Sachverhalt:
A. X._ wurde der Führerausweis am 17. April 2009 wegen einer langjährigen Alkohol- und Medikamentenabhängigkeit auf unbestimmte Zeit entzogen. Am 3. Dezember 2009 liess das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern X._ gestützt auf ein günstiges Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Uni Zürich (IRMZ) wieder zum motorisierten Strassenverkehr zu, wobei es ihm u.a. auferlegte, sich einer psychiatrischen und suchtspezifischen Betreuung sowie einer kontrollierten Totalabstinenz in Bezug auf Alkohol und Non-Benzodiazepine zu unterziehen. Am 9. November 2010 ergänzte das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt seine Verfügung vom 3. Dezember 2009 und änderte sie ab. Die Änderungen bzw. Ergänzungen betrafen im Wesentlichen die technische Durchführung der Abstinenzkontrolle und enthielten die Verpflichtung, sich regelmässig ärztlich kontrollieren und allfällige psychische Erkrankungen behandeln zu lassen sowie den ärztlichen Anweisungen strikte Folge zu leisten. Zudem wurde der Beschwerdeführer verpflichtet, beim Fahren eine Sehhilfe zu tragen. Am Abstinenzgebot hielt es unverändert fest.
Am 19. Januar 2011 wies das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt die Einsprache von X._ gegen diese Verfügung ab.
Am 22. Juni 2011 wies die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern die Beschwerde von X._ gegen diesen Einspracheentscheid ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid der Rekurskommission aufzuheben und ihn aus den Auflagen zu entlassen oder eventuell die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt verzichtet unter Verweis auf die kantonalen Entscheide auf Vernehmlassung. Die Rekurskommission beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid des Verwaltungsgerichts betrifft die Wiedererteilung des Führerausweises nach einem Entzug und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit. Dagegen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Als zur Einhaltung von Auflagen Verpflichteter ist der Beschwerdeführer befugt, sie zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Ein Führerausweis darf (u.a.) nicht erteilt werden oder ist zu entziehen, wenn der Lenker an einer die Fahreignung ausschliessenden Sucht leidet (Art. 14 Abs. 2 lit. c, Art. 16d Abs. 1 lit. b SVG).
2.1 Dem Beschwerdeführer wurde der Fahrausweis am 29. Februar 2008 vorsorglich und am 17. April 2009 definitiv auf unbestimmte Zeit entzogen, nachdem sowohl das Gutachten des Forensisch-Psychiatrischen Dienstes Bern (FPD) vom 2. September 2008 als auch das Obergutachten des IRMZ vom 10. März 2009 zum Schluss gekommen waren, es liege bei ihm eine die Fahreignung ausschliessende Abhängigkeit von Alkohol und Non-Benzodiazepinen (Hypnotika) vor. Gestützt auf eine weitere verkehrsmedizinische Begutachtung des IRMZ vom 18. November 2009 wurde dem Beschwerdeführer der Führerausweis unter verschiedenen Auflagen - insbesondere der kontrollierten Einhaltung einer Totalabstinenz in Bezug auf Alkohol und Non-Benzodiazepine - am 3. Dezember 2009 wiedererteilt. Auch das zweite Gutachten des IRMZ geht davon aus, dass beim Beschwerdeführer eine Abhängigkeitserkrankung in Bezug auf Alkohol und Non-Benzodiazepine vorlag, ihm aber eine Verhaltensänderung im Sinne einer längerfristigen Abstinenz gelungen sei, sodass seine Fahreignung unter der Voraussetzung bejaht werden könne, dass er weiterhin abstinent lebe. Auch die verkehrsmedizinische Stellungnahme des IRMZ vom 20. August 2010, aufgrund derer das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt am 9. November 2010 die Auflagen anpasste bzw. ergänzte, geht davon aus, dass beim Beschwerdeführer eine erhebliche Abhängigkeitserkrankung in Bezug auf Alkohol und Non-Benzodiazepinen bestanden hatte. Gegenstand dieser hier angefochtenen Verfügung war somit nicht, ob der Beschwerdeführer an einer die Fahreignung ausschliessenden Sucht leide bzw. litt, sondern nur, unter welchen Auflagen die Fahreignung trotz dieser vorbestehenden Abhängigkeit bejaht werden kann. Das hinderte den Beschwerdeführer zwar nicht, diese Auflagen mit dem Argument anzufechten, sie seien unzulässig, weil er gar nicht an einer die Fahreignung ausschliessenden Trunk- und Medikamentensucht gelitten habe. Um dies mit Erfolg zu tun, hätte er aber den Nachweis erbringen müssen, dass die gegenteilige Beurteilung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts in den rechtskräftig gewordenen Verfügungen vom 17. April 2009 und vom 3. Dezember 2009, die sich auf die übereinstimmenden Gutachten zweier renommierter Universitätsinstitute stützen, völlig unhaltbar wären. Diesen Nachweis bleibt er schuldig, und es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beizug seiner den Gutachtern bekannten Krankengeschichte der Universitären Psychiatrischen Dienste Bern geeignet sein könnte, daran etwas zu ändern. Die Vorinstanz konnte daher in willkürfreier antizipierter Beweiswürdigung und damit ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs des Beschwerdeführers davon absehen, sie beizuziehen.
2.2 Gegen die ihm weiterhin auferlegte Totalabstinenz in Bezug auf Non-Benzodiazepine bringt der Beschwerdeführer unter Berufung auf Art. 2 Abs. 2 und Abs. 2ter VRV, es müsse für ihn zulässig sein, solche Medikamente gestützt auf ein ärztliches Rezept einzunehmen. Dies ergebe sich auch aus dem von Art. 29 Abs. 1 der Berner Kantonsverfassung vom 6. Juni 1993 garantierten Recht auf Erhaltung der Gesundheit.
Die Berufung auf Art. 2 Abs. 2 und Abs. 2ter VRV geht fehl. Nach dieser Bestimmung gilt die Fahrunfähigkeit ohne Weiteres als erstellt, wenn eine der von ihr aufgeführten Substanzen (Cannabis, Heroin, Morphin, Kokain etc.) im Blut gefunden wurden. Diese gesetzliche Vermutung gilt dann ausnahmsweise nicht, wenn die Substanz mit einem ärztlich verschriebenen Medikament eingenommen wurde. Diesfalls ist damit zu prüfen, ob die Fahrfähigkeit trotz der Einnahme des Medikaments erhalten war. Abgesehen davon, dass Non-Benzodiazepine von der Bestimmung nicht erfasst werden, lässt sich daraus auch keinesfalls ableiten, dass einem ehemals medikamentensüchtigen, rückfallgefährdeten Lenker im Führerausweis nicht die Auflage gemacht werden könnte, auf die Einnahme eines die Fahreignung potenziell gefährdenden Medikaments zu verzichten. Nichts zu seinen Gunsten ableiten kann der Beschwerdeführer aus Art. 29 Abs. 1 KV/BE, wird ihm doch nicht etwa verboten, ärztlich verschriebene Medikamente einzunehmen. Die Auflage hindert ihn nur daran, am motorisierten Verkehr teilzunehmen, wenn er bestimmte, seine Fahreignung beeinträchtigende Medikamente einnimmt.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt, die Auflagen seien unverhältnismässig und nicht vom öffentlichen Interesse gedeckt. Er habe nie ein Fahrzeug in fahruntüchtigem Zustand gelenkt und dementsprechend die Verkehrssicherheit nie gefährdet.
Es trifft zwar zu, dass der Beschwerdeführer nie in angetrunkenem oder sonst wie fahruntüchtigem Zustand am Steuer eines Motorfahrzeugs angetroffen wurde. Das ist indessen nicht massgebend. Einem Lenker, dessen Fahreignung durch eine Sucht ausgeschlossen wird, ist der Führerausweis unabhängig von einem allfälligen einschlägigen Strassenverkehrsdelikt zu entziehen. Können die die Fahreignung ausschliessenden Defizite durch Auflagen behoben werden, ist ihm der Führerausweis unter diesen Auflagen wiederzuerteilen, wobei an ihnen solange festzuhalten ist, bis Gewähr besteht, dass sie dauerhaft behoben sind.
2.4 Der Beschwerdeführer kritisiert, die Vorinstanz habe sich in Bezug auf die Dauer der ihm auferlegten Abstinenz einfach auf die Richtlinien der Schweizer Gerichtspsychiater gestützt, ohne die konkreten Umstände des Falles - seine Biographie, Suchtgeschichte und Persönlichkeitsmerkmale - zu berücksichtigen. Damit habe sie sein rechtliches Gehör verletzt.
Die Gutachterin des IRMZ, auf deren Beurteilung sich die Vorinstanz stützt, hat sich sehr wohl mit den konkreten Umständen des Falles des Beschwerdeführers beschäftigt, nur hat sie diese teilweise anders bewertet als der Beschwerdeführer es tut. Für die Gutachterin begründet etwa die leichte bis mittelschwere depressive Episode, die der Beschwerdeführer im Februar 2010 durchlitt und die durch eine medikamentös gestützte Psychotherapie behandelt wurde, die zwingende Notwendigkeit, an den Auflagen zurzeit festzuhalten. Die Gehörsverweigerungsrüge ist unbegründet.
In Bezug auf die Dauer der Abstinenzauflage stützt sich die Gutachterin zwar auf das Handbuch der verkehrsmedizinischen Begutachtung der Arbeitsgruppe Verkehrsmedizin der Schweizerischen Gesellschaft für Rechtsmedizin (Bern 2005). Darin wird postuliert (S. 29), die Abstinenzverpflichtung in der Regel über vier Jahre aufrechtzuerhalten. Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, diese Vierjahresregel sei medizinisch unhaltbar. Er beklagt sich nur, dass die Vorinstanz sie schematisch anwende, bringt aber selber nichts vor, was in seinem Fall eine Verkürzung der Abstinenzauflagen rechtfertigen könnte. Solche Gründe sind auch nicht ersichtlich. Im Übrigen ist die Diskussion um die Anwendbarkeit der Vierjahresregel ohnehin bald müssig, da die Gutachter des IRMZ davon ausgehen, dass der Beschwerdeführer jedenfalls seit Mitte 2008 und damit seit bald vier Jahren sowohl in Bezug auf Non-Benzodiazepine als auch auf Alkohol abstinent lebt.
2.5 Nicht zu beanstanden ist die Auflage, sich regelmässigen ärztlichen Kontrollen zu unterziehen, psychische Erkrankungen behandeln zu lassen, ärztliche Weisungen zu befolgen und eine Verschlechterung des psychischen Zustands umgehend dem Arzt und dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt zu melden. Es mag zwar zutreffen, dass leichte Depressionen, wie sie beim Beschwerdeführer im Februar 2010 auftraten, weit verbreitet sind und in der Regel die Fahrtauglichkeit nicht beeinträchtigen. Es liegt indessen nahe, dass der Beschwerdeführer nach der Überwindung seiner schweren Alkohol- und Medikamentensucht psychisch nach wie vor wenig stabil ist und es daher auch aus verkehrsmedizinischer Sicht angezeigt ist, seinen psychischen Zustand weiterhin ärztlich überwachen zu lassen. Die entsprechende Folgerung der Gutachterin des IRMZ (oben E. 2.4 2. Absatz) ist jedenfalls plausibel.
2.6 Der Beschwerdeführer zeigt sich erstaunt, dass die ihm bereits früher auferlegte Pflicht, beim Fahren eine Sehhilfe zu tragen, erneut verfügt wurde. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben, da der Beschwerdeführer diese Verpflichtung in der Sache nicht beanstandet.
2.7 Der Beschwerdeführer erhebt eine ganze Reihe von Vorwürfen an die Adresse des FPD. Abgesehen davon, dass nicht ersichtlich ist, inwieweit das kritisierte Vorgehen des FPD überhaupt den Erlass der hier angefochtenen Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 9. November 2010 betrifft, sind die Vorbringen, gemessen an den unter dem gleichen Titel bei der Vorinstanz pauschal vorgetragenen, weitgehend neu und insoweit unzulässig (<ref-law>). Die in diesem Zusammenhang gerügte Verletzung des Beschleunigungsgebots ist zudem nicht nachvollziehbar begründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt und der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern sowie dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi