Sachverhalt:
A. In der Nacht vom 19. auf den 20. Januar 2004 brach im B._ Hotel ein Brand aus. Das gesamte Gebäude wurde bis auf die Grundmauern zerstört. Der beigezogene wissenschaftliche Dienst der Stadtpolizei Zürich kam zum Schluss, dass mindestens zwei unabhängige und relativ weit auseinanderliegende Brandherde (im Bereich des leer stehenden Zimmers 207 im 2. Obergeschoss sowie im Treppenaufgang des 3. Obergeschosses bzw. 1. Dachgeschosses) existierten, weshalb von Brandstiftung ausgegangen wurde.
B. Anlässlich des Personalweihnachtsessens vom 18. Dezember 2003 - rund einen Monat vor dem Brand - wurde ein Fehlalarm ausgelöst, wobei anders als bei früheren Fehlalarmen der laute Sirenenalarm nicht zu hören gewesen ist. Da der Fehlalarm durch übermässiges Rauchen in einem der Personalzimmer ausgelöst worden war, stellte Y._, Vertreter der Eigentümergemeinschaft des Hotels, den Alarm beim entsprechenden Tableau der Rezeption zurück und deaktivierte unbeabsichtigt die Brandmeldegruppe 8 im Dachgeschoss. Weshalb der Sirenenalarm ausgeschaltet war, konnte polizeilich nicht ermittelt werden. X._ wird vorgeworfen, dass er nach dem Fehlalarm vom 18. Dezember 2003 sowie einem weiteren Fehlalarm vom 1. Januar 2004 die Funktionstauglichkeit der Brandmeldeanlage nicht geprüft und den Grund für das Ausbleiben des Sirenenalarms nicht abgeklärt hat. Eine Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Körperverletzung wurde gegen ihn angehoben, da sich A.A._ und A.B._ in der Folge nur noch mit einem Sprung aus dem Fenster retten konnten und sich dabei verletzten.
C. Am 29./30. Juni 2009 verurteilte das Kantonsgericht Obwalden X._ wegen fahrlässiger einfacher Körperverletzung zum Nachteil von A.A._ sowie A.B._ zu einer Geldstrafe von 15 Tagessätzen zu Fr. 80.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von zwei Jahren.
D. Gegen dieses Urteil erhoben X._ Appellation sowie die Privatklägerin A.A._ Anschlussappellation. Das Obergericht des Kantons Obwalden hiess am 31. Januar 2011 die Appellation einzig im Kostenpunkt gut und wies sie im Übrigen, wie auch die Anschlussappellation, ab.
E. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, die Beschwerde sei gutzuheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Obwalden vom 31. Januar 2011 aufzuheben. Auf den Strafantrag der beiden Privatkläger sei mangels rechtsgültigen Strafantrags nicht einzutreten, weswegen das Verfahren gemäss Art. 114 aStPO/OW einzustellen sei. Für die Zivilansprüche seien die Privatkläger an das Zivilgericht zu verweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten sei.
F. Die Beschwerde in Strafsachen von Y._ in derselben Angelegenheit wird im Verfahren 6B_223/2011 beurteilt.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, eine Verurteilung wegen einfacher Körperverletzung dürfe nur auf Antrag hin erfolgen. Die anwaltlich vertretenen Privatkläger hätten in ihrer Eingabe jedoch lediglich eine Bestrafung wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung verlangt. Einem Rechtsanwalt sei die Unterscheidung zwischen Offizial- und Antragsdelikt zuzumuten. Eine Strafanzeige sei nur ein gültiger Strafantrag, wenn der Anzeigeerstatter seinen bedingungslosen Willen zur Strafverfolgung so erkläre, dass das Strafverfahren ohne weitere Willenserklärung weiterlaufe (Beschwerde, S. 11).
1.2 Die Vorinstanz erwägt, aus dem Inhalt der Erklärung müsse der unbedingte Wille des Verletzten zur Strafverfolgung des Täters hervorgehen. Zudem müsse der Sachverhalt erkennbar sein, der Gegenstand der Strafverfolgung sein soll. Eine rechtliche Würdigung sei dabei nicht notwendig (angefochtenes Urteil, S. 25 f.).
1.3 Ist eine Tat nur auf Antrag strafbar, kann nach <ref-law> jede Person, die durch sie verletzt worden ist, die Bestrafung des Täters beantragen. Nach der bundesgerichtlichen Praxis liegt ein gültiger Strafantrag vor, wenn die antragsberechtigte Person innert Frist bei der nach kantonalem Recht zuständigen Behörde und in der vom kantonalen Recht vorgeschriebenen Form ihren bedingungslosen Willen zur Strafverfolgung des Täters so erklärt, dass das Strafverfahren ohne weitere Willenserklärung weiterläuft (<ref-ruling> E. 3.3 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2a). Dazu ist erforderlich, dass der Sachverhalt, der verfolgt werden soll, zweifelsfrei umschrieben wird. Hingegen ist es nicht Sache der antragsstellenden Person, den Sachverhalt rechtlich zu qualifizieren. Die rechtliche Würdigung obliegt der Strafbehörde (<ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 2a).
Die Vorinstanz fasst die angeführte Rechtsprechung zutreffend zusammen und führt aus, dass die Privatkläger unmissverständlich die Strafverfolgung für die von ihnen erlittenen Körperverletzungen verlangt hätten. Auf ihre Ausführungen kann verwiesen werden (<ref-law>). Das Vorbringen des Beschwerdeführers ist unbegründet.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer räumt ein, dass er als damaliger Geschäftsführer grundsätzlich auch für das einwandfreie Funktionieren der Brandmeldeanlage verpflichtet gewesen sei. Er bestreitet jedoch, dass er eine Sorgfaltspflicht verletzt habe. Die Anlage sei erst Mitte 2003 revidiert und geprüft worden, weshalb er von deren einwandfreien Funktionsweise habe ausgehen können, zumal die Anlage in seiner Anwesenheit zweimal Alarm ausgelöst und dies auch in der Brandnacht getan habe. Es hätten nie Gründe zur Annahme bestanden, dass die im Grundsatz funktionierende Anlage durch Manipulationen ausser Betrieb genommen worden wäre. Dennoch habe er bereits den Alarm vom 18. Dezember 2003 zum Anlass genommen, sich für eine Schulung an der Anlage bei der Herstellerfirma C._ AG (nachfolgend C._) zu melden. Bevor ein Termin habe vereinbart werden können, sei es am 20. Januar 2004 zum Brand gekommen (Beschwerde, S. 5). Die zwei von ihm miterlebten (Fehl-)Alarme hätten akustisch nicht als Zeichen gedeutet werden können, dass die Anlage nicht richtig funktioniert habe. Zudem übersehe die Vorinstanz, dass zwischen dem zweiten Alarm und der Brandnacht nicht einmal drei Wochen gelegen hätten und er in der Neujahrswoche wegen der Feiertage kaum einen Schulungstermin bekommen hätte. Im weiteren gebe es in einem Hotelbetrieb weitere prioritäre Aufgaben wie Hygiene oder Unfallverhütung, die ebenfalls keinen Aufschub duldeten. Die Vorinstanz habe im Übrigen bei der C._ nicht geklärt, ob eine Schulung in dieser kurzen Frist überhaupt möglich gewesen wäre (Beschwerde, S. 6 und S. 9).
Der Beschwerdeführer weist weiter darauf hin, aus einer umgehenden Schulung durch die C._ könne nicht geschlossen werden, dass die Alarmanlage in der Brandnacht auch tatsächlich funktioniert hätte. Es sei im Verfahren nie abgeklärt worden, weswegen die Alarmanlage in der Brandnacht im ganzen Hotel stumm geblieben sei. Nur beim Nachweis eines deaktivierten Signalalarms hätte eine rechtzeitige Schulung die zu späte Alarmierung verhindern können. Andernfalls wäre eine weitere Wartung oder Reparatur der Anlage notwendig gewesen (Beschwerde, S. 6 f.).
Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich gegen die von der Vorinstanz bejahte Kausalität zwischen dem fehlenden akustischen Alarm und der zu späten Rettung der beiden Beschwerdegegner, zumal sich die Bewohner der umliegenden Zimmer noch alle über die Treppen hätten retten können. Die beiden hätten gemäss eigenen Aussagen noch nicht geschlafen, als sie vom Brand überrascht worden seien. Der Lärm der sich rettenden umliegenden Hotelgäste sei kaum leise über die Bühne gegangen und hätte einem noch wachen Zimmerbewohner auffallen müssen. Es sei daher erstaunlich, dass nach Auffassung der Vorinstanz ein rund 15 Minuten früher ertönendes Alarmsignal zu einer rechtzeitigen Rettung der beiden Privatkläger geführt hätte, obwohl weder die Lautstärke des Alarms noch die Umstände der zu späten Selbstrettung abgeklärt worden seien. Er habe ausserdem immer von einer funktionierenden Anlage ausgehen können. Da der Brand an zwei strategischen Orten und mit Hilfe von Brandbeschleunigern gelegt worden sei, könne nicht ausgeschlossen werden, dass der oder die Täter die Anlage zur Sicherung des Erfolgs selber manipuliert hätten (Beschwerde, S. 9 f.).
Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich gegen die von der Vorinstanz bejahte Kausalität zwischen dem fehlenden akustischen Alarm und der zu späten Rettung der beiden Beschwerdegegner, zumal sich die Bewohner der umliegenden Zimmer noch alle über die Treppen hätten retten können. Die beiden hätten gemäss eigenen Aussagen noch nicht geschlafen, als sie vom Brand überrascht worden seien. Der Lärm der sich rettenden umliegenden Hotelgäste sei kaum leise über die Bühne gegangen und hätte einem noch wachen Zimmerbewohner auffallen müssen. Es sei daher erstaunlich, dass nach Auffassung der Vorinstanz ein rund 15 Minuten früher ertönendes Alarmsignal zu einer rechtzeitigen Rettung der beiden Privatkläger geführt hätte, obwohl weder die Lautstärke des Alarms noch die Umstände der zu späten Selbstrettung abgeklärt worden seien. Er habe ausserdem immer von einer funktionierenden Anlage ausgehen können. Da der Brand an zwei strategischen Orten und mit Hilfe von Brandbeschleunigern gelegt worden sei, könne nicht ausgeschlossen werden, dass der oder die Täter die Anlage zur Sicherung des Erfolgs selber manipuliert hätten (Beschwerde, S. 9 f.).
2.2 2.2.1 Die Vorinstanz führt aus, dass der erste Brandmelder in der Brandnacht um 00.41 Uhr angesprochen und den Alarm ausgelöst habe. Aufgrund verschiedener verlässlicher Aussagen von Auskunftspersonen und Zeugen müsse davon ausgegangen werden, dass der Brand schon viel früher ausgebrochen sei. Aufgrund der Umstände sei erstellt, dass die Bewohnerin des Zimmers 410 den Brand zwischen Mitternacht und 00.20 Uhr entdeckt habe. Die beiden Brandherde seien praktisch gleichzeitig gelegt worden. Wenn die Brandmelder im 1. Dachgeschoss (Brandmeldegruppe 8) funktioniert hätten, wäre die Meldung bereits früher weitergeleitet worden, zumal die getesteten Brandmelder bereits bei schwacher Rauch- und Gasfreisetzung angesprochen hätten. Die eingeschalteten Brandmelder der Brandmeldegruppe 7 hätten deshalb nicht früher reagiert, weil sich der Brand im Zimmer 207 über längere Zeit unbemerkt habe ausbreiten können, derweil sich der nächste Brandmelder im Korridor befunden habe.
Die befragten Personen hätten keine Sirene im Haus, sondern nur einen Alarm in der Eingangshalle und Rezeption wahrgenommen. Vom Brand hätten die Personen durch Lärm, Geschrei, Getobe, Tumult, Klopfen sowie dem Brandgeruch Kenntnis erhalten. Da gemäss Hotelpersonal bei früheren Fehlalarmen die Sirene deutlich zu hören gewesen sei, stehe fest, dass die Sirenen während des Brandes nicht ertönt seien (angefochtenes Urteil, S. 11 ff.). Die Brandmeldegruppe 8 habe letztmals beim Fehlalarm vom 18. Dezember 2003 funktioniert, wobei Y._ den Alarm in der Folge zurückgestellt und gleichzeitig irrtümlicherweise die Brandmeldegruppe deaktiviert habe. Nach dem zweiten Fehlalarm vom 1. Januar 2004 habe der Beschwerdeführer den durch die Brandmeldegruppe 7 ausgelösten Alarm quittiert und zurückgestellt, die Brandmeldegruppe jedoch nicht ausgeschaltet (angefochtenes Urteil, S. 14 f.).
2.2.2 Obwohl die Anlage weder gesichert noch abgeschlossen gewesen sei, gebe es gemäss Vorinstanz keine Hinweise, dass in der Brandnacht an der Anlage manipuliert worden sei. Der Beschwerdeführer habe eingeräumt, als zuständiger Hoteldirektor die Brandmeldeanlage nicht verstanden zu haben. Deren Bedienung habe er eigener Aussage zufolge am 1. Januar 2004 "intuitiv" vorgenommen. Eine gründliche Nachkontrolle der Anlage habe er unterlassen. Nachdem er zwei Fehlalarme miterlebt und von Y._ angewiesen worden sei, sich durch die C._ instruieren zu lassen, hätte er sich am 1. Januar 2004 nicht mit dem Rückstellen des Fehlalarms begnügen dürfen. Zudem hätte ihm die nicht ertönende Alarmsirene auffallen müssen. Durch die unterlassene Prüfung der Anlage habe er eine Bedingung für deren mangelhafte Funktionalität sowie die Alarmsirene gesetzt und könne sich nicht damit entlasten, dass der Erfolg - etwa im Sinne der Doppel- oder alternativen Kausalität - auch ohne diese Bedingung eingetreten wäre (angefochtenes Urteil, S. 15 f.).
2.2.3 Die Vorinstanz bejaht eine pflichtwidrige Missachtung der dem Beschwerdeführer obliegenden Sorgfaltspflichten. Aufgrund seines Arbeitsvertrages mit der B._ Hotel GmbH in Verbindung mit dem kantonalen Gastgewerbegesetz, der kantonalen Feuerpolizeiverordnung sowie des Beherbungs- und Gastaufnahmevertrags als Gastwirt sei ihm gesetzlich und vertraglich eine Garantenstellung zugekommen (angefochtenes Urteil, S. 21 f.). Nach dem ersten Fehlalarm habe ihm bewusst sein müssen, dass Y._ keine Kenntnis über die Funktion der Brandmeldeanlage gehabt habe. Obwohl er eigenen Aussagen zufolge die Anleitungen zur Anlage studiert habe, sei er der Brandschutzrichtlinie sowie den Ausführungen im Benutzerhandbuch nicht nachgekommen. So habe er die Fehlalarme nicht ins Kontrollheft eingetragen und die korrekte Alarmrückstellung nicht kontrolliert. Spätestens nach dem zweiten Fehlalarm hätte ihm bewusst werden müssen, dass er als verantwortlicher Hoteldirektor die Brandmeldeanlage beherrschen und der Sicherheitslage Priorität einräumen müsse. Seine Manipulationen an der Anlage hätten die Wirksamkeit der Anlage zwar nicht negativ beeinflusst, allerdings hätte er bei der notwendigen Aufmerksamkeit feststellen müssen, dass die Alarmsirene ausgeschaltet oder defekt gewesen sei. Er sei untätig geblieben, obwohl er an der Funktionstüchtigkeit und Wirksamkeit der Anlage hätte zweifeln müssen. Die Kontrolle und Sicherstellung der Funktionstüchtigkeit der Anlage wäre ihm möglich und zumutbar gewesen (angefochtenes Urteil, S. 23).
2.2.4 Die Vorinstanz bzw. das Kantonsgericht sprechen den Beschwerdeführer der fahrlässigen einfachen Körperverletzung im Sinne von <ref-law> zum Nachteil der Beschwerdegegner 2 schuldig. Sein Verhalten sei nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung geeignet gewesen, die Körperverletzung der beiden Ehegatten zu verursachen. Gemäss Vorinstanz bewohnten die Beschwerdegegner 2 in der Brandnacht das Zimmer 219, das zur Brandmeldegruppe 6 gehörte. Die Brandmelder dieser Gruppe seien im Zeitpunkt des Brandausbruchs eingeschaltet gewesen. Da die Alarmsirene nicht ertönt sei, sei das Ehepaar erst durch den Geruch des Rauches auf den Brand aufmerksam geworden. Zu diesem Zeitpunkt sei eine Flucht über das Treppenhaus bereits nicht mehr möglich gewesen, weshalb sie sich nur noch durch einen Sprung aus dem Fenster hätten retten können. Der Beschwerdegegner A.B._ habe hierbei eine Wirbelsäulenstauchung und die Beschwerdegegnerin A.A._ eine instabile Horizontalfraktur des dritten Lendenwirbels sowie eine Brustbeinfraktur erlitten. Sie habe unter Schmerzen im Bereich des Brustbeins, des Brustkastens sowie der Lendenwirbelsäule geklagt, zudem sei sie während 16 Tagen hospitalisiert gewesen.
Nach Auffassung der Vorinstanz hätte die einfache Körperverletzung mit hoher Wahrscheinlichkeit vermieden werden können, wenn sie durch die Alarmsirene früher gewarnt worden wären. Die Konsequenzen einer nicht vollständig funktionierenden Brandschutz- und Alarmanlage seien für den Beschwerdeführer voraussehbar gewesen. Er habe gewusst, dass der Fluchtweg via Treppenhaus nur für kurze Zeit möglich gewesen sei. Die rechtzeitige Alarmierung der Hotelgäste sei deshalb von ganz zentraler Bedeutung gewesen (angefochtenes Urteil, S. 26 f.).
2.3 Wer fahrlässig einen Menschen am Körper oder an der Gesundheit schädigt, wird, auf Antrag, mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft. Fahrlässig begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (<ref-law>).
Ein fahrlässiges Erfolgsdelikt kann auch durch Unterlassen verübt werden. Voraussetzung ist in diesem Fall erstens eine Rechtspflicht zur Vornahme der unterlassenen Handlung (Garantenstellung) und zweitens die Möglichkeit, diese Handlung vorzunehmen. Zwischen der Unterlassung und dem Erfolg besteht ein Kausalzusammenhang, wenn bei Vornahme der gebotenen Handlung der Erfolg mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit nicht eingetreten wäre. Die blosse Möglichkeit des Nichteintrittes des Erfolges bei Vornahme der gebotenen Handlung reicht zur Bejahung dieses hypothetischen Zusammenhanges nicht aus (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2, je mit Hinweisen).
Ein Schuldspruch wegen fahrlässiger Körperverletzung setzt voraus, dass der Täter den Erfolg durch Verletzung einer Sorgfaltspflicht verursacht hat. Sorgfaltswidrig ist ein Verhalten, wenn der Täter zum Zeitpunkt der Tat aufgrund der Umstände sowie seiner Kenntnisse und Fähigkeiten die damit bewirkte Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte erkennen können und müssen und wenn er zugleich die Grenzen des erlaubten Risikos überschritten hat. Wo besondere Normen ein bestimmtes Verhalten gebieten, bestimmt sich das Mass der zu beachtenden Sorgfalt in erster Linie nach diesen Vorschriften. Dabei bestimmt sich die Vorsicht durch die konkreten Umstände und die persönlichen Verhältnisse des Täters, weil naturgemäss nicht alle tatsächlichen Gegebenheiten in Vorschriften gefasst werden können (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
2.4 Im Bereich des Brandschutzes ergeben sich die massgeblichen Sorgfaltspflichten aus dem kantonalen Recht sowie den Brandschutzvorschriften der Vereinigung kantonaler Feuerversicherungen (VKF). Da das inkriminierte Verhalten des Beschwerdeführers im Januar 2004 stattfand, sind die damals in Kraft stehenden - zur heutigen Rechtslage nicht massgeblich abweichenden - feuerpolizeilichen Bestimmungen des Kantons Obwalden massgebend.
Nach Art. 24 des Gesetzes vom 30. November 1980 über den Schutz gegen Feuer und andere Naturgewalten (Feuerschutzgesetz) kann der Regierungsrat Richtlinien anerkannter Fachinstanzen über den Feuerschutz als allgemeinverbindlich erklären. Dies geschah mit Art. 1 Abs. 1 der technischen Weisungen für die Feuerpolizei vom 21. Juni 1994, wonach als Technische Weisungen für die Feuerpolizei die von der Konferenz der Kantonsregierungen genehmigten Schweizerischen Brandschutzvorschriften VKF gelten. Die kantonale Feuerpolizei-Verordnung vom 30. Oktober 1970 regelt in Art. 11 Abs. 1, dass der Eigentümer, Mieter oder Pächter eines Gebäudes sowie die für einen Betrieb oder für die Benützung einer Liegenschaft zuständigen Personen für die Einhaltung der Feuerpolizeivorschriften verantwortlich sind. Die Brandschutznorm vom 15. Dezember 1992 (nachfolgend: Brandschutznorm 1993) verlangt gemäss Art. 118 Abs. 2 lit. b unter anderem für Hotels mit drei oder mehr Geschossen und mehr als 30 Betten eine Brandmeldeanlage mit Teilüberwachung. Art. 87 Ziff. 1 sieht vor, dass Brandschutzeinrichtungen so beschaffen, bemessen, ausgeführt und instandgehalten sein müssen, dass sie wirksam und jederzeit betriebsbereit sind. Nach Ziff. 2 derselben Bestimmung ist der Anlagebetreiber verantwortlich, dass die Instandhaltungsarbeiten ordnungsgemäss und fachgerecht durchgeführt werden. Diese Vorschriften werden spezifiziert durch Ziff. 12.1 der massgeblichen Brandschutzrichtlinie über die Brandmeldeanlagen vom 22. Dezember 1992 (nachfolgend: Brandschutzrichtlinie 1993). Demnach haben der Anlageeigentümer oder der Anlagebetreiber sicherzustellen, dass die Funktionstüchtigkeit und die vorgeschriebene Wirksamkeit der Brandmeldeanlage erhalten bleiben. Ziff. 12.8 schreibt die Führung eines Kontrollheftes vor (Abs. 1), in das sämtliche Ereignisse wie Störungen, Brand- und Fehlalarme, Betriebsunterbrüche, Ausschalten von Meldergruppen, Funktionskontrollen, Instandhaltungsarbeiten usw. und deren Ursachen lückenlos mit Datum, Zeit- sowie Ortsangabe im Kontrollheft einzutragen sind (Abs. 2).
2.5 Grundvoraussetzung für eine Sorgfaltspflichtverletzung und mithin für die Fahrlässigkeitshaftung bildet die Vorhersehbarkeit des Erfolgs. Die zum Erfolg führenden Geschehensabläufe müssen für den Beschwerdeführer mindestens in ihren wesentlichen Zügen voraussehbar sein. Es ist daher zu prüfen, ob dieser eine Gefährdung der Rechtsgüter hätte voraussehen beziehungsweise erkennen können und müssen. Zur Beantwortung dieser Frage gilt der Massstab der Adäquanz. Danach muss das Verhalten geeignet sein, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung einen Erfolg - wie die eingetretenen Körperverletzungen - herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Dies ist ex ante, d.h. im Zeitpunkt des Handelns, zu beurteilen.
Die Adäquanz ist zu verneinen, wenn ganz aussergewöhnliche Umstände, wie das Mitverschulden der Geschädigten beziehungsweise eines Dritten oder Material- oder Konstruktionsfehler, als Mitursache hinzutreten, mit denen schlechthin nicht gerechnet werden musste und die derart schwer wiegen, dass sie als wahrscheinlichste und unmittelbarste Ursache des Erfolgs erscheinen und so alle anderen mitverursachenden Faktoren - namentlich das Verhalten des Beschwerdeführers - in den Hintergrund drängen (<ref-ruling> E. 2.1 und E. 2.2. mit Hinweisen).
2.6 Der Beschwerdeführer ist als damaliger Geschäftsführer des Hotels neben Y._ unbestrittenermassen für die einwandfreie Funktion der Brandmeldeanlage verpflichtet gewesen. Ihm ist beizupflichten, dass er grundsätzlich von der Funktionstüchtigkeit der rund ein halbes Jahr zuvor revidierten und geprüften Anlage ausgehen durfte. Ebenfalls unbestritten ist, dass der Beschwerdeführer die Handhabung der Anlage nicht richtig verstanden hat und daher um eine Schulung durch die C._ nachgesucht, jedoch vor dem Brand noch keinen Schulungstermin wahrgenommen hat. Ob der Beschwerdeführer damit seine Sorgfaltspflichten verletzt hat, kann offenbleiben. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen bleibt einerseits ungeklärt, ob der Beschwerdeführer in der vergleichsweise kurzen Frist zwischen den beiden Fehlalarmen und der Brandnacht an einer Schulung der C._ hätte teilnehmen können und andererseits, ob anlässlich der Schulung die Funktionsfähigkeit der Alarmsirene überprüft worden wäre.
Entgegen dem Vorbringen des Beschwerdeführers ist ihm jedoch anzulasten, dass er nach dem ersten, spätestens aber nach dem zweiten Fehlalarm keine umgehende Kontrolle der Alarmsirene veranlasst hat, obwohl er nach Art. 87 Ziff. 2 der Brandschutznorm 1993 als Anlagebetreiber verantwortlich ist, dass die Instandhaltungsarbeiten ordnungsgemäss und fachgerecht durchgeführt werden. Bei dieser Kontrolle wäre mit grösster Wahrscheinlichkeit auch die deaktivierte Brandmeldegruppe 8 entdeckt worden. Dass der oder die Brandstifter zur Sicherung des Erfolgs selber an der Anlage manipuliert haben könnten, wie der Beschwerdeführer vorbringt, entlastet ihn bezüglich seiner mangelnden Kontrolle und Wartungspflicht ebensowenig wie der Umstand, dass Y._ nach Art. 124 der Brandschutznorm 1993 ebenfalls die notwendigen organisatorischen und personellen Massnahmen hätte ergreifen müssen - so etwa die periodische Betriebskontrollen und die Mängelbehebung nach Art. 125 Abs. lit. b und c.
Die zwei vom Beschwerdeführer miterlebten (Fehl-)Alarme hätten ihm aufgrund der nicht wahrnehmbaren Alarmsirene als Zeichen dienen müssen, dass die Anlage nicht richtig funktionierte. Dies gilt umso mehr, als der Beschwerdeführer damals bereits seit vielen Jahren in mehreren Gast- und Beherbergungsbetrieben (vgl. angefochtenes Urteil, S. 29) gearbeitet und entsprechende Erfahrungen im Umgang mit Alarmanlagen gesammelt hatte. Unter anderem brannte Anfang der 80er Jahre das Hotel Weisses Kreuz in Meiringen, welches er 1973 erworben und bis 2002 geführt hatte (angefochtenes Urteil, S. 23).
2.7 Es fragt sich, ob der Beschwerdeführer eine Gefährdung der Rechtsgüter der Beschwerdegegner 2 hätte voraussehen können und müssen. Mit anderen Worten musste sein Verhalten geeignet sein, deren inkriminierten einfachen Körperverletzungen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Dies ist zu bejahen. Zwar erscheint es ungewöhnlich, dass die bei Brandausbruch noch nicht schlafenden Beschwerdegegner 2 den Lärm der zahlreichen weiteren Hotelgäste, die sich über das Treppenhaus retteten, nicht wahrgenommen haben sollen. Allerdings ist nicht auszuschliessen, dass diese den Lärm nicht richtig einordneten und nicht als Zeichen einer drohenden (Brand-) Gefahr interpretierten. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ist dies jedoch nicht entscheidend, hat doch der fehlende akustische Alarm die verzögerte Evakuierung des Gebäudes mit Sicherheit begünstigt. Aufgrund der deaktivierten Brandmeldegruppe 8 löste die (aktivierte) Brandmeldegruppe 7 gemäss Vorinstanz erst um 00.41 Uhr statt zwischen Mitternacht und 00.20 Uhr Alarm aus, mithin mindestens 21 Minuten zu spät. Die fehlende Alarmsirene führte zu einer weiteren - von der Vorinstanz nicht bezifferten - Verzögerung. Die Alarmsirene hätte die Beschwerdegegner 2 mit hoher Wahrscheinlichkeit wesentlich früher als der eindringende Rauch dazu veranlasst, ihr Zimmer zu verlassen. Diesfalls wäre eine Rettung noch über das Treppenhaus statt durch einen Sprung aus dem Fenster möglich gewesen.
Das Verhalten des Beschwerdeführers ist nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung somit geeignet gewesen, die Körperverletzung der beiden Ehegatten zu erreichen. Das vom Beschwerdeführer angedeutete angebliche Mitverschulden der Beschwerdegegner 2, sich zu spät gerettet zu haben, erscheint unwahrscheinlich, wiegt jedenfalls aber nicht derart schwer, dass sie als wahrscheinlichste und unmittelbarste Ursache des Erfolgs erscheint und so alle anderen mitverursachenden Faktoren - namentlich das Verhalten des Beschwerdeführers - in den Hintergrund drängen würde.
2.8 Neben der Voraussehbarkeit bildet die Vermeidbarkeit eine weitere Voraussetzung, um ein pflichtwidriges Verhalten des Beschwerdeführers anzunehmen. Dabei ist der hypothetische Kausalverlauf zu untersuchen und zu prüfen, ob der Erfolg bei pflichtgemässem Verhalten ausgeblieben wäre. Für die Zurechnung des Erfolgs genügt, wenn das Verhalten des Beschwerdeführers mindestens mit einem hohen Grad an Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolgs bildete (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
Auch diese Voraussetzung ist zu bejahen. Hätte der Beschwerdeführer nach den Erfahrungen der zwei Fehlalarme vom 18. Dezember 2003 und dem 1. Januar 2004 die Kontrolle und Überprüfung der Anlage unmittelbar veranlasst, hätte die Sirene in der Brandnacht sowie die Brandmeldegruppe 8 mit hoher Wahrscheinlichkeit funktioniert und die Beschwerdegegner 2 rechtzeitig vor der Feuergefahr gewarnt. Mit anderen Worten wären die bei ihnen eingetretenen Körperverletzungen durch ein pflichtgemässes Verhalten des Beschwerdeführers vermeidbar gewesen.
Die Verurteilung des Beschwerdeführers durch die Vorinstanz wegen fahrlässiger einfacher Körperverletzungen zum Nachteil der Beschwerdegegner 2 verletzt kein Bundesrecht.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin 1 ist keine Entschädigung auszurichten (<ref-law>). Den Beschwerdegegnern 2 ist ebenfalls keine Entschädigung zuzusprechen, da ihnen im vorliegenden Verfahren keine Umtriebe entstanden sind (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. September 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Keller