Sachverhalt:
A. Das Bausekretariat der Gemeinde Arth stellte am 28. Juni 2010 fest, dass im Gewerbegebäude an der Gotthardstrasse "..." in Goldau/SZ (KTN 3040) unbewilligte Nutzungsänderungen bzw. Umbauarbeiten vorgenommen wurden. Mit Schreiben vom 1. Juli 2010 wurde die X._ AG aufgefordert, ein Baugesuch einzureichen. Am 25. Oktober 2010 ersuchte die X._ AG um die Bewilligung für die Umbauarbeiten und Nutzungsänderungen auf dem Grundstück KTN 3040.
Mit Beschluss vom 16. Mai 2011 entschied der Gemeinderat Arth, dem nachträglichen Baugesuch im Sinne der Erwägungen zu entsprechen und die Baubewilligung zu erteilen. Abgewiesen wurde dagegen das Gesuch um Einbau eines Wohnateliers; dieses sei innert einer Frist von vier Monaten ab Rechtskraft des Beschlusses aufzuheben und dürfe nicht weiter zum Wohnen benützt werden.
B. Die X._ AG focht den Beschluss des Gemeinderates Arth beim Regierungsrat des Kantons Schwyz an, welcher die Beschwerde am 2. November 2011 abwies, soweit er darauf eintrat.
Das von der X._ AG hierauf angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die Beschwerde mit Entscheid vom 18. Januar 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Dagegen führt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 18. Januar 2012 sowie den Beschluss des Regierungsrates vom 2. November 2011 vollumfänglich aufzuheben. Der Beschluss des Gemeinderates Arth vom 16. Mai 2011 sei bezüglich Ziffer 2 und 3 aufzuheben. Die nachträgliche Baubewilligung für den Einbau des Wohnateliers im 2. Obergeschoss des Gewerbegebäudes an der Gotthardstrasse "..." in Goldau sei zu erteilen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht oder an den Gemeinderat zurückzuweisen.
D. Der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Amt für Raumentwicklung des Kantons Schwyz hat Verzicht auf eine Vernehmlassung erklärt. Der Gemeinderat Arth liess sich nicht vernehmen. In der Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Rechtsbegehren fest.
E. Mit Verfügung vom 2. April 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.
F. Gestützt auf <ref-law> hat die Vereinigung sämtlicher Abteilungen des Bundesgerichts am 30. November 2012 über die Rechtsfrage entschieden, ob es im schriftlichen gerichtlichen Verfahren grundsätzlich geboten sei, Eingaben den Parteien, die durch einen Anwalt vertreten sind, unter Ansetzung einer Frist zur allfälligen Stellungnahme zuzustellen. Die Frage wurde im Sinne der nachstehenden Erwägungen (E. 2) entschieden.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine Wiederherstellungsverfügung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zugrunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251, 400 E. 2.1 S. 404); Ausnahmegründe im Sinne von <ref-law> liegen nicht vor. Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.1 Unzulässig sind allerdings die Anträge, auch den Beschluss des Regierungsrates vom 2. November 2011 sowie Ziffer 2 und 3 des Beschlusses des Gemeinderates Arth vom 16. Mai 2011 aufzuheben. Diese sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis). Falls sich die Beschwerde als begründet erweist, entscheidet das Bundesgericht in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an eine Vorinstanz zurück (<ref-law>).
1.2 Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem und kommunalem Recht - wird vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen geprüft, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft nur klare und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
1.3 Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil ihr das Verwaltungsgericht die Vernehmlassungen des Sicherheitsdepartements und des Gemeinderates Arth lediglich zur Kenntnis zugestellt habe, ohne ihr eine Frist zur Stellungnahme anzusetzen. Die Vorinstanz habe sodann rasch entschieden, so dass die Beschwerdeführerin keine Gelegenheit mehr gehabt habe, sich zu den falschen bzw. unvollständigen Äusserungen des Departements und des Gemeinderates zu äussern, welche für den vorliegenden Entscheid wesentlich gewesen seien.
2.1 Gemäss Art. 29 Abs. 1 und 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK (in Bezug auf zivilrechtliche Ansprüche und Verpflichtungen und strafrechtliche Anklagen) haben die Parteien eines Gerichtsverfahrens Anspruch auf rechtliches Gehör und auf ein faires Gerichtsverfahren, unter Beachtung des Grundsatzes der Waffengleichheit. Diese Garantien umfassen das Recht, von allen bei Gericht eingereichten Stellungnahmen Kenntnis zu erhalten und sich dazu äussern zu können, unabhängig davon, ob die Eingaben neue und/oder wesentliche Vorbringen enthalten (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 197; <ref-ruling> E. 4.3-4-7 S. 102 ff.). Es ist Sache der Parteien zu beurteilen, ob eine Entgegnung erforderlich ist oder nicht (Urteil des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte [EGMR] Nideröst-Huber gegen Schweiz vom 18. Februar 1997, Recueil CourEDH 1997-I S. 101 § 29).
2.2 Nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung besteht dieses Replikrecht unabhängig davon, ob ein zweiter Schriftenwechsel angeordnet, eine Frist zur Stellungnahme angesetzt oder die Eingabe lediglich zur Kenntnisnahme oder zur Orientierung zugestellt worden ist (<ref-ruling> E. 3.3.3 und 3.3.4 S. 47; <ref-ruling> E. 2.2 S. 99). Dabei wird erwartet, dass eine Partei, die eine Eingabe ohne Fristansetzung erhält und dazu Stellung nehmen will, dies umgehend tut oder zumindest beantragt; ansonsten wird angenommen, sie habe auf eine weitere Eingabe verzichtet (BGE <ref-ruling> E. 4.8 S. 105 mit Hinweisen; vgl. zuletzt Urteil 5A_42/2011 vom 21. März 2011 E. 2.2.2 mit Hinweisen, in: Pra 2011 Nr. 92 S. 657).
2.3 Die Beschwerdeführerin ist allerdings der Auffassung, die Vernehmlassungen hätten ihr mit einer Frist zur Stellungnahme und nicht lediglich mit dem Vermerk "zur Kenntnisnahme" zugestellt werden dürfen. Sie beruft sich hierfür auf das Urteil des EGMR i.S. Schaller-Bossert gegen Schweiz vom 28. Oktober 2010 § 42 (in: AJP 2011 S. 554).
In diesem Urteil bejahte der EGMR eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK, weil die Beschwerdeführerin nicht effektiv in der Lage gewesen sei, auf die ihr zur Kenntnisnahme zugestellte Vernehmlassung spontan zu replizieren. Ausschlaggebend war der Umstand, dass der bundesgerichtliche Entscheid i.S. Schaller-Bossert gefällt worden war, bevor die neue bundesgerichtliche Praxis zum unbedingten Replikrecht der Parteien amtlich publiziert wurde. Zudem war die Beschwerdeführerin weder rechtskundig noch wurde sie im bundesgerichtlichen Verfahren anwaltlich vertreten.
Dagegen verneinte der EGMR eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK im Urteil Joos gegen Schweiz vom 15. November 2012 (insb. §§ 30-32). Er betonte, dass es Aufgabe der nationalen Gerichte sei sicherzustellen, dass die "minimal standards" i.S.v. Art. 6 Ziff. 1 EMRK in jedem Einzelfall respektiert werden. Im konkreten Fall sei zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer Anwalt sei und von ihm erwartet werden könne, die publizierte bundesgerichtliche Praxis zum unbedingten Replikrecht zu kennen und sich entsprechend zu verhalten. Der Gerichtshof räumte ein, dass die Zustellung neuer Eingaben zur Kenntnisnahme, ohne Ansetzung einer Frist, zu Unsicherheit führen könne, weil die Partei nicht wisse, wie viel Zeit ihr für eine allfällige Eingabe zur Verfügung stehe. Diese Unsicherheit werde jedoch durch die Möglichkeit aufgewogen, eine Stellungnahme (mit Fristansetzung) zu beantragen. Das Bundesgericht habe nach Zustellung der zweiseitigen Vernehmlassung mehr als drei Wochen zugewartet. Der Beschwerdeführer habe somit genug Zeit gehabt, um den Inhalt der Vernehmlassung zu prüfen, zu entscheiden, ob er dazu Stellung nehmen wolle, und - wenn ja - eine Stellungnahme (mit Fristansetzung) zu beantragen.
2.4 Die zitierten Urteile des EGMR zu Art. 6 Ziff. 1 EMRK, wie auch die oben referierte bundesgerichtliche Praxis zu <ref-law>, gehen somit davon aus, dass es Aufgabe des Gerichts ist, in jedem Einzelfall ein effektives Replikrecht der Parteien zu gewährleisten (vgl. auch MARKUS LANTER, Formeller Charakter des Replikrechts - Herkunft und Folgen, ZBl 2012, S. 167 ff., insbes. S. 175 f.). Hierzu kann das Gericht einen zweiten Schriftenwechsel anordnen oder den Parteien Frist für eine allfällige Stellungnahme ansetzen (so grundsätzlich die Praxis des Bundesgericht; vgl. Urteil 5A_779/2010 vom 1. April 2011 E. 2.2, in Pra 2012 Nr. 1 S. 1). Es kann Eingaben aber auch lediglich zu Kenntnisnahme zustellen, wenn von den Parteien erwartet werden kann, dass sie umgehend unaufgefordert Stellung nehmen oder eine Stellungnahme beantragen.
2.5 Vorliegend war die Beschwerdeführerin vor Verwaltungsgericht anwaltlich vertreten. Ihr Rechtsvertreter musste die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum Replikrecht kennen und somit wissen, dass ihm auch bei der blossen Zustellung zur Kenntnisnahme ein Replikrecht zustand, das er innert angemessener Frist einzufordern hatte, ansonsten Verzicht angenommen würde.
Das Verwaltungsgericht stellte die dreiseitige Vernehmlassung des Sicherheitsdepartements und die zweiseitige Vernehmlassung der Gemeinde der Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 16. Dezember 2011 zur Kenntnisnahme zu. Das vorinstanzliche Urteil erging am 18. Januar 2012. Insofern stand der Beschwerdeführerin rund ein Monat zur Verfügung, um eine Stellungnahme einzureichen oder zumindest um die Ansetzung einer Frist zur Stellungnahme zu ersuchen.
In ihrer Replik behauptet die Beschwerdeführerin zwar, dass dieser Zeitraum durch die Weihnachtsgerichtsferien verkürzt worden sei. Sie belegt dies aber nicht anhand des kantonalen Rechts (gemäss § 157 Abs. 2 der Justizverordnung des Kantons Schwyz vom 18. November 2009 gelten die Gerichtsferien bei Rechtsmittelverfahren in Planungs- und Bausachen nicht). Im Übrigen hätten die Gerichtsferien am 7. Januar 2012 geendet, d.h. der Beschwerdeführerin hätten noch 11 Tage bis zur Urteilsfällung am 18. Januar 2012 zur Verfügung gestanden. Schliesslich erfolgte auch im Zeitraum bis zum Versand des Urteils am 2. Februar 2012 keine Stellungnahme der Beschwerdeführerin.
Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz den Schluss ziehen, die Beschwerdeführerin habe auf ihr Replikrecht verzichtet.
2.6 Die Rüge der Verletzung des Replikrechts erweist sich daher als nicht stichhaltig.
3. Die Beschwerdeführerin erblickt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs auch darin, dass das Verwaltungsgericht auf die Durchführung eines Augenscheins verzichtete.
In ihrer Verwaltungsgerichtsbeschwerde hatte sie einen Augenschein insbesondere zum Nachweis beantragt, dass in der näheren Umgebung mehrfache Wohnnutzungen von der Vorinstanz bewilligt worden seien.
Der Gemeinderat Arth nahm in seiner Stellungnahme vom 15. Dezember 2011 gestützt auf die jeweiligen Baubewilligungsakten detailliert Bezug auf die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde von 29. November 2011 erwähnten Wohnnutzungen und listete auf, wann und wieviele Wohnungen von ihm genehmigt worden seien. Er machte geltend, die Bewilligungen lägen fast Jahrzehnte zurück und widerlegten die Aussage der Beschwerdeführerin, dass die Gemeinde in letzter Zeit mehrere Wohnungen in Gewerbegebäuden bewilligt habe.
Diese Frage hätte nicht durch einen Augenschein, sondern nur durch den Beizug der jeweiligen Baubewilligungsakten überprüft werden können, der jedoch von der Beschwerdeführerin nicht beantragt worden war. Er drängte sich auch nicht auf, weil das Verwaltungsgericht davon ausging, der Gemeinderat habe eine allenfalls baurechtswidrige Praxis aufgegeben und werde sie auf jeden Fall inskünftig nicht mehr berücksichtigen (vgl. angefochtenen Entscheid E. 3.6.3 sowie unten E. 5).
Auch insoweit ist daher eine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu verneinen.
4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 34 Abs. 1 BauR willkürlich ausgelegt und damit <ref-law> verletzt.
Art. 34 Abs. 1 BauR hat folgenden Wortlaut:
"Die Gewerbezone ist für gewerbliche, industrielle und der Dienstleistung dienende Betriebe, die höchstens mässig stören, bestimmt. Wohnbauten sind nur für den Betriebsinhaber oder für betriebsnotwendig an den Standort gebundenes Personal zulässig."
4.1 Die Vorinstanz legte dar, die vom Gemeinderat Arth und vom Regierungsrat bestätigte Auslegung von Art. 34 Abs. 1 BauR, wonach grundsätzlich nur eine Wohnung pro Gewerbegebäude zulässig sei, könne nicht als rechtsfehlerhaft oder willkürlich qualifiziert werden. Der Wortlaut der Bestimmung schliesse zwar bei einem Gewerbegebäude mit mehreren Betrieben die Schaffung mehrerer Wohnungen grundsätzlich nicht aus, stehe indessen einer Beschränkung auf nur eine Wohnung pro Gewerbegebäude auch nicht entgegen.
Die im Rahmen der Gesamtrevision 2009 des kommunalen Baureglements vorgesehene Neuformulierung von Art. 34 Abs. 2 BauR sehe vor, dass pro Gewerbegebäude nur eine Wohnung erstellt werden dürfe; dies könne insofern eine Auslegungshilfe darstellen, als der Reglementsgeber damit den Wortlaut der Norm mit der Praxis zu einer bisher unscharf formulierten Norm in Übereinstimmung bringen wolle. Diese Sichtweise werde durch den Kommentar zu den im Rahmen der Gesamtrevision 2009 vorgesehenen Änderungen und Ergänzungen gestützt, wonach dank der neuen Formulierung "Diskussionen betreffend den Anteil von Wohnungen für betriebsnotwendig an den Standort gebundenes Personal" entfallen sollen. Auf jeden Fall sei es nicht zu beanstanden, wenn ein Betrieb im Sinne von Art. 34 Abs. 1 BauR mit einem Betriebs- bzw. Gewerbegebäude gleichgesetzt werde. Ob das Gebäude in Stockwerkeigentum aufgeteilt sei oder nicht, sei somit unerheblich.
Systematische Argumente stünden der Auslegung von Art. 34 Abs. 1 BauR durch den Gemeinderat Arth und den Regierungsrat nicht entgegen. Dies gelte erst recht für die teleologische Auslegung, wofür auf den Entscheid des Schwyzer Verwaltungsgerichts vom 16. Juni 2011 (VGE II 2010 48) verwiesen werden könne.
Die von der Beschwerdeführerin ins Feld geführte zeitgemässe Auslegung von Art. 34 Abs. 1 BauR könne auf dem Hintergrund der vorgesehenen (präzisierenden) Neuformulierung dieser Bestimmung nicht verfangen, auch wenn die Revision des BauR noch der Genehmigung durch die Gemeindeversammlung und durch den Regierungsrat bedürfe.
Was den Sinn und Zweck der Ausscheidung von Gewerbe- und Industriezonen anbelange, falle zudem ins Gewicht, dass Wohnraum in diesen Zonen unweigerlich zu einem (starken) Anstieg der Baulandpreise führen würde. Dadurch würde die durch die Nutzungsplanung angestrebte Ansiedlung von Industrie- und Gewerbebetrieben und damit die Schaffung von Arbeitsplätzen gefährdet. Mithin sei eine restriktive Zulassung von Wohnnutzung in einer Gewerbezone geboten. Für die Kombination von Wohnen und Arbeiten seien grundsätzlich die kombinierten (gemischten) Wohn- und Gewerbezonen vorgesehen.
4.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, nach keiner Auslegungsmethode könne man ohne Willkür zur Auslegung der Vorinstanz gelangen.
Nach dem Wortlaut von Art. 34 Abs. 1 BauR seien Wohnbauten für den Betriebsinhaber oder für betriebsnotwendig an den Standort gebundenes Personal zulässig. Der Mieter des Wohnateliers sei einziger Gesellschafter und Geschäftsführer der am 29. September 2011 ins Handelsregister des Kantons Schwyz eingetragenen Y._ GmbH mit Sitz an der Gotthardstr. "..." in Goldau; er sei als Betriebsinhaber zur Wohnnutzung in der Gewerbezone berechtigt.
Die Vorinstanz nehme eine unzulässige positive Vorwirkung vor, indem sie bei der Auslegung den noch nicht aufgelegten Entwurf von Art. 34 Abs. 2 BauR berücksichtige. Eine solche Auslegung habe die Vorinstanz in ihrem Entscheid VGE II 2011 48 vom 16. Juni 2011 noch ausdrücklich abgelehnt. Das Verhalten der Vorinstanz verstosse somit gegen die eigene Rechtsprechung. Einem solch willkürlichen Zickzackkurs sei Einhalt zu gebieten.
Die Vorinstanz habe sich nicht mit den Vorbringen der Beschwerdeführerin zur systematischen Auslegung, unter Berücksichtigung von Art. 35 Abs. 1 BauR (für die Industriezone), auseinandergesetzt. Daraus ergebe sich, dass in der Gewerbezone sowohl für den Betriebsinhaber als auch für das an den Standort gebundene weitere Personal je eine Wohnnutzung in demselben Gebäude zulässig sei.
Auch bei der teleologischen Auslegung setze sich die Vorinstanz nicht mit den Vorbringen der Beschwerdeführerin auseinander, sondern verweise lediglich allgemein auf VGE III 2011 48, ohne Prüfung des Einzelfalls. Es sei Sinn und Zweck von Art. 34 Abs. 1 BauR, einerseits Wohnzonen vor Immissionen zu schützen und andererseits Industriebetrieben eine möglichst ungehinderte Entfaltung bei intensiver baulicher Nutzung zu gewährleisten. Betriebsinhaber, die sich freiwillig den Immissionen aussetzten, müssten vor solchen nicht geschützt werden. Die Vorinstanz verkenne zudem die spezielle Gewerbeform des Wohnateliers, die eher einem 24-Stunden-Gewerbe als einer 24-Stunden-Wohnung entspreche.
4.3 Strittig ist vorliegend die Auslegung und Anwendung von Art. 34 Abs. 2 BauR, einer kommunalen Norm. Steht (wie vorliegend) kein besonders schwerer Grundrechtseingriff in Frage, überprüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung des kantonalen und kommunalen Rechts nur unter dem Blickwinkel der Willkür (<ref-ruling> E. 1.1 S. 69 f. mit Hinweisen; speziell zur Zonenkonformität [ausserhalb von Gemeindeautonomiebeschwerden] vgl. Urteil 1C_262/2007 vom 31. Januar 2009 E. 4.3 mit Hinweisen).
Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
4.3.1 Der Wortlaut einer Bestimmung ist zwar Ausgangspunkt der Auslegung; ist der Text jedoch nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss nach der wahren Tragweite der Bestimmung gesucht werden, wobei alle Auslegungselemente zu berücksichtigen sind (Methodenpluralismus). Vorliegend schliesst der Wortlaut von Art. 34 Abs. 1 BauR bei einem Gewerbegebäude mit mehreren Betrieben die Schaffung mehrerer Wohnungen grundsätzlich nicht aus. Das allein bedeutet aber nicht, dass die Reduktion auf eine Wohnung pro Gewerbegebäude geradezu willkürlich wäre, sofern daraus nicht dem Normzweck offensichtlich zuwiderlaufende Ergebnisse resultieren.
4.3.2 Der Normzweck liegt darin, dass einerseits Konflikte zwischen der Wohnnutzung und der Industrie- und Gewerbenutzung möglichst vermieden werden sollen (vgl. Art. 32 Abs. 1 BauR; Art. 3 Abs. 3 lit. b RPG), andererseits soll Industrie- und Gewerbebetrieben eine möglichst ungehinderte Entfaltung bei intensiver baulicher Ausnutzung gewährleistet werden.
Art. 3 Abs. 3 lit. a RPG sieht vor, dass Wohn- und Arbeitsgebiete einander zweckmässig zugeordnet sein sollen. Zwar verlangt dieser Grundsatz keine strikte Trennung von Wohn- und Arbeitsgebieten; abzusetzen sind indessen solche Arbeitsstätten, die unvermeidbar störende Immissionen bewirken und deshalb mit der Wohnnutzung unverträglich sind. Dies verlangt auch Art. 3 Abs. 3 lit. b RPG, wonach Wohngebiete vor schädlichen oder lästigen Einwirkungen wie Luftverschmutzung, Lärm und Erschütterungen möglichst verschont werden sollen (<ref-ruling> E. 7c S. 110). Wohnungen sollten nur an Standorten erstellt werden, die sich aufgrund der Immissionsbelastung für diese Nutzung eignen, weshalb grundsätzlich ein öffentliches Interesse daran besteht, den Wohnanteil in der Gewerbezone möglichst gering zu halten. Insofern ist die vorinstanzliche Betrachtungsweise, wonach beim Bestehen verschiedener Gewerbebetriebe in einem Gebäude nicht für jeden Betrieb eine Wohnung für den Betriebsinhaber oder das für diesen betriebsnotwendige Personal erstellt werden kann, nicht vom Normzweck ausgeschlossen. Zu Recht hat die Vorinstanz darauf hingewiesen, dass für die Kombination von Wohnen und Arbeiten grundsätzlich die (gemischten) Wohn- und Gewerbezonen vorgesehen seien und eine betriebsbedingte Standortgebundenheit der Wohnung des Inhabers einer IT-Unternehmung an dessen Betrieb nicht zu erkennen sei.
Sodann hat das Verwaltungsgericht erwogen, dass die Schaffung von Wohnraum in dieser Zone unweigerlich zu einem (starken) Anstieg der Baulandpreise führen würde, wodurch die durch die Nutzungsplanung angestrebte Ansiedlung von Industrie- und Gewerbebetrieben und damit die Schaffung von Arbeitsplätzen gefährdet würde. Soweit die Beschwerdeführerin dies bestreitet, lässt sie es bei einer appellatorischen Kritik am vorinstanzlichen Urteil bewenden und bringt nichts vor, was geeignet wäre, die verwaltungsgerichtlichen Erwägungen verfassungswidrig erscheinen zu lassen.
4.3.3 Die systematische Auslegung ergibt kein eindeutiges Ergebnis: Zwar lässt Art. 34 BauR in der Gewerbezone die Wohnnutzung für betriebsnotwendig an den Standort gebundenes Personal oder für Betriebsinhaber zu und ist damit weiter gefasst als Art. 35 BauR für die Industriezone (in der nur betriebsnotwendig an den Standort gebundenes Personal wohnen darf). Dies lässt aber keinen zwingenden Schluss auf die Anzahl von Wohnungen innerhalb eines Gewerbegebäudes zu.
4.3.4 Soweit die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe eine Vorwirkung vorgenommen, indem sie den noch nicht aufgelegten Entwurf von Art. 34 Abs. 2 BauR zur Auslegung herangezogen habe, ist ihr entgegenzuhalten, dass das Verwaltungsgericht den Entwurf lediglich als mögliche Auslegungshilfe mitberücksichtigt hat. Da die Neuformulierung nach Auffassung der Gemeindeorgane keine materielle Änderung, sondern eine Präzisierung des bisher unklaren Wortlauts der Bestimmung darstellt, durfte sie vom Verwaltungsgericht willkürfrei als Bestätigung der von den Vorinstanzen vorgenommenen Auslegung des geltenden Art. 34 Abs. 2 BauR berücksichtigt werden.
Unbehelflich ist auch die Berufung der Beschwerdeführerin auf den Entscheid VGE III 2011 48 vom 16. Juni 2011: Schon im damaligen Entscheid kam das Verwaltungsgericht zum Schluss, dass (nach der geltenden kommunalen Zonenbestimmung) nur eine Wohnung je Gewerbegebäude zulässig sei (E. 5.2 S. 10).
4.4 Vor diesem Hintergrund kann nicht gesagt werden, die vorinstanzliche Auslegung von Art. 34 Abs. 1 BauR sei willkürlich. Die betreffende Rüge der Beschwerdeführerin erweist sich damit als unbegründet.
5. Die Beschwerdeführerin rügt weiter eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebotes, des Willkürverbotes, des Legalitätsprinzips, der Eigentumsgarantie nach <ref-law> und der Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law>, weil in anderen Gewerbegebäuden in der näheren Umgebung zwei oder mehr Wohnnutzungen zugelassen worden seien.
5.1 Das Verwaltungsgericht verneinte einen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht. Der Gemeinderat Arth habe ausgeführt, die von der Beschwerdeführerin angeführten Bewilligungen lägen "fast Jahrzehnte" zurück und widerlegten die Aussage, die Gemeinde wende eine grosszügige Praxis an und habe in letzter Zeit mehrere Wohnungen in Gewerbegebäuden bewilligt. Mithin sei davon auszugehen, dass der Gemeinderat Arth eine allenfalls baurechtswidrige Praxis aufgegeben habe. Insbesondere lege die beabsichtigte Neuformulierung von Art. 34 Abs. 1 BauR nahe, dass eine entsprechende (rechtswidrige) Praxis auf jeden Fall inskünftig nicht mehr berücksichtigt werde. Zudem weise das Sicherheitsdepartement zutreffend darauf hin, dass das öffentliche Interesse an der Einhaltung der Bauvorschriften gegenüber dem Anspruch auf eine gesetzeswidrige Begünstigung überwiege.
5.2 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung geht der Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung in der Regel der Rücksicht auf die gleichmässige Rechtsanwendung vor. Der Umstand, dass das Gesetz in anderen Fällen nicht oder nicht richtig angewendet worden ist, gibt den Bürgern grundsätzlich keinen Anspruch darauf, ebenfalls abweichend vom Gesetz behandelt zu werden. Ausnahmsweise und unter strengen Bedingungen wird jedoch im Rahmen des verfassungsmässig verbürgten Gleichheitssatzes ein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht anerkannt (<ref-law>). Dies setzt voraus, dass die zu beurteilenden Fälle in den tatbestandserheblichen Sachverhaltselementen übereinstimmen, dass dieselbe Behörde in ständiger Praxis vom Gesetz abweicht und zudem zu erkennen gibt, auch inskünftig nicht gesetzeskonform entscheiden zu wollen. Schliesslich dürfen keine überwiegenden Gesetzmässigkeitsinteressen oder Interessen Dritter bestehen (vgl. <ref-ruling> E. 5.6 S. 78 mit Hinweisen).
5.3 Die Beschwerdeführerin beruft sich vor Bundesgericht erstmals darauf, dass neben den vom Gemeinderat Arth anerkannten mehrfachen Wohnnutzungen in den Gebäuden Chräbelstrasse "...", Gotthardstrasse "..." und Gotthardstrasse "..." in Goldau noch weitere mehrfache Wohnnutzungen bestünden, so an der Gotthardstrasse "..." und "...". Sie reicht diesbezüglich eine Fotodokumentation ein.
Sofern es sich überhaupt um zulässige Noven im Sinne von <ref-law> handelt (vgl. dazu vorstehende Erwägung 1.3), belegen diese Eingaben lediglich, dass es weitere unzulässige Wohnnutzungen in der Gewerbezone gibt. Dagegen lässt sich den Fotos nicht entnehmen, dass diese von der Gemeinde bewilligt oder bewusst toleriert worden sind.
Wie die beabsichtigte Präzisierung von Art. 34 Abs. 2 BauR zeigt, will die Gemeinde mehrfache Wohnnutzungen in Gewerbegebäuden in der Gewerbezone inskünftig generell unterbinden. Es gibt keine Anhaltspunkte dafür, dass sie nicht gewillt sei, dieses Verbot gleichmässig und unabhängig von der Identität des Baugesuchstellers anzuwenden und (bei Zuwiderhandlungen) auch durchzusetzen. Insofern besteht kein Anspruch der Beschwerdeführerin auf Gleichbehandlung im Unrecht.
Immerhin wird es Aufgabe der Gemeinde sein, den von der Beschwerdeführerin dokumentierten Fällen nachzugehen und gegebenenfalls, sofern es sich tatsächlich um rechtswidrige Wohnnutzungen handelt, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzuordnen (sofern keine Gründe des Vertrauensschutzes oder der Verhältnismässigkeit entgegenstehen).
5.4 Zur Begründung der Verletzung der Eigentumsgarantie, des Willkürverbotes, der Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law> sowie des Legalitätsprinzips bringt die Beschwerdeführerin nichts vor, was sie nicht auch zur Begründung der Verletzung des Rechtsgleichheitsgebotes geltend gemacht hat, soweit sie diese Rügen überhaupt rechtsgenüglich begründet. Es erübrigt sich somit, darauf näher einzugehen.
6. Demzufolge ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin für die bundesgerichtlichen Kosten aufzukommen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Arth, dem Amt für Raumentwicklung des Kantons Schwyz, dem Regierungsrat des Kantons Schwyz und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber