Sachverhalt:
A. Der 1979 geborene V._ war als Monteur bei der Firma X._ angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert, als er am 27. April 2005 bei einem Arbeitsunfall vom Gerüst fiel und in dessen Folge es zu Rückenbeschwerden kam (Bericht des Spital A._ vom 9. März 2006). Gemäss Schadenmeldung vom 23. November 2005 fiel V._ am 21. Oktober 2005 ein weiteres Mal vom Gerüst, wobei er sich laut Bericht des Spitals A._, Rheumaklinik und Institut für Physiotherapie mit Poliklinik, vom 27. Dezember 2006, eine Thoraxkontusion zuzog. Nach einer kreisärztlichen Untersuchung des Dr. med. B._, Facharzt für Chirurgie, Sportmedizin-Phlebologie, vom 5. September 2006, stellte die SUVA die bis anhin für das Ereignis vom 27. April 2005 erbrachten Leistungen ein, da die geltend gemachten Rückenbeschwerden nicht mehr mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit auf den Unfall zurückgeführt werden könnten (Schreiben vom 8. September 2006). V._ liess daraufhin am 31. Januar 2007 einen Rückfall melden. Mit Verfügung vom 22. März 2007 verneinte die SUVA im Rahmen des geltend gemachten Rückfalls ihre Leistungspflicht. Daran hielt sie nach Einholung einer ärztlichen Beurteilung des Dr. med. C._, Facharzt FMH für Chirurgie, SUVA Versicherungsmedizin, vom 20. Juli 2007, welcher ein Kausalzusammenhang zwischen den geltend gemachten Beschwerden und den Ereignissen vom 27. April und 21. Oktober 2005 für unwahrscheinlich hielt, mit Einspracheentscheid vom 29. August 2007 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. November 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt V._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und des Einspracheentscheids sei die Sache zur Einholung eines Gutachtens zur Frage der natürlichen Kausalität an die SUVA zurückzuweisen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, hat das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von Art. 82 ff. BGG kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 97 Abs. 2 BGG), und das Bundesgericht ist nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden (Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Im Einspracheentscheid werden die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (Art. 6 Abs. 1 UVG) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), zutreffend dargelegt. Richtig wiedergegeben sind auch die Grundsätze zum Leistungsanspruch bei Rückfällen und Spätfolgen (Art. 11 UVV; <ref-ruling> E. 2c S. 296). Darauf wird verwiesen.
Massgebende Ursachen im Rahmen des natürlichen Kausalzusammenhangs sind alle Umstände, ohne deren Vorhandensein die gesundheitliche Beeinträchtigung nicht oder nicht in gleicher Weise oder nicht zur gleichen Zeit eingetreten wäre. Daher ist nicht erforderlich, dass ein Unfall die alleinige oder unmittelbare Ursache gesundheitlicher Störungen ist, sondern reicht es aus, dass das versicherte Ereignis zusammen mit anderen Faktoren für die Schädigung verantwortlich ist. Mit anderen Worten ist der natürliche Kausalzusammenhang gegeben, sobald der Unfall nicht weggedacht werden kann, ohne dass auch die eingetretene gesundheitliche Störung entfiele (Conditio sine qua non). Bei organischen Unfallfolgen deckt sich die adäquate, das heisst rechtserhebliche Kausalität im Übrigen weitgehend mit der natürlichen Kausalität; die Adäquanz hat hier praktisch keine selbstständige Bedeutung (SVR 2007 UV Nr. 28 S. 94, U 413/05).
3. 3.1 Strittig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der SUVA für die ihr durch die Schadenmeldung vom 31. Januar 2007 (im Sinne eines Rückfalls) mitgeteilten Thoraxbeschwerden. Das kantonale Gericht gelangte zum Ergebnis, der natürliche Kausalzusammenhang zum Unfallereignis sei nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt. Der Beschwerdeführer macht dagegen geltend, die am 31. Januar 2007 gemeldeten Rückenbeschwerden bildeten eine natürliche Folge der Unfälle vom 27. April und 21. Oktober 2005.
3.2 Nach Lage der medizinischen Akten ist davon auszugehen, dass für die Beschwerden des Versicherten kein unfallbedingtes organisches Substrat objektivierbar und fassbar ist (vgl. Schreiben des Spitals A._ vom 6. September 2007), bei dem die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers praktisch keine Rolle spielt (vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Das ist auch nicht umstritten.
3.3 Laut Bericht des Spitals A._, Rheumaklinik und Institut für Physiotherapie mit Polyklinik, vom 29. Januar 2007, leidet der Beschwerdeführer bezüglich der Rückenproblematik an einem thorakospondylogenen Schmerzsyndrom mit/bei segmentaler Dysfunktion Th 3-5 und Th 7-9, multiplen Triggerpunkten Trapezius, paravertebral thorakal links, pectoral links. Dr. med. D._, Oberarzt, und Dr. med. E._, Chefarzt, Rheumaklinik mit Institut für Physiotherapie und Poliklinik, Spital A._, sehen die erhobenen klinischen Befunde (segmentale Dysfunktionen auf Höhe Th 3-5 und Th 7-9, multiple Triggerpunkte im musculus trapezius und der paravertebralen thorakalen Muskulatur linksseitig) mit hoher Wahrscheinlichkeit in ursächlichem Zusammenhang mit der im Oktober 2005 erlittenen linksseitigen Thoraxkontusion (Schreiben an den Rechtsvertreter vom 7. Mai 2007). Auch Dr. med. F._, Facharzt FMH für Anästhesiologie und Intensivmedizin, Schmerztherapeut, und Dr. G._, Chiropraktor SCG/ECU, vom Schmerzzentrum Klinik H._, gehen in einer Stellungnahme an den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers vom 14. September 2007, davon aus, dass die erhobenen Befunde und Diagnosen (linksseitiger Thoraxschmerz nach Thoraxkontusion vom 21. Mai 2005 [recte: 21. Oktober 2005] bei ausgedehnter myofaszialer Komponente, bei costotransversaler und sternochondraler Irritation, ohne spondylogene Komponente; Bericht vom 9. Juli 2007) mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit Folge der am 21. Oktober 2005 erlittenen Thoraxkontusion sind.
3.4 Mit der Vorinstanz ist festzustellen, dass der behandelnde Arzt Dr. med. D._ einzig unter Hinweis auf die mehrfach erhobenen und nahezu identischen Befunde nicht überzeugend darzutun vermochte, weshalb die bestehenden Beschwerden mit Blick auf die am 31. Januar 2007 erstattete Rückfallmeldung (noch) natürlich kausal auf das Ereignis vom 21. Oktober 2005 zurückzuführen sind. In den Berichten des Schmerzzentrums Klinik H._ findet sich sodann überhaupt keine Begründung für die bejahte natürliche Kausalität.
3.5 Demgegenüber legten die SUVA-Ärzte Dr. med. C._ und Dr. med. B._ in ihren ärztlichen Beurteilungen vom 20. Juli 2007 und 21. März 2007 nachvollziehbar dar, weshalb die im Rahmen eines Rückfalls geklagten Beschwerden nicht überwiegend wahrscheinlich Folgen der am 27. April und 21. Oktober 2005 erlittenen einfachen Prellungen darstellen. Dr. med. C._ führte aus, dass ohne pathologisches Substrat eine sekundäre Verschlimmerung auf körperlicher Ebene gar nicht möglich sei. Die unauffällige Skelett-Szintigraphie vom 4. Oktober 2006 schliesse persistierende Unfallfolgen am Bewegungsapparat zuverlässig aus. Diesbezüglich wies Dr. med. C._ zu Recht auf den medizinischen Erfahrungssatz hin, wonach der organische Zustand des Rückens nach erlittenen Verletzungen wie Prellung, Verstauchung oder Zerrung in der Regel sechs Monate bzw. spätestens ein Jahr (bei degenerativen Veränderungen) nach dem Unfall wieder soweit hergestellt ist, wie er auch dann wäre, wenn sich der Unfall nicht ereignet hätte (Status quo sine). In Fällen, da die Beschwerden nach blossen Kontusionen - wie sie hier vorlagen - länger dauern, steht dahinter oftmals eine psychische Anpassungsstörung oder Fehlentwicklung (Urteile 8C_744/2008 vom 26. November 2008 E. 4, und U 207/06 vom 29. November 2006 E. 2.2, je mit Hinweisen).
3.6 Wenn das kantonale Gericht gestützt hierauf von weiteren medizinischen Abklärungen abgesehen hat, lässt sich dies nicht beanstanden, obwohl, wie beschwerdeweise beanstandet wird, die behandelnden Rheumatologen am Spital A._ und Spezialisten des Schmerzzentrums Klinik H._ den natürlichen Kausalzusammenhang einer unfallbedingten Thoraxkontusion und dem aktuellen thorakospondylogenen Schmerzsyndrom (Bericht des Spitals A._ vom 1. Februar 2007) bejahen. Selbst wenn aufgrund zusätzlicher Abklärungen der natürliche Kausalzusammenhang mit dem Beschwerdeführer zu bejahen wäre, fehlt es, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen, an der Adäquanz des Kausalzusammenhangs, die sich nach Massgabe der in <ref-ruling> ff. entwickelten Kriterien beurteilt. Eine Rückweisung der Sache zur Anordnung eines Gutachtens erübrigt sich daher.
4. 4.1 Ausgehend von den Geschehensabläufen, wie sie in den Schadenmeldungen UVG geschildert werden (zweimaliges Herunterfallen vom Baugerüst), ist je von einem mittelschweren, im Grenzbereich zu den leichten Unfällen liegenden Ereignis auszugehen. Für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs wäre deshalb erforderlich, dass zumindest ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist oder die nach der Rechtsprechung massgeblichen Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sind.
4.2 Von einer besonderen Eindrücklichkeit oder besonders dramatischen Begleitumständen kann weder beim ersten noch beim zweiten Unfall gesprochen werden. Die gesundheitliche Beeinträchtigung (lumbale Schmerzen zehn Tage nach dem ersten Unfall [Bericht der Notfallaufnahme des Spitals A._ vom 9. März 2006] und Thoraxbeschwerden nach dem zweiten Unfall [Bericht der Hausärztin Dr. med. I._, Fachärztin FMH für innere Medizin, vom 18. Februar 2007) war nicht derart gravierend, dass das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung zu bejahen wäre. Von einer ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat, kann ebenso wenig gesprochen werden, wie von einem schwierigen Heilungsverlauf und erheblichen Komplikationen. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt oder verzögert haben (SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5, U 479/05; Urteil 8C_726/2007 vom 16. Mai 2008 E. 4.3.2.6). Solche Gründe sind hier nicht ersichtlich. Sodann ist mit Blick auf den gesamthaften Verlauf und die Intensität der therapeutischen Massnahmen keine ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung auszumachen, welche sich im Wesentlichen auf ambulante und stationäre Physiotherapie und eine medikamentöse Behandlung beschränkte. Der erste Unfall hatte im Weiteren keine Arbeitsunfähigkeit zur Folge, nach dem zweiten Ereignis im Oktober 2005 war der Versicherte bereits am 21. November 2005 wieder vollständig arbeitsfähig. Die chronischen linksthorakalen muskuloskeletalen Schmerzen erlaubten es dem Beschwerdeführer, weiterhin uneingeschränkt als Gerüstbauer tätig zu sein und standen bei der Arbeit auch nicht im Vordergrund (Bericht des Spitals A._ vom 8. Juni 2006). Von über den gesamten Zeitraum durchgehend bestehenden körperlichen Dauerschmerzen (vgl. RKUV 2005 Nr. U 549 S. 241 E. 5.2.6, U 380/04) kann daher nicht gesprochen werden. Damit liegen die gemäss Rechtsprechung bei mittleren Unfällen notwendigen objektiven Kriterien weder gehäuft vor, noch ist eines davon besonders ausgeprägt gegeben (<ref-ruling> E. 6c/bb). Die mit der Rückfallmeldung vom 31. Januar 2007 geltend gemachten Beschwerden stehen demnach in keinem adäquaten Kausalzusammenhang mit den Unfallereignissen vom 27. April und 21. Oktober 2005. SUVA und Vorinstanz haben einen Leistungsanspruch des Beschwerdeführers zu Recht verneint.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Mai 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla