Faits:
A.
Le 31 août 2012, A._, ressortissant suisse et guatémaltèque, a été arrêté dans le cadre d'une enquête conduite par le Ministère public du canton de Genève (ci-après: le Ministère public). Il lui est reproché d'avoir exécuté ou fait exécuter douze personnes entre novembre 2005 et septembre 2006, alors qu'il était Directeur général de la Police nationale civile du Guatemala (PNC). L'instruction genevoise porte sur deux cas. Fin 2005, alors que 19 prisonniers s'étaient évadés de la prison de haute sécurité " El Infiernito ", A._ aurait, avec notamment des membres du Ministère de l'intérieur et de la PNC, ordonné l'exécution de cinq des évadés. En juin 2006, des dirigeants du Ministère de l'intérieur, de l'armée et de la police civile et pénitentiaire, dont le prénommé, auraient élaboré un plan visant à reprendre le contrôle de la prison Pavón, qui comptait environ 1'800 détenus et que son administration ne maîtrisait plus. Dans le cadre de cette opération, le 25 septembre 2006, sept détenus auraient été tués sous le commandement de la PNC et de l'Armée nationale.
Le 6 octobre 2011, les autorités du Guatemala ont répondu à la commission rogatoire décernée le 18 avril 2011 par le Ministère public et lui ont transmis un rapport de la Commission internationale contre l'impunité au Guatemala (CICIG) sur les faits précités, accompagné de différents témoignages, rapports de police, autopsies, photographies et DVD ainsi que quatre mandats d'arrêts internationaux - émis par la justice guatémaltèque le 6 août 2010 - dont un à l'encontre de A._.
B.
La détention de A._ a été régulièrement prolongée. Le 12 mars 2013, le Tribunal fédéral avait rejeté le recours formé par le prénommé contre un arrêt de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) confirmant son maintien en détention provisoire (cause 1B_60/2013).
En mars et avril 2013, le Ministère public a procédé aux auditions de plusieurs témoins qui avaient participé à l'enquête de la CICIG ainsi qu'à celles de B._, directeur général des Services pénitentiaires et de C._, détenu en Autriche.
Le 9 mars 2013, A._ a formé une nouvelle demande de mise en liberté, que le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève (Tmc) a refusée, par décision du 19 mars 2013.
Par arrêt du 26 avril 2013, la Cour de justice a rejeté le recours de A._ contre l'ordonnance du 19 mars 2013. Elle a considéré en substance que les charges étaient suffisantes et qu'il existait un risque de fuite et de collusion.
C.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de l'instance précédente et "d'ordonner sa remise en liberté immédiate moyennant le dépôt de tous ses passeports". Il conclut subsidiairement à sa mise en liberté moyennant toutes autres mesures de substitution jugées utiles par le Tribunal de céans. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt et n'a pas d'observations à formuler. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Le recourant a répliqué.

Considérant en droit:
1.
Le recours en matière pénale (<ref-law>) est en principe ouvert contre une décision relative au maintien en détention provisoire au sens des <ref-law>. Dès lors que l'acte de procédure litigieux ne met pas un terme à la procédure pénale (art. 90 s. LTF), il s'agit d'une décision incidente prise séparément au sens de l'<ref-law>. La décision ordonnant la mise en détention provisoire du prévenu étant susceptible de lui causer un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>, elle peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 1 LTF, l'accusé a qualité pour agir. Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'<ref-law>.
2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint d'un établissement arbitraire des faits (<ref-law>).
2.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4.3).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, si elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision ou lorsqu'elle tire des constatations insoutenables des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 560).
2.2. Dans la première partie de son écriture, le recourant conteste de nombreux faits ressortant de l'arrêt entrepris et en expose certains qui n'y figurent pas.
2.2.1. La plupart des critiques relatives à l'état de fait de l'arrêt attaqué ne sont pas décisives pour le sort de la cause. En effet, une éventuelle précision de l'état de fait sur ces points litigieux ne permettrait pas de trancher différemment la question de l'existence de charges suffisantes à l'encontre du prévenu. Il en va ainsi de la référence que fait la Cour de justice à l'ouvrage intitulé " Crimen de Estado - El caso PARLACEN " et à un rapport des Nations Unies ainsi que la mention inexacte de PDH (Procuradoria de los derechos humanos) au lieu de COPREDEH (Commission présidentielle des droits de l'homme: arrêt attaqué p. 5 consid. Dc). De même, peu importe que la Cour de justice ait établi de manière imprécise que le témoin D._ aurait déclaré qu'il n'y avait pas eu de résistance armée de la part des détenus au point d'assaut est, alors qu'il aurait seulement affirmé que seuls les détenus qui se rendaient ne résistaient pas, vu le raisonnement qui suit (consid. 3). Il en va de même du fait que le témoin E._ n'aurait jamais dit que A._ était présent au point d'assaut est au moment de l'assaut initial. Enfin, le fait d'avoir retenu que "F._, réentendu le 14 décembre 2012, avait confirmé sa déposition du 1er septembre 2012 lors de laquelle il avait déjà confirmé sa déclaration filmée devant TRIAL", alors qu'il se serait rétracté à ce sujet n'a pas non plus d'influence sur la question de la mise en liberté du recourant, dans la mesure où l'instance précédente a seulement retenu que ce témoignage confirmait la présence du recourant dans la prison au moment où les détenus furent tués.
Le recourant soulève encore des constatations de fait qui, non seulement ne sont pas susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, mais qui de surcroît ne sont pas arbitraires, dès lors que l'instance précédente s'est fondée sur des témoignages pour les établir. Ainsi, lorsque la Cour de justice a affirmé que "selon les documents figurant à la procédure, alors qu'il dirigeait la PNC, [le recourant] avait formé une organisation criminelle parallèle", elle s'est fondée notamment sur la déposition de G._. Il en va de même du fait qu'aucun élément au dossier ne permettrait d'établir la participation du recourant à l'opération " El Infiernito " puisque l'instance précédente s'est basée sur deux témoignages pour retenir que le recourant était tenu au courant de cette opération. L'intéressé fait encore grief à l'instance précédente d'avoir mentionné que le recourant "se serait chargé lui-même de l'exécution de H._". Là encore le grief de la constatation arbitraire des faits doit être écarté puisque cet élément ressort du témoignage de F._ et que de surcroît l'instance précédente le mentionne en utilisant le conditionnel. Il appartiendra au juge du fond d'apprécier la crédibilité des témoignages précités.
2.2.2. Le recourant met aussi en évidence des éléments à décharge que la Cour de justice n'aurait pas pris en compte arbitrairement. Il s'agit des témoignages de I._, commandant de l'armée sur les lieux le 25 septembre 2006, et de J._, garde du corps du recourant le jour de l'opération, qui attesteraient que A._ n'a participé à aucune forme d'activité criminelle. Le recourant signale aussi trois pièces à décharge, à savoir le rapport de police officiel du 25 septembre 2006 qui indiquerait que les détenus étaient décédés à l'aube, le rapport du juge de paix du 25 septembre 2006 ainsi que le rapport d'admission à 7h34 à l'hôpital Roosevelt d'un détenu blessé.
Partant, le recourant perd de vue que le rôle du juge de la détention se limite à examiner si les conditions de maintien en détention avant jugement, soit notamment l'existence de forts soupçons, sont remplies. Il ne lui incombe pas de prendre en compte tous les éléments de preuve et d'examiner minutieusement tous les témoignages, au risque d'empiéter sur les compétences du juge du fond. Dans ce contexte, les éléments non retenus ne sont pas propres à modifier la décision attaquée.
2.2.3. S'agissant des dépositions de K._, de G._ et de L._, le recourant ne fait valoir aucun établissement arbitraire des faits. Il se contente de mettre en cause la crédibilité ou la force probante desdits témoignages, ce qui constitue un grief de fond. De même, le recourant ne dit pas ce qui serait arbitraire dans le résumé du témoignage de M._, fait par la Cour de justice dans son arrêt. Il se borne à avancer que ce témoin ne met pas directement A._ en cause.
En réalité, l'intéressé critique plutôt la pertinence de la motivation de la Cour de justice et reprend sous l'angle de l'établissement arbitraire des faits les griefs qu'il fait valoir sur le fond. Il soulève ainsi des questions de fond qui seront examinées ci-après.
2.2.4. Le recourant soutient enfin que l'affirmation de la Cour de justice selon laquelle "sept détenus ont été mis à l'écart des autres et furent tués" lors de l'opération Pavón est manifestement contraire au dossier et viole la présomption d'innocence. Il prétend que les détenus en question sont décédés lors de la fusillade qui a éclaté entre les forces de l'ordre et les détenus rebelles rassemblés dans une propriété au point d'assaut est.
L'arrêt attaqué se contente de reprendre les éléments à charge tels qu'ils ressortent du dossier, notamment de certains témoignages. Si l'affirmation litigieuse paraît trop péremptoire au recourant, il n'en résulte pas pour autant une violation de la présomption d'innocence (<ref-law>; 32 al. 1 Cst.) puisque la Cour de justice n'a pas entendu s'exprimer de manière définitive sur la culpabilité du recourant, mais seulement sur l'existence d'indices suffisants propres à asseoir un maintien en détention provisoire. Rien ne permet d'y voir une déclaration prématurée de culpabilité susceptible d'influer sur le juge du fond.
2.2.5. En définitive, vu le raisonnement qui suit (cf. consid. 3), les quelques imprécisions contenues dans l'arrêt attaqué ainsi qu'un éventuel complément de l'état de fait litigieux ne permettraient pas de trancher différemment la question de la mise en liberté du recourant. Le grief de la violation de l'<ref-law> doit donc être écarté.
3.
Sur le fond, le recourant conteste les faits qui lui sont reprochés et nie à nouveau l'existence de charges suffisantes à son encontre.
3.1. Une mesure de détention préventive n'est compatible avec la liberté personnelle garantie aux art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et art. 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'<ref-law>. Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, par un risque de fuite ou par un danger de collusion ou de réitération (art. 221 al. 1 let. a, b et c CPP). Préalablement à ces conditions, il doit exister des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité, à l'égard de l'intéressé (<ref-law>; art. 5 par. 1 let. c CEDH), c'est-à-dire des raisons plausibles de le soupçonner d'avoir commis une infraction.
Le Tribunal fédéral examine librement ces questions, sous réserve toutefois de l'appréciation des faits, revue sous l'angle restreint des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 73 s. et les références). En outre, il n'appartient pas au juge de la détention de procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge et d'apprécier la crédibilité des personnes qui mettent en cause le prévenu. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justifiant une telle mesure. L'intensité des charges propres à motiver un maintien en détention préventive n'est pas la même aux divers stades de l'instruction pénale; si des soupçons, même encore peu précis, peuvent être suffisants dans les premiers temps de l'enquête, la perspective d'une condamnation doit apparaître vraisemblable après l'accomplissement des actes d'instruction envisageables (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 126 s.).
3.2. En l'occurrence, la Cour de justice a considéré qu'il existait des soupçons suffisants que les forces de police, dirigées par le recourant, avaient investi la prison Pavón au petit matin du 25 septembre 2006, sans rencontrer de résistance; des hommes cagoulés et armés se seraient dirigés vers la maison du détenu S._ en ouvrant le feu, sans riposte apparente; certains détenus, qui auraient été mis en ligne et déshabillés, auraient été retrouvés en un autre lieu habillés et morts.
Pour établir l'existence de forts soupçons, l'instance précédente a d'abord précisé que les charges suffisantes retenues dans l'arrêt du 12 mars 2013 étaient toujours d'actualité (cf. arrêt 1B_60/2013 précité consid. 3.2). Selon elle, la vraisemblance des faits reprochés s'était renforcée à la suite des auditions qui avaient eu lieu en mars 2013.
Elle s'est fondée sur les témoignages de L._, procureur auprès de la CICIG, de M._, conseiller en sécurité pour les prisons au Guatemala, de N._, policier, de D._, de E._ et de O._, tous membres de la PNC, de P._, détenu pour assassinats à la prison Pavón, de K._ et de G._, membres de la CICIG. Elle a considéré que la quasi totalité des témoins avait confirmé ce qu'ils avaient déclaré à la CICIG et que les manipulations qui entacheraient les enquêtes de cette institution n'étaient pas démontrées par le recourant. Elle s'est référée notamment au témoignage de L._, procureur auprès de la CICIG, qui a affirmé qu'à aucun moment les détenus de la prison n'avaient opposé de résistance lors de l'assaut des forces de l'ordre et qui a confirmé qu'une liste de 25 plus importants prisonniers circulait parmi les membres des forces de l'ordre et que les rapports d'autopsies effectuées sur les personnes décédées étaient défaillants. L'instance précédente s'est aussi appuyée sur le témoignage de M._, conseiller en sécurité pour les prisons du Guatemala, qui a expliqué avoir été chargé d'établir une liste des 25 détenus les plus influents au sein de la prison et qui a indiqué qu'il n'y avait pas eu d'affrontement entre les détenus et la police. Elle a encore mentionné que N._, policier, avait déclaré qu'un détenu avait été exécuté alors qu'il était maîtrisé. S'ajoutait à cela que D._, membre de la PNC, avait indiqué avoir vu des hommes habillés en noir qui emmenaient un prisonnier les mains liées dans le dos dans une maison et qu'il avait ensuite entendu des coups de feu.
S'agissant de l'affaire " El Infiernito ", l'instance précédente s'est appuyée sur le témoignage de L._, qui a dit disposer de deux témoins, policiers de la PNC, qui affirmaient qu'un détenu évadé avait été exécuté sur ordre d'un groupe dont A._ était membre. Elle a cité aussi le témoin K._, enquêteur auprès de la CICIG, qui a affirmé que trois des détenus évadés avaient été assassinés et que le recourant était tenu au courant de ces faits.
La Cour de justice a certes relevé que les dépositions de R._, Ministre de l'intérieur du Guatemala à l'époque des faits litigieux, de B._, Directeur général des Services pénitentiaires guatémaltèques, ainsi que celle, dans une certaine mesure, de C._, actuellement détenu en Autriche, qui travaillait directement sous les ordres du recourant, allaient dans le sens de ce que le recourant avait toujours affirmé. Elle a toutefois estimé que c'était dans l'ordre des choses puisque ces personnes étaient, selon l'accusation, censées avoir décidé de faire front commun contre la délinquance qui sévissait au Guatemala, dans et hors des prisons et avoir agi de concert dans les cas Pavón et El Infiernito, pour autant qu'elles étaient déjà au commandement.
L'instance précédente s'est enfin appuyée sur les rapports photographiques, desquels il ressortirait que, dans le but de dissimuler les exécutions extrajudiciaires, les scènes du crime auraient été altérées, en mettant dans les mains des cadavres des prisonniers exécutés des grenades et des armes à feu, faisant ainsi croire qu'ils étaient morts dans un affrontement avec les autorités.
En définitive, la Cour de justice a retenu que la conjonction de différents éléments constituait des charges suffisantes pour retenir que le recourant avait participé aux infractions qui lui sont reprochées, dans la mesure où il exerçait la plus haute fonction dans la hiérarchie policière au moment des faits et où il apparaît difficilement soutenable qu'il n'ait pas été au courant de toute l'opération et qu'il n'ait pas participé aux décisions concernant les exécutions, vu les contacts qu'il a eus avant et pendant ce jour-là avec d'autres responsables et nombre d'exécutants.
3.3. Le recourant met d'abord en évidence des éléments à décharge qui à tout le moins entraîneraient un fort affaiblissement des charges. Il affirme qu'il ressortirait des enregistrements vidéos et des dépositions de M._, de C._, de E._ et de B._ que les intervenants à la prison de Pavón avaient dû faire face à une résistance armée et qu'une fusillade avait éclaté. Il rappelle que J._ et I._ confirment également sa version des faits. En outre, les dépositions de sept commissaires de police présents lors de l'opération Pavón confirmeraient qu'aucun détenu n'a jamais été mis à part des files de détenus et qu'il n'existait à leur connaissance pas de liste de détenus à sélectionner.
L'intéressé énumère ensuite, avec force détails, différentes contradictions ou imprécisions qui émaillent les témoignages de T._, de E._, de K._, de G._, de D._ et de L._. Il soutient encore que les détenus ont lancé une fausse rumeur dès le matin de l'opération, selon laquelle des exécutions extrajudiciaires s'étaient déroulées pendant l'opération, citant sous forme de canular des noms de détenus qui ont été retrouvés vivants par la suite.
Il prétend aussi qu'il n'a pas été réfuté qu'il était arrivé sur les lieux devant la maison de S._ lorsque les détenus étaient déjà décédés, qu'il lui avait été fait rapport dans la matinée que les détenus étaient décédés au cours d'une confrontation armée et qu'il n'avait jamais donné le moindre ordre de faire abattre qui que ce soit. La justice genevoise n'aurait pas rendu vraisemblable la participation du prévenu à l'élaboration d'une liste de détenus à exécuter ainsi que sa participation à une organisation criminelle. Le recourant rappelle que la justice guatémaltèque a blanchi B._ et que la justice espagnole a libéré sous caution R._en 2010. Il souligne que ni ses subalternes dont C._, ni les personnes chargées de l'opérationnel, ni les personnes d'un rang équivalent au sien dont I._ et B._, ni ses supérieurs dont R._, le Président et le Vice-président du Guatemala ne le mettent en cause.
Il affirme enfin que le Ministère public serait en peine de rédiger aujourd'hui un acte d'accusation malgré les années d'enquête et d'instruction.
Partant, le recourant perd de vue qu'il n'appartient pas au juge de la détention provisoire d'examiner en détail ces considérations de fait, pas plus que de faire une appréciation complète des éléments à charge et à décharge; il lui incombe uniquement de vérifier, sous l'angle de la vraisemblance, que le maintien en détention avant jugement repose sur des indices de culpabilité suffisants. Or, au stade actuel de l'enquête, le faisceau d'indices retenus par l'instance précédente permet de considérer que le recourant a participé, vu sa position de Directeur général de la Police nationale civile du Guatemala, aux infractions qui lui sont reprochées. On peut y ajouter le rapport d'enquête de médecine légale du 5 novembre 2010 qui conclut que les impacts de projectiles à grande vitesse observés sur les corps des victimes proviennent de tirs à bout portant sur des personnes présumées maîtrisées. Le faisceau d'indices retenus est, en l'état, suffisant pour justifier un maintien en détention du recourant. C'est donc en vain que le recourant discute minutieusement le déroulement des faits et de l'enquête, car c'est au juge du fond qu'il appartiendra, le cas échéant, d'apprécier la valeur probante des différents témoignages et de déterminer dans quelle mesure le recourant est impliqué dans les actes qui ont fait l'objet de l'instruction.
4.
Le recourant conteste enfin l'existence d'un risque de fuite et de collusion. Si de tels risques devaient toutefois être retenus, il requiert la mise en oeuvre de mesures de substitution au sens de l'<ref-law>, telles que le versement d'une caution de 100'000 francs, le dépôt de ses papiers d'identité, le port d'un bracelet électronique et l'obligation de se rendre au poste de police de manière régulière.
4.1. Selon la jurisprudence, le risque de fuite au sens de l'<ref-law> doit s'analyser en fonction d'un ensemble de critères tels que le caractère de l'intéressé, sa moralité, ses ressources, ses liens avec l'Etat qui le poursuit ainsi que ses contacts à l'étranger, qui font apparaître le risque de fuite non seulement possible, mais également probable (<ref-ruling> consid. 4a p. 70 et la jurisprudence citée). La gravité de l'infraction ne peut pas, à elle seule, justifier la prolongation de la détention, même si elle permet souvent de présumer un danger de fuite en raison de l'importance de la peine dont le prévenu est menacé (<ref-ruling> consid. 3a p. 62, 117 Ia 69 consid. 4a p. 70, 108 Ia 64 consid. 3 p. 67).
4.2. En l'occurrence, il est vrai que le recourant, ressortissant suisse, peut se prévaloir de liens avec la Suisse, dans la mesure où il y réside depuis 2007 avec sa femme et ses trois enfants. La Cour de justice a toutefois retenu que les attaches du prévenu à la Suisse, relativement récentes et de circonstances, n'étaient pas d'une pérennité certaine, ce d'autant moins qu'il n'y exerçait aucun emploi, pas plus que son épouse. Elle a ajouté que le statut particulier de double national du recourant pourrait rendre difficile sa recherche selon le pays dans lequel il choisirait de se rendre, ce qui serait de nature à susciter son intérêt à quitter la Suisse; les attaches récentes du recourant avec la Suisse devaient de surcroît être mises en balance avec la gravité des actes qui lui sont reprochés et la peine privative de liberté encourue, qui pourrait l'inciter à faire certains sacrifices pour y échapper.
Face à ces arguments, le recourant se borne à relever qu'il n'a cessé de collaborer avec la justice helvétique, qu'il n'a aucun intérêt à quitter la Suisse, vu le mandat d'arrêt international décerné à son encontre par le Guatemala, qu'il n'est à l'abri d'une extradition que tant qu'il demeurera en Suisse, que sa sécurité au Guatemala ne saurait être garantie et qu'il ne dispose d'aucun moyen financier pour organiser une quelconque cavale.
