaquée par la voie d'un recours. Le contrôle juridictionnel dans la procédure de recours subséquente se limite alors au point de savoir si les conditions d'une reconsidération (inexactitude manifeste de la décision initiale et importance notable de la rectification) sont réunies (<ref-ruling> consid. 2a, 116 V 62; Meyer-Blaser, Die Bedeutung von Art. 4 Bundesverfassung für das Sozialversicherungsrecht, RDS 111 [1992] II 443 sv.).
Or, le recourant n'a jamais sollicité de l'intimée la reconsidération de sa décision du 28 décembre 1995, si bien que cette dernière n'a jamais eu à refuser d'entrer en matière ni à examiner si les conditions d'une éventuelle reconsidération étaient réalisées. Au regard des principes rappelés ci-dessus, il n'appartient donc pas à la Cour de céans de l'y contraindre, à plus forte raison, d'y procéder à sa place.
b) Par analogie avec la révision des décisions rendues par les autorités judiciaires, l'administration est tenue de procéder à la révision d'une décision entrée en force formelle lorsque sont découverts des faits nouveaux ou de nouveaux moyens de preuve, susceptibles de conduire à une appréciation juridique différente (<ref-ruling> consid. 2b et les arrêts cités).
Tant l'intimée que le juge d'instruction ont statué en se fondant sur les faits constatés dans le rapport de la gendarmerie vaudoise. Il y a donc pas d'état de fait nouveau au sens de la jurisprudence précitée. L'ordonnance de non-lieu du 26 juillet 1996 ne constitue pas davantage un nouveau moyen de preuve dès lors qu'il s'agit d'une appréciation différente de mêmes faits, dictée en particulier par les règles de preuves applicables en matière pénale. Partant, l'assureur-accidents n'est pas tenu à révision.
4.- Il reste à examiner la légalité de la réduction opérée dans la décision sur opposition du 6 mars 2000.
a) Selon l'art. 37 al. 2, première phrase LAA, introduit par la LF du 9 octobre 1998, en vigueur depuis le 1er janvier 1999 [RO 1999 1321/1322], si l'assuré a provoqué l'accident par une négligence grave, les indemnités journalières versées pendant les deux premières années qui suivent l'accident sont réduites dans l'assurance d'accidents non professionnels. Cette disposition a remplacé l'ancien art. 37 al. 2 aLAA qui prévoyait la réduction des prestations en espèces dues à un assuré ayant provoqué l'accident par une négligence grave. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral des assurances, cette disposition n'était toutefois plus applicable pour les suites des accidents professionnels (<ref-ruling>; <ref-ruling>).
A titre de disposition transitoire, l'<ref-law> prévoit que les prestations d'assurance allouées pour les accidents non professionnels qui sont survenus avant l'entrée en vigueur de la modification du 9 octobre 1998 sont régies par l'ancien droit. Les prestations en espèces seront toutefois servies selon le nouveau droit si la prestation naît après l'entrée en vigueur de la modification du 9 octobre 1998.
b) Dans le cas particulier, le droit à la prestation est né antérieurement à l'entrée en vigueur de la nouvelle disposition dès lors que le traitement médical était d'ores et déjà terminé à cette date (art. 24 al. LAA). Conformément à la disposition transitoire, c'est donc l'ancien droit qui est applicable. Au surplus, l'accident du 12 juillet 1995 doit être considéré comme un accident non professionnel du moment qu'il s'est produit un jour de congé pour le recourant, si bien que la réduction opérée en application de l'art. 37 al. 2 aLAA n'est à cet égard pas critiquable (cf. arrêt non publié C. du 19 novembre 1998, U 67/98).
5.- Vu la nature du litige, il n'y a pas lieu à perception de frais de justice (art. 134 OJ).
Dans la mesure où le recourant obtient partiellement gain de cause, il a droit à une indemnité de dépens réduite (art. 159 al. 3 OJ). Pour le reste, les conditions de l'assistance judiciaire étant remplies, il convient de désigner comme avocat d'office le mandataire du recourant. Celui-ci est expressément rendu attentif au fait qu'il sera tenu de rembourser la caisse du tribunal s'il est ultérieurement en mesure de le faire (art. 152 al. 3 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est partiellement admis et le jugement du
Tribunal des assurances du canton de Vaud du 29 mars
2001 est annulé dans la mesure où le taux d'atteinte à
l'intégrité a été fixé à 15 %.
II. L'affaire est renvoyée à la juridiction cantonale pour
instruction complémentaire et nouveau jugement. III. Il n'est pas perçu de frais de justice.
IV. L'intimée versera au recourant la somme de 1250 fr. à
titre de dépens pour l'instance fédérale.
V. L'assistance judiciaire est accordée au recourant. Les
honoraires de Me Thonney avocat, non couverts par les
dépens, sont fixés à 1250 fr. pour la procédure fédérale
et seront supportés par la caisse du tribunal.
VI. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au
Tribunal des assurances du canton de Vaud et à
l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 5 octobre 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIe Chambre :
La Greffière :