Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Im Wesentlichen kann auf das dem Beschwerdeführer im Urteil 6B_957/2008 vom 2. Dezember 2008 Gesagte verwiesen werden.
Die Beschwerde ist erneut zur Hauptsache rechtsmissbräuchlich. So ist zum Beispiel die Rüge, die Vorinstanz habe § 344 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich verletzt (Beschwerde S. 5 Ziff. 14), mutwillig, weil sich aus der unmittelbar anschliessenden Bestimmung (§ 345) mit aller Deutlichkeit ergibt, dass ohne mündliche Verhandlung entschieden wird, wenn sich das Begehren um gerichtliche Beurteilung wie im vorliegenden Fall nur auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen bezieht. Die Beschwerde befasst sich im Übrigen einmal mehr zur Hauptsache nicht mit den Ausführungen im angefochtenen Entscheid. Darauf ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Infolge der rechtsmissbräuchlichen Art der Prozessführung kommt eine Herabsetzung der Gerichtsgebühr nicht in Betracht (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bezirksgericht Uster, Einzelrichter in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Lausanne, 21. April 2009
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn