<ref-law> (Strafverfahren), hat sich ergeben:
A.- Das Bezirksgericht Zürich verurteilte am 20. März 1998 Y._, den Sohn von X._, hauptsächlich wegen des Verkaufs von mehreren Kilo Heroin, zu 7 1/2 Jahren Zuchthaus und 12 Jahren Landesverweisung. Am 1. Juli 1998 beschloss es:
"1. Der mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich
vom 26. Februar 1996 bzw. 21. März 1996 bei der
Bank B._, auf dem Konto Nr. _,
lautend auf X._, gesperrte und gemäss Verfügung
der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 10. Januar
1997 eingezogene und bei der Kasse des Bezirksgerichts
liegende Betrag von Fr. 65'000.-- samt
Zinsen wird definitiv eingezogen und nach Eintritt
der Rechtskraft des Urteils gegen Y._ vom 20. März 1998 sowie des vorliegenden Entscheides
zur Deckung der dem Angeklagten Y._ auferlegten
Verfahrens- und Strafvollzugskosten herangezogen.
2. Ein nach Deckung der Verfahrens- und Strafvollzugs
kosten allfällig verbleibender Mehrbetrag wird dem
Angeklagten Y._ herausgegeben.
(...)".
Zur Begründung führte es an, es sei erstellt, dass die auf diesem Konto eingezogenen Gelder dem Vermögen von Y._ zuzurechnen seien. Einer Einziehung nach § 83 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO) bzw. <ref-law> zur Deckung der Prozess- und allfälligen Vollzugskosten stehe daher nichts im Wege, gleichgültig darum, ob die Gelder aus Drogen- oder allenfalls legalen Geschäften stammten.
Auf Rekurs von X._ hin beschloss das Obergericht des Kantons Zürich am 11. Mai 1999:
"1. Der mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich
vom 26. Februar 1996 bzw. 21. März 1996 bei der
Bank B._ auf dem Konto Nr. _, lautend
auf X._, gesperrte und gemäss Verfügung der
Bezirksanwaltschaft Zürich vom 10. Januar 1997 eingezogene
und bei der Kasse des Bezirksgerichts liegende
Betrag von Fr. 65'000.-- samt Zinsen wird im
Umfang von Fr. 23'000.-- samt Zinsen an den Drittansprecher
X._ herausgegeben und im Umfang
von Fr. 42'000.-- samt Zinsen eingezogen.
(...)".
Es erwog (Urteil vom 11. Mai 1999 S. 78 ff.), die Beschlagnahme und die nachfolgende Einziehung und Verwertung nach § 83 in Verbindung mit <ref-law> falle nur für Vermögensgegenstände des Angeklagten in Betracht; eine mögliche wirtschaftliche Berechtigung an Vermögensgegenständen eines Dritten genüge nicht. Der obligatorische Anspruch auf Rückzahlung der auf dem Konto geäufneten Gelder stehe unbestrittenermassen X._ als Kontoinhaber zu. Diese könnten daher nicht als Vermögen von Y._ betrachtet werden, auch wenn dieser über eine Vollmacht für das Konto verfügt habe. Eine Einziehung nach § 83 in Verbindung mit <ref-law> falle daher ausser Betracht. Hingegen sei eine Einziehung nach <ref-law> zulässig, falls die geäufneten Gelder durch eine strafbare Handlung erlangt worden seien. Es kam in der Folge zum Schluss, für Gelder im Betrag von Fr. 23'000.-- könne nicht mit der erforderlichen Bestimmtheit widerlegt werden, dass sie tatsächlich (legal erworbene) eigene Vermögenswerte von X._ darstellten.
Für die über diesen Betrag hinaus auf dem fraglichen Konto liegenden Gelder könnten dagegen keine substanziellen Zweifel daran bestehen, dass sie aus dem von Y._ betriebenen Drogenhandel stammten, weshalb sie einzuziehen seien.
B.- X._ focht diesen Entscheid mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht des Kantons Zürich an, wobei er unter anderem geltend machte, das Obergericht habe ihm den Beweis dafür auferlegt, dass die beschlagnahmten Gelder von ihm stammten, obwohl es an der Staatsanwaltschaft gewesen wäre, den Nachweis zu erbringen, dass es sich dabei um Drogenerlös handle. Damit habe das Obergericht die Beweisregeln verletzt und seine Parteirechte im Sinne von <ref-law> wesentlich beeinträchtigt.
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies die Nichtigkeitsbeschwerde von X._ gegen den obergerichtlichen Entscheid am 30. September 2000 ab. Auf die Rüge, das Obergericht habe ihm zu Unrecht die Beweislast auferlegt, trat es nicht ein mit der Begründung, die Beweislastverteilung sei im Rahmen von <ref-law> ausdrücklich geregelt und somit eine Frage des materiellen Bundesrechts, welche mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Bundesgericht, aber nicht mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde gerügt werden könne.
Am 26. Januar 2001 hiess das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde von X._ gegen das kassationsgerichtliche Urteil gut und hob es auf. Es befand, das Kassationsgericht sei zu Unrecht nicht auf die Rüge eingetreten, das Obergericht habe die Beweislastverteilung verletzt.
C.- Am 2. Mai 2001 wies das Kassationsgericht die Nichtigkeitsbeschwerde von X._ ab.
Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 11. Juni 2001 wegen Verletzung von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK beantragt X._, den Entscheid des Kassationsgerichts aufzuheben. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.- Staatsanwaltschaft und Kassationsgericht verzichten auf Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Auf die Beschwerde ist aus den im Urteil vom 26. Januar 2001 angeführten Gründen einzutreten.
2.- Der Beschwerdeführer wirft dem Kassationsgericht vor, es habe die obergerichtliche Beweiswürdigung geschützt, obwohl diese willkürlich sei und gegen den Grundsatz in "dubio pro reo" verstosse.
a) Willkürlich handelt ein Gericht, wenn es seinem Entscheid Tatsachenfeststellungen zugrunde legt, die mit den Akten in klarem Widerspruch stehen. Im Bereich der Beweiswürdigung besitzt der Richter einen weiten Ermessensspielraum.
Das Bundesgericht greift im Rahmen einer staatsrechtlichen Beschwerde nur ein, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Versehen beruht (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 2c; 18 E. 3c je mit Hinweisen).
b) Die Rechtsregel, wonach der Richter "im Zweifel zugunsten des Angeklagten" zu entscheiden hat, ergibt sich für das schweizerische Recht aus <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK. Als Beweiswürdigungsregel besagt sie, dass sich der Strafrichter nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtungsweise Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Die Maxime ist verletzt, wenn der Strafrichter an der Schuld des Angeklagten hätte zweifeln müssen. Als Beweislastregel bedeutet die Maxime, dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen, und nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss.
Ob der Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungsregel verletzt ist, prüft das Bundesgericht auf Willkür.
Bei der Berufung auf den Grundsatz als Beweislastregel prüft es hingegen frei, ob sich bei objektiver Betrachtungsweise aus dem Urteil des Sachrichters ergibt, dass dieser zu einem Schuldspruch gelangte, weil der Angeklagte seine Unschuld nicht nachwies (grundlegend <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen).
c) Aus diesen Grundsätzen leitet der Beschwerdeführer zu Recht ab, dass es Sache der Strafverfolgungsbehörden ist, die deliktische Herkunft der beschlagnahmten Gelder nachzuweisen und von ihm nicht verlangt werden darf, den Nachweis für deren legalen Erwerb zu führen.
3.- a) Das fragliche Konto wurde vom Beschwerdeführer unbestrittenermassen am 5. August 1993 eröffnet. Abgesehen von hier nicht interessierenden (bereits freigegebenen) Rentenzahlungen aus Deutschland wurden zehnmal, letztmals am 12. Mai 1995, runde Tausender-Beträge in der Höhe von insgesamt 65'000 Franken auf das Konto einbezahlt. Der Beschwerdeführer hat nach den unbestrittenen obergerichtlichen Feststellungen im Untersuchungsverfahren dazu ausgeführt, er habe am 10. November 1992 ein Grundstück in Mazedonien, welches er aus seinen Ersparnissen erworben habe, für 140'000 Franken verkauft. Der Käufer habe 80'000 Franken angezahlt und sich verpflichtet, den Restbetrag bis zum 10. November 1996 zu bezahlen. Er habe sich entschlossen, das Geld in der sicheren Schweiz anzulegen. Wegen der geltenden Devisenbestimmungen in Mazedonien habe er nicht den ganzen Betrag auf einmal in die Schweiz transferieren können, weshalb er ihn, teils persönlich, teils durch Vertrauensleute, in Teilbeträgen auf das von ihm eröffnete Konto eingezahlt habe.
Diese Aussagen belegte er mit dem Kaufvertrag vom 10. Dezember 1992, den er in Kopie zu den Akten gab; das Original reichte er trotz Aufforderung nicht nach.
Das Obergericht (S. 84 ff.) kam - wie schon zuvor das Bezirksgericht - zur Auffassung, dass die Datumsangabe der vorgelegten Vertragskopie manipuliert worden sei. So hebe sich die Schreibweise der Ziffer "2" in der Datumsangabe "10. November 1992" deutlich von derjenigen der übrigen Ziffern ab. Nach Ziffer 3 des Vertrages sei dem Käufer sodann eine Zahlungsfrist von zwei Jahren oder bis spätestens 10. November 1996 - nicht etwa 1994 - eingeräumt worden. "Mangels Einreichung des Originalvertrags" müsse daher zu Lasten des Beschwerdeführers davon ausgegangen werden, dass der Kaufvertrag am 10. November 1994 abgeschlossen worden sei. Zu dessen Gunsten folge daraus indessen, dass nicht ausgeschlossen werden könne, dass die nach diesem Datum auf das Schweizer Konto eingezahlten Gelder - insgesamt 23'000 Franken - effektiv aus diesem Liegenschaftsverkauf stammten.
In Bezug auf den darüber hinausgehenden Betrag dränge sich jedoch der Schluss auf, dass es sich dabei um Gelder aus den von Y._ betriebenen Drogengeschäften handle. So liefere der Beschwerdeführer nicht nur keine plausible, sondern gar keine Begründung dafür, dass es sich bei diesen 42'000 Franken um eigene Gelder handeln könnte.
Anderseits ergäben sich deutliche Hinweise auf eine Verbindung von Y._ zu diesem Konto, auf welches er - abgesehen vom Beschwerdeführer - als einziger Bevollmächtigter Zugriff gehabt habe. Sämtliche Einzahlungen auf das Konto seien aus der geographischen Umgebung vom Wohnort von Y._ erfolgt. Zwischen den Bezügen des Y._ von verschiedenen Konten und den Einzahlungen auf das Konto des Beschwerdeführers bestünden zeitliche Koinzidenzen; so sei bei Y._ ein mit dem Saldo versehener Einzahlungsbeleg über 3'000 Franken vom 12. Mai 1995 gefunden worden.
Schliesslich sei auch noch die Aussage von Z._ aktenkundig, wonach ihr Y._ gesagt habe, er könne ihr von diesem Konto Geld für ihr Kind geben.
Es könnten daher keine substanziellen Zweifel daran bestehen, dass Y._, der in dieser Zeit nachweislich Drogengewinne von mindestens 37'440 bis 44'928 Franken erzielt habe, das Konto seines Vaters im genannten Umfang gespiesen habe.
b) Das Kassationsgericht hat erwogen, es liege keine unzulässige Umkehr der Beweislast vor, da das Obergericht aufgrund der von ihm vorgenommenen Beweiswürdigung zur Überzeugung gekommen sei, die umstrittenen 42'000 Franken stammten aus dem Drogenerlös des Y._. Es sei nicht zu beanstanden, dass es sich dabei auch auf den vom Beschwerdeführer zu seiner Entlastung eingereichten Kaufvertrag vom 10. November 1992 (bzw. nach Auffassung des Obergerichts 1994) stütze, habe es dieses Beweismittel doch frei würdigen dürfen. Zwar habe das Obergericht einleitend ausgeführt, der Beschwerdeführer habe keine Begründung dafür geliefert, dass es sich bei den beschlagnahmten Geldern um seine eigenen handle. In dieser Erwägung liege für sich allein genommen allenfalls eine unzulässige Beweislastumkehr. In der Folge habe es aber die Beweise gewürdigt und sei zum Schluss gekommen, der Indizienbeweis für die deliktische Herkunft der 42'000 Franken sei erbracht. Eine unzulässige Beweislastumkehr wäre ihm nur dann anzulasten gewesen, wenn es die Frage der deliktischen Herkunft der Gelder trotz fehlenden Nachweises zu Ungunsten des Beschwerdeführers entschieden hätte.
Da es dies nicht getan habe, sei die Rüge unbegründet. Es könne sich daher allein die Frage stellen, ob das Obergericht willkürfrei habe annehmen können, die definitiv eingezogenen Gelder seien deliktischer Herkunft. Dies habe es bereits in seinem Entscheid vom 30. September 2000 bejaht.
Darauf sei zu verweisen, die Willkürrüge sei unbegründet.
4.- a) Die Rüge, das Obergericht habe dem Beschwerdeführer den Beweis dafür auferlegt, die legale Herkunft der beschlagnahmten Gelder zu beweisen und diese definitiv eingezogen, weil ihm dieser Nachweis missglückt sei, geht, wie das Kassationsgericht zu Recht feststellte, fehl. Es war das Recht und die Pflicht des Obergerichts, den vom Beschwerdeführer in Kopie eingereichten Kaufvertrag frei zu prüfen und zu entscheiden, ob dieses Beweismittel geeignet sei, Licht in die Herkunft der beschlagnahmten Gelder zu bringen. Diese Prüfung ist differenziert ausgefallen, indem das Obergericht nicht ausschliessen mochte, dass der Beschwerdeführer tatsächlich einen Teil des Verkaufserlöses auf dieses Konto einzahlte, und es dementsprechend zu seinen Gunsten davon ausging, dass die nach dem Vertragsschluss auf das Konto eingezahlten Gelder aus diesem Grundstücksverkauf stammen.
Dass die vom Obergericht vorgenommene Datierung des Kaufvertrages auf den 10. November 1994 willkürlich sein soll, macht der Beschwerdeführer nicht geltend.
Für die vor diesem Datum erfolgten Einzahlungen auf das Konto lässt sich nach der Auffassung des Obergerichts demgegenüber aus dem Kaufvertrag nichts ableiten. Dies bringt es in dem Satz zum Ausdruck, der Beschwerdeführer habe keine Begründung dafür geliefert, dass es sich bei diesen 42'000 Franken um eigene Gelder handeln könne. In dieser (zutreffenden) Feststellung für sich allein genommen, könnte allenfalls eine unzulässige Beweislastumkehr gesehen werden. Eine solche läge, wie das Kassationsgericht zu Recht ausführt, indessen nur dann vor, wenn das Obergericht daraus ohne weitere Beweise auf die deliktische Herkunft der Gelder geschlossen hätte. Gerade dies hat es jedoch nicht getan, sondern ist aufgrund einer Würdigung der vorhandenen Beweismittel zur Überzeugung gelangt, die Gelder stammten aus dem vom Sohn des Beschwerdeführers betriebenen Drogenhandel. Die Rüge, Ober- und Kassationsgericht hätten die Unschuldsvermutung verletzt, ist daher unbegründet. Ob das Obergericht diese Beweise willkürlich würdigte, und das Kassationsgericht dies im angefochtenen Entscheid verkannte, wie der Beschwerdeführer geltend macht, ist eine andere Frage, die im Folgenden zu prüfen ist.
b) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Feststellung des Obergerichts, zwischen den Geldbezügen des Y._ und den Einzahlungen auf das Konto des Beschwerdeführers bestünden zeitliche Koinzidenzen, sei willkürlich.
Das Obergericht führe eine einzige Zahlung (vom 5. August 1993) im Betrag vom 5'000 Franken an; diese Einzahlung sei nach einer Bestätigung der Bank B._ indessen vom Beschwerdeführer persönlich geleistet worden. Dies ändert allerdings nichts an der zeitlichen Übereinstimmung, spielt es doch dafür keine Rolle, ob Y._ den von ihm abgehobenen Betrag selber auf das umstrittene Konto einzahlte oder ihn seinem Vater zur Einzahlung übergab. Jedenfalls in diesem einen Fall ist damit erstellt, dass ein Geldbezug von Y._ zeitlich und betragsmässig mit einer Einzahlung auf das Konto seines Vaters zusammenfällt. Das Obergericht hat denn auch keineswegs das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt, indem es sich zu diesem Einwand nicht weiter äusserte. Die Gehörsverweigerungsrüge ist unbegründet.
Weiter steht fest, dass die Drogengewinne von Y._ in dem Zeitraum anfielen, in welchem die umstrittenen Einzahlungen erfolgten. Die obergerichtliche Feststellung von "zeitlichen Koinzidenzen" zwischen Geldbezügen des Y._ und Einzahlungen auf das väterliche Konto erscheint somit zwar ungenau und übertrieben, aber nicht bar jeder Grundlage und damit nicht geradezu willkürlich.
c) Im Ergebnis erweist sich die obergerichtliche Beweiswürdigung ohnehin nicht als willkürlich. So hat der Beschwerdeführer einmal versucht, mit einem durch Vordatierung "getürkten" Kaufvertrag die legale Herkunft der gesamten auf dem Konto liegenden Gelder nachzuweisen. Auch wenn die Strafverfolgungsbehörden beweisen müssen, dass die beschlagnahmten Gelder aus einem Verbrechen stammen, so darf dieser Täuschungsversuch ohne Verletzung der Beweislastregel als Indiz gegen den legalen Erwerb der Gelder gewertet werden. Die Gewinne von Y._ aus dem Drogenhandel sind in etwa der gleichen Zeitspanne angefallen, in der die Einzahlungen getätigt wurden, und ihre Höhe liegt in deren Grössenordnung. Dazu kommt, dass Y._ über das Konto frei verfügen konnte, und gegenüber Z._ bemerkte, er könne von diesem Konto jederzeit Geld für ihr Kind abheben.
Aufgrund dieser Indizien konnte das Obergericht ohne Willkür schliessen, die auf dem Konto liegenden Gelder stammten im Betrag von 42'000 Franken aus dem Drogenerlös von Y._. Die Rüge ist unbegründet.
5.- Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat grundsätzlich der Beschwerdeführer die Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Er hat jedoch ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches gutzuheissen ist, da seine Mittellosigkeit dargetan ist und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 152 Abs. 1 und 2 OG).
Dementsprechend sind keine Kosten zu erheben, und Rechtsanwalt Wyss ist als unentgeltlicher Verteidiger einzusetzen und aus der Gerichtskasse angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen:
a) Es werden keine Kosten erhoben.
b) Rechtsanwalt Christoph Wyss, Stäfa, wird als unentgeltlicher Rechtsvertreter eingesetzt und aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft sowie dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 12. September 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: