Sachverhalt:
A. Der 1960 geborene U._ zog sich am 9. September 1996 bei einem Fussballspiel einen Meniskusriss am linken Knie zu (Unfallmeldung vom 25. September 1996), welcher in der Folge operativ versorgt wurde. Die Alba Allgemeine Versicherungsgesellschaft (nachfolgend: Alba Versicherung), bei der U._ obligatorisch unfallversichert war, erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Die Firma Y._ AG meldete der Alba Versicherung als neue Arbeitgeberin von U._ am 10. Mai 2007 einen Rückfall zum Ereignis vom 9. September 1996, nachdem der Versicherte zunehmend Schmerzen am linken Knie medialseitig auch beim Gehen, verspürte. Dr. med. Z._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, Klinik X._, diagnostizierte einen Riss im Restmeniskus medial links und führte am 23. Mai 2007 eine Kniegelenksarthroskopie und eine arthroskopische Teilmeniskektomie durch (Operationsbericht vom 23. Mai 2007). Mit Verfügung vom 9. August 2007 verneinte die Alba Versicherung im Rahmen des geltend gemachten Rückfalls ihre Leistungspflicht, nachdem sie eine Beurteilung ihres Vertrauensarztes Dr. med. G._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, eingeholt hatte. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 31. Januar 2008 fest, da nicht überwiegend wahrscheinlich sei, dass der erlittene Riss im Restmeniskus auf das Unfallereignis im Jahre 1996 zurückzuführen sei, zumal der Versicherte mehr als zehn Jahre beschwerdefrei gewesen sei und keinerlei Brückensymptome gezeigt habe.
B. Die hiegegen geführte Beschwerde wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheid vom 5. Dezember 2008 ab.
C. U._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei der Unfallversicherer zu verpflichten, ihm die gesetzlichen Leistungen im Zusammenhang mit der Rückfallmeldung vom 10. Mai 2007 zu erbringen.
Die Alba Versicherung schliesst auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_806/2008 vom 5. Januar 2009, E. 1.1). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (Art. 6 Abs. 1 UVG) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt in Bezug auf die Ausführungen zu den Bestimmungen und Rechtsgrundsätzen betreffend Rückfälle und Spätfolgen (Art. 11 UVV; <ref-ruling> E. 2c S. 296 mit Hinweisen) sowie zur Praxis, wonach der Unfallversicherer nicht auf der Anerkennung des natürlichen Kausalzusammenhanges beim Grundfall und bei früheren Rückfällen behaftet werden kann, weil die unfallkausalen Faktoren durch Zeitablauf - bei Verschlimmerung oder Manifestation eines krankhaften Vorzustandes durch einen Unfall mit Erreichen des Status quo ante oder Status quo sine (vgl. RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328 E. 3b; 1992 Nr. U 142 S. 75 E. 4b, je mit Hinweisen; Urteil U 60/02 vom 18. September 2002 E. 2.1) - wegfallen können. Es hat richtig festgehalten, dass es dem Leistungsansprecher obliegt, das Vorliegen eines natürlichen Kausalzusammenhanges zwischen dem als Rückfall oder Spätfolge postulierten Beschwerdebild und Unfall nachzuweisen. Nur wenn die Unfallkausalität mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt ist, entsteht eine erneute Leistungspflicht des Unfallversicherers. Je grösser der zeitliche Abstand zwischen dem Unfall und dem Auftreten der gesundheitlichen Beeinträchtigung ist, desto strengere Anforderungen sind an den Wahrscheinlichkeitsbeweis des natürlichen Kausalzusammenhangs zu stellen (RKUV 1997 Nr. U 275 S. 191 E. 1c i.f.) Korrekt sind im Weiteren die Hinweise zu dem im Sozialversicherungsrecht bei der Beantwortung von Tatfragen üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 1c S. 160 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig ist die Leistungspflicht der Alba Versicherung für den ihr mit Rückfallmeldung vom 10. Mai 2007 mitgeteilten Meniskusriss am linken Knie. Das kantonale Gericht gelangte zum Ergebnis, der natürliche Kausalzusammenhang zum Unfallereignis sei nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt. Auf dem Boden der medizinischen Unsicherheiten hinsichtlich der Unfallkausalität sei auch nach weiteren medizinischen Abklärungsmassnahmen nicht mit neuen entscheidrelevanten Ergebnissen zu rechnen. Der Beschwerdeführer macht dagegen geltend, die als Rückfall gemeldeten Kniebeschwerden bildeten eine natürliche Folge des Ereignisses vom 9. September 1996.
3.1 Nach Lage der medizinischen Akten steht ausser Frage, dass der Versicherte im Jahre 2007 erneut einen Meniskusriss am linken Knie erlitten hat, der mittels arthroskopischer Teilmeniskektomie operativ versorgt wurde. Hinsichtlich der Kausalitätsfrage stützte sich die Vorinstanz - dem Unfallversicherer folgend - auf die Beurteilung des Vertrauensarztes der Alba Versicherung, Dr. med. G._ (Stellungnahmen vom 4. Juni und 17. Juli 2007), wonach eine Verletzung des Meniskus im Sinne eines Unfallschadens oder einer unfallähnlichen Schädigung aktenmässig nicht ausgewiesen sei. Die arthroskopischen Bilder würden einen ausgedehnten Meniskusschaden mit Ausfranselungen und mehrfachen Rissbildungen zeigen. Es fehle an Brückensymptomen, da der Versicherte zehn Jahre beschwerdefrei gewesen sei. Es könne sich daher durchaus in Anbetracht seiner sportlichen Betätigung um einen degenerativen, krankheitsbedingten Schaden infolge Abnützung und Belastung handeln. Der operierende Arzt Dr. med. Z._ hielt dementgegen für überwiegend wahrscheinlich, dass der Riss im Restmeniskus nur aufgetreten sei, weil dieser durch den Unfall im Jahre 1996 vorgeschädigt gewesen sei. Überdies erachtete er das Vorliegen von Brückensymptomen zwischen dem ersten Eingriff und dem Wiederauftreten von Beschwerden für die hier zu beantwortende Frage eines Rückfalls als irrelevant, weshalb er das Bestehen von Rückfallfolgen bejahte (Schreiben vom 6. Juli 2007). Am 8. Februar und 5. Juni 2008 führte Dr. med. Z._ im Rahmen des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens ergänzend aus, durch die Entfernung des Lappenrisses 1996 sei der verbliebene Restmeniskus stärker belastet worden, was bei gleichzeitig vermindeter Belastungstoleranz zu einer erneuten Rissbildung führen könne. Als Folge eines Meniskusrisses entwickle sich häufig eine Synovitis und die oberflächliche Chondromalazie geringfügigster Art sei entweder vorbestehend oder aber verursacht durch den mechanisch störenden Meniskusriss. Durch das im Jahre 1996 erlittene Ereignis sei die ursprüngliche anatomische Integrität des Gelenks gestört, wenngleich im normalen Intervall nach dem Eingriff eine beschwerdefreie Funktion habe erreicht werden können. Das Gelenk sei aber nach einem Meniskusriss mit Teilentfernung des abgerissenen Teils nicht mehr intakt, was über die Zeit die noch bestehenden Gelenkstrukturen (Knorpel und Restmeniskus) stärker belaste und somit zeitabhängig zu einer mehr oder weniger ausgeprägten Abnützung führen könne. Die Veränderungen seien im Sinne von Spätveränderungen nach repetitiver Belastung des in seiner anatomischen Integrität geschädigten Kniegelenks zu sehen, sodass er die Kausalität klar bejahe.
3.2 Soweit Dr. med. G._ in seinen Schreiben vom 4. Juni und 17. Juli 2007 Brückensymptome für die Bejahung der Kausalität verlangte und sich dabei auf das Urteil U 458/00 vom 24. Oktober 2001 berief, kann ihm schon deshalb nicht gefolgt werden, weil dem zitierten Urteil insofern ein medizinisch nicht vergleichbarer Sachverhalt zu Grunde lag, als dort der Versicherte bei einem Unfall eine rechtsseitige Kniekontusion sowie eine Verstauchung des dritten Fingers der rechten Hand erlitten hatte, womit kein zweimaliger Meniskusschaden, wie hier, vorlag. Der Vertrauensarzt begründet nicht, dass ein operativ versorgter Restmeniskus schmerzhaft sein muss, bevor er ein zweites Mal reisst. Ebenso wenig überzeugt der Hinweis von Dr. med. G._ auf die offenbar uneinheitliche Anerkennungspraxis der SUVA. Damit kann vorliegend die Kausalität nicht unter Hinweis auf fehlende Brückensymptome zwischen dem Unfall und dem im Jahre 2007 erlittenen Riss im Restmeniskus verneint werden.
3.3 Vor diesem Hintergrund erscheint die Einschätzung der fraglichen Unfallkausalität des Dr. med. G._ nicht überzeugend, sodass ihr keine hinrechende Beweiskraft zukommt. Soweit die Vorinstanz unter Bezugnahme auf seine ärztliche Beurteilung eine natürliche Kausalität zwischen dem Unfallereignis vom 9. September 1996 und der am 23. Mai 2007 erfolgten Operation nur für möglich hielt, kann ihr demnach nicht gefolgt werden. Die Darlegungen des Dr. med. Z._ haben zwar einiges für sich, angesichts der kontroversen medizinischen Stellungnahmen lässt sich aber die Unfallkausalität des im Jahre 2007 erlittenen Meniskusschadens nicht rechtsgenüglich beurteilen. Die Sache ist daher in Nachachtung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.) an die Alba Versicherung zurückzuweisen, damit sie ein versicherungsexternes medizinisches Gutachten einholt, welches sich zur Frage der Unfallkausalität der mit der Rückfallmeldung geltend gemachten Beschwerden zu äussern hat. Hernach hat die Versicherung über den Leistungsanspruch neu zu verfügen.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Dem Prozessausgang entsprechend gehen die Gerichtskosten zu Lasten der Beschwerdegegnerin (Art. 66 Abs. 1 BGG) und ist diese gegenüber dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer entschädigungspflichtig (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, vom 5. Dezember 2008 und der Einspracheentscheid der Alba Allgemeine Versicherungsgesellschaft vom 31. Januar 2008 aufgehoben werden und die Sache an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über einen Leistungsanspruch des Beschwerdeführers neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla