Sachverhalt:
A. X._ geriet am 3. Juni 2011 am Steuer eines Personenwagens in Hombrechtikon in eine Polizeikontrolle. Den Polizisten fiel auf, dass er gerötete Augen hatte und ein verlangsamtes Verhalten zeigte. Der Drogenschnelltest fiel positiv aus. X._ sagte aus, am Vorabend eine Linie Kokain konsumiert zu haben. Das chemisch-toxikologische Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich vom 24. Juni 2011 ergab, dass X._ zwar Kokain konsumiert hatte, seine Fahrfähigkeit dadurch aber nicht vermindert war, da unter Berücksichtigung der vom Bundesamt für Strassen (ASTRA) festgelegten Nachweisgrenze und nach Abzug der Messunsicherheit keine Stoffe gemäss Art. 2 Abs. 2 VRV in seinem Blut nachgewiesen werden konnten.
Die Staatsanwaltschaft See/Oberland bestrafte X._ am 19. Juli 2011 wegen mehrfacher Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes im Sinn von dessen Art. 19a Ziff. 1 mit einer Busse von Fr. 300.--. Gleichentags stellte sie das Verfahren wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand ein, auferlegte X._ jedoch die Verfahrenskosten von Fr. 1'008.25 mit der Begründung, er habe sich leichtfertig verhalten, indem er verbotenerweise Kokain konsumiert und dadurch das positive Ergebnis des Drogenschnelltests bewirkt habe.
Am 21. Februar 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen die Kostenauflage der Einstellungsverfügung ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diese Verfügung des Obergerichts aufzuheben, und die Kosten der Strafuntersuchung wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand auf die Staatskasse zu nehmen. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen und ihm unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.
C. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Rechtsmittelentscheid über die Kostenregelung einer Einstellungsverfügung, mit welcher das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand abgeschlossen wurde. Es handelt sich um einen Endentscheid des Obergerichts, mithin einer letzten kantonalen Instanz, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Dem Beschwerdeführer wurden Kosten überbunden, womit er befugt ist, sie zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Die Kosten einer Strafuntersuchung trägt grundsätzlich der Staat (<ref-law>). Bei einer Einstellung des Verfahrens können sie dem Beschuldigten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn er "rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat" (<ref-law>). Diese Regelung übernahm der Gesetzgeber nach der Botschaft des Bundesrats bewusst aus der vom Bundesgericht bereits unter der Herrschaft der kantonalen Strafprozessordnungen entwickelten Rechtsprechung zu <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK (BBl 2006 S. 1326). Diese bleibt daher für ihre Auslegung weiterhin massgebend.
2.2 Nach dieser Rechtsprechung handelt es sich bei der Kostenpflicht des freigesprochenen oder aus dem Verfahren entlassenen Angeschuldigten nicht um eine Haftung für ein strafrechtliches Verschulden, sondern um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für ein fehlerhaftes Verhalten, durch das die Einleitung oder Erschwerung eines Strafverfahrens verursacht wurde (<ref-ruling> E. 1b S. 334; Pra 2008 Nr. 34 E. 4.2). Wie das Bundesgericht festgehalten hat, ist es mit <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten aufzuerlegen, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b S. 334; 116 Ia 162 E. 2a S. 166; je mit Hinweisen). Dabei darf sich die Kostenauflage in tatsächlicher Hinsicht nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen (<ref-ruling> E. 2a; Pra 2010 Nr. 48 S. 351 nicht publ. E. 1.2). Hingegen verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Strafverfahrens gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung, wenn dem Angeschuldigten in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden (<ref-ruling> E. 3b S. 155; Urteil 6B_86/2009 vom 29. Oktober 2009 E. 9.3).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Anordnung von Drogenschnelltests sei nach <ref-law> und Art. 10 Abs. 2 der Verordnung über die Kontrolle des Strassenverkehrs (SKV; SR 741.013) nur zulässig, wenn Anzeichen von Fahrunfähigkeit festgestellt worden seien. Nach den Feststellungen in der Einstellungsverfügung hätten weder die Polizei noch der untersuchende Arzt Beobachtungen gemacht, welche auf eine eingeschränkte Fahrfähigkeit hätten schliessen lassen. Die Anordnung des Drogenschnelltests sei daher unzulässig gewesen. Die Strafuntersuchung gegen ihn beruhe somit auf einem rechtswidrigen Vorgehen der Polizei, weshalb ihm deren Kosten nicht überbunden werden dürften. Er habe diesen Einwand bereits vor Obergericht erhoben. Dieses sei darüber stillschweigend hinweggegangen und habe dadurch seine Begründungspflicht verletzt.
3.2 Der Einwand ist insoweit begründet, als Drogentests im Gegensatz zu Alkoholproben nicht voraussetzungslos angeordnet werden dürfen, sondern nur, wenn Anzeichen von Fahrunfähigkeit erkennbar sind (Art. 55 Abs. 1 und 2 SVG, Art. 10 Abs. 1 und 2 SKV). Es trifft weiter zu, dass die Staatsanwaltschaft in der Einstellungsverfügung ausführt, solche Anzeichen seien von der Polizei nicht bemerkt worden (Ziff. 4 b S. 1). Diese Feststellung ist indessen klarerweise aktenwidrig. Im "Polizeiprotokoll bei Verdacht auf Fahrunfähigkeit" wird unter der Rubrik "Beobachtungen bei der Person" festgehalten, dass beim Beschwerdeführer gerötete Augen sowie ein verlangsamtes Verhalten festgestellt wurden. Diese Symptome können durchaus auf einen vorgängigen Konsum von Drogen hindeuten und damit auf das Vorliegen einer Fahrunfähigkeit, da in Bezug auf die in Art. 2 Abs. 2 der Verkehrsregelnverordnung (VRV; SR 741.11) aufgeführten Substanzen - darunter Kokain - für das Führen von Fahrzeugen Nulltoleranz gilt. Die beiden Polizeibeamten haben die Symptome überdies richtig eingeschätzt, der Beschwerdeführer hatte am Vortag unbestrittenermassen Kokain konsumiert. Es kann daher keine Rede davon sein, sie hätten beim Beschwerdeführer in unzulässiger Weise, d.h. ohne dass entsprechende Verdachtsmomente vorgelegen hätten, einen Drogenschnelltest angeordnet. Die Rüge ist offensichtlich unbegründet.
3.3 Es wäre zwar durchaus wünschenswert und angebracht gewesen, dass das Obergericht sich zu dieser bereits bei ihm vorgebrachten Rüge kurz geäussert hätte. Da sie indessen offensichtlich unbegründet war, hat es jedenfalls im Ergebnis seine verfassungsrechtliche Begründungspflicht nicht verletzt, da diese nicht verlangt, sich mit jedem Parteivorbringen einlässlich auseinanderzusetzen; vielmehr kann sich das Gericht auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 3.3 S. 445 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2b S. 102 f.). Die Gehörsverweigerungsrüge ist unbegründet.
3.4 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers hat sich das Obergericht im angefochtenen Entscheid ausreichend mit seinen aus <ref-ruling> abgeleiteten Einwänden gegen die Kostenauflage auseinandergesetzt und damit seine verfassungsgerichtliche Begründungspflicht erfüllt. Ob die Begründung bundesrechtswidrig ist, wie der Beschwerdeführer meint, ist eine andere, im Folgenden zu prüfende Frage.
4. 4.1 Sowohl der Konsum von Alkohol als auch das Lenken eines Motorfahrzeugs nach dem Konsum einer geringen Menge Alkohols sind erlaubt. Es darf einem Lenker daher auch nicht zum Vorwurf gemacht werden, wenn eine Alkoholprobe erforderlich ist, um festzustellen, ob der Blutalkoholgehalt über 0,5 Gewichtspromillen liegt. Das Lenken eines Fahrzeugs mit einem unter diesem Wert liegenden Alkoholpegel stellt kein rechtswidriges und schuldhaftes Verhalten im Sinn von <ref-law> dar, das eine Kostenauflage rechtfertigen könnte. Es geht daher nach <ref-ruling> nicht an, einem ansonsten unauffälligen Lenker allein deshalb die Untersuchungskosten aufzuerlegen, weil sein Alkoholgeruch Anlass zur Einleitung einer Strafuntersuchung gab.
4.2 Diese den Alkohol betreffende Praxis lässt sich, wie das Obergericht zu Recht erkannt hat, nicht auf Kokain übertragen. Einmal ist bereits der Konsum von Kokain strafbar (Art. 2 lit. a i.V.m. Art. 19a Ziff. 1 BetmG). Zum Zweiten ist das Führen eines Motorfahrzeugs unter dem Einfluss von Kokain unabhängig von der konsumierten Menge in jedem Fall verboten (Art. 2 Abs. 2 lit. c VRV). Daran ändert nichts, dass das ASTRA in Art. 34 lit. c seiner Verordnung zur Strassenverkehrskontrollverordnung (VSKV-ASTRA, SR 741.013.1) einen Grenzwert für den Nachweis von Kokain im Blut festgelegt hat, ab welchem eine Messresultat als positiv gilt. Dies trägt nur den Messungenauigkeiten Rechnung und verhindert, dass ein länger zurückliegender, für die aktuelle Fahrfähigkeit irrelevanter Rauschgiftkonsum zu einem positiven Resultat führt. Das bedeutet, dass der Beschwerdeführer, der mit Kokain-Spuren im Blut ein Auto lenkte und dabei Symptome aufwies, die ihn für die Polizisten als möglichen Rauschgiftkonsumenten erscheinen liessen, das gegen ihn eingeleitete Strafverfahren rechtswidrig und schuldhaft verursacht hat. Das Obergericht hat somit weder <ref-law> noch die verfassungs- und menschenrechtliche Unschuldsvermutung verletzt, indem es die umstrittene Kostenauflage schützte. Die Beschwerde ist unbegründet.
5. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft See/Oberland und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi