Faits:
A. C.Y._ est propriétaire de la parcelle n° 557 du registre foncier de la commune de Chevroux. Le 10 février 2006, les parents de la prénommée ont déposé une demande d'autorisation de construire une maison familiale sur ladite parcelle, classée dans la zone de villas du plan général d'affectation de la commune de Chevroux. Soumis à l'enquête publique du 3 au 23 mars 2006, ce projet a suscité l'opposition de B.X._ et A.X._, propriétaires de la parcelle n° 554, voisine au sud-ouest. Le dossier a fait l'objet d'une enquête complémentaire ouverte du 12 mai au 1er juin 2006, lors de laquelle B.X._ et A.X._ ont formulé une nouvelle opposition. Le 2 août 2006, la Municipalité de Chevroux a délivré le permis de construire, en levant les oppositions. Par arrêt du 30 avril 2007, le Tribunal administratif du canton de Vaud a admis le recours des opposants, en ce sens que l'accès au garage prévu en sous-sol n'était pas conforme à certaines dispositions du règlement communal sur le plan général d'affectation et la police des constructions de la commune de Chevroux approuvé par le Conseil d'Etat du canton de Vaud le 12 septembre 1980 (RPGA).
B. Le 6 juin 2007, C.Y._ a déposé une nouvelle demande de permis de construire, après avoir opéré quelques modifications dans le projet initial. Soumis à enquête complémentaire du 23 juin au 23 juillet 2007, le nouveau projet a suscité l'opposition de B.X._ et A.X._. Ils ont fait valoir, entre autres griefs, la proximité de la terrasse à la limite de la propriété et le fait qu'elle n'a pas été prise en considération dans le calcul de la surface bâtie. Par décision du 9 août 2007, la Municipalité de Chevroux a levé l'opposition et délivré l'autorisation de construire.
Le 29 août 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours formé par les opposants contre cette décision.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B.X._ et A.X._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours en se référant aux considérants de son arrêt. La Municipalité de Chevroux ainsi que les intimés concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. Interpellés par le Juge instructeur, les recourants et les intimés ont en outre déposé des observations.
D. Par ordonnance du 29 octobre 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par les recourants.

Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que propriétaires de la parcelle directement voisine du projet, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué confirmant l'octroi d'un permis de construire pour un projet de construction qu'ils tiennent en particulier pour non conforme aux règles relatives à la distance à la limite. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Ils ont dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont par ailleurs réunies, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. Les recourants se plaignent d'une violation des art. 29 Cst. et 6 CEDH, en ce sens que le Tribunal cantonal aurait omis de statuer sur leur grief portant sur la conformité du projet aux règles relatives à la distance à la limite.
2.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) l'obligation pour le juge de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités). Savoir si la motivation présentée est convaincante est une question distincte de celle du droit à une décision motivée. Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision des juges, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation présentée est erronée (cf. arrêt 4A_454/2008 du 1er décembre 2008 consid. 3.1).
2.2 En l'espèce, après avoir exposé de manière claire et détaillée que le projet respectait les règles relatives à la surface bâtie et au coefficient d'occupation du sol, le Tribunal cantonal a analysé la conformité dudit projet avec les règles sur la distance à la limite, en ces termes : "il ressort du plan du rez-de-chaussée (N° 78/6) que la terrasse non couverte est prévue dans le prolongement du couvert, le long de la façade sud-est du bâtiment, et respecte ainsi la distance de 5 m par rapport à la limite de propriété des recourants. La terrasse respecte également la distance de 5 m par rapport à la limite de la parcelle voisine au sud-ouest. Les terrasses non couvertes sont par ailleurs des prolongements extérieurs des logements dont l'usage n'est limité que par les dispositions de droit privé (<ref-law>)". La motivation du Tribunal cantonal n'a d'ailleurs pas échappé aux recourants, qui sont précisément en mesure d'attaquer la décision sur ce point. Ainsi, les intéressés confondent défaut de motivation et caractère éventuellement erroné du raisonnement. Par conséquent, le grief de la violation du droit d'être entendu s'avère mal fondé. Au demeurant, les recourants ne prétendent pas à cet égard qu'une disposition communale ou cantonale aurait été appliquée arbitrairement, ni que l'état de fait déterminant aurait été établi de façon erronée.
3. Les recourants se plaignent du fait que l'autorité communale aurait utilisé arbitrairement l'institution de l'enquête complémentaire pour la mise à l'enquête publique du nouveau projet de construction.
3.1 Il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 266; <ref-ruling> consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée), ce que les recourants doivent démontrer de façon claire et circonstanciée en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 400).
3.2 Les recourants ont déjà soulevé ce moyen devant le Tribunal cantonal qui l'a analysé de manière détaillée et l'a rejeté (cf. consid. 2 de l'arrêt attaqué, p. 5 à 7). Dans leur écriture, les recourants n'indiquent pas dans l'application de quelle norme l'arrêt attaqué serait insoutenable. Ils ne démontrent pas clairement non plus en quoi le fait d'avoir soumis la modification du projet initial à une enquête complémentaire et non à une enquête ordinaire serait arbitraire, ce d'autant moins qu'ils ne contestent pas le fait que les formalités de l'enquête complémentaire et celles de l'enquête principale sont identiques. Leurs objections sur ce point, pour autant qu'elles respectent les exigences de l'<ref-law>, ne sont pas de nature à démontrer le caractère manifestement insoutenable de l'argumentation des juges cantonaux. Ce grief tombe donc à faux.
4. Il s'ensuit que le recours est rejeté. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Il n'y a lieu d'allouer des dépens ni aux intimés, qui ont agi sans l'assistance d'un avocat, ni à la commune de Chevroux (cf. art. 68 al. 1 à 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de la Municipalité de Chevroux, aux intimés et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 19 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Tornay