Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 25. November 2010 informierte die Eidgenössische Zollverwaltung, Zollinspektorat Zürich-Flughafen, die Y._ GmbH (Beschwerdegegnerin) gestützt auf <ref-law>, dass sie eine an A. und B. X._ (Beschwerdeführer) adressierte Sendung von Satellitenempfängern mit den Bezeichnungen "DREAM" und "DREAMBOX" aus China zurückbehalten habe. Da die Beschwerdeführer gegen eine Vernichtung der Ware opponierten, teilte das Zollinspektorat der Beschwerdegegnerin mit, dass die zurückbehaltene Sendung maximal 20 Tage ab Mitteilung blockiert sei und innerhalb dieser Frist eine vorsorgliche Massnahme erwirkt werden müsse.
B. B.a Mit Entscheid vom 21. Dezember 2010 wies der Präsident der I. Kammer des Obergerichts des Kantons Luzern das Zollinspektorat Zürich-Flughafen an, die zurückbehaltenen Waren bis zur Erledigung des Massnahmeverfahrens nicht freizugeben.
Mit Massnahmeentscheid vom 14. April 2011 wies die Einzelrichterin des Obergerichts das Zollinspektorat Zürich-Flughafen an, die zurückbehaltenen Gegenstände bis zur Erledigung des ordentlichen Verfahrens nicht freizugeben. Die Beschwerdegegnerin erhob innert Frist Klage beim Obergericht des Kantons Luzern gegen die Beschwerdeführer.
B.b Mit Urteil vom 30. September 2011 verbot das Obergericht des Kantons Luzern den Beschwerdeführern, "die vom Zollinspektorat Zürich-Flughafen am 25. November 2010 zurückbehaltenen Satellitenempfangsgeräte mit den Bezeichnungen 'Dreambox' und 'Dream Multimedia' inkl. sämtlichen Zubehörs und der Verpackung selbst, namentlich
- 120 Exemplare Dreambox DM 500S
- 75 Exemplare Dreambox DM 800 HD PVR
- 50 mit 'Dream Multimedia' gekennzeichnete Fernbedienungen für 500S und 20 mit 'Dream Multimedia' gekennzeichnete Fernbedienungen für 800 HD PVR sowie mit 'Dream Multimedia' gekennzeichnete Einbauteile (24 DVB T/C Tuners für 800 HD PVR)
zu lagern, anzubieten, in Verkehr zu bringen, ein- und auszuführen oder durch die Schweiz zu führen, zu bewerben und/oder zu solchen Handlungen Dritte anzustiften, bei ihnen mitzuwirken oder ihre Begehung zu begünstigen sowie zu verbieten, die Gegenstände zu diesen Zwecken zu besitzen" (Dispositiv-Ziffer 1).
Für den Fall der Widerhandlung gegen dieses Verbot wurde den Beschwerdeführern die Bestrafung nach <ref-law> angedroht (Dispositiv-Ziffer 2). Im Weiteren wies das Obergericht das Zollinspektorat Zürich-Flughafen an, die in Dispositiv-Ziffer 1 aufgeführten Gegenstände auf Kosten der Beschwerdeführer definitiv zu vernichten, wobei ein allfälliger Kostenvorschuss für die Vernichtung von der Beschwerdegegnerin zu leisten ist (Dispositiv-Ziffer 3).
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 30. September 2011 aufzuheben (Ziffer 1), die Beschwerdeführer seien vom Vorwurf des Verstosses gegen das Markenrecht freizusprechen (Ziffer 2) und die Anweisung an das Zollinspektorat Zürich-Flughafen zur Vernichtung der zurückbehaltenen Gegenstände sei aufzuheben (Ziffer 3). Im Weiteren sei den Beschwerdeführern die Möglichkeit zu geben, die falsch gelieferte Ware auf eigene Kosten umzurüsten, und es seien ihnen die von der Markenschutzverletzung nicht betroffenen 100 Ventilatoren, 60 Netzgeräte sowie 20 DVB-C Tuner auszuhändigen (Ziffer 4). Eventualiter sei die beschlagnahmte Ware dem Lieferanten auf Kosten der Beschwerdeführer zu retournieren (Ziffer 5).
Die Akten wurden beigezogen. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) in einer Streitigkeit im Zusammenhang mit geistigem Eigentum, für die das Bundesrecht eine einzige kantonale Instanz vorsieht (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), weshalb die Beschwerde unbesehen einer Streitwertgrenze zulässig ist (<ref-law>). Die Beschwerdeführer sind mit ihren Anträgen vor Vorinstanz unterlegen (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist gewahrt (<ref-law>).
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
2. 2.1 Die Beschwerdeführer stellen vor Bundesgericht nicht in Abrede, dass die gelieferten Waren Marken der Beschwerdegegnerin verletzen. Zudem anerkennen sie, dass ein Übersprayen der Aufschriften "DREAM MULTIMEDIA" auf den zurückbehaltenen Fernbedienungen vermarktungsungeeignete Flecken hinterlassen, weshalb sie sich vor Bundesgericht nicht mehr gegen die Vernichtung der Fernbedienungen wehren. Die Beschwerdeführer machen vielmehr geltend, lediglich die Frontplatten der Receivergeräte verletzten neben den Verpackungen sowie den Fernbedienungen das Markenrecht, weshalb eine Vernichtung der gesamten Sendung unverhältnismässig sei.
2.2 Die Beschwerdeführer verkennen mit ihrem Vorbringen, die Frontplatten könnten problemlos ersetzt werden, dass die Vorinstanz im Zusammenhang mit der Verhältnismässigkeit der angeordneten Vernichtung in tatsächlicher Hinsicht feststellte, die Beschwerdeführer hätten nicht näher ausgeführt, inwieweit ein Rückbau der Geräte durch Austausch der Frontplatten möglich und angemessen sein soll. Ihre in der Beschwerde aufgestellten Behauptungen, die besagten Frontplatten könnten "je Gerät innert max. 2 - 3 Minuten problemlos entfernt werden", die Beschwerdeführer könnten "dies persönlich vor Ort mit zwei weiteren Mitarbeitern erledigen", womit "die Entfernung der Frontplatten aller 195 Set-TopBoxen innert rund max. 3 Stunden erfolgen" könne, lassen sich nicht auf die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid stützen. Sie haben daher unbeachtet zu bleiben.
Neu und damit unbeachtlich (<ref-law>) sind zudem sowohl die dem Bundesgericht eingereichten Beweismittel als auch die Vorbringen in der Beschwerde, die sich auf Vorgänge beziehen, die sich nach dem Entscheid der Vorinstanz zugetragen haben sollen. Ebenso wenig zu berücksichtigen sind die Ausführungen, mit denen die Beschwerdeführer vor Bundesgericht erstmals darlegen, inwiefern ein Austausch der Frontplatten ihrer Ansicht nach möglich wäre bzw. woher sie neutrale Frontplatten beziehen würden, sowie die mehrmals erhobene Behauptung, die markenverletzenden Produkte seien ihnen irrtümlich zugestellt worden.
Schliesslich lässt sich auch die Behauptung, auf 60 Netzgeräten, 100 Ventilatoren und 20 DVB-C Tunern sei kein Hinweis auf eine markenverletzende Bezeichnung vorhanden, nicht auf die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid stützen. Vielmehr hat die Vorinstanz festgestellt, sämtliche der am 25. November 2010 beim Zoll beschlagnahmten Waren seien mit der Bezeichnung "DREAMBOX" und "DREAM MULTIMEDIA" versehen, was von den Beschwerdeführern im Berufungsverfahren nicht bestritten worden sei. Eine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge erheben die Beschwerdeführer nicht.
2.3 Damit bleibt es bei den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die keine Möglichkeit sah, die markenverletzenden Aufschriften durch Rückbau der Geräte zu beseitigen. Nach <ref-law> entscheidet das Gericht bei eingezogenen Gegenständen darüber, ob die widerrechtlich verwendete Marke unkenntlich zu machen ist oder ob die Gegenstände unbrauchbar zu machen, zu vernichten oder in einer bestimmten Weise zu verwenden sind. Nachdem gemäss den - für das Bundesgericht verbindlichen (<ref-law>) - Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz sämtliche beim Zoll beschlagnahmten Waren mit einer markenverletzenden Bezeichnung versehen sind und ein Überdecken bzw. eine Beseitigung der widerrechtlich verwendeten Zeichen nicht in Betracht fällt, ist die angeordnete Vernichtung der eingezogenen Gegenstände keine unverhältnismässige Massnahme.
3. Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang ist die Gerichtsgebühr den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung zu auferlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Da keine Vernehmlassung eingeholt wurde, sind der Beschwerdegegnerin keine Parteikosten entstanden, die zu ersetzen wären.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern (unter solidarischer Haftung und intern je zur Hälfte) auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann