Faits:
A. Le 15 septembre 2004, le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne a prononcé le divorce des époux X._ (ci-après: le demandeur) et dame X._ (ci-après: la défenderesse).
Il a notamment attribué à la défenderesse la propriété de la parcelle no xxx de la Commune de Y._ ainsi que de la villa qui s'y trouvait, avec les droits et les obligations en découlant, fixé la soulte (150'600 fr.) due à titre de désintéressement de la part de copropriété du mari sur l'immeuble et dit que, sur présentation d'une expédition du jugement déclaré définitif et exécutoire, la défenderesse pourrait se faire inscrire en qualité de propriétaire (II); dit que le demandeur devait à la défenderesse la moitié du solde du compte no xxx ouvert auprès de la Raiffeisen, soit 12'235 fr. 30 plus intérêts, et en a ordonné le prélèvement et le versement directement en mains de la défenderesse ainsi que la levée de la mesure de blocage (III); dit que le demandeur devait à la défenderesse 188'246 fr. 50, sous déduction de la soulte de 150'600 fr. (IV); ordonné à la Bâloise Compagnie d'assurances sur la vie de libérer les polices no 1 et no 2 du demandeur (V); déclaré le régime matrimonial dissous et liquidé en l'état, moyennant bonne et fidèle exécution des chiffres II à IV (VI).
Le tribunal a en outre arrêté la contribution d'entretien en faveur de l'épouse (VII), dit qu'il n'y avait pas lieu d'allouer une indemnité équitable à titre de partage des prestations de sortie (VIII), fixé les frais de justice (IX) et les dépens (X) et rejeté toutes autres ou plus amples conclusions (XI).
B. Les 17 février/27 avril 2005, la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis le recours interjeté par X._ contre ce jugement (I). Elle a annulé les chiffres II, IV, VI, IX et X du dispositif et renvoyé la cause au tribunal d'arrondissement pour nouvelle instruction dans le sens des considérants et nouveau jugement (II), confirmant la décision attaquée pour le surplus (III), sous suite de frais et dépens (IV et V).
Elle a en bref considéré que l'estimation de la valeur du terrain effectuée par les premiers juges, celle de la valeur résiduelle de la villa et celle de la valeur réelle des aménagements extérieurs après l'incendie - intentionnellement provoqué par le demandeur - reposait sur des preuves lacunaires et qu'il y avait lieu d'ordonner une expertise portant sur ces points. Comme le sort de certaines conclusions des parties dépendait du résultat de ce rapport, il convenait d'annuler le chiffre II du dispositif entrepris ordonnant l'attribution litigieuse et fixant la soulte, ainsi que le chiffre IV où cette dernière était mentionnée et le chiffre VI prévoyant la dissolution du régime matrimonial, de même que les chiffres IX et X relatifs aux frais et dépens.
C. C.a La reprise de la procédure devant le tribunal d'arrondissement a été jalonnée de multiples requêtes de mesures provisionnelles et de requêtes d'appel.
C.b En été 2006, ensuite de poursuites en réalisation de gage, la vente forcée de l'immeuble de la Commune de Y._ a été ordonnée. Les enchères publiques ont eu lieu le 28 février 2007; l'objet a été vendu au prix de 1'220'000 fr.
C.c Statuant sur renvoi le 25 mars 2008, le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne a ordonné, à titre de liquidation du régime matrimonial, la libération du produit net (731'392 fr. 02) de la vente forcée de l'immeuble de la Commune de Y._ bloqué auprès de l'office des poursuites, à concurrence de 177'449 fr. 71 en faveur de X._, et de 553'942 fr. 51 en faveur de dame X._, sous déduction de 100'000 fr. que cette dernière avait touchés de manière anticipée. Il a déclaré le régime matrimonial des parties dissous et liquidé moyennant bonne exécution de ce qui précédait (II), fixé les frais et dépens (III et IV) et rejeté, dans la mesure de leur recevabilité, toutes autres ou plus amples conclusions (V).
Il a en bref considéré que l'arrêt de renvoi de février 2005 avait limité le cadre du procès à la seule estimation de la valeur de l'immeuble propriété des parties afin de fixer la soulte et que, compte tenu de la vente forcée, sa tâche se limitait désormais à la répartition du produit de cette vente (731'392 fr. 02). Il a refusé d'y ajouter, ainsi que le requérait le demandeur, l'indemnité d'assurance-incendie (70'000 fr.), a partagé par moitié entre les parties le montant de 731'392 fr. 02 et a ajouté à la part de la défenderesse sa créance envers le demandeur qui avait été définitivement arrêtée à 188'246 fr. 50 dans l'arrêt de renvoi.
D. Le 7 octobre 2008, la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté, dans la mesure de leur recevabilité, les recours interjetés par les époux X._ contre ce jugement, qu'elle a confirmé. Elle a par ailleurs fixé les frais de deuxième instance à la charge de chaque partie, compensé les dépens et déclaré l'arrêt exécutoire.
En substance, elle a jugé irrecevable, subsidiairement mal fondée, la demande de "réparation" des deux dénis de justice que le demandeur prétendait avoir subis au cours de la procédure (non-traitement d'une opposition à un jugement sur appel du 6 septembre 2000 et d'une requête de mesures provisionnelles du 18 mai 2004). Elle a par ailleurs confirmé le jugement de première instance s'agissant du montant de la fortune à partager (731'392 fr. 02). A cet égard, elle a considéré, d'une part, que le demandeur n'avait pas démontré en quoi les déductions de créances de tiers (812 fr. 30 et 473 fr. 05 en paiement d'hypothèques privilégiées, 473'123 fr. 75 en remboursement d'un prêt hypothécaire et 450 fr. 25 en paiement d'intérêts de consignation) opérées sur le produit net de la vente après déduction de divers frais et impôts (1'196'251 fr. 37) auraient été injustifiées. Elle a maintenu, d'autre part, le jugement de première instance en tant qu'il refusait de tenir compte de l'indemnité de 70'000 fr. versée par l'ECA. Elle a en outre rejeté les prétentions du demandeur tendant à ce que soient déduits de la créance de 188'246 fr. 50 les montants de 72'900 fr. à titre de moitié de l'usufruit sur la villa pour la période du 1er août 2000 au 28 février 2007, de 19'304 fr. à titre de déduction pour "l'arriéré d'hypothèque", de 7'457 fr. 90 à titre de remboursement de charges prépayées et de participation aux frais de vente et de 2'640 fr. "comme participation au privilège de loger dans la maison vendue jusqu'à sa démolition (01.03 au 31.08.07)". Elle a encore déclaré irrecevables les conclusions du demandeur visant le remboursement par la défenderesse de 9'222 fr. 25 représentant le solde du compte no xxx, question qui sortait du cadre du renvoi. Elle a enfin considéré qu'elle n'était pas habilitée à revoir les frais de l'arrêt de février 2005 dans la mesure où ils échappaient aussi au renvoi. S'agissant des frais du jugement attaqué, elle a relevé qu'aucune disposition légale cantonale ne prévoyait de les mettre à la charge de l'Etat et que l'hypothèse dans laquelle ils auraient pu être réduits n'était pas réalisée.
E. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de l'affaire afin que celle-ci soit jugée "da capo". Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
F. Par ordonnance du 12 janvier 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil a attribué l'effet suspensif au recours et déclaré irrecevable la demande de récusation dirigée abusivement contre tous les membres du Tribunal fédéral en bloc.
G. Par ordonnance du 6 février 2009, la IIe Cour de droit civil a rejeté la "requête en révision" de l'ordonnance précitée.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 Interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale par le tribunal supérieur du canton de Vaud (<ref-law>) dans une cause de divorce (<ref-law>), dont seuls des effets accessoires (liquidation du régime matrimonial) d'une valeur litigieuse supérieure à 30'000 fr. sont remis en cause (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe ouvert.
1.1 Interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale par le tribunal supérieur du canton de Vaud (<ref-law>) dans une cause de divorce (<ref-law>), dont seuls des effets accessoires (liquidation du régime matrimonial) d'une valeur litigieuse supérieure à 30'000 fr. sont remis en cause (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe ouvert.
1.2 1.2.1 Le recours en matière civile des <ref-law> étant une voie de réforme (<ref-law>), le recourant ne doit pas se borner à demander l'annulation de la décision attaquée et le renvoi de la cause à l'instance cantonale; il doit également, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige; il n'est fait exception à ce principe que lorsque le Tribunal fédéral, s'il admettait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond, faute d'un état de fait suffisant, mais devrait renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour complément d'instruction (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 489/490 et les références). De plus, les conclusions doivent être déterminées avec suffisamment de précision; ainsi, celles qui portent sur une somme d'argent doivent être chiffrées (<ref-ruling> consid. 2).
1.2.2 En l'espèce, le recourant n'a pas pris de conclusions sur le fond, mais a conclu à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente afin que celle-ci statue à nouveau "da capo". Point n'est besoin de trancher la question de savoir si de telles conclusions sont admissibles, le recours devant de toute façon être déclaré irrecevable pour un autre motif.
1.2.2 En l'espèce, le recourant n'a pas pris de conclusions sur le fond, mais a conclu à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente afin que celle-ci statue à nouveau "da capo". Point n'est besoin de trancher la question de savoir si de telles conclusions sont admissibles, le recours devant de toute façon être déclaré irrecevable pour un autre motif.
1.3 1.3.1 Selon l'<ref-law>, l'acte de recours doit indiquer les motifs (al. 1), lesquels doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (al. 2). Pour satisfaire à cette obligation de motiver, qui correspond à celle de l'art. 55 al. 1 let. c OJ, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il n'est pas indispensable qu'il indique expressément les dispositions légales - le numéro des articles de loi - ou qu'il désigne expressément les principes non écrits de droit qui auraient été violés; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 60 et les arrêts cités).
Toutefois, si le recourant se plaint de la violation de droits fondamentaux ou de dispositions de droit cantonal ou intercantonal, il doit, comme sous l'empire de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, satisfaire au principe d'allégation: il doit indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (<ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 6 p. 397). Ainsi, si le recourant se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.), il ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où la juridiction supérieure jouit d'une libre cognition; en particulier, il ne saurait se limiter à opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer par une argumentation précise que cette décision se fonde sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (cf. ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 400 et la jurisprudence citée).
