Erwägungen:
1. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern entzog X._ mit Verfügung vom 13. Februar 2009 vorsorglich den Führerausweis für Motorfahrzeuge in Anwendung von Art. 30 Verkehrszulassungsverordnung (VZV) und ordnete gleichzeitig eine Eignungsuntersuchung durch den Forensisch-Psychiatrischen Dienst Bern an. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Gegen diese Verfügung erhob X._ Beschwerde bei der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern. Mit Verfügung vom 4. März 2009 bestätigte der Präsident der Rekurskommission den vom Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt angeordneten vorsorglichen Führerausweisentzug. Dieser führte zusammenfassend aus, dass aufgrund des Vorfalls vom 6. Dezember 2008 Zweifel an der Fahreignung des Beschwerdeführers bestünden. Der Beschwerdeführer habe die Möglichkeit nicht wahrgenommen, innert der ihm von der Vorinstanz gesetzten Frist ein Arztzeugnis einzureichen, welche seine Fahreignung aus medizinischer Sicht allenfalls hätte bestätigen können. Dadurch habe sich der Verdacht erhärtet, er sei aus medizinischen Gründen nicht mehr fahrgeeignet.
2. X._ führt mit Eingabe vom 22. März 2009 (Postaufgabe 25. März 2009) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Verfügung des Präsidenten der Rekurskommission.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt.
Der vorsorgliche Führerausweisentzug stellt eine vorsorgliche Massnahme zur Sicherstellung gefährdeter Interessen bis zum Abschluss des Hauptverfahrens dar (<ref-ruling> E. 3 S. 401; <ref-ruling> E. 1a S. 362; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 1C_233/2007 vom 14. Februar 2008 E. 1.2). Gemäss <ref-law> kann der Beschwerdeführer somit nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 315; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 ). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer, der keinen zulässigen Beschwerdegrund nennt, legt mit seinen Ausführungen nicht dar, inwiefern der Präsident der Rekurskommission verfassungsmässige Rechte verletzt haben sollte, als er den vom Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt verfügten vorsorglichen Führerausweisentzug bestätigte. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von <ref-law> ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt und der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli