Sachverhalt:
A. X._ und Y._ stehen seit April 2007 in einem Scheidungsprozess auf gemeinsames Begehren vor dem Einzelrichter des Bezirks A._. Dem Scheidungsverfahren ging ein Eheschutzverfahren voraus. Die Einzelrichterin im summarischen Verfahren des Bezirksgerichts A._ erledigte das Eheschutzverfahren mit Verfügung vom 15. Juli 2005, worin sie die Parteien zum Getrenntleben auf unbestimmte Zeit berechtigt erklärte, mit Wirkung ab 24. Juni 2005 die Gütertrennung anordnete und im Übrigen das Eheschutzverfahren als durch Vergleich erledigt abschrieb.
Anlässlich der Hauptverhandlung im Scheidungsverfahren vom 25. Februar 2008 stellte X._ ein Begehren um Erlass vorsorglicher Massnahmen. Namentlich beantragte sie die Abänderung der in der Eheschutzverfügung vereinbarten Unterhaltsbeiträge und die Zusprechung eines Prozesskostenvorschusses bzw. der unentgeltlichen Rechtspflege. An den Gerichtsverhandlungen vom 21. Mai 2008 und 2. Juli 2008 stellte X._ weitere Begehren. Sie beantragte, der Ehemann sei zur Leistung einer güterrechtlichen Akontozahlung von Fr. 10'000.-- zu verpflichten, und verlangte die Sperrung von Bankguthaben des Ehemannes bei der Bank B._ in C._, der Bank D._ in E._ und der Bank F._ für einen Betrag von Fr. 102'035.--. Schliesslich wollte sie detaillierte Auszüge sämtlicher Konti des Ehemanns ab 1. Januar 2002 bis Ende Juni 2008 und dessen Personaldossier samt Arbeitsvertrag ediert haben.
Mit Verfügung vom 18. August 2008 verpflichtete der erstinstanzliche Richter Y._ zur Leistung eines Prozesskostenvorschusses von Fr. 12'000.-- an seine Ehefrau. Dieser Betrag wurde, wenn auch mit grosser Verspätung, bezahlt.
Am 24. Oktober 2008 wies der Einzelrichter den Antrag auf Erlass einer Verfügungsbeschränkung betreffend die Bankkonti des Ehemannes (Dispositiv-Ziff. 1) sowie das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ab (Dispositiv-Ziff. 2). Sodann erwog er, dass über die weiteren Anträge später zu entscheiden sein werde; die Änderung der Unterhaltsbeiträge setze den Entscheid über ein von der Ehefrau gestelltes Revisionsbegehren bezüglich der Eheschutzverfügung vom 15. Juli 2005 voraus.
B. Hiergegen erhob X._ am 17. November 2008 beim Obergericht des Kantons Zürich Rekurs. Sie hielt ihre Anträge betreffend die Sperrung von Bankguthaben und Gewährung des Rechts auf unentgeltliche Rechtspflege aufrecht. Sodann ersuchte sie um unentgeltliche Rechtspflege auch für das Rekursverfahren. Mit Eingabe vom 2. Dezember 2008 begehrte sie die Zusprechung eines Prozesskostenvorschusses für das oberinstanzliche Verfahren, den sie am 19. Dezember 2008 mit Fr. 3'000.-- bezifferte. In einer weiteren Eingabe vom 26. Februar 2009 verlangte sie ferner, es seien ihre Unterhaltsansprüche für die Dauer des Scheidungsverfahrens neu festzusetzen. Mit Beschluss vom 9. Oktober 2009 wies das Obergericht den Rekurs ab, soweit es darauf eintrat, und bestätigte die Verfügung vom 24. Oktober 2008 (Dispositiv-Ziff. 1). Sodann verpflichtete es Y._, seiner Ehefrau einen Prozesskostenbeitrag für die Gerichts- und Anwaltskosten im Rekursverfahren von Fr. 3'000.-- zu bezahlen, wies aber das Eventualbegehren um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Rekursverfahren, soweit nicht gegenstandslos, ab (Dispositiv-Ziff. 2).
C. Mit Eingabe vom 19. November 2009 gelangt X._ (nachfolgend Beschwerdeführerin) an das Bundesgericht und stellt folgende Hauptbegehren:
"1. Dispositiv Ziff. 1 des angefochtenen Beschlusses sei aufzuheben, es sei auf sämtliche gestellten Begehren einzutreten und der Rekurs sei in allen Punkten wie folgt gutzuheissen:
2. Es sei vordringlich, im Rahmen vorsorglicher Massnahmen, über die Unterhaltsansprüche der Beschwerdeführerin für die Dauer des Scheidungsverfahrens zu entscheiden. Hierzu seien die Scheidungsakten des Bezirksgerichts A._, FE070109, beizuziehen.
3. Eventuell sei durch das Bundesgericht eine mündliche Verhandlung über vorsorgliche Massnahmen durchzuführen und es seien die an die Beschwerdeführerin zu bezahlenden Unterhaltsbeiträge ab 25. Februar 2008 und für die weitere Dauer des Scheidungsverfahrens festzusetzen.
4. Ziff. 1 und 2 des Beschlusses des Einzelrichters im ordentlichen Verfahren des Bezirksgerichts A._ vom 24. Oktober 2008 seien aufzuheben.
5. Es sei festzustellen, dass Bezirksrichter G._ und Gerichtssekretärin H._ befangen waren und der angefochtene Beschluss wie auch die zugrunde liegende angefochtene Verfügung aufzuheben seien. Es sei eine mündliche Verhandlung betreffend die Feststellung der Befangenheit von Bezirksrichter G._ und Gerichtssekretärin H._ durchzuführen und es seien diese persönlich sowie Rechtsanwalt Dr. W. Ammann, Staatsanwalt I._ und JS K._ als Zeugen zu befragen.
6. Es sei Herr L._ betreffend die Echtheit seiner Bestätigung zu befragen.
Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Gegenpartei."
Sodann stellt die Beschwerdeführerin mehrere Begehren um (teilweise superprovisorisch anzuordnende) vorsorgliche Massnahmen (Rechtsbegehren II/1-7) sowie zahlreiche Verfahrensanträge (Rechtsbegehren III/1-7), vor allem Editionsbegehren, letztere verbunden mit der Möglichkeit, danach ergänzend Stellung nehmen zu dürfen.
Weiter beantragt sie, den Beschwerdegegner zu verpflichten, einen Prozesskostenvorschuss von Fr. 5'000.-- für das Verfahren vor Bundesgericht und von Fr. 3'000.-- für die Gerichtsgebühr des vorinstanzlichen Verfahrens zu bezahlen (Rechtsbegehren II/5). Sodann sei ihr die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und ihre Anwältin zu ihrer unentgeltlichen Rechtsvertreterin zu bestimmen, "falls von der Gegenpartei kein Prozesskostenvorschuss erhältlich gemacht werden kann" (Rechtsbegehren III/8/1). Ferner sei sie von der Pflicht zur Leistung eines Kostenvorschusses zu befreien, sei auf die Erhebung von Kosten für das vorliegende Verfahren zu verzichten und sei ihre Rechtsvertreterin angemessen zu entschädigen; eventualiter ersucht sie das Bundesgericht, einen Richter zu bezeichnen, bei dem ein Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen um Verpflichtung des Beschwerdegegners zur Bezahlung eines Prozesskostenvorschusses gestellt werden könne (Rechtsbegehren III/8/2-5).
Am 23. November 2009 reichte die Beschwerdeführerin eine weitere Urkunde ein, worin sie die superprovisorische Anordnung weiterer Massnahmen beantragt.
Sämtliche Begehren um Anordnung von vorsorglichen Massnahmen wurden mit Verfügung vom 26. November 2009 abgewiesen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer Zivilsache mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. a und Art. 75 Abs. 1 BGG). Der auf <ref-law> gestützte Entscheid schliesst das betreffende Massnahmeverfahren als selbständiges Verfahren ab, weshalb er als Endentscheid im Sinn von <ref-law> gilt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 431; mit ausführlicher Begründung Urteil 5A_9/2007, E. 1.2). Die Beschwerde in Zivilsachen ist somit im Grundsatz gegeben.
Weil es sich bei einem Entscheid, der sich auf <ref-law> stützt, um eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law> handelt (<ref-ruling> E. 5.1 S. 397), kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Inwiefern diese Rügeanforderungen erfüllt sind und auf die einzelnen Streitpunkte bzw. Begehren eingetreten werden kann, ist nachfolgend zu prüfen.
1.1 Auf das Begehren um Abänderung der Unterhaltsbeiträge während der Dauer des Scheidungsverfahrens ist das Obergericht nicht eingetreten, weil darüber zuerst die Vorinstanz zu entscheiden habe und der Antrag im Übrigen im Rekursverfahren zu spät gestellt worden sei. Welche verfassungsmässigen Rechte und inwiefern das Obergericht diese mit seinem Nichteintretensentscheid verletzt haben soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar, weshalb insoweit auf ihre Beschwerde nicht einzutreten ist.
Ohnehin wären im Übrigen Anträge auf Geldforderungen zu beziffern (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f.), jedenfalls soweit sich nicht aus der Beschwerdebegründung ohne weiteres ergibt, auf welchen Betrag der Beschwerdeführer eine Geldleistung festgesetzt wissen will (<ref-ruling> E. 1b S. 414). Unterhaltsbegehren auf Festlegung der üblichen, angemessenen oder gesetzlichen Leistungen erfüllen die formellen Anforderungen nicht (BGE 79 II 253 E. 1 S. 255; Urteile 5A_669/2007 vom 4. August 2008 E. 1.2.1; 5A_256/2007 vom 20. Juli 2007 E. 1). Der Antrag der Beschwerdeführerin, es seien die an sie für die weitere Dauer des Scheidungsverfahrens vom Beschwerdegegner zu bezahlenden Unterhaltsbeiträge festzusetzen, genügt diesen Vorgaben nicht, und auch aus der Behauptung in Rz 290 der Beschwerde, sie hätte Fr. 3'673.25 mehr erhalten sollen, ergibt sich keine ziffernmässig bestimmte Unterhaltsforderung, zumal jegliche Ausführungen fehlen, wie sich dieser Betrag errechnet. Wenn sie sodann der Meinung ist, sie habe Anspruch auf die Hälfte des Einkommens des Beschwerdegegners, liegt sie falsch. Ebenso irrt die Beschwerdeführerin, wenn sie behauptet, sie könne ihren Anspruch nicht beziffern, solange sie die genauen finanziellen Verhältnisse des Beschwerdegegners nicht kenne; eine Auskunftsverweigerung könnte einzig zur Folge haben, dass das Gericht beweiswürdigend zur Überzeugung gelangt, die Behauptungen des die Auskunft verweigernden Ehegatten seien ganz oder teilweise falsch bzw. die Angaben des anderen Ehegatten richtig (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 29).
1.2 Was die verlangte Sperrung von Bankguthaben zur Sicherstellung güterrechtlicher Ansprüche anbelangt, hat das Obergericht erwogen, dass die Beschwerdeführerin diese substanziiert hätte darlegen müssen und dass die Behauptung, der Beschwerdegegner habe mindestens Fr. 150'000.-- verheimlicht bzw. "Geld verschwinden lassen", reine Spekulation sei, die keine akute und ernsthafte Gefährdung ihrer Ansprüche zu begründen vermöge. Welche verfassungsmässigen Rechte und inwiefern das Obergericht diese mit seinem Nichteintretensentscheid verletzt haben soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar; insbesondere zeigt sie auch nicht auf, inwiefern allfällige güterrechtliche Forderungen mangels Sperrung nicht (mehr) durchsetzbar sein sollen. Mithin ist auf die Beschwerde auch nicht einzutreten, soweit die verlangte Kontosperre angesprochen wird.
Gleiches gilt mit Bezug auf die jedenfalls sinngemäss wiederum geltend gemachten Auskunftsbegehren. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, welche verfassungsmässigen Rechte und inwiefern das Obergericht diese verletzt hätte mit seiner Erwägung, diese könnten nicht rekursweise gestellt werden, sondern darüber habe zuerst der erstinstanzliche Richter zu befinden.
1.3 Mit Bezug auf die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege beschränkt sich die Beschwerdeführerin darauf, die Aufhebung des abweisenden erstinstanzlichen Beschlusses zu beantragen (Rechtsbegehren I/4). Diesem fehlt es indes an der Erfordernis der Letztinstanzlichkeit (<ref-law>), weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
Abgesehen davon konzentriert sich die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerdeschrift darauf, ihre eigene Bedürftigkeit zu behaupten. Mit der Erwägung des Obergerichts, der Beschwerdegegner sei zu einem (inzwischen bezahlten) Prozesskostenvorschuss von Fr. 12'000.-- verpflichtet worden und sie habe nicht glaubhaft machen können, dass dieser bereits aufgebraucht worden sei, setzt sie sich nicht auseinander. Insofern kommt sie ihrer Begründungspflicht nicht nach, weshalb auch aus diesem Grunde nicht auf die Rüge einzutreten wäre.
