Sachverhalt:
A. Der 1975 geborene H._ war seit August 1992 zuerst als Lehrling und nach Abschluss der Automechaniker-Lehre als Angestellter bei der R._ AG tätig, als er am 30. August 2002 einen Verkehrsunfall (Auffahrkollision) erlitt. Am 12. August 2003 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung und Rente) an. Nach Beizug der Akten der SUVA sowie ergänzenden medizinischen und beruflichen Abklärungen sprach die IV-Stelle dem Versicherten mit Verfügung vom 20. Januar 2004 berufliche Massnahmen im Sinne einer Umschulung auf den kaufmännischen Bereich vom 20. Januar bis 2. Juli 2004 zu, welche dieser erfolgreich absolvierte. Nach einem durch den Versicherten abgebrochenen zusätzlichen Umschulungsversuch zum Technischen Kaufmann schloss die IV-Stelle mit Verfügung vom 28. Februar 2006 die beruflichen Massnahmen ab unter Hinweis, dass der Versicherte eine teilzeitliche Festanstellung als Disponent bei der Garage M._ AG habe finden können. Nach weiteren Abklärungen wies die IV-Stelle sodann mit Verfügung vom 3. April 2007 das Rentenbegehren des Versicherten ab, da aufgrund der objektiven medizinischen Befunde kein invalidisierender Gesundheitsschaden bestehe.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde, in deren Folge der Versicherte ein Gutachten des Instituts für Versicherungsmedizin X._ vom 13. November 2007 zuhanden des Haftpflichtversicherers (AXA Winterthur) eingereicht hatte, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei dem Versicherten eine Rente von mindestens 50 % zuzusprechen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Schreiben vom 20. Mai 2009 reichte die IV-Stelle Kopien des Observierungsmaterials der AXA Winterthur zur Arbeitstätigkeit des Versicherten ein.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>, vgl. zur Invaliditätsbemessung auch <ref-ruling>), und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Noven sind unzulässig (<ref-law>).
2. Streitig ist der Anspruch des Versicherten auf eine Rente der Invalidenversicherung. Im angefochtenen Entscheid werden die für die Beurteilung des strittigen Rentenanspruchs massgebenden materiellrechtlichen ATSG- und IVG-Bestimmungen (je in der bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung) sowie die einschlägige Rechtsprechung namentlich zum Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten und zur Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.; <ref-ruling> E. 1c S. 160 ff., je mit Hinweisen; vgl. ferner <ref-ruling> E. 4.1 S. 400) zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
3. Bezüglich der mit Eingabe vom 20. Mai 2009 nachgereichten Unterlagen ist festzuhalten, dass es sich dabei um unzulässige Noven im Sinne von <ref-law> handelt (vgl. u.a. Urteil 9C_281/2008 vom 16. Mai 2008, E. 3.2). Diese können somit vom Bundesgericht nicht berücksichtigt werden.
4. Nach zutreffender Würdigung der umfassenden medizinischen Aktenlage gelangte die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten des Instituts für Versicherungsmedizin X._ vom 13. November 2007, dem es zu Recht vollen Beweiswert zuerkannte (<ref-ruling> E. 3a S. 352), zum Schluss, dass der Beschwerdeführer in einer seiner Gesundheitsbeeinträchtigung angepassten Tätigkeit zu 80 % arbeitsfähig ist. Als zumutbar wurden Tätigkeiten mit geringer Hektik, geringer Verantwortung für Arbeitsabläufe, Wechselbelastung ohne lange Zwangshaltungen des Kopfes und Nackens in exzentrischer Position und geringen ungünstigen Umwelteinflüssen (Durchzug, Kälte, Hitze, Lärm) bezeichnet. Was in der Beschwerde dagegen vorgebracht wird, ist nicht geeignet, die tatsächliche Feststellung der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig und unvollständig erscheinen zu lassen. Aus dem Umstand, dass im Gutachten zur Frage der Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit festgehalten wurde, das gegenwärtige Pensum von 50 % stelle laut Angaben des Versicherten einen optimalen Kompromiss dar, kann entgegen dem Beschwerdeführer in keiner Weise geschlossen werden, die Gutachter gingen ebenfalls von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit als Werkstattchef aus. Vielmehr stellten sie explizit fest, dass medizinisch-theoretisch ein höheres Arbeitspensum zumutbar sei.
5. 5.1 Bei der Invaliditätsbemessung ging die Vorinstanz von einem unbestrittenen Valideneinkommen von Fr. 67'600.- aus. Sie stützte sich dabei auf die Angaben der ehemaligen Arbeitgeberin, der R._ AG (Bericht vom 11. September 2003, bestätigt mit Auskunft vom 23. Februar 2006), wonach der Versicherte als Werkstattchef auch aktuell einen Lohn von Fr. 67'600.- pro Jahr erzielen würde. Dies ist im Rahmen der gesetzlichen Kognition (E. 1; <ref-ruling> E. 3.3 S. 399) nicht zu beanstanden. Für die Ermittlung des Valideneinkommens ist entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdienen würde und nicht, was sie bestenfalls verdienen könnte (<ref-ruling> E. 5.1.2 S. 53; Urteil 9C_488/2008 vom 5. September 2008 E. 6.4). Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da erfahrungsgemäss die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325, 129 V 222 E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweisen). Entgegen dem Beschwerdeführer ist somit nicht relevant, dass er bei der heutigen Arbeitgeberin, bei welcher er seit 4. August 2008 (mithin nach dem Verfügungszeitpunkt) angestellt ist, als Werkstattchef ein wesentlich höheres Einkommen erzielen könnte.
5. 5.1 Bei der Invaliditätsbemessung ging die Vorinstanz von einem unbestrittenen Valideneinkommen von Fr. 67'600.- aus. Sie stützte sich dabei auf die Angaben der ehemaligen Arbeitgeberin, der R._ AG (Bericht vom 11. September 2003, bestätigt mit Auskunft vom 23. Februar 2006), wonach der Versicherte als Werkstattchef auch aktuell einen Lohn von Fr. 67'600.- pro Jahr erzielen würde. Dies ist im Rahmen der gesetzlichen Kognition (E. 1; <ref-ruling> E. 3.3 S. 399) nicht zu beanstanden. Für die Ermittlung des Valideneinkommens ist entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdienen würde und nicht, was sie bestenfalls verdienen könnte (<ref-ruling> E. 5.1.2 S. 53; Urteil 9C_488/2008 vom 5. September 2008 E. 6.4). Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da erfahrungsgemäss die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325, 129 V 222 E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweisen). Entgegen dem Beschwerdeführer ist somit nicht relevant, dass er bei der heutigen Arbeitgeberin, bei welcher er seit 4. August 2008 (mithin nach dem Verfügungszeitpunkt) angestellt ist, als Werkstattchef ein wesentlich höheres Einkommen erzielen könnte.
5.2 5.2.1 Was die Ermittlung des trotz invalidisierender Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) betrifft, ging das kantonale Gericht primär vom Lohn aus, den der Versicherte nach der Wiedereingliederung (u.a. halbjähriges Arbeitstraining vom 1. August 2005 bis 31. Januar 2006) an seiner Stelle als Disponent bei der Garage M._ AG für das 50 % Pensum im Jahr erzielte. Dieses Einkommen von Fr. 30'000.- rechnete es auf das zumutbare Arbeitspensum von 80 % auf, nachdem aufgrund der Akten in diesem Betrieb auch ein höheres Pensum möglich gewesen wäre. Das ergab einen Betrag von Fr. 48'000.-. Diese Ermittlung des Invalideneinkommens ist nicht zu beanstanden. So ist für die Bestimmung des Invalideneinkommens primär von der beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, in welcher der Versicherte konkret steht. Übt er nach Eintritt der Invalidität eine Erwerbstätigkeit aus, bei der - kumulativ - besonders stabile Arbeitsverhältnisse gegeben sind und anzunehmen ist, dass er die ihm verbleibende Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, sowie das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn erscheint, gilt grundsätzlich der von ihm tatsächlich erzielte Verdienst als Invalidenlohn (<ref-ruling> E. 2c/aa; RKUV 1991 Nr. U 130 S. 272 E. 4a, je mit Hinweisen; nicht publizierte E. 6b des in AHI 1998 S. 179 auszugsweise veröffentlichten Urteils I 207/97 vom 31. Oktober 1997). Ist kein solches tatsächlich erzieltes Erwerbseinkommen gegeben, namentlich weil der Versicherte nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine oder jedenfalls keine ihm an sich zumutbare neue Erwerbstätigkeit aufgenommen hat, so können nach der Rechtsprechung Tabellenlöhne beigezogen werden (<ref-ruling> E. 3b S. 76 f. mit Hinweisen). Die Gegenüberstellung mit dem Valideneinkommen von Fr. 67'600.- ergab eine Erwerbseinbusse von Fr. 19'600.-, was einem Invaliditätsgrad von 29 % entspricht.
5.2.2 In einer überschlagsmässigen Vergleichskontrolle ermittelte die Vorinstanz sodann das Invalideneinkommen anhand der LSE-Tabellenlöhne 2004, Tabelle TA 1, Ziff. 50, Arbeiten im Segment Handel, Reparatur Automobile, Anforderungsniveau 3, was angepasst an die durchschnittliche betriebliche Wochenarbeitszeit von 41,9 Stunden ein Gehalt von monatlich Fr. 5'138.- oder von Fr. 61'656.- im Jahr ergab. Unter Berücksichtigung einer Restarbeitsfähigkeit von 80 % und nach Gewährung eines im Übrigen unbestrittenen Abzuges vom Tabellenlohn von 15 % resultierte ein mögliches Einkommen von Fr. 41'926.10. Dieses Einkommen wäre allerdings, was die Vorinstanz übersah, an das Jahr 2006 anzupassen gewesen (Zeitpunkt des Beginns des Rentenanspruchs, <ref-ruling>). Nominallohnbereinigt (2005: 1,0 %; 2006: 0,7 %; vgl. Bundesamt für Statistik, Nominallohnindex, Männer, 2002-2006, Tabelle T1.1.93, Abschnitt G, H) entspricht dies einem Betrag von Fr. 42'641.77. Im Ergebnis ändert dies allerdings nichts, so führt der Vergleich mit dem Valideneinkommen von Fr. 67'600.- zu einem Invaliditätsgrad von 37 % anstelle von 38 %.
5.2.3 Damit steht fest, dass bei beiden Vorgehensweisen der für eine Invalidenrente mindestens vorausgesetzte Invaliditätsgrad von 40 % (<ref-law>) nicht erreicht wurde, womit die Vorinstanz den Anspruch auf eine Invalidenrente im angefochtenen Entscheid zu Recht verneinte.
5.3 Sämtliche Einwendungen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, an dieser Betrachtungsweise etwas zu ändern. Insbesondere stützte sich die Vorinstanz entgegen dem Versicherten bei der Berechnung des Invalideneinkommens von Fr. 48'000.- nicht auf die LSE-Tabellenlöhne. Sodann kann nicht, wie geltend gemacht wird, der Wert in der Tabelle TA 1 (LSE 2004) für Detailhandel und Reparatur Anforderungsniveau 4 (einfache und repetitive Tätigkeiten) berücksichtigt werden, hat doch der Versicherte, wie die Vorinstanz zutreffend erwog, erfolgreich eine Lehre als Automechaniker absolviert und im Zuge der Eingliederung eine Weiterbildung im kaufmännischen Bereich abgeschlossen. Damit steht ausser Frage, dass zu Recht von einer zumutbaren Tätigkeit, welche Fach- und Berufskenntnisse voraussetzt (Anforderungsniveau 3) ausgegangen wurde. Zudem entspricht die vom Beschwerdeführer nach der Eingliederung ausgeübte Tätigkeit als Disponent bei der Garage M._ AG, mit den Aufgabenbereichen administrative Tätigkeiten, Telefonieren, Organisation und Übergabe von Neuwagen, Fahrzeugkontrolle sowie Kundenkontakt mit der Vorinstanz durchaus dem ärztlich geschilderten Anforderungsprofil und folglich der geforderten behinderungsangepassten Tätigkeit.
6. Dem Prozessausgang entsprechend werden die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter