Sachverhalt:
A. H._, mit letztem Wohnsitz in I._, verstarb 2006. Als gesetzliche Erben hinterliess er seine Ehefrau F._ sowie die Kinder C._, A._, G._, D._ und E._. Zu seinem Willensvollstrecker ernannte er K._, als Ersatzvollstrecker B._. Mitte April 2008 legte K._ sein Mandat als Willensvollstrecker nieder, worauf B._ als Ersatzwillensvollstrecker eingesetzt wurde.
B. B.a Am 7. Juni 2008 reichte A._ beim Betreibungs- und Konkursamt Nidwalden, Abteilung für öffentliche Inventarisationen, Beschwerde ein und beantragte, der Willensvollstrecker sei von seinem Amt zu entbinden. Mit Verfügung vom 16. Juni 2008 lehnte das Amt die sofortige Suspendierung des Willensvollstreckers während des Beschwerdeverfahrens ab. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies der Landammann mit Präsidialentscheid vom 12. August 2008 (Zustellung am 14. August 2008) ab. Der Entscheid wurde mit einer Rechtsmittelbelehrung versehen, wonach binnen zehn Tagen nach erfolgter Zustellung beim Verwaltungsgericht schriftlich und begründet Beschwerde eingereicht werden könne.
B.b Gegen diesen Entscheid erhob A._ am 31. August 2008 (Postaufgabe Montag, 1. September 2008) beim Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden Beschwerde. Mit Urteil vom 28. April 2009 trat das Verwaltungsgericht auf diese Beschwerde nicht ein. Das Verwaltungsgericht sprach B._ zudem eine Parteientschädigung von Fr. 1'328.85 zu.
C. Am 4. September 2009 hat A._ (fortan: Beschwerdeführer) gegen dieses Urteil Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ergriffen. Er beantragt, der Entscheid der Vorinstanz sei aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde als nicht verspätet neu zu beurteilen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein selbstständig eröffneter Entscheid betreffend vorsorgliche Massnahmen, in dem das Verwaltungsgericht auf ein Gesuch des Beschwerdeführers um Suspendierung des Willensvollstreckers während des hängigen Beschwerdeverfahrens nicht eingetreten ist. Selbstständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens gelten, bilden Zwischenentscheide gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f. mit Hinweisen). Daran ändert nichts, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts auf Nichteintreten lautet (vgl. Urteil 9C_740/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 1 mit weiteren Hinweisen). Gegen Zwischenentscheide ist die Beschwerde nur gegeben, sofern sie einen nicht wiedergutzumachenden rechtlichen Nachteil bewirken können (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 und 2.3.1 S. 632). Der Beschwerdeführer äussert sich nicht dazu, ob der angefochtene Entscheid einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken kann. Diese Frage kann jedoch offen bleiben, da sich die Beschwerde ohnehin als unbegründet erweist, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann.
1.2 Der Rechtsweg des Zwischenentscheids folgt jenem der Hauptsache (Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2). Diese beschlägt die Aufsicht über einen Willensvollstrecker. Solche Entscheide sind gemäss Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 5 BGG mit Beschwerde in Zivilsachen anfechtbar. Ob einem Streit um die Absetzung eines Willensvollstreckers vermögensrechtlicher Charakter zukommt, hat das Bundesgericht bisher offen gelassen (<ref-ruling> E. 4 S. 386; Urteile 5A_646/2008 vom 22. Dezember 2008 E. 2.3 und 5A_44/2009 vom 20. Mai 2009 E. 4.2). Sofern es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit handeln sollte, dürfte der massgebliche Streitwert (<ref-law>) erfüllt sein. Die Frage kann jedoch offen bleiben, da die Beschwerde unbegründet ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Weil die Beschwerde in Zivilsachen somit grundsätzlich gegeben ist, hat der Beschwerdeführer mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten das unzutreffende Rechtsmittel erhoben. Da er aber im kantonalen Entscheid auf das falsche Rechtsmittel hingewiesen worden ist und ihm daraus kein Nachteil erwachsen darf (<ref-law>), ist die rechtzeitig erfolgte Eingabe (<ref-law>) als Beschwerde in Zivilsachen entgegenzunehmen.
1.3 Angefochten ist ein Entscheid über eine vorsorgliche Massnahme im Sinne von <ref-law>, so dass nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann. Soweit vorliegend die Anwendung kantonaler verfahrensrechtlicher Bestimmungen umstritten ist, bleibt diese Einschränkung der Kognition jedoch ohne Bedeutung. Ausserhalb von Art. 95 lit. c bis e BGG überprüft das Bundesgericht die Anwendung kantonalen Rechts ohnehin nur auf Verletzung verfassungsmässiger Rechte, namentlich auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 3 S. 351).
Aufgrund des Rügeprinzips ist in der Beschwerde klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 3.2 S. 88 mit Hinweisen). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen aufgezeigt werden, in welcher Hinsicht der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweis). Mithin ist darzutun, inwiefern der angefochtene Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; je mit Hinweisen). In analoger Weise sind die Begründungsanforderungen erhöht, wenn Willkür oder die Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift bei der Sachverhaltsfeststellung gerügt wird (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399; <ref-ruling> E. 2 S. 591 f.).
2. 2.1 Vor Verwaltungsgericht war einzig umstritten, ob die 10-tägige Beschwerdefrist gegen den Präsidialentscheid des Landammanns zwischen dem 15. Juli und dem 31. August still stand. Die Vorinstanz hat erwogen, im Verwaltungsgerichtsverfahren richte sich der Stillstand der Fristen nach dem Gerichtsgesetz (Gesetz über die Organisation und das Verfahren der Gerichte; NG 261.1; nachfolgend: GerG). Gemäss Art. 59 Abs. 1 und 3 GerG stünden die Fristen vom 15. Juli bis zum 31. August still. Vorbehalten blieben unter anderem Fälle, in welchen das beschleunigte Verfahren durchzuführen sei (Art. 59 Abs. 2 Ziff. 1 GerG). Vorliegend bilde ein Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen Verfahrensgegenstand. Dieses unterstehe gemäss § 24 Abs. 3 der Verwaltungsrechtspflegeverordnung (Verordnung über das Verwaltungsverfahren und die Verwaltungsrechtspflege; NG 265.1; nachfolgend: VRPV) in Verbindung mit den §§ 194 ff. - heute Art. 203 ff. - der Zivilprozessordnung (Gesetz über den Zivilprozess; NG 262.1; nachfolgend: ZPO) den Vorschriften über das beschleunigte Verfahren. Die Gerichtsferien kämen daher nicht zum Tragen, womit die Eingabe des Beschwerdeführers offensichtlich verspätet erfolgt sei.
2.2 Der Beschwerdeführer bezeichnet die Auslegung verschiedener kantonaler Verfahrensnormen durch die Vorinstanz als falsch. Wie bereits dargelegt, kann das Bundesgericht die Anwendung kantonalen Rechts nicht frei überprüfen. Auf die Rüge der falschen Auslegung kantonalen Rechts ist deshalb nicht einzutreten.
2.3 Im Weiteren bringt der Beschwerdeführer zusammengefasst vor, die Vorinstanz habe durch ihre eigenen Handlungen zu erkennen gegeben, dass sie selber nicht vom Vorliegen eines beschleunigten Verfahrens ausgehe. Mit dieser Begründung lässt sich jedoch nicht dartun, dass der angefochtene Entscheid im Ergebnis willkürlich ist. Weder die Verfahrensführung der Vorinstanz als solche noch die tatsächliche Verfahrensdauer sind geeignet, die Anwendbarkeit der Vorschriften über das beschleunigte Verfahren auf den Fristenlauf während der Gerichtsferien in Frage zu stellen, zumal die der Vorinstanz vorgeworfenen Handlungen allesamt nach der verspäteten Rechtsmitteleingabe erfolgt sind und somit auch kein allenfalls schützenswertes Vertrauen beim Beschwerdeführer erweckt worden ist. Im Übrigen setzt sich der Beschwerdeführer in seiner Beschwerde nicht mit der vorinstanzlichen Begründung auseinander und zeigt insbesondere nicht auf, weshalb die Auslegung, welche die Vorinstanz den von ihr erwähnten Normen über die Gerichtsferien gibt, geradezu unhaltbar sein soll.
2.3 Im Weiteren bringt der Beschwerdeführer zusammengefasst vor, die Vorinstanz habe durch ihre eigenen Handlungen zu erkennen gegeben, dass sie selber nicht vom Vorliegen eines beschleunigten Verfahrens ausgehe. Mit dieser Begründung lässt sich jedoch nicht dartun, dass der angefochtene Entscheid im Ergebnis willkürlich ist. Weder die Verfahrensführung der Vorinstanz als solche noch die tatsächliche Verfahrensdauer sind geeignet, die Anwendbarkeit der Vorschriften über das beschleunigte Verfahren auf den Fristenlauf während der Gerichtsferien in Frage zu stellen, zumal die der Vorinstanz vorgeworfenen Handlungen allesamt nach der verspäteten Rechtsmitteleingabe erfolgt sind und somit auch kein allenfalls schützenswertes Vertrauen beim Beschwerdeführer erweckt worden ist. Im Übrigen setzt sich der Beschwerdeführer in seiner Beschwerde nicht mit der vorinstanzlichen Begründung auseinander und zeigt insbesondere nicht auf, weshalb die Auslegung, welche die Vorinstanz den von ihr erwähnten Normen über die Gerichtsferien gibt, geradezu unhaltbar sein soll.
2.4 2.4.1 Der Beschwerdeführer macht in einem Eventualstandpunkt für den Fall, dass zu Recht vom Vorliegen eines beschleunigten Verfahrens auszugehen sei, geltend, Art. 206 Ziff. 3, 7 und 8 ZPO seien willkürlich nicht angewendet worden.
Ziffer 3 von <ref-law> legt Fristen für die Eingabe von Vernehmlassungen fest; gemäss Ziff. 7 hat die Verfahrensleitung die Parteien in ihren Verfügungen ausdrücklich auf die verkürzten Fristen aufmerksam zu machen und Ziffer 8 sieht vor, dass das Gericht seinen Entscheid ohne Verzug ausfällt.
2.4.2 Der Auffassung des Beschwerdeführers ist nicht zu folgen. Selbst wenn die Vorinstanz die erwähnten Ziffern von <ref-law> in willkürlicher Weise nicht angewendet hätte, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf und ist auch nicht ersichtlich, wie sich die - gemäss seiner Eventualbegründung - gesetzeskonforme Anwendung der betreffenden Norm auf den angefochtenen Entscheid hätte auswirken können. Im Gegenteil: Geht selbst der Beschwerdeführer davon aus, das Verfahren vor der Vorinstanz sei ein beschleunigtes, so ist nicht ersichtlich, inwiefern der vorinstanzliche Nichteintretensentscheid, der auf ebendieser Qualifikation des Verfahrens als beschleunigtes beruht, willkürlich sein sollte. Auf die im Eventualstandpunkt erhobene Rüge ist nicht einzutreten.
Im Übrigen wäre sie auch unbegründet. Es erscheint nicht offensichtlich unhaltbar, dass die Vorinstanz die Fristen während der Instruktion nach §§ 76 f. VRPV angesetzt hat statt gestützt auf <ref-law>, zumal § 76 VRPV einerseits selber die Möglichkeit zur Verkürzung der Fristen in dringenden Fällen vorsieht und damit dem Beschleunigungsgedanken Rechnung trägt und sich andererseits die gewährten Fristen im Ergebnis auch auf <ref-law> hätten abstützen lassen. Damit entfällt auch der in <ref-law> vorgesehene Hinweis auf die Verkürzung der Fristen nach Ziff. 3 dieses Artikels. Schliesslich lässt sich nicht abstrakt festlegen, welche Verfahrensdauer einer geradezu willkürlichen Nichtbeachtung des <ref-law> gleichkommt, soweit Fälle überlanger Prozessdauer nicht ohnehin über verfahrensrechtliche Grundrechte zu erfassen sind, deren Verletzung aber nicht gerügt wird.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer hat sich vor der Vorinstanz vergeblich auf den Grundsatz des Vertrauensschutzes berufen. Er hat vorgebracht, ein Gerichtsschreiber des Verwaltungsgerichts habe ihm zwischen dem 14. und dem 25. August 2008 telefonisch die Auskunft erteilt, die Beschwerdefrist stehe während der Gerichtsferien still. Die Vorinstanz hat in ihrem Urteil festgestellt, es sei keine falsche Rechtsauskunft durch einen Gerichtsschreiber des Verwaltungsgerichts Nidwalden erteilt worden. In antizipierter Beweiswürdigung hat die Vorinstanz zudem den Beweisantrag des Beschwerdeführers verworfen, eine Abhörkontrolle für den Zeitraum vom 14. bis zum 25. August 2008 durchzuführen. In einer Eventualbegründung hat das Verwaltungsgericht erwogen, der Beschwerdeführer könne sich selbst bei Vorliegen einer Falschauskunft nicht auf den Vertrauensschutz berufen, da er als Rechtskundiger die Fehlerhaftigkeit der Auskunft durch Lektüre des Gesetzestexts hätte erkennen können. Zudem sei er im Dispositiv des Entscheides des Landammanns ausdrücklich auf § 24 Abs. 3 VRPV hingewiesen worden.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer hat sich vor der Vorinstanz vergeblich auf den Grundsatz des Vertrauensschutzes berufen. Er hat vorgebracht, ein Gerichtsschreiber des Verwaltungsgerichts habe ihm zwischen dem 14. und dem 25. August 2008 telefonisch die Auskunft erteilt, die Beschwerdefrist stehe während der Gerichtsferien still. Die Vorinstanz hat in ihrem Urteil festgestellt, es sei keine falsche Rechtsauskunft durch einen Gerichtsschreiber des Verwaltungsgerichts Nidwalden erteilt worden. In antizipierter Beweiswürdigung hat die Vorinstanz zudem den Beweisantrag des Beschwerdeführers verworfen, eine Abhörkontrolle für den Zeitraum vom 14. bis zum 25. August 2008 durchzuführen. In einer Eventualbegründung hat das Verwaltungsgericht erwogen, der Beschwerdeführer könne sich selbst bei Vorliegen einer Falschauskunft nicht auf den Vertrauensschutz berufen, da er als Rechtskundiger die Fehlerhaftigkeit der Auskunft durch Lektüre des Gesetzestexts hätte erkennen können. Zudem sei er im Dispositiv des Entscheides des Landammanns ausdrücklich auf § 24 Abs. 3 VRPV hingewiesen worden.
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe ihre Begründungspflicht und damit das rechtliche Gehör verletzt, indem sich die Feststellung, es habe kein Telefongespräch zwischen ihm und einem Gerichtsschreiber stattgefunden, auf unbegründete Annahmen stütze. Das rechtliche Gehör habe sie desgleichen durch ihre antizipierte Beweiswürdigung verletzt.
3.2.2 Mit seiner Gehörsrüge beanstandet der Beschwerdeführer in Tat und Wahrheit die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz über das angebliche Telefongespräch. Er kritisiert diese Feststellung allerdings nicht in rechtsgenüglicher Weise, d.h. er legt nicht dar, wieso sie offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich sein sollte, sondern beschränkt sich darauf, seine Auffassung derjenigen der Vorinstanz gegenüberzustellen. Namentlich lässt er alle Angaben darüber vermissen, wann genau, mit welcher Person und mit welchem genauen Inhalt das behauptete Gespräch geführt worden sein soll. Auf die Rüge der fehlerhaften Sachverhaltsfeststellung ist mithin nicht einzutreten. Eine substanziierte Rüge wäre ihm nach dem Gesagten möglich gewesen, so dass die Vorinstanz ihre Begründungspflicht nicht verletzt hat (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
Auch gegen die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz wendet sich der Beschwerdeführer nicht in einer den Begründungsanforderungen genügenden Weise. Im Gegenteil: Er gibt in der Beschwerde an das Bundesgericht selber zu, das von ihm vorgeschlagene Beweismittel würde einzig zum Beweis taugen, dass ein Gespräch stattgefunden hat, nicht aber zum Nachweis des Inhalts dieses Gesprächs. Damit entzieht er seiner Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung selber den Boden. Auf die entsprechende Rüge ist nicht einzutreten.
Auch gegen die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz wendet sich der Beschwerdeführer nicht in einer den Begründungsanforderungen genügenden Weise. Im Gegenteil: Er gibt in der Beschwerde an das Bundesgericht selber zu, das von ihm vorgeschlagene Beweismittel würde einzig zum Beweis taugen, dass ein Gespräch stattgefunden hat, nicht aber zum Nachweis des Inhalts dieses Gesprächs. Damit entzieht er seiner Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung selber den Boden. Auf die entsprechende Rüge ist nicht einzutreten.
3.3 3.3.1 Gegen die Eventualbegründung der Vorinstanz wendet der Beschwerdeführer ein, er sei kein forensisch tätiger Anwalt und die Fristen des beschleunigten Verfahrens seien so unübersichtlich geordnet, dass auch fachkundige Personen diese Fristen nicht immer genau zu bestimmen vermöchten. Falls bereits die Vorinstanz die verfahrensleitenden Fristen falsch angesetzt habe, komme es überspitztem Formalismus gleich, von einer nicht forensisch tätigen Person zu verlangen, falsche Fristangaben zu erkennen.
3.3.2 Der Beschwerdeführer stellt nicht infrage, dass er rechtskundig ist. Er wendet sich auch nicht gegen die vorinstanzliche Feststellung, dass er ausdrücklich auf § 24 Abs. 3 VRPV aufmerksam gemacht worden sei. Stattdessen beruft er sich auf ein angeblich im Kanton Nidwalden unübersichtlich geordnetes Fristenwesen und angebliche Schwierigkeiten fachkundiger Personen, die Fristen richtig zu bestimmen. Damit bringt er unter anderem neue Sachverhaltselemente vor, auf welche grundsätzlich nicht eingetreten werden kann (<ref-law>). Abgesehen davon würde sich die Frage stellen, worauf der Beschwerdeführer sein Vertrauen in amtliche Auskünfte stützen würde, wenn er doch implizit zugibt, dass selbst den Angaben fachkundiger Personen nicht unbedingt vertraut werden kann. Im Übrigen setzt er sich nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen über die Sorgfaltspflicht von Rechtskundigen bei amtlichen Auskünften auseinander. Die Rüge des überspitzten Formalismus schliesslich läuft wiederum auf die appellatorische und damit nicht zu hörende Sachverhaltsbehauptung hinaus, es seien falsche Fristangaben gemacht worden. Auf seine Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdegegner 1 (Willensvollstrecker) eine Parteientschädigung von Fr. 1'328.85 (Honorar und Auslagen, inklusive Mehrwertsteuer) zugesprochen.
4.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe ihre Begründungspflicht und damit das rechtliche Gehör verletzt, weil sie ihre Entscheidung, dem Beschwerdegegner 1 eine Parteientschädigung zuzusprechen, nicht begründet habe. Sie habe auch nicht begründet, warum nur der Beschwerdegegner 1 und nicht auch die anderen Beschwerdegegner einen Anspruch auf Parteientschädigung hätten.
4.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe ihre Begründungspflicht und damit das rechtliche Gehör verletzt, weil sie ihre Entscheidung, dem Beschwerdegegner 1 eine Parteientschädigung zuzusprechen, nicht begründet habe. Sie habe auch nicht begründet, warum nur der Beschwerdegegner 1 und nicht auch die anderen Beschwerdegegner einen Anspruch auf Parteientschädigung hätten.
4.3 4.3.1 Der Beschwerdeführer hat sich mangels Beschwer (<ref-law>) nicht dazu zu äussern, ob auch die anderen Beschwerdegegner - die Vorinstanzen sowie die weiteren Erben - Anspruch auf eine Parteientschädigung gehabt hätten. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten.
4.3.2 Die Begründungspflicht ist Teilgehalt des rechtlichen Gehörs nach <ref-law>. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Weil dem Anspruch von <ref-law> gegenüber dem kantonalen Verfahrensrecht nur subsidiäre Bedeutung zukommt, dürfen an die Begründung eines kantonalen Entscheids keine zu hohen Anforderungen gestellt werden, insbesondere dann nicht, wenn das kantonale Recht selbst keine Pflicht zur Begründung vorsieht. Ein Kosten- und Entschädigungsentscheid muss unter Umständen gar nicht begründet werden bzw. eine äusserst knappe Begründung kann genügen, zum Beispiel dann, wenn bezüglich der Höhe eines Kosten- oder Entschädigungsbetrags alle tatbeständlichen und rechtlichen Berechnungsgrundlagen klar sind (<ref-ruling> E. 2a S. 1; Urteil 1P.284/2002 vom 9. August 2002 E. 2.4.1).
4.3.3 Die Vorinstanz hat den Entschädigungspunkt mit einem Hinweis auf § 124 Abs. 1 VRPV begründet. Diese Norm sieht bei einer Beteiligung von Parteien mit gegensätzlichen Interessen im Rechtsmittelverfahren vor, dass in der Regel die unterliegende der obsiegenden Partei die Kosten zu ersetzen hat. Dieser Gesetzesstelle konnte der Beschwerdeführer entnehmen, weshalb dem Beschwerdegegner 1 eine Entschädigung zugesprochen wurde. Somit konnte er sich über die Tragweite des Kostenentscheids hinreichend Rechenschaft ablegen und er hätte in der Folge diesen Punkt sachgerecht anfechten können. Dass das kantonale Recht eine eingehendere Begründung erfordern würde, macht er nicht geltend. Die Rüge der Gehörsverletzung ist demnach unbegründet.
5. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ergebnis trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Mangels Einholung von Vernehmlassungen werden keine Parteientschädigungen gesprochen.
6. Der Beschwerdeführer hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht gestellt. Wie sich aus dem vorstehend Gesagten ergibt, war die Beschwerde jedoch von Anfang an aussichtslos. Das Gesuch ist mithin abzuweisen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird als Beschwerde in Zivilsachen entgegengenommen.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zingg