1.3.2 En l'espèce, l'acte de recours - qui consiste en une écriture confuse et décousue qui présente pêle-mêle des moyens de différentes natures qui se résument toutefois à leur simple énoncé - ne satisfait pas à ces réquisits.
1.3.2.1 Plus particulièrement, lorsqu'il porte sur la demande de "réparation" de deux dénis de justice que le recourant aurait subis au cours de la procédure, il laisse intactes les considérations de l'autorité cantonale selon lesquelles les griefs soulevés à cet égard étaient tardifs, partant irrecevables, et, au demeurant, mal fondés.
Le recourant se contente en effet de prétendre confusément qu'il n'a eu de "cesse de contester les irrégularités de la procédure", que "la faute de la tardiveté est à imputer aux autorités vaudoises qui ont systématiquement ignoré [ses] requêtes raisonnables et bien fondées", que, "si l'état de droit a cessé d'exister à [ses] dépens, il ne peut y avoir de prescription" et que "le jugement n'invoque aucun article de loi pour [...] [déclarer] ces griefs tardifs". Pour le reste, renvoyant de façon irrecevable à son mémoire cantonal et aux pièces qui y étaient annexées, il allègue d'une part - sans aucune motivation - que "c'est un fait établi" que son opposition contre le jugement sur appel du 6 septembre 2000 a été ignorée, que celle-là n'a pas été formée le 11 septembre 2000 et que soutenir le contraire est un "mensonge". Il se borne à affirmer d'autre part que lui opposer de n'avoir pas requis la reprise de la procédure initiée le 18 mai 2004 - fait qu'il ignorait - constitue une astuce des juges cantonaux qui "ne prouvent pas ce qu'ils avancent" et que, "en conséquence, il s'agit d'un mensonge, sauf présentation de la preuve du contraire".
1.3.2.2 Autant qu'on puisse le tirer de la lecture de son écriture décousue, le recourant conteste par ailleurs l'arrêt attaqué en tant qu'il confirme le jugement de première instance sur le montant de la fortune à partager. Il prétend que celle-ci s'élève, non à 731'392 fr. 02, mais à 840'000 fr. (1'220'000 fr. [prix des enchères] - 450'000 fr. [dette hypothécaire] + 70'000 fr. [indemnité assurance-incendie]). Sa critique s'épuise toutefois en une suite d'affirmations péremptoires disséminées dans son acte de recours.
1.3.2.3 Quant aux griefs soulevés à l'encontre des considérations de l'autorité cantonale refusant de déduire de la créance de 188'246 fr. 50 les montants allégués par le recourant, notamment 72'900 fr. à titre de moitié de l'usufruit sur la villa, ils consistent en une critique absconse et appellatoire de bribes de phrases de l'arrêt entrepris.
1.3.2.4 Autant que le recourant soutient en outre que le jugement attaqué "veut valider la spoliation de [son] compte bancaire effectué[e] par le juge Z._", alors qu'il avait pleinement "documenté" le tribunal cantonal sur "l'ampleur de la fraude judiciaire commise par ce juge", sa critique laisse intactes les considérations de l'arrêt attaqué déclarant irrecevables les prétentions du recourant à cet égard, pour le motif qu'elles sortaient du cadre du renvoi.
1.3.2.5 Le recourant reproche en outre à la cour cantonale de n'avoir pas mis les frais judiciaires "pour un total" de 8'692 fr. 55 à la charge de l'Etat. Il affirme avoir requis en ce sens, dès lors que la procédure "était entachée dès le début d'abus de pouvoir en bande organisée [...]", y voit une "violation de l'art. 17 CEDH (Interdiction de l'abus de droit)" et un "prétexte" des "juges vaudois" "pour se tirer d'affaire"; il argue qu'à nouveau, "l'abus de pouvoir n'est pas protégé par la loi" et qu'on "ne peut facturer un produit qui n'a jamais été fourni". De tels arguments ne s'attaquent nullement aux motifs entrepris, selon lesquels, d'une part, les frais de l'arrêt du 16 février 2005 sortaient du cadre du renvoi et, d'autre part, ceux du jugement attaqué ne pouvaient pas être mis à la charge de l'Etat, aucune disposition légale cantonale ne prévoyant une telle possibilité, ni faire l'objet d'une réduction, l'hypothèse de l'art. 12 du tarif du 4 décembre 1984 des frais judiciaires en matière civile (TFJC) n'étant pas réalisée.
1.3.2.6 Pour le surplus, le recourant se borne - sans poser aucune critique motivée - à qualifier d'erronés certains faits de la procédure.
2. Vu ce qui précède, le recours est irrecevable. Comme il était par ailleurs d'emblée dénué de chance de succès, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>). Les frais seront ainsi supportés par le recourant, qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond et qui s'est opposée à l'octroi de l'effet suspensif.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office des poursuites et faillites de l'arrondissement de Morges-Aubonne.
Lausanne, le 5 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Jordan