Cette argumentation est toutefois insuffisante à faire admettre l'invraisemblance du risque de fuite et tend plutôt à montrer que le recourant, prévenu d'une infraction passible d'une peine privative de liberté importante, possède de sérieuses raisons de ne pas rester en Suisse. S'ajoute à cela qu'il a indiqué, lors de son audition devant le Tmc le 26 novembre 2012, être retourné à plusieurs reprises au Guatemala après son arrivée en territoire helvétique et ce, malgré le fait qu'à ses dires la situation au Guatemala était très dangereuse pour lui. Il a aussi mentionné que sa femme et son beau-père s'étaient rendus en 2012 au Guatemala et au Salvador, pays dans lesquels celui-ci détient une maison. Dans ces circonstances, c'est à juste titre que la Cour de justice a retenu un risque concret de fuite. Le grief doit donc être rejeté.
4.3. L'existence d'un risque de fuite dispense d'examiner s'il existe aussi un danger de collusion, au sens de l'<ref-law>.
4.4. Conformément au principe de la proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.), il convient d'examiner les possibilités de mettre en oeuvre d'autres solutions moins dommageables que la détention (règle de la nécessité). Cette exigence est concrétisée par l'<ref-law>, qui prévoit que le tribunal compétent ordonne une ou plusieurs mesures moins sévères en lieu et place de la détention si ces mesures permettent d'atteindre le même but que la détention. Selon l'<ref-law>, font notamment partie des mesures de substitution la fourniture de sûreté (let. a), la saisie des documents d'identité (let. b), l'assignation à résidence ou l'interdiction de se rendre dans un certain lieu ou un certain immeuble (let. c), l'obligation de se présenter régulièrement à un service administratif (let. d) et l'interdiction d'entretenir des relations avec certaines personnes (let. g).
En l'espèce, les mesures de substitution proposées par le recourant apparaissent insuffisantes au regard de l'intensité du risque de fuite. En effet, le dépôt des passeports suisse et guatémaltèque et l'obligation de se présenter régulièrement au poste de police ne sont pas de nature à empêcher une personne, dans la situation du recourant, de s'enfuir à l'étranger ou de disparaître dans la clandestinité, étant rappelé qu'il avait été "exfiltré" avec l'appui des autorités américaines lorsqu'il avait fui le Guatemala. Quant à la caution de 100'000 francs mise à disposition par un "ami très proche depuis plus de quinze ans" - dont la provenance des fonds n'est au demeurant pas détaillée -, elle ne permet pas, en l'état, d'admettre que la perspective de perdre cette somme d'argent agira comme un frein suffisamment puissant pour écarter toute velléité de fuite, dans la mesure où l'on ignore la situation financière de cette personne ainsi que la nature de ses liens avec le recourant.
Par ailleurs, il y a lieu de relever que la surveillance électronique préconisée par le recourant ne constitue pas en soi une mesure de substitution mais uniquement un moyen de contrôler l'exécution d'une telle mesure, en particulier une assignation à résidence (cf. arrêt 1B_447/2011 du 21 septembre 2011 consid. 3.4). S'il apparaît, comme en l'espèce, que cette dernière mesure n'est pas apte à prévenir le risque de fuite, la surveillance électronique, dépourvue en soi d'effet préventif, ne saurait être mise en oeuvre.
5.
Au demeurant, le Ministère public annonce vouloir adresser prochainement une commission rogatoire au Guatemala pour entendre certains témoins. Afin de maintenir la diligence avec laquelle l'instruction a, jusqu'à présent, été menée, il incombera au Ministère public de veiller à ce que ladite commission rogatoire ne retarde pas excessivement la clôture de l'enquête.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté.
Le recourant a demandé l'assistance judiciaire et les conditions en paraissent réunies (<ref-law>). Il y a lieu de désigner Me Florian Baier et Me Giorgio Campá en qualité d'avocats d'office et de fixer leurs honoraires, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>). Le recourant est en outre dispensé des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Florian Baier et Me Giorgio Campá sont désignés comme avocats d'office du recourant et leurs honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 francs.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 26 juin 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller