aus folgenden Erwägungen:
2.- b) aa) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist - unter Vorbehalt der gesetzlichen Ausnahmen - zulässig gegen letztinstanzliche kantonale Verfügungen, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen oder richtigerweise stützen sollten (Art. 97 OG in Verbindung mit <ref-law>). Von einer solchen Verfügung kann nicht schon dann die Rede sein, wenn bei der Anwendung selbständigen kantonalen Rechts eine Bundesnorm zu beachten oder mit anzuwenden ist, sondern nur dann, wenn öffentliches Recht des Bundes die oder eine Grundlage der angefochtenen Verfügung ist (<ref-ruling> E. 2a S. 243, mit Hinweisen). Die basel-städtische Mehrwertabgabe ist eine kantonalrechtliche Abgabe, womit sich die streitige Veranlagung auf kantonales Recht stützt. Die Rüge, eine kantonale Abgabe sei mit dem Bundesrecht nicht vereinbar, kann nicht mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorgebracht werden, sondern grundsätzlich nur mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Verletzung der derogatorischen Kraft des Bundesrechts (Art. 2 ÜbBest. aBV bzw. <ref-law>; <ref-ruling> E. 4a/b S. 61). Das gilt insbesondere auch dann, wenn es um die Frage geht, ob eine kantonale Abgabe mit den bundesrechtlichen Vorschriften über die Steuerbefreiung (Art. 10 Abs. 1 GarG oder entsprechende spezialgesetzliche Regelungen) vereinbar ist (<ref-ruling> E. 2a S. 244; vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 268).
bb) Nach der bis zum 31. Dezember 1993 geltenden Fassung des Bundesrechtspflegegesetzes waren Streitigkeiten über die Befreiung von kantonalen Abgaben gemäss Art. 116 lit. f OG auf dem Wege der verwaltungsrechtlichen Klage auszutragen (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 56). Deren Anwendungsbereich wurde jedoch mit der Gesetzesrevision vom 4. Oktober 1991 stark eingeschränkt und insbesondere Art. 116 lit. f aufgehoben. An sich wäre die verwaltungsrechtliche Klage - gestützt auf den Wortlaut von Art. 116 lit. a OG (Fassung vom 4. Oktober 1991) - vorliegend nach wie vor denkbar, betreffen doch Streitigkeiten über die Befreiung des Bundes von kantonalen Abgaben eine Frage des "Verhältnisses zwischen Bund und Kantonen". Gegen eine entsprechende Auslegung dieser Bestimmung spricht jedoch, dass sich die bisherige Praxis zu Art. 10 GarG auf Art. 116 lit. f OG stützte (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 268); dies obschon das Bundesrechtspflegegesetz bereits bis anhin das Klageverfahren für verwaltungsrechtliche Streitigkeiten über das Verhältnis zwischen Bund und Kantonen vorsah (Art. 116 lit. g in der Fassung von 20. Dezember 1968; AS 1969 S. 777). Weiter würde es dem mit der Revision von 1991 verfolgten Ziel nicht entsprechen, wenn die bisherige Praxis trotz der Aufhebung des (einschlägigen) Art. 116 lit. f OG beibehalten würde. Der Klageweg sollte soweit als möglich zugunsten der nachträglichen Verwaltungsgerichtsbarkeit abgeschafft werden; die verwaltungsrechtliche Klage wurde auf jene Fälle beschränkt, für die das Verfügungsverfahren ungeeignet ist (insbesondere Fragen, die das bundesstaatliche Verhältnis betreffen; vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 58 f., mit Hinweisen). Vorliegend kann der Bund gegen eine Veranlagungsverfügung gleich wie jeder Abgabepflichtige auf dem Beschwerdeweg vorgehen; es bestehen insofern keine wesentlichen Unterschiede zu anderen Pflichtigen, die sich auf eine bundesrechtliche Steuerbefreiungsnorm berufen. Schliesslich sind noch Gründe der Praktikabilität anzuführen: Art. 116 lit. a OG erfasst nur die Eidgenossenschaft selbst, nicht auch deren selbständige Anstalten und Betriebe. Letztere wären, soweit sie sich auf Art. 10 GarG oder analoge spezialgesetzliche Vorschriften berufen könnten, ohnehin auf den Weg der staatsrechtlichen Beschwerde verwiesen. Damit könnten die vorliegenden Beschwerden nur gerade bezüglich der Abgabenbefreiung des Bundes selbst in eine Klage umgedeutet werden, während für alle übrigen Beschwerdeführerinnen - sowie für sonstige allfällige Verfassungsrügen gegen die (kantonalrechtliche) Abgabe - nur die staatsrechtliche Beschwerde gegeben wäre. So würde bezüglich der gleichen Rechtsfrage eine Zweiteilung des Verfahrenswegs geschaffen, was nicht befriedigen kann.
cc) Nach dem Gesagten ist die verwaltungsrechtliche Klage (ebenfalls) ausgeschlossen und die Eingabe als staatsrechtliche Beschwerde an die Hand zu nehmen. Als solche ist sie zulässig, da sie sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid richtet (Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 OG).
3.- a) Da die Mehrwertabgabe nur einmal zu leisten ist und auf einen bestimmten Zeitpunkt fällig wird, ist für ihre Beurteilung die Rechtslage massgebend, wie sie sich im Fälligkeitszeitpunkt Mitte des Jahres 1997 präsentierte (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5e/aa S. 598; <ref-ruling> E. 1c S. 42; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Auflage, Zürich 1998, Rzn. 264 u. 266 S. 63; Max Imboden/René A. Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, 5. Auflage, Basel 1976, Nr. 15, B., I u. III, S. 95 u. 98). Die Frage der Abgabenbefreiung beurteilt sich daher nach Art. 10 Abs. 1 GarG bzw. Art. 6 aSBBG, nicht nach den spezialgesetzlichen Regelungen, die in den neuen Organisationserlassen für die Beschwerdeführerinnen 2-5 enthalten sind. Die neue Rechtslage kann allenfalls als Element im Rahmen einer zeitgemässen Auslegung herangezogen werden.
b) Sachverhaltsmässig hat das Appellationsgericht festgestellt, dass die beiden streitbezogenen Liegenschaften (Nauenstrasse 84 und 86) kommerziell genutzt werden sollen; sie dienten nicht unmittelbar öffentlichen Zwecken und hätten keinen notwendigen Bezug zu einem der Bundesbetriebe. Die Beschwerdeführerinnen bestreiten diese Feststellung nicht, sondern gehen ebenfalls davon aus, dass die strittige Mehrwertabgabe für kommerziell genutzte Flächen erhoben wird. Für die rechtliche Beurteilung ist somit davon auszugehen, dass die fraglichen Flächen nicht einem öffentlichen Zweck dienen.
4.- a) Nach Art. 10 Abs. 1 GarG ist die Eidgenossenschaft von jeder Besteuerung durch die Kantone und Gemeinden befreit. "Ausgenommen sind Liegenschaften, die nicht unmittelbar öffentlichen Zwecken dienen. " Inhaltlich gleich lautet Art. 6 Abs. 1 aSBBG, wonach die Bundesbahnen mit Einschluss der zu ihrer Aufgabe als Transportunternehmung gehörenden Hilfs- und Nebenbetriebe von jeder Besteuerung durch die Kantone und Gemeinden befreit sind. Die Befreiung erstreckt sich nicht auf Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zum Betrieb des Unternehmens haben.
b) Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die Kantone uneingeschränkt Abgaben erheben können, die keine Steuern darstellen. Zulässig sind insbesondere Kausalabgaben (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 141), namentlich Vorzugslasten, wie Perimeterbeiträge und dergleichen (<ref-ruling> E. 2b S. 57, mit Hinweisen). Die Kantone können ferner Steuern auf Liegenschaften erheben, wenn diese nicht oder nur mittelbar "öffentlichen Zwecken" dienen. Kein öffentlicher Zweck im Sinne der genannten Bestimmungen liegt insbesondere vor, wenn der Bund Liegenschaften zwecks Erzielung von Gewinn Dritten überlässt (<ref-ruling> E. 2b S. 240). Unzulässig sind umgekehrt Steuern auf Liegenschaften, die unmittelbar einem öffentlichen Zweck dienen; ferner sind alle Steuern unzulässig, die nicht auf Liegenschaften erhoben werden. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung hat den Begriff der Steuern auf Liegenschaften restriktiv ausgelegt (vgl. Reto Kuster, Steuerbefreiung von Institutionen mit öffentlichen Zwecken, Diss. Zürich, Zürich 1998, S. 135 u. 147): Der Bund ist generell von den allgemeinen Einkommens-, Vermögens-, Ertrags- und Gewinnsteuern befreit, auch wenn es sich um Einkünfte aus Liegenschaftsbesitz handelt, und zwar unabhängig davon, ob die Liegenschaften öffentlichen Zwecken dienen (<ref-ruling> E. 3 S. 259 f.). Als unzulässig gelten auch Grundstückgewinnsteuern und Handänderungsabgaben, weil damit nicht die Liegenschaft selber oder ein Recht daran besteuert wird, sondern der bei Veräusserung erzielte Gewinn bzw. ein Verkehrsvorgang (<ref-ruling> E. 4c S. 9). Zulässig sind nach der Rechtsprechung, sofern die Grundstücke nicht öffentlichen Zwecken dienen, besondere Objektsteuern, namentlich Grund- oder Liegenschaftssteuern (<ref-ruling> E. 4a/b S. 8).
5.- In einem ersten Schritt ist somit zu prüfen, ob die streitige Mehrwertabgabe unter die Steuern fällt. Ist dies zu verneinen, so können sich die Beschwerdeführerinnen nicht auf den Befreiungstatbestand von Art. 10 GarG bzw. Art. 6 aSBBG berufen. Handelt es sich bei der Mehrwertabgabe jedoch um eine Steuer, so ist weiter zu prüfen, ob sie als Objektsteuer (und nicht als allgemeine Steuer) zu qualifizieren ist. Trifft dies zu, so ist die Abgabe grundsätzlich zulässig, da die fraglichen Liegenschaften nicht einem öffentlichen Zweck dienen (E. 3b).
a) aa) Die basel-städtische Mehrwertabgabe ist eine Form des in Art. 5 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700) vorgeschriebenen Vorteilsausgleichs. Sie ist nicht in erster Linie fiskalisch, sondern durch die Rechtsgleichheit motiviert; als Gegenstück zur Entschädigung aus materieller Enteignung leisten die Grundeigentümer, welche in den Genuss von planerischen Sondervorteilen gelangen, einen Ausgleich gegenüber jenen, die keinen solchen Mehrwert erhalten (<ref-ruling> E. 3b/c S. 142 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 138, E. 4a S. 144; Andreas Auer, Sonderabgaben, Diss. Bern 1980, S. 126; Ferdinand Zuppinger, Möglichkeiten der Mehrwertabschöpfung im Rahmen der Raumplanung, in: ZBl 75/1974 S. 199; Enrico Riva, in: Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Zürich 1999, Rzn. 11 u. 44 zu Art. 5; Aldo Zaugg, Die Mehrwertabschöpfung nach dem Entwurf des Bundesrates zum Bundesgesetz über die Raumplanung, in: ZBJV 109/1973 S. 219). Sie ist nicht voraussetzungslos geschuldet, sondern knüpft an bestimmte Vorteile an, die aus konkreten, auf das betroffene Grundstück bezogenen planerischen Massnahmen des Staates resultieren.
bb) Nach praktisch einhelliger Lehre ist eine solche Mehrwertabgabe, wie sie auch im (abgelehnten) ersten Entwurf für ein eidgenössisches Raumplanungsgesetz enthalten war, nicht als Steuer zu betrachten (Auer, a.a.O., S. 124; Marc-Olivier Buffat, Les taxes liées à la propriété foncière, en particulier dans le canton de Vaud, Diss. Lausanne 1989, S. 66; Hans Furer, Rechtliche Probleme der Mehrwertabschöpfung, unter besonderer Berücksichtigung der Kantone Basel-Stadt und Zürich, Diss. Basel 1983, S. 84 u. 86; Riva, a.a.O., Rz. 44 zu Art. 5 RPG; Markus Wirth, Grundlagen und Ausgestaltung der Mehrwertabschöpfung, Diss. Zürich 1976, S. 141; Zaugg, a.a.O., S. 227; Zuppinger, in: ZBl 75/1974 S. 203; Ferdinand Zuppinger, Die fiskalische Belastung planerischer Mehrwerte, in: ZBl 80/1979 S. 440; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 5b S. 145; Klaus Reinhardt et al., in: EJPD/BRP [Hrsg. ], Empfehlungen zur Gestaltung des Vorteilsausgleichs nach Artikel 5 Absatz 1 des Bundesgesetzes über die Raumplanung, Bern 1986, S. 25 u. 34; a.M. Blaise Knapp, Urbanisation et imposition, in: Recueil des travaux suisses présentés au Xe Congrès international de droit comparé, Basel 1979, S. 254).
Von einem Teil der Lehre wird die Mehrwertabgabe als besonderer Vorteilsausgleich qualifiziert (Peter Böckli, Rechtliche Aspekte der Lenkungssteuern, in: Wirtschaft und Recht [WuR] 28/1976 S. 43; Furer, a.a.O., S. 117, 152) bzw. als besondere Form der Vorzugslast (Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 5. Auflage, Zürich 1995, S. 3; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4. Auflage, Basel 1991, S. 575; Pierre Moor, Droit administratif, Vol. III, Bern 1992, S. 312; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Basel 1998, S. 5 f.; Klaus A. Vallender, Grundzüge des Kausalabgabenrechts, Bern 1976, S. 112 f.). Andere Autoren betrachten sie als besondere (kostenunabhängige) Kausalabgabe(Jean-François Aubert/Riccardo Jagmetti, Ergänzungsgutachten zur Frage der Verfassungsmässigkeit des (bereinigten) Entwurfes vom 27. Oktober 1971 für ein Bundesgesetz über die Raumplanung, in: WuR 24/1972 S. 50; Auer, a.a.O., S. 124 f.; Buffat, a.a.O., S. 67; Häfelin/Müller, a.a.O., S. 535 Rz. 2093b; Walter Haller/Peter Karlen, Raumplanungs-, Bau- und Umweltrecht, Band I, 3. Auflage, Zürich 1999, S. 135; Martin Lendi, Planungsrecht und Eigentum, in: ZSR 95/1976 II S. 198; Riva, a.a.O., Rz. 44 zu Art. 5; Wirth, a.a.O., S. 141; Markus Wirth, Die Ausgestaltung der Planungswertabschöpfung, in: WuR 24/1972 S. 223; Zaugg, a.a.O., S. 227). Eine dritte Meinung bezeichnet die Mehrwertabgaben als eine neue Kategorie öffentlicher Abgaben (Alfred Kuttler/Aldo Zaugg, Rechtliche Grundlagen der Planungswertabschöpfung, in: WuR 24/1972 S. 257; Haller/Karlen, a.a.O., S. 135; Zuppinger, in ZBl 75/1974 S. 203 sowie ZBl 80/1979 S. 440).
cc) Auch das Bundesgericht hat in BGE <ref-ruling> die Mehrwertabgabe nicht als Steuer betrachtet: Es hat einzig entschieden, dass die Abgabe, weil sie nicht dem Kostendeckungsprinzip unterstehe, die gleichen Anforderungen an die Bestimmtheit der gesetzlichen Grundlage erfüllen müsse wie eine Steuer (E. 5b S. 146; vgl. auch <ref-ruling> E. 3c S. 142 f.). Dies lässt die Mehrwertabgabe aber noch nicht zu einer Steuer werden, gilt doch das Gleiche für alle kostenunabhängigen Kausalabgaben (<ref-ruling> E. 3e S. 236).
b) aa) Nach dem Wortlaut von Art. 10 Abs. 1 GarG und Art. 6 aSBBG ist den Kantonen nicht nur die Erhebung von Kausalabgaben im traditionellen Sinn erlaubt. Das Gesetz zählt nicht die zulässigen Abgabearten auf, sondern bestimmt umgekehrt abschliessend, welche Abgaben unzulässig sind: Von der "Eidgenossenschaft sowie ihre[n] Anstalten, Betriebe[n] und unselbständigen Stiftungen" dürfen nicht (bzw. nur beschränkt) Steuern erhoben werden. Daraus folgt, dass eine Abgabe, welche sich zwar - wie die Mehrwertabgabe - nicht einer traditionellen Kategorie (Vorzugslast oder Gebühr) zuordnen lässt, aber auch nicht als Steuer bezeichnet werden kann, grundsätzlich nicht unter die Steuerbefreiung fällt.
Das Bundesgericht hat über den Wortlaut von Art. 10 Abs. 1 GarG inausgehend entschieden, die SUVA sei - gestützt auf die Spezialnorm von Art. 67 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über die Unfallversicherung (UVG; SR 832. 20) - von der basel-städtischen Mehrwertabgabe auch für Grundstücke befreit, die nicht als Verwaltungsgebäude, sondern der Anlage von technischen Reserven dienen (<ref-ruling> ff.). Ausschlaggebend für diese Abgabenbefreiung war die Überlegung, dass es nicht Sinn und Zweck der bundesrechtlichen Steuerbefreiungsnormen sein kann, den Bund und seine Anstalten für ihre öffentlichen Zwecken dienenden Grundstücke in ein raumplanungsrechtlich motiviertes Ausgleichssystem einzubeziehen (<ref-ruling> E. 4a S. 144). Eine Befreiung des Bundes liegt namentlich dort auf der Hand, wo Standort, Art und Grösse des Bauprojekts durch die öffentliche Funktion vorgegeben sind, so dass die kantonale Bau- und Planungshoheit nicht oder nur beschränkt zum Tragen kommt. Die Erhebung der Mehrwertabgabe ist jedoch auch bei allen sonstigen steuerbefreiten Grundstücken ausgeschlossen; massgebend ist - gemäss dem zitierten Entscheid - allein, ob das Grundstück im Sinne der genannten Vorschriften einem unmittelbaren öffentlichen Bundeszweck dient (E. 4c S. 145). Das Bundesgericht begründete somit die über den Gesetzeswortlaut hinausgehende Abgabenbefreiung einzig mit dem öffentlichen Zweck der in Frage stehenden Grundstücke. Dies entspricht der Argumentation, welche gemeinhin zur Rechtfertigung der Steuerbefreiung vorgebracht wird, dass nämlich die gegenseitige Besteuerung der verschiedenen Hoheitsträger ein wenig taugliches Mittel zur Deckung des öffentlichen Finanzbedarfs sei (<ref-ruling> E. 2b S. 141, mit Hinweisen; vgl. BBl 1977 I 803).
bb) An diesen Überlegungen ist festzuhalten. Sie können aber dort nicht massgebend sein, wo das Gemeinwesen nicht als Hoheitsträger auftritt, sondern eine privatwirtschaftliche, kommerzielle Tätigkeit ausübt. Das Bundesgericht hat denn auch offen gelassen, wie weit die kantonale Abgabehoheit über Grundstücke reicht, die nicht unmittelbar dem öffentlichen Betrieb - oder im Fall der SUVA der Anlage technischer Reserven (vgl. <ref-law>) - dienen (<ref-ruling> E. 2b S. 141). Vorliegend werden die streitbetroffenen Liegenschaften unbestritten nicht zu öffentlichen Zwecken genutzt. Die Argumente, welche in <ref-ruling> zur Abgabenbefreiung der SUVA führten, kommen deshalb nicht zum Tragen. Stellt sich der Staat, indem er am privaten Wirtschaftsverkehr teilnimmt, auf die gleiche Ebene wie die Privaten, so kann er sich nicht auf Bestimmungen berufen, die ihn mit Rücksicht auf seine hoheitlichen, öffentlichen Aufgaben von bestimmten Pflichten befreien; dies wäre durch den Zweck nicht abgedeckt, den das Gesetz mit der Befreiung verfolgt. Zudem würde ein entsprechendes Verhalten des Gemeinwesens zu Wettbewerbsverfälschungen führen, indem die Privaten, welche sich in den gleichen Wirtschaftsbereichen betätigen, benachteiligt würden.
cc) Hätte die Eidgenossenschaft die Liegenschaften an der Nauenstrasse 84 und 86 vor der Überbauung an Private verkauft, so hätten diese die Mehrwertabgabe bezahlen müssen. Dieser Umstand hätte sich negativ auf den Kaufpreis ausgewirkt, so dass der Erlös, den die Eidgenossenschaft mit einer Veräusserung hätte erzielen können, durch die Abgabe (indirekt) beeinflusst würde. Umgekehrt würde die geschuldete Abgabe in die Kalkulation eines privaten Eigentümers einfliessen und sich auf allfällige Mietzinsen oder auf die erforderliche Eigenverzinsung auswirken. Daraus erhellt, dass der Eidgenossenschaft im Vergleich zu einem Privaten in gleicher Lage ein Wettbewerbsvorteil zukäme, wenn sie die Gebäude vermieten oder selber kommerziell nutzen könnte, ohne eine Mehrwertabgabe bezahlen zu müssen.
Soweit die Beschwerdeführerinnen vorbringen, im massgeblichen Zeitpunkt (d.h. bis Ende 1997) seien die PTT ein Staats- und Monopolbetrieb gewesen, so verkennen sie, dass das Monopol nur die öffentlichen Leistungen betraf. Ein Monopolbetrieb kann sich nicht auf seinen staatlichen, hoheitlichen Charakter berufen, soweit er mit Gewinnabsicht monopolfremde privatwirtschaftliche Tätigkeiten ausübt (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 5; <ref-ruling> E. 2b S. 240). Vielmehr ist der Staat aus wirtschaftsverfassungsrechtlichen Gründen zur Wettbewerbsneutralität verpflichtet und darf seine wirtschaftliche Eigenbetätigung nicht privilegieren (vgl. <ref-law>; Felix Uhlmann, Gewinnorientiertes Staatshandeln, Möglichkeiten und Zulässigkeit gewinnorientierter staatlicher Eigenbetätigung aus wirtschaftsverfassungsrechtlicher Sicht, Diss. Basel 1997, S. 217 u. 221 f.).
Auch im Rahmen der neurechtlichen Regelung ist der öffentliche oder kommerzielle Charakter das entscheidende Kriterium für die Steuerbefreiung. Nach Art. 21 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 25. November 1998 über die Schweizerischen Bundesbahnen (SBBG; SR 742. 31) sind die SBB im Rahmen ihrer Aufgabe als Anbieterin der Eisenbahninfrastruktur und als Transportunternehmung von jeder Besteuerung durch die Kantone und Gemeinden befreit. Die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Hilfs- und Nebenbetriebe wie Kraftwerke, Werkstätten und Lagerhäuser, jedoch nicht auf Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zum Betrieb des Unternehmens haben. Diese Formulierung wurde in der Bundesversammlung so interpretiert, dass steuerbefreite Nebenbetriebe dem öffentlichen Zweck dienen müssen, während für kommerziell genutzte Nebenbetriebe die Steuerbefreiung nicht gelten soll (AB 1997 S 890 f.). Für die Post wird die Steuerbefreiung nur hinsichtlich des Monopolbereichs weitergeführt, nicht aber für jene Geschäftszweige, in welchen die Post im Wettbewerb mit Dritten steht (Art. 13 POG in Verbindung mit Art. 9 des Postgesetzes vom 30. April 1997 [SR 783. 0]). Die Swisscom AG als nicht mehr monopolisierte Telekommunikationsunternehmung des Bundes ist überhaupt nicht (mehr) steuerbefreit (<ref-law>). Diese Rechtslage zeigt, dass der heutige Gesetzgeber als entscheidendes Kriterium für die Steuerbefreiung betrachtet, ob ein Bundesbetrieb als "service public" oder kommerziell tätig ist (vgl. auch Madeleine Simonek, Steuerrechtliche Aspekte der Überführung öffentlicher Aufgaben auf verwaltungsexterne Rechtsträger, in: Tobias Jaag [Hrsg. ], Dezentralisierung und Privatisierung öffentlicher Aufgaben, Zürich 2000, S. 97). Der gleiche Gesichtspunkt ist einer zeitgemässen Auslegung von Art. 10 Abs. 1 GarG zugrunde zu legen (vorne E. 3a).
c) Dass die Mehrwertabgabe kein kostenabhängiges Entgelt für eine konkrete staatliche Gegenleistung darstellt, kann für Grundstücke, die nicht öffentlichen Zwecken dienen, nicht ausschlaggebend sein (vgl. <ref-ruling> E. 3e S. 236, mit Hinweisen). So dürfen die Kantone nach ständiger Praxis auf (nicht öffentlichen Zwecken dienenden) Grundstücken eine Liegenschaftssteuer erheben, obwohl auch diese kein Entgelt für konkrete staatliche Gegenleistungen darstellt. Ebenso unerheblich ist, ob die Abgabe unmittelbar aus der Bundeskasse zu bezahlen wäre (so <ref-ruling> E. 3 S. 259), denn dasselbe gilt auch für echte Gebühren und Vorzugslasten. Wäre dies massgebend, müsste der Bund von sämtlichen Abgaben befreit werden, was im klaren Widerspruch zu den einschlägigen Gesetzesbestimmungen stünde.
d) Die Beschwerdeführerinnen begründen ihren Antrag hauptsächlich mit dem Argument, die Mehrwertabgabe sei eine Form der Grundstückgewinnsteuer, für welche der Bund steuerbefreit sei.
aa) Es trifft zu, dass gewisse Parallelen zwischen der Grundstückgewinnsteuer und der Mehrwertabgabe bestehen (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 144 f.): Abgabeobjekt ist bei beiden der Mehrwert, den ein Grundstück erfährt. Die Grundstückgewinnsteuer wird denn auch als ein mögliches Instrument zur Realisierung des in Art. 5 RPG vorgeschriebenen Mehrwertausgleichs bezeichnet (EJPD/BRP, Erläuterungen zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Bern 1981, Rz. 15 zu Art. 5; Peter Locher, Die Probleme mit dem Mehrwertausgleich - gibt es neue Erkenntnisse?, in: Schweizerische Vereinigung für Landesplanung [Hrsg. ], Mehrwertausgleich in der Raumplanung, Schriftenfolge Nr. 57, Bern 1992, S. 13 ff.; Riva, a.a.O., Rz. 50 ff. zu Art. 5). Im Unterschied zur Grundstückgewinnsteuer erfasst die Mehrwertabgabe jedoch nicht die gesamte Wertzunahme (mit Einschluss des konjunkturell oder durch Geldentwertung bedingten Zuwachses), sondern nur die durch bestimmte staatliche Planungsmassnahmen verursachten Mehrwerte. Sie wird zudem nicht erst - wie dies normalerweise bei der Grundstückgewinnsteuer der Fall ist - bei der Veräusserung des Grundstücks erhoben, sondern bereits bei der durch die Planung ermöglichten Überbauung. Wohl erlaubt Art. 12 Abs. 2 lit. e des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642. 14) den Kantonen, die Planungsmehrwerte der Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen und in diesem Fall bereits vor der Veräusserung zu besteuern. Dies bedeutet aber bloss, dass die primär fiskalisch motivierte Grundstückgewinnsteuer auch in den Dienst des Planungsrechts gestellt werden darf. Es heisst jedoch nicht, dass die Mehrwertabschöpfung mittels der Grundstückgewinnsteuer erfolgen muss (Bernhard Zwahlen, in: Zweifel/Athanas [Hrsg. ], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/1: Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, Basel 1997, N 41 zu Art. 12 StHG). Demnach ist nicht jede Form der Mehrwertabgabe als (unzulässige) Grundstückgewinnsteuer zu betrachten.
bb) Der Kanton Basel-Stadt erhebt neben der planungsrechtlichen Mehrwertabgabe eine besondere Grundstückgewinnsteuer (§§ 55 ff. des Gesetzes vom 22. Dezember 1949 über die direkten Steuern, StG/BS), die erst bei der Veräusserung eines Grundstücks erhoben wird (§ 55 Abs. 1 StG/BS). Er hat somit von der ihm durch Art. 12 Abs. 2 lit. e StHG eingeräumten Möglichkeit keinen Gebrauch gemacht. Hinzu kommt, dass sich Grundstückgewinnsteuer und Mehrwertabgabe doch deutlich unterscheiden: Einerseits sieht das Steuergesetz für erstere einen von der Besitzesdauer abhängigen Abzug vor (§ 60 StG/BS), und andererseits lastet die basel-städtische Mehrwertabgabe als Grundlast auf dem Grundstück (§ 8a Ziff. 5 HBG). Sie ist also - anders als die Grundstückgewinnsteuer - dinglich mit dem entsprechenden Grundstück verbunden. Sie belastet nicht ein bestimmtes Steuersubjekt, sondern das Grundstück als solches, und damit gegebenenfalls auch den Käufer. Selbst wenn die Mehrwertabgabe als Steuer im Sinne von Art. 10 Abs. 1 GarG und Art. 6 aSBBG zu betrachten wäre, müsste sie deshalb eher mit einer (zulässigen; vgl. E. 4b) Objektsteuer verglichen werden als mit der Grundstückgewinnsteuer.
cc) Freilich kann bei der Bemessung des Gewinns, welcher für die Grundstückgewinnsteuer massgebend ist, eine früher bezahlte Mehrwertabgabe abgezogen werden (<ref-ruling> E. 4b S. 144; <ref-ruling> E. 3b S. 142; Furer, a.a.O., S. 33). Insoweit erfasst die Mehrwertabgabe vorab einen Teil des Gewinns, der ansonsten erst bei der Veräusserung mit der Grundstückgewinnsteuer belegt würde und damit - im Fall der steuerbefreiten Eidgenossenschaft - steuerfrei bliebe. Eine als Kausalabgabe ausgestaltete Mehrwertabgabe kann aber nicht schon deshalb unzulässig sein, weil der damit belastete Mehrwert bei einer anderen rechtlichen Konstruktion mittels einer Steuer erfasst würde und deshalb abgabenfrei bliebe. Zu ähnlichen Konstellationen kann es im Übrigen auch bei Vorzugslasten in der Form von Perimeterbeiträgen kommen. Weiter liesse sich bei anderen Kausalabgaben überhaupt argumentieren, dass diese das Einkommen der Eidgenossenschaft schmälern, welches als solches sonst nicht der Besteuerung unterläge; trotzdem sind all diese Abgaben zulässig. Ähnliches gilt für das Argument, die Einnahmen aus der Mehrwertabgabe flössen - wie Steuern - in den allgemeinen Staatshaushalt; auch dies gilt gleichermassen für die meisten Gebühren und Beiträge.
dd) Gesamthaft betrachtet unterscheidet sich die basel-städtische Mehrwertabgabe in wesentlichen Punkten von der Grundstückgewinnsteuer. Sie fällt daher hinsichtlich kommerziell genutzter Liegenschaften der Eidgenossenschaft nicht unter die in Art. 10 Abs. 1 GarG bzw. Art. 6 aSBBG statuierte Steuerbefreiung. Zwar hängt so die Steuerbefreiung des Bundes für Mehrwertabgaben davon ab, ob die Kantone den Planungsmehrwert in Form einer allgemeinen Steuer oder als besondere Mehrwertabgabe erfassen. Das liegt jedoch in der Natur der Sache, solange die Kantone unterschiedliche Abgaben erheben können und das Bundesrecht nur für einige davon eine Steuerbefreiung der Eidgenossenschaft vorsieht.
e) Die Beschwerdeführerinnen machen schliesslich geltend, die Steuerbefreiung gemäss Art. 10 GarG erfasse - gleichermassen wie jene durch <ref-law> (vgl. E. 5b) - auch die Bildung technischer Reserven. Dies kann jedenfalls nicht dazu führen, dass die kommerzielle Nutzung von Dienstleistungsgebäuden als öffentlicher Zweck im Sinne von Art. 10 Abs. 1 GarG zu betrachten wäre. Der Begriff der technischen Reserven in <ref-law> ist im versicherungstechnischen Sinne zu verstehen (vgl. <ref-law>; Botschaft des Bundesrates vom 18. August 1976 zum UVG, in: BBl 1976 III 209 ff.). Bahn-, Post- und Telekommunikationsbetriebe bilden keine technischen Reserven im diesem Sinne. Der fragliche Begriff ist daher für den vorliegenden Fall ohne Bedeutung.
f) Nach dem Gesagten ergibt sich, dass die Eidgenossenschaft sowie ihre Anstalten und Betriebe für kommerziell genutzte Liegenschaften aufgrund von Art. 10 Abs. 1 GarG bzw. Art. 6 aSBBG nicht von der Mehrwertabgabe des Kantons Basel-Stadt befreit sind. Die derogatorische Kraft des Bundesrechts wird somit durch den angefochtenen Entscheid nicht verletzt.
Lausanne, 13. Juni 2000