Sachverhalt:
A. Die II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich verpflichtete V._ mit Urteil vom 21. Mai 2012 in Bestätigung des Entscheids des Bezirksgerichts Zürich, 9. Abteilung, vom 11. Oktober 2010, dem Staat als Ersatz für nicht mehr vorhandenen, widerrechtlich erlangten Vermögensvorteil Fr. 174'200.-- zu bezahlen.
B. V._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und auf den Einziehungsantrag der Staatsanwaltschaft nicht einzutreten. Eventualiter sei der Einziehungsantrag abzuweisen. Subeventualiter sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit Beschluss des Bezirksgerichts Zürich vom 20. Januar 2010 wurde der Beschwerdeführer als potenziell Einziehungsbetroffener in das Strafverfahren gegen X._ einbezogen. X._ wurde durch das Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 19. Oktober 2010 und hernach durch das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 21. Mai 2012 der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gesprochen. In diesen Entscheiden wurde der Beschwerdeführer als Einziehungsbetroffener verpflichtet, dem Staat als Ersatz für nicht mehr vorhandenen, widerrechtlich erlangten Vermögensvorteil Fr. 174'200.-- zu bezahlen. Die von X._ gegen den Schuldspruch wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil 6B_491/2012 vom 18. April 2013 ab, soweit es darauf eintrat.
1.2 Der Beschwerdeführer weist darauf hin, dass die Beschwerdegegnerin im Jahr 2002 aufgrund der ihr zugestellten Unterlagen umfassende Kenntnis über die Vorgänge im Zusammenhang mit der B._ und über seine diesbezügliche Rolle erhalten habe. Im Rahmen der gegen andere Mitglieder der Konzernleitung der A._ geführten Strafuntersuchung sei er von der Kantonspolizei Zürich als Auskunftsperson befragt worden. Gegen ihn sei jedoch nie eine Strafuntersuchung wegen der Vorgänge im Zusammenhang mit der B._ eröffnet worden. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze den Grundsatz "ne bis in idem", indem sie ihn im Urteil in Sachen X._ zur Zahlung einer Ersatzforderung verpflichte. Die Voraussetzungen für ein nachträgliches beziehungsweise selbständiges Einziehungsverfahren gegen ihn seien nicht erfüllt. Die Verpflichtung zur Zahlung einer Ersatzforderung stütze sich auf tatsächliche Verhältnisse, die der Beschwerdegegnerin schon lange Zeit vorher, spätestens am 25. Februar 2009, bekannt gewesen seien, als die Beschwerdegegnerin einerseits gegen X._ Anklage wegen mehrfacher qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung erhoben und andererseits die Strafverfahren gegen die Einziehungsbetroffenen W._ und Y._ eingestellt habe. Da die Einstellungsverfügungen der Beschwerdegegnerin in Sachen W._ und Y._ in Rechtskraft erwachsen seien, könnten diese Personen nach dem Grundsatz "ne bis in idem" nicht nochmals, auch nicht als Einziehungsbetroffene, belangt werden. Dies gelte für ihn, den Beschwerdeführer, umso mehr, zumal gegen ihn - trotz getätigter Voruntersuchung - gar nie ein Strafverfahren eröffnet worden sei.
1.3 Die Rüge, der Grundsatz "ne bis in idem" sei verletzt, ist schon deshalb unbegründet, weil gegen den Beschwerdeführer kein Strafverfahren eröffnet und daher keine Einstellungsverfügung erlassen wurde, in deren Rahmen (siehe § 106 aStPO/ZH, <ref-law>) die Beschwerdegegnerin eine Einziehung respektive staatliche Ersatzforderung hätte anordnen können.
Die Vorinstanz erkennt auf eine staatliche Ersatzforderung gegen den Beschwerdeführer, weil dieser von der ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ finanziell profitierte, derentwegen sie X._ im angefochtenen Urteil schuldig spricht. Die Straftat von X._, die Anlasstat für die staatliche Ersatzforderung gegen den Beschwerdeführer bildet, war nicht Gegenstand einer gegen den Beschwerdeführer durchgeführten Strafuntersuchung. Erst nachdem durch Gerichtsurteil feststand, inwiefern X._ strafbare Handlungen begangen hatte und welche Vermögenswerte dadurch erlangt wurden, wovon der Beschwerdeführer ebenfalls profitierte, war es möglich, die staatliche Ersatzforderung gegen den Beschwerdeführer festzusetzen.
2. Die vorliegende Beschwerde beruht gemäss einer darin enthaltenen Vorbemerkung (S. 3) auf der Prämisse, dass der Angeschuldigte X._ gegen das Urteil vom 21. Mai 2012 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht erhebt, jedoch mit seinen Vorbringen nicht durchdringt. Sollte das Bundesgericht ein tatbestandsmässiges Handeln von X._ verneinen, so liegt gemäss den weiteren Vorbemerkungen in der Beschwerde keine Anlasstat vor und wäre daher die vorliegende Beschwerde nach der Meinung des Beschwerdeführers gutzuheissen.
Das Bundesgericht wies mit Urteil 6B_491/2012 vom 18. April 2013 die Beschwerde von X._ auch im Schuldpunkt ab, soweit es darauf eintrat. Damit liegt eine Anlasstat vor. X._ machte sich der qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung in Bereicherungsabsicht (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB) zum Nachteil der A._ unter anderem dadurch schuldig, dass er als Geschäftsführer der A._ am 25. April 2000 Aktien der B._ pflichtwidrig zu einem zu tiefen Preis an den Beschwerdeführer und weitere Mitglieder der Konzernleitung der A._ veräusserte. Der Beschwerdeführer konnte dank der Straftat von X._ 20'000 B._-Aktien zum Nennwert von Fr. 10.-- statt zum effektiven Wert von Fr. 20.76 erwerben, wodurch er einen unrechtmässigen Vermögensvorteil in der Höhe von Fr. 215'200.-- erlangte. Unter Berücksichtigung der vom Beschwerdeführer im Rahmen eines Vergleichs geleisteten Zahlung von Fr. 41'000.-- an die A._ setzt die Vorinstanz die Ersatzforderung auf Fr. 174'200.-- fest.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, eine staatliche Ersatzforderung falle auch bei Bestätigung der Verurteilung von X._ ausser Betracht. Er und die vier weiteren Konzernleitungsmitglieder hätten sich in einem mit der A._ am 1. Dezember 2005 vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich abgeschlossenen Vergleich per Saldo aller Ansprüche zur Zahlung von insgesamt Fr. 350'000.-- verpflichtet und diese Zahlung auch geleistet. Mit diesem Vergleich sei im Sinne von Art. 70 Abs. 1 in fine StGB der rechtmässige Zustand wiederhergestellt worden. Damit sei eine Einziehung respektive staatliche Ersatzforderung ausgeschlossen. Dabei spiele es keine Rolle, in welchem Verhältnis die Vergleichssumme zur Schadenersatzforderung respektive zum Vermögenswert stehe, der bei Fehlen eines Vergleichs einzuziehen wäre. Es liege im Wesen des Vergleichs, dass die Parteien sich darin angesichts der Ungewissheit des Prozessausgangs gegenseitig Zugeständnisse machen. Eine Einziehung respektive staatliche Ersatzforderung wäre nur dann zulässig, wenn der Vergleich zu ihrer Umgehung abgeschlossen worden wäre. Dies treffe vorliegend nicht zu.
3.2 Die Vorinstanz erwägt, es lasse sich durchaus die Auffassung vertreten, dass im Interesse der Einheit der Materie mit den zivilrechtlichen Ansprüchen des Geschädigten auch die einziehungsrechtlichen Ansprüche des Staates untergehen, wenn bei Straftaten gegen Individualinteressen der Anspruchsberechtigte in Kenntnis seiner deliktischen Schädigung ausdrücklich auf Schadenersatz beziehungsweise Restitution verzichte. Denn der Staat solle nicht gleichsam stellvertretend auf einen Vermögenswert greifen, auf welchen der primär Berechtigte willentlich verzichtet habe. Die einziehungsrechtlichen Ansprüche des Staates seien indessen so lange zu bejahen, als nicht durch Aushändigung an den Geschädigten der rechtmässige Zustand vollständig wiederhergestellt worden sei. Nach der Auffassung der Vorinstanz steht der am 1. Dezember 2005 vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich abgeschlossene Vergleich einer Einziehung nicht entgegen, zumal die Vergleichssumme nur rund 10 % der Schadenersatzforderung respektive 17 % des Deliktsbetrags ausmacht und zudem im Zeitpunkt des Vergleichs das Ausmass des deliktischen Verhaltens und des dadurch verursachten Schadens noch nicht feststand (Urteil S. 111).
3.3 Das Gericht verfügt die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt worden sind, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden (<ref-law>). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt das Gericht auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe (<ref-law>).
Die Einziehung und die staatliche Ersatzforderung beruhen auf dem Gedanken, dass sich strafbares Verhalten nicht lohnen darf (<ref-ruling> E. 4.2.5; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen). Die Einziehung des durch die Straftat erlangten Vermögenswerts kommt nur in Betracht, sofern er nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt wird. Die Aushändigung an den Verletzten gemäss Art. 70 Abs. 1 in fine StGB hat somit Vorrang vor der Einziehung (<ref-ruling> E. 2.2.4 mit Hinweisen).
Die Einziehung ist eine strafrechtliche sachliche Massnahme. Sie ist zwingend anzuordnen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind. Die Einziehung steht auch bei Delikten gegen den Einzelnen nicht zur Disposition des durch die Straftat Geschädigten. Sie knüpft nicht an die rechtswidrige schädigende Handlung, sondern an die Straftat an. Verzichtet der Geschädigte beispielsweise im Rahmen eines Vergleichs gänzlich oder teilweise auf Schadenersatz beziehungsweise Restitution, so bleibt die schädigende Handlung gleichwohl eine Straftat und ist der dadurch erlangte Vermögenswert einzuziehen. Ein Vergleich steht der Einziehung nicht entgegen (anderer Auffassung NIKLAUS SCHMID, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Bd. I, 2. Aufl. 2007, Art. 70-72 StGB N. 67 Fn. 379, N. 99; wohl auch FLORIAN BAUMANN, Basler Kommentar, 2. Aufl. 2007, Art. 70/71 StGB N. 35). Dabei ist es unerheblich, in welchem Verhältnis die Vergleichssumme zum Schaden respektive zum Vermögensvorteil steht. Die Ansicht, dass ein Vergleich der Einziehung nicht entgegensteht, wird auch von der - wohl herrschenden - Lehre in Deutschland vertreten (siehe SCHÖNKE/SCHRÖDER/ESER, Kommentar, 28. Aufl. 2010, § 73 D-StGB N. 23, 27; THOMAS FISCHER, Kommentar, 60. Aufl. 2013, § 73 D-StGB N. 23; vgl. auch BGH vom 11. Mai 2006 in NStZ 2006 S. 621 ff.; OLG München vom 19. April 2004 in NStZ 2004 S. 443 f.). Die Ausschlussklausel im Sinne von Art. 70 Abs. 1 in fine StGB kann nicht als ein Privileg des Täters beziehungsweise des Einziehungsbetroffenen verstanden werden. Der Schutzzweck von Art. 70 Abs. 1 in fine StGB, wonach der durch die strafbare Handlung erlangte Vermögenswert dem Geschädigten in einem einfachen Verfahren ausgehändigt wird, der Täter aber nicht zweimal zahlen soll, kann den Abschöpfungszweck von <ref-law>, wonach sich strafbares Verhalten nicht lohnen darf, nicht aushebeln. Der Geschädigte kann zwar darüber entscheiden, was er vom Täter oder vom Dritten, der von der Tat profitierte, herausverlangen will. Er kann aber nicht darüber entscheiden, was der Täter oder der Dritte durch die Tat erlangt hat und behalten darf.
Nach der Rechtsprechung ist der durch ein Antragsdelikt erlangte Vermögenswert auch einzuziehen, wenn ein gültiger Strafantrag fehlt. Denn es ist nicht ersichtlich, weshalb sich in diesem Fall ein tatbestandsmässiges und rechtswidriges Verhalten doch lohnen darf (<ref-ruling> E. 4.2). Daraus folgt a fortiori, dass ein Vergleich der Einziehung nicht entgegensteht. Durch den Vergleich wird zwar zwischen den Parteien der rechtmässige Zustand wiederhergestellt. Dies bedeutet aber nur, dass eine Aushändigung des durch die Straftat erlangten Vermögenswerts an den Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes im Sinne von Art. 70 Abs. 1 in fine StGB nicht mehr zu erfolgen hat. Daraus folgt nicht, dass die Einziehung ausser Betracht fällt. Vielmehr muss der durch die Straftat erlangte Vermögenswert eingezogen werden, sofern und soweit er aus irgendwelchen Gründen nicht gemäss Art. 70 Abs. 1 in fine StGB dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt wird. Bei der Bestimmung der Einziehungssumme respektive der staatlichen Ersatzforderung ist allerdings zur Vermeidung einer Doppelbelastung des Einziehungsbetroffenen (siehe dazu BGE <ref-ruling> E. 2a) die Summe abzuziehen, welche der Einziehungsbetroffene in Erfüllung des Vergleichs bezahlt hat.
3.4 Die weiteren Einwände des Beschwerdeführers gegen die staatliche Ersatzforderung sind ebenfalls unbegründet.
3.4.1 Der Beschwerdeführer macht unter Hinweis auf verschiedene Gutachten geltend, dass der Net Asset Value (NAV) der B._-Aktie am 25. April 2000, als er die Aktie zum Nennwert von Fr. 10.-- von der A._ erwarb, höchstens Fr. 13.65 betragen habe. Der Beschwerdeführer legt indessen nicht dar, weshalb und inwiefern die Feststellung der Vorinstanz, dass der NAV am 25. April 2000 Fr. 20.76 betrug, willkürlich sei. Er setzt sich mit den diesbezüglichen ausführlichen Erwägungen der Vorinstanz nicht subtantiiert auseinander.
3.4.2 Es ist unerheblich, ob die A._ in ihrer Klage vom 31. Dezember 2004 gegen den Beschwerdeführer und weitere Konzernleitungsmitglieder vor dem Handelsgericht entsprechend den Feststellungen der Vorinstanz nur Schadenersatzansprüche wegen Verletzung innominatvertraglicher Pflichten oder, wie der Beschwerdeführer vorbringt, auch deliktsrechtliche Ansprüche geltend machte und der Vergleich auch diese erfasst. Mangels rechtlicher Relevanz dieser Frage erübrigen sich weitere Abklärungen. Die Vorinstanz weist zwar darauf hin, dass die Vergleichssumme von insgesamt Fr. 350'000.-- lediglich 10 % der ursprünglichen Schadenersatzforderung der A._ respektive 17 % des Deliktsbetrags ausmacht. Sie begründet die Einziehung respektive die staatliche Ersatzforderung aber entgegen der Meinung des Beschwerdeführers nicht damit, dass ein Missverhältnis zwischen der Vergleichssumme und der ursprünglichen Schadenersatzforderung respektive dem Deliktsbetrag bestehe. Die Vorinstanz hält unmissverständlich fest, dass einziehungsrechtliche Ansprüche des Staates so lange zu bejahen sind, "als nicht durch Aushändigung an den Geschädigten der rechtmässige Zustand wiederhergestellt ist, und zwar vollständig" (Urteil S. 111). Daraus ergibt sich, dass die Vorinstanz eine Einziehung respektive staatliche Ersatzforderung auch angeordnet hätte, wenn die Vergleichssumme beispielsweise 70 % der ursprünglichen Schadenersatzforderung betragen hätte.
3.4.3 Einzuziehen ist der durch die strafbare Handlung erlangte Vermögenswert unter Abzug bereits erfolgter Rückzahlungen. Allfällige Gegenforderungen des Beschwerdeführers gegen die Geschädigte sind nicht verrechnungsweise zu berücksichtigen.
3.4.4 Unerheblich ist, zu welchem Preis der Beschwerdeführer die B._-Aktien an die A._ zurückveräusserte und ob dieser nach Massgabe des NAV festgesetzte Preis zufolge übermässiger Steuerrückstellungen zu tief war. Belanglos ist ferner, dass sich die Einziehungsbetroffenen im Vergleich zur Übernahme von Verfahrens- und Anwaltskosten verpflichteten, die im Falle eines Prozesses je nach dessen Ausgang allenfalls von der A._ hätten getragen werden müssen. Unerheblich ist ferner, wie der Gewinn, welchen der Beschwerdeführer durch die Transaktionen mit den B._-Aktien erzielte, steuerlich behandelt wurde.
3.4.5 Es trifft zu, dass <ref-ruling> Antragsdelikte gemäss dem UWG zum Gegenstand hat. Das UWG schützt nicht nur das Vermögen des Einzelnen, sondern grundsätzlich auch das öffentliche Interesse an einem lauteren Wettbewerb. Daher sind zum Strafantrag wegen unlauteren Wettbewerbs nicht nur die einzelnen Geschädigten, sondern auch Berufs- und Wirtschaftsverbände und Konsumentenschutzorganisationen sowie, unter gewissen Voraussetzungen, der Bund berechtigt (Art. 23 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 9 und 10 UWG). In dem in <ref-ruling> beurteilten Fall hatte neben einzelnen Geschädigten gestützt auf Art. 23 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law> auch der Bund Strafantrag gestellt. Das Bundesgericht verwarf den Einwand, dass eine Einziehung respektive Ersatzforderung ausser Betracht fällt, soweit es an einem gültigen Strafantrag fehlt. Für das Bundesgericht war nicht von Bedeutung, dass das UWG nicht nur das Vermögen des Einzelnen, sondern auch das öffentliche Interesse an einem lauteren Wettbewerb schützt. Die Erkenntnis, dass der durch ein Antragsdelikt erlangte Vermögenswert auch bei Fehlen eines gültigen Strafantrags einzuziehen ist, gilt, wie in <ref-ruling> E. 4.2.6 klargestellt wird, unabhängig davon, aus welchen Gründen im konkreten Einzelfall ein gültiger Strafantrag fehlt und/oder eine bestimmte Straftat nur auf Antrag verfolgt wird. Sie gilt mithin auch dann, wenn die geschädigte Person in Kenntnis der Sach- und Rechtslage auf den Strafantrag deshalb verzichtet, weil sie an einer strafrechtlichen Verfolgung des Täters nicht interessiert ist.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen. Der Beschwerdeführer hat die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. April 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Näf