Sachverhalt:
A.
A.a. Die A.X._ AG (vormals A.Y._ AG) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in U._. Sie bezweckt die Ausübung des Fondsgeschäfts, einschliesslich der Gründung, Leitung, Verwaltung sowie des Vertriebs und Verkaufs von Anlagefonds, die Führung von Investmentkonten, die Vertretung ausländischer Anlagefonds in der Schweiz sowie die Erbringung von Dienstleistungen im Fondsgeschäft für Dritte. Ihr Aktienkapital beträgt Fr. 7 Mio., eingeteilt in 7'000 Namenaktien zu Fr. 1'000.--.
Die A._ Anlagestiftung ist eine Stiftung mit Sitz in U._. Sie dient der beruflichen Vorsorge und bezweckt die gemeinsame Anlage und Verwaltung von Vorsorgegeldern.
A.b. Die Pensionskasse B._, eine Stiftung mit Sitz in V._, schloss am 27. September 2001 mit der A.Z._ eine Rahmenvereinbarung ab, wonach sie - die Pensionskasse B._ - den überwiegenden Teil ihres Immobilienportefeuilles auf Immobiliengefässe der A._übertragen und im Gegenzug Ansprüche respektive Anteile an solchen Immobiliengefässen erhalten sollte. Mit Verträgen vom 14. Dezember 2001 verkaufte die Pensionskasse B._ in teilweiser Abwicklung dieser Vereinbarung an die A.Y._ AG acht im Kanton Basel-Stadt gelegene Liegenschaften zum Preis von total Fr. 117'343'000.-- und an die A._ Anlagestiftung sechs im Kanton Basel-Stadt gelegene Liegenschaften zum Preis von total Fr. 140'512'000.--.
B.
Mit Verfügung vom 18. Juli 2002 forderte die Steuerverwaltung Basel-Stadt (nachfolgend: Steuerverwaltung) für diese Transaktionen Handänderungssteuern im Gesamtbetrag von Fr. 7'735'650.-- ein. Diese wurden unter Protest bezahlt und mit Einsprachen der A._ Anlagestiftung sowie der A.Y._ AG vom 19. August 2002 wieder zurückverlangt. Die Steuerverwaltung wies die Einsprachen am 19. September 2008 ab; die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt bestätigte die Einspracheentscheide am 22. April 2010. Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt (nachfolgend: Appellationsgericht) mit Urteil vom 19. Juni 2013 ab.
C.
Gegen dieses Urteil führen die A.X._ AG und die A._ Anlagestiftung mit Eingabe vom 10. Oktober 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Feststellung, dass die in der Veranlagungsverfügung der Steuerverwaltung vom 18. Juli 2002 bezeichneten Liegenschaftsübertragungen von der Handänderungssteuer ausgenommen seien. Eventualiter seien die Liegenschaftsübertragungen insoweit von der Handänderungssteuer auszunehmen, als die übertragende Pensionskasse B._ im Gegenzug Anteilsrechte an der A._ Anlagestiftung erhalten habe. Subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Appellationsgericht zurückzuweisen. Ferner sei die Steuerverwaltung resp. der Kanton Basel-Stadt zu verpflichten, ihnen die unter Protest bezahlten Handänderungssteuern von Fr. 7'735'650.-- zuzüglich Zins zurückzuerstatten; eventualiter nur insoweit, als diese gemäss Eventualbegehren von der Handänderungssteuer ausgenommen seien, zuzüglich Zins.
Das Appellationsgericht und die Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 369).
Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Gerichtsinstanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG). Eine sachliche Ausnahme nach <ref-law> liegt nicht vor. Gemäss § 1 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Basel-Stadt vom 26. Juni 1996 über die Handänderungssteuer (HStG/BS; SG 650.100) ist der Erwerber (der handändernden Grundstücke) steuerpflichtig. Als Erwerberinnen der veräusserten Grundstücke wurden die Beschwerdeführerinnen mit der Handänderungssteuer belastet und sie sind damit zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
Der vorliegende Streit betrifft ausschliesslich die Handänderungssteuer, welche den Beschwerdeführerinnen nach dem Erwerb der Immobilien auferlegt worden war. Handänderungssteuern sind indirekte Steuern, welche nicht dem Harmonisierungsgebot von <ref-law> unterliegen und ausschliesslich durch das kantonale Recht geregelt werden (<ref-ruling> E. 4.1 S. 559 mit Hinweisen).
2.1. Gemäss § 1 Abs. 1 HStG/BS unterliegen der Handänderungssteuer die zivilrechtlichen und die in diesem Gesetz aufgeführten wirtschaftlichen Handänderungen. Subjektiv steuerpflichtig ist der Erwerber oder die Erwerberin, soweit das Gesetz nichts anderes vorsieht (§ 1 Abs. 3 HStG/BS). § 4 HStG/BS legt fest, welche Handänderungen steuerbefreit sind. Nach § 4 Abs. 1 lit. h und i HStG/BS (in der vorliegend massgebenden Fassung, in Kraft bis 8. Dezember 2004 [aHStG/BS]) bleiben steuerfrei:
h) Handänderungen infolge Aufteilung einer Unternehmung durch Übertragung von in sich geschlossenen und selbstständigen Betriebsteilen auf andere Personenunternehmungen oder juristische Personen, wenn die übernommenen Geschäftsbetriebe unverändert weitergeführt werden;
i) Handänderungen infolge Zusammenschlusses oder Aufteilung von Personalvorsorgestiftungen des gleichen Unternehmens oder der gleichen Unternehmensgruppe.
2.2. Soweit die Anwendung kantonalen (Gesetzes-) Rechts gerügt wird, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht (<ref-law>), hier namentlich gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze (<ref-ruling> E. 1.2 S. 145; <ref-ruling> E. 3 S. 351). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur unter Rüge- und Begründungsvorbehalt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; zum Ganzen Urteile 2C_674/2011 vom 7. Februar 2012 E. 1.2; 2C_468/2011, 2C_469/2011 vom 22. Dezember 2011 E. 1.2.3). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen gemäss <ref-law> gilt insofern nicht.
3.
Die Beschwerdeführerinnen rügen in ihrem Hauptantrag die willkürliche Anwendung von § 4 Abs. 1 lit. i aHStG/BS. Darauf ist zuerst einzugehen.
3.1. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist ein Entscheid nicht schon dann willkürlich im Sinn von <ref-law>, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 7.1 S. 51; <ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153; <ref-ruling> E. 5.1 S. 17 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f.; je mit Hinweisen).
3.2. Die Vorinstanz ist zum Schluss gekommen, der Immobilien Asset Swap vom 14. Dezember 2001 könne nicht als "Aufteilung" im Sinn von § 4 Abs. 1 lit. i aHStG/BS gelten. Sie begründet dies damit, die fragliche Bestimmung sei enger gefasst als die Bestimmung in Art. 80 Abs. 4 BVG (SR 831.40), auf welche der (kantonale) Gesetzgeber offenbar Bezug genommen habe. Die Befreiung von der Handänderungssteuer könne nur dann erfolgen, wenn eine Aufteilung "von Personalvorsorgestiftungen des gleichen Unternehmens oder der gleichen Unternehmensgruppe" vorliege. Es sei zwar unbestritten, dass die Anlagestiftungen in mancher Hinsicht den Vorsorgestiftungen rechtlich gleichgestellt würden. Im vorliegenden Fall, in welchem es um die Auslegung einer Ausnahmebestimmung des kantonalen Handänderungssteuerrechts gehe, seien keine Gründe ersichtlich, die entgegen dem Gesetzeswortlaut für eine solche Gleichstellung sprechen würden. Die Vorinstanz führt aus, mit der Beschränkung der Steuerfreiheit auf Handänderungen, an welchen Personalvorsorgestiftungen desselben Unternehmens oder von Unternehmen derselben Unternehmensgruppe beteiligt seien, habe der kantonale Gesetzgeber offensichtlich vor allem eine unterschiedliche steuerliche Situation bei Unternehmensumstrukturierungen und deren Folgen auf die berufliche Vorsorge bewirken wollen. Würden Umstrukturierungen innerhalb von Konzernverhältnissen vorgenommen, Arbeitnehmer also neue Arbeitgeber erhalten und in eine neue Pensionskasse wechseln, ohne die Zugehörigkeit zur gleichen Unternehmensgruppe zu verlieren, so könne die Steuerbefreiung eintreten. Würden Umstrukturierungen jedoch nicht innerhalb eines und desselben Konzernverhältnisses vorgenommen und müsse also das Personal eines ausgegliederten Unternehmens sich einer neuen Pensionskasse anschliessen, welche nicht der gleichen Unternehmensgruppe angehöre wie die bisherige Pensionskasse, so könnten entsprechende Vermögensübertragungen zwischen den Pensionskassen nicht handänderungssteuerfrei vorgenommen werden.
3.3. Die Beschwerdeführerinnen monieren, diese Gesetzesauslegung sei willkürlich.
Sie begründen ihre Auffassung zunächst damit, die Auslegung widerspreche dem Gesetzeswortlaut. Falls der Gesetzgeber ein Erfordernis gewollt hätte, wie es die Vorinstanz annehme, so hätte er die Bestimmung anders formulieren können. Diese Auffassung geht fehl. Es mag zwar zutreffen, dass die Gesetzesbestimmung auch anders hätte formuliert werden können und dadurch allenfalls sogar klarer gewesen wäre. Das ändert jedoch nichts daran, dass die Auslegung der Vorinstanz ohne Weiteres vom Wortlaut der Bestimmung erfasst ist.
Weiter machen die Beschwerdeführerinnen geltend, falls der kantonale Gesetzgeber ein Ergebnis gewollt hätte, wie es die Vorinstanz annahm, hätte er eine Sperrfrist ins Gesetz aufnehmen müssen. Auch dieses Vorbringen geht fehl. Es dürfte zutreffen, dass die Aufnahme von Sperrfristen ins Gesetz der Rechtssicherheit dient. Das bedeutet jedoch nicht, dass aus dem Fehlen einer solchen die von den Beschwerdeführerinnen angenommenen Schlüsse gezogen werden können. Dies zeigt bereits der Umstand, dass die Aufnahme von Sperrfristen in die Bestimmungen betreffend Umstrukturierungen eine relativ neue Entwicklung darstellt und bereits zuvor Praxis und Rechtsprechung Sperrfristen zur Anwendung brachten, insbesondere im Zusammenhang mit Überlegungen zur Umgehung von Besteuerungsvorschriften.
Weiter argumentieren die Beschwerdeführerinnen mit dem Grundsatz, wonach das Vorsorgevermögen stets den Destinatären folge. Danach habe die Vorsorgeeinrichtung den Veränderungen bei der Unternehmung zu folgen, damit das Vorsorgekapital den Destinatären verbleibe. Angesichts der vorliegend zu beurteilenden Übertragung von Liegenschaften durch die Pensionskasse B._ an unabhängige Immobiliengefässe innerhalb der A._Gruppe ist nicht nachvollziehbar, inwiefern sich aus dem genannten Grundsatz Schlüsse zugunsten der Beschwerdeführerinnen ziehen liessen.
Schliesslich bringen die Beschwerdeführerinnen vor, die vorinstanzliche Interpretation der Bestimmung sei viel zu eng; Pensionskassen mit ausschliesslich direkten Vermögensanlagen hätten keinen Grund und auch keine Rechtfertigung, sich ohne Notwendigkeit aufzuspalten. Zwar geht es - dem Wortlaut und Sinn von § 4 Abs. 1 lit. i aHStG/BS entsprechend - um Fälle, in denen eine Personalvorsorgeeinrichtung aufgeteilt wird, weil ein Teil des versicherten Unternehmens abgetrennt wird und damit auch die Versicherten die Pensionskasse wechseln (Teilliquidation der Vorsorgeeinrichtung). Entscheidend ist hier aber, dass die Beschwerdeführerinnen keine Personalvorsorgestiftungen sind; sie betreiben die Personalvorsorge nicht selbst.
3.4. Nach dem Gesagten ist die vorinstanzliche Auffassung, wonach die vorliegend zu beurteilenden Transaktionen nicht als steuerbefreit im Sinn von § 4 Abs. 1 lit. i aHStG/BS zu qualifizieren sind - auf jeden Fall im eingeschränkten Rahmen der Willkürprüfung - nicht zu beanstanden.
4.
In ihrem Eventualbegehren bringen die Beschwerdeführerinnen vor, es liege insoweit eine Ausgliederung im Sinn von Art. 4 Abs. 1 lit. h aHStG/BS vor, als die Pensionskasse B._ im Rahmen der Transaktion Beteiligungsrechte an der Beschwerdeführerin 2 erhalten habe. Dabei machen sie im Wesentlichen geltend, die Auslegung des Begriffs "Tochtergesellschaft" durch die Vorinstanz sei willkürlich.
4.1. Die Vorinstanz führt zu § 4 Abs. 1 lit. h aHStG/BS insbesondere aus, es werde von keiner Seite geltend gemacht, dass eine Auf- oder Abspaltung vorliege. Fraglich sei jedoch, ob der Tatbestand der Ausgliederung erfüllt sei. Ausgehend von der Entstehungsgeschichte des Gesetzes und in Anwendung allgemeiner Prinzipien zur Steuerneutralität der Umstrukturierungen kommt die Vorinstanz zum Schluss, die Hingabe von Vermögenswerten an eine andere juristische Person könne nur dann als steuerneutrale Ausgliederung - und damit als "Aufteilung" im Sinn des Umstrukturierungsrechts - angesehen werden, wenn als Gegenleistung Beteiligungsrechte erworben würden, durch deren Ausübung die das Vermögen empfangende juristische Person beherrscht werden könne.
Die Beschwerdeführerin 2 sei eine Anlagestiftung. Entscheidende Beschlüsse würden von der Versammlung der Anleger gefasst, die abstimmen und wählen könnten, wobei sich ihr Stimmrecht nach dem Wert der von ihnen in die Stiftung eingebrachten Geldbeträge oder Sacheinlagen bemesse. Es sei offensichtlich, dass die Pensionskasse B._ keine Mehrheitsbeteiligung an der Beschwerdeführerin 2 habe. Die Beschwerdeführerin 2 habe auch den Nachweis nicht erbracht, dass die Pensionskasse B._ allenfalls mehr als 20% der Stimmen halte würde. Das Vorbringen, wonach aus den von der Pensionskasse B._ eingebrachten Immobilien innerhalb der Beschwerdeführerin 2 eine spezielle Anlagegruppe gebildet worden sei, an welcher die Pensionskasse B._ zu 100% beteiligt sei, möge zutreffen, sei jedoch unerheblich. Massgebend sei nicht die Beteiligungsquote an einer Anlagegruppe. Entscheidend sei vielmehr, in welchem Ausmass die Pensionskasse B._ die Wahlen und Abstimmungen im "obersten Organ" der Stiftung - der Anlegerversammlung - beeinflussen könne.
Zusammenfassend kommt die Vorinstanz zum Schluss, es liege keine Aufteilung im Sinn des Umstrukturierungsrechts vor, weshalb die Steuerbefreiung nach § 4 Abs. 1 lit. h aHStG/BS nicht zur Anwendung komme. Auch das in dieser Bestimmung statuierte Erfordernis der "Übertragung von in sich geschlossenen und selbstständigen Betriebsteilen auf andere Personenunternehmungen oder juristische Personen, wenn die übernommenen Geschäftsbetriebe unverändert weitergeführt werden", sei vorliegend nicht erfüllt.
4.2. Die Beschwerdeführerinnen begründen ihre Auffassung, die Vorinstanz habe in Bezug auf die Beschwerdeführerin 2 willkürlich eine Aufteilung im Sinn von § 4 Abs. 1 lit. h aHStG/BS verneint, im wesentlichen mit Überlegungen zu deren Ansprüchen als Anlegerin an den in die Anlagestiftung eingebrachten Immobilien.
Die Beschwerdeführerinnen beziehen sich dabei teilweise auf die Regelung der Anlagestiftungen in Art. 53g ff. BVG. Diese Bestimmungen wurden durch Ziff. I des BG vom 19. März 2010 (Strukturreform) ins BVG eingefügt und sind seit 1. Januar 2012 in Kraft (AS 2011 3393; BBl 2007 5669). Weil die Übertragung im Jahr 2001 erfolgt ist, finden sie auf den vorliegenden Fall noch keine Anwendung. Das Gleiche gilt für die von den Beschwerdeführerinnen ebenfalls angerufenen Bestimmungen der Verordnung vom 10. und 22. Juni 2011 über die Anlagestiftungen (ASV; SR 831.403.2), welche am 1. Januar 2012 in Kraft getreten ist. Damit fehlt es für den vorliegend zu beurteilenden Fall an bundesrechtlichen Vorgaben und es ist ausschliesslich aufgrund des kantonalen Rechts zu beurteilen, ob die fragliche Transaktion als steuerbefreite Aufteilung einer Unternehmung zu qualifizieren ist. Dabei ist es nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz sich nicht auf Begriffe der erwähnten neuen Gesetzesbestimmungen abgestützt hat.
An der ausschliesslich kantonalen Regelung der Frage der Steuerbefreiung vermag auch die Tatsache nichts zu ändern, dass sich das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) als Aufsichtsbehörde über die Anlagestiftungen in einer Publikation zu den Anlagestiftungen geäussert hat. Zu prüfen ist damit nicht, ob der Zugriff eines Anlegers auf von ihm in eine Anlagestiftung eingebrachte Vermögenswerte via seine Rechte an einzelnen Anlagegefässen dieser Stiftung als unveränderte Weiterführung übernommener Geschäftsbetriebe - mithin als steuerbefreite Aufteilung des Unternehmens - qualifiziert werden könnte. Es ist auch nicht zu prüfen, ob die vorliegend zur Diskussion stehenden Transaktionen nach heute geltenden bundesrechtlichen Vorgaben von der kantonalen Handänderungssteuer befreit werden müssten (vgl. zur Frage der Befreiung der Pensionskassen von Grundstückgewinn- und Handänderungssteuern insbesondere die Studie der Arbeitsgruppe "Pensionskassenbefreiung" [Januar 2006] zum Postulat Kaufmann vom 21. März 2003 sowie den Bericht des Bundesrates [März 2006] in Erfüllung des Postulats Kaufmann [03.3175] vom 21. März 2003, beide abrufbar unter http://www.estv.admin.ch/bundes steuer/dokumentation/00882/00888/index.html?lang=de#sprungmark e0_25). Massgebend ist ausschliesslich, ob die Verneinung einer steuerbefreiten Aufteilung im vorliegenden Fall als willkürlich (vgl. E. 3.1) bezeichnet werden muss. Davon kann jedoch keine Rede sein. Vielmehr erscheinen die Überlegungen der Vorinstanz zu den Zielen eines Immobilien Asset Swap, wie er vorliegend vorgenommen wurde, durchaus nachvollziehbar. Ihre Folgerungen, dass bei der gegebenen Sachlage der Fortbestand von "in sich geschlossenen und selbstständigen Betriebsteilen", den § 4 Abs. 1 lit. h aHStG/BS voraussetzt, verneint werden müsse, sind jedenfalls nicht willkürlich. Es kann im übrigen auf die detaillierten Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden.
Damit stösst auch die Rüge der Beschwerdeführerinnen ins Leere, die Vorinstanz habe sich mit ihren Vorbringen betreffend die Beteiligung der Pensionskasse B._ an der Anlagegruppe A._ Immobilien nicht ausreichend auseinandergesetzt. Darauf ist nicht weiter einzugehen.
4.3. Nach dem Gesagten ist auch die vorinstanzliche Auffassung, wonach die vorliegend zu beurteilenden Transaktionen nicht als steuerbefreit im Sinn von § 4 Abs. 1 lit. h aHStG/BS zu qualifizieren sind - auf jeden Fall im eingeschränkten Rahmen der Willkürprüfung - nicht zu beanstanden.
5.
Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführerinnen zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 40'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Mai 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Genner