1.4 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was in der Beschwerde darzulegen ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 395 mit Hinweis). <ref-law> kommt grundsätzlich nicht bzw. höchstens im Rahmen zulässiger neuer Tatsachen bzw. Beweismittel zur Anwendung. Aus diesen Gründen sind sämtliche Verfahrensanträge, die darauf abzielen, echte Noven zu beweisen, von vornherein abzuweisen. Dasselbe gilt für diejenigen Anträge, mit denen die Beschwerdeführerin unechte Noven darzutun beabsichtigt, was namentlich für das Rechtsbegehren I/6 gilt, denn sie legt nicht dar, inwiefern erst der angefochtene Entscheid Anlass zu deren Vortrag gegeben hat. Ebenfalls abzuweisen ist das Begehren, nach den beantragten Editionen und Zeugeneinvernahmen die Beschwerde ergänzen zu können.
1.5 Die Beschwerdeführerin beantragt die Anordnung von vorsorglichen Massnahmen. Das Bundesgericht kann solche nur treffen, um den bestehenden Zustand zu erhalten oder bedrohte Interessen einstweilen sicherzustellen (<ref-law>). Im Rahmen ihrer Mitwirkungspflicht obliegt es der Beschwerdeführerin, nicht nur die ihr richtig erscheinenden Begehren zu stellen, sondern gleichzeitig die dazu erforderlichen tatbeständlichen Voraussetzungen glaubhaft zu machen und aufzuzeigen, inwiefern die beantragten Massnahmen erforderlich sind, um den bestehenden Zustand zu erhalten bzw. bedrohte Interessen einstweilen sicherzustellen. Diesen Anforderungen kommt die Beschwerdeführerin nicht nach, sodass die Anträge abzuweisen sind.
Teilweise stimmen die Anträge ohnehin inhaltlich mit den vor der ersten Instanz gestellten Anträgen überein (z.B. Sperrung bestimmter Bankkonti [Rechtsbegehren II/1]); damit sind sie gerade Beschwerdegegenstand und können von vornherein nicht vorsorglich angeordnet werden. Dasselbe gilt sinngemäss für diejenigen Anträge, welche die Beschwerdeführerin vor dem Eheschutz- oder Ehescheidungsrichter hätte stellen können oder noch stellen kann, aber bisher nicht gestellt hat; diese Anträge sind auch unter dem Gesichtspunkt der Neuheit unzulässig (<ref-law>).
1.6 Ferner stellt die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde den Antrag, es sei für den Entscheid über die anbegehrten vorsorglichen Massnahmen sowie betreffend die Feststellung der Befangenheit von Bezirksrichter G._ und Gerichtssekretärin H._ eine mündliche Parteiverhandlung durchzuführen und dabei verschiedene Zeugen einzuvernehmen (Rechtsbegehren I/3 und 5).
Weil das Bundesgericht grundsätzlich an die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen gebunden ist (<ref-law>), soweit diese nicht offensichtlich unrichtig sind (<ref-law>), und es als oberste rechtsprechende Behörde (<ref-law>) die angefochtenen Entscheidungen einzig auf ihre richtige Rechtsanwendung hin zu überprüfen hat, bleibt für eine eigene Tatsachen- und Beweiserhebung kein Raum; diese obliegt vielmehr den kantonalen Sachgerichten (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 295) und deren Vornahme wäre gegebenenfalls - mit entsprechend substanziierten Rügen - als verfassungsverletzend, namentlich als willkürlich, beim Bundesgericht anzufechten. Vor Bundesgericht gibt es insofern keinen Anspruch auf mündliche Anhörung und eine Parteiverhandlung findet nur ausnahmsweise statt (<ref-law>; Urteil 5A_370/2008 vom 1. Dezember 2008 E. 2 mit Hinweisen).
1.7 Nicht einzutreten ist sodann auf die in der Beschwerdeschrift verstreut vorzufindenden Rügen wegen angeblicher Verstösse gegen Art. 6 Ziff. 1 EMRK, Art. 7, Art. 8 Abs. 1, 2 und 3, Art. 9, Art. 29 Abs. 1 und Art. 30 Abs. 2 BV sowie Art. 10, Art. 11 und Art. 18 KV, weil die Beschwerdeführerin nicht dartut, inwiefern die angeblich richtige Rechtsanwendung zu einer anderen Entscheidung hätte führen müssen bzw. welche daraus abgeleiteten Rechtsansprüche und wie diese verletzt worden sein sollen.
1.8 Ebenso wenig einzutreten ist auf den Vorwurf der Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) zufolge unterlassener Sachverhaltsabklärung (s. Rz 25), denn die Beschwerdeführerin legt weder dar, was sie aus der behaupteten Tatsache, wonach noch mehr als die bereits nachgewiesenen Gespräche zwischen letztlich nicht näher genannten Personen (vermutlich Bezirksrichter G._, Gerichtssekretärin H._, Justizsekretär K._, Staatsanwalt I._ und gegebenenfalls dem Anwalt des Beschwerdegegners) stattgefunden hätten, zu ihren Gunsten abzuleiten in der Lage wäre, noch zeigt sie auf, wann und wo sie im kantonalen Verfahren entsprechende Anträge gestellt hat. Soweit die Beschwerdeführerin in Rz 268 eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend macht, weil bisher noch nie eine Befragung von Herrn L._ über eine von diesem ausgestellte Bestätigung stattgefunden habe, dürfte der Vorwurf im Übrigen auch verfrüht sein, denn nichts weist darauf hin, dass der entsprechende Antrag abgewiesen worden wäre.
2. Einzutreten ist auf die Beschwerde insoweit, als damit eine Befangenheit des Bezirksrichters G._ und der Gerichtssekretärin H._ im Zusammenhang mit der Verfügung vom 24. Oktober 2008 geltend gemacht wird (Rechtsbegehren I/5).
2.1 Das Obergericht führte zu den erstmals in der Eingabe vom 21. August 2009 erhobenen Ablehnungsgründen aus, grundsätzlich sei die Verwaltungskommission des Obergerichts für die Behandlung von streitigen Ablehnungsbegehren zuständig. Diese könnten aber, soweit sie sich auf Gründe stützten, die erst nach Eröffnung des angefochtenen Entscheids entdeckt würden, auch im Rechtsmittelverfahren gestellt werden. Die Beschwerdeführerin präzisiere nicht, ob das Ablehnungsbegehren lediglich für das Massnahmeverfahren oder auch für das Hauptverfahren vor der ersten Instanz gelte. Da das Scheidungsverfahren weiterhin vor der ersten Instanz hängig sei, wäre die Verwaltungskommission des Obergerichts für die Beurteilung eines generellen Ablehnungsbegehrens zuständig. Es sei deshalb davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin ihr Ablehnungsbegehren lediglich für das Massnahmeverfahren stelle. Indes habe sie diesen Antrag nicht schon, wie gesetzlich vorgesehen (<ref-law>/ZH), in der Rekursschrift, sondern erst mit Eingabe vom 21. August 2009 gestellt. Gründe für eine ausnahmsweise Zulässigkeit späterer Anträge bringe die Beschwerdeführerin nicht vor. Daher könne auf die Ablehnungsbegehren nicht eingetreten werden.
2.2 Neben allgemeinen Ausführungen zu Ausstandsgründen weist die Beschwerdeführerin unter Rz 5 bis 8 (S. 7) der Beschwerdeschrift darauf hin, dass sie anlässlich der Einsichtnahme in die Akten des Strafverfahrens am 17. Juli 2009 Kenntnis von einer Telefonnotiz vom 9. Oktober 2008 erhalten habe, aus welcher sich die Befangenheit von Bezirksrichter G._ und Gerichtssekretärin H._ ergebe, worauf sie in ihrer Eingabe vom 21. August 2009 an das Obergericht hingewiesen habe. Sodann habe sie erst im Mai 2009 erfahren, dass Bezirksrichter G._ 1998 im Amt eingestellt worden sei, woraus sich ebenfalls ein Ablehnungsgrund ergebe. Zumindest sinngemäss macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe erst nach Ablauf der Rekursfrist Kenntnis von diesen Ablehnungsgründen erhalten, weshalb sie nicht verspätet vorgetragen worden seien.
2.3 Es trifft zu, dass die Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe vom 21. August 2009 geschrieben hat, sie habe die fragliche Telefonnotiz vom 9. Oktober 2008 am 17. Juli 2009 einsehen können ("In den Strafakten, die die Unterzeichnete am 17. Juli 2009 zur Einsicht erhalten hat, hat die Unterzeichnete in den Handakten einen Übermittlungszettel mit der Telefonnotiz (nicht zu den Akten) von Herrn JS K._ vom 9. Oktober 2008 (...) aufgefunden."). Sodann fuhr sie fort: "Allem Anschein nach wurde am 9. Oktober 2008 eine Amtsgeheimnisverletzung begangen. Dieser Umstand ist der Klägerin erst am 17. Juli 2009 bekannt geworden." Weiter führte sie aus: "Die Ablehnungsgründe sind am 15. Mai 2009 - die vorübergehende Einstellung im Amt von Herrn Bezirksrichter lic.iur. G._, am 17. Juli 2009 - Geheimgespräch von Frau Gerichtssekretärin lic.iur. H._ mit der Staatsanwaltschaft und am 18. August 2009 - Gespräch von Herrn Bezirksrichter lic.iur. G._ mit dem Beklagten, und damit nach Erlass der angefochtenen Verfügung vom 24. Oktober entdeckt worden. Die Klägerin ist zur Ablehnung berechtigt, die angefochtene Verfügung ist daher aufzuheben."
2.4 Nach dem Gesagten ist die Feststellung des Obergerichts, die Beschwerdeführerin bringe in ihrer Eingabe vom 21. August 2009 keine Gründe für eine ausnahmsweise Zulässigkeit späterer Anträge vor, jedenfalls mit Bezug auf die darin behaupteten Ausstandsgründe aktenwidrig. Trotzdem hebt des Bundesgericht den fraglichen Entscheid nur auf, wenn er auch im Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246), was zu prüfen sein wird (E. 2.5). Dabei geht es jedoch ausschliesslich um die Begründetheit derjenigen Ablehnungsgründe, die in der fraglichen Eingabe vom 21. August 2009 erwähnt bzw. behauptet werden. Soweit die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde an das Bundesgericht andere Tatsachen aufführt, um ihr Ausstandsbegehren zu untermauern, sind diese neu und damit unzulässig (<ref-law>). Deshalb bleiben auch die rechtlichen Erörterungen in der Beschwerde, die sich auf diese neuen Tatsachen bzw. neuen Behauptungen beziehen, unbeachtlich.
2.4 Nach dem Gesagten ist die Feststellung des Obergerichts, die Beschwerdeführerin bringe in ihrer Eingabe vom 21. August 2009 keine Gründe für eine ausnahmsweise Zulässigkeit späterer Anträge vor, jedenfalls mit Bezug auf die darin behaupteten Ausstandsgründe aktenwidrig. Trotzdem hebt des Bundesgericht den fraglichen Entscheid nur auf, wenn er auch im Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246), was zu prüfen sein wird (E. 2.5). Dabei geht es jedoch ausschliesslich um die Begründetheit derjenigen Ablehnungsgründe, die in der fraglichen Eingabe vom 21. August 2009 erwähnt bzw. behauptet werden. Soweit die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde an das Bundesgericht andere Tatsachen aufführt, um ihr Ausstandsbegehren zu untermauern, sind diese neu und damit unzulässig (<ref-law>). Deshalb bleiben auch die rechtlichen Erörterungen in der Beschwerde, die sich auf diese neuen Tatsachen bzw. neuen Behauptungen beziehen, unbeachtlich.
2.5 2.5.1 Wird mit einer Beschwerde eine Verletzung des Anspruchs auf den verfassungs- und konventionsmässigen Richter geltend gemacht, prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür. Mit freier Kognition prüft es dagegen, ob die als vertretbar erkannte Auslegung des kantonalen Prozessrechts mit den Garantien von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK vereinbar ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 115 mit Hinweisen). Wohl bezieht sich die Beschwerdeführerin wiederholt auf kantonale Bestimmungen, aus welchen sie Ausstandsgründe ableitet (z.B. Rz 483). Indessen behauptet sie nirgends, dass das kantonale Recht über <ref-law> hinausgehende Ansprüche gewährt bzw. höhere Ansprüche an die Unabhängigkeit der Gerichtspersonen stellt, sodass die Prüfung vorliegend auf die aus <ref-law> fliessenden Ansprüche beschränkt bleiben kann.
Nach <ref-law> und der in Art. 6 Ziff. 1 EMRK enthaltenen Garantie des verfassungsmässigen Richters hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Liegen bei objektiver Betrachtungsweise Gegebenheiten vor, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen, so ist die Garantie verletzt (<ref-ruling> E. 3.4 S. 116 mit Hinweisen).
Voreingenommenheit und Befangenheit in diesem Sinne werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn sich im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Umstände Gegebenheiten ergeben, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Diese können namentlich in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters begründet sein. Bei dessen Beurteilung ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Für die Ablehnung wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 240 mit zahlreichen Hinweisen).
2.5.2 Die angebliche Befangenheit von Bezirksrichter G._ begründet die Beschwerdeführerin mit dessen Telefonnotiz vom 12. November 2008, in welcher er ein Gespräch mit dem Beschwerdegegner protokolliert habe. Dabei handle es sich um unzulässiges Berichten, was letztlich Befangenheit bedeute und einen Ausstandsgrund darstelle. Das fragliche Gespräch hat unbestrittenermassen erst nach dem erstinstanzlichen Entscheid vom 24. Oktober 2008 stattgefunden. Es kann deshalb offen bleiben, ob vorliegend tatsächlich von einem unzulässigen Berichten ausgegangen werden muss, denn aus dem fraglichen Vorgang vom 12. November 2008 kann jedenfalls keine Befangenheit bei der vorangegangenen Entscheidfindung abgeleitet werden.
Sodann sieht die Beschwerdeführerin im Umstand, dass Bezirksrichter G._ im Jahr 1998 vorübergehend in seinem Amt suspendiert worden war, einen Ausstandsgrund. Abgesehen davon, dass diese Tatsache bekannt gewesen sein dürfte und deshalb das Vorbringen ohnehin verspätet wäre (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 85; <ref-ruling> E. 4.2.2.1 S. 465), weil es insbesondere nicht angeht, angebliche Befangenheitsvorwürfe erst aufgrund einer als ungünstig empfundenen Entscheidung vorzubringen (<ref-ruling> E. 5a S. 228; <ref-ruling> E. 2 S. 123), kann eine abgeschlossene Suspendierung für sich allein keinen Ausstandsgrund begründen; vielmehr müsste die Beschwerdeführerin mit substanziierten Rügen dartun, dass und inwiefern die seinerzeitige (vorübergehende) Suspendierung den Richter im vorliegend interessierenden Verfahren als befangen erscheinen liesse.
2.5.3 Die angebliche Befangenheit der Gerichtssekretärin H._ leitet die Beschwerdeführerin aus dem Umstand ab, dass diese laut einer in den Handakten des Strafdossiers liegenden Aktennotiz vom 9. Oktober 2008 mit dem Sekretär der Staatsanwaltschaft telefoniert und über den Stand der jeweiligen Verfahren gesprochen habe, was eine Amtsgeheimnisverletzung bedeute.
Die fragliche Aktennotiz lautet wie folgt:
"Gemäss H._/BG A._ Frist zur Revisionsantwort an RA Ammann bis Mitte Oktober. Revision sei voraussichtlich verspätet. Ohnehin habe das Gericht die E-Mails, die belegen, dass Frau X._ um die Ausübung der Optionen gewusst habe, als am 15.07.2005 die Eheschutzverhandlung stattfand. Ich teile Frau H._ mit, dass von unserer Seite her keine Zwangsmassnahmen ergriffen werden und das Verfahren liegen bleibe, bis über die Revision entschieden sei. Das Wesentliche ergebe sich aus den Akten und ein Betrug sei ziemlich fragwürdig, habe Herr Y._ doch sein Einkommen korrekt versteuert, mithin kaum falsche Urkunden verwendet. Beste Vorgehensweise m.E.: Revision abwarten, dann RAin Haubold kontaktieren und ihr Einstellung des Betrugs in Aussicht stellen und sie zum Rückzug der gesamten Anzeige (leichtfertige Anzeige gemäss <ref-law>) zu bewegen, andernfalls teure Verfahrenskosten in Aussicht stellen."
Allein aus dem Umstand, dass die Staatsanwaltschaft sich bei der Gerichtssekretärin über den Stand der Zivilverfahren erkundigte und diese darüber Auskunft gab, vermag sie nicht als befangen erscheinen zu lassen, stehen doch die zivilrechtlichen Verfahren und das von der Beschwerdeführerin veranlasste Strafverfahren, in welchem u.a. der Vorwurf zur Diskussion stand, der Beschwerdegegner habe den Eheschutzrichter mit unvollständigen Steuererklärungen bedient, in unmittelbarem Zusammenhang und bestand offenbar Koordinationsbedarf.
Auch die Äusserung der Gerichtssekretärin, das Revisionsgesuch "sei voraussichtlich verspätet", erscheint hier unbedenklich. Zunächst ist die Äusserung nicht so formuliert, dass daraus eine unabänderliche Meinung - und damit Voreingenommenheit bzw. Befangenheit - abgeleitet werden müsste. Im Übrigen beurteilt sich die Frage, ob die Revisionsfrist gewahrt ist oder nicht, ohnehin anhand objektiver Kriterien und nicht aufgrund gerichtlichen Ermessens.
Die Ausführungen in der Beschwerde, mit welchen die Beschwerdeführerin darzutun beabsichtigt, dass es die von der Gerichtssekretärin anlässlich des fraglichen Telefongesprächs erwähnten E-Mails nicht gebe und jene damit die Unwahrheit gesagt habe (Rz 139-149), sind neu und daher unbeachtlich. Dasselbe gilt für den Vorwurf, der Einzelrichter habe seinen Nichteintretensentscheid vom 27. November 2008 ohne Veranlassung der Staatsanwaltschaft übermittelt (Rz 321 sowie Rz 558-562).
2.6 Erscheinen nach dem Gesagten weder Bezirksrichter G._ noch die Gerichtssekretärin H._ als befangen, ist der angefochtene Entscheid diesbezüglich im Ergebnis rechtskonform und daher zu schützen (vgl. E. 2.4).
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenpartei ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden. Mit Bezug auf die Gerichtskosten bleibt indes das Gesuch um Kostenvorschuss bzw. um unentgeltliche Rechtspflege relevant.
4.1 Das Gesuch um Bevorschussung der Prozesskosten für das bundesgerichtliche Verfahren (s. Rechtsbegehren II/5) kann nicht im Kleid einer vorsorglichen Massnahme gestellt werden. Der aus <ref-law> fliessende Anspruch auf eheliche Unterstützung ist vor dem dafür zuständigen Richter geltend zu machen (Urteil 5A_793/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.2). Eventualiter ersucht die Beschwerdeführerin das Bundesgericht, einen Richter zu bezeichnen, bei dem ein Gesuch um Leistung eines Prozesskostenvorschusses gestellt werden könne. Es ist indes nicht Aufgabe des Bundesgerichtes, Beschwerde führenden Parteien Rechtsauskünfte zu erteilen, sodass auf das Eventualbegehren nicht einzutreten ist.
4.2 Für den Fall der Nichterhältlichkeit eines Kostenvorschusses von der Gegenpartei verlangt die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege, unter Verbeiständung durch die unterzeichnende Anwältin (Rechtsbegehren III/8.1). Die aus der Unterhalts- bzw. Beistandspflicht der Ehegatten fliessende Prozesskostenvorschusspflicht geht dem Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege vor (Urteil 5A_508/2007 vom 3. Juni 2008 E. 5). Die Beschwerdeführerin ist offensichtlich der Meinung, der Beschwerdegegner sei in der Lage, einen Prozesskostenbeitrag zu leisten. Solange kein von einer zuständigen Instanz gefällter Entscheid zu dieser Frage vorliegt, muss das Begehren um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege abgewiesen werden. Im Übrigen muss die vorliegende Beschwerde als von Anfang an aussichtslos bezeichnet werden, so dass es ohnehin an den materiellen Voraussetzungen für die unentgeltliche Rechtspflege fehlen würde (<ref-law>).
5. Für das Bundesgericht bestimmte Rechtsschriften haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten (<ref-law>). In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern eine Rechtsverletzung vorliege (<ref-law>). Die Beschwerdeschrift umfasst - ohne Beilagenverzeichnis - 74 Seiten. Sie enthält über 5 Seiten hauptsächlich unzulässige Begehren. Eine Struktur ist kaum erkennbar; zahlreiche Ausführungen stellen unzulässige Nova dar, werden wahllos wiederholt und/oder stehen in keinem ersichtlichen Zusammenhang mit dem angefochtenen Entscheid oder den vorgebrachten Rügen. Insgesamt sind die Grenzen der mutwilligen Prozessführung (<ref-law>) überschritten. Auf eine Disziplinierung wird vorderhand verzichtet. Die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin wird indessen abgemahnt und darauf hingewiesen, dass ihr bei weiteren Eingaben dieser Art eine Ordnungsbusse bis zu Fr. 2'000.-- (bzw. Fr. 5'000.-- im Wiederholungsfall) auferlegt werden könnte.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli