Sachverhalt:
A. A._, B._ und C._ gründeten im Jahre 2002 die Y._ GmbH. Im gleichen Jahr kam D._ als Arbeitnehmer und vierter Gesellschafter dazu. Am 23. Januar 2006 wurde die GmbH in eine Aktiengesellschaft, die Y._ AG (Beschwerdegegnerin), umgewandelt. Dabei übernahmen die vier Gesellschafter der GmbH je 25 % der 100 Namenaktien (zu je Fr. 1'000.-- Nennwert), die statutarisch im Sinne von <ref-law> vinkuliert und nicht als Zertifikate ausgegeben wurden. Die vier Gesellschafter amteten als Verwaltungsräte der Beschwerdegegnerin.
Die Beschwerdegegnerin kündigte das Arbeitsverhältnis von D._ am 10. März 2006. D._ suchte in der Folge nach einem Käufer für seine Aktien, den er in der Person von X._ (Beschwerdeführer) fand. Mit Schreiben vom 3. Oktober 2006 ersuchte D._ die übrigen drei Aktionäre (und Verwaltungsräte) der Beschwerdegegnerin um Zustimmung zur Übertragung seines Aktienanteils auf den Beschwerdeführer.
Am 14. Februar 2007 fand eine ausserordentliche Generalversammlung der Beschwerdegegnerin statt, zu der am 12. Januar 2007 A._, B._, C._ und D._ eingeladen worden waren. Dabei erschien auch der Vertreter des Beschwerdeführers und protestierte gegen die Durchführung der Generalversammlung, da unklar sei, wer die Aktionäre der Beschwerdegegnerin seien, und insbesondere die Beschwerdegegnerin die Eintragung des Beschwerdeführers im Aktienbuch verweigert habe. Die Versammlung wurde in der Folge dennoch durchgeführt, ohne Beteiligung des Vertreters des Beschwerdeführers. Dabei beschlossen die drei anwesenden Aktionäre A._, B._ und C._, die 75 % der Aktienstimmen und der Aktiennennwerte vertraten, insbesondere eine Statutenänderung und eine ordentliche sowie eine bedingte Kapitalerhöhung.
B. Der Beschwerdeführer reichte am 16. April 2007 beim Bezirksgericht Zürich Klage gegen die Beschwerdegegnerin ein. Er beantragte, die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 über die ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- und die bedingte Kapitalerhöhung um Fr. 40'000.-- seien ungültig zu erklären und aufzuheben (Rechtsbegehren Ziffer 1). Eventuell sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm 90 Namenaktien zu je Fr. 1'000.-- Nennwert zum Bezugswert von je Fr. 1'000.-- zu übergeben (Rechtsbegehren Ziffer 2).
Gleichzeitig ersuchte der Beschwerdeführer um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme, mit der das Handelsregisteramt des Kantons Zürich bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheides über die Nichtigkeit bzw. Anfechtung gemäss Ziffer 1 anzuweisen sei, die an der ausserordentlichen Generalversammlung der Beschwerdegegnerin beschlossene ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- und etwaige Kapitalerhöhungen aus dem beschlossenen bedingten Kapital nicht einzutragen (Rechtsbegehren Ziffer 3). Damit begehrte er die Bestätigung einer entsprechenden superprovisorischen Verfügung des Audienzrichteramts am Bezirksgericht Zürich vom 11. April 2007.
Am 14. August 2007 wies das Bezirksgericht das Begehren um Erlass vorsorglicher Massnahmen ab und hob das vom Audienzrichteramt am 11. April 2007 ausgesprochene Verbot auf.
Mit Beschluss vom 29. Mai 2008 wies das Obergericht des Kantons Zürich einen Rekurs des Beschwerdeführers gegen diesen Entscheid ab und erneuerte die Aufhebung des vom Audienzrichter gegenüber dem Handelsregisteramt ausgesprochenen Verbots (Ziffer 1). Die Kosten des Rekursverfahrens verlegte es nach Obsiegen und Unterliegen auf die Parteien (Ziffern 3-5).
C. Der Beschwerdeführer erhob gegen diesen Beschluss Beschwerde in Zivilsachen mit den folgenden Rechtsbegehren:
"1. Dispositiv Ziff. 1, 3, 4 und 5 des Urteils des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. Mai 2008 seien aufzuheben.
1. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren.
2. Es sei das Handelsregisteramt des Kantons Zürich vorsorglich und bis zum Vorliegen des Entscheids des Bundesgerichts anzuweisen, den Handelsregistereintrag über die Beklagte zu berichtigen und die Eintragung der an der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 der Beschwerdegegnerin beschlossenen ordentlichen Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- zu löschen.
Es sei das Handelsregisteramt des Kantons Zürich vorsorglich und bis zum Vorliegen des Entscheids des Bundesgerichts anzuweisen, die an der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 der Beschwerdegegnerin beschlossene ordentlichen Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- und etwaige Kapitalerhöhungen aus dem an der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 beschlossenen bedingten Kapital vorläufig nicht einzutragen.
3. (...)."
Mit Präsidialverfügung vom 8. Juli 2008 wurde superprovisorisch angeordnet, dass bis zum Entscheid über die aufschiebende Wirkung sämtliche Vollziehungsvorkehren zu unterbleiben haben.
Die Beschwerdegegnerin beantragt mit Eingabe vom 22. August 2008, das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. In ihrer Beschwerdeantwort vom 28. August 2008 stellt sie zudem den Antrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid hat vorsorgliche Massnahmen zum Gegenstand, die der Beschwerdeführer für die Dauer des mit Klage vom 16. April 2007 anhängig gemachten Hauptverfahrens in einer Zivilsache nach <ref-law> mit einem für die Zulässigkeit der vorliegenden Beschwerde in Zivilsachen massgeblichen Streitwert, der Fr. 30'000.-- übersteigt (vgl. Art. 74 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit <ref-law>), beantragt hat. Es handelt sich dabei um einen kantonal letztinstanzlichen (vgl. <ref-law>/ZH) Zwischenentscheid, der grundsätzlich einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken kann und daher vor Bundesgericht anfechtbar ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Die vorliegende Beschwerde erweist sich insoweit als zulässig.
2. Im vorangegangenen kantonalen Verfahren war eine vom Beschwerdeführer beantragte vorsorgliche Anweisung an das Handelsregisteramt strittig, die an der ausserordentlichen Generalversammlung der Beschwerdegegnerin beschlossene ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- und etwaige Kapitalerhöhungen aus dem beschlossenen bedingten Kapital nicht einzutragen. Die Vorinstanz bestätigte in ihrem Urteil die Abweisung des entsprechenden Begehrens durch das Bezirksgericht und hob das vom Audienzrichteramt superprovisorisch ausgesprochene Verbot an das Handelsregisteramt erneut auf.
Die Beschwerdegegnerin macht vorliegend darauf aufmerksam, die Kapitalerhöhung sei vom Handelsregisteramt des Kantons Zürich am 10. Juni 2008 - d.h. während der Zeitspanne zwischen der Eröffnung des angefochtenen Urteils und der Erhebung der vorliegenden Beschwerde - in das Handelsregister eingetragen und am 16. Juni 2008 im Schweizerischen Handelsamtsblatt veröffentlicht worden. Sie legt dazu einen Auszug aus dem Handelsregister vom 16. Juni 2008 und einen Auszug aus dem Schweizerischen Handelsamtsblatt vom gleichen Tag bei. Sie hält dafür, damit sei das vom Obergericht aufgehobene Verbot definitiv hinfällig geworden. Mit der Eintragung in das Tagebuch des Handelsregisters seien "die ordentliche und die genehmigte Kapitalerhöhung auch im Aussenverhältnis wirksam" geworden und sei ein Widerruf bzw. eine Rückgängigmachung der Kapitalerhöhung aufgrund des Vertrauensschutzes nicht mehr möglich. Auch der Beschwerdeführer räumt in der Beschwerdeschrift ein, dass das Handelsregisteramt am 10. Juni 2008 "die Statutenänderung der angefochtenen ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 ins Handelsregister eingetragen" habe, was er ebenfalls mit einem Handelsregisterauszug belegt.
Die Beschwerdegegnerin macht vorliegend darauf aufmerksam, die Kapitalerhöhung sei vom Handelsregisteramt des Kantons Zürich am 10. Juni 2008 - d.h. während der Zeitspanne zwischen der Eröffnung des angefochtenen Urteils und der Erhebung der vorliegenden Beschwerde - in das Handelsregister eingetragen und am 16. Juni 2008 im Schweizerischen Handelsamtsblatt veröffentlicht worden. Sie legt dazu einen Auszug aus dem Handelsregister vom 16. Juni 2008 und einen Auszug aus dem Schweizerischen Handelsamtsblatt vom gleichen Tag bei. Sie hält dafür, damit sei das vom Obergericht aufgehobene Verbot definitiv hinfällig geworden. Mit der Eintragung in das Tagebuch des Handelsregisters seien "die ordentliche und die genehmigte Kapitalerhöhung auch im Aussenverhältnis wirksam" geworden und sei ein Widerruf bzw. eine Rückgängigmachung der Kapitalerhöhung aufgrund des Vertrauensschutzes nicht mehr möglich. Auch der Beschwerdeführer räumt in der Beschwerdeschrift ein, dass das Handelsregisteramt am 10. Juni 2008 "die Statutenänderung der angefochtenen ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 ins Handelsregister eingetragen" habe, was er ebenfalls mit einem Handelsregisterauszug belegt.
2.1 2.1.1 Aus den eingereichten Auszügen aus dem Handelsregister und dem Handelsamtsblatt ergibt sich, dass die von der ausserordentlichen Generalversammlung beschlossene ordentliche Kapitalerhöhung auf Fr. 460'000.-- bereits vollzogen und in das Handelsregister eingetragen worden ist. Die Wiederanordnung des Eintragungsverbots durch das Bundesgericht als vorsorgliche Massnahme für die Dauer des mit Klage vom 16. April 2007 eingeleiteten Hauptverfahrens wäre daher zwecklos, da der für den Beschwerdeführer nachteilige Vorgang (Eintragung), der mit dieser Massnahme verhindert werden sollte, bereits abgeschlossen ist. Auf das Rechtsbegehren Ziffer 3 Abs. 2, es sei das Handelsregisteramt vorsorglich anzuweisen, die an der ausserordentlichen Generalversammlung der Beschwerdegegnerin vom 14. Februar 2007 beschlossene ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- vorläufig nicht einzutragen, und auf die zur Stützung dieses Antrags vorgetragenen Beschwerdegründe ist somit nicht einzutreten. Es fehlt dem Beschwerdeführer insoweit ein aktuelles, praktisches Rechtsschutzinteresse (vgl. <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 3a/b, je mit Hinweisen).
2.1.2 Der Beschwerdeführer stellt nun allerdings in Ziff. 3 Abs. 1 seines Rechtsbegehrens den Antrag, es sei das Handelsregisteramt vorsorglich anzuweisen, den Handelsregistereintrag über die Beklagte zu berichtigen und die Eintragung der ordentlichen Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- zu löschen. Der Beschwerdeführer hat im kantonalen Verfahren indessen keinen entsprechenden Antrag auf Berichtigung bzw. auf Löschung des Handelsregistereintrags angebracht und das vorliegend gestellte Begehren würde zu einer Ausweitung des Streitgegenstands führen. Es handelt sich dabei mithin um ein unzulässiges neues Begehren im Sinne von <ref-law>, weshalb auch darauf nicht eingetreten werden kann (vgl. dazu Nicolas von Werdt, in Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum BGG, Bern 2007, N. 11 zu <ref-law>; Spühler/Dolge/Vock, Kurzkommentar zum BGG, Zürich/St. Gallen 2006, N. 6 zu <ref-law>; Ulrich Meyer, Basler Kommentar, N. 61 zu <ref-law>; vgl. dazu auch <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 3d S. 458; <ref-ruling> E. 4).
2.2 Auch hinsichtlich der bedingten Kapitalerhöhung ist nach den vorstehend dargestellten Äusserungen des Beschwerdeführers davon auszugehen, dass die diesbezügliche Statutenänderung (vgl. <ref-law>) beim Handelsregister angemeldet wurde. In der Veröffentlichung im Schweizerischen Handelsamtsblatt vom 16. Juni 2008 ist denn auch auf eine Statutenänderung hingewiesen worden. Hinsichtlich des bedingten Kapitals ist aber zu beachten, dass eine Publikation desselben im Schweizerischen Handelsamtsblatt unterbleibt, da die Kenntnis der Existenz bedingten Kapitals für Dritte nicht entscheidend ist. Auch im Handelsregisterauszug erscheint bedingtes Kapital nicht; es handelt sich beim entsprechenden Beschluss um eine nicht publikationspflichtige Tatsache (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 52 Rz. 375; Isler/Zindel, Basler Kommentar, N. 5 zu <ref-law>). Bei der bedingten Kapitalerhöhung nach <ref-law> wird der Verwaltungsrat der Gesellschaft denn auch nur ermächtigt, Anleihensgläubigern oder Mitarbeitern der Gesellschaft Optionsrechte auf Kapitalbeteiligungen einzuräumen. Die Ermächtigung bezieht sich nicht unmittelbar auf die Erhöhung des Grundkapitals, sondern auf die Begründung von Optionen dazu. Ob diese zu einer Kapitalerhöhung führen, bestimmen nicht die Gesellschaftsorgane, sondern die Optionäre. Weil die Erhöhung nicht "konzentriert" durch einmaligen Akt, sondern "tropfenweise" nach Massgabe der ausgeübten Optionen erfolgt, findet keine einheitliche registermässige Kundgabe statt (Urteil 4A.7/1995 vom 18. Januar 1996 E. 1, ZBGR 79/1998 S. 269 ff.; a.M. Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich 2004, § 2 Rz. 223). Aus den vorliegend eingereichten Handelsregisterauszügen der Beschwerdegegnerin ist dementsprechend kein Eintrag der von der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 beschlossenen bedingten Kapitalerhöhung um Fr. 40'000.-- ersichtlich.
Der Verwaltungsrat ist verpflichtet, jeweils innerhalb dreier Monate nach Abschluss des Geschäftsjahres die aus der Ausübung von Optionsrechten folgende Erhöhungstranche zur Eintragung im Handelsregister anzumelden (<ref-law>). Diese Eintragung hat indessen keine konstitutive, sondern bloss deklaratorische Wirkung. Nach <ref-law> erhöht sich das Aktienkapital ohne weiteres in dem Zeitpunkt und in dem Umfang, als die Wandel- oder Optionsrechte ausgeübt und die Einlagepflichten erfüllt werden. Der Optionär wird von diesem Zeitpunkt an von Gesetzes wegen Aktionär (Urteil 4A.7/1995 vom 18. Januar 1996 E. 1, ZBGR 79/1998 S. 269 ff., mit Hinweisen).
Dies heisst allerdings nicht, dass der Eintrag der Kapitalerhöhung nach Ausübung der Optionsrechte bedeutungslos wäre. Der Eintrag als solcher hat die für das Aktienkapital kennzeichnende (und in diesem Sinne "konstitutive") Wirkung, dass Mängel des Erhöhungsverfahrens das Bestehen weder der Aktien noch der erhöhten Sperrzahl (Aktienkapitalsumme) in Frage stellen können (Böckli, a.a.O., § 2 Rz. 248). Mit der Eintragung kommt die mit der Bekanntgabe verbundene Schutzfunktion des Aktienkapitals vollumfänglich zum Tragen. Aus Gründen des Gläubigerschutzes kann nunmehr eine fehlerhafte Kapitalerhöhung nicht mehr durch Änderung des Registereintrages oder durch richterliches Urteil, sondern nur noch durch ein Kapitalherabsetzungsverfahren (<ref-law>) - und damit unter erschwerten Voraussetzungen - korrigiert werden (Isler/Zindel, a.a.O., N. 4 zu <ref-law> mit Hinweisen; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 52 Rz. 195; vgl. auch der eine a.A. vertretende Christian C. Wenger, Das bedingte Kapital im schweizerischen Aktienrecht, Diss. Zürich 1992, S. 201).
Daraus ergibt sich, dass der Beschwerdeführer an der Beurteilung der Beschwerde insoweit ein aktuelles, praktisches Interesse hat, als er sich damit gegen die Abweisung seines Antrags wendet, dem Handelsregisteramt zu verbieten, etwaige Kapitalerhöhungen aus dem beschlossenen bedingten Kapital einzutragen, bzw. als er dem Bundesgericht beantragt, eine entsprechende Anweisung zu erlassen (Rechtsbegehren Ziff. 3 Abs. 2). Insoweit ist somit auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
2.3 Unbestritten und ohne weiteres gegeben ist das Rechtsschutzinteresse zudem, soweit sich der Beschwerdeführer gegen die Kostenverlegung im vorinstanzlichen Verfahren wendet. Auch insoweit ist auf die Beschwerde einzutreten.
3. Da mit der vorliegenden Beschwerde ein Entscheid angefochten wird, der eine vorsorgliche Massnahme zum Gegenstand hat, kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399; <ref-ruling> E. 3.2, je mit Hinweisen). Macht der Beschwerdeführer beispielsweise eine Verletzung von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.5 S. 5; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 2a S. 3 f.). Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling>49 E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1, je mit Hinweisen).
4. Die beantragten vorsorglichen Massnahmen nach <ref-law>/ZH setzen nach den unbestrittenen Erwägungen der Vorinstanz voraus, dass der Kläger die rechtliche Begründetheit seiner Klage dartut, wie auch einen drohenden, nicht leicht wieder gutzumachenden Nachteil, der nur durch eine vorsorgliche Massnahme abgewendet werden kann; dabei genügt hinsichtlich der tatsächlichen Verhältnisse die Glaubhaftmachung und muss der Anspruch aufgrund einer summarischen Prüfung rechtlich begründet erscheinen. Ebenfalls unbestritten ist, dass die entsprechende rechtliche Beurteilung vorliegend nach schweizerischem Recht vorzunehmen ist.
4.1 Im vorinstanzlichen Verfahren war zunächst strittig, ob der Beschwerdeführer zur Erhebung der Anfechtungsklage nach <ref-law> legitimiert sei. Die Vorinstanz führte dazu aus, entscheidend hierfür sei die Aktionärseigenschaft im Zeitpunkt der Klageerhebung am 16. April 2007. Die Vorinstanz erachtete es als glaubhaft, dass einerseits die Abtretung der Aktien von D._ auf den Kläger spätestens am 21. Februar 2007 mit der schriftlichen Bestätigung der zuvor (allenfalls nur mündlich und daher formwidrig; vgl. <ref-law>) vereinbarten Zession vollzogen wurde und dass andererseits die für die Übertragung der vinkulierten Namenaktien erforderliche Zustimmung der Beschwerdegegnerin spätestens am 6. Januar 2007 als erteilt betrachtet werden könne. Mithin sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer bei Anhebung der Anfechtungsklage am 16. April 2007 Aktionär der Beschwerdegegnerin gewesen sei. Hinsichtlich der Berechtigung zur Erhebung der Klage sei damit eine positive Prognose zu stellen. Insoweit blieb der vorinstanzliche Entscheid unangefochten.
4.2 Der Beschwerdeführer begründete seine Anfechtungsklage u.a. damit, dass die beanstandeten Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 unter Verletzung seines fundamentalen Rechts auf Teilnahme an der Generalversammlung und seiner Informationsrechte als Aktionär getroffen worden und daher nichtig oder wenigstens anfechtbar seien. Es herrscht Einigkeit darüber, dass es für die Aussichten der Klage insoweit wesentlich ist, ob der Beschwerdeführer bereits im Zeitpunkt der Generalversammlung über die Aktionärsrechte verfügte, auf deren Verletzung er sich beruft. Die Vorinstanz erwog, es sei insoweit entscheidend, ob sich der Beschwerdeführer im Zeitpunkt bzw. vor der Generalversammlung gegenüber der Gesellschaft durch Vorlage eines Erwerbsnachweises (Zessionsvereinbarung) bzw. durch einen Ausweis über seine Berechtigung legitimiert habe. Es sei dem Beschwerdeführer indessen nicht gelungen, den entsprechenden Nachweis glaubhaft zu machen. Hinsichtlich des Hauptbegehrens auf Aufhebung der Generalversammlungsbeschlüsse wegen Verletzung der Teilnahme- und Informationsrechte des Beschwerdeführers als Aktionär sei daher keine positive Hauptsachenprognose zu stellen, weshalb der Rekurs insoweit abzuweisen sei.
Die Vorinstanz erwog dazu unter anderem, ein als Novum eingereichtes Schreiben von D._ vom 5. Februar 2007 an die Beschwerdegegnerin vermöge nicht als Nachweis dafür zu genügen, dass er dieser vor der Generalversammlung einen Ausweis über eine Berechtigung vorgelegt habe. D._ habe in diesem Schreiben angefragt, weshalb der Beschwerdeführer, sein "transferee", noch nicht im Aktienbuch eingetragen worden sei. Auch wenn aus dem Schreiben hervorgehen möge, dass D._ am 5. Februar 2007 der Meinung war, er habe seinen Aktienanteil bereits auf den Beschwerdeführer übertragen, genüge dieses an die Beschwerdegegnerin gerichtete Schreiben nicht als Bestätigung einer zuvor nur mündlich vorgenommenen Abtretung, die den Formmangel zu heilen vermöchte.
Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe aktenwidrig entschieden und sei in Willkür verfallen, indem sie festgestellt habe, die Zession der 25 Namenaktien von D._ auf ihn sei erst am 21. Februar 2007 wirksam geworden, weil ihm erst in diesem Zeitpunkt eine schriftliche Bestätigung über die Zession zugegangen sei. Richtigerweise hätte die Vorinstanz erkennen müssen, dass die Zession spätestens am 5. Februar 2007 gültig zustande gekommen und der Beschwerdeführer damit auch Aktionär der Beschwerdegegnerin geworden sei.
Es lässt sich erst aus der Begründung der vorstehenden Rüge überhaupt erkennen, dass der Beschwerdeführer damit auch den entscheidenden Schluss der Vorinstanz in Frage stellen will, wonach es ihm nicht gelungen sei, glaubhaft zu machen, dass der Gesellschaft rechtzeitig ein Erwerbsnachweis vorgelegt worden sei. Denn er beruft sich zur Begründung seiner Rüge auf drei Schreiben von D._ an die Beschwerdegegnerin vom 3. Oktober 2006, vom 8. Dezember 2006 und vom 5. Februar 2007, mit denen seiner Ansicht nach (in Schriftform und damit den Formmangel einer früheren Zession heilend) bestätigt wurde, dass die Zession der Aktien stattgefunden habe, weshalb es der weiteren (von der Vorinstanz als heilend betrachteten) Bestätigung vom 21. Februar 2007 nicht bedurft hätte.
Davon abgesehen ist die Rüge nicht rechtsgenügend begründet. Denn der Beschwerdeführer legt nicht einmal im Ansatz dar, weshalb die Vorinstanz in Willkür verfallen sein soll, indem sie aus den von ihm angerufenen Schreiben nicht schloss, es werde damit eine stattgefundene Abtretung schriftlich bestätigt. Willkür ist insoweit auch nicht ersichtlich, muss doch aus dem vom Beschwerdeführer wiedergegebenen Inhalt der Schreiben in keiner Weise ein entsprechender Schluss gezogen werden. Die wiederholte blosse Behauptung in der Beschwerde, die in den Schreiben enthaltenen Erklärungen über den Verkauf der Aktien an den Kläger genügten den Anforderungen an die Erklärung eines Zedenten an den Zessionar bzw. seien eine genügende schriftliche Bestätigung über die Zession, ist von vornherein nicht geeignet, Willkür aufzuzeigen. Auf die Beschwerde ist insoweit mangels rechtsgenügender Begründung nicht einzutreten.
Der Beschwerdeführer macht sodann geltend, die beanstandete Feststellung sei unter Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör zustande gekommen, weil sich die Vorinstanz nicht mit dem mehrfach vorgebrachten Argument auseinandergesetzt habe, dass spätestens mit dem Schreiben von D._ an die Beschwerdegegnerin vom 5. Februar 2007 eine rechtsgenügende Bestätigung der erfolgten Zession vorgelegen habe. Diese Rüge ist offensichtlich unbegründet, hat doch die Vorinstanz in ihrem Entscheid dargelegt, inwiefern sie den Inhalt des Schreibens vom 5. Februar 2007 nicht als Bestätigung einer zuvor nur mündlich vorgenommenen Abtretung betrachtete, die den Formmangel zu heilen vermöchte. Sie hat sich damit in einer den verfassungsrechtlichen Anforderungen an die Entscheidbegründung genügenden Weise mit dem Standpunkt des Beschwerdeführers auseinandergesetzt (vgl. <ref-ruling> E. 4.1).
4.3 Mit dem Eventualbegehren seiner Klage verlangte der Beschwerdeführer, die Beschwerdegegnerin sei für den Fall der Abweisung seiner Anfechtungsklage zu verpflichten, ihm 90 Namenaktien zu je Fr. 1'000.-- Nennwert zum Bezugswert von je Fr. 1'000.-- zu übergeben. Die Vorinstanz erwog, die drohenden, nicht wiedergutzumachenden Nachteile, mit denen der Beschwerdeführer das Massnahmebegehren (d.h. den Antrag dem Handelsregisteramt den Eintrag der Kapitalerhöhung vorsorglich zu verbieten) begründete, bezögen sich auch auf dieses Begehren. Sie stellte allerdings auch hinsichtlich desselben eine negative Hauptsachenprognose, da dem Beschwerdeführer für die fraglichen Aktien nie ein Bezugsrecht zugestanden habe, und wies das Massnahmebegehren auch ab, soweit es zur Sicherung des mit dem Eventualbegehren angestrebten Ziels der Ausübung des Bezugsrechts begründet wurde.
Auf die dagegen erhobenen Rügen ist nicht einzutreten. Denn der Beschwerdeführer macht das Bezugsrecht im Hauptverfahren lediglich hinsichtlich der im Zuge der ordentlichen Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- ausgegebenen Aktien geltend, nicht auch bezüglich der bedingten Kapitalerhöhung. Die ordentliche Kapitalerhöhung ist indessen, wie vorstehend dargelegt, bereits vollzogen und im Handelsregister eingetragen, weshalb dem Beschwerdeführer insoweit ein aktuelles Rechtsschutzinteresse fehlt (Erwägung 2.1.1 vorne). Da auch sein vorliegend gestelltes Begehren um vorsorgliche Löschung bzw. Berichtigung dieses Handelsregistereintrags unzulässig ist, sind die Rügen auch nicht mit Blick auf dieses zu behandeln (Erwägung 2.1.2 vorne).
5. Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich gegen die Verteilung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens. Er macht geltend, die Vorinstanz habe die Kosten zu Unrecht allein nach Obsiegen festgelegt anstatt die Kosten nach <ref-law> zu verteilen. Richtigerweise hätte sie berücksichtigen müssen, dass die Klage nur deshalb habe eingeleitet werden müssen, weil sich die Beschwerdegegnerin seit dem 5. Oktober 2006 weigere, den Beschwerdeführer als Aktionär einzutragen, obwohl sie über die nötigen Unterlagen verfügt bzw. der Beschwerdeführer immer wieder anerboten habe, weitere benötigte Unterlagen und Informationen beizubringen. Sie habe auch keinerlei Bereitschaft gezeigt, den Beschwerdeführer zu einem Gespräch zu empfangen und sich über seine Person und seine Absichten in Bezug auf die Gesellschaft informieren zu lassen. Deshalb rechtfertige es sich, die Gesellschaft zur Bezahlung eines grösseren Teils der Verfahrenskosten zu verpflichten, als es nach Obsiegen der Fall wäre.
<ref-law> gibt dem Richter bei Anfechtungsklagen die Befugnis, bei Abweisung der Klage die Kosten nach seinem Ermessen auf die Gesellschaft und den Kläger zu verteilen. Es geht dabei um eine Billigkeitsentscheidung (<ref-law>), die auf objektiver Interessenabwägung unter Beachtung der Umstände des beurteilten Falles beruht (<ref-ruling> E. 4 S. 432 mit Hinweisen). <ref-law> gebietet nicht unter allen Umständen, vom allgemein geltenden Grundsatz der Kostenverteilung nach Massgabe des Obsiegens und Unterliegens abzuweichen. Insbesondere ist ein Abweichen von diesem Grundsatz die Ausnahme, wenn der Kläger an der beklagten Gesellschaft nicht unwesentlich beteiligt und daher nicht als Kleinaktionär zu bezeichnen ist, dessen finanzielles Interesse an der Anfechtungsklage im Verhältnis zu demjenigen der Gesellschaft gering erscheint (Urteile 4A_43/2007 vom 11. Juli 2007 E. 7 und 4C.324/2001 vom 7. Februar 2002 E. 5; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 25 N. 83; Böckli, a.a.O., § 16 Rz. 126; Andreas Casutt, Rechtliche Aspekte der Verteilung der Prozesskosten im Anfechtungs- und Verantwortlichkeitsprozess, in Neues zum Gesellschafts- und Wirtschaftsrecht: Zum 50. Geburtstag von Peter Forstmoser, Zürich 1993, S. 91).
Die Vorinstanz hat mit der kurzen Begründung von einem Abweichen von der Kostenverteilung nach Unterliegen und Obsiegen abgesehen, dass dazu kein Anlass bestehe. Der Beschwerdeführer tut allerdings nicht dar, dass er im vorinstanzlichen Verfahren eine abweichende Kostenverteilung nach <ref-law> überhaupt beantragt und sich dazu auf erhebliche Umstände berufen hätte. Entsprechend fehlen im angefochtenen Urteil Sachverhaltsfeststellungen zu den vorliegend erhobenen Behauptungen, dass der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin immer wieder anerboten habe, weitere benötigte Unterlagen und Informationen beizubringen, und dass die Beschwerdegegnerin keinerlei Bereitschaft gezeigt habe, den Beschwerdeführer zu einem Gespräch zu empfangen und sich über seine Person und seine Absichten in Bezug auf die Gesellschaft informieren zu lassen. Da der Beschwerdeführer dazu keine Sachverhaltsrüge im Sinne von <ref-law> erhebt, ist er damit nicht zu hören (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4; <ref-ruling> E. 6.2). Der weitere vom Beschwerdeführer vorgebrachte Umstand, wonach sich die Beschwerdegegnerin seit dem 5. Oktober 2006 weigere, den Beschwerdeführer als Aktionär einzutragen, obwohl sie über die nötigen Unterlagen verfüge, ist von vornherein nicht geeignet, eine abweichende Kostenverlegung zu rechtfertigen, da die Frage, ob die Beschwerdegegnerin im entscheidenden Zeitpunkt über die für den Eintrag des Beschwerdeführers notwendigen Unterlagen verfügte, gerade Gegenstand des Prozesses ist.
Der Beschwerdeführer tut damit keine Umstände dar, die eine Anwendung von <ref-law> erheischen würden. Der Entscheid der Vorinstanz ist davon abgesehen schon mit Blick darauf nicht zu beanstanden, dass der Beschwerdeführer vor der angefochtenen Kapitalerhöhung Anspruch auf eine Kapitalbeteiligung an der Beschwerdegegnerin in der Höhe von 25 % erhebt und insoweit nicht als Kleinaktionär zu betrachten ist, bei dem das Kostenrisiko einer Anfechtungsklage mit einem nach dem Gesellschaftsinteresse bemessenen Streitwert in einem grossen Missverhältnis zu seinem persönlichen Interesse an der Klage stünde.
Auch in diesem Punkt erweist sich die Beschwerde damit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
6. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Diesem Verfahrensausgang entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Es besteht auch vorliegend kein Anlass, gemäss <ref-law> von dieser im Gesetz als Regel vorgesehenen Kostenverlegung nach Obsiegen und Unterliegen abzuweichen, wozu auf das in vorstehender Erwägung 5 Ausgeführte verwiesen werden kann.
Mit dem Entscheid in der Sache selbst werden die Gesuche um Anordnung der aufschiebenden Wirkung und von vorsorglichen Massnahmen für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. September 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer