Sachverhalt:
A. Nachdem es die ProTIP Personalvorsorgestiftung (im Folgenden: ProTIP) abgelehnt hatte, die von I._ geforderte Austrittsleistung an eine neue Vorsorgeeinrichtung zu überweisen, liess dieser am 21. Oktober 2004 beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die ProTIP Klage einreichen. Er beantragte, die ProTIP sei zu verpflichten, zu seinen Gunsten eine Austrittsleistung im Betrag von Fr. 23'419.25, zuzüglich Zins zu 3,5 % vom 1. April bis 31. Dezember 2003 sowie von 2,5 % seit 1. Januar 2004 auf ein Konto der Freizügigkeitsstiftung der Bank S._ zu überweisen; ferner sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. ... des Betreibungsamtes T._ vom 30. Juni 2004 aufzuheben. Das Sozialversicherungsgericht, bei welchem drei weitere analoge Klagen gegen die ProTIP eingegangen waren, vereinigte die vier Prozesse mit Verfügung vom 12. Juli 2005. Das Eidgenössische Versicherungsgericht trat auf die von I._ gegen diese Verfügung eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht ein. Mit Entscheid vom 16. März 2009 wies das Sozialversicherungsgericht die Klage von I._ ab.
B. I._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter teilweiser Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die ProTIP zu verpflichten, zu seinen Gunsten eine Austrittsleistung im Betrag von Fr. 23'419.25, zuzüglich Zins zu 3,5 % für die Zeit vom 1. April bis 31. Dezember 2003 und zu 2,5 % vom 1. Januar bis 20. Oktober 2004 sowie eines Verzugszinses von 5 % ab 21. Oktober 2004, auf das Konto Nr. ... der Freizügigkeitsstiftung der Bank S._ einzuzahlen; insoweit sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. ... des Betreibungsamtes T._ vom 30. Juni 2004 aufzuheben.
Die ProTIP lässt zur Hauptsache auf Abweisung der Beschwerde und der Klage schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen äussert sich zum Rechtsstreit, ohne einen Antrag zu stellen.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. 2.1 Es ist unbestritten, dass die A._ AG, für welche der Beschwerdeführer seinen Angaben zufolge tätig war, in der Zeit von September 2002 bis März 2003 für die Durchführung der beruflichen Vorsorge der ProTIP angeschlossen war. Damit waren alle dem BVG unterstellten Arbeitnehmer dieser Firma von Gesetzes wegen für die obligatorische berufliche Vorsorge bei der Beschwerdegegnerin versichert (Art. 2 Abs. 1 BVG und Art. 7 Abs. 1 BVV 2). Umstritten ist einzig, ob der Beschwerdeführer zum Kreis der Versicherten gehörte.
2.2 Obligatorisch für die berufliche Vorsorge versichert sind alle Arbeitnehmer, die bei einem Arbeitgeber einen Jahreslohn von mehr als dem Koordinationsabzug beziehen (Art. 7 Abs. 1 BVG). Dabei ist der Arbeitnehmerbegriff nach ahv-rechtlichen Kriterien zu verstehen, ohne dass jedoch der Entscheid über das AHV-Statut formell für die berufliche Vorsorge verbindlich wäre (SZS 1990 S. 181); der bvg-rechtlich relevante Lohn entspricht dem massgebenden Lohn im Sinne der AHV-Gesetzgebung (Art. 7 Abs. 2 BVG). Dies gilt auch für die überobligatorische Vorsorge, soweit das einschlägige Reglement auf den AHV-Lohn abstellt (SZS 1999 S. 388). Als massgebender Lohn im Sinne der AHV gilt jedes Entgelt für in unselbständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit (<ref-law>). Für die Qualifikation als unselbständige Tätigkeit im Sinne dieser Bestimmung ist die zivilrechtliche Qualifikation nur ein Indiz, aber nicht ausschlaggebend (<ref-ruling> E. 2a S. 283). Eine Arbeitnehmereigenschaft im Sinne des AHVG kann auch dann vorliegen, wenn zivilrechtlich kein Arbeitsvertrag, sondern z.B. ein Auftragsverhältnis besteht (<ref-ruling> E. 6a/aa S. 175). Auch der Begriff des Arbeitnehmers im Sinne des BVG ist somit weiter als derjenige im Sinne des Arbeitsvertragsrechts (SZS 2004 S. 566, B 75/03; SVR 2001 BVG Nr. 2 S. 5, B 11/00). Für die Höhe des versicherten Verdienstes ist bvg-rechtlich grundsätzlich derjenige Lohn massgebend, der effektiv verdient wurde, nicht derjenige, der - allenfalls rein fiktiv - vertraglich vereinbart wurde (SVR 2007 BVG Nr. 43 S. 154, B 67/06; SZS 2003 S. 53, B 11/01).
2.3 Die Vorinstanz hat die Abweisung der Klage damit begründet, ein Arbeitsvertrag zwischen dem Beschwerdeführer und der A._ AG sei nicht nachgewiesen; es sei auch nicht erstellt, dass ihm die A._ AG tatsächlich Lohn ausgerichtet habe. Mit dem ersten dieser Argumente hat die Vorinstanz - wie der Beschwerdeführer richtig einwendet - nicht die rechtserhebliche Frage geprüft, da, wie dargelegt, für die Arbeitnehmerqualifikation nach BVG das Vorliegen eines Arbeitsvertrags nicht ausschlaggebend ist. Sodann ist der tatsächliche Geldfluss vor allem massgeblich für die Höhe des beitragspflichtigen Lohnes, aber nicht für die Frage, ob überhaupt ein Arbeitsverhältnis vorliegt. Namentlich kann der berufsvorsorgerechtliche Anspruch nicht dadurch vereitelt werden, dass der Arbeitgeber seine Abrechnungspflicht gegenüber der AHV nicht wahrnimmt (SZS 2000 S. 538, B 53/98). Auch ist nicht ausschlaggebend, wer dem Arbeitnehmer den Lohn ausbezahlt. Entscheidend ist letztlich, dass der Arbeitnehmer für einen bestimmten Arbeitgeber eine unselbständige Tätigkeit ausübt und dafür ein Entgelt erhält.
2.4 Vorliegend ist zudem von Bedeutung, dass auch seitens der ProTIP nie behauptet worden ist, der Beschwerdeführer habe in der fraglichen Zeit überhaupt keine Tätigkeit (oder eine solche in geringerem Umfang als behauptet) ausgeübt, sondern bloss, er habe für die B._ AG in Deutschland und nicht für die A._ AG in der Schweiz gearbeitet. Im vorinstanzlichen Verfahren hat die Beschwerdegegnerin zunächst in ihrer Eingabe vom 3. Februar 2005 selber ausgeführt, der Beschwerdeführer habe der Geschäftsleitung der A._ AG angehört und sei bei ihr vorsorgerechtlich versichert, wobei freilich die Gesellschaft mit der Zahlung der Prämien in Rückstand sei. Erst im Zusammenhang mit der Ausarbeitung der Klageantwort ist die Beschwerdegegnerin zum Ergebnis gekommen, der Beschwerdeführer sei bei ihr gar nicht versichert gewesen (Schreiben vom 1. Juli 2005). In ihrer Klageantwort machte sie dementsprechend geltend, dass in Wirklichkeit ein Arbeitsvertragsverhältnis nur mit der B._ AG bestanden habe, weil gemäss den Ausführungen in der Klageschrift der Schluss nahe liege, dass der Beschwerdeführer für die B._ AG in Deutschland und nicht für die A._ AG tätig gewesen sei. Auch die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass der Beschwerdeführer für eine der Gesellschaften tätig gewesen sei. Umstritten war somit nicht, ob der Beschwerdeführer überhaupt eine Tätigkeit für eine dieser Gesellschaften ausgeübt hat, sondern nur, ob er für die B._ AG in Deutschland oder für die A._ AG in der Schweiz tätig war. Angesichts des im Sozialversicherungsrecht geltenden Regelbeweisgrades war somit Beweisthema, ob eine unselbständige Tätigkeit für die A._ AG wahrscheinlicher oder weniger wahrscheinlich war als eine solche für die B._ AG in Deutschland oder allenfalls eine selbständige Tätigkeit.
2.5 Das Sozialversicherungsgericht hat demnach den Sachverhalt nicht im Lichte der rechtlich massgeblichen Kriterien und damit unvollständig festgestellt, weshalb das Bundesgericht die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung insoweit selber frei berichtigen oder ergänzen kann (<ref-law>).
3. 3.1 Die den Beschwerdeführer betreffenden Lohnabrechnungen sind von der C._ AG für die A._ AG ausgestellt worden. Die Lohnausweise für die Steuererklärungen wiederum sind zwar nicht von der A._ AG, sondern ebenfalls von der C._ AG ausgestellt worden; immerhin nennen sie aber als Arbeitsort X._/CH und sind an eine Adresse des Beschwerdeführers in Y._ ausgestellt. Die Vorinstanz hat in Würdigung dieser Unterlagen festgestellt, es sei nicht belegt, dass tatsächlich Lohnzahlungen von der A._ AG an den Beschwerdeführer geflossen seien. Noch viel weniger geht daraus allerdings hervor, dass Lohnzahlungen von der B._ in Deutschland geleistet worden wären. Für eine solche Annahme finden sich keinerlei Anhaltspunkte, geschweige denn Belege in den Akten.
3.2 Hinzu kommt, dass die Vorinstanz eine Anzahl Akten überhaupt nicht berücksichtigt hat: Zwar liegt kein beidseits unterzeichneter Arbeitsvertrag vor, immerhin finden sich aber Arbeitsvertragsentwürfe, welche durchwegs als Arbeitgeberin die A._ AG in der Schweiz und als Arbeitsort X._/CH nennen. Weiter war das Kündigungsschreiben des Beschwerdeführers vom 13. Januar 2003 ebenfalls an die A._ AG in der Schweiz gerichtet, und diese bestätigte mit Schreiben vom 26. Februar 2003 den Erhalt der Kündigung. Ferner wurde auch die Aufhebungsvereinbarung vom 5. März 2003 zwischen dem Beschwerdeführer und der A._ AG geschlossen und von H._ sowohl für die A._ AG als auch für die B._ AG unterzeichnet. Sodann hat die A._ AG der ProTIP für den Beschwerdeführer Lohnsummen gemeldet. Des Weiteren hat die Beschwerdegegnerin Versicherungsausweise für den Beschwerdeführer ausgestellt und dabei selber als Arbeitgeberfirma die A._ AG angegeben. Schliesslich hat die Beschwerdegegnerin noch am 26. März 2004 für den Beschwerdeführer eine Abrechnung erstellt und dabei die Austrittsleistung berechnet.
3.3 Die Vorinstanz hat ihre Beurteilung wesentlich darauf gestützt, dass der Beschwerdeführer gemäss Anstellungsbestätigung vom 13. Juni 2002 als Chief Financial Officer der B._ AG in Deutschland angestellt worden sei. Es wäre wirtschaftlich unsinnig und rechtlich fragwürdig, wenn die Tochtergesellschaft das Personal der Muttergesellschaft entschädigen würde. Ähnlich macht auch die ProTIP geltend, der Beschwerdeführer habe die Funktion eines Chief Financial Officers für die B._ AG in Deutschland innegehabt und eingestandenermassen materiell für diese Gesellschaft gearbeitet; die kleine A._ AG hätte sich als Kleinstaktiengesellschaft einen eigenen Finanzchef mit hohen Bezügen gar nicht leisten können.
3.4 Mit dieser Argumentation wird übersehen, dass in der Anstellungsbestätigung immerhin als Arbeitsort X._/CH genannt wird. Sodann ist es weder wirtschaftlich unsinnig noch rechtlich fragwürdig, wenn der Beschwerdeführer als Angestellter der Tochtergesellschaft für die Muttergesellschaft arbeitet. Es ist keineswegs aussergewöhnlich, dass innerhalb von Konzernen eine Managementgesellschaft gebildet wird, welche für die übrigen Konzerngesellschaften die Finanzgeschäfte durchführt. Die Mitarbeiter dieser Management-Gesellschaft arbeiten diesfalls materiell für die Muttergesellschaft oder für alle Konzerngesellschaften, was aber an ihrem Status als Mitarbeiter der Managementgesellschaft nichts ändert.
3.5 Die ProTIP hat zudem selbst ausgeführt, der Beschwerdeführer sei Mitglied der Geschäftsleitung bei der A._ AG gewesen, was auch durch Handelsregister-Auszug bestätigt wird. Danach war der Beschwerdeführer ab Oktober 2002 Mitglied der Geschäftsleitung. Die Beschwerdegegnerin hat auch mit der behaupteten Organstellung des Beschwerdeführers bei der A._ AG einen Schadenersatzanspruch gegen diesen begründet, weil er es unterlassen habe, in seiner Eigenschaft als Geschäftsführer die Beiträge zu bezahlen. Sie unterscheidet somit zwischen Arbeitnehmer (im arbeitsvertraglichen Sinne) und einem nach anderen zivilrechtlichen Grundlagen tätigen Geschäftsführer. Wie dargelegt (E. 2.2 hievor) ist aber diese zivilrechtliche Unterscheidung für die Belange der AHV und der beruflichen Vorsorge nicht ausschlaggebend. Im Gegenteil werden Geschäftsführer einer Kapitalgesellschaft in der Regel als Arbeitnehmer im ahv- und bvg-rechtlichen Sinne betrachtet (Urteil 2A.461/2006 vom 2. März 2007; in <ref-ruling> nicht publ. E. 5b; VETTER-SCHREIBER, Berufliche Vorsorge, 2. Aufl. 2009, N. 4 zu Art. 2 BVG). Wenn also nach der eigenen Darstellung der Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführer Geschäftsführer der A._ AG war, dann war er unter Zugrundelegung der richtigen rechtlichen Qualifikation auch deren Arbeitnehmer.
3.6 Zudem hat die Beschwerdegegnerin in der Klageantwort samt Beilage eine Rückabwicklung in dem den Beschwerdeführer betreffenden Betrag von Fr. 29'962.30 vorgesehen. Sie bestätigt somit selber, dass sie die entsprechenden Beiträge abzüglich der Ausstände erhalten hat, wobei allerdings die A._ AG keine Prämienausstände zu verzeichnen hatte, wie sich aus der Klageantwort im Parallelverfahren ergibt.
3.7 Sodann ist im individuellen Konto des Beschwerdeführers für die Monate September bis Dezember 2002 ein Lohn von Fr. 60'000.- von der A._ AG verzeichnet. Wie vorstehend dargelegt (E. 2.2 hievor), ist bvg-rechtlich grundsätzlich derjenige Lohn massgebend, der effektiv verdient wurde, nicht derjenige, der - allenfalls rein fiktiv - vertraglich vereinbart wurde, während umgekehrt der berufsvorsorgerechtliche Anspruch nicht dadurch vereitelt werden kann, dass der Arbeitgeber seine Abrechnungspflicht gegenüber der AHV nicht wahrnimmt. Dass der Beschwerdeführer Arbeitnehmer (im ahv-rechtlichen Sinne) der A._ AG war, wird durch den IK-Eintrag jedenfalls bis Ende 2002 bestätigt. Nachdem keinerlei Anzeichen darauf hindeuten, dass sich auf Anfang 2003 die Rechtslage des Beschwerdeführers geändert hätte, ist mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass seine einmal begründete Arbeitnehmereigenschaft bis Ende März 2003 andauerte.
3.8 Der Beschwerdeführer ist somit als Arbeitnehmer im Sinne von Art. 2 Abs. 1 und Art. 7 Abs. 1 BVG der A._ AG zu betrachten. Da auch das Reglement II der ProTIP (BVG-Überobligatorisch) in Ziff. 2.1 auf den AHV-Lohn abstellt, gilt diese Qualifikation auch für die überobligatorische Versicherung. Das Reglement III (überobligatorische Kaderversicherung) stellt darauf ab, ob der gemeldete Lohn den fünffachen Koordinationsabzug gemäss BVG übersteigt, und nimmt damit ebenfalls Bezug auf das BVG und damit auch auf das AHVG.
4. Das Quantitativ der eingeklagten, beschwerdeweise in masslicher Hinsicht erneuerten Forderung ist nicht bestritten und bietet keinen Anlass für eine nähere Prüfung von Amtes wegen. Die geltend gemachte Austrittsleistung erscheint für eine halbjährige Beschäftigung zwar hoch, doch gilt es zu beachten, dass die Beschwerdegegnerin der A._ AG für das Jahr 2002 immerhin Fr. 33'386.60 an Prämien in Rechnung gestellt hat.
5. Die Beschwerdegegnerin hatte im vorinstanzlichen Verfahren eine Eventualwiderklage auf Bezahlung von Schadenersatz erhoben, nachdem sie zuvor ausserprozessual die Verrechnung der Schadenersatzforderung mit der Freizügigkeitsleistung geltend gemacht hatte. In Klageantwort und Duplik hielt sie an der Verrechnung fest. Die Vorinstanz trat mangels sachlicher Zuständigkeit auf die Widerklage gegen den Beschwerdeführer nicht ein, was von der ProTIP nicht angefochten wurde. Die Zulässigkeit der Verrechnung einer Schadenersatzforderung mit einem Freizügigkeitsanspruch ist damit im vorliegenden Prozess nicht zu erörtern.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 16. März 2009 aufgehoben, soweit er den Beschwerdeführer betrifft. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, dem Beschwerdeführer eine Austrittsleistung in der Höhe von Fr. 23'419.25, zuzüglich Zins zu 3,5 % für die Zeit vom 1. April bis 31. Dezember 2003 und Zins zu 2.5 % ab 1. Januar bis 20. Oktober 2004 sowie eines Verzugszinses von 5 % ab 21. Oktober 2004 auf das Konto Nr. ... der Freizügigkeitsstiftung der Bank S._ zu überweisen. Der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. ... des Betreibungsamtes T._ vom 30. Juni 2004 wird insoweit aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. März 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer