Sachverhalt:
A. Mit Schadenmeldung UVG vom 7. September 2005 teilten die Firma V._ der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) mit, der seit 1976 als Fachspezialist in der Schlosserei angestellte R._ (Jahrgang 1946) habe wegen eines Ereignisses vom 15. Juni 2005 ab 11. August 2005 die Arbeit aussetzen müssen. Die am 10. August 2005 erstmals konsultierten Dres. med. K._, Allgemeinpraxis, diagnostizierten eine Frozen shoulder rechts bei Fraktur des Tuberculum maius und Ruptur der Supraspinatussehne (Berichte vom 26. und 27. Oktober 2005; vgl. auch Bericht des Spitals X._, Institut für Radiologie, vom 30. August 2005). Auf Anfrage der SUVA hielt der Versicherte am 21. September 2005 schriftlich fest, er habe am 15. Juni 2005 mit einem fünf Kilogramm schweren Vorschlaghammer mit voller Kraft gegen eine Haltestange geschlagen, die er anlässlich einer Tramreparatur herausbrechen musste; danach habe er starke Schmerzen verspürt, die sich trotz Anwendung diverser Salben nicht lindern liessen. Nach zusätzlichen medizinischen Abklärungen (Berichte der Klinik Y._ vom 1. November und 15. Dezember 2005, der Klinik Z._, Gelenkzentrum, vom 20. Juli 2006, sowie des Dr. med. O._, Orthopäd. Chirurgie FMH, Kreisarzt SUVA, vom 26. März 2007) verneinte die SUVA mit Verfügung vom 12. April 2007 eine Leistungspflicht, weil weder ein Unfall noch eine unfallähnliche Körperschädigung nachgewiesen sei. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 5. Juni 2007).
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit der Feststellung gut, dass der Versicherte für die Folgen des Ereignisses vom 15. Juni 2005 Anspruch auf die versicherten Leistungen hat (Entscheid vom 16. Dezember 2008).
C. Die SUVA beantragt mit Beschwerde die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids.
R._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Prozessthema bildet die Frage, ob der Beschwerdeführer am 15. Juni 2005 einen Unfall im Sinne von <ref-law> oder eine unfallähnliche Körperschädigung nach <ref-law> erlitten hat. Unbestritten ist, dass die ärztlich diagnostizierte Fraktur des Tuberculum maius und Ruptur der Supraspinatussehne an der rechten Schulter unfallähnliche Körperschädigungen darstellen (vgl. Art. 9 Abs. 2 lit. a und f UVV).
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog, der Versicherte habe im Verlaufe des Verwaltungsverfahrens glaubhaft dargelegt, dass er am 15. Juni 2005 bei der Reparatur eines Tramwagens mit einem fünf Kilogramm schweren Vorschlaghammer auf eine zu demontierende Haltestange einschlug, um diese zu lösen. Im Umstand, dass die Haltestange dem kräftigen Schlag unerwartet widerstand und der Vorschlaghammer, statt "in Schlagrichtung weiterzuschwingen", zurückschnellte, liege ein unbeabsichtigter "programmwidriger" Bewegungsablauf, welcher das bei der alltäglichen Berufsarbeit zu Erwartende überschritt und daher als ungewöhnlich zu qualifizieren sei. Auch wenn der fragliche Vorgang als zur alltäglichen Berufsarbeit gehörend und damit nicht als ungewöhnlich zu qualifizieren sei, liege jedenfalls ein unfallähnliches Geschehen vor.
3.2 Die SUVA bestreitet die Richtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltswürdigung. Sie macht geltend, der Versicherte habe erstmals acht Wochen nach dem 15. Juni 2005 (am 10. August 2005) einen Arzt aufgesucht, wobei er sich an keinen Unfall zu erinnern vermochte, sondern angab, seit circa sechs Wochen an Beschwerden im rechten Schultergelenk, notabene zwei Wochen nach dem später geltend gemachten Vorfall, zu leiden. Erstmals in der Unfallmeldung (vom 7. September 2005) und in den von der SUVA bestellten Auskünften (vom 21. September 2005) habe er erwähnt, seit dem 15. Juni 2005 nach einem Schlag mit einem Vorschlaghammer auf eine Haltestange Schmerzen verspürt zu haben, wobei er trotz entsprechender Fragestellung kein besonderes Vorkommnis erwähnte. Der dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegende Sachverhalt (deutlicher Rückschlag in die rechte Schulter) sei erstmals im Bericht der Klinik Z._ (vom 20. Juli 2006) erwähnt und in der Einsprache dahingehend ergänzt worden, der Rückschlag habe zu einer unerwarteten Aussenrotation im rechten Schultergelenk geführt. Insgesamt habe der Beschwerdegegner seine Sachverhaltsdarstellung im Laufe des Verwaltungsverfahrens widersprüchlich gewechselt, weshalb seinen dem Vorfall am nächsten stehenden Angaben grösseres Gewicht beizumessen sei als den nachträglich bewusst oder unbewusst von Überlegungen versicherungsrechtlicher Art geltend gemachten Schilderungen.
4.1 4.1.1 Nach der Rechtsprechung hat die versicherte Person die Umstände des als Unfall gemeldeten Ereignisses glaubhaft zu machen. Unvollständige, ungenaue oder widersprüchliche Angaben zum Geschehensablauf können die Verneinung der Leistungspflicht der Unfallversicherung zur Folge haben. Im Streitfall hat das Sozialversicherungsgericht zu entscheiden, ob die einzelnen Merkmale des Unfallbegriffs, insbesondere die Ungewöhnlichkeit des äusseren Faktors, gegeben sind. Hiezu hat es im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes die notwendigen Beweise zu erheben. Spricht der rechtserhebliche Sachverhalt nicht wenigstens mit Wahrscheinlichkeit für das Vorliegen der einzelnen Begriffsmerkmale - die blosse Möglichkeit genügt nicht -, ist ein Unfall im Rechtssinne zu verneinen (<ref-ruling> E. 4b S. 140, 103 V 175 E. 2a S. 176; RKUV 2003 Nr. U 485 S. 259, U 307+308/01 E. 5). Bei sich widersprechenden Angaben des Versicherten über den Unfallhergang ist auf die Beweismaxime hinzuweisen, wonach die sogenannten spontanen «Aussagen der ersten Stunde» in der Regel unbefangener und zuverlässiger sind als spätere Darstellungen, die bewusst oder unbewusst von nachträglichen Überlegungen versicherungsrechtlicher oder anderer Art beeinflusst sein können. Wenn der Versicherte seine Darstellung im Laufe der Zeit wechselt, kommt den Angaben, die er kurz nach dem Unfall gemacht hat, meistens grösseres Gewicht zu als jenen nach Kenntnis einer Ablehnungsverfügung des Versicherers (<ref-ruling> E. 2a S. 47 mit Hinweisen). Der Grundsatz, wonach die ersten Aussagen nach einem schädigenden Ereignis in der Regel unbefangener und zuverlässiger sind als spätere Darstellungen, stellt eine im Rahmen freier Beweiswürdigung zu berücksichtigende Entscheidungshilfe dar. Sie kann nur zur Anwendung gelangen, wenn von zusätzlichen Abklärungen keine neuen Erkenntnisse zu erwarten sind (RKUV 2004 Nr. U 524 S. 546 f., U 236/03 E. 3.3.4).
4.1.2 Gemäss <ref-ruling> E. 4.3.2.2 S. 81 (mit Hinweisen) kann unter Umständen aufgrund des medizinischen Befunds erstellt sein, dass eine Schädigung auf eine ungewöhnliche äussere Einwirkung und somit auf ein Unfallereignis zurückzuführen ist. Der mangelnde Nachweis eines Unfalls lässt sich zwar nur selten durch medizinische Feststellungen ersetzen. Diese dienen mitunter aber als Indizien im Beweis für oder gegen das Vorliegen eines Unfalls. Im Bereich der obligatorischen Unfallversicherung sind die in <ref-law> abschliessend aufgezählten Schädigungen - im Wesentlichen des Bewegungsapparats, etwa von Knochen, Muskeln, Sehnen und Bändern - denn auch selbst ohne ungewöhnliche äussere Einwirkung Unfällen gleichgestellt, wenn sie nicht eindeutig auf eine Erkrankung oder eine Degeneration zurückzuführen sind.
4.1.3 Laut <ref-ruling> E. 2.2 S. 467 und E. 4.2 S. 469 f. ist tatbestandsmässig ein ausserhalb des Körpers liegender, objektiv feststellbarer, sinnfälliger, eben unfallähnlicher Vorfall mit hinreichender Wahrscheinlichkeit gegeben, wenn dem äusseren Faktor ein gesteigertes Schädigungspotential zukommt, das u.a. zur Unkontrollierbarkeit der Vornahme der alltäglichen Lebensverrichtung führt. Das Auftreten von Schmerzen als solches ist kein äusserer (schädigender) Faktor im Sinne der Rechtsprechung. Mit anderen Worten kann von einem erforderlichen äusseren schädigenden Faktor dort nicht gesprochen werden, wo die versicherte Person nur das (erstmalige) Auftreten von Schmerzen in zeitlicher Hinsicht anzugeben vermag.
4.2 Der von der SUVA dargestellte Sachverhalt ist unbestritten und lässt sich anhand der Akten ohne weiteres verifizieren. Hinsichtlich ihres Vorbringens, es sei auf die "Aussagen der ersten Stunde" abzustellen, ist zunächst festzuhalten, dass der Versicherte erstmals in der Schadenmeldung vom 7. September 2005 einen Vorfall vom 15. Juni 2005 schilderte, weshalb der angerufenen Beweisregel hier nur untergeordnete Bedeutung zukommen kann. Richtig ist allerdings, dass die Angaben in der Einsprache von Überlegungen versicherungsrechtlicher Art beeinflusst sein konnten. Entgegen der Auffassung der SUVA sind die Schilderungen des Versicherten aber nicht widersprüchlich. Er präzisierte vielmehr zunächst auf Aufforderung der SUVA hin den Sachverhalt im Schreiben vom 21. September 2005 sowie nach Eröffnung der Ablehnungsverfügung vom 12. April 2007 in der Einsprache. Angesichts dieser Umstände besteht für das Bundesgericht kein Anlass, die vorinstanzliche Schlussfolgerung, die Angaben des Versicherten seien konsistent und insgesamt glaubhaft, zu korrigieren. Ausschlaggebend ist hier letztlich, dass die Befunde an der rechten Schulter gemäss ärztlichen Auskünften traumatisch bedingt sind, mithin die Gesundheitsschädigung typische Folge einer äusseren Einwirkung sein muss. Für die Beurteilung der Frage, ob der Beschwerdeführer am 15. Juni 2005 einen Unfall oder eine unfallähnliche Körperschädigung erlitt, ist daher mit der Vorinstanz auf die Sachverhaltsdarstellung in der Einsprache abzustellen.
4.3 Der Umstand, dass der Vorschlaghammer nach dem Schlag auf die festsitzende Haltestange zurückschnellte, mag nicht ungewöhnlich sein. Damit ist aber zumindest eine äussere Einwirkung auf den Körper des Beschwerdeführers erstellt, was für die Begründung der Leistungspflicht der SUVA gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> (unfallähnliche Körperschädigungen) genügt.
5. 5.1 Die SUVA hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>).
5.2 Der obsiegende Beschwerdegegner hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Leuzinger Grunder