Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1974) stammt aus Pakistan. Er durchlief unter einer falschen Identität in der Schweiz erfolglos ein Asylverfahren. Ab dem 18. Januar 2005 galt er als verschwunden. Am. 5. Juli 2005 heiratete X._ die ursprünglich aus Thailand stammende Schweizer Bürgerin Y._ (geb. 1958), worauf ihm - nach Abklärungen im Hinblick auf eine allfällige Scheinehe - im Kanton Zürich eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei seiner Gattin erteilt wurde. Ab Juni 2006 arbeitete X._ bei der A._ AG in St. Gallen-Winkeln. Anfangs 2007 erteilte der Kanton St. Gallen ihm eine Wochenaufenthaltsbewilligung.
B. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2008 lehnte die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich es ab, die Aufenthaltsbewilligung von X._ zu verlängern, da dieser mit der Aufnahme des Wochenaufenthalts im Kanton St. Gallen den gemeinsamen Wohnsitz mit seiner Gattin aufgegeben habe und somit über keinen Bewilligungsanspruch mehr verfüge. Der Regierungsrat des Kantons Zürich bestätigte diesen Entscheid auf Rekurs hin am 15. April 2009. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die von X._ hiergegen eingereichte Beschwerde am 21. Oktober 2009 ab. Die von ihm geltend gemachten beruflichen Gründe seien nur "vorgeschoben"; der Beschwerdeführer habe seinen Lebensmittelpunkt nach St. Gallen verlegt und habe deshalb keinen Anspruch mehr darauf, dass seine Bewilligung verlängert werde.
C. X._ beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben und die Sicherheitsdirektion anzuweisen, seine Aufenthaltsbewilligung zu verlängern. Er macht geltend, die Vorinstanzen hätten den Sachverhalt willkürlich festgestellt. Er habe einen gesetzlichen Anspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung: von Januar 2007 bis Oktober 2008 gestützt auf Art. 49 (Ausnahmen vom Erfordernis des Zusammenwohnens) des Ausländergesetzes (AuG; SR 142.20), seit November 2008 wieder direkt gestützt auf Art. 42 Abs. 1 AuG (Familiennachzug von Schweizern), da er seit diesem Zeitpunkt wieder in Zürich bei seiner Gattin wohne und regelmässig an seinen Arbeitsplatz in den Kanton St. Gallen zurückkehre.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Migration schliesst sich diesem Antrag an. Der Regierungsrat des Kantons Zürich liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer ist nach wie vor mit einer Schweizer Bürgerin verheiratet, mit der er nach eigenen Angaben in einer Familiengemeinschaft lebt. Er verfügt damit über einen potentiellen Bewilligungsanspruch in Anwendung von Art. 42 ff. AuG bzw. Art. 8 EMRK (vgl. <ref-ruling> E. 1.3, 153 E. 2.1; Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG). Auf seine frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist einzutreten (vgl. BGE 2C_490/2009 vom 2. Februar 2010 E. 1; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.2).
2. 2.1 Ausländische Ehegatten und ledige Kinder unter 18 Jahren von Schweizerinnen und Schweizern haben Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit diesen zusammenwohnen (Art. 42 AuG). Vom entsprechenden Erfordernis wird abgesehen, wenn wichtige Gründe für das Getrenntleben bestehen und die Familiengemeinschaft tatsächlich fortdauert (Art. 49 AuG). Nach Art. 76 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit (VZAE; SR 142.201) können solche wichtigen Gründe "insbesondere durch berufliche Verpflichtungen oder durch eine vorübergehende Trennung wegen erheblicher familiärer Probleme entstehen".
2.2 Das Bundesgericht hat festgestellt, dass die Betroffenen bei der Abklärung des Sachverhalts im Rahmen von Art. 49 AuG eine besondere Mitwirkungspflicht trifft, da es dabei in der Regel um Umstände aus ihrem Lebensbereich geht, die sie besser kennen als die kantonalen Behörden (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 485 f). Es darf erwartet werden, dass wer sich auf Art. 49 AuG beruft, dartut und - soweit möglich - anhand geeigneter Belege nachweist, dass die Ehegemeinschaft fortbesteht, auch wenn die Ehegatten aus wichtigen Gründen getrennt leben (Urteil 2C_575/2009 vom 1. Juni 2010 E. 3.5 mit Hinweisen). Umgekehrt müssen die zuständigen Behörden vor einer Nichtverlängerung oder dem Widerruf der Aufenthaltsbewilligung im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes die verschiedenen Umstände ihrerseits aber umfassend und fair prüfen und im Zweifelsfall zusätzliche Abklärungen vornehmen und geeigneten Beweisanerbieten entsprechen. Immerhin kann mit der Nichtanwendung von Art. 49 AuG ein allenfalls weitreichender Eingriff in eine tatsächlich noch gelebte familiäre Beziehung verbunden sein (vgl. Art. 8 EMRK bzw. Art. 13 BV).
2.2 Das Bundesgericht hat festgestellt, dass die Betroffenen bei der Abklärung des Sachverhalts im Rahmen von Art. 49 AuG eine besondere Mitwirkungspflicht trifft, da es dabei in der Regel um Umstände aus ihrem Lebensbereich geht, die sie besser kennen als die kantonalen Behörden (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 485 f). Es darf erwartet werden, dass wer sich auf Art. 49 AuG beruft, dartut und - soweit möglich - anhand geeigneter Belege nachweist, dass die Ehegemeinschaft fortbesteht, auch wenn die Ehegatten aus wichtigen Gründen getrennt leben (Urteil 2C_575/2009 vom 1. Juni 2010 E. 3.5 mit Hinweisen). Umgekehrt müssen die zuständigen Behörden vor einer Nichtverlängerung oder dem Widerruf der Aufenthaltsbewilligung im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes die verschiedenen Umstände ihrerseits aber umfassend und fair prüfen und im Zweifelsfall zusätzliche Abklärungen vornehmen und geeigneten Beweisanerbieten entsprechen. Immerhin kann mit der Nichtanwendung von Art. 49 AuG ein allenfalls weitreichender Eingriff in eine tatsächlich noch gelebte familiäre Beziehung verbunden sein (vgl. Art. 8 EMRK bzw. Art. 13 BV).
2.3 Das Verwaltungsgericht und der Regierungsrat haben angenommen, der Beschwerdeführer habe seinen Lebensmittelpunkt in den Kanton St. Gallen verlegt und die Familiengemeinschaft mit seiner Schweizer Gattin aufgegeben. Gestützt auf die vorliegenden Unterlagen bestehen zwar allenfalls gewisse Indizien hierfür; der Sachverhalt erscheint indessen für diese Annahme nicht rechtsgenügend erstellt:
2.3.1 Richtig ist, dass der Beschwerdeführer nach einem erfolglos durchlaufenen Asylverfahren eine deutlich ältere Schweizerin geheiratet hat, die in Zürich als Geschäftsführerin eines Erotikbetriebs (Videokabinen) arbeitet, und dass an der Adresse der Eheleute (2 1⁄2-Zimmerwohnung) in Zürich noch eine Drittperson gemeldet ist. Diese Umstände waren jedoch bereits bei der erstmaligen Erteilung der Aufenthaltsbewilligung bekannt und vermochten damals den Verdacht einer Scheinehe nicht zu erhärten. Aus den Akten ergibt sich, dass der Beschwerdeführer vor seiner Einreise von 1997 bis 2002 in den Vereinigten Arabischen Emiraten bei der B._ LLC im Glasgewerbe tätig war. Er fand in der Schweiz in der Folge in einer Glas-Firma in St. Gallen eine Anstellung, wobei er ursprünglich zwischen dem Wohnort der Ehegatten und seinem Arbeitsort hin und her pendelte und - soweit nötig - bei einem Kollegen in St. Gallen übernachtete. Entgegen den Ausführungen der kantonalen Instanzen kann ihm nicht entgegengehalten werden, dass er keine der ehelichen Wohnung nähere Arbeitsstelle angenommen hat. Mit Blick auf die Berufserfahrung des Beschwerdeführers ist es nachvollziehbar, dass er sich für diese Stelle und nicht irgendeine andere im Kanton Zürich interessierte. Verbundsicherheitsglas wird in der Schweiz nur in den Kantonen St. Gallen und Bern hergestellt. Sein Arbeitgeber hat am 22. August 2008 bestätigt, dass der Beschwerdeführer an seiner Arbeitsstelle teilweise auch vor 06.00 Uhr seine Arbeit aufnehmen und ab und zu bis nach 19.00 Uhr arbeiten muss. Am 20. Mai 2009 präzisierte er, dass der Beschwerdeführer im Be- und Entlad der Verbundsicherheitslinie arbeite, diese Tätigkeit körperlich anstrengend sei und sie eine flexible Arbeitsorganisation erfordere. Der Beschwerdeführer könne wegen seiner spezifischen Fähigkeiten in der Herstellung von Verbundsicherheitsglas nicht in einem beliebigen Glasbetrieb eingesetzt werden. Wenn der Beschwerdeführer unter diesen Umständen und mit Blick darauf, dass seine Frau ihrerseits jeweils ab 11.00 vormittags bis teilweise um 01.00 abends in ihrem Betrieb arbeitete, sich in St. Gallen um eine Wochenaufenthaltsbewilligung und eine Absteige bemühte, ist dies nicht derart realitätsfremd, dass er sich in diesem Zusammenhang nicht auf Art. 49 AuG berufen könnte. Die Organisation der Ehe ist in erster Linie Angelegenheit der Ehegatten (vgl. bezüglich der Kinder: <ref-ruling> ff. E. 4.8 in fine). Auch der Vorhalt, dass seine Frau zu ihm nach St. Gallen hätte ziehen können, überzeugt nicht, da sie in Zürich einen Betrieb führt, dies offenbar schon vor der Heirat getan hat und damit in den dortigen Verhältnissen verankert ist. Es ist nicht Sache der Ausländerbehörden darüber zu entscheiden, welchen Arbeits- und Lebensort ein Ehepaar wählen sollte.
2.3.2 Nach Art. 49 AuG genügt für das Getrenntleben nicht, dass - wie hier - wichtige berufliche Gründe geltend gemacht werden können, vielmehr muss die Familiengemeinschaft weiter bestehen. Der Beschwerdeführer wurde am 18. April 2008 in St. Gallen zu seinen Verhältnissen befragt, dabei gab er an, jedes Wochenende nach Zürich zu seiner Frau zurückzukehren; er reise jeweils am Freitagabend und manchmal am Samstagmorgen; am Sonntagabend oder Montagmorgen komme er dann wieder zur Arbeit nach St. Gallen zurück. Seine Frau hatte diese Aussagen ihrerseits am 14. August 2007 bestätigt. Sie wies darauf hin, dass ihr Mann nach wie vor in Zürich lebe, wobei beide für den Mietzins aufkämen. Zwar erstaunt es etwas, dass sie die Wohnadresse ihres Mannes in St. Gallen nicht kennen und auch noch nie dort gewesen sein will, das lässt für sich allein die Darstellung, die Familiengemeinschaft werde an Wochenenden und in den Ferien gepflegt, jedoch noch nicht als unglaubwürdig erscheinen, falls es sich in St. Gallen tatsächlich nur um eine Absteige gehandelt hat. Die kantonalen Instanzen haben schwergewichtig darauf abgestellt, dass sich in der Wohnung in Zürich keine Kleider oder andere persönliche Effekten des Beschwerdeführers befunden hätten. Das polizeiliche Protokoll ist diesbezüglich jedoch zweideutig: Es ergibt sich daraus, dass die Gattin des Beschwerdeführers einerseits erklärt haben soll: "Mein Ehemann hat nur wenig Kleider hier"; die gleich anschliessende Frage soll sie dann aber dahin beantwortet haben: "Mein Gatte hat keine Kleider hier. Wenn er jeweils über die Wochenenden nach Zürich kommt, nimmt er diese mit und ich wasche sie dann für ihn". Fotos seien das Einzige, was ihr Mann hier gelassen habe; die anderen Sachen benötige er an seinem anderen Wohnort. Die Einvernahme spricht damit zwar eher gegen das Fortbestehen der Familiengemeinschaft; sie ist jedoch nicht widerspruchsfrei und ist zudem von der Einvernommenen nicht unterzeichnet worden, sodass deren Bestreitungen des Gesprächsablaufs nicht widerlegt und allfällige Missverständnisse nicht ausgeschlossen werden können. Aus dem Protokoll ergeben sich keine Hinweise auf eigenständige Wahrnehmungen durch den protokollierenden Beamten. Wollen die kantonalen Behörden auf Einvernahmen der vorliegenden Art abstellen, müssen sie von der befragten Person gezeichnet sein bzw. muss zumindest dargelegt werden, warum sich diese allenfalls weigert, das Protokoll zu unterschreiben. Ergänzend kann darauf hingewiesen werden, dass die Vorinstanzen auch davon ausgegangen sind, dass eine Drittperson dauernd in der ehelichen Wohnung lebe: Das Protokoll der Stadtpolizei enthält aber keinerlei Hinweise darauf, dass sich eine solche dort - in Abweichung von den Erklärungen der Ehegatten - regelmässig aufhalten würde (Kleidungsstücke usw.).
2.3.3 Aus dem Empfangsscheinbuch der Post für den Zeitraum vom 2. Juni 2006 bis 25. April 2009 ergibt sich, dass der Beschwerdeführer 90 % seiner Zahlungen in Zürich erledigt hat, wobei er einen Grossteil der Rechnungen auf der am Wohnsitz am nächsten gelegenen Dienststelle einbezahlte. Zwar kann dieses Element nur vorgeschoben sein, entgegen der Ansicht der Vorinstanz darf es aber nicht ohne weitere Abklärungen einfach als Schutzbehauptung abgetan werden. Dazu, ob alle Transaktionen darin enthalten sind und wie die Ehegatten ihren finanziellen Haushalt unter sich gestalten, sind sie nie befragt worden. Der Beschwerdeführer hat in den kantonalen Verfahren zudem gerügt, er wohne heute wieder in Zürich und habe seine Wohnung in St. Gallen aufgegeben, um alle Zweifel zu beseitigen, doch sind die Vorinstanzen dieser Frage überhaupt nicht nachgegangen. Das Verwaltungsgericht hat sich darauf beschränkt, festzustellen, dass nicht erstellt erscheine, dass das eingereichte Kündigungsschreiben dem Vermieter zugegangen sei und der Beschwerdeführer nicht belegt habe, dass er anstelle der bisherigen keine andere Wohnung gemietet habe. Wie er diesen negativen Beweis hätte erbringen sollen, ist nicht ersichtlich und die diesbezügliche Beweiswürdigung willkürlich.
2.3.4 Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Migrationsamt zurückzuweisen. Dieses wird neu verfahrensrechtlich korrekt und vollständig zu prüfen haben, ob der Beschwerdeführer heute, wie er geltend macht, wieder in Zürich wohnt und zu seinem Arbeitsplatz in St. Gallen pendelt. Hierzu kann etwa der Kollege befragt werden, bei dem er je nach Dienst teilweise übernachten will. Lebt er weiterhin in St. Gallen, ist etwa der Frage nachzugehen, ob und wie die Eheleute ihre Wochenenden oder Ferien verbringen. Allfällige Zeugen wären einzuvernehmen. Da der rechtserhebliche Sachverhalt unvollständig festgestellt ist, kann dem Antrag des Beschwerdeführers, seine Bewilligung bereits im vorliegenden Verfahren zu verlängern, nicht entsprochen werden (vgl. Art. 105 Abs. 2 i.V.m. Art. 107 Abs. 2 BGG).
3. Es sind keine Kosten geschuldet (vgl. Art. 66 BGG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren jedoch angemessen zu entschädigen (vgl. Art. 68 BGG), womit dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos wird. Die Vorinstanz hat über die Kosten- und Entschädigungsfrage in den kantonalen Verfahren neu zu befinden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 21. Oktober 2009 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich zurückgewiesen.
2. 2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.-- zu entschädigen.
2.3 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Hugi